diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 64eafee2..502f5c50 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -29,6 +29,7 @@ samplesheet.csv magma.sh .Rproj.user -docs/_site +docs/.quarto -.DS_Store +docs/_site +resources/snpeff/data/mbovis_AF2122/snpEffectPredictor.bin diff --git a/bin/rename_vcf_chrom.py b/bin/rename_vcf_chrom.py index c5c8e81b..1bf58b1e 100755 --- a/bin/rename_vcf_chrom.py +++ b/bin/rename_vcf_chrom.py @@ -36,7 +36,6 @@ def errlog(x,ext=False): quit(1) def cmd_out(cmd,verbose=1): - cmd = "set -u pipefail; " + cmd if verbose==2: sys.stderr.write("\nRunning command:\n%s\n" % cmd) stderr = open("/dev/stderr","w") @@ -56,19 +55,27 @@ def cmd_out(cmd,verbose=1): def main(args): generator = cmd_out("bcftools view " + args.vcf) if args.vcf else sys.stdin - convert = dict(zip(args.source,args.target)) - for l in generator: - if l[0]=="#": - sys.stdout.write(l.strip()+"\n") - else: - row = l.strip().split() - row[0] = convert[row[0]] - sys.stdout.write("\t".join(row)+"\n") + convert = dict(zip(args.source, args.target)) + + # Open the output file for writing, or use stdout if not specified + outfile = open(args.outfile, 'w') if args.outfile else sys.stdout + try: + for l in generator: + if l[0] == "#": + outfile.write(l.strip() + "\n") + else: + row = l.strip().split() + row[0] = convert[row[0]] + outfile.write("\t".join(row) + "\n") + finally: + if args.outfile: + outfile.close() parser = argparse.ArgumentParser(description='tbprofiler script',formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) parser.add_argument('--vcf',type=str,help='') parser.add_argument('--source',nargs="+",type=str,help='') parser.add_argument('--target',nargs="+",type=str,help='') +parser.add_argument('--outfile', type=str, required=False, help='Output VCF file') parser.set_defaults(func=main) args = parser.parse_args() args.func(args) diff --git a/conf/docker.config b/conf/docker.config index 753be2b6..e5e02ea4 100644 --- a/conf/docker.config +++ b/conf/docker.config @@ -55,6 +55,12 @@ process { container = "ghcr.io/torch-consortium/magma/magma-container-2:1.1.1" } + // withName: + // 'SNPEFF.*' { + // container = "quay.io/biocontainers/snpeff:4.3.1t--2" + // } + + } diff --git a/default_params.config b/default_params.config index e937d6cb..fba2a2e9 100644 --- a/default_params.config +++ b/default_params.config @@ -487,7 +487,7 @@ GATK_GENOTYPE_GVCFS { SNPEFF { results_dir = "${params.outdir}/vcf_files/cohort/raw_variant_files/annotated" - arguments = " -nostats -ud 100 Mycobacterium_tuberculosis_h37rv " + arguments = " -nostats -ud 100 mbovis_AF2122 " should_publish = true } diff --git a/modules.json b/modules.json index 9de8b7f1..ed6de7f4 100644 --- a/modules.json +++ b/modules.json @@ -1,177 +1,26 @@ { - "name": "TORCH-consortium/magma", - "homePage": "https://github.com/TORCH-consortium/MAGMA", - "repos": { - "https://github.com/nf-core/modules.git": { - "modules": { - "nf-core": { - "bcftools/merge": { - "branch": "master", - "git_sha": "c9c3ef86c1892413b3c86fb38c4e39fd7288512f", - "installed_by": ["modules"] - }, - "bcftools/view": { - "branch": "master", - "git_sha": "c9c3ef86c1892413b3c86fb38c4e39fd7288512f", - "installed_by": ["modules"] - }, - "bwa/mem": { - "branch": "master", - "git_sha": "a29f18660f5e3748d44d6f716241e70c942c065d", - "installed_by": ["modules"] - }, - "bwamem2/mem": { - "branch": "master", - "git_sha": "a29f18660f5e3748d44d6f716241e70c942c065d", - "installed_by": ["modules"] - }, - "delly/call": { - 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} } - } -} +} \ No newline at end of file diff --git a/modules/local/gatk/variant_recalibrator.nf b/modules/local/gatk/variant_recalibrator.nf index 3cffcf32..7e6f7e90 100644 --- a/modules/local/gatk/variant_recalibrator.nf +++ b/modules/local/gatk/variant_recalibrator.nf @@ -27,7 +27,6 @@ process GATK_VARIANT_RECALIBRATOR { tag "annotation: ${annotations}" publishDir params.results_dir, mode: params.save_mode, enabled: params.should_publish - input: val(analysisMode) val(annotations) @@ -47,16 +46,11 @@ process GATK_VARIANT_RECALIBRATOR { tuple val(joint_name), path("*${analysisMode}*.command.log"), emit: annotationsLog script: - - def finalResourceFilesArg = (resourceFilesArg ? "--resource:${resourceFilesArg}" : "") - - def optionalAnnotationPrefix = "" - - if (task.process.split("__").length == 1) { - optionalAnnotationPrefix = "" - } else { - optionalAnnotationPrefix = ".${task.process.split("__")[-1]}" - } + // Only add --resource argument if resourceFiles and resourceFileIndexes are non-empty + def resourceFilesExist = resourceFiles && resourceFiles.size() > 0 + def resourceFileIndexesExist = resourceFileIndexes && resourceFileIndexes.size() > 0 + def finalResourceFilesArg = (resourceFilesArg && resourceFilesExist && resourceFileIndexesExist) ? "--resource:${resourceFilesArg}" : "" + def optionalAnnotationPrefix = (task.process.split("__").length == 1) ? "" : ".${task.process.split('__')[-1]}" """ ${params.gatk_path} VariantRecalibrator --java-options "-Xmx${task.memory.giga}G" \\ @@ -73,15 +67,5 @@ process GATK_VARIANT_RECALIBRATOR { 2>${joint_name}.${analysisMode}${optionalAnnotationPrefix}.command.log cp ${joint_name}.${analysisMode}${optionalAnnotationPrefix}.command.log .command.log - - """ - - stub: - - """ - touch ${joint_name}.${analysisMode}.tranches - touch ${joint_name}.${analysisMode}.R - touch ${joint_name}.${analysisMode}.recal.vcf.gz - touch ${joint_name}.${analysisMode}.mod """ } diff --git a/modules/local/snpeff/snpeff.nf b/modules/local/snpeff/snpeff.nf index a607e6f6..81631b92 100644 --- a/modules/local/snpeff/snpeff.nf +++ b/modules/local/snpeff/snpeff.nf @@ -30,6 +30,8 @@ process SNPEFF { input: tuple val(joint_name), path(rawJointVariantsFile) path(ref_fasta) + path(snpeff_config) + path(snpeff_db) output: tuple val(joint_name), path("*.annotated.vcf") @@ -38,9 +40,11 @@ process SNPEFF { shell: ''' - rename_vcf_chrom.py --vcf !{rawJointVariantsFile} --source !{params.ref_fasta_basename} --target 'Chromosome' \ - | !{params.snpeff_path} -nostats !{params.arguments} \ - | rename_vcf_chrom.py --target !{params.ref_fasta_basename} --source 'Chromosome' \ + snpEff build -c complete_snpeff.config -gff3 -v mbovis_AF2122 + + rename_vcf_chrom.py --vcf !{rawJointVariantsFile} --source !{params.ref_fasta_basename} --target 'Chromosome' \\ + | !{params.snpeff_path} -nostats -c !{snpeff_config} !{params.arguments} \\ + | rename_vcf_chrom.py --target !{params.ref_fasta_basename} --source 'Chromosome' \\ > !{joint_name}.raw_variants.annotated.vcf ''' diff --git a/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__cohort.nf b/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__cohort.nf index 7b3a4f93..12e60f6f 100644 --- a/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__cohort.nf +++ b/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__cohort.nf @@ -40,8 +40,8 @@ process TBPROFILER_VCF_PROFILE__COHORT { """ - bcftools view ${mergedVcf} | sed 's/NC-000962-3-H37Rv/Chromosome/g' > intermediate.vcf - + bcftools view ${mergedVcf} | sed 's/${params.ref_fasta_basename}/Chromosome/g' > intermediate.vcf + cat intermediate.vcf | bcftools view -Oz -o intermediate.vcf.gz ${params.tbprofiler_path} profile \\ diff --git a/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__lofreq.nf b/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__lofreq.nf index f2d82621..7309d1f5 100644 --- a/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__lofreq.nf +++ b/modules/local/tbprofiler/vcf_profile__lofreq.nf @@ -41,8 +41,8 @@ process TBPROFILER_VCF_PROFILE__LOFREQ { """ - bcftools view ${mergedLofreqVcf} | sed 's/NC-000962-3-H37Rv/Chromosome/g' > intermediate.vcf - + bcftools view ${mergedLofreqVcf} | sed 's/${params.ref_fasta_basename}/Chromosome/g' > intermediate.vcf + cat intermediate.vcf | bcftools view -Oz -o intermediate.vcf.gz ${params.tbprofiler_path} profile \\ diff --git a/modules/nf-core/bwa/mem/environment.yml b/modules/nf-core/bwa/mem/environment.yml deleted file mode 100644 index ed5448a1..00000000 --- a/modules/nf-core/bwa/mem/environment.yml +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ ---- -# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json -channels: - - conda-forge - - bioconda - -dependencies: - # renovate: datasource=conda depName=bioconda/bwa - - bioconda::bwa=0.7.18 - # renovate: datasource=conda depName=bioconda/htslib - - bioconda::htslib=1.21 - # renovate: datasource=conda depName=bioconda/samtools - - bioconda::samtools=1.21 diff --git a/modules/nf-core/bwa/mem/main.nf b/modules/nf-core/bwa/mem/main.nf deleted file mode 100644 index 3c544178..00000000 --- a/modules/nf-core/bwa/mem/main.nf +++ /dev/null @@ -1,74 +0,0 @@ -process BWA_MEM { - tag "$meta.id" - label 'process_high' - - conda "${moduleDir}/environment.yml" - container "${ workflow.containerEngine == 'singularity' && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? - 'https://community-cr-prod.seqera.io/docker/registry/v2/blobs/sha256/bf/bf7890f8d4e38a7586581cb7fa13401b7af1582f21d94eef969df4cea852b6da/data' : - 'community.wave.seqera.io/library/bwa_htslib_samtools:56c9f8d5201889a4' }" - - input: - tuple val(meta) , path(reads) - tuple val(meta2), path(index) - tuple val(meta3), path(fasta) - val sort_bam - - output: - tuple val(meta), path("*.bam") , emit: bam, optional: true - tuple val(meta), path("*.cram") , emit: cram, optional: true - tuple val(meta), path("*.csi") , emit: csi, optional: true - tuple val(meta), path("*.crai") , emit: crai, optional: true - path "versions.yml" , emit: versions - - when: - task.ext.when == null || task.ext.when - - script: - def args = task.ext.args ?: '' - def args2 = task.ext.args2 ?: '' - def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - def samtools_command = sort_bam ? 'sort' : 'view' - def extension = args2.contains("--output-fmt sam") ? "sam" : - args2.contains("--output-fmt cram") ? "cram": - sort_bam && args2.contains("-O cram")? "cram": - !sort_bam && args2.contains("-C") ? "cram": - "bam" - def reference = fasta && extension=="cram" ? "--reference ${fasta}" : "" - if (!fasta && extension=="cram") error "Fasta reference is required for CRAM output" - """ - INDEX=`find -L ./ -name "*.amb" | sed 's/\\.amb\$//'` - - bwa mem \\ - $args \\ - -t $task.cpus \\ - \$INDEX \\ - $reads \\ - | samtools $samtools_command $args2 ${reference} --threads $task.cpus -o ${prefix}.${extension} - - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - bwa: \$(echo \$(bwa 2>&1) | sed 's/^.*Version: //; s/Contact:.*\$//') - samtools: \$(echo \$(samtools --version 2>&1) | sed 's/^.*samtools //; s/Using.*\$//') - END_VERSIONS - """ - - stub: - def args2 = task.ext.args2 ?: '' - def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - def extension = args2.contains("--output-fmt sam") ? "sam" : - args2.contains("--output-fmt cram") ? "cram": - sort_bam && args2.contains("-O cram")? "cram": - !sort_bam && args2.contains("-C") ? "cram": - "bam" - """ - touch ${prefix}.${extension} - touch ${prefix}.csi - touch ${prefix}.crai - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - bwa: \$(echo \$(bwa 2>&1) | sed 's/^.*Version: //; s/Contact:.*\$//') - samtools: \$(echo \$(samtools --version 2>&1) | sed 's/^.*samtools //; s/Using.*\$//') - END_VERSIONS - """ -} diff --git a/modules/nf-core/bwa/mem/meta.yml b/modules/nf-core/bwa/mem/meta.yml deleted file mode 100644 index b6f696c0..00000000 --- a/modules/nf-core/bwa/mem/meta.yml +++ /dev/null @@ -1,111 +0,0 @@ -name: bwa_mem -description: Performs fastq alignment to a fasta reference using BWA -keywords: - - mem - - bwa - - alignment - - map - - fastq - - bam - - sam -tools: - - bwa: - description: | - BWA is a software package for mapping DNA sequences against - a large reference genome, such as the human genome. - homepage: http://bio-bwa.sourceforge.net/ - documentation: https://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml - arxiv: arXiv:1303.3997 - licence: ["GPL-3.0-or-later"] - identifier: "biotools:bwa" -input: - - - meta: - type: map - description: | - Groovy Map containing sample information - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - reads: - type: file - description: | - List of input FastQ files of size 1 and 2 for single-end and paired-end data, - respectively. - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/data_2044" # Sequence - - edam: "http://edamontology.org/format_1930" # FASTQ - - - meta2: - type: map - description: | - Groovy Map containing reference information. - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - index: - type: file - description: BWA genome index files - pattern: "Directory containing BWA index *.{amb,ann,bwt,pac,sa}" - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/data_3210" # Genome index - - - meta3: - type: map - description: | - Groovy Map containing sample information - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - fasta: - type: file - description: Reference genome in FASTA format - pattern: "*.{fasta,fa}" - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/data_2044" # Sequence - - edam: "http://edamontology.org/format_1929" # FASTA - - - sort_bam: - type: boolean - description: use samtools sort (true) or samtools view (false) - pattern: "true or false" -output: - - bam: - - meta: - type: file - description: Output BAM file containing read alignments - - "*.bam": - type: file - description: Output BAM file containing read alignments - pattern: "*.{bam}" - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/format_2572" # BAM - - cram: - - meta: - type: file - description: Output CRAM file containing read alignments - - "*.cram": - type: file - description: Output CRAM file containing read alignments - pattern: "*.{cram}" - ontologies: - - edam: "http://edamontology.org/format_3462" # CRAM - - csi: - - meta: - type: file - description: Optional index file for BAM file - - "*.csi": - type: file - description: Optional index file for BAM file - pattern: "*.{csi}" - - crai: - - meta: - type: file - description: Optional index file for CRAM file - - "*.crai": - type: file - description: Optional index file for CRAM file - pattern: "*.{crai}" - - versions: - - versions.yml: - type: file - description: File containing software versions - pattern: "versions.yml" -authors: - - "@drpatelh" - - "@jeremy1805" - - "@matthdsm" -maintainers: - - "@drpatelh" - - "@jeremy1805" - - "@matthdsm" diff --git a/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test deleted file mode 100644 index 5de2c2f4..00000000 --- a/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test +++ /dev/null @@ -1,260 +0,0 @@ -nextflow_process { - - name "Test Process BWA_MEM" - tag "modules_nfcore" - tag "modules" - tag "bwa" - tag "bwa/mem" - tag "bwa/index" - script "../main.nf" - process "BWA_MEM" - - setup { - run("BWA_INDEX") { - script "../../index/main.nf" - process { - """ - input[0] = [ - [id: 'test'], - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true) - ] - """ - } - } - } - - test("Single-End") { - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:true ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = false - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot( - process.out.cram, - process.out.csi, - process.out.crai, - process.out.versions, - bam(process.out.bam[0][1]).getHeaderMD5(), - bam(process.out.bam[0][1]).getReadsMD5() - ).match() - } - ) - } - - } - - test("Single-End Sort") { - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:true ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = true - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot( - process.out.cram, - process.out.csi, - process.out.crai, - process.out.versions, - bam(process.out.bam[0][1]).getHeaderMD5(), - bam(process.out.bam[0][1]).getReadsMD5() - ).match() - } - ) - } - - } - - test("Paired-End") { - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:false ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = false - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot( - process.out.cram, - process.out.csi, - process.out.crai, - process.out.versions, - bam(process.out.bam[0][1]).getHeaderMD5(), - bam(process.out.bam[0][1]).getReadsMD5() - ).match() - } - ) - } - - } - - test("Paired-End Sort") { - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:false ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = true - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot( - process.out.cram, - process.out.csi, - process.out.crai, - process.out.versions, - bam(process.out.bam[0][1]).getHeaderMD5(), - bam(process.out.bam[0][1]).getReadsMD5() - ).match() - } - ) - } - - } - - test("Paired-End - no fasta") { - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:false ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[:],[]] - input[3] = false - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot( - process.out.cram, - process.out.csi, - process.out.crai, - process.out.versions, - bam(process.out.bam[0][1]).getHeaderMD5(), - bam(process.out.bam[0][1]).getReadsMD5() - ).match() - } - ) - } - - } - - test("Single-end - stub") { - - options "-stub" - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:true ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = false - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("Paired-end - stub") { - - options "-stub" - - when { - process { - """ - input[0] = [ - [ id:'test', single_end:false ], // meta map - [ - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) - ] - ] - input[1] = BWA_INDEX.out.index - input[2] = [[id: 'test'],file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/genome/genome.fasta', checkIfExists: true)] - input[3] = false - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } -} diff --git a/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test.snap deleted file mode 100644 index 3aaefdda..00000000 --- a/modules/nf-core/bwa/mem/tests/main.nf.test.snap +++ /dev/null @@ -1,271 +0,0 @@ -{ - "Single-End": { - "content": [ - [ - - ], - [ - - ], - [ - - ], - [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "53df0e7b72f1f85fb28af5fec435246", - "798439cbd7fd81cbcc5078022dc5479d" - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:36:00.831642964" - }, - "Single-End Sort": { - "content": [ - [ - - ], - [ - - ], - [ - - ], - [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "5eca502b75fefc26e8000908bf0bb3a3", - "94fcf617f5b994584c4e8d4044e16b4f" - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:36:16.025706238" - }, - "Paired-End": { - "content": [ - [ - - ], - [ - - ], - [ - - ], - [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "fec2aafbba4637767bc4e202c71aee58", - "57aeef88ed701a8ebc8e2f0a381b2a6" - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:36:27.309924644" - }, - "Paired-End Sort": { - "content": [ - [ - - ], - [ - - ], - [ - - ], - [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "d5ad8844218280969c1f9349bd62d057", - "af8628d9df18b2d3d4f6fd47ef2bb872" - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:36:45.448624985" - }, - "Single-end - stub": { - "content": [ - { - "0": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.bam:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "1": [ - - ], - "2": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.csi:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "3": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.crai:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "4": [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "bam": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.bam:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "crai": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.crai:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "cram": [ - - ], - "csi": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": true - }, - "test.csi:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "versions": [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ] - } - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:37:16.211123969" - }, - "Paired-End - no fasta": { - "content": [ - [ - - ], - [ - - ], - [ - - ], - [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "fec2aafbba4637767bc4e202c71aee58", - "57aeef88ed701a8ebc8e2f0a381b2a6" - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:36:56.592159657" - }, - "Paired-end - stub": { - "content": [ - { - "0": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.bam:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "1": [ - - ], - "2": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.csi:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "3": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.crai:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "4": [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ], - "bam": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.bam:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "crai": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.crai:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "cram": [ - - ], - "csi": [ - [ - { - "id": "test", - "single_end": false - }, - "test.csi:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" - ] - ], - "versions": [ - "versions.yml:md5,c60680eba0f00e791c0d5a0a6e9d665f" - ] - } - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.5" - }, - "timestamp": "2025-03-27T08:37:32.177177506" - } -} \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/fastqc/environment.yml b/modules/nf-core/fastqc/environment.yml deleted file mode 100644 index 691d4c76..00000000 --- a/modules/nf-core/fastqc/environment.yml +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -channels: - - conda-forge - - bioconda -dependencies: - - bioconda::fastqc=0.12.1 diff --git a/modules/nf-core/fastqc/main.nf b/modules/nf-core/fastqc/main.nf deleted file mode 100644 index 033f4154..00000000 --- a/modules/nf-core/fastqc/main.nf +++ /dev/null @@ -1,64 +0,0 @@ -process FASTQC { - tag "${meta.id}" - label 'process_medium' - - conda "${moduleDir}/environment.yml" - container "${ workflow.containerEngine == 'singularity' && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? - 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/fastqc:0.12.1--hdfd78af_0' : - 'biocontainers/fastqc:0.12.1--hdfd78af_0' }" - - input: - tuple val(meta), path(reads) - - output: - tuple val(meta), path("*.html"), emit: html - tuple val(meta), path("*.zip") , emit: zip - path "versions.yml" , emit: versions - - when: - task.ext.when == null || task.ext.when - - script: - def args = task.ext.args ?: '' - def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - // Make list of old name and new name pairs to use for renaming in the bash while loop - def old_new_pairs = reads instanceof Path || reads.size() == 1 ? [[ reads, "${prefix}.${reads.extension}" ]] : reads.withIndex().collect { entry, index -> [ entry, "${prefix}_${index + 1}.${entry.extension}" ] } - def rename_to = old_new_pairs*.join(' ').join(' ') - def renamed_files = old_new_pairs.collect{ _old_name, new_name -> new_name }.join(' ') - - // The total amount of allocated RAM by FastQC is equal to the number of threads defined (--threads) time the amount of RAM defined (--memory) - // https://github.com/s-andrews/FastQC/blob/1faeea0412093224d7f6a07f777fad60a5650795/fastqc#L211-L222 - // Dividing the task.memory by task.cpu allows to stick to requested amount of RAM in the label - def memory_in_mb = task.memory ? task.memory.toUnit('MB').toFloat() / task.cpus : null - // FastQC memory value allowed range (100 - 10000) - def fastqc_memory = memory_in_mb > 10000 ? 10000 : (memory_in_mb < 100 ? 100 : memory_in_mb) - - """ - printf "%s %s\\n" ${rename_to} | while read old_name new_name; do - [ -f "\${new_name}" ] || ln -s \$old_name \$new_name - done - - fastqc \\ - ${args} \\ - --threads ${task.cpus} \\ - --memory ${fastqc_memory} \\ - ${renamed_files} - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - fastqc: \$( fastqc --version | sed '/FastQC v/!d; s/.*v//' ) - END_VERSIONS - """ - - stub: - def prefix = task.ext.prefix ?: "${meta.id}" - """ - touch ${prefix}.html - touch ${prefix}.zip - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - fastqc: \$( fastqc --version | sed '/FastQC v/!d; s/.*v//' ) - END_VERSIONS - """ -} diff --git a/modules/nf-core/fastqc/meta.yml b/modules/nf-core/fastqc/meta.yml deleted file mode 100644 index 2b2e62b8..00000000 --- a/modules/nf-core/fastqc/meta.yml +++ /dev/null @@ -1,67 +0,0 @@ -name: fastqc -description: Run FastQC on sequenced reads -keywords: - - quality control - - qc - - adapters - - fastq -tools: - - fastqc: - description: | - FastQC gives general quality metrics about your reads. - It provides information about the quality score distribution - across your reads, the per base sequence content (%A/C/G/T). - - You get information about adapter contamination and other - overrepresented sequences. - homepage: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ - documentation: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ - licence: ["GPL-2.0-only"] - identifier: biotools:fastqc -input: - - - meta: - type: map - description: | - Groovy Map containing sample information - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - reads: - type: file - description: | - List of input FastQ files of size 1 and 2 for single-end and paired-end data, - respectively. -output: - - html: - - meta: - type: map - description: | - Groovy Map containing sample information - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - "*.html": - type: file - description: FastQC report - pattern: "*_{fastqc.html}" - - zip: - - meta: - type: map - description: | - Groovy Map containing sample information - e.g. [ id:'test', single_end:false ] - - "*.zip": - type: file - description: FastQC report archive - pattern: "*_{fastqc.zip}" - - versions: - - versions.yml: - type: file - description: File containing software versions - pattern: "versions.yml" -authors: - - "@drpatelh" - - "@grst" - - "@ewels" - - "@FelixKrueger" -maintainers: - - "@drpatelh" - - "@grst" - - "@ewels" - - "@FelixKrueger" diff --git a/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test deleted file mode 100644 index e9d79a07..00000000 --- a/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test +++ /dev/null @@ -1,309 +0,0 @@ -nextflow_process { - - name "Test Process FASTQC" - script "../main.nf" - process "FASTQC" - - tag "modules" - tag "modules_nfcore" - tag "fastqc" - - test("sarscov2 single-end [fastq]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [ id: 'test', single_end:true ], - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - // NOTE The report contains the date inside it, which means that the md5sum is stable per day, but not longer than that. So you can't md5sum it. - // looks like this:
Mon 2 Oct 2023
test.gz
- // https://github.com/nf-core/modules/pull/3903#issuecomment-1743620039 - { assert process.out.html[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 paired-end [fastq]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert process.out.html[0][1][0] ==~ ".*/test_1_fastqc.html" }, - { assert process.out.html[0][1][1] ==~ ".*/test_2_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1][0] ==~ ".*/test_1_fastqc.zip" }, - { assert process.out.zip[0][1][1] ==~ ".*/test_2_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1][0]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert path(process.out.html[0][1][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 interleaved [fastq]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_interleaved.fastq.gz', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert process.out.html[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 paired-end [bam]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert process.out.html[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1] ==~ ".*/test_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 multiple [fastq]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test2_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test2_2.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert process.out.html[0][1][0] ==~ ".*/test_1_fastqc.html" }, - { assert process.out.html[0][1][1] ==~ ".*/test_2_fastqc.html" }, - { assert process.out.html[0][1][2] ==~ ".*/test_3_fastqc.html" }, - { assert process.out.html[0][1][3] ==~ ".*/test_4_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1][0] ==~ ".*/test_1_fastqc.zip" }, - { assert process.out.zip[0][1][1] ==~ ".*/test_2_fastqc.zip" }, - { assert process.out.zip[0][1][2] ==~ ".*/test_3_fastqc.zip" }, - { assert process.out.zip[0][1][3] ==~ ".*/test_4_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1][0]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert path(process.out.html[0][1][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert path(process.out.html[0][1][2]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert path(process.out.html[0][1][3]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 custom_prefix") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [ id:'mysample', single_end:true ], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert process.out.html[0][1] ==~ ".*/mysample_fastqc.html" }, - { assert process.out.zip[0][1] ==~ ".*/mysample_fastqc.zip" }, - { assert path(process.out.html[0][1]).text.contains("File typeConventional base calls") }, - { assert snapshot(process.out.versions).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 single-end [fastq] - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [ id: 'test', single_end:true ], - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 paired-end [fastq] - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 interleaved [fastq] - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_interleaved.fastq.gz', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 paired-end [bam] - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/bam/test.paired_end.sorted.bam', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 multiple [fastq] - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [id: 'test', single_end: false], // meta map - [ file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_2.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test2_1.fastq.gz', checkIfExists: true), - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test2_2.fastq.gz', checkIfExists: true) ] - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } - - test("sarscov2 custom_prefix - stub") { - - options "-stub" - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of([ - [ id:'mysample', single_end:true ], // meta map - file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastq/test_1.fastq.gz', checkIfExists: true) - ]) - """ - } - } - - then { - assertAll ( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out).match() } - ) - } - } -} diff --git a/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test.snap deleted file mode 100644 index d5db3092..00000000 --- a/modules/nf-core/fastqc/tests/main.nf.test.snap +++ /dev/null @@ -1,392 +0,0 @@ -{ - "sarscov2 custom_prefix": { - "content": [ - [ - "versions.yml:md5,e1cc25ca8af856014824abd842e93978" - 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"timestamp": "2024-07-22T11:02:53.550742" - } -} \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/multiqc/environment.yml b/modules/nf-core/multiqc/environment.yml deleted file mode 100644 index a27122ce..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/environment.yml +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -channels: - - conda-forge - - bioconda -dependencies: - - bioconda::multiqc=1.27 diff --git a/modules/nf-core/multiqc/main.nf b/modules/nf-core/multiqc/main.nf deleted file mode 100644 index 58d9313c..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/main.nf +++ /dev/null @@ -1,63 +0,0 @@ -process MULTIQC { - label 'process_single' - - conda "${moduleDir}/environment.yml" - container "${ workflow.containerEngine == 'singularity' && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? - 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/multiqc:1.27--pyhdfd78af_0' : - 'biocontainers/multiqc:1.27--pyhdfd78af_0' }" - - input: - path multiqc_files, stageAs: "?/*" - path(multiqc_config) - path(extra_multiqc_config) - path(multiqc_logo) - path(replace_names) - path(sample_names) - - output: - path "*multiqc_report.html", emit: report - path "*_data" , emit: data - path "*_plots" , optional:true, emit: plots - path "versions.yml" , emit: versions - - when: - task.ext.when == null || task.ext.when - - script: - def args = task.ext.args ?: '' - def prefix = task.ext.prefix ? "--filename ${task.ext.prefix}.html" : '' - def config = multiqc_config ? "--config $multiqc_config" : '' - def extra_config = extra_multiqc_config ? "--config $extra_multiqc_config" : '' - def logo = multiqc_logo ? "--cl-config 'custom_logo: \"${multiqc_logo}\"'" : '' - def replace = replace_names ? "--replace-names ${replace_names}" : '' - def samples = sample_names ? "--sample-names ${sample_names}" : '' - """ - multiqc \\ - --force \\ - $args \\ - $config \\ - $prefix \\ - $extra_config \\ - $logo \\ - $replace \\ - $samples \\ - . - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - multiqc: \$( multiqc --version | sed -e "s/multiqc, version //g" ) - END_VERSIONS - """ - - stub: - """ - mkdir multiqc_data - mkdir multiqc_plots - touch multiqc_report.html - - cat <<-END_VERSIONS > versions.yml - "${task.process}": - multiqc: \$( multiqc --version | sed -e "s/multiqc, version //g" ) - END_VERSIONS - """ -} diff --git a/modules/nf-core/multiqc/meta.yml b/modules/nf-core/multiqc/meta.yml deleted file mode 100644 index b16c1879..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/meta.yml +++ /dev/null @@ -1,78 +0,0 @@ -name: multiqc -description: Aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into - a single report -keywords: - - QC - - bioinformatics tools - - Beautiful stand-alone HTML report -tools: - - multiqc: - description: | - MultiQC searches a given directory for analysis logs and compiles a HTML report. - It's a general use tool, perfect for summarising the output from numerous bioinformatics tools. - homepage: https://multiqc.info/ - documentation: https://multiqc.info/docs/ - licence: ["GPL-3.0-or-later"] - identifier: biotools:multiqc -input: - - - multiqc_files: - type: file - description: | - List of reports / files recognised by MultiQC, for example the html and zip output of FastQC - - - multiqc_config: - type: file - description: Optional config yml for MultiQC - pattern: "*.{yml,yaml}" - - - extra_multiqc_config: - type: file - description: Second optional config yml for MultiQC. Will override common sections - in multiqc_config. - pattern: "*.{yml,yaml}" - - - multiqc_logo: - type: file - description: Optional logo file for MultiQC - pattern: "*.{png}" - - - replace_names: - type: file - description: | - Optional two-column sample renaming file. First column a set of - patterns, second column a set of corresponding replacements. Passed via - MultiQC's `--replace-names` option. - pattern: "*.{tsv}" - - - sample_names: - type: file - description: | - Optional TSV file with headers, passed to the MultiQC --sample_names - argument. - pattern: "*.{tsv}" -output: - - report: - - "*multiqc_report.html": - type: file - description: MultiQC report file - pattern: "multiqc_report.html" - - data: - - "*_data": - type: directory - description: MultiQC data dir - pattern: "multiqc_data" - - plots: - - "*_plots": - type: file - description: Plots created by MultiQC - pattern: "*_data" - - versions: - - versions.yml: - type: file - description: File containing software versions - pattern: "versions.yml" -authors: - - "@abhi18av" - - "@bunop" - - "@drpatelh" - - "@jfy133" -maintainers: - - "@abhi18av" - - "@bunop" - - "@drpatelh" - - "@jfy133" diff --git a/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test deleted file mode 100644 index 33316a7d..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test +++ /dev/null @@ -1,92 +0,0 @@ -nextflow_process { - - name "Test Process MULTIQC" - script "../main.nf" - process "MULTIQC" - - tag "modules" - tag "modules_nfcore" - tag "multiqc" - - config "./nextflow.config" - - test("sarscov2 single-end [fastqc]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of(file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastqc/test_fastqc.zip', checkIfExists: true)) - input[1] = [] - input[2] = [] - input[3] = [] - input[4] = [] - input[5] = [] - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert process.out.report[0] ==~ ".*/multiqc_report.html" }, - { assert process.out.data[0] ==~ ".*/multiqc_data" }, - { assert snapshot(process.out.versions).match("multiqc_versions_single") } - ) - } - - } - - test("sarscov2 single-end [fastqc] [config]") { - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of(file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastqc/test_fastqc.zip', checkIfExists: true)) - input[1] = Channel.of(file("https://github.com/nf-core/tools/raw/dev/nf_core/pipeline-template/assets/multiqc_config.yml", checkIfExists: true)) - input[2] = [] - input[3] = [] - input[4] = [] - input[5] = [] - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert process.out.report[0] ==~ ".*/multiqc_report.html" }, - { assert process.out.data[0] ==~ ".*/multiqc_data" }, - { assert snapshot(process.out.versions).match("multiqc_versions_config") } - ) - } - } - - test("sarscov2 single-end [fastqc] - stub") { - - options "-stub" - - when { - process { - """ - input[0] = Channel.of(file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/fastqc/test_fastqc.zip', checkIfExists: true)) - input[1] = [] - input[2] = [] - input[3] = [] - input[4] = [] - input[5] = [] - """ - } - } - - then { - assertAll( - { assert process.success }, - { assert snapshot(process.out.report.collect { file(it).getName() } + - process.out.data.collect { file(it).getName() } + - process.out.plots.collect { file(it).getName() } + - process.out.versions ).match("multiqc_stub") } - ) - } - - } -} diff --git a/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test.snap deleted file mode 100644 index 7b7c1322..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/tests/main.nf.test.snap +++ /dev/null @@ -1,41 +0,0 @@ -{ - "multiqc_versions_single": { - "content": [ - [ - "versions.yml:md5,8f3b8c1cec5388cf2708be948c9fa42f" - ] - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.4" - }, - "timestamp": "2025-01-27T09:29:57.631982377" - }, - "multiqc_stub": { - "content": [ - [ - "multiqc_report.html", - "multiqc_data", - "multiqc_plots", - "versions.yml:md5,8f3b8c1cec5388cf2708be948c9fa42f" - ] - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.4" - }, - "timestamp": "2025-01-27T09:30:34.743726958" - }, - "multiqc_versions_config": { - "content": [ - [ - "versions.yml:md5,8f3b8c1cec5388cf2708be948c9fa42f" - ] - ], - "meta": { - "nf-test": "0.9.2", - "nextflow": "24.10.4" - }, - "timestamp": "2025-01-27T09:30:21.44383553" - } -} \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/multiqc/tests/nextflow.config b/modules/nf-core/multiqc/tests/nextflow.config deleted file mode 100644 index c537a6a3..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/tests/nextflow.config +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -process { - withName: 'MULTIQC' { - ext.prefix = null - } -} diff --git a/modules/nf-core/multiqc/tests/tags.yml b/modules/nf-core/multiqc/tests/tags.yml deleted file mode 100644 index bea6c0d3..00000000 --- a/modules/nf-core/multiqc/tests/tags.yml +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -multiqc: - - modules/nf-core/multiqc/** diff --git a/modules/nf-core/snpeff/download/environment.yml b/modules/nf-core/snpeff/download/environment.yml new file mode 100644 index 00000000..48236b6f --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/download/environment.yml @@ -0,0 +1,7 @@ +--- +# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json +channels: + - conda-forge + - bioconda +dependencies: + - bioconda::snpeff=5.1 diff --git a/modules/nf-core/snpeff/download/main.nf b/modules/nf-core/snpeff/download/main.nf new file mode 100644 index 00000000..c77fffe3 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/download/main.nf @@ -0,0 +1,54 @@ +process SNPEFF_DOWNLOAD { + tag "FIXME" + label 'process_medium' + + conda "${moduleDir}/environment.yml" + container "${ workflow.containerEngine == 'singularity' && !task.ext.singularity_pull_docker_container ? + 'https://depot.galaxyproject.org/singularity/snpeff:5.1--hdfd78af_2' : + 'biocontainers/snpeff:5.1--hdfd78af_2' }" + + input: + tuple val(meta), val(snpeff_db) + + output: + tuple val(meta), path('snpeff_cache'), emit: cache + path "versions.yml" , emit: versions + + when: + task.ext.when == null || task.ext.when + + script: + def args = task.ext.args ?: '' + def avail_mem = 6144 + if (!task.memory) { + log.info '[snpEff] Available memory not known - defaulting to 6GB. Specify process memory requirements to change this.' + } else { + avail_mem = (task.memory.mega*0.8).intValue() + } + """ + snpEff \\ + -Xmx${avail_mem}M \\ + download ${snpeff_db} \\ + -dataDir \${PWD}/snpeff_cache \\ + ${args} + + + cat <<-END_VERSIONS > versions.yml + "${task.process}": + snpeff: \$(echo \$(snpEff -version 2>&1) | cut -f 2 -d ' ') + END_VERSIONS + """ + + stub: + """ + mkdir -p snpeff_cache/${snpeff_db} + + touch snpeff_cache/${snpeff_db}/sequence.I.bin + touch snpeff_cache/${snpeff_db}/sequence.bin + + cat <<-END_VERSIONS > versions.yml + "${task.process}": + snpeff: \$(echo \$(snpEff -version 2>&1) | cut -f 2 -d ' ') + END_VERSIONS + """ +} diff --git a/modules/nf-core/snpeff/download/meta.yml b/modules/nf-core/snpeff/download/meta.yml new file mode 100644 index 00000000..a3211fc7 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/download/meta.yml @@ -0,0 +1,49 @@ +name: snpeff_download +description: Genetic variant annotation and functional effect prediction toolbox +keywords: + - annotation + - effect prediction + - snpeff + - variant + - vcf +tools: + - snpeff: + description: | + SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. + It annotates and predicts the effects of genetic variants on genes and proteins (such as amino acid changes). + homepage: https://pcingola.github.io/SnpEff/ + documentation: https://pcingola.github.io/SnpEff/se_introduction/ + licence: ["MIT"] + identifier: biotools:snpeff +input: + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. [ id:'test', single_end:false ] + - genome: + type: file + description: Reference genome in FASTA format + pattern: "*.{fasta,fna,fa}" + - cache_version: + type: string + description: Version of the snpEff cache to download +output: + - cache: + - meta: + type: file + description: | + snpEff cache + - snpeff_cache: + type: file + description: | + snpEff cache + - versions: + - versions.yml: + type: file + description: File containing software versions + pattern: "versions.yml" +authors: + - "@maxulysse" +maintainers: + - "@maxulysse" diff --git a/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test new file mode 100644 index 00000000..ef547c6f --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test @@ -0,0 +1,51 @@ + +nextflow_process { + + name "Test Process SNPEFF_DOWNLOAD" + script "../main.nf" + process "SNPEFF_DOWNLOAD" + + tag "modules" + tag "modules_nfcore" + tag "snpeff" + tag "snpeff/download" + + test("test-snpeff-download") { + + when { + process { + """ + input[0] = [ [ id:"WBcel235.105" ], "WBcel235.105" ] + + """ + } + } + + then { + assertAll( + { assert process.success }, + { assert snapshot(process.out).match() } + ) + } + } + + test("test-snpeff-download-stub") { + options '-stub' + when { + process { + """ + input[0] = [ [ id:"WBcel235.105" ], "WBcel235.105" ] + + """ + } + } + + then { + assertAll( + { assert process.success }, + { assert snapshot(process.out).match() } + ) + } + } + +} diff --git a/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test.snap b/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test.snap new file mode 100644 index 00000000..5bccdd8a --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/download/tests/main.nf.test.snap @@ -0,0 +1,100 @@ +{ + "test-snpeff-download-stub": { + "content": [ + { + "0": [ + [ + { + "id": "WBcel235.105" + }, + [ + [ + "sequence.I.bin:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e", + "sequence.bin:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" + ] + ] + ] + ], + "1": [ + "versions.yml:md5,5fc7ed9f548eccf5fac9fdefc12ef56e" + ], + "cache": [ + [ + { + "id": "WBcel235.105" + }, + [ + [ + "sequence.I.bin:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e", + "sequence.bin:md5,d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e" + ] + ] + ] + ], + "versions": [ + "versions.yml:md5,5fc7ed9f548eccf5fac9fdefc12ef56e" + ] + } + ], + "meta": { + "nf-test": "0.8.4", + "nextflow": "24.04.4" + }, + "timestamp": "2024-09-19T12:48:45.183665736" + }, + "test-snpeff-download": { + "content": [ + { + "0": [ + [ + { + "id": "WBcel235.105" + }, + [ + [ + "sequence.I.bin:md5,2fd1694bd91cf7952cbad8cfed161e53", + "sequence.II.bin:md5,bacedbdea89508e108223767fa260a4c", + "sequence.III.bin:md5,444118a9fb9d0a03c37e86094d8e52a9", + "sequence.IV.bin:md5,ff756628faa0b71cd65495668c3d82b5", + "sequence.V.bin:md5,d6ad5476162ac45829f719dd4ee3f4e7", + "sequence.X.bin:md5,b79bec6cc8f96b8373dac56bab5d0a6c", + "sequence.bin:md5,ec2bc2ae81755ab90fcf1848bc7ce41f", + "snpEffectPredictor.bin:md5,1d99251d0405f0a42913ed8b5b2c2fa7" + ] + ] + ] + ], + "1": [ + "versions.yml:md5,5fc7ed9f548eccf5fac9fdefc12ef56e" + ], + "cache": [ + [ + { + "id": "WBcel235.105" + }, + [ + [ + "sequence.I.bin:md5,2fd1694bd91cf7952cbad8cfed161e53", + "sequence.II.bin:md5,bacedbdea89508e108223767fa260a4c", + "sequence.III.bin:md5,444118a9fb9d0a03c37e86094d8e52a9", + "sequence.IV.bin:md5,ff756628faa0b71cd65495668c3d82b5", + "sequence.V.bin:md5,d6ad5476162ac45829f719dd4ee3f4e7", + "sequence.X.bin:md5,b79bec6cc8f96b8373dac56bab5d0a6c", + "sequence.bin:md5,ec2bc2ae81755ab90fcf1848bc7ce41f", + "snpEffectPredictor.bin:md5,1d99251d0405f0a42913ed8b5b2c2fa7" + ] + ] + ] + ], + "versions": [ + "versions.yml:md5,5fc7ed9f548eccf5fac9fdefc12ef56e" + ] + } + ], + "meta": { + "nf-test": "0.8.4", + "nextflow": "24.04.4" + }, + "timestamp": "2024-08-29T14:27:47.123555" + } +} \ No newline at end of file diff --git a/modules/nf-core/snpeff/snpeff/environment.yml b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/environment.yml new file mode 100644 index 00000000..48236b6f --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/environment.yml @@ -0,0 +1,7 @@ +--- +# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json +channels: + - 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defaulting to 6GB. Specify process memory requirements to change this.' + } else { + avail_mem = (task.memory.mega*0.8).intValue() + } + def prefix = "joint" //task.ext.prefix ?: "${meta.id}" + def cache_command = cache ? "-dataDir \${PWD}/${cache}" : "" + """ + snpEff \\ + -Xmx${avail_mem}M \\ + $db \\ + $args \\ + -csvStats ${prefix}.csv \\ + $cache_command \\ + $vcf \\ + > ${prefix}.ann.vcf + + cat <<-END_VERSIONS > versions.yml + "${task.process}": + snpeff: \$(echo \$(snpEff -version 2>&1) | cut -f 2 -d ' ') + END_VERSIONS + """ + + stub: + def prefix = "" //task.ext.prefix ?: "${meta.id}" + """ + touch ${prefix}.ann.vcf + touch ${prefix}.csv + touch ${prefix}.html + touch ${prefix}.genes.txt + + cat <<-END_VERSIONS > versions.yml + "${task.process}": + snpeff: \$(echo \$(snpEff -version 2>&1) | cut -f 2 -d ' ') + END_VERSIONS + """ + +} diff --git a/modules/nf-core/snpeff/snpeff/meta.yml b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/meta.yml new file mode 100644 index 00000000..ef3d495a --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/meta.yml @@ -0,0 +1,90 @@ +name: snpeff_snpeff +description: Genetic variant annotation and functional effect prediction toolbox +keywords: + - annotation + - effect prediction + - snpeff + - variant + - vcf +tools: + - snpeff: + description: | + SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. + It annotates and predicts the effects of genetic variants on genes and proteins (such as amino acid changes). + homepage: https://pcingola.github.io/SnpEff/ + documentation: https://pcingola.github.io/SnpEff/se_introduction/ + licence: ["MIT"] + identifier: biotools:snpeff +input: + - - meta: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. [ id:'test', single_end:false ] + - vcf: + type: file + description: | + vcf to annotate + - - db: + type: string + description: | + which db to annotate with + - - meta2: + type: map + description: | + Groovy Map containing sample information + e.g. [ id:'test', single_end:false ] + - cache: + type: file + description: | + path to snpEff cache (optional) +output: + - vcf: + - meta: + type: file + description: | + annotated vcf + pattern: "*.ann.vcf" + - "*.ann.vcf": + type: file + description: | + annotated vcf + pattern: "*.ann.vcf" + - report: + - meta: + type: file + description: snpEff report csv file + pattern: "*.csv" + - "*.csv": + type: file + description: snpEff report csv file + pattern: "*.csv" + - summary_html: + - meta: + type: file + description: snpEff summary statistics in html file + pattern: "*.html" + - "*.html": + type: file + description: snpEff summary statistics in html file + pattern: "*.html" + - genes_txt: + - meta: + type: file + description: txt (tab separated) file having counts of the number of variants + affecting each transcript and gene + pattern: "*.genes.txt" + - "*.genes.txt": + type: file + description: txt (tab separated) file having counts of the number of variants + affecting each transcript and gene + pattern: "*.genes.txt" + - versions: + - versions.yml: + type: file + description: File containing software versions + pattern: "versions.yml" +authors: + - "@maxulysse" +maintainers: + - "@maxulysse" diff --git a/modules/nf-core/snpeff/snpeff/tests/main.nf.test b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/tests/main.nf.test new file mode 100644 index 00000000..661e9672 --- /dev/null +++ b/modules/nf-core/snpeff/snpeff/tests/main.nf.test @@ -0,0 +1,87 @@ +nextflow_process { + + name "Test Process SNPEFF_SNPEFF" + script "../main.nf" + process "SNPEFF_SNPEFF" + config "./nextflow.config" + tag "modules" + tag "modules_nfcore" + tag "modules_snpeff" + tag "snpeff" + tag "snpeff/download" + tag "snpeff/snpeff" + + test("test_SNPEFF_SNPEFF") { + + setup { + run("SNPEFF_DOWNLOAD") { + script "../../download/main.nf" + process { + """ + input[0] = Channel.of([[id:params.snpeff_db], params.snpeff_db]) + """ + } + } + } + + when { + process { + """ + input[0] = Channel.of([ + [ id:'test' ], // meta map + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/vcf/test.vcf', checkIfExists: true) + ]) + input[1] = params.snpeff_db + input[2] = SNPEFF_DOWNLOAD.out.cache + """ + } + } + + then { + assertAll( + { assert process.success }, + { assert path(process.out.report[0][1]).exists() }, + { assert path(process.out.summary_html[0][1]).exists() }, + { assert path(process.out.vcf[0][1]).exists() }, + { assert snapshot(process.out.genes_txt).match("genes_txt") }, + { assert snapshot(process.out.versions).match("versions") } + ) + } + } + + test("test_SNPEFF_SNPEFF - stub") { + + options "-stub" + + setup { + run("SNPEFF_DOWNLOAD") { + script "../../download/main.nf" + process { + """ + input[0] = Channel.of([[id:params.snpeff_db], params.snpeff_db]) + """ + } + } + } + + when { + process { + """ + input[0] = Channel.of([ + [ id:'test' ], // meta map + file(params.modules_testdata_base_path + 'genomics/sarscov2/illumina/vcf/test.vcf', checkIfExists: true) + ]) + input[1] = params.snpeff_db + input[2] = SNPEFF_DOWNLOAD.out.cache + """ + } + } + + then { + assertAll( + { assert process.success }, + { assert snapshot(process.out).match() }, + ) + } + } +} diff --git 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100644 index 00000000..945a0e3b Binary files /dev/null and b/resources/genome/NC_002945v4.fa.pac differ diff --git a/resources/genome/NC_002945v4.fa.sa b/resources/genome/NC_002945v4.fa.sa new file mode 100644 index 00000000..2eba15c2 Binary files /dev/null and b/resources/genome/NC_002945v4.fa.sa differ diff --git a/resources/genome/NC_002945v4.gb b/resources/genome/NC_002945v4.gb new file mode 100644 index 00000000..27bab335 --- /dev/null +++ b/resources/genome/NC_002945v4.gb @@ -0,0 +1,219092 @@ +LOCUS NC_002945 4349904 bp DNA circular BCT 25-MAY-2020 +DEFINITION Mycobacterium bovis AF2122/97 genome assembly, chromosome: + Mycobacterium_bovis_AF212297. +ACCESSION NC_002945 +VERSION NC_002945v4 +DBLINK BioProject: PRJEB15187 + BioSample: SAMEA20450668 +KEYWORDS . +SOURCE Mycobacterium tuberculosis variant bovis AF2122/97 + ORGANISM Mycobacterium tuberculosis variant bovis AF2122/97 + Bacteria; Actinobacteria; Corynebacteriales; Mycobacteriaceae; + Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex. +REFERENCE 1 + AUTHORS Malone,K.M. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (06-DEC-2016) School of Veterinary Medicine, Tuberculosis + Molecular Microbiology Research Group, University College Dublin, + Tuberculosis Molecular Microbiology Research Group, School of + Veterinary Medicine, University College Dublin, D4, Ireland +REFERENCE 2 + AUTHORS Malone M,K., Farrell,D. and Malone,K. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (15-APR-2020) School of Veterinary Medicine, Tuberculosis + Molecular Microbiology Research Group, University College Dublin, + Tuberculosis Molecular Microbiology Research Group, School of + Veterinary Medicine, University College Dublin, D4, Ireland +COMMENT On Jan 31, 2017 this sequence version replaced BX248333.1. +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..4349904 + /organism="Mycobacterium tuberculosis variant bovis + AF2122/97" + /mol_type="genomic DNA" + /isolate="AF2122/97" + /isolation_source="Mycobacterium bovis subsp. bovis strain + AF2122/97. This strain is a fully virulent strain that was + isolated in 1997 in the UK from a cow suffering necrotic + lesions in lung and bronchomediastinal lymph nodes. The + strain was also reported to infect and persist in badgers + that are considered to be a significant source of bovine + infection." + /db_xref="taxon:233413" + /chromosome="Mycobacterium_bovis_AF212297" + gene 1..1524 + /gene="dnaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0001" + CDS 1..1524 + /gene="dnaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0001" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0001, dnaA, len: 507 aa. Equivalent to Rv0001, + len: 507 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 507 aa overlap). dnaA, chromosomal + replication initiator protein (see citations below), + equivalent to other Mycobacterial CHROMOSOMAL REPLICATION + INITIATOR PROTEINS e.g. P46388|DNAA_MYCLE from + Mycobacterium leprae (502 aa); Q9L7L7|DNAA_MYCPA from + Mycobacterium paratuberculosis (509 aa); P49990|DNAA_MYCAV + from Mycobacterium avium (508 aa); P49992|DNAA_MYCSM from + Mycobacterium smegmatis (504 aa); etc. Also highly similar + to others except in N-terminus e.g. Q9ZH75|DNAA_STRCH + CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN from + Streptomyces chrysomallus (624 aa); Q9ZH76|DNAA_STRRE from + Streptomyces reticuli (643 aa); DNAA_ECOLI|P03004|B3702 + chromosomal replication initiator protein from Escherichia + coli strain K12 (467 aa), FASTA scores: opt: 986, E(): 0, + (43.2% identity in 389 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS01008 DnaA + protein signature. BELONGS TO THE DNAA FAMILY. Note that + the first base of this gene has been taken as base 1 of + the Mycobacterium bovis genomic sequence. Protein product + from Mb0001 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0001 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA" + /protein_id="SIT98333.1" + /db_xref="GOA:P49991" + /db_xref="InterPro:IPR001957" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR010921" + /db_xref="InterPro:IPR013159" + /db_xref="InterPro:IPR013317" + /db_xref="InterPro:IPR018312" + /db_xref="InterPro:IPR020591" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P49991" + /translation="MTDDPGSGFTTVWNAVVSELNGDPKVDDGPSSDANLSAPLTPQQ + RAWLNLVQPLTIVEGFALLSVPSSFVQNEIERHLRAPITDALSRRLGHQIQLGVRIAP + PATDEADDTTVPPSENPATTSPDTTTDNDEIDDSAAARGDNQHSWPSYFTERPRNTDS + ATAGVTSLNRRYTFDTFVIGASNRFAHAAALAIAEAPARAYNPLFIWGESGLGKTHLL + HAAGNYAQRLFPGMRVKYVSTEEFTNDFINSLRDDRKVAFKRSYRDVDVLLVDDIQFI + EGKEGIQEEFFHTFNTLHNANKQIVISSDRPPKQLATLEDRLRTRFEWGLITDVQPPE + LETRIAILRKKAQMERLAIPDDVLELIASSIERNIRELEGALIRVTAFASLNKTPIDK + ALAEIVLRDLIADANTMQISAATIMAATAEYFDTTVEELRGPGKTRALAQSRQIAMYL + CRELTDLSLPKIGQAFGRDHTTVMYAQRKILSEMAERREVFDHVKELTTRIRQRSKR" + gene 2052..3260 + /gene="dnaN" + /locus_tag="BQ2027_MB0002" + CDS 2052..3260 + /gene="dnaN" + /locus_tag="BQ2027_MB0002" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0002, dnaN, len: 402 aa. Equivalent to Rv0002, + len: 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 402 aa overlap). dnaN, DNA polymerase + III (beta chain) (EC 2.7.7.7) (see citations below), + equivalent to other Mycobacterial DNA POLYMERASES III BETA + CHAIN e.g. NP_301130.1|NC_002677 from Mycobacterium leprae + (399 aa); Q9L7L6|DP3B_MYCPA from Mycobacterium avium + subsp. paratuberculosis (399 aa); P52851|DP3B_MYCSM from + Mycobacterium smegmatis (397 aa); etc. Also highly similar + to others e.g. P27903|DP3B_STRCO DNA POLYMERASE III BETA + CHAIN from Streptomyces coelicolor (376 aa), FASTA scores: + opt: 1189, E(): 0, (52.8% identity in 337 aa overlap); + P21174|DP3B_MICLU from Micrococcus luteus (310 aa); + P52023|DP3B_SYNP7 from Synechococcus sp. strain PCC 7942 + (375 aa); etc. Overlaps and extends CDS in neighbouring + cosmid MTCY10H4.01. Protein product from Mb0002 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0002 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA POLYMERASE III (BETA CHAIN) DNAN (DNA + NUCLEOTIDYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIT98337.1" + /db_xref="GOA:O33914" + /db_xref="InterPro:IPR001001" + /db_xref="InterPro:IPR022634" + /db_xref="InterPro:IPR022635" + /db_xref="InterPro:IPR022637" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O33914" + /translation="MDAATTRVGLTDLTFRLLRESFADAVSWVAKNLPARPAVPVLSG + VLLTGSDNGLTISGFDYEVSAEAQVGAEIVSPGSVLVSGRLLSDITRALPNKPVGVHV + EGNRVALTCGNARFSLPTMPVEDYPTLPTLPEETGLLPAELFAEAISQVAIAAGRDDT + LPMLTGIRVEILGETVVLAATDRFRLAVRELKWSASSPDIEAAVLVPAKTLAEAAKAG + IGGSDVRLSLGTGPGVGKDGLLGISGNGKRSTTRLLDAEFPKFRQLLPTEHTAVATMD + VAELIEAIKLVALVADRGAQVRMEFADGSVRLSAGADDVGRAEEDLVVDYAGEPLTIA + FNPTYLTDGLSSLRSERVSFGFTTAGKPALLRPVSGDDRPVAGLNGNGPFPAVSTDYV + YLLMPVRLPG" + gene 3280..4437 + /gene="recF" + /locus_tag="BQ2027_MB0003" + CDS 3280..4437 + /gene="recF" + /locus_tag="BQ2027_MB0003" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0003, recF, len: 385 aa. Equivalent to Rv0003, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 385 aa overlap). recF, DNA replication + and repair protein (see citations below), equivalent to + others Mycobacterial DNA replication and repair proteins + e.g. NP_301131.1|NC_002677 from Mycobacterium leprae (385 + aa); Q9L7L5|RECF_MYCPA from Mycobacterium avium subsp. + paratuberculosis (385 aa); P50916|RECF_MYCSM from + Mycobacterium smegmatis (384 aa); etc. Also highly similar + to others e.g. P36176|RECF_STRCO DNA REPLICATION AND + REPAIR PROTEIN from Streptomyces coelicolor (373 aa); + NP_440892.1|NC_000911 from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (384 aa); NP_469352.1|NC_003212 from Listeria innocua + (370 aa); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop), PS00617 RecF protein signature 1, and PS00618 + RecF protein signature 2. BELONGS TO THE RECF FAMILY. + Protein product from Mb0003 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0003 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA REPLICATION AND REPAIR PROTEIN RECF + (SINGLE-STRAND DNA BINDING PROTEIN)" + /protein_id="SIT98339.1" + /db_xref="GOA:Q7U314" + /db_xref="InterPro:IPR001238" + /db_xref="InterPro:IPR003395" + /db_xref="InterPro:IPR018078" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR042174" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U314" + /translation="MYVRHLGLRDFRSWACVDLELHPGRTVFVGPNGYGKTNLIEALW + YSTTLGSHRVSADLPLIRVGTDRAVISTIVVNDGRECAVDLEIATGRVNKARLNRSSV + RSTRDVVGVLRAVLFAPEDLGLVRGDPADRRRYLDDLAIVRRPAIAAVRAEYERVVRQ + RTALLKSVPGARYRGDRGVFDTLEVWDSRLAEHGAELVAARIDLVNQLAPEVKKAYQL + LAPESRSASIGYRASMDVTGPSEQSDTDRQLLAARLLAALAARRDAELERGVCLVGPH + RDDLILRLGDQPAKGFASHGEAWSLAVALRLAAYQLLRVDGGEPVLLLDDVFAELDVM + RRRALATAAESAEQVLVTAAVLEDIPAGWDARRVHIDVRADDTGSMSVVLP" + gene 4434..4997 + /locus_tag="BQ2027_MB0004" + CDS 4434..4997 + /locus_tag="BQ2027_MB0004" + /note="Mb0004, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv0004, len: + 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 187 aa overlap). Conserved hypothetical + protein (see citation below), highly similar, but longer + 21 aa in N-terminus, to AAF33696.1|AF222789 unknown + protein from Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis + (166 aa); and highly similar to NP_301132.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (189 aa); S70990 hypothetical protein from Mycobacterium + smegmatis (194 aa). Also similar to in C-terminus to + C-terminal part of P35925|YREG_STRCO HYPOTHETICAL 19.8 KDA + PROTEIN (IN RECF-GYRB INTERGENIC REGION) from Streptomyces + coelicolor (190 aa), FASTA scores: opt: 404, E(): 3.9e-18, + (40.7% identity in 189 aa overlap). Mb0004 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Zn-ribbon-containing, possibly RNA-binding + protein and truncated derivatives" + /protein_id="SIT98341.1" + /db_xref="InterPro:IPR007922" + /db_xref="InterPro:IPR023007" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U313" + /translation="MTGSVDRPDQNRGERLMKSPGLDLVRRTLDEARAAARARGQDAG + RGRVASVASGRVAGRRRSWSGPGPDIRDPQPLGKAARELAKKRGWSVRVAEGMVLGQW + SAVVGHQIAEHARPTALNDGVLSVIAESTAWATQLRIMQAQLLAKIAAAVGNDVVRSL + KITGPAAPSWRKGPRHIAGRGPRDTYG" + gene 5123..7267 + /gene="gyrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0005" + CDS 5123..7267 + /gene="gyrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0005" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0005, gyrB, len: 714 aa. Equivalent to Rv0005, + len: 714 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 714 aa overlap). gyrB, DNA gyrase + subunit B (EC 5.99.1.3) (see citations below), equivalent, + except in N-terminus, to other Mycobacterial DNA GYRASES + SUBUNIT B e.g. T10005 from Mycobacterium leprae (697 aa); + Q9L7L3|GYRB_MYCPA from Mycobacterium avium subsp. + paratuberculosis (677 aa) (has its N-terminus shorter); + P48355|GYRB_MYCSM from Mycobacterium smegmatis (675 aa); + etc. Also highly similar to others e.g. T10969 from + Streptomyces coelicolor (686 aa); P50075|GYBS_STRSH from + Streptomyces spheroides (684 aa); etc. Contains PS00177 + DNA topoisomerase II signature. BELONGS TO THE TYPE II + TOPOISOMERASE FAMILY. Protein product from Mb0005 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0005 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA GYRASE (SUBUNIT B) GYRB (DNA TOPOISOMERASE + (ATP-HYDROLYSING)) (DNA TOPOISOMERASE II) (TYPE II DNA + TOPOISOMERASE)" + /protein_id="SIT98343.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU15" + /db_xref="InterPro:IPR001241" + /db_xref="InterPro:IPR002288" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR006171" + /db_xref="InterPro:IPR011557" + /db_xref="InterPro:IPR013506" + /db_xref="InterPro:IPR013759" + /db_xref="InterPro:IPR013760" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR018522" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR034160" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU15" + /translation="MGKNEARRSALAPDHGTVVCDPLRRLNRMHATPEESIRIVAAQK + KKAQDEYGAASITILEGLEAVRKRPGMYIGSTGERGLHHLIWEVVDNAVDEAMAGYAT + TVNVVLLEDGGVEVADDGRGIPVATHASGIPTVDVVMTQLHAGGKFDSDAYAISGGLH + GVGVSVVNALSTRLEVEIKRDGYEWSQVYEKSEPLGLKQGAPTKKTGSTVRFWADPAV + FETTEYDFETVARRLQEMAFLNKGLTINLTDERVTQDEVVDEVVSDVAEAPKSASERA + AESTAPHKVKSRTFHYPGGLVDFVKHINRTKNAIHSSIVDFSGKGTGHEVEIAMQWNA + GYSESVHTFANTINTHEGGTHEEGFRSALTSVVNKYAKDRKLLKDKDPNLTGDDIREG + LAAVISVKVSEPQFEGQTKTKLGNTEVKSFVQKVCNEQLTHWFEANPTDSKVVVNKAV + SSAQARIAARKARELVRRKSATDIGGLPGKLADCRSTDPRKSELYVVEGDSAGGSAKS + GRDSMFQAILPLRGKIINVEKARIDRVLKNTEVQAIITALGTGIHDEFDIGKLRYHKI + VLMADADVDGQHISTLLLTLLFRFMRPLIENGHVFLAQPPLYKLKWQRSDPEFAYSDR + ERDGLLEAGLKAGKKINKEDGIQRYKGLGEMDAKELWETTMDPSVRVLRQVTLDDAAA + ADELFSILMGEDVDARRSFITRNAKDVRFLDV" + gene 7302..9818 + /gene="gyrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0006" + CDS 7302..9818 + /gene="gyrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0006" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0006, gyrA, len: 838 aa. Equivalent to Rv0006, + len: 838 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 838 aa overlap). gyrA, DNA gyrase + subunit A (EC 5.99.1.3) (see citations below), equivalent, + except in N-terminus, to other Mycobacterial DNA GYRASES + SUBUNIT A e.g. Q57532|GYRA_MYCLE|T10006 from Mycobacterium + leprae (1273 aa); P48354|GYRA_MYCSM from Mycobacterium + smegmatis (842 aa); etc. Also highly similar to others + e.g. P35885|GYRA_STRCO DNA GYRASE SUBUNIT A from + Streptomyces coelicolor (864 aa); NP_346654.1|NC_003030 + from Clostridium acetobutylicum (830 aa); + NP_387888.1|NC_000964 from Bacillus subtilis (821 aa); + etc. Contains PS00018 EF-hand calcium-binding domain. + Protein product from Mb0006 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0006 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA GYRASE (SUBUNIT A) GYRA (DNA TOPOISOMERASE + (ATP-HYDROLYSING)) (DNA TOPOISOMERASE II) (TYPE II DNA + TOPOISOMERASE)" + /protein_id="SIT98345.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU07" + /db_xref="InterPro:IPR002205" + /db_xref="InterPro:IPR005743" + /db_xref="InterPro:IPR006691" + /db_xref="InterPro:IPR013757" + /db_xref="InterPro:IPR013758" + /db_xref="InterPro:IPR013760" + /db_xref="InterPro:IPR035516" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU07" + /translation="MTDTTLPPDDSLDRIEPVDIQQEMQRSYIDYAMSVIVGRALPEV + RDGLKPVHRRVLYAMFDSGFRPDRSHAKSARSVAETMGNYHPHGDASIYDTLVRMAQP + WSLRYPLVDGQGNFGSPGNDPPAAMRYTEARLTPLAMEMLREIDEETVDFIPNYDGRV + QEPTVLPSRFPNLLANGSGGIAVGMATNIPPHNLRELADAVFWALENHDADEEETLAA + VMGRVKGPDFPTAGLIVGSQGTADAYKTGRGSIRMRGVVEVEEDSRGRTSLVITELPY + QVNHDNFITSIAEQVRDGKLAGISNIEDQSSDRVGLRIVIEIKRDAVAKVVINNLYKH + TQLQTSFGANMLAIVDGVPRTLRLDQLIRYYVDHQLDVIVRRTTYRLRKANERAHILR + GLVKALDALDEVIALIRASETVDIARAGLIELLDIDEIQAQAILDMQLRRLAALERQR + IIDDLAKIEAEIADLEDILAKPERQRGIVRDELAEIVDRHGDDRRTRIIAADGDVSDE + DLIAREDVVVTITETGYAKRTKTDLYRSQKRGGKGVQGAGLKQDDIVAHFFVCSTHDL + ILFFTTQGRVYRAKAYDLPEASRTARGQHVANLLAFQPEERIAQVIQIRGYTDAPYLV + LATRNGLVKKSKLTAFDSNRSGGIVAVNLRDNDELVGAVLCSADDDLLLVSANGQSIR + FSATDEALRPMGRATSGVQGMRFNIDDRLLSLNVVREGTYLLVATSGGYAKRTAIEEY + PVQGRGGKGVLTVMYDRRRGRLVGALIVDDDSELYAVTSGGGVIRTAARQVRKAGRQT + KGVRLMNLGEGDTLLAIARNAEESGDDNAVDANGADQTGN" + gene 9914..10828 + /locus_tag="BQ2027_MB0007" + CDS 9914..10828 + /locus_tag="BQ2027_MB0007" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0007, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv0007, len: + 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 304 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, highly similar to Z70722|MLCB1770_7 from + Mycobacterium leprae (303 aa), FASTA scores: opt: 812, + E(): 1.6e-25, (54.2% identity in 319 aa overlap). + C-terminal part highly similar to C-terminus of + CAB92992.1|AL357152 putative integral membrane protein + from Streptomyces coelicolor (185 aa); and N-terminal part + highly similar to C-terminus of NP_302684.1|NC_002677 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (123 aa). + Protein product from Mb0007 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0007 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98347.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW78" + /db_xref="InterPro:IPR021949" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW78" + /translation="MTAPNEPGALSKGDGPNADGLVDRGGAHRAATGPGRIPDAGDPP + PWQRAATRQSQAGHRQPPPVSHPEGRPTNPPAAADARLNRFISGASAPVTGPAAAVRT + PQPDPDASLGCGDGSPAEAYASELPDLSGPTPRAPQRNPAPARPAEGGAGSRGDSAAG + SSGGRSITAESRDARVQLSARRSRGPVRASMQIRRIDPWSTLKVSLLLSVALFFVWMI + TVAFLYLVLGGMGVWAKLNSNVGDLLNNASGSSAELVSSGTIFGGAFLIGLVNVVLMT + ALATIGAFVYNLITDLIGGIEVTLADRD" + gene 10887..10960 + /locus_tag="BQ2027_ILET" + tRNA 10887..10960 + /locus_tag="BQ2027_ILET" + /product="tRNA-Ile" + /note="ileT, len: 74 nt. Equivalent to ileT, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Ile, anticodon gat." + gene 11112..11184 + /locus_tag="BQ2027_ALAT" + tRNA 11112..11184 + /locus_tag="BQ2027_ALAT" + /product="tRNA-Ala" + /note="alaT, len: 73 nt. Equivalent to alaT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Ala, anticodon tgc." + gene complement(11874..12311) + /locus_tag="BQ2027_MB0008C" + CDS complement(11874..12311) + /locus_tag="BQ2027_MB0008C" + /note="Mb0008c, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv0008c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Possible membrane + protein. Protein product from Mb0008c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0008c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98350.1" + /db_xref="GOA:P59977" + /db_xref="InterPro:IPR024245" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59977" + /translation="MSEQVETRLTPRERLTRGLAYSAVGPVDVTRGLLELGVGLGLQS + ARSTAAGLRRRYREGRLAREVAAAQETLAQELTAAQDVVANLPQALQDARTQRRSKHH + LWIFAGIAAAILAGGAVAFSIVRRSSRPEPSPRPPSVEVQPRP" + gene 12468..13016 + /gene="ppiA" + /locus_tag="BQ2027_MB0009" + CDS 12468..13016 + /gene="ppiA" + /locus_tag="BQ2027_MB0009" + /standard_name="cfp22" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0009, ppiA, len: 182 aa. Equivalent to Rv0009, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Probable ppiA + (alternate gene name: cfp22), iron-regulated + peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A (EC 5.2.1.8), + equivalent to NP_301138.1|NC_002677 putative + peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Mycobacterium + leprae (182 aa), FASTA score: (90.1% identity in 182 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. T36725 from + Streptomyces coelicolor (177 aa); T43805 from + Halobacterium salinarum (180 aa); NP_219383.1|NC_000919 + from Treponema pallidum (215 aa); etc. BELONGS TO THE + CYCLOPHILIN-TYPE PPIASE FAMILY. Alternative start codon + has been suggested. Protein product from Mb0009 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0009 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE IRON-REGULATED PEPTIDYL-PROLYL + CIS-TRANS ISOMERASE A PPIA (PPIase A) (ROTAMASE A)" + /protein_id="SIT98352.1" + /db_xref="GOA:P65763" + /db_xref="InterPro:IPR002130" + /db_xref="InterPro:IPR020892" + /db_xref="InterPro:IPR024936" + /db_xref="InterPro:IPR029000" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65763" + /translation="MADCDSVTNSPLATATATLHTNRGDIKIALFGNHAPKTVANFVG + LAQGTKDYSTQNASGGPSGPFYDGAVFHRVIQGFMIQGGDPTGTGRGGPGYKFADEFH + PELQFDKPYLLAMANAGPGTNGSQFFITVGKTPHLNRRHTIFGEVIDAESQRVVEAIS + KTATDGNDRPTDPVVIESITIS" + gene complement(13222..13557) + /locus_tag="BQ2027_MB0010C" + CDS complement(13222..13557) + /locus_tag="BQ2027_MB0010C" + /note="Mb0010c, -, len: 111 aa. Equivalent to Rv0010c, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to NP_301139.1|NC_002677 + putative membrane protein from Mycobacterium leprae (137 + aa); and similar to Rv1417|P71686|YE17_MYCTU HYPOTHETICAL + 16.4 KD PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (154 aa), + FASTA scores: opt: 121, E(): 0.097, (29.6% identity in 81 + aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (g-*) leads to + a shorter product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (111 aa versus 141 aa). Mb0010c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98354.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XUN1" + /db_xref="InterPro:IPR019692" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUN1" + /translation="MQQTAWAPRTSGIAGCGAGGVVMAIASVTLVTDTPGRVLTGVAA + LGLILFASATWRARPRLAITPDGLAIRGWFRTQLLRHSNIKIIRIDEFRRYGRLVRLL + EIETVSGGC" + gene complement(13713..13994) + /locus_tag="BQ2027_MB0011C" + CDS complement(13713..13994) + /locus_tag="BQ2027_MB0011C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0011c, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv0011c, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to NP_301140.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (93 aa); and similar to AL079308|SCH69_24 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (84 aa), FASTA + scores: opt: 135, E(): 0.0068, (32.6% identity in 92 aa + overlap). Protein product from Mb0011c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0011c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98356.1" + /db_xref="GOA:P67377" + /db_xref="InterPro:IPR009619" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67377" + /translation="MPKSKVRKKNDFTVSAVSRTPMKVKVGPSSVWFVSLFIGLMLIG + LIWLMVFQLAAIGSQAPTALNWMAQLGPWNYAIAFAFMITGLLLTMRWH" + gene 14088..14876 + /locus_tag="BQ2027_MB0012" + CDS 14088..14876 + /locus_tag="BQ2027_MB0012" + /note="Mb0012, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv0012, len: + 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (99.2% identity in 262 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, similar to AL079308|SCH69_23|T36722 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (237 + aa), FASTA scores: opt: 506, E(): 1.9e-25, (39.8% identity + in 236 aa overlap). Some similarity to BLU0|1958_35A2 + DIVIB (fragment) (188 aa), FASTA scores: opt: 204, E(): + 8.9e-07, (35.6% identity in 90 aa overlap); and + G1129091|DDS cell division and sporulation protein from + Bacillus subtilis (231 aa), FASTA scores: opt: 180, E(): + 3.8e-05, (30.7% identity in 101 aa overlap). Also similar + to Rv1823|MTCY1A11_20 from Mycobacterium tuberculosis + FASTA score: (30.1% identity in 246 aa overlap); and + MTCY1A11_18 FASTA score: (25.5% identity in 235 aa + overlap). Contains probable N-terminal signal sequence. + Protein product from Mb0012 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0012 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98357.1" + /db_xref="InterPro:IPR010273" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU20" + /translation="MRLTHPTPCPENGETMIDRRRSAWRFSVPLVCLLAGLLLAATHG + VSGGTEIRRSDAPRLVDLVRRAQASVNRLATEREALTTRIDSVHGRSVDTALAAMQRR + SAELAGVAAMNPVHGPGLVVTLQDAQRDANGRFPRDASPDDLVVHQQDIEAVLNALWN + AGAEAIQMQDQRIIAMSIARCVGNTLLLNGRTYSPPYTIAAIGDAAAMQAALAAAPLV + TLYKQYVVRFGLGYREEVHPDLQIVGYADPVRMHFAQPAGPLDY" + gene 14913..15611 + /gene="trpG" + /locus_tag="BQ2027_MB0013" + CDS 14913..15611 + /gene="trpG" + /locus_tag="BQ2027_MB0013" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0013, trpG, len: 232 aa. Equivalent to Rv0013, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 232 aa overlap). Possible trpG, + anthranilate synthase component II (glutamine + amidotransferase) (EC 4.1.3.27), equivalent to + NP_301141.1|NC_002677 putative p-aminobenzoate synthase + glutamine amidotransferase from Mycobacterium leprae (232 + aa). Also highly similar to others e.g. P26922|TRPG_AZOBR + Anthranilate synthase component II from Azospirillum + brasilense (196 aa), FASTA scores: opt: 703, E(): 8.6e-40, + (56.7% identity in 187 aa overlap); T36720 probable + glutamine amidotransferase from Streptomyces coelicolor + (212 aa); T44524 anthranilate synthase from Nitrosomonas + europaea (199 aa); etc. Also similar to E235740 + para-aminobenzoate synthase (232 aa), FASTA scores: opt: + 1273, E(): 0, (79.7% identity in 232 aa overlap). Contains + PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site; and PS00442 + Glutamine amidotransferases class-I active site. + SIMILARITY TO OTHER TYPE-1 GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE + DOMAINS. Note that previously known as pabA. Protein + product from Mb0013 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0013 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II TRPG + (GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIT98358.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU22" + /db_xref="InterPro:IPR006221" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU22" + /translation="MRILVVDNYDSFVFNLVQYLGQLGIEAEVWRNDDHRLSDEAAVA + GQFDGVLLSPGPGTPERAGASVSMVHACAAAHTPLLGVCLGHQAIGVAFGATVDRAPE + LLHGKTSSVFHTNVGVLQGLPDPFTATRYHSLTILPKSLPAVLRVTARTSSGVIMAVQ + HTGLPIHGVQFHPESILTEGGHRILANWLTCCGWTQDDTLVRRLENEVLTAISPHFPT + STASAGEATGRTSA" + gene complement(15589..17469) + /gene="pknB" + /locus_tag="BQ2027_MB0014C" + CDS complement(15589..17469) + /gene="pknB" + /locus_tag="BQ2027_MB0014C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0014c, pknB, len: 626 aa. Equivalent to Rv0014c, + len: 626 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 626 aa overlap). pknB, transmembrane + serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) (see + citations below), equivalent to MLCB1770_9|T10009 probable + serine/threonine-specific protein kinase from + Mycobacterium leprae (622 aa), FASTA scores: opt: 3600, + E(): 0, (86.4% identity in 626 aa overlap). Also similar + (highly similar in N-terminus) to others e.g. T36717 from + Streptomyces coelicolor (673 aa); NP_389459.1|NC_000964 + from Bacillus subtilis (648 aa); NP_465345.1|NC_003210 + from Listeria monocytogenes (655 aa); E235741 protein + kinase pknB (315 aa), FASTA scores: opt: 1839, E(): 0, + (90.8 identity in 305 aa overlap); etc. Contains PS00107 + Protein kinases ATP-binding region signature, and PS00108 + Serine/Threonine protein kinases active-site signature. + Contains Hank's kinase subdomain. BELONGS TO THE SER/THR + FAMILY OF PROTEIN KINASES. Experimental studies show + evidence of auto-phosphorylation on serine/threonine + residues. Protein product from Mb0014c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0014c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE B + PKNB (PROTEIN KINASE B) (STPK B)" + /protein_id="SIT98359.1" + /db_xref="GOA:P0A5S5" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR005543" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5S5" + /translation="MTTPSHLSDRYELGEILGFGGMSEVHLARDLRLHRDVAVKVLRA + DLARDPSFYLRFRREAQNAAALNHPAIVAVYDTGEAETPAGPLPYIVMEYVDGVTLRD + IVHTEGPMTPKRAIEVIADACQALNFSHQNGIIHRDVKPANIMISATNAVKVMDFGIA + RAIADSGNSVTQTAAVIGTAQYLSPEQARGDSVDARSDVYSLGCVLYEVLTGEPPFTG + DSPVSVAYQHVREDPIPPSARHEGLSADLDAVVLKALAKNPENRYQTAAEMRADLVRV + HNGEPPEAPKVLTDAERTSLLSSAAGNLSGPRTDPLPRQDLDDTDRDRSIGSVGRWVA + VVAVLAVLTVVVTIAINTFGGITRDVQVPDVRGQSSADAIATLQNRGFKIRTLQKPDS + TIPPDHVIGTDPAANTSVSAGDEITVNVSTGPEQREIPDVSTLTYAEAVKKLTAAGFG + RFKQANSPSTPELVGKVIGTNPPANQTSAITNVVIIIVGSGPATKDIPDVAGQTVDVA + QKNLNVYGFTKFSQASVDSPRPAGEVTGTNPPAGTTVPVDSVIELQVSKGNQFVMPDL + SGMFWVDAEPRLRALGWTGMLDKGADVDAGGSQHNRVVYQNPPAGTGVNRDGIITLRF + GQ" + gene complement(17466..18761) + /gene="pknA" + /locus_tag="BQ2027_MB0015C" + CDS complement(17466..18761) + /gene="pknA" + /locus_tag="BQ2027_MB0015C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0015c, pknA, len: 431 aa. Equivalent to Rv0015c, + len: 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 431 aa overlap). pknA, transmembrane + serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-), + magnesium/manganese dependent (see citations below), + equivalent to MLCB1770_10|NP_301143.1|NC_002677 putative + serine/threonine protein kinase from Mycobacterium leprae + (437 aa), FASTA scores: opt: 1883, E(): 0, (72.1% identity + in 434 aa overlap). And also highly similar to other + kinases from Mycobacterium leprae e.g. MLCB1770_10 from + Mycobacterium leprae (437 aa). Also similar to PKNA_MYCLE + protein kinase (253 aa), FASTA scores: opt: 1525, E(): 0, + (95.0% identity in 242 aa overlap); etc. Also highly + similar in part to others e.g. N-terminus of + NP_243370.1|NC_002570 from Bacillus halodurans (664 aa); + N-terminus of T36717 from Streptomyces coelicolor (673 + aa); etc. Also similar to others from Mycobacterium + tuberculosis: MTCY10H4_15, MTV021_9, MTCY28_5, + MTCY4C12_28, MTCY50_16, MTCY8D9_8, MTCY49_28, MTCY4C12_30, + MTCY28_9, etc. Contains PS00108 Serine/Threonine protein + kinases active-site signature. Contains Hank's kinase + subdomain. BELONGS TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN + KINASES. It has been shown that sodium orthovanadate + inhibits the activity of the enzyme in vitro. Protein + product from Mb0015c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0015c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE A + PKNA (PROTEIN KINASE A) (STPK A)" + /protein_id="SIT98360.1" + /db_xref="GOA:P65727" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65727" + /translation="MSPRVGVTLSGRYRLQRLIATGGMGQVWEAVDNRLGRRVAVKVL + KSEFSSDPEFIERFRAEARTTAMLNHPGIASVHDYGESQMNGEGRTAYLVMELVNGEP + LNSVLKRTGRLSLRHALDMLEQTGRALQIAHAAGLVHRDVKPGNILITPTGQVKITDF + GIAKAVDAAPVTQTGMVMGTAQYIAPEQALGHDASPASDVYSLGVVGYEAVSGKRPFA + GDGALTVAMKHIKEPPPPLPPDLPPNVRELIEITLVKNPAMRYRSGGPFADAVAAVRA + GRRPPRPSQTPPPGRAAPAAIPSGTTARVAANSAGRTAASRRSRPATGGHRPPRRTFS + SGQRALLWAAGVLGALAIIIAVLLVIKAPGDNSPQQAPTPTVTTTGNPPASNTGGTDA + SPRLNWTERGETRHSGLQSWVVPPTPHSRASLARYEIAQ" + gene complement(18758..20233) + /gene="pbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0016C" + CDS complement(18758..20233) + /gene="pbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0016C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0016c, pbpA, len: 491 aa. Equivalent to Rv0016c, + len: 491 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 491 aa overlap). Probable pbpA, + penicillin-binding protein, equivalent to + NP_301144.1|NC_002677 putative penicillin-binding protein + from Mycobacterium leprae (492 aa); and highly similar to + MLCB1770_1 penicillin binding protein from Mycobacterium + leprae (474 aa), FASTA scores: opt: 2516, E(): 0, (82.4% + identity in 472 aa overlap). Also similar to others e.g. + T36716 from Streptomyces coelicolor (490 aa); + AAF61246.1|AF241575|PbpA from Streptomyces griseus (485 + aa); NP_347146.1|NC_003030 from Clostridium acetobutylicum + (482 aa); E235825|pbpA penicillin binding protein (325 + aa), FASTA scores: opt: 1618, E(): 0, (78.3% identity in + 323 aa overlap); etc. And also similar to MTCY270_5 and + MTV003_8 from Mycobacterium tuberculosis. Protein product + from Mb0016c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0016c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PENICILLIN-BINDING PROTEIN PBPA" + /protein_id="SIT98361.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU21" + /db_xref="InterPro:IPR001460" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU21" + /translation="MNASLRRISVTVMALIVLLLLNATMTQVFTADGLRADPRNQRVL + LDEYSRQRGQITAGGQLLAYSVATDGRFRFLRVYPNPEVYAPVTGFYSLRYSSTALER + AEDPILNGSDRRLFGRRLADFFTGRDPRGGNVDTTINPRIQQAGWDAMQQGCYGPCKG + AVVALEPSTGKILALVSSPSYDPNLLASHNPEVQAQAWQRLGDNPASPLTNRAISETY + PPGSTFKVITTAAALAAGATETEQLTAAPTIPLPGSTAQLENYGGAPCGDEPTVSLRE + AFVKSCNTAFVQLGIRTGADALRSMARAFGLDSPPRPTPLQVAESTVGPIPDSAALGM + TSIGQKDVALTPLANAEIAATIANGGITMRPYLVGSLKGPDLANISTTVGYQQRRAVS + PQVAAKLTELMVGAEKVAQQKGAIPGVQIASKTGTAEHGTDPRHTPPHAWYIAFAPAQ + APKVAVAVLVENGADRLSATGGALAAPIGRAVIEAALQGEP" + gene complement(20230..21639) + /gene="rodA" + /locus_tag="BQ2027_MB0017C" + CDS complement(20230..21639) + /gene="rodA" + /locus_tag="BQ2027_MB0017C" + /note="Mb0017c, rodA, len: 469 aa. Equivalent to Rv0017c, + len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 469 aa overlap). Probable rodA + (alternate gene name: ftsW), cell division protein, + integral membrane protein, equivalent to + MLCB1770_12|T10012 probable cell division protein from + Mycobacterium leprae (465 aa), FASTA scores: opt: 2475, + E(): 0, (81.9% identity in 469 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. T36715|SCH69.16 from Streptomyces + coelicolor (479 aa); NP_243432.1|NC_002570 from Bacillus + halodurans (366 aa); NP_347145.1|NC_003030 from + Clostridium acetobutylicum (400 aa); etc. Also similar to + MTCY270_14 from Mycobacterium tuberculosis FASTA score: + (32.2% identity in 369 aa overlap). BELONGS TO THE + FTSW/RODA/SPOVE FAMILY. Protein product from Mb0017c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0017c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CELL DIVISION PROTEIN RODA" + /protein_id="SIT98362.1" + /db_xref="GOA:P63761" + /db_xref="InterPro:IPR001182" + /db_xref="InterPro:IPR018365" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63761" + /translation="MTTRLQAPVAVTPPLPTRRNAELLLLCFAAVITFAALLVVQANQ + DQGVPWDLTSYGLAFLTLFGSAHLAIRRFAPYTDPLLLPVVALLNGLGLVMIHRLDLV + DNEIGEHRHPSANQQMLWTLVGVAAFALVVTFLKDHRQLARYGYICGLAGLVFLAVPA + LLPAALSEQNGAKIWIRLPGFSIQPAEFSKILLLIFFSAVLVAKRGLFTSAGKHLLGM + TLPRPRDLAPLLAAWVISVGVMVFEKDLGASLLLYTSFLVVVYLATQRFSWVVIGLTL + FAAGTLVAYFIFEHVRLRVQTWLDPFADPDGTGYQIVQSLFSFATGGIFGTGLGNGQP + DTVPAASTDFIIAAFGEELGLVGLTAILMLYTIVIIRGLRTAIATRDSFGKLLAAGLS + STLAIQLFIVVGGVTRLIPLTGLTTPWMSYGGSSLLANYILLAILARISHGARRPLRT + RPRNKSPITAAGTEVIERV" + gene complement(21636..23180) + /gene="pstp" + /locus_tag="BQ2027_MB0018C" + CDS complement(21636..23180) + /gene="pstp" + /locus_tag="BQ2027_MB0018C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0018c, ppp, len: 514 aa. Equivalent to Rv0018c, + len: 514 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 514 aa overlap). Possible ppp, + serine/threonine phosphatase (EC 3.1.3.16), equivalent to + MLCB1770_13|T10013 PUTATIVE PHOSPHOPROTEIN PHOSPHATASE + from Mycobacterium leprae (509 aa), FASTA scores: opt: + 2517, E(): 0. Also highly similar to others e.g. T36714 + probable protein phosphatase from Streptomyces coelicolor + (515 aa); CAA10712.1|AJ132604 pppL protein from + Lactococcus lactis (258 aa); NP_248765.1|NC_002516 + probable phosphoprotein phosphatase from Pseudomonas + aeruginosa (242 aa); etc. Also similar to BSUB0009_46 YLOO + PROTEIN from Bacillus subtilis (254 aa), FASTA score: + (34.0% identity in 250 aa overlap). Protein product from + Mb0018c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0018c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="phosphoserine/threonine phosphatase pstp" + /protein_id="SIT98363.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XV75" + /db_xref="InterPro:IPR001932" + /db_xref="InterPro:IPR015655" + /db_xref="InterPro:IPR036457" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XV75" + /translation="MALVTLVLRYAARSDRGLVRANNEDSVYAGARLLALADGMGGHA + AGEVASQLVIAALAHLDDDEPGGDLLAKLDAAVRAGNSAIAAQVEMEPDLEGMGTTLT + AILFAGNRLGLVHIGDSRGYLLRDGELTQITKDDTFVQTLVDEGRITPEEAHSHPQRS + LIMRALTGHEVEPTLTMREARAGDRYLLCSDGLSDPVSDETILEALQIPEVAESAHRL + IELALRGGGPDNVTVVVADVVDYDYGQTQPILAGAVSGDDDQLTLPNTAAGRASAISQ + RKEIVKRVPPQADTFSRPRWSGRRLAFVVALVTVLMTAGLLIGRAIIRSNYYVADYAG + SVSIMRGIQGSLLGMSLHQPYLMGCLSPRNELSQISYGQSGGPLDCHLMKLEDLRPPE + RAQVRAGLPAGTLDDAIGQLRELAANSLLPPCPAPRATSPPGRPAPPTTSETTEPNVT + SSPAAPSPTTSASAPTGTTPAIPTSASPAAPASPPTPWPVTSSPTMAALPPPPPQPGI + DCRAAA" + gene complement(23269..23736) + /gene="fhaB" + /locus_tag="BQ2027_MB0019C" + CDS complement(23269..23736) + /gene="fhaB" + /locus_tag="BQ2027_MB0019C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0019c, -, len: 155 aa. Equivalent to Rv0019c, + len: 155 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 155 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + MLCB1770_14|NP_301147.1|NC_002677 conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (155 aa), FASTA scores: + opt: 902, E(): 0, (91.0% identity in 155 aa overlap). Also + highly similar to T36713|AL079308|SCH69_14 from + Streptomyces coelicolor (172 aa), FASTA scores: opt: 389, + E(): 6e-21, (46.2% identity in 171 aa overlap); and + similar in C-terminus to others e.g. NP_342559.1|NC_002754 + Conserved hypothetical protein from Sulfolobus + solfataricus (209 aa); etc. C-terminus also highly similar + to C-terminal part of AAF07901.1|AF173844_2|AF173844 + putative signal transduction protein GarA from + Mycobacterium smegmatis (158 aa). Also similar to + Rv1827|MTCY 1A11.16c from Mycobacterium tuberculosis (162 + aa), FASTA score: (41.2% identity in 85 aa overlap); + MTMOAIS_3; MAU66560_1 and MLCB1788_15. Protein product + from Mb0019c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0019c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FHA-domain-containing protein" + /protein_id="SIT98364.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU87" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR032030" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU87" + /translation="MQGLVLQLTRAGFLMLLWVFIWSVLRILKTDIYAPTGAVMMRRG + LALRGTLLGARQRRHAARYLVVTEGALTGARITLSEQPVLIGRADDSTLVLTDDYAST + RHARLSMRGSEWYVEDLGSTNGTYLDRAKVTTAVRVPIGTPVRIGKTAIELRP" + gene complement(23860..25425) + /gene="fhaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0020C" + CDS complement(23860..25425) + /gene="fhaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0020C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0020c, TB39.8, len: 521 aa. Equivalent to + Rv0020c, len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.9% identity in 527 aa overlap). TB39.8, + conserved hypothetical protein, identified by proteomic + study by the Statens Serum Institute, Denmark (spot + TB39.8) (see citation below). Highly similar to + NP_301148.1|NC_002677 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (488 aa); and + Z70722|MLCB1770_15|T10015 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (463 aa), FASTA scores: opt: 1213, + E(): 2.2e-32, (72.3% identity in 506 aa overlap). + Alternative start codon in position 24979 has been + suggested. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 18 bp deletion leads to a shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (521 aa versus 527 aa). Protein product from + Mb0020c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0020c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00824290: FHA domain protein" + /protein_id="SIT98365.1" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR022128" + /db_xref="InterPro:IPR042287" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUP2" + /translation="MGSQKRLVQRVERKLEQTVGDAFARIFGGSIVPQEVEALLRREA + ADRIQSLQGNRLLAPNEYIITLGVHDFEKLGADPELKSTGFARDLADYIQEQGWQTYG + DVVVRFEQSSNLHTGQFRARGTVNPDVETHPPVIDCARPQSNHAFGAEPGVAPMSDNS + SYRGGQGQGRPDEYYDDRYARPQEDPRGGPDPQGGSDPRGGYPPETGGYPPQPGYPRP + RHPGQGDYPEQIGYPDQGGYPEQRGYPDQRGHQDQGRGYPDQGQGGYPPPYEQRPPVS + PGPAAGYGAPGYDQGYRQSGGCGPSPGGGQPGYGGYGEYGRGPARHEEGSYVPSGPPG + PPEQRPAYPDQGGYDQGYQQGATTYGRQDYGGGADYTRYTESPQVPGYAPQGGGYAEP + AGRDYDYGQSGAPDYGQPAPGGYSGYGQGGYGSAGTSVTLQLDDGSGRTYQLREGSNI + IGRGQDAQFRLPDTGVSRRHLEIRWDGQVALLADLNSTNGTTVNNAPVQEWQLADGDV + IRLGHSEIIVRMH" + gene 25625..25707 + /locus_tag="BQ2027_LEUT" + tRNA 25625..25707 + /locus_tag="BQ2027_LEUT" + /product="tRNA-Leu" + /note="leuT, len: 83 nt. Equivalent to leuT, len: 83 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 83 nt overlap). tRNA-Leu, anticodon cag." + gene complement(25894..26862) + /locus_tag="BQ2027_MB0021C" + CDS complement(25894..26862) + /locus_tag="BQ2027_MB0021C" + /note="Mb0021c, -, len: 322 aa. Equivalent to Rv0021c, + len: 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 322 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to various proteins e.g. + NP_464341.1|NC_003210 protein similar to oxidoreductases + from Listeria monocytogenes (309 aa); + NP_357973.1|NC_003098 Enoyl-acyl carrier protein(ACP) + reductase from Streptococcus pneumoniae (324 aa); + 2NPD_NEUCR|G726338 2-nitropropane dioxygenase precursor + from Neurospora crassa (378 aa), FASTA scores: opt: 383, + E(): 1.1e-16, (32.2% identity in 348 aa overlap); etc. + Also similar to AE001747_25 from Thermotoga maritima + section 59 (314 aa), FASTA scores: opt: 442, E(): 1.5e-19, + (30.5% identity in 325 aa overlap). Also similar to other + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3553 (355 + aa), FASTA scores: E(): 6.8e-15, (35.3 identity in 235 aa + overlap); and Rv1533 (375 aa), FASTA scores: E(): 4.7e-12, + (34.4% identity in 262 aa overlap). Mb0021c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative oxidoreductase, nitronate monooxygenase + family" + /protein_id="SIT98366.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU19" + /db_xref="InterPro:IPR004136" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU19" + /translation="MVLSTAFSQMFGIDYPIVSAPMDLIAGGELAAAVSGAGGLGLIG + GGYGDRDWLARQFDLAAGAPVGCGFITWSLARQPQLLDLALQYEPVAVMLSFGDPAVF + ADAIKSAGTRLVCQIQNRTQAERALQVGADVLVAQGTEAGGHGHGPRSTLTLVPEIVD + LVTARGTDIPVIAAGGIADGRGLAAALMLGAAGVLVGTRFYATVEALSTPQARDPLLA + ATGDDMCRTTIYDQLRRYPWPQGHTMSVLSNALTDQFEDTELDILHREEAMARYWRAV + PARDYSIANVTAGQAAGLVNAVLPAADVITGMAQQAARTLTAMRAV" + gene complement(27004..27423) + /gene="whiB5" + /locus_tag="BQ2027_MB0022C" + CDS complement(27004..27423) + /gene="whiB5" + /locus_tag="BQ2027_MB0022C" + /note="Mb0022c, whiB5, len: 139 aa. Equivalent to Rv0022c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Probable whiB5, + WhiB-like regulatory protein (see citation below), similar + to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor, wblE gene + product (85 aa). Shows some similarity to + O88103|AJ239086|SCO239086_1|WHID|SC6G4.45c|WBLB WHID + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (112 aa), FASTA + scores: opt: 125, E(): 0.055, (37.1% identity in 97 aa + overlap); and slight similarity to G466960|WHIB WHIB + PROTEIN (102 aa), FASTA scores: opt: 112, E(): 0.14, (34.3 + identity in 67 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein + whib-like whib5" + /protein_id="SIT98368.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU30" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU30" + /translation="MAHPCATDPELWFGYPDDDGSDGAAKARAYERSATQARIQCLRR + CPLLQQRRCAQHAVEHRVEYGVWAGIKLPGGQYRKREQLAAAHDVLRRIAGGEINSRQ + LPDNAALLARNEGLEVTPVPGVVVHLPIAQVGPQPAA" + gene 27576..28346 + /locus_tag="BQ2027_MB0023" + CDS 27576..28346 + /locus_tag="BQ2027_MB0023" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0023, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv0023, len: + 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, equivalent to + CAB96432.1|AJ251434 hypothetical protein from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (146 aa). + N-terminus showing similarity with other transcriptional + regulators e.g. AE0002|ECAE000240_9 from Escherichia coli + strain K12 (178 aa), FASTA scores: opt: 149, E(): 0.0048, + (33.3% identity in 84 aa overlap); etc. Contains probable + helix-turn helix motif from aa 19 to 40 (Score 1615, +4.69 + SD). Protein product from Mb0023 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0023 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT98371.1" + /db_xref="GOA:P67705" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67705" + /translation="MSRESAGAAIRALRESRDWSLADLAAATGVSTMGLSYLERGARK + PHKSTVQKVENGLGLPPGTYSRLLVAADPDAELARLIAAQPSNPTAVRRAGAVVVDRH + SDTDVLEGYAEAQLDAIKSVIDRLPATTSNEYETYILSVIAQCVKAEMLAASSWRVAV + NAGADSTGRLMEHLRALEATRGALLERMPTSLSARFDRACAQSSLPEAVVAALIGVGA + DEMWDIRNRGVIPAGALPRVRAFVDAIEASHDADEGQQ" + gene 28343..29176 + /locus_tag="BQ2027_MB0024" + CDS 28343..29176 + /locus_tag="BQ2027_MB0024" + /note="Mb0024, -, len: 277 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0024, len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 192 aa overlap). + Putative secreted protein, p60 homologue, similar in part + to others and relatives proteins e.g. P60_LISIV|Q01837 + protein p60 precursor (invasion-associated protein) from + Listeria ivanovii (524 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): + 1.5e-08, (37.0% identity in 100 aa overlap); + CAB92656.1|AL356832 putative NPL/P60 family secreted + protein from Streptomyces coelicolor (347 aa); etc. + Similar to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv1477, + Rv1478, Rv1566c, Rv2190c. And several homologues in + Streptomyces coelicolor e.g. AL049497|SC6G10_8|T35517 + probable secreted protein (338 aa), FASTA scores: opt: + 399, E(): 9.8e-18, (34.9% identity in 292 aa overlap). + COULD BELONG TO THE E. COLI NLPC / LISTERIA P60 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0024 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits Rv0024 into 2 parts, Mb0024 and + Mb0025. Mb0024 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE SECRETED PROTEIN P60-RELATED PROTEIN + [FIRST PART]" + /protein_id="SIT98373.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU42" + /translation="MNYSEVELLSRAHQLFAGDSRRPGLDAGTTPYGDLLSRAADLNV + GAGQRRYQLAVDHSRAALLSAARTDAAAGAVITGAQRDRAWARRSTGTVLDEARSDTT + VTAVMPIAQREAIRRRVARLRAQRAHVLTARRRARRHLAALRALRYRVAHGPGVALAK + LRLPSPSGRAGIAVHAALSRLGRPYVWGATGPTSSTVPVWSSGPTPRRVFTWIAPPIN + RSTRGSRCRAHRSGRAIWSSRTPGTCSWRSATIWSSRRPMRARRFGSARWATTCRFGD + R" + gene 28918..29187 + /locus_tag="BQ2027_MB0025" + /pseudo + CDS 28918..29187 + /locus_tag="BQ2027_MB0025" + /note="Mb0025, -, len: 89 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0024, len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 89 aa overlap). Putative + secreted protein, p60 homologue, similar in part to others + and relatives proteins e.g. P60_LISIV|Q01837 protein p60 + precursor (invasion-associated protein) from Listeria + ivanovii (524 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): + 1.5e-08,(37.0% identity in 100 aa overlap); + CAB92656.1|AL356832 putative NPL/P60 family secreted + protein from Streptomyces coelicolor (347 aa); etc. + Similar to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv1477, + Rv1478, Rv1566c, Rv2190c. And several homologues in + Streptomyces coelicolor e.g. AL049497|SC6G10_8|T35517 + probable secreted protein (338 aa), FASTA scores: opt: + 399, E(): 9.8e-18, (34.9% identity in 292 aa overlap). + COULD BELONG TO THE E. COLI NLPC / LISTERIA P60 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0024 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits Rv0024 into 2 parts,Mb0024 and + Mb0025.;PUTATIVE SECRETED PROTEIN P60-RELATED PROTEIN + [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 29225..29587 + /locus_tag="BQ2027_MB0026" + CDS 29225..29587 + /locus_tag="BQ2027_MB0026" + /note="Mb0026, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv0025, len: + 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 120 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0739 (268 aa), FASTA + score: (37.6% identity in 101 aa overlap), and Rv0026 + FASTA score: (35.4% identity in 113 aa overlap); etc. + Protein product from Mb0026 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0026 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT98375.1" + /db_xref="InterPro:IPR019710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU54" + /translation="MSEQAGSSVAVIQERQALLARQHDAVAEADRELADVLASAHAAM + RESVRRLDAIAAELDRAVPDQDQLAVDTLMGAREFQTFLVAKQREIVAVVAAAHELDR + AKSAVLKRLRAQYTEPAR" + gene 29702..31135 + /locus_tag="BQ2027_MB0027" + CDS 29702..31135 + /locus_tag="BQ2027_MB0027" + /note="Mb0027, -, len: 477 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0026, len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (94.4% identity in 449 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, showing some similarity to + other proteins from Mycobacterium tuberculosis: Rv0025 + FASTA score: (35.4% identity in 113 aa overlap) and Rv0739 + (268 aa), FASTA score: (32.4% identity in 142 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 4 + bp insertion (*-atcg) leads to a longer protein with a + different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (477 aa versus 448 + aa). Mb0027 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT98377.1" + /db_xref="InterPro:IPR019710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU28" + /translation="MAFDAAMSTHEDLLATIRYVRDRTGDPNAWQTGLTPTEVTAVVT + STTRSEQLDAILRKIRQRHSNLYYPAPPDREQGDAARAIADAEAALAHPNSATAQLDL + QVVSAILNAHLKTVEGGESLHELQQEIEAAVRIRSDLDTPAGARDFQRFLIGKLKDIR + EVVATASLDAASKSALMAAWTSLYDASKGDRGDADDRGPASVGSGGAPARGAGQQPEL + PTRAEPDCLLDSLLLEDPGLLADDLQVPGGTSAAIPSASSTPSLPNLGGATMPGGGAT + PALVPGVSAPGGLPLSGLLRGVGDEPELTDFDERGQEVRDPADYEHSNEPDERRADDR + EGADEDAGLGKSESPPQAPTTVTLPNGETVTAASPQLAAAIKAAASGTPIADAFQQQG + IAIPLPGTAVANPVDPARISAGDVGVFTDRHALALGPSKALLDGQIQHISAVRGRNFL + GWIHPAATATAPARTEAPTPTRPAAAR" + gene 31173..31490 + /locus_tag="BQ2027_MB0028" + CDS 31173..31490 + /locus_tag="BQ2027_MB0028" + /note="Mb0028, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv0027, len: + 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0028 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0028 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIT98378.1" + /db_xref="GOA:P64668" + /db_xref="InterPro:IPR022536" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64668" + /translation="MTDRIHVQPAHLRQAAAHHQQTADYLRTVPSSHDAIRESLDSLG + PIFSELRDTGRELLELRKQCYQQQADNHADIAQNLRTSAAMWEQHERAASRSLGNIID + GSR" + gene 31498..31803 + /locus_tag="BQ2027_MB0029" + CDS 31498..31803 + /locus_tag="BQ2027_MB0029" + /note="Mb0029, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv0028, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0029 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0029 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIT98380.1" + /db_xref="InterPro:IPR024426" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64670" + /translation="MTDANPAFDTVHPSGHILVRSCRGGYMHSVSLSEAAMETDAETL + AEAILLTADVSCLKALLEVRNEIVAAGHTPSAQVPTTDDLNVAIEKLLAHQLRRRNR" + gene 32041..33138 + /locus_tag="BQ2027_MB0030" + CDS 32041..33138 + /locus_tag="BQ2027_MB0030" + /note="Mb0030, -, len: 365 aa. Equivalent to Rv0029, len: + 365 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 365 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. C-terminal region of + Rv2082|MTCY49_21|E247006 hypothetical 73.6 kDa protein + (721 aa), FASTA scores: opt: 453, E(): 1.2e-22, (38.5% + identity in 265 aa overlap); Rv3899c|MTY15F10_12 + HYPOTHETICAL 40.8 KD PROTEIN (410 aa), FASTA score: (33.7% + identity in 252 aa overlap); etc. Protein product from + Mb0030 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0030 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Vegetative cell wall protein gp1 precursor" + /protein_id="SIT98382.1" + /db_xref="InterPro:IPR040604" + /db_xref="InterPro:IPR040833" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU96" + /translation="MAIFGRWSARQRLRRATRESLTIPTFSSSLDCTTRVIGGLWPAE + LSSNTAETATLAEHLKADLHRIVGSANDELMVIWRAGMADSTRRAEEDRVIDRARASA + MRRVESAMRELRQITGRVPVEIPRMRGAGGSDLDTTRLMPAVTVVQPADQACTDWPVA + AAEDDEARLQRLLAFVARQEPRLNWAVGVNADGTTVLVTDVAHGWIPPGIALPEGVRL + LAPARRAGRAPELVGITTCCKTYTPGDSLRRAVDSTAPTSSVQPRALPAIAGLSVELG + IATQRHDGLPKIVHAMATAAGNGAAAEEVDLLRVHVDTALHHVLAQYPRVDPALLLNC + MLLAATERSVTGDPIAANYHFAWFRELDSRR" + gene 33208..33537 + /locus_tag="BQ2027_MB0031" + CDS 33208..33537 + /locus_tag="BQ2027_MB0031" + /note="Mb0031, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv0030, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0031 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIT98384.1" + /db_xref="InterPro:IPR024296" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64672" + /translation="MVSGSDSRSEPSQLSDRDLVESVLRDLSEAADKWEALVTQAETV + TYSVDLGDVRAVANSDGRLLELTLHPGVMTGYAHGELADRVNLAITALRDEVEAENRA + RYGGRLQ" + gene 33566..33778 + /locus_tag="BQ2027_MB0032" + CDS 33566..33778 + /locus_tag="BQ2027_MB0032" + /note="Mb0032, -, len: 70 aa. Equivalent to Rv0031, len: + 70 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 70 aa overlap). Possible remnant of a + transposase, showing partial similarity to mycobacterial + transposases in a short overlap, e.g. Rv2791c|MTV002_57 + (459 aa), FASTA score: (72.2% identity in 36 aa overlap); + Rv2885c, Rv2978c, Rv3827c, etc. Mb0032 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible remnant of a transposase" + /protein_id="SIT98386.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU29" + /translation="MLARHFGAGRKAHSRAVATLKADIQAWHPAGIQTPKPRCESDVF + ARIGHTSHPSTRKSRVGPGASEAPLA" + gene 34279..36594 + /gene="bioF2" + /locus_tag="BQ2027_MB0033" + CDS 34279..36594 + /gene="bioF2" + /locus_tag="BQ2027_MB0033" + /note="Mb0033, bioF2, len: 771 aa. Equivalent to Rv0032, + len: 771 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 771 aa overlap). Probable bioF2, + 8-amino-7-oxononanoate synthase (EC 2.3.1.47), with its + C-terminal similar to others e.g. BIOF_BACSU|P53556 + 8-amino-7-oxononanoate synthase from Bacillus subtilis + (389 aa), FASTA scores: opt: 775, E(): 0, (37.9% identity + in 346 aa overlap); P22806|BIOF_BACSH from Bacillus + sphaericus (389 aa); etc. Also similar to + BIOF1|Rv1569|MTCY336_35 from Mycobacterium tuberculosis + (386 aa), AF041819_4 from Mycobacterium bovis, and + BIOF_MYCLE|P45487 from Mycobacterium leprae (385 aa). + Contains PS00599 Aminotransferases class-II + pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO CLASS-II + OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE 8-AMINO-7-OXONONANOATE SYNTHASE BIOF2 + (AONS) (8-AMINO-7-KETOPELARGONATE SYNTHASE) + (7-KETO-8-AMINO-PELARGONIC ACID SYNTHETASE) (7-KAP + SYNTHETASE) (L-ALANINE--PIMELYL CoA LIGASE)" + /protein_id="SIT98388.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU34" + /db_xref="InterPro:IPR001917" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR038740" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU34" + /translation="MPTGLGYDFLRPVEDSGINDLKHYYFMADLADGQPLGRANLYSV + CFDLATTDRKLTPAWRTTIKRWFPGFMTFRFLECGLLTMVSNPLALRSDTDLERVLPV + LAGQMDQLAHDDGSDFLMIRDVDPEHYQRYLDILRPLGFRPALGFSRVDTTISWSSVE + EALGCLSHKRRLPLKTSLEFRERFGIEVEELDEYAEHAPVLARLWRNVKTEAKDYQRE + DLNPEFFAACSRHLHGRSRLWLFRYQGTPIAFFLNVWGADENYILLEWGIDRDFEHYR + KANLYRAALMLSLKDAISRDKRRMEMGITNYFTKLRIPGARVIPTIYFLRHSTDPVHT + ATLARMMMHNIQRPTLPDDMSEEFCRWEERIRLDQDGLPEHDIFRKIDRQHKYTGLKL + GGVYGFYPRFTGPQRSTVKAAELGEIVLLGTNSYLGLATHPEVVEASAEATRRYGTGC + SGSPLLNGTLDLHVSLEQELACFLGKPAAVLCSTGYQSNLAAISALCESGDMIIQDAL + NHRSLFDAARLSGADFTLYRHNDMDHLARVLRRTEGRRRIIVVDAVFSMEGTVADLAT + IAELADRHGCRVYVDESHALGVLGPDGRGASAALGVLARMDVVMGTFSKSFASVGGFI + AGDRPVVDYIRHNGSGHVFSASLPPAAAAATHAALRVSRREPDRRARVLAAAEYMATG + LARQGYQAEYHGTAIVPVILGNPTVAHAGYLRLMRSGVYVNPVAPPAVPEERSGFRTS + YLADHRQSDLDRALHVFAGLAEDLTPQGAAL" + gene 36591..36854 + /gene="acpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0034" + CDS 36591..36854 + /gene="acpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0034" + /standard_name="acpP" + /note="Mb0034, acpA, len: 87 aa. Equivalent to Rv0033, + len: 87 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 87 aa overlap). Probable acpA + (alternate gene name: acpP), acyl carrier protein, similar + to others e.g. ACP_BACSU|P80643 acyl carrier protein (acp) + from Bacillus subtilis (77 aa), FASTA scores: opt: 149, + E(): 0.00026, (41.4% identity in 70 aa overlap); + NP_224500.1|NC_000922 Acyl Carrier Protein from + Chlamydophila pneumoniae (79 aa); NP_228471.1|NC_000853 + acyl carrier protein from Thermotoga maritima (81 aa); + etc. Also similar to proteins of Mycobacterium + tuberculosis Rv1344 and Rv2244 (31.5% identity in 73 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL CARRIER PROTEIN ACPA (ACP)" + /protein_id="SIT98390.1" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU46" + /translation="MKEAINATIQRILRTDRGITANQVLVDDLGFDSLKLFQLITELE + DEFDIAISFRDAQNIKTVGDVYTSVAVWFPETAKPAPLGKGTA" + gene 36851..37246 + /locus_tag="BQ2027_MB0035" + CDS 36851..37246 + /locus_tag="BQ2027_MB0035" + /note="Mb0035, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv0034, len: + 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity to + AE001980|AE001980_7 hypothetical protein from Deinococcus + radiodurans (120 aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.0028, + (29.3% identity in 123 aa overlap). Protein product from + Mb0035 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ketosteroid isomerase-related protein" + /protein_id="SIT98392.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64674" + /translation="MTDDADLDLVRRTFAAFARGDLAELTQCFAPDVEQFVPGKHALA + GVFRGVDNVVACLGDTAAAADGTMTVTLEDVLSNTDGQVIAVYRLRASRAGKVLDQRE + AILVTVAGGRITRLSEFYADPAATESFWA" + gene 37243..38931 + /gene="fadD34" + /locus_tag="BQ2027_MB0036" + CDS 37243..38931 + /gene="fadD34" + /locus_tag="BQ2027_MB0036" + /note="Mb0036, fadD34, len: 562 aa. Equivalent to Rv0035, + len: 562 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 562 aa overlap). Probable fadD34, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + e.g. MBU75685_1 acyl-CoA synthase from Mycobacterium bovis + (582 aa), FASTA scores: opt: 408, E(): 8.2e-20; etc. Also + similar to G1171128 SAFRAMYCIN MX1 SYNTHETASE B (1770 aa), + FASTA scores: opt: 445, E(): 1.3e-21, (28.1% identity in + 573 aa overlap). Also similar to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY02B10.09, FASTA score: + (32.3% identity in 468 aa overlap), MTCY349_40, + MTCY4D9_17, MTCY338_18, MTV045_3, MTCY409_4, MTCI237_30, + MTCY24G1_8, MASC_MYCLE MASC PROTEIN, U00010_6, MTV005_21, + MTCY19G5_7, MTCY9F9_39, etc. Protein product from Mb0036 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0036 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD34 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIT98393.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU59" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU59" + /translation="MTAALLSPAIAWQQISACTDRTLTITCEDSEVISYQDLIARAAA + CIPPLRRLDLKRGEPVLITAHTNLEFLSCFLGLMLHGAVPVPIPPREALKTTERFMTR + LGPLLRHHRVLICTPAEHDEIRAAASTDCQISRFTALAEAGDEQFGRATAQQLADTAT + ADWPLCTLDDDAYVQYTSGSTAAPRGVVITYRNLLSNMRAMAVGSQFQHGDVMGSWLP + LHHDMGLVGSLFAALFNSVSAVFTTPHRFLYDPLGFLRLLTSSGATHTFMPNFALEWL + INAYHRRGADIEGIDLHKMRRLIIASEPVHAEGMRRFAATFAGVGLAPTALGSGYGLA + EATVAVSMSAPNTGFRTETHAAAEVVTGGRVLPGYEVRIDAAPGARAGTIKLRGDSVA + AKAYVGGKKLDALDEEGFCDTHDLGFLVDDEIVILGRQDEVFIVHGENRFPYDIEFII + RGESEQHRTKVACFGVNERVVVVLESPLDSIIDKAEADRLRCQVVAATGLQLDELITV + RRGAIPTTTSGKLKRRAVAQAYRDGTLPRLATHAWTADPDSAPKTTRSSLEGAH" + gene complement(39040..39813) + /locus_tag="BQ2027_MB0037C" + CDS complement(39040..39813) + /locus_tag="BQ2027_MB0037C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0037c, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv0036c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 257 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + CAB95889.1|AL359988 conserved hypothetical protein from + Streptomyces (276 aa). Also some similarity to + Rv3099c|MTCY164_10 (283 aa), FASTA scores: E(): 3.3e-05, + (25.9 % identity in 205 aa overlap). Protein product from + Mb0037c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0037c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT98395.1" + /db_xref="GOA:P64676" + /db_xref="InterPro:IPR013917" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR017518" + /db_xref="InterPro:IPR024344" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64676" + /translation="MADPGPFVADLRAESDDLDALVAHLPADRWADPTPAPGWTIAHQ + IGHLLWTDRVALTAVTDEAGFAELMTAAAANPAGFVDDAATELAAVSPAELLTDWRVT + RGRLHEELLAVPDGRKLAWFGPPMSAASMATARLMETWAHGLDVADALGVIRPATQRL + RSIAHLGVRTRDYAFIVNNLTPPAEPFLVELRGPSGDTWSWGPSDAAQRVTGSAEDFC + FLVTQRRALSTLDVNAVGEDAQRWLTIAQAFAGPPGRGR" + gene complement(39861..41186) + /locus_tag="BQ2027_MB0038C" + CDS complement(39861..41186) + /locus_tag="BQ2027_MB0038C" + /note="Mb0038c, -, len: 441 aa. Equivalent to Rv0037c, + len: 441 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 441 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, member of major facilitator + superfamily (MFS) possibly involved in transport of + macrolide, showing some similarity to Rv1258c|MTCY50_24 + (419 aa), FASTA score: (25.2% identity in 408 aa overlap); + and to AL049826|SCH24_20 from Streptomyces coelicolor (425 + aa), FASTA scores: opt: 725, E(): 0, (36.1% identity in + 418 aa overlap). Also similarity with several + MACROLIDE-EFFLUX PROTEINS e.g. from S. pyogenes (405 aa), + FASTA scores: E(): 1.3e-06, (22.8% identity in 416 aa + overlap). Protein product from Mb0038c detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98398.1" + /db_xref="GOA:P0A5C2" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5C2" + /translation="MPRVEVGLVIHSRMHARAPVDVWRSVRSLPDFWRLLQVRVASQF + GDGLFQAGLAGALLFNPDRAADPMAIAGAFAVLFLPYSLLGPFAGALMDRWDRRWVLV + GANTGRLALIAGVGTILAVGAGDVPLLVGALVANGLARFVASGLSAALPHVVPREQVV + TMNSVAIASGAVSAFLGANFMLLPRWLLGSGDEGASAIVFLVAIPVSIALLWSLRFGP + RVLGPDDTERAIHGSAVYAVVTGWLHGARTVVQLPTVAAGLSGLAAHRMVVGINSLLI + LLLVRHVTARAVGGLGTALLFFAATGLGAFLANVLTPTAIRRWGRYATANGALAAAAT + IQVAAAGLLVPVMVVCGFLLGVAGQVVKLCADSAMQMDVDDALRGHVFAVQDALFWVS + YILSITVAAALIPEHGHAPVFVLFGSAIYLAGLVVHTIVGRRGQPVIGR" + gene 41288..41896 + /locus_tag="BQ2027_MB0039" + CDS 41288..41896 + /locus_tag="BQ2027_MB0039" + /note="Mb0039, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv0038, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + MLCB1770_16|Q50191|Y038_MYCLE hypothetical 22.0 kDa from + Mycobacterium leprae (202 aa), FASTA scores: opt: 1194, + E(): 0, (88.6% identity in 202 aa overlap). Also highly + similar or similar to other hypothetical proteins e.g. + CAB72194.1|AL138851|SCE59.07c from Streptomyces coelicolor + (193 aa); AAC06288.1|AF050466 from Mycobacterium bovis (82 + aa) (similarity in N-terminus); NP_224347.1|NC_000922|YqgE + from Chlamydophila pneumoniae (188 aa); YQGE_ECOLI + HYPOTHETICAL 20.7 KD PROTEIN (187 aa), FASTA score: (29.5% + identity in 166 aa overlap); etc. Protein product from + Mb0039 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0039 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0301 protein YqgE" + /protein_id="SIT98399.1" + /db_xref="InterPro:IPR003774" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67758" + /translation="MVAPHEDPEDHVAPAAQRVRAGTLLLANTDLLEPTFRRSVIYIV + EHNDGGTLGVVLNRPSETAVYNVLPQWAKLAAKPKTMFIGGPVKRDAALCLAVLRVGA + DPEGVPGLRHVAGRLVMVDLDADPEVLAAAVEGVRIYAGYSGWTIGQLEGEIERDDWI + VLSALPSDVLVGPRADLWGQVLRRQPLPLSLLATHPIDLSRN" + gene complement(41988..42335) + /locus_tag="BQ2027_MB0040C" + CDS complement(41988..42335) + /locus_tag="BQ2027_MB0040C" + /note="Mb0040c, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv0039c, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 115 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, highly similar to + NP_301154.1|NC_002677|Z70722|MLCB1770_18 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (113 aa), FASTA scores: + opt: 492, E(): 7.8e-27, (64.9% identity in 114 aa + overlap). Mb0040c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98400.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XUB4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUB4" + /translation="MFLAGVLCMCAAAASALFGSWSLFHTPTADPTALALRAMAPTQL + AAAVMLAAGGVVAVAAPGHTALMVVIVCIAGAVGTLAAGSWQSAQYALRRETASPTAN + CVGSCAVCTQACH" + gene complement(42417..43349) + /gene="mtc28" + /locus_tag="BQ2027_MB0041C" + CDS complement(42417..43349) + /gene="mtc28" + /locus_tag="BQ2027_MB0041C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0041c, mtc28, len: 310 aa. Equivalent to Rv0040c, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). mtc28, secreted + proline rich 28 kDa antigen protein (has hydrophobic + stretch at N-terminus) (see citation below). Highly + similar to O33075|PR28_MYCLE|MT10019 Proline rich 28 kDa + antigen from Mycobacterium leprae (278 aa), FASTA scores: + opt: 1007, E(): 0, (65.0% identity in 257 aa overlap); and + Q9CD47|LPQT_MYCLE|NP_301305.1|NC_002677 putative + lipoprotein from Mycobacterium leprae (218 aa). C-terminal + part very similar to lipoprotein Rv1016c from + Mycobacterium tuberculosis. Mb0041c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED PROLINE RICH PROTEIN MTC28 (PROLINE + RICH 28 KDA ANTIGEN)" + /protein_id="SIT98401.1" + /db_xref="InterPro:IPR019674" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Q7" + /translation="MIQIARTWRVFAGGMATGFIGVVLVTAGKASADPLLPPPPIPAP + VSAPATVPPVQNLTALPGGSSNRFSPAPAPAPIASPIPVGAPGSTAVPPLPPPVTPAI + SGTLRDHLREKGVKLEAQRPHGFKALDITLPMPPRWTQVPDPNVPDAFVVIADRLGNS + VYTSNAQLVVYRLIGDFDPAEAITHGYIDSQKLLAWQTTNASMANFDGFPSSIIEGTY + RENDMTLNTSRRHVIATSGADKYLVSLSVTTALSQAVTDGPATDAIVNGFQVVAHAAP + AQAPAPAPGSAPVGLPGQAPGYPPAGTLTPVPPR" + gene 43546..46455 + /gene="leuS" + /locus_tag="BQ2027_MB0042" + CDS 43546..46455 + /gene="leuS" + /locus_tag="BQ2027_MB0042" + /note="Mb0042, leuS, len: 969 aa. Equivalent to Rv0041, + len: 969 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 969 aa overlap). Probable leucyl-tRNA + synthetase (EC 6.1.1.4), equivalent to + NP_301156.1|NC_002677|MLCB628_3 leucyl-tRNA synthase from + Mycobacterium leprae (972 aa), FASTA score: (83.6% + identity in 972 aa overlap); and highly similar to + MLCB1770_20 from Mycobacterium leprae (824 aa), FASTA + score: (82.8% identity in 824 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. CAB66249.1|AL136518 leucyl-tRNA + synthetase from Streptomyces coelicolor (966 aa); + NP_244147.1|NC_002570 leucyl-tRNA synthetase from Bacillus + halodurans (806 aa); SYL_BACSU|P36430 leucyl-tRNA + synthetase from Bacillus subtilis (804 aa), FASTA scores: + opt: 714, E(): 3.1e-38, (43.7% identity in 938 aa + overlap); etc. Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-I signature. BELONGS TO CLASS-I + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb0042 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0042 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LEUCYL-tRNA SYNTHETASE LEUS + (LEUCINE--tRNA LIGASE) (LEURS)" + /protein_id="SIT98402.1" + /db_xref="GOA:P67511" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR002302" + /db_xref="InterPro:IPR009008" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR013155" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR015413" + /db_xref="InterPro:IPR025709" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67511" + /translation="MTESPTAGPGGVPRADDADSDVPRYRYTAELAARLERTWQENWA + RLGTFNVPNPVGSLAPPDGAAVPDDKLFVQDMFPYPSGEGLHVGHPLGYIATDVYARY + FRMVGRNVLHALGFDAFGLPAEQYAVQTGTHPRTRTEANVVNFRRQLGRLGFGHDSRR + SFSTTDVDFYRWTQWIFLQIYNAWFDTTANKARPISELVAEFESGARCLDGGRDWAKL + TAGERADVIDEYRLVYRADSLVNWCPGLGTVLANEEVTADGRSDRGNFPVFRKRLRQW + MMRITAYADRLLDDLDVLDWPEQVKTMQRNWIGRSTGAVALFSARAASDDGFEVDIEV + FTTRPDTLFGATYLVLAPEHDLVDELVAASWPAGVNPLWTYGGGTPGEAIAAYRRAIA + AKSDLERQESREKTGVFLGSYAINPANGEPVPIFIADYVLAGYGTGAIMAVPGHDQRD + WDFARAFGLPIVEVIAGGNISESAYTGDGILVNSDYLNGMSVPAAKRAIVDRLESAGR + GRARIEFKLRDWLFARQRYWGEPFPIVYDSDGRPHALDEAALPVELPDVPDYSPVLFD + PDDADSEPSPPLAKATEWVHVDLDLGDGLKPYSRDTNVMPQWAGSSWYELRYTDPHNS + ERFCAKENEAYWMGPRPAEHGPDDPGGVDLYVGGAEHAVLHLLYSRFWHKVLYDLGHV + SSREPYRRLVNQGYIQAYAYTDARGSYVPAEQVIERGDRFVYPGPDGEVEVFQEFGKI + GKSLKNSVSPDEICDAYGADTLRVYEMSMGPLEASRPWATKDVVGAYRFLQRVWRLVV + DEHTGETRVADGVELDIDTLRALHRTIVGVSEDFAALRNNTATAKLIEYTNHLTKKHR + DAVPRAAVEPLVQMLAPLAPHIAEELWLRLGNTTSLAHGPFPKADAAYLVDETVEYPV + QVNGKVRGRVVVAADTDEETLKAAVLTDEKVQAFLAGATPRKVIVVAGRLVNLVI" + gene complement(46565..47191) + /locus_tag="BQ2027_MB0043C" + CDS complement(46565..47191) + /locus_tag="BQ2027_MB0043C" + /note="Mb0043c, -, len: 208 aa. Equivalent to Rv0042c, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 208 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, MarR-family, highly + similar except in N-terminus to CAC32228.1|AL583926 + putative MarR-family regulatory protein from Mycobacterium + leprae (243 aa). Also similar in part to others e.g. + AB76343.1|AL158061 putative MarR-family transcriptional + regulator from Streptomyces coelicolor (163 aa); + NP_384406.1|NC_003047 PUTATIVE TRANSCRIPTION REGULATOR + PROTEIN from Sinorhizobium meliloti (164 aa); + NP_531782.1|NC_003304 transcriptional regulator, MarR + family from Agrobacterium tumefaciens (151 aa); etc. Also + some similarity to Mycobacterium tuberculosis proteins + Rv2327, Rv0880, and Rv1404. Protein product from Mb0043c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0043c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY MARR-FAMILY)" + /protein_id="SIT98403.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU39" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU39" + /translation="MSVVRSIGKKMQRISGPNALAVKGRPTQVYGHTHVRLDCRFMAD + SEFTAPEVTQLAEGLHRALSKLISMLRRGDPNGAAAGDLTLAQLSILVTLLDQGPIRM + TDLAAHERVRTPTTTVAIRRLEKIGLVKRSRDPSDLRAVLVDITPQGRAVHGESLANR + RAALAALLSQLPRSDLETLRKALAPLERLASGEPASGPASNSPARKRA" + gene complement(47350..48084) + /locus_tag="BQ2027_MB0044C" + CDS complement(47350..48084) + /locus_tag="BQ2027_MB0044C" + /note="Mb0044c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv0043c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, GntR family, similar to others + e.g. NP_420584.1|NC_002696 transcriptional regulator GntR + family from Caulobacter crescentus (221 aa); + NP_294539.1|NC_001263 transcriptional regulator GntR + family from Deinococcus radiodurans (267 aa); + YIN1_STRAM|P32425 hypothetical transcriptional regulatory + protein from Streptomyces ambofaciens (236 aa), FASTA + scores: opt: 170, E(): 9.8e-05, (27.6% identity in 127 aa + overlap); etc. Similar also to SC9B10_7 from Streptomyces + coelicolor FASTA score: E():0.00038; and Rv0165c|MTCI28_5 + from Mycobacterium tuberculosis (264 aa), FASTA score: + (27.7% identity in 130 aa overlap). Mb0044c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY GNTR-FAMILY)" + /protein_id="SIT98404.1" + /db_xref="GOA:P67738" + /db_xref="InterPro:IPR000524" + /db_xref="InterPro:IPR008920" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67738" + /translation="MPKKYGVKEKDQVVAHILNLLLTGKLRSGDRVDRNEIAHGLGVS + RVPIQEALVQLEHDGIVSTRYHRGAFIERFDVATILEHHELDGLLNGIASARAAANPT + PRILGQLDAVMRSLRNSKESRAFAECVWEYRRTVNDEYAGPRLHATIRASQNLIPRVF + WMTYQNSRDDVLPFYEEENAAIHRREPEAARAACIGRSELMAQTMLAELFRRRVLVPP + EGACPGPFGAPIPGFARSYQPSSPVP" + gene complement(48217..49011) + /locus_tag="BQ2027_MB0045C" + CDS complement(48217..49011) + /locus_tag="BQ2027_MB0045C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0045c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv0044c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + AAD32732.1|MmcI|AF127374| F420-dependent H4MPT reductase + from Streptomyces lavendulae (264 aa). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. Rv1855c, Rv0953c, + Rv0791c, Rv0132c, etc. Protein product from Mb0045c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0045c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT98405.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU55" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR022480" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU55" + /translation="MTSLVRPDLPVRIGVQLQPQHAPHYRAVRDAVRRCEDIGVDIAF + TWDHFFPLYGDPDGPHFECWTVLGAWAEQTSHIEIGALVTCNSYRNPELLADMARTVD + HISGGRLILGIGSGWKQKDYDEYGYRFGTAGSRLDDLAAALPRIKARLGKLNPPPTRD + IPVLIGGGGERKTLRLVAEYADIWHSFTAGDSYLAKSAVLSTHCSTVGRNPATIERSA + AVDGGGLIASAEALAGLGVTLLTVGCDGPDYDLSAAAALCRWRDGR" + gene complement(49027..49923) + /locus_tag="BQ2027_MB0046C" + CDS complement(49027..49923) + /locus_tag="BQ2027_MB0046C" + /note="Mb0046c, -, len: 298 aa. Equivalent to Rv0045c, len + 298 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 298 aa overlap). Possible hydrolase + (EC 3.-.-.-), showing similarity with others eg + NP_107230.1|NC_002678 putative hydrolase from + Mesorhizobium loti (278 aa); CAB56730.1|AL121600 putative + hydrolase from Streptomyces coelicolor (302 aa); + NP_438361.1|NC_000907 putative esterase/lipase from + Haemophilus influenzae Rd (287 aa); etc. Also similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins Rv3473c, Rv1123c, + Rv1938, Rv3617, Rv3670, etc. Protein product from Mb0046c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0046c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE" + /protein_id="SIT98406.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU63" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU63" + /translation="MLSDDELTGLDEFALLAENAEQAGVNGPLPEVERVQAGAISALR + WGGSAPRVIFLHGGGQNAHTWDTVIVGLGEPALAVDLPGHGHSAWREDGNYSPQLNSE + TLAPVLRELAPGAEFVVGMSLGGLTAIRLAAMAPDLVGELVLVDVTPSALQRHAELTA + EQRGTVALMHGEREFPSFQAMLDLTIAAAPHRDVKSLRRGVFHNSRRLDNGNWVWRYD + AIRTFGDFAGLWDDVDALSAPITLVRGGSSGFVTDQDTAELHRRATHFRGVHIVEKSG + HSVQSDQPRALIEIVRGVLDTR" + gene complement(50005..51108) + /gene="ino1" + /locus_tag="BQ2027_MB0047C" + CDS complement(50005..51108) + /gene="ino1" + /locus_tag="BQ2027_MB0047C" + /standard_name="tbINO" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0047c, ino1, len: 367 aa. Equivalent to Rv0046c, + len: 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 367 aa overlap). ino1 (alternate gene + name: tbINO), myo-inositol-1-phosphate synthase (EC + 5.5.1.4) (see citations below), equivalent to + Q57240|Y046_MYCLE|U00015_14|G466956|B1620_F3_113 + HYPOTHETICAL 40.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (369 aa), FASTA scores: opt: 2221, E(): 0, (91.8% identity + in 366 aa overlap). N-terminus similar to N-terminus of + myo-inositol-1-phosphate synthases e.g. INO1_SPIPO|P42803 + myo-inositol-1-phosphate synthase (510 aa), FASTA scores: + opt: 144, E(): 0.021, (25.2% identity in 365 aa overlap); + CAC21218.1|AJ401007 myo-inositol 1P synthase from + Thermotoga sp. SG1 (335 aa); etc. Also highly similar to + other hypothetical proteins e.g. AL049826|SCH24_21c + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (360 + aa), FASTA scores: opt: 1790, E(): 0, (77.8% identity in + 360 aa overlap); AE000881_1 conserved protein from M. + thermoautotrophicus (368 aa); etc. Protein product from + Mb0047c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0047c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE SYNTHASE INO1 (Inositol + 1-phosphate synthetase) (D-glucose 6-phosphate + cycloaldolase) (Glucose 6-phosphate cyclase) + (Glucocycloaldolase)" + /protein_id="SIT98407.1" + /db_xref="GOA:P59967" + /db_xref="InterPro:IPR002587" + /db_xref="InterPro:IPR013021" + /db_xref="InterPro:IPR017815" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59967" + /translation="MSEHQSLPAPEASTEVRVAIVGVGNCASSLVQGVEYYYNADDTS + TVPGLMHVRFGPYHVRDVKFVAAFDVDAKKVGFDLSDAIFASENNTIKIADVAPTNVI + VQRGPTLDGIGKYYADTIELSDAEPVDVVQALKEAKVDVLVSYLPVGSEEADKFYAQC + AIDAGVAFVNALPVFIASDPVWAKKFTDAGVPIVGDDIKSQVGATITHRVLAKLFEDR + GVQLDRTMQLNVGGNMDFLNMLERERLESKKISKTQAVTSNLKREFKTKDVHIGPSDH + VGWLDDRKWAYVRLEGRAFGDVPLNLEYKLEVWDSPNSAGVIIDAVRAAKIAKDRGIG + GPVIPASAYLMKSPPEQLPDDIARAQLEEFIIG" + gene complement(51169..51711) + /locus_tag="BQ2027_MB0048C" + CDS complement(51169..51711) + /locus_tag="BQ2027_MB0048C" + /note="Mb0048c, -, len: 180 aa. Equivalent to Rv0047c, + len: 180 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 180 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to NP_302717.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (180 aa). Also showing strong similarity to other + hypothetical proteins e.g. AL049826|SCH24_22|T36587 from + Streptomyces coelicolor (225 aa), FASTA scores: opt: 583, + E(): 9e-31, (51.4% identity in 177 aa overlap); etc. Some + similarity to Rv1176c from Mycobacterium tuberculosis and + to P94443|YFIO from Bacillus subtilis (182 aa), FASTA + scores: E(): 0.00066, (24.9% identity in 177 aa overlap). + Also some similarity to G1163121 MITHRAMYCIN RESISTANCE + DETERMINANT, ATP-BINDING PROTEIN (219 aa), FASTA scores: + opt: 143, E(): 0.0091, (29.4% identity in 180 aa overlap). + Protein product from Mb0048c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0048c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, PadR family" + /protein_id="SIT98408.1" + /db_xref="InterPro:IPR005149" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC5" + /translation="MLELAILGLLIESPMHGYELRKRLTGLLGAFRAFSYGSLYPALR + RMQADGLIAENAAPAGTPVRRARRVYQLTDKGRRRFGELVADTGPHNYTDDGFGVHLA + FFNRTPAEARMRILEGRRRQVEERREGLREAVARASSSFDRYTRQLHQLGLESSEREV + KWLNELIAAERAAPNPAEQT" + gene complement(51812..52681) + /locus_tag="BQ2027_MB0049C" + CDS complement(51812..52681) + /locus_tag="BQ2027_MB0049C" + /note="Mb0049c, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv0048c, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 289 aa overlap). Possible membrane + protein. Protein product from Mb0049c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0049c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98410.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVA5" + /db_xref="InterPro:IPR012551" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVA5" + /translation="MAKWLGAPLARGVSTATRAKDSDRQDACRILDDALRDGELSMEE + HRERVSAATKAVTLGDLQRLVADLQVESAPAQMPALKSRAKRTELGLLAAAFVASVLL + GVGIGWGVYGNTRSPLDFTSDPGAKPDGIAPVVLTPPRQLHSLGGLTGLLEQTRKRFG + DTMGYRLVIYPEYASLDRVDPADDRRVLAYTYRGGWGDATSSAKSIADVSVVDLSKFD + AKTAVSIMRGAPETLGLKQSDVKSMYLIVEPAKDPTTPAALSLSLYVSSDYGGGYLVF + AGDGTIKHVSYPS" + gene 52815..53228 + /locus_tag="BQ2027_MB0050" + CDS 52815..53228 + /locus_tag="BQ2027_MB0050" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0050, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv0049, len: + 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, only equivalent to + AL022118|MLCB1913_20 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (138 aa), FASTA scores: opt: 768, + E(): 0, (83.9% identity in 137 aa overlap). Mb0050 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT98412.1" + /db_xref="InterPro:IPR035169" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64678" + /translation="MDYTLRRRSLLAEVYSGRTGVSEVCDANPYLLRAAKFHGKPSRV + ICPICRKEQLTLVSWVFGEHLGAVSGSARTAEELILLATRFSEFAVHVVEVCRTCSWN + HLVKSYVLGAARPARPPRGSGGTRTARNGARTASE" + gene 53221..55689 + /gene="ponA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0051" + CDS 53221..55689 + /gene="ponA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0051" + /note="Mb0051, ponA1, len: 680 aa. Equivalent to Rv0050, + len: 678 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 680 aa overlap). Probable ponA1, + penicillin-binding protein (class A), bienzymatic protein + with transglycosylase (EC 2.4.2.-) and transpeptidase (EC + 3.4.-.-) activities, highly similar to many e.g. + NP_302715.1|NC_002677 penicillin-binding protein from + Mycobacterium leprae (708 aa); AAB53123.1|L39923 + penicillin binding protein from Mycobacterium leprae (686 + aa), FASTA scores: (82.3% identity in 679 aa overlap); + Q9F9V7|PONA|AAG13121.1|AF165523_1|AF165523 + penicillin-binding protein 1 from Mycobacterium smegmatis + (715 aa) (see citation below); CAB88838.1|AL353832 + probable penicillin-binding protein from Streptomyces + coelicolor (756 aa); etc. Also similar to + ponA2|Rv3682|MTV025.030 BIFUNCTIONAL MEMBRANE-ASSOCIATED + PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A/1B from Mycobacterium + tuberculosis (810 aa). BELONGS TO THE TRANSGLYCOSYLASE + FAMILY IN THE N-TERMINAL SECTION, AND TO THE + TRANSPEPTIDASE FAMILY IN THE C-TERMINAL SECTION. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, two + insertions of 3 bp each (*-tcc, *-cgt) leads to a slightly + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (680 aa versus 678 aa). Protein + product from Mb0051 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0051 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL PENICILLIN-BINDING PROTEIN + 1A/1B PONA1 (MUREIN POLYMERASE) (PBP1): + PENICILLIN-INSENSITIVE TRANSGLYCOSYLASE (PEPTIDOGLYCAN + TGASE) + PENICILLIN-SENSITIVE TRANSPEPTIDASE + (DD-TRANSPEPTIDASE)" + /protein_id="SIT98414.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XUS2" + /db_xref="InterPro:IPR001264" + /db_xref="InterPro:IPR001460" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="InterPro:IPR036950" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUS2" + /translation="MNSDGRHHQSSSGAPRGPANPGQRGQVPPDDRLTAILPPVTDDR + SAPHADSIEAVKAALDGAPPMPPPRDPLEEVTAALAAPPGKPPRGDQLGGRRRPPGPP + GPPGSSGQPAGRLPQPRVDLPRVGQINWKWIRRSLYLTAAVVILLLMVTFTMAYLIVD + VPKPGDIRTNQVSTILASDGSEIAKIVPPEGNRVDVNLSQVPMHVRQAVIAAEDRNFY + SNPGFSFTGFARAVKNNLFGGDLQGGSTITQQYVKNALVGSAQHGWSGLMRKAKELVI + ATKMSGEWSKDDVLQAYLNIIYFGRGAYGISAASKAYFDKPVEQLTVAEGALLAALIR + RPSTLDPAVDPEGAHARWNWVLDGMVETKALSPNDRAAQVFPETVPPDLARAENQTKG + PNGLIERQVTRELLELFNIDEQTLNTQGLVVTTTIDPQAQRAAEKAVAKYLDGQDPDM + RAAVVSIDPHNGAVRAYYGGDNANGFDFAQAGLQTGSSFKVFALVAALEQGIGLGYQV + DSSPLTVDGIKITNVEGEGCGTCNIAEALKMSLNTSYYRLMLKLNGGPQAVADAAHQA + GIASSFPGVAHTLSEDGKGGPPNNGIVLGQYQTRVIDMASAYATLAASGIYHPPHFVQ + KVVSANGQVLFDASTADNTGDQRIPKAVADNVTAAMEPIAGYSRGHNLAGGRDSAAKT + GTTQFGDTTANKDAWMVGYTPSLSTAVWVGTVKGDEPLVTASGAAIYGSGLPSDIWKA + TMDGALKGTSNETFPKPTEVGGYAGVPPPPPPPPSEVPPSETVIQPTVEIAPGITIPI + GPPTTITLAPPPPAPPAATPTPPP" + gene 55686..57368 + /locus_tag="BQ2027_MB0052" + CDS 55686..57368 + /locus_tag="BQ2027_MB0052" + /note="Mb0052, -, len: 560 aa. Equivalent to Rv0051, + len:560 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 560 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to NP_302714.1|NC_002677 + conserved membrane protein from Mycobacterium leprae (564 + aa); and highly similar to C-terminus of + AAF25828.1|AF187306_1|AF187306 putative transmembrane + protein from Mycobacterium smegmatis (692 aa). Also highly + similar to MSGDNAB_5|G886306|L222-ORF5 (418 aa), FASTA + scores: opt: 2163, E(): 0, (78.4% identity in 412 aa + overlap). Also similar to AL049826|SCH24_24|T36589 + probable transmembrane protein from Streptomyces + coelicolor (502 aa), FASTA scores: opt: 492, E(): 1.4e-23, + (35.8% identity in 522 aa overlap). Mb0052 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98416.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU43" + /db_xref="InterPro:IPR016570" + /db_xref="InterPro:IPR018584" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU43" + /translation="MTGALSQSSNISPLPLAADLRSADNRDCPSRTDVLGAALANVVG + GPVGRHALIGRTRLMTPLRVMFAIALVFLALGWSTKAACLQSTGTGPGDQRVANWDNQ + RAYYQLCYSDTVPLYGAELLSQGKFPYKSSWIETDSNGTPQLRYDGQIAVRYMEYPVL + TGIYQYLSMAIAKTYTALSKVAPLPVVAEVVMFFNVAAFGLALAWLTTVWATSGLAGR + RIWDAALVAASPLVIFQIFTNFDALATGLATSGLLAWARRRPVLAGVLIGLGSAAKLY + PLLFLYPLLLLGIRAGRLNALARTMAAAAATWLLVNLPVMLLFPRGWSEFFRLNTRRG + DDMDSLYNVVKSFTGWRGFDPTLGFWEPPLVLNTVVTLLFVLCCAAIAYIALTAPHRP + RVAQLTFLTVASFLLVNKVWSPQFSLWLVPLAVLALPHRRILLAWMTIDALVWVPRMY + YLYGNPSRSLPEQWFTTTVLLRDIAVMVLCGLVVWQIYRPGRDLVRTGGPGALPACGG + VDDPVGGVFANAADAPPGRLPSWLRPRLGDEHARERTPDAGRDRTFSGQHRA" + gene 57400..57963 + /locus_tag="BQ2027_MB0053" + CDS 57400..57963 + /locus_tag="BQ2027_MB0053" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0053, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv0052, len: + 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 187 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + AL049587|SC5F2A_30S|T35272 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (211 aa), FASTA scores: opt: 531, + E(): 3.4e-29, (49.5% identity in 182 aa overlap); + NP_420588.1|NC_002696 ThiJ/PfpI family protein from + Caulobacter crescentus (267 aa); etc. Some similarity to + Escherichia coli G1100872|thiJ (198 aa), FASTA scores: + opt: 178, E(): 6.1e-06, (29.9% identity in 137 aa + overlap). Also similar to Rv1930c from Mycobacterium + tuberculosis (174 aa). May be a membrane protein. Protein + product from Mb0053 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0053 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Intracellular protease" + /protein_id="SIT98418.1" + /db_xref="InterPro:IPR002818" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU47" + /translation="MPSFDVVFVGHRRGEVRSDNAMLGLLCDAAFDELTRPDVVIFPG + GIGTRTLIHDQTVLDWVREAHRHTLLTTSVCTGGLVLAAAGLLNGLTATTHWRVQDLF + NSLGARYVPQRVVEHLPERVITAAGVSSGIDMGLRLVELLVSREAAEASQLMIEYDPQ + PPVDAGSLAKASPATHRLALEFYQHRL" + gene 58182..58472 + /gene="rpsF" + /locus_tag="BQ2027_MB0054" + CDS 58182..58472 + /gene="rpsF" + /locus_tag="BQ2027_MB0054" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0054, rpsF, len: 96 aa. Equivalent to Rv0053, + len: 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). Probable 30S ribosomal + protein S6, equivalent to RS6_MYCLE|P46389 30s ribosomal + protein s6 from Mycobacterium leprae (96 aa), FASTA + scores: opt: 570, E(): 1.1e-36, (91.7% identity in 96 aa + overlap).Also highly similar to many e.g. Q9X8U2|RS6_STRCO + 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 from Streptomyces coelicolor (96 + aa); etc. Note that the putative product of this CDS + corresponds to spot 6_26 identified in culture supernatant + by proteomics at the Max-Planck-Institut fuer + Infektionsbiologie (see citations below). Contains PS01048 + Ribosomal protein S6 signature. BELONGS TO THE S6P FAMILY + OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0054 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0054 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s6 rpsf" + /protein_id="SIT98421.1" + /db_xref="GOA:P66592" + /db_xref="InterPro:IPR000529" + /db_xref="InterPro:IPR014717" + /db_xref="InterPro:IPR020814" + /db_xref="InterPro:IPR020815" + /db_xref="InterPro:IPR035980" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66592" + /translation="MRPYEIMVILDPTLDERTVAPSLETFLNVVRKDGGKVEKVDIWG + KRRLAYEIAKHAEGIYVVIDVKAAPATVSELDRQLSLNESVLRTKVMRTDKH" + gene 58576..59070 + /gene="ssb" + /locus_tag="BQ2027_MB0055" + CDS 58576..59070 + /gene="ssb" + /locus_tag="BQ2027_MB0055" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0055, ssb, len: 164 aa. Equivalent to Rv0054, + len: 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 164 aa overlap). Probable ssb, + single-strand binding protein, equivalent to highly + similar to others e.g. SSB_MYCLE|P46390 single-strand + binding protein from Mycobacterium leprae (140 aa), FASTA + scores: opt: 792, E(): 0, (92.6% identity in 135 aa + overlap); and AAK30583.1|AF349434 single-stranded + DNA-binding protein from Mycobacterium smegmatis (165 aa). + Also highly similar to others e.g. T36594 probable + single-strand binding protein from Streptomyces coelicolor + (199 aa); etc. Also similar to Rv2478c|MTV008_34c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (161 aa), FASTA score: E (): 1.1e-06. Note + that the putative product of this CDS corresponds to spot + 3_210 identified in culture supernatant by proteomics at + the Max-Planck-Institut fuer Infektionsbiologie (see + citations below). BELONGS TO THE SSB FAMILY. Protein + product from Mb0055 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0055 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="single-strand binding protein ssb + (helix-destabilizing protein)" + /protein_id="SIT98423.1" + /db_xref="GOA:P0A611" + /db_xref="InterPro:IPR000424" + /db_xref="InterPro:IPR011344" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A611" + /translation="MAGDTTITIVGNLTADPELRFTPSGAAVANFTVASTPRIYDRQT + GEWKDGEALFLRCNIWREAAENVAESLTRGARVIVSGRLKQRSFETREGEKRTVIEVE + VDEIGPSLRYATAKVNKASRSGGFGSGSRPAPAQTSSASGDDPWGSAPASGSFGGGDD + EPPF" + gene 59112..59366 + /gene="rpsR1" + /locus_tag="BQ2027_MB0056" + CDS 59112..59366 + /gene="rpsR1" + /locus_tag="BQ2027_MB0056" + /note="Mb0056, rpsR1, len: 84 aa. Equivalent to Rv0055, + len: 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Probable rpsR1, 30S + ribosomal protein S18-1, equivalent to + NP_302711.1|NC_002677|O53125|RS18_MYCLE 30S RIBOSOMAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (84 aa). Also highly + similar to others e.g. Q9X8U4|R18A_STRCO 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S18-1 from Streptomyces coelicolor (78 aa); + RS18_B|ACST|P10806 30s ribosomal protein s18 (bs21) (77 + aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 4e-10, (52.2% identity + in 67 aa overlap); etc. Also similar to MTCY63A_5 from + Mycobacterium tuberculosis. BELONGS TO THE S18P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Note that previously known as rpsR. + Protein product from Mb0056 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0056 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s18-1 rpsr1" + /protein_id="SIT98425.1" + /db_xref="GOA:P69231" + /db_xref="InterPro:IPR001648" + /db_xref="InterPro:IPR018275" + /db_xref="InterPro:IPR036870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69231" + /translation="MAKSSKRRPAPEKPVKTRKCVFCAKKDQAIDYKDTALLRTYISE + RGKIRARRVTGNCVQHQRDIALAVKNAREVALLPFTSSVR" + gene 59399..59857 + /gene="rplI" + /locus_tag="BQ2027_MB0057" + CDS 59399..59857 + /gene="rplI" + /locus_tag="BQ2027_MB0057" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0057, rplI, len: 152 aa. Equivalent to Rv0056, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 152 aa overlap). Probable rplI, 50S + ribosomal protein L9, equivalent to RL9_MYCLE|P46385 50s + ribosomal protein l9 from Mycobacterium leprae (152 aa), + FASTA scores: opt: 847, E(): 0, (88.7% identity in 150 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9X8U5|RL9_STRCO 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9 from + Streptomyces coelicolor (148 aa); etc. Contains PS00651 + Ribosomal protein L9 signature. BELONGS TO THE L9P FAMILY + OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0057 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0057 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l9 rpli" + /protein_id="SIT98427.1" + /db_xref="GOA:P66316" + /db_xref="InterPro:IPR000244" + /db_xref="InterPro:IPR009027" + /db_xref="InterPro:IPR020069" + /db_xref="InterPro:IPR020070" + /db_xref="InterPro:IPR020594" + /db_xref="InterPro:IPR036791" + /db_xref="InterPro:IPR036935" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66316" + /translation="MKLILTADVDHLGSIGDTVEVKDGYGRNFLLPRGLAIVASRGAQ + KQADEIRRARETKSVRDLEHANEIKAAIEALGPIALPVKTSADSGKLFGSVTAADVVA + AIKKAGGPNLDKRIVRLPKTHIKAVGTHFVSVHLHPEIDVEVSLDVVAQS" + gene 59886..60407 + /locus_tag="BQ2027_MB0058" + CDS 59886..60407 + /locus_tag="BQ2027_MB0058" + /note="Mb0058, -, len: 173 aa. Equivalent to Rv0057, len: + 173 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 173 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0058 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT98430.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64680" + /translation="MPVVTAVGRRRGFAMPWVSTARSGAVMLANYSAGVCGRVSSPGL + NVRKMCLKANTPGAVTWLDTPKRFLSTQTASRCMAVNSSDVVTGRIDPQVLHTPLNTD + VDGYAHAMHSSINSGPLEYLPATFSVFPALGDVGDLGGGVGAATYALDRLSNMRSGAC + VGGGESPWRSLMT" + gene 60386..63010 + /gene="dnaB" + /locus_tag="BQ2027_MB0059" + CDS 60386..63010 + /gene="dnaB" + /locus_tag="BQ2027_MB0059" + /note="Mb0059, dnaB, len: 874 aa. Equivalent to Rv0058, + len: 874 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 874 aa overlap). Probable dnaB, + replicative DNA helicase (EC 3.6.1.-). Contains an intein + (position 61630..62838) similar to, and in the same + position as, those in Sycnechocystis and Rhodothermus + marinus (see citation below). Highly similar to others + e.g. DNAB_SYNY3|Q55418 replicative dna helicase (872 aa), + FASTA scores: opt: 533, E(): 0, (32.5% identity in 424 aa + overlap). Also similar to intein recA|E1173867|AL008967 + RECA INTEIN from Mycobacterium tuberculosis (442 aa), + FASTA scores: E(): 3.8e-16, (27.0% identity in 426 aa + overlap). C-terminal extein (position 62839..63015) + similar to many dnaB proteins e.g. + NP_302709.1|NC_002677|P46394|DNAB_MYCLE REPLICATIVE DNA + HELICASE from Mycobacterium leprae (604 aa); + DNAB_ECOLI|P03005 replicative dna helicase from + Escherichia coli (471 aa), FASTA scores: opt: 148, E(): + 1.5e-07, (37.9% identity in 58 aa overlap); etc. THIS + PROTEIN UNDERGOES A PROTEIN SELF SPLICING THAT INVOLVES A + POST-TRANSLATIONAL EXCISION OF THE INTERVENING REGION + (INTEIN) FOLLOWED BY PEPTIDE LIGATION. BELONGS TO THE + HELICASE FAMILY, DNAB SUBFAMILY. IN THE INTEIN SECTION; + BELONGS TO THE HOMING ENDONUCLEASE FAMILY. Mb0059 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE REPLICATIVE DNA HELICASE DNAB" + /protein_id="SIT98432.1" + /db_xref="GOA:P59966" + /db_xref="InterPro:IPR003586" + /db_xref="InterPro:IPR003587" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004042" + /db_xref="InterPro:IPR004860" + /db_xref="InterPro:IPR006141" + /db_xref="InterPro:IPR006142" + /db_xref="InterPro:IPR007692" + /db_xref="InterPro:IPR007693" + /db_xref="InterPro:IPR007694" + /db_xref="InterPro:IPR016136" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR027434" + /db_xref="InterPro:IPR030934" + /db_xref="InterPro:IPR036185" + /db_xref="InterPro:IPR036844" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59966" + /translation="MAVVDDLAPGMDSSPPSEDYGRQPPQDLAAEQSVLGGMLLSKDA + IADVLERLRPGDFYRPAHQNVYDAILDLYGRGEPADAVTVAAELDRRGLLRRIGGAPY + LHTLISTVPTAANAGYYASIVAEKALLRRLVEAGTRVVQYGYAGAEGADVAEVVDRAQ + AEIYDVADRRLSEDFVALEDLLQPTMDEIDAIASSGGLARGVATGFTELDEVTNGLHP + GQMVIVAARPGVGKSTLGLDFMRSCSIRHRMASVIFSLEMSKSEIVMRLLSAEAKIKL + SDMRSGRMSDDDWTRLARRMSEISEAPLFIDDSPNLTMMEIRAKARRLRQKANLKLIV + VDYLQLMTSGKKYESRQVEVSEFSRHLKLLAKELEVPVVAISQLNRGPEQRTDKKPML + ADLRESGCLTASTRILRADTGAEVAFGELMRSGERPMVWSLDERLRMVARPMINVFPS + GRKEVFRLRLASGREVEATGSHPFMKFEGWTPLAQLKVGDRIAAPRRVPEPIDTQRMP + ESELISLARMIGDGSCLKNQPIRYEPVDEANLAAVTVSAAHSDGAAIRDDYLAARVPS + LRPARQRLPRGRCTPIAAWLAGLGLFTKRSHEKCVPEAVFRAPNDQVALFLRHLWSAG + GSVRWDPTNGQGRVYYGSTSRRLIDDVAQLLLRVGIFSWITHAPKLGGHDSWRLHIHG + AKDQVRFLRHVGVHGAEAVAAQEMLRQLKGPVRNPNLDSAPKKVWAQVRNRLSAKQMM + DIQLHEPTMWKHSPSRSRPHRAEARIEDRAIHELARGDAYWDTVVEITSIGDQHVFDG + TVSGTHNFVANGISLHNSLEQDADVVILLHRPDAFDRDDPRGGEADFILAKHRNGPTK + TVTVAHQLHLSRFANMAR" + gene 63190..63882 + /locus_tag="BQ2027_MB0060" + CDS 63190..63882 + /locus_tag="BQ2027_MB0060" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0060, -, len: 230 aa. Equivalent to Rv0059, len: + 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0060 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0060 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT98434.1" + /db_xref="InterPro:IPR029494" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUE0" + /translation="MITRYKPESGFVARSGGPDRKRPHDWIVWHFTHADNLPGIITAG + RLLADSAVTPTTEVAYNPVKELRRHKVVAPDSRYPASMASDHVPFYIAARSPMLYVVC + KGHSGYSGGAGPLVHLGVALGDIIDADLTWCASDGNAAASYTKFSRQVDTLGTFVDFD + LLCQRQWHNTDDDPNRQSRRAAEILVYGHVPFELVSYVCCYNTETMTRVRTLLDPVGG + VRKYVIKPGMYY" + gene 63899..64957 + /locus_tag="BQ2027_MB0061" + CDS 63899..64957 + /locus_tag="BQ2027_MB0061" + /note="Mb0061, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv0060, len: + 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity to + NP_104623.1|NC_002678 hypothetical protein from + Mesorhizobium loti (155 aa); and AP000062|AP000062_92 + hypothetical protein from Aeropyrum pernix (194 aa), FASTA + scores: opt: 186, E(): 4.2e-05, (30.9% identity in 165 aa + overlap). Protein product from Mb0061 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0061 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ADP-ribose 1-phosphate phophatase related + protein" + /protein_id="SIT98436.1" + /db_xref="InterPro:IPR002589" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUT5" + /translation="MITYGSGDLLRADTEALVNTVNCVGVMGKGIALQFKRRYPEMFT + AYEKACKRGEVTIGKMFVVDTGQLDGPKHIINFPTKKHWRAPSKLAYIDAGLIDLIRV + IRELNIASVAVPPLGVGNGGLDWEDVEQRLVSAFQQLPDVDAVIYPPSGGSRAIEGVE + GLRMTWGRAVILEAMRRYLQQRRAMEPWEDPAGISHLEIQKLMYFANEADPDLALDFT + PGRYGPYSERVRHLLQGMEGAFTVGLGDGTARVLANQPISLTTKGTDAITDYLATDAA + ADRVSAAVDTVLRVIEGFEGPYGVELLASTHWVATREGAKEPATAAAAVRKWTKRKGR + IYSDDRIGVALDRILMTA" + gene complement(65002..65340) + /locus_tag="BQ2027_MB0062A" + CDS complement(65002..65340) + /locus_tag="BQ2027_MB0062A" + /note="Mb0062A, len: 112 aa. Equivalent to Rv0061c len: + 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved + hypothetical protein supported by RNA-seq data. Similar to + MMAR_3839, 76% identity in 112 aa overlap. Replaces + questionable ORF Rv0061 (MTV030.04). Protein product from + Mb0062A detected using shotgun mass spectrometry. Mb0062A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hypothetical protein" + /protein_id="SIT98437.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU77" + /translation="MKLKFARLSTAILGCAAALVFPASVASADPPDPHQPDMTKGYCP + GGRWGFGDLAVCDGEKYPDGSFWHQWMQTWFTGPQFYFDCVSGGEPLPGPPPPGGCGG + AIPSEQPNAP" + gene 65542..66684 + /gene="celA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0063" + CDS 65542..66684 + /gene="celA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0063" + /note="Mb0063, celA1, len: 380 aa. Equivalent to Rv0062, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 380 aa overlap). Possible celA1, + cellulase (EC 3.2.1.4), similar to many e.g. + AB65568.1|AL136058 putative secreted endoglucanase + (cellulase) from Streptomyces coelicolor (332 aa); + P07984|GUNA_CELFI ENDOGLUCANASE A PRECURSOR from + Cellulomonas fimi (449 aa); GUN1_STRHA|P33682 + endoglucanase 1 precursor (cellulase) from STREPTOMYCES + HALSTEDII (321 aa), FASTA scores: opt: 702, E(): 1. 2e-27, + (38.9% identity in 319 aa overlap); etc. SEEMS TO BELONG + TO CELLULASE FAMILY B (FAMILY 6 OF GLYCOSYL HYDROLASES). + Note that previously known as celA. Protein product from + Mb0063 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0063 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CELLULASE CELA1 (ENDOGLUCANASE) + (ENDO-1,4-BETA-GLUCANASE) (FI-CMCASE) (CARBOXYMETHYL + CELLULASE)" + /protein_id="SIT98438.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU64" + /db_xref="InterPro:IPR016288" + /db_xref="InterPro:IPR036434" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU64" + /translation="MTRRTGQRWRGTLPGRRPWTRPAPATCRRHLAFVELRHYFARVM + SSAIGSVARWIVPLLGVAAVASIGVIADPVRVVRAPALILVDAANPLAGKPFYVDPAS + AAMIAARNANPPNAELTSVANTPQSYWLDQAFPPATVGGTVARYTGAAQAAGAMPVLT + LYGIPHRDCGSYASGGFATGTDYRGWIDAVASGLGSSPATIIVEPDALAMADCLSPDQ + RQERFDLVRYAVDTLTRDPAAAVYVDAGHSRWLSAEAMAARLNDVGVGRARGFSLNVS + NFYTTDEEIGYGEAISGLTNGSHYVIDTSRNGAGPAPDAPLNWCNPSGRALGAPPTTA + TAGAHADAYLWIKRPGESDGTCGRGEPQAGRFVSQYAIDLAHNAGQ" + gene 66913..68352 + /locus_tag="BQ2027_MB0064" + CDS 66913..68352 + /locus_tag="BQ2027_MB0064" + /note="Mb0064, -, len: 479 aa. Equivalent to Rv0063, len: + 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to many e.g. + HDNO_ARTOX|P08159 6-hydroxy-d-nicotine oxidase from + Arthrobacter oxidans (458 aa), FASTA scores: opt: 343, + E(): 3.4e-13, (27.4% identity in 467 aa overlap); + AAD28454.1|AF127374_9|AF127374|MitR oxidase from + Streptomyces lavendulae (514 aa); AAF81732.1|AF254925|EncM + putative FAD-dependent oxygenase from + Streptomycesmaritimus (464 aa); etc. Also similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. Rv3107c, Rv1257c, + etc. Contains PS00862 Oxygen oxidoreductases covalent + FAD-binding site. Protein product from Mb0064 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0064 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT98439.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU80" + /db_xref="InterPro:IPR006093" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR012951" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016167" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU80" + /translation="MAREISRQTFLRGAAGALAAGAVFGSVRATADPAASGWEALSSA + LGGKVLQPDDGPQFATAKQVFNTNYNGYTPAVIVTPTSQLDVQKAMAFAAANNLKVAP + RGGGHSYVGASTANGAMVLDLRQLPGDINYDATTGRVTVTPATGLYAMHQVLAAAGRG + IPTGTCPTVGVAGHALGGGLGANSRHAGLLCDQLTSASVVLPSGQAVTASATDHPDLF + WALRGGGGGNFGVTTSLTFATFPSGDLDVVNLNFPPQSFAQVLVGWQNWLRTADRGSW + ALADATVDPLGTHCRILATCPAGSGGSVAAAIVSAVGTQPTGTENHTFNYLDLVRYLA + VGNLNPSPLGYVGGSDVFTTITPATAQGIASAVDAFPRGAGRMLAIMHALDGALATVS + PGATAFPWRRQSALVQWYVETSGSPSEATSWLNTAHQAVRAYSVGGYVNYLEVNQPPA + RYFGPNLSRLSAVRQKYDPSRVMFSGLNF" + gene 68610..71549 + /locus_tag="BQ2027_MB0065" + CDS 68610..71549 + /locus_tag="BQ2027_MB0065" + /note="Mb0065, -, len: 979 aa. Equivalent to Rv0064, len: + 979 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 979 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, highly similar to NP_301532.1| + (NC_002677) putative integral membrane protein from + Mycobacterium leprae (983 aa). Also similar to other + hypothetical proteins from ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS and + Synecocystis sp. e.g. P72637|D90899 HYPOTHETICAL 117.2 KD + PROTEIN from SYNECHOCYSTIS SP. (1032 aa), FASTA scores: + opt: 1004, E(): 3.6e-32, (31.0 % identity in 848 aa + overlap); and CAC01334.1|AL390968 putative integral + membrane protein (fragment) from Streptomyces coelicolor + (815 aa); etc. Also similar to Rv3193c from Mycobacterium + tuberculosis (992 aa), FASTA score: (50.3% identity in 985 + aa overlap). Contains probable coiled-coil domain from aa + 948 to 976. Mb0065 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT98440.1" + /db_xref="GOA:Q7U2X8" + /db_xref="InterPro:IPR005372" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U2X8" + /translation="METGSPGKRPVLPKRARLLVTAGMGMLALLLFGPRLVDIYVDWL + WFGEVGFRSVWITVLLTRLAIVAAVALVVAGIVLAALLLAYRSRPFFVPDEPQRDPVA + PLRSAVMRRPRLFGWGIAVTLGVVCGLIASFDWVKVQLFVHGGTFGIVDPEFGYDIGF + FVFDLPFYRSVLNWLFVAVVLAFLASLLTHYLFGGLRLTTGRGMLTQAARVQLAVFAG + AVVLLKAVAYWLDRYELLSSGRKEPTFTGAGYTDIHAELPAKLVLVAIAVLCAVSFFT + AIFLRDLRIPAMAAALLVLSAILVGGLWPLLMEQFSVRPNAADVERPYIQRNIEATRE + AYRIGGDWVQYRSYPGIGTKQPRDVPVDVTTIAKVRLLDPHILSRTFTQQQQLKNFFS + FAEILDIDRYRIDGELQDYIVGVRELSPKSLTGNQTDWINKHIVYTHGNGFVAAPANR + VNAAARDAENISDSNSGYPIYAVSDIASLGSGRQVIPVEQPRVYYGEVIAQADPDYAI + VGGAPGSAPREYDTDTSKYTYTGAGGVSIGNWFNRTVFATKFAQHKFLFSREIGSESK + VLIHRDPKERVQRVAPWLTTDDNPYPVVVNGRIVWIVDAYTTLDTYPYAQRSSLEGPV + TSPTGIVRQGKQVSYVRNSVKATVDAYDGTVTLFQFDRDDPVLRTWMRAFPGTVKSED + QIPDELRAHFRYPEDLFEVQRSLLAKYHVDEPREFFTTNAFWSVPSDPTNDANATQPP + FYVLVGDQQSAQPSFRLASAMVGYNREFLSAYISAHSDPANYGKLTVLELPTDTLTQG + PQQIQNSMISDTRVASERTLLERSNRIHYGNLLSLPIADGGVLYVEPLYTERISTSPS + SSTFPQLSRVLVSVREPRTEGGVRVGYAPTLAESLDQVFGPGTGRVATAPGGDAASAP + PPGAGGPAPPQAVPPPRTTQPPAAPPRGPDVPPATVAELRETLADLRAVLDRLEKAID + AAETPGG" + gene 71616..71855 + /gene="vapB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0065A" + CDS 71616..71855 + /gene="vapB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0065A" + /note="Mb0065A, len: 79 aa. Equivalent to Rv0064A len: 79 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (98.7% + identity in 79 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB1, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv0065 + (See Arcus et al., 2005; Pandey and Gerdes, 2005). Weakly + similar to others in Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv0300 (73 aa),Rv1721c (75 aa) Protein product from + Mb0065A detected using shotgun mass spectrometry. Mb0065A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB1" + /protein_id="SIT98441.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU88" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU88" + /translation="MATIQVRDLPEDVAETYRRRATAAGQSLQTYMRTKLIEGVRGRD + KAEVIEILEQALASTASPGISRETIEASRRELRGG" + gene 71848..72249 + /gene="vapc1" + /locus_tag="BQ2027_MB0066" + CDS 71848..72249 + /gene="vapc1" + /locus_tag="BQ2027_MB0066" + /note="Mb0066, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv0065, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis: Rv0960 (127 aa), + Rv1720c (129 aa), and Rv0549c (137 aa). Protein product + from Mb0066 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0066 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc1" + /protein_id="SIT98442.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XU79" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU79" + /translation="MDECVVDAAAVVDALAGKGASAIVLRGLLKESISNAPHLLDAEV + GHALRRAVLSDEISEEQARAALDALPYLIDNRYPHSPRLIEYTWQLRHNVTFYDALYV + ALATALDVPLLTGDSRLAAAPGLPCEIKLVR" + gene complement(72301..74538) + /gene="icd2" + /locus_tag="BQ2027_MB0067C" + CDS complement(72301..74538) + /gene="icd2" + /locus_tag="BQ2027_MB0067C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0067c, icd2, len: 745 aa. Equivalent to Rv0066c, + len: 745 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 745 aa overlap). Probable icd2, + isocitrate dehydrogenase NADP-dependant (EC 1.1.1.42), + equivalent to NP_302705.1|NC_002677 isocitrate + dehydrogenase [NADP] from Mycobacterium leprae (746 aa). + Also highly similar to many members of the monomeric-type + family of IDH e.g. NP_251314.1|NC_002516 isocitrate + dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa (741 aa); + IDH_AZOVI|P16100 isocitrate dehydrogenase (nadp) from + Azotobacter vinelandii (741 aa), FASTA scores: opt: 3106, + E(): 0, (61.4% identity in 735 aa overlap); + NP_230786.1|NC_002505 isocitrate dehydrogenase [Vibrio + cholerae (741 aa); etc. BELONGS TO THE MONOMERIC-TYPE + FAMILY OF IDH. Protein product from Mb0067c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0067c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ISOCITRATE DEHYDROGENASE [NADP] ICD2 + (OXALOSUCCINATE DECARBOXYLASE) (IDH) (NADP+-SPECIFIC ICDH) + (IDP)" + /protein_id="SIT98443.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE0" + /db_xref="InterPro:IPR004436" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE0" + /translation="MSAEQPTIIYTLTDEAPLLATYAFLPIVRAFAEPAGIKIEASDI + SVAARILAEFPDYLTEEQRVPDNLAELGRLTQLPDTNIIKLPNISASVPQLVAAIKEL + QDKGYAVPDYPADPNTDQEKAIKERYARCLGSAVNPVLRQGNSDRRAPKAVKEYARKH + PHSMGEWSMASRTHVAHMRHGDFYAGEKSMTLDRARNVRMELLAKSGKTIVLKPEVPL + DDGDVIDSMFMSKKALCDFYEEQMQDAFETGVMFSLHVKATMMKVSHPIVFGHAVRIF + YKDAFAKHQELFDDLGVNVNNGLSDLYSKIESLPASQRDEIIEDLHRCHEHRPELAMV + DSARGISNFHSPSDVIVDASMPAMIRAGGKMYGADGKLKDTKAVNPESTFSRIYQEII + NFCKTNGQFDPTTMGTVPNVGLMAQQAEEYGSHDKTFEIPEDGVANIVDVATGEVLLT + ENVEAGDIWRMCIVKDAPIRDWVKLAVTRARISGMPVLFWLDPYRPHENELIKKVKTY + LKDHDTEGLDIQIMSQVRSMRYTCERLVRGLDTIAATGNILRDYLTDLFPILELGTSA + KMLSVVPLMAGGGMYETGAGGSAPKHVKQLVEENHLRWDSLGEFLALGAGFEDIGIKT + GNERAKLLGKTLDAAIGKLLDNDKSPSRKTGELDNRGSQFYLAMYWAQELAAQTDDQQ + LAEHFASLADVLTKNEDVIVRELTEVQGEPVDIGGYYAPDSDMTTAVMRPSKTFNAAL + EAVQG" + gene complement(74656..75225) + /locus_tag="BQ2027_MB0068C" + CDS complement(74656..75225) + /locus_tag="BQ2027_MB0068C" + /note="Mb0068c, -, len: 189 aa. Equivalent to Rv0067c, + len: 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 189 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, highly similar except in + N-terminus to T44726 probable transcription regulator from + Mycobacterium leprae (189 aa), FASTA scores: opt: 829, + E(): 0, (68.3% identity in 189 aa overlap). And similar to + others, often many members of the tetR family, e.g. T36918 + probable transcription regulator from Streptomyces + coelicolor (202 aa); NP_535866.1|NC_003306 transcriptional + regulator TetR family from Agrobacterium tumefaciens + strain C58 (Dupont) (194 aa); UIDR_ECOLI|Q59431 uid operon + repressor (gus operon repressor) from Escherichia coli + (196 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): 7.2e-06, (24.7% + identity in 186 aa overlap); etc. Also similar to + MTCY8D5_28 from Mycobacterium tuberculosis cosmid (229 + aa), FASTA score: (32.7% identity in 168 aa overlap). + Contains probable helix-turn-helix motif from aa 34 to 55 + (Score 1523, +4.37 SD). Protein product from Mb0068c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0068c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIT98444.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVC8" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVC8" + /translation="MAPTDRRVRADAARNRARVLEVAYQTFAADGLSVPVDEIARRAG + VGAGTVYRHFPTKEALFQAVIADRMHRIIDKGHALLKSKHPGDALFAFLRSMVLQWGA + TDRGLVEALAGVGIEISSAAPEAEADFLDLLTDLLRAAQRAGTVRPDVDVLEVKTLLV + GCQAMQSYNAELAAKVTDVALDGLRANRK" + gene 75328..76239 + /locus_tag="BQ2027_MB0069" + CDS 75328..76239 + /locus_tag="BQ2027_MB0069" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0069, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv0068, len: + 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 303 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + NP_301343.1|NC_002677 putative oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (304 aa). Also highly similar to many + e.g. NP_485762.1|NC_003272 probable oxidoreductase from + Nostoc sp. PCC 7120 (311 aa); NP_279536.1|NC_002607|YajO1 + probable oxidoreductase from Halobacterium sp. NRC-1 (316 + aa); OXIR_STRAT|Q03326 probable oxidoreductase from + Streptomyces antibioticus (298 aa), FASTA scores: opt: + 430, E(): 1.3e-16, (34.9% identity in 295 aa overlap); + etc. Also highly similar to MTV037_3 and MTV022_13 from + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb0069 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT98446.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XUE4" + /translation="MTKWTAADIPDQTGRTAVITGANTGLGFETAAALAAHGAHVVLA + VRNLDKGKQAAARITEATPGAEVELQELDLTSLASVRAAAAQLKSDHQRIDLLINNAG + VMYTPRQTTADGFEMQFGTNHLGHFALTGLLIDRLLPVAGSRVVTISSVGHRIRAAIH + FDDLQWERRYRRVAAYGQAKLANLLFTYELQRRLAPGGTTIAVASHPGVSNTELVRNM + PRPLVAVAAILAPLMQDAELGALPTLRAATDPAVRGGQYFGPDGFGEIRGYPKVVASS + AQSHDEQLQRRLWAVSEELTGVVYPVG" + gene complement(76264..77649) + /gene="sdaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0070C" + CDS complement(76264..77649) + /gene="sdaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0070C" + /note="Mb0070c, sdaA, len: 461 aa. Equivalent to Rv0069c, + len: 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 461 aa overlap). Probable sdaA, + L-serine dehydratase (EC 4.3.1.17), equivalent to + NP_302203.1| NC_002677 L-serine dehydratase from + Mycobacterium leprae (458 aa). Also highly similar to many + e.g. NP_251133.1|NC_002516 L-serine dehydratase from + Pseudomonas aeruginosa (458 aa); O86564|SDHL_STRCO + L-SERINE DEHYDRATASE from Streptomyces coelicolor (455 + aa); SDHL_ECOLI|P16095 L-serine dehydratase 1 from + Escherichia coli (454 aa), FASTA scores: opt: 1381, E(): + 0, (51.1% identity in 460 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + IRON-SULFUR DEPENDENT L-SERINE DEHYDRATASE FAMILY. + COFACTOR: IRON-SULFUR (4FE-4S) (PROBABLE). Protein product + from Mb0070c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0070c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE L-SERINE DEHYDRATASE SDAA (L-SERINE + DEAMINASE) (SDH) (L-SD)" + /protein_id="SIT98448.1" + /db_xref="GOA:P66774" + /db_xref="InterPro:IPR004644" + /db_xref="InterPro:IPR005130" + /db_xref="InterPro:IPR005131" + /db_xref="InterPro:IPR029009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66774" + /translation="MTISVFDLFTIGIGPSSSHTVGPMRAANQFVVALRRRGHLDDLE + AMRVDLFGSLAATGAGHGTMSAILLGLEGCQPETITTEHKERRLAEIAASGVTRIGGV + IPVPLTERDIDLHPDIVLPTHPNGMTFTAAGPHGRVLATETYFSVGGGFIVTEQTSGN + SGQHPCSVALPYVSAQELLDICDRLDVSISEAALRNETCCRTENEVRAALLHLRDVMV + ECEQRSIAREGLLPGGLRVRRRAKVWYDRLNAEDPTRKPEFAEDWVNLVALAVNEENA + SGGRVVTAPTNGAAGIVPAVLHYAIHYTSAGAGDPDDVTVRFLLTAGAIGSLFKERAS + ISGAEVGCQGEVGSAAAMAAAGLAEILGGTPRQVENAAEIAMEHSLGLTCDPIAGLVQ + IPCIERNAISAGKAINAARMALRGDGIHRVTLDQVIDTMRATGADMHTKYKETSAGGL + AINVAVNIVEC" + gene complement(77646..78923) + /gene="glyA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0071C" + CDS complement(77646..78923) + /gene="glyA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0071C" + /note="Mb0071c, glyA2, len: 425 aa. Equivalent to Rv0070c, + len: 425 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 425 aa overlap). Probable glyA2, serine + hydroxymethyltransferase (EC 2.1.2.1), equivalent to + NP_302318.1|NC_002677 serine hydroxymethyltransferase from + Mycobacterium leprae (426 aa). Also highly similar to many + e.g. O86565|GLYA_STRCO SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE + from Streptomyces coelicolor (420 aa); + AAK60516.1|AF327063_1|AF327063 serine + hydroxymethyltransferase from Corynebacterium glutamicum + (434 aa); GLYA_ECOLI|P00477 serine + hydroxymethyltransferase from Escherichia coli (417 aa), + FASTA scores: opt: 1462, E(): 0, (54.3% identity in 416 aa + overlap); etc. Also highly similar to MTV017_46 from + Mycobacterium tuberculosis. Contains PS00096 Serine + hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment + site. BELONGS TO THE SHMT FAMILY. COFACTOR: PYRIDOXAL + PHOSPHATE. Protein product from Mb0071c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0071c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="serine hydroxymethyltransferase glya2 (serine + methylase 2) (shmt 2)" + /protein_id="SIT98450.1" + /db_xref="GOA:Q7U2X3" + /db_xref="InterPro:IPR001085" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR019798" + /db_xref="InterPro:IPR039429" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U2X3" + /translation="MNTLNDSLTAFDPDIAALIDGELRRQESGLEMIASENYAPLAVM + QAQGSVLTNKYAEGYPGRRYYGGCEFVDGVEQLAIDRVKALFGAEYANVQPHSGATAN + AATMHALLNPGDTILGLSLAHGGHLTHGMRINFSGKLYHATAYEVSKEDYLVDMDAVA + EAARTHRPKMIIAGWSAYPRQLDFARFRAIADEVDAVLMVDMAHFAGLVAAGVHPSPV + PHAHVVTSTTHKTLGGPRGGIILCNDPAIAKKINSAVFPGQQGGPLGHVIAAKATAFK + MAAQPEFAQRQQRCLDGARILAGRLTQPDVAERGIAVLTGGTDVHLVLVDLRDAELDG + QQAEDRLAAVDITVNRNAVPFDPRPPMITSGLRIGTPALAARGFSHNDFRAVADLIAA + ALTATNDDQLGPLRAQVQRLAARYPLYPELHRT" + gene 79513..80229 + /locus_tag="BQ2027_MB0072" + CDS 79513..80229 + /locus_tag="BQ2027_MB0072" + /note="Mb0072, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv0071, len: + 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.7% identity in 238 aa overlap). Possible maturase, + similar to many proteins of the group II intron maturase + family e.g. P95451|U77945 MATURASE-RELATED PROTEIN from + PSEUDOMONAS ALCALIGENES (297 aa), FASTA scores: opt: 395, + E(): 1.7e-20, (43.5% identity in 147 aa overlap); + N-terminus of AAD16434.1|AF101076 maturase-related protein + from Pseudomonas putida (473 aa); N-terminus of + NP_437373.1|NC_003078 putative reverse + transcriptasematurase protein from Sinorhizobium meliloti + (453 aa); etc. Also similar to MLCL581_1 from + Mycobacterium leprae. Contains 5 VDP repeats at + N-terminus, these are also found in two Streptococcus + plasmid hypothetical proteins Q52246|X17092 and + Q54942|X66468. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 9 bp insertion (*-cggtggacc) leads + to a longer product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (238 aa versus 235 + aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MATURASE" + /protein_id="SIT98452.1" + /db_xref="InterPro:IPR000477" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XU78" + /translation="MSSITVSVDPVDPVDPVDPVDPVDPVDAVVAAGSDGLTVARIES + EIGALEFLNELRTELKSGQFRPQPVRERKIPKPGGLGKVRRLGIPTVADRVVQAALKL + VLEPIFETDFEPVSYGFRPARRAHDTIAEIHLFGTQEYRWVLDADIKACFDRIDHADL + MDRVRHRIKDKRVLRLVNWQRIRHRWNWTDVRRWLTDPTGRWHPISADGITLFNPAAV + PIRRYRYRGNTIPTPWTQAV" + repeat_region 80272..80586 + /note="REP'-1, len: 315 nt. Equivalent to REP', len: 315 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 315 nt overlap). Probable pseudogene + fragment,len: 105 aa; similar to many Mycobacterium + tuberculosis proteins inside REP13E12 elements eg. + TR:Q50655 (EMBL:Z95390) MTCY13E12.20 (317 aa), FASTA + scores; opt: 324 z-score: 432.5 E(): 6.8e-17, 43.4% + identity in 99 aa overlap, but no possible startsite." + /rpt_family="REP" + gene 80660..81709 + /locus_tag="BQ2027_MB0073" + CDS 80660..81709 + /locus_tag="BQ2027_MB0073" + /note="Mb0073, -, len: 349 aa. Equivalent to Rv0072, len: + 349 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 349 aa overlap). Probable + glutamine-transport transmembrane protein ABC-transporter + (see citation below), showing weak similarity to + NP_465894.1|NC_003210 protein similar to putative + ABC-transporter transmembrane subunit from Listeria + monocytogenes EGD-e (367 aa); NP_471800.1|NC_003212 + protein similar to putative ABC-transporter transmembrane + subunit from Listeria innocua (367 aa); E1204111|AJ003195 + MEMBRANE SPANNING SUBUNIT DEVC from ANABAENA VARIABILIS + (385 aa), FASTA scores: opt: 155, E(): 8.1e-07, (22.0% + identity in 381 aa overlap). Also highly similar to + Rv2563|Y0A5_MYCTU|Q50735|MTCY9C4.05c from Mycobacterium + tuberculosis (388 aa), FASTA scores: E(): 0, (76.2% + identity in 349 aa overlap). Note that supposed act with + near ORF Rv0073|MTV030.17 ATP-binding protein + ABC-transporter. Protein product from Mb0073 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0073 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="CAB5247775.1" + /translation="MLFAALRDMQWRKRRLVITIISTGLIFGMTLVLTGLANGFRVEA + RHTVDSMGVDVFVVRSGAAGPFLGSIPFPDVDLARVAAEPGVMAAAPLGSVGTIMKEG + TSTRNVTVFGAPEHGPGMPRVSEGRSPSKPDEVAASSTMGRHLGDTVEVGARRLRVVG + IVPNSTALAKIPNVFLTTEGLQKLAYNGQPNITSIGIIGMPRQLPEGYQTFDRVGAVN + DLVRPLKVAVNSISIVAVLLWIVAVLIVGSVVYLSALERLRDFAVFKAIGTPTRSIMA + GLALQALVIALLAAVVGVVLAQVLAPLFPMIVAVPVGAYLALPVAAIVIGLFASVAGL + KRVVTVDPAQAFGGP" + gene 81712..82554 + /locus_tag="BQ2027_MB0074" + CDS 81712..82554 + /locus_tag="BQ2027_MB0074" + /note="Mb0074, -, len: 280 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0073, len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (94.9% identity in 275 aa overlap). Probable + glutamine-transport ATP-binding protein ABC-transporter + (see citation below), similar to many ATP-binding proteins + e.g. NP_070646.1|NC_000917 ABC transporter ATP-binding + protein from Archaeoglobus fulgidus (231 aa); T34822 + ABC-transporter ATP binding protein from Streptomyces + coelicolor (230 aa); YBJZ_ECOLI|P75831 hypothetical ABC + transporter ATP-binding protein from Escherichia coli (648 + aa), FASTA scores: opt: 531, E(): 6.8e-30, (38.6% identity + in 233 aa overlap); etc. Also highly similar to + Y0A4_MYCT|Q50734|MTCY9C4.04c hypothetical ABC transporter + ATP-binding protein from Mycobacterium tuberculosis (330 + aa), FASTA scores: E(): 0, (83.3% identity in 330 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), PS00211 ABC transporters family signature, and + PS00889 Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. + BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Note that supposed act with near ORF + Rv0072|MTV030.16 transmembrane ABC-transporter. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0073 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (a-*) splits Rv0073 into 2 parts, Mb0074 and + Mb0075. Mb0074 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER GLNQ" + /protein_id="CAB5247776.1" + /translation="MGDLSIQNLVVEYYSGGYALRPINGLNLDVAAGSLVMLLGPSGC + GKTTLLSCLGGILRPKSGAIKFDEVDITTLQGAELANYRRNKVGIVFQAFNLVPSLTA + VENVMVPLRSAGMSRRASRRRAEELLARVNLAERMNHRPGDLSGGQQQRVAVARAIAL + DPPLILADEPTAHLDFIQVEEVLRLIRELADGERVVVVATHDSRMLPMADRVVELTPD + FAETNRPPETVHLQAGEVLFEQSTMGDLIYVVSEGEFEIVHDWPTAVRNWSRLPGRGI + TSAR" + gene 82557..82703 + /locus_tag="BQ2027_MB0075" + CDS 82557..82703 + /locus_tag="BQ2027_MB0075" + /note="Mb0075 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing.,Mb0075, -, len: 48 aa. Equivalent to 3' + end of Rv0073, len: 330 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 70 aa + overlap). Probable glutamine-transport ATP-binding protein + ABC-transporter (see citation below), similar to many + ATP-binding proteins e.g. NP_070646.1|NC_000917 ABC + transporter ATP-binding protein from Archaeoglobus + fulgidus (231 aa); T34822 ABC-transporter ATP binding + protein from Streptomyces coelicolor (230 aa); + YBJZ_ECOLI|P75831 hypothetical ABC transporter ATP-binding + protein from Escherichia coli (648 aa), FASTA scores: opt: + 531, E(): 6.8e-30, (38.6% identity in 233 aa overlap); + etc. Also highly similar to Y0A4_MYCT|Q50734|MTCY9C4.04c + hypothetical ABC transporter ATP-binding protein from + Mycobacterium tuberculosis (330 aa), FASTA scores: E(): 0, + (83.3% identity in 330 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), PS00211 ABC + transporters family signature, and PS00889 Cyclic + nucleotide-binding domain signature 2. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Note that supposed act with near ORF Rv0072|MTV030.16 + transmembrane ABC-transporter. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0073 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (a-*) splits Rv0073 into 2 parts, Mb0074 and + Mb0075. Protein product from Mb0075 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-TRANSPORT PROTEIN ABC + TRANSPORTER GLNQ" + /protein_id="CAB5247777.1" + /translation="MLFHLPRSATVRARSDATAVGYTVQAFRERLGVGGLRDLIEHRA + LAND" + gene 82783..84018 + /locus_tag="BQ2027_MB0076" + CDS 82783..84018 + /locus_tag="BQ2027_MB0076" + /EC_number="3.4.13.9" + /note="Mb0076, -, len: 411 aa. Equivalent to Rv0074, len: + 411 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 411 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Rv2915c|MTCY338.03c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis, and showing some simlarity to various + enzymes or hypothetical proteins from other organisms, eg + NP_243801.1|NC_002570 aryldialkylphosphatase from Bacillus + halodurans (394 aa); NP_421471.1|NC_002696 putativ Xaa-Pro + dipeptidase from Caulobacter crescentus (429 aa); + NP_343436.1|NC_002754 Prolidase (Xaa-Pro dipeptidase) + (pepQ-like2) from Sulfolobus solfataricus (408 aa); + Q50432|M91040 ORGANO PHOSPHATE ACID ANHYDRASE OPAB from + MYCOBACTERIUM SP. (409 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): + 3.9e-11, (31.2% identity in 430 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0076 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0076 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Xaa-Pro dipeptidase (EC" + /protein_id="CAB5247778.1" + /translation="MGDLSISQVSARPGRIGIRARQMFDGYRFQRGPVLVVVEDGRIS + AVDFAGSACPDMNLVDLGESTLLPGLVDAHAHLCWDPDGRPEDLAGDPHAVLVGRARR + HAAAALRSGITTIRDLGDRDYAALALREEYRQKTTVGPELVVSGPPLTRSGGHCWFLG + GVADSVEELVDAVQERAARGADWIKVMATGGFVTTASDPWQPQYGSGQLAAVVAAAEQ + VGLPVTAHAHATAGIAAAVAAGVDGIEHCTFLSEGSAAASPDVVEAIVAQGVWCGMTI + PRVYPEMPENLVAVVQDGWRNIRRLIDAGARVALSTDAGVAPGRRHDVLPDDLVYLSR + HGFTSTEVLTGATAAAAASCGLGHRKGRIAPGYDADLLAVAAGVDHDPAGLCDVKAVW + RSGTQVPLQASAVGYNTPS" + gene 84031..85203 + /locus_tag="BQ2027_MB0077" + CDS 84031..85203 + /locus_tag="BQ2027_MB0077" + /note="Mb0077, -, len: 390 aa. Equivalent to Rv0075, len: + 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 390 aa overlap). Probable + aminotransferase (EC 2.6.1.-), similar to many CLASS-II + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES (MALY/PATB + SUBFAMILY) e.g. NP_302217.1|NC_002677 aminotransferase + from Mycobacterium leprae (402 aa); PATB_BACSU|Q08432 + putative aminotransferase b from Bacillus subtilis (387 + aa), FASTA scores: opt: 684, E(): 5.4e-33, (31.3% identity + in 384 aa overlap); etc. Also similar to several + cystathionine beta-lyase (beta C-S lyase) e.g. + AAK69425.1|AF276227_1|AF276227 from Corynebacterium + glutamicum (368 aa); etc. Also similar to other proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv2294, Rv0858c, etc. + Protein product from Mb0077 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0077 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINOTRANSFERASE" + /protein_id="CAB5247779.1" + /translation="MQDSIFNLLTEEQLRGRNTLKWNYFGPDVVPLWLAEMDFPTAPA + VLDGVRACVDNEEFGYPPLGEDSLPRATADWCRQRYGWCPRPDWVRVVPDVLKGMEVV + VEFLTRPESPVALPVPAYMPFFDVLHVTGRQRVEVPMVQQDSGRYLLDLDALQAAFVR + GAGSVIICNPNNPLGTAFTEAELRAIVDIAARHGARVIADEIWAPVVYGSRHVAAASV + SEAAAEVVVTLVSASKGWNLPGLMCAQVILSNRRDAHDWDRINMLHRMGASTVGIRAN + IAAYHHGESWLDELLPYLRANRDHLARALPELAPGVEVNAPDGTYLSWVDFRALALPS + EPAEYLLSKAKVALSPGIPFGAAVGSGFARLNFATTRAILDRAIEAIAAALRDIID" + gene complement(85218..85607) + /locus_tag="BQ2027_MB0078C" + CDS complement(85218..85607) + /locus_tag="BQ2027_MB0078C" + /note="Mb0078c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv0076c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Probable membrane + protein, with membrane-spanning domain at C-terminus. + Mb0078c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247780.1" + /translation="MPAVTTPSNHWGDERRKLSHQPPVRGQILGRRQARRLSQHFARV + GVEAPPKRLQEMLLGAPAADEEWTDVKFALIVTQLNHEKRVAKFHRLQRRATHSLICL + GLVLVALNFLICLAYIFFSLTQHAAAL" + gene complement(85671..86501) + /locus_tag="BQ2027_MB0079C" + CDS complement(85671..86501) + /locus_tag="BQ2027_MB0079C" + /note="Mb0079c, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv0077c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 276 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), weakly similar to others e.g. + CAC44600.1|AL596162 putative oxidoreductase from + Streptomyces coelicolor (275 aa); P33912|BPA1_STRAU + NON-HAEM BROMOPEROXIDASE BPO-A1 (BROMIDE PEROXIDASE) (EC + 1.11.1.-) from Streptomyces aureofaciens (275 aa); + BPA1_STRAU|P33912 non-haem bromoperoxidase bpo-a1 from + Streptomyces aureofaciens (274 aa), FASTA scores: opt: + 230, E(): 1.5e-07, (26.1% identity in 249 aa overlap); + etc. Also similar to MTCY05A6_35 and MTCY1A11_10 from + Mycobacterium tuberculosis. And shows some similarity in + part with AAL17935.1|AY054120 putative epoxide hydrolase + from Mycobacterium smegmatis (203 aa). Protein product + from Mb0079c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb0079c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5247781.1" + /translation="MSTIDISAGTIHYEATGPETGRPVVFVHGYMMGGQLWRRVSERL + AGRGLRCIAPTWPLGAHPKPLRPGADQTIGGVAGIVADVLAALELKDVVLVGNDTGGV + VTQLVAVHYPERLGALVLTSCDAFEHFPPPILKPVILAAKSATLFRAAIQVMRAPAAR + NRAYAGLSHHNIDHLTRAWVRPALSNPAIAEDLRQLSLSLRTEVTTAVAARLPEFDKP + ALIAWSADDVFFALENGQRLAATIPRARFEVIEGARTFSMVDSPDRLADQLSTVAVRT + " + gene 86563..87168 + /locus_tag="BQ2027_MB0080" + CDS 86563..87168 + /locus_tag="BQ2027_MB0080" + /note="Mb0080, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv0078, len: + 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 201 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, equivalent to + NP_302706.1|NC_002677 putative TetR-family transcriptional + regulator from Mycobacterium leprae (236 aa), FASTA + scores: opt: 755, E(): 0, (71.4% identity in 175 aa + overlap). Also similar to others e.g. + NP_103770.1|NC_002678 probable transcriptional regulator + from Mesorhizobium loti (208 aa); NP_384275.1|NC_003047 + PUTATIVE TRANSCRIPTION REGULATOR PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (197 aa); NP_250960.1|NC_002516 + probable transcriptional regulator from Pseudomonas + aeruginosa (196 aa); etc. Also similar to + TETC_ECOLI|P28815 transposon tn10 tetc protein from + Escherichia coli (197 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): + 9.7e-05, (24.8% identity in 165 aa overlap). Contains + probable helix-turn-helix motif from aa 35 to 56 (Score + 1348, +3.78 SD). Protein product from Mb0080 detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5247782.1" + /translation="MEIKRRTQEERSAATREALITGARKLWGLRGYAEVGTPEIATEA + GVTRGAMYHQFADKAALFRDVVEVVEQDVMARMATLVAASGAATPADAIRAAVDAWLE + VSGDPEVRQLVLLDAPVVLGWAGFRDVAQRYSLGMTEQLITEAIRAGQLARQPVRPLA + QVLIGALDEAAMFIATADDPKRARRETRQVLRRLIDGMLNG" + gene complement(87243..87836) + /locus_tag="BQ2027_MB0081C" + CDS complement(87243..87836) + /locus_tag="BQ2027_MB0081C" + /note="Mb0081c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv0078A, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 197 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0081c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0081c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247783.1" + /translation="MNAVESTLRRVAKDLTGLRQRWALVGGFAVSARSEPRFTRDVDI + VVAVANDDAAESLVRQLLTQQYHLLASVEQDAARRLAAVRLGATADTAANVVVDLLFA + SCGIEPEIAEAAEEIEILPDLVAPVATTAHLIAMKLLARDDDRRPQDRSDLRALVDAA + SPQDIQDARKAIELITLRGFHRDRDLAAEWTRLAAKW" + gene complement(87833..88039) + /locus_tag="BQ2027_MB0081A" + CDS complement(87833..88039) + /locus_tag="BQ2027_MB0081A" + /note="Mb0081A, len: 68 aa. Equivalent to Rv0078B len: 68 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 68 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Protein product from Mb0081A detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0081A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="CAB5247784.1" + /translation="MAVSVAAQKLRLALDMYEVGEQMQRMRLGRERPNADVVEIEAAI + DAWRMTRPGAEEGDSAGPTSTRFT" + gene 88239..89060 + /locus_tag="BQ2027_MB0082" + CDS 88239..89060 + /locus_tag="BQ2027_MB0082" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0082, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv0079, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0082 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0082 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribosome hibernation promoting factor Hpf" + /protein_id="CAB5247785.1" + /translation="MEPKRSRLVVCAPEPSHAREFPDVAVFSGGRANASQAERLARAV + GRVLADRGVTGGARVRLTMANCADGPTLVQINLQVGDTPLRAQAATAGIDDLRPALIR + LDRQIVRASAQWCPRPWPDRPRRRLTTPAEALVTRRKPVVLRRATPLQAIAAMDAMDY + DVHLFTDAETGEDAVVYRAGPSGLRLARQHHVFPPGWSRCRAPAGPPVPLIVNSRPTP + VLTEAAAVDRAREHGLPFLFFTDQATGRGQLLYSRYDGNLGLITPTGDGVADGLA" + gene 89057..89515 + /locus_tag="BQ2027_MB0083" + CDS 89057..89515 + /locus_tag="BQ2027_MB0083" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0083, -, len: 152 aa. Equivalent to Rv0080, len: + 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 152 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several hypothetical proteins from + Streptomyces coelicolor e.g. SCJ12.26|AL109989|SCJ12_24 + from Streptomyces coelicolor cosmid J1 (137 aa), FASTA + scores: opt: 291, E(): 4e-13, (46.5% identity in 129 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0083 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0083 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative DNA-binding protein" + /protein_id="CAB5247786.1" + /translation="MSPGSRRASPQSAREVVELDRDEAMRLLASVDHGRVVFTRAALP + AIRPVNHLVVDGRVIVRTRLTAKVSVAVRSSADAGVVVAYEADDLDPRRRTGWSVVVT + GLATEVSDPEQVARYQRLLHPWVNMAMDTVVAIEPEIVTGIRIVADSRTP" + gene 89610..89954 + /locus_tag="BQ2027_MB0084" + CDS 89610..89954 + /locus_tag="BQ2027_MB0084" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0084, -, len: 114 aa. Equivalent to Rv0081, len: + 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, highly similar to others e.g. + AL078610|SCH35_52|T36657 probable transcription regulator + from Streptomyces coelicolor (117 aa), FASTA scores: opt: + 404, E(): 4.8e-22, (58.2% identity in 110 aa overlap); + AAG02351.1|AF210249_10|AF210249 metal-dependent regulatory + protein from Streptomyces verticillus (113 aa); + NP_435817.1|NC_003037 Putative transcriptional regulator + from Sinorhizobium meliloti (115 aa); etc. Protein product + from Mb0084 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5247787.1" + /translation="MESEPLYKLKAEFFKTLAHPARIRILELLVERDRSVGELLSSDV + GLESSNLSQQLGVLRRAGVVAARRDGNAMIYSIAAPDIAELLAVARKVLARVLSDRVA + VLEDLRAGGSAT" + gene 89959..90438 + /locus_tag="BQ2027_MB0085" + CDS 89959..90438 + /locus_tag="BQ2027_MB0085" + /note="Mb0085, -, len: 159 aa. Equivalent to Rv0082, len: + 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 159 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly highly similar or + similar to other various oxidoreductases e.g. + NP_143304.1|NC_000961 NADH-ubiquinone oxidoreductase + subunit from Pyrococcus horikoshii (173 aa); + NP_126406.1|NC_000868 CO-induced hydrogenase related, + subunit L from Pyrococcus abyssi (170 aa); + HYCG_ECOLI|P16433 formate hydrogenlyase subunit 7 from + Escherichia coli (255 aa), FASTA scores: opt: 442, E(): + 8e-29, (43.2% identity in 148 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0085 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5247788.1" + /translation="MGWVAKIFRVGRVVEPAAPLPAAIAEPPAGVRGSLQIRHVDAGS + CNGCEVEISGAFGPVYDAERFGARLVASPRHADALLVTGVVTHNMAGPLRKTLEATPR + PRVVIACGDCALNRGVFADAYGVVGAVGEVVPVDVEIAGCPPTPAAIMAALRSVTGK" + gene 90435..92363 + /locus_tag="BQ2027_MB0086" + CDS 90435..92363 + /locus_tag="BQ2027_MB0086" + /note="Mb0086, -, len: 642 aa. Equivalent to Rv0083, len: + 640 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 640 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), showing some similarity to + other various oxidoreductases e.g. + AAK06855.1|AF335723_1|AF335723 hydrogenase-4 component B + from Burkholderia pseudomallei (668 aa); HYFB_ + ECOLI|P23482 hydrogenase-4 component b from Escherichia + coli strain K12 (672 aa), FASTA scores: opt: 995, E(): 0, + (32.2% identity in 571 aa overlap); + AAF13041.1|AF157639_1|AF157639 putative formate + hydrogenlyase integral membrane subunit from + Desulfitobacterium dehalogenans (637 aa); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transversion (a-t) leads to a slightly longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (642 aa versus 640 aa). Protein + product from Mb0086 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5247789.1" + /translation="MTAAPTAGGVVTSGVGVAGVGVGLLGMFGPVRVVHVGWLLPLSG + VHIELDRLGGFFMALTGAVAAPVGCYLIGYVRREHLGRVPMAVVPLFVAAMLLVPAAG + SVTTFLLAWELMAIASLILVLSEHARPQVRSAGLWYAVMTQLGFIAILVGLVVLAAAG + GSDRFAGLGAVCDGVRVAVFMLTLVGFGSKAGLVPLHAWLPRAHPEAPSPVSALMSAA + MVNLGIYGIVRFDLQLLGPGPRWWGLALLAVGGTSALYGVLQASVAADLKRLLAYSTT + ENMGLITLALGAATLFADTGAYGPASIAAAAAMLHMIAHAAFKSLAFMAAGSVLAATG + LRDLDLLGGLARRMPATTVFFGVAALGACGLPLGAGFVSEWLLVQSLIHAAPGHDPIV + ALTTPLAVGVVALATGLSVAAMTKAFGIGFLARPRSTQAEAAREAPASMRAGMAIAAG + ACLVLAVAPLLVAPMVRRAAATLPAAQAVKFTGLGAVVRLPAMSGSIAPGVIAAAVLA + AALAVAVLARWRFRRRPAPARLPLWACGAADLTVRMQYTATSFAEPLQRVFGDVLRPD + TDIEVTHTAESRYMAERITYRTAVADAIEQRLYTPVVGAVAAMAELLRRAHTGSVHRY + LAYGALGVLIVLVVARCT" + gene 92363..93313 + /gene="hycD" + /locus_tag="BQ2027_MB0087" + CDS 92363..93313 + /gene="hycD" + /locus_tag="BQ2027_MB0087" + /note="Mb0087, hycD, len: 316 aa. Equivalent to Rv0084, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 316 aa overlap). Possible hycD + (alternate gene name: hevD), formate hydrogenlyase (EC + 1.-.-.-), integral membrane protein, similar to others + e.g. HYCD_ECOLI|P16430 formate hydrogenlyase subunit 4 + from Escherichia coli (307 aa), FASTA scores: opt: 570, + E(): 2.1e-26, (33.8% identity in 305 aa overlap); + AAK06856.1|AF335723_2|AF335723 formate hydrogenlyase + subunit 4 from Burkholderia pseudomallei (316 aa); + NP_457244.1|NC_003198 formate hydrogenlyase subunit 4 from + Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (307 + aa); etc. Also similar to NUOH_ECOLI|P33603 NADH + dehydrogenase I chain H from Escherichia coli (325 aa), + FASTA scores: opt: 207, E(): 9.5e-06, (26.5% identity in + 260 aa overlap). BELONGS TO THE COMPLEX I SUBUNIT 1 + FAMILY. Mb0087 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FORMATE HYDROGENLYASE HYCD (FHL)" + /protein_id="CAB5247790.1" + /translation="MSYLAGAAQIGGVMVGAPLVIGMTRQVRARWEGRAGAGLLQPWR + DLLKQLGKQQITPAGTTIVFAAAPVIVAGTTLLIAAIAPLVATGSPLDPSADLFAVVG + LLFLGTVALTLAGIDTGTSFGGMGASREITIAALVEPTILLAVFALSIPAGSANLGAL + VASTIDHPGHVVSLAGVLAFVALVIVIVAETGRLPVDNPATHLELTMVHEAMVLEYAG + PRLALVEWAAGMRLTVLLALLANLFLPWGIAGAAPTALDVLTGVVAVAAKVAILAVLL + ATFEVFLAKLRLFRVPELLAGSFLLALLAVTAANFFTVGA" + gene 93324..93986 + /gene="hycP" + /locus_tag="BQ2027_MB0088" + CDS 93324..93986 + /gene="hycP" + /locus_tag="BQ2027_MB0088" + /note="Mb0088, hycP, len: 220 aa. Equivalent to Rv0085, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Possible hycP, + hydrogenase (EC 1.-.-.-), integral membrane protein, + weakly similar to P77524|HYFE_ECOLI HYDROGENASE-4 + COMPONENT E from Escherichia coli (216 aa), FASTA scores: + opt: 204, E():1.2e-07, (25.5% identity in 216 aa overlap). + Protein product from Mb0088 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROGENASE HYCP" + /protein_id="CAB5247791.1" + /translation="MSNANFSILVDFAAGGLVLASVLIVWRRDLRAIVRLLAWQGAAL + AAIPLLRGIRDNDRALIAVGIAVLALRALVLPWLLARAVGAEAAAQREATPLVNTASS + LLITAGLTLTAFAITQPVVNLEPGVTINAVPAAFAVVLIALFVMTTRLHAVSQAAGFL + MLDNGIAATAFLLTAGVPLIVELGASLDVLFAVIVIGVLTGRLRRIFGDADLDKLREL + RD" + gene 93986..95452 + /gene="hycQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0089" + CDS 93986..95452 + /gene="hycQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0089" + /note="Mb0089, hycQ, len: 488 aa. Equivalent to Rv0086, + len: 488 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 488 aa overlap). Possible hycQ, + hydrogenase (EC 1.-.-.-), integral membrane protein, + weakly similar to P77437|HYFF_ECOLI HYDROGENASE-4 + COMPONENT F from Escherichia coli (526 aa), FASTA scores: + opt: 948, E(): 0, (35.9% identity in 493 aa overlap); and + AAK06855.1|AF335723_1|AF335723 hydrogenase-4 component B + from Burkholderia pseudomallei (668 aa). Also similar to + d9087711 & NUOL_ECOLI|P33607 NADH dehydrogenase I chain L + from Escherichia coli (613 aa), FASTA scores: opt: 360, + E():3.2e-13, (27.9% identity in 488 aa overlap); and to + NUON_ECOLI|P33608 NADH dehydrogenase I chain N from + Escherichia coli (425 aa), FASTA scores: opt: 375, E(): + 3.9e-14, (25.0% identity in 432 aa overlap). Mb0089 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROGENASE HYCQ" + /protein_id="CAB5247792.1" + /translation="MTGLLLAAILAPLAASIASLITGWRRTTATLTALSATTVLACAV + AMGFWMGSGAQFGLGGLLRADALTVVMLVVIGIVGTLATAASIGYIDTELAHGHIDGR + SARLYGVLTPAFLCATVLAVCANNIGVIWVAIEATTVITAFLVGHRRTRTALEATWKY + VVICSVGIAVAFLGTVLLYFAARDSGAAAAGALNLDILAEHAAGLDPGVARLAGGLLL + IGYGAKAGLFPFHTWLADAHSQAPAPVSALMSGVLLAVAFSVLIRLRPILDAVSGPAY + LRNGLLVVGLATLLVAVLMLTVTGDVKRMLAYSSMEHMGLIAIAAAAGTTLAIAALLL + HVLAHGIGKTVLFLAGGQLQAAHDSTAIADITGVMRRSRLIGVSFAVGLIVLLGLPPF + AMFASELAIARSLANERLAWVLGAALLLIAIGFTALARNSGRMLLGTPAAGAPAITVP + ATAAAALMVGIVVSAALGITAGPLADLLGIAASNVGLP" + gene 95449..96927 + /gene="hycE" + /locus_tag="BQ2027_MB0090" + CDS 95449..96927 + /gene="hycE" + /locus_tag="BQ2027_MB0090" + /note="Mb0090, hycE, len: 492 aa. Equivalent to Rv0087, + len: 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 492 aa overlap). Possible hycE + (alternate gene name: hevE), formate hydrogenlyase (EC + 1.-.-.-), similar to others e.g. HYCE_ECOLI|P16431 formate + hydrogenlyase subunit 5 from Escherichia coli (569 aa), + FASTA scores: opt: 680, E(): 1.8e-38, (31.2% identity in + 449 aa overlap); NP_457243.1|NC_003198 formate + hydrogenlyase subunit 5 from Salmonella enterica subsp. + enterica serovar Typhi (569 aa); NP_275541.1|NC_000916 + formate hydrogenlyase subunit 5 from Methanothermobacter + thermautotrophicus (370 aa); etc. Also some similarity + with NUOD_ECOLI|P33600 NADH dehydrogenase I chain D from + Escherichia coli (407 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): + 8.9e-10, (24.5% identity in 368 aa overlap). BELONGS TO + THE COMPLEX I 49 kDa SUBUNIT FAMILY. Protein product from + Mb0090 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible formate hydrogenase hyce (fhl)" + /protein_id="CAB5247793.1" + /translation="MMSASWLRHRVSERGLIATAEQLWADSFRLALVAAHDDGDSLRV + VYLFLAGYPDRRVELEYVVPADNPEIRSLAYLSFPAGRFEREMADLYGIRPVGHPKPR + RLVRHAHWPDWHPMRTDAGPAPEFTDTGAFPFLAVEGPGVYEIPVGPVHAGLIEPGHF + RFSVAGETIVRLKARLWFVHRGIEKLFHGRPATAAVDLAERISGDTSAAHALAHSLAI + EDALGIELPHEIHRLRALIVELERLYNHAADLGALANDVGYSLANAHAQRIRENLLRR + NAAVTGHRLLRGAIRAGGVALRALPDTDELAALAVDLAEVATLTLANSVVYDRFAGTA + VLHPDDASALGCLGYVARASGLRSDARVEHPTIVLPITEIGAPDGDVLARYTVRRDEF + AASAALAQHIVESHTGPIEYAATLHPVGAPSSGIGIVEGWRGTIVHRVEIDVDGRITR + AKVVDPSWFNWPALPVAMADTIVPDFPLANKSFNQSYAGNDL" + gene 96962..97636 + /locus_tag="BQ2027_MB0091" + CDS 96962..97636 + /locus_tag="BQ2027_MB0091" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0091, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv0088, len: + 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0091 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0091 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible polyketide cyclase/dehydrase" + /protein_id="CAB5247794.1" + /translation="MSVYKHAPSRVRLRQTRSTVVKGRSGSLSWRRVRTGDLGLAVWG + GREEYRAVKPGTPGIQPKGDMMTVTVVDAGPGRVSRSVEVAAPAAELFAIVADPRRHR + ELDGSGTVRGNIKVPAKLVVGSKFSTKMKLFGLPYRITSRVTALKPNELVEWSHPLGH + RWRWEFESLSPTLTRVTETFDYHAAGAIKNGLKFYEMTGFAKSNAAGIEATLAKLSDQ + YARGRA" + gene 97793..98386 + /locus_tag="BQ2027_MB0092" + CDS 97793..98386 + /locus_tag="BQ2027_MB0092" + /note="Mb0092, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv0089, len: + 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 197 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), showing some weak + similarity to others e.g. NP_299749.1|NC_002488 + 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase from Xylella + fastidiosa 9a5c (246 aa); CAC44277.1| (AL596030) putative + methyltransferase from Streptomyces coelicolor (285 aa); + NP_111415.1|NC_002689 Predicted SAM-dependent + methyltransferase from Thermoplasma volcanium (245 aa); + etc. Also some similarity with many biotin biosynthesis + proteins e.g. P12999|BIOC_ECOLI|B0777 BIOTIN SYNTHESIS + PROTEIN from Escherichia coli (251 aa), FASTA scores: opt: + 202, E(): 4.5e-07, (39.0% identity in 118 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE METHYLTRANSFERASE SUPERFAMILY. Mb0092 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE/METHYLASE" + /protein_id="CAB5247795.1" + /translation="MDQPWNANIHYDALLDAMVPLGTQCVLDVGCGDGLLAARLARRI + PYVTAVDIDAPVLRRAQTRFANAPIRWLHADIMTAELPNAGFDAVVSNAALHHIEDTR + TALSRLGGLVTPGGTLAVVTFVTPSLRNGLWHLTSWVACGMANRVKGKWEHSAPIKWP + PPQTLHELRSHVRALLPGACIRRLLYGRVLVTWRAPV" + gene 98515..99285 + /locus_tag="BQ2027_MB0093" + CDS 98515..99285 + /locus_tag="BQ2027_MB0093" + /note="Mb0093, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv0090, len: + 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Possible membrane + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247796.1" + /translation="MAKNQNRIRNRWELITCGLGGHVTYAPDDAALAARLRASTGLGE + VWRCLRCGDFALGGPQGRGAPEDAPLIMRGKALRQAIIIRALGVERLVRALVLALAAW + AVWEFRGARGAIQATLDRDLPVLRAAGFKVDQMTVIHALEKALAAKPSTLALITGMLA + AYAVLQAVEGVGLWLLKRWGEYFAVVATSIFLPLEVHDLAKGITTTRVVTFSINVAAV + VYLLISKRLFGVRGGRKAYDVERRGEQLLDLERAAMLT" + gene 99719..100486 + /gene="mtn" + /locus_tag="BQ2027_MB0094" + CDS 99719..100486 + /gene="mtn" + /locus_tag="BQ2027_MB0094" + /note="Mb0094, mtn, len: 255 aa. Equivalent to Rv0091, + len: 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Probable mtn + (alternate gene name: pfs), MTA/SAH nucleosidase, + including 5'-methylthioadenosine nucleosidase (EC + 3.2.2.16) and S-adenosylhomocysteine nucleosidase (EC + 3.2.2.9), similar to others e.g. NP_521493.1|NC_003295 + PROBABLE BIFUNCTIONAL PROTEIN (MTA/SAH NUCLEOSIDASE) + (P46): 5'-METHYLTHIOADENOSINE NUCLEOSIDASE AND + S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE NUCLEOSIDASE from Ralstonia + solanacearum (261 aa); AAC45731.1|U55214 Pfs from + Treponema pallidum (249 aa); P96122|MTN_TREPA MTA/SAH + NUCLEOSIDASE from Treponema pallidum (269 aa); + PFS_ECOLI|P24247 pfs protein (p46) from Escherichia coli + (232 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): 3.8e-08, (30.5% + identity in 246 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MTN + FAMILY. Protein product from Mb0094 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0094 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable bifunctional mta/sah nucleosidase mtn: + 5'-methylthioadenosine nucleosidase (methylthioadenosine + methylthioribohydrolase) + s-adenosylhomocysteine + nucleosidase (s-adenosyl-l-homocysteine + homocysteinylribohydrolase)" + /protein_id="CAB5247797.1" + /translation="MAVTVGVICAIPQELAYLRGVLVDAKRQQVAQILFDSGQLDAHR + VVLAAAGMGKVNTGLTATLLADRFGCRTIVFTGVAGGLDPELCIGDIVIADRVVQHDF + GLLTDERLRPYQPGHIPFIEPTERLGYPVDPAVIDRVKHRLDGFTLAPLSTAAGGGGR + QPRIYYGTILTGDQYLHCERTRNRLHHELGGMAVEMEGGAVAQICASFDIPWLVIRAL + SDLAGADSGVDFNRFVGEVAASSARVLLRLLPVLTAC" + gene 100618..102903 + /gene="ctpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0095" + CDS 100618..102903 + /gene="ctpA" + /locus_tag="BQ2027_MB0095" + /note="Mb0095, ctpA, len: 761 aa. Equivalent to Rv0092, + len: 761 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 761 aa overlap). Probable ctpA, + cation-transporting P-type ATPase A (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.-), highly similar to others e.g. + CTPA_MYCLE|P46839 cation-transporting P-type ATPase A from + Mycobacterium leprae (780 aa), FASTA scores: opt: 3454, + E(): 0, (74.4% identity in 741 aa overlap); + CAB66270.1|AL136519 probable cation-transporting P-type + ATPase from Streptomyces coelicolor (760 aa); + NP_391230.1|NC_000964 protein similar to heavy + metal-transporting ATPase from Bacillus subtilis (803 aa); + etc. Also highly similar to MTCY251.22c from Mycobacterium + tuberculosis, FASTA score: (68.3% identity in 742 aa + overlap). Contains PS01047 Heavy-metal-associated domain, + and PS00154 E1-E2 ATPases phosphorylation site. BELONGS TO + THE CATION TRANSPORT ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES), + SUBFAMILY IB. Protein product from Mb0095 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0095 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cation transporter p-type atpase a ctpa" + /protein_id="CAB5247798.1" + /translation="MTAAVTGEHHASVQRIQLRISGMSCSACAHRVESTLNKLPGVRA + AVNFGTRVATIDTSEAVDAAALCQAVRRAGYQADLCTDDGRSASDPDADHARQLLIRL + AIAAVLFVPVADLSVMFGVVPATRFTGWQWVLSALALPVVTWAAWPFHRVAMRNARHH + AASMETLISVGITAATIWSLYTVFGNHSPIERSGIWQALLGSDAIYFEVAAGVTVFVL + VGRYFEARAKSQAGSALRALAALSAKEVAVLLPDGSEMVIPADELKEQQRFVVRPGQI + VAADGLAVDGSAAVDMSAMTGEAKPTRVRPGGQVIGGTTVLDGRLIVEAAAVGADTQF + AGMVRLVEQAQAQKADAQRLADRISSVFVPAVLVIAALTAAGWLIAGGQPDRAVSAAL + AVLVIACPCALGLATPTAMMVASGRGAQLGIFLKGYKSLEATRAVDTVVFDKTGTLTT + GRLQVSAVTAAPGWEADQVLALAATVEAASEHSVALAIAAATTRRDAVTDFRAIPGRG + VSGTVSGRAVRVGKPSWIGSSSCHPNMRAARRHAESLGETAVFVEVDGEPCGVIAVAD + AVKDSARDAVAALADRGLRTMLLTGDNPESAAAVATRVGIDEVIADILPEGKVDVIEQ + LRDRGHVVAMVGDGINDGPALARADLGMAIGRGTDVAIGAADIILVRDHLDVVPLALD + LARATMRTVKLNMVWAFGYNIAAIPVAAAGLLNPLVAGAAMAFSSFFVVSNSLRLRKF + GRYPLGCGTVGGPQMTAPSSA" + gene complement(102850..103698) + /locus_tag="BQ2027_MB0096C" + CDS complement(102850..103698) + /locus_tag="BQ2027_MB0096C" + /note="Mb0096c, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv0093c, + len: 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 282 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent only to CAC30943.1|AL583924 + probable integral membrane protein from Mycobacterium + leprae (237 aa). Protein product from Mb0096c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0096c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247799.1" + /translation="MLAQATTAGSFNHHASTVLQGRRGVPAAMWSEPAGAIRRHCATI + DGMDCEVAREALSARLDGERAPVPSARVDEHLGECSACRAWFTQVASQAGDLRRLAES + RPVVPPVGRLGIRRAPRRQHSPMTWRRWALLCVGIAQIALGTVQGFGLDVGLTHQHPT + GAGTHLLNESTSWSIALGVIMVGAALWPSAAAGLAGVLTAFVAILTGYVIVDALSGAV + STTRILTHLPVVIGAVLAIMVWRSASGPRPRPDAVAAEPDIVLPDNASRGRRRGHLWP + TDGSAA" + gene complement(103745..104464) + /locus_tag="BQ2027_MB0097C" + CDS complement(103745..104464) + /locus_tag="BQ2027_MB0097C" + /note="Mb0097c, -, len: 239 aa. Equivalent to Rv0094c, + len: 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (72% identity in 317 aa overlap). Member of 13E12 repeat + family, showing some similarity to U15187|MLU15187_7 from + Mycobacterium leprae (94 aa), FASTA score: (49.4% identity + in 79 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="CAB5247800.1" + /translation="MLAKLAAPGATNPDDHTPVIDTTPDAAAIDRDTRSQAQRNHDGL + LAGLRALIASGELGQHNGLPVSIVVTTTLTDLQTGAGKGFTGGGTLLPMADVIRMTSH + AHHYSPASGRYPQAIFDHGTPLALYHTKRLASPAQRIMLFANDRGCTKPGCDAPAYHS + QAHHVTGWTSTGRTDITDLTLACDPDNRLAEKGWTTRKNTHGHTEWLPPPHLDHGQPW + TNTFHHPERFLHNQDDDDKPD" + repeat_region complement(103748..105251) + /note="REP-2, len: 1504 nt. Equivalent to REP, len: 1503 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (97.0% + identity in 1504 nt overlap). REP251, member of REP13E12 + family." + /rpt_family="REP" + gene complement(104469..105251) + /locus_tag="BQ2027_MB0098C" + CDS complement(104469..105251) + /locus_tag="BQ2027_MB0098C" + /note="Mb0098c, -, len: 260 aa. Equivalent to Rv1588 and + Rv0095c, len: 222 aa and 136 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (98.2% identity in 222 aa + overlap and 92.5% identity in 134 aa overlap). Member of + 13E12 repeat, also partially similar to AF0418|AF041819_8 + from Mycobacterium bovis BCG (222 aa), FASTA score: (89.6% + identity in 96 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv0095c and + Rv1588 exist as separate genes in their respective + positions. In Mycobacterium bovis, a 73 bp substitution + leads to a single combined gene. Mb0098c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247801.1" + /translation="MRYLPVSTRRIWVNPLCHFSFTVISGALFVSARRYDSNMLANSR + EELVEVFDALDAELDRLDEVSFEVLTTPERLRSLERLECLVRRLPAVGHTLINQLDTQ + ASEEELGGTLCCALANRLRITKPDAALRIADAADLGPRRALTGEPLAPQLTATATAQR + QGLIGEAHIKVIRALFRPPARRGGCVHPPGRRSRPGRQSRSISSRRAGPLRPAGHGLA + TPRRRPHRHRTRPQTRHHPEQPAIRRHVTAKWLPDPPSAGHL" + gene 105360..106751 + /gene="PPE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0099" + CDS 105360..106751 + /gene="PPE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0099" + /note="Mb0099, PPE1, len: 463 aa. Equivalent to Rv0096, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 463 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, similar to many + e.g. Z46257|MLACEA_3 aceA gene for isocitrate L from M. + leprae (438 aa), FASTA scores: opt: 1207, E(): 0, (55.3% + identity in 380 aa overlap). Also similar to + Z97559|MTCY261_19 from Mycobacterium tuberculosis (473 + aa), FASTA score: (40.2% identity in 478 aa overlap); + YHS6_MYCTU|P42611 hypothetical 50.6 kd protein (517 aa), + FASTA scores: opt: 365, E(): 4.6e-12, (37.6% identity in + 178 aa overlap). Also similar to MTCY274.23c from M. + tuberculosis FASTA score: (31.1% identity in 383 overlap). + Some similarity also to MTCY31.06c and MTCY48.17 and other + mycobacterial PPE family proteins." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe1" + /protein_id="CAB5247802.1" + /translation="MAIPPEVHSGLLSAGCGPGSLLVAAQQWQELSDQYALACAELGQ + LLGEVQASSWQGTAATQYVAAHGPYLAWLEQTAINSAVTAAQHVAAAAAYCSALAAMP + TPAELAANHAIHGVLIATNFFGINTVPIALNEADYVRMWLQAADTMAAYQAVADAATV + AVPSTQPAPPIRAPGGDAADTWLDVLSSIGQLIRDILDFIANPYKYFLEFFEQFGFSP + AVTVVLALVALQLYDFLWYPYYASYGLLLLPFFTPTLSALTALSALIHLLNLPPAGLL + PIAAALGPGDQWGANLAVAVTPATAAVPGGSPPTSNPAPAAPSSNSVGSASAAPGISY + AVPGLAPPGVSSGPKAGTKSPDTAADTLATAGAARPGLARAHRRKRSESGVGIRGYRD + EFLDATATVDAATDVPAPANAAGSQGAGTLGFAGTAPTTSGAAAGMVQLSSHSTSTTV + PLLPTTWTTDAEQ" + gene 106770..107639 + /locus_tag="BQ2027_MB0100" + CDS 106770..107639 + /locus_tag="BQ2027_MB0100" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0100, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv0097, len: + 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + NP_302343.1|NC_002677 putative oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (289 aa). Also highly similar to + BAB69377.1|AB070955 putative oxidoreductase from + Streptomyces avermitilis (296 aa); and weakly similar to + others e.g. NP_518867.1|NC_003295 PUTATIVE + ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE + OXIDOREDUCTASE PROTEIN from Ralstonia solanacearum (301 + aa); NP_286110.1|NC_002655 taurine dioxygenase + (2-oxoglutarate-dependent) from Escherichia coli strain + O157:H7 (283 aa); NP_252624.1|NC_002516 taurine + dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa (277 aa); + ECAE00014310 (283 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): + 2.6e-13, (27.8% identity in 288 aa overlap); + TFDA_ALCEU|P10088 2,4-dichlorophenoxyacetate monooxygenase + from A. eutropha (287 aa), FASTA scores: opt: 188, E(): + 3.5e-06, (26.6% identity in 188 aa overlap); etc. Contains + PS00077 Cytochrome c oxidase subunit I, copper B binding + region signature. Protein product from Mb0100 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0100 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5247803.1" + /translation="MTLKVKGEGLGAQVTGVDPKNLDDITTDEIRDIVYTNKLVVLKD + VHPSPREFIKLGRIIGQIVPYYEPMYHHEDHPEIFVSSTEEGQGVPKTGAFWHIDYMF + MPEPFAFSMVLPLAVPGHDRGTYFIDLARVWQSLPAAKRDPARGTVSTHDPRRHIKIR + PSDVYRPIGEVWDEINRTTPPIKWPTVIRHPKTGQEILYICATGTTKIEDKDGNPVDP + EVLQELMAATGQLDPEYQSPFIHTQHYQVGDIILWDNRVLMHRAKHGSAAGTLTTYRL + TMLDGLKTPGYAA" + gene 107636..108187 + /gene="fcot" + /locus_tag="BQ2027_MB0101" + CDS 107636..108187 + /gene="fcot" + /locus_tag="BQ2027_MB0101" + /note="Mb0101, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv0098, len: + 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC30948.1|AL583924 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (183 aa). Also some similarity with BAB69378.1|AB070955 + hypothetical protein from Streptomyces avermitilis (172 + aa). Protein product from Mb0101 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0101 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty acyl coa thioesterase type iii + fcot" + /protein_id="CAB5247804.1" + /translation="MSHTDLTPCTRVLASSGTVPIAEELLARVLEPYSCKGCRYLIDA + QYSATEDSVLAYGNFTIGESAYIRSTGHFNAVELILCFNQLAYSAFAPAVLNEEIRVL + RGWSIDDYCQHQLSSMLIRKASSRFRKPLNPQKFSARLLCRDLQVIERTWRYLKVPCV + IEFWDENGGAASGEIELAALNIP" + gene 108192..109814 + /gene="fadD10" + /locus_tag="BQ2027_MB0102" + CDS 108192..109814 + /gene="fadD10" + /locus_tag="BQ2027_MB0102" + /note="Mb0102, fadD10, len: 540 aa. Equivalent to Rv0099, + len: 540 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 540 aa overlap). Possible fadD10, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), equivalent to + MLACEA_4|Q50176 LONG CHAIN FATTY ACID-COA LIGASE from + Mycobacterium leprae (532 aa), FASTA scores: opt: 2580, + E(): 0, (74.6% identity in 531 aa overlap). Also similar + to many e.g. BAB69379.1|AB070955 long-chain fatty + acid--CoA ligase from Streptomyces avermitilis (518 aa); + NP_419782.1|NC_002696 putativ long-chain-fatty-acid--CoA + ligase from Caulobacter crescentus (530 aa); + NP_435326.1|NC_003037 probable long chain fatty acid CoA + ligase from Sinorhizobium meliloti (508 aa); etc. Also + similar to ACSA_BACSU|P39062 acetyl-coenzyme A synthetase + from Bacillus subtilis (572 aa), FASTA scores: opt: 415, + E(): 9.8e-20, (27.1% identity in 539 aa overlap). Contains + PS00455 putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO + THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein + product from Mb0102 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0102 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD10 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247805.1" + /translation="MGGKKFQAMPQLPSTVLDRVFEQARQQPEAIALRRCDGTSALRY + RELVAEVGGLAADLRAQSVSRGSRVLVISDNGPETYLSVLACAKLGAIAVMADGNLPI + AAIERFCQITDPAAALVAPGSKMASSAVPEALHSIPVIAVDIAAVTRESEHSLDAASL + AGNADQGSEDPLAMIFTSGTTGEPKAVLLANRTFFAVPDILQKEGLNWVTWVVGETTY + SPLPATHIGGLWWILTCLMHGGLCVTGGENTTSLLEILTTNAVATTCLVPTLLSKLVS + ELKSANATVPSLRLVGYGGSRAIAADVRFIEATGVRTAQVYGLSETGCTALCLPTDDG + SIVKIEAGAVGRPYPGVDVYLAATDGIGPTAPGAGPSASFGTLWIKSPANMLGYWNNP + ERTAEVLIDGWVNTGDLLERREDGFFYIKGRSSEMIICGGVNIAPDEVDRIAEGVSGV + REAACYEIPDEEFGALVGLAVVASAELDESAARALKHTIAARFRRESEPMARPSTIVI + VTDIPRTQSGKVMRASLAAAATADKARVVVRG" + gene 109819..110055 + /locus_tag="BQ2027_MB0103" + CDS 109819..110055 + /locus_tag="BQ2027_MB0103" + /note="Mb0103, -, len: 78 aa. Equivalent to Rv0100, + (MTCY251.19), len: 78 aa. Conserved hypothetical protein, + equivalent only to CAC30950.1|AL583924 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (78 aa). + Mb0103 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pp-binding family protein Rv0100" + /protein_id="CAB5247806.1" + /translation="MRDRILAAVCDVLYIDEADLIDGDETDLRDLGLDSVRFVLLMKQ + LGVNRQSELPSRLAANPSIAGWLRELEAVCTEFG" + gene 110037..117575 + /gene="nrp" + /locus_tag="BQ2027_MB0104" + CDS 110037..117575 + /gene="nrp" + /locus_tag="BQ2027_MB0104" + /note="Mb0104, nrp, len: 2512 aa. Equivalent to Rv0101, + len: 2512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 2512 aa overlap). Probable nrp, + peptide synthetase (EC 6.-.-.-), similar to others e.g. + AAD44234.1|AF143772_40|PstB peptide synthetase from + Mycobacterium avium (2552 aa); 7476034|S77657 cyclic + peptide synthetase from Mycobacterium leprae (1401 aa), + FASTA scores: opt: 4268, E(): 0, (65.7% identity in 1091 + aa overlap); part of CAB55600.1|AJ238027 peptide + synthetase from Mycobacterium smegmatis (5990). Also + similar to e.g. AAD56240.1|AF184977_1|AF184977 DhbF + protein from Bacillus subtilis (2378 aa); + SRF1_BACSU|P27206 surfactin synthetase subunit 1 (3587 + aa), FASTA scores: opt: 1708, E(): 0, (30.6% identity in + 1633 aa overlap): etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop), 2 x PS00455 Putative AMP-binding + domain signature, and PS00012 Phosphopantetheine + attachment site. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING + ENZYME FAMILY. THOUGHT TO BE NOT INVOLVED IN MYCOBACTIN + BIOSYNTHESIS (see citation below). Protein product from + Mb0104 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0104 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDE SYNTHETASE NRP (PEPTIDE + SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247807.1" + /translation="MHRVRLSRSQRNLYNGVRQDNNPALYLIGKSYRFRRLELARFLA + ALHATVLDNPVQLCVLENSGADYPDLVPRLRFGDIVRVGSADEHLQSTWCSGILGKPL + VRHTVHTDPNGYVTGLDVHTHHILLDGGATGTIEADLARYLTTDPAGETPSVGAGLAK + LREAHRRETAKVEESRGRLSAVVQRELADEAYHGGHGHSVSDAPGTAAKGVLHESATI + CGNAFDAILTLSEAQRVPLNVLVAAAAVAVDASLRQNTETLLVHTVDNRFGDSDLNVA + TCLVNSVAQTVRFPPFASVSDVVRTLDRGYVKAVRRRWLREEHYRRMYLAINRTSHVE + ALTLNFIREPCAPGLRPFLSEVPIATDIGPVEGMTVASVLDEEQRTLNLAIWNRADLP + ACKTHPKVAERIAAALESMAAMWDRPIAMIVNDWFGIGPDGTRCQGDWPARQPSTPAW + FLDSARGVHQFLGRRRFVYPWVAWLVQRGAAPGDVLVFTDDDTDKTIDLLIACHLAGC + GYSVCDTADEISVRTNAITEHGDGILVTVVDVAATQLAVVGHDELRKVVDERVTQVTH + DALLATKTAYIMPTSGTTGQPKLVRISHGSLAVFCDAISRAYGWGAHDTVLQCAPLTS + DISVEEIFGGAACGARLVRSAAMKTGDLAALVDDLVARETTIVDLPTAVWQLLCADGD + AIDAIGRSRLRQIVIGGEAIRCSAVDKWLESAASQGISLLSSYGPTEATVVATFLPIV + CDQTTMDGALLRLGRPILPNTVFLAFGEVVIVGDLVADGYLGIDGDGFGTVTAADGSR + RRAFATGDRVTVDAEGFPVFSGRKDAVVKISGKRVDIAEVTRRIAEDPAVSDVAVELH + SGSLGVWFKSQRTREGEQDAAAATRIRLVLVSLGVSSFFVVGVPNIPRKPNGKIDSDN + LPRLPQWSAAGLNTAETGQRAAGLSQIWSRQLGRAIGPDSSLLGEGIGSLDLIRILPE + TRRYLGWRLSLLDLIGADTAANLADYAPTPDAPTGEDRFRPLVAAQRPAAIPLSFAQR + RLWFLDQLQRPAPVYNMAVALRLRGYLDTEALGAAVADVVGRHESLRTVFPAVDGVPR + QLVIEARRADLGCDIVDATAWPADRLQRAIEEAARHSFDLATEIPLRTWLFRIADDEH + VLVAVAHHIAADGWSVAPLTADLSAAYASRCAGRAPDWAPLPVQYVDYTLWQREILGD + LDDSDSPIAAQLAYWENALAGMPERLRLPTARPYPPVADQRGASLVVDWPASVQQQVR + RIARQHNATSFMVVAAGLAVLLSKLSGSPDVAVGFPIAGRSDPALDNLVGFFVNTLVL + RVNLAGDPSFAELLGQVRARSLAAYENQDVPFEVLVDRLKPTRALTHHPLIQVMLAWQ + DNPVGQLNLGDLQATPMPIDTRTARMDLVFSLAERFSEGSEPAGIGGAVEYRTDVFEA + QAIDVLIERLRKVLVAVAAAPERTVSSIDALDGTERARLDEWGNRAVLTAPAPTPVSI + PQMLAAQVARIPEAEAVCCGDASMTYRELDEASNRLAHRLAGCGAGPGECVALLFERC + APAVVAMVAVLKTGAAYLPIDPANPPPRVAFMLGDAVPVAAVTTAGLRSRLAGHDLPI + IDVVDALAAYPGTPPPMPAAVNLAYILYTSGTTGEPKGVGITHRNVTRLFASLPARLS + AAQVWSQCHSYGFDASAWEIWGALLGGGRLVIVPESVAASPNDFHGLLVAEHVSVLTQ + TPAAVAMLPTQGLESVALVVAGEACPAALVDRWAPGRVMLNAYGPTETTICAAISAPL + RPGSGMPPIGVPVSGAALFVLDSWLRPVPAGVAGELYIAGAGVGVGYWRRAGLTASRF + VACPFGGSGARMYRTGDLVCWRADGQLEFLGRTDDQVKIRGYRIELGEVATALAELAG + VGQAVVIAREDRPGDKRLVGYATEIAPGAVDPAGLRAQLAQRLPGYLVPAAVVVIDAL + PLTVNGKLDHRALPAPEYGDTNGYRAPAGPVEKTVAGIFARVLGLERVGVDDSFFELG + GDSLAAMRVIAAINTTLNADLPVRALLHASSTRGLSQLLGRDARPTSDPRLVSVHGDN + PTEVHASDLTLDRFIDADTLATAVNLPGPSPELRTVLLTGATGFLGRYLVLELLRRLD + VDGRLICLVRAESDEDARRRLEKTFDSGDPELLRHFKELAADRLEVVAGDKSEPDLGL + DQPMWRRLAETVDLIVDSAAMVNAFPYHELFGPNVAGTAELIRIALTTKLKPFTYVST + ADVGAAIEPSAFTEDADIRVISPTRTVDGGWAGGYGTSKWAGEVLLREANDLCALPVA + VFRCGMILADTSYAGQLNMSDWVTRMVLSLMATGIAPRSFYEPDSEGNRQRAHFDGLP + VTFVAEAIAVLGARVAGSSLAGFATYHVMNPHDDGIGLDEYVDWLIEAGYPIRRIDDF + AEWLQRFEASLGALPDRQRRHSVLPMLLASNSQRLQPLKPTRGCSAPTDRFRAAVRAA + KVGSDKDNPDIPHVSAPTIINYVTNLQLLGLL" + gene 117750..119735 + /locus_tag="BQ2027_MB0105" + CDS 117750..119735 + /locus_tag="BQ2027_MB0105" + /note="Mb0105, -, len: 661 aa. Equivalent to Rv0102, len: + 661 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 661 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to + P53525|Y102_MYCLE|ML1998|NP_302349.1|NC_002677 possible + membrane protein from Mycobacterium leprae (659 aa), FASTA + scores: opt: 3107, E(): 0, (70.2% identity in 662 aa + overlap). Also similar to others e.g. CAC01497.1|AL391017 + putative integral membrane protein from Streptomyces + coelicolor (316 aa); etc. Contains PS00343 Gram-positive + cocci surface proteins 'anchoring' hexapeptide. Protein + product from Mb0105 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0105 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247808.1" + /translation="MGTHGATKSATSAVPTPRSNSMAMVRLAIGLLGVCAVVAAFGLV + SGARRYAEAGNPYPGAFVSVAEPVGFFAASLAGALCLGALIHVVMTAKPEPDGLIDAA + AFRIHLLAERVSGLWLGLAATMVVIQAAHDTGVGPARLLASGALSDSVAASEMARGWI + VAAICALVVATALRLYTRWLGHVVLLVPTVLAVVATAVTGNPGQGPDHDYATSAAIVF + AVAFATLTGLKIAAALAGTTPSRAVLVTQVTCGALALAYGAMLLYLFIPGWAVDSDFA + RLGLLAGVILTSVWLFDCWRLLVRPPHAGRRRGGGSGAALAMMAAMASIAAMAVMTAP + RFLTHAFTAWDVFLGYELPQPPTIARVLTVWRFDSLIGAAGVVLAIGYAAGFAALRRR + GNSWPVGRLIAWLTGCAALVFTSGSGVRAYGSAMFSVHMAEHMTLNMFIPVLLVLGGP + VTLALRVLPVTGDGRPPGAREWLTWLLHSRVTTFLSHPITAFVLFVASPYIVYFTPLF + DTFVRYHWGHEFMAIHFLVVGYLFYWAIIGIDPGPRRLPYPGRIGLLFAVMPFHAFFG + IALMTMSSTVGATFYRSVNLPWLSSIIADQHLGGGIAWSLTELPVIMVIVALVTQWAR + QDRRVASREDRHADSDYADDELEAYNAMLRELSRMRR" + gene complement(119951..122209) + /gene="ctpB" + /locus_tag="BQ2027_MB0106C" + CDS complement(119951..122209) + /gene="ctpB" + /locus_tag="BQ2027_MB0106C" + /note="Mb0106c, ctpB, len: 752 aa. Equivalent to Rv0103c, + len: 752 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 752 aa overlap). Probable ctpB, + cation-transporting P-type ATPase B (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.-), equivalent to CTPB_MYCLE|P46840 + cation-transporting P-type ATPase B from Mycobacterium + leprae (750 aa), FASTA scores: opt: 3615, E(): 0, (76.5% + identity in 752 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. CAB96031.1|AL360055 putative metal transporter ATPase + from Streptomyces coelicolor (753 aa); + NP_241423.1|NC_002570 copper-transporting ATPase from + Bacillus halodurans (806 aa); etc. Also highly similar to + Z46257|MLACEA_7 aceA gene for isocitrate L from + Mycobacterium leprae (750 aa), FASTA scores: opt: 3615, + E():0, (76.5% identity in 752 aa overlap). And similar to + MTCY251.11 from Mycobacterium tuberculosis, FASTA score: + (68.3% identity in 742 aa overlap). Contains PS01047 + Heavy-metal-associated domain, PS00154 E1-E2 ATPases + phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION TRANSPORT + ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES), SUBFAMILY IB. Protein + product from Mb0106c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0106c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CATION-TRANSPORTER P-TYPE ATPASE B + CTPB" + /protein_id="CAB5247809.1" + /translation="MAAPVVGDADLQSVRRIRLDVSGMSCAACASRVETKLNKIPGVR + ASVNFATRVATIDAVGMAADELCGVVEKAGYHAAPHTETTVLDKRTKDPDGAHARRLL + RRLLVAAVLFVPLADLSTLFAIVPSARVPGWGYILTALAAPVVTWAAWPFHSVALRNA + RHRTTSMETLISVGIVAATAWSLSSVFGDQPPREGSGIWRAILNSDSIYLEVAAGVTV + FVLAGRYFEARAKSKAGSALRALAELGAKNVAVLLPDGAELVIPASELKKRQRFVTRP + GETIAADGVVVDGSAAIDMSAMTGEAKPVRAYPAASVVGGTVVMDGRLVIEATAVGAD + TQFAAMVRLVEQAQTQKARAQRLADHIAGVFVPVVFVIAGLAGAAWLVSGAGADRAFS + VTLGVLVIACPCALGLATPTAMMVASGRGAQLGIFIKGYRALETIRSIDTVVFDKTGT + LTVGQLAVSTVTMAGSGTSERDREEVLGLAAAVESASEHAMAAAIVAASPDPGPVNGF + VAVAGCGVSGEVGGHHVEVGKPSWITRTTPCHDAALVSARLDGESRGETVVFVSVDGV + VRAALTIADTLKDSAAAAVAALRSRGLRTILLTGDNRAAADAVAAQVGIDSAVADMLP + EGKVDVIQRLREEGHTVAMVGDGINDGPALVGADLGLAIGRGTDVALGAADIILVRDD + LNTVPQALDLARATMRTIRMNMIWAFGYNVAAIPIAAAGLLNPLIAGAAMAFSSFFVV + SNSLRLRNFGAQ" + gene 122353..123867 + /locus_tag="BQ2027_MB0107" + CDS 122353..123867 + /locus_tag="BQ2027_MB0107" + /note="Mb0107, -, len: 504 aa. Equivalent to Rv0104, len: + 504 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 504 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing weak similarity with other cAMP-dependent + protein kinases e.g. AAC37564.1|M65066 cAMP-dependent + protein kinase RI-beta regulatory subunit from Homo + sapiens (380 aa); etc. Mb0107 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cAMP-binding proteins - catabolite gene + activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein + kinases" + /protein_id="CAB5247810.1" + /translation="MTPVTTFPLVDAILAGRDRNLDGVILIAAQHLLQTTHAMLRSLF + RVGLDPRNVAVIGKCYSTHPGVVDAMRADGIYVDDCSDAYAPHESFDTQYTRHVEWFF + AESWARLTAGRTARVVLLDDGGSLLAVAGAMLDASADVIGIEQTSAGYAKIVGCALGF + PVINIARSSAKLLYESPIIAARVTQTAFERTAGIDSSAAILITGAGAIGTALADVLRP + LHDRVDVYDTRSGCMTPIDLPNAIGGYDVIIGATGATSVPASMHELLRPGVLLMSASS + SDREFDAVALRRRTTPNPDCHADLRVADGSVDATLLNSGFPVNFDGSPMCGDASMALT + MALLAAAVLYASVAVADEMSSDHPHLGLIDQGDIVASFLNIDVPLQALSRLPLLSIDG + YRRLQVRSGHTLFRQGERADHFFVIESGELEALVDGKVILRLGAGDHFGEACLLGGMR + RIATVRACEPSVLWELDGKAFGDALHGDAAMREIAYGVARTRLMHAGASESLMV" + gene complement(124016..124300) + /gene="rpmB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0108C" + CDS complement(124016..124300) + /gene="rpmB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0108C" + /note="Mb0108c, rpmB1, len: 94 aa. Equivalent to Rv0105c, + len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). Probable rpmB1, 50S + ribosomal protein L28-1, highly similar to others e.g. + Q9X8K8|R28B_STRCO 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28-2 from + Streptomyces coelicolor (78 aa); RL28_ECOLI|P02428 50s + ribosomal protein l28 from Escherichia coli (77 aa), FASTA + scores: opt: 167, E(): 6.2e-06, (40.7% identity in 59 aa + overlap); etc. Also similar to MTCY63A_2 from + Mycobacterium tuberculosis. BELONGS TO THE L28P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Mb0108c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l28-1 rpmb1" + /protein_id="CAB5247811.1" + /translation="MSARCQITGRTVGFGKAVSHSHRRTRRRWPPNIQLKAYYLPSED + RRIKVRVSAQGIKVIDRDGHRGRRRAARAGSAPAHFARQAGSSLRTAAIL" + gene 124410..125606 + /locus_tag="BQ2027_MB0109" + CDS 124410..125606 + /locus_tag="BQ2027_MB0109" + /note="Mb0109, -, len: 398 aa. Equivalent to Rv0106, len: + 398 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 398 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + AL049841|SCE9_33 from Streptomyces coelicolor (370 aa), + FASTA scores: opt: 282, E(): 2.5e-11, (32.0% identity in + 381 aa overlap); etc. Some similarity to P94400 HOMOLOGUE + TO NITRILE HYDRATASE REGION from Bacillus subtilis (397 + aa), FASTA scores: opt: 226, E(): 5.4e-08, (26.4% identity + in 405 aa overlap). Also similar to COBW_PSEDE|P29937 + FASTA score: (25.3% identity in 186 aa overlap); and + P47K_PSECL|P31521 47 kd protein (p47k) (419 aa), FASTA + score: (25.9% identity in 401 aa overlap). Protein product + from Mb0109 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0109 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal chaperone, involved in Zn homeostasis" + /protein_id="CAB5247812.1" + /translation="MRTPVILVAGQDHTDEVTGALLRRTGTVVVEHRFDGHVVRRMTA + TLSRGELITTEDALEFAHGCVSCTIRDDLLVLLRRLHRRDNVGRIVVHLAPWLEPQPI + CWAIDHVRVCVGHGYPDGPAALDVRVAAVVTCVDCVRWLPQSLGEDELPDGRTVAQVT + VGQAEFADLLVLTHPEPVAVAVLRRLAPRARITGGVDRVELALAHLDDNSRRGRTDTP + HTPLLAGLPPLAADGEVAIVEFSARRPFHPQRLHAAVDLLLDGVVRTRGRLWLANRPD + QVMWLESAGGGLRVASAGKWLAAMAASEVAYVDLERRLFADLMWVYPFGDRHTAMTVL + VCGADPTDIVNALNAALLSDDEMASPQRWQSYVDPFGDWHDDPCHEMPDAAGEFSAHR + NSGESR" + gene complement(125701..130578) + /gene="ctpI" + /locus_tag="BQ2027_MB0111C" + CDS complement(125701..130578) + /gene="ctpI" + /locus_tag="BQ2027_MB0111C" + /note="Mb0111c, ctpI, len: 1625 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0107c, len: 1632 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 1572 aa overlap). + Probable ctpI, cation-transporting ATPase I P-type (EC + 3.6.3.-), highly similar to NP_302704.1|NC_002677 probable + cation transport ATPase from Mycobacterium leprae (1609 + aa); and similar to others e.g. CAB69720.1|AL137166 + putative transport ATPase from Streptomyces coelicolor + (1472 aa); ATA1_SYNY|P37367 cation-transporting ATPase + pma1 from Synechocystis sp. (915 aa), FASTA scores: opt: + 603, E(): 6.6e-29, (32.4% identity in 710 aa overlap); + etc. Also similar to MTCY39.21c and MTCY22G10.22c from + Mycobacterium tuberculosis, FASTA score: (34.4% identity + in 796 aa overlap). Contains PS00154 E1-E2 ATPases + phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION TRANSPORT + ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-t) leads to a product with a + different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Protein product + from Mb0111c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0111c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CATION-TRANSPORTER ATPASE I CTPI" + /protein_id="CAB5247813.1" + /translation="MKIPGVATVLGGVTNGVAQTVRAGARLPGSAAAAVQTLASPVLE + LTGPVVQSVVQTTGRAIGVRGSHNESPDGMTPPVRWRSGRRVHFDLDPLLPFPRWHEH + AAMVEEPVRRIPGVAEAHVEGSLGRLVVELEPDVDSDIAVDEVRDVVSAVAADIFLAG + SVSSPNSAPFADPGNPLAILVPLTAAAMDLVAMGATVTGWVARLPAAPQTTRALAALI + NHQPRMVSLMESRLGRVGTDIALAATTAAANGLTQSLGTPLLDLVQRSLQISEAAAHR + RVWRDREPALASPRRPQAPVVPIISSAGAKSQEPRHSWAAAAAGEASHVVVGGSIDAA + IDTAKGSRAGPVEQYVNQAANGSLIAAASALVAGGGTEDAAGAILAGVPRAAHMGRQA + FAAVLGRGLANTGQLVLDPGALRRLDRVRVVVIDGAALRGDNRAVLHAQGDEPGWDDD + RVYEVADALLHGEQAPEPDPDELPATGARLRWAPAQGPSATPAQGLEHADLVVDGQCV + GSVDVGWEVDPYAIPLLQTAHRTGARVVLRHVAGTEDLSASVGSTHPPGTPLLKLVRE + LRADRGPVLLITAVHRDFASTDTLAALAIADVGVALDDPRGATPWTADLITGTDLAAA + VRILSALPVARAASESAVHLAQGGTTLAGLLLVTGEQDKTTNPASFRRWLNPVNAAAA + TALVSGMWSAAKVLRMPDPTPQPLTAWHALDPEIVYSRLAGGSRPLAVEPGIPAWRRI + LDDLSYEPVMAPLRGPARTLAQLAVATRHELADPLTPILAVGAAASAIVGSNIDALLV + AGVMTVNAITGGVQRLRAEAAAAELFAEQDQLVRRVVVPAVATTRRRLEAARHATRTA + TVSAKSLRVGDVIDLAAPEVVPADARLLVAEDLEVDESFLTGESLPVDKQVDPVAVND + PDRASMLFEGSTIVAGHARAIVVATGVGTAAHRAISAVADVETAAGVQARLRELTSKV + LPMTLAGGAAVTALALLRRASLRQAVADGVAIAVAAVPEGLPLVATLSQLAAAQRLTA + RGALVRSPRTIEALGRVDTICFDKTGTLTENRLRVVCALPSSTAAERDPLPQTTDAPS + AEVLRAAARASTQPHNGEGHAHATDEAILAAASALAGSLSSQGDSEWVVLAEVPFESS + RGYAAAIGRVGTDGIPMLMLKGAPETILPRCRLADPGVDHEHAESVVRHLAEQGLRVL + AVAQRTWDNGTTHDDETDADAVDAVAHDLELIGYVGLADTARPSSRPLIEALLDAERN + VVLITGDHPITARAIARQLGLPADARVVTGAELAVLDEEAHAKLAADMQVFARVSPEQ + KVQIVASLQRCGRVTAMVGDGANDAAAIRMADVGIGVSGRGSSAARGAADIVLTDDDL + GVLLDALVEGRSMWAGVRDAVTILVGGNVGEVLFTVIGTAFGAGRAPVGTRQLLLVNL + LTDMFPALAVAVTSQFAEPDDAEYPTDDAAERAQREHRRAVLIGPTPSLDAPLLRQIV + NRGVVTAAGATAAWAIGRWTPGTERRTATMGLTALVMTQLAQTLLTRRHSPLVIATAL + GSAGVLVGIIQTPVISHFFGCTPLGPVAWTGVFSATAGATAVSALAPKWLASTVGVVQ + PDERPDDAEDSDAGG" + gene complement(130932..131141) + /locus_tag="BQ2027_MB0112C" + CDS complement(130932..131141) + /locus_tag="BQ2027_MB0112C" + /note="Mb0112c, -, len: 69 aa. Equivalent to Rv0108c, len: + 69 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 69 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0112c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0112c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247814.1" + /translation="MVPVETLHSGDPITDVNGGGQRYIVLESKTVGDSCVVLELESRV + NHQLQVIEKSFPAGYHVGRAHHRIL" + gene 131420..132910 + /gene="PE_PGRS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0113" + CDS 131420..132910 + /gene="PE_PGRS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0113" + /note="Mb0113, PE_PGRS1, len: 496 aa. Equivalent to + Rv0109, len: 496 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 496 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + e.g. Q50615|Y0DP_MYCTU HYPOTHETICAL GLYCINE-RICH 40.8 KD + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (498 aa), FASTA + scores: opt: 1772, E(): 0, (57.3% identity in 513 aa + overlap); etc. Mb0113 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs1" + /protein_id="CAB5247815.1" + /translation="MSLLITSPATVAAAATHLAGIGSALSTANAAAAAPTTALSVAGA + DEVSVLIAALFEAYAQEYQALSAQALAFHDQFVQALNMGAVCYAAAETANATPLQALQ + TVQQNVLTVVNAPTQALLGRPIIGNGANGLPNTGQDGGPGGLLFGNGGNGGSGGVDQA + GGNGGAAGLIGNGGSGGVGGPGIAGSAGGAGGAGGLLFGNGGPGGAGGIGTTGDGGPG + GAGGNAIGLFGSGGTGGMGGVGGMGGVGNGGNAGNGGTAGLFGHGGAGGAGGIGSADG + GLGGGGGNGRFMGNGGVGGAGGYGASGDGGNAGNGGLGGVFGDGGAGGTGGLGDVNGG + LAGIGGNAGFVGNGGAGGNGQLGSGAVSSAGGMGGNGGLVFGNGGPGGLGGPGTSAGN + GGMGGNAVGLFGQGGAGGAGGSGFGAGIPGGRGGDGGSGGLIGDGGTGGGAGAGDAAA + SAGGNGGNARLIGNGGDGGPGMFGGPGGAGGSGGTIFGFAGTPGPS" + gene 133058..133807 + /locus_tag="BQ2027_MB0114" + CDS 133058..133807 + /locus_tag="BQ2027_MB0114" + /note="Mb0114, -, len: 249 aa. Equivalent to Rv0110, len + 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 249 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to many e.g. + AL079308|SCH69_25 from Streptomyces coelicolor (297 aa), + FASTA scores: opt: 552, E(): 6.1e-29, (45.4% identity in + 251 aa overlap); P54493|YQGP_BACSU HYPOTHETICAL 56.4 KD + PROTEIN from Bacillus subtilis (507 aa), FASTA scores: + opt: 320, E(): 4e-15, (32.4% identity in 210 aa overlap); + etc. Mb0114 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247816.1" + /translation="MRVGPVGHQCAECVREGARAVRQPRTPFGGRQRSATPVVTYTLI + SLNALVFVMQVTVMGLERQLALWPPAVASGQTYRLVTSAFLHYGAMHLLLNMWALYVV + GPPLEMWLGRLRFGALYAVSALGGSVLVYLIAPLNTATAGASGAVFGLFGATFMVARR + LHLDVRWVVALIVINLAFTFLAPAISWQGHVGGLVTGALVAATYVYAPRERRNLIQAT + VTITVLVAFVVLIGWRTVDLLALFGGRLNLS" + gene 133988..136045 + /locus_tag="BQ2027_MB0115" + CDS 133988..136045 + /locus_tag="BQ2027_MB0115" + /note="Mb0115, -, len: 685 aa. Equivalent to Rv0111, len: + 685 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 685 aa overlap). Possible + transmembrane acyltransferase (EC 2.3.1.-), equivalent to + AA22904.1|AL035300 putative acyltransferase from + Mycobacterium leprae (696 aa). Also similar to others e.g. + C69975 acyltransferase homolog yrhL from Bacillus subtilis + (634 aa), FASTA scores: opt: 520, E(): 4e-22, (36.4% + identity in 382 aa overlap). Very similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv0228, Rv1254, Rv1565c, etc. Mb0115 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE ACYLTRANSFERASE" + /protein_id="CAB5247817.1" + /translation="MPARSVPRPRWVAPVRRVGRLAVWDRPERRSGIPALDGLRAIAV + ALVLASHGGIPGMGGGFIGVDAFFVLSGFLITSLLLDELGRTGRIDLSGFWIRRARRL + LPALVLMVLTVSAARALFPDQALTGLRSDAIAAFLWTANWRFVAQNTDYFTQGAPPSP + LQHTWSLGVEEQYYVVWPLLLIGATLLLAARARRRCRRATVGGVRFAAFLIASLGTMA + SATAAVAFTSAATRDRIYFGTDTRAQALLIGSAAAALLVRDWPSLNRGWCLIRTRWGR + RIARLLPFVGLAGLAVTTHVATGSVGEFRHGLLIVVAGAAVIVVASVAMEQRGAVARI + LAWRPLVWLGTISYGVYLWHWPIFLALNGQRTGWSGPALFAARCAATVVLAGASWWLI + EQPIRRWRPARVPLLPLAAATVASAAAVTMLVVPVGAGPGLREIGLPPGVSAVAAVSP + SPPEASQPAPGPRDPNRPFTVSVFGDSIGWTLMHYLPPTPGFRFIDHTVIGCSLVRGT + PYRYIGQTLEQRAECDGWPARWSAQVNRDQPDVALLIVGRWETVDRVNEGRWTHIGDP + TFDAYLNAELQRALSIVGSTGVRVMVTTVPYSRGGEKPDGRLYPEDQPERVNKWNAML + HNAISQHSNVGMIDLNKKLCPDGVYTAKVDGIKVRSDGVHLTQEGVKWLIPWLEDSVR + VAS" + gene 136327..137283 + /gene="gca" + /locus_tag="BQ2027_MB0116" + CDS 136327..137283 + /gene="gca" + /locus_tag="BQ2027_MB0116" + /note="Mb0116, gca, len: 318 aa. Equivalent to Rv0112, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 318 aa overlap). Possible gca, + GDP-mannose 4,6-dehydratase (EC 4.2.1.47), similar to + others e g. U18320|PAU18320_1 GDP-D-mann from Pseudomonas + aeruginosa (323 aa), FASTA scores: opt: 415, E(): 4.4e-21, + (27.0% identity in 318 aa overlap). Similar to Rv3634c, + Rv3784, etc from Mycobacterium tuberculosis. Contains + PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases family + signature. SEEMS TO BELONG TO THE GDP-MANNOSE + 4,6-DEHYDRATASE FAMILY. COFACTOR: NAD(+). Protein product + from Mb0116 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0116 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GDP-MANNOSE 4,6-DEHYDRATASE GCA + (GDP-D-MANNOSE DEHYDRATASE)" + /protein_id="CAB5247818.1" + /translation="MKVWITGAGGMMGSHLAEMLLAAGHDVYATYCRPTIDPSDLQFN + GAEVDITDWCSVYDSIATFRPDAVFHLAAQSYPAVSWARPVETLTTNMVGTAIVFEAL + RRVRPHAKIIVAGSSAEYGFVDPSEVPINERRELRPLHPYGVSKAATDMLAYQYHKSY + GMHTVVARIFNCTGPRKVGDALSDFVRRCTWLEHHPEQSAIRVGNLKTKRTIVDVRDL + NRALMLMLDKGEAGADYNVGGSIAYEMGDVLKQVIAACKRDDIVPEVDPALLRPTDEK + IIYGDCSKLAAITGWQQEICLTQTIADMFDYWRSKSESALMV" + gene 137357..137947 + /gene="gmhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0117" + CDS 137357..137947 + /gene="gmhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0117" + /note="Mb0117, gmhA, len: 196 aa. Equivalent to Rv0113, + len: 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 196 aa overlap). Probable gmhA + (alternate gene name: lpcA), phosphoheptose isomerase (EC + 5.-.-.-), similar to many e.g. AE0005|HPAE000596_11 from + Helicobacter pylori (192 aa), FASTA scores: opt: 451, E(): + 1.9e-24, (45.1% identity in 162 aa overlap). BELONGS TO + THE SIS FAMILY, LPCA SUBFAMILY. Mb0117 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable sedoheptulose-7-phosphate isomerase + gmha (phosphoheptose isomerase)" + /protein_id="CAB5247819.1" + /translation="MCTARTAEEIFVETIAVKTRILNDRVLLEAARAIGDRLIAGYRA + GARVFMCGNGGSAADAQHFAAELTGHLIFDRPPLGAEALHANSSHLTAVANDYDYDTV + FARALEGSARPGDTLFAISTSGNSMSVLRAAKTARELGVTVVAMTGESGGQLAEFADF + LINVPSRDTGRIQESHIVFIHAISEHVEHALFAPRQ" + gene 137979..138551 + /gene="gmhb" + /locus_tag="BQ2027_MB0118" + CDS 137979..138551 + /gene="gmhb" + /locus_tag="BQ2027_MB0118" + /note="Mb0118, -, len: 190 aa. Equivalent to Rv0114, len: + 190 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 190 aa overlap). Possible dehydratase + (EC 4.-.-.-), similar to several hypothetical proteins and + to HIS7_ECOLI|P06987 imidazoleglycerol-phosphate + dehydratase (355 aa), FASTA scores: opt: 250, E(): + 3.6e-11, (34.0 % identity in 141 aa overlap). Mb0118 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible d-alpha,beta-d-heptose-1,7-biphosphate + phosphatase gmhb (d-glycero-d-manno-heptose 7-phosphate + kinase)" + /protein_id="CAB5247820.1" + /translation="MVAERAGHQWCLFLDRDGVINRQVVGDYVRNWRQFEWLPGAARA + LKKLRAWAPYIVVVTNQQGVGAGLMSAVDVMVIHRHLQMQLASDGVLIDGFQVCPHHR + SQRCGCRKPRPGLVLDWLRRHPDSEPLLSIVVGDSLSDLELAHNVAAAAGACASVQIG + GASSGGVADASFDSLWEFAVAVGHARGERG" + gene 138702..139619 + /gene="hdda" + /locus_tag="BQ2027_MB0119" + CDS 138702..139619 + /gene="hdda" + /locus_tag="BQ2027_MB0119" + /note="Mb0119, -, len: 305 aa. Equivalent to Rv0115, len: + 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.5% identity in 275 aa overlap). Possible sugar kinase + (EC 2.-.-.-), similar to several hypothetical proteins and + sugar kinases e.g. AAK27850.1|AF324836_3 + D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate kinase from + Aneurinibacillus thermoaerophilus (341 aa); + AAK80995.1|AE007802_11 Sugar kinase from Clostridium + acetobutylicum (364 aa). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base insertion (*-c) leads + to shorter product with a different COOH part compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible d-alpha-d-heptose-7-phosphate kinase + hdda" + /protein_id="CAB5247821.1" + /translation="MRSPFARRTATEPARPRSTIWRLSKKTLPLHVAVYRRVIAEFNG + GTPFPLQLATQVDAPPGSGLGSSSALVVAMLLTTCALIGSSPGPYELARLAWEIERVD + LGMAGGWQDHYAAAFGGFNFMESRPNGEVVVNPLRIRREVIAELEASLLLYFGGVSRL + SSEVIADQQRNVVERDADALAATHSICAEALEMKDLLVVGDIPGFADSLLRGWQAKKR + TSTRISNPAIEHAYQVAQSSGMVAGKVSGAGGGGFLMMIVDPRRRIEVARSLERECGG + SVAPCLFTKGGAVTWHIPESTAPRKAWSC" + gene complement(140307..141062) + /gene="ldta" + /locus_tag="BQ2027_MB0120C" + CDS complement(140307..141062) + /gene="ldta" + /locus_tag="BQ2027_MB0120C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0120c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv0116c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, showing similarity to several + hypothetical mycobacterial proteins e.g. Rv1433 from + Mycobacterium tuberculosis (271 aa); and + Q49706|B1496_F2_81|U00013 from Mycobacterium leprae (271 + aa); to the C-terminal regions of others like Rv0192 from + Mycobacterium tuberculosis (366 aa), FASTA scores: opt: + 451, E(): 1.7e-21, (46.7% identity in 270 aa overlap); and + Rv0192|Z97050|MTCI28_32 from Mycobacterium tuberculosis + cosmid (366 aa), FASTA scores: opt: 699, E(): 0, (45.7% + identity in 221 aa overlap). TBparse score is 0.932. + Protein product from Mb0120c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0120c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable l,d-transpeptidase ldta" + /protein_id="CAB5247822.1" + /translation="MRRVVRYLSVVVAITLMLTAESVSIATAAVPPLQPIPGVASVSP + ANGAVVGVAHPVVVTFTTPVTDRRAVERSIRISTPHNTTGHFEWVASNVVRWVPHRYW + PPHTRVSVGVQELTEGFETGDALIGVASISAHTFTVSRNGEVLRTMPASLGKPSRPTP + IGSFHAMSKERTVVMDSRTIGIPLNSSDGYLLTAHYAVRVTWSGVYVHSAPWSVNSQG + YANVSHGCINLSPDNAAWYFDAVTVGDPIEVVG" + gene 141240..142184 + /gene="oxyS" + /locus_tag="BQ2027_MB0121" + CDS 141240..142184 + /gene="oxyS" + /locus_tag="BQ2027_MB0121" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0121, oxyS, len: 314 aa. Equivalent to Rv0117, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). OxyS, oxidative + stress response protein regulatory protein, LysR family + (see citation below). Similar to many transcription + regulators and OxyR, the oxidative stress response protein + of many bacteria. Contains LysR family signature at + N-terminus. Also contains helix-turn-helix motif at aa + 16-37 (Score 1543, +4.44 SD). BELONGS TO THE LYSR FAMILY + OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. OXYR IS REQUIRED FOR THE + INDUCTION OF A REGULON OF HYDROGEN PEROXIDE INDUCIBLE + GENES SUCH AS CATALASE, GLUTATHIONE-REDUCTASE, ETC. + Protein product from Mb0121 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0121 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="OXIDATIVE STRESS RESPONSE REGULATORY PROTEIN + OXYS" + /protein_id="CAB5247823.1" + /translation="MLFRQLEYFVAVAQERHFARAAEKCYVSQPALSSAIAKLERELN + VTLINRGHSFEGLTREGERLVVWAKRILAEHAAFKAEVDAVRSGITGTLRLGTVPTAS + TTASLVLSAFCSAHPLAKVQVCSRLAATELYRRLREFELDAVIVHPETQDSDDVDLVP + LYEEQYVLLSPADMLPPGTSTLVWRDAAQLPLALLTADMRDRQVIDAAFADHAVSAIP + QVETDSVASLFAQVATGNWASIVPHTWLWAMPMSGPTGGEIRAVELVDPVLKAQIALA + TNALGPGSPVARALITCAQALALNEFFDTQLRGITRRR" + gene complement(142168..143916) + /gene="oxcA" + /locus_tag="BQ2027_MB0122C" + CDS complement(142168..143916) + /gene="oxcA" + /locus_tag="BQ2027_MB0122C" + /note="Mb0122c, oxcA, len: 582 aa. Equivalent to Rv0118c, + len: 582 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 582 aa overlap). Probable oxcA, + oxalyl-CoA decarboxylase (EC 4.1.1.8), highly similar to + many e.g. + P78093|OXC_ECOLI|7449483|B65011|YFDU|B2373|Z3637|ECS325 + PROBABLE OXALYL-CoA DECARBOXYLASE from Escherichia coli + (564 aa); M77128|OXAOXA_1 oxalyl-CoA decarboxylase from + Oxalobacter formigenes (568 aa), FASTA scores: opt: 2124, + E():0, (55.6% identity in 568 aa overlap). Also similar to + mycobacterial IlvB proteins e.g. MLCB1788.46c unknown + TPP-requiring enzyme from Mycobacterium leprae (548 aa); + and AL0086|MLCB1788_19 from Mycobacterium leprae (548 aa), + FASTA scores: opt: 831, E(): 0, (33.9% identity in 567 aa + overlap). Protein product from Mb0122c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXALYL-COA DECARBOXYLASE OXCA" + /protein_id="CAB5247824.1" + /translation="MTTRSASPCTVLTDGCHLVVDALKANDVDTIYGVVGIPITDLAR + AAQASGIRYIGFRHEASAGNAAAAAGFLTARPGVCLTTSGPGFLNGLPALANATTNCF + PMIQISGSSSRPMVDLQRGDYQDLDQLNAARPFVKAAYRIGQVQDIGRGVARAIRTAT + SGRPGGVYLDIPGDVLGQAVEASAASGAIWRPVDPAPRLLPAPEAIDRALDVLAQAQR + PLLVLGKGAAYAQADNVIREFVEHTGIPFLPMSMAKGLLPDSHPQSAAAARSLAMARA + DVVLLVGARLNWLLGNGESPQWSADAKFIQVDIEASEFDSNRPIVAPLTGDIGSVMSA + LLEAAADRSSVASAAWTGELADRKARNSAKMRRRLADDHHPMRFYNALGAIRSVLQRN + PDVYVVNEGANALDLARNIIDMHLPRHRLDSGTWGVMGIGMGYAIAAAVETGRPVVAI + EGDSAFGFSGMEFETICRYRLPVTVVILNNGGVYRGDEATIFRSAAPVWRHDPAPTVL + NAHARHELIAEAFGGKGYHVSTPTELESALTDALASNGPSLIDCELDPADGVESGHLA + KLNTTSAATPAISGDG" + gene 144089..145666 + /gene="fadD7" + /locus_tag="BQ2027_MB0123" + CDS 144089..145666 + /gene="fadD7" + /locus_tag="BQ2027_MB0123" + /note="Mb0123, fadD7, len: 525 aa. Equivalent to Rv0119, + len: 525 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 525 aa overlap). Probable fadD7, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to + 4-coumarate:CoA ligase of many organisms e.g. + U39405|PTU39405_1 4-coumarate:CoA ligase from Pinus + taedaxylem (537 aa), FASTA scores: opt: 483, E(): 8.3e-22, + (28.2% identity in 440 aa overlap). Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. TBscore is 0.896. + Protein product from Mb0123 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD7 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247825.1" + /translation="MASDFGPRIADLVEVAATRLPEAPALVVTADRIAISHRDLARLV + DELAGQLTRSGLLPGDRVALRMGSNAEFVVALLAASRADLVVVPLDPALPITEQRVRS + QAAGARVVLIDADGPHDRAEPTTRWWPLTVNVGGDSGPSGGTLSVHLDAATEPNPATS + TPEGLRPDDAMIMFTGGTTGLPKMVPWTHANIASSVRAIITGYRLSPRDATVAVMPLY + HGHGLIASLLATLASGGAVSLPARGRFSAHTFWDDIKAVGATWYTAVPTIHQILLERS + ATEPSGRKPAALRFIRSCSAPLTAQAALALQTEFAAPVVCAFGMTEATHQVTTTQIEG + IDQTETPVVSTGLVGRSTGAQIRIVGSDGLPLPAGAVGEIWLRGTTVVRGYLGDPTIT + AANFTDGWLRTGDLGSLSAAGDLSIRGRIKELINRGGEKISPERVEGVLASHPNVMEA + AVFGVPHQLYGEAVAAVIVPRESAPPTREELVQFCRERLAAFEIPASFQEASGLPHTA + KGSLDRRAVAERFGHSV" + gene complement(145667..147460) + /gene="fusA2b" + /locus_tag="BQ2027_MB0124C" + CDS complement(145667..147460) + /gene="fusA2b" + /locus_tag="BQ2027_MB0124C" + /standard_name="fus2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0124c, fusA2b, len: 597 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0120c, len: 714 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 597 aa overlap). Probable + fusA2 (alternate gene name: fus2), elongation factor G, + highly similar to others e.g. EFG_ECOLI|P02996 elongation + factor G (ef-g) from Escherichia coli (703 aa), FASTA + scores: opt: 1049, E(): 0, (32.5% identity in 717 aa + overlap). Also similar to fusA1|MTCY210.01 from + Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (39.1% identity in + 299 aa overlap); and P30767|EFG_MYCLE ELONGATION FACTOR G + (EF-G) from Mycobacterium leprae (701 aa), FASTA score: + (31.7% identity in 710 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + GTP-BINDING ELONGATION FACTOR FAMILY, EF-G/EF-2 SUBFAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, fusA2 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2bp to 1bp + substitution (gc-t), splits fusA2 into 2 parts, fusA2a and + fusA2b. Protein product from Mb0124c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0124c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELONGATION FACTOR G FUSA2B [SECOND + PART] (EF-G)" + /protein_id="CAB5247826.1" + /translation="MIAANEGVDEPTKSLWQECSQVGMPRAVVITKLDHARANYREAL + TAAQDAFGDKVLPLYLPSGDGLIGLLSQALYEYADGKRTTRTPAESDTERIEEARGAL + IEGIIEESEDESLMERYLGGETIDESVLIQDLEKAVARGSFFPVIPVCSSTGVGTLEL + LEVATRGFPSPMEHPLPEVFTPQGVPHAELACDNDAPLLAEVVKTTSDPYVGRVSLVR + VFSGTIRPDTTVHVSGHFSSFFGGGTSNTHPDHDEDERIGVLSFPLGKQQRPAAAVVA + GDICAIGKLSRAETGDTLSDKAEPLVLKPWTMPEPLLPIAIAAHAKTDEDKLSVGLGR + LAAEDPTLRIEQNQETHQVVLWCMGEAHAGVVLDTLANRYGVSVDTIELRVPLRETFA + GNAKGHGRHIKQSGGHGQYGVCDIEVEPLPEGSGFEFLDKVVGGAVPRQFIPSVEKGV + RAQMDKGVHAGYPVVDIRVTLLDGKAHSVDSSDFAFQMAGALALREAAAATKVILLEP + IDEISVLVPDDFVGAVLGDLSSRRGRVLGTETAGHDRTVIKAEVPQVELTRYAIDLRS + LAHGAASFTRSFARYEPMPESAAARVKAGAG" + gene complement(147457..147810) + /gene="fusA2a" + /locus_tag="BQ2027_MB0125C" + CDS complement(147457..147810) + /gene="fusA2a" + /locus_tag="BQ2027_MB0125C" + /standard_name="fus2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0125c, fusA2a, len: 117 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0120c, len: 714 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.1% identity in 108 aa overlap). Probable + fusA2 (alternate gene name: fus2), elongation factor G, + highly similar to others e.g. EFG_ECOLI|P02996 elongation + factor G (ef-g) from Escherichia coli (703 aa), FASTA + scores: opt: 1049, E(): 0, (32.5% identity in 717 aa + overlap). Also similar to fusA1|MTCY210.01 from + Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (39.1% identity in + 299 aa overlap); and P30767|EFG_MYCLE ELONGATION FACTOR G + (EF-G) from Mycobacterium leprae (701 aa), FASTA score: + (31.7% identity in 710 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + GTP-BINDING ELONGATION FACTOR FAMILY, EF-G/EF-2 SUBFAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, fusA2 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to the + substitution of a single base (gc-t), splits fusA2 into 2 + parts, fusA2a and fusA2b. Protein product from Mb0125c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0125c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELONGATION FACTOR G FUSA2A [FIRST PART] + (EF-G)" + /protein_id="CAB5247827.1" + /translation="MADRVNASQGAAAAPTANGPGGVRNVVLVGPSGGGKTTLIEALL + VAAKVLSRPGSVTEGTTVCDFDEAEIRQQRSVGLAVASLAYDGIKVNLVDTPGYADFV + GELWPGCGPPIAHCS" + gene complement(147946..148380) + /locus_tag="BQ2027_MB0126C" + CDS complement(147946..148380) + /locus_tag="BQ2027_MB0126C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0126c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv0121c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with others + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1155, + Rv1875, Rv2074, etc. Protein product from Mb0126c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0126c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pyridoxamine 5-phosphate oxidase" + /protein_id="CAB5247828.1" + /translation="MGEFDPKLRFAQSPVARLATSTPDGTPHLVPVVFALGARRPAEA + TGADVIYTAVDAKRKTTQRLRRLANLEHNPRASVLVDSYADDWTQLWWVRADGVAAIH + RDGEVMRAAYRLLRAKYAQYQSVPLNGPVIAIAVQRWASWHA" + gene 148529..148897 + /locus_tag="BQ2027_MB0127" + CDS 148529..148897 + /locus_tag="BQ2027_MB0127" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0127, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv0122, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0127 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247829.1" + /translation="MAGSVSAAAGIGWVGLNVTETNRDQCYRVERTTVDALTHPEYRV + HTRGVQRVRVTRNARKHRVSKHRIVAAMRHCGVPVIQEDGSLYYQGRDTSGRLTEVVA + VEADDGDLIITHAMPKEWKR" + gene 148894..149262 + /locus_tag="BQ2027_MB0128" + CDS 148894..149262 + /locus_tag="BQ2027_MB0128" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0128, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv0123, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0128 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="CAB5247830.1" + /translation="MTKKPRNPADYVIGDDVEVSDVDLKQEEVYVDGERLTDERVEQM + ASESLRLAREREANLIPGGKSLSGGSAHSPAVQVVVSKATHAKLKELARSRKMSVSKL + LRPVLDEFVQRETGRILPRR" + gene 149571..151187 + /gene="PE_PGRS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0129" + CDS 149571..151187 + /gene="PE_PGRS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0129" + /note="Mb0129, PE_PGRS2, len: 538 aa. Similar to Rv0124, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (87.4% identity in 547 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins, highly similar to many e.g. + Y0DP_MYCTU|Q50615 from Mycobacterium tuberculosis (498 + aa), FASTA scores: opt: 1730, E(): 0, (60.7% identity in + 504 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 180 bp insertion leads to a longer + product in the 3' direction compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (538 aa versus 487 + aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs2" + /protein_id="CAB5247831.1" + /translation="MSFVSVAPEIVVAAATDLAGIGSAISAANAAAAAPTTAVLAAGA + DEVSAAIAALFSGHAQAYQALSAQAAAFHQQFVQTLAGGAGAYAAAEAQVEQQLLAAI + NAPTQALLGRPLIGNGADGAPGTGQAGGAGGILYGNGGNGGSGAAGQAGGAGGPAGLI + GHGGSGGAGGHGGWLWGNGGVGGSGGAGVGAGVAGGHGGAGGAAGLWGAGGGGGNGGN + GADANIVSGGDGGLGGAGGGGGWLYGDGGAGGHGGQGAIGLGGGAGGDGGQGGAGRGL + WGTGGAGGHGGQGGGTGGPPLPGQAGMGAAGGAGGLIGNGGAGGDGGVGASGGVAGVG + GAGGNAMLIGHGGAGGAGGDSSFANGAAGGAGGAGGHLFGNGGSGGHGGAVTAGNTGI + GGAGGVGGDARLIGHGGAGGAGGDRAGALVGRDGGPGGNGGAGGQLYGNGGDGGPGGQ + GGQAFGANNIGGTGGAGGNGGPAILSGNGGNGGAGGAGGAGGAGGGAGGVGGAGGAPG + TGGTLQAAVSGLVTALFGAPGQPGDTGQPG" + gene 151339..152406 + /gene="pepA" + /locus_tag="BQ2027_MB0130" + CDS 151339..152406 + /gene="pepA" + /locus_tag="BQ2027_MB0130" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0130, pepA, len: 355 aa. Equivalent to Rv0125, + len: 355 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 355 aa overlap). Probable pepA, serine + protease (EC 3.4.21.-), highly similar to other proteases + e.g. HHOB_ECOLI|P31137 protease hhob precursor (355 aa), + FASTA scores: opt: 400, E(): 3.8e-14, (32.4% identity in + 346 aa overlap). Also similar to Q50320 34 KDA protein + precursor from Mycobacterium tuberculosis (361 aa), FASTA + scores: opt: 1689, E(): 0, (70.7% identity in 362 aa + overlap). Contains PS00135 Serine proteases, trypsin + family, serine active site. Has a possible signal sequence + at the N-terminus. Protein product from Mb0130 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0130 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable serine protease pepa (serine + proteinase) (mtb32a)" + /protein_id="CAB5247832.1" + /translation="MSNSRRRSLRWSWLLSVLAAVGLGLATAPAQAAPPALSQDRFAD + FPALPLDPSAMVAQVGPQVVNINTKLGYNNAVGAGTGIVIDPNGVVLTNNHVIAGATD + INAFSVGSGQTYGVDVVGYDRTQDVAVLQLRGAGGLPSAAIGGGVAVGEPVVAMGNSG + GQGGTPRAVPGRVVALGQTVQASDSLTGAEETLNGLIQFDAAIQPGDSGGPVVNGLGQ + VVGMNTAASDNFQLSQGGQGFAIPIGQAMAIAGQIRSGGGSPTVHIGPTAFLGLGVVD + NNGNGARVQRVVGSAPAASLGISTGDVITAVDGAPINSATAMADALNGHHPGDVISVT + WQTKSGGTRTGNVTLAEGPPA" + gene 152515..154320 + /gene="treS" + /locus_tag="BQ2027_MB0131" + CDS 152515..154320 + /gene="treS" + /locus_tag="BQ2027_MB0131" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0131, treS, len: 601 aa. Equivalent to Rv0126, + len: 601 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 601 aa overlap). treS, trehalose + synthase (EC 5.4.99.-) (see citation below), highly + similar to others e.g. CAA04601.2|AJ001205 putative + trehalose synthase from Streptomyces coelicolor (566 aa); + S71450|1536814|BAA11303.1|D78198 trehalose synthase + maltose-specific from Pimelobacter sp. strain R48 (573 + aa). Also similar to MAL1_DROME|P07191 possible maltase + precursor (508 aa), FASTA scores: opt: 807, E(): 0, (33.7% + identity in 504 aa overlap); and similar to proteins + associated with amino-acid transport e.g. Q64319 rat + protein which stimulates transport of cystine and dibasic + and neutral amino acids (683 aa), FASTA scores: opt: 839, + E(): 0, (32.0% identity in 531 aa overlap). Also similar + to several other Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Rv2471 FASTA score: (31.7% identity in 164 aa overlap). + Protein product from Mb0131 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0131 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TREHALOSE SYNTHASE TRES" + /protein_id="CAB5247833.1" + /translation="MNEAEHSVEHPPVQGSHVEGGVVEHPDAKDFGSAAALPADPTWF + KHAVFYEVLVRAFFDASADGSGDLRGLIDRLDYLQWLGIDCIWLPPFYDSPLRDGGYD + IRDFYKVLPEFGTVDDFVALVDAAHRRGIRIITDLVMNHTSESHPWFQESRRDPDGPY + GDYYVWSDTSERYTDARIIFVDTEESNWSFDPVRRQFYWHRFFSHQPDLNYDNPAVQE + AMIDVIRFWLGLGIDGFRLDAVPYLFEREGTNCENLPETHAFLKRVRKVVDDEFPGRV + LLAEANQWPGDVVEYFGDPNTGGDECHMAFHFPLMPRIFMAVRRESRFPISEIIAQTP + PIPDMAQWGIFLRNHDELTLEMVTDEERDYMYAEYAKDPRMKANVGIRRRLAPLLDND + RNQIELFTALLLSLPGSPVLYYGDEIGMGDVIWLGDRDGVRIPMQWTPDRNAGFSTAN + PGRLYLPPSQDPVYGYQAVNVEAQRDTSTSLLNFTRTMLAVRRRHPAFAVGAFQELGG + SNPSVLAYVRQVAGDDGDTVLCVNNLSRFPQPIELDLQQWTNYTPVELTGHVEFPRIG + QVPYLLTLPGHGFYWFQLTTHEVGAPPTCGGERRL" + gene 154423..155790 + /gene="mak" + /locus_tag="BQ2027_MB0132" + CDS 154423..155790 + /gene="mak" + /locus_tag="BQ2027_MB0132" + /note="Mb0132, -, len: 455 aa. Equivalent to Rv0127, len: + 455 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 455 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to various proteins e.g. + AJ0012|SCJ001205_4 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor A3(2) (464 aa), FASTA scores: opt: 412, E(): + 1.1e-19, (40.6% identity in 485 aa overlap); + AJ0012|SCJ001206_5 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor A3(2) (453 aa), FASTA scores: opt: 403, E(): + 4.3 e-19, (36.5% identity in 455 aa overlap). Protein + product from Mb0132 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0132 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="maltokinase mak" + /protein_id="CAB5247834.1" + /translation="MTRSDTLATKLPWSDWLPRQRWYAGRNRELATVKPGVVVALRHN + LDLVLVDVTYTDGATERYQVLVGWDFEPASEYGTKAAIGVADDRTGFDALYDVAGPQF + LLSLIVSSAVCGTSTGEVTFTREPDVELPFAAQPRVCDAEQSNTSVIFDRRAILKVFR + RVSSGINPDIELNRVLTRAGNPHVARLLGAYQFGRPNRSPTDALAYALGMVTEYEANA + AEGWAMATASVRDLFAEGDLYAHEVGGDFAGESYRLGEAVASVHATLADSLGTAQATF + PVDRMLARLSSTVAVVPELREYAPTIEQQFQKLAAEAITVQRVHGDLHLGQVLRTPES + WLLIDFEGEPGQPLDERRAPDSPLRDVAGVLRSFEYAAYGPLVDQATDKQLAARAREW + VERNRAAFCDGYAVASGIDPRDSALLLGAYELDKAVYETGYETRHRPGWLPIPLRSIA + RLTAS" + gene 155858..156637 + /locus_tag="BQ2027_MB0133" + CDS 155858..156637 + /locus_tag="BQ2027_MB0133" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0133, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv0128, len: + 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with some similarity to Rv3064c and + other bacterial proteins e.g. + AAK85977.1|AE007957|AGR_C_254p from Agrobacterium + tumefaciens (206 aa). Mb0133 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247835.1" + /translation="MQREIYDGEARLSWVLAALAGILGATAFTHSAGYFVTFMTGNSQ + RAVLGLFGDDAWMSVTASLLILFFVAGVVIASVCRRHFWAAHPHGPTVLTTFSLIFAA + GVDIMLGGWHESMLDFVPILFVVFGIGALNTSFVKDGEVSVPLSYVTGTLVKMGQGIE + RHLAGGKVEDWLGYFLLHASFVLGAAAGGAISMVVTGPQMLAVAAVVCAATTGYTYLH + ADRRGLVNQKRPQPGKRLFRALRRGELDSGTSTPATNYGSS" + gene complement(156769..157791) + /gene="fbpC" + /locus_tag="BQ2027_MB0134C" + CDS complement(156769..157791) + /gene="fbpC" + /locus_tag="BQ2027_MB0134C" + /standard_name="mpt45; 85C; fbpC2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0134c, fbpC, len: 340 aa. Equivalent to Rv0129c, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 340 aa overlap). fbpC (alternate gene + names: mpt45, 85C, fbpC2), secreted antigen 85c + (fibronectin-binding protein C) (mycolyl transferase 85C) + (EC 2.3.1.-) (see citations below), also highly similar to + other Mycobacterial antigen precursors e.g. + A85C_MYCLE|Q05862 antigen 85-c precursor (85c) from + Mycobacterium leprae (333 aa), FASTA scores: opt: 1937, + E(): 0, (81.4% identity in 333 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0134c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0134c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED ANTIGEN 85-C FBPC (85C) (ANTIGEN 85 + COMPLEX C) (AG58C) (MYCOLYL TRANSFERASE 85C) + (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN C)" + /protein_id="CAB5247836.1" + /translation="MTFFEQVRRLRSAATTLPRRLAIAAMGAVLVYGLVGTFGGPATA + GAFSRPGLPVEYLQVPSASMGRDIKVQFQGGGPHAVYLLDGLRAQDDYNGWDINTPAF + EEYYQSGLSVIMPVGGQSSFYTDWYQPSQSNGQNYTYKWETFLTREMPAWLQANKGVS + PTGNAAVGLSMSGGSALILAAYYPQQFPYAASLSGFLNPSEGWWPTLIGLAMNDSGGY + NANSMWGPSSDPAWKRNDPMVQIPRLVANNTRIWVYCGNGTPSDLGGDNIPAKFLEGL + TLRTNQTFRDTYAADGGRNGVFNFPPNGTHSWPYWNEQLVAMKADIQHVLNGATPPAA + PAAPAA" + gene 158038..158493 + /gene="htdz" + /locus_tag="BQ2027_MB0135" + CDS 158038..158493 + /gene="htdz" + /locus_tag="BQ2027_MB0135" + /note="Mb0135, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv0130, len: + 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, most similar to AL096811|SCI30A_19 + from Streptomyces coelicolor (153 aa), FASTA scores: opt: + 639, E(): 0, (60.8% identity in 148 aa overlap). Also + similar to NODN_RHILV|P08634 nodulation protein from + Rhizobium leguminosarum bv. viciae plasmid pRL1JI (161 + aa), FASTA scores: opt: 406, E(): 1e-21, (43.9% identity + in 148 aa overlap; and to O30041 MONOAMINE OXIDASE + REGULATORY PROTEIN (146 aa), FASTA scores: opt: 219, E(): + 1.1e-08, (30.8% identity in 133 aa overlap). Protein + product from Mb0135 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0135 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3-hydroxyl-thioester dehydratase" + /protein_id="CAB5247837.1" + /translation="MRTFESVADLAAAAGEKVGQSDWVTITQEEVNLFADATGDHQWI + HVDPERAAAGPFGTTIAHGFMTLALLPRLQHQMYTVKGVKLAINYGLNKVRFPAPVPV + GSRVRATSSLVGVEDLGNGTVQATVSTTVEVEGSAKPACVAESIVRYVA" + gene complement(158506..159849) + /gene="fadE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0136C" + CDS complement(158506..159849) + /gene="fadE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0136C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0136c, fadE1, len: 447 aa. Equivalent to Rv0131c, + len: 447 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 447 aa overlap). Probable fadE1, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + ACDS_HUMAN|P16219 acyl-CoA dehydrogenase short-chain + specific precursor (412 aa), FASTA scores: opt: 522, E(): + 1.4e-23, (30.1% identity in 425 aa overlap). Also highly + similar to MTCI5_28 from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0136c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0136c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE1" + /protein_id="CAB5247838.1" + /translation="MPVRRRAGERLPTVWDFETDPQYQSKLDWVEKFMAEELEPLDLV + ALDPYDKKNADTMAILRPLQRQVKDQGLWAAHLRPELGGQGFGQVKLALLNEIIGRSR + WAPSAFGCQAPDSGNAEILALFGTDEQKARYLRPLLDGEITSCYSMTEPQGGSDPGLF + VTAATRDAAGNGDWIINGEKWFSTNAKHASFFIVMAVTKPEARTYEKMSLFIVPADTP + GIEIVRNVGVGAESTRHASHGYIRYHDVRVPADHVLGGEGQAFMIAQTRLGGGRIHHA + MRTIALARRAFDMMCERALSRQTRHGRLADLQMTQEKIADSWIQIEQFRLLVLRTAWL + IDKHHDYQKVRRDIAAVKVAMPQVLHDVVQRAMHLHGALGVSDEMPFVKMMLAAESLG + IADGATELHKMTVARRTLREYQPVTTLFPSQHIPTRRAHAEAWLAQRLEHAIAEF" + gene complement(159891..160973) + /gene="fgd2" + /locus_tag="BQ2027_MB0137C" + CDS complement(159891..160973) + /gene="fgd2" + /locus_tag="BQ2027_MB0137C" + /note="Mb0137c, fgd2, len: 360 aa. Equivalent to Rv0132c, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 360 aa overlap). Putative fgd2, + F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase (EC + 1.-.-.-), highly similar to many from Mycobacteria e.g. + AAD38167|g5031431 from Mycobacterium chelonae. Also + similar to MJ1534|Q58929 N5,N10-METHYLENE + TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE from METHANOCOCCUS + JANNASCHII (342 aa), FASTA scores: opt: 285, E(): 7.9e-11, + (28.4% identity in 292 aa overlap). And also similar to + Rv0953c, Rv0791c, etc from Mycobacterium tuberculosis. + Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Mb0137c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative f420-dependent glucose-6-phosphate + dehydrogenase fgd2" + /protein_id="CAB5247839.1" + /translation="MTGISRRTFGLAAGFGAIGAGGLGGGCSTRSGPTPTPEPASRGV + GVVLSHEQFRTDRLVAHAQAAEQAGFRYVWASDHLQPWQDNEGHSMFPWLTLALVGNS + TSSILFGTGVTCPIYRYHPATVAQAFASLAILNPGRVFLGLGTGKRLNEQAATDTFGN + YRERHDRLIEAIVLIRQLWSGERISFTGHYFRTDELKLYDTPAMPPPIFVAASGPQSA + TLAGRYGDGWIAQARDINDAKLLAAFAAGAQAAGRDPTTLGKRAELFAVVGDDKAAAR + AADLWRFTAGAVDQPNPVEIQRAAESNPIEKVLANWAVGTDPGVHIGAVQAVLDAGAV + PFLHFPQDDPITAIDFYRTNVLPELR" + gene 161060..161665 + /locus_tag="BQ2027_MB0138" + CDS 161060..161665 + /locus_tag="BQ2027_MB0138" + /note="Mb0138, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv0133, len: + 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 201 aa overlap). Putative + acetyltransferase (EC 2.3.1.-), highly similar to others + e.g. PUAC_STRLP|P13249 puromycyn N-acetyltransferase (199 + aa), FASTA scores: opt: 341, E(): 1.8e-16, (33.3% identity + in 201 aa overlap). Protein product from Mb0138 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0138 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="CAB5247840.1" + /translation="MTPQARPARRADVRELSRTMARAFYDDPFMSWLLSNDNARTARL + TRLFATIVRHQHLAGGGVEVARGAAGIGGAALWDPPDRWRESRRQQLAMTPGFLRVFG + FRTAKARAALDVMMRVHPEEPHWYLAAIGSDPTVRGQGFGQVLMRSRLDRCDAEHCPA + YLESTKPENVPYYQRFGFRVTREIALPDAGPPLWAMWREPR" + gene 161962..162345 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-1" + /pseudo + CDS 161962..162345 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-1" + /note="Mb0139-1, -, len: 128 aa. Pseudogene part1 of + Rv0134 / ephF Protein product from Mb0139-1 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0139-1 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 162345..162452 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-2" + /pseudo + CDS 162345..162452 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-2" + /note="Mb0139-2, -, len: 36 aa. Pseudogene part2 of Rv0134 + / ephF,Mb0139-2 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 162454..162693 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-3" + /pseudo + CDS 162454..162693 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-3" + /note="Mb0139-3, -, len: 80 aa. Pseudogene part3 of Rv0134 + / ephF,Mb0139-3 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 162696..162863 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-4" + /pseudo + CDS 162696..162863 + /locus_tag="BQ2027_MB0139-4" + /note="Mb0139-4, -, len: 55 aa. Pseudogene part4 of Rv0134 + / ephF. Mb0139-4 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene complement(162834..163439) + /locus_tag="BQ2027_MB0140C" + CDS complement(162834..163439) + /locus_tag="BQ2027_MB0140C" + /note="Mb0140c, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv0135c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, weakly similar to others e.g. + P32398|YHGD_BACSU HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + from Bacillus subtilis (191 aa), FASTA scores: opt: 145, + E(): 0.0012, (21.0% identity in 162 aa overlap). Protein + product from Mb0140c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0140c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5247845.1" + /translation="MTAVAAGALVVETDSFRLRLLDGLVASIGERGYRATTVSDIVRH + ARTSKRTFYDRFTSKEQCFLELLLADNETLGNSIRAAVDPNADWHDQIRQAVEAYVTH + IESRPAVTLSWIREFPSLGAAAYPVQRRGMEQLTSLLIELSASPGFRRANLPPLNVPL + AVILLGGLRELTALTVEDGQPIRNIVEPAVDASIALLGPRS" + gene 163556..164881 + /gene="cyp138" + /locus_tag="BQ2027_MB0141" + CDS 163556..164881 + /gene="cyp138" + /locus_tag="BQ2027_MB0141" + /note="Mb0141, cyp138, len: 441 aa. Equivalent to Rv0136, + len: 441 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 441 aa overlap). Probable cyp138, + cytochrome P450 138 (EC 1.14.-.-), similar to others e.g. + SLR0574|Q59990 from SYNECHOCYSTIS SP. (444 aa), FASTA + scores: opt: 315, E(): 1e-13, (25.7% identity in 416 aa + overlap); etc. Also similar to MTV039_6 from Mycobacterium + tuberculosis (472 aa), FASTA score: (38.2% identity in 442 + aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop); and PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron + ligand signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. + Protein product from Mb0141 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0141 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 138 CYP138" + /protein_id="CAB5247846.1" + /translation="MSEVVTAAPAPPVVRLPPAVRGPKLFQGLAFVVSRRRLLGRFVR + RYGKAFTANILMYGRVVVVADPQLARQVFTSSPEELGNIQPNLSRMFGSGSVFALDGD + DHRRRRRLLAPPFHGKSMKNYETIIEEETLRETANWPQGQAFATLPSMMHITLNAILR + AIFGAGGSELDELRRLIPPWVTLGSRLAALPKPKRDYGRLSPWGRLAEWRRQYDTVID + KLIEAERADPNFADRTDVLALMLRSTYDDGSIMSRKDIGDELLTLLAAGHETTAATLG + WAFERLSRHPDVLAALVEEVDNGGHELRQAAILEVQRARTVIDFAARRVNPPVYQLGE + WVIPRGYSIIINIAQIHGDPDVFPQPDRFDPQRYIGSKPSPFAWIPFGGGTRRCVGAA + FANMEMDVVLRTVLRHFTLETTTAAGERSHGRGVAFTPKDGGRVVMRRR" + gene complement(164902..165450) + /gene="msrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0142C" + CDS complement(164902..165450) + /gene="msrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0142C" + /note="Mb0142c, msrA, len: 182 aa. Equivalent to Rv0137c, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Probable msrA, + peptide methionine sulfoxide reductase (EC 1.8.4.6), + equivalent to CAC32179.1|AL583926 putative peptide + methionine sulfoxide from Mycobacterium leprae (177 aa). + Highly similar to others e.g. CAC18703.1|AL451182 putative + peptide methionine sulfoxide reductase from Streptomyces + coelicolor (172 aa); PMSR_SCHPO|Q09859 putative peptide + methionine sulfoxide reductase from Streptomyces (187 aa), + FASTA scores: opt: 468, E(): 9.9e-26, (45.6% identity in + 158 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MSRA FAMILY. Protein + product from Mb0142c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0142c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE + MSRA (PROTEIN-METHIONINE-S-OXIDE REDUCTASE) (PEPTIDE + MET(O) REDUCTASE)" + /protein_id="CAB5247847.1" + /translation="MTSNQKAILAGGCFWGLQDLIRNQPGVVSTRVGYSGGNIPNATY + RNHGTHAEAVEIIFDPTVTDYRTLLEFFFQIHDPTTKDRQGNDRGTSYRSAIFYFDEQ + QKRIALDTIADVEASGLWPGKVVTEVSPAGDFWEAEPEHQDYLQRYPNGYTCHFVRPG + WRLPRRTAESALRASLSPELGT" + gene 165513..166016 + /locus_tag="BQ2027_MB0143" + CDS 165513..166016 + /locus_tag="BQ2027_MB0143" + /note="Mb0143, -, len: 167 aa. Equivalent to Rv0138, len: + 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 167 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing weak similarity to Q10827|YT10_MYCTU + HYPOTHETICAL 17.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (147 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 0.047, + (31.15% identity in 106 aa overlap). Mb0143 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247848.1" + /translation="MSASEFSRAELAAAFEKFEKTVARAAATRDWDCWVQHYTPDVEY + IEHAAGIMRGRQRVRAWIQETMTTFPGSHMVAFPSLWSVIDESTGRIICELGNPMLDP + GDGSVISATNISIITYAGNGQWCRQEDIYNPLRFLRAAMKWCRKAQELGTLDEDAARW + MRRHGGP" + gene 166017..167039 + /locus_tag="BQ2027_MB0144" + CDS 166017..167039 + /locus_tag="BQ2027_MB0144" + /note="Mb0144, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv0139, len: + 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 340 aa overlap). Putative + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to others e.g. + O34285|HPNA HPNA PROTEIN from Zymomonas mobilis (337 aa), + FASTA scores: opt: 507, E (): 5.8e-27, (31.1% identity in + 328 aa overlap); TRE_STRGR|P29782 dtdp-glucose + 4,6-dehydratase (328 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): + 2.6e-10, (29.0% identity in 307 aa overlap). Protein + product from Mb0144 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0144 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase" + /protein_id="CAB5247849.1" + /translation="MNAPKLVIGANGFLGSHVTRQLVADCAPQKGEVRAMVRPAANTR + SIDDLPLTRFHGDVFDTATVAEAMAGCDDVYYCVVDTRAWLRDPSPLFRTNVAGLRNV + LDVATDASLRRFVFTSSYATVGRRRGHVATEEDRVDTRKVTPYVRSRVAAEDLVLQYA + HDAGLPAVAMCVSTTYGGGDWGRTPHGAFIAGAVFGRLPFTMRGIRLEAVGVDDAARA + LILAAERGHNGERYLISERMMPLQEVVRIAADEAGVPPPRWSISVPVLYALGALGSLR + ARLTGKDTELSLASVRMMRSEADVDHGKAVRELGWQPRPVEESIREAARFWAAMRTVG + KDPAAS" + gene 167100..167480 + /locus_tag="BQ2027_MB0145" + CDS 167100..167480 + /locus_tag="BQ2027_MB0145" + /note="Mb0145, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv0140, len: + 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + P74567|D90916_48 HYPOTHETICAL 20.8 KDP ROTEIN from + Synechocystis sp. (180 aa), FASTA scores: opt: 229, E(): + 4.7e-10, (36.1% identity in 108 aa overlap). Also similar + to Rv1056 and Rv1670 from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0145 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0145 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="COGs COG2343" + /protein_id="CAB5247850.1" + /translation="MSNRIVLEPSADHPITIEPTNRRVQVRVNGEVVADTAAALCLQE + ASYPAVQYIPLADVVQDRLIRTETSTYCPFKGEASYYSVTTDAGDIVDDVMWTYENPY + PAVAAIAGHVACYPDKAEISIFPG" + gene complement(167461..167871) + /locus_tag="BQ2027_MB0146C" + CDS complement(167461..167871) + /locus_tag="BQ2027_MB0146C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0146c, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv0141c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0146c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0146c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ketosteroid isomerase-related protein" + /protein_id="CAB5247851.1" + /translation="MTPFDDPQAELAWMFLQSLCEGGDLDEGFALLSNDFTYWSIVTR + TELDKKTFRRAVERRKQVFEVNIELIRCVNEGETVVVEGHCDGVSADRTRYDSPFVCI + FETRDGMIISLREYSDTQSLAEVYPVACATPGRC" + gene 167901..168827 + /locus_tag="BQ2027_MB0147" + CDS 167901..168827 + /locus_tag="BQ2027_MB0147" + /note="Mb0147, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv0142, len: + 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar, except in N-terminus, to + AB88922.1|AL353862 hypothetical protein SCE34.20 from + Streptomyces coelicolor (326 aa). Mb0147 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA + glycosylase" + /protein_id="CAB5247852.1" + /translation="MRSIDVVVEAVVTFAGAAGFAHTLAPLRRGQQDPCFRVPGDGTI + WRTSLLPTGPVTARISRAGRDAARCVAWGSGAEEFVDMAPAMLGAADDASDFVPLHPA + VAAAHRRLPNLRLGRTGQVLEALIPAVIEQRVPGADAFRSWRLLVSKYGTQAPGPAPP + GMRVPPSAEVWRHIPSWEFHRANVDPGRARAVVGCAQRAASLERLVSLPAARAAEALT + SLPGVGVWTAAETTQRVFGDADAVSVGDYHIPKMIGWTLVGRPVDDAGMLELLEPMRP + HRHRVVRLLEASGLAREPRRGPRLPVQNIRAL" + gene complement(168894..170372) + /locus_tag="BQ2027_MB0148C" + CDS complement(168894..170372) + /locus_tag="BQ2027_MB0148C" + /note="Mb0148c, -, len: 492 aa. Equivalent to Rv0143c, + len: 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 492 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, CIC family possibly involved in + transport of chloride, similar to others and hypothetical + proteins e.g. O28857 PUTATIVE CHLORIDE CHANNEL from + Archaeoglobus fulgidus (589 aa), FASTA scores: opt: 966, + E(): 0, (37.7% identity in 453 aa overlap); + YADQ_ECOLI|P37019 hypothetical 46.0 kd protein (436 aa), + FASTA scores: opt: 452, E(): 2.4e-20, (28.0% identity in + 460 aa overlap). Protein product from Mb0148c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0148c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247853.1" + /translation="MAPGDWSVFAWHAANLPTMPEAEDIGNEAAGGRLGVSIRSAGYL + RKWFLLGITIGVIAGLGAVVFYLALKYTSEFLLGYLADYQIPTPVGEGGHRGSTGFAR + PWAIPLVTTGGAVLSALIVAKLAPEATGHGTDEAIESVHGDPRAIRGRAVLVKMVASA + LTIGSGGSGGREGPTAQISAGFCSLLTRRLNLSNEDGRTAVALGIGAGIGAIFAAPLG + GAALGASIPYRDDFDYRNLLPGFIASGTAYAVLGAFLGFDPLFGYIDAEYRFEKAWPL + LWFVVIGLIAAAVGYLYARVFHASVAITRRLPGGPVLKPAIGGLLVGLLGLPIPQILS + SGYGWAQLAADRGTLLSIPLWIVIVLPIAKILATSLSIGTGGSGGLFGPGIVIGAFVG + AAIWRLGELTELPGVPHEPGIFVVVAMMACFGSVSRAPLAVMIMVAEMTGSFSVVPGA + IIAVGIAALLLSRTNVTIYETQRLNRQTAEAERGGSDRPTTA" + gene 170474..171316 + /locus_tag="BQ2027_MB0149" + CDS 170474..171316 + /locus_tag="BQ2027_MB0149" + /note="Mb0149, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv0144, len: + 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, possibly tetR family. Has + region similar to others e.g. + Q59431|UIDR_ECOLI|GUSR|B1618|Z2623|ECS2326 UID OPERON + REPRESSOR (GUS OPERON) from Escherichia coli strains K12 + and O157:H7 (196 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): + 1.1e-06, (26.0% identity in 196 aa overlap). Contains + probable helix-turn helix motif from aa 109-130 (Score + 1463, +4.17 SD). COULD BELONG TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb0149 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0149 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247854.1" + /translation="MPHSWTPTSVMTPPLVVAAFRPVGHYRLATDRAGGPCSPPATGA + KLTSSVASRPTVGTKPQWWHTLVMSMSLTAGRGPGRPPAAKADETRKRILHAARQVFS + ERGYDGATFQEIAVRADLTRPAINHYFANKRVLYQEVVEQTHELVIVAGIERARREPT + LMGRLAVVVDFAMEADAQYPASTAFLATTVLESQRHPELSRTENDAVRATREFLVWAV + NDAIERGELAADVDVSSLAETLLVVLCGVGFYIGFVGSYQRMATITDSFQQLLAGTLW + RPPT" + gene 171405..172358 + /locus_tag="BQ2027_MB0150" + CDS 171405..172358 + /locus_tag="BQ2027_MB0150" + /note="Mb0150, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv0145, len: + 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 317 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to many e.g. + CAC32172.1|AL583926 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (310 aa); and several Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. Rv0726c, Rv0731c, etc. Protein + product from Mb0150 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0150 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="CAB5247855.1" + /translation="MTELDDVSSLPSSRRTAGDTWAITESVGATALGVAAARAVETAA + TNPLIRDEFAKVLVSSAGTAWARLADADLAWLDGDQLGRRVHRVACDYQAVRTHFFDE + YFGAAVDAGVRQVVILAAGLDARAYRLNWPAGTVVYEIDQPSVLEYKAGILQSHGAVP + TARRHAVAVDLRDDWPAALIAAGFDGTQPTAWLAEGLLPYLPGDAADRLFDMVTALSA + PGSQVAVEAFTMNTKGNTQRWNRMRERLGLDIDVQALTYHEPDRSDAAQWLATHGWQV + HSVSNREEMARLGRAIPQDLVDETVRTTLLRGRLVTPAQPA" + gene 172401..173333 + /locus_tag="BQ2027_MB0151" + CDS 172401..173333 + /locus_tag="BQ2027_MB0151" + /note="Mb0151, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv0146, len: + 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to others e.g. + AC30975.1|AL583924 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (304 aa); and several Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. Rv0726c, Rv0731c, etc. Protein + product from Mb0151 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0151 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="CAB5247856.1" + /translation="MRTHDDTWDIKTSVGATAVMVAAARAVETDRPDPLIRDPYARLL + VTNAGAGAIWEAMLDPTLVAKAAAIDAETAAIVAYLRSYQAVRTNFFDTYFASAVAAG + IRQVVILASGLDSRAYRLDWPAGTIVYEIDQPKVLSYKSTTLAENGVTPSAGRREVPA + DLRQDWPAALRDAGFDPTARTAWLAEGLLMYLPAEAQDRLFTQVGAVSVAGSRIAAET + APVHGEERRAEMRARFKKVADVLGIEQTIDVQELVYHDQDRASVADWLTDHGWRARSQ + RAPDEMRRVGRWVEGVPMADDPTAFAEFVTAERL" + gene 173428..174948 + /locus_tag="BQ2027_MB0152" + CDS 173428..174948 + /locus_tag="BQ2027_MB0152" + /note="Mb0152, -, len: 506 aa. Equivalent to Rv0147, len: + 506 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 506 aa overlap). Probable aldehyde + dehydrogenase (NAD+) dependant (EC 1.2.1.-), similar to + others e.g. DHAP_RAT|P11883 aldehyde dehydrogenase + (dimeric NADP-preferring) (452 aa), FASTA scores: opt: + 1291, E(): 0, (43.9% identity in 453 aa overlap). Also + similar to several Mycobacterium tuberculosis aledehyde + dehydrogenases e.g. Rv0768, Rv2858c, etc. Contains PS00687 + aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site, and + PS00070 aldehyde dehydrogenases cysteine active site. + BELONGS TO THE ALDEHYDE DEHYDROGENASES FAMILY. Protein + product from Mb0152 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0152 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable aldehyde dehydrogenase (nad+) + dependent" + /protein_id="CAB5247857.1" + /translation="MSDRVKAVAPPDGRTMMTTESVARKTQKSETEAPREPAPVSDEK + QTDVAKTVARLRKTFASGRTRSVEWRKQQLRALQKLMDENEDAIAAALAEDLDRNPFE + AYLADIATTSAEAKYAAKRVRRWMRRRYLLLEVPQLPGRGWVEYEPYGTVLIIGAWNY + PFYLTLGPAVGAIAAGNAVVLKPSEIAAASAHLMTELVYRYLDTEAIAVVQGDGAVSQ + ELIAQGFDRVMFTGGTEIGRKVYEGAAPHLTPVTLELGGKSPVIVAADADVDVAAKRI + AWIKLLNAGQTCVAPDYVLADATVRDELVSKITAALTKFRSGAPQGMRIVNQRQFDRL + SGYLAAAKTDAAADGGGVVVGGDCDASNLRIQPTVVVDPDPDGPLMSNEIFGPILPVV + TVKSLDDAIRFVNSRPKPLSAYLFTKSRAVRERVIREVPAGGMMVNHLAFQVSTAKLP + FGGVGASGMGAYHGRWGFEEFSHRKSVLTKPTRPDLSSFIYPPYTERAIKVARRLF" + gene 175023..175883 + /locus_tag="BQ2027_MB0153" + CDS 175023..175883 + /locus_tag="BQ2027_MB0153" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0153, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv0148, len: + 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), similar to others, in + particular Estradiol 17 beta-dehydrogenases (EC 1.1.1.62), + e.g. DHB4_MOUSE|P51660 estradiol 17 beta-dehydrogenase 4 + (735 aa), FASTA scores: opt: 952, E(): 0, (52.5% identity + in 276 aa overlap). Contains PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb0153 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0153 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="CAB5247858.1" + /translation="MPGVQDRVIVVTGAGGGLGREYALTLAGEGASVVVNDLGGARDG + TGAGSAMADEVVAEIRDKGGRAVANYDSVATEDGAANIIKTALDEFGAVHGVVSNAGI + LRDGTFHKMSFENWDAVLKVHLYGGYHVLRAAWPHFREQSYGRVVVATSTSGLFGNFG + QTNYGAAKLGLVGLINTLALEGAKYNIHANALAPIAATRMTQDILPPEVLEKLTPEFV + APVVAYLCTEECADNASVYVVGGGKVQRVALFGNDGANFDKPPSVQDVAARWAEITDL + SGAKIAGFKL" + gene 175890..176858 + /locus_tag="BQ2027_MB0154" + CDS 175890..176858 + /locus_tag="BQ2027_MB0154" + /note="Mb0154, -, len: 322 aa. Equivalent to Rv0149, len: + 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 322 aa overlap). Putative quinone + oxidoreductase (EC 1.6.5.-), similar to others + oxidoreductases e.g. Q08257 quinone oxidoreductase (EC + 1.6.5.5) (329 aa), FASTA scores: opt: 397, E(): 3.2e-18, + (28.4% identity in 328 aa overlap); SCHCOADH_4 from + Streptomyces coelicolor. Also similar to many proteins + from Mycobacterium tuberculosis. Contains PS01162 Quinone + oxidoreductase / zeta-crystallin signature. BELONG TO THE + ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY, QUINONE + OXIDOREDUCTASE SUBFAMILY. Protein product from Mb0154 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0154 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible quinone oxidoreductase (nadph:quinone + oxidoreductase) (zeta-crystallin)" + /protein_id="CAB5247859.1" + /translation="MKACVVKELSGPSGMVYTDIDEVSGDGGKVVIDVRAAGVCFPDL + LLTKGEYQLKLTPPFVPGMETAGVVRSAPSDAGFHVGERVSAFGVLGGYAEQIAVPVA + NVVRSPVELDDAGAVSLLVNYNTMYFALARRAALRPGDTVLVLGAAGGVGTAAVQIAK + AMQAGKVIAMVHREGAIDYVASLGADVVLPLTEGWAQQVRDHTYGQGVDIVVDPIGGP + TFDDALGVLAIDGKLLLIGFAAGAVPTLKVNRLLVRNISVVGVGWGEYLNAVPGSAAL + FAWGLNQLVFLGLRPPPPQRYPLSEAQAALQSLDDGGVLGKVVLEP" + gene complement(176855..177142) + /locus_tag="BQ2027_MB0155C" + CDS complement(176855..177142) + /locus_tag="BQ2027_MB0155C" + /note="Mb0155c, -, len: 95 aa. Equivalent to Rv0150c, len: + 95 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 95 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with C-terminus of + O53949|Rv1800|MTV049.22 PPE-FAMILY PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (655 aa), FASTA score: (36.5% + identity in 104 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247860.1" + /translation="MLTLPDDRAPTGLPDPGIEALAHTKIASTISTVVADGYAVVLST + ADIANSLLANAIGYPIAASVALVTPAAGANSSCWPADPSQHHRIAESRACA" + gene complement(177733..179499) + /gene="PE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0156C" + CDS complement(177733..179499) + /gene="PE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0156C" + /note="Mb0156c, PE1, len: 588 aa. Equivalent to Rv0151c, + len: 588 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 588 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, with N-terminal + region similar to others e.g. MTV032_2 PE_PGRS family from + Mycobacterium tuberculosis (468 aa), FASTA scores: opt: + 1125, E(): 0, (46.3% identity in 456 aa overlap); + MTCY493_24 from M. tuberculosis FASTA score: (42.5% + identity in 558 aa overlap). Also similar to upstream ORF + MTCI5.26c FASTA score: (54.7% identity in 464 aa overlap). + Also shows similarity to C-terminal part of some PPE + family proteins e.g. MTV049_21 from Mycobacterium + tuberculosis FASTA score: (41.5% identity in 591 aa + overlap). Mb0156c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe1" + /protein_id="CAB5247861.1" + /translation="MAPFGFTPKARHNRGVALRSTYRLDRWVMGPVDKEGWGLSYVFA + QPSVLAAAATDLAGIGSAINQATAAVAAPTTGLAAAAADEVSTALATLFGAYGQQFQA + ISAQVAAFHNEFTQRLAAAANAFVNAEATNTSALVQEATAGLFKPTSPPVLPPMFNQN + TAIIMGGTGSPIPTPSYVNAITTLFIDPVVSNPVVKALVTPEELYPITGVKSLPFQTS + VQLGLQILDGAIWEQINAGNHVTVFGYSQSAVIASLEMQHLISLGPNAPSPSQLNFIL + IGNEMNPNGGILARIPGLNVTTLGLPFYGATPDNPYPTTTYTLEYDGFADFPRYPLNV + LSDINAVFGILTVHTTYADLTPAQIASATQLPTQGTTSNTYYIIETEHLPLLAPLRAI + PVIGPPLAALVEPNLEVIVNLGYGDPRFGYSTSPANVPTPFGLFPDVPASVVADALVA + GTQQGVNDFMVELPAALNTLPQTPMPAFPPYVPTLLPPPPPPQPATLINIADTFASVV + STGYSILLPTADLGLAFVTILPAYDLTLFVNQLAAGNLRAAIELPLAATIGLAALGGM + IEFIAIVVTLADITQQLQSFSI" + gene complement(179509..181086) + /gene="PE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0157C" + CDS complement(179509..181086) + /gene="PE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0157C" + /note="Mb0157c, PE2, len: 525 aa. Equivalent to Rv0152c, + len: 525 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 525 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to ORF + downstream Z92770|MTCI5_25 (588 aa), FASTA scores: opt: + 1492, E(): 0, (54.7% identity in 464 aa overlap); and to + many other PE family type members. Mb0157c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe2" + /protein_id="CAB5247862.1" + /translation="MRCRPPSRNRSAHTARNTRPCSLKSRRFTVRFHQTLAAAANSYA + DAEAAIASTRQNQLAVPAAAPTPAAAAMIPPFPANLTTLFFGPTGIPLPPPSMLTPPI + RCRSVRRALQAVFTPEELYPLTGVRSLVLNTSVEEGLTILHDAIMVELATTGNAVTVF + GWSQSAIIASLEMQRFTAMGGAAPSASDLNFVLVGNEMNPNGGMLARFPDLTLPTLDL + TFYGATPSDTIYPTAIYTLEYDGFADFSRYPLNFISDLNAVAGITFVHTKYLDLTPAQ + VEGATKLPTSPGYTGVTDYYIIRTENRPLLQPLRAVPVIGDPLADLIQPNLKVIVNLG + YGDPNYGYSTSYADVRTPFGLWPNVPPQVIADALAAGTQEGILDFTADLQALSAQPLT + LPQIQLPQPADLVAAVAAAPTPAEVVNTLARIISTNYAVLLPTVDIALALVTTLPLYT + TQLFVRQLAAGNLINAIGYPLAATVGLGTIDSGRRGIAHPPRGGLGHRSKHRGPRHLT + DSRRHRRPPTTVYRPRQ" + gene complement(181345..182175) + /gene="ptbB" + /locus_tag="BQ2027_MB0158C" + CDS complement(181345..182175) + /gene="ptbB" + /locus_tag="BQ2027_MB0158C" + /standard_name="MPtpB" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0158c, ptbB, len: 276 aa. Equivalent to Rv0153c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H27Rv, + (99.6% identity in 276 aa overlap). ptbB (alternate gene + name: MPtpB), protein-tyrosine-phosphatase (see citation + below) (EC 3.1.3.48), showing some similarity to several + protein-tyrosine phosphatases, polyketide synthase and + aminotransferase e.g. Q05918|IPHP_NOSCO|IPH + PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE PRECURSOR from Nostoc commune + (EC 3.1.3.48) (294 aa), FASTA scores: opt: 150, E(): + 0.0096, (26.8% identity in 269 aa overlap); etc. Supposed + a secreted protein. Protein product from Mb0158c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0158c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHOTYROSINE PROTEIN PHOSPHATASE PTPB + (PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE) (PTPase)" + /protein_id="CAB5247863.1" + /translation="MAVRELPGAWNFRDVADTATALRPGRLFRSSELSRLDDAGRATL + RRLGITDVADLRSSREVARRGPGRVPDGIDVHLLPFPDLADDDADDSAPHETAFKRLL + TNGGSNGESGESSQSINDAATRYMTDEYRQFPTRNGAQRALHRVVTLLAAGRPVLTHC + FAGKDRTGFVVALVLEAVGLDRDVIVADYLRSNDSVPQLRARISEMIQQRFDTELAPE + VVTFTKARLSDGVLGVRAEYLAAARQTIDETYGSLGGYLRDAGISQATVNRMRGVLLG + " + gene complement(182177..183388) + /gene="fadE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0159C" + CDS complement(182177..183388) + /gene="fadE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0159C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0159c, fadE2, len: 403 aa. Equivalent to Rv0154c, + len: 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 403 aa overlap). Probable fadE2, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + C-terminal region of O01590 ACYL-CoA DEHYDROGENASE (974 + aa), FASTA scores: opt: 1150, E(): 0, (50.0% identity in + 402 aa overlap); ACDS_MEGEL|Q06319 acyl-CoA dehydrogenase + (short-chain) (383 aa), FASTA score: (35.0% identity in + 306 aa overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb0159c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0159c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE2" + /protein_id="CAB5247864.1" + /translation="MSAKAIDYRTRLSDFMTEHVFGAEADYDDYRRAAGPADHTAPPI + IEELKTKAKDRGLWNLFLSAESGLTNLEYAPLAEMTGWSMEIAPEALNCAAPDTGNME + ILHMFGTEQQRAQWLRPLLDGKIRSAFSMTEPAVASSDARNIETTISRDGADYVINGR + KWWTSGAADPRCKILIVMGRTNPDAAAHQQQSMVLVPIDTPGVTIVRSTPVFGWQDRH + GHCEIDYHNVRVPATNLLGEEGSGFAIAQARLGPGRIHHCMRALGAAERALALMVNRV + RNRVAFGRPLAEQGVVQQAIAQSRNEIDQARLLCEKAAWTIDQHGNKEARHLVAMIKA + VAPRVACDVIDRAIQVHGAAGVSDDTPLARLYGWHRAMRIFDGPDEVHLRSIARAELS + REKSTFAAAVT" + gene 183812..184912 + /gene="pntAa" + /locus_tag="BQ2027_MB0160" + CDS 183812..184912 + /gene="pntAa" + /locus_tag="BQ2027_MB0160" + /standard_name="pntAA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0160, pntAa, len: 366 aa. Equivalent to Rv0155, + len: 366 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 366 aa overlap). Probable pntAa, first + part of NAD(P) transhydrogenase subunit alpha (EC + 1.6.1.2), similar to N-terminus of others e.g. + PNTA_ECOLI|P07001|P76888|B1603 NAD (P) transhydrogenase + subunit alpha from Escherichia coli strain K12 (510 aa), + FASTA scores: opt: 921, E(): 0, (42.1% identity in 361 aa + overlap); PROTON-TRANSLOCATING NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT PNTAA (EC 1.6.1.1). Protein + product from Mb0160 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0160 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NAD(P) TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT ALPHA) + PNTAa [FIRST PART; CATALYTIC PART] (PYRIDINE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA) (NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA)" + /protein_id="CAB5247865.1" + /translation="MTDPQTQSTRVGVVAESGPDERRVALVPKAVASLVNRGVAVVVE + AGAGERALLPDELYTAVGASIGDAWAADVVVKVAPPTAAEVGRLRGGQTLIGFLAPRN + ADNSIGALTQAGVQAFALEAIPRISRAQVMDALSSQANVSGYKAVLLAASESTRFFPM + LTTAAGTVKPATVLVLGVGVAGLQALATAKRLGARTTGYDVRPEVADQVRSVGAQWLD + LGISASGEGGYARELTDDERAQQQKALEEAISGFDVVITTALVPGRPAPTLVTAAAVE + AMKPGSVVVDLAGETGGNCELTEPGRTVVKHDVTIAAPLNLPATMPEHASELYSKNIT + ALLDLLIKDGRLAPDFDDEVIAQSCVTRGKDS" + gene 184913..185245 + /gene="pntAb" + /locus_tag="BQ2027_MB0161" + CDS 184913..185245 + /gene="pntAb" + /locus_tag="BQ2027_MB0161" + /standard_name="pntAB" + /note="Mb0161, pntAb, len: 110 aa. Equivalent to Rv0156, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 110 aa overlap). Probable pntAb, second + part of NAD(P) transhydrogenase subunit alpha, integral + membrane protein, similar to C-terminus of others e.g. + Q59764 NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE SUBUNIT + PNTAB (139 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): 1.9e-11, + (45.5% identity in 88 aa overlap). Protein product from + Mb0161 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0161 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NAD(P) TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT ALPHA) + PNTAb [SECOND PART; INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN] (PYRIDINE + NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA) (NICOTINAMIDE + NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA)" + /protein_id="CAB5247866.1" + /translation="MCNELLENLAILVLSGFVGFAVISKVPNTLHTPLMSGTNAIHGI + VVLGALVVFGEIEHPSLVLQVILFVAVVFGTLNVIGGFIVTDRMLGMFKAKKPAVPAK + PDRDEALR" + gene 185242..186669 + /gene="pntB" + /locus_tag="BQ2027_MB0162" + CDS 185242..186669 + /gene="pntB" + /locus_tag="BQ2027_MB0162" + /note="Mb0162, pntB, len: 475 aa. Equivalent to Rv0157, + len: 475 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 475 aa overlap). Probable pntB, + pyridine nucleotide transhydrogenase (nicotinamide + nucleotide transhydrogenase) subunit beta (EC 1.6.1.1), + integral membrane protein, similar to others e.g. Q59763 + PROTON-TRANSLOCATING NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT BETA from HODOSPIRILLUM RUBRUM + (464 aa), FASTA scores: opt: 1344, E(): 0, (46.4% identity + in 472 aa overlap); + P07002|PNTB_ECOLI|P76890|PNTB|B1602|Z2597|ECS2308 NAD(P) + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT BETA from Escherichia coli + strains K12 and O157:H7 (462 aa). Protein product from + Mb0162 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0162 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NAD(P) TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT BETA) + PNTB [INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN] (PYRIDINE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT BETA) (NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE SUBUNIT BETA)" + /protein_id="CAB5247867.1" + /translation="MNLHYLVEILYIISFSLFIYGLMGLTGPKTAVRGNLIAAAGMTI + AVAATLVMIRHTSQWPLIIAGLVVGVVLGVPPARLTKMTAMPQLVAFFNGVGGGTVAL + IALSEFIDTTGFSAFQHGESPTVHIVVASLFAAIIGSISFWGSIVAFGKLQEIISGRP + IGLGKAQQPINLLLLAVAVAAAVVIGLHAHPGSGGVALWWMIGLLVAAGVLGLMVVLP + IGGADMPVVISMLNAMTGLSAAAAGLALNNTAMIVAGMIVGASGSILTNLMAKAMNRS + IPAIVAGGFGGGGVAPSGGGDDKHVKATSAADAAIQMAYANQVIVVPGYGLAVAQAQH + AVKDLATLLEDRGVPVKYAIHPVAGRMPGHMNVLLAEAEVDYDAMKDMDDINDEFART + DVTIVIGANDVTNPAARNETSSPIYGMPILNVDKSRSVIVLKRSMNSGFAGIDNPLFY + ADGTTMLFGDAKKSVTEVSEELKAL" + gene complement(186685..186813) + /locus_tag="BQ2027_MB0162A" + CDS complement(186685..186813) + /locus_tag="BQ2027_MB0162A" + /note="Mb0162A, len: 42 aa. Equivalent to Rv0157A len: 42 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 42 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein, + showing similarity to C-terminal part (aa 186-220) of + O53976|Rv1975|MTV051.13 conserved hypothetical protein + from Mycobacterium tuberculosis (221 aa), FASTA scores: + opt: 173, E(): 3e-06, (62.5% identity in 40 aa overlap). + Mb0162A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="CAB5247868.1" + /translation="MMDPSPDYDVSDEIEFFFRYLTWGLRGVETGDGYPPPAYPPV" + gene 186975..187619 + /locus_tag="BQ2027_MB0163" + CDS 186975..187619 + /locus_tag="BQ2027_MB0163" + /note="Mb0163, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv0158, len: + 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, possibly TetR family, showing + weak similarity to various transcriptional activators and + repressors e.g. P32398|YIXD_BACSU|YHGD HYPOTHETICAL + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN from Bacillus subtilis + (191 aa), FASTA scores: opt:172, E(): 2.4e-05, (23.0% + identity in 191 aa overlap). Contains helix-turn-helix + motif at aa 32-53 (Score 1296, +3.60 SD). COULD BELONG TO + THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. + Protein product from Mb0163 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0163 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247869.1" + /translation="MPSDTSPNGLSRREELLAVATKLFAARGYHGTRMDDVADVIGLN + KATVYHYYASKSLILFDIYRQAAEGTLAAVHDDPSWTAREALYQYTVRLLTAIASNPE + RAAVYFQEQPYITEWFTSEQVAEVREKEQQVYEHVHGLIDRGIASGEFYECDSHVVAL + GYIGMTLGSYRWLRPSGRRTAKEIAAEFSTALLRGLIRDESIRNQSPLGTRKET" + gene complement(187623..189029) + /gene="PE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0164C" + CDS complement(187623..189029) + /gene="PE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0164C" + /note="Mb0164c, PE3, len: 468 aa. Equivalent to Rv0159c, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 468 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to many + other PE proteins e.g. O06828 from Mycobacterium + tuberculosis (528 aa), FASTA scores: opt: 1163, E(): 0, + (45.8% identity in 467 aa overlap). Also highly similar to + upstream MTV032_3, and to MTCI5_25, MTCI5_26, MTV049_ 21, + MTCY1A10_26, etc. Mb0164c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe3" + /protein_id="CAB5247870.1" + /translation="MSYVIAAPEMLATAAADVDGIGSAIRAASASAAGPTTGLLAAAA + DEVSSAAAALFSEYARECQEVLKQAAAFHGEFTRALAAAGAAYAQAEASNTAAMSGTA + GSSGALGSVGMLSGNPLTALMMGGTGEPILSDRVLAIIDSAYIRPIFGPNNPVAQYTP + EQWWPFIGNLSLDQSIAQGVTLLNNGINAELQNGHDVVVFGYSQSAAVATNEIRALMA + LPPGQAPDPSRLAFTLIGNINNPNGGVLERYVGLYLTFLDMSFNGATPPDSPYQTYMY + TGQYDGYAHNPQYPLNILSDLNAFMGIRWVHNAYPFTAAEVANAVPLPTSPGYTGNTH + YYMFLTQDLPLLQPIRAIPFVGTPIAELIQPDLRVLVDLGYGYGYADVPTPASLFAPI + NPIAVASALATGTVQGPQAALVSIGLLPQSALPNTYPYLPSANPGLMFNFGQSSVTEL + SVLSGALGSVARLIPPIA" + gene complement(189121..190629) + /gene="PE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0165C" + CDS complement(189121..190629) + /gene="PE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0165C" + /note="Mb0165c, PE4, len: 502 aa. Equivalent to Rv0160c, + len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 502 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to many + other PE proteins e.g. Z92770|MTCI5_26c from M. + tuberculosis (525 aa), FASTA scores: opt: 816, E(): 0, + (41.4% identity in 367 aa overlap); C-terminal region of + O06801|RV1768|MTCY28.34 from Mycobacterium tuberculosis + (618 aa), FASTA scores: opt: 417, E(): 6.7e-18, (53.5% + identity in 142 aa overlap). Also highly similar to + downstream ORF MTV032_2. Mb0165c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe4" + /protein_id="CAB5247871.1" + /translation="MSHLVTAPDMLATAAAHVDEIASTLRAANAAAAGPTCNLLAAAG + DEVSAATAALFSAYGREYQAVVKQAAAFHSEFTRTLEAAGNAYAHAEAANAARVSHAL + DTINAPIRTLLGRTPLSPNGSSGAGGLPAIAQLAAESPITALIMGGTNNPLPDPEYVT + DINKAFIQTLFPGAVSQGLFTPEQFWPVTPDLGNLTFNQSVTEGVALLNTTVNNQLAL + DNKVVAFGYSQSATIINNYINSLMAMGSPNPDDISFVMIGSGNNPVGGLLARFPGFYI + PFLDVPFNGATPANSPYPTHIYTAQYDGIAHAPQFPLRILSDINAFMGYFYVHNTYPE + LMATQVDNAVPLPTSPGYTGNTQYYMFLTQDLPLLQPIRDIPYAGPPIADLFQPQLRV + LVDLGYADYGPGGNYADIPTPAGLFSIPNPFAVTYYLIKGSLQAPYGAIVEIGVEAGL + IGPEWFPDSYPWVPSINPGLNFYFGQPQVTLLSLMSGGLGNILHLIPPPVFT" + gene 190797..192146 + /locus_tag="BQ2027_MB0166" + CDS 190797..192146 + /locus_tag="BQ2027_MB0166" + /note="Mb0166, -, len: 449 aa. Equivalent to Rv0161, len + 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to hypothetical + proteins and various oxidoreductases e.g. + AIP2_YEAST|P46681 actin interacting protein 2 (530 aa), + FASTA scores: opt: 356, E (): 0, (33.3% identity in 357 aa + overlap); DLD1_YEAST|P32891 d-lactate dehydrogenase + (cytochrome) (587 aa), FASTA scores: opt: 311, E(): + 2.5e-20, (27.9% identity in 366 aa overlap). Also similar + to other Mycobacteria proteins e.g. MTCY339.30c from M. + tuberculosis FASTA score: (29.4% identity in 357 aa + overlap); MLCL622.30c from Mycobacterium tuberculosis (449 + aa). Protein product from Mb0166 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase" + /protein_id="CAB5247872.1" + /translation="MLTSLVSAVGSHHVTTDPDVLAGRSVDHTGRYRGRASALVRPGS + AEEVAEVLRVCRDAGAYVTVQGGRTSLVAGTVPEHDDVLLSTERLCVVSDVDTVERRI + EIGAGVTLAAVQHAASTAGLVFGVDLSARDTATVGGMASTNAGGLRTVRYGNMGEQVV + GLDVALPDGTVLRRHSRVRRDNTGYDLPALFVGAEGTLGVITALDLRLHPTPSHRVTA + VCGFAELAALVDAGRMFRDVEGIAALELIDGRAAALTREHLGVRPPVEADWLLLVELA + ADHDQTDRLADLLGGARMCGEPAVGVDAAAQQRLWRTRESLAEVLGVYGPPLKFDVSL + PLSAISGFARDAVALVHRHVPDSPEALPLLFGHIGEGNLHLNVLRCPPDREPALYAKM + MGLIAECGGNVSSEHGVGSRKRAYLGMSRQANDVAAMRRVKAALDPTGYLNAAVLFD" + gene complement(192174..193325) + /gene="adhE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0167C" + CDS complement(192174..193325) + /gene="adhE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0167C" + /note="Mb0167c, adhE1, len: 383 aa. Equivalent to Rv0162c, + len: 383 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 383 aa overlap). Probable adhE1, + zinc-type alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1), similar to + others e.g. ADH_MACMU|P28469 alcohol dehydrogenase alpha + chain (374 aa), FASTA scores: opt: 619, E(): 0, (34.7% + identity in 363 aa overlap). Also similar to other alcohol + dehydrogenases from Mycobacterium tuberculosis e.g. + MTCY369.06c FASTA score: (34.0% identity in 365 aa + overlap), MTV022_9 FASTA score: (35.0% identity in 371 aa + overlap). Contains PS00059 Zinc-contain ingalcohol + dehydrogenases signature. BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING + ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY, CLASS-I SUBFAMILY. COFACTOR: + ZINC. Protein product from Mb0167c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0167c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable zinc-type alcohol dehydrogenase (e + subunit) adhe1" + /protein_id="CAB5247873.1" + /translation="MPAVQPWLYSNMPAIRGAVLDQIGVPRPYWRSKPISVVELHLDP + PDRGEVLVRIEAAGVCHSDLSVVDGTRVRPVPILLGHEAAGIVEQVGDGVDGVAVGQR + VVLVFLPRCGQCAACATDGRTPCEPGSAANKAGTLLGGGIRLSRGGRPVYHHLGVSGF + ATHVVVNRASVVPVPHEVPPTVAALLGCAVLTGGGAVLNVGDPQPGQSVAVVGLGGVG + MAAVLTALTYTDVRVVAVDQLPEKLSAAKALGAHEIYTPQQATAGGVKAAVVVEAVGH + PAALHTAIGLTAPGGRTITVGLPPPDVRISLSPLDFVTEGRSLIGSYLGSAVPSHDIP + RFVSLWQSGRLPVESLVTSTIRLDDINEAMDHLADGIAVRQLISFTGDL" + gene 193307..193762 + /locus_tag="BQ2027_MB0168" + CDS 193307..193762 + /locus_tag="BQ2027_MB0168" + /note="Mb0168, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv0163, len: + 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. Q44017 + HYPOTHETICAL 16.6 KDA PROTEIN IN GBD 5'REGION (ORF6)from + Alcaligenes eutrophus (145 aa), FASTA scores: opt: 155, + E(): 0.0002, (26.6% identity in 139 aa overlap). Also weak + similary with MTV008.31c|Rv2475c|B70867 from Mycobacterium + tuberculosis (138 aa). Mb0168 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Propionyl-CoA thioesterase activity" + /protein_id="CAB5247874.1" + /translation="MAALPAPEKLLRSDFPVLWPVGTRWADNDMFGHLNNAVYYQLFD + TAINAWINTSTGVDPLAMPVLGIVAESGCRYFSELRFPESLMVGLAVTRLGRSSVTYR + LGVFKEPDDAGVITALGHWVHVYVDRTSRRPVPIPEAIRSLLSTACVSG" + gene 193816..194301 + /gene="TB18.5" + /locus_tag="BQ2027_MB0169" + CDS 193816..194301 + /gene="TB18.5" + /locus_tag="BQ2027_MB0169" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0169, TB18.5, len: 161 aa. Equivalent to Rv0164, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). TB18.5, conserved + hypothetical protein, equivalent to CAB08818.1|Z95398 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (156 aa) + FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (76.3% identity in 152 aa + overlap). Some similarity to Rv2185c, Rv0854, Rv0857 from + Mycobacterium tuberculosis. Alternative start codon has + been suggested. 3' part corrected since first submission + (-24 aa). Protein product from Mb0169 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0169 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclase/dehydrase family protein" + /protein_id="CAB5247875.1" + /translation="MTAISCSPRPRYASRMPVLSKTVEVTADAASIMAIVADIERYPE + WNEGVKGAWVLARYDDGRPSQVRLDTAVQGIEGTYIHAVYYPGENQIQTVMQQGELFA + KQEQLFSVVATGAASLLTVDMDVQVTMPVPEPMVKMLLNNVLEHLAENLKQRAEQLAA + S" + gene complement(194315..195007) + /gene="mce1r" + /locus_tag="BQ2027_MB0170C" + CDS complement(194315..195007) + /gene="mce1r" + /locus_tag="BQ2027_MB0170C" + /note="Mb0170c, len: 230 aa. Equivalent to Rv0165c len: + 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (81.2% identity in 218 aa overlap). Probable + mce1R,transcriptional regulator, GntR family (See Casali + et al.,2006), showing some similarity to several e.g. + NTRA_CHELE|P54988 nta operon transcriptional regulator + (231 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.00058, (32.0% + identity in 125 aa overlap); P46833|GNTR_BACLI gluconate + operon transcriptional repressor from Bacillus + licheniformis (243 aa); GNTR_BACSU gluconate operon + repressor from Bacillus subtilis (243 aa). Also similar to + Rv0043c from Mycobacterium tuberculosis. Seems to belong + to the GntR family of transcriptional regulators. Start + changed since first submission (-41 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0165c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + insertion (*-cc) leads to a product with a different COOH + terminus. Mb0170c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transcriptional regulatory protein + Mce1R (probably GntR-family)" + /protein_id="CAB5247876.1" + /translation="MNAPLSAKPRSQLPLRRAQLSDEVAGHLRAAIMSGALRSGTFIR + LDETAAELGVSVTPVREALLKLRGEGMVGLEPHRGHVVLPLTRQDIDDIFWLQATIAQ + ELATSATAHITDVEIDELDRINNALAGAIGSGDAKTIASIEFAFHRVFNKASRRIKLA + WFLLNAARYMPAQVFAADPRWGADAVNSHRQLIAALRRRDTAAVIEHTVWQFTDGARR + LTEALAETEVFG" + gene 195185..196849 + /gene="fadD5" + /locus_tag="BQ2027_MB0172" + CDS 195185..196849 + /gene="fadD5" + /locus_tag="BQ2027_MB0172" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0172, fadD5, len: 554 aa. Equivalent to Rv0166, + len: 554 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 554 aa overlap). Probable fadD5, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many eg + LCFA_ECOLI|P29212 long-chain-fatty-acid--CoA ligase (561 + aa), FASTA scores: opt: 612, E(): 0, (29.4% identity in + 534 aa overlap). Also similar to many other fatty-acid-CoA + ligases from Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY07A7.11c + FASTA score: (35.3% identity in 487 aa overlap), + MTV013_10, MTY25D10_30, etc. Contains PS00455 putative + AMP-binding domain signature. Protein product from Mb0172 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0172 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-CoA LIGASE FADD5 + (FATTY-ACID-CoA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-CoA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247877.1" + /translation="MTAQLASHLTRALTLAQQQPYLARRQNWVNQLERHAMMQPDAPA + LRFVGNTMTWADLRRRVAALAGALSGRGVGFGDRVMILMLNRTEFVESVLAANMIGAI + AVPLNFRLTPTEIAVLVEDCAAHVMLTEAALAPVAIGVRNIQPLLSVIVVAGGSSQDS + VFGYEDLLNEAGDVHEPVDIPNDSPALIMYTAGTTGRPKGAVLTHANLTGQAMTALYT + SGANINSDVGFVGVPLFHIAGIGNMLTGLLLGLPTVIYPLGAFDPGQLLDVLEAEKVT + GIFLVPAQWQAVCTEQQARPRDLRLRVLSWGAAPAPDALLRQMSATFPETQILAAFGQ + TEMSPVTCMLLGEDAIAKRGSVGRVIPTVAARVVDQNMNDVPVGEVGEIVYRAPTLMS + CYWNNPEATAEAFAGGWFHSGDLVRMDSDGYVWVVDRKKDMIISGGENIYCAELENVL + ASHPDIAEVAVIGRADEKWGEVPIAVAAVTNDDLRIEDLGEFLTDRLARYKHPKALEI + VDALPRNPAGKVLKTELRLRYGACVNVERRSASAGFTERRENRQKL" + gene 197053..197850 + /gene="yrbE1A" + /locus_tag="BQ2027_MB0173" + CDS 197053..197850 + /gene="yrbE1A" + /locus_tag="BQ2027_MB0173" + /note="Mb0173, yrbE1A, len: 265 aa. Equivalent to Rv0167, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). yrbE1A, hypothetical + unknown integral membrane protein, part of mce1 operon and + member of YrbE family (see citations below for more + information), highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07791|Rv0587|MTCY19H5.35|yrbE2A (265 aa); + O53965|Rv1964|MTV051.02|yrbE3A (265 aa); etc. Also highly + similar or similar to conserved hypothetical integral + membrane proteins of yrbEA type, e.g. + NP_302654.1|NC_002677 conserved membrane protein from + Mycobacterium leprae (267 aa); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 + hypothetical protein from Haemophilus influenzae (261 aa), + FASTA scores: opt: 328, E(): 1.8e-15, (26.6% identity in + 244 aa overlap); etc. Protein product from Mb0173 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0173 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved integral membrane protein yrbe1a" + /protein_id="CAB5247878.1" + /translation="MTTSTTLGGYVRDQLQTPLTLVGGFFRMCVLTGKALFRWPFQWR + EFILQCWFIMRVGFLPTIMVSIPLTVLLIFTLNILLAQFGAADISGSGAAIGAVTQLG + PLTTVLVVAGAGSTAICADLGARTIREEIDAMEVLGIDPIHRLVVPRVLASMLVATLL + NGLVITVGLVGGFLFGVYLQNVSGGAYLATLTLITGLPEVVIATIKAATFGLIAGLVG + CYRGLTVRGGSKGLGTAVNETVVLCVIALFAVNVILTTIGVRFGTGR" + gene 197852..198721 + /gene="yrbE1B" + /locus_tag="BQ2027_MB0174" + CDS 197852..198721 + /gene="yrbE1B" + /locus_tag="BQ2027_MB0174" + /note="Mb0174, yrbE1B, len: 289 aa. Equivalent to Rv0168, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). yrbE1B, hypothetical + unknown integral membrane protein, part of mce1 operon and + member of YrbE family (see citations below for more + information), highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07790|Rv0588|MTCY19H5.34|yrbE2B (295 aa); + O53966|Rv1965|MTV051.03|yrbE3B (271 aa); etc. Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of the yrbEB type, e.g. NP_302655.1|NC_002677 + conserved membrane protein from Mycobacterium leprae (289 + aa); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 hypothetical protein from + Haemophilus influenzae (261 aa), FASTA scores: opt: 223, + E(): 7.6e-07, (23.7% identity in 257 aa overlap); etc. + Mb0174 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved integral membrane protein yrbe1b" + /protein_id="CAB5247879.1" + /translation="MSTAAVLRARFPRAVANLRQYGGAAARGLDEAGQLTWFALTSIG + QIAHALRYYRKETLRLIAQIGMGTGAMAVVGGTVAIVGFVTLSGSSLVAIQGFASLGN + IGVEAFTGFFAALINVRIAGPVVTGVALAATVGAGATAELGAMRISEEIDALEVMGIK + SISFLASTRIMAGLVVIIPLYALAMIMSFLSPQITTTVLYGQSNGTYEHYFQTFLRPD + DVFWSFLEALIITAIVMVSHCYYGYAAGGGPVGVGEAVGRSMRFSLVSVQVVVLFAAL + ALYGVDPNFNLTV" + gene 198726..200090 + /gene="mce1A" + /locus_tag="BQ2027_MB0175" + CDS 198726..200090 + /gene="mce1A" + /locus_tag="BQ2027_MB0175" + /standard_name="mce1" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0175, mce1A, len: 454 aa. Equivalent to Rv0169, + len: 454 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 454 aa overlap). mce1A; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07789|MCE2|Rv0589|MTCY19H5.33c|mce2A (404 aa); + O53967|MCE3|Rv1966|MTV051.04|mce3A (425 aa); etc. Also + highly similar to others e.g. + AAD52105.1|AF113402_1|AF113402 mycobacterial cell entry + protein from Mycobacterium bovis BCG (454 aa); + NP_302656.1|NC_002677 putative cell invasion protein from + Mycobacterium leprae (441 aa); AAA92845.1|U26018 mce gene + product from Mycobacterium avium (88 aa) (similarity on + C-terminus); CAC12798.1|AL445327 putative secreted protein + from Streptomyces coelicolor (418 aa); etc. Note that + equivalent, but longer 22 aa, to P72013|CAA50257.1|X70901 + Mcep protein from Mycobacterium tuberculosis (432 aa). + Contains a very hydrophobic region around residues 20-35. + Note that previously known as mce1. Protein product from + Mb0175 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0175 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE1A" + /protein_id="CAB5247880.1" + /translation="MTTPGKLNKARVPPYKTAGLGLVLVFALVVALVYLQFRGEFTPK + TQLTMLSARAGLVMDPGSKVTYNGVEIGRVDTISEVTRDGESAAKFILDVDPRYIHLI + PANVNADIKATTVFGGKYVSLTTPKNPTKRRITPKDVIDVRSVTTEINTLFQTLTSIA + EKVDPVKLNLTLSAAAEALTGLGDKFGESIVNANTVLDDLNSRMPQSRHDIQQLAALG + DVYADAAPDLFDFLDSSVTTARTINAQQAELDSALLAAAGFGNTTADVFDRGGPYLQR + GVADLVPTATLLDTYSPELFCTIRNFYDADPLAKAAAGGGNGYSLRTNSEILSGIGIS + LLSPLALATNGAAIGIGLVAGLIASPLAVAANLAGALPGIVGGAPNPYTYPENLPRVN + ARGGPGGAPGCWQPITRDLWPAPYLVMDTGASLAPYNHMEVGSPYAVEYVWGRQVGDN + TINP" + gene 200087..201127 + /gene="mce1B" + /locus_tag="BQ2027_MB0176" + CDS 200087..201127 + /gene="mce1B" + /locus_tag="BQ2027_MB0176" + /standard_name="mceD" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0176, mce1B, len: 346 aa. Equivalent to Rv0170, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 346 aa overlap). mce1B (alternate gene + name: mceD); belongs to 24-membered Mycobacterium + tuberculosis Mce protein family (see citations below for + more information), highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins O07788|Rv0590|MTCY19H5.32c|mce2B + (275 aa); O53968|Rv1967|MTV051.05|mce3B (342 aa); etc. + Also highly similar to others e.g. NP_302657.1|NC_002677 + putative secreted protein from Mycobacterium leprae (346 + aa); CAC12797.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (354 aa); etc. Contains + hydrophobic region in N-terminal 30 residues. In + Escherichia coli, N-terminal part is functional and + directs export of a leaderless beta-lactamase into the + periplasm (see seventh citation). Protein product from + Mb0176 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0176 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE1B" + /protein_id="CAB5247881.1" + /translation="MKITGTVVKLGIVSVVLLFFTVMIIVIFGQMRFDRTNGYTAEFS + NVSGLRQGQFVRASGVEIGKVKALHLVDGGRRVRVEFNIDRSVPLYQSTTAQIRYSDL + IGNRYVELKRGEGKGANDLLPPGGLIPLSRTSPALDLDALIGGFKPVFRALDPAKVNN + IANALITVFQGQGGTINDTLDQTAQLTSQIAERDQAIGEVVKNLNIVLDTTVKHRKEF + DETVNNLENLITGLRNHSDQLAGGLAHISNGAGTVADLLAENRTLVRKAVSYLDAIQQ + PVIDQRVELDDLLHKTPTALTALGRANGTYGDFQNFYLCDLQIKWNGFQAGGPVRTVK + LFSQPTGRCTPQ" + gene 201124..202671 + /gene="mce1C" + /locus_tag="BQ2027_MB0177" + CDS 201124..202671 + /gene="mce1C" + /locus_tag="BQ2027_MB0177" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0177, mce1C, len: 515 aa. Equivalent to Rv0171, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 515 aa overlap). mce1C; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07787|Rv0591|MTCY19H5.31|mce2C (481 aa); + O53969|Rv1968|MTV051.06|mce3C (410 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302658.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (519 aa); + CAC12796.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (351 aa); etc. Weakly similar to + downstream ORF Rv0172|MTCI28.12|mce1D (530 aa), FASTA + score: (24.6% identity in 552 aa overlap). Contains + possible signal sequence and highly proline-rich + C-terminus. Protein product from Mb0177 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0177 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE1C" + /protein_id="CAB5247882.1" + /translation="MRTLEPPNRMRIGLMGIVVALLVVAVGQSFTSVPMLFAKPSYYG + QFTDSGGLHKGDRVRIAGLGVGTVEGLKIDGDHIVVKFSIGTNTIGTESRLAIRTDTI + LGRKVLEIEPRGAQALPPGGVLPVGQSTTPYQIYDAFFDVTKAASGWDIETVKRSLNV + LSETVDQTYPHLSAALDGVAKFSDTIGKRDEQITHLLAQANQVASILGDRSDQVDRLL + VNAKTLIAAFNERGRAVDALLGNISAFSAQVQNLINDNPNLNHVLEQLRILTDLLVDR + KEDLAETLTILGRFSASFGETFASGPYFKVLLANLVPGQILQPFVDAAFKKRGISPED + FWRSAGLPAYRWPDPNGTRFPNGAPPPPPPVLEGTPEHPGPAVPPGSPCSYTPPADGL + PRPWDPLPCANLTQGPFGGPDFPAPLDVATSPPNPDGPPPAPGLPIAGRPGEVPPNVP + GTPVPIPQEAPPGARTLPLGPAPGPAPPPAAPGPPAPPGPGPQLPAPFINPGGTGGSG + VTGGSEN" + gene 202668..204260 + /gene="mce1D" + /locus_tag="BQ2027_MB0178" + CDS 202668..204260 + /gene="mce1D" + /locus_tag="BQ2027_MB0178" + /note="Mb0178, mce1D, len: 530 aa. Equivalent to Rv0172, + len: 530 aa, fromMycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 530 aa overlap). mce1D; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07786|Rv0592|MTCY19H5.30c|mce2D (508 aa); + O53970|Rv1969|MTV051.07|mce3D (423 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302659.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (531 aa); + CAC12795.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (337 aa); etc. Hydrophobic region + at N-terminus. Protein product from Mb0178 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0178 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE1D" + /protein_id="CAB5247883.1" + /translation="MSTIFDIRNLRLPQLSRASVVIGSLVVVLALAAGIVGVRLYQKL + TNNTVVAYFTQANALYVGDKVQIMGLPVGSIDKIEPAGDKMKVTFHYQNKYKVPANAS + AVILNPTLVASRNIQLEPPYRGGPVLADNAVIPVERTQVPTEWDELRDSVSHIIDELG + PTPEQPKGPFGEVIEAFADGLAGKGKQINTTLNSLSQALNALNEGRGDFFAVVRSLAL + FVNALHQDDQQFVALNKNLAEFTDRLTHSDADLSNAIQQFDSLLAVARPFFAKNREVL + THDVNNLATVTTTLLQPDPLDGLETVLHIFPTLAANINQLYHPTHGGVVSLSAFTNFA + NPMEFICSSIQAGSRLGYQESAELCAQYLAPVLDAIKFNYFPFGLNVASTASTLPKEI + AYSEPRLQPPNGYKDTTVPGIWVPDTPLSHRNTQPGWVVAPGMQGVQVGPITQGLLTP + ESLAELMGGPDIAPPSSGLQTPPGPPNAYDEYPVLPPIGLQAPQVPIPPPPPGPDVIP + GPVPPTPAPVGAPLPAEAGGGQ" + gene 204257..205429 + /gene="lprK" + /locus_tag="BQ2027_MB0179" + CDS 204257..205429 + /gene="lprK" + /locus_tag="BQ2027_MB0179" + /standard_name="mce1E" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0179, lprK, len: 390 aa. Equivalent to Rv0173, + len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 390 aa overlap). Possible lprK + (alternate gene name: mce1E), lipoprotein which belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07785|LPRL|Rv0593|MTCY19H5.29|mce2E (402 aa); + O53971|LPRM|Rv1970|MTV051.08|mce3E (377 aa); etc. Also + highly similar to others e.g. NP_302660.1|NC_002677 + putative lipoprotein from Mycobacterium leprae (392 aa); + CAC12794.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (413 aa); etc. Contains PS00013 + prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb0179 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0179 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MCE-FAMILY LIPOPROTEIN LPRK (MCE-FAMILY + LIPOPROTEIN MCE1E)" + /protein_id="CAB5247884.1" + /translation="MMSVLARMRVMRHRAWQGLVLLVLALLLSSCGWRGISNVAIPGG + PGTGPGSYTIYVQMPDTLAINGNSRVMVADVWVGSIRAIKLKNWVATLTLSLKKDVTL + PKNATAKIGQTSLLGSQHVELAAPPDPSPVPLKDGDTIPLKRSSAYPTTEQTLASIAT + LLRGGGLVNLEGIQQEINAIVTGRADQIRAFLGKLDTFTDELNQQRDDITRAIDSTNR + LLAYVGGRSEVLNRVLTDLPPLIKHFADKQELLINASDAVGRLSQSADQYLSAARGDL + HQDLQALQCPLKELRRAAPYLVGALKLILTQPFDVDTVPQLVRGDYMNLSLTLDLTYS + AIDNAFLTGTGFSGALRALEQSFGRDPETMIPDIRYTPNPNDAPGGPLVERGNRQC" + gene 205423..206970 + /gene="mce1F" + /locus_tag="BQ2027_MB0180" + CDS 205423..206970 + /gene="mce1F" + /locus_tag="BQ2027_MB0180" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0180, mce1F, len: 515 aa. Equivalent to Rv0174, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 515 aa overlap). mce1F; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins + O07784|Rv0594|MTCY19H5.28c|mce2F (516 aa); + O53972|Rv1971|MTV051.09|mce3F (437 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302661.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (516 aa); + AAF74993.1|AF143400_1|AF143400|996A027a protein from + Mycobacterium avium (80 aa) (similarity on C-terminus); + CAC12793.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (433 aa); etc. Has hydrophobic + stretch, possibly a signal peptide at the N-terminus. + Protein product from Mb0180 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0180 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE1F" + /protein_id="CAB5247885.1" + /translation="MLTRFIRRQLILFAIVSVVAIVVLGWYYLRIPSLVGIGQYTLKA + DLPASGGLYPTANVTYRGITIGKVTAVEPTDQGARVTMSIASNYKIPVDASANVHSVS + AVGEQYIDLVSTGAPGKYFSSGQTITKGTVPSEIGPALDNSNRGLAALPTEKIGLLLD + ETAQAVGGLGPALQRLVDSTQAIVGDFKTNIGDVNDIIENSGPILDSQVNTGDQIERW + ARKLNNLAAQTATRDQNVRSILSQAAPTADEVNAVFSGVRDSLPQTLANLEVVFDMLK + RYHAGVEQLLVFLPQGAAIAQTVLTPTPGAAQLPLAPAINYPPPCLTGFLPASEWRSP + ADTSPRPLPSGTYCKIPQDAQLQVRGARNIPCVDVPGKRAATPKECRSKDPYVPLGTN + PWFGDPNQILTCPAPGARCDQPVKPGLVIPAPSINTGLNPAPADQVQGTPPPVSDPLQ + RPGSGTVQCNGQQPNPCVYTPTSGPSAVYSPASGELVGPDGVKYAVANSSTTGDDGWK + EMLAPAS" + gene 207006..207647 + /locus_tag="BQ2027_MB0181" + CDS 207006..207647 + /locus_tag="BQ2027_MB0181" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0181, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv0175, len: + 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Probable conserved + Mce-associated membrane protein, equivalent, but longer in + N-terminus, to CAC32127.1|AL583926 possible membrane + protein from Mycobacterium leprae (182 aa). Also similar + to mce-associated proteins from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv1363c, Rv0177, Rv1973, etc. Contains two 12 residue + direct repeats at N-terminus. Protein product from Mb0181 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0181 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MCE ASSOCIATED MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="CAB5247886.1" + /translation="MKAADSAESDAGADQTGPQVKAADSAESDAGELGEDACPEQALV + ERRPSRLRRGWLVGIAATLLALAGGLGAAGYFALRSHQESQSIAREDLAAIEAAKDCV + AATQAPDAGAMSASMQKIIECGTGDFGAQASLYTSMLVEAYQAASVHVQVTDMRAAVE + RNNNDGSVDVLVALRVKVSNTDSDAHEVGYRLRVRMALDEGRYKIAKLDQVTK" + gene 207644..208612 + /locus_tag="BQ2027_MB0182" + CDS 207644..208612 + /locus_tag="BQ2027_MB0182" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0182, -, len: 322 aa. Equivalent to Rv0176, len: + 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 322 aa overlap). Probable conserved + Mce-associated transmembrane protein. Contains short + region of similarity to PRA_MYCLE|P41484 proline-rich + antigen (36 kDa antigen) from Mycobacterium leprae (249 + aa) (outside the proline-rich region), FASTA scores: opt: + 165, E(): 2.9e-05, (40.0% identity in 65 aa overlap). Also + similar to mce-associated proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1363c, Rv0177, Rv3493c, etc. Protein + product from Mb0182 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0182 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MCE ASSOCIATED TRANSMEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="CAB5247887.1" + /translation="MTVVVEKTPTTLPQATPNGAAPWHVRAGAFAIDVLPGLAVAATM + ALTALTVPPGSAWRWLCACLLGLTILLLAVNRLLLPTITGWSLGRALTGIRVVRRDGS + AIGPWRLLVRDLAHLVDTLSLFVGWLWPLWDSRRRTFADLLLRTEVRRVEPVQRPAVI + RRLTAAVALAAAGACASATAVGAAVVYVNEWQTDHTRAQLATRGPKLVVDVLSYDPET + VQRDFERARSLATDRYRPQLSIQQDSVRESGPVRNQYWVTDSAVLSATPAQATMLLFM + QGERGTPPNQRYISATVRAIFQKSRGQWRLDDLAVVMKPRQPTGEK" + gene 208609..209163 + /locus_tag="BQ2027_MB0183" + CDS 208609..209163 + /locus_tag="BQ2027_MB0183" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0183, -, len: 184 aa. Equivalent to Rv0177, len: + 184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 184 aa overlap). Probable conserved + Mce-associated protein, equivalent to CAC32129.1|AL583926 + conserved membrane protein from Mycobacterium leprae (184 + aa). Also similar to mce-associated proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1363c, Rv1973, Rv3493c, + etc. Protein product from Mb0183 detected using shotgun + mass spectrometry. Mb0183 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MCE ASSOCIATED PROTEIN" + /protein_id="CAB5247888.1" + /translation="MSPRRKFEPGEGALLAPQSIEPSRRWGLPLALTASAVVMAAAIS + ACALMRISHESHQRAAHKDIVMLSDVRSFMTMFTSPDPFHANEYAERVLSHATGDFAK + QYHERANDILIRISGVEPTTGTVLDAGVQRWNEDGSANVLVVTQITSKSADGKRVVSN + ANRWLVTAKQEGNEWKISSLLPVI" + gene 209130..209864 + /locus_tag="BQ2027_MB0184" + CDS 209130..209864 + /locus_tag="BQ2027_MB0184" + /note="Mb0184, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv0178, len: + 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Probable conserved + Mce-associated membrane protein, highly similar in + C-terminus to CAC32130.1|AL583926 putative secreted + protein from Mycobacterium leprae (184 aa). Also similar + to mce-associated proteins from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv1363c, Rv0177, Rv1973, etc. Note that there is a 10 + aa overlap with the upstream ORF. Protein product from + Mb0184 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0184 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MCE ASSOCIATED MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="CAB5247889.1" + /translation="MEDQQSASGDLTQKSVANGESTDTASAATEGHRGEIDAAGEPDE + RGAAVADSQADEDDSAATAARGGKTRARRSRGRRLAITVGVAAALFVGSAAFAGATVE + PYLSERAVVATKLMVARTAANAITTLWTYTPENMDTLADRAANYLSGDFAAQYRRFVD + QIAAANKQAKITNDTEVTGAAVESLSGRDAVAIVYTNTTTTSPVTKNIPALKYLSYRL + FMKRYDARWLVTRMTTITSLDLTPQV" + gene complement(209895..211004) + /gene="lprO" + /locus_tag="BQ2027_MB0185C" + CDS complement(209895..211004) + /gene="lprO" + /locus_tag="BQ2027_MB0185C" + /note="Mb0185c, lprO, len: 369 aa. Equivalent to Rv0179c, + len: 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 369 aa overlap). Possible lprO, + lipoprotein (visibly not conserved). Contains possible + N-terminal signal sequence and PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site. Protein + product from Mb0185c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0185c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipoprotein lpro" + /protein_id="CAB5247890.1" + /translation="MWIRAERVAVLTPTASLRRLTACYAALAVCAALACTTGQPAARA + ADGREMLAQAIATTRGSYLVYNFGGGHPMPLLNAGGHWYEMNNGGHLMIIKNASQRLS + PHLLVDTHTGDQARCEHNPGAHTGEGLWQASEIYPPLKAWQRMGRPTIAVNANFFDVR + GQKGGSWRSTGCSSPLGAYVDNTRGQGRANQAVTGTVAYAGKQGLSGGNELWSSLTTM + ILPVGGAPYVLRPKSRQDYDLATPVIEDLLNKNARFVAVAGIGLLSPGNTGQLHDGGP + SAARTALAYAKQKDEMYIFQGGNYTPDNIQDLFRGLGSDTAILLDGGGSSAIVLRRDT + GGMWAGAGSPKGSCDTRQVLCDSHERALPSWLAFN" + gene complement(211084..212442) + /gene="Mb0186c" + /locus_tag="BQ2027_MB0186C" + CDS complement(211084..212442) + /gene="Mb0186c" + /locus_tag="BQ2027_MB0186C" + /note="Mb0186c -, len: 452 aa. Equivalent to Rv0180c, len: + 452 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 452 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to CAC32132.1|AL583926 + probable conserved membrane protein from Mycobacterium + leprae (465 aa). Shows some similarity with others + membrane proteins e.g. AL096849|SCI11_29 from Streptomyces + coelicolor (354 aa), FASTA scores: opt: 190, E(): 0.00067, + (25.9% identity in 409 aa overlap). Protein product from + Mb0186c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247891.1" + /translation="MSQAQPRPAAPNPKRNVKAIRTVRFWMAPIATTLALMSALAALY + LGGILNPMTNLRHFPIALVNEDAGPAGQQIVDGLVSGLDKNKFDIRVVSPDEARRLLD + TAAVYGSALIPPTFSSQLRDFGASAVTPTRTDRPAITISTNPRAGTLAASIAGQTLTR + ALTVVNGKVGERLTAEVAAQTGGVALAGAAAAGLASPIDVKSTAYNPLPNGTGNGLSA + FYYALLLLLAGFTGSIVVSTLVDSMLGYVPAEFGPVYRFAEQVNISRFRTLLVKWAVM + VVLALLTSGVYLAIAHGLGMPIPLGWQVWLYGVFAIIAVGVTSSSLIAVLGSMGLLVS + MLIFVILGLPSAGATVPLEAVPAFFRWLAQFEPMHQVFLGVRSLLYLNGNADAGLSQA + LTMTSIGLIIGLLLGGFITHLYDRSSFHRIPGAVEMAIAVEHQAQYQARQSARESSSE + QP" + gene complement(212469..213203) + /locus_tag="BQ2027_MB0187C" + CDS complement(212469..213203) + /locus_tag="BQ2027_MB0187C" + /note="Mb0187c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv0181c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other hypothetical + proteins e.g. YHHW_ECOLI|P46852 hypothetical 26.3 kd + protein from Escherichia coli (231 aa), FASTA scores: opt: + 479, E(): 1.2e-29, (37.3% identity in 233 aa overlap); + P73623|SLL1773 HYPOTHETICAL 25.7 KD PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (232 aa), FASTA score: + (39.1% identity in 233 aa overlap). Protein product from + Mb0187c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0187c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pirin" + /protein_id="CAB5247892.1" + /translation="MTATVEIRRAADRAVTTTSWLKSRHSFSFGDHYDPDNTHHGLLL + VNNDDQMEPASGFDPHPHRDMEIVTWVLRGALRHQDSAGNSGVIYPGLAQRMSAGTGI + LHSEMNDSATEPVHFVQMWVIPDATGITASYQQQEIDDELLRAGLVTIASGIPGQDAA + LTLHNSSASLHGARLRPGATVSLPCAPFLHLFVAYGRLTLEGGGELADGDAVRFTDAD + ARGLTANEPSEVLIWEMHAKLGDSAT" + gene complement(213220..214332) + /gene="sigG" + /locus_tag="BQ2027_MB0188C" + CDS complement(213220..214332) + /gene="sigG" + /locus_tag="BQ2027_MB0188C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0188c, sigG, len: 370 aa. Equivalent to Rv0182c, + len: 370 aa (start site uncertain; first of several + possibles was chosen, but note that this overlaps the + upstream ORF), from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 370 aa overlap). Probable sigG, + alternative RNA polymerase sigma subunit (see citations + below), similar to many e.g. Q45585|SIGW_BACSU RNA + POLYMERASE SIGMA FACTOR from Bacillus subtilis (187 aa). + Also similar to nine other ECF sigma factors from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1221, Rv0735, etc. + Contains PS01063 Sigma-70 factors ECF subfamily signature + and probable helix-turn helix motif from aa 205-226 (Score + 1181, +3.21 SD). BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR FAMILY, + ECF SUBFAMILY. Protein product from Mb0188c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0188c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + SIGG (RNA POLYMERASE ECF TYPE SIGMA FACTOR)" + /protein_id="CAB5247893.1" + /translation="MRTSPMPAKFRSVRVVVITGSVTAAPVRVSETLRRLIDVSVLAE + NSGREPADERRGDFSAHTEPYRRELLAHCYRMTGSLHDAEDLVQETLLRAWKAYEGFA + GKSSLRTWLHRIATNTCLTALEGRRRRPLPTGLGRPSADPSGELVERREVSWLEPLPD + VTDDPADPSTIVGNRESVRLAFVAALQHLSPRQRAVLLLRDVLQWKSAEVADAIGTST + VAVNSLLQRARSQLQTVRPSAADRLSAPDSPEAQDLLARYIAAFEAYDIDRLVELFTA + EAIWEMPPYTGWYQGAQAIVTLIHQQCPAYSPGDMRLISLIANGQPAAAMYMRAGDVH + LPFQLHVLDMAADRVSHVVAFLDTTLFPKFGLPDSL" + gene 214280..215119 + /locus_tag="BQ2027_MB0189" + CDS 214280..215119 + /locus_tag="BQ2027_MB0189" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0189, -, len: 279 aa. Equivalent to Rv0183, len: + 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 279 aa overlap). Possible + lysophospholipase (EC 3.1.-.-), similar to several + (especially eukaryotic enzymes, weaker with Escherichia + coli), e.g. U67963|HSU67963_1 Human lysophospholipase + homolog from Homo sapiens (313 aa), FASTA scores: opt: + 569, E(): 2.6e-29, (37.1% identity in 259 aa overlap); + P07000|PLDB_ECOLI LYSOPHOSPHOLIPASE L2 from Escherichia + coli (165 aa), FASTA scores: opt: 219, E(): 0.00012. Start + changed based on similarity to AE001997_8 from Deinococcus + radiodurans (282 aa), FASTA scores: opt: 510, E(): + 1.4e-25, (34.8% identity in 282 aa overlap). Also shows + some similarity to epoxide hydrolases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1938 FASTA score: (30.7% identity in + 114 aa overlap); and + O07214|YR15_MYCTU|Rv2715|MT2788|MTCY05A6.36 (341 aa). Note + that the putative product of this CDS corresponds to spot + 3_329 identified in culture supernatant by proteomics at + the Max-Planck-Institut fuer Infektionsbiologie (see + citations below). Protein product from Mb0189 detected + using shotgun mass spectrometry. Mb0189 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LYSOPHOSPHOLIPASE" + /protein_id="CAB5247894.1" + /translation="MTTTRTERNFAGIGDVRIVYDVWTPDTAPQAVVVLAHGLGEHAR + RYDHVAQRLGAAGLVTYALDHRGHGRSGGKRVLVRDISEYTADFDTLVGIATREYPGC + KRIVLGHSMGGGIVFAYGVERPDNYDLMVLSAPAVAAQDLVSPVVAVAAKLLGVVVPG + LPVQELDFTAISRDPEVVQAYNTDPLVHHGRVPAGIGRALLQVGETMPRRAPALTAPL + LVLHGTDDRLIPIEGSRRLVECVGSADVQLKEYPGLYHEVFNEPERNQVLDDVVAWLT + ERL" + gene 215161..215910 + /locus_tag="BQ2027_MB0190" + CDS 215161..215910 + /locus_tag="BQ2027_MB0190" + /note="Mb0190, -, len: 249 aa. Equivalent to Rv0184, len: + 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 249 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC32136.1|AL583926 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium lepra + (249 aa); and C-terminus highly similar to + CAB08793.1|Z95398 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (145 aa), FASTA scores: E(): 0, (75.2 + identity in 145 aa overlap). Also similar to + 049841|SCE9_39|T36358 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (418 aa), FASTA scores: opt: 231, + E(): 8.1e-08, (30.4% identity in 270 aa overlap). Protein + product from Mb0190 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0190 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247895.1" + /translation="MTNDKMLARIAALLRQAEGTDNPHEADAFMSTAQRLATAASIDL + AVARSHAGNRSPAQAPTQRTITIGAAGTRGLRTYVQLFVLIAAANDVRCDVASNSTFV + YAYGFAEDIDTSHALYASLVVQMVRASDAYLASGAHRPTPTITARLNFQLAFGARVGQ + RLADAREQTRQEATKDRDRPPGTAIALRDKDIELHEYYRRSSKARGAWRASRATAGYS + SAARRAGDRAGRQARLGNNPELPGARAALGR" + gene 215907..216416 + /locus_tag="BQ2027_MB0191" + CDS 215907..216416 + /locus_tag="BQ2027_MB0191" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0191, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv0185, len: + 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 169 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + CAB08794.1|Z95398|MLCL622_2 from Mycobacterium leprae (168 + aa), FASTA scores: opt: 861, E(): 0, (76.4% identity in + 165 aa overlap). Contains PS00142 Neutral zinc + metallopeptidases, zinc-binding region signature. Protein + product from Mb0191 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0191 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247896.1" + /translation="MIGADVPRDSQRARVYAAEAFVRTLFDRVTAHGSPTVEFFGTQL + TLPPEGRFGSVASVQRYVDDVLALPAVGQNWPTVSPVRVRARRAATAAHYENHGGTGT + IAVPDRHTAGWAMRELVVLHEVAHHLCQVPPPHGPEFVATVCTLTELVMGPEVGHVFR + VVYAQEGVR" + gene 216461..218536 + /gene="bglS" + /locus_tag="BQ2027_MB0192" + CDS 216461..218536 + /gene="bglS" + /locus_tag="BQ2027_MB0192" + /note="Mb0192, bglS, len: 691 aa. Equivalent to Rv0186, + len: 691 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 691 aa overlap). Probable bglS, + beta-glucosidase (EC 3.2.1.21), highly similar to many + e.g. BGLS_AGRTU|P27034 beta-glucosidase from Agrobacterium + tumefaciens (818 aa), FASTA scores: opt: 643, E(): 0, + (32.5% identity in 842 aa overlap). SEEMS TO BELONG TO + FAMILY 3 OF GLYCOSYL HYDROLASES. Protein product from + Mb0192 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0192 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BETA-GLUCOSIDASE BGLS (GENTIOBIASE) + (CELLOBIASE) (BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE)" + /protein_id="CAB5247897.1" + /translation="MTDDERFSLLVGLTGASDLWPVRDERIPQGVPMCAGYVPGIPRL + GVPALLMSDAGLGVTNPGYRPGDTATALPAGLALAASFNPVLARSSGKAIGREARSRG + FNVQLAGAINLARDPRNGRNFEYLSEDPLLSATMAAESIIGIQQQGVIATTKHFSLNC + NETNRHWLDAVIDPDAHRESDLLAFEIVIERSQPGAVMAAYNKVNGDYAAGNDHLLND + VLKGAWGYRGWVMSDWGGTPSWECALAGLDQECGAQIDAVLWQSEAFTDRLRAAYADG + NLPKGRLSDMVRRILRSMFAVGIDRWKPAPAPDMNAHNEIAAQMARQGIVLLQNRGLL + PLAPESAGRIAVIGGYAHLGVPAGYGSSAVTPPGGYAGVIPIGGSGLAAGLRNLYLLP + SSPLSELRKRLPNAQFEFDPGINPAEAVLAARRADIAIVFAIRAEGEGFDSADLSLPW + GQDALIAAVASANANTVVVLETGNPVTMPWRDSVNAIMQAWYPGQAGGQAVAEIVTGQ + VNPSGRLPITFPVDLGQTPRSQPRELGAPWGTSTTIHYTEGADVGYRWFASTNQTPMF + AFGHGLSYTSFEYRDLVVTGGHTVHASFSVTNTGDRSGADVPQLYMIAAPGESRLRLL + GFERVELEPGQTRRVRIEADPRLLARYDGEARSWRIEPGGYTVAVGASAVALKLAAKV + KLAGRGFGR" + gene complement(218582..218743) + /gene="mymT" + /locus_tag="BQ2027_MB0192A" + CDS complement(218582..218743) + /gene="mymT" + /locus_tag="BQ2027_MB0192A" + /note="Mb0192A, len: 53 aa. Equivalent to Rv0186A len: 53 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 53 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). MymT, + metallothionein,equivalent to MAV_4993|A0QMH5 hypothetical + protein from Mycobacterium avium (strain 104) (51 aa), and + MAP_3626c|Q73TU2 hypothetical protein from Mycobacterium + avium subsp. paratuberculosis (51 aa), FASTA scores: opt: + 312, E(): 4.6e-17, (81.2% identity in 48 aa overlap). + Protein product from Mb0192A detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0192A found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metallothionein, MymT" + /protein_id="CAB5247898.1" + /translation="MRVIRMTNYEAGTLLTCSHEGCGCRVRIEVPCHCAGAGDAYRCT + CGDELAPVK" + gene 218897..219559 + /locus_tag="BQ2027_MB0193" + CDS 218897..219559 + /locus_tag="BQ2027_MB0193" + /note="Mb0193, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv0187, len: + 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Probable + O-methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to many e.g. + AB93458.1|AL357591 putative O-methyltransferase from + Streptomyces coelicolor (223 aa); MDMC_STRMY|Q00719 + O-methyltransferase from Streptomyces mycarofaciens (221 + aa), FASTA scores: opt: 327, E(): 2.4e-17, (35.9% identity + in 192 aa overlap). Also similar to Rv1703c, Rv1220c from + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb0193 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0193 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="CAB5247899.1" + /translation="MGMDQQPNPPDVDAFLDSTLVGDDPALAAALAASDAAELPRIAV + SAQQGKFLCLLAGAIQARRVLEIGTLGGFSTIWLARGAGPQGRVVTLEYQPKHAEVAR + VNLQRAGVADRVEVVVGPALDTLPTLAGGPFDLVFIDADKENNVAYIQWAIRLARRGA + VIVVDNVIRGGGILAESDDADAVAARRTLQMMGEHPGLDATAIQTVGRKGWDGFALAL + VR" + gene 219678..220109 + /locus_tag="BQ2027_MB0194" + CDS 219678..220109 + /locus_tag="BQ2027_MB0194" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0194, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv0188, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to + T35347|4835334|CAB42956.1|AL049863|SC5H1_31 probable + membrane protein from Streptomyces coelicolor (147 aa), + FASTA scores: opt: 326, E(): 6.5e-15, (36.2% identity in + 141 aa overlap); N-terminus of P80185|MTRC_METTH + TETRAHYDROMETHANOPTERIN S-METHYLTRANSFERASE SUBUNIT C (EC + 2.1.1.86) from Methanobacterium thermoautotrophicum strain + Marburg/DSM 2133 (266 aa), FASTA scores: opt: 125, E(): + 0.033, (31.6% identity in 98 aa overlap). Also similar to + Rv3635 from Mycobacterium tuberculosis. Protein product + from Mb0194 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0194 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247900.1" + /translation="MSTVHSSIDQHPDLLALRASFDRAAESTIAHFTFGLALLAGLYV + AASPWIVGFSATRGLPTCDLIVGIAVAYLAYGFASALDRTHGMTWTLPVLGVWVIFSP + WVLPGVAVTAGMMWSHIIAGAVVAVLGFYFGMRTRAAANQG" + gene complement(220188..221915) + /gene="ilvD" + /locus_tag="BQ2027_MB0195C" + CDS complement(220188..221915) + /gene="ilvD" + /locus_tag="BQ2027_MB0195C" + /note="Mb0195c, ilvD, len: 575 aa. Equivalent to Rv0189c, + len: 575 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 575 aa overlap). Probable ilvD, + dihydroxy-acid dehydratase (EC 4.2.1.9), similar to many + e.g. ILVD_LACLA|Q02139 dihydroxy-acid dehydratase (dad) + from Lactococcus lactis (subsp. lactis) (Streptococcus + lactis) (570 aa), FASTA scores: opt: 1605, E(): 0, (46.0% + identity in 561 aa overlap). Also similar to + ML2608|MLCL622.06c|O06069|ILVD_MYCLE DIHYDROXY-ACID + DEHYDRATASE from Mycobacterium leprae (564 aa). Contains + PS00886 Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases + signature 1. BELONGS TO THE ILVD / EDD FAMILY. COFACTOR: + BINDS 1 4FE-4S CLUSTER (POTENTIAL). Protein product from + Mb0195c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0195c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIHYDROXY-ACID DEHYDRATASE ILVD (DAD)" + /protein_id="CAB5247901.1" + /translation="MPQTTDEAASVSTVADIKPRSRDVTDGLEKAAARGMLRAVGMDD + EDFAKPQIGVASSWNEITPCNLSLDRLANAVKEGVFSAGGYPLEFGTISVSDGISMGH + EGMHFSLVSREVIADSVEVVMQAERLDGSVLLAGCDKSLPGMLMAAARLDLAAVFLYA + GSILPGRAKLSDGSERDVTIIDAFEAVGACSRGLMSRADVDAIERAICPGEGACGGMY + TANTMASAAEALGMSLPGSAAPPATDRRRDGFARRSGQAVVELLRRGITARDILTKEA + FENAIAVVMAFGGSTNAVLHLLAIAHEANVALSLQDFSRIGSGVPHLADVKPFGRHVM + SDVDHIGGVPVVMKALLDAGLLHGDCLTVTGHTMAENLAAITPPDPDGKVLRALANPI + HPSGGITILHGSLAPEGAVVKTAGFDSDVFEGTARVFDGERAALDALEDGTITVGDAV + VIRYEGPKGGPGMREMLAITGAIKGAGLGKDVLLLTDGRFSGGTTGLCVGHIAPEAVD + GGPIALLRNGDRIRLDVAGRVLDVLADPAEFASRQQDFSPPPPRYTTGVLSKYVKLVS + SAAVGAVCG" + gene 222063..222353 + /gene="ricR" + /locus_tag="BQ2027_MB0196" + CDS 222063..222353 + /gene="ricR" + /locus_tag="BQ2027_MB0196" + /note="Mb0196, -, len: 96 aa. Equivalent to Rv0190, len: + 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to several hypothetical proteins + e.g. SYCSLRA_35|Q55554|SLL0176 hypothetical 18.9 KD + protein from Synechocystis (167 aa), FASTA scores: opt: + 237, E(): 5.8e-16, (39.4% identity in 94 aa overlap). Also + highly similar to Z95398|MLCL622_7|O06070 from + Mycobacterium leprae (135 aa), FASTA score: (82.6% + identity in 92 aa overlap). Also similar to hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0967, + Rv0030, Rv1766 (42.5% identity in 80 aa overlap). Protein + product from Mb0196 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0196 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal-sensitive transcriptional repressor" + /protein_id="CAB5247902.1" + /translation="MTAAHGYTQQKDNYAKRLRRVEGQVRGIARMIEEDKYCIDVLTQ + ISAVTSALRSVALNLLDEHLSHCVTRAVAEGGPGADGKLAEASAAIARLVRS" + gene 222481..223722 + /locus_tag="BQ2027_MB0197" + CDS 222481..223722 + /locus_tag="BQ2027_MB0197" + /note="Mb0197, -, len: 413 aa. Equivalent to Rv0191, len: + 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 413 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, member of major facilitator + superfamily (MFS) possibly involved in transport of drug, + similar to several hypothetical proteins e.g. + YDEA_ECOLI|P31122 hypothetical 42.5 kd protein from + Escherichia coli (396 aa), FASTA scores: opt: 475, E(): + 4.2e-33, (29.7% identity in 381 aa overlap); and to + several chloramphenicol resistance proteins e.g. + CMLR_STRLI|P31141 chloramphenicol resistance protein from + stremtomyces lividans (392 aa), FASTA scores: opt: 394, + E(): 6.7e-12, (28.2% identity in 383 aa overlap). Also + similar to SVU09991_1 from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0197 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0197 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247903.1" + /translation="MTAPTGTSATTTRPWTPRIATQLSVLACAAFIYVTAEILPVGAL + SAIARNLRVSVVLVGTLLSWYALVAAVTTVPLVRWTAHWPRRRALVVSLVCLTVSQLV + SALAPNFAVLAAGRVLCAVTHGLLWAVIAPIATRLVPPSHAGRATTSIYIGTSLALVV + GSPLTAAMSLMWGWRLAAVCVTGAAAAVALAARLALPEMVLRADQLEHVGRRARHHRN + PRLVKVSVLTMIAVTGHFVSYTYIVVIIRDVVGVRGPNLAWLLAAYGVAGLVSVPLVA + RPLDRWPKGAVIVGMTGLTAAFTLLTALAFGERHTAATALLGTGAIVLWGALATAVSP + MLQSAAMRSGGDDPDGASGLYVTAFQIGIMAGALLGGLLYERSLAMMLTASAGLMGVA + LFGMTVSQHLFENPTLSPGDG" + gene 223799..224857 + /locus_tag="BQ2027_MB0198" + CDS 223799..224857 + /locus_tag="BQ2027_MB0198" + /note="Mb0198, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv0192 and + Rv0192A, len: 366 aa and 100 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (96.5% identity in 318 aa + overlap and 91.1% identity in 56 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Has Gly- Arg-rich region followed by + highly Pro-rich repetitive region near N-terminus. Similar + in C-terminus to other hypothetical proteins e.g. + Q49706|B1496_F2_81|U00013 from Mycobacterium leprae (271 + aa), FASTA scores: opt: 375, E(): 3.2e-24, (36.1% identity + in 255 aa overlap); YV09_MYCTU|Q11149|cY20G9.09 + hypothetical 47.9 kd protein from Mycobacterium + tuberculosis (451 aa), FASTA scores: opt: 330, E(): + 3.2e-13, (35.1% identity in 271 aa overlap). Also similar + to Rv0116c, Rv1433, Rv2518c, Rv0483 from Mycobacterium + tuberculosis. Probable N-terminal part of Rv0192, which is + member of family P5.17 with Rv0116c, Rv1433, Rv2518c, + Rv0483. These are all predicted to be exported/membrane + proteins. Rv0192A has typical N-terminal signal peptide + which is functional and was identified by PhoA fusion + screens: O52054 PGB14T-O1 PRECURSOR (FRAGMENT 45 AA) (see + citation below). Since Rv0192 misses a signal peptide this + suggests that there is a frameshift in the region of the + overlap with Rv0192 but none found on reinspection of + sequence. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0192 and Rv0192A exist as 2 + genes with an overlap region. In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-g) leads to a single product. + Protein product from Mb0198 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0198 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="L,D-transpeptidase" + /protein_id="CAB5247904.1" + /translation="MSRWKQGWTRGSLFAALNIAAVVAVLMLGAGVAVADPDAAPGDP + GGPGGPGGTAGPVDPPAVDLLAPPPDPLALPPALDPLAPPPPDPLAPPPPDPLAVPVA + AGPVAGQDPTPFVGPPPFRPPTFNPVDGAMVGVAKPIVINFAVPIADRAMAESAIHIS + SIPPVPGKFYWMSPTQVRWRPFEFWPANTAVNIDAAGTKSSFRTGDSLVATADDATHQ + MTITRNGVVQKTFPMSMGMVSGGHQTPNGTYYVLEKFATVVMDSSTYGVPVNSAQGYK + LTVSDAVRIDNSGNFVHSAPWSVADQGKRNVTHGCINLSPANAKWFYDNFGSGDPVVV + KNSVGTYNKNDGAQDWQI" + gene complement(224917..226764) + /locus_tag="BQ2027_MB0199C" + CDS complement(224917..226764) + /locus_tag="BQ2027_MB0199C" + /note="Mb0199c, -, len: 615 aa. Equivalent to Rv0193c, + len: 615 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 615 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247905.1" + /translation="MIQISRDMSSLGQTATTQALPDNSDGIQLTKFAADDILPLEYAP + PIGPELVSQDQLPAAWAYKRFRDLDDKESYRRKLLQELTDALAAQGSEAAEIATAALR + DLIDQMAEQGAVVLADIVESDDFLELVKRYDELMAREGSRSFIHRFLDLRRSPGMLTD + PAVNGALVHPLMIALISYAVGGPIRMIDARGKDAEPLSVLAQDNMLHIDNTPFNDEYK + ILITWRRGTAQGPAGQNFTFLPGTHKLARTCFVNEDGVPWSSENASIFTTPDSIRKVF + DAQRQLGGQDHPTVIEVTDSERPLSSVFAAGSLVHHRFRTASGSARSCIILVFHRVAD + NPGRMVSDVEDSSDVSLSELLTRGVPDESYQQRFIATLCAAADEIAELLLKWKKTPQR + PVSLPLQTKQIDGARFEEWISAATEAPEVREIRNRELTIPYGEVLSAEEFFDLIWRLM + RFDKHGPLDLILYHDNREEPRKWARNLIREMSADRLYERLLGWLADIQQPRPADCLRP + LQIHALISEVLKTLPLDEDQDPPADWHFDLLGMSHAEAARSVKHLLEDVAEALLRCED + MAAYLSTSLFAFWAVDAAYSLDGRRNLVVKDCARRLLRHYTMLSLTCFQ" + gene 227071..230655 + /locus_tag="BQ2027_MB0200" + CDS 227071..230655 + /locus_tag="BQ2027_MB0200" + /note="Mb0200, -, len: 1194 aa. Equivalent to Rv0194, len: + 1194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 1194 aa overlap). Probable + drugs-transport transmembrane protein ATP binding protein + ABC transporter (see citation below), highly similar to + many e.g. U62129|STU62129_2|T30293 ABC transport protein + homolog from Salmonella typhi (1218 aa), FASTA scores: + opt: 1116, E(): 0, (36.3% identity in 1209 aa overlap); + CAB66302.1|AL136519 ABC transporter protein ATP-binding + component from Streptomyces coelicolor (1243 aa); I84547 + mdl protein from Escherichia coli (1143 aa); etc. Also + similar to MTCY50_9 and MTCY50_10 from Mycobacterium + tuberculosis, FASTA score: (33.8% identity in 574 aa + overlap). Contains two PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop) and one PS00211 ABC transporters family + signature. BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Alternative start possible at + 1823 but no RBS. Protein product from Mb0200 detected + using shotgun mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transmembrane multidrug efflux pump" + /protein_id="CAB5247906.1" + /translation="MRTNCWWRLSGYVMRHRRDLLLGFGAALAGTVIAVLVPLVTKRV + IDDAVAADHRPLAPWAVVLVAAAGATYLLTYVRRYYGGRIAHLVQHDLRMDAFQALLR + WDGRQQDRWSSGQLIVRTTNDLQLVQALLFDVPNVLRHVLTLLLGVAVMTWLSVPLAL + LAVLLVPVIGLIAHRSRRLLAAATHCAQEHKAAVTGVVDAAVCGIRVVKAFGQEERET + VKLVMASRALYAAQLRVARLNAHFGPLLQTLPALGQMAVFALGGWMAAQGSITVGTFV + AFWACLTLLARPACDLAGMLTIAQQARAGAVRVLELIDSRPTLVDGTKPLSLEARLSL + EFQRVSFGYVADRPVLREISLSVRAGETLAVVGAPGSGKSTLASLATRCYDVTQGAVR + IGGQDVRELTLDSLRSAIGLVPEDAVLFSGTIGANIAYGRPDATPEQIATAARAAHIE + EFVNTLPDGYQTAVGARGLTLSGGQRQRIALARALLHQPRLLIMDDPTSAVDAVIECG + IQEVLREAIADRTAVIFTRRRSMLTLADRVAVLDSGRLLDVGTPDEVWERCPRYRELL + SPAPDLADDLVVAERSPVCRPVAGLGTKAAQHTNVHNPGPHDHPPGPDPLRRLLREFR + GPLALSLLLVAVQTCAGLLPPLLIRHGIDVGIRRHVLSALWWAALAGTATVVIRWVVQ + WGSAMVAGYTGEQVLFRLRSVVFAHAQRLGLDAFEDDGDAQIVTAVTADVEAIVAFLR + TGLVVAVISVVTLVGILVALLAIRARLVLLIFTTMPVLALATWQFRRASNWTYRRARH + RLGTVTATLREYAAGLRIAQAFRAEYRGLQSYFAHSDDYRRLGVRGQRLLALYYPFVA + LLCSLATTLVLLDGAREVRAGVISVGALVTYLLYIELLYTPIGELAQMFDDYQRAAVA + AGRIRSLLSTRTPSSPAARPVGTLRGEVVFDAVHYSYRTREVPALAGINLRIPAGQTV + VFVGSTGSGKSTLIKLVARFYDPTHGTVRVDGCDLREFDVDGYRNRLGIVTQEQYVFA + GTVRDAIAYGRPDATDAQVERAAREVGAHPMITALDNGYLHQVTAGGRNLSAGQLQLL + ALARARLVDPDILLLDEATVALDPATEAVVQRATLTLAARRTTLIVAHGLAIAEHADR + IVVLEHGTVVEDGAHTELLAAGGHYSRLWAAHTRLCSPEITQLQCIDA" + gene 231093..231728 + /locus_tag="BQ2027_MB0201" + CDS 231093..231728 + /locus_tag="BQ2027_MB0201" + /note="Mb0201, -, len: 211 aa. Equivalent to Rv0195, len: + 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Putative + two-component response regulator, luxR family, similar to + many e.g. U00008|ECOHU49_15 regulatory protein narP from + Escherichia coli strain K12 (225 aa), FASTA scores: opt: + 232, E(): 7.3e-09, (29.2% identity in 219 aa overlap). + Start chosen by similarity. Contains probable + helix-turn-helix motif at aa 166-187 (Score 1164, +3.15 + SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible two component transcriptional + regulatory protein (probably luxr-family)" + /protein_id="CAB5247907.1" + /translation="MAPVNVISVAVVASDPLTRDGALARLSSHRELDVRAWQAGCETS + VLLVLATTITAPLLCQIEDVQKDGPSHAPKLVVVADEFSAEQVFRMIKLGLTGLLYRS + QSTFDCIVETIRLSAEGRLRLPERVQRYLVGRIKSTPTAEPDTPCAAALAEREVAVLR + LLADGLSTHQVAVQLNYCERTIKNIVHDIVTRLKLRNRTHAVAHALRAGLI" + gene 231841..232425 + /locus_tag="BQ2027_MB0202" + CDS 231841..232425 + /locus_tag="BQ2027_MB0202" + /note="Mb0202, -, len: 194 aa. Equivalent to Rv0196, len: + 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 194 aa overlap). Putative + transcriptional regulatory protein, similar to two + Bacillus subtilis regulators: P42105|YXAF_BACSU + HYPOTHETICAL 21.0 KD PROTEIN (191 aa), FASTA scores: opt: + 323, E(): 2.1e-15, (30.9% identity in 181 aa overlap); and + Z99105|BSUB0002_9 negative regulator of the lincomycin + operon (188 aa), FASTA scores: opt: 255, E(): 1e-10, (25.9 + identity in 185 aa overlap). Protein product from Mb0202 + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transcriptional regulatory protein" + /protein_id="CAB5247908.1" + /translation="MQGPRERMVVSAALLIRERGAHATAISDVLQHSGAPRGSAYHYF + PGGRTQLLCEAVDYAGEHVAAMINEAEGGLELLDALIDKYRQQLLSTDFRAGCPIAAV + SVEAGDEQDRERMAPVIARAAAVFDRWSDLTAQRFIADGIPPDRAHELAVLATSTLEG + AILLARVRRDLTPLDLVHRQLRNLLLAELPERSR" + gene 232425..234671 + /locus_tag="BQ2027_MB0203" + CDS 232425..234671 + /locus_tag="BQ2027_MB0203" + /note="Mb0203, -, len: 748 aa. Equivalent to Rv0197, len: + 762 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 748 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to others e.g. + 9948789|AAG06102.1|AE004699_7|B83307 probable + molybdopterin oxidoreductase from Pseudomonas aeruginosa + strain PAO1 (769 aa); 5441785|CAB46809.1|AL096811|T36812 + probable dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (747 + aa), FASTA scores: opt: 617, E(): 9.8e-30, (29.9% identity + in 762 aa overlap); BAB04334.1|AP001509 assimilatory + nitrate reductase (catalytic subunit) from Bacillus + halodurans (743 aa); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, a single base transversion (t-g) + introduces a stop codon that leads to a shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (748 aa versus 762 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5247909.1" + /translation="MTSSDWLPTACILCECNCGIVVQVDDRRLARIRGDKAHPGSAGY + TCNKALRLDHYQNNRARLSSPMRRRADGTYEEIDWDTAIVEIAEGFKQIRDTHGGDKI + FYYGGGGQGNHLGGAYSGAFLKALGSRYRSNALAQEKTGEAWVDFQLYGGHTRGEFEN + AEVSVFVGKNPWMSQSFPRARVVLNEIAKDPGRSMIVIDPVVTDTAKMADFHLRVQPG + CDAWCLAALAAVLVQENLCNEAFLAAHVHGVDTVRAALQEVPVADYAQRCGVDEELLR + AAARRIGTAASVSVFEDLGIQQAPNSTVCSYLNKLLWILTGNFAKKGGQHLHSSFAPL + FSQVSGRTPVTGAPIIAGLIPGNVVPEEILTEHPDRFRAMIVESGNPAHSLADSAACR + AAFQALELMVVVDVAMTETARLAHYVLPAASQFEKPEATFFNFEFPRNGFQLRRPLFP + PLPGTLPEPEIWARLVRALGVVDEADLRPLREAAAQGRQAYTEAFLAAAATNPTVAKL + TAYVLYETLGPTLPDGLAGAAALWGLAQKTAMAYPDAVRRAGHADGNALFDAILERPS + GVTFTVHNYEDDFALISHPDHKIALEIPEMLAEIRSLTQTPSRLTTPQLPIVLSVGER + RAYTANDIFRDPSWRKRDANGALRVSVEDAQALGLADGCLARITTAAGSAEATVEVTE + TMLAGHAALPNGFGLDYTGDDGRTVVAGVAPNALTSTRWRDPYAGTPWHKHVPAAIRR + ADAESPIW" + gene complement(234712..236703) + /gene="zmp1" + /locus_tag="BQ2027_MB0204C" + CDS complement(234712..236703) + /gene="zmp1" + /locus_tag="BQ2027_MB0204C" + /note="Mb0204c, -, len: 663 aa. Equivalent to Rv0198c, + len: 663 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 663 aa overlap). Probable zinc + metalloprotease (EC 3.4.24.-), equivalent to + Z95398|MLCL622.12c from Mycobacterium leprae (667 aa), + FASTA scores: opt: 3710, E(): 0, (80.8 % identity in 667 + aa overlap). Also similar to many other metalloproteases + e.g. members of the eukaryotic neprilysin family: + P08473|NEP_HUMAN NEPRILYSIN (EC 3.4.24.11) (749 aa), FASTA + scores: opt: 872, E(): 0, (31.1% identity in 692 aa + overlap); Q07744|PEPO_LACLA NEUTRAL ENDOPEPTIDASE from + Lactococcus lactis (626 aa), FASTA scores: opt: 862, E(): + 0, (30.0% identity in 654 aa overlap). Contains PS00142 + Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region + signature. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M13 (ZINC + METALLOPROTEASE); ALSO KNOWN AS THE NEPRILYSIN SUBFAMILY. + Protein product from Mb0204c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0204c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable zinc metalloprotease zmp1" + /protein_id="CAB5247910.1" + /translation="MTLAIPSGIDLSHIDADARPQDDLFGHVNGRWLAEHEIPADRAT + DGAFRSLFDRAETQVRDLIIQASQAGAAVGTDAQRIGDLYASFLDEEAVERAGVQPLH + DELATIDSAADATELAAALGTLQRAGVGGGIGVYVDTDSKDSTRYLVHFTQSGIGLPD + ESYYRDEQHAAVLAAYPGHIARMFGLVYGGESRDHAKTADRIVALETKLADAHWDVVK + RRDADLGYNLRTFAQLQTEGAGFDWVSWVTALGSAPDAMTELVVRQPDYLVTFASLWA + SVNVEDWKCWARWRLIRARAPWLTRALVAEDFEFYGRTLTGAQQLRDRWKRGVSLVEN + LMGDAVGKLYVQRHFPPDAKSRIDTLVDNLQEAYRISISELDWMTPQTRQRALAKLNK + FTAKVGYPIKWRDYSKLAIDRDDLYGNVQRGYAVNHDRELAKLFGPVDRDEWFMTPQT + VNAYYNPGMNEIVFPAAILQPPFFDPQADEAANYGGIGAVIGHEIGHGFDDQGAKYDG + DGNLVDWWTDDDRTEFAARTKALIEQYHAYTPRDLVDHPGPPHVQGAFTIGENIGDLG + GLSIALLAYQLSLNGNPAPVIDGLTGMQRVFFGWAQIWRTKSRAAEAIRRLAVDPHSP + PEFRCNGVVRNVDAFYQAFDVTEDDALFLDPQRRVRIWN" + gene 236746..237405 + /locus_tag="BQ2027_MB0205" + CDS 236746..237405 + /locus_tag="BQ2027_MB0205" + /note="Mb0205, -, len: 219 aa. Equivalent to Rv0199, len: + 219 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 219 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to Z95398|MLCL622.13 from + Mycobacterium leprae (224 aa), FASTA scores: opt: 920, + E(): 0, (67.7% identity in 220 aa overlap). Also some + similarity to Mce-associated membrane proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0178, Rv0175, etc. + Protein product from Mb0205 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0205 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247911.1" + /translation="MPDGEQSQPPAQEDAEDDSRPDAAEAAAAEPKSSAGPMFSTYGI + ASTLLGVLSVAAVVLGAMIWSAHRDDSGERTYLTRVMLTAAEWTAVLINMNADNIDAS + LQRLHDGTVGQLNTDFDAVVQPYRQVVEKLRTHSSGRIEAVAIDTVHRELDTQSGAAR + PVVTTKLPPFATRTDSVLLVATSVSENAGAKPQTVHWNLRLDVSDVDGKLMISRLESI + R" + gene 237402..238091 + /locus_tag="BQ2027_MB0206" + CDS 237402..238091 + /locus_tag="BQ2027_MB0206" + /note="Mb0206, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv0200, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to Z95398|MLCL622.14 + from Mycobacterium leprae (229 aa), FASTA scores: opt: + 1147, E(): 0, (74.7% identity in 229 aa overlap). Also + some similarity to Rv1973 from Mycobacterium tuberculosis + (160 aa); and Rv1362c|Z75555|MTCY02B10_26 (220 aa), FASTA + scores: opt: 134, E(): 0.063, (25.8% identity in 159 aa + overlap). Protein product from Mb0206 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0206 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247912.1" + /translation="MRNAWRLVVFDVLAPLATIAALAAIGVLLGWPLWWVSTCSVLVL + LVVEGVAINFWLLRRDSVTVGTDDDAPGLRLAVVFLCAAAISAAVVTGYLRWTTPDRD + FNRDSREVVHLATGMAETVASFSPSAPAAAVDRAAAMMVPEHAGGFKEQYAKSSADLA + RRGVTAQAATLAAGVEAIGPSAASVAVILRVSQSIPGQPTSQAARALRVTLTKRGSGW + LVLDVTPINAR" + gene complement(238088..238591) + /locus_tag="BQ2027_MB0207C" + CDS complement(238088..238591) + /locus_tag="BQ2027_MB0207C" + /note="Mb0207c, -, len: 167 aa. Equivalent to Rv0201c, + len: 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 167 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Z95398|MLCL622.15c + from Mycobacterium leprae (170 aa), FASTA scores: opt: + 646, E(): 0, (63.9% identity in 158 aa overlap). Protein + product from Mb0207c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0207c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5247913.1" + /translation="MTLAAEPHPAPPQQPTVAWSEPDVDRRVEFWPTVAIRSALESGD + IATWQRIAAALKRDPYGRTARQVEEVLEGIPATGIANAFWEVLDRARTHLDANERAEV + ARQVGLLLDRSGLQRQEFASRIGVTAQDLTAYLDGIVSPSASLMIRMRRLSDRFVRAK + SVRAADS" + gene complement(238588..241488) + /gene="mmpL11" + /locus_tag="BQ2027_MB0208C" + CDS complement(238588..241488) + /gene="mmpL11" + /locus_tag="BQ2027_MB0208C" + /note="Mb0208c, mmpL11, len: 966 aa. Equivalent to + Rv0202c, len: 966 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 966 aa overlap). + Probable mmpL11, conserved transmembrane transport protein + (see citation below), equivalent to Z95398|MLCL622.16c + from Mycobacterium leprae (1014 aa), FASTA scores: opt: + 4076, E(): 0, (72.8% identity in 1017 aa overlap). Member + of RND superfamily, similar to several putative transport + proteins e.g. P96687 from Bacillus subtilis (724 aa), + FASTA scores: opt: 594, E(): 9.1e-29, (26.9% identity in + 717 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. Protein + product from Mb0208c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0208c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL11" + /protein_id="CAB5247914.1" + /translation="MMRLSRNLRRCRWLVFTGWLLALVPAVYLAMTQSGNLTGGGFEV + AGSQSLLVHDQLDAHYPDRGAPALALVAAPRPDASYQDIDNAVALLRQIASELPGVTE + APNPTQRPPQPDRPYVVSLRLDARNAGTSDVAKKLRDRIGVKGDQSGQTANGKVRLYV + IGQGALSAAAAANTKHDIANAERWNLPIILMVLVAVFGSLAAAAIPLALAVCTVVITM + GLVFVLSMHTTMSVFVTSTVSMFGIALAVDYSLFILMRYREELRCGRRPPDAVDAAMA + TSGLAVVLSGMTVIASLTGIYLINTPALRSMATGAILAVAVAMLTSATLTPAVLATFA + RAAAKRSALVHWSRRPASTQSWFWSRWVGWVMRRPWITALAASTVLLVMAAPATLMVL + GNSLLRQFDSSHEIRTGAAAAAQALGPGALGPVQVLVRFDAGGASAPEHSQTIAAIRH + RIAQAPNVVSVAPPRFADDNGSALLSAVLSVDPEDLGARDTITWMRTQLPRVAGAAQV + DVGGPTALIKDFDDRVSATQPLVLVFVAVIAFLMLLISIRSVFLAFKGVLMTLLSVAA + AYGSLVMVFQWGWARGLGFPALHSIDSTVPPLVLAMTFGLSMDYEIFLLTRIRERFLQ + TGQTRDAVAYGVRTSARTITSAALIMIAVFCGFAFAGMPLVAEIGVACAVAIAVDATV + VRLVLVPALMAMFDRWNWWLPRWLAHILPSVDFDRPLPKVDLGDVVVIPDDFAAAIPP + SADVRMVLKSAAKLKRLAPDAICVTDPLAFTGCGCDGKALDQVQLAYRNGIARAISWG + QRPVHPVTVWRKRLAVALDALQTTTWECGGVQTHRAGPGYRRRSPVETTNVALPTGDR + LQIPTGAETLRFKGYLIMSRNSSHDYADFADLVDTMAPETAAAVLAGMDRYYSCQAPG + RQWMATQLVGRLADPQPSDLGDQSPGADAQAKWEEVRRRCLSVAVAMLEEAR" + gene 241710..242120 + /locus_tag="BQ2027_MB0209" + CDS 241710..242120 + /locus_tag="BQ2027_MB0209" + /note="Mb0209, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv0203, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Possible exported + protein (has hydrophobic stretch near N-terminus). Some + similarity to part of U02459|LDU02459_1 hypothetical + protein from Leishmania donovani (741 aa), FASTA score: + opt: 111, E(): 9.1, (30.0% identity in 90 aa overlap). + Protein product from Mb0209 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0209 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5247915.1" + /translation="MKTGTATTRRRLLAVLIALALPGAAVALLAEPSATGASDPCAAS + EVARTVGSVAKSMGDYLDSHPETNQVMTAVLQQQVGPGSVASLKAHFEANPKVASDLH + ALSQPLTDLSTRCSLPISGLQAIGLMQAVQGARR" + gene complement(242172..243455) + /locus_tag="BQ2027_MB0210C" + CDS complement(242172..243455) + /locus_tag="BQ2027_MB0210C" + /note="Mb0210c, -, len: 427 aa. Equivalent to Rv0204c, + len: 412 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 412 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but has C-terminal + extension, to Z95398|MLCL622.17c from Mycobacterium leprae + (367 aa), FASTA scores: opt: 2002, E(): 0, (82.4% identity + in 374 aa overlap). Some similarity to Rv0585c from + Mycobacterium tuberculosis. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, the presence of a more likely + start codon leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (427 a + versus 412 aa). Mb0210c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247916.1" + /translation="MYRDYGATCTVTLKHVSHDAPARNLRQRVGALPRTRVGAPPAEG + VPPRGKYWWLRWAVLAIVAIVLAIEVALGWDQLAKAWVSLYRAKWWWLLAAVAAAGAS + MHSFAQIQRTLLKSAGVHVKQWRSEAAFYAANSLSTTLPGGPVLSATFLLRQQRIWGA + STVVASWQLVMSGVLQAVGLALLGLGGAFFLGAKNNPFSLLFTLGGFVTLLLLAQAVA + SRPELIEGIGRRVLSWANSVRGRPADAGLPKWRETLMQLESVSLGRRDLGVAFGWSLF + NWIADVACLGFAAYAAGDHASVGGLAVAYAAARAVGTIPLMPGGLLVVEAVLVPGLVS + SGMPLPSAISAMLIYRLISWLLIAAIGWVVFFFMFRTESTADSDNDRDPPTDPNLRLV + IQPQGTPCDDPVETTPQGPAPTPDLRPEGGETPPR" + gene 243580..244683 + /locus_tag="BQ2027_MB0211" + CDS 243580..244683 + /locus_tag="BQ2027_MB0211" + /note="Mb0211, -, len: 367 aa. Equivalent to Rv0205, len: + 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 367 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, similar to hypothetical proteins + from many bacteria e.g. AL0209|SC4H8_6 from Streptomyces + coelicolor (402 aa), FASTA scores: opt: 436, E(): 1.7e-21, + (27.2% identity in 349 aa overlap); Z99117|BSUB0014_221 + from Bacillus subtilis (353 aa), FASTA scores: opt: 394, + E(): 8.6e-19, (28.7% identity in 324 aa overlap). Protein + product from Mb0211 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0211 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247917.1" + /translation="MSASLDDASVAPLVRKTAAWAWRFLVILAAMVALLWVLNKFEVI + VVPVLLALMLSALLVPPVDWLDSRGLPRAVAVTLVLLSGFAVLGGILTFVVSQFIAGL + PHLVTEVERSIDSARRWLIEGPAHLRGEQIDNAGNAAIEALRNNQAKLTSGALSTAAT + ITELVTAAVLVLFTLIFFLYGGRSIWQYVTKAFPASVRDRVRAAGRAGYASLIGYARA + TFLVALTDAAGVGAGLAVMGVPLALPLASLVFFGAFIPLIGAVVAGFLAVVVALLAKG + IGYALITVGLLIAVNQLEAHLLQPLVMGRAVSIHPLAVVLAIAAGGVLAGVVGALLAV + PTAAFFNNAVQVLLGGNPFADVADVSSDHLTEV" + gene complement(244680..247514) + /gene="mmpL3" + /locus_tag="BQ2027_MB0212C" + CDS complement(244680..247514) + /gene="mmpL3" + /locus_tag="BQ2027_MB0212C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0212c, mmpL3, len: 944 aa. Equivalent to Rv0206c, + len: 944 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 944 aa overlap). Possible mmpL3, + conserved transmembrane transport protein (see first + citation below), equivalent to Z95398|MLCL622.18c from + Mycobacterium leprae (955 aa), FASTA scores: opt: 806, + E(): 1.8e-21, (57.2% identity in 243 aa overlap). Member + of RND superfamily, similar to others. BELONGS TO THE MMPL + FAMILY. TBparse score is 0.928. Protein product from + Mb0212c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0212c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL3" + /protein_id="CAB5247918.1" + /translation="MFAWWGRTVYRYRFIVIGVMVALCLGGGVFGLSLGKHVTQSGFY + DDGSQSVQASVLGDQVYGRDRSGHIVAIFQAPAGKTVDDPAWSKKVVDELNRFQQDHP + DQVLGWAGYLRASQATGMATADKKYTFVSIPLKGDDDDTILNNYKAIAPDLQRLDGGT + VKLAGLQPVAEALTGTIATDQRRMEVLALPLVAVVLFFVFGGVIAAGLPVMVGGLCIA + GALGIMRFLAIFGPVHYFAQPVVSLIGLGIAIDYGLFIVSRFREEIAEGYDTETAVRR + TVITAGRTVTFSAVLIVASAIGLLLFPQGFLKSLTYATIASVMLSAILSITVLPACLG + ILGKHVDALGVRTLFRVPFLANWKISAAYLNWLADRLQRTKTREEVEAGIWGKLVNRV + MKRPVLFAAPIVIIMILLIIPVGKLSLGGISEKYLPPTNSVRQAQEEFDKLFPGYRTN + PLTLVIQTSNHQPVTEAQIADIRSKAMAIGGFIEPDNDPANMWQERAYAVGASKDPSV + RVLQNGLINPADASKKLTELRAITPPKGITVLVGGTPALELDSIHGLFAKMPLMVVIL + LTTTIVLMFLAFGSVVLPIKATLMSALTLGSTMGILTWIFVDGHFSKWLNFTPTPLTA + PVIGLIIALVFGLSTDYEVFLVSRMVEARERGMSTQEAIRIGTAATGRIITAAALIVA + VVAGAFVFSDLVMMKYLAFGLMAALLLDATVVRMFLVPSVMKLLGDDCWWAPRWARRL + QTRIGLGEIHLPDERKRPVSNGRPARPPVTAGLVAARAAGDPRPPHDPTHPLAESPRP + ARSSPASSPELTPALEATAAPAAPSGASTTRMQIGSSTEPPTTRLAAAGRSVQSPAST + PPPTPTPPSAPSAGQTRAMPLAANRSTDAAGDPAEPTAALPIIRSDGDDSEAATEQLN + ARGTSDKTRQRRRGGGALSAQDLLRREGRL" + gene complement(247580..248308) + /locus_tag="BQ2027_MB0213C" + CDS complement(247580..248308) + /locus_tag="BQ2027_MB0213C" + /note="Mb0213c, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv0207c, + len: 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 242 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Z95398|MLCL622_19 from + Mycobacterium leprae (261 aa), FASTA scores: E(): 0, (60.8 + identity in 199 aa overlap). Protein product from Mb0213c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0213c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247919.1" + /translation="MSLTEDVTSQTSESLARHSVLAEDLSQDGLTSLGAPGARVLLVW + DAPNLDMGLGSILGRRPTALERPRFDALGRWLLARTAEIVAGRPGISTEPEATVFTNI + APGSAEVVRPWVDALRNVGFAVFAKPKVDEDSDVDRDMLAHIDERYREGLAALVVASA + DGQAFRQPLEAVARSGTPVQVLGFREHASWALASDTLEFVDLEDIAGVFREPLPRIGL + DSLPEQGAWLQPFRPLSSLLTSRV" + gene complement(248311..249102) + /locus_tag="BQ2027_MB0214C" + CDS complement(248311..249102) + /locus_tag="BQ2027_MB0214C" + /note="Mb0214c, -, len: 263 aa. Equivalent to Rv0208c, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (100.0% identity in 263 aa overlap). Hypothetical + methyltransferase (EC 2.1.1.-), equivalent to + Z95398|MLCL622_20 from Mycobacterium leprae (279 aa), + FASTA score: (64.2% identity in 246 aa overlaps). Also + similar to others e.g. + 10178368|CAC08407.1|AL392177|Q9F305|MT04_STRCO|SCD17A.03c + HYPOTHETICAL METHLYTRANSFERASE from Streptomyces + coelicolor (271 aa). Could start at aa 7. Protein product + from Mb0214c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0214c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL METHLYTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="CAB5247920.1" + /translation="MVHHGQMHAQPGVGLRPDTPVASGQLPSTSIRSRRSGISKAQRE + TWERLWPELGLLALPQSPRGTPVDTRAWFGRDAPVVLEIGSGSGTSTLAMAKAEPHVD + VIAVDVYRRGLAQLLCAIDKVGSDGINIRLILGNAVDVLQHLIAPDSLCGVRVFFPDP + WPKARHHKRRLLQPATMALIADRLVPSGVLHAATDHPGYAEHIAAAGDAEPRLVRVDP + DTELLPISVVRPATKYERKAQLGGGAVIELLWKKHGCSERDLKIR" + gene 249234..250319 + /locus_tag="BQ2027_MB0215" + CDS 249234..250319 + /locus_tag="BQ2027_MB0215" + /note="Mb0215, -, len: 361 aa. Equivalent to Rv0209, len: + 361 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 361 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0215 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247921.1" + /translation="MRGQGHQIFVDELARFATSSADQRVVAIAQRAAEPLRVAVRGRP + GVGCRTVARALQGAGSSSGMTVTPQARAADSDVDLVVYVTVEVVKPEDREAIAATRRP + VVAVLNKADLAGPLSGAGPIVMAQARCAQFSTLLGVPMESMIGLLAVAALDDLDDTLR + AALRALAAHPDGFDALDRAVAGFLAAALPVPTEVRLRLLDTLDLFGIALGMAAFRPGR + PSRTPAQLRTLLRRVSGVDAVIDKVTAAGSEVRYRRLLDAVAELEALAAQAKEIGGPI + GEFLRDDDTVLARMAAAVDVALAVGLDVGPLDDPAAHLPRAVRWHRYSLDNGDMHRTC + GADIARGSLRLWSLAGGMPLHRYRKSS" + gene 250316..251794 + /locus_tag="BQ2027_MB0216" + CDS 250316..251794 + /locus_tag="BQ2027_MB0216" + /note="Mb0216, -, len: 492 aa. Equivalent to Rv0210, len: + 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 492 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Possibly membrane protein; has hydrophobic + stretches around aa 333 - 381. Protein product from Mb0216 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0216 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247922.1" + /translation="MIRAASDDPAGVDELVAAIAPGLAGLGLPVINRREVVLVTGPWL + AGVSGVRAALAERLPQRRFVETAELGPGDAPVAVVFVVSAATALTESDCVLLDTAAEH + TDAVVAVVSKIDVHRGWRDVLTSNRDRLAARASRYARVPWVGAAAAPELGEPYLDDLV + AAIQKQLADPAVARRNMLRAWESRLLMVARRFDGDAQSAGRRARVDALRQQRRTVLRQ + GRQSKSEHTIALRAQIQHARVKLSYFARNRCSLLRVELQEHVAGLSRKDIARFAAYTR + GRVQEVVAEVGEGAVAHLADVAQLLGVPVQPPVLENLPAVLPTVVAPPLTSRRLEIRL + TTLLGAGFGLGIALTLSRLVAGLTPGLAASGMVAGVAIGLAVTAWVVNARALLHDRVV + VDRWTGEVTASLRSVVEQLVATRVVAVETLLSTAISERDDAENARVADQVSIIDGELR + EHAVAAARAAALRDREMPAVRAALEAVRAELGEPGTPTTGLF" + gene 251978..253798 + /gene="pckA" + /locus_tag="BQ2027_MB0217" + CDS 251978..253798 + /gene="pckA" + /locus_tag="BQ2027_MB0217" + /standard_name="pckG; pck1" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0217, pckA, len: 606 aa. Equivalent to Rv0211, + len: 606 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 606 aa overlap). Probable pckA + (alternate gene names: pckG and pck1), phosphoenolpyruvate + carboxykinase [GTP] (EC 4.1.1.32), equivalent to + Z95398|MLCL622_21 PROBABLE PHOSPHOENOLPYRUVATE + CARBOXYKINASE from Mycobacterium leprae (609 aa), FASTA + score: (86.1% identity in 605 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. PPCK_NEOFR|P22130 + phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] (608 aa), FASTA + scores: opt: 2287, E(): 0, (55.9% identity in 598 aa + overlap). Contains PS00505 Phosphoenolpyruvate + carboxykinase (GTP) signature. BELONGS TO THE + PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE [GTP] FAMILY. Protein + product from Mb0217 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0217 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable iron-regulated phosphoenolpyruvate + carboxykinase [gtp] pcka (phosphoenolpyruvate carboxylase) + (pepck)(pep carboxykinase)" + /protein_id="CAB5247923.1" + /translation="MTSATIPGLDTAPTNHQGLLSWVEEVAELTQPDRVVFTDGSEEE + FQRLCDQLVEAGTFIRLNPEKHKNSYLALSDPSDVARVESRTYICSAKEIDAGPTNNW + MDPGEMRSIMKDLYRGCMRGRTMYVVPFCMGPLGAEDPKLGVEITDSEYVVVSMRTMT + RMGKAALEKMGDDGFFVKALHSVGAPLEPGQKDVAWPCSETKYITHFPETREIWSYGS + GYGGNALLGKKCYSLRIASAMAHDEGWLAEHMLILKLISPENKAYYFAAAFPSACGKT + NLAMLQPTIPGWRAETLGDDIAWMRFGKDGRLYAVNPEFGFFGVAPGTNWKSNPNAMR + TIAAGNTVFTNVALTDDGDVWWEGLEGDPQHLIDWKGNDWYFRETETNAAHPNSRYCT + PMSQCPILAPEWDDPQGVPISGILFGGRRKTTVPLVTEARDWQHGVFIGATLGSEQTA + AAEGKVGNVRRDPMAMLPFLGYNVGDYFQHWINLGKHADESKLPKVFFVNWFRRGDDG + RFLWPGFGENSRVLKWIVDRIEHKAGGATTPIGTVPAVEDLDLDGLDVDAADVAAALA + VDADEWRQELPLIEEWLQFVGEKLPTGVKDEFDALKERLG" + gene complement(253865..254836) + /gene="nadR" + /locus_tag="BQ2027_MB0218C" + CDS complement(253865..254836) + /gene="nadR" + /locus_tag="BQ2027_MB0218C" + /note="Mb0218c, nadR, len: 323 aa. Equivalent to Rv0212c, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). Possible nadR + (alternate gene name: nadI), transcriptional regulator, + similar to others e.g. NADR_ECOLI|P27278 transcriptional + regulator from Escherichia coli (410 aa), FASTA scores: + opt: 377, E (): 1e-17, (31.1% identity in 347 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb0218c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0218c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NADR + (PROBABLY ASNC-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247924.1" + /translation="MTHGMVLGKFMPPHAGHVYLCEFARRWVDELTIVVGSTAAEPIP + GAQRVAWMRELFPFDRVVHLANENPQRPWEHPDFWDIWKASLQGVLATRPDFVFGAEP + YNADFAQVLGARFVAVDHGRTVVPVTATDIRADPLGHWQHIPRCVRPAFVKRVSIIGP + ESTGKTTLAQAVAEKLRTKWVPERAKMLRELNGGSLIGLEWAEIVRGQIASEEALARD + ADRVLICDTDPLATTVWAEFLAGGCPQELRDLARRPYDLTLLTTPDVPWDADDGRCVP + GARGTFFARCEQALRAAGRSFVVITGGWEERLSVSLRAVEELVRARR" + gene complement(254833..256146) + /locus_tag="BQ2027_MB0219C" + CDS complement(254833..256146) + /locus_tag="BQ2027_MB0219C" + /note="Mb0219c, -, len: 437 aa. Equivalent to Rv0213c, + len: 437 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 437 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), weakly similar to others + methyltransferases e.g. AF127374_30|LINA from Streptomyces + lavendulae (611 aa), FASTA scores: opt: 400, E(): 8.1e-19, + (27.3% identity in 388 aa overlap); Q50258 fortimicin kl1 + methyltransferase (553 aa), FASTA scores: opt: 267, E(): + 1.2e-13, (29.3% identity in 351 aa overlap). Mb0219c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="CAB5247925.1" + /translation="MSIKAYAKTQGIAVTSVNGLVAGHGSVQETWLAMQSAAALSGTP + RLVGFSCIDTFPEVLWLAQRARQAWDGVRIVIGNAMATLNYERILRQHDCFDYVVVGD + GEVAFTKLALALANDAAVDDVPGLARRSEQGQILRTPSSLVDLDELPRPARDELPTVL + ADGFAASVFSTRGCPYRCTFCGTGAMSAMLGKDSYRAKSVDAVVDEIDYLVSDYDVNF + LSITDDLFISKHPGSQQRAADFANAVLRRGISVNFMVDIRLDSVVDLDLFKHLHRAGL + RRVFIGVETGSYEQLRAYRKQILTRGQDAADTINALQQLGIDVIPGTIMFHPTVQPDE + LRETVRLLRATKYTVGFKFMSRIVPYPGTPLYQAYSDAGYLTAKWPLGQWEFVDPEAS + RVYADVVAKVAPDVGISFDEAEAYFLSRLDEWENVIAGRIAEATS" + gene 256260..257873 + /gene="fadD4" + /locus_tag="BQ2027_MB0220" + CDS 256260..257873 + /gene="fadD4" + /locus_tag="BQ2027_MB0220" + /note="Mb0220, fadD4, len: 537 aa. Equivalent to Rv0214, + len: 537 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 537 aa overlap). Probable fadD4, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + e.g. 4CL_PINTA|P41636 4-coumarate--coa ligase (EC + 6.2.1.12) (537 aa), FASTA scores: opt: 622, E(): 1e-31, + (30.0% identity in 514 aa overlap). Also similar to others + from Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY6A4.14 FASTA + score: (30.7% identity in 501 aa overlap); MTCY493_27, + MTCY07A7_11, MTCI28_6. Contains PS00455 putative + AMP-binding domain signature. Protein product from Mb0220 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0220 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD4 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247926.1" + /translation="MPRGELYKRFRLVMGGIAPCGSGRRAATYPRRMQIRPYIAADKP + AVILYPSGTVISFDELEARANRLAHWFRQAGLREDDVVAILMENNEHVHAVMWAARRS + GLYYVPINTHLTASEAAYIVDNSGAKAIVGSAALRETCHGLAEHLPGGLPDLLMLAGG + GLVGWMTYPECVADQPDTPIEDEREGDLLQYSSGTTGRPKGIKRELPHVSPDAAPGMM + PALLDFWMDADSVYLSPAPMYHTAPSVWTMSALAAGVTTVVMEKFDAEGALDAIQRYR + VTHAQFVPAMFVRMLKLPEAVRNSYDMSSLRRVIHAAAPCPVQIKEQMIHWWGPIIDE + YYASSEASGSTLITAEDWLTHPGSVGKPIQGGVHIVGADGSELPPNQPGEIYFEGGYP + FEYLNDPAKTAASRNKHGWVTVGDVGYLDDDGYLFLTGRRHHMIISGGVNIYPQEAEN + LLVAHPKVLDAAVFGVPDDEMGQRVMAAVQTVDSADANDQFAGELLAWLRDRLSHFKC + PRSIAFEPQLPRTDTGKLYKSGLVEKYSV" + gene complement(257915..259081) + /gene="fadE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0221C" + CDS complement(257915..259081) + /gene="fadE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0221C" + /note="Mb0221c, fadE3, len: 388 aa. Equivalent to Rv0215c, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 356 aa overlap). Probable fadE3, + acyl-dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + ACDB_BACSU|P45857 acyl-CoA dehydrogenase from B. subtilis + (EC 1.3.99.-) (379 aa), FASTA scores: opt: 812, E(): 0, + (39.5% identity in 354 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 29 bp insertion leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (388 aa + versus 357 aa). Protein product from Mb0221c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0221c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE3" + /protein_id="CAB5247927.1" + /translation="MRNELNDDEAMLVATVRAFIDRDVKPTVREVEHANSYPEAWIEQ + MKHIGIYGLAIDEQYGGSPVSMPCYVQVTQELARGWMSLAGAMGGHTVVAKLLTLFGT + EEQRRTYLPPMASGELRATMALTEPGGGSDLQNMSTTALADGPEGSAGLLINGCKTWI + SNARRSGLFAVLCKTDPNATPRHQGMSIVLVEPGPGLTVSRDLPKLGYKGVESCELSF + DNLRVPVSAILGGAMGQGFSQMMKGLETGRIQVAARALGVATAALEDSLAYAQQRESF + GRPIWQHQAVGNYLADMATKLTAARQLTRYAAERYDSGQRCDMEAGMAKLFASEVAME + IALNAVRIHGGYGYSTEYDVERYFRDAPLMILGEGTNEIQRNVIAGQLVARGGI" + gene 259138..260151 + /locus_tag="BQ2027_MB0222" + CDS 259138..260151 + /locus_tag="BQ2027_MB0222" + /note="Mb0222, -, len: 337 aa. Equivalent to Rv0216, len: + 337 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 337 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Z95398|MLCL622_22 from + Mycobacterium leprae (339 aa), FASTA scores: E(): 0, (73.7 + identity in 338 aa overlap). Protein product from Mb0222 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0222 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="double hotdog hydratase" + /protein_id="CAB5247928.1" + /translation="MASGYGGIRVGGPYFDDLSKGQVFDWAPGVTLSLGLAAAHQSIV + GNRLRLALDSDLCAAVTGMPGPLAHPGLVCDVAIGQSTLATQRVKANLFYRGLRFHRF + PAVGDTLYTRTEVVGLRANSPKPGRAPTGLAGLRMTTIDRTDRLVLDFYRCAMLPASP + DWKPGAVPGDDLSRIGADAPAPAADPTAHWDGAVFRKRVPGPHFDAGIAGAVLHSTAD + LVSGAPELARLTLNIAATHHDWRVSGRRLVYGGHTIGLALAQATRLLPNLATVLDWES + CDHTAPVHEGDTLYSELHIESAQAHADGGVLGLRSLVYAVSDSASEPDRQVLDWRFSA + LQF" + gene complement(260148..261056) + /gene="lipW" + /locus_tag="BQ2027_MB0223C" + CDS complement(260148..261056) + /gene="lipW" + /locus_tag="BQ2027_MB0223C" + /note="Mb0223c, lipW, len: 302 aa. Equivalent to Rv0217c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Possible esterase (EC + 3.1.1.-), showing similarity with others e.g. + EST_ACICA|P18773 esterase (303 aa), FASTA scores: opt: + 320, E(): 3.2e-13, (29.2% identity in 274 aa overlap). + Protein product from Mb0223c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0223c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ESTERASE LIPW" + /protein_id="CAB5247929.1" + /translation="MSGNEVHPDLRRIAVVTPRQLVGPRTLPVMRALIVVAGLRMSRT + PPDIEVLTLESGVGVRLYRPAGSNEPAPALLWIHAGGYVMGTAQQDDRLCLRFSSRLG + ITVASVDYRLAPENPYPAALGDCYSALTWLASLPAVDPARVAIGGASAGGGLAAALAL + LARDRGGITPAFQLLVYPMLDDRTSIAPANPHYRLWNGRANRFGWRAYLGDADARVAV + PGRRDDLGGLAPAWIGVGTHDLLHDEDLAYAERLTAAGVPCQVEVVEGAFHGFDRVAP + NVGVSQRFFTSQCNSLRAALALSNRT" + gene 261149..262477 + /locus_tag="BQ2027_MB0224" + CDS 261149..262477 + /locus_tag="BQ2027_MB0224" + /note="Mb0224, -, len: 442 aa. Equivalent to Rv0218, len: + 442 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 442 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, some similarity with sulfite + oxidases (EC 1.8.3.1) e.g. SUOX_HUMAN|P51687 sulfite + oxidase precursor (488 aa), FASTA scores: opt: 153, E(): + 0.0087, (28.6% identity in 161 aa overlap); and with some + nitrate reductases (EC 1.6.6.3) e.g. NIA_FUSOX|P39863 + nitrate reductase (NADPH) (905 aa), FASTA scores: opt: + 143, E(): 0.06, (29.3% identity in 92 aa overlap). Also + similar to BSUB0017_86 from Mycobacterium tuberculosis. + Mb0224 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247930.1" + /translation="MSDPARGAEAEDAYGFPAGLWRWLQRHPPPALHRLTRFRSPLRG + PWLTSVFGLVLLVALPFVIITGLLSYIAYAPQLGQAIPGDVGWLRLPAFTWPTRPSWL + YRLTQGLHVGLGLVIIPVVLAKLWSVIPRLFVWPPARSIAQVLERLSVLMLVGGILFQ + IVTGVLNIQYDYIFGFSFYTGHYFGAWVFIAGFLLHIVVKIPHMVTGLRSIPMREVLG + TNVADTRAQPCDPDGLVSVNPGEATLSRRGALGLVGAGVLLIGVLTVGQTLGGFTRKA + ALLLPRGRVVSPGDFPVNKTAAAAGITAEAIGPDWRLVLRGGPAEVVLDRATLAGLPQ + RTARLPLACVEGWSAVRTWSGVPLAELALLAGVPAARSARVTSLQRGGAFGEAKLAAN + QIADPDALLALRVDGADLSLNHGYPARIIVPALPGVHNTKWVAGIEFHKR" + gene 262479..263027 + /locus_tag="BQ2027_MB0225" + CDS 262479..263027 + /locus_tag="BQ2027_MB0225" + /note="Mb0225, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv0219, len: + 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, showing similarity with + CAB76992.1|AL159178 putative lipoprotein from Streptomyces + coelicolor (163 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247931.1" + /translation="MFDIATRFKNSYGSGPLHLLAMVSGFALLGYIVATARPSALWNQ + ATWWQSIAVWFVAAVVAHDLLLYPLYALADRILARLVGRRDVSAPRRRPELPVRNYIR + IPALAAGLTLLVFLPGIIRQGAPTYLDATGQTQEPFLGRWLLLTAVAFGISAAAYAIR + LVVAHVRRRRAGCSRVDAIDEE" + gene 263037..264248 + /gene="lipC" + /locus_tag="BQ2027_MB0226" + CDS 263037..264248 + /gene="lipC" + /locus_tag="BQ2027_MB0226" + /note="Mb0226, lipC, len: 403 aa. Equivalent to Rv0220, + len: 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 403 aa overlap). Probable esterase (EC + 3.1.1.-), similar to others proteins and esterases from + various organisms and Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q50681 (431 aa), FASTA scores: opt: 841, E(): 0, (38.2% + identity in 408 aa overlap); Rv1426c, Rv1399c, etc. + Contains PS00122 Carboxylesterases type-B serine active + site. Protein product from Mb0226 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0226 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ESTERASE LIPC" + /protein_id="CAB5247932.1" + /translation="MNQRRAAGSTGVAYIRWLLRARPADYMLALSVAGGSLPVVGKHL + KPLGGVTAIGVWGARHASDFLSATAKDLLTPGINEVRRRDRASTQEVSVAALRGIVSP + DDLAVEWPAPERTPPVCGALRHRRYVHRRRVLYGDDPAQLLDVWRRKDMPTKPAPVLI + FVPGGAWVHGSRAIQGYAVLSRLAAQGWVCLSIDYRVAPHHRWPRHILDVKTAIAWAR + ANVDKFGGDRNFIAVAGCSAGGHLSALAGLTANDPQYQAELPEGSDTSVDAVVGIYGR + YDWEDRSTPERARFVDFLERVVVQRTIDRHPEVFRDASPIQRVTRNAPPFLVIHGSRD + CVIPVEQARSFVERLRAVSRSQVGYLELPGAGHGFDLLDGARTGPTAHAIALFLNQVH + RSRAQFAKEVI" + gene 264292..265065 + /locus_tag="BQ2027_MB0227" + CDS 264292..265065 + /locus_tag="BQ2027_MB0227" + /note="Mb0227, -, len: 257 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0221, len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.3% identity in 234 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to others proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q50680|Rv2285|MT2343|MTCY339.25c hypothetical 47.7 kDa + protein (445 aa), FASTA scores: opt: 455, E(): 8.1e-23, + (26.7% identity in 461 aa overlap); Rv3740c, Rv3734c, etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 1902 bp deletion leads to a shorter product with a + different COOH part, compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (257 aa versus 469 + aa). It also leads to the deletion of the next protein, + echA1 (Rv0222). Protein product from Mb0227 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0227 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="CAB5247933.1" + /translation="MKRLSGWDAVLLYSETPNVHMHTLKVAVIELDSDRQEFGVDAFR + EVIAGRLHKLEPLGYQLVDVPLKFHHPMWREHCQVDLNYHIRPWRLRAPGGRRELDEA + VGEIASTPLNRDHPLWEMYFVEGLANHRIAVVAKIHHALADGVASANMMARGMDLLPG + PEVGRYVPDPAPTKRQLLSAAFIDHLRHLGRIPATIRYTTQGLGRVRRSSRKLSPALT + MPFTPPPTFMNRIKKPLSKPSGRPPPHTNRAPSSMPLAM" + gene complement(264931..266088) + /locus_tag="BQ2027_MB0228C" + CDS complement(264931..266088) + /locus_tag="BQ2027_MB0228C" + /note="Mb0228c, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv0223c, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (95.3% identity in 364 aa overlap). Probable aldehyde + dehydrogenase (EC 1.2.1.-), similar to others e.g. + A75608|6460525|AAF12231.1|AE001862_57 aldehyde + dehydrogenase from Deinococcus radiodurans strain R1 (495 + aa); Q47943 L-sorbosone dehydrogenase NAD(P) dependent + from Gluconobacter oxydans (498 aa), FASTA scores: opt: + 1157, E (): 0, (42.1% identity in 482 aa overlap); etc. + Also similar to Rv0768, Rv2858c, etc from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00687 Aldehyde dehydrogenases + glutamic acid active site; and PS00070 Aldehyde + dehydrogenases cysteine active site. BELONGS TO THE + ALDEHYDE DEHYDROGENASES FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-c) leads to a shorter product, + with a different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (385 aa versus 487 + aa). Protein product from Mb0228c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0228c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALDEHYDE DEHYDROGENASE" + /protein_id="CAB5247934.1" + /translation="MSDSATEYDKLFIGGKWTKPSTSDVIEVRCPATGEYVGKVPMAA + AADVDAAVAAARAAFDNGPWPSTPPHERAAVIAAAVKMLAERKDLFTKLLAAETGQPP + TIIETMHWMGSMGAMNYFAGAADKVTWTETRTGSYGQSIVSRESVGVVGAIVAWNVPL + FLAVNKIAPALLAGCTIVLKPAAETPLTANALAEVFAEVGLPEGVLSVVPGGIETGQA + LTSNPDIDMFTFTGSSAVGREVGRRAAEMLKPCTLELGGKSAAIILEDVDLAAAIPMM + VFSGVMNAGQGCVNQTRILAPRSRYDEIVAAVTNFVTALPVGPPSDPAAQIGPLISEK + QRTRVEALHRQGHRGGRSVGVRRRPSRGLGQRLLYPIHERRWRGKWHGQCG" + gene complement(266187..266951) + /locus_tag="BQ2027_MB0229C" + CDS complement(266187..266951) + /locus_tag="BQ2027_MB0229C" + /note="Mb0229c, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv0224c, + len: 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 254 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), showing weak similarity + with other methyltransferases e.g. P74388 + STEROL-C-METHYLTRANSFERASE (318 aa), FASTA scores: opt: + 190, E(): 3.6e-05, (33.3% identity in 114 aa overlap). + Equivalent to AL022486|MLCB1883_1 from Mycobacterium + leprae (269 aa), FASTA scores: opt: 1456, E(): 0, (82.9% + identity in 252 aa overlap). Also some similarity with + MTCY21B4.22c from Mycobacterium tuberculosis FASTA score: + (30.1% identity in 136 aa overlap). Mb0229c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="CAB5247935.1" + /translation="MAVTDVFARRATLRRSLRLLADFRYEQRDPARFYRTLAADTAAM + IGDLWLATHSEPPVGRTLLDVGGGPGYFATAFSDAGVGYIGVEPDPDEMHAAGPAFTG + RPGMFVRASGMALPLADDSVDICLSSNVAEHVPRPWQLGTEMLRVTKPGGLVVLSYTV + WLGPFGGHEMGLSHYLGGARAAARYVRKHGHPAKNNYGSSLFAVSAAEGLRWAAGTGA + ALAVFPRYHPRWAWWLTSVPVLREFLVSNLVLVLTP" + gene 266987..268141 + /locus_tag="BQ2027_MB0230" + CDS 266987..268141 + /locus_tag="BQ2027_MB0230" + /note="Mb0230, -, len: 384 aa. Equivalent to Rv0225, len: + 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 384 aa overlap). Possible conserved + protein involved in LPS biosynthesis, similar to O26275 + LPS BIOSYNTHESIS RFBU RELATED PROTEIN (382 aa), FASTA + scores: opt: 426, E(): 1.2e-20, (28.2% identity in 394 aa + overlap). Some similarity with Rv3032 from Mycobacterium + tuberculosis FASTA score: (31.6% identity in 228 aa + overlap). Protein product from Mb0230 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0230 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glycosyltransferase" + /protein_id="CAB5247936.1" + /translation="MSALRSVLLLCWRDIGHPQGGGSEAYLQRIGAQLAASGIAVTLR + TARYPGAPRHELVDGVRISRAGGRYSVYLWALLAMAAARCGLGPLRRVRPDVVVDTQN + GWPFVARLLYGRRSLVLVHHCHREQWPVAGRMMGRLGWYVESMLSPRLHRRNQYVTVS + LPSARDLIALGVDSERIAVVRNGLDEAPSPTLSGPRAPTPRVVVLSRLVPHKQIEDAL + AAVAELQPRIPGLHLDIVGGGWWRQRLVDHVHRLDIADAVTFHGHVDDVTKHHVLQSS + WVHLLPSRKEGWGLAVIEAAQHGVPTIGYRSSGGLADSIVDGVTGILVDDRAELVAWL + EQLLSDSVLRDQLGAKAQARSGEFSWRQSAEALRSVLEAVQASRFVSGVV" + gene complement(268158..269888) + /locus_tag="BQ2027_MB0231C" + CDS complement(268158..269888) + /locus_tag="BQ2027_MB0231C" + /note="Mb0231c, -, len: 576 aa. Equivalent to Rv0226c, + len: 576 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 576 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, except in N-terminal + part, to AC32114.1|AL583926 conserved membrane protein + from Mycobacterium leprae (600 aa), FASTA scores: opt: + 2086, E(): 0, (70.3% identity in 579 aa overlap). Also + similar to AL021411|SC7H1_20 from Streptomyces coelicolor + (483 aa), FASTA scores: opt: 180, E(): 0.00028, (26.5 + identity in 388 aa overlap). Protein product from Mb0231c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0231c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247937.1" + /translation="MRWFRPGYALVLVLLLAAPLLRPGYLLLRDAVSTPRSYVSANAL + GLTSAPRATPQDFAVALASHLVDGGVVVKALLLLGLWLAGWGAARLVATALPAAGAAG + QFVAITLAIWNPYVAERLLQGHWSLLVGYGCLPWVATAMLTMRTTVGAGWFGLFGLAF + WVALAGLTPSGLLLAATVAVVCVAMPGAGRPRWQCGVAALGSALVGALPWLTASALGS + SLTSHTAANQLGVTAFAPRAEPGLGTLGSLASLGGIWNGEAVPSSRTTLFAVASAVVL + LAMVAIGLPTVARRPVAVPLLTLAAVSVMVPAVLATGPGLHALRVVVDAAPGLGVLRD + GQKWVALAVPGYTLSGAGTVLTLRRWLRPATAAVVCCLALVLTLPDLAWGVWGKVAPV + HYPSGWAAVAAAINADPRTVAVLPAGTMRRFSWSGSAPVLDPLPRWVRADVLTTGDLV + ISGVTVPGEDAHARAVQELLLTGPHPSTLAAAGVGWLVVESDSAGDMGAAARTLGRLA + AAHRDDELALYRVGGQTSGASSARLKATMLAHWAWLSMLLVGGAGAAGYWVRRHLHHC + EDTPASRAQD" + gene complement(269898..271163) + /locus_tag="BQ2027_MB0232C" + CDS complement(269898..271163) + /locus_tag="BQ2027_MB0232C" + /note="Mb0232c, -, len: 421 aa. Equivalent to Rv0227c, + len: 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 421 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to AL022486|MLCB1883_4 from + Mycobacterium leprae (448 aa), FASTA scores: opt: 2148, + E(): 0, (76.6% identity in 423 aa overlap). Protein + product from Mb0232c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0232c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247938.1" + /translation="MLRFAACGAIGLGAALLIAALLLSTYTTRRIAEIPLDIDATLIS + DGTGTALDSASLATEHIVVNQDVPLVSQQQVTVESPANADVVTLQVGSSLRRTDKQKD + SGLLLAIVDTVTLNRKTAMAVSDDTHTGGAVQKPRGLNDENPPTAIPLRHDGLSYRFP + FHTEKKTYPYFDPIAQKAFDANYEGEEDVNGLTTYRFTQNVGYTPEGKLVAPLKYPSL + YAGDEDGKVTTSAAMWGLPGDPNEQITMTRYYAAQRTFWVDPVSGTIVKETERANHYF + ARDPLKPEVTFADYQVTSTEETVESQVNAARDERDRLALWSRVLPITFTAAGLVALVG + GGLFASFSLRTEGALMAASGDRDDHDYRRGGFEEPVPGAEAETEKLPTQRPDFPREPN + GSDPPRLGSAQPPPPPDAGHPDPGPPERR" + gene 271379..272602 + /locus_tag="BQ2027_MB0233" + CDS 271379..272602 + /locus_tag="BQ2027_MB0233" + /note="Mb0233, -, len: 407 aa. Equivalent to Rv0228, len: + 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 407 aa overlap). Probable integral + membrane acyltransferase (EC 2.3.1.-), equivalent to + 3063875|CAA18555.1|AL022486|T44870 ACYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (384 aa), FASTA scores: opt: 2004, + E(): 0, (79.3% identity in 381 aa overlap). Also similar + to others e.g. Q11064 PROBABLE ACYLTRANSFERASE CY50.28C + (383 aa), FASTA scores: opt: 372, E(): 2.6e-16, (35.9% + identity in 359 aa overlap); Q00718|MDMB_STRMY + ACYLTRANSFERASE. Very similar to Rv0111, Rv1254, etc from + Mycobacterium tuberculosis. Mb0233 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE ACYLTRANSFERASE" + /protein_id="CAB5247939.1" + /translation="MGPADESGAPIRPQTPHRHTVLVTNGQVVGGTRGFLPAVEGMRA + CAAVGVVVTHVAFQTGHSSGVGGRLFGRFDLAVAVFFAVSGFLLWRGHAAAARDLRSH + PRTGPYLRSRVARIMPAYVVAVVVILSLLPDADHASLTVWLANLTLTQIYVPLTLTGG + LTQMWSLSVEVAFYAALPVLALLGRRIPVGARVPAIAALAALSWAWGWLPLDAGSGIN + PLTWPPAFFSWFAAGMLLAEWAYSPVGLPHRWARRRVAMAVTALLGYLVAASPLAGPE + GLVPGTAAQFAVKTAMGSLVAFALVAPLVLDRPDTSHRLLGSPAMVTLGRWSYGLFIW + HLAALAMVFPVIGAFPFTGRMPTVLVLTLIFGFAIAAVSYALVESPCREALRRWERRN + EPISVGELQADAIAP" + gene complement(272630..273310) + /locus_tag="BQ2027_MB0234C" + CDS complement(272630..273310) + /locus_tag="BQ2027_MB0234C" + /note="Mb0234c, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv0229c, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 226 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to several proteins from + Mycobacterium tuberculosis. Other possible start sites and + could be shorter as C-terminal region has some similarity + with Rv2757c|D70880 from Mycobacterium tuberculosis (138 + aa), FASTA scores: E(): 1e-15, (45.3% identity in 137 aa + overlap), and Rv0301, Rv2546, etc. Also some similarity + with Q48177 virulence associated protein C (132 aa), FASTA + scores: opt: 101, E(): 0.6, (24.3% identity in 136 aa + overlap). Contains PS00626 Regulator of chromosome + condensation (RCC1) signature 2. Protein product from + Mb0234c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0234c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible conserved membrane protein with pin + domain" + /protein_id="CAB5247940.1" + /translation="MRQPRRANAMGLALCIYIGSLLIYTPIHGETSRRHRRAGFKHGS + YRIGHDDDQRHRQRGPAASHVSASSTRRRRSRHAGRRTARGPRRSMALKYLLDTSVIK + RLSRPAVRRAVEPLAEAGAVARTQITDLEVGYSARNETEWQRLMVALSAFDLIESTAS + HHRRALGIQRLLAARSQRGRKIPDLLIAAAGEEHGLVVLHYDADFDLIAAVTGQPCQW + IVPAGTID" + gene complement(273307..274287) + /gene="php" + /locus_tag="BQ2027_MB0235C" + CDS complement(273307..274287) + /gene="php" + /locus_tag="BQ2027_MB0235C" + /note="Mb0235c, php, len: 326 aa. Equivalent to Rv0230c, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 326 aa overlap). Probable php, + phosphotriesterase (EC 3.1.8.1), similar to others e.g. + AAK42653.1|AE006849 putative aryldialkylphosphatase + (phosphotriesterase) (paraoxonase) from Sulfolobus + solfataricus (314 aa); PHP_ECOLI|P45548 PHOSPHOTRIESTERASE + HOMOLOGY PROTEIN from Escherichia coli (292 aa), FASTA + scores: opt: 408, E(): 7.1e-20, (31.1% identity in 305 aa + overlap); OPD_FLASP|P16648 parathion hydrolase precursor + (365 aa), FASTA scores: opt: 319, E(): 5.1e-14, (34.5% + identity in 333 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + PHOSPHOTRIESTERASE FAMILY. COFACTOR: CONTAINS 2 MOLES OF + ZINC PER SUBUNIT. Protein product from Mb0235c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0235c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOTRIESTERASE PHP (PARATHION + HYDROLASE) (PTE) (ARYLDIALKYLPHOSPHATASE) (PARAOXONASE) + (A-ESTERASE) (ARYLTRIPHOSPHATASE) (PARAOXON HYDROLASE)" + /protein_id="CAB5247941.1" + /translation="MPELNTARGPIDTADLGVTLMHEHVFIMTTEIAQNYPEAWGDED + KRVAGAIARLGELKARGVDTIVDLTVIGLGRYIPRIARVAAATELNIVVATGLYTYND + VPFYFHYLGPGAQLDGPEIMTDMFVRDIEHGIADTGIKAGILKCATDEPGLTPGVERV + LRAVAQAHKRTGAPISTHTHAGLRRGLDQQRIFAEEGVELSRVVIGHCGDSTDVGYLE + ELIAAGSYLGMDRFGVDVISPFQDRVNIVARMCERGHADKMVLSHDACCYFDALPEEL + VPVAMPNWHYLHIHNDVIPALKQHGVTDEQLHTMLVDNPRRIFERQGGYQ" + gene 274382..276088 + /gene="fadE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0236" + CDS 274382..276088 + /gene="fadE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0236" + /note="Mb0236, fadE4, len: 568 aa. Equivalent to Rv0231, + len: 568 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 568 aa overlap). Probable fadE4, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + O29752 ACYL-COA DEHYDROGENASE (ACD-3) from Archaeoglobus + fulgidus (576 aa), FASTA scores: opt: 1788, E(): 0, (51.0% + identity in 577 aa overlap); ACDB_BACSU|P45857 acyl-coa + dehydrogenase from Bacillus subtilis (379 aa), FASTA + scores: opt: 232, E(): 2.2e- 08, (21.6% identity in 291 aa + overlap). Protein product from Mb0236 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0236 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE4" + /protein_id="CAB5247942.1" + /translation="MLLNPNHLTRKYPDRRSGEIMAATVDFFESRGKARLKHDDHERI + WYSDFLDFVGRERIFASLLTPASYGADDCRWDTYRISEFAEIMGFYGLSYWYPFQVTA + LGLGPIWMSANEDAKRKAAAGLEAGEVFAFGLSEQTHGADVYQTDMILTPSDGGWTAN + GEKYYIGNANVARMVSTFGKIAGTPESQEYVFFVADSQHERYDLIKNVVNSQNYVANY + ALRDYPVTEADILHRGAEAFHAALNTVNVCKYNLGWGAIGMCTHALYESVTHAANRHL + YGTVVTDFSHVRRLLTDAYVRLIAMKLVASRASDYMRSASAADRRYLLYSPLTKAKVT + SEGERVITALWDVIAAKGVEKDTFFETVAREIGLLPRLEGTVHINIGLLGKFMPNYLF + APDSTLPVIPRRDDAADDAFLFAQGPTGGLGKVRFHDWRASFDTCAHLPNVALLREQV + DVFAELLASATPDAAQQKDIDFAFGVGQLFANVPYAQLILEEARLSGVDEALIDEIFG + VLVRDFNTHAVELHGRSATTAEQARFAMRMVRRPVHDPARYDQIWKDHVLALNGAYQM + AP" + gene 276223..276912 + /locus_tag="BQ2027_MB0237" + CDS 276223..276912 + /locus_tag="BQ2027_MB0237" + /note="Mb0237, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv0232, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, tetR/AcrR family, + similar to others e.g. YIXD_BACSU|P32398 hypothetical + transcriptional regulator (191 aa), FASTA scores: opt: + 149, E(): 0.0014, (21.5% identity in 158 aa overlap). Also + similar to MTV030_11 from Mycobacterium tuberculosis. + Contains PS01081 Bacterial regulatory proteins, tetR + family signature, and probable helix-turn helix motif from + aa 33-54 (Score 1142, +3.08 SD). BELONGS TO THE TETR/ACRR + FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb0237 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR/ACRR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247943.1" + /translation="MPTVTWARVDPARRAAVVEAAEAEFGAHGFSRGSLNVIARRAGV + AKGSLFQYFADKRDLYAFIADIASQRVRSYMEDLIRELDPNRPFFEFLTDLLDGWVAY + FAEHPRERALHAAATLEVDTDARISVRSVLHRHYLDVLRPLVRDAHARGDLRADSDTG + ALMSLLLLIFPHLALAPYMRGLDPILGLDEPTPEQPALAVRRLVAVLAAAFDAQHPAT + NSAQTRSEEIT" + gene 276909..277853 + /gene="nrdB" + /locus_tag="BQ2027_MB0238" + CDS 276909..277853 + /gene="nrdB" + /locus_tag="BQ2027_MB0238" + /note="Mb0238, nrdB, len: 314 aa. Equivalent to Rv0233, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 314 aa overlap). Probable nrdB + (alternate gene name: rnrS) ribonucleoside-diphosphate + reductase, beta chain (EC 1.17.4.1), similar to others + e.g. RIR2_SCHPO|P36603 ribonucleoside-diphosphate + reductase (391 aa), FASTA scores: opt: 168, E(): 0.00018, + (26.1% identity in 199 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + RIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE REDUCTASE SMALL CHAIN FAMILY. + COFACTOR: BINDS 2 IRON IONS. Protein product from Mb0238 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0238 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ribonucleoside-diphosphate reductase (beta + chain) nrdb (ribonucleotide reductase small chain)" + /protein_id="CAB5247944.1" + /translation="MTRTRSGSLAAGGLNWASLPLKLFAGGNAKFWDPADIDFTRDRA + DWEKLSDDERDYATRLCTQFIAGEEAVTEDIQPFMSAMRAEGRLADEMYLTQFAFEEA + KHTQVFRMWLDAVGISEDLHRYLDDLPAYRQIFYAELPECLNALSADPSPAAQVRASV + TYNHIVEGMLALTGYYAWHKICVERAILPGMQELVRRIGDDERRHMAWGTFTCRRHVA + ADDANWTVFETRMNELIPLALRLIEEGFALYGDQPPFDLSKDDFLQYSTDKGMRRFGT + ISNARGRPVAEIDVDYSPAQLEDTFADEDRRTLAAASA" + gene complement(277929..279464) + /gene="gabD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0239C" + CDS complement(277929..279464) + /gene="gabD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0239C" + /standard_name="gabD2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0239c, gabD1, len: 511 aa. Equivalent to Rv0234c, + len: 511 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 511 aa overlap). Probable gabD1, + succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+] dependent (EC + 1.2.1.16), equivalent to AL022486|MLCB1883_6 PROBABLE + ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (457 aa), + FASTA scores: opt: 2617, E(): 0, (85.7% identity in 455 aa + overlap). Also highly similar to Q55585|GABD|SLR0370 + PROBABLE SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (454 aa), FASTA scores: + opt: 1676, E(): 0, (55.8% identity in 455 aa overlap); and + similar to others e.g. GABD_ECOLI|P25526 + succinate-semialdehyde dehydrogenase from Escherichia coli + (482 aa), FASTA scores: opt: 929, E(): 0, (36.5% identity + in 452 aa overlap); etc. Note that similar to other + cytosolic aldehyde dehydrogenases with EC number: 1.2.1.3. + Also similar to Rv0768|aldA semialdehyde dehydrogenase + from Mycobacterium tuberculosis (489 aa); and + gabD2|Rv1731|MTCY04C12.16 POSSIBLE SUCCINATE-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE [NADP+] DEPENDANT from Mycobacterium + tuberculosis (518 aa). Contains PS00070 aldehyde + dehydrogenases cysteine active site. BELONGS TO THE + ALDEHYDE DEHYDROGENASES FAMILY. Could start at different + site by homology. Note that previously known as gabD2. + Protein product from Mb0239c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0239c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="succinate-semialdehyde dehydrogenase [nadp+] + dependent (ssdh) gabd1" + /protein_id="CAB5247945.1" + /translation="MRSVTCSATLVLPVIEPTPADRRPRHLLLGSAGHVSGRLDTGRF + VQTHPAKDVSVPIATINPATGETVKTFTAATDDEVDAAIARAHRRFADYRQTSFAQRA + RWANATADLLEAEADQAAAMMTLEMGKTLAAAKAEALKCAKGFRYYAENAEALLADEP + ADAAKVGASAAYGRYQPLGVILAVMPWNFPLWQAVRFAAPALMAGNVGLLKHASNVPQ + CALYLADVIARGGFPDGCFQTLLVSSGAVEAILRDPRVAAATLTGSEPAGQSVGAIAG + NEIKPTVLELGGSDPFIVMPSADLDAAVSTAVTGRVQNNGQSCIAAKRFIVHADIYDD + FVDKFVARMAALRVGDPTDPDTDVGPLATEQGRNEVAKQVEDAAAAGAVIRCGGKRLD + RPGWFYPPTVITDISKDMALYTEEVFGPVASVFRAANIDEAVEIANATTFGLGSNAWT + RDETEQRRFIDDIVAGQVFINGMTVSYPELPFGGVKRSGYGRELSAHGIREFCNIKTV + WIA" + gene complement(279490..280938) + /locus_tag="BQ2027_MB0240C" + CDS complement(279490..280938) + /locus_tag="BQ2027_MB0240C" + /note="Mb0240c, -, len: 482 aa. Equivalent to Rv0235c, + len: 482 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 482 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, highly similar to + AL133278|CAB61913.1|SCM11_2 putative integral membrane + protein from Streptomyces coelicolor (470 aa), FASTA + scores: opt: 2116, E(): 0, (61.8% identity in 474 aa + overlap); and similar to hypothetical proteins from other + organisms e.g. Q13392|384D8_7 hypothetical protein (579 + aa), FASTA scores: opt: 355, E(): 6.9e-17, (28.5% identity + in 569 aa overlap). Mb0240c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247946.1" + /translation="MGWFSAPEYWLGRLALERGTAIIYLIAFVAAAQQFRPLIGEHGM + LPVPRYLAGQSFWRTPSIFHFRYSDRVFAGVCWLGAVLSAAVVAGAASFVPLWATMLI + WLTLWVLYLSIVNVGQAWYSFGWESLLLETGFLMIFLGNERTAPPILTLLLARWLLFR + VEFGAGLIKMRGDSCWRSLTCLYYHHETQPMPGPLSWFFHHLPKPLHRIEVAGNHFAQ + LVVPFGLFTPQPAASIAAAIIVVTQLWLVASGNFSWLNWLTILLACSAIDTSSAAALL + PMPAQPALSAPPQWFAGLVVVFTAAVLLLSYWPARNLLSSHQRMNMSFNPFHLVNTYG + AFGSICRTRREVVIEGTDESPITEQTVWKAYEFKGKPGDPRRLPRQWAPYHLRLDWLM + WFAAISPGYALPWMTPFLNRLLRNDPATLKLLRHNPFPQSPPRYVRAQLYQYRFTTVA + ELRRDRAWWHRTLIGRYVPPMSLRKVASPPAD" + gene complement(280973..285175) + /gene="aftd" + /locus_tag="BQ2027_MB0241C" + CDS complement(280973..285175) + /gene="aftd" + /locus_tag="BQ2027_MB0241C" + /note="Mb0241c, -, len: 1400 aa. Equivalent to Rv0236c, + len: 1400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1400 aa overlap). Probable + conserved transmembrane protein, equivalent to + AL022486|CAC32102.1|MLCB1883_7 possible integral membrane + protein from Mycobacterium leprae (1440 aa), FASTA scores: + opt: 7491, E(): 0, (78.8% identity in 1397 aa overlap). + Mb0241c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible arabinofuranosyltransferase aftd" + /protein_id="CAB5247947.1" + /translation="MAPLSRKWLPVVGAVALALTFAQSPGQVSPDTKLDLTANPLRFL + ARATNLWNSDLPFGQAQNQAYGYLFPHGTFFVIGHLLGVPGWVTQRLWWAVLLTVGFW + GLLRVAEALGVGGPSSRVVGAVAFALSPRVLTTLGSISSETLPMMLAPWVLLPTILAL + RGTSGRSVRALAAQAGLAVALMGAVNAIATLAGCLPAVIWWACHRPNRLWWRYTAWWL + LAMALATLWWVMALTQLHGVSPPFLDFIESSGVTTQWSSLVEVLRGTDSWTPFVAPNA + TAGAPLVTGSAAILGTCLVAAAGLAGLTSPAMPARGRLVTMLLVGVVLLAVGHRGGLA + SPVAHPVQAFLDAAGTPLRNVHKVGPVIRLPLVLGLAQLLSRVPLPGSAPRPAWLRAF + AHPERDKRVAVAVVALTALVVSTSLAWTGRVAPPGTFGALPQYWQEAADWLRTHHAAT + PTPGRVLVVPGAPFATQVWGTSHDEPLQVLGDGPWGVRDSIPLTPPQTIRALDSVQRL + FAAGRPSAGLADTLARQGISYVLVRNDLDPETSRSARPILLHRSIAGSPGLAKLAEFG + APVGPDPLAGFVNDSGLRPRYPAIEIYRVSAPANPGAPYFAATDQLARVDGGPEVLLR + LDERRRLQGQPPLGPVLMTADARAAGLPVPQVAVTDTPVARETDYGRVDHHSSAIRAP + GDARHTYNRVPDYPVPGAEPVVGGWTGGRITVSSSSADATAMPDVAPASAPAAAVDGD + PATAWVSNALQAAVGQWLQVDFDRPVTNAVVTLTPSATAVGAQVRRILIETVNGSTTL + RFDEAGKPLTAALPYGETPWVRFTAAATDDGSAGVQFGITDLAITQYDASGFAHPVQL + RHTVLVPGPPPGSAIAGWDLGSELLGRPGCAPGPDGVRCAASMALAPEEPANLSRTLT + VPRPVSVTPMVWVRPRQGPKLADLIAAPSTTRASGDSDLVDILGSAYAAADGDPATAW + TAPQRVVQHKTPPTLTLALPRPTVVTGLRLAASRSMLPAHPTVVAINLGDGPQVRQLQ + VGELTTLWLHPRVTDTVSVSLLDWDDVIDRNALGFDQLKPPGLAEVVVLGAGGAPIAP + ADAARNRARALTVDCDHGPVVAVAGRFVHTSIRTTVGALLDGEPVAALPCEREPIALP + AGQQELLISPGAAFVVDGAQLSTPGAGLSSATVTSAETGAWGPTHREVRVPESATSRV + LVVPESINSGWVARTSTGARLTPIAVNGWQQAWVVPAGNPGTITLTFAPNSLYRASLA + IGLALLPLLALLAFWRTGRRQLADRPTPPWRPGAWAAAGVLAAGAVIASIAGVMVMGT + ALGVRYALRRRERLRDRVTVGLAAGGLILAGAALSRHPWRSVDGYAGNWASVQLLALI + SVSVVAASVVATSESRGQDRMQ" + gene complement(285222..285395) + /locus_tag="BQ2027_MB0242C" + CDS complement(285222..285395) + /locus_tag="BQ2027_MB0242C" + /note="Mb0242c, -, len: 57 aa. Equivalent to Rv0236A, len: + 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 57 aa overlap). Small secreted + protein. Protein product from Mb0242c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0242c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SMALL SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5247948.1" + /translation="MNRIVAPAAASVVVGLLLGAAAIFGVTLMVQQDKKPPLPGGDPS + SSVLNRVEYGNRS" + gene 285510..286676 + /gene="lpqI" + /locus_tag="BQ2027_MB0243" + CDS 285510..286676 + /gene="lpqI" + /locus_tag="BQ2027_MB0243" + /note="Mb0243, lpqI, len: 388 aa. Equivalent to Rv0237, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 388 aa overlap). Probable lpQI, + conserved lipoprotein, equivalent to + AL022486|MLCB1883_8|T44873 probable secreted hydrolase + from Mycobacterium leprae (387 aa), FASTA scores: opt: + 1831, E(): 0, (73.3% identity in 390 aa overlap). Also + similar to other lipoproteins and various hydrolases e.g. + P40406|2126897|YBBD_BACSU|I39839 HYPOTHETICAL 70.6 KDA + LIPOPROTEIN from Bacillus subtilis (642 aa); + P48823|HEXA_ALTSO BETA-HEXOSAMINIDASE A PRECURSOR from + ALTEROMONAS SP. (598 aa), FASTA scores: opt: 415, E(): + 5.8e-17, (31.2% identity in 343 aa overlap); + PCC6803|P74340 BETA-GLUCOSIDASE from Synechocystis sp. + (538 aa), FASTA scores: opt: 414, E(): 6.1e-17, (30.6 + identity in 320 aa overlap). Contains signal sequence and + appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb0243 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0243 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQI" + /protein_id="CAB5247949.1" + /translation="MAFPRTLAILAAAAALVVACSHGGTPTGSSTTSGASPATPVAVP + VPRSCAEPAGIPALLSPRDKLAQLLVVGVRDAADAQAVVTNYHVGGILIGSDTDLTIF + DGALAEIVAGGGPLPLAVSVDEEGGRLSRLRSLIGGTGPSARELAQTRTVQQVRDLAR + DRGRQMRKLGITIDFAPVVDVTDAPDDTVIGDRSFGSDPATVTAYAGAYAQGLRDAGV + LPVLKHFPGHGRGSGDSHNGGVTTPPLDDLVGDDLVPYRTLVTQAPVGVMVGHLQVPG + LTGSEPASLSKAAVNLLRTGTGYGAPPFDGPVFSDDLSGMAAISDRFGVSEAVLRTLQ + AGADIALWVTTKEVPAVLDRLEQALRAGELPMSAVDRSVVRVATMKGPNPGCGR" + gene 286752..287366 + /locus_tag="BQ2027_MB0244" + CDS 286752..287366 + /locus_tag="BQ2027_MB0244" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0244, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv0238, len: + 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, TetR family, + equivalent to AL022486|MLCB1883_9|T44874 probable + transcription regulator from Mycobacterium leprae (208 + aa), FASTA scores: opt: 1029, E(): 0, (80.9% identity in + 199 aa overlap). Also similar to others e.g. + CAB77290.1|AL160312 putative tetR-family regulatory + protein from Streptomyces coelicolor (240 aa). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + Z95120|Rv3208 (228 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): + 8.3e-12, (28.1% identity in 196 aa overlap); and Rv1019 + (197 aa). Protein product from Mb0244 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0244 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247950.1" + /translation="MAGGTKRLPRAVREQQMLDAAVQMFSVNGYHETSMDAIAAEAQI + SKPMLYLYYGSKEDLFGACLNREMSRFIDALRSSINFDQSPKDLLRNTIVSFLRYIDA + NRASWIVMYTQATSSQAFAHTVREGREQIVQLVAELVRAGTRGPLTDAEIEMMAVALV + GAGEAVATRLGIGDTDVDEAAEMMINLFWLGLKGAPVDRLETGH" + gene 287428..287661 + /gene="vapb24" + /locus_tag="BQ2027_MB0245" + CDS 287428..287661 + /gene="vapb24" + /locus_tag="BQ2027_MB0245" + /note="Mb0245, -, len: 77 aa. Equivalent to Rv0239, len: + 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 77 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, weakly similar to Rv1839c|Z83859|MTCY359_34 from + Mycobacterium tuberculosis (87 aa), FASTA scores: opt: 88, + E(): 5, (40.0% identity in 45 aa overlap). Mb0245 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb24" + /protein_id="CAB5247951.1" + /translation="MIRTQVQLPDELYRDAKRVAHEHEMTLAEVVRRGLEHMVRIYPR + RDAASDTWQPPTPRRLGPFRASEETWRELANEA" + gene 287669..288106 + /gene="vapc24" + /locus_tag="BQ2027_MB0246" + CDS 287669..288106 + /gene="vapc24" + /locus_tag="BQ2027_MB0246" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0246, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv0240, len: + 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 145 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, weak similarity with Rv3697c from Mycobacterium + tuberculosis (145 aa), FASTA scores: opt: 145, E(): + 7.6e-05, (28.0% identity in 143 aa overlap). Mb0246 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc24. contains pin domain." + /protein_id="CAB5247952.1" + /translation="MLSIDTNILLYAQNRDCPEHDAAAAFLVECSGRADVAVCELVLM + ELYQLLRNPTVVTRPLEGPEAAEVCQTFRRNRRWALLENAPVMNEVWVLAATPRIARR + RLFDARLALTLRHHGVDEFATRNINGFTDFGFSRVWDPITSDG" + gene complement(288136..288978) + /gene="htdx" + /locus_tag="BQ2027_MB0247C" + CDS complement(288136..288978) + /gene="htdx" + /locus_tag="BQ2027_MB0247C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0247c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv0241c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + MLCB1883.17c|T44876063881|CAA18566.1|AL022486 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (280 aa), FASTA scores: + opt: 1564, E(): 0, (81.8% identity in 280 aa overlap); and + CAC32097.1|AL583926 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (300 aa). Also similar to proteins + from other organisms e.g. CAB77291.1|AL160312 putative + dehydratase from Streptomyces coelicolor (291 aa); part of + BAA92930.1|AB032743 fatty acid synthetase beta subunit + from Pichia angusta (2060 aa). Protein product from + Mb0247c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0247c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase + htdx" + /protein_id="CAB5247953.1" + /translation="MTQPSGLKNLLRAAAGALPVVPRTDQLPNRTVTVEELPIDPANV + AAYAAVTGLRYGNQVPLTYPFALTFPSVMSLVTGFDFPFAAMGAIHTENHITQYRPIA + VTDAVGVRVRAENLREHRRGLLVDLVTNVSVGNDVAWHQVTTFLHQQRTSLSGEPKPP + PQKKPKLPPPAAVLRITPAKIRRYAAVGGDHNPIHTNPIAAKLFGFPTVIAHGMFTAA + AVLANIEARFPDAVRYSVRFAKPVLLPATAGLYVAEGDGGWDLTLRNMAKGYPHLTAT + VRGL" + gene complement(288989..290353) + /gene="fabG4" + /locus_tag="BQ2027_MB0248C" + CDS complement(288989..290353) + /gene="fabG4" + /locus_tag="BQ2027_MB0248C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0248c, fabG4, len: 454 aa. Equivalent to Rv0242c, + len: 454 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 454 aa overlap). Probable fabG4, + 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase (EC 1.1.1.100), + equivalent to + 3063883|CAA18568.1|AL022486|MLCB1883_13|T44878 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase homolog from + Mycobacterium leprae (454 aa), FASTA scores: opt: 2486, + E(): 0, (84.8% identity in 454 aa overlap). C-terminal + part highly similar to many FabG proteins e.g. + U39441|VHU3944 1_2 from Vibrio harveyi (244 aa), FASTA + scores: opt: 562, E(): 3.4e-28, (40.2% identity in 241 aa + overlap); U91631|PAU91631_3 from Pseudomonas aeruginosa + (247 aa), FASTA scores: opt: 584, E(): 1.5e-29, (44.4% + identity in 241 aa overlap). Has N-terminal extension of + ~200 aa and C-terminal part contains PS00061 Short-chain + dehydrogenases/reductases family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb0248c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0248c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] + REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN + REDUCTASE)" + /protein_id="CAB5247954.1" + /translation="MAPKRSSDLFSQVVNSGPGSFLARQLGVPQPETLRRYRAGEPPL + TGSLLIGGAGRVVEPLRAALEKDYDLVGNNLGGRWADSFGGLVFDATGITEPAGLKGL + HEFFTPVLRNLGRCGRVVVVGGTPEAAASTNERIAQRALEGFTRSLGKELRRGATTAL + VYLSPDAKPAATGLESTMRFLLSAKSAYVDGQVFSVGADDSTPPADWEKPLDGKVAIV + TGAARGIGATIAEVFARDGAHVVAIDVESAAENLAETASKVGGTALWLDVTADDAVDK + ISEHLRDHHGGKADILVNNAGITRDKLLANMDDARWDAVLAVNLLAPLRLTEGLVGNG + SIGEGGRVIGLSSIAGIAGNRGQTNYATTKAGMIGITQALAPGLAAKGITINAVAPGF + IETQMTAAIPLATREVGRRLNSLLQGGQPVDVAEAIAYFASPASNAVTGNVIRVCGQA + MIGA" + gene 290495..291817 + /gene="fadA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0249" + CDS 290495..291817 + /gene="fadA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0249" + /note="Mb0249, fadA2, len: 440 aa. Equivalent to Rv0243, + len: 440 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 440 aa overlap). Probable fadA2, + acetyl-CoA acyltransferase (3-acyl-CoA thiolase) (EC + 2.3.1.16), equivalent, but shorter 17 aa, to + AL022486|MLCB1883_14T44879 acetyltransferase from + Mycobacterium leprae (457 aa), FASTA scores: opt: 250 7, + E(): 0, (87.6% identity in 435 aa overlap). Also highly + similar to many e.g. G83046|PA478 probable acyl-CoA + thiolase from Pseudomonas aeruginosa (425 aa); + AB77293.1|AL160312 putative ketoacyl CoA thiolase from + Streptomyces coelicolor (428 aa); + P76503|7449731|YFCY_ECOLI|D65007|B2342 PROBABLE + 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE) + (BETA-KETOTHIOLASE) from Escherichia coli strain K-12 (436 + aa), FASTA scores: opt: 914, E(): 0, (38.2% identity in + 434 aa overlap); P55084|ECHB_HUMAN MITOCHONDRIAL + TRIFUNCTONAL ENZYME (474 aa), FASTA scores: opt: 881, E(): + 0, (37.7 identity in 451 aa overlap). Contains PS00099 + Thiolases active site. BELONGS TO THE THIOLASE FAMILY. + Protein product from Mb0249 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0249 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE FADA2 + (3-KETOACYL-COA THIOLASE) (BETA-KETOTHIOLASE)" + /protein_id="CAB5247955.1" + /translation="MAPAAKNTSQTRRRVAVLGGNRIPFARSDGAYADASNQDMFTAA + LSGLVDRFGLAGERLDMVVGGAVLKHSRDFNLMRECVLGSELSPYTPAFDLQQACGTG + LQAAIAAADGIAAGRYEVAAAGGVDTTSDPPIGLGDDLRRTLLKLRRSRSNVQRLKLV + GTLPASLGVEIPANSEPRTGLSMGEHAAVTAKQMGIKRVDQDELAAASHRNMADAYDR + GFFDDLVSPFLGLYRDDNLRPNSSVEKLATLRPVFGVKAGDATMTAGNSTPLTDGASV + ALLASEQWAEAHSLAPLAYLVDAETAAVDYVNGNDGLLMAPTYAVPRLLARNGLSLQD + FDFYEIHEAFASVVLAHLAAWESEEYCKRRLGLDAALGSIDRSKLNVNGSSLAAGHPF + AATGGRILAQTAKQLAEKKAAKKGGGPLRGLISICAAGGQGVAAILEA" + gene complement(292123..293958) + /gene="fadE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0250C" + CDS complement(292123..293958) + /gene="fadE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0250C" + /note="Mb0250c, fadE5, len: 611 aa. Equivalent to Rv0244c, + len: 611 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 611 aa overlap). Probable fadE5, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), equivalent to + AL022486|MLCB1883_15 from Mycobacterium leprae (611 aa), + FASTA scores: opt: 3598, E(): 0, (89.4% identity in 611 aa + overlap). Also highly similar to AL0211|MTV007.14 from + Mycobacterium tuberculosis (609 aa), FASTA scores: opt: + 2576, E(): 0, (64.6% identity in 611 aa overlap); and to + various other bacterial proteins described as putative + acyl-CoA dehydrogenases e.g. AE0010|AE001025_6 from + Archaeoglobus fulgidus (387 aa), FASTA scores: opt: 229, + E(): 6.8e-08, (29.8% identity in 409 aa overlap); etc. + Protein product from Mb0250c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0250c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE5" + /protein_id="CAB5247956.1" + /translation="MSHYRSNVRDQVFNLFEVLGVDKALGHGEFSDVDVDTARDMLAE + VSRLAEGPVAESFVEGDRNPPVFDPKTHSVMLPESFKKSVNAMLEAGWDKVGIDEALG + GMPMPKAVVWALHEHILGANPAVWMYAGGAGFAQILYHLGTEEQKKWAVLAAERGWGS + TMVLTEPDAGSDVGAARTKAVQQADGSWHIDGVKRFITSGDSGDLFENIFHLVLARPE + GAGPGTKGLSLYFVPKFLFDVETGEPGERNGVFVTNVEHKMGLKVSATCELAFGQHGV + PAKGWLVGEVHNGIAQMFEVIEQARMMVGTKAIATLSTGYLNALQYAKSRVQGADLTQ + MTDKTAPRVTITHHPDVRRSLMTQKAYAEGLRALYLYTATFQDAAVAEVVHGVDAKLA + VRVNDLMLPVVKGVGSEQAYAKLTESLQTLGGSGFLQDYPIEQYIRDAKIDSLYEGTT + AIQAQDFFFRKIVRDKGVALAHVSGQIQAFVDSGAGNGRLKTERALLAKALTDVQGMA + AALTGYLMAAQQDVTSLYKVGLGSVRFLMSVGDLIIGWLLQRQAAVAVAALDAGATGD + ERSFYEGKVAVASFFAKNFLPLLTSTREVIETLDNDIMELDEAAF" + gene 294330..294818 + /locus_tag="BQ2027_MB0251" + CDS 294330..294818 + /locus_tag="BQ2027_MB0251" + /note="Mb0251, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv0245, len: + 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + AL022486|MLCB1883_17|T44882 probable oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (162 aa), FASTA scores: opt: 860, + E(): 0, (83.4% identity in 157 aa overlap). Also similar + to several hypothetical proteins and various + oxidoreductases e.g. AAK24246.1|AE005898 NADH:riboflavin + 5'-phosphate oxidoreductase from Caulobacter crescentus + (174 aa); Q02058|DIM6_STRCO|CAA45048.1 ACTINORHODIN + POLYKETIDE DIMERASE from STREPTOMYCES COELICOLOR (177 aa), + FASTA scores: opt: 308, E(): 3. 2e-15, (37.8% identity in + 143 aa overlap). Also similar to + Z84498|Rv1939|MTCY09F9.25c from Mycobacterium tuberculosis + (171 aa), FASTA scores: opt: 517, E(): 3.5e-30, (49.4% + identity in 158 aa overlap). Protein product from Mb0251 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0251 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase" + /protein_id="CAB5247957.1" + /translation="MNSTNNLTPSSLREAFGHFPTGVVAIAAEVDGVRQGLAASTFVP + VSLEPPLVSFCVQNTSTTWPKLTGVPMLGISVLGEAHDAAVRTLAAKTGDRFAGLETV + SNDAGAVFIKGTSVWLESAIEQLVPAGDHTIVVLRVNQVKVDPNVAPIVFHRSVLRRL + GV" + gene 295134..296444 + /locus_tag="BQ2027_MB0252" + CDS 295134..296444 + /locus_tag="BQ2027_MB0252" + /note="Mb0252, -, len: 436 aa. Equivalent to Rv0246, len: + 436 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 436 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to + Rv2209|1237062|CAA94252.1|Z70283|Q10398|YM09_MYCTU from + Mycobacterium tuberculosis (512 aa), FASTA scores: opt: + 712, E(): 0, (33.2% identity in 422 aa overlap). Mb0252 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5247958.1" + /translation="MAKTSHRVSSADGMSKRILRLIIAQSGFYSAALQLGNVSIVLPF + VVAELDAELWIAALIFPAFTAGGAIGNVVAPPAVAAVPRRHRLFIIVSCLAVLAGVNA + LCATIGKGSVAGILLVVNVTLIGVVSVISFVAFADLVAAMPSGTARARILLTEVGVGA + ALTAVVAATLSFVPDQHPLSRNIHLLWTAAVAMAISAAICRALPHRIVPRVHAAPGLH + KLVYVGWTAIRTNGWYRRYLLVQVLFGSVVLGSSFHSIRVAAVPGDQPDEVVAVVLFV + CVGLLGGIALWNRVRERFGLVGLFVGSALVSIAAAVLSIAFDLAGAWPNVVAIGLVIA + LVSIANQSVFTAGQLWIARDAEPGLRTSLISFGQLVINAGLVGMGLALGLIAQDHDAV + WPVMIVLLLNLTAAYSATRFAPAKSVDVRGLPQVSRTSRPKTGG" + gene complement(296441..297187) + /locus_tag="BQ2027_MB0253C" + CDS complement(296441..297187) + /locus_tag="BQ2027_MB0253C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0253c, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv0247c, + len: 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 248 aa overlap). Probable succinate + dehydrogenase, iron-sulfur subunit (EC 1.3.99.1), highly + similar to CAC44313.1|AL596043 putative succinate + dehydrogenase iron-sulfur subunit from Streptomyces + coelicolor (259 aa); and similar to iron-sulphur protein + subunits of fumarate reductase or succinate dehydrogenases + from many bacteria e.g. NP_147618.1|7521083|B72691 + fumarate reductase iron-sulfur protein from Aeropyrum + pernix (305 aa); NP_069516.1|2649932|AAB90556.1|AE001057 + succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit B (sdhB) from + Archaeoglobus fulgidus (236 aa); etc. Also similar to + Q10761|FRDB_MYCTU|7431693|F70762 FUMARATE REDUCTASE + IRON-SULFUR PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (247 + aa), FASTA scores: opt: 358, E():1e-16, (31.3% identity in + 214 aa overlap). Contains PS00197 2Fe-2S ferredoxins, + iron-sulfur binding region signature. NOTE THAT SUCCINATE + DEHYDROGENASE FORMS GENERALLY PART OF AN ENZYME COMPLEX + CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN (Rv0248c ?), AN + IRON-SULFUR (Rv0247c ?), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEINS (Rv0249c ?). Protein product from Mb0253c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0253c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE [IRON-SULFUR + SUBUNIT] (SUCCINIC DEHYDROGENASE)" + /protein_id="CAB5247959.1" + /translation="MTYSASMRVWRGDESCGELREFTVEVNEGEVVLDVILRLQQTQT + PDLAVRWNCKAGKCGSCSAEINGKPRLMCMTRMSTFDEDEIVTVTPMRTFPVIRDLVT + DVSFNYQKAREIPSFAPPKELQPSEYRMAQVDVARSQEFRKCIECFLCQNVCHVVRDH + EENKDAFAGPRFLMRIAELEMHPLDTRDRRSQAQEEHGLGYCNITKCCTEVCPENIKI + TDNALIPMKERVADRKYDPVVWLGSKLFRR" + gene complement(297188..299128) + /locus_tag="BQ2027_MB0254C" + CDS complement(297188..299128) + /locus_tag="BQ2027_MB0254C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0254c, -, len: 646 aa. Equivalent to Rv0248c, + len: 646 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 646 aa overlap). Probable succinate + dehydrogenase, flavoprotein subunit (EC 1.3.99.1), highly + similar to flavoprotein subunit of various succinate + dehydrogenases e.g. M88696|RIRSDHA_1 flavoprotein from + Rickettsia prowazekii (596 aa), FASTA scores: opt: 651, + E(): 0, (34.6 % identity in 598 aa overlap). Also similar + to truncated U00022_17 flavoprotein from Mycobacterium + leprae (401 aa), FASTA scores: opt: 677, E(): 0, (39.0% + identity in 423 aa overlap). NOTE THAT SUCCINATE + DEHYDROGENASE FORMS GENERALLY PART OF AN ENZYME COMPLEX + CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN (Rv0248c ?), AN + IRON-SULFUR (Rv0247c ?), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEINS (Rv0249c ?). Protein product from Mb0254c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0254c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE [IRON-SULFUR + SUBUNIT] (SUCCINIC DEHYDROGENASE)" + /protein_id="CAB5247960.1" + /translation="MVEVERHSYDVVVIGAGGAGLRAVIEARERGLKVAVVCKSLFGK + AHTVMAEGGCAAAMGNANPKDNWKTHFGDTMRGGKFLNNWRMAELHAKEAPDRVWELE + TYGALFDRTDDGRISQRNFGGHTYPRLAHVGDRTGLELIRTLQQKVVSLQQEDHAELG + DYEARIKVFAECTITELLKDQGAIAGAFGYWRESGRFIVFEAPAVVLATGGIGKSFKV + TSNSWEYTGDGHALALRAGATLINMEFVQFHPTGMVWPPSVKGILVTEGVRGDGGVLK + NSENSRFMFDYIPPVFKGQYAETEEEADQWLKDNDSARRTPDLLPRDEVARAINSEVK + AGRGTPHGGVYLDIASRLTPAEIKRRLPSMYHQFKELAEVDITTQAMEVGPTCHYVMG + GVEVDADTGAATVPGLFAAGECAGGMHGSNRLGGNSLSDLLVFGRRAGLGAADYVRAL + SSRPAVSAEAIDAAAQQALSPFEGPKDGSAPENPYALHMDLQYVMNDLVGIIRNADEI + SRALTLLAELWSRYHNVLVEGHRQYNPGWNLSIDLRNMLLVSECVARAALQRTESRGG + HTRDDHPGMDPNWRRILLVCRATETMGTGGSGSGDSNCHINVTQQLQTPMRPDLLELF + EISELEKYYTDEELAEHPGRRG" + gene complement(299159..299980) + /locus_tag="BQ2027_MB0255C" + CDS complement(299159..299980) + /locus_tag="BQ2027_MB0255C" + /note="Mb0255c, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv0249c, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Probable succinate + dehydrogenase, membrane-anchor subunit for succinate + dehydrogenase encoded by Rv0247c and Rv0248c. Highly + similar to AC44315.1|AL596043 putative integral membrane + protein from Streptomyces coelicolor (278 aa). NOTE THAT + SUCCINATE DEHYDROGENASE FORMS GENERALLY PART OF AN ENZYME + COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN (Rv0248c + ?), AN IRON-SULFUR (Rv0247c ?), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEINS (Rv0249c ?). Protein product from Mb0255c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0255c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable succinate dehydrogenase [membrane + anchor subunit] (succinic dehydrogenase)" + /protein_id="CAB5247961.1" + /translation="MSAPTANRPAIGVFTPTRAQIPERTLRTDLWWLPPLLTNLGLLA + FICYATTRAFWGSQYWVEKYHYLTPFYSPCVSASCQPGASHLGVWFGHFPGWIPLGAM + VLPFLLGFRLTCYYYRKAYYRSVWQSPTSCAVPEPRAHYTGETRLPLIVQNTHRYFFY + IAVVVSLINTYDAIAAFHSPSGFGFGLGNVILTINVVLLWAYTISCHSCRHATGGRLK + HFSKHPVRYWIWTQVSKLNTRHMQFAWITLGTLALTDFYIMLVASGSITDLRFIG" + gene complement(300060..300353) + /locus_tag="BQ2027_MB0256C" + CDS complement(300060..300353) + /locus_tag="BQ2027_MB0256C" + /note="Mb0256c, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv0250c, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to + MLCB1883.27c|T44883|3063888|CAA18576.1|AL022486 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (98 aa), + FASTA scores: opt: 478, E(): 4.4e-28, (72.6% identity in + 95 aa overlap). Also similar to C-terminus of + AC44316.1|AL596043|SCBAC31E11.05c hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (146 aa). Protein product + from Mb0256c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0256c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5247962.1" + /translation="MSTTAELAELHDLVGGLRRCVTALKARFGDNPATRRIVIDADRI + LTDIELLDTDVSELDLERAAVPQPSEKIAIPDTEYDREFWRDVDDEGVGGHRY" + gene complement(300498..300977) + /gene="hsp" + /locus_tag="BQ2027_MB0257C" + CDS complement(300498..300977) + /gene="hsp" + /locus_tag="BQ2027_MB0257C" + /standard_name="hsp 20; hrpA; acr2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0257c, hsp, len: 159 aa. Equivalent to Rv0251c, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). hsp (alternate gene + name: hsp20, hrpA, acr2), heat-stress-induced + ribosome-binding protein A (see citations below). Highly + similar to AAD39038.1|AF072875_1|AF072875 putative HSP20 + from Mycobacterium smegmatis (145 aa), FASTA scores: opt: + 479, E(): 2.3e-24, (59.9% identity in 157 aa overlap); and + similar to many bacterial and eukaryotic hsp proteins e.g. + P12811|HS2C_CHLRE CHLOROPLAST HEAT SHOCK 22KD PROTEIN from + CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (157 aa), FASTA scores: opt: + 184, E(): 1.2e-05, (32.4% identity in 142 aa overlap). + Also similar to PCC6803 Spore protein sp21 from + Synechocystis sp. (146 aa), FASTA scores: opt: 213, E(): + 1.2e-07, (30.3 identity in 145 aa overlap). Also similar + to P30223|14KD_MYCTU 14 KDA ANTIGEN (16 KDA ANTIGEN) 19K + major membrane protein (HSP 16.3) from Mycobacterium + tuberculosis (144 aa). BELONG TO THE SMALL HEAT SHOCK + PROTEIN (HSP20) FAMILY. Protein product from Mb0257c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0257c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HEAT SHOCK PROTEIN HSP (HEAT-STRESS-INDUCED + RIBOSOME-BINDING PROTEIN A)" + /protein_id="CAB5247963.1" + /translation="MNNLALWSRPVWDVEPWDRWLRDFFGPAATTDWYRPVAGDFTPA + AEIVKDGDDAVVRLELPGIDVDKDVNVELDPGQPVSRLVIRGEHRDEHTQDAGDKDGR + TLREIRYGSFRRSFRLPAHVTSEAIAASYDAGVLTVRVAGAYKAPAETQAQRIAITK" + gene 301191..303752 + /gene="nirB" + /locus_tag="BQ2027_MB0258" + CDS 301191..303752 + /gene="nirB" + /locus_tag="BQ2027_MB0258" + /note="Mb0258, nirB, len: 853 aa. Equivalent to Rv0252, + len: 853 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 853 aa overlap). Probable nirB + (alternate gene name: nasB), nitrite reductase [NAD(P)H] + large subunit (EC 1.6.6.4), flavoprotein containing + siroheme and a 2FE-2S iron-sulfur centre. Highly similar + to many others bacterial enzymes e.g. P08201|NIRB_ECOLI + NITRITE REDUCTASE (NAD(P)H) LARGE SUBUNIT from Escherichia + coli strain K12 (847 aa), FASTA scores: opt: 2775, E(): 0, + (49.8% identity in 840 aa overlap); Q06458|NIRB_KLEPN + NITRITE REDUCTASE (NAD(P)H) LARGE SUBUNIT (957 aa), FASTA + scores: opt: 2902, E(): 0, (54.2% identity in 827 aa + overlap). Contains PS00365 Nitrite and sulfite reductases + iron-sulfur/siroheme-binding site. HOMODIMER WHICH + ASSOCIATES WITH NIRD|Rv0253. COFACTORS: FAD; Iron; + Siroheme. Mb0258 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NITRITE REDUCTASE [NAD(P)H] LARGE + SUBUNIT [FAD FLAVOPROTEIN] NIRB" + /protein_id="CAB5247964.1" + /translation="MPTAGSSRAPAAAREIVVVGHGMVGHRLVEAVRARDADGSLRIT + VLAEEGDAAYDRVGLTSYTESWDRALLALPGNDYAGDQRVRLLLNTRVTQIDRATKSV + VTAAGQRHRYDTLVLATGSYAFVPPVPGHDLPACHVYRTFDDLDAIRAGAQRTLDGGH + TDGGVVIGGGLLGLEAANALRQFGLQTHVVEMMPRLMAQQIDEAGGALLARMIADLGI + AVHVGTGTESIESVKHSDGSVWARVRLSDGEVIDAGVVIFAAGIRPRDELARAAGLAI + GDRGGVLTDLSCRTSDPDIYAVGEVAAIDGRCYGLVGPGYTSAEVVADRLLDGSAEFP + EADLSTKLKLLGVDVASFGDAMGATENCLEVVINDAVKRTYAKLVLSDDATTLLGGVL + VGDASSYGVLRPMVGAELPGDPLALIAPAGSGAGAGALGVGALPDSAQICSCNNVTKG + ELKCAIADGCGDVPALKSCTAAGTSCGSCVPLLKQLLEAEGVEQSKALCEHFSQSRAE + LFEIITATEVRTFSGLLDRFGRGKGCDICKPVVASILASTGSDHILDGEQASLQDSND + HFLANIQKNGSYSVVPRVPGGDIKPEHLILIGQIAQDFGLYTKITGGQRIDLFGARVD + QLPLIWQRLVDGGMESGHAYGKAVRTVKSCVGSDWCRYGQQDSVQLAIDLELRYRGLR + APHKIKLGVSGCARECAEARGKDVGVIATEKGWNLYVAGNGGMTPKHAQLLASDLDKE + TLIRYIDRFLIYYIRTADRLQRTAPWVESLGLDHVREVVCEDSLGLAEEFEAAMQRHV + ANYKCEWKGVLEDPDKLSRFVSFVNAPDAVDSTVTFTERAGRKVPVSIGIPRVRS" + gene 303778..304134 + /gene="nirD" + /locus_tag="BQ2027_MB0259" + CDS 303778..304134 + /gene="nirD" + /locus_tag="BQ2027_MB0259" + /note="Mb0259, nirD, len: 118 aa. Equivalent to Rv0253, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Probable nirD, + nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit (EC 1.6.6.4), + similar to others e.g. + P23675|NIRD_ECOLI|B3366|Z4727|ECS4217 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (108 aa), FASTA scores: opt: + 271, E():1.7e-12, (41.9% identity in 105 aa overlap). + ASSOCIATES WITH NIRB|Rv0252." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NITRITE REDUCTASE [NAD(P)H] SMALL + SUBUNIT NIRD" + /protein_id="CAB5247965.1" + /translation="MTLLNDIQVWTTACAYDHLIPGRGVGVLLDDGSQVALFRLDDGS + VHAVGNVDPFSGAAVMSRGIVGDRGGRAMVQSPILKQAFALDDGSCLDDPRVSVPVYP + ARVTPEGRIQVARVAV" + gene complement(304150..304674) + /gene="cobU" + /locus_tag="BQ2027_MB0260C" + CDS complement(304150..304674) + /gene="cobU" + /locus_tag="BQ2027_MB0260C" + /note="Mb0260c, cobU, len: 174 aa. Equivalent to Rv0254c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Probable cobU, + cobalamin biosynthesis protein including a cobinamide + kinase (EC 2.-.-.-) and cobinamide phosphate + guanylyltransferase (EC 2.-.-.-). Highly similar to many + e.g. Q05599|COBU_SALTY COBINAMIDE KINASE / COBINAMIDE + PHOSPHATE GUANYLYLTRANSFERASE from Salmonella typhimurium + (181 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): 1.1e-14, (38.7% + identity in 181 aa overlap); + P46886|COBU_ECOLI|B1993|Z3153|ECS2788 Bifunctional + cobalamin biosynthesis protein cobU from Escherichia coli + strains K12 and O157:H7 (181 aa); part of + AL096872|SC5F7_10 from Streptomyces coelicolor (397 aa), + FASTA scores: opt: 445, E(): 3.6e-23, (46.0% identity in + 176 aa overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). Protein product from Mb0260c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0260c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable bifunctional cobalamin biosynthesis + protein cobu: cobinamide kinase + cobinamide phosphate + guanylyltransferase" + /protein_id="CAB5247966.1" + /translation="MRILVTGGVRSGKSTHAEALLGDAADVVYVAPGRPAAGSDPDWD + ARVALHRARRPPTWLTVETADVATALSEARSPVLVDCLGTWLTAIMDGEALWSAATAD + VYAVLEARLDGLCAALTGLPTAIVVTNEVGLGVVPSHSSGVLFRDLLGTINRRVAAVC + DEVHLVIAGRVLKL" + gene complement(304699..306183) + /gene="cobQ1" + /locus_tag="BQ2027_MB0261C" + CDS complement(304699..306183) + /gene="cobQ1" + /locus_tag="BQ2027_MB0261C" + /note="Mb0261c, cobQ1, len: 494 aa. Equivalent to Rv0255c, + len: 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 494 aa overlap). Probable cobQ1, + cobyric acid synthase, similar to many e.g. + Z46611|RCBLUGNS_8 COBYRIC ACID SYNTHASE from R.capsulatus + (483 aa), FASTA scores: opt: 1239, E(): 0, (47.1% identity + in 493 aa overlap); P29932|COBQ_PSEDE COBYRIC ACID + SYNTHASE from Pseudomonas denitrificans (484 aa), FASTA + scores: opt: 1168, E():0, (44.9% identity in 490 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE COBB/COBQ FAMILY, COBQ + SUBFAMILY. Note that previously known as cobQ. Protein + product from Mb0261c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0261c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cobyric acid synthase cobq1" + /protein_id="CAB5247967.1" + /translation="MSGLLVAGTTSDAGKSAVTAGLCRALARRGVRVAPFKAQNMSNN + SMVCRGPDGTGVEIGRAQWVQALAARTTPEAAMNPVLLKPASDHRSHVVLMGKPWGEV + ASSSWCAGRRALAEAACRAFDALAARYDVVVAEGAGSPAEINLRAGDYVNMGLARHAG + LPTIVVGDIDRGGVFAAFLGTVALLAAEDQALVAGFVVNKFRGDSDLLAPGLRDLERV + TGRRVYGTLPWHPDLWLDSEDALDLQGRRAAGTGARRVAVVRLPRISNFTDVDALGLE + PDLDVVFASDPRALDDADLIVLPGTRATIADLAWLRARDLDRALLVHVAAGKPLLGIC + GGFQMLGRVIRDPYGIEGPGGQVTEVEGLGLLDVETAFSPHKVLRLPRGEGLGVPASG + YEIHHGRITRGDTAEEFLGGARDGPVFGTMWHGSLEGDALREAFLRETLGLAPSGSCF + LAARERRLDLLGDLVERHLDVDALLNLARHGCPPTLPFLAPGAP" + gene complement(306202..307872) + /gene="PPE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0262C" + CDS complement(306202..307872) + /gene="PPE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0262C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0262c, PPE2, len: 556 aa. Equivalent to Rv0256c, + len: 556 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 556 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family, similar to many e.g. Rv0280, + Rv0286, etc. Equivalent to Z98756|MLCB2492.30 from + Mycobacterium leprae (572 aa), FASTA scores: opt: 1837, + E(): 0, (62.9% identity in 461 aa overlap). Mb0262c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe2" + /protein_id="CAB5247968.1" + /translation="MTAPIWMASPPEVHSALLSSGPGPGPLLVSAEGWHSLSIAYAET + ADELAALLAAVQAGTWDGPTAAVYVAAHTPYLAWLVQASANSAAMATRQETAATAYGT + ALAAMPTLAELGANHALHGVLMATNFFGINTIPIALNESDYARMWIQAATTMASYQAV + STAAVAAAPQTTPAPQIVKANAPTAASDEPNQVQEWLQWLQKIGYTDFYNNVIQPFIN + WLTNLPFLQAMFSGFDPWLPSLGNPLTFLSPANIAFALGYPMDIGSYVAFLSQTFAFI + GADLAAAFASGNPATIAFTLMFTTVEAIGTIITDTIALVKTLLEQTLALLPAALPLLA + APLAPLTLAPASAAGGFAGLSGLAGLVGIPPSAPPVIPPVAAIAPSIPTPTPTPAPAP + APTAVTAPTPPPGPPPPPVTAPPPVTGAGIQSFGYLVGDLNSAAQARKAVGTGVRKKT + PEPDSAEAPAAAAAPEEQVQPQRRRRPKIKQLGRGYEYLDLDPETGHDPTGSPQGAGT + LGFAGTTHKASPGQVAGLITLPNDAFGGSPRTPMMPGTWDTDSATRVE" + gene 308180..308398 + /locus_tag="BQ2027_MB0263" + CDS 308180..308398 + /locus_tag="BQ2027_MB0263" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0263, -, len: 72 aa. Equivalent to Rv0257, len: + 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 72 aa overlap). Hypothetical protein, + orthologue of ML1828A conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae. Replaced Rv0257c (older annotation). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transition (c-t) leads to a truncated product + in the 5' direction compared to Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (72 aa versus 124 aa). Mb0263 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247969.1" + /translation="MQSVDLHVERHLPSRGRSHRTVATVTCVTALGDIRSAQLSATGA + WPAVLFPSWSWLCGIGGGVDLQKPSCRA" + gene complement(308619..309074) + /locus_tag="BQ2027_MB0264C" + CDS complement(308619..309074) + /locus_tag="BQ2027_MB0264C" + /note="Mb0264c, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv0258c, + len: 151 aa (alternative start possible), from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 151 aa overlap). Conserved hypothetical protein, + showing some similarity to Rv1685c|MTCI125_6 from + Mycobacterium tuberculosis (207 aa), FASTA scores: E(): + 9.3e-07, (32.1% identity in 140 aa overlap). Also some + similarity with AL049819|SCE7_13|T36295 probable + transcription regulator from Streptomyces coelicolor (204 + aa), FASTA scores: opt: 158, E(): 0.00052, (27.0% identity + in 111 aa overlap). Protein product from Mb0264c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0264c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247970.1" + /translation="MARSQEPSRGLLDPVAKMLRLPFGTPDFIEKIVTGSVNQVGRRT + LYVLITTWDAAGGGPFAASAIATTGLAKTAEIVQSMFIGPVFNPLLKMLGADKIAIRA + SLCAAQLVGLGIMRYGVRSEPLHSMSVEMLVDAIGPTMQRYLVGDIGRG" + gene complement(309099..309842) + /locus_tag="BQ2027_MB0265C" + CDS complement(309099..309842) + /locus_tag="BQ2027_MB0265C" + /EC_number="4.99.1.4" + /note="Mb0265c, -, len: 247 aa. Equivalent to Rv0259c, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 247 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to + Rv2393|Z81368|MTCY253_28 from Mycobacterium tuberculosis + (281 aa), FASTA scores: E(): 9.5e-16, (33.6 % identity in + 235 aa overlap). Also some similarity with + CAC33938.1|AL589708 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (248 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sirohydrochlorin ferrochelatase SirB (EC" + /protein_id="CAB5247971.1" + /translation="MNLILTAHGTRRPSGVAMIADIAAQVSALVDRTVQVAFVDVLGP + SPSEVLSALSCRPAIVVPAFLSRGYHVRTDLPAHVAASAHPHVTVTPALGPCREIAQI + VTQQLVESGWRPGDSVILAAAGASDRRARADLHTTRTLVSELTGSWVDMGFAGTGGPD + VRTAVQRARDRAEANRGARRVVVASFLLAEGLFQERLRASGADVVTRPLGTHPGLAQL + VANRFRSAVARQQRLHRWHGTPTPVTLDL" + gene complement(309839..310984) + /locus_tag="BQ2027_MB0266C" + CDS complement(309839..310984) + /locus_tag="BQ2027_MB0266C" + /note="Mb0266c, -, len: 381 aa. Equivalent to Rv0260c, + len: 381 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 381 aa overlap). Possible + two-component response regulator, highly similar to + CAB72204.1|AL138851 putative transcriptional regulator + from Streptomyces coelicolor (395 aa); and similar to + O34394|D69851|YJJA conserved hypothetical protein from + Bacillus subtilis (270 aa), FASTA scores: opt: 312, E(): + 7.4e-14, (25.8% identity in 267 aa overlap). Also some + similarity to regulatory proteins at C-terminal region + e.g. CUTR_STRLI|Q03756 transcriptional regulatory protein + (217 aa), FASTA scores: opt: 138, E(): 0.02, (30.6% + identity in 111 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transcriptional regulatory protein" + /protein_id="CAB5247972.1" + /translation="MAQAHSAPLTGYRIAVTSARRAEELCALLRRQGAEVCSAPAIKM + IALPDDDELQNNTEALIADPPDILVAHTGIGFRGWLAAAEGWGLANELLESLSSARII + SRGPKATGALRAAGLREEWSPDSESSHEVLEYLLESGVSRTRIAVQLHGAADSWDPFP + EFLGGLRFAGAQVVPIRVYRWKPAPLGGVFDHLVTGIARRQFDAVTFTSAPAAAAVLE + RSRELDIEDQLLAALRTDVHAMCVGPVTSRPLIRKGVPTSAPERMRLGALARHIAEEL + PLLGSCTFKAAGHVIEIRGTSVLVDDSVKPLSPSGMAILRALVHRPGGVVSRGDLLRV + LPGDGSDTHAVDTAVLRLRTALGDKNIVATVVKRGYRLAVDSRHDDV" + gene complement(311084..312493) + /gene="narK3" + /locus_tag="BQ2027_MB0267C" + CDS complement(311084..312493) + /gene="narK3" + /locus_tag="BQ2027_MB0267C" + /note="Mb0267c, narK3, len: 469 aa. Equivalent to Rv0261c, + len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 469 aa overlap). Probable nirK3, + nitrite extrusion protein, integral membrane protein + possibly member of major facilitator superfamily (MFS), + equivalent to AAB41700.1|U72744 nitrite extrusion protein + from Mycobacterium fortuitum (471 aa); and + 2342627|CAB11406.1|Z98741|T44908 nitrite extrusion protein + homolog from Mycobacterium leprae (517 aa; longer in + N-terminus). Also similar to other nitrite extrusion + proteins e.g. NARK_ECOLI|P10903|B1223 nitrite extrusion + protein 1 from Escherichia coli strain K12 (463 aa), FASTA + scores: opt: 755, E(): 0, (35.0% identity in 466 aa + overlap). BELONGS TO THE NARK/NASA FAMILY OF + TRANSPORTERS." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE NITRITE EXTRUSION + PROTEIN NARK3 (NITRITE FACILITATOR)" + /protein_id="CAB5247973.1" + /translation="MGRSHQISDWDPEDSVAWEAGNKFIARRNLIWSVAAEHVGFSVW + SLWSVMVLFMPTSVYGFSAGDKFLLGATATLVGACLRFPYTFATAKFGGRNWTIFSAL + VLLIPTVGSILLLANPGLPLWPYLVCGALAGLGGGNFAASMTNINAFFPQRLKGAALA + LNAGGGNLGVPMVQLVGLLVIATAGDREPYWVCAIYLVLLAVAGLGAALYMDNLTEYR + IELNTMRAVVSEPHTWVISLLYIGTFGSFIGFSFAFGQVLQINFIASGQSTAQASLHA + AQIAFLGPLLGSLSRIYGGKLADRIGGGRVTLAAFCAMLLATGILISASTFGDHLAGP + MPTATMVGYVIGFTALFILSGIGNGSVYKMIPSIFEARSHSLQISEAERRQWSRSMSG + ALIGLAGAVGALGGVGVNLALRESYLTSGTATSAFWAFGVFYLVASVLTWAIYVRRGL + KSAGELVPATTAPAGLAYV" + gene complement(312634..313179) + /gene="aac" + /locus_tag="BQ2027_MB0268C" + CDS complement(312634..313179) + /gene="aac" + /locus_tag="BQ2027_MB0268C" + /standard_name="aac(2')-IC" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0268c, aac, len: 181 aa. Equivalent to Rv0262c, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). aac, aminoglycoside + 2'-N-acetyltransferase (aac(2')-IC) (EC 2.3.1.-) (see + citation below), highly similar to NP_302635.1|NC_002677 + aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium + leprae (182 aa); Q49157|AAC2_MYCFO|AAC aminoglycoside + 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium fortuitum (195 + aa), FASTA scores: opt: 884, E(): 0, (69.1% identity in + 181 aa overlap); and P94968|AAC2_MYCSM|AAC aminoglycoside + 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium smegmatis (210 + aa) (see also citation below). Also similar to + Q52424|AAC2_PROST AMINOGLYCOSIDE 2'-N-ACETYLTRANSFERASE + from Providencia stuartii (178 aa). BELONGS TO THE + AAC(2')-I FAMILY OF ACETYLTRANSFERASES. Note that + previously known as aac(2')-IC. Protein product from + Mb0268c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0268c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AMINOGLYCOSIDE 2'-N-ACETYLTRANSFERASE AAC + (AAC(2')-IC)" + /protein_id="CAB5247974.1" + /translation="MHTQVHTARLVHTADLDSETRQDIRQMVTGAFAGDFTETDWEHT + LGGMHALIWHHGAIIAHAAVIQRRLIYRGNALRCGYVEGVAVRADWRGQRLVSALLDA + VEQVMRGAYQLGALSSSARARRLYASRGWLPWHGPTSVLAPTGPVRTPDDDGTVFVLP + IDISLDTSAELMCDWRAGDVW" + gene complement(313189..314091) + /locus_tag="BQ2027_MB0269C" + CDS complement(313189..314091) + /locus_tag="BQ2027_MB0269C" + /EC_number="3.5.1.54" + /note="Mb0269c, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv0263c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to NP_302634.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (305 aa). Also similar to others e.g. AL121596|SC51A_21 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (285 + aa), FASTA scores: opt: 714, E(): 0, (45.3% identity in + 289 aa overlap); NP_233164.1|NC_002506 conserved + hypothetical protein from Vibrio cholerae (309 aa); + NP_406216.1|NC_003143 conserved hypothetical protein from + Yersinia pestis (316 aa); YH30_HAEIN|P44298|hi1730 + hypothetical protein from Haemophilus influenzae (309 aa), + FASTA scores: opt: 430, E(): 3e-20, (29.6% identity in 284 + aa overlap); etc. Also similar to carboxylases eg + NP_415240.1|NC_000913|P75745|YBGK_ECOLI putative + carboxylase from Escherichia coli strain K12 (310 aa), + FASTA score: (34.6% identity in 286 aa overlap); + NP_459698.1|NC_003197 putative carboxylase from Salmonella + typhimurium (310 aa); and to middle part of + NP_420636.1|NC_002696 urea amidolyase-related protein from + Caulobacter crescentus (1207 aa). Protein product from + Mb0269c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0269c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Allophanate hydrolase 2 subunit 2 (EC" + /protein_id="CAB5247975.1" + /translation="MTTLEILRSGPLALVEDLGRAGLAHLGVGRSGAADRRSHTLANR + LVANPDDWATVEVTFGGFSARVRGGDVDIAVTGADTDPTVNGIMVGTNSIHHVRDGQV + ISLGTPRAGLRTYLAVRGGVCVEPVLGSRSYDVMSAIGPSPLRAGDVLPVGEHTDDYP + ELDQAPVAAIEEHLVELRVVPGPRDDWLVDPDALVHTIWMASNRSDRVGMRLQGRPLQ + HRWPDRQLPGEGVTRGAIQVPPNGLPVILGPDHPITGSYPVVGVITDEDIDKVAQIRP + GQYVRLHWARPRSRLPGQGVTQAW" + gene complement(314108..314740) + /locus_tag="BQ2027_MB0270C" + CDS complement(314108..314740) + /locus_tag="BQ2027_MB0270C" + /EC_number="3.5.1.54" + /note="Mb0270c, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv0264c, + len: 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 210 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC32080.1|AL583926 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (222 aa). Also similar to others hypothetical proteins + e.g. AL121596|SC51A_20 from Streptomyces coelicolor (252 + aa), FASTA scores: opt: 420, E(): 2.7e-20, (41.7% identity + in 204 aa overlap); P75744|YBGJ_ECOLI HYPOTHETICAL 23.9 KD + PROTEIN from Escherichia coli (218 aa), FASTA scores: E(): + 2.1e-14, (35.7% identity in 182 aa overlap); + YH31_HAEIN|P44299|hi173 hypothetical protein from + Haemophilus influenzae (213 aa), FASTA scores: opt: 252, + E(): 8.3e-10, (31.1% identity in 183 aa overlap). Protein + product from Mb0270c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0270c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Allophanate hydrolase 2 subunit 1 (EC" + /protein_id="CAB5247976.1" + /translation="MDAALACTVLDYGDHALMLQCDSTADAMAWTDALRAAALPGVVD + IVAASRTVLVKLDAPRYQGVTRQRLRRLRVTPEAVAAADHRCDLVIDVVYDGPDLAEV + ARCTGLTTAAVINAHTATGWRAGFSGSAPGFAYLIDGDPSLRVPRRPERRTSMPPGSV + ALADGFSAIYPSQAPSDWQIIGHTDAVLWDVDRPQPALLTPGMWVQFRAA" + gene complement(314836..315828) + /locus_tag="BQ2027_MB0271C" + CDS complement(314836..315828) + /locus_tag="BQ2027_MB0271C" + /note="Mb0271c, -, len: 330 aa. Equivalent to Rv0265c, + len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Probable + iron-transport lipoprotein, most similar to + T36412|5763945|CAB53324.1|AL109974 probable + iron-siderophore binding lipoprotein from Streptomyces + coelicolor (350 aa); and (N-terminus may be incorrect) to + T14166|3560508|AAC82551.1|AF027770 fxuD protein from + Mycobacterium smegmatis (420 aa), FASTA scores: opt: 385, + E(): 1.5e-16, (32.3% identity in 232 aa overlap). Also + similar to AAB97475.1|U02617 DtxR/iron regulated + lipoprotein precursor from Corynebacterium diphtheriae + (355 aa); FECB_ECOLI|P15028 iron(III) dicitrate-binding + periplasmic protein (300 aa), FASTA scores: opt: 191, E(): + 2.3e-05, (26.5% identity in 196 aa overlap). Contains + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Note that previously known as fecB2. Protein product + from Mb0271c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb0271c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PERIPLASMIC IRON-TRANSPORT LIPOPROTEIN" + /protein_id="CAB5247977.1" + /translation="MRQGCSRRGFLQVAEAAAATGLFAGCSSPKPPPGTPGGAAVTIT + HLFGQTVIKEPPKRVVSAGYTEQDDLLAVDVVPIAVTDWFGDQPFAVWPWAAPKLGGA + RPAVLNLDNGIQIDRIAALKPDLIVAINAGVDADTYQQLSAIAPTVAQSGGDAFFEPW + KDQARSIGQAVFAADRMRSLIEAVDQKFAAVAQRHPRWRGKKALLLQGRLWQGNVVAT + LAGWRTDFLNDMGLVIADSIKPFAVDQRGVIPRDHIKAVLDAADVLIWMTESPEDEKA + LLADPEIAASQATAQRRHIFTSKEQAGAIAFSSVLSYPVVAEQLPPQISQILGA" + gene complement(315850..319479) + /gene="oplA" + /locus_tag="BQ2027_MB0272C" + CDS complement(315850..319479) + /gene="oplA" + /locus_tag="BQ2027_MB0272C" + /note="Mb0272c, oplA, len: 1209 aa. Equivalent to Rv0266c, + len: 1209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1209 aa overlap). Probable + oplA, 5-oxoprolinase (EC 3.5.2.9), highly similar to + others or to hypothetical proteins e.g. + AAK24340.1|AE005906 hydantoinase/oxoprolinase from + Caulobacter crescentus (1196 aa); + NP_103129.1|14022305|BAB48915.1|AP002997 5-oxoprolinase + from Mesorhizobium loti (1210 aa); CAC48426.1|AL603642 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Sinorhizobium meliloti + (1205 aa); S77037|slr0697|1006579|BAA10729.1|D6400 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (1252 aa), FASTA scores: opt: 2016, E(): 0, (51.4% + identity in 1247 aa overlap); + P97608|OPLA_RAT|T42756|11278797 5-OXOPROLINASE + (5-OXO-L-PROLINASE) (PYROGLUTAMASE) (5-OPASE) from Rattus + norvegicus (1288 aa); etc. BELONGS TO THE OXOPROLINASE + FAMILY. Protein product from Mb0272c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0272c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 5-OXOPROLINASE OPLA (5-OXO-L-PROLINASE) + (PYROGLUTAMASE) (5-OPASE)" + /protein_id="CAB5247978.1" + /translation="MVGAGWHFWVDRGGTFTDVVARRPDGRLLTHKLLSDNPARYRDA + AVAGIRALLANGEAGTRVDAVRMGTTVATNALLERTGERTLLVITRGFGDALRIAYQN + RPRIFDRRIVLPEMLYERVVEVDERVTADGRVLRAPDLEALGEKMRQAHADGIRAVAV + VCLHSYLYPGHEREIGTLAQRIGFAQISLSSEVSPLMKLVPRGDTTVVDAYLSPVLRR + YINQVADQMRGVRLMFMQSNGGLAQAGHFRGKDAILSGPAGGIVGMVRMSALAGFDHV + IGFDMGGTSTDVSHYAGEYERVFTTQVAGVRLRAPMLDIHTVAAGGGSILHFDGSRYR + VGPDSAGADPGPACYRGGGPLCVTDANVMLGRIQPTHFPSVFGPSGDQPLDAGTVRRG + FTDLAADIAARTGDDRSPEQVAEGYLRIAVANMANAVKKISVQKGHDVTRYALTTFGG + AGGQHACAVADALGIRTVLIPPMAGVLSALGIGLADTTAMREQSVEIPLGPAAPQRLA + SVAESLERAARAELLDEGVPGERIRVVRRVHLRYEGTDTAIPVQLAEIETMATAFESS + HRALYTFLLDRPLIAEAISVEATGLTDQPDLSQLGDQANDTTGSSETVRIYSNGLWRD + APLRRREAMRPGDVLTGPAIIAEANATTVVDDGWQATMTETGHLLAQRVVTPPRPDAA + TRAGFEAGFEADPVLLEIFNNLFMSIAEQMGFRLEATAQSVNIRERLDFSCALFDPDG + NLVANAPHIPVHLGSMGTTVKEVIRRRLSGMKPGDVYAVNDPYHGGTHLPDITVITPV + FNTGGEDVLFFVASRGHHAEIGGITPGSMPADSREIHEEGVLFDNWLLAENGRFREAE + TRRLLTEAPFGSRNPDTNLADLRAQIAANQKGVDEVGKMIDHFGRDVVAAYMRHVQDN + AEEAVRRVIDRLDNGAYRYRMDSGATIAVRITVDRAARSATIDFTGTSAQLDTNFNAP + TSVVNAAVLYVFRTLVADDIPLNDGCLRPLRIVVPEGSMLAPTHPAAVVAGNVETSQA + ITGALFAALGVQAEGSGTMNNVTFGNERHQYYETVGSGSGAGDGYHGASVVQTHMTNS + RLTDPEVLEWRYPVLLREFAVRQGSGGAGRWRGGDGAVRRLEFTEPMTVSTLSGHRRV + RPYGMAGGSPGELGRNRVERADGSTVELAGCGSTHVEPGDTLVIETPGGGGYGPASTS + ARRRR" + gene 319656..321047 + /gene="narU" + /locus_tag="BQ2027_MB0273" + CDS 319656..321047 + /gene="narU" + /locus_tag="BQ2027_MB0273" + /note="Mb0273, narU, len: 463 aa. Equivalent to Rv0267, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 463 aa overlap). Probable narU, + nitrite extrusion protein, integral membrane protein + possibly member of major facilitator superfamily (MFS), + similar to other nitrite extrusion proteins e.g. + NARU_ECOLI|P37758 nitrite extrusion protein 2 from + Escherichia coli (462 aa), FASTA scores: opt: 630, E(): + 4.4e-33, (38.9% identity in 463 aa overlap); and + NARK_ECOLI|P10903|B1223 nitrite extrusion protein 1 from + Escherichia coli strain K12 (463 aa), FASTA scores: opt: + 607, E(): 1.3e-31, (42.0% identity in 457 aa overlap). + Also similar to Rv0261c, Rv2329c, Rv1737c, and to + MLCB22_25 from Mycobacterium leprae (517 aa), FASTA score: + (35.1 identity in 459 aa overlap). BELONGS TO THE + NARK/NASA FAMILY OF TRANSPORTERS. Protein product from + Mb0273 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable integral membrane nitrite extrusion + protein naru (nitrite facilitator)" + /protein_id="CAB5247979.1" + /translation="MALTTAPAIDYALPRQQDEGDHWIDDWRPEDPVFWETIGRPIAR + RNLIFSIFAEHVGFSVWMLWSIVVVQMTAAAPGHPAASGWALSASQALCLVAVPSGVG + AFLRLPYTFAIPIFGGRNWTTVSAALLVIPCLLLAWAVSHPSLPFAVLVVIAATAGFG + GGNFASSMANISFFYPEKDKGWALGLNAAGGNIGVAVVQKIIPPIVVAGSGVALSRAG + LFFVPLAVAAAVCAFLFMNNLTEAKADVKPVWQSLRHADTWIMSLLYIGTFGSFIGYS + AAFPTLLKTVFGRGDIALGWAFLGAGIGSLVRPLGGKLADRIGGARITAASFVMLAAG + AAAALWSVQSVNLPVFFVSFMFLFVATGIGNGSSYRMISRIFQVKGEVAGGDPETMVN + MRRQAAGALGIISSIGAFGGFVVPLAYAWSKVHFGNIEPALHFYVAFFLALLVVTWYC + YLRRTTPMGQVGV" + gene complement(321089..321598) + /locus_tag="BQ2027_MB0274C" + CDS complement(321089..321598) + /locus_tag="BQ2027_MB0274C" + /note="Mb0274c, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv0268c, + len: 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 169 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0274c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antitoxin of toxin-antitoxin stability system" + /protein_id="CAB5247980.1" + /translation="MGTRSKSRTRQLKQSNGCTATTSGASDRRRRARRRTAPAWLRED + EWLRHHLPHPPRQLSRCLHRRRRSACHHRYSRRTPKGGLPMTSSLVPISEARAHLSRL + VRESADDDVVLMNHGRPAAILISAERYESLMEELEDLRDRLSVHEREHVTMPLDKLGA + ELGVDIGRV" + gene complement(321663..322856) + /locus_tag="BQ2027_MB0275C" + CDS complement(321663..322856) + /locus_tag="BQ2027_MB0275C" + /EC_number="6.5.1.1" + /note="Mb0275c, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv0269c, + len: 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 397 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to AL079355|SC4C6_19 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (341 + aa), FASTA scores: opt: 1019, E(): 0, (46.5% identity in + 344 aa overlap), and similar to other proteins e.g. + CAC49016.1|AL603644 putative ATP-dependent DNA ligase + protein from Sinorhizobium meliloti (636 aa); O34398 YKOU + PROTEIN from Bacillus subtilis (611 aa), FASTA score: + (27.2% identity in 283 aa overlap). Also similar to + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3062, + Rv3731 (both DNA ligases), and Rv0938, Rv3730c. Protein + product from Mb0275c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0275c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP-dependent DNA ligase (EC" + /protein_id="CAB5247981.1" + /translation="MSRMAAPVSLDVHGRQVIVTHPGRVVFPAHNDRKGYTKFDLVRY + YLAVAEGAMRGVAGRPMILKRFVKGISAEAVFQKRAPANRPDWVDVAELHYASGRSAA + EAVIHDAAGLAWVINLGCVDLNPHPVLAGDLDHPDELRVDLDPMPGVAWQRVVEVALV + VREVLEDYGLTAWPKTSGSRGFHVYARIAPCWSFPQVRLAAQTVAREVERRLPDAATS + RWWKEEREGVFVDFNQNAKDRTVASAYSVRATPDARVSTPLHWEEVPGCDPAVFTMAT + VPSRLADIGDPWAGMDDAVGRLDRLLMLAEELGPPQKAQSAKPLIEIARAKTRAEAMA + ALDIWRDRYPGAAALLRPADVLVDGMRGPSSIWYRIRINLQHVPADQRPPQEELIADY + SPWPR" + gene 322892..324574 + /gene="fadD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0276" + CDS 322892..324574 + /gene="fadD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0276" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0276, fadD2, len: 560 aa. Equivalent to Rv0270, + len: 560 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 560 aa overlap). Probable fadD2, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + e.g. LCFA_ECOLI|P29212 long-chain-fatty-acid--CoA ligase + from Escherichia coli (561 aa), FASTA scores: opt: 544, + E(): 2.9e-26, (27.7% identity in 535 aa overlap). Also + similar to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + MTCY493_2, MTCY8D5_9, MTCY6G11_8, etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. Protein product + from Mb0276 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0276 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD2 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5247982.1" + /translation="MPNLTDLPGQAVSKLQKSIGQYVARGTAELHYLRKIIESGAIGL + EPPLNYAALAADIRKWGEVGMLPSHNARRAPNRAAVIDEEGTLTFSELDEAAHAVANG + LLAKGVRAGDGVAILARNHRWFVIANYGAARVGARIILLNSEFSGPQIKEVSDREGAK + VIIYDDEYTKAVSLAQPPLGKLRALGVNPDDDKPSGSSDETLAELIAHSSTAPAPKAS + RRASIIILTSGTTGTPKGANRNTPPTLAPIGGILSHVPFKAGEVTLLPSPMFHALGYM + HAALAMFLGSTLVLRRRFKPALVLEDIEKHKATSMVVVPVMLSRILDQLEKTEPKPDL + SSLKIVFVSGSQLGAELATRALGDLGPVIYNMYGSTEVAFATIAGPKDLQFNPSTVGP + VVKGVTVKILDENGNEVPQGAVGRIFVGNAFPFEGYTGGGGKQIIDGLLSSGDVGYFD + ERGLLYVSGRDDEMIVSGGENVFPAEVEDLISGHPDVVEAAAIGVDDKEFGARLRAFV + VKKPGADLDEDTIKQYVRDHLARYKVPREVIFLDELPRNPTGKVLKRELRKL" + gene complement(324591..326786) + /gene="fadE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0277C" + CDS complement(324591..326786) + /gene="fadE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0277C" + /note="Mb0277c, fadE6, len: 731 aa. Equivalent to Rv0271c, + len: 731 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 731 aa overlap). Probable fadE6, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), with C-terminal half + similar to many e.g. ACDS_HUMAN|P16219 acyl-CoA + dehydrogenase (short-chain) from Homo sapiens (412 aa), + FASTA scores: opt: 339, E(): 1.3e-13, (28.1% identity in + 288 aa overlap). Protein product from Mb0277c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0277c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE6" + /protein_id="CAB5247983.1" + /translation="MSIAITPEHYELADSVRSLVARVAPSEVLHAALESPVENPPPYW + QAAAEQGLQGVHLAESVGGQGFGILELAVVLAEFGYGAVPGPFVPSAIASALIAAHDP + QAKVLAELATGAAIAAYALDSGLTATRHGDVLVIRGEVRAVPAAAQASVLVLPVAIES + RDEWVVLRNDQLEIEAVKSLDPLRPIAHVRANAVDVSDDALLSNLTMTTAHALMSTLL + SAEAVGVARWATDTASAYAKIREQFGRPIGQFQAIKHKCAEMIADTERATAAVWDAAR + ALDDAGESSSDVEFAAAVAATLAPATAQRCTQDCIQVHGGIGFTWEHDTNVYYRRALM + LAACFGRGSEYPQRVVDTATTAGMRPVDIDLDPSTEKLRAQIRAEVAALKAMPREPRT + VAIAEGGWVLPYLPKPWGRAASPVEQIIIAQEFTAGRVKRPQIAIATWIVPSIVAFGT + DNQKQRLLPPTFRGDIFWCQLFSEPGAGSDLASLATKATRVDGGWRITGQKIWTTGAQ + YSQWGALLARTDPSAPKHNGITYFLLDMKSEGVQVKPLRELTGKEFFNTVYLDDVFVP + DELVLGEVNRGWEVSRNTLTAERVSIGGSDSTFLPTLGEFVDFVRDYRFEGQFDQVAR + HRAGQLIAEGHATKLLNLRSTLLTLAGGDPMAPAAISKLLSMRTGQGYAEFAVSSFGT + DAVIGDTERLPGKWGEYLLASRATTIYGGTSEVQLNIIAERLLGLPRDP" + gene complement(326900..328033) + /locus_tag="BQ2027_MB0278C" + CDS complement(326900..328033) + /locus_tag="BQ2027_MB0278C" + /note="Mb0278c, -, len: 377 aa. Equivalent to Rv0272c, + len: 377 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 377 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0278c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0278c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="CAB5247984.1" + /translation="MTGRAATPGVIREFVGLPSRTAGRAAAGGHPCQGLYHHSVGRKP + KVALIAAHYQIDFSEHYLAEYMAIRGIGFLGWNTRFRGFESSFLLDHALVDIGVGVRW + LREVQGVETVVLLGNSGGGSLMAAYQSQAVDPNVTPLDGMRPAAGVTELPAADAYVAA + AAHLGRPDVLTAWMDAAVIDENDPVATDPELDLFDERNGPPYSPEFISRYRSAQVKRN + HTITDWAESELKRVRAAGFSDRPFSVMRTWADPRMVDPSIEPTKRRPNQCYAGTPVKA + NRSAHGIAAACTLRGWLGMWSLRVAQTRAAPHLARITCPALVLNAEADTGIFPSDAQQ + IYDGLASSDKTQVSIDTDHYFTTPGARSEQADTIAKWIAKRWR" + gene complement(328030..328650) + /locus_tag="BQ2027_MB0279C" + CDS complement(328030..328650) + /locus_tag="BQ2027_MB0279C" + /note="Mb0279c, -, len: 206 aa. Equivalent to Rv0273c, + len: 206 aa (start uncertain), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 206 aa + overlap). Possible transcriptional regulator, showing some + similarity to hypothetical regulators from Mycobacterium + tuberculosis e.g. P96222|Rv3855|MTCY01A6.13c (216 aa); + O08377|Rv1534|MTCY07A7A.03 (225 aa), FASTA scores: opt: + 123, E(): 3.2e-06, (28.5% identity in 172 aa overlap). + Mb0279c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5247985.1" + /translation="MPDFPTQRGRRTQAAIDAAARTVVVRNGILATTVADITAEAGRS + AASFYNYYDSKEAMVRQWALRFRDDANQRALSVIRHGLSDRERAYEAAAAHWYTYRNR + LAEAISVSQLAMVSDDFAQYWSEICQIPISFITETVKRAQAHGYCVGDDPQLMAEAIV + AMFNQFCYLQLSGKRSRRGQPDDQACIQTLANIYYRAIYSKEDSSN" + gene 328747..329328 + /locus_tag="BQ2027_MB0280" + CDS 328747..329328 + /locus_tag="BQ2027_MB0280" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0280, -, len: 193 aa. Equivalent to Rv0274, len: + 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 193 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + AAK25058.1|AE005973 conserved hypothetical protein from + Caulobacter crescentus (174 aa). Shows also some + similarity to others hypothetical proteins e.g. + AJ002571|BSAJ2571_7 from Bacillus subtilis (316 aa), FASTA + scores: opt: 138, E(): 0.033, (27.1% identity in 133 aa + overlap). Previous hits with Q56415|M85195 + FOSFOMYCIN-RESISTANCE PROTEIN from SERRATIA MARCESCENS + (141 aa), FASTA scores: opt: 82, E(): 1.1e -08, (29.1% + identity in 151 aa overlap). Contains PS00082 Extradiol + ring-cleavage dioxygenases signature near C-terminus. + TBparse score is 0.914. Protein product from Mb0280 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0280 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glyoxalase family protein" + /protein_id="CAB5247986.1" + /translation="MIKPHNTNTEFELGGINHVALVCSDMARTVDFYSNILGMPLIKA + LDLPGGQGQHFFFDAGNGDCVAFFWFADAPDRVPGLSSPVAIPGIGDITSAVSTMNHL + AFHVPAERFDAYRQRLKDKGVRVGPVLNHDDSETQVSAVVHPGVYVRSFYFQDPDGIT + LEFACWTKEFTTSDAQAVPKTAADRRPPVAADR" + gene complement(329258..329983) + /locus_tag="BQ2027_MB0281C" + CDS complement(329258..329983) + /locus_tag="BQ2027_MB0281C" + /note="Mb0281c, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv0275c, + len: 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 241 aa overlap). Putative + transcriptional regulator, showing some similarity with + Rv0825c from Mycobacterium tuberculosis (213 aa), FASTA + scores: opt: 230, E(): 2.7e-07, (32.6% identity in 190 aa + overlap). Belongs to Mycobacterium tuberculosis regulatory + protein family with many TetR orthologues. Protein product + from Mb0281c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0281c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5247987.1" + /translation="MTRSDRPYRGVEAAERLATRRRQLLSAGLDLLGSDQHDIAELTI + RTICRRAGLSVRYFYESFTDKDEFVGRVFDWVVAELVATTQAAVTAVPAREQTRAGMA + NIVRTITADARVGRLLFSTQLANAVITRKRAESSALFAMLSGQHAVDTLHAPANDHVK + AVAHFAVGGVGQTISAWLAGDVRLDPDQLVDQLAALLDELTDPNLSRPRVAATAAKSG + ANDPQPPEVAGQPPSSARPARRS" + gene 330073..330993 + /locus_tag="BQ2027_MB0282" + CDS 330073..330993 + /locus_tag="BQ2027_MB0282" + /note="Mb0282, -, len: 306 aa. Equivalent to Rv0276, len: + 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 306 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Rv2237|Z70692|MTCY427.18 + from Mycobacterium tuberculosis (296 aa), FASTA scores: + opt: 874, E(): 0, (49.6% identity in 282 aa overlap). + Protein product from Mb0282 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0282 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5247988.1" + /translation="MAISLVAHQPIPHVERPMADPPRLQLARRRRSAAGPGGNEDSLM + GVALLAGPANVIMELAMPGVGYGVLESRVESGRLDRHPIKRARTTFTYVAVAVAGSDD + QKAAFRRAVNKVHAQVYSTPESPVSYHAFDPELQLWVAACLYKGGVDVYRTFVGEMDD + EEADHHYRAGMAMGTTLQVPPQMWPPDRAAFDRYWRQSLDRVHIDDVVRDYLYPIVAL + RIRGIALPGPLRRLSEGIALLITTGFLPQRFRDEMRLPWDATKQRRFDALMAVLRTVN + RLMPRFVREFPFNLMLWDLDRRMRRGRPLV" + gene complement(331033..331461) + /gene="vapc25" + /locus_tag="BQ2027_MB0283C" + CDS complement(331033..331461) + /gene="vapc25" + /locus_tag="BQ2027_MB0283C" + /note="Mb0283c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv0277c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + Rv0749|H70824|2911023|CAA17516.1|AL021958 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (142 + aa); and similar to several other hypothetical + Mycobacterium tuberculosis proteins: Rv0277c, Rv2530c, + etc. Mb0283c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc25. contains pin domain." + /protein_id="CAB5247989.1" + /translation="MFLIDVNVLLAAHRGDHPNHRTVRPWFDRLLAADDPFTVPNLVW + ASFLRLTTNRRIFEIPSPRADAFAFVEAVNAQPHHLPTSPGPRHLVLLRKLCDEADAS + GDLIPDAVLGAIAVEHHCAVVSLDRDFARFASVRHIRPPI" + gene complement(331762..332004) + /gene="PE_PGRS3b" + /locus_tag="BQ2027_MB0284C" + /pseudo + CDS complement(331762..332004) + /gene="PE_PGRS3b" + /locus_tag="BQ2027_MB0284C" + /note="Mb0284c, PE_PGRS3b, len: 80 aa. Equivalent to 3' + end of Rv0278c, len: 957 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 79 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, similar to + many e.g. Z95890|MTCY28_25|Rv1759c from Mycobacterium + tuberculosis (914 aa), FASTA scores: opt: 3849, E(): + 0,(67.8% identity in 903 aa overlap). Contains PS00583 + pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS3 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a 2780 bp insertion leads to + an extra copy of PE_PGRS3. Also, a frameshift due to + single base deletion (t-*), splits this extra copy of + PE_PGRS3 into 2 parts, PE_PGRS3a and PE_PGRS3b.;PE-PGRS + FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene complement(331827..334433) + /gene="PE_PGRS3a" + /locus_tag="BQ2027_MB0285C" + CDS complement(331827..334433) + /gene="PE_PGRS3a" + /locus_tag="BQ2027_MB0285C" + /note="Mb0285c, PE_PGRS3a, len: 868 aa. Similar to 5' end + of Rv0278c, len: 957 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (80.7% identity in 888 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to many e.g. + Z95890|MTCY28_25|Rv1759c from Mycobacterium tuberculosis + (914 aa), FASTA scores: opt: 3849, E(): 0, (67.8% identity + in 903 aa overlap). Contains PS00583 pfkB family of + carbohydrate kinases signature 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS3 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a 2780 bp insertion leads to + an extra copy of PE_PGRS3. Also, a frameshift due to + single base deletion (t-*), splits this extra copy of + PE_PGRS3 into 2 parts, PE_PGRS3a and PE_PGRS3b. Mb0285c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5247991.1" + /translation="MSFVIAAPEVIAAAATDLASLESSIAAANAAAAANTTALLAAGA + DEVSTAVAALFGAHGQAYQALSAQAQAFHAQFTQALTSGGGAYAAAEAAATSPLLAPI + NEFFLANTGRPLIGNGANGAPGTGADGAPGGWLIGNGGAGGSGAANNAVGGTGGTGGA + GGASGLLGSGGAGGAGGVATNTGGIGGAGGTGGNAVLFGAGGAGGASTNTTGGAGGAG + GDGGNAGLLFGAAGVGGAGGFALATTASGGAGGAGGAGGMFTDGGVGGVGGKGGFGGA + GGAGGNGGLFGAGGTGGAGGTIGAGVAGMGGAGGAGGAGGLFGAGGTGGSGGGGATTG + GDGGAGGAGGFGRTTGGIGGTGGNAGLLNGSGGAGGAGGAAITGPGGTGGAGGIPGLI + GNGGNGGDGGASVTGTGGNGGAGGNGVQIGNGGNGGSGGTGAAAGKAGLGGLGGQLIG + LDGSNAPVSTSVHTLQQAALNVVNEPFQTLTGRPLIGNGANGTPGTGAAGGAGGWLFG + NGGNGGHGATNTAATATGGAGGAGGILFGTGGNGGTGGIATGAGGIGGAGGAGGVSLL + IGSGGTGGNGGNSIGVAGIGGAGGRGGDAGLLFGAAGTGGHGAAGGVPAGVGGAGGNG + GLFANGGAGGAGGFNAAGGNGGNGGLFGTGGTGGAGTNFGAGGNGGNGGLFGAGGTGG + AAGSGGSGITTGGGGHGGNAGLLSLGASGGAGGSGGASSLAGGAGGTGGNGALLFGFG + GAGGAGGHGGAALTSIQQGGAGGAGGNGGLLFGSAGAGGAGGSGANALGAGTGGTGGD + GGHAGVFGNGGDGGAGGFGAGTGGSGGVGGNAVLIGNGGNGGNAGKAGATPGAGGTGG + LLLGENGLNGLP" + gene complement(334697..337330) + /gene="PE_PGRS3" + /locus_tag="BQ2027_MB0286C" + CDS complement(334697..337330) + /gene="PE_PGRS3" + /locus_tag="BQ2027_MB0286C" + /note="Mb0286c, PE_PGRS3, len: 877 aa. Equivalent to + Rv0278c, len: 957 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PE family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, similar to + many e.g. Z95890|MTCY28_25|Rv1759c from Mycobacterium + tuberculosis (914 aa), FASTA scores: opt: 3849, E(): 0, + (67.8% identity in 903 aa overlap). Contains PS00583 pfkB + family of carbohydrate kinases signature 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, 2 + deletions, one of 18 bp and the other of 66 bp, and part + of a 2780 bp insertion, leads to a shorter product with a + different 3' end compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (877 aa versus 957 aa). Mb0286c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN" + /protein_id="CAB5247992.1" + /translation="MSFVIAAPEVIAAAATDLASLGSSISAANAAAAANTTALMAAGA + DEVSTAIAALFGAHGQAYQALSAQAQAFHAQFVQALTSGGGAYAAAEAAAVSPLLDPI + NEFFLANTGRPLIGNGANGAPGTGANGGDGGWLIGNGGAGGSGAAGVNGGAGGNGGAG + GLIGNGGAGGAGGVASSGIGGSGGAGGNAMLFGAGGAGGAGGGVVALTGGAGGFTNGS + ALGGAGGAGGAGGLFATGGVGGSGGAGSSGGAGGAGGAGGLFGAGGTGGHGGFADSSF + GGVGGAGGAGGLFGAGGEGGSGGHSLVAGGDGGAGGNAGMLALGAAGGAGGIGGDGGT + LTAGGIGGAGGAGGNAGLLFGSGGSGGAGGFGFADGGQGGPGGNAGTVFGSGGAGGNG + GVGQGFAGGIGGAGGTPGLIGNGGNGGNGGASAVTGGNGGIGGTGVLIGNGGNGGSGG + IGAGKAGVGGVSGLLLGLDGFNAPASTSPLHTLQQNVLNVVNEPFQTLTGRPLIGNGA + NGTPGTGADGGAGGWLFGNGGNGGSGATGTNGGDGGDGGAGGIFFGTGGTGGAGGVGT + TGTGGDGGAGGAAFLVGSGGNGGSGGAGLTAGGDGGDGGNAGSFFGAAGTGGAGASTK + AGGTGGTGGNGGLFANGGAGGSGGLGGDAGTGGAGGNGGLFGAGGTGGAGGSLGPGAG + GAGGNGGLFGAGGTGGSGGHGTPAAVPGGAGGAGGNAGLFSLGASGGAGGSGGSSLTD + SGGIGGVGGAGGLLFGYGGAGGAGGYSNIGAGGAGGAGGNAGMLSGSGGSGGTGGASG + AAKGGVGGNGGTAGVFGNGGDGGAGGFGAGTGGNGGVGGNAVLIGNGGNGGNGGKAGG + TPGAGGTSGLLIGENGLNGLP" + gene complement(337580..340075) + /gene="PE_PGRS4" + /locus_tag="BQ2027_MB0287C" + CDS complement(337580..340075) + /gene="PE_PGRS4" + /locus_tag="BQ2027_MB0287C" + /note="Mb0287c, PE_PGRS4, len: 831 aa. Equivalent to + Rv0279c, len: 837 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.4% identity in 837 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to many e.g. + Z95890|MTCY28_25|Rv0278c from Mycobacterium tuberculosis + (914 aa), FASTA scores: opt: 2677, E(): 0, (64.5% identity + in 926 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, 2 deletions each of 9 bp (ccgccggcg-* + and cccgccggc-*), leads to a shorter product compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (831 aa versus 837 aa). Protein product from Mb0287c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0287c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs4" + /protein_id="CAB5247993.1" + /translation="MSFVIAAPEVIAAAATDLASLESSIAAANAAAAANTTALLAAGA + DEVSTAVAALFGAHGQAYQALSAQAQAFHAQFVQALTSGGGAYAAAEAAATSPLLAPI + NEFFLANTGRPLIGNGANGAPGTGADGAPGGWLIGNGGAGGSGAAGVNGGAGGNGGAG + GLIGNGGAGGAGGRASTGTGGAGGAAGMLFGAAGVGGPGGFAAAFGATGGAGGAGGNG + GLFADGGVGGAGGATDAGTGGAGGSGGNGGLFGAGGTGGPGGFGIFGGGAGGDGGSGG + LFGAGGTGGSGGTSIINVGGNGGAGGDAGMLSLGAAGGAGGSGGSSPDGGGGAGGIGG + DGGTLFGSGGAGGVGGLGFDAGGAGGAGGKAGLLSGAGGAGGAGGGSFAGAGGTGGAG + GAPGLVGNAGNGGNGGASANGAGAAGGAGGSGVLIGNGGNGGSGGTGAPAGTAGAGGL + GGQLLGRDGFNAPASTPLHTLQQQILNAINEPTQALTGRPLIGNGANGTPGTGADGGA + GGWLFGNGGNGGHGATGADGGDGGSGGAGGILSGIGGTGGSGGIGTTGQGGTGGTGGA + ALLIGSGGTGGSGGFGLDTGGAGGRGGDAGLFLGAAGTGGQAALSQNFIGAGGTAGAG + GTGGLFANGGAGGFGANGGTGGNGLLFGAGGTGGAGTLGADGGAGGHGGLFGAGGTGG + AGGSSGGTFGGNGGSGGNAGLLALGASGGAGGSGGSALNVGGTGGVGGNGGSGGSLFG + FGGAGGTGGSSGIGSSGGTGGDGGTAGVFGNGGDGGAGGFGTGAGGTGGTGGNAVLIG + NGGNGGNGGKAGGTPGAGGTSGLIIGENGLNGL" + gene 340366..341976 + /gene="PPE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0288" + CDS 340366..341976 + /gene="PPE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0288" + /note="Mb0288, PPE3, len: 536 aa. Equivalent to Rv0280, + len: 536 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 536 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, similar to others + e.g. Z80108|MTCY21B4_4|Rv0453 from Mycobacterium + tuberculosis (539 aa), FASTA scores: opt: 1131, E(): 0, + (51.7% identity in 540 aa overlap). Protein product from + Mb0288 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0288 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe3" + /protein_id="CAB5247994.1" + /translation="MTLWMASPPEVHSALLSSGPGPGSVLSAAGVWSSLSAEYAAVAD + ELIGLLGAVQTGAWQGPSAAAYVAAHAPYLAWLMRASETSAEAAARHETVAAAYTTAV + AAMPTLVELAANHTLHGVLVATNFFGINTIPIALNEADYARMWTQAASTMATYQAVAE + AAVASAPQTTPAPPILAAEAADDDHDHDHDHGGEPTPLDYLVAEILRIISGGRLIWDP + AEGTMNGIPFEDYTDAAQPIWWVVRAIEFSKDFETFVQELFVNPVEAFQFYFELLLFD + YPTHIVQIVEALSQSPQLLAVALGSVISNLGAVTGFAGLSGLAGMQPAAIPALAPVAA + APPTLPAVAMAPTMAAPGAAVASAAAPASAPAASTVASATPAPPPAPGAAGFGYPYAI + APPGIGFGSGMSASASAQRKAPQPDSAAAAAAAAAVRDQARARRRRRVTRRGYGDEFM + DMNIDVDPDWGPPPGEDPVTSTVASDRGAGHLGFAGTARREAVADAAGMTTLAGDDFG + DGPTTPMVPGSWDPDRDAPGSAEPGDRG" + gene 342000..342908 + /locus_tag="BQ2027_MB0289" + CDS 342000..342908 + /locus_tag="BQ2027_MB0289" + /note="Mb0289, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv0281, len: + 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; member of Mycobacterium tuberculosis + protein family that includes Rv0726c, Rv0731c, Rv3399, + Rv1729c, etc. MTCY31_23 (325 aa), FASTA scores: opt: 1386, + E(): 0, (69. 1% identity in 301 aa overlap). Contains + possible N-terminal signal sequence. Protein product from + Mb0289 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0289 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="CAB5247995.1" + /translation="MRTEGDSWDITTSVGSTALFVATARALEAQKSDPLVVDPYAEAF + CRAVGGSWADVLDGKLPDHKLKSTDFGEHFVNFQGARTKYFDEYFRRAAAAGARQVVI + LAAGLDSRAYRLPWPDGTTVFELDRPQVLDFKREVLASHGAQPRALRREIAVDLRDDW + PQALRDSGFDAAAPSAWIAEGLLIYLPATAQERLFTGIDALAGRRSHVAVEDGAPMGP + DEYAAKVEEERAAIAEGAEEHPFFQLVYNERCAPAAEWFGERGWTAVATLLNDYLEAV + GRPVPGPESEAGPMFARNTLVSAARV" + gene 343132..345027 + /gene="ecca3" + /locus_tag="BQ2027_MB0290" + CDS 343132..345027 + /gene="ecca3" + /locus_tag="BQ2027_MB0290" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0290, -, len: 631 aa. Equivalent to Rv0282, len: + 631 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 631 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Y14967|MLCB628.18c hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (573 aa), FASTA scores: + opt: 916, E(): 0, (38.7% identity in 568 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Z94121|MTY15F10.26 (619 aa), FASTA scores: opt: 743, E(): + 0, (29.9% identity in 612 aa overlap). Member of CFXQ, + CBXP family - 9 members in Mycobacterium tuberculosis. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb0290 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0290 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecca3. esx-3 type vii + secretion system protein." + /protein_id="CAB5247996.1" + /translation="MAGVGAGDSGGVERDDIGMVAASPVASRVNGKVDADVVGRFATC + CRALGIAVYQRKRPPDLAAARSGFAALTRVAHDQCDAWTGLAAAGDQSIGVLEAASRT + ATTAGVLQRQVELADNALGFLYDTGLYLRFRATGPDDFHLAYAAALASTGGPEEFAKA + NHVVSGITERRAGWRAARWLAVVINYRAERWSDVVKLLTPMVNDPDLDEAFSHAAKIT + LGTALARLGMFAPALSYLEEPDGPVAVAAVDGALAKALVLRAHVDEESASEVLQDLYA + AHPENEQVEQALSDTSFGIVTTTAGRIEARTDPWDPATEPGAEDFVDPAAHERKAALL + HEAELQLAEFIGLDEVKRQVSRLKSSVAMELVRKQRGLTVAQRTHHLVFAGPPGTGKT + TIARVVAKIYCGLGLLKRENIREVHRADLIGQHIGETEAKTNAIIDSALDGVLFLDEA + YALVATGAKNDFGLVAIDTLLARMENDRDRLVVIIAGYRADLDKFLDTNEGLRSRFTR + NIDFPSYTSHELVEIAHKMAEQRDSVFEQSALHDLEALFAKLAAESTPDTNGISRRSL + DIAGNGRFVRNIVERSEEEREFRLDHSEHAGSGEFSDEELMTITADDVGRSVEPLLRG + LGLSVRA" + gene 345024..346640 + /gene="eccb3" + /locus_tag="BQ2027_MB0291" + CDS 345024..346640 + /gene="eccb3" + /locus_tag="BQ2027_MB0291" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0291, -, len: 538 aa. Equivalent to Rv0283, len: + 538 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 538 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to several hypothetical + mycobacterial proteins e.g. Z94121|MTY15F10_16|Rv3895c + from Mycobacterium tuberculosis (495 aa), FASTA scores: + opt: 698, E(): 0, (37.6% identity in 492 aa overlap); + Rv1782; Rv3450c; Rv3869; and Y14967|MLCB628_16|MLCB628.17c + from Mycobacterium leprae (481 aa), FASTA scores: opt: + 672, E(): 1.5e-31, (37.2% identity in 506 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb0291 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0291 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccb3. esx-3 type vii + secretion system protein. possible membrane protein." + /protein_id="CAB5247997.1" + /translation="MTNQQHDHDFDHDRRSFASRTPVNNNPDKVVYRRGFVTRHQVTG + WRFVMRRIAAGIALHDTRMLVDPLRTQSRAVLMGVLIVITGLIGSFVFSLIRPNGQAG + SNAVLADRSTAALYVRVGEQLHPVLNLTSARLIVGRPVSPTTVKSTELDQFPRGNLIG + IPGAPERMVQNTSTDANWTVCDGLNAPSRGGADGVGVTVIAGPLEDTGARAAALGPGQ + AVLVDSGAGTWLLWDGKRSPIDLADHAVTSGLGLGADVPAPRIIASGLFNAIPEAPPL + TAPIIPDAGNPASFGVPAPIGAVVSSYALKDSGKTISDTVQYYAVLPDGLQQISPVLA + AILRNNNSYGLQQPPRLGADEVAKLPVSRVLDTRRYPSEPVSLVDVTRDPVTCAYWSK + PVGAATSSLTLLAGSALPVPDAVHTVELVGAGNGGVATRVALAAGTGYFTQTVGGGPD + APGAGSLFWVSDTGVRYGIDNEPQGVAGGGKAVEALGLNPPPVPIPWSVLSLFVPGPT + LSRADALLAHDTLVPDSRPARPVSAEGGYR" + gene 346637..350629 + /gene="eccc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0292" + CDS 346637..350629 + /gene="eccc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0292" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0292, -, len: 1330 aa. Equivalent to Rv0284, len: + 1330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 1330 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to products of two adjacent + Mycobacterium leprae genes, MLCB628.16c (744 aa) and + MLCB628.15c (597 aa); and throughout its length to several + large Mycobacterium tuberculosis proteins: Rv3447c, + Rv3870, Rv1784, etc. Y14967|MLCB628_ 15 (744 aa), FASTA + scores: opt: 942, E(): 0, (33.8% identity in 730 aa + overlap); Y14967|MLCB628_14 (597 aa), FASTA scores: opt: + 613, E(): 3.1e-30, (31.7% identity in 615 aa overlap); + Z94121|MTY15F10_17 (1396 aa), FASTA scores: opt: 652, E(): + 2.2e-32, (35.4% identity in 1321 aa overlap); + Z95389|MTCY77_19 (1236 aa), FASTA scores: opt 652, E(): + 2.2e-32, (35.4% identity in 1321 aa overlap). Contains + three PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb0292 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0292 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccc3. esx-3 type vii + secretion system protein. possible membrane protein." + /protein_id="CAB5247998.1" + /translation="MSRLIFEARRRLAPPSSHQGTIIIEAPPELPRVIPPSLLRRALP + YLIGILIVGMIVALVATGMRVISPQTLFFPFVLLLAATALYRGNDKKMRTEEVDAERA + DYLRYLSVVRDNIRAQAAEQRASALWSHPDPTALASVPGSRRQWERDPHDPDFLVLRA + GRHTVPLATTLRVNDTADEIDLEPVSHSALRSLLDTQRSIGDVPTGIDLTKVSRITVL + GERAQVRAVLRAWIAQAVTWHDPTVLGVALAARDLEGRDWNWLKWLPHVDIPGRLDAL + GPARNLSTDPDELIALLGPVLADRPAFTGQPTDALRHLLIVVDDPDYDLGASPLAVGR + AGVTVVHCSASAPHREQYSDPEKPILRVAHGAIERWQTGGWQPYIDAADQFSADEAAH + LARRLSRWDSNPTHAGLRSAATRGASFTTLLGIEDASRLDVPALWAPRRRDEELRVPI + GVTGTGEPLMFDLKDEAEGGMGPHGLMIGMTGSGKSQTLMSILLSLLTTHSAERLIVI + YADFKGEAGADSFRDFPQVVAVISNMAEKKSLADRFADTLRGEVARREMLLREAGRKV + QGSAFNSVLEYENAIAAGHSLPPIPTLFVVADEFTLMLADHPEYAELFDYVARKGRSF + RIHILFASQTLDVGKIKDIDKNTAYRIGLKVASPSVSRQIIGVEDAYHIESGKEHKGV + GFLVPAPGATPIRFRSTYVDGIYEPPQTAKAVVVQSVPEPKLFTAAAVEPDPGTVIAD + TDEQEPADPPRKLIATIGEQLARYGPRAPQLWLPPLDETIPLSAALARAGVGPRQWRW + PLGEIDRPFEMRRDPLVFDARSSAGNMVIHGGPKSGKSTALQTFILSAASLHSPHEVS + FYCLDYGGGQLRALQDLAHVGSVASALEPERIRRTFGELEQLLLSRQQREVFRDRGAN + GSTPDDGFGEVFLVIDNLYGFGRDNTDQFNTRNPLLARVTELVNVGLAYGIHVIITTP + SWLEVPLAMRDGLGLRLELRLHDARDSNVRVVGALRRPADAVPHDQPGRGLTMAAEHF + LFAAPELDAQTNPVAAINARYPGMAAPPVRLLPTNLAPHAVGELYRGPDQLVIGQREE + DLAPVILDLAANPLLMVFGDARSGKTTLLRHIIRTVREHSTADRVAFTVLDRRLHLVD + EPLFPDNEYTANIDRIIPAMLGLANLIEARRPPAGMSAAELSRWTFAGHTHYLIIDDV + DQVPDSPAMTGPYIGQRPWTPLIGLLAQAGDLGLRVIVTGRATGSAHLLMTSPLLRRF + NDLQATTLMLAGNPADSGKIRGERFARLPAGRAILLTDSDSPTYVQLINPLVDAAAVS + GETQQKGSQS" + gene 350626..350934 + /gene="PE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0293" + CDS 350626..350934 + /gene="PE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0293" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0293, PE5, len: 102 aa. Equivalent to Rv0285, + len: 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family (see first citation + below), similar to others e.g. AL0212|MTV012_37 from + Mycobacterium tuberculosis (105 aa), FASTA scores: opt: + 497, E(): 2.6e-24, (80.4% identity in 102 aa overlap); + Z80108|MTCY21B4.03 from Mycobacterium tuberculosis (102 + aa), FASTA scores: opt: 413, E(): 3.7e-19, (66.7% identity + in 102 aa overlap); etc. Mb0293 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe5" + /protein_id="CAB5247999.1" + /translation="MTLRVVPEGLAAASAAVEALTARLAAAHASAAPVITAVVPPAAD + PVSLQTAAGFSAQGVEHAVVTAEGVEELGRAGVGVGESGASYLAGDAAAAATYGVVGG + " + gene 350937..352478 + /gene="PPE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0294" + CDS 350937..352478 + /gene="PPE4" + /locus_tag="BQ2027_MB0294" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0294, PPE4, len: 513 aa. Equivalent to Rv0286, + len: 513 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 513 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, similar to others + e.g. AL0212|MTV012_32 from Mycobacterium tuberculosis (434 + aa), FASTA scores: opt: 958, E(): 0, (43.5% identity in + 522 aa overlap). Protein product from Mb0294 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0294 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe4" + /protein_id="CAB5248000.1" + /translation="MAAPIWMASPPEVHSALLSNGPGPGSLVAAATAWSQLSAEYAST + AAELSGLLGAVPGWAWQGPSAEWYVAAHLPYVAWLTQASADAAGAAAQHEAAAAAYTT + ALAAMPTLAELAANHVIHTVLVATNFFGINTIPITLNEADYVRMWLQAAAVMGLYQAA + SGAALASAPRTVPAPTVMNPGGGAASTVGAVNPWQWLLALLQQLWNAYTGFYGWMLQL + IWQFLQDPIGNSIKIIIAFLTNPIQALITYGPLLFALGYQIFFNLVGWPTWGMILSSP + FLLPAGLGLGLAAIAFLPIVLAPAVIPPASTPLAAAAVAAGSVWPAVSMAVTGAGTAG + AATPAAGAAPSAGAAPAPAAPATASFAYAVGGSGDWGPSLGPTVGGRGGIKAPAATVP + AAAAAAATRGQSRARRRRRSELRDYGDEFLDMDSDSGFGPSTGDHGAQASERGAGTLG + FAGTATKERRVRAVGLTALAGDEFGNGPRMPMVPGTWEQGSNEPEAPDGSGRGGGDGL + PHDSK" + gene 352527..352820 + /gene="esxG" + /locus_tag="BQ2027_MB0295" + CDS 352527..352820 + /gene="esxG" + /locus_tag="BQ2027_MB0295" + /standard_name="TB9.8" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0295, esxG, len: 97 aa. Equivalent to Rv0287, + len: 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). esxG, conserved + hypothetical protein. PE-family related protein; distant + member of the Mycobacterium tuberculosis PE family, + similar to Rv3020c|AL0212|MTV012.34 (97 aa), FASTA scores: + opt: 564, E(): 0, (91.8% identity in 97 aa overlap). + Contains probable helix-turn-helix motif at aa 14-35 + (Score 144, +4.11 SD). SEEMS TO BELONG TO THE ESAT6 FAMILY + (see third citation below). Protein product from Mb0295 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0295 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ESAT-6-like protein EsxG" + /protein_id="CAB5248001.1" + /translation="MSLLDAHIPQLVASQSAFAAKAGLMRHTIGQAEQAAMSAQAFHQ + GESSAAFQAAHARFVAAAAKVNTLLDVAQANLGEAAGTYVAADAAAASTYTGF" + gene 352850..353140 + /gene="esxH" + /locus_tag="BQ2027_MB0296" + CDS 352850..353140 + /gene="esxH" + /locus_tag="BQ2027_MB0296" + /standard_name="cfp7; TB10.4" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0296, esxH, len: 96 aa. Equivalent to Rv0288, + len: 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). esxH (alternate gene + name: TB10.4), low molecular weight protein antigen 7 (10 + kDa antigen) (CFP-7) (Protein TB10.4) (see citations + below), ala-rich protein; member of mycobacterial protein + family containing ESAT-6, very similar to MTV012_33 from + Mycobacterium tuberculosis (96 aa), FASTA scores: opt: + 566, E(): 0, (84.4% identity in 96 aa overlap). + Alternative start codon possible position 351878 (see + second citation). BELONG TO THE ESAT6 FAMILY (see first, + sixth and seventh citations below). Protein product from + Mb0296 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0296 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="low molecular weight protein antigen 7 esxh (10 + kda antigen) (cfp-7) (protein tb10.4)" + /protein_id="CAB5248002.1" + /translation="MSQIMYNYPAMLGHAGDMAGYAGTLQSLGAEIAVEQAALQSAWQ + GDTGITYQAWQAQWNQAMEDLVRAYHAMSSTHEANTMAMMARDTAEAAKWGG" + gene 353151..354038 + /gene="espg3" + /locus_tag="BQ2027_MB0297" + CDS 353151..354038 + /gene="espg3" + /locus_tag="BQ2027_MB0297" + /note="Mb0297, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv0289, len: + 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC32061.1|AL583926 + possible DNA-binding protein from Mycobacterium leprae + (289 aa); and showing some similarity to + Rv3866|G70656|CAB06238.1|Z94121|MTCY15F10.23 from + Mycobacterium tuberculosis (276 aa), FASTA scores: opt: + 149, E(): 0.0035, (27.7% identity in 289 aa overlap). + Protein product from Mb0297 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0297 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-3 secretion-associated protein espg3" + /protein_id="CAB5248003.1" + /translation="MDATPNAVELTVDNAWFIAETIGAGTFPWVLAITMPYSDAAQRG + AFVDRQRDELTRMGLLSPQGVINPAVADWIKVVCFPDRWLDLRYVGPASADGACELLR + GIVALRTGTGKTSNKTGNGVVALRNAQLVTFTAMDIDDPRALVPILGVGLAHRPPARF + DEFSLPTRVGARADERLRSGVPLGEVVDYLGIPASARPVVESVFSGPRSYVEIVAGCN + RDGRHTTTEVGLSIVDTSAGRVLVSPSRAFDGEWVSTFSPGTPFAIAVAIQTLTACLP + DGQWFPGQRVSRDFSTQSS" + gene 354085..355503 + /gene="eccd3" + /locus_tag="BQ2027_MB0298" + CDS 354085..355503 + /gene="eccd3" + /locus_tag="BQ2027_MB0298" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0298, -, len: 472 aa. Equivalent to Rv0290, len: + 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 472 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to several others in + mycobacteria e.g. Z95389|MTCY77_20|Rv3887c from + Mycobacterium tuberculosis (467 aa), FASTA scores: opt: + 429, E(): 5.1e-19, (28. 6% identity in 479 aa overlap); + Rv3877; Rv1795; Rv3448; and Y14967|MLCB628_9|MLCB628.10c + from Mycobacterium leprae (480 aa), FASTA scores: opt: + 269, E(): 3.1e-09, (26.0% identity in 503 aa overlap). + TBparse score is 0.892. Protein product from Mb0298 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0298 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccd3. esx-3 type vii + secretion system protein. probable transmembrane protein." + /protein_id="CAB5248004.1" + /translation="MSGTVMQIVRVAILADSRLTEMALPAELPLREILPAVQRLVVPS + AQNGDGGQADSGAAVQLSLAPVGGQPFSLDASLDTVGVVDGDLLVLQPVPAGPAAPGI + VEDIADAAMIFSTSRLKPWGIAHIQRGALAAVIAVALLATGLTVTYRVATGVLAGLLA + VAGIAVASALAGLLITIRSPRSGIALSIAALVPIGAALALAVPGKFGPAQVLLGAAGV + AAWSLIALMIPSAERERVVAFFTAAAVVGASVALAAGAQLLWQLPLLSIGCGLIVAAL + LVTIQAAQLSALWARFPLPVIPAPGDPTPSAPPLRLLEDLPRRVRVSDAHQSGFIAAA + VLLSVLGSVAIAVRPEALSVVGWYLVAATAAAATLRARVWDSAACKAWLLAQPYLVAG + VLLVFYTTTGRYVAAFGAVLVLAVLMLAWVVVALNPGIASPESYSLPLRRLLGLVAAG + LDVSLIPVMAYLVGLFAWVLNR" + gene 355500..356885 + /gene="mycp3" + /locus_tag="BQ2027_MB0299" + CDS 355500..356885 + /gene="mycp3" + /locus_tag="BQ2027_MB0299" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0299, -, len: 461 aa. Equivalent to Rv0291, len: + 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 461 aa overlap). Probable protease + precursor (EC 3.4.-.-), similar to several others in + mycobacteria e.g. Z94121|MTY15F10_28|Rv1796 from + Mycobacterium tuberculosis (446 aa), FASTA scores: opt: + 1168, E(): 0, (44.6% identity in 453 aa overlap); Rv3886c; + Rv3883c; Rv3449; and Y14967|MLCB628_4|MLCB628.04 from + Mycobacterium leprae (446 aa), FASTA scores: opt: 1159, + E(): 0, (43.5 identity in 446 aa overlap). Has signal + sequence and hydrophobic stretch at C-terminus, followed + by short positively charged segment, that could act as + membrane anchor. Shows similarity to several members of + the subtilase family and contains PS00137 Serine + proteases, subtilase family, histidine active site + signature. Protein product from Mb0299 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0299 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable membrane-anchored mycosin mycp3 (serine + protease) (subtilisin-like protease) (subtilase-like) + (mycosin-3)" + /protein_id="CAB5248005.1" + /translation="MIRAAFACLAATVVVAGWWTPPAWAIGPPVVDAAAQPPSGDPGP + VAPMEQRGACSVSGVIPGTDPGVPTPSQTMLNLPAAWQFSRGEGQLVAIIDTGVQPGP + RLPNVDAGGDFVESTDGLTDCDGHGTLVAGIVAGQPGNDGFSGVAPAARLLSIRAMST + KFSPRTSGGDPQLAQATLDVAVLAGAIVHAADLGAKVINVSTITCLPADRMVDQAALG + AAIRYAAVDKDAVIVAAAGNTGASGSVSASCDSNPLTDLSRPDDPRNWAGVTSVSIPS + WWQPYVLSVASLTSAGQPSKFSMPGPWVGIAAPGENIASVSNSGDGALANGLPDAHQK + LVALSGTSYAAGYVSGVAALVRSRYPGLNATEVVRRLTATAHRGARESSNIVGAGNLD + AVAALTWQLPAEPGGGAAPAKPVADPPVPAPKDTTPRNVAFAGAAALSVLVGLTAATV + AIARRRREPTE" + gene 356882..357877 + /gene="ecce3" + /locus_tag="BQ2027_MB0300" + CDS 356882..357877 + /gene="ecce3" + /locus_tag="BQ2027_MB0300" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0300, -, len: 331 aa. Equivalent to Rv0292, len: + 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 331 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein (has two hydrophobic segments at + N-terminal end), equivalent to CAC32058.1|AL583926 + conserved membrane protein from Mycobacterium leprae (339 + aa). Protein product from Mb0300 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0300 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecce3. esx-3 type vii + secretion system protein. probable transmembrane protein." + /protein_id="CAB5248006.1" + /translation="MNPIPSWPGRGRVTLVLLAVVPVALAYPWQSTRDYVLLGVAAAV + VIGLFGFWRGLYFTTIARRGLAILRRRRRIAEPATCTRTTVLVWVGPPASDTNVLPLT + LIARYLDRYGIRADTIRITSRVTASGDCRTWVGLTVVADDNLAALQARSARIPLQETA + QVAARRLADHLREIGWEAGTAAPDEIPALVAADSRETWRGMRHTDSDYVAAYRVSADA + ELPDTLPAIRSRPAQETWIALEIAYAAGSSTRYTVAAACALRTDWRPGGTAPVAGLLP + QHGNHVPALTALDPRSTRRLDGHTDAPADLLTRLHWPTPTAGAHRAPLTNAVSRT" + gene complement(357864..359066) + /locus_tag="BQ2027_MB0301C" + CDS complement(357864..359066) + /locus_tag="BQ2027_MB0301C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0301c, -, len: 400 aa. Equivalent to Rv0293c, + len: 400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 400 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in C-terminal part to + Rv2627c|B70573|MTCY01A10.05|CAB08637.1|Z95387 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (413 + aa), FASTA scores: opt: 394, E(): 2.1e-17, (31.1% identity + in 299 aa overlap). TBparse score is 0.922. Protein + product from Mb0301c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0301c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248007.1" + /translation="MSGTFTADAIGPPVPIPDVPGADAGAEGLPSRSVLSARQRILVE + SSAIADVALRTAVASVLSATVTPAVVANALRHVNEGSERSNLNFYAELAAAHDPAKSF + PAPTELPKVTSRPASPLTEWVARGTVDNIAFASGFRAINPTMRQRWSALTANNIVHAQ + HWRHRDGPRPTLCVIHGFMGSSYLLNGLFFSLPWYYRSGYDVLLYTLPFHGQRAEKFS + PFSGFGYFTSGLSGFAEAMAQAVYDFRSIVDYLRHIGVDRIALTGISLGGYTSALLAS + VESRLEAVIPNCPVVMPAKLFDEWFPANKLVKLGLRLTNISRDELIAGLAYHGPLNYR + PLLPKDRRMIITGLGDRMAPPEHAVTLWKQWDRCALHWFPGSHLLHVSQLDYLRRMTV + FLQGLMFD" + gene 359173..359958 + /gene="tam" + /locus_tag="BQ2027_MB0302" + CDS 359173..359958 + /gene="tam" + /locus_tag="BQ2027_MB0302" + /note="Mb0302, tam, len: 261 aa. Equivalent to Rv0294, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable tam, + trans-aconitate methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to + others e.g. P76145|TAM_ECOLI|7465793|B64906|B1519 + TRANS-ACONITATE METHYLTRANSFERASE from Escherichia coli + strain K12 (252 aa), FASTA scores: opt: 649, E(): 0, (39.3 + identity in 252 aa overlap). BELONGS TO THE + METHYLTRANSFERASE SUPERFAMILY. Protein product from Mb0302 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0302 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANS-ACONITATE METHYLTRANSFERASE TAM" + /protein_id="CAB5248008.1" + /translation="MWDPDVYLAFSGHRNRPFYELVSRVGLERARRVVDLGCGPGHLT + RYLARRWPGAVIEALDSSPEMVAAAAERGIDATTGDLRDWKPKPDTDVVVSNAALHWV + PEHSDLLVRWVDELAPGSWIAVQIPGNFETPSHAAVRALARREPYAKLMRDIPFRVGA + VVQSPAYYAELLMDTGCKVDVWETTYLHQLTGEHPVLDWITGSALVPVRERLSDESWQ + QFRQELIPLLNDAYPPRADGSTIFPFRRLFMVAEVGGARRSGG" + gene complement(359947..360750) + /gene="stf0" + /locus_tag="BQ2027_MB0303C" + CDS complement(359947..360750) + /gene="stf0" + /locus_tag="BQ2027_MB0303C" + /note="Mb0303c, -, len: 267 aa. Equivalent to Rv0295c, + len: 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 267 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + CAC46877.1|AL591790 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (213 aa); and + NP_104818.1|14023999|BAB50604.1|AP00300 Protein with weak + similarity to NodH from Mesorhizobium loti (257 aa). + Protein product from Mb0303c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0303c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfotransferase" + /protein_id="CAB5248009.1" + /translation="MSRAVRPYLVLATQRSGSTLLVESLRATGCAGEPQEFFQYLPST + GMAPQPREWFAGVDDDTILQLLDPLDPGTPDTATPVAWREHVRTSGRTPNGVWGGKLM + WNQTALLQQRAAQLPDRSGDGLRAAIRDVIGNEPVFVHVHRPDVVSQAVSFWRAVQTQ + VWRGHPDPKRDSQAVYHAGAIAHIIRNLRDQENGWRAWFAEEGIDPIDIAYPVLWRNL + TAIVASVLDAIGQDPKLAPAPMLERQANQRSDEWVDRYRAEAPRLGLPT" + gene complement(360760..362157) + /locus_tag="BQ2027_MB0304C" + CDS complement(360760..362157) + /locus_tag="BQ2027_MB0304C" + /note="Mb0304c, -, len: 465 aa. Equivalent to Rv0296c, + len: 465 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 465 aa overlap). Probable sulfatase, + possibly an aryl-/steryl-sulfatase (EC 3.1.6.-) or a + sulfamidase (sulfohydrolase) (sulphamidase) (EC 3.10.1.-). + Similar to various hydrolases e.g. + AAG41945.1|AF304053_1|AF304053 heparan N-sulfatase from + Mus musculus (502 aa); + NP_061292.1|6851181|AAF29460.1|AF153827_1|AF153827 + N-sulfoglucosamine sulfohydrolase (sulfamidase) + (sulphamidase) from Mus musculus (502 aa); + AAG17206.1|AF217203_1|AF217203 heparan sulfate sulfamidase + from Canis familiaris (507 aa); P08842|STS_HUMAN|1360652 + STERYL-SULFATASE PRECURSOR (EC 3.1.6.2) (STEROID + SULFATASE) (STERYL-SULFATE SULFOHYDROLASE) (ARYLSULFATASE + C) (ASC) from Homo sapiens (583 aa); ARSB_FELCA|P33727 + arylsulfatase B precursor (EC 3.1.6.1) (535 aa), FASTA + scores: opt: 231, E(): 1.7e-08, (30.3% identity in 261 aa + overlap). Also similarity with 4 others sulfatases in + Mycobacterium tuberculosis. Contains sulfatases signature + 1 (PS00523). Note that previously known as atsG. Protein + product from Mb0304c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0304c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULFATASE" + /protein_id="CAB5248010.1" + /translation="MTSERATGQRENLLIVHWHDLGRYLGVYHHPDVYSPRLDRLAAE + GILFTRAHATAPLCTPSRGSLFTGRYPQSNGLVGLAHHGWEYRTGVQTLPQLLSESGW + YSALFGMQHETSYPKRLGFDEFDVSNSYCEYVVAKAQDWLHNRVPALDGQRFLLTAGF + FETHRPYPHERYRPADSAAVELPDYLPDTPEVRQDVAEFYGSIATADEAVGRLLDTLA + DTGLDASTWVVFVTDHGPAFPRAKSTLYDAGTGIALIIRPPTRRAMAPRVYDELFSGV + DLVPTLLDLLRLEVPADVEGVSHAPALLAPDTENAAVRDHVYTAKTYHDSFDPIRAIR + TKEYSYIENYAPRPLLDLPWDIQESPAGMAVAPLVKAPRPQRELYDLRADPTETNNLL + AGDDSTQGVAAIAADLAVRLHDWRQRTADVIPSDFAGSRIAERYTETYLRIHRKTPTG + RSAIAADRGIDEHCS" + gene 362336..364156 + /gene="PE_PGRS5" + /locus_tag="BQ2027_MB0305" + CDS 362336..364156 + /gene="PE_PGRS5" + /locus_tag="BQ2027_MB0305" + /note="Mb0305, PE_PGRS5, len: 606 aa. Equivalent to + Rv0297, len: 591 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.5% identity in 606 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to others + e.g. Y03A_MYCTU|Q10637 from Mycobacterium tuberculosis + (603 aa), FASTA scores: opt: 1884, E(): 0, (53.7% identity + in 635 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 45 bp in-frame insertion leads to a + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (606 aa versus 591 aa). Mb0305 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs5" + /protein_id="CAB5248011.1" + /translation="MSFVIAQPEMIAAAAGELASIRSAINAANAAAAAQTTGVMSAAA + DEVSTAVAALFSSHAQAYQAASAQAAAFHAQVVRTLTVDAGAYASAEAANAGPNMLAA + VNAPAQALLGRPLIGNGANGAPGTGQAGGDGGLLFGNGGNGGSGAPGQAGGAGGAAGF + FGNGGNGGDGGAGANGGAGGTAGWFFGFGGNGGAGGIGVAGINGGLGGAGGDGGNAGF + FGNGGNGGMGGAGAAGVNAVNPGLATPVTPAANGGNGLNLVGVPGTAGGGADGANGSA + IGQAGGAGGDGGNASTSGGIGIAQTGGAGGAGGAGGDGAPGGNGGNGGSVEHTGATGS + SASGGNGATGGNGGVGAPGGAGGNGGHVSGGSVNTAGAGGKGGNGGTGGAGGPGGHGG + SVLSGPVGDSGNGGAGGDGGAGVSATDIAGTGGRGGNGGHGGLWIGNGGDGGAGGVGG + VGGAGAAGAIGGHGGDGGSVNTPIGGSEAGDGGKGGLGGDGGDGAAGGDGGAGGDGGG + RGIFGQFGAGGAGGAGGVGGAGGAGGTGGGGGNGGAIFNAGTPGAAGTGGDGGVGGTG + AAGGKGGAGGSGGVNGATGADGAKGLDGATGGKGNNGNPG" + gene 364299..364526 + /locus_tag="BQ2027_MB0306" + CDS 364299..364526 + /locus_tag="BQ2027_MB0306" + /note="Mb0306, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv0298, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 75 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0306 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0306 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Programmed cell death antitoxin YdcD" + /protein_id="CAB5248012.1" + /translation="MTKEKISVTVDAAVLAAIDADARAAGLNRSEMIEQALRNEHLRV + ALRDYTAKTVPALDIDAYAQRVYQANRAAGS" + gene 364523..364825 + /locus_tag="BQ2027_MB0307" + CDS 364523..364825 + /locus_tag="BQ2027_MB0307" + /note="Mb0307, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv0299, len: + 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 100 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK44536.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (49 aa) but longer 51 aa. + Protein product from Mb0307 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0307 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Programmed cell death toxin YdcE" + /protein_id="CAB5248013.1" + /translation="MIAPGDIAPRRDNEHELYVAVLSNALHRAADTGRVITCPFIPGR + VPEDLLAMVVAVEQPNGTLLPELVQWLHVAALGAPLGNAGVAALREAASVVTALLC" + gene 364873..365094 + /gene="vapb2" + /locus_tag="BQ2027_MB0308" + CDS 364873..365094 + /gene="vapb2" + /locus_tag="BQ2027_MB0308" + /note="Mb0308, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv0300, len: + 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to + Rv1721c|MTCY04C12.06c|Z81360|MTCY4C12_4 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (75 + aa), FASTA scores: opt: 84, E(): 8.3, (39.5% identity in + 38 aa overlap). Protein product from Mb0308 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0308 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb2" + /protein_id="CAB5248014.1" + /translation="MSDVLIRDIPDDVLASLDAIAARLGLSRTEYIRRRLAQDAQTAR + VTVTAADLRRLRGAVAGLGDPELMRQAWR" + gene 365091..365516 + /gene="vapc2" + /locus_tag="BQ2027_MB0309" + CDS 365091..365516 + /gene="vapc2" + /locus_tag="BQ2027_MB0309" + /note="Mb0309, -, len: 141 aa. Equivalent to Rv0301, len: + 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical M. + tuberculosis proteins e.g. Rv2757c, Rv0229c, Rv2546, etc. + Protein product from Mb0309 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0309 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc2" + /protein_id="CAB5248015.1" + /translation="MTDQRWLIDKSALVRLTDSPDMEIWSNRIERGLVHITGVTRLEV + GFSAECGEIARREFREPPLSAMPVEYLTPRIEDRALEVQTLLADRGHHRGPSIPDLLI + AATAELSGLTVLHVDKDFDAIAALTGQKTERLTHRPPSA" + gene 365652..366284 + /locus_tag="BQ2027_MB0310" + CDS 365652..366284 + /locus_tag="BQ2027_MB0310" + /note="Mb0310, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv0302, len: + 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 210 aa overlap). Probable transcription + regulatory protein, TetR family, with its N-terminus + similar to N-terminus of several repressors and regulatory + proteins of TetR/AcrR family e.g. ACRR_ECOLI|P34000 + potential acraB operon repressor from Escherichia coli + (215 aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 3.1e-05, (22.7% + identity in 194 aa overlap). Also similar in N-terminus to + N-terminus of MTCY07A7.24 hypothetical regulator from + Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (38.7% identity in + 62 aa overlap). Contains probable helix-turn helix motif + from aa 35-56 (Score 1728, +5.07 SD). Mb0310 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR/ACRR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248016.1" + /translation="MGVPAKKKQQQGERSRESILDATERLMATKGYAATSISDIRDAC + GLAPSSIYWHFGSKEGVLAAMMERGAQRFFAAIPTWDEAHGPVEQRSERQLTELVSLQ + SQHPDFLRLFYLLSMERSQDPVVAAVVRRVRNTAIARFRDSITHLLPSDIPPGKADLV + VAELTAFAVALSDGVYFAGHLEPDTTDVERMYRRLRQALEALIPVLLEET" + gene 366281..367189 + /locus_tag="BQ2027_MB0311" + CDS 366281..367189 + /locus_tag="BQ2027_MB0311" + /note="Mb0311, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv0303, len: + 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Possible + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + NADPH dehydrogenases and other NADPH oxidoreductases e.g. + O48741|PORC_ARATH|7488284|T00897 PROTOCHLOROPHYLLIDE + REDUCTASE C CHLOROPLAST PRECURSOR (EC 1.3.1.33) + (NADPH-PROTOCHLOROPHYLLIDE OXIDOREDUCTASE C) from + Arabidopsis thaliana (401 aa); Q42850 NADPH DEHYDROGENASE + (EC 1.6.99. 1) (395 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): + 3.8e-16, (35.4% identity in 319 aa overlap). Protein + product from Mb0311 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0311 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="CAB5248017.1" + /translation="MNTGTAVITGASSGLGLQCARALLRRDASWHVVLAVRDPARGRA + AMEELGEPNRCSVLEVDLASVRSVRSFVETVRTTPLPPIRALVCNAGLQVVSGIAFTD + DGVEMTFGVNHLGHFALVTGILDWLARPARIVVVSSGTHDPSKHTGMPDPRYTCAADL + AHPPTDQNTPAEGRRRYTTSKLCNVLFTYELDRRLDHGEQGVMVNAFDPGLMPGSGLA + RDYPPILRLAYRLLSPMLRVLPFVHSTRVSGEHLAALAVDPRFAGVTGQYFAGAKAIR + SSAESYDRAKALDLWETSERLLAQVT" + gene complement(367197..370640) + /gene="PPE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0312C" + CDS complement(367197..370640) + /gene="PPE5" + /locus_tag="BQ2027_MB0312C" + /note="Mb0312c, PPE5, len: 1147 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0304c, len: 2204 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 1147 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family (PPE, MPTR), + similar to others e.g. Z95324|MTY13E10_16 from M. + tuberculosis (1443 aa), FASTA scores: E(): 0, (50.6% + identity in 1403 aa overlap); Y04H_MYCTU|Q10778 from M. + tuberculosis (734 aa), FASTA scores: opt: 989, E(): 0, + (42.3% identity in 522 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE5 and PPE6 exist as separate + genes. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base deletion (g-*) leads to a shorter CDS + (Mb0312c) equivalent to the 3' end of Rv0304c/PPE5." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe5" + /protein_id="CAB5248018.1" + /translation="MFNSGDGNIGFFNSGTGNFGIGNTGTGNFGIGNSGSTSTGLFNS + GDGNTGGFNPGNFNTGNFNTGSFNTGGFNAGNTNTGHFNTGNYNTGIANTGDVSTGAF + ISGNYSNGILWRGDYQGLIGYSYALTIPEIPAHLDVNIPIDIPITGSFTDLVVDNFTI + PIIGFESFAFSFHIHTEPDIGPIIVPSFVLSVPTFAIAVGGPTTAINISATAGLGPIT + IPIIDIPAAPGIGNSTTSPSSGFFNTGAGTASGFGNVGGNTSGLWNLASAASGVSGLL + NVGALGSGVANVGNTISGIYNTSPLDLGTPAFGSGLANIAGLLQGGAGTTILDLAGLG + NLNVGLANLGGSNFGIGNTGIFNVGFANVGNHNIGLANLGNYSVGFANSGNYHIGIAN + TGSANIGFANTGSGNIGIGLTGTGQIGFGSFNSGSHNIGLFNSGDGNVGFFNSGTGNV + GIGNTGTANFGIANSGSFNTGLGNTGSTNTSLFNPGNVNTGVGNTGSINTGSFNTGST + NTGSFNLGDHNTGSFNSGDYNTGYFNAGDYNTGVANTGNVNTGAFISGNYSNGFFWRG + DYQGLIGLSTTITIPEIPYRYDLSVPIDIPITGTVVATTPNSFTIPGFQIRVLLGPAA + VLVNEMIGPITIDVNQVIAIDSPIQQTISMVGTGGFGPIPIGISIGGTPGFGNSTTGP + SSGFFHTGAGHVSGFGNFGAGNMSGFGNFGAGNSGFFNAGGLGNSGLLNFGALQSGLA + NLGNTISGVYNTSTLDLATPAFGSGIANIGANLAGLFLDNTGNLTLNFGVANQGGLNA + GIGNLGSVNIGFVNTGDSNLGIGNLGDLNFGGVNIGGNNIGIANTGIFDIGLANLGSY + NIGLANLGDDNLGFGNAGSYNIGFANFGSDNLGFANTGSYNIGFANTGNNNIGVGLTG + NGQIGIGSLNSGSNNIGLFNSGSGNIGFFNSGTGNVGIFNAGTGNFGLANSGGFNTGI + GNAGSTNTGVFNPGDLNTGSFNPGSFNTGGFNPGSGNTGYLNTGDYNTGVANTGDVDT + GAFITGSYSNGFLVSGDYQGLIGLPLLGIPVTPGYFNLTGGPSSGFFNSGAGSVSGFV + NSGAGLSGYLNTGALGSGVANVGNTISGWLNASALDLATPGFLSGIGNFGTNLAGFFR + G" + gene complement(370784..376741) + /gene="PPE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0313C" + CDS complement(370784..376741) + /gene="PPE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0313C" + /note="Mb0313c, PPE6, len: 1985 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0305c, len: 963 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 809 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family (PPE, MPTR), + similar to others e.g. Y04H_MYCTU|Q10778 from M. + tuberculosis (734 aa), FASTA scores: opt: 1340, E(): 0, + (40.9% identity in 815 aa overlap); Z95324|MTY13E10_16 + from Mycobacterium tuberculosis (1443 aa), FASTA scores: + E(): 0, (50.6% identity in 1403 aa overlap); + Y04H_MYCTU|Q10778 from Mycobacterium tuberculosis (734 + aa), FASTA scores: opt: 989, E(): 0, (42.3% identity in + 522 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PPE5 and PPE6 + exist as separate genes. In Mycobacterium bovis, a single + base deletion (t-*) resulting in the absence of a stop + codon leads to a longer product. The second part of this + CDS shares homology with the 5' end of Rv0304c/PPE5. + Mb0313c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe6" + /protein_id="CAB5248019.1" + /translation="MDFVVSAPEVNSLRMYLGAGSGPMLAAAAAWDGLADELAVAASW + FGSVTSGLADAAWRGPAAVAMARAVAPYLGWLISATAQAEQAAAQARVAVATFEAARA + ATVHPAIVAANRAVLVSLVSSNLLGFNAPAIAATEAAYERMWAQDVAAMVGYHAGASA + AVSALMPFTQQLKKLAGLSERLTSAAAAAAGPPSAAGFNLGLANVGANNVGNGNVGVF + NVGFGNLGSYNLGFANLGSDNLGLANLGGHNIGFANTGSNNVGFGNTGSNNVGIGLTG + NGQIGFGSFNSGSHNIGLFNSGSGNVGLFNSGTGNFGIGNSGTGNFGLGNTGSTNTGW + FNTGDVNTGGFNPGSYNTGNFNTGNYNTGSFNAGNYNTGYFNTGDYNTGVANTGNVNT + GAFIAGNYSNGVLWRGDYQGLIGADIALEIPAIPINAQLFSMPIHQVMVMPGSVMTIP + GMRLPFTSIVPFVVYYGPVELPQSTLTLPTVTITVGGPTTTIDGNLTGMVGGVSIPLI + KIPAAPGFGNSTTSPSSGFFNAGAGTASGFGNFGGGASGFWNLASATSGLSGFGNVGA + LGSGVANVGNTISGLYNTSTSNLATPAFNSGLLHHSVGTMTLNFGLANVGGNNVGGAN + AGIFNVGLANLGDYNIGFGNLGGDNLGFAHAGSYNIGFANTGSNNLGFANTGDNNIGF + ANIGSNNIGIGLTGSGQIGFGSLNSGSHNIGLFNSGDGNIGLFNSGSGNFGIGNAGTG + NWGIGNSGAGNFGIGNAGSTNTGLFNSGDLNTGSLNPGSYNTGSVNTGSVNTGGFNAG + NYNTGYFNTGDYNTGMANTGNINTGAFISGNHSNGLLWRGDNQGLIDLAIGVDIPEIP + IVSVDVNIPIHIPITASFTDIVYSGLDLPPNTAVTVIFFGPVDIDPFTVPVIRITGPT + PVVMVGGPTTAINIGATVGVDAINIPIIHIPATPGFGNSTGGLSSGFFNSGAGSASGF + GNFGGAASGFMNLVSTTSGMSGFLNVGALGSGVANVGNTISGIYNVGTSDLSTPAVNS + GLANIGTNIAGLLRDGAGTAAINLGLANHGNLNVGFASLGGFNFGGATIGHNNVGIGN + TGIFDVGLANLGSYNIGFGNLGDDNLGFGNFGSYNIGFGNVGNDNLGFANAGGGNIGF + ANTGSNNVGFGNTGSNNVGIGLTGNGQIGFGSFNSGSGNIGLFNSGSNNIGFFNSGSG + NFGIANSGSFNTGIGNTGNTNTGLFNSGDVNTGAFNPGSFNTGSFNTGSFNTGGFNPG + NTNTGYLNIGNYNTGIANTGDVDTGAFITGNYSNGLFLSGDYQGLVGLNLVIDMPLPI + SLGVNIPIDIPITASAGNITLMGVTIPPTGDIVLSSIAGQRAHFGPITIPNITVVGPT + TTVAIGGPNTAITITGGGAIRIPLISIPAAPGFGNSTTNPSSGFFNTGAGGASGFGNF + GGANSGFWNLASATSGASGLLNVGALGSGLANVGTTVSGFYNTSTSDLATPAFNSGLA + NISTSIAGLLRDSTGTMVLNLGLANHGTLNVGIANLGDYNIGFANLGSANFGSANIGG + NNIGGANTGIFDIGLANLGSYNIGFGNFGDDNLGFGNLGSYNVGFGNLGNDNLGFANT + GSNNIGFANTGSNNIGIGLTGDGQIGFGSLNSGSGNIGLFNSGSGNIGFFNSGNGNVG + IGNTGTANFGLGNTGSTNTGFFNSGDVNTGIGNTGSFNTGSFNPGDSNTGDFNPGSYN + TGLGNTGDVDTGAFISGSYSNGFLWSGNYQGLIGLHAALAIPEIALTFGVDIPIHIPI + NIDAGVVTLQGFSIVAAENNIDFTPIIIPTINITLPTAAITVGGPTTSIGITASAGIG + SITIPIIDIPATSGFGNSTTSPSSGFFNSGAGSASGFLNVVAGASGISGYLNVGALGS + GVTNVGHTVSGFYNASALDLVTPAFASGLMRDGMGTMTLNLGLANLGSNNAGFGNTGI + FDVGVANLGNYNIGFGNFGDDNLALPT" + gene 376944..377615 + /locus_tag="BQ2027_MB0314" + CDS 376944..377615 + /locus_tag="BQ2027_MB0314" + /note="Mb0314, -, len: 223 aa. Equivalent to Rv0306, len: + 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 223 aa overlap). Putative + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + H83485|9947208|AAG04663.1|AE004557_4|AE004557 conserved + hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa strain + PAO1 (218 aa); and to other putative oxidoreductases e.g. + middle part of CAB76073.1|AL157953 putative nitroreductase + from Streptomyces coelicolor (1212 aa); Q52685|BLUB + protein involved in cobalamin (vitamin B12) synthesis from + Rhodobacter capsulatus (206 aa), FASTA scores: opt: 318, + E(): 2e-15, (35.6% identity in 191 aa overlap). Mb0314 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248020.1" + /translation="MFSAPERRAVYRVIAERRDMRRFVPGGVVSEDVLARLLHAAHAA + PSVGLMQPWRFIRITDETLKRRIHALVDDERLLTAEALGAREEEFLALKVEGILDCAE + LLVVALCDRRGSYIFGRRTLPQMDLASVSCAIQNLWLAARSEGLGMGWVSLFDPQRLA + ALLAMPADAEPVAILCLGPVPEFPDRPALELDGWAYARPLAEFVSENRWSYPSALATD + HHHGE" + gene complement(377603..378085) + /locus_tag="BQ2027_MB0315C" + CDS complement(377603..378085) + /locus_tag="BQ2027_MB0315C" + /note="Mb0315c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv0307c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0315c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0315c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="CAB5248021.1" + /translation="MAVIVRKWFGLGRLPADLRCQVEAEGLIYLAEYVAVTRRFTGVI + PGLRASHSIASYVGALAFTEQRVLGTLSMVPKLAGRVVDARWDGPQAGAATAEISPTG + LQLDLDVADVDPKFSGQLALHFKATIGEDVLSRLPRRSLAFDVPAEYVNLAVGVTYSP + " + gene 378143..378859 + /locus_tag="BQ2027_MB0316" + CDS 378143..378859 + /locus_tag="BQ2027_MB0316" + /note="Mb0316, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv0308, len: + 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 238 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, with C-terminus highly similar + to C-terminus of other integral membrane proteins or + phosphatases e.g. + AAK25788.1|AF336822_1|13430250|AAK25789.1|AF336823_1 + putative phosphatase from Streptococcus pyogenes (201 aa); + Q06074 HYPOTHETICAL 24.9 KD PROTEIN (216 aa), FASTA + scores: opt: 209, E(): 2e-07, (27.9% identity in 140 aa + overlap). Could be a phosphatase. Protein product from + Mb0316 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0316 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248022.1" + /translation="MTRPQALLAVSLAFVATAVYAVMWVGHSQDWGWLHSFDWSLLNA + AHDIGIKNPAWVRFWDGVSLILGPVVLRPLGLLAAMVALAKRKIRIALLLLACLPLNA + IMTIAAKSVAHRPRPATALVSAHSTSFPSGHALEATASVLALLTVLLPMLHSRFTRHI + AITVGALCVLTVGVARVALNVHHPTDVVAGWALGYLYFLVCLCVFRPPSIFGAQRASH + ALSPPVEVSRQPEPEVDTAR" + gene 378961..379617 + /locus_tag="BQ2027_MB0317" + CDS 378961..379617 + /locus_tag="BQ2027_MB0317" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0317, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv0309, len: + 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Possible conserved + exported protein (has putative N-terminal signal + sequence), equivalent to AC32053.1|AL583926 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (218 aa). Also + similar to others e.g. AB76092.1|AL157956 putative + secreted protein from Streptomyces coelicolor (238 aa). + Protein product from Mb0317 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0317 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248023.1" + /translation="MSRLLALLCAAVCTGCVAVVLAPVSLAVVNPWFANSVGNATQVV + SVVGTGGSTAKMDVYQRTAAGWQPLKTGITTHIGSAGMAPEAKSGYPATPMGVYSLDS + AFGTAPNPGGGLPYTQVGPNHWWSGDDNSPTFNSMQVCQKSQCPFSTADSENLQIPQY + KHSVVMGVNKAKVPGKGSAFFFHTTDGGPTAGCVAIDDATLVQIIRWLRPGAVIAIAK + " + gene complement(379687..380178) + /locus_tag="BQ2027_MB0318C" + CDS complement(379687..380178) + /locus_tag="BQ2027_MB0318C" + /EC_number="4.2.1.106" + /note="Mb0318c, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv0310c, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to some bile acid + dehydratases e.g. + P19412|BAIE_EUBSP|98749|D37844|1381566|AAC45413.1|U57489 + BILE ACID-INDUCIBLE OPERON PROTEIN E from Eubacterium sp + (166 aa), FASTA scores: opt: 302, E(): 1e-11, (38.8% + identity in 134 aa overlap); AAF22847.1|AF210152_4 bile + acid 7a-dehydratase from Clostridium sp. (168 aa). Protein + product from Mb0318c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0318c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Bile acid 7-alpha dehydratase BaiE (EC" + /protein_id="CAB5248024.1" + /translation="MCCNGVVTPGDPADIAAIKQLKYRYLRALDTKHWDDFTDTLAED + VTGDYGSSVGTELHFTNRADLVDYLRQALGPGVITEHRVTHPEITVTGDTATGIWYLQ + DRVIVAEFNFMLIGAAFYHDQYRRTTDGWRISATGYDRTYEATMSLAGLNFNIRPGRA + LAD" + gene 380202..381431 + /locus_tag="BQ2027_MB0319" + CDS 380202..381431 + /locus_tag="BQ2027_MB0319" + /note="Mb0319, -, len: 409 aa. Equivalent to Rv0311, len: + 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 409 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Contains PS00881 Protein splicing signature. + Protein product from Mb0319 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0319 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="CAB5248025.1" + /translation="MSQSRYAGLSRSELAVLLPELLLIGQLIDRSGMAWCIQAFGRQE + MLQIAIEEWAGASPIYTKRMQKALNFEGDDVPTIFKGLQLDIGAPPQFMDFRFTLHDR + WHGEFHLDHCGALLDVEPMGDDYVVGMCHTIEDPTFDATAIATNPRAQVRPIHRPPRK + PADRHPHCAWTVIIDESYPEAEGIPALDAVRETKAATWELDNVDASDDGLVDYSGPLV + SDLDFGAFSHSALVRMADEVCLQMHLLNLSFAIAVRKRAKADAQLAISVNTRQLIGVA + GLGAERIHRAMALPGGIEGALGVLELHPLLNPAGYVLAETSPDRLVVHNSPAHADGAW + ISLCTPASVQPLQAIATAVDPHLKVRISGTDTDWTAELIEADAPASELPEVLVAKVSR + GSVFQFEPRRSLPLTVK" + gene 381586..383448 + /locus_tag="BQ2027_MB0320" + CDS 381586..383448 + /locus_tag="BQ2027_MB0320" + /note="Mb0320, -, len: 620 aa. Equivalent to Rv0312, len: + 620 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 620 aa overlap). Conserved hypothetical + protein with highly Pro-, Thr-rich C-terminus. Similar to + Pro-,Thr-rich region in Rv2264c|AL021925|MTV022_14 from + Mycobacterium tuberculosis (592 aa), FASTA scores: opt: + 1075, E(): 0, (38.9% identity in 627 aa overlap). Also + some similarity with Rv0350|dnaK from Mycobacterium + tuberculosis. Possibly membrane protein; has hydrophobic + stetch in its middle part. Protein product from Mb0320 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0320 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00821990: molecular chaperone" + /protein_id="CAB5248026.1" + /translation="MYDPLGLSIGTTNLVAAGNGGPPVTRRAVLTLYPHCAPKIGVPS + QNPNLIEPGALMSGFVERIGDAVALVSPDGSVHDPDLLLVEALDAMVLTAGADASSSE + IAIAVPAHWKPGAVHALRNGLRTHVGFVRSGMAPRLVSDAIAALTAVNSELGLPHGGV + VGLLDFGGSATYVTLVETKSDSRTSDFQPVSATARYQDFSGSQIDQALLLRVIDQFGY + GDDVDPASTAAVGQLGQLREQCRAAKERLSTDVATELFAELAGCSSSIEMTREQLEDL + IQDPLTGFIYAFDDMLARHNASWADLAAVVTVGGGANIPLVTQRLSFHTRRPVLTASQ + PGCAAAMGALLLANRGGERDSRTRTSIGLATAAAAGTSVIELPAGDVMVIDHEALTDR + ELAWSQTDFPSEAPARFEGDSYNEGGPCWSMRLNAVEPPKGPAWRRIRVSQLLIGVSA + VVAMTAIGGVALTLTAIERRPSPLPTPIVPGLAPMPPGSVVPSSRAPTPPPPPSTVAP + LPSAAPAPTTVAPAPPPPTQVVTTTTAPPVTTTPRPSPTTTTTTAPPSTTTTTELPVT + TTSTIPTIPTTTTTVKMTTEWLHVPFLPVPIPVPIPQNPGAGEPQNPFGSLGSG" + gene 383520..383906 + /locus_tag="BQ2027_MB0321" + CDS 383520..383906 + /locus_tag="BQ2027_MB0321" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0321, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv0313, len: + 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent only to + CAC32049.1|AL583926 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (130 aa). TBparse score is 0.877. + Protein product from Mb0321 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0321 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248027.1" + /translation="MGDYGPFGFDPDEFDRVIREGSEGLRDAFERIGRFLSSSGAGTG + WSAIFEDLSRRSRPAPETAGEAGDGVWAIYTVDADGGARVEQVYATELDALRANKDNT + DPKRKVRFLPYGIAVSVLDDPVDEAQ" + gene complement(383909..384571) + /locus_tag="BQ2027_MB0322C" + CDS complement(383909..384571) + /locus_tag="BQ2027_MB0322C" + /note="Mb0322c, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv0314c, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 220 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, with hydrophobic stretch from residues + ~75-100. Similar in C-terminal part to Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv0679c and Rv0680c. Mb0322c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248028.1" + /translation="MIVVWEHLCMNPEDDPEARIRELERPLADVARASELGGSQSGGY + TYPPGPPPPPYSYGGPFGGPSPRSSSGNRAWWILAAVVVVGVLVLVGGIAAFSAQRLS + QGNFVVLSPTPSVSRAVPTPTAQPATTLPPAGASLSVSGVNVNRTIACNDSIVSVSGM + SNTVVITGHCTSLTVSGMRNSVTADSVDTIEAAGFNNEVTYHSGSPKISNAGGSNSVQ + QG" + gene 384632..385516 + /locus_tag="BQ2027_MB0323" + CDS 384632..385516 + /locus_tag="BQ2027_MB0323" + /note="Mb0323, -, len: 294 aa. Equivalent to Rv0315, len: + 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 294 aa overlap). Possible + beta-1,3-glucanase precursor (EC 3.2.1.-) (has hydrophobic + stretch in its N-terminal part), similar to others e.g. + Q51333|AAC44371.1 BETA-1,3-GLUCANASE II A from Oerskovia + xanthineolytica (306 aa), FASTA scores: opt: 76, E(): + 3e-14, (34.1% identity in 302 aa overlap); and + AAC38290.1|AF052745 beta-1,3-glucanase II from Oerskovia + xanthineolytica (435 aa). Contains glycosyl hydrolases + family 16 active site signature (PS01034). Protein product + from Mb0323 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0323 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE BETA-1,3-GLUCANASE PRECURSOR" + /protein_id="CAB5248029.1" + /translation="MLMPEMDRRRMMMMAGFGALAAALPAPTAWADPSRPAAPAGPTP + APAAPAAATGGLLFHDEFDGPAGSVPDPSKWQVSNHRTPIKNPVGFDRPQFFGQYRDS + RQNVFLDGNSNLVLRATREGNRYFGGLVHGLWRGGIGTTWEARIKFNCLAPGMWPAWW + LSNDDPGRSGEIDLIEWYGNGTWPSGTTVHANPDGTAFETCPIGVDGGWHNWRVTWNP + SGMYFWLDYADGIEPYFSVPATGIEDLNEPIREWPFNDPGYTVFPVLNLAVGGSGGGD + PATGSYPQEMLVDWVRVF" + gene 385565..386179 + /locus_tag="BQ2027_MB0324" + CDS 385565..386179 + /locus_tag="BQ2027_MB0324" + /note="Mb0324, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv0316, len: + 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Possible + muconolactone isomerase (EC 5.3.3.-), showing weak + similarity with some muconolactone isomerases e.g. + O33947|CTC1_ACILW MUCONOLACTONE DELTA-ISOMERASE 1 (MIASE + 1)(96 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): 3.9e-05, (32.6% + identity in 92 aa overlap). Protein product from Mb0324 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0324 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MUCONOLACTONE ISOMERASE" + /protein_id="CAB5248030.1" + /translation="MEFLVTMTTRVPDSMPADAVERVRAREAARSRELAAQGKLLRLW + RPPLRPGEWRTLGLFAADDNGELEQLLASMPPRSWRTDDVTPLGAHPNDPVGQGITIA + PGKGPEFLIATTIMVPPGTPAQVVDDTVAREARRAPELAGRGHLVRLWALPDGPDGQR + TLGLWRARDPGELMAILESLPLAGWMTIETTPLSPHPDDPIRMP" + gene complement(386203..386973) + /gene="glpQ2" + /locus_tag="BQ2027_MB0325C" + CDS complement(386203..386973) + /gene="glpQ2" + /locus_tag="BQ2027_MB0325C" + /note="Mb0325c, glpQ2, len: 256 aa. Equivalent to Rv0317c, + len: 256 aa (start uncertain, chosen by homology), from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 256 aa overlap). Possible glpQ2, glycerophosphoryl + diester phosphodiesterase (EC 3.1.4.46), similar to others + e.g. E75317|6459876|AAF11631.1|AE002044_4 + glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from + Deinococcus radiodurans (285 aa); P10908|UGPQ_ECOLI from + Escherichia coli (247 aa), FASTA scores: opt: 220, E(): + 5.2e-07, (28.0% identity in 250 aa overlap). Also similar + to MTCY01A6.27 from Mycobacterium tuberculosis FASTA + score: (27.5% identity in 247 aa overlap). Protein product + from Mb0325c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0325c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible glycerophosphoryl diester + phosphodiesterase glpq2 (glycerophosphodiester + phosphodiesterase)" + /protein_id="CAB5248031.1" + /translation="MEFLRHGGRIAMAHRGFTSFRLPMNSMGAFQEAAKLGFRYIETD + VRATRDGVAVILHDRRLAPGVGLSGAVDRLDWRDVRKAQLGAGQSIPTLEDLLTALPD + MRVNIDIKAASAIEPTVNVIERCNAHNRVLIGSFSERRRRRALRLLTKRVASSAGTGA + LLAWLTARPLGSRAYAWRMMRDIDCVQLPSRLGGVPVITPARVRGFHAAGRQVHAWTV + DEPDVMHTLLDMDVDGIITDRADLLRDVLIARGEWDGA" + gene complement(387234..387304) + /locus_tag="BQ2027_GLYU" + tRNA complement(387234..387304) + /locus_tag="BQ2027_GLYU" + /product="tRNA-Gly" + /note="glyU, len: 71 nt. Equivalent to glyU, len: 71 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 71 nt overlap). tRNA-Gly, anticodon ccc." + gene complement(387335..388129) + /locus_tag="BQ2027_MB0326C" + CDS complement(387335..388129) + /locus_tag="BQ2027_MB0326C" + /note="Mb0326c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv0318c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 264 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, with some similarity to + C-terminus of GUFA_MYXXA|Q06916 (254 aa), FASTA scores: + opt: 157, E (): 0.0032, (28.3% identity in 198 aa + overlap). Also similar to O26573 CONSERVED PROTEIN from + Methanobacterium thermoauto (259 aa), FASTA scores: opt: + 173, E(): 5.2e-05, (32.7% identity in 214 aa overlap). + Mb0326c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248032.1" + /translation="MSLAVTMFKRARAEIFDRNREVGISNVTTAASLVTFPVLAGILG + GVVPSVRTPSAAMVSGVQHFAAGIVMAAVAGEVLPDLRSRGPLWLIVVGFSAGVAVLV + ALRRFDGHGEHQDGDDVGELPVGFLTVVAVDLFIDGLLVATGATVSSRTAIIITIALT + VEVLFLGLAVALRLAGSGMPRIRAAATTSALSLVIAVGGVSGAVALGRAGNTVLTLVL + AFAAAALLWLVVEELLVEAHETPERPWMAVMFFAGFLILYGLGVME" + gene 388178..388846 + /gene="pcp" + /locus_tag="BQ2027_MB0327" + CDS 388178..388846 + /gene="pcp" + /locus_tag="BQ2027_MB0327" + /note="Mb0327, pcp, len: 222 aa. Equivalent to Rv0319, + len: 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 222 aa overlap). Probable pcp, + pyrrolidone-carboxylate peptidase (EC 3.4.19.3), highly + similar to others e.g. PCP_PSEFL|P42673 + pyrrolidone-carboxylate peptidase from Pseudomonas + fluorescens (213 aa), FASTA scores: opt: 478, E(): + 7.5e-25, (40.2% identity in 219 aa overlap). BELONGS TO + PEPTIDASE FAMILY C15 (THIOL PROTEASE). Protein product + from Mb0327 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0327 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRROLIDONE-CARBOXYLATE PEPTIDASE PCP + (5-OXOPROLYL-PEPTIDASE) (PYROGLUTAMYL-PEPTIDASE I) (PGP-I) + (PYRASE)" + /protein_id="CAB5248033.1" + /translation="MSKVLVTGFGPYGVTPVNPAQLTAEELDGRTIAGATVISRIVPN + TFFESIAAAQQAIAEIEPALVIMLGEYPGRSMITVERLAQNVNDCGRYGLADCAGRVL + VGEPTDPAGPVAYHATVPVRAMVLAMRKAGVPADVSDAAGTFVCNHLMYGVLHHLAQK + GLPVRAGWIHLPCLPSVAALDHNLGVPSMSVQTAVAGVTAGIEAAIRQSADIREPIPS + RLQI" + gene 388918..389580 + /locus_tag="BQ2027_MB0328" + CDS 388918..389580 + /locus_tag="BQ2027_MB0328" + /note="Mb0328, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv0320, len: + 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Possible conserved + exported protein, similar to some hypothetical proteins + and to the middle part of a peptidase: + NP_066789.1|10657900|AAG21739.1|AF116907 putative + peptidase from Rhodococcus equi (546 aa). Also similar to + Rv1728c|MTCY04C12.13c from Mycobacterium tuberculosis (256 + aa), FASTA scores: opt: 497, E(): 1.2e-26, (41.8% identity + in 225 aa overlap). Mb0328 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248034.1" + /translation="MGRHELARDRRKSSAVLAAVLAPAAVFFATGGDVSTLAARADAN + PVLGDDAPCCVQIVPVAPLAFSSQISGGEIGTGLAASQFASASRWRIVSRYLPVGVAP + EQGLQVKTVLTARSISAAFPEIREIGGVRPDALRWHPNGLALDVMVPNPGTAEGIALG + NEIVAFVLKNATRFGMQDVIWRGAYYTPNGARTTGAGHYDHIHITTVGGGYPTGEELY + IR" + gene 389612..390184 + /gene="dcd" + /locus_tag="BQ2027_MB0329" + CDS 389612..390184 + /gene="dcd" + /locus_tag="BQ2027_MB0329" + /note="Mb0329, dcd, len: 190 aa. Equivalent to Rv0321, + len: 190 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 190 aa overlap). Probable dcd + (alterrnate gene names: dus or paxA), deoxycytidine + triphosphate deaminase (EC 3.5.4.13), equivalent to + CAC32024.1|AL583925 probable deoxycytidine triphosphate + deaminase from Mycobacterium leprae (190 aa). Also highly + similar to others e.g. + Q9X8W0|DCD_STRCO|7480599|T36613|SCH35.46 DEOXYCYTIDINE + TRIPHOSPHATE DEAMINASE from Streptomyces coelicolor (191 + aa); DCD_ECOLI|P28248|DUS|PAXA|B2065 DEOXYCYTIDINE + TRIPHOSPHATE DEAMINASE from Escherichia coli strain K12 + (193 aa), FASTA scores: opt: 408, E(): 2.7e-21, (43.1% + identity in 188 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE DCTP + DEAMINASE FAMILY. Protein product from Mb0329 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0329 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE + DCD (DCTP DEAMINASE)" + /protein_id="CAB5248035.1" + /translation="MLLSDRDLRAEISSGRLGIDPFDDTLVQPSSIDVRLDCLFRVFN + NTRYTHIDPAKQQDELTSLVQPVDGEPFVLHPGEFVLGSTLELFTLPDNLAGRLEGKS + SLGRLGLLTHSTAGFIDPGFSGHITLELSNVANLPITLWPGMKIGQLCMLRLTSPSEH + PYGSSRAGSKYQGQRGPTPSRSCQNFIRST" + gene 390290..391621 + /gene="udgA" + /locus_tag="BQ2027_MB0330" + CDS 390290..391621 + /gene="udgA" + /locus_tag="BQ2027_MB0330" + /note="Mb0330, udgA, len: 443 aa. Equivalent to Rv0322, + len: 443 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 443 aa overlap). Probable udg + (alternate gene name: rkpK), UDP-glucose 6-dehydrogenase + (EC 1.1.1.22), highly similar to others e.g. + CAC44517.1|AL596138 putative UDP-glucose 6-dehydrogenase + from Streptomyces coelicolor (447 aa); Q56812 UDP-GLUCOSE + DEHYDROGENASE from Xanthomonas campestris (445 aa), FASTA + scores: opt: 713, E(): 0, (41.9% identity in 351 aa + overlap); etc. Also similar to several GDP-mannose + 6-dehydrogenase. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). BELONGS TO THE UDP-GLUCOSE/GDP-MANNOSE + DEHYDROGENASES FAMILY. Mb0330 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UDP-GLUCOSE 6-DEHYDROGENASE UDGA + (UDP-GLC DEHYDROGENASE) (UDP-GLCDH) (UDPGDH)" + /protein_id="CAB5248036.1" + /translation="MRCSVFGTGYLGATHAVGMAQLGHEVVGVDIDPGKVAKLAGGDI + PFYEPGLRKLLTDNLAAGRLRFTTDYDMAADFADVHFLGVGTPQKIGEYGADLRHVHA + VIDALVPRLVRASILVGKSTVPVGTAAELGHRAGALAPRGVDVEIAWNPEFLREGFAV + HDTLNPDRIVLGVQDDSTRAEVAVRELYAPLLAAGVPFLVTDLQTAELVKVSANAFLA + TKISFINAISEVCEAAGADVSQLADALGYDPRIGRQCLNAGLGFGGGCLPKDIRAFMA + RAGELGADQALTFLREVDSINMRRRTKMVELATTACGGSLLGANIAVLGAAFKPESDD + VRDSPALNVAGQLQLNGATVHVYDPKALDNAHRLFPTLNYAVSVAEACERADAVLVLT + EWREFIDLEPADLANRVRARVIVDGRNCLDVTRWRRAGWRVFRLGVPRLGH" + gene complement(391610..392281) + /locus_tag="BQ2027_MB0331C" + CDS complement(391610..392281) + /locus_tag="BQ2027_MB0331C" + /note="Mb0331c, -, len: 223 aa. Equivalent to Rv0323c, + len: 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 223 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others e.g. YPJG_BACSU|P42981 + hypothetical 24.8 kd protein from Bacillus subtilis (224 + aa), FASTA scores: opt: 182, E(): 1.3e-05, (27.5% identity + in 211 aa overlap). Also some similarity to MLU15183_8 + from Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (32.0% + identity in 147 aa overlap). Mb0331c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mycothiol conjugate amidase Mca (Mycothiol + S-conjugate amidase)" + /protein_id="CAB5248037.1" + /translation="MNSCNRLPCAHEVLAVFAHPDDESFGLGAVLGDFTAQGTRLRGL + CFTHGEASTLGRTDRNLGEVRREELAAAAQVLGVDHVQLLAYPDNGLAQIPLNELTQR + VVDALAGADLLLVFDDNGVTGHPDHRRATEAALAAASTPGIPVLAWALPQPIADRLNA + EFSASFGGRGHGHLDIMIEVDRSRQLAAIGCHFTQSADNPVLWRRLELLGDREYLRWL + RRSVP" + gene 392382..393062 + /locus_tag="BQ2027_MB0332" + CDS 392382..393062 + /locus_tag="BQ2027_MB0332" + /note="Mb0332, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv0324, len: + 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 226 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, arsR family, with its + N-terminus similar to the N-terminus of other DNA-binding + proteins e.g. P30346|MERR_STRLI probable mercury + resistance operon from Streptomyces lividans (125 aa), + FASTA scores: opt: 154, E(): 0.002, (32.2% identity in 90 + aa overlap)), and its C-terminal part similar to + hypothetical bacterial proteins e.g. P54510|YQHL_BACSU + hypothetical 14.6 kd protein from Bacillus subtilis (126 + aa), FASTA scores: opt: 159, E(): 0.00097, (35.5% identity + in 76 aa overlap)). Most similar to AJ005575|SPE005575_2 + ORF1 required for antibiotic production from Streptomyces + peucetius (226 aa), FASTA scores: opt: 816, E(): 0, (60.7% + identity in 211 aa overlap). Also similar in C-terminus to + MTCY164.26 molybdopterin biosynthesis moeb protein from + Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (36.8% identity in + 114 aa overlap). Protein product from Mb0332 detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY ARSR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248038.1" + /translation="MAGQSDRKAALLDQVARVGKALANGRRLQILDLLAQGERAVEAI + ATATGMNLTTASANLQALKSGGLVEARREGTRQYYRIAGEDVARLFALVQVVADEHLA + DVAVAAADVLGSPEDAITRAELLRRREAGEVTLVDVRPHEEYQAGHIPGAINIPIAEL + ADRLAELAGDRDIVAYCRGAYCVMAPDAVRIARDAGREVKRLDDGMLEWRLAGLPVDE + GAPVGHGD" + gene 393069..393758 + /locus_tag="BQ2027_MB0333" + CDS 393069..393758 + /locus_tag="BQ2027_MB0333" + /EC_number="2.1.1.63" + /note="Mb0333, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv0325 and + Rv0326, len: 74 aa and 151 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 74 aa + overlap and 100.0% identity in 151 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0325 and Rv0326 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, the absence of a stop codon + between Rv0325 and Rv0326 due to a single base transition + (t-c) leads to single product. Mb0333 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methylated-DNA--protein-cysteine + methyltransferase (EC" + /protein_id="CAB5248039.1" + /translation="MGPKGSLRLVKRQPELLVAQHEHWQDTYRAHPVLYGTRPSEPGV + YAAEVFNADGVQRVLELAAGHGRDTLYFAGQGFTVVATDFSDVAVAQLRRSAQARGVS + ARVQPIVHDLRQPLPVKTGSIDGAFAHMALCMALSTSEIHAVVAEVGRVLRPGGKFIY + TVRHTGDAHYGAGQAHGDDIFECAGFAVHFFRRELVARLATGWVLEEVHDFEEGELPR + RLWRVTVTKPA" + gene complement(393726..395075) + /gene="cyp135A1" + /locus_tag="BQ2027_MB0334C" + CDS complement(393726..395075) + /gene="cyp135A1" + /locus_tag="BQ2027_MB0334C" + /note="Mb0334c, cyp135A1, len: 449 aa. Equivalent to + Rv0327c, len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 449 aa overlap). Possible + cyp135A1, cytochrome P450 (EC 1.14.-.-), similar to + cytochrome P-450 monoxygenases and other cytochrome P-450 + related enzymes e.g. FQ12609 PUTATIVE P450 MONOOXYGENASE + (EC 1.14.14.1) (506 aa), FASTA scores: opt: 276, E() : + 1.7e-11, (27.9% identity in 433 aa overlap). Also similar + to other Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + MTV039.06|Rv0568 PUTATIVE CYTOCHROME P450 (472 aa); + MTCI5.10 cytochrome p450 FASTA score: (30.4% identity in + 434 aa overlap). Contains cytochrome P450 cysteine + heme-iron ligand signature (PS00086). BELONGS TO THE + CYTOCHROME P450 FAMILY. Alternative start possible at + 33706 but no RBS." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTOCHROME P450 135A1 CYP135A1" + /protein_id="CAB5248040.1" + /translation="MASTLTTGLPPGPRLPRYLQSVLYLRFREWFLPAMHRKYGDVFS + LRVPPYADNLVVYTRPEHIKEIFAADPRSLHAGEGNHILGFVMGEHSVLMTDEAEYAR + MRSLLMPAFTRAALRGYRDMIASVAREHITRWRPHATINSLDHMNALTLDIILRVVFG + VTDPKVKAELTSRLQQIINIHPAILAGVPYPSLKRMNPWKRFFHNQTKIDEILYREIA + SRRIDSDLTARTDVLSRLLQTKDTPTKPLTDAELRDQLITLLLAGHETTAAALSWTLW + ELAHAPEIQSQVVWAAVGGDDGFLEAVLKEGMRRHTVIASTARKVTAPAEIGGWRLPA + GTVVNTSILLAHASEVSHPKPTEFRPSRFLDGSVAPNTWLPFGGGVRRCLGFGFALTE + GAVILQEIFRRFTITAAGPSKGETPLVRNITTVPKHGAHLRLIPQRRLGGLGDSDPP" + gene 395141..395743 + /locus_tag="BQ2027_MB0335" + CDS 395141..395743 + /locus_tag="BQ2027_MB0335" + /note="Mb0335, -, len: 200 aa. Equivalent to Rv0328, len: + 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 200 aa overlap). Possible + transcription regulator, tetR/acrR family, similar in part + to various hypothetical transcriptional regulators e.g. + T36696|4726006|CAB41735.1|AL049731 probable regulatory + protein from Streptomyces coelicolor (197 aa). Also some + similarity with YX44_MYCTU|Q10829 hypothetical + transcriptional regulator from Mycobacterium tuberculosis + (195 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.00061, (26.7% + identity in 202 aa overlap). Contains probable helix-turn + helix motif from aa 27-48 (Score 1408, +3.98 SD). SEEMS TO + BELONG TO THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb0335 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0335 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR/ACRR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248041.1" + /translation="MQQQRTNRDKLLDGALACLRERGYGNTSSRDIARAAGVNIASIN + YHFGSKDALLDDALGRCFSTWNQRVQEAFDHSRAAGPAGQILAVLEATVDSFEQIRPA + VYACVESYAPALRSEALRERLAAGYADVRQHSVDLAGAALAGTDIAPPENLSTIVSVL + MAVIDGLMIQWIADPSATPRSTEVIRALASIGAVVTSQLR" + gene complement(395724..396350) + /locus_tag="BQ2027_MB0336C" + CDS complement(395724..396350) + /locus_tag="BQ2027_MB0336C" + /note="Mb0336c, -, len: 208 aa. Equivalent to Rv0329c, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 208 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with others hypothetical + proteins and methyltransferases e.g. MitM|AF127374_14 + methyltransferase from Streptomyces lavendulae (283 aa), + FASTA scores: opt: 242, E(): 1.8e-08, (37.2% identity in + 145 aa overlap); Q48938 from Methanosarcina barkeri (262 + aa), FASTA scores: opt: 194, E(): 3.6e-06, (31.1% identity + in 119 aa overlap). Protein product from Mb0336c detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="CAB5248042.1" + /translation="MRLTHPARRYLSSQAARPTGAFGRLLGRIWRAETADVNRIAVEL + LAPGPGERVCEIGFGPGRTLGLLAAAGAQVSGVEVSTTMIAIAAHHNAKAIAAGLISL + YHGDGVTLPVADHSLDKVLGVHNFYFSPDPRASLCDIARALRPGGRLVLTSISDDQPL + AARFDPAIYRVPPTLDTAAWLGAAGFIDVGIKRSADHPATVWFTATAT" + gene complement(396377..397117) + /locus_tag="BQ2027_MB0337C" + CDS complement(396377..397117) + /locus_tag="BQ2027_MB0337C" + /note="Mb0337c, -, len: 246 aa. Equivalent to Rv0330c, + len: 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 246 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, AcrR family" + /protein_id="CAB5248043.1" + /translation="MARSIPADRFSAIVAASARVFIAHGYQRTQVQDVADALALAKGT + LYGYAQGKAALFAAAVRYGDAQEALPLASELPVAAPVAGEIAAVVSARLAGEVTDMRL + THALRATLPPGATTGDARAELAGIVTDLYSRLARHRIALKLVDRCAPELPDLAEVWFG + TGRNAQVDAVQAYLVHRERAGLLILPGPAPMVARTIVELCALWAVHLHFDPSPEPWSI + VQPGVIDDDAIAATLAEFVVRATTASSD" + gene 397231..398397 + /locus_tag="BQ2027_MB0338" + CDS 397231..398397 + /locus_tag="BQ2027_MB0338" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0338, -, len: 388 aa. Equivalent to Rv0331, len: + 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 388 aa overlap). Possible + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases e.g. + NP_103779.1|14022957|BAB49565.1|AP002999 flavoprotein + reductase from Mesorhizobium loti (377 aa); NP_147681.1 + predicted NAD(FAD)-dependent dehydrogenase from Aeropyrum + pernix (381 aa); DHSU_CHRVI|Q06530 sulfide dehydrogenase + (431 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): 6.8e-15, (25.6% + identity in 348 aa overlap). TBparse score is 0.906. + Protein product from Mb0338 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0338 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="CAB5248044.1" + /translation="MSKTVLILGAGVGGLTTADTLRQLLPPEDRIILVDRSFDGTLGL + SLLWVLRGWRRPDDVRVRPTAASLPGVEMVTATVAHIDIAAQVVHTDNSVIGYDALVI + ALGAALNTDAVPGLSDALDADVAGQFYTLDGAAELRAKVEALEHGRIAVAIAGVPFKC + PAAPFEAAFLIAAQLGDRYATGTVQIDTFTPDPLPMPVAGPEVGEALVSMLKDHGVGF + HPRKALARVDEAARTMHFGDGTSEPFDLLAVVPPHVPSAAARSAGLSESGWIPVDPRT + LSTSADNVWAIGDATVLTLPNGKPLPKAAVFAEAQAAVVAHGVARHLGYDVAERHFTG + TGACYVETGDHQAAKGDGDFFAPSAPSVTLYPPSREFHEEKVAQELAWLTRWKT" + gene 398472..399257 + /locus_tag="BQ2027_MB0339" + CDS 398472..399257 + /locus_tag="BQ2027_MB0339" + /note="Mb0339, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv0332, len: + 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 261 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several conserved hypothetical + proteins from Streptomyces coelicolor e.g. + SC6A9.18c|AL031035|SC6A9_18|T35449 hypothetical protein + (266 aa), FASTA scores: opt: 508, E(): 5.7e-27, (36.7% + identity in 251 aa overlap). Protein product from Mb0339 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0339 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248045.1" + /translation="MRKPASSLAKVDYSSAYLEQTHAFGELIRNVDQSTPVPTCPGWS + LGQLFRHVGRGDRWAAQIVRDRLDHFLDPRSVEGGKPPPDPDDAISWLYGGARLLVDA + VEQTGVETPVWTFLGPRPAGWWVRRRLHEVAVHRADVAITVGGEFTLEPNVAADGISE + FLERIAVQAGSGGTPLPLEDDDTLHLHATDPGLLEAGGWTVRRDERGVTWSHRHGKGA + VALRGGATELLLAMVRRLSVADTGIELLGDAGVWQKWLDRTPL" + gene 399284..399658 + /locus_tag="BQ2027_MB0340" + CDS 399284..399658 + /locus_tag="BQ2027_MB0340" + /note="Mb0340, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv0333, len: + 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0340 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0340 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="CAB5248046.1" + /translation="MTTSEIATVLAWHDALNAADIETLVALSTDDIDIGDAHGAVQGH + DALRGWASSLTTTAELGRMYVHHGVVVVEQKITSGEDPGIARTGAAAFRVVQDHVASV + FRHEDLASALAATELTEDDLVD" + gene 399688..400554 + /gene="rmlA" + /locus_tag="BQ2027_MB0341" + CDS 399688..400554 + /gene="rmlA" + /locus_tag="BQ2027_MB0341" + /note="Mb0341, rmlA, len: 288 aa. Equivalent to Rv0334, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 288 aa overlap). Probable rmlA + (alternate gene name: rfbA), glucose-1-phosphate + thymidylyl-transferase (EC 2.7.7.24), equivalent to + CAC32020.1|AL583925 glucose-1-phosphate + thymidyltransferase from Mycobacterium leprae (288 aa). + Also highly similar to others e.g. AAG29804.1|AF235050 + glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from + Streptomyces rishiriensis (296 aa); RBA1_ECOLI|P37744 + glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from Escherichia + coli strain K12 (293 aa), FASTA scores: opt: 1199, E(): 0, + (62.0% identity in 284 aa overlap). BELONGS TO THE + GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE FAMILY. Protein + product from Mb0341 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0341 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alpha-d-glucose-1-phosphate + thymidylyltransferase rmla (dtdp-glucose synthase) + (dtdp-glucose pyrophosphorylase)" + /protein_id="CAB5248047.1" + /translation="MRGIILAGGSGTRLYPITMGISKQLLPVYDKPMIYYPLTTLMMA + GIRDIQLITTPHDAPGFHRLLGDGAHLGVNISYATQDQPDGLAQAFVIGANHIGADSV + ALVLGDNIFYGPGLGTSLKRFQSISGGAIFAYWVANPSAYGVVEFGAEGMALSLEEKP + VTPKSNYAVPGLYFYDNDVIEIARGLKKSARGEYEITEVNQVYLNQGRLAVEVLARGT + AWLDTGTFDSLLDAADFVRTLERRQGLKVSIPEEVAWRMGWIDDEQLVQRARALVKSG + YGNYLLELLERN" + gene complement(400565..401080) + /gene="PE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0342C" + CDS complement(400565..401080) + /gene="PE6" + /locus_tag="BQ2027_MB0342C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0342c, PE6, len: 171 aa. Equivalent to Rv0335c, + len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 171 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family (see first citation + below); contains short region of similarity to part of the + unique N-terminus of the Mycobacterium tuberculosis PGRS + family of Glycine-rich proteins e.g. Y03A_MYCTU|Q10637 + hypothetical glycine-rich 49.6 kd protein (603 aa), FASTA + scores: opt: 219, E(): 1.1e-08, (51.5% identity in 66 aa + overlap). Mb0342c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe6" + /protein_id="CAB5248048.1" + /translation="MRSMGFLHRACRAPSSLPAPLMARPGRSVLARPAATPPGPLCAT + TRPRPPQGNQPPASRISNFPPKRHKTRVLAAAEDEVSAAVAALISAHGRRHHSLNNQA + AAFHGQFAQNLNVGAGSCASAETTADAPTQALLGPADRQRRQRRAVRQWLVRWAAHPG + RATRGFHNHRQ" + gene 401222..402733 + /locus_tag="BQ2027_MB0343" + CDS 401222..402733 + /locus_tag="BQ2027_MB0343" + /note="Mb0343, -, len: 503 aa. Equivalent to Rv0336, len: + 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 503 aa overlap). Part of Mycobacterium + tuberculosis 13E12 repeat family; almost identical to + Rv0515|MTCY20G10.05 hypothetical protein from M. + tuberculosis FASTA scores: (99.8% identity in 503 aa + overlap), possibly due to a recent gene duplication. Also + similar to other Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins e.g. Rv1148c, Rv1945, etc. Mb0343 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248049.1" + /translation="MPSPEAIAHFDERFECHAPRTTRVSAAFIDRICSATRAENRAAA + AQLVALGELFAYRWSRCGGREEWVMDTMAAVAAEVAAALRISQGLAASRLRYARAMRE + RLPKTAEVFSAGDIGYLMFATIVYRTDLIVDPDVLAAVDAQLAANVARWPSMTKARLA + GQVDKIVARADADAVRRRKEYQAQRQFWVGESQDGVCQIGGSLLAVDAHALDARLSAL + AGTVCEHDPRSREQRRADALGALAGGADRLGCGCGRADCAAGKRPAAPPVVIHLIAEA + ATINGTGSAPASQMNADGLITAELVAELAKTATLVPLVHPGDAPPEPGYAPSKALADF + VRCRDLTCRWPGCDEPATNCDLDHTIPYAAGGPTHASNLKCYCRTHHLVKTFWGWRDQ + QLPDGTLILTSPSGHTYVSTPGSALLFPSLCHFSGGIPAPEADPPYDHCDQRTAMMPK + RRRTRAQDRAYRIATERRQNHAARQRAQVLTQTAAATDTHGPPPDHNDDPPPF" + gene complement(402903..404192) + /gene="aspC" + /locus_tag="BQ2027_MB0344C" + CDS complement(402903..404192) + /gene="aspC" + /locus_tag="BQ2027_MB0344C" + /note="Mb0344c, aspC, len: 429 aa. Equivalent to Rv0337c, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 429 aa overlap). Probable aspC, + aspartate aminotransferase (transaminase A) (EC 2.6.1.1), + equivalent to CAC32019.1|AL583925 probable aspartate + aminotransferase from Mycobacterium leprae (437 aa). Also + highly similar to many e.g. Q48143|U32823 aspartate + aminotransferase (404 aa), FASTA scores: opt: 1646, E(): + 0, (57.2% identity in 404 aa overlap). Also some + similarity to Rv3565|MTCY06G11.12 from Mycobacterium + tuberculosis FASTA score: (27.2% identity in 383 aa + overlap). BELONGS TO CLASS-I OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: + PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein product from Mb0344c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0344c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ASPARTATE AMINOTRANSFERASE ASPC + (TRANSAMINASE A) (ASPAT)" + /protein_id="CAB5248050.1" + /translation="MDNDGTIVDVTTHQLPWHTASHQRQRAFAQSAKLQDVLYEIRGP + VHQHAARLEAEGHRILKLNIGNPAPFGFEAPDVIMRDIIQALPYAQGYSDSQGILSAR + RAVVTRYELVPGFPRFDVDDVYLGNGVSELITMTLQALLDNGDQVLIPSPDYPLWTAS + TSLAGGTPVHYLCDETQGWQPDIADLESKITERTKALVVINPNNPTGAVYSCEILTQM + VDLARKHQLLLLADEIYDKILYDDAKHISLASIAPDMLCLTFNGLSKAYRVAGYRAGW + LAITGPKEHASSFIEGIGLLANMRLCPNVPAQHAIQVALGGHQSIEDLVLPGGRLLEQ + RDIAWTKLNEIPGVSCVKPAGALYAFPRLDPEVYDIDDDEQLVLDLLLSEKILVTQGT + GFNWPAPDHLRLVTLPWSRDLAAAIERLGNFLVSYRQ" + gene complement(404223..406871) + /locus_tag="BQ2027_MB0345C" + CDS complement(404223..406871) + /locus_tag="BQ2027_MB0345C" + /note="Mb0345c, -, len: 882 aa. Equivalent to Rv0338c, + len: 882 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 882 aa overlap). Probable + iron-sulphur-binding reductase (EC 1.-.-.-), possibly + membrane-bound, equivalent to CAC32018.1|AL583925 probable + iron-sulphur-binding reductase from Mycobacterium leprae + (880 aa). Also highly similar to others e.g. + T36608|5019323|CAB44376.1|AL078610 probable + iron-sulfur-binding reductase from Streptomyces coelicolor + (760 aa), FASTA scores: opt: 1658, E(): 0, (49.9% identity + in 772 aa overlap); BAB07521.1|AP001520 + iron-sulphur-binding reductase from Bacillus halodurans + (700 aa). Contains PS00070 Aldehyde dehydrogenases + cysteine active site and two of PS00198 4Fe-4S + ferredoxins, iron-sulfur binding region signature. First + of several possible start sites chosen. Protein product + from Mb0345c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0345c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable iron-sulfur-binding reductase" + /protein_id="CAB5248051.1" + /translation="MTTQTLIRLILGMSMTAVVGVFALRRVWWLYKLVMSGQPASGRT + DNLGTRIWTQISEVLGQRRLLKWSIPGLAHFFTMWGFFILLTVYIEAYGLLFEERFHI + PVIGRWDALGFLQDFFATAVFLGITTFAIIRILRNPREIGRSSRFYGSHNGGAWLVLL + MIFNVIWTYVLVRGSAVNNGTLPYGNGAFLSQLFGAILRPLGQPANEIIETTALLLHI + GVMLAFLILVLHSKHLHIFLAPINVTFKRLPDGLGPLLPLEADGKPIDFENPSEDAVF + GRGKIEDFTWKGMLDFATCTECGRCQSQCPAWNTGKPLSPKLVIMDLRDHWMAKAPYI + LGQKDASAGGEAGHQEHHHVPESGFGRVPGHGPEQATRPLVGTEEQGGVIDPDVLWSC + VTCGACVEQCPVDIEHVDHIVDMRRYQVMMESEFPSELSVLFKNLETKGNPWGQNASD + RTNWIDEVDFDVPVYGQDVDSFDGYEYLFWVGCAGAYDDKAKKTTKAVAELLAVAGVK + YLVLGAGETCNGDSARRSGNEFLFQQLAQQAVETLDGLFEGVETVDRKIVVTCPHCFN + TIGKEYRQLGANYTVLHHTQLLNRLVRDKRLVPVTPVSQDITYHDPCYLGRHNKVYEA + PRELIGAAGASLTEMPRHADRSFCCGAGGARMWMEEHIGKRINHERVDEALATDATAI + ATACPFCRVMVTDGVNDRQEEAGRSGVEVLDVAQVLLGSLDHDKAQLPAKGTAAKQAQ + ERAPKAAPKAAAPVTPVEAPAEAPQAPAPAAPAAPVKGLGMAAGAKRPGAKKAAPTPA + APAAPAAPVKGLGIAAGAKRPGAKKTPPPAPGLAEPAAQPQPEAKPQPEPAAPPKPQT + DGDPAAPAAPVKGLGIARGARPPGKR" + gene complement(406980..409478) + /locus_tag="BQ2027_MB0346C" + CDS complement(406980..409478) + /locus_tag="BQ2027_MB0346C" + /note="Mb0346c, -, len: 832 aa. Equivalent to Rv0339c, + len: 832 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 832 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, showing very weak similarity + with parts of others. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop); and probable helix-turn helix motif + from aa 778-799 (Score 1041, +2.73 SD). Protein product + from Mb0346c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0346c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248052.1" + /translation="MQHRGCKNRGQAYDASVTDSLTEVPPAARRALLELANAPTVPVK + VLITGGIGTGKTTVLAAARDTLRRSGLTVLACPPPDGEPPETALVIDDAQLLTDTELL + RLTERVADSRLTVVAAAEAREHHRALRALTMALERDRPRISLGPLPVAEHLRDCTAGL + PFLIHAVSARAQAPAQAAKVALIERLRRLDEPTLDTLLMMSLTHELGVSDVAAALGIS + VTDARGLVDRAHASGLIESSHTAAFLQSVHDAIAQIVGNAHHHEVETSLLRSQLDISP + VSAELALRLAEHGLRDERLADILTRYAADTRDASVRCARLYRAAVHAGAKGLTVRLAD + ALARTGDCTAAATLADDLLSSPDATERAAAVRVAASVAVHDGNTGHAAELFGWLGPHP + DTMVSSAATIVFAANGDLATARATLRLKDAGPPTMAARCARNLAEGLLLTMDQPYPVA + MAKLGQAIATEQSLSQVIPDSPAALVTLAAIHAGDPVRARSVIGRAVRAGADPLFQRR + HLLLSGWIKMQEGQLPSASADVAAASAGTHLHRRDALWAAALQTAISRRTGDIGALQQ + HWYAAMEALAEYSLDLFALLPLGELWVAAARMRQVDQLQHTLDQALTLLDSLGNPALW + SNSLHWAGVHAGILANSPESVAPHGQALGAMVAHSTLAQALSDAGRTWLRVLAENVDA + DEVTAAARSLSHVGLTSDATRLAGQAALQTSDARVSGAMLQLARDLKLGNDFGEPPSG + AGDTEPASGTPPAPRQPPAGSPLSDREREVAELLLLGMPYRDIGARLFISAKTVEHHV + ARIRQRLGAGSRSEMLSMLRAMLAPESLTADERR" + gene 409664..410203 + /locus_tag="BQ2027_MB0347" + CDS 409664..410203 + /locus_tag="BQ2027_MB0347" + /note="Mb0347, -, len: 179 aa. Equivalent to Rv0340, len: + 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 179 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; MEME-MAST analysis shows similarity + to product of downstream gene, Rv0341|iniB. Mb0347 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248053.1" + /translation="MANSLLDFVISLVRDPEAAARYAANPERSIAEAHLTDVTRADVN + SLIPVVSDSLSMSEPIGAAGGAHAGDRGNVWASGAATAALDAFAPHADAGVVQQHGAV + GSVLNQPTPPGPGVTPTDPRPFRAGPHETSALLTSAEIPDTTSEDGGLPTDHPAVWNH + PVVDPHTVEPDHHGYDIHG" + gene 410392..411831 + /gene="iniB" + /locus_tag="BQ2027_MB0348" + CDS 410392..411831 + /gene="iniB" + /locus_tag="BQ2027_MB0348" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0348, iniB, len: 479 aa. Equivalent to Rv0341, + len: 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). iniB, + isoniazid-inducible gene, (see citations below). Protein + very Gly-, Ala-rich, similar to cell wall proteins e.g. + P27483|GRP_ARATH GLYCINE-RICH CELL WALL STRUCTURAL PROTEIN + from A.thaliana (338 aa), FASTA scores: opt: 532, E(): + 5.2e-13, (39.3% identity in 321 aa overlap). MEME-MAST + analysis shows similarity to product of upstream gene, + Rv0340. Protein product from Mb0348 detected using shotgun + mass spectrometry. Mb0348 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ISONIAZID INDUCTIBLE GENE PROTEIN INIB" + /protein_id="CAB5248054.1" + /translation="MTSLIDYILSLFRSEDAARSFVAAPGRAMTSAGLIDIAPHQISS + VAANVVPGLNLGAGDPMSGLRQAVAARHGFAQDVANVGFAGDAGAGVASVITTDVGAG + LASGLGAGFLGQGGLALAASSGGFGGQVGLAAQVGLGFTAVIEAEVGAQVGAGLGIGT + GLGAQAGMGFGGGVGLGLGGQAGGVIGGSAAGAIGAGVGGRLGGNGQIGVAGQGAVGA + GVGAGVGGQAGIASQIGVSAGGGLGGVGNVSGLTGVSSNAVLASNASGQAGLIASEGA + ALNGAAMPHLSGPLAGVGVGGQAGAAGGAGLGFGAVGHPTPQPAALGAAGVVAKTEAA + AGVVGGVGGATAAGVGGAHGDILGHEGAALGSVDTVNAGVTPVEHGLVLPSGPLIHGG + TGGYGGMNPPVTDAPAPQVPARAQPMTTAAEHTPAVTQPQHTPVEPPVHDKPPSHSVF + DVGHEPPVTHTPPAPIELPSYGLFGLPGF" + gene 411868..413790 + /gene="iniA" + /locus_tag="BQ2027_MB0349" + CDS 411868..413790 + /gene="iniA" + /locus_tag="BQ2027_MB0349" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0349, iniA, len: 640 aa. Equivalent to Rv0342, + len: 640 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 640 aa overlap). iniA, + isoniazid-inducible gene, (see citations below). Shows + slight similarity to some hypothetical bacterial proteins + e.g. P40983|YOR6_THER hypothetical protein (402 aa), FASTA + scores: opt: 242, E(): 1.4e-07, (22.3% identity in 349 aa + overlap). Also some similarity to downstream ORF + Rv0343|iniC. Possible transmembrane stretch around residue + 490. Alternative translational start at 410824. Contains a + phosphopantetheine attachment site motif suggestive of an + acyl carrier protein. Note that the iniA gene is also + induced by the antibiotic ethambutol, an agent that + inhibits cell wall biosynthesis by a mechanism that is + distinct from isoniazid. Protein product from Mb0349 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0349 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ISONIAZID INDUCTIBLE GENE PROTEIN INIA" + /protein_id="CAB5248055.1" + /translation="MVPAGLCAYRDLRRKRARKWGDTVTQPDDPRRVGVIVELIDHTI + AIAKLNERGDLVQRLTRARQRITDPQVRVVIAGLLKQGKSQLLSSLLNLPAARVGDDE + ATVVITVVSYSAQPSARLVLAAGPDGTTAAVDIPVDDISTDVRRAPHAGGREVLRVEV + GAPSPLLRGGLAFIDTPGVGGLGQPHLSATLGLLPEADAVLVVSDTSQEFTEPEMWFV + RQAHQICPVGAVVATKTDLYPRWREIVNANAAHLQRARVPMPIIAVSSLLRSHAVTLN + DKELNEESNFPAIVKFLSEQVLSRATERVRAGVLGEIRSATEQLAVSLGSELSVVNDP + NLRDRLASDLERRKREAQQAVQQTALWQQVLGDGFNDLTADVDHDLRTRFRTVTEDAE + RQIDSCDPTAHWAEIGNDVENAIATAVGDNFVWAYQRSEALADDVARSFADAGLDSVL + SAELSPHVMGTDFGRLKALGRMESKPLRRGQKMIIGMRGSYGGVVMIGMLSSVVGLGL + FNPLSVGAGLILGRMAYKEDKQNRLLRVRSEAKANVRRFVDDISFVVSKQSRDRLKMI + QRLLRDHYREIAEEITRSLTESLQATIAAAQVAETERDNRIRELQRQLGILSQVNDNL + AGLEPTLTPRASLGRA" + gene 413787..415268 + /gene="iniC" + /locus_tag="BQ2027_MB0350" + CDS 413787..415268 + /gene="iniC" + /locus_tag="BQ2027_MB0350" + /note="Mb0350, iniC, len: 493 aa. Equivalent to Rv0343, + len: 493 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 493 aa overlap). iniC, + isoniazid-inducible gene, (see citations below). Shows + slight similarity to P40983|YOR6_THER8 hypothetical + protein (402 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): 2.6e-05, + (25.9% identity in 228 aa overlap). Also some similarity + to upstream ORF Rv0342|iniA. Contains (PS00017) + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Note that the iniA + gene is also induced by the antibiotic ethambutol, an + agent that inhibits cell wall biosynthesis by a mechanism + that is distinct from isoniazid. Protein product from + Mb0350 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0350 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ISONIAZID INDUCTIBLE GENE PROTEIN INIC" + /protein_id="CAB5248056.1" + /translation="MSTSDRVRAILHATIQAYRGAPAYRQRGDVFCQLDRIGARLAEP + LRIALAGTLKAGKSTLVNALVGDDIAPTDATEATRIVTWFRHGPTPRVTANHRGGRRA + NVPITRRGGLSFDLRRINPAELIDLEVEWPAEELIDATIVDTPGTSSLACDASERTLR + LLVPADGVPRVDAVVFLLRTLNAADVALLKQIGGLVGGSVGALGIIGVASRADEIGAG + RIDAMLSANDVAKRFTRELNQMGICQAVVPVSGLLALTARTLRQTEFIALRKLAGAER + TELNRALLSVDRFVRRDSPLPVDAGIRAQLLERFGMFGIRMSIAVLAAGVTDSTGLAA + ELLERSGLVALRNVIDQQFAQRSDMLKAHTALVSLRRFVQTHPVPATPYVIADIDPLL + ADTHAFEELRMLSLLPSRATTLNDDEIASLRRIIGGSGTSAAARLGLDPANSREAPRA + ALAAAQHWRRRAAHPLNDPFTTRACRAAVRSAEAMVAEFSARR" + gene complement(415411..415971) + /gene="lpqJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0351C" + CDS complement(415411..415971) + /gene="lpqJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0351C" + /note="Mb0351c, lpqJ, len: 186 aa. Equivalent to Rv0344c, + len: 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 186 aa overlap). Probable lipoprotein, + without homology. Has an appropriately positioned + prokaryotic lipoprotein signature (PS00013). Protein + product from Mb0351c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPQJ" + /protein_id="CAB5248057.1" + /translation="MRLSLIARGMAALLAATALVAGCNTTIDGRPVASPGSGPTEPTF + PTPRPTTAPPGTTAPTLPTTPVSPTAPAGAIPLPPDSNGYVFIETKSGMTRCQINRDS + VGCEAPFTNSPLRDGEHANGIHITAGGSVQWVLGNLGAIPTVSIDYRTYEAQGWTIDA + TTDGTRFTNNRTGHGMFVSIEKVDTF" + gene 416217..416489 + /locus_tag="BQ2027_MB0353" + CDS 416217..416489 + /locus_tag="BQ2027_MB0353" + /note="Mb0353, -, len: 90 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0345, len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 90 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to other + hypothetical proteins e.g. AL13282 4|SCAH10_9 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (207 aa), FASTA + scores: opt: 188, E(): 1.5e-05, (41.0% identity in 117 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a frameshift due to a single base deletion (a-*) + leads to a shorter product with a different NH2 part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Mb0353 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248058.1" + /translation="MVLGAVEVSAPAGVTAITAPDWQQGLSASVRAGLAQADREHADY + AVLHVIDTPDVNAKVVARVLGRALVSRSGLAGRGRIPAHSARRRGC" + gene complement(416531..417994) + /gene="ansP2" + /locus_tag="BQ2027_MB0354C" + CDS complement(416531..417994) + /gene="ansP2" + /locus_tag="BQ2027_MB0354C" + /standard_name="aroP2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0354c, ansP2, len: 487 aa. Equivalent to Rv0346c, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 487 aa overlap). Possible ansP2, + L-asparagine permease, integral membrane protein belonging + to family containing many amino acid permeases, highly + similar to G467030|B2126_F2_85|NP_301937.1|NC_002677 + probable L-asparagine permease from Mycobacterium leprae + (498 aa); and NP_301938.1|NC_002677 probable L-asparagine + permease from Mycobacterium leprae (505 aa). Also highly + similar to others e.g. P77610|ANSP_ECOLI L-ASPARAGINE + PERMEASE from Escherichia coli strain K-12 (499 aa). Also + highly similar to ANSP1|Rv2127|MT2186|MTCY261_22|O33261 + PROBABLE L-ASPARAGINE PERMEASE from Mycobacterium + tuberculosis (489 aa), FASTA score: (72.1% identity in 473 + aa overlap). And shows some similarity to MTCY3G12.14 from + Mycobacterium tuberculosis. BELONGS TO THE AMINO ACID + PERMEASE FAMILY (APC FAMILY). Note that previously known + as aroP2. Protein product from Mb0354c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0354c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE L-ASPARAGINE PERMEASE ANSP2 + (L-ASPARAGINE TRANSPORT PROTEIN)" + /protein_id="CAB5248059.1" + /translation="MPPLDITDERLTREDTGYHKGLHSRQLQMIALGGAIGTGLFLGA + GGRLASAGPGLFLVYGICGIFVFLILRALGELVLHRPSSGSFVSYAREFYGEKVAFVA + GWMYFLNWAMTGIVDTTAIAHYCHYWRAFQPIPQWTLALIALLVVLSMNLISVRLFGE + LEFWASLIKVIALVTFLIVGTVFLAGRYKIDGQETGVSLWSSHGGIVPTGLLPIVLVT + SGVVFAYAAIELVGIAAGETAEPAKIMPRAINSVVLRIACFYVGSTVLLALLLPYTAY + KEHVSPFVTFFSKIGIDAAGSVMNLVVLTAALSSLNAGLYSTGRILRSMAINGSGPRF + TAPMSKTGVPYGGILLTAGIGLLGIILNAIKPSQAFEIVLHIAATGVIAAWATIVACQ + LRLHRMANAGQLQRPKFRMPLSPFSGYLTLAFLAGVLILMYFDEQHGPWMIAATVIGV + PALIGGWYLVRNRVTAVAHHAIDHTKSVAVVHSADPI" + gene 418333..419319 + /locus_tag="BQ2027_MB0355" + CDS 418333..419319 + /locus_tag="BQ2027_MB0355" + /note="Mb0355, -, len: 328 aa. Equivalent to Rv0347, len: + 328 aa (alternative start possible), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 328 aa + overlap). Probable conserved membrane protein, similar to + Rv0831c|AL022004|MTV043_23 from Mycobacterium tuberculosis + (271 aa), FASTA scores: E(): 9.6e-21, (33.1% identity in + 266 aa overlap). Protein product from Mb0355 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0355 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248060.1" + /translation="MPGARELTLRVERGALFRRRWAASAASSARAAIRRDPRRCALGT + RPRWVSFLVIVLVIMNVVTAHPKYPNDPLALVLIELRHPRTEPPVPSAISILKEELAR + WTPILEQEEVRQVNLETGEHTAHSQKKLVARDRRTAITFRPDAMTLEVTDYPGWEEFR + SIVHAMVTARQDVAPVDGCIRIGLRYINEIRASLAEPSGWAYWVAESLLGPGTQLADL + KLTTTAQRHVIQCEGPEPGDSLTLRYAGARGAVIQSTPFLQRLKEPPAEGDFFLIDID + SAWSDPCKGIPALDAHLVDEVAERLHTPIGPLFESLITSELRTKVLQQPGQE" + gene 419322..419975 + /locus_tag="BQ2027_MB0356" + CDS 419322..419975 + /locus_tag="BQ2027_MB0356" + /note="Mb0356, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv0348, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, showing some similarity to + O53334|RV3188|MTV014.32 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (115 aa), FASTA score: + (30.0% identity in 100 aa overlap). Contains probable + helix-turn helix motif from aa 89-110 (Score 1407, +3.98 + SD). Protein product from Mb0356 detected using shotgun + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248061.1" + /translation="MTISFSSSNLRDDATSGNGDYRLDKLPETTPSTSVFDRADVTYR + QFTELHGQARDTRREAHVVELESKTGERARCAPMHALEQLADYGFAWRDIARVVGVSV + PAITKWRKGAGVTGENRLKIARLLALIDMLSDRFIGEPASWLEMPIQAGVGITRMDLL + ERGRYDLVLALASTHTGDGTVEYVLNETDKDWRETVVDNAFESYTAEDGVISIRPKR" + gene 419978..420637 + /locus_tag="BQ2027_MB0357" + CDS 419978..420637 + /locus_tag="BQ2027_MB0357" + /note="Mb0357, -, len: 219 aa. Equivalent to Rv0349, len: + 219 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 219 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0357 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0357 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248062.1" + /translation="MPELETPDDPESIYLARLEDVGEHRPTFTGDIYRLGDGRMVMIL + QHPCALRHGVDLHPRLLVAPVRPDSLRSNWARAPFGTMPLPKLIDGQDHSADFINLEL + IDSPTLPTCERIAVLSQSGVNLVMQRWVYHSTRLAVPTHTYSDSTVGPFDEADLIEEW + VTDRVDDGADPQAAEHECASWLDERISGRTRRALLSDRQHASSIRREARSHRKSVKLA + D" + gene 420864..422741 + /gene="dnaK" + /locus_tag="BQ2027_MB0358" + CDS 420864..422741 + /gene="dnaK" + /locus_tag="BQ2027_MB0358" + /standard_name="hsp70" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0358, dnaK, len: 625 aa. Equivalent to Rv0350, + len: 625 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 625 aa overlap). Probable DnaK + (alternate gene name: hsp70), 70 kDa heat shock protein + (see citations below), equivalent to + AAA25362.1|M95576|1924344A|738248 heat shock protein 70 + from Mycobacterium leprae (621 aa); and DNAK_MYCPA|Q00488 + (623 aa), FASTA scores: opt: 3678, E(): 0, (92.3% identity + in 625 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q05558|DNAK_STRCO|453231|CAA54606.1|X77458 CHAPERONE + PROTEIN DNAK from Streptomyces coelicolor (618 aa). Has + probably an ATPase activity (EC 3.6.1.-). Note that this + sequence differs from DNAK_MYCTU|P32723 (609 aa), due to a + frameshift near the N-terminus. BELONGS TO THE HEAT SHOCK + PROTEIN 70 FAMILY. Protein product from Mb0358 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0358 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHAPERONE PROTEIN DNAK (HEAT SHOCK + PROTEIN 70) (HEAT SHOCK 70 KDA PROTEIN) (HSP70)" + /protein_id="CAB5248063.1" + /translation="MARAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFAR + NGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRD + AEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKG + EKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGEGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKG + TSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDADKNPLFLDEQLTRA + EFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKE + PNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLKGEVKDVLLLDVTPLSLGIETKGGVMTRLIERNTTI + PTKRSETFTTADDNQPSVQIQVYQGEREIAAHNKLLGSFELTGIPPAPRGIPQIEVTF + DIDANGIVHVTAKDKGTGKENTIRIQEGSGLSKEDIDRMIKDAEAHAEEDRKRREEAD + VRNQAETLVYQTEKFVKEQREAEGGSKVPEDTLNKVDAAVAEAKAALGGSDISAIKSA + MEKLGQESQALGQAIYEAAQAASQATGAAHPGGEPGGAHPGSADDVVDAEVVDDGREA + K" + gene 422738..423445 + /gene="grpE" + /locus_tag="BQ2027_MB0359" + CDS 422738..423445 + /gene="grpE" + /locus_tag="BQ2027_MB0359" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0359, grpE, len: 235 aa. Equivalent to Rv0351, + len: 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 235 aa overlap). Probable grpE protein + (HSP-70 COFACTOR), equivalent to CAC32012.1|AL583925 Hsp70 + cofactor from Mycobacterium leprae (229 aa). Also highly + similar to others eg Q05562|GRPE_STRCO|2127521|PN0643 GRPE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (225 aa). Contains + grpE protein signature (PS01071). BELONGS TO THE GRPE + FAMILY. Protein product from Mb0359 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0359 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GRPE PROTEIN (HSP-70 COFACTOR)" + /protein_id="CAB5248064.1" + /translation="MTDGNQKPDGNSGEQVTVTDKRRIDPETGEVRHVPPGDMPGGTA + AADAAHTEDKVAELTADLQRVQADFANYRKRALRDQQAAADRAKASVVSQLLGVLDDL + ERARKHGDLESGPLKSVADKLDSALTGLGLVAFGAEGEDFDPVLHEAVQHEGDGGQGS + KPVIGTVMRQGYQLGEQVLRHALVGVVDTVVVDAAELESVDDGTAVADTAENDQADQG + NSADTLGEQAESEPSGS" + gene 423481..424668 + /gene="dnaJ1" + /locus_tag="BQ2027_MB0360" + CDS 423481..424668 + /gene="dnaJ1" + /locus_tag="BQ2027_MB0360" + /standard_name="dnaJ" + /note="Mb0360, dnaJ1, len: 395 aa. Equivalent to Rv0352, + len: 395 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 395 aa overlap). Probable DnaJ1, + chaperone protein, equivalent to AAA25363.1|M95576 DNA J + heatshock protein from Mycobacterium leprae (389 aa). Also + highly similar to others. Contains both DnaJ signatures + (PS00636, and PS00637). BELONGS TO THE DNAJ FAMILY. + COFACTOR: BINDS TWO ZINC IONS PER MONOMER. Note that + sequence differs from DNAJ_MYCTU|P07881 due to a + frameshift at the N-terminus. Note that previously known + as dnaJ. Protein product from Mb0360 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0360 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHAPERONE PROTEIN DNAJ1" + /protein_id="CAB5248065.1" + /translation="MAQREWVEKDFYQELGVSSDASPEEIKRAYRKLARDLHPDANPG + NPAAGERFKAVSEAHNVLSDPAKRKEYDETRRLFAGGGFGGRRFDSGFGGGFGGFGVG + GDGAEFNLNDLFDAASRTGGTTIGDLFGGLFGRGGSARPSRPRRGNDLETETELDFVE + AAKGVAMPLRLTSPAPCTNCHGSGARPGTSPKVCPTCNGSGVINRNQGAFGFSEPCTD + CRGSGSIIEHPCEECKGTGVTTRTRTINVRIPPGVEDGQRIRLAGQGEAGLRGAPSGD + LYVTVHVRPDKIFGRDGDDLTVTVPVSFTELALGSTLSVPTLDGTVGVRVPKGTADGR + ILRVRGRGVPKRSGGSGDLLVTVKVAVPPNLAGAAQEALEAYAAAERSSGFNPRAGWA + GNR" + gene 424668..425048 + /gene="hspR" + /locus_tag="BQ2027_MB0361" + CDS 424668..425048 + /gene="hspR" + /locus_tag="BQ2027_MB0361" + /note="Mb0361, hspR, len: 126 aa. Equivalent to Rv0353, + len: 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Probable hspR, heat + shock regulatory protein, merR family, highly similar to + others e.g. HspR|P40183 heat shock regulatory protein from + Streptomyces coelicolor (151 aa), FASTA scores: E(): + 4.9e-22, (55.7% identity in 140 aa overlap), that binds to + three inverted repeats (IR1-IR3) in the promoter region of + the dnaK operon. Has possible coiled coil region in + C-terminal half. BELONGS TO THE MERR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb0361 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable heat shock protein transcriptional + repressor hspr (merr family)" + /protein_id="CAB5248066.1" + /translation="MAKNPKDGESRTFLISVAAELAGMHAQTLRTYDRLGLVSPRRTS + GGGRRYSLHDVELLRQVQHLSQDEGVNLAGIKRIIELTSQVEALQSRLQEMAEELAVL + RANQRREVAVVPKSTALVVWKPRR" + gene complement(425173..435696) + /gene="PPE8" + /locus_tag="BQ2027_MB0362C" + CDS complement(425173..435696) + /gene="PPE8" + /locus_tag="BQ2027_MB0362C" + /note="Mb0362c, PPE8, len: 3507 aa. Equivalent to Rv0355c + and Rv0354c, len: 3300 aa and 141 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.8% identity in 3296 aa + overlap and 100.0% identity in 125 aa overlap). PPE8, + member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, + similar to others e.g. AL009198|MTV004_5 from M. + tuberculosis (3716 aa), FASTA scores: opt: 2906, E(): 0, + (40.9% identity in 3833 aa overlap); MTV004_3 FASTA + scores: (39.0% identity in 3531 aa overlap); etc. Gene + contains large number of clustered Major Polymorphic + Tandem Repeats (MPTR). Related to MTCY13E10.16c, E(): 0; + MTCY13E10.17c, E(): 0; MTCY48.17, E(): 0; MTCY98.0034c, + E(): 0; MTCY03C7.23 E(): 0; MTCY98.0031c, E(): 0; + MTCY31.06c, E(): 5.6e-17; MTCY359.33, E(): 2.3e-16. PPE7, + member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, + similar to others e.g. MTCY63_9 from Mycobacterium + tuberculosis (2411 aa), FASTA scores: E(): 3.6e-11, (47.6% + identity in 103 aa overlap). Possible continuation of ORF + upstream, but no sequence error apparent. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE7 and PPE8 exist as 2 genes. + In Mycobacterium bovis, a 2 bp insertion (*-ta) resulting + in the absence of a stop codon between the 2 genes, leads + to a single product. Mb0362c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe7" + /protein_id="CAB5248067.1" + /translation="MSFAVLPPEINSARLYVGAGLAPMLDAAAAWDGLADELGSAAAS + FSAVTAGLAGSSWLGAASTAMTGAAAPYLGWLSAAAAQAQQAATQTRLAAAAFEAALA + ATVHPAIISANRALFVSLVVSNLLGQNAPAIAATEAAYEQMWAQDVAAMFGYHAGASA + AVSALTPFGQALPTVAGGGALVSAAAAQVTTRVFRNLGLANVGEGNVGNGNVGNFNLG + SANIGNGNIGSGNIGSSNIGFGNVGPGLTAALNNIGFGNTGSNNIGFGNTGSNNIGFG + NTGDGNRGIGLTGSGLLGFGGLNSGTGNIGLFNSGTGNVGIGNSGTGNWGIGNSGNSY + NTGFGNSGDANTGFFNSGIANTGVGNAGNYNTGSYNPGNSNTGGFNMGQYNTGYLNSG + NYNTGLANSGNVNTGAFITGNFNNGFLWRGDHQGLIFGSPGFFNSTSAPSSGFFNSGA + GSASGFLNSGANNSGFFNSSSGAIGNSGLANAGVLVSGVINSGNTVSGLFNMSLVAIT + TPALISGFFNTGSNMSGFFGGPPVFNLGLANRGVVNILGNANIGNYNILGSGNVGDFN + ILGSGNLGSQNILGSGNVGSFNIGSGNIGVFNVGSGSLGNYNIGSGNLGIYNIGFGNV + GDYNVGFGNAGDFNQGFANTGNNNIGFANTGNNNIGIGLSGDNQQGFNIASGWNSGTG + NSGLFNSGTNNVGIFNAGTGNVGIANSGTGNWGIGNPGTDNTGILNAGSYNTGILNAG + DFNTGFYNTGSYNTGGFNVGNTNTGNFNVGDTNTGSYNPGDTNTGFFNPGNVNTGAFD + TGDFNNGFLVAGDNQGQIAIDLSVTTPFIPINEQMVIDVHNVMTFGGNMITVTEASTV + FPQTFYLSGLFFFGPVNLSASTLTVPTITLTIGGPTVTVPISIVGALESRTITFLKID + PAPGIGNSTTNPSSGFFNSGTGGTSGFQNVGGGSSGVWNSGLSSAIGNSGFQNLGSLQ + SGWANLGNSVSGFFNTSTVNLSTPANVSGLNNIGTNLSGVFRGPTGTIFNAGLANLGQ + LNIGSANLGDFNLGSGNVGSFNVFSGNQGSYNIGPANLGNYNIGFANLGNYNIGFGNA + GDFNQGFANTGNNNIGFANTGNNNIGIGLSGDNQQGFNFAGGWNSGTANIGLFNSGTN + NVGIGNSGTGNWGIGNSGSGNTGIGNTGSTNTGFFNTGIVNTGVANAGSYNTGWYNTG + DTNTGIANLGDFNTGFYNTGNFSTGFANQGDIATGAFITGDMGNGAFWRGDQQGLFSA + GYRVHVPEIPAHVTVEVPVNIPITASFTNTVYSGITLEQINFGFTIDIAGIPLLAGAI + SKAVLPPITGTGPAITVNIGDPGGSTAIRIPATASVGPFDVTFVNIAATTGFFNATTD + PSSGFFNGGPGTVSGIANIGANISGFQNVANSATSGFNNYGSLQSGLANLGDTVSGVF + NTGIGAPANVSGMFNIGSNLAGFFHDQATGMSMFNLGLGNIGQFNVGFSNVGDSNAGL + ANIGSFNLGSGNLGSFNVFGGNQGSYNIGPANLGNYNIGLGNLGSYNFGFGNAGDFNL + GFANTGNNNIGFANTGNNNIGIGLSGDNQQGFNFAGGWNSGSGNSGLFNSGTNNIGLF + NSGTGNIGIGNSGTGNWGIANTGDTNTGIFNTGDVNTGLLNAGNVNTGIFNTGHYNTG + SFNAGSFNTAGFNPGSYNTGYLNTGSYNTGLANSGDVNTGGFITGNYSNGFWWRGDYQ + GLAGISQTITVPDTAVPVKLHVPIFLDIPVTGTLGTFTVHGFRFPEITGDIFLIGIPF + NAATLDAFSFPNISIVLPNIGINLGSGPDPLIDIAGTGGLLPIKIPLIDIPAAPGFGN + STTTPSSGFFNAGTGTVSGVGNVGSNSSGFFDLTSGSSGISGVQNFGELISGGFNFGN + TVSGLVNASTLGLSMPANLSGGGNVGATVAGFVNNTQILNLGFGNVGSGNVGHGNIGD + SNVGLGNLGNANVGHGNIGSFNVFSGNRGSYNIGPANLGNYNIGLGNLGSYNFGFGNA + GDFNLGFANSGSNNIGFANTGNNNIGIGLSGHNQQGFGSWNSGTANTGLFNSGTNNIG + LFNSGTGNIGIGNSGIGNTGIGNPGVGNTGLGNSGTGNWGLWNPGTGNMGVANVGTYN + TGGYNVGSTNTGIANVGIANTGSYNTGSTNTGSFNDGDFNTGFYNTGDYNTGFYNTGD + VNTGAFIGGNFSNGAFWQSDHQGQWGAHYAITVPQIPLLNFSLNIPVNIPIHLDFGTL + AVNGFQIPAITLRALGVTHFSVGPIIVPRIAGTLPVIDINIGDPGGSSSIPITITSGA + GPVVIPLLDIPPAPGFGNSTTGPSSGFFNSGTGSSSGFGNVGANNSGFWNTAFAGIGN + SGLQNFGSLQSGWANLGNTVSGFYNTSAADFATPANLSGLSNVGADLTGVLRGPNGST + FNAGLANLGQFNVGSANLGSANLGSANLGNSNVGFGNIGNANIGGANIGDFNVGIANT + GPGLTAAVNNIGIGNTGNYNIGVGNTGNYNIGFGNTGNNNIGIGLSGDNQIGFGPLNA + GIANMGLFNLGDNNFGMANAGNFNQGIANTGNNNIGLFNTGNNNVGIGLTGDGLSGFS + SLNSGAGNTGFFNSGTANTGLFNSGTGNTGLFNSGTGNVGIGNMGTGGFGVGLSGDSQ + VGIGGTNSGSFNIGLFNSGTGNVGIGNSGTGNVGIGNTGTGNTGIGNSGNYNTGLLNA + GLVNTGIANPGNHNTGLFNIGTFNTGIANPGHYNTGSYNTGSYNTGMANAGDYGTGAF + ITGSMNNGLLWRADRQGLLAANYTITIERPAAFLNVDIPVNIPITGDITNVSIPAITF + PRIDASGSVDIGILSGTVLAPVGPITLHGGDASAPLDTPIEIDFGPSPAINLNIGKPD + GSTVINIVGGAGAGPISIPIIDLRPAPGFFNATTGPSSGFLNWGAGSASGLLNFGNNS + GLYNFATSSMGNSGFQNYGSLQSGWANLGNSISGIYNTGLGAPANVSGLLNIGTNLAG + WLQNGPTETTFSVGLANLGFWNLGSANIGNYNLGSANIGVYNLGSANIGDFNLGSANI + GDFNLGSANIGSSNIGFGNVGPGLTAAIGNIGFGNTGNGNIGIGNTGTGNIGFGNTGN + GNIGIGLTGDTMTGFGGWNSGTGNIGLFNSGTGNIGFGNSGTGNWGIGNSGDYNTGIG + NTGSTNSGFFNTGLVNTGIGNSGDYNTGLFNAGNTNTGSFNPGDYNTGGFNPGNYNTG + YFNPGNSNTGFANSGDVNTGAFNSGNYSNGFFWRGDYQGLGGFAYQSAVSEIPWSYDI + GSNIEIPIEGDINAITQDAFTIDEFEIPIKLRVSVCVIYIPFKGCVKHVSVTIPITTE + HLGPYEIDASTINPDQPIDTAFTQTLDFAGSGTVGAFPFGFGWQQSPGFFNSTTTPSS + GFFNSGAGGASGFLNDAAAAVSGLGNVFTETSGFFNAGGVGNSGFQNFGNLLSGWANL + GNTVSGFYNTSMLDLATQALISGFGNHGARLSGILNNGSGP" + gene complement(435847..436491) + /locus_tag="BQ2027_MB0363C" + CDS complement(435847..436491) + /locus_tag="BQ2027_MB0363C" + /note="Mb0363c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv0356c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to AL023514|MLCB4_12 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae + (218 aa), FASTA scores: opt: 1067, E(): 0, (73.4% identity + in 214 aa overlap). Protein product from Mb0363c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0363c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Thioesterase superfamily protein Rv0356c" + /protein_id="CAB5248068.1" + /translation="MTDASVHPDELDPEYHHHGGFPEYGPASPGAGFGQFVATMRRLQ + DLAVAADPGDAVWDEAAERAAALVELLSPFEADEGKAPAGRTPGLPGMGSLLLPPWTV + TRYGTDGVEMRGSFSRFHVGGNSAVHGGVLPLLFDHMFGMISHAAGRPISRTAFLHVD + YRRITPIDVPLIVRGRVTNTEGRKAFVCAELFDSDETLLAEGNGLMVRLLPGQP" + gene complement(436488..437786) + /gene="purA" + /locus_tag="BQ2027_MB0364C" + CDS complement(436488..437786) + /gene="purA" + /locus_tag="BQ2027_MB0364C" + /note="Mb0364c, purA, len: 432 aa. Equivalent to Rv0357c, + len: 432 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 432 aa overlap). Probable purA, + adenylosuccinate synthase (EC 6.3.4.4), equivalent to + AL023514|MLCB4_13 from ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE + Mycobacterium leprae (432 aa), FASTA scores: opt: 2555, + E(): 0, (87.9% identity in 431 aa overlap). Also highly + similar to many bacterial adenylosuccinates synthetases + e.g. P12283|PURA_ECOLI adenylosuccinates synthetase from + Escherichia coli (431 aa), FASTA scores: E(): 0, (51.1% + identity in 425 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb0364c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0364c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE PURA + (IMP--ASPARTATE LIGASE) (ADSS) (AMPSASE)" + /protein_id="CAB5248069.1" + /translation="MPAIVLIGAQWGDEGKGKATDLLGGRVQWVVRYQGGNNAGHTVV + LPTGENFALHLIPSGVLTPGVTNVIGNGVVIDPGVLLNELRGLQDRGVDTAKLLISAD + AHLLMPYHIAIDKVTERYMGSKKIGTTGRGIGPCYQDKIARIGIRVADVLDPEQLTHK + VEAACEFKNQVLVKIYNRKALDPAQVVDALLEQAEGFKHRIADTRLLLNAALEAGETV + LLEGSQGTLLDVDHGTYPYVTSSNPTAGGAAVGSGIGPTRIGTVLGILKAYTTRVGSG + PFPTELFDEHGEYLSKTGREFGVTTGRRRRCGWFDAVIARYAARVNGITDYFLTKLDV + LSSLESVPVCVGYEIDGRRTRDMPMTQRDLCRAKPVYEELPGWWEDISGAREFDDLPA + KARDYVLRLEQLAGAPVSCIGVGPGREQTIVRRDVLQDRP" + gene 437877..438524 + /locus_tag="BQ2027_MB0365" + CDS 437877..438524 + /locus_tag="BQ2027_MB0365" + /note="Mb0365, -, len: 215 aa. Equivalent to Rv0358, len: + 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 215 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to AL023514|MLCB4_14 + from Mycobacterium leprae (229 aa), FASTA scores: opt: + 852, E(): 0, (62.9% identity in 229 aa overlap). Protein + product from Mb0365 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0365 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248070.1" + /translation="MYTAENAPGVAVLLSGDADVPGPLTGLPTHQDNLDTVIGRYSRL + IVVGADADLGAVLTRLLRTDRLDVEVGYVPRRRSPATRAYRLPAGRRAARRARCGVAR + RVPLIRDETGSVIVGRAQWLPAEEQALIHGEAVVDDTVLFDGDVAGVCIEPTLTLPGL + RAAVDGAGKWRRWIGGRAAQLGTTGAAVLRDGVAAPRPVRRSTFYRNVEGWLLVR" + gene 438535..439314 + /locus_tag="BQ2027_MB0366" + CDS 438535..439314 + /locus_tag="BQ2027_MB0366" + /note="Mb0366, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv0359, len: + 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 259 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to hypothetical + or other membrane proteins e.g. AL133220|SCC75A_6|T50569 + probable membrane protein from Streptomyces coelicolor + (265 aa), FASTA scores: opt: 642, E(): 0, (43.1% identity + in 248 aa overlap); P70995 HYPOTHETICAL 24.7 KD PROTEIN + from Bacillus subtilis (219 aa), FASTA scores: E(): + 1.5e-12, (31.3% identity in 192 aa overlap). Contains + neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region + signature (PS00142). Mb0366 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248071.1" + /translation="MSETGQRESVRPSPIFLGLLGLTAVGGALAWLAGETVQPLAYAG + VFVMVIAGWLVSLCLHEFGHAFTAWRFGDHDVAVRGYLTLDPRRYSHPMLSLGLPMLF + IALGGIGLPGAAVYVHTWFMTTARRTLVSLAGPTVNLALAMLLLAATRLLFDPIHAVL + WAGVAFLAFLQLTALVLNLLPIPGLDGYAALEPHLRPETQRALAPAKQFALVFLLVLF + LAPTLNGWFFGVVYWLFDLSGVSHRLAAAGSVLTRFWSIWF" + gene complement(439319..439756) + /locus_tag="BQ2027_MB0367C" + CDS complement(439319..439756) + /locus_tag="BQ2027_MB0367C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0367c, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv0360c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 145 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + AL023514|MLCB4_16|CAA18948.1|AL023514|MLCB4.27c + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (137 aa), + FASTA scores: opt: 793, E(): 0, (85.4% identity in 137 aa + overlap). And similar to AL049754|SCH10_25c|T36537 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (143 + aa), FASTA scores: opt: 497, E(): 3.2e-27, (55.8% identity + in 138 aa overlap). Protein product from Mb0367c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0367c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248072.1" + /translation="MTKRTITPMTSMGDLLGPEPILLPGDSDAEAELLANESPSIVAA + AHPSASVAWAVLAEGALADDKTVTAYAYARTGYHRGLDQLRRHGWKGFGPVPYSHQPN + RGFLRCVAALARAAAAIGETDEYGRCLDLLDDCDPAARPALGL" + gene 439839..440666 + /locus_tag="BQ2027_MB0368" + CDS 439839..440666 + /locus_tag="BQ2027_MB0368" + /note="Mb0368, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv0361, len: + 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Probable conserved + membrane protein (has hydrophobic stretch from residues + 132-156), equivalent to + AL023514|MLCB4_17|AA18949.1|AL023514 putative membrane + protein from Mycobacterium leprae (292 aa), FASTA scores: + opt: 1044, E(): 0, (58.6% identity in 292 aa overlap). + Protein product from Mb0368 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0368 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248073.1" + /translation="MSNAPEPDRSAGESGSEPAGERSADPGEERTESYPLVPHDAETE + TVVITTSDNDAAVTQPEAQRERRFTAPGFDAKETQVIVTAHEAATEVFQTNQAPTTPP + RMPTGMPPKTAVPQSIPPRTEATSVRQRTWGWALAVVVIVLALAAIAILGTVLLTRGK + HSKMSQEDQVRQAIQSLDIAIQTGDLTALRSLTCGSTRDGYVDYDERDWAETYRRVSA + AKQYPVIASIDQVVVNGAHAEANVTTFMAFDPQVRSTRSLDLQFRDDQWKICQSSSN" + gene 440888..442270 + /gene="mgtE" + /locus_tag="BQ2027_MB0369" + CDS 440888..442270 + /gene="mgtE" + /locus_tag="BQ2027_MB0369" + /note="Mb0369, mgtE, len: 460 aa. Equivalent to Rv0362, + len: 460 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 460 aa overlap). Possible mgtE, + magnesium (Mg2+) transport transmembrane protein; + C-terminal region is highly similar to MGTE|G780283 + putative Mg2+ transporter from Providencia stuarti (314 + aa), FASTA scores: E(): 0, (47.2% identity in 307 aa + overlap) (N-terminus extends approx. 150 aa further + upstream compared to P. stuarti ORF). Also similar in part + to others e.g. AAK20879.1|AF334760_1|AF334760 putative + Mg2+ transporter from Aeromonas hydrophila (455 aa); + NP_231292.1|NC_002505 magnesium transporter from Vibrio + cholerae (451 aa); NP_102305.1|NC_002678 Mg2+ transport + protein from Mesorhizobium loti (454 aa); etc. Also + similar to Rv1232c|MTV006.04c from Mycobacterium + tuberculosis (435 aa). Extended hydrophobic segment + spanning last 130 residues. BELONG TO THE MGTE FAMILY. + Mb0369 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE Mg2+ TRANSPORT TRANSMEMBRANE PROTEIN + MGTE" + /protein_id="CAB5248074.1" + /translation="MSIRPAENSTLDIRHVIGIGTPKAVDLWLDVVTELPDRARELGS + LSKAELGKLGPLLDGTNAVELFESIDDKLAAEALHAMDPSLAATFLEALDSDHAANIL + REFKEPKREALLTLLPLERAMVLRGLLSWPEDCAAAHMVPETLTVRPNMTVSQAVASV + RERASGLRSDARTTAYVYVTDADSHLLGVIAFRALVLANPEQRVRELMGDDLIVVSPL + TDKELAAQTIMGHNLMAVPVVDADNRLLGIIAEDEAIDIAEEEATEDAERQGGSAPLE + VPYLRASPWLLWRKRAVWLLVLFAAEAYTGSVLRAFSDEMEAVIALAFFIPLLIGTGG + NTGTQIATTLVRAMATGQVRFRDVPAVLAKELSTGVLVGLTMAAAAVVRAWTLGVGPQ + VTLTVALTVAAIVVWSSLVAAVLPPLLKKLRIDPAIVSGPMIATIVDGTGLLIYFLVA + HLTLTELHGL" + gene complement(442282..443316) + /gene="fba" + /locus_tag="BQ2027_MB0370C" + CDS complement(442282..443316) + /gene="fba" + /locus_tag="BQ2027_MB0370C" + /standard_name="fda" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0370c, fba, len: 344 aa. Equivalent to Rv0363c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Probable fba + (alternate gene name: fda), fructose bisphosphate aldolase + (EC 4.1.2.13), equivalent to + AL023514|MLCB4_18|O69600|ALF_MYCLE FRUCTOSE-BISPHOSPHATE + ALDOLASE from Mycobacterium leprae (345 aa), FASTA scores: + opt: 1995, E(): 0, (87.7% identity in 342 aa overlap). + Also highly similar to others. BELONGS TO CLASS II + FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE FAMILY. COFACTOR: ZINC. + Protein product from Mb0370c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0370c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE FBA" + /protein_id="CAB5248075.1" + /translation="MPIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADA + GSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKL + DSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEI + EIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPG + NVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVD + TDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACND + LHCAGKSLTH" + gene 443412..444095 + /locus_tag="BQ2027_MB0371" + CDS 443412..444095 + /locus_tag="BQ2027_MB0371" + /note="Mb0371, -, len: 227 aa. Equivalent to Rv0364, len: + 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 227 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to + O69601|Y364_MYCLE|ML0287|CAA18951.1|AL023514|AL023514|MLCB + 4_19 HYPOTHETICAL 24.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium + leprae (222 aa), FASTA scores: opt: 1027, E(): 0, (66.1% + identity in 227 aa overlap). Shows strong similarity to + DEDA_ECOLI|P09548 DedA PROTEIN protein from Escherichia + coli FASTA scores: E(): 1.3e-28, (39.5% identity in 195 aa + overlap). Similar also to Mycobacterium tuberculosis DedA + protein Rv2637|MTCY441.0. Mb0371 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248076.1" + /translation="MSTAVTAMPDILDPMYWLGANGVFGSAVLPGILIIVFIETGLLF + PLLPGESLLFTGGLLSASPAPPVTIGVLAPCVALVAVLGDQTAYFIGRRIGPALFKKE + DSRFFKKHYVTESHAFFEKYGKWTIILARFVPIARTFVPVIAGVSYMRYPVFLGFDIV + GGVAWGAGVTLAGYFLGSVPFVHMNFQLIILALVFVSLLPALVSAARVYRARRNAPQS + DPDPLVLPE" + gene complement(444084..445214) + /locus_tag="BQ2027_MB0372C" + CDS complement(444084..445214) + /locus_tag="BQ2027_MB0372C" + /note="Mb0372c, -, len: 376 aa. Equivalent to Rv0365c, + len: 376 aa (start uncertain), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 376 aa + overlap). Conserved hypothetical protein, very similar to + G388212|CAA35191.1, a truncated ORF immediately upstream + of the Corynebacterium glutamicum fda gene encoding + fructose-1,6-biphosphate aldolase (304 aa), FASTA scores: + E(): 7.1e-19, (42.2% identity in 296 aa overlap). Protein + product from Mb0372c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0372c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fructose-bisphosphate aldolase family protein" + /protein_id="CAB5248077.1" + /translation="MNLANRAASAETAVTQRHLRRLWALPGTQLAVVAWPSTRRDRLF + GSWHYWWQAHLLDCLVDAQLRDPQPQRRARINRQVRSHRVRNNFSWLNSYYDDMAWLA + LALERADRVAGVRRRRALPKLTNQFVEAWVPEDGGGIPWRKQDQFFNAPANGPAGLFL + ARYPDQYGKRLKRAEQMADWIDRTLIDPETHLVFDGIKAGSLVRAQYTYCQGVVLGLE + TELAVRTGPAARARHCARVHRLVAAVNEHMAPLGVLRGAGGGDGGLFAGITARYLALV + ATTLPGDSADDAAARDTARAIVLASAQSAWDYRQTVDGLPVFGAFWDREAELPTAGGE + QARSVRGAVHSSAIAERDLSVQLSGWMLMEAAHSAAAVSSLG" + gene complement(445239..445832) + /locus_tag="BQ2027_MB0373C" + CDS complement(445239..445832) + /locus_tag="BQ2027_MB0373C" + /note="Mb0373c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv0366c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 197 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity to + HI1395|P44173|YD95_HAEIN HYPOTHETICAL PROTEIN from + Haemophilus influenzae (140 aa), FASTA scores: opt: 152, + E(): 0.0015, (27.0% identity in 126 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS00850 + Glycine radical signature. Mb0373c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted kinase" + /protein_id="CAB5248078.1" + /translation="MKRLDLVAGPNGAGKSTFVALTLAPLLPGIVFVNADEIAKQRWP + DDPTSHAYQAAQVAADTRARLIDLGRPFIAETVFSHPSKLELIRTARTAGYTVVLHVL + VIPEGLAVERVRHRVAAGGHDVPETKIRERHRRLAELVAQAITLADGATVYDNSRLAG + PRIVAQFSGGGIIGRACWPSWTPPPLMSRWSNRPETA" + gene complement(445861..446250) + /locus_tag="BQ2027_MB0374C" + CDS complement(445861..446250) + /locus_tag="BQ2027_MB0374C" + /note="Mb0374c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv0367c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0374c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0374c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="signal transduction" + /protein_id="CAB5248079.1" + /translation="MPKAVDRVTRVAADLVDSAAAEGARQSRSAKQQLDHWARVGRAV + SNQHTASRRRVEAALAGHLPMTDLTLEEGVVFNAEISAAIEERLSRTNYGDVLAAQGI + TTVALNDAGDIVEHRPDGTSVVLAATP" + gene complement(446331..447542) + /locus_tag="BQ2027_MB0375C" + CDS complement(446331..447542) + /locus_tag="BQ2027_MB0375C" + /note="Mb0375c, -, len: 403 aa. Equivalent to Rv0368c, + len: 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 403 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to AJ224684|BJAJ4684_4 + cooxS protein from Bradyrhizobium japonicum (422 aa), + FASTA scores: opt: 341, E(): 4.3e-13, (27.4% identity in + 387 aa overlap); Rv2425c|MTCY428_22 hypothetical protein + from Mycobacterium tuberculosis FASTA score: (30.7% + identity in 238 aa overlap). Contains PS00213 Lipocalin + signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Carbon monoxide oxidation accessory protein + CoxE" + /protein_id="CAB5248080.1" + /translation="MATPALLPGVDLAAFAAALAARLRDAGIPVSASGQASLVQALQQ + LVPRTPAALYWGARLTLVSRVDELATFDAVFASLFGVFGSAEPDGANRPPPPIAGPRT + PVAGVGHRAKRRSCAAQAQNLPWDTRSLTMASAGQGGPSRTLPDVLPSRIVARADEPF + DQFDPDDLRLLGAWLEATMARWPRRRSMRFESSPHGKRIDLRATMNASRSTGWESVLL + ARIRPRRRPRRVLLLCDVSRSMQPYAAIYLHLMRAAVLRRAGGHPEVFAFSTSLTRLT + SVLSHRSAEMALHRANARVTDRYGGTFIGRSVAALLAPPHGNALRGAVVIIASDGWDS + DPPDVLVHALTRVRRRAELLVWLNPRAAHPEFQPRASSMAAALPYCDLFLPAHSLAGL + HQLLLALAGAR" + gene complement(447548..448063) + /locus_tag="BQ2027_MB0376C" + CDS complement(447548..448063) + /locus_tag="BQ2027_MB0376C" + /note="Mb0376c, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv0369c, + len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 171 aa overlap). Possible membrane + protein oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to ORF 4 of + the Pseudomonas thermocarboxydovorans protein of + cutA-cutB-cutC gene cluster: X77931|PTC2CUTAC_4 ORF4 from + Pseudomonas thermocarboxydovorans (171 aa), FASTA scores: + opt: 226, E(): 9.8e-08, (31.3% identity in 166 aa + overlap). Also similar to MTV036.05, MTV036.08, MTV036.09, + and MTV026.10. Mb0376c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248081.1" + /translation="MPGAQLIGHEGDEYLGKVKVKVGPVTSEFSGKVHFVEQDRNQHR + AVFDAKGKEARGTGNAAATVAAQLHEVGERTRVTVDTDLKIVGKLAQFGSGMLQQVSE + KLLGQFVDSLEAELAAQSSESPQGTPPATEAAPIDLLQLADGGQLKKYGSALLAALTV + LLLIWVLRRRR" + gene complement(448164..449060) + /locus_tag="BQ2027_MB0377C" + CDS complement(448164..449060) + /locus_tag="BQ2027_MB0377C" + /note="Mb0377c, -, len: 298 aa. Equivalent to Rv0370c, + len: 298 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 298 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to many hypothetical + proteins, but also similar to ORF4|X82447|OCCOXMSL4_4 + Protein of coxMSL gene cluster from + Pseudomonas/Oligotropha carboxidovorans (295 aa), FASTA + scores: opt: 851, E(): 0, (48.2% identity in 282 aa + overlap); AJ224684|BJAJ4684_3 cooxS from Bradyrhizobium + japonicum (302 aa), FASTA scores: opt: 881, E(): 0, (47.6% + identity in 290 aa overlap). Also highly similar to + MTCY428_21 from Mycobacterium tuberculosis. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb0377c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248082.1" + /translation="MTFASPDDVIRRFDEQNYLLDTGTASAIYLAVTLGRPLLLEGEP + GVGKTTAAKTLAVVLDTTLIRLQCYEGLTANEALYDWNYQRQLLSIRLAEARGKGISD + ISEADLYTEAYLVDRPILRCVRHRGPTPPVLLIDEIDRADDEFEALLLEFLGESAVTV + PELGTFLAECPPIAVLTSNRSRDLHDALRRRCLYHWIDYPEPDRAAAIVRRTVPGATA + PLIENATQFVCTARDLDLDKPPGVAETIDWVAALVALGVADLTAADSSPALASLGALA + KTPDDRTQIRDAYQAFTECSHA" + gene complement(449057..449650) + /locus_tag="BQ2027_MB0378C" + CDS complement(449057..449650) + /locus_tag="BQ2027_MB0378C" + /EC_number="2.7.7.76" + /note="Mb0378c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv0371c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 197 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins e.g. AL132824|SCAH10.09c|CAB60163.1|AL132824 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (207 + aa), FASTA scores: opt: 247, E(): 4.5e-09, (32.3% identity + in 195 aa overlap). Also weak similarity with + YURE|D70017|Z99120|BSUB0017_134 hypothetical protein yurE + from Bacillus subtilis (197 aa), FASTA scores: opt: 217, + E(): 2.5e-08, (27.0% identity in 174 aa overlap). Mb0378c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Molybdenum cofactor cytidylyltransferase (EC" + /protein_id="CAB5248083.1" + /translation="MTATQITGVVLAAGRSNRLGTPKQLLPYRDTTVLGATLDVARQA + GFDQLILTLGGAASAVRAAMALDGTDVVVVEDVERGCAASLRVALARVHPRATGIVLM + LGDQPQVAPATLRRIIDVGPATEIMVCRYADGVGHPFWFSRTVFGELARLHGDKGVWK + LVHSGRHPVRELAVDGCVPLDVDTWDDYRRLLESVPS" + gene complement(449647..450402) + /locus_tag="BQ2027_MB0379C" + CDS complement(449647..450402) + /locus_tag="BQ2027_MB0379C" + /note="Mb0379c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv0372c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 251 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with + CAB76248.1|X82447|COXF CoxF protein from + Pseudomonas/Oligotropha carboxidovorans (280 aa); + AJ224684|BJAJ4684_6 cooxS from Bradyrhizobium japonicum + (176 aa), FASTA scores: opt: 186, E(): 1.6e-05, (41.1% + identity in 95 aa overlap). Also similar to upstream ORF + Rv0376c from Mycobacterium tuberculosis (380 aa), FASTA + scores: E(): 6.8e-07, (31.0% identity in 277 aa overlap). + Mb0379c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Aerobic carbon monoxide dehydrogenase molybdenum + cofactor insertion protein CoxF" + /protein_id="CAB5248084.1" + /translation="MSISDRAAQLVAARTPFVRATVVRAQQPTSARPGDEAILLADGT + IEGFVGGHCAQNSVRKAAMGVLQAGESVLLRVLPDGDVHFPEAPGACVVVNPCLAGGS + LEIFLTPQLPAPLIQIYGETPIADALIELCGLLGYDARRDTDPADTDALPTAIVIASH + SGPEAEIIRTALDNGVGYVGLVASTVRGASILDSLDLSDAERARVHTPVGLAIGAKTP + AEIAVSIAAELIATLRGGGPRGRKALADENGGA" + gene complement(450421..452820) + /locus_tag="BQ2027_MB0380C" + CDS complement(450421..452820) + /locus_tag="BQ2027_MB0380C" + /note="Mb0380c, -, len: 799 aa. Equivalent to Rv0373c, + len: 799 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 799 aa overlap). Probable carbon + monoxide dehydrogenase, large chain (EC 1.2.99.2), highly + similar to others e.g. AAD00363.1| U80806|CUTL carbon + monoxide dehydrogenase large subunit CutL protein from + Hydrogenophaga pseudoflava (803 aa); + S49124|509391|CAA54902.1|X77931|1094915|2107180C|CUTA + carbon-monoxide dehydrogenase large chain (EC 1.2.99.2) + (cut operon) from Pseudomonas thermocarboxydovorans (842 + aa); C56279|809566|CAA57829.1|X82447|OCCOXMSL4_3|COXL + carbon-monoxide dehydrogenase large chain (EC 1.2.99.2) + (cluster coxMSL) from Pseudomonas/Oligotropha + carboxydovorans (809 aa), FASTA scores: opt: 2484, E(): 0, + (56.0% identity in 804 aa overlap); etc. Protein product + from Mb0380c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0380c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBON MONOXYDE DEHYDROGENASE (LARGE + CHAIN)" + /protein_id="CAB5248085.1" + /translation="MTTIESRPPSPEDLADNAQQPCGHGRMMRKEDPRFIRGRGTYVD + DVALPGMLHLAILRSPYAHARIVRIDVTAAQAHPKVKAVVTGADLAAKGLAWMPTLAN + DVQAVLATDKTRFQGQEVASVVAEDRYSARDACELVDVDYEPRDPVVDARTALDPSAP + VIRTDLEGKSDNHIFDWETGDAAATEAVFAKADVVVQQEIVYPRVHPAPMETCGAVAD + LDPVTGKLTLWTTSQAPHAHRTLYALVAGLPEHKIRVISPDIGGGFGNKVPIYPGYVC + AIVASLLLDKPVKWMEDRSENLTSTGFARDYIMVGEIAANRDGKILAIRSNVLADHGA + FNAQAAPAKYPAGFFGVFTGSYDIEAAYCHMTAVYTNKAPGGVAYACSFRITEAVYFV + ERLVDCLAFELKMDPAELRLRNLLRPNQFPYQSKTGWVYDSGDYETTMRKAMNMIGYE + ALRAEQKQRRARGELMGIGMSFFTEAVGAGPRKDMDILGLGMADGCELRVHPTGKAVL + RLSVQTQGQGHETTFAQIVAEELGIAPDDIEVVHGDTDQTPFGLGTYGSRSTPVSGGA + AALVARKVRDKAKIIASGMLEVSVADLQWEKGKFHVKGDPSAAVTIADIAMRAHGAGD + LPEGIEGGLDAEVCYNPSNLTYPYGAYFCVVDIDPGTAVVKVRRFLAVDDCGTRINPM + IIEGQVHGGIVDGIGMALMEMIAFDEDGNCLGGSLMDYLIPTALEVPHLETGHTVTPS + PHHPIGAKGIGESATVGSPPAVVNAVVDALAPFGVRHADMPLTPSRVWEAMQGRATPP + I" + gene complement(452817..453296) + /locus_tag="BQ2027_MB0381C" + CDS complement(452817..453296) + /locus_tag="BQ2027_MB0381C" + /note="Mb0381c, -, len: 159 aa. Equivalent to Rv0374c, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). Probable carbon + monoxide dehydrogenase, small chain (EC 1.2.99.2), highly + similar to others e.g. + B56279|5822285|X82447|OCCOXMSL4_2|COXS carbon-monoxide + dehydrogenase small chain (EC 1.2.99.2) from + Pseudomonas/Oligotropha carboxydovorans (166 aa), FASTA + scores: opt: 662, E(): 0, (59.3% identity in 150 aa + overlap); CAA12063.1|AJ224684 putative carbon monoxide + dehydrogenase small subunit from Bradyrhizobium japonicum + (161 aa); S49123|509390|CAA54901.1|X77931|CUTC + carbon-monoxide dehydrogenase small chain (EC 1.2.99.2) + from Pseudomonas thermocarboxydovorans (163 aa); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBON MONOXYDE DEHYDROGENASE (SMALL + CHAIN)" + /protein_id="CAB5248086.1" + /translation="MQVNMTVNGEPVTAEVEPRMLLVHFLRDQLRLTGTHWGCDTSNC + GTCVVEVDGVPVKSCTMLAVMASGHSIRTVEGLAGPDGQLDPVQEGFMRCHGLQCGFC + TPGMLITARALLDRNPDPDEQTIREAISGQICRCTGYTTIVRSIQWAAAHQTVKAQS" + gene complement(453311..454171) + /locus_tag="BQ2027_MB0382C" + CDS complement(453311..454171) + /locus_tag="BQ2027_MB0382C" + /note="Mb0382c, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv0375c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Probable carbon + monoxide dehydrogenase, medium chain (EC 1.2.99.2), + similar to others e.g. AAD00361.1|U80806|CUTM carbon + monoxide dehydrogenase middle subunit from Hydrogenophaga + pseudoflava (287 aa); S49122|509389|CAA54900.1|X77931|CUTB + carbon-monoxide dehydrogenase medium chain (EC 1.2.99.2) + from Pseudomonas thermocarboxydovorans (287 aa); + A56279|809564|CAA57827.1|X82447|OCCOXMSL4_1|COXM|CODH + carbon-monoxide dehydrogenase medium chain (EC 1.2.99.2) + from Pseudomonas/Oligotropha carboxydovorans (288 aa), + FASTA scores: opt: 594, E(): 0, (37.5% identity in 277 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0382c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0382c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBON MONOXYDE DEHYDROGENASE (MEDIUM + CHAIN)" + /protein_id="CAB5248087.1" + /translation="MDHAIGLLDRLGEGARVVAGGHSLLPMMKLRIANPEYLVDINDL + APELGYVVVGGINNPNLVRLGAMTRHREILDSDALAAVCPIFRDAERVIADPVVRNRG + TLGGSLCQADPAEDLSTVCTVLDAVCLAKGPSGEREIAIDDFLVGPYETALAHNEVLI + EVRIPLRHNTSSAYAKVERRVGDWAITAAGAAVTLDGQTILAARVGLTAVNPDPVALA + ELSAGLVGQPATEEVFAEAGRRAAQACTPVTDVRGTAEYKRHLAGELTVRTLRTAAGR + VLGAPAAPEA" + gene complement(454247..455389) + /locus_tag="BQ2027_MB0383C" + CDS complement(454247..455389) + /locus_tag="BQ2027_MB0383C" + /note="Mb0383c, -, len: 380 aa. Equivalent to Rv0376c, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 380 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + T35481|4008539|CAA22508.1|AL034492|SC6C5.10 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (395 aa); and + AAK64260.1|AF373840_20 ORF377 hypothetical CoxI from + Arthrobacter nicotinovorans (377 aa). And similar to other + conserved hypothetical proteins e.g. + NP_101963.1|14021136|BAB47749.1|AP002994 hypothetical + protein from Mesorhizobium loti (245 aa). Note that + C-terminus shows similarity with C-termini of + CAB76248.1|X82447|COXF CoxF protein from + Pseudomonas/Oligotropha carboxidovorans (280 aa); + CAB76250.1|X82447|COXI CoxI protein from + Pseudomonas/Oligotropha carboxidovorans (330 aa); and + AJ224684|BJAJ4684_6 cooxS from Bradyrhizobium japonicum + (176 aa), FASTA scores: E(): 1.9e-17, (47.1% identity in + 138 aa overlap). Also some partial similarity with + AJ224684|BJAJ4684_5 cooxS from Bradyrhizobium japonicum + (107 aa), FASTA scores: opt: 321, E(): 4.2e-14, (53.3% + identity in 92 aa overlap); E1184330|Z99120|YURF YURF + PROTEIN from Bacillus subtilis (330 aa), FASTA scores: + opt: 170, E(): 2.9e- 16, (27.5% identity in 345 aa + overlap). Also similar to downstream ORF Rv0372c from + Mycobacterium tuberculosis (251 aa), FASTA scores: E(): + 2.1e-06, (30.7% identity in 277 aa overlap). Protein + product from Mb0383c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0383c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Xanthine and CO dehydrogenases maturation + factor, XdhC/CoxF family" + /protein_id="CAB5248088.1" + /translation="MAIWAAGDTAGVATVVRTLRSAPRPPGAAMVVAPDGSVSGSVSG + GCVEGAVYELAAEVAQTGIPRLEHYGVSDDTAFAVGLTCGGIIDVFVEPVSRATFPEL + GELADDIGAQRPVAIATVIAHPDERRVGRRLVIRPDTKSPVTGSLGSARADAAVIDDA + RGLLAVGRSEILEYGPDGQRRGEGMEVFVSSHAPRPRMLVFGAIDFAAALARQGSFLG + YRVTVCDARAVFATPARFPTADDVVVAWPHRYLAAQAEAGGIDERTVICVLTHDPKFD + VPVLEVALRLGVGYVGAMGSRKTHDDRMDRLRAAGLTDAELSRLSSPIGLDLGARTPE + ETAVSIAADIIARRWGGGGRPLADIAGRIHHDAQVAGEFKDYLTRH" + gene 455438..456403 + /locus_tag="BQ2027_MB0384" + CDS 455438..456403 + /locus_tag="BQ2027_MB0384" + /note="Mb0384, -, len: 321 aa. Equivalent to Rv0377, len: + 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 321 aa overlap). Probable transcription + regulator, lysR family, showing similarity with many + hypothetical transcriptional regulators lysR homolog e.g. + P32484|YEIE_ECOLI|M89774 HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Escherichia coli (293 aa), FASTA scores: + opt: 265, E(): 4.9e-11, (28.6% identity in 266 aa + overlap). Also similar to Rv2282c from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00044 bacterial regulatory + protein lysR family signature. SEEMS TO BELONG TO THE LYSR + FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb0384 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY LYSR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248089.1" + /translation="MTPAQLRAYSAVVRLGSVRAAAAELGLSDAGVSMHVAALRKELD + DPLFTRTGAGLAFTPGGLRLASRAVEILGLQQQTAIEVTEAAHGRRLLRIAASSAFAE + HAAPGLIELFSSRADDLSVELSVHPTSRFRELICSRAVDIAIGPASESSIGSDGSIFL + RPFLKYQIITVVAPNSPLAAGIPMPALLRHQQWMLGPSAGSVDGEIATMLRGLAIPES + QQRIFQSDAAALEEVMRVGGATLAIGFAVAKDLAAGRLVHVTGPGLDRAGEWCVATLA + PSARQPAVSELVGFISTPRCIQAMIRGSGVGVTRFRPKVHVTLWS" + gene 456654..456875 + /locus_tag="BQ2027_MB0385" + CDS 456654..456875 + /locus_tag="BQ2027_MB0385" + /note="Mb0385, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv0378, len: + 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). Conserved hypothetical + gly-rich protein, showing some similarity to M. + tuberculosis PE_PGRS family; also similar to + MTCY06H11_16|Z85982 hypothetical glycine-rich 88.5 KD + protein (1011 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): 0.0032, + (58.7% identity in 63 aa overlap); MTV043_25." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL GLYCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="CAB5248090.1" + /translation="MSGRWEAGNADGNGGSAGLIGSGGAGGDGGSGGATGAGGEGGDA + GASGSINGNAGDPGNSGERGAVGKPGAPG" + gene 456994..457209 + /gene="secE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0386" + CDS 456994..457209 + /gene="secE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0386" + /note="Mb0386, secE2, len: 71 aa. Equivalent to Rv0379, + len: 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 71 aa overlap). Possible secE2, + protein transport protein, showing similarity with + P27340|S61G_SULSO|SECE PREPROTEIN TRANSLOCASE SECE SUBUNIT + (PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 GAMMA SUBUNIT HOMOLOG) + from Sulfolobus acidocaldarius (65 aa), FASTA scores: opt: + 79, E(): 4.7. (30.3% identity in 66 aa overlap); and + hypothetical proteins e.g. Q9HPW4|VNG1446H HYPOTHETICAL + PROTEIN from Halobacterium sp. strain NRC-1 (77 aa); + Q9I794|PA0038 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (71 aa); etc. Also highly similar to + U85467|MTU85467_1 hypothetical Mycobacterium tuberculosis + protein from a patient isolate (116 aa), FASTA scores: + opt: 443, E(): 7.7e-29, (98.6% identity in 71 aa overlap). + Note that for Rv0379|MTV036.14, a translation initiation + region different to the one in U85467|MTU85467_1 was + chosen. COULD BE A PART OF THE PROKARYOTIC PROTEIN + TRANSLOCATION APPARATUS WHICH COMPRISE SECA|Rv3240c, + SECD|Rv2587c, SECE|Rv0638, SECF|Rv2586c, SECG|Rv1440 AND + SECY|Rv0732. Protein product from Mb0386 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0386 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SECE2" + /protein_id="CAB5248091.1" + /translation="MSVYKVIDIIGTSPTSWEQAAAEAVQRARDSVDDIRVARVIEQD + MAVDSAGKITYRIKLEVSFKMRPAQPR" + gene complement(457285..457836) + /locus_tag="BQ2027_MB0387C" + CDS complement(457285..457836) + /locus_tag="BQ2027_MB0387C" + /note="Mb0387c, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv0380c, + len: 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Possible RNA + methyltransferase (EC 2.1.1.-), equivalent to + CAC32002.1|AL583925 possible RNA methyltransferase from + Mycobacterium leprae (182 aa). Also some similarity with + others methyltransferases e.g. + P19396|TRMH_ECOLI|78514|JV0043 TRNA + (GUANOSINE-2'-O-)-METHYLTRANSFERASE (TRNA + METHYLTRANSFERASE) from Escherichia coli (229 aa), FASTA + scores: opt: 227, E(): 1.4e-09, (28.9% identity in 166 aa + overlap). Also similar to Rv0881, Rv3579c, Rv1644 from + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb0387c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0387c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RNA METHYLTRANSFERASE (RNA METHYLASE)" + /protein_id="CAB5248092.1" + /translation="MLLRDGDARNVVDAYRYWTREAIIADIDTRRHPLHVAIENFGHD + ANIGSVVRTANAFAVHTVHIVGRRRWNRRGAMVTDRYQRLCHHDSTTGLLEFAAGAGL + TVVAVDNVPGAARLEQTALPRECLLLFGQEGPGITDDARAGAAVTVSIAQFGSTRSIN + AGVAAGIAMHAWIRQHADLGRAW" + gene complement(457932..458840) + /locus_tag="BQ2027_MB0388C" + CDS complement(457932..458840) + /locus_tag="BQ2027_MB0388C" + /note="Mb0388c, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv0381c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK44616.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (254 aa) but longer 48 aa. + Mb0388c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248093.1" + /translation="MRILVAWATCGAVVLSGLTGCSGSSHSGRTYGAQSARTGESLAV + LGWNMSVSNLRWSGDYVLIDVDASPTDPHAPHAKPEDIRFGLYGALAHPMESAALGSC + GDAMAHVRDVVSPLSAPAGRLTGTVCLGPLKERSAVRGVYTYSPRDRIPGTAAAYPAA + FPVGMLPTNQNDAGLVVKTTSVSAWRADGMQLGKPQLGDPVAFTGNGYMLLGLEVDAV + PDRYRDDSAARGGPMMLLAAPTLPGRGLSPACATYGSSVLILPDALLDAVHISASLCT + QGEINEALLYATVATVGTHAALWTSR" + gene complement(458858..459397) + /gene="pyrE" + /locus_tag="BQ2027_MB0389C" + CDS complement(458858..459397) + /gene="pyrE" + /locus_tag="BQ2027_MB0389C" + /note="Mb0389c, pyrE, len: 179 aa. Equivalent to Rv0382c, + len: 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 179 aa overlap). Probable pyrE, + orotate phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.10), + equivalent to CAC32004.1|AL583925 probable + purine/pyrimidine phosphoribosyltransferase from + Mycobacterium leprae (179 aa). Also highly similar to many + others e.g. T36540|4753874|CAB42037.1|AL049754|SCH10.28c + probable orotate phosphoribosyltransferase from + Streptomyces coelicolor (182 aa); + H69115|2622996|AAB86326.1|AE000938_10|MTH1860 probable + orotate phosphoribosyltransferase from Methanobacterium + thermoautotrophicum (180 aa), FASTA scores: opt: 389, E(): + 2.7e-20, (40.7% identity in 172 aa overlap); + O08359|PYRE_SULAC|2065444|CAA73352.1|Y12822 OROTATE + PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE from Sulfolobus acidocaldarius + (197 aa); etc. Note that also similar to other puridine + 5'-monophosphate synthases (umpA genes; UMP synthases), + generally in N-terminus that corresponds to orotate + phosphoribosyltransferase activity. Contains PS00589 PTS + HPR component serine phosphorylation site signature. + BELONGS TO THE PURINE/PYRIMIDINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE + FAMILY. Note that previously known as umpA. Protein + product from Mb0389c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0389c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE PYRE + (OPRT) (OPRTASE)" + /protein_id="CAB5248094.1" + /translation="MAGPDRAELAELVRRLSVVHGRVTLSSGREADYYVDLRRATLHH + RASALIGRLMRELTADWDYSVVGGLTLGADPVATAIMHAPGRPIDAFVVRKSAKAHGM + QRLIEGSEVTGQRVLVVEDTSTTGNSALTAVHAVQDVGGEVVGVATVVDRATGAAEAI + EAEGLRYRSVLGLADLGLD" + gene complement(459478..460332) + /locus_tag="BQ2027_MB0390C" + CDS complement(459478..460332) + /locus_tag="BQ2027_MB0390C" + /note="Mb0390c, -, len: 284 aa. Equivalent to Rv0383c, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Possible conserved + secreted protein, with hydrophobic stretch in N-terminus + and Pro-rich C-terminus. Equivalent to CAC32006.1|AL583925 + possible secreted protein from Mycobacterium leprae (286 + aa). Protein product from Mb0390c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0390c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248095.1" + /translation="MVPLWFTLSALCFVGAVVLLYVDIDRRRGRSRRRKSWARSHGFD + YERESTEILKRWTRGVMSTVGDVAAHNVVLGQIRGEAVYIFDLEEVATVIALHRKVGT + NVVVDLRLKGLKEPRESDIWLLGAIGPRMVYSTNLDAARRACDRRMVTFAHTAPDCAE + IMWNEQNWTLVSMPIASTRAQWDEGLRTVRQFNDLLRVLPPLPQEMPQQTGVGPRGAA + PGRPVAPGGPAELPPRRAQPDPATTVLPDPARRAPEPIRRDEGRSEGVRRPPPAGRNG + QQATNYQH" + gene complement(460473..463019) + /gene="clpB" + /locus_tag="BQ2027_MB0391C" + CDS complement(460473..463019) + /gene="clpB" + /locus_tag="BQ2027_MB0391C" + /standard_name="htpM" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0391c, clpB, len: 848 aa. Equivalent to Rv0384c, + len: 848 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 848 aa overlap). Probable clpB + (alternate gene name: htpM), endopeptidase ATP-binding + protein, chain B (EC 3.-.-.-), equivalent to + AC32007.1|AL583925 heat shock protein from Mycobacterium + leprae (848 aa). Also highly similar to others e.g. + P53532|CLPB_CORGL|1163118|AAB49540.1|U43536|CGU43536_1 + CLPB PROTEIN (heat-inducible expression) from + Corynebacterium glutamicum (852 aa), FASTA scores: opt: + 4113, E(): 0, (74.5% identity in 846 aa overlap); + T36551|4753885|CAB42048.1|AL049754|clpB|SCOEDB|SCH10.39c + probable ATP-dependent proteinase ATP-binding chain from + Streptomyces coelicolor (853 aa); + P03815|CLPB_ECOLI|1788943|AAC75641.1|AE000345 CLPB PROTEIN + (HEAT SHOCK PROTEIN F84.1) from Escherichia coli strains + K12 and O157:H7 (857 aa); etc. Also similar to + Rv3596c|ClpC from Mycobacterium tuberculosis. Contains + PS00870 and PS00871 Chaperonins clpA/B signatures and two + PS000017 ATP/GTP-binding site motives A (P-loop). BELONGS + TO THE CLPA/CLPB FAMILY. Contains probable coiled-coil + domain from aa 411-503. Protein product from Mb0391c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0391c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENDOPEPTIDASE ATP BINDING PROTEIN + (CHAIN B) CLPB (CLPB PROTEIN) (HEAT SHOCK PROTEIN F84.1)" + /protein_id="CAB5248096.1" + /translation="MDSFNPTTKTQAALTAALQAASTAGNPEIRPAHLLMALLTQNDG + IAAPLLEAVGVEPATVRAETQRLLDRLPQATGASTQPQLSRESLAAITTAQQLATELD + DEYVSTEHVMVGLATGDSDVAKLLTGHGASPQALREAFVKVRGSARVTSPEPEATYQA + LQKYSTDLTARAREGKLDPVIGRDNEIRRVVQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIVEG + LAQRIVAGDVPESLRDKTIVALDLGSMVAGSKYRGEFEERLKAVLDDIKNSAGQIITF + IDELHTIVGAGATGEGAMDAGNMIKPMLARGELRLVGATTLDEYRKHIEKDAALERRF + QQVYVGEPSVEDTIGILRGLKDRYEVHHGVRITDSALVAAATLSDRYITARFLPDKAI + DLVDEAASRLRMEIDSRPVEIDEVERLVRRLEIEEMALSKEEDEASAERLAKLRSELA + DQKEKLAELTTRWQNEKNAIEIVRDLKEQLEALRGESERAERDGDLAKAAELRYGRIP + EVEKKLDAALPQAQAREQVMLKEEVGPDDIADVVSAWTGIPAGRLLEGETAKLLRMED + ELGKRVIGQKAAVTAVSDAVRRSRAGVSDPNRPTGAFMFLGPTGVGKTELAKALADFL + FDDERAMVRIDMSEYGEKHTVARLIGAPPGYVGYEAGGQLTEAVRRRPYTVVLFDEIE + KAHPDVFDVLLQVLDEGRLTDGHGRTVDFRNTILILTSNLGSGGSAEQVLAAVRATFK + PEFINRLDDVLIFEGLNPEELVRIVDIQLAQLGKRLAQRRLQLQVSLPAKRWLAQRGF + DPVYGARPLRRLVQQAIGDQLAKMLLAGQVHDGDTVPVNVSPDADSLILG" + gene 463152..464324 + /locus_tag="BQ2027_MB0392" + CDS 463152..464324 + /locus_tag="BQ2027_MB0392" + /note="Mb0392, -, len: 390 aa. Equivalent to Rv0385, len: + 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 390 aa overlap). Probable + monooxygenase (EC 1.-.-.-), similar to + T37003|5738846|CAB52917.1|AL109949 probable + flavohemoprotein from Streptomyces coelicolor (435 aa); + and similar in part (C-termini) to various monooxygenases + e.g. P19734|DMPP_PSESP|94993|F37831 PHENOL HYDROXYLASE P5 + PROTEIN (PHENOL 2-MONOOXYGENASE P5 COMPONENT) (EC + 1.14.13.7) from Pseudomonas putida (353 aa), FASTA scores: + opt: 363, E(): 4.2e-16, (31.8% identity in 255 aa + overlap); S47292|2120861|pir|S70085 phenol 2-monooxygenase + (EC 1.14.13.7) chain mopP from Acinetobacter calcoaceticus + (350 aa); P21394|XYLA_PSEPU|94933|B37316 XYLENE + MONOOXYGENASE ELECTRON TRANSFER COMPONENT (EC 1.18.1.3) + [INCLUDES: FERREDOXIN; FERREDOXIN--NAD(+) REDUCTASE] from + Pseudomonas putida plasmid pWW0 (350 aa); + AAC38360.1|AF043544|NtnMA|ntnA reductase component of + 4-nitrotoluene monooxygenase from Pseudomonas sp. (328 + aa); etc. Protein product from Mb0392 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0392 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="CAB5248097.1" + /translation="MGLEDRDALRVLQNAFKLDDPELVRRFYAHWFALDASVRDLFPP + DMGAQRAAFGQALHWVYGELVAQRAEEPVAFLAQLGRDHRKYGVLPTQYDTLRRALYT + TLRDYLGHPSRGAWTDAVDEAAGQSLNLIIGVMSGAADADDAPAWWDGTVVEHIRVSR + DLAVARLQLDRPLHYYPGQYVNVHVPQCPRRWRYLSPAIPADPNGRIEFHVRVVPGGL + VSNAIVGETRPGDRWRLSGPHGAFRVDRDGGDVLMVAGSTGLAPLRALIIDLSRFAVN + PRVHLFFGARYACELYDLPTLWQIAAHNPWLSVSPVSEYNGDPAWAADYPDVSAPRGL + HVRQTGRLPDVVSRYGGWGDRQILICGGPAMVRATKAALIAKGAPPERIQHDPLSR" + gene 464428..467685 + /locus_tag="BQ2027_MB0393" + CDS 464428..467685 + /locus_tag="BQ2027_MB0393" + /note="Mb0393, -, len: 1085 aa. Equivalent to Rv0386, len: + 1085 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 1085 aa overlap). Probable regulatory + protein, LuxR/uhpA family, highly similar to + CAC30706.1|AL583923 possible transcriptional regulator + from Mycobacterium leprae (1106 aa). Also similar in part + to other regulatory proteins e.g. CAB95788.1|AL359949 + putative multi-domain regulatory protein from Streptomyces + coelicolor (780 aa); N-terminus of CAB92369.1|AL356612 + putative AfsR-like regulatory protein from Streptomyces + coelicolor (1114 aa); N-terminus of + NP_107139.1|14026327|BAB52925.1|AP003009 transcriptional + regulator from Mesorhizobium loti (952 aa); + AFSR_STRCO|P25941 regulatory protein afsr from + Streptomyces coelicolor (993 aa), FASTA scores: opt: 224, + E() : 1.1e-06, (26.1% identity in 867 aa overlap); etc. + Also similar to many putative Mycobacterium tuberculosis + regulatory proteins e.g. AL0212|MTV008_44 (1137 aa), FASTA + scores: opt: 3756, E(): 0, (56.7% identity in 1089 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), PS00622 Bacterial regulatory proteins, luxR + family signature and probable helix-turn-helix motif at aa + 1042-1063 (Score 1025, +2.68 S D). BELONGS TO THE + LUXR/UHPA FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb0393 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0393 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY LUXR/UHPA-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248098.1" + /translation="MSKLLPRGTVTLLLADVEGSTWLWETHPDDMGAAVARLDKAVSG + VIAAHDGVRPVEQGEGDSFVLAFACASDAVAAALDLQRARLAPIRLRIGVHTGEVALR + DEGNYAGPTINRTARLRDLAHGGQTVLSGVTESLVIDRLPDKAWLVDLGTHALRDLSR + PERVMQLCHPELRIDFPPLRVANDDVAHGLPVHLTRFVGRGAQITEVHRLVTDNRLVT + LTGAGGVGKTRLAAQLAAQIAGEFGRAWFVDLAPITDPDLVPVTVAGALGLHDQPGRS + TTDTVLRFLGGRPALVVLDNCEHLLDATAALVLALVKACRGVRLLATCREPLRVEGEV + SYRVPSLSLSDEAVEMFCYRAQRVRPDFRLTDDNSAAVTEICKRLDGLPLAIELAAAR + LRSMTLDEIIDGLRDRFALLTGGARTAAHRQQTLWASVDWSYTLLTEPERTLFRRLAV + FVGCFFVDDAQAVACSGDVQRYQVLDEITLLVDKSLVMADDNSGRTCYRLCETMRHYA + LEKLSEAGEVDAVFARHRDYYTALAARVDNPGPSDYSHCLDQAETEIDNLRAAFVWNR + ENSDTEGALALASSLLRVWMTRGRIQEGRAWFDSILADENARHLEVAAAVRARALADK + ALLDIFVDAAAGMEQAQQALVIAREVDEPALLSRALTACGLIAVAVARADAAASYFAE + AIDLARAVDDRWRLAQILTFQAVDAVVAGDPVAARPAAQEARELAAAIGDHSNALWCR + WCLGYAQLMRGELAAAAAQFGEVVDEAEASQEVLHKANSLQGLAFALAYQGELSAARA + AADAALEAAELGEYFAGMGYSALTTAALAAGDVQTAQHASEAAWRNLSLALPLSAAVQ + RAFNAQAALAGGDLSAARRWCDDAVQSMTGHHLAMALATRARIAVAEGKREEAERDAH + KALACAAESGAHLDLPDVLECLAGLASDAGTHHAAARLFGAAEAIRQQIGSVRFAIYR + SDYVQSVTALRDAMGEKDFAAAWAEGAALSIKETIAYAQRGHSWRKRPATGWESLTPT + EIDVVRLVGEGLANKDIATRLFVSPRTVQTHLTHVYTKLGFTSRLQLAQAAARRT" + gene complement(467689..469020) + /gene="PPE9" + /locus_tag="BQ2027_MB0394C" + CDS complement(467689..469020) + /gene="PPE9" + /locus_tag="BQ2027_MB0394C" + /note="Mb0394c, PPE9, len: 443 aa. Equivalent to Rv0388c + and Rv0387c, len: 180 aa and 244 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (95.1% identity in 164 aa + overlap and 100.0% identity in 244 aa overlap). Rv0388c: + Member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, + highly similar to others e.g. MTCY10G2_10|Z92539 from + Mycobacterium tuberculosis (391 aa), FASTA scores: opt: + 667, E(): 0, (58.3% identity in 180 aa overlap) but much + shorter. Rv0387c: conserved hypothetical protein, showing + some similarity to MTCI237.20c, and M17282|HUMEL20_1 Human + elastin gene, exon 1, Elastin (687 aa), FASTA scores: opt: + 193, E(): 0.35, (34.4% identity in 189 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0388c and Rv0387c exist as 2 + separate genes. In Mycobacterium bovis, 3 different base + substitutions, the first of 14 bases, the second of 8 + bases (tctacagt-gctacagg), and lastly of 28 bases, leads + to a longer single product. Mb0394c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="CAB5248099.1" + /translation="MDFGALPPEINSARIYSGPGSRPLMQAAAAWQRLANELTATAAS + YSSVISGLTGDDWLGPSALSMAAAAVPYVAWMRATAASAEQAAAQAVAAANAYESAYA + ATVPPTVIAANRRTMLSLVKTNVFGQNTPAIATSEAQYGAMWAQDIVAMEGYAGASAA + ASQLPPFTPPPATTSGAGSLSDAAATAAQAVVPAAAATDVSLLPTLQSFLPPPFDAIP + NPIEDLDVLVAAAVAVAAGSLGVSAAQLGEIYRHDVVDEAQKAPHCPAESDQTPAGAA + GDGDLPEVGGRVTSPPQPPVAALTGYSANIGGLSVPHSWNLPPAVRQVAAMFPGATPM + YMTGSSDGSYAGLAAAGLAGTGLAGLAARGGSAPTPAAAAPAGAGGAGPAATRPAAQQ + TPAVPAAAAGSAIPGLPPGLPPGVVANLAATLAAIPGATIIVVPPSPNANQ" + gene 469354..470613 + /gene="purT" + /locus_tag="BQ2027_MB0395" + CDS 469354..470613 + /gene="purT" + /locus_tag="BQ2027_MB0395" + /note="Mb0395, purT, len: 419 aa. Equivalent to Rv0389, + len: 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 419 aa overlap). Probable purT, + phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 (EC + 2.1.2.-), similar to others e.g. P33221|PURT_ECOLI|B1849 + phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 from + Escherichia coli strain K-12 (391 aa), FASTA scores: opt: + 481, E(): 1.3e-22, (40.1% identity in 379 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE PURK / PURT FAMILY. COFACTOR: + MAGNESIUM. Protein product from Mb0395 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0395 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE + FORMYLTRANSFERASE 2 PURT (GART 2) (GAR TRANSFORMYLASE 2) + (5'-PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE TRANSFORMYLASE 2) + (FORMATE-DEPENDENT GAR TRANSFORMYLASE)" + /protein_id="CAB5248100.1" + /translation="MIDGWTEGQHEPTVRHERPAAPQDVRRVMLLGSAEPSRELAIAL + QGLGAEVIAVDGYVGAPAHRIADQSVVVTMTDAEELTAVIRRLQPDFLVTVTAAVSVD + ALDAVEQADGECTELVPNARAVRCTADREGLRRLAADQLGLPTAPFWFVGSLGELQAV + AVHAGFPLLVSPVAGVAGQGSSVVAGPNEVEPAWQRAAGHQVQPQTGGVSPRVCAESV + VEIEFLVTMIVVCSQGPNGPLIEFCAPIGHRDADAGELESWQPQKLSTAALDAAKSIA + ARIVKALGGRGVFGVELMINGDEVYFADVTVCPAGSAWVTVRSQRLSVFELQARATLG + LAVDTLMISPGAARVINPDHTAGRAAVGAAPPADALTGALGVPESDVVIFGRGLGVAL + ATAPEVAIARERAREVASRLNVPDSRE" + gene 470610..471032 + /locus_tag="BQ2027_MB0396" + CDS 470610..471032 + /locus_tag="BQ2027_MB0396" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0396, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv0390, len: + 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + AL023514|MLCB4_11|CAA18942.1|AL023514 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (147 aa), FASTA scores: opt: + 778, E(): 0, (79.0% identity in 138 aa overlap). Also + similar to hypothetical proteins from several Rickettsia + species. Protein product from Mb0396 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0396 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rhodanese-related sulfurtransferase" + /protein_id="CAB5248101.1" + /translation="MSYAGDITPLQAWEMLSDNPRAVLVDVRCEAEWRFVGVPDLSSL + GREVVYVEWATSDGTHNDNFLAELRDRIPADADQHERPVIFLCRSGNRSIGAAEVATE + AGITPAYNVLDGFEGHLDAEGHRGATGWRAVGLPWRQG" + gene 471029..472249 + /gene="metZ" + /locus_tag="BQ2027_MB0397" + CDS 471029..472249 + /gene="metZ" + /locus_tag="BQ2027_MB0397" + /note="Mb0397, metZ, len: 406 aa. Equivalent to Rv0391, + len: 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Probable metZ, + O-succinylhomoserine sulfhydrylase (EC 4.2.99.-), + equivalent, but shorter 20 aa in N-terminus, to + AA18941.1|AL023514 O-succinylhomoserine sulfhydrylase from + Mycobacterium leprae (426 aa). Also highly similar to + others e.g. METZ_PSEAE|P55218 o-succinylhomoserine + sulfhydrylase from Pseudomonas aeruginosa (403 aa), FASTA + scores: opt: 1175, E(): 0, (47.2% identity in 392 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE TRANS-SULFURATION ENZYMES + FAMILY. Could also be a cystathionine gamma-synthase (EC + 4.2.99.9). Protein product from Mb0397 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0397 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-SUCCINYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE METZ + (OSH SULFHYDRYLASE)" + /protein_id="CAB5248102.1" + /translation="MTDESSVRTPKALPDGVSQATVGVRGGMLRSGFEETAEAMYLTS + GYVYGSAAVAEKSFAGELDHYVYSRYGNPTVSVFEERLRLIEGAPAAFATASGMAAVF + TSLGALLGAGDRLVAARSLFGSCFVVCSEILPRWGVQTVFVDGDDLSQWERALSVPTQ + AVFFETPSNPMQSLVDIAAVTELAHAAGAKVVLDNVFATPLLQQGFPLGVDVVVYSGT + KHIDGQGRVLGGAILGDREYIDGPVQKLMRHTGPAMSAFNAWVLLKGLETLAIRVQHS + NASAQRIAEFLNGHPSVRWVRYPYLPSHPQYDLAKRQMSGGGTVVTFALDCPEDVAKQ + RAFEVLDKMRLIDISNNLGDAKSLVTHPATTTHRAMGPEGRAAIGLGDGVVRISVGLE + DTDDLIADIDRALS" + gene complement(472246..473658) + /gene="ndhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0398C" + CDS complement(472246..473658) + /gene="ndhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0398C" + /note="Mb0398c, ndhA, len: 470 aa. Equivalent to Rv0392c, + len: 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 470 aa overlap). Probable ndhA, + membrane NADH dehydrogenase (EC 1.6.99.3), equivalent to + many e.g. AF038423|AF038423_1 NADH dehydrogenase from + Mycobacterium smegmatis (457 aa), FASTA scores: opt: 1991, + E(): 0, (67.9% identity in 458 aa overlap); MLCB1788_3 + NADH dehydrogenase from Mycobacterium leprae (466 aa), + FASTA score: (62.5% identity in 467 aa overlap). Also + similar to others from several organisms e.g. + P00393|DHNA_ECOLI|66211|581140|CAA23586.1|V00306 NADH + DEHYDROGENASE from Escherichia coli (434 aa); and + Rv0392c|ndhB from Mycobacterium tuberculosis. Has + hydrophobic stretch in C-terminus. BELONGS TO THE NADH + DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product from Mb0398c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0398c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE NADH DEHYDROGENASE NDHA" + /protein_id="CAB5248103.1" + /translation="MTLSSGEPSAVGGRHRVVIIGSGFGGLNAAKALKRADVDITLIS + KTTTHLFQPLLYQVATGILSEGDIAPTTRLILRRQKNVRVLLGEVNAIDLKAQTVTSK + LMDMTTVTPYDSLIVAAGAQQSYFGNDEFATFAPGMKTIDDALELRGRILGAFEAAEV + STDHAERERRLTFVVVGAGPTGVEVAGQIVELAERTLAGAFRTITPSECRVILLDAAP + AVLPPMGPKLGLKAQRRLEKMDAEVQLNAMVTAVDYKGITIKEKDGGERRIECACKVW + AAGVAASPLGKMIAEGSDGTEIDRAGRVIVEPDLTVKGHPNVFVVGDLMFVPGVPGVA + QGAIQGARYATTVIKHMVKGNDDPANRKPFHYFNKGSMATISRHSAVAQVGKLEFAGY + FAWLAWLVLHLVYLVGYRNRIAALFAWGISFMGRARGQMAITSQMIYARLVMTLMEQQ + AQGALAAAEQAEHAEQEAAG" + gene 473800..475125 + /locus_tag="BQ2027_MB0399" + CDS 473800..475125 + /locus_tag="BQ2027_MB0399" + /note="Mb0399, -, len: 441. Equivalent to Rv0393, len: 441 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 441 aa overlap). Member of Mycobacterium + tuberculosis 13E12 repeat family of conserved proteins, + similar to many e.g. Rv1148c, Rv1945, Rv3467, + Rv0336|MTCY279_3 (503 aa), FASTA scores: E(): 0, (61.1% + identity in 347 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248104.1" + /translation="MAVGRCAIPRFDQAASGSAINGGQVHLSDGSTSPARQLPAPWPG + DAGAAAEGRAGVCCRGNRLPHVSDVGVSHRFDHRPAGVGAGGCRAGAAGAGLAVDDPG + QLAAAIDRIVAVADPDAVRQVRERARDREVSIWNSADGMGEVYAQLYATDAQALDARL + NALVATVCAGDPRSTDQRRADALGALAAGADRLACRCDNPDCAAEGRPVSAVVIHVVA + EQASVKGHGQAPAALLGGDGLIPAELVAELAKTAGLQPIPVPAGTEPGYRPSVKLAAF + VRARDLTCRAPGCDRPATQCDLDHTIAFADGGATHAANLKCLCRLHHLLATFCGWRAQ + QLPDGTVIWTLPGNQTYVTTPGSALLFPALCTPTGDPPAPEPARADRRGQRTAMMPRR + ASTRTQNRAHCIAAERHRNHQARRIAQAAVIATETHGPPPDPDDDPPPF" + gene complement(475141..475860) + /locus_tag="BQ2027_MB0400C" + CDS complement(475141..475860) + /locus_tag="BQ2027_MB0400C" + /note="Mb0400c, -, len: 239 aa. Equivalent to Rv0394c, + len: 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 239 aa overlap). Possible secreted + protein, sharing no homology with other proteins. Has + hydrophobic stretch at its N-terminus. Protein product + from Mb0400c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0400c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248105.1" + /translation="MTEPRPVFAVVISAGLSAIPMVGGPLQTVFDAIEERTRHRAETT + TREICESVGGADTVLSRIDKNPELEPLLSQAIEAATRTSMEAKRRLLAQAAAAALEDD + QKVEPASLIVATLSQLEPVHIHALVRLAKAAKSSPDQDEIQRREVMRAASKVEPVPVL + AALIQTGVAIATTTVWHGNGTGTPAEESGHILIHDVSDFGHRLLAYLRAADAGAELLI + LPSGGSAPTGDHPTPHPSTSR" + gene 475959..476363 + /locus_tag="BQ2027_MB0401" + CDS 475959..476363 + /locus_tag="BQ2027_MB0401" + /note="Mb0401, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv0395, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 134 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248106.1" + /translation="MDWMPLGDYETFRHWSGKPRAWGPQESGWRAWFGGKIVDGLCEV + LDEHLAVRRRGVPAAIGCVPWLSSEAVAETLLALSAFCVVIDKGTSFPSRLRNPDKGF + PNVALLRLRDMAPSEHGSRCSSARGRLCLSMS" + gene 476369..476761 + /locus_tag="BQ2027_MB0402" + CDS 476369..476761 + /locus_tag="BQ2027_MB0402" + /note="Mb0402, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv0396, len: + 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248107.1" + /translation="MRALGWLREDRKPLLNAKLLVLGHLALNVYDPDNGYGEEVLDFE + PRTVWWGSANWTVRAGSHLEVGFACDDPTLVEEATAFVADVIAFSEPIDTTCAGPEPN + LVQVEFDDAAMAEAMEEMAEPDDDGEDW" + gene 476835..477203 + /locus_tag="BQ2027_MB0403" + CDS 476835..477203 + /locus_tag="BQ2027_MB0403" + /note="Mb0403, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv0397, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Part of 13E12 repeat + family of conserved Mycobacterium tuberculosis proteins, + similar to downstream Rv0393|Z84725|MTCY4D9_5 CONSERVED + 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN (441 aa), FASTA scores: E(): + 0, (87.7% identity in 122 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248108.1" + /translation="MLATFWGWRAQQLPDGTVIWTLPGDQTYVTTPGSALLFPALCTP + TGDPPRPDPARADRRGQRTAMMPRRASTRAQNRAHYIAAERHRNHQARRIAHVVTQTA + TTAPETNGPPPDPDDDPPPF" + gene 477413..477661 + /locus_tag="BQ2027_MB0403A" + CDS 477413..477661 + /locus_tag="BQ2027_MB0403A" + /note="Mb0403A, len: 82 aa. Equivalent to Rv0397A len: 82 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 82 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Protein product from Mb0403A detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0403A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="CAB5248109.1" + /translation="MHALRLVGLAILTAIAPIAVLIGSSPAHADTDIGQPCSPEGAKL + WGNPGPIYCERTADGQLQWVSIPAWALCVAFCDRPGGP" + gene complement(477698..478339) + /locus_tag="BQ2027_MB0404C" + CDS complement(477698..478339) + /locus_tag="BQ2027_MB0404C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0404c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv0398c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Possible secreted + protein, sharing no homology with other proteins. Has + potential signal sequence with hydrophobic stretch from aa + 7-25. Protein product from Mb0404c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0404c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248110.1" + /translation="MGVIARVVGVAACGLSLAVLAAAPTAGAEPTGALPPMTSSGSGP + VIGDGDAALRQRISQQLFSFGDPTVQEVDGSDAAQFITAAAAVADRDVASVFLPLQRV + LGCQQNTAGSGAGFGARAYRRTDGQWGGAMLVVAKSTVSDVDALKACVKSGWRKATAG + TPTSMCNNGWTYPPFADTRRGEEGYFVLLAGTASDFCSAPNANYRTTASSWPG" + gene complement(478346..479575) + /gene="lpqK" + /locus_tag="BQ2027_MB0405C" + CDS complement(478346..479575) + /gene="lpqK" + /locus_tag="BQ2027_MB0405C" + /note="Mb0405c, lpqK, len: 409 aa. Equivalent to Rv0399c, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 409 aa overlap). Possible lpqK, + conserved lipoprotein, showing some similarity to + penicillin binding proteins and various peptidases e.g. + DAC_STRSQ|P15555 d-alanyl-d-alanine carboxypeptidase + protein (406 aa), FASTA scores: opt: 348, E(): 5.6e-16, + (29.2% identity in 301 aa overlap). Also similar to other + Mycobacterium tuberculosis PBPs and esterases. Has + possible N-terminal signal sequence and appropriately + positioned prokaryotic lipoprotein lipid attachment site + (PS00013). Mb0405c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQK" + /protein_id="CAB5248111.1" + /translation="MPVLRRLGCSVLALGLLAGCAPPRTGPASSPTNNGAKADAVIRI + VRDFMTQAHLKAVLVRVTVAGKEVVTRAVGDSMTGVPATTAMHFRNGAVAISYVATLL + LKLVDEKKLRLDDKLSRWLPDFPHADRVTLGQLAQMTSGYPDYVLGNEAFDAELYANP + FRQWTTQELLDQISSRPLLYDPGTNWNYAHTNYLLLGLALEKAAGQDMPTLLQRKVLS + PLGLTATANSDTPAIPEPALHAFTSERRAALKIPAGVPFYEESTFWNPSWTITHGAIQ + TTTIYDMEATAVGIGSGRLLSADSYKKMVSTELRGKTRAQPGCPTCFEQNDGYSYGLG + IVISGHWLLQNPMFAGYAAVEAYLPSQRVAVAVAVTYAPEAFDDQGNYRNQADILFRK + IGAEVAPNDAPPMPPGR" + gene complement(479585..480772) + /gene="fadE7" + /locus_tag="BQ2027_MB0406C" + CDS complement(479585..480772) + /gene="fadE7" + /locus_tag="BQ2027_MB0406C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0406c, fadE7, len: 395 aa. Equivalent to Rv0400c, + len: 395 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 395 aa overlap). Probable fadE7, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + CAC12923.1|AL445403 putative acyl CoA dehydrogenase from + Streptomyces coelicolor (397 aa); G624219 GLUTARYL-COA + DEHYDROGENASE PRECURSOR (438 aa), FASTA scores: opt: 1161, + E(): 0, (48.1% identity in 391 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0406c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0406c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acyl-coa dehydrogenase fade7" + /protein_id="CAB5248112.1" + /translation="MSTPTPPALDRDDPLGLDASLSSDEIAVRDTVRRFCAEHVTPHV + AAWFEDGDLPVARDLAKQFGELGLLGMQLHGHGCGGASAVHYGLACRELEAADSGIRS + LVSVQGSLAMFAIASFGSDEQKRQWLPGMATGDLLGCFGLTEPDVGSDPAAMKTRARR + DGPDWVITGGKMWITNGSVADVAIVWAATDDGIRGFIVPTDTPGFTANTIGHKLSLRA + SITSELVLDNVRLPADAMLPGATGLRAPLACLSEARYGIVWGAMGAARSAWQCALDYA + RQRTQFGRPIAGFQLTQAKLVDMAVELHKGQLLSLHLGRLKDRVGLRPDQVSFGKLNN + TREALKICRTARTILGGNGISLEYPVIRHMVNLESVLTYEGTPEMHQLVLGQAFTGLA + AFR" + gene 480808..481179 + /locus_tag="BQ2027_MB0407" + CDS 480808..481179 + /locus_tag="BQ2027_MB0407" + /note="Mb0407, -, len: 123 aa. Equivalent to Rv0401, len: + 123 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 123 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to AL023514|MLCB4_9 + putative integral membrane protein from Mycobacterium + leprae (122 aa), FASTA scores: opt: 548, E(): 4.4e-32, + (66.9% identity in 121 aa overlap). Mb0407 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248113.1" + /translation="MRPRRALAGLAADVVAVLVFCAVGRRSHAEGLSVTGLAATAWPF + LTGTGIGWVLARGWRRPTALAPTGVIVWLCTIVVGMVLRKVSSAGVAASFVVVASAVT + AVLLLGWRAAVALMAPHRADG" + gene complement(481374..482477) + /gene="mmpL1b" + /locus_tag="BQ2027_MB0408C" + CDS complement(481374..482477) + /gene="mmpL1b" + /locus_tag="BQ2027_MB0408C" + /note="Mb0408c, mmpL1b, len: 367 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0402c, len: 958 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 367 aa overlap). + Probable mmpL1, conserved transmembrane transport protein + (see citation below), member of RND superfamily, highly + similar to other Mycobacterial proteins e.g. + YV34_MYCTU|Q11171 hypothetical 106.2 kd membrane protein + from Mycobacterium tuberculosis (968 aa), FASTA scores: + opt: 3551, E(): 0, (55.4% identity in 933aa overlap); + YV34_MYCLE|P54881 hypothetical 105.2 kd protein from + Mycobacterium leprae (959 aa), FASTA scores: opt: 3615, + E(): 0, (55.5% identity in 941 aa overlap); etc. Highly + similar to many other mycobacterial MmpL proteins from + Mycobacterium tuberculosis and M. leprae e.g. Rv0450c, + Rv0676c, Rv0507, etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mmpL1 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits mmpL1 into 2 parts, mmpL1a and + mmpL1b. Mb0408c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL1B [SECOND PART]" + /protein_id="CAB5248114.1" + /translation="MNSMDNVDKLTEDLANLTDDTERMDTTQRQLLAQLDPTIATMQT + VKDLAQTLTSAFSGLVTQMEDMTRNATVMGRTFDAANNDDSFYLPPEAFQNPDFQRGL + KLFLSPDGTCARFVITHRGDPASAEGISHIDPIMQAADEAVKGTPLQAASIYLAGTSS + TYKDIHEGTLYDVMIAVVASLCLIFIIMLGITRSVVASAVIVGTVALSLGSAFGLSVL + IWQHILHMPLHWLVLPMAIIVMLAVGSDYNLLLIARFQEEIGAGLKTGMIRAMAGTGR + VVTIAGLVFAFTMGSMVASDLRVVGQIGTTIMIGLLFDTLVVRSYMTPALATLLGRWF + WWPRRVDRLARQPQVLGPRRTTALSAERAALLQ" + gene complement(482474..484249) + /gene="mmpL1a" + /locus_tag="BQ2027_MB0409C" + CDS complement(482474..484249) + /gene="mmpL1a" + /locus_tag="BQ2027_MB0409C" + /note="Mb0409c, mmpL1a, len: 591 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0402c, len: 958 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 568 aa overlap). Probable + mmpL1, conserved transmembrane transport protein (see + citation below), member of RND superfamily, highly similar + to other Mycobacterial proteins e.g. YV34_MYCTU|Q11171 + hypothetical 106.2 kd membrane protein from Mycobacterium + tuberculosis (968 aa), FASTA scores: opt: 3551, E(): 0, + (55.4% identity in 933aa overlap); YV34_MYCLE|P54881 + hypothetical 105.2 kd protein from Mycobacterium leprae + (959 aa), FASTA scores: opt: 3615, E(): 0, (55.5% identity + in 941 aa overlap); etc. Highly similar to many other + mycobacterial MmpL proteins from Mycobacterium + tuberculosis and M. leprae e.g. Rv0450c, Rv0676c, Rv0507, + etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mmpL1 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits mmpL1 into 2 parts, mmpL1a and + mmpL1b. Mb0409c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL1A [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5248115.1" + /translation="MRSQRLAGHLSAAARTIHALSLPIILFWVALTIVVNVVAPQLQS + VARTHSVALGPHDAPSLIAMKRIGKDFQQFDSDTTAMVLLEGQEKLGDEAHRFYDVLV + TKLSQDTTHVQHIENFWGDPLTAAGSQSADGKAAYVQLNLTGDQGGSQANESVAAVQR + IVDSVPPPPGIKAYVTGPGPLGADRVVYGDRSLHTITGISIAVIAIMLFIAYRSLSAA + LIMLLTVGLELLAVRGIISTFAVNDLMGLSTFTVNVLVALTIAASTDYIIFLVGRYQE + ARATGQNREAAYYTMFGGTAHVVLASGLTVAGAMYCLGFTRLPYFNTLASPCAIGLVT + VMLASLTLAPAIIAVASRFGLFDPKRATTKRRWRRIGTVVVRWPGPVLAATLLIALIG + LLALPKYQTNYNERYYIPSAAPSNIGYLASDRHFPQARMEPEVLMVEADHDLRNPTDM + PILDRIAKTVFHTPGIARVQSITRPLGAPIDHSSIPFQLGMQSTMTIENLQNLKDRVA + DLSTLTDQLQRMIDITQRTQELTRQLTDATHDMNAHTRQMRDNANELRDRIADFDDFW + RPSEVSRTGSATASTFPSAGRCAPC" + gene complement(484246..484674) + /gene="mmpS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0410C" + CDS complement(484246..484674) + /gene="mmpS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0410C" + /note="Mb0410c, mmpS1, len: 142 aa. Equivalent to Rv0403c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Probable mmpS1, + conserved membrane protein (see citation below), highly + similar to other Mycobacterial proteins e.g. + YV33_MYCLE|P54880 hypothetical 16.9 kd protein from + Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: opt: 458, + E(): 1.6e-26, (46.9% identity in 143 aa overlap); + YV33_MYCTU|Q11170 hypothetical 15 .9 kd protein from M. + tuberculosis (147 aa), FASTA scores: opt: 362, E(): + 1.1e-19, (42.1% identity in 140 aa overlap); etc. Also + similar to other MmpS proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv0677c, Rv0451c, etc. BELONGS TO THE + MMPS FAMILY. Mb0410c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS1" + /protein_id="CAB5248116.1" + /translation="MFGVAKRFWIPMVIVIVVAVAAVTVSRLHSVFGSHQHAPDTGNL + DPIIAFYPKHVLYEVFGPPGTVASINYLDADAQPHEVVNAAVPWSFTIVTTLTAVVAN + VVARGDGASLGCRITVNEVIREERIVNAYHAHTSCLVKSA" + gene 484995..486752 + /gene="fadD30" + /locus_tag="BQ2027_MB0411" + CDS 484995..486752 + /gene="fadD30" + /locus_tag="BQ2027_MB0411" + /note="Mb0411, fadD30, len: 585 aa. Equivalent to Rv0404, + len: 585 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 585 aa overlap). Probable fadD30, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + e.g. MBU75685_1|AAB52538.1|U75685 acyl-CoA synthase from + Mycobacterium bovis (582 aa); MASC_MYCLE|P54200 masc + protein from Mycobacterium leprae (372 aa), FASTA scores: + opt: 888, E(): 0, (44.2% identity in 342 aa overlap). Also + similar to Y06J_MYCTU|Q10976 hypothetical 67.9 kd protein + (626 aa), FASTA scores: opt: 1463, E(): 0, (42.4% identity + in 568 aa overlap). Protein product from Mb0411 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0411 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-amp ligase fadd30 (fatty-acid-amp + synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="CAB5248117.1" + /translation="MSVISTLRDRATTTPSDEAFVFMDYDTKTGDQIDRMTWSQLYSR + VTAVSAYLISYGRHADRRRTAAISAPQGLDYVAGFLGALCAGWAPVPLPEPLGSLRDK + RTGLAVLDCAADVVLTTSQAETRVRATIATHGASVTTPVIALDTLDEPSGDNCDLDSQ + LSDWSSYLQYTSGSTANPRGVVLSMRNVTENVDQIIRNYFRHEGGAPRLPSSVVSWLP + LYHDMGLMVGLFIPLFVGCPVILTSPEAFIRKPARWMQLLAKHQAPFSAAPNFAFDLA + VAKTSEEDMAGLDLGHVNTIINGAEQVQPNTITKFLRRFRPYNLMPAAVKPSYGMAEA + VVYLATTKAGSPPTSTEFDADSLARGHAELSTFETERATRLIRYHSDDKEPLLRIVDP + DSNIELGPGRIGEIWIHGKNVSTGYHNADDALNRDKFQASIREASAGTPRSPWLRTGD + LGFIVGDEFYIVGRMKDLIIQDGVNHYPDDIETTVKEFTGGRVAAFSVSDDGVEHLVI + AAEVRTEHGPDKVTIMDFSTIKRLVVSALSKLHGLHVTDFLLVPPGALPKTTSGKISR + AACAKQYGANKLQRVATFP" + gene 486749..488131 + /gene="pks6a" + /locus_tag="BQ2027_MB0412" + CDS 486749..488131 + /gene="pks6a" + /locus_tag="BQ2027_MB0412" + /note="Mb0412, pks6a, len: 460 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0405, len: 1402 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 456 aa overlap). + Probable pks6, membrane-bound polyketide synthase, highly + similar to others e.g. CAC29643.1|AL583917 putative + polyketide synthase from Mycobacterium leprae (2103 aa); + Y06K_MYCTU|Q10977 probable polyketide synthase (1876 aa), + FASTA scores: opt: 2303, E(): 0, (38.7% identity in 1232 + aa overlap); etc. Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases + active site, 2 x PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00012 Phosphopantetheine attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, pks6 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to single base + insertion (*-g) splits pks6 into 2 parts, pks6a and pks6b. + Mb0412 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE BOUND POLYKETIDE SYNTHASE + PKS6A [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5248118.1" + /translation="MTDGSVTADKLQKWFREYLSTHIECHPNEVSLDVPIRDLGLKSI + DVLAIPGDLGDRFGFCIPDLAVWDNPSANDLIDSLLNQRSADSLRESHGHADRNTQGR + GSINEPVAVIGVGCRFPGDIDGPERLWDFLTEKKCAITAYPDRGFTNAGTFAESGGFL + KDVAGFDNRFFDIPPDEALRMDPQQRLLLEVSWEALEHAGIIPESLRLSRTGVFVGVS + STDYVRLVSASAQQKSTIWDNTGGSSSIIANRISYFLDIQGPSIVIDTACSSSLVAVH + LACRSLSTWDCDIALVGGTNVLISPEPWGGFREAGILSQTGCCHAFDKSADGMVRGEG + CGVIVLQRLSDARLEGRRILAILTGSAVNQDGKSNGIMAPNPSAQIGVLENACKSARV + DPLEIGYVEAHGTGTSLGDRIEAHALGMVFGRKRPGSGPLMIGSIKPNIGHLEGAAGI + AGLIKAGVDG" + gene 488118..490958 + /gene="pks6b" + /locus_tag="BQ2027_MB0413" + CDS 488118..490958 + /gene="pks6b" + /locus_tag="BQ2027_MB0413" + /note="Mb0413, pks6b, len: 946 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0405, len: 1402 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 945 aa overlap). Probable + pks6, membrane-bound polyketide synthase, highly similar + to others e.g. CAC29643.1|AL583917 putative polyketide + synthase from Mycobacterium leprae (2103 aa); + Y06K_MYCTU|Q10977 probable polyketide synthase (1876 aa), + FASTA scores: opt: 2303, E(): 0, (38.7% identity in 1232 + aa overlap); etc. Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases + active site, 2 x PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00012 Phosphopantetheine attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, pks6 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to single base + insertion (*-g), splits pks6 into 2 parts, pks6a and + pks6b. Protein product from Mb0413 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0413 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE BOUND POLYKETIDE SYNTHASE + PKS6B [SECOND PART]" + /protein_id="CAB5248119.1" + /translation="MLMVERGSLLPSGGFTEPNPAIPFTELGLRVVDELQEWPVVAGR + PRRAGVSSFGFGGTNAHVIVEEAGSVGADTVSGRADVGGSGGGVVAWVISGKTASALA + AQAGRLGRYVRARPALDVVDVGYSLVSTRSVFDHRAVVVGQTRDELLAGLAGVVAGRP + EAGVVCGVGKPAGKTAFVFAGQGSQWLGMGSELYAAYPVFAEALDAVVDELDRHLRYP + LRDVIWGHDQDLLNTTEFAQPALFAVEVALYRLLMSWGVRPGLVLGHSVGELAAAHVA + GALCLPDAAMLVAARGRLMQALPAGGAMFAVQAREDEVAPMLGHDVSIAAVNGPASVV + ISGAHDAVSAIADRLRGQGRRVHRLAVSHAFHSALMEPMIAEFTAVAAELSVGLPTIP + VISNVTGQLVADDFASADYWARHIRAVVRFGDSVRSAHCAGASRFIEVGPGGGLTSLI + EASLADAQIVSVPTLRKDRPEPVSVMTAAAQGFVSGMGLDWASVFSGYRPKRVELPTY + AFQHQKFWLAPAPSVSDPTAAGQIGASDGGAELLASSGFAARLAGRSADEQLAAAIEV + VCEHAAAVLGRDGAAGLDAGQAFADSGFNSLSAVELRNRLTAVTAVTLPATAIFDHPT + PTELAQYLITQIDGHGSSAAAAANPAERIDALTDLFLQACDAGRDADGWKMVALASNT + RERMSSPVRNNVSKNVALLADGISDVVVICIPTLTVLSDQREYRDIANAMTGRHSVYS + LTLPGFDSSDALPQNADMIVETVSNAIIDVVGGSCRFVLSGYSSGGVLAYALCSHLSV + KHQRNPLGVALIDTYLPSQIANPSMNEGFSPNDTGKGLSREVIRVARMLNRLTATRLT + AAATYAAIFQAWEPGRSMAPVLNIVAKDRIATVENLREERINRWRTAAAEAAYSVAEV + PGDHFGVMSTSSEAIATEIHDWISGLVRGPHP" + gene complement(490906..491724) + /locus_tag="BQ2027_MB0414C" + CDS complement(490906..491724) + /locus_tag="BQ2027_MB0414C" + /note="Mb0414c, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv0406c, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Beta-lactamase-like + protein, equivalent to AAD38170.1|AF152397_1 + beta-lactamase-like protein from Mycobacterium phlei (243 + aa); AL023514|MLCB4_8 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA scores: opt: 1284, + E(): 0, (74.9% identity in 243 aa overlap); and + AAD38164.1|AF152394_2 beta-lactamase-like protein from + Mycobacterium avium (247 aa), FASTA scores: opt: 1301, + E(): 0, (74.2% identity in 244 aa overlap); etc. Also + slight similarity to others beta-lactamases and + hypothetical proteins e.g. P52700|BLA1_XANMA|628530|S45349 + METALLO-BETA-LACTAMASE L1 PRECURSOR (BETA-LACTAMASE, TYPE + II) (PENICILLINASE) from Xanthomonas maltophilia (290 aa), + FASTA scores: (34.4% identity in 96 aa overlap). Protein + product from Mb0414c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0414c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="BETA LACTAMASE LIKE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248120.1" + /translation="MVATRGTRLAALALAPRLAGMAELVQITDKVHLARGHAVNWVLV + TDDTGVLLIDAGYPGDRAEVLASLNKLGYTPGDVRAIVLTHAHIDHLGSAIWFAREHS + TPVYCHAEEVGHAKREYRENASVFDVALRSWRPRVAVWGIHLLRRGGLTGDGIPTAQP + LTAEAAAGLPGQPMAIFTPGHTSGHCSYVVDGVLASGDALITGHPMLRHRGPQLLPAV + FSHSQQNSIRSLAALALLETNILAPGHGELWHGPIRKATDEALERAQKSNHVFR" + gene 491802..492812 + /gene="fgd1" + /locus_tag="BQ2027_MB0415" + CDS 491802..492812 + /gene="fgd1" + /locus_tag="BQ2027_MB0415" + /standard_name="fgd" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0415, fgd1, len: 336 aa. Equivalent to Rv0407, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Probable fgd1, + F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase (EC + 1.-.-.-), equivalent to others from Mycobacteria e.g. + AAD38165.1|AF152394_3 from M. avium (336 aa), FASTA + scores: opt: 2082, E(): 0, (89.9% identity in 336 aa + overlap); AL023514|MLCB 4_7 from Mycobacterium leprae (336 + aa), FASTA scores: opt: 2069, E(): 0, (89.0% identity in + 336 aa overlap). Also similar to other dehydrogenases e.g. + CAA77276.1|Y18730 F420-dependent alcohol dehydrogenase + from Methanofollis liminatans (330 aa). Also similar to + many proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv0953c, Rv0791c, etc. Note that previously known as fgd. + Protein product from Mb0415 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0415 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="f420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase + fgd1" + /protein_id="CAB5248121.1" + /translation="MAELKLGYKASAEQFAPRELVELAVAAEAHGMDSATVSDHFQPW + RHQGGHAPFSLSWMTAVGERTNRLLLGTSVLTPTFRYNPAVIAQAFATMGCLYPNRVF + LGVGTGEALNEIATGYEGAWPEFKERFARLRESVGLMRQLWSGDRVDFDGDYYRLKGA + SIYDVPDGGVPVYIAAGGPAVAKYAGRAGDGFICTSGKGEELYTEKLMPAVREGAAAA + DRSVDGIDKMIEIKISYDPDPELALNNTRFWAPLSLTAEQKHSIDDPIEMEKAADALP + IEQIAKRWIVASDPDEAVEKVGQYVTWGLNHLVFHAPGHDQRRFLELFQSDLAPRLRR + LG" + gene 492805..494877 + /gene="pta" + /locus_tag="BQ2027_MB0416" + CDS 492805..494877 + /gene="pta" + /locus_tag="BQ2027_MB0416" + /note="Mb0416, pta, len: 690 aa. Equivalent to Rv0408, + len: 690 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 690 aa overlap). Probable pta, + phosphate acetyltransferase (EC 2.3.1.8), highly similar + to others e.g. PTA_ECOLI|P39184|11279789|JX0357|B2297 + phosphate acetyltransferase from Escherichia coli strain + K12 (713 aa), FASTA scores: opt: 1303, E(): 0, (38.0% + identity in 718 aa overlap); etc. BELONGS TO THE PHOSPHATE + ACETYLTRANSFERASE AND BUTYRYLTRANSFERASE FAMILY. Protein + product from Mb0416 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0416 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE PTA + (PHOSPHOTRANSACETYLASE)" + /protein_id="CAB5248122.1" + /translation="MADSSAIYLAAPESQTGKSTIALGLLHRLTAMVAKVGVFRPITR + LSAERDYILELLLAHTSAGLPYERCVGVTYQQLHADRDDAIAEIVDSYHAMADECDAV + VVVGSDYTDVTSPTELSVNARIAVNLGAPVLLTVRAKDRTPDQVASVVEVCLAELDTQ + RAHTAAVVANRCELSAIPAVTDALRRFTPPSYVVPEEPLLSAPTVAELTQAVNGAVVS + GDVALREREVMGVLAAGMTADHVLERLTDGMAVITPGDRSDVVLAVASAHAAEGFPSL + SCIVLNGGFQLHPAIAALVSGLRLRLPVIATALGTYDTASAAASARGLVTATSQRKID + TALELMDRHVDVAGLLAQLTIPIPTVTTPQMFTYRLLQQARSDLMRIVLPEGDDDRIL + KSAGRLLQRGIVDLTILGDEAKVRLRAAELGVDLDGATVIEPCASELHDQFADQYAQL + RKAKGITVEHAREIMNDATYFGTMLVHNCHADGMVSGAAHTTAHTVRPALEIIKTVPG + ISTVSSIFLMCLPDRVLAYGDCAIIPNPTVEQLADIAICSARTAAQFGIEPRVAMLSY + STGDSGKGADVDKVRAATELVRAREPQLPVEGPIQYDAAVEPSVAATKLRDSPVAGRA + TVLIFPDLNTGNNTYKAVQRSAGAIAIGPVLQGLRKPVNDLSRGALVDDIVNTVAITA + IQAQGVHE" + gene 494870..496027 + /gene="ackA" + /locus_tag="BQ2027_MB0417" + CDS 494870..496027 + /gene="ackA" + /locus_tag="BQ2027_MB0417" + /note="Mb0417, ackA, len: 385 aa. Equivalent to Rv0409, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 385 aa overlap). Probable ackA, + acetate kinase (EC 2.7.2.1), highly similar to others e.g. + ACKA_BACSU|P37877 acetate kinase from Bacillus subtilis + (395 aa), FASTA scores: opt: 974, E(): 0, (43.5% identity + in 393 aa overlap); etc. Contains PS01075 Acetate and + butyrate kinases family signature 1, PS00758 ArgE / dapE / + ACY1/ CPG2 / yscS family signature 1. BELONGS TO THE + ACETOKINASE FAMILY. Protein product from Mb0417 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0417 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETATE KINASE ACKA (ACETOKINASE)" + /protein_id="CAB5248123.1" + /translation="MSSTVLVINSGSSSLKFQLVEPVAGMSRAAGIVERIGERSSPVA + DHAQALHRAFKMLAEDGIDLQTCGLVAVGHRVVHGGTEFHQPTLLDDTVIGKLEELSA + LAPLHNPPAVLGIKVARRLLANVAHVAVFDTAFFHDLPPAAATYAIDRDVADRWHIRR + YGFHGTSHQYVSERAAAFLGRPLDGLNQIVLHLGNGASASAIARGRPVETSMGLTPLE + GLVMGTRSGDLDPGVISYLWRTARMGVEDIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRLVIET + GDRSAQLAYEVFIHRLRKYLGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGENDAAVRRDALAGLQGLG + IALDQDRNLGPGHGARRISSDDSPIAVLVVPTNEELAIARDCLRVLGGRRA" + gene complement(496081..498333) + /gene="pknG" + /locus_tag="BQ2027_MB0418C" + CDS complement(496081..498333) + /gene="pknG" + /locus_tag="BQ2027_MB0418C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0418c, pknG, len: 750 aa. Equivalent to Rv0410c, + len: 750 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 750 aa overlap). pknG, + serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) (see + citations below), equivalent to + PKNG_MYCLE|P57993|13092623|CAC29812.1|AL583918 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE from Mycobacterium leprae + (767 aa). Also similar to others e.g. AB76890.1|AL159139 + putative serine/threonine protein kinase from Streptomyces + coelicolor (774 aa); etc. Contains PS00108 + Serine/Threonine protein kinases active-site signature. + Contains Hank's kinase subdomain. BELONGS TO THE SER/THR + FAMILY OF PROTEIN KINASES. Protein product from Mb0418c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0418c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PKNG (PROTEIN + KINASE G) (STPK G)" + /protein_id="CAB5248124.1" + /translation="MAKASETERSGPGTQPADAQTATSATVRPLSTQAVFRPDFGDED + NFPHPTLGPDTEPQDRMATTSRVRPPVRRLGGGLVEIPRAPDIDPLEALMTNPVVPES + KRFCWNCGRPVGRSDSETKGASEGWCPYCGSPYSFLPQLNPGDIVAGQYEVKGCIAHG + GLGWIYLALDRNVNGRPVVLKGLVHSGDAEAQAMAMAERQFLAEVVHPSIVQIFNFVE + HTDRHGDPVGYIVMEYVGGQSLKRSKGQKLPVAEAIAYLLEILPALSYLHSIGLVYND + LKPENIMLTEEQLKLIDLGAVSRINSFGYLYGTPGFQAPEIVRTGPTVATDIYTVGRT + LAALTLDLPTRNGRYVDGLPEDDPVLKTYDSYGRLLRRAIDPDPRQRFTTAEEMSAQL + TGVLREVVAQDTGVPRPGLSTIFSPSRSTFGVDLLVAHTDVYLDGQVHAEKLTANEIV + TALSVPLVDPTDVAASVLQATVLSQPVQTLDSLRAARHGALDADGVDFSESVELPLME + VRALLDLGDVAKATRKLDDLAERVGWRWRLVWYRAVAELLTGDYDSATKHFTEVLDTF + PGELAPKLALAATAELAGNTDEHKFYQTVWSTNDGVISAAFGLARARSAEGDRVGAVR + TLDEVPPTSRHFTTARLTSAVTLLSGRSTSEVTEEQIRDAARRVEALPPTEPRVLQIR + ALVLGGALDWLKDNKASTNHILGFPFTSHGLRLGVEASLRSLARVAPTQRHRYTLVDM + ANKVRPTSTF" + gene complement(498333..499319) + /gene="glnH" + /locus_tag="BQ2027_MB0419C" + CDS complement(498333..499319) + /gene="glnH" + /locus_tag="BQ2027_MB0419C" + /note="Mb0419c, glnH, len: 328 aa. Equivalent to Rv0411c, + len: 328 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 328 aa overlap). Probable glnH, + glutamine-binding protein, membrane-bound lipoprotein (see + citation below), equivalent to + AL035159|MLCB1450_15|T44736|4154051|CAA22704.1 + glutamine-binding protein homolog from Mycobacterium + leprae (325 aa), FASTA scores: opt: 1747, E(): 0, (79.3% + identity in 328 aa overlap). Also similar to others e.g. + GLNH_BACST|P27676 glutamine-binding protein precursor from + Bacillus stearothermophilus (262 aa), FASTA scores: opt: + 493, E(): 7.5e-22, (37.8% identity in 193 aa overlap); + etc. Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein + lipid attachment site, PS01039 Bacterial extracellular + solute-binding proteins, family 3 signature. BELONGS TO + THE BACTERIAL EXTRACELLULAR SOLUTE-BINDING PROTEIN FAMILY + 3. Presumed attached to the membrane by a lipid anchor. + Protein product from Mb0419c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0419c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-BINDING LIPOPROTEIN GLNH + (GLNBP)" + /protein_id="CAB5248125.1" + /translation="MTRRALLARAAAPLAPLALAMVLASCGHSETLGVEATPTLPLPT + PVGMEIMPPQPPLPPDSSSQDCDPTASLRPFATKAEADAAVADIRARGRLIVGLDIGS + NLFSFRDPITGEITGFDVDIAGEVARDIFGVPSHVEYRILSAAERVTALQKSQVDIVV + KTMSITCERRKLVNFSTVYLDANQRILAPRDSPITKVSDLSGKRVCVARGTTSLRRIR + EIAPPPVIVSVVNWADCLVALQQREIDAVSTDDTILAGLVEEDPYLHIVGPDMADQPY + GVGINLDNTGLVRFVNGTLERIRNDGTWNTLYRKWLTVLGPAPAPPTPRYVD" + gene complement(499319..500638) + /locus_tag="BQ2027_MB0420C" + CDS complement(499319..500638) + /locus_tag="BQ2027_MB0420C" + /note="Mb0420c, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv0412c, + len: 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 439 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to + AL035159|MLCB1450_16|T44737 probable membrane protein from + Mycobacterium leprae (403 aa), FASTA scores: opt: 2027, + E(): 0, (80.4% identity in 403 aa overlap). Also some + similarity with CAB71201.1|AL138538 putative secreted + protein from Streptomyces coelicolor (429 aa). Protein + product from Mb0420c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0420c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248126.1" + /translation="MTVELAHPSTEPLGSRSPAEPAHPRRWFISTTPGRIMTIGIVLA + ALGVASAFATSTTIEHRQQVLTAVLDHTEPLSFAAGRLYTTLSVADAAAATAFIAQAE + PGGVRLRYEQAITDASVAVTRASSGLTDESLVQLLGRINAELAVYTGLVEIARANNRA + GNPVGSSYLSEASGLMQSTILPDAQRLYQATSARVDRETTASTQIPAPVILVVATTVV + FGAFAHRWLARRTRRRINPGLVVGALGILVMVVWVGTALTISTTASRSAKDTAAESLK + TITNLAITAQQARADETLSLIRRGDEEVRKQAFYQRIDAMQRQLNDYMARRHAVDKPD + LQGADQLLVRWRQANDRINSYISVGNYRAATQVALGKGEDDATPAFDKLDEALTKAMG + QSRTQLRHDILNAHRGLAGAQVGGVVLSLGAAIAVALGLWPRLKEYR" + gene 500732..501385 + /gene="mutT3" + /locus_tag="BQ2027_MB0421" + CDS 500732..501385 + /gene="mutT3" + /locus_tag="BQ2027_MB0421" + /note="Mb0421, mutT3, len: 217 aa. Equivalent to Rv0413, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Possible mutT3, + mutator protein (EC 3.6.1.-), showing some similarity with + e.g. MUTT_PROVU|P32090 mutator mutt protein from Proteus + vulgaris (112 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.0008, + (40.7% identity in 59 aa overlap). SEEMS TO BELONG TO THE + NUDIX HYDROLASE FAMILY. Protein product from Mb0421 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0421 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MUTATOR PROTEIN MUTT3 + (7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE-TRIPHOSPHATASE) (8-OXO-DGTPASE) + (DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE)" + /protein_id="CAB5248127.1" + /translation="MPSCPPAYSEQVRGDGDGWVVSDSGVAYWGRYGAAGLLLRAPRP + DGTPAVLLQHRALWSHQGGTWGLPGGARDSHETPEQTAVRESSEEAGLSAERLEVRAT + VVTAEVCGVDDTHWTYTTVVADAGELLDTVPNRESAELRWVAENEVADLPLHPGFAAS + WQRLRTAPATVPLARCDERRQRLPRTIQIEAGVFLWCTPGDADQAPSPLGRRISSLL" + gene complement(501369..502037) + /gene="thiE" + /locus_tag="BQ2027_MB0422C" + CDS complement(501369..502037) + /gene="thiE" + /locus_tag="BQ2027_MB0422C" + /note="Mb0422c, thiE, len: 222 aa. Equivalent to Rv0414c, + len: 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 222 aa overlap). Probable thiE, + thiamin phosphate pyrophosphorylase (EC 2.5.1.3), + equivalent to Q9ZBL5|AL035159|MLCB1450_17 PROBABLE + THIAMINE-PHOSPHATE PYROPHOSPHORYLASE from Mycobacterium + leprae (235 aa), FASTA scores: opt: 1095, E(): 0, (78.0% + identity in 223 aa overlap). Also similar to others e.g. + T34974|5689976|CAB52013.1|AL109663 probable thiamin + phosphate pyrophosphorylase from Streptomyces coelicolor + (223 aa); THIE_ECOLI|P30137 thie protein from Escherichia + coli strain K12 (211 aa), FASTA scores: opt: 275, E(): + 7.8e-12, (37.8% identity in 196 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE TMP-PPASE FAMILY. Protein product from Mb0422c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0422c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="thiamine-phosphate pyrophosphorylase thie (tmp + pyrophosphorylase) (tmp-ppase) (thiamine-phosphate + synthase)" + /protein_id="CAB5248128.1" + /translation="MHESRLASARLYLCTDARRERGDLAQFAEAALAGGVDIIQLRDK + GSPGELRFGPLQARDELAACEILADAAHRYGALFAVNDRADIARAAGADVLHLGQRDL + PVNVARQILAPDTLIGRSTHDPDQVAAAAAGDADYFCVGPCWPTPTKPGRAAPGLGLV + RVAAELGGDDKPWFAIGGINAQRLPAVLDAGARRIVVVRAITSADDPRAAAEQLRSAL + TAAN" + gene 502167..503189 + /gene="thiO" + /locus_tag="BQ2027_MB0423" + CDS 502167..503189 + /gene="thiO" + /locus_tag="BQ2027_MB0423" + /note="Mb0423, thiO, len: 340 aa. Equivalent to Rv0415, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 340 aa overlap). Possible thiO, + thiamine biosynthesis oxidoreductase (EC 1.-.-.-), + equivalent to + T44739|4154054|CAA22708.1|AL035159|MLCB1450.24 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (340 aa), + FASTA scores: opt: 1867, E(): 0, (82.0% identity in 338 aa + overlap). Shows some similarity to other thiO proteins + e.g. THIO_RHIET|O34292 Putative thiamine biosynthesis + oxidoreductase from Rhizobium etli plasmid pb (327 aa) + (see citation below); AAG31046.1|AF264948_8|THIO putative + amino acid oxidase flavoprotein ThiO from Erwinia + amylovora (349 aa); + NP_106392.1|14025578|BAB52178.1|AP003007|THIO THIAMINE + BIOSYNTHESIS OXIDOREDUCTASE THIO from Mesorhizobium loti + (333 aa); etc. Protein product from Mb0423 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0423 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE THIAMINE BIOSYNTHESIS OXIDOREDUCTASE + THIO" + /protein_id="CAB5248129.1" + /translation="MASDLHTGSLAVIGGGVIGLSVARRAAQAGWPVRVHRSDERGAS + WVAGGMLAPHSEGWPGEERLLRLGLQSLRLWREGSFLDGLGPQLVTAHESLVVAVDRA + DVADLRTVADWLSAQGHPVIWESAARDVEPLLAQGIRHGFRAPTELAVDNRALLDVLC + RDCERLGVRWSSQVSSLSDVDAHTVVIANGIDAPALWPGLPIRPVKGEVLRLRWRPGC + MPLPQRVIRARVRGRQVYLVPRSDGVVVGATQYEHGRDTAPVVSGVRDLLDDACTVLP + ALGEYELAECEAGLRPMTPDNLPLVQRLDSRTLVAAGHGRSGFLLAPWTAEQIVSELV + SVGAAS" + gene 503186..503392 + /gene="thiS" + /locus_tag="BQ2027_MB0424" + CDS 503186..503392 + /gene="thiS" + /locus_tag="BQ2027_MB0424" + /note="Mb0424, thiS, len: 68 aa. Equivalent to Rv0416, + len: 68 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 68 aa overlap). Possible thiS protein, + equivalent to + T44740|4154055|CAA22709.1|AL035159|MLCB1450.25 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (74 aa), + FASTA scores: opt: 303, E(): 2e-18, (71.6% identity in 74 + aa overlap). Shows weak similarity with + O32583|THIS_ECOLI|THIG1|B3991.1 THIS PROTEIN from + Escherichia coli strain K12 (66 aa), FASTA scores: opt: + 103, E(): 0.052, (30.9% identity in 68 aa overlap). Mb0424 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PROTEIN THIS" + /protein_id="CAB5248130.1" + /translation="MIVVVNEQQVEVDEQTTIAALLDSLGFGDRGIAVALNFSVLPRS + DWATKICELRKPVRLEVVTAVQGG" + gene 503385..504143 + /gene="thiG" + /locus_tag="BQ2027_MB0425" + CDS 503385..504143 + /gene="thiG" + /locus_tag="BQ2027_MB0425" + /note="Mb0425, thiG, len: 252 aa. Equivalent to Rv0417, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 252 aa overlap). Probable thiG, thiamin + biosynthesis protein, equivalent to + AL035159|MLCB1450_20|T44741|THIG probable thiamin + biosynthesis protein from Mycobacterium leprae (261 aa), + FASTA scores: opt: 1380, E(): 0, (86.8% identity in 250 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + SCOEDB|SC6E10.03|T35490|THIG probable thiazole + biosynthesis protein from Streptomyces coelicolor (264 + aa); F82761|9105679|AAF83593.1|AE003919_4|XF0783|THIG + thiamin biosynthesis protein thiG from Xylella fastidiosa + (275 aa); + P30139|THIG_ECOLI|7448315|B65206|409790|AAC43089.1|U00006 + THIG PROTEIN thiamin biosynthesis protein from Escherichia + coli strain K-12 (281 aa); etc. BELONGS TO THE THIG + FAMILY. Protein product from Mb0425 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0425 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIAMIN BIOSYNTHESIS PROTEIN THIG + (THIAZOLE BIOSYNTHESIS PROTEIN)" + /protein_id="CAB5248131.1" + /translation="MAESKLVIGDRSFASRLIMGTGGATNLAVLEQALIASGTELTTV + AIRRVDADGGTGLLDLLNRLGITPLPNTAGCRSAAEAVLTAQLAREALNTNWVKLEVI + ADERTLWPDAVELVRAAEQLVDDGFVVLPYTTDDPVLARRLEDTGCAAVMPLGSPIGT + GLGIANPHNIEMIVAGARVPVVLDAGIGTASDAALAMELGCDAVLLASAVTRAADPPA + MAAAMAAAVTAGYLARCAGRIPKRFWAQASSPAR" + gene 504515..506017 + /gene="lpqL" + /locus_tag="BQ2027_MB0426" + CDS 504515..506017 + /gene="lpqL" + /locus_tag="BQ2027_MB0426" + /note="Mb0426, lpqL, len: 500 aa. Equivalent to Rv0418, + len: 500 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 500 aa overlap). Probable lpqL, + lipoprotein aminopeptidase (EC 3.4.11.-), similar to + others e.g. + B83278|9949035|AAG06327.1|AE004720_3|AE004720|PA2939 + probable aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa (536 + aa); P80561|APX_STRGR|SGAP|S66427 aminopeptidase (EC + 3.4.11.-) from Streptomyces griseus (284 aa) (homology + only with C-terminus of Rv0418); + P37302|APE3_YEAST|1077010|A54134 aminopeptidase Y (EC + 3.4.11.-) from Saccharomyces cerevisiae (537 aa); etc. + Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb0426 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0426 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN AMINOPEPTIDASE LPQL" + /protein_id="CAB5248132.1" + /translation="MVNKSRMMPAVLAVAVVVAFLTTGCIRWSTQSRPVVNGPAAAEF + AVALRNRVSTDAMMAHLSKLQDIANANDGTRAVGTPGYQASVDYVVNTLRNSGFDVQT + PEFSARVFKAEKGVVTLGGNTVEARALEYSLGTPPDGVTGPLVAAPADDSPGCSPSDY + DRLPVSGAVVLVDRGVCPFAQKEDAAAQRGAVALIIADNIDEQAMGGTLGANTDVKIP + VVSVTKSVGFQLRGQSGPTTVKLTASTQSFKARNVIAQTKTGSSANVVMAGAHLDSVP + EGPGINDNGSGVAAVLETAVQLGNSPHVSNAVRFAFWGAEEFGLIGSRNYVESLDIDA + LKGIALYLNFDMLASPNPGYFTYDGDQSLPLDARGQPVVPEGSAGIERTFVAYLKMAG + KTAQDTSFDGRSDYDGFTLAGIPSGGLFSGAEVKKSAEQAELWGGTADEPFDPNYHQK + TDTLDHIDRTALGINGAGVAYAVGLYAQDLGGPNGVPVMADRTRHLIAKP" + gene 506105..507601 + /gene="lpqM" + /locus_tag="BQ2027_MB0427" + CDS 506105..507601 + /gene="lpqM" + /locus_tag="BQ2027_MB0427" + /note="Mb0427, lpqM, len: 498 aa. Equivalent to Rv0419, + len: 498 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 498 aa overlap). Possible lpqM, + lipoprotein peptidase (EC 3.4.-.-); has potential + N-terminal signal peptide and contains PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site, PS00142 + Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region + signature. Protein product from Mb0427 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0427 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPOPROTEIN PEPTIDASE LPQM" + /protein_id="CAB5248133.1" + /translation="MHGRGRYRPLVRCVRPRRVAASVRTPIACLAAVVVIAGCTTVVD + GRALSILNDPFRVGGLPATNGPSGARPDAPAASGTVINTNNGAIDKLSLLSVNDIEDY + WMAVYSESLKGTFRPVGKLVSYDSNDPSSPIVCHIDTYQLVNAFFSSRCNLIAWDRGV + FMAVAQEYFGDMSVNGVLAHEFGHALQVMANLVTRKDPTIVREQQADCFAGVYLWWVA + EGKSTRFTLSTADGLDHVLAGIITTRDPVMEADAENDDEHGSALDRVSAFQLGFINGT + PACAAIDEDEVERRRGDLPTTLRVDASGNPETGEVGINEETLSTLMELMGKIFSPKNP + PTLSYQPAGCPDAKPSPPAAYCPATNTIVVDLPALARMGKVASAAEHSLPQGDDTSLS + IVMSRYALAVQHERGLPMQSPWTALRTACLTGVAHRKMAVPIDLPSGQQLVLTAGDLD + EAVSGLLTNRMVASDADGVSVPAGFTRIAAFRAGVGGDMDACYARYPG" + gene complement(507580..507990) + /locus_tag="BQ2027_MB0428C" + CDS complement(507580..507990) + /locus_tag="BQ2027_MB0428C" + /note="Mb0428c, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv0420c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 136 aa overlap). Possible transmembrane + protein; has potential transmembrane domains aa 53-99 and + aa 100-122. Mb0428c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248134.1" + /translation="MRLHDASAAAPESRMHIARHEEAVNRRQMFIGITGLLLAVIGLM + ALWFPVYLDQYDAYGIKVTCGSGWRSNLTQALYADGNDNTQALVTRCDTALLVRRAWA + IPSVALGWLLVTGFLVMWVHNDQHQGQSYPGYRA" + gene complement(508151..508780) + /locus_tag="BQ2027_MB0429C" + CDS complement(508151..508780) + /locus_tag="BQ2027_MB0429C" + /note="Mb0429c, -, len: 209 aa. Equivalent to Rv0421c, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with + NP_103507.1|14022684|BAB49293.1|AP002998 hypothetical + protein from Mesorhizobium loti (214 aa). Protein product + from Mb0429c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0429c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted hydrolase of the alpha/beta-hydrolase + fold" + /protein_id="CAB5248135.1" + /translation="MNLDQIAGVAHQPAGPPHGVVVLTHGAGGSRESTLLQQVCAEWT + RRGWLAVRYNLPYRRRRPTGPPSGSGSGDRAGIVEAIQLCRGLAEGPLIAGGHSYGGR + QTSMVVAAGQAPVDVLTLFSYPVHPPGKPERVRTEHLPGIAVPTVFTHGTADPFGTLA + QVRSAAAMVSAPTEVVEITGARHDLGSKTLDVARLAVDAALRLSAGQIA" + gene complement(508777..509574) + /gene="thiD" + /locus_tag="BQ2027_MB0430C" + CDS complement(508777..509574) + /gene="thiD" + /locus_tag="BQ2027_MB0430C" + /note="Mb0430c, thiD, len: 265 aa. Equivalent to Rv0422c, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). Probable thiD, + phosphomethylpyrimidine kinase (EC 2.7.4.7), equivalent to + AL035159|MLCB1450_21 PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE from + Mycobacterium leprae (279 aa), FASTA scores: opt: 1386, + E(): 0, (77.8% identity in 266 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. HIU32725_3|P44697|THID_HAEIN + PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE from Haemophilus influenzae + (269 aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 0, (42.1% identity + in 259 aa overlap). BELONGS TO THE THID FAMILY. Protein + product from Mb0430c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0430c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE THID + (HMP-PHOSPHATE KINASE) (HMP-P KINASE)" + /protein_id="CAB5248136.1" + /translation="MTPPRVLSIAGSDSGGGAGIQADMRTMALLGVHACVAVTAVTVQ + NTLGVKDIHEVPNDVVAGQIEAVVTDIGVQAAKTGMLASSRIVATVAATWRRLELSVP + LVVDPVCASMHGDPLLAPSALDSLRGQLFPLATLLTPNLDEARLLVDIEVVDAESQRA + AAKALHALGPQWVLVKGGHLRSSDGSCDLLYDGVSCYQFDAQRLPTGDDHGGGDTLAT + AIAAALAHGFTVPDAVDFGKRWVTECLRAAYPLGRGHGPVSPLFRLS" + gene complement(509601..511244) + /gene="thiC" + /locus_tag="BQ2027_MB0431C" + CDS complement(509601..511244) + /gene="thiC" + /locus_tag="BQ2027_MB0431C" + /note="Mb0431c, thiC, len: 547 aa. Equivalent to Rv0423c, + len: 547 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 547 aa overlap). Probable thiC, + thiamin biosynthesis protein, equivalent to + Q9ZBL0|THIC_MYCLE|11279601|T44743|AL035159|MLCB1450_22 + THIAMINE BIOSYNTHESIS PROTEIN from Mycobacterium leprae + (547 aa), FASTA scores: opt: 3283, E(): 0, (90.1% identity + in 547 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + P45740|THIC_BACSU THIAMIN BIOSYNTHESIS PROTEIN from + Bacillus subtilis (590 aa), FASTA scores: opt: 2295, E(): + 0, (65.2% identity in 580 aa overlap); P30136|THIC_ECOLI + THIC PROTEIN from Escherichia coli strain K12 (631 aa), + FASTA scores: opt: 2141, E(): 0, (62.1% identity in 568 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE THIC FAMILY. Protein product + from Mb0431c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0431c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIAMINE BIOSYNTHESIS PROTEIN THIC" + /protein_id="CAB5248137.1" + /translation="MTITVEPSVTTGPIAGSAKAYREIEAPGSGATLQVPFRRVHLST + GDHFDLYDTSGPYTDTDTVIDLTAGLPHRPGVVRDRGTQLQRARAGEITAEMAFIAAR + EDMSAELVRDEVARGRAVIPANHHHPESEPMIIGKAFAVKVNANIGNSAVTSSIAEEV + DKMVWATRWGADTIMDLSTGKNIHETREWILRNSPVPVGTVPIYQALEKVKGDPTELT + WEIYRDTVIEQCEQGVDYMTVHAGVLLRYVPLTAKRVTGIVSRGGSIMAAWCLAHHRE + SFLYTNFEELCDIFARYDVTFSLGDGLRPGSIADANDAAQFAELRTLGELTKIAKAHG + AQVMIEGPGHIPMHKIVENVRLEEELCEEAPFYTLGPLATDIAPAYDHITSAIGAAII + AQAGTAMLCYVTPKEHLGLPDRKDVKDGVIAYKIAAHAADLAKGHPRAQERDDALSTA + RFEFRWNDQFALSLDPDTAREFHDETLPAEPAKTAHFCSMCGPKFCSMRITQDVREYA + AEHGLETEADIEAVLAAGMAEKSREFAEHGNRVYLPITQ" + gene complement(511396..511671) + /locus_tag="BQ2027_MB0432C" + CDS complement(511396..511671) + /locus_tag="BQ2027_MB0432C" + /note="Mb0432c, -, len: 91 aa. Equivalent to Rv0424c, len: + 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 91 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0432c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0432c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248138.1" + /translation="MAEKNTRRATSQREAVAKIREAETIVMNLPICGQVKIPRPEHLA + YYGGLAALAALELIDWPVALVIATGHILANNHHNRVLEELGEAMEEA" + gene complement(511721..516340) + /gene="ctpH" + /locus_tag="BQ2027_MB0433C" + CDS complement(511721..516340) + /gene="ctpH" + /locus_tag="BQ2027_MB0433C" + /note="Mb0433c, ctpH, len: 1539 aa. Equivalent to Rv0425c, + len: 1539 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1539 aa overlap). Possible ctpH, + metal cation-transporting P-type ATPase (transmembrane + protein) (EC 3.6.1.-), showing some similarity with + CAA17934.1|AL022118|13093871|CAC32203.1|AL583926 putative + cation-transporting ATPase from Mycobacterium leprae (1609 + aa). Also similar to others ATPases e.g. AE000873_1 + CATION-TRANSPORTING P-ATPASE from Methanobacterium + thermoautotrop (844 aa), FASTA score: (30.5% identity in + 827 aa overlap); AB69720.1|AL137166 putative transport + ATPase from Streptomyces coelicolor (1472 aa); etc. + C-terminal region similar to other ATPases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Y05Q_MYCTU|Q10900 putative + cation-transporting ATPase C (855 aa), FASTA scores: opt: + 770, E(): 5.3e-32, (44.9% identity in 820 aa overlap). + Protein product from Mb0433c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0433c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METAL CATION TRANSPORTING P-TYPE ATPASE + CTPH" + /protein_id="CAB5248139.1" + /translation="MPVRAVATGFRATATLTGASITAATAVSATLAKTGVGTGMKVAI + IPLRAGAKALSGELSRETLGRNCWRGERRAWIEVRGLRSGGDDELGRVVLNAIQAHPG + VGSASLNYPLSRVVVAIDDPDTSLRELCRIVDDAEKAERHRHPDQAADQLAQSPGSLP + GDGVLLAVRAVTVAATAAGLGLALGGRALRWPRFPLVIEAAVAAVDHQPLLRRLLEDR + IGTAATATVLELAMAAAHTVTLSPAALSVDLTIQALKAAECRAGARAWRRHEPQLALH + ADEPADQPQSLWPRPARSTQPVQRSVARFALIQALSAVLVGAGTRDADMAATATLVAT + PKASRTTPEAFAAALGQGLADQHAVLPLRPESLRRLDRVDAIVIDPRVLCTDDLRVAR + IRGCGADELSTAWNRAQLVLTESGLRPGWHRVPGVSASGSDSAVEALFRPMHDRLASA + VVAEAHRTGADLVSVDVDALGELRPVFDDIRPLDDGASGSLDEALARAVAELRQAGRT + VAVLSSVGKQALSAADVALGVLPPPGAGAPPWYADVLLPDLGAAWRVLHAIPAARAAR + QRGNEISGGASALGALLMLPGVRGLGPGPVTTGAAAGLLSGYLLARKVVDAQAPRPAP + AHEWHAMSVEQVRKALPSPDEQAPAKAPPSPYPARALAGGLHTAKRGAQITQAPLNAL + WQLTKAVRAELSDPLTPMLALGAMASAVLGSPVDAVMVGSVLTGNSILAASQRLRAES + RLNRLLAQQIPPARKVLAGADDQPRYIEVRAEELRPGDIIEVRTHEVVPADARVIEEV + DVEVDESALTGESLSVTKQVEPTPGVDLIERRCMLYAGTTVVSGTAVAVVTAVGPDTQ + ERRAAELVSGDLSSVGLQHQLSRLTNQAWPVSMTGGALVTGLGLLRRRGLRQAVASGI + AVTVAAVPEGMPLVATLAQQASARRLSHFGALVRIPRSVEALGRVDMVCFDKTGTLSE + NRLRVAQVRPVAGHSREEVLRCAAHAAPASNGPQVHATDVAIVQAAAAAAASGTDGAE + PGAAEPAAHLPFRSGRSFSASVSGTELTVKGAPEVVLAACEGIGSSMDDAVAELAANG + LRVIAVAHRQLTAQQAQSVVDDPDEIARLCRDELSLVGFLGLSDTPRAQAAALLADLH + EHDLDIRLITGDHPITAAAIAEELGMQVSPEQVISGAEWDALSRKDQERAVAERVIFA + RMTPENKVQIVQTLEHSGRVCAMVGDGSNDAAAIRAATVGIGVVAHGSDPARVAADLV + LVDGRIESLLPAILEGRQLWQRVQAAVSVLLGGNAGEVAFAIIGSAITGTSPLNTRQL + LLVNMLTDALPAAALAVSKPSDPVTPATRGPDQRELWRAVGIRGATTAAAATVAWVMA + GFTGLPRRASTVALVALVAAQLGQTLVDSHAWLVVLTALGSLAALATLISIPVVSQLL + GCTPLDPLGWAQATAAATAATVAVAVLNRVLTGRDKSGQPNPQPPETDALSRDASPGA + PPGPRRRRRATARRKAPVKAPSATRQTTKPKGPPAHRSSSTYPRR" + gene complement(516392..516835) + /locus_tag="BQ2027_MB0434C" + CDS complement(516392..516835) + /locus_tag="BQ2027_MB0434C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0434c, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv0426c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Possible + transmembrane protein; has potential transmembrane domains + aa 19-41, and aa 61-83. Protein product from Mb0434c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0434c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248140.1" + /translation="MSVVGGTVRTVGRTVSGAATATTAAAGAVGGAAVSGIVGGVTGA + AKGIQKGLSSGSKSTAAAALAIGAIGVAGLVDWPILLAVGGGALLLRKLNRTPEVAAP + PVKAKLAPVPDKPAAAKEAPAKASKTTARKTSGRRAGTAELRSTN" + gene complement(517036..517911) + /gene="xthA" + /locus_tag="BQ2027_MB0435C" + CDS complement(517036..517911) + /gene="xthA" + /locus_tag="BQ2027_MB0435C" + /note="Mb0435c, xthA, len: 291 aa. Equivalent to Rv0427c, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Probable xthA + (alternate gene name: xth), exodeoxyribonuclease III + protein (EC 3.1.11.2), similar to others e.g. + EX3_ECOLI|P09030 exodeoxyribonuclease III from Escherichia + Coli strain K12 (268 aa), FASTA scores: opt: 360, E(): + 1.2e-17, (29.3% identity in 270 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE AP/EXOA FAMILY OF DNA REPAIR ENZYMES. Protein + product from Mb0435c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0435c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXODEOXYRIBONUCLEASE III PROTEIN XTHA + (EXONUCLEASE III) (EXO III) (AP ENDONUCLEASE VI)" + /protein_id="CAB5248141.1" + /translation="MPDGTIDGGHPQRPASPRLRSPLLRLATWNVNSIRTRLDRVLDW + LGRADVDVLAMQETKCPDGQFPALPLFELGYDVAHVGFDQWNGVAIASRVGLDDVRVG + FDGQPSWSGKPEVAATTEARALGATCGGIRVWSLYVPNGRALDDPHYTYKLDWLAALR + DTAEGWLRDDPAAPIALMGDWNIAPTDDDVWSTEFFAGCTHVSEPERKAFNAIVDAQF + TDVVRPFTPGPGVYTYWDYTQLRFPKKQGMRIDFILGSPALAARVMDAQIVREERKGK + APSDHAPVLVDLHAG" + gene complement(517914..518822) + /locus_tag="BQ2027_MB0436C" + CDS complement(517914..518822) + /locus_tag="BQ2027_MB0436C" + /note="Mb0436c, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv0428c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0436c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0436c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="CAB5248142.1" + /translation="MVSWPGLGTRVTVRYRRPAGSMPPLTDAVGRLLAVDPTVRVQTK + TGTIVEFSPVDVVALRVLTDAPVRTAAIRALEHAAAAAWPGVERTWLDGWLLRAGHGA + VLAANSAVPLDISAHTNTITEISAWYASRDLQPWLAVPDRLLPLPAGLAGERREQVLV + RDVSTGEPDRSVTLLDHPDDTWLRLYHQRLPLDMATPVIDGELAFGSYLGVAVARAAV + TDAPDGTRWVGLSAMRAADEQSATGSAGRQLWEALLGWGAGRGATRGYVRVHDTATSV + LAESLGFRLHHHCRYLPAQSVGWDTF" + gene complement(518822..519415) + /gene="def" + /locus_tag="BQ2027_MB0437C" + CDS complement(518822..519415) + /gene="def" + /locus_tag="BQ2027_MB0437C" + /note="Mb0437c, def, len: 197 aa. Equivalent to Rv0429c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 197 aa overlap). Probable def, + polypeptide deformylase (EC 3.5.1.31), equivalent to + CAC30884.1|AL583923 polypeptide deformylase from + Mycobacterium leprae (197 aa). Also similar to others e.g. + DEF_ECOLI|P27251|95874|S23107 polypeptide deformylase from + Escherichia coli (169 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): + 1.8e-05, (34.6% identity in 162 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE POLYPEPTIDE DEFORMYLASE FAMILY. COFACTOR: BINDS 1 + ZINC ION. Protein product from Mb0437c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0437c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE POLYPEPTIDE DEFORMYLASE DEF (PDF) + (FORMYLMETHIONINE DEFORMYLASE)" + /protein_id="CAB5248143.1" + /translation="MTVVPIRIVGDPVLHTATTPVTVAADGSLPADLAQLIATMYDTM + DAANGVGLAANQIGCSLRLFVYDCAADRAMTARRRGVVINPVLETSEIPETMPDPDTD + DEGCLSVPGESFPTGRAKWARVTGLDADGSPVSIEGTGLFARMLQHETGHLDGFLYLD + RLIGRYARNAKRAVKSHGWGVPGLSWLPGEDPDPFGH" + gene 519752..520060 + /locus_tag="BQ2027_MB0438" + CDS 519752..520060 + /locus_tag="BQ2027_MB0438" + /note="Mb0438, -, len: 102 aa. Equivalent to Rv0430, len: + 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to AC30882.1|AL583923 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (102 aa). Also highly similar to + CAB93047.1|SCD95A.20|AL357432 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (84 aa). Protein product from + Mb0438 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0438 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tuberculin secretion" + /protein_id="CAB5248144.1" + /translation="MDSAMARAIRSGDDAEVADGLTRREHDILAFERQWWKFAGVKEE + AIKELFSMSATRYYQVLNALVDRPEALAADPMLVKRLRRLRASRQKARAARRLGFEVT + " + gene 520092..520586 + /locus_tag="BQ2027_MB0439" + CDS 520092..520586 + /locus_tag="BQ2027_MB0439" + /note="Mb0439, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv0431, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 164 aa overlap). Putative tuberculin + related peptide; almost identical to D00815|MSGAT103_1 + AT103 from Mycobacterium tuberculosis (172 aa), FASTA + score: (99.4% identity in 163 aa overlap). Highly similar + to to CAC30881.1|AL583923 tuberculin related peptide + (AT103) from Mycobacterium leprae (167 aa). Some + similarity to G550415|HRPC (282 aa), FASTA scores: opt: + 120, E(): 0.36, (33.3% identity in 111 aa overlap). + Potential transmembrane domain at aa 19-37. Protein + product from Mb0439 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0439 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TUBERCULIN RELATED PEPTIDE" + /protein_id="CAB5248145.1" + /translation="MLVTVGSMNERVPDSSGLPLRAMVMVLLFLGVVFLLLGWQALGS + SPNSEDDSSAISTMTTTTAAPTSTSVKPAAPRAEVRVYNISGAEGAAARTADRLKAAG + FTVTDVGNLSLPDVAATTVYYTEVEGERATADAVGRTLGAAVELRLPELSDQPPGVIV + VVTG" + gene 520619..521341 + /gene="sodC" + /locus_tag="BQ2027_MB0440" + CDS 520619..521341 + /gene="sodC" + /locus_tag="BQ2027_MB0440" + /note="Mb0440, sodC, len: 240 aa. Equivalent to Rv0432, + len: 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 240 aa overlap). Probable sodC, + periplasmic superoxide dismutase [Cu-Zn] (EC 1.15.1.1), + equivalent to CAC30880.1|AL583923 superoxide dismutase + precursor (Cu-Zn) from Mycobacterium leprae (240 aa); and + AAK20038.1|AF326234_1 copper zinc superoxide dismutase + from Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (226 aa). + Also similar to others e.g. SODC_PHOLE|P00446 superoxide + dismutase precursor (cu-zn) from Photobacterium leiognathi + (173 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): 5.2 e-06, (36.5% + identity in 181 aa overlap). Contains PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site. BELONGS TO THE + CU-ZN SUPEROXIDE DISMUTASE FAMILY. Possibly localized in + periplasm, membrane-bound. Protein product from Mb0440 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0440 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="periplasmic superoxide dismutase [cu-zn] sodc" + /protein_id="CAB5248146.1" + /translation="MPKPADHRNHAAVSTSVLSALFLGAGAALLSACSSPQHASTVPG + TTPSIWTGSPAPSGLSGHDEESPGAQSLTSTLTAPDGTKVATAKFEFANGYATVTIAT + TGVGKLTPGFHGLHIHQVGKCEPNSVAPTGGAPGNFLSAGGHYHVPGHTGTPASGDLA + SLQVRGDGSAMLVTTTDAFTMDDLLSGAKTAIIIHAGADNFANIPPERYVQVNGTPGP + DETTLTTGDAGKRVACGVIGSG" + gene 521343..522473 + /locus_tag="BQ2027_MB0441" + CDS 521343..522473 + /locus_tag="BQ2027_MB0441" + /note="Mb0441, -, len: 376 aa. Equivalent to Rv0433, len: + 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins e.g. P77213|YBDK_ECOLI hypothetical 41.7 KD + protein from Escherichia coli strain K12 (372 aa), FASTA + scores: opt: 555, E(): 2e-30, (28.2% identity in 365 aa + overlap). Protein product from Mb0441 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0441 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Carboxylate-amine ligase" + /protein_id="CAB5248147.1" + /translation="MPARRSAARIDFAGSPRPTLGVEWEFALVDSQTRDLSNEATAVI + AEIGENPRVHKELLRNTVEIVSGICECTAEAMQDLRDTLGPARQIVRDRGMELFCAGT + HPFARWSAQKLTDAPRYAELIKRTQWWGRQMLIWGVHVHVGIRSAHKVMPIMTSLLNY + YPHLLALSASSPWWGGEDTGYASNRAMMFQQLPTAGLPFHFQRWAEFEGFVYDQKKTG + IIDHMDEIRWDIRPSPHLGTLEVRICDGVSNLRELGALVALTHCLIVDLDRRLDAGET + LPTMPPWHVQENKWRAARYGLDAVIILDADSNERLVTDDLADVLTRLEPVAKSLNCAD + ELAAVSDIYRDGASYQRQLRVAQQHDGDLRAVVDALVAELVI" + gene 522533..523186 + /locus_tag="BQ2027_MB0442" + CDS 522533..523186 + /locus_tag="BQ2027_MB0442" + /note="Mb0442, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv0434, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 217 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AE002052_2 from Deinococcus + radiodurans (213 aa), FASTA scores: opt: 258, E(): 4e-10, + (31.9% identity in 213 aa overlap); SYCSLRB_122|Q55701 + hypothetical 24.5 kDa protein from Synechocystis (214 aa), + FASTA scores: opt: 156, E(): 0.00041, (28.4% identity in + 204 aa overlap); MXABSGA_1|LON2_MYXXA|P36774 ATP-dependent + protease la 2 from Myxococcus xanthus (826 aa), FASTA + scores: opt: 160, E(): 0.00068, (28.4% identity in 197 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0442 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0442 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248148.1" + /translation="MADFAPVELAMFPLESAPLPDEDLPLHIFEPRYAALVRDCMDTA + DPRFGVVLISRGREVGGGDTRCDVGTLARITECADAGSGRYMLRCRVGERIRVCDWLP + DDPYPRAKVRFWPDQPGHPVTAAQLLEVEDRVVALFERIAAARGVRLPAREVVLGYPV + VDPADTGQRLYALACRVPMGPADRYAVLAAPSAADRLVRLGDALDSVAAMVEFELST" + gene complement(523366..525552) + /locus_tag="BQ2027_MB0443C" + CDS complement(523366..525552) + /locus_tag="BQ2027_MB0443C" + /note="Mb0443c, -, len: 728 aa. Equivalent to Rv0435c, + len: 728 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 728 aa overlap). Putative conserved + ATPase (EC 3.6.1.-), similar to others e.g. + SAV_SULAC|Q07590 sav protein involved in cell division + from sulfolobus acidocaldarius (780 aa), FASTA scores: + opt: 897, E(): 0, (34.5% identity in 693 aa overlap); + NP_148637.1|7435761|B72479 transitional endoplasmic + reticulum ATPase from Aeropyrum pernix (699 aa); etc. Also + similar to Rv3610c and Rv2115c from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop), and PS00674 AAA-protein family signature. + Protein product from Mb0443c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0443c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE CONSERVED ATPASE" + /protein_id="CAB5248149.1" + /translation="MTHPDPARQLTLTARLNTSAVDSRRGVVRLHPNAIAALGIREWD + AVSLTGSRTTAAVAGLAAADTAVGTVLLDDVTLSNAGLREGTEVIVSPVTVYGARSVT + LSGSTLATQSVPPVTLRQALLGKVMTVGDAVSLLPRDLGPGTSTSAASRALAAAVGIS + WTSELLTVTGVDPDGPVSVQPNSLVTWGAGVPAAMGTSTAGQVSISSPEIQIEELKGA + QPQAAKLTEWLKLALDEPHLLQTLGAGTNLGVLVSGPAGVGKATLVRAVCDGRRLVTL + DGPEIGALAAGDRVKAVASAVQAVRHEGGVLLITDADALLPAAAEPVASLILSELRTA + VATAGVVLIATSARPDQLDARLRSPELCDRELGLPLPDAATRKSLLEALLNPVPTGDL + NLDEIASRTPGFVVADLAALVREAALRAASRASADGRPPMLHQDDLLGALTVIRPLSR + SASDEVTVGDVTLDDVGDMAAAKQALTEAVLWPLQHPDTFARLGVEPPRGVLLYGPPG + CGKTFVVRALASTGQLSVHAVKGSELMDKWVGSSEKAVRELFRRARDSAPSLVFLDEL + DALAPRRGQSFDSGVSDRVVAALLTELDGIDPLRDVVMLGATNRPDLIDPALLRPGRL + ERLVFVEPPDAAARREILRTAGKSIPLSSDVDLDEVAAGLDGYSAADCVALLREAALT + AMRRSIDAANVTAADLATARETVRASLDPLQVASLRKFGTKGDLRS" + gene complement(525549..526409) + /gene="pssA" + /locus_tag="BQ2027_MB0444C" + CDS complement(525549..526409) + /gene="pssA" + /locus_tag="BQ2027_MB0444C" + /note="Mb0444c, pssA, len: 286 aa. Equivalent to Rv0436c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 286 aa overlap). Probable pssA, PS + synthase (CDP-diacylglycerol--serine + O-phosphatidyltransferase) (EC 2.7.8.8) (see citation + below), integral membrane protein, equivalent to + AL035159|MLCB1450_9|T44730 from Mycobacterium leprae (300 + aa), FASTA scores: opt: 1506, E(): 0, (77.9% identity in + 285 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + NP_108059.1|14027250|BAB54204.1|AP003012 + phosphatidylserine synthase from Mesorhizobium loti (248 + aa); PSS_BACSU|P39823 cdp-diacylglycerol--serine + o-phosphatidyltransferase from Bacillus subtilis (177 aa), + FASTA scores: opt: 277, E(): 9.9e-12, (33.3% identity in + 183 aa overlap); etc. Contains PS00379 CDP-alcohol + phosphatidyltransferases signature. BELONGS TO THE + CDP-ALCOHOL PHOSPHATIDYLTRANSFERASE CLASS-I FAMILY. + Protein product from Mb0444c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0444c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CDP-DIACYLGLYCEROL--SERINE + O-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE PSSA (PS SYNTHASE) + (PHOSPHATIDYLSERINE SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248150.1" + /translation="MIGKPRGRRGVNLQILPSAMTVLSICAGLTAIKFALEHQPKAAM + ALIAAAAILDGLDGRVARILDAQSRMGAEIDSLADAVNFGVTPALVLYVSMLSKWPVG + WVVVLLYAVCVVLRLARYNALQDDGTQPAYAHEFFVGMPAPAGAVSMIGLLALKMQFG + EGWWTSVWFLSFWVTGTSILLVSGIPMKKMHAVSVPPNYAAALLAVLAICAAAAVLAP + YLLIWVIIIAYMCHIPFAVRSQRWLAQHPEVWDDKPKQRRAVRRASRRAHPYRPSMAR + LGLRKPGRRL" + gene complement(526406..527101) + /gene="psd" + /locus_tag="BQ2027_MB0445C" + CDS complement(526406..527101) + /gene="psd" + /locus_tag="BQ2027_MB0445C" + /note="Mb0445c, psd, len: 231 aa. Equivalent to Rv0437c, + len: 231 aa (start uncertain), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 231 aa + overlap). Possible psd, phosphatidylserine decarboxylase + (EC 4.1.1.65), equivalent to CAC29819.1|AL583918 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (243 aa); + and highly similar to + MLCB1450.11|T44729|4154044|CAA22695.1|AL035159 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (202 aa), + FASTA score: (74.6% identity in 197 aa overlap). Also + similar to other phosphatidylserine decarboxylases e.g. + NP_108058.1|14027249|BAB54203.1|AP003012 + phosphatidylserine decarboxylase from Mesorhizobium loti + (232 aa); AAK86872|g15156090|AGR_C_1963 phosphatidylserine + decarboxylase from Agrobacterium tumefaciens (244 aa); + AAG12422.1|AY005137|Psd phosphatidylserine decarboxylase + from Chlorobium tepidum (216 aa); etc. Protein product + from Mb0445c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0445c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PHOSPHATIDYLSERINE DECARBOXYLASE PSD + (PS DECARBOXYLASE)" + /protein_id="CAB5248151.1" + /translation="MARRPRPDGPQHLLALVRSAVPPVHPAGRPFIAAGLAIAAVGHR + YRWLRGTGLLAAAACAGFFRHPQRVPPTRPAAIVAPADGVICAIDSAAPPAELSMGDT + PLPRVSIFLSILDAHVQRAPVSGEVIAVQHRPGRFGSADLPEASDDNERTSVRIRMPN + GAEVVAVQIAGLVARRIVCDAHVGDKLAIGDTYGLIRFGSRLDTYLPAGAEPIVNVGQ + RAVAGETVLAECR" + gene complement(527162..528379) + /gene="moeA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0446C" + CDS complement(527162..528379) + /gene="moeA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0446C" + /note="Mb0446c, moeA2, len: 405 aa. Equivalent to Rv0438c, + len: 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 405 aa overlap). Probable moeA2, + molybdenum cofactor biosynthesis protein, highly similar + to many e.g. Y10817|ANY10817_2 from A. nicotinovorans (429 + aa), FASTA scores: opt: 786, E(): 0, (39.2% identity in + 398 aa overlap); etc. Also similar to + MOEA1|Rv0994|MTCI237.08|O05577 PROBABLE MOLYBDOPTERIN + BIOSYNTHESIS PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (426 + aa), FASTA scores: opt: 667, E(): 2e-32, (36.5% identity + in 425 aa overlap). Note that previously known as moeA3. + Protein product from Mb0446c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0446c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEA2" + /protein_id="CAB5248152.1" + /translation="MRSVQEHQRVVAEMIRACRPITVPLTQAQGLVLGGDVVAPLSLP + VFDNSAMDGYAVRAEDTSGATPQNPVMLPVAEDIPAGRADMLTLQPVTAHRIMTGAPV + PTGATAIVPVEATDGGVDSVAIRQQATPGKHIRRSGEDVAAGTTVLHNGQIVTPAVLG + LAAALGLAELPVLPRQRVLVISTGSELASPGTPLQPGQIYESNSIMLAAAVRDAGAAV + VATATAGDDVAQFGAILDRYAVDADLIITSGGVSAGAYEVVKDAFGSADYRGGDHGVE + FVKVAMQPGMPQGVGRVAGTPIVTLPGNPVSALVSFEVFIRPPLRMAMGLPDPYRPHR + SAVLTASLTSPRGKRQFRRAILDHQAGTVISYGPPASHHLRWLASANGLLDIPEDVVE + VAAGTQLQVWDLT" + gene complement(528398..529333) + /locus_tag="BQ2027_MB0447C" + CDS complement(528398..529333) + /locus_tag="BQ2027_MB0447C" + /note="Mb0447c, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv0439c, + len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 311 aa overlap). Probable + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + AL035159|MLCB1450_6|T44727 probable oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (304 aa), FASTA scores: opt: 1360, + E(): 0, (69.2% identity in 302 aa overlap). Also highly + similar to various oxidoreductases, generally + dehydrogenases/reductases e.g. + PA5031|C83017|9951320|AAG08416.1|AE004916_5|AE004916 + probable short chain dehydrogenase from Pseudomonas + aeruginosa (309 aa); Q03326|OXIR_STRAT PROBABLE + OXIDOREDUCTASE from Streptomyces antibioticus (298 aa), + FASTA scores: opt: 400, E(): 1.2e-18, (34.6% identity in + 298 aa overlap); etc. Protein product from Mb0447c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0447c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dehydrogenase/reductase" + /protein_id="CAB5248153.1" + /translation="MTANDNKTRKWSAADVPDQSGRVVVVTGANTGIGYHTAAVFADR + GAHVVLAVRNLEKGNAARARIMAARPGAHVTLQQLDLCSLDSVRAAADALRTAYPRID + VLINNAGVMWTPKQVTKDGFELQFGTNHLGHFALTGLVLDHMLPVPGSRVVTVSSQGH + RIHAAIHFDDLQWERRYNRVAAYGQAKLANLLFTYELQRRLGEAGKSTIAVAAHPGGS + NTELTRNLPRLIRPVATVLGPLLFQSPEMGALPTLRAATDPTTQGGQYYGPDGFGEQR + GHPKVVQSSAQSHDKDLQRRLWTVSEELTGVSFGV" + gene 529627..531249 + /gene="groEL2" + /locus_tag="BQ2027_MB0448" + CDS 529627..531249 + /gene="groEL2" + /locus_tag="BQ2027_MB0448" + /standard_name="groL2; groEL-2; hsp65; hsp60" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0448, groEL2, len: 540 aa. Equivalent to Rv0440, + len: 540 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 540 aa overlap). groEL2 (alternate + gene names: groL2, groEL-2, hsp65, hsp60), 60 kDa + chaperonin 2 (see first citation below). PURIFIED 65 kDa + ANTIGEN CAN ELICIT A STRONG DELAYED-TYPE HYPERSENSITIVITY + REACTION IN EXPERIMENTAL ANIMALS INFECTED WITH M. + TUBERCULOSIS. THIS PROTEIN IS ONE OF THE MAJOR + IMMUNOREACTIVE PROTEINS OF THE MYCOBACTERIA. THIS ANTIGEN + CONTAINS EPITOPES THAT ARE COMMON TO VARIOUS SPECIES OF + MYCOBACTERIA. Contains PS00296 Chaperonins cpn60 + signature. BELONGS TO THE CHAPERONIN (HSP60) FAMILY. + Protein product from Mb0448 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0448 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="60 KDA CHAPERONIN 2 GROEL2 (PROTEIN CPN60-2) + (GROEL PROTEIN 2) (65 KDA ANTIGEN) (HEAT SHOCK PROTEIN 65) + (CELL WALL PROTEIN A) (ANTIGEN A)" + /protein_id="CAB5248154.1" + /translation="MAKTIAYDEEARRGLERGLNALADAVKVTLGPKGRNVVLEKKWG + APTITNDGVSIAKEIELEDPYEKIGAELVKEVAKKTDDVAGDGTTTATVLAQALVREG + LRNVAAGANPLGLKRGIEKAVEKVTETLLKGAKEVETKEQIAATAAISAGDQSIGDLI + AEAMDKVGNEGVITVEESNTFGLQLELTEGMRFDKGYISGYFVTDPERQEAVLEDPYI + LLVSSKVSTVKDLLPLLEKVIGAGKPLLIIAEDVEGEALSTLVVNKIRGTFKSVAVKA + PGFGDRRKAMLQDMAILTGGQVISEEVGLTLENADLSLLGKARKVVVTKDETTIVEGA + GDTDAIAGRVAQIRQEIENSDSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIKAGAATEVELKERKH + RIEDAVRNAKAAVEEGIVAGGGVTLLQAAPTLDELKLEGDEATGANIVKVALEAPLKQ + IAFNSGLEPGVVAEKVRNLPAGHGLNAQTGVYEDLLAAGVADPVKVTRSALQNAASIA + GLFLTTEAVVADKPEKEKASVPGGGDMGGMDF" + gene complement(531315..531743) + /locus_tag="BQ2027_MB0449C" + CDS complement(531315..531743) + /locus_tag="BQ2027_MB0449C" + /note="Mb0449c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv0441c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0449c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0449c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FMN binding protein" + /protein_id="CAB5248155.1" + /translation="MGAKKVDLKRLAAALPDYPFAYLITVDDGHRVHTVAVEPVLREL + PDGPDGPRAVVDVGLIGGRTRQNLAHRSEVTLLWPPSDPSGYSLIVDGRAQASDAGPD + DDTARCGVVPIRALLHRDAAPDSPTAAKGCLHDCVVFSVP" + gene complement(531770..533209) + /gene="PPE10" + /locus_tag="BQ2027_MB0450C" + CDS complement(531770..533209) + /gene="PPE10" + /locus_tag="BQ2027_MB0450C" + /note="Mb0450c, PPE10, len: 479 aa. Equivalent to Rv0442c, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 479 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, nearly identical to + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis + (strain Erdman) and to AN5S46909_1 protein fragment from + Mycobacterium bovis (302 aa); P42611|YHS6_MYCTU + HYPOTHETICAL 50.6 KD PROTEIN (517 aa), FASTA scores: opt: + 3144, E(): 0, (98.4 identity in 492 aa overlap); and + S46909|S46909_1 (302 aa), FASTA scores: opt: 1897, E(): 0, + (98.0% identity in 302 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + truncation at the 5' start due to a single base transition + (g-a), leads to a shorter product compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (479 aa versus + 487 aa). Mb0450c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe10" + /protein_id="CAB5248156.1" + /translation="MPPEINSALMFAGPGSGPLIAAATAWGELAEELLASIASLGSVT + SELTSGAWLGPSAAAMMAVATQYLAWLSTAAAQAEQAAAQAMAIATAFEAALAATVQP + AVVAANRGLMQLLAATNWFGQNAPALMDVEAAYEQMWALDVAAMAGYHFDASAAVAQL + APWQQVLRNLGIDIGKNGQINLGFGNTGSGNIGNNNIGNNNIGSGNTGTGNIGSGNTG + SGNLGLGNLGDGNIGFGNTGSGNIGFGITGDHQMGFGGFNSGSGNIGFGNSGTGNVGL + FNSGSGNIGIGNSGSLNSGIGTSGTINAGLGSAGSLNTSFWNAGMQNAALGSAAGSEA + ALVSSAGYATGGMSTAALSSGILASALGSTGGLQHGLANVLNSGLTNTPVAAPASAPV + GGLDSGNPNPGSGSAAAGSGANPGLRSPGTSYPSFVNSGSNDSGLRNTAVREPSTPGS + GIPKSNFYPSPDRESAYASPRIGQPVGSE" + gene 533415..533930 + /locus_tag="BQ2027_MB0451" + CDS 533415..533930 + /locus_tag="BQ2027_MB0451" + /note="Mb0451, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv0443, len: + 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 171 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + AL049863|SC5H1_23|T35339 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (171 aa), FASTA scores: opt: 561, + E(): 2.3e-32, (49.7% identity in 165 aa overlap); and + CAC42482.1|AJ318385 hypothetical protein from + Amycolatopsis mediterranei (163 aa). Protein product from + Mb0451 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0451 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to FMN-binding protein" + /protein_id="CAB5248157.1" + /translation="MASTDAAAQELLRDAFTRLIEHVDELTDGLTDQLACYRPTPSAN + SIAWLLWHSARVQDIQVAHVAGVEEVWTRDGWVDRFGLDLPRHDTGYGHRPEDVAKVR + APADLLSGYYHAVHKLTLEYIAGMTADELSRVVDTSWNPPVTVSARLVSIVDDCAQHL + GQAAYLRGIAR" + gene complement(534110..534808) + /gene="rska" + /locus_tag="BQ2027_MB0452C" + CDS complement(534110..534808) + /gene="rska" + /locus_tag="BQ2027_MB0452C" + /note="Mb0452c, -, len: 232 aa. Equivalent to Rv0444c, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 232 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; C-terminus similar to P12752|Y24K_STRGR + HYPOTHETICAL 24.7 KD PROTEIN from Streptomyces griseus + (238 aa), FASTA scores: opt: 207, E(): 2.2e-05, (32.9% + identity in 158 aa overlap). Protein product from Mb0452c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0452c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-sigma factor rska (regulator of sigma k)" + /protein_id="CAB5248158.1" + /translation="MTEHTDFELLELATPYALNAVSDDERADIDRRVAAAPSPVAAAF + NDEVRAVRETMAVVSAATTAEPPAHLRTAILDATKPEVRRQSRWRTAAFASAAAIAVG + LGAFDLGVLTRPSPPPTVAEQVLTAPDVRTVSRPLGAGTATVVFSRDRNTGLLVMNNV + APPSRGTVYQMWLLGGAKGPRSAETMGTAAVTPSTTATLTDLGASTALAFTVEPGTGS + PQPTGTILAELPLG" + gene complement(534852..535415) + /gene="sigK" + /locus_tag="BQ2027_MB0453C" + CDS complement(534852..535415) + /gene="sigK" + /locus_tag="BQ2027_MB0453C" + /note="Mb0453c, sigK, len: 187 aa. Equivalent to Rv0445c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 187 aa overlap). Probable sigK, + alternative RNA polymerase sigma factor (see citation + below), highly similar to others e.g. + 5531433|CAB50938.1|AL096849|T36745 probable RNA polymerase + sigma factor from Streptomyces coelicolor (185 aa); + NP_105607.1|14024791|BAB51393.1|AP003005 RNA polymerase + sigma factor from Mesorhizobium loti (179 aa); + 1654108|AAB17906.1|U11283|A58883 probable transcription + initiation factor sigma E from Rhodobacter phaeroides (168 + aa), FASTA scores: opt: 299, E(): 2e-14, (32.7% identity + in 168 aa overlap); Q45585|SIGW_BACSU RNA POLYMERASE SIGMA + FACTOR SIGW from Bacillus subtilis (187 aa), FASTA scores: + opt: 213, E(): 2.9e-08, (26.8% identity in 179 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0453c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0453c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alternative rna polymerase sigma factor sigk" + /protein_id="CAB5248159.1" + /translation="MTGPPRLSSDLDALLRRVAGHDQAAFAEFYDHTKSRVYGLVMRV + LRDTGYSEETTQEIYLEVWRNASEFDSAKGSALAWLLTMAHRRAVDRVRCEQAGNQRE + VRYGAANVDPASDVVADLAIAGDERRRVTECLKALTDTQRQCIELAYYGGLTYVEVSR + RLAANLSTIKSRMRDALRSLRNCLDVS" + gene complement(535464..536234) + /locus_tag="BQ2027_MB0454C" + CDS complement(535464..536234) + /locus_tag="BQ2027_MB0454C" + /note="Mb0454c, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv0446c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, similar at N-terminus to + U1740AF|U15183|MLU15183_40 from Mycobacterium leprae (117 + aa), FASTA scores: opt: 175, E(): 2.5e-05, (62.5% identity + in 40 aa overlap); and at C-terminus to AL021529|SC10A5_3 + from Streptomyces coelicolor (226 aa), FASTA scores: opt: + 207, E(): 9.8e-07, (34.2% identity in 114 aa overlap). + Also similar to others hypothetical proteins e.g. + AAK04680.1|AE006291_14|AE006291) HYPOTHETICAL PROTEIN from + Lactococcus lactis subsp. lactis (257 aa). Protein product + from Mb0454c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0454c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248160.1" + /translation="MVTSVSALAVAVVHSVAFAIGRRIGRYNVVDVVWGLGFVAVAVA + AATLGHGDPVRRWLLLALVSTWGLRLSWHMYRKTAGQGEDPRYADLLRGATPVQALRK + VFGLQGLLTLFVSFPLQLSAVTGPTPKPLLAVGGVGLAVWLVGITFEAVGDWQLWVFK + SDPANRGVIMDRGLWAWTRHPNYFGDACVWWGLWLITINDWAPLATVGSPLLMTYLLV + DVSGARLTERYLKGRPGFAEYQRRTAYFVPRPPRSARR" + gene complement(536243..537526) + /gene="ufaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0455C" + CDS complement(536243..537526) + /gene="ufaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0455C" + /note="Mb0455c, ufaA1, len: 427 aa. Equivalent to Rv0447c, + len: 427 aa (start uncertain), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 427 aa + overlap). Probable ufaA1, + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase (EC + 2.1.1.79), similar to others e.g. + NP_102178.1|14021351|BAB47964.1|AP002994 + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase from + Mesorhizobium loti (378 aa); + B82240|9655593|AAF94281.1|AE004192 + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase from Vibrio + cholerae (432 aa); P30010|CFA_ECOLI + CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE from + Escherichia coli strain K-12 (382 aa); X55704|PPLPD_3 + LPD-3 from P.putida (394 aa), FASTA scores: opt: 556, E(): + 2.8e-30, (33.3% identity in 387 aa overlap); + AE0005|HPAE000557_9 from Helicobacter pylori (389 aa), + FASTA scores: opt: 539, E(): 3.9e-29, (34.3% identity in + 382 aa overlap). Protein product from Mb0455c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0455c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid + synthase ufaa1 (cyclopropane fatty acid synthase) (cfa + synthase)" + /protein_id="CAB5248161.1" + /translation="MTVETSQTPSAAIDSDRWPAVAKVPRGPLAAASAAIANRLLRRT + ATHLPLRLVYSDGTATGAADPRAPSLFIHRPDALARRIGRHGLIGFGESYMAGEWSSK + ELTRVLTVLAGSVDELVPRSLHWLRPITPTFRPSWPDHSRDQARRNIAVHYDLSNDLF + AAFLDETMTYSCAMFTDLLAQPTPAWTELAAAQRRKIDRLLDVAGVQQGSHVLEIGTG + WGELCIRAAARGAHIRSVTLSVEQQRLARQRVAAAGFGHRVEIDLCDYRDVDGQYDSV + VSVEMIEAVGYRSWPRYFAALEQLVRPGGPVAIQAITMPHHRMLATRHTQTWIQKYIF + PGGLLPSTQAIIDITGQHTGLRIVDAASLRPHYAETLRLWRERFMQRRDGLAHLGFDE + VFARMWELYLAYSEAGFRSGYLDVYQWTLIREGPP" + gene complement(537523..538188) + /locus_tag="BQ2027_MB0456C" + CDS complement(537523..538188) + /locus_tag="BQ2027_MB0456C" + /note="Mb0456c, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv0448c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 221 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins e.g. Z74841|BOD5A2_1 from B. oleracea (283 aa), + FASTA scores: opt: 257, E(): 1.4e-10, (32.0% identity in + 197 aa overlap); etc. Some similarity to + U15183|MLU15183_38 from Mycobacterium leprae (82 aa), + FASTA scores: opt: 134, E(): 0.014, (71.0% identity in 31 + aa overlap). Protein product from Mb0456c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0456c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248162.1" + /translation="MHHSFAYRSYSWYVDVDNLPQLPWWLRPFARFHADDHFADPFSC + PPHSSLRDRLDAFFAARGLAVPDGRITALLQARVLGYVFNPLSIFWCHDRDGQLRHVI + AEVHNTYGGRHAYLLPPADLPVVTAKNFYVSPFHQLAGYYLIRAPRPDRELDVTVTLH + RDRRQVCPEFTATLRGQRRPATTRQIAMMQIISPLAPMVVAARIRIQGIRLWLRRVPV + VPR" + gene complement(538248..539567) + /locus_tag="BQ2027_MB0457C" + CDS complement(538248..539567) + /locus_tag="BQ2027_MB0457C" + /note="Mb0457c, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv0449c, + len: 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 439 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity with several + hypothetical proteins and various enzymes e.g. + AAK24569.1|AE005927 amine oxidase, flavin-containing from + Caulobacter crescentus (454 aa); BAB02771.1|AB023036 + mycolic acid methyl transferase-like protein from + Arabidopsis thaliana (842 aa); BAB01742.1|AP000374 protein + which contains similarity to cyclopropane fatty acid + synthase from Arabidopsis thaliana (793 aa); etc. Has + hydrophobic stretch at N-terminus. Protein product from + Mb0457c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0457c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Amine oxidase, flavin-containing" + /protein_id="CAB5248163.1" + /translation="MQQSLRRSVAVVGSGVAGLTAAYILSGRDRVTLYEADGRLGGHA + HTHYLDNGGGPRGTDVVGVDSAFLVHNDRTYPTLCRLFAELGVATQESEMSMSVRADD + IGLEYAGALGARGLFACRQSLRPRYLCMLAEILRFHRAAARLLREETDNAEDKPETLE + AFLSRHHFSQYFVDYFITPLVAAVWSCGGADALRYPARYLFVFLDHHGMLSVFGSPTW + RTVTGGSANYVQAIAAQLDEVSTRTPVHSLRRLPDGVLVGAGDGPSRRFDAAVVAVHP + DQALLLLDEPTPAERAVLGAIAYSTNSAQLHTDESVLPRHHRARASWNYLVTPGQHQV + VVSYDISRLMRLDGGRRYLVTLGGHDRVDPSSVIAEMTYSHPLYTPESVAAQRLLPTL + GDNRVVFAGAYHGWGFHEDGAASGLRAARRLGADWPAAIPQEAMVAC" + gene complement(539607..542510) + /gene="mmpL4" + /locus_tag="BQ2027_MB0458C" + CDS complement(539607..542510) + /gene="mmpL4" + /locus_tag="BQ2027_MB0458C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0458c, mmpL4, len: 967 aa. Equivalent to Rv0450c, + len: 967 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 967 aa overlap). Probable mmpL4, + conserved transmembrane transport protein (see citations + below), member of RND superfamily, equivalent to + U1740V|P54881|YV34_MYCLE HYPOTHETICAL 105.2 kDa PROTEIN + from Mycobacterium leprae (959 aa), FASTA scores: opt: + 5051, E(): 0, (78.4% identity in 962 aa overlap). Also + highly similar to other proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Z83860|MTCY98.08 (962 aa), FASTA scores: + opt: 3917, E(): 0, (61.3% identity in 950 aa overlap), + MTCY20G9.34, etc. Contains PS00211 ABC transporters family + signature. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. TBparse score is + 0.948. Protein product from Mb0458c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0458c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL4" + /protein_id="CAB5248164.1" + /translation="MSTKFANDSNTNARPEKPFIARMIHAFAVPIILGWLAVCVVVTV + FVPSLEAVGQERSVSLSPKDAPSFEAMGRIGMVFKEGDSDSFAMVIIEGNQPLGDAAH + KYYDGLVAQLRADKKHVQSVQDLWGDPLTAAGVQSNDGKAAYVQLSLAGNQGTPLANE + SVEAVRSIVESTPAPPGIKAYVTGPSALAADMHHSGDRSMARITMVTVAVIFIMLLLV + YRSIITVVLLLITVGVELTAARGVVAVLGHSGAIGLTTFAVSLLTSLAIAAGTDYGIF + IIGRYQEARQAGEDKEAAYYTMYRGTAHVILGSGLTITGATFCLSFARMPYFQTLGIP + CAVGMLVAVAVALTLGPAVLHVGSRFGLFDPKRLLKVRGWRRVGTVVVRWPLPVLVAT + CAIALVGLLALPGYKTSYNDRDYLPDFIPANQGYAAADRHFSQARMKPEILMIESDHD + MRNPADFLVLDKLAKGIFRVPGISRVQAITRPEGTTMDHTSIPFQISMQNAGQLQTIK + YQRDRANDMLKQADEMATTIAVLTRMHSLMAEMASTTHRMVGDTEEMKEITEELRDHV + ADFDDFWRPIRSYFYWEKHCYGIPICWSFRSIFDALDGIDKLSEQIGVLLGDLREMDR + LMPQMVAQIPPQIEAMENMRTMILTMHSTMTGIFDQMLEMSDNATAMGKAFDAAKNDD + SFYLPPEVFKNKDFQRAMKSFLSSDGHAARFIILHRGDPQSPEGIKSIDAIRTAAEES + LKGTPLEDAKIYLAGTAAVFHDISEGAQWDLLIAAISSLCLIFIIMLIITRAFIAAAV + IVGTVALSLGASFGLSVLLWQHILAIHLHWLVLAMSVIVLLAVGSDYNLLLVSRFKQE + IGAGLKTGIIRSMGGTGKVVTNAGLVFAVTMASMAVSDLRVIGQVGTTIGLGLLFDTL + IVRSFMTPSIAALLGRWFWWPLRVRSRPARTPTVPSETQPAGRPLAMSSDRLG" + gene complement(542507..542929) + /gene="mmpS4" + /locus_tag="BQ2027_MB0459C" + CDS complement(542507..542929) + /gene="mmpS4" + /locus_tag="BQ2027_MB0459C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0459c, mmpS4, len: 140 aa. Equivalent to Rv0451c, + len: 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Probable mmpS4, + conserved membrane protein (see citations below), + equivalent to U1740W|P54880|YV33_MYCLE HYPOTHETICAL 16.9 + kDa PROTEIN from Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA + scores: opt: 727, E(): 0, (75.9% identity in 137 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterial proteins + e.g. Z84725|MTCY04D9.16c from Mycobacterium tuberculosis + (142 aa), FASTA scores: opt: 451, E(): 3.2e-24, (50.0% + identity in 138 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MMPS + FAMILY. TBparse score is 0.953. Protein product from + Mb0459c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0459c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS4" + /protein_id="CAB5248165.1" + /translation="MLMRTWIPLVILVVVIVGGFTVHRIRGFFGSENRPSYSDTNLEN + SKPFNPKHLTYEIFGPPGTVADISYFDVNSEPQRVDGAVLPWSLHITTNDAAVMGNIV + AQGNSDSIGCRITVDGKVRAERVSNEVNAYTYCLVKSA" + gene 543161..543871 + /locus_tag="BQ2027_MB0460" + CDS 543161..543871 + /locus_tag="BQ2027_MB0460" + /note="Mb0460, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv0452, len: + 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, similar to several putative + TetR-family transcriptional regulators from Streptomyces + coelicolor. Also similar in N-terminus to + U1740Y|U15183|MLU15183_33 from Mycobacterium leprae (67 + aa), FASTA score: (76.1% identity in 67 aa overlap). + Contains probable helix-turn-helix motif at aa 44-65 + (Score 1727, +5.07 SD). Protein product from Mb0460 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0460 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248166.1" + /translation="MRYPLAVAQLGFQRARTEENKRQRAAALVEAARSLALETGVASV + TLTAVAGRAGIHYSAVRRYFTSHKEVLLHLAAEGWARWSGTVCEQLGEPGPMSAPRVA + EALANGLAADPLFCDLLANLHLHLEQEVDVDRVIEVKRTSIAAVIALVDAIESALPAL + GRSGAFDILLAAYSLAATLWQIANPPERLTDAYAEEPELLPPEWNLDFAAALTRLLTA + TLLGLLAGSPCECRSPTR" + gene 544193..545749 + /gene="PPE11" + /locus_tag="BQ2027_MB0461" + CDS 544193..545749 + /gene="PPE11" + /locus_tag="BQ2027_MB0461" + /note="Mb0461, PPE11, len: 518 aa. Equivalent to Rv0453, + len: 518 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 518 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, similar to many + e.g. AL0212|MTV012_32 from Mycobacterium tuberculosis (434 + aa), FASTA scores: opt: 882, E(): 7e-31, (41.8% identity + in 514 aa overlap). Mb0461 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe11" + /protein_id="CAB5248167.1" + /translation="MTSALIWMASPPEVHSALLSSGPGPGPVLAAATGWSSLGREYAA + VAEELGALLAAVQAGVWQGPSAESFAAACLPYLSWLTQASADCAAAAARLEAVTAAYA + AALVAMPTLAELAANHATHGAMVATNFFGINTIPIAVNEADYVRMWLQAATTMATYQA + VADSAVRSIPDSVPPPRILKSNAQSQHSSSNNSGGADPVDDFIAEILKIITGGRVIWD + PEAGTVNGLPYDAYTNPGTLMWWIARSLELLQDFQEFAKLLFTNPVKAFQFLVDLILF + DWPTHMLQLATWLAENPQLLVAALTPAISGLGAVSGLAGLTGLVPQPPVVPAPAPDAV + VPTVLPLAGTATPTTAPASAPAAGAAPGPPAGTATATSASVPTSAGGFPPYLVGSGPG + IDFDAGTPAGSRRAQPAADNVTAVAAAQVSARHQARRRRRAAAKERGNADEFVDMDSG + PAIPPSGERDAWASNSGVGGLGFAGTASNETVAAPAGLTTLADDEFQCGPRMPMLPGA + WDLGTWDRGD" + gene 545854..546204 + /locus_tag="BQ2027_MB0462" + CDS 545854..546204 + /locus_tag="BQ2027_MB0462" + /note="Mb0462, -, len: 116 aa. Equivalent to Rv0454, len: + 116 aa (start uncertain), from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 116 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, showing similarity with + AAA63007.1|U15183 hypothetical protein from Mycobacterium + leprae (115 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.0019, + (31.5% identity in 89 aa overlap). Mb0462 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248168.1" + /translation="MKQDFGLDVPQAGNAQNFDGVPEWVQVGVVTFVYRMQMHHVTRP + VGAPGSGLAGDSTPVQGRQRVWDLVAGRLTHAPRSSVQAMRPTMFTSAPQRHGIPARG + RWWLGYQERSRAWP" + gene complement(546394..546840) + /locus_tag="BQ2027_MB0463C" + CDS complement(546394..546840) + /locus_tag="BQ2027_MB0463C" + /note="Mb0463c, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv0455c, + len: 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 148 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC31896.1|AL583925 + possible secreted protein from Mycobacterium leprae (153 + aa). Has hydrophobic stretch at N-terminus. Protein + product from Mb0463c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0463c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="CAB5248169.1" + /translation="MSRLSSILRAGAAFLVLGIAAATFPQSAAADSTEDFPIPRRMIA + TTCDAEQYLAAVRDTSPVYYQRYMIDFNNHANLQQATINKAHWFFSLSPAERRDYSEH + FYNGDPLTFAWVNHMKIFFNNKGVVAKGTEVCNGYPAGDMSVWNWA" + gene complement(546908..547822) + /gene="echA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0464C" + CDS complement(546908..547822) + /gene="echA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0464C" + /note="Mb0464c, echA2, len: 304 aa. Equivalent to Rv0456c, + len 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 304 aa overlap). Probable echA2, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to other + enoyl-coA hydratases e.g. Q13011 PEROXISOMAL ENOYL-COA + HYDRATASE-LIKE PROTEIN (328 aa), FASTA scores: opt: 209, + E(): 5.3e-07, (31.7% identity in 142 aa overlap). Also + similar to several other proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. MTCY09F9.29 FASTA score: (32.9% identity + in 146 aa overlap); and MTI376.01c. Protein product from + Mb0464c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0464c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ENOYL-COA HYDRATASE ECHA2 (ENOYL HYDRASE) + (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="CAB5248170.1" + /translation="MPTPDFQTLLYTTAGPVATITLNRPEQLNTIVPPMPDEIEAAIG + LAERDQDIKVIVLRGAGRAFSGGYDFGGGFQHWGDAMMTDGRWDPGKDFAMVTARETG + PTQKFMAIWRASKPVIAQVHGWCVGGASDYALCADIVIASEDAVIGTPYSRMWGAYLT + GMWLYRLSLAKVKWHSLTGRPLTGVQAAEAELINEAVPFERLEARVAEIATELARIPL + SQLQAQKLIVNQAYENMGLASTQLLGGILDGLMRNTPDALEFIRTAQTQGVRAAVERR + DGPFGDYSQAPPELRPDPTHVITPDGSM" + gene complement(548095..548376) + /gene="mazf1" + /locus_tag="BQ2027_MB0465C" + CDS complement(548095..548376) + /gene="mazf1" + /locus_tag="BQ2027_MB0465C" + /note="Mb0465c, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv0456A, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; N-terminus highly similar to N-terminal part of + P71650|Rv2801c|MT2869|MTCY16B7.42 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (118 aa), FASTA + scores: opt: 303, E(): 1e-14, (60.44% identity in 91 aa + overlap). Also some similarity in part with other + hypothetical proteins e.g. Q9PHH8|XFA0027 Plasmid + maintenance protein from Xylella fastidiosa (108 aa), + FASTA scores: opt: 169, E(): 3.9e-05, (50.820% identity in + 61 aa overlap). Mb0465c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin mazf1" + /protein_id="CAB5248171.1" + /translation="MLRGEIWQVDLDPARGSAANMRRPAVIVSNDRANAAAIRLDRGV + VPVVPVTSNTEKVPIPGVVAGSERWPGRRFEGAGPAGWIRRCATSPLPS" + gene complement(548363..548488) + /gene="mazE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0466A" + CDS complement(548363..548488) + /gene="mazE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0466A" + /note="Mb0466A, len: 41 aa. Equivalent to Rv0456B len: 57 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 40 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible mazE1, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv0456A (See Pandey and Gerdes, 2005; Zhu et al., 2006). + Mb0466A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin MazE1" + /protein_id="CAB5248172.1" + /translation="MRHEAKRELVYRGRRSIGRMPREWACRRSRRFAANGVDAAR" + gene complement(548605..550635) + /locus_tag="BQ2027_MB0466C" + CDS complement(548605..550635) + /locus_tag="BQ2027_MB0466C" + /note="Mb0466c, -, len: 676 aa. Equivalent to Rv0457c, + len: 673 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 673 aa overlap). Probable peptidase + (EC 3.4.-.-), similar to many e.g. + NP_102851.1|14022026|BAB48637.1 probable endopeptidase + from Mesorhizobium loti (687 aa); Y4NA_RHISN|P55577 + probable peptidase (EC 3.4.21.-) (726 aa), FASTA scores: + opt: 1126, E(): 0, (40.9% identity in 491 aa overlap). + Also similar to Mycobacterium tuberculosis protein + MTCY369.26 FASTA score: (33.8% identity in 299 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a possible RBS upstream leads to an earlier start + resulting in a slightly longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (676 aa + versus 673 aa). Protein product from Mb0466c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0466c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDASE" + /protein_id="CAB5248173.1" + /translation="MASMTFEPAPDGADPYLWLEDVTGAEALDWVRARNKPTTAAFCD + AEFERMRVEALEVLDTDARIPYVNRRGNYLYNFWRDAANPRGLWRRTTLDSYRTDSPG + WDVLIDVDELGRADDQKWVWGGAGVIEPDYTRALIGLSPGGSDASIVREFDMLTREFV + EDGFQLPPAKSQITWEDPDTVLLGTDFGGDSLTTSGYPRVIKRWRRGKPLADAETIFE + GAGTDVRVNASADRTPGFERTLLGRALDFWNEEVYELRGSELIRIEAPTDASVSIHRD + WLLIELRTDWTVATTRYTAGSLLAAEYDEFLAGSAELQVVFEPDEHTALYQYAWTRDR + LLIVTLADVASRVEIATPGSWRREPLSGIPAATNTVIVSADSHGDEFFLDSSGFDTPS + RLMRGTDDGRLAEIKSAPAFFDAENMAVTQYFATSDDGTSIPYFVVRRTDADNPGPTL + LNGYGGFETSRTPTYDGVLGRLWLARGGTYALANIRGGGEYGPGWHTQAMREGRDKVA + QDFAAVATDLVTRGITTAEQLGARGGSNGGLLMGIMLTGYPEKFGALVCDVPLLDMKR + YHLLLAGASWMAEYGDPDNPDDWKFISEYSPYQNISANRKYPPVLMTTSTRDDRVHPG + HARKMTAALQAAGHPVWYYENIEGGHAGAADNAQIAFKSALSFAFLWRMLAG" + gene 550694..552217 + /locus_tag="BQ2027_MB0467" + CDS 550694..552217 + /locus_tag="BQ2027_MB0467" + /note="Mb0467, -, len: 507 aa. Equivalent to Rv0458, len: + 507 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 507 aa overlap). Probable aldehyde + dehydrogenase (EC 1.2.1.3), highly similar to many, + closest to P46369|THCA_RHOER EPTC-INDUCIBLE ALDEHYDE + DEHYDROGENASE from Rhodococcus erythropolis (506 aa), + FASTA scores: opt: 2767, E(): 0, (79.7% identity in 507 aa + overlap); AAC13641.1|AF029733 chloroacetaldehyde + dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus (505 aa), + FASTA scores: opt: 2563, E(): 0, (75.4% identity in 492 aa + overlap); Q9RJZ6|DHAL_STRCO PROBABLE ALDEHYDE + DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor (507 aa). Also + similar to other semialdehyde dehydrogenases in M. + tuberculosis e.g. Rv0768, Rv2858c. BELONGS TO THE ALDEHYDE + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb0467 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0467 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALDEHYDE DEHYDROGENASE" + /protein_id="CAB5248174.1" + /translation="MTVFSRPGSAGALMSYESRYQNFIGGQWVAPVHGRYFENPTPVT + GQPFCEVPRSDAADIDKALDAAHAAAPGWGKTAPAERAAILNMIADRIDKNAAALAVA + EVWDNGKPVREALAADIPLAVDHFRYFAAAIRAQEGALSQIDEDTVAYHFHEPLGVVG + QIIPWNFPILMAAWKLAPALAAGNTAVLKPAEQTPASVLYLMSLIGDLLPPGVVNVVN + GFGAEAGKPLASSDRIAKVAFTGETTTGRLIMQYASHNLIPVTLELGGKSPNIFFADV + LAAHDDFCDKALEGFTMFALNQGEVCTCPSRSLIQADIYDEFLELAAIRTKAVRQGDP + LDTETMLGSQASNDQLEKVLSYIEIGKQEGAVIIAGGERAELGGDLSGGYYMQPTIFT + GTNNMRIFKEEIFGPVVAVTSFTDYDDAIGIANDTLYGLGAGVWSRDGNTAYRAGRDI + QAGRVWVNCYHLYPAHAAFGGYKQSGIGREGHQMMLQHYQHTKNLLVSYSDKALGFF" + gene 552217..552708 + /locus_tag="BQ2027_MB0468" + CDS 552217..552708 + /locus_tag="BQ2027_MB0468" + /note="Mb0468, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv0459, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other hypothetical + proteins. Note that highly similar to products of + unidentified orfs in Xanthobacter autotrophicus, + AF029733_2 (139 aa), and Rhodococcus erythropolis, REREUTP + BC_1 (186 aa). Like MTV038.03, these ORF's are linked to + aldehyde dehydrogenase genes. FASTA scores: + AF0297|AF029733_2 (139 aa), opt: 439, E(): 6.2e-24, (50.0% + identity in 126 aa overlap); and L24492|REREUTPBC_1 (186 + aa), opt: 347, E(): 2.1e-17, (52.7% identity in 169 aa + overlap). N-terminus also highly similar to + AAA63041.1|U15183 ethanolamine permease (eutP) match from + Mycobacterium leprae (53 aa). Protein product from Mb0468 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0468 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="related to oxidoreductase activity" + /protein_id="CAB5248175.1" + /translation="MNAPAGVLITAEAAALLAGLQDRHGPVMFHQSGGCCDGSAPMCY + PRADFLVGDRDILLGVLDVGEDGVPVWISGPQYQAWKHTQLIIDVVPGRGGGFSLEAP + EGVRFLSRGRVFSDAEKAMREAAPVITGAAYECGERPLVRGLVVDLDDPDATPGVCRA + SRR" + gene 552768..553007 + /locus_tag="BQ2027_MB0469" + CDS 552768..553007 + /locus_tag="BQ2027_MB0469" + /note="Mb0469, -, len: 79 aa. Equivalent to Rv0460, len: + 79 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 79 aa overlap). Conserved hydrophobic + protein, highly similar AAA63024.1|U15183 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (56 aa), FASTA scores: + opt: 197, E(): 3.7e-09, (63.8% identity in 47 aa overlap). + Mb0469 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYDROPHOBIC PROTEIN" + /protein_id="CAB5248176.1" + /translation="MLVGNAIGLLAGVACSVLVHARIRPDIVIAMVVGIPSAIGLLVI + LFSGRRWVTMLGAFILALAPGWFGVLVAIQVASSG" + gene 553045..553569 + /locus_tag="BQ2027_MB0470" + CDS 553045..553569 + /locus_tag="BQ2027_MB0470" + /note="Mb0470, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv0461, len: + 174 aa (start uncertain), from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 174 aa overlap). + Probable transmembrane protein. Protein product from + Mb0470 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0470 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248177.1" + /translation="MPDFDTGAHSQRFLSLAGQQDRAGKSWPGSTPKPQEDPVGVAPS + ASVEVLGSEPAATLAHSVTVPGRYTYLKWWKFVLVVLGVWIGAGEVGLSLFYWWYHTL + DKTAAVFVVLVYVVACTVGGLILALVPGRPLITALSLGVMSGPFASVAAAAPLYGYYY + CERMSHCLVGVIPY" + gene 553633..555027 + /gene="lpd" + /locus_tag="BQ2027_MB0471" + CDS 553633..555027 + /gene="lpd" + /locus_tag="BQ2027_MB0471" + /standard_name="TB49.2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0471, lpd, len: 464 aa. Equivalent to Rv0462, + len: 464 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 464 aa overlap). lpd (alternate gene + name: TB49.2), dihydrolipoamide dehydrogenase (EC 1.8.1.4) + (see first citation below), equivalent to + AAA63016.1|U15183 lipoamide dehydrogenase from + Mycobacterium leprae (467 aa), FASTA scores: opt: 2583, + E(): 0, (83.1% identity in 467 aa overlap). Also similar + to to many e.g. P50970|DLDH_ZYMMO|X82291|ZMLPD_1 + DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE from Z.mobilis (466 aa), + FASTA scores: opt: 1198, E(): 0, (42.4 % identity in 465 + aa overlap); etc. BELONG TO THE PYRIDINE + NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASES CLASS-I. Protein + product from Mb0471 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0471 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dihydrolipoamide dehydrogenase lpdc (lipoamide + reductase (nadh)) (lipoyl dehydrogenase) (dihydrolipoyl + dehydrogenase) (diaphorase)" + /protein_id="CAB5248178.1" + /translation="MTHYDVVVLGAGPGGYVAAIRAAQLGLSTAIVEPKYWGGVCLNV + GCIPSKALLRNAELVHIFTKDAKAFGISGEVTFDYGIAYDRSRKVAEGRVAGVHFLMK + KNKITEIHGYGTFADANTLLVDLNDGGTESVTFDNAIIATGSSTRLVPGTSLSANVVT + YEEQILSRELPKSIIIAGAGAIGMEFGYVLKNYGVDVTIVEFLPRALPNEDADVSKEI + EKQFKKLGVTILTATKVESIADGGSQVTVTVTKDGVAQELKAEKVLQAIGFAPNVEGY + GLDKAGVALTDRKAIGVDDYMRTNVGHIYAIGDVNGLLQLAHVAEAQGVVAAETIAGA + ETLTLGDHRMLPRATFCQPNVASFGLTEQQARNEGYDVVVAKFPFTANAKAHGVGDPS + GFVKLVADAKHGELLGGHLVGHDVAELLPELTLAQRWDLTASELARNVHTHPTMSEAL + QECFHGLVGHMINF" + gene 555035..555328 + /locus_tag="BQ2027_MB0472" + CDS 555035..555328 + /locus_tag="BQ2027_MB0472" + /note="Mb0472, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv0463, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, highly similar to AAA63017.1|U15183 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (101 aa), + FASTA scores: opt: 364, E(): 4e-21, (57.9% identity in 95 + aa overlap). Mb0472 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248179.1" + /translation="MTRRASTDTPQIIMGAIGGVVTGYILWLAAISVGDGLTTVSQWS + RVVLLLSVLVAVCGAAGGLRLRSRGKLAWSAFAFSLPIPPVVLTVAVLADIYL" + gene complement(555332..555904) + /locus_tag="BQ2027_MB0473C" + CDS complement(555332..555904) + /locus_tag="BQ2027_MB0473C" + /note="Mb0473c, -, len: 190 aa. Equivalent to Rv0464c, + len: 190 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 190 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + CAC31982.1|AL583925 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (188 aa). Also some similarity with + Rv1531|AL022000|MTV045_5|D70820 hypothetical protein from + Mycobacterium tuberculosis (188 aa), FASTA scores: E(): + 9.6e-10, (30.9% identity in 175 aa overlap). Protein + product from Mb0473c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0473c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248180.1" + /translation="MTGQNGQVARISPGKFRQLGPVNWLVAKLAARAVGAPQMHLFTT + LGYRQYLFWTFAIYTGRLLHGRLPGVDTELVILRVAHLRSCEYELQHHRRMARRRGLD + ANTQATIFAWPDVPDGDGPRKVLSARQQALLQATDELIKDRTITAGTWERLATHLDPR + LLIEFCLLATQYDAIAATITALAIPPDNPQ" + gene complement(555901..557325) + /locus_tag="BQ2027_MB0474C" + CDS complement(555901..557325) + /locus_tag="BQ2027_MB0474C" + /note="Mb0474c, -, len: 474 aa. Equivalent to Rv0465c, + len: 474 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 474 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, highly similar to + AC44331.1|AL596102 putative DNA-binding protein from + Streptomyces coelicolor (489 aa); and similar to several + hypothetical proteins and others transcriptional + regulators. Some similarity in N-terminal region (1-100 + aa) with repressors e.g. P06153|RPC_BPPH1 IMMUNITY + REPRESSOR PROTEIN (144 aa), FASTA scores: opt: 130, E(): + 0.084,(27.0% identity in 100 aa overlap). Very similar to + Rv1129c|Z95585|MTCY22G8.18c from Mycobacterium + tuberculosis (486 aa), FASTA scores: opt: 1475, E(): 0, + (47.4% identity in 468 aa overlap). Contains probable + helix-turn-helix motif at aa 19-40 (1827, +5.41 SD). + Protein product from Mb0474c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0474c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248181.1" + /translation="MSKTYVGSRVRQLRNERGFSQAALAQMLEISPSYLDQIEHDVRP + LTVAVLLRITEVFGVDATFFASQDDTRLVAELREVTLDRDLDIAIDPHEVAEMVSAHP + GLARAVVNLHRRYRITTAQLAAATEERFSDGSGRGSITMPHEEVRDYFYQRQNYLHAL + DTAAEDLTAQMRMHHGDLARELTRRLTEVHGVRINKRIDLGDTVLHRYDPATNTLEIS + SHLSPGQQVFKMAAELAYLEFGDLIDAMVTDGKFTSAESRTLARLGLANYFAAATVLP + YRQFHDVAENFRYDVERLSAFYSVSYETIAHRLSTLQRPSMRGVPFTFVQVDRAGNMS + KRQSATGFHFSSSGGTCPLWNVYETFANPGKILVQIAQMPDGRNYLWVARTVELRAAR + YGQPGKTFAIGLGCELRHAHRLVYSEGLDLSGDPNTAATPIGAGCRVCERDNCPQRAF + PALGRALDLDEHRSTVSPYLVKQL" + gene 557477..558271 + /locus_tag="BQ2027_MB0475" + CDS 557477..558271 + /locus_tag="BQ2027_MB0475" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0475, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv0466, len: + 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to CAC31980.1|AL583925 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (264 aa). Similar to Rv2001|Z74025|MTCY39.17c HYPOTHETICAL + 28.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (250 aa), + FASTA scores: opt: 592, E(): 0, (38.0% identity in 263 aa + overlap). Some similarity to several THIOESTERASES e.g. + Q42561|ATACPTE17_1 ACYL-(ACYL CARRIER PROTEIN) THIOESTER + from A. thaliana (362 aa), FASTA scores: E(): 0.0092, + (24.4% identity in 197 aa overlap). Protein product from + Mb0475 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0475 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acyl-ACP thioesterase" + /protein_id="CAB5248182.1" + /translation="MSLDKKLMPVPDGHPDVFDREWPLRVGDIDRAGRLRLDAACRHI + QDIGQDQLREMGFEETHPLWIVRRTMVDLIRPIEFGDMLRCRRWCSGTSNRWCEMRVR + VDGRKGGLIESEAFWIHVNRETEMPARIADDFLAGLHRTTSVDRLRWKGYLKPGSRDD + ASEIHEFPVRVTDIDLFDHMNNAVYWSVIEDYLASHAELLRGPLRVTIEHEAPVALGD + KLEIISHVHPAGSTEIFGPGLVDRAVTTLTYVVGDEPKAVASLFNL" + gene 558546..559832 + /gene="icl" + /locus_tag="BQ2027_MB0476" + CDS 558546..559832 + /gene="icl" + /locus_tag="BQ2027_MB0476" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0476, icl, len: 428 aa. Equivalent to Rv0467, + len: 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 428 aa overlap). icl (previously known + as aceA), isocitrate lyase (EC 4.1.3.1) (see citations + below), highly similar to many, closest to + Z29367|RFISCILY_1 from R. fascians (429 aa), FASTA scores: + opt: 2359, E(): 0, (80.7% identity in 429 aa overlap). + BELONGS TO THE ISOCITRATE LYASE FAMILY. Protein product + from Mb0476 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0476 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ISOCITRATE LYASE ICL (ISOCITRASE) + (ISOCITRATASE)" + /protein_id="CAB5248183.1" + /translation="MSVVGTPKSAEQIQQEWDTNPRWKDVTRTYSAEDVVALQGSVVE + EHTLARRGAEVLWEQLHDLEWVNALGALTGNMAVQQVRAGLKAIYLSGWQVAGDANLS + GHTYPDQSLYPANSVPQVVRRINNALQRADQIAKIEGDTSVENWLAPIVADGEAGFGG + ALNVYELQKALIAAGVAGSHWEDQLASEKKCGHLGGKVLIPTQQHIRTLTSARLAADV + ADVPTVVIARTDAEAATLITSDVDERDQPFITGERTREGFYRTKNGIEPCIARAKAYA + PFADLIWMETGTPDLEAARQFSEAVKAEYPDQMLAYNCSPSFNWKKHLDDATIAKFQK + ELAAMGFKFQFITLAGFHALNYSMFDLAYGYAQNQMSAYVELQEREFAAEERGYTATK + HQREVGAGYFDRIATTVDPNSSTTALTGSTEEGQFH" + gene 559914..560774 + /gene="fadB2" + /locus_tag="BQ2027_MB0477" + CDS 559914..560774 + /gene="fadB2" + /locus_tag="BQ2027_MB0477" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0477, fadB2, len: 286 aa. Equivalent to Rv0468, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Probable fadB2, + 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase (EC 1.1.1.157), + equivalent to CAC31978.1|AL583925 3-hydroxyacyl-CoA + dehydrogenase from Mycobacterium leprae (287 aa). Also + similar to many 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenases e.g. + U32229|BJU32229_1 beta-hydroxybutyryl coenzyme A + dehydrogenase from Bradyrhizobium japonicum (293 aa), + FASTA scores: opt: 771, E(): 0, (45.7% identity in 282 aa + overlap). BELONGS TO THE 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE + FAMILY. Protein product from Mb0477 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0477 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase fadb2 + (beta-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase) (bhbd)" + /protein_id="CAB5248184.1" + /translation="MSDAIQRVGVVGAGQMGSGIAEVSARAGVEVTVFEPAEALITAG + RNRIVKSLERAVSAGKVTERERDRALGLLTFTTDLNDLSDRQLVIEAVVEDEAVKSEI + FAELDRVVTDPDAVLASNTSSIPIMKVAAATKQPQRVLGLHFFNPVPVLPLVELVRTL + VTDEAAAARTEEFASTVLGKQVVRCSDRSGFVVNALLVPYLLSAIRMVEAGFATVEDV + DKAVVAGLSHPMGPLRLSDLVGLDTLKLIADKMFEEFKEPHYGPPPLLLRMVEAGQLG + KKSGRGFYTY" + gene 560907..561767 + /gene="umaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0478" + CDS 560907..561767 + /gene="umaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0478" + /note="Mb0478, umaA1, len: 286 aa. Equivalent to Rv0469, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Possible umaA1, + mycolic acid synthase (EC 2.-.-.-), highly similar to + CAC30854.1|AL583923 methyl mycolic acid synthase 1 from + Mycobacterium leprae (286 aa); and CAC31976.1|AL583925 + Mycolic acid synthase from Mycobacterium leprae (295 aa), + FASTA scores: opt: 1402, E(): 0, (69.6% identity in 286 aa + overlap). Also very similar to mycobacterial + methyltransferases e.g. U77466|CmaD|MBU77466_1 (286 aa); + MTCY20H10.26c|Z92772|MTY20H10_27 (296 aa); highly similar + to CFA1_MYCTU|Q11195|U66108|MTU66108_1 + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 1 (287 aa), + FASTA scores: opt: 1360, E(): 0, (67.8% identity in 286 aa + overlap) (see citation below); and very similar also to + methoxy mycolic acid synthase 1 from Mycobacterium + tuberculosis e.g. MTU66108_1 (286 aa). Protein product + from Mb0478 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb0478 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible mycolic acid synthase umaa" + /protein_id="CAB5248185.1" + /translation="MTELRPFYEESQSIYDVSDEFFSLFLDPTMAYTCAYFEREDMTL + EEAQNAKFDLALDKLHLEPGMTLLDIGCGWGGGLQRAIENYDVNVIGITLSRNQFEYS + KAKLAKIPTERSVQVRLQGWDEFTDKVDRIVSIGAFEAFKMERYAAFFERSYDILPDD + GRMLLHTILTYTQKQMHEMGVKVTMSDVRFMKFIGEEIFPGGQLPAQEDIFKFAQAAD + FSVEKVQLLQQHYARTLNIWAANLEANKDRAIALQSEEIYNKYMHYLTGCEHFFRKGI + SNVGQFTLTK" + gene complement(561867..562730) + /gene="pcaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0479C" + CDS complement(561867..562730) + /gene="pcaA" + /locus_tag="BQ2027_MB0479C" + /note="Mb0479c, pcaA, len: 287 aa. Equivalent to Rv0470c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 287 aa overlap). pcaA (previously + known as umaA2), mycolic acid synthase (cyclopropane + synthase) (EC 2.-.-.-) (see citations below), equivalent + to CAC31976.1|AL583925 Mycolic acid synthase from + Mycobacterium leprae (295 aa); and highly similar to + S72886|B2168_F3_130|467038|AAA17222.1|U00018 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (308 aa); + Q11195|CFA1_MYCTU CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID + SYNTHASE 1 (CYCLOPROPANE MYCOLIC ACID SYNTHASE 1) (287 aa) + (see second citation below); U27357|MTU27357_1 + cyclopropane mycolic acid synthase from Mycobacterium + tuberculosis (287 aa), FASTA scores: opt: 1415, E(): 0, + (72.8% identity in 287 aa overlap); and related enzymes + e.g. MTCY20H10.25c|Z92772|MTY20H10_26 (287 aa), FASTA + scores: opt: 1387, E(): 0, (72.5% identity in 287 aa + overlap). Protein product from Mb0479c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0479c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MYCOLIC ACID SYNTHASE PCAA (CYCLOPROPANE + SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248186.1" + /translation="MSVQLTPHFGNVQAHYDLSDDFFRLFLDPTQTYSCAYFERDDMT + LQEAQIAKIDLALGKLNLEPGMTLLDIGCGWGATMRRAIEKYDVNVVGLTLSENQAGH + VQKMFDQMDTPRSRRVLLEGWEKFDEPVDRIVSIGAFEHFGHQRYHHFFEVTHRTLPA + DGKMLLHTIVRPTFKEGREKGLTLTHELVHFTKFILAEIFPGGWLPSIPTVHEYAEKV + GFRVTAVQSLQLHYARTLDMWATALEANKDQAIAIQSQTVYDRYMKYLTGCAKLFRQG + YTDVDQFTLEK" + gene complement(562873..563313) + /locus_tag="BQ2027_MB0480C" + CDS complement(562873..563313) + /locus_tag="BQ2027_MB0480C" + /note="Mb0480c, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv0470A, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 146 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. GC plot suggests CDS for Cys-rich protein, could + possibly be continuation of Rv0471c but no frameshift + found to allow this. Sequence same in Mycobacterium bovis + and CDC1551. Weak hits to Cys-rich region (aa 258-314) of + D63395|D63395_1 mRNA for NOTCH4 from Homo sapiens (1095 + aa), FASTA scores: opt: 132, E(): 1.1, (39.35% identity in + 61 aa overlap). Mb0480c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248187.1" + /translation="MGAGGWEVVLASLPYGLLCTTVLMGKHIDKIGYDEPLGIRTLPV + LLGETCARTVTLAMMVGFYLLIAVNVMLAAMPWPRCWSPGRCPGWRKCGPISCDGGPS + SRHRRFRCGRCGMPRWPGCTCVRPVRCWLWAWRSVPGGAPGDFR" + gene complement(563244..563732) + /locus_tag="BQ2027_MB0481C" + CDS complement(563244..563732) + /locus_tag="BQ2027_MB0481C" + /note="Mb0481c, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv0471c, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0481c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248188.1" + /translation="MPDAGAGSRLRSWAYALRTTNPPADGPTDTVTRWLVVTRAAVLP + MTLVSGLVAGLLAIGEPGLDWRWLVLWWESHAPHIANNLMNDLYDTDVGTDSATYARA + RYAQHPAATGANRAAYTTPRRTTSCGSPERALEPTTPRWARAVGRSCWRRSPTGCCAP + RC" + gene complement(563742..564446) + /locus_tag="BQ2027_MB0482C" + CDS complement(563742..564446) + /locus_tag="BQ2027_MB0482C" + /note="Mb0482c, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv0472c, + len: 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Probable regulatory + protein, possibly tetR family, equivalent to + CAC31974.1|AL583925 possible TetR-family transcriptional + regulator from Mycobacterium leprae (233 aa). Also similar + to CAC01492.1|AL391017 putative transcriptional regulatory + protein from Streptomyces coelicolor (218 aa); and + CAC01371.1|AL390975 putative tetR-family transcriptional + regulator from Streptomyces coelicolor (228 aa). Also + similar to AL0212|MTV012_65 from Mycobacterium + tuberculosis (246 aa), FASTA scores: opt: 327, E(): + 1.8e-15, (31.0% identity in 232 aa overlap); and + Z95120|MTCY07D11.18c (228 aa), FASTA scores: opt: 190, + E(): 4.4e-06, (23.1% identity in 186 aa overlap). Contains + probable helix-turn-helix doimain at aa 45-66 (Score 1429, + +4.05 SD). Protein product from Mb0482c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0482c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248189.1" + /translation="MAERIPAVTVKTDGRKRRWHQHKVERRNELVDGTIEAIRRHGRF + LSMDEIAAEIGVSKTVLYRYFVDKNDLTTAVMMRFTQTTLIPNMIAALSADMDGFELT + REIIRVYVETVAAQPEPYRFVMANSSASKSKVIADSERIIARMLAVMLRRRMQEAGMD + TGGVEPWAYLIVGGVQLATHSWMSDPRMSSDELIDYLTMLSWSALCGIVEAGGSLEKF + REQPHPSPIVPAWGQV" + gene 564583..565953 + /locus_tag="BQ2027_MB0483" + CDS 564583..565953 + /locus_tag="BQ2027_MB0483" + /note="Mb0483, -, len: 456 aa. Equivalent to Rv0473, len: + 456 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 456 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, showing some similarity to + hypothetical proteins e.g. + NP_102800.1|14021975|BAB48586.1|AP002996 hypothetical + protein from Mesorhizobium loti (431 aa); + P39385|YJIN_ECOLI|YJIN|B4336 HYPOTHETICAL 48.2 KD PROTEIN + (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from Escherichia + coli strain K12 (426 aa), FASTA scores: opt: 396, E(): + 9.8e-19, (31.8 % identity in 424 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0483 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0483 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248190.1" + /translation="MVAHRAEVSGSPPPRLNLSTQPTVARRVRASFAESFAAADPEAD + AARRMALRRMKVVAVGFLVGATGVFLACRWAQADGADHAWLGYLGAAAEAGMVGALAD + WFAVTALFKHPLGIPIPHTAIIKRKKDQLGEGLGTFVRENFLSPPVVETKLRDAQIPS + RLGKWLSEATHAQRVAAETATVLRVLVELLRDEDIQQVIDRMIVRRIAEPQWGPPAGR + VLATLLAENRQEAFIQLLADRAFQWSLNAGVVIQRVVERDSPSWSPRFIDHLVGDRIH + RELMEFTDKVRRNPDHELRRSATRFLFDFADDLQHDPATVARADAIKEELMARDEIAT + AAAAAWKTLKRLVLEGVDDPSSALRTRITDAVIRIGESLRDDADLRDKVDSWTVRAAQ + HLVSEYGVEITAIITETIERWDAEEASRRIELHVGRDLQFIRINGTVVGAMAGLAIYA + IAQLLF" + gene 566040..566462 + /locus_tag="BQ2027_MB0484" + CDS 566040..566462 + /locus_tag="BQ2027_MB0484" + /note="Mb0484, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv0474, len: + 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, highly similar to others e.g. + CAC04034.1|AL391406 putative DNA-binding protein from + Streptomyces coelicolor (141 aa); N-terminus of + NP_104173.1|14023352|BAB49959.1|AP003000 transcriptional + regulator from Mesorhizobium loti (219 aa); N-terminus of + A83618|PA0225 probable transcription regulator from + Pseudomonas aeruginosa (179 aa); SINR_BACSU|P06533 sinr + protein from Bacillus subtilis (111 aa), FASTA scores: + opt: 147, E(): 8.9e-06, (30.6% identity in 111 aa + overlap). Also similar to other hypothetical proteins e.g. + X66407|RRPHAS_1|ORF1 from Rhodococcus ruber (171 aa), + FASTA scores: opt: 280, E(): 4.8e-12, (43.6% identity in + 117 aa overlap). Also similar to Rv2745c from + Mycobacterium tuberculosis. Contains probable + helix-turn-helix domain at aa 35-56 (Score 1709, +5.01 + SD). Protein product from Mb0484 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0484 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248191.1" + /translation="MSSEEKLAAKVSTKASDVASDIGSFIRSQRETAHVSMRQLAERS + GVSNPYLSQVERGLRKPSADVLSQIAKALRVSAEVLYVRAGILEPSETSQVRDAIITD + TAITERQKQILLDIYASFTHQNEATREECPSDPTPTDD" + gene 566816..567415 + /gene="hbhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0485" + CDS 566816..567415 + /gene="hbhA" + /locus_tag="BQ2027_MB0485" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0485, hbhA, len: 199 aa. Equivalent to Rv0475, + len: 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). hbhA, heparin-binding + hemagglutinin (see citations below), equivalent to + CAC31971.1|AL583925 possible hemagglutinin from + Mycobacterium leprae (188 aa). Contains possible + N-terminal signal sequence and K-A-rich region at + C-terminus: SUBCELLULAR LOCATION: SURFACE ASSOCIATED. + Protein product from Mb0485 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0485 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="iron-regulated heparin binding hemagglutinin + hbha (adhesin)" + /protein_id="CAB5248192.1" + /translation="MAENSNIDDIKAPLLAALGAADLALATVNELITNLRERAEETRT + DTRSRVEESRARLTKLQEDLPEQLTELREKFTAEELRKAAEGYLEAATSRYNELVERG + EAALERLRSQQSFEEVSARAEGYVDQAVELTQEALGTVASQTRAVGERAAKLVGIELP + KKAAPAKKAAPAKKAAPAKKAAAKKAPAKKAAAKKVTQK" + gene 567527..567790 + /locus_tag="BQ2027_MB0486" + CDS 567527..567790 + /locus_tag="BQ2027_MB0486" + /note="Mb0486, -, len: 87 aa. Equivalent to Rv0476, len: + 87 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 87 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to CAC31970.1|AL583925 + conserved membrane protein from Mycobacterium leprae (95 + aa). Also highly similar to CAC04036.1|AL391406 putative + membrane protein from Streptomyces coelicolor (113 aa). + Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site. + Protein product from Mb0486 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0486 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248193.1" + /translation="MLVLLVAVLVTAVYAFVHAALQRPDAYTAADKLTKPVWLVILGA + AVALASILYPVLGVLGMAMSACASGVYLVDVRPKLLEIQGKSR" + gene 567795..568241 + /locus_tag="BQ2027_MB0487" + CDS 567795..568241 + /locus_tag="BQ2027_MB0487" + /note="Mb0487, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv0477, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 148 aa overlap). Possible conserved + secreted protein, equivalent to CAC31969.1|AL583925 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (123 aa). + Also similar to G83406|PA1914 conserved hypothetical + protein from Pseudomonas aeruginosa (408 aa). Contains + possible N-terminal signal sequence. Mb0487 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248194.1" + /translation="MKALVAVSAVAVVALLGVSSAQADPEADPGAGEANYGGPPSSPR + LVDHTEWAQWGSLPSLRVYPSQVGRTASRRLGMAAADAAWAEVLALSPEADTAGMRAQ + FICHWQYAEIRQPGKPSWNLEPWRPVVDDSEMLASGCNPGSPEESF" + gene 568241..568915 + /gene="deoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0488" + CDS 568241..568915 + /gene="deoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0488" + /note="Mb0488, deoC, len: 224 aa. Equivalent to Rv0478, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Probable deoC, + deoxyribose-phosphate aldolase (EC 4.1.2.4), equivalent to + Q9CB45|DEOC_MYCLE DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE from M. + leprae (226 aa). Also highly similar to others e.g. + DEOC_BACSU|P39121 from Bacillus subtilis (214 aa), FASTA + scores: opt: 543, E(): 1.4e-26, (45.9% identity in 209 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE DEOC/FBAB FAMILY OF + ALDOLASES, DEOC SUBFAMILY. Protein product from Mb0488 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0488 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE DEOC + (PHOSPHODEOXYRIBOALDOLASE) (DEOXYRIBOALDOLASE)" + /protein_id="CAB5248195.1" + /translation="MLGQPTRAQLAALVDHTLLKPETTRADVAALVAEAAELGVYAVC + VSPSMVPVAVQAGGVRVAAVTGFPSGKHVSSVKAHEAAAALASGASEIDMVIDIGAAL + CGDIDAVRSDIEAVRAAAAGAVLKVIVESAVLLGQSNAHTLVDACRAAEDAGADFVKT + STGCHPAGGATVRAVELMAETVGPRLGVKASGGIRTAADAVAMLNAGATRLGLSGTRA + VLDGLS" + gene complement(568940..569986) + /locus_tag="BQ2027_MB0489C" + CDS complement(568940..569986) + /locus_tag="BQ2027_MB0489C" + /note="Mb0489c, -, len: 348 aa. Equivalent to Rv0479c, + len: 348 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 348 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to CAC31967.1|AL583925 + possible secreted protein from Mycobacterium leprae (254 + aa); and C-terminus highly similar to + AAF74996.1|AF143402_1|AF143402 putative multicopper + oxidase from Mycobacterium avium (149 aa). Contains + hydrophobic domain in centre of protein. Protein product + from Mb0489c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0489c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248196.1" + /translation="MTNPQGPPNDPSPWARPGDQGPLARPPASSEASTGRLRPGEPAG + HIQEPVSPPTQPEQQPQTEHLAASHAHTRRSGRQAAHQAWDPTGLLAAQEEEPAAVKT + KRRARRDPLTVFLVLIIVFSLVLAGLIGGELYARHVANSKVAQAVACVVKDQATASFG + VAPLLLWQVATRHFTNISVETAGNQIRDAKGMQIKLTIQNVRLKNTPNSRGTIGALDA + TITWSSEGIKESVQNAIPILGAFVTSSVVTHPADGTVELKGLLNNITAKPIVAGKGLE + LQIINFNTLGFSLPKETVQSTLNEFTSSLTKNYPLGIHADSVQVTSTGVVSRFSTRDA + AIPTGIQNPCFSHI" + gene complement(569983..570918) + /locus_tag="BQ2027_MB0490C" + CDS complement(569983..570918) + /locus_tag="BQ2027_MB0490C" + /note="Mb0490c, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv0480c, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 311 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but longer 60 aa in + N-terminus, to CAC31966.1|AL583925 putative hydrolase from + Mycobacterium leprae (271 aa). Also similar to several + hypothetical proteins and hydrolases e.g. AL096822|SCGD3_8 + probable hydrolase from Streptomyces coelicolor (264 aa), + FASTA scores: opt: 368, E(): 6.1e-15, (34.2% identity in + 272 aa overlap); and YAUB_SCHPO|Q10166 hypothetical 35.7 + kd protein c26a3.11 from S. pombe (322 aa), FASTA scores: + opt: 338, E():1.4e-13, (30.3% identity in 277 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 56 bp deletion results in a different NH2 part and leads + to a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (329 aa versus 340 + aa). Protein product from Mb0490c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0490c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible amidohydrolase" + /protein_id="CAB5248197.1" + /translation="MRRARRRAQAGLPGSCARRCGALVAGPRLARMRIALAQIRSGTD + PAANLQLVGKYAGEAATAGAQLVVFPEATMCRLGVPLRQVAEPVDGPWANGVRRIATE + AGITVIAGMFTPTGDGRVTNTLIAAGPGTPNQPDAHYHKIHLYDAFGFTESRTVAPGR + EPVVVVVDGVRVGLTVCYDIRFPALYTELARRGAQLIAVCASWGSGPGKLEQWTLLAR + ARALDSMSYVAAAGQADPGDARTGVGASSAAPTGVGGSLVASPLGEVVVSAGTQPQLL + VADIDVDNVAAARDRIAVLRNQTDFVQIDKAQSRG" + gene complement(570951..571475) + /locus_tag="BQ2027_MB0491C" + CDS complement(570951..571475) + /locus_tag="BQ2027_MB0491C" + /note="Mb0491c, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv0481c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0491c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0491c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248198.1" + /translation="MPRSFDMSADYEGSVEEVHRAFYEADYWKARLAETPVDVATLES + IRVGGDSGDDGTIEVVTLQMVRSHNLPGLVTQLHRGDLSVRREETWGPVKEGIATASI + AGSIVDAPVNLWGTAVLSPIPESGGSRMTLQVTIQVRIPFIGGKLERLIGTQLSQLVT + IEQRFTTLWITNNV" + gene 571502..572611 + /gene="murB" + /locus_tag="BQ2027_MB0492" + CDS 571502..572611 + /gene="murB" + /locus_tag="BQ2027_MB0492" + /note="Mb0492, murB, len: 369 aa. Equivalent to Rv0482, + len: 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 369 aa overlap). Probable murB, + UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase (EC + 1.1.1.158), equivalent to CAC31964.1|AL583925 + UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase from + Mycobacterium leprae (367 aa). Also highly similar to + others e.g. MURB_ECOLI|P08373 + UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase from + Escherichia coli (342 aa), FASTA scores: opt: 292, E(): + 6.3e-12, (33.5% identity in 355 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE MURB FAMILY. COFACTOR: FAD. Protein product from + Mb0492 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UDP-N-ACETYLENOLPYRUVOYLGLUCOSAMINE + REDUCTASE MURB (UDP-N-ACETYLMURAMATE DEHYDROGENASE)" + /protein_id="CAB5248199.1" + /translation="MKRSGVGSLFAGAHIAEAVPLAPLTTLRVGPIARRVITCTSAEQ + VVAALRHLDSAAKTGADRPLVFAGGSNLVIAENLTDLTVVRLANSGITIDGNLVRAEA + GAVFDDVVVRAIEQGLGGLECLSGIPGSAGATPVQNVGAYGAEVSDTITRVRLLDRCT + GEVRWVSARDLRFGYRTSVLKHADGLAVPTVVLEVEFALDPSGRSAPLRYGELIAALN + ATSGERADPQAVREAVLALRARKGMVLDPTDHDTWSVGSFFTNPVVTQDVYERLAGDA + ATRKDGPVPHYPAPDGVKLAAGWLVERAGFGKGYPDAGAAPCRLSTKHALALTNRGGA + TAEDVVTLARAVRDGVHDVFGITLKPEPVLIGCML" + gene 572673..574028 + /gene="lprQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0493" + CDS 572673..574028 + /gene="lprQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0493" + /note="Mb0493, lprQ, len: 451 aa. Equivalent to Rv0483, + len: 451 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 451 aa overlap). Probable lprQ, + conserved lipoprotein, equivalent to + CAC31963.1|AL583925|ML2446 possible lipoprotein from + Mycobacterium leprae (441 aa); appears longer than ML2446, + so start may be further downstream. Shows also similarity + with MLCL383_24|O07707 HYPOTHETICAL 43.6 KD PROTEIN from + Mycobacterium leprae; and to Q49706|B1496_F2_81 (271 aa). + Similar to others lipoproteins from other organisms. Also + similar to several Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins e.g. Rv0116c, Rv0192, Rv1433, Rv2518c. Contains + potential N-terminal signal sequence and appropriately + positioned PS00013 prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb0493 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0493 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPRQ" + /protein_id="CAB5248200.1" + /translation="MVIRVLFRPVSLIPVNNSSTPQSQGPISRRLALTALGFGVLAPN + VLVACAGKVTKLAEKRPPPAPRLTFRPADSAADVVPIAPISVEVGDGWFQRVALTNSA + GKVVAGAYSRDRTIYTITEPLGYDTTYTWSGSAVGHDGKAVPVAGKFTTVAPVKTINA + GFQLADGQTVGIAAPVIIQFDSPISDKAAVERALTVTTDPPVEGGWAWLPDEAQGARV + HWRPREYYPAGTTVDVDAKLYGLPFGDGAYGAQDMSLHFQIGRRQVVKAEVSSHRIQV + VTDAGVIMDFPCSYGEADLARNVTRNGIHVVTEKYSDFYMSNPAAGYSHIHERWAVRI + SNNGEFIHANPMSAGAQGNSNVTNGCINLSTENAEQYYRSAVYGDPVEVTGSSIQLSY + ADGDIWDWAVDWDTWVSMSALPPPAAKPAATQIPVTAPVTPSDAPTPSGTPTTTNGPG + G" + gene complement(574009..574764) + /locus_tag="BQ2027_MB0494C" + CDS complement(574009..574764) + /locus_tag="BQ2027_MB0494C" + /note="Mb0494c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv0484c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 251 aa overlap). Probable short-chain + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar to others e.g. + T36118|4678912|CAB41284.1|AL049707 probable oxidoreductase + from Streptomyces coelicolor (260 aa); + YDFG_HAEIN|P45200|HI1430 hypothetical oxidoreductase (SDR + family) from Haemophilus influenzae (252 aa), FASTA + scores: opt: 496, E(): 7.9e-25, (35.0 % identity in 243 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. STRONG SIMILARITY, + TO BACTERIAL YDFG HOMOLOGS. Protein product from Mb0494c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0494c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type oxidoreductase" + /protein_id="CAB5248201.1" + /translation="MTTIGTRKRVAVVTGASSGIGEATARTLAAQGFHVVAVARRADR + ITALANQIGGTAIVADVTDDAAVEALARALSRVDVLVNNAGGAKGLQFVADADLEHWR + WMWDTNVLGTLRVTRALLPKLIDSGDGLIVTVTSIAALEVYDGGAGYTAAKHAQGALH + RTLRGELLGKPVRLTEIAPGAVETEFSLVRFDGDQQRADAVYAGMTPLVAADVAEVIG + FVATRPSHVNLDQIVIRPRDQASASRRATHPVR" + gene 574947..576263 + /locus_tag="BQ2027_MB0495" + CDS 574947..576263 + /locus_tag="BQ2027_MB0495" + /note="Mb0495, -, len: 438 aa. Equivalent to Rv0485, len: + 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 438 aa overlap). Possible + transcriptional repressor, member of the NAGC/XYLR + repressor FAMILY; similar to several e.g. + D87820_3|O32446|D82254 NAGC N-acetylglucosamine repressor + from Vibrio cholerae (404 aa), FASTA scores: opt: 378, + E(): 1.2e-17, (26.9% identity in 350 aa overlap); + NAGC_ECOLI|P15301 N-acetylglucosamine repressor from + Escherichia coli (406 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): + 1.8e-12, (21.8% identity in 357 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0495 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0495 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248202.1" + /translation="MYSTNRTSQSLSRKPGRKHQLRSHRYVMPPSLHLSDSAAASVFR + AVRLRGPVGRDVIAGSTSLSIATVNRQVIALLEAGLLRERADLAVSGAIGRPRVPVEV + NHEPFVTLGIHIGARTTSIVATDLFGRTLDTVETPTPRNAAGAALTSLADSADRYLQR + WRRRRALWVGVTLGGAVDSATGHVDHPRLGWRQAPVGPVLADALGLPVSVASHVDAMA + GAELMLGMRRFAPSSSTSLYVYARETVGYALMIGGRVHCPASGPGTIAPLPVHSEMLG + GTGQLESTVSDEAVLAAARRLRIIPGIASRTRTGGSATAITDLLRVARAGNQQAKELL + AERARVLGGAVALLRDLLNPDEVVVGGQAFTEYPEAMEQVEAAFTAGSVLAPRDIRVT + VFGNRVQEAGAGIVSLSGLYADPLGALRRSGALDARLQDTAPEALA" + gene 576311..577753 + /gene="msha" + /locus_tag="BQ2027_MB0496" + CDS 576311..577753 + /gene="msha" + /locus_tag="BQ2027_MB0496" + /note="Mb0496, -, len: 480 aa. Equivalent to Rv0486, len: + 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 480 aa overlap). Mannosyltransferase + (EC 2.4.1.-) (see citations below), highly similar to + P54138|Y486_MYCLE|ML2443 possible glycosyl transferase + from Mycobacterium leprae (428 aa); and + S72892|B2168_C2_201 probable hexosyltransferase (EC + 2.4.1.-) from Mycobacterium leprae (409 aa), FASTA scores: + opt: 2375, E(): 0, (86.4% identity in 413 aa overlap). + Also highly similar to CAC04040.1|AL391406 putative + transferase from Streptomyces coelicolor (496 aa); and + similar to various transferases e.g. NP_437172.1|NC_003078 + putative membrane-anchored glycosyltransferase protein + from Sinorhizobium meliloti (416 aa); O26550|U67601_1 LPS + BIOSYNTHESIS RELATED PROTEIN from Methanococcus jannaschii + (411 aa), FASTA score: (25.3% identity in 387 aa overlap); + etc. Also similar to CAC87824.1|AJ316594 putative + sucrose-phosphate synthase from Nostoc punctiforme (422 + aa). Contains PS00039 DEAD-box subfamily ATP-dependent + helicases signature. Protein product from Mb0496 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0496 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="glycosyltransferase msha" + /protein_id="CAB5248203.1" + /translation="MAGVRHDDGSGLIAQRRPVRGEGATRSRGPSGPSNRNVSAADDP + RRVALLAVHTSPLAQPGTGDAGGMNVYMLQSALHLARRGIEVEIFTRATASADPPVVR + VAPGVLVRNVVAGPFEGLDKYDLPTQLCAFAAGVLRAEAVHEPGYYDIVHSHYWLSGQ + VGWLARDRWAVPLVHTAHTLAAVKNAALADGDGPEPPLRTVGEQQVVDEADRLIVNTD + DEARQVISLHGADPARIDVVHPGVDLDVFRPGDRRAARAALGLPVDERVVAFVGRIQP + LKAPDIVLRAAAKLPGVRIIVAGGPSGSGLASPDGLVRLADELGISARVTFLPPQSHT + DLATLFRAADLVAVPSYSESFGLVAVEAQACGTPVVAAAVGGLPVAVRDGITGTLVSG + HEVGQWADAIDHLLRLCAGPRGRVMSRAAARHAATFSWENTTDALLASYRRAIGEYNA + ERQRRGGEVISDLVAVGKPRHWTPRRGVGA" + gene 577750..578301 + /locus_tag="BQ2027_MB0497" + CDS 577750..578301 + /locus_tag="BQ2027_MB0497" + /note="Mb0497, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv0487, len: + 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + P54139|Y487_MYCLE|U00018_38|ML2442 HYPOTHETICAL 20.8 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (184 aa), FASTA scores: + opt: 760, E(): 2.4 e-34, (73.0% identity in 159 aa + overlap). Also highly similar to CAC04041.1|AL391406 + conserved hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (168 aa). Protein product from Mb0497 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0497 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248204.1" + /translation="MTSSLPTVQRVIQNALEVSQLKYSQHPRPGGAPPALIVELPGER + KLKINTILSVGEHSVRVEAFVCRKPDENREDVYRFLLRRNRRLYGVAYTLDNVGDIYL + VGQMALSAVDADEVDRVLGQVLEVVDSDFNALLELGFRSSIQREWQWRLSRGESLQNL + QAFAHLRPTTMQSAQRDEKELGG" + gene 578685..579290 + /locus_tag="BQ2027_MB0498" + CDS 578685..579290 + /locus_tag="BQ2027_MB0498" + /note="Mb0498, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv0488, len: + 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, LysE family possibly involved + in transport of Lysine, similar to others and conserved + hypothetical proteins e.g. AB93746.1|AL357613 putative + membrane transport protein from Streptomyces coelicolor + (204 aa); D83100|PA4365 probable transporter from + Pseudomonas aeruginosa (200 aa); YGGA_ECOLI|P11667 + hypothetical 21.7 kd protein from Escherichia coli (197 + aa), FASTA scores: opt: 382, E(): 1.1e-19, (39.1% identity + in 179 aa overlap); CGLYSEG_2 C|P94633 LYSINE EXPORTER + PROTEIN (236 aa), FASTA scores: E(): 2.3e-07, (33.3% + identity in 219 aa overlap). Also similar to Rv1986 from + Mycobacterium tuberculosis. Mb0498 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248205.1" + /translation="MMTLKVAIGPQNAFVLRQGIRREYVLVIVALCGIADGALIAAGV + GGFAALIHAHPNMTLVARFGGAAFLIGYALLAARNAWRPSGLVPSESGPAALIGVVQM + CLVVTFLNPHVYLDTVVLIGALANEESDLRWFFGAGAWAASVVWFAVLGFSAGRLQPF + FATPAAWRILDALVAVTMIGVAVVVLVTSPSVPTANVALII" + gene 579447..580196 + /gene="gpm1" + /locus_tag="BQ2027_MB0499" + CDS 579447..580196 + /gene="gpm1" + /locus_tag="BQ2027_MB0499" + /note="Mb0499, gpm1, len: 249 aa. Equivalent to Rv0489, + len: 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 249 aa overlap). Probable gpm1, + phosphoglycerate mutase 1 (EC 5.4.2.1), equivalent to + P53531|PMGY_MYCLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from + Mycobacterium leprae (247 aa). Also highly similar to + others e.g. PMG1_ECOLI|P31217 (249 aa), FASTA scores: opt: + 805, E(): 0, (51.4% identity in 245 aa overlap); etc. + Contains PS00175 Phosphoglycerate mutase family + phosphohistidine signature, and PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). BELONGS TO THE PHOSPHOGLYCERATE + MUTASE FAMILY. Note that previously known as gpm. Protein + product from Mb0499 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0499 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1 GPM1 + (PHOSPHOGLYCEROMUTASE) (PGAM) (BPG-DEPENDENT PGAM)" + /protein_id="CAB5248206.1" + /translation="MANTGSLVLLRHGESDWNALNLFTGWVDVGLTDKGQAEAVRSGE + LIAEHDLLPDVLYTSLLRRAITTAHLALDSADRLWIPVRRSWRLNERHYGALQGLDKA + ETKARYGEEQFMAWRRSYDTPPPPIERGSQFSQDADPRYADIGGGPLTECLADVVARF + LPYFTDVIVGDLRVGKTVLIVAHGNSLRALVKHLDQMSDDEIVGLNIPTGIPLRYDLD + SAMRPLVRGGTYLDPEAAAAGAAAVAGQGRG" + gene 580370..581602 + /gene="senX3" + /locus_tag="BQ2027_MB0500" + CDS 580370..581602 + /gene="senX3" + /locus_tag="BQ2027_MB0500" + /note="Mb0500, senX3, len: 410 aa. Equivalent to Rv0490, + len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 410 aa overlap). Putative senX3, + two-component sensor histidine kinase (EC 2.7.3.-), + transmembrane protein (see citations below), equivalent to + O07129|SEX3_MYCBO SENSOR-LIKE HISTIDINE KINASE SENX3 from + Mycobacterium bovis BCG (410 aa), FASTA scores: E(): 0, + (99.5% identity in 410 aa overlap); and highly similar to + P54883|SEX3_MYCLE|SENX3 SENSOR-LIKE HISTIDINE KINASE from + Mycobacterium leprae (443 aa), FASTA score: (83.8% + identity in 408 aa overlap). Also highly similar, except + in N-terminus, to CAC31957.1|AL583925 probable + two-component system sensor histidine kinase from + Mycobacterium leprae (441 aa). Also highly similar to + sensor kinase proteins from other organisms e.g. + CAB77323.1|AL160331 putative sensor kinase protein from + Streptomyces coelicolor (426 aa). Protein product from + Mb0500 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0500 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TWO COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE + SENX3" + /protein_id="CAB5248207.1" + /translation="MTVFSALLLAGVLSALALAVGGAVGMRLTSRVVEQRQRVATEWS + GITVSQMLQCIVTLMPLGAAVVDTHRDVVYLNERAKELGLVRDRQLDDQAWRAARQAL + GGEDVEFDLSPRKRSATGRSGLSVHGHARLLSEEDRRFAVVFVHDQSDYARMEAARRD + FVANVSHELKTPVGAMALLAEALLASADDSETVRRFAEKVLIEANRLGDMVAELIELS + RLQGAERLPNMTDVDVDTIVSEAISRHKVAADNADIEVRTDAPSNLRVLGDQTLLVTA + LANLVSNAIAYSPRGSLVSISRRRRGANIEIAVTDRGIGIAPEDQERVFERFFRGDKA + RSRATGGSGLGLAIVKHVAANHDGTIRVWSKPGTGSTFTLALPALIEAYHDDERPEQA + REPELRSNRSQREEELSR" + gene 581960..582643 + /gene="regX3" + /locus_tag="BQ2027_MB0501" + CDS 581960..582643 + /gene="regX3" + /locus_tag="BQ2027_MB0501" + /note="Mb0501, regX3, len: 227 aa. Equivalent to Rv0491, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 227 aa overlap). regX3, response + regulator protein (sensory transduction protein) (see + citations below), equivalent to O07130|RGX3_MYCBO|REGX3 + SENSORY TRANSDUCTION PROTEIN from Mycobacterium bovis BCG + (227 aa); AAG09797.1|AF258346_2|AF258346|REGX3 response + regulator from Mycobacterium smegmatis (228 aa); + equivalent to P54884|RGX3_MYCLE|REGX3 SENSORY TRANSDUCTION + PROTEIN from Mycobacterium leprae (198 aa), FASTA scores : + E(): 0, (95.4% identity in 197 aa overlap). Also highly + similar to other response regulators e.g. + AAG43239.1|AF123314_2 |AF123314 putative response + regulator from Corynebacterium glutamicum (232 aa). + Protein product from Mb0501 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0501 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSORY TRANSDUCTION PROTEIN REGX3 + (TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN) (PROBABLY + LUXR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248208.1" + /translation="MTSVLIVEDEESLADPLAFLLRKEGFEATVVTDGPAALAEFDRA + GADIVLLDLMLPGMSGTDVCKQLRARSSVPVIMVTARDSEIDKVVGLELGADDYVTKP + YSARELIARIRAVLRRGGDDDSEMSDGVLESGPVRMDVERHVVSVNGDTITLPLKEFD + LLEYLMRNSGRVLTRGQLIDRVWGADYVGDTKTLDVHVKRLRSKIEADPANPVHLVTV + RGLGYKLEG" + gene complement(582640..584529) + /locus_tag="BQ2027_MB0502C" + CDS complement(582640..584529) + /locus_tag="BQ2027_MB0502C" + /note="Mb0502c, -, len: 629 aa. Equivalent to Rv0492c, + len: 629 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 629 aa overlap). Probable + oxidoreductase GMC type (EC 1.-.-.-), similar to others + except in N-terminus e.g. P55582|AE000087_5|Y4NJ_RHISN + HYPOTHETICAL GMC-TYPE OXIDOREDUCTASE from Rhizobium sp. + (505 aa), FASTA scores: opt: 873, E():0, (34.3% identity + in 502 aa overlap); YTH2_RHOER|P46371 HYPOTHETICAL 53.0 kd + GMC-TYPE OXIDOREDUCTASE from Rhodococcus erythropolis (493 + aa), FASTA score: (25.7% identity in 521 aa overlap); + YTH2_RHOSO|P46371 hypothetical 53.0 kd gmc-type + oxidoreductase from Rhodococcus erythropolis (493 aa), + FASTA score: (25.7% identity in 521 aa overlap); + NP_085596.1|NC_002679 probable oxidoreductase from + Mesorhizobium loti (507 aa); NP_285451.1|NC_001264 GMC + oxidoreductase from Deinococcus radiodurans (722 aa); + NP_249055.1|NC_002516 probable oxidoreductase from + Pseudomonas aeruginosa (531 aa); etc. Contains PS00198 + 4Fe-4S ferredoxins, iron-sulfur binding region signature, + and PS00624 GMC oxidoreductases signature 2. BELONGS TO + THE GMC OXIDOREDUCTASES FAMILY. COFACTOR: FAD (BY + SIMILARITY). Note that start changed since first + submission (previously 684 aa). Protein product from + Mb0502c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0502c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE GMC-TYPE" + /protein_id="CAB5248209.1" + /translation="MSRLADRAKSYPLASFGAALLPPELGGPLPAQFVQRVDRYVTRL + PATSRFAVRAGLASLAAASYLTTGRSLPRLHPDERARVLHRIAALSPEVAAAVEGLKA + IVLLANGADTYAHELLARAQEHDAARPDAELTVILSADSPSVTRADAVVVGSGAGGAM + VARTLARAGLDVVVLEEGRRWTVEEFRSTHPVDRYAGLYRGAGATVALGRPAVVLPMG + RAVGGTTVVNSGTCFRPSLAVQRRWRDEFGLGLADPDQLGRRLDDAEQTLRVAPVPLE + IMGRNGRLLLQAAKSLGWRAAPIPRNAPGCRGCCQCAIGCPSNAKFGVHLNALPQACA + AGARIISWARVERILHRAGRAYGVRARRPDGTTLDVLADAVVVAAGATETPGLLRRSG + LGGHPRLGHNLALHPATMLAGLFDDDVFAWRGVLQSAAVHEFHESDGVLIEATSTPPG + MGSMVFPGYGAELLRWLDRAPQIATFGAMVADRGVGTVRSVRGETVVRYDIAPGEIAK + LRVALQAIGRLFFAAGAVEVLTGIPGAPPMRSLPELQDVLRRANPRSLHLAAFHPTGT + AAAGADEQLCPVDATGRLRGVEGVWVADASILPSCPEVNPQLSIMAMALAVADQTVAK + VVGVR" + gene complement(584526..584855) + /locus_tag="BQ2027_MB0503C" + CDS complement(584526..584855) + /locus_tag="BQ2027_MB0503C" + /note="Mb0503c, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv0492A, + len: 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. GC plot suggests CDS. Mb0503c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248210.1" + /translation="MSFLLDPPLLFVCGVLIERRLPVDRRDAAEAAALGVFFGASFGL + YHNVPGLGMLWRPFRAQNGRDFMWNSGVFSVDVARAEWPLHAMAAAIFATYPFFIKLG + RRLGRRI" + gene complement(584852..585841) + /locus_tag="BQ2027_MB0504C" + CDS complement(584852..585841) + /locus_tag="BQ2027_MB0504C" + /note="Mb0504c, -, len: 329 aa. Equivalent to Rv0493c, + len: 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 329 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to U00018_33|B2168_F2_93 + from Mycobacterium leprae (167 aa), FASTA scores: opt: + 166, E(): 0.00077, (35.9% identity in 131 aa overlap). + Protein product from Mb0504c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0504c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248211.1" + /translation="MGESTTQPAGGAAVDDETRSAALPRWRGAAGRLEVWYATLSDPL + TRTGLWVHCETVAPTTGGPYAHGWVTWFPPDAPPGTERFGPQPAQPAAGPAWFDIAGV + RMAPAELTGRTRSLAWELSWKDTAAPLWTFPRVAWERELLPGAQVVIAPTAVFAGSLA + VGETTHRVDSWRGGVAHIYGHGNAKRWGWIHADLGDGDVLEVVTAVSHKPGLRRLAPL + AFVRFRIDGKDWPASPLPSLRMRTTLGVRHWQLEGRIGGREALIRVDQPPERCVSLGY + TDPDGAKAVCTNTEQADIHIELGGRHWSVLGTGHAEVGLRGTAAPAIKEGTPA" + gene 585846..586574 + /locus_tag="BQ2027_MB0505" + CDS 585846..586574 + /locus_tag="BQ2027_MB0505" + /note="Mb0505, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv0494, len: + 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 242 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, GntR family, with C-terminal + part highly similar to S72893|B2168_C2_205 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (105 aa). Also similar + to other transcription regulators e.g. PDHR_ECOLI|P06957 + pyruvate dehydrogenase complex repressor PDHR or GENA from + Escherichia coli (254 aa), FASTA scores: opt: 284, E(): + 1.2e-11, (32.6% identity in 224 aa overlap); etc. Contains + PS00043 Bacterial regulatory proteins, gntR family + signature, and probable helix-turn helix motif from aa + 50-71 (Score 1229, +3.37 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY GNTR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248212.1" + /translation="MVEPMNQSSVFQPPDRQRVDERIATTIADAILDGVFPPGSTLPP + ERDLAERLGVNRTSLRQGLARLQQMGLIEVRHGSGSVVRDPEGLTHPAVVEALVRKLG + PDFLVELLEIRAALGPLIGRLAAARSTPEDAEALCAALEVVQQADTAAARQAADLAYF + RVLIHSTRNRALGLLYRWVEHAFGGREHALTGAYDDADPVLTDLRAINGAVLAGDPAA + AAATVEAYLNASALRMVKSYRDRA" + gene complement(586575..587465) + /locus_tag="BQ2027_MB0506C" + CDS complement(586575..587465) + /locus_tag="BQ2027_MB0506C" + /note="Mb0506c, -, len: 296 aa. Equivalent to Rv0495c, + len: 296 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 296 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to S72915|B2168_F1_37 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (323 aa), + FASTA scores: opt: 1615, E(): 0, (82.7% identity in 271 aa + overlap); and + P54579|Y495_MYCLE|ML243|13094009|CAC31952.1|AL583925 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (277 aa). Also highly similar to Q9X8H2|Y716_STRCO|SCE7.16 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (271 + aa). Protein product from Mb0506c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0506c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248213.1" + /translation="MWRPAQGARWHVPAVLGYGGIPRRASWSNVESVANSRRRPVHPG + QEVELDFAREWVEFYDPDNPEHLIAADLTWLLSRWACVFGTPACQGTVAGRPNDGCCS + HGAFLSDDDDRTRLADAVHKLTDDDWQFRAKGLRRKGYLELDEHDGQPQHRTRKHKGA + CIFLNRPGFAGGAGCALHSKALKLGVPPLTMKPDVCWQLPIRRSQEWVTRPDGTEILK + TTLTEYDRRGWGSGGADLHWYCTGDPAAHVGTKQVWQSLADELTELLGEKAYGELAAM + CKRRSQLGLIAVHPATRAAQ" + gene 587545..588531 + /gene="ppx1" + /locus_tag="BQ2027_MB0507" + CDS 587545..588531 + /gene="ppx1" + /locus_tag="BQ2027_MB0507" + /EC_number="3.6.1.11" + /note="Mb0507, -, len: 328 aa. Equivalent to Rv0496, len: + 328 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 328 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + S72894|467046|AAA17230.1|U00018 exopolyphosphatase (EC + 3.6.1.11) ppx from Mycobacterium leprae (406 aa), FASTA + scores: opt: 1902, E(): 0, (86.6% identity in 343 aa + overlap); and + P54882|Y496_MYCLE|ML2434|13094008|CAC31951.1|AL583925 + HYPOTHETICAL 36.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (339 aa). Also highly similar to hypothetical proteins and + exopolyphosphatases e.g. Q9X8H1|Y715_STRCO|SCE7.15c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (309 + aa). C-terminal region similar to CGU31224_1|Q46054 + protein similar to ppx gene product of Mycobacterium + leprae from Cornybacterium glutamicum (140 aa), FASTA + scores: opt: 615, E(): 2.7e-33, (70.9% identity in 134 aa + overlap). Protein product from Mb0507 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0507 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Exopolyphosphatase (EC" + /protein_id="CAB5248214.1" + /translation="MVDAHRGGHPTPMSSTKATLRLAEATDSSGKITKRGADKLISTI + DEFAKIAISSGCAELMAFATSAVRDAENSEDVLSRVRKETGVELQALRGEDESRLTFL + AVRRWYGWSAGRILNLDIGGGSLEVSSGVDEEPEIALSLPLGAGRLTREWLPDDPPGR + RRVAMLRDWLDAELAEPSVTVLEAGSPDLAVATSKTFRSLARLTGAAPSMAGPRVKRT + LTANGLRQLIAFISRMTAVDRAELEGVSADRAPQIVAGALVAEASMRALSIEAVEICP + WALREGLILRKLDSEADGTALIESSSVHTSVRAVGGQPADRNAANRSRGSKP" + gene 588528..589460 + /locus_tag="BQ2027_MB0508" + CDS 588528..589460 + /locus_tag="BQ2027_MB0508" + /note="Mb0508, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv0497, len: + 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent (but shorter in + C-terminus) to P54580|Y497_MYCLE|ML2433 HYPOTHETICAL 37.9 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (355 aa). N-terminus + highly similar to S72922|B2168_C1_166|467074 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (118 aa), FASTA scores: + opt: 350, E(): 1.4e-12, (57.9% identity in 114 aa + overlap); and hydrophobic C-terminus, highly similar to + S72895|B2168_C2_209|467047 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (241 aa), FASTA scores: opt: 473, + E(): 8e-19, (53.9% identity in 241 aa). Protein product + from Mb0508 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0508 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248215.1" + /translation="MTGPHPETESSGNRQISVAELLARQGVTGAPARRRRRRRGDSDA + ITVAELTGEIPIIRDDHHHAGPDAHASQSPAANGRVQVGEAAPQSPAEPVAEQVAEEP + TRTVYWSQPEPRWPKSPPQDRRESGPELSEYPRPLRHTHSDRAPAGPPSGAEHMSPDP + VEHYPDLWVDVLDTEVGEAEAETEVREAQPGRGERHAAAAAAGTDVEGDGAAEARVAR + RALDVVPTLWRGALVVLQSILAVAFGAGLFIAFDQLWRWNSIVALVLSVMVILGLVVS + VRAVRKTEDIASTLIAVAVGALITLGPLALLQSG" + gene 589476..590318 + /locus_tag="BQ2027_MB0509" + CDS 589476..590318 + /locus_tag="BQ2027_MB0509" + /note="Mb0509, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv0498, len: + 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + P54581|Y498_MYCLE|ML2432 HYPOTHETICAL 30.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (280 aa); and + S72896|B2168_C2_210 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (244 aa), FASTA scores: opt: 1486, + E():0, (89.3% identity in 244 aa overlap). Also similar to + Q9X8H0|Y714_STRCO|SCE7.14c HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor. Protein product from Mb0509 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0509 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AP endonuclease, family protein 2" + /protein_id="CAB5248216.1" + /translation="MRPAIKVGLSTASVYPLRAEAAFEYADRLGYDGVELMVWGESVS + QDIDAVRKLSRRYRVPVLSVHAPCLLISQRVWGANPILKLDRSVRAAEQLGAQTVVVH + PPFRWQRRYAEGFSDQVAALEAASTVMVAVENMFPFRADRFFGAGQSRERMRKRGGGP + GPAISAFAPSYDPLDGNHAHYTLDLSHTATAGTDSLDMARRMGPGLVHLHLCDGSGLP + ADEHLVPGRGTQPTAEVCQMLAGSGFVGHVVLEVSTSSARSANERESMLAESLQFART + HLLR" + gene 590334..591209 + /locus_tag="BQ2027_MB0510" + CDS 590334..591209 + /locus_tag="BQ2027_MB0510" + /note="Mb0510, -, len: 291 aa. Equivalent to Rv0499, len: + 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + AL031184|SC2A11_16|T34762 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (340 aa), FASTA scores: opt: 240, + E(): 1.8e-07, (28.9% identity in 270 aa overlap). Protein + product from Mb0510 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0510 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TesB-like acyl-CoA thioesterase 3" + /protein_id="CAB5248217.1" + /translation="MNALFTTAMALRPLDSDPGNPACRVFEGELNEHWTIGPKVHGGA + MVALCANAARTAYGAAGQQPMRQPVAVSASFLWAPDPGTMRLVTSIRKRGRRISVADV + ELTQGGRTAVHAVVTLGEPEHFLPGVDGSGGASGTAPLLSANPVVELMAPEPPEGVVP + IGPGHQLAGLVHLGEGCDVRPVLSTLRSATDGRPPVIQLWARPRGVAPDALFALLCGD + LSAPVTFAVDRTGWAPTVALTAYLRALPADGWLRVLCTCVEIGQDWFDEDHIVVDRLG + RIVVQTRQLAMVPAQ" + gene 591234..592121 + /gene="proC" + /locus_tag="BQ2027_MB0511" + CDS 591234..592121 + /gene="proC" + /locus_tag="BQ2027_MB0511" + /note="Mb0511, proC, len: 295 aa. Equivalent to Rv0500, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 295 aa overlap). Probable proC, + Pyrroline-5-carboxylate reductase (EC 1.5.1.2) (see + citation below), equivalent to P46725|PROC_MYCLE + PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE from Mycobacterium + leprae (294 aa), FASTA scores: opt: 1473, E(): 0, (82.4% + identity in 295 aa overlap). Also similar to others e.g. + P46540|PROC_CORGL PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE from + Corynebacterium glutamicum (270 aa); + T36286|4803683|CAB42663.1|AL049819 pyrroline-5-carboxylate + reductase from Streptomyces coelicolor (284 aa); etc. + BELONGS TO THE PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE FAMILY. + Protein product from Mb0511 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0511 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE PROC + (P5CR) (P5C REDUCTASE)" + /protein_id="CAB5248218.1" + /translation="MLFGMARIAIIGGGSIGEALLSGLLRAGRQVKDLVVAERMPDRA + NYLAQTYSVLVTSAADAVENATFVVVAVKPADVEPVIADLANATAAAENDSAEQVFVT + VVAGITIAYFESKLPAGTPVVRAMPNAAALVGAGVTALAKGRFVTPQQLEEVSALFDA + VGGVLTVPESQLDAVTAVSGSGPAYFFLLVEALVDAGVGVGLSRQVATDLAAQTMAGS + AAMLLERMDQDQGGANGELMGLRVDLTASRLRAAVTSPGGTTAAALRELERGGFRMAV + DAAVQAAKSRSEQLRITPE" + gene 592262..592498 + /locus_tag="BQ2027_MB0512" + CDS 592262..592498 + /locus_tag="BQ2027_MB0512" + /note="Mb0512, -, len: 78 aa. Equivalent to Rv0500A, len: + 78 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 78 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to proteins from Mycobacterium leprae and + Streptomyces coelicolor e.g. U00018_25 from Mycobacterium + leprae cosmid B2168 (86 aa), FASTA scores: opt: 428, E(): + 1.3e-27, (82.6% identity in 86 aa overlap); + AL079345|SCE68_26 from Streptomyces coelicolor cosmid E6 + (70 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 1.2 e-13, (72.2 + identity in 54 aa overlap). Protein product from Mb0512 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0512 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Excisionase-like protein SCO3328" + /protein_id="CAB5248219.1" + /translation="MTSTNGPSARDTGFVEGQQAKTQLLTVAEVAALMRVSKMTVYRL + VHNGELPAVRVGRSFRVHAKAVHDMLETSYFDAG" + gene 592626..592727 + /locus_tag="BQ2027_MB0512A" + CDS 592626..592727 + /locus_tag="BQ2027_MB0512A" + /note="Mb0512A, len: 33 aa. Equivalent to Rv0500B len: 33 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 33 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved hypothetical + protein. Basic protein 18 of the 33 aa are Arg or Lys, + with strong similarity to AL079345|SCE68_25 protein from + Streptomyces coelicolor cosmid E6 (32 aa), FASTA scores: + opt: 176, E(): 1e-06, (93.1% identity in 29 aa overlap). + Same gene arrangement in both actinomycetes. Mb0512A found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30S small ribosomal subunit" + /protein_id="CAB5248220.1" + /translation="MGSVIKKRRKRMSKKKHRKLLRRTRVQRRKLGK" + gene 592805..593935 + /gene="galE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0513" + CDS 592805..593935 + /gene="galE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0513" + /note="Mb0513, galE2, len: 376 aa. Equivalent to Rv0501, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Possible galE2, + UDP-glucose 4-epimerase (EC 5.1.3.2), highly similar + (except in N-terminus) to CAC31944.1|AL583925 possible + glucose epimerase/dehydratase from Mycobacterium leprae + (364 aa). N-terminus highly similar to + S72923|B2168_C1_174|467075|AAA17259.1|U00018 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (180 aa), FASTA scores: + opt: 934, E(): 0, (89.6% identity in 164 aa overlap); and + C-terminus highly similar to + S72898|467050|AAA17234.1|U00018 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (168 aa), FASTA scores: opt: 928, + E(): 0, (82.7% identity in 168 aa overlap). Also highly + similar to T36274|5123671|CAB45360.1|AL079345 probable + epimerase from Streptomyces coelicolor (353 aa); and + similar in part to other epimerases e.g. GALE_ECOLI|P09147 + UDP-glucose 4-epimerase from Escherichia coli (338 aa), + FASTA scores: opt: 241, E(): 6.7e-09, (28.2% identity in + 294 aa overlap); etc. BELONGS TO THE SUGAR EPIMERASE + FAMILY. COFACTOR: NAD. Note that previously known as + galE1. Protein product from Mb0513 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0513 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE GALE2 + (GALACTOWALDENASE) (UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHATE GALACTOSE 4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHO-GALACTOSE 4-EPIMERASE)" + /protein_id="CAB5248221.1" + /translation="MSSSNGRGGAGGVGGSSEHPQYPKVVLVTGACRFLGGYLTARLA + QNPLINRVIAVDAIAPSKDMLRRMGRAEFVRADIRNPFIAKVIRNGEVDTVVHAAAAS + YAPRSGGSAALKELNVMGAMQLFAACQKAPSVRRVVLKSTSEVYGSSPHDPVMFTEDS + SSRRPFSQGFPKDSLDIEGYVRALGRRRPDIAVTILRLANMIGPAMDTTLSRYLAGPL + VPTIFGRDARLQLLHEQDALGALERAAMAGKAGTFNIGADGILMLSQAIRRAGRIPVP + VPGFGVWALDSLRRANHYTELNREQFAYLSYGRVMDTTRMRVELGYQPKWTTVEAFDD + YFRGRGLTPIIDPHRVRSWEGRAVGLAQRWGSRNPIPWSGLR" + gene 593942..595018 + /locus_tag="BQ2027_MB0514" + CDS 593942..595018 + /locus_tag="BQ2027_MB0514" + /note="Mb0514, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv0502, len: + 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 358 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + P54878|Y502_MYCLE|ML2427 HYPOTHETICAL 40.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (367 aa), FASTA scores: opt: + 2042, E(): 0, (84.1% identity in 365 aa overlap). Also + similar to T36273|SCE68.23c hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (355 aa). C-terminal similar to + AL021529|SC10A5_4|T34572 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (295 aa), FASTA score: (57.8% + identity in 263 aa overlap); and to hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis Rv1920|G70808 (287 aa); + and Rv1428c|G70914 (275 aa). Protein product from Mb0514 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0514 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phospholipid/glycerol acyltransferase" + /protein_id="CAB5248222.1" + /translation="MGNVAGETRANVIPLHTNRSRVAARRRAGQRAESRQHPSLLSDP + NDRASAEQIAAVVREIDEHRRAAGATTSSTEATPNDLAQLVAAVAGFLRQRLTGDYSV + DEFGFDPHFNSAIVRPLLRFFFKSWFRVEVSGVENIPRDGAALVVANHAGVLPFDGLM + LSVAVHDEHPAHRDLRLLAADMVFDLPVIGEAARKAGHTMACTTDAHRLLASGELTAV + FPEGYKGLGKRFEDRYRLQRFGRGGFVSAALRTKAPIVPCSIIGSEEIYPMLTDVKLL + ARLFGLPYFPITPLFPLAGPVGLVPLPSKWRIAFGEPICTADYASTDADDPMVTFELT + DQVRETIQQTLYRLLAGRRNIFFG" + gene complement(595022..595930) + /gene="cmaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0515C" + CDS complement(595022..595930) + /gene="cmaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0515C" + /note="Mb0515c, cmaA2, len: 302 aa. Equivalent to Rv0503c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). cmaA2 (alternate gene + name: cma2), cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase + 2 (mycolic acid trans-cyclopropane synthetase) (EC + 2.1.1.79) (see citations below). Note that this protein + has 302 aa and not 322 aa: we have chosen a different + initiation codon on the basis of homology). Equivalent to + S72886|B2168_F3_130 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (308 aa), FASTA score: (78.9% + identity in 303 aa overlap); and highly similar to other + proteins from Mycobacterium leprae. Also similar to other + proteins from Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium + bovis BCG e.g. MTV038_14|UMAA2|Rv0470c|MTV038.14 PUTATIVE + MYCOLIC ACID SYNTHESIS/MODIFICATION PROTEIN (287 aa) + (57.2% identity in 297 aa overlap). Protein product from + Mb0515c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0515c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2 + CMAA2 (CYCLOPROPANE FATTY ACID SYNTHASE) (CFA SYNTHASE) + (CYCLOPROPANE MYCOLIC ACID SYNTHASE 2) (MYCOLIC ACID + TRANS-CYCLOPROPANE SYNTHETASE)" + /protein_id="CAB5248223.1" + /translation="MTSQGDTTSGTQLKPPVEAVRSHYDKSNEFFKLWLDPSMTYSCA + YFERPDMTLEEAQYAKRKLALDKLNLEPGMTLLDIGCGWGSTMRHAVAEYDVNVIGLT + LSENQYAHDKAMFDEVDSPRRKEVRIQGWEEFDEPVDRIVSLGAFEHFADGAGDAGFE + RYDTFFKKFYNLTPDDGRMLLHTITIPDKEEAQELGLTSPMSLLRFIKFILTEIFPGG + RLPRISQVDYYSSNAGWKVERYHRIGANYVPTLNAWADALQAHKDEAIALKGQETYDI + YMHYLRGCSDLFRDKYTDVCQFTLVK" + gene complement(595953..596453) + /locus_tag="BQ2027_MB0516C" + CDS complement(595953..596453) + /locus_tag="BQ2027_MB0516C" + /note="Mb0516c, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv0504c, + len: 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 166 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + P54879|Y504_MYCLE|ML2425 HYPOTHETICAL 18.7 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (166 aa), FASTA scores: opt: + 884, E(): 0, (83.1% identity in 166 aa overlap); and + highly similar to other proteins from Mycobacterium + leprae. Also highly similar to + CAB77410.1|AL160431|SCD82.07 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (150 aa). Also similar to M. + tuberculosis hypothetical proteins Rv0635|H70612 (158 aa); + and Rv0637|B70613 (166 aa). Protein product from Mb0516c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0516c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0336 protein" + /protein_id="CAB5248224.1" + /translation="MTVPEEAQTLIGKHYRAPDHFLVGREKIREFAVAVKDDHPTHYS + EPDAAAAGYPALVAPLTFLAIAGRRVQLEIFTKFNIPINIARVFHRDQKFRFHRPILA + NDKLYFDTYLDSVIESHGTVLAEIRSEVTDAEGKPVVTSVVTMLGEAAHHEADADATV + AAIASI" + gene complement(596615..597736) + /gene="serB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0517C" + CDS complement(596615..597736) + /gene="serB1" + /locus_tag="BQ2027_MB0517C" + /note="Mb0517c, serB1, len: 373 aa. Equivalent to Rv0505c, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 373 aa overlap). Possible serB1, + phosphoserine phosphatase (EC 3.1.3.3), equivalent (but + longer ~70 aa in N-terminus) to S72914|serB phosphoserine + phosphatase from Mycobacterium leprae (300 aa), FASTA + scores: opt: 1570, E(): 0, (83.0% identity in 306 aa + overlap). C-terminus highly similar to CAB55344.1|AJ010584 + phosphoserine phosphatase from Streptomyces coelicolor + (266 aa). Low similarity to SERB_ECOLI|P06862 + phosphoserine phosphatase from Escherichia coli strains + K12 and O157:H7 (322 aa), FASTA scores: opt: 148, E(): + 0.043, (24.0% identity in 150 aa overlap). C-terminus is + also similar to O33611|AB004855_1|IMD_STRCN PROTEIN + INVOLVED IN INHIBITION OF MORPHOLOGICAL DIFFERENTIATION + from Streptomyces cyaneus (277 aa), FASTA score: (37.7% + identity in 252 aa overlap). SEEMS TO BELONG TO THE SERB + FAMILY. Note that previously known as serB. Protein + product from Mb0517c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0517c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE SERB1 (PSP) + (O-PHOSPHOSERINE PHOSPHOHYDROLASE) (PSPASE)" + /protein_id="CAB5248225.1" + /translation="MGLTCWPRTAAGRVHDESRCGLANFDTALGLQINPRQPRAPPRI + CRIGLITAAASATGQAPRLGVMMVSSHLGSPDQAGHVDLASPADPPPPDASASHSPVD + MPAPVAAAGSDRQPPIDLTAAAFFDVDNTLVQGSSAVHFGRGLAARHYFTYRDVLGFL + YAQAKFQLLGKENSNDVAAGRRKALAFIEGRSVAELVALGEEIYDEIIADKIWDGTRE + LTQMHLDAGQQVWLITATPYELAATIARRLGLTGALGTVAESVDGIFTGRLVGEILHG + TGKAHAVRSLAIREGLNLKRCTAYSDSYNDVPMLSLVGTAVAINPDARLRSLARERGW + EIRDFRIARKAARIGVPSALALGAAGGALAALASRRQSR" + gene 597910..598353 + /gene="mmpS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0518" + CDS 597910..598353 + /gene="mmpS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0518" + /note="Mb0518, mmpS2, len: 147 aa. Equivalent to Rv0506, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Probable mmpS2, + conserved membrane protein (see citation below), highly + similar to other Mycobacterial proteins e.g. C-terminus of + AAD44232.1|AF143772_38|AF143772|TmtpA from M. avium (221 + aa); P54880|MMS4_MYCLE|MMPS4 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: opt: + 392, E(): 1.3e-20, (43.7% identity in 151 aa overlap); and + the PUTATIVE MEMBRANE PROTEINS from Mycobacterium + tuberculosis MTV040_5, MTCY4D9_16, MTV037_15. BELONGS TO + THE MMPS FAMILY. Mb0518 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS2" + /protein_id="CAB5248226.1" + /translation="MRMISVSGAVKRMWLLLAIVVVAVVGGLGIYRLHSIFGVHEQPT + VMVKPDFDVPLFNPKRVTYEVFGPAKTAKIAYLDPDARVHRLDSVSLPWSVTVETTLP + AVSVNLMAQSNADVISCRIIVNGAVKDERSETSPRALTSCQVSSG" + gene 598350..601256 + /gene="mmpL2" + /locus_tag="BQ2027_MB0519" + CDS 598350..601256 + /gene="mmpL2" + /locus_tag="BQ2027_MB0519" + /note="Mb0519, mmpL2, len: 968 aa. Equivalent to Rv0507, + len: 968 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 968 aa overlap). Probable mmpL2, + conserved transmembrane transport protein (see citation + below), member of RND superfamily, highly similar to other + Mycobacterial proteins e.g. YV34_MYCLE from Mycobacterium + leprae (959 aa), FASTA scores: opt: 3699, E(): 0, (58.3% + identity in 940 aa overlap); and the Mycobacterium + tuberculosis proteins MTV037_14, MTV040_4, MTCY98_8, + MTCY4D9_15, MTCY48_8, MTCY19G5_6, MTV005_19, etc. Also + similar to STMACTII_3|SC10A5_9 from Streptomyces + coelicolor; and BSUB0|004_12 from Bacillus subtilis. + C-terminal half similar to Q50086|U1740AB from + Mycobacterium leprae (386 aa), FASTA scores: opt: 1526, + E(): 0, (61.5% identity in 371 aa overlap). BELONGS TO THE + MMPL FAMILY. Mb0519 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL2" + /protein_id="CAB5248227.1" + /translation="MSERHAALTSLPPILPRLIRRFAVVIVLLWLGFTAFVNLAVPQL + EVVGKAHSVSMSPSDAASIQAIKRVGQVFGEFDSDNAVTIVLEGDQPLGGDAHRFYSD + LMRKLSADTRHVAHIQHFWGDPLTAAGSQSADDRAAYVVVYLVGNNETEAYDSVHAVR + HMVDTTPPPHGVKAYVTGPAALNADQAEAGDKSIAKVTAITSMVIAAMLLVIYRSVIT + AVLVLIMVGIDLGAIRGFIALLADHNIFSLSTFATNLLVLMAIAASTDYAIFMLGRYH + ESRYAGEDRETAFYTMFHGTAHVILGSGLTIAGAMYCLSFARLPYFETLGAPIAIGML + VAVLAALTLGPAVLTVGSFFKLFDPKRRMNTRRWRRVGTAIVRWPGPVLAATCLVASI + GLLALPSYRTTYDLRKFMPASMPSNVGDAAAGRHFSRARLNPEVLLIETDHDMRNPVD + MLVLDKVAKNIYHSPGIEQVKAITRPLGTTIKHTSIPFIISMQGVNSSEQMEFMKDRI + YDILVQVAAMNTSIETMHRMYALMGEVIDNTVDMDHLTHDMSDITATLRDHLADFEDF + FRPIRSYFYWEKHCFDVPLCWSIRSIFDMFDSVDQLSEKLEYLVKDMDILITLLPQMR + AQMPPMISAMTTMRDMMLIWHGTLGAFYKQQERNNKDPGAMGRVFDAAQIDDSFYLPQ + SAFENPDFKRGLKMFLSPDGKAARFVIALEGDPATPEGICRVEPIKREAREAIKGTPL + QGAAIYLGGTAATFKDIREGARYDLLIAGVAAISLILIIMMIITRSVVAAVVIVGTVV + LSMGASFGLSVLVWQDILGIELYWMVLAMSVILLLAVGSDYNLLLISRLKEEIGAGLN + TGIIRAMAGTGGVVTAAGMVFAVTMSLFVFSDLRIIGQIGTTIGLGLLFDTLVVRSFM + TPSIAALLGRWFWWPLRVRPRPASQMLRPFAPRRLVRALLLPSGQHPSATGAHE" + gene 601249..601542 + /locus_tag="BQ2027_MB0520" + CDS 601249..601542 + /locus_tag="BQ2027_MB0520" + /note="Mb0520, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv0508, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with + T36269|5123666|CAB45355.1|AL079345 probable redoxin from + Streptomyces coelicolor (101 aa), FASTA scores: opt: 160, + E(): 3.4e-05, (33.3% identity in 75 aa overlap); and + E81943|NMA0966 probable thioredoxin from Neisseria + meningitidis group A strain Z2491 (77 aa). Protein product + from Mb0520 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0520 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glutaredoxin-like domain-containing protein + PA3033" + /protein_id="CAB5248228.1" + /translation="MSRPQVELLTRAGCAICVRVAEQLAELSSELGFDMMTIDVDVAA + STGNPGLRAEFGDRLPVVLLDGREHSYWEVDEHRLRADIARSTFGSPPDKRLP" + gene 601592..602998 + /gene="hemA" + /locus_tag="BQ2027_MB0521" + CDS 601592..602998 + /gene="hemA" + /locus_tag="BQ2027_MB0521" + /note="Mb0521, hemA, len: 468 aa. Equivalent to Rv0509, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 468 aa overlap). Probable hemA, + glutamyl-tRNA reductase (EC 1.2.1.-), equivalent to + HEM1_MYCLE|P46724 GLUTAMYL-TRNA REDUCTASE from + Mycobacterium leprae (467 aa), FASTA scores: opt: 2377, + E(): 0, (82.3% identity in 463 aa overlap). Also highly + similar (sometimes in part) to others e.g. + Q9WX15|HEM1_STRCO GLUTAMYL-TRNA REDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (581 aa); P16618|HEM1_BACSU|HEMA + GLUTAMYL-TRNA REDUCTASE from Bacillus subtilis (455 aa); + etc. Contains PS00747 Glutamyl-tRNA reductase signature. + BELONGS TO THE GLUTAMYL-TRNA REDUCTASE FAMILY. Protein + product from Mb0521 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0521 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable glutamyl-trna reductase hema (glutr)" + /protein_id="CAB5248229.1" + /translation="MSVLLFGVSHRSAPVVVLEQLSIDESDQVKIIDRVLASPLVTEA + MVLSTCNRVEVYAVVDAFHGGLSVIGQVLAEHSGMSMGELTKYAYVRYSEAAVEHLFA + VASGLDSAVIGEQQVLGQVRRAYAVAESNRTVGRVLHELAQRALSVGKRVHSETAIDA + AGASVVSVALGMAERKLGSLAGTTAVVIGAGAMGALSAVHLTRAGVGHIQVLNRSLSR + AQRLARRIRESGVPAEALALDRLANVLADADVVVSCTGAVRPVVSLADVHHALAAARR + DEATRPLVICDLGMPRDVDPAVARLPCVWVVDVDSVQHEPSAHAAAADVEAARHIVAA + EVASYLVGQRMAEVTPTVTALRQRAAEVVEAELLRLDNRLPGLQSVQREEVARTVRRV + VDKLLHAPTVRIKQLASAPGGDSYAEALRELFELDQTAVDAVATAGELPVVPSGFDAE + SRRGGGDMQSSPKRSPSN" + gene 603008..603937 + /gene="hemC" + /locus_tag="BQ2027_MB0523" + CDS 603008..603937 + /gene="hemC" + /locus_tag="BQ2027_MB0523" + /note="Mb0523, hemC, len: 309 aa. Equivalent to Rv0510, + len: 309 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 309 aa overlap). Probable hemC, + hydroxymethylbilane synthase (porphobilinogen deaminase) + (EC 4.3.1.8), equivalent to HEM3B|Q49808|HEM3_MYCLE + PORPHOBILINOGEN DEAMINASE from Mycobacterium leprae (315 + aa), FASTA scores: opt: 889, E(): 0, (88.1% identity in + 159 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9WX16|HE31_STRCO PROBABLE PORPHOBILINOGEN DEAMINASE from + Streptomyces coelicolor (319 aa); Q9L6Q2|HEM3_SALTY + PORPHOBILINOGEN DEAMINASE from Salmonella typhimurium (313 + aa); etc. BELONGS TO THE HMBS FAMILY. COFACTOR: COVALENTLY + BINDS A DIPYRROMETHANE COFACTOR TO WHICH THE + PORPHOBILINOGEN SUBUNITS ARE ADDED. Protein product from + Mb0523 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0523 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PORPHOBILINOGEN DEAMINASE HEMC (PBG) + (HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE) (HMBS) + (PRE-UROPORPHYRINOGEN SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248230.1" + /translation="MIRIGTRGSLLATTQAATVRDALIAGGHSAELVTISTEGDRSMA + PIASLGVGVFTTALREAMEAGLVDAAVHSYKDLPTAADPRFTVAAIPPRNDPRDAVVA + RDGLTLGELPVGSLVGTSSPRRAAQLRALGLGLEIRPLRGNLDTRLNKVSSGDLDAIV + VARAGLARLGRLDDVTETLEPVQMLPAPAQGALAVECRAGDSRLVAVLAELDDADTRA + AVTAERALLADLEAGCSAPVGAIAEVVESIDEDGRVFEELSLRGCVAALDGSDVIRAS + GIGSCGRARELGLSVAAELFELGARELMWGVRH" + gene 603970..605667 + /gene="hemD" + /locus_tag="BQ2027_MB0524" + CDS 603970..605667 + /gene="hemD" + /locus_tag="BQ2027_MB0524" + /note="Mb0524, hemD, len: 565 aa. Equivalent to Rv0511, + len: 565 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 565 aa overlap). Probable hemD + (alternate gene name: cysG), uroporphyrin-III + C-methyltransferase (EC 2.1.1.107), highly similar to + others e.g. CAC31936.1|AL583925 possible uroporphyrin-III + C-methyltransferase from Mycobacterium leprae (563 aa); + and S72909|CYSG from Mycobacterium leprae (472 aa), FASTA + scores: opt: 1946, E(): 0, (83.3% identity in 472 aa + overlap); T36265|5123662|CAB45351.1|AL079345 probable + uroporphyrin-III C-methyltransferase from Streptomyces + coelicolor (565 aa); and similar to others e.g. + AAK00606.1|AF221100_3|AF221100 from Selenomonas + ruminantium subsp. ruminantium (505 aa); etc. Also similar + to Rv2071c and Rv2847c from Mycobacterium tuberculosis. + Note that previously known as cysG. Protein product from + Mb0524 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0524 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE + HEMD (UROPORPHYRINOGEN III METHYLASE) (UROGEN III + METHYLASE) (SUMT) (UROGEN III METHYLASE) (UROM)" + /protein_id="CAB5248231.1" + /translation="MTRGRKPRPGRIVFVGSGPGDPGLLTTRAAAVLANAALVFTDPD + VPEPVVALIGTDLPPVSGPAPAEPVAGNGDAAGGGSAQEHGRAASAVVSGGPDIRPAL + GDPADVAKTLTAEARSGVDVVRLVAGDPLTVDAVISEVNAVARTHLHIEIVPGLAASS + AVPTYAGLPLGSSHTVADVRIDPENTDWDALAAAPGPLILQATASHLAESARSLIDHQ + LAESTPCVVTAHGTTCQQRSVETTLQGLTDPAVLGATDPACSANGRDSQAGPLIVTIG + KTVTSRAKLNWWESRALYGWTVLVPRTKDQAGEMSERLTSYGALPVEVPTIAVEPPRS + PAQMERAVKGLVDGRFQWIVFTSTNAVRAVWEKFGEFGLDARAFSGVKIACVGESTAD + RVRAFGISPELVPSGEQSSLGLLDDFPPYDSVFDPVNRVLLPRADIATETLAEGLRER + GWEIEDVTAYRTVRAAPPPATTREMIKTGGFDAVCFTSSSTVRNLVGIAGKPHARTII + ACIGPKTAETAAEFGLRVDVQPDTAAIGPLVDALAEHAARLRAEGALPPPRKKSRRR" + gene 605753..606742 + /gene="hemB" + /locus_tag="BQ2027_MB0525" + CDS 605753..606742 + /gene="hemB" + /locus_tag="BQ2027_MB0525" + /note="Mb0525, hemB, len: 329 aa. Equivalent to Rv0512, + len: 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 329 aa overlap). Probable hemB, + delta-aminolevulinic acid dehydratase (EC 4.2.1.24), + equivalent to 46723|HEM2_MYCLE DELTA-AMINOLEVULINIC ACID + DEHYDRATASE from Mycobacterium leprae (329 aa). Also + highly similar to many e.g. P54919|HEM2_STRCO from + Streptomyces coelicolor (330 aa); HEM2_ECOLI|P15002 from + Escherichia coli (323 aa), FASTA scores: opt: 942, E(): 0, + (47.6% identity in 317 aa overlap); etc. Contains PS00169 + Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. BELONGS + TO THE ALADH FAMILY. COFACTOR: ZINC. Protein product from + Mb0525 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0525 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE + HEMB (PORPHOBILINOGEN SYNTHASE) (ALAD) (ALADH)" + /protein_id="CAB5248232.1" + /translation="MSMSSYPRQRPRRLRSTVAMRRLVAQTSLEPRHLVLPMFVADGI + DEPRPITSMPGVVQHTRDSLRRAAAAAVAAGVGGLMLFGVPRDQDKDGVGSAGIDPDG + ILNVALRDLAKDLGEATVLMADTCLDEFTDHGHCGVLDDRGRVDNDATVARYVELAVA + QAESGAHVVGPSGMMDGQVAAIRDGLDAAGYIDVVILAYAAKFASAFYGPFREAVSSS + LSGDRRTYQQEPGNAAEALREIELDLDGGADIVMVKPAMGYLDVVAAAADVSPVPVAA + YQVSGEYAMIRAAAANNWIDERAAVLESLTGIRRAGADIVLTYWAVDAAGWLT" + gene 606755..607303 + /locus_tag="BQ2027_MB0526" + CDS 606755..607303 + /locus_tag="BQ2027_MB0526" + /note="Mb0526, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv0513, len: + 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, with its N-terminus highly similar + to S72925|B2168_C1_182 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (103 aa), FASTA scores: opt: 217, + E(): 8.2e-14, (45.3 % identity in 106 aa overlap). Protein + product from Mb0526 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0526 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248233.1" + /translation="MTPTGDTKPKLLFYEPGASWYWVLTGPLAAVSVLLLEISSGAGV + GLITPAIFLVMVSAFVALQVKAARIHTSVELTHDALRQGTETIRLAEIVKIYPEADGR + ETSGEEPAKWQSARTLGELVGVPRGRVGIGLKLTGGRTAQAWARRHQQLRAALTPLVQ + ERLGPVDSDVADVNGDDAGPAR" + gene 607300..607599 + /locus_tag="BQ2027_MB0527" + CDS 607300..607599 + /locus_tag="BQ2027_MB0527" + /note="Mb0527, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv0514, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Possible transmembrane + protein. Mb0527 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248234.1" + /translation="MIARYRAGAELFLACAALAGSAASWSRTRSTVAVAPVIDGQPVT + LSVVYHPQPLVLTLLLATIAGVLSVVGTARLRRARAGLNAHPDGLNQRPPGGWCH" + gene 607702..609213 + /locus_tag="BQ2027_MB0528" + CDS 607702..609213 + /locus_tag="BQ2027_MB0528" + /note="Mb0528, -, len: 503 aa. Equivalent to Rv0515, len: + 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 503 aa overlap). Part of M. + tuberculosis 13E12 repeat family. Almost identical to + Rv0336 (99.8% identity in 503 aa overlap), possibly due to + a recent gene duplication. Also similar to other M. + tuberculosis hypothetical 13E12 repeat proteins e.g. + Rv1148c, Rv1945, etc. Mb0528 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="CAB5248235.1" + /translation="MPSPEAIAHFDERFECHAPRTTRVSAAFIDRICSATRAENRAAA + AQLVALGELFAYRWSRCGGREEWVMDTMAAVAAEVAAALRISQGLAASRLRYARAMRE + RLPKTAEVFSAGDIGYLMFATIVYRTDLIVDPDVLAAVDAQLAANVARWPSMTKARLA + GQVDKIVARADADAVRRRKEYQAQRQFWVGESQDGVCQIGGSLLAVDAHALDARLSAL + AGTVCEHDPRSREQRRADALGALAGGADRLGCGCGRADCAAGKRPAAPPVVIHLIAEA + ATINGTGSAPASQMNADGLITAELVAELAKTATLVPLVHPGDAPPEPGYAPSKALADF + VRCRDLTCRWPGCDEPATNCDLDHTIPYAAGGPTHASNLKCYCRTHHLVKTFWGWRDQ + QLPDGTLILTSPSGHTYVSTPGSALLFPSLCHFSGGIPAPEADPPYDHCDQRTAMMPK + RRRTRAQDRAYRIATERRQNHAARQRAQVLTQTAAATDTHGPPPDHNDDPPPF" + gene complement(609210..609686) + /locus_tag="BQ2027_MB0529C" + CDS complement(609210..609686) + /locus_tag="BQ2027_MB0529C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0529c, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv0516c, + len: 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + Rv1365c|MTCY02B10_29 from Mycobacterium tuberculosis (128 + aa), FASTA scores: E(): 0.0012, (27.4% identity in 124 aa + overlap). Protein product from Mb0529c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0529c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible anti-anti-sigma factor" + /protein_id="CAB5248236.1" + /translation="MTTTIPTSKSACSVTTRPGNAAVDYGGAQIRAYLHHLATVVTIR + GEIDAANVEQISEHVRRFSLGTNPMVLDLSELSHFSGAGISLLCILDEDCRAAGVQWA + LVASPAVVEQLGGRCDQGEHESMFPMARSVHKALHDLADAIDRRRQLVLPLISRSA" + gene 609897..611207 + /locus_tag="BQ2027_MB0530" + CDS 609897..611207 + /locus_tag="BQ2027_MB0530" + /note="Mb0530, -, len: 436 aa. Equivalent to Rv0517, len: + 436 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 436 aa overlap). Possible + acyltransferase (EC 2.3.1.-), integral membrane protein, + equivalent (but longer 26 aa in N-terminus) to + AAK44761.1|AE006954 putative acyltransferase from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (410 aa). Also + similar to many acyltransferases e.g. MDMB_STRMY|Q00718 + from Streptomyces mycarofaciens (387 aa), FASTA scores: + opt: 200, E(): 1.1e-08, (28.2% identity in 394 aa + overlap). And similar to Rv0111, Rv0228, Rv1254, Rv1565c + from Mycobacterium tuberculosis. Mb0530 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE ACYLTRANSFERASE" + /protein_id="CAB5248237.1" + /translation="MAGGMDQPPGQPRRRTRQQSSDGKNGVRAAEITGEIRALTGLRI + VAAVWVVLFHFRPMLGDASPGFRDALAPVLDCGAQGVDLFFILSGFVLTWNYLDRMGR + SWSVRANLHFLWLRLARVWPVYLVTLHLAAVWVIFTLHVGHVPSPEAGQLTAISYVRQ + ILLVQLWFQPYFDGSSWDGPAWSISAEWLAYLLFGLLILVIFRMKHATRARGLMWLAF + AASLPPVVLLLASGQFYTPWSWLPRIVTQFAAGALACAAVRRLRPTDRARRIAGYLSV + LVGVAIVGILYLLHAHPLAGVEDSGGVVDVLFVPLVISLAIGVGSLPALLSTRLMVFG + GQISFCLYMVHELVHTAWGWAVQQYELALQDQPWKWNVVGLLAIALGAAILLYHFVEE + PDRRWMRRMVDVKAASARSEPGEPVGSTRYQIDDALEGVSARAV" + gene 611339..612034 + /locus_tag="BQ2027_MB0531" + CDS 611339..612034 + /locus_tag="BQ2027_MB0531" + /note="Mb0531, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv0518, len: + 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Possible exported + protein; has hydrophobic N-terminus. Mb0531 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248238.1" + /translation="MSRPGTYVIGLTLLVGLVVGNPGCPRSYRPLTLDYRLNPVAVIG + DSYTTGTDEGGLGSKSWTARTWQMLAARGVRIAADVAAEGRAGYGVPGDHGNVFEDLT + ARAVQPDDALVVFFGSRNDQGMDPEDPEMLAEKVRDTFDLARHRAPSASLLVIAPPWP + TADVPGPMLRIRDVLGAQARAAGAVFVDPIADHWFVDRPELIGADGVHPNDAGHEYLA + DKIAPLISMELVG" + gene complement(612322..613224) + /locus_tag="BQ2027_MB0532C" + CDS complement(612322..613224) + /locus_tag="BQ2027_MB0532C" + /note="Mb0532c, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv0519c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, with hydrophobic region near N-terminus. + Could be a lipase (EC 3.1.-.-). Similar to + Rv0774c|MTCY369.19c|A70708 from Mycobacterium tuberculosis + (312 aa), FASTA scores: opt: 1092, E(): 0, (57.9% identity + in 299 aa overlap). Contains PS00120 Lipases, serine + active site. Mb0532c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248239.1" + /translation="MLRRGCAGNTDRRGIMTPMADLTRRALLRWGAGAGAGAAGVWAF + GALVDPLEPQAAPAPFEPPTAGSSLPTRISGSFISAARGGIKTNWVISMPPGQSGQLR + PVIALHGKDGNAGMMLDLGVEQGLARLVKEGKPAFAVVGVDGGNTYWHRRSSGGDSGA + MVLDELLPMLTSMGMDTSRVGFLGWSMGGYGALLLGARLGPARTAGICAISPALFTSF + TGSTPGAFDSYDDYVQHSVLGLPALNSIPLRVDCGTSDRFYFATRQFVNQLHQPPAGS + FSPGGHDASYWREQLPGELAWMAS" + gene 613405..613755 + /locus_tag="BQ2027_MB0533" + CDS 613405..613755 + /locus_tag="BQ2027_MB0533" + /note="Mb0533, -, len: 116 aa. Equivalent to Rv0520, len: + 116 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 116 aa overlap). Possible fragment of + methyltransferase (possibly first part) (EC 2.1.1.-), + highly similar to part of several methyltransferases e.g. + Q43445|U43683 + S-ADENOSYL-L-METHIONINE:DELTA24-STEROL-C-METHYLTRANSFERASE + from Glycine max (Soybean)(367 aa), FASTA scores: opt: + 190, E(): 2.3e-12, (39.2% identity in 74 aa overlap). Also + some similarity to MTCY19G5_5 from Mycobacterium + tuberculosis. Possibly continues as Rv0521 but we can find + no frameshift to account for this. Mb0533 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE/METHYLASE (FRAGMENT)" + /protein_id="CAB5248240.1" + /translation="MGGCSITCLNISEVPNETNRKKNRQAGLDRSIRVIHGSFDDIPE + PDSGYDVVWSQDAILHAPDRRKVLEEAFRVLRPGGELIFTDPMQADDVPDGVLQPVYD + RLNLRDLGSMRFYA" + gene 613748..614053 + /locus_tag="BQ2027_MB0534" + CDS 613748..614053 + /locus_tag="BQ2027_MB0534" + /note="Mb0534, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv0521, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Possible fragment of + methyltransferase (possibly second part) (EC 2.1.1.-), + highly similar to C-terminus of several methyltransferases + e.g. AAF87203.1|AF216282 sarcosine-dimethylglycine + methyltransferase from Halorhodospira halochloris (279 + aa). Possibly continuation of Rv0520 but we can find no + frameshift to account for this." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE/METHYLASE (FRAGMENT)" + /protein_id="CAB5248241.1" + /translation="MREAAQALGFEVLDQRDLVRNLRTHYSRVFEELEARRLELEGKS + SQEYLDKMRVGLKNWVEAADNGHSRVGHPTFPRTRLTPICQLPTAAIDSTAGRRRYR" + gene 614188..615492 + /gene="gabP" + /locus_tag="BQ2027_MB0535" + CDS 614188..615492 + /gene="gabP" + /locus_tag="BQ2027_MB0535" + /note="Mb0535, gabP, len: 434 aa. Equivalent to Rv0522, + len: 434 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 434 aa overlap). Probable gabP, GABA + permease (gamma-aminobutyrate permease), integral membrane + protein, highly similar to others e.g. GABP_ECOLI|P25527 + gaba permease from Escherichia coli (466 aa), FASTA + scores: opt: 1218, E(): 0, (44.3% identity in 424 aa + overlap); etc. Also similar to other Mycobacterium + tuberculosis permeases e.g. MTCY13E10.06c FASTA score: + (34.4% identity in 407 aa overlap). Contains PS00218 Amino + acid permeases signature. Overlaps and extends + Rv0523c|MTCY25D10.01 from overlapping cosmid. BELONGS TO + THE AMINO ACID PERMEASE FAMILY (APC FAMILY). Mb0535 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GABA PERMEASE GABP (4-AMINO BUTYRATE + TRANSPORT CARRIER) (GAMA-AMINOBUTYRATE PERMEASE)" + /protein_id="CAB5248242.1" + /translation="MIAIGGVIGAGLFVGSGVVIRATGPAAFLTYALCGALIVLVMRM + LGEMAAANPSTGAFADYAAKALGGWAGFSVGWLYWYFWVIVVGFEAVAGGKVLTYWID + APLWLASLCLMMMMTATNLVSVSSFGEFEFWFAGVKVATIVGFLVLGTAFAFGLLPGH + GMDFSNLSAHGGFFPDGVGAVFAAIVVAIFSMTGTEVVTIAAAEAPDPQRAVQRAMST + VVARIVIFFVGSVFLLTVILPWNSLELGASPYVAALRHMGIGGADQIMNAVVLTAVLS + CLNSGLYTASRMLFVLAARQEAPAQLVKVNRRGVPTFAIMGSSVVGFLCVIMAWVSPA + TVFVFLLNSSGAVILFVYLLIALSQIVLRRQTSGQNLGVRMWLFPGLSIVTVTGIVAV + LARMAFDYAARSQLWLSLLSWAVVVGCYLVTTLVRRPLNRPW" + gene complement(615476..615871) + /locus_tag="BQ2027_MB0536C" + CDS complement(615476..615871) + /locus_tag="BQ2027_MB0536C" + /note="Mb0536c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv0523c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to M. + tuberculosis proteins Rv1598c|MTCY336.06; and + Rv1871c|MTCY336_06|O06592 (136 aa), FASTA scores: opt: + 197, E(): 5e-08, (38.4% identity in 99 aa overlap). + Protein product from Mb0536c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0536c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248243.1" + /translation="MQLPQWLARFNRYVTNPIQRLWAGWLPAFAILEHVGRRSGKPYR + TPLNVFSADVDGRAGVAILLTYGPNRDWLKNITAAGGGRMRRYGKTFGVANPRRLTKA + EAAPYVSSRWRPVFARLPFDEAVLLTKAD" + gene 615985..617373 + /gene="hemL" + /locus_tag="BQ2027_MB0537" + CDS 615985..617373 + /gene="hemL" + /locus_tag="BQ2027_MB0537" + /note="Mb0537, hemL, len: 462 aa. Equivalent to Rv0524, + len: 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 462 aa overlap). Probable hemL, + glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase (EC 5.4.3.8), + equivalent to P46716|GSA_MYCLE GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE + 2,1-AMINOMUTASE from Mycobacterium leprae (446 aa), FASTA + scores: opt: 1532, E(): 0, (82.6% identity in 460 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9F2S0|GSA_STRCO from Streptomyces coelicolor (438 aa); + Q06774|GSA_PROFR from Propionibacterium freudenreichii + (441 aa); etc. Contains PS00600 Aminotransferases + class-III pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO + CLASS-III OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein + product from Mb0537 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0537 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE + 2,1-AMINOMUTASE HEML (GSA) (GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE + AMINOTRANSFERASE) (GSA-AT)" + /protein_id="CAB5248244.1" + /translation="MGSTEQATSRVRGAARTSAQLFEAACSVIPGGVNSPVRAFTAVG + GTPRFITEAHGCWLIDADGNRYVDLVCSWGPMILGHAHPAVVEAVAKAAARGLSFGAP + TPAETQLAGEIIGRVAPVERIRLVNSGTEATMSAVRLARGFTGRAKIVKFSGCYHGHV + DALLADAGSGVATLGLCDDPQRPASPRSQSSRGLPSSPGVTGAAAADTIVLPYNDIDA + VQQTFARFGEQIAAVITEASPGNMGVVPPGPGFNAALRAITAEHGALLILDEVMTGFR + VSRSGWYGIDPVPADLFAFGKVMSGGMPAAAFGGRAEVMQRLAPLGPVYQAGTLSGNP + VAVAAGLATLRAADDAVYTALDANADRLAGLLSEALTDAVVPHQISRAGNMLSVFFGE + TPVTDFASARASQTWRYPAFFHAMLDAGVYPPCSAFEAWFVSAALDDAAFGRIANALP + AAARAAAQERPA" + gene 617373..617981 + /locus_tag="BQ2027_MB0538" + CDS 617373..617981 + /locus_tag="BQ2027_MB0538" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0538, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv0525, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49821|B2168_C3_276|S72912 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (202 aa), FASTA scores: opt: 1151, + E(): 0, (82.5% identity in 200 aa overlap). Also highly + similar to CAC08377.1|AL392176 putative phosphoglycerate + mutase from Streptomyces coelicolor (233 aa); and similar + to SLL0395|Q55734 hypothetical 23.8 kDa protein from + SYNECHOCYSTIS SP. (212 aa), FASTA scores: opt: 207, E(): + 5.1e-07, (28.2% identity in 195 aa overlap). Also some + similarity to Rv2228c|Y019_MYCTU|Q10512|cy427.09 + hypothetical 39.2 kd protein from Mycobacterium + tuberculosis (364 aa), FASTA scores: opt: 236, E(): + 1.1e-08, (34.3% identity in 198 aa overlap). Protein + product from Mb0538 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0538 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hypothetical, related to broad specificity + phosphatases COG0406" + /protein_id="CAB5248245.1" + /translation="MPEETQVHVVRHGEVHNPTGILYGRLPGFHLSATGAAQAAAVAD + ALADRDIVAVIASPLQRAQETAAPIAARHDLAVETDPDLIESANFFEGRRVGPGDGAW + RDPRVWWQLRNPFTPSWGEPYVDIAARMTTAVDKARVRGAGHEVVCVSHQLPVWTLRL + YLTGKRLWHDPRRRDCALASVTSLIYDGDRLVDVVYSQPAAL" + gene 617996..618646 + /locus_tag="BQ2027_MB0539" + CDS 617996..618646 + /locus_tag="BQ2027_MB0539" + /note="Mb0539, -, len: 216 aa. Equivalent to Rv0526, len: + 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). Possible thioredoxin + protein (thiol-disulfide interchange protein) (EC + 1.-.-.-), equivalent to Q49816|U2168C|S72901 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (216 aa), FASTA scores: + opt: 1144, E(): 0, (78.5% identity in 214 aa overlap). + C-terminus shows some similarity to C-terminus of + thioredoxins e.g. RESA_BACSU|P35160 resa protein from + Bacillus subtilis (181 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): + 7.4e-06, (24.2% identity in 132 aa overlap); etc. Also + similar to Mycobacterium tuberculosis thioredoxin-like + proteins Rv1470, Rv1471, Rv1677, etc. Contains PS00194 + Thioredoxin family active site. SEEMS TO BELONG TO THE + THIOREDOXIN FAMILY. Protein product from Mb0539 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0539 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE THIOREDOXIN PROTEIN (THIOL-DISULFIDE + INTERCHANGE PROTEIN)" + /protein_id="CAB5248246.1" + /translation="MQSRATRRSGALTMRRLVIAAAVSALLLTGCSGRDAVAQGGTFE + FVSPGGKTDIFYDPPASRGRPGPLSGPELADPARSVSLDDFPGQVVVVNVWGQWCGPC + RAEVSQLQRVYDATRGAGVSFLGIDVRDNNRQAPQDFINDRHVTYPSIYDPAMRTLIA + FGGKYPTSVIPSTLVLDRQHRVAAVFLRELLAADLQPVVERVAEEEPSGRAPVGAQ" + gene 618643..619422 + /gene="ccdA" + /locus_tag="BQ2027_MB0540" + CDS 618643..619422 + /gene="ccdA" + /locus_tag="BQ2027_MB0540" + /note="Mb0540, ccdA, len: 259 aa. Equivalent to Rv0527, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Possible ccdA, + cytochrome C-type biogenesis protein, integral membrane + protein, equivalent to Q49810|B2168_C1_192|S72890 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (262 aa), + FASTA scores: opt: 1341, E(): 0, (79.0% identity in 262 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. CAC08380.1 + (253 aa); CCDA_BACSU|P45706 cytochrome C-type biogenesis + protein from Bacillus subtilis (235 aa), FASTA scores: + opt: 307, E(): 7.4e-13, (30.4% identity in 237 aa + overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO THE DSBD SUBFAMILY. Note + that previously known as ccsA. Mb0540 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN + CCDA" + /protein_id="CAB5248247.1" + /translation="MTGFTEIAAVGPLLVAVGVCLLAGLVSFASPCVVPLVPGYLSYL + AAVVGVDEQLPAGVVKPPVAARWRVAGSAALFVAGFTTVFVLGTVAVLGMTTTLITNQ + LLLQRVGGVLIVVMGLVFVGFIGALQRQARFTPRQLTSVAGAPVLGAVFALGWTPCLG + PTLTGVITVASATEGASVARGIVLVIAYCLGLGIPFVLLAFGSAWAVAGLGWLRRHTR + AIQIFGGALLIAVGAALVTGVWNDVVSWLRDAFVSDVRLPI" + gene 619455..621044 + /locus_tag="BQ2027_MB0541" + CDS 619455..621044 + /locus_tag="BQ2027_MB0541" + /note="Mb0541, -, len: 529 aa. Equivalent to Rv0528, len: + 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 529 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent (shorter 14 aa in + N-terminus) to CAC31926.1|AL583925 conserved membrane + protein from Mycobacterium leprae (542 aa). Also highly + similar to Q49817|B2168_C2_237|S72902 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (364 aa), FASTA scores: opt: + 1846, E(): 0, (81.1% identity in 338 aa overlap); and + Q49811|B2168_C1_194|S72891 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (106 aa), FASTA scores: opt: 506, + E(): 3.8e-26, (73.6% identity in 106 aa overlap). Also + highly similar to CAC08381.1|AL392176 putative integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (574 aa). + Protein product from Mb0541 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0541 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248248.1" + /translation="MWRSLTSMGTALVLLFLLALAAIPGALLPQRGLNAAKVDDYLAA + HPLIGPWLDELQAFDVFSSFWFTAIYVLLFVSLVGCLAPRTIEHARSLRATPVAAPRN + LARLPKHAHARLAGEPAALAATITGRLRGWRSITRQQGDSVEVSAEKGYLREFGNLVF + HFALLGLLVAVAVGKLFGYEGNVIVIADGGPGFCSASPAAFDSFRAGNTVDGTSLHPI + CVRVNNFQAHYLPSGQATSFAADIDYQADPATADLIANSWRPYRLQVNHPLRVGGDRV + YLQGHGYAPTFTVTFPDGQTRTSTVQWRPDNPQTLLSAGVVRIDPPAGSYPNPDERRK + HQIAIQGLLAPTEQLDGTLLSSRFPALNAPAVAIDIYRGDTGLDSGRPQSLFTLDHRL + IEQGRLVKEKRVNLRAGQQVRIDQGPAAGTVVRFDGAVPFVNLQVSHDPGQSWVLVFA + ITMMAGLLVSLLVRRRRVWARITPTTAGTVNVELGGLTRTDNSGWGAEFERLTGRLLA + GFEARSPDMAEAAAGTGRDVD" + gene 621041..622015 + /gene="ccsA" + /locus_tag="BQ2027_MB0542" + CDS 621041..622015 + /gene="ccsA" + /locus_tag="BQ2027_MB0542" + /note="Mb0542, ccsA, len: 324 aa. Equivalent to Rv0529, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 324 aa overlap). Possible ccsA, + cytochrome C-type biogenesis protein, integral membrane + protein, equivalent to NP_302558.1|NC_002677|B2168_C3_281 + possible cytochrome C biogenesis protein from + Mycobacterium leprae (327 aa), FASTA scores: opt: 1779, + E(): 0, (82.9% identity in 327 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. CAC08382.1|AL392176 putative + cytochrome biogenesis related protein from Streptomyces + coelicolor (380 aa); CCSA_CHLRE|P48269 probable cytochrome + c biogenesis protein from Chlamydomonas reinhardtii (353 + aa), FASTA scores: opt: 449, E(): 1.3e-23, (34.4% identity + in 247 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + CCMF/CYCK/CCL1/NRFE/CCSA FAMILY. Note that previously + known as ccsB. Protein product from Mb0542 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0542 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN + CCSA" + /protein_id="CAB5248249.1" + /translation="MNTLHVNVGLARYSDWAFTSAVVALVVALLLLAFEFAQVRGRGL + APLAVPAGSVATDSATPGIVADQRHRPFDERVGRGGLAVAYLGIGLLLACVVLRGLAT + QRVPWGNMYEFINLTCLSGLIAGAVVLRRARYRPLWVFLLVPVLILLTVSGRWLYANA + APVMPALQSYWLPIHVSVVSLGSGVFLVAGVASILFLVRTSRLGEPTGEGALAGMVRR + LPDAQTLDGIAYRTTIFAFPVFGFGVIFGAIWAEEAWGRYWGWDPKETVSFVAWVVYA + AYLHARSTAGWRDRKAAWINVAGFVAMVFNLFFVNLVTVGLHSYAGVG" + gene 622057..623274 + /locus_tag="BQ2027_MB0543" + CDS 622057..623274 + /locus_tag="BQ2027_MB0543" + /note="Mb0543, -, len: 405 aa. Equivalent to Rv0530, len: + 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 405 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to other + hypothetical proteins e.g. AL031231|SC3C3_3|CAA20252.1 + from Streptomyces coelicolor (1083 aa), FASTA scores: opt: + 870, E(): 0, (39.5% identity in 443 aa overlap); etc. Also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Rv3868, Rv0282, Rv1798, etc. Protein product from Mb0543 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0543 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATPases involved in chromosome partitioning" + /protein_id="CAB5248250.1" + /translation="MLVTEHPRTGVGAPDSGNGGTDHPTVQLPPVPSVGAPPAAAGGE + TPTRSVAGFRTQRLDPTAYGAYYSGPDEGPASPAERPPYRLEPVPHTPYPELATTTLL + RPVKPPPSEGWRRLLYLLSGRLINAGEGPRAAHLNDLVAQVNRPLRGCYRIAVLSLKG + GVGKTTITATLGATFADLRGDRVVAVDANPDRGTLSQKVPLETPATVRHLLRDADGIE + RYSDVRGYTSKGPSGLEVLASDSDPASSDAFSADDYTRTLDILERFYGLVLTDCGTGL + LHSAMSAVLPRSDVLVVVSSGSIDGARSAAATLDWLQAHGHDDQVRNSIAVVNAVRPR + AGKVDVGKVVEHFSRRCRAVRVVPFDPHLEEGAEIALDRLRRETREALTELAAVVAAG + FPGDPRRCKPSFT" + gene complement(623271..623432) + /locus_tag="BQ2027_MB0543A" + CDS complement(623271..623432) + /locus_tag="BQ2027_MB0543A" + /note="Mb0543A, len: 53 aa. Equivalent to Rv0530A len: 53 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 53 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Mb0543A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="CAB5248251.1" + /translation="MLYLLLVLILATLIYLGWRAARAQMNRPKTRVIGPDDDPEFLRR + LGHGDNNRS" + gene 623479..623796 + /locus_tag="BQ2027_MB0544" + CDS 623479..623796 + /locus_tag="BQ2027_MB0544" + /note="Mb0544, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv0531, len: + 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, highly similar to + Y13803|MLB1306_1|CAA74131.1 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (86 aa), FASTA scores: E(): 2.1e-24, + (74.4% identity in 86 aa overlap); and + NP_302557.1|NC_002677 putative membrane protein from + Mycobacterium leprae (111 aa). Protein product from Mb0544 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0544 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248252.1" + /translation="MSEAPNDKTTRGVVDILVYATARLLLVVAVSAAIFGVARLIGLT + EFPVVVATLFGLIIAMPLGIWVFSPLRRRATAALAVAGERRRAERERLRARLRGESLP + EEQ" + gene 623943..625688 + /gene="PE_PGRS6a" + /locus_tag="BQ2027_MB0545" + CDS 623943..625688 + /gene="PE_PGRS6a" + /locus_tag="BQ2027_MB0545" + /note="Mb0545, PE_PGRS6a, len: 581 aa. Equivalent to 5' + end of Rv0532, len: 594 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (92.7% identity in 564 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, similar to + others e.g. Y0DP_MYCTU|Q50615 from Mycobacterium + tuberculosis (498 aa), FASTA scores: opt: 1703, E(): 0, + (58.2% identity in 536 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS6 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base insertion (*-t) splits PE_PGRS6 into 2 parts, + PE_PGRS6a and PE_PGRS6b, resulting in PE_PGRS6a having a + different COOH part. There is also a 84 bp and a 9 bp + (*-cggggccgg) insertion in PE_PGRS6a." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5248253.1" + /translation="MSNLLVTPELVAAAAADLAGIGSAIGAANAAAGAPTMALLAAGA + DEVSAAVAAVFSSYAQQYQALSAAAAAFHDQFVRALAAGAGAYAGAEAANVEQQLLNA + INAPTLALLGRPLIGNGADGAAGTGQAGGAGGLLYGNGGNGGSGAAGQAGGAGGAAGL + IGHGGTGGVGGTGAAGGAGGTGGWLFGNGGAGGTGGAVTGVSTTGGPGGHGGDAGLYG + FGGAGGAGGFGQSGAAGGAGGAGGAGGWLYGDGGDGGAGGNGGNESGTGVSGVGGVGG + AGGAGGLLFGNGGDGGVGGDGGDGSSTQDSGGDGGAGGAGGAGGWLLGNGGAGGAGGA + ASIKVATGGLGGDGGDAGLFGFGGDGGWGGRGVDARFGAAGGAAGAGGAGGWLYGDGG + AGGVGGVGGAVFSLSSGDGGAGGAGGGGGWLFGNGGDGGAGGGGGGRFGSGSGAGGDG + AVGGAGGAGAWFGNGGAGGVGGGGGRGTTAIGGDGGAGGAGGAGGWLYGDGGAGGAGG + GGGRGGTGNDGGDGGDGGRGGDAQLLGNGGDGGAGGAGGPAGFGASPGAGAAGGGGGA + GGSLFGSPGTTGPHG" + gene 625594..625821 + /gene="PE_PGRS6b" + /locus_tag="BQ2027_MB0546" + CDS 625594..625821 + /gene="PE_PGRS6b" + /locus_tag="BQ2027_MB0546" + /note="Mb0546, PE_PGRS6b, len: 75 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0532, len: 594 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 75 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to others e.g. + Y0DP_MYCTU|Q50615 from Mycobacterium tuberculosis (498 + aa), FASTA scores: opt: 1703, E(): 0, (58.2% identity in + 536 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS6 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a single base insertion (*-t) splits PE_PGRS6 into 2 + parts, PE_PGRS6a and PE_PGRS6b." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="CAB5248254.1" + /translation="MALPPGPARPAGAAVPAVRCSAAPARPARTADPWLAPIFARSTL + RHSHHLGGIAQTGAVADQQGQIAGLGRAGRQ" + gene complement(625717..626724) + /gene="fabH" + /locus_tag="BQ2027_MB0547C" + CDS complement(625717..626724) + /gene="fabH" + /locus_tag="BQ2027_MB0547C" + /standard_name="mtFabH" + /note="Mb0547c, fabH, len: 335 aa. Equivalent to Rv0533c, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 335 aa overlap). fabH (alternate gene + name: mtFabH), 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase + III (EC 2.3.1.41) (see citations below), highly similar to + others e.g. Q54206|FABH from STREPTOMYCES GLAUCESCENS (333 + aa), FASTA scores: opt: 1109, E(): 0, (51.4% identity in + 333 aa overlap); FABH_ECOLI|P24249 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III (317 aa), + FASTA scores: opt: 666, E(): 0, (37.1% identity in 318 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE FABH FAMILY. Note that + previously known as fabH. Protein product from Mb0547c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0547c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III + FABH (BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III) (KAS III)" + /protein_id="CAB5248255.1" + /translation="MTEIATTSGARSVGLLSVGAYRPERVVTNDEICQHIDSSDEWIY + TRTGIKTRRFAADDESAASMATEACRRALSNAGLSAADIDGVIVTTNTHFLQTPPAAP + MVAASLGAKGILGFDLSAGCAGFGYALGAAADMIRGGGAATMLVVGTEKLSPTIDMYD + RGNCFIFADGAAAVVVGETPFQGIGPTVAGSDGEQADAIRQDIDWITFAQNPSGPRPF + VRLEGPAVFRWAAFKMGDVGRRAMDAAGVRPDQIDVFVPHQANSRINELLVKNLQLRP + DAVVANDIEHTGNTSAASIPLAMAELLTTGAAKPGDLALLIGYGAGLSYAAQVVRMPK + G" + gene complement(626806..627684) + /gene="menA" + /locus_tag="BQ2027_MB0548C" + CDS complement(626806..627684) + /gene="menA" + /locus_tag="BQ2027_MB0548C" + /note="Mb0548c, menA, len: 292 aa. Equivalent to Rv0534c, + len: 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 292 aa overlap). Probable menA, + 1,4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase (EC + 2.5.1.-), integral membrane protein, equivalent to + Y13803|MLB1306_2|NP_302556.1 probable + 4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase from + Mycobacterium leprae (294 aa), FASTA scores: opt: 1509, + E(): 0, (80.2% identity in 288 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. MENA_ECOLI|P32166|B3930 from + Escherichia coli (308 aa), FASTA scores: opt: 495, E(): + 2.9e-25, (36.3 identity in 289 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE MENA FAMILY. Mb0548c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="1,4-DIHYDROXY-2-NAPHTHOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE + MENA (DHNA-OCTAPRENYLTRANSFERASE)" + /protein_id="CAB5248256.1" + /translation="MASFAQWVSGARPRTLPNAIAPVVAGTGAAAWLHAAVWWKALLA + LAVAVALVIGVNYANDYSDGIRGTDDDRVGPVRLVGSRLATPRSVLTAAMTSLALGAL + AGLVLALLSAPWLIAVGAICIAGAWLYTGGSKPYGYAGFGELAVFVFFGPVAVLGTQY + TQALRVDWVGLAQAVATGALSCSVLVANNLRDIPTDARADKITLAVRLGDARTRMLYQ + GLLAVAGVLTFVLMLATPWCVVGLVAAPLALRAAGPVRSGRGGRELIPVLRDTGLAML + VWALAVAGALAFGQLS" + gene 627701..628495 + /gene="pnp" + /locus_tag="BQ2027_MB0549" + CDS 627701..628495 + /gene="pnp" + /locus_tag="BQ2027_MB0549" + /note="Mb0549, pnp, len: 264 aa. Equivalent to Rv0535, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37R, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Probable pnp, + 5'-methylthioadenosine phosphorylase (EC 2.4.2.28), highly + similar to others e.g. CAB90972.1|AL355832 putative + methylthioadenosine phosphorylase from Streptomyces + coelicolor (280 aa); etc. Also similar to Rv3307|deoD + PROBABLE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE (EC 2.4.2.1) from + Mycobacterium tuberculosis (268 aa). BELONGS TO THE + PNP/MTAP FAMILY 2 OF PHOSPHORYLASES. Gene name could be + inappropriate. Protein product from Mb0549 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0549 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE + PNP (MTA PHOSPHORYLASE)" + /protein_id="CAB5248257.1" + /translation="MHNNGRMLGVIGGSGFYTFFGSDTRTVNSDTPYGQPSAPITIGT + IGVHDVAFLPRHGAHHQYSAHAVPYRANMWALRALGVRRVFGPCAVGSLDPELEPGAV + VVPDQLVDRTSGRADTYFDFGGVHAAFADPYCPTLRAAVTGLPGVVDGGTMVVIQGPR + FSTRAESQWFAAAGCNLVNMTGYPEAVLARELELCYAAIALVTDVDAGVAAGDGVKAA + DVFAAFGENIELLKRLVRAAIDRVADERTCTHCQHHAGVPLPFELP" + gene 628492..629532 + /gene="galE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0550" + CDS 628492..629532 + /gene="galE3" + /locus_tag="BQ2027_MB0550" + /note="Mb0550, galE3, len: 346 aa. Equivalent to Rv0536, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Possible galE3, + UDP-glucose 4-epimerase (EC 5.1.3.2), highly similar to + CAB76986.1|AL159178 putative epimerase from Streptomyces + coelicolor (334 aa); and similar to other epimerases e.g. + NP_436775.1|NC_003078 putative NDP-glucose + dehydrataseepimerase protein from Sinorhizobium meliloti + (368 aa); AF143772|AF143772_7 GepiA from Mycobacterium + avium strain 2151 (353 aa), FASTA scores: opt: 577, E(): + 3.9e-29, (36.6% identity in 352 aa overlap); + GALE_METJA|Q57664 putative UDP-glucose 4-epimerase (305 + aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 1.6e-12, (30.9% identity + in 343 aa overlap); etc. Also similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. Rv3634c, Rv3784, etc. SEEMS TO + BELONG TO THE SUGAR EPIMERASE FAMILY. Note that previously + known as galE2. Protein product from Mb0550 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0550 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE GALE3 + (GALACTOWALDENASE) (UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHATE GALACTOSE 4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHO-GALACTOSE 4-EPIMERASE)" + /protein_id="CAB5248258.1" + /translation="MRVLLTGAAGFIGSRVDAALRAAGHDVVGVDALLPAAHGPNPVL + PPGCQRVDVRDASALAPLLAGVDLVCHQAAMVGAGVNAADAPAYGGHNDFATTVLLAQ + MFAAGVRRLVLASSMVVYGQGRYDCPQHGPVDPLPRRRADLDNGVFEHRCPGCGEPVI + WQLVDEDAPLRPRSLYAASKTAQEHYALAWSEASGGSVVALRYHNVYGPGMPRDTPYS + GVAAIFRSAVEKGKPPKVFEDGGQMRDFVHVDDVAAANLAAVHLGEADRDGFTAVNVC + SGRPISILQVATAICDARGGSMSPAITGHYRSGDVRHIVADPARAARVLGFRAAVDPG + EGLREFAFAPLR" + gene complement(629542..630975) + /locus_tag="BQ2027_MB0551C" + CDS complement(629542..630975) + /locus_tag="BQ2027_MB0551C" + /note="Mb0551c, -, len: 477 aa. Equivalent to Rv0537c, + len: 477 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 477 aa overlap). Probable integral + membrane protein, showing weak similarity to + YDNK_STRCO|P40180 hypothetical 41.2 kd protein from + Streptomyces coelicolor (411 aa), FASTA scores: opt: 122, + E(): 0.85, (28.2% identity in 373 aa overlap). Protein + product from Mb0551c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0551c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248259.1" + /translation="MGLSSDDTRRREVVRDLAAGALLIGALFFPWNLYFGFRIPDSSK + TVFGLLLAVTSLSLASLAVTFAGRRSQLRLGLNVPYLLLVLAFVVFDAIQTIRLGGTV + HVPGGVGPGGWLGITGALLSAQPALTGATTDEGSHSRWLRATQFLGYASMLGAALSTG + FNLSWRVRYALEPAAGASGFGKQNLAVIDTAVVYGVVALAAVLVASRWLLRPTAAEAL + STVALGGSTLIAGSIVWSLPIGREIDAFHGIAQNTSTAGVGYEGYLVWAAAAAMCAPL + TLFRSPNAPPIDKTVWRAASRNGLLLIAVWCLGSVAMRLTDLVVAVLLNYPFSRYDSM + ALAAFDLATAVLAIWLRFNMATEALPARLISSLCGLLCTFTVSRVIVGVVLAPRFQAS + SGGSAHPVYGNDLAQQITSTFDVVLCGLALSILAAAIVIGRLRQLPQPPHTPALSRPA + GSPRIFRSAGSTHPVRPKIYRPPDHSS" + gene 631284..632930 + /locus_tag="BQ2027_MB0552" + CDS 631284..632930 + /locus_tag="BQ2027_MB0552" + /note="Mb0552, -, len: 548 aa. Equivalent to Rv0538, len: + 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 548 aa overlap). Possible conserved + membrane protein. Middle region highly similar to + AAB63811.1|AF009829|MBE4863a|O32850 unknown protein from + Mycobacterium bovis (295 aa) possible transmembrane + protein with a repetitive proline, threonine-rich region + at C-terminus. Protein product from Mb0552 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0552 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248260.1" + /translation="MDVALGVAVTDRVARLALVDSAAPGTVIDQFVLDVAEHPVEVLT + ETVVGTDRSLAGENHRLVATRLCWPDQAKADELQHALQDSGVHDVAVISEAQAATALV + GAAHAGSAVLLVGDETATLSVVGDPDAPPTMVAVAPVAGADATSTVDTLMARLGDQAL + APGDVFLVGRSAEHTTVLADQLRAASTMRVQTPDDPTFALARGAAMAAGAATMAHPAL + VADATTSLPPAEAGQSGSEGEQLAYSQASDYELLPVDEYEEHDEYGAAADRSAPLSRR + SLLIGNAVVAFAVIGFASLAVAVAVTIRPTAASKPVEGHQNAQPGKFMPLLPTQQQAP + VPPPPPDDPTAGFQGGTIPAVQNVVPRPGTSPGVGGTPASPAPEAPAVPGVVPAPVPI + PVPIIIPPFPGWQPGMPTIPTAPPTTPVTTSATTPPTTPPTTPVTTPPTTPPTTPVTT + PPTTPPTTPVTTPPTTVAPTTVAPTTVAPTTVAPTTVAPATATPTTVAPQPTQQPTQQ + PTQQMPTQQQTVAPQTVAPAPQPPSGGRNGSGGGDLFGGF" + gene 632987..633619 + /locus_tag="BQ2027_MB0553" + CDS 632987..633619 + /locus_tag="BQ2027_MB0553" + /note="Mb0553, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv0539, len: + 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 210 aa overlap). Probable + dolichol-P-sugar synthase (EC 2.4.1.-), highly similar to + CAB76989.1|AL159178 putative glycosyltransferase from + Streptomyces coelicolor (242 aa), and similar to various + dolichol-P-sugar synthetases and sugar transferases e.g. + NP_126257.1|NC_000868 DOLICHYL-PHOSPHATE MANNOSE SYNTHASE + RELATED PROTEIN from Pyrococcus abyssi (211 aa); + N-terminus of NP_127133.1|NC_000868 DOLICHOL-P-GLUCOSE + SYNTHETASE from Pyrococcus abyssi (378 aa); N-terminus of + NP_068880.1|NC_000917 putative dolichol-P-glucose + synthetase from Archaeoglobus fulgidus (369 aa), FASTA + scores: E(): 2.4e-13, (32. 1% identity in 193 aa overlap); + Q26732 DOLICHYL-PHOSPHATE-MANNOSE SYNTHASE PRECURSOR from + TRYPANOSOMA BRUCEI (267 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): + 0.0011, (30.7% identity in 205 aa overlap); etc. Also + similar to Rv2051c|MTY25D10_18 from Mycobacterium + tuberculosis. Contains S00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). Protein product from Mb0553 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0553 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DOLICHYL-PHOSPHATE SUGAR SYNTHASE + (DOLICHOL-PHOSPHATE SUGAR SYNTHETASE) (DOLICHOL-PHOSPHATE + SUGAR TRANSFERASE) (SUGAR PHOSPHORYLDOLICHOL SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248261.1" + /translation="MLPCLNEEESLPAVLAAIPAGYRALVVDNNSTDDTATVAARHGA + QVVVEPRPGYGSAVHAGVLAATTPIVAVIDADGSMDAGDLPKLVAELDKGADLVTGRR + RPVAGLHWPWVARVGTVVMSWRLRTRHRLPVHDIAPMRVARREALLDLGVVDRRSGYP + LELLVRAAAAGWRVVELDVSYGPRTGGKSKVSGSLRGSIIAILDFWKVIS" + gene 633616..634278 + /locus_tag="BQ2027_MB0554" + CDS 633616..634278 + /locus_tag="BQ2027_MB0554" + /note="Mb0554, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv0540, len: + 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from Streptomyces coelicolor: CAB76990.1|AL159178 (213 + aa); N-terminus of BAA84086.1|AB032065 (446 aa); and + CAB61872.1|AL133252|SCE46_21 (210 aa), FASTA scores: opt: + 267, E(): 5.3e-10, (32.7% identity in 202 aa overlap). + Also some similarity with D90913_63|PCC6803 from Synecho + cystis sp (211 aa), FASTA scores: opt: 189, E(): 4.7e-06, + (25.3 identity in 194 aa overlap). Protein product from + Mb0554 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0554 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cell wall biogenesis" + /protein_id="CAB5248262.1" + /translation="MSCLPVSVLVVAKAPEPGRVKTRLAAAIGDKVAADIAAAALLDT + LDAVAAAPVTARAVALTGDLDSAADSAEIRRRLKSFTVFRQRGDAFADRLANAHVDAA + DGYPVLQIGMDTPQVTAELLADCARLLLQIPAVLGLAFDGGWWVLGIRTPTAAECLRA + VPMSQPDTGELTLKALRDNGIDVTLVQRLGDFDIVDDIALVRDCCAPGSRFAQATRAA + GL" + gene complement(634299..635648) + /locus_tag="BQ2027_MB0555C" + CDS complement(634299..635648) + /locus_tag="BQ2027_MB0555C" + /note="Mb0555c, -, len: 449 aa. Equivalent to Rv0541c, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 449 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar (except first 40 + residues) to CAB76994.1|AL159178 putative integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (456 aa). + Also some similarity to Q13724|GCS1_HUMAN + MANNOSYL-OLIGOSACCHARIDE GLUCOSIDASE (834 aa), FASTA + scores: opt: 150, E(): 0.013, (27.1% identity in 339 aa + overlap). Contains PS00041 Bacterial regulatory proteins, + araC family signature. Mb0555c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248263.1" + /translation="MRIGRREGLAVAIGFVLVGAAFVLPRLNLGIKPRSDIGLERFAT + RAGAAPIFGYWDAHVGWGTAPAVLTAVAVVAWGPVVAHRLPWRVLTLSTWATAAAWAF + SLAMIDGWQRGFAGRLTTRDEYLWQVPGIADIPATLRTFTSRILDFQPNSWVTHVSGH + PPGALLTFVWLDRIGLRGGGWAGLVCLLVGSSAAAAVLIAVRVLASEQMARRTAPFVA + VAPTAIWVAVSADGYFAGVAAWGIALLAVAVHGATRFPALVAAGAGLLLGWGVFLNYG + LVLIVLPGMAVLAAADWRPVLRALGPAVLAALVVAVSFAVAGFSWFDGYTLVQQRYWQ + GIAKDRPFGYWSWANLACVVCAIGLGSVAGLSRVFDRAAISRRSGCHLLLLAVLAAIA + LADLSMLSKAETERIWLPFTIWLTAAPALLPPRSHRLWLAVNAAGALLLNSIIFTNW" + gene complement(635660..636748) + /gene="menE" + /locus_tag="BQ2027_MB0556C" + CDS complement(635660..636748) + /gene="menE" + /locus_tag="BQ2027_MB0556C" + /note="Mb0556c, menE, len: 362 aa. Equivalent to Rv0542c, + len: 362 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 362 aa overlap). Possible menE, + O-succinylbenzoic acid-CoA ligase (EC 6.2.1.26), highly + similar to Q50170|AAA63145.1|U15187|XCLB 4-Coumarate--CoA + ligase from Mycobacterium leprae (352 aa), FASTA scores: + opt: 1815, E(): 0, (78.9% identity in 351 aa overlap). + Also similar to N-terminus of acid-CoA ligases e.g. + NP_471116.1|NC_003212 O-succinylbenzoic acid-CoA ligase + from Listeria innocua (469 aa); NP_390957.1|NC_000964 + O-succinylbenzoic acid-CoA ligase from Bacillus subtilis + (486 aa); MENE_HAEIN|P44565 O-succinylbenzoic acid-CoA + ligase from Haemophilus influenzae (452 aa), FASTA scores: + opt: 307, E(): 4.6e-12, (25.4% identity in 339 aa + overlap); etc. Also some similarity with fadD proteins + from Mycobacterium tuberculosis. Contains PS00455 Putative + AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT + AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product from Mb0556c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0556c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE O-SUCCINYLBENZOIC ACID--COA LIGASE MENE + (OSB-COA SYNTHETASE) (O-SUCCINYLBENZOATE-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248264.1" + /translation="MLGGSDPALVAVPTQHESLLGALRVGEQIDDDVALVVTTSGTTG + PPKGAMLTAAALTASASAAHDRLGGPGSWLLAVPPYHIAGLAVLVRSVIAGSVPVELN + VSAGFDVTELPNAIKRLGSGRRYTSLVAAQLAKALTDPAATAALAELDAVLIGGGPAP + RPILDAAAAAGITVVRTYGMSETSGGCVYDGVPLDGVRLRVLAGGRIAIGGATLAKGY + RNPVSPDPFAEPGWFHTDDLGALESGDSGVLTVLGRADEAISTGGFTVLPQPVEAALG + THPAVRDCAVFGLADDRLGQRVVAAIVVGDGCPPPTLEALRAHVARTLDVTAAPRELH + VVNVLPRRGIGKVDRAALVRRFAGEADQ" + gene complement(636817..637119) + /locus_tag="BQ2027_MB0557C" + CDS complement(636817..637119) + /locus_tag="BQ2027_MB0557C" + /note="Mb0557c, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv0543c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q50171|MLU15187_32|NP_302469.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (100 aa), + FASTA scores: opt: 493, E(): 6.1e-30, (73.5% identity in + 98 aa overlap). Some similarity to Rv3046c|NP_217562.1 + from Mycobacterium tuberculosis. Protein product from + Mb0557c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0557c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248265.1" + /translation="MNRFLTSIVAWLRAGYPEGIPPTDSFAVLALLCRRLSHDEVKAV + ANELMRLGDFDQIDIGVVITHFTDELPSPEDVERVRARLAAQGWPLDDVRDREEHA" + gene complement(637179..637457) + /locus_tag="BQ2027_MB0558C" + CDS complement(637179..637457) + /locus_tag="BQ2027_MB0558C" + /note="Mb0558c, -, len: 92 aa. Equivalent to Rv0544c, len: + 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 92 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to NP_302470.1|NC_002677 + possible membrane protein from Mycobacterium leprae (96 + aa); and shows some similarity to MLU15187_33|Q50172|U296V + from Mycobacterium leprae (36 aa), FASTA scores: opt: 151, + E(): 2.1e-05, (71.4% identity in 35 aa overlap). Also some + similarity with VATL_NEPNO|Q26250 vacuolar ATP synthase 16 + kd proteolipid from Nephrops norvegicus (159 aa), FASTA + scores: opt: 80, E(): 11, (26.1% identity in 88 aa + overlap). Protein product from Mb0558c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0558c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248266.1" + /translation="MSAWFNYTATLKILIFSLLAGALLPGLFAVGVRLQAAGDGADAT + ARRRPLLVAVSWAIFALVLAVVIIGVLYIARDFIAHHTGWAFLGATPK" + gene complement(637454..638707) + /gene="pitA" + /locus_tag="BQ2027_MB0559C" + CDS complement(637454..638707) + /gene="pitA" + /locus_tag="BQ2027_MB0559C" + /note="Mb0559c, pitA, len: 417 aa. Equivalent to Rv0545c, + len: 417 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 417 aa overlap). Probable pitA, + low-affinity inorganic phosphate transporter, integral + membrane protein, equivalent to Q50173|NP_302471.1 pitA + from Mycobacterium leprae (414 aa), FASTA scores: opt: + 2035, E(): 0, (76.3% identity in 418 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. CAB59461.1|AL132644 putative + low-affinity phosphate transport protein from Streptomyces + coelicolor (423 aa); PITA_ECOLI|P37308 low-affinity + inorganic phosphate transporter from Escherichia coli (499 + aa), FASTA scores: opt: 304, E(): 6.9e-10, (32.5 % + identity in 234 aa overlap); etc. BELONGS TO THE PHO-4 + FAMILY OF TRANSPORTERS, PIT SUBFAMILY. Mb0559c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LOW-AFFINITY INORGANIC PHOSPHATE + TRANSPORTER INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PITA" + /protein_id="CAB5248267.1" + /translation="MNLQLFLLLIVVVTALAFDFTNGFHDTGNAMATSIASGALAPRV + AVALSAVLNLIGAFLSTAVAATIAKGLIDANLVTLELVFAGLVGGIVWNLLTWLLGIP + SSSSHALIGGIVGATIAAVGLRGVIWSGVVSKVIVPAVVAALLATLVGAVGTWLVYRT + TRGVAEKRTERGFRRGQIGSASLVSLAHGTNDAQKTMGVIFLALMSYGAVSTTASVPP + LWVIVSCAVAMAAGTYLGGWRIIRTLGKGLVEIKPPQGMAAESSSAAVILLSAHFGYA + LSTTQVATGSVLGSGVGKPGAEVRWGVAGRMVVAWLVTLPLAGLVGAFTYGLVHFIGG + YPGAILGFALLWLTATAIWLRSRRAPIDHTNVNADWEGNLTAGLEAGAQPLADQRPPV + PAPPAPTPPPNHRAPQFGVTTRNAP" + gene complement(638827..639213) + /locus_tag="BQ2027_MB0560C" + CDS complement(638827..639213) + /locus_tag="BQ2027_MB0560C" + /note="Mb0560c, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv0546c, + len: 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + AAA63111.1|U15187|Q50174|U296X hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (144 aa), FASTA scores: opt: 748, + E(): 0, (84.2% identity in 133 aa overlap). Also highly + similar to CAB95979.1|AL360034 conserved hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (130 aa); and similar + to AE000854_8|O26852 S-D-LACTOYLGLUTATHIONE METHYLGLYOXAL + LYASE from Methanobacterium thermoautotropto (116 aa), + FASTA scores: opt: 155, E(): 0.00019, (30.6% identity in + 108 aa overlap); YAER_ECOLI hypothetical 14.7 kd protein + from Escherichia coli (129 aa), FASTA scores: opt: 104, + E(): 0.42, (28.7% identity in 115 aa overlap). Also + similar to Rv2068c from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0560c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0560c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Lactoylglutathione lyase and related lyases" + /protein_id="CAB5248268.1" + /translation="MEILASRMLLRPADYQRSLSFYRDQIGLAIAREYGAGTVFFAGQ + SLLELAGYGEPDHSRGPFPGALWLQVRDLEATQTELVSRGVSIAREPRREPWGLHEMH + VTDPDGITLIFVEVPEGHPLRTDTRA" + gene complement(639276..640160) + /locus_tag="BQ2027_MB0561C" + CDS complement(639276..640160) + /locus_tag="BQ2027_MB0561C" + /note="Mb0561c, -, len: 294 aa. Equivalent to Rv0547c, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 294 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases e.g. fatty acyl-CoA reductase from + Acinetobacter calcoaceticus (295 aa); + NP_280196.1|NC_002607 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] + reductase from Halobacterium sp. NRC-1 (255 aa); + NP_349214.1|NC_003030 Short-chain alcohol dehydrogenase + family protein from Clostridium acetobutylicum (255 aa); + etc. Also similar to several proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Y04M_MYCTU|Q10783 putative + oxidoreductase (341 aa), FASTA scores: opt: 644, E(): 0, + (46.1% identity in 258 aa overlap). Protein product from + Mb0561c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0561c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248269.1" + /translation="MSKRPLRWLTEQITLAGMRPPISPQLLINRPAMQPVDLTGKRIL + LTGASSGIGAAATKQFGLHRAVVVAVARRKDLLDAVADRITGDGGTAMSLPCDLSDME + AIDALVEDVEKRIGGIDILINNAGRSIRRPLAESLERWHDVERTMVLNYYAPLRLIRG + LAPGMLERGDGHIINVATWGVLSEASPLFSVYNASKAALSAVSRIIETEWGSQGVHST + TLYYPLVATPMIAPTKAYDGLPALTAAEAAEWMVTAARTRPVRIAPRVAVAVNALDSI + GPRWVNALMQRRNEQLNP" + gene complement(640256..641200) + /gene="menB" + /locus_tag="BQ2027_MB0562C" + CDS complement(640256..641200) + /gene="menB" + /locus_tag="BQ2027_MB0562C" + /note="Mb0562c, menB, len: 314 aa. Equivalent to Rv0548c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Probable menB, + naphthoate synthase (dihydroxynaphthonic acid synthase) + (EC 4.1.3.36), equivalent to NP_302473.1|NC_002677 + naphthoate synthase from Mycobacterium leprae (300 aa). + Also similar to others e.g. MENB_ECOLI|P27290 naphthoate + synthase from Escherichia coli (285 aa), FASTA scores: + opt: 599, E(): 9.3e-33, (48.1 identity in 285 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. + Protein product from Mb0562c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0562c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="naphthoate synthase menb (dihydroxynaphthoic + acid synthetase) (dhna synthetase)" + /protein_id="CAB5248270.1" + /translation="MVAPAGEQGRSSTALSDNPFDAKAWRLVDGFDDLTDITYHRHVD + DATVRVAFNRPEVRNAFRPHTVDELYRVLDHARMSPDVGVVLLTGNGPSPKDGGWAFC + SGGDQRIRGRSGYQYASGDTADTVDVARAGRLHILEVQRLIRFMPKVVICLVNGWAAG + GGHSLHVVCDLTLASREYARFKQTDADVGSFDGGYGSAYLARQVGQKFAREIFFLGRT + YTAEQMHQMGAVNAVAEHAELETVGLQWAAEINAKSPQAQRMLKFAFNLLDDGLVGQQ + LFAGEATRLAYMTDEAVEGRDAFLQKRPPDWSPFPRYF" + gene complement(641472..641579) + /gene="vapc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0563C" + CDS complement(641472..641579) + /gene="vapc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0563C" + /note="Mb0563c, -, len: 45 aa. Similar to 3' end of + Rv0549c, len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 45 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to Rv0960, Rv0065, + and Rv1720c from Mycobacterium tuberculosis. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0549c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base deletion (t-*), splits Rv0549c into 2 parts, Mb0563c + and Mb0564c. Protein product from Mb0563c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0563c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="CAB5248271.1" + /translation="MTDALYVELAETAGLVLLTTDERLARAWPSAHAIG" + gene complement(641576..641884) + /gene="vapc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0564C" + CDS complement(641576..641884) + /gene="vapc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0564C" + /note="Mb0564c, -, len: 102 aa. Similar to 5' end of + Rv0549c, len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 92 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to Rv0960, Rv0065, + and Rv1720c from Mycobacterium tuberculosis. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0549c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base deletion (t-*), splits Rv0549c into 2 parts, Mb0563c + and Mb0564c. Mb0564c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5248272.1" + /translation="MRASPTSPPEQVVVDASAMVDLLARTSDRCSAVRARLARTAMHA + PAHFDAEVLSALGRMQRAGALTVAYVDAALEELRQVPVTRHGLSSLLAERGRAATPSA + " + gene complement(641881..642147) + /gene="vapb3" + /locus_tag="BQ2027_MB0565C" + CDS complement(641881..642147) + /gene="vapb3" + /locus_tag="BQ2027_MB0565C" + /note="Mb0565c, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv0550c, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0565c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0565c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb3" + /protein_id="CAB5248273.1" + /translation="MLSRRTKTIVVCTLVCMARLNVYVPDELAERARARGLNVSALTQ + AAISAELENSATDAWLEGLEPRSTGARHDDVLGAIDAARDEFEA" + gene complement(642339..644054) + /gene="fadD8" + /locus_tag="BQ2027_MB0566C" + CDS complement(642339..644054) + /gene="fadD8" + /locus_tag="BQ2027_MB0566C" + /note="Mb0566c, fadD8, len: 571 aa. Equivalent to Rv0551c, + len: 571 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 571 aa overlap). Probable fadD8, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + e.g. LCFA_ECOLI|P29212 long-chain-fatty-acid--CoA ligase + (561 aa), FASTA scores: opt: 585, E(): 9.5e-30, (28.7% + identity in 536 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. Note other possible + start sites exist downstream of this start. Protein + product from Mb0566c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0566c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD8 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="CAB5248274.1" + /translation="MSTAGDDAVGVPPACGGRSDAVGVPQLARESGAMRDQDCSGELL + RSPTHNGHLLVGALKRHQNKPVLFLGDTRLTGGQLADRISQYIQAFEALGAGTGVAVG + LLSLNRPEVLMIIGAGQARGYRRTALHPLGSLADHAYVLNDAGISSLIIDPNPMFVER + ALALLEQVDSLQQILTIGPVPDALKHVAVDLSAEAAKYQPQPLVAADLPPDQVIGLTY + TGGTTGKPKGVIGTAQSIATMTSIQLAEWEWPANPRFLMCTPLSHAGAAFFTPTVIKG + GEMIVLAKFDPAEVLRIIEEQRITATMLVPSMLYALLDHPDSHTRDLSSLETVYYGAS + AINPVRLAEAIRRFGPIFAQYYGQSEAPMVITYLAKGDHDEKRLTSCGRPTLFARVAL + LDEHGKPVKQGEVGEICVSGPLLAGGYWNLPDETSRTFKDGWLHTGDLAREDSDGFYY + IVDRVKDMIVTGGFNVFPREVEDVVAEHPAVAQVCVVGAPDEKWGEAVTAVVVLRSNA + ARDEPAIEAMTAEIQAAVKQRKGSVQAPKRVVVVDSLPLTGLGKPDKKAVRARFWEGA + GRAVG" + gene 644132..645736 + /locus_tag="BQ2027_MB0567" + CDS 644132..645736 + /locus_tag="BQ2027_MB0567" + /note="Mb0567, -, len: 534 aa. Equivalent to Rv0552, len: + 534 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 534 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others from several + organisms. Also shows some similarity with regulatory + proteins e.g. AEPA_ERWCA|Q06555 exoenzymes regulatory + protein aepA [Precursor] from Erwinia carotovora (465 aa), + FASTA scores: opt: 278, E(): 7.6e-11, (23.0% identity in + 408 aa overlap). Also similar to Z99119|BSUB0016_28 from + Bacillus subtilis (529 aa), FASTA scores: opt: 436, E(): + 8.3e-20, (23.8% identity in 547 aa overlap). C-terminus is + similar to MLRRNOPR_1 HYPOTHETICAL 17.7 KD PROTEIN from + Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA score: (43.1% + identity in 160 aa overlap). Protein product from Mb0567 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0567 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Exoenzymes regulatory protein AepA precursor" + /protein_id="CAB5248275.1" + /translation="MADADLVMTGTVLTVDDARPTAEAIAVADGRVIAVGDRSEVAGL + VGANTRVIDLGAGCVMPGFVEAHGHPLLEAVVLSDRFVDIRPVTMRDADDVVAAIRGE + VARRGPAGAYLVGWDPLLQSGLGEPTLTWLDSLAPNGPLVIIHNSGHKAYFNSHAAWL + NGLTRDTADPKGAKYGRDGNGELDGTAEEIGAILPLLAGVADPSNFGAMLRAECARLN + RAGLTTCSEMAFDPGYRPMVEAVRAELTVRLCTYEISNARMCTDATPGQGDDMLRQVG + IKIWVDGSPWVGNIDLTFPYLDTPATRAIGVPPGSRGCANYTREQLAEIVGAYFPRGW + QIACHVHGDGGVDTILDVYEEALRRNPRDDHRLRLEHVGAIRPDQLRRAAELGVTCSI + FVDQIHYWGDVIVDDLFGAQRGSRWMPAGSAVAAGMRISLHNDPPVTPEEPLRNISVA + ATRVAPSGRVLAPEERLTVEQAIRAQTIDAAWQLFAEDAIGSLQVGKYADMVVLSADP + RTVPPEQIADLAVRATFLAGRQVYRR" + gene 645733..646713 + /gene="menC" + /locus_tag="BQ2027_MB0568" + CDS 645733..646713 + /gene="menC" + /locus_tag="BQ2027_MB0568" + /note="Mb0568, menC, len: 326 aa. Equivalent to Rv0553, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 326 aa overlap). Probable menC, + muconate cycloisomerase (EC 5.5.1.1), equivalent to + NP_302476.1|NC_002677 putative isomerase/racemase from + Mycobacterium leprae (334 aa). Also similar to other + muconate cycloisomerases e.g. TCBD_PSESP|P27099 + chloromuconate cycloisomerase (370 aa), FASTA scores: opt: + 249, E(): 7.8e-09, (32.7% identity in 199 aa overlap). + Also similar to O-succinylbenzoate-CoA synthases. BELONGS + TO THE MANDELATE RACEMASE / MUCONATE LACTONIZING ENZYME + FAMILY. Protein product from Mb0568 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0568 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MUCONATE CYCLOISOMERASE MENC + (CIS,CIS-MUCONATE LACTONIZING ENZYME) (MLE)" + /protein_id="CAB5248276.1" + /translation="MIPVLPPLEALLDRLYVVALPMRVRFRGITTREVALIEGPAGWG + EFGAFVEYQSAQACAWLASAIETAYCAPPPVRRDRVPINATVPAVAAAQVGEVLARFP + GARTAKVKVAEPGQSLADDIERVNAVRELVPMVRVDANGGWGVAEAVAAAAALTADGP + LEYLEQPCATVAELAELRRRVDVPIAADESIRKAEDPLAVVRAQAADIAVLKVAPLGG + ISALLDIAARIAVPVVVSSALDSAVGIAAGLTAAAALPELDHACGLGTGGLFEEDVAE + PAAPVDGFLAVARTTPDPARLQALGAPPQRRQWWIDRVKACYSLLVPSFG" + gene 646710..647498 + /gene="bpoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0569" + CDS 646710..647498 + /gene="bpoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0569" + /note="Mb0569, bpoC, len: 262 aa. Equivalent to Rv0554, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Possible bpoC, + peroxidase (non-haem peroxidase) (EC 1.11.1.-), equivalent + to NP_302477.1|NC_002677 putative hydrolase from + Mycobacterium leprae (265 aa). Also highly similar or + similar to various hydrolases and peroxidases e.g. + CAB38877.1|AL035707|T36181 probable hydrolase from + Streptomyces coelicolor (272 aa); CAC48368.1|Y16952 + putative hydrolase from Amycolatopsis mediterranei (284 + aa); P29715|BPA2_STRAU non-haem bromoperoxidase bpo-a2 + (bromide peroxidase) (EC 1.11.1.-) from Streptomyces + aureofaciens (277 aa), FASTA scores: opt: 325, E(): + 2.3e-15, (29.5% identity in 268 aa overlap); + O31168|PRXC_STRAU|CPO|CPOT non-heme chloroperoxidase + (chloride peroxidase) (EC 1.11.1.10) from Streptomyces + aureofaciens (278 aa); etc. Also similar to M. + tuberculosis non-heme haloperoxidases and epoxide + hydrolases e.g. Rv1938, Rv3617, etc. Protein product from + Mb0569 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0569 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PEROXIDASE BPOC (NON-HAEM PEROXIDASE)" + /protein_id="CAB5248277.1" + /translation="MINLAYDDNGTGDPVVFIAGRGGAGRTWHPHQVPAFLAAGYRCI + TFDNRGIGATENAEGFTTQTMVADTAALIETLDIAPARVVGVSMGAFIAQELMVVAPE + LVSSAVLMATRGRLDRARQFFNKAEAELYDSGVQLPPTYDARARLLENFSRKTLNDDV + AVGDWIAMFSMWPIKSTPGLRCQLDCAPQTNRLPAYRNIAAPVLVIGFADDVVTPPYL + GREVADALPNGRYLQIPDAGHLGFFERPEAVNTAMLKFFASVKA" + gene 647541..649205 + /gene="menD" + /locus_tag="BQ2027_MB0570" + CDS 647541..649205 + /gene="menD" + /locus_tag="BQ2027_MB0570" + /note="Mb0570, menD, len: 554 aa. Equivalent to Rv0555, + len: 554 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 554 aa overlap). Probable menD, + menaquinone biosynthesis protein, including + 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate + synthase (EC 4.1.3.-) and 2-oxoglutarate decarboxylase (EC + 4.1.1.71) activities. Equivalent to NP_302478.1|NC_002677 + putative + 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate + synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase from Mycobacterium + leprae (556 aa). Also similar to others e.g. + MEND_BACSU|P23970 + 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate + synthase from Bacillus subtilis (548 aa), FASTA scores: + opt: 488, E(): 2.3e-21, (34.3% identity in 545 aa + overlap); etc. COFACTOR: THIAMINE PYROPHOSPHATE. Protein + product from Mb0570 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0570 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL MENAQUINONE BIOSYNTHESIS + PROTEIN MEND : + 2-SUCCINYL-6-HYDROXY-2,4-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATE + SYNTHASE (SHCHC SYNTHASE) + 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE + (ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE) (KDC)" + /protein_id="CAB5248278.1" + /translation="MNPSTTQARVVVDELIRGGVRDVVLCPGSRNAPLAFALQDADRS + GRIRLHVRIDERTAGYLAIGLAIGAGAPVCVAMTSGTAVANLGPAVVEANYARVPLIV + LSANRPYELLGTGANQTMEQLGYFGTQVRASISLGLAEDAPERTSALNATWRSATCRV + LAAATGARTANAGPVHFDIPLREPLVPDPEPLGAVTPPGRPAGKPWTYTPPVTFDQPL + DIDLSVDTVVISGHGAGVHPNLAALPTVAEPTAPRSGDNPLHPLALPLLRPQQVIMLG + RPTLHRPVSVLLADAEVPVFALTTGPRWPDVSGNSQATGTRAVTTGAPRPAWLDRCAA + MNRHAIAAVREQLAAHPLTTGLHVAAAVSHALRPGDQLVLGASNPVRDVALAGLDTRG + IRVRSNRGVAGIDGTVSTAIGAALAYEGAHERTGSPDSPPRTIALIGDLTFVHDSSGL + LIGPTEPIPRSLTIVVSNDNGGGIFELLEQGDPRFSDVSSRIFGTPHDVDVGALCRAY + HVESRQIEVDELGPTLDQPGAGMRVLEVKADRSSLRQLHAAIKAAL" + gene 649202..649717 + /locus_tag="BQ2027_MB0571" + CDS 649202..649717 + /locus_tag="BQ2027_MB0571" + /note="Mb0571, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv0556, len: + 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 171 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to NP_302479.1|NC_002677 + putative membrane protein from Mycobacterium leprae (175 + aa). Protein product from Mb0571 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0571 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248279.1" + /translation="MISPKPLLHILIHGRSDELPDTRGRIVLRWLRIAVLIVTGLVTL + QSVLLVAGAWRNDIAIQRNMGVAQAEVLSAGPRRSTIEFVTPDRITYRPQLGVLYPSE + LSTGMRIYVEYNKRDPNLVRVQHRNAGLAIIPAGSIAVVAWLIAAAALVVLAVLDKRL + ERRENSASATG" + gene 649779..650915 + /gene="mgta" + /locus_tag="BQ2027_MB0572" + CDS 649779..650915 + /gene="mgta" + /locus_tag="BQ2027_MB0572" + /note="Mb0572, pimB, len: 378 aa. Equivalent to Rv0557, + len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 378 aa overlap). pimB (alternate gene + name: mtfB), mannosyltransferase (EC 2.4.1.-) (see + citation below), similar to other various transferases + e.g. NP_243554.1|NC_002570 + alpha-D-mannose-alpha(1-6)phosphatidyl myo-inositol + monomannoside transferase from Bacillus halodurans (381 + aa); NP_249533.1|NC_002516 probable glycosyl transferase + from Pseudomonas aeruginosa (406 aa); + NP_419573.1|NC_002696 glycosyl transferase, group 1 family + protein, from Caulobacter crescentus (455 aa); etc. Also + similar to Q55598 hypothetical 44.9 kDa protein from + SYNECHOCYSTIS SP (409 aa), FASTA scores: opt: 703, E(): 0, + (33.9% identity in 378 aa overlap); GPI3_YEAST|P32363 + n-acetylglucosaminyl-phosphatidylinositol biosynthetic + protein (452 aa), FASTA scores: opt: 230, E(): 1.1e-07, + (23.5% identity in 328 aa overlap). Mb0572 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="mannosyltransferase mgta" + /protein_id="CAB5248280.1" + /translation="MCGVRVAIVAESFLPQVNGVSNSVVKVLEHLRRTGHEALVIAPD + TPPGEDRAERLHDGVRVHRVPSRMFPKVTTLPLGVPTFRMLRALRGFDPDVVHLASPA + LLGYGGLHAARRLGVPTVAVYQTDVPGFASSYGIPMTARAAWAWFRHLHRLADRTLAP + STATMESLIAQGIPRVHRWARGVDVQRFAPSARNEVLRRRWSPDGKPIVGFVGRLAPE + KHVDRLTGLAASGAVRLVIVGDGIDRARLQSAMPTAVFTGARYGKELAEAYASMDVFV + HSGEHETFCQVVQEALASGLPVIAPDAGGPRDLITPHRTGLLLPVGEFEHRLPDAVAH + LVHERQRYALAARRSVLGRSWPVVCDELLGHYEAVRGRRTTQAA" + gene 650932..651636 + /gene="menH" + /locus_tag="BQ2027_MB0573" + CDS 650932..651636 + /gene="menH" + /locus_tag="BQ2027_MB0573" + /note="Mb0573, menH, len: 234 aa. Equivalent to Rv0558, + len: 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Probable menH + (alternate gene name: menG), ubiquinone/menaquinone + biosynthesis methlytransferase + (2-heptaprenyl-1,4-naphthoquinone methyltransferase) (EC + 2.1.1.-), equivalent to NP_302480.1|NC_002677 putative + ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase from + Mycobacterium leprae (238 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB44537.1|AL078618|T34630 from Streptomyces + coelicolor (231 aa); UBIE_ECOLI|P27851 from Escherichia + coli strain K12 (251 aa), FASTA scores: opt: 421, E(): + 1.2e-21, (43.2% identity in 227 aa overlap); + GRC2_BACSU|P31113 from Bacillus subtilis (233 aa), FASTA + scores: opt: 345, E(): 1.4e-16, (34.6% identity in 231 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE UBIE FAMILY. Note that + previously known as ubiE. Protein product from Mb0573 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0573 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS + METHYLTRANSFERASE MENH (2-heptaprenyl-1,4-naphthoquinone + methyltransferase)" + /protein_id="CAB5248281.1" + /translation="MSRAALDKDPRDVASMFDGVARKYDLTNTVLSLGQDRYWRRATR + SALRIGPGQKVLDLAAGTAVSTVELTKSGAWCVAADFSVGMLAAGAARKVPKVAGDAT + RLPFGDDVFDAVTISFGLRNVANQQAALREMARVTRPGGRLLVCEFSTPTNALFATAY + KEYLMRALPRVARAVSSNPEAYEYLAESIRAWPDQAVLAHQISRAGWSGVRWRNLTGG + IVALHAGYKPGKQTPQ" + gene complement(651650..651988) + /locus_tag="BQ2027_MB0574C" + CDS complement(651650..651988) + /locus_tag="BQ2027_MB0574C" + /note="Mb0574c, -, len: 112 aa. Equivalent to Rv0559c, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Possible conserved + secreted protein, similar to NP_302481.1|NC_002677 + putative secreted protein from Mycobacterium leprae (112 + aa). Also similar to Y08B_MYCTU|Q11048 hypothetical 11.6 + kd protein FASTA scores: opt: 111, E(): 011, (25.4% + identity in 114 aa overlap). Contains possible N-terminal + signal sequence. Protein product from Mb0574c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0574c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248282.1" + /translation="MKGTKLAVVVGMTVAAVSLAAPAQADDYDAPFNNTIHRFGIYGP + QDYNAWLAKISCERLSRGVDGDAYKSATFLQRNLPRGTTQGQAFQFLGAAIDHYCPEH + VGVLQRAGTR" + gene complement(652022..652747) + /locus_tag="BQ2027_MB0575C" + CDS complement(652022..652747) + /locus_tag="BQ2027_MB0575C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0575c, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv0560c, + len: 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Possible benzoquinone + methyltransferase (EC 2.1.1.-) (see citation below), + similar to other hypothetical proteins and + methyltransferases e.g. Q54300 METHYLTRANSFERASE (211 aa), + FASTA scores: opt: 203, E(): 4.8e-07, (30.9% identity in + 136 aa overlap). Similar to Rv3699, Rv1377c, Rv2675c, etc + from Mycobacterium tuberculosis. Rv0560c can be induced by + salicylate and para-amino-salicylate (PAS). Protein + product from Mb0575c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0575c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE BENZOQUINONE METHYLTRANSFERASE + (METHYLASE)" + /protein_id="CAB5248283.1" + /translation="MSTVLTYIRAVDIYEHMTESLDLEFESAYRGESVAFGEGVRPPW + SIGEPQPELAALIVQGKFRGDVLDVGCGEAAISLALAERGHTTVGLDLSPAAVELARH + EAAKRGLANASFEVADASSFTGYDGRFDTIVDSTLFHSMPVESREGYLQSIVRAAAPG + ASYFVLVFDRAAIPEGPINAVTEDELRAAVSKYWIIDEIKPARLYARFPAGFAGMPAL + LDIREEPNGLQSIGGWLLSAHLG" + gene complement(652772..653998) + /locus_tag="BQ2027_MB0576C" + CDS complement(652772..653998) + /locus_tag="BQ2027_MB0576C" + /note="Mb0576c, -, len: 408 aa. Equivalent to Rv0561c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 408 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar (except in + first 30 aa) to NP_302482.1|NC_002677 putative FAD-linked + oxidoreductase from Mycobacterium leprae (408 aa). Also + similar to T34627 probable electron transfer + oxidoreductase from Streptomyces coelicolor (430 aa); and + some bacteriochlorophyll synthases e.g. + NP_069300.1|NC_000917 bacteriochlorophyll synthase from + Archaeoglobus fulgidus (410 aa); Q55087 GERANYLGERANYL + HYDROGENASE (407 aa), FASTA scores: opt: 208, E(): + 1.7e-06, (26.9% identity in 327 aa overlap). Protein + product from Mb0576c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0576c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248284.1" + /translation="MSVDDSADVVVVGAGPAGSAAAAWAARAGRDVLVIDTATFPRDK + PCGDGLTPRAVAELHQLGLGKWLADHIRHRGLRMSGFGGEVEVDWPGPSFPSYGSAVA + RLELDDRIRKVAEDTGARMLLGAKAVAVHHDSSRRVVSLTLADGTEVGCRQLIVADGA + RSPLGRKLGRRWHRETVYGVAVRGYLSTAYSDDPWLTSHLELRSPDGAVLPGYGWIFP + LGNGEVNIGVGALSTSRRPADLALRPLISYYTDLRRDEWGFTGQPRAVSSALLPMGGA + VSGVAGSNWMLIGDAAACVNPLNGEGIDYGLETGRLAAELLDSRDLARLWPSLLADRY + GRGFSVARRLALLLTFPRFLPTTGPITMRSTALMNIAVRVMSNLVTDDDRDWVARVWR + GGGQLSRLVDRRPPFS" + gene 654014..655021 + /gene="grcC1" + /locus_tag="BQ2027_MB0577" + CDS 654014..655021 + /gene="grcC1" + /locus_tag="BQ2027_MB0577" + /note="Mb0577, grcC1, len: 335 aa. Equivalent to Rv0562, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 335 aa overlap). Probable grcC1, + polyprenyl diphosphate synthetase (EC 2.5.1.-), equivalent + to NP_302483.1|NC_002677 polyprenyl diphosphate synthase + component from Mycobacterium leprae (330 aa). Also similar + to others (generally hepta (EC 2.5.1.30) or hexaprenyl) + e.g. GRC3_BACSU|P31114 probable heptaprenyl diphosphate + syntetase (348aa), FASTA scores: opt: 599, E(): 4e-31, + (33.2% identity in 307 aa overlap); etc. Also highly + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + Rv0989c|grcC2|NP_215504.1|MTCI237.03c PROBABLE + POLYPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE (325 aa); Rv3383c, + Rv3398c, etc. Contains PS00444 Polyprenyl synthetases + signature 2. BELONGS TO THE FPP/GGPP SYNTHETASES FAMILY. + Protein product from Mb0577 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0577 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE POLYPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE GRCC1 + (POLYPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)" + /protein_id="CAB5248285.1" + /translation="MRTPATVVAGVDLGDAVFAAAVRAGVARVEQLMDTELRQADEVM + SDSLLHLFNAGGKRFRPLFTVLSAQIGPQPDAAAVTVAGAVIEMIHLATLYHDDVMDE + AQVRRGAPSANAQWGNNVAILAGDYLLATASRLVARLGPEAVRIIADTFAQLVTGQMR + ETRGTSENVDSIEQYLKVVQEKTGSLIGAAGRLGGMFSGATDEQVERLSRLGGVVGTA + FQIADDIIDIDSESDESGKLPGTDVREGVHTLPMLYALRESGPDCARLRALLNGPVDD + DAEVREALTLLRASPGMARAKDVLAQYAAQARHELALLPDVPGRRALAALVDYTVSRH + G" + gene 655122..655982 + /gene="htpX" + /locus_tag="BQ2027_MB0578" + CDS 655122..655982 + /gene="htpX" + /locus_tag="BQ2027_MB0578" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0578, htpX, len: 286 aa. Equivalent to Rv0563, + len: 286 aa (alternative start at position 654006), from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 286 aa overlap). Probable htpX, protease heat shock + protein X (EC 3.4.24.-) (transmembrane protein), + equivalent to NP_302484.1|NC_002677 putative peptidase + from Mycobacterium leprae (287 aa). Also highly similar to + others e.g. CAC08262.1|AL392146 putative peptidase from + Streptomyces coelicolor (287 aa); NP_387431.1|NC_003047 + PUTATIVE PROTEASE TRANSMEMBRANE PROTEIN from Sinorhizobium + meliloti (319 aa); NP_105051.1|NC_002678 heat shock + protein (htpX) from Mesorhizobium loti (336 aa); + NP_248692.1|NC_000909|U67608|MJU67608_8 heat shock protein + HtpX, possibly protease (htpX) from Methanococcus + jannaschii (284 aa), FASTA scores: opt: 660, E(): 0, (46.5 + identity in 245 aa overlap). Continuation of MTCY25D10.42. + TBparse score is 0.887. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M48 + (ZINC METALLOPROTEASE). COFACTOR: Zinc. Protein product + from Mb0578 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0578 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROTEASE TRANSMEMBRANE PROTEIN HEAT + SHOCK PROTEIN HTPX" + /protein_id="CAB5248286.1" + /translation="MTWHPHANRLKTFLLLVGMSALIVAVGALFGRTALMLAALFAVG + MNVYVYFNSDKLALRAMHAQPVSELQAPAMYRIVRELATSAHQPMPRLYISDTAAPNA + FATGRNPRNAAVCCTTGILRILNERELRAVLGHELSHVYNRDILISCVAGALAAVITA + LANMAMWAGMFGGNRDNANPFALLLVALLGPIAATVIRMAVSRSREYQADESGAVLTG + DPLALASALRKISGGVQAAPLPPEPQLASQAHLMIANPFRAGERIGSLFSTHPPIEDR + IRRLEAMARG" + gene complement(656167..657192) + /gene="gpdA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0579C" + CDS complement(656167..657192) + /gene="gpdA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0579C" + /note="Mb0579c, gpdA1, len: 341 aa. Equivalent to Rv0564c, + len: 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 341 aa overlap). Possible + gpdA1(alternate gene names: gpsA, glyC), + glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] dependant (EC + 1.1.1.94), similar to many other glycerol-3-phosphate + dehydrogenases e.g. P46919|GPDA_BACSU from Bacillus + subtilis (345 aa), FASTA scores: opt: 731, E(): 0, (37.3% + identity in 332 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2982c|gpdA2|MTCY349.05|Z83018|MTCY349_5 from + Mycobacterium tuberculosis (334 aa), FASTA scores: opt: + 740, E(): 0, (40.4% identity in 322 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE NAD-DEPENDENT GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + FAMILY. Protein product from Mb0579c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0579c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + [NAD(P)+] GPDA1 (NAD(P)H-DEPENDENT GLYCEROL-3-PHOSPHATE + DEHYDROGENASE) (NAD(P)H-DEPENDENT + DIHYDROXYACETONE-PHOSPHATE REDUCTASE)" + /protein_id="CAB5248287.1" + /translation="MAANKREPKVVVLGGGSWGTTVASICARRGPTLQWVRSAVTAQD + INDNHRNSRYLGNDVVLSDTLRATTDFTEAANCADVVVMGVPSHGFRGVLVELSKELR + PWVPVVSLVKGLEQGTNMRMSQIIEEVLPGHPAGILAGPNIAREVAEGYAAAAVLAMP + DQHLATRLSAMFRTRRFRVYTTDDVVGVETAGALKNVFAIAVGMGYSLGIGENTRALV + IARALREMTKLGVAMGGKSETFPGLAGLGDLIVTCTSQRSRNRHVGEQLGAGKPIDEI + IASMSQVAEGVKAAGVVMEFANEFGLNMPIAREVDAVINHGSTVEQAYRGLIAEVPGH + EVHGSGF" + gene complement(657253..658713) + /locus_tag="BQ2027_MB0580C" + CDS complement(657253..658713) + /locus_tag="BQ2027_MB0580C" + /note="Mb0580c, -, len: 486 aa. Equivalent to Rv0565c, + len: 486 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 486 aa overlap). Probable monoxygenase + (EC 1.14.-.-), highly similar to NP_301173.1|NC_002677 + putative monooxygenase from Mycobacterium leprae (494 aa). + Also highly similar to others e.g. NP_421371.1|NC_002696 + monooxygenase (flavin-binding family) from Caulobacter + crescentus (498 aa); C-terminus of NP_051574.1|NC_000958 + arylesterase/monoxygenase from Deinococcus radiodurans + (833 aa); P12015|CYMO_ACISP CYCLOHEXANONE MONOOXYGENASE + (EC 1.14.13.22) from Acinetobacter sp. (542 aa), FASTA + scores: opt: 354, E(): 2.1e-16, (23.7% identity in 435 aa + overlap); etc. Also similar to other putative + monoxygenases from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3854c + (489 aa), MTCY01A6.14 (489 aa), MTV013_4 (495 aa), + MTCY31.20 (495 aa). Protein product from Mb0580c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0580c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="CAB5248288.1" + /translation="MSVTPNAGCVDVVIVGAGISGLGAAYRIIERNPQLTYTILERRA + RIGGTWDLFRYPGVRSDSSIFTLSFPYEPWTREEGIADGAHIREYLTDMAHKYGIDRH + IEFNSYVRAADWDSSTDTWTVTFEQNGVHKHYRSRFVFFGSGYYNYDEGYTPDFGGIE + KFGGAVVHPQHWPEDLDYTGKKIVVIGSGATAVTLIPSLTDRAEKVTMLQRSPTYLIS + ASKYSTFAAVVRKALPPKTSHLIVRMYNALLEAVFWFLSRKTPVFVKWLLRRTAIKNL + PEGYDIETHFTPRYNPWDQRLCLIPDADLYNAITSGRAEVVTDHIDHFDATGIALKSG + GHLDADIIVTATGLQLQALGGAAISLDGVEIDPRDRFVYKAHMLEDVPNLFWCVGYTN + ASWTLRADMTARATAKLLAHMAAHGHTRAAPHLGDEPMDEKPSWDIQAGYVKRAPYAL + PKSGTKRPWNVRQNYLADAIDYRFDRIEEAMVFGAA" + gene complement(658791..659282) + /locus_tag="BQ2027_MB0581C" + CDS complement(658791..659282) + /locus_tag="BQ2027_MB0581C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0581c, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv0566c, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + P77482|YAJQ_ECOLI HYPOTHETICAL 19.0 KDa PROTEIN from + Escherichia coli (169 aa), FASTA scores: opt: 422, E(): + 5.4e-20, (44.1 identity in 161 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0581c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0581c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0234 protein Yitk" + /protein_id="CAB5248289.1" + /translation="MADSSFDIVSKVDRQEVDNALNQAAKELATRFDFRGTDTKIAWK + GDEAVELTSSTEERVKAAVDVFKEKLIRRDISLKAFEAGEPQASGKTYKVTGALKQGI + SSENAKKITKLIRDAGPKNVKTQIQGDEVRVTSKKRDDLQAVIAMLKKADLDVALQFV + NYR" + gene 659352..659432 + /locus_tag="BQ2027_TYRT" + tRNA 659352..659432 + /locus_tag="BQ2027_TYRT" + /product="tRNA-Tyr" + /note="tyrT, len: 81 nt. Equivalent to tyrT, len: 81 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 81 nt overlap). tRNA-Tyr, anticodon gta, + length = 81" + gene 659564..660583 + /locus_tag="BQ2027_MB0582" + CDS 659564..660583 + /locus_tag="BQ2027_MB0582" + /note="Mb0582, -, len: 339 aa. Equivalent to Rv0567, len: + 339 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 339 aa overlap). Probable + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to several e.g. + P39896|TCMO_STRGA TETRACENOMYCIN POLYKETIDE SYNTHESIS + 8-O-METHYLTRANSFERASE from Streptomyces glaucescens (339 + aa), FASTA scores: opt: 685, E(): 0, (35.8% identity in + 335 aa overlap); P10950|HIOM_BOVIN HYDROXYINDOLE + O-METHYLTRANSFERASE (EC 2.1.1.4) from Bos taurus (345 aa), + FASTA scores: opt: 509, E(): 3.4e-27, (30.7% identity in + 332 aa overlap) etc. Protein product from Mb0582 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0582 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLTRANSFERASE/METHYLASE" + /protein_id="CAB5248290.1" + /translation="MELSPDRIMAIGGGYGPSKVLLTAVGLGLFTELGDEAMTAEAIA + DRLGLLKRPAIDFLDALVSLDLLARDGDGPGSHYRNTPETAHFLDEARPTYAGGLLKI + WNERNYRFWADLTEALKTGKAQSEVKQTGRPFFEALYADPRRLEAFMAAMDAASRRNI + ELLAKRFPFERYRRLCDVGCADGLLSRIVAAAHPHLQCVSLDLPAVTEIARRKLTAEG + LGERVQACAGDFLADPLPAADVITMGQILHDWNLDRKQQLVAKAYEALSKEGAFIVIE + TLIDDARRENTTGLMMSLNMLIEFGDAFDYSAADFRGWCGEAGFRSFEVIPLAGGSSA + AVAYK" + gene 660693..662111 + /gene="cyp135B1" + /locus_tag="BQ2027_MB0583" + CDS 660693..662111 + /gene="cyp135B1" + /locus_tag="BQ2027_MB0583" + /note="Mb0583, cyp135B1, len: 472 aa. Equivalent to + Rv0568, len: 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 472 aa overlap). + Possible cyp135B1, cytochrome P450 (EC 1.14.-.-), similar + to putative cytochrome P-450 monoxygenases and other + cytochrome P-450 related enzymes e.g. P29980|CPXN_ANASP + PROBABLE CYTOCHROME P450 from Anabaena sp. strain PCC 7120 + (459 aa), FASTA scores: opt: 525, E(): 7.2e-27, (31.9% + identity in 417 aa overlap); etc. Also similar to others + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv0327c|NP_214841.1|NC_000962|CYP135A1|MT0342|MTCY63.32c + PUTATIVE CYTOCHROME P450 (449 aa), FASTA scores: opt: + 1080, E(): 0, (40.5% identity in 444 aa overlap); + Rv3685c|NP_218202.1|NC_000962 PUTATIVE CYTOCHROME P450 + (476 aa); Rv0136|NP_214650.1|NC_000962 PUTATIVE CYTOCHROME + P450 (441 aa); etc. Contains cytochrome P450 cysteine + heme-iron ligand signature (PS00086). Protein product from + Mb0583 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0583 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTOCHROME P450 135B1 CYP135B1" + /protein_id="CAB5248291.1" + /translation="MSGTSSMGLPPGPRLSGSVQAVLMLRHGLRFLTACQRRYGSVFT + LHVAGFGHMVYLSDPAAIKTVFAGNPSVFHAGEANSMLAGLLGDSSLLLIDDDVHRDR + RRLMSPPFHRDAVARQAGPIAEIAAANIAGWPMAKAFAVAPKMSEITLEVILRTVIGA + SDPVRLAALRKVMPRLLNVGPWATLALANPSLLNNRLWSRLRRRIEEADALLYAEIAD + RRADPDLAARTDTLAMLVRAADEDGRTMTERELRDQLITLLVAGHDTTATGLSWALER + LTRHPVTLAKAVQAADASAAGDPAGDEYLDAVAKETLRIRPVVYDVGRVLTEAVEVAG + YRLPAGVMVVPAIGLVHASAQLYPDPERFDPDRMVGATLSPTTWLPFGGGNRRCLGAT + FAMVEMRVVLREILRRVELSTTTTSGERPKLKHVIMVPHRGARIRVRATRDVSATSQA + TAQGAGCPAARGGGPSRAVGSQ" + gene 662246..662512 + /locus_tag="BQ2027_MB0584" + CDS 662246..662512 + /locus_tag="BQ2027_MB0584" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0584, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv0569, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. C-terminus highly similar to + AAA63065.1|U15184|MLU15184_10 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (53 aa), FASTA scores: opt: 140, E(): + 0.0046, (64.7% identity in 34 aa overlap). Also similar to + T36824|SCI35.11 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (64 aa); and N-terminus of T36956 probable + DNA-binding protein from Streptomyces coelicolor (323 aa). + Also highly similar to + Rv2302|MTCY339.07c|NP_216818.1|NC_000962 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (80 + aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 1.4e-13, (61.8% identity + in 76 aa overlap). Protein product from Mb0584 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0584 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248292.1" + /translation="MKAKVGDWLVIKGATIDQPDHRGLIIEVRSSDGSPPYVVRWLET + DHVATVIPGPDAVVVTAEEQNAADERAQHRFGAVQSAILHARGT" + gene 662538..664670 + /gene="nrdZ" + /locus_tag="BQ2027_MB0585" + CDS 662538..664670 + /gene="nrdZ" + /locus_tag="BQ2027_MB0585" + /note="Mb0585, nrdZ, len: 710 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0570, len: 692 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 631 aa overlap). + Probable nrdZ, ribonucleoside-diphosphate reductase, large + subunit (EC 1.17.4.-), highly similar to others e.g. + NP_070492.1|NC_000917|NRD|AE000988_11 ribonucleotide + reductase from Archaeoglobus fulgidus (752 aa), FASTA + scores: opt: 2001, E(): 0, (52.5% identity in 562 aa + overlap) (N-terminus shorter); U73619|TAU73619_1|T37459 + ribonucleotide reductase from Thermoplasma acidophilum + (857 aa), FASTA scores: opt: 1678, E(): 0, (43.7% identity + in 723 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RIBONUCLEOSIDE + DIPHOSPHATE REDUCTASE LARGE CHAIN FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base deletion (c-*) leads to a + product with a different COOH part compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Protein + product from Mb0585 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0585 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE + (LARGE SUBUNIT) NRDZ (RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE)" + /protein_id="CAB5248293.1" + /translation="MGVSWPAKVRRRDGTLVPFDIARIEAAVTRAAREVACDDPDMPG + TVAKAVADALGRGIAPVEDIQDCVEARLGEAGLDDVARVYIIYRQRRAELRTAKALLG + VRDELKLSLAAVTVLRERYLLHDEQGRPAESTGELMDRSARCVAAAEDQYEPGSSRRW + AERFATLLRNLEFLPNSPTLMNSGTDLGLLAGCFVLPIEDSLQSIFATLGQAAELQRA + GGGTGYAFSHLRPAGDRVASTGGTASGPVSFLRLYDSAAGVVSMGGRRRGACMAVLDV + SHPDICDFVTAKAESPSELPHFNLSVGVTDAFLRAVERNGLHRLVNPRTGKIVARMPA + AELFDAICKAAHAGGDPGLVFLDTINRANPVPGRGRIEATNPCGEVPLLPYESCNLGS + INLARMLADGRVDWDRLEEVAGVAVRFLDDVIDVSRYPFPELGEAARATRKIGLGVMG + LAELLAALGIPYDSEEAVRLATRLMRRIQQAAHTASRRLAEERGAFPAFTDSRFARSG + PRRNAQVTSVAPTGTISLIAGTTAGIEPMFAIAFTRAIVGRHLLEVNPCFDRLARDRG + FYRDELIAEIAQRGGVRGYPRLPAEVRAAFPTAAEIAPQWHLRMQAAVQRHVEAAVSK + TVNLPATGRSMTSAPSMWPPGRQRSRASRCIATAAGKDRYCPTPRRNRYWRRLTRSSA + AAVRAAPASSDGGSHGASRRRIAQNQRF" + gene complement(664729..666060) + /locus_tag="BQ2027_MB0586C" + CDS complement(664729..666060) + /locus_tag="BQ2027_MB0586C" + /note="Mb0586c, -, len: 443 aa. Equivalent to Rv0571c, + len: 443 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 443 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to the products of + two adjacent orfs in Mycobacterium leprae: + AAA63059.1|U15184|U650S|Q50111 hypothetical protein (258 + aa), FASTA scores: opt: 1071, E(): 0, (72.5% identity in + 233 aa overlap); and AAA63058.1|U15184|U650T hypothetical + protein (86 aa), FASTA scores: opt: 192, E(): 6.4e-06, + (70.8% identity in 48 aa overlap). Also similar to others + e.g. NP_107072.1|NC_002678 hypothetical protein from + Mesorhizobium loti (235 aa); NP_213031.1|NC_000918 + hypothetical protein from Aquifex aeolicus (175 aa); etc. + And similar to part of hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. C-terminus of + Rv2143|MTCY270.25c|Z95388|NP_216659.1|NC_000962 (352 aa), + FASTA scores: opt: 592, E(): 7e-32, (49.3% identity in 205 + aa overlap); N-terminus of Rv2030c|NP_216546.1|NC_000962 + (681 aa). Protein product from Mb0586c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0586c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoribosyl transferase domain protein" + /protein_id="CAB5248294.1" + /translation="MKLFDDRGDAGRQLAQRLAQLSGKAVVVLGLPRGGVPVAFEVAK + SLQAPLDVLVVRKLGVPFQPELAFGAIGEDGVRVLNDDVVRGTHLDAAAMDAVERKQL + IELQRRAERFRRGRDRIPLTGRIAVIVDDGIATGATAKAACQVARAHGADKVVLAVPI + GPDDIVARFAGYADEVVCLATPALFFAVGQGYRNFTQTSDDEVVAFLDRAHRDFAEAG + AIDAAADPPLRDEEVQVVAGPVPVAGHLTVPEKPRGIVVFAHGSGSSRHSIRNRYVAE + VLTGAGFATLLFDLLTPEEERNRANVFDIELLASRLIDVTGWLATQPDTASLPVGYFG + ASTGAGAALVAAADPRVNVRAVVSRGGRPDLAGDSLGSVVAPTLLIVGGRDQVVLELN + QRAQAVIPGKCQLTVVPGATHLFEEPGTLEQVAKLACDWFIDHLCGPGPSG" + gene complement(666284..666625) + /locus_tag="BQ2027_MB0587C" + CDS complement(666284..666625) + /locus_tag="BQ2027_MB0587C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0587c, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv0572c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 113 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248295.1" + /translation="MGEHAIKRHMRQRKPTKHPLAQKRGARILVLTDDPRRSVLIVPG + CHLDSMRREKNAYYFQDGNALVGMVVSGGTVEYDADDRTYVVQLTDGRHTTESSFEHS + SPSRSPQSDDL" + gene complement(666676..666843) + /locus_tag="BQ2027_MB0587CA" + CDS complement(666676..666843) + /locus_tag="BQ2027_MB0587CA" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb0587cA, len: 55 aa. No equivalent in M. tuberculosis + H37Rv. Identified by de novo proteomics of Mycobacterium + bovis AF2122/97 under exponential conditions" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="CAB5248296.1" + /translation="MAADPQCTRCKQTIEPGWLYITAHRRGQAGIVDDGAVLIHVPGE + CPHPGEHVPRS" + gene complement(667093..668484) + /gene="pncb2" + /locus_tag="BQ2027_MB0588C" + CDS complement(667093..668484) + /gene="pncb2" + /locus_tag="BQ2027_MB0588C" + /note="Mb0588c, -, len: 463 aa. Equivalent to Rv0573c, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 463 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other conserved + hypothetical proteins and some nicotinate + phosphoribosyltransferases e.g. NP_213718.1|NC_000918 + hypothetical protein from Aquifex aeolicus (426 aa); + AL109962|T36953|SCJ1.20 conserved hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (438 aa), FASTA scores: opt: + 1089, E(): 0, (49.4% identity in 385 aa overlap); + P_391053.1|Z99120|BSUB0017_57|NC_000964 protein similar to + nicotinate phosphoribosyltransferase from Bacillus + subtilis (490 aa), FASTA scores: opt: 955, E():0, (43.5% + identity in 356 aa overlap); etc. Also similar to + Q10641|Y03F_MYCTU|MTCY130.15c|Rv1330c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (509 + aa), FASTA scores: opt: 761, E(): 0, (38.4% identity in + 437 aa overlap). Protein product from Mb0588c detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nicotinic acid phosphoribosyltransferase pncb2" + /protein_id="CAB5248297.1" + /translation="MAIRQHVGALFTDLYEVTMAQAYWAERMSGTAVFEIFFRKLPPG + RSYIMAAGLADVVEFLEAFRFDEQDLRYLRGLGQFSDEFLRWLAGVRFTGDVWAAPEG + TVIFPNEPAVQLIAPIIEAQLVETFVLNQIHLQSVLASKAARVVAAARGRPVVDFGAR + RAHGTDAACKVARTSYLAGAAGTSNLLAARQYGIPTFGTMAHSFVQAFDSEVAAFEAF + ARLYPATMLLVDTYDTLRGVDHVIELAKRLGNRFDVRAVRLDSGDLDELSKATRARLD + TAGLEQVEIFASSGLDENRIAALLAARCPIDGFGVGTQLVVAQDAPALDMAYKLVAYD + GSGRTKFSSGKVIYPGRKQVFRKLEHGVFCGDTLGEHGENLPGDPLLVPIMTNGRRIR + QHAPTLDGARDWARQQIDALPPELRSLEDTGYSYPVAVSDRIVGELARLRHADTAEAH + PGSNVVGAKAKRP" + gene complement(668494..669636) + /locus_tag="BQ2027_MB0589C" + CDS complement(668494..669636) + /locus_tag="BQ2027_MB0589C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0589c, -, len: 380 aa. Equivalent to Rv0574c, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 380 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with other hypothetical + proteins and polyglutamate synthases (encapsulation + proteins) e.g. AAK64444.1|AF377339_5|AF377339 + polyglutamate synthase CapA from Myxococcus xanthus (405 + aa); M24150|BACCAPABC_3|CapA polyglutamate synthase + (encapsulation protein) from B.anthracis (411 aa), FASTA + scores: opt: 261, E(): 4.3e-10, (25.8% identity in 287 aa + overlap); etc. Mb0589c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Capsule biosynthesis protein CapA" + /protein_id="CAB5248298.1" + /translation="MAGKPDVVTVLLGGDVMLGRGVDQILPHPGKPQLRERYMRDATG + YVRLAERVNGRIPLPVDWRWPWGEALAVLENTATDVCLINLETTITADGEFADRKPVC + YRMHPDNVPALTALRPHVCALANNHILDFGYQGLTDTVAALAGAGIQSVGAGADLLAA + RRSALVTVGHERRVIVGSVAAESSGVPESWAARRDRPGVWLIRDPAQRDVADDVAAQV + LADKRPGDIAIVSMHWGSNWGYATAPGDVAFAHRLIDAGIDMVHGHSSHHPRPIEIYR + GKPILYGCGDVVDDYEGIGGHESFRSELRLLYLTVTDPASGNLISLQMLPLRVSRMRL + QRASQTDTEWLRNTIERISRRFGIRVVTRPDNLLEVVPAANLTSKE" + gene complement(669852..670988) + /locus_tag="BQ2027_MB0590C" + CDS complement(669852..670988) + /locus_tag="BQ2027_MB0590C" + /note="Mb0590c, -, len: 378 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0575c, len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 346 aa overlap). + Possible oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to many + diverse oxidoreductases and monooxygenases e.g. + AL109974|SCF34_5|T36404 probable monooxygenase from + Streptomyces coelicolor (407 aa), FASTA scores: opt: 786, + E(): 0, (38.7% identity in 398 aa overlap); + P96555|AB000564 SALICYLATE HYDROXYLASE from SPHINGOMONAS + (395 aa), FASTA scores: opt: 267, E():5e-11, (26.4% + identity in 390 aa overlap). Also similar to + Rv1260|Z77137|MTCY50.22C from Mycobacterium tuberculosis + (372 aa), FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (40.9% identity + in 345 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) leads to a shorter product with a + different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="CAB5248299.1" + /translation="MKVAISGAGVAGAALAHWLQRTGHTPTVIERAPKFRTGGYMIDF + WGVGYQVAKRMGITDQIAAAGYHMEHVRSVGPTGKVKADLGVDVFRRMVGDDFTSLPR + GDLAAAIYTTIEDQVETIFDDSIATIDEHRDGVRLTFERTAPRDFDLVIGADGLHSNV + RRLVFGPERDFEHYLGCKVAACVVDGYRPRDERSYVLYNTVDRQLARFALRGDRTMFL + FVFRAEHDNPGVAPKDELRDQFGDVGWESRDILAALDDVEDLYFDVVSQIRMDRWSRG + RVLLIGDAAGCISLLGGEGTGLAITEAYVLAGELARAGGDHRRAFDAYEKRLRPFIEG + KQASAAKFIWFFRHPNPIRPVVSQRCDAHDELRPAGDAVRRQRA" + gene 671091..672395 + /locus_tag="BQ2027_MB0591" + CDS 671091..672395 + /locus_tag="BQ2027_MB0591" + /note="Mb0591, -, len: 434 aa. Equivalent to Rv0576, len: + 434 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 434 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, ArsR family. N-terminus highly + similar to others e.g. NP_102487.1|NC_002678 + transcriptional regulator from Mesorhizobium loti (104 + aa); NP_242952.1|NC_002570 transcriptional regulator (ArsR + family) from Bacillus halodurans (109 aa); etc. C-terminal + region (~240-434) shows similarity with D67028_1 from + Rhodococcus rhodochrous (112 aa); and Rv0738 from + Mycobacterium tuberculosis (182 aa). N-terminus also + highly similar to Rv2034 from Mycobacterium tuberculosis + (107 aa). Contains helix-turn-helix motif at aa 23-43 + (Score 1628, +4.73 SD). Protein product from Mb0591 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0591 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY ARSR-FAMILY)" + /protein_id="CAB5248300.1" + /translation="MLEVAAEPTRRRLLQLLAPGERTVTQLASQFTVTRSAISQHLGM + LAEAGLVTARKQGRERYYRLDERGVLRLRALMESFWSDELDRLVADAAHYPPSQGDCA + MPFEKAVVVPLDPTSTFALITQPDRLRRWMAVAARIELRTGGAYRWTVTPGHSAAGTV + IDVDPGKRVVFTWGWEDHGDPPPGGSTVTITLTPVDGGTEVRLVHDGLTAQQAARHAK + GWNHFLDRLVVAGQHGDAGPDEWAAAPDPLDELSCAEATLAVLQHVLRGIGASDLTRQ + TPCTEYDVSQLADHLLRSLAIIGAAAGAQLAPRDVDAPLETQVADAAQAVMEAWRRRG + LAGTVELNSNQVPATVPVGILCLEFLVHAWDFAIATGSQVIASEPVSEYVLAVAGKVI + TPATRNSAGFAAPAAVGSFAPVLDRLIAFTGRQPTAGHVSAT" + gene 672409..673194 + /gene="cfp32" + /locus_tag="BQ2027_MB0592" + CDS 672409..673194 + /gene="cfp32" + /locus_tag="BQ2027_MB0592" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0592, TB27.3, len: 261 aa. Equivalent to Rv0577, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). TB27.3, conserved + hypothetical protein. Corresponds to O53774|CF30_MYCTU 27 + KD ANTIGEN CFP30B from Mycobacterium tuberculosis culture + filtrate (260 aa), FASTA scores: opt: 1781, E(): 0, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Also similar to + several hypothetical proteins and hydroxylases from + Steptomyces sp. e.g. T35032 probable hydroxylase from + Streptomyces coelicolor (263 aa); Q55078 orfA gene product + from Streptomyces sp. (275 aa), FASTA scores: E(): 1.5e-1 + 9, (38.6% identity in 264 aa overlap); D89734_1|P95754 DNA + for SgaA SGAA PROTEIN from Streptomyces griseus; and + SC9B10_20 from Streptomyces coelicolor (267 aa), FASTA + score: (38.9 identity in 252 aa overlap). Also similar to + Rv0911|MTCY21C12.05 from Mycobacterium tuberculosis (257 + aa), FASTA scores: E(): 1.1e-20, (32.0% identity in 259 aa + overlap). Protein product from Mb0592 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0592 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="27 kDa antigen Cfp30B" + /protein_id="CAB5248301.1" + /translation="MPKRSEYRQGTPNWVDLQTTDQSAAKKFYTSLFGWGYDDNPVPG + GGGVYSMATLNGEAVAAIAPMPPGAPEGMPPIWNTYIAVDDVDAVVDKVVPGGGQVMM + PAFDIGDAGRMSFITDPTGAAVGLWQANRHIGATLVNETGTLIWNELLTDKPDLALAF + YEAVVGLTHSSMEIAAGQNYRVLKAGDAEVGGCMEPPMPGVPNHWHVYFAVDDADATA + AKAAAAGGQVIAEPADIPSVGRFAVLSDPQGAIFSVLKPAPQQ" + gene complement(673239..677159) + /gene="PE_PGRS7" + /locus_tag="BQ2027_MB0593C" + CDS complement(673239..677159) + /gene="PE_PGRS7" + /locus_tag="BQ2027_MB0593C" + /note="Mb0593c, PE_PGRS7, len: 1306 aa. Equivalent to + Rv0578c, len: 1306 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 1306 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + other PGRS proteins e.g. MTCY493.04|Z95844 from M. + tuberculosis (1329 aa), FASTA scores: opt: 3994, E(): 0, + (54.6% identity in 1375 aa overlap). Contains two PS00583 + pfkB family of carbohydrate kinases signatures possibly + fortuitously. Mb0593c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs7" + /protein_id="CAB5248302.1" + /translation="MSFVIATPEMLTTAATDLAKIGSTITAANTAAAAVAKVLPASAD + EVSVAVAALFGTHAQEYQTVSAQVATFHDRFVQTLSAAASSYVAAEAVNVEQSLLAAV + NAPTQALFGRPLIGNGADGSPGTGQAGGPGGILYGNGGNGGSGAPGQRGGAGGAAGLI + GNGGNGGAGGVGTTGGAGGHGGAGGWLYGNGGAGGFGGAGAVGGNGGAGGTAGLFGVG + GAGGAGGNGIAGVTGTSASTPGGSGTAGGAGGIGGNGGAGGAGGVLMGNGGNGGAGGE + GGPGGAGGAGASGAHATNLGADGQAGGNGGNGGAGGTGGVGGPGGGHGLLGLGGSHGA + GGAGGSGGDGGAPGDGGNGATGTWGHNLGAGGTGGNGGNPGAGGAGGAGGASVGGSAH + GANGAPGTTSTSGGNGGDGGKGADAISSGQTGANGGRGGDGGQVGNGGAGGAGGRGGA + GGLGFGSEAPGRPGGAGGTGGAGGNGGTQAGDGGTGGAGGAGGDGGSGGAGSIGFNAS + APGAAGSPGGNGGNGGPGGAGGEGGAGGLALAASGQNGSQGAGGDGGAGGNGGTPGNG + GHGAAGALGVNGGVGGAGGHGGDPGVGGAGGQGGSGSTPGANGAPGNTPTSGGNGGNG + GRGADATGFGQTGASGGRGGDGGLVGNGGAGGAGGNGSKGLPGLGRLGNPGLDGGTGG + NGGAGGSGGAWAGNGGTGGAGGTGGVGGTGGSGSDGVNGSSAGADGHPGGTGGVGGTG + GKGGDGGDGGAAPNGVAGSQGPGGAGGDGGTGGVGGNGGRGIDGADGATAGARGQDGG + AGGAGGKGGRGGTGGPGGAGPAGTTGSQGAGGNGGSGGTGGDPGDGGNGANGSVFTNN + GIGGNGGNGGNAGPSGAGGSGGAGSTFGATGSSSSIHVNGGNGGNGGNGDHALSGNGA + AGGNGGNGGNGSLRGSGGAGGHGGNGGNASRGMGGDGGTGGAGGNAGQIGNGGAGGNG + GDGGTGSDGNPGAITGSGGRGGDGGVGGQGGSVAGDGADGGRGGAGGTGGTGLRGTTG + ATGATGTFDAGADGHGGNGGTGGVGGTGGAGGGGGNGGAGGKALSPTGNNGSQGAGGD + GGAGGTGGTGGTGGDGGRGAHGTLFSSLAGTGGTGGNGGTGGTGGTGGAGGAGGTGST + LGATGATGAAGRAGNGGVGGSGGLGSAFGPGGTGGMGGAGGTSTVSAGGDGGRGGFGG + DGLDASSGGNGGDGGHGGDGFRTAGAGGRGGDGGKGADPGGLFPIPGAGGKGGTGGTG + GTAHLGPLAIIGQSGQPGQFGSPGADGRGGAGGAGGGGGAGGSF" + gene 677481..678239 + /locus_tag="BQ2027_MB0594" + CDS 677481..678239 + /locus_tag="BQ2027_MB0594" + /note="Mb0594, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv0579, len: + 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to others + e.g. AE001747_4 hypothetical protein from Thermotoga + maritima (247 aa), FASTA scores: opt: 612, E(): 0, (39.6% + identity in 235 aa overlap); AE001004_2 hypothetical + protein from Archaeoglobus fulgidus (159 aa), FASTA + scores: opt: 196, E(): 1e-06, (28.3% identity in 159 aa + overlap); etc. Mb0594 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="CAB5248303.1" + /translation="MVGYVDVRAYAELNEFVELQARGLTVRRPFRSHQTVKDVLEAMG + IPHTEVDLILVNGDPADFSYRPVAGDRIAAYPMFEALDIGSTARLRPAPLRNPRFVVD + VNLGQLARLLRLLGFDTRWSSAADDPTLADISLGEQRILLTRDRGLLKRRAITHGLFV + HSQHPEEQALEVLRRLDLNGRLAPLSRCLRCNGELAAVSKDEVIGQLEPLTRRYYESF + SRCFGCGRIYWPGSHHARLVRLVERLRDQLTTST" + gene complement(678368..678859) + /locus_tag="BQ2027_MB0595C" + CDS complement(678368..678859) + /locus_tag="BQ2027_MB0595C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0595c, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv0580c, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to AAA90989.1|U20446|MK35 + lipoprotein precursor from Mycobacterium kansasii (225 + aa). TBparse score is 0.910. Protein product from Mb0595c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0595c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="CAB5248304.1" + /translation="MTDQSYAVDIAHPPAALLRLVNPILRSLLHTPLAGPLRTQLMVV + SFTGRKTGRHFSIPLSAHVIDNDLYALTEAGWKHNFSDGAAAQVVYDGKTTAMRGELI + RDRAVVSELFLRAAQAYGVKRGQRMLGLSFRDRRIPTLEEFAEAVDRLKLVAIRLTPA + DNS" + gene 678953..679168 + /gene="vapb26" + /locus_tag="BQ2027_MB0596" + CDS 678953..679168 + /gene="vapb26" + /locus_tag="BQ2027_MB0596" + /note="Mb0596, -, len: 71 aa. Equivalent to Rv0581, len: + 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 71 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing weak similarity to several Mycobacterium + tuberculosis proteins including + P95003|Z83863|Rv2550c|MTCY159_6 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN (81 aa), FASTA scores: opt: 93, E(): 3.2, (25.7% + identity in 70 aa overlap); Rv2871; Rv1241; etc. Also + shows weak similarity to X05648|SGSPH_1 from Streptomyces + glaucescens (77 aa), FASTA scores: opt: 92, E(): 3.6, + (35.4% identity in 65 aa overlap). Protein product from + Mb0596 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0596 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb26" + /protein_id="CAB5248305.1" + /translation="MDKTTVYLPDELKAAVKRAARQRGVSEAQVIRESIRAAVGGAKP + PPRGGLYAGSEPIARRVDELLAGFGER" + gene 679165..679572 + /gene="vapc26" + /locus_tag="BQ2027_MB0597" + CDS 679165..679572 + /gene="vapc26" + /locus_tag="BQ2027_MB0597" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0597, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv0582, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0597 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0597 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc26. contains pin domain." + /protein_id="CAB5248306.1" + /translation="MIIDTSALLAYFDAAEPDHAAVSECIDSSADALVVSPYVVAELD + YLVATRVGVDAELAVLRELAGGAWELANCGAAEIEQAARIVTKYQDQRIGIADAANVV + LADRYRTRTILTLDRRHFSALRPIGGGRFTVIP" + gene complement(679632..680318) + /gene="lpqN" + /locus_tag="BQ2027_MB0598C" + CDS complement(679632..680318) + /gene="lpqN" + /locus_tag="BQ2027_MB0598C" + /note="Mb0598c, lpqN, len: 228 aa. Equivalent to Rv0583c, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). Probable lpqN, + conserved lipoprotein, equivalent to + AAA90989.1|U20446|MK35|U20446|MKU20446_1 lipoprotein + precursor from Mycobacterium kansasii (225 aa), FASTA + scores: opt: 945, E(): 0, (62.7% identity in 228 aa + overlap); and similar to others from Mycobacteria e.g. + Rv0040c and Rv1016c from Mycobacterium tuberculosis. + Contains N-terminal signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb0598c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0598c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQN" + /protein_id="CAB5248307.1" + /translation="MKHFTAAVATVALSLALAGCSFNIKTDSAPTTSPTTTSPTTSTT + TTSATTSAQAAGPNYTIADYIRDNHIQETPVHHGDPGSPTIDLPVPDDWRLLPESSRA + PYGGIVYTQPADPNDPPTIVAILSKLTGDIDPAKVLQFAPGELKNLPGFQGSGDGSAA + TLGGFSAWQLGGSYSKNGKLRTVAQKTVVIPSQGAVFVLQLNADALDDETMTLMDAAN + VIDEQTTITP" + gene 680472..683105 + /locus_tag="BQ2027_MB0599" + CDS 680472..683105 + /locus_tag="BQ2027_MB0599" + /note="Mb0599, -, len: 877 aa. Equivalent to Rv0584, len: + 877 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 877 aa overlap). Possible conserved + exported protein, similar to other hypothetical proteins + which are not necessarily secreted e.g. + CAB61925.1|AL133278 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (772 aa); + AAD51075.1|AF175722_1|AF175722 immunoreactive 89kD antigen + PG87 from Porphyromonas gingivalis (781 aa), FASTA scores: + opt: 637, E(): 2.1e-30, (29.1% identity in 794 aa + overlap); etc. Contains PS00699 Nitrogenases component 1 + alpha and beta subunits signature 1. Has potential + N-terminal signal peptide. Mb0599 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248308.1" + /translation="MRARRLRRALAALLAVAGLFVPFIVGVPTAYDGEPVFVAIPVEH + VNTLIGTGTGAAIVGEINNFPGASVPFGMVQYSPDTVDNYAGYDYGNPHSTGFSMTHA + SVGCPAFGDISMLPTTTPLGSQPWSAWEEIAHDDTEVGVPGYYTVRFPGTGVIAELTA + TTRTGVGRFRYPRNGWPALFHVRSGASLAGNYAATLQIEDNTTITGSATSGGFCGKKN + LYTVYFAMKFSQPFSSYGTWDGYAVYPGSHSMNSSYSGGYVGFPAGSVLEVRTALSYV + SVDGARANLDAEGGASFDDIRAATSSEWNAALSRIAVAGRGPGDVDTFYTCLYRSLLH + PNTFNDVDGRYIGFDGVIHSVASGHTHYANFSDWDTYRSLAPLQGLLFPQRASDMIQS + LVTDAEQSGAYPRWALANSATGMMSGDSVVPLIVNLYAFGARDFDLKSALHYMVNAAT + QGGVGLDGFLERPGIAAYLRLGYGPQTAEFRANGRIAGASVTLEWSVDDFAISRFADS + LGDTATAAVFQNRSQYWQNLFNPTTGYISPRSAAGFFPDGPGFVAYPSGFGQDGYDEG + NAEQYLWWVPHNVAGLVTALGGRTAVVKRLDRFTKKLNVGPNEPYLWAGNEPGFGVPW + LYNYIGQPWKTQRTVDRVRGLFGPTPGGAPGNDDLGALSSWYVWAALGLYPSTPGTTI + LTVNTPLFDRAVIALPTGKSIQITAPGASGRNRLKYIDGLTIDRQPSNQTFLPESIVR + TGGDLTFSLAGTPNKVWGTAASAAPPSFGAGSSAVTVNIARPIIGIVPGATGTVTVDA + QRMIDGVDDYTVTPTSYVVGIAAEPLSGQFDDDGAVSASVAITVARSVPSGYYPIYVT + TSAGDSARTLIVLVVVAEAVE" + gene complement(683128..685515) + /locus_tag="BQ2027_MB0600C" + CDS complement(683128..685515) + /locus_tag="BQ2027_MB0600C" + /note="Mb0600c, -, len: 795 aa. Equivalent to Rv0585c, + len: 795 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 795 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein. C-terminus similar to + CAB88984.1|AL353864 putative integral membrane protein + from Streptomyces coelicolor (299 aa); and C-terminal + region of CAC01311.1|AL390968 putative integral membrane + protein from Streptomyces coelicolor (925 aa). Also some + similarity with Rv0204 from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0600c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0600c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="CAB5248309.1" + /translation="MRVDGRDIGVSGNLLQPLTRRTNDIIRAVLAAIYLVAVITSSLI + TRPQWVALEKSISEIVGVLSPSQSDLVYLGYGLAILALPFVILIGLIVSRQWKLLGAY + AAAGLMAVLPLSISSSRIAAPRWHFDLSDRLATLLAQFLDDPRWIAILAAVLTVSGPW + LPARWRHWWWALLLAFVPIHLVVSAIVPARSLLGLAVGWLVGALVVLVVGTPALEVPL + DGAIRALAKRGFAVSGLAVVRPAGPGPLVLSAACEQPNAGACSEALIELYGPHQSGGG + ALRQLWLKLTLRGTETAPLQASMRRAVEHRALMAIAFGDLGMANTTVIAVSPLDRGWT + LYAHRPARGIGISECTKTTPTAHVWEALRTLHDQQISHGDLCSAEITVDNGAVLFGGF + GEAEYGATDAQLQSDLAQLLVTTSALYDAEAAVTAAIDTFGKQAILAASRRLTKSAVP + KRIRESITDPNAVIASTRAEVMRQTGADQIKAETITRFSRGQLIQLVLIGALVYVAYP + FISTVPTFFSQLRTANWWWALLGLAVSALTYVGAAAALWACADGLVGFWKLSIMQVAN + TFAATTTPAGVGGLALSTRFLQKGGLTAVRATAAVALQQSVQVIVHLVLLILFSALAG + TSTDLSHFVPNATVLYLIAGVALGIVGTFLFVPKLRRWLATAVRPKLREVTNDLIALA + REPKRLALIVLGCAGTTLGAALALWASIEAFGGGTTFVTVTVVTMVGGTLASAAPTPG + GVGAVEAALIGGLAAFGVPAALGVPSVLLYRLLTCWLPVFAGWQVMHWLTRHEMI" + gene 685653..686375 + /gene="mce2r" + /locus_tag="BQ2027_MB0601" + CDS 685653..686375 + /gene="mce2r" + /locus_tag="BQ2027_MB0601" + /note="Mb0601, -, len: 240 aa. Equivalent to Rv0586, len: + 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 240 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, GntR family, similar to many + e.g. P33233|LLDR_ECOLI putative L-lactate dehydrogenase + operon regulatory protein from Escherichia coli (258 aa), + FASTA scores: opt: 225, E(): 9.3e-08, (26.7% identity in + 232 aa overlap); etc. Also similar to other M. + tuberculosis transcriptional regulators GntR proteins e.g. + Rv3060c, Rv0792c, etc. Contains PS00043 Bacterial + regulatory proteins, gntR family signature and probable + helix-turn helix motif from aa 35-56 (Score 1531, +4.40 + SD). Protein product from Mb0601 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0601 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein + mce2r (gntr-family)" + /protein_id="CAB5248310.1" + /translation="MALQPVTRRSVPEEVFEQIATDVLTGEMPPGEALPSERRLAELL + GVSRPAVREALKRLSAAGLVEVRQGDVTTVRDFRRHAGLDLLPRLLFRNGELDISVVR + SILEARLRNFPKVAELAAERNEPELAELLQDSLRALDTEEDPIVWQRHTLDFWDHVVD + SAGSIVDRLMYNAFRAAYEPTLAALTTTMTAAAKRPSDYRKLADAICSGDPTGAKKAA + QDLLELANTSLMAVLVSQASRQ" + gene 686372..687169 + /gene="yrbE2A" + /locus_tag="BQ2027_MB0602" + CDS 686372..687169 + /gene="yrbE2A" + /locus_tag="BQ2027_MB0602" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0602, yrbE2A, len: 265 aa. Equivalent to Rv0587, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). yrbE2A, hypothetical + unknown integral membrane protein, part of mce2 operon and + member of YrbE family (see citations below for more + information), highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07412|Rv0167|MTCI28.07|yrbE1A (265 aa); + O53965|Rv1964|MTV051.02|yrbE3A (265 aa); etc. Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of the yrbEA type, e.g. P45392|YRBE_ECOLI + hypothetical 27.9 kDa protein from Escherichia coli (260 + aa), FASTA scores: opt: 287, E(): 6.1e-12, (21.5% identity + in 256 aa overlap); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 hypothetical + protein from Haemophilus influenzae (261 aa), FASTA + scores: opt: 311, E(): 1.8e-83, (24.2% identity in 265 aa + overlap); NP_302654.1|NC_002677 conserved membrane protein + from Mycobacterium leprae (267 aa); etc. Mb0602 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + YRBE2A" + /protein_id="CAB5248311.1" + /translation="MTTHAVIITYLRDQTQPAVDAIGGFYRTCVLTGKALVRRPFHWR + EAIEQGWFITSVSLLPTLAVSIPLTVLIIFTLNILLAEFGAADISGAGAALGAVTQLG + PLTTVLVIAGAGATAICADLGARTIREEIDAMEVLGIDPIHRLVVPRVVAATIVAALL + NGAVITIGLVGGFVFSVFIQHVSAGAYVGTLTLVTGLPEVIISVVKSATFGLIAGLVG + CYRGLTTKGGPKGVGTAVNETLVLCVIALFATNVVLTTIGVRFGTGH" + gene 687171..688058 + /gene="yrbE2B" + /locus_tag="BQ2027_MB0603" + CDS 687171..688058 + /gene="yrbE2B" + /locus_tag="BQ2027_MB0603" + /note="Mb0603, yrbE2B, len: 295 aa. Equivalent to Rv0588, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). yrbE2B, hypothetical + unknown integral membrane protein, part of mce2 operon and + member of YrbE family (see citations below for more + information), highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07413|Rv0168|MTCI28.08|yrbE1B (289 aa); + O53966|Rv1965|MTV051.03|yrbE3B (271 aa); etc. Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of the yrbEB type, e.g. P45392|YRBE_ECOLI + hypothetical 27.9 kd protein from Escherichia coli (260 + aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 8.4e-08, (22.1 % + identity in 267 aa overlap); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 + hypothetical protei from Haemophilus influenzae (261 aa), + FASTA scores: opt: 234, E(): 6.3e-08, (24.2% identity in + 215 aa overlap); NP_302655.1|NC_002677 conserved membrane + protein from Mycobacterium leprae (289 aa); etc. Mb0603 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + YRBE2B" + /protein_id="CAB5248312.1" + /translation="MVESSTASAAAVLRARYPRTAASLDRYGGGTARRLERTGTFARF + TRISVVQIGWALRRYRRETLRLVAEIGMGTGAMAVVGGTVAIIGFVTLSGGSLIAIQG + FASLGNIGVEAFTGFFAALANTRVAAPIVSGVALAATVGAGATAQLGAMRISEEIDAL + EVMGIKSISFLVSTRILGGLVVIMPLYALALDMAFTSGQVVTTVFYGQSNGTYEHYFR + TFLRPEDVGWSVVEVVIIAVVVMITHCYYGYTASGGPVGVGQAVGRSMRFSLVSVVVV + VLLAELALYGVDPNFNLTV" + gene 688064..689278 + /gene="mce2A" + /locus_tag="BQ2027_MB0604" + CDS 688064..689278 + /gene="mce2A" + /locus_tag="BQ2027_MB0604" + /note="Mb0604, mce2A, len: 404 aa. Equivalent to Rv0589, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 404 aa overlap). mce2A; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + P72013|MCE1|Rv0169|MTCI28.09|mce1A (454 aa); + O53967|MCE3|Rv1966|MTV051.04|mce3A (425 aa); etc. Also + highly similar to others e.g. + AAD52105.1|AF113402_1|AF113402 mycobacterial cell entry + protein from Mycobacterium bovis BCG (454 aa); + NP_302656.1|NC_002677 putative cell invasion protein from + Mycobacterium leprae (441 aa); CAC12798.1|AL445327 + putative secreted protein from Streptomyces coelicolor + (418 aa); etc. Also highly similar, but longer 21 aa, to + P72013|CAA50257.1|X70901|MTCI28.08 Mcep protein from + Mycobacterium tuberculosis (432 aa), FASTA scores: opt: + 1324, E(): 0, (62.6% identity in 436 aa overlap). Contains + a possible N-terminal signal or anchor sequence. Note that + previously known as mce2. Mb0604 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE2A" + /protein_id="CAB5248313.1" + /translation="MPTLVTRKNRRAWLYVEGVVLLLVGALVLVLVYKQFRGEFTPKT + ELTMVASRAGLVMEAGSKVTYNGVEIGRVGSISEIERDGRPAAKLVLDVNPRYISLIP + VNVVADIEAATLFGNKYVALSAPKIPQQQRISSHDVIDVGSVTTEFNTLFETITSIAE + KVDPIELNATLSAVAQAPDGLGGKFGESIVNGNQILAQLNPRLPQLGYDVRRLADLGE + VYVDASPDLWSFLQNALTTARTLTSQQRDLDAALLAATGAGNTGEDVFARGGPYLARA + AADLVPTATLLDTYSPELFCMIRNFHDAAPKVADAVGGNGYSLAAAGTILGAPNPYVY + PDNLPRVNAHGGPGGRPGCWQTITRELWPAPYLVMDTGASLAPYNHVELGQPMFTEYV + WGRQYGENTINP" + gene 689275..690306 + /gene="mce2B" + /locus_tag="BQ2027_MB0605" + CDS 689275..690306 + /gene="mce2B" + /locus_tag="BQ2027_MB0605" + /note="Mb0605, mce2B, len: 343 aa. Equivalent to Rv0590 + and Rv0590A, len: 275 aa and 84 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 255 aa + overlap and 100.0% identity in 84 aa overlap). mce2B: + belongs to 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce + protein family (see citations below for more information), + highly similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07414|Rv0170|MTCI28.10|mce1B (346 aa); + O53968|Rv1967|MTV051.05|mce3B (342 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302657.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (346 aa); + P45391|YRBD_ECOLI hypothetical 19.6 kd protein from + Escherichia coli (183 aa), FASTA scores: opt: 160, E(): + 0.00099, (28.3% identity in 166 aa overlap); + P45029|YRBD_HAEIN|HI1085 hypothetical protein from + Haemophilus influenzae (167 aa), FASTA scores: opt: 135, + E():0.035, (25.9% identity in 143 aa overlap); etc. + Contains possible N-terminal signal or anchor sequence. + Rv0590A: probable continuation of mce2B|Rv0590. Can find + no frameshift to account for this. Possible nucleotide G + missing at 688793 as there are 5 in Mycobacterium bovis + but only 4 in CDC1551. Strong similarity to C-terminus of + other Mce proteins e.g. AL583926|AL583926_38 from + Mycobacterium leprae strain TN (346 aa), FASTA scores: + E(): 1.2e-20, (67.85% identity in 84 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mce2B and Rv0590A are 2 genes, + most likely to be linked. In Mycobacterium bovis, an + in-frame insertion of a single base (*-g) leads to a + single product. Mb0605 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="mce-family related protein" + /protein_id="CAB5248314.1" + /translation="MKTTGTTIKLGIVWLVLSVFTVMIIVVFGQVRFHHTTGYSAVFT + HVSGLRAGQFVRAAGVEVGKVAKVTLIDGDKQVLVDFTVDRSLSLDQATTASIRYLNL + IGDRYLELGRGHSGQRLAPGATIPLEHTHPALDLDALLGGFRPLFQTLDPDKVNSIAS + SIITVFQGQGATINDILDQTASLTATLADRDHAIGEVVNNLNTVLATTVKHQTEFDRT + VDKLEVLITGLKNRADPLAAAAAHISSAAGTLADLLGADRPLLHSSFGHLEGIQQPLI + DELAELDHVLGKLPDAYRIIGRAGGIYGDFFNFYLCDISLKVNGLQPGGPVRTVKLFG + QPTGRCTPQ" + gene 690303..691748 + /gene="mce2C" + /locus_tag="BQ2027_MB0606" + CDS 690303..691748 + /gene="mce2C" + /locus_tag="BQ2027_MB0606" + /note="Mb0606, mce2C, len: 481 aa. Equivalent to Rv0591, + len: 481 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 481 aa overlap). mce2C; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07415|R0171|MTCI28.11|mce1C (515 aa); + O53969|Rv1968|MTV051.06|mce3C (410 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302658.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (519 aa); + CAC12796.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (351 aa); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and may contain + N-terminal signal or anchor sequence. Has highly Pro-rich + C-terminus. Mb0606 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE2C" + /protein_id="CAB5248315.1" + /translation="MRTLTEFNRGRVGMMGAVVTVLVVGVAQSFTSVPMLFATPTYYA + QFADMGGINTGDKVEIAGVNVGLVRSLAIRGNRVLIGFSLPGKTIGMQSRAAIRTDTI + LGRKNLEIEPRGSEPLKPNGFLPLAQTTTPYQIYDAFVDVTKAATGWDIDAVKRSLNV + LSETFDQTAPHLSAALEGVKAFSDTVGRRGEQIEQLLANANRIARVLGDRSEQVNGLL + VNAKTLLAAFKQRSQALRILLTNVSEASAQVSGLITDNPNLNHVLAQLRTVSEELVKR + KNELADVAVLLGRYTAALTEAVGSGPFFKAMVVNLLPYQILQPWVDAAFKKRGIDPEN + FWRSAGLPEFRWPDPNGTRFPNGAPPAAPPVREGTPKHPGPAVPPGTPCSYTPAAGAL + PRPDNPLPCAGATVGPFGGPDFPAPLDVQPSPPNPDGPPPTPGILSAGRPGEPAPAVP + GIPMPLPPNAPPGARTQPLEPFPDGTGGSNQ" + gene 691745..693181 + /gene="mce2Da" + /locus_tag="BQ2027_MB0607" + CDS 691745..693181 + /gene="mce2Da" + /locus_tag="BQ2027_MB0607" + /note="Mb0607, mce2Da, len: 478 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0592, len: 508 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 471 aa overlap). mce2D; + belongs to 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce + protein family (see citations below for more information), + highly similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07416|Rv0172|MTCI28.12|mce1D (530 aa); + O53970|Rv1969|MTV051.07|mce3D (423 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302659.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (531 aa); + CAC12795.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (337 aa); etc. Has highly Pro-rich + C-terminus and may contain N-terminal signal or anchor + sequence. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mce2D exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits mce2D into 2 parts, mce2Da and + mce2Db. Mb0607 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE2DA [FIRST PART]" + /protein_id="CAB5248316.1" + /translation="MSTIFDIRSLRLPKLSAKVVVVGGLVVVLAVVAAAAGARLYRKL + TTTTVVAYFSEALALYPGDKVQIMGVRVGSIDKIEPAGDKMRVTLHYSNKYQVPATAT + ASILNPSLVASRTIQLSPPYTGGPVLQDGAVIPIERTQVPVEWDQLRDSINGILRQLG + PTERQPKGPFGDLIESAADNLAGKGRQLNETLNSLSQALTALNEGRGDFVAITRSLAL + FVSALYQNDQQFVALNENLAEFTDWFTKSDHDLADTVERIDDVLGTVRKFVSDNRSVL + AADVNNLADATTTLVQPEPRDGLETALHVLPTYASNFNNLYYPLHSSLVGQFVFPNFA + NPIQLICSAIQAGSRLGYQESAELCAQYLAPVLDALKFNYLPFGSNPFSSAATLPKEV + AYSEERLRPPPGYKDTTVPGIFSRDTPFSHGNHEPGWVVAPGMQGMQVQPFTANMLTP + ESLAELLGGPDIAPPAAGNQLARTAECV" + gene 693129..693272 + /gene="mce2Db" + /locus_tag="BQ2027_MB0608" + /pseudo + CDS 693129..693272 + /gene="mce2Db" + /locus_tag="BQ2027_MB0608" + /note="Mb0608, mce2Db, len: 47 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0592, len: 508 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (95.7% identity in 47 aa overlap). mce2D; + belongs to 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce + protein family (see citations below for more + information),highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07416|Rv0172|MTCI28.12|mce1D (530 aa); + O53970|Rv1969|MTV051.07|mce3D (423 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302659.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (531 aa); + CAC12795.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (337 aa); etc. Has highly Pro-rich + C-terminus and may contain N-terminal signal or anchor + sequence. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mce2D exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits mce2D into 2 parts, mce2Da and + mce2Db.;MCE-FAMILY PROTEIN MCE2DB [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 693269..693835 + /gene="lprL" + /locus_tag="BQ2027_MB0609" + CDS 693269..693835 + /gene="lprL" + /locus_tag="BQ2027_MB0609" + /note="Mb0609, lprL, len: 188 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0593, len: 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 188 aa overlap). + Possible lprL (alternate gene name: mce2E), lipoprotein + which belongs to 24-membered Mycobacterium tuberculosis + Mce protein family (see citations below for more + information), highly similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O07417|LPRK|Rv0173|MTCI28.13|mce1E (390 aa); + O53971|LPRM|Rv1970|MTV051.08|mce3E (377 aa); etc. Also + highly similar to others e.g. NP_302660.1|NC_002677 + putative lipoprotein from Mycobacterium leprae (392 aa); + CAC12794.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (413 aa); etc. Contains possible + signal sequence and PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transition (c-t) introducing a stop codon, + leads to the formation of a truncated product compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (188 aa versus 402 aa). Mb0609 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MCE-FAMILY LIPOPROTEIN LPRL (MCE-FAMILY + LIPOPROTEIN MCE2E)" + /protein_id="CAB5248318.1" + /translation="MRCGVSAGSANGKPNRWTLRCGVSAGHRGSVFLLAVLLAPVVLT + SCTWRGIANVPLPVGRGMGPDRMTIYVQMPDTLALNTNSRVRVADVWVGTVRDISLRN + WIATLTLELEPTVRLPANATAKIGQTSLLGTQHVELAAPPIPSPQPLKSGDTIGLKNS + SAYPTVERTLASVALILTGGGIVNLDVI" + gene 694482..696032 + /gene="mce2F" + /locus_tag="BQ2027_MB0610" + CDS 694482..696032 + /gene="mce2F" + /locus_tag="BQ2027_MB0610" + /note="Mb0610, mce2F, len: 516 aa. Equivalent to Rv0594, + len: 516 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 516 aa overlap). mce2F; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins + O07418|Rv0174|MTCI28.14|mce1F (515 aa); + O53972|Rv1971|MTV051.09|mce3F (437 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. NP_302661.1|NC_002677 putative + secreted protein from Mycobacterium leprae (516 aa); + AAF74993.1|AF143400_1|AF143400|996A027a protein from + Mycobacterium avium (80 aa) (similarity on C-terminus); + CAC12793.1|AL445327 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (433 aa); etc. Contains possible + N-terminal signal or anchor sequence. Mb0610 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE2F" + /protein_id="CAB5248319.1" + /translation="MLTRAIKTQLVLLTVLAVIAVVVLGWYFLRIPSLVGIGRYTLYA + ELPRSGGLYRTANVTYRGITIGKVTGVEPTERGARATMSIDNGYQIPTDASANVHSVS + AVGEQFVDLVSTRTSGPYLRHGQTITTTTVPSQIGPALDAANRGLAVLPKDRVASVLH + EASEAVGGLGSSLNRLIEATQAIAHDVRGSLEDIDDIIERSAPIIDSQVNSGNEIARW + AANLNTLAAQTAQTDPAVRSILANAAPTADQVNATFSDVRESLPQTLANLEVVIDMLK + RYHNGVEQALVFLPQSGAIAQSVTTEFPGQAGLGVGGLALNQPPPCLTGFLPASEWRS + PADTSTAPLPKGTYCRIPMDASNVVRGARNNPCVDVPGKRAATPRECRSNEAYVPGGT + NPWYGDPNQMLSCPAPAARCDQPVKPGQVIPAPSVNNGINPLPADQLPGTPPPVNDPL + QRPGSGTVQCNGQQPNPCVYTPSTFPTTIYDVQSGKVVAPDGVVYSVEASTHAGADGW + KVMLAPTG" + gene complement(696084..696476) + /gene="vapc4" + /locus_tag="BQ2027_MB0611C" + CDS complement(696084..696476) + /gene="vapc4" + /locus_tag="BQ2027_MB0611C" + /note="Mb0611c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv0595c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other conserved + hypothetical proteins e.g. Rv0627 (135 aa) and Rv0665 (112 + aa) from Mycobacterium tuberculosis; and STBB_PSESM|Q52562 + plasmid stability protein from Pseudomonas syringae (139 + aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 0.0035, (35.2% identity + in 88 aa overlap). Protein product from Mb0611c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0611c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc4" + /protein_id="CAB5248320.1" + /translation="MNVRRALADTSVFIGIEATRFDPDRFAGYEWGVSVVTLGELRLG + VLQASGPEAAARRLSTYQLAQRFEPLGIDEAVSEAWALLVSKLRAAKLRVPINDSWIA + ATAVAHGIAILTQDNDYAAMPDVEVITI" + gene complement(696473..696730) + /gene="vapb4" + /locus_tag="BQ2027_MB0612C" + CDS complement(696473..696730) + /gene="vapb4" + /locus_tag="BQ2027_MB0612C" + /note="Mb0612c, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv0596c, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar in part to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. Rv0626, Rv3181c, + Rv3385c, Rv3407, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb4" + /protein_id="CAB5248321.1" + /translation="MSATIPARDLRNHTAEVLRRVAAGEEIEVLKDNRPVARIVPLKR + RRQWLPAAEVIGELVRLGPDTTNLGEELRETLTQTTDDVRW" + gene complement(696913..698148) + /locus_tag="BQ2027_MB0613C" + CDS complement(696913..698148) + /locus_tag="BQ2027_MB0613C" + /note="Mb0613c, -, len: 411 aa. Equivalent to Rv0597c, + len: 411 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 411 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Rv3179 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (429 + aa). Also similar to AAF76191.1|AF271296_1|AF271296 + putative ATP/GTP binding protein from Mycobacterium + smegmatis (428 aa); Rv2008c|YW09_MYCTU|Q10849 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (441 + aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 3.6e-11, (30.5% identity + in 416 aa overlap) (N-terminus longer). Also similar to + other hypothetical proteins e.g. NP_085874.1|NC_002679 + hypothetical protein from Mesorhizobium loti (435 aa) + (N-terminus longer). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). Protein product from Mb0613c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0613c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATPase" + /protein_id="CAB5248322.1" + /translation="MGVVERAIAPSVLAALADTPVVVVNGARQVGKTTLVARLDYPGS + SEVVSLDDVANRDAARDDPRAFVSRPVDTLVIDEAQLEPGLFRAIKAEVDRDRRPGRF + LLTGSARLLSAPDMADALVGRVEIIELWPFSQGERAGIADGFVDALFTAPRELIHGSD + MRRADLVDRIATGGFPDIVARSPSRRRAWFDNYLTTATQSVIREISPIERLAEMPRVL + RLCAARTGAELNVSALANDLSIPARTTAGYLALLEAAFLIHRVPAWSTNLSRKVIRRP + KLVVSDSGLACHLLGVTGATLDRPGRPLGPLLETFVANEIRKQLTWSTERPSLWHFRD + RGGAEVDLVLEHPDGRVCGIEVKATSTPRAEDLRGLRYLAERLDDRFQFGVLLTAAPE + ATPFGPTLAALPVSTLWAG" + gene complement(698399..698812) + /gene="vapc27" + /locus_tag="BQ2027_MB0614C" + CDS complement(698399..698812) + /gene="vapc27" + /locus_tag="BQ2027_MB0614C" + /note="Mb0614c, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv0598c, + len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; similar to Rv2596|Y0B5_MYCTU|Q50625 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (134 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): + 8.2e-12, (41.5% identity in 130 aa overlap). Protein + product from Mb0614c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0614c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc27. contains pin domain." + /protein_id="CAB5248323.1" + /translation="MKPPLAVDTSVAIPLLVRTHTAHAAVVAWWAHREAALCGHALAE + TYSVLTRLPRDLRLAPMDAARLLTERFAAPLLLSSRTTEHLPRVLAQFEITGGAVYDA + LVALAAAEHRAELATRDARAKDTYEKIGVHVVVAA" + gene complement(698809..699045) + /gene="vapb27" + /locus_tag="BQ2027_MB0615C" + CDS complement(698809..699045) + /gene="vapb27" + /locus_tag="BQ2027_MB0615C" + /note="Mb0615c, -, len: 78 aa. Equivalent to Rv0599c, len: + 78 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 78 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv2595|Y0B6_MYCTU|Q50626 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (81 + aa), FASTA scores: opt: 160, E(): 6.2e-07, (35.8% identity + in 81 aa overlap). N-terminus shows stong similarity with + N-terminus of NP_104908.1|NC_002678 hypothetical protein + from Mesorhizobium loti (89 aa). Protein product from + Mb0615c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0615c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb27" + /protein_id="CAB5248324.1" + /translation="MKAVVDAAGRIVVPKPLREALGLQPGSTVEISRYGAGLHLIPTG + RTARLEEENGVLVATGETTIDDEVVFGLIDSGRK" + gene complement(699149..699655) + /locus_tag="BQ2027_MB0616C" + CDS complement(699149..699655) + /locus_tag="BQ2027_MB0616C" + /note="Mb0616c, -, len: 168 aa. Equivalent to Rv0600c, + len: 168 aa (probable partial CDS), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 168 aa + overlap). Probable two-component sensor kinase (second + part) (EC 2.7.3.-), similar to part (C-termini) of many + others e.g. Q04943|AFQ2_STRCO sensor protein afsq2 from + Streptomyces coelicolor (535 aa), FASTA scores: opt: 347, + E(): 1.9e-12, (33.0% identity in 206 aa overlap); etc. + Note that sequence was checked and no errors were + detected, which would allow this and the upstream ORF to + be joined." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="two component sensor kinase [second part]" + /protein_id="CAB5248325.1" + /translation="MPITPLLHESVARFAATGADITTRAEPDLFVSIDPDHLRRILTA + VLDNAITHGDGEIAVTAHARDGAVDIGVRDHGPGFADHFLPVAFDRFTRADTARGGRG + SGLGLAIVAALTTTHGGHANATNHPDGGAELRITLPTPRPPFHEELPRITSSDTKDPN + REHDTSDQ" + gene complement(699769..700239) + /locus_tag="BQ2027_MB0617C" + CDS complement(699769..700239) + /locus_tag="BQ2027_MB0617C" + /note="Mb0617c, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv0601c, + len: 156 aa (probable partial CDS), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 156 aa + overlap). Probable two-component sensor kinase (first + part) (EC 2.7.3.-), similar to part (N-termini) of others + e.g. Q0375|CUTS_STRLI cuts protein from streptomyces + lividans (414 aa), FASTA scores: opt: 230, E(): 3.1e-08, + (39.1% identity in 115 aa overlap). Note that the sequence + was checked and no errors were detected that would allow + this and the downstream ORF to be joined." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="two component sensor kinase [first part]" + /protein_id="CAB5248326.1" + /translation="MALVLAAAGAVTVVQFRDAAHEADPDGALRGLTDDITADLVREL + VTILPIVLVIAAVAAYLLSRAALRPVDRIRAAAQTLTTTPHPDTDAPLPVPPTDDEIA + WLATTLNTMLTRLQRALAHEQQFVADASHELRTPLALLTTELELRCAGPDPPTS" + gene complement(700283..701044) + /gene="tcrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0618C" + CDS complement(700283..701044) + /gene="tcrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0618C" + /note="Mb0618c, tcrA, len: 253 aa. Equivalent to Rv0602c, + len: 253 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 253 aa overlap). Probable tcrA, + two-component DNA-binding response regulator, highly + similar to others e.g. NP_107959.1|NC_002678 two-component + response regulator from Mesorhizobium loti (239 aa); etc. + Also similar to many other Mycobacterium tuberculosis + two-component regulators e.g. Q50806|MTCY10G2.16|Rv1033c + RESPONSE REGULATOR HOMOLOG TRCR (TCRV) (257 aa), FASTA + score: (47.4 identity in 232 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="two component dna binding transcriptional + regulatory protein tcra" + /protein_id="CAB5248327.1" + /translation="MADETTMRAGRGPGRACGRVSGVRILVIEDEPKMTALLARALTE + EGHTVDTVADGRHAVAAVDGGDYDAVVLDVMLPGIDGFEVCARLRRQRVWTPVLMLTA + RGAVTDRIAGLDGGADDYLTKPFNLDELFARLRALSRRGPIPRPPTLEAGDLRLDPSE + HRVWRADTEIRLSHKEFTLLEALIRRPGIVHTRAQLLERCWDAAYEARSNIVDVYIRY + LRDKIDRPFGVTSLETIRGAGYRLRKDGGRHALPR" + gene 701101..701412 + /locus_tag="BQ2027_MB0619" + CDS 701101..701412 + /locus_tag="BQ2027_MB0619" + /note="Mb0619, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv0603, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.1% identity in 103 aa overlap). Possible exported + protein with hydrophobic stretch at aa 7-29." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="CAB5248328.1" + /translation="MNRIVQFGVSAVAAAAIGIGAGSGIAAAFDGEDEVTGPDADRAR + AAAVQAVPGGTAGEVETETGEGAAAYGVLVTRADGTRVEVHLDRDFRVLDTKPADGDG + G" + gene 701484..702434 + /gene="lpqO" + /locus_tag="BQ2027_MB0620" + CDS 701484..702434 + /gene="lpqO" + /locus_tag="BQ2027_MB0620" + /note="Mb0620, lpqO, len: 316 aa. Equivalent to Rv0604, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 316 aa overlap). Probable lpqO, + conserved lipoprotein, highly similar to Rv2999|lppY + PUTATIVE LIPOPROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (321 + aa), FASTA scores: opt: 1153, E(): 0, (53.2% identity in + 312 aa overlap). Contains probable N-terminal signal + sequence and PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein + lipid attachment site. Protein product from Mb0620 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0620 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQO" + /protein_id="CAB5248329.1" + /translation="MIRRRGARMAALLAAAALALTACAGSDDKGEPDDGGDRGASLAT + TSDADWKPVADILGRTGKLNDGSVYKIGFARSDLSVQTKGVTVAPALSLGSWVAFART + PDGQTMLMGDLVVTEDELASVTDAVQAGGLQQTALHKHLLEQSPPIWWTHIAGHGDAA + DLARAVRSALDATDTPPPAPATSGQTSLDLDTAAIDEALGRSGTIAGGVYKFFIARRD + PVTMSGMLIPPSMGLATALNFQPTGNGRAAINGDFVMTAAEVQDVVQALRGGGIDIVA + IHNHGFDEQPRLFYMHFWAENDAVALARTLRAAVDATAAR" + gene 702629..704012 + /locus_tag="BQ2027_IS1536" + mobile_element 702629..704012 + /locus_tag="BQ2027_IS1536" + /note="IS1536, len: 1384 nt. Equivalent to IS1536, len: + 1384 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1384 nt overlap). Partial copy + of IS_1536" + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1536" + gene 702651..703259 + /locus_tag="BQ2027_MB0621" + CDS 702651..703259 + /locus_tag="BQ2027_MB0621" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0621, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv0605, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Possible resolvase + for IS_Y349 element, similar to several Mycobacterial + hypothetical proteins and weakly similar to Q52563 + resolvase from Pseudomonas syringae (210 aa), FASTA + scores: opt: 99, E(): 3.1, (35.7% identity in 98 aa + overlap). Contains PS00397 Site-specific recombinases + active site and probable helix-turn helix motif from aa + 9-30 (Score 1815, +5.37 SD). Protein product from Mb0621 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0621 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RESOLVASE" + /protein_id="SIT99217.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVY1" + /db_xref="InterPro:IPR006118" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="InterPro:IPR041718" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVY1" + /translation="MACCRNRGMNLAAWAERNGVARVTAYRWFHAGLLPVPARKVGRL + ILVDELASEAGAQPKTAVYARVSSADQKSDLDRQVARVTSWATAEQIPVDKVVTEVGS + VLNGHRRKFPAVLRDLSVTRIVVEHRDRFCRFGSEYVHAALAAQGRELVVVDSAEVDD + DLVWDMTEILTSMCARLYGKRAAQNRAKRAVAAAAVDDHEAA" + gene 703261..704004 + /locus_tag="BQ2027_MB0622" + CDS 703261..704004 + /locus_tag="BQ2027_MB0622" + /note="Mb0622, -, len: 247 aa. Equivalent to Rv0606, len: + 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Possible truncated + transposase for IS_1536 element, highly similar to + N-terminus of other transposases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. + YX16_MYCTU|Q10809|Rv2885c|MT2953|MTCY274.16c PUTATIVE + TRANSPOSASE from Mycobacterium tuberculosis (460 aa), + FASTA scores: opt: 1368, E(): 0, (83.5% identity in 237 aa + overlap); Rv2978c, Rv0922, Rv3827c, etc. Also similar to + N-terminus of MTV002_57|Rv2792 RESOLVASE from M. + tuberculosis (193 aa), FASTA score: (87.4% identity in 238 + aa overlap). Mb0622 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase (fragment)" + /protein_id="SIT99218.1" + /db_xref="InterPro:IPR021027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVV9" + /translation="MPRLEIPNGWCVQAFRFTLDPTAEQAHALARHFGARRKAYNWTV + AQLKADIQAWRATGAQTAKPSLRVLRKRWNTVKDEVCVNAETGTVWWPECSKEAYADG + IAGAVDAYWNWQQRRAGKRDGKRMGFPRFKKKGRDADRVSFTTGAMRVEPDRRHLTLP + VIGCVRTHENTRRIERLIAKDRARVLAITVRRNGTRLDASVRVLVQRPQQPNVELPES + RIGVDVGVRRLATVATADGACCPVLVPDG" + gene 704058..704444 + /locus_tag="BQ2027_MB0623" + CDS 704058..704444 + /locus_tag="BQ2027_MB0623" + /note="Mb0623, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv0607, len: + 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0623 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99219.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVV1" + /translation="MGAWQTADTMGIFQALPDVWGGWRTECWEDRFEEQLIRCNGALR + LPELDLAAGMDSAREWLRDRIFQRFSDSPAGQILKLSELLADVGPGLVVSDDAVTNGG + ARPNNEEWARFVAACDLVRGAHAESA" + gene 704489..704734 + /gene="vapb28" + /locus_tag="BQ2027_MB0624" + CDS 704489..704734 + /gene="vapb28" + /locus_tag="BQ2027_MB0624" + /note="Mb0624, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv0608, len: + 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical short proteins e.g. + Rv0623|P96913|MTCY20H10.04 (84 aa), FASTA scores: opt: + 159, E(): 1.2e-09, (43.0% identity in 86 aa overlap); + Rv2760c (89 aa); Rv1740 (70 aa), etc. Mb0624 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb28" + /protein_id="SIT99220.1" + /db_xref="InterPro:IPR011660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVU9" + /translation="MALNIKDPSVHQAVKQIAKITGESQARAVATAVNERLARLRSDD + LAARLLAIGHKTASRMSPEAKRLDHDALLYDERGLPA" + gene 704731..705132 + /gene="vapc28" + /locus_tag="BQ2027_MB0625" + CDS 704731..705132 + /gene="vapc28" + /locus_tag="BQ2027_MB0625" + /note="Mb0625, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv0609, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + YW37_MYCTU|Q10874|Rv1982c|MT2034|MTCY39.37 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (139 aa), FASTA scores: opt: 262, + E(): 8.1e-12, (39.1% identity in 128 aa overlap); + MTCY20H10.05|Rv0624|MT0652|MTCY20H10.05 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (131 aa), FASTA score: (42.9% + identity in 126 aa overlap), Rv0565c, Rv3854c, etc. Mb0625 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc28. contains pin domain." + /protein_id="SIT99221.1" + /db_xref="GOA:P67239" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67239" + /translation="MIVDTSAIIAILRDEDDAAAYADALANADVRRLSAASYLECGIV + LDSQRDPVISRALDELIEEAEFVVEPVTERQARLARAAYADFGRGSGHPAGLNFGDCL + SYALAIDRREPLLWKGNDFGHTGVQRALDRR" + gene 705129..705302 + /locus_tag="BQ2027_MB0626" + CDS 705129..705302 + /locus_tag="BQ2027_MB0626" + /note="Mb0626, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv0609A, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 75 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to part of upstream ORF + Rv0612|MTCY19H5.09c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (201 aa), FASTA scores: opt: + 154, E(): 1.8e-05, (74.3% identity in 35 aa overlap). + Mb0626 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99222.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY04" + /translation="MIDVSLARRCEAHGYDYFRSDDPVAAAGFVVSAVWSCGRGPGNA + TGSGRLPKPLRHS" + gene complement(705720..705917) + /locus_tag="BQ2027_MB0626CA" + CDS complement(705720..705917) + /locus_tag="BQ2027_MB0626CA" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb0626cA, len: 65 aa. No equivalent in M. tuberculosis + H37Rv. Identified by de novo proteomics of Mycobacterium + bovis AF2122/97 under exponential conditions,Mb0626cA + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99223.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWW3" + /translation="MTDEKCVRCGGDQLVEGAVVWNAPLRFKREGAGHFNRGTQVNAV + ACETCGHIDLYLESRARGSTK" + gene complement(705997..707154) + /locus_tag="BQ2027_MB0627C" + CDS complement(705997..707154) + /locus_tag="BQ2027_MB0627C" + /note="Mb0627c, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv0610c, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 385 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0627c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99224.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVZ8" + /translation="MDDELRGLLARYARGELSADDARRAILRYPKWRVAEIDGELETV + ALDDGTPMLIAESSASDGREYSGLELVRDIAPLVGGLSFDPDEPWGSAFRPGALPELQ + SWARTVELEDAVAKPGPGQRDLLYEGPWWVAVSPGTGRPAVHRADGLDVITIMTAPDA + AATFRRTERHRGLDVVRLGPALWGDLAKRSDFDGVRLNPLRPLAQLWPPHVPAMLVAG + CDPRPNAEPLPARTVAEIHLWLDQHGARQEKRELSNRATPVGEVTVARAWWNYDRREI + AFTRVAPASDTEGLGSVPSRILCAGKLRQSIQSKLAGLPRLTWRADAWHRQRAALAVG + WALELEKLVCGERVPFAALRTPEGAHLWHLEPQAFTARAIRKLRDRAASFR" + gene complement(707206..707589) + /locus_tag="BQ2027_MB0628C" + CDS complement(707206..707589) + /locus_tag="BQ2027_MB0628C" + /note="Mb0628c, -, len: 127 aa. Equivalent to Rv0611c, + len: 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 127 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Note that first start has been taken although + this overlaps slightly with the upstream ORF. Mb0628c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99225.1" + /db_xref="InterPro:IPR032568" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWB7" + /translation="MPDRPQHPTASRQSSMVSWNHGAAGWLHCVQCGSATNPTACLDW + LPPIHARSGPMYAEHDVVVLTRDVPDKSLIAGDVGAVVGRYAAGGYEVDFTAANGCTV + AVVTLAGDDIRPRRRREIPHVREVA" + gene 707569..708174 + /locus_tag="BQ2027_MB0629" + CDS 707569..708174 + /locus_tag="BQ2027_MB0629" + /note="Mb0629, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv0612, len: + 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar, but in part, to + downstream ORF Rv0609A CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (75 aa); and showing weak + similarity with other hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis. Note that first start has been + taken although this overlaps slightly with the upstream + ORF. Mb0629 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99226.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVV6" + /translation="MLGPIRQPRLTVRPGRLPGMIAGVAAKRMNREQFFRAASGLDED + RLRKALWNLYWRGTANMRERIEAELASAGRARPARKIKPPADPDIVGWEVDEFVSLAR + SGAYLGGDRRVSPRERSRWRFTFKRLAAEAQDALRAEDAEPAASALEQLIDLAREADG + YDYFRSDDPVAAAGFVVSDVAAAGHPHFREFAAEIGAAIPP" + gene complement(708193..710760) + /locus_tag="BQ2027_MB0630C" + CDS complement(708193..710760) + /locus_tag="BQ2027_MB0630C" + /note="Mb0630c, -, len: 855 aa. Equivalent to Rv0613c, + len: 855 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 855 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Contains a very short region with strong + similarity to several preprotein translocases e.g. + P47847|SECA_LISMO preprotein translocase seca subunit (836 + aa), FASTA scores: opt: 138, E(): 0.18, (38.6% identity in + 70 aa overlap, and 72.7% identity in 22 aa overlap). + Protein product from Mb0630c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0630c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99227.1" + /db_xref="InterPro:IPR004027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVZ0" + /translation="MAEAFDATQAVARILAEHGPLSEDDIARRLLDSGVADPDAVLRA + LRLETEWPARQLVDDRWVWLPTLLAGRVFTHRLGADEAVHDMLGVTPDLDPITTLCEH + EEYGRLADGSAARIVLAGYDEELLERRGIPDEAIDPGGALLLEPGTLATLGAAAGDLV + GVRLTAAGLVLERIGTAGADTSVGARLAELVDPDEPAFFPAAVWTACVDDPAAFTEPV + APLREILDQHGLTHEDDWLAPGGFNFDAWRFENRCELLAFRHDLDPNDAVALYTLIKL + HETMSLLLEATDPDELPRDVLATAAETATETGSDSLVDLLGDIGAALADPLLAELLVA + ETVGTDSGGAAALGLLTEMLEPKVPRAARVAVRWLRAVALDRIGDVEAAERELLAAES + MDTEWPLPLLDLARIASDRGDAERGLALLRRAGTEPDHPLVRLLERHRAQPRRDLGRN + EACWCGSGRKYKKCHLGREALPLAERVDWLYAKASQHALSGDWTGLLAEVSYERFRYA + DSDDEDALAAALADPLVLDAVLFEGGAFAEFLEVRGSLLPDDERLLAEQWLLVERSVF + EVEHVQPGEGVIVRDVRTGDTHEVHERAASRQLRAGQLICARPVPAGDTMVFFGGIEP + VALHERAVLIELLDDEPDPVTLVAQLSRRFAPPTLVNTEGDSLAICEASVRVDDPAGI + QGALDGVYDRVDGEEPPRWIEHVTNDGMLRVRATLVLDGDTLRVETNSEPRMDRVLAT + LTRLDPAMTVLDDDRRPLRNTREAAALAEQMPVTGAGAPDPDSPELAAALEEFIRDYE + TSWLDQPIPALDGHTPRQAADDPTRRADLIKLLDTFPAGAGARGGMDADRLRTALGL" + gene 710601..711593 + /locus_tag="BQ2027_MB0631" + CDS 710601..711593 + /locus_tag="BQ2027_MB0631" + /note="Mb0631, -, len: 330 aa. Equivalent to Rv0614, len: + 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + YY16_MYCTU|Q10685|Rv2077c|MT2137|MTCY49.16c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (323 aa), FASTA scores: opt: 200, + E(): 0.00016, (28.3% identity in 269 aa overlap); + MTCY9F9_15 FASTA score: (40.3% identity in 144 aa + overlap), Rv1949c, Rv2542, etc. Several start sites are + possible; first start has been chosen. Note that this ORF + overlaps with the upstream ORF." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIT99228.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVW8" + /translation="MPAIPFQGEARAGRRPGRPRRCPAGVVRCRPRSMGHVRPGFSPR + LGSHRTLRPRWPPYAAASRGLTSGTSRWGWPRLGFGVVTAPTRWTLADGRELLFFSLP + GPRTSGTAAERVARHAQAQTFAGDIRQRAIQLVVSEQEVASKITAATAGIATTTFPET + PSIDDTIIGNDNRDTGVRLVDVKQDGGTSPPPPFAPWDTPDGTPPPGTGLSPTLQQMI + LGGDPANLTGQGLADNVQRFVQSLPANDPNTAWLRGQVADLQAHVADIEYARTHCSTN + DWIDRTAQFASGAIVFSIGVLTAETGAGVVAAAAGGVGAATAGVSLLQCLVGSK" + gene 711590..711832 + /locus_tag="BQ2027_MB0632" + CDS 711590..711832 + /locus_tag="BQ2027_MB0632" + /note="Mb0632, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv0615, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 80 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Mb0632 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99229.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVW0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVW0" + /translation="MMDVLAAGIAAGALTLAAWGAWRPHYRAASYLVAGAVELALIGL + LVVTGQTLMAISVAFLVALGGPLVVVNHRRAERSRG" + gene complement(711829..712095) + /locus_tag="BQ2027_MB0633C" + CDS complement(711829..712095) + /locus_tag="BQ2027_MB0633C" + /note="Mb0633c, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv0616c, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99230.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVW1" + /translation="MRIPGNRQCLLVQVLRQVDGSAHRLILTSLHRDARADAHRYSNG + TDHAGRAADEPAETAHEPCWVAARGLASQASRAMSATYRPSSFI" + gene 712027..712254 + /gene="vapB29" + /locus_tag="BQ2027_MB0633A" + CDS 712027..712254 + /gene="vapB29" + /locus_tag="BQ2027_MB0633A" + /note="Mb0633A, len: 75 aa. Equivalent to Rv0616A len: 75 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 75 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB29, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv0617, + see Arcus et al. 2005. Similar to many others in M. + tuberculosis e.g. Rv2530A (74 aa) 35.9% identity in 78 aa + overlap,Mb0633A found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB29" + /protein_id="SIT99231.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVV4" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVV4" + /translation="MRTTIDLPQDLHKQALAIARDTHRTLSETVADLMRRGLAANRPT + ALSSDPRTGLPLVSVGTVVTSEDVRSLEDEQ" + gene 712251..712652 + /gene="vapc29" + /locus_tag="BQ2027_MB0634" + CDS 712251..712652 + /gene="vapc29" + /locus_tag="BQ2027_MB0634" + /note="Mb0634, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv0617, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. Rv2494, Rv3320c, + Rv0749, Rv0277c, Rv2530c, etc. Protein product from Mb0634 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0634 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc29. contains pin domain." + /protein_id="SIT99232.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY12" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY12" + /translation="MTVLLDANVLIALVVAEHVHHDAAADWLMASDTGFATCPMTQGS + LVRFLVRSGQSAAAARDVVSAVQCTSRHEFWPDALSFAGVEVAGVVGHRQVTDAYLAQ + LARSHDGQLATLDSGLAHLHGDVAVLIPTTT" + gene 712781..713965 + /gene="galT" + /locus_tag="BQ2027_MB0635" + CDS 712781..713965 + /gene="galT" + /locus_tag="BQ2027_MB0635" + /note="Mb0635, galT, len: 394 aa. Equivalent to Rv0618 and + Rv0619, len: 231 aa (probable partial CDS) and 181 aa + (probable partial CDS), from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 219 aa overlap and 99.4% + identity in 174 aa overlap). Rv0618: Probable galT', first + part of galactose-1-phosphate uridylyltransferase (EC + 2.7.7.10), highly similar to N-terminal half of other galT + proteins e.g. P13212|GAL7_STRLI galactose-1-phosphate + uridylyltransferase from Streptomyces lividans (354 aa), + FASTA scores: opt: 296, E(): 1.4e-11, (50.8% identity in + 177 aa overlap); etc. Also highly similar to N-terminal + half of some UDP glucose--hexose-1-phosphate + uridylyltransferases (EC 2.7.7.12). N-terminal 28 aa + similar to MTCY20H11.08|Rv0627|MTCY20H11.08 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (135 + aa), FASTA score: (71.4% identity in 28 aa overlap). + BELONGS TO THE GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE + >FAMILY 1. Rv0619: Probable 'galT, second part of + galactose-1-phosphate uridylyltransferase (EC 2.7.7.10), + highly similar to C-terminal half of other galT proteins + e.g. P13212|GAL7_STRLI galactose-1-phosphate + uridylyltransferase from Streptomyces lividans (354 aa), + FASTA scores: opt: 416, E(): 5.2e-22, (43.0% identity in + 186 aa overlap), etc. BELONGS TO THE GALACTOSE-1-PHOSPHATE + URIDYLYLTRANSFERASE FAMILY 1. Cosmid sequence is correct + but there may be a frameshift mutation in this region + which would allow the two ORFS to be joined. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, galT is split into 2 parts, + galT' and 'galT. In Mycobacterium bovis, an in-frame + insertion of a single base (*-a) leads to a single + product. Protein product from Mb0635 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0635 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable galactose-1-phosphate + uridylyltransferase galtb [second part]" + /protein_id="SIT99233.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWX5" + /db_xref="InterPro:IPR001937" + /db_xref="InterPro:IPR005849" + /db_xref="InterPro:IPR005850" + /db_xref="InterPro:IPR019779" + /db_xref="InterPro:IPR036265" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWX5" + /translation="MSATPPPGGLDASVFIANERGRQLDEALPVGFCVVTAPTRWTLA + DGRDLLFFSLPGHVPAPVSDRRPLPERDPAPSRLRFDRATGQWVIVAAQRQDRTYKPP + AARCPLCPGPTGLSSEVPAPDYDVVVFENRFPSLAGAGIAPIGAPDGDGFVSAPGHGR + CEVICFSADHTGSFAGLDPAHAGLVVHAWRHRTAELTALPGVAQVFCFENRGEEIGVT + LTHPHGQIYAYPYLTPRTAAMLRQARRHRKRHGDNLFASLLAREVADGSRIVVRGELF + TAFVPFAARWPVEVHIYPNRLVRNLTELNDGELDEFARIYLDVLQRFDRMYSSPLPYM + SALHQFSEVQRDGYFHVELMSIRRSATKLKYLAAAESAMDAFIADVIPESVAARLREL + GP" + gene 713962..715053 + /gene="galK" + /locus_tag="BQ2027_MB0636" + CDS 713962..715053 + /gene="galK" + /locus_tag="BQ2027_MB0636" + /note="Mb0636, galK, len: 363 aa. Equivalent to Rv0620, + len: 363 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, + (99.7% identity in 362 aa overlap). Probable galK, + galactokinase (EC 2.7.1.6), similar to others e.g. + P13227|GAL1_STRLI GALACTOKINASE from Streptomyces lividans + (397 aa); P06976|GAL1_ECOLI galactokinase from Escherichia + coli (381 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): 0, (35.9% + identity in 365 aa overlap); etc. Contains PS00106 + Galactokinase signature and PS00560 Serine + carboxypeptidases, histidine active site. BELONGS TO THE + GHMP KINASE FAMILY. GALK SUBFAMILY. Protein product from + Mb0636 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GALACTOKINASE GALK (GALACTOSE KINASE)" + /protein_id="SIT99234.1" + /db_xref="GOA:Q7U1L7" + /db_xref="InterPro:IPR000705" + /db_xref="InterPro:IPR006204" + /db_xref="InterPro:IPR006206" + /db_xref="InterPro:IPR013750" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR019539" + /db_xref="InterPro:IPR019741" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR022963" + /db_xref="InterPro:IPR036554" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1L7" + /translation="MTVSYGAPGRVNLIGEHTDYNLGFALPIALPRRTVVTFTPEHTG + AITARSDRADGSARIPLDTTPGQVTGWAAYAAGAIWALRGAGHPVPGGAMSITSDVEI + GSGLSSSAALIGAVLGAVGAATGTRIDRLERARLAQRAENDYVGAPTGLLDHLAALFG + APKTALLIDFRDITVRPVAFDPDACDVVLLLMDSRARHRHAGGEYALRRASCERAAAD + LGVSSLRAVQDRGLAALGAIADPIDARRARHVLTENQRVLDFAAALADSDFTAAGQLL + TASHESMREDFAITTERIDLIAESAVRAGALGARMTGGGFGGAVIALVPADRARDVAD + TVRRAAVTAGYDEPAVSRTYAAPGAAECC" + gene 715448..716605 + /locus_tag="BQ2027_MB0637" + CDS 715448..716605 + /locus_tag="BQ2027_MB0637" + /note="Mb0637, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv0621, len: + 354 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 354 aa overlap). Possible membrane + protein; contains potential membrane spanning regions. + Also contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a single base transition (a-g) leads to a longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (385 aa versus 354 aa). Mb0637 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99235.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWC6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC6" + /translation="MAGDRGADPGPANVTPGADDHAQHASPTVLCPQGHVNAWDYRFC + ERCGSPIGVVPWPSEESGTRQTAPARSFVPLVVLAATLLVVAVVVTAVGYAVTRPARN + DREEPSSARGAATTGVPFAQAEAASCPDDPVLEAESIDLTSDGLAVSAAFMSACAGGD + VESNSALEVTVADGRRDVAAGSFDFSADPLRIEPGVPARRTLVFPPGMYWRTPDMLSG + APALAATRKGRSDRSAARGGSARTTMVAAASAAPAYGSINAVAGAVLVELRDSDFPYV + RVGIANRWVPQVSSKRVGLVAAGKTWTSADILRDHLALRQRFGGARLVWSGHWTTFSG + PDFWVTVVGPAQPTAAEANRWCDSNGFGADDCFAKFISTLVGAKGTTVYRK" + gene 716616..717563 + /locus_tag="BQ2027_MB0638" + CDS 716616..717563 + /locus_tag="BQ2027_MB0638" + /note="Mb0638, -, len: 315 aa. Equivalent to Rv0622, len: + 315 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 315 aa overlap). Possible membrane + protein; contains potential membrane spanning region. + Shows weak similarity with Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv1804c, Rv1810, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99236.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVW5" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVW5" + /translation="MSFCVYCGAELADPTRCGACGAYKIGSTWHRTTTPTVGAATTAT + GWRPDPTGRHEGRYFVAGQPTDLVREGDAEAVDPLGQQQLDQSGAVGVSPSAVSGWVR + SGHRRLWWALAGVVAFLGLVGAGVVGTLFLNRDRESIDDKYLAALRRSGLTGEFNSDA + NAIARGKQVCRQLQDGGEQQGMPVDQVAVQYYCPQFSDGFHILETITVTGSFTLKDES + PNVYAPAITVSGSGCSGSAGYADIDRGTQVTVKNGQGDILATAFLQAGQGGRFLCTFP + FSFEITEGEDRYVVSVSRRGEMSYSFADLKANGLSLVLG" + gene 717656..717910 + /gene="vapb30" + /locus_tag="BQ2027_MB0639" + CDS 717656..717910 + /gene="vapb30" + /locus_tag="BQ2027_MB0639" + /note="Mb0639, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv0623, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to NP_384911.1|NC_003047 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Sinorhizobium meliloti (84 aa). + Also similar to several Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g + MTCY28_2|Rv1740|MTCY28.02|MTCY04C12.25 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (70 aa), FASTA score: (73.5% identity + in 68 aa overlap); MTCY4C12_25|Rv0608|MTCY19H5.14c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (81 aa), FASTA score: (73.5 + identity in 68 aa overlap); etc. Mb0639 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb30" + /protein_id="SIT99237.1" + /db_xref="InterPro:IPR011660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW02" + /translation="MALSIKHPEADRLARALAARTGETLTEAVVTALRERLARETGRA + RVVPLRDELAAIRHRCAALPVVDNRSAEAILGYDERGLPA" + gene 717910..718305 + /gene="vapc30" + /locus_tag="BQ2027_MB0640" + CDS 717910..718305 + /gene="vapc30" + /locus_tag="BQ2027_MB0640" + /note="Mb0640, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv0624, len: + 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. Rv1741, Rv0609, + Rv2759c,Rv0565c, Rv3854c, Rv3083, etc. Mb0640 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc30. contains pin domain." + /protein_id="SIT99238.1" + /db_xref="GOA:P67241" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67241" + /translation="MVIDTSALVAMLSDEPDAERFEAAVEADHIRLMSTASYLETALV + IEARFGEPGGRELDLWLHRAAVDLVAVHADQADAARAAYRTYGKGRHRAGLNYGDCFS + YGLAKISGQPLLFKGEDFQHTDIATVALP" + gene complement(718399..719139) + /locus_tag="BQ2027_MB0641C" + CDS complement(718399..719139) + /locus_tag="BQ2027_MB0641C" + /note="Mb0641c, -, len: 246 aa. Equivalent to Rv0625c, + len: 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 246 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, showing similarity with others e.g. + CAB61866.1|AL133252 putative integral membrane protein + from Streptomyces coelicolor (249 aa). Also similar to + Rv1491c|MTCY277_13 from Mycobacterium tuberculosis. + Contains potential membrane spanning regions. Mb0641c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99239.1" + /db_xref="GOA:P67116" + /db_xref="InterPro:IPR015414" + /db_xref="InterPro:IPR032816" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67116" + /translation="MSTHNDSAPTSRRRHIVRLVVFAGFLVGMFYLVAATDVIDVAAV + RGAVSATGPAAPLTYVVVSAVLGALFVPGPILAASSGLLFGPLVGVFVTLGATVGTAV + VASLVGRRAGRASARALLGGERADRTDALIERCGLWAVVGQRFVPGISDAFASYAFGT + FGVPLWQMAVGAFIGSAPRAFAYTALGAAIGDRSPLLASCAIAVWCVTAIIGAFAARH + GYRQWRAHARGDGADGGVEDPDREVGAR" + gene 719271..719531 + /gene="vapb5" + /locus_tag="BQ2027_MB0642" + CDS 719271..719531 + /gene="vapb5" + /locus_tag="BQ2027_MB0642" + /note="Mb0642, -, len: 86 aa. Equivalent to Rv0626, len: + 86 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 86 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv0596c, Rv3385c, + Rv3407,Rv3181c, etc. Mb0642 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb5" + /protein_id="SIT99240.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVW9" + /translation="MSEVASRELRNDTAGVLRRVRAGEDVTITVSGRPVAVLTPVRPR + RRRWLSKTEFLSRLRGAQADPGLRNDLAVLAGDTTEDLGPIR" + gene 719528..719935 + /gene="vapc5" + /locus_tag="BQ2027_MB0643" + CDS 719528..719935 + /gene="vapc5" + /locus_tag="BQ2027_MB0643" + /note="Mb0643, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv0627, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Rv0595c and Rv0665. + Protein product from Mb0643 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0643 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc5" + /protein_id="SIT99241.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVX8" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVX8" + /translation="MSTTPAAGVLDTSVFIATESGRQLDEALIPDRVATTVVTLAELR + VGVLAAATTDIRAQRLATLESVADMETLPVDDDAARMWARLRIHLAESGRRVRINDLW + IAAVAASRALPVITQDDDFAALDGAASVEIIRV" + gene complement(720007..721158) + /locus_tag="BQ2027_MB0644C" + CDS complement(720007..721158) + /locus_tag="BQ2027_MB0644C" + /note="Mb0644c, -, len: 383 aa. Equivalent to Rv0628c, + len: 383 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 383 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + Rv0874c|YZ02_MYCTU|Q10536 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (386 aa), FASTA scores: + opt: 2082, E(): 0, (81.5% identity in 383 aa overlap). + Also some similarity to P72543|SPU62616_1 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Synechococcus, FASTA scores: E(): 2.8e-28, + (36.6 identity in 265 aa overlap). Mb0644c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99242.1" + /db_xref="GOA:P64730" + /db_xref="InterPro:IPR013702" + /db_xref="InterPro:IPR016741" + /db_xref="InterPro:IPR019494" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64730" + /translation="MRIGVGVSTAPDVRRAAAEAAAHAREELAGGTPALAVLLGSRSH + TDQAVDLLAAVQASVEPAALIGCVAQGIVAGRHELENEPAVAVWLASGPPAETFHLDF + VRTGSGALITGYRFDRTAHDLHLLLPDPYSFPSNLLIEHLNTDLPGTTVVGGVVSGGR + RRGDTRLFRDRDVLTSGLVGVRLPGAHSVSVVSQGCRPIGEPYIVTGADGAVITELGG + RPPLHRLREIVLGMAPDEQELVSRGLQIGIVVDEHLAVPGQGDFLIRGLLGADPTTGA + IGIGEVVEVGATVQFQVRDAAAADKDLRLAVERAAAELPGPPVGGLLFTCNGRGRRMF + GVTDHDASTIEDLLGGIPLAGFFAAGEIGPVAGHNALHGFTASMALFVD" + gene complement(721251..722978) + /gene="recD" + /locus_tag="BQ2027_MB0645C" + CDS complement(721251..722978) + /gene="recD" + /locus_tag="BQ2027_MB0645C" + /note="Mb0645c, recD, len: 575 aa. Equivalent to Rv0629c, + len: 575 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 575 aa overlap). Probable recD, + exonuclease V, alpha chain (exodeoxyribonuclease V, alpha + chain) (EC 3.1.11.5), highly similar to other exonucleases + e.g. AF157643_3|AAD46809.1|recD Escherichia coli RecD + protein homolog from Mycobacterium smegmatis (554 aa); + P04993|EX5A_ECOLI|B2819 exodeoxyribonuclease v 67kd + polypeptide (EC 3.1.11.5) (EXONUCLEASE V ALPHA CHAIN) from + Escherichia coli strain K12 (608 aa), FASTA scores: opt: + 512, E(): 1.9e-24, (36.9% identity in 582 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). CONSIST OF THREE SUBUNITS; RECB|Rv0630c, + RECC|Rv0631c AND RECD. Protein product from Mb0645c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXONUCLEASE V (ALPHA CHAIN) RECD + (EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN) (EXODEOXYRIBONUCLEASE + V POLYPEPTIDE)" + /protein_id="SIT99243.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWY4" + /db_xref="InterPro:IPR006344" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR027785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWY4" + /translation="MKLTDVDFAVEASGMVRAFNQAGVLDVSDVHVAQRLCALAGESD + ERVALAVAVAVRALRAGSVCVDLLSIARVAGHDDLPWPDPADWLAAVRASPLLADPPV + LHLYDDRLLYLDRYWREEEQVCADLLALLTSRRPAGVPDLRRLFPTGFDEQRRAAEIA + LSQGVTVLTGGPGTGKTTTVARLLALVAEQAELAGEPRPRIALAAPTGKAAARLAEAV + RREMAKLDATDRARLGDLHAVTLHRLLGAKPGARFRQDRQNRLPHNVIVVDETSMVSL + TLMARLAEAVRPGARLILVGDADQLASVEAGAVLADLVDGFSVRDDALVAQLRTSHRF + GKVIGTLAEAIRAGDGDAVLGLLRSGEERIEFVDDEDPAPRLRAVLVPHALRLREAAL + LGASDVALATLDEHRLLCAHRDGPTGVLHWNRRVQAWLAEETGQPPWTPWYAGRPLLV + TANDYGLRVYNGDTGVVLAGPTGLRAVISGASGPLDVATGRLGDVETMHAMTIHKSQG + SQVDEVTVLMPQEDSRLLTRELLYTAVARAKRKVRVVGSEASVRAAIARRAVRASGLR + MRLQSTGCG" + gene complement(722975..723562) + /gene="recBb" + /locus_tag="BQ2027_MB0646C" + CDS complement(722975..723562) + /gene="recBb" + /locus_tag="BQ2027_MB0646C" + /note="Mb0646c, recBb, len: 234 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0630c, len: 1094 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 234 aa overlap). + Probable recB, exonuclease V, beta chain + (exodeoxyribonuclease V, beta chain) (EC 3.1.11.5), highly + similar to other exonucleases e.g. + AF157643_2|recB|AAD46808.1 Escherichia coli RecB protein + homolog from Mycobacterium smegmatis (1083 aa); + P08394|EX5B_ECOLI|RORA|B2820 exodeoxyribonuclease v 135 kd + polypeptide (EC 3.1.11.5) (EXONUCLEASE V BETA CHAIN) from + Escherichia coli strain K12 (1180 aa), FASTA scores: opt: + 289, E(): 4.3e-11, (29.5 identity in 1059 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). BELONGS TO THE HELICASE FAMILY, UVRD SUBFAMILY. + CONSIST OF THREE SUBUNITS; RECB, RECC|Rv0631c AND + RECD|Rv0629c. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, recB exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base deletion (g-*) splits recB into 2 parts, recBa + and recBb. Protein product from Mb0646c detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXONUCLEASE V (BETA CHAIN) RECBB + [SECOND PART] (EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA + CHAIN)(EXODEOXYRIBONUCLEASE V POLYPEPTIDE)" + /protein_id="SIT99244.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW18" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR004586" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR011604" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW18" + /translation="MRQIGVRDRLRELDFEMPLAGGDLRGRSPDVSLADVGELLASHL + PGDDPLSPYADRLGSAGLGDQPLRGYLAGSIDVVLRLPGQRYLVVDYKTNHLGDTAAD + YGFERLTEAMLHSDYPLQALLYVVVLHRFLRWRQRDYAPARHLGGVLYLFVRGMCGAA + TPVTAGHPAGVFTWNPPTALVVALSDLLDRGRLQS" + gene complement(723565..726258) + /gene="recBa" + /locus_tag="BQ2027_MB0647C" + CDS complement(723565..726258) + /gene="recBa" + /locus_tag="BQ2027_MB0647C" + /note="Mb0647c, recBa, len: 897 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0630c, len: 1094 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 868 aa overlap). Probable + recB, exonuclease V, beta chain (exodeoxyribonuclease V, + beta chain) (EC 3.1.11.5), highly similar to other + exonucleases e.g. AF157643_2|recB|AAD46808.1 Escherichia + coli RecB protein homolog from Mycobacterium smegmatis + (1083 aa); P08394|EX5B_ECOLI|RORA|B2820 + exodeoxyribonuclease v 135 kd polypeptide (EC 3.1.11.5) + (EXONUCLEASE V BETA CHAIN) from Escherichia coli strain + K12 (1180 aa), FASTA scores: opt: 289, E(): 4.3e-11, (29.5 + identity in 1059 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + HELICASE FAMILY, UVRD SUBFAMILY. CONSIST OF THREE + SUBUNITS; RECB, RECC|Rv0631c AND RECD|Rv0629c. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, recB exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (g-*) splits recB into 2 parts, recBa and recBb." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXONUCLEASE V (BETA CHAIN) RECBA [FIRST + PART] (EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA + CHAIN)(EXODEOXYRIBONUCLEASE V POLYPEPTIDE)" + /protein_id="SIT99245.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWD4" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR004586" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR011604" + /db_xref="InterPro:IPR014016" + /db_xref="InterPro:IPR014017" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR034739" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD4" + /translation="MDRFELLGPLPREGTTTVLEASAGTGKTFALAGLVTRYLAETAA + TLDEMLLITFNRAASRELRERVRGQIVEALGALQGDAPPSGELVEHLLRGSDAERAQK + RSRLRDALANFDAATIATTHEFCGSVLKSLGVAGDNAADVELKESLTDLVTEIVDDRY + LANFGRQETDPELTYAEALALALAVVDDPCAQLRPPDPEPGSKAAVRLRFAAEVLEEL + ERRKGRLRAQGFNDLLIRLATALEAADSPARDRMRERWRIVLVDEFQDTDPMQWRVLE + RAFSRHSALILIGDPKQAIYGFRGGDIHTYLKAAGTADARYTLGVNWRSDRALVESLQ + TVLRDATLGHADIVVRGTDAHHAGHRLASAPRPAPFRLRVVKRHTLGYDGTAHVPIEA + LRRHIPDDLAADVAALLASGATFAGRPVVAADIAVIVEHHKDARACRNALAEAGIPAI + YTGDTDVFASQAAKDWLCLLEAFDAPQRSGLVRAAACTMFFGETAESLAAEGDALTDR + VAGTLREWADHARHRGVAAVFQAAQLAGMGRRVLSQRGGERDLTDLAHIAQLLHEAAH + RERLGLPGLRDWLRRQAKAGAGPPEHNRRLDSDAAAVQIMTVFVAKGLQFPIVYLPFA + FNRNVRSDDILLYHDDGTRCLYIGGKDGGAQRRTVEGLNRVEAAHDNLRLTYVALTRA + QSQVVAWWAPTFDEVNGGLSRLLRGRRPGQSQVPDRCTPRVTDEQAWAVFAQWEAAGG + PSVEESVIGARSSLEKPVPVPGFEVRHFHRRIDTTWRRTSYSDLVRGSEAVTVTSEPA + AGGRADEVEIAVFAAPGSGADLTSPLAALPSGASFGSLVHAVLETADPAAPDLAAELE + AQVPGTRRGGPWTSTTRSWLPNWPERCCRCTTRRWDPPPPH" + gene complement(726258..729551) + /gene="recC" + /locus_tag="BQ2027_MB0648C" + CDS complement(726258..729551) + /gene="recC" + /locus_tag="BQ2027_MB0648C" + /note="Mb0648c, recC, len: 1097 aa. Equivalent to Rv0631c, + len: 1097 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1097 aa overlap). Probable recC, + exonuclease V, gamma chain (exodeoxyribonuclease V, gamma + chain) (EC 3.1.11.5), highly similar to other exonucleases + e.g. AF157643_1|RecC|AAD46807.1 Escherichia coli RecC + protein homolog from Mycobacterium smegmatis (1085 aa); + P07648|EX5C_ECOLI|B2822 exodeoxyribonuclease v 125 kd + polypeptide (EC 3.1.11.5) (EXONUCLEASE V GAMMA CHAIN) from + Escherichia coli strain K12 (1122 aa), FASTA scores: opt: + 954, E(): 0, (29.2% identity in 1109 aa overlap); etc. + CONSIST OF THREE SUBUNITS; RECB|Rv0630c, RECC AND + RECD|Rv0629c. Protein product from Mb0648c detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXONUCLEASE V (GAMMA CHAIN) RECC + (EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN)(EXODEOXYRIBONUCLEASE + V POLYPEPTIDE)" + /protein_id="SIT99246.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVX6" + /db_xref="InterPro:IPR006697" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR013986" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041500" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVX6" + /translation="MALHLHRAERTDLLADGLGALLADPQPDPFAQELVLVAARGVER + WLSQRLSLVLGCGPGRADGVCAGIAFRNPQSLIAEITGTLDDDPWSPEALAWPLLAVI + DASLDEPWCRTLASHLGHFATTDAEAELRRGRRYSVARRLAGLFASYARQRPGLLAAW + LDGDLGELPGDLAWQPPLWRALVTTVGADPPHVRHDKTIARLRDGPADLPARLSLFGH + TRLACTDVQLLDALAVHHDLHLWLPHPSDELWRALAGFQGADGLLPRRQDTSRRAAQH + PLLETLGRDVRELQRALPAARATDEFLGATTKPDTLLGWLQADIAGNAPRPAERSLSD + ADRSVQVHACHGPARQIDVLREVLLGLLEDDPTLQPRDIVVMCPDIDTYAPLIVAGFG + LGEVAGDCHPAHRLRVRLADRALTQTNPLLSVAAELLTIAETRATASQLLNLAQAAPV + RAKFGFADDDLDTITTWVRESNIRWGFDPTHRRRYGLDTVVHNTWRFGLDRILTGVAM + SEDSQAWLDTALPLDDVGSNRVELAGRLAEFVERLHHVVGGLSGARPLVAWLDALATG + IDLLTACNDGWQRAQVQREFADVLARAGSRAAPLLRLPDVRALLDAQLAGRPTRANFR + TGTLTVCTMVPMRSVPHRVVCLVGLDDGVFPRLSHPDGDDVLAREPMTGERDIRSEDR + QLLLDAIGAATQTLVITYTGADERTGQPRPPAVPLAELLDALDQTTSAPVRERILVTH + PLQPFDRKNVTPGALLGAKPFTFDPAALAAAQAAAGKRCPPTAFISGRLPAPPAADVT + LADLLDFFKDPVKGFFRALDYTLPWDVDTVEDSIPVQVDALAEWTVGERMLRDMLRGL + HLDDAAHSEWRRGTLPPGRLGVRRAKEIRNRARDLAAAALAHRDGHGQAHDVDVDLGD + GRRLSGTVTPVFGGRTVSVTYSKLAPKHVLPAWIGLVTLAAQEPGREWSALCIGRSKT + RNHIARRLFVPPPDPVAVLRELVLLYDAGRREPLPLPLKTSCAWAQARRDGQDPYPPA + RECWQTNRFRPGDDDAPAHVRAWGPRAPFEVLLGKPRAGEEVAGEETRLGALAARLWL + PLLAAEGSV" + gene complement(729828..730523) + /gene="echA3" + /locus_tag="BQ2027_MB0649C" + CDS complement(729828..730523) + /gene="echA3" + /locus_tag="BQ2027_MB0649C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0649c, echA3, len: 231 aa. Equivalent to Rv0632c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Probable echA3, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), almost identical to the + MTU88877_1 enoyl-coA hydratase of Mycobacterium + tuberculosis field isolate NTI64719, FASTA score: (92.4% + identity in 184 aa overlap). Also similar to others e.g. + P24162|ECHH_RHOCA enoyl-CoA hydratase from Rhodobacter + capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (257 aa), FASTA + scores: opt: 206, E(): 6.3e-07, (31.5% identity in 232 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0649c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0649c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99247.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW12" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW12" + /translation="MSDPVSYTRKDSIAVISMDDGKVNALGPAMQQALNAAIDNADRD + DVGALVITGNGRVFSGGFDLKILTSGEVQPAIDMLRGGFELAYRLLSYPKPVVMACTG + HAIAMGAFLLSCGDHRVAAHAYNIQANEVAIGMTIPYAALEIMKLRLTRSAYQQATGL + AKTFFGETALAAGFIDEIALPEVVVSRAEEAAREFAGLNQHAHAATKLRSRADALTAI + RAGIDGIAAEFGL" + gene complement(730572..731402) + /locus_tag="BQ2027_MB0650C" + CDS complement(730572..731402) + /locus_tag="BQ2027_MB0650C" + /note="Mb0650c, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv0633c, + len: 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 279 aa overlap). Possible exported + protein; has hydrophobic stretch at aa 23-41. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 9 + bp deletion (cgggtgcgc-*) leads to shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (276 aa versus 279 aa). Protein product from + Mb0650c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0650c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99248.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVY6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVY6" + /translation="MVDSMGWVLSSWHEVTGVDSGTWLAWAALGLGVVALVVTKRQIQ + RNRRLAAEQTRPYVAMFMEPHVADWHVIELVVRNFGRTAAYDVRFSFPNPPTVAQYEN + AANGYADVVELRLPQELPMLAPGQEWRMVWDSALDRAEIGRGIESRFPGTVTYYDRPE + QPRRWRFWRRGRRPLETKVVLDWDALPPVARIELMTTHDLAKREKQKLELLRSLLTYF + HYASKETRPDVFRSEIDRINRAAAETQDRWRARQVEVPTEVSQRSEGQGPQPTRIPAG + " + gene complement(731556..732269) + /locus_tag="BQ2027_MB0651C" + CDS complement(731556..732269) + /locus_tag="BQ2027_MB0651C" + /note="Mb0651c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv0634c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 237 aa overlap). Possible glyoxalase + II (EC 3.1.2.6), equivalent to NP_302290.1|NC_002677 + putative glyoxylase II from Mycobacterium leprae (238 aa); + and similar to U00011_3|Y0BK_MYCLE|Q49649 hypothetical + 23.9 kd protein from Mycobacterium leprae (218 aa), FASTA + scores: opt: 281, E(): 3.9e-12, (31.8% identity in 201 aa + overlap). Also similar to other glyoxalases and + metallo-beta-lactamase family proteins e.g. + NP_386770.1|NC_003047 PUTATIVE HYDROXYACYLGLUTATHIONE + HYDROLASE from Sinorhizobium meliloti (256 aa); etc. Also + similar to other putative glyoxylases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1637c. BELONGS TO THE GLYOXALASE II + FAMILY. COFACTOR: BINDS TWO ZINC IONS. Protein product + from Mb0651c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0651c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYOXALASE II (HYDROXYACYLGLUTATHIONE + HYDROLASE) (GLX II)" + /protein_id="SIT99249.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVX3" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVX3" + /translation="MSKDRLYFRQLLSGRDFAVGDMFATQMRNFAYLIGDRTTGDCVV + VDPAYAAGDLLDALESDDMQLSGVLVTHHHPDHVGGSMMGFQLPGLAELLERASVPVH + VNTHEALWVSRVTGIPVGDLITHEHGDKVSVGDIDIELLHTPGHTPGSQCFLLDGRLV + AGDTLFLEGCGRTDFPGGDSDEMYRSLRQLAELPGDPTVFPGHWYSAEPSASLSEVKR + SNYVYRPASLDQWRMLMGG" + gene 732349..732600 + /locus_tag="BQ2027_MB0652" + CDS 732349..732600 + /locus_tag="BQ2027_MB0652" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0652, -, len: 83 aa. Equivalent to Rv0634A, len: + 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0652 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0652 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcription regulator of the Arc/MetJ class" + /protein_id="SIT99250.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVX5" + /translation="MGSDCGCGGYLWSMLKRVEIEVDDDLIQKVIRRYRVKGAREAVN + LALRTLLGEADTAEHGHDDEYDEFSDPNAWVPRRSRDTG" + gene 732730..732802 + /locus_tag="BQ2027_THRT" + tRNA 732730..732802 + /locus_tag="BQ2027_THRT" + /product="tRNA-Thr" + /note="thrT, len: 73 nt. Equivalent to thrT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Thr, anticodon ggt." + gene 732839..732912 + /locus_tag="BQ2027_METT" + tRNA 732839..732912 + /locus_tag="BQ2027_METT" + /product="tRNA-Met" + /note="metT, len: 74 nt. Equivalent to metT, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Met, anticodon cat." + gene 732948..733115 + /gene="rpmG2" + /locus_tag="BQ2027_MB0653" + CDS 732948..733115 + /gene="rpmG2" + /locus_tag="BQ2027_MB0653" + /note="Mb0653, rpmG2, len: 55 aa. Equivalent to Rv0634B, + len: 55 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 55 aa overlap). Probable rpmG2, 50S + ribosomal protein L33. Note that Mycobacterium + tuberculosis has a second rpmG gene: + P96925|R33H_MYCTU|Rv2057c|MTCY63A.03|rpmG1 PUTATIVE 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L33 (55 aa), FASTA scores: opt: 391, + E(): 2.9e-25, (100.0% identity in 55 aa overlap). BELONGS + TO THE L33P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb0653 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0653 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l33 rpmg2" + /protein_id="SIT99251.1" + /db_xref="GOA:P0A5W3" + /db_xref="InterPro:IPR001705" + /db_xref="InterPro:IPR011332" + /db_xref="InterPro:IPR018264" + /db_xref="InterPro:IPR038584" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5W3" + /translation="MASSTDVRPKITLACEVCKHRNYITKKNRRNDPDRLELKKFCPN + CGKHQAHRETR" + gene 733166..733642 + /gene="hadA" + /locus_tag="BQ2027_MB0654" + CDS 733166..733642 + /gene="hadA" + /locus_tag="BQ2027_MB0654" + /note="Mb0654, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv0635, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to NP_302287.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (159 aa); and highly similar to YV31_MYCLE|P54879 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (166 aa), FASTA scores: opt: 387, E(): 5.9e-21, (43.4% + identity in 145 aa overlap). Also similar + CAB77410.1|AL160431|SCD82.07 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (150 aa). And highly similar to + two hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis: + Rv0504c|YV31_MYCTU|Q11168 (166 aa), FASTA scores: opt: + 405, E(): 3.2e-22, (45.0% identity in 140 aa overlap); and + Rv0637|MTY20H10_19 (2 ORFs downstream) (166 aa), FASTA + score: (48.7% identity in 150 aa overlap). Protein product + from Mb0654 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0654 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="(3r)-hydroxyacyl-acp dehydratase subunit hada" + /protein_id="SIT99252.1" + /db_xref="InterPro:IPR016709" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR039569" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1K4" + /translation="MALSADIVGMHYRYPDHYEVEREKIREYAVAVQNDDAWYFEEDG + AAELGYKGLLAPLTFICVFGYKAQAAFFKHANIATAEAQIVQVDQVLKFEKPIVAGDK + LYCDVYVDSVREAHGTQIIVTKNIVTNEEGDLVQETYTTLAGRAGEDGEGFSDGAA" + gene 733629..734057 + /gene="hadB" + /locus_tag="BQ2027_MB0655" + CDS 733629..734057 + /gene="hadB" + /locus_tag="BQ2027_MB0655" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0655, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv0636, len: + 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 142 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_302286.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (142 aa). + Also highly similar to CAB77411.1|AL160431|SCD82.08 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (142 + aa); and similar to others e.g. U28943|CELE04F6_3 from + Caenorhabditis elegans (cosmid E04) (298 aa), FASTA + scores: opt: 167, E(): 0.00064, (31.6 identity in 117 aa + overlap). Protein product from Mb0655 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0655 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="(3r)-hydroxyacyl-acp dehydratase subunit hadb" + /protein_id="SIT99253.1" + /db_xref="InterPro:IPR002539" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ3" + /translation="MALREFSSVKVGDQLPEKTYPLTRQDLVNYAGVSGDLNPIHWDD + EIAKVVGLDAAIAHGMLTMGIGGGYVTSWVGDPGAVTEYNVRFTAVVPVPNDGKGAEL + VFNGRVKSVDPESKSVTIALTATTGGKKIFGRAIASAKLA" + gene 734061..734561 + /gene="hadC" + /locus_tag="BQ2027_MB0656" + CDS 734061..734561 + /gene="hadC" + /locus_tag="BQ2027_MB0656" + /note="Mb0656, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv0637, len: + 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 166 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + NP_302285.1|NC_002677|YV31_MYCLE|P54879 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (166 aa), + FASTA scores: opt: 352, E(): 4e-19, (39.2% identity in 148 + aa overlap); and highly similar to others from + Mycobacterium leprae e.g. NP_302287.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein (159 aa). Also highly similar to + CAB77410.1|AL160431|SCD82.07 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (150 aa); + Rv0635|NP_215149.1|NC_000962|MTY20H10_17 conserved + hypothetical protein (two ORFs upstream) from + Mycobacterium tuberculosis (158 aa), FASTA score: (49.3% + identity in 150 aa overlap); and + Rv0504c|NP_215018.1|NC_000962|YV31_MYCTU|Q11168 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (166 + aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 3.8e-21, (43.1% identity + in 137 aa overlap). Protein product from Mb0656 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0656 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="(3r)-hydroxyacyl-acp dehydratase subunit hadc" + /protein_id="SIT99254.1" + /db_xref="InterPro:IPR016709" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR039569" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1K2" + /translation="MALKTDIRGMIWRYPDYFIVGREQCREFARAVKCDHPAFFSEEA + AADLGYDALVAPLTFVTILAKYVQLDFFRHVDVGMETMQIVQVDQRFVFHKPVLAGDK + LWARMDIHSVDERFGADIVVTRNLCTNDDGELVMEAYTTLMGQQGDGSARLKWDKESG + QVIRTA" + gene 734760..734832 + /locus_tag="BQ2027_TRPT" + tRNA 734760..734832 + /locus_tag="BQ2027_TRPT" + /product="tRNA-Trp" + /note="trpT, len: 73 nt. Equivalent to trpT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Trp, anticodon cca." + gene 734973..735458 + /gene="secE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0657" + CDS 734973..735458 + /gene="secE1" + /locus_tag="BQ2027_MB0657" + /note="Mb0657, secE1, len: 161 aa. Equivalent to Rv0638, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Probable secE1, + preprotein translocase (tail-anchored membrane protein), + highly similar at C-terminal half to others e.g. + P36690|SECE_STRGR PREPROTEIN TRANSLOCASE SECE SUBUNIT from + Streptomyces griseus (86 aa), FASTA scores: opt: 220, E(): + 4.6e-06, (35.4% identity in 96 aa overlap); + P16920|SECE_ECOLI preprotein translocase sece subunit from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (127 aa), FASTA + scores: opt: 122, E(): 0.34, (37.0% identity in 54 aa + overlap); etc. Contains PS01067 Protein secE/sec61-gamma + signature. BELONGS TO THE SECE/SEC61-GAMMA FAMILY. PART OF + THE PROKARYOTIC PROTEIN TRANSLOCATION APPARATUS WHICH + COMPRISE SECA|Rv3240c, SECD|Rv2587c, SECE, SECF|Rv2586c, + SECG|Rv1440 AND SECY|Rv0732. Note that previously known as + secE. Protein product from Mb0657 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0657 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PREPROTEIN TRANSLOCASE SECE1" + /protein_id="SIT99255.1" + /db_xref="GOA:P0A5Z1" + /db_xref="InterPro:IPR001901" + /db_xref="InterPro:IPR005807" + /db_xref="InterPro:IPR038379" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Z1" + /translation="MSDEGDVADEAVADGAENADSRGSGGRTALVTKPVVRPQRPTGK + RSRSRAAGADADVDVEEPSTAASEATGVAKDDSTTKAVSKAARAKKASKPKARSVNPI + AFVYNYLKQVVAEMRKVIWPNRKQMLTYTSVVLAFLAFMVALVAGADLGLTKLVMLVF + G" + gene 735490..736206 + /gene="nusG" + /locus_tag="BQ2027_MB0658" + CDS 735490..736206 + /gene="nusG" + /locus_tag="BQ2027_MB0658" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0658, nusG, len: 238 aa. Equivalent to Rv0639, + len: 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 238 aa overlap). Probable nusG, + transcription antitermination protein, equivalent to + NP_302283.1|NC_002677 transcription antitermination + protein nusG from Mycobacterium leprae (228 aa). Also + highly similar to others e.g. P36260|NUSG_STRGR from + Streptomyces griseus (294 aa), FASTA scores: opt: 845, + E(): 0, (55.4% identity in 233 aa overlap); etc. Note that + shorter at the N-terminus than other nusG. Contains + PS01014 Transcription termination factor nusG signature. + BELONGS TO THE NUSG FAMILY. Protein product from Mb0658 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0658 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTION ANTITERMINATION PROTEIN + NUSG" + /protein_id="SIT99256.1" + /db_xref="GOA:P65590" + /db_xref="InterPro:IPR001062" + /db_xref="InterPro:IPR006645" + /db_xref="InterPro:IPR008991" + /db_xref="InterPro:IPR014722" + /db_xref="InterPro:IPR015869" + /db_xref="InterPro:IPR036735" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65590" + /translation="MTTFDGDTSAGEAVDLTEANAFQDAAAPAEEVDPAAALKAELRS + KPGDWYVVHSYAGYENKVKANLETRVQNLDVGDYIFQVEVPTEEVTEIKNGQRKQVNR + KVLPGYILVRMDLTDDSWAAVRNTPGVTGFVGATSRPSALALDDVVKFLLPRGSTRKA + AKGAASTAAAAEAGGLERPVVEVDYEVGESVTVMDGPFATLPATISEVNAEQQKLKVL + VSIFGRETPVELTFGQVSKI" + gene 736258..736686 + /gene="rplK" + /locus_tag="BQ2027_MB0659" + CDS 736258..736686 + /gene="rplK" + /locus_tag="BQ2027_MB0659" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0659, rplK, len: 142 aa. Equivalent to Rv0640, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Probable rplK, 50S + ribosomal protein L11, equivalent to NP_302282.1|NC_002677 + 50S ribosomal protein L11 from Mycobacterium leprae (142 + aa). Also highly similar to others e.g. + P48954|RL11_STRCO|SCD82.19 50s ribosomal protein L11 from + Streptomyces coelicolor (144 aa), FASTA scores: opt: 763, + E(): 0, (84.6% identity in 143 aa overlap); etc. Contains + PS00359 Ribosomal protein L11 signature. BELONGS TO THE + L11P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0659 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0659 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l11 rplk" + /protein_id="SIT99257.1" + /db_xref="GOA:P66057" + /db_xref="InterPro:IPR000911" + /db_xref="InterPro:IPR006519" + /db_xref="InterPro:IPR020783" + /db_xref="InterPro:IPR020784" + /db_xref="InterPro:IPR020785" + /db_xref="InterPro:IPR036769" + /db_xref="InterPro:IPR036796" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66057" + /translation="MAPKKKVAGLIKLQIVAGQANPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKAY + NAATENQRGNVIPVEITVYEDRSFTFTLKTPPAAKLLLKAAGVAKGSAEPHKTKVAKV + TWDQVREIAETKKTDLNANDVDAAAKIIAGTARSMGITVE" + gene 736753..737460 + /gene="rplA" + /locus_tag="BQ2027_MB0660" + CDS 736753..737460 + /gene="rplA" + /locus_tag="BQ2027_MB0660" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0660, rplA, len: 235 aa. Equivalent to Rv0641, + len: 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (99.6% identity in 235 aa overlap). Probable rplA, 50S + ribosomal protein L1, equivalent to NP_302281.1|NC_002677 + 50S ribosomal protein L1 from Mycobacterium leprae (235 + aa). Also highly similar to others e.g. P3625|RL1_STRGR + 50s ribosomal protein L1 from Streptomyces griseus (240 + aa), FASTA scores: opt: 1081, E(): 0, (72.2% identity in + 230 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L1P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0660 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0660 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l1 rpla" + /protein_id="SIT99258.1" + /db_xref="GOA:P59790" + /db_xref="InterPro:IPR002143" + /db_xref="InterPro:IPR005878" + /db_xref="InterPro:IPR016095" + /db_xref="InterPro:IPR023673" + /db_xref="InterPro:IPR023674" + /db_xref="InterPro:IPR028364" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59790" + /translation="MSKTSKAYRAAAAKVDRTNLYTPLQAAKLAKETSSTKQDATVEV + AIRLGVDPRKADQMVRGTVNLPHGTGKTARVAVFAVGEKADAAVAAGADVVGSDDLIE + RIQGGWLEFDAAIAAPDQMAKVGRIARVLGPRGLMPNPKTGTVTADVAKAVADIKGGK + INFRVDKQANLHFVIGKASFDEKLLAENYGAAIDEVLRLKPSSSKGRYLKKITVSTTT + GPGIPVDPSITRNFAGE" + gene complement(737534..738439) + /gene="mmaA4" + /locus_tag="BQ2027_MB0661C" + CDS complement(737534..738439) + /gene="mmaA4" + /locus_tag="BQ2027_MB0661C" + /note="Mb0661c, mmaA4, len: 301 aa. Equivalent to Rv0642c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 301 aa overlap). mmaA4, methoxy mycolic + acid synthase 4 (methyltransferase) (EC 2.1.1.-) (see + citations below). Equivalent to AAC44876|AAC44876.1|cmaA + methyl transferase (mycolic acid modification protein) + from Mycobacterium bovis BCG strain Pasteur (298 aa); + NP_302280.1|NC_002677 methyl mycolic acid synthase 4 from + Mycobacterium leprae (298 aa); and highly similar to + others from Mycobacteria e.g. downstream ORF + P72027|mmaA3|Rv0643c|MTCY20H10.24c PUTATIVE METHOXY + MYCOLIC ACID SYNTHASE 3 from Mycobacterium tuberculosis + (293 aa). Protein product from Mb0661c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0661c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="METHOXY MYCOLIC ACID SYNTHASE 4 MMAA4 (METHYL + MYCOLIC ACID SYNTHASE 4) (MMA4) (HYDROXY MYCOLIC ACID + SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99259.1" + /db_xref="GOA:Q7U1K1" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1K1" + /translation="MTRMAEKPISPTKTRTRFEDIQAHYDVSDDFFALFQDPTRTYSC + AYFEPPELTLEEAQYAKVDLNLDKLDLKPGMTLLDIGCGWGTTMRRAVERLDVNVIGL + TLSKNQHARCEQVLASIDTNRSRQVLLQGWEDFAEPVDRIVSIEAFEHFGHENYDDFF + KRCFNIMPADGRMTVQSSVSYHPYEMAARGKKLSFETARFIKFIVTEIFPGGRLPSTE + MMVEHGEKAGFTVPEPLSLRPHYIKTLRIWGDTLQSNKDKAIEVTSEEVYNRYMKYLR + GCEHYFTDEMLDCSLVTYLKPGAAA" + gene complement(738504..739385) + /gene="mmaA3" + /locus_tag="BQ2027_MB0662C" + CDS complement(738504..739385) + /gene="mmaA3" + /locus_tag="BQ2027_MB0662C" + /note="Mb0662c, mmaA3, len: 293 aa. Equivalent to Rv0643c, + len: 293 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 293 aa overlap). mmaA3, methoxy + mycolic acid synthase 3 (methyltransferase) (EC 2.1.1.-) + (see citations below). Equivalent to + AAC44875|AAC44875.1|cmaB methyl transferase (mycolic acid + modification protein) from Mycobacterium bovis BCG strain + Pasteur (289 aa); and highly similar to others from + Mycobacteria e.g. upstream ORF + P72028|mmaA4|Rv0642c|MTCY20H10.23c PUTATIVE METHOXY + MYCOLIC ACID SYNTHASE 4 from Mycobacterium tuberculosis + (301 aa). Protein product from Mb0662c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0662c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="METHOXY MYCOLIC ACID SYNTHASE 3 MMAA3 (METHYL + MYCOLIC ACID SYNTHASE 3) (MMA3) (HYDROXY MYCOLIC ACID + SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99260.1" + /db_xref="GOA:Q7U1K0" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1K0" + /translation="MSDNSTGTTKSRSNVDDVQAHYDLSDAFFALFQDPTRTYSCAYF + ERDDMTLHEAQVAKLDLTLGKLGLEPGMTLLDVGCGWGSVMKRAVERYDVNVVGLTLS + KNQHAYCQQVLDKVDTNRSHRVLLSDWANFSEPVDRIVTIEAIEHFGFERYDDFFKFA + YNAMPADGVMLLHSITGLHVKQVIERGIPLTMEMAKFIRFIVTDIFPGGRLPTIETIE + EHVTKAGFTITDIQSLQPHFARTLDLWAEALQAHKDEAIEIQSAEVYERYMKYLTGCA + KAFRMGYIDCNQFTLAK" + gene complement(739533..740396) + /gene="mmaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0663C" + CDS complement(739533..740396) + /gene="mmaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0663C" + /note="Mb0663c, mmaA2, len: 287 aa. Equivalent to Rv0644c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 287 aa overlap). mmaA2, methoxy mycolic + acid synthase 2 (methyltransferase) (EC 2.1.1.-) (see + citations below). Equivalent to AAC44874|AAC44874.1|cmaC + methyl transferase (mycolic acid modification protein) + from Mycobacterium bovis BCG strain Pasteur (287 aa); and + highly similar to others from Mycobacteria e.g. upstream + ORF P72028|mmaA4|Rv0642c|MTCY20H10.23c PUTATIVE METHOXY + MYCOLIC ACID SYNTHASE 4 from Mycobacterium tuberculosis + (301 aa). Note that alternative start is at position + 739247. Protein product from Mb0663c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0663c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="METHOXY MYCOLIC ACID SYNTHASE 2 MMAA2 (METHYL + MYCOLIC ACID SYNTHASE 2) (MMA2) (HYDROXY MYCOLIC ACID + SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99261.1" + /db_xref="GOA:Q7U1J9" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1J9" + /translation="MVNDLTPHFEDVQAHYDLSDDFFRLFLDPTQTYSCAHFEREDMT + LEEAQIAKIDLALGKLGLQPGMTLLDIGCGWGATMRRAIAQYDVNVVGLTLSKNQAAH + VQKSFDEMDTPLDRRVLLAGWEQFNEPVDRIVSIGAFEHFGHDRHADFFARAHKILPP + DGVLLLHTITGLTRQQMVDHGLPLTLWLARFLKFIATEIFPGGQPPTIEMVEEQSAKT + GFTLTRRQSLQPHYARTLDLWAEALQEHKSEAIAIQSEEVYERYMKYLTGCAKLFRVG + YIDVNQFTLAK" + gene complement(740563..741423) + /gene="mmaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0664C" + CDS complement(740563..741423) + /gene="mmaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0664C" + /note="Mb0664c, mmaA1, len: 286 aa. Equivalent to Rv0645c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). mmaA1, methoxy + mycolic acid synthase 1 (methyltransferase) (EC 2.1.1.-) + (see citations below). Equivalent to NP_302279.1|NC_002677 + methyl mycolic acid synthase 1 from Mycobacterium leprae + (286 aa); and highly similar to others from Mycobacteria + e.g. upstream ORF P72028|mmaA4|Rv0642c|MTCY20H10.23c + PUTATIVE METHOXY MYCOLIC ACID SYNTHASE 4 from + Mycobacterium tuberculosis (301 aa). Protein product from + Mb0664c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0664c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="METHOXY MYCOLIC ACID SYNTHASE 1 MMAA1 (METHYL + MYCOLIC ACID SYNTHASE 1) (MMA1) (HYDROXY MYCOLIC ACID + SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99262.1" + /db_xref="GOA:P0A5Q1" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Q1" + /translation="MAKLRPYYEESQSAYDISDDFFALFLDPTWVYTCAYFERDDMTL + EEAQLAKVDLALDKLNLEPGMTLLDVGCGWGGALVRAVEKYDVNVIGLTLSRNHYERS + KDRLAAIGTQRRAEARLQGWEEFEENVDRIVSFEAFDAFKKERYLTFFERSYDILPDD + GRMLLHSLFTYDRRWLHEQGIALTMSDLRFLKFLRESIFPGGELPSEPDIVDNAQAAG + FTIEHVQLLQQHYARTLDAWAANLQAARERAIAVQSEEVYNNFMHYLTGCAERFRRGL + INVAQFTMTK" + gene complement(741470..742375) + /gene="lipG" + /locus_tag="BQ2027_MB0665C" + CDS complement(741470..742375) + /gene="lipG" + /locus_tag="BQ2027_MB0665C" + /note="Mb0665c, lipG, len: 301 aa. Equivalent to Rv0646c, + len: 301 aa. from Mtycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 301 aa overlap). Probable lipG, + lipase/esterase (EC 3.1.-.-), equivalent to + NP_302278.1|NC_002677 probable hydrolase from + Mycobacterium leprae (304 aa). Also highly similar to + various hydrolases, especially lipases e.g. + AA61351.1|X88895 carboxyl esterase from Acinetobacter + calcoaceticus (312 aa), FASTA scores: opt: 867, E(): 0, + (50.2% identity in 279 aa overlap); etc. Also similar to + transferases e.g. P77026 MACROLIDE 2'-PHOSPHOTRANSFERASE + II from Escherichia coli (279 aa), FASTA scores: E(): + 1.3e-14, (32.5% identity in 286 aa overlap). Similar to M. + tuberculosis non-heme bromoperoxidases and epoxide + hydrolases. Protein product from Mb0665c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0665c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPASE/ESTERASE LIPG" + /protein_id="SIT99263.1" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX04" + /translation="MDIRSGTAVSGDVKLYYEDMGDLDHPPVLLIMGLGAQMLLWRTD + FCARLVAKGLRVIRYDNRDVGLSTKTERHRPGQPLATRLVRSWLGLPSQAAYTLEDMA + ADAAALLDHLDVKHAHVVGASMGGMIAQIFAARFAQRTKTLAVIFSSNNHRFLPPPAP + RALLALLTGPPPDSPRDVIVDNAVRVSKIIGSPAYPIPEDQVRAEAAESYDRNFHPWG + IAQQFSAILGSGSLLRYDRRIVAPTVVIHGRADKLMRPFGGRAVARAINGARLVLIDG + MGHDLPRQLWDRVIGELTRNFSEAG" + gene complement(742387..743853) + /locus_tag="BQ2027_MB0666C" + CDS complement(742387..743853) + /locus_tag="BQ2027_MB0666C" + /note="Mb0666c, -, len: 488 aa. Equivalent to Rv0647c, + len: 488 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 488 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_302277.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (448 aa). + Also showing similarity to a variety of hypothetical + ABC1-LIKE proteins or conserved hypothetical proteins e.g. + D90908_28|P73627 ABC1-LIKE PROTEIN from Synechocystis (585 + aa), FASTA scores: E(): 1.8e-31, (29.1% identity in 474 aa + overlap); Q55884 HYPOTHETICAL6 5.0 KD PROTEIN (567 aa), + FASTA scores: opt: 583, E(): 5.7e-30, (28.1% identity in + 416 aa overlap); etc. Also similar to Rv3197 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0666c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0666c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted unusual protein kinase" + /protein_id="SIT99264.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW38" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR004147" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW38" + /translation="MRAEIGPDFRPHYTFGDAYPASERAHVNWELSAPVWHTAQMGST + THREVAKLDRVPLPVEAARVAATGWQVTRTAVRFIGRLPRKGPWQQKVIKELPQTFAD + LGPTYVKFGQIIASSPGAFGESLSREFRGLLDRVPPAKTDEVHKLFVEELGDEPARLF + ASFEEEPFASASIAQVHYATLRSGEEVVVKIQRPGIRRRVAADLQILKRFAQTVELAK + LGRRLSAQDVVADFADNLAEELDFRLEAQSMEAWVSHLHASPLGKNIRVPQVHWDFTT + ERVLTMERVHGIRIDNTAAIRKAGFDGVELVKALLFSVFEGGLRHGLFHGDLHAGNLY + VDEAGRIVFFDFGIMGRIDPRTRWLLRELVYALLVKKDHAAAGKIVVLMGAVGTMKPE + TQAAKDLERFATPLTMQSLGDMSYADIGRQLSALADAYDVKLPRELVLIGKQFLYVER + YMKLLAPRWQMMSDPQLTGYFANFMVEVSREHQSDIEV" + gene 744488..748135 + /locus_tag="BQ2027_MB0667" + CDS 744488..748135 + /locus_tag="BQ2027_MB0667" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0667, -, len: 1215 aa. Equivalent to Rv0648, len: + 1215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 1215 aa overlap). Alpha-mannosidase (EC + 3.2.1.-) (see citation below), showing some similarity to + hypothetical proteins and various sugar hydrolases e.g. + SYCSLRA_6|Q55528 HYPOTHETICAL 1 20.4 KD PROTEIN from + Synechocystis (1042 aa), FASTA scores: opt: 260, E(): + 3.6e-08, (23.4% identity in 602 aa overlap); etc. Contains + PS00659 Glycosyl hydrolases family 5 signature. Mb0667 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALPHA-MANNOSIDASE" + /protein_id="SIT99265.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE5" + /db_xref="InterPro:IPR000602" + /db_xref="InterPro:IPR011013" + /db_xref="InterPro:IPR011330" + /db_xref="InterPro:IPR011682" + /db_xref="InterPro:IPR015341" + /db_xref="InterPro:IPR018905" + /db_xref="InterPro:IPR027291" + /db_xref="InterPro:IPR028995" + /db_xref="InterPro:IPR037094" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE5" + /translation="MMGGTYNEPNTNLTSPETTIRNLVHGIGFQRDVLGAEPATAWQL + DVFGHDPQFPGLAADAGLTSSSWARGPHHQWGPAQGGVDRMQFCSEFEWIAPSGRGLL + THYMPAHYSAGWSMDSSTSLADAEAATYALFDQLKKVALTRNVLLPVGTDYTPPNKWV + TAIHRDWGARYTWPRFVCALPKEFFAAVRAELAKRGWVPLPQTRDMNPIYTGKDVSYI + DTKQANRAAENAVLEAERFAVFAALLTGAEYPQAALAKAWVQLAYGAHHDAITGSESD + QVYLDLLTGWRDAWELGRAARDNSLRLLSGAVAASHDRVVVWNPLTQRRTDIVTARVD + PPLQAGVRVFDPDGAEVAALVEHDGRSVTWLACDVPSLGWRVYRLVPADEAPGWELVP + GTDIANEHYRLAVDPERGGALSSLVQDGRQLIAAGRVANELALYEEYPSHPTQGEGPW + HLLPTGPVVCSSACPAQVQAYRGPLGQRLVVRGRIGTLLRYTQTLTLWDGVDRVDCRT + SIDEFTGEDRLLRLRWPCPVPGAMPISEVGDAVVGRGFALLHEGPESVDTAQHPWTLD + NPAYGWFGLSSAVRVRAGDGVRAVSVAEVVSPTETVSGPMARDLMVALVRAGVTATCS + GADKPRYGHLDVDSNLPDARIALGGPDRNTFTKAVLAEAAPAYTAELQRQLAKTGTAR + VWVPAANPLARAWLPGADLRAPCALPVLVIDGRDEKHLRAAVASLADDLADAEIVVHQ + RAAPQMEPFEDRTVALLNRGVPSFAVDSEGTLHTALMRSCTGWPSGVWIDQPRRTAPD + GSNFQLQHWTHHFDYALVCGGGDWRRAGIPARSAQFSHPLLAVAPRRPQGELPAVGSL + LHVEPADSVQLGALKAAGNRLAAGSARPVQPAAVALRLVQTTGADTPVTIGCELGKVG + ALRPADLLETPLAMARARKSSIDLHGYQVATVLARLDVAADMANVLAADDVALAPHAE + TAQPQYARYWLHNRGPAPLGGLPAVAHLHPRRVRGQPGDDVVLRLTAASDCTDSVLGG + VVDVVCPLGWPATPARLPFTLGAGAHLQADIALSIPAGAPPGPYPVRAQLRVVDTAVP + AAWRQVVEDVCVVTVGADSDLEELVYLVDGPADIELAAGDRARLAVTIGSRAHAELAL + DAHSISPWGTWEWIGPPALGAVLPARGMAKLAFDVTPPAWLEPGQWWALVRVGCAGQL + VYSPAVKVSVT" + gene 748132..748806 + /gene="fabD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0668" + CDS 748132..748806 + /gene="fabD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0668" + /note="Mb0668, fabD2, len: 224 aa. Equivalent to Rv0649, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Possible fabD2, + malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase (EC + 2.3.1.39), similar to MTFABD|FABD_MYCTU|Q10501|Rv2243 + malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase from + Mycobacterium tuberculosis (302 aa), FASTA scores: opt: + 133, E(): 0.074, (31.3% identity in 147 aa overlap). + Mb0668 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible malonyl coa-acyl carrier protein + transacylase fabd2 (mct)" + /protein_id="SIT99266.1" + /db_xref="InterPro:IPR027304" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVZ5" + /translation="MSGRSRLPGSSSRRDAARIVAERVVATVAGVAVAVDEVDAAEAR + LRDGPRAAALPASGTSEGRQLRRWLTQLIVTERVVAAEAAARGLTAAGAPAEADLLPD + ATARLEIGSVAAAVLADPLARALFAAVTARVAVTDDAVADYHARNPLRFAAPCPGQHG + WRAPAAAAPPLDQVRRAITEHLLGAARRRAFRVWLDARRNALVVLAPGYEHPGDPRQP + DNTRRH" + gene 748806..749714 + /locus_tag="BQ2027_MB0669" + CDS 748806..749714 + /locus_tag="BQ2027_MB0669" + /note="Mb0669, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv0650, len: + 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Possible sugar + kinase, highly similar to others e.g. CAB95296.1|AL359779 + putative sugar kinase from Streptomyces coelicolor (317 + aa); NP_406512.1|NC_003143 putative sugar kinase from + Yersinia pestis (290 aa); NP_229269.1|NC_000853 + glucokinase from Thermotoga maritima (317 aa); + etc.Contains PS01125 ROK family signature. BELONGS TO THE + ROK (NAGC/XYLR) FAMILY. Protein product from Mb0669 + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SUGAR KINASE" + /protein_id="SIT99267.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW29" + /db_xref="InterPro:IPR000600" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW29" + /translation="MLTLCLDIGGTKIAAGLADPAGTLVHTAQRPTPAYGGAEQVWAA + VAEMIADALGVAGGAVGGVGIASAGPIDLHSGRVSPINIGSWGGFPLRDRVAAAVPGV + PVRLGGDGVCMALGEHWLGAGRGARFLLGLVVSTGVGGGLVLDGAPCLGRTGNAGHVG + HVVVDPDGSPCPCGGRGCVETIASGPSLARWARANGWSAPPGAGAKELAEAAGAGDPV + ALRAFRRGAAALAAMIASVGAVCDLDLAVIGGGVAKSGRLLFEPLRAALADHARLDFL + AGLRVVPAELGGAAGLVGAARLAAIA" + gene 750045..750581 + /gene="rplJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0670" + CDS 750045..750581 + /gene="rplJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0670" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0670, rplJ, len: 178 aa. Equivalent to Rv0651, + len: 178 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 178 aa overlap). Probable rplJ, 50S + ribosomal protein L10, equivalent to NP_302276.1|NC_002677 + 50S ribosomal protein L10 from Mycobacterium leprae (177 + aa). Also highly similar to others e.g. P36257|RL10_STRGR + 50s ribosomal protein L10 from Streptomyces griseus (185 + aa), FASTA scores: opt: 633, E(): 0, (59.0 % identity in + 173 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L10P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0670 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0670 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l10 rplj" + /protein_id="SIT99268.1" + /db_xref="GOA:P66045" + /db_xref="InterPro:IPR001790" + /db_xref="InterPro:IPR002363" + /db_xref="InterPro:IPR022973" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66045" + /translation="MARADKATAVADIAAQFKESTATLITEYRGLTVANLAELRRSLT + GSATYAVAKNTLIKRAASEAGIEGLDELFVGPTAIAFVTGEPVDAAKAIKTFAKEHKA + LVIKGGYMDGHPLTVAEVERIADLESREVLLAKLAGAMKGNLAKAAGLFNAPASQLAR + LAAALQEKKACPGPDSAE" + gene 750618..751010 + /gene="rplL" + /locus_tag="BQ2027_MB0671" + CDS 750618..751010 + /gene="rplL" + /locus_tag="BQ2027_MB0671" + /standard_name="L7|L12" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0671, rplL, len: 130 aa. Equivalent to Rv0652, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Probable rplL + (alternate gene name: L7|L12), 50S ribosomal protein + L7/L12, equivalent to NP_302275.1|NC_002677 50S ribosomal + protein L7/L12 from Mycobacterium leprae (130 aa); and + P37381|RL7_MYCBO 50s ribosomal protein L7/L12 from + Mycobacterium bovis (130 aa). Also highly similar to + others e.g. P02396|RL7_STRGR 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 + from Streptomyces griseus (127 aa); etc. BELONGS TO THE + L12P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0671 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0671 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l7/l12 rpll (sa1)" + /protein_id="SIT99269.1" + /db_xref="GOA:P0A5V3" + /db_xref="InterPro:IPR000206" + /db_xref="InterPro:IPR008932" + /db_xref="InterPro:IPR013823" + /db_xref="InterPro:IPR014719" + /db_xref="InterPro:IPR036235" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5V3" + /translation="MAKLSTDELLDAFKEMTLLELSDFVKKFEETFEVTAAAPVAVAA + AGAAPAGAAVEAAEEQSEFDVILEAAGDKKIGVIKVVREIVSGLGLKEAKDLVDGAPK + PLLEKVAKEAADEAKAKLEAAGATVTVK" + gene complement(751003..751698) + /locus_tag="BQ2027_MB0672C" + CDS complement(751003..751698) + /locus_tag="BQ2027_MB0672C" + /note="Mb0672c, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv0653c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, TetR family, similar in + N-terminus to others e.g. CAC03642.1|AL391338 putative + TetR-family transcriptional regulator from Streptomyces + coelicolor (190 aa); Q51597 CAM REPRESSOR from Pseudomonas + putida (186 aa), FASTA scores: opt: 150, E(): 0.00085, + (27.8% identity in 97 aa overlap); etc. Also some + similarity to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + transcriptional regulators Rv0681 and Rv1816. Contains + probable helix-turn helix motif from aa 27-48 (Score 1156, + +3.12 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99270.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XVZ4" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR025996" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XVZ4" + /translation="MTSQTGVRDELLHAGVRLLDDHGPDALQTRKVAAAAGTSTMAVY + THFGGMRGLIAAIAEEGLRQFDVALTVPQTADPVADLLAIGTAYRRYAIERPHMYRLM + FGSTSAHGINVPARDVLTLKVAEIEHQHPSFAHVVRAVHRCLLAGRFATALGADDDTA + IVATAAQFWSQIHGFVMLELAGFYGDRGAAVEPVLAAMTVNLLVALGDSPERAQCSLR + AEQTQKNTLGRAT" + gene 751769..753274 + /locus_tag="BQ2027_MB0673" + CDS 751769..753274 + /locus_tag="BQ2027_MB0673" + /note="Mb0673, -, len: 501 aa. Equivalent to Rv0654, len: + 501 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 501 aa overlap). Probable dioxygenase + (EC 1.-.-.-), highly similar to others eg + AAK06796.1|AF324838_15|AF324838|SimC5 putative dioxygenase + (involved in tetraene formation) from Streptomyces + antibioticus (456 aa); CAB56138.1| AL117669 putative + dioxygenase from Streptomyces coelicolor (503 aa); T51734 + neoxanthin cleavage enzyme (9-cis-epoxy-carotenoid + dioxygenase) from Arabidopsis thaliana (538 aa); Q53353 + LIGNOSTILBENE-ALPHA,BETA-DIOXYGENASE from Pseudomonas + paucimobilis (Sphingomonas paucimobilis), FASTA scores: + opt: 280, E(): 2.3e-11, (28.5% identity in 523 aa + overlap); etc. Also some similarity with + Rv0913c|MTCY21C12.07c POSSIBLE DIOXYGENASE from + Mycobacterium tuberculosis (501 aa), FASTA score: (29.5% + identity in 522 aa overlap). Protein product from Mb0673 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0673 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIOXYGENASE" + /protein_id="SIT99271.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW04" + /db_xref="InterPro:IPR004294" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW04" + /translation="MTTAQAAESQNPYLEGFLAPVSTEVTATDLPVTGRIPEHLDGRY + LRNGPNPVAEVDPATYHWFTGDAMVHGVALRDGKARWYRNRWVRTPAVCAALGEPISA + RPHPRTGIIEGGPNTNVLTHAGRTLALVEAGVVNYELTDELDTVGPCDFDGTLHGGYT + AHPQRDPHTGELHAVSYSFARGHRVQYSVIGTDGHARRTVDIEVAGSPMMHSFSLTDN + YVVIYDLPVTFDPMQVVPASVPRWLQRPARLVIQSVLGRVRIPDPIAALGNRMQGHSD + RLPYAWNPSYPARVGVMPREGGNEDVRWFDIEPCYVYHPLNAYSECRNGAEVLVLDVV + RYSRMFDRDRRGPGGDSRPSLDRWTINLATGAVTAECRDDRAQEFPRINETLVGGPHR + FAYTVGIEGGFLVGAGAALSTPLYKQDCVTGSSTVASLDPDLLIGEMVFVPNPSARAE + DDGILMGYGWHRGRDEGQLLLLDAQTLESIATVHLPQRVPMGFHGNWAPTT" + gene 753286..754365 + /gene="mkl" + /locus_tag="BQ2027_MB0674" + CDS 753286..754365 + /gene="mkl" + /locus_tag="BQ2027_MB0674" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0674, mkl, len: 359 aa. Equivalent to Rv0655, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Possible mkl, + ribonucleotide-transport ATP-binding protein ABC + transporter (see first citation below), equivalent to + P30769|MKL_MYCLE|ML1892 POSSIBLE RIBONUCLEOTIDE TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae (347 aa), + FASTA scores: opt: 2021, E(): 0, (92.2% identity in 335 aa + overlap). Also highly similar to many e.g. + AB92896.1|AL356992 putative ABC-transporter ATP-binding + protein from Streptomyces coelicolor (343 aa); + NP_253146.1|NC_002516 probable ATP-binding component of + ABC transporter from Pseudomonas aeruginosa (269 aa); + P45393|YRBF_ECOLI hypothetical ABC transporter ATP-binding + protein from Escherichia coli (269 aa), FASTA scores: opt: + 644, E(): 3.4e-33, (38.5% identity in 244 aa overlap); + etc. Also similar to many other Mycobacterium tuberculosis + ABC transporters e.g. P71747|CYSA|Rv2397c|MTCY253.24 (351 + aa), FASTA score: (33.6% identity in 241 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), + PS00211 ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb0674 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0674 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RIBONUCLEOTIDE-TRANSPORT ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER MKL" + /protein_id="SIT99272.1" + /db_xref="GOA:P63358" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR030296" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63358" + /translation="MRYSDSYHTTGRWQPRASTEGFPMGVSIEVNGLTKSFGSSRIWE + DVTLTIPAGEVSVLLGPSGTGKSVFLKSLIGLLRPERGSIIIDGTDIIECSAKELYEI + RTLFGVLFQDGALFGSMNLYDNTAFPLREHTKKKESEIRDIVMEKLALVGLGGDEKKF + PGEISGGMRKRAGLARALVLDPQIILCDEPDSGLDPVRTAYLSQLIMDINAQIDATIL + IVTHNINIARTVPDNMGMLFRKHLVMFGPREVLLTSDEPVVRQFLNGRRIGPIGMSEE + KDEATMAEEQALLDAGHHAGGVEEIEGVPPQISATPGMPERKAVARRQARVREMLHTL + PKKAQAAILDDLEGTHKYAVHEIGQ" + gene complement(754753..755136) + /gene="vapc6" + /locus_tag="BQ2027_MB0675C" + CDS complement(754753..755136) + /gene="vapc6" + /locus_tag="BQ2027_MB0675C" + /note="Mb0675c, -, len: 127 aa. Equivalent to Rv0656c, + len: 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 127 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv2757c, Rv2546, etc. + Mb0675c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc6" + /protein_id="SIT99273.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX14" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX14" + /translation="MAAATTTGTHRGLELRAAQRAVGSCEPQRAEFCRSARNADEFDQ + MSRMFGDVYPDVPVPKSVWRWIDSAQHRLARAGAVGALSVVDLLICDTAAARGLVVLH + DDADYELAERHLPDIRVRRVVSADD" + gene complement(755231..755386) + /gene="vapb6" + /locus_tag="BQ2027_MB0676C" + CDS complement(755231..755386) + /gene="vapb6" + /locus_tag="BQ2027_MB0676C" + /note="Mb0676c, -, len: 51 aa. Equivalent to Rv0657c, len: + 51 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 51 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2009|MT2064.1|MTCY39.08c|YW08_MYCTU|Q10848 (80 aa), + FASTA scores: opt: 107, E(): 0.0038, (45.8% identity in 48 + aa overlap), Rv2871, Rv1560, etc. Also some similarity + with AL020958|SC4H8_7 from Streptomyces coelicolor (66 + aa), FASTA score: (41.0% identity in 39 aa overlap). + Mb0676c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb6" + /protein_id="SIT99274.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW48" + /translation="MSVTQIDLDDEALADVMRIAAVHTKKEAVNLAMRDYVERFRRIE + ALARSRE" + gene complement(755462..756178) + /locus_tag="BQ2027_MB0677C" + CDS complement(755462..756178) + /locus_tag="BQ2027_MB0677C" + /note="Mb0677c, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv0658c, + len: 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 238 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to P33774|YPRB_ECOLI + hypothetical 24.3 kd protein from Escherichia coli (217 + aa), FASTA scores: opt: 174, E(): 5.3e-05, (25.6% identity + in 223 aa overlap). Also similar to Rv1863c and Rv0804 + from Mycobacterium tuberculosis. Mb0677c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99275.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWF5" + /db_xref="InterPro:IPR003675" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWF5" + /translation="MEAGRADTVAPSHRWGLGAFLVVELVFLVASTSLAVVLTGHGPV + SAGVLALALAAPTVVAAGLAILITRLRGNGPRTDLRLRWSWRGLRLGLMFGFGGMLVT + IPASLVYTAIVGPEANSAVVRIFGGVRASWPWALVVFLVVVFVAPLCEEIIYRGLLWG + AVDRRWGRWAALVVTTVVFALAHLEFARAPLLVVVAIPIALARFYSGGLLASIVTHQV + TNLLPGIVLLLGLTGAISLP" + gene complement(756454..756762) + /gene="mazf2" + /locus_tag="BQ2027_MB0678C" + CDS complement(756454..756762) + /gene="mazf2" + /locus_tag="BQ2027_MB0678C" + /note="Mb0678c, -, len: 102 aa. Equivalent to Rv0659c, + len: 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weakly similar to other + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv1942c, Rv1495, etc. Mb0678c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin mazf2" + /protein_id="SIT99276.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW06" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW06" + /translation="MRRGELWFAATPGGDRPVLVLTRDPVADRIGAVVVVALTRTRRG + LVSELELTAVENRVPSDCVVNFDNIHTLPRTAFRRRITRLSPARLHEACQTLRASTGC + " + gene complement(756749..756994) + /gene="maze2" + /locus_tag="BQ2027_MB0679C" + CDS complement(756749..756994) + /gene="maze2" + /locus_tag="BQ2027_MB0679C" + /note="Mb0679c, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv0660c, len: + 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to AF016485_130 from + Halobacterium sp (100 aa), FASTA scores: (32.4% identity + in 74 aa overlap). Mb0679c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin maze2" + /protein_id="SIT99277.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW41" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW41" + /translation="MLSFRADDHDVDLADAWARRLHIGRSELLRDALRRHLAALAADQ + DVQAYTERPLTDDENALAEIADWGPAEDWADWADAAR" + gene complement(757104..757541) + /gene="vapc7" + /locus_tag="BQ2027_MB0680C" + CDS complement(757104..757541) + /gene="vapc7" + /locus_tag="BQ2027_MB0680C" + /note="Mb0680c, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv0661c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 145 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv2863|MTV003.09|MTV003_7 (126 aa), FASTA scores: E(): + 0.00087, (30.4% identity in 125 aa overlap), + Rv0749|MTV041.23 (163 aa); Rv0277c, Rv2530c, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc7" + /protein_id="SIT99278.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW16" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW16" + /translation="MIVLDTTVLVYAKGAEHPLRDPCRDLVAAIADERIAATTTAEVI + QEFVHVRARRRDRSDAAALGRVTMPNCSRRYSPSIEATSKRGLTLFETTPGLEACDAV + LAAVAASAGATALVSADPAFADLSDVVHVIPDAAGMVSLLGDR" + gene complement(757538..757906) + /gene="vapb7" + /locus_tag="BQ2027_MB0681C" + CDS complement(757538..757906) + /gene="vapb7" + /locus_tag="BQ2027_MB0681C" + /note="Mb0681c, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv0662c, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with other + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2871, Rv1241, Rv2550c, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb7" + /protein_id="SIT99279.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW11" + /translation="MFLPNTRAYRRYNRSVWAVRGSTRPQWQPPPKFQHAKCMSMRLA + HRLQILLDDECHRRITAVARERGVPVATVVREAIDRGLVSPAGRRKSAGRRLLDAADM + SVPEPRELKQELEALRARRG" + gene 757906..760269 + /gene="atsD" + /locus_tag="BQ2027_MB0682" + CDS 757906..760269 + /gene="atsD" + /locus_tag="BQ2027_MB0682" + /note="Mb0682, atsD, len: 787 aa. Equivalent to Rv0663, + len: 787 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 787 aa overlap). Possible atsD, + arylsulfatase (EC 3.1.6.1), similar to others e.g. + P5169|ARS_PSEAE arylsulfatase from Pseudomonas aeruginosa + (532 aa), FASTA scores: opt: 653, E(): 0, (33.1% identity + in 544 aa overlap); etc. Also similar to + P95059|MTCY210.30|ATSA|Rv0711|MTCY210.30 from + Mycobacterium tuberculosis (787 aa), FASTA score: (38.9% + identity in 769 aa overlap); and other arylsulfatases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3299c|ATSB (970 aa), + Rv0711, etc. Contains PS00523 Sulfatases signature 1. + BELONGS TO THE SULFATASE FAMILY. Protein product from + Mb0682 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0682 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ARYLSULFATASE ATSD (ARYL-SULFATE + SULPHOHYDROLASE) (ARYLSULPHATASE)" + /protein_id="SIT99280.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW05" + /db_xref="InterPro:IPR000917" + /db_xref="InterPro:IPR013320" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="InterPro:IPR024607" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW05" + /translation="MPQPRTHLPIPSAARTGLITYDAKDPDSTYPPIEQLRPPAGAPN + VLLILLDDVGFGASSAFGGPCRTSTAELLAGNGLRYNRFHTTALCSPTRQALLTGRNH + HSAGMGGITEIATGAPGYSSVLPNTMSPIARTLKLNGYNTAQFGKCHEVPVWQTSPVG + PFDAWPSGGGGFEYFYGFIGGEANQWYPSLYEGTTPVEVNRTPEEGYHFMADMTDKAL + GWIGQQKALAPDRPFFVYFAPGATHAPHHVPREWADKYRGRFDVGWDALREETFARQK + ELGVIPADCQLTARHAEIPAWDDMPEDLKPVLCRQMEVYAGFLEYTDHHVGRLVDGLQ + RLGVLDDTLVFYIIGDNGASAEGTINGTYNEMLNFNGLADIETPRFMTDRLDKFGGPE + SYNHYSVGWAHAMDTPYQWTKQVASHWGGTRNGTIVHWPNGIAAKGEMRWQFHHVIDV + APTILEAAGLPEPLFVNGVQQHPIEGVSMAYSFDDAQAPDRHETQYFEMFGNRGIYHK + GWTAVTKHKTPWILVGEQTVAFDDDVWELYDTTKDWSQAKDLAKEMPEKLHELQRLWL + IEATRYNVLPLDDDTASRINPDLAGRPVLIRGNTQVLFSNMGRLSENCVLNLKNKSHT + VTAEVEVPETGAEGVIVAQGASIGGWSLYANDGKLKYCYNLGGIKHFYAESADPLPAG + AHQVRMEFAYAGGGLGKGGEVTLYVDGQQVGEGHVEATLAIVFSADDGCDVGMDSGSP + VSPDYAPGSNAFNGRIKGVQLAIAEAAAAAGHLVDPEHAIRIALARQ" + gene 760301..760573 + /gene="vapb8" + /locus_tag="BQ2027_MB0683" + CDS 760301..760573 + /gene="vapb8" + /locus_tag="BQ2027_MB0683" + /note="Mb0683, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv0664, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb0683 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb8" + /protein_id="SIT99281.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW14" + /translation="MEKSRCHAVAHGGGCAGSAKSHKSGGRCGQGRGAGDSHGTRGAG + RRYRAASAPHPLAVGAHLRDELAKRSADPRLTDELNDLAGHTLDDL" + gene 760570..760908 + /gene="vapc8" + /locus_tag="BQ2027_MB0684" + CDS 760570..760908 + /gene="vapc8" + /locus_tag="BQ2027_MB0684" + /note="Mb0684, -, len: 112 aa. Equivalent to Rv0665, len: + 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Rv0627 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (135 + aa), and showing similarity with Rv0595c. Mb0684 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc8" + /protein_id="SIT99282.1" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY60" + /translation="MTEGEVGVGLLDTSVFIARESGGAIADLPERVALSVMTIGELQL + GLLNAGDSATRSRRADTLALARTADQIPVSEAVMISLARLVADCRAAGVRRSVKLTDA + LIAATAEIKV" + gene 760905..761078 + /locus_tag="BQ2027_MB0685" + CDS 760905..761078 + /locus_tag="BQ2027_MB0685" + /note="Mb0685, -, len: 57 aa. Equivalent to Rv0666, len: + 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 57 aa overlap). Possible membrane + protein; has hydrophobic stretch at aa 29-47. Mb0685 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99283.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX24" + /translation="MTPRTDEGAAAPCLMPDVTMPVKRGDARGALGVGPALFVVSVSS + SLVRARSCRCTAD" + gene 761576..765094 + /gene="rpoB" + /locus_tag="BQ2027_MB0686" + CDS 761576..765094 + /gene="rpoB" + /locus_tag="BQ2027_MB0686" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0686, rpoB, len: 1172 aa. Equivalent to Rv0667, + len: 1172 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1172 aa overlap). rpoB, + DNA-directed RNA polymerase, beta chain (EC 2.7.7.6) (see + first and third citations below), equivalent to + P30760|RPOB_MYCLE|ML1891 DNA-directed RNA polymerase beta + chain from Mycobacterium leprae (1178 aa). Also highly + similar to others e.g. AAF60349.1|AF242549_1|AF242549 + DNA-dependent RNA polymerase beta subunit from + Amycolatopsis mediterranei (1167 aa); CAB77428.1|AL160431 + DNA-directed RNA polymerase beta chain from Streptomyces + coelicolor (1161 aa); etc. Start site chosen on basis of + RBS but alternative start exists at position 14359. + BELONGS TO THE RNA POLYMERASE BETA CHAIN FAMILY. Protein + product from Mb0686 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0686 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (BETA CHAIN) RPOB + (TRANSCRIPTASE BETA CHAIN) (RNA POLYMERASE BETA SUBUNIT)" + /protein_id="SIT99284.1" + /db_xref="GOA:P0A681" + /db_xref="InterPro:IPR007120" + /db_xref="InterPro:IPR007121" + /db_xref="InterPro:IPR007641" + /db_xref="InterPro:IPR007642" + /db_xref="InterPro:IPR007644" + /db_xref="InterPro:IPR007645" + /db_xref="InterPro:IPR010243" + /db_xref="InterPro:IPR014724" + /db_xref="InterPro:IPR015712" + /db_xref="InterPro:IPR019462" + /db_xref="InterPro:IPR037033" + /db_xref="InterPro:IPR037034" + /db_xref="InterPro:IPR042107" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A681" + /translation="MADSRQSKTAASPSPSRPQSSSNNSVPGAPNRVSFAKLREPLEV + PGLLDVQTDSFEWLIGSPRWRESAAERGDVNPVGGLEEVLYELSPIEDFSGSMSLSFS + DPRFDDVKAPVDECKDKDMTYAAPLFVTAEFINNNTGEIKSQTVFMGDFPMMTEKGTF + IINGTERVVVSQLVRSPGVYFDETIDKSTDKTLHSVKVIPSRGAWLEFDVDKRDTVGV + RIDRKRRQPVTVLLKALGWTSEQIVERFGFSEIMRSTLEKDNTVGTDEALLDIYRKLR + PGEPPTKESAQTLLENLFFKEKRYDLARVGRYKVNKKLGLHVGEPITSSTLTEEDVVA + TIEYLVRLHEGQTTMTVPGGVEVPVETDDIDHFGNRRLRTVGELIQNQIRVGMSRMER + VVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVAAIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLS + ALGPGGLSRERAGLEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLSVYARVNPFGFIET + PYRKVVDGVVSDEIVYLTADEEDRHVVAQANSPIDADGRFVEPRVLVRRKAGEVEYVP + SSEVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPLVRSEAPLVGTGM + ELRAAIDAGDVVVAEESGVIEEVSADYITVMHDNGTRRTYRMRKFARSNHGTCANQCP + IVDAGDRVEAGQVIADGPCTDDGEMALGKNLLVAIMPWEGHNYEDAIILSNRLVEEDV + LTSIHIEEHEIDARDTKLGAEEITRDIPNISDEVLADLDERGIVRIGAEVRDGDILVG + KVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGESGKVIGIRVFSREDEDELP + AGVNELVRVYVAQKRKISDGDKLAGRHGNKGVIGKILPVEDMPFLADGTPVDIILNTH + GVPRRMNIGQILETHLGWCAHSGWKVDAAKGVPDWAARLPDELLEAQPNAIVSTPVFD + GAQEAELQGLLSCTLPNRDGDVLVDADGKAMLFDGRSGEPFPYPVTVGYMYIMKLHHL + VDDKIHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMECWAMQAYGAAYTLQELLTIKSD + DTVGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLLKELQSLCLNVEVLSSDGAAIELREGED + EDLERAAANLGINLSRNESASVEDLA" + gene 765139..769089 + /gene="rpoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0687" + CDS 765139..769089 + /gene="rpoC" + /locus_tag="BQ2027_MB0687" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0687, rpoC, len: 1316 aa. Equivalent to Rv0668, + len: 1316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1316 aa overlap). rpoC, + DNA-directed RNA polymerase, beta' chain (EC 2.7.7.6) (see + first citation below), equivalent to + P30761|RPOC_MYCLE|ML1890|S31146 DNA-directed RNA + polymerase (EC 2.7.7.6) beta' chain from Mycobacterium + leprae (1316 aa), FASTA scores: opt: 8295, E(): 0, (95.6% + identity in 1316 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. CAB77429.1|AL160431 DNA-directed RNA + polymerase beta' chain (fragment) from Streptomyces + coelicolor (1059 aa); P37871|RPOC_BACSU from Bacillus + subtilis (1199 aa), FASTA scores: opt: 2367, E(): 0, (52.9 + identity in 1317 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RNA + POLYMERASE BETA' CHAIN FAMILY. Protein product from Mb0687 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0687 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (BETA' CHAIN) RPOC + (TRANSCRIPTASE BETA' CHAIN) (RNA POLYMERASE BETA' + SUBUNIT)." + /protein_id="SIT99285.1" + /db_xref="GOA:P0A675" + /db_xref="InterPro:IPR000722" + /db_xref="InterPro:IPR006592" + /db_xref="InterPro:IPR007066" + /db_xref="InterPro:IPR007080" + /db_xref="InterPro:IPR007081" + /db_xref="InterPro:IPR007083" + /db_xref="InterPro:IPR012754" + /db_xref="InterPro:IPR038120" + /db_xref="InterPro:IPR042102" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A675" + /translation="MLDVNFFDELRIGLATAEDIRQWSYGEVKKPETINYRTLKPEKD + GLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVT + HIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKIIYFAAYVITSVDEEMRHNELSTLEAEMAVERK + AVEDQRDGELEARAQKLEADLAELEAEGAKADARRKVRDGGEREMRQIRDRAQRELDR + LEDIWSTFTKLAPKQLIVDENLYRELVDRYGEYFTGAMGAESIQKLIENFDIDAEAES + LRDVIRNGKGQKKLRALKRLKVVAAFQQSGNSPMGMVLDAVPVIPPELRPMVQLDGGR + FATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIDLGAPEIIVNNEKRMLQESVDALFDNGRRGRPVT + GPGNRPLKSLSDLLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKLMALE + LFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERQRPQVWDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLG + IQAFEPMLVEGKAIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNIL + SPASGRPLAMPRLDMVTGLYYLTTEVPGDTGEYQPASGDHPETGVYSSPAEAIMAADR + GVLSVRAKIKVRLTQLRPPVEIEAELFGHSGWQPGDAWMAETTLGRVMFNELLPLGYP + FVNKQMHKKVQAAIINDLAERYPMIVVAQTVDKLKDAGFYWATRSGVTVSMADVLVPP + RKKEILDHYEERADKVEKQFQRGALNHDERNEALVEIWKEATDEVGQALREHYPDDNP + IITIVDSGATGNFTQTRTLAGMKGLVTNPKGEFIPRPVKSSFREGLTVLEYFINTHGA + RKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIVREHDCQTERGIVVELAERAPDGTLIRDP + YIETSAYARTLGTDAVDEAGNVIVERGQDLGDPEIDALLAAGITQVKVRSVLTCATST + GVCATCYGRSMATGKLVDIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHQGGVGEDITGGLPR + VQELFEARVPRGKAPIADVTGRVRLEDGERFYKITIVPDDGGEEVVYDKISKRQRLRV + FKHEDGSERVLSDGDHVEVGQQLMEGSADPHEVLRVQGPREVQIHLVREVQEVYRAQG + VSIHDKHIEVIVRQMLRRVTIIDSGSTEFLPGSLIDRAEFEAENRRVVAEGGEPAAGR + PVLMGITKASLATDSWLSAASFQETTRVLTDAAINCRSDKLNGLKENVIIGKLIPAGT + GINRYRNIAVQPTEEARAAAYTIPSYEDQYYSPDFGAATGAAVPLDDYGYSDYR" + gene complement(769453..771366) + /locus_tag="BQ2027_MB0688C" + CDS complement(769453..771366) + /locus_tag="BQ2027_MB0688C" + /note="Mb0688c, -, len: 637 aa. Equivalent to Rv0669c, + len: 637 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 637 aa overlap). Possible hydrolase (EC + 3.-.-.-), highly similar to various hydrolases (N-terminus + shorter) e.g. BAA88409.1|AB028646 alkaline ceramidase from + Pseudomonas aeruginosa (670 aa,) FASTA scores: opt: 1490, + E(): 0, (41.2% identity in 651 aa overlap); + NP_063946.1|NM_019893 mitochondrial ceramidase from Homo + sapiens (761 aa); P_446098.1|NM_053646 N-acylsphingosine + amidohydrolase 2 from Rattus norvegicus (761 aa); + BAB09641.1|AB016885 neutral ceramidase from Arabidopsis + thaliana (705 aa); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). Protein product from Mb0688c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0688c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE" + /protein_id="SIT99286.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW15" + /db_xref="InterPro:IPR006823" + /db_xref="InterPro:IPR031329" + /db_xref="InterPro:IPR031331" + /db_xref="InterPro:IPR038445" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW15" + /translation="MLSVGRGIADITGEAADCGMLGYGKSDQRTAGIHQRLRSRAFVF + RDDSQDGDARLLLIVAELPLPMQNVNEEVLRRLADLYGDTYSEQNTLITATHTHAGPG + GYCGYLLYNLTTSGFRPATFAAIVDGIVESVEHAHADVAPAEVPLSHGELYGASINRS + PSAFDRNPPADKAFFPKRVDPHTTLVRIDRGEATVGVIHFFATHGTSMTNRNHLISGD + NKGFAAYHWERTVGGADYLAGQPDFIAAFAQTNPGDMSPNVDGPLSPEAPPDREFDNT + RRTGLCQFEDAFTQLSGATPIGAGIDARFTYVDLGSVLVRGEYTPDGEERRTGRPMFG + AGAMAGTDEGPGFHGFRQGRNPFWDRLSRAMYRLARPTAAAQAPKGIVMPARLPNRIH + PFVQEIVPVQLVRIGRLYLIGIPGEPTIVAGLRLRRMVASIVGADLADVLCVGYTNAY + IHYVTTPEEYLEQRYEGGSTLFGRWELCALMQTVAELAEAMRDGRPVTLGRRPRPTRE + LSWVRGAPADAGSFGAVIAEPSATYRPGQAVEAVFVSALPNNDLRRGGTYLEVVRREG + ASWVRIADDGDWATSFRWQRQGRAGSHVSIRWDVPGDTTPGQYRIVHHGTARDRNGML + TAFSATTREFTVV" + gene 771561..772319 + /gene="end" + /locus_tag="BQ2027_MB0689" + CDS 771561..772319 + /gene="end" + /locus_tag="BQ2027_MB0689" + /note="Mb0689, end, len: 252 aa. Equivalent to Rv0670, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Probable end + (alternate gene name: nfo), endonuclease IV (apurinase) + (EC 3.1.21.2), equivalent to END_MYCLE|P30770|NFO|ML1889 + probable endonuclease IV (apurinase) from Mycobacterium + leprae (252 aa), FASTA scores: opt: 1463, E(): 0, (85.6% + identity in 250 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9S2N2|END4_STRCO|NFO|SC6E10.05 PROBABLE ENDONUCLEASE IV + from Streptomyces coelicolor (294 aa); etc. Contains + PS00729 AP endonucleases family 2 signatures 1 and 2 + (PS00729, and PS00730). BELONGS TO THE AP ENDONUCLEASES + FAMILY 2. COFACTOR: BINDS 3 ZINC IONS. Protein product + from Mb0689 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0689 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENDONUCLEASE IV END + (ENDODEOXYRIBONUCLEASE IV) (APURINASE)" + /protein_id="SIT99287.1" + /db_xref="GOA:P63536" + /db_xref="InterPro:IPR001719" + /db_xref="InterPro:IPR013022" + /db_xref="InterPro:IPR018246" + /db_xref="InterPro:IPR036237" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63536" + /translation="MLIGSHVSPTDPLAAAEAEGADVVQIFLGNPQSWKAPKPRDDAA + ALKAATLPIYVHAPYLINLASANNRVRIPSRKILQETCAAAADIGAAAVIVHGGHVAD + DNDIDKGFQRWRKALDRLETEVPVYLENTAGGDHAMARRFDTIARLWDVIGDTGIGFC + LDTCHTWAAGEALTDAVDRIKAITGRIDLVHCNDSRDEAGSGRDRHANLGSGQIDPDL + LVAAVKAAGAPVICETADQGRKDDIAFLRERTGS" + gene 772351..773193 + /gene="lpqP" + /locus_tag="BQ2027_MB0690" + CDS 772351..773193 + /gene="lpqP" + /locus_tag="BQ2027_MB0690" + /note="Mb0690, lpqP, len: 280 aa. Equivalent to Rv0671, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Possible lpqP, + conserved lipoprotein, similar to + U00012|B1308_F2_43|Q49658 from Mycobacterium leprae (302 + aa), FASTA scores: opt: 449, E(): 2.4e-22, (37.6% identity + in 242 aa overlap). Also highly similar to + lpqC|Rv3298c|MTCY71.38c PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (304 aa). Also similar to a + large variety of proteins including various esterases and + poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerases, e.g. + NP_249234.1|NC_002516 hypothetical protein from + Pseudomonas aeruginosa (322 aa); C-terminus of + AAD45376.1|AF164516_1|AF164516 cinnamoyl ester hydrolase + EstA from Piromyces equi (536 aa); part of + P52090|PHA1_PSELE POLY(3-HYDROXYALKANOATE) DEPOLYMERASE C + PRECURSOR from Pseudomonas lemoignei (414 aa); + CAC10310.1|AL442629 putative secreted protein from + Streptomyces coelicolor (348 aa); etc. Has a 17 aa signal + sequence and contains appropriately positioned (PS00013) + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Mb0690 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQP" + /protein_id="SIT99288.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW27" + /db_xref="InterPro:IPR010126" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW27" + /translation="MLRRVAILLAAVLAFAGCSGGTRLAAGFGNGNSVHTLDVDGAGR + SYRLYKPVGLPSSAPLVVMLHGGFGSAKQAERSYGWDELADSEKFLVAYPDGYHRAWN + ANGGGCCGRPAREGVDDIGFVRAVVADIANNVSIDPARVYVTGMSNGAIMSYTLACNT + SIFAAIGVVSGTQLDPCQSPRPVSVIHIHGTADPLVRYHGGPGAGFARIDGPPVPDLN + AFWREVNRCGALDTTTEGPVTTSGATCADNRRVVLLTVDDAGHRWPSFATQTLWRFFA + AHFR" + gene 773253..774881 + /gene="fadE8" + /locus_tag="BQ2027_MB0691" + CDS 773253..774881 + /gene="fadE8" + /locus_tag="BQ2027_MB0691" + /note="Mb0691, fadE8, len: 542 aa. Equivalent to Rv0672, + len: 542 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 542 aa overlap). Probable fadE8, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly similar to + many e.g. CAC33951.1|AL589708 putative acyl-CoA + dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (557 aa); + P33224|AIDB_ECOLI|B4187 aidb protein (ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY) from Escherichia coli strain K12 + (546 aa), FASTA scores: opt: 1369, E(): 0, (44.1% identity + in 524 aa overlap); etc. Also similar to several other M. + tuberculosis proteins e.g. Rv0154cRv0154c|MTCI5.28c FASTA + score: (26.3% identity in 342 aa overlap); etc. Contains + acyl-CoA dehydrogenases signature 2 (PS00073). BELONG TO + THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from + Mb0691 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0691 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE8" + /protein_id="SIT99289.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW22" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR041504" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW22" + /translation="MSDTHVVTNQVPPLENYNPASSPVLIEALIQEGGQWGLDEVNEV + GAISASCQAQRWGELADRNRPILHTHDAYGYRVDEVEYDPAYHELMRTAITHGMHAAP + WADDRPGAHVVRAAKTSVWTVEPGHICPISMTYAVVPALRYNSELAAVYEPLLTSREY + DPELKPATTKAGITAGMSMTEKQGGSDVRAGTTQATPNADGSYSLTGHKWFTSAPMCD + IFLVLAQAPDGLSCFLLPRVLPDGTRNRMFLQRLKDKLGNHANASSEVEYDGAVAWLV + GEEGRGVPTIIEMVNLTRLDCALGSATSMRTGLTRAVHHAQHRKAFGAYLIDQPLMRN + VLADLAVEAEAATIVAMRMAGATDNAVRGNETEALLRRIGLAAAKYWVCKRSTAHAAE + ALECLGGNGYVEDSGMPRLYREAPLMGIWEGSGNVSALDTLRAMATRPACVEVLFDEL + ARSAGQDPRLDGHVERLRPQLGDLDTIGYRARKIAEDICLALQGSLLVRHGHPAVAEA + FLATRLGGQWGGAYGTMPAGLDLAPILERALVKG" + gene 774892..775830 + /gene="echA4" + /locus_tag="BQ2027_MB0692" + CDS 774892..775830 + /gene="echA4" + /locus_tag="BQ2027_MB0692" + /note="Mb0692, echA4, len: 312 aa. Equivalent to Rv0673, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 312 aa overlap). Possible echA4, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), showing similarity with + others e.g. NP_419216.1|NC_002696 enoyl-CoA + hydratase/isomerase family protein from Caulobacter + crescentus (256 aa); Q52995|ECHH_RHIME PROBABLE ENOYL-COA + HYDRATASE from Sinorhizobium meliloti (257 aa), FASTA + scores: opt: 210, E(): 1.2e-06, (27.9% identity in 280 aa + overlap); etc. Also similar to other enoyl-CoA hydratases + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P95279|MTCY09F9.29|ECHA13|Rv1935c|MTCY09F9.29 ENOYL-COA + HYDRATASE (318 aa), FASTA score: (27.1% identity in 280 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). Protein product from Mb0692 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0692 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA4 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99290.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW17" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW17" + /translation="MTHAIRPVDFDNLKTMTYEVTGRIARITFNRPEKGNAIIADTPL + ELSALVERADLDPGVHVILVSGRGEGFCAGFDLSAYAEGSSSTGGGGAYQGTVLDGKT + QAVNHLPNQPWDPMIDYQMMSRFVRGFASLMHADKPTVVKIHGYCVAGGTDIALHADQ + VIAAADAKIGYPPTRVWGVPAAGLWAHRLGDQRAKRLLFTGDCITGAQAAEWGLAVEA + PEPADLDERTERLVARIAALPVNQLIMVKLALNSALLQQGVATSRMVSTVFDGAARHT + PEGHAFVADAVEHGFRDAVRRRDEPFGDYGRQASRV" + gene 775833..776555 + /locus_tag="BQ2027_MB0693" + CDS 775833..776555 + /locus_tag="BQ2027_MB0693" + /note="Mb0693, -, len: 240 aa. Equivalent to Rv0674, len: + 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 240 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to AC13063.1|AL445503 + conserved hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (268 aa); and similar to NP_438100.1|NC_003078 + putative regulator of phenylacetic acid degradation ArsR + family protein from Sinorhizobium meliloti (306 aa) and + other proteins e.g. AB011837|AB011837_13 hypothetical + protein from Bacillus halodurans (298 aa), FASTA scores: + opt: 148, E(): 0.0081, (25.1% identity in 235 aa overlap); + etc. Mb0693 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, PaaX family" + /protein_id="SIT99291.1" + /db_xref="InterPro:IPR012906" + /db_xref="InterPro:IPR013225" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW25" + /translation="MPAMTARSVVLSVLLGAHPAWATASELIQLTADFGIKETTLRVA + LTRMVGAGDLVRSADGYRLSDRLLARQRRQDEAMRPRTRAWHGNWHMLIVTSIGTDAR + TRAALRTCMHHKRFGELREGVWMRPDNLDLDLESDVAARVRMLTARDEAPADLAGQLW + DLSGWTEAGHRLLGDMAAATDMPGRFVVAAAMVRHLLTDPMLPAELLPADWPGAGLRA + AYHDFATAMAKRRDATQLLEVT" + gene 776552..777343 + /gene="echA5" + /locus_tag="BQ2027_MB0694" + CDS 776552..777343 + /gene="echA5" + /locus_tag="BQ2027_MB0694" + /note="Mb0694, echA5, len: 263 aa. Equivalent to Rv0675, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 263 aa overlap). Probable echA5, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to several e.g. + NP_252116.1|NC_002516 probable enoyl + CoA-hydratase/isomerase from Pseudomonas aeruginosa (256 + aa); Q20376 PROTEIN SIMILAR TO ENOYL-COA HYDRATASE from + Caenorhabditis elegans (258 aa), FASTA scores: opt: 697, + E(): 0, (47.3% identity in 245 aa overlap); etc. Also + similar to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Z92669|MTCY8D5_17 (262 aa), FASTA scores: opt: 493, E(): + 3.6e-25, (39.1% identity in 243 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0694 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0694 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA5 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99292.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY72" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY72" + /translation="MSDLVRVERKGRVTTVILNRPASRNAVNGPTAAALCAAFEQFDR + DDAASVAVLWGAGGTFCAGADLKAFGTPEANSVHRTGPGPMGPSRMMLSKPVIAAVSG + YAVAGGLELALWCDLRVAEEDAVFGVFCRRWGVPLIDGGTVRLPRLIGHSRAMDMILT + GRGVPADEALAMGLANRVVPKGQARQAAEELAAQLAALPQQCLRSDRLSALHQWGLPE + SAALDLEFASIARVAGEALEGARRFAAGAGRHGAPAPRAEQGDTL" + gene complement(777355..780249) + /gene="mmpL5" + /locus_tag="BQ2027_MB0695C" + CDS complement(777355..780249) + /gene="mmpL5" + /locus_tag="BQ2027_MB0695C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0695c, mmpL5, len: 964 aa. Equivalent to Rv0676c, + len: 964 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 964 aa overlap). Probable mmpL5, + conserved transmembrane transport protein (see first + citation below), member of RND superfamily, highly similar + to other Mycobacterial proteins e.g. MTV037_14, MTCY98_8, + MTCY20G9_34, MTCY4D9_15, MTCY48_8, MTCY19G5_6, MTV005_19, + etc. Also similar to other Mycobacterial mmpl proteins + e.g. P54881|MML4_MYCLE PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN MMPL4 + from Mycobacterium leprae (959 aa), FASTA scores: opt: + 3991, E(): 0, (62.8% identity in 933 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE MMPL FAMILY. TBparse score is 0.884. + Protein product from Mb0695c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0695c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL5" + /protein_id="SIT99293.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX34" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX34" + /translation="MIVQRTAAPTGSVPPDRHAARPFIPRMIRTFAVPIILGWLVTIA + VLNVTVPQLETVGQIQAVSMSPDAAPSMISMKHIGKVFEEGDSDSAAMIVLEGQRPLG + DAAHAFYDQMIGRLQADTTHVQSLQDFWGDPLTATGAQSSDGKAAYVQVKLAGNQGES + LANESVEAVKTIVERLAPPPGVKVYVTGSAALVADQQQAGDRSLQVIEAVTFTVIIVM + LLLVYRSIITSAIMLTMVVLGLLATRGGVAFLGFHRIIGLSTFATNLLVVLAIAAATD + YAIFLIGRYQEARGLGQDRESAYYTMFGGTAHVVLGSGLTIAGATFCLSFTRLPYFQT + LGVPLAIGMVIVVAAALTLGPAIIAVTSRFGKLLEPKRMARVRGWRKVGAAIVRWPGP + ILVGAVALALVGLLTLPGYRTNYNDRNYLPADLPANEGYAAAERHFSQARMNPEVLMV + ESDHDMRNSADFLVINKIAKAIFAVEGISRVQAITRPDGKPIEHTSIPFLISMQGTSQ + KLTEKYNQDLTARMLEQVNDIQSNIDQMERMHSLTQQMADVTHEMVIQMTGMVVDVEE + LRNHIADFDDFFRPIRSYFYWEKHCYDIPVCWSLRSVFDTLDGIDVMTEDINNLLPLM + QRLDTLMPQLTAMMPEMIQTMKSMKAQMLSMHSTQEGLQDQMAAMQEDSAAMGEAFDA + SRNDDSFYLPPEVFDNPDFQRGLEQFLSPDGHAVRFIISHEGDPMSQAGIARIAKIKT + AAKEAIKGTPLEGSAIYLGGTAAMFKDLSDGNTYDLMIAGISALCLIFIIMLIITRSV + VAAAVIVGTVVLSLGASFGLSVLIWQHILGIELHWLVLAMAVIILLAVGADYNLLLVA + RLKEEIHAGINTGIIRAMGGSGSVVTAAGLVFAFTMMSFAVSELTVMAQVGTTIGMGL + LFDTLIVRSFMTPSIAALLGKWFWWPQVVRQRPVPQPWPSPASARTFALV" + gene complement(780246..780674) + /gene="mmpS5" + /locus_tag="BQ2027_MB0696C" + CDS complement(780246..780674) + /gene="mmpS5" + /locus_tag="BQ2027_MB0696C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0696c, mmpS5, len: 142 aa. Equivalent to Rv0677c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Possible mmpS5, + conserved membrane protein (see first citation below), + highly similar to other Mycobacterial proteins e.g. + P54880|MMS4_MYCLE PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: opt: 443, + E(): 1.4e-23, (47.1% identity in 155 aa overlap); etc. + Also similar to others from Mycobacterium tuberculosis. + BELONGS TO THE MMPS FAMILY. TBparse score is 0.901. + Protein product from Mb0696c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0696c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS5" + /protein_id="SIT99294.1" + /db_xref="GOA:P65381" + /db_xref="InterPro:IPR008693" + /db_xref="InterPro:IPR038468" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65381" + /translation="MIGTLKRAWIPLLILVVVAIAGFTVQRIRTFFGSEGILVTPKVF + ADDPEPFDPKVVEYEVSGSGSYVNINYLDLDAKPQRIDGAALPWSLTLKTTAPSAAPN + ILAQGDGTSITCRITVDGEVKDERTATGVDALTYCFVKSA" + gene 780759..781256 + /gene="mmpR5" + /locus_tag="BQ2027_MB0697" + CDS 780759..781256 + /gene="mmpR5" + /locus_tag="BQ2027_MB0697" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0697, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv0678, len: + 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + AL049754|SCH10_10 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (152 aa), FASTA scores: opt: 149, E(): 0.0018, + (22.9% identity in 140 aa overlap). TBparse score is + 0.910. Protein product from Mb0697 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0697 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MarR family transcriptional regulator associated + with MmpL5/MmpS5 efflux system" + /protein_id="SIT99295.1" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH5" + /translation="MSVNDGVDQMGAEPDIMEFVEQMGGYFESRSLTRLAGRLLGWLL + VCDPERQSSEELATALAASSGGISTNARMLIQFGFIERLAVAGDRRTYFRLRPNAFAA + GERERIRAMAELQDLADVGLRALGDAPPQRSRRLREMRDLLAYMENVVSDALGRYSQR + TGEDD" + gene complement(781312..781809) + /locus_tag="BQ2027_MB0698C" + CDS complement(781312..781809) + /locus_tag="BQ2027_MB0698C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0698c, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv0679c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Conserved + hypothetical Thr-rich protein, similar in part to + neighboring ORF Rv0680c (124 aa), FASTA score: (35.1% + identity in 131 aa overlap); and Rv0314c (220 aa). + Contains probable N-terminal signal sequence. TBparse + score is 0.894. Protein product from Mb0698c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0698c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved threonine rich protein" + /protein_id="SIT99296.1" + /db_xref="InterPro:IPR021417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW26" + /translation="MVEKPLRADRATHSRLATFALALAAAALPLAGCSSTANPPAATT + TPATATTTTATSGPTAAPTVTTGESTTASIQIGDMLTYGSIGTTATLDCADGKSLNVA + GSDNTLTVNGTCETVTVGGANNKIAFDRIDERLVVVGLDNTVTYKNGDPTIDNLGAGN + RINKE" + gene complement(781811..782185) + /locus_tag="BQ2027_MB0699C" + CDS complement(781811..782185) + /locus_tag="BQ2027_MB0699C" + /note="Mb0699c, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv0680c, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, showing similarity with C-terminal + part of Rv0314c|Z96800|MTCY63.19c conserved hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (220 aa), FASTA + scores: opt: 175, E(): 2.2e-05, (31.4% identity in 102 aa + overlap). Also some similarity to upstream ORF + Rv0679c|MTV040.07c CONSERVED HYPOTHETICAL THREONINE RICH + PROTEIN (124 aa), FASTA score: (35.1% identity in 131 aa + overlap). Contains probable N-terminal signal sequence. + Mb0699c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99297.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW62" + /db_xref="InterPro:IPR021417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW62" + /translation="MKWNTVAASLAAGVITIAVALAAPPPAAHAKNGDTHVTGQGIER + TLDCNESTLLVNGTQNIVTALGTCWAVTVMGSSNTVVADTIINDITVYGWDETVFFRN + GDPFIWDRGRELGMVNRLQRVG" + gene 782490..783080 + /locus_tag="BQ2027_MB0700" + CDS 782490..783080 + /locus_tag="BQ2027_MB0700" + /note="Mb0700, -, len: 196 aa. Equivalent to Rv0681, len: + 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 196 aa overlap). Probable + transcription regulator, TetR family, similar to others + and especially many tetracycline repressors e.g. T34657 + probable transcription regulator from Streptomyces + coelicolor (189 aa); + AF0278|AF027868_40|NP_389788.1|NC_000964 yobS regulator + from Bacillus subtilis (191 aa), FASTA scores: opt: 213, + E(): 1.6e-07, (28.8% identity in 153 aa overlap); + P09164|TER4_ECOLI TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN from + Escherichia coli (217 aa), FASTA scores: opt: 145, E(): + 0.0068, (39.0% identity in 59 aa overlap); etc. Contains + helix-turn-helix motif at aa 28-49 (Score 1020, +2.66 SD). + Protein product from Mb0700 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0700 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99298.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW36" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR025996" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW36" + /translation="MARPAKLSRESIVEGALTFLDREGWDSLTINALATQLGTKGPSL + YNHVDSLEDLRRAVRIRVIDDIITMLNRVGAGRARDDAVLVMAGAYRSYAHHHPGRYS + AFTRMPLGGDDPEYTAATRGAAAPVIAVLSSYGLDGEQAFYAALEFWSALHGFVLLEM + TGVMDDIDTDAVFTDMVLRLAAGMERRTTHGGTAST" + gene 783329..783703 + /gene="rpsL" + /locus_tag="BQ2027_MB0701" + CDS 783329..783703 + /gene="rpsL" + /locus_tag="BQ2027_MB0701" + /note="Mb0701, rpsL, len: 124 aa. Equivalent to Rv0682, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Probable rpsL, 30S + ribosomal protein S12 (see citations below), equivalent to + others from Mycobacteria e.g. P41195|RS12_MYCSM 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S12 from Mycobacterium smegmatis (124 + aa); P51999|RS12_MYCAV 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 from + Mycobacterium avium (124 aa); etc. Also highly similar to + others from other organisms e.g. P97222|RS12_STRCO 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S12 from Streptomyces roseosporus, + lividans and coelicolor (123 aa); etc. Contains PS00055 + Ribosomal protein S12 signature. BELONGS TO THE S12P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0701 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0701 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s12 rpsl" + /protein_id="SIT99299.1" + /db_xref="GOA:Q53538" + /db_xref="InterPro:IPR005679" + /db_xref="InterPro:IPR006032" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q53538" + /translation="MPTIQQLVRKGRRDKISKVKTAALKGSPQRRGVCTRVYTTTPKK + PNSALRKVARVKLTSQVEVTAYIPGEGHNLQEHSMVLVRGGRVKDLPGVRYKIIRGSL + DTQGVKNRKQARSRYGAKKEKG" + gene 783703..784173 + /gene="rpsG" + /locus_tag="BQ2027_MB0702" + CDS 783703..784173 + /gene="rpsG" + /locus_tag="BQ2027_MB0702" + /note="Mb0702, rpsG, len: 156 aa. Equivalent to Rv0683, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 156 aa overlap). Probable rpsG, 30S + ribosomal protein S7 (see citation below), equivalent to + others from Mycobacteria e.g. P41193|RS7_MYCSM 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S7 from Mycobacterium smegmatis (156 + aa), FASTA scores: opt: 986, E(): 0, (96.2% identity in + 156 aa overlap); Q53539|RS7_MYCBO 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 + from Mycobacterium bovis (156 aa); etc. Also highly + similar to others e.g. Q9L0K4|RS7_STRCO 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S7 from Streptomyces coelicolor (156 aa); etc. + Contains PS00052 Ribosomal protein S7 signature. BELONGS + TO THE S7P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb0702 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0702 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s7 rpsg" + /protein_id="SIT99300.1" + /db_xref="GOA:Q53539" + /db_xref="InterPro:IPR000235" + /db_xref="InterPro:IPR005717" + /db_xref="InterPro:IPR020606" + /db_xref="InterPro:IPR023798" + /db_xref="InterPro:IPR036823" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q53539" + /translation="MPRKGPAPKRPLVNDPVYGSQLVTQLVNKVLLKGKKSLAERIVY + GALEQARDKTGTDPVITLKRALDNVKPALEVRSRRVGGATYQVPVEVRPDRSTTLALR + WLVGYSRQRREKTMIERLANEILDASNGLGASVKRREDTHKMAEANRAFAHYRW" + gene 784254..786359 + /gene="fusA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0703" + CDS 784254..786359 + /gene="fusA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0703" + /standard_name="fusA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0703, fusA1, len: 701 aa. Equivalent to Rv0684, + len: 701 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 701 aa overlap). Probable fusA1, + elongation factor G, equivalent to P30767|EFG_MYCLE|S31150 + translation elongation factor EF-G from Mycobacterium + leprae (701 aa), FASTA scores: opt: 2521, E(): 0, (88.2% + identity in 432 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. CAB81852.1|AL161691 elongation factor G from + Streptomyces coelicolor (708 aa); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS00301 + GTP-binding elongation factors signature. BELONGS TO THE + GTP-BINDING ELONGATION FACTOR FAMILY, EF-G/EF-2 SUBFAMILY. + Note that previously known as fusA. Protein product from + Mb0703 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0703 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELONGATION FACTOR G FUSA1 (EF-G)" + /protein_id="SIT99301.1" + /db_xref="GOA:P0A557" + /db_xref="InterPro:IPR000640" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR004161" + /db_xref="InterPro:IPR004540" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR005517" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR009022" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031157" + /db_xref="InterPro:IPR035647" + /db_xref="InterPro:IPR035649" + /db_xref="InterPro:IPR041095" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A557" + /translation="MAQKDVLTDLSRVRNFGIMAHIDAGKTTTTERILYYTGINYKIG + EVHDGAATMDWMEQEQERGITITSAATTTFWKDNQLNIIDTPGHVDFTVEVERNLRVL + DGAVAVFDGKEGVEPQSEQVWRQADKYDVPRICFVNKMDKIGADFYFSVRTMGERLGA + NAVPIQLPVGAEADFEGVVDLVEMNAKVWRGETKLGETYDTVEIPADLAEQAEEYRTK + LLEVVAESDEHLLEKYLGGEELTVDEIKGAIRKLTIASEIYPVLCGSAFKNKGVQPML + DAVVDYLPSPLDVPPAIGHAPAKEDEEVVRKATTDEPFAALAFKIATHPFFGKLTYIR + VYSGTVESGSQVINATKGKKERLGKLFQMHSNKENPVDRASAGHIYAVIGLKDTTTGD + TLSDPNQQIVLESMTFPDPVIEVAIEPKTKSDQEKLSLSIQKLAEEDPTFKVHLDSET + GQTVIGGMGELHLDILVDRMRREFKVEANVGKPQVAYKETIKRLVQNVEYTHKKQTGG + SGQFAKVIINLEPFTGEEGATYEFESKVTGGRIPREYIPSVDAGAQDAMQYGVLAGYP + LVNLKVTLLDGAYHEVDSSEMAFKIAGSQVLKKAAALAQPVILEPIMAVEVTTPEDYM + GDVIGDLNSRRGQIQAMEERAGARVVRAHVPLSEMFGYVGDLRSKTQGRANYSMVFDS + YSEVPANVSKEIIAKATGE" + gene 786590..787780 + /gene="tuf" + /locus_tag="BQ2027_MB0704" + CDS 786590..787780 + /gene="tuf" + /locus_tag="BQ2027_MB0704" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0704, tuf, len: 396 aa. Equivalent to Rv0685, + len: 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 396 aa overlap). Probable tuf, + elongation factor EF-Tu, equivalent to JC2262 translation + elongation factor Tu from Mycobacterium leprae (396 aa). + Also highly similar to others e.g. P42439|EFTU_CORGL + ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) from Corynebacterium + glutamicum (396 aa); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A, and PS00301 GTP-binding elongation factors + signature. BELONGS TO THE GTP-BINDING ELONGATION FACTOR + FAMILY, EF-TU/EF-1A SUBFAMILY. Protein product from Mb0704 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0704 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable iron-regulated elongation factor tu tuf + (ef-tu)" + /protein_id="SIT99302.1" + /db_xref="GOA:P0A559" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR004160" + /db_xref="InterPro:IPR004161" + /db_xref="InterPro:IPR004541" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR009001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031157" + /db_xref="InterPro:IPR033720" + /db_xref="InterPro:IPR041709" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A559" + /translation="MAKAKFQRTKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITKVLHDKFPDLN + ETKAFDQIDNAPEERQRGITINIAHVEYQTDKRHYAHVDAPGHADYIKNMITGAAQMD + GAILVVAATDGPMPQTREHVLLARQVGVPYILVALNKADAVDDEELLELVEMEVRELL + AAQEFDEDAPVVRVSALKALEGDAKWVASVEELMNAVDESIPDPVRETDKPFLMPVED + VFTITGRGTVVTGRVERGVINVNEEVEIVGIRPSTTKTTVTGVEMFRKLLDQGQAGDN + VGLLLRGVKREDVERGQVVTKPGTTTPHTEFEGQVYILSKDEGGRHTPFFNNYRPQFY + FRTTDVTGVVTLPEGTEMVMPGDNTNISVKLIQPVAMDEGLRFAIREGGRTVGAGRVT + KIIK" + gene 787918..788715 + /locus_tag="BQ2027_MB0705" + CDS 787918..788715 + /locus_tag="BQ2027_MB0705" + /note="Mb0705, -, len: 265 aa. Equivalent to Rv0686, len: + 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 265 aa overlap). Probable membrane + protein, with hydrophobic N-terminus. Protein product from + Mb0705 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0705 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99303.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX44" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX44" + /translation="MLARYIKMQLLVLLCGGLVGPIFLVVYFTLGLGSLMSWMFYVGL + IITVADVLVALALTNYGAKTAAKTAALERSGVLALAQSTGLSETGTRINDQPLVKVHL + HISGPGITPFDTEDRVIASVTRLGNLTARKLVVLVNPATQQYLIDWERSALVNGLVPA + QFTVAEDNKTYDLSGQTGPLMEILQILKANNVPLNRMVDIRSNPALRQQVQAVVRRAA + ERQAPAAEPASQGSIAERLAELESLRASGAVNAAEYESKRAQIISEI" + gene 788868..789695 + /locus_tag="BQ2027_MB0706" + CDS 788868..789695 + /locus_tag="BQ2027_MB0706" + /note="Mb0706, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv0687, len: + 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + various dehydrogenases (generally SDR family) e.g. + U17129|RSU17129_7 short-chain dehydrogenase from + Rhodococcus erythropolis (275 aa), FASTA scores: opt: + 1112, E(): 0, (61.2% identity in 268 aa overlap); + MMU34072_2 steroid dehydrogenase from Musmus culus (260 + aa), FASTA scores: opt: 390, E(): 2.2e-17, (34.1% identity + in 267 aa overlap); etc. Also similar to + MTV002_16|O33292|Rv2750 DEHYDROGENASE from Mycobacterium + tuberculosis (272 aa). Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. Protein product + from Mb0706 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0706 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIT99304.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW77" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR023985" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW77" + /translation="MSARGGSLHGRVAFVTGAARAQGRSHAVRLAREGADIVALDICA + PVSGSVTYPPATSEDLGETVRAVEAEGRKVLAREVDIRDDAELRRLVADGVEQFGRLD + IVVANAGVLGWGRLWELTDEQWETVIGVNLTGTWRTLRATVPAMIDAGNGGSIVVVSS + SAGLKATPGNGHYAASKHALVALTNTLAIELGEFGIRVNSIHPYSVDTPMIEPEAMIQ + TFAKHPGYVHSFPPMPLQPKGFMTPDEISDVVVWLAGDGSGALSGNQIPVDKGALKY" + gene 789709..790929 + /locus_tag="BQ2027_MB0707" + CDS 789709..790929 + /locus_tag="BQ2027_MB0707" + /note="Mb0707, -, len: 406 aa. Equivalent to Rv0688, len: + 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Putative ferredoxin + reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to others e.g. + BAB55881.1|AB054975 ferredoxin reductase from Terrabacter + sp. DBF63 (410 aa); CAC04223.1|AL391515 putative + ferredoxin reductase from Streptomyces coelicolor (420 + aa); PPU24215_8|Q51973 P-CUMATE DIOXYGENASE FERREDOXIN + REDUCTASE SUBUNIT from Pseudomonas putida (402 aa), FASTA + scores: opt: 738, E(): 0, (38.8% identity in 330 aa + overlap); etc. Also similar to Rv0253 and Rv1869c from + Mycobacterium tuberculosis. COULD BELONG TO THE BACTERIAL + TYPE FERREDOXIN FAMILY. Protein product from Mb0707 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0707 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE FERREDOXIN REDUCTASE" + /protein_id="SIT99305.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWI4" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR028202" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWI4" + /translation="MNAHVTSREGVNEFDDGIVIVGGGLAAARTAEQLRRAGYSGRLT + IVSDEVHLPYDRPPLSKEVLRSEVDDVALKPREFYDEKDIALRLGSAAVSLDTGEQTV + TLADGTVLGYDELVIATGLVPRRIPSLPDLDGIRVLRSFDESMALRKHASAARHAVVV + GAGFIGCEVAASLRGLGVDVVLVEPQPAPLASVLGEQIGQLVTRLHRDEGVDVRTGVT + VAEVRGKGHVDAVVLTDGTELPADLVVVGIGSTPATEWLEGSGVEVDNGVICDKAGRT + SAPNVWALGDVASWRDPMGHQARVEHWSNVADQARVVVPAMLGTDVPTGVVVPYFWSD + QYDVKIQCLGEPHATDVVHLVEDDGRKFLAYYERDGVLVGVVGGGMAGKVMKVRGKIA + AGAPIAEVLDQTQA" + gene complement(790926..791180) + /locus_tag="BQ2027_MB0708C" + CDS complement(790926..791180) + /locus_tag="BQ2027_MB0708C" + /note="Mb0708c, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv0689c, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99306.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW37" + /translation="MLGWTVKPGRVADGWQAPGVHLMARCSGPQPASERRADMDGGDI + DAAVARVRAAGALAEPSRQPDDMSAECADDQGARCHLGQL" + gene complement(791793..792842) + /locus_tag="BQ2027_MB0709C" + CDS complement(791793..792842) + /locus_tag="BQ2027_MB0709C" + /note="Mb0709c, -, len: 349 aa. Equivalent to Rv0690c, + len: 349 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 349 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with + NP_386956.1|NC_003047 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (358 aa); NP_356573.1|NC_003063 + AGR_L_1570p from Agrobacterium tumefaciens (346 aa); + NP_421938.1|NC_002696 conserved hypothetical protein from + Caulobacter crescentus (370 aa). Protein product from + Mb0709c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0709c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99307.1" + /db_xref="InterPro:IPR011200" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW72" + /translation="MTGTEHLVHTLRSQGRVCTSSGSPMYRELLELVAADVESGGVFA + SILADQKGAPEGQAVPLRLLGGLHRMVLDGRAPVLRRWYPSTGGTWQAEAAWPDIVRT + ATDQPESLRAALDRPPQTNEVGRSAALIGGLLIACLQFDLPIRLFEIGSSAGLNLRPD + RYRYRYLGGEWGLADSPVRIDNAWLGELPPTATVRIVERHGYDIAPIDVTSPDGELNA + LSYIWPDQTDRLERLRGAIAVARNIPADLHRQAAHAAVAGMTLTDDALTVLWHSITWQ + YLPADERAAIRAGIDALAAQADAHCPFVHLTLEPAHQRPGAQIKYLVRMRSWPGGHAR + VLGECHPHGPPVTWQ" + gene complement(792839..793435) + /locus_tag="BQ2027_MB0710C" + CDS complement(792839..793435) + /locus_tag="BQ2027_MB0710C" + /note="Mb0710c, -, len: 198 aa. Equivalent to Rv0691c, + len: 198 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 198 aa overlap). Rv0691c, + (MTCY210.08c), len: 198 aa. Probable transcriptional + regulator, highly similar to AAC77476.1|U17129 unknown + protein from Rhodococcus erythropolis (185 aa); and + showing similarity with putative regulatory proteins eg + STMTCREP_1|TCMR_STRGA|P39885 tetracenomycin c + transcriptional repressor from Streptomyces glaucescens + (226 aa), FASTA scores: opt: 178, E(): 8.5e-06, (27.9% + identity in 201 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and probable + helix-turn helix motifs from aa 34-55 (Score 1100, +2.93 + SD) and 151-172 (Score 1124, +3.02 SD). Mb0710c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99308.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW46" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023851" + /db_xref="InterPro:IPR041347" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW46" + /translation="MPHESRVGRRRSTTPHHISDVAIELFAAHGFTDVSVDDIARAAG + IARRTLFRYYASKNAIPWGDFSTHLAQLQGLLDNIDSRIQLRDALRAALLAFNTFDES + ETIRHRKRMRVILQTPELQAYSMTMYAGWREVIAKFVARRSGGKTTDFMPQTVAWTML + GVALSAYEHWLRDESVSLTEALGAAFDVVGAGLDRLNQ" + gene 793427..793615 + /locus_tag="BQ2027_MB0710A" + CDS 793427..793615 + /locus_tag="BQ2027_MB0710A" + /note="Mb0710A, len: 62 aa. Equivalent to Rv0691A len: 62 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 62 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Mycofactocin precursor + protein. Mb0710A found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mycofactocin precursor protein" + /protein_id="SIT99309.1" + /db_xref="InterPro:IPR023988" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW42" + /translation="MRHHIRPSISALDAILCPDRRIAVETCWRKAIQMDYETDTDTEL + VTETLVEEVSIDGMCGVY" + gene 793600..793929 + /gene="mftB" + /locus_tag="BQ2027_MB0711" + CDS 793600..793929 + /gene="mftB" + /locus_tag="BQ2027_MB0711" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0711, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv0692, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + U17129|RSU17129_3|AAC77477.1 unknown protein from + Rhodococcus erythropolis (95 aa), FASTA scores: opt: 393, + E(): 8.8e-22, (68.2% identity in 88 aa overlap). Mb0711 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mycofactocin binding protein MftB" + /protein_id="SIT99310.1" + /db_xref="InterPro:IPR023850" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW34" + /translation="MWGLLTVPAPAQARRADSSEFDPDRGWRLHPQVAVRPEPFGALL + YHFGTRKLSFLKNRTILAVVQTLADYPDIRSACRGAGVDDCDQDPYLHALSVLAGSNM + LVPRQTT" + gene 793926..795101 + /gene="pqqE" + /locus_tag="BQ2027_MB0712" + CDS 793926..795101 + /gene="pqqE" + /locus_tag="BQ2027_MB0712" + /note="Mb0712, pqqE, len: 391 aa. Equivalent to Rv0693, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 391 aa overlap). Probable pqqE + (alternate gene name: pqqIII), coenzyme PQQ synthesis + protein E, similar to others AE001109_9|O30258|PQQE + COENZYME PQQ SYNTHESIS PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus + (375 aa), FASTA scores: E(): 1.6e-16, (28.1% identity in + 377 aa overlap); PQQE_ACICA|P07782 coenzyme pqq synthesis + protein e from Acinetobacter calcoaceticus (384 aa), FASTA + scores: opt: 302, E(): 1.8e-12, (23.9% identity in 377 aa + overlap); etc. Also similar to C-terminus of heme + biosynthesis proteins e.g. O28270|AF2009 HEME BIOSYNTHESIS + PROTEIN (NIRJ-2) from Archaeoglobus fulgidus (468 aa). + Note that also highly similar to + U17129|RSU17129_4|AAC77478.1 unknown protein from + Rhodococcus erythropolis (405 aa), FASTA scores: opt: + 1997, E(): 0, (73.3% identity in 390 aa overlap). COULD + BELONG TO THE MOAA / NIFB / PQQE FAMILY. Mb0712 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COENZYME PQQ SYNTHESIS PROTEIN E PQQE + (COENZYME PQQ SYNTHESIS PROTEIN III)" + /protein_id="SIT99311.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW47" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR017200" + /db_xref="InterPro:IPR023885" + /db_xref="InterPro:IPR023913" + /db_xref="InterPro:IPR034391" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW47" + /translation="MTSPVPRLIEQFERGLDAPICLTWELTYACNLACVHCLSSSGKR + DPGELSTRQCKDIIDELERMQVFYVNIGGGEPTVRPDFWELVDYATAHHVGVKFSTNG + VRITPEVATRLAATDYVDVQISLDGATAEVNDAIRGTGSFDMAVRALQNLAAAGFAGV + KISVVITRRNVAQLDEFATLASRYGATLRITRLRPSGRGTDVWADLHPTADQQVQLYD + WLVSKGERVLTGDSFFHLAPLGQSGALAGLNMCGAGRVVCLIDPVGDVYACPFAIHDH + FLAGNVLSDGGFQNVWKNSSLFRELREPQSAGACGSCGHYDSCRGGCMAAKFFTGLPL + DGPDPECVQGHSEPALARERHLPRPRADHSRGRRVSKPVPLTLSMRPPKRPCNESPV" + gene 795104..796294 + /gene="lldD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0713" + CDS 795104..796294 + /gene="lldD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0713" + /note="Mb0713, lldD1, len: 396 aa. Equivalent to Rv0694, + len: 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 396 aa overlap). Possible lldD1, + L-lactate dehydrogenase (cytochrome) (EC 1.1.2.3), similar + to NP_302368.1|NC_002677 L-lactate dehydrogenase from + Mycobacterium leprae (414 aa). Also similar to others e.g. + NP_384560.1|NC_003047 PUTATIVE L-LACTATE DEHYDROGENASE + (CYTOCHROME) PROTEIN from Sinorhizobium meliloti (403 aa); + NP_251072.1|NC_002516 L-lactate dehydrogenase from + Pseudomonas aeruginosa (383 aa); P33232|LLDD_ECOLI + L-lactate dehydrogenase (cytochrome) from Escherichia coli + strain K12 (396 aa), FASTA scores: opt: 697, E(): 0, (34.5 + identity in 380 aa overlap); etc; and also similar to + other oxidoreductases. Note that also highly similar to + RSU17129_5|AAC77479.1|U17129 unknown protein from + Rhodococcus erythropolis (392 aa), FASTA scores: opt: + 2006, E(): 0, (74.1% identity in 386 aa overlap). Also + similar to lldD2|Rv1872c|MTCY180.46|MTCY359.01 POSSIBLE + L-LACTATE DEHYDROGENASE (CYTOCHROME) from Mycobacterium + tuberculosis (414 aa). BELONGS TO THE FMN-DEPENDENT + ALPHA-HYDROXY ACID DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product + from Mb0713 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0713 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE L-LACTATE DEHYDROGENASE (CYTOCHROME) + LLDD1" + /protein_id="SIT99312.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY91" + /db_xref="InterPro:IPR000262" + /db_xref="InterPro:IPR012133" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR023989" + /db_xref="InterPro:IPR037396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY91" + /translation="MAEAWFETVAIAQQRAKRRLPKSVYSSLIAASEKGITVADNVAA + FSELGFAPHVIGATDKRDLSTTVMGQEVSLPVIISPTGVQAVDPGGEVAVARAAAARG + TVMGLSSFASKPIEEVIAANPKTFFQVYWQGGRDALAERVERARQAGAVGLVVTTDWT + FSHGRDWGSPKIPEEMNLKTILRLSPEAITRPRWLWKFAKTLRPPDLRVPNQGRRGEP + GPPFFAAYGEWMATPPPTWEDIGWLRELWGGPFMLKGVMRVDDAKRAVDAGVSAISVS + NHGGNNLDGTPASIRALPAVSAAVGDQVEVLLDGGIRRGSDVVKAVALGARAVMIGRA + YLWGLAANGQAGVENVLDILRGGIDSALMGLGHASVHDLSPADILVPTGFIRDLGVPS + RRDV" + gene 796484..797239 + /gene="mftE" + /locus_tag="BQ2027_MB0714" + CDS 796484..797239 + /gene="mftE" + /locus_tag="BQ2027_MB0714" + /note="Mb0714, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv0695, len: + 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to many creatinine + amidohydrolases or hypothetical proteins e.g. + NP_443048.1|NC_000911 creatinine amidohydrolase from + Synechococcus sp. PCC 6803 (273 aa); NP_466169.1|NC_003210 + protein similar to creatinine amidohydrolase from Listeria + monocytogenes (249 aa); T35153|SC5A7.04c hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (273 aa); etc. Note + that highly similar to RSU17129_10|AAC77474.1|U17129 + unknown protein from Rhodococcus erythropolis (230 aa), + FASTA scores: opt: 693, E(): 0, (55.7% identity in 237 aa + overlap). Mb0714 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclic amid hydrolase in mycofactocin cluster" + /protein_id="SIT99313.1" + /db_xref="InterPro:IPR003785" + /db_xref="InterPro:IPR023871" + /db_xref="InterPro:IPR024087" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX53" + /translation="MNSSYHRRVPVVGELGSATSSQLPSTSPSIVIPLGSTEQHGPHL + PLDTDTRIATAVARTVTARLHAEDLPIAQEEWLMAPAIAYGASGEHQRFAGTISIGTE + ALTMLLVEYGRSAACWARRLVFVNGHGGNVGALTRAVGLLRAEGRDAGWCPCTCPGGD + PHAGHTETSVLLHLSPADVRTERWRAGNRAPLPVLLPSMRRGGVAAVSETGVLGDPTT + ATAAEGRRIFAAMVDDCVRRVARWMPQPDGMLT" + gene 797288..798700 + /locus_tag="BQ2027_MB0715" + CDS 797288..798700 + /locus_tag="BQ2027_MB0715" + /note="Mb0715, -, len: 470 aa. Equivalent to Rv0696, len: + 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 470 aa overlap). Probable membrane + sugar transferase (EC 2.-.-.-), similar (except in + N-terminus) to NP_069157.1|NC_000917 glycosyl transferase + from Archaeoglobus fulgidus (324 aa); + NP_279985.1|NC_002607 rhamnosyl transferase from + Halobacterium sp. NRC-1 (299 aa); NP_059113.1|NM_017417 + polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 8 from (637 + aa). Note that also highly similar to P46370|YTH1_RHOER + HYPOTHETICAL 55.3 KDA PROTEIN from Rhodococcus + erythropolis (513 aa), FASTA scores: opt: 1514, E(): 0, + (51.8% identity in 469 aa overlap). Protein product from + Mb0715 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0715 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE SUGAR TRANSFERASE" + /protein_id="SIT99314.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW90" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR023981" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW90" + /translation="MTATRLPDGFAVQVDRRVRVLGDGSALLGGSPTRLLRLAPAARG + LLCDGRLKVRDEVSAELARILLDATVAHPRPPSGPSHRDVTVVIPVRNNASGLRRLVT + SLRGLRVIVVDDGSACPVESDDFVGAHCDIEVLHHPHSKGPAAARNTGLAACTTDFVA + FLDSDVTPRRGWLESLLGHFCDPTVALVAPRIVSLVEGENPVARYEALHSSLDLGQRE + APVLPHSTVSYVPSAAIVCRSSAIRDVGGFDETMHSGEDVDLCWRLIEAGARLRYEPI + ALVAHDHRTQLRDWIARKAFYGGSAAPLAVRHPDKTAPLVISGGALMAWILMSIGTGL + GRLASLVIAVLTGRRIARAMRCAETSFLDVLAVATRGLWAAALQLASAICRHYWPLAL + LAAILSRRCRRVVLIAAVVDGVVDWLRRREGADDDAEPIGPLTYLVLKRVDDLAYGAG + LWYGVVRERNIGALKPQIRT" + gene 798702..800141 + /locus_tag="BQ2027_MB0716" + CDS 798702..800141 + /locus_tag="BQ2027_MB0716" + /note="Mb0716, -, len: 479 aa. Equivalent to Rv0697, len: + 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). Probable + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), highly similar to + P30772|YTUR_MYCLE HYPOTHETICAL 24 KD PROTEIN from + Mycobacterium leprae (220 aa), FASTA scores: opt: 557, + E(): 1.7e-28, (46.2% identity in 223 aa overlap). Also + highly similar to P46371|YTH2_RHOER HYPOTHETICAL 53.0 KDA + GMC-TYPE OXIDOREDUCTASE from Rhodococcus erythropolis (493 + aa); and similar to many dehydrogenases e.g. + NP_250814.1|NC_002516 probable dehydrogenase from + Pseudomonas aeruginosa (545 aa); BAA13145.1|D86622 FAD + dependent L-sorbose dehydrogenase from Gluconobacter + oxydans (531 aa); etc. Also similar to Rv1279 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb0716 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0716 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIT99315.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ3" + /db_xref="InterPro:IPR000172" + /db_xref="InterPro:IPR007867" + /db_xref="InterPro:IPR012132" + /db_xref="InterPro:IPR023978" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ3" + /translation="MTAAVRHSDVLVVGAGSAGSVVAERLSMDSSCVVTVLEAGPGLA + DPGLLAQTANGLQLPIGAGSPLVERYRTRLTDRPVRHLPIVRGATVGGSGAINGGYFC + RGLPSDFDRASIPGWAWSDVLEHFRAIETDLDFETPVHGRSGPIPVRRTHEMTGITES + FMAAAEDAGFAWIADLNDVGPEMPSGVGAVPLNIVNGVRTSSAVGYLMPALGRPNLTL + LARTRAVRLRFSATTAVGVDAIGPGGPVSLSADRIVLCAGAIQSAHLLMLSGVGEEEV + LRSAGVKVLMALPVGMGCSDHPEWVMPTNWAVAVDRPVLEVLLSTHDGIEIRPYTGGF + VAMTGDGTAGHRDWPHIGVALMQPRARGRITLVSSDPQIPVRIEHRYDSEPADVAALR + QGSALAHELCGAATRIGPAVWATSQHLCGSAPMGTDDDPRAVVDPRCRVRGIENLWVI + DGSVLPSITSRGPHATIVMLGHRAAEFVQ" + gene 800602..800931 + /locus_tag="BQ2027_MB0717" + CDS 800602..800931 + /locus_tag="BQ2027_MB0717" + /note="Mb0717, -, len: 109 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0698, len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.1% identity in 106 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, highly similar to + C-terminus of Rv3639c|MTY15C10.12 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (188 aa), FASTA + scores: E(): 2.1e-07, (54.8% identity in 73 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0698 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits Rv0698 into 2 parts, Mb0717 and + Mb0718. Mb0717 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99316.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW44" + /translation="MGRRGNRRVHVDRVRLTGTERELRAENQSPPIFRPQNTLGDGAN + GLPLAVCTTTAHTCHTSHTHPSRWTPNPVPATKGVPAGLVQATFIIENLDPGNNDTPT + PLHPNCD" + gene 800979..801212 + /locus_tag="BQ2027_MB0718" + CDS 800979..801212 + /locus_tag="BQ2027_MB0718" + /note="Mb0718, -, len: 77 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0698, len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 77 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, highly similar to + C-terminus of Rv3639c|MTY15C10.12 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (188 aa), FASTA + scores: E(): 2.1e-07, (54.8% identity in 73 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0698 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits Rv0698 into 2 parts, Mb0717 and + Mb0718. Mb0718 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99317.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW82" + /translation="MLRRKDTSRRCVQADDVRCVQLVQDPRRGRVELGGYRAELTVGR + RAAVNCQRPQYGADGWPVRLGCGVGGAARGDQR" + gene 801397..801618 + /locus_tag="BQ2027_MB0719" + CDS 801397..801618 + /locus_tag="BQ2027_MB0719" + /note="Mb0719, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv0699, len: + 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99318.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW55" + /translation="MGDRRVDLLAAKDSEIRRSMGAVPVGAGSSQVATSWASDRCIRC + RAAILSADCANLARANSRGGLAVGGSAVS" + gene 802255..802560 + /gene="rpsJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0720" + CDS 802255..802560 + /gene="rpsJ" + /locus_tag="BQ2027_MB0720" + /standard_name="nusE" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0720, rpsJ, len: 101 aa. Equivalent to Rv0700, + len: 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). rpsJ (alternate gene + name: nusE), 30S ribosomal protein S10 (see first citation + below), equivalent to RS10_MYCLE P307653 30S ribosomal + protein S10 from Mycobacterium leprae (101 aa), FASTA + scores: opt: 645, E(): 0, (97.0% identity in 101 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + CAB82069.1|AL161803 30S ribosomal protein S10 from + Streptomyces coelicolor (102 aa); etc. Contains PS00361 + Ribosomal protein S10 signature. BELONGS TO THE S10P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0720 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0720 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 RPSJ (TRANSCRIPTION + ANTITERMINATION FACTOR NUSE)" + /protein_id="SIT99319.1" + /db_xref="GOA:P0A5X1" + /db_xref="InterPro:IPR001848" + /db_xref="InterPro:IPR018268" + /db_xref="InterPro:IPR027486" + /db_xref="InterPro:IPR036838" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5X1" + /translation="MAGQKIRIRLKAYDHEAIDASARKIVETVVRTGASVVGPVPLPT + EKNVYCVIRSPHKYKDSREHFEMRTHKRLIDIIDPTPKTVDALMRIDLPASVDVNIQ" + gene 802577..803230 + /gene="rplC" + /locus_tag="BQ2027_MB0721" + CDS 802577..803230 + /gene="rplC" + /locus_tag="BQ2027_MB0721" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0721, rplC, len: 217 aa. Equivalent to Rv0701, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Probable rplC, 50S + ribosomal protein L3, equivalent to O06044|RL3_MYCBO 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L3 from Mycobacterium bovis BCG (217 + aa); and P30762|RL3_MYCLE 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 from + Mycobacterium leprae (217 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB82070.1|AL161803 50S ribosomal protein L3 + from Streptomyces coelicolor (214 aa); P52860|RL3_THETH + ribosomal protein l3 from Thermus aquaticus (206 aa), + FASTA scores: opt: 717, E(): 0, (55.2% identity in 210 aa + overlap); etc. Contains PS00474 Ribosomal protein L3 + signature. BELONGS TO THE L3P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb0721 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0721 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l3 rplc" + /protein_id="SIT99320.1" + /db_xref="GOA:P60441" + /db_xref="InterPro:IPR000597" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR019926" + /db_xref="InterPro:IPR019927" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60441" + /translation="MARKGILGTKLGMTQVFDESNRVVPVTVVKAGPNVVTRIRTPER + DGYSAVQLAYGEISPRKVNKPLTGQYTAAGVNPRRYLAELRLDDSDAATEYQVGQELT + AEIFADGSYVDVTGTSKGKGFAGTMKRHGFRGQGASHGAQAVHRRPGSIGGCATPARV + FKGTRMAGRMGNDRVTVLNLLVHKVDAENGVLLIKGAVPGRTGGLVMVRSAIKRGEK" + gene 803230..803901 + /gene="rplD" + /locus_tag="BQ2027_MB0722" + CDS 803230..803901 + /gene="rplD" + /locus_tag="BQ2027_MB0722" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0722, rplD, len: 223 aa. Equivalent to Rv0702, + len: 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 223 aa overlap). Probable rplD, 50S + ribosomal protein L4, equivalent to O06045|RL4_MYCBO 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L4 from Mycobacterium bovis BCG (223 + aa); O06114|RL4_MYCSM 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 from + Mycobacterium smegmatis (215 aa); and MLCB2492_3 50S + ribosomal protein L4 from Mycobacterium leprae (230 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82071.1|AL161803 50S + ribosomal protein L4 from Streptomyces coelicolor (219 + aa); P28601|RL4_BACST 50s ribosomal protein L4 from + Bacillus stearothermophilus (207 aa), FASTA scores: opt: + 522, E(): 3.5e-26, (42.4% identity in 198 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE L4P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. + Protein product from Mb0722 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0722 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l4 rpld" + /protein_id="SIT99321.1" + /db_xref="GOA:P60728" + /db_xref="InterPro:IPR002136" + /db_xref="InterPro:IPR013005" + /db_xref="InterPro:IPR023574" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60728" + /translation="MAAQEQKTLKIDVKTPAGKVDGAIELPAELFDVPANIALMHQVV + TAQRAAARQGTHSTKTRGEVSGGGRKPYRQKGTGRARQGSTRAPQFTGGGVVHGPKPR + DYSQRTPKKMIAAALRGALSDRARNGRIHAITELVEGQNPSTKSARAFLASLTERKQV + LVVIGRSDEAGAKSVRNLPGVHILAPDQLNTYDVLRADDVVFSVEALNAYIAANTTTS + EEVSA" + gene 803901..804203 + /gene="rplW" + /locus_tag="BQ2027_MB0723" + CDS 803901..804203 + /gene="rplW" + /locus_tag="BQ2027_MB0723" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0723, rplW, len: 100 aa. Equivalent to Rv0703, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). Probable rplW, 50S + ribosomal protein L23, equivalent to O06046|RL23_MYCBO 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L23 from Mycobacterium bovis BCG (100 + aa); and MLCB2492_4 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 from + Mycobacterium leprae (100 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB82072.1|AL161803 50S ribosomal protein L23 + from Streptomyces coelicolor (139 aa) (N-terminus longer); + P04454|RL23_BACST 50s ribosomal protein L23 from Bacillus + stearothermophilus (95 aa), FASTA scores: opt: 275, E(): + 1.4e-13, (50.5% identity in 95 aa overlap); etc. Contains + PS00050 Ribosomal protein L23 signature. BELONGS TO THE + L23P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0723 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0723 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l23 rplw" + /protein_id="SIT99322.1" + /db_xref="GOA:O06046" + /db_xref="InterPro:IPR001014" + /db_xref="InterPro:IPR012677" + /db_xref="InterPro:IPR012678" + /db_xref="InterPro:IPR013025" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O06046" + /translation="MATLADPRDIILAPVISEKSYGLLDDNVYTFLVRPDSNKTQIKI + AVEKIFAVKVASVNTANRQGKRKRTRTGYGKRKSTKRAIVTLAPGSRPIDLFGAPA" + gene 804350..805192 + /gene="rplB" + /locus_tag="BQ2027_MB0724" + CDS 804350..805192 + /gene="rplB" + /locus_tag="BQ2027_MB0724" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0724, rplB, len: 280 aa. Equivalent to Rv0704, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Probable rplB, 50S + ribosomal protein L2, equivalent to O06047|RL2_MYCBO 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L2 from Mycobacterium bovis BCG (280 + aa); and MLCB2492_5M 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2 from + Mycobacterium leprae (280 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB82073.1|AL161803 50S ribosomal protein L2 + from Streptomyces coelicolor (278 aa); P42919|RL2_BACSU + 50s ribosomal protein l2 (bl2) from Bacillus subtilis (276 + aa), FASTA scores: opt: 1179, E(): 0, (61.1% identity in + 275 aa overlap); etc. Contains PS00467 Ribosomal protein + L2 signature. BELONGS TO THE L2P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb0724 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0724 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l2 rplb" + /protein_id="SIT99323.1" + /db_xref="GOA:O06047" + /db_xref="InterPro:IPR002171" + /db_xref="InterPro:IPR005880" + /db_xref="InterPro:IPR008991" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR014722" + /db_xref="InterPro:IPR014726" + /db_xref="InterPro:IPR022666" + /db_xref="InterPro:IPR022669" + /db_xref="InterPro:IPR022671" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O06047" + /translation="MAIRKYKPTTPGRRGASVSDFAEITRSTPEKSLVRPLHGRGGRN + AHGRITTRHKGGGHKRAYRMIDFRRNDKDGVNAKVAHIEYDPNRTARIALLHYLDGEK + RYIIAPNGLSQGDVVESGANADIKPGNNLPLRNIPAGTLIHAVELRPGGGAKLARSAG + SSIQLLGKEASYASLRMPSGEIRRVDVRCRATVGEVGNAEQANINWGKAGRMRWKGKR + PSVRGVVMNPVDHPHGGGEGKTSGGRHPVSPWGKPEGRTRNANKSSNKFIVRRRRTGK + KHSR" + gene 805233..805514 + /gene="rpsS" + /locus_tag="BQ2027_MB0725" + CDS 805233..805514 + /gene="rpsS" + /locus_tag="BQ2027_MB0725" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0725, rpsS, len: 93 aa. Equivalent to Rv0705, + len: 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Probable rpsS, 30S + ribosomal protein S19, equivalent to S36895 ribosomal + protein S19 from Mycobacterium bovis (93 aa), FASTA + scores: opt: 623, E(): 0, (98.9% identity in 93 aa + overlap); and NP_302261.1|NC_002677 30S ribosomal protein + S19 from Mycobacterium leprae (93 aa). Also highly similar + to others e.g. CAB82074.1|AL161803 30S ribosomal protein + S19 from Streptomyces coelicolor (93 aa); etc. Contains + PS00323 Ribosomal protein S19 signature. BELONGS TO THE + S19P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0725 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0725 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s19 rpss" + /protein_id="SIT99324.1" + /db_xref="GOA:P0A5X5" + /db_xref="InterPro:IPR002222" + /db_xref="InterPro:IPR005732" + /db_xref="InterPro:IPR020934" + /db_xref="InterPro:IPR023575" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5X5" + /translation="MPRSLKKGPFVDEHLLKKVDVQNEKNTKQVIKTWSRRSTIIPDF + IGHTFAVHDGRKHVPVFVTESMVGHKLGEFAPTRTFKGHIKDDRKSKRR" + gene 805511..806104 + /gene="rplV" + /locus_tag="BQ2027_MB0726" + CDS 805511..806104 + /gene="rplV" + /locus_tag="BQ2027_MB0726" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0726, rplV, len: 197 aa. Equivalent to Rv0706, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 197 aa overlap). Probable rplV, 50S + ribosomal protein L22, equivalent to O06115|RL22_MYCSM 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L22 from Mycobacterium smegmatis (153 + aa); MBS10OPER_7 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22 from + Mycobacterium bovis BCG; and MLCB2492_7 50S ribosomal + protein L22 from Mycobacterium leprae (175 aa). Also + highly similar to others e.g. CAB82075.1|AL161803 50S + ribosomal protein L22 from Streptomyces coelicolor (125 + aa); P42060|RL22_BACSU 50s ribosomal protein L22 from + Bacillus subtilis (113 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): + 2.4e-13, (52.8% identity in 108 aa overlap); etc. Contains + PS00464 Ribosomal protein L22 signature, and contains + repetitive sequence at C-terminus. BELONGS TO THE L22P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0726 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0726 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l22 rplv" + /protein_id="SIT99325.1" + /db_xref="GOA:P61180" + /db_xref="InterPro:IPR001063" + /db_xref="InterPro:IPR005727" + /db_xref="InterPro:IPR018260" + /db_xref="InterPro:IPR036394" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P61180" + /translation="MTAATKATEYPSAVAKARFVRVSPRKARRVIDLVRGRSVSDALD + ILRWAPQAASGPVAKVIASAAANAQNNGGLDPATLVVATVYADQGPTAKRIRPRAQGR + AFRIRRRTSHITVVVESRPAKDQRSAKSSRARRTEASKAASKVGATAPAKKAAAKAPA + KKAPASSGVKKTPAKKAPAKKAPAKASETSAAKGGSD" + gene 806104..806928 + /gene="rpsC" + /locus_tag="BQ2027_MB0727" + CDS 806104..806928 + /gene="rpsC" + /locus_tag="BQ2027_MB0727" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0727, rpsC, len: 274 aa. Equivalent to Rv0707, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 274 aa overlap). Probable rpsC, 30S + ribosomal protein S3, equivalent to + O06048|RS3_MYCBO|MBS10OPER_8 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 from + Mycobacterium bovis BCG (274 aa); and MLCB2492_8 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S3 from Mycobacterium leprae (281 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82076.1|AL161803 30S + ribosomal protein S3 from Streptomyces coelicolor (277 + aa); P21465|RS3_BACSU 30s ribosomal protein s3 (bs3) (bs2) + from Bacillus subtilis (217 aa), FASTA scores: opt: 794, + E(): 0, (52.8% identity in 212 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE S3P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb0727 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0727 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s3 rpsc" + /protein_id="SIT99326.1" + /db_xref="GOA:P0A5X7" + /db_xref="InterPro:IPR001351" + /db_xref="InterPro:IPR004044" + /db_xref="InterPro:IPR004087" + /db_xref="InterPro:IPR005704" + /db_xref="InterPro:IPR009019" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR018280" + /db_xref="InterPro:IPR036419" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5X7" + /translation="MGQKINPHGFRLGITTDWKSRWYADKQYAEYVKEDVAIRRLLSS + GLERAGIADVEIERTRDRVRVDIHTARPGIVIGRRGTEADRIRADLEKLTGKQVQLNI + LEVKNPESQAQLVAQGVAEQLSNRVAFRRAMRKAIQSAMRQPNVKGIRVQCSGRLGGA + EMSRSEFYREGRVPLHTLRADIDYGLYEAKTTFGRIGVKVWIYKGDIVGGKRELAAAA + PAGADRPRRERPSGTRPRRSGASGTTATGTDAGRAAGGEEAAPDAAAPVEAQSTES" + gene 806932..807348 + /gene="rplP" + /locus_tag="BQ2027_MB0728" + CDS 806932..807348 + /gene="rplP" + /locus_tag="BQ2027_MB0728" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0728, rplP, len: 138 aa. Equivalent to Rv0708, + len: 138 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 138 aa overlap). Probable rplP, 50S + ribosomal protein L16, equivalent to + O06049|RL16_MYCBO|MBS10OPER_9 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 + from Mycobacterium bovis BCG (138 aa); and MLCB2492_9 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L16 from Mycobacterium leprae (138 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82077.1|AL161803 50S + ribosomal protein L16 from Streptomyces coelicolor (139 + aa); P14577|RL16_BACSU 50s ribosomal protein l16 from + Bacillus subtilis (144 aa), FASTA scores: opt: 600, E(): + 0, (63.2% identity in 136 aa overlap); etc. Contains + PS00701 Ribosomal protein L16 signature 2. BELONGS TO THE + L16P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0728 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0728 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l16 rplp" + /protein_id="SIT99327.1" + /db_xref="GOA:O06049" + /db_xref="InterPro:IPR000114" + /db_xref="InterPro:IPR016180" + /db_xref="InterPro:IPR020798" + /db_xref="InterPro:IPR036920" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O06049" + /translation="MLIPRKVKHRKQHHPRQRGIASGGTTVNFGDYGIQALEHAYVTN + RQIESARIAINRHIKRGGKVWINIFPDRPLTKKPAETRMGSGKGSPEWWVANVKPGRV + LFELSYPNEGVARAALTRAIHKLPIKARIITREEQF" + gene 807348..807581 + /gene="rpmC" + /locus_tag="BQ2027_MB0729" + CDS 807348..807581 + /gene="rpmC" + /locus_tag="BQ2027_MB0729" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0729, rpmC, len: 77 aa. Equivalent to Rv0709, + len: 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 77 aa overlap). Probable rpmC, 50S + ribosomal protein L29, equivalent to + O06050|RL29_MYCBO|MBS10OPER_10 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 + from Mycobacterium bovis BCG (75 aa); and + O32989|RL29_MYCLE|MLCB2492_10 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 + from Mycobacterium leprae (80 aa). Also highly similar to + others e.g. Q9L0D2|RL29_STRCO 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 + from Streptomyces coelicolor (74 aa); P12873|RL29_BACSU + 50s ribosomal protein l29 from Bacillus subtilis (66 aa), + FASTA scores: opt: 225, E(): 8.3e-11, (58.6% identity in + 58 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L29P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0729 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0729 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l29 rpmc" + /protein_id="SIT99328.1" + /db_xref="GOA:O06050" + /db_xref="InterPro:IPR001854" + /db_xref="InterPro:IPR018254" + /db_xref="InterPro:IPR036049" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O06050" + /translation="MAVGVSPGELRELTDEELAERLRESKEELFNLRFQMATGQLNNN + RRLRTVRQEIARIYTVLRERELGLATGPDGKES" + gene 807578..807988 + /gene="rpsQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0730" + CDS 807578..807988 + /gene="rpsQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0730" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0730, rpsQ, len: 136 aa. Equivalent to Rv0710, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Probable rpsQ, 30S + ribosomal protein S17, equivalent to O06051|RS17_MYCBO + 30S|MBS10OPER_11 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 from + Mycobacterium bovis BCG (136 aa); and MLCB2492_11 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S17 from Mycobacterium leprae (126 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82079.1|AL161803 30S + ribosomal protein S17 from Streptomyces coelicolor (95 + aa); P12874|RS17_BACSU 30s ribosomal protein s17 (bs 16) + from Bacillus subtilis (86 aa), FASTA scores: opt: 305, + E(): 1.6e-11, (60.5% identity in 81 aa overlap); etc. + Contains PS00056 Ribosomal protein S17 signature. BELONGS + TO THE S17P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb0730 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb0730 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s17 rpsq" + /protein_id="SIT99329.1" + /db_xref="GOA:O06051" + /db_xref="InterPro:IPR000266" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR019979" + /db_xref="InterPro:IPR019984" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O06051" + /translation="MMAEAKTGAKAAPRVAKAAKAAPKKAAPNDAEAIGAANAANVKG + PKHTPRTPKPRGRRKTRIGYVVSDKMQKTIVVELEDRMRHPLYGKIIRTTKKVKAHDE + DSVAGIGDRVSLMETRPLSATKRWRLVEILEKAK" + gene 808157..808603 + /gene="atsAa" + /locus_tag="BQ2027_MB0731" + CDS 808157..808603 + /gene="atsAa" + /locus_tag="BQ2027_MB0731" + /note="Mb0731, atsAa, len: 148 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0711, len: 787 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 148 aa overlap). + Possible atsA, arylsulfatase (EC 3.1.6.1), similar to + others e.g. P51691|ARS_PSEAE arylsulfatase from + Pseudomonas aeruginosa (532 aa), FASTA scores: opt: 439, + E(): 2.9e-21, (30.8% identity in 552 aa overlap); etc. + Also similar to other hypothetical arylsulfatases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3299c, Rv0663, etc. + Contains PS00523 Sulfatases signature 1, and PS00149 + Sulfatases signature 2. BELONGS TO THE SULFATASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, atsA exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a single base transversion (g-t), + introducing a stop codon, splits atsA into 2 parts, atsAa + and atsAb. Mb0731 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ARYLSULFATASE ATSAa [FIRST PART] + (ARYL-SULFATE SULPHOHYDROLASE) (ARYLSULPHATASE)" + /protein_id="SIT99330.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW61" + /db_xref="InterPro:IPR000917" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="InterPro:IPR024607" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW61" + /translation="MAPEATEAFNGTIELDIRDSEPDWGPYAAPVAPEHSPNILYLVW + DDVGIATWDCFGGLVEMPAMTRVAERGVRLSQFHTTALCSPTRASLLTGRNATTVGMA + TIEEFTDGFPNCNGRIPADTALLPEVLAEHGYNTYCVGKWHLTPLE" + gene 808610..810520 + /gene="atsAb" + /locus_tag="BQ2027_MB0732" + CDS 808610..810520 + /gene="atsAb" + /locus_tag="BQ2027_MB0732" + /note="Mb0732, atsAb, len: 636 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0711, len: 787 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 636 aa overlap). + Possible atsA, arylsulfatase (EC 3.1.6.1), similar to + others e.g. P51691|ARS_PSEAE arylsulfatase from + Pseudomonas aeruginosa (532 aa), FASTA scores: opt: 439, + E(): 2.9e-21, (30.8% identity in 552 aa overlap); etc. + Also similar to other hypothetical arylsulfatases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3299c, Rv0663, etc. + Contains PS00523 Sulfatases signature 1, and PS00149 + Sulfatases signature 2. BELONGS TO THE SULFATASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, atsA exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a single base transversion (g-t), + introducing a stop codon, splits atsA into 2 parts, atsAa + and atsAb. Protein product from Mb0732 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0732 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ARYLSULFATASE ATSAb [SECOND PART] + (ARYL-SULFATE SULPHOHYDROLASE) (ARYLSULPHATASE)" + /protein_id="SIT99331.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW65" + /db_xref="InterPro:IPR000917" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW65" + /translation="MASTKRHWPTSRGFERFYGFLGGETDQWYPDLVYDNHPVSPPGT + PEGGYHLSKDIADKTIEFIRDAKVIAPDKPWFSYVCPGAGHAPHHVFKEWADRYAGRF + DMGYERYREIVLERQKALGIVPPDTELSPINPYLDVPGPNGETWPLQDTVRPWDSLSD + EEKKLFCRMAEVFAGFLSYTDAQIGRILDYLEESGQLDNTIIVVISDNGASGEGGPNG + SVNEGKFFNGYIDTVAESMKLFDHLGGPQTYNHYPIGWAMAFNTPYKLFKRYASHEGG + IADPAIISWPNGIAAHGEIRDNYVNVSDITPTVYDLLGMTPPGTVKGIPQKPMDGVSF + IAALADPAADTGKTTQFYTMLGTRGIWHEGWFANTIHAATPAGWSNFNADRWELFHIA + ADRSQCHDLAAEHPDKLEELKALWFSEAAKYNGLPLADLNLLETMTRSRPYLVSERAS + YVYYPDCADVGIGAAVEIRGRSFAVLADVTIDTTGAEGVLFKHGGAHGGHVLFVRDGR + LHYVYNFLGERQQLVSSSGPVPSGRHLLGVRYLRTGTVPNSHTPVGDLELFFDENLVG + ALTNVLTHPGTFGLAGAAISVGRNGGSAVSSHYEAPFAFTGGTITQVTVDVSGRPFED + VESDLALAFSRD" + gene 810568..811467 + /locus_tag="BQ2027_MB0733" + CDS 810568..811467 + /locus_tag="BQ2027_MB0733" + /note="Mb0733, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv0712, len: + 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + NP_106128.1|NC_002678 hypothetical protein from + Mesorhizobium loti (372 aa); D90901_33|P72841 HYPOTHETICAL + 48.1 KD PROTEIN from Synechocystis sp (410 aa), FASTA + scores: E(): 1.1e-07, (28.8% identity in 299 aa overlap); + etc. Slight similarity to carboxykinases. Similar to + C-terminal part of Rv3703c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (425 aa). Protein product + from Mb0733 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0733 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfatase modifying factor 1 precursor + (C-alpha-formyglycine- generating enzyme 1)" + /protein_id="SIT99332.1" + /db_xref="InterPro:IPR005532" + /db_xref="InterPro:IPR016187" + /db_xref="InterPro:IPR042095" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB4" + /translation="MLTELVDLPGGSFRMGSTRFYPEEAPIHTVTVRAFAVERHPVTN + AQFAEFVSATGYVTVAEQPLDPGLYPGVDAADLCPGAMVFCPTAGPVDLRDWRQWWDW + VPGACWRHPFGRDSDIADRAGHPVVQVAYPDAVAYARWAGRRLPTEAEWEYAARGGTT + ATYAWGDQEKPGGMLMANTWQGRFPYRNDGALGWVGTSPVGRFPANGFGLLDMIGNVW + EWTTTEFYPHHRIDPPSTACCAPVKLATAADPTISQTLKGGSHLCAPEYCHRYRPAAR + SPQSQDTATTHIGFRCVADPVSG" + gene 811768..812709 + /locus_tag="BQ2027_MB0734" + CDS 811768..812709 + /locus_tag="BQ2027_MB0734" + /note="Mb0734, -, len: 313 aa. Equivalent to Rv0713, len: + 313 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 313 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to Rv3435c|MTCY77_7|O06252 + from Mycobacterium tuberculosis (284 aa), FASTA scores: + opt: 557, E(): 2.1e-29, (35.8% identity in 282 aa + overlap); MLCB2492_12|O32991 HYPOTHETICAL 10.7 KD PROTEIN + from Mycobacterium leprae (95 aa). Protein product from + Mb0734 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0734 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99333.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX72" + /db_xref="InterPro:IPR027948" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX72" + /translation="MAGSDPPTGGPASQAGSDAGASPEHKHMSRRKHLVLDVCIILGV + LIAYVFSLLGYDWLAHTPGPLPQPDVGTTDDTVVLIRFEELHTVANRLDVKVLVLPDD + SMIDHRLQVLTTDTSVRLYPENELGDLQYPVGKLPAQVATTIEAHGNPGAWPFDTYTT + DTVQADVLVGAGDNRQYVPARVEVTGSLEGWDISAVRVGESSQTSDRPDNVIITLKRA + KGPLVFDLGICLVLITLPTLALFVAIQMITGRRKFQPPFGTWYAAMLFAVVPLRTILP + GSPPAGAWIDRAVVIWVLIALAAAMVVYIVAWYRESD" + gene 813195..813563 + /gene="rplN" + /locus_tag="BQ2027_MB0735" + CDS 813195..813563 + /gene="rplN" + /locus_tag="BQ2027_MB0735" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0735, rplN, len: 122 aa. Equivalent to Rv0714, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Probable rplN, 50S + ribosomal protein L14, equivalent to + O32993|MLCB2492_14|ML1849|RL14_MYCLE 50S RIBOSOMAL PROTEIN + L14 from Mycobacterium leprae (122 aa). Also highly + similar to others e.g. CAB82080.1|AL161803 50S ribosomal + protein L14 from Streptomyces coelicolor (122 aa); + P33100|RL14_MICLU 50s ribosomal protein L14 from + Micrococcus luteus (122 aa), FASTA scores: opt: 674, E(): + 0, (85.2% identity in 122 aa overlap); etc. Contains + PS00049 Ribosomal protein L14 signature. BELONGS TO THE + L14P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0735 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0735 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l14 rpln" + /protein_id="SIT99334.1" + /db_xref="GOA:P66070" + /db_xref="InterPro:IPR000218" + /db_xref="InterPro:IPR005745" + /db_xref="InterPro:IPR019972" + /db_xref="InterPro:IPR036853" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66070" + /translation="MIQQESRLKVADNTGAKEILCIRVLGGSSRRYAGIGDVIVATVK + DAIPGGNVKRGDVVKAVVVRTVKERRRPDGSYIKFDENAAVIIKPDNDPRGTRIFGPV + GRELREKRFMKIISLAPEVL" + gene 813564..813881 + /gene="rplX" + /locus_tag="BQ2027_MB0736" + CDS 813564..813881 + /gene="rplX" + /locus_tag="BQ2027_MB0736" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0736, rplX, len: 105 aa. Equivalent to Rv0715, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Probable rplX, 50S + ribosomal protein L24, equivalent to O32994|MLCB2492_15 + 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 from Mycobacterium leprae (105 + aa). Also highly similar to others e.g. + CAB82081.1|AL161803 50S ribosomal protein L24 from + Streptomyces coelicolor (107 aa); P12876|RL24_BACSU 50s + ribosomal protein L24 (bl23) from Bacillus subtilis (103 + aa), FASTA scores: opt: 363, E(): 1.8e-18, (56.7% identity + in 104 aa overlap); etc. Contains PS01108 Ribosomal + protein L24 signature. BELONGS TO THE L24P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0736 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0736 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l24 rplx" + /protein_id="SIT99335.1" + /db_xref="GOA:P60628" + /db_xref="InterPro:IPR003256" + /db_xref="InterPro:IPR005824" + /db_xref="InterPro:IPR005825" + /db_xref="InterPro:IPR008991" + /db_xref="InterPro:IPR014722" + /db_xref="InterPro:IPR041988" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60628" + /translation="MKVHKGDTVLVISGKDKGAKGKVLQAYPDRNRVLVEGVNRIKKH + TAISTTQRGARSGGIVTQEAPIHVSNVMVVDSDGKPTRIGYRVDEETGKRVRISKRNG + KDI" + gene 813881..814444 + /gene="rplE" + /locus_tag="BQ2027_MB0737" + CDS 813881..814444 + /gene="rplE" + /locus_tag="BQ2027_MB0737" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0737, rplE, len: 187 aa. Equivalent to Rv0716, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 187 aa overlap). Probable rplE, 50S + ribosomal protein L5, equivalent to MLCB2492_16 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L5 from Mycobacterium leprae (187 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82082.1|AL161803 50S + ribosomal protein L5 from Streptomyces coelicolor (185 + aa); P33098|RL5_MICLU 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5 from + Micrococcus luteus (191 aa), FASTA scores: opt: 930, E(): + 0, (73.8% identity in 183 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + L5P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb0737 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0737 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l5 rple" + /protein_id="SIT99336.1" + /db_xref="GOA:P62402" + /db_xref="InterPro:IPR002132" + /db_xref="InterPro:IPR020930" + /db_xref="InterPro:IPR022803" + /db_xref="InterPro:IPR031309" + /db_xref="InterPro:IPR031310" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P62402" + /translation="MTTAQKVQPRLKERYRSEIRDALRKQFGYGNVMQIPTVTKVVVN + MGVGEAARDAKLINGAVNDLALITGQKPEVRRARKSIAQFKLREGMPVGVRVTLRGDR + MWEFLDRLTSIALPRIRDFRGLSPKQFDGVGNYTFGLAEQAVFHEVDVDKIDRVRGMD + INVVTSAATDDEGRALLRALGFPFKEN" + gene 814449..814634 + /gene="rpsN1" + /locus_tag="BQ2027_MB0738" + CDS 814449..814634 + /gene="rpsN1" + /locus_tag="BQ2027_MB0738" + /note="Mb0738, rpsN1, len: 61 aa. Equivalent to Rv0717, + len: 61 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 61 aa overlap). Probable rpsN1, 30S + ribosomal protein S14, equivalent to MLCB2492_17|O32996 + RIBOSOMAL PROTEIN S14 from Mycobacterium leprae (61 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82083.1|AL161803 30S + ribosomal protein S14 from Streptomyces coelicolor (61 + aa); P24320|RS14_THETH 30s ribosomal protein S14 from + Thermus aquaticus (subsp. thermophilus) (60 aa), FASTA + scores: opt: 316, E(): 2e-19,(70.0% identity in 60 aa + overlap); etc. Contains PS00527 Ribosomal protein S14 + signature. BELONGS TO THE S14P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Note that previously known as rpsN. Protein + product from Mb0738 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0738 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s14 rpsn1" + /protein_id="SIT99337.1" + /db_xref="GOA:P0A5X3" + /db_xref="InterPro:IPR001209" + /db_xref="InterPro:IPR018271" + /db_xref="InterPro:IPR023053" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5X3" + /translation="MAKKALVNKAAGKPRFAVRAYTRCSKCGRPRAVYRKFGLCRICL + REMAHAGELPGVQKSSW" + gene 814798..815196 + /gene="rpsH" + /locus_tag="BQ2027_MB0739" + CDS 814798..815196 + /gene="rpsH" + /locus_tag="BQ2027_MB0739" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0739, rpsH, len: 132 aa. Equivalent to Rv0718, + len: 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 132 aa overlap). Probable rpsH, 30S + ribosomal protein S8, equivalent to O32997|MLCB2492_18 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S8 from Mycobacterium leprae (132 aa). + Also highly similar to others e.g. CAB82084.1|AL161803 30S + ribosomal protein S8 from Streptomyces coelicolor (132 + aa); P33106|RS8_MICLU 30s ribosomal protein S8 from + Micrococcus luteus (132 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): + 0, (77.3% identity in 132 aa overlap); etc. Contains + PS00053 Ribosomal protein S8 signature. BELONGS TO THE S8P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0739 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0739 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s8 rpsh" + /protein_id="SIT99338.1" + /db_xref="GOA:P66626" + /db_xref="InterPro:IPR000630" + /db_xref="InterPro:IPR035987" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66626" + /translation="MTMTDPIADFLTRLRNANSAYHDEVSLPHSKLKANIAQILKNEG + YISDFRTEDARVGKSLVIQLKYGPSRERSIAGLRRVSKPGLRVYAKSTNLPRVLGGLG + VAIISTSSGLLTDRQAARQGVGGEVLAYVW" + gene 815220..815759 + /gene="rplF" + /locus_tag="BQ2027_MB0740" + CDS 815220..815759 + /gene="rplF" + /locus_tag="BQ2027_MB0740" + /note="Mb0740, rplF, len: 179 aa. Equivalent to Rv0719, + len: 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 179 aa overlap). Probable rplF, 50S + ribosomal protein L6, equivalent to O32998|MLCB2492_19 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L6 from Mycobacterium leprae (179 aa). + Also highly similar to others e.g. + P46786|RL6_STRCO|CAB82085.1|AL161803|SCD31.42 50S + ribosomal protein L6 from Streptomyces coelicolor (179 + aa), FASTA scores: opt: 872, E(): 0, (70.4% identity in + 179 aa overlap); etc. Contains PS00525 Ribosomal protein + L6 signature 1. BELONGS TO THE L6P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb0740 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0740 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l6 rplf" + /protein_id="SIT99339.1" + /db_xref="GOA:P66312" + /db_xref="InterPro:IPR000702" + /db_xref="InterPro:IPR002358" + /db_xref="InterPro:IPR019906" + /db_xref="InterPro:IPR020040" + /db_xref="InterPro:IPR036789" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66312" + /translation="MSRIGKQPIPVPAGVDVTIEGQSISVKGPKGTLGLTVAEPIKVA + RNDDGAIVVTRPDDERRNRSLHGLSRTLVSNLVTGVTQGYTTKMEIFGVGYRVQLKGS + NLEFALGYSHPVVIEAPEGITFAVQAPTKFTVSGIDKQKVGQIAANIRRLRRPDPYKG + KGVRYEGEQIRRKVGKTGK" + gene 815762..816130 + /gene="rplR" + /locus_tag="BQ2027_MB0741" + CDS 815762..816130 + /gene="rplR" + /locus_tag="BQ2027_MB0741" + /note="Mb0741, rplR, len: 122 aa. Equivalent to Rv0720, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Probable rplR, 50S + ribosomal protein L18, equivalent to + O32999|MLCB2492_20|RL18_MYCLE 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 + from Mycobacterium leprae (122 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB82086.1|AL161803 50S ribosomal protein L18 + from Streptomyces coelicolor (127 aa); P33102|RL18_MICLU + 50s ribosomal protein L18 from Micrococcus luteus (119 + aa), FASTA scores: opt: 447, E(): 8.7e-24, (60.4% identity + in 111 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L18P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb0741 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0741 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l18 rplr" + /protein_id="SIT99340.1" + /db_xref="GOA:P66077" + /db_xref="InterPro:IPR004389" + /db_xref="InterPro:IPR005484" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66077" + /translation="MAQSVSATRRISRLRRHTRLRKKLSGTAERPRLVVHRSARHIHV + QLVNDLNGTTVAAASSIEADVRGVPGDKKARSVRVGQLIAERAKAAGIDTVVFDRGGY + TYGGRIAALADAARENGLSF" + gene 816150..816812 + /gene="rpsE" + /locus_tag="BQ2027_MB0742" + CDS 816150..816812 + /gene="rpsE" + /locus_tag="BQ2027_MB0742" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0742, rpsE, len: 220 aa. Equivalent to Rv0721, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Probable rpsE, 30S + ribosomal protein S5, equivalent to MLCB2492_21 RIBOSOMAL + PROTEIN S5 from Mycobacterium leprae (217 aa). Also highly + similar to others e.g. P46790|RS5_STRCO 30s ribosomal + protein S5 from Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA + scores: opt: 889, E(): 0, (82.1% identity in 162 aa + overlap); etc. Note N-terminus is extented compared to + other rpsE genes. Contains PS00585 Ribosomal protein S5 + signature, PTS HPr component phosphorylation sites + signature. BELONGS TO THE S5P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb0742 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0742 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s5 rpse" + /protein_id="SIT99341.1" + /db_xref="GOA:P66575" + /db_xref="InterPro:IPR000851" + /db_xref="InterPro:IPR005324" + /db_xref="InterPro:IPR005712" + /db_xref="InterPro:IPR013810" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR018192" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66575" + /translation="MAEQPAGQAGTTDNRDARGDREGRRRDSGRGSRERDGEKSNYLE + RVVAINRVSKVVKGGRRFSFTALVIVGDGNGMVGVGYGKAKEVPAAIAKGVEEARKSF + FRVPLIGGTITHPVQGEAAAGVVLLRPASPGTGVIAGGAARAVLECAGVHDILAKSLG + SDNAINVVHATVAALKLLQRPEEVAARRGLPIEDVAPAGMLKARRKSEALAASVLPDR + TI" + gene 816815..817012 + /gene="rpmD" + /locus_tag="BQ2027_MB0743" + CDS 816815..817012 + /gene="rpmD" + /locus_tag="BQ2027_MB0743" + /note="Mb0743, rpmD, len: 65 aa. Equivalent to Rv0722, + len: 65 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 65 aa overlap). Probable rpmD, 50S + ribosomal protein L30, equivalent to O33001 RIBOSOMAL + PROTEIN L30 from Mycobacterium leprae (71 aa). Also highly + similar to others e.g. P46789|RL30_STRCO 50S RIBOSOMAL + PROTEIN L30 from Streptomyces coelicolor (60 aa); + P02430|RL30_ECOLI 50S ribosomal protein L30 from + Escherichia coli (58 aa), FASTA scores: opt: 168, E(): + 1.5e-13, (53.7% identity in 54 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE L30P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb0743 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0743 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l30 rpmd" + /protein_id="SIT99342.1" + /db_xref="GOA:P66182" + /db_xref="InterPro:IPR005996" + /db_xref="InterPro:IPR016082" + /db_xref="InterPro:IPR018038" + /db_xref="InterPro:IPR036919" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66182" + /translation="MSQLKITQVRSTIGARWKQRESLRTLGLRRIRHSVIREDNAATR + GLIAVVRHLVEVEPAQTGGKT" + gene 817012..817452 + /gene="rplO" + /locus_tag="BQ2027_MB0744" + CDS 817012..817452 + /gene="rplO" + /locus_tag="BQ2027_MB0744" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0744, rplO, len: 146 aa. Equivalent to Rv0723, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 146 aa overlap). Probable rplO, 50S + ribosomal protein L15, equivalent to MLCB2492_23|O33002 + 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 from Mycobacterium leprae (146 + aa). Also highly similar to others e.g. + P46787|RL15_STRCO|SCD31.46 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 from + Streptomyces coelicolor (151 aa); P19946|RL15_BACSU 50s + ribosomal protein L15 from Bacillus subtilis (146 aa), + FASTA scores: opt: 419, E(): 6.5e-20, (51.0% identity in + 145 aa overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop), and PS00475 Ribosomal protein L15 + signature. BELONGS TO THE L15P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb0744 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0744 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l15 rplo" + /protein_id="SIT99343.1" + /db_xref="GOA:Q7U1E9" + /db_xref="InterPro:IPR001196" + /db_xref="InterPro:IPR005749" + /db_xref="InterPro:IPR021131" + /db_xref="InterPro:IPR030878" + /db_xref="InterPro:IPR036227" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1E9" + /translation="MTLKLHDLRPARGSKTARTRVGRGDGSKGKTAGRGTKGTRARKQ + VPVTFEGGQMPIHMRLPKLKGFRNRFRTEYEIVNVGDINRLFPQGGAVGVDDLVAKGA + VRKNALVKVLGDGKLTAKVDVSAHKFSGSARAKITAAGGSATEL" + gene 817485..819356 + /gene="sppA" + /locus_tag="BQ2027_MB0745" + CDS 817485..819356 + /gene="sppA" + /locus_tag="BQ2027_MB0745" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0745, sppA, len: 623 aa. Equivalent to Rv0724, + len: 623 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 623 aa overlap). Possible sppA, + protease IV (endopeptidase IV) (EC 3.4.21.-), equivalent + (but longer 23 aa) to MLCB2492_24|O33003 ENDOPEPTIDASE IV + from Mycobacterium leprae (602 aa). Also similar to others + e.g. NP_419743.1|NC_002696 signal peptide peptidase SppA + from Caulobacter crescentus (594 aa); + P08395|SPPA_ECOLI|B1766 protease IV (endopeptidase) from + Escherichia coli strain K-12 (618 aa), FASTA scores: opt: + 582, E(): 8.9e-27, (34.1% identity in 525 aa overlap); + etc. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S49. Protein product from + Mb0745 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0745 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PROTEASE IV SPPA (ENDOPEPTIDASE IV) + (SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE)" + /protein_id="SIT99344.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWB3" + /db_xref="InterPro:IPR002142" + /db_xref="InterPro:IPR004634" + /db_xref="InterPro:IPR004635" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWB3" + /translation="MPIFGGFCVCSRALGGRWVRWVNMVAFLPSIPVVEDLRALVGRV + DTARHHGVPNGCVLEFNLRSVPPETTGFDPLTVLTGGGRPMALRDAVAAIHRAAEDPR + VAGLIARVQLPPSPAGAVQELREAIAAFSAVKPSLAWAETYPGTLSYYLASAFGEVWM + QPSGSVGLVGFATNATFLRDALHKAGIEAQFVARGEYKSAANLFTEDGFTDAHREAVT + RMLDSLQDQVWQAVAKSRNIGVDALDELADRAPLLRDDAVTCGLIDRIGFRDQAYARM + AELVGVEKGSPESSGSQTSPDEKPPRMYLARYASSARPRLTPPVPSIPGRRSKPTIAV + VTLEGPIVNGRGGPQFLPLGPSSAGGDTIAAALREVAADDSVSAIVLRVDSPGGSVTA + SETIWREVARARDRGKPVVASMGAVAASGGYYVSMGADAIVANPGTITGSIGVITGKL + VVRDLKDRLGVGSDAVRTNANADAWSIDAPFTPDQQAHREAEADLFYSDFVERVAEGR + KMTTDAVDVVARGRVWTGADALDRGLVDELGGLRTAVRRAKVLAGLDEDTEVRIVSYP + GSSLWDMVRPRPSSRPAAASLPDAMGALLARSIVGIVEQVEQTLSGASVLWLGESRL" + gene complement(819361..820266) + /locus_tag="BQ2027_MB0746C" + CDS complement(819361..820266) + /locus_tag="BQ2027_MB0746C" + /note="Mb0746c, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv0725c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 301 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0726c, Rv0731c, + Rv3399, etc, e.g. Y893_MYCTU|Q10552|Rv0893C hypothetical + 36.1 kd protein cy31.21c (325 aa), FASTA scores: opt: 600, + E(): 3.9e-32, (43.8% identity in 219 aa overlap). Mb0746c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-methyltransferase" + /protein_id="SIT99345.1" + /db_xref="GOA:Q7U1E7" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1E7" + /translation="MPRAHDDNWDLASSVGATATMVAAGRALATKDPRGLINDPFAEP + LVRAVGLDFFTKLIDGELDIATTGNLSPGRAQAMIDGIAVRTKYFDDYFRTATDGGVR + QVVILAAGLDARAYRLPWPAGTVVYEIDQPQVIDFKTTTLAGIGAKPTAIRRTVYIDL + RADWPAALQAAGLDSTAPTAWLAEGMLIYLPPDPRTGCSTTAPNSVLRAARSLPNLSR + ALWISTQAGYEKWRIRFASTAWTSTWRRWCIPANAATSSTTCAPRAGTLRAQCGPTYS + GAMVCPFPPHTTTIRSAKSSSSAVV" + gene complement(820359..821462) + /locus_tag="BQ2027_MB0747C" + CDS complement(820359..821462) + /locus_tag="BQ2027_MB0747C" + /note="Mb0747c, -, len: 367 aa. Equivalent to Rv0726c, + len: 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 367 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other conserved + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q10552|Y893_MYCTU|Rv0893c|MT0917|MTCY31.21c (325 aa), + FASTA scores: opt: 646, E(): 0, (38.3% identity in 329 aa + overlap); Rv0731c|MTV041.05c (318 aa), Rv3399, etc. Also + similar to proteins from Mycobacterium leprae and other + organisms e.g. T35930 hypothetical protein SC9B5.10 from + Streptomyces coelicolor (303 aa). Protein product from + Mb0747c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0747c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIT99346.1" + /db_xref="GOA:Q7U1E6" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1E6" + /translation="MTYTGSIRCEGDTWDLASSVGATATMVAAARAMATRAANPLIND + QFAEPLVRAVGVDVLTRLASGELTASDIDDPERPNASMVRMAEHHAVRTKFFDEFFMD + ATRAGIRQVVILASGLDSRAYRLAWPAQTVVYEIDQPQVMEFKTRTLAELGATPTADR + RVVTADLRADWPTALGAAGFDPTQPTAWSAEGLLRYLPPEAQDRLLDNVTALSVPDSR + FATESIRNFKPHHEERMRERMTILANRWRAYGFDLDMNELVYFGDRNEPASYLSDNGW + LLTEIKSQDLLTANGFQPFEDEEVPLPDFFYVSARLQRKHRQYPAHRKPAPSWRHTAC + PVNELSKSAAYTMTRSDAHQASTTAPPPPGLTG" + gene complement(821665..822321) + /gene="fucA" + /locus_tag="BQ2027_MB0748C" + CDS complement(821665..822321) + /gene="fucA" + /locus_tag="BQ2027_MB0748C" + /note="Mb0748c, fucA, len: 218 aa. Equivalent to Rv0727c, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 218 aa overlap). Possible fucA, + L-fuculose-1-phosphate aldolase (EC 4.1.2.17), similar to + many e.g. NP_386339.1|NC_003047 PUTATIVE L-FUCULOSE + PHOSPHATE ALDOLASE PROTEIN from Sinorhizobium meliloti + (222 aa); P11550|FUCA_ECOLI L-FUCULOSE PHOSPHATE ALDOLASE + from Escherichia strain K12 (215 aa), FASTA scores: opt: + 372, E(): 4.1e-19, (34.6% identity in 185 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE ALDOLASE CLASS II FAMILY, ARAD/FUCA + SUBFAMILY. COFACTOR: BINDS ONE ZINC ION PER MOLECULE. + Protein product from Mb0748c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE L-FUCULOSE PHOSPHATE ALDOLASE FUCA + (L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE)" + /protein_id="SIT99347.1" + /db_xref="InterPro:IPR001303" + /db_xref="InterPro:IPR036409" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWB0" + /translation="MNFVDDPESAVLAAAKDMLRRGLVEGTAGNISARRSDGNVVITP + SSVDYAEMLLHDLVLVDAGGAVLHAKDGRSPSTELNLHLACYRAFDDIGSVIHSHPVW + ATMFAVAHEPIPACIDEFAIYCGGDVRCTEYAASGTPEVGRNAVRALEGRAAALIANH + GLVAVGPRPDQVLRVTALVERTAQIVWGARALGGPVPIPEDVCRNFTGVYGYLRANPL + " + gene complement(822318..823298) + /gene="serA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0749C" + CDS complement(822318..823298) + /gene="serA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0749C" + /note="Mb0749c, serA2, len: 326 aa. Equivalent to Rv0728c, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 326 aa overlap). Possible serA2, + D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (EC 1.1.1.95), similar + to others e.g. AF0278|AF027868_5|YoaD D-3-phosphoglycerate + dehydrogenase from Bacillus subtilis (344 aa), FASTA + scores: opt: 594, E(): 3.1e-31, (35.9% identity in 309 aa + overlap); etc. Also similar to Rv2996c|MTV012.10|SERA1 + D-3-phosphoglycerate dehydrogenase from Mycobacterium + tuberculosis (528 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE D-3-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE + SERA2 (PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE) (PGDH)" + /protein_id="SIT99348.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW91" + /db_xref="InterPro:IPR006139" + /db_xref="InterPro:IPR006140" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW91" + /translation="MTPRPRALVTAPLRGPGFAQLRRLADVVYDPWIDQRPLRIYSAE + QLADRITAVAADVLVVESDSVGGPVFERGLRVVAATRGDPSNVDIPGATAAGIPVLHT + PARNADAVAEMTVALLLAVARHLIPADADVRSGNIFRDGTIPYQRFRGAEIAGLTAGL + VGLGAVGRAVRWRLSGLGLRVIAHDPYRDDAGHSLDELLAEADIVSMHAAVTDDTIGM + IGAQQFAAMRDGAVFLNTARSQLHDTDALVDALRGGKLAAAGLDHFTGEWLPTDHPLV + SMPNVVLTPHIGGATWNTEARQARMVADDLGALLSGNRPAHVVNPEVLGS" + gene 823329..824675 + /gene="xylB" + /locus_tag="BQ2027_MB0750" + CDS 823329..824675 + /gene="xylB" + /locus_tag="BQ2027_MB0750" + /note="Mb0750, xylB, len: 448 aa. Equivalent to Rv0729, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 448 aa overlap). Possible xylB, + D-xylulose-kinase (xylulokinase) (EC 2.7.1.17). C-terminus + highly similar to AAD09880.1|U77912 unknown protein from + Mycobacterium bovis (102 aa); and N-terminus highly + similar to T45387|Z98756|MLCB2492_25 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (110 aa), FASTA scores: opt: + 427, E(): 1.1e-19, (60.9% identity in 110 aa overlap). + Also similar to xylA/xylB genes from various bacterial + species e.g. AAC26499.1|AF045245 D-xylulose-kinase from + Klebsiella pneumoniae (487 aa); NP_418021.1|NC_000913 + xylulokinase from Escherichia coli strain K12 (484 aa), + FASTA scores: opt: 260, E(): 7.5e-09, (25.9% identity in + 478 aa overlap); etc. Also similar to Rv3696c|glpK + PROBABLE GLYCEROL KINASE (EC 2.7.1.30) from Mycobacterium + tuberculosis (517 aa). BELONGS TO THE FUCOKINASE / + GLUCONOKINASE / GLYCEROKINASE / XYLULOKINASE FAMILY. + Protein product from Mb0750 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0750 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE D-XYLULOSE KINASE XYLB (XYLULOKINASE) + (XYLULOSE KINASE)" + /protein_id="SIT99349.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW81" + /db_xref="InterPro:IPR000577" + /db_xref="InterPro:IPR018484" + /db_xref="InterPro:IPR018485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW81" + /translation="MSRDDVTIGIDIGTTAVKAVAADDNGRVTARVRIGHQLAVPAPD + RLEHDADEAWRRGPLAALDRLVGPDTRALAVAAMVPSLTAVDPAGRPITPGLLYGDAR + GRVPNASVARAQSVPSVGETAEFLRWTAGQAPDASGYWPAPAVANYALSGEAVIDYAT + AVTTLPLFDGTGWNATACADCGVTVDRMPRVETFGVGVGQVRGTGAVLAVGAVDALCE + QIVAGADRDGDVLVLCGATLIVWTTISAARQVPGLWTIPHTAPGKSQIGGASNAGGLF + LNWVDRVIGPGDPALADPRRVPVWLPYIRGERTPFHEPDRRAVLDGVDLSQDAASVRR + AAYEASGFVVRQLIELSGAPVARIVAAGGGTRIQPWMQAIADATGRPVEVSRVAEGAA + LGAAFLGRLAAGLESSIADAARWASTDRIVEPSADWAGPTKERYRRFLALSGSKLA" + gene 824688..825416 + /locus_tag="BQ2027_MB0751" + CDS 824688..825416 + /locus_tag="BQ2027_MB0751" + /note="Mb0751, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv0730, len: + 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 242 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, only equivalent to + Z98756|MLCB2492_26 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (227 aa), FASTA scores: opt: 1180, E(): 0, (83.5% + identity in 218 aa overlap). Protein product from Mb0751 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0751 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIT99350.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW83" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR013757" + /db_xref="InterPro:IPR013760" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW83" + /translation="MHGARTGVSFYAYAMTDHDQTAARREIADALLAALERRHEVADA + IVEAANKAAAVEAIVNLLGTSHLAAEAVMSMSFDQLTQDARTKIIAELDDLNKQLSFT + VKERPASSGEGLELRPFSPDEDRDIFARRTEEMGAAGDGSGGPAGSVDDEIRAAQKRV + DDEEAAWFVAVDSGVKVGMVFGELVHGEVDVRIWIHPDHRKKGYGTAALRKSRSEMAW + AFPAVPMVARAPAAQPAQPGSAGR" + gene complement(825505..826461) + /locus_tag="BQ2027_MB0752C" + CDS complement(825505..826461) + /locus_tag="BQ2027_MB0752C" + /note="Mb0752c, -, len: 318 aa. Equivalent to Rv0731c, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 318 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other conserved + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv0726c|MTCY210.45c (367 aa), FASTA score: (60.9% identity + in 317 aa overlap); Rv3399, Rv1729c, etc. Protein product + from Mb0752c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIT99351.1" + /db_xref="GOA:O53795" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O53795" + /translation="MTQTGSARFEGDSWDLASSVGLTATMVAAARAVAGRAPGALVND + QFAEPLVRAVGVDFFVRMASGELDPDELAEDEANGLRRFADAMAIRTHYFDNFFLDAT + RAGIRQAVILASGLDSRAYRLRWPAGTIVFEVDQPQVIDFKTTTLAGLGAAPTTDRRT + VAVDLRDDWPTALQKAGFDNAQRTAWIAEGLLGYLSAEAQDRLLDQITAQSVPGSQFA + TEVLRDINRLNEEELRGRMRRLAERFRRHGLDLDMSGLVYFGDRTDARTYLADHGWRT + ASASTTDLLAEHGLPPIDGDDAPFGEVIYVSAELKQKHQDTR" + gene 826622..827947 + /gene="secY" + /locus_tag="BQ2027_MB0753" + CDS 826622..827947 + /gene="secY" + /locus_tag="BQ2027_MB0753" + /note="Mb0753, secY, len: 441 aa. Equivalent to Rv0732, + len: 441 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 441 aa overlap). Probable SecY, + preprotein translocase (integral membrane protein), + equivalent to NP_302243.1|NC_002677 SecY subunit of + preprotein translocase from Mycobacterium leprae (438 aa); + AAC04389.1|AF047021 preprotein translocase subunit from + Mycobacterium smegmatis (438 aa); and U77912|MBU77912_1 + preprotein translocase subunit from Mycobacterium bovis + (441 aa), FASTA scores: opt: 2802, E(): 0, (99.8% identity + in 441 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + P46785|SECY_STRCO PREPROTEIN TRANSLOCASE SECY SUBUNIT from + Streptomyces coelicolor (437 aa); etc. Contains PS00755 + and PS00756 protein secY signatures 1 and 2. BELONGS TO + THE SECE/SEC61-ALPHA FAMILY. PART OF THE PROKARYOTIC + PROTEIN TRANSLOCATION APPARATUS WHICH COMPRISE + SECA|Rv3240c, SECD|Rv2587c, SECE|Rv0638, SECF|Rv2586c, + SECG|Rv1440 AND SECY. Protein product from Mb0753 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0753 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PREPROTEIN TRANSLOCASE SECY" + /protein_id="SIT99352.1" + /db_xref="GOA:P0A5Z3" + /db_xref="InterPro:IPR002208" + /db_xref="InterPro:IPR023201" + /db_xref="InterPro:IPR026593" + /db_xref="InterPro:IPR030659" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Z3" + /translation="MLSAFISSLRTVDLRRKILFTLGIVILYRVGAALPSPGVNFPNV + QQCIKEASAGEAGQIYSLINLFSGGALLKLTVFAVGVMPYITASIIVQLLTVVIPRFE + ELRKEGQAGQSKMTQYTRYLAIALAILQATSIVALAANGGLLQGCSLDIIADQSIFTL + VVIVLVMTGGAALVMWMGELITERGIGNGMSLLIFVGIAARIPAEGQSILESRGGVVF + TAVCAAALIIIVGVVFVEQGQRRIPVQYAKRMVGRRMYGGTSTYLPLKVNQAGVIPVI + FASSLIYIPHLITQLIRSGSGVVGNSWWDKFVGTYLSDPSNLVYIGIYFGLIIFFTYF + YVSITFNPDERADEMKKFGGFIPGIRPGRPTADYLRYVLSRITLPGSIYLGVIAVLPN + LFLQIGAGGTVQNLPFGGTAVLIMIGVGLDTVKQIESQLMQRNYEGFLK" + gene 827944..828489 + /gene="adk" + /locus_tag="BQ2027_MB0754" + CDS 827944..828489 + /gene="adk" + /locus_tag="BQ2027_MB0754" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0754, adk, len: 181 aa. Equivalent to Rv0733, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Probable adk, + adenylate kinase (ATP-AMP transphosphorylase) (EC + 2.7.4.3), equivalent to Z98756|MLCB24 92_28 probable + adenylate kinase from Mycobacterium leprae (181 aa), FASTA + scores: opt: 978, E(): 0, (83.6% identity in 177 aa + overlap); and AAF86323.1|AF271342 putative adenylate + kinase from Mycobacterium marinum (124 aa) (N-terminus + shorter). Also highly similar to others e.g. + P43414|KAD_STRCO ADENYLATE KINASE from Streptomyces + coelicolor (217 aa), FASTA score: (43.0% identity in 186 + aa overlap); etc. Contains PS00113 Adenylate kinase + signature. BELONGS TO THE ADENYLATE KINASE FAMILY. Protein + product from Mb0754 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0754 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="adenylate kinase adk (atp-amp + transphosphorylase)" + /protein_id="SIT99353.1" + /db_xref="GOA:P69439" + /db_xref="InterPro:IPR000850" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR033690" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69439" + /translation="MRVLLLGPPGAGKGTQAVKLAEKLGIPQISTGELFRRNIEEGTK + LGVEAKRYLDAGDLVPSDLTNELVDDRLNNPDAANGFILDGYPRSVEQAKALHEMLER + RGTDIDAVLEFRVSEEVLLERLKGRGRADDTDDVILNRMKVYRDETAPLLEYYRDQLK + TVDAVGTMDEVFARALRALGK" + gene 828492..829292 + /gene="mapA" + /locus_tag="BQ2027_MB0755" + CDS 828492..829292 + /gene="mapA" + /locus_tag="BQ2027_MB0755" + /note="Mb0755, mapA, len: 266 aa. Equivalent to Rv0734, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 266 aa overlap). Probable mapA, + methionine aminopeptidase (map) (EC 3.4.11.18), equivalent + to Z98756|MLCB2492_29 probable methionine aminopeptidase + from Mycobacterium leprae (266 aa), FASTA scores: opt: + 1717, E(): 0, (83.4% identity in 265 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. T35553 methionine + aminopeptidase from Streptomyces coelicolor (278 aa); etc. + Also similar to Rv2861c|MAPB PROBABLE METHIONINE + AMINOPEPTIDASE from Mycobacterium tuberculosis (285 aa). + BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M24A; ALSO KNOWN AS THE MAP + FAMILY 1. COFACTOR: COBALT; BINDS 2 IONS PER SUBUNIT. + Protein product from Mb0755 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0755 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="methionine aminopeptidase mapa (map) (peptidase + m) (metap)" + /protein_id="SIT99354.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWC1" + /db_xref="InterPro:IPR000994" + /db_xref="InterPro:IPR001714" + /db_xref="InterPro:IPR002467" + /db_xref="InterPro:IPR036005" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC1" + /translation="MRPLARLRGRRVVPQRSAGELDAMAAAGAVVAAALRAIRAAAAP + GTSSLSLDEIAESVIRESGATPSFLGYHGYPASICASINDRVVHGIPSTAEVLAPGDL + VSIDCGAVLDGWHGDAAITFGVGALSDADEALSEATRESLQAGIAAMVVGNRLTDVAH + AIETGTRAAELRYGRSFGIVAGYGGHGIGRQMHMDPFLPNEGAPGRGPLLAAGSVLAI + EPMLTLGTTKTVVLDDKWTVTTADGSRAAHWEHTVAVTDDGPRILTLG" + gene 829365..829898 + /gene="sigL" + /locus_tag="BQ2027_MB0756" + CDS 829365..829898 + /gene="sigL" + /locus_tag="BQ2027_MB0756" + /note="Mb0756, sigL, len: 177 aa. Equivalent to Rv0735, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 177 aa overlap). Probable sigL, + alternative RNA polymerase sigma factor (rpoE) (see + citation below), highly similar to many proteins of the + extracytoplasmatic function (ECF) subfamily e.g. + CAB72200.1|AL138851 putative RNA polymerase sigma factor + from Streptomyces coelicolor (194 aa); Q06909|CARQ_MYXXA + RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR CARQ from Myxococcus xanthus + (174 aa), FASTA scores: opt: 251, E(): 9.6e-11, (32.9% + identity in 161 aa overlap); etc. Also similar to + MTCI61_4, MTU87242_1, and MLU15180_30 from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS01063 Sigma-70 factors ECF + subfamily signature and probable helix-turn helix motif + from aa 139-160 (Score 1134, +3.05 SD). BELONGS TO THE + SIGMA-70 FACTOR FAMILY, ECF SUBFAMILY. Mb0756 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + SIGL" + /protein_id="SIT99355.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWN4" + /db_xref="InterPro:IPR000838" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR007630" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWN4" + /translation="MARVSGAAAAEAALMRALYDEHAAVLWRYALRLTGDAAQAEDVV + QETLLRAWQHPEVIGDTARPARAWLFTVARNMIIDERRSARFRNVVGSTDQSGTPEQS + TPDEVNAALDRLLIADALAQLSAEHRAVIQRSYYRGWSTAQIATDLGIAEGTVKSRLH + YAVRALRLTLQELGVTR" + gene 829962..830714 + /gene="rsla" + /locus_tag="BQ2027_MB0757" + CDS 829962..830714 + /gene="rsla" + /locus_tag="BQ2027_MB0757" + /note="Mb0757, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv0736, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, showing weak similarity with + AL133469|SCM10_32 putative membrane protein from + Streptomyces coelicolor (216 aa), FASTA scores: opt: 180, + E(): 0.00018, (34.3% identity in 216 aa overlap). Mb0757 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-sigma factor rsla" + /protein_id="SIT99356.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW87" + /db_xref="InterPro:IPR027383" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW87" + /translation="MTMPLRGLGPPDDTGVREVSTGDDHHYAMWDAAYVLGALSAADR + REFEAHLAGCPECRGAVTELCGVPALLSQLDRDEVAAISESAPTVVASGLSPELLPSL + LAAVHRRRRRTRLITWVASSAAAAVLAIGVLVGVQGHSAAPQRAAVSALPMAQVGTQL + LASTVSISGEPWGTFINLRCVCLAPPYASHDTLAMVVVGRDGSQTRLATWLAEPGHTA + TPAGSISTPVDQIAAVQVVAADTGQVLLQRSL" + gene 831029..831526 + /locus_tag="BQ2027_MB0758" + CDS 831029..831526 + /locus_tag="BQ2027_MB0758" + /note="Mb0758, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv0737, len: + 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, similar to others e.g. + BAB69161.1|AB070937 regulator protein from Streptomyces + avermitilis (169 aa); NP_419731.1|NC_002696 + transcriptional regulator MarR family from Caulobacter + crescentus (148 aa) (homology only at C-terminus); etc. + Also shows weak similarity to AB0014|AB001488_14 + hypothetical protein from Bacillus subtilis (164 aa), + FASTA scores: opt: 163, E(): 9.3e-05, (32.8% identity in + 116 aa overlap), which is similar to slyY gene of S. + typhimurium required for survival in macrophage. Contains + possible helix-turn helix motif from aa 73-94 (Score 1138, + +3.06 SD). Protein product from Mb0758 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0758 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99357.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWB9" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWB9" + /translation="MASDNRDPIAAARANWERSGWGDVSLGMVAVTSVMRAHQILLAR + VETALRPYDLSFSRFELLRLLAFSRIGALPITKASDRLQVHVTSVTHAIRRLEADGLV + RRVPHPTDGRTTLVQITELGRSTVEDATVTLNEQVFANVGMGAEESQALVSAVETLRR + NAGDF" + gene 831884..832432 + /locus_tag="BQ2027_MB0759" + CDS 831884..832432 + /locus_tag="BQ2027_MB0759" + /note="Mb0759, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv0738, len: + 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis: + Rv1727|MTCY04C12.12 (189 aa); MTY13D12_7|Z80343 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (194 + aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 0.0004, (24.2% identity + in 178 aa overlap); and C-terminus of Rv0576. Protein + product from Mb0759 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0759 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99358.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XW99" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR017520" + /db_xref="InterPro:IPR024344" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW99" + /translation="MDPLMAHQRAQDAFAALLANVRADQLGGPTPCSEWTINDLIEHV + VGGNEQVGRWAASPIEPPARPDGLVAAHQAAAAVAHEIFAAPGGMSATFKLPLGEVPG + QVFIGLRTTDVLTHAWDLAAATGQSTDLDPELAVERLAAARALVGPQFRGPGKPFADE + KPCPRERPPADQLAAFLGRTVR" + gene 832637..833485 + /locus_tag="BQ2027_MB0760" + CDS 832637..833485 + /locus_tag="BQ2027_MB0760" + /note="Mb0760, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv0739, len: + 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 263 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv0026 (448 aa), FASTA score: (37.6% + identity in 101 aa overlap)and Rv0025 (120 aa), FASTA + score: (32.4% identity in 142 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 2 + bp insertion (*-cg) leads to a longer product compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (282 aa versus 268 aa). Mb0760 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99359.1" + /db_xref="InterPro:IPR019710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW88" + /translation="MSDYSLGVPDETGLGADAARAREVALTQHIGVSAETDRAVVPKL + RQAYDSLVCGRRRLGAIGAEIENAVAHQRALGLDTPAGARNFSRFLATKAHDITRVLA + ATAAESQAGAARLRSLASSYQAVGFGPKPQEPPPDPVPFPPYQPKVWAACRARGQDPD + KVVRTFHHAPMSARFRSLPAGDSVLYCGNDKYGLLHIQAKHGRQWHDIADARWPSAGN + WRYLADYAIGATLAYPERVEYNQDNDTFAVYRRVSLPDGRYVFTTRVIISARDGKIIT + AFPQTT" + gene 833600..834127 + /locus_tag="BQ2027_MB0761" + CDS 833600..834127 + /locus_tag="BQ2027_MB0761" + /note="Mb0761, -, len: 175 aa. Equivalent to Rv0740, len: + 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 175 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; C-terminus (possibly part of + truncated IS1557) shows nearly perfect identity to + Rv0750|MTV041_24 (81 aa), FASTA score: (92.6% identity in + 81 aa overlap). Also shows weak similarity to MTV007_5 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (313 + aa), FASTA score: (34.5% identity in 110 aa overlap); and + MLCL536_27 hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (315 aa), FASTA score: (34.5% identity in 84 aa overlap). + Protein product from Mb0761 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0761 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99360.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW86" + /translation="MLPKNTRPTSETAEEFWDNSLWCSWGDRETGYTRTVTVSICQVA + DGEREAEGVRDMMRLECPAGLDLRTPNPEAYEITGQRPGEFVFVLGYLGHVRAIVGNC + YIEIMPMGTRVELSKLADVALDIGRSVGCSAYENDFTLPDIPTQWRNQPLGWYTQGLA + PYLPGLSDPKDAAEG" + gene 834176..834692 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-1" + mobile_element 834176..834692 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-1" + /note="IS1557'-1, len: 517 nt. Equivalent to IS1557', len: + 517 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 517 nt overlap). Region similar + to IS1557 region on MTCY373- (IS1557- 1st copy)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1557" + gene 834358..834672 + /locus_tag="BQ2027_MB0762" + CDS 834358..834672 + /locus_tag="BQ2027_MB0762" + /note="Mb0762, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv0741, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Probable truncated + transposase for IS1557, showing similarity to transposases + and IS elements e.g. U63997|EFU63997_1 insertion sequence + from Enterococcus faecium (424 aa), FASTA score: (31.0% + identity in 87 aa overlap). Very high similarity with the + C-terminal part of Z73419|MTCY373_3 2 IS1557 from + Mycobacterium tuberculosis (444 aa), FASTA score: (86.5% + identity in 104 aa overlap). Mb0762 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase (fragment)" + /protein_id="SIT99361.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW94" + /translation="MFSVKGEEGKQALDRWISWARRCRIPVFVELAGGIVRHRQAIDA + ALDHGLWQGLIESTNTKIRLLTRIAFGFRSPEALIALAMLALGGRRPALPGRTKHPRI + SQ" + gene 834814..835332 + /gene="PE_PGRS8" + /locus_tag="BQ2027_MB0763" + CDS 834814..835332 + /gene="PE_PGRS8" + /locus_tag="BQ2027_MB0763" + /note="Mb0763, PE_PGRS8, len: 172 aa. Equivalent to + Rv0742, len: 172 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 172 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to many M. + tuberculosis PGRS-type proteins e.g. Z78020|MTCY1A11_25 + (498 aa), FASTA scores: opt: 766, E(): 6.1e-25, (73.6% + identity in 178 aa overlap). Similarity suggests ORF + starts with ATA start codon. Mb0763 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs8" + /protein_id="SIT99362.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE7" + /translation="MIAAPEAIAAAATDLASIGSTIGAANAAAAANTTAVLAAGADQV + SVAIAAAFGAHGQAYQALSAQAATFHIQFVQALTAGAGSYAAAEAASAASITSPLLDA + INAPFLAALGRPLIGNGADGAPGTGAAGGAGGLLFGNGGAGGSGAPGGAGGLLFGNGG + AGGPGASGGALG" + gene complement(835710..836267) + /locus_tag="BQ2027_MB0764C" + CDS complement(835710..836267) + /locus_tag="BQ2027_MB0764C" + /note="Mb0764c, -, len: 185 aa. Equivalent to Rv0743c, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 185 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0764c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0764c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99363.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA2" + /translation="MTRQQLAHLLRRACAVVGDVDVLVLGSQSILGSFDENELPPQAT + ASQEADIAFVNDPARDKADHVDVAIGEMSDFHRSNGVYAEGVHIDTAILPNGWRDRLV + SWTVESSRPAKPRFLEPHDLAVAKLAAGREKDKAFVAALIRSGLLDVGVIQARVLLLP + EETDPRIGQRIAAWLNYYGAGNHSS" + gene complement(836264..836770) + /locus_tag="BQ2027_MB0765C" + CDS complement(836264..836770) + /locus_tag="BQ2027_MB0765C" + /note="Mb0765c, -, len: 168 aa. Equivalent to Rv0744c, + len: 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, showing weak similarity with + O86661|SC4A2.05 PUTATIVE TWO-COMPONENT SENSOR from + Streptomyces coelicolor (436 aa), FASTA scores: opt: 117, + E(): 0.88, (37.25% identity in 94 aa overlap); and some + putative excisionases or transposases. Also weakly similar + to P71902|YN10_MYCTU|Rv2310|MT2372|MTCY3G12.24c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (114 + aa); and Q11144|Y477_MYCTU|Rv0477|MT0495|MTCY20G9.03 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (148 aa). Equivalent to AAK45006 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (179 aa) but + shorter 11 aa. Contains probable helix-turn helix motif + from aa 5-26 (Score 1350, +3.78 SD). Mb0765c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99364.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWC8" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR010093" + /db_xref="InterPro:IPR041657" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC8" + /translation="METLLKTSEAAQILGVSRQHVVNMCDRGEMVCVHVGSHRRVPSS + EVERVTSRRLTREEERSLWLHRALLSPLLTEPDTVVSAARENLRRWSGMHRRDGMAGW + YFTKWQRVLNDGLDAVMHVLTSPSEDAREMRQNSPFAGILPEATRVAVLRSFKDHWDR + EHERAMTE" + gene 836978..837505 + /locus_tag="BQ2027_MB0766" + CDS 836978..837505 + /locus_tag="BQ2027_MB0766" + /note="Mb0766, -, len: 175 aa. Equivalent to Rv0745, len: + 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 175 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; shows high similarity to a 50 aa + region of Rv3649|Z95436|MTY15C10_3 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN, similar to ATP-dependent helicases, from + Mycobacterium tuberculosis (771 aa), FASTA scores: opt: + 225, E(): 7e-06, (70.0% identity in 50 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99365.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWP4" + /translation="MGPPHRSRPPLPSPGPTCQVLPTTAVIHTVTAEALGRIGIDAPR + IPGSLDVAAHAAIGLLPLVAGCDRRHRRPVRGARAGRAAQVSLCMTAIRVEPVSSNAV + CTGPAAQVGDQSRSPQRDYAHQALQPDVPRRRARRHRPRRCSAKTGSSSSTMRCTCHQ + NQCLWSSGVSWALAR" + gene 837525..839918 + /gene="PE_PGRS9" + /locus_tag="BQ2027_MB0767" + CDS 837525..839918 + /gene="PE_PGRS9" + /locus_tag="BQ2027_MB0767" + /note="Mb0767, PE_PGRS9, len: 797 aa. Equivalent to + Rv0746, len: 783 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (89.7% identity in 829 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to part of + MTCY28.25c|Rv1759c|Z95890 antigen wag22 from M. + tuberculosis (914 aa), FASTA scores: opt: 2429, E(): 0, + (56.9% identity in 873 aa overlap). Also similar to other + PE-PGRS FAMILY PROTEINS e.g. AL0212|MTV008_46 FASTA score: + (48.8% identity in 887 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, two + 48 bp deletions, and a 138 bp insertion leads to a longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (797 aa versus 783 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs9" + /protein_id="SIT99366.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW92" + /translation="MSFVLAMPEVLGSAATDLAALGSVLGAADAAAAATTTGIVAAVQ + DEVSAAIAALFSAHGRAYQVASAQAAAVHAQFVEALSAGAGAYASAEAAGAAVLANPA + QSVQQDLLAAVNAQSVALTGRPLIGNGANGAPGTGANGAPGGWLLGNGGAGGSAAAGS + GLPGGAGGAAGLFGTGGAGGAGGSSTVGDGGAGGAGGSGGWLLGTGGVGGVGGLGAGA + GGAGGVGGAGGLLGAGGHGGAGGLGAVTGGVGGAGGAGGLLAGLLAGPGGAGGTGGRG + FLNDGGVGGAGGNAGLLFGAGGTGGSGGAGLGGDGGAGGAGGNAGVLFGNAGSGGTGG + FGDTDGGAGGAGGDAGWLGSGGVGGAGGFGETGDGGVGGAGGKAGLLIGNGGAGGAGV + LIGNGGNAGIGGTGPTAGDTGAGGISGLLLGADGFNAPASASPLHTLKQQALAAINAP + TQTLTGRPLIGNGTPGAVGSGATGAPGGWLLGDGGAGGSGAAGSGAPGGAGGAAGLWG + TGGAGGAGGWLLGDGGAGGIGGASTVLGGTGGGGGVGGLWGAGGAGGAGGTGLVGGDG + GAGGAGGTGGLLAGLIGAGGGHGGTGGLNTNGDGGVGGAGGNAGMLAGPGGAGGAGGD + GENLDTGGDGGAGGSAGLLFGSGGAGGAGGFGFLGGDGGAGGNAGLLLSSGGAGGFGG + FGTAGGVGGAGGNAGWLGFGGAGGIGGIGGNANGGAGGNGGTGGQLWGSGGAGGEGGA + ALSVGDTGGAGGVGGSAGLIGTGGNGGNGGTGANAGSPGTGGAGGLLLGQNGLNGLP" + gene 840317..843046 + /gene="PE_PGRS10" + /locus_tag="BQ2027_MB0768" + CDS 840317..843046 + /gene="PE_PGRS10" + /locus_tag="BQ2027_MB0768" + /note="Mb0768, PE_PGRS10, len: 909 aa. Equivalent to + Rv0747, len: 801 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (86.6% identity in 912 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to part of + MTCY28.25c|Rv1759c|Z95890 antigen wag22 from M. + tuberculosis (914 aa), FASTA scores: opt: 2772, E(): 0, + (60.9% identity in 941 aa overlap). Also similar to other + PE-PGRS FAMILY PROTEINS e.g. Z95844|MTCY493_2 FASTA score: + (50.2% identity in 815 aa overlap). Contains PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + insertions of 168 bp and 105 bp, a 11 bp for 71 bp + substitution, and a 9 bp deletion (cggcaacgg-*), leads to + a longer product compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (909 aa versus 801 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs10" + /protein_id="SIT99367.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC7" + /translation="MSWVMVSPELVVAAAADLAGIGSAISSANAAAAVNTTGLLTAGA + DEVSTAIAALFGAQGQAYQAASAQAAAFYAQFVQALSAGGGAYAAAEAAAVSPLLAPI + NAQFVAATGRPLIGNGANGAPGTGANGGPGGWLIGNGGAGGSGAPGAGAGGNGGAGGL + FGSGGAGGAGGNAFGAGEVGGAGGAGGNAMLFGAGGAGGAGGAGGNAGMLFGAAGVGG + VGGFSNGGATGGAGGAGGAGGLFTTGGVGGAGGAGGDGGDGGAGGLFGAGGTGGAGGF + GTAVLAGTGGAGGPGGAGGLFGAGGEGGSGGSGNLTGGAGGAGGNAGTLATGDGGAGG + TGGASRSGGFGGAGGAGGDAGMFFGSGGSGGAGGAGGSGGFGLPSGGKGGAGGDAGML + FGSGGSGGAGGISRSVGDGAAGGAGGAPGLIGNGGNGGNGGASTGGGDGGPGGAGGTG + VLIGNGGSGGTGATLGKAGIGGTGGVLLGLDGFTAPASTSPLHTLQQDVINMVNDPFQ + TLTGRPLIGNGANGTPGTGADGGAGGWLFGNGGNGGQGTIGGVNGGAGGAGGAGGILF + GTGGTGGSGGPGATGLGGIGGAGGAALLFGSGGAGGSGGAGAVGGNGGAGGNAGALLG + AAGAGGAGGAGAVGGNGGAGGNGGLFANGGAGGPGGFGSPAGAGGIGGAGGNGGLFGA + GGTGGAGGGSTLAGGAGGAGGNGGLFGAGGTGGAGSHSTAAGVSGGAGGAGGDAGLLS + LGASGGAGGSGGSSLTAAGVVGGIGGAGGLLFGSGGAGGSGGFSNSGNGGAGGAGGDA + GLLVGSGGAGGAGASATGAATGGDGGAGGKSGAFGLGGDGGAGGATGLSGAFHIGGKG + GVGGSAVLIGNGGNGGNGGNSGNAGKSGGAPGPSGAGGAGGLLLGENGLNGLM" + gene 843137..843394 + /gene="vapb31" + /locus_tag="BQ2027_MB0769" + CDS 843137..843394 + /gene="vapb31" + /locus_tag="BQ2027_MB0769" + /note="Mb0769, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv0748, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, N-terminus similar to N-terminal region of + NP_436939.1|NC_003078 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (75 aa). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins Rv2871 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (75 aa); Rv1241, Rv2132, Rv3321c, + etc. Protein product from Mb0769 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0769 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb31" + /protein_id="SIT99368.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWA8" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWA8" + /translation="MRTTVSISDEILAAAKRRARERGQSLGAVIEDALRREFAAAHVG + GARPTVPVFDGGTGPRRGIDLTSNRALSEVLDEGLELNSRK" + gene 843418..843846 + /gene="vapc31" + /locus_tag="BQ2027_MB0770" + CDS 843418..843846 + /gene="vapc31" + /locus_tag="BQ2027_MB0770" + /note="Mb0770, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv0749, len: + 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0749, + Rv0277c, Rv2530c, etc. Mb0770 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc31. contains pin domain." + /protein_id="SIT99369.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWA0" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWA0" + /translation="MFLLDANVLLAAHRGDHPNHRTVRPWFDRLLAADDPFTVPNLVW + ASFLRLATNRRIFEIPSPRAEAFAFVEAVTAQPHHLPTNPGPRHLMLLRKLCDEADAS + GDLIPDAVLAAIAVGHHCAVVSLDRDFARFASVRHIRPPL" + gene complement(843927..844064) + /locus_tag="BQ2027_MB0771C" + CDS complement(843927..844064) + /locus_tag="BQ2027_MB0771C" + /note="Mb0771c, -, len: 45 aa. Equivalent to Rv0749A, len: + 45 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 45 aa overlap). Conserved hypothetical + protein (probably gene fragment), similar to part (aa + 250-292) of Rv2807|Z81331_12 from Mycobacterium + tuberculosis (384 aa), FASTA scores: opt: 238, E(): + 1.9e-13, (79.07% identity in 43 aa overlap). Mb0771c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein involved in DNA integration" + /protein_id="SIT99370.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWA1" + /translation="MVRKHAFHWRYDSTEELELLNQLWQLVSLRLNFFTPTKKALGFR + P" + gene 844223..844468 + /locus_tag="BQ2027_MB0772" + CDS 844223..844468 + /locus_tag="BQ2027_MB0772" + /note="Mb0772, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv0750, len: + 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing almost perfect overlap with C-terminus of + Rv0740|MTV041_14 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (175 aa), FASTA scores: (93.8% + identity in 81 aa overlap). Possible duplication. Mb0772 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99371.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW98" + /translation="MRAIVGDCVIHIMPMGTGVELSKLADLALDIGRSVGCSAYENDF + TLPDIPTQWRNQPLGWYTQGLAPYLPGLSDPKDAAEG" + gene complement(844537..845421) + /gene="mmsB" + /locus_tag="BQ2027_MB0773C" + CDS complement(844537..845421) + /gene="mmsB" + /locus_tag="BQ2027_MB0773C" + /note="Mb0773c, mmsB, len: 294 aa. Equivalent to Rv0751c, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 294 aa overlap). Probable mmsB, + 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (EC 1.1.1.31), highly + similar to others e.g. NP_102847.1|NC_002678 + 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from Mesorhizobium loti + (294 aa); NP_420167.1|NC_002696 3-hydroxyisobutyrate + dehydrogenase from Caulobacter crescentus (298 aa); A32867 + 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from Rattus norvegicus + (346 aa); etc. Also similar to methylmalonate semialdehyde + dehydrogenases e.g. M84911|PSE MMSRAB_3 methylmalonate + semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa + (298 aa), FASTA scores: opt: 786, E(): 0, (45.8% identity + in 297 aa overlap). Also similar to 6-phosphogluconate + dehydrogenases from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1122 + and Rv1844c. Contains PS00895 3-hydroxyisobutyrate + dehydrogenase signature. BELONGS TO THE + 3-HYDROXYISOBUTYRATE DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product + from Mb0773c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0773c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-HYDROXYISOBUTYRATE DEHYDROGENASE MMSB + (HIBADH)" + /protein_id="SIT99372.1" + /db_xref="GOA:P63936" + /db_xref="InterPro:IPR002204" + /db_xref="InterPro:IPR006115" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR011548" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR015815" + /db_xref="InterPro:IPR029154" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63936" + /translation="MTTIAFLGLGNMGAPMSANLVGAGHVVRGFDPAPTAASGAAAHG + VAVFRSAPEAVAEADVVITMLPTGEVVRRCYTDVLAAARPATLFIDSSTISVTDAREV + HALAESHGMLQLDAPVSGGVKGAAAATLAFMVGGDESTLRRARPVLEPMAGKIIHCGA + AGAGQAAKVCNNMVLAVQQIAIAEAFVLAEKLGLSAQSLFDVITGATGNCWAVHTNCP + VPGPVPTSPANNDFKPGFSTALMNKDLGLAMDAVAATGATAPLGSHAADIYAKFAADH + ADLDFSAVIHTLRARADA" + gene complement(845432..846604) + /gene="fadE9" + /locus_tag="BQ2027_MB0774C" + CDS complement(845432..846604) + /gene="fadE9" + /locus_tag="BQ2027_MB0774C" + /note="Mb0774c, fadE9, len: 390 aa. Equivalent to Rv0752c, + len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 390 aa overlap). Probable fadE9, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly similar to + many e.g. NP_437985.1|NC_003078 putative acyl-CoA + dehydrogenase protein from Sinorhizobium meliloti (380 + aa); Z99123|BSUB0020_14 from Bacillus subtilis (379 aa), + FASTA scores: opt: 853, E(): 0, (39.8% identity in 384 aa + overlap); etc. Contains PS00072 Acyl-CoA dehydrogenases + signature 1, and PS00073 Acyl-Co Adehydrogenases signature + 2. BELONGS TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY. Protein + product from Mb0774c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0774c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE9" + /protein_id="SIT99373.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB2" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB2" + /translation="MFVLNDDERVIVETAAAFAGKRLAPHALEWDAAKHFPVDVLREA + AELGMAAIYCRDDVGGSGLRRLDGARIFEQLAIADPVTAAFLSIHNMCAWMIDSFGTD + EQRKDWIPRLATMGVIASYCLTEPGAGSDAGALSTRAVRHGSGKGGDYVLDGVKQFIS + GAAASDVYVVMARTGAEGPRGVSAFVVEKGTPGLSFGAPEAKMGWHAQPTAQVVLDGV + RVPAEAMLGGADGEGAGFGIAMSGLNGGRLNIAACSLGGAQAAFDKAGAYVRDRQAFG + GSLLDEPTVRFTLADMATGLQTSRMLLWRAASALDDDDADKVELCAMAKRYVTDTCFE + VADQALQLHGGYGYLREYGLEKIVRDLRVHRILEGTNEIMRLVIGRAEAARFRATV" + gene complement(846611..848143) + /gene="mmsA" + /locus_tag="BQ2027_MB0775C" + CDS complement(846611..848143) + /gene="mmsA" + /locus_tag="BQ2027_MB0775C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0775c, mmsA, len: 510 aa. Equivalent to Rv0753c, + len: 510 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 510 aa overlap). Probable mmsA, + methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase (EC + 1.2.1.27), highly similar to others e.g. + NP_420115.1|NC_002696 putative methylmalonate-semialdehyde + dehydrogenase from Caulobacter crescentus (499 aa); + L48550|STMMSDA_1|CAB75315.1|AL139164 methylmalonic acid + semialdehyde dehydrogenase from Streptomyces coelicolor + (500 aa), FASTA score: (51.6% identity in 498 aa overlap); + M84911|PSEMMSRAB_2|NP_252260.1|NC_002516 + methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas + aeruginosa (497 aa), FASTA scores: opt: 1127, E(): 0, + (47.9% identity in 507 aa overlap); etc. Note that also + highly similar to malonic semialdehyde oxidative + decarboxylases e.g. NP_104968.1|NC_002678 malonic + semialdehyde oxidative decarboxylase from Mesorhizobium + loti (498 aa); NP_384832.1|NC_003047 PUTATIVE MALONIC + SEMIALDEHYDE OXIDATIVE DECARBOXYLASE PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (498 aa); etc. Contains PS00070 + Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. BELONGS TO + THE ALDEHYDE DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from + Mb0775c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0775c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE MMSA (METHYLMALONIC ACID SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE) (MMSDH)" + /protein_id="SIT99374.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE3" + /db_xref="InterPro:IPR010061" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016160" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE3" + /translation="MTTQISHFIDGQRTAGQSTRSADVFDPNTGQIQAKVPMAGKSDI + DAAVASAVEAQKGWAAWNPQRRARVLMRFIELVNDTIDELAELLSREHGKTLADARGD + VQRGIEVIEFCLGIPHLLKGEYTEGAGPGIDVYSLRQPLGVVAGITPFNFPAMIPLWK + AGPALACGNAFVLKPSERDPSVPVRLAELFIEAGLPAGVFQVVHGDKEAVDAILHHPD + IKAVGFVGSSDIAQYIYAGAAATGKRAQCFGGAKNHMIVMPDADLDQAVDALIGAGYG + SAGERCMAISVAVPVGDQTAERLRARLIERINNLRVGHSLDPKADYGPLVTGAALARV + RDYIGQGVAAGAELVVDGRDRASDDLTFGLPEGDANLEGGFFIGPTLFDHVAAHMSIY + TDEIFGPVLCMVRARDYEEALRLPSEHEYGNGVAIFTRDGDAARDFVSRGQVGMVGVN + VPIPVPVAYHTFGGWKRSGFGDLNQHGPAAIQFYTKVKTVTSRWPSGIKDGAEFVIPT + MS" + gene 848349..850103 + /gene="PE_PGRS11" + /locus_tag="BQ2027_MB0776" + CDS 848349..850103 + /gene="PE_PGRS11" + /locus_tag="BQ2027_MB0776" + /note="Mb0776, PE_PGRS11, len: 584 aa. Equivalent to + Rv0754, len: 584 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 584 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to others e.g. + AL0212|MTV008_46 from Mycobacterium tuberculosis (1660 + aa), FASTA score: (48.7% identity in 345 aa overlap); + Z80225|MTCY441_4 from Mycobacterium tuberculosis (778 aa), + FASTA score: (41.6% identity in 442 aa overlap); etc. + Mb0776 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs11" + /protein_id="SIT99375.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWQ3" + /translation="MSFVIVARDALAAAAADLAQIGSAVNAGNLAAANPTTAVAAAAA + DEVSAALAALFGAHAREYQAAAAQAAAYHEQFVHRLSAAATSYAVTEVTIATSLRGAL + GSAPASVSDGFQAFVYGPIHATGQQWINSPVGEALAPIVNAPTNVLLGRDLIGNGVTG + TAAAPNGGPGGLLFGDGGAGYTGGNGGSAGLIGNGGTGGAGFAGGVGGMGGTGGWLMG + NGGMGGAGGVGGNGGAGGQALLFGNGGLGGAGGAGGVDGAIGRGGWFIGTGGMATIGG + GGNGQSIVIDFVRHGQTPGNAAMLIDTAVPGPGLTALGQQQAQAIANALAAKGPYAGI + FDSQLIRTQQTAAPLANLLGMAPQVLPGLNEIHAGIFEDLPQISPAGLLYLVGPIAWT + LGFPIVPMLAPGSTDVNGIVFNRAFTGAVQTIYDASLANPVVAADGNITSVAYSSAFT + IGVGTMMNVDNPHPLLLLTHPVPNTGAVVVQGNPEGGWTLVSWDGIPVGPASLPTALF + VDVRELITAPQYAAYDIWESLFTGDPAAVINAVRDGADEVGAAVVQFPHAVADDVIDA + TGHPYLSGLPIGLPSLIP" + gene complement(850293..852230) + /gene="PPE12" + /locus_tag="BQ2027_MB0777C" + CDS complement(850293..852230) + /gene="PPE12" + /locus_tag="BQ2027_MB0777C" + /note="Mb0777c, PPE12, len: 645 aa. Equivalent to Rv0755c, + len: 645 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 645 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + others e.g. Z82098|MTCY3C7_23 from Mycobacterium + tuberculosis (582 aa), FASTA scores: (56.1% identity in + 636 aa overlap); Z92774|MTCY6G11_5 from Mycobacterium + tuberculosis (552 aa), FASTA scores: (55.8% identity in + 590 aa overlap); etc. Mb0777c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe12" + /protein_id="SIT99376.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XW96" + /translation="MVGFAWLPPETNSLRMYLGAGSRPLLAAAGAWDGLAEELHAAAS + SFGSVTSELAGGAWQGPASAAMANAAGPYASWLTAAGAQAELAARQARAAAGAFEEAL + AGVVHPAVVQANRVRTWLLAVSNVFGQNAPAIAAMESTYEQMWAQDVAVMAGYHAASS + AAAAQLASWQPALPNINLGVGNIGNLNVGNGNTGDYNLGNGNLGNANFGGGNGSAFHG + QISSFNVGSGNIGNFNLGSGNGNVGIGPSSFNVGSGNIGNANVGGGNSGDNNFGFGNF + GNANIGIGNAGPNMSSPAVPTPGNGNVGIGNGGNGNFGGGNTGNANIGLGNVGDGNVG + FGNSGSYNFGFGNTGNNNIGIGLTGSNQIGFGGLNSGSGNIGFGNSGTGNIGFFNSGS + GNFGVGNSGVTNTGVANSGNINTGFGNSGFINTGFGNALSVNTGFGNSGQANTGIGNA + GDFNTGNFNGGIINTGSFNSGAFNSGSFNGGDANSGFLNSGLTNTGFANSGNINTGGF + NAGNLNTGFGNTTDGLGENSGFGNAGSGNSGFNNSGKGNSGAQNVGNLQISGFANSGQ + SVTGYNNSVSVTSGFGNKGTGLFSGFMSGFGNTGFLQSGFGNLEANPDNNSATSGFGN + SGKQDSGGFNSIDFVSGFFHR" + gene complement(852532..852717) + /locus_tag="BQ2027_MB0778C" + CDS complement(852532..852717) + /locus_tag="BQ2027_MB0778C" + /note="Mb0778c, -, len: 61 aa. Equivalent to Rv0755A, len: + 61 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 61 aa overlap). Putative transposase + (possibly gene fragment), similar to C-terminal part of + Q9EZM2|ISMav2|AF286339_1 putative transposase from + Mycobacterium paratuberculosis (395 aa), FASTA scores: + opt: 284, E(): 5e-13, (83.02% identity in 53 aa overlap); + and to SCJ11.25c|Q9RI80 possible noncomposite transposon + transposase from Streptomyces coelicolor (283 aa). Mb0778c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99377.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWD0" + /db_xref="InterPro:IPR010921" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD0" + /translation="MKELSVAEQRYQAVLAVISDGLSISQVAEKVGVSRQTLHTWLAR + YEAEGLDGLRIGTGTAL" + gene complement(852826..852897) + /locus_tag="BQ2027_THRV" + tRNA complement(852826..852897) + /locus_tag="BQ2027_THRV" + /product="tRNA-Thr" + /note="thrV, len: 72 nt. Equivalent to thrV, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Thr, anticodon tgt." + gene complement(852931..853656) + /locus_tag="BQ2027_MB0779C" + CDS complement(852931..853656) + /locus_tag="BQ2027_MB0779C" + /note="Mb0779c, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv0756c, + len: 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0779c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0779c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99378.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWB4" + /translation="MNLGQTLVGIATWPARAGLAAADTGLNMAGAAVDMAKQALGDAG + GASGSTSMANMLGIDDTIARANRLARLLDDDMPLGRAIAPNGPMDRMLRPGGVVDLLT + QPGGLLDRLTAEGGAMQRALQPGGLADQLLAEDGLIERVLSEDGLADRLLAEGGLIDK + ITAKDGPLEQLADVADTLARLTPGMEALEPAIATLQDAVIALTMVVNPLSSIAERIPL + PGRRPARRSSSRSVRSQRVVDSE" + gene 853798..854541 + /gene="phoP" + /locus_tag="BQ2027_MB0780" + CDS 853798..854541 + /gene="phoP" + /locus_tag="BQ2027_MB0780" + /note="Mb0780, phoP, len: 247 aa. Equivalent to Rv0757, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Possible phoP, two + component system response phosphate regulon + transcriptional regulator, highly similar to various + transcriptional regulators e.g. CAC32360.1|AL583945 + putative two component system response regulator from + Streptomyces coelicolor (271 aa); T45446 probable + two-component response regulator from Mycobacterium leprae + (253 aa); and similar to phoP proteins e.g. + P13792|PHOP_BACSU alkaline phosphatase synthesis + transcription regulatory protein from Bacillus subtilis + (240 aa), FASTA scores: opt: 594, E(): 2.3e-33, (41.0% + identity in 234 aa overlap); etc. Also highly similar to + Rv3765c from Mycobacterium tuberculosis (234 aa), Rv1033c + (257 aa), RV0903c|MTCY31.31c|Q10531 (236 aa), FASTA score: + (45.4% identity in 229 aa overlap); MTCY10G2_16 and + MTU88959_1. Protein product from Mb0780 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0780 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE + TRANSCRIPTIONAL POSITIVE REGULATOR PHOP" + /protein_id="SIT99379.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWA9" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWA9" + /translation="MRKGVDLVTAGTPGENTTPEARVLVVDDEANIVELLSVSLKFQG + FEVYTATNGAQALDRARETRPDAVILDVMMPGMDGFGVLRRLRADGIDAPALFLTARD + SLQDKIAGLTLGGDDYVTKPFSLEEVVARLRVILRRAGKGNKEPRNVRLTFADIELDE + ETHEVWKAGQPVSLSPTEFTLLRYFVINAGTVLSKPKILDHVWRYDFGGDVNVVESYV + SYLRRKIDTGEKRLLHTLRGVGYVLREPR" + gene 854586..856043 + /gene="phoR" + /locus_tag="BQ2027_MB0781" + CDS 854586..856043 + /gene="phoR" + /locus_tag="BQ2027_MB0781" + /note="Mb0781, phoR, len: 485 aa. Equivalent to Rv0758, + len: 485 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 485 aa overlap). Possible phoR, two + component system response phosphate sensor kinase + membrane-associated (EC 2.7.-.-), highly similar to + various sensor kinases e.g. CAC32361.1|AL583945 putative + two component system histidine kinase from Streptomyces + coelicolor (524 aa); NP_349365.1|NC_003030 + Membrane-associated sensory histidine kinase with HAMP + domain from Clostridium acetobutylicum (482 aa); and + similar to phoP proteins e.g. NP_372216.1|NC_002758 + alkaline phosphatase synthesis sensor protein from + Staphylococcus aureus (554 aa); P23545|PHOR_BACSU alkaline + phosphatase synthesis sensor from Bacillus subtilis (579 + aa), FASTA scores: opt: 515, E(): 1.9e-25, (40.0% identity + in 230 aa overlap); etc. Also similar to proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY20G9.16 FASTA scores: + (34.5% identity in 264 aa overlap), MTU88959_2 (509 aa), + MTCY10G2_17, etc. Protein product from Mb0781 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0781 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE SENSOR + KINASE MEMBRANE ASSOCIATED PHOR" + /protein_id="SIT99380.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWC2" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC2" + /translation="MARHLRGRLPLRVRLVAATLILVATGLVASGIAVTSMLQHRLTS + RIDRVLLEEAQIWAQITLPLAPDPYPIHNPDRPPSRFYVRVISPDGQSYTALNDNTAI + PAVPANNDVGRHPTTLPSIGGSKTLWRAVSVRASDGYLTTVAIDLADVRSTVRSLVLL + QVGIGSAVLVVLGVAGYAVVRRSLRPLAEFEQTAAAIGAGQLDRRVPQWHPRTEVGRL + SLALNGMLAQIQRAVASAESSAEKARDSEDRMRQFITDASHELRTPLTTIRGFAELYR + QGAARDVGMLLSRIESEASRMGLLVDDLLLLARLDAHRPLELCRVDLLALASDAAHDA + RAMDPKRRITLEVLDGPGTPEVLGDESRLRQVLRNLVANAIQHTPESADVTVRVGTEG + DDAILEVADDGPGMSQEDALRVFERFYRADSSRARASGGTGLGLSIVDSLVAAHGGAV + TVTTALGEGCCFRVSLPRVSDVDQLSLTPVVPGPP" + gene complement(856015..856347) + /locus_tag="BQ2027_MB0782C" + CDS complement(856015..856347) + /locus_tag="BQ2027_MB0782C" + /note="Mb0782c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv0759c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar (but shorter 45 aa in + N-terminus) to P49774|YHIT_MYCLE|ML2237|MLCB5.04c|U296A + HYPOTHETICAL HIT-LIKE PROTEIN from Mycobacterium leprae + (155 aa), FASTA scores: opt: 766, E(): 0, (78.7% identity + in 150 aa overlap). Also highly similar (but N-terminus + always shorter) to HIT-like proteins and protein kinase + inhibitors e.g. AAF72728.1|AF265258_1|AF265258 HIT-like + protein from Rhodococcus sp. (141 aa); + NP_212513.1|NC_001318 protein kinase C1 inhibitor (pkcI) + from Borrelia burgdorferi (149 aa); + P94252|YHIT_BORBU|BB0379 HYPOTHETICAL HIT-LIKE PROTEIN + from Borrelia burgdorferi (139 aa); NP_110768.1|NC_002689 + HIT (histidine triad) family protein from Thermoplasma + volcanium (158 aa); P16436|IPK1_BOVIN protein kinase C + inhibitor 1 (pkci-1) from Bos taurus (Bovine) (125 aa), + FASTA scores: opt: 195, E(): 5.2e-08, (33.3% identity in + 111 aa overlap); etc. Also shows similarity with + Rv2613c|MTCY01A10.20A CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (195 aa) and Rv1262c|MTCY50.20 + HYPOTHETICAL HIT-LIKE PROTEIN (144 aa). Protein product + from Mb0782c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0782c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HIT family protein" + /protein_id="SIT99381.1" + /db_xref="GOA:P0A5B6" + /db_xref="InterPro:IPR001310" + /db_xref="InterPro:IPR011146" + /db_xref="InterPro:IPR019808" + /db_xref="InterPro:IPR036265" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5B6" + /translation="MAFLTIEPMTQGHTLVVPRAEIDHWQNVDPALFGRVMSVSQLIG + KAVCRAFSTQRAGMIIAGLEVPHLHIHVFPTRSLSDFGFANVDRNPSPGSLDEAQAKI + RAALAQLA" + gene complement(856456..856875) + /locus_tag="BQ2027_MB0783C" + CDS complement(856456..856875) + /locus_tag="BQ2027_MB0783C" + /note="Mb0783c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv0760c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to N-terminal part of + Rv2042c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (265 aa), FASTA scores: opt: 150, E(): + 4.1e-05, (28.7% identity in 136 aa overlap). Protein + product from Mb0783c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0783c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nuclear transport factor 2" + /protein_id="SIT99382.1" + /db_xref="InterPro:IPR002075" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYG6" + /translation="MTQTTQSPALIASQSSWRCVQAHDREGWLALMADDVVIEDPIGK + SVTNPDGSGIKGKEAVGAFFDTHIAANRLTVTCEETFPSSSPDEIAHILVLHSEFDGG + FTSEVRGVFTYRVNKAGLITNMRGYWNLDMMTFGNQE" + gene complement(856888..858015) + /gene="adhB" + /locus_tag="BQ2027_MB0784C" + CDS complement(856888..858015) + /gene="adhB" + /locus_tag="BQ2027_MB0784C" + /note="Mb0784c, adhB, len: 375 aa. Equivalent to Rv0761c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 375 aa overlap). Possible adhB, + zinc-containing alcohol dehydrogenase NAD-dependant (EC + 1.1.1.1), similar to others e.g. AAC15839.1|AF060871_4 + hypothetical alcohol dehydrogenase from Rhodococcus + rhodochrous (370 aa), FASTA scores: opt: 1234, E(): 0, + (46.8% identity in 370 aa overlap); P80468|ADH2_STRCA + ALCOHOL DEHYDROGENASE II from Struthio camelus (Ostrich) + (379 aa); Q03505|ADH1_RABIT alcohol dehydrogenase alpha + chain from Oryctolagus cuniculus (Rabbit) (374 aa), FASTA + scores: opt: 872, E(): 0, (39.1% identity in 379 aa + overlap); etc. Also similar to adhD alcohol dehydrogenase + from Mycobacterium tuberculosis (368 aa). Contains PS00059 + Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. BELONGS + TO THE ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY. + Protein product from Mb0784c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0784c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible zinc-containing alcohol dehydrogenase + nad dependent adhb" + /protein_id="SIT99383.1" + /db_xref="GOA:Q7U1B9" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR023921" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U1B9" + /translation="MKTKGALIWEFNQPWSVEEIEIGDPRKDEVKIQMEAAGMCRSDH + HLVTGDIPMAGFPVLGGHEGAGIVTEVGPGVDDFAPGDHVVLAFIPSCGKCPSCQAGM + RNLCDLGAGLLAGESVTDGSFRIQARGQNVYPMTLLGTFSPYMVVHRSSVVKIDPSVP + FEVACLVGCGVTTGYGSAVRTADVRPGDDVAIVGLGGVGMAALQGAVSAGARYVFAVE + PVEWKRDQALKFGATHVYPDINAALMGIAEVTYGLMAQKVIITVGKLDGADVDSYLTI + TAKGGTCVLTAIGSLVDTQVTLNLAMLTLLQKNIQGTIFGGGNPHYDIPKLLSMYKAG + KLNLDDMVTTAYKLEQINDGYQDMLNGKNIRGVIRYTDDDR" + gene complement(858114..858659) + /locus_tag="BQ2027_MB0785C" + CDS complement(858114..858659) + /locus_tag="BQ2027_MB0785C" + /note="Mb0785c, -, len: 181 aa. Equivalent to Rv0762c, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity to + D90907_77|P73575 HYPOTHETICAL 31.3KD PROTEIN from + Synechocystis sp, FASTA scores: E(): 0.0012, (30.4% + identity in 92 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb0785c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="intracellular transport" + /protein_id="SIT99384.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE9" + /translation="MAGYPRDELEDVVHRWLQANRTAERRGDWTLLADFYTDDATYGW + NVGPNEDVMCVGIDEIRDIALGQEMDGLQGWRYPYQRVVIDEKQGEVVGFWKQVATDA + NGAEQEVYGIGGSWFRYAGGGKWNWQRDFFDFGHVSALYLELIKAGKLSPGMQKRIER + AVSGNKVPGYYPLGKTPVPLW" + gene complement(858662..858868) + /locus_tag="BQ2027_MB0786C" + CDS complement(858662..858868) + /locus_tag="BQ2027_MB0786C" + /note="Mb0786c, -, len: 68 aa. Equivalent to Rv0763c, len: + 68 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 68 aa overlap). Possible ferredoxin, + similar to others and related proteins e.g. + P18324|FER1_STRGO|SUAB ferredoxin 1 (fd-1) from + Streptomyces griseolus (68 aa); + AAK31349.1|AF350429_2|AF350429 putative ferredoxin from + Nocardioides sp (63 aa); AAK16536.1|AF331043_16|AF331043 + phthalate dioxygenase ferredoxin subunit from Arthrobacter + keyseri (64 aa); etc. Probably involved in electron + transport for cytochrome P-450 system e.g. downstream ORF + Rv0764c|MTCY369.09c PROBABLE CYTOCHROME P450 51 from + Mycobacterium tuberculosis (451 aa), FASTA scores: opt: + 137, E(): 0.00013, (36.4% identity in 66 aa overlap). Also + similar to putative ferredoxins Rv3503c and Rv1786 from + Mycobacterium tuberculosis. COULD BELONG TO THE BACTERIAL + TYPE FERREDOXIN FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FERREDOXIN" + /protein_id="SIT99385.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWR1" + /translation="MGYRVEADRDLCQGHAMCELEAPEYFRVPKRGQVEILDPEPPEE + ARGVIKHAVWACPTQALSIRETGE" + gene complement(858871..860226) + /gene="cyp51" + /locus_tag="BQ2027_MB0787C" + CDS complement(858871..860226) + /gene="cyp51" + /locus_tag="BQ2027_MB0787C" + /note="Mb0787c, cyp51, len: 451 aa. Equivalent to Rv0764c, + len: 451 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 451 aa overlap). cyp51, cytochrome + P450 51 (sterol 14-alpha demethylase) (EC 1.14.14.-), + similar to others e.g. Q16850|CP51_HUMAN CYTOCHROME P450 + 51 (CYPL1) (P450L1) (STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE) + (LANOSTEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE) from Homo sapiens (509 + aa), FASTA scores: opt: 848, E(): 0, (33.9% identity in + 439 aa overlap); NP_172633.1|NC_003070 putative + obtusifoliol 14-alpha demethylase from Arabidopsis + thaliana (488 aa); P93596|CP51_WHEAT CYTOCHROME P450 51 + (CYPL1) (P450-L1A1) (OBTUSIFOLIOL 14-ALPHA DEMETHYLASE) + from Triticum aestivum (453 aa); etc. Also similar to many + other Mycobacterium tuberculosis cytochromes P450 e.g. + Rv1394c, FASTA score: (22.5% identity in 444 aa overlap). + Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand + signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. Protein + product from Mb0787c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0787c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CYTOCHROME P450 51 CYP51 (CYPL1) (P450-L1A1) + (STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE) (LANOSTEROL 14-ALPHA + DEMETHYLASE) (P450-14DM)" + /protein_id="SIT99386.1" + /db_xref="GOA:P0A513" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002403" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A513" + /translation="MSAVALPRVSGGHDEHGHLEEFRTDPIGLMQRVRDECGDVGTFQ + LAGKQVVLLSGSHANEFFFRAGDDDLDQAKAYPFMTPIFGEGVVFDASPERRKEMLHN + AALRGEQMKGHAATIEDQVRRMIADWGEAGEIDLLDFFAELTIYTSSACLIGKKFRDQ + LDGRFAKLYHELERGTDPLAYVDPYLPIESFRRRDEARNGLVALVADIMNGRIANPPT + DKSDRDMLDVLIAVKAETGTPRFSADEITGMFISMMFAGHHTSSGTASWTLIELMRHR + DAYAAVIDELDELYGDGRSVSFHALRQIPQLENVLKETLRLHPPLIILMRVAKGEFEV + QGHRIHEGDLVAASPAISNRIPEDFPDPHDFVPARYEQPRQEDLLNRWTWIPFGAGRH + RCVGAAFAIMQIKAIFSVLLREYEFEMAQPPESYRNDHSKMVVQLAQPACVRYRRRTG + V" + gene complement(860226..861053) + /locus_tag="BQ2027_MB0788C" + CDS complement(860226..861053) + /locus_tag="BQ2027_MB0788C" + /note="Mb0788c, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv0765c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar others e.g. + P39071|DHBA_BACSU 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate + dehydrogenase from Bacillus subtilis (261 aa), FASTA + scores: opt: 385, E(): 1.8e-17, (30.6% identity in 252 aa + overlap); AAF81239.1|AF263012 putative beta-ketoacyl + reductase from Streptomyces griseus (274 aa); + NP_436514.1|NC_003037 putative oxidoreductase from + Sinorhizobium meliloti (240 aa); etc. Also similar to + several other oxidoreductases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1544|MTCY48.21, FASTA score: (32.6% + identity in 267 aa overlap); etc. Contains PS00061 + Short-chain alcohol dehydrogenase family signature. + Protein product from Mb0788c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0788c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99387.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE2" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE2" + /translation="MPRFEPHPARRTTVVAGASSGIGAATATELAGRGFPVALGARRM + DKLAELVDKIRADGGEAVAFPLDVTDPESVKSFVAQTVEALGEVELLVSSAGDMLPGQ + LHEVSTEAFAEQVQIHLVGANRLATAVLPAMVARRRGDLIFVGSDVGLRQRPHMGAYG + AAKAGLAAMVTNLQMELEGTGVRASIVHPGPTLTGMGWQLSAEQVGPMLADWAKWGQA + RHNYFLRPSDLARAIAFVAETPRGCVVVNMEIQPEAPLRDAPAHRQKLVLGEEGMPG" + gene complement(861053..862261) + /gene="cyp123" + /locus_tag="BQ2027_MB0789C" + CDS complement(861053..862261) + /gene="cyp123" + /locus_tag="BQ2027_MB0789C" + /note="Mb0789c, cyp123, len: 402 aa. Equivalent to + Rv0766c, len: 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 402 aa overlap). + Probable cyp123, cytochrome P-450 (EC 1.14.-.-), similar + to others e.g. P33271|CPXK_SACER cytochrome P-450 107B1 + from Saccharopolyspora erythraea (405 aa), FASTA scores: + opt: 770, E(): 0, (36.9% identity in 406 aa overlap); + T36526 probable cytochrome P450 hydroxylase from + Streptomyces coelicolor (411 aa); P27632|CPXM_BACSU + CYTOCHROME P450 109 from Bacillus subtilis (405 aa); etc. + Also similar to several other cytochromes P-450 from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1256c|MTCY50.26 (405 + aa), FASTA score: (35.2% identity in 389 aa overlap); etc. + Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand + signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. Protein + product from Mb0789c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0789c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 123 CYP123" + /protein_id="SIT99388.1" + /db_xref="GOA:P63708" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63708" + /translation="MTVRVGDPELVLDPYDYDFHEDPYPYYRRLRDEAPLYRNEERNF + WAVSRHHDVLQGFRDSTALSNAYGVSLDPSSRTSEAYRVMSMLAMDDPAHLRMRTLVS + KGFTPRRIRELEPQVLELARIHLDSALQTESFDFVAEFAGKLPMDVISELIGVPDTDR + ARIRALADAVLHREDGVADVPPPAMAASIELMRYYADLIAEFRRRPANNLTSALLAAE + LDGDRLSDQEIMAFLFLMVIAGNETTTKLLANAVYWAAHHPGQLARVFADHSRIPMWV + EETLRYDTSSQILARTVAHDLTLYDTTIPEGEVLLLLPGSANRDDRVFDDPDDYRIGR + EIGCKLVSFGSGAHFCLGAHLARMEARVALGALLRRIRNYEVDDDNVVRVHSSNVRGF + AHLPISVQAR" + gene complement(862258..862899) + /locus_tag="BQ2027_MB0790C" + CDS complement(862258..862899) + /locus_tag="BQ2027_MB0790C" + /note="Mb0790c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv0767c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + AL133220|SCC75A_26 HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (215 aa), FASTA scores: opt: 152, E(): 0.0048, + (28.4% identity in 204 aa overlap). Protein product from + Mb0790c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0790c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, AcrR family" + /protein_id="SIT99389.1" + /db_xref="GOA:P67433" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67433" + /translation="MSSDVLVTTPAQRQTEPHAEAVSRNRRQQATFRKVLAAAMATLR + EKSYADLTVRLVAARAKVAPATAYTYFSSKNHLIAEVYLDLVRQVPCVTDVNVPMPIR + VTSSLRHLALVVADEPEIGAACTAALLDGGADPAVRAVRDRIGAEIHRRITSAIGPGA + DPGTVFALEMAFFGALVQAGSGTFTYHEIADRLGYVVGLILAGANEPSTGGSE" + gene 863101..864570 + /gene="aldA" + /locus_tag="BQ2027_MB0791" + CDS 863101..864570 + /gene="aldA" + /locus_tag="BQ2027_MB0791" + /note="Mb0791, aldA, len: 489 aa. Equivalent to Rv0768, + len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 489 aa overlap). Probable aldA, + NAD-dependent aldehyde dehydrogenase (EC 1.2.1.-), highly + similar to others e.g. AAL14238.1|AY052630 6-oxolauric + acid dehydrogenase from Rhodococcus ruber (474 aa); + NP_285450.1|NC_001264 aldehyde dehydrogenase from + Deinococcus radiodurans (495 aa); NP_241405.1|NC_002570 + NADP-dependent aldehyde dehydrogenase from Bacillus + halodurans (498 aa); P42757|DHAB_ATRHO betaine-aldehyde + dehydrogenase precursor from Atriplex hortensis (Mountain + spinach) (502 aa), FASTA scores: opt: 1001, E(): 0, (35.6% + identity in 486 aa overlap); etc. Also highly similar to + Rv0223c ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Mycobacterium + tuberculosis (487 aa). Contains PS00687 Aldehyde + dehydrogenases glutamic acid active site. BELONGS TO THE + ALDEHYDE DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from + Mb0791 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0791 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable aldehyde dehydrogenase nad dependent + alda (aldehyde dehydrogenase [nad+])" + /protein_id="SIT99390.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWD8" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="InterPro:IPR026460" + /db_xref="InterPro:IPR029510" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD8" + /translation="MALWGDGISALLIDGKLSDGRAGTFPTVNPATEEVLGVAADADA + EDMGRAIEAARRAFDSTDWSRNTELRVRCVRQLRDAMQQHVEELRELTISEVGAPRML + TASAQLEGPVGDLSFAADTAESYPWKQDLGEASPLGIATRRTLAREAVGVVGAITPWN + FPHQINLAKLGPALAAGNTVVLKPAPDTPWCAAALGEIIVEHTDFPPGVVNIVTSSSH + ALGALLAKDPRVDMISFTGSTATGRAVMADAAATIKKVFLELGGKSAFVVLDDADLAA + ASAVSAFSACMHAGQGCAITTRLVVPRARYEEAVAIAAATMSSIRPGDPNDPGTVCGP + LISARQRDRVQGYLDLAVAEGGRFACGGARPADREVGFYIEPTVIAGLTNDARVAREE + IFGPVLTVIAHDGDDDAVRIANDSPYGLSGTVYGADPQRAARIASRLRVGTVNVNGGV + WYCADAPFGGYKQSGIGREMGLLGFEEYLEAKLIATAAN" + gene 864601..865347 + /locus_tag="BQ2027_MB0792" + CDS 864601..865347 + /locus_tag="BQ2027_MB0792" + /note="Mb0792, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv0769, len: + 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 248 aa overlap). Probable + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to others, + especially short-chain type dehydrogenases/reductases and + 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductases e.g. + NP_106890.1|NC_002678 PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE from Mesorhizobium loti (374 aa); + NP_243357.1|NC_002570 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) + reductase from Bacillus halodurans (246 aa); + P28643|FABG_CUPLA 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] + REDUCTASE from Cuphea lanceolata (320 aa); + P25529|HDHA_ECOLI 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase + from Escherichia coli (255 aa), FASTA scores: opt: 536, + E(): 6.5e-27, (37.7% identity in 247 aa overlap); etc. + Also similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. MTCY02B10.14, FASTA score: (33.7% identity in 249 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0792 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0792 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIT99391.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWC3" + /translation="MFDSKVAIVTGAAQGIGQAYAQALAREGASVVVADINADGAAAV + AKQIVADGGTVIHVPVDVSDEDSAKAMVDRAVGAFGGIDYLVNNAAIYGGMKLDLLLT + VPLDYYKKFMSVNHDGVLVCTRAVYKHMAKRGGGAIVNQSSTAAWLYSNFYGLAKVGV + NGLTQQLARELGGMKIRINAIAPGPIDTEATRTVTPAELVKNMVQTIPLSRMGTPEDL + VGMCLFLLSDSASWITGQIFNVDGGQIIRS" + gene 865445..866332 + /locus_tag="BQ2027_MB0793" + CDS 865445..866332 + /locus_tag="BQ2027_MB0793" + /note="Mb0793, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv0770, len: + 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 295 aa overlap). Probable + dehydrogenase/reductase, 3-hydroxyisobutyrate + dehydrogenase family (EC 1.1.1.-), possibly + 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (EC 1.1.1.31) or + 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase (EC 1.1.1.60), similar + to others e.g. P23523|GARR_ECOLI 2-HYDROXY-3-OXOPROPIONATE + REDUCTASE (TARTRONATE SEMIALDEHYDE REDUCTASE) (TSAR) from + Escherichia coli strain K12 (294 aa), FASTA scores: opt: + 469, E(): 6.7e-22, (34.4% identity in 282 aa overlap); + P28811|MMSB_PSEAE 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase + (HIBADH) from Pseudomonas aeruginosa (298 aa), FASTA + scores: opt: 439, E(): 4.3e-20, (34.9% identity in 269 aa + overlap); etc. Also similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1122 and Rv1844c. SEEMS TO BELONG TO + THE 3-HYDROXYISOBUTYRATE DEHYDROGENASE FAMILY. Mb0793 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIT99392.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYH6" + /db_xref="InterPro:IPR002204" + /db_xref="InterPro:IPR006115" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR015815" + /db_xref="InterPro:IPR029154" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH6" + /translation="MTAHPETPRLGYIGLGNQGAPMAKRLLDWPGGLTVFDVRVEAMA + PFVEGGATAAASVSDVAEADIISITVFDDAQVSSVITADNGLATHAKPGTIVAIHSTI + ADTTAVDLAEKLKPQGIHIVDAPGSGGAAAAAKGELAVMVGADDEAFQRIKEPFSRWA + SLLIHAGEPGAGTRMKLARNMLTFVSYAAAAEAQRLAEACGLDLVALGKVVRHSDSFT + GGAGAIMFRNTTAPMEPADPLRPLLEHTRGLGEKDLSLALALGEVVSVDLPLAQLALQ + RLAAGLGVPHPDTEPAKET" + gene 866329..866763 + /locus_tag="BQ2027_MB0794" + CDS 866329..866763 + /locus_tag="BQ2027_MB0794" + /note="Mb0794, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv0771, len: + 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Possible + 4-carboxymuconolactone decarboxylase (EC 4.1.1.44), + showing similarity with other carboxymuconolactone + decarboxylases e.g. AAD39557.1|AF031417 PcaC-like protein + from Pseudomonas putida (130 aa); P20370|DC4C_ACICA + 4-CARBOXYMUCONOLACTONE DECARBOXYLASE (CMD) from + Acinetobacter sp. ADP1 (134 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 0.00075, (31.4% identity in 121 aa overlap); + C-terminus of NP_421214.1|NC_002696 3-oxoadipate + enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone + decarboxylase from Caulobacter crescentus (393 aa); + C-terminus of T47115 probable 4-carboxymuconolactone + decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactone hydrolase from + Streptomyces sp (373 aa); NP_407104.1|NC_003143 putative + gamma carboxymuconolactone decarboxylase from Yersinia + pestis (131 aa); etc. Protein product from Mb0794 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0794 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE 4-CARBOXYMUCONOLACTONE DECARBOXYLASE + (CMD)" + /protein_id="SIT99393.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXC9" + /db_xref="InterPro:IPR003779" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC9" + /translation="MMDELRRTGLDKMNEVYAWDMPDMPGEFFALTVDHLFGRIWTRP + GLSMRDRRMAVIAVLTAQGQSDLLEVQVNAVLHNDELTIDELRELAVFITHYVGFPLG + SRLNSAIERVAAKRKQAAENGSLPDTKANVAEVLAKESGKSS" + gene 866775..868043 + /gene="purD" + /locus_tag="BQ2027_MB0795" + CDS 866775..868043 + /gene="purD" + /locus_tag="BQ2027_MB0795" + /note="Mb0795, purD, len: 422 aa. Equivalent to Rv0772, + len: 422 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 422 aa overlap). Probable purD, + phosphoribosylamine--glycine ligase (EC 6.3.4.13), + equivalent to Q50144|PURD|PUR2_MYCLE|ML2235|MLCB5.08 + PHOSPHORIBOSYLAMINE--GLYCINE LIGASE from Mycobacterium + leprae (422 aa), FASTA scores: opt: 2272, E(): 0, (81.8% + identity in 422 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. CAB56348.1|AL118514 phosphoribosylamine-glycine + ligase from Streptomyces coelicolor (416 aa); + P1564|PUR2_ECOLI phosphoribosylamine--glycine ligase from + Escherichia coli (429 aa), FASTA scores: opt: 1039, E(): + 0, (42.7% identity in 431 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + GARS FAMILY. Protein product from Mb0795 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0795 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLAMINE--GLYCINE LIGASE + PURD (GARS) (GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE) + (PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE SYNTHETASE) + (5'-PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE SYNTHETASE)" + /protein_id="SIT99394.1" + /db_xref="GOA:P65894" + /db_xref="InterPro:IPR000115" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR013815" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="InterPro:IPR020559" + /db_xref="InterPro:IPR020560" + /db_xref="InterPro:IPR020561" + /db_xref="InterPro:IPR020562" + /db_xref="InterPro:IPR037123" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65894" + /translation="MRVLVIGSGAREHALLLALGKDPQVSGLIVAPGNAGTARIAEQH + DVDITSAEAVVALAREVGADMVVIGPEVPLVLGVADAVRAAGIVCFGPGKDAARIEGS + KAFAKDVMAAAGVRTANSEIVDSPAHLDAALDRFGPPAGDPAWVVKDDRLAAGKGVVV + TADRDVARAHGAALLEAGHPVLLESYLDGPEVSLFCVVDRTVVVPLLPAQDFKRVGED + DTGLNTGGMGAYAPLPWLPDNIYREVVSRIVEPVAAELVRRGSSFCGLLYVGLAITAR + GPAVVEFNCRFGDPETQAVLALLESPLGQLLHAAATGKLADFGELRWRDGVAVTVVLA + AENYPGRPRVGDVVVGSEAEGVLHAGTTRRDDGAIVSSGGRVLSVVGTGADLSAARAH + AYEILSSIRLPGGHFRSDIGLRAAEGKISV" + gene complement(868040..869578) + /gene="ggtA" + /locus_tag="BQ2027_MB0796C" + CDS complement(868040..869578) + /gene="ggtA" + /locus_tag="BQ2027_MB0796C" + /note="Mb0796c, ggtA, len: 512 aa. Equivalent to Rv0773c, + len: 512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 512 aa overlap). Probable ggtA, + bifunctional acylase including cephalosporin acylase (EC + 3.5.1.-), and gamma-glutamyl transpeptidase (EC 2.3.2.2); + highly similar to others e.g. NP_295247.1|NC_001263 + cephalosporin acylase from Deinococcus radiodurans (535 + aa); NP_248854.1|NC_002516 probable + gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas aeruginosa + (538 aa); P15557|PAC1_PSES3 ACYLASE ACY 1 [INCLUDES: + CEPHALOSPORIN ACYLASE (GL-7ACA ACYLASE); + GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE (GGT)] from Pseudomonas sp. + strain SE83 (558 aa), FASTA scores: opt: 784, E(): 0, + (34.2% identity in 526 aa overlap); + NP_391491.1|NC_000964|Z93767|BSZ93767_6|O0521 protein + similar to gamma-glutamyltransferase from Bacillus + subtilis (525 aa), FASTA scores: opt: 1169, E(): 0, (40.1% + identity in 516 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2394|ggtB from Mycobacterium tuberculosis. Member of + GL-7ACA ACYLASES AND TO GGT group. Protein product from + Mb0796c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0796c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL ACYLASE GGTA: + CEPHALOSPORIN ACYLASE (GL-7ACA ACYLASE) + + GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE (GGT)" + /protein_id="SIT99395.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWS1" + /db_xref="InterPro:IPR000101" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWS1" + /translation="MPILATNVVCTSQPLAAQAGLRMLADGGNAVDAAVATAITLTVV + EPVSNGIGSDAFSIVWDGQKLHGLNASGRSPSAWTPEYFGGNAVPVLGWNSVTVPGAV + SAWVELHARFGRLPFETLFEPAISYGRNGFLVSPTVAAQWAAQVPLFASQPGFADAFM + PGGRAPKPGELFTFPDHAATLEKIAATNGEEFYRGELAAKLEAHSAANGGVMRADDLA + AHRVDWVDTITGTYRGYTIHQIPPNGQGIVALIALGILEHFDMSSWSVDSAESVHVQI + EALKLAFADAQACVADIDYMPVHPKRLLDKEYLRQRATLIDPKRAMPAATGIPRGGTV + YLAAADAAGMMVSMIQSNYLGFGSGVVVPGTGISLHNRGSDFTVVPRHPNRVGPRKRP + YHTIIPGFVTRDGAPVMSFGVMGGMMQPQGHVQVLVRIADYGQNPQAACDGPRFRWVN + GMRVSFENGFPDSTLDELRQRGHDLVAVADYSQFGSCQAIWRLDDGYLAASDPRRDGQ + AAAC" + gene complement(869629..870540) + /locus_tag="BQ2027_MB0797C" + CDS complement(869629..870540) + /locus_tag="BQ2027_MB0797C" + /note="Mb0797c, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv0774c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 303 aa overlap). Possible conserved + exported protein with hydrophobic region near N-terminus, + highly similar, except in N-terminus, to + Rv0519c|Z97831|MTY20G10.09c|O33364 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (300 aa), FASTA scores: + opt: 1092, E(): 0, (57.9% identity in 299 aa overlap). + Contains PS00061 Short-chain alcohol dehydrogenase family + signature, and PS00120 Lipases, serine active site. So + could be a lipase (EC 3.1.-.-). Protein product from + Mb0797c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0797c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99396.1" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD7" + /translation="MMARMPELSRRAVLGLGAGTVLGATSAYAIDMLLQPRTSHAAPA + AAIGTNVPLAPTPALDPAPPAQAAPTMSTGSFVSAARAGKMTNWAIARPPGQTQALRP + VIALHGLGGSASAVMDGGVEQGLAQAVNAGLPPFAVVSVAGGSSYWHQRASGEDAGAM + VLNELIPLLDTQRLDTSRVAFLGWSMGGYGALLLGSRLGPARTAAICAVSPALWLSAG + AVAPGSFDGPDDWSANSVFGLPALGSIPIRVDCGNSDPFYAATKQFVAQLPHPPAGGF + SPGGHNGGFWSAQLPAELTWFAPLLTG" + gene 870596..871219 + /locus_tag="BQ2027_MB0798" + CDS 870596..871219 + /locus_tag="BQ2027_MB0798" + /note="Mb0798, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv0775, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to other + proteins e.g. ECAE000186_11|MG1655 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Escherichia coli strain K-12 (178 aa), FASTA scores: + E(): 6.4e-05, (27.2% identity in 147 aa overlap); + P41037|BIH_ECOLI hypothetical transcriptional regulator + from Escherichia coli (103 aa), FASTA scores: opt: 138, + E(): 0.003, (30.9% identity in 97 aa overlap); etc. + Protein product from Mb0798 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0798 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, AcrR family" + /protein_id="SIT99397.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE8" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR041583" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE8" + /translation="MGVTAAVTPKGERRRYALVSAAAELLGEGGFEAVRHRAVARRAG + LPLASTTYYFSSLDDLIARAVEHIGMIEVAQLRARVSALSRRRRGPETTAVVLVDLLV + GEMSSPGLAEQLISRYERHIACTRLPDLRESMRRSLRQRAEAVAEAIERSGRSAQIEL + VCTLICAVDGSVVSALVEGRDPRAAALATVVDLIDVLAPVDQRPVPF" + gene complement(871173..871952) + /locus_tag="BQ2027_MB0799C" + CDS complement(871173..871952) + /locus_tag="BQ2027_MB0799C" + /note="Mb0799c, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv0776c, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar (except first 50 aa) to + P72737|D90900_57 hypothetical protein from Synechocystis + sp. strain PCC 6803 (261 aa), FASTA scores: opt: 337, E(): + 1.7e-15, (30.5% identity in 266 aa overlap). Mb0799c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99398.1" + /db_xref="InterPro:IPR007362" + /db_xref="InterPro:IPR008306" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD9" + /translation="MYFVGVDLAWAGRNPTGVAAVDADGCLVGVGAARDDASVLAALR + PYVVGDCLVAFDAPLVVANRTGQRPAEAALNRDFRQFEAGAYPANTEKPEFADVPRAA + RLARQLALDMDPLSSATRRAIEVYPHPATVALFRLPRALKYKAKPGRSVDLLKSELLR + LMDGVEGLAQAGVRMQVAGQPDWVSLRRQVTVAQRKSDLRAAEDPIDAVVCAYVALYA + QRRPADVTIYGDFTTGYIVTPSLPTDFRTAPDAGRRARARR" + gene 872197..873615 + /gene="purB" + /locus_tag="BQ2027_MB0800" + CDS 872197..873615 + /gene="purB" + /locus_tag="BQ2027_MB0800" + /note="Mb0800, purB, len: 472 aa. Equivalent to Rv0777, + len: 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 472 aa overlap). Probable purB, + adenylosuccinate lyase (EC 4.3.2.2), equivalent (but + shorter 15 aa) to MLCB5.13|Z95151|g2076607|PURB + ADENYLOSUCCINATE LYASE from Mycobacterium leprae (487 aa), + FASTA scores: opt: 2640, E(): 0, (86.7% identity in 472 aa + overlap). More similar to eukaryotic adenylosuccinate + lyases than to prokaryotic adenylosuccinate lyases e.g. + P54822|PUR8_MOUSE ADENYLOSUCCINATE LYASE from Mus musculus + (484 aa), FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (32.4% identity + in 445 aa overlap); CAB99134.1|AL390188 putative + adenylosuccino lyase (fragment) from Streptomyces + coelicolor (362 aa); etc. Contains PS00163 Fumarate lyases + signature. BELONGS TO THE LYASE 1 FAMILY, ADENYLOSSUCINATE + LYASE SUBFAMILY. Protein product from Mb0800 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0800 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADENYLOSUCCINATE LYASE PURB + (ADENYLOSUCCINASE) (ASL) (ASASE)" + /protein_id="SIT99399.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWE6" + /db_xref="InterPro:IPR000362" + /db_xref="InterPro:IPR004769" + /db_xref="InterPro:IPR008948" + /db_xref="InterPro:IPR019468" + /db_xref="InterPro:IPR020557" + /db_xref="InterPro:IPR022761" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWE6" + /translation="MSIPNVLATRYASAEMVAIWSPEAKVVSERRLWLAVLRAQAELG + VAVADSVLADYERVVDDVDLASISARERVLRHDVKARIEEFNALAGHEHVHKGMTSRD + LTENVEQLQIRRSLEVIFAHGVAAVARLAERAVSYRDLIMAGRSHNVAAQATTLGKRF + ASAAQEMMIALRRLRELIDRYPLRGIKGPMGTGQDMLDLLGGDRAALADLERRVADFL + GFATVFNSVGQVYPRSLDHDVVSALVQLGAGPSSLAHTIRLMAGHELATEGFAPGQVG + SSAMPHKMNTRSCERVNGLQVVLRGYASMVAELAGAQWNEGDVFCSVVRRVALPDSFF + AVDGQIETFLTVLDEFGAYPAVIGRELDRYLPFLATTKVLMAAVRAGMGRESAHRLIS + EHAVATALAMREHGAEPDLLDRLAADPRLPLGRDALEAALADKKAFAGAAGDQVDDVV + AMVDALVSRYPDAAKYTPGAIL" + gene 873620..874864 + /gene="cyp126" + /locus_tag="BQ2027_MB0801" + CDS 873620..874864 + /gene="cyp126" + /locus_tag="BQ2027_MB0801" + /note="Mb0801, cyp126, len: 414 aa. Equivalent to Rv0778, + len: 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 414 aa overlap). Possible cyp126, + cytochrome P-450 (EC 1.14.-.-), similar to other + cytochromes and related proteins e.g. + AAG29781.1|AF235050_4|AF235050 cytochrome P-450 from + Streptomyces rishiriensis (407 aa); Q59723|PSECYTOCHR_1 + cytochrome p-450 linalool 8-monooxygenase (EC 1.14.99.28) + (lin C) from Pseudomonas incognita (406 aa), FASTA scores: + opt: 769, E(): 0, (37.0% identity in 411 aa overlap); etc. + Also similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv0766c, Rv2266, Rv3545c, etc. Contains PS00086 + Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. + Protein product from Mb0801 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0801 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTOCHROME P450 126 CYP126" + /protein_id="SIT99400.1" + /db_xref="GOA:P63712" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63712" + /translation="MTTAAGLSGIDLTDLDNFADGFPHHLFAIHRREAPVYWHRPTEH + TPDGEGFWSVATYAETLEVLRDPVTYSSVTGGQRRFGGTVLQDLPVAGQVLNMMDDPR + HTRIRRLVSSGLTPRMIRRVEDDLRRRARGLLDGVEPGAPFDFVVEIAAELPMQMICI + LLGVPETDRHWLFEAVEPGFDFRGSRRATMPRLNVEDAGSRLYTYALELIAGKRAEPA + DDMLSVVANATIDDPDAPALSDAELYLFFHLLFSAGAETTRNSIAGGLLALAENPDQL + QTLRSDFELLPTAIEEIVRWTSPSPSKRRTASRAVSLGGQPIEAGQKVVVWEGSANRD + PSVFDRADEFDITRKPNPHLGFGQGVHYCLGANLARLELRVLFEELLSRFGSVRVVEP + AEWTRSNRHTGIRHLVVELRGG" + gene complement(874861..875481) + /locus_tag="BQ2027_MB0802C" + CDS complement(874861..875481) + /locus_tag="BQ2027_MB0802C" + /note="Mb0802c, -, len: 206 aa. Equivalent to Rv0779c, + len: 206 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 206 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to Z95151|MLCB5_14 + O05747 conserved hypothetical protein from Mycobacterium + leprae (206 aa), FASTA scores: opt: 902, E(): 0, (67.2% + identity in 204 aa overlap). Protein product from Mb0802c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0802c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99401.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWD3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWD3" + /translation="MRSRFLPYATTPGRLLAQLISDITVAVWTTLWMLVGLAVHDAIS + IIGEAGRQIEIGSHGIAGNLAAAGQDAQRIPVVGDALSNPITAASQAALDIAGAGHNL + DTTAGWLAVVLALAVAATPILAVAMPWLFLRLRFCRRKWTVTTLAATPAGRQLLALRA + LANRPPGKLAAVSTDPVGAWRREDPATMRALAALELRAAGIPLRGD" + gene 875532..876425 + /gene="purC" + /locus_tag="BQ2027_MB0803" + CDS 875532..876425 + /gene="purC" + /locus_tag="BQ2027_MB0803" + /note="Mb0803, purC, len: 297 aa. Equivalent to Rv0780, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 297 aa overlap). purC, + phosphoribosylaminoimidazole- succinocarboxamide synthase + (EC 6.3.2.6) (see citations below), equivalent to + MTU34957_1|PURC + phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase + from Mycobacterium leprae (297 aa), FASTA scores: opt: + 1986, E(): 0, (99.3% identity in 297 aa overlap). Also + similar to others e.g. CAB56351.1|AL118514 + phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase + from Streptomyces coelicolor (299 aa); etc. Contains + PS01058 SAICAR synthetase signature 2. BELONGS TO THE + SAICAR SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb0803 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0803 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE + SYNTHASE PURC (SAICAR SYNTHETASE)" + /protein_id="SIT99402.1" + /db_xref="GOA:P0A5T5" + /db_xref="InterPro:IPR001636" + /db_xref="InterPro:IPR018236" + /db_xref="InterPro:IPR028923" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5T5" + /translation="MRPALSDYQHVASGKVREIYRVDDEHLLLVASDRISAYDYVLDS + TIPDKGRVLTAMSAFFFGLVDAPNHLAGPPDDPRIPDEVLGRALVVRRLEMLPVECVA + RGYLTGSGLLDYQATGKVCGIALPPGLVEASRFATPLFTPATKAALGDHDENISFDRV + VEMVGALRANQLRDRTLQTYVQAADHALTRGIIIADTKFEFGIDRHGNLLLADEIFTP + DSSRYWPADDYRAGVVQTSFDKQFVRSWLTGSESGWDRGSDRPPPPLPEHIVEATRAR + YINAYERISELKFDDWIGPGA" + gene 876422..878581 + /gene="ptrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0804" + CDS 876422..878581 + /gene="ptrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0804" + /note="Mb0804, ptrB, len: 719 aa. Equivalent to Rv0781 and + Rv0782, len: 236 aa and 552 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (97.6% identity in 206 aa + overlap and 100.0% identity in 517 aa overlap). Probable + ptrB, protease II (EC 3.4.21.83), equivalent to + NP_302455.1|NC_002677 protease II from Mycobacterium + leprae (724 aa). Also highly similar to C-termini of many + proteases II e.g. P24555|PTRB_ECOLI|TLP|B1845 protease II + from Escherichia coli strains K12 and HB101 (707 aa), + FASTA scores: opt: 204, E(): 7.4e-07, (29.6% identity in + 230 aa overlap); etc. Also highly similar to N-termini of + many proteases II e.g. P24555|PTRB_ECOLI|TLP|B1845 + protease II from Escherichia coli strains K12 and HB101 + (707 aa), FASTA scores: opt: 1251, E(): 0, (42.7% identity + in 489 aa overlap); etc. ORFs Rv0782 and Rv0781 appear to + be a frameshifted homologues of protease II, but we can + find no error in the cosmid sequence to account for this. + BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S9A; ALSO KNOWN AS THE PROLYL + OLIGOPEPTIDASE FAMILY. Note that previously known as + ptrBb. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, ptrB is split into 2 genes, + ptrBa and ptrBb, due to a frameshift. In Mycobacterium + bovis, a 2 bp insertion (*-gc) leads to a single product. + Protein product from Mb0804 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0804 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable protease ii ptrbb [second part] + (oligopeptidase b)" + /protein_id="SIT99403.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXD9" + /db_xref="InterPro:IPR001375" + /db_xref="InterPro:IPR002470" + /db_xref="InterPro:IPR023302" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXD9" + /translation="MMHRTALPSPPVAKRVQTRREHHGDVFVDPYEWLRDKDSPEVIA + YLEAENDYTERTTAHLEPLRQKIFHEIKARTKETDLSVPTRRGNWWYYARTFEGKQYG + VHCRCPVTDPDDWNPPEFDERTEIPGEQLLLDENVEADGHDFFALGAASVSLDDNLLA + YSVDVVGDERYTLRFKDLRTGEQYPDEIAGIGAGVTWAADNRTVYYTTVDAAWRPDTV + WRYRLGSGESSERVYHEADDRFWLAVGRTRSNAYLLIAAGSSITSEVRYAHAADPTAQ + FSVVLPRRDGVEYSVEHAVIAGQDRFLILHNDGAVNFTLVEAPVEDPARQRTLIAHRD + DVRLDAVDALAGHLVVSYRREALPRVQLWPIGPDGNYGEPEEISFDSELMSAGLGPNP + NWDSPKLRVGAGSFVTPVRIYDIDLVTGERTLLKEQPVLGGYRREDYVERRDWAYGDD + GTRIPVSIVHRADIEFPAPALIYGYGAYEICEDPRFSIARLSLLDRGMVFVVAHVRGG + GEMGRLWYENGKLLDKKNTFTDFIAVARHLVDTGLTSQQQLVALGGSAGGLLMGAVAN + MAPDLFAGILAQVPFVDPLTTILDPSLPLTVTEWDEWGNPLNDSDVYAYVKSYSPYEN + VTAQKYPAILAMTSLNDTRVYYVEPAKWVAALRHAKTDGNSVLLKTQMHAGHGGISGR + YERWKETAFQYGWLLATADSDRYGGGQGNDLDGAAPA" + gene complement(879009..880631) + /gene="emrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0805C" + CDS complement(879009..880631) + /gene="emrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0805C" + /note="Mb0805c, emrB, len: 540 aa. Equivalent to Rv0783c, + len: 540 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 540 aa overlap). Possible emrB, + integral membrane drug efflux protein, member of major + facilitator superfamily (MFS), equivalent to + AAL16083.1|AF421382_1|AF421382 EmrB efflux protein from + Mycobacterium avium (538 aa). Also similar to other + membrane proteins e.g. CAB61606.1|AL133210 putative export + protein from Streptomyces coelicolor (496 aa); + NP_108371.1|NC_002678 efflux pump protein FarB from + Mesorhizobium loti (511 aa); P44927|EMRB_HAEINHI0897| + multidrug resistance protein b homologue from Haemophilus + influenzae (510 aa), FASTA scores: opt: 706, E(): 1.3e-36, + (30.4% identity in 408 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2333c|MTCY3G12.01 from Mycobacterium tuberculosis (537 + aa), FASTA score: (28.2% identity in 408 aa overlap); and + Rv1410c|MTCY21B4.27c from Mycobacterium tuberculosis (518 + aa), FASTA score: (26.8% identity in 496 aa overlap). + BELONGS TO THE MAJOR FACILITATOR FAMILY; ALSO KNOWN AS THE + DRUG RESISTANCE TRANSLOCASE FAMILY. Mb0805c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MULTIDRUG RESISTANCE INTEGRAL MEMBRANE + EFFLUX PROTEIN EMRB" + /protein_id="SIT99404.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG7" + /db_xref="InterPro:IPR001411" + /db_xref="InterPro:IPR004638" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG7" + /translation="MLGNAMVEACPAEGDAPVPITPAGRPRSGQRSYPDRLDVGLLRT + AGVCVLASVMAHVDVTVVSVAQRTFVADFGSTQAVVAWTMTGYMLALATVIPTAGWAA + DRFGTRRLFMGSVLAFTLGSLLCAVAPNILLLIIFRVVQGFGGGMLTPVSFAILAREA + GPKRLGRVMAVVGIPMLLGPVGGPILGGWLIGAYGWRWIFLVNLPVGLSALVLAAIVF + PRDRPAASENFDYMGLLLLSPGLATFLFGVSSSPARGTMADRHVLIPAITGLALIAAF + VAHSWYRTEHPLIDMRLFQNRAVAQANMTMTVLSLGLFGSFLLLPSYLQQVLHQSPMQ + SGVHIIPQGLGAMLAMPIAGAMMDRRGPAKIVLVGIMLIAAGLGTFAFGVARQADYLP + ILPTGLAIMGMGMGCSMMPLSGAAVQTLAPHQIARGSTLISVNQQVGGSIGTALMSVL + LTYQFNHSEIIATAKKVALTPESGAGRGAAVDPSSLPRQTNFAAQLLHDLSHAYAVVF + VIATALVVSTLIPAAFLPKQQASHRRAPLLSA" + gene 880829..881515 + /locus_tag="BQ2027_MB0806" + CDS 880829..881515 + /locus_tag="BQ2027_MB0806" + /note="Mb0806, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv0784, len: + 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with some similarity to + MLCB5_20|O05752 hypothetical protein from Mycobacterium + leprae (193 aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.0022, + (36.0% identity in 114 aa overlap). Also similar to + N-terminus of NP_253002.1|NC_002516 conserved hypothetical + protein from Pseudomonas aeruginosa (253 aa). Mb0806 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted deacetylase" + /protein_id="SIT99405.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWT5" + /db_xref="InterPro:IPR011330" + /db_xref="InterPro:IPR018763" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT5" + /translation="MSVSGIGESTLADVDAFCAEMDARSVPVSLLVAPRMRDDYRLDR + DPRTVDWLTGRRAAGDALVLHGYDEAATKRRRGEFAMLRAHEANLRLMAADRVLEHLG + LRTRLFAAPGWLVSPGVRTALPANGFRLLADLHGITDLVRLTTVRARVLGIGEGFLAE + PWWCRMVVMSAERIARRGGVVRIAVAARHLRKSGPLQAMLDAVDLAMLQGCTPMVYRW + RADAAVLDAA" + gene 881531..882106 + /locus_tag="BQ2027_MB0807" + CDS 881531..882106 + /locus_tag="BQ2027_MB0807" + /note="Mb0807, -, len: 191 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0785, len: 566 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.1% identity in 140 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, highly similar to other + conserved hypothetical proteins e.g. NP_105777.1| + NC_002678 hypothetical protein from Mesorhizobium loti + (552 aa); SC5F8.14|CAB93742.1|AL357613 conserved + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (557 + aa); AE001863|AE001863_31 from Deinococcus radiodurans + (554 aa), FASTA scores: opt: 2243, E(): 0, (61.1% identity + in 550 aa overlap); YEF7_YEAST|P32614 hypothetical 50.8 kd + protein (470 aa), FASTA scores: opt: 169, E(): 0.0014, + (23.8% identity in 542 aa overlap); etc. Also similar to + Rv1817|MTCY1A11.26c from Mycobacterium tuberculosis (487 + aa), FASTA score: (26.7% identity in 587 aa overlap). And + shows similarity with other dehydrogenases. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0785 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (t-*), splits Mb0807 into 2 parts, Mb0807 and + Mb0808. Mb0807 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99406.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWF0" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR014614" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWF0" + /translation="MALTCTDMSDAVAGSDAEGLTADAIVVGAGLAGLVAACELADRG + LRVLILDQENRANVGGQAFWSFGGLFLVNSPEQRRLGIRDSHELALQDWLGTAAFDRP + EDYWPEQWAHAYVDFAAGEKRSWLRARGLKIFRWWAGPSVVVTTRRGTATRCPVSTSP + GVLGRLWSTYSCVSCVIAPRCALRTATRSTN" + gene 882124..883230 + /locus_tag="BQ2027_MB0808" + CDS 882124..883230 + /locus_tag="BQ2027_MB0808" + /note="Mb0808, -, len: 368 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0785, len: 566 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 368 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, highly similar to other + conserved hypothetical proteins e.g. NP_105777.1| + NC_002678 hypothetical protein from Mesorhizobium loti + (552 aa); SC5F8.14|CAB93742.1|AL357613 conserved + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (557 + aa); AE001863|AE001863_31 from Deinococcus radiodurans + (554 aa), FASTA scores: opt: 2243, E(): 0, (61.1% identity + in 550 aa overlap); YEF7_YEAST|P32614 hypothetical 50.8 kd + protein (470 aa), FASTA scores: opt: 169, E(): 0.0014, + (23.8% identity in 542 aa overlap); etc. Also similar to + Rv1817|MTCY1A11.26c from Mycobacterium tuberculosis (487 + aa), FASTA score: (26.7% identity in 587 aa overlap). And + shows similarity with other dehydrogenases. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0785 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (t-*), splits Mb0807 into 2 parts, Mb0807 and + Mb0808. Protein product from Mb0808 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0808 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99407.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWF6" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR014614" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWF6" + /translation="MTGVRGTVLEPSDEPRGAPSSRKSVGKFEFRASAVIVASGGIGG + NHELVRKNWPRRMGRIPKQLLSGVPAHVDGRMIGIAQKAGAAVINPDRMWHYTEGITN + YDPIWPRHGIRIIPGPSSLWLDAAGKRLPVPLFPGFDTLGTLEYITKSGHDYTWFVLN + AKIIEKEFALSGQEQNPDLTGRRLGQLLRSRAHAGPPGPVQAFIDRGVDFVHANSLRE + LVAAMNELPDVVPLDYETVAAAVTARDREVVNKYSKDGQITAIRAARRYRGDRFGRVV + APHRLTDPKAGPLIAVKLHILTRKTLGGIETDLDARVLKADGTPLAGLYAAGEVAGFG + GGGVHGYRALEGTFLGGCIFSGRAAGRGAAEDIR" + gene complement(883265..883654) + /locus_tag="BQ2027_MB0809C" + CDS complement(883265..883654) + /locus_tag="BQ2027_MB0809C" + /note="Mb0809c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv0786c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to three other hypothetical + proteins from Streptomyces coelicolor e.g. + SC7H1.08c|T35703 hypothetical protein (202 aa), FASTA + scores: opt: 241, E(): 5.1e-10, (41.0% identity in 105 aa + overlap); SC3A7.08|T29426 (211 aa). Protein product from + Mb0809c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0809c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted Zn-dependent hydrolases of the + beta-lactamase fold" + /protein_id="SIT99408.1" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWF3" + /translation="MHVGDELPLAELTVRAVGGCHAVIHPEIPVIENISYLVGDSKHR + ARLMHPGDALFVPGEQVDVLATPAAAPWMKISEAVDYLRAVAPARAVPIHQAIVAPDA + RGIYYGRLTEMTTTDFQVLPEESAVTF" + gene 883649..884608 + /locus_tag="BQ2027_MB0810" + CDS 883649..884608 + /locus_tag="BQ2027_MB0810" + /note="Mb0810, -, len: 319 aa. Equivalent to Rv0787, len: + 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 319 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK45053.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (242 aa) but longer 77 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99409.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWF9" + /translation="MHRPPWLAQLRRRLRIGVQLGSRVVLEQGRQPRDVYVIGVLVGD + QDRGQTGDSLEAVRESTGIEEQAGLTELSEEAGMAEMRELHVYDCALMGAFPMRLILA + TMLVAGRLLATLMAAPSAQAEPETCPPICDQIPATAWISTHAVPLNSQYRWPAMAGAA + VAVTRATPRFGFEQVCATPAFPHDSRDWAVAGRVTVVHPDGQWQLQAQVLHWRGDTAR + GGQIAASVFGTAVAALRACQLGAPLQSPSVTDDEPTRMAAVISGPVIMHTYLVAHVSS + STISELTLWSSGPPQVPWPTVADSAVLDALTAPLCEAYIGSCP" + gene 884714..884953 + /gene="purS" + /locus_tag="BQ2027_MB0811" + CDS 884714..884953 + /gene="purS" + /locus_tag="BQ2027_MB0811" + /EC_number="6.3.5.3" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0811, -, len: 79 aa. Equivalent to Rv0787A, len: + 79 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 78 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to MLCB5.24 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (79 aa), FASTA scores: opt: 434, + (84.8% identity in 79 aa overlap). Also similar to + P12049|YEXA_BACSU HYPOTHETICAL 9.7 KD PROTEIN from + Bacillus subtilis (84 aa), FASTA scores: opt: 172, E(): + 4e-06, (44.4% identity in 72 aa overlap). BELONGS TO THE + UPF0062 FAMILY. Protein product from Mb0811 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0811 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, PurS + subunit (EC" + /protein_id="SIT99410.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG2" + /db_xref="InterPro:IPR003850" + /db_xref="InterPro:IPR036604" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG2" + /translation="MARVVVHVMPKAEILDPQGQAIVGALGRLGHLGISDVRQGKRFE + LEVDDTVDDTTLAEIAESLLANTVIEDWTISRDPQ" + gene 884950..885624 + /gene="purQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0812" + CDS 884950..885624 + /gene="purQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0812" + /note="Mb0812, purQ, len: 224 aa. Equivalent to Rv0788, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Probable purQ, + phosphoribosylformylglycinamidine synthase I (EC 6.3.5.3), + equivalent to MLCB5_24|Z95151|O05756|PURQ + PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE I from + Mycobacterium leprae (224 aa), FASTA scores: opt: 1341, + E(): 0, (88.7% identity in 222 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. P12041|PURQ_BACSU + PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE I from Bacillus + subtilis (227 aa), FASTA scores: opt: 691, E(): 8.6e-39, + (47.7% identity in 214 aa overlap); etc. Contains PS00442 + Glutamine amidotransferases class-I active site. BELONGS + TO TYPE-1 GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASES. Protein product + from Mb0812 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0812 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE + SYNTHASE I PURG (FGAM SYNTHASE I)" + /protein_id="SIT99411.1" + /db_xref="GOA:P65903" + /db_xref="InterPro:IPR010075" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65903" + /translation="MTARIGVVTFPGTLDDVDAARAARQVGAEVVSLWHADADLKGVD + AVVVPGGFSYGDYLRAGAIARFAPVMDEVVAAADRGMPVLGICNGFQVLCEAGLLPGA + LTRNVGLHFICRDVWLRVASTSTAWTSRFEPDADLLVPLKSGEGRYVAPEKVLDELEG + EGRVVFRYHDNVNGSLRDIAGICSANGRVVGLMPHPEHAIEALTGPSDDGLGLFYSAL + DAVLTG" + gene complement(885641..886240) + /locus_tag="BQ2027_MB0813C" + CDS complement(885641..886240) + /locus_tag="BQ2027_MB0813C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0813c, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv0789c, + len: 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0813c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb0813c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99412.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ2" + /translation="MSRRAIHSGRAAPRRSGNSHLVLRNRVPSSKDSPRRRPHHEFMT + ESIGEPLSTNLIERYLRARGRRYFRGHHDAEFFFVANAHLRLHVHLEISPAYRDVFTI + RVSPAYFFPATDHTRLAEIVNAWNLQNHEVTAIVHGSSDPHRIGVAAERSLIRDRIRF + DDFATFVDNAVSAATELFGQLTAAGLPPTATPPLLRDAG" + gene complement(886262..886990) + /locus_tag="BQ2027_MB0814C" + CDS complement(886262..886990) + /locus_tag="BQ2027_MB0814C" + /note="Mb0814c, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv0790c, + len: 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 242 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb0814c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0814c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine + proteases" + /protein_id="SIT99413.1" + /db_xref="InterPro:IPR002931" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE8" + /translation="MTLANNGTGMDHFLTPTEYLDAGHPLVRTTAATLIRDAVSDTER + VRRIYYYVRDVPYDVLASFRYLAQGHHRASDVIGHGVAFCMGKASSFVALCRAAGVPA + RIAFQTIDAPDKEFLSPQVRALWGGRTGRPFPWHSLGEAYLGRRWVKLDATIDAPTAA + RLGKPYRQEFDGATPIPTVEGTILRENGSYADYPSAVAQWYERIAQSVLKALQSTEVH + ALVAADEELWTGPPVELADATHRL" + gene complement(886987..888030) + /locus_tag="BQ2027_MB0815C" + CDS complement(886987..888030) + /locus_tag="BQ2027_MB0815C" + /note="Mb0815c, -, len: 347 aa. Equivalent to Rv0791c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar (except in N-terminus) to + others e.g. CAC44585.1|AL596162 conserved hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (307 aa); + NP_252643.1|NC_002516 hypothetical protein from + Pseudomonas aeruginosa (364 aa); etc. Also some similarity + with oxidoreductases e.g. AAK38097.1|AF323606_3|AF323606 + putative F420-dependent dehydrogenase from Rhodococcus + erythropolis (295 aa); etc. And also similar in part to + other proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv1855c|MTCY359.18|Z83859 (307 aa), FASTA scores: opt: + 366, E(): 4e-16, (35.0% identity in 226 aa overlap); + Rv3079c|MTCY22D7.02|Z83866 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + (275 aa), FASTA scores: opt: 342, E(): 1.2e-14, (31.6% + identity in 234 aa overlap); Rv0044c POSSIBLE + OXIDOREDUCTASE (264 aa). Protein product from Mb0815c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0815c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Coenzyme F420-dependent N5,N10-methylene + tetrahydromethanopterin reductase and related + flavin-dependent oxidoreductases" + /protein_id="SIT99414.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWI0" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019921" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWI0" + /translation="MNAKDDPHFGLMLAATVNGLAVGSYREMVVVSQTAEEYGFDSVW + LCDHFLTISPGEYAKVAGIAADTGSATGTETGGAGQCAPSRSLPLLECWTALAALSRD + TTKLRLGTSVLCNSYRHPSVLAKMAATLDVISQGRLDLGLGAGWFRRESQAYGIPFPP + VGDRVSALAESLQVIKAVWTEPNPTYAGRFYTLDGATCDPPPVQRPHPPLWIGGEGDR + VQRIAAKHAQGLNVRWWSPQQVTQRRGFLTQASEAAGRDPDTLRLSVTLLLAPTQSGE + EEVRIREEFASIPEPGLIVGTPDRCVERIREYQDRGVGHFLFTIPHVVKSDYLHIIGS + DIIPRVKTEVTIP" + gene complement(888027..888836) + /locus_tag="BQ2027_MB0816C" + CDS complement(888027..888836) + /locus_tag="BQ2027_MB0816C" + /note="Mb0816c, -, len: 269 aa. Equivalent to Rv0792c, + len: 269 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 269 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, GntR-family, similar to many + others of GntR family e.g. BSUB0018_189|Z99121 from + Bacillus subtilis (243 aa), FASTA scores: opt: 367, E(): + 1.5e-17, (32.1% identity in 246 aa overlap); + P31453|YIDP_ECOLI from Escherichia coli (238 aa), FASTA + scores: opt: 236, E(): 8.8e-09, (26.4% identity in 235 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0816c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0816c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY GNTR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99415.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWU6" + /db_xref="InterPro:IPR000524" + /db_xref="InterPro:IPR011663" + /db_xref="InterPro:IPR028978" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU6" + /translation="MTSVKLDLDAADLRISRGSVPASTQLAEALKAQIIQQRLPRGGR + LPSERELIDRSGLSRVTVRAAVGMLQRQGWLVRRQGLGTFVADPVEQELSCGVRTITE + VLLSCGVTPQVDVLSHQTGPAPQRISETLGLVEVLCIRRRIRTGDQPLALVTAYLPPG + VGPAVEPLLSGSADTETTYAMWERRLGVRIAQATHEIHAAGASPDVADALGLAVGSPV + LVVDRTSYTNDGKPLEVVVFHHRPERYQFSVTLPRTLPGSGAGIIEKRDFA" + gene 888909..889214 + /locus_tag="BQ2027_MB0817" + CDS 888909..889214 + /locus_tag="BQ2027_MB0817" + /note="Mb0817, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv0793, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. + NP_250888.1|NC_002516 hypothetical protein from + Pseudomonas aeruginosa (114 aa); AE 001908|AE001908_7 + hypothetical protein from Deinococcus radiodurans (101 + aa), FASTA scores: opt: 215, E(): 3.1e-09, (40.4% identity + in 99 aa overlap); + NP_440966.1|NC_000911|D90908|PCC6803|D90908_2 unknown + protein from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (147 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 4.5e-08, (31.1% identity in + 90 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2749|MTV002.14|AL0089|MTV002_15 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (104 aa), FASTA + scores: opt: 143, E(): 0.00026, (26.9% identity in 93 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible monooxygenase" + /protein_id="SIT99416.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG1" + /db_xref="InterPro:IPR007138" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG1" + /translation="MTSPVAVIARFMPRPDARSALRALLDAMITPTRAEDGCRSYDLY + ESADGGELVLFERYRSRIALDEHRGSPHYLNYRAQVGELLTRPVAVTVLAPLDEASA" + gene complement(889327..889923) + /locus_tag="BQ2027_MB0818C" + CDS complement(889327..889923) + /locus_tag="BQ2027_MB0818C" + /note="Mb0818c, -, len: 198 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0794c, len: 499 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 203 aa overlap). + Probable oxidoreductase (EC 1.-.-.-), possibly + dihydrolipoamide dehydrogenase (EC 1.8.1.4) or mercuric + reductase (EC 1.16.1.1). Highly similar to + CAB62675.1|AL133422 probable oxidoreductase from + Streptomyces coelicolor (477 aa); and similar to various + oxidoreductases e.g. P08663|MERA_STAAU MERCURIC REDUCTASE + (HG(II) REDUCTASE) (EC 1.16.1.1) from Staphylococcus + aureus (547 aa); AAK70920.1|AC087551_19|AC087551 putative + lipoamide dehydrogenase from Oryza sativa (563 aa); + NP_437349.1|NC_003078 putative FAD-dependent pyridine + nucleotide-disulphide oxidoreductase, similar to mercuric + reductases protein from Sinorhizobium meliloti (473 aa); + Q04829|DLDH_HALVO DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (EC + 1.8.1.4) from Haloferax volcanii (475 aa); + P08332|MERA_SHIFL MERCURIC REDUCTASE (EC 1.16.1.1) (564 + aa), FASTA scores: opt: 522, E(): 3.7e-26, (31.7% identity + in 467 aa overlap); + P72740|DLDH_SYNY3|Q53395|LPDA|PDHD|SLR1096 + DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (EC 1.8.1.4) from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (474 aa), FASTA scores: + opt: 602, E(): 2.3e-31, (31.0% identity in 493 aa + overlap); etc. Note that previously known as lpdB. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0794c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base deletion (a-*) splits Mb0818c into 2 parts, Mb0818 + and Mb0819. Protein product from Mb0818c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0818c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99417.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG6" + /db_xref="InterPro:IPR004099" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG6" + /translation="MTPGSWLDVDDTCRVRAVDDGWLYAAGDVNHRALLTHQGKYQAR + IAGTAIGARAAGRPLDTTSWGMHATTADHHAVPQAFFTDPEAAAVGLTADQAAQAGHR + IKAIDVEIGDVVMGAKLFADGYTGRARMVVDVDRGHLLGVTMVGPGAAELLHSATVAV + AGQVPIDRLWHAVPCFPTISELWLRLLESYRDSFYLLV" + gene complement(889926..890825) + /locus_tag="BQ2027_MB0819C" + CDS complement(889926..890825) + /locus_tag="BQ2027_MB0819C" + /note="Mb0819c, -, len: 299 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0794c, len: 499 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 263 aa overlap). + Probable oxidoreductase (EC 1.-.-.-), possibly + dihydrolipoamide dehydrogenase (EC 1.8.1.4) or mercuric + reductase (EC 1.16.1.1). Highly similar to + CAB62675.1|AL133422 probable oxidoreductase from + Streptomyces coelicolor (477 aa); and similar to various + oxidoreductases e.g. P08663|MERA_STAAU MERCURIC REDUCTASE + (HG(II) REDUCTASE) (EC 1.16.1.1) from Staphylococcus + aureus (547 aa); AAK70920.1|AC087551_19|AC087551 putative + lipoamide dehydrogenase from Oryza sativa (563 aa); + NP_437349.1|NC_003078 putative FAD-dependent pyridine + nucleotide-disulphide oxidoreductase, similar to mercuric + reductases protein from Sinorhizobium meliloti (473 aa); + Q04829|DLDH_HALVO DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (EC + 1.8.1.4) from Haloferax volcanii (475 aa); + P08332|MERA_SHIFL MERCURIC REDUCTASE (EC 1.16.1.1) (564 + aa), FASTA scores: opt: 522, E(): 3.7e-26, (31.7% identity + in 467 aa overlap); + P72740|DLDH_SYNY3|Q53395|LPDA|PDHD|SLR1096 + DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (EC 1.8.1.4) from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (474 aa), FASTA scores: + opt: 602, E(): 2.3e-31, (31.0% identity in 493 aa + overlap); etc. Note that previously known as lpdB. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0794c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base deletion (a-*) splits Mb0818c into 2 parts, Mb0818a + and Mb0818b. Mb0819c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99418.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG0" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG0" + /translation="MTAAQQDQAPMATPGCREGETYDVVVLGAGPVGQNVADRARAGG + LRVAVVERELVGGECSYWACVPSKALLRPVIAISDARRVDGAREAVDGSINTAGVFGR + RNRYVAHWDDTGQADWVSGIGATLIRGDGRLDGPRRVVVTKSSGESVALTARHAVVIC + TGSRPALPDLPGITEARPWTNRQATDNSTVPDRLAIVGAGGVGVEMATAWQGLGASVT + LLARGSGLLPRMEPFVGELIGRGLADAGVDVRVGVSVRALGRPNPLAQWSSSWTTVPS + CGSTRYSSPPAEHREPTTSAWRQ" + gene 891218..892312 + /locus_tag="BQ2027_MB0820" + CDS 891218..892312 + /locus_tag="BQ2027_MB0820" + /note="Mb0820, -, len: 364 aa. Equivalent to Rv0797, len + 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 364 aa overlap). Putative transposase + for IS1547; almost identical to (but 20 aa shorter than) + Y13470|MTY13470_2 from Mycobacterium tuberculosis (383 + aa). Also similar to other transposases e.g. MAIS1110A + _1|Q48909 transposase from M. avium (464 aa), FASTA + scores: opt: 226, E(): 2.4e-08, (30.7% identity in 199 aa + overlap). Also slight similarity to Rv2014|MTCY39.03c from + Mycobacterium tuberculosis (222 aa), FASTA score: (24.8% + identity in 141 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE + ELEMENT IS1547" + /protein_id="SIT99419.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWH1" + /db_xref="InterPro:IPR002525" + /db_xref="InterPro:IPR003346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH1" + /translation="MVVVGTDAHKYSHTFVATDEVGRQLGEKTVKATTAGHATAIMWA + REQFGLELIWGIEDCRNMSARLERDLLAAGQQVVRVPTKLMAQTRKSARSRGKSDPID + ALAVARAVLRETDLPLATHDETSRELKLLTDRRDVLVAQRTSAINRLRWLVHELDPER + APAARSLDAAKHQQALRTWLDTQPGLVAELARAELTDIIRLTGEINTLAQRISARVHQ + VAPALLEIPGCAELTAAKIVGEAAGVTRFKSEAAFACHAAVAPIPVWSGNTAGQMRLS + RSGNRQLNAALHRIALTQIRMTDSRGQAYYQRLQDAGKTKRAALRCLKRRLARTVFQA + LRTVHQPSSEHTQPAAACHRSYCSRSCLSG" + gene 891218..892309 + /locus_tag="BQ2027_IS1547-1" + mobile_element 891218..892309 + /locus_tag="BQ2027_IS1547-1" + /note="IS1547-1, len: 1092 nt. Equivalent to IS1547, len: + 1092 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.7% identity in 1092 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1547" + gene complement(892302..893099) + /gene="cfp29" + /locus_tag="BQ2027_MB0821C" + CDS complement(892302..893099) + /gene="cfp29" + /locus_tag="BQ2027_MB0821C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0821c, cfp29, len: 265 aa. Equivalent to Rv0798c, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). cfp29, 29 kDa antigen + (see citations below). Highly similar to + Q45296|BLLINM18P_1|CAA63787.1|X93588 linocin M18 from + Brevibacterium linens (266 aa), FASTA scores: (58.5% + identity in 265 aa overlap). Also shows similarity with + NP_228594.1|NC_000853 bacteriocin from Thermotoga maritima + (262 aa). Protein product from Mb0821c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0821c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="29 KDa ANTIGEN CFP29" + /protein_id="SIT99420.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWH2" + /db_xref="InterPro:IPR007544" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH2" + /translation="MNNLYRDLAPVTEAAWAEIELEAARTFKRHIAGRRVVDVSDPGG + PVTAAVSTGRLIDVKAPTNGVIAHLRASKPLVRLRVPFTLSRNEIDDVERGSKDSDWE + PVKEAAKKLAFVEDRTIFEGYSAASIEGIRSASSNPALTLPEDPREIPDVISQALSEL + RLAGVDGPYSVLLSADVYTKVSETSDHGYPIREHLNRLVDGDIIWAPAIDGAFVLTTR + GGDFDLQLGTDVAIGYASHDTDTVRLYLQETLTFLCYTAEASVALSH" + gene complement(893096..894103) + /locus_tag="BQ2027_MB0822C" + CDS complement(893096..894103) + /locus_tag="BQ2027_MB0822C" + /note="Mb0822c, -, len: 335 aa. Equivalent to Rv0799c, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 335 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q50021|U2266C from + Mycobacterium leprae (146 aa), FASTA scores: opt: 147, + E(): 0.0016, (33.3% identity in 117 aa overlap); + Q50020|U2266B from Mycobacterium leprae (27 aa), FASTA + scores: opt: 94, E(): 1.3, (56.5% identity in 23 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + CAC01593.1|AL391041 conserved hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (316 aa); AF088897|AF088897_9 + hypothetical protein from Zymomonas mobilis (322 aa), + FASTA scores: opt: 1132, E(): 0, (56.1% identity in 303 aa + overlap); P76536|ECAE000330_8 hypothetical protein from + Escherichia coli strain K-12 (308 aa), FASTA scores: E(): + 2.2e-30, (37.4% identity in 297 aa overlap); etc. Also + similar to some tyrA proteins. Protein product from + Mb0822c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0822c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted dye-decolorizing peroxidase (DyP), + encapsulated subgroup" + /protein_id="SIT99421.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG4" + /db_xref="InterPro:IPR006314" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG4" + /translation="MAVPAVSPQPILAPLTPAAIFLVATIGADGEATVHDALSKISGL + VRAIGFRDPTKHLSVVVSIGSDAWDRLFAGPRPTELHPFVELTGPRHTAPATPGDLLF + HIRAETMDVCFELAGRILKSMGDAVTVVDEVHGFRFFDNRDLLGFVDGTENPSGPIAI + KATTIGDEDRNFAGSCYVHVQKYVHDMASWESLSVTEQERVIGRTKLDDIELDDNAKP + ANSHVALNVITDDDGTERKIVRHNMPFGEVGKGEYGTYFIGYSRTPTVTEQMLRNMFL + GDPAGNTDRVLDFSTAVTGGLFFSPTIDFLDHPPPLPQAATPTLAAGSLSIGSLKGSP + R" + gene 894148..895449 + /gene="pepC" + /locus_tag="BQ2027_MB0823" + CDS 894148..895449 + /gene="pepC" + /locus_tag="BQ2027_MB0823" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0823, pepC, len: 433 aa. Equivalent to Rv0800, + len: 433 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 433 aa overlap). Probable pepC, + aminopeptidase I (EC 3.4.11.-), highly similar (but + shorter 17 aa) to Q50022|PEPX AMINOPEPTIDASE from + Mycobacterium leprae (443 aa), FASTA scores: opt: 2237, + E(): 0, (78.3% identity in 433 aa overlap). Also highly + similar to others from Eukaryotes and bacteria, e.g. + T36482 probable aminopeptidase from Streptomyces + coelicolor (432 aa), P14904|AMPL_YEAST vacuolar + aminopeptidase I precursor from Saccharomyces cerevisiae + (514 aa), FASTA scores: opt: 425, E(): 4.8e-21, (31.0% + identity in 445 aa overlap); etc. Also similar to + hypothetical proteins e.g. P38821|YHR3_YEAST hypothetical + 54.2 kd protein from Saccharomyces cerevisiae (490 aa), + FASTA scores: opt: 429, E(): 2.5e-21, (34.8% identity in + 443 aa overlap); etc. Protein product from Mb0823 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0823 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINOPEPTIDASE PEPC" + /protein_id="SIT99422.1" + /db_xref="GOA:P59951" + /db_xref="InterPro:IPR001948" + /db_xref="InterPro:IPR022984" + /db_xref="InterPro:IPR023358" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59951" + /translation="MAATAHGLCEFIDASPSPFHVCATVAGRLLGAGYRELREADRWP + DKPGRYFTVRAGSLVAWNAEQSGHTQVPFRIVGAHTDSPNLRVKQHPDRLVAGWHVVA + LQPYGGVWLHSWLDRDLGISGRLSVRDGTGVSHRLVRIDDPILRVPQLAIHLAEDRKS + LTLDPQRHINAVWGVGERVESFVGYVAQRAGVAAADVLAADLMTHDLTPSALIGASVN + GTASLLSAPRLDNQASCYAGMEALLAVDVDSASSGFVPVLAIFDHEEVGSASGHGAQS + DLLSSVLERIVLAAGGTREDFLRRLTTSMLASADMAHATHPNYPDRHEPSHPIEVNAG + PVLKVHPNLRYATDGRTAAAFALACQRAGVPMQRYEHRADLPCGSTIGPLAAARTGIP + TVDVGAAQLAMHSARELMGAHDVAAYSAALQAFLSAELSEA" + gene 895461..895808 + /locus_tag="BQ2027_MB0824" + CDS 895461..895808 + /locus_tag="BQ2027_MB0824" + /note="Mb0824, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv0801, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to many hypothetical + proteins from Streptomyces sp. e.g. + SCD840A.20|AB81865.1|AL161691 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (145 aa); AF072709|AF072709_8 from + Streptomyces lividans (131 aa), FASTA scores: opt: 120, + E(): 0.2, (26.3% identity in 118 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0824 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0824 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glyoxalase family protein" + /protein_id="SIT99423.1" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="InterPro:IPR041581" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF9" + /translation="MALKVEMVTFDCSDPAKLAGWWAEQFDGTTRELLPGEFVVVART + DGPRLGFQKVPDPAPGKNRVHLDFTTKDLDAEVLRLVAAGASEVGRHQVGESFRWVVL + ADPEGNAFCVAGQ" + gene complement(895802..896458) + /locus_tag="BQ2027_MB0825C" + CDS complement(895802..896458) + /locus_tag="BQ2027_MB0825C" + /note="Mb0825c, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv0802c, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing partial similarity with many + acetyltransferases and hypothetical proteins e.g. + P96579|BSUB0003_68 PROBABLE ACETYLTRANSFERASE from + Bacillus subtilis (183 aa), FASTA scores: E(): 0.0044, + (26.4% identity in 110 aa overlap). Protein product from + Mb0825c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0825c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible succinyltransferase in the gcn5-related + n-acetyltransferase family" + /protein_id="SIT99424.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ0" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ0" + /translation="MSRHWPLFDLRITTPRLQLQLPTEELCDQLIDTILEGVHDPDRM + PFSVPWTRASREDLPFNTLSHLWQQLAGFKRDDWSLPLAVLVDGRAVGVQALSSKDFP + ITRQVDSGSWLGLRYQGHGYGTEMRAAVLYFAFAELEAQVATSRSFVDNPASIAVSRR + NGYRDNGLDRVAREGAMAEALLFRLTRDDWQRHRTVEVRVDGFDRCRPLFGPLEPPRY + " + gene 896650..898914 + /gene="purL" + /locus_tag="BQ2027_MB0826" + CDS 896650..898914 + /gene="purL" + /locus_tag="BQ2027_MB0826" + /note="Mb0826, purL, len: 754 aa. Equivalent to Rv0803, + len: 754 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 754 aa overlap). purL, + phosphoribosylformylglycinamidine synthase II (EC 6.3.5.3) + (see citations below), equivalent to NP_302451.1|NC_002677 + phosphoribosylformylglycinamidine synthase II from + Mycobacterium leprae (754 aa). Also highly similar to + others e.g. Q9RKK5|PURL_STRCO from Streptomyces coelicolor + (752 aa); P12042|PURL_BACSU from Bacillus subtilis (742 + aa), FASTA score: (44.7% identity in 716 aa); etc. Start + was chosen by similarity. BELONGS TO THE FGAMS FAMILY. + Protein product from Mb0826 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0826 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE II + PURL (FGAM SYNTHASE II)" + /protein_id="SIT99425.1" + /db_xref="GOA:P0A5T9" + /db_xref="InterPro:IPR010074" + /db_xref="InterPro:IPR010918" + /db_xref="InterPro:IPR016188" + /db_xref="InterPro:IPR036676" + /db_xref="InterPro:IPR036921" + /db_xref="InterPro:IPR041609" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5T9" + /translation="MLDTVEHAATTPDQPQPYGELGLKDDEYRRIRQILGRRPTDTEL + AMYSVMWSEHCSYKSSKVHLRYFGETTSDEMRAAMLAGIGENAGVVDIGDGWAVTFKV + ESHNHPSYVEPYQGAATGVGGIVRDIMAMGARPVAVMDQLRFGAADAPDTRRVLDGVV + RGIGGYGNSLGLPNIGGETVFDPCYAGNPLVNALCVGVLRQEDLHLAFASGAGNKIIL + FGARTGLDGIGGVSVLASDTFDAEGSRKKLPSVQVGDPFMEKVLIECCLELYAGGLVI + GIQDLGGAGLSCATSELASAGDGGMTIQLDSVPLRAKEMTPAEVLCSESQERMCAVVS + PKNVDAFLAVCRKWEVLATVIGEVTDGDRLQITWHGETVVDVPPRTVAHEGPVYQRPV + ARPDTQDALNADRSAKLSRPVTGDELRATLLALLGSPHLCSRAFITEQYDRYVRGNTV + LAEHADGGMLRIDESTGRGIAVSTDASGRYTLLDPYAGAQLALAEAYRNVAVTGATPV + AVTNCLNFGSPEDPGVMWQFTQAVRGLADGCADLGIPVTGGNVSFYNQTGSAAILPTP + VVGVLGVIDDVRRRIPTGLGAEPGETLMLLGDTRDEFDGSVWAQVTADHLGGLPPVVD + LAREKLLAAVLSSASRDGLVSAAHDLSEGGLAQAIVESALAGETGCRIVLPEGADPFV + LLFSESAGRVLVAVPRTEESRFRGMCEARGLPAVRIGVVDQGSDAVEVQGLFAVSLAE + LRATSEAVLPRYFG" + gene 898911..899540 + /locus_tag="BQ2027_MB0827" + CDS 898911..899540 + /locus_tag="BQ2027_MB0827" + /note="Mb0827, -, len: 209 aa. Equivalent to Rv0804, len: + 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with C-terminus + of Rv1863c|MTCY359.10 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (256 aa), FASTA scores: opt: + 199, E(): 1.2e-05, (33.2% identity in 220 aa overlap); and + Rv0658c. Contains PS01151 Fimbrial biogenesis outer + membrane usher protein signature. Mb0827 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Integral membrane protein" + /protein_id="SIT99426.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWG8" + /db_xref="InterPro:IPR003675" + /db_xref="InterPro:IPR015837" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWG8" + /translation="MSRLRALSLAAGLVGWSLVSPRLPAPWRIPLQAGLGSVLVLVTR + ATMGLWPPRLWAGLRLGWAAGAAAATAIAATTPVPMVRLSMSARELPASVPVWLVWHI + PGGTVWAEEAAFRGALATIGARAFGRSGGRILQAGAFGLSHIADARATGEPLVLTVLA + TGIAGWMFGWLADRSGSLAAPLLTHLAINEAGAVAAVLVQRRSGISTRL" + gene 899661..900617 + /locus_tag="BQ2027_MB0828" + CDS 899661..900617 + /locus_tag="BQ2027_MB0828" + /note="Mb0828, -, len: 318 aa. Equivalent to Rv0805, len: + 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 318 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q50024 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (317 aa), + FASTA scores: opt: 1713, E(): 0, (82.5% identity in 315 aa + overlap). Also shows similarity with hypothetical proteins + and icc proteins e.g. SC9B1.22c|T35867 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (305 aa); + P36650|ICC_ECOLI icc protein from Escherichia coli (275 + aa), FASTA scores: opt: 310, E(): 8.9e-14, (31.3% identity + in 214 aa overlap); etc. Mb0828 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="class iii cyclic nucleotide phosphodiesterase + (cnmp pde)" + /protein_id="SIT99427.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWH6" + /db_xref="InterPro:IPR004843" + /db_xref="InterPro:IPR026575" + /db_xref="InterPro:IPR029052" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH6" + /translation="MHRLRAAEHPRPDYVLLHISDTHLIGGDRRLYGAVDADDRLGEL + LEQLNQSGLRPDAIVFTGDLADKGEPAAYRKLRGLVEPFAAQLGAELVWVMGNHDDRA + ELRKFLLDEAPSMAPLDRVCMIDGLRIIVLDTSVPGHHHGEIRASQLGWLAEELATPA + PDGTILALHHPPIPSVLDMAVTVELRDQAALGRVLRGTDVRAILAGHLHYSTNATFVG + IPVSVASATCYTQDLTVAAGGTRGRDGAQGCNLVHVYPDTVVHSVIPLGGGETVGTFV + SPGQARRKIAESGIFIEPSRRDSLFKHPPMVLTSSAPRSPVD" + gene complement(900562..902160) + /gene="cpsY" + /locus_tag="BQ2027_MB0829C" + CDS complement(900562..902160) + /gene="cpsY" + /locus_tag="BQ2027_MB0829C" + /note="Mb0829c, cpsY, len: 532 aa. Equivalent to Rv0806c, + len: 532 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 532 aa overlap). Possible cpsY, + UDP-glucose-4-epimerase (EC 5.1.3.2), equivalent to + Q50025|CPSY probable UDP-glucose-4-epimerase from + Mycobacterium leprae (542 aa), FASTA scores: opt: 2964, + E(): 0, (82.3% identity in 530 aa overlap). Also similar + to AAC38286.1|AF019760|SACB CpsY homolog (involved in + meningococcal capsule biosynthesis) from Neisseria + meningitidis serogroup A (545 aa); Q51151 CAPSULE GENE + COMPLEX UPD-GLUCOSE-4-EPIMERASE (GALE) from Neisseria + meningitidis (373 aa), FASTA scores: opt: 496, E(): + 9.5e-27, (29.3% identity in 358 aa overlap); C-terminus of + CAB75373.1|AL139298 putative transferase from Streptomyces + coelicolor (942 aa); and many hypothetical proteins from + Streptomyces coelicolor. SEEMS TO BELONG TO THE SUGAR + EPIMERASE FAMILY. Protein product from Mb0829c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0829c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE UDP-GLUCOSE-4-EPIMERASE CPSY + (GALACTOWALDENASE) (UDP-GALACTOSE-4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHATE GALACTOSE-4-EPIMERASE) (URIDINE + DIPHOSPHO-GALACTOSE-4-EPIMERASE)" + /protein_id="SIT99428.1" + /db_xref="GOA:Q7U184" + /db_xref="InterPro:IPR021520" + /db_xref="InterPro:IPR031356" + /db_xref="InterPro:IPR031357" + /db_xref="InterPro:IPR031358" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U184" + /translation="MPKISSRDGGRPAQRTVNPIIVTRRGKIARLESGLTPQEAQIED + LVFLRKVLNRADIPYLLIRNHKNRPVLAINIELRAGLERALAAACATEPMYAKTIDEP + GLSPVLVATDGLSQLVDPRVVRLYRRRIAPGGFRYGPAFGVELQFWVYEETVIRCPVE + NSLSRKVLPRNEITPTNVKLYGYKWPTLDGMFAPHASDVVFDIDMVFSWVDGSDPEFR + ARRMAQMSQYVVGEGDDAEARIRQIDELKYALRSVNMFAPWIRRIFIATDSTPPPWLA + EHPKITIVRAEDHFSDRSALPTYNSHAVESQLHHIPGLSEHFLYSNDDMFFGRPLKAS + MFFSPGGVTRFIEAKTRIGLGANNPARSGFENAARVNRQLLFDRFGQVITRHLEHTAV + PLRKSVLIEMEREFPEEFARTAASPFRSDTDISVTNSFYHYYALMTGRAVPQEKAKVL + YVDTTSYAGLRLLPKLRKHRGYDFFCLNDGSFPEVPAAQRAERVVSFLERYFPIPAPW + EKIAADVSRRDFAVPRTSAPSEGA" + gene 902465..902854 + /locus_tag="BQ2027_MB0830" + CDS 902465..902854 + /locus_tag="BQ2027_MB0830" + /note="Mb0830, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv0807, len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O05761|MLCB5_31 + HYPOTHETICAL 14.0 KD PROTEIN from Mycobacterium leprae + (131 aa), FASTA scores: E(): 0, (73.4% identity in 128 aa + overlap). Also highly similar to BAA89438.1|AB003158|ORF3 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Corynebacterium ammoniagenes + (132 aa); and C-terminus of SCD25.20|CAB56364.1|AL118514 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (202 + aa). Protein product from Mb0830 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0830 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99429.1" + /db_xref="InterPro:IPR041629" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH8" + /translation="MSARDRVDPAKTRQVVLALADWLRDETLPAPDTDVLAAAVRLTA + RTLAALAPGASVEVRIPPFAAVQCISGPRHTRGTPPNVVQTDPRTWLLVATGLSGVAQ + ARGSGALQLSGSRAGEIEAWLPLVDLG" + gene 902941..904524 + /gene="purF" + /locus_tag="BQ2027_MB0831" + CDS 902941..904524 + /gene="purF" + /locus_tag="BQ2027_MB0831" + /note="Mb0831, purF, len: 527 aa. Equivalent to Rv0808, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 527 aa overlap). Probable purF, + amidophosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.14), equivalent + to MLCB5_32|Q50028|PURF from Mycobacterium leprae (556 + aa), FASTA scores: (91.3% identity in 518 aa overlap); and + CAB96578.1|AJ278609 phosphoribosyl pyrophosphate + amidotransferase from Mycobacterium smegmatis (511 aa). + Also highly similar to others e.g. BAA89439.1|AB003158 + amidophosphoribosyl transferase from Corynebacterium + ammoniagenes (490 aa); P00497|PUR1_BACSU + amidophosphoribosyltransferase precursor from Bacillus + subtilis (476 aa), FASTA scores: opt: 1412, E(): 0, (46.2% + identity in 470 aa overlap); etc. Contains PS00103 + Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. + BELONGS TO THE PURINE/PYRIMIDINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE + FAMILY. Protein product from Mb0831 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0831 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="amidophosphoribosyltransferase purf (glutamine + phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase) (atase) + (gpatase)" + /protein_id="SIT99430.1" + /db_xref="GOA:P65830" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR005854" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="InterPro:IPR035584" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65830" + /translation="MAVDSDYVTDRAAGSRQTVTGQQPEQDLNSPREECGVFGVWAPG + EDVAKLTYYGLYALQHRGQEAAGIAVADGSQVLVFKDLGLVSQVFDEQTLAAMQGHVA + IGHCRYSTTGDTTWENAQPVFRNTAAGTGVALGHNGNLVNAAALAARARDAGLIATRC + PAPATTDSDILGALLAHGAADSTLEQAALDLLPTVRGAFCLTFMDENTLYACRDPYGV + RPLSLGRLDRGWVVASETAALDIVGASFVRDIEPGELLAIDADGVRSTRFANPTPKGC + VFEYVYLARPDSTIAGRSVHAARVEIGRRLARECPVEADLVIGVPESGTPAAVGYAQE + SGVPYGQGLMKNAYVGRTFIQPSQTIRQLGIRLKLNPLKEVIRGKRLIVVDDSIVRGN + TQRALVRMLREAGAVELHVRIASPPVKWPCFYGIDFPSPAELIANAVENEDEMLEAVR + HAIGADTLGYISLRGMVAASEQPTSRLCTACFDGKYPIELPRETALGKNVIEHMLANA + ARGAALGELAADDEVPVGR" + gene 904555..905649 + /gene="purM" + /locus_tag="BQ2027_MB0832" + CDS 904555..905649 + /gene="purM" + /locus_tag="BQ2027_MB0832" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0832, purM, len: 364 aa. Equivalent to Rv0809, + len: 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 364 aa overlap). Probable purM, + 5'-phosphoribosyl-5-aminoimidazole synthetase (EC + 6.3.3.1), equivalent to NP_302446.1|NC_002677 + 5'-phosphoribosyl-5-aminoimidazole synthase from + Mycobacterium leprae (364 aa). Also highly similar to many + e.g. P12043|PUR5_BACSU PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE + CYCLO-LIGASE from Bacillus subtilis (346 aa), FASTA + scores: opt: 1023, E(): 0, (46.5% identity in 331 aa + overlap); U68765|STU68765_2 from Salmonella typhimurium + (345 aa), FASTA scores: opt: 1014, E():0, (47.6% identity + in 330 aa overlap); etc. Protein product from Mb0832 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0832 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE + CYCLO-LIGASE PURM (AIRS) (PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE + SYNTHETASE) (AIR SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99431.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWH4" + /db_xref="InterPro:IPR004733" + /db_xref="InterPro:IPR010918" + /db_xref="InterPro:IPR016188" + /db_xref="InterPro:IPR036676" + /db_xref="InterPro:IPR036921" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH4" + /translation="MTDLAKGPGKDPGSRGITYASAGVDIEAGDRAIDLFKPLASKAT + RPEVRGGLGGFAGLFTLRGDYREPVLAASSDGVGTKLAIAQAMDKHDTVGLDLVAMVV + DDLVVCGAEPLFLLDYIAVGRIVPERLSAIVAGIADGCMRAGCALLGGETAEHPGLIE + PDHYDISATGVGVVEADNVLGPDRVKPGDVIIAMGSSGLHSNGYSLVRKVLLEIDRMN + LAGHVEEFGRTLGEELLEPTRIYAKDCLALAAETRVRTFCHVTGGGLAGNLQRVIPHG + LIAEVDRGTWTPAPVFTMIAQRGRVRRTEMEKTFNMGVGMIAVVAPEDTTRALAVLTA + RHLDCWVLGTVCKGGKQGPRAKLVGQHPRF" + gene complement(905735..905917) + /locus_tag="BQ2027_MB0833C" + CDS complement(905735..905917) + /locus_tag="BQ2027_MB0833C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0833c, -, len: 60 aa. Equivalent to Rv0810c, len: + 60 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 60 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, with its N-terminus highly similar to + NP_302445.1|NC_002677 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (62 aa); and AL118514|SCD25_24 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (84 aa), + FASTA scores: opt: 180, E(): 5.7e-07, (51.8% identity in + 56 aa overlap). TBparse score is 0.876. Protein product + from Mb0833c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0833c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99432.1" + /db_xref="InterPro:IPR021426" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL1" + /translation="MGRGRAKAKQTKVARELKYSSPQTDFQRLQRELSGTGTDRLDGD + GPSDDDSWNDEDDWRR" + gene complement(906064..907170) + /locus_tag="BQ2027_MB0834C" + CDS complement(906064..907170) + /locus_tag="BQ2027_MB0834C" + /note="Mb0834c, -, len: 368 aa. Equivalent to Rv0811c, + len: 368 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 368 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + U2266F|U15182|MLU15182_13 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (366 aa), FASTA scores: opt: 1870, + E(): 0, (77.4% identity in 367 aa overlap). Also highly + similar to BAA89441.1|AB003158|ORF4 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Corynebacterium ammoniagenes (359 aa); and + CAB94085.1|AL358692 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (321 aa). Protein product from + Mb0834c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0834c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tRNA-modifying protein YgfZ" + /protein_id="SIT99433.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG9" + /db_xref="InterPro:IPR006222" + /db_xref="InterPro:IPR017703" + /db_xref="InterPro:IPR027266" + /db_xref="InterPro:IPR028896" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG9" + /translation="MAAVPAPDPGPDAGAIWHYGDPLGEQRAGQADAVLVDRSHRAVL + TLDGGDRQTWLHSISTQHVSDLPEGASTQNLSLDGQGRVEDHWIQTELGGTTYLDTEP + WRGEPLLAYLRKMVFWSMVTPRAADMAVLSLLGPRLAEERVLDALGLDVLPAEWLAVP + LAGGGIVRRMPDGLAGQIELDVVVKRGDRADWQRRLTQAGVRPAGIWAYEAHRVAHRV + PARRPRLGVDTDERTIPHEVGWIGGPGAGAVHLNKGCYRGQETVARVHNLGRPPRMLV + LLHLDESVQRPSTGDAVLAGGRTVGRLGTVVEHVELGPVALALLKRGLPGDTALVTGP + EAEVAAVIDVDSLPPADDVGAGRRAVERLRGGIR" + gene 907253..908122 + /locus_tag="BQ2027_MB0835" + CDS 907253..908122 + /locus_tag="BQ2027_MB0835" + /note="Mb0835, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv0812, len: + 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 289 aa overlap). Probable amino acid + aminotransferase (EC 2.6.1.-), similar to other amino acid + aminotransferases, generelly CLASS-IV OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES, and + especially ILVE proteins and PABC proteins e.g. + B76065.1|AL157953 putative aminotransferase from + Streptomyces coelicolor (273 aa); NP_069766.1|NC_000917 + branched-chain amino acid aminotransferase (ilvE) from + Archaeoglobus fulgidus (290 aa); P54692|DAAA_BACLI + D-ALANINE AMINOTRANSFERASE from Bacillus licheniformis + (283 aa); P28305|PABC_ECOLI 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE + LYASE From Escherichia coli (269 aa), FASTA scores: opt: + 165, E(): 0.00064, (26.8% identity in 198 aa overlap); + etc. Note that previously known as pabC. Protein product + from Mb0835 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0835 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINO ACID AMINOTRANSFERASE" + /protein_id="SIT99434.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWK1" + /db_xref="InterPro:IPR001544" + /db_xref="InterPro:IPR017824" + /db_xref="InterPro:IPR036038" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK1" + /translation="MVVTLDGEILQPGMPLLHADDLAAVRGDGVFETLLVRDGRACLV + EAHLQRLTQSARLMDLPEPDLPRWRRAVEVATQRWVASTADEGALRLIYSRGREGGSA + PTAYVMVSPVPARVIGARRDGVSAITLDRGLPADGGDAMPWLMASAKTLSYAVNMAVL + RHAARQGAGDVIFVSTDGYVLEGPRSTVVIATDGDQGGGNPCLLTPPPWYPILRGTTQ + QALFEVARAKGYDCDYRALRVADLFDSQGIWLVSSMTLAARVHTLDGRRLPRTPIAEV + FAELVDAAIVSDR" + gene complement(908168..908848) + /locus_tag="BQ2027_MB0836C" + CDS complement(908168..908848) + /locus_tag="BQ2027_MB0836C" + /note="Mb0836c, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv0813c, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 226 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to U15182|MLU15182_16 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (242 aa), + FASTA scores: opt: 1191, E(): 0, (78.3% identity in 226 aa + overlap); and NP_302442.1|NC_002677 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (228 aa). Also similar + to AB94083.1|AL358692|SCD66.16 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (191 aa); and Rv2717c|MTCY05A6_37 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (164 + aa), FASTA score: (30.4% identity in 171 aa overlap). + Protein product from Mb0836c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0836c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DUF1794" + /protein_id="SIT99435.1" + /db_xref="GOA:Q7U178" + /db_xref="InterPro:IPR012674" + /db_xref="InterPro:IPR014878" + /db_xref="InterPro:IPR022939" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U178" + /translation="MSSGAGSDATGAGGVHAAGSGDRAVAAAVERAKATAARNIPAFD + DLPVPADTANLREGADLNNALLALLPLVGVWRGEGEGRGPDGDYRFGQQIVVSHDGGD + YLNWESRSWRLTATGDYQEPGLREAGFWRFVADPYDPSESQAIELLLAHSAGYVELFY + GRPRTQSSWELVTDALARSRSGVLVGGAKRLYGIVEGGDLAYVEERVDADGGLVPHLS + ARLSRFVG" + gene complement(909011..909313) + /gene="sseC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0837C" + CDS complement(909011..909313) + /gene="sseC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0837C" + /note="Mb0837c, sseC2, len: 100 aa. Equivalent to Rv0814c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). sseC2, conserved + hypothetical protein, highly similar to + AAA62972.1|U15182|MLU15182_17 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (143 aa), FASTA scores: opt: 545, + E(): 0, (84.0% identity in 100 aa overlap); and + NP_302441.1|NC_002677|Z95150|MTCY164_29 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (100 aa), + FASTA scores: opt: 647, E(): 0, (100.0% identity in 100 aa + overlap). Also highly similar to M29612|SERCYSA_5 + rhodanese-like protein from Saccharopolyspora erythraea + (101 aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 1.2e-18, (57.1% + identity in 98 aa overlap); and similar at the C-terminus + to the C-terminus of CAB94069.1|AL358692 conserved + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (95 aa). + Identical second copy present as Rv3118|MTCY164.28|SSEC1 + from Mycobacterium tuberculosis (100 aa) (100.0% identity + in 100 aa overlap). Protein product from Mb0837c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0837c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfur metabolism protein SseC" + /protein_id="SIT99436.1" + /db_xref="InterPro:IPR008969" + /db_xref="InterPro:IPR010814" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWI1" + /translation="MCSGPKQGLTLPASVDLEKETVITGRVVDGDGQAVGGAFVRLLD + SSDEFTAEVVASATGDFRFFAAPGSWTLRALSAAGNGDAVVQPSGAGIHEVDVKIT" + gene complement(909315..910148) + /gene="cysA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0838C" + CDS complement(909315..910148) + /gene="cysA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0838C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0838c, cysA2, len: 277 aa. Equivalent to Rv0815c, + len: 277 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 277 aa overlap). Probable cysA2, + thiosulfate sulfurtransferase (EC 2.8.1.1), equivalent to + Q50036|CYSA|CYSA3|ML2198|THTR_MYCLE PUTATIVE + SULFURTRANSFERASE THIOSULFATE from Mycobacterium leprae + (277 aa). Also highly similar to other putative + thiosulfate sulfurtransferases e.g. P16385|THTR_SACER + PUTATIVE THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE from + Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) (281 + aa); NP_293941.1|NC_001263 thiosulfate sulfurtransferase + from Deinococcus radiodurans (286 aa); etc. Identical + second copy present as + Rv3117|MTCY164.27|MT3199|O05793|cysA3 (277 aa) (100.0% + identity in 277 aa overlap). Contains PS00683 Rhodanese + C-terminal signature at C-terminus. BELONGS TO THE + RHODANESE FAMILY. Protein product from Mb0838c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0838c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE CYSA2 + (RHODANESE-LIKE PROTEIN) (THIOSULFATE CYANIDE + TRANSSULFURASE) (THIOSULFATE THIOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIT99437.1" + /db_xref="GOA:P59989" + /db_xref="InterPro:IPR001307" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59989" + /translation="MARCDVLVSADWAESNLHAPKVVFVEVDEDTSAYDRDHIAGAIK + LDWRTDLQDPVKRDFVDAQQFSKLLSERGIANEDTVILYGGNNNWFAAYAYWYFKLYG + HEKVKLLDGGRKKWELDGRPLSSDPVSRPVTSYTASPPDNTIRAFRDEVLAAINVKNL + IDVRSPDEFSGKILAPAHLPQEQSQRPGHIPGAINVPWSRAANEDGTFKSDEELAKLY + ADAGLDNSKETIAYCRIGERSSHTWFVLRELLGHQNVKNYDGSWTEYGSLVGAPIELG + S" + gene complement(910441..910863) + /gene="thiX" + /locus_tag="BQ2027_MB0839C" + CDS complement(910441..910863) + /gene="thiX" + /locus_tag="BQ2027_MB0839C" + /note="Mb0839c, thiX, len: 140 aa. Equivalent to Rv0816c, + len: 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Probable thiX, + thioredoxin (EC 1.-.-.-), equivalent to + ThiX|U15182|MLU15182_21 thioredoxin from Mycobacterium + leprae (172 aa), FASTA scores: opt: 556, E(): 8.8e-31, + (63.8% identity in 141 aa overlap); and similar to + AAL08576.1|AF418548_2|AF418548 thioredoxin from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (117 aa). Also + similar to other bacterial thioredoxins e.g. + CAB95303.1|AL359779 putative thioredoxin from Streptomyces + coelicolor (126 aa); P33791|THIO_STRAU|TRX|TRXA + THIOREDOXIN from Streptomyces aureofaciens (106 aa); etc. + And similar to + Rv3914|MT4033|MTV028.05|NP_218431.1|NC_000962|trxC + THIOREDOXIN (TRX) (MPT46) from Mycobacterium tuberculosis + (116 aa). Has hydrophobic stretch at N-terminus. SEEMS TO + BELONG TO THE THIOREDOXIN FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOREDOXIN THIX" + /protein_id="SIT99438.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWH9" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWH9" + /translation="MTTMIVASVATGALATIARWLLTRRSVILREVGPETTPAAPART + AELGLSGAGPTVVHFRAPGCAPCDRVRRGVGDVCADLGDVAHIEVDLDSNPQAARRFS + VLSLPTTLIFDVDGRQRYRTSGVPKAADLRSALKPLLA" + gene complement(910860..911672) + /locus_tag="BQ2027_MB0840C" + CDS complement(910860..911672) + /locus_tag="BQ2027_MB0840C" + /note="Mb0840c, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv0817c, + len: 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 270 aa overlap). Probable conserved + exported protein, with N-terminal signal sequence, + equivalent (but shorter 13 aa) to + U15182|MLU15182_22|U2266M probable exported protein from + Mycobacterium leprae (283 aa), FASTA scores: opt: 1287, + E(): 0, (73.0% identity in 270 aa overlap). Protein + product from Mb0840c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0840c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99439.1" + /db_xref="InterPro:IPR021373" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWI7" + /translation="MPMRKVLVGVTGAAIVVAVLIVGAVGADFGASIYAEYRLSTTVR + KAANLRSDPFVAILRFPFIPQAMREHYAELEIKAFAVEHAGSGTATLEATMHSIDLSY + ASWLIRPDAKLPVGELESRIIIDSMHLGRYLGISDLMVAAPRQESNDATGGTTESGIS + GSRGLVFSGTPISANFAHRVSVLVDLSVASDDRATLVITPTAVVTGPDTADQPVPDDK + RDAVLHAFASKLPNQKLPFGVVPNTVGARGSDVIIEGITRGVTISLDEFKQS" + gene 911802..912569 + /locus_tag="BQ2027_MB0841" + CDS 911802..912569 + /locus_tag="BQ2027_MB0841" + /note="Mb0841, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv0818, len: + 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 255 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, highly similar to + Q05943|GLNR_STRCO|L03213|STMGLNR_1|SCD84.26c + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (267 aa), FASTA scores: opt: 945, E(): 0, (61.5 + identity in 239 aa overlap); and similar to others from + other organisms. Also similar to Rv2884|MTCY274.15|Z74024 + from Mycobacterium tuberculosis (252 aa), FASTA scores: + opt: 662, E(): 0, (47.8% identity in 226 aa overlap). + Protein product from Mb0841 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0841 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99440.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ5" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ5" + /translation="MLELLLLTSELYPDPVLPALSLLPHTVRTAPAEASSLLEAGNAD + AVLVDARNDLSSGRGLCRLLSSTGRSIPVLAVVSEGGLVAVSADWGLDEILLPSTGPA + EIDARLRLVVGRRGDLADQESLGKVSLGELVIDEGTYTARLRGRPLDLTYKEFELLKY + LAQHAGRVFTRAQLLHEVWGYDFFGGTRTVDVHVRRLRAKLGPEHEALIGTVRNVGYK + AVRPARGRPPAADPDDEDADPGRDGMQEPLVDPLRSQ" + gene 912566..913513 + /gene="mshD" + /locus_tag="BQ2027_MB0842" + CDS 912566..913513 + /gene="mshD" + /locus_tag="BQ2027_MB0842" + /note="Mb0842, -, len: 315 aa. Equivalent to Rv0819, len: + 315 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 315 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + U2266N|U15182|MLU15182_24 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (312 aa), FASTA scores: opt: 1540, + E(): 0, (75.2% identity in 314 aa overlap). Also highly + similar to CAB88484.1|AL353816 putative acetyltransferase + from Streptomyces coelicolor (309 aa). Protein product + from Mb0842 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0842 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase, mshd" + /protein_id="SIT99441.1" + /db_xref="GOA:Q7U173" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR017813" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U173" + /translation="MTALDWRSALTADEQRSVRALVTATTAVDGVAPVGEQVLRELGQ + QRTEHLLVAGSRPGGPIIGYLNLSPPRGAGGAMAELVVHPQSRRRGIGTAMARAALAK + TAGRNQFWAHGTLDPARATASALGLVGVRELIQMRRPLRDIPEPTIPDGVVIRTYAGT + SDDAELLRVNNAAFAGHPEQGGWTAVQLAERRGEAWFDPDGLILAFGDSPRERPGRLL + GFHWTKVHPDHPGLGEVYVLGVDPAAQRRGLGQMLTSIGIVSLARRLGGRKTLDPAVE + PAVLLYVESDNVAAVRTYQSLGFTTYSVDTAYALAGTDN" + gene 913556..914332 + /gene="phoT" + /locus_tag="BQ2027_MB0843" + CDS 913556..914332 + /gene="phoT" + /locus_tag="BQ2027_MB0843" + /note="Mb0843, phoT, len: 258 aa. Equivalent to Rv0820, + len: 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 258 aa overlap). Probable phoT, + phosphate-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to + PhoT|MLU15182_28|U15182 phosphate transport system ABC + transporter from Mycobacterium leprae (258 aa), FASTA + scores: opt: 1556, E(): 0, (91.5% identity in 258 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + CAB88472.1|AL353816 phosphate ABC transport system + ATP-binding protein from Streptomyces coelicolor (258 aa); + etc. Note that also highly similar to many PstB proteins + e.g. AAC15686.1|AF045938|PstB putative ABC transporter + nucleotide binding subunit from Mycobacterium smegmatis + (258 aa). Contains PS00211 ABC transporters family + signature and PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb0843 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0843 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER PHOT" + /protein_id="SIT99442.1" + /db_xref="GOA:Q7U172" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005670" + /db_xref="InterPro:IPR015850" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U172" + /translation="MAKRLDLTDVNIYYGSFHAVADVSLAILPRSVTALIGPSGCGKT + TVLRTLNRMHEVIPGARVEGAVLLDDQDIYAPGIDPVGVRRAIGMVFQRPNPFPAMSI + RNNVVAGLKLQGVRNRKVLDDTAESSLRGANLWDEVKDRLDKPGGGLSGGQQQRLCIA + RAIAVQPDVLLMDEPCSSLDPISTMAIEDLISELKQQYTIVIVTHNMQQAARVSDQTA + FFNLEAVGKPGRLVEIASTEKIFSNPNQKATEDYISGRFG" + gene complement(914388..915029) + /gene="phoY2" + /locus_tag="BQ2027_MB0844C" + CDS complement(914388..915029) + /gene="phoY2" + /locus_tag="BQ2027_MB0844C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0844c, phoY2, len: 213 aa. Equivalent to Rv0821c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Probable phoY2, + phosphate-transport system regulatory protein, highly + similar to PhoY|MLU15182_29|U15182 phosphate transport + system regulator from Mycobacterium leprae (222 aa), FASTA + scores: opt: 1268, E(): 0, (93.0% identity in 213 aa + overlap). Also similar to others e.g. + NP_384620.1|NC_003047 PROBABLE PHOSPHATE TRANSPORT SYSTEM + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PROTEIN from Sinorhizobium + meliloti (237 aa); etc. Also highly similar to + MTCI418A.03c|Z96070|PhoY1 PROBABLE PHOSPHATE TRANSPORT + SYSTEM TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (221 aa), FASTA scores: opt: + 937, E(): 0, (63.4% identity in 213 aa overlap). BELONGS + TO THE PHOU FAMILY. TBparse score is 0.910. Protein + product from Mb0844c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0844c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATE-TRANSPORT SYSTEM + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOY2" + /protein_id="SIT99443.1" + /db_xref="GOA:P65721" + /db_xref="InterPro:IPR026022" + /db_xref="InterPro:IPR028366" + /db_xref="InterPro:IPR038078" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65721" + /translation="MRTAYHEQLSELSERLGEMCGLAGIAMERATQALLQADLVLAEQ + VISDHEKIATLSARAEESAFVLLALQAPVAGDLRAIVSAIQMVADIDRMGALALHVAK + IARRRHPQHALPEEVNGYFAEMGRVAVELGNSAQEVVLSHDPEKAAQIREEDDAMDDL + HRHLFTVLMDREWKHGVAAAVDVTLLSRFYERFADHAVEVARRVIFQATGAFP" + gene complement(915087..917141) + /locus_tag="BQ2027_MB0845C" + CDS complement(915087..917141) + /locus_tag="BQ2027_MB0845C" + /note="Mb0845c, -, len: 684 aa. Equivalent to Rv0822c, + len: 684 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 684 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar in the region between aa 370 - 580 + to U2266O|U15182|MLU15182_30 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (222 aa), FASTA scores: opt: 819, + E(): 0, (60.6% identity in 221 aa overlap). More extended + similarity to Rv3267|Z92771|MTCY71_7 from Mycobacterium + tuberculosis (498 aa), FASTA scores: opt: 434, E(): + 2.2e-17, (26.6% identity in 541 aa overlap), and Rv3484. + Also similar to various proteins, preferiously putative + membrane proteins and membrane-bound regulatory proteins + e.g. CAC44512.1|AL596138 putative membrane protein from + Streptomyces coelicolor (524 aa); U56901|BSU56901_1 + regulatory protein from Bacillus subtilis (391 aa), FASTA + scores: opt: 225, E(): 1.3e-05, (24.7% identity in 340 aa + overlap). Contains hydrophobic stretch (aa ~ 160-195) and + PS00041 Bacterial regulatory proteins, araC family + signature. Mb0845c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cell envelope-associated transcriptional + attenuator LytR-CpsA-Psr, subfamily A1" + /protein_id="SIT99444.1" + /db_xref="InterPro:IPR004474" + /db_xref="InterPro:IPR027381" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL2" + /translation="MSDGESAAPWARLSESAFPDGVDRWITVPPATWVAAQGPRDTQN + VGCHATGAVSVADLIARLGPAFPDLPTHRHVAPEPEPSGRGPKVPDDADDQQDTEAIA + IPAHSLEFLSELPDLRAANYPRADHARREPELPGKQLTGSARVRPLRIRRTSPAPAKP + APNSGRRPMVLAARSLAALFAALALALTGGAWQWSASKNSRLNMVSALDPHSGDIVNP + SGQHGDENFLLVGMDSRAGANANIGAGDAEDAGGARSDTVMLVNIPASRERVVAVSFP + RDLAITPIQCEAWNPETGKYGPIYDEKTGTMGPRLVYTETKLNSAFSFGGPKCLVKVI + QKLSGLSINRFIAIDFVGFARMVEALGGVEVCSTTPLRDYELGTVLEHAGRQVIDGPT + ALNYVRARQVTTESNGDYGRIKRQQLFLSSLLRSMISTDTLFNLSRLNNVVNMFIGNS + YVDNVKTKDLVELGRSLQHMAAGHVTFVTVPTGITDQNGDEPPRTSDMKALFTAIIDD + DPLPLENDHNAQRLGNTPSTPPTTTKKAPQAGLTNEIQHQQVTTTSPKEVTVQVSNST + GQAGLATTATDQLKRNGFNVMAPDDYPSSLLATTVFFSPGNEQAAATVAAVFGQSKIE + RVTGIGQLVQVVLGQDFSAVRAPLPSGSTVSVQISRNSSSPPTKLPEDLTVTNAADTT + CE" + gene complement(917307..918476) + /locus_tag="BQ2027_MB0846C" + CDS complement(917307..918476) + /locus_tag="BQ2027_MB0846C" + /note="Mb0846c, -, len: 389 aa. Equivalent to Rv0823c, + len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 389 aa overlap). Possible + transcriptional regulator (resembles nitrogen regulation + protein), equivalent (but longer 24 aa in N-terminus) to + MLU15182_31|U15182|NtrB NtrB protein from Mycobacterium + leprae (384 aa), FASTA scores: opt: 2070, E(): 0, (82.3% + identity in 384 aa overlap) (see citation below). Also + highly similar to CAB63312.1|AL133471|SCC82.03c + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (406 + aa); and to many transcriptional regulators members of + UPF0034 FAMILY (NIFR3/SMM1) e.g. D26185|BAC180K_143 + protein similar to transcriptional regulator (nitrogen + regulation protein) from Bacillus subtilis (333 aa), FASTA + scores: opt: 609, E(): 1.4e-32, (38.3% identity in 326 aa + overlap); NP_349795.1|NC_003030 NifR3 family enzyme from + Clostridium acetobutylicum (321 aa); etc. Contains PS01136 + Uncharacterized protein family UPF0034 signature. Protein + product from Mb0846c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0846c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99445.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWX6" + /db_xref="InterPro:IPR001269" + /db_xref="InterPro:IPR004652" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR018517" + /db_xref="InterPro:IPR024036" + /db_xref="InterPro:IPR035587" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWX6" + /translation="MSRRRAIQPSPALRIGPIELASPVVLAPMAGVTNVAFRALCRQL + EQSKVGTVSGLYVCEMVTARALIERHPVTMHMTTFSADESPRSLQLYTVDPDTTYAAA + RMIAGEGLADHIDMNFGCPVPKVTKRGCGAALPFKRRLFGQIVAAAVRATEGTDIPVT + VKFRIGIDDAHHTHLDAGRIAEAEGAAAVALHARTAAQRYSGTADWEQIARLKQHVRT + IPVLGNGDIYDAGDALAMMSTTGCDGVVIGRGCLGRPWLFAELSAAFTGSPAPTPPTL + GEVADIIRRHGTLLAAHFGEDKGMRDIRKHIAWYLHGFPAGSALRRALAMVKTLDELD + CLLDRLDGTVPFPDSATGARGRQGSPARVALPDGWLTDPDDCRVPEGADAMGSGG" + gene complement(918564..919580) + /gene="desA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0847C" + CDS complement(918564..919580) + /gene="desA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0847C" + /standard_name="des" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0847c, desA1, len: 338 aa. Equivalent to Rv0824c, + len: 338 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 338 aa overlap). Probable desA1 + (alternate gene name: des), acyl-[acyl-carrier protein] + desaturase (stearoyl-ACP desaturase) (EC 1.14.19.2) (see + first citation below), equivalent to U15182|MLU15182_32 + acyl-[ACP] desaturase from Mycobacterium leprae (338 aa), + FASTA scores: opt: 1880, E(): 0, (79.9% identity in 338 aa + overlap); and highly similar in part to fragment + CAB96061.1|AJ250019 Steroyl-ACP-desaturase from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (93 aa). Also + similar to other fatty acid desaturases e.g. T35035 + probable acyl-[acyl-carrier protein] desaturase from + Streptomyces coelicolor (328 aa); Q40731|STAD_ORYSA + ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE PRECURSOR from + Oryza sativa (Rice) (390 aa); etc. Also highly similar to + desA2|Rv1094 from Mycobacterium tuberculosis (275 aa). + Contains PS00225 Crystallins beta and gamma 'Greek key' + motif signature. BELONGS TO THE FATTY ACID DESATURASE + FAMILY. COFACTOR: FERREDOXIN, FERREDOXIN NADPH REDUCTASE, + AND NADPH. Protein product from Mb0847c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0847c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE + DESA1 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE) + (PROTEIN DES)" + /protein_id="SIT99446.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ1" + /db_xref="InterPro:IPR005067" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012348" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ1" + /translation="MSAKLTDLQLLHELEPVVEKYLNRHLSMHKPWNPHDYIPWSDGK + NYYALGGQDWDPDQSKLSDVAQVAMVQNLVTEDNLPSYHREIAMNMGMDGAWGQWVNR + WTAEENRHGIALRDYLVVTRSVDPVELEKLRLEVVNRGFSPGQNHQGHYFAESLTDSV + LYVSFQELATRISHRNTGKACNDPVADQLMAKISADENLHMIFYRDVSEAAFDLVPNQ + AMKSLHLILSHFQMPGFQVPEFRRKAVVIAVGGVYDPRIHLDEVVMPVLKKWRIFERE + DFTGEGAKLRDELALVIKDLELACDKFEVSKQRQLDREARTGKKVSAHELHKTAGKLA + MSRR" + gene complement(919742..920383) + /locus_tag="BQ2027_MB0848C" + CDS complement(919742..920383) + /locus_tag="BQ2027_MB0848C" + /note="Mb0848c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv0825c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar, but in part (between + aa ~43-96) to fadD27|Rv0275c|MTV035.03 PUTATIVE + FATTY-ACID-COA LIGASE from Mycobacterium tuberculosis (241 + aa), FASTA scores: E(): 7.3e-09, (32.6% identity in 190 aa + overlap). Also shows similarity with other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0078|AL0214|MTV030_22 + (201 aa), FASTA scores: opt:118, E(): 0.32, (34.5% + identity in 113 aa overlap); etc. Protein product from + Mb0848c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0848c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, AcrR family" + /protein_id="SIT99447.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ9" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ9" + /translation="MQTGQNRGRWSGVPLESRHALRRDNLVAAGVQLLGGAGGPALTV + RAVCRHAGLTERYFYESFADREHFVRAVYDDVCTRAMATLTSAQTPREAVEQFVELMV + DDPVRGRVLLLAPAVEPALTRSGAEWMPNFIELLQRKLSRIVDPVLQKLVATSLIGAL + TGLFTAYLNGRLGATRKQFIDYCVNMLLSTAATYAPHRERGESEHSIPAGPHN" + gene 920464..921519 + /locus_tag="BQ2027_MB0849" + CDS 920464..921519 + /locus_tag="BQ2027_MB0849" + /note="Mb0849, -, len: 351 aa. Equivalent to Rv0826, len: + 351 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 351 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to CAB94053.1|AL358672|SC7A12.06 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (300 + aa); and NP_421372.1|NC_002696 hypothetical protein from + Caulobacter crescentus (299 aa). Also similar to other + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv1645c|Z85982|MTCY06H11.09 (351 aa), FASTA scores: opt: + 1199, E(): 0, (57.5% identity in 299 aa overlap); Rv2237; + Rv0276; etc. Mb0849 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99448.1" + /db_xref="InterPro:IPR018713" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWI6" + /translation="MTQDTSATCPLTSTVQDSSPVAGQLGRPIGFRGLAGGCPVSPLG + YESPPLPLGPDSLTWRYFGDWRGMLQGPWAGSMQNMHPQLGAAVEDHSTFFRGRWPRL + LRSLYPIGGVVFDGDRAPVTGVQVRDYHITIKGVDGAGRRYHALNPDVFYWAHATFFV + GTLHVAERFCGGLTEAQRRQLFDEHVQWYRMYGMSMRPVPATWEEFQDYWDHMCRNVL + ENNFAARAVLDLTELPKPPFAQRVPDWLWAAPRKLLARFFVWLTVGLYDPPVRELMGY + RWLRRDEWLHRRFGDIVQLVFALVPFRFRKHPRARAGWDRATGRIPADAPLVQTPARN + LPPPDERDNPTHYCPKV" + gene complement(921571..921963) + /gene="kmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB0850C" + CDS complement(921571..921963) + /gene="kmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB0850C" + /note="Mb0850c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv0827c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, similar to many e.g. + CAC42856.1|AL592292 putative regulatory protein from + Streptomyces coelicolor (115 aa); NP_301626.1|NC_002677 + putative ArsR-family transcriptional regulator from + Mycobacterium leprae (140 aa); BSUB0011_75|O31844|Z99114 + YOZA PROTEIN from Bacillus subtilis (107 aa), FASTA + scores: opt: 208, E(): 3.2e-08, (35.5% identity in 93 aa + overlap); etc. Also similar to MTCY27.22c|Z95208 from + Mycobacterium tuberculosis (135 aa), FASTA scores: opt: + 201, E(): 1.2e-07, (35.7% identity in 98 aa overlap). + Contains probable helix-turn helix motif from aa 42-63 + (Score 1300, +3.61 SD). Mb0850c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="metal sensor transcriptional regulator kmtr + (arsr-smtb family)" + /protein_id="SIT99449.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWJ7" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ7" + /translation="MYADSGPDPLPDDQVCLVVEVFRMLADATRVQVLWSLADREMSV + NELAEQVGKPAPSVSQHLAKLRMARLVRTRRDGTTIFYRLENEHVRQLVIDAVFNAEH + AGPGIPRHHRAAGGLQSVAKASATKDVG" + gene complement(922021..922443) + /locus_tag="BQ2027_MB0851C" + CDS complement(922021..922443) + /locus_tag="BQ2027_MB0851C" + /note="Mb0851c, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv0828c, + len: 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Possible deaminase + (EC 3.5.-.-), with its N-terminus highly similar to middle + part of NP_302602.1|NC_002677 possible + cytidine/deoxycytidylate deaminase from Mycobacterium + leprae (171 aa). Also similar to other deaminases e.g. + CAC18715.2|AL451182 putative deaminase from Streptomyces + coelicolor (167 aa); NP_251189.1|NC_002516 probable + deaminase from Pseudomonas aeruginosa (151 aa); + NP_108387.1|NC_002678 nitrogen fixation protein gene from + Mesorhizobium loti (149 aa); etc. Also similar to many + conserved hypothetical proteins e.g. NP_389200.1|NC_000964 + hypothetical protein from Bacillus subtilis (156 aa), + FASTA scores: E(): 1.3e-07, (38.9% identity in 95 aa + overlap); etc. And similar to Rv3752c possible deaminase + from Mycobacterium tuberculosis. Contains PS00903 Cytidine + and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region + signature. BELONGS TO THE CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE + DEAMINASES FAMILY. Mb0851c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DEAMINASE" + /protein_id="SIT99450.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWK4" + /db_xref="InterPro:IPR002125" + /db_xref="InterPro:IPR016192" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK4" + /translation="MPAGMAGFRRWAQTNDPTAHAESLAIRAACTKLGTEHLVGTTLN + VLAHPCPMCYGSLYYCSPDEVVFLTSRDAYEPHYVDDRRYFEPATFYDEFAKEWQDRR + LPMRQEHRPDIRAGAVDVYRFRQEPNGGERSAIAAPTG" + gene 922405..922695 + /locus_tag="BQ2027_MB0852" + CDS 922405..922695 + /locus_tag="BQ2027_MB0852" + /note="Mb0852, -, len: 96 aa. Equivalent to Rv0829, len: + 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 96 aa overlap). Possible transposase + for IS1605' (fragment), similar to C-terminal end of many + mycobacterial transposases and hypothetical proteins e.g. + Z74024|MTCY274_16 from Mycobacterium tuberculosis (460 + aa), FASTA scores: opt: 668, E(): 6.2e-32, (98.9% identity + in 93 aa overlap); MTV002_57|O33333 TRANSPOSASE from + Mycobacterium tuberculosis; L07627|SERRY1_1 insertion + element IS1136 from Saccharopolyspora erythraea (90 aa), + FASTA score: (34.9% identity in 83 aa overlap). Mb0852 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase (fragment)" + /protein_id="SIT99451.1" + /db_xref="InterPro:IPR010095" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ4" + /translation="MGPSSKTCHACRHVQDIGWDEKWQCDGCSITHQRDDNAAINLAR + YEEPPSVVGPVGAAVKRGADRKTGPGPAGGREARKGTGHPAGEQPRDGVLVA" + gene 922405..922692 + /locus_tag="BQ2027_IS1605'" + mobile_element 922405..922692 + /locus_tag="BQ2027_IS1605'" + /note="IS1605', len: 288 nt. Equivalent to IS1605', len: + 288 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.7% identity in 288 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1605" + gene 922800..923705 + /locus_tag="BQ2027_MB0853" + CDS 922800..923705 + /locus_tag="BQ2027_MB0853" + /note="Mb0853, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv0830, len: + 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 301 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, member of Mycobacterium tuberculosis + protein family consisting of the proteins Rv0726c, + Rv0731c, Rv3399, Rv1729c|Z81360|MTCY4C12_14c (312 aa), + FASTA scores: opt: 1014, E(): 0, (54.1% identity in 292 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0853 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0853 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIT99452.1" + /db_xref="GOA:Q7U163" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U163" + /translation="MVRADRDRWDLATSVGATATMVAAQRALAADPRYALIDDPYAAP + LVRAVGMDVYTRLVDWQIPVEGDSEFDPQRMATGMACRTRFFDQFFLDATHSGIGQFV + ILASGLDARAYRLAWPVGSIVYEVDMPEVIEFKTATLSDLGAEPATERRTVAVDLRDD + WATALQTAGFDPKVPAAWSAEGLLVYLPVEAQDALFDNITALSAPGSRLAFEFVPDTA + IFADERWRNYHNRMSELGFDIDLNELVYHGQRGHVLDYLTRDGWQTSALTVTQLYEAN + GFAYPDDELATAFADLTYSSATLMR" + gene complement(923724..924539) + /locus_tag="BQ2027_MB0854C" + CDS complement(923724..924539) + /locus_tag="BQ2027_MB0854C" + /note="Mb0854c, -, len: 271 aa. Equivalent to Rv0831c, + len: 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 271 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Rv0347|MTY13E10_7|Z95324 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (328 aa), FASTA scores: opt: 426, E(): + 2.6e-21, (33.6% identity in 262 aa overlap). Protein + product from Mb0854c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0854c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99453.1" + /db_xref="InterPro:IPR026349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI9" + /translation="MLPETNQDEVQPNAPVALVTVEIRHPTTDSLTESANRELKHLLI + NDLPIERQAQDVSWGMTAPGGAPTPVADRFVRYVNRDNTTAASLKNQAIVVETTAYRS + FEAFTDVVMRVVDARAQVSSIVGLERIGLRFVLEIRVPAGVDGRITWSNWIDEQLLGP + QRFTPGGLVLTEWQGAAVYRELQPGKSLIVRYGPGMGQALDPNYHLRRITPAQTGPFF + LLDIDSFWTPSGGSIPEYNRDALVSTFQDLYGPAQVVFQEMITSRLKDELLRQ" + gene complement(924627..924699) + /locus_tag="BQ2027_LYST" + tRNA complement(924627..924699) + /locus_tag="BQ2027_LYST" + /product="tRNA-Lys" + /note="lysT, len: 73 nt. Equivalent to lysT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Lys, anticodon ttt." + gene 924823..924896 + /locus_tag="BQ2027_GLUT" + tRNA 924823..924896 + /locus_tag="BQ2027_GLUT" + /product="tRNA-Glu" + /note="gluT, len: 74 nt. Equivalent to gluT, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Glu, anticodon ttc." + gene 924934..925007 + /locus_tag="BQ2027_ASPT" + tRNA 924934..925007 + /locus_tag="BQ2027_ASPT" + /product="tRNA-Asp" + /note="aspT, len: 74 nt. Equivalent to aspT, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Asp, anticodon gtc." + gene 925037..925110 + /locus_tag="BQ2027_PHEU" + tRNA 925037..925110 + /locus_tag="BQ2027_PHEU" + /product="tRNA-Phe" + /note="pheU, len: 74 nt. Equivalent to pheU, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Phe, anticodon gaa." + gene 925781..926194 + /gene="PE_PGRS12" + /locus_tag="BQ2027_MB0855" + CDS 925781..926194 + /gene="PE_PGRS12" + /locus_tag="BQ2027_MB0855" + /note="Mb0855, PE_PGRS12, len: 137 aa. Equivalent to + Rv0832, len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 137 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, possibly PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + others e.g. MTCY1A11.25c|Z78020 (498 aa), FASTA scores: + opt: 529, E(): 5.2e-22, (61.8% identity in 136 aa + overlap); etc. Appears to have incurred frameshift as next + ORF should be continuation; sequence has been checked but + no error found. Mb0855 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs12" + /protein_id="SIT99454.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM1" + /translation="MSYVSVLPATLATAATEVARIGSALSLASAVAAAQTSAVQAAAA + DEVSAAIAALFSAHGRDFQALSARAAAFHHEFVQALAAGAGSYAVAEIAAASPLQSLI + DVFNAPIQAATGRPLIGNGANGQPGTGAPGGPAGG" + gene 926191..928512 + /gene="PE_PGRS13" + /locus_tag="BQ2027_MB0856" + CDS 926191..928512 + /gene="PE_PGRS13" + /locus_tag="BQ2027_MB0856" + /note="Mb0856, PE_PGRS13, len: 773 aa. Equivalent to + Rv0833, len: 749 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PE family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, but + lacking N-terminal domain (present in preceding ORF), + possibly due to frameshift. Similar in part to many others + e.g. MTCY28_25|Z95890 (914 aa), FASTA scores: opt: 2726, + E(): 0, (60.1% identity in 773 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 84 bp insertion leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (773 aa + versus 749 aa). Mb0856 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs13" + /protein_id="SIT99455.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWY6" + /translation="MIGNGGAGGSGAPGAIGGAGGPAGLIGVGGAGGAGGDSAVAGVI + GGAGGAGGAALLFGAGGAGGAGGSGGSGAAGGAGGAGGAGGLFASGGSGGFGGFASTG + TGGAGGTGGAGGLFASGGVGGTGGGAGSGGTGGVGGTGGAGGLFASGGAGGAGGSGGT + GGAGGTGGAGGLFGAGGAGGLGGQGNHTGGHGGAGGSAGLLALGDGGAGGAGGAATTG + TGGAGGAGGKAGLLFGSGGAGGSGGAAGTFGDTGNSGGAGGAGGKAGLLFGSGGAGGS + GGAGGFANGSTGGAGGAGGGAGLIGNGGNGGSGGTSVATGGAGNGGAGGAGGGAGLIG + NGGNGGSGGMGDAPGGTGVGGIGGLLLGLDGANAPASTNPLHTAQQQALAAVNAPIQA + VTGRPLIGNGANGAPGSGAPGGHGGWLFGGGGTGGSGVSGGAGGDGGAGGILFGAGGA + GGAGGAVTGTGATGGSGGAGGGALLFGAGGAGGAGGSSGIGGFAAGGAGGPGGAGGLF + NGGGAGGAGGSGVSGGAGGEGGAGGAGGLFAGGGIGGAGGFGGFRGGEGGAGGAGGLF + AGGGAGGAGGSGNNVGGAGGAGGVGGLFGAGGAGGSGGGGSVAGDGGAGGNAGLLAPG + LAGGAGGGGGQGFDTGGAGGPGGDAGLLVGSGGVGGAGGFGLTTGGPGAAGGDAGLLF + GSGGAGGAGGSGRTDLGGAGGAGGKAGLIGNGGNGGAGGAGGAGGPGGAAFGLGNGGN + GGNGGTGTSAGSPGAGGAGGSLIGAEGLPGLLP" + gene complement(928739..931234) + /gene="PE_PGRS14" + /locus_tag="BQ2027_MB0857C" + CDS complement(928739..931234) + /gene="PE_PGRS14" + /locus_tag="BQ2027_MB0857C" + /note="Mb0857c, PE_PGRS14, len: 831 aa. Equivalent to + Rv0834c, len: 882 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, highly + similar to many others e.g. MTCY493_4|Z95844 (1329 aa), + FASTA scores: opt: 2577, E(): 0, (52.0% identity in 950 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, deletions of 143 bp and 9 bp + (cgccgttgc-*), leads to a shorter product compared to the + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (831 aa + versus 882 aa). Mb0857c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs14" + /protein_id="SIT99456.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK0" + /translation="MSFVIAAPDLVAMATEDLAGIGASLTAANAAAAVPTSGLLAAAG + DEVSAAIAALFSSHGQQYQAMSAQAAAFHARFVQALAGAMGAYAAAEAANASPLQTLE + QGLLGAINAPAAALSGRPFIGNGTNGAPGTGEAGGPGGWLLGNGGNGGSGAPGQTGGA + GGAAGLLGHGGTGGAGGTGASGGKGGTGGWLWGSGGAGGAGGSGGGSGGAGGNALMFG + IGGNGGAGGAASGVGNGGVGGAGGAGGALVAIGGAGGAGGAATTGTGGAGGAGSNALG + LFLGLGGSGGQGGDSAMGSGGAGGAGGSGGAASPFGIDIGIGGAGGHGGAGTNGGAGG + AGGAGGSSGTVFALDLSWGGAGGNGGAATTGTGGAGGTGGFAVAPDFIGFGAAYGGAG + GLGGAATGAGGTGGTGGVGAGGFAALGVGVGGAGGAGGAATETGGIGGAGGLGVGLLG + GAGGAGGPGGAASAGSGGHGGTGGDALGLIGAGIGGVGGVGGAATDTGGNGGAGGSGT + GLLGGVGGAGGHGGGASVGTGGSGGAGGDGFGFVGAGGNGGNAGTGVGVNGANGGNGG + SATGALAAVGGAGAAGGDATSGTGGFGGAGGSARGLIFALGGAGAAGGDASTGVGGPG + GPGGTGTASSPFGIAIAIGGAGAQGGAGTSGATGGAGGDGVFEGIAVLGLGFGGAAGA + GGAATGDGATGGAGGFGGAGAGIANFLGFSVLHGGAGGAGGTATGTGGNGGAGGGGGL + SSPVILGIGIGGAGGNGGDALGLVGVGGNGGNAGTGFGANTGGNGGDTTIVVNGMLAP + STLGYGGNGVNGGAGGTGGKAGVFGAPGQNGLP" + gene 931702..932346 + /gene="lpqQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0858" + CDS 931702..932346 + /gene="lpqQ" + /locus_tag="BQ2027_MB0858" + /note="Mb0858, lpqQ, len: 214 aa. Equivalent to Rv0835, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 214 aa overlap). Possible lpqQ, + lipoprotein. Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb0858 detected using shotgun mass spectrometry. Mb0858 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPOPROTEIN LPQQ" + /protein_id="SIT99457.1" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK8" + /translation="MCCSTAAKSAVIVCCAAIATTACSFQATSTQPSTAPPTSRVDSL + IVSIEDVRRIANYEELAAHFQTDLREPPEADTNVPGPCRVVGSSDRTFGTDWSEFRSA + GYHGVTDDLRPGGPVMVETVSQAIALYPDPSTARGVFHRLESSLAECAGLHDPYFDFI + LGRPDASTVRIGAAGWSHVYRLKSSVFISVGVLGIEPAEPIANVILQTISDRIQ" + gene complement(932959..933681) + /locus_tag="BQ2027_MB0859C" + CDS complement(932959..933681) + /locus_tag="BQ2027_MB0859C" + /note="Mb0859c, -, len: 240 aa. Equivalent to Rv0836c, + len: 217 aa (start uncertain), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 217 aa + overlap). Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transition (a-g) leads to a longer product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (240 aa versus 217 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99458.1" + /db_xref="InterPro:IPR014513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWJ6" + /translation="MLVGAQCRDLLHWRFCRGVPPRATNDTDIAGTLNNWDHFEAIRA + TFRALGSTGHRFLIADRAVDALPFGEVESPTGTTRHPPGNQLMNVHGCTDAYLRADVL + PLPGGLTVHLPQPPNYAVLKLHAWLDRSADHDYKDGPDLALVVHWYAGDLDRLYAKPD + QWALRRHDFDLRTAAAALLGHDMRASVSAPEAAVLATRATQADHDLLAQHFAVGRPGW + PTTTASRRPLVEALLDQLTPGS" + gene complement(933752..934780) + /locus_tag="BQ2027_MB0860C" + CDS complement(933752..934780) + /locus_tag="BQ2027_MB0860C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0860c, -, len: 342 aa. Equivalent to Rv0837c, + len: 342 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 342 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. TBparse score is 0.941." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99459.1" + /db_xref="InterPro:IPR016600" + /db_xref="InterPro:IPR019238" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK7" + /translation="MDQIGADLAEAVERHLTEYGVRVLGGLSALNSAHPESLDLEIDA + HPLTITALYLPHLSATAALQAWDTAGAGSPLLVVGPRLHPSSAETLRARGLWYIDGAG + NAYLRHQGGLLIDVRGRRSAVSAQPGTLGDGLHSDGPRNPFTPKRAQVVCVLLDAPQL + VDAPLRAIAASAGVSVGMAKETMDTLRTTGFFEHLGSRRRLVRTDELLDLWAAAYPGG + LGRANKLLVASGDIHTWSAPDGLAVAVSGEQALPDEIRNPESLMLYVDTPAPGLPADL + LIHNRWHRDPHGSIVIRKLFWRNLPDEQPGLAPTALIYADLLASREPRQVEVAHLMRR + QDERLARL" + gene 935469..936245 + /gene="lpqR" + /locus_tag="BQ2027_MB0861" + CDS 935469..936245 + /gene="lpqR" + /locus_tag="BQ2027_MB0861" + /note="Mb0861, lpqR, len: 258 aa. Equivalent to Rv0838, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 258 aa overlap). Probable lpqR, + conserved lipoprotein. Similar (except in N-terminus) to + hypothetical proteins and D-alanyl-D-alanine dipeptidases + e.g. NP_416005.1|NC_000913 hypothetical protein from + Escherichia coli strain K12 (193 aa); + NP_421076.1|NC_002696 D-alanyl-D-alanine dipeptidase from + Caulobacter crescentus (212 aa); Q06241|VANX_ENTFC + D-ALANYL-D-ALANINE DIPEPTIDASE from Enterococcus faecium + (202 aa), FASTA scores: opt: 198, E(): 1.9e-05, (28.1% + identity in 199 aa overlap); etc. Contains signal sequence + and appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 6bp insertion (*-cggccc) leads to a slightly longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (258 aa versus 256 aa). Mb0861 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQR" + /protein_id="SIT99460.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWL7" + /db_xref="InterPro:IPR000755" + /db_xref="InterPro:IPR009045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL7" + /translation="MRLIGRLRLLMVGLVVICGACACDRVSAGRWSESPSATSWPVRP + VNTTTPSGPVPPVSEAARAAGLVDVRGVVPDAAIDLRYATANNFTGTQLYPPGARCLV + HESMAEGLAAAAAVLRPHGQVLVFWDCYRPHDVQVRMFDVVPNPAWVARPGKYAHSHE + AGRSVDVTFASAQRQCPSVRRSGELCLADMGTDFDDFSSRATAFATQGVSAEAQANRA + HLRAAMQAGGLTVYSGEWWHFDGPGPGAGVDRPILEVPVD" + gene 936332..937144 + /locus_tag="BQ2027_MB0862" + CDS 936332..937144 + /locus_tag="BQ2027_MB0862" + /note="Mb0862, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv0839, len: + 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 270 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to various hypothetical + proteins or methyltransferases from yeast and bacteria + e.g. T34740|SC1E6.19c|AL033505|SC1E6_19 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (273 aa), FASTA + scores: opt: 1102, E(): 0, (58.6% identity in 263 aa + overlap); T38024|Z98598|SPAC1B3.06c hypothetical protein + from Schizosaccharomyces pombe (278 aa), FASTA scores: + opt: 562, E(): 1.9e-3, (36.4% identity in 269 aa overlap); + JC6531 avermectin B 5-O-methyltransferase (EC 2.1.1.-) + from Streptomyces avermitilis (283 aa); etc. Also similar + to other Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins + that may be methyltransferases e.g. Rv1523, Rv2952, + Rv1405c, etc. Protein product from Mb0862 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0862 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIT99461.1" + /db_xref="InterPro:IPR025714" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK5" + /translation="MNDKRRAIYTHGYHESVLRSHRRRTAENSAGYLLPYLVPGLSVL + DVGCGPGTITVDLAARVVPGSVTGVEPTDDALSLARAEAQLHRLSNISFTTSDVHKLD + FPDDAFDVVHAHQVLQHVADPVRALQEMRRVCTPGGIVAARDADYSGFIWFPKLPALD + RWLDLYERAARANGGEPDAGRRLLSWARAAGFDDVTPTASVWCFATASAREWWGLVWA + DRILQSDLAHQLVDSGLATAAQLEEISTAWREWAAAPDGWLAIPHGEILCRA" + gene complement(937212..938072) + /gene="pip" + /locus_tag="BQ2027_MB0863C" + CDS complement(937212..938072) + /gene="pip" + /locus_tag="BQ2027_MB0863C" + /note="Mb0863c, pip, len: 286 aa. Equivalent to Rv0840c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Possible pip, proline + iminopeptidase (EC 3.4.11.5), similar to many e.g. + P46541|PIP_BACCO PROLINE IMINOPEPTIDASE from BACILLUS + COAGULANS (288 aa), FASTA scores: opt: 657, E(): 0, (37.6% + identity in 282 aa overlap); NP_386922.1|NC_003047 + PUTATIVE PROLINE IMINOPEPTIDASE PROTEIN from Sinorhizobium + meliloti (296 aa); etc. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S33. + Protein product from Mb0863c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROLINE IMINOPEPTIDASE PIP (PROLYL + AMINOPEPTIDASE) (PAP)" + /protein_id="SIT99462.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYP0" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR002410" + /db_xref="InterPro:IPR005945" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYP0" + /translation="MEGTIAVPGGRVWFQRIGGGPGRPLLVVHGGPGLPHNYLAPLRR + LSDEREVIFWDQLGCGNSACPSDVDLWTMNRSVAEMATVAEALALTRFHIFSHSWGGM + LAQQYVLDKAPDAVSLTIANSTASIPEFSASLVSLKSCLDVATRSAIDRHEAAGTTHS + AEYQAAIRTWNETYLCRTRPWPRELTEAFANMGTEIFETMFGPSDFRIVGNVRDWDVV + DRLADIAVPTLLVVGRFDECSPEHMREMQGRIAGSRLEFFESSSHMPFIEEPARFDRV + MREFLRLHDI" + gene 938348..938590 + /locus_tag="BQ2027_MB0864" + CDS 938348..938590 + /locus_tag="BQ2027_MB0864" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0864, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv0841, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 80 aa overlap). Conserved transmembrane + protein, highly similar to C-terminus of next ORF + Rv0842|O53854 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (442 aa), FASTA scores: opt: 246, E(): + 3.3e-10, (59.7% identity in 72 aa overlap). Replace + previous Rv0841c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99463.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ9" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ9" + /translation="MVAASIVHHSAAPANRGRYHGIWSMTPVFASVVVPIMASYGPIH + GAHLLAAVVVGSAGAALCLPLARALRRPTPSAMTTD" + gene 938867..940159 + /locus_tag="BQ2027_MB0865" + CDS 938867..940159 + /locus_tag="BQ2027_MB0865" + /note="Mb0865, -, len: 430 aa. Equivalent to Rv0842, len: + 430 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 430 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, showing similarity with other + integral membrane proteins e.g. P28246|BCR_ECOLI + BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN from EScherichia coli (396 + aa), FASTA scores: opt: 216, E(): 5.4e-07, (23.7% identity + in 376 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99464.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWN0" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWN0" + /translation="MRYTGPERCSGDGQVRAAGDRYSTVIWLLGGNLLVRSAGFGYPF + LAYHVAGRGHGAGAVGAVVAAYGLGWAVGQLLCGWLVDRVGARVTLVSTMLVAAAVLV + LMAGLHTVPGLLVGAMIAGLVCDAPRPVLGAVIAELVADPQRRAQLDGWRYGWVLNIG + AAITGGVGGVVAGWLDTPVLYWINGIGCAIFAGLAGRCIPADVCRRTESGLRACTAMS + KVGYRQALSDKRLVLLAVSGLATLTTLMGFFAAVPMLMSASGLGVGAYGWVQLINALA + VVAVTPLLTPWLSKQLALGPRPDILAGAGVWVTLCMAAAGLARTTVGFSVAAAACSPG + EIAWFVVAAGIVHRIAPPAHGGRYHGIWSMAVAASSVAAPILAAFNLANGGRLVLAAT + TVTVGFFGAALCLPLARVLAAASCGPLSSKEPSRDSYQ" + gene 940143..941147 + /locus_tag="BQ2027_MB0866" + CDS 940143..941147 + /locus_tag="BQ2027_MB0866" + /note="Mb0866, -, len: 334 aa. Equivalent to Rv0843, len: + 334 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 334 aa overlap). Probable dehydrogenase + (EC 1.-.-.-), similar to various dehydrogenases e.g. + Q46142|Q46142 TPP-DEPENDENT ACETOIN DEHYDROGENASE (326 + aa), FASTA scores: opt: 500, E(): 2.4e-26, (32.3% identity + in 300 aa overlap); P51267|ODPA_PORPU PYRUVATE + DEHYDROGENASE E1 COMPONENT from Porphyra purpurea (344 + aa), FASTA scores: opt: 451, E(): 4.7e-23, (29.6% identity + in 311 aa overlap); etc. Also similar to Rv2497c|pdhA + pyruvate dehydrogenase E1 component from Mycobacterium + tuberculosis (367 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIT99465.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWZ4" + /db_xref="InterPro:IPR001017" + /db_xref="InterPro:IPR017596" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ4" + /translation="MTRTSEGLAAFVVDQLEELYRRMWVLRLLDMALEQLRIEGLING + PLQGGFGQEAVSVGAAAALGEGDVIITTHRPHAQHVGTDAPLGPVIADMLGATAGDLE + GADEDAHIADPRAGLPAAIRVVKQSPLLAIGHAYALWLRDTGRVTLCVTQDCDVDADA + FNEAADLAAVWQLPVVILVENIRGALSVHLGRYTHEPRVYRRAVAYGMPGVSVDGNDV + EAVRDCVANAVVRARAGGGPTLVQAITYRTTDFSGSDRGGYRDLAGSEQFLDPLIFAR + RRLIAAGTTRGRLDEQERAACQQVADAVAFAKDRARPNGGGPISRPTSGWHQQPKTRF + " + gene complement(941211..941861) + /gene="narL" + /locus_tag="BQ2027_MB0867C" + CDS complement(941211..941861) + /gene="narL" + /locus_tag="BQ2027_MB0867C" + /note="Mb0867c, narL, len: 216 aa. Equivalent to Rv0844c, + len: 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 216 aa overlap). Possible narL, + nitrate/nitrite response regulator protein, similar to + many e.g. CAB44989.1|AJ131854 NarL protein from + Pseudomonas stutzeri (218 aa); CAA75536.1|Y15252 + nitrate/nitrite regulatory protein from Pseudomonas + aeruginosa (216 aa); PCC6803|D64005|SYCSLRG_24 NarL + protein from Synechocystis sp. (209 aa), FASTA scores: + opt: 438, E(): 1.5e-23, (34.6% identity in 208 aa + overlap); etc. Also similar to unidentified regulator e.g. + CAB76009.1|AL157916 putative two-component system response + regulator from Streptomyces coelicolor (224 aa); etc. + Contains probable helix-turn helix motif from aa 170-191 + (Score 1124, +3.02 SD). Protein product from Mb0867c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0867c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL" + /protein_id="SIT99466.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWL1" + /db_xref="InterPro:IPR000792" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL1" + /translation="MSNPQPEKVRVVVGDDHPLFREGVVRALSLSGSVNVVGEADDGA + AALELIKAHLPDVALLDYRMPGMDGAQVPAAVRSYELPTRVLLISAHDEPAIVYQALQ + QGAAGFLLKDSTRTEIVKAVLDCAKGRDVVAPSLVGGLAGEIRQRAAPVAPVLSARER + EVLNRIACGQSIPAIAAELYVAPSTVKTHVQRLYEKLGVSDRAAAVAEAMRQRLLD" + gene 941945..943222 + /locus_tag="BQ2027_MB0868" + CDS 941945..943222 + /locus_tag="BQ2027_MB0868" + /note="Mb0868, -, len: 425 aa. Equivalent to Rv0845, len: + 425 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 425 aa overlap). Possible two-component + sensor kinase (EC 2.7.-.-), with its C-terminus similar to + C-terminal part of others e.g. NP_294951.1|NC_001263 + two-component sensor histidine kinase from Deinococcus + radiodurans (469 aa); CAC32293.1|AL583943 putative two + component system histidine kinase from Streptomyces + coelicolor (404 aa); NP_464546.1|NC_003210 protein similar + to two-component sensor histidine kinase from Listeria + monocytogenes (352 aa); BSUB0017_193|Z9912 two-component + sensor kinase from Bacillus subtilis (360 aa), FASTA + scores: opt: 275, E(): 1.6e-11, (30.3% identity in 234 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0868 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0868 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TWO COMPONENT SENSOR KINASE" + /protein_id="SIT99467.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWL8" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL8" + /translation="MPSYGNLGRLGGRHEYGVLVAMTSSAELDRVRWAHQLRSYRIAS + VLRIGVVGLMVAAMVVGTSRSEWPQQIVLIGVYAVAALWALLLAYSASRRFFALRRFR + SMGRLEPFAFTAVDVLILTGFQLLSTDGIYPLLIMILLPVLVGLDVSTRRAAVVLACT + LVGFAVAVLGDPVMLRAIGWPETIFRFALYAFLCATALMVVRIEERHTRSVAGLSALR + EELLAQTMTASEVLQRRIAEAIHDGPLQDVLAARQELIELDAVTPGDERVGRALAGLQ + SASERLRQATFELHPAVLEQVGLGPAVKQLAASTAQRSGIKISTDIDYPIRSGIDPIV + FGVVRELLSNVVRHSGATTASVRLGITDEKCVLDVADDGVGVTGDTMARRLGEGHIGL + ASHRARVDAAGGVLVFLATPRGTHVCVELPLKR" + gene complement(943435..944949) + /locus_tag="BQ2027_MB0869C" + CDS complement(943435..944949) + /locus_tag="BQ2027_MB0869C" + /note="Mb0869c, -, len: 504 aa. Equivalent to Rv0846c, + len: 504 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 504 aa overlap). Probable oxidase (EC + 1.-.-.-), showing similarity with several oxidases, mainly + L-ascorbate oxidases and copper resistance proteins A + (precursors) e.g. P24792|ASO_CUCMA L-ASCORBATE OXIDASE + PRECURSOR (ASCORBASE) (EC 1.10.3.3) from Cucurbita maxima + (Pumpkin) (Winter squash) (579 aa), FASTA scores: opt: + 423, E(): 5.8e-18, (28.4% identity in 493 aa overlap); + AF010496|AF010496_32 potential multicopper oxidase from + Rhodobacter capsulatus (491 aa), FASTA scores: opt: 490, + E(): 2.7e-22, (28.8% identity in 510 aa overlap); + 47452|PCOA_ECOLI COPPER RESISTANCE PROTEIN A PRECURSOR + (BELONGS TO THE FAMILY OF MULTICOPPER OXIDASES) from + Escherichia coli strain K12 (605 aa); etc. Contains + PS00080 Multicopper oxidases signature 2 at C-terminus. + SEEMS TO BELONG TO THE FAMILY OF MULTICOPPER OXIDASES. + Protein product from Mb0869c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDASE" + /protein_id="SIT99468.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWK6" + /db_xref="InterPro:IPR001117" + /db_xref="InterPro:IPR002355" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR008972" + /db_xref="InterPro:IPR011706" + /db_xref="InterPro:IPR011707" + /db_xref="InterPro:IPR033138" + /db_xref="InterPro:IPR034279" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWK6" + /translation="MPELATSGNAFDKRRFSRRGFLGAGIASGFALAACASKPTASGA + AGMTAAIDAAEAARPHSGRTVTATLTPQPARIDLGGPIVSTLTYGNTIPGPLIRATVG + DEIVVSVTNRLGDPTSVHWHGIALRNDMDGTEPATANIGPGGDFTYRFSVPDPGTYWA + HPHVGLQGDHGLYLPVVVDDPTEPGHYDAEWIIILDDWTDGIGKSPQQLYGELTDPNK + PTMQNTTGMPEGEGVDSNLLGGDGGDIAYPYYLINGRIPVAATSFKAKPGQRIRIRII + NSAADTAFRIALAGHSMTVTHTDGYPVIPTEVDALLIGMAERYDVMVTAAGGVFPLVA + LAEGKNALARALLSTGAGSPPDPQFRPDELNWRVGTVEMFTAATTANLGRPEPTHDLP + VTLGGTMAKYDWTINGEPHSTTNPLHVRLGQRPTLMFDNTTMMYHPIHLHGHTFQMIK + ADGSPGARKDTVIVLPKQKMRAVLVADNPGVWVMHCHNNYHQVAGMATRLDYIL" + gene 945098..945490 + /gene="lpqS" + /locus_tag="BQ2027_MB0870" + CDS 945098..945490 + /gene="lpqS" + /locus_tag="BQ2027_MB0870" + /note="Mb0870, lpqS, len: 130 aa. Equivalent to Rv0847, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 130 aa overlap). Probable lpqS, + lipoprotein. Contains possible signal sequence and PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Mb0870 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPQS" + /protein_id="SIT99469.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL6" + /translation="MVWMRSAIVAVALGVTVAAVAAACWLPQLHRHVAHPNHPLTTSV + GSEFVINTDHGHLVDNSMPPCPERLATAVLPRSATPVLLPDVVAAAPGMTAALTDPVA + PAARGPPAAQGSVRTGQDLLTRFCLVRR" + gene 945693..946811 + /gene="cysK2" + /locus_tag="BQ2027_MB0871" + CDS 945693..946811 + /gene="cysK2" + /locus_tag="BQ2027_MB0871" + /note="Mb0871, cysK2, len: 372 aa. Equivalent to Rv0848, + len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 372 aa overlap). Possible cysK2, + cysteine synthase A (EC 4.2.99.8), but could be also a + cysteine synthase B (EC 4.2.99.8) cysM2-product, similar + to many e.g. NP_109408.1|NC_002682 cysteine synthase from + Mesorhizobium loti (357 aa); Q44004|CYSM_ALCEU CYSTEINE + SYNTHASE from Alcaligenes eutrophus strain CH34 (Ralstonia + eutropha) (339 aa), FASTA scores: opt: 511, E(): 1.7e-25, + (35.0% identity in 314 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + CYSTEINE SYNTHASE/CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE FAMILY. + COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. Note that previously known + as cysM3. Protein product from Mb0871 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb0871 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYSTEINE SYNTHASE A CYSK2 + (O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE) (O-ACETYLSERINE + (THIOL)-LYASE) (CSASE)" + /protein_id="SIT99470.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWM7" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM7" + /translation="MRSRQTRDRYRLLPEGYQVTPGRNRHPGTMVGNTPVLWIPELSG + TSDPDRGFWAKLEGFNPGGMKDRPALYMVECARARGDIAPGAAIVESTSGTLGLGLAL + AGKVYRHPVTLVTDPGLEPIIARMLTAYGAGVDMGTQPHPVGGWQQARKDRVAQLMAE + YPGAWNPNQYGNPDNVGAYRSLALELVAQLGRIDVLVCSVGTGGHSAGVARVLREFNP + DMRLIGVDTIGSTIFGQPASNRLMRGLGSSIYPRNVDYRAFDEVHWVAPPEAVWACRS + LAATHYASGGWSVGAVALVAGWAARNLPADTTIAAVFPDGPQRYFDTIYNDAYCNEHE + LLGGQPPTEPDEIASPLDAVVTRWTRSTTVIDPTQVVS" + gene 946811..948070 + /locus_tag="BQ2027_MB0872" + CDS 946811..948070 + /locus_tag="BQ2027_MB0872" + /note="Mb0872, -, len: 419 aa. Equivalent to Rv0849, len: + 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 419 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, possibly member of + major facilitator superfamily (MFS) involved in transport + of drug, showing similarity with others e.g. T35055 + probable transport system permease protein from + Streptomyces coelicolor (436 aa); NP_295031.1|NC_001263 + major facilitator family protein from Deinococcus + radiodurans (458 aa); NP_455659.1|NC_003198 putative + membrane transporter from Salmonella enterica subsp. + enterica serovar Typhi (402 aa); etc. Protein product from + Mb0872 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIT99471.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWL5" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL5" + /translation="MGARAIFRGFNRPSRVLMINQFGINIGFYMLMPYLADYLAGPLG + LAAWAVGLVMGVRNFSQQGMFFVGGTLADRFGYKPLIIAGCLIRTGGFALLVVAQSLP + SVLIAAAATGFAGALFNPAVRGYLAAEAGERKIEAFAMFNVFYQSGILLGPLVGLVLL + ALDFRITVLAAAGVFGLLTVAQLVALPQHRADSEREKTSILQDWRVVVRNRPFLTLAA + AMTGCYALSFQIYLALPMQASILMPRNQYLLIAAMFAVSGLVAVGGQLRITRWFAVRW + GAERSLVVGATILAASFIPVAVIPNGQRFGVAVAVMALVLSASLLAVASAALFPFEMR + AVVALSGDRLVATHYGFYSTIVGVGVLVGNLAIGSLMSAARRLNTDEIVWGGLILVGI + VAVAGLRRLDTFTSGSQNMTGRWAAPR" + gene 948066..948396 + /locus_tag="BQ2027_IS1606'" + mobile_element 948066..948396 + /locus_tag="BQ2027_IS1606'" + /note="IS1606', len: 331 nt. Equivalent to IS1606', len: + 331 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 331 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1606" + gene 948067..948399 + /locus_tag="BQ2027_MB0873" + CDS 948067..948399 + /locus_tag="BQ2027_MB0873" + /note="Mb0873, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv0850, len: + 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Putative transposase + (fragment), similar in part to others e.g. Q45144|Q4514 + TRANSPOSABLE ELEMENT IS31831 (436 aa), FASTA scores: opt: + 175, E(): 4.3e-05, (38.6% identity in 57 aa overlap); + etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99472.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ0" + /translation="MTRDPHSPDCGREGSYRDTITRPLTDLPVAGYPLVPRVASPRYR + CTTPQCGRAVFNQDLANVDQYLVVNQLAHQLIDGSSLIPDADKRWDARRHADMTHHLT + SSLKENQS" + gene complement(948396..949223) + /locus_tag="BQ2027_MB0874C" + CDS complement(948396..949223) + /locus_tag="BQ2027_MB0874C" + /note="Mb0874c, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv0851c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 275 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to many e.g. + Q01198|LIGD_PSEPA C ALPHA-DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.-)(SDR + FAMILY) from Pseudomonas paucimobilis (Sphingomonas + paucimobilis) (305 aa); D11473|PSELIG_1 C + alpha-dehydrogenase from P. paucimobilis (305 aa), FASTA + scores: opt: 468, E(): 4.9e-23, (30.8% identity in 279 aa + overlap); NP_421969.1|NC_002696 short chain dehydrogenase + family protein from Caulobacter crescentus (278 aa); etc. + Contains PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases + family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Mb0874c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIT99473.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXK9" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK9" + /translation="MDGFPGRGAVITGGASGIGLATGTEFARRGARVVLGDVDKPGLR + QAVNHLRAEGFDVHGVMCDVRHREEVTHLADEAFRLLGHFDVVFSNAGIVVGGPIVEM + THDDWRWVIDVDLWGSIHTVEAFLPRLLEQGTGGHVVFTASFAGLVPNAGLGAYGVAK + YGVVGLAETLAREVTADGIGVSVLCPMVVETNLVANSERIRGAACAQSSTTGSPGPLP + LQDDNLGVDDIAQLTADAILANRLYVLPHAASRASIRRRFERIDRTFDEQAAEGWRH" + gene 949314..950150 + /gene="fadD16" + /locus_tag="BQ2027_MB0875" + CDS 949314..950150 + /gene="fadD16" + /locus_tag="BQ2027_MB0875" + /note="Mb0875, fadD16, len: 278 aa. Equivalent to Rv0852, + len: 278 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 278 aa overlap). Possible fadD16, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar in part to + various CoA ligases e.g. P18163|LCFB_RAT + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE from Rattus norvegicus + (Rat) (699 aa); D49366|LEP4CCOALA_1 4-coumarate:CoA ligase + from Lithospermum erythrorhizon (636 aa), FASTA scores: + opt: 134, E(): 0.15, (26.8% identity in 213 aa overlap); + orgp|L09229|HUMFACAL_1 long-chain acyl-coenzyme A from + homo sapiens (human) (699 aa), FASTA score: (50.0% + identity in 40 aa overlap); etc. Contains PS00626 + Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. + Protein product from Mb0875 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0875 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD16 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99474.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWN9" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWN9" + /translation="MFTIGYSCASRGADSWLIRRCSVVQGCLDDPGATVEAIDDDGWP + HTGDPCSPNSAASGKYGERPASVSTGDIHSLVIASDYRVPDPGRVWPLLQRNKSALAD + IGAHHVLIYASTHDSGRVLVMIGVRSREPIVELLRSRVFFDWFDAMGVDDIPAVFAGE + IVDRFVAAPTTTQSTPRVPGVVVAAFASVNNVSNLTAEVRSAIARFTAAGIRKTWVFQ + AFDDAHEVLILQEFADEAGARQWIEHPDAAAEWMSGAGVGAYPPLFVGRFFDMMRIEA + LQ" + gene complement(950191..951873) + /gene="pdc" + /locus_tag="BQ2027_MB0876C" + CDS complement(950191..951873) + /gene="pdc" + /locus_tag="BQ2027_MB0876C" + /note="Mb0876c, pdc, len: 560 aa. Equivalent to Rv0853c, + len: 560 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 560 aa overlap). Probable pdc, + pyruvate or indole-pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.-), + equivalent to NP_302424.1|NC_002677 pyruvate (or + indolepyruvate) decarboxylase from Mycobacterium leprae + (569 aa). Also highly similar to others e.g. + AAB06571.1|L80006 indolepyruvate decarboxylase from + Pantoea agglomerans (550 aa); Q12629|DCPY_KLULA PYRUVATE + DECARBOXYLASE (EC 4.1.1.1) from Kluyveromyces marxianus + var. lactis (563 aa); P71323 INDOLEPYRUVATE DECARBOXYLASE + (EC 4.1.1.74) from Enterobacter herbicola (550 aa), FASTA + scores: opt: 1642, E(): 0, (48.1% identity in 547 aa + overlap); P23234|DCIP_ENTCL INDOLE-3-PYRUVATE + DECARBOXYLASE (INDOLEPYRUVATE DECARBOXYLASE) from + Enterobacter cloacae (552 aa), FASTA scores: opt: 1596, + E(): 0, (46.8% identity in 551 aa overlap); etc. Contains + PS00187 Thiamine pyrophosphate enzymes signature and + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). COFACTOR: + THIAMINE PYROPHOSPHATE. Protein product from Mb0876c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0876c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRUVATE OR INDOLE-3-PYRUVATE + DECARBOXYLASE PDC" + /protein_id="SIT99475.1" + /db_xref="GOA:Q7U140" + /db_xref="InterPro:IPR000399" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR012000" + /db_xref="InterPro:IPR012001" + /db_xref="InterPro:IPR012110" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U140" + /translation="MTPQKSDACSDPVYTVGDYLLDRLAELGVSEIFGVPGDYNLQFL + DHIVAHPTIRWVGSANELNAGYAADGYGRLRGMSAVVTTFGVGELSVTNAIAGSYAEH + VPVVHIVGGPTKDAQGTRRALHHSLGDGDFEHFLRISREITCAQANLMPATAGREIDR + VLSEVREQKRPGYILLSSDVARFPTEPPAAPLPRYPGGTSPRALSLFTKAAIELIADH + QLTVLADLLVHRLQAVKELEALLAADVVPHATLMWGKSLLDESSPNFLGIYAGAASAE + RVRAAIEGAPVLVTAGVVFTDMVSGFFSQRIDPARTIDIGQYQSSVADQVFAPLEMSA + ALQALATILTGRGISSPPVVPPPAEPPPAMPARDEPLTQQMVWDRVCSALTPGNVVLA + DQGTSFYGMADHRLPQGVTFIGQPLWGSIGYTLPAAVGAAVAHPDRRTVLLIGDGAAQ + LTVQELGTFSREGLSPVIVVVNNDGYTVERAIHGETAPYNDIVSWNWTELPSALGVTN + HLAFRAQTYGQLDDALTVAAARRDRMVLVEVVLPRLEIPRLLGQLVGSMAPQ" + gene 951938..952381 + /locus_tag="BQ2027_MB0877" + CDS 951938..952381 + /locus_tag="BQ2027_MB0877" + /note="Mb0877, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv0854, len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + protein from Mycobacterium leprae e.g. + NP_301674.1|NC_002677 (144 aa); + NP_302683.1|NC_002677|Z95398|MLCL622.27c (156 aa), FASTA + scores: opt: 193, E(): 1.6e-06, (24.6% identity in 134 aa + overlap); NP_301218.1|NC_002677 (146 aa); MTCI28.04|Z97050 + (184 aa), FASTA scores: opt: 171, E(): 5.8e-05, (21.5% + identity in 135 aa overlap). Also similar to + SC6G10.02c|T35511|AL049497|SC6G10_2 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (144 aa), FASTA scores: opt: + 344, E(): 6.1e- 17, (37.6% identity in 141 aa overlap). + And similar to many proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. downstreams ORFs Rv0856 and Rv0857, etc. + Protein product from Mb0877 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0877 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclase/Dehydrase" + /protein_id="SIT99476.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM3" + /translation="MAIKESRDIVIEASPEEILDVIADFEAMTEWSPAHQSVEILETG + DDGRPSKVKMKVKTAGITDEQVVAYSWTDRSVRWTLVSSTQQRSQDGKYELTPKGDNT + LVQFEITVDPQVPLPGFVLKRAIKGTIDTATEALRSQVLKVKKGQ" + gene 952387..953466 + /gene="far" + /locus_tag="BQ2027_MB0878" + CDS 952387..953466 + /gene="far" + /locus_tag="BQ2027_MB0878" + /note="Mb0878, far, len: 359 aa. Equivalent to Rv0855, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable far, fatty + acid-CoA racemase (EC 5.1.-.-), highly similar to + CAB08122.1|Z94723 unknown protein from Mycobacterium + leprae (253 aa) (C-terminus shorter). Also similar to many + eukaryotic and bacteria racemases e.g. T35425 probable + fatty acid CoA racemase from Streptomyces coelicolor (387 + aa); P70473|AMAC_RAT ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE + (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA + EPIMERASE) (EC 5.1.99.4) from Rattus norvegicus (Rat) (382 + aa); NP_103687.1|NC_002678 probable fatty acid Co-A + racemase from Mesorhizobium loti (389 aa); etc. Also + similar to proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv1143|MTCI65.10|MCR from Mycobacterium tuberculosis (360 + aa), FASTA scores: opt: 1373, E(): 0, (56.8% identity in + 359 aa overlap), Rv1866|MTCY359.07 (C-terminal half) (778 + aa), Rv3272 (360 aa). Protein product from Mb0878 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0878 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA RACEMASE FAR" + /protein_id="SIT99477.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWM8" + /db_xref="InterPro:IPR003673" + /db_xref="InterPro:IPR023606" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM8" + /translation="MTTGGPLAGVKVIELGGIGPGPHAGMVLADLGADVVRVRRPGGL + TMPSEDRDLLHRGKRIVDLDVKTQPQAMLELAAKADVLLDCFRPGTCERLGIGPDDCA + SVNPRLIFARITGWGQDGPLASTAGHDINYLSQTGALAAFGYADRPPMPPLNLVADFG + GGSMLVLLGIVVALYERERSGVGQVVDAAMVDGVSVLAQMMWTMKGIGSLRDQRESFL + LDGGAPFYRCYETSDGKYMAVGAIEPQFFAALLSGLGLSAADVPTQLDVAGYPQMYDI + FAERFASRTRDEWTRVFAGTDACVTPVLAWSEAANNDHLKARSTVITAHGVQQAAPAP + RFSRTPAGPVRPPPAAATPIDEINW" + gene 953579..953983 + /locus_tag="BQ2027_MB0879" + CDS 953579..953983 + /locus_tag="BQ2027_MB0879" + /note="Mb0879, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv0856, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + NP_301674.1| (NC_002677) conserved hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (144 aa); and SC6G10.02c|T35511 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (144 + aa). Also highly similar to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. neighbouring ORF + downstream Rv0857 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (126 aa), + FASTA scores: E(): 7.4e-27, (62.0% identity in 100 aa + overlap); neighbouring ORF Rv0854|MTV043_47 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN (147 aa), FASTA scores: E(): 1.6e-15, + (36.6% identity in 123 aa overlap), + MTCI28.04|Z97050|MTCI28_4 (184 aa), FASTA scores: opt: + 127, E(): 0.036, (26.0% identity in 127 aa overlap); and + MLCL622.27c|Z95398 (156 aa), FASTA scores: opt: 123, E(): + 0.06, (26.4% identity in 125 aa overlap). Protein product + from Mb0879 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0879 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99478.1" + /db_xref="InterPro:IPR005031" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWL4" + /translation="MEALADVGVLASWSPLHKQVEVIDYYPDGRPHHVRATVKILGLV + DKEVLEYHWGPDWVCWDADQTFQQHGQHIEYTVKPEGVDRARVRFDITVEPAGPIPGF + IVKRASEHVLDAAAKGLQKLIAGAGDQGNAKS" + gene 954011..954484 + /locus_tag="BQ2027_MB0880" + CDS 954011..954484 + /locus_tag="BQ2027_MB0880" + /note="Mb0880, -, len: 157 aa. Equivalent to Rv0857, len: + 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 157 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity with + SC6G10.02|T35511 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (144 aa). Also highly similar to other proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. upstream ORF Rv0856 + (134 aa), FASTA scores: E(): 9.6e-28, (61.6% identity in + 99 aa overlap); upstream ORF Rv0854 (147 aa), FASTA + scores: E(): 2.8e-18, (42.7% identity in 117 aa overlap); + MTCI28.04|Z97050 (184 aa), FASTA scores: opt: 122, E(): + 0.031, (29.4% identity in 85 aa overlap); and + MLCL622.27c|Z95398 (156 aa), FASTA scores: opt: 114, E(): + 0.1, (30.9% identity in 55 aa overlap). Protein product + from Mb0880 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0880 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to Polyketide_cyclase/dehydratase." + /protein_id="SIT99479.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM9" + /translation="MIANLVAVAIRASREVVIEAPPEVIVEALADMDAVPSWSSVHKR + VEVVDTYSDGRPHHVKVTIKVAGIVDTELLEYHWGPDWVVWDAAKTAQQHGQHGEYNL + RREDNDKTRVRFTLTVEPSAPLPAFWVNIARKKILHAATEGLRKQVVGRRRFTSG" + gene complement(954481..955674) + /gene="dapc" + /locus_tag="BQ2027_MB0881C" + CDS complement(954481..955674) + /gene="dapc" + /locus_tag="BQ2027_MB0881C" + /note="Mb0881c, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv0858c, + len: 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 397 aa overlap). Probable + aminotransferase (EC 2.6.1.-), highly similar to others + from Eukaryota and bacteria, especially aspartate + aminotransferases (transaminases) (EC 2.6.1.1), e.g. + NP_177890.1|NC_003070 putative aminotransferase from + Arabidopsis thaliana (440 aa); NP_419555.1|NC_002696 + aminotransferase class I from Caulobacter crescentus (385 + aa); NP_415133.1|NC_000913|AE0001|ECAE000165_8 putative + aminotransferase from Escherichia coli strain K12 (386 + aa), FASTA scores: opt: 830, E(): 0, (38.0% identity in + 389 aa overlap); X99521|TAX99521_1 aspartate + aminotransferase from Thermus aquaticus (383 aa), FASTA + scores: opt: 702, E(): 0, (34.9% identity in 393 aa + overlap); etc. Also similar to other putative + aminotransferases from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2294, Rv3565, etc. Protein product from Mb0881c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0881c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable n-succinyldiaminopimelate + aminotransferase dapc (dap-at)" + /protein_id="SIT99480.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWP0" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWP0" + /translation="MTVSRLRPYATTVFAEMSALATRIGAVNLGQGFPDEDGPPKMLQ + AAQDAIAGGVNQYPPGPGSAPLRRAIAAQRRRHFGVDYDPETEVLVTVGATEAIAAAV + LGLVEPGSEVLLIEPFYDSYSPVVAMAGAHRVTVPLVPDGRGFALDADALRRAVTPRT + RALIINSPHNPTGAVLSATELAAIAEIAVAANLVVITDEVYEHLVFDHARHLPLAGFD + GMAERTITISSAAKMFNCTGWKIGWACGPAELIAGVRAAKQYLSYVGGAPFQPAVALA + LDTEDAWVAALRNSLRARRDRLAAGLTEIGFAVHDSYGTYFLCADPRPLGYDDSTEFC + AALPEKVGVAAIPMSAFCDPAAGQASQQADVWNHLVRFTFCKRDDTLDEAIRRLSVLA + ERPAT" + gene 955831..957042 + /gene="fadA" + /locus_tag="BQ2027_MB0882" + CDS 955831..957042 + /gene="fadA" + /locus_tag="BQ2027_MB0882" + /note="Mb0882, fadA, len: 403 aa. Equivalent to Rv0859, + len: 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 403 aa overlap). Possible fadA, + acyl-CoA thiolase (EC 2.3.1.-), equivalent to + NP_302423.1|NC_002677 putative beta-ketoadipyl CoA + thiolase from Mycobacterium leprae (403 aa). Also highly + similar to acyl/acetyl-CoA thiolases and beta-ketoadipyl + CoA thiolases, e.g. T35428 probable acetyl CoA + acetyltransferase (thiolase) from Streptomyces coelicolor + (404 aa); NP_250427.1|NC_002516 probable acyl-CoA thiolase + from Pseudomonas aeruginosa (401 aa); + NP_106253.1|NC_002678 probable acyl-CoA thiolase from + Mesorhizobium loti (402 aa); NP_248919.1|NC_002516|PcaF + beta-ketoadipyl CoA thiolase PcaF from Pseudomonas + aeruginosa (401 aa); etc. Contains PS00098 Thiolases + acyl-enzyme intermediate signature, PS00737 Thiolases + signature 2 and PS00099 Thiolases active site. Protein + product from Mb0882 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0882 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACYL-COA THIOLASE FADA" + /protein_id="SIT99481.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWM6" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020610" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020615" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM6" + /translation="MSEEAFIYEAIRTPRGKQKNGSLHEVKPLSLVVGLIDELRKRHP + DLDENLISDVILGCVSPVGDQGGDIARAAVLASGMPVTSGGVQLNRFCASGLEAVNTA + AQKVRSGWDDLVLAGGVESMSRVPMGSDGGAMGLDPATNYDVMFVPQGIGADLIATIE + GFSREDVDAYALRSQQKAAEAWSGGYFAKSVVPVRDQNGLLILDHDEHMRPDTTKEGL + AKLKPAFEGLAALGGFDDVALQKYHWVEKINHVHTGGNSSGIVDGAALVMIGSAAAGK + LQGLTPRARIVATATSGADPVIMLTGPTPATRKVLDRAGLTVDDIDLFELNEAFASVV + LKFQKDLNIPDEKLNVNGGAIAMGHPLGATGAMILGTMVDELERRNARRALITLCIGG + GMGVATIIERV" + gene 957047..959209 + /gene="fadB" + /locus_tag="BQ2027_MB0883" + CDS 957047..959209 + /gene="fadB" + /locus_tag="BQ2027_MB0883" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0883, fadB, len: 720 aa. Equivalent to Rv0860, + len: 720 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 720 aa overlap). Probable fadB, fatty + oxidation protein, equivalent to NP_302422.1|NC_002677 + putative fatty oxidation complex alpha subunit from + Mycobacterium leprae (714 aa). Also highly similar to + others and various proteins involved in fatty acid + metabolism, e.g. T35429 probable fatty oxidation protein + from Streptomyces coelicolor (733 aa); + NP_250428.1|NC_002516 probable 3-hydroxyacyl-CoA + dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa (714 aa); + NP_418895.1|NC_002696 fatty oxidation complex alpha + subunit from Caulobacter crescentus (709 aa); + P40939|ECHA_HUMAN TRIFUNCTIONAL ENZYME ALPHA SUBUNIT + [INCLUDES: LONG-CHAIN ENOYL-COA HYDRATASE (EC 4.2.1.17); + LONG CHAIN 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.35)] + from Homo sapiens (763 aa), FASTA scores: opt: 1176, E(): + 0, (32.4% identity in 722 aa overlap); P21177|FADB_ECOLI + FATTY OXIDATION COMPLEX ALPHA SUBUNIT [INCLUDES: ENOYL-COA + HYDRATASE (EC 4.2.1.17); + DELTA(3)-CIS-DELTA(2)-TRANS-ENOYL-COA ISOMERASE (EC + 5.3.3.8); 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.35); + 3-HYDROXYBUTYRYL-COA EPIMERASE (EC 5.1.2.3)] from + Escherichia coli strain K12 (729 aa), FASTA scores: opt: + 873, E(): 0, (33.6% identity in 693 aa overlap); etc. + Protein product from Mb0883 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0883 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY OXIDATION PROTEIN FADB" + /protein_id="SIT99482.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYQ9" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR006108" + /db_xref="InterPro:IPR006176" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ9" + /translation="MPDNTIQWDKDADGIVTLTMDDPSGSTNVMNEAYIESMGKAVDR + LVAEKDSITGVVVASAKKTFFAGGDVKTMIQARPEDAGDVFNTVETIKRQLRTLETLG + KPVVAAINGAALGGGLEIALACHHRIAADVKGSQLGLPEVTLGLLPGGGGVTRTVRMF + GIQNAFVSVLAQGTRFKPAKAKEIGLVDELVATVEELVPAAKAWIKEELKANPDGAGV + QPWDKKGYKMPGGTPSSPGLAAILPSFPSNLRKQLKGAPMPAPRAILAAAVEGAQVDF + DTASRIESRYFASLVTGQVAKNMMQAFFFDLQAINAGGSRPEGIGKTPIKRIGVLGAG + MMGAGIAYVSAKAGYEVVLKDVSLEAAAKGKGYSEKLEAKALERGRTTQERSDALLAR + ITPTADAADFKGVDFVIEAVFENQELKHKVFGEIEDIVEPNAILGSNTSTLPITGLAT + GVKRQEDFIGIHFFSPVDKMPLVEIIKGEKTSDEALARVFDYTLAIGKTPIVVNDSRG + FFTSRVIGTFVNEALAMLGEGVEPASIEQAGSQAGYPAPPLQLSDELNLELMHKIAVA + TRKGVEDAGGTYQPHPAEAVVEKMIELGRSGRLKGAGFYEYADGKRSGLWPGLRETFK + SGSSQPPLQDMIDRMLFAEALETQKCLDEGVLTSTADANIGSIMGIGFPPWTGGSAQF + IVGYSGPAGTGKAAFVARTRELAAAYGDRFLPPESLLS" + gene complement(959277..960905) + /gene="ercc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0884C" + CDS complement(959277..960905) + /gene="ercc3" + /locus_tag="BQ2027_MB0884C" + /note="Mb0884c, -, len: 542 aa. Equivalent to Rv0861c, + len: 542 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 542 aa overlap). Probable DNA helicase + (EC 3.6.1.-), equivalent to NP_302420.1|NC_002677 probable + DNA helicase from Mycobacterium leprae (549 aa). Also + highly similar to others (shorter than several eukaryotic + enzymes) e.g. NP_218820.1|NC_000919|AE001217|AE0 01217_6 + putative DNA repair helicase from Treponema pallidum (606 + aa), FASTA scores: opt: 1275, E(): 0, (47.5% identity in + 592 aa overlap); Q00578|RA25_YEAST DNA REPAIR HELICASE + from Saccharomyces cerevisiae (843 aa), FASTA scores: opt: + 777, E(): 0, (30.4% identity in 605 aa overlap); + P49135|XPB_MOUSE DNA-REPAIR PROTEIN COMPLEMENTING XP-B + CELLS from Mus musculus (Mouse) (783 aa), FASTA scores: + opt: 761, E(): 0, (36.3% identity in 375 aa overlap); etc. + SEEMS TO BELONG TO THE HELICASE FAMILY. Protein product + from Mb0884c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0884c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dna helicase ercc3" + /protein_id="SIT99483.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXL8" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR006935" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR032438" + /db_xref="InterPro:IPR032830" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL8" + /translation="MQSDKTVLLEVDHELAGAARAAIAPFAELERAPEHVHTYRITPL + ALWNARAAGHDAEQVVDALVSYSRYAVPQPLLVDIVDTMARYGRLQLVKNPAHGLTLV + SLDRAVLEEVLRNKKIAPMLGARIDDDTVVVHPSERGRVKQLLLKIGWPAEDLAGYVD + GEAHPISLHQEGWQLRDYQRLAADSFWAGGSGVVVLPCGAGKTLVGAAAMAKAGATTL + ILVTNIVAARQWKRELVARTSLTENEIGEFSGERKEIRPATISTYQMITRRTKGEYRH + LELFDSRDWGLIIYDEVHLLPAPVFRMTADLQSKRRLGLTATLIREDGREGDVFSLIG + PKRYDAPWKDIEAQGWIAPAECVEVRVTMTDSERMMYATAEPEERYRICSTVHTKIAV + VKSILAKHPDEQTLVIGAYLDQLDELGAELGAPVIQGSTRTSEREALFDAFRRGEVAT + LVVSKVANFSIDLPEAAVAVQVSGTFGSRQEEAQRLGRILRPKADGGGAIFYSVVARD + SLDAEYAAHRQRFLAEQGYGYIIRDADDLLGPAI" + gene complement(961043..963313) + /locus_tag="BQ2027_MB0885C" + CDS complement(961043..963313) + /locus_tag="BQ2027_MB0885C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0885c, -, len: 756 aa. Equivalent to Rv0862c, + len: 756 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 756 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_302419.1|NC_002677 possible + DNA-binding protein from Mycobacterium leprae (753 aa); + and highly similar (except in C-terminus) to + MLCB57.01|Z99494|T45333 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (>577 aa, truncated), FASTA scores: + opt: 3047, E(): 0, (78.9% identity in 578 aa overlap). + Also similar in part to SCD12A.03c|AB93395.1|AL357524 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (867 + aa). Protein product from Mb0885c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0885c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative DNA-binding protein" + /protein_id="SIT99484.1" + /db_xref="InterPro:IPR032830" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWQ0" + /translation="MTEHTPDIPLGSWLAALPDERLTQLLELRPDLAQPPPGSIAALA + ARAQARQSVKAATDELDFLRLAVFDALLVLQADTAPVPIVRLLAVIGDRAAQADVLGA + LADLKQRALAWGETAVRVATDAGTALPWHPGQVTLEGSSRSGDQLADLIAGLDPAQRD + VLDKLLQGSPVGRTRDAAPGAPSDRPVPRLLAMGLLRRIDAETVILPRHVGQVLRGEQ + PGPMELTAPDPVVSTTTPDDADAAAAGAVIDLLREVDVLLENLGATPVAELRSGGLGV + REFKRLAKATGIDEPRLGLILEIAAAAGLIASGMPDPEPPHSDGPFWAPTVAADRFAT + MSPAERWHLLASAWLDLPGRPALIGTRGPDAKPYGALSDSLFSTAAPLDRRLLLGMLA + ELPAGAGVDASRASATLIWRRPRWARRLQPAPIADLLTEGHALGLVGRGAISTPARAL + LDEALEPATAPAAAVGVMARALPKPIDHFLVQADLTVVVPGPLQRELADDLTTVATVE + SAGTAMVYRVSEQSIRHALDVGKSRDWLQEFFANRSKTPVPQGLTYLIDDVARRHGQL + RIGMAASFVRCEDPTLLAQVVAAPEADGLALRALAPTVAVSPAPISEVLVTLRGAGFA + PAAEDSTGAVVDVRTRGARVPTPQRRRPYRPPPRPNSEALKAVVAVLREVTAAPFANV + RVDPAVTMSLLQRAAKDQATLVISYLDAAGVATQRVVAPITLRGGQLVAFDSSSGRLR + DFAIHRITSVVSAHDR" + gene 963300..963581 + /locus_tag="BQ2027_MB0886" + CDS 963300..963581 + /locus_tag="BQ2027_MB0886" + /note="Mb0886, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv0863, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to NP_302418.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (74 aa). + Also weakly similar in part to U82598|ECU82598_135 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Escherichia coli, FASTA scores: + (32.4% identity in 71 aa overlap); and M74011|YEPYSCOP_8 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Yersinia enterocolitica (165 + aa), FASTA scores: (38.6 identity in 57 aa overlap). + Protein product from Mb0886 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0886 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99485.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX11" + /translation="MCSVIADQRRPDQPCGVGGCKTCQNGFVADIAEGKARKTRYVDH + GWPTTDPDDHAVSELVTDRTGALSPFGELTFPVPSDDLPYIHPVTVINR" + gene 963665..964093 + /gene="moaC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0888" + CDS 963665..964093 + /gene="moaC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0888" + /note="Mb0888, moaC2, len: 142 aa. Similar to Rv0864, len: + 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Probable moaC2, + molybdopterin cofactor biosynthesis protein, highly + similar to others e.g. CAB59676.1|AL132674 molybdenum + cofactor biosynthesis protein from Streptomyces coelicolor + (170 aa); NP_418834.1|NC_002696 molybdenum cofactor + biosynthesis protein C from Caulobacter crescentus (186 + aa); Y10817|ANY10817_3|T44852 molybdopterin co-factor + synthesis protein moaC from Arthrobacter nicotinovorans + plasmid pAO1 (169 aa), FASTA scores: opt: 491, E(): + 2.4e-29, (51.0% identity in 151 aa overlap); etc. Also + highly similar to O05788|MOAC1|Rv3111|MTCY164.21 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C from + Mycobacterium tuberculosis (170 aa), FASTA scores: opt: + 491, E(): 2.4e-29, (54.9% identity in 153 aa overlap); and + O53376|Rv3324c|MOAC3|MTV016.24c PUTATIVE MOLYBDENUM + COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C3 (177 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base deletion (g-*) leads to a + different NH2 part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Protein product + from Mb0888 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0888 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdenum cofactor biosynthesis + protein c 2 moac2" + /protein_id="SIT99486.1" + /db_xref="GOA:P0A5K7" + /db_xref="InterPro:IPR002820" + /db_xref="InterPro:IPR023045" + /db_xref="InterPro:IPR036522" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5K7" + /translation="MVDITEKATTKRTAVAAGILRTSAQVVALISTGGLPKGDALATA + RVAGIMAAKRTSDLIPLCHQLALTGVDVDFTVGQLDIEITATVRSTDRTGVEMEALTA + VSVAALTLYDMIKAVDPGALIDDIRVLHKEGGRRGTWTRR" + gene 964090..964572 + /gene="mog" + /locus_tag="BQ2027_MB0889" + CDS 964090..964572 + /gene="mog" + /locus_tag="BQ2027_MB0889" + /note="Mb0889, mog, len: 160 aa. Equivalent to Rv0865, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Probable mog, + molybdopterin biosynthesis MOG protein, highly similar or + similar to other molybdenum cofactor biosynthesis proteins + e.g. CAB59675.1|AL132674 molybdenum cofactor biosynthesis + protein from Streptomyces coelicolor (179 aa); + NP_301253.1|NC_002677 putative molybdenum cofactor + biosynthesis protein from Mycobacterium leprae (181 aa); + CAC39235.1|AJ312124 Mog protein from Eubacterium + acidaminophilum (162 aa); P44645|MOG_HAEIN|MOGA|HI0336 + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOG PROTEIN from Haemophilus + influenzae (197 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): 9e-13, + (39.6% identity in 139 aa overlap); P28694|MOG_ECOLI + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOG PROTEIN from Escherichia + coli (195 aa), FASTA scores: opt: 265, E(): 3.6e-10, (34.2 + identity in 146 aa overlap); etc. Also highly similar to + Rv0984|MTV044.12|MOAB2 POSSIBLE + PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from + Mycobacterium tuberculosis (181 aa). Protein product from + Mb0889 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0889 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdopterin biosynthesis mog protein" + /protein_id="SIT99487.1" + /db_xref="InterPro:IPR001453" + /db_xref="InterPro:IPR036425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWN7" + /translation="MSTRSARIVVVSSRAAAGVYTDDCGPIIAGWLEQHGFSSVQPQV + VADGNPVGEALHDAVNAGVDVIITSGGTGISPTDTTPEHTVAVLDYVIPGLADAIRRS + GLPKVPTSVLSRGVCGVAGRTLIINLPGSPGGVRDGLGVLADVLDHALEQIAGGDHPR + " + gene 964569..964994 + /gene="moaE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0890" + CDS 964569..964994 + /gene="moaE2" + /locus_tag="BQ2027_MB0890" + /note="Mb0890, moaE2, len: 141 aa. Equivalent to Rv0866, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Probable moaE2, + molybdopterin converting factor E (molybdopterin + converting factor (subunit 2)), similar to others e.g. + Y10817|ANY10817_4|T44853 molybdopterin biosynthesis + protein E chain from Arthrobacter nicotinovorans plasmid + pAO1 (155 aa), FASTA scores: opt: 460, E(): 3.5e-27, (49.3 + identity in 146 aa overlap); CAC01331.1|AL390968 moaE-like + protein from Streptomyces coelicolor (152 aa); + NP_389313.1|NC_000964 molybdopterin converting factor + (subunit 2) from Bacillus subtilis (157 aa); etc. Also + highly similar to Rv3119|MOAE1|Z95150|MTCY164_30 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN E from + Mycobacterium tuberculosis (147 aa), FASTA scores: opt: + 321, E(): 5.9e-17, (40.9% identity in 132 aa overlap); and + O53375|GPHA|Rv3323c|MTV016.23c MOAD-MOAE FUSION PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (221 aa). Protein product + from Mb0890 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0890 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdenum cofactor biosynthesis + protein e2 moae2 (molybdopterin converting factor large + subunit) (molybdopterin [mpt] converting factor, subunit + 2)" + /protein_id="SIT99488.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWM2" + /db_xref="InterPro:IPR003448" + /db_xref="InterPro:IPR036563" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWM2" + /translation="MTQVLRAALTDQPIFLAEHEELVSHRSAGAIVGFVGMIRDRDGG + RGVLRLEYSAHPSAAQVLADLVAEVAEESSGVRAVAASHRIGVLQVGEAALVAAVAAD + HRRAAFGTCAHLVETIKARLPVWKHQFFEDGTDEWVGSV" + gene complement(965012..965995) + /gene="rpfA" + /locus_tag="BQ2027_MB0891C" + CDS complement(965012..965995) + /gene="rpfA" + /locus_tag="BQ2027_MB0891C" + /note="Mb0891c, rpfA, len: 327 aa. Equivalent to Rv0867c, + len: 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (). Possible rpfA, resuscitation-promoting factor (see + citation below). N-terminus highly similar to N-terminal + part (1-125 aa) of Z99494|MLCB57_3|NP_302417.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (174 aa), FASTA scores: opt: 785, E(): 1.8e-18, (63.0% + identity in 200 aa overlap); and highly similar to + C-terminus of NP_301299.1|NC_002677 conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (375 aa); and middle + part of NP_302360.1|NC_002677 conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (157 aa). N-terminus + also highly similar in part of three secreted proteins + from Streptomyces coelicolor e.g. CAC09538.1|AL442120 + putative secreted protein (244 aa). Regions highly similar + to CAB76321.1|AL158060 putative membrane protein from + Streptomyces coelicolor (121 aa); and middle part of + CAB09664.1|Z96935 rpf from Micrococcus luteus (220 aa). + Also highly similar in part to four + resuscitation-promoting factors from Mycobacterium + tuberculosis: Rv2450 (172 aa), Rv1009 (362 aa), Rv1884c + (176 aa), and Rv2389c (154 aa). Contains a probable + secretory signal sequence in N-terminus. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 240 bp deletion leads to a shorter product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (327 aa + versus 407 aa). Mb0891c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFA" + /protein_id="SIT99489.1" + /db_xref="InterPro:IPR010618" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWP1" + /translation="MSGRHRKPTTSNVSVAKIAFTGAVLGGGGIAMAAQATAATDGEW + DQVARCESGGNWSINTGNGYLGGLQFTQSTWAAHGGGEFAPSAQLASREQQIAVGERV + LATQGRGAWPVCGRGLSNATPREVLPASAAMDAPLDAAAVNGEPAPLAPPPADLAPPA + PADLAPPAPADLAPPVELAVNDLPAPLGEPLPAAPAELAPPADLAPASADLAPPAPAD + LAPPAPAELAPPAPADLAPPAAVNEQTAPGDQPATAPGGPVGLATDLELPEPDPQPAD + APPPGDVTEAPAETPQVSNIAYTKKLWQAIRAQDVCGNDALDSLAQPYVIG" + gene complement(966443..966721) + /gene="moaD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0892C" + CDS complement(966443..966721) + /gene="moaD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0892C" + /note="Mb0892c, moaD2, len: 92 aa. Equivalent to Rv0868c, + len: 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 92 aa overlap). Probable moaD2, + molybdenum cofactor biosynthesis protein (molybdopterin + converting factor (subunit 1)), similar to + CAB88494.1|AL353816 putative molybdopterin converting + factor from Streptomyces coelicolor (84 aa); and weakly + similar to others MoaD proteins e.g. Z99111|BSUB0008_103 + from Bacillus subtilis (77 aa), FASTA scores: opt: 86, + E(): 2.8, (22.9% identity in 83 aa overlap); etc. Also + some similarity with Rv3112|MOAD1|MTCY164.22 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN D from + Mycobacterium tuberculosis (83 aa), FASTA scores: opt: + 113, E(): 0.024, (31.3% identity in 83 aa overlap). + Protein product from Mb0892c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0892c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdenum cofactor biosynthesis + protein d 2 moad2 (molybdopterin converting factor small + subunit) (molybdopterin [mpt] converting factor, subunit + 1)" + /protein_id="SIT99490.1" + /db_xref="InterPro:IPR003749" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR016155" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWP9" + /translation="MTQVSDESAGIQVTVRYFAAARAAAGAGSEKVTLRSGATVAELI + DGLSVRDVRLATVLSRCSYLRDGIVVRDDAVALSAGDTIDVLPPFAGG" + gene complement(966725..967807) + /gene="moaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0893C" + CDS complement(966725..967807) + /gene="moaA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0893C" + /note="Mb0893c, moaA2, len: 360 aa. Equivalent to Rv0869c, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 360 aa overlap). Probable moaA2, + molybdenum cofactor biosynthesis protein, highly similar + to others e.g. CAB59437.1|AL132644|SCI8_6 molybdenum + cofactor biosynthesis protein A from Streptomyces + coelicolor (341 aa), FASTA scores: opt: 1336, E(): 0, + (61.7% identity in 332 aa overlap); S57490|X78980|ANMOAA_1 + molybdopterin cofactor synthesis protein from Arthrobacter + nicotinovorans (fragment) (374 aa), FASTA scores: opt: + 1059, E(): 0, (49.9% identity in 369 aa overlap); + Q44118|MOAA_ARTNI PROBABLE MOLYBDOPTERIN COFACTOR + SYNTHESIS PROTEIN A from Arthrobacter nicotinovorans + plasmid pAO1 (355 aa); etc. Also similar to + Rv3109|MTCY164.19|Z95150|MOAA1 PUTATIVE MOLYBDENUM + COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN A from Mycobacterium + tuberculosis (359 aa), FASTA scores: opt: 657, E(): 0, + (36.6% identity in 309 aa overlap). BELONGS TO THE MOAA / + NIFB / PQQE FAMILY. Mb0893c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdenum cofactor biosynthesis + protein a2 moaa2" + /protein_id="SIT99491.1" + /db_xref="GOA:P65385" + /db_xref="InterPro:IPR000385" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR010505" + /db_xref="InterPro:IPR013483" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65385" + /translation="MTLTALGMPALRSRTNGIADPRVVPTTGPLVDTFGRVANDLRVS + LTDRCNLRCSYCMPERGLRWLPGEQLLRPDELARLIHIAVTRLGVTSVRFTGGEPLLA + HHLDEVVAATARLRPRPEISLTTNGVGLARRAGALAEAGLDRVNVSLDSIDRAHFAAI + TRRDRLAHVLAGLAAAKAAGLTPVKVNAVLDPTTGREDVVDLLRFCLERGYQLRVIEQ + MPLDAGHSWRRNIALSADDVLAALRPHFRLRPDPAPRGSAPAELWLVDAGPNTPRGRF + GVIASVSHAFCSTCDRTRLTADGQIRSCLFSTEETDLRRLLRGGADDDAIEAAWRAAM + WSKPAGHGINAPDFIQPDRPMSAIGG" + gene complement(967804..968193) + /locus_tag="BQ2027_MB0894C" + CDS complement(967804..968193) + /locus_tag="BQ2027_MB0894C" + /note="Mb0894c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv0870c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 129 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, highly similar to other + membrane proteins: putative secreted proteins or + hypothetical proteins e.g. CAC08263.1| AL392146 putative + integral membrane protein from Streptomyces coelicolor + (138 aa); NP_233433.1|NC_002506 conserved hypothetical + protein from Vibrio cholerae (143 aa); + NP_455572.1|NC_003198 putative membrane protein from + Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (148 + aa); P37065|YCCF_ECOLI HYPOTHETICAL 16.3 KD PROTEIN from + Escherichia coli (148 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): + 1.9e-06, (36.6% identity in 134 aa overlap); etc. Protein + product from Mb0894c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0894c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99492.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYS0" + /db_xref="InterPro:IPR005185" + /db_xref="InterPro:IPR031308" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYS0" + /translation="MRLILNVIWLVFGGLWLALGYLLASLVCFLLIITIPFGFAALRI + ASYALWPFGRTIVEKPTAGTGALISNVIWVLLFGIWLALGHLVSAAAMAVTIIGIPLA + LANLKLIPVSLVPLGKDIVGVNSQVPT" + gene 968358..968765 + /gene="cspB" + /locus_tag="BQ2027_MB0895" + CDS 968358..968765 + /gene="cspB" + /locus_tag="BQ2027_MB0895" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0895, cspB, len: 135 aa. Equivalent to Rv0871, + len: 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Probable cspB, cold + shock-like protein B, equivalent to + Z99494|MLCB57_7|MLCB57.11 probable cold shock protein from + Mycobacterium leprae (136 aa), FASTA scores: opt: 787, + E(): 0, (86.0% identity in 136 aa overlap). Also highly + similar (but often longer than) to others e.g. + CAB93399.1|AL357524 cold shock protein B from Streptomyces + coelicolor (127 aa); Q45099|CSPD_BACCE COLD SHOCK-LIKE + PROTEIN CSPD from Bacillus cereus (66 aa); Y101 + 81|LLCSPB_1 cold shock protein from Lactococcus lactis (66 + aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 2.5e-07, (48.3% identity + in 60 aa overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO THE COLD-SHOCK + DOMAIN (CSD) FAMILY. Protein product from Mb0895 detected + using shotgun mass spectrometry. Mb0895 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COLD SHOCK-LIKE PROTEIN B CSPB" + /protein_id="SIT99493.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXM9" + /db_xref="InterPro:IPR002059" + /db_xref="InterPro:IPR011129" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM9" + /translation="MPTGKVKWYDPDKGFGFLSQEGGEDVYVRSSALPTGVEALKAGQ + RVEFGIASGRRGPQALSLRLIEPPPSLSRPRREPAAEHKHSPDELHGMVEDMITLLES + TVQPELRKGRYPDRKTARRVAEVVRAVAREFES" + gene complement(968884..970710) + /gene="PE_PGRS15" + /locus_tag="BQ2027_MB0896C" + CDS complement(968884..970710) + /gene="PE_PGRS15" + /locus_tag="BQ2027_MB0896C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0896c, PE_PGRS15, len: 608 aa. Equivalent to + Rv0872c, len: 606 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 606 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins (see first citation below), + similar to many e.g. MTCY24A1.04c|Z95207 (615 aa), FASTA + scores: opt: 2636, E(): 0, (64.6% identity in 619 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 3 bp in-frame deletion and a 9 bp + in-frame insertion leads to a lightly longer product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (608 aa versus 606 aa). Mb0896c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs15" + /protein_id="SIT99494.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWQ7" + /translation="MSYVLATPEMVAAAANNLAQIGSTLSAANAAALAPTTGVLAAGA + DEVSAAVASLFSGHAQAYQTLGTQAAAFHERFIQALSTAAGAYGSAEAANASPLQQAL + NVINAPTQTLLGRPLIGNGTNGAPGTGQAGGPGGLLYGNGGNGGSGGVGQAGGAGGSA + GLIGIGGTGGAGGAGAVGGVGGNGGWLYGNGGAGGLGGTGVAGVNGGMGAAGGAGGNA + YLFGSGGAGGQGGMGAAGADGVNPTPTGTADAGSTGTDQTLGGNAIGGNGGPGDAGDA + MTSGGAGGSGGNAVSTVNGDAVGGEGGKGGEGAYGGAGGAGGSAASIGNAAIGGNGGA + GGNAQAPGGVGGAGGEGGDAQVGTNSPSNAEAGNGGSGGNGFDSFASGGTGGAGGTGG + AGGRGGLLIGDGGAGGAGGVGGTGGSGAPGGGGAGGDGGAANTDSAGSSRKAFGGDGG + VGGDGASALGTGGEGGIGGQGGNGGAGGLLIGNGGAGGVGGTAGAGGTGGSGGAGGAG + GAGGGGTNSGPGAAFGGNGNTGGNGGNGGAPGALGGKGGSGGLIGRAGSDGGVGAGGA + GGAGGAGGTGGEGGTGGDGKTTDGNPGMGGSPGSAGQPGQPG" + gene 970971..972923 + /gene="fadE10" + /locus_tag="BQ2027_MB0897" + CDS 970971..972923 + /gene="fadE10" + /locus_tag="BQ2027_MB0897" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0897, fadE10, len: 650 aa. Equivalent to Rv0873, + len: 650 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 650 aa overlap). Probable fadE10, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly similar to + many e.g. CAB91129.1|AL355913 putative acyl CoA + dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (658 aa); + P50544|ACDV_MOUSE ACYL-COA DEHYDROGENASE from Mus musculus + (656 aa); D30647|RATVLCAD_1 very-long-chain Acyl-CoA + dehydrogenase from Rattus norvegicus (655 aa), FASTA + scores: opt: 675, E(): 0, (33.9% identity in 380 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0897 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0897 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE10" + /protein_id="SIT99495.1" + /db_xref="GOA:P63430" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63430" + /translation="MAQQTQVTEEQARALAEESRESGWDKPSFAKELFLGRFPLGLIH + PFPKPSDAEEARTEAFLVKLREFLDTVDGSVIERAAQIPDEYVKGLAELGCFGLKIPS + EYGGLNMSQVAYNRVLMMVTTVHSSLGALLSAHQSIGVPEPLKLAGTAEQKRRFLPRC + AAGAISAFLLTEPDVGSDPARMASTATPIDDGQAYELEGVKLWTTNGVVADLLVVMAR + VPRSEGHRGGISAFVVEADSPGITVERRNKFMGLRGIENGVTRLHRVRVPKDNLIGRE + GDGLKIALTTLNAGRLSLPAIATGVAKQALKIAREWSVERVQWGKPVGQHEAVASKIS + FIAATNYALDAVVELSSQMADEGRNDIRIEAALAKLWSSEMACLVGDELLQIRGGRGY + ETAESLAARGERAVPVEQMVRDLRINRIFEGSSEIMRLLIAREAVDAHLTAAGDLANP + KADLRQKAAAAAGASGFYAKWLPKLVFGEGQLPTTYREFGALATHLRFVERSSRKLAR + NTFYGMARWQASLEKKQGFLGRIVDIGAELFAISAACVRAEAQRTADPVEGEQAYELA + EAFCQQATLRVEALFDALWSNTDSIDVRLANDVLEGRYTWLEQGILDQSEGTGPWIAS + WEPGPSTEANLARRFLTVSPSSEAKL" + gene complement(973012..974172) + /locus_tag="BQ2027_MB0898C" + CDS complement(973012..974172) + /locus_tag="BQ2027_MB0898C" + /note="Mb0898c, -, len: 386 aa. Equivalent to Rv0874c, + len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 386 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar in part to SPU62616_1 + hypothetical protein from Synechococcus sp. (280 aa), + FASTA scores: E(): 6.3e-26, (35.2% identity in 264 aa + overlap); SYCSLLLH_102 from Synechocystis sp. (447 aa), + FASTA scores: E(): 1.1e-18, (29.5% identity in 400 aa + overlap). Also highly similar to Rv0628c|MTCY20H10_9 from + Mycobacterium tuberculosis (383 aa), FASTA scores: E():0, + (81.5% identity in 383 aa overlap). Mb0898c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99496.1" + /db_xref="GOA:P0A5D4" + /db_xref="InterPro:IPR013702" + /db_xref="InterPro:IPR016741" + /db_xref="InterPro:IPR019494" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5D4" + /translation="MRIGVGVCTTPDARQAAVEAAGQARDELAGEAPSLAVLLGSRAH + TDRAADVLSAVLQMIDPPALVGCIAQAIVAGRHEIEDEPAVVVWLASGLAAETFQLDF + VRTGSGALITGYRFDRTARDLHLLLPDPYTFPSNLLIEHPNTDLPGTAVVGGVVSGGR + RRGDTRLFRDHDVLTSGVVGVRLPGMRGVPVVSQGCRPIGYPYIVTGADGILITELGG + RPPLQRLREIVEGLSPDERALVSHGLQIGIVVDEHLAAPGQGDFVIRGLLGADPSTGS + IEIDEVVQVGATMQFQVRDAAGADKDLRLTVERAAARLPGRAAGALLFTCNGRGRRMF + GVADHDASTIEELLGGIPLAGFFAAGEIGPIAGRNALHGFTASMALFVDDME" + gene complement(974272..974760) + /locus_tag="BQ2027_MB0899C" + CDS complement(974272..974760) + /locus_tag="BQ2027_MB0899C" + /note="Mb0899c, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv0875c, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Possible conserved + exported protein, equivalent to MLCB57_11|O33056 possible + exported protein from Mycobacterium leprae (162 aa), FASTA + scores: opt: 789, E(): 0, (71.4% identity in 161 aa + overlap). Protein product from Mb0899c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0899c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99497.1" + /db_xref="InterPro:IPR024495" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64732" + /translation="MKRGVATLPVILVILLSVAAGAGAWLLVRGHGPQQPEISAYSHG + HLTRVGPYLYCNVVDLDDCQTPQAQGELPVSERYPVQLSVPEVISRAPWRLLQVYQDP + ANTTSTLFRPDTRLAVTIPTVDPQRGRLTGIVVQLLTLVVDHSGELRDVPHAEWSVRL + IF" + gene complement(974757..976403) + /locus_tag="BQ2027_MB0900C" + CDS complement(974757..976403) + /locus_tag="BQ2027_MB0900C" + /note="Mb0900c, -, len: 548 aa. Equivalent to Rv0876c, + len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 548 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to MLCB57_12|O33057 + possible membrane protein from Mycobacterium leprae (579 + aa), FASTA scores: opt: 2850, E(): 0, (81.0% identity in + 568 aa overlap). Also highly similar (except in + N-terminus) to CAB93403.1|AL357524 putative integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (463 aa). + Protein product from Mb0900c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0900c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99498.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWN3" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWN3" + /translation="MAPTPGRRTRNGSVNGHPGMANYPPGDANYRRSRRPPPMPSANR + YLPPLGEQPEPERSRVPPRTTRAGERITVTRAAAMRSREMGSRMYLLVHRAATADGAD + KSGLTALTWPVMANFAVDSAMAVALANTLFFAAASGESKSRVALYLLITIAPFAVIAP + LIGPALDRLQHGRRVALALSFGLRTALAVVLIMNYDGATGSFPSWVLYPCALAMMVFS + KSFSVLRSAVTPRVMPPTIDLVRVNSRLTVFGLLGGTIAGGAIAAGVEFVCTHLFQLP + GALFVVVAITIAGASLSMRIPRWVEVTSGEVPATLSYHRDRGRLRRRWPEEVKNLGGT + LRQPLGRNIITSLWGNCTIKVMVGFLFLYPAFVAKAHEANGWVQLGMLGLIGAAAAVG + NFAGNFTSARLQLGRPAVLVVRCTVLVTVLAIAAAVAGSLAATAIATLITAGSSAIAK + ASLDASLQHDLPEESRASGFGRSESTLQLAWVLGGAVGVLVYTELWVGFTAVSALLIL + GLAQTIVSFRGDSLIPGLGGNRPVMAEQETTRRGAAVAPQ" + gene 976541..977329 + /locus_tag="BQ2027_MB0901" + CDS 976541..977329 + /locus_tag="BQ2027_MB0901" + /note="Mb0901, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv0877, len: + 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to MLCB57_13|O33058 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (269 aa), FASTA scores: E(): 0, (80.5% identity in 257 aa + overlap). Also highly similar (except in C-terminus) to + SCD12A.13|CAB93404.1|AL357524 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (308 aa). Protein product from + Mb0901 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0901 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99499.1" + /db_xref="InterPro:IPR021391" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64734" + /translation="MTGPTEESAVATVADWPEGLAAVLRGAADQARAAVVEFSGPEAV + GDYLGVSYEDGNAATHRFIAHLPGYQGWQWAVVVASYSGADHATISEVVLVPGPTALL + APDWVPWEQRVRPGDLSPGDLLAPAKDDPRLVPGYTASGDAQVDETAAEIGLGRRWVM + SAWGRAQSAQRWHDGDYGPGSAMARSTKRVCRDCGFFLPLAGSLGAMFGVCGNELSAD + GHVVDRQYGCGAHSDTTAPAGGSTPIYEPYDDGVLDIIEKPAES" + gene complement(977352..978668) + /gene="PPE13" + /locus_tag="BQ2027_MB0902C" + CDS complement(977352..978668) + /gene="PPE13" + /locus_tag="BQ2027_MB0902C" + /note="Mb0902c, PPE13, len: 438 aa. Equivalent to Rv0878c, + len: 443 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 438 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. P4261|YHS6_MYCTU (517 aa), FASTA scores: opt: + 1044, E(): 0, (47.4% identity in 397 aa overlap); + MTV014_3, MTCI65_2, MTCY98_24, MTCY3C7_23, MTCY48_17, + MTV004_5, MTV004_3, etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (a-*) leads to + a shorter product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (438 aa versus 443 aa). Mb0902c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe13" + /protein_id="SIT99500.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWQ8" + /translation="MNFMVLPPEVNSARIYAGAGPAPMLAAAVAWDGLAAELGMAAAS + FSLLISGLTAGPGSAWQGPAAAAMAAAAAPYLSWLNAATARAEGAAAGAKAAAAVYEA + ARAATAHPALVAANRNQLLSLVLSNLFGQNLPAIAATEASYEQLWAQDVAAMVGYHGG + ASTVASQLTPWQQLLSVLPPVVTAAPAGAVGVPAALAIPALGVENIGVGNFLGIGNIG + NNNVGSGNTGDYNFGIGNIGNANLGNGNIGNANLGSGNAGFFNFGNGNDGNTNFGSGN + AGFLNIGSGNEGSGNLGFGNAGDDNTGWGNSGDTNTGGFNSGDLNTGIGSPVTQGVAN + SGFGNTGTGHSGFFNSGNSGSGFQNLGNGSSGFGNASDTSSGFQNAGTALTRASSTWA + DSPRAWPIRAPSRLQVWRTRATTARECSIRVIISRVSSTGAPPQKK" + gene complement(978946..979221) + /locus_tag="BQ2027_MB0903C" + CDS complement(978946..979221) + /locus_tag="BQ2027_MB0903C" + /note="Mb0903c, -, len: 91 aa. Equivalent to Rv0879c, len: + 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 91 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, C-terminus highly similar to + C-terminal part of MLCB57_14|O33059 conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (91 aa), FASTA scores: + E(): 1.2e-25, (76.9% identity in 91 aa overlap). Mb0903c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99501.1" + /db_xref="GOA:P64736" + /db_xref="InterPro:IPR019681" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64736" + /translation="MSVENSQIREPPPLPPVLLEVWPVIAVGALAWLVAAVAAFVVPG + LASWRPVTVAGLATGLLGTTIFVWQLAAARRGARGAQAGLETYLDPK" + gene 979399..979830 + /locus_tag="BQ2027_MB0904" + CDS 979399..979830 + /locus_tag="BQ2027_MB0904" + /note="Mb0904, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv0880, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, MarR family, equivalent to + MLCB57_15|O3306|NP_302411.1|NC_002677 putative MarR-family + protein from Mycobacterium leprae (143 aa), FASTA scores: + opt: 818, E(): 0, (89.5% identity in 143 aa overlap). Also + similar to many others e.g. CAB93410.1|AL357524 putative + marR-family protein from Streptomyces coelicolor (145 aa); + NP_251757.1|NC_002516 probable transcriptional regulator + from Pseudomonas aeruginosa (147 aa); etc. Also similar to + Rv2327 from Mycobacterium tuberculosis (163 aa). Protein + product from Mb0904 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0904 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY MARR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99502.1" + /db_xref="GOA:P67746" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR023187" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67746" + /translation="MLDSDARLASDLSLAVMRLSRQLRFRNPSSPVSLSQLSALTTLA + NEGAMTPGALAIRERVRPPSMTRVIASLADMGFVDRAPHPIDGRQVLVSVSESGAELV + KAARRARQEWLAERLATLNRSERDILRSAADLMLALVDESP" + gene 979827..980693 + /locus_tag="BQ2027_MB0905" + CDS 979827..980693 + /locus_tag="BQ2027_MB0905" + /note="Mb0905, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv0881, len: + 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 288 aa overlap). Possible rRNA + methyltransferase (EC 2.1.1.-), highly similar to others + and hypothetical proteins e.g. CAB76071.1|AL157953 + putative rRNA methylase from Streptomyces coelicolor (272 + aa); NP_421117.1|NC_002696 spoU rRNA methylase family + protein from Caulobacter crescentus (268 aa); + D90913_93|P74261 rRNA METHYLASE from Synechocystis sp. + (274 aa), FASTA scores: E(): 1.1e-13, (26.3% identity in + 278 aa overlap); P18644|TSNR_STRCN rRNA METHYLTRANSFERASE + (EC 2.1.1.66) from Streptomyces cyaneus (Streptomyces + curacoi) (269 aa), FASTA scores: E(): 3.7e-08, (23.9% + identity in 268 aa overlap); etc. Equivalent to AAK45146.1 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (242 aa) + but longer 46 aa. Mb0905 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RRNA METHYLTRANSFERASE (RRNA + METHYLASE)" + /protein_id="SIT99503.1" + /db_xref="GOA:P59968" + /db_xref="InterPro:IPR001537" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="InterPro:IPR029064" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59968" + /translation="MTEGRCAQHPDGLDVQDVCDPDDPRLDDFRDLNSIDRRPDLPTG + KALVIAEGVLVVQRMLASRFTPLALFGTDRRLAELKDDLAGVGAPYYRASADVMARVI + GFHLNRGVLAAARRVPEPSVAQVVAGARTVAVLEGVNDHENLGSIFRNAAGLSVDAVV + FGTGCADPLYRRAVRVSMGHALLVPYARAADWPTELMTLKESGFRLLAMTPHGNACKL + PEAIAAVSHERIALLVGAEGPGLTAAALRISDVRVRIPMSRGTDSLNVATAAALAFYE + RTRSGHHIGPGT" + gene 980690..980974 + /locus_tag="BQ2027_MB0906" + CDS 980690..980974 + /locus_tag="BQ2027_MB0906" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0906, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv0882, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). Probable transmembrane + protein. Mb0906 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99504.1" + /db_xref="GOA:P64738" + /db_xref="InterPro:IPR024244" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64738" + /translation="MNDQRDQAVPWATGLAVAGFVAAVIAVAVVVLSLGLIRVHPLLA + VGLNIVAVSGLAPTLWGWRRTPVLRWFVLGAAVGVAGAWLALLALTLGDG" + gene complement(980971..981732) + /locus_tag="BQ2027_MB0907C" + CDS complement(980971..981732) + /locus_tag="BQ2027_MB0907C" + /note="Mb0907c, -, len: 253 aa. Equivalent to Rv0883c, + len: 253 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 253 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O3306|MLCB57_16 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEI from Mycobacterium leprae + (251 aa), FASTA scores: E(): 0, (79.4% identity in 253 aa + overlap). Also highly similar to N_terminus of + AL009204|SC9B10_22 HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (352 aa), FASTA scores: E(): 6.1e-20, (35.0% + identity in 246 aa overlap). Protein product from Mb0907c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0907c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99505.1" + /db_xref="InterPro:IPR021421" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64740" + /translation="MRELKVVGLDADGKNIICQGAIPSEQFKLPVDDRLRAALRDDSV + QPEQAQLDIEVTNVLSPKEIQARIRAGASVEQVAAASGSDIARIRRFAHPVLLERSRA + AELATAAHPVLADGPAVLTMQETVAAALVARGLNPDSLTWDAWRNEDSRWTVQLAWKA + GRSDNLAHFRFTPGAHGGTATAIDDTAHELINPTFNRPLRPLAPVAHLDFDEPEPAQP + TLTVPSAQPVSNRRGKPAIPAWEDVLLGVRSGGRR" + gene complement(981889..983019) + /gene="serC" + /locus_tag="BQ2027_MB0908C" + CDS complement(981889..983019) + /gene="serC" + /locus_tag="BQ2027_MB0908C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0908c, serC, len: 376 aa. Equivalent to Rv0884c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Possible serC, + phosphoserine aminotransferase (EC 2.6.1.52), equivalent + to MLCB57_17 putative phosphoserine aminotransferase from + Mycobacterium leprae (376 aa), FASTA scores: E(): 0, (87.5 + identity in 376 aa overlap). Also highly similar to + CAC08322.1|AL392149 putative aminotransferase from + Streptomyces coelicolor (363 aa); and similar to other + phosphoserine aminotransferases e.g. NP_386837.1|NC_003047 + PUTATIVE PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (392 aa); P52878|SERC_METBA + PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE from Methanosarcina barkeri + (370 aa); P10658|SERC_RABIT|RABEPIP_1 PHOSPHOSERINE + AMINOTRANSFERASE from Rabbit (370 aa), FASTA scores: opt: + 271, E(): 3.5e-11, (24.5% identity in 368 aa overlap); + etc. BELONGS TO CLASS-V OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein + product from Mb0908c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0908c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE SERC + (PSAT)" + /protein_id="SIT99506.1" + /db_xref="GOA:P63515" + /db_xref="InterPro:IPR000192" + /db_xref="InterPro:IPR006272" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR022278" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63515" + /translation="MADQLTPHLEIPTAIKPRDGRFGSGPSKVRLEQLQTLTTTAAAL + FGTSHRQAPVKNLVGRVRSGLAELFSLPDGYEVILGNGGATAFWDAAAFGLIDKRSLH + LTYGEFSAKFASAVSKNPFVGEPIIITSDPGSAPEPQTDPSVDVIAWAHNETSTGVAV + AVRRPEGSDDALVVIDATSGAGGLPVDIAETDAYYFAPQKNFASDGGLWLAIMSPAAL + SRIEAIAATGRWVPDFLSLPIAVENSLKNQTYNTPAIATLALLAEQIDWLVGNGGLDW + AVKRTADSSQRLYSWAQERPYTTPFVTDPGLRSQVVGTIDFVDDVDAGTVAKILRANG + IVDTEPYRKLGRNQLRVAMFPAVEPDDVSALTECVDWVVERL" + gene 983227..984249 + /locus_tag="BQ2027_MB0909" + CDS 983227..984249 + /locus_tag="BQ2027_MB0909" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0909, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv0885, len: + 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 340 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O33063|MLCB57_18 + possible transmembrane protein from Mycobacterium leprae + (341 aa), FASTA score: (83.9% identity in 341 aa overlap). + Also similar except in C-terminus to T35630 probable + membrane protein from Streptomyces coelicolor (312 aa). + Protein product from Mb0909 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0909 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative transmembrane protein" + /protein_id="SIT99507.1" + /db_xref="GOA:P0A5D6" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR025859" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5D6" + /translation="MDRTRIVRRWRRNMDVADDAEYVEMLATLSEGSVRRNFNPYTDI + DWESPEFAVTDNDPRWILPATDPLGRHPWYQAQSRERQIEIGMWRQANVAKVGLHFES + ILIRGLMNYTFWMPNGSPEYRYCLHESVEECNHTMMFQEMVNRVGADVPGLPRRLRWV + SPLVPLVAGPLPVAFFIGVLAGEEPIDHTQKNVLREGKSLHPIMERVMSIHVAEEARH + ISFAHEYLRKRLPRLTRMQRFWISLYFPLTMRSLCNAIVVPPKAFWEEFDIPREVKKE + LFFGSPESRKWLCDMFADARMLAHDTGLMNPIARLVWRLCKIDGKPSRYRSEPQRQHL + AAAPAA" + gene 984268..985995 + /gene="fprB" + /locus_tag="BQ2027_MB0910" + CDS 984268..985995 + /gene="fprB" + /locus_tag="BQ2027_MB0910" + /note="Mb0910, fprB, len: 575 aa. Equivalent to Rv0886, + len: 575 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 575 aa overlap). Probable fprB, + ferredoxin/ferredoxin-NADP(+) reductase (NADPH:adrenodoxin + oxidoreductase) (EC 1.18.1.2), equivalent to + O3306|MLCB57_19 FERREDOXIN/FERREDOXIN--NADP REDUCTASE from + Mycobacterium leprae (555 aa), FASTA scores: E(): 0, (76.6 + identity in 560 aa overlap). Also highly similar or + similar to others e.g. NP_294219.1|NC_001263 putative + ferredoxin/ferredoxin--NADP reductase from Deinococcus + radiodurans (479 aa) (N-terminus shorter); + P22570|ADRO_HUMAN NADPH:adrenodoxin oxidoreductase from + homo sapiens (497 aa), FASTA scores: opt: 624, E(): 3e-30, + (39.7% identity in 484 aa overlap); P08165|ADRO_BOVIN + NADPH:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE from Bos taurus (492 aa); + etc. Also similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv3106, Rv3858c, etc. Contains PS00198 + 4Fe-4S ferredoxins, iron-sulfur binding region signature. + Mb0910 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADPH:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE FPRB + (ADRENODOXIN REDUCTASE) (AR) (FERREDOXIN-NADP(+) + REDUCTASE)" + /protein_id="SIT99508.1" + /db_xref="GOA:P65529" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR017900" + /db_xref="InterPro:IPR021163" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65529" + /translation="MPHVITQSCCNDASCVFACPVNCIHPTPDEPGFATSEMLYIDPV + ACVDCGACVTACPVSAIAPNTRLDFEQLPFVEINASYYPKRPAGVKLAPTSKLAPVTP + AAEVRVRRQPLTVAVVGSGPAAMYAADELLVQQGVQVNVFEKLPTPYGLVRSGVAPDH + QNTKRVTRLFDRIAGHRRFRFYLNVEIGKHLGHAELLAHHHAVLYAVGAPDDRRLTID + GMGLPGTGTATELVAWLNGHPDFNDLPVDLSHERVVIIGNGNVALDVARVLAADPHEL + AATDIADHALSALRNSAVREVVVAARRGPAHSAFTLPELIGLTAGADVVLDPGDHQRV + LDDLAIVADPLTRNKLEILSTLGDGSAPARRVGRPRIRLAYRLTPRRVLGQRRAGGVQ + FSVTGTDELRQLDAGLVLTSIGYRGKPIPDLPFDEQAALVPNDGGRVIDPGTGEPVPG + AYVAGWIKRGPTGFIGTNKSCSMQTVQALVADFNDGRLTDPVATPTALDQLVQARQPQ + AIGCAGWRAIDAAEIARGSADGRVRNKFTDVAEMLAAATSAPKEPLRRRVLARLRDLG + QPIVLTVPL" + gene complement(985978..986436) + /locus_tag="BQ2027_MB0911C" + CDS complement(985978..986436) + /locus_tag="BQ2027_MB0911C" + /note="Mb0911c, -, len: 152 aa. Equivalent to Rv0887c, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 152 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to others e.g. + NP_436346.1|NC_003037 Hypothetical protein from + Sinorhizobium meliloti (149 aa); AL132644|SCI8_26 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (194 + aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 1.5e-07, (33.6% identity + in 131 aa overlap); etc. Also shows weak similarity with + transposases and related proteins. Protein product from + Mb0911c detected using SWATH mass spectrometry. Mb0911c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glyoxalase/bleomycin resistance + protein/dioxygenase" + /protein_id="SIT99509.1" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="InterPro:IPR041581" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64742" + /translation="MAINVEPALSPHLVVDDAASAIDFYVKAFDAVELGRVPGPDGKL + IHAALRINGFTVMLNDDVPQMCGGKSMTPTSLGGTPVTIHLTVTDVDAKFQRALNAGA + TVVTALEDQLWGDRYGVVADPFGHHWSLGQPVREVNMDEIQAAMSSQGDG" + gene 987698..989170 + /locus_tag="BQ2027_MB0912" + CDS 987698..989170 + /locus_tag="BQ2027_MB0912" + /note="Mb0912, -, len: 490 aa. Equivalent to Rv0888, len: + 490 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 490 aa overlap). Probable exported + protein. Equivalent to AAK45157.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (507 aa) but shorter 17 aa. + Contains possible N-terminal signal sequence. Mb0912 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99510.1" + /db_xref="GOA:P64744" + /db_xref="InterPro:IPR005135" + /db_xref="InterPro:IPR036691" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64744" + /translation="MDYAKRIGQVGALAVVLGVGAAVTTHAIGSAAPTDPSSSSTDSP + VDACSPLGGSASSLAAIPGASVPQVGVRQVDPGSIPDDLLNALIDFLAAVRNGLVPII + ENRTPVANPQQVSVPEGGTVGPVRFDACDPDGNRMTFAVRERGAPGGPQHGIVTVDQR + TASFIYTADPGFVGTDTFSVNVSDDTSLHVHGLAGYLGPFHGHDDVATVTVFVGNTPT + DTISGDFSMLTYNIAGLPFPLSSAILPRFFYTKEIGKRLNAYYVANVQEDFAYHQFLI + KKSKMPSQTPPEPPTLLWPIGVPFSDGLNTLSEFKVQRLDRQTWYECTSDNCLTLKGF + TYSQMRLPGGDTVDVYNLHTNTGGGPTTNANLAQVANYIQQNSAGRAVIVTGDFNARY + SDDQSALLQFAQVNGLTDAWVQVEHGPTTPPFAPTCMVGNECELLDKIFYRSGQGVTL + QAVSYGNEAPKFFNSKGEPLSDHSPAVVGFHYVADNVAVR" + gene complement(989205..990326) + /gene="citA" + /locus_tag="BQ2027_MB0913C" + CDS complement(989205..990326) + /gene="citA" + /locus_tag="BQ2027_MB0913C" + /note="Mb0913c, citA, len: 373 aa. Equivalent to Rv0889c, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 373 aa overlap). Probable citA + (alternate gene name: gltA), citrate synthase 2 (EC + 4.1.3.7), highly similar to others e.g. + CAB95899.1|AL359988 putative citrate synthase from + Streptomyces coelicolor (387 aa); P39119|CISY_BACSU + citrate synthase II from Bacillus subtilis (366 aa), FASTA + scores: opt: 586, E(): 5.8e-30, (33.8% identity in 367 aa + overlap); etc. Also similar to Rv0896|MTCY31.24 from + Mycobacterium tuberculosis (29.2% identity in 274 aa + overlap) and Rv1131. Contains PS00480 Citrate synthase + signature. BELONGS TO THE CITRATE SYNTHASE FAMILY. Protein + product from Mb0913c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0913c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CITRATE SYNTHASE II CITA" + /protein_id="SIT99511.1" + /db_xref="GOA:P63778" + /db_xref="InterPro:IPR002020" + /db_xref="InterPro:IPR016142" + /db_xref="InterPro:IPR016143" + /db_xref="InterPro:IPR019810" + /db_xref="InterPro:IPR036969" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63778" + /translation="MTVVPENFVPGLDGVVAFTTEIAEPDKDGGALRYRGVDIEDLVS + QRVTFGDVWALLVDGNFGSGLPPAEPFPLPIHSGDVRVDVQAGLAMLAPIWGYAPLLD + IDDATARQQLARASVMALSYVAQSARGIYQPAVPQRIIDECSTVTARFMTRWQGEPDP + RHIEAIDAYWVSAAEHGMNASTFTARVIASTGADVAAALSGAIGAMSGPLHGGAPARV + LPMLDEVERAGDARSVVKGILDRGEKLMGFGHRVYRAEDPRARVLRAAAERLGAPRYE + VAVAVEQAALSELRERRPDRAIETNVEFWAAVVLDFARVPANMMPAMFTCGRTAGWCA + HILEQKRLGKLVRPSAIYVGPGPRSPESVDGWERVLTTA" + gene complement(990413..993061) + /locus_tag="BQ2027_MB0914C" + CDS complement(990413..993061) + /locus_tag="BQ2027_MB0914C" + /note="Mb0914c, -, len: 882 aa. Equivalent to Rv0890c, + len: 882 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 882 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, LuxR family, highly + similar (but shorter 238 aa in N-terminus) to + NP_302202.1|NC_002677 possible transcriptional regulator + from Mycobacterium leprae (1106 aa). Also highly similar + (generally in part) to others e.g. T50568 probable + multi-domain regulatory protein from Streptomyces + coelicolor (1334 aa); P10957|NARL_ECOLI nitrate/nitrite + response regulator protein from Escherichia coli (216 aa), + FASTA scores: opt: 193, E(): 6e-06, (37.4% identity in 99 + aa overlap); etc. Also highly similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY02B10_22, MTV008_44, + MTV036_21, and MTCY31_24. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop), PS00622 Bacterial regulatory + proteins, luxR family signature, and probable helix-turn + helix motif from aa 836 to 857 (Score 1559, +4.50 SD). + BELONGS TO THE LUXR/UHPA FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb0914c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0914c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY LUXR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99512.1" + /db_xref="GOA:P59969" + /db_xref="InterPro:IPR000792" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59969" + /translation="MRALLAQNRLVTLCGTGGVGKTRLAIQIASASELRDGLCFVDLA + PITESGIVAATAARAVGLPDQPGRSTMDSLRRFIGNRRMLMVLDNCEHLLDACAALVV + ELLGACPELTILATSREPIGMAGEITWRVPSMSITDEAVELFADRASRVQPGFTIANH + NAAAVGEICRRLDGIPLAIEFAAARVRSMSPLEIADGLDDCFRLLAGGVRGAVQRQQT + LRASIDWSHALLTETEQILFRRLAPFVGGFDLAAVRAVAAGSDLDPFSVLDQLTLLVD + KSLVVADDCQGRTRYRLLETVRRYALEKLGDSGEADVHARHRDYYTALAASLNTPADN + DHQRLVARAETEIDNLRAAFAWSRENGHITEALQLASSLQPIWFGRAHLREGLSWFNS + ILEDQRFHRLAVSTAVRARALADKAMLSTWLATSPVGATDIIAPAQQALAMAREVGDP + AALVRALTACGCSSGYNAEAAAPYFAEATDLARAIDDKWTLCQILYWRGVGTCISGDP + NALRAAAEECRDLADTIGDRFVSRHCSLWLSLAQMWAGNLTEALELSREITAEAEASN + DVPTKVLGLYTQAQVLAYCGASAAHAIAGACIAAATELGGVYQGIGYAAMTYAALAAG + DVTAALEASDAARPILRAQPDQVTMHQVLMAQLALAGGDAIAARQFANDAVDATNGWH + RMVALTIRARVATARGEPELARDDAHAALACGAELHIYQGMPDAMELLAGLAGEVGSH + SEGVRLLGAAAALRQQTRQVRFKIWDAGYQASVTALREAMGDEDFDRAWAEGAALSTD + EAIAYAQRGRGERKRPARGWGSLTPTERDVVRLVSEGLSNKDIAKRLFVSPRTVQTHL + THVYAKLGLASRVQLVDEAARRGSPS" + gene complement(993063..993920) + /locus_tag="BQ2027_MB0915C" + CDS complement(993063..993920) + /locus_tag="BQ2027_MB0915C" + /note="Mb0915c, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv0891c, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 285 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, highly similar in N-terminus to + NP_302202.1|NC_002677 possible transcriptional regulator + from Mycobacterium leprae (1106 aa). Also highly similar + to several Mycobacterium tuberculosis putative + transcriptional regulators e.g. Q1102|MTCY02B10_22 + PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (1159 aa), + FASTA scores: opt: 702, E(): 8.3e-40, (50.6% identity in + 247 aa overlap); MTV036_21; MTV008_44; MTCY02B10_23. Also + shows similarity with several adenylate cyclases and + hydrolases from other organisms. Mb0915c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99513.1" + /db_xref="GOA:P59970" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59970" + /translation="MLFNAVHNSLPPNIDIDHAILRGEDHPPTCAKCVARGRISALGS + LDLRYHSLRCYAAPPDVGRCEFVPPRRRVLIANQGLDVSRLPPTGTVTLLLADVEEST + HLWQMCPEDMATAIAHLDHTVSEAITNHGGVQPVKRYEGDSFVAAFTRASDAAACALD + LQRTSLAPIRLRIGLHTGEVQLRDELYVGPTINRTARLRDLAHGGQVVLSAATGDLVT + GRLPADAWLVDLGRHPLRGLPRPEWVMQLCHPDIREKFPPLRTAKSSPTSILPAQFTT + FVGRRAQIS" + gene 994318..995805 + /locus_tag="BQ2027_MB0916" + CDS 994318..995805 + /locus_tag="BQ2027_MB0916" + /note="Mb0916, -, len: 495 aa. Equivalent to Rv0892, len: + 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 495 aa overlap). Probable + monooxygenase (EC 1.14.-.-), highly similar to others e.g. + NP_250787.1|NC_002516 probable flavin-binding + monooxygenase from Pseudomonas aeruginosa (491 aa); + CAB59668.1|AL132674 monooxygenase from Streptomyces + coelicolor (519 aa); P12015|CYMO_ACIS cyclohexanone + monooxygenase from Acinetobacter sp. (542 aa), FASTA + scores: opt: 489, E(): 6.8e-26, (30.3% identity in 492 aa + overlap); etc. Also highly similar to Rv0565c, Rv3854c, + Rv3083, etc from Mycobacterium tuberculosis. Has + hydrophobic stretch at N-terminus. Protein product from + Mb0916 detected using SWATH mass spectrometry. Mb0916 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="SIT99514.1" + /db_xref="GOA:P64746" + /db_xref="InterPro:IPR020946" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64746" + /translation="MTGRCPTVAVVGAGMSGMCVAITLLSAGITDVCIYEKADDVGGT + WRDNTYPGLTCDVPSRLYQYSFAKNPNWTQMFSRGGEIQDYLRGIAERYGLRHRIRFG + ATVVSARFDDGRWVLRTDSGTESTVDFLISATGVLHHPRIPPIAGLDDFRGTVFHSAR + WDHTVPLLGRRIAVIGTGSTGVQLVCGLAGVAGKVTMFQRTAQWVLPWPNPRYSKLAR + VFHRAFPCLGSLAYKAYSLSFETFAVALSNPGLHRKLVGAVCRASLRRVRDPRLRRAL + TPDYEPMCKRLVMSGGFYRAIQRDDVELVTAGIDHVEHRGIVTDDGVLHEVDVIVLAT + GFDSHAFFRPMQLTGRDGIRIDDVWQDGPHAHQTVAIPGFPNFFMMLGPHSPVGNFPL + TAVAESQAEHIVQWIKRWRHGEFDTMEPKSAATEAYNTVLRAAMPNTVWTTGCDSWYL + NKDGIPEVWPFAPAKHRAMLANLHPEEYDLRRYAAVRATSRPQSA" + gene complement(995783..996760) + /locus_tag="BQ2027_MB0917C" + CDS complement(995783..996760) + /locus_tag="BQ2027_MB0917C" + /note="Mb0917c, -, len: 325 aa. Equivalent to Rv0893c, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 325 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, belongs in family with + P96823|Rv0146|MTCI5.20 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (310 aa), FASTA scores: opt: + 784, E(): 0, (43.2% identity in 308 aa overlap); Rv0726c, + Rv0731c, Rv3399, etc. Also shows some similarity with + others e.g. SC9B5.10|T35930 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (303 aa); BSUB0008_141|Q45500 + HYPOTHETICAL 34.8 KD PROTEIN from Bacillus subtilis (304 + aa), FASTA scores: E(): 0.00033, (26.8% identity in 168 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0917c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0917c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIT99515.1" + /db_xref="GOA:P64748" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64748" + /translation="MRTEDDSWDVTTSVGSTGLLVAAARALETQKADPLAIDPYAEVF + CRAAGGEWADVLDGKLPDHYLTTGDFGEHFVNFQGARTRYFDEYFSRATAAGMKQVVI + LAAGLDSRAFRLQWPIGTTIFELDRPQVLDFKNAVLADYHIRPRAQRRSVAVDLRDEW + QIALCNNGFDANRPSAWIAEGLLVYLSAEAQQRLFIGIDTLASPGSHVAVEEATPLDP + CEFAAKLERERAANAQGDPRRFFQMVYNERWARATEWFDERGWRATATPLAEYLRRVG + RAVPEADTEAAPMVTAITFVSAVRTGLVADPARTSPSSTSIGFKRFEAD" + gene 996989..998170 + /locus_tag="BQ2027_MB0918" + CDS 996989..998170 + /locus_tag="BQ2027_MB0918" + /note="Mb0918, -, len: 393 aa. Equivalent to Rv0894, len: + 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 393 aa overlap). Possible regulatory + protein, LuxR family, highly similar in part to + NP_302202.1|NC_002677 possible transcriptional regulator + from Mycobacterium leprae (1106 aa). Also similar to + others e.g. CAB95788.1|AL359949 putative multi-domain + regulatory protein from Streptomyces coelicolor (780 aa); + NP_107293.1|NC_002678 transcriptional regulator from + Mesorhizobium loti (903 aa); etc. Also similar to other + regulatory proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2488c|MTV008_44 (1137 aa), FASTA score: (53.2% identity + in 363 aa overlap); Rv1358|MTCY02B10_22 (1159 aa), FASTA + score: (52.3% identity in 365 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (POSSIBLY LUXR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99516.1" + /db_xref="GOA:P64750" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64750" + /translation="MPSRATVQEFSDSYPFCHNGFRPIMMPKIVSVQHSTRRHLTSFV + GRKAELNDVRRLLSDKRLVTLTGPDGMGKSRLALQIGAQIAHEFTYGRWDCDLATVTD + RDCVSISMLNALGLPVQPGLSAIDTLVGVINDARVLLVLDHCEHLLDACAAIIDSLLR + SCPRLTILTTSTEAIGLAGELTWRVPPLSLTNDAIELFVDRARRVRSDFAINADTAVT + VGEICRRLDGVPLAIELAAARTDTLSPVEILAGLNDRFRLVAGAAGNAVRPEQTLCAT + VQWSHALLSGPERALLHRLAVFAGGFDLDGAQAVGANDEDFEGYQTLGRFAELVDKAF + VVVENNRGRAGYRLLYSVRQYALEKLSESGEADAVLARYRKHLKQPNQVVRAGSGGVR + Y" + gene 998247..999764 + /locus_tag="BQ2027_MB0919" + CDS 998247..999764 + /locus_tag="BQ2027_MB0919" + /note="Mb0919, -, len: 505 aa. Equivalent to Rv0895, len: + 505 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 505 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; member of family with: Rv3740c, + Rv3734c, Rv1425, Rv1760, etc. Shows some similarity with + NP_301898.1|NC_002677 conserved membrane protein from + Mycobacterium leprae (491 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIT99517.1" + /db_xref="GOA:P67205" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67205" + /translation="MRQQQEADVVALGRKPGLLCVPERFRAMDLPMAAADALFLWAET + PTRPLHVGALAVLSQPDNGTGRYLRKVFSAAVARQQVAPWWRRRPHRSLTSLGQWSWR + TETEVDLDYHVRLSALPPRAGTAELWALVSELHAGMLDRSRPLWQVDLIEGLPGGRCA + VYVKVHHALADGVSVMRLLQRIVTADPHQRQMPTLWEVPAQASVAKHTAPRGSSRPLT + LAKGVLGQARGVPGMVRVVADTTWRAAQCRSGPLTLAAPHTPLNEPIAGARSVAGCSF + PIERLRQVAEHADATINDVVLAMCGGALRAYLISRGALPGAPLIAMVPVSLRDTAVID + VFGQGPGNKIGTLMCSLATHLASPVERLSAIRASMRDGKAAIAGRSRNQALAMSALGA + APLALAMALGRVPAPLRPPNVTISNVPGPQGALYWNGARLDALYLLSAPVDGAALNIT + CSGTNEQITFGLTGCRRAVPALSILTDQLAHELELLVGVSEAGPGTRLRRIAGRR" + gene 999937..1001232 + /gene="gltA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0920" + CDS 999937..1001232 + /gene="gltA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0920" + /note="Mb0920, gltA2, len: 431 aa. Equivalent to Rv0896, + len: 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8%% identity in 431 aa overlap). Probable gltA2, + citrate synthase 1 (EC 4.1.3.7), highly similar to + O33066|NP_302405.1|NC_002677 citrate synthase 1 from + Mycobacterium leprae (431 aa), FASTA scores: E(): 0, (91.0 + identity in 431 aa overlap); and + AAF04133.1|AF191033_1|AF191033 citrate synthase from + Mycobacterium smegmatis (441 aa). Also highly similar to + others e.g. AAF14286.1|AF181118_1|AF181118 citrate + synthase from Streptomyces coelicolor (429 aa); + P42457|CISY_CORGL CITRATE SYNTHASE from Corynebacterium + glutamicum (437 aa), FASTA scores: opt: 1847, E(): 0, + (63.0% identity in 433 aa overlap); etc. Also similar to + two other Mycobacterium tuberculosis citrate synthases, + Rv0889|MTCY31.17c|citA (373 aa), FASTA score: (29.2% + identity in 274 aa overlap) and Rv1131|MTCY22G8.20|gltA1 + (393 aa). Contains PS00480 Citrate synthase signature. + BELONGS TO THE CITRATE SYNTHASE FAMILY. Protein product + from Mb0920 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0920 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CITRATE SYNTHASE I GLTA2" + /protein_id="SIT99518.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWQ4" + /db_xref="InterPro:IPR002020" + /db_xref="InterPro:IPR010953" + /db_xref="InterPro:IPR016142" + /db_xref="InterPro:IPR016143" + /db_xref="InterPro:IPR019810" + /db_xref="InterPro:IPR024176" + /db_xref="InterPro:IPR036969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWQ4" + /translation="MADTDDTATLRYPGGEIDLQIVHATEGADGIALGPLLAKTGHTT + FDVGFANTAAAKSSITYIDGDAGILRYRGYPIDQLAEKSTFIEVCYLLIYGELPDTDQ + LAQFTGRIQRHTMLHEDLKRFFDGFPRNAHPMPVLSSVVNALSAYYQDALDPMDNGQV + ELSTIRLLAKLPTIAAYAYKKSVGQPFLYPDNSLTLVENFLRLTFGFPAEPYQADPEV + VRALDMLFILHADHEQNCSTSTVRLVGSSRANLFTSISGGINALWGPLHGGANQAVLE + MLEGIRDSGDDVSEFVRKVKNREAGVKLMGFGHRVYKNYDPRARIVKEQADKILAKLG + GDDSLLGIAKELEEAALTDDYFIERKLYPNVDFYTGLIYRALGFPTRMFTVLFALGRL + PGWIAHWREMHDEGDSKIGRPRQIYTGYAERDYVTIDAR" + gene complement(1001273..1002880) + /locus_tag="BQ2027_MB0921C" + CDS complement(1001273..1002880) + /locus_tag="BQ2027_MB0921C" + /note="Mb0921c, -, len: 535 aa. Equivalent to Rv0897c, + len: 535 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 535 aa overlap). Possible oxidoreductase + (EC 1.-.-.-), similar to various oxidoreductases from + diverse organisms e.g. CAB94055.1|AL358672 putative + oxidoreductase from Streptomyces coelicolor (540 aa); + NP_147877.1|NC_000854 phytoene dehydrogenase from + Aeropyrum pernix (549 aa); Q01671|CRTD_RHOSH + methoxyneurosporene dehydrogenase from Rhodobacter + sphaeroides (495 aa), FASTA scores: opt: 139, E(): + 2.6e-06, (23.8% identity in 538 aa overlap); etc. Also + similar to Rv1432, Rv2997, and Rv3829c from Mycobacterium + tuberculosis. Protein product from Mb0921c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb0921c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99519.1" + /db_xref="GOA:P64752" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64752" + /translation="MSDHDRDFDVVVVGGGHNGLVAAAYLARAGLRVRLLERLAQTGG + AAVSIQAFDGVEVALSRYSYLVSLLPSRIVADLGAPVRLARRPFSSYTPAPATAGRSG + LLIGPTGEPRAAHLAAIGAAPDAHGFAAFYRRCRLVTARLWPTLIEPLRTREQARRDI + VEYGGHEAAAAWQAMVDEPIGHAIAGAVANDLLRGVIATDALIGTFARMHEPSLMQNI + CFLYHLVGGGTGVWHVPIGGMGSVTSALATAAARHGAEIVTGADVFALDPDGTVRYHS + DGSDGAEHLVRGRFVLVGVTPAVLASLLGEPVAALAPGAQVKVNMVVRRLPRLRDDSV + TPQQAFAGTFHVNETWSQLDAAYSQAASGRLPDPLPCEAYCHSLTDPSILSARLRDAG + AQTLTVFGLHTPHSVFGDTEGLAERLTAAVLASLNSVLAEPIQDVLWTDAQSKPCIET + TTTLDLQRTLGMTGGNIFHGALSWPFADNDDPLDTPARQWGVATDHERIMLCGSGARR + GGAVSGIGGHNAAMAVLACLASRRKSP" + gene complement(1002906..1003169) + /locus_tag="BQ2027_MB0922C" + CDS complement(1002906..1003169) + /locus_tag="BQ2027_MB0922C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0922c, -, len: 87 aa. Equivalent to Rv0898c, len: + 87 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 87 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to CAC01589.1|AL391041 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (87 aa). + Also shows some similarity to Rv0709|MTCY210.28|rpmC from + Mycobacterium tuberculosis (77 aa), FASTA score: (28.8% + identity in 73 aa overlap). Protein product from Mb0922c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0922c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99520.1" + /db_xref="InterPro:IPR020311" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64754" + /translation="MGKGRKPTDSETLAHIRDLVAEEKALRAQLRHGGISESEEQQQL + RRIEIELDQCWDLLRQRRALRQTGGDPREAVVRPADQVEGYTG" + gene 1003277..1004257 + /gene="ompA" + /locus_tag="BQ2027_MB0923" + CDS 1003277..1004257 + /gene="ompA" + /locus_tag="BQ2027_MB0923" + /note="Mb0923, ompA, len: 326 aa. Equivalent to Rv0899, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 326 aa overlap). Probable ompA, outer + membrane protein A, C-terminal region similar to + C-terminus of many members of the OMPA family of outer + membrane proteins e.g. NP_458280.1|NC_003198 putative + outer membrane protein from Salmonella enterica subsp. + enterica serovar Typhi (220); NP_418008.1|NC_000913 + putative outer membrane protein from Escherichia coli + strain K12 (219 aa), FASTA scores: opt: 296, E(): 2.2e-11, + (45.3% identity in 117 aa overlap); NP_231844.1|NC_002505 + outer membrane protein OmpA from Vibrio cholerae (321 aa); + Q05146|OMPA_BORAV OUTER MEMBRANE PROTEIN A PRECURSOR from + Bordetella avium (194 aa); etc. A signal peptide sequence + probably exists at the N-terminus. Contains PS00044 + Bacterial regulatory proteins, lysR family signature. + BELONGS TO THE OMPA FAMILY. Protein product from Mb0923 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0923 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="outer membrane protein a ompa" + /protein_id="SIT99521.1" + /db_xref="GOA:P65594" + /db_xref="InterPro:IPR006664" + /db_xref="InterPro:IPR006665" + /db_xref="InterPro:IPR006690" + /db_xref="InterPro:IPR007055" + /db_xref="InterPro:IPR036737" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65594" + /translation="MASKAGLGQTPATTDARRTQKFYRGSPGRPWLIGAVVIPLLIAA + IGYGAFERPQSVTGPTGVLPTLTPTSTRGASALSLSLLSISRSGNTVTLIGDFPDEAA + KAALMTALNGLLAPGVNVIDQIHVDPVVRSLDFSSAEPVFTASVPIPDFGLKVERDTV + TLTGTAPSSEHKDAVKRAATSTWPDMKIVNNIEVTGQAPPGPPASGPCADLQSAINAV + TGGPIAFGNDGASLIPADYEILNRVADKLKACPDARVTINGYTDNTGSEGINIPLSAQ + RAKIVADYLVARGVAGDHIATVGLGSVNPIASNATPEGRAKNRRVEIVVN" + gene 1004270..1004422 + /locus_tag="BQ2027_MB0924" + CDS 1004270..1004422 + /locus_tag="BQ2027_MB0924" + /note="Mb0924, -, len: 50 aa. Equivalent to Rv0900, len: + 50 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 50 aa overlap). Possible membrane protein, + with hydrophobic domain from aa 4-26. Mb0924 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99522.1" + /db_xref="GOA:P64756" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64756" + /translation="MDFVIQWSCYLLAFLGGSAVAWVVVTLSIKRASRDEGAAEAPSA + AETGAQ" + gene 1004422..1004949 + /locus_tag="BQ2027_MB0925" + CDS 1004422..1004949 + /locus_tag="BQ2027_MB0925" + /note="Mb0925, -, len: 175 aa. Equivalent to Rv0901, len: + 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 175 aa overlap). Possible conserved + exported or membrane protein, with hydrophobic N-terminus + at aa 7-25. Shows some similarity in C-terminus to + O33070|Z99494|MLCB57.59 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (113 aa), FASTA scores: opt: 204, + E(): 3.2e-12, (44.9% identity in 78 aa overlap) Protein + product from Mb0925 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0925 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED OR MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99523.1" + /db_xref="GOA:P64758" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64758" + /translation="MEHVHWWLAGLAFTLGMVLTSTLMVRPVEHQVLVKKSVRGSSAK + SKPPTARKPAVKSGTKREESPTAKTKVATESAAEQIPVAGEPAAEPIPVAGEPAARIP + VVPYAPYGPGSARAGADGSGPQGWLVKGRSDTRLYYTPEDPTYDPTVAQVWFQDEESA + ARAFFTPWRKSTRRT" + gene complement(1004966..1006306) + /gene="prrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0926C" + CDS complement(1004966..1006306) + /gene="prrB" + /locus_tag="BQ2027_MB0926C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0926c, prrB, len: 446 aa. Equivalent to Rv0902c, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 446 aa overlap). prrB, two-component + sensor histidine kinase (EC 2.7.3.-) (see citations + below), transmembrane protein, equivalent to + MLCB57_26|NP_302403.1|NC_002677 sensor histidine kinase + from Mycobacterium leprae (446 aa); and similar at + C-termini to NP_301251.1|NC_002677 putative two-component + system sensor kinase from Mycobacterium leprae (519 aa). + C-terminus also similar to the C-termini of many + sensor-like histidine kinase proteins e.g. + P08336|CPXA_ECOLI|ECFB|SSD|EUP|B3911|Z5456|ECS4837 sensor + protein from Escherichia coli strain K12 (457 aa), FASTA + scores: opt: 364, E(): 1.7e-15, (27.1% identity in 398 aa + overlap); CAB89748.1|AL354616 putative two-component + histidine kinase from Streptomyces coelicolor (483 aa); + CAB82845.1|AJ277081 putative histidine kinase from + Amycolatopsis mediterranei (472 aa); etc. Also similar in + part to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv3764c (475 + aa); and Rv0982 (504 aa). Thought to be induced at + phagocytosis (see second citation below). Protein product + from Mb0926c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0926c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE PRRB" + /protein_id="SIT99524.1" + /db_xref="GOA:P0A5Z9" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Z9" + /translation="MNILSRIFARTPSLRTRVVVATAIGAAIPVLIVGTVVWVGITND + RKERLDRRLDEAAGFAIPFVPRGLDEIPRSPNDQDALITVRRGNVIKSNSDITLPKLQ + DDYADTYVRGVRYRVRTVEIPGPEPTSVAVGATYDATVAETNNLHRRVLLICTFAIGA + AAVFAWLLAAFAVRPFKQLAEQTRSIDAGDEAPRVEVHGASEAIEIAEAMRGMLQRIW + NEQNRTKEALASARDFAAVSSHELRTPLTAMRTNLEVLSTLDLPDDQRKEVLNDVIRT + QSRIEATLSALERLAQGELSTSDDHVPVDITDLLDRAAHDAARIYPDLDVSLVPSPTC + IIVGLPAGLRLAVDNAIANAVKHGGATLVQLSAVSSRAGVEIAIDDNGSGVPEGERQV + VFERFSRGSTASHSGSGLGLALVAQQAQLHGGTASLENSPLGGARLVLRLPGPS" + gene complement(1006317..1007027) + /gene="prrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0927C" + CDS complement(1006317..1007027) + /gene="prrA" + /locus_tag="BQ2027_MB0927C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0927c, prrA, len: 236 aa. Equivalent to Rv0903c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 236 aa overlap). prrA, two-component + response regulator (see citations below), equivalent to + Z99494|MLCB57_27|NP_302402.1|NC_002677 two-component + response regulator from Mycobacterium leprae (233 aa), + FASTA scores: opt: 1414, E(): 0, (95.7% identity in 233 aa + overlap); and similar to T45446 probable two-component + response regulator from Mycobacterium leprae (253 aa). + Also similar to many sensor-like histidine kinase proteins + e.g. CAB88489.1|AL353816 putative two-component systen + response regulator from Streptomyces coelicolor (248 aa); + AAG36759.1|AF119221_1 |AF119221 response regulator from + Corynebacterium glutamicum (232 aa); Q02540|COPR_PSESM + transcriptional activator protein COPR from Pseudomonas + syringae (pv. tomato) (227 aa), FASTA scores: opt: 600, + E(): 0, (44.4% identity in 225 aa overlap); etc. Also + similar to Rv0981 from Mycobacterium tuberculosis (230 + aa), Rv3765c (234 aa), phoP (247 aa), etc. Thought to be + induced at phagocytosis (see second citation below). + Protein product from Mb0927c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0927c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT RESPONSE TRANSCRIPTIONAL + REGULATORY PROTEIN PRRA" + /protein_id="SIT99525.1" + /db_xref="GOA:P0A5Z7" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Z7" + /translation="MGGMDTGVTSPRVLVVDDDSDVLASLERGLRLSGFEVATAVDGA + EALRSATENRPDAIVLDINMPVLDGVSVVTALRAMDNDVPVCVLSARSSVDDRVAGLE + AGADDYLVKPFVLAELVARVKALLRRRGSTATSSSETITVGPLEVDIPGRRARVNGVD + VDLTKREFDLLAVLAEHKTAVLSRAQLLELVWGYDFAADTNVVDVFIGYLRRKLEAGG + GPRLLHTVRGVGFVLRMQ" + gene complement(1007158..1008645) + /gene="accD3" + /locus_tag="BQ2027_MB0928C" + CDS complement(1007158..1008645) + /gene="accD3" + /locus_tag="BQ2027_MB0928C" + /note="Mb0928c, accD3, len: 495 aa. Equivalent to Rv0904c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 495 aa overlap). Putative accD3, + acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit + (carboxyltransferase subunit of acetyl-CoA carboxylase) + (EC 6.4.1.2), highly similar in part to AAA63045.1|U15184 + zinc finger protein from Mycobacterium leprae (201 aa). + Also highly similar to others e.g. CAC42827.1|Y17592 + putative carboxyltransferase subunit of acetyl-CoA + carboxylase from Corynebacterium glutamicum (491 aa); + CAB86110.1|AL163003 putative acetyl CoA carboxylase (alpha + and beta subunits) from Streptomyces coelicolor (458 aa); + Q54776|ACCD_SYNP7 ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE CARBOXYL + TRANSFERASE SUBUNIT BETA from Synechococcus sp. (305 aa); + P12217|ACCD_MARPO ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE CARBOXYL + TRANSFERASE SUBUNIT BETA from Marchantia polymorpha (316 + aa), FASTA scores: opt: 519, E():1.6e-24, (40.2% identity + in 219 aa overlap); etc. Also similar to Rv3280, Rv2502c, + etc from Mycobacterium tuberculosis. BELONGS TO THE + ACCD/PCCB FAMILY. Protein product from Mb0928c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0928c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE CARBOXYL + TRANSFERASE (SUBUNIT BETA) ACCD3 (ACCASE BETA CHAIN)" + /protein_id="SIT99526.1" + /db_xref="GOA:P63406" + /db_xref="InterPro:IPR000438" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63406" + /translation="MSRITTDQLRHAVLDRGSFVSWDSEPLAVPVADSYARELAAARA + ATGADESVQTGEGRVFGRRVAVVACEFDFLGGSIGVAAAERITAAVERATAERLPLLA + SPSSGGTRMQEGTVAFLQMVKIAAAIQLHNQARLPYLVYLRHPTTGGVFASWGSLGHL + TVAEPGALIGFLGPRVYELLYGDPFPSGVQTAENLRRHGIIDGVVALDRLRPMLDRAL + TVLIDAPEPLPAPQTPAPVPDVPTWDSVVASRRPDRPGVRQLLRHGATDRVLLSGTDQ + GEAATTLLALARFGGQPTVVLGQQRAVGGGGSTVGPAALREARRGMALAAELCLPLVL + VIDAAGPALSAAAEQGGLAGQIAHCLAELVTLDTPTVSILLGQGSGGPALAMLPADRV + LAALHGWLAPLPPEGASAIVFRDTAHAAELAAAQGIRSADLLKSGIVDTIVPEYPDAA + DEPIEFALRLSNAIAAEVHALRKIPAPERLATRLQRYRRIGLPRD" + gene 1008672..1009403 + /gene="echA6" + /locus_tag="BQ2027_MB0929" + CDS 1008672..1009403 + /gene="echA6" + /locus_tag="BQ2027_MB0929" + /note="Mb0929, echA6, len: 243 aa. Equivalent to Rv0905, + len: 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 243 aa overlap). Possible echA6, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), highly similar to + ML15184|U15184 enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium + leprae (247 aa), FASTA score: (85.8% identity in 247 aa + overlap). Also similar to many e.g. NP_250320.1|NC_002516 + probable enoyl-CoA hydratase/isomerase from Pseudomonas + aeruginosa (261 aa); NP_415911.1|NC_000913 putative enzyme + from Escherichia coli strain K12 (255 aa); P24162 + ECHH_RHOCA|FADB1 enoyl-CoA hydratase homolog from + Rhodobacter capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (257 + aa), FASTA scores: opt: 404, E():7.8e-21, (37.3% identity + in 249 aa overlap); etc. Protein product from Mb0929 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb0929 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA6 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99527.1" + /db_xref="GOA:P64015" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64015" + /translation="MIGITQAEAVLTIELQRPERRNALNSQLVEELTQAIRKAGDGSA + RAIVLTGQGTAFCAGADLSGDAFAADYPDRLIELHKAMDASPMPVVGAINGPAIGAGL + QLAMQCDLRVVAPDAFFQFPTSKYGLALDNWSIRRLSSLVGHGRARAMLLSAEKLTAE + IALHTGMANRIGTLADAQAWAAEIARLAPLAIQHAKRVLNDDGAIEEAWPAHKELFDK + AWGSQDVIEAQVARMEKRPPKFQGA" + gene 1009409..1010527 + /locus_tag="BQ2027_MB0930" + CDS 1009409..1010527 + /locus_tag="BQ2027_MB0930" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0930, -, len: 372 aa. Equivalent to Rv0906, len: + 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 372 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others e.g. + SC6A5.25|AL049485|T35416 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (370 aa), FASTA scores: opt: 1125, + E(): 0, (51.3% identity in 335 aa overlap); + NP_242955.1|NC_002570|BH2089 conserved protein from + Bacillus halodurans (370 aa); etc. Also shows some + similarity to C-terminus of Q48412|ROMA_KLEPN Q48412 outer + membrane protein roma (fragment) from Klebsiella + pneumoniae (132 aa), FASTA scores: opt: 319, E(): 8.5e-14, + (46.2% identity in 104 aa overlap); NP_105215.1|NC_002678 + hypothetical protein which contains similarity to outer + membrane protein romA from Enterobacter cloacae (350 aa); + etc. Protein product from Mb0930 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0930 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Outer membrane protein romA" + /protein_id="SIT99528.1" + /db_xref="GOA:P64760" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR024884" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64760" + /translation="MVRRALRLAAGTASLAAGTWLLRALHGTPAALGADAASIRAVSE + QSPNYRDGAFVNLDPASMFTLDREELRLIVWELVARHSASRPAAPIPLASPNIYRGDA + SRLAVSWFGHSTALLEIDGYRVLTDPVWSDRCSPSDVVGPQRLHPPPVQLAALPAVDA + VVISHDHYDHLDIDTVVALVGMQRAPFLVPLGVGAHLRSWGVPQDRIVELDWNQSAQV + DELTVVCVPARHFSGRFLSRNTTLWASWAFVGPNHRAYFGGDTGYTKSFTQIGADHGP + FDLTLLPIGAYNTAWPDIHMNPEEAVRAHLDVTDSGSGMLVPVHWGTFRLAPHPWGEP + VERLLAAAEPEHVTVAVPLPGQRVDPTGPMRLHPWWRL" + gene 1010650..1012200 + /locus_tag="BQ2027_MB0931" + CDS 1010650..1012200 + /locus_tag="BQ2027_MB0931" + /note="Mb0931, -, len: 516 aa. Equivalent to Rv0907, len: + 532 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 511 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly involved in cell wall biosynthesis: + similar to many beta-lactamases, penicillin-binding + proteins and hypothetical proteins e.g. + NP_298910.1|NC_002488 beta-lactamase from Xylella + fastidiosa (455 aa); Q06317|PBP4_NOCLA PENICILLIN-BINDING + PROTEIN 4 (PBP-4) (381 aa), FASTA scores: opt: 299, E(): + 8.8e-05, (28.7% identity in 401 aa overlap); etc. + N-terminus highly similar to AAA63047.1|U15184 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (58 aa). + Related to other putative esterases and penicillin binding + proteins in Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv1730c|MTCY04C12.15c (517 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base insertion (*-g) leads to a + shorter product with a different NH2 part compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Protein product from Mb0931 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0931 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Beta-lactamase class C-like and penicillin + binding proteins (PBPs) superfamily / DUF3471 domain" + /protein_id="SIT99529.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR021860" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT2" + /translation="MMLLTLTGCGSTHQALGPPSGLPDASPNERSAIQIPAGRIDDAV + AKVDGLVGELMQNTGIPGMAVAIVHGGKTLYAKGFGVRDVGKGGGPDNKVDADTVFQL + ASVSKSVGATVVAHAVTDNVVTWDTPVVSKLPWFALRDPYVTGQVTIADLYSHRSGLP + DHAGDLLEDLGYDRRQVLQRLKYLPLAPFRISYAYTNFGVTAAAEAVAAAAGQSWEDL + SDEVLYRPLGMGSTSSRFTDFLARPNHAVNHVKVADRWEARYQRDPDAQSPAGGVSSS + LNDMTHWLAMVLADGVYNGRRITSPEALLLVYTPQVISRHPVSPRARASFYGYGFNVG + VTSSGRTEYSHSGAFGLGAAANFVVLPSEDLAIIALTNAGPIGVPETLTAEFMDLVQY + GQVREDWAALYKKAFAPLNELAGSLVGKQSPANPAPSRPLNDYVGVYANDYWGPATVT + YHDGQLRLSLGPKNQTFDLTHWDGDTFTFTLSTENALPGSISKATFAGDTLNLEYYDA + DKLGTFTR" + gene 1012197..1014590 + /gene="ctpE" + /locus_tag="BQ2027_MB0932" + CDS 1012197..1014590 + /gene="ctpE" + /locus_tag="BQ2027_MB0932" + /note="Mb0932, ctpE, len: 797 aa. Equivalent to Rv0908, + len: 797 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 797 aa overlap). Probable ctpE, metal + cation-transporting ATPase P-type, transmembrane protein, + E1-E2 family, highly similar to many e.g. + AB93406.1|AL357524 putative integral membrane ATPase from + Streptomyces coelicolor (802 aa); NP_346063.1|NC_003028 + cation-transporting ATPase (E1-E2 family) from + Streptococcus pneumoniae (778 aa); P37278|ATCL_SYNP7|PACL + cation-transporting atpase from Synechococcus sp. strain + PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) (926 aa), FASTA scores: + opt: 257, E(): 4.8e-33, (27.7% identity in 905 aa + overlap); etc. Contains E1-E2 ATPases phosphorylation site + (PS00154). BELONGS TO THE CATION TRANSPORT ATPASES FAMILY + (E1-E2 ATPASES). Protein product from Mb0932 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0932 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METAL CATION TRANSPORTER ATPASE P-TYPE + CTPE" + /protein_id="SIT99530.1" + /db_xref="GOA:P0A505" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A505" + /translation="MTRSASATAGLTDAEVAQRVAEGKSNDIPERVTRTVGQIVRANV + FTRINAILGVLLLIVLATGSLINGMFGLLIIANSVIGMVQEIRAKQTLDKLAIIGQAK + PLVRRQSGTRTRSTNEVVLDDIIELGPGDQVVVDGEVVEEENLEIDESLLTGEADPIA + KDAGDTVMSGSFVVSGAGAYRATKVGSEAYAAKLAAEASKFTLVKSELRNGINRILQF + ITYLLVPAGLLTIYTQLFTTHVGWRESVLRMVGALVPMVPEGLVLMTSIAFAVGVVRL + GQRQCLVQELPAIEGLARVDVVCADKTGTLTESGMRVCEVEELDGAGRQESVADVLAA + LAAADARPNASMQAIAEAFHSPPGWVVAANAPFKSATKWSGVSFRDHGNWVIGAPDVL + LDPASVAARQAERIGAQGLRVLLLAAGSVAVDHAQAPGQVTPVALVVLEQKVRPDARE + TLDYFAVQNVSVKVISGDNAVSVGAVADRLGLHGEAMDARALPTGREELADTLDSYTS + FGRVRPDQKRAIVHALQSHGHTVAMTGDGVNDVLALKDADIGVAMGSGSPASRAVAQI + VLLNNRFATLPHVVGEGRRVIGNIERVANLFLTKTVYSVLLALLVGIECLIAIPLRRD + PLLFPFQPIHVTIAAWFTIGIPAFILSLAPNNERAYPGFVRRVMTSAVPFGLVIGVAT + FVTYLAAYQGRYASWQEQEQASTAALITLLMTALWVLAVIARPYQWWRLALVLASGLA + YVVIFSLPLAREKFLLDASNLATTSIALAVGVVGAATIEAMWWIRSRMLGVKPRVWR" + gene 1015147..1015326 + /locus_tag="BQ2027_MB0933" + CDS 1015147..1015326 + /locus_tag="BQ2027_MB0933" + /note="Mb0933, -, len: 59 aa. Equivalent to Rv0909, len: + 59 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.3% identity in 59 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_302399.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (56 aa). + Also some similarity with AL022268|SC4H2_10c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (97 aa), FASTA + scores: opt: 106, E(): 0.13, (43.2% identity in 37 aa + overlap). Protein product from Mb0933 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0933 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antitoxin Rv0909" + /protein_id="SIT99531.1" + /db_xref="InterPro:IPR028037" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT0" + /translation="MGILDKVKNLLSQNADKVETVINKAGEFVDEQTQGNYSDAIHKL + QDAASNVVGMSDQQS" + gene 1015332..1015766 + /locus_tag="BQ2027_MB0934" + CDS 1015332..1015766 + /locus_tag="BQ2027_MB0934" + /note="Mb0934, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv0910, len: + 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 144 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_302398.1|NC_002677 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (181 aa), + FASTA scores: opt: 820, E(): 0, (83.9% identity in 143 aa + overlap). Also similar to Rv1546|MTCY48.19c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (143 aa). Protein + product from Mb0934 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0934 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Toxin Rv0910" + /protein_id="SIT99532.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW4" + /translation="MAKLSGSIDVPLPPEEAWMHASDLTRYREWLTIHKVWRSKLPEV + LEKGTVVESYVEVKGMPNRIKWTIVRYKPPEGMTLNGDGVGGVKVKLIAKVAPKEHGS + VVSFDVHLGGPALLGPIGMIVAAALRADIRESLQNFVTVFAG" + gene 1015864..1016637 + /locus_tag="BQ2027_MB0935" + CDS 1015864..1016637 + /locus_tag="BQ2027_MB0935" + /note="Mb0935, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv0911, len: + 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 257 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with hydroxylases and + hypothetical proteins e.g. T35325 probable hydroxylase + from Streptomyces coelicolor (265 aa); Q54242 hypothetical + protein from Streptomyces, FASTA scores: opt: 372, E(): + 8.8e-18, (32.0% identity in 256 aa overlap); + AAD04716.1|U77891 doxorubicin biosynthesis enzyme DnrV + from Streptomyces peucetius (275 aa); AAA63051.1|U15184 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (94 aa); + etc. Also similar to Rv0577 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (261 aa). Protein product from + Mb0935 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0935 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative hydroxylase" + /protein_id="SIT99533.1" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="InterPro:IPR041581" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS1" + /translation="MPTRSSAPLGAPCWIDLTTSDVDRAQDFYGTVFGWAFESAGPDY + GGYINAAKGGHPVAGLMANRPEFQSPDGWATYFHTVDIGATVAKLAAAGGSSCLDPME + VPGKGFMSLAVDPSGAAFGLWQPLQHHGFEVIGEAGSPVWHQLTTRDYRSVIDFYRQV + FGWRTEQISDTDEFCYTTAWFDDQQLLGVMDGSSCLPEGVPSNWTIFFGAEDVDETLR + VICDNGGSVVRAAENTPYGRLAAAADPMGVVFNLSSLQA" + gene 1016702..1017151 + /locus_tag="BQ2027_MB0936" + CDS 1016702..1017151 + /locus_tag="BQ2027_MB0936" + /note="Mb0936, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv0912, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 149 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to + Q50121|NP_302397.1|NC_002677 conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (144 aa), FASTA scores: + opt: 677, E(): 6.9e-38, (69.5% identity in 141 aa + overlap). Mb0936 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99534.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWU7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU7" + /translation="MTRRLRPGWLVALSAAVIAASTWMPWLTTTVGGGGWVNAIGGTH + GSLELPHGFGPGQLIVLLSSTLLVVGAMAGRGLSVKLSSIAALVVSLLIVALTVWYYK + LNVNPPVSAEYGLYFGAAGGVCAVGCSLWAAVSAASPGRRRHREVVR" + gene complement(1017683..1019191) + /locus_tag="BQ2027_MB0937C" + CDS complement(1017683..1019191) + /locus_tag="BQ2027_MB0937C" + /note="Mb0937c, -, len: 502 aa. Equivalent to Rv0913c, + len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 502 aa overlap). Possible dioxygenase + (EC 1.-.-.-), showing similarity with others e.g. + AAK38744.1|AY029525 carotenoid 9,10-9',10' cleavage + dioxygenase from Phaseolus vulgaris (543 aa); + CAB56138.1|AL117669 putative dioxygenase from Streptomyces + coelicolor (503 aa); AAK06796.1|AF324838_15|AF324838 + putative dioxygenase SimC5 from Streptomyces antibioticus + (456 aa); Q53353|S65040 + LIGNOSTILBENE-ALPHA,BETA-DIOXYGENASE (EC 1.13.11.43) from + Pseudomonas paucimobilis (485 aa), FASTA scores: opt: 310, + E(): 3.4e-20, (28.9% identity in 495 aa overlap); etc. + Also some similarity with Rv0654|MTCI376.22 PROBABLE + DIOXYGENASE from Mycobacterium tuberculosis (501 aa). + Protein product from Mb0937c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0937c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DIOXYGENASE" + /protein_id="SIT99535.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX62" + /db_xref="InterPro:IPR004294" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX62" + /translation="MDITIVGKYLSTLPEDDDHPYRTGPWRPQTTEWDADDLTTVTGE + VPADLDGIYLRNTENPLHPAFATYHPFDGDGMIHVVGFRDGKAFYRNRFIRTDGFLAE + NEAGGPLWPGLAEPVQLAKREHGWGARGLMKDASSTDVIVHRGIALTSFYQCGDLYRI + DPYSANTLGKESWHGRFPFDWGVSAHPKVDNKTGELLFFNYSKQEPYMRYGVVDQNNE + LVHYVDVPLPGPRLLHDMAFTENYVILNDFPLFWDPRLLERDVHLPRFYPEIPSRFAV + VARRGNDIRWFEADPTFVLHFTNAYEQGDEIVLDGFYEGDPQPLDTGGTKWEKLFRFL + ALDRLQSRLHRWRLNMVTGAVHEEQLSESITEFGTINADYAASSYRYTYAATGKPSWF + LFDGLVKHDLLTGNHECYSFGDGVYGSETAMAPRVGSSAEDDGYLVTLTTDMNDDASY + CLVFDAARPGDGPICKLALPERISSGTHSAWVPGAELRRWDHAESPAAAVGL" + gene complement(1019193..1020431) + /locus_tag="BQ2027_MB0938C" + CDS complement(1019193..1020431) + /locus_tag="BQ2027_MB0938C" + /note="Mb0938c, -, len: 412 aa. Equivalent to Rv0914c, + len: 412 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 412 aa overlap). Possible lipid carrier + protein or keto acyl-CoA thiolase (EC 2.3.1.16), highly + similar to NP_421905.1|NC_002696 thiolase family protein + from Caulobacter crescentus (407 aa); and similar to + others e.g. NP_107896.1|NC_002678 3-ketoacyl-CoA thiolase + from Mesorhizobium loti (392 aa); NP_385796.1|NC_003047 + PUTATIVE 3-KETOACYL-COA THIOLASE PROTEIN from + Sinorhizobium meliloti (389 aa); NP_275932.1|NC_000916 + lipid-transfer protein (sterol or nonspecific) from + Methanothermobacter thermautotrophicus (383 aa); + AB55378.1|AL117263 possible 3-ketoacyl-CoA thiolase from + Leishmania major (441 aa), FASTA scores: opt: 547, E(): + 3.1e-26, (31.0% identity in 435 aa overlap); etc. Also + similar to Rv2790c, Rv1627c, Rv0244, etc from + Mycobacterium tuberculosis. COULD BELONG TO THE THIOLASE + FAMILY. Protein product from Mb0938c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0938c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPID CARRIER PROTEIN OR KETO ACYL-COA + THIOLASE" + /protein_id="SIT99536.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWT3" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT3" + /translation="MDDGVWILGGYQSDFARNLSKENRDFADLTREVVDGTLTAAKVD + AADLAAAGVVHVANAFGEMFARQGHLGAMPATVCDDLWDTPATRHEAACASGSVATLA + AMADLRSGAYRVALVVGLELEKTVPGDTAAEHLSAAAWTGHEGAEARYLWPSMFAQVA + DEYDRRYGLDDTHLRAIAQLNFANARRNPNAQTRGWTIPDPITDDDATNPLTEGRLRR + FDCSQMTDGGAGLVLVSDAYLRDHRDARPIGRIDGWGHRTVGLGLRQKLDRVAQGDSA + PYLLPHVRATVLDALRRARVTLDDLDGIEVHDCFTPSEYLAIDHIGLTGPGESWKAIE + NGEIEIGGRLPINPSGGLIGGGHPVGASGVRMLLDAAKQVSGIAGDYQVENAEAFGTL + NFGGSTATTVSFVVSTTRGS" + gene complement(1020524..1021795) + /gene="PPE14" + /locus_tag="BQ2027_MB0939C" + CDS complement(1020524..1021795) + /gene="PPE14" + /locus_tag="BQ2027_MB0939C" + /note="Mb0939c, PPE14, len: 423 aa. Equivalent to Rv0915c, + len: 423 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 423 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. Rv1807 from Mycobacterium tuberculosis (403 aa), + FASTA scores: opt: 966, E(): 4.4e-30, (45.7% identity in + 392 aa overlap); etc. Contains PS00626 Regulator of + chromosome condensation (RCC1) signature 2. Mb0939c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe14" + /protein_id="SIT99537.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT8" + /translation="MDFGLLPPEVNSSRMYSGPGPESMLAAAAAWDGVAAELTSAAVS + YGSVVSTLIVEPWMGPAAAAMAAAATPYVGWLAATAALAKETATQARAAAEAFGTAFA + MTVPPSLVAANRSRLMSLVAANILGQNSAAIAATQAEYAEMWAQDAAVMYSYEGASAA + ASALPPFTPPVQGTGPAGPAAAAAATQAAGAGAVADAQATLAQLPPGILSDILSALAA + NADPLTSGLLGIASTLNPQVGSAQPIVIPTPIGELDVIALYIASIATGSIALAITNTA + RPWHIGLYGNAGGLGPTQGHPLSSATDEPEPHWGPFGGAAPVSAGVGHAALVGALSVP + HSWTTAAPEIQLAVQATPTFSSSAGADPTALNGMPAGLLSGMALASLAARGTTGGGGT + RSGTSTDGQEDGRKPPVVVIREQPPPGNPPR" + gene complement(1021810..1022109) + /gene="PE7" + /locus_tag="BQ2027_MB0940C" + CDS complement(1021810..1022109) + /gene="PE7" + /locus_tag="BQ2027_MB0940C" + /note="Mb0940c, PE7, len: 99 aa. Equivalent to Rv0916c, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 99 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to many e.g. + Rv1788 from Mycobacterium tuberculosis (99 aa), FASTA + scores: opt: 321, E(): 1.3e-11, (53.5% identity in 99 aa + overlap); etc. Mb0940c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe7" + /protein_id="SIT99538.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWS4" + /translation="MSFVTIQPVVLAAATGDLPTIGTAVSARNTAVCAPTTGVLPPAA + NDVSVLTAARFTAHTKHYRVVSKPAALVHGMFVALPAATADAYATTEAVNVVATG" + gene 1022553..1024334 + /gene="betP" + /locus_tag="BQ2027_MB0941" + CDS 1022553..1024334 + /gene="betP" + /locus_tag="BQ2027_MB0941" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0941, betP, len: 593 aa. Equivalent to Rv0917, + len: 593 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 593 aa overlap). Possible betP, glycine + betaine transporter, integral membrane protein, highly + similar to many transporters, mainly glycine betaine + transporters, e.g. P54582|BETP_CORGL glycine betaine + transporter from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (595 aa), FASTA scores: opt: 1367, + E(): 0, (42.7% identity in 504 aa overlap); T35264 + probable BCCT family transporter from Streptomyces + coelicolor (578 aa); NP_243511.1|NC_002570 glycine betaine + transporter from Bacillus halodurans (504 aa); + NP_439848.1|NC_000907 high-affinity choline transport + protein (betT) from Haemophilus influenzae (669 aa); etc. + SEEMS TO BELONG TO THE BCCT (TC 2.33) FAMILY OF + TRANSPORTERS. Mb0941 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYCINE BETAINE TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN BETP" + /protein_id="SIT99539.1" + /db_xref="GOA:P63696" + /db_xref="InterPro:IPR000060" + /db_xref="InterPro:IPR018093" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63696" + /translation="MSAKERGDQNAVVDALRSIQPAVFIPASVVIVAMIVVSVVYSSV + AENAFVRLNSAITGGVGWWYILVATGFVVFALYCGISRIGTIRLGRDDELPEFSFWAW + LAMLFSAGMGIGLVFYGVAEPLSHYLRPPRSRGVPALTDAAANQAMALTVFHWGLHAW + AIYVVVGLGMAYMTYRRGRPLSVRWLLEPVVGRGRVEGALGHAVDVIAIVGTLFGVAT + SLGFGITQIASGLEYLGWIRVDNWWMVGMIAAITATATASVVSGVSKGLKWLSNINMA + LAAALALFVLLLGPTLFLLQSWVQNLGGYVQSLPQFMLRTAPFSHDGWLGDWTIFYWG + WWISWAPFVGMFIARISRGRTIREFIGAVLLVPTVIASLWFTIFGDSALLRQRNNGDM + LVNGAVDTNTSLFRLLDGLPIGAITSVLAVLVIVFFFVTSSDSGSLVIDILSAGGELD + PPKLTRVYWAVLEGVAAAVLLLIGGAGSLTALRTAAIATALPFSIVMVVACYAMTKAF + HFDLAATPRLLHVTVPDVVAAGNRRRHDISATLSGLIAVRDVDSGTYIVHPDTGALTV + TAPPDPLDDHVFESDRHVTRRNTTSSR" + gene 1024677..1025153 + /locus_tag="BQ2027_MB0942" + CDS 1024677..1025153 + /locus_tag="BQ2027_MB0942" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0942, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv0918, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 158 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to Q50116 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (44 aa), FASTA scores: opt: 132, + E(): 0.0055, (65.6% identity in 32 aa overlap). Also some + similarity in C-terminus with other hypothetical proteins + e.g. NP_289961.1|NC_002655 hypothetical protein from + Escherichia coli strain O157:H7 (94 aa); etc. Mb0942 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to N-acetyltransferase activity" + /protein_id="SIT99540.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWU5" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR014795" + /db_xref="InterPro:IPR016547" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU5" + /translation="MHRAGAAVTANVWCRAGGIRMAPRPVIPVATQQRLRRQADRQSL + GGSGLPALNCTPIRHTIDVMATKPERKTERLAARLTPEQDALIRRAAEAEGTDLTNFT + VTAALAHARDVLADRRLFVLTDAAWTEFLAALDRPVSHKPRLEKLFAARSIFDTEG" + gene 1025150..1025650 + /locus_tag="BQ2027_MB0943" + CDS 1025150..1025650 + /locus_tag="BQ2027_MB0943" + /note="Mb0943, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv0919, len: + 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 166 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to Q50115 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (90 aa), FASTA scores: opt: 243, + E(): 5.3e-11, (56.5% identity in 85 aa overlap). Mb0943 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIT99541.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWU2" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU2" + /translation="MSGYSAPRRISDADDVTSFSSGEPSLDDYLRKRALANHVQGGSR + CFVTCRDGRVVGFYALASGSVAHADAPGRVRRNMPDPVPVILLSRLAVDRKEQGRGLG + SHLLRDAIGRCVQAADSIGLRAILVHALHDEARAFYVHFDFEISPTDPLHLMLLMKDA + RALIGD" + gene complement(1025781..1025853) + /locus_tag="BQ2027_ARGT" + tRNA complement(1025781..1025853) + /locus_tag="BQ2027_ARGT" + /product="tRNA-Arg" + /note="argT, len: 73 nt. Equivalent to argT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Arg, anticodon cct." + gene complement(1025924..1027359) + /locus_tag="BQ2027_IS1554" + mobile_element complement(1025924..1027359) + /locus_tag="BQ2027_IS1554" + /note="IS1554, len: 1436 nt. Equivalent to IS1554, len: + 1436 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 1436 nt overlap). Putative IS + element bounded by 15 bp inverted repeats." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1554" + repeat_region 1025924..1025938 + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,ATTCGGTGTAAGTGG, + flanking IS element IS1554." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1025963..1027282) + /locus_tag="BQ2027_MB0944C" + CDS complement(1025963..1027282) + /locus_tag="BQ2027_MB0944C" + /note="Mb0944c, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv0920c, + len: 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 439 aa overlap). Probable transposase + for IS1554, highly similar to others e.g. + MTCY441.35|Q45111 transposase from Mycobacterium + tuberculosis (419 aa), FASTA scores: opt: 1113, E(): 0, + (43.9% identity in 378 aa overlap); etc. Contains + transposases mutator family signature (PS01007). Mb0944c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase" + /protein_id="SIT99542.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYX4" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX4" + /translation="MDAAQVIEPAHAGQDVDEAAVAARELSGAERALVGDLVRQARAE + GVALTGPDGLLKALTKTVLEAALQEEMTEHLGYDRHAAAGRGSGNSRNGSRNKKVITD + ACGQVEIAVPRDRNGTFEPVIVGKRKRRVTDVDRVVLSLYAKGLTTGEIAAHFADVYG + VSVSKDTISRITDRVIEEMQAWWSRPLEKVYAAVFIDAIMVKIRDGQVRNRPVYAAIG + VDLDGHKDILGMWAGEGDGESAKFWLAVLTELRNRGVKDIFFLVCDGLKGLPDSVSAA + FPLATVQTCIIHLIRNTFRYASRKYWDKISVDLKPIYTAASAAEARLRYEEFAEKWGK + PYPAITRLWDSAWEEFIPFLDYDVEIRRVPCSTNAIESLNARYRRAVRARGHFPNEQS + ALKTLYLVTRSLDPKGTGQTKWAVRWKPALNALAITFADRMPAAEER" + repeat_region complement(1027345..1027359) + /locus_tag="BQ2027_IS1554" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,ATTCGGTGTAAGTGG, + flanking IS element IS1554." + /rpt_type=INVERTED + gene 1027507..1029829 + /locus_tag="BQ2027_IS1535" + mobile_element 1027507..1029829 + /locus_tag="BQ2027_IS1535" + /note="IS1535, len: 2323 nt. Equivalent to IS1535, len: + 2300 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 2300 nt overlap). Putative IS + element bounded by 16 bp inverted repeats." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1535" + repeat_region 1027507..1027555 + /locus_tag="BQ2027_IS1535" + /note="49 bp imperfect inverted repeat, + IRL,GGGTTCAGAGCTGTTGCGTGTTGAGTGTGTTTTAGTGTGCGTTAGTGTG, + flanking IS element IS1535." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 1027526..1027542 + /locus_tag="BQ2027_IS1535" + /note="17 bp perfect inverted repeat, + IRL,GTTGAGTGTGTTTTAGT, flanking IS element IS1535." + /rpt_type=INVERTED + gene 1027570..1028151 + /locus_tag="BQ2027_MB0945" + CDS 1027570..1028151 + /locus_tag="BQ2027_MB0945" + /note="Mb0945, -, len: 193 aa. Equivalent to Rv0921, len: + 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 193 aa overlap). Possible resolvase for + IS1535, highly similar to many bacterial resolvases e.g. + MTCY274.17c|YX1C_MYCTU Q10831 from Mycobacterium + tuberculosis (295 aa), FASTA scores: opt: 537, E(): + 5.7e-29, (51.8% identity in 166 aa overlap). Presents an + helix turn helix motif. Mb0945 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RESOLVASE" + /protein_id="SIT99543.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXT1" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="InterPro:IPR041718" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT1" + /translation="MNLADWAESVGVNRHTAYRWFREGTLPVPAERVGRLILVKTAAS + ASAAAAGVVLYARVSSHDRRSDLDRQVARLTAWATERDLGVGQVVCEVGSGLNGKRPK + LRRILSDPDARVIVVEHRDRLARFGVEHLEAALSAQGRRIVVADPGETTDDLVCDMIE + VLTGMCARLYGRRGARNRAMRAVTEAKREPGAG" + gene 1028151..1029803 + /locus_tag="BQ2027_MB0946" + CDS 1028151..1029803 + /locus_tag="BQ2027_MB0946" + /note="Mb0946, -, len: 550 aa. Equivalent to Rv0922, len: + 550 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 550 aa overlap). Possible transposase + for IS1535, similar to many e.g. + YX16_MYCTU|Q10809|MTCY274.16c from Mycobacterium + tuberculosis (460 aa), FASTA scores: opt 939, E(): 0, + (40.6% identity in 465 aa overlap); etc. Mb0946 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIT99544.1" + /db_xref="InterPro:IPR001959" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWV7" + /translation="MIVRMRSCAQAAKVAEATGGVQLAGKPKPDGTPTFSRYVEIGVD + FEAHRPVVESVSVLFELYDGDANSYAATGGPGAQLPSGWMVTAAKFEVEWPADPQRAG + LVRSHFGARRKAFNWGLAQVKADLDAKAADPAHESVDWDLKSLRWAWNRAKDDVAPWW + AENSKECYSSGLADLAQGLANWKAGKNGTRKGRRVGFPRFKSGRRDPGRVRFTTGTMR + IEDDRRTITVPVIGPLRAKENTRRVQRHLVSGRAQILNMTLSQRWGRLFVAVCYALRT + PTTRSPLTQPTVRAGMDLGVRTLATVATLDTATGEQTIIEYPNPAPLKATLVARRRAG + RELSRRIPGSHGHRAVKAKLARLDRRCVHLRREAAHQLTTELAGTYGQVVIEDLDVAA + MKRSMRRRAFRRSVSDAAMGLVAPQLAYKTAKCSGVLTVADRWFASSQIHHGCTSPDG + TPCRLQGKGRIDKHLLCPVTGEVVDRDRNAALNLRDWPDNASRGPVGTTAPSAPGPTT + TVGTGHGADTGSSGAGGASVRPRPRRAGRGEAKTQTPQGDAA" + repeat_region complement(1029782..1029829) + /note="49 bp imperfect inverted repeat, + IRR,CCGTTGAGTGTGTTTTAGTTGCACTCTCATGCGGCGTCCCCTTTGCGGG, + flanking IS element IS1535." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region complement(1029811..1029827) + /note="17 bp perfect inverted repeat, + IRR,GTTGAGTGTGTTTTAGT, flanking IS element IS1535." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1029979..1031043) + /locus_tag="BQ2027_MB0947C" + CDS complement(1029979..1031043) + /locus_tag="BQ2027_MB0947C" + /note="Mb0947c, -, len: 354 aa. Equivalent to Rv0923c, + len: 354 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 354 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with C-terminal part of + AF034138|AF034138_7|yjoB HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus subtilis (200 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): + 4.2e-05, (32.3% identity in 167 aa overlap). Protein + product from Mb0947c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0947c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage-related replication protein" + /protein_id="SIT99545.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX69" + /db_xref="InterPro:IPR008585" + /db_xref="InterPro:IPR013024" + /db_xref="InterPro:IPR017939" + /db_xref="InterPro:IPR036568" + /db_xref="InterPro:IPR038128" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX69" + /translation="MPDRRHPYFAYGSNLCAHQMASRCPDAGAPRPAVLSDHNWLINQ + RGVATVEPFAGNKVHGVLWQLSERDLVRLDSAEGVPVRYRRERLTVHTDDTALPAWVY + IDHRVMPGRPRPGYLPRVIDGARHHGLPQRWIDYLHRWDPARWPLPVLPSSRSGPAPQ + SLSELLSQPGVIETSQLRSRFGFLAIHGGGLEQVTDLIAERSAEAAGASVYLLRHPDN + YPHHLPSARFDPAESARLAEFLDHVDVAVSLHGYDRIGRSTQLLAGGRNRALAAHLAR + HIQLPGYRVVTDLAAIPEELRGLHPDNPVNRVRDGGTQLELSIRVRGLGPRSTLPGVG + GMSPVTATLVQGLVTAARSW" + gene complement(1031044..1033098) + /gene="mntH" + /locus_tag="BQ2027_MB0948C" + CDS complement(1031044..1033098) + /gene="mntH" + /locus_tag="BQ2027_MB0948C" + /standard_name="Nramp; Mramp" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0948c, mntH, len: 685 aa. Similar to Rv0924c + (mntH) and Rv0925c, len: 428 aa and 245 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in + 428 aa overlap and 93.2% identity in 237 aa overlap). mntH + (alternative gene name: Nramp, Mramp), H+-dependent + divalent cation-transport integral membrane protein (see + citations below), equivalent to O69443|MNTH_MYCBO PROBABLE + MANGANESE TRANSPORT PROTEIN MNTH (BRAMP) from + Mycobacterium bovis (415 aa); and NP_302396.1|NC_002677 + probable manganese transport protein from Mycobacterium + leprae (426 aa). Also similar (but longer 51 aa in + N-terminus) to AAA63075.1|U15184 SMF2 protein from + Mycobacterium leprae (377 aa), FASTA scores: opt: 1780, + E(): 0, (74.5% identity in 376 aa overlap). Also similar + to many orthologues of the eukaryotic Nramp (natural + resistance-associated macrophage protein), also known as + mntH, e.g. NP_456951.1|NC_003198 manganese transport + protein MntH from Salmonella enterica subsp. enterica + serovar Typhi (413 aa); etc. BELONGS TO THE NRAMP FAMILY. + And Conserved hypothetical protein, similar to + AL132991|SCF55_19 HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (197 aa), FASTA scores: opt: 459, E(): 1.2e-23, + (39.3% identity in 201 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv0924c and Rv0925c exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base deletion + (t-*) leads to a single product. Protein product from + Mb0948c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0948c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99546.1" + /db_xref="GOA:O69443" + /db_xref="InterPro:IPR001046" + /db_xref="InterPro:IPR005025" + /db_xref="InterPro:IPR029039" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O69443" + /translation="MTTTSDQNAAAPPRFDGLRALFINATLKRSPELSHTDGLIERSS + GIMREHGVQVDTLRAVDHDIATGVWPDMTEHGWATDEWPALYRRVLDAHILVLCGPIW + LGDNSSVMKRVIERLYACSSLLNEDGQYAYYGRAGGCLITGNEDGVKHCAMNVLYSLQ + HLGYTIPPQADAGWIGEAGPGPSYLDPGSGGPENDFTNRNTTFMTFNLMHIAQMLRAP + AASRPTAINAPSGTPAAGRTSPTPTTDSQRRSRVARWLVAGEFRLLSHLCSRGSKVGE + LAQDTRTSLKTSWYLLGPAFVAAIAYVDPGNVAANVSSGAQFGYLLLWVIVAANVMAA + LVQYLSAKLGLVTGRSLPEAIGKRMGRPARLAYWAQAEIVAMATDVAEVIGGAIALRI + MFNLPLPIGGIITGVVSLLLLTIQDRRGQRLFERVITALLLVIAIGFTASFFVVTPPP + NAVLGGLAPRFQGTESVLLAAAIMGATVMPHAVYLHSGLARDRHGHPDPGPQRRRLLR + VTRWDVGLAMLIAGGVNAAMLLVAALNMRGRGDTASIEGAYHAVHDTLGATIAVLFAV + GLLASGLASSSVGAYAGAMIMQGLLHWSVPMLVRRLITLGPALAILTLGFDPTRTLVL + SQVVLSFGIPFAVLPLVKLTGSPAVMGGDTNHRATTWVGWVVAVMVSLLNVMLIYLTV + TG" + gene complement(1033175..1034251) + /locus_tag="BQ2027_MB0949C" + CDS complement(1033175..1034251) + /locus_tag="BQ2027_MB0949C" + /note="Mb0949c, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv0926c, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 358 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv1059 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (354 aa). Also shows some + similarity to AF170923|AF170923_3 dihydrodipicolinate + reductase from Mastigocladus laminosus (278 aa), FASTA + scores: opt: 170, E(): 0.00088, (25.7% identity in 276 aa + overlap). Protein product from Mb0949c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0949c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Oxidoreductase" + /protein_id="SIT99547.1" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU8" + /translation="MAIPVVQLGTGNVGVHSLRALIADPEFELTGVWVSSDAKAGKDA + AELAGLADSTGVRASTDLNAVLATGPRCAVYNAMADNRLPEALEDYRRILAAGINIVG + SGPVFLQYPWQVIPDEIIKPLQDAARAGNSSLYVNGIDPGFANDLLPMALAGTCESIE + QIRCMEIVDYATYDSAVVMFDVMGFGKPMDQIPMLLQPGVLSLAWGSVVRQLAAGLGI + SLDGVEEMYVREPAPEAFNIASGHIPKGSAAALRFEVLGLVDGVPAVVLEHVTRLRAD + LCPEWPQPAQPGGSYRIEISGEPCYAMDICLSSRHGDHNHAGLVATAMRIVNAIPAVV + AAEPGIRTTLDLPLITGEGRYAAA" + gene complement(1034305..1035096) + /locus_tag="BQ2027_MB0950C" + CDS complement(1034305..1035096) + /locus_tag="BQ2027_MB0950C" + /note="Mb0950c, -, len: 263 aa. Equivalent to Rv0927c, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 263 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases, notably 7-alpha-hydroxysteroid + dehydrogenases and glucose 1-dehydrogenases e.g. + P25529|HDHA_ECOLI 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase + from Escherichia coli (255 aa), FASTA scores: opt: 551, + E(): 1e-26, (39.5% identity in 248 aa overlap); + NP_252778.1|NC_002516 probable short-chain dehydrogenase + from Pseudomonas aeruginosa (253 aa); AAC44307.1|U59433 + 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase from Bacillus + subtilis (246 aa); etc. Also similar to other + dehydrogenases from Mycobacterium tuberculosis e.g. + MTCY09F9.36, E():1.4e-18; MTCY369.14, E():8e-17; + MTCY02B10.14, E():2.5e-14; MTCY09F9.23c, E():1.5e-13; + MTCY03C7.07, E():1.9e-13. Contains PS00061 Short-chain + dehydrogenases/reductases family signature, and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb0950c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0950c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIT99548.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWT1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWT1" + /translation="MILDMFRLDDKVAVITGGGRGLGAAIALAFAQAGADVLIASRTS + SELDAVAEQIRAAGRRAHTVAADLAHPEVTAQLAGQAVGAFGKLDIVVNNVGGTMPNT + LLSTSTKDLADAFAFNVGTAHALTVAAVPLMLEHSGGGSVINISSTMGRLAARGFAAY + GTAKAALAHYTRLAALDLCPRVRVNAIAPGSILTSALEVVAANDELRAPMEQATPLRR + LGDPVDIAAAAVYLASPAGSFLTGKTLEVDGGLTFPNLDLPIPDL" + gene 1035368..1036480 + /gene="pstS3" + /locus_tag="BQ2027_MB0951" + CDS 1035368..1036480 + /gene="pstS3" + /locus_tag="BQ2027_MB0951" + /standard_name="phoS2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0951, pstS3, len: 370 aa. Equivalent to Rv0928, + len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 370 aa overlap). pstS3 (previously known + as phoS2), phosphate-binding lipoprotein component of + inorganic phosphate transport system (see citations + below), highly similar to others from Mycobacterium leprae + e.g. Q50099|PSTS3|PHOS1 phosphate-binding protein 3 + precursor (328 aa), FASTA scores: opt: 1772, E(): 0, + (79.6% identity in 328 aa overlap); and highly similar to + others e.g. AAF74819.1|AF137360_1|AF137360 periplasmic + phosphate permease from Mycobacterium avium (369 aa). Also + highly similar to Rv0932c|MTCY08D9.07|pstS2 + PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC LIPOPROTEIN (370 aa); and + Rv0934|pstS1 PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC LIPOPROTEIN + (374 aa) from Mycobacterium tuberculosis (Mycobacterium + tuberculosis seems to have three PstS-like proteins, + others being Rv0932c and Rv0934c). Contains lipoprotein + signature (PS00013) at N-terminus. BELONGS TO FAMILY OF + PHOSPHATE RECEPTORS FOR BACTERIAL ABC-TYPE LIPOPROTEIN + TRANSPORTERS. Protein product from Mb0951 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0951 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PERIPLASMIC PHOSPHATE-BINDING LIPOPROTEIN PSTS3 + (PBP-3) (PSTS3) (PHOS1)" + /protein_id="SIT99549.1" + /db_xref="GOA:P0A5Y3" + /db_xref="InterPro:IPR005673" + /db_xref="InterPro:IPR024370" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Y3" + /translation="MKLNRFGAAVGVLAAGALVLSACGNDDNVTGGGATTGQASAKVD + CGGKKTLKASGSTAQANAMTRFVNVFEQACPGQTLNYTANGSGAGISEFNGNQTDFGG + SDVPLSKDEAAAAQRRCGSPAWNLPVVFGPIAVTYNLNSVSSLNLDGPTLAKIFNGSI + TQWNNPAIQALNRDFTLPGERIHVVFRSDESGTTDNFQRYLQAASNGAWGKGAGKSFQ + GGVGEGARGNDGTSAAAKNTPGSITYNEWSFAQAQHLTMANIVTSAGGDPVAITIDSV + GQTIAGATISGVGNDLVLDTDSFYRPKRPGSYPIVLATYEIVCSKYPDSQVGTAVKAF + LQSTIGAGQSGLGDNGYIPIPDEFKSRLSTAVNAIA" + gene 1036493..1037467 + /gene="pstC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0952" + CDS 1036493..1037467 + /gene="pstC2" + /locus_tag="BQ2027_MB0952" + /note="Mb0952, pstC2, len: 324 aa. Equivalent to Rv0929, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 324 aa overlap). pstC2, + phosphate-transport integral membrane ABC transporter (see + citations below), highly similar to others e.g. + NP_302394.1|NC_002677 membrane-bound component of + phosphate transport from Mycobacterium leprae (319 aa); + CAB88474.1|AL353816 phosphate ABC transport system + permease protein from Streptomyces coelicolor (336 aa); + NP_290359.1| NC_002655 high-affinity phosphate-specific + transport system (cytoplasmic membrane component) from + Escherichia coli strain O157:H7 (319 aa); etc. Also + similar to Rv935|MTCY08D9.04c|PSTC1 PROBABLE TRANSMEMBRANE + ABC TRANSPORTER COMPONENT OF PHOSPHATE UPTAKE SYSTEM from + Mycobacterium tuberculosis (338 aa). Contains + binding-protein-dependent transport systems inner membrane + component signature (PS00402). Mb0952 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE ABC + TRANSPORTER PSTC2" + /protein_id="SIT99550.1" + /db_xref="GOA:P0A631" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR011864" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A631" + /translation="MVTEPLTKPALVAVDMRPARRGERLFKLAASAAGSTIVIAILLI + AIFLLVRAVPSLRANHANFFTSTQFDTSDDEQLAFGVRDLFMVTALSSITALVLAVPV + AVGIAVFLTHYAPRRLSRPFGAMVDLLAAVPSIIFGLWGIFVLAPKLEPIARFLNRNL + GWLFLFKQGNVSLAGGGTIFTAGIVLSVMILPIVTSISREVFRQTPLIQIEAALALGA + TKWEVVRMTVLPYGRSGVVAASMLGLGRALGETVAVLVILRSAARPGTWSLFDGGYTF + ASKIASAASEFSEPLPTGAYISAGFALFVLTFLVNAAARAIAGGKVNG" + gene 1037464..1038378 + /gene="pstA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0953" + CDS 1037464..1038378 + /gene="pstA1" + /locus_tag="BQ2027_MB0953" + /note="Mb0953, pstA1, len: 304 aa. Equivalent to Rv0930, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 304 aa overlap). Probable pstA1, + phosphate-transport integral membrane ABC transporter (see + citation below), highly similar to others e.g. + NP_302393.1|NC_002677 membrane-bound component of + phosphate transport from Mycobacterium leprae (304 aa); + CAB88473.1|AL353816 phosphate ABC transport system + permease protein from Streptomyces coelicolor (354 aa) + (N-terminus longer); NP_312689.1|NC_002695 phosphate + transport system permease protein PstA from Escherichia + coli strain O157:H7 (296 aa); etc. Also similar to + Rv0936|MTCY08D9.03c|PSTA2 PROBABLE TRANSMEMBRANE ABC + TRANSPORTER COMPONENT OF PHOSPHATE UPTAKE SYSTEM from + Mycobacterium tuberculosis (301 aa). Mb0953 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + ABC TRANSPORTER PSTA1" + /protein_id="SIT99551.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWV3" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR005672" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWV3" + /translation="MSPSTSIEALDQPVKPVVFRPLTLRRRIKNSVATTFFFTSFVVA + LIPLVWLLWVVIARGWFAVTRSGWWTHSLRGVLPEQFAGGVYHALYGTLVQAGVAAVL + AVPLGLMTAVYLVEYGTGRMSRVTTFTVDVLAGVPSIVAALFVFSLWIATLGFQQSAF + AVALALVLLMLPVVVRAGEEMLRLVPDELREASYALGVPKWKTIVRIVAPIAMPGIVS + GILLSIARVVGETAPVLVLVGYSHSINLDVFHGNMASLPLLIYTELTNPEHAGFLRVW + GAALTLIIVVATINLAAAMIRFVATRRR" + gene complement(1038385..1039494) + /gene="pknDb" + /locus_tag="BQ2027_MB0954C" + CDS complement(1038385..1039494) + /gene="pknDb" + /locus_tag="BQ2027_MB0954C" + /standard_name="mbk" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0954c, pknDb, len: 369 aa. Equivalent to 3' end + of Rv0931c, len: 664 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 369 aa overlap). pknD + (alternate gene name: mbk), transmembrane serine/threonine + protein kinase (EC 2.7.1.-) (see citations below), + equivalent to CAB62227.1|AJ250200 putative + serine/threonine protein kinase from Mycobacterium bovis + BCG (291 aa); and highly similar in N-terminus to + P54744|PKNB_MYCLE probable serine/threonine-specific + protein kinase (EC 2.7.1.-) from Mycobacterium leprae (622 + aa). Also highly similar to others, particularly in + N-terminal half e.g. NP_243370.1|NC_002570 + serine/threonine protein kinase from Bacillus halodurans + (664 aa); NP_268044.1|NC_002662 serine/threonine protein + kinase from Lactococcus lactis (627 aa); etc. Also highly + similar to other serine/threonine protein kinases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. pknH (626 aa), FASTA + scores: opt: 1398, E: 0, (49.3% identity in 540 aa + overlap); pknE (566 aa); pknB (626 aa); Rv3524 (343 aa); + etc. Contains Hank's kinase subdomain. Contains two + transmembrane segments, which flank a highly repetitive + region, suggesting a receptor-like anchoring. BELONGS TO + THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN KINASES. Experimental + studies show evidence of auto-phosphorylation on a serine + residue. Appears to be co-transcribed with Rv0932c|pstS2. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, pknD exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-t) splits pknD into 2 parts, pknDa and pknDb. + Protein product from Mb0954c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0954c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE D + PKNDb [SECOND PART](PROTEIN KINASE D) (STPK D)" + /protein_id="SIT99552.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY6" + /db_xref="InterPro:IPR001258" + /db_xref="InterPro:IPR011042" + /db_xref="InterPro:IPR013017" + /db_xref="InterPro:IPR035016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY6" + /translation="MLATPADTGLSQSESGIAGAGTGPPTPGAARWSPGDSATVAGPL + AADSRGGNWPSQTGHSPAVPNALQASLGHAVPPAGNKRKVWAVVGAAAIVLVAIVAAA + GYLVLRPSWSPTQASGQTVLPFTGIDFRLSPSGVAVDSAGNVYVTSEGMYGRVVKLAT + GSTGTTVLPFNGLYQPQGLAVDGAGTVYVTDFNNRVVTLAAGSNNQTVLPFDGLNYPE + GLAVDTQGAVYVADRGNNRVVKLAAGSKTQTVLPFTGLNDPDGVAVDNSGNVYVTDTD + NNRVVKLEAESNNQVVLPFTDITAPWGIAVDEAGTVYVTEHNTNQVVKLLAGSTTSTV + LPFTGLNTPLAVAVDSDRTVYVADRGNDRVVKLTS" + gene complement(1039505..1040380) + /gene="pknDa" + /locus_tag="BQ2027_MB0955C" + CDS complement(1039505..1040380) + /gene="pknDa" + /locus_tag="BQ2027_MB0955C" + /standard_name="mbk" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0955c, pknDa, len: 291 aa. Equivalent to 5' end + of Rv0931c, len: 664 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 276 aa overlap). pknD + (alternate gene name: mbk), transmembrane serine/threonine + protein kinase (EC 2.7.1.-) (see citations below), + equivalent to CAB62227.1|AJ250200 putative + serine/threonine protein kinase from Mycobacterium bovis + BCG (291 aa); and highly similar in N-terminus to + P54744|PKNB_MYCLE probable serine/threonine-specific + protein kinase (EC 2.7.1.-) from Mycobacterium leprae (622 + aa). Also highly similar to others, particularly in + N-terminal half e.g. NP_243370.1|NC_002570 + serine/threonine protein kinase from Bacillus halodurans + (664 aa); NP_268044.1|NC_002662 serine/threonine protein + kinase from Lactococcus lactis (627 aa); etc. Also highly + similar to other serine/threonine protein kinases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. pknH (626 aa), FASTA + scores: opt: 1398, E: 0, (49.3% identity in 540 aa + overlap); pknE (566 aa); pknB (626 aa); Rv3524 (343 aa); + etc. Contains Hank's kinase subdomain. Contains two + transmembrane segments, which flank a highly repetitive + region, suggesting a receptor-like anchoring. BELONGS TO + THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN KINASES. Experimental + studies show evidence of auto-phosphorylation on a serine + residue. Appears to be co-transcribed with Rv0932c|pstS2. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, pknD exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-t) splits pknD into 2 parts, pknDa and pknDb. + Mb0955c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE D + PKNDa [FIRST PART] (PROTEIN KINASE D) (STPK D)" + /protein_id="SIT99553.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU1" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU1" + /translation="MSDAVPQVGSQFGPYQLLRLLGRGGMGEVYEAEDTRKHRVVALK + LISPQYSDNAVFRARMQREADTAGRLTEPHIVPIHDYGEINGQFFVEMRMIDGTSLRA + LLKQYGPLTPARAVAIVRQIAAALDAAHANGVTHRDVKPENILVTASDFAYLVDFGIA + RAASDPGLTQTGTAVGTYNYMAPERFTGDEVTYRADIYALACVLGECLTGAPPYRADS + VERLIAAHLMDPAPQPSQLRPGRVPPALDQVIAKGMAKNPAERFMSAGDLAIAAHDAL + NHIRATPGHDDSAAR" + gene complement(1040402..1041514) + /gene="pstS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0956C" + CDS complement(1040402..1041514) + /gene="pstS2" + /locus_tag="BQ2027_MB0956C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0956c, pstS2, len: 370 aa. Equivalent to Rv0932c, + len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 370 aa overlap). pstS2, + phosphate-binding lipoprotein component of inorganic + phosphate transport system (see citations below), highly + similar to AAF74819.1|AF137360_1|AF137360 periplasmic + phosphate permease from Mycobacterium avium (369 aa); + Rv0928|MTCY21C12.22|pstS3 PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC + LIPOPROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (370 aa), + FASTA scores: opt: 1601, E(): 0, (64.5% identity in 372 aa + overlap); and Rv0934|MTCY08D9.05c|pstS1 PHOSPHATE-BINDING + PERIPLASMIC LIPOPROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (374 aa) (M. tuberculosis seems to have three PstS-like + proteins, others being Rv0928 and Rv0934c). Also highly + similar to MTCY08D9.05c|P15712|PAB_MYCTU PROTEIN ANTIGEN B + PRECURSOR from Mycobacterium tuberculosis (374 aa), FASTA + scores: opt: 460, E(): 2.7e-20, (31.2% identity in 375 aa + overlap). Contains prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site (PS00013) at N-terminus so the leader + peptide of 22 aa is probably removed. BELONGS TO FAMILY OF + PHOSPHATE RECEPTORS FOR BACTERIAL ABC-TYPE LIPOPROTEIN + TRANSPORTERS. Appears to be co-transcribed with + Rv0931c|pknD|mbk. Protein product from Mb0956c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0956c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PERIPLASMIC PHOSPHATE-BINDING LIPOPROTEIN PSTS2 + (PBP-2) (PSTS2)" + /protein_id="SIT99554.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWW7" + /db_xref="InterPro:IPR005673" + /db_xref="InterPro:IPR024370" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWW7" + /translation="MKFARSGAAVSLLAAGTLVLTACGGGTNSSSSGAGGTSGSVHCG + GKKELHSSGSTAQENAMEQFVYAYVRSCPGYTLDYNANGSGAGVTQFLNNETDFAGSD + VPLNPSTGQPDRAAERCGSPAWDLPTVFGPIAITYNIKGVSTLNLDGPTTAKIFNGTI + TVWNDPQIQALNSGTDLPPTPISVIFRSDKSGTSDNFQKYLDGASNGAWGKGASETFN + GGVGVGASGNNGTSALLQTTDGSITYNEWSFAVGKQLNMAQIITSAGPDPVAITTESV + GKTIAGAKIMGQGNDLVLDTSSFYRPTQPGSYPIVLATYEIVCSKYPDATTGTAVRAF + MQAAIGPGQEGLDQYGSIPLPKSFQAKLAAAVNAIS" + gene 1041730..1041945 + /gene="pstBa" + /locus_tag="BQ2027_MB0957" + CDS 1041730..1041945 + /gene="pstBa" + /locus_tag="BQ2027_MB0957" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0957, pstBa, len: 71 aa. Equivalent to the 5' end + of Rv0933, len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (98.4% identity in 64 aa overlap). pstB, + phosphate-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citations below), thermostable ATPase, highly similar + to others e.g. NP_348334.1|NC_003030 ATPase component of + ABC-type phosphate transport system from Clostridium + acetobutylicum (249 aa); NP_212352.1|NC_001318 phosphate + ABC transporter ATP-binding protein (pstB) from Borrelia + burgdorferi (260 aa); NP_390375.1|NC_000964 phosphate ABC + transporter (ATP-binding protein) from Bacillus subtilis + (269 aa), FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (47.7% identity + in 243 aa overlap); etc. Also similar to other M. + tuberculosis ABC transporters e.g. MTCY253.24, E(): + 2.5e-15 and MTCY359.14c, E(): 3.4e-15. Contains PS00211 + ABC transporters family signature, and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Magnesium or calcium seem to have no influence on the + functionality of this enzyme. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, pstB exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-t) splits pstB into 2 parts, pstBa and pstBb. + Mb0957 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHATE-TRANSPORT PROTEIN ABC TRANSPORTER + PSTBa [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99555.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Z9" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005670" + /db_xref="InterPro:IPR015850" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Z9" + /translation="MACERLGGQSGAADVDAAAPAMAAVNLTLGFAGKTVLDQVSMGF + PARAVTSLMGPTGSGKTTFFAHPKPDE" + gene 1041977..1042561 + /gene="pstBb" + /locus_tag="BQ2027_MB0958" + CDS 1041977..1042561 + /gene="pstBb" + /locus_tag="BQ2027_MB0958" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0958, pstBb, len: 213 aa. Equivalent to the 3' + end of Rv0933, len: 276 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 213 aa + overlap). pstB, phosphate-transport ATP-binding protein + ABC transporter (see citations below), thermostable + ATPase, highly similar to others e.g. + NP_348334.1|NC_003030 ATPase component of ABC-type + phosphate transport system from Clostridium acetobutylicum + (249 aa); NP_212352.1|NC_001318 phosphate ABC transporter + ATP-binding protein (pstB) from Borrelia burgdorferi (260 + aa); NP_390375.1|NC_000964 phosphate ABC transporter + (ATP-binding protein) from Bacillus subtilis (269 aa), + FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (47.7% identity in 243 aa + overlap); etc. Also similar to other M. tuberculosis ABC + transporters e.g. MTCY253.24, E(): 2.5e-15 and + MTCY359.14c, E(): 3.4e-15. Contains PS00211 ABC + transporters family signature, and PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). BELONGS TO THE ATP-BINDING + TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Magnesium or + calcium seem to have no influence on the functionality of + this enzyme. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, pstB exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base insertion (*-t) splits pstB into 2 parts, + pstBa and pstBb. Protein product from Mb0958 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0958 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHATE-TRANSPORT PROTEIN ABC TRANSPORTER + PSTBb [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99556.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Z9" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005670" + /db_xref="InterPro:IPR015850" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Z9" + /translation="MLLGGRSIFNYRDVLEFRRRVGMLFQRPNPFPMSIMDNVLAGVR + AHKLVPRKEFRGVAQARLTEVGLWDAVKDRLSDSPFRLSGGQQQLLCLARTLAVNPEV + LLLDEPTSALDPTTTEKIEEFIRSLADRLTVIIVTHNLAQAARISDRAALFFDGRLVE + EGPTEQLFSSPKHAETARYVAGLSGDVKDAKRGN" + gene 1042582..1043706 + /gene="pstS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0959" + CDS 1042582..1043706 + /gene="pstS1" + /locus_tag="BQ2027_MB0959" + /standard_name="phoS1; phoS" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0959, pstS1, len: 374 aa. Equivalent to Rv0934, + len: 374 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 374 aa overlap). pstS1 (previously + known as phoS1 or phoS), phosphate-binding lipoprotein + component of inorganic phosphate transport system (see + first, fourth, fifth and sixth citations below), highly + similar to Rv0932c|MTCY08D9.07|pstS2 PHOSPHATE-BINDING + PERIPLASMIC LIPOPROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (370 aa), FASTA scores: opt: 460, E(): 5.9e-19, (31.2% + identity in 375 aa overlap); and Rv0928|MTCY21C12.22|pstS3 + PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC LIPOPROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (374 aa), FASTA scores: opt: + 435, E():1.1e-17, (30.0% identity in 380 aa overlap) + (Mycobacterium tuberculosis seems to have three PstS-like + proteins, others being Rv0932c and Rv0928c). Also highly + similar to MTCY08D9.05c|P15712|PAB_MYCTU PROTEIN ANTIGEN B + PRECURSOR from Mycobacterium tuberculosis (374 aa), FASTA + scores: opt: 2459, E(): 0, (100% identity in 374 aa + overlap). Contains a prokaryotic membrane lipoprotein + lipid attachment site (PS00013) at the N-terminus so the + 23 aa leader peptide sequence is probably removed. BELONGS + TO FAMILY OF PHOSPHATE RECEPTORS FOR BACTERIAL ABC-TYPE + LIPOPROTEIN TRANSPORTERS. Protein product from Mb0959 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0959 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PERIPLASMIC PHOSPHATE-BINDING LIPOPROTEIN PSTS1 + (PBP-1) (PSTS1)" + /protein_id="SIT99557.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWV8" + /db_xref="InterPro:IPR005673" + /db_xref="InterPro:IPR024370" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWV8" + /translation="MKIRLHTLLAVLTAAPLLLAAAGCGSKPPSGSPETGAGAGTVAT + TPASSPVTLAETGSTLLYPLFNLWGPAFHERYPNVTITAQGTGSGAGIAQAAAGTVNI + GASDAYLSEGDMAAHKGLMNIALAISAQQVNYNLPGVSEHLKLNGKVLAAMYQGTIKT + WDDPQIAALNPGVNLPGTAVVPLHRSDGSGDTFLFTQYLSKQDPEGWGKSPGFGTTVD + FPAVPGALGENGNGGMVTGCAETPGCVAYIGISFLDQASQRGLGEAQLGNSSGNFLLP + DAQSIQAAAAGFASKTPANQAISMIDGPAPDGYPIINYEYAIVNNRQKDAATAQTLQA + FLHWAITDGNKASFLDQAHFQPLPPAVVKLSDALIATISS" + gene 1043766..1044782 + /gene="pstC1" + /locus_tag="BQ2027_MB0960" + CDS 1043766..1044782 + /gene="pstC1" + /locus_tag="BQ2027_MB0960" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0960, pstC1, len: 338 aa. Equivalent to Rv0935, + len: 338 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 338 aa overlap). pstC1, + phosphate-transport integral membrane ABC transporter (see + citations below), highly similar to others e.g. + NP_104768.1|NC_002678|pstC phosphate ABC transporter + permease protein from Mesorhizobium loti (327 aa); + NP_245372.1|NC_002663|PstC PstC protein from Pasteurella + multocida (320 aa); P45191|PSTC_HAEIN PHOSPHATE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE from Haemophilus influenza (315 aa), FASTA + scores: opt: 667, E(): 0, (36.2% identity in 309 aa + overlap); etc. Also similar to Rv0929|MTCY21C12.23|PSTC2 + PROBABLE TRANSMEMBRANE ABC TRANSPORTER COMPONENT OF + PHOSPHATE UPTAKE SYSTEM from Mycobacterium tuberculosis + (324 aa), FASTA scores: opt: 487, E(): 4.1e-21, (32.3% + identity in 303 aa overlap); and shows slight similarity + to MTCY08D9.03c|PSTA2|Rv0936 PROBABLE TRANSMEMBRANE ABC + TRANSPORTER COMPONENT OF PHOSPHATE UPTAKE SYSTEM from + Mycobacterium tuberculosis (301 aa). Contains + binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature (PS00402). Mb0960 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE ABC + TRANSPORTER PSTC1" + /protein_id="SIT99558.1" + /db_xref="GOA:P0A629" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR011864" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A629" + /translation="MLARAGEVGRAGPAIRWLGGIGAVIPLLALVLVLVVLVIEAMGA + IRLNGLHFFTATEWNPGNTYGETVVTDGVAHPVGAYYGALPLIVGTLATSAIALIIAV + PVSVGAALVIVERLPKRLAEAVGIVLELLAGIPSVVVGLWGAMTFGPFIAHHIAPVIA + HNAPDVPVLNYLRGDPGNGEGMLVSGLVLAVMVVPIIATTTHDLFRQVPVLPREGAIA + LGMSNWECVRRVTLPWVSSGIVGAVVLGLGRALGETMAVAMVSGAVLGAMPANIYATM + TTIAATIVSQLDSAMTDSTNFAVKTLAEVGLVLMVITLLTNVAARGMVRRVSRTALPV + GRGI" + gene 1044784..1045689 + /gene="pstA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0961" + CDS 1044784..1045689 + /gene="pstA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0961" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0961, pstA2, len: 301 aa. Equivalent to Rv0936, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 301 aa overlap). pstA2, + phosphate-transport integral membrane ABC transporter (see + citations below), highly similar to others e.g. + NP_442269.1|NC_000911|PstA phosphate transport system + permease protein from Synechocystis sp. strain PCC 6803 + (287 aa); NP_232473.1|NC_002506 phosphate ABC transporter + permease protein from Vibrio cholerae (289 aa); + P07654|PSTA_ECOLI PHOSPHATE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE from + Escherichia coli (296 aa), FASTA scores: opt: 464, E(): + 6.7e-24, (30.5% identity in 282 aa overlap); etc. Also + similar to O86345|MTCY21C12.24|PSTA1|Rv0930 PROBABLE + TRANSMEMBRANE ABC TRANSPORTER COMPONENT OF PHOSPHATE + UPTAKE SYSTEM from Mycobacterium tuberculosis (304 aa), + FASTA scores: opt: 369, E(): 6.1e-15, (32.7% identity in + 248 aa overlap). Contains binding-protein-dependent + transport systems inner membrane comp signature (PS00402). + Protein product from Mb0961 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0961 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE ABC + TRANSPORTER PSTA2" + /protein_id="SIT99559.1" + /db_xref="GOA:P0A627" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR005672" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A627" + /translation="MGESAESGSRQLPAMSPPRRSVAYRRKIVDALWWAACVCCLAVV + ITPTLWMLIGVVSRAVPVFHWSVLVQDSQGNGGGLRNAIIGTAVLAIGVILVGGTVSV + LTGIYLSEFATGKTRSILRGAYEVLSGIPSIVLGYVGYLALVVYFDWGFSLAAGVLVL + SVMSIPYIAKATESALAQVPTSYREAAEALGLPAGWALRKIVLKTAMPGIVTGMLVAL + ALAIGETAPLLYTAGWSNSPPTGQLTDSPVGYLTYPIWTFYNQPSKSAQDLSYDAALL + LIVFLLLLIFIGRLINWLSRRRWDV" + gene complement(1045666..1046487) + /gene="mku" + /locus_tag="BQ2027_MB0962C" + CDS complement(1045666..1046487) + /gene="mku" + /locus_tag="BQ2027_MB0962C" + /note="Mb0962c, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv0937c, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 273 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others e.g. + SC6G9.24c|T35620|AL079356 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (365 aa), FASTA scores: opt: 648, + E(): 0, (36.5% identity in 274 aa overlap); + Z99110|BSUB0007_223|NP_389224.1|NC_000964 hypothetical + proteins from Bacillus subtilis (311 aa), FASTA scores: + opt: 623, E(): 1.1e-31, (33.9% identity in 274 aa + overlap); O28548|AE000984|AF1726|NP_070554.1|NC_000917 + conserved hypothetical protein from Archaeoglobus fulgidus + (286 aa), FASTA scores: opt: 583, E(): 0, (36.6% identity + in 262 aa overlap); etc. Protein product from Mb0962c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0962c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dna end-binding protein, mku" + /protein_id="SIT99560.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWW4" + /db_xref="InterPro:IPR006164" + /db_xref="InterPro:IPR009187" + /db_xref="InterPro:IPR016194" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWW4" + /translation="MRAIWTGSIAFGLVNVPVKVYSATADHDIRFHQVHAKDNGRIRY + KRVCEACGEVVDYRDLARAYESGDGQMVAITDDDIASLPEERSREIEVLEFVPAADVD + PMMFDRSYFLEPDSKSSKSYVLLAKTLAETDRMAIVHFTLRNKTRLAALRVKDFGKRE + VMMVHTLLWPDEIRDPDFPVLDQKVEIKPAELKMAGQVVDSMADDFNPDRYHDTYQEQ + LQELIDTKLEGGQAFTAEDQPRLLDEPEDVSDLLAKLEASVKARSKANSNVPTPP" + gene 1046603..1048882 + /gene="ligd" + /locus_tag="BQ2027_MB0963" + CDS 1046603..1048882 + /gene="ligd" + /locus_tag="BQ2027_MB0963" + /note="Mb0963, -, len: 759 aa. Equivalent to Rv0938, len: + 759 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 759 aa overlap). Possible ATP-dependent + DNA ligase (EC 6.5.1.1), with its C-terminus similar to + N-terminal parts of many ATP-dependent DNA ligases e.g. + NP_250828.1|NC_002516 probable ATP-dependent DNA ligase + from Pseudomonas aeruginosa (840 aa); + NP_105436.1|NC_002678 ATP-dependent DNA ligase from + Mesorhizobium loti (829 aa); CAB92891.1|AL356932 probable + ATP-dependent DNA ligase from Streptomyces coelicolor (326 + aa); etc. The N-terminal half shows similarity with + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis + Rv0269c and Rv3730c; and the C-terminal half with the DNA + ligases Rv3731 and Rv3062. Protein product from Mb0963 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0963 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="atp dependent dna ligase ligd (atp dependent + polydeoxyribonucleotide synthase) (thermostable dna + ligase) (atp dependent polynucleotide ligase) (sealase) + (dna repair enzyme) (dna joinase)" + /protein_id="SIT99561.1" + /db_xref="GOA:P59971" + /db_xref="InterPro:IPR012309" + /db_xref="InterPro:IPR012310" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR014144" + /db_xref="InterPro:IPR014145" + /db_xref="InterPro:IPR014146" + /db_xref="InterPro:IPR033649" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59971" + /translation="MGSASEQRVTLTNADKVLYPATGTTKSDIFDYYAGVAEVMLGHI + AGRPATRKRWPNGVDQPAFFEKQLALSAPPWLSRATVAHRSGTTTYPIIDSATGLAWI + AQQAALEVHVPQWRFVAEPGSGELNPGPATRLVFDLDPGEGVMMAQLAEVARAVRDLL + ADIGLVTFPVTSGSKGLHLYTPLDEPVSSRGATVLAKRVAQRLEQAMPALVTSTMTKS + LRAGKVFVDWSQNSGSKTTIAPYSLRGRTHPTVAAPRTWAELDDPALRQLSYDEVLTR + IARDGDLLERLDADAPVADRLTRYRRMRDASKTPEPIPTAKPVTGDGNTFVIQEHHAR + RPHYDFRLERDGVLVSWAVPKNLPDNTSVNHLAIHTEDHPLEYATFEGAIPSGEYGAG + KVIIWDSGTYDTEKFHDDPHTGEVIVNLHGGRISGRYALIRTNGDRWLAHRLKNQKDQ + KVFEFDNLAPMLATHGTVAGLKASQWAFEGKWDGYRLLVEADHGAVRLRSRSGRDVTA + EYPQLRALAEDLADHHVVLDGEAVVLDSSGVPSFSQMQNRGRDTRVEFWAFDLLYLDG + RALLGTRYQDRRKLLETLANATSLTVPELLPGDGAQAFACSRKHGWEGVIAKRRDSRY + QPGRRCASWVKDKHWNTQEVVIGGWRAGEGGRSSGVGSLLMGIPGPGGLQFAGRVGTG + LSERELANLKEMLAPLHTDESPFDVPLPARDAKGITYVKPALVAEVRYSEWTPEGRLR + QSSWRGLRPDKKPSEVVRE" + gene 1048879..1050813 + /locus_tag="BQ2027_MB0964" + CDS 1048879..1050813 + /locus_tag="BQ2027_MB0964" + /note="Mb0964, -, len: 644 aa. Equivalent to Rv0939, len: + 644 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 644 aa overlap). Possible bifunctional + enzyme, including 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate + isomerase activity (EC 5.3.3.-), and cyclase/dehydrase + activity (EC undetermined). N-terminal part similar to + many isomerases e.g. NP_343861.1|NC_002754 + 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase (hpcE-1) + from Sulfolobus solfataricus (318 aa); + NP_068932.1|NC_000917 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate + isomerase (hpcE-1) from Archaeoglobus fulgidus (324 aa), + FASTA scores: opt: 400, E(): 5.8e-15, (33.9% identity in + 289 aa overlap); etc. And C-terminal part highly similar + to many cyclases/dehydrases e.g. AAK61721.1|AY033994 + cyclase-like protein from Streptomyces aureofaciens (305 + aa); CAC44204.1|AL593842 cyclase from Streptomyces + coelicolor (297 aa), FASTA scores: opt: 375, E(): 2.7e-26, + (35.6% identity in 284 aa overlap); NP_343860.1|NC_002754 + putative Cyclase/dehydrase from Sulfolobus solfataricus + (308 aa); etc. Also similar to Rv2993c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis. Protein product + from Mb0964 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0964 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE BIFUNCTIONAL ENZYME: + 2-HYDROXYHEPTA-2,4-DIENE-1,7-DIOATE ISOMERASE (HHDD + ISOMERASE) + CYCLASE/DEHYDRASE" + /protein_id="SIT99562.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYZ6" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR011234" + /db_xref="InterPro:IPR036663" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYZ6" + /translation="MKWVTYRSDHGERTGVLSGDAIYAMPPDVSLLDLVGRGADGLRT + AGERAVRSPAAVVALDEVTLAAPIPRPPSIRDSLCFLDHMRNCQEAMGGGRVLMDTWY + RIPAFYFACPSTVLGPYDDAPTAPGSAWQDFELEIAAVIGTSGKDLTVEQAERSIIGY + TIFNDWSARDLQMLEGQLRIGQAKGKDSGITLGPYLVTPDELEPYCRGGKLSLRVIAL + VNGTVIGSGSTAQMDWSFGEVIAYASRGVTLTPGDVFGSGTVPTCTLVEHLRPPESFP + GWLHDGDVVTLQVEGLGETRQTVRTSGTPFPLALRPNPDAEPDRRGVNPAPTRVPFTR + GLHEVADRVWAWTLPDGGYGFSNAGLVAGDGASLLVDTLFDLALTREMLAAMKPVTER + APITDALITHSNGDHTHGTQLLDRSVRIIAAKGTSEEIEHGPAPEMLARIQTADLGPV + ATRYLRDRFGHFDFSGIKLRNADLTFDRDLAIELGGRRVDLLNLGPAHTTADSVVHVA + DAGVLFAGDLLFIGCTPIVWAGPIANWVAACDAMIALDAPTVVPGHGPVTGPDGIRAV + RGYLAHIAEQAEAAYRKGLSLPEAVETIDLGEYASWLDSERVVVNVYQRYRELDPDTP + RQDLLALLVMQAEWAARHCT" + gene complement(1051060..1051926) + /locus_tag="BQ2027_MB0965C" + CDS complement(1051060..1051926) + /locus_tag="BQ2027_MB0965C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0965c, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv0940c, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 288 aa overlap). Possible oxidoreductase + (EC 1.-.-.-), similar to hypothetical proteins and + oxidoreductases e.g. AAK38097.1|AF323606_3|AF323606 + putative F420-dependent dehydrogenase from Rhodococcus + erythropolis (295 aa); AAG52987.1|AF040570|Rif17 putative + alkanal monooxygenase from Amycolatopsis mediterranei (356 + aa); etc. Also similar to putative oxidoreductases from + Mycobacterium tuberculosis such as + Rv0953c|P71557|YT21_MYCTU (282 aa), FASTA scores: opt: + 311, E(): 3.7e-08, (31.0% identity in 248 aa overlap), + Rv3079c (275 aa), Rv0791c (347 aa), etc. Protein product + from Mb0965c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0965c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99563.1" + /db_xref="GOA:P64762" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019921" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64762" + /translation="MRFSYAEAMTDFTFYIPLAKAAEAAGYSSMTIPDSIAYPFESDS + KYPYTPDGNREFMDGKPFIETFVLTAALGAVTTRLRFNFFVLKLPIRPPALVAKQAGS + LAALIGNRVGLGVGTSPWPEDYELMGVPFAKRGKRIDECIEIVRGLTTGDYFEFHGEF + YDIPKTKMTPAPTQPIPILVGGHADAALRRAARADGWMHGGGDPDELDRLIARVKRLR + EEAGKTSPFEIHVISLDGFTVDGVKRLEDKGVTDVIVGFRVPYTMGPDTEPLQTKIRN + LEMFAENVIAKV" + gene complement(1052011..1052784) + /locus_tag="BQ2027_MB0966C" + CDS complement(1052011..1052784) + /locus_tag="BQ2027_MB0966C" + /note="Mb0966c, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv0941c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 257 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with parts of several + hypothetical proteins from Streptomyces coelicolor e.g. + AL035161|SC9C7_20 (860 aa), FASTA scores: opt: 197, E(): + 2.6e-05, (34.2% identity in 114 aa overlap). Protein + product from Mb0966c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0966c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein serine/threonine kinase" + /protein_id="SIT99564.1" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWX7" + /translation="MVAVSTAAKSPTALAIAVRTQDSVVILTADGALDSSSSALLRDS + LTRATLEQPSAVIVNVTELQVAEESAWSVFISARWQADFRADVPVLLVCGHRAGRAAV + TRTGVARFMPVYPTEKAASKAIGRLARRNFKRSDAQLPANLNSLRESRQLVREWLTQW + SRPGLIPVALVVVNVFVENVLKHTGSDPVMRIESDGPTATIAVSDGSSAPAVRLASPP + KGIDVSGLAIVAALSRAWGSSPTSSGKTVWAIIGPENQL" + gene 1052827..1053105 + /locus_tag="BQ2027_MB0967" + CDS 1052827..1053105 + /locus_tag="BQ2027_MB0967" + /note="Mb0967, -, len: 92 aa. Equivalent to Rv0942, len: + 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 92 aa overlap). Hypothetical unknown protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99565.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64764" + /translation="MGRSATIAMVPKRRDAMNRHSGPILSSGFIASSSNSCPANSLRM + PSALAAETLSFDDRAVRRSTHHPGGGYPQKHAINLQSGLCPAYANASR" + gene complement(1053163..1054203) + /locus_tag="BQ2027_MB0968C" + CDS complement(1053163..1054203) + /locus_tag="BQ2027_MB0968C" + /note="Mb0968c, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv0943c, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 346 aa overlap). Possible monooxygenase + (EC 1.-.-.-), similar in part to others e.g. + NP_250229.1|NC_002516 probable flavin-containing + monooxygenase from Pseudomonas aeruginosa (527 aa); + AAC36351.1|AF090329 cyclohexanone monooxygenase homolog + from Pseudomonas fluorescens (437 aa); CAB59668.1|AL132674 + monooxygenase from Streptomyces coelicolor (519 aa); etc. + Also similar to putative monooxygenases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1393c|P71662|CY21B4.10C (492 aa). + FASTA scores: opt: 129, E(): 8.5e-21, (27.5% identity in + 236 aa overlap); Rv0892 (495 aa); Rv3049c (524 aa); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="SIT99566.1" + /db_xref="InterPro:IPR032371" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64766" + /translation="MAGVSEAERRGHRKLVRFQARRAIGPIRPTSAAWDRDFDPAGKR + IAVVGTDAAAAHYISRLSESAASVTVFTQAPRRVVTGVPLWTTRAKRWLRRRTGAEHP + AVAWATAAIDALTSSGIRTSDGVEHPVDAIIYGTGFAIADQVGDQTLVGAGGVTIRQA + WDDGMEPYLGVAVHGFPNYFFITGPDTAAQARCVVECMKLMERTASRRIEVRRSSQQV + FNERAQLKPAQPHRQTGGLEAFDLSSAATEDDQTYDGAATLTLAGARFRVRVRLTGHL + DPIDGNYHWQGTVFDSLPETSLTHARAATLTIGGRSAPARITEQTPWGTHSVAGVGPP + PYARSGPASATT" + gene 1054232..1054708 + /locus_tag="BQ2027_MB0969" + CDS 1054232..1054708 + /locus_tag="BQ2027_MB0969" + /note="Mb0969, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv0944, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 158 aa overlap). Possible + formamidopyrimidine-DNA glycosylase (EC 3.2.2.23), similar + to C-terminus of formamidopyrimidine-DNA glycosylases e.g. + CAB63194.1|AL133469 putative formamidopyrimidine-DNA + glycosylase from Streptomyces coelicolor (287 aa); + FPG_LACLA|NP_266509.1|NC_002662 formamidopyrimidine-DNA + glycosylase (EC 3.2.2.23) from Lactococcus lactis subsp. + lactis (273 aa), FASTA scores: opt: 246, E(): 2.4e-09, + (28.9% identity in 142 aa overlap); + O50606|FPG_THETH|MUTM|FPG FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA + GLYCOSYLASE from Thermus thermophilus (267 aa); etc. Also + similar to C-termini of endonucleases or DNA glycosylases + of Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3297, Rv2464c, + Rv2924c. MAY BE BELONG TO THE FPG FAMILY. Mb0969 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE + (FAPY-DNA GLYCOSYLASE)" + /protein_id="SIT99567.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWW9" + /db_xref="InterPro:IPR000214" + /db_xref="InterPro:IPR010663" + /db_xref="InterPro:IPR010979" + /db_xref="InterPro:IPR015886" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWW9" + /translation="MAGTPQPRALGPDALDVSTDDLAGLLAGNTGRIKTVITDQKVIA + GIGNAYSDEILHVAKISPFATAGKLSGAQLTCLHEAMASVLSDAVRRSVGQGAAMLKG + EKRSGLRVHARTGLPCPVCGDTVREVSFADKSFQYCPTCQTGGKALADRRMSRLLK" + gene 1054714..1055475 + /locus_tag="BQ2027_MB0970" + CDS 1054714..1055475 + /locus_tag="BQ2027_MB0970" + /note="Mb0970, -, len: 253 aa. Equivalent to Rv0945, len: + 253 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 253 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases e.g. NP_346338.1|NC_003028 + oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase + family) from Streptococcus pneumoniae (253 aa); + AAB70845.1|AF019986|PksB from Dictyostelium discoideum + (260 aa); AAF86624.1|U87786 clavaldehyde dehydrogenase + from Streptomyces clavuligerus (247 aa); P37440|UCPA_ECOLI + oxidoreductase from Escherichia coli (285 aa), FASTA + scores: opt: 275, E(): 1.1e-12, (33.8% identity in 201 aa + overlap); etc. Contains PS00061 Short-chain + dehydrogenases/reductases family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb0970 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0970 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIT99568.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWU9" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWU9" + /translation="MLTGVTRQKILITGASSGLGAGMARSFAAQGRDLALCARRTDRL + TELKAELSQRYPDIKIAVAELDVNDHERVPKVFAELSDEIGGIDRVIVNAGIGKGARL + GSGKLWANKATIETNLVAALVQIETALDMFNQRGSGHLVLISSVLGVKGVPGVKAAYA + ASKAGVRSLGESLRAEYAQGPIRVTVLEPGYIESEMTAKSASTMLMVDNATGVKALVA + AIEREPGRAAVPWWPWAPLVRLMWVLPPRLTRRFA" + gene complement(1055491..1057152) + /gene="pgi" + /locus_tag="BQ2027_MB0971C" + CDS complement(1055491..1057152) + /gene="pgi" + /locus_tag="BQ2027_MB0971C" + /note="Mb0971c, pgi, len: 553 aa. Equivalent to Rv0946c, + len: 553 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 553 aa overlap). Probable pgi, + glucose-6-phosphate isomerase (EC 5.3.1.9), equivalent to + NP_301236.1|NC_002677 glucose-6-phosphate isomerase from + Mycobacterium leprae (554 aa); and P96803|G6PI_MYCSM + GLUCOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASE from Mycobacterium smegmatis + (442 aa). Also highly similar to others e.g. T36015 + glucose-6-phosphate isomerase from Streptomyces coelicolor + (551 aa); P11537|G6PI_ECOLI|GPI glucose-6-phosphate + isomerase from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 + (549 aa), FASTA scores: opt: 1779, E(): 0, (51.4% identity + in 554 aa overlap); etc. Contains PS00765 Phosphoglucose + isomerase signature 1, and PS00174 Phosphoglucose + isomerase signature 2. BELONGS TO THE GPI FAMILY. Protein + product from Mb0971c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb0971c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASE PGI (GPI) + (PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE) (PHOSPHOHEXOSE ISOMERASE) + (PHI)" + /protein_id="SIT99569.1" + /db_xref="GOA:P64193" + /db_xref="InterPro:IPR001672" + /db_xref="InterPro:IPR018189" + /db_xref="InterPro:IPR023096" + /db_xref="InterPro:IPR035476" + /db_xref="InterPro:IPR035482" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64193" + /translation="MTSAPIPDITATPAWDALRRHHDQIGNTHLRQFFADDPGRGREL + TVSVGDLYIDYSKHRVTRETLALLIDLARTAHLEERRDQMFAGVHINTSEDRAVLHTA + LRLPRDAELVVDGQDVVTDVHAVLDAMGAFTDRLRSGEWTGATGKRISTVVNIGIGGS + DLGPVMVYQALRHYADAGISARFVSNVDPADLIATLADLDPATTLFIVASKTFSTLET + LTNATAARRWLTDALGDAAVSRHFVAVSTNKRLVDDFGINTDNMFGFWDWVGGRYSVD + SAIGLSLMTVIGRDAFADFLAGFHIIDRHFATAPLESNAPVLLGLIGLWYSNFFGAQS + RTVLPYSNDLSRFPAYLQQLTMESNGKSTRADGSPVSADTGEIFWGEPGTNGQHAFYQ + LLHQGTRLVPADFIGFAQPLDDLPTAEGTGSMHDLLMSNFFAQTQVLAFGKTAEEIAA + DGTPAHVVAHKVMPGNRPSTSILASRLTPSVLGQLIALYEHQVFTEGVVWGIDSFDQW + GVELGKTQAKALLPVITGAGSPPPQSDSSTDGLVRRYRTERGRAG" + gene complement(1057767..1057997) + /locus_tag="BQ2027_MB0972C" + CDS complement(1057767..1057997) + /locus_tag="BQ2027_MB0972C" + /note="Mb0972c, -, len: 76 aa. Equivalent to Rv0947c, len: + 76 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 76 aa overlap). Probable mycolyl transferase + pseudogene (EC 2.-.-.-), similar to part of + P31953|A85C_MYCTU|fbpC2 antigen 85-c precursor (85c) + (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN C) from Mycobacterium + tuberculosis (340 aa), FASTA scores: opt: 213, E(): 2e-08, + (69.6% identity in 46 aa overlap). Mb0972c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable mycolyl transferase, pseudogene" + /protein_id="SIT99570.1" + /translation="MGGSFDRAARARRQLDNLVNVVAAGSTHRLMVPSRSMHRLIKVE + FQGGGPHAWYLSDGILARDDYNGRDIHLPVFG" + gene complement(1058113..1058430) + /locus_tag="BQ2027_MB0973C" + CDS complement(1058113..1058430) + /locus_tag="BQ2027_MB0973C" + /note="Mb0973c, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv0948c, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 105 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_301237.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (105 aa). + Also similar (except in N-terminus) to + SCD63.16c|CAB82023.1|AL161755 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (110 aa); and to N-terminus of two + chorismate mutase/prephenate dehydratase. Protein product + from Mb0973c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0973c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="chorismate mutase" + /protein_id="SIT99571.1" + /db_xref="GOA:P64768" + /db_xref="InterPro:IPR002701" + /db_xref="InterPro:IPR010958" + /db_xref="InterPro:IPR036263" + /db_xref="InterPro:IPR036979" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64768" + /translation="MRPEPPHHENAELAAMNLEMLESQPVPEIDTLREEIDRLDAEIL + ALVKRRAEVSKAIGKARMASGGTRLVHSREMKVIERYSELGPDGKDLAILLLRLGRGR + LGH" + gene 1058727..1061042 + /gene="uvrD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0974" + CDS 1058727..1061042 + /gene="uvrD1" + /locus_tag="BQ2027_MB0974" + /note="Mb0974, uvrD1, len: 771 aa. Equivalent to Rv0949, + len: 771 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 771 aa overlap). Probable uvrD1, ATP + dependent DNA helicase (EC 3.6.1.-), equivalent to + P_301239.1|NC_002677 putative ATP-dependent DNA helicase + from Mycobacterium leprae (778 aa). Also highly similar to + others e.g. CAB92660.1|AL356832 from Streptomyces + coelicolor (831 aa) (N-terminus longer); P56255|PCRA_BACST + from Bacillus stearothermophilus (724 aa); + Q10213|YAY5_SCHPO from Schizosaccharomyces pombe (Fission + yeast) (887 aa), FASTA scores: opt: 927, E(): 0, (33.5% + identity in 659 aa overlap); etc. Also similar to several + other UvrD-like proteins in Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv3201c, Rv3198c, Rv3202c. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE UVRD + SUBFAMILY OF HELICASES. Note that previously known as + uvrD. Protein product from Mb0974 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0974 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable atp-dependent dna helicase ii uvrd1" + /protein_id="SIT99572.1" + /db_xref="GOA:P0A5A4" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR005751" + /db_xref="InterPro:IPR013986" + /db_xref="InterPro:IPR014016" + /db_xref="InterPro:IPR014017" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR034739" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5A4" + /translation="MSVHATDAKPPGPSPADQLLDGLNPQQRQAVVHEGSPLLIVAGA + GSGKTAVLTRRIAYLMAARGVGVGQILAITFTNKAAAEMRERVVGLVGEKARYMWVST + FHSTCVRILRNQAALIEGLNSNFSIYDADDSRRLLQMVGRDLGLDIKRYSPRLLANAI + SNLKNELIDPHQALAGLTEDSDDLARAVASVYDEYQRRLRAANALDFDDLIGETVAVL + QAFPQIAQYYRRRFRHVLVDEYQDTNHAQYVLVRELVGRDSNDGIPPGELCVVGDADQ + SIYAFRGATIRNIEDFERDYPDTRTILLEQNYRSTQNILSAANSVIARNAGRREKRLW + TDAGAGELIVGYVADNEHDEARFVAEEIDALAEGSEITYNDVAVFYRTNNSSRSLEEV + LIRAGIPYKVVGGVRFYERKEIRDIVAYLRVLDNPGDAVSLRRILNTPRRGIGDRAEA + CVAVYAENTGVGFGDALVAAAQGKVPMLNTRAEKAIAGFVEMFDELRGRLDDDLGELV + EAVLERTGYRRELEASTDPQELARLDNLNELVSVAHEFSTDRENAAALGPDDEDVPDT + GVLADFLERVSLVADADEIPEHGAGVVTLMTLHTAKGLEFPVVFVTGWEDGMFPHMRA + LDNPTELSEERRLAYVGITRARQRLYVSRAIVRSSWGQPMLNPESRFLREIPQELIDW + RRTAPKPSFSAPVSGAGRFGSARPSPTRSGASRRPLLVLQVGDRVTHDKYGLGRVEEV + SGVGESAMSLIDFGSSGRVKLMHNHAPVTKL" + gene complement(1061123..1062121) + /locus_tag="BQ2027_MB0975C" + CDS complement(1061123..1062121) + /locus_tag="BQ2027_MB0975C" + /note="Mb0975c, -, len: 332 aa. Equivalent to Rv0950c, + len: 332 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 332 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to AL035500|MLCL373.02c|T45433 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (343 aa), + FASTA scores: opt: 1500, E(): 0, (71.0% identity in 331 aa + overlap). C-terminus highly similar to part of various + proteins e.g. C-terminal part of + NP_441943.1|NC_000911|NlpD lipoprotein from Synechocystis + sp (715 aa); N-terminal part of NP_066789.1|NC_002576 + putative peptidase from Rhodococcus equi (546 aa); + C-terminal part of NP_212396.1|NC_001318 conserved + hypothetical protein from Borrelia burgdorferi (417 aa); + C-terminal part of P33648|NLPD_ECOLI|nlpd lipoprotein from + Escherichia coli (379 aa), FASTA scores: opt: 276, E(): + 2e-10, (29.9% identity in 234 aa overlap); etc. Mb0975c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage peptidoglycan binding endopeptidase" + /protein_id="SIT99573.1" + /db_xref="InterPro:IPR011055" + /db_xref="InterPro:IPR016047" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW1" + /translation="MAAIRTPRDRWPHHHRNEVTEIIPLDGFLDGLALYDELDFAELD + DLDLGDDCVFDYEAQLLAAPELDDLDDADDLAPEWLVAPTVVLTPEVTPVSRRVGQHR + KQPIGAARGRLLISAMAAGAAAAAAHTAIQQSETPRTETVLTAHASALNEGSGSNPPR + GVQVIAAQPAASAAVHNAEFARGVAFAEERAEREARLQRPLYVMPTKGIFTSSFGYRW + GVLHAGIDLANAIGTPIYAVSDGVVIDAGPTAGYGMWVKLLHADGTVTLYGHVNTTLV + SVGERVMAGDQIATMGSRGFSTGPHLHFEVLLGGTERVDPVPWLAKRGLSVGNYTG" + gene 1062431..1063594 + /gene="sucC" + /locus_tag="BQ2027_MB0976" + CDS 1062431..1063594 + /gene="sucC" + /locus_tag="BQ2027_MB0976" + /note="Mb0976, sucC, len: 387 aa. Equivalent to Rv0951, + len: 387 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 387 aa overlap). Probable sucC, + succinyl-Coa synthetase, beta chain (EC 6.2.1.5), + equivalent to AL035500|MLCL373_3|NP_301241.1|NC_002677 + succinyl-CoA synthase [beta] chain from Mycobacterium + leprae (393 aa), FASTA score: (86.7% identity in 391 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + AB92671.1|AL356832 succinyl-CoA synthetase beta chain from + Streptomyces coelicolor (394 aa); P25126|SUCC_THEFL + SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN from Thermus aquaticus + (378 aa); P07460|SUCC_ECOLI succinyl-CoA synthetase beta + chain from Escherichia coli (388 aa), FASTA scores: opt: + 933, E(): 0, (41.0% identity in 390 aa overlap); etc. + Protein product from Mb0976 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0976 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINYL-COA SYNTHETASE (BETA CHAIN) + SUCC (SCS-BETA)" + /protein_id="SIT99574.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Z1" + /db_xref="InterPro:IPR005809" + /db_xref="InterPro:IPR005811" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR013650" + /db_xref="InterPro:IPR013815" + /db_xref="InterPro:IPR016102" + /db_xref="InterPro:IPR017866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Z1" + /translation="MDLFEYQAKELFAKHNVPSTPGRVTDTAEGAKAIATEIGRPVMV + KAQVKIGGRGKAGGVKYAATPQDAYEHAKNILGLDIKGHIVKKLLVAEASDIAEEYYL + SFLLDRANRTYLAMCSVEGGMEIEEVAATKPERLAKVPVNAVKGVDLDFARSIAEQGH + LPAEVLDTAAVTIAKLWELFVAEDATLVEVNPLVRTPDHKILALDAKITLDGNADFRQ + PGHAEFEDRAATDPLELKAKEHDLNYVKLDGQVGIIGNGAGLAMSTLDVVAYAGEKHG + GVKPANFLDIGGGASAEVMAAGLDVVLGDQQVKSVFVNVFGGITSCDAVATGIVKALG + MLGDEANKPLVVRLDGNNVEEGRRILTEANHPLVTLVATMDEAADKAAELASA" + gene 1063607..1064518 + /gene="sucD" + /locus_tag="BQ2027_MB0977" + CDS 1063607..1064518 + /gene="sucD" + /locus_tag="BQ2027_MB0977" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0977, sucD, len: 303 aa. Equivalent to Rv0952, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 303 aa overlap). Probable sucD, + succinyl-CoA synthetase, alpha chain (EC 6.2.1.5), + equivalent to AL035500|MLCL373_4|NP_301242.1|NC_002677 + succinyl-CoA synthase [alpha] chain from Mycobacterium + leprae (300 aa), FASTA score: (86.3% identity in 300 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + CAB92672.1|AL356832 from Streptomyces coelicolor (294 aa); + P53591|SUCD_COXBU from Escherichia coli (288 aa), FASTA + scores: opt: 855, E(): 0, (53.8% identity in 286 aa + overlap); etc. Contains PS00399 ATP-citrate lyase and + succinyl-CoA ligases active site, and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb0977 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0977 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINYL-COA SYNTHETASE (ALPHA CHAIN) + SUCD (SCS-ALPHA)" + /protein_id="SIT99575.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Z0" + /db_xref="InterPro:IPR003781" + /db_xref="InterPro:IPR005810" + /db_xref="InterPro:IPR005811" + /db_xref="InterPro:IPR016102" + /db_xref="InterPro:IPR017440" + /db_xref="InterPro:IPR033847" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Z0" + /translation="MTHMSIFLSRDNKVIVQGITGSEATVHTARMLRAGTQIVGGVNA + RKAGTTVTHEDKGGRLIKLPVFGSVAEAMEKTGADVSIIFVPPTFAKDAIIEAIDAEI + PLLVVITEGIPVQDTAYAWAYNLEAGHKTRIIGPNCPGIISPGQSLAGITPANITGPG + PIGLVSKSGTLTYQMMFELRDLGFSTAIGIGGDPVIGTTHIDAIEAFEKDPDTKLIVM + IGEIGGDAEERAADFIKTNVSKPVVGYVAGFTAPEGKTMGHAGAIVSGSSGTAAAKQE + ALEAAGVKVGKTPSATAALAREILLSL" + gene complement(1064581..1065429) + /locus_tag="BQ2027_MB0978C" + CDS complement(1064581..1065429) + /locus_tag="BQ2027_MB0978C" + /note="Mb0978c, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv0953c, + len: 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 282 aa overlap). Possible oxidoreductase + (EC 1.-.-.-), equivalent to CAA48222.1|X68102 hypothetical + protein from Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis + (166 aa). Similar to several hypothetical proteins and + oxidoreductases e.g. AAK38097.1|AF323606_3|AF323606 + putative F420-dependent dehydrogenase from Rhodococcus + erythropolis (295 aa); NP_070025.1|NC_000917 + N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin reductase (mer-2) + from Archaeoglobus fulgidus (348 aa); etc. Also similar to + several hypothetical proteins and oxidoreductases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2161c|O06216|Z95388|MTCY270.07 (288 aa), FASTA scores: + opt: 633, E(): 0, (40.4% identity in 277 aa overlap), + Rv3079c (275 aa), Rv0791c (347 aa), etc. Contains PS00201 + Flavodoxin signature. Protein product from Mb0978c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0978c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99576.1" + /db_xref="GOA:P64770" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019921" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64770" + /translation="MHYGLVLFTSDRGITPAAAARLAESHGFRTFYVPEHTHIPVKRQ + AAHPTTGDASLPDDRYMRTLDPWVSLGAASAVTSRIRLATAVALPVEHDPITLAKSIA + TLDHLSHGRVSVGVGFGWNTDELVDHGVPPGRRRTMLREYLEAMRALWTQEEACYDGE + FVKFGPSWAWPKPVQPHIPVLVGAAGTEKNFKWIARSADGWITTPRDVDIDEPVKLLQ + DIWAAAGRDGLPQIVALDVKPVPDKLARWAELGVTEVLFGMPDRSADDAAAYVERLAA + KLACCV" + gene 1065594..1066505 + /locus_tag="BQ2027_MB0979" + CDS 1065594..1066505 + /locus_tag="BQ2027_MB0979" + /note="Mb0979, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv0954, len: + 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 303 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, highly similar to 34KD_MYCPA|Q04959 + 34 kd antigenic protein from Mycobacterium + paratuberculosis (298 aa), FASTA scores: opt: 1023, E(): + 7.2e-36, (59.3% identity in 305 aa overlap); + AAC69251.1|U82111 34 kDa antigen precursor from + Mycobacterium leprae (336 aa); and AL035500|MLCL373.06 + hypothetical membrane protein from Mycobacterium leprae + (297 aa), FASTA score: (55.6% identity in 315 aa overlap). + Protein product from Mb0979 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0979 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99577.1" + /db_xref="GOA:P65638" + /db_xref="InterPro:IPR035166" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65638" + /translation="MTYSPGNPGYPQAQPAGSYGGVTPSFAHADEGASKLPMYLNIAV + AVLGLAAYFASFGPMFTLSTELGGGDGAVSGDTGLPVGVALLAALLAGVALVPKAKSH + VTVVAVLGVLGVFLMVSATFNKPSAYSTGWALWVVLAFIVFQAVAAVLALLVETGAIT + APAPRPKFDPYGQYGRYGQYGQYGVQPGGYYGQQGAQQAAGLQSPGPQQSPQPPGYGS + QYGGYSSSPSQSGSGYTAQPPAQPPAQSGSQQSHQGPSTPPTGFPSFSPPPPVSAGTG + SQAGSAPVNYSNPSGGEQSSSPGGAPV" + gene 1066545..1067912 + /locus_tag="BQ2027_MB0980" + CDS 1066545..1067912 + /locus_tag="BQ2027_MB0980" + /note="Mb0980, -, len: 455 aa. Equivalent to Rv0955, len: + 455 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 455 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to + AL035500|MLCL373_6 putative membrane protein from + Mycobacterium leprae (430 aa), FASTA score: (75.9% + identity in 419 aa overlap); and + AAL05878.1|AF411607_2|AF411607 unknown protein from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (409 aa). + Mb0980 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99578.1" + /db_xref="GOA:P64772" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64772" + /translation="MNRVSASADDRAAGARPARDLVRVAFGPGVVALGIIAAVTLLQL + LIANSDMTGAWGAIASMWLGVHLVPISIGGRALGVMPLLPVLLMVWATARSTARATSP + QSSGLVVRWVVASALGGPLLMAAIALAVIHDASSVVTELQTPSALRAFTSVLVVHSVG + AATGVWSRVGRRALAATALPDWLHDSMRAAAAGVLALLGLSGVVTAGSLVVHWATMQE + LYGITDSIFGQFSLTVLSVLYAPNVIVGTSAIAVGSSAHIGFATFSSFAVLGGDIPAL + PILAAAPTPPLGPAWVALLIVGASSGVAVGQQCARRALPFVAAMAKLLVAAVAGALVM + AVLGYGGGGRLGNFGDVGVDEGALVLGVLFWFTFVGWVTVVIAGGISRRPKRLRPAPP + VELDADESSPPVDMFDGAASEQPPASVAEDVPPSHDDIANGLKAPTADDEALPLSDEP + PPRAD" + gene 1068028..1068675 + /gene="purN" + /locus_tag="BQ2027_MB0981" + CDS 1068028..1068675 + /gene="purN" + /locus_tag="BQ2027_MB0981" + /note="Mb0981, purN, len: 215 aa. Equivalent to Rv0956, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 215 aa overlap). Probable purN, + 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase (EC + 2.1.2.2), equivalent to + AAF05726.1|AF191543_1|AF191543|PurN + phosphoribosylglycinamide formyltransferase from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (209 aa); and + AL035500|MLCL373_7 from Mycobacterium leprae (215 aa), + FASTA score: (79.4% identity in 214 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. BAA89443.1|AB003159 from + Corynebacterium ammoniagenes (199 aa); + NP_241498.1|NC_002570 from Bacillus halodurans (188 aa); + P08179|PUR3_ECOLI|B2500 from Escherichia coli strain K12 + (212 aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 2.4e-18, (36.6% + identity in 183 aa overlap); C-terminus of + P16340|PUR2_DROPS TRIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHETIC + PROTEIN ADENOSINE-3 from Drosophila pseudoobscura (Fruit + fly) (1364 aa); etc. Protein product from Mb0981 detected + using shotgun mass spectrometry. Mb0981 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 5'-PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE + FORMYLTRANSFERASE PURN (GART) (GAR TRANSFORMYLASE) + (5'-PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE TRANSFORMYLASE)" + /protein_id="SIT99579.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWY5" + /db_xref="InterPro:IPR002376" + /db_xref="InterPro:IPR004607" + /db_xref="InterPro:IPR036477" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWY5" + /translation="MQEPLRVPPSAPARLVVLASGTGSLLRSLLDAAVGDYPARVVAV + GVDRECRAAEIAAEASVPVFTVRLADHPSRDAWDVAITAATAAHEPDLVVSAGFMRIL + GPQFLSRFYGRTLNTHPALLPAFPGTHGVADALAYGVKVTGATVHLVDAGTDTGPILA + QQPVPVLDGDDEETLHERIKVTERRLLVAAVAALATHGVTVVGRTATMGRKVTIG" + gene 1068672..1070243 + /gene="purH" + /locus_tag="BQ2027_MB0982" + CDS 1068672..1070243 + /gene="purH" + /locus_tag="BQ2027_MB0982" + /note="Mb0982, purH, len: 523 aa. Equivalent to Rv0957, + len: 523 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 523 aa overlap). Probable purH, + bifunctional purine biosynthesis protein including + 5'-phosphoribosyl-5-aminoimidazole-4-carboxamide + formyltransferase (EC 2.1.2.3) and inosine-monophosphate + (IMP) cyclohydrolase (EC 3.5.4.10), equivalent to + AL035500|MLCL373_8 putative + phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase + from Mycobacterium leprae (527 aa), FASTA score: (88.1% + identity in 520 aa overlap); and + AF05727.1|AF191543_2|AF191543|PurH from Mycobacterium + avium subsp. paratuberculosis (527 aa). Also highly + similar to others e.g. CAB92677.1|AL356832 bifunctional + purine biosynthesis protein from Streptomyces coelicolor + (523 aa); NP_388534.1|NC_000964 + phosphoribosylaminoimidazole carboxy formyl + formyltransferase + inosine-monophosphate cyclohydrolase + from Bacillus subtilis (512 aa); P15639|PUR9_ECOLI + phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase + from Escherichia coli (529 aa), FASTA scores: opt: 1147, + E(): 0, (44.8% identity in 533 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE PURH FAMILY. Protein product from Mb0982 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0982 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL PURINE BIOSYNTHESIS + PROTEIN PURH: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLECARBOXAMIDE + FORMYLTRANSFERASE (AICAR TRANSFORMYLASE) + (5'-PHOSPHORIBOSYL-5-AMINOIMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE + FORMYLTRANSFERASE) + INOSINEMONOPHOSPHATE CYCLOHYDROLASE + (IMP CYCLOHYDROLASE) (INOSINICASE) (IMP SYNTHETASE) + (ATIC)" + /protein_id="SIT99580.1" + /db_xref="GOA:P67542" + /db_xref="InterPro:IPR002695" + /db_xref="InterPro:IPR011607" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="InterPro:IPR024051" + /db_xref="InterPro:IPR036914" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67542" + /translation="MSTDDGRRPIRRALISVYDKTGLVDLAQGLSAAGVEIISTGSTA + KTIADTGIPVTPVEQLTGFPEVLDGRVKTLHPRVHAGLLADLRKSEHAAALEQLGIEA + FELVVVNLYPFSQTVESGASVDDCVEQIDIGGPAMVRAAAKNHPSAAVVTDPLGYHGV + LAALRAGGFTLAERKRLASLAFQHIAEYDIAVASWMQQTLAPEHPVAAFPQWFGRSWR + RVAMLRYGENPHQQAALYGDPTAWPGLAQAEQLHGKDMSYNNFTDADAAWRAAFDHEQ + TCVAIIKHANPCGIAISSVSVADAHRKAHECDPLSAYGGVIAANTEVSVEMAEYVSTI + FTEVIVAPGYAPGALDVLARKKNIRVLVAAEPLAGGSELRPISGGLLIQQSDQLDAHG + DNPANWTLATGSPADPATLTDLVFAWRACRAVKSNAIVIAADGATVGVGMGQVNRVDA + ARLAVERGGERVRGAVAASDAFFPFPDGLETLAAAGVTAVVHPGGSVRDEEVTEAAAK + AGVTLYLTGARHFAH" + gene 1070350..1071729 + /locus_tag="BQ2027_MB0983" + CDS 1070350..1071729 + /locus_tag="BQ2027_MB0983" + /note="Mb0983, -, len: 459 aa. Equivalent to Rv0958, len: + 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 459 aa overlap). Possible magnesium + chelatase (EC 4.99.1.-), similar to others (especially in + N-terminal parts) e.g. NP_296313.1|NC_001263|AE002088_10 + putative magnesium protoporphyrin chelatase from + Deinococcus radiodurans (487 aa), FASTA scores: opt: 1148, + E(): 0, (42.4% identity in 450 aa overlap); + Q44498|CHLI_ANAVA MAGNESIUM-CHELATASE SUBUNIT CHLI from + Anabaena variabilis (338 aa); T31460 probable magnesium + chelatase (EC 4.99.1.-) chain I bchI from Heliobacillus + mobilis (363 aa); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop) Protein product from Mb0983 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0983 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MAGNESIUM CHELATASE" + /protein_id="SIT99581.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWY0" + /db_xref="InterPro:IPR002078" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWY0" + /translation="MSPSNLPRTVGELRAAGHRERGVKQEIRENLLTALADGDNVWPG + ILGFDDTVIPQVERALIAGHDFVLLGERGQGKTRLLRALAGLLDEWTPVIAGAELGEH + PYTPITPESIRRAAQLGDDLPVAWKHRSERYTEKLATPDTSVADLVGDVDPIKVAEGR + SLGDPETIAYGLIPRAHRGIVAVNELPDLAERIQVSMLNVMEERDIQVRGYTLRLPLD + VLVVASANPEDYTNRGRIITPIKDRFGAEIRTHYPLELEAEMGVIVQEAHLSAQVPDY + LMQVLARFARYLRESRSIDQRSGVSARFAIAAAETVAAAARHRGAVLGETDPVARVVD + LGTVIDVLRGKLEFESGEEGREQAVLEHLLRRATADTASRVLGGIDVGSLVTAVEGGS + AVTTGERVSAKDVLAAVPGLPVVDRIARKLGAESEGERAAALELALEALYLAKRVDKV + CGEGQTVYG" + gene 1071722..1073740 + /locus_tag="BQ2027_MB0984" + CDS 1071722..1073740 + /locus_tag="BQ2027_MB0984" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0984, -, len: 672 aa. Equivalent to Rv0959, len: + 672 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 672 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AE002069|AE002069_12 hypothetical + protein from Deinococcus radiodurans (403 aa), FASTA + scores: opt: 395, E(): 1.3e-15, (26.8% identity in 426 aa + overlap). Contains a single copy at the N-terminus of a + short repeat found three times in the M. tuberculosis ORF + O33341|MTV003.05c|AL008883. Protein product from Mb0984 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0984 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG019045: long form Mg-chelase associated + protein with vWA domain" + /protein_id="SIT99582.1" + /db_xref="InterPro:IPR002035" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5D8" + /translation="MAKSDGDDPLRPASPRLRSSRRHSLRYSAYTGGPDPLAPPVDLR + DALEQIGQDVMAGASPRRALSELLRRGTRNLTGADRLAAEVNRRRRELLRRNNLDGTL + QEIKKLLDEAVLAERKELARALDDDARFAELQLDALPASPAKAVQELAEYRWRSGQAR + EKYEQIKDLLGRELLDQRFAGMKQALAGATDDDRRRVTEMLDDLNDLLDKHARGEDTQ + RDFDEFMTKHGEFFPENPRNVEELLDSLAKRAAAAQRFRNSLSQEQRDELDALAQQAF + GSPALMRALDRLDAHLQAARPGEDWTGSQQFSGDNPFGMGEGTQALADIAELEQLAEQ + LSQSYPGASMDDVDLDALARQLGDQAAVDARTLAELERALVNQGFLDRGSDGQWRLSP + KAMRRLGETALRDVAQQLSGRHGERDHRRAGAAGELTGATRPWQFGDTEPWHVARTLT + NAVLRQAAAVHDRIRITVEDVEVAETETRTQAAVALLVDTSFSMVMENRWLPMKRTAL + ALHHLVCTRFRSDALQIIAFGRYARTVTAAELTGLAGVYEQGTNLHHALALAGRHLRR + HAGAQPVVLVVTDGEPTAHLEDFDGDGTSVFFDYPPHPRTIAHTVRGFDDMARLGAQV + TIFRLGSDPGLARFIDQVARRVQGRVVVPDLDGLGAAVVGDYLRFRRR" + gene 1073794..1074015 + /gene="vapB9" + /locus_tag="BQ2027_MB0984A" + CDS 1073794..1074015 + /gene="vapB9" + /locus_tag="BQ2027_MB0984A" + /note="Mb0984A, len: 73 aa. Equivalent to Rv0959A len: 73 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB9, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv0960 + (See Arcus et al., 2005; Pandey and Gerdes, 2005). Weakly + similar to others in Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv1721c Protein product from Mb0984A detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0984A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB9" + /protein_id="SIT99583.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXX2" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXX2" + /translation="MKTLYLRNVPDDVVERLERLAELAKTSVSAVAVRELTEASRRAD + NPALLGDLPDIGIDTTELIGGIDAERAGR" + gene 1074012..1074395 + /gene="vapc9" + /locus_tag="BQ2027_MB0985" + CDS 1074012..1074395 + /gene="vapc9" + /locus_tag="BQ2027_MB0985" + /note="Mb0985, -, len: 127 aa. Equivalent to Rv0960, len: + 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 127 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv0065|MTV030.08 (133 aa), + FASTA scores: E(): 1.5e-14, (38.3% identity in 128 aa + overlap), Rv1720c (129 aa), and Rv0549c (137 aa). Protein + product from Mb0985 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb0985 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc9" + /protein_id="SIT99584.1" + /db_xref="GOA:P64774" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64774" + /translation="MIVVDASAALAALLNDGQARQLIAAERLHVPHLVDSEIASGLRR + LAQRDRLGAADGRRALQTWRRLAVTRYPVVGLFERIWEIRANLSAYDASYVALAEALN + CALVTADLRLSDTGQAQCPITVVPR" + gene 1074541..1074888 + /locus_tag="BQ2027_MB0986" + CDS 1074541..1074888 + /locus_tag="BQ2027_MB0986" + /note="Mb0986, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv0961, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 115 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Mb0986 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99585.1" + /db_xref="GOA:P64776" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64776" + /translation="MRVPSQWMISSRVTVAWNIVGYLVYAALAFVGGFAVWFSLFFAM + ATDGCHDSACDASYHVFPAMVTMWIGVGAVLLLTLVVMVRNSSRGNVVIGWPFVGLLA + LGLVYVAADAVLH" + gene complement(1074907..1075581) + /gene="lprP" + /locus_tag="BQ2027_MB0987C" + CDS complement(1074907..1075581) + /gene="lprP" + /locus_tag="BQ2027_MB0987C" + /note="Mb0987c, lprP, len: 224 aa. Equivalent to Rv0962c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 224 aa overlap). Possible lprP, + lipoprotein. Contains possible N-terminal signal sequence + and appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPOPROTEIN LPRP" + /protein_id="SIT99586.1" + /db_xref="GOA:P59987" + /db_xref="InterPro:IPR032018" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59987" + /translation="MKRTSRSLTAALLGIAALLAGCIKPNTFDPYANPGRGELDRRQK + IVNGRPDLETVQQQLANLDATIRAMIAKYSPQTRFSTGVTVSHLTNGCNDPFTRTIGR + QEASELFFGRPAPTPQQWLQIVTELAPVFKAAGFRPNNSVPGDPPQPLGAPNYSQIRD + DGVTINLVNGDNRGPLGYSYNTGCHLPAAWRTAPPPLNMRPANDPDVHYPYLYGSPGG + RTRDAY" + gene complement(1075764..1076564) + /locus_tag="BQ2027_MB0988C" + CDS complement(1075764..1076564) + /locus_tag="BQ2027_MB0988C" + /note="Mb0988c, -, len: 266 aa. Equivalent to Rv0963c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 266 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to other CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2797c|MTCY16B7.46 (562 aa), FASTA scores: E(): 1.2e-23, + (39.0% identity in 254 aa overlap); Rv2542 (403 aa); + Rv2079 (656 aa). Also similar in part to AL133423|SC4A7_3 + HYPOTHETICAL SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (406 aa), FASTA scores: opt: 231, E(): 6.8e-07, (31.4% + identity in 204 aa overlap); and SCH10.21c|T36533 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (329 + aa). Mb0988c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99587.1" + /db_xref="InterPro:IPR010427" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64778" + /translation="MLQRELTRLQNGWLSRDGVWHTDTDKLADLRALRDTLAAHPGTS + LILLDTASDPRKVLAAVGVGDVDNAERVGVTMGGLNTRVSSSVGDMVKEAGIQRAKAA + ELRERAGWPNYDAVASIAWLGYDAPDGLKDVMHDWSARDAAGPLNRFDKGLAATTNVS + DQHITAFGHSYGSLVTSLALQQGAPVSDVVLYGSPGTELTHASQLGVEPGHAFYMIGV + NDHVANTIPEFGAFGSAPQDVPGMTQLSVNTGLAPGPLLGDGQLHERA" + gene complement(1076663..1077145) + /locus_tag="BQ2027_MB0989C" + CDS complement(1076663..1077145) + /locus_tag="BQ2027_MB0989C" + /note="Mb0989c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv0964c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 160 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK45241.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (138 aa) but longer 22 aa. + Mb0989c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99588.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59978" + /translation="MGLLGFGGAAAEAAQVATHHTTVLLDHHAGACEAVARAAEKAAE + EVAAIKMRLQVIRDAAREHHLTIAYATGTALPPPDLSSYSPADQQAILNTAIRRASNV + CWPTPRPPMRIWPRRFDAPPGTCRASRSMPNSAMRHPQCRRCRRRTATLRRSSGGGIR + " + gene complement(1077245..1077664) + /locus_tag="BQ2027_MB0990C" + CDS complement(1077245..1077664) + /locus_tag="BQ2027_MB0990C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0990c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv0965c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 139 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing weak similarity with Rv2798c|MTCY16B7.45 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (108 aa), FASTA scores: E(): 5.6e-12, (38.9% + identity in 90 aa overlap). Equivalent to AAK45242.1 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (146 aa) but + shorter 7 aa. Mb0990c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99589.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ5" + /translation="MRVNRPQCARVPYSAESLVRVEASWYGRTLRAIPEVLSQVGYQQ + ADHGESLLTSHHCCLGAAEGARPGWVGSSAGALSGLLDSWAEASTAHAAHIGDHSYGM + HLAAVGFAEMEEHNAAALAAVYPTGGGSARCDGVDVS" + gene complement(1077700..1078302) + /locus_tag="BQ2027_MB0991C" + CDS complement(1077700..1078302) + /locus_tag="BQ2027_MB0991C" + /note="Mb0991c, -, len: 200 aa. Equivalent to Rv0966c, + len: 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 200 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to AL035500|MLCL373_12 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (200 aa), + FASTA scores: opt: 1080, E(): 0, (79.5% identity in 200 aa + overlap). Also highly similar to + SCE6.30c|CAB88834.1|AL353832 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (277 aa). Some similarity to + Rv2862c|MTV007.08 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (194 aa), FASTA scores: E(): + 3.1e-06, (31.5% identity in 184 aa overlap). Equivalent to + AAK45243.1 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (230 aa) but shorter 30 aa. Note that Rv0966c has been + shortened since first entry. Protein product from Mb0991c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb0991c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99590.1" + /db_xref="InterPro:IPR012551" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ1" + /translation="MSNSAQRDARNSRDESARASDTDRIQIAQLLAYAAEQGRLQLTD + YEDRLARAYAATTYQELDRLRADLPGAAIGPRRGGECNPAPSTLLLALLGGFERRGRW + NVPKKLTTFTLWGSGVLDLRYADFTSTEVDIRAYSIMGAQTILLPPEVNVEIHGHRVM + GGFDRKVVGEGTRGAPTVRIRGFSLGGDVGIKRKPRKPRK" + gene 1078442..1078801 + /gene="csor" + /locus_tag="BQ2027_MB0992" + CDS 1078442..1078801 + /gene="csor" + /locus_tag="BQ2027_MB0992" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0992, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv0967, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 119 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to hypothetical proteins from several + organisms e.g. AE002074|AE002074_11 from Deinococcus + radiodurans (102 aa), FASTA scores: opt: 233, E(): + 8.6e-10, (47.0% identity in 83 aa overlap); + O32222|Z99121|YVGZ from Bacillus subtilis (101 aa), FASTA + scores: opt:228, E(): 3.2e-15, (38.0% identity in 92 aa + overlap); etc. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv0190, and Rv1766. Protein product + from Mb0992 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb0992 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="copper-sensitive operon repressor csor" + /protein_id="SIT99591.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Y5" + /db_xref="InterPro:IPR003735" + /db_xref="InterPro:IPR038390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Y5" + /translation="MSKELTAKKRAALNRLKTVRGHLDGIVRMLESDAYCVDVMKQIS + AVQSSLERANRVMLHNHLETCFSTAVLDGHGQAAIEELIDAVKFTPALTGPHARLGGA + AVGESATEEPMPDASNM" + gene 1078858..1079154 + /locus_tag="BQ2027_MB0993" + CDS 1078858..1079154 + /locus_tag="BQ2027_MB0993" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0993, -, len: 98 aa. Equivalent to Rv0968, len: + 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 98 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to NP_301579.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (92 aa). + Also highly similar to CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEINS + from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3269 (93 aa), FASTA + score: (51.1% identity in 94 aa overlap); and Rv1993c (90 + aa). Protein product from Mb0993 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb0993 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99592.1" + /db_xref="InterPro:IPR009963" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64780" + /translation="MVWHGFLAKAVPTVVTGAVGVAAYEALRKMVVKAPLRAATVSVA + AWGIRLAREAERKAGESAEQARLMFADVLAEASERAGEEVPPLAVAGSDDGHDH" + gene 1079210..1081522 + /gene="ctpV" + /locus_tag="BQ2027_MB0994" + CDS 1079210..1081522 + /gene="ctpV" + /locus_tag="BQ2027_MB0994" + /note="Mb0994, ctpV, len: 770 aa. Equivalent to Rv0969, + len: 770 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 770 aa overlap). Probable ctpV, metal + cation transporter P-type ATPase (transmembrane protein) + (EC 3.6.3.-), highly similar (except in N-terminus) to + others e.g. NP_391230.1|NC_000964 similar to heavy + metal-transporting ATPase from Bacillus subtilis (803 aa); + P37279|ATCS_SYNP7|PACS cation-transporting ATPase from + Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) + (747 aa), FASTA scores: opt: 1851, E(): 0, (52.1% identity + in 664 aa overlap); etc. Equivalent to AAK45246.1 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (792 aa) but + shorter 22 aa. Contains PS00154 E1-E2 ATPases + phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION TRANSPORT + ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES). Protein product from + Mb0994 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb0994 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METAL CATION TRANSPORTER P-TYPE ATPASE + CTPV" + /protein_id="SIT99593.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXY2" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR027256" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXY2" + /translation="MRVCVTGFNVDAVRAVAIEETVSQVTGVHAVHAYPRTASVVIWY + SPELGDTAAVLSAITKAQHVPAELVPARAPHSAGVRGVGVVRKITGGIRRMLSRPPGV + DKPLKASRCGGRPRGPVRGSASWPGEQNRRERRTWLPRVWLALPLGLLALGSSMFFGA + YPWAGWLAFAATLPVQFVAGWPILRGAVQQARALTSNMDTLIALGTLTAFVYSTYQLF + AGGPLFFDTSALIIAFVVLGRHLEARATGKASEAISKLLELGAKEATLLVDGQELLVP + VDQVQVGDLVRVRPGEKIPVDGEVTDGRAAVDESMLTGESVPVEKTAGDRVAGATVNL + DGLLTVRATAVGADTALAQIVRLVEQAQGDKAPVQRLADRVSAVFVPAVIGVAVATFA + GWTLIAANPVAGMTAAVAVLIIACPCALGLATPTAIMVGTGRGAELGILVKGGEVLEA + SKKIDTVVFDKTGTLTRARMRVTDVIAGQRRQPNQVLRLAAAVESGSEHPIGAAIVAA + AHERGLAIPAANAFTAVAGHGVRAQVNGGPVVVGRRKLVDEQHLVLPDHLAAAAVEQE + ERGRTAVFVGQDGQVVGVLAVADTVKDDAADVVGRLHAMGLQVAMITGDNARTAAAIA + KQVGIEKVLAEVLPQDKVAEVRRLQDQGRVVAMVGDGVNDAPALVQADLGIAIGTGTD + VAIEASDITLMSGRLDGVVRAIELSRQTLRTIYQNLGWAFGYNTAAIPLAALGALNPV + VAGAAMGFSSVSVVTNSLRLRRFGRDGRTA" + gene 1081519..1082151 + /locus_tag="BQ2027_MB0995" + CDS 1081519..1082151 + /locus_tag="BQ2027_MB0995" + /note="Mb0995, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv0970, len: + 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 210 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent to + NP_302348.1|NC_002677 probable integral membrane protein + from Mycobacterium leprae (210 aa). Mb0995 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99594.1" + /db_xref="GOA:P64782" + /db_xref="InterPro:IPR033458" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64782" + /translation="MIHDLMLRWVVTGLFVLTAAECGLAIIAKRRPWTLIVNHGLHFA + MAVAMAVMAWPWGARVPTTGPAVFFLLAAVWFGATAVVAVRGTATRGLYGYHGLMMLA + TAWMYAAMNPRLLPVRSCTEYATEPDGSMPAMDMTAMNMPPNSGSPIWFSAVNWIGTV + GFAVAAVFWACRFVMERRQEATQSRLPGSIGQAMMAAGMAMLFFAMLFPV" + gene complement(1082242..1083051) + /gene="echA7" + /locus_tag="BQ2027_MB0996C" + CDS complement(1082242..1083051) + /gene="echA7" + /locus_tag="BQ2027_MB0996C" + /note="Mb0996c, echA7, len: 269 aa. Equivalent to Rv0971c, + len: 269 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 269 aa overlap). Probable echA7, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to many e.g. + CAB95895.1|AL359988 putative enoyl CoA hydratase from + Streptomyces coelicolor (247 aa); P24162|ECHH_RHOCA + enoyl-CoA hydratase from Rhodobacter capsulatus (257 aa), + FASTA scores: opt: 369, E(): 2.6e-15, (33.7% identity in + 246 aa overlap); etc. Protein product from Mb0996c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb0996c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA7 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99595.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB6" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB6" + /translation="MDSPVDYAGPAACGGPFARLTLNSPHNRNALSSTLVSQLHQGLS + AAEADPAVRLVVLGHTGGTFCAGADLSEAGGGGGDPYRMAVARAREMTALLRAIVESP + LPVVGAINGHVRAGGFGLVGACDMVVAGPESTFALTEARIGVAPAIISLTLLPKLSPR + AAARYYLTGEKFGAREAADIGLITMAADDVDAAVAALVADVGRGSPQGLAASKALTTA + AVLEGFDRDAERLTEESARLFVSDEAREGMLAFLQKRPPRWVQPATMRAAD" + gene complement(1083051..1084217) + /gene="fadE12" + /locus_tag="BQ2027_MB0997C" + CDS complement(1083051..1084217) + /gene="fadE12" + /locus_tag="BQ2027_MB0997C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb0997c, fadE12, len: 388 aa. Equivalent to + Rv0972c, len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 388 aa overlap). Probable + fadE12, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly + similar to many e.g. CAB95893.1|AL359988 putative acyl CoA + dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (382 aa); + P45857|ACDB_BACSU from Bacillus subtilis (379 aa), FASTA + scores: opt: 576, E(): 2.3e-26, (29.7% identity in 381 aa + overlap); etc. Protein product from Mb0997c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb0997c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acyl-coa dehydrogenase fade12" + /protein_id="SIT99596.1" + /db_xref="GOA:Q7U0Y2" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0Y2" + /translation="MTDTSFIESEERQALRKAVASWVANYGHEYYLDKARKHEHTSEL + WAEAGKLGFLGVNLPEEYGGGGAGMYELSLVMEEMAAAGSALLLMVVSPAINGTIIAK + FGTDDQKKRWLPGIADGSLTMAFAITEPDAGSNSHKITTTARRDGSDWIIKGQKVFIS + GIDQAQAVLVVGRSEEAKTGKLRPALFVVPTDAPGFSYTPIEMELVSPERQFQVFLDD + VRLPADALVGAEDAAIAHLFAGLNPERIMGAASAVGMGRFALGRAVDYVKTRKVWSTP + IGAHQGLAHPLAQCHIEVELAKLMTQKAATLYDHGDDFGAAEAANMAKYAAAEASSRA + VDQAVQSMGGNGLTKEYGVAAMMTSARLARIAPISREMVLNFVAQTSLGLPRSY" + gene complement(1084214..1086217) + /gene="accA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0998C" + CDS complement(1084214..1086217) + /gene="accA2" + /locus_tag="BQ2027_MB0998C" + /standard_name="bccA" + /note="Mb0998c, accA2, len: 667 aa. Equivalent to Rv0973c, + len: 667 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 667 aa overlap). Probable accA2 + (alternate gene name: bccA), acetyl-/propionyl-coenzyme A + carboxylase (alpha subunit) [INCLUDES: BIOTIN CARBOXYLASE + (EC 6.3.4.14); BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN (BCCP)], + highly similar to others e.g. CAB95892.1|AL359988 putative + acetyl/propionyl CoA carboxylase alpha subunit from + Streptomyces coelicolor (614 aa); NP_250702.1|NC_002516 + probable acyl-CoA carboxylase alpha chain from Pseudomonas + aeruginosa (655 aa); NP_420971.1|NC_002696 + acetyl/propionyl-CoA carboxylase alpha subunit from + Caulobacter crescentus (654 aa); NP_251581.1|NC_002516 + probable biotin carboxylase/biotin carboxyl carrier + protein from Pseudomonas aeruginosa (661 aa); etc. Also + highly similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv2501c|P46401|MTCY07A7.07c|BCCA_MYCTU|ACCA1 PROBABLE + ACETYL-/PROPIONYL-COENZYME A CARBOXYLASE ALPHA CHAIN + (ALPHA SUBUNIT) (654 aa), FASTA scores, opt: 250, E(): + 4e-09, (28.6% identity in 182 aa overlap); and + Rv3285|MTCY71.25|ACCA3 (600 aa); Z83018|MTCY349_20 (1127 + aa), FASTA scores: opt: 838, E(): 0, (40.2% identity in + 500 aa overlap). Contains PS00867 Carbamoyl-phosphate + synthase subdomain signature 2 and PS00188 + Biotin-requiring enzymes attachment site. Protein product + from Mb0998c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb0998c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-/PROPIONYL-COENZYME A + CARBOXYLASE ALPHA CHAIN (ALPHA SUBUNIT) ACCA2: BIOTIN + CARBOXYLASE + BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN (BCCP)" + /protein_id="SIT99597.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWZ8" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR001882" + /db_xref="InterPro:IPR005479" + /db_xref="InterPro:IPR005481" + /db_xref="InterPro:IPR005482" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR011764" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ8" + /translation="MGITRVLVANRGEIARRVFATCRRLGLGTVAVYTDPDAAAPHVA + EADARVRLPQTTDYLNAEAIIAAAQAAGADAVHPGYGFLSENAEFAAAVQEAGLTWVG + PPVDAVRAMGSKIESKKLMAAAGVPVLEELDPDAVTTAQLPVLVKASAGGGGRGMRVV + HELSALPAEVEAARREAQSAFGDPTVFCERYLPTGHHVEVQVMADTHGTVWAVGEREC + SFQRRHQKIIEEAPSPLVERVPGMRAKLFDAARLAASAIGYTGAGTVEFLADDSPGRE + GEFYFLEMNTRLQVEHPVTEETTGLDLVELQLMIADCGRLDTEPPPAQGYSIEARLYA + EDPAHGWQPQAGVMHTIEVPGVRAQFDSLGQRTGIRLDSGIVDGSTVSIHYDPMLAKV + VSYGATRRQAALVLADALVRARLHGLRTNRELLVNVLRHPAFLDGATDTGFFDTHGMA + ELSTPLADTATLRLSAIAAALADAEHNRASAGVFSSIPSGWRNLASGYQVKTYRDDAD + TEHRVEYRFTRTGLALPGDPVVQLVSADVDQVVLAQDGVAHGFTVARHGPDVYVDSAR + GPVHLVALSRFPEPSSAVEQGSLVAPMPGNVIRIGAEVGDTVTAGQPLIWLEAMKMEH + TIAAPADGVLTHVSVNTGQQVEVGAILARVEAPQNGPAEGDSP" + gene complement(1086223..1087812) + /gene="accD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0999C" + CDS complement(1086223..1087812) + /gene="accD2" + /locus_tag="BQ2027_MB0999C" + /note="Mb0999c, accD2, len: 529 aa. Equivalent to Rv0974c, + len: 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 529 aa overlap). Probable accD2, + acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (beta subunit) (EC + 6.4.1.-), highly similar to many e.g. CAB95891.1|AL35998 + putative acetyl/propionyl CoA carboxylase beta subunit + from Streptomyces coelicolor (532 aa); + NP_250704.1|NC_002516 probable acyl-CoA + carboxyltransferase beta chain from Pseudomonas aeruginosa + (535 aa); BAB16296.1|AB039884 acetyl-CoA carboxylase + carboxyltransferase from Myxococcus xanthus (538 aa); + NP_420973.1|NC_002696 putative propionyl-CoA carboxylase + beta subunit from Caulobacter crescentus (530 aa); etc. + Also similar to other from Mycobacterium tuberculosis: + Rv2502c|ACCD1, Rv3799c|ACCD4, etc. COULD BELONG TO THE + ACCD/PCCB FAMILY. Protein product from Mb0999c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb0999c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-/PROPIONYL-COA CARBOXYLASE (BETA + SUBUNIT) ACCD2" + /protein_id="SIT99598.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWX8" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWX8" + /translation="MLQSTLDPNASAYDEAAATMSGKLDEINAELAKALAGGGPKYVD + RHHARGKLTPRERIELLVDPDSPFLELSPLAAYGSNFQIGASLVTGIGAVCGVECMIV + ANDPTVKGGTSNPWTLRKILRANQIAFENRLPVISLVESGGADLPTQKEIFIPGGQMF + RDLTRLSAAGIPTIALVFGNSTAGGAYVPGMSDHVVMIKERSKVFLAGPPLVKMATGE + ESDDESLGGAEMHARISGLADYFALDELDAIRIGRRIVARLNWIKQGPAPAPVTEPLF + DAEELIGIVPPDLRIPFDPREVIARIVDGSEFDEFKPLYGSSLVTGWARLHGYPLGIL + ANARGVLFSEESQKATQFIQLANRADTPLLFLHNTTGYMVGKDYEEGGMIKHGSMMIN + AVSNSTVPHISLLIGASYGAGHYGMCGRAYDPRFLFAWPSAKSAVMGGAQLSGVLSIV + ARAAAEARGQQVDEAADAAMRAAVEGQIEAESLPLVLSGMLYDDGVIDPRDTRTVLGM + CLSAIANGPIKGTSNFGVFRM" + gene complement(1087853..1088962) + /gene="fadE13" + /locus_tag="BQ2027_MB1000C" + CDS complement(1087853..1088962) + /gene="fadE13" + /locus_tag="BQ2027_MB1000C" + /note="Mb1000c, fadE13, len: 369 aa. Equivalent to the 5' + end of Rv0975c, len: 382 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 349 aa + overlap). Probable fadE13, acyl-CoA dehydrogenase (EC + 1.3.99.-), highly similar to many e.g. T35427 probable + acyl-CoA dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (382 + aa); M74096|HUMACADL_1 Human long chain acyl-CoA + dehydrogenase from Homo sapiens (430 aa), FASTA scores: + opt: 819, E(): 0, (37.0% identity in 376 aa overlap); etc. + Also similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. fadE20|Z98209|MTCY154_4 (386 aa), FASTA scores: + (40.3% identity in 375 aa overlap). Contains PS00073 + Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. BELONGS TO THE + ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base deletion (t-*) leads to a + shorter product with a different COOH part compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Protein product from Mb1000c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1000c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE13" + /protein_id="SIT99599.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX05" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX05" + /translation="MNIWTTPERQQLRKTVRAFAEREILPHVDEWERIGELPRGLHRL + AGAAGLLGAGFPEAVGGGGGDGADPVIICEEMHQAGAPGGVYASLFTCGIAVPHMVAS + GDERLIATYVRPTLAGEKIGALAITEPGGGSDVGHLRTSAVRDGDHYVINGAKTYITS + GVRADYVVTAVRTGGPGAAGVSLLVVEKDTPGFEVTRKLDKMGWRSSDTAELCYTDVA + VPATNLVGAENSGFTQIARAFVSERIGLAAQAYSSAQRCLDLTAQWCRDRETFGRPLI + SRQSVQNTLAEMARRIDVARVYAHHVVERQLAGETDLIAQVCFAKNTAVQAGEWVANQ + AVQLFGGMGYMAESEANANTGTCESSVSEAAPPKY" + gene complement(1088959..1090641) + /locus_tag="BQ2027_MB1001C" + CDS complement(1088959..1090641) + /locus_tag="BQ2027_MB1001C" + /note="Mb1001c, -, len: 560 aa. Equivalent to Rv0976c, + len: 560 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 560 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others e.g. CAB95890.1|AL359988 + conserved hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (558 aa); P_251576.1|NC_002516 hypothetical + protein from Pseudomonas aeruginosa (600 aa); etc. + N-terminal part highly similar to AL035500|MLCL373_14 + probable pseudogene from Mycobacterium leprae (163 aa), + FASTA score: (50.0% identity in 122 aa overlap). Protein + product from Mb1001c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1001c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Terpene utilization protein AtuA" + /protein_id="SIT99600.1" + /db_xref="InterPro:IPR010839" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX00" + /translation="MRIGNCSGFYGDRLSAMREMLTGGELDYLTGDYLAELTMLILGR + DRMKNPDRGYAKTFLAQLEDCLGLAHDRGVRIVTNAGGLNPAGLANAVRALAARLGIP + AQVAHVEGDDLQPRAAELGLGTPLTANAYLGAWGIVDCFERGADVVVTGRVTDASVVV + GAAAAHFGWGRTDYHRLAGAVVAGHVIECGVQATGGNYAFFTEIGDLTHAGFPLAEIA + ADGSSVITKHHGTGGLVSVDTITAQLLYEITGARYANPDVTARMDSVELSPDGPDRVR + ISGVIGEPPPPTYKVSLNSIGGFRNAMTFVLTGLDIDAKADLVRRQLEAALTVKPAEL + QWTLARTDHPDADTEETASALLTCVARDPDPANVGRQFSSAAVELALASYPGFTATAP + PGDGQVYGVFTPGYVDAGKVAHIAVHADGTRTEIPCATETLELAPAHPPALPDPLPAG + PTRRVPLGLIAGARSGDKGGSANVGVWVRTDEQWRWLAHTLTVELLKELLPETAGLVV + TRHVLPNLRALNFVIEAILGQGVAYQARFDPQAKGLGEWLRSRHVEIPETLL" + gene 1090840..1093611 + /gene="PE_PGRS16" + /locus_tag="BQ2027_MB1002" + CDS 1090840..1093611 + /gene="PE_PGRS16" + /locus_tag="BQ2027_MB1002" + /note="Mb1002, PE_PGRS16, len: 923 aa. Equivalent to + Rv0977, len: 923 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 923 aa overlap). Member of + the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily + of gly-rich proteins, highly similar to other PGRS-type + sequences e.g. AL0091|MTV004_1 from Mycobacterium + tuberculosis (1125 aa), FASTA score: (45.4% identity in + 959 aa overlap); Z80225|MTCY441_4 from Mycobacterium + tuberculosis (778 aa), FASTA score: (51.5% identity in 750 + aa overlap); etc. Mb1002 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs16" + /protein_id="SIT99601.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR021109" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ9" + /translation="MSFVVTAPPVLASAASDLGGIASMISEANAMAAVRTTALAPAAA + DEVSAAIAALFSSYARDYQTLSVQVTAFHVQFAQTLTNAGQLYAVVDVGNGVLLKTEQ + QVLGVINAPTQTLVGRPLIGDGTHGAPGTGQNGGAGGILWGNGGNGGSGAPGQPGGRG + GDAGLFGHGGHGGVGGPGIAGAAGTAGLPGGNGANGGSGGIGGAGGAGGNGGLLFGNG + GAGGQGGSGGLGGSGGTGGAGMAAGPAGGTGGIGGIGGIGGAGGVGGHGSALFGHGGI + NGDGGTGGMGGQGGAGGNGWAAEGITVGIGEQGGQGGDGGAGGAGGIGGSAGGIGGSQ + GAGGHGGDGGQGGAGGSGGVGGGGAGAGGDGGAGGIGGTGGNGSIGGAAGNGGNGGRG + GAGGMATAGSDGGNGGGGGNGGVGVGSAGGAGGTGGDGGAAGAGGAPGHGYFQQPAPQ + GLPIGTGGTGGEGGAGGAGGDGGQGDIGFDGGRGGDGGPGGGGGAGGDGSGTFNAQAN + NGGDGGAGGVGGAGGTGGTGGVGADGGRGGDSGRGGDGGNAGHGGAAQFSGRGAYGGE + GGSGGAGGNAGGAGTGGTAGSGGAGGFGGNGADGGNGGNGGNGGFGGINGTFGTNGAG + GTGGLGTLLGGHNGNIGLNGATGGIGSTTLTNATVPLQLVNTTEPVVFISLNGGQMVP + VLLDTGSTGLVMDSQFLTQNFGPVIGTGTAGYAGGLTYNYNTYSTTVDFGNGLLTLPT + SVNVVTSSSPGTLGNFLSRSGAVGVLGIGPNNGFPGTSSIVTAMPGLLNNGVLIDESA + GILQFGPNTLTGGITISGAPISTVAVQIDNGPLQQAPVMFDSGGINGTIPSALASLPS + GGFVPAGTTISVYTSDGQTLLYSYTTTATNTPFVTSGGVMNTGHVPFAQQPIYVSYSP + TAIGTTTFN" + gene complement(1093828..1094835) + /gene="PE_PGRS17" + /locus_tag="BQ2027_MB1003C" + CDS complement(1093828..1094835) + /gene="PE_PGRS17" + /locus_tag="BQ2027_MB1003C" + /note="Mb1003c, PE_PGRS17, len: 335 aa. Similar to + Rv0978c, len: 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (93.7% identity in 335 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to others + e.g. Z95387|MTCY1A10_19 from Mycobacterium tuberculosis + (461 aa), FASTA score: (73.6% identity in 277 aa overlap); + etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 115 bp to 127 bp substitution leads to a slightly + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (335 aa versus 331 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs17" + /protein_id="SIT99602.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR001258" + /db_xref="InterPro:IPR011964" + /db_xref="InterPro:IPR013017" + /db_xref="InterPro:IPR015943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ35" + /translation="MSFVNVAPQLVSTAAADAARIGSAINTANTAAAATTQVLVAAQD + EVSTAIAALFGSHGQHYQAISAQVAAYQERFVLALSQAGSTYAVAEAASATPLQQIEQ + ALLGVINTPTEALVGRKLIGDGAHGAPGTGQAGGAGGILWGNGGNGGSGAPGQAGGAG + GAAGLIGNGGAGGTGGAVSLARAGTAGGAGRGPVGGIGGAGGVGGAGGAAGAVTTITH + ASFNDPHGVAVNPGGNVYVTNFGSGTVSVINPATNTVTGSPITIGNGPSGVAVSPVTG + LVFVTNFDSNTVSVIDPTTNTVTGSPITVGTAPTGVAVNPVTGEVYVTNFAGDTVSVI + S" + gene complement(1095149..1095343) + /locus_tag="BQ2027_MB1004C" + CDS complement(1095149..1095343) + /locus_tag="BQ2027_MB1004C" + /note="Mb1004c, -, len: 64 aa. Equivalent to Rv0979c, len: + 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 64 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Start codon changed since first submission (-44 aa)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99603.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXZ6" + /translation="MGFRTQVGAATIASTMTWRIPVEDGPAQFRAGVGPGRDRQFTVV + APMVVGLWDRNRRPGWQWPS" + gene 1095365..1095538 + /gene="rpmF" + /locus_tag="BQ2027_MB1005" + CDS 1095365..1095538 + /gene="rpmF" + /locus_tag="BQ2027_MB1005" + /note="Mb1005, rpmF, len: 57 aa. Equivalent to Rv0979A, + len: 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 57 aa overlap). Probable rpmF, 50S + ribosomal protein L32, similar to others e.g. rpmF|Q9RL50 + PROBABLE 50S RIBOSOMAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (56 aa), FASTA scores: E(): 5.1e-09, (63.45% + identity in 52 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L32P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb1005 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1005 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l32 rpmf" + /protein_id="SIT99604.1" + /db_xref="GOA:P0A5V9" + /db_xref="InterPro:IPR002677" + /db_xref="InterPro:IPR011332" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5V9" + /translation="MAVPKRRKSRSNTRSRRSQWKAAKTELVGVTVAGHAHKVPRRLL + KAARLGLIDFDKR" + gene complement(1095557..1096930) + /gene="PE_PGRS18" + /locus_tag="BQ2027_MB1006C" + CDS complement(1095557..1096930) + /gene="PE_PGRS18" + /locus_tag="BQ2027_MB1006C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1006c, PE_PGRS18, len: 457 aa. Equivalent to + Rv0980c, len: 457 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 457 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to others + e.g. Z95387|MTCY1A10_19 from Mycobacterium tuberculosis + (461 aa), FASTA score: (66.7% identity in 405 aa overlap); + Z95844|MTCY493_2 from Mycobacterium tuberculosis (741 aa), + FASTA score: (53.0% identity in 394 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs18" + /protein_id="SIT99605.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR001258" + /db_xref="InterPro:IPR011045" + /db_xref="InterPro:IPR011964" + /db_xref="InterPro:IPR013017" + /db_xref="InterPro:IPR015943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC5" + /translation="MSFVNVAPQLVSTAAADAARIGSAINTANTAAAATTQVLAAAQD + EVSTAIAALFGSHGQHYQAISAQVAAYQERFVLALSQASSTYAVAEAASATPLQNVLD + AINAPVQSLTGRPLIGDGANGIDGTGQAGGNGGWLWGNGGNGGSGAPGQAGGAGGAAG + LIGNGGAGGAGGQGLPFEAGANGGAGGAGGWLFGNGGAGGVGGAGGAGTTFGVAGGDG + GTGGVGGHGGLIGVGGHGGDGGTGGTGGAVSLARAGTAGGAGGGPAGGIGGTGGVGGA + GGAAGAVTTITHASFNDPHGVAVNPGGNIYVTNQGSNTVSVIDPVTNTVTGSITDGNG + PSGVAVSPVTGLVFVTNFDSNTVSVIDPNTNTVTGSIPVGTGAYGVAVNPGGNIYVTN + QFSNTVSVIDPATNTVTGSPIPVGLDPTGVAVNPVTGVVYVTNSLDDTVSVITGEPAR + SVCSAAI" + gene 1097295..1097987 + /gene="mprA" + /locus_tag="BQ2027_MB1007" + CDS 1097295..1097987 + /gene="mprA" + /locus_tag="BQ2027_MB1007" + /note="Mb1007, len: 228 aa. Equivalent to Rv0981 len: 228 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (99.6% + identity in 228 aa overlap). MprA,mycobacterial + persistence regulator, a two-component response regulator + whose expression is required for entrance into and + maintenance of persistent infection (see citation below), + equivalent to NP_301250.1|NC_002677 putative two-component + response regulator from Mycobacterium leprae (228 aa); and + highly similar to others from Mycobacterium leprae. Also + highly similar to others e.g. + AAG36759.1|AF119221_1|AF119221 response regulator from + Corynebacterium glutamicum (232 aa); CAB88489.1|AL353816 + putative two-component system response regulator from + Streptomyces coelicolor (248 aa); BJY09666_1 two-component + response regulator (ragA, ragB and rpoH3) from B.japonicum + (226 aa), FASTA score: (43.8% identity in 224 aa overlap); + BSAJ2571_44 two-component response regulator from Bacillus + subtilis (228 aa), FASTA score: (46.4% identity in 224 aa + overlap); etc. Also highly similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1033c (257 aa); Rv0903c + (236 aa), FASTA score: (50.7 identity in 225 aa overlap); + etc. Contains PS00217 Sugar transport proteins signature + 2. Start changed since first submission (-2 aa). MprAB is + involved in the regulation of genes in response to + environmental stress (See He et al., 2006). Protein + product from Mb1007 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1007 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mycobacterial persistence regulator MRPA (two + component response transcriptional regulatory protein)" + /protein_id="SIT99606.1" + /db_xref="GOA:Q7U0X4" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0X4" + /translation="MSVRILVVDDDRAVRESLRRSLSFNGYSVELAHDGVEALDMIAS + DRPDALVLDVMMPRLDGLEVCRQLRSTGDDLPILVLTARDSVSERVAGLDAGADDYLP + KPFALEELLARMRALLRRTKPEDAAESMAMRFSDLTLDPVTREVNRGQRRISLTRTEF + ALLEMLIANPRRVLTRSRILEEVWGFDFPTSGNALEVYVGYLRRKTEADGEPRLIHTV + RGVGYVLRETPP" + gene 1097987..1099501 + /gene="mprB" + /locus_tag="BQ2027_MB1008" + CDS 1097987..1099501 + /gene="mprB" + /locus_tag="BQ2027_MB1008" + /note="Mb1008, mprB, len: 504 aa. Equivalent to Rv0982, + len: 504 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 504 aa overlap). Probable mprB, two + component sensor kinase, transmembrane protein (EC + 2.7.3.-) (see citation below), equivalent to + AL035500|MLCL373_16|NP_301251.1|NC_002677 putative + two-component system sensor kinase from Mycobacterium + leprae (519 aa), FASTA score: (81.0% identity in 521 aa + overlap). Also highly similar to others (especially in + C-terminal part) e.g. AAG36760.1|AF119221_2|AF119221 + sensor kinase from Corynebacterium glutamicum (455 aa); + CAB89748.1|AL354616 putative two-component histidine + kinase from Streptomyces coelicolor (481 aa); + X58793|SLCUTRS_2 sensor kinase from S.lividans (414 aa), + FASTA scores: opt: 451, E(): 4.2e-21, (36.0% identity in + 303 aa overlap); P30847|BAES_ECOLI SENSOR PROTEIN (EC + 2.7.3.-) from Escherichia coli (467 aa), FASTA scores: + opt: 412, E(): 1.3e-18, (30.4% identity in 336 aa + overlap); etc. Also similar in C-terminal region to + C-terminus of Rv0902c|Z73101|MTCY31_33 from Mycobacterium + tuberculosis (446 aa), FASTA scores: opt: 423, E(): + 2.6e-19, (28.4 identity in 462 aa overlap). Protein + product from Mb1008 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1008 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="two component sensor kinase mprb" + /protein_id="SIT99607.1" + /db_xref="GOA:Q7U0X3" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0X3" + /translation="MWWFRRRDRAPLRATSSLSLRWRVMLLAMSMVAMVVVLMSFAVY + AVISAALYSDIDNQLQSRAQLLIASGSLAADPGKAIEGTAYSDVNAMLVNPGQSIYTA + QQPGQTLPVGAAEKAVIRGELFMSRRTTADQRVLAIRLTNGSSLLISKSLKPTEAVMN + KLRWVLLIVGGIGVAVAAVAGGMVTRAGLRPVGRLTEAAERVARTDDLRPIPVFGSDE + LARLTEAFNLMLRALAESRERQARLVTDAGHELRTPLTSLRTNVELLMASMAPGAPRL + PKQEMVDLRADVLAQIEELSTLVGDLVDLSRGDAGEVVHEPVDMADVVDRSLERVRRR + RNDIHFDVEVIGWQVYGDTAGLSRMALNLMDNAAKWSPPGGHVGVRLSQLDASHAELV + VSDRGPGIPVQERRLVFERFYRSASARALPGSGLGLAIVKQVVLNHGGLLRIEDTDPG + GQPPGTSIYVLLPGRRMPIPQLPGATAGARSTDIENSRGSANVISVESQSTRAT" + gene 1099545..1100939 + /gene="pepd" + /locus_tag="BQ2027_MB1009" + CDS 1099545..1100939 + /gene="pepd" + /locus_tag="BQ2027_MB1009" + /note="Mb1009, -, len: 464 aa. Equivalent to Rv0983, len: + 464 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 464 aa overlap). Probable secreted or + membrane serine protease (EC 3.4.21.-), equivalent (but + longer 18 aa in N-terminus) to AL035500|MLCL373_17|T45448 + probable serine proteinase (EC 3.4.21.-) from + Mycobacterium leprae (452 aa), FASTA score: (74.2% + identity in 466 aa overlap); and highly similar to others + from Mycobacterium leprae. Also highly similar (except in + N-terminus) to other proteases e.g. CAC01350.1|AL390975 + putative protease from Streptomyces coelicolor (542 aa); + NP_440705.1|NC_000911|HtrA serine protease from + Synechocystis sp. (452 aa); NP_346646.1|NC_003028 serine + protease from Streptococcus pneumoniae (393 aa); etc. Also + similar in part to members of the htrA-antigen family e.g. + U87242|MTU87242_3|HtrA serine protease from M. + tuberculosis (542 aa), FASTA scores: opt: 846, E(): 2e-28, + (40.6% identity in 392 aa overlap); and similar to other + hypothetical serine proteases e.g. Rv0983, Rv0125, etc. + Protein product from Mb1009 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1009 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable serine protease pepd (serine + proteinase) (mtb32b)" + /protein_id="SIT99608.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XWZ0" + /db_xref="InterPro:IPR001478" + /db_xref="InterPro:IPR001940" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="InterPro:IPR036034" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XWZ0" + /translation="MAKLARVVGLVQEEQPSDMTNHPRYSPPPQQPGTPGYAQGQQQT + YSQQFDWRYPPSPPPQPTQYRQPYEALGGTRPGLIPGVIPTMTPPPGMVRQRPRAGML + AIGAVTIAVVSAGIGGAAASLVGFNRAPAGPSGGPVAASAAPSIPAANMPPGSVEQVA + AKVVPSVVMLETDLGRQSEEGSGIILSAEGLILTNNHVIAAAAKPPLGSPPPKTTVTF + SDGRTAPFTVVGADPTSDIAVVRVQGVSGLTPISLGSSSDLRVGQPVLAIGSPLGLEG + TVTTGIVSALNRPVSTTGEAGNQNTVLDAIQTDAAINPGNSGGALVNMNAQLVGVNSA + IATLGADSADAQSGSIGLGFAIPVDQAKRIADELISTGKASHASLGVQVTNDKDTPGA + KIVEVVAGGAAANAGVPKGVVVTKVDDRPINSADALVAAVRSKAPGATVALTFQDPSG + GSRTVQVTLGKAEQ" + gene 1100939..1101484 + /gene="moaB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1010" + CDS 1100939..1101484 + /gene="moaB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1010" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1010, moaB2, len: 181 aa. Equivalent to Rv0984, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 181 aa overlap). Possible moaB2, + pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase (EC 4.2.1.96), + highly similar to NP_301253.1|NC_002677 putative + molybdenum cofactor biosynthesis protein from + Mycobacterium leprae (181 aa), FASTA score: (92.3% + identity in 181 aa overlap). Also similar to others e.g. + CAB59675.1|AL132674 molybdenum cofactor biosynthesis + protein from Streptomyces coelicolor (179 aa); + Q56208|MOCB_SYNP7 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN + CB from Synechococcus sp. (319 aa), FASTA score: (37.3% + identity in 142 aa overlap); C-terminus of + NP_197599.1|NC_003076 MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 + PROTEIN from Arabidopsis thaliana (670 aa); etc. Also + similar to Rv0865|MOG from Mycobacterium tuberculosis (160 + aa); and other mog proteins e.g. CAC39235.1|AJ312124 Mog + protein from Eubacterium acidaminophilum (162 aa). COULD + BELONG TO THE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE + FAMILY. Alternative start codon has been suggested in + position 1100508. Protein product from Mb1010 detected + using shotgun mass spectrometry. Mb1010 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE + DEHYDRATASE MOAB2 (PHS) (4-ALPHA-HYDROXY-TETRAHYDROPTERIN + DEHYDRATASE) (PTERIN-4-A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) + (PHENYLALANINE HYDROXYLASE-STIMULATING PROTEIN) (PHS) + (PTERIN CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) (PCD)" + /protein_id="SIT99609.1" + /db_xref="InterPro:IPR001453" + /db_xref="InterPro:IPR036425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX15" + /translation="MKVAAQCSKLGYTVAPMEQRAELVVGRALVVVVDDRTAHGDEDH + SGPLVTELLTEAGFVVDGVVAVSADEVEIRNALNTAVIGGVDLVVSVGGTGVTPRDVT + PEATRDILDREILGIAEAIRASGLSAGIVDAGLSRGLAGVSGSTLVVNLAGSRYAVRD + GMATLNPLAAQIIGQLSSLEI" + gene complement(1101504..1101959) + /gene="mscL" + /locus_tag="BQ2027_MB1011C" + CDS complement(1101504..1101959) + /gene="mscL" + /locus_tag="BQ2027_MB1011C" + /note="Mb1011c, mscL, len: 151 aa. Equivalent to Rv0985c, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 151 aa overlap). Possible mscL, large + conductance mechanosensitive ion channel (integral + membrane protein), equivalent to + AL035500|MLCL373_19|NP_301254.1|NC_002677 putative + mechanosensitive channel protein from Mycobacterium leprae + (154 aa), FASTA score: (71.0% identity in 155 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. NP_268999.1|NC_002737 + putative large conductance mechanosensitive channel from + Streptococcus pyogenes (120 aa); CAB90974.1|AL355832 + putative mechanosensitive channel from Streptomyces + coelicolor (156 aa); Q9X722|MSCL_CLOHI LARGE-CONDUCTANCE + MECHANOSENSITIVE CHANNEL from Clostridium histolyticum + (133 aa); Z83337|BSZ83337_6 large conductance + mechanosensitive channel from Bacillus subtilis (130 aa), + FASTA scores: opt: 248, E(): 8.4e-10, (39.0% identity in + 136 aa overlap); U08371|ECU08371_1 large conductance + mechanosensitive channel from Escherichia coli strain K-12 + (136 aa), FASTA score: (36.6% identity in 134 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE MSCL FAMILY. Protein product from + Mb1011c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1011c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LARGE-CONDUCTANCE ION MECHANOSENSITIVE + CHANNEL MSCL" + /protein_id="SIT99610.1" + /db_xref="GOA:P0A5K9" + /db_xref="InterPro:IPR001185" + /db_xref="InterPro:IPR019823" + /db_xref="InterPro:IPR036019" + /db_xref="InterPro:IPR037673" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5K9" + /translation="MLKGFKEFLARGNIVDLAVAVVIGTAFTALVTKFTDSIITPLIN + RIGVNAQSDVGILRIGIGGGQTIDLNVLLSAAINFFLIAFAVYFLVVLPYNTLRKKGE + VEQPGDTQVVLLTEIRDLLAQTNGDSPGRHGGRGTPSPTDGPRASTESQ" + gene 1102282..1103028 + /locus_tag="BQ2027_MB1012" + CDS 1102282..1103028 + /locus_tag="BQ2027_MB1012" + /note="Mb1012, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv0986, len: + 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 248 aa overlap). Probable ATP-binding + protein ABC transporter supposed involved in transport of + adhesion component (see citation below), highly similar to + many ATP-binding proteins e.g. AE0010|AE001033_8 ABC + transporter ATP-binding protein from Archaeoglobus + fulgidus (228 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): 0, (45.7% + identity in 219 aa overlap); CAB81857.1|AL161691 putative + ABC-transporter ATP-binding protein from Streptomyces + coelicolor (246 aa); X84019|ZMDNAGRP_4 glutamate uptake + regulatory protein (grp) from Z.mobilis (232 aa), FASTA + score: (44.4% identity in 225 aa overlap); + Z99111|BSUB0008_108 from Bacillus subtilis (230 aa), FASTA + score: (38.7% identity in 222 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1012 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1012 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADHESION COMPONENT TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99611.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX09" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX09" + /translation="MNRQPIVQLSNLSWTFREGETRRQVLDHITFDFEPGEFVALLGQ + SGSGKSTLLNLISGIEKPTTGDVTINGFAITQKTERDRTLFRRDQIGIVFQFFNLIPT + LTVLENITLPQELAGVSQRKAAVVARDLLEKVGMADRERTFPDKLSGGEQQRVAISRA + LAHNPMLVLADEPTGNLDSDTGDKVLDVLLDLTRQAGKTLIMATHSPSMTQHADRVVN + LQGGRLIPALNRENQTDQPASTILLPTSYE" + gene 1103021..1104292 + /locus_tag="BQ2027_MB1013" + CDS 1103021..1104292 + /locus_tag="BQ2027_MB1013" + /note="Mb1013, -, len: 423 aa. Equivalent to 5' end of + Rv0987, len: 855 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 423 aa overlap). Probable + transmembrane protein ABC transporter supposed involved in + transport of adhesion component (see citation below), + whose N-terminus shows similarity with hypothetical + proteins, generally transmembrane proteins, e.g. + CAB96016.1|AL360055 putative ABC transport system integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (855 aa); + P44252|YCFU_HAEIN|HI1555 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Haemophilus influenzae (393 aa), FASTA scores: opt: 265, + E(): 1.7e-09, (23.6% identity in 402 aa overlap); etc. + N-and C-termini respectively show similarity to O32735 + ATTF PROTEIN (420 aa), FASTA scores: E(): 1e-09, (26.7% + identity in 430 aa overlap), and G2340078 ATTG PROTEIN + (359 aa), FASTA scores: E(): 2.7e-08, (27.8% identity in + 356 aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv0987 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a single base + transition (g-a) introduces a stop codon that splits + Rv0987 in two parts, Mb1013 and Mb1014. Mb1013 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADHESION COMPONENT TRANSPORT + TRANSMEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99612.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ45" + /db_xref="InterPro:IPR003838" + /db_xref="InterPro:IPR025857" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ45" + /translation="MNDQAPVAYAPLWRTAWRRLRQRPFQYILLVLGIALGVAMIVAI + DVSSNSAQRAFDLSAAAITGKSTHRLVSGPAGVDQQLYVDLRRHGYDFSAPVIEGYVL + ARGLGNRAMQFMGTDPFAESAFRSPLWSNQNIAELGGFLTRPNGVVLSRQVAQKYGLA + VGDRIALQVKGAPTTVTLVGLLTPADEVSNQKLSDLIIADISTAQELFHMPGRLSHID + LIIKDEATATRIQQRLPAGVRMETSDTQRDTVKQMTDAFTVNLTALSLIALLVGIFLI + YNTVTFNVVQRRPFFAILRCLGVTREQLFWLIMTESLVAGLIGTGLGLLIGIWLGEGL + IGLVTQTINDFYFVINVRNVSVSAESLLKGLIIGIFAAMLATLPPAIEAMRTVPASTL + RRSSLESKITKLMPWLWVAWFGLGSFGVLML" + gene 1104293..1105588 + /locus_tag="BQ2027_MB1014" + CDS 1104293..1105588 + /locus_tag="BQ2027_MB1014" + /note="Mb1014, -, len: 431 aa. Equivalent to 3' end of + Rv0987, len: 855 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 431 aa overlap). Probable + transmembrane protein ABC transporter supposed involved in + transport of adhesion component (see citation below), + whose N-terminus shows similarity with hypothetical + proteins, generally transmembrane proteins, e.g. + CAB96016.1|AL360055 putative ABC transport system integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (855 aa); + P44252|YCFU_HAEIN|HI1555 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Haemophilus influenzae (393 aa), FASTA scores: opt: 265, + E(): 1.7e-09, (23.6% identity in 402 aa overlap); etc. + N-and C-termini respectively show similarity to O32735 + ATTF PROTEIN (420 aa), FASTA scores: E(): 1e-09, (26.7% + identity in 430 aa overlap), and G2340078 ATTG PROTEIN + (359 aa), FASTA scores: E(): 2.7e-08, (27.8% identity in + 356 aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv0987 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a single base + transition (g-a) introduces a stop codon that splits + Rv0987 into two parts, Mb1013 and Mb1014. Protein product + from Mb1014 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADHESION COMPONENT TRANSPORT + TRANSMEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99613.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY07" + /db_xref="InterPro:IPR003838" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY07" + /translation="MPGNNLVVAFVGLFSVLIALALIAPPLTRFVMLRLAPGLGRLLG + PIGRMAPRNIVRSLSRTSIAIAALMMAVSLMVGVSISVGSFRQTLANWLEVTLKSDVY + VSPPTLTSGRPSGNLPVDAVRNISKWPGVRDAVMARYSSVFAPDWGREVELMAVSGDI + SDGKRPYRWIDGNKDTLWPRFLAGKGVMLSEPMVSRQHLQMPPRPITLMTDSGPQTFP + VLAVFSDYTSDQGVILMDRASYRAHWQDDDVTTMFLFLASGANSGALIDQLQAAFAGR + EDIVIQSTHSVREASMVIFDRSFTITIALQLVATVVAFIGVLSALMSLELDRAHELGV + FRAIGMTTRQLWKLMFIETGLMGGMAGLMALPTGCILAWILVRIINVRSFGWTLQMHF + ESAHFLRALLVAVVAALAAGMYPAWRLGRMTIRTAIREE" + gene 1105595..1106755 + /locus_tag="BQ2027_MB1015" + CDS 1105595..1106755 + /locus_tag="BQ2027_MB1015" + /note="Mb1015, -, len: 386 aa. Equivalent to Rv0988, len: + 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 386 aa overlap). Possible conserved + exported protein, with potential N-terminal signal + sequence, similar (except in N-terminus) to O32737|L63540 + ATTH PROTEIN from Agrobacterium tumefaciens (355 aa), + FASTA scores: opt: 651, E(): 5.7e-33, (33.4% identity in + 344 aa overlap); and NP_231265.1|NC_002505 conserved + hypothetical protein from Vibrio cholerae (372 aa). + Protein product from Mb1015 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99614.1" + /db_xref="InterPro:IPR010791" + /db_xref="InterPro:IPR023374" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX28" + /translation="MRKAGLTGVVLVLTLTLVAFWWWQRPRTNAVAADSLVGVLVDEN + NAGYSLATVPGAIRFPRDLGPHYDYQTEWWYYTGNLETADGRLFGYQLTFFRRALAPP + GEGVAIADASSWRTTQVYMAHFAISDISNRGFDPAEKFSRQALGLAGASSEPYAVWLD + DWYARESNNNSVQLFARTQNTVLDLTLTQTLPPILQGNAGLSVKGAQPGNASNYYSLV + RQESRGTVSVNGDTFMVSGLSWKDHEYMTSALAPEDVGWDWFGLQFYNGTALMLFQIR + QADGSVTRFSSGTFVAGDGGVIPLESSDFRIKTTDRWTSDQSGATYPIAWEIEIERIG + LTLRGAALMANQELRLSRTYWEGAVALEGRYQGMPISGRGYVEMTGYVQRLS" + gene complement(1106884..1107861) + /gene="grcC2" + /locus_tag="BQ2027_MB1016C" + CDS complement(1106884..1107861) + /gene="grcC2" + /locus_tag="BQ2027_MB1016C" + /note="Mb1016c, grcC2, len: 325 aa. Equivalent to Rv0989c, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 325 aa overlap). Probable grcC2, + polyprenyl diphosphate synthetase (EC 2.5.1.-), highly + similar to NP_302483.1|NC_002677 polyprenyl diphosphate + synthase component from Mycobacterium leprae (330 aa). + Also similar to others (generally hepta (EC 2.5.1.30) or + hexaprenyl e.g. NP_471378.1|NC_003212 protein similar to + heptaprenyl diphosphate synthase component II (menaquinone + biosynthesis) from Listeria innocua (321 aa); + NP_371994.1|NC_002758 heptaprenyl diphosphate syntase + component II from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 + (319 aa); P55785|HEP2_BACST heptaprenyl diphosphate + synthase component from Bacillus subtilis (323 aa), FASTA + scores: opt: 496, E(): 1.4e-24, (31.4% identity in 306 aa + overlap); etc. Also highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. + Rv0562|grcC1|NP_215076.1|MTCY25D10.41 PROBABLE + POLYPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE (335 aa); Rv3383, Rv3398c, + Rv2173, etc. SEEMS TO BELONG TO THE FPP/GGPP SYNTHETASES + FAMILY. Protein product from Mb1016c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1016c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE POLYPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE GRCC2 + (POLYPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)" + /protein_id="SIT99615.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXD6" + /db_xref="InterPro:IPR000092" + /db_xref="InterPro:IPR008949" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXD6" + /translation="MIPAVSLGDPQFTANVHDGIARITELINSELSQADEVMRDTVAH + LVDAGGTPFRPLFTVLAAQLGSDPDGWEVTVAGAAIELMHLGTLCHDRVVDESDMSRK + TPSDNTRWTNNFAILAGDYRFATASQLASRLDPEAFAVVAEAFAELITGQMRATRGPA + SHIDTIEHYLRVVHEKTGSLIAASGQLGAALSGAAEEQIRRVARLGRMIGAAFEISRD + IIAISGDSATLSGADLGQAVHTLPMLYALREQTPDTSRLRELLAGPIHDDHVAEALTL + LRCSPGIGKAKNVVAAYAAQAREELPYLPDRQPRRALATLIDHAVSACD" + gene complement(1107922..1108578) + /locus_tag="BQ2027_MB1017C" + CDS complement(1107922..1108578) + /locus_tag="BQ2027_MB1017C" + /note="Mb1017c, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv0990c, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 218 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1017c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Heat shock protein 22.5 (Hsp22.5)" + /protein_id="SIT99616.1" + /db_xref="InterPro:IPR013974" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX16" + /translation="MAESSLNPSLVSRISAFLRPDWTRTVRARRFAAAGLVMLAGVAA + LRSNPEDDRAEVVVAAHDLRPGTALTPGDVRLEKRSATTLPDGSQADLDAVVGSTLAS + PTRRGEVLTDVRLLGSRLAESTAGPDARIVPLHLADSALVDLVRVGDVVDVLAAPVTD + SPAALRLLATDAIVVLVSAQQKAQAADSDRVVLVALPARLANTVAGAALGQTVTLTLH + " + gene complement(1108651..1108983) + /locus_tag="BQ2027_MB1018C" + CDS complement(1108651..1108983) + /locus_tag="BQ2027_MB1018C" + /note="Mb1018c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv0991c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 110 aa overlap). Conserved hypothetical + ser-rich protein (especially in C-terminus), highly + similar to N-terminus of NP_301255.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein (Ser-rich C-terminus) from + Mycobacterium leprae (99 aa). Also highly similar to + SCE22.04|AB90971.1|AL355832 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (110 aa); and similar to others. + Protein product from Mb1018c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1018c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved serine rich protein" + /protein_id="SIT99617.1" + /db_xref="InterPro:IPR013429" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX18" + /translation="MPTYSYECTQCANRFDVVQAFTDDALTTCERCSGRLRKLFNAVG + VVFKGTGFYRTDSRESGKKSKSQTNGSSTSESTKSSGSSGSSGSSESKASGSTEKSTS + STTAAAAV" + gene complement(1109057..1109650) + /locus_tag="BQ2027_MB1019C" + CDS complement(1109057..1109650) + /locus_tag="BQ2027_MB1019C" + /EC_number="6.3.3.2" + /note="Mb1019c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv0992c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 197 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to NP_301256.1|NC_002677 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (197 aa). + Also similar, except in N-terminus, to other hypothetical + proteins and ligases e.g. SCE87.34|CAB59679.1|AL132674 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (204 + aa); NP_461977.1|NC_003197 putative ligase from Salmonella + typhimurium (182 aa); P09160|YGFA_ECOLI HYPOTHETICAL 21.1 + kDa PROTEIN from Escherichia coli (182 aa), FASTA scores: + opt: 191, E(): 1.1e-09, (29.5% identity in 146 aa + overlap); etc. Protein product from Mb1019c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1019c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase (EC" + /protein_id="SIT99618.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX02" + /db_xref="InterPro:IPR002698" + /db_xref="InterPro:IPR024185" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX02" + /translation="MAIASKSALRDQLLAARRRVADDVRAAEARMLRGHLERMVTSDS + TVCAYVPVGGEPGSIEMLDVLLRRAGRVLLPVARTAGGDLPLPLRWGEYRAGGLARAR + WGLLEPPEPWLPEAALAQASLVLVPALAVDRQGVRLGRGRGFYDRSLRCRDPHARLVA + VVRTVELVDVLPSEPHDVPMTHALTPERGLIALPCGE" + gene 1109751..1110671 + /gene="galU" + /locus_tag="BQ2027_MB1020" + CDS 1109751..1110671 + /gene="galU" + /locus_tag="BQ2027_MB1020" + /note="Mb1020, galU, len: 306 aa. Equivalent to Rv0993, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 306 aa overlap). Probable galU, + UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (EC 2.7.7.9), + equivalent to AL035500|MLCL373_22 putative + UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from + Mycobacterium leprae (306 aa), FASTA score: (89.7% + identity in 302 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. AB59678.1|AL132674 UTP-glucose-1-phosphate + uridylyltransferase from Streptomyces coelicolor (303 aa); + NP_244519.1|NC_002570 UTP-glucose-1-phosphate + uridylyltransferase from Bacillus halodurans (297 aa); + P25520|GALU_ECOLI|B1236|Z2012|ECS17 + UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (301 aa), FASTA + scores: opt: 624, E(): 2.4e-33, (38.8% identity in 299 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE PROKARYOTIC UDPGP FAMILY. + Protein product from Mb1020 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1020 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="utp--glucose-1-phosphate uridylyltransferase + galu (udp-glucose pyrophosphorylase) (udpgp) + (alpha-d-glucosyl-1-phosphate uridylyltransferase) + (uridine diphosphoglucose pyrophosphorylase)" + /protein_id="SIT99619.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX25" + /db_xref="InterPro:IPR005771" + /db_xref="InterPro:IPR005835" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX25" + /translation="MSRPEVLTPFTAIVPAAGLGTRFLPATKTVPKELLPVVDTPGIE + LVAAEAAAAGAERLVIVTSEGKDGVVAHFVEDLVLEGTLEARGKIAMLAKVRRAPALI + KVESVVQAEPLGLGHAIGCVEPTLSPDEDAVAVLLPDDLVLPTGVLETMSKVRASRGG + TVLCAIEVAREEISAYGVFDVEPVPDGDYTDDPNVLKVRGMVEKPKAETAPSRYAAAG + RYVLDRAIFDALRRIDRGAGGEVQLTDAIALLIAEGHPVHVVVHQGSRHDLGNPGGYL + KAAVDFALDRDDYGPDLRRWLVARLGLTEQ" + gene 1110748..1112028 + /gene="moeA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1021" + CDS 1110748..1112028 + /gene="moeA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1021" + /note="Mb1021, moeA1, len: 426 aa. Equivalent to Rv0994, + len: 426 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 426 aa overlap). Probable moeA1, + molybdenum cofactor biosynthesis protein, equivalent to + AL035500|MLCL373_23 putative molybdopterin biosynthesis + protein from Mycobacterium leprae (424 aa), FASTA score: + (88.3% identity in 426 aa overlap). Also highly similar to + many e.g. CAB59677.1|AL132674 molybdopterin biosynthesis + protein from Streptomyces coelicolor (424 aa); + NP_385769.1|NC_003047 PROBABLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS + PROTEIN from Sinorhizobium meliloti (406 aa); + P12281|MOEA_ECOLI molybdopterin biosynthesis moea protein + from Escherichia coli (411 aa), FASTA scores: opt: 519, + E(): 1.3e-24, (32.3% identity in 402 aa overlap); etc. + Also similar to MOEA2|Rv0438c|MTV037.02c PROBABLE + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (405 aa). Note that previously known as moeA. + Protein product from Mb1021 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1021 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEA1" + /protein_id="SIT99620.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX20" + /db_xref="InterPro:IPR001453" + /db_xref="InterPro:IPR005110" + /db_xref="InterPro:IPR005111" + /db_xref="InterPro:IPR036135" + /db_xref="InterPro:IPR036425" + /db_xref="InterPro:IPR036688" + /db_xref="InterPro:IPR038987" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX20" + /translation="MRSVEEQQARISAAAVAPRPIRVAIAEAQGLMCAEEVVTERPMP + GFDQAAIDGYAVRSVDVAGVGDTGGVQVFADHGDLDGRDVLTLPVMGTIEAGARTLSR + LQPRQAVRVQTGAPLPTLADAVLPLRWTDGGMSRVRVLRGAPSGAYVRRAGDDVQPGD + VAVRAGTIIGAAQVGLLAAVGRERVLVHPRPRLSVMAVGGELVDISRTPGNGQVYDVN + SYALAAAGRDAGAEVNRVGIVSNDPTELGEIVEGQLNRAEVVVIAGGVGGAAAEAVRS + VLSELGEMEVVRVAMHPGSVQGFGQLGRDGVPTFLLPANPVSALVVFEVMVRPLIRLS + LGKRHPMRRIVSARTLSPITSVAGRKGYLRGQLMRDQDSGEYLVQALGGAPGASSHLL + ATLAEANCLVVVPTGAEQIRTGEIVDVAFLAQHG" + gene 1112091..1112702 + /gene="rimJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1022" + CDS 1112091..1112702 + /gene="rimJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1022" + /note="Mb1022, rimJ, len: 203 aa. Equivalent to Rv0995, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 203 aa overlap). Possible rimJ, + ribosomal-protein-alanine acetyltransferase (EC + 2.3.1.128), equivalent to AL035500|MLCL373_24 probable + acyltransferase from Mycobacterium leprae (218 aa), FASTA + scores: (86.0% identity in 200 aa overlap). Also similar + to others and many acyltransferases e.g. + BAB69252.1|AB070946 possible acyltransferase from + Streptomyces avermitilis (156 aa); NP_385025.1|NC_003047 + PROBABLE RIBOSOMAL-PROTEIN-ALANINE ACETYLTRANSFERASE from + Sinorhizobium meliloti (203 aa); + P09454|RIMJ_ECOLI|B1066|Z1703|ECS1444 + ribosomal-protein-alanine acetyltransferase from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (194 aa), FASTA + scores: opt: 247, E(): 1.5e-10, (26.9% identity in 186 aa + overlap). SEEMS TO BELONG TO THE ACETYLTRANSFERASE FAMILY, + RIMJ SUBFAMILY. Protein product from Mb1022 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1022 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ribosomal-protein-alanine acetyltransferase rimj + (acetylating enzyme for n-terminal of ribosomal protein + s5)" + /protein_id="SIT99621.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX19" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX19" + /translation="MAVGPLRVSAGVIRLRPVRMRDGVHWSRIRLADRAHLEPWEPSA + DGEWTVRHTVAAWPAVCSGLRSEARNGRMLPYVIELDGQFCGQLTIGNVTHGALRSAW + IGYWVPSAATGGGVATGALALGLDHCFGPVMLHRVEATVRPENAASRAVLAKVGFREE + GLLRRYLEVDRAWRDHLLMAITVEEVYGSVASTLVRAGHASWP" + gene 1112863..1113939 + /locus_tag="BQ2027_MB1023" + CDS 1112863..1113939 + /locus_tag="BQ2027_MB1023" + /note="Mb1023, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv0996, len: + 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 358 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to AL035500|MLCL373_25 + putative membrane protein from Mycobacterium leprae (342 + aa), FASTA scores: (66.4% identity in 360 aa overlap). + Contains possible signal sequence and other hydrophobic + domains. Mb1023 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99622.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ60" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ60" + /translation="MPSIPQSLLWISLVVLWLFVLVPMLISKRDAVRRTSDVALATRV + LNGGAGARLLKRGGPAAGHRWGYLPPEGQGDDPDWKPEEDWRDDPVEGGFADVEHDID + EDQEADDARRRGAVVMKVAAPQTAGADEPDYLDVDVVEEDSEALPVGAGAAVGESADE + ADAEAADGVAGHADPEADPVEYEYEYEYVEDTCGLELEEDDQEAPPTVASGTSRRRRF + DTKTAAAVSARKYTFRKRALIVMAVILVGSAAAAFELTPVAWWICGSATGVTVLYLAY + LRRQTRIEEKVRRRRMQRIARARLGVQNTRDREYDVVPSRLRRPGAVVLEIDDEDPIF + THLESAAPIRNYGWPRDLPRAVGQ" + gene 1113956..1114028 + /locus_tag="BQ2027_ALAV" + tRNA 1113956..1114028 + /locus_tag="BQ2027_ALAV" + /product="tRNA-Ala" + /note="alaV, len: 73 nt. Equivalent to alaV, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Ala, anticodon cgc." + gene 1114340..1114591 + /locus_tag="BQ2027_MB1023A" + CDS 1114340..1114591 + /locus_tag="BQ2027_MB1023A" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb1023A, len: 83 aa. No equivalent in M. tuberculosis + H37Rv. Identified by de novo proteomics of Mycobacterium + bovis AF2122/97 under exponential conditions,Mb1023A found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99623.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY17" + /translation="MSTKYYLQKVPVEAVQPGFSLAIPHDGDYRLFQVDCTQMCQRSG + QPVMIRLMSESVDGGQPWVLEYEAGTAVIRLLGVCQAAS" + gene 1114772..1115203 + /locus_tag="BQ2027_MB1024" + CDS 1114772..1115203 + /locus_tag="BQ2027_MB1024" + /note="Mb1024, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv0997, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 143 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK45276.1 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (87 aa) but longer 56 aa. + Mb1024 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99624.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX36" + /translation="MAGIAGVDRDPPGWPQHSHLLAGDPERFRHQLQRAETTNSIECF + VAEWHHAGVAADMTRPWPTVVQGGAGQRRRRDVEPDRKTPVRWMSGQRLSEITWPTTD + IEHSVGAAEVQRHRGAVPLGSGGDAAGKVEGGRTPQPFVQP" + gene 1115227..1116228 + /locus_tag="BQ2027_MB1025" + CDS 1115227..1116228 + /locus_tag="BQ2027_MB1025" + /EC_number="2.3.1.-" + /note="Mb1025, -, len: 333 aa. Equivalent to Rv0998, len: + 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 333 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly cyclic nucleotide-dependent protein + kinase (EC 2.7.-.-), highly similar to + NP_301261.1|NC_002677 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (353 aa); and + AL035500|MLCL373.38|T45457 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (143 aa), FASTA score: (61.5% + identity in 143 aa overlap). Also similar to many + hypothetical proteins and cyclic-NMP-dependent protein + kinases (generally at C-terminus) e.g. N-terminus of + SC9B10.09|T35878 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (1039 aa); P05987|KAPR_DICDI CAMP-DEPENDENT + PROTEIN KINASE REGULATORY CHAIN (EC 2.7.1.37) from + Dictyostelium discoideum (327 aa), FASTA scores: opt: 177, + E(): 0.00036, (32.0% identity in 122 aa overlap); + NP_104403.1|NC_002678 hypothetical protein (contains + similarity to cAMP-dependent protein kinase regulatory + subunit) from Mesorhizobium loti (151 aa); etc. Contains + PS00889 Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. + Protein product from Mb1025 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1025 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein lysine acetyltransferase Pat (EC, + Mycobacterial type" + /protein_id="SIT99625.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXE5" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR018488" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE5" + /translation="MDGIAELTGARVEDLAGMDVFQGCPAEGLVSLAASVQPLRAAAG + QVLLRQGEPAVSFLLISSGSAEVSHVGDDGVAIIARALPGMIVGEIALLRDSPRSATV + TTIEPLTGWTGGRGAFATMVHIPGVGERLLRTARQRLAAFVSPIPVRLADGTQLMLRP + VLPGDRERTVHGHIQFSGETLYRRFMSARVPSPALMHYLSEVDYVDHFVWVVTDGSDP + VADARFVRDETDPTVAEIAFTVADAYQGRGIGSFLIGALSVAARVDGVERFAARMLSD + NVPMRTIMDRYGAVWQREDVGVITTMIDVPGPGELSLGREMVDQINRVARQVIEAVG" + gene 1116246..1117004 + /locus_tag="BQ2027_MB1026" + CDS 1116246..1117004 + /locus_tag="BQ2027_MB1026" + /note="Mb1026, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv0999, len: + 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 252 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1026 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1026 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99626.1" + /db_xref="InterPro:IPR041313" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX26" + /translation="MRPPLAPQFAADLLVKTVSTLRSSGAALGRLTTMRKAVLAVGSV + CWLVGCSSGASSTTASTGDIAKVAEVKSGFGPEYTVTDVTPRAIDPGFFSARKLPDGL + SFDPANCAQVAAGPQLPTGLQGNMAAVSAEGNGNRFVVIAVETSQPLPAPSPGKDCSK + VTFSGTQLRGGIEVVDVPHIDGTQTLGVHRVLQAVVGGSARTGELYDYSARFGDYQVI + VIANPLVIPGRPVARVDTQRARDLLVQAVAAVRG" + gene complement(1117010..1117627) + /locus_tag="BQ2027_MB1027C" + CDS complement(1117010..1117627) + /locus_tag="BQ2027_MB1027C" + /note="Mb1027c, -, len: 205 aa. Equivalent to Rv1000c, + len: 205 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 205 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to ML0190|NP_301263.1|NC_002677 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium leprae + (205 aa). Also highly similar to + SC5F8.12c|CAB93740.1|AL357613 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (210 aa), FASTA scores: E(): + 2.1e-45, (56.8% identity); + 9106290|AAF84108.1|AE003963_5|NP_298588.1|NC_002488 + protein described as DNA repair system specific for + alkylated DNA from Xylella fastidiosa (200 aa), FASTA + scores: E(): 3.4e-14, (38.55% identity); and similar in + C-terminus to other hypothetical proteins. Note that + replaces original Rv1000 predicted on other strand. + Mb1027c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Alkylated DNA repair protein AlkB" + /protein_id="SIT99627.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX27" + /db_xref="InterPro:IPR005123" + /db_xref="InterPro:IPR027450" + /db_xref="InterPro:IPR032854" + /db_xref="InterPro:IPR037151" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX27" + /translation="MCDKLGGVAIAVQGALFEHNERRQLGDGAFIDIRSGWLTGGEEL + LDALLSTVPWRAERRQMYDRVVDVPRLVSFHDLTIEDPPHPQLARMRRRLNDIYGGEL + GEPFTTAGLCYYRDGSDSVAWHGDTIGRGSTEDTMVAIVSLGATRVFALRPRGRGPSL + RLPLAHGDLLVMGGSCQRTFEHAVPKTSAPTGPRVSIQFRPRDVR" + gene 1117664..1118872 + /gene="arcA" + /locus_tag="BQ2027_MB1028" + CDS 1117664..1118872 + /gene="arcA" + /locus_tag="BQ2027_MB1028" + /note="Mb1028, arcA, len: 402 aa. Equivalent to Rv1001, + len: 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 402 aa overlap). Probable arcA, arginine + deiminase (EC 3.5.3.6), similar to e.g. ARCA_PSEAE|P13981 + arginine deiminase (417 aa), fasta scores: opt: 581, E(): + 1.4e-31, (39.4% identity in 411 aa overlap); also similar + to SAGP_STRPY|P16962 streptococcal acid glycoprotein (410 + aa), FASTA scores, opt: 823, E():0, (38.3% identity in 402 + aa overlap). BELONGS TO THE ARGININE DEIMINASE FAMILY. + Protein product from Mb1028 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1028 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARGININE DEIMINASE ARCA (ADI) (AD) + (ARGININE DIHYDROLASE)" + /protein_id="SIT99628.1" + /db_xref="GOA:P63552" + /db_xref="InterPro:IPR003876" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63552" + /translation="MGVELGSNSEVGALRVVILHRPGAELRRLTPRNTDQLLFDGLPW + VSRAQDEHDEFAELLASRGAEVLLLSDLLTEALHHSGAARMQGIAAAVDAPRLGLPLA + QELSAYLRSLDPGRLAHVLTAGMTFNELPSDTRTDVSLVLRMHHGGDFVIEPLPNLVF + TRDSSIWIGPRVVIPSLALRARVREASLTDLIYAHHPRFTGVRRAYESRTAPVEGGDV + LLLAPGVVAVGVGERTTPAGAEALARSLFDDDLAHTVLAVPIAQQRAQMHLDTVCTMV + DTDTMVMYANVVDTLEAFTIQRTPDGVTIGDAAPFAEAAAKAMGIDKLRVIHTGMDPV + VAEREQWDDGNNTLALAPGVVVAYERNVQTNARLQDAGIEVLTIAGSELGTGRGGPRC + MSCPAARDPL" + gene complement(1118907..1120418) + /locus_tag="BQ2027_MB1029C" + CDS complement(1118907..1120418) + /locus_tag="BQ2027_MB1029C" + /note="Mb1029c, -, len: 503 aa. Equivalent to Rv1002c, + len: 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 503 aa overlap). Conserved membrane + protein. Similar to AL132674|SCE87.05 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (591 aa), FASTA scores: opt: + 666, E(): 0, (39.0% identity in 546 aa overlap); weakly + similar to TSCC_PSEAM|P55019 thiazide-sensitive + sodium-chloride cotransporter from Pseudopleuronectes + americanus (1023 aa), FASTA scores: opt: 44, E(): 4.2e-06, + (22.4% identity in 326 aa overlap). Protein product from + Mb1029c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1029c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99629.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX38" + /db_xref="InterPro:IPR003342" + /db_xref="InterPro:IPR027005" + /db_xref="InterPro:IPR032421" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX38" + /translation="MVPVVSPGPLVPVADFGPLDRLRGWIVTGLITLLATVTRFLNLG + SLTDAGTPIFDEKHYAPQAWQVLNNHGVEDNPGYGLVVHPPVGKQLIAIGEAIFGYNG + FGWRFTGALLGVLLVALVVRIVRRISRSTLVGAIAGVLLICDGVSFVTARTALLDGFL + TFFVVAAFGALIVDRDQVRERMHIALLAGRSAATVWGPRVGVRWWRFGAGVLLGLACA + TKWSGVYFVLFFGAMALAFDVAARRQYQVQRPWLGTVRRDVLPSGYALGLIPFAVYLA + TYAPWFASETAIDRHAVGQAVGRNSVVPLPDAVRSLWHYTAKAFHFHAGLTNSAGNYH + PWESKPWTWPMSLRPVLYAIDQQDVAGCGAQSCVKAEMLVGTPAMWWLAVPVLAYAGW + RMFVRRDWRYAVVLVGYCAGWLPWFADIDRQMYFFYAATMAPFLVMGISLVLGDILYH + PGQGSERRTLGLIVVCCYVALVVTNFAWLYPVLTGLPISQQTWNLEIWLPSWR" + gene 1120501..1121358 + /gene="rsmI" + /locus_tag="BQ2027_MB1030" + CDS 1120501..1121358 + /gene="rsmI" + /locus_tag="BQ2027_MB1030" + /EC_number="2.1.1.198" + /note="Mb1030, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv1003, len: + 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 285 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others e.g. AL132674|SCE87.04 + Streptomyces coelicolor (286 aa), FASTA scores: opt: 877, + E(): 0, (53.2% identity in 280 aa overlap); and + YRAL_ECOLI|P45528 hypothetical 31.3 kd protein (286 aa), + FASTA scores: opt: 561, E(): 4.4e-27, (36.9% identity in + 279 aa overlap). Protein product from Mb1030 detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase + (EC" + /protein_id="SIT99630.1" + /db_xref="GOA:P0A641" + /db_xref="InterPro:IPR000878" + /db_xref="InterPro:IPR008189" + /db_xref="InterPro:IPR014776" + /db_xref="InterPro:IPR014777" + /db_xref="InterPro:IPR018063" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A641" + /translation="MSSGRLLLGATPLGQPSDASPRLAAALATADVVAAEDTRRVRKL + AKALDIRIGGRVVSLFDRVEALRVTALLDAINNGATVLVVSDAGTPVISDPGYRLVAA + CIDAGVSVTCLPGPSAVTTALVMSGLPAEKFCFEGFAPRKGAARRAWLAELAEERRTC + VFFESPRRLAACLNDAVEQLGGARPAAICRELTKVHEEVVRGSLDELAIWAAGGVLGE + ITVVVAGAAPHAELSSLIAQVEEFVAAGIRVKDACSEVAAAHPGVRTRQLYDAVLQSR + RETGGPAQP" + gene complement(1121368..1122627) + /locus_tag="BQ2027_MB1031C" + CDS complement(1121368..1122627) + /locus_tag="BQ2027_MB1031C" + /note="Mb1031c, -, len: 419 aa. Equivalent to Rv1004c, + len: 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 419 aa overlap). Probable membrane + protein. Contains repetitive sequences, which have + similarities with elastin, and possible N-terminal signal + sequence. Mb1031c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99631.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX29" + /translation="MSISCRVREGFVMRLAIVGTAAAAAIGGTLAVAPLTLSTPERVA + GGTCSAGQQCDRLAAVLMPDTATPSGPAAAEHAVPAPFEPVADTIAPGLVPRPGVPAA + AAVPRVGPPAVPGLPNIPGAAGPALPPPPALPNLAAPSVPGVGIPGIGIPGIGIPGIG + IPGVPDPITGVNTAAAVVNGVLGVGGTAAGVVTASAVAVTYLVLAVNALESSGILPTA + RGTASTVASLLLPGAQSAAAALPAVGLPALPGVTPASLLAMAAAAGLPGVGFPSLPGV + SPTDLMAMAAAAGLPTSLPGLAGMSPAELTALVAGGLPMLAAAGLPAGLAGVDPATLA + AALPALAAGGLPPGLPALPGVDPAALAAALPALAAGLPALPAGLPPLPAVPALPAPPP + LPGPPPLPALPSRLCTPGFGPIGVCIP" + gene complement(1122701..1124137) + /gene="pabB" + /locus_tag="BQ2027_MB1032C" + CDS complement(1122701..1124137) + /gene="pabB" + /locus_tag="BQ2027_MB1032C" + /note="Mb1032c, pabB, len: 478 aa. Similar to Rv1005c, + len: 458 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 458 aa overlap). Probable PabD, + para-aminobenzoate synthase component I (EC 4.1.3.-). + Similar to PABB_ECOLI|P05041 para-aminobenzoate synthase + component I from Escherichia coli (453 aa), FASTA scores: + opt: 589, E(): 1.8e-27, (40.7% identity in 268 aa + overlap). Similar to Mycobacterium tuberculosis Rv1609, + Rv3215, Rv2386c. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base transition (g-a) leads + to a longer product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (478 aa versus 458 + aa). Mb1032c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable para-aminobenzoate synthase component I + PABD" + /protein_id="SIT99632.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ71" + /db_xref="InterPro:IPR005801" + /db_xref="InterPro:IPR005802" + /db_xref="InterPro:IPR015890" + /db_xref="InterPro:IPR019999" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ71" + /translation="MALAARTATPPGTETGAGHGSNLAWELSTRTKSPRSHLRCENPQ + FCQARTVRIDRLGDLGGAPAVLRAVGRATSRLDLPPPAALTGEWFGALAVIAPSVSIQ + PVSGDDVFSGPPGTGGPDATGAVGGGWVGYLSYPDAGADGRPHRIPEAAGGWTDCVLR + RDRDGQWWYESLSGAPIADWLASALATTRASVARPAPACRIDWEPADRAAHRDGVLAC + LEAIGAGEVYQACVCTQFAGTVTGSPLDFFIDGFGRTAPSRSAFVAGPWGAVASLSPE + LFLRRRGSVVTSSPIKGTLPLDAPPSALRASAKEVAENIMIVDLVRNDLGRVAVTGTV + TVPELLVVRPAPGVWHLVSTVSARVPLEEPMSALLDAAFPPASVTGTPKLRARQLISQ + WERYRRGIYCGTVGLASPVAGCELNVAIRTVEFDTAGNAVLGVGGGITADSDPDAEWA + ECLHKAAPIVGLPAATRTTPARLASKVR" + gene 1124193..1125896 + /locus_tag="BQ2027_MB1033" + CDS 1124193..1125896 + /locus_tag="BQ2027_MB1033" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1033, -, len: 567 aa. Equivalent to Rv1006, len: + 567 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 567 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1033 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1033 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99633.1" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY25" + /translation="MVLRSRKSTLGVVVCLALVLGGPLSGCSSSASHRGPLNAMGSPA + IPSTAQEIPNPLRGQYEDLMEPLFPQGNPAQQRYPPWPASYDASLRVSWRQLQPTDPR + TLPPDAPDDRKYDFSVIDNALTRLADRGMRLTLRVYAYSSCCKASYPDGTNIAIPDWE + RAIASTNTSYPGPATDPSTGVVQVVPNFNDSTYLNDFAQLLAALGRRYDGDERLSVFE + FSGYGDFSENHVAYLRDTLGAPGPGPDESVATLGYYSQFRDQNITTASIKQLIAANVS + AFPHTQLVTSPANPEIVRELFADEVTNKLAAPVGVRSDCLGVDAPLPAWAESSTSHYV + QTKDPVVAALRQRLATAPVITEWCELPTGSSPRAYYEKGLRDVIRYHVSMTSSVNFPD + QTATSPMDPALYLVWAQANAAAGYRYSVEAQPGSQALAGKVATISVTWTNYGAAAATE + KWVPGYRLVDSTGQVVRTLPAAVDLKTLVSDQRGDRSSDQPTPASVAETVRVDLSGLP + AGHYTLRAAIDWQQHKPNGSHVVNYPSMLLSRDGRDDSGFYPVATLDIPRDAQTAVNA + S" + gene complement(1125923..1127482) + /gene="metS" + /locus_tag="BQ2027_MB1034C" + CDS complement(1125923..1127482) + /gene="metS" + /locus_tag="BQ2027_MB1034C" + /note="Mb1034c, metS, len: 519 aa. Equivalent to Rv1007c, + len: 519 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 519 aa overlap). Probable metS (MetG), + methionyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.10), similar to many + e.g. SYM_BACSU|P37465 methionyl-tRNA synthetase from + Bacillus subtilus (664 aa), FASTA scores: opt: 1506, E(): + 0, (44.9% identity in 492 aa overlap); similar to other M. + tuberculosis tRNA synthases e.g. Rv2448c, Rv1536, Rv0041. + Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA synthetases + class-I signature. BELONGS TO CLASS-I AMINOACYL-TRNA + SYNTHETASE FAMILY. STRONG, TO CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE. + Protein product from Mb1034c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1034c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="methionyl-trna synthetase mets (metrs) + (methionine--trna ligase)" + /protein_id="SIT99634.1" + /db_xref="GOA:P59952" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR014758" + /db_xref="InterPro:IPR015413" + /db_xref="InterPro:IPR023457" + /db_xref="InterPro:IPR033911" + /db_xref="InterPro:IPR041872" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59952" + /translation="MKPYYVTTAIAYPNAAPHVGHAYEYIATDAIARFKRLDGYDVRF + LTGTDEHGLKVAQAAAAAGVPTAALARRNSDVFQRMQEALNISFDRFIRTTDADHHEA + SKELWRRMSAAGDIYLDNYSGWYSVRDERFFVESETQLVDGTRLTVETGTPVTWTEEQ + TYFFRLSAYTDKLLAHYHANPDFIAPETRRNEVISFVSGGLDDLSISRTSFDWGVQVP + EHPDHVMYVWVDALTNYLTGAGFPDTDSELFRRYWPADLHMIGKDIIRFHAVYWPAFL + MSAGIELPRRIFAHGFLHNRGEKMSKSVGNIVDPVALAEALGVDQVRYFLLREVPFGQ + DGSYSDEAIVTRINTDLANELGNLAQRSLSMVAKNLDGRVPNPGEFADADAALLATAD + GLLERVRGHFDAQAMHLALEAIWLMLGDANKYFSVQQPWVLRKSESEADQARFRTTLY + VTCEVVRIAALLIQPVMPESAGKILDLLGQAPNQRSFAAVGVRLTPGTALPPPTGVFP + RYQPPQPPEGK" + gene 1127568..1128362 + /gene="tatD" + /locus_tag="BQ2027_MB1035" + CDS 1127568..1128362 + /gene="tatD" + /locus_tag="BQ2027_MB1035" + /note="Mb1035, tatD, len: 264 aa. Equivalent to Rv1008, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 264 aa overlap). Probable tatD + (alternate gene name: yjjV), deoxyribonuclease (EC + 3.1.21.-), component of twin arginine translocation + protein export system (see citation below for more + information). Similar to many members of the YBL055C/YJJV + family e.g. YCFH_ECOLI|P37346 Putative deoxyribonuclease + ycfH (EC 3.1.21.-) (265 aa), fasta scores: opt: 487, E(): + 1.4e-24, (36.7% identity in 270 aa overlap). Also similar + to P37545|YABD_BACSU Putative deoxyribonuclease yabD (255 + aa), FASTA scores: opt: 599, E(): 7.7e-33, (40.1% identity + in 262 aa overlap). Contains PS01137 Hypothetical + YBL055c/yjjV family signature 1, and PS01091 Hypothetical + YBL055c/yjjV family signature 3. Protein product from + Mb1035 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable deoxyribonuclease TatD (YjjV protein)" + /protein_id="SIT99635.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF5" + /db_xref="InterPro:IPR001130" + /db_xref="InterPro:IPR015991" + /db_xref="InterPro:IPR018228" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF5" + /translation="MVDAHTHLDACGARDADTVRSLVERAAAAGVTAVVTVADDLESA + RWVTRAAEWDRRVYAAVALHPTRADALTDAARAELERLVAHPRVVAVGETGIDMYWPG + RLDGCAEPHVQREAFAWHIDLAKRTGKPLMIHNRQADRDVLDVLRAEGAPDTVILHCF + SSDAAMARTCVDAGWLLSLSGTVSFRNARELREAVPLMPVEQLLVETDAPYLTPHPHR + GLANEPYCLPYTVRALAELVNRRPEEVALITTSNARRAYGLGWMRQ" + gene 1128570..1129658 + /gene="rpfB" + /locus_tag="BQ2027_MB1036" + CDS 1128570..1129658 + /gene="rpfB" + /locus_tag="BQ2027_MB1036" + /note="Mb1036, rpfB, len: 362 aa. Equivalent to Rv1009, + len: 362 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 362 aa overlap). Probable rpfB, + resuscitation-promoting factor (see citation below), + similar to others from Mycobacterium tuberculosis: + Rv2450c|MTV008.06c|RPFE PROBABLE RESUSCITATION-PROMOTING + FACTOR (172 aa), FASTA scores: E(): 1.9e-19, (42.9% + identity in 147 aa overlap); Rv0867c|RPFA, Rv1884c|RPFC, + and Rv2389c|RPFD. Possible lipoprotein; contains PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Mb1036 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable resuscitation-promoting factor rpfB" + /protein_id="SIT99636.1" + /db_xref="InterPro:IPR007137" + /db_xref="InterPro:IPR010618" + /db_xref="InterPro:IPR011098" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX37" + /translation="MLRLVVGALLLVLAFAGGYAVAACKTVTLTVDGTAMRVTTMKSR + VIDIVEENGFSVDDRDDLYPAAGVQVHDADTIVLRRSRPLQISLDGHDAKQVWTTAST + VDEALAQLAMTDTAPAAASRASRVPLSGMALPVVSAKTVQLNDGGLVRTVHLPAPNVA + GLLSAAGVPLLQSDHVVPAATAPIVEGMQIQVTRNRIKKVTERLPLPPNARRVEDPEM + NMSREVVEDPGVPGTQDVTFAVAEVNGVETGRLPVANVVVTPAHEAVVRVGTKPGTEV + PPVIDESIWDAIAGCEAGGNWAINTGNGYYGGVQFDQGTWEANGGLRYAPRADLATRE + EQIAVAEVTRLRQGWGAWPVCAVRAGAR" + gene 1129631..1130584 + /gene="ksgA" + /locus_tag="BQ2027_MB1037" + CDS 1129631..1130584 + /gene="ksgA" + /locus_tag="BQ2027_MB1037" + /note="Mb1037, ksgA, len: 317 aa. Equivalent to Rv1010, + len: 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 317 aa overlap). Probable ksgA, + dimethyladenosine transferase (EC 2.1.1.-), similar to + many e.g. KSGA_BACSU|P37468 dimethyladenosine transferase + from Bacillus subtilus (292 aa), FASTA scores: opt: 524, + E(): 1.5e-28, (37.2% identity in 274 aa overlap); similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical protein Rv1988. + Contains PS01131 Ribosomal RNA adenine dimethylases + signature. Protein product from Mb1037 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1037 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE KSGA + (S-adenosylmethionine-6-N', N'-adenosyl(rRNA) + dimethyltransferase) (16S rRNA dimethylase) (High level + kasugamycin resistance protein ksgA) (Kasugamycin + dimethyltransferase)" + /protein_id="SIT99637.1" + /db_xref="GOA:P66661" + /db_xref="InterPro:IPR001737" + /db_xref="InterPro:IPR011530" + /db_xref="InterPro:IPR020596" + /db_xref="InterPro:IPR020598" + /db_xref="InterPro:IPR023165" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66661" + /translation="MCCTSGCALTIRLLGRTEIRRLAKELDFRPRKSLGQNFVHDANT + VRRVVAASGVSRSDLVLEVGPGLGSLTLALLDRGATVTAVEIDPLLASRLQQTVAEHS + HSEVHRLTVVNRDVLALRREDLAAAPTAVVANLPYNVAVPALLHLLVEFPSIRVVTVM + VQAEVAERLAAEPGSKEYGVPSVKLRFFGRVRRCGMVSPTVFWPIPRVYSGLVRIDRY + ETSPWPTDDAFRRRVFELVDIAFAQRRKTSRNAFVQWAGSGSESANRLLAASIDPARR + GETLSIDDFVRLLRRSGGSDEATSTGRDARAPDISGHASAS" + gene 1130670..1131590 + /gene="ispE" + /locus_tag="BQ2027_MB1038" + CDS 1130670..1131590 + /gene="ispE" + /locus_tag="BQ2027_MB1038" + /note="Mb1038, ispE, len: 306 aa. Equivalent to Rv1011, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 306 aa overlap). Probable ispE, + 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase (EC + 2.7.1.-), similar to others e.g. Q9K3R6|ISPE_STRCO + Streptomyces coelicolor (299 aa), FASTA scores: opt: 925, + E(): 2.7e-49, (54.5% identity in 297 overlap); etc. + BELONGS TO THE ISPE FAMILY. Protein product from Mb1038 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1038 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable + 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase ISPE + (CMK) (4-(cytidine-5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol + kinase)" + /protein_id="SIT99638.1" + /db_xref="GOA:P65179" + /db_xref="InterPro:IPR004424" + /db_xref="InterPro:IPR006204" + /db_xref="InterPro:IPR013750" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR036554" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65179" + /translation="MPTGSVTVRVPGKVNLYLAVGDRREDGYHELTTVFHAVSLVDEV + TVRNADVLSLELVGEGADQLPTDERNLAWQAAELMAEHVGRAPDVSIMIDKSIPVAGG + MAGGSADAAAVLVAMNSLWELNVPRRDLRMLAARLGSDVPFALHGGTALGTGRGEELA + TVLSRNTFHWVLAFADSGLLTSAVYNELDRLREVGDPPRLGEPGPVLAALAAGDPDQL + APLLGNEMQAAAVSLDPALARALRAGVEAGALAGIVSGSGPTCAFLCTSASSAIDVGA + QLSGAGVCRTVRVATGPVPGARVVSAPTEV" + gene 1131587..1131901 + /locus_tag="BQ2027_MB1040" + CDS 1131587..1131901 + /locus_tag="BQ2027_MB1040" + /note="Mb1040, -, len: 104 aa. Equivalent to the 3' end of + Rv1012, len: 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (98.4% identity in 63 aa overlap). Hypothetical + unknown protein. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1012 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-g) leads to a different NH2 + terminus. Mb1040 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99639.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX48" + /translation="MTEFLGACLGRPGVSARAEAGGSIGWRTSMPAVGPQASALAEVG + GAHQSQAQKPYHDATEPLGENLRYRPAHGDSCINGHRDNPSARESSQFTAGSTAKAVT + KL" + gene 1132105..1133739 + /gene="pks16" + /locus_tag="BQ2027_MB1041" + CDS 1132105..1133739 + /gene="pks16" + /locus_tag="BQ2027_MB1041" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1041, pks16, len: 544 aa. Equivalent to Rv1013, + len: 544 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 544 aa overlap). Putative pks16, + polyketide synthase, similar to many e.g. N-terminus of + Q50857|U24657 SAFRAMYCIN MX1 SYNTHETASE B (1770 aa), FASTA + scores: opt: 526, E(): 1.4e-25, (29.3% identity in 542 aa + overlap); etc. Contains PS00455 Putative AMP-binding + domain signature. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING + ENZYME FAMILY. Protein product from Mb1041 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1041 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE PKS16" + /protein_id="SIT99640.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX39" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR028154" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX39" + /translation="MSRFTEKMFHNARTATTGMVTGEPHMPVRHTWGEVHERARCIAG + GLAAAGVGLGDVVGVLAGFPVEIAPTAQALWMRGASLTMLHQPTPRTDLAVWAEDTMT + VIGMIEAKAVIVSEPFLVAIPILEQKGMQVLTVADLLASDPIGPIEVGEDDLALMQLT + SGSTGSPKAVQITHRNIYSNAEAMFVGAQYDVDKDVMVSWLPCFHDMGMVGFLTIPMF + FGAELVKVTPMDFLRDTLLWAKLIDKYQGTMTAAPNFAYALLAKRLRRQAKPGDFDLS + TLRFALSGAEPVEPADVEDLLDAGKPFGLRPSAILPAYGMAETTLAVSFSECNAGLVV + DEVDADLLAALRRAVPATKGNTRRLATLGPLLQDLEARIIDEQGDVMPARGVGVIELR + GESLTPGYLTMGGFIPAQDEHGWYDTGDLGYLTEEGHVVVCGRVKDVIIMAGRNIYPT + DIERAAGRVDGVRPGCAVAVRLDAGHSRESFAVAVESNAFEDPAEVRRIEHQVAHEVV + AEVDVRPRNVVVLGPGTIPKTPSGKLRRANSVTLVT" + gene complement(1133813..1134388) + /gene="pth" + /locus_tag="BQ2027_MB1042C" + CDS complement(1133813..1134388) + /gene="pth" + /locus_tag="BQ2027_MB1042C" + /note="Mb1042c, pth, len: 191 aa. Equivalent to Rv1014c, + len: 191 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 191 aa overlap). Probable pth, + peptidyl-tRNA hydrolase (EC 3.1.1.29), similar to + PTH_ECOLI|P23932 peptidy l-trna hydrolase from Escherichia + coli (194 aa), FASTA scores: opt: 472, E(): 2.3e-25, + (39.6% identity in 187 aa overlap). BELONGS TO THE PTH + FAMILY. Protein product from Mb1042c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1042c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE PTH" + /protein_id="SIT99641.1" + /db_xref="GOA:P65866" + /db_xref="InterPro:IPR001328" + /db_xref="InterPro:IPR018171" + /db_xref="InterPro:IPR036416" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65866" + /translation="MAEPLLVVGLGNPGANYARTRHNLGFVVADLLAARLGAKFKAHK + RSGAEVATGRSAGRSLVLAKPRCYMNESGRQIGPLAKFYSVAPANIIVIHDDLDLEFG + RIRLKIGGGEGGHNGLRSVVAALGTKDFQRVRIGIGRPPGRKDPAAFVLENFTPAERA + EVPTICEQAADATELLIEQGMEPAQNRVHAW" + gene complement(1134401..1135048) + /gene="rplY" + /locus_tag="BQ2027_MB1043C" + CDS complement(1134401..1135048) + /gene="rplY" + /locus_tag="BQ2027_MB1043C" + /note="Mb1043c, rplY, len: 215 aa. Equivalent to Rv1015c, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 215 aa overlap). Probable rplY, 50s + ribosomal protein L25, similar to RL25_ECOLI|P02426 50s + ribosomal protein L25 from Escherichia coli (94 aa), FASTA + scores: opt: 182, E(): 2.5e-05, (38.4% identity in 86 aa + overlap) and to CTC_BACSU|P14194 general stress protein + from Bacillus subtilis (203 aa), FASTA scores: opt: 260, + E(): 1.4e-09, (28.4% identity in 201 aa overlap). BELONGS + TO THE L25P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb1043c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1043c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l25 rply" + /protein_id="SIT99642.1" + /db_xref="GOA:P66122" + /db_xref="InterPro:IPR001021" + /db_xref="InterPro:IPR011035" + /db_xref="InterPro:IPR020056" + /db_xref="InterPro:IPR020057" + /db_xref="InterPro:IPR029751" + /db_xref="InterPro:IPR037121" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66122" + /translation="MAKSASNQLRVTVRTETGKGASRRARRAGKIPAVLYGHGAEPQH + LELPGHDYAAVLRHSGTNAVLTLDIAGKEQLALTKALHIHPIRRTIQHADLLVVRRGE + KVVVEVSVVVEGQAGPDTLVTQETNSIEIEAEALSIPEQLTVSIEGAEPGTQLTAGQI + ALPAGVSLISDPDLLVVNVVKAPTAEELEGEVAGAEEAEEAAVEAGEAEAAGESE" + gene complement(1135182..1135940) + /gene="lpqT" + /locus_tag="BQ2027_MB1044C" + CDS complement(1135182..1135940) + /gene="lpqT" + /locus_tag="BQ2027_MB1044C" + /note="Mb1044c, lpqT, len: 252 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1016c, len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.9% identity in 190 aa overlap). Probable + lpqT, conserved lipoprotein. Similar to several M. + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv0040c|Y0H3_MYCTU|P71697 Proline rich 28 kDA antigen (310 + aa), FASTA scores: opt: 329, E(): 2e-17, (32.3% identity + in 229 aa overlap); Rv0583c. Contains PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a 5 bp deletion (cacgc-*) leads to a + longer product with a different COOH part compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Protein product from Mb1044c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1044c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved lipoprotein lpqt" + /protein_id="SIT99643.1" + /db_xref="GOA:Q7U0V0" + /db_xref="InterPro:IPR019674" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0V0" + /translation="MAGRRCPQDSVRPLAVAVAVATLAMSAVACGPKSPDFQSILSTS + PTTSAVSTTTEVPVPLWKYLESVGVTGEPVAPSSLTDLTVSIPTPPGWAPMKNPNITP + NTEMIAKGESYPTAMLMVFKLHRDFDIAEALKHGTADARLSTNFTELDSSTADFNGFP + SSMIQGSYDLHGRRLHTWNRIVFPTGAGQAALPGAAHHHESGQRGRQARFRHRGDHRR + IRRRGKVIVRTVGAQLSEQLTRIEFPQCSSHGLA" + gene complement(1135976..1136956) + /gene="prsA" + /locus_tag="BQ2027_MB1045C" + CDS complement(1135976..1136956) + /gene="prsA" + /locus_tag="BQ2027_MB1045C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1045c, prsA, len: 326 aa. Equivalent to Rv1017c, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 326 aa overlap). Probable prsA, + ribose-phosphate pyrophosphokinase (EC 2.7.6.1), highly + similar to others e.g. KPRS_ECOLI|P08330 ribose-phosphate + pyrophosphokinase from Escherichia coli (314 aa), FASTA + scores: opt: 826, E(): 0, (43.8% identity in 317 aa + overlap). Contains PS00103 Purine/pyrimidine + phosphoribosyl transferases signature; contains PS00144 + Asparaginase / glutaminase active site signature 1. + BELONGS TO THE RIBOSE-PHOSPHATE PYROPHOSPHOKINASE FAMILY. + COFACTOR: BOTH INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM ION ARE + REQUIRED FOR ENZYME STABILITY AND ACTIVITY (by + similarity). Protein product from Mb1045c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1045c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBOSE-PHOSPHATE PYROPHOSPHOKINASE PRSA + (Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase) (PRPP + synthetase)" + /protein_id="SIT99644.1" + /db_xref="GOA:P65233" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR000842" + /db_xref="InterPro:IPR005946" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="InterPro:IPR029099" + /db_xref="InterPro:IPR037515" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65233" + /translation="MSHDWTDNRKNLMLFAGRAHPELAEQVAKELDVHVTSQDAREFA + NGEIFVRFHESVRGCDAFVLQSCPAPVNRWLMEQLIMIDALKRGSAKRITAVMPFYPY + ARQDKKHRGREPISARLIADLLKTAGADRIVTVDLHTDQIQGFFDGPVDHMRGQNLLT + GYIRDNYPDGNMVVVSPDSGRVRIAEKWADALGGVPLAFIHKTRDPRVPNQVVSNRVV + GDVAGRTCVLIDDMIDTGGTIAGAVALLHNDGAGDVIIAATHGVLSDPAAQRLASCGA + REVIVTNTLPIGEDKRFPQLTVLSIAPLLASTIRAVFENGSVTGLFDGDA" + gene complement(1137048..1138535) + /gene="glmU" + /locus_tag="BQ2027_MB1046C" + CDS complement(1137048..1138535) + /gene="glmU" + /locus_tag="BQ2027_MB1046C" + /note="Mb1046c, glmU, len: 495 aa. Equivalent to Rv1018c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 495 aa overlap). Probable glmU, + UDP-n-acetylglucosamine pyrophosphorylase (EC 2.7.7.23), + similar to GCAD_BACSU|P14192 UDP-n-acetylglucosamine + pyrophosphorylase (456 aa), FASTA scores: opt: 1150, E(): + 0, (40.0% identity in 453 aa overlap). Similar to various + Mycobacterium tuberculosis sugar-phosphate transferases + e.g. Rv0334, Rv1213, Rv3264c, etc. Protein product from + Mb1046c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1046c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable UDP-N-acetylglucosamine + pyrophosphorylase glmU" + /protein_id="SIT99645.1" + /db_xref="GOA:Q7VF00" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR005882" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="InterPro:IPR025877" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="InterPro:IPR038009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VF00" + /translation="MTFPGDTAVLVLAAGPGTRMRSDTPKVLHTLAGRSMLSHVLHAI + AKLAPQRLIVVLGHDHQRIAPLVGELADTLGRTIDVALQDRPLGTGHAVLCGLSALPD + DYAGNVVVTSGDTPLLDADTLADLIATHRAVSAAVTVLTTTLDDPFGYGRILRTQDHG + VMAIVEQTDATPSQREIREVNAGVYAFDIAALRSALSRLSSNNAQQELYLTDVIAILR + SDGQTVHASHVDDSALVAGVNNRVQLAQLASELNRRVVAAHQLAGVTVVDPATTWIDV + DVTIGRDTVIHPGTQLLGRTQIGGRCVVGPDTTLTDVAVGDGASVVRTHGSSSSIGDG + AAVGPFTYLRPGTALGADGKLGAFVEVKNSTIGTGTKVPHLTYVGDADIGEYSNIGAS + SVFVNYDGTSKRRTTVGSHVRTGSDTMFVAPVTIGDGAYTGAGTVVREDVPPGALAVS + AGPQRNIENWVQRKRPGSPAAQASKRASEMACQQPTQPPDADQTP" + gene complement(1138517..1138588) + /locus_tag="BQ2027_GLNT" + tRNA complement(1138517..1138588) + /locus_tag="BQ2027_GLNT" + /product="tRNA-Gln" + /note="glnT, len: 72 nt. Equivalent to glnT, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Gln, anticodon ttg." + gene 1138790..1139383 + /locus_tag="BQ2027_MB1047" + CDS 1138790..1139383 + /locus_tag="BQ2027_MB1047" + /note="Mb1047, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv1019, len: + 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 197 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, similar to many memebers of the + tetR family e.g. MTCY7D11.18c (34.4% identity in 189 aa + overlap). Helix turn helix motif from aa 27-48 (+5.42 SD). + Protein product from Mb1047 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1047 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIT99646.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX46" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX46" + /translation="MTGTERRHQLIGIARSLFAERGYDGTSIEEIAQRANVSKPVVYE + HFGGKEGLYAVVVDREMSALLDGITSSLTNNRSRVRVERVALALLTYVEERTDGFRIM + IRDSPASISSGTYSSLLNDAVSQVSSILAGDFARRGLDPDLAPLYAQALVGSVSMTAQ + WWLDAREPKKEVVAAHLVNLVWNGLTHLEADPRLQDE" + gene 1139442..1143146 + /gene="mfd" + /locus_tag="BQ2027_MB1048" + CDS 1139442..1143146 + /gene="mfd" + /locus_tag="BQ2027_MB1048" + /note="Mb1048, mfd, len: 1234 aa. Equivalent to Rv1020, + len: 1234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100% identity in 1234 aa overlap). Probable mfd, + transcription-repair coupling factor, similar to many e.g. + MFD_ECOLI|P30958 transcription-repair coupling factor from + Escherichia coli (1148 aa), FASTA scores: opt: 1900, E(): + 0, (37.9% identity in 1107 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis Rv2973c and Rv1633. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). IN THE N-TERMINAL + SECTION; BELONGS TO THE UVRB FAMILY. IN THE C-TERMINAL + SECTION; BELONGS TO THE HELICASE FAMILY. RECG SUBFAMILY. + Protein product from Mb1048 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1048 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTION-REPAIR COUPLING FACTOR + MFD (TRCF)" + /protein_id="SIT99647.1" + /db_xref="GOA:P64327" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR003711" + /db_xref="InterPro:IPR004576" + /db_xref="InterPro:IPR005118" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036101" + /db_xref="InterPro:IPR037235" + /db_xref="InterPro:IPR041471" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64327" + /translation="MTAPGPACSDTPIAGLVELALSAPTFQQLMQRAGGRPDELTLIA + PASARLLVASALARQGPLLVVTATGREADDLAAELRGVFGDAVALLPSWETLPHERLS + PGVDTVGTRLMALRRLAHPDDAQLGPPLGVVVTSVRSLLQPMTPQLGMMEPLTLTVGD + ESPFDGVVARLVELAYTRVDMVGRRGEFAVRGGILDIFAPTAEHPVRVEFWGDEITEM + RMFSVADQRSIPEIDIHTLVAFACRELLLSEDVRARAAQLAARHPAAESTVTGSASDM + LAKLAEGIAVDGMEAVLPVLWSDGHALLTDQLPDGTPVLVCDPEKVRTRAADLIRTGR + EFLEASWSVAALGTAENQAPVDVEQLGGSGFVELDQVRAAAARTGHPWWTLSQLSDES + AIELDVRAAPSARGHQRDIDEIFAMLRAHIATGGYAALVAPGTGTAHRVVERLSESDT + PAGMLDPGQAPKPGVVGVLQGPLRDGVIIPGANLVVITETDLTGSRVSAAEGKRLAAK + RRNIVDPLALTAGDLVVHDQHGIGRFVEMVERTVGGARREYLVLEYASAKRGGGAKNT + DKLYVPMDSLDQLSRYVGGQAPALSRLGGSDWANTKTKARRAVREIAGELVSLYAKRQ + ASPGHAFSPDTPWQAELEDAFGFTETVDQLTAIEEVKADMEKPIPMDRVICGDVGYGK + TEIAVRAAFKAVQDGKQVAVLVPTTLLADQHLQTFGERMSGFPVTIKGLSRFTDAAES + RAVIDGLADGSVDIVIGTHRLLQTGVRWKDLGLVVVDEEQRFGVEHKEHIKSLRTHVD + VLTMSATPIPRTLEMSLAGIREMSTILTPPEERYPVLTYVGPHDDKQIAAALRRELLR + DGQAFYVHNRVSSIDAAAARVRELVPEARVVVAHGQMPEDLLETTVQRFWNREHDILV + CTTIVETGLDISNANTLIVERADTFGLSQLHQLRGRVGRSRERGYAYFLYPPQVPLTE + TAYDRLATIAQNNELGAGMAVALKDLEIRGAGNVLGIEQSGHVAGVGFDLYVRLVGEA + LETYRDAYRAAADGQTVRTAEEPKDVRIDLPVDAHLPPDYIASDRLRLEGYRRLAAAS + SDREVAAVVDELTDRYGALPEPARRLAAVARLRLLCRGSGITDVTAASAATVRLSPLT + LPDSAQVRLKRMYPGAHYRATTATVQVPIPRAGGLGAPRIRDVELVQMVADLITALAG + KPRQHIGITNPSPPGEDGRGRNTTIKERQP" + gene 1143146..1144123 + /gene="mazG" + /locus_tag="BQ2027_MB1049" + CDS 1143146..1144123 + /gene="mazG" + /locus_tag="BQ2027_MB1049" + /EC_number="3.6.1.8" + /note="Mb1049, -, len: 325 aa. Equivalent to Rv1021, len: + 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 325 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to YBL1_STRCI|P33653 hypothetical 26.1 kd + protein from Streptomyces cacaoi (242 aa), FASTA scores: + opt: 493, E(): 1.1e-23, (42.9% identity in 238 aa + overlap). Protein product from Mb1049 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1049 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase + MazG (EC" + /protein_id="SIT99648.1" + /db_xref="InterPro:IPR004518" + /db_xref="InterPro:IPR011551" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX33" + /translation="MIVVLVDPRRPTLVPVEAIEFLRGEVQYTEEMPVAVPWSLPAAR + SAHAGNDAPVLLSSDPNHPAVITRLAAGARLISAPDSQRGERLVDAVAMMDKLRTAGP + WESEQTHDSLRRYLLEETYELLDAVRSGSVDQLREELGDLLLQVLFHARIAEDASQSP + FTIDDVADTLMRKLGNRAPGVLAGESISLEDQLAQWEAAKASEKARKSVADDVHTGQP + ALALAQKVIQRAQKAGLPAHLIPDEITSVSVSADVDAENTLRTAVLDFIDRLRCAERA + IAVARRGSNVAEQLDVTPLGVITEQEWLAHWPTAVNDSRGGSKKRKGMR" + gene 1144211..1144942 + /gene="lpqU" + /locus_tag="BQ2027_MB1050" + CDS 1144211..1144942 + /gene="lpqU" + /locus_tag="BQ2027_MB1050" + /note="Mb1050, lpqU, len: 243 aa. Equivalent to Rv1022, + len: 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 243 aa overlap). Probable lpqU + conserved lipoprotein. Similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical protein Rv1230c|MTV006.02C, + FASTA scores: E(): 2.8e-18, (37.9% identity in 240 aa + overlap). Similar to AL133423|SC4A7.37 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (421 aa), FASTA + scores: opt: 474, E(): 2.7e-21, (42.2% identity in 211 aa + overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb1050 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1050 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved lipoprotein lpqu" + /protein_id="SIT99649.1" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="InterPro:IPR031304" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX58" + /translation="MSPRRWLRAVAVIGATAMLLASSCTWQLSLFIPDGVPPPPGDPV + PPVDTHAGGRPADQLREWAEKRAAALGIPVIALEAYAYAARVAEVENPKCHLAWTTLA + GIGRVESHHGTYRGATIAPNGDVSPPIRGVRLDGTGGTLRIVDRDGGGLDGDAAVERA + MGPMQFISETWRLYGVAARNDGIANVDNIDDAALSAAGYLCWRGKDLATPRGWITALR + AYNNSVIYARAVRDWATAYAAGHPL" + gene 1145039..1146328 + /gene="eno" + /locus_tag="BQ2027_MB1051" + CDS 1145039..1146328 + /gene="eno" + /locus_tag="BQ2027_MB1051" + /note="Mb1051, eno, len: 429 aa. Equivalent to Rv1023, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 429 aa overlap). Probable eno, enolase + (EC 4.2.1.11), highly similar to others e.g. + ENO_ECOLI|P08324 enolase from Escherichia coli (431 aa), + FASTA scores: opt: 1487, E(): 0, (55.5% identity in 422 aa + overlap); etc. MAGNESIUM IS REQUIRED FOR CATALYSIS AND FOR + STABILIZING THE DIMER. BELONGS TO THE ENOLASE FAMILY. + Protein product from Mb1051 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1051 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOLASE ENO" + /protein_id="SIT99650.1" + /db_xref="GOA:Q7U0U6" + /db_xref="InterPro:IPR000941" + /db_xref="InterPro:IPR020809" + /db_xref="InterPro:IPR020810" + /db_xref="InterPro:IPR020811" + /db_xref="InterPro:IPR029017" + /db_xref="InterPro:IPR036849" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0U6" + /translation="MPIIEQVGAREILDSRGNPTVEVEVALIDGTFARAAVPSGASTG + EHEAVELRDGGDRYGGKGVQKAVQAVLDEIGPAVIGLNADDQRLVDQALVDLDGTPDK + SRLGGNAILGVSLAVAKAAADSAELPLFRYVGGPNAHILPVPMMNILNGGAHADTAVD + IQEFMVAPIGAPSFVEALRWGAEVYHALKSVLKKEGLSTGLGDEGGFAPDVAGTTAAL + DLISRAIESAGLRPGADVALALDAAATEFFTDGTGYVFEGTTRTADQMTEFYAGLLGA + YPLVSIEDPLSEDDWDGWAALTASIGDRVQIVGDDIFVTNPERLEEGIERGVANALLV + KVNQIGTLTETLDAVTLAHHGGYRTMISHRSGETEDTMIADLAVAIGSGQIKTGAPAR + SERVAKYNQLLRIEEALGDAARYAGDLAFPRFACETK" + gene 1146333..1147019 + /locus_tag="BQ2027_MB1052" + CDS 1146333..1147019 + /locus_tag="BQ2027_MB1052" + /note="Mb1052, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv1024, len: + 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 228 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, hydrophobic region from aa 83-101. Protein + product from Mb1052 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1052 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible conserved membrane protein" + /protein_id="SIT99651.1" + /db_xref="InterPro:IPR007060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX51" + /translation="MPEAKRPESKRRSPASRPGKAGDSVRGGRATKPSAKPSTPAPHA + SRKTTRTPHEHIVEPIKRAITESVEKRSEQRLGFTARRAAILAAVVCVLTLTIARPVR + TYFAQRAEMEQLAATEAMLRRQIADLEEQQVKLADPAYIAAQARERLGFVMPGDIPFQ + VQLPSTPLAPPQPGSDAATATNNEPWYTALWHTIADDPHLPPAAPPAPEPGRPGPLPP + ASPNPEQPGG" + gene 1147036..1147503 + /locus_tag="BQ2027_MB1053" + CDS 1147036..1147503 + /locus_tag="BQ2027_MB1053" + /note="Mb1053, -, len: 155 aa. Equivalent to Rv1025, len: + 155 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 155 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AE001768|AE001768_4 hypothetical + protein from Thermotoga maritima (170 aa), FASTA scores: + opt: 254, E(): 9.5e-10, (35.7% identity in 143 aa + overlap). Protein product from Mb1053 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1053 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG004853: possible toxin to DivIC" + /protein_id="SIT99652.1" + /db_xref="InterPro:IPR007511" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ94" + /translation="MVTRQLGRAPRGVLAIAYRCPNGEPGVVKTAPRLPDGTPFPTLY + YLTHPVLTAAASRLETTGLMREMNRRLGQDAELAAAYRRAHESYLSERDALEPLGTTV + SAGGMPDRVKCLHVLIAHSLAKGPGLNPFGDEALALLAAEPRTAATLVAGQWR" + gene 1147494..1148453 + /gene="ppx2" + /locus_tag="BQ2027_MB1054" + CDS 1147494..1148453 + /gene="ppx2" + /locus_tag="BQ2027_MB1054" + /EC_number="3.6.1.11" + /note="Mb1054, -, len: 319 aa. Equivalent to Rv1026, len: + 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 319 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to AL023514|MLCB4.02 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (317 aa) (77.9% identity + in 321 aa overlap). Similar to GPPA_ECOLI|P25552 + guanosine-5'-triphosphate, 3'-diphosphate pyrophoshatase + from Escherichia coli (494 aa), FASTA scores: opt: 281, + E(): 3.2e-11, (30.6% identity in 291 aa overlap). Protein + product from Mb1054 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1054 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Exopolyphosphatase (EC" + /protein_id="SIT99653.1" + /db_xref="InterPro:IPR003695" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY40" + /translation="MALTRVAAIDCGTNSIRLLIADVGAGLARGELHDVHRETRIVRL + GQGVDATGRFAPEAIARTRTALTDYAELLTFHHAERVRMVATSAARDVVNRDVFFAMT + ADVLGAALPGSAAEVITGAEEAELSFRGAVGELGSAGAPFVVVDLGGGSTEIVLGEHE + VVASYSADIGCVRLTERCLHSDPPTLQEVSTARRLVRERLEPALRTVPLELARTWVGL + AGTMTTLSALAQSMTAYDAAAIHLSRVPGADLLEVCQRLIGMTRKQRAALAPMHPGRA + DVIGGGAIVVEELARELRERAGIDQLTVSEHDILDGIALSLAG" + gene complement(1148902..1149582) + /gene="kdpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1055C" + CDS complement(1148902..1149582) + /gene="kdpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1055C" + /note="Mb1055c, kdpE, len: 226 aa. Equivalent to Rv1027c, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 226 aa overlap). Probable KdpE, + transcriptional regulatory protein, similar to others e.g. + KDPE_ECOLI|P21866 kdp operon transcriptional regulatory + protein from Escherichia coli strain K12 (225 aa), FASTA + scores: opt: 691, E(): 0, (47.8% identity in 224 aa + overlap); AL021530|SC2E9.13 from Streptomyces coelicolor + (227 aa), FASTA scores: opt: 981, E(): 0, (66.4% identity + in 226 aa overlap); etc. Protein product from Mb1055c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1055c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + KDPE" + /protein_id="SIT99654.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX67" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX67" + /translation="MTLVLVIDDEPQILRALRINLTVRGYQVITASTGAGALRAAAEH + PPDVVILDLGLPDMSGIDVLGGLRGWLTAPVIVLSARTDSSDKVQALDAGADDYVTKP + FGMDEFLARLRAAVRRNTAAAELEQPVIETDSFTVDLAGKKVIKDGAEVHLTPTEWGM + LEMLARNRGKLVGRGELLKEVWGPAYATETHYLRVYLAQLRRKLEDDPSHPKHLLTES + GMGYRFEA" + gene complement(1149579..1152161) + /gene="kdpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1056C" + CDS complement(1149579..1152161) + /gene="kdpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1056C" + /note="Mb1056c, kdpD, len: 860 aa. Equivalent to Rv1028c, + len: 860 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 860 aa overlap). Probable kdpD, sensor + protein (EC 2.7.3.-), similar to others e.g. + KDPD_ECOLI|P21865 sensor protein from Escherichia coli + strain K12 (894 aa), FASTA scores: opt: 1041, E(): 0, + (32.3% identity in 888 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb1056c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1056c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SENSOR PROTEIN KDPD" + /protein_id="SIT99655.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXH9" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR003852" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR025201" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="InterPro:IPR038318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH9" + /translation="MTLLFADLCAIFTPYRWMIEHVTTKRGQLRIYLGAAPGVGKTYA + MLGEAHRRLERGTDVVAAVVETHGRNKTAKLLEGIEMIPPRYVEYRGARFPELDVEAV + LRRHPQVVLVDELAHTNTPGSKNPKRWQDVQEILDAGITVISTVNIQHLEGLNDVVEQ + ITGIEQKEKIPDEIVRAADQVELVDITPEALRRRLAHGNVYAAERVDAALSNYFRTGN + LTALREIALLWLADQVDAALEKYRADKKITATWEARERVVVAVTGGPESETLVRRASR + IASKSSAELMVVHVIRGDDLAGVSAPQLGRVRELATSLGATMHTVVGDDVPTALLDFA + REMNATQLVVGTSRRSRWARLFDEGIGARTVQESGGIDVHMVTHPAASRASGWSRVSP + RERHIASWLAALVVPSVICAITVAWLDRFMGIGGESALFFIGVLIVALLGGVAPAALS + ALLSGMLLNYFLTEPRYTWTIAEPDAAVTEFVLLAMAVAVAVLVDGAASRTREARRAS + QEAELLALFAGSVLRGADLATLLQRVRETYSQRAVTMLRVRQGASTGETVACVGTNPC + RDVDSADTAIEVGDDEFWMLMAGRKLAARDRRVLTAVATQAAGLVKQRELAEEAGQAE + AIARADELRRSLLSAVSHDLRTPLAAAKVAVSSLRTEDVAFSPEDTAELLATIEESID + QLTALVANLLDSSRLAAGVIRPQLRRAYLEEAVQRALVSIGKGATGFYRSGIDRVKVD + VGDAVAMADAGLLERVLANLIDNALRYAPDCVVRVNAGRVRERVLINVIDEGPGVPRG + TEEQLFAPFQRPGDHDNTTGVGLGMSVARGFVEAMGGTISATDTPGGGLTVVIDLAAP + EDRP" + gene 1152395..1152487 + /gene="kdpF" + /locus_tag="BQ2027_MB1057" + CDS 1152395..1152487 + /gene="kdpF" + /locus_tag="BQ2027_MB1057" + /note="Mb1057, kdpF, len: 30 aa. Equivalent to Rv1028A, + len: 30 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 30 aa overlap). Probable kdpF, membrane + protein, showing similarity with P36937|KDPF_ECOLI|B0698.1 + PROTEIN KDPF from Escherichia coli strain K12 (see + citation below) (27% identity); and KdpF protein from + Streptomyces coelicolor (51% identity)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable membrane protein kdpF" + /protein_id="SIT99656.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX55" + /db_xref="InterPro:IPR011726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX55" + /translation="MTTVDNIVGLVIAVALMAFLFAALLFPEKF" + gene 1152487..1154202 + /gene="kdpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1058" + CDS 1152487..1154202 + /gene="kdpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1058" + /note="Mb1058, kdpA, len: 571 aa. Equivalent to Rv1029, + len: 571 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 571 aa overlap). Probable kdpA, + potassium-transporting ATPase A chain (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.12), similar to others e.g. + ATKA_ECOLI|P03959|KDPA|B0698 potassium-transporting ATPase + A chain from Escherichia coli strain K12 (557 aa), FASTA + scores: opt: 1763, E(): 0, (50.4% identity in 569 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE KDPA FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Potassium-transporting ATPase A chain + KDPA (Potassium-translocating ATPase A chain) (ATP + phosphohydrolase [potassium-transporting] A chain) + (Potassium binding and translocating subunit A)" + /protein_id="SIT99657.1" + /db_xref="GOA:P65210" + /db_xref="InterPro:IPR004623" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65210" + /translation="MSGTSWLQFAALIAVLLLTAPALGGYLAKIYGDEAKKPGDRVFG + PIERVIYQVCRVDPGSEQRWSTYALSVLAFSVMSFLLLYGIARFQGVLPFNPTDKPAV + TDHVAFNAAVSFMTNTNWQSYSGEATMSHFTQMTGLAVQNFVSASAGMCVLAALIRGL + ARKRASTLGNFWVDLARTVLRIMFPLSFVVAILLVSQGVIQNLHGFIVANTLEGAPQL + IPGGPVASQVAIKQLGTNGGGFFNVNSAHPFENYTPIGNFVENWAILIIPFALCFAFG + KMVHDRRQGWAVLAIMGIIWIGMSVAAMSFEAKGNPRLDALGVTQQTTVDQSGGNLEG + KEVRFGVGASGLWAASTTGTSNGSVNSMHDSYTPLGGMVPLAHMMLGEVSPGGTGVGL + NGLLVMAILAVFIAGLMVGRTPEYLGKKIQATEMKLVTLYILAMPIALLSFAAASVLI + SSALASRNNPGPHGLSEILYAYTSGANNNGSAFAGLTASTWSYDTTIGVAMLIGRFFL + IIPVLAIAGSLARKGTTPVTAATFPTHKPLFVGLVIGVVLIVGGLTFFPALALGPIVE + QLSTQ" + gene 1154199..1156328 + /gene="kdpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1059" + CDS 1154199..1156328 + /gene="kdpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1059" + /note="Mb1059, kdpB, len: 709 aa. Equivalent to Rv1030, + len: 709 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 709 aa overlap). Probable kdpB, + potassium-transporting P-type ATPase B chain + (transmembrane protein) (EC 3.6.3.12), similar to others + e.g. ATKB_ECOLI|P03960 potassium-transporting ATPase B + chain from Escherichia coli strain K12 (682 aa), FASTA + scores: opt: 1481, E(): 0, (63.4% identity in 686 aa + overlap); etc. Very similar to AL078610|SCH35.47 + H+/K+-exchanging ATPase (EC 3.6.1.36) chain B from + Streptomyces coelicolor (707 aa), FASTA scores: opt: 2731, + E(): 0, (71.6% identity in 676 aa overlap). Contains + PS00154 E1-E2 ATPases phosphorylation site. Protein + product from Mb1059 detected using shotgun mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Potassium-transporting P-type ATPase B + chain KDPB (Potassium-translocating ATPase B chain) (ATP + phosphohydrolase [potassium-transporting] B chain) + (Potassium binding and translocating subunit B)" + /protein_id="SIT99658.1" + /db_xref="GOA:P63682" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR006391" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63682" + /translation="MMIARMETSATAAAATSAPRLRLAKRSLFDPMIVRSALPQSLRK + LAPRVQARNPVMLVVLVGAVITTLAFLRDLASSTAQENVFNGLVAAFLWFTVLFANFA + EAMAEGRGKAQAAALRKVRSETMANRRTAAGNIESVPSSRLDLDDVVEVSAGETIPSD + GEIIEGIASVDESAITGESAPVIRESGGDRSAVTGGTVVLSDRIVVRITAKQGQTFID + RMIALVEGAARQQTPNEIALNILLAGLTIIFLLAVVTLQPFAIYSGGGQRVVVLVALL + VCLIPTTIGALLSAIGIAGMDRLVQHNVLATSGRAVEAAGDVNTLLLDKTGTITLGNR + QATEFVPINGVSAEAVADAAQLSSLADETPEGRSIVVLAKDEFGLRARDEGVMSHARF + VPFTAETRMSGVDLAEVSGIRRIRKGAAAAVMKWVRDHGGHPTEEVGAIVDGISSGGG + TPLVVAEWTDNSSARAIGVVHLKDIVKVGIRERFDEMRRMSIRTVMITGDNPATAKAI + AQEAGVDDFLAEATPEDKLALIKREQQGGRLVAMTGDGTNDAPALAQADVGVAMNTGT + QAAREAGNMVDLDSDPTKLIEVVEIGKQLLITRGALTTFSIANDVAKYFAIIPAMFVG + LYPVLDKLNVMALHSPRSAILSAVIFNALVIVALIPLALRGVRFRAESASAMLRRNLL + IYGLGGLVVPFIGIKLVDLVIVALGVS" + gene 1156328..1156897 + /gene="kdpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1060" + CDS 1156328..1156897 + /gene="kdpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1060" + /note="Mb1060, kdpC, len: 189 aa. Equivalent to Rv1031, + len: 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 189 aa overlap). Probable kdpC, + potassium-transporting ATPase C chain (membrane protein) + (EC 3.6.3.12), similar to others e.g. ATKC_ECOLI|P03961 + potassium-transporting ATPase C chain from Escherichia + coli strain K12 (190 aa), FASTA scores: opt: 475, E(): + 3.1e-24, (45.7% identity in 186 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE KDPC FAMILY. Mb1060 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Potassium-transporting ATPase C chain + KDPC (Potassium-translocating ATPase C chain) (ATP + phosphohydrolase [potassium-transporting] C chain) + (Potassium binding and translocating subunit C)" + /protein_id="SIT99659.1" + /db_xref="GOA:P65212" + /db_xref="InterPro:IPR003820" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65212" + /translation="MRRQLLPALTMLLVFTVITGIVYPLAVTGVGQLFFGDQANGALL + ERDGQVIGSAHIGQQFTAAKYFHPRPSSAGDGYDAAASSGSNLGPTNEKLLAAVAERV + TAYRKENNLPADTLVPVDAVTGSGSGLDPAISVVNAKLQAPRVAQARNISIRQVERLI + EDHTDARGLGFLGERAVNVLRLNLALDRL" + gene complement(1156901..1158430) + /gene="trcS" + /locus_tag="BQ2027_MB1061C" + CDS complement(1156901..1158430) + /gene="trcS" + /locus_tag="BQ2027_MB1061C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1061c, trcS, len: 509 aa. Equivalent to Rv1032c, + len: 509 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 509 aa overlap). trcS, two component + sensor histidine kinase protein (EC 2.7.3.-) (see + citations below), similar to YV16_MYCLE|P54883 probable + sensor-like histidine kinase from Mycobacterium leprae + (443 aa), FASTA scores: opt: 392, E(): 3.8e-18, (31.7% + identity in 334 aa overlap). Note that in vitro + autophosphorylation of TrcS requires the presence of + Mn2+or Ca2+as a divalent cation cofactor and subsequent + transphosphorylation of TrcR is evident in the presence of + TrcS-phosphate and Ca2+. Protein product from Mb1061c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1061c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE TRCS" + /protein_id="SIT99660.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX59" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX59" + /translation="MIPDRNTRSRKAPCWRPRSLRQQLLLGVLAVVTVVLVAVGVVSV + LSLSGYVTAMNDAELVESLHALNHSYTRYRDSAQTSTPTGNLPMSQAVLEFTGQTPGN + LIAVLHDGVVIGSAVFSEDGARPAPPDVIRAIEAQVWDGGPPRVESLGSLGAYQVDSS + AAGADRLFVGVSLSLANQIIARKKVTTVALVGAALVVTAALTVWVVGYALRPLRRVAA + TAAEVATMPLTDDDHQISVRVRPGDTDPDNEVGIVGHTLNRLLDNVDGALAHRVDSDL + RMRQFITDASHELRTPLAAIQGYAELTRQDSSDLPPTTEYALARIESEARRMTLLVDE + LLLLSRLSEGEDLETEDLDLTDLVINAVNDAAVAAPTHRWVKNLPDEPVWVNGDHARL + HQLVSNLLTNAWVHTQPGVTVTIGITCHRTGPNAPCVELSVTDDGPDIDPEILPHLFD + RFVRASKSRSNGSGHGLGLAIVSSIVKAHRGSVTAESGNGQTVFRVRLPMIEQQIATT + A" + gene complement(1158438..1159211) + /gene="trcR" + /locus_tag="BQ2027_MB1062C" + CDS complement(1158438..1159211) + /gene="trcR" + /locus_tag="BQ2027_MB1062C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1062c, trcR, len: 257 aa. Equivalent to Rv1033c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 257 aa overlap). trcR, two-component + regulatory protein (see citations below), similar to + Q50825 TWO COMPONENT RESPONSE REGULATOR from Mycobacterium + tuberculosis (234 aa), FASTA scores: opt: 628, E(): 0, + (46.0% identity in 226 aa overlap). Note that in vitro + autophosphorylation of TrcS requires the presence of + Mn2+or Ca2+as a divalent cation cofactor and subsequent + transphosphorylation of TrcR is evident in the presence of + TrcS-phosphate and Ca2+. Protein product from Mb1062c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1062c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TRCR" + /protein_id="SIT99661.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX60" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX60" + /translation="MTTMSGYTRSQRPRQAILGQLPRIHRADGSPIRVLLVDDEPALT + NLVKMALHYEGWDVEVAHDGQEAIAKFDKVGPDVLVLDIMLPDVDGLEILRRVRESDV + YTPTLFLTARDSVMDRVTGLTSGADDYMTKPFSLEELVARLRGLLRRSSHLERPADEA + LRVGDLTLDGASREVTRDGTPISLSSTEFELLRFLMRNPRRALSRTEILDRVWNYDFA + GRTSIVDLYISYLRKKIDSDREPMIHTVRGIGYMLRPPE" + gene complement(1159393..1159782) + /locus_tag="BQ2027_MB1063C" + CDS complement(1159393..1159782) + /locus_tag="BQ2027_MB1063C" + /note="Mb1063c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv1034c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 129 aa overlap). Probable IS1560 + transposase fragment, similar to part of + Rv3387|E1202305|MTV004.45 (225 aa) (65.1% identity in 129 + aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99662.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA0" + /db_xref="InterPro:IPR002559" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA0" + /translation="MQQGNPPDAPQLAPAVAWVKKRAGRTPRTVTADRGYGEAAVDQQ + LTEVGVKNVLIPRKGKPSQDRRAEEHRKAFRRTIKWRTGCEGRISHLKRGYGWDRGRI + GGLEGTRTWVGHGVFAHNLVTISALPA" + gene complement(1159396..1160908) + /locus_tag="BQ2027_IS1560'-1" + mobile_element complement(1159396..1160908) + /locus_tag="BQ2027_IS1560'-1" + /note="IS1560'-1, len: 1513 nt. Equivalent to IS1560, len: + 1513 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1513 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1560" + gene complement(1159850..1160536) + /locus_tag="BQ2027_MB1064C" + CDS complement(1159850..1160536) + /locus_tag="BQ2027_MB1064C" + /note="Mb1064c, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv1035c, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 228 aa overlap). Probable IS1560 + transposase fragment, similar to parts of + Rv3387|E1202305|MTV004.45 (225 aa) (47.8% identity in 67 + aa overlap) and Rv3386|E1202304|MTV004.44 (234 aa) (55.1% + identity in 127 aa overlap). Protein product from Mb1064c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1064c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99663.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY47" + /translation="MPHPTTLMKLTTRCGSAAIDGLNEALLAKAAEAKLLGTNRIRAD + TTVARANVSYPTDLGLLAKAMRRIAATGKRIQAAGGAVRTRVGDRSRAAGRRAHAVAA + KLRSRAELGRDEARAAVLRFTGELAELAQAAAQEAQQLLDNAKQAVLRAKAKAAALAA + RGERDAVAGRRCGGLVRAVNDLTELLNATRQIVAQTRQRVAGITSDGASRRVSLHDGD + ARPDHQGSAR" + gene complement(1160570..1160908) + /locus_tag="BQ2027_MB1065C" + CDS complement(1160570..1160908) + /locus_tag="BQ2027_MB1065C" + /note="Mb1065c, -, len: 112 aa. Equivalent to Rv1036c, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 112 aa overlap). Probable IS1560 + transposase fragment, similar to part of + Rv3386|E1202304|MTV004.44 (234 aa) (82.8% identity in 87 + aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE IS1560 TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99664.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX81" + /translation="MIPGRMVLNWEDGLNALVAEGIEAIVFRTLGDQCWLWESLLPDE + VRRLPEELARVDALLDDPAFFAPFVPFFDPRRGRPSTPMEVYLQLMFVKFRYRLGYES + LCREVADSIT" + gene complement(1161019..1161303) + /gene="esxI" + /locus_tag="BQ2027_MB1066C" + CDS complement(1161019..1161303) + /gene="esxI" + /locus_tag="BQ2027_MB1066C" + /standard_name="ES6_1; Mtb9.9D" + /note="Mb1066c, esxI, len: 94 aa. Equivalent to Rv1037c, + len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 94 aa overlap). esxI, conserved + hypothetical protein, member of ESAT-6 family, highly + similar to many Mycobacterial hypothetical proteins e.g. + Q49946|ES6X_MYCLE|U1756D PUTATIVE ESAT-6 LIKE PROTEIN X + from Mycobacterium leprae (95 aa), FASTA scores: opt: 409, + E(): 6.3e-23, (64.15% identity in 92 aa overlap); Rv3619c, + Rv1198, Rv2346c, etc from Mycobacterium tuberculosis. + Strictly identical to + P96364|ES61_MYCTU|Rv3619c|MTCY15C10.33|MTCY07H7B.03|MT3721 + PUTATIVE ESAT-6 LIKE PROTEIN 1 (94 aa). BELONGS TO THE + ESAT6 FAMILY. Mb1066c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative esat-6 like protein esxi (esat-6 like + protein 1)" + /protein_id="SIT99665.1" + /db_xref="GOA:P59802" + /db_xref="InterPro:IPR009416" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59802" + /translation="MTINYQFGDVDAHGAMIRALAGSLEAEHQAIISDVLTASDFWGG + AGSAACQGFITQLGRNFQVIYEQANAHGQKVQAAGNNMAQTDSAVGSSWA" + gene complement(1161330..1161626) + /gene="esxJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1067C" + CDS complement(1161330..1161626) + /gene="esxJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1067C" + /standard_name="ES6_2,TB11.0,QILSS" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1067c, esxJ, len: 98 aa. Equivalent to Rv1038c, + len: 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 98 aa overlap). esxJ, putative ESAT-6 + like protein 2, similar to Q49945|U1756C, Mycobacterium + leprae (100 aa), FASTA scores: opt: 375, E(): 7.7e-21, + (58.3% identity in 96 aa overlap), almost identical to + Rv1197, Rv1792, Rv2347c and Rv3620c. BELONGS TO THE ESAT6 + FAMILY. Protein product from Mb1067c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1067c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxj (esat-6 like protein + 2)" + /protein_id="SIT99666.1" + /db_xref="GOA:P0DOB0" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0DOB0" + /translation="MASRFMTDPHAMRDMAGRFEVHAQTVEDEARRMWASAQNISGAG + WSGMAEATSLDTMTQMNQAFRNIVNMLHGVRDGLVRDANNYEQQEQASQQILSS" + gene complement(1161772..1162947) + /gene="PPE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1068C" + CDS complement(1161772..1162947) + /gene="PPE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1068C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1068c, PPE15, len: 391 aa. Equivalent to Rv1039c, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 391 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, most similar to Rv2768c|AL008967|MTV002_33 + Mycobacterium tuberculosis H37Rv (394 aa), FASTA scores: + opt: 1721, E(): 0, (70.4% identity in 398 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe15" + /protein_id="SIT99667.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX65" + /translation="MDFGALPPEINSARMYAGAGAGPMMAAGAAWNGLAAELGTTAAS + YESVITRLTTESWMGPASMAMVAAAQPYLAWLTYTAEAAAHAGSQAMASAAAYEAAYA + MTVPPEVVAANRALLAALVATNVLGINTPAIMATEALYAEMWAQDALAMYGYAAASGA + AGMLQPLSPPSQTTNPGGLAAQSAAVGSAAATAAVNQVSVADLISSLPNAVSGLASPV + TSVLDSTGLSGIIADIDALLATPFVANIINSAVNTAAWYVNAAIPTAIFLANALNSGA + PVAIAEGAIEAAEGAASAAAAGLADSVTPAGLGASLGEATLVGRLSVPAAWSTAAPAT + TAGATALEGSGWTVAAEEAGPVTGMMPGMASAAKGTGAYAGPRYGFKPTVMPKQVVV" + gene complement(1163024..1163851) + /gene="PE8" + /locus_tag="BQ2027_MB1069C" + CDS complement(1163024..1163851) + /gene="PE8" + /locus_tag="BQ2027_MB1069C" + /note="Mb1069c, PE8, len: 275 aa. Equivalent to Rv1040c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 275 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, most similar to + AL008967|MTV002_34 Mycobacterium tuberculosis H37Rv (275 + aa), FASTA scores: opt: 1111, E(): 0, (68.6% identity in + 283 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe8" + /protein_id="SIT99668.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX54" + /translation="MSFLKTVPEELTAAAAQLGTIGAAMAAQNAAAAAPTTAIAPAAL + DEVSALQAALFTAYGTFYQQVSAEAQAMHDMFVNTLGISAGTYGVTESLNSSAAASPL + SGITGEASAIIQATTGLFPPELSGGIGNILNIGAGNWASATSTLIGLAGGGLLPAEEA + AEAASALGGEAALGELGALGAAEAALGEAGIAAGLGSASAIGMLSVPPAWAGQATLVS + TTSTLPGAGWTAAAPQAAAGTFIPGMPGVASAARNSAGFGAPRYGVKPIVMPKPATV" + gene complement(1165047..1166025) + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-1" + mobile_element complement(1165047..1166025) + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-1" + /note="IS-LIKE-1, len: 979 nt. Equivalent to IS-LIKE, len: + 978 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.8% identity in 979 nt overlap). Insertion + sequence,ISlike2, region identical to cos mid y348, blast + score: 4902 (+1) 9377 10354 EM_NEW:MTAD20 A d000020 M. + tuberculosis sequence from clone y348." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS-LIKE" + gene complement(1165047..1165529) + /locus_tag="BQ2027_MB1070C" + CDS complement(1165047..1165529) + /locus_tag="BQ2027_MB1070C" + /note="Mb1070c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv1041c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Probable IS like-2 transposase. Similar to Q00430|X53945 + insertion element IS869 hypothetical protein from + Agrobacterium tumefaciens (186 aa), Similar to Rv1150, + C-terminal part of transposase of putative Mycobacterium + tuberculosis IS like-1. Mb1070c and Mb1071c are + frameshifted with respect to Mycobacterium tuberculosis + Q50761 transposase, the 10G2 cosmid sequence appears to be + correct. Mb1070c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable is like-2 transposase" + /protein_id="SIT99669.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX79" + /db_xref="InterPro:IPR002559" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX79" + /translation="MTTKIHALTDQREAPVRIRLTAGQAGDNPQLLPLLDDYRHASTE + YALGSTDFRLLADKAYSHPSTRAALRSKKIKHTIPERQDQIDRRKAKGSAGGRPPAFD + AALYGLRNTVERGFHRLKQWRGIATRYDKYALTYLGGVLLACAVIHARVGTPKLGDTP + " + gene complement(1165567..1165974) + /locus_tag="BQ2027_MB1071C" + CDS complement(1165567..1165974) + /locus_tag="BQ2027_MB1071C" + /note="Mb1071c, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv1042c, + len: 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 135 aa overlap). Probable IS like-2 + transposase, similar to Q50761 TRANSPOSASE from + Mycobacterium tuberculosis (308 aa), FASTA scores: opt: + 823, E(): 0, (99.1% identity in 117 aa overlap). Second + copy is Rv1149. Mb1071c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable is like-2 transposase" + /protein_id="SIT99670.1" + /db_xref="InterPro:IPR025161" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX71" + /translation="MTRVGVISDEFWAVVEPLMPSHEGKPGRRFSDHRLILEGIAWRF + RTGSPWRDLPAEFGPWQTVWKRHHRWSLDGTCDEVFAHVAAVFGVDAEVAEDIEKLLS + VDSTNVRAHQHSAGACSDTLATGGTVELQEIRR" + gene complement(1166257..1167282) + /locus_tag="BQ2027_MB1072C" + CDS complement(1166257..1167282) + /locus_tag="BQ2027_MB1072C" + /note="Mb1072c, -, len: 341 aa. Equivalent to Rv1043c, + len: 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 341 aa overlap). Conserved hypothetical + protein similar to AL096872|SC5F7.08 PUTATIVE + LIPOATE-PROTEIN LIGASE from Streptomyces coelicolor (362 + aa), FASTA scores: opt: 206, E(): 1.4e-05, (30.3% identity + in 201 aa overlap). Weak similarity to P39668|YYXA_BACSU + HYPOTHETICAL PROTEASE from Bacillus subtitis (400 aa), + FASTA scores: opt: 159, E(): 0.013, (27.1% identity in 210 + aa overlap). Protein product from Mb1072c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1072c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Trypsin-like serine proteases, typically + periplasmic, contain C-terminal PDZ domain" + /protein_id="SIT99671.1" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX73" + /translation="MCAHQFFGLVHNPVVAAAIGKPEPPPVDSDIGLPTTVPFEPWSV + ADFSRYLSTLGLPAAGDAVTLHRILSSMERAGLLLPLGWDPRLPVMGQKYISQGTISK + GQRGGNLWLSEVFGAELIIPSYNAVTVQLAGHDDAGNPVDSWGTGLVVDHNHVITNKH + VVTGLAGTSAGLSVYPSSNHAEAELVNFSGTAHPHPTLDVAVIKFEMPEGKYIPRLGG + MAFRDPDWADEVYVFGYPRVPMTAEMAITVQRGEVVNPAATTIPCRQKIFLYSAIARP + GNSGGPIVAQDGRVIGLVVEDSAEAPSTGTGPNAAPFYRGIPSSEVIRALDELDFGGI + VEMDTLP" + gene 1167529..1168152 + /locus_tag="BQ2027_MB1073" + CDS 1167529..1168152 + /locus_tag="BQ2027_MB1073" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1073, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv1044, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 207 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein MTCY06G11.02C|P96837 (289 aa), fasta + scores: E(): 8.9e-06, (30.7% identity in 150 aa overlap). + Some similarity to U36837|LLU36837_1 Lactococcus lactis + plasmid pNP40 (287 aa), FASTA scores: opt: 147, E (): + 0.0087, (29.7% identity in 91 aa overlap). Protein product + from Mb1073 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1073 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted transcriptional regulator" + /protein_id="SIT99672.1" + /db_xref="InterPro:IPR025159" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB5" + /translation="MCAKPYLIDTIAHMAIWDRLVEVAAEQHGYVTTRDARDIGVDPV + QLRLLAGRGRLERVGRGVYRVPVLPRGEHDDLAAAVSWTLGRGVISHESALALHALAD + VNPSRIHLTVPRNNHPRAAGGELYRVHRRDLQAAHVTSVDGIPVTTVARTIKDCVKTG + TDPYQLRAAIERAEAEGTLRRGSAAELRAALDETTAGLRARPKRASA" + gene 1168149..1169030 + /locus_tag="BQ2027_MB1074" + CDS 1168149..1169030 + /locus_tag="BQ2027_MB1074" + /note="Mb1074, -, len: 293 aa. Equivalent to Rv1045, len: + 293 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 293 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1074 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1074 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99673.1" + /db_xref="InterPro:IPR014942" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY56" + /translation="MTKPYSSPPTNLRSLRDRLTQVAERQGVVFGRLQRHVAMIVVAQ + FAATLTDDTGAPLLLVKGGSSLELRRGIPDSRTSKDFDTVARRDIELIHEQLADAGET + GGEGFTAIFTAPEEIDVPGMPVKPRRFTAKLSYRGRAFATVPIEVSSVEAGNADQFDT + LTSDALGLVGVPAAVAVPCMTIPWQIAQKLHAVTAVLEEPKVNDRAHDLVDLQLLEGL + LLDADLMPTRSACIAIFEARAQHPWPPRVATLPHWPLIYAGALEGLDHLELARTVDAA + AQAVQRFVARIDRATKR" + gene complement(1169112..1169705) + /locus_tag="BQ2027_MB1075C" + CDS complement(1169112..1169705) + /locus_tag="BQ2027_MB1075C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1075c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv1046c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 174 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Start changed since first submission (-65 aa). + Mb1075c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99674.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX92" + /translation="MKVQARVGWNRRQLSAVGGRGQQLFANAPGHIPSTSHRRGTGDI + NRKIDESLAGAARPQANANYGATSDPPLTHQPKPGSPTQVGPRSPSPPGLRGLVKQLP + EVHQSSLHLDTVASLPSSRPSPHHTPLALRSRSGHFSPDEIRNRRSRKRSQSHMPPRT + PPRGRCLRAPESARLGRRSAAHRHSIARNARAIPFVV" + gene 1169747..1171209 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-1" + mobile_element 1169747..1171181 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-1" + /note="IS1081-1, len: 1435 nt. Equivalent to IS1081, len: + 1450 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1435 nt overlap). Almost + identical to Mycobacterium bovis IS1081 (7157 (-1) 60 14 + 94 EM_BA:MBBIS1081 X84741 Mycobacterium bovis BCG IS1081 + DNA 4/96." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + repeat_region 1169848..1169862 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-1" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene 1169900..1171147 + /locus_tag="BQ2027_MB1076" + CDS 1169900..1171147 + /locus_tag="BQ2027_MB1076" + /note="Mb1076, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv1047, len: + 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 415 aa overlap). IS1081 transposase, + most similar to TRA1_MYCBO|P35882 transposase for + insertion sequence element (415 aa), FASTA scores: opt: + 2675, E(): 0, (99.8% identity in 415 aa overlap). Contains + PS01007 Transposases, Mutator family, signature" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase" + /protein_id="SIT99675.1" + /db_xref="GOA:P60231" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60231" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANLMAATPKPSWPWVRT + LLHSIYDQPDAESVVAQYDRVLDALTDKLPAVAEHLDTARTDLLAFTAFPKQIWRQIW + SNNPQERLNREVRRRTDVVGIFPDRASIIRLVGAVLAEQHDEWIEGRRYLGLEVLTRA + RAALTSTEEPAKQQTTNTPALTT" + repeat_region complement(1171157..1171171) + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1171515..1172630) + /locus_tag="BQ2027_MB1077C" + CDS complement(1171515..1172630) + /locus_tag="BQ2027_MB1077C" + /note="Mb1077c, -, len: 371 aa. Equivalent to Rv1048c, + len: 371 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 371 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1077c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99676.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX74" + /translation="MQASDRTWQSNFIRRWYFTETVEYRPLVKYDASMSWDERTVSAL + EGAFRSEVRARRVNGPHRDVIVSLDGAEFLVRWLTTGWPRQVAEALHATSRPDILAAP + TMSPGARKAAHDAGVGWVDESGAADIHYRNTSTGTTLVIETKGAPPAPLDARIGWRRA + TLAVCEALLANIAGPTVASVVEATGLSMGSSAQALKFLEKNGHLASATARGPKSARLI + VDRDALLDAYAEAADKLRSPISISTGVLWRDPTAGVVKAGQLWDAAGIEWAATSALSA + SLLAPMQTEIAPMEIYVPGRSWSDLRRAAMAAGLQEIAGGRLILRFFPTPACARLTEQ + NLQGFRSMLWPRVYADLRTAGVRGEDAAEHLREAMTK" + gene 1172863..1173309 + /locus_tag="BQ2027_MB1078" + CDS 1172863..1173309 + /locus_tag="BQ2027_MB1078" + /note="Mb1078, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv1049, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 148 aa overlap). Probable + transcriptional repressor protein, similar to many e.g. + P74870 NEGATIVE REGULATOR OF EMR LOCUS EMR from Salmonella + typhimurium (149 aa), FASTA scores: opt: 146, E(): 0.0011, + (31.6% identity in 95 aa overlap). Contains probable + helix-turn -helix motif at aa 58-79 (Score 1495, +4.28 + SD). Mb1078 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN" + /protein_id="SIT99677.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX75" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX75" + /translation="MGKGAAFDECACYTTRRAARQLGQAYDRALRPSGLTNTQFSTLA + VISLSEGSAGIDLTMSELAARIGVERTTLTRNLEVMRRDGLVRVMAGADARCKRIELT + AKGRAALQKAVPLWRGVQAEVTASVGDWPRVRRDIANLGQAAEACR" + gene 1173357..1174262 + /locus_tag="BQ2027_MB1079" + CDS 1173357..1174262 + /locus_tag="BQ2027_MB1079" + /note="Mb1079, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv1050, len: + 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 301 aa overlap). Probable oxidoreductase + (EC 1.-.-.-) similar to many e.g. Rv1543|MTCY48.22C|Q10783 + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE CY48.22C (341 aa), FASTA scores: + opt: 462, E(): 3e-22, (33.6% identity in 265 aa overlap). + Protein product from Mb1079 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99678.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX66" + /translation="MARQRFRDQVVLITGASSGIGEATAKAFAREGAVVALAARREGA + LRRVAREIEAAGGRAMVAPLDVSSSESVRAMVADVVGEFGRIDVVFNNAGVSLVGPVD + AETFLDDTREMLEIDYLGTVRVVREVLPIMKQQRSGRIMNMSSVVGRKAFARFAGYSS + AMHAIAGFSDALRQELRGSGIAVSVIHPALTQTPLLANVDPADMPPPFRSLTPIPVHW + VAAAVLDGVARRRARVVVPFQPRLLMVGDAFSPRYGDRVVRLLESKIFGRLIGSYRGS + VYRHQPTESAKAQAAQPERGYSSAR" + gene complement(1174421..1175176) + /locus_tag="BQ2027_MB1080C" + CDS complement(1174421..1175176) + /locus_tag="BQ2027_MB1080C" + /note="Mb1080c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv1051c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 251 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to LLU36837|U36837.1 protein encoded by + Lactococcus lactis plasmid pNP40 (298 aa), FASTA scores: + opt: 194, E(): 3.5e-06, (30.3% identity in 155 aa + overlap). Contains possible helix-turn-helix motif at aa + 197-218 (Score 1097, +2.92 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99679.1" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR014942" + /db_xref="InterPro:IPR041657" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX93" + /translation="MRADVTAEHLTQVVRDIAVIDIDDGVAFNLDTSSVQEIRERADY + PGLRVRVAMSVGPWQGIAAWDVSTGEPIAPWPTRVTIDRILGEPITLLGYAPETIIAE + KGVTILERGITSTRWRDYVDIVQLDRRGIDDDELLRSARAVAQYRGATLEPVAPHLAG + YGAVAQAKWATEHGRCQHCWRHWKPAHVGRRNMDLLDAKQVSEMIGVPVGTLRHWRHS + DIGPASFTLGRRVVYRRDEVSRWISKRESATRR" + gene 1176199..1176588 + /locus_tag="BQ2027_MB1081" + CDS 1176199..1176588 + /locus_tag="BQ2027_MB1081" + /note="Mb1081, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv1052, len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 129 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1081 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99680.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX76" + /translation="MDCCEERGVARHKGLSQVGTPGCPRWSQAVSCRCSAYREAAVTA + VQMPLTPGYGETPLPHDELAALLPEVVEVLDKPITRADVYDLEQGLQDQVFDLLMPTA + VEGSLSLDELLSDHFVRDLHARMFGPV" + gene complement(1176487..1176762) + /locus_tag="BQ2027_MB1082C" + CDS complement(1176487..1176762) + /locus_tag="BQ2027_MB1082C" + /note="Mb1082c, -, len: 91 aa. Equivalent to Rv1053c, len: + 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 91 aa overlap). Hypothetical unknown protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mobile element protein" + /protein_id="SIT99681.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX80" + /translation="MDSHKVCMNNNTQLPTGPIIGVHPAVRDGVERVAYLDGDLLRCN + TDVEFTSSPPPGPVLYRTKHTRVEIADEMVTEKLIKRQRAFNSRRHQ" + gene 1177404..1177718 + /locus_tag="BQ2027_MB1083" + CDS 1177404..1177718 + /locus_tag="BQ2027_MB1083" + /note="Mb1083, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv1054, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Probable integrase + (fragment), similar to Rv2309c|MTCY3G12_25|Z79702 + hypothetical protein (shows similarity to integrases) from + Mycobacterium tuberculosis (151 aa), FASTA scores: opt: + 273, E(): 8.8e-13, (64.7% identity in 68 aa overlap); and + to L39071|MSGINT_1 integrase from Mycobacterium + paratuberculosis (191 aa), FASTA scores: opt: 105, E(): + 0.9, (31.8% identity in 85 aaoverlap). This ORF continues + in another frame as Rv1055|MTV017.08 but no error can be + found to account for frameshift. Length extended since + first submission (+36 aa). Mb1083 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable integrase (fragment)" + /protein_id="SIT99682.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZC2" + /db_xref="InterPro:IPR011010" + /db_xref="InterPro:IPR014417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC2" + /translation="MTGKGIVESTTKTKRDRHVPVPEPVWRRLHAELPTDPNALVFPG + RKGGFLPLGEYRWAFDNAGDQVGIEGWYRTVWGTPRPRWRSAQALTSRSCNGSLDTQQ + RR" + gene 1177715..1177849 + /locus_tag="BQ2027_MB1084" + CDS 1177715..1177849 + /locus_tag="BQ2027_MB1084" + /note="Mb1084, -, len: 44 aa. Equivalent to Rv1055, len: + 44 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 44 aa overlap). Possible integrase + (fragment); first 49 aa similar to + Rv2309c|MTCY3G12_25|Z79702 hypothetical protein (shows + similarity to integrases) from Mycobacterium tuberculosis + (151 aa), FASTA scores: opt: 291, E(): 2.2e-16, (74.3% + identity in 70 aa overlap); and to L39071|MSGINT_1 + integrase from Mycobacterium paratuberculosis (191 aa), + FASTA scores: opt: 146, E(): 8.3e-05, (52.1% identity in + 48 aa overlap); and to many other integrases or + transposases. Shortened since first submission (-34 aa). + Mb1084 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99683.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY66" + /translation="MTLDRHGHLLNDDLAVWPMRCAKSSRTLRYHCGMRRRNRVGLRA + " + gene 1177838..1177911 + /locus_tag="BQ2027_LEUX" + tRNA 1177838..1177911 + /locus_tag="BQ2027_LEUX" + /product="tRNA-Leu" + /note="leuX, len: 74 nt. Equivalent to leuX, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Leu, anticodon taa." + gene 1178104..1178868 + /locus_tag="BQ2027_MB1085" + CDS 1178104..1178868 + /locus_tag="BQ2027_MB1085" + /note="Mb1085, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv1056, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 254 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity in C-terminal region of + Rv0140|MTCI5.14|Z92770 Mycobacterium tuberculosis (126 + aa), FASTA scores: opt: 254, E(): 1.2e-10, (43.4% identity + in 106 aa overlap); and to Rv1670. C-terminal region is + similar to AL035569|SC8D9.02 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (113 aa), FASTA scores: opt: 282, + E(): 4.5e-12, (48.0% identity in 100 aa overlap). Protein + product from Mb1085 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1085 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99684.1" + /db_xref="InterPro:IPR007361" + /db_xref="InterPro:IPR038694" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX99" + /translation="MSVDYPQMAATRGRIEPAPRRVRGYLGHVLVFDTSAARYVWEVP + YYPQYYIPLADVRMEFLRDENHPQRVQLGPSRLHSLVSAGQTHRSAARVFDVDGDSPV + AGTVRFNWDPLRWFEEDEPIYGHPRNPYQRADALRSHRHVRVELDGIVLADTRSPVLL + FETGIPTRYYIDPADIAFEHLEPTSTQTLCPYKGTTSGYWSVRVGDAVHRDLAWTYHY + PLPAVAPIAGLVAFYNEKVDLTVDGVALPRPHTQFS" + gene 1179872..1181053 + /locus_tag="BQ2027_MB1086" + CDS 1179872..1181053 + /locus_tag="BQ2027_MB1086" + /note="Mb1086, -, len: 393 aa. Equivalent to Rv1057, len: + 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 393 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to X84710|MMSAG_1 surface antigen + of Methanosarcina mazeii (491 aa), FASTA scores: opt: 363, + E():6.2e-15, (31.3% identity in 294 aa overlap). Mb1086 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99685.1" + /db_xref="InterPro:IPR011048" + /db_xref="InterPro:IPR015943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK8" + /translation="MSVMNGREVARESRDAQVFEFGTAPGSAVVKIPVQGGPIGGIAI + SRDGSLLVVTNNGTDTVSVVGTDTCRVTQTVTSVNEPFAIAMGNAEANRAYVSTVSSA + YDAIAVIDVATNTVLGTHPLALSVSDLTLSPDDKYLYVSRNGTRGADVAVLDTTTGAL + IDVVDVSQAPGTTTQCVRMSPDGSVLYVGANGPSGGLLVVITTRAQSDGGRIGSRSRS + RQKSSKPRGNQAAAGLRVVATIDIGSSVRDVALSPDGAIAYVASCGSDFGAVVDVIDT + RTHQITSSRAISEIGGLVTRVSVSGDADRAYLVSEDRVTVLCTRTHDVIGTIRTGQPS + CVVESPDGKYLYIADYSGTITRTAVASTIVSGTEQLALQRRGSMQWFSPELQQYAPAL + A" + gene 1181160..1182791 + /gene="fadD14" + /locus_tag="BQ2027_MB1087" + CDS 1181160..1182791 + /gene="fadD14" + /locus_tag="BQ2027_MB1087" + /note="Mb1087, fadD14, len: 543 aa. Equivalent to Rv1058, + len: 543 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 543 aa overlap). Probable fadD14, + medium-chain fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), + highly similar to many e.g. CAC32346.1|AL583945 putative + fatty acid CoA ligase from Streptomyces coelicolor (558 + aa); N-terminus of NP_419738.1|NC_002696 + medium-chain-fatty-acid--CoA ligase from Caulobacter + crescentus (1006 aa); Q00594|ALKK_PSEOL + MEDIUM-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE (EC 6.2.1.-) from + Pseudomonas oleovorans (546 aa), FASTA scores: opt: 1468, + E(): 0, (41.1% identity in 538 aa overlap); etc. Contains + PS00455 Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO + THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein + product from Mb1087 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1087 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEDIUM CHAIN FATTY-ACID-COA LIGASE + FADD14 (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA + SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99686.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX85" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX85" + /translation="MYGTMQDFPLTITAIMRHGCGVHGRRTVTTATGEGYRHSSYRDV + GQRAGQLANALRRLGVTGDQRVATFMWNNTEHLVTYFAVPSMGAVLHTLNIRLFPEQI + AYVTNEAEDRVILVDLSLARLLAPVLPKLDTVHTVIAVGEGDTTPLREAGKTVLRFAE + LIDAESPDFGWPQIDENSAAAMCYTSGTTGNPKGVVYSHRSSFLHTMAACTTNGIGVG + SSDKVLPIVPMFHANGWGLPYAALMAGADLVLPDRHLDARSLIHMVETLKPTLAGAVP + TIWNDVMHYLEKDPDHDMSSLRLVACGGSAVPESLMRTFEDKHDVQIRQLWGMTETSP + LATMAWPPPGTPDDQHWAFRITQGQPVCGVETRIVDDDGQVLPNDGNAVGEVEVRGPW + IAGSYYGGRDESKFDSGWLRTGDVGRIDEQGFITLTDRAKDVIKSGGEWISSVELENC + LIAHPDVLEAAVVGVPDERWQERPLAVVVVREGATVSAGDLRAFLADKVVRWWLPERW + AFVDEIPRTSVGKYDKKAIRSRYAEGAYQITEVHT" + gene 1182867..1183931 + /locus_tag="BQ2027_MB1088" + CDS 1182867..1183931 + /locus_tag="BQ2027_MB1088" + /note="Mb1088, -, len: 354 aa. Equivalent to Rv1059, len: + 354 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 354 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv0926c|MTCY21C12.20c hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (358 aa), FASTA + scores: opt: 338, E(): 1.4e-14, (33.1% identity in 363 aa + overlap). Protein product from Mb1088 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1088 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Oxidoreductase" + /protein_id="SIT99687.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX84" + /db_xref="InterPro:IPR000846" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX84" + /translation="MTMSLRVIQWATGSVGVAAIKGVLQHPELELVGCWVHSAAKSGK + DVGEIIGSPPLGVIATNSIDDVLALDADAVIYAPLLPSVDEVAALLRSGKNVVTPLGW + FYPSEKEAAPLEVAAQAGNATLHGAGIGPGAVTELFPLLLSVMSTGVTFVRSEEFSDL + RSYGAPDVLRYVMGFGGTPDSALTGPMQKILDGGFLQSVRLCVDRLGFAADPQIRTSQ + EVAVATAPIDSPIGVIEPGQVAGRRFHWEALVEDTVVVQIAVNWLMGSENLDPPWSFG + PAGERYEIEVRGSPDTCVTIKGWQPQTVAAGLKSNPGIVATAAHCVNAIPATCAAPAG + IQSFFDLPLITGRAAPGLAR" + gene 1183984..1184457 + /locus_tag="BQ2027_MB1089" + CDS 1183984..1184457 + /locus_tag="BQ2027_MB1089" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1089, -, len: 157 aa. Equivalent to Rv1060, len: + 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 157 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1089 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1089 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99688.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX78" + /translation="MAKSVVVEQSRAIPVQSEDAFGGTLAAALPVICSHWYGLIPPIK + EVRDQTGAWDSVGQARVITMVGGGRVREELTSVDPPRSFGYTLTDIKGPLAPLVALVE + GKWSFAPADTGTTVTWQWTIHPRSALAAPVLPVFARMWRGYARGVLEKLSALLVG" + gene 1184491..1185354 + /locus_tag="BQ2027_MB1090" + CDS 1184491..1185354 + /locus_tag="BQ2027_MB1090" + /note="Mb1090, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv1061, len: + 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 287 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to hypothetical proteins from various + bacteria e.g. D64002|SYCSLRD_75 Synechocystis sp. PCC6803 + (304 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): 1.2e-09, (27.1% + identity in 258 aa overlap). Protein product from Mb1090 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1090 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glutamine amidotransferases class-II" + /protein_id="SIT99689.1" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR026869" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA0" + /translation="MCRLFGLHSGTDAVTATFWLLNASDSLAEQSRRNPDGTGLGVFD + EHHQPRLHKQPIAAWQDADFATEAHELTGTTFVAHVRYATTGSLDIRNTHPFLQDGRI + FAHNGVVEGLDVLDERLREVGADDLVLGQTDSERVFALITASIRARDGNESAGLIDAL + RWLAANVPIYAVNVLLSTATDVWALRYPESHELYILDRRGDGAPEFHLRSKRIRAHST + HLRERSSVVFATEPMDDNPRWRLLDAGELVHVDAALRVNRSLVLPDPPRHPIRREDLS + EPVLHAQHTSA" + gene 1185359..1186216 + /locus_tag="BQ2027_MB1091" + CDS 1185359..1186216 + /locus_tag="BQ2027_MB1091" + /note="Mb1091, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv1062, len: + 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 285 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to AL079356|SC6G9_10 hypothetical + protein in Streptomyces coelicolor (289 aa), FASTA scores: + opt: 556, E(): 1.2e-27, (39.0% identity in 287 aa + overlap), and Z99111|BSUB0008_176 Bacillus subtilis (260 + aa), FASTA scores: opt: 163, E(): 0.0013, (27.4% identity + in 179aa overlap) Protein product from Mb1091 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1091 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phospholipase, patatin family protein" + /protein_id="SIT99690.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX86" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX86" + /translation="MTTRRALVLAGGGLAGIAWETGVLRGIADESPAAARLLLDSDVL + VGTSAGATVAAQISSGCPLDTLYERQLAETSAEIDPGVDIDAITDLFLTAVTEPHIST + RRRLQRIGAVALAVDTVPESVRRQVIAQRLPSHDWPDRVLRVTAIDIATGELVVFHRE + SNVALVDAVAASCSVPGAWPPVTIAGRRYMDGGVASSVNLGVADDCDAAVVLVPAGAD + APSPFGGGAAAEIAAATGMVFAVFADDDSLAAFGPNPLDPLCRVNSAMAGRQQGRREA + QAVARLLGV" + gene complement(1186217..1187299) + /locus_tag="BQ2027_MB1092C" + CDS complement(1186217..1187299) + /locus_tag="BQ2027_MB1092C" + /note="Mb1092c, -, len: 360 aa. Equivalent to Rv1063c, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 360 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P37053|YCHK_ECOLI hypothetical protein + from Escherichia coli (314 aa), FASTA scores: opt: 487, + E(): 7.2e-23, (32.7% identity in 321 aa overlap). Also + partially similar to Rv3239c|MTCY20B11.14c. BELONGS TO THE + UPF0028 (SWS) FAMILY. Protein product from Mb1092c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1092c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00613342: Bacterial patatin-like + phospholipase domain containing protein" + /protein_id="SIT99691.1" + /db_xref="GOA:P67099" + /db_xref="InterPro:IPR001423" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67099" + /translation="MPAPAALRVRGSSSPRVALALGSGGARGYAHIGVIQALRERGYD + IVGIAGSSMGAVVGGVHAAGRLDEFAHWAKSLTQRTILRLLDPSISAAGILRAEKILD + AVRDIVGPVAIEQLPIPYTAVATDLLAGKSVWFQRGPLDAAIRASIAIPGVIAPHEVD + GRLLADGGILDPLPMAPIAGVNADLTIAVSLNGSEAGPARDAEPNVTAEWLNRMVRST + SALFDVSAARSLLDRPTARAVLSRFGAAAAESDSWSQAPEIEQRPAGPPADREEAADT + PGLPKMGSFEVMNRTIDIAQSALARHTLAGYPADLLIEVPRSTCRSLEFHRAVEVIAV + GRALATQALEAFEIDDDESAAATIEG" + gene complement(1187380..1187799) + /gene="lpqV" + /locus_tag="BQ2027_MB1093C" + CDS complement(1187380..1187799) + /gene="lpqV" + /locus_tag="BQ2027_MB1093C" + /note="Mb1093c, lpqV, len: 139 aa. Equivalent to Rv1064c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 139 aa overlap). Putative lipoprotein + LpqV. Has N-terminal signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Mb1093c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipoprotein lpqv" + /protein_id="SIT99692.1" + /db_xref="GOA:P65311" + /db_xref="InterPro:IPR020377" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65311" + /translation="MRPSRYAPLLCAMVLALAWLSAVAGCSRGGSSKAGRSSSVAGTL + PAGVVGVSPAGVTTRVDAPAESTEEEYYQACHAARLWMDAQPGSGESLIEPYLAVVQA + SPSGVAGSWHIRWAALTPARQAAVIVAARAAANAECG" + gene 1187911..1188477 + /locus_tag="BQ2027_MB1094" + CDS 1187911..1188477 + /locus_tag="BQ2027_MB1094" + /EC_number="1.13.11.20" + /note="Mb1094, -, len: 188 aa. Equivalent to Rv1065, len: + 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 188 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to AL0209|SC4H8_11 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (182 aa), FASTA + scores: opt: 156, E(): 0.0011, (31.3% identity in 195 aa + overlap). Mb1094 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cysteine dioxygenase (EC" + /protein_id="SIT99693.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY76" + /db_xref="InterPro:IPR010300" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY76" + /translation="MVMPLVTPTTAVPSPGPTRLRVADLLRATDQAADDVLGGRCDHL + LPDGGVPQTQRWYTRIHGDEELDIWLISWVPGQPTELHDHGGSLGALTVLSGSLNEYR + WDGRRLRRRRLDAGDQAGFPLGWVHDVVWAPRPIGGPDAAGMAVAPTLSVHAYSPPLT + AMSYYEITERNTLRRQRTELTDQPEGSG" + gene 1188474..1188869 + /locus_tag="BQ2027_MB1095" + CDS 1188474..1188869 + /locus_tag="BQ2027_MB1095" + /note="Mb1095, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv1066, len: + 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 131 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, strong similarity to AL0209|SC4H8.10 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (132 aa), FASTA + scores: opt: 429, E(): 5.2e-23, (57.1% identity in 119 aa + overlap). Protein product from Mb1095 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1095 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rhodanese-related sulfurtransferase, 1 domain" + /protein_id="SIT99694.1" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA5" + /translation="MSRIDRVLEAARRRYRRLAADQVPEAARRGAVLVDIRPQAQRAR + EGEVPGALVIERNVLEWRCDPTSDARLPQAVDDDVEWVILCSEGYTSSLAAASLLDLG + LHRATDVVGGYRALAAGGVLAELGGAVGG" + gene complement(1188897..1190912) + /gene="PE_PGRS19" + /locus_tag="BQ2027_MB1096C" + CDS complement(1188897..1190912) + /gene="PE_PGRS19" + /locus_tag="BQ2027_MB1096C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1096c, PE_PGRS19, len: 671 aa. Equivalent to + Rv1067c, len: 667 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.5% identity in 673 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to + Rv3388|MTV004.46 from Mycobacterium tuberculosis (731 aa), + FASTA scores: opt: 2227, E(): 0, (55.6% identity in 710 aa + overlap). Contains PS00583 pfkB family of carbohydrate + kinases signature 1, probably fortuitous. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, 2 + deletions each of 3 bp (ccg-* and cgc-*) and a 18 bp + insertion leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (671 aa + versus 667 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs19" + /protein_id="SIT99695.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL9" + /translation="MSFVLVSPSQLMAAAADVAGIGSAISAANAAALAPTSVLAAAGA + DEVSAAVAALFSAHAGQYQQLGARAALFHEQFVQALTGAASAYASAEATNVEQQVLGL + INAPTQALWGRPLIGNGADGTAANPNGGAGGLLYGNGGNGFSQTTAGLTGGTGGSAGL + IGNGGNGGAGGAGANGGAGGNGGWLYGSGGNGGAGGAGPAGAIGAPGVAGGAGGAGGT + AGLFGNGGVGGVGGDGGQGGNGAGAGASGTKGGDAGAGGAGGAGGWIHGHGGAGGDGG + AGGAGGQASPGAPGPPSQPGGAGGAGGAGGRGGDGGSAGWLSGNGGDAGNGGGGGTAG + GAGNGGQFGGDGGTGGTGGTAGAGGNGGRGAVLFGHGGNAGHGGAGGNGAAAGAGGEH + VMATAGKGGTGGVGGDGGGGAGGGGGLLYGNGGAGGNGGAGGAGNSGGDGGTGLNAAL + GGNGGGGGVGGNAGAGGTGGSAGWLSGNGGAGGSGGSAGAGGAGGKGGDTPNGLAINP + GIGGNGGDTGNAGNGGNGGSAARLFGGGGAGGAGGTGSTAGSGGSGGTNPPTGLQAAG + GNGGSGHAGGHGGNGGGAGLLGGGTGGNGGGGGQGGLGAAAGGVDGNGGNGGNGGKGG + DAQLVGDGGNGGNGGKGGAGLIAGLDGAGGAGGTRGLIFGNAGTPGQ" + gene complement(1191245..1193536) + /gene="PE_PGRS20" + /locus_tag="BQ2027_MB1097C" + CDS complement(1191245..1193536) + /gene="PE_PGRS20" + /locus_tag="BQ2027_MB1097C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1097c, PE_PGRS20, len: 763 aa. Similar to + Rv1068c, len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (59.8% identity in 766 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to + AL021897|MTV017_19 M. tuberculosis H37Rv (667 aa), FASTA + scores: opt: 1875, E(): 0, (55.0% identity in 667 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, insertions of 717 bp and 192 bp, and a 9 bp + (tccgctgcc-*) deletion, leads to a longer product compared + to the homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (763 aa versus 463 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs20" + /protein_id="SIT99696.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX95" + /translation="MSYMIAVPDMLSSAAGDLASIGSSINASTRAAAAATTRLLPAAA + DEVSAHIAALFSGHGEGYQAIARQMAAFHDQFTLALTSSAGAYASAEATNVEQQVLGL + INAPTQALWGRPLIGNGADGTAANPNGGAGGLLYGNGGNGFSQTTAGLTGGTGGSAGL + IGNGGNGGAGGAGANGGAGGNGGWLYGSGGNGGAGGAGPAGAIGAPGVAGGAGGAGGS + AGLFGNGGAGGAGGAGGQGGAGIGGADGTKGGDAGAGGAGGAGGWIHGHGGVGGDGGT + GGQGGDGVQGEPGDTGAAGGAGGAGGRGGDGGSAGWLSGNGGDAGTGGGGGNAGAGGE + GGIFGGNGGNGGTGGTAGGGGNGGRGAALFGHGGNAGHGGAGGNGAAGGNGADTQLGI + SGKGGTGGGGGGAGAGGTGGDGGLLYGNGGAGGNGGNGGAAGKGGIGAPGLSTAQGGD + GGNGGSGGNAGNGGNGGRGSVLFGHGGNAGHGGAGGNGAVSGNGGSSITAVGGKGGTG + GGGGGGAGGTGGDAGLLYGNGGAGGTGGSGGAGARGGDGGAGSGTAQGGDGGAGGVGG + NAGNGGNGGSAGWLSGNGGTGGGGGTAGAGGQGGNGNSGIDPGNGGQGADTGNAGNGG + HGGSAAKLFGDGGAGGAGGMGSTGGTGGGGGFGGGTGGNGGNGHAGGAGGSGGTAGLL + GSGGTGGDGGNGGLGAGSGAKGNGGNGGDGGKGGDAQLIGNGGNGGNGGKGGTGLMPG + INGTGGAGGSRGQISGNPGTPGQ" + gene complement(1193898..1195661) + /locus_tag="BQ2027_MB1098C" + CDS complement(1193898..1195661) + /locus_tag="BQ2027_MB1098C" + /note="Mb1098c, -, len: 587 aa. Equivalent to Rv1069c, + len: 587 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 587 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, hydrophobic regions in N-terminal domain. Similar + in part to O07136|B1306.04C B1306.04c protein from + Mycobacterium leprae (89 aa), FASTA scores: opt: 229, E(): + 1.3e-07, (54.2% identity in 72 aa overlap). Protein + product from Mb1098c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1098c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted membrane protein (DUF2319)" + /protein_id="SIT99697.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX94" + /db_xref="InterPro:IPR012037" + /db_xref="InterPro:IPR027787" + /db_xref="InterPro:IPR027788" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX94" + /translation="MTEPAAATTTNASDEPATGAEQAVDTAATPQTPEPQPIRSTWWI + RHYTFTGTAMGLVFVWFSMTPSLLPRGPLFQGLVSGICGAFGYGLGVFAVWLVRYMRS + HNSSPPPPRWAWPPLIAVGAVGMVGMAVQFHVWQDDVRDLMGVEHLRWYDYPLAAALS + LVVLFTLVEIGQFIRWLFRFLVGQVDRIAPFRVSAAIVVVLLVVLTITLLNGVVLKFA + MNSMNSTFAAVNNEMNPDSAPPKTPLRSGGPGSLVSWESLGHQGRIFVHSGPTIADLT + AFNGTPAVEPIRTYAGLNSADGIMATAELAARELARTGGLRRAVVAVATSTGTGWINE + AEASALEYMYNGDTAIVSMQYSFLPSWLSFLVDKENARHAGEALFEAVDKLIRQLPES + QRPKLVVFGESLGSFGGEAPFMNLNNILARTDGALFSGPTFNNTVWNSLTANRDAGSP + QWLPIYDDGRNVRFVARARDLQRPDAPWGRPRVVYLQHASDPIAWWTPRLLFREPDWL + REQRGYDVLPQTRWIPVVTFVQVSADMAVATHVPDGHGHRYVATVADGWAAVLSPPGW + TQQKTERLQPLLHANAKPFGS" + gene complement(1195658..1196431) + /gene="echA8" + /locus_tag="BQ2027_MB1099C" + CDS complement(1195658..1196431) + /gene="echA8" + /locus_tag="BQ2027_MB1099C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1099c, echA8, len: 257 aa. Equivalent to Rv1070c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 257 aa overlap). Probable echA8, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), equivalent to + O07137|B1306.05c putative enoyl-CoA hydratase/isomerase + from Mycobacterium leprae (257 aa), FASTA scores: opt: + 1417, E(): 0, (86.4% identity in 257 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. NP_106219.1|NC_002678 enoyl + CoA hydratase from Mesorhizobium loti (257 aa); + L39265|RHMRPST_2 enoyl-CoA hydratase from Rhizobium + melilotii (257 aa), FASTA scores: opt: 1100, E(): 0, + (66.9% identity in 257 aa overlap); + AAK18173.1|AF290950_5|AF290950|FadB1x enoyl-CoA hydratase + from Pseudomonas putida (257 aa); etc. Contains PS00166 + Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. BELONGS TO THE + ENOYL-CoA HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. TBparse score is + 0.881. Protein product from Mb1099c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1099c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA8 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99698.1" + /db_xref="GOA:P64017" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64017" + /translation="MTYETILVERDQRVGIITLNRPQALNALNSQVMNEVTSAATELD + DDPDIGAIIITGSAKAFAAGADIKEMADLTFADAFTADFFATWGKLAAVRTPTIAAVA + GYALGGGCELAMMCDVLIAADTAKFGQPEIKLGVLPGMGGSQRLTRAIGKAKAMDLIL + TGRTMDAAEAERSGLVSRVVPADDLLTEARATATTISQMSASAARMAKEAVNRAFESS + LSEGLLYERRLFHSAFATEDQSEGMAAFIEKRAPQFTHR" + gene complement(1196443..1197480) + /gene="echA9" + /locus_tag="BQ2027_MB1100C" + CDS complement(1196443..1197480) + /gene="echA9" + /locus_tag="BQ2027_MB1100C" + /note="Mb1100c, echA9, len: 345 aa. Equivalent to Rv1071c, + len: 345 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 345 aa overlap). Possible echA9, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), equivalent to + Y13803|B1306.06c putative enoyl-CoA hydratase/isomerase + from Mycobacterium leprae (345 aa), FASTA scores: opt: + 1799, E(): 0, (77.7% identity in 345 aa overlap). Also + similar to many eukaryotic and prokaryotic enoyl-CoA + hydratases e.g. NP_437984.1|NC_003078 putative enoyl-CoA + hydratase protein from Sinorhizobium meliloti (356 aa); + NP_420165.1|NC_002696 enoyl-CoA hydratase/isomerase family + protein from Caulobacter crescentus (350 aa); Q19278 + PROTEIN SIMILAR TO ENOYL-COA HYDRATASES from + Caenorhabditis elegans (386), FASTA scores: opt: 787, E(): + 0, (38.5% identity in 348 aa overlap); etc. Protein + product from Mb1100c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1100c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA9 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99699.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXA9" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR032259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA9" + /translation="MTGESHEVLTNVEGGVGFVTLNRPKAINSLNQTMVDLLATVLMS + WEHEDAVHAVVLSGAGERGLCAGGDVVAVYHSARKDGVEARRFWRHEYLLNALIGRFA + KPYVALMDGIVMGGGVGVSAHANTRVVTDTSKVAMPEVGIGFIPDVGGVYLLSRAPGA + LGLHAALTGAPFSGADAIALGFADHFVPHGDLDAFTQKIVTGGVESALAAHAVEPPPS + TLAAQRDWIDECYAGDSVADIVAALRKQGGEPAVNASDLIASRSPIALSVTLQAVRRA + AKLDTLEDVLIQDYRVSSASLRSHDLVEGIRAQLIDKDRNPNWSPATLDAITAADIEA + YFEPVDDDLSF" + gene 1197667..1198503 + /locus_tag="BQ2027_MB1101" + CDS 1197667..1198503 + /locus_tag="BQ2027_MB1101" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1101, -, len: 278 aa. Equivalent to Rv1072, len: + 278 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 278 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to + O07139|B1306.07|Y13803 Protein B1306.07 from Mycobacterium + leprae (220 aa), FASTA scores: opt:1032, E(): 0, (75.0% + identity in 220 aa overlap); and at the C-terminal end to + Q50056|U1740D Mycobacterium leprae (96 aa), FASTA scores: + opt: 381, E(): 1.2e-18, (71.6% identity in 81 aa overlap). + Similar to Q54192|M80628|STMBLDA_1 TRANSFER RNA-LEU (BLDA) + GENE AND ORF from Streptomyces griseus (293 aa), FASTA + scores: opt:558, E(): 4.7e-30, (41.5% identity in 299 aa + overlap). TBparse score is 0.896. Protein product from + Mb1101 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1101 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99700.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX96" + /db_xref="InterPro:IPR010539" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX96" + /translation="MRETSNPVFRSLPKQRGGYAQFGTGTAQQGFPADPYLAPYREAK + ATRPLTIDDVVTKTGLTLAMLAGTAVVSYFLVASNVALAMPLTLVGALGGLALVLVAT + FGRKQDNPAIVLSYAALEGLFLGAISFVLANFTVASANAGVLIGEAILGTMGVFFGML + VVYKTGAIRVTPKFTRMVVAALFGVLVLMLGNLVLAMFNVGGGEGLGLRSPGPLGIIF + SLVCIGIAAFSFLIDFDAADQMIRAGAPEKAAWGVALGLTVTLVWLYIEILRLLSYLQ + NE" + gene 1198619..1199470 + /locus_tag="BQ2027_MB1102" + CDS 1198619..1199470 + /locus_tag="BQ2027_MB1102" + /note="Mb1102, -, len: 283 aa. Equivalent to Rv1073, len: + 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 283 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several hypothetical mycobacterial + proteins e.g. Rv1482c|Z79701|MTCY277.03 Mycobacterium + tuberculosis (339 aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 0, + (47.4% identity in 272 aa overlap); + Rv3555c|Z92774|MTCY6G11_2 Mycobacterium tuberculosis (289 + aa), FASTA scores: opt: 704, E(): 0, (44.4% identity in + 259 aa overlap); and Rv3517, etc., and GIR10|AF002133_10 + M. avium strain GIR10 (346 aa), FASTA scores: opt: 802, + E(): 0, (48.1% identity in 270 aa overlap). Mb1102 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99701.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX98" + /translation="MGAQPFIGSEALAAGLISWHELGKYYTAIMPNVYLDKRLKPSLR + QRVIAAWLWSGRKGVIAGASASALHGAKWVDDHALVELIWRNARAPNGVRTKDELLLD + GEVQRLCGLTVTTVERTAFDLGRRPPLGQAITRLDALANATDFKINDVRELARKHPHT + RGLRQLDKALDLVDPGAQSPKETWLRLLLINAGFPRPSTQIPLLGVYGHPKYFLDMGW + EDIMLAVEYDGEQHRLSRDQFVKDVERLEYIRRAGWTHIRVLADHKGPDVVRRVRQAW + DTLTSRR" + gene complement(1199544..1200761) + /gene="fadA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1103C" + CDS complement(1199544..1200761) + /gene="fadA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1103C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1103c, fadA3, len: 405 aa. Equivalent to Rv1074c, + len: 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 405 aa overlap). Probable fadA3, + beta-ketoacyl CoA thiolase (EC 2.3.1.-), highly similar to + many involved in beta-oxidation e.g. CAB89028.1|AL353870 + beta-ketoadipyl-CoA thiolase from Streptomyces coelicolor + (395 aa); P77525|PAAJ_ECOLI probable beta-ketoadipyl CoA + thiolase from Escherichia coli (401 aa), FASTA scores: + opt: 1034, E(): 5.4e-56, (43.5% identity in 416 aa + overlap) and X97452 acetyl-CoA acetyltransferase + (thiolase) from Escherichia coli (401 aa), FASTA scores: + opt: 1043, E(): 0, (43.4% identity in 415 aa overlap); + Q43935|CATF_ACICA beta-ketoadipyl CoA thiolase from + Acinetobacter calcoaceticus (401 aa), FASTA scores: opt: + 992, E(): 0, (41.5% identity in 415 aa overlap); etc. + Contains PS00737 Thiolases signature 2, and PS00445 FGGY + family of carbohydrate kinases signature 2, although this + is probably fortuitous. BELONGS TO THE THIOLASE FAMILY. + Protein product from Mb1103c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1103c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BETA-KETOACYL CoA THIOLASE FADA3" + /protein_id="SIT99702.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZD9" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD9" + /translation="MPEAVIVSTARSPIGRAMKGSLVGMRPDDLAVQMVRAALDKVPA + LNPHQIDDLMMGCGLPGGESGFNIARVVAVALGYDFLPGTTVNRYCSSSLQTTRMAFH + AIKAGEGDAFISAGVETVSRFAKGNSDSWPDTKNPLFDGAQERSAAAAAGADEWHDPR + TDQKLPDIYIAMGQTAENVAIMTGISREEQDRWGVRSQNRAEEAIKNGFFEREITPVT + LPDGTTVSTDDGPRPGTTYEKVSELKPAFRPNGTVTAGNACPLNDGAAAVVITSDTKA + KELGLTPLARIVSTGVSGLSPEIMGLGPIEASKKALERAGMAITDIDLVEINEAFAVQ + VLGSARELGIDEDKLNISGGAIALGHPFGMTGARITTTLLNNLQTYDKTFGLETMCVG + GGQGMAMVIERLA" + gene complement(1200814..1201758) + /locus_tag="BQ2027_MB1104C" + CDS complement(1200814..1201758) + /locus_tag="BQ2027_MB1104C" + /note="Mb1104c, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv1075c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 314 aa overlap). Possibly exported + protein, as it contains a N-terminal signal sequence, + hydrophobic domain from aa 7-25. Similar to + U15183|MLU15183_2 Mycobacterium leprae cosmid B1740 (106 + aa), FASTA scores: opt: 207, E(): 1.6e-06, (42.6% identity + in 101 aa overlap). Also weak similarity to many + glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases e.g. + Q41595|G3PC_TAXBA Taxus baccata (340 aa), FASTA scores: + opt: 147, E(): 0.027, (27.5% identity in 189 aa overlap). + Mb1104c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99703.1" + /db_xref="InterPro:IPR013830" + /db_xref="InterPro:IPR036514" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY90" + /translation="MPRRSTIALATAGALASTGTAYLGARNLLVGQATHARTVIPKSF + DAPPRADGVYTRGGGPVQRWRREVPFDVHLMIFGDSTATGYGCASAEEVPGVLIARGL + AEQTGKRIRLSTKAIVGATSKGVCGQVDAMFVVGPPPDAAVIMIGANDITALNGIGPS + AQRLADCVRRLRTRGAVVVVGTCPDLGVITAIPQPLRALAHTRGVRLARAQTAAVKAA + GGVPVPLGHLLAPKFRAMPELMFSADRYHPSAPAYALAADLLFLALRDALTEKLDIPI + HETPSRPGTATLEPGHTRHSMMSRLRRPRPARAVPTGG" + gene 1202155..1203048 + /gene="lipU" + /locus_tag="BQ2027_MB1105" + CDS 1202155..1203048 + /gene="lipU" + /locus_tag="BQ2027_MB1105" + /note="Mb1105, lipU, len: 297 aa. Equivalent to Rv1076, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 297 aa overlap). Putative lipU, lipase + (EC 3.1.-.-), very similar to several Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. Z95390|Rv3487c|MTCY13E12.41c + (277 aa), FASTA scores: opt: 1225, E(): 0, (76.0% identity + in 246 aa overlap); Rv1426c, etc. Also similar to + esterases and lipases of around 300 aa e.g. Q44087 + ESTERASE PRECURSOR from Acinetobacter lwoffii esterase + (303), FASTA scores: opt: 427, E(): 1.9e-21, (32.5% + identity in 280 aa overlap). Equivalent to + AL035159|MLCB1450 _7 Mycobacterium leprae (335 aa), FASTA + scores: opt: 1588, E(): 0, (79.7% identity in 296 aa + overlap). Protein product from Mb1105 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1105 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipase lipu" + /protein_id="SIT99704.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB5" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR033140" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB5" + /translation="MAVRPVLAVGSYLPHAPWPWGVIDQAARVLLPASTTVRAAVSLP + NASAQLVRASGVLPADGTRRAVLYLHGGAFLTCGANSHGRLVELLSKFADSPVLVVDY + RLIPKHSIGMALDDCHDGYRWLRLLGYEPEQIVLAGDSAGGYLALALAQRLQEVGEEP + AALVAISPLLQLAKEHKQAHPNIKTDAMFPARAFDALDALVASAAARNQVDGEPEELY + EPLEHITPGLPRTLIHVSGSEVLLHDAQLAAAKLAAAGVPAEVRVWPGQVHDFQVAAS + MLPEAIRSLRQIGEYIREATG" + gene 1203105..1204499 + /gene="cbs" + /locus_tag="BQ2027_MB1106" + CDS 1203105..1204499 + /gene="cbs" + /locus_tag="BQ2027_MB1106" + /standard_name="cysM2" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1106, cbs, len: 464 aa. Equivalent to Rv1077, + len: 464 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 464 aa overlap). Probable cbs + (previously cysM2), cystathionine beta-synthase (EC + 4.2.1.22), similar throughout its length to many + eukaryotic cystathionine beta-synthases e.g. + P32232|CBS_RAT CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE (560 aa), FASTA + scores: opt: 951, E(): 0, (40.2% identity in 450 aa + overlap); also similar in N-terminal domain (aa 1 - 330) + to Rv2334|MTCY98.03 CysK Mycobacterium tuberculosis (310 + aa), FASTA scores: opt: 855, E(): 0, (46.8% identity in + 314 overlap); and other cysteine synthase proteins e.g. + Rv1336, Rv0848, etc. Contains PS00217 Sugar transport + proteins signature 2 probably spurious. BELONGS TO THE + CYSTEINE SYNTHASE/CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE FAMILY. + Protein product from Mb1106 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1106 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cystathionine beta-synthase CBS (Serine + sulfhydrase) (Beta-thionase) (Hemoprotein H-450)" + /protein_id="SIT99705.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXM8" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR005857" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM8" + /translation="MRIAQHISELIGGTPLVRLNSVVPDGAGTVAAKVEYLNPGGSSK + DRIAVKMIEAAEASGQLKPGGTIVEPTSGNTGVGLALVAQRRGYKCVFVCPDKVSEDK + RNVLIAYGAEVVVCPTAVPPHDPASYYSVSDRLVRDIDGAWKPDQYANPEGPASHYVT + TGPEIWADTEGKVTHFVAGIGTGGTITGAGRYLKEVSGGRVRIVGADPEGSVYSGGAG + RPYLVEGVGEDFWPAAYDPSVPDEIIAVSDSDSFDMTRRLAREEAMLVGGSCGMAVVA + ALKVAEEAGPDALIVVLLPDGGRGYMSKIFNDAWMSSYGFLRSRLDGSTEQSTVGDVL + RRKSGALPALVHTHPSETVRDAIGILREYGVSQMPVVGAEPPVMAGEVAGSVSERELL + SAVFEGRAKLADAVSAHMSPPLRMIGAGELVSAAGKALRDWDALMVVEEGKPVGVITR + YDLLGFLSEGAGRR" + gene 1204701..1205423 + /gene="pra" + /locus_tag="BQ2027_MB1107" + CDS 1204701..1205423 + /gene="pra" + /locus_tag="BQ2027_MB1107" + /note="Mb1107, pra, len: 240 aa. Equivalent to Rv1078, + len: 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 240 aa overlap). Probable pra, + Proline-rich antigen homolog, equivalent to + X65546|MLPRAG_1 proline rich antigen from Mycobacterium + leprae (249 aa), FASTA scores: opt: 1162, E(): 3.3e-30, + (64.8% identity in 253 aa overlap). Has potential + hydrophobic domains. Protein product from Mb1107 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1107 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Proline-rich antigen homolog pra" + /protein_id="SIT99706.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXA6" + /db_xref="InterPro:IPR010432" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA6" + /translation="MTEQPPPGGSYPPPPPPPGPSGGHEPPPAAPPGGSGYAPPPPPS + SGSGYPPPPPPPGGGAYPPPPPSAGGYAPPPPGPAIRTMPTESYTPWITRVLAAFIDW + APYVVLVGIGWVIMLVTQTSSCVTSISEYDVGQFCVSQPSMIGQLVQWLLSVGGLAYL + VWNYGYRQGTTGSSIGKSVLKFKVVSETTGQPIGFGMSVVRQLAHFIDAIICFVGFLF + PLWDAKRQTLADKIMTTVCVPI" + gene 1205455..1206621 + /gene="metB" + /locus_tag="BQ2027_MB1108" + CDS 1205455..1206621 + /gene="metB" + /locus_tag="BQ2027_MB1108" + /note="Mb1108, metB, len: 388 aa. Equivalent to Rv1079, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 388 aa overlap). Probable metB, + cystathionine gamma-synthase (EC 4.2.99.9) (see citation + below). P46807|METB_MYCLE CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE + from Mycobacterium leprae (EC 4.2.1.22) (388 aa), FASTA + scores: opt: 2220, E(): 0, (87.3% identity in 387 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + enzymes involved in methionine synthesis e.g. Rv0391 and + Rv3340. Contains PS00868 Cys/Met metabolism enzymes + pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO THE + TRANS-SULFURATION ENZYMES FAMILY. Protein product from + Mb1108 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1108 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cystathionine gamma-synthase metb (cgs) + (o-succinylhomoserine [thiol]-lyase)" + /protein_id="SIT99707.1" + /db_xref="GOA:P66876" + /db_xref="InterPro:IPR000277" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66876" + /translation="MSEDRTGHQGISGPATRAIHAGYRPDPATGAVNVPIYASSTFAQ + DGVGGLRGGFEYARTGNPTRAALEASLAAVEEGAFARAFSSGMAATDCALRAMLRPGD + HVVIPDDAYGGTFRLIDKVFTRWDVQYTPVRLADLDAVGAAITPRTRLIWVETPTNPL + LSIADITAIAELGTDRSAKVLVDNTFASPALQQPLRLGADVVLHSTTKYIGGHSDVVG + GALVTNDEELDEEFAFLQNGAGAVPGPFDAYLTMRGLKTLVLRMQRHSENACAVAEFL + ADHPSVSSVLYPGLPSHPGHEIAARQMRGFGGMVSVRMRAGRRAAQDLCAKTRVFILA + ESLGGVESLIEHPSAMTHASTAGSQLEVPDDLVRLSVGIEDIADLLGDLEQALG" + gene complement(1206692..1207186) + /gene="greA" + /locus_tag="BQ2027_MB1109C" + CDS complement(1206692..1207186) + /gene="greA" + /locus_tag="BQ2027_MB1109C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1109c, greA, len: 164 aa. Equivalent to Rv1080c, + len: 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 164 aa overlap). Probable greA, + transcription elongation factor G, closest to + P46808|GREA_MYCLE TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR G from + Mycobacterium leprae (202 aa), FASTA scores: opt: 1005, + E(): 0, (94.5% identity in 164 aa overlap); and similar to + many e.g. P21346|GREA_ECOLI from Escherichia coli (158 + aa), FASTA scores: opt: 257, E(): 5.7e-10, (37.2% identity + in 148 aa overlap); etc. Contains two PS00829 and one + PS00830 Prokaryotic transcription elongation factors + signatures 1 and 2, respectively. BELONGS TO THE GREA/GREB + FAMILY. Protein product from Mb1109c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1109c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR GREA + (Transcript cleavage factor greA)" + /protein_id="SIT99708.1" + /db_xref="GOA:P64280" + /db_xref="InterPro:IPR001437" + /db_xref="InterPro:IPR006359" + /db_xref="InterPro:IPR018151" + /db_xref="InterPro:IPR022691" + /db_xref="InterPro:IPR023459" + /db_xref="InterPro:IPR028624" + /db_xref="InterPro:IPR036805" + /db_xref="InterPro:IPR036953" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64280" + /translation="MTDTQVTWLTQESHDRLKAELDQLIANRPVIAAEINDRREEGDL + RENGGYHAAREEQGQQEARIRQLQDLLSNAKVGEAPKQSGVALPGSVVKVYYNGDKSD + SETFLIATRQEGVSDGKLEVYSPNSPLGGALIDAKVGETRSYTVPNGSTVSVTLVSAE + PYHS" + gene complement(1207372..1207806) + /locus_tag="BQ2027_MB1110C" + CDS complement(1207372..1207806) + /locus_tag="BQ2027_MB1110C" + /note="Mb1110c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv1081c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 144 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, with hydrophobic stretch from aa 26 -48, + highly similar to NP_302548.1|NC_002677 conserved membrane + protein from Mycobacterium leprae. Mb1110c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99709.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXC1" + /db_xref="InterPro:IPR025443" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC1" + /translation="MTHTPIPRPDARYGRPRLSRRARRRVAIALGVLVAAAGIVIAVI + GYQRISTSAVTGSLVGYRLVDDETASVTISVTRSDPSRPVACIVRVRATNGSETGRRE + LLVPPSEATTVQVTTTVKSSQPPVMADVYGCGTEVPSYLRLP" + gene 1207908..1208774 + /gene="mca" + /locus_tag="BQ2027_MB1111" + CDS 1207908..1208774 + /gene="mca" + /locus_tag="BQ2027_MB1111" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1111, mca, len: 288 aa. Equivalent to Rv1082, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 288 aa overlap). mca, mycothiol + conjugate amidase (see citation below), equivalent to + NP_302547.1|NC_002677 conserved hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (290 aa), FASTA scores: opt: 1737, + E(): 0, (86.4% identity in 287 aa overlap); and similar to + Q54358|X79146 lmbE protein from Streptomyces lincolnensis + (270 aa). Also similar to Rv1170|MTV005.06|MSHB GlcNAc-Ins + deacetylase from Mycobacterium tuberculosis (303 aa), + FASTA scores: opt: 411, E(): 9.4e-20, (35.8% identity in + 299 aa overlap). Protein product from Mb1111 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1111 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mycothiol conjugate amidase Mca (Mycothiol + S-conjugate amidase)" + /protein_id="SIT99710.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXA8" + /db_xref="InterPro:IPR003737" + /db_xref="InterPro:IPR017811" + /db_xref="InterPro:IPR024078" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXA8" + /translation="MSELRLMAVHAHPDDESSKGAATLARYADEGHRVLVVTLTGGER + GEILNPAMDLPDVHGRIAEIRRDEMTKAAEILGVEHTWLGFVDSGLPKGDLPPPLPDD + CFARVPLEVSTEALVRVVREFRPHVMTTYDENGGYPHPDHIRCHQVSVAAYEAAGDFC + RFPDAGEPWTVSKLYYVHGFLRERMQMLQDEFARHGQRGPFEQWLAYWDPDHDFLTSR + VTTRVECSKYFSQRDDALRAHATQIDPNAEFFAAPLAWQERLWPTEEFELARSRIPAR + PPETELFAGIEP" + gene 1208771..1209037 + /locus_tag="BQ2027_MB1112" + CDS 1208771..1209037 + /locus_tag="BQ2027_MB1112" + /note="Mb1112, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv1083, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 88 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to U15183|MLU15183_9 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (167 aa), FASTA scores: opt: + 332, E(): 1.2e-13, (58.4% identity in 101 aa overlap). + Hydrophobic domain aa 25-43. Mb1112 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99711.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB1" + /translation="MNQILLSVIAEGGPGNTGPDFGKASPVGLLVIVLLVIATLFLVR + SMNQQLKKVPKSFDRDHPELDQAADEGTDRDGPARPPGPPHESG" + gene 1209024..1211045 + /locus_tag="BQ2027_MB1113" + CDS 1209024..1211045 + /locus_tag="BQ2027_MB1113" + /note="Mb1113, -, len: 673 aa. Equivalent to Rv1084, len: + 673 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 673 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P37512|YYAL_BACSU hypothetical protein + from Bacillus subtilis (689 aa), FASTA scores: opt: 1063, + E(): 0, (36.5% identity in 696 aa overlap); + AE0009|AE000983_10 Archaeoglobus fulgidus section 1 (642 + aa), FASTA scores: opt: 1018, E(): 0, (37.2% identity in + 600 aa overlap). Also similar to AE001938|AE001938_9 + Deinococcus radiodurans (690 aa), FASTA scores: opt: 1097, + E(): 0, (41.6% identity in 694 aa overlap). Protein + product from Mb1113 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1113 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99712.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZF1" + /db_xref="InterPro:IPR004879" + /db_xref="InterPro:IPR008928" + /db_xref="InterPro:IPR012341" + /db_xref="InterPro:IPR024705" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZF1" + /translation="MSPANPSGTNTLALATSPYLRQHADNPVHWQQWTPQALAEAAAR + AVPILLSVGYAACHWCHVMAHESFDDDEVAAAMNAGFVCIKVDREERPDIDAVYMNAT + VALTGQGGWPMTCFLTPNGRPFFCGTYYPKAAFLQLLSAISETWRERRAEVEQASDHI + AAELRSMASGLPGGGPEVAPELCDDAVAGVLREQDTAHGGFGGAPKFPPSALLEALMR + HYERTRSPAALEAVARTGNAMARGGIYDQLGGGFARYSVDGAWVVPHFEKMLYDNALL + LRAYAHWARRTGDPLARRVAAQTARFLLDELGSKAPADMFTSSLDADADGREGSTYVW + TPVQLTEVLGGDDGRWAAEVFGVTEAGTFEHGTSVLQLPADPDDAARLDRVRAALLVA + RLARAQPARDDKVVTSWNGLAITALAEASVALDDPALAHAARRCATRLLDLHVVDGRL + RRASLGGVVGDSAAILEDHAMLATGLLALYQLTSEGAWLTAATGLLDTAVAHFGDPQR + PGRWFDTADDAERLMLRPSDPLDGATPSGASSIAEALLTAGHVVDGARAERYWQLAAD + TLRAHAVLLARAPRSAGHWLAVAEAVVRGPLQIAVACDLPRSSLLADARRLAPGGAIV + VGGAAGSSALLVGRDRVAGADAAYVCRGRVCDLPVTSAAELATALGVPG" + gene complement(1211144..1211872) + /locus_tag="BQ2027_MB1114C" + CDS complement(1211144..1211872) + /locus_tag="BQ2027_MB1114C" + /note="Mb1114c, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv1085c, + len: 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 242 aa overlap). Possible hemolysin-like + protein, integral membrane protein, similar to many + hemolysins, and hypothetical proteins e.g. + U28375|ECU28375_49 Hypothetical protein from Escherichia + coli (219 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): 7.5e-15, + (30.6% identity in 180 aa overlap); AE0011|HIAE001124_2 + Hypothetical protein from Borrelia burgdorferi (233 aa), + FASTA scores: opt: 305, E(): 1.3e-14, (25.6% identity in + 203 aa overlap). Also weakly similar to HLY3_BACCE|P54176 + haemolysin from Bacillus cereus (219 aa), FASTA scores: + opt: 247, E(): 8.7e-12, (27.5% identity in 171 aa + overlap). Also similar to AE002027|AE002027_8 probable + hemolysin from Deinococcus radiodurans (219 aa), FASTA + scores: opt: 354, E(): 1.8e-16, (31.1% identity in 219 aa + overlap). Mb1114c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HEMOLYSIN-LIKE PROTEIN" + /protein_id="SIT99713.1" + /db_xref="GOA:P67158" + /db_xref="InterPro:IPR004254" + /db_xref="InterPro:IPR005744" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67158" + /translation="MSGQADTATTAEARTPAHAAHHLVEGVARVLTKPRFRGWIHVYS + AGTAVLAGASLVAVSWAVGSAKAGLTTLAYTAATITMFTVSATYHRVNWKSATARNWM + KRADHSMIFVFIAGSYTPFALLALPAHDGRVVLSIVWGGAIAGILLKMCWPAAPRSVG + VPLYLLLGWVAVWYTATILHNAGVTALVLLFVGGALYSIGGILYAVRWPDPWPTTFGY + HEFFHACTAVAAICHYIAMWFVVF" + gene 1211983..1212771 + /locus_tag="BQ2027_MB1115" + CDS 1211983..1212771 + /locus_tag="BQ2027_MB1115" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1115, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv1086, len: + 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 262 aa overlap). Short (C15) chain + Z-isoprenyl diphosphate synthase (EC 2.5.1.10) (see + citations below), equivalent to NP_302598.1|NC_002677 + possible undecaprenyl pyrophosphate synthetase from + Mycobacterium leprae (262 aa), similar to many + hypothetical proteins and several potential members of the + upp synthase family e.g. NP_296167.1|NC_001263 + undecaprenyl diphosphate synthase from Deinococcus + radiodurans (339 aa); P20182|YT14_STRFR Hypothetical + protein from Streptomyces fradiae (259 aa), FASTA scores: + opt: 840, E(): 0, (51.0% identity in 259 aa overlap); and + P38118|YARF_CORGL Hypothetical protein from + Corynebacterium glutamicicum (234 aa), FASTA scores: opt: + 729, E(): 0, (56.0% identity in 209 aa overlap); etc. Also + similar to Rv2361c|MTCY27.19 (296 aa) (35.6% identity in + 233 aa overlap). Contains PS01066 Uncharacterized protein + family UPF0015 signature. SEEMS TO BELONG TO THE UPP + SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb1115 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1115 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SHORT (C15) CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE + SYNTHASE (Z-FPP SYNTHASE) (Z-FARNESYL DIPHOSPHATE + SYNTHASE) (Z-FPP SYNTHETASE) (Z-FARNESYL DIPHOSPHATE + SYNTHETASE) (GERANYLTRANSTRANSFERASE) (FARNESYL + PYROPHOSPHATE SYNTHETASE)" + /protein_id="SIT99714.1" + /db_xref="GOA:Q7U0P8" + /db_xref="InterPro:IPR001441" + /db_xref="InterPro:IPR018520" + /db_xref="InterPro:IPR036424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0P8" + /translation="MEIIPPRLKEPLYRLYELRLRQGLAASKSDLPRHIAVLCDGNRR + WARSAGYDDVSYGYRMGAAKIAEMLRWCHEAGIELATVYLLSTENLQRDPDELAALIE + IITDVVEEICAPANHWSVRTVGDLGLIGEEPARRLRGAVESTPEVASFHVNVAVGYGG + RREIVDAVRALLSKELANGATAEELVDAVTVEGISENLYTSGQPDPDLVIRTSGEQRL + SGFLLWQSAYSEMWFTEAHWPAFRHVDFLRALRDYSARHRRYGR" + gene 1212948..1215272 + /gene="PE_PGRS21" + /locus_tag="BQ2027_MB1116" + CDS 1212948..1215272 + /gene="PE_PGRS21" + /locus_tag="BQ2027_MB1116" + /note="Mb1116, PE_PGRS21, len: 774 aa. Similar to Rv1087, + len: 767 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (96.8% identity in 783 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family, PGRS subfamily of gly-rich + proteins. Similar to Rv1090|AL021897|MTV017_43 + Mycobacterium tuberculosis H37Rv (853 aa), FASTA scores: + opt: 2819, E(): 0, (59.8% identity in 860 aa overlap). + Contains PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases + signature 1 near C -terminus. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + insertions of 3 bp (*-gcg) and 45 bp, and deletions of 18 + bp and 9 bp (ggtggggcc-*), lead to a longer product + compared to the homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (774 aa versus 767 aa). Mb1116 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs21" + /protein_id="SIT99715.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN8" + /translation="MSFVVVAPEVLAAAASDLAGIGSTLAQANAAALAPTTAVLAAGA + DEVSAAIASLFGAHGQAYQAVSAQMSAFHAQFMQALTGAGGAYAAAEAVNVSAAQSVE + QDLLAAINARFERIFGRPLIGDGANGGPGQDGGPGGLLYGNGGNGGTSTTVGMAGGNG + GAAGLIGNGGFGGGGGPGAAGGNGGAGGWLFGNGGAGGAGGLGVAPGVPGGAGGAGGA + GGVGGPAGLWGHGGAGGAGGAGVAGAGGFEGTIGAGGAGGVGGAGGVGGAGGAGGWLY + GDAGAGGDGGVGGAGGTGGLGNRGGAGGAGGAGGVGGAGGAAGLWGGGGAGGVGGTGG + GAGLGAQSVTFSSSLSGLSGGDGGAGGAGGAGGAGGTGGWLYGGGGAAGSGGDGGTGG + QGGAGGAGVFSLFGSGGGPGGNGGVGGVGGVGGAGGRAGLFGVGGLGGAGGDAGDSGE + GGFGGPGLAGGLFGNPGNGGVGGIGGDAAAGGAGGAGGNGGWLFGNGGAGGSGGDGGA + AGRGGAGNLGSAGGINAPAGNPGSGSVGIGGAGGAGGTAGLFGDGGAGGAGAAGGFGG + ISAATPSAGSEGAMGGAGGVGGNARLLGTGGAGGVGGGGGAGGDGGRGGVATPGGQGG + DAGDGGAGGAGGNGGGGASGAGGWLLGTGGAGGAGGNGGNGGKAGFSPGPTNFGLNGA + GGGGGVGGNGATGPWLFGDGGAGGGGGAGGIGGDGGPTPGSTGAGAAGGHGGDAQLIG + NGGHGGAGGTGVPNGSGGAGGLSGLLFGEPGANG" + gene 1215449..1215769 + /locus_tag="BQ2027_MB1116A" + CDS 1215449..1215769 + /locus_tag="BQ2027_MB1116A" + /EC_number="2.5.1.31" + /note="Mb1116A, -, len: 106 aa. Equivalent to Rv1087A, + len: 106 aa (fragment), from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 106 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, highly similar to + C-terminus of near ORF + O53434|YA86_MYCTU|Rv1086|MT1118|MTV017.39 SHORT (C15) + CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE from Mycobacterium + tuberculosis (262 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): + 1.1e-06, (57.9% identity in 76 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Undecaprenyl diphosphate synthase (EC" + /protein_id="SIT99716.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB7" + /db_xref="InterPro:IPR001441" + /db_xref="InterPro:IPR036424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB7" + /translation="MPCVGYGDRREFVDAVAVEAICENLNTSGQPDPDLVIRTSGEQR + LSGHRGPTGGVSRRRLLRALRDYSTPHASIPYVPPPYRSDGIHASRLAVESVFDALAG + RVEL" + gene 1215922..1216356 + /gene="PE9" + /locus_tag="BQ2027_MB1117" + CDS 1215922..1216356 + /gene="PE9" + /locus_tag="BQ2027_MB1117" + /note="Mb1117, PE9, len: 144 aa. Equivalent to Rv1088, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 144 aa overlap). Member of Mycobacterium + tuberculosis PE family, similar to many others e.g. + Z96071|MTCI418B_6 Mycobacterium tuberculosis cosmid (487 + aa), FASTA scores: opt: 318, E(): 7.3e-14, (60.9% identity + in 87 aa overlap) - except it appears to be frameshifted + around codon 84. No error to account for frameshift could + be found." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe9" + /protein_id="SIT99717.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB3" + /translation="MSYMIATPAALTAAATDIDGIGSAVSVANAAAVAATTGVLAAGG + DEVLAAIARLFNANAEEYHALSAQVAAFQTLFVRTLTGGCGVFRRRRGRQCVTAAEHR + AAGAGRRQRRRRSGDGQWRLRQQRHFGCGGQPEFRQHSEHRR" + gene 1216373..1216540 + /gene="PE10" + /locus_tag="BQ2027_MB1118" + CDS 1216373..1216540 + /gene="PE10" + /locus_tag="BQ2027_MB1118" + /note="Mb1118, PE10, len: 101 aa. Equivalent to Rv1089, + len: 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 101 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of glycine-rich + proteins. Partial ORF that appears to be frameshifted, + continuation of Rv1088|MTV017.41. Sequence has been + checked and appears correct. Similar to Z95555|MTCY06F7_4 + Mycobacterium tuberculosis cosmid (401 aa), FASTA scores: + opt: 126, E(): 2, (29.6% identity in 125 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe10" + /protein_id="SIT99718.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB4" + /db_xref="InterPro:IPR008965" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB4" + /translation="MTTASATASSTGVDGGIAATYAVASQWDGGYVANYTITQFGRDF + DDRLAVAIHFA" + gene 1216926..1217030 + /gene="celA2a" + /locus_tag="BQ2027_MB1119" + CDS 1216926..1217030 + /gene="celA2a" + /locus_tag="BQ2027_MB1119" + /note="Mb1119, celA2a, len: 34 aa. Equivalent to Rv1089A, + len: 34 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 34 aa overlap). Probable celA2a, first + part of cellulase (endoglucanase) (EC 3.2.1.4), similar to + N-terminus of others." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CELLULASE CELA2A + (ENDO-1,4-BETA-GLUCANASE) (ENDOGLUCANASE) (CARBOXYMETHYL + CELLULASE)" + /protein_id="SIT99719.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC8" + /translation="MNGAAPTNGAPLSYPSICEGVHWGHLVGGHQPAY" + gene 1217008..1217463 + /gene="celA2b" + /locus_tag="BQ2027_MB1120" + CDS 1217008..1217463 + /gene="celA2b" + /locus_tag="BQ2027_MB1120" + /note="Mb1120, celA2b, len: 151 aa. Equivalent to Rv1090, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 151 aa overlap). Probable celA2b, second + part of cellulase (endoglucanase) (EC 3.2.1.4), similar to + C-terminus of others e.g. O08468 cellulase CEL2 from + Streptomyces halstedi (377 aa), FASTA scores: opt: 554, + E(): 1.2e-30, (52.0% identity in 152 aa overlap); etc. + Gene appears to have been inactivated by frameshift + mutations but no errors could be found that would account + for this. Mb1120 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CELLULASE CELA2B + (ENDO-1,4-BETA-GLUCANASE) (ENDOGLUCANASE) (CARBOXYMETHYL + CELLULASE)" + /protein_id="SIT99720.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXB8" + /db_xref="InterPro:IPR002594" + /db_xref="InterPro:IPR013319" + /db_xref="InterPro:IPR013320" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXB8" + /translation="MGTNLPTEVGQILSAPTSIDYNYPTTGVWDASYDICLDSTPKTT + GVNQQEIMIWFNHQGSIQPVGSPVGNTTIEGKNFVVWDGSNGMNNAMAYVATEPIEVW + SFDVMSFVDHTATMEPITDSWYLTSIRAGLEPWSDGVGLGVDSFSAKVN" + gene 1217878..1220430 + /gene="PE_PGRS22" + /locus_tag="BQ2027_MB1121" + CDS 1217878..1220430 + /gene="PE_PGRS22" + /locus_tag="BQ2027_MB1121" + /note="Mb1121, PE_PGRS22, len: 850 aa. Equivalent to + Rv1091, len: 853 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 853 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to + Rv1087|AL021897|MTV017_39 Mycobacterium tuberculosis H37Rv + (767 aa), FASTA scores: opt: 2819, E(): 0, (60.0% identity + in 860 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 9 bp deletion (ccggcggca-*) leads + to a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (850 aa versus 853 + aa). Mb1121 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs22" + /protein_id="SIT99721.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC0" + /translation="MSFVIAAPEALVAVASDLAGIGSALAEANAAALAPTTALLAAGA + DEVSAAIAALFGAHGQAYQTVSAQASAFHAQFVQALTGGGGAYAAAEAANVSAAQSTD + QRLLDLINGPTQALLGRPLIGDGANGGPGQDGGPGGLLYGNGGNGGTSTTAGVAGGNG + GAAGLIGNGGAGGGGGAGAAGGNGGAGGWLYGNGGAGGAGGTSVIPGVAGGNGGAGGS + AGLWGTGGAGGDGGNGRSGPVNVAGSAGGNGGAGGAAGLFGDAGAGGNGGKGGAGGAA + FSINFTAGDGGAGGAGGSGGHALLWGAGGAGGNGGSGGTGGAGGSTAGAGGNGGAGGG + GGTGGLLFGNGGAGGHGAAAGNGLAAGNGVSSSGGGGAGGTGGAGGDGGAGGAGGNAR + LWGVGGAGGAGGDGGAGGAGGKGGSGLSGNANGGAGGDSGRGGTGGAGGEGGAAGLLV + GTGGHGGDGGAGGAAVKGGDGGAAAGTGIAGAGGRGGAGGSGGSGGDGGGGAAGPAGW + LFGDGGAGGNGGAAAAGGAGGQAGGGGGNGGNGGNGGNGGNGGNGATGGWLYGNGGAG + GQGATAGAGGAGANGVSSTNGGGNGGIGGTGGSGGAGGNAGLLGVGGAGGHGASGGAG + DRGGAGGTGFISSDGGAGGDGGDGGNGGAGGTGGLLFGAGGNGGPGGSGGAADIGGNG + GAGNGGGTDGNGGNGGSGGGAGSGGDGGGAGGNGAWLFGNGGAGGGGGKGGNGAGGGL + GGGSFGLPGLNGSGGDGGDGGNGAPGGVLYGNGGAGGQGSSGGIGGPGATGGAGGKGG + DGGDAQLIGDGGNGGNGGAGGTGGTPGPGGPGGSGGLGGLLFGQTGTAGVSP" + gene complement(1220648..1221586) + /gene="coaA" + /locus_tag="BQ2027_MB1122C" + CDS complement(1220648..1221586) + /gene="coaA" + /locus_tag="BQ2027_MB1122C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1122c, coaA, len: 312 aa. Equivalent to Rv1092c, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 312 aa overlap). Probable coaA, + pantothenate kinase (EC 2.7.1.33), similar to many e.g. + P15044|COAA_ECOLI Escherichia coli (316 aa), FASTA scores + :opt: 1079, E(): 0, (52.7% identity in 311 aa overlap). + Equivalent to AL049491|MLCB1222_17 Mycobacterium leprae + (312 aa) (93.6% identity in 312 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). TBparse + score is 0.912. BELONGS TO THE PANTOTHENATE KINASE FAMILY. + Protein product from Mb1122c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1122c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable pantothenate kinase coaA (Pantothenic + acid kinase)" + /protein_id="SIT99722.1" + /db_xref="GOA:P63811" + /db_xref="InterPro:IPR004566" + /db_xref="InterPro:IPR006083" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63811" + /translation="MSRLSEPSPYVEFDRRQWRALRMSTPLALTEEELVGLRGLGEQI + DLLEVEEVYLPLARLIHLQVAARQRLFAATAEFLGEPQQNPDRPVPFIIGVAGSVAVG + KSTTARVLQALLARWDHHPRVDLVTTDGFLYPNAELQRRNLMHRKGFPESYNRRALMR + FVTSVKSGSDYACAPVYSHLHYDIIPGAEQVVRHPDILILEGLNVLQTGPTLMVSDLF + DFSLYVDARIEDIEQWYVSRFLAMRTTAFADPESHFHHYAAFSDSQAVVAAREIWRTI + NRPNLVENILPTRPRATLVLRKDADHSINRLRLRKL" + gene 1221974..1223254 + /gene="glyA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1123" + CDS 1221974..1223254 + /gene="glyA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1123" + /standard_name="glyA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1123, glyA1, len: 426 aa. Equivalent to Rv1093, + len: 426 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 426 aa overlap). Probable glyA1, serine + hydroxymethyltransferase 1 (EC 2.1.2.1), equivalent to + AL049491|MLCB1222_16 from Mycobacterium leprae (426 aa), + FASTA score: (89.9 % identity in 426 aa overlap). Also + similar to many e.g. P34895|GLYA_HYPME HYPHOMICROBIUM + METHYLOVORUM (434 aa), FASTA scores: opt: 1492, E(): 0, + (56.8% identity in 419 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + SHMT FAMILY. Note that previously known as glyA. Protein + product from Mb1123 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1123 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="serine hydroxymethyltransferase 1 glya1" + /protein_id="SIT99723.1" + /db_xref="GOA:P59953" + /db_xref="InterPro:IPR001085" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR019798" + /db_xref="InterPro:IPR039429" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59953" + /translation="MSAPLAEVDPDIAELLAKELGRQRDTLEMIASENFAPRAVLQAQ + GSVLTNKYAEGLPGRRYYGGCEHVDVVENLARDRAKALFGAEFANVQPHSGAQANAAV + LHALMSPGERLLGLDLANGGHLTHGMRLNFSGKLYENGFYGVDPATHLIDMDAVRATA + LEFRPKVIIAGWSAYPRVLDFAAFRSIADEVGAKLLVDMAHFAGLVAAGLHPSPVPHA + DVVSTTVHKTLGGGRSGLIVGKQQYAKAINSAVFPGQQGGPLMHVIAGKAVALKIAAT + PEFADRQRRTLSGARIIADRLMAPDVAKAGVSVVSGGTDVHLVLVDLRDSPLDGQAAE + DLLHEVGITVNRNAVPNDPRPPMVTSGLRIGTPALATRGFGDTEFTEVADIIATALAT + GSSVDVSALKDRATRLARAFPLYDGLEEWSLVGR" + gene 1223359..1224186 + /gene="desA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1124" + CDS 1223359..1224186 + /gene="desA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1124" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1124, desA2, len: 275 aa. Equivalent to Rv1094, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 275 aa overlap). Possible desA2, + acyl-[acyl-carrier protein] desaturase (stearoyl-ACP + desaturase) (EC 1.14.19.2), equivalent to + AL049491|MLCB1222_15 from Mycobacterium leprae (275 aa), + FASTA score: (78.1% identity in 274 aa overlap). Also + weakly similar to plant stearoyl-acyl carrier protein + desaturases, and very similar to U49839|MTV043.16C|Rv0824c + enzyme desA1 from Mycobacterium tuberculosis (338 aa), + FASTA scores: opt: 525, E(): 8.5e-30, (32.2% identity in + 270 aa overlap); and to U15182|MLU15182_32 acyl-carrier + protein desaturase precursor from Mycobacterium leprae + (338 aa), FASTA scores: opt: 506, E(): 1.9e-28, (34.1% + identity in 261 aa overlap). TBparse score is 0.894. + Protein product from Mb1124 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1124 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] DESATURASE + DESA2 (ACYL-[ACP] DESATURASE) (STEAROYL-ACP DESATURASE)" + /protein_id="SIT99724.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXD5" + /db_xref="InterPro:IPR005067" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012348" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXD5" + /translation="MAQKPVADALTLELEPVVEANMTRHLDTEDIWFAHDYVPFDQGE + NFAFLGGRDWDPSQSTLPRTITDACEILLILKDNLAGHHRELVEHFILEDWWGRWLGR + WTAEEHLHAIALREYLVVTREVDPVANEDVRVQHVMKGYRAEKYTQVETLVYMAFYER + CGAVFCRNLAAQIEEPILAGLIDRIARDEVRHEEFFANLVTHCLDYTRDETIAAIAAR + AADLDVLGADIEAYRDKLQNVADAGIFGKPQLRQLISDRITAWGLAGEPSLKQFVTG" + gene 1224397..1225698 + /gene="phoH2" + /locus_tag="BQ2027_MB1125" + CDS 1224397..1225698 + /gene="phoH2" + /locus_tag="BQ2027_MB1125" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1125, phoH2, len: 433 aa. Equivalent to Rv1095, + len: 433 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 433 aa overlap). Probable phoH2, + phoH-like protein (phosphate starvation-induced protein), + probably ATP-binding protein. Equivalent to AL049491 + MLCB1222_14 Mycobacterium leprae (433 aa) (92.8% identity + in 432 aa overlap). Similar to many proteins described as + PhoH-like e.g. Z97025|BSZ97025_12 Bacillus subtilis (442 + aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 0, (40.1% identity in + 444 aa overlap); or Mycobacterium tuberculosis + Rv2368c|O05830|PHOL_MYCTU Mycobacterium tuberculosis (352 + aa), FASTA scores: opt: 390, E(): 4e-19, (31.5% identity + in 241 aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). BELONGS TO THE PHOH FAMILY. Protein + product from Mb1125 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1125 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOH-LIKE PROTEIN PHOH2 (PHOSPHATE + STARVATION-INDUCIBLE PROTEIN PSIH)" + /protein_id="SIT99725.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXP8" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR003714" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXP8" + /translation="MTDTRTYVLDTSVLLSDPWACSRFAEHDVVVPLVVISELEAKRH + HHELGWFARQALRLFDDLRLEHGRLDQPIPVGTQGGTLHVELNHTDPAVLPAGFRTDS + NDSRILSCAANLAAEGKRVTLVSKDIPLRVKAAAVGLAADEYHAQDVVVSGWSGMHEL + ETASADIDALFADGEIDLVEARDLPCHTGIRLLGGGSHALGRVNAHKRVQLVRGDREA + FGLRGRSAEQRVALDLLLDESVGIVSLGGKAGTGKSALALCAGLEAVLERRTHRKVVV + FRPLYAVGGQELGYLPGSESEKMGPWAQAVFDTLEGLASPAVLEEVLSRGMLEVLPLT + HIRGRSLHDSFVIVDEAQSLERNVLLTVLSRLGTGSRVVLTHDIAQRDNLRVGRHDGV + AAVIEKLKGHPLFAHITLLRSERSPIAALVTEMLEEITGPR" + gene 1225785..1226660 + /locus_tag="BQ2027_MB1126" + CDS 1225785..1226660 + /locus_tag="BQ2027_MB1126" + /note="Mb1126, -, len: 291 aa. Equivalent to Rv1096, len: + 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 291 aa overlap). Possible glycosyl + hydrolase (EC 3.-.-.-), possibly a deacetylase or + esterase. Equivalent to AL049491|MLCB1222_13 Mycobacterium + leprae (291 aa) (81.3% identity in 289 aa overlap). + Similar at the C-terminus of enzymes involved in + carbohydrate degradation including Z99110|BSUB0007_92 + endo-1,4-beta-xylanase homolog yjeA from Bacillus subtilis + (467 aa), FASTA scores: opt: 418, E(): 2.6e-17, (38.6% + identity in 184 aa overlap); M64552|STMXLNB_2 acetyl-xylan + esterase from Streptomyces lividans (335 aa), FASTA + scores: opt: 371, E(): 1.1e-14, (31.6% identity in 237 aa + overlap); NP_345933.1|NC_003028 peptidoglycan + N-acetylglucosamine deacetylase A from Streptococcus + pneumoniae (463 aa); etc. Has possible N-terminal signal + sequence with TMhelix at aa 13-31. Protein product from + Mb1126 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1126 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYCOSYL HYDROLASE" + /protein_id="SIT99726.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXC7" + /db_xref="InterPro:IPR002509" + /db_xref="InterPro:IPR011330" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC7" + /translation="MPKRPDNQTWRYWRTVTGVVVAGAVLVVGGLSGRVTRAENLSCS + VIKCVALTFDDGPGPYTDRLLHILTDNDAKATFFLIGNKVAANPAGARRIADAGMEIG + SHTWEHPNMTTIPPEDIPGQFSRANDVIAAATGRTPTLYRPAGGLSNDAVRQAAAKVG + QAEILWDVIPFDWINDSNTAATRHMLMTQIKPGSVVLFHDTYSSTVDVVYQFIPVLKA + NGYRLVTVSELLGPRAPGSSYGSRENGPPVNELRDIPASEIPPLPNTSSPKPMSNFPI + TDIAGQNSGGPNNGA" + gene complement(1226663..1227544) + /locus_tag="BQ2027_MB1127C" + CDS complement(1226663..1227544) + /locus_tag="BQ2027_MB1127C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1127c, -, len: 293 aa. Equivalent to Rv1097c, + len: 293 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 293 aa overlap). Probable membrane + Gly-, Pro-rich protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis Rv2507|MTCY07A7. 13|Z95556 (273 aa), FASTA + scores: opt: 219, E(): 0.023, (30.5% identity in 266 aa + overlap); and Rv2507. Contains potential membrane spanning + region (aa ~68-92). TBparse score is 0.912. Protein + product from Mb1127c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1127c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE GLYCINE AND PROLINE RICH + PROTEIN" + /protein_id="SIT99727.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXC2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC2" + /translation="MTVPPAGPYGNYPYGPNTYGQDLYWGGQPQGGSYPPAYPPQQYP + PGWPAGPYPPGPPPPGPGSKTPWLILAGLAVLGVILLVVILVIGLRGDNKSTTATSPA + TSAPTSQPFSQQTATGCTPNVSGGVQPIGDSISAGKLSFPTSAAPGWSAFSDDQNPNL + IDAVGVGHEVAGADQWMMQAEVAITNFVTTMDVAAQASKLMQCVADGPGYAGSSPTLG + PTKTSSITVDGVRAARVDADITIADSSRNVKGDSVTIIAVDTKPVTVFLGATPIGDAT + SRATVERVIEALKVNKS" + gene complement(1227541..1228965) + /gene="fum" + /locus_tag="BQ2027_MB1128C" + CDS complement(1227541..1228965) + /gene="fum" + /locus_tag="BQ2027_MB1128C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1128c, fum, len: 474 aa. Equivalent to Rv1098c, + len: 474 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 474 aa overlap). Probable fum, fumarase + (EC 4.2.1.2). Equivalent to AL049491|MLCB1222_11 + Mycobacterium leprae (474 aa) (89.5 % identity in 467 aa + overlap). Similar to many e.g. P14408|FUMH_RAT FUMARATE + HYDRATASE, MITOCHONDRIAL PRECURSOR from Rattus norvegicus + (507 aa), FASTA scores: opt: 1427, E(): 0, (52.3% identity + in 461 aa overlap); and P05042|FUMC_ECOLI Fumarate + hydratase class II from Escherichia coli (467 aa), FASTA + scores: opt: 1355, E(): 0, (50.2% identity in 444 aa + overlap). Contains PS00163 Fumarate lyases signature. + TBparse score is 0.886. Protein product from Mb1128c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1128c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FUMARASE FUM (Fumarate hydratase)" + /protein_id="SIT99728.1" + /db_xref="GOA:Q7U0N6" + /db_xref="InterPro:IPR000362" + /db_xref="InterPro:IPR005677" + /db_xref="InterPro:IPR008948" + /db_xref="InterPro:IPR018951" + /db_xref="InterPro:IPR020557" + /db_xref="InterPro:IPR022761" + /db_xref="InterPro:IPR024083" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0N6" + /translation="MAVDADSANYRIEHDTMGEVRVPAKALWRAQTQRAVENFPISGR + GLERTQIRALGLLKGACAQVNSDLGLLAPEKADAIIAAAAEIADGQHDDQFPIDVFQT + GSGTSSNMNTNEVIASIAAKGGVTLHPNDDVNMSQSSNDTFPTATHIAATEAAVAHLI + PALQQLHDALAAKALDWHTVVKSGRTHLMDAVPVTLGQEFSGYARQIEAGIERVRACL + PRLGELAIGGTAVGTGLNAPDDFGVRVVAVLVAQTGLSELRTAANSFEAQAARDGLVE + ASGALRTIAVSLTKIANDIRWMGSGPLTGLAEIQLPDLQPGSSIMPGKVNPVLPEAVT + QVAAQVIGNDAAIAWGGANGAFELNVYIPMMARNILESFKLLTNVSRLFAQRCIAGLT + ANVEHLRRLAESSPSIVTPLNSAIGYEEAAAVAKQALKERKTIRQTVIDRGLIGDRLS + IEDLDRRLDVLAMAKAEQLDSDRL" + gene complement(1228996..1230084) + /gene="glpx" + /locus_tag="BQ2027_MB1129C" + CDS complement(1228996..1230084) + /gene="glpx" + /locus_tag="BQ2027_MB1129C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1129c, -, len: 328 aa. Equivalent to Rv1099c, + len: 328 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 328 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to P44811|GLPX_HAEIN GLPX PROTEIN + HOMOLOG (believed to be involved in glycerol metabolism) + (333 aa), FASTA scores: opt: 763, E():0, (46.2% identity + in 327 aa overlap); and Q03224|YWJI_BACSU hypothetical + protein from Bacillus subtilis (321aa), FASTA scores: opt: + 1092, E(): 0, (52.1% identity in 313 aa overlap). + Equivalent to AL049491|MLCB1222_10 Mycobacterium leprae + (355 aa), (93.0% identity in 328 aa overlap). Protein + product from Mb1129c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1129c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fructose 1,6-bisphosphatase glpx" + /protein_id="SIT99729.1" + /db_xref="GOA:Q7U0N5" + /db_xref="InterPro:IPR004464" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0N5" + /translation="MTAEGSGSSTAAVASHDPSHTRPSRREAPDRNLAMELVRVTEAG + AMAAGRWVGRGDKEGGDGAAVDAMRELVNSVSMRGVVVIGEGEKDHAPMLYNGEEVGN + GDGPECDFAVDPIDGTTLMSKGMTNAISVLAVADRGTMFDPSAVFYMNKIAVGPDAAH + VLDITAPISENIRAVAKVKDLSVRDMTVCILDRPRHAQLIHDVRATGARIRLITDGDV + AGAISACRPHSGTDLLAGIGGTPEGIIAAAAIRCMGGAIQAQLAPRDDAERRKALEAG + YDLNQVLTTEDLVSGENVFFCATGVTDGDLLKGVRYYPGGCTTHSIVMRSKSGTVRMI + EAYHRLSKLNEYSAIDFTGDSSAVYPLP" + gene 1230083..1230784 + /locus_tag="BQ2027_MB1130" + CDS 1230083..1230784 + /locus_tag="BQ2027_MB1130" + /note="Mb1130, -, len: 233 aa. Equivalent to Rv1100, len: + 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 233 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, slightly similar to Rv1906c|MTCY180.12 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (156 + aa), FASTA scores: opt: 122, E(): 6.9, (27.4% identity in + 135 aa overlap). Equivalent to AL049491|MLCB1222_9 + Mycobacterium leprae (257 aa) (63.8% identity in 257 aa + overlap). Protein product from Mb1130 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1130 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99730.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXC6" + /db_xref="InterPro:IPR025339" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXC6" + /translation="MVGDCPRSRTVRWSWDTGHVTAEPQPTPRPAKPRLLQDGRDMFW + SLAPLVVGCILLAGLVGMCSFQLGGTKRGPIPSYDAAQALRADAKTLGFPIRLPQLPG + GWTPNSGGRGGIENGRADPATGQRRNAATSIVGFISPTGRYLSLTQSNADEDKLVGSI + HPSMYPTGTVDVGGTRWVVYEGSDENGAVEPVWTTRLTGPGGATQLAITGAGSIDQFR + TLASATQSQPPLPAR" + gene complement(1230791..1231819) + /locus_tag="BQ2027_MB1131C" + CDS complement(1230791..1231819) + /locus_tag="BQ2027_MB1131C" + /note="Mb1131c, -, len: 342 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1101c, len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 342 aa overlap). + Conserved membrane protein, shows some similarity to other + bacterial proteins e.g. P77406|PERM_ECOLI PUTATIVE + PERMEASE PERM from Escherichia coli (353 aa), FASTA + scores: opt: 287, E(): 8.8e-12, (24.9% identity in 349 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a frameshift due to a single base deletion (t-*) + leads to a shorter product with a different amino part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Protein product from Mb1131c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1131c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99731.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXD0" + /db_xref="InterPro:IPR002549" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXD0" + /translation="MFTPLFKWFTKRFNTGLSAACTLLSALAAVVVPVGALVGLAIVQ + IARMVDSVADWVRTTDLSTLGDKILQFVNGLFDRVPFLHITVTADALRKAMISVAQNV + GEWLLHFLRDAAGSLAGVITSAIIFVYVFVALLVNREKLRTLIGQLNPLGEDVTDLYL + QKMGSMVRGTVNGQFVIAACQGVAGAASIYIAGFHHGFFIFAIVLTALSIIPLGGGIV + TIPFGIGMIFYGNIAGGIFVLLWHLLVVTNIDNVLRPILVPRDARLNSALMLLSVFAG + ITMFGPWGIIIGPVLMILIVTTIDVYLAVYKGVELEQFDAPPVRRRWLPRRGPATSRN + APPPSTAE" + gene complement(1232059..1232370) + /gene="mazf3" + /locus_tag="BQ2027_MB1132C" + CDS complement(1232059..1232370) + /gene="mazf3" + /locus_tag="BQ2027_MB1132C" + /note="Mb1132c, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv1102c, + len: 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 103 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protens e.g. Rv1942c|MTCY9F9_22 (109 aa), + FASTA scores: opt: 158, E(): 3.6e-05, (33.3% identity in + 93 aa overlap); Rv0659c|MTCI376_17 (102aa), opt: 140, E(): + 0.00072, (40.6% identity in 69aa overlap); and Rv1495. + Mb1132c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin mazf3" + /protein_id="SIT99732.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZG6" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZG6" + /translation="MRPIHIAQLDKARPVLILTREVVRPHLTNVTVAPITTTVRGLAT + EVPVDAVNGLNQPSVVSCDNIQTIPVCDLGRQIGYLLASQEPALAEAIGNAFDLDWVV + A" + gene complement(1232370..1232690) + /gene="maze3" + /locus_tag="BQ2027_MB1133C" + CDS complement(1232370..1232690) + /gene="maze3" + /locus_tag="BQ2027_MB1133C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1133c, -, len: 106 aa. Equivalent to Rv1103c, + len: 106 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 106 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to part of Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv2472|AL021246|MTV008_27 + Mycobacterium tuberculosis (97 aa), FASTA score: opt: 135, + E(): 0.0091, (45.8% identity in 72 aa overlap). TBparse + score is 0.916. Protein product from Mb1133c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1133c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin maze3" + /protein_id="SIT99733.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC0" + /translation="MYLPWGVVLAGGANGFGAGAYQTGTICEVSTQIAVRLPDEIVAF + IDDEVRGQHARSRAAVVLRALERERRRRLAERDAEILATNTSATGDLDTLAGHCARTA + LDID" + gene 1232700..1233389 + /locus_tag="BQ2027_MB1134" + CDS 1232700..1233389 + /locus_tag="BQ2027_MB1134" + /note="Mb1134, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv1104, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 229 aa overlap). Possible + para-nitrobenzyl esterase (fragment; possibly first part) + (EC 3.1.1.-). Similar to the N-terminal domain of many + e.g. P37967|PNBA_BACSU Bacillus subtilis (489 aa), FASTA + scores: opt: 715, E(): 0, (53.4% identity in 191 aa + overlap). Gene may be inactivated as a frameshift is + required to obtain a product continuing in + MTV017.58|Rv1105. Mb1134 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PARA-NITROBENZYL ESTERASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99734.1" + /db_xref="InterPro:IPR002018" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE4" + /translation="MVVDSCVAESRYGPVRGADDGRVKVWKGIRYAAPPLGDLRFRTP + EPPERWTEVADATTFGPACPQPAIPNMPLDLGASQSEDCWSLNIWAPADTEPGDGKPV + MVWLHGGAYILGSGSQPLYNGRRLAASGDVVVVTVNYRLGALGFLDLSSFNTSRRRFD + SNIGLRDVLAVLRWVADNIAVFGGDPEKVTLFGESARESSRPCSPPRRPRVCSRRRSP + RAHRRHRSTTR" + gene 1233710..1234225 + /locus_tag="BQ2027_MB1135" + CDS 1233710..1234225 + /locus_tag="BQ2027_MB1135" + /note="Mb1135, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv1105, len: + 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 171 aa overlap). Possible + para-nitrobenzyl esterase (fragment; possibly second part) + (EC 3.1.1.-). Similar to C-terminal domain of many e.g. + P71048 PARA-NITROBENZYL ESTERASE from Bacillus subtilis + (489 aa), FASTA scores: opt: 248, E(): 2.7e-10, (32.3% + identity in 167 aa overlap). Gene may be inactivated as a + frameshift is required to obtain a product continuing from + MTV017.57|Rv1104. Start changed since first submission." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PARA-NITROBENZYL ESTERASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99735.1" + /db_xref="InterPro:IPR002018" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ8" + /translation="MFTQIAAEQPDLQVPTEEQIGSAYSRWRRKARSLSMATDVGFRM + PSVWLAEGHSGVAPVYLYRFDYSTPLLKLLLVRAAHATELPYVWGNLGGSQDPALKLG + DAKAAIAVSRRVRTRWINFATRGKPTGPDGEPDWPCYEEAHRACLIIGRRDAVVHDVD + AHIRATWGSKW" + gene complement(1234243..1235355) + /locus_tag="BQ2027_MB1136C" + CDS complement(1234243..1235355) + /locus_tag="BQ2027_MB1136C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1136c, -, len: 370 aa. Equivalent to Rv1106c, + len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 370 aa overlap). Probable cholesterol + dehydrogenase (EC 1.1.1.-). Equivalent to + AL049491|MLCB1222_7 Mycobacterium leprae (376 aa) (75.5% + identity in 375 aa overlap). Highly similar to Q03704 + NAD(P)-dependent cholesterol dehydrogenase from Nocardia + sp. (364 aa), FASTA scores: opt: 1789, E(): 0, (74.5% + identity in 361 aa overlap). Also similar to + U32426|MCU32426_1 3-beta-hydroxy-Delta5-steroid + dehydrogenase from Molluscum contagiosum virus (354 aa), + FASTA scores: opt: 432, E(): 1.7e-22, (34.6% identity in + 347 aa overlap). Also similar to series of Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins described as sugar + epimerases or dehydratases e.g. Rv3634c, Rv3784, Rv3464, + etc. Protein product from Mb1136c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1136c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-beta-hydroxysteroid dehydrogenase" + /protein_id="SIT99736.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXD8" + /db_xref="InterPro:IPR002225" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXD8" + /translation="MLRRMGDASLTTELGRVLVTGGAGFVGANLVTTLLDRGHWVRSF + DRAPSLLPAHPQLEVLQGDITDADVCAAAVDGIDTIFHTAAIIELMGGASVTDEYRQR + SFAVNVGGTENLLHAGQRAGVQRFVYTSSNSVVMGGQNIAGGDETLPYTDRFNDLYTE + TKVVAERFVLAQNGVDGMLTCAIRPSGIWGNGDQTMFRKLFESVLKGHVKVLVGRKSA + RLDNSYVHNLIHGFILAAAHLVPDGTAPGQAYFINDAEPINMFEFARPVLEACGQRWP + KMRISGPAVRWVMTGWQRLHFRFGFPAPLLEPLAVERLYLDNYFSIAKARRDLGYEPL + FTTQQALTECLPYYVSLFEQMKNEARAEKTAATVKP" + gene complement(1235365..1235622) + /gene="xseB" + /locus_tag="BQ2027_MB1137C" + CDS complement(1235365..1235622) + /gene="xseB" + /locus_tag="BQ2027_MB1137C" + /note="Mb1137c, xseB, len: 85 aa. Equivalent to Rv1107c, + len: 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 85 aa overlap). Probable xseB, + exonuclease VII small subunit (EC 3.1.11.6). Equivalent to + AL049491|MLCB1222_6 Mycobacterium leprae (87 aa) (77.9% + identity in 68 aa overlap). Similar to P43914|EX7S_HAEIN + EXODEOXYRIBONUCLEASE SMALL SUBUNIT from H. influenzae (84 + aa), FASTA scores: opt: 126, E(): 0.006, (37.3% identity + in 67 aa overlap); and P22938|EX7S_ECOLI + EXODEOXYRIBONUCLEASE SMALL SUBUNIT from Escherichia coli + (79 aa), FASTA scores: opt: 125, E(): 0.0067, (39.7% + identity in 58 aa overlap). BELONGS TO THE XSEB FAMILY. + Protein product from Mb1137c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1137c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable exodeoxyribonuclease VII (small + subunit) xseB (Exonuclease VII small subunit)" + /protein_id="SIT99737.1" + /db_xref="GOA:P67457" + /db_xref="InterPro:IPR003761" + /db_xref="InterPro:IPR037004" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67457" + /translation="MVCDPNGDDTGRTHATVPVSQLGYEACRDELMEVVRLLEQGGLD + LDASLRLWERGEQLAKRCEEHLAGARQRVSDVLAGDEAQNG" + gene complement(1235612..1236859) + /gene="xseA" + /locus_tag="BQ2027_MB1138C" + CDS complement(1235612..1236859) + /gene="xseA" + /locus_tag="BQ2027_MB1138C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1138c, xseA, len: 415 aa. Equivalent to Rv1108c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 415 aa overlap). Probable xseA, + exodeoxyribonuclease VII large subunit (EC 3.1.11.6) (see + first citation below). Equivalent to AL049491|MLCB1222_5 + Mycobacterium leprae (428 aa) (81.5% identity in 411 aa + overlap). Similar to many e.g. P04994|EX7L_ECOLI + exodeoxyribonuclease large subunit from Escherichia coli + (456 aa), FASTA scores: opt: 581, E(): 1.6 e-30, (30.8% + identity in 425 aa overlap); also similar to the + exodeoxyribonuclease in Bacillus subtilis, H. influenzae + and H. pylori. TBparse score is 0.890. BELONGS TO THE XSEA + FAMILY. Protein product from Mb1138c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1138c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXODEOXYRIBONUCLEASE VII (LARGE + SUBUNIT) XSEA (EXONUCLEASE VII LARGE SUBUNIT)" + /protein_id="SIT99738.1" + /db_xref="GOA:P67448" + /db_xref="InterPro:IPR003753" + /db_xref="InterPro:IPR020579" + /db_xref="InterPro:IPR025824" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67448" + /translation="MTQNSAENPFPVRAVAIRVAGWIDKLGAVWVEGQLAQITMRPDA + KTVFMVLRDPAADMSLTVTCSRDLVLSAPVKLAEGVQVVVCGKPSFYTGRGTFSLRLS + EIRAVGIGELLARIDRLRRLLDAEGLFDPRLKRPIPYLPNMIGLITGRASAAERDVTT + VASARWPAARFAVRNVAVQGPNAVGQIVEALRELDRDPDVDVIVLARGGGSVEDLLPF + SDETLCRAIAACRTPVVSAVGHEPDNPLCDLVVDLRAATPTDAAKKVVPDTAAEQRLI + DDLRRRSAQALRNWVSREQRAVAQLRSRPVLADPMTMVSVRAEEVHRARSTLRRNLTL + MVAAETERIGHLAARLATLGPAATLARGYAIVQTVAQTGPEGGSEPQVLRSVHDAPEG + TKLRVRVADGALAAVSEGQTNGL" + gene complement(1236856..1237494) + /locus_tag="BQ2027_MB1139C" + CDS complement(1236856..1237494) + /locus_tag="BQ2027_MB1139C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1139c, -, len: 212 aa. Equivalent to Rv1109c, + len: 212 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 212 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, N-terminal domain is hydrophobic, C-terminal half + is very rich in Arg. Equivalent to AL049491|MLCB1222_2 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (379 aa) + (46.0% identity in 374 aa overlap). Start changed since + first submission. TBparse score is 0.934. Protein product + from Mb1139c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1139c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99739.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE9" + /translation="MATAPYGVRLLVGAATVAVEETMKLPRTILMYPMTLASQAAHVV + MRFQQGLAELVIKGDNTLETLFPPKDEKPEWATFDEDLPDALEGTSIPLLGLSDASEA + KNDDRRSDGRFALYSVSDTPETTTASRSADRSTNPKTAKHPKSAAKPTVPTPAVAAEL + DYPALTLAQLRARLHTLDVPELEALLAYEQATKARAPFQTLLANRITRATAK" + gene 1237584..1238591 + /gene="lytB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1140" + CDS 1237584..1238591 + /gene="lytB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1140" + /note="Mb1140, lytB2, len: 335 aa. Equivalent to Rv1110, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 335 aa overlap). Probable lytB2, + LytB-related protein, equivalent to AL049491|MLCB1222_3 + from Mycobacterium leprae (335 aa), FASTA score: (82.9% + identity in 333 aa overlap). Also similar to LytB proteins + from many bacteria (appears to have N-terminal extension) + e.g. P22565|LYTB_ECOLI|B0029|Z0034|ECS0032 LYTB PROTEIN + from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (316 aa), + FASTA scores: opt: 1041, E():0, (52.4% identity in 309 aa + overlap); etc. Also very similar to another LytB-related + protein from Mycobacterium tuberculosis: + LytB1|Rv3382c|MTV004.40c (329 aa), FASTA scores: opt: 975, + E(): 0, (51.3% identity in 312 aa overlap). BELONGS TO THE + LYTB FAMILY. Protein product from Mb1140 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1140 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LYTB-RELATED PROTEIN LYTB2" + /protein_id="SIT99740.1" + /db_xref="GOA:P0A5I1" + /db_xref="InterPro:IPR003451" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5I1" + /translation="MVPTVDMGIPGASVSSRSVADRPNRKRVLLAEPRGYCAGVDRAV + ETVERALQKHGPPVYVRHEIVHNRHVVDTLAKAGAVFVEETEQVPEGAIVVFSAHGVA + PTVHVSASERNLQVIDATCPLVTKVHNEARRFARDDYDILLIGHEGHEEVVGTAGEAP + DHVQLVDGVDAVDQVTVRDEDKVVWLSQTTLSVDETMEIVGRLRRRFPKLQDPPSDDI + CYATQNRQVAVKAMAPECELVIVVGSRNSSNSVRLVEVALGAGARAAHLVDWADDIDS + AWLDGVTTVGVTSGASVPEVLVRGVLERLAECGYDIVQPVTTANETLVFALPRELRSP + R" + gene complement(1238608..1239591) + /locus_tag="BQ2027_MB1141C" + CDS complement(1238608..1239591) + /locus_tag="BQ2027_MB1141C" + /note="Mb1141c, -, len: 327 aa. Equivalent to Rv1111c, + len: 327 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 327 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, N-terminal domain is hydrophobic, C-terminal half + is very rich in Arg. Equivalent to AL049491|MLCB1222_2 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (379 aa) + (46.0% identity in 374 aa overlap). Start changed since + first submission. Protein product from Mb1141c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1141c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rhomboid family protein" + /protein_id="SIT99741.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXE0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE0" + /translation="MSAQRARSAVQASHRSIHPHIPGVPWWAAILIAVTATAIGYAID + AGSGHKALTLVFTGCYIAGCVGAVLAVRQSDLFTALVQPPLILFCAVPGAYWLFHGGT + IGKFKDLLINCGYSLIERFPLMLGTAAGVLLIGLVRWYLGTALFDSIARKLSSLMTGD + SDDDGGRRSAQRPARTRSRHARPPSEDNREPIAERRSRRRPRPQNDPHPRRNAHERPA + PRSSRFDSYRSYQPSEPSGPAEPVNRYERRGARYQPYARYEPTYEPQRRRARPSEPTN + PTHHPISQVRYRGSATRDARRDNYREEQRFDRRDRSRAPRRPPAESWEYDV" + gene 1239654..1240727 + /locus_tag="BQ2027_MB1142" + CDS 1239654..1240727 + /locus_tag="BQ2027_MB1142" + /note="Mb1142, -, len: 357 aa. Equivalent to Rv1112, len: + 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 357 aa overlap). Probable GTP binding + protein, similar to YCHF_HAEIN|P44681 probable gtp-binding + protein (362 aa), FASTA scores: opt: 1189, E(): 0, (52.7% + identity in 357 aa overlap). Equivalent to + AL049491|MLCB1222_1 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (356 aa) (85.9% identity in 354 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). Protein product from Mb1142 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable GTP binding protein" + /protein_id="SIT99742.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZH6" + /db_xref="InterPro:IPR004396" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR012676" + /db_xref="InterPro:IPR013029" + /db_xref="InterPro:IPR023192" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031167" + /db_xref="InterPro:IPR041706" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZH6" + /translation="MSLSLGIVGLPNVGKSTLFNALTRNNVVAANYPFATIEPNEGVV + SLPDPRLDKLAELFGSQRVVPAPVTFVDIAGLIKGASEGAGLGNKFLAHIRECDAICQ + VVRVFVDDDVTHVTGRVDPQSDIEVVETELILADLQTLERATGRLEKEARTNKARKPV + YDAALRAQQVLDAGKTLFAAGVDAAALRELNLLTTKPFLYVFNADEAVLTDPARVGEL + RALVAPADAVFLDAAIESELTELDDESAAELLESIGQSERGLDALARAGFHTLKLQTF + LTAGPKEARAWTIHQGDTAPKAAGVIHSDFEKGFIKAEIVSYDDLVAAGSMAAAKAAG + KVRIEGKDYVMADGDVVEFRFNV" + gene 1240815..1241012 + /gene="vapb32" + /locus_tag="BQ2027_MB1143" + CDS 1240815..1241012 + /gene="vapb32" + /locus_tag="BQ2027_MB1143" + /note="Mb1143, -, len: 65 aa. Equivalent to Rv1113, len: + 65 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 65 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv2758c|AL00896 7|MTV002.23 (88 aa) + FASTA scores: opt: 97, E(): 0.86, (33.3% identity in 69 aa + overlap). Part of family including Rv2871, Rv1241, Rv2132, + Rv3321c, etc. Protein product from Mb1143 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1143 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb32" + /protein_id="SIT99743.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYD1" + /translation="MRTTVTVDDALLAKAAELTGVKEKSTLLREGLQTLVRVESARRL + AALGGTDPQATAAPRRRTSPR" + gene 1241009..1241383 + /gene="vapc32" + /locus_tag="BQ2027_MB1144" + CDS 1241009..1241383 + /gene="vapc32" + /locus_tag="BQ2027_MB1144" + /note="Mb1144, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv1114, len: + 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 124 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, slight similarity to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins MTCY159.08c (33.0% identity in 115 + aa overlap); Rv1561 and Rv2010. Protein product from + Mb1144 detected using shotgun mass spectrometry. Mb1144 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc32. contains pin domain." + /protein_id="SIT99744.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF6" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF6" + /translation="MILVDTSVWIEHLRAADARLVELLGDDEAGCHPLVIEELALGSI + KQRDVVLDLLANLYQFPVVTHDEVLRLVGRRRLWGRGLGAVDANLLGSVALVGGARLW + TRDKRLKAACAESGVALAEEVS" + gene 1241586..1242284 + /locus_tag="BQ2027_MB1145" + CDS 1241586..1242284 + /locus_tag="BQ2027_MB1145" + /note="Mb1145, -, len: 232 aa. Equivalent to Rv1115, len: + 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 232 aa overlap). Possible exported + protein, contains possible N-terminal signal sequence. + Mb1145 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99745.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR8" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR8" + /translation="MISTTRIDFLWILSVAFAPMIALATLLTLINQVVGTPYIPGGDS + PAGTDCSELASWVSNAATARPVFGDRFNTGNEEAALAARGFQQGTAPNALVIGWNGHH + TAVTLPDGTPVSSGEGGGVRVGGGGAYQPKFTHHMYLPMDVDAGEDQPPAPDEPVTAV + DDVEPEMPAPCPTQRPPVTPRHNLCNKLRTMPGALSAALAAAAPVWPAPISGCRGFST + SLLAKRNHPVIVGK" + gene 1242402..1242587 + /locus_tag="BQ2027_MB1146" + CDS 1242402..1242587 + /locus_tag="BQ2027_MB1146" + /note="Mb1146, -, len: 61 aa. Equivalent to Rv1116, len: + 61 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 61 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Mb1146 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99746.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE7" + /translation="MCSRMADEPRLEAGAHPFEEGRDKAPELRATQMDHVRFTEGRRE + RNRDRLERSQQFRQPGR" + gene complement(1242514..1242789) + /locus_tag="BQ2027_MB1147C" + CDS complement(1242514..1242789) + /locus_tag="BQ2027_MB1147C" + /note="Mb1147c, -, len: 91 aa. Equivalent to Rv1116A, len: + 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 91 aa overlap). Conserved hypothetical protein + (possibly gene fragment), similar to C-terminal part of + Rv1646|Z85982_9 from Mycobacterium tuberculosis (310 aa), + FASTA scores: opt: 301, E(): 9.3e-13, (68.05% identity in + 72 aa overlap). Also overlaps gene on other strand, + Rv1116, at 3'-end. Mb1147c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE family protein" + /protein_id="SIT99747.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE2" + /translation="MGALGTVRGLQDSNTAFVGALHSGNLLGATGAVLQAPGNAVNGF + LFGQTSISQSIDVSPEYGYELVAVSDPVGGTAGSARAGHGYVHADLR" + gene 1243032..1243355 + /locus_tag="BQ2027_MB1148" + CDS 1243032..1243355 + /locus_tag="BQ2027_MB1148" + /note="Mb1148, -, len: 107 aa. Equivalent to Rv1117, len: + 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 107 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to P94425|D50453 hypothetical + protein from Bacillus subtilis (95 aa), fasta scores: opt: + 128, E(): 5.1e-06, (28.3% identity in 92 aa overlap); and + AL117322|SCF1.02 Streptomyces coelicolor (109 aa), FASTA + scores: opt: 437, E(): 1.6e-25, (57.5% identity in 106 aa + overlap). Protein product from Mb1148 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1148 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99748.1" + /db_xref="InterPro:IPR007138" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE3" + /translation="MIFIVVKFETKPEWTERWPDLVASFTAATRAEEGNLWFEWSRSL + DDPAEYVLVESFRDGEAGGVHVNSDHFRQAMRELPKALASTPKIISQTIDATGWSAMG + EMTVG" + gene complement(1243370..1244230) + /locus_tag="BQ2027_MB1149C" + CDS complement(1243370..1244230) + /locus_tag="BQ2027_MB1149C" + /note="Mb1149c, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv1118c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 286 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to pseudogene ML0942 in Mycobacterium + leprae. Protein product from Mb1149c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1149c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99749.1" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF8" + /translation="MQSGPHLVGRVGTSFPLIARHQGATRDDAGDTGQPDPLPHVAHP + DRLYPPMVHGVDPSTLALDRALNETRTGDLWLFRGRSRPDRAIQTLTNAPVNHVGMTV + AIDDLPPLIWHAELGDKLLDVWTGTNHRGVQLNDARQVVQQWAGRYRQRCWLRQLTPH + ANRDQEDKLLRVIARMNGTPFPTTARLTGRWLRGRLPTLNDWLRGIPVLDRKVREQTQ + RRKQQQRTMGLATAYCAETVAITYEEMGLLVTDKDAHWFDPGKFWSGDSLPLAPGYRL + GHEIAVDVGG" + gene complement(1244263..1244412) + /locus_tag="BQ2027_MB1150C" + CDS complement(1244263..1244412) + /locus_tag="BQ2027_MB1150C" + /EC_number="4.6.1.1" + /note="Mb1150c, -, len: 49 aa. Equivalent to Rv1119c, len: + 49 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 49 aa overlap). Hypothetical unknown protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Adenylate cyclase (EC" + /protein_id="SIT99750.1" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXE6" + /translation="MTARVAGQAVGGQILVGEPVHDAVSDCADIRFGSYRLFSLDAAP + GPDLD" + gene complement(1244409..1244903) + /locus_tag="BQ2027_MB1151C" + CDS complement(1244409..1244903) + /locus_tag="BQ2027_MB1151C" + /EC_number="4.6.1.1" + /note="Mb1151c, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv1120c, + len: 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 164 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity at C-terminus to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. Rv1890c|MTCY180.28 + (462 aa), FASTA scores: opt: 187, E(): 2.2e-05, (36.6% + identity in 93 aa overlap) and Rv2488c|YZ19_MYCTU|Q10551 + (285 aa), FASTA scores: opt: 156, E(): 0.00074, (32.7% + identity in 107 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Adenylate cyclase (EC" + /protein_id="SIT99751.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF0" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF0" + /translation="MLSGGREAVKTVWQTANLVRKEGFGAAVRSSIEDPADWAEVERP + DLARVTPDARVVILFSDIEESTALDERIGDRTWVKLIGAHDKLVHELVRRWSGHMVTS + QGDGFMIAFARAEQAVRCGIDIQDALRNSAKRKRNQGIRVRIGTTWGARCGTVTICSA + ATSQ" + gene 1245106..1246506 + /gene="zwf1" + /locus_tag="BQ2027_MB1152" + CDS 1245106..1246506 + /gene="zwf1" + /locus_tag="BQ2027_MB1152" + /note="Mb1152, zwf1, len: 466 aa. Equivalent to Rv1121, + len: 466 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 466 aa overlap). Probable zwf1, + glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (EC 1.1.1.49), highly + similar to many e.g. G6PD_E COLI|P22992 Escherichia coli + (491 aa), FASTA scores: opt: 642, E(): 0, (35.8% identity + in 478 aa overlap). Mycobacterium tuberculosis has two + genes for ZWF, this one is highly divergent. BELONGS TO + THE GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FAMILY. Note that + previously known as zwf. Protein product from Mb1152 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1152 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCOSE-6-PHOSPHATE 1-DEHYDROGENASE + ZWF1 (G6PD)" + /protein_id="SIT99752.1" + /db_xref="GOA:P0A587" + /db_xref="InterPro:IPR001282" + /db_xref="InterPro:IPR019796" + /db_xref="InterPro:IPR022674" + /db_xref="InterPro:IPR022675" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A587" + /translation="MVDGGGGASDLLVIFGITGDLARKMTFRALYRLERHQLLDCPIL + GVASDDMSVGQLVKWARESIGRTEKIDDAVFDRLAGRLSYLHGDVTDSQLYDSLAELI + GSACRPLYYLEMPPALFAPIVENLANVRLLERARVAVEKPFGHDLASALELNARLRAV + LGEDQILRVDHFLGKQPVVELEYLRFANQALAELWDRNSISEIHITMAEDFGVEDRGK + FYDAVGALRDVVQNHLLQVLALVTMEPPVGSSADDLNDKKAEVFRAMAPLDPDRCVRG + QYLGYTEVAGVASDSATETYVALRTEIDNWRWAGVPIFVRAGKELPAKVTEVRLFLRR + VPALAFLPNRRPAEPNQIVLRIDPDPGMRLQISAHTDDSWRDIHLDSSFAVDLGEPIR + PYERLLYAGLVGDHQLFAREDSIEQTWRIVQPLLDNPGEIHRYDRGSWGPEAAQSLLR + GHRGWQSPWLPRGTDA" + gene 1246528..1247550 + /gene="gnd2" + /locus_tag="BQ2027_MB1153" + CDS 1246528..1247550 + /gene="gnd2" + /locus_tag="BQ2027_MB1153" + /note="Mb1153, gnd2, len: 340 aa. Equivalent to Rv1122, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 340 aa overlap). Probable gnd2, + 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating (EC + 1.1.1.44), highly similar to Q53917 6-PHOSPHOGLUCONATE + DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor (291 aa), fasta + scores: opt: 431, E(): 2.2e-20, (44.5% identity in 335 aa + overlap). Also similar to Rv1844c|MTCY359.29|gnd1 PROBABLE + 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE from Mycobacterium + tuberculosis (485 aa), FASTA score: (33.0% identity in 351 + aa overlap). Note that Rv1844c|MTCY359.29|gnd1 is most + similar to gnd's from Gram negative organisms, while gnd2 + is most similar to gnd's from Gram positive organisms. + BELONGS TO THE 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE FAMILY. + Protein product from Mb1153 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1153 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 6-phosphogluconate + dehydrogenase,decarboxylating gnd2" + /protein_id="SIT99753.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYE0" + /db_xref="InterPro:IPR004849" + /db_xref="InterPro:IPR006114" + /db_xref="InterPro:IPR006115" + /db_xref="InterPro:IPR006183" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE0" + /translation="MQLGMIGLGRMGANIVRRLAKGGHDCVVYDHDPDAVKAMAGEDR + TTGVASLRELSQRLSAPRVVWVMVPAGNITTAVIEELANTLEAGDIVIDGGNTYYRDD + LRHEKLLFKKGIHLLDCGTSGGVWGRERGYCLMIGGDGDAFARAEPIFATVAPGVAAA + PRTPGRDGEVAPSEQGYLHCGPCGSGHFVKMVHNGIEYGMMASLAEGLNILRNADVGT + RVQHGDAETAPLPNPECYQYDFDIPEVAEVWRRGSVIGSWLLDLTAIALRESPDLAEF + SGRVSDSGEGRWTAIAAIDEGVPAPVLTTALQSRFASRDLDDFANKALSAMRKQFGGH + AEKPAN" + gene complement(1247543..1248451) + /gene="bpoB" + /locus_tag="BQ2027_MB1154C" + CDS complement(1247543..1248451) + /gene="bpoB" + /locus_tag="BQ2027_MB1154C" + /note="Mb1154c, bpoB, len: 302 aa. Equivalent to Rv1123c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 302 aa overlap). Possible bpoB, + peroxidase (non-haem peroxidase) (EC 1.11.1.-), with some + similarity to a range of enzymes from several organisms + including: DEH1_MORSP|Q01398 haloacetate dehalogenase (EC + 3.8.1.3) from Moraxella sp. (294 aa), FASTA scores: opt: + 201, E(): 2.1e-06, (35.8% identity in 134 aa overlap); and + BPA1_STRAU|P33912 non-haem bromoperoxidase bpo-a1 (EC + 1.11.1.-) from Streptomyces aureofaciens (274 aa), FASTA + scores: opt: 187, E(): 1.6e-05, (23.1% identity in 281 aa + overlap). Similar to several other Mycobacterium + tuberculosis proteins, probable epoxide hydrolases and + non-heme bromoperoxidases e.g. Rv1938, Rv3617, Rv3473c, + Rv3171c, etc. Contains PS00216 Sugar transport proteins + signature 1. Protein product from Mb1154c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1154c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PEROXIDASE BPOB (NON-HAEM PEROXIDASE)" + /protein_id="SIT99754.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG7" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG7" + /translation="MTIWRVPSKVTSGPVSAVSSSPQAVAFSGARGITLVADEWNRGA + AAADRPTILMLHGGGQNRFSWKNTGQILADEGHHVVALDTRGPGDSDRAPGADYAVET + PTTDVLHVVEAIGRRVVVVEASMGGLTGILVAERAGPQTVNGLVLVDVVPRYEKEGNA + RIRDFMLGNIDGFGSLEEAADAVAEYLPHRDKPRSPEGLKRNLRLRDGRWHWHWDPAM + MTAPGHDPQLRTENFERAAMGLTIPVLLIRGKLSDVVSSDGARDFLAKVPNAEFVELS + NAGRTAAGDDNDAFTDVVVDFVRRLS" + gene 1248526..1249476 + /gene="ephC" + /locus_tag="BQ2027_MB1155" + CDS 1248526..1249476 + /gene="ephC" + /locus_tag="BQ2027_MB1155" + /note="Mb1155, ephC, len: 316 aa. Equivalent to Rv1124, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 316 aa overlap). Probable ephC, epoxide + hydrolase (EC 3.3.2.3) (see citation below), similar to + Q42566 epoxide hydrolase from Arabidopsis thaliana (321 + aa), FASTA scores: opt: 298, E(): 8.2e-13, (27.6% identity + in 333 aa overlap). Similar to other Mycobacterium + tuberculosis epoxide hydrolases and non-heme + bromoperoxidases e.g. Rv1938, Rv3617, Rv3670, Rv3473c, + etc. Protein product from Mb1155 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1155 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE EPHC (EPOXIDE + HYDRATASE)" + /protein_id="SIT99755.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS8" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS8" + /translation="MRAGRGERESTWRTTMAEPHWIDVKGPNGDLKALTWGPAGAPVA + LCLHGFPDTAYGWRKVAPRLAESGWHVVAPFMRGYAPSSIPADGSYHVGALMHDALRV + RSAAGGTERDVIIGHDWGAIAATGLAAMPDSPFAKAVIMSVPPSAAFRPLGRVPERGR + LLRELPHQLLRSWYILYFQLPWLPERSASWVVPLLWRRWSPGYHAEEDLRHVDAAIGT + PEGRRAALGPYRATMRNTRAPADYADLNRLWTEAPKLPVLYLHGHDDGCATSAFTHWT + ARVLPAGSEVAVVEHAGHFLQLEQPDKIAELIVAFIGSPG" + gene 1249481..1250725 + /locus_tag="BQ2027_MB1156" + CDS 1249481..1250725 + /locus_tag="BQ2027_MB1156" + /note="Mb1156, -, len: 414 aa. Equivalent to Rv1125, len: + 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 414 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to AL133278|SCM11.13 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA scores: opt: + 182, E(): 0.0005, (28.1% identity in 437 aa overlap). + Protein product from Mb1156 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1156 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99756.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF7" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF7" + /translation="MAGHRMAAVDAQFYWMSAKVPNDQFLLYAFDGEPTDLERAVAQV + YRRARGCPGLGMRVQDRGALAYPQWVPTPVQRDQLVCHDLADRSWQGCLAAVVGLAGK + QLDMRRMPWRLHVFTPVHDVPGVSGLGTVAVMQFAHALGDGARASAMAAWLFGRPAAV + PEIARSRAGFLPWRAAHAARAHLRLVRDTNAGLVAPGVGSRPPLSTNARPEGVRAVRT + LLRRRSQLAGPTVTVTVLAAVSTGLLGLLGGDVDTLGAEVPMAKPGVPRSYNHFGNVV + VGLYPRLEPDERVRRIATDLANARRRFEHPAMLSADRAFAAVPAALLRWGVSQFDAEV + RPVRVAGNTVVSSVYRGAADLSFGDAPVVLTAGYPALSPAMGLTHGVHGIGDTVAISV + HAAESAVSDIDAYMRLLDAALQ" + gene complement(1250729..1251334) + /locus_tag="BQ2027_MB1157C" + CDS complement(1250729..1251334) + /locus_tag="BQ2027_MB1157C" + /note="Mb1157c, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv1126c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 201 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in N-terminus to O05567|MLCB33.17 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (141 aa), + FASTA scores: opt: 332, E(): 1.4e-23, (58.4% identity in + 101 aa overlap). Protein product from Mb1157c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb1157c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99757.1" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF2" + /translation="MSELTVLQAVRLKGRVITTDLAQTLGEDLADVAATVDRLTAAGL + LVDATPLRISPSGRMRLDDLLAEERNRADSTVLAAAYRDFRSVNADFKRLVTDWQLKG + EKPNTHDDAEYDAAVLSRLDGVHRRVGPIIGTVAMQLPRLSRYPVKLRAALDKVKAGD + IAWLTRPLIDSYHTVWFELHEELIQAVGLTRDEAAKSGDAQ" + gene complement(1251331..1252803) + /gene="ppdK" + /locus_tag="BQ2027_MB1158C" + CDS complement(1251331..1252803) + /gene="ppdK" + /locus_tag="BQ2027_MB1158C" + /note="Mb1158c, ppdK, len: 490 aa. Equivalent to Rv1127c, + len: 490 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 490 aa overlap). Probable ppdK, + Pyruvate, phosphate dikinase (EC 2.7.9.1). Equivalent (but + shorter) to Z94723|MLCB33_16 ppdK from Mycobacterium + leprae (601 aa) (71.8% identity in 478 aa overlap). Highly + similar to N-terminus of PODK_CLOSY|P22983 pyruvate, + phosphate dikinase from Clostridium symbiosum (873 aa), + FASTA scores: opt: 786, E(): 0, (37.4% identity in 514 aa + overlap). Protein product from Mb1158c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1158c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE PPDK" + /protein_id="SIT99758.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF3" + /db_xref="InterPro:IPR002192" + /db_xref="InterPro:IPR008279" + /db_xref="InterPro:IPR010121" + /db_xref="InterPro:IPR013815" + /db_xref="InterPro:IPR036637" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF3" + /translation="MTRITRANGCPDGTLENAVVALDGGANYPREILGNKGHGIDMMR + RHHLPVPPAFCITTEVGVRYLAAPESTIAAIWDDVLDRMSWLETETSCTFGRGPNPLL + VSVRSGATQSMPGMMDTILDVGMTDAVERVLARPGAADFAHDTRRRFTSMYRRIVGSA + GPITDDPYAQLRASIEAVFASWNSPRAVAYRDHHGLDDQGGTAVVVQAMVFGNLTANS + GAGVLSSRNPITGANEPFGEWLPGGQGDDVVSGLVAVAPITALRDQQPAVYDQLMAAA + RSLERMAGDVQEIEFTVEDSQLWLLQTRGAERSAQAAVRLALQLHHEGLIDDTETLRR + VTPTHIETLLRPSLQPETRLAAPLLAKGLPACPGVVSGTAYTEVDEALDAADRGEPVI + LVRDHTRPEDVMGMLAAQGIVTEVGGAASHAAVVSRELGRVAVVGCGPGVAAALAGKE + ITVDGYEGEVRQGVLALSAWSESDTPELRELADIAQRISS" + gene complement(1253016..1254371) + /locus_tag="BQ2027_MB1159C" + CDS complement(1253016..1254371) + /locus_tag="BQ2027_MB1159C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1159c, -, len: 451 aa. Equivalent to Rv1128c, + len: 451 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 451 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, in REP13E12 degenerate repeat, highly similar to + several Mycobacterium tuberculosis proteins in REP13E12 + repeats e.g. Rv1148c, Rv1945, Rv3467, etc. Mb1159c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="SIT99759.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG5" + /translation="MCSTREEITEAFASLATALSRVLGLTFDALTTPERLALLEHCET + ARRQLPSVEHTLINQIGEQSTEEELGGKLGLTLADRLRITRSEAKRRVAEAADLGQRR + ALTGEPLPPLLTATAKAQRHGLIGDGHVEVIRAFVHRLPSWVDLKTLEKAERDLAKQA + TQYRPDQLAKLAARIMDCLNPDGDYTDEDRARRRGLTLGKQDVDGMSRLSGYVTPELR + ATIEAVWAKLAAPGMCNPEQKAPCVNGAPSKEQARRDTRSCPQRNHDALNAGLRSLLT + SGNLGQHNGLPASIIVTTTLKDLEAAAGAGLTGGGTILPISDVIRLARHANHYLAIFD + RGKALALYHTKRLASPAQRIMLYAKDSGCSAPGCDVPGYYCEVHHVTPYAQCRNTDVN + DLTLGCGGHHPLAERGWTTRKNAHGDTEWLPPPHLDHGQPRVNTFHHPEKLLADDEGD + P" + repeat_region complement(1253016..1254371) + /locus_tag="BQ2027_MB1159C" + /note="REP-3, len: 1356 nt. Equivalent to REP, len: 1325 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, (99.9% + identity in 1325 nt overlap). REP22G8, member of REP13E12 + family." + /rpt_family="REP" + gene complement(1254473..1255933) + /locus_tag="BQ2027_MB1160C" + CDS complement(1254473..1255933) + /locus_tag="BQ2027_MB1160C" + /note="Mb1160c, -, len: 486 aa. Equivalent to Rv1129c, + len: 486 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 486 aa overlap). Possible + transcriptional regulator protein, similar to + Rv0465c|MTV038.09c Mycobacterium tuberculosis (474 aa), + FASTA scores: E(): 0, (47.4% identity in 468 aa overlap). + Helix turn helix motif present from aa 32-53. Protein + product from Mb1160c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PROTEIN" + /protein_id="SIT99760.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXF4" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010359" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="InterPro:IPR018653" + /db_xref="InterPro:IPR026281" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXF4" + /translation="MTRSNVLPVARTYSRTFSGARLRRLRQERGLTQVALAKALDLST + SYVNQLENDQRPITVPVLLLLTERFDLSAQYFSSDSDARLVADLSDVFTDIGVEHAVS + GAQIEEFVARMPEVGHSLVAVHRRLRAATEELEGYRSRATAETELPPARPMPFEEVRD + FFYDRNNYIHDLDMAAERMFTESGMRTGGLDIQLAELMRDRFGISVVIDDNLPDTAKR + RYHPDTKVLRVAHWLMPGQRAFQIATQLALVGQSDLISSIVATDDQLSTEARGVARIG + LANYFAGAFLLPYREFHRAAEQLRYDIDLLGRRFGVGFETVCHRLSTLQRPRQRGIPF + IFVRTDKAGNISKRQSATAFHFSRVGGSCPLWVVHDAFAQPERIVRQVAQMPDGRSYF + WVAKTTAADGLGYLGPHKNFAVGLGCDLAHAHKLVYSTGVVLDDPSTEVPIGAGCKIC + NRTSCAQRAFPYLGGRVAVDENAGSSLPYSSTEQSV" + gene 1255954..1257534 + /gene="prpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1161" + CDS 1255954..1257534 + /gene="prpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1161" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1161, -, len: 526 aa. Equivalent to Rv1130, len: + 526 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 526 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to AP000063|AP000063_192 + hypothetical protein from Aeropyrum pernix (479 aa), FASTA + scores: opt: 717, E(): 0, (34.3% identity in 443 a a + overlap), and to PRPD_ECOLI|P77243 prpd protein from + Escherichia coli (483aa), FASTA scores: opt: 234, E(): + 3.3e-08, (27.0% identity in 429 aa overlap). Protein + product from Mb1161 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1161 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible methylcitrate dehydratase prpD" + /protein_id="SIT99761.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG0" + /db_xref="InterPro:IPR005656" + /db_xref="InterPro:IPR036148" + /db_xref="InterPro:IPR042183" + /db_xref="InterPro:IPR042188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG0" + /translation="MPGQDTKVRLFRVFCWCPVLRMVRIMLMHAVRAWRSADDFPCTE + HMAYKIAQVAADPVDVDPEVADMVCNRIIDNAAVSAASMVRRPVTVARHQALAHPVRH + GAKVFGVEGSYSADWAAWANGVAARELDFHDTFLAADYSHPADNIPPLVAVAQQLGVC + GAELIRGLVTAYEIHIDLTRGICLHEHKIDHVAHLGPAVAAGIGTMLRLDQETIYHAI + GQALHLTTSTRQSRKGAISSWKAFAPAHAGKVGIEAVDRAMRGEGSPAPIWEGEDGVI + AWLLAGPEHTYRVPLPAPGEPKRAILDSYTKQHSAEYQSQAPIDLACRLRERIGDLDQ + IASIVLHTSHHTHVVIGTGSGDPQKFDPDASRETLDHSLPYIFAVALQDGCWHHERSY + APERARRSDTVALWHKISTVEDPEWTRRYHCADPAKKAFGARAEVTLHSGEVIVDELA + VADAHPLGTRPFERKQYVEKFTELADGVVEPVEQQRFLAVVESLADLESGAVGGLNVL + VDPRVLDKAPVIPPGIFR" + gene 1257531..1258712 + /gene="prpc" + /locus_tag="BQ2027_MB1162" + CDS 1257531..1258712 + /gene="prpc" + /locus_tag="BQ2027_MB1162" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1162, gltA1, len: 393 aa. Equivalent to Rv1131, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 393 aa overlap). Probable gltA1, citrate + synthase 1 (EC 4.1.3.7), highly similar to + CISY_MYCSM|P26491 citrate synthase from Mycobacterium + smegmatis (375 aa), FASTA scores: opt:1942, E(): 0, (80.0% + identity in 375 aa overlap). Also similar to two other M. + tuberculosis citrate synthases, Rv0896c|MTCY31.24|gltA2 + (431 aa), FASTA score: (33.1% identity in 381 aa overlap) + and Rv0889|MTCY31.17c|citA (373 aa), FASTA score: (31.8% + identity in 371 aa overlap). Contains PS00480 Citrate + synthase signature. BELONGS TO THE CITRATE SYNTHASE + FAMILY. Protein product from Mb1162 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1162 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable methylcitrate synthase prpc" + /protein_id="SIT99762.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZI5" + /db_xref="InterPro:IPR002020" + /db_xref="InterPro:IPR011278" + /db_xref="InterPro:IPR016142" + /db_xref="InterPro:IPR016143" + /db_xref="InterPro:IPR019810" + /db_xref="InterPro:IPR024176" + /db_xref="InterPro:IPR036969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI5" + /translation="MTGPLAAARSVAATKSMTAPTVDERPDIKKGLAGVVVDTTAISK + VVPQTNSLTYRGYPVQDLAARCSFEQVAFLLWRGELPTDAELALFSQRERASRRVDRS + MLSLLAKLPDNCHPMDVVRTAISYLGAEDPDEDDAAANRAKAMRMMAVLPTIVAIDMR + RRRGLPPIAPHSGLGYAQNFLHMCFGEVPETAVVSAFEQSMILYAEHGFNASTFAARV + VTSTQSDIYSAVTGAIGALKGRLHGGANEAVMHDMIEIGDPANAREWLRAKLARKEKI + MGFGHRVYRHGDSRVPTMKRALERVGTVRDGQRWLDIYQVLAAEMASATGILPNLDFP + TGPAYYLMGFDIASFTPIFVMSRITGWTAHIMEQATANALIRPLSAYCGHEQRVLPGT + F" + gene 1258724..1260454 + /locus_tag="BQ2027_MB1163" + CDS 1258724..1260454 + /locus_tag="BQ2027_MB1163" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1163, -, len: 576 aa. Equivalent to Rv1132, len: + 576 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 576 aa overlap). Conserved membrane + protein, similar to O06827|Rv1431|MTCY493.23C membrane + protein from Mycobacterium tuberculosis (589 aa), fasta + scores: opt: 1811, E(): 0, (48.2% identity in 585 aa + overlap). Protein product from Mb1163 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1163 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99763.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYE9" + /db_xref="InterPro:IPR021941" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE9" + /translation="MGFLQPRLPDIDLAEWSQGSRSQKIRPMAQHWAEVGFGTPVLLH + LFYVAKILLYVLVGWLIVLTTKGIDGFTDAAAWYAEPIVFEKVVLYTMLFEVIGLGCG + FGPLNNRFFPPMGSILYWMRFGTIRLPPWPDRVPWTRGTKRKPVDVALYALLVMMLLS + ALFTDGAGPIPELGTMVGLLPAWQIVLILLLLGVLGLRDKVIFLAARGEVYATLTVTF + LFGRLNGIDMIVAAKLVFLVIWIGAATSKLNRHFPFVISTMMSNNPLFRPRFIKRMFF + KKFPGDLRPGLLSRIVAHVSTVIEMCVPVVLFVAHGGWPTVVAATIMVCFHLGILTAI + PMGVPLEWNVFMIFGVLSLFVGHACLGLADVKNPVPLAILIAVVAGIVIAGNVFPRKI + SFLAAMRYYAGNWDTTLWCIKPSAEDKINRGIVAIASMPAAQLERFYGKDRAQIPMYL + GYAFRAMNSHGRALFTLAHRAMAGHDEDDYVITDGERVCSTAVGWNFGDGHLHNEQLI + AAMQQRCGFQPGEVRVVLLDAQPIHRQTQEYRLVDAATGEFERGYVRVADMVNRQPWD + DDVPVHVLPG" + gene complement(1260466..1262745) + /gene="metE" + /locus_tag="BQ2027_MB1164C" + CDS complement(1260466..1262745) + /gene="metE" + /locus_tag="BQ2027_MB1164C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1164c, metE, len: 759 aa. Equivalent to Rv1133c, + len: 759 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 759 aa overlap). Probable metE, + 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine + methyltransferase (EC 2.1.1.14), highly similar to others + e.g. METE_ECOLI|P25665 Escherichia coli (752 aa), FASTA + scores: opt: 2251, E(): 0, (48.1% identity in 756 aa + overlap). Equivalent to Z94723|MLCB33_14 metE from M. + leprae (760 aa) (85.3% identity in 755 aa overlap). + BELONGS TO THE VITAMIN-B12 INDEPENDENT METHIONINE SYNTHASE + FAMILY. Protein product from Mb1164c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1164c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE + 5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE--HOMOCYSTEINE + METHYLTRANSFERASE METE (methionine synthase, vitamin-B12 + independent isozyme)" + /protein_id="SIT99764.1" + /db_xref="GOA:P65341" + /db_xref="InterPro:IPR002629" + /db_xref="InterPro:IPR006276" + /db_xref="InterPro:IPR013215" + /db_xref="InterPro:IPR038071" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65341" + /translation="MTQPVRRQPFTATITGSPRIGPRRELKRATEGYWAGRTSRSELE + AVAATLRRDTWSALAAAGLDSVPVNTFSYYDQMLDTAVLLGALPPRVSPVSDGLDRYF + AAARGTDQIAPLEMTKWFDTNYHYLVPEIGPSTTFTLHPGKVLAELKEALGQGIPARP + VIIGPITFLLLSKAVDGAGAPIERLEELVPVYSELLSLLADGGAQWVQFDEPALVTDL + SPDAPALAEAVYTALCSVSNRPAIYVATYFGDPGAALPALARTPVEAIGVDLVAGADT + SVAGVPELAGKTLVAGVVDGRNVWRTDLEAALGTLATLLGSAATVAVSTSCSTLHVPY + SLEPETDLDDALRSWLAFGAEKVREVVVLARALRDGHDAVADEIASSRAAIASRKRDP + RLHNGQIRARIEAIVASGAHRGNAAQRRASQDARLHLPPLPTTTIGSYPQTSAIRVAR + AALRAGEIDEAEYVRRMRQEITEVIALQERLGLDVLVHGEPERNDMVQYFAEQLAGFF + ATQNGWVQSYGSRCVRPPILYGDVSRPRAMTVEWITYAQSLTDKPVKGMLTGPVTILA + WSFVRDDQPLADTANQVALAIRDETVDLQSAGIAVIQVDEPALRELLPLRRADQAEYL + RWAVGAFRLATSGVSDATQIHTHLCYSEFGEVIGAIADLDADVTSIEAARSHMEVLDD + LNAIGFANGVGPGVYDIHSPRVPSAEEMADSLRAALRAVPAERLWVNPDCGLKTRNVD + EVTASLHNMVAAAREVRAG" + gene 1263321..1263557 + /locus_tag="BQ2027_MB1165" + CDS 1263321..1263557 + /locus_tag="BQ2027_MB1165" + /note="Mb1165, -, len: 78 aa. Equivalent to Rv1134, len: + 78 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 78 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Mb1165 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99765.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT7" + /translation="MAAYQKFGQEHAAAIRGGAVLHPTATATTVRVTGARGGDVVTGD + GPYEAADLDEQGPFPMETVYLWEDGPNGTTRMTL" + gene complement(1263671..1265527) + /gene="PPE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1166C" + CDS complement(1263671..1265527) + /gene="PPE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1166C" + /note="Mb1166c, PPE16, len: 618 aa. Equivalent to Rv1135c, + len: 618 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 618 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family of glycine-rich proteins. Similar + to Rv2356c (59.6% identity in 627 aa overlap); etc. + Mb1166c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe16" + /protein_id="SIT99766.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG8" + /translation="MSFLVLPPEVNSALMFAGAGSGPTLAAAAAWDGLAAELGQAANS + FSSATAALADTAWQGPAATAMAAAAAPYASWLSTAATRALSAAAQAKAAAAVYEAARA + ATVDPLLVAANRHQLVSLVLSNLFGQNAPAIAATEAAYEQLWAADVAAMVSYHSGASA + VAAQLAPWAQAVRALPNPTAPALASGPAALAIPALGIGNTGIGNIFSIGNIGDYNLGN + GNTGNANLGSGNTGQANLGSGNTGFFNFGSGNTANTNFGSGNLGNLNLGSGNDGNGNF + GLGNIGDGNRGSGNVGSFNFGTANAGSFNVGSANHGSPNVGFANLGNNNLGIANLGNN + NLGIANLGNNNIGIGLTGDNMIGIGALNSGIGNLGFGNSGNNNIGLFNSGNNNIGFFN + SGDSNFGFFNSGDTNTGFGNAGFTNTGFGNAGSGNFGFGNAGNNNFGFGNSGFENMGV + GNSGAYNTGSFNSGTLNTGDLNSGDFNTGWANSGDINTGGFHSGDLNTGFGSPVDQPV + MNSGFGNIGTGNSGFNNSGDANSGFQNTNTGAFFIGHSGLLNSGGGQHVGISNSGTGF + NTGLFNTGFNNTGIGNSATNAAFTTTSGVANSGDNSSGGFNAGNDQSGFFDG" + gene 1265713..1265955 + /locus_tag="BQ2027_MB1167" + CDS 1265713..1265955 + /locus_tag="BQ2027_MB1167" + /note="Mb1167, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv1135A, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 80 aa overlap). Possible acetyl-CoA + acetyltransferase (EC 2.3.1.9) (possible gene fragment), + highly similar to other acetyl-CoA acetyltransferases e.g. + C-terminal part of + Rv3556c|Z92774|MTCY6G11_2|MTCY06G11.03|fadA6 ACETYL-COA + ACETYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis (386 + aa), FASTA scores: opt: 219, E(): 5.7e-09, (63.6% identity + in 55 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE + (ACETOACETYL-COA THIOLASE)" + /protein_id="SIT99767.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG1" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG1" + /translation="MQLGNQNTMRFAGRPQRFRQSAYPLFNPNSAIALGHPFGGSGAR + LMTTVLHHMPDKGIRYGLQTMCEGRGQANATIVELL" + gene 1266005..1266346 + /locus_tag="BQ2027_MB1168" + CDS 1266005..1266346 + /locus_tag="BQ2027_MB1168" + /note="Mb1168, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv1136, len: + 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 113 aa overlap). Probable enoyl-CoA + hydratase (possible gene fragment) (EC 5.-.-.-). Some + similarity to N-terminus of carnitine racemases and + enoyl-CoA hydratases (but much shorter) e.g. I41014 + carnitine racemase from Escherichia coli (297 aa), FASTA + scores: opt: 258, E(): 2.5e-11, (44.5% identity in 110 aa + overlap); and Rv0222 putative enoyl-CoA hydratase from M. + tuberculosis (262 aa). Mb1168 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE" + /protein_id="SIT99768.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG3" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG3" + /translation="MVITINRPEARNAVNGAVSIVVGDALEEAHDNPDVRAVVITGAG + DKSLCAGADLKAIARRENPYHPHHGEWGIAGYRHHFIDKPTSAAVSGTALDDGAEPAL + ASDLVVADEHT" + gene complement(1266486..1266854) + /locus_tag="BQ2027_MB1169C" + CDS complement(1266486..1266854) + /locus_tag="BQ2027_MB1169C" + /note="Mb1169c, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv1137c, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 122 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1169c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99769.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH5" + /translation="MLSARCHIRHIGSPGKDARCAHLSATLRPGIGISPTNVGNATVL + ADGTPAKPIQGAETMQRARHTGSCFSANARGPAISSGNPSRAGCGVPSSTTTPSSTPQ + AIRLLACTDSDALTVTRTAR" + gene complement(1266871..1267887) + /locus_tag="BQ2027_MB1170C" + CDS complement(1266871..1267887) + /locus_tag="BQ2027_MB1170C" + /note="Mb1170c, -, len: 338 aa. Equivalent to Rv1138c, + len: 338 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 338 aa overlap). Possible oxidoreductase + (EC 1.-.-.-), similar to Q9EWQ8 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE + from Streptomyces coelicolor (343 aa). Also similar to + many Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv1751|P72008|MTCY04C12.35 (412 aa), fasta scores: opt: + 89, E(): 4.5e-09, (24.6% identity in 358 aa overlap). + Mb1170c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase" + /protein_id="SIT99770.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXG4" + /db_xref="InterPro:IPR002938" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXG4" + /translation="MTSYDTDLLVVGGGPGGLATALHARARGLSVIVAEPRENPIDKA + CGEGLMPGGLAELTSLGVDPVGLPFHGIAYVGEHRRVQARFRTGPGRGVRRTTLHAAL + AARAKEQDTEWIRSRVATIQQDAHGVTAAGVRAKWLVAADGLHSAVRRAVGIKATAGT + PRRYGVRWHYRLPVWSDFVEVHWSRWGEAYVTPVEPDLVGVAILSRQRPELAWFPSLA + HHLQDASRGHARGCGPLRQVVSRRVAGRVLLVGDAAGYEDALTGEGISLAVKQAAAAV + SAIVDDTPASYEAAWHRITRDYRLVTRGLVLASTPRAARRAIVPLCALLPTAFRYGVN + ILAY" + gene complement(1267884..1268384) + /locus_tag="BQ2027_MB1171C" + CDS complement(1267884..1268384) + /locus_tag="BQ2027_MB1171C" + /note="Mb1171c, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv1139c, + len: 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 166 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein. Highly similar to P54158|YBPQ_BACSU + hypothetical Bacillus subtilis protein, YBPQ (168 aa), + FASTA scores: opt: 446, E(): 2.2e-26, (38.4% identity in + 164 aa overlap). Some similarity to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins, Rv0740, Rv0750. + Protein product from Mb1171c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1171c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99771.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXH0" + /db_xref="InterPro:IPR007269" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH0" + /translation="MYYLLILAVVFERLAELVVAQRNARWSFAQGGKEFGRPHYVVMV + ILHTALLLGCVVEPWALHRPFIPWLGWPMLAVVVASQGLRWWCVKSLGKRWNTRVIVL + PHATLVRRGPYRWMRHPNYVAVVAEGFALPLVHTAWLTALVFTLANATLLTVRLRVEN + SVLGYI" + gene 1268746..1269594 + /locus_tag="BQ2027_MB1172" + CDS 1268746..1269594 + /locus_tag="BQ2027_MB1172" + /note="Mb1172, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv1140, len: + 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 282 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Weak similarity in C-terminus to + hypothetical Escherichia coli proteins YPRA and YPRB, + possibly membrane-bound e.g. YPRA_ECOLI HYPOTHETICAL 24.3 + KD PROTEIN (URF 1) (217 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): + 0.00062, (31.0% identity in 158 aa overlap). Protein + product from Mb1172 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1172 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99772.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZK2" + /db_xref="InterPro:IPR003675" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK2" + /translation="MPRDYTAPRWAHAWAGEPRPARWHPANQPAHPDHSNRESPACMS + QSTTPYRSSVLAEFRRAITNVAVPHHEPPGIVRRRRVVVGVTLVIGAVMLGFSLRRTP + GESSFYWLTLALAAVWIAGALMSGPLHLGGICWRGRNQRPVITGTTVGLLLAGIFGVG + AMIVRAIPGAAEPIARVLQFAHQGTLLPILLITLINGIAEEMFFRGALYTALGRRYPV + TISTVLYVGATMASANLMLGFAAIFVGTVCALERRASGGVLAPILTHFVWGLIMVFAL + PPLFAV" + gene complement(1269602..1270408) + /gene="echA11" + /locus_tag="BQ2027_MB1173C" + CDS complement(1269602..1270408) + /gene="echA11" + /locus_tag="BQ2027_MB1173C" + /note="Mb1173c, echA11, len: 268 aa. Equivalent to + Rv1141c, len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 268 aa overlap). Probable + echA11, enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to + others e.g. P24162|ECHH_RHOCA PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE + from Rhodobacter capsulatus (257 aa); CAA66096.1|X97452 + enoyl-CoA isomerase from Escherichia coli (262 aa), FASTA + scores: opt: 513, E(): 1e-25, (36.1% identity in 249 aa + overlap); etc. Also similarity with naphthoate synthases. + Also highly similar to downstream ORF + Rv1142c|MTCI65.09|echA10 PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE from + Mycobacterium tuberculosis (268 aa), FASTA scores: opt: + 1225, E(): 0, (72.3% identity in 267 aa overlap). Protein + product from Mb1173c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1173c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA11 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99773.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYF7" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF7" + /translation="MPDSGIAALTPVTGLNVTLTDRVLSVRINRPSSLNSLTVPILTG + IADTLERAAADPVVKVVRLGGVGRGFSSGVSMSVDDVWGGGPPTAIVEEANRAVRAVA + ALPHPVVAVVQGPAVGVAVSLALACDFILASDSAFFMLANTKVALMPDGGASALVAAA + TGRIRAMRLALLAEQLPAREALAWGLISAVYPDSDFEAEVDKVISRLLAGPALAFAQA + KNAINAAALTELEPTFARELDGQEVLLRTHDFAEGAAAFLQRRTPNFTGS" + gene complement(1270551..1271357) + /gene="echA10" + /locus_tag="BQ2027_MB1174C" + CDS complement(1270551..1271357) + /gene="echA10" + /locus_tag="BQ2027_MB1174C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1174c, echA10, len: 268 aa. Equivalent to + Rv1142c, len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 268 aa overlap). Probable + echA10, enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to + others e.g. CAA66096.1|X97452 enoyl-CoA isomerase from + Escherichia coli (262 aa), FASTA scores: opt: 525, E(): + 1.3e-26, (35.1% identity in 251 aa overlap); + NP_420658.1|NC_002696 enoyl-CoA hydratase/isomerase family + protein from Caulobacter crescentus (267 aa); + NP_438092.1|NC_003078 putative enoyl-CoA hydratase protein + from Sinorhizobium meliloti (263 aa); etc. Also similarity + with naphthoate synthases. Also highly similar to upstream + ORF Rv1141c|MTCI65.08c|echA11 PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE + from Mycobacterium tuberculosis (268 aa), FASTA score: + opt: 1225, E(): 0, (72.3% identity in 267 aa overlap). + TBparse score is 0.891. Protein product from Mb1174c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1174c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA10 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIT99774.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXI6" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI6" + /translation="MSNYRIDTRTIVPGLAVTLADGVLSVTIDRPESLNSLTKPVLAG + MADAIEGAATDPRVKVVRLGGAGRGFSSGGAISVDDVWASGPPTDTVAEANRTVRAIV + ALPQPVVAVVQGPTVGCGVSLALACDLVLASDNAFFMLAHTNVGLMPDGGASALVQAA + IGRIRAMHMALLPDRVPAAEALSWGLVSAVYPAADFDAEVDKLISRLLAGPALAIAKT + KNAINAATLTELAPTLLRELDGQALLLRTDDFAEGATAFQQRRTPMFTGR" + gene 1271461..1272543 + /gene="mcr" + /locus_tag="BQ2027_MB1175" + CDS 1271461..1272543 + /gene="mcr" + /locus_tag="BQ2027_MB1175" + /note="Mb1175, mcr, len: 360 aa. Equivalent to Rv1143, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 360 aa overlap). Probable mcr, + alpha-methylacyl-CoA racemase (EC 5.1.99.4). Strong + similarity to other alpha-methylacyl-CoA racemases and + also some similarity to L-carnitine dehydratase (EC + 4.2.1.89) e.g. U89905|g1552373 methylacyl-CoA racemase + alpha from Norway rat (361 aa), FASTA scores: opt: 1035, + E():0, (47.2% identity in 339 aa overlap). Equivalent to + (but longer than) Z94723|MLCB33_13 Mycobacterium leprae + (253 aa) (85.3% identity in 245 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis putative racemases Rv0855, + Rv1866, Rv3272. Protein product from Mb1175 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1175 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR + (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA + epimerase)" + /protein_id="SIT99775.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU6" + /db_xref="InterPro:IPR003673" + /db_xref="InterPro:IPR023606" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU6" + /translation="MAGPLSGLRVVELAGIGPGPHAAMILGDLGADVVRIDRPSSVDG + ISRDAMLRNRRIVTADLKSDQGLELALKLIAKADVLIEGYRPGVTERLGLGPEECAKV + NDRLIYARMTGWGQTGPRSQQAGHDINYISLNGILHAIGRGDERPVPPLNLVGDFGGG + SMFLLVGILAALWERQSSGKGQVVDAAMVDGSSVLIQMMWAMRATGMWTDTRGANMLD + GGAPYYDTYECADGRYVAVGAIEPQFYAAMLAGLGLDAAELPPQNDRARWPELRALLT + EAFASHDRDHWGAVFANSDACVTPVLAFGEVHNEPHIIERNTFYEANGGWQPMPAPRF + SRTASSQPRPPAATIDIEAVLTDWDG" + gene 1272555..1273307 + /locus_tag="BQ2027_MB1176" + CDS 1272555..1273307 + /locus_tag="BQ2027_MB1176" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1176, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv1144, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 250 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + various dehydrogenases e.g. NP_104056.1|NC_002678 + 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II from Mesorhizobium + loti (253 aa); NP_251244.1|NC_002516 probable short-chain + dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa (255 aa); + AAK15008.1|AF233685_1|AF233685 short chain + L-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Mus musculus (261 + aa); HSU73514|g1778354|XH98G2 human short-chain alcohol + dehydrogenase from Homo sapiens (261 aa), FASTA scores: + opt: 875, E(): 0, (60.1% identity in 253 aa overlap); etc. + Contains PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases + family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb1176 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1176 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIT99776.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXH8" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH8" + /translation="MKTKDAVAVVTGGASGLGLATTKRLLDAGAQVVVVDLRGDDVVG + GLGDRARFAQADVTDEAAVSNALELADSLGPVRVVVNCAGTGNAIRVLSRDGVFPLAA + FRKIVDINLVGTFNVLRLGAERIAKTEPIGEERGVIINTASVAAFDGQIGQAAYSASK + GGVVGMTLPIARDLASKLIRVVTIAPGLFDTPLLASLPAEAKASLGQQVPHPSRLGNP + DEYGALVLHIIENPMLNGEVIRLDGAIRMAPR" + gene 1273822..1276167 + /gene="mmpL13" + /locus_tag="BQ2027_MB1177" + CDS 1273822..1276167 + /gene="mmpL13" + /locus_tag="BQ2027_MB1177" + /note="Mb1177, mmpL13, len: 781 aa. Equivalent to Rv1145 + and Rv1146, len: 303 aa and 470 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (97.9% identity in 284 aa + overlap and 100% identity in 470 aa overlap). Probable + mmpL13A, conserved transmembrane transport protein (see + citation below), member of RND superfamily, showing some + similarity to putative Mycobacterial and Streptomyces + membrane proteins e.g. MTCY987|g1781238 from Mycobacterium + tuberculosis (962 aa), FASTA scores: opt: 213, E(): + 1.9e-06, (28.0% identity in 296 aa overlap); etc. Strong + similarity to U92075|MMU92075_5 hypothetical protein from + Mycobacterium marinum (256 aa), FASTA scores: opt: 957, + E(): 0, (57.6% identity in 257 aa overlap). Should + continue as mmpL13B|Rv1146, but frameshift required. + Sequence has been checked and is identical in M. + tuberculosis strain CDC1551, and Mycobacterium bovis + strain AF2122/97 ????. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + Probable mmpL13B, conserved transmembrane transport + protein (see citation below), member of RND superfamily, + showing some similarity to putative Mycobacterial and + Streptomyces membrane proteins e.g. Q53902|C40046 + antibiotic transport-associated protein from Streptomyces + coelicolor (711 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 2.1e-05, + (28.9% identity in 394 aa overlap); etc. Could be in frame + with previous ORF mmpL13A|Rv1145, but no sequence error + apparent to account for this; sequence is identical in + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551. BELONGS TO THE + MMPL FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1145 and Rv1146 + exist as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a single base + insertion (*-a) leads to a single product. Mb1177 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved transmembrane transport + protein mmpl13b" + /protein_id="SIT99777.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXH2" + /db_xref="InterPro:IPR000731" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH2" + /translation="MLQRIARLAIAAPRRIIGFAVFVFIAAAVFGVPVADSLSPGGFQ + DPRSESARAIEVLTDKFGQSGQKMLIVVTAAAGADSPPAREVGTDIVEVLRRSPLVYN + VTSPWTVPPTAAADLLSTDGKSGLIVVNVKGGENDAQNHAQTLSDEVAHDRDGVTVRA + GGSAMEYAQINRQNKDDLLVMELIAIPLSFLVLIWVFGGLLAAGLPMAQAVLAVVGSM + AVLRLVTFATEVSTFALNLSTALGLALAIDYTLLIVSRYRDELAEGSDRDEALIRTMA + TSGRTVLFSAVTVALSMSATALFPMYFLKSFAYAGVATVAFVATASIVITPAAIVLLG + PRLDALDVRRLVRRLLGRPDPVHKPVKQLFWYRSSKFVMRRWLPVGTAVVALLVLLGL + PFLSVKWGFPDDRVLPRSASARQVGDILRDDFGHDPATQIPIVVPDARGLGPVELDSY + AAELSRVPDVSAVAAPTGTFVDGSWVGTPRGATGLAEGSAFLTVSSTAPLFSRASDIQ + LKRLHQVAGPAGRSVVMAGVAQVNRDSVDAVTDRLPMVLGLIAAITYVLLFLLTGSVV + LPAKALVCNVLSLTAAFGALVWIFQEGHFGALGTTPSGTLVANMPVLLFCIAFGLSMD + YEVFLVSRIREYWLESGAARPARRSVAEVHAANDESVALGVARTGRVITAAALVMSMS + FAALIAAHVSFMRMFGLGLTLAVAADATLVRMVVVPAFMHVTGRWNWWAPRPLAWLHE + RFGVSEAAEPVSRRRSHAGGLGKIAGRSDGQTIPASLTRNG" + gene 1276300..1276950 + /locus_tag="BQ2027_MB1178" + CDS 1276300..1276950 + /locus_tag="BQ2027_MB1178" + /note="Mb1178, -, len: 216 aa. Equivalent to Rv1147, len: + 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 216 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many conserved hypothetical proteins, + and some similarity to several methyltransferases e.g. + Q05197|PMTA_RHOSH phosphatidylethanolamine + N-methyltransferase (EC 2.1.1.17) from R. sphaeroides (203 + aa), FASTA scores: opt: 156, E(): 0.00073, (27.6% identity + in 156 aa overlap). Protein product from Mb1178 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1178 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIT99778.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH3" + /translation="MTSGAAASASRVDHPLFARIWPVVAAHEAEAIRALRRENLAGLS + GRVLEVGAGVGTNFAYYPVAVEQVIAMEPEPRLAAKARIAAADAPVPIVVTDKTVEEF + RDTETFDAVVCSLVLCSVSDPGAVLAHLRSLLRRGGELRYLEHVASAGARGRVQRFVD + ATFWPRLAGNCHTHRHTERAILDAGFVVDSSRREWAFPAWVPLPVSELALGRAHRT" + gene complement(1277700..1279148) + /locus_tag="BQ2027_MB1179C" + CDS complement(1277700..1279148) + /locus_tag="BQ2027_MB1179C" + /note="Mb1179c, -, len: 482 aa. Equivalent to Rv1148c, + len: 482 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 482 aa overlap). Conserved hypothetical + ORF in REP13E12 degenerate repeat, nearly identical to + other hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins in + REP13E12 repeats, although similarity extends upstream + past proposed f-Met start. Very similar to other REP13E12 + proteins e.g. Rv1945, Rv3467, Rv0094c, Rv1128c etc. + Mb1179c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="SIT99779.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5E0" + /translation="MSETFCLTDHSEPMTARFLSVVLRRIRGMRSDTREEISAALDAY + HASLSRVLDLKCDALTTPELLACLQRLEVERRRQGAAEHALINQLAGQACEEELGGTL + RTALANRLHITPGEASRRIAEAEDLGERRALTGEPLPAQLTATAAAQREGKIGREHIK + EIQAFFKELSAAVDLGIREAAEAQLAELATSRRPDHLHGLATQLMDWLHPDGNFSDQE + RARKRGITMGKQEFDGMSRISGLLTPELRATIEAVLAKLAAPGACNPDDQTPLVDDTP + DADAVRRDTRSQAQRNHDAFLAALRGLLASGELGQHKGLPVTIVVSTTLKELEAATGK + GVTGGGSRVPMSDLIRMASHANHYLALFDGAKPLALYHTKRLASPAQRIMLYAKDRGC + SRPGCDAPAYHSEVHHVTPWTTTHRTDINDLTLACGPDNRLVEKGWKTRKNAHGDTEW + LPPPHLDHGQPRINRYHHPAKILCEQDDDEPH" + repeat_region complement(1277700..1279148) + /locus_tag="BQ2027_MB1179C" + /note="REP-4, len: 1362 nt. Equivalent to REP, len: 1362 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (96.4% + identity in 1362 nt overlap). REP165, member of REP13E12 + family." + /rpt_family="REP" + gene 1279215..1280220 + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-2" + mobile_element 1279215..1280192 + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-2" + /note="IS-LIKE-2, len: 978 nt. Equivalent to IS-LIKE, len: + 978 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 978 nt overlap). IS element + ISlike2." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS-LIKE" + repeat_region 1279243..1279246 + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-2" + /note="4 bp direct repeat, CTAG, generated by IS element + on insertion. Proposed by Mariani et al. 1993. J. Gen. + Microbiol. 139:1767-1772. Note that as the motif is + palindromic it could be part of the inverted repeat + itself." + /rpt_type=DIRECT + repeat_region 1279247..1279263 + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-2" + /note="17 bp imperfect inverted repeat, + IRL,GGCGTGTCTCCCAAATT, flanking putative IS element. + Proposed by Mariani et al. 1993. J. Gen. Microbiol. 139: + 1767-1772." + /rpt_type=INVERTED + gene 1279293..1279700 + /locus_tag="BQ2027_MB1180" + CDS 1279293..1279700 + /locus_tag="BQ2027_MB1180" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1180, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv1149, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 135 aa overlap). Possible transposase. + Identical to 117 aa N-terminal region of S21394|X65618 + transposase of Mycobacterium tuberculosis (308 aa), FASTA + scores: opt: 823, E(): 0, (99.1% identity in 117 aa + overlap). Second copy is Rv1042c|MTCY10G2.07. TBparse + score is 0.926. Mb1180 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIT99780.1" + /db_xref="InterPro:IPR025161" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXH4" + /translation="MTRVGVISDEFWAVVEPLMPSHEGKPGRRFSDHRLILEGIAWRF + RTGSPWRDLPAEFGPWQTVWKRHHRWSLDGTCDEVFAHVAAVFGVDAEVAEDIEKLLS + VDSTNVRAHQHSAGACSDTLATGGTVGLQEIRR" + gene 1279738..>1280217 + /locus_tag="BQ2027_MB1181" + CDS 1279738..>1280217 + /locus_tag="BQ2027_MB1181" + /note="Mb1181, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv1150, len: + 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Possible fragment of transposase (pseudogene). Identical + to C-terminal part of S21394 transposase of putative + Mycobacterium tuberculosis IS element (308 aa), FASTA + scores: opt: 959, E(): 0, (99.3% identity in 145 aa + overlap). The transposase described here may be made by a + -1 frame shifting mechanism during translation that fuses + Rv1149|MTCI65.16 and Rv1150|MTCI65.17. No evidence found + to account for discrepancy with previously published + sequence. Second copy is Rv1041c|MTCY10G2.08. TBparse + score is 0.914. Mb1181 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIT99781.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XX79" + /db_xref="InterPro:IPR002559" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XX79" + /translation="MTTKIHALTDQREAPVRIRLTAGQAGDNPQLLPLLDDYRHASTE + YALGSTDFRLLADKAYSHPSTRAALRSKKIKHTIPERQDQIDRRKAKGSAGGRPPAFD + AALYGLRNTVERGFHRLKQWRGIATRYDKYALTYLGGVLLACAVIHARVGTPKLGDTP + " + repeat_region complement(1280201..1280216) + /note="17 bp imperfect inverted repeat, + IRR,GGCGTGTCTCCCAATTT, flanking putative IS element. + Proposed by Mariani et al. 1993. J. Gen. Microbiol. 139: + 1767-1772." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 1280217..1280220 + /locus_tag="BQ2027_IS-LIKE-2" + /note="4 bp direct repeat, CTAG, generated by IS element + on insertion. Proposed by Mariani et al. 1993. J. Gen. + Microbiol. 139 :1767-1772. Note that as motif palindromic + could be part of inverted repeat itself." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(1280304..1281017) + /locus_tag="BQ2027_MB1182C" + CDS complement(1280304..1281017) + /locus_tag="BQ2027_MB1182C" + /note="Mb1182c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv1151c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 237 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to others + AE000776|AE000776_10 Aquifex aeolicus (239 aa), FASTA + scores: opt: 725, E(): 0, (46.4% identity in 237 aa + overlap); ECAE0002125|g1787358 Escherichia coli (279 aa), + FASTA scores: opt: 464, E(): 1.3e-23, (36.7% identity in + 240 aa overlap). Protein product from Mb1182c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1182c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIT99782.1" + /db_xref="GOA:P66814" + /db_xref="InterPro:IPR003000" + /db_xref="InterPro:IPR026590" + /db_xref="InterPro:IPR026591" + /db_xref="InterPro:IPR027546" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66814" + /translation="MRVAVLSGAGISAESGVPTFRDDKNGLWARFDPYELSSTQGWLR + NPERVWGWYLWRHYLVANVEPNDGHRAIAAWQDHAEVSVITQNVDDLHERAGSGAVHH + LHGSLFEFRCARCGVPYTDALPEMPEPAIEVEPPVCDCGGLIRPDIVWFGEPLPEEPW + RSAVEATGSADVMVVVGTSAIVYPAAGLPDLALARGTAVIEVNPEPTPLSGSATISIR + ESASQALPGLLERLPALLK" + gene 1281055..1281420 + /locus_tag="BQ2027_MB1183" + CDS 1281055..1281420 + /locus_tag="BQ2027_MB1183" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1183, -, len: 121 aa. Equivalent to Rv1152, len: + 121 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 121 aa overlap). Start uncertain. + Probable transcriptional regulatory protein, some + similarity to others e.g. YHCF_BACSU HYPOTHETICAL + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (121 aa), FASTA scores: opt: + 187, E(): 1.9e-06, (34.9% identity in 106 aa overlap). + TBparse score is 0.876. Helix turn helix motif from aa + 42-63 (+3.10 SD). Protein product from Mb1183 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1183 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99783.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYG5" + /db_xref="InterPro:IPR000524" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYG5" + /translation="MELRDWLRVDVKAGKPLFDQLRTQVIDGVRAGALPPGTRLPTVR + DLAGQLGVAANTVARAYRELESAAIVETRGRFGTFISRFDPTDAAMAAAAKEYVGVAR + ALGLTKSDAMRYLTHVPDD" + gene complement(1281398..1282246) + /gene="omt" + /locus_tag="BQ2027_MB1184C" + CDS complement(1281398..1282246) + /gene="omt" + /locus_tag="BQ2027_MB1184C" + /note="Mb1184c, omt, len: 282 aa. Equivalent to Rv1153c, + len: 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 282 aa overlap). Probable omt, + O-methyltransferase (EC 2.1.1-), similar to + TCMP_STRGA|P39887 Tetracenomycin polyketide synthesis + O-methyltransferase tcmP (EC 2.1.1.-) from Streptomyces + glaucescens (270 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): + 1.7e-17, (31.3% identity in 233 aa overlap). Protein + product from Mb1184c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1184c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-METHYLTRANSFERASE OMT" + /protein_id="SIT99784.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ6" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR016874" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ6" + /translation="MSAHKPAKQRVALTGVSETALLTLNARAAEARRRDTIIDDPMAV + ALVESIDFGFAKFGPTGQGFALRARAFDMAAQHYLDQHPAATVVALAEGLQTSFWRLD + VAIPGGQFRWLTVDLPPIVDLRTRLLPSSPRVSVCAQSALDYSWMDSVDPAGGVFITA + EGLLMYLQPEQALGLIAQCAQTFPGGQMLFDLPPRWFAGWSRLGLRTSLRYKVPRMPF + SMSVAQAADLVNKVPGVVAVRDLRVPPGRGLWVNMALSTVYRLPVFDPLRPCLTLLEF + SRPARG" + gene complement(1282243..1282884) + /locus_tag="BQ2027_MB1185C" + CDS complement(1282243..1282884) + /locus_tag="BQ2027_MB1185C" + /note="Mb1185c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv1154c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 213 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, start uncertain. Protein product from Mb1185c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1185c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99785.1" + /db_xref="InterPro:IPR012545" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXV6" + /translation="MEFPLITANSLSSKTWRAMPRAYVAVASFSGGLVQSGMAKFAAF + LRGVNVGGVNLKMAEVATALTDAGFCNVRTILASGNVLLESTCGAAEVREKTEATLRE + RFGYDAWALIYDVDTVRTIVAAYPFECELEGYQSYVTFVADAAILDELSALADTAGPD + ENISRGPDPLGVLYWQVPKGSTLDSTIGQTMGKKRYKSSTTTRNLRTLAKVLR" + gene 1282829..1283272 + /locus_tag="BQ2027_MB1186" + CDS 1282829..1283272 + /locus_tag="BQ2027_MB1186" + /note="Mb1186, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv1155, len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 147 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to other hypothetical proteins e.g. + AL079356|SC6G9.20 Streptomyces coelicolor (144 aa), FASTA + scores: opt: 478, E(): 2.8e-26, (55.7% identity in 140 aa + overlap); and Mycobacterium tuberculosis proteins Rv1875, + Rv0121c, Rv2074. Protein product from Mb1186 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1186 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible pyridoxamine 5'-phosphate oxidase + (pnp/pmp oxidase) (pyridoxinephosphate oxidase) (pnpox) + (pyridoxine 5'-phosphate oxidase)" + /protein_id="SIT99786.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXI7" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019920" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI7" + /translation="MARQVFDDKLLAVISGNSIGVLATIKHDGRPQLSNVQYHFDPRK + LLIQVSIAEPRAKTRNLRRDPRASILVDADDGWSYAVAEGTAQLTPPAAAPDDDTVEA + LIALYRNIAGEHPDWDDYRQAMVTDRRVLLTLPISHVYGLPPGMR" + gene 1283430..1283618 + /locus_tag="BQ2027_MB1186A" + CDS 1283430..1283618 + /locus_tag="BQ2027_MB1186A" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb1186A, len: 62 aa. No equivalent in M. tuberculosis + H37Rv. Identified by de novo proteomics of Mycobacterium + bovis AF2122/97 under exponential conditions,Mb1186A found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99787.1" + /db_xref="InterPro:IPR035172" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI2" + /translation="MGESKSPQESSSEGETKRKFREALDRKMAQSSSGSDHKDGGGKQ + SRAHGPVASRREFRRKSG" + gene 1283706..1284293 + /locus_tag="BQ2027_MB1187" + CDS 1283706..1284293 + /locus_tag="BQ2027_MB1187" + /note="Mb1187, -, len: 195 aa. Equivalent to Rv1156, len: + 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 195 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to CAC32318.1|AL583944 conserved + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (197 + aa). Protein product from Mb1187 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1187 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Base excision DNA repair protein" + /protein_id="SIT99788.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXI5" + /db_xref="InterPro:IPR003265" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="InterPro:IPR017658" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI5" + /translation="MPNLQLVQEPAADALLNANPFALLVGMLLDQQVPMETAFAGPKK + IADRMGSFDAGDIADYDPDKFVALCSERPAIHRFPGSMAKRIQALAQIIVDRYDGDAA + ALWTAGEPDGNELLRRLKGLPGFGEQKARIFLALLGKQYGVTPKGWQVAAGEFGQPGT + YLSVADIVDAGSLGQVRSHKRQRKAAAKAEGKAPT" + gene complement(1284456..1285571) + /locus_tag="BQ2027_MB1188C" + CDS complement(1284456..1285571) + /locus_tag="BQ2027_MB1188C" + /note="Mb1188c, -, len: 371 aa. Equivalent to Rv1157c, + len: 371 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 371 aa overlap). Conserved hypothetical + Ala-, Pro-rich protein, similar to other proline rich + proteins and extensins e.g. GBU04267|g451543 sea-island + cotton proline-rich protein of cotton fiber (214 aa), + FASTA scores: opt: 305, E(): 3.9e-05, (35.7% identity in + 182 aa overlap). Has hydrophobic stretch at N-terminus + suggestive of secretion signal. First start taken. Mb1188c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved ala-, pro-rich protein" + /protein_id="SIT99789.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ5" + /db_xref="InterPro:IPR003882" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ5" + /translation="MRRLTNTEHRENTTVASTWSVCKGLAAVVITSAAAFALCPNAAA + DPATPQPNPTQQLPGLPALAQLSPIIQQAAMNPAQATQLLMAAASAFAGNPAVPTESK + NVASSVNQFVAEPTNPDSAALGVPAPHGVALPEAIPVPHVPPLGAEPGVQAHLPTGID + PSHAAGPAPAVAPTVTPPVAAPPASAPAPAPDAAQPVAVPGPPPAPPAPRAAAPAPAS + AAPAPAAAPAPASGFGADAPPTQDFMYPSIGPNCVADGSNSIATALSVAGPAKIPLPG + PGPGQTAYVFTAVGTPGPADVQRLPLNVTWVNLTTGKSGSATLRPRSDINPDGPTTLT + VIADTGSGSIMSTIFGQVTTKDRQCQFMPTIGSTVVP" + gene complement(1285579..1286262) + /locus_tag="BQ2027_MB1189C" + CDS complement(1285579..1286262) + /locus_tag="BQ2027_MB1189C" + /note="Mb1189c, -, len: 227 aa. Equivalent to Rv1158c, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 227 aa overlap). Conserved hypothetical + Ala-, Pro-rich protein, similar to other proline rich + proteins and extensins e.g. MMSAP62|g633250 house mouse + (485 aa), FASTA scores: opt: 367, E(): 1.2e-08, (36.3% + identity in 212 aa overlap). Has hydrophobic stretch at + N-terminus suggestive of secretion signal. Mb1189c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved alanine and proline rich protein" + /protein_id="SIT99790.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXI3" + /translation="MPTIWTFVRAAAVLVGSSAALLTGGIAHADPAPAPAPAPNIPQQ + LISSAANAPQILQNLATALGATPPLSAPKVAEPAPAAPGITATFPGLTPAAPAAAAAP + ALTPSIPGVNAPIPGITPAAPALPVTAPAAAPTIPGVNAPIPGITAPAPAAAAVPASV + PGVPSAKVDLPQLPYLPLQVPQQLSLPADLPALASGVIPAAPIAPTPPAPGAPALPPG + PPSLLAALP" + gene 1286392..1287687 + /gene="pime" + /locus_tag="BQ2027_MB1190" + CDS 1286392..1287687 + /gene="pime" + /locus_tag="BQ2027_MB1190" + /note="Mb1190, -, len: 431 aa. Equivalent to Rv1159, len: + 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 431 aa overlap). Conserved transmembrane + protein, similar to others in Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv2181|MTCY21D4.13 (560 aa), FASTA scores: opt: 172; + E(): 0.00035, (25.0% identity in 332 aa overlap). Mb1190 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="mannosyltransferase pime" + /protein_id="SIT99791.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ0" + /db_xref="InterPro:IPR018584" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ0" + /translation="MCRTLIDGPVRSAIAKVRQIDTTSSTPAAARRVTSPPARETRAA + VLLLVLSVGARLAWTYLAPNGANFVDLHVYVSGAASLDHPGTLYGYVYADQTPDFPLP + FTYPPFAAVVFYPLHLVPFGLIALLWQVVTMAALYGAVRISQRLMGGTAETGHFAAML + WTAIAIWIEPLRSTFDYGQINVLLMLAALWAVYTPRWWLSGLLVGVASGVKLTPAITA + VYLVGVRRLHAAAFSVVVFLATVGVSLLVVGDEARYYFTDLLGDAGRVGPIATSFNQS + WRGAISRILGHDAGFGPLVLAAIASTAVLAILAWRALDRSDRLGKLLVVELFGLLLSP + ISWTHHWVWLVPLMIWLIDGPARERPGARILGWGWLVLTIVGVPWLLSFAQPSIWQIG + RPWYLAWAGLVYVVATLATLGWIAASERYVRIRPRRMAN" + gene complement(1287684..1287968) + /locus_tag="BQ2027_MB1191C" + CDS complement(1287684..1287968) + /locus_tag="BQ2027_MB1191C" + /EC_number="4.2.1.96" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1191c, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv1159A, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 94 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Protein product from Mb1191c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1191c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase (EC" + /protein_id="SIT99792.1" + /db_xref="GOA:P0A5S3" + /db_xref="InterPro:IPR001533" + /db_xref="InterPro:IPR036428" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5S3" + /translation="MAVLTDEQVDAALHDLNGWQRAGGVLRRSIKFPTFMAGIDAVRR + VAERAEEVNHHPDIDIRWRTVTFALVTHAVGGITENDIAMAHDIDAMFGA" + gene 1287995..1288420 + /gene="mutT2" + /locus_tag="BQ2027_MB1192" + CDS 1287995..1288420 + /gene="mutT2" + /locus_tag="BQ2027_MB1192" + /note="Mb1192, mutT2, len: 141 aa. Equivalent to Rv1160, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 141 aa overlap). Probable mutT, mutator + protein or homolog (EC 3.6.1.-). More similar to + D908197|g1742860 MutT homolog from Escherichia coli (135 + aa), FASTA scores: opt: 226, E():1.1e-08, (39.7% identity + in 116 aa overlap); than to MUTT_ECOLI|P08337 MUTATOR MUTT + PROTEIN from Escherichia coli (129 aa), FASTA scores: opt: + 180, E(): 1.2e-05, (27.1% identity in 129 aa overlap). + Contains PS00893 mutT domain signature. Protein product + from Mb1192 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1192 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MUTATOR PROTEIN MUTT2 + (7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase) (8-OXO-DGTPASE)" + /protein_id="SIT99793.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYH8" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="InterPro:IPR020476" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH8" + /translation="MLNQIVVAGAIVRGCTVLVAQRVRPPELAGRWELPGGKVAAGET + ERAALARELAEELGLEVADLAVGDRVGDDIALNGTTTLRAYRVHLLGGEPRARDHRAL + CWVTAAELHDVDWVPADRGWIADLARTLNGSAADVHRRC" + gene 1288728..1292426 + /gene="narG" + /locus_tag="BQ2027_MB1193" + CDS 1288728..1292426 + /gene="narG" + /locus_tag="BQ2027_MB1193" + /note="Mb1193, narG, len: 1232 aa. Equivalent to Rv1161, + len: 1232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1232 aa overlap). Probable narG, + respiratory nitrate reductase alpha chain (EC 1.7.99.4). + Similar to others e.g. NARG_BACSU NITRATEREDUCTASE ALPHA + CHAIN from Bacillus subtilis (1228 aa), FASTA scores: opt: + 4218, E(): 0, (50.3% identity in 1229 aa overlap); etc. + Also highly similar to N-terminal part of + Rv1736c|MTCY04C12.21c|NARX PROBABLE NITRATE REDUCTASE from + Mycobacterium tuberculosis (85.1% identity in 281 aa + overlap). Contains prokaryotic molybdopterin + oxidoreductase signatures 1 and 2 (PS00551, PS00490). + BELONGS TO THE PROKARYOTIC MOLYBDOPTERIN-CONTAINING + OXIDOREDUCTASE FAMILY. Protein product from Mb1193 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1193 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="respiratory nitrate reductase (alpha chain) + narg" + /protein_id="SIT99794.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXK6" + /db_xref="InterPro:IPR006468" + /db_xref="InterPro:IPR006655" + /db_xref="InterPro:IPR006656" + /db_xref="InterPro:IPR006657" + /db_xref="InterPro:IPR006963" + /db_xref="InterPro:IPR009010" + /db_xref="InterPro:IPR027467" + /db_xref="InterPro:IPR037943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK6" + /translation="MTVTPHVGGPLEELLERSGRFFTPGEFSADLRTVTRRGGREGDV + FYRDRWSHDKVVRSTHGVNCTGSCSWKIYVKDGIITWETQQTDYPSVGPDRPEYEPRG + CPRGASFSWYSYSPTRVRYPYARGVLVEMYREAKTRLGDPVLAWADIQADPERRRRYQ + QARGKGGLVRVSWAEASEMVAAAHVHTIKTYGPDRVAGFSPIPAMSMVSHAAGSRFVE + LIGGVMTSFYDWYADLPVASPQVFGDQTDVPESGDWWDASYLVMWGSNVPITRTPDAH + WMAEARYRGAKVVVVSPDYADNTKFADEWVRCAAGTDTALAMAMGHVILSECYVRNQV + PFFVDYVRRYTDLPFLIKLEKRGDLLVPGKFLTAADIGEESENAAFKPALLDELTNTV + VVPQGSLGFRFGEDGVGKWNLDLGSVVPALSVEMDKAVNGDRSAELVTLPSFDTIDGH + GETVSRGLPVRRAGKHLVCTVFDLMLAHYGVARAGLPGEWPTGYHDRTQQNTPAWQES + ITGVPAAQAIRFAKEFARNATESGGRSMIIMGGGICHWFHSDVMYRSVLALLMLTGSM + GRNGGGWAHYVGQEKVRPLTGWQTMAMATDWSRPPRQVPGASYWYAHTDQWRYDGYGA + DKLASPVGRGRFAGKHTMDLLTSATAMGWSPFYPQFDRSSLDVADEARAAGRDVGDYV + AEQLAQHKLKLSITDPDNPVNWPRVLTVWRANLIGSSGKGGEYFLRHLLGTDSNVQSD + PPTDGVHPRDVVWDSDIPEGKLDLIMSIDFRMTSTTLVSDVVLPAATWYEKSDLSSTD + MHPYVHSFSPAIDPPWETRSDFGAFAAIARAFSALAKRHLGTRTDVVLTALQHDTPDE + MAYPDGTERDWLATGEVPVPGRTMSKLTVVERDYTAIYDKWLTLGPLIDQFGMTTKGY + TVHPFREVSELAANFGVMNSGVAVGRPAITTAKRMADVILALSGTCNGRLAVEGFLEL + EKRTGQRLAHLAEGSEERRITYADTQARPVPVITSPEWSGSESGGRRYAPFTINIEHL + KPFHTLTGRMHFYLAHDWVEELGEQLPVYRPPLDMARLFNQPELGPTDDGLGLTVRYL + TPHSKWSFHSTYQDNLYMLSLSRGGPTMWMSPGDAAKINVRDNDWVEAVNANGIYVCR + AIVSHRMPEGVVFVYHVQERTVDTPRTETNGKRGGNHNALTRVRIKPSHLAGGYGQHA + FAFNYLGPTGNQRDEVTVVRRRSQEVRY" + gene 1292465..1294141 + /gene="narH" + /locus_tag="BQ2027_MB1194" + CDS 1292465..1294141 + /gene="narH" + /locus_tag="BQ2027_MB1194" + /note="Mb1194, narH, len: 558 aa. Equivalent to Rv1162, + len: 558 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 558 aa overlap). Probable narH, + respiratory nitrate reductase beta chain (EC 1.7.99.4). + Similar to others e.g. NARH_BACSU|P42176 NITRATE REDUCTASE + BETA CHAIN from Bacillus subtilis (487 aa), FASTA scores: + opt: 2049, E(): 0, (56.8% identity in 488 aa overlap); + etc. Contains PS00190 cytochrome c family heme-binding + site signature. Protein product from Mb1194 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1194 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESPIRATORY NITRATE REDUCTASE (BETA + CHAIN) NARH" + /protein_id="SIT99795.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXW6" + /db_xref="InterPro:IPR006547" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR029263" + /db_xref="InterPro:IPR038262" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW6" + /translation="MKVMAQMAMVMNLDKCIGCHTCSVTCKQAWTNRSGTEYVWFNNV + ETRPGVGYPRTYEDQERWRGGWVRDKKGRLRLRDGGRIHKLLRIFANPKLPTIGDYYE + PWTYDYENLTSAPAGDTFPTAAPRSLISGNPMKVSWGSNWDDNLAGSPEIVPNDPVLK + KVNQVNQEVKLKLEETFMFYLPRICEHCLNPSCVASCPSGAMYKRTEDGIVLVDQDRC + RGWRMCVSGCPYKKVYFNHKTGKAEKCTLCYPRIEVGLPTVCSETCVGRLRYLGLVLY + DVDQVLQAASVESDTDLYEAQRRILLDPHDPRVIAGARAEGIADEWIEAAQRSPVYAL + INTYRVALPLHPEYRTMPMVWYIPPLSPVVDAVSRDGHDGEDLGNLFGALDALRIPIA + YLAELFTAGDTEVVAGVLRRLAAMRCYMRDINLGRETQPHIPESVGMTEEQIYQMYRL + LAVAKYEERYVIPTSYAGELPAAAMTDDMGCSLSVDGGPGMYESGPFGQGSPTPVPIA + VESFHALQHAGSAATGGAGRSRVNLLNWDPNGAAAGLFPEPQPSKDVVQR" + gene 1294198..1294803 + /gene="narJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1195" + CDS 1294198..1294803 + /gene="narJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1195" + /note="Mb1195, narJ, len: 201 aa. Equivalent to Rv1163, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 201 aa overlap). Probable narJ, + respiratory nitrate reductase delta chain (EC 1.7.99.4). + Similar to others e.g. P42178|NARJ_BACSU NITRATE REDUCTASE + DELTA CHAIN from Bacillus subtilis (184 aa), FASTA scores: + opt: 254, E(): 1.9e-10, (31.8% identity in 179 aa + overlap); etc. Strong similarity to region from aa 260 + -410 of Rv1736c|MTCY04C12.21c|NARX PROBABLE NITRATE + REDUCTASE from Mycobacterium tuberculosis (64.8% identity + in 159 aa overlap). Protein product from Mb1195 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1195 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESPIRATORY NITRATE REDUCTASE (DELTA + CHAIN) NARJ" + /protein_id="SIT99796.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ7" + /db_xref="InterPro:IPR003765" + /db_xref="InterPro:IPR020945" + /db_xref="InterPro:IPR036411" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ7" + /translation="MWQSASLLLAYPDDGLAERLHMVDALRAHQTGPAAALLGRTVAE + LRALAPMAAAAQYVETFDMRRRSTMYLTYWTAGDTRNRGREMLAFATAYRDAGVKPPR + TEAPDYLPVVLEFAATVDPEAGRRLLTEHRVPIDVLRGALADAKSPYEYTVAAICETL + PAATNQEVRRAQRLAQSGPPAEAVGLQPFTLTVPPKRAEGA" + gene 1294806..1295546 + /gene="narI" + /locus_tag="BQ2027_MB1196" + CDS 1294806..1295546 + /gene="narI" + /locus_tag="BQ2027_MB1196" + /note="Mb1196, narI, len: 246 aa. Equivalent to Rv1164, + len: 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 246 aa overlap). Probable narI, + respiratory nitrate reductase gamma chain (EC 1.7.99.4). + Similar to others e.g. NARI_BACSU|P42177 NITRATE REDUCTASE + GAMMA CHAIN from Bacillus subtilis (223 aa), FASTA scores: + opt: 652, E(): 0; (41.6% identity in 221 aa overlap); etc. + Highly similar to C-terminal part of + Rv1736c|MTCY04C12.21c|NARX PROBABLE NITRATE REDUCTASE + (GAMMA CHAIN) from Mycobacterium tuberculosis (68.6% + identity in 239 aa overlap). Mb1196 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESPIRATORY NITRATE REDUCTASE (GAMMA + CHAIN) NARI" + /protein_id="SIT99797.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ3" + /db_xref="InterPro:IPR003816" + /db_xref="InterPro:IPR023234" + /db_xref="InterPro:IPR036197" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ3" + /translation="MAVLDLVEIFWDAAPYVVVAIAVVGTWWRYRYDKFGWTTRSSQL + YESRLLSIGSPMFHFGSLLVIMGHVMGLFIPDSWTRAFGMSDHLYHLQALLLGAPAGF + ATLLGIGLLIYRRRIQTPVWLATTRNDKLMYLVLVCAIVAGLACTLMGATHEGDMHDY + RRSVSVWFRSIWMLAPRGDLMAQATLYYQVHVLIALALFVLWPFTRLVHAFSAPIAYL + FRPYIVYRSREVAAKHELIGSAPRRRGW" + gene 1295568..1297454 + /gene="typA" + /locus_tag="BQ2027_MB1197" + CDS 1295568..1297454 + /gene="typA" + /locus_tag="BQ2027_MB1197" + /note="Mb1197, typA, len: 628 aa. Equivalent to Rv1165, + len: 628 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 628 aa overlap). Possible typA + (alternate gene name: bipA), GTP-binding translation + elongation factor, similar to several e.g. + P32132|TYPA_ECOLI|BIPA|B387 Escherichia coli (591 aa); + YIHK_SYNY3|P72749 GTP-binding protein TYPA/BIPA homolog + from synechocystis sp. (597 aa), FASTA scores: E(): 0, + (46.9% identity in 610 aa overlap); and to elongation + factor EF-G from many organims e.g. EFG_MICLU|P09952 + micrococcus luteus (701 aa), FASTA scores: E(): 3e-24, + (29.8% identity in 500 aa overlap). BELONGS TO THE + GTP-BINDING ELONGATION FACTOR FAMILY, TYPA SUBFAMILY. + Protein product from Mb1197 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1197 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GTP-BINDING TRANSLATION ELONGATION + FACTOR TYPA (TYROSINE PHOSPHORYLATED PROTEIN A) + (GTP-BINDING PROTEIN)" + /protein_id="SIT99798.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ4" + /db_xref="InterPro:IPR000640" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR004161" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR006298" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR035647" + /db_xref="InterPro:IPR035651" + /db_xref="InterPro:IPR042116" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ4" + /translation="MPFRNVAIVAHVDHGKTTLVDAMLRQSGALRERGELQERVMDTG + DLEREKGITILAKNTAVHRHHPDGTVTVINVIDTPGHADFGGEVERGLSMVDGVLLLV + DASEGPLPQTRFVLRKALAAHLPVILVVNKTDRPDARIAEVVDASHDLLLDVASDLDD + EAAAAAEHALGLPTLYASGRAGVASTTAPPDGQVPDGTNLDPLFEVLEKHVPPPKGEP + DAPLQALVTNLDASTFLGRLALIRIYNGRIRKGQQVAWIRQVDGQQTVTTAKITELLA + TEGVERKPTDAAVAGDIVAVAGLPEIMIGDTLAASANPVALPRITVDEPAISVTIGTN + TSPLAGKVGGHKLTARMVRSRLDAELVGNVSIRVVDIGAPDAWEVQGRGELALAVLVE + QMRREGFELTVGKPQVVTKTIDGTLHEPFESMTVDCPEEYIGAVTQLMAARKGRMVEM + ANHTTGWVRMDFVVPSRGLIGWRTDFLTETRGSGVGHAVFDGYRPWAGEIRARHTGSL + VSDRAGAITPFALLQLADRGQFFVEPGQQTYEGMVVGINPRPEDLDINVTREKKLTNM + RSSTADVIETLAKPLQLDLERAMELCAPDECVEVTPEIVRIRKVELAAAARARSRART + KARG" + gene 1297552..1299459 + /gene="lpqW" + /locus_tag="BQ2027_MB1198" + CDS 1297552..1299459 + /gene="lpqW" + /locus_tag="BQ2027_MB1198" + /note="Mb1198, lpqW, len: 635 aa. Equivalent to Rv1166, + len: 635 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 635 aa overlap). Probable Lipoprotein + LpqW, almost identical in part to G2384665|AF009358 + Mycobacterium tuberculosis gene fragment ORFA2-898 + (FRAGMENT) (59 aa) (93.9% identity in 49 aa overlap) (see + citation below). Also similar to Rv1280c and Rv2585c. + Contains possible N-terminal signal sequence and + appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb1198 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1198 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved lipoprotein lpqw" + /protein_id="SIT99799.1" + /db_xref="InterPro:IPR000914" + /db_xref="InterPro:IPR039424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK3" + /translation="MGVPSPVRRVCVTVGALVALACMVLAGCTVSPPPAPQSTDTPRS + TPPPPRRPTQIIMGIDWIGPGFNPHLLSDLSPVNAAISALVLPSAFRPIPDPNTPTGS + RWEMDPTLLVSADVTNNHPFTVTYKIRPEAQWTDNAPIAADDFWYLWQQMVTQPGVVD + PAGYHLITSVQSLEGGKQAVVTFAQPYPAWRELFTDILPAHIVKDIPGGFASGLARAL + PVTGGQFRVENIDPQRDEILIARNDRYWGPPSKPGIILFRRAGAPAALADSVRNGDTQ + VAQVHGGSAAFAQLSAIPDVRTARIVTPRVMQFTLRANVPKLADTQVRKAILGLLDVD + LLAAVGAGTDNTVTLDQAQIRSPSDPGYVPTAPPAMSSAAALGLLEASGFQVDTNTSV + SPAPSVPDSTTTSVSTGPPEVIRGRISKDGEQLTLVIGVAANDPTSVAVANTAADQLR + DVGIAATVLALDPVTLYHDALNDNRVDAIVGWRQAGGNLATLLASRYGCPALQATTVP + AANAPTTAPSAPIGPTPSAAPDTATPPPTAPRRPSDPGALVKAPSNLTGICDRSIQSN + IDAALNGTKNINDVITAVEPRLWNMSTVLPILQDTTIVAAGPSVQNVSLSGAVPVGIV + GDAGQWVKTGQ" + gene complement(1299487..1300092) + /locus_tag="BQ2027_MB1199C" + CDS complement(1299487..1300092) + /locus_tag="BQ2027_MB1199C" + /note="Mb1199c, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv1167c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 201 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, similar to several e.g. + D1022772|D85417 hemR from Propionibacterium freudenreichii + (243 aa), FASTA scores: opt: 268, E(): 5.4e-16, (35.9% + identity in 198 aa overlap) and AL022268|SC4H2.32 + Streptomyces coelicolor (111 aa), FASTA scores: opt: 274, + E(): 5e-11, (55.1% identity in 89 aa overlap). Protein + product from Mb1199c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1199c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99800.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXJ2" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR011075" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXJ2" + /translation="MTVSAPAKANPYRRRGEVLERALYDATLAELESAGYGGLTMEGI + AARAQTGKAALYRRWAGKRELVLAAVQYALPPVPEPRADRSARENLLAVFTANCEILA + GKTALPSMEIVSQLLHEPELRAIFINSVWAPRLRIVESILQAGVRSGEIDPATLTPMT + ARIGPALIHQHVLFTGSPPDREQLTRIIDAMILTTGERRES" + gene complement(1300164..1300661) + /gene="PPE17b" + /locus_tag="BQ2027_MB1200C" + CDS complement(1300164..1300661) + /gene="PPE17b" + /locus_tag="BQ2027_MB1200C" + /note="Mb1200c, PPE17b, len: 165 aa. Equivalent to 3' end + of Rv1168c, len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PPE family of glycine-rich proteins, similar to many e.g. + E332789|Z98268|MTCI125.27C (385 aa), FASTA scores: opt: + 504, E(): 0, (36.6% identity in 388 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE17 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits PPE17 into 2 parts, PPE17a and + PPE17b. Mb1200c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99801.1" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK0" + /translation="MIGSVSETVGSFAAPATKNLPSKLWTLLTKGTYPLTAARISSIP + VEYVLAFVEGSNMGQMMGNLAMRSLTPTLKGPLELLPNAVRPAVSATLGNADTIGGLS + VPPSWVADKSITPLAKAVPTSAPGGPSGTSWAQLGLASLAGGAVGAVAARTRSGVILR + SPAAG" + gene complement(1300663..1301205) + /gene="PPE17a" + /locus_tag="BQ2027_MB1201C" + CDS complement(1300663..1301205) + /gene="PPE17a" + /locus_tag="BQ2027_MB1201C" + /note="Mb1201c, PPE17a, len: 180 aa. Similar to 5' end of + Rv1168c, len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.1% identity in 174 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of + glycine-rich proteins, similar to many e.g. + E332789|Z98268|MTCI125.27C (385 aa), FASTA scores: opt: + 504, E(): 0, (36.6% identity in 388 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE17 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits PPE17 into 2 parts, PPE17a and + PPE17b. Mb1201c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99802.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN0" + /translation="MDFTIFPPEFNSLNIQGSARPFLVAANAWKNLSNELSYAASRFE + SEINGLITSWRGPSSTIMAAAVAPFRAWIVTTASLAELVADHISVVAGAYEAAHAAHV + PLPVIETNRLTRLALATTNIFGIHTPAIFALDALYAQYWSQDGEAMNLYATMAAAAAR + LTPFSPPGADRQPGRAGQTL" + gene complement(1301223..1301525) + /gene="lipx" + /locus_tag="BQ2027_MB1202C" + CDS complement(1301223..1301525) + /gene="lipx" + /locus_tag="BQ2027_MB1202C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1202c, PE11, len: 100 aa. Equivalent to Rv1169c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 100 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of proteins (see + second citation below), e.g. O05297|Z93777|MTCI364.07 (99 + aa), FASTA scores: opt: 209, E(): 1.6e-15, (37.4% identity + in 99 aa overlap). Also simlar to the N-terminus of + P77909|U76006 ESTERASE/LIPASE (EC 3.1.1.3) from + Mycobacterium tuberculosis (437 aa), FASTA scores: opt: + 193, E(): 4.4e-14, (37.2% identity in 94 aa overlap). + Contains a helix-turn-helix motif from aa 88-109 (+2.76 + SD). Mb1202c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein. possible lipase lipx." + /protein_id="SIT99803.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYI5" + /translation="MSFVTTRPDSIGETAANLHEIGVTMSAHDDGVTPLITNVESPAH + DLVSIVTSMLFSMHGELYKAIARQAHVIHESFVQTLQTSKTSYWLTELANRAGTST" + gene 1301705..1302616 + /gene="mshB" + /locus_tag="BQ2027_MB1203" + CDS 1301705..1302616 + /gene="mshB" + /locus_tag="BQ2027_MB1203" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1203, mshB, len: 303 aa. Equivalent to Rv1170, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 303 aa overlap). mshB, + N-Acetyl-1-D-myo-Inosityl-2-Amino-2-Deoxy-alpha-D- + Glucopyra noside Deacetylase (GlcNAc-Ins deacetylase) (see + citation below), similar to Q54358|X79146 lmbE gene from + Streptomyces lincolnensis (270 aa), FASTA scores: opt: + 308, E(): 1.2e-15, (32.0% identity in 278 aa overlap). + Also similar to Rv1082|MCA Mycothiol conjugate amidase + from Mycobacterium tuberculosis (288 aa). Protein product + from Mb1203 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1203 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="N-Acetyl-1-D-myo-Inosityl-2-Amino-2-Deoxy-alpha- + D-Glucopyranoside Deacetylase mshB (GlcNAc-Ins + deacetylase)" + /protein_id="SIT99804.1" + /db_xref="GOA:Q7U0H2" + /db_xref="InterPro:IPR003737" + /db_xref="InterPro:IPR017810" + /db_xref="InterPro:IPR024078" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0H2" + /translation="MSETPRLLFVHAHPDDESLSNGATIAHYTSRGAQVHVVTCTLGE + EGEVIGDRWAQLTADHADQLGGYRIGELTAALRALGVSAPIYLGGAGRWRDSGMAGTD + QRSQRRFVDADPRQTVGALVAIIRELRPHVVVTYDPNGGYGHPDHVHTHTVTTAAVAA + AGVGSGTADHPGDPWTVPKFYWTVLGLSALISGARALVPDDLRPEWVLPRADEIAFGY + SDDGIDAVVEADEQARAAKVAALAAHATQVVVGPTGRAAALSNNLALPILADEHYVLA + GGSAGARDERGWETDLLAGLGFTASGT" + gene 1302708..1303148 + /locus_tag="BQ2027_MB1204" + CDS 1302708..1303148 + /locus_tag="BQ2027_MB1204" + /note="Mb1204, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv1171, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 146 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly transmembrane protein. Start has been + changed since first submission. Mb1204 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIT99805.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXX5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXX5" + /translation="MGHRVDTLSDRQRANLTTGATDRAIRLVVLALLTVDGVVSALAG + ALLMPWYIGSAPFPISALISGLVNAALVWAAARWTTSSRVAALPLWAWLLTVAAMSFG + GPGDDVILGGQGLLVYGALVFVVAGAVPPAWVLWRRRVQADGSG" + gene complement(1303156..1304082) + /gene="PE12" + /locus_tag="BQ2027_MB1205C" + CDS complement(1303156..1304082) + /gene="PE12" + /locus_tag="BQ2027_MB1205C" + /note="Mb1205c, PE12, len: 308 aa. Equivalent to Rv1172c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 308 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of proteins e.g. + P71748|Z81368|MTCY253.25C (361 aa), FASTA scores: opt: + 483, E(): 7.8e-22, (46.4% identity in 192 aa overlap). + Protein product from Mb1205c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1205c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe12" + /protein_id="SIT99806.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK7" + /translation="MSFVFAAPEALAAAAADMAGIGSTLNAANVVAAVPTTGVLAAAA + DEVSTQVAALLSAHAQGYQQLSRQMMTAFHDQFVQALRASADAYATAEASAAQTMVNA + VNAPARALLGHPLISADASTGGGSNALSRVHSMFLGTGGSSALGGSAAANAAASGALQ + LQPTGGASGLSAVGALLPRAGAAAAAALPALAAESIGNAIKNLYNAVEPWVQYGFNLT + AWAVGWLPYIGILAPQINFFYYLGEPIVQAVLFNAIDFVDGTVTFSQALTNIETATAA + SINQFINTEINWIRGFLPPLPPISPPGFPSLP" + gene 1304332..1306902 + /gene="fbiC" + /locus_tag="BQ2027_MB1206" + CDS 1304332..1306902 + /gene="fbiC" + /locus_tag="BQ2027_MB1206" + /note="Mb1206, fbiC, len: 856 aa. Equivalent to Rv1173, + len: 856 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 856 aa overlap). Probable fbiC, F420 + biosynthesis protein, equivalent to AAL91922|FBIC F420 + biosynthesis protein fbiC from Mycobacterium bovis BCG + (856 aa) (see citation below). The N-terminus (aa 80-420) + is similar to Y446_METJA|Q57888 hypothetical protein + mj0446 from methanococcus jannaschii (361 aa), FASTA + scores: opt: 801, E(): 0, (41.2% identity in 337 aa + overlap); and the C-terminus region (aa 530-856) is + similar to e.g. YE31_METJA|Q58826 hypothetical protein + mj1431 from methanococcus jannaschii (359 aa), FASTA + scores: opt: 1089, E(): 0, (48.7% identity in 337 aa + overlap). Protein product from Mb1206 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1206 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE F420 BIOSYNTHESIS PROTEIN FBIC" + /protein_id="SIT99807.1" + /db_xref="GOA:Q7U0G9" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR019939" + /db_xref="InterPro:IPR019940" + /db_xref="InterPro:IPR020050" + /db_xref="InterPro:IPR034405" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0G9" + /translation="MPQPVGRKSTALPSPVVPPQANASALRRVLRRARDGVTLNVDEA + AIAMTARGDELADLCASAARVRDAGLVSAGRHGPSGRLAISYSRKVFIPVTRLCRDNC + HYCTFVTVPGKLRAQGSSTYMEPDEILDVARRGAEFGCKEALFTLGDRPEARWRQARE + WLGERGYDSTLSYVRAMAIRVLEQTGLLPHLNPGVMSWSEMSRLKPVAPSMGMMLETT + SRRLFETKGLAHYGSPDKDPAVRLRVLTDAGRLSIPFTTGLLVGIGETLSERADTLHA + IRKSHKEFGHIQEVIVQNFRAKEHTAMAAFPDAGIEDYLATVAVARLVLGPGMRIQAP + PNLVSGDECRALVGAGVDDWGGVSPLTPDHVNPERPWPALDELAAVTAEAGYDMVQRL + TAQPKYVQAGAAWIDPRVRGHVVALADPATGLARDVNPVGMPWQEPDDVASWGRVDLG + AAIDTQGRNTAVRSDLASAFGDWESIREQVHELAVRAPERIDTDVLAALRSAERAPAG + CTDGEYLALATADGPALEAVAALADSLRRDVVGDEVTFVVNRNINFTNICYTGCRFCA + FAQRKGDADAYSLSVGEVADRAWEAHVAGATEVCMQGGIDPELPVTGYADLVRAVKAR + VPSMHVHAFSPMEIANGVTKSGLSIREWLIGLREAGLDTIPGTAAEILDDEVRWVLTK + GKLPTSLWIEIVTTAHEVGLRSSSTMMYGHVDSPRHWVAHLNVLRDIQDRTGGFTEFV + PLPFVHQNSPLYLAGAARPGPSHRDNRAVHALARIMLHGRISHIQTSWVKLGVRRTQV + MLEGGANDLGGTLMEETISRMAGSEHGSAKTVAELVAIAEGIGRPARQRTTTYALLAA + " + gene complement(1306946..1307278) + /gene="tb8.4" + /locus_tag="BQ2027_MB1207C" + CDS complement(1306946..1307278) + /gene="tb8.4" + /locus_tag="BQ2027_MB1207C" + /note="Mb1207c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv1174c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 110 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1207c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="low molecular weight t-cell antigen tb8.4" + /protein_id="SIT99808.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXK5" + /db_xref="InterPro:IPR016572" + /db_xref="InterPro:IPR032407" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK5" + /translation="MRLSLTALSAGVGAVAMSLTVGAGVASADPVDAVINTTCNYGQV + VAALNATDPGAAAQFNASPVAQSYLRNFLAAPPPQRAAMAAQLQAVPGAAQYIGLVES + VAGSCNNY" + gene complement(1307479..1309503) + /gene="fadH" + /locus_tag="BQ2027_MB1208C" + CDS complement(1307479..1309503) + /gene="fadH" + /locus_tag="BQ2027_MB1208C" + /note="Mb1208c, fadH, len: 674 aa. Equivalent to Rv1175c, + len: 674 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 674 aa overlap). Probable fadH, + NADPH-dependent 2,4-dienoyl-CoA reductase (EC 1.3.1.34), + highly similar to others e.g. NP_251782.1|NC_002516 + 2,4-dienoyl-CoA reductase FadH1 from Pseudomonas + aeruginosa (679 aa); CAC01564.1|AL391039 2,4-dienoyl-CoA + reductase [NADPH] from Streptomyces coelicolor (671 aa); + P42593|FADH_ECOLI 2,4-dienoyl-CoA reductase from + Escherichia coli (671 aa), FASTA scores: opt: 2344, E(): + 0, (53.1% identity in 671 aa overlap); etc. Also similar + to Rv3359|MTV004.16 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Mycobacterium tuberculosis (396 aa). Protein product from + Mb1208c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1208c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADPH DEPENDENT 2,4-DIENOYL-COA + REDUCTASE FADH (2,4-dienoyl coenzyme A reductase) + (4-enoyl-CoA reductase)" + /protein_id="SIT99809.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXL3" + /db_xref="InterPro:IPR001155" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL3" + /translation="MTNPYPNLLSPLDLGFTTLRNRVVMGSMHTGLEDRARHIDRLAD + YFAERARGGVGLIITGGYAPNRTGWLLPFASELVTSAQARRHRRINRAVHDSGAKILL + QILHAGRYAYHPLAVSASPIKAPITPFRPRALSARGVEATIADFARCAQLARDAGYDG + VEIMGSEGYLLNQFLAPRTNKRTDSWGGTPANRRRFPVEIIRRSRAAVGSDFIICYRL + SMADYVAEGQSWDEIVALATEVEGAGATIINSGFGWHEARVPTIVTSVPGGAFVDISS + AVAEHVTIPVVASNRINMPQAAERILAETQVRLISMARPMLSDPDWVLKAQSNRVDEI + NTCISCNQACLDHAFARKTVSCLLNPRAGRETQLVLSPTRRARSVAVVGAGPAGLATA + ANAAQRGHRVTLFEANDFIGGQFDMARRIPGKEEFSETIRYFSTILAKHGVEVRLGTR + VAAQELTGYDEVVLATGVAPRIPAIPGIDHPMVLTYAEAITGVRPVGRTVAVVGAGGI + GFDVTELLVTDSSPTLNLKEWKAEWGVADPREARGALTTPLPAPPAREVYLLQRTKGP + QGKRLGKTTGWVHRASLKAKGVHQLSGVNYEQINDDGLHISFGPKRRRPQLLAVDNVV + VCAGQEPVRDLESELRRHGINPHISGGAAVAAELDAKRAIKQGTELAARL" + gene complement(1309500..1310069) + /locus_tag="BQ2027_MB1209C" + CDS complement(1309500..1310069) + /locus_tag="BQ2027_MB1209C" + /note="Mb1209c, -, len: 189 aa. Equivalent to Rv1176c, + len: 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 189 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to P94443|D78508 hypothetical + protein from Bacillus subtilis (182 aa), FASTA scores: + opt: 219, E(): 1.7e-15, (25.1% identity in 183 aa + overlap). Similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv0047c. Mb1209c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, PadR family" + /protein_id="SIT99810.1" + /db_xref="InterPro:IPR005149" + /db_xref="InterPro:IPR018309" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXK1" + /translation="MALPHAILVSLCEQASSGYELARRFDRSIGYFWTATHQQIYRTL + RVMENNNWVRATTVLQHGRPDKKVYAISDSGRAELARWIAEPLSPTRPGRGSALTDSS + TRDIAVKLRGAGYGDVAALYTQVTALRAERVKSLDTYRGIEKRTFADPSALDGAALHQ + YLVLRGGIRAEESAIDWLDEVAEALQEKR" + gene 1310282..1310608 + /gene="fdxC" + /locus_tag="BQ2027_MB1210" + CDS 1310282..1310608 + /gene="fdxC" + /locus_tag="BQ2027_MB1210" + /note="Mb1210, fdxC, len: 108 aa. Equivalent to Rv1177, + len: 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 108 aa overlap). Probable fdxC, + ferredoxin (EC 1.-.-.-), equivalent to + NP_302047.1|NC_002677 ferredoxin from Mycobacterium leprae + (108 aa); P00215|FER_MYCSM FERREDOXIN from Mycobacterium + smegmatis (106 aa), FASTA scores: opt: 705, E(): 0, (87.7% + identity in 106 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. JH0239 ferredoxin precursor from Saccharopolyspora + erythraea (105 aa); P24496|FER_SACER FERREDOXIN from + Saccharopolyspora erythraea (106 aa); etc. Contains + PS00198 4Fe-4S ferredoxins, iron-sulfur binding region + signature. BELONGS TO THE BACTERIAL TYPE FERREDOXIN + FAMILY. COFACTOR: BINDS 1 4FE-4S CLUSTER AND A 3FE-4S + CLUSTER. Protein product from Mb1210 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1210 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FERREDOXIN FDXC" + /protein_id="SIT99811.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXL0" + /db_xref="InterPro:IPR000813" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR017900" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL0" + /translation="MTYTIAEPCVDIKDKACIEECPVDCIYEGARMLYIHPDECVDCG + ACEPVCPVEAIFYEDDVPEQWSHYTQINADFFAELGSPGGAAKVGMTENDPQAVKDLA + PQSEDA" + gene 1310641..1311729 + /locus_tag="BQ2027_MB1211" + CDS 1310641..1311729 + /locus_tag="BQ2027_MB1211" + /note="Mb1211, -, len: 362 aa. Equivalent to Rv1178, len: + 362 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 362 aa overlap). Probable + aminotransferase (EC 2.6.1.-), weak similarity to many + aspartate aminotransferases e.g. Q55679|D64000 SLL0006 + aspartate aminotransferase from Synechocystis sp. (394 + aa), FASTA scores: opt: 218, E(): 1.3e-25, (32.5% identity + in 379 aa overlap). Contains PS00105 Aminotransferases + class-I pyridoxal-phosphate attachment site. Also similar + to Mycobacterium tuberculosis aminotransferases Rv2294, + Rv0075, etc. Protein product from Mb1211 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1211 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINOTRANSFERASE" + /protein_id="SIT99812.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP9" + /db_xref="InterPro:IPR004838" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR019880" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP9" + /translation="MSASLPVFPWDTLADAKALAGAHPDGIVDLSVGTPVDPVAPLIQ + EALAAASAAPGYPATAGTARLRESVVAALARRYGITRLTEAAVLPVIGTKELIAWLPT + LLGLGGADLVVVPELAYPTYDVGARLAGTRVLRADALTQLGPQSPALLYLNSPSNPTG + RVLGVDHLRKVVEWARGRGVLVVSDECYLGLGWDAEPVSVLHPSVCDGDHTGLLAVHS + LSKSSSLAGYRAGFVVGDLEIVAELLAVRKHAGMMVPAPVQAAMVAALDDDAHERQQR + ERYAQRRAALLPALGSAGFAVDYSDAGLYLWATRGEPCRDSVAWLAQRGILVAPGDFY + GPGGAQHVRVALTATDERVAAAVGRLTC" + gene complement(1311757..1314576) + /locus_tag="BQ2027_MB1212C" + CDS complement(1311757..1314576) + /locus_tag="BQ2027_MB1212C" + /note="Mb1212c, -, len: 939 aa. Equivalent to Rv1179c, + len: 939 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 939 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1212c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1212c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA or RNA helicases of superfamily II" + /protein_id="SIT99813.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ4" + /db_xref="InterPro:IPR006935" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ4" + /translation="MDPHRDLESRAFAGNWRVYQQQALDAFDADVAAGDNRAYLVLPP + GAGKTMIGLEAARRLGRRSLVLVPNTAVQAQWAAAWDNSFPSSDRSASKCGTERGLAS + AMNVLTYQSLAVIDAETDSTVRREVLRNRDQQALLDLLHPNGRAVIERAATLGPWTLV + LDECHHLLATWGALVSALASVLGAQTALIGLTATPATELTAWQHTLHDELFGTADFVI + PTPALVREGDLAPYQELVYLTQPTPEEQAWIGTHRARFADLMLALIDQKVGSMSLAAW + LHTRIVDRATREGNQIAWSTFERAEPDLACSGLRFAYDGLIPLPDGVRLREQHRIAPD + AQDWVNVLTDFSVGHLQQSADPRDAHALTAIKRVLPGLGYRLTSRGVRVATSPVDRLC + ALSESKIAATAHILDTEDAVLGARLRALVLCDFESMTGALPTSLKGAPVSEQSGSAQL + VAAMLAASDHRRRTPLHALLVTGQTFACPAAIEDDLIAFCAERGALVTAEPLDAHPSL + RVMRGTGGFTPRTWVALATEYFLAGRARVLVGTRSLLGEGWDCAAVNVNIDLTSATTQ + AAITQMRGRAIRNDPSDGHKVADNWSVCCIATEHPRGDADYLRLVRKHDGYYAATPQG + LIESGVTHCDPSLSPYGPPVTDTHAITARALQRVAERAQARSWWRIGEPYEGVDVATI + RVRSRQPLGVAAPRIPASALTPPVPGQFSPVRLARGAVAAVSVVGASTATAVASANLG + MLAGAGTAGAIVAAGVGLVATAAAAESRRLDHAPNALEQLAAVVADALYAAGGAQRGS + AALRLASDPEGWIRCQLDGVPTEQSLRFTAALDELLAPLAEPRYLIGRKILTPPARPV + ARRLFAVRAVVGLSLPGTVAWHAVPRWFARNKDRRQHLAQAWRKHIGPPRQLPADSPQ + GQAILDLFRGDNPLSVTTQLRTTWR" + gene 1315003..1321260 + /gene="pks3" + /locus_tag="BQ2027_MB1213" + CDS 1315003..1321260 + /gene="pks3" + /locus_tag="BQ2027_MB1213" + /note="Mb1213, pks3, len: 2085 aa. Equivalent to Rv1180 + and Rv1181, len: 488 aa and 1582 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 488 aa + overlap and 99.9% identity in 1582 aa overlap). Probable + polyketide beta-ketoacyl synthase (EC 2.3.1.-), similar to + the N-terminus of many polyketide synthases e.g. + MCAS_MYCBO|Q02251 mycocerosic acid synthase from + mycobacterium bovis (2110 aa), FASTA scores: opt: 2115, + E(): 0, (66.5% identity in 472 aa overlap). Also similar + to, and same length as P96284|Z83858|MTCY24G1.02 M. + tuberculosis (496 aa), FASTA scores: opt: 1424, E(): 0, + (50.9% identity in 444 aa overlap). Contains possible + signal sequence and PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site, also PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site. BELONGS TO THE + BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASES FAMILY. Probable polyketide + synthase, similar to many e.g. MCAS_MYCBO|Q02251 + mycocerosic acid synthase from mycobacterium bovis (2110 + aa), FASTA scores: opt: 3518, E(): 0, (59.7% identity in + 1614 aa overlap). Note that this similarity extends + upstream of the first initiation codon into the upstream + MTV005.16; however the stop codon at the end of MTV005.16 + is present in at least 4 independent clones (BAC, cosmid + and pUC) from the genome. The two CDS's may represent + separate modules of the polyketide synthase. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1180 and Rv1181 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base transversion + (a-c) leads to a single product (similar to other + organisms). Protein product from Mb1213 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1213 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable polyketide beta-ketoacyl synthase pks4" + /protein_id="SIT99814.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXM6" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM6" + /translation="MRTATATSVAVIGMACRLPGGIDSPQRLWEALLRGDDLVGEIPA + DRWDANVYYDPEPGVPGRSVSRWGAFLDDVGGFDCDFFGLTEREATAIDPQHRLLLEV + SWEAIEHAGVDPATLAESQTGVFVGLTHGDYELLSADCGAAEGPYGFTGTSNSFASGR + VAYTLGLHGPAVTVDTACSSGLTAVHQACRSLDDGESDLALAGGVVVTLEPRKSVSGS + LQGMLSPTGRCHAFDEAADGFVSGEGCVVLLLKRLPDAVRDGDRVLAIVRGTAANQDG + RTVNIAAPSAQAQIAVYQQALAAAGVEASTVGMVEAHGTGTPVGDPVEYASLAAVYGT + EGPCALTSVKTNFGHLQSASGPLGLMKTILALRHGVVPQNLHFCRLPDQLAEIDTELF + VPQANTSWPDNTGQPRRAAVSSYGMSGTNVHAILEQAPVSEPAASGPELTPEAGGLAL + FPVSATSAEQLHVTAARLADWVDQNGNAGSRVSMRDLGYTLSCRRAHRPVRTVVTASS + FDELSAALRDVAGDQIPYQPAVGHDDRGPVWVFSGQGSQWPGMGTELLVAEPVFAATV + AAMEPVIARESGFSVTEAMSAPQTVSGIDRVQPTIFAVQVALAAALKSYGVRPGAIIG + HSLGEAAAAVVAGALSLHDGLRVICRRSRLMSRIAGSGAMASVELPGQQVLSELAIRG + ISDVVLSVVASPTSTVVGGATQSIRDLVAAWEQQDVLAREVAVDVASHTPQVDPILDE + LLEVLAEVDPTAPEIPYYSATLWDPRERPSFTGEYWVENLRYTVRFAAAVQAALKDGY + RVFGELAPHPLLTYAVEQNAASLDMPIATLAAMRRGEQLPFGLRGFVADVHNAGAKVD + FSVQYPDGRLVDAPLPSWTHRTLMLSREDSHRSHTGAVQAVHPLLGAHVHLLEEPERH + VWQAGVGTGAHPWLGDHRIHNVAAFPGAAYCEMALAAARTTLGELSEVRDIKFEQTLL + LDEQTVVSSAATIAAPGILQFAVESHQEGEPARRASAMLHALEEMPQPPGYDTNALTA + AHESSMSGEELRKMFNSLGIQYGPAFSGLVAVHTARGAVTTVLAEVALPGAIRSQQSA + YASHPALLDACFQSVLVHPEVQKATVGGLMLPVGVRRLRNYHSTRSAHYCLARVTSSS + RAGECEADLDVFDQAGTVLLTVEGLRLAAGISEHERANRVFDERLLTIEWERGELPEV + PQIDAGSWLLLSASEADPLTAQLADALNAVGAQSTSVASASDVAQLRSLLGGRLTGVV + VVTGPPTGGLTQCGRDYVSQLVGIARELAELPGEPPRLFVVTRSAASVLPSDLANLEQ + AGLRGLMRVIDSEHPHLGATAIDVDNDETVAALVASQLQSGSQEDETAWRNGIWYTAR + LRPGPLRPAERRTAVVEYRRDGMRLQIRTPGDLESLEFVTFDRVAPGPGEIEVAVTAS + SVNFADVLVAFGRYPTFEGYRQQLGIDFAGVVTAVGPDVTEHRIGDHVGGMSANGCWS + TFVRCDARLAVTLPPELPVAAAAAVPTASATAWYALHDLARICSDDKVLIHSGTGGVG + QAAIAIARAAGCEIFATAGSAQRRQLLHDMGVEHVYDSRSTEFAEQIRGDTDGYGVDV + VLNSLPGAAQRAGIELLAFGGRFVEIGKRDIYGDTRLGLFPFRRNLSLYAVDLALLTH + SHPHTVRRLLKTVYQHTVEGTLPVPQTTHYPIHDAAVAIRLVGGAGHTGKVVLDVPRT + GEGVAVVPPEQVRTSRPDGAYLVTGGLGGLGLFLAGELAAAGCGRIVLNSRSTPSPHA + TRVIERLRAAGADIQVECGDIADAATAHRVVAVATASGLPVRGVLHAAAVVEDATLAN + VTDELIDRCWAPKVHGAWNIHRATAAQPLEWFCLFSSAAALVGSPGQGAYAAANSWLD + AFAHWRRAQGLPATSIAWGAWAEIGRATALAEGTGAAIAPAEGARAFQTLLRYGRAYS + GYAPIMGTPWLTAFAQRSRFAEAFHATGQNQPATGKFLAELGSLPREEWPRTVRRLVS + DQISLLLRRTIDPDRPLSDYGLDSLGNLELRTRIETETGIRVSPTKITTVRGLAEHVC + DELAAAQSAPV" + gene 1321313..1322731 + /gene="papA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1214" + CDS 1321313..1322731 + /gene="papA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1214" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1214, papA3, len: 472 aa. Equivalent to Rv1182, + len: 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 472 aa overlap). Probable papA3, + conserved polyketide synthase (PKS) associated protein, + similar to other Mycobacterial hypothetical proteins e.g. + Q49618|U00010 B1170_C1_180 from Mycobacterium leprae (471 + aa), FASTA scores: opt: 2526, E(): 0, (75.6% identity in + 471 aa overlap). Similar to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical papA proteins; Rv3824c, Rv3820c, + Rv1528c. Protein product from Mb1214 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1214 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED POLYKETIDE SYNTHASE + ASSOCIATED PROTEIN PAPA3" + /protein_id="SIT99815.1" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXY4" + /translation="MLRVGPLTIGTLDDWAPSTGSTVSWRPSAVAHTKASQAPISDVP + VSYMQAQHIRGYCEQKAKGLDYSRLMVVSCQQPGQCDIRAANYVINAHLRRHDTYRSW + FQYNGNGQIIRRTIQDPADIEFVPVHHGELTLPQIREIVQNTPDPLQWGCFRFGIVQG + CDHFTFFASVDHVHVDAMIVGVTLMEFHLMYAALVGGHAPLELPPAGSYDDFCRRQHT + FSSTLTVESPQVRAWTKFAEGTNGSFPDFPLPLGDPSKPSDADIVTVMMLDEEQTAQF + ESVCTAAGARFIGGVLACCGLAEHELTGTTTYYGLTPRDTRRTPADAMTQGWFTGLIP + ITVPIAGSAFGDAARAAQTSFDSGVKLAEVPYDRVVELSSTLTMPRPNFPVVNFLDAG + AAPLSVLLTAELTGTNIGVYSDGRYSYQLSIYVIRVEQGTAVAVMFPDNPIARESVAR + YLATLKSVFQRVAESGQQQNVA" + gene 1322798..1325806 + /gene="mmpL10" + /locus_tag="BQ2027_MB1215" + CDS 1322798..1325806 + /gene="mmpL10" + /locus_tag="BQ2027_MB1215" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1215, mmpL10, len: 1002 aa. Equivalent to Rv1183, + len: 1002 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100% identity in 1002 aa overlap). Probable + mmpL10, conserved transmembrane transport protein (see + first citation below), member of RND superfamily, similar + to many Mycobacterial hypothetical membrane proteins e.g. + Q49619|U00010 from Mycobacterium leprae (1008 aa), FASTA + scores: opt: 4545, E(): 0, (70.6% identity in 978 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. Mb1215 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL10" + /protein_id="SIT99816.1" + /db_xref="GOA:P65373" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65373" + /translation="MVGCWVALALVLPMAVPSLAEMAQRHPVAVLPADAPSSVAVRQM + AEAFHESGSENILVVLLTDEKGLGAADENVYHTLVDRLRNDAKDVVMLQDFLTTPPLR + EVLGSKDGKAWILPIGLAGDLGTPKSYHAYTDVERIVKRTVAGTTLTANVTGPAATVA + DLTDAGARDRASIELAIAVMLLVILMVIYRNPVTMLLPLVTIGASLMTAQALVAGVSL + VGGLAVSNQAIVLLSAMIAGAGTDYAVFLISRYHEYVRLGEHPERAVQRAMMSVGKVI + AASAATVGITFLGMRFAKLGVFSTVGPALAIGIAVSFLAAVTLLPAILVLASPRGWVA + PRGERMATFWRRAGTRIVRRPKAYLGASLIGLVALASCASLAHFNYDDRKQLPPSDPS + SVGYAAMEHHFSVNQTIPEYLIIHSAHDLRTPRGLADLEQLAQRVSQIPGVAMVRGVT + RPNGETLEQARATYQAGQVGNRLGGASRMIDERTGDLNRLASGANLLADNLGDVRGQV + SRAVAGVRSLVDALAYIQNQFGGNKTFNEIDNAARLVSNIHALGDALQVNFDGIANSF + DWLDSVVAALDTSPVCDSNPMCGNARVQFHKLQTARDNGTLDKVVGLARQLQSTRSPQ + TVSAVVNDLGRSLNSVVRSLKSLGLDNPDAARARLISMQNGANDLASAGRQVADGVQM + LVDQTKNMGIGLNQASAFLMAMGNDASQPSMAGFNVPPQVLKSEEFKKVAQAFISPDG + HTVRYFIQTDLNPFSTAAMDQVNTIIDTAKGAQPNTSLADASISMSGYPVMLRDIRDY + YERDMRLIVAVTVVVVILILMALLRAIVAPLYLVGSVVISYMSAIGLGVVVFQVFLGQ + ELHWSVPGLAFVVLVAVGADYNMLLASRLRDESALGVRSSVIRTVRCTGGVITAAGLI + FAASMSGLLFSSIGTVVQGGFIIGVGILIDTFVVRTITVPAMATLLGRASWWPGHPWQ + RCAPEEGQMSARMSARTKTVFQAVADGSKR" + gene complement(1325810..1326889) + /locus_tag="BQ2027_MB1216C" + CDS complement(1325810..1326889) + /locus_tag="BQ2027_MB1216C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1216c, -, len: 359 aa. Equivalent to Rv1184c, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 359 aa overlap). Possible exported + protein with potential N-terminal signal sequence. Similar + to several Mycobacterial hypothetical proteins e.g. + Q49633|U00010) Protein B1170_F3_112 from M. leprae (391 + aa), FASTA scores: opt: 1422, E(): 0, (62.7% identity in + 338 aa overlap). Also similar to Rv3822, Rv3539, Rv1430, + Rv0151c, etc. Protein product from Mb1216c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1216c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIT99817.1" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL5" + /translation="MKRVIAGAFAVWLVGWAGGFGTAIAASEPAYPWAPGPPPSPSPV + GDASTAKVVYALGGARMPGIPWYEYTNQAGSQYFPNAKHDLIDYPAGAAFSWWPTMLL + PPGSHQDNMTVGVAVKDGTNSLDNAIHHGTDPAAAVGLSQGSLVLDQEQARLANDPTA + PAPDKLQFTTFGDPTGRHAFGASFLARIFPPGSHIPIPFIEYTMPQQVDSQYDTNHVV + TAYDGFSDFPDRPDNLLAVANAAIGAAIAHTPIGFTGPGDVPPQNIRTTVNSRGATTT + TYLVPVNHLPLTLPLRYLGMSDAEVDQIDSVLQPQIDAAYARNDNWFTRPVSVDPVRG + LDPLTAPGSIVEGARGLLGSPAFGG" + gene complement(1327054..1328790) + /gene="fadD21" + /locus_tag="BQ2027_MB1217C" + CDS complement(1327054..1328790) + /gene="fadD21" + /locus_tag="BQ2027_MB1217C" + /note="Mb1217c, fadD21, len: 578 aa. Equivalent to + Rv1185c, len: 578 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 578 aa overlap). Probable + fadD21, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly + similar to several from Mycobacteria e.g. + NP_301895.1|NC_002677 possible acyl-CoA synthase from + Mycobacterium leprae (579 aa); P71495|U75685 ACYL-COA + SYNTHASE from Mycobacterium bovis (582 aa), FASTA scores: + opt: 2388, E(): 0, (61.8% identity in 579 aa overlap); + etc. SEEMS TO BELONG TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING + ENZYME FAMILY. Protein product from Mb1217c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1217c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty-acid-amp ligase fadd21 + (fatty-acid-amp synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIT99818.1" + /db_xref="GOA:P63524" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63524" + /translation="MSDSSVLSLLRERAGLQPDDAAFTYIDYEQDWAGITETLTWSEV + FRRTRIVAHEVRRHCTTGDRAVILAPQGLAYIAAFLGSMQAGAIAVPLSVPQIGSHDE + RVSAVLADASPSVILTTSAVAEAVAEHIHRPNTNNVGPIIEIDSLDLTGNSPSFRVKD + LPSAAYLQYTSGSTRAPAGVMISHRNLQANFQQLMSNYFGDRNGVAPPDTTIVSWLPF + YHDMGLVLGIIAPILGGYRSELTSPLAFLQRPARWLHSLANGSPSWSAAPNFAFELAV + RKTTDADIEGLDLGNVLGITSGAERVHPNTLSRFCNRFAPYNFREDMIRPSYGLAEAT + LYVASRNSGDKPEVVYFEPDKLSTGSANRCEPKTGTPLLSYGMPTSPTVRIVDPDTCI + ECPAGTIGEIWVKGDNVAEGYWNKPDETRHTFGAMLVHPSAGTPDGSWLRTGDLGFLS + EDEMFIVGRMKDMLIVYGRNHYPEDIESTVQEITGGRVAAISVPVDHTEKLVTVIELK + LLGDSAGEAMDELDVIKNNVTAAISRSHGLNVADLVLVPPGSIPTTTSGKIRRAACVE + QYRLQQFTRLDG" + gene complement(1328967..1330583) + /locus_tag="BQ2027_MB1218C" + CDS complement(1328967..1330583) + /locus_tag="BQ2027_MB1218C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1218c, -, len: 538 aa. Equivalent to Rv1186c, + len: 538 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 538 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AL117385|SC5G9.24 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (555 aa), FASTA scores: opt: + 485, E(): 2.3e-23, (32.6% identity in 568 aa overlap). + Contains helix turn helix motif from aa 488-509 (+2.81 + SD). Mb1218c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Regulator of polyketide synthase expression" + /protein_id="SIT99819.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM3" + /translation="MRIAGVGLGQLLLALDATVVSLVDAPRGLDLPVASTALIDSDDV + RLGLAAAAGSADVFFLIGVTDDEAVRWVDDQARQRAPVAIFVKHPSDSVVAGAVRAGS + AVVAVEPRARWERLYHLVNHVLEHHGDRADPTDDSGTDLFGLAQSLADRIHGMISIED + AQSHVLAYSASNDEADELRRLSILGRAGPPEHLQWIGQWGIFDALRAGREVVRVAERP + ELGLRPRLAIGIHQPGVGALRPPVFAGTIWVQQGSQPLADDAEEMLRGAAVLAARIMS + RLATQPNTHALRVQQLLGLAELNATTAPVDVSTIARELGVAAEGNATLIGFDTAENRD + TAVRHVRLVDVMALSASAFRHDAQVAANGSRIYVLLPQTTTGRAVTSWVRGTISALRA + ELGVALRAAIAGPVAGLAEVNPARVEVDRVLESAERHPILGQVTSLAEARTTVLLDEI + VTLVGTDQRLVDPRIRDLGAQDPVLAQTLRAYLDAFGDIGAAARSLQVHPNTVRYRIR + RIEQLLSTSLGDPDVRLLFSLGLRAMERTA" + gene 1330668..1332299 + /gene="rocA" + /locus_tag="BQ2027_MB1219" + CDS 1330668..1332299 + /gene="rocA" + /locus_tag="BQ2027_MB1219" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1219, rocA, len: 543 aa. Equivalent to Rv1187, + len: 543 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 543 aa overlap). Probable rocA, + pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (EC 1.5.1.12), + similar to many e.g. PUT2_HUMAN|P30038 human + delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (563 aa), + FASTA scores: opt: 1596, E():0, (46.0% identity in 531 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical dehydrogenases e.g. Rv0768, Rv2858c, etc. + Contains PS00687 Aldehyde dehydrogenases glutamic acid + active site and PS00070 Aldehyde dehydrogenases cysteine + active site. Protein product from Mb1219 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1219 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE + ROCA" + /protein_id="SIT99820.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXL2" + /db_xref="InterPro:IPR005931" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016160" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXL2" + /translation="MDAITQVPVPANEPVHDYAPKSPERTRLRTELASLADHPIDLPH + VIGGRHRMGDGERIDVVQPHRHAARLGTLTNATHADAAAAVEAAMSAKSDWAALPFDE + RAAVFLRAADLLAGPWREKIAAATMLGQSKSVYQAEIDAVCELIDFWRFNVAFARQIL + EQQPISGPGEWNRIDYRPLDGFVYAITPFNFTSIAGNLPTAPALMGNTVIWKPSITQT + LAAYLTMQLLEAAGLPPGVINLVTGDGFAVSDVALADPRLAGIHFTGSTATFGHLWQW + VGTNIGRYHSYPRLVGETGGKDFVVAHASARPDVLRTALIRGAFDYQGQKCSAVSRAF + IAHSVWQRMGDELLAKAAELRYGDITDLSNYGGALIDQRAFVKNVDAIERAKGAAAVT + VAVGGEYDDSEGYFVRPTVLLSDDPTDESFVIEYFGPLLSVHVYPDERYEQILDVIDT + GSRYALTGAVIADDRQAVLTALDRLRFAAGNFYVNDKPTGAVVGRQPFGGARGSGTND + KAGSPLNLLRWTSARSIKETFVAATDHIYPHMAVD" + gene 1332299..1333288 + /locus_tag="BQ2027_MB1220" + CDS 1332299..1333288 + /locus_tag="BQ2027_MB1220" + /note="Mb1220, -, len: 329 aa. Equivalent to Rv1188, len: + 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 329 aa overlap). Possible putA, proline + dehydrogenase (EC 1.5.99.8), similar to part of + Q52711|X78346 proline dehydrogenase from Rhodobacter + capsulatus (1127 aa), FASTA scores: opt: 194, E(): + 1.5e-07, (31.2% identity in 349 aa overlap). Also similar + to two Bacillus subtilis proline dehydrohenases + E1184363|Z99120 (302 aa), FASTA scores: opt: 509, E(): 0, + (37.1% identity in 313 aa overlap); and E1182272|Z99105 + (303 aa), FASTA scores: opt: 513, E(): 0, (32.5% identity + in 311 aa overlap). Highly similar to AL035569|SC8D9.31 + Streptomyces coelicolor (308 aa), FASTA scores: opt: 984, + E(): 0, (50.0% identity in 312 aa overlap). Protein + product from Mb1220 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1220 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROLINE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIT99821.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXM0" + /db_xref="InterPro:IPR002872" + /db_xref="InterPro:IPR008219" + /db_xref="InterPro:IPR015659" + /db_xref="InterPro:IPR029041" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM0" + /translation="MAGWFAHTLRPAMLAAGRSDRLGRIVERSPLTRGVVRRFVPGDT + LDDVVDIVTALRDSGRYLSIDYLGENVTDADDAAAAVRAYLGLLDVLGRRGDIACDGV + RPLEVSLKLSALGQALDRDGQKIALDNARAICERAERVGAWVTVDAEDHTTTDSTLSI + SGDLRVDFPWLGTVVQAYLRRTLADCAELAAVGARVRLCKGAYDEPASVAYRDAAQVT + DSYLRCLRVLTAGRGYPMVATHDPVIIAAVPGITRESGRSQGDFEYQMLYGVRDDEQR + RLTGAGNHVRVYVPFGTRWYGYFLRRLAERPANLAFFLRALTDRRRARGCAER" + gene 1333370..1334242 + /gene="sigI" + /locus_tag="BQ2027_MB1221" + CDS 1333370..1334242 + /gene="sigI" + /locus_tag="BQ2027_MB1221" + /note="Mb1221, sigI, len: 290 aa. Equivalent to Rv1189, + len: 290 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 290 aa overlap). Possible sigI, + alternative RNA polymerase sigma factor (see citation + below), similar to several e.g. O05767|U87307 + extracytoplasmic function alternative sigma factor (sigE) + from M. smegmatis (204 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): + 1.3e-09, (32.9% identity in 167 aa overlap). Mb1221 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + SIGI" + /protein_id="SIT99822.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZQ9" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZQ9" + /translation="MSQHDPVSAAWRAHRAYLVDLAFRMVGDIGVAEDMVQEAFSRLL + RAPVGDIDDERGWLIVVTSRLCLDHIKSASTRRERPQDIAAWHDGDASVSSVDPADRV + TLDDEVRLALLIMLERLGPAERVVFVLHEIFGLPYQQIATTIGSQASTCRQLAHRARR + KINESRIAASVEPAQHRVVTRAFIEACSNGDLDTLLEVLDPGVAGEIDARKGVVVVGA + DRVGPTILRHWSHPATVLVAQPVCGQPAVLAFVNRALAGVLALSIEAGKITKIHVLVQ + PSTLDPLRAELGGG" + gene 1334258..1335136 + /locus_tag="BQ2027_MB1222" + CDS 1334258..1335136 + /locus_tag="BQ2027_MB1222" + /note="Mb1222, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv1190, len: + 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 292 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv1833c|Y0DA_MYCTU|Q50600 hypothetical + 32.2 kd protein cy1a11.10 (286 aa), fasta scores: opt: + 331, E(): 1.4e-15, (29.0% identity in 272 aa overlap), + also YU14_MYCTU|Q50670 putative haloalkane dehalogenase + (300 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 2.2e-09, (29.9% + identity in 298 aa overlap). Protein product from Mb1222 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hydrolase, alpha/beta fold family" + /protein_id="SIT99823.1" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK6" + /translation="MTMKSLAALDRPSWLSSSAWPWQPYLLSHHQGGIAVTDIGDGPA + VLFVHVGSWSFVWRDVLLRLANDFRCVAIDAPGCGLSDRLSTPPTLAQAADAITSVID + ALQLRDLTLVAHDLGGPAGFLAAARRGDRVAALAAVNCFAWRPTGPLFRGMLAAMGSA + PVRELDAAINALARATSTRFGAGRHWSRADRAAFRAGIDAPARRAWHAYFRDARRAHA + LYTDVDAALRGGLADRPLLTIFGQFNDPLRFQPRWKELFPTARQLQVRRGNHFPMCDD + PDLVAGALTSFVQRST" + gene 1335209..1336123 + /locus_tag="BQ2027_MB1223" + CDS 1335209..1336123 + /locus_tag="BQ2027_MB1223" + /note="Mb1223, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv1191, len: + 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 304 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q54528 RDMC from Streptomyces + purpurascens (298 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): + 1.5e-05, (27.5% identity in 269 aa overlap); + Rv0134|MTCI5.08 (300 aa), FASTA scores: opt: 197, E(): + 6.6e-06, (26.4% identity in 299 aa overlap), some + similarity to PIP_NEIGO|P42786 proline iminopeptidase (EC + 3.4.11.5) (310 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): 1.3e-05, + (32.2% identity in 152 aa overlap). Contains PS00044 + Bacterial regulatory proteins, lysR family signature. + Protein product from Mb1223 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1223 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative hydrolase" + /protein_id="SIT99824.1" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN6" + /translation="MAVAIARPKLEGNIAVGEDRRIGFAEFGAPQGRAVFWLHGTPGA + RRQIPTEARVYAEHHNIRLIGVDRPGIGASTPHQYETILAFADDLRTIADTLGIDKMA + VVGLSGGGPYTLACAAGLPDRVVAAGVLGGVAPTRGPDAISGGLMRLGSAVAPLLQVG + GTPLRLGASLLIRAARPVASPALDLYGLLSPRADRHLLARPEFKAMFLDDLLNGSRKQ + LAAPFADVIAFARDWGFRLDEVKVPVRWWHGDHDHIVPFSHGEHVVSRLPDAKLLHLP + GESHLAGLGRGEEILSTLMQIWDRDLRK" + gene 1336205..1337032 + /locus_tag="BQ2027_MB1224" + CDS 1336205..1337032 + /locus_tag="BQ2027_MB1224" + /note="Mb1224, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv1192, len: + 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 275 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, contains PS00120 lipases, serine active site. + Protein product from Mb1224 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1224 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99825.1" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXZ3" + /translation="MLLPVLEPADRPCDAPGWFLYLTDIPRAGVEYGQLLAVLPLQRM + LPAGDGHPVLVLPGLLAGDGSTWILRRILRRLGYAAYGWGLGRNIGPTAKAVSGMRDL + LDKLHSRYHTPVSLIGWSLGGIFARGLARDHPSAVRQVITLGSPFGMRDTCETRSAWS + FNRYAHLHTERHELPLEMESEPLPVPTTAIYSRCDGMVAWQTCMNSPSERAENIAVRS + SHIGYGHNPPVVWAIADRLAQPQGAWAPFRPPKVLSPLFPRPDTPAEAVSTPQTRPA" + gene 1337072..1338493 + /gene="fadD36" + /locus_tag="BQ2027_MB1225" + CDS 1337072..1338493 + /gene="fadD36" + /locus_tag="BQ2027_MB1225" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1225, fadD36, len: 473 aa. Equivalent to Rv1193, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 473 aa overlap). Probable fadD36, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to + Q50017|U15181 4-coumarate-CoA ligase from Mycobacterium + leprae (476 aa), FASTA scores: opt: 2594, E(): 0, (81.3% + identity in 476 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. CAB86109.1|AL163003 putative fatty acid synthase from + Streptomyces coelicolor (485 aa); LCFA_ECOLI|P29212 + long-chain-fatty-acid--CoA ligase from Escherichia coli + (561 aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 8.4e-30, (33.0% + identity in 364 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product + from Mb1225 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1225 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD36 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99826.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXM7" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM7" + /translation="MLLASLNPAVVSAADIADAVRIDGDVLSRSDLVGAATSVAERVA + GAHRVAVLATPTASTVLAITGCLIAGVPVVPVPADVGVTERRHMLTDSGVQAWLGPLP + DDPAGLPHIPVRTHARSWHRYPEPSPGAIAMVVYTSGTTGPPKGVQLSRRAIAADLDA + LAEAWQWTAEDVLVHGLPLYHVHGLVLGLLGSLRFGNRFVHTGKPTPAGYAQACYEAH + GTLFFGVPTVWSRVAADQAAAGALKPARLLVSGSAALPVPVFDKLVQLTGHRPVERYG + ASESLITLSTRADGERRPGWVGLPLAGVQTRLVDDDGGEVPHDGETVGKLQVRGPTLF + DGYLNQPDATAAAFDADSWYRTGDVAVVDGSGMHRIVGRESVDLIKSGGYRVGAGEIE + TVLLGHPDVAEAAVVGVPDDDLGQRIVAYVVGSANVDADGLINFVAQQLSVHKRPREV + RIVDALPRNALGKVLKKQLLSEG" + gene complement(1338526..1339791) + /locus_tag="BQ2027_MB1226C" + CDS complement(1338526..1339791) + /locus_tag="BQ2027_MB1226C" + /note="Mb1226c, -, len: 421 aa. Equivalent to Rv1194c, + len: 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 421 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q50018 possible transcriptional + activator from Mycobacterium leprae (517 aa), FASTA + scores: opt: 1960, E(): 0, (69.8% identity in 421 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv2370c|MTCY27.10, (62.0% identity in 421 aa overlap) and + Rv1453|MTCY493.01c. Protein product from Mb1226c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1226c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible regulatory protein Trx" + /protein_id="SIT99827.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR041522" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM4" + /translation="MAWQQPSPRIRELIREGARIALNPSPEWIEELDRATIAANPAIA + NDPVLAKVVQTANRANLVYWAAANLRDPGARVPANLGTEPLRMARDLVRRGLDTVAFN + IYRTGEHIGWRFWMGIAFELTSDPQELRELLDVSARSVNDFIEATLTGIAAQVQSEHD + ELTRSTHAERLEVVGLILDGAPISPERAEAKLGYPLSRAHTAAIIWSDELDGDHSYLD + RAADLFCHAVGSTRPLTVVAGAASRWAWVTDADGLDIDTVQAAVDNAPGARIAIGTTA + NGVEGFRRSHLEALITQRTLSRLRSTQRVAFFADVKMVALISQNPDAASEFITSTLGD + LESASPDLQTALLTFINEQCNASRAAKRLHTHRNTFLRRLESAQRLLPRPLDHTSVHV + AVALEALQWRGNKAHALSSPGRRSNSVPA" + gene 1340281..1340580 + /gene="PE13" + /locus_tag="BQ2027_MB1227" + CDS 1340281..1340580 + /gene="PE13" + /locus_tag="BQ2027_MB1227" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1227, PE13, len: 99 aa. Equivalent to Rv1195, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 99 aa overlap). Member of Mycobacterium + tuberculosis PE family (see first citation below), e.g. + Y0DP_MYCTU|Q50615 hypothetical glycine-rich 40.8 kd + protein (498 aa), FASTA scores: opt: 307, E(): 1.4e-12, + (56.3% identity in 96 aa overlap), similar to + MTCY21C12.10c (99 aa), FASTA scores: opt:295, E(): + 1.9e-11, (51.5% identity in 97 aa overlap). Mb1227 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe13" + /protein_id="SIT99828.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXM5" + /translation="MSFVMAYPEMLAAAADTLQSIGATTVASNAAAAAPTTGVVPPAA + DEVSALTAAHFAAHAAMYQSVSARAAAIHDQFVATLASSASSYAATEVANAAAAS" + gene 1340627..1341799 + /gene="PPE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1228" + CDS 1340627..1341799 + /gene="PPE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1228" + /standard_name="mtb39a" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1228, PPE18, len: 390 aa. Equivalent to Rv1196, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 391 aa overlap). PPE18 (alternate gene + name: mtb39a). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PPE family of glycine-rich proteins, highly similar to + others e.g. Y07P_MYCTU|Q11031 hypothetical 40.0 kDa + protein cy02b10.25c (396 aa), FASTA scores: opt: 2124, + E(): 0, (85.1% identity in 397 aa overlap). Note that + expression of Rv1196 was demonstrated in lysates by + immunodetection (see first citation below). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 14 bp to 11 bp substitution leads to a slightly shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (390 aa versus 391 aa). Protein + product from Mb1228 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1228 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe18" + /protein_id="SIT99829.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN5" + /translation="MVDFGALPPEINSARMYAGPGSASLVAAAQMWDSVASDLFSAAS + AFQSVVWGLTVGSWIGSSAGLMVAAASPYVAWMSVTAGQAELTAAQVRVAAAAYETAY + GLTVPPPVIAENRAELMILIATNLLGQNTPAIAVNEAEYGEMWAQDAAAMFGYAAATA + TATATLLPFEEAPEMTSAGGLLEQAAAVEEASDTAAANQLMNNVPQALQQLAQPTQGT + TPSSKLGGLWKTVSPHLSPISNMVSMANNHVSMTNSGVSMTNTLSSMLKGFAPAAAQA + VETAAQNGVRAMSSLGSSLGSSGLGGGVAANLGRAASVGSLSVPQAWAAANQAVTPAA + RALPLTSLTSAAERGPGQMLGGLPVGQMGARAGGGLSGVLRVPPRPYVMPHSPAAG" + gene 1341934..1342230 + /gene="esxK" + /locus_tag="BQ2027_MB1229" + CDS 1341934..1342230 + /gene="esxK" + /locus_tag="BQ2027_MB1229" + /standard_name="ES6_3; TB11.0; QILSS" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1229, esxK, len: 98 aa. Equivalent to Rv1197, + len: 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 98 aa overlap). esxK, putative ESAT-6 + like protein 3. Member of M. tuberculosis hypothetical + QILSS protein family with Rv1038c, etc. Almost identical + to MTCY98.023c (98 aa) (99.0% identity in 98 aa overlap) + and MTCY10G2.11 (98 aa), FASTA scores: opt: 643, E(): 0, + (99.0% identity in 98 aa overlap); highly similar to + Q49945|U1756C from Mycobacterium leprae (100 aa), FASTA + scores: opt: 377, E(): 8e-21, (58.3% identity in 96 aa + overlap). BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY. Mb1229 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxk (esat-6 like protein + 3)" + /protein_id="SIT99830.1" + /db_xref="GOA:P0DOB1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0DOB1" + /translation="MASRFMTDPHAMRDMAGRFEVHAQTVEDEARRMWASAQNISGAG + WSGMAEATSLDTMTQMNQAFRNIVNMLHGVRDGLVRDANNYEQQEQASQQILSS" + gene 1342281..1342565 + /gene="esxL" + /locus_tag="BQ2027_MB1230" + CDS 1342281..1342565 + /gene="esxL" + /locus_tag="BQ2027_MB1230" + /standard_name="ES6_4; Mtb9.9C" + /note="Mb1230, esxL, len: 94 aa. Equivalent to Rv1198, + len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 94 aa overlap). esxL, putative ESAT-6 + likeprotein 4. Member of the ESAT-6 family with Rv3619c, + Rv1037c, etc. Almost identical to MTCY10G2.12 (94 aa) + (97.9% identity in 94 aa overlap) and MTCY98.022c (94 aa) + (94.7% identity in 94 aa overlap). Highly similar to + Q49946|U1756D Mycobacterium leprae (95 aa), FASTA scores: + opt: 403, E(): 1.1e-22, (64.1% identity in 92 aa overlap). + Protein product from Mb1230 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1230 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative esat-6 like protein esxl (esat-6 like + protein 4)" + /protein_id="SIT99831.1" + /db_xref="GOA:P59804" + /db_xref="InterPro:IPR009416" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59804" + /translation="MTINYQFGDVDDHGAMIRAQAGLLEAEHQAIIRDVLTASDFWGG + AGSAACQGFITQLGRNFQVIYEQANAHGQKVQAAGNNMAQTDSAVGSSWA" + repeat_region 1342563..1342570 + /note="8 bp direct repeat, TGACACCA, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(1342571..1344005) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-2" + mobile_element complement(1342571..1344005) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-2" + /note="IS1081-2, len: 1435 nt. Equivalent to IS1081, len: + 1450 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 1435 nt overlap). Almost + identical to IS1081" + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + repeat_region 1342609..1342623 + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1342633..1343880) + /locus_tag="BQ2027_MB1231C" + CDS complement(1342633..1343880) + /locus_tag="BQ2027_MB1231C" + /note="Mb1231c, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv1199c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 415 aa overlap). Possible transposase + for IS1081, identical to TRA1_MYCBO|P35882 transposase for + insertion sequence element (415 aa); region identical to + MTCY441.35 (100.0% identity in 261 aa overlap); and almost + identical to MTCY10G2.02c (415 aa) (99.8% identity in 415 + aa overlap). Contains PS01007 Transposases, Mutator + family, signature, PS00435 Peroxidases proximal + heme-ligand signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIT99832.1" + /db_xref="GOA:P60231" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60231" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANLMAATPKPSWPWVRT + LLHSIYDQPDAESVVAQYDRVLDALTDKLPAVAEHLDTARTDLLAFTAFPKQIWRQIW + SNNPQERLNREVRRRTDVVGIFPDRASIIRLVGAVLAEQHDEWIEGRRYLGLEVLTRA + RAALTSTEEPAKQQTTNTPALTT" + repeat_region complement(1343918..1343932) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-2" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 1344006..1344013 + /note="8 bp direct repeat, TGACACCA, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene 1344217..1345494 + /locus_tag="BQ2027_MB1232" + CDS 1344217..1345494 + /locus_tag="BQ2027_MB1232" + /note="Mb1232, -, len: 425 aa. Equivalent to Rv1200, len: + 425 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 425 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, possibly member of + major facilitator superfamily (MFS), similar to others + e.g. YHJE_ECOLI|P37643 hypothetical metabolite transport + protein from Escherichia coli (440 aa), FASTA scores: opt: + 1047, E(): 0, (39.1% identity in 427 aa overlap); etc. + Contains PS00217 Sugar transport proteins signature 2. + Protein product from Mb1232 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1232 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIT99833.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYL7" + /db_xref="InterPro:IPR004736" + /db_xref="InterPro:IPR005828" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL7" + /translation="MKRVALACLVGSAIEFYDFLIYGTAAALVFPTVFFPHLDPTVAA + VASMGTFAVAFLSRPFGAAVFGYFGDRLGRKKTLVATLLIMGLATVTVGLVPTTVAIG + AAAPLILTTMRLLQGFAVGGEWAGSALLSAEYAPASKRGWYGMFTVVGGGIALVLTSL + TFLGVNYTIGESSPTFMQWGWRIPFLVSAALIAVALYVRFNIDETPVFARERADEKTR + LGPAETPIAQVLRRQRREIVLAAGSAVCCFGFVYLASTYLASYAQTRLGYSRGSILFD + SVLGGLLCIVFTALSSALCDQLGRRRVLLAGWAVALPWSLLVMPLIDSGSPSLFAVAV + VGMYAIGGFGFGPTASFIPELFATSYRYTGSALAANLAGVAGGALPPVIAGALVATYG + SWAIGVMLAILALISLVCTYRLPETAGSALVSR" + gene complement(1345491..1346444) + /gene="dapd" + /locus_tag="BQ2027_MB1233C" + CDS complement(1345491..1346444) + /gene="dapd" + /locus_tag="BQ2027_MB1233C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1233c, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv1201c, + len: 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 317 aa overlap). Probable transferase + (EC 2.-.-.-). Highly similar to Q49948|U1756F + Mycobacterium leprae (317 aa), FASTA scores: opt: 1776, + E(): 0, (84.9% identity in 317 aa overlap), also Q46064 + ORF3 protein from CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (316 aa), + FASTA scores: opt: 864, E(): 0, (44.1% identity in 311 aa + overlap). Protein product from Mb1233c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1233c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase + dapd" + /protein_id="SIT99834.1" + /db_xref="GOA:Q7U0E7" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="InterPro:IPR019875" + /db_xref="InterPro:IPR026586" + /db_xref="InterPro:IPR032784" + /db_xref="InterPro:IPR038361" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0E7" + /translation="MSTVTGAAGIGLATLAADGSVLDTWFPAPELTESGTSATSRLAV + SDVPVELAALIGRDDDRRTETIAVRTVIGSLDDVAADPYDAYLRLHLLSHRLVAPHGL + NAGGLFGVLTNVVWTNHGPCAIDGFEAVRARLRRRGPVTVYGVDKFPRMVDYVVPTGV + RIADADRVRLGAHLAPGTTVMHEGFVNYNAGTLGASMVEGRISAGVVVGDGSDVGGGA + SIMGTLSGGGTHVISIGKRCLLGANSGLGISLGDDCVVEAGLYVTAGTRVTMPDSNSV + KARELSGSSNLLFRRNSVSGAVEVLARDGQGIALNEDLHAN" + gene 1346535..1347599 + /gene="dapE" + /locus_tag="BQ2027_MB1234" + CDS 1346535..1347599 + /gene="dapE" + /locus_tag="BQ2027_MB1234" + /note="Mb1234, dapE, len: 354 aa. Equivalent to Rv1202, + len: 354 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 354 aa overlap). Probable dapE, + succinyl-diaminopimelate desuccinylase (EC 3.5.1.18), + similar to DAPE_CORGL|Q59284 succinyl-diaminopimelate + desuccinylase from Corynebacterium glutamicum (369 aa), + FASTA scores: opt: 1301, E(): 0, (55.7% identity in 359 aa + overlap), highly similar to Q49949|U1756G (400 aa), FASTA + scores: opt: 2045, E(): 0, (87.0% identity in 354 aa + overlap). Protein product from Mb1234 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1234 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINYL-DIAMINOPIMELATE DESUCCINYLASE + DAPE" + /protein_id="SIT99835.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXZ9" + /db_xref="InterPro:IPR001261" + /db_xref="InterPro:IPR002933" + /db_xref="InterPro:IPR010174" + /db_xref="InterPro:IPR011650" + /db_xref="InterPro:IPR036264" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXZ9" + /translation="MLDLRGDPIELTAALIDIPSESRKEARIADEVEAALRAQASGFE + IIRNGNAVLARTKLNRSSRVLLAGHLDTVPVAGNLPSRRENDQLHGCGAADMKSGDAV + FLHLAATLAEPTHDLTLVFYDCEEIDSAANGLGRIQRELPDWLSADVAILGEPTAGCI + EAGCQGTLRVVLSVTGTRAHSARSWLGDNAIHKLGAVLDRLAVYRARSVDIDGCTYRE + GLSAVRVAGGVAGNVIPDAASVTINYRFAPDRSVAAALQHVHDVFDGLDVQIEQTDAA + AGALPGLSEPAAKALVEAAGGQVRAKYGWTDVSRFAALGIPAVNYGPGDPNLAHCRDE + RVPVGNITAAVDLLRRYLGG" + gene complement(1347596..1348180) + /locus_tag="BQ2027_MB1235C" + CDS complement(1347596..1348180) + /locus_tag="BQ2027_MB1235C" + /note="Mb1235c, -, len: 194 aa. Equivalent to Rv1203c, + len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 194 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1235c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AAA-ATPase, domain of unknown function, and LuxR + DNA-binding domain" + /protein_id="SIT99836.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN7" + /translation="MLLAYVLITKGEFGAAASMLEPAAATLERTGYSWGPLSLMLLAT + AIAQQGHIAESAKTLQRAEARHGTKSALFAPELGLARAWTRAAAQDMTGAIAAAREAA + RTAERAGQAAVALCAWHNAVRLGDIRAVDPVTRLAAEIDCTVGNILVKHARGLADGDA + AELTAVAEELAGIGMAAAAADATKAAARLGPQQR" + gene complement(1348211..1349899) + /locus_tag="BQ2027_MB1236C" + CDS complement(1348211..1349899) + /locus_tag="BQ2027_MB1236C" + /note="Mb1236c, -, len: 562 aa. Equivalent to Rv1204c, + len: 562 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 562 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to Q55103 CHO-ORF2 from + STREPTOMYCES SP. (642 aa), FASTA scores: opt: 215, E(): + 3.6e-06, (26.4% identity in 576 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. Mb1236c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AAA-ATPase, domain of unknown function, and LuxR + DNA-binding domain" + /protein_id="SIT99837.1" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN3" + /translation="MRVWKHVEAAVDSPDRCGVVLVGPHGVGKTLLAQLAAEQVMSED + GRSGRARWVVGTAPGRAIPFGAFRHLISLPASGADIGRPAALLRAARSSLTGDAGDLL + LVVDDAHNLDPLSATLVYQLARAGAARLVVTVASEAEPPDAIAALWSDDLLTRVAIEP + LDRAQTAAFVESALDATLDVADADELFRRSLGNPLYLRHLIDGGGLEHVDGRWRCRDE + DRRPLSGVIDEYLCALPEPARAVVDYLAIAEPLARTDLVALVGGEQLDTLGQAEAAGA + VRVGPDSDTSEIFVGHPLYADRARAVLTAEHAHALRVSLVAQLAKHPSDHVSDQLRLS + SLAIDVPASATPAAVTDAATAAGQALRLGDVRLAERLARAALDRSDALAARLPLAYAL + GWQGRGREADAVLAAVNPAELTETELMAWAIPRAANRFWMLNEPERATAFLQTTRSRV + TEPTARSTLDALAATFAMNSGNLPRAITLATEVLSGPAADDMAVAWAASAAALSSARM + GRFGDVDRLAERASAAEHPGLLRFTVGLAQITSLLLAGDVAPAQELAKRFTDFA" + gene 1349994..1350557 + /gene="log" + /locus_tag="BQ2027_MB1237" + CDS 1349994..1350557 + /gene="log" + /locus_tag="BQ2027_MB1237" + /note="Mb1237, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv1205, len: + 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 187 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q49952 cosmid B1756 from Mycobacterium + leprae (187 aa), FASTA scores: opt: 865, E(): 0, (72.4% + identity in 174 aa overlap), also similar to + FAS6_RHOFA|P46378 hypothetical 21.1 kd protein in + fasciation locus (ORF6) (198 aa), FASTA scores: opt: 368, + E(): 1.3e-17, (37.4% identity in 174 aa overlap). Some + similarity to YJL055W Hypothetical protein in BTN1-PEP8 + intergenic region from Saccharomyces cerevisiae and P48636 + HYPOTHETICAL protein in AZU 5'REGION from Pseudomonas + AERUGINOSA. Protein product from Mb1237 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1237 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoribohydrolase involved in Mycobacterial + cytokinins production, homolog of plant + cytokinin-activating enzyme LOG" + /protein_id="SIT99838.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXN4" + /db_xref="InterPro:IPR005269" + /db_xref="InterPro:IPR031100" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXN4" + /translation="MSAKIDITGDWTVAVYCAASPTHAELLELAAEVGAAIAGRGWTL + VWGGGHVSAMGAVASAARACGGWTVGVIPKMLVYRELADHDADELIVTDTMWERKQIM + EDRSDAFIVLPGGVGTLDELFDAWTDGYLGTHDKPIVMVDPWGHFDGLRAWLNGLLDT + GYVSPTAMERLVVVDNVKDALRACAPS" + gene 1350607..1352400 + /gene="fadD6" + /locus_tag="BQ2027_MB1238" + CDS 1350607..1352400 + /gene="fadD6" + /locus_tag="BQ2027_MB1238" + /note="Mb1238, fadD6, len: 597 aa. Equivalent to Rv1206, + len: 597 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 597 aa overlap). Probable fadD6, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to + several e.g. NP_251583.1|NC_002516 probable + very-long-chain acyl-CoA synthetase from Pseudomonas + aeruginosa (608 aa); Q60714 mouse fatty acid transport + protein fatp (646 aa), FASTA scores: opt:712, E(): 0, + (36.8% identity in 600 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product + from Mb1238 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb1238 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD6 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIT99839.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXP6" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR030310" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXP6" + /translation="MSDYYGGAHTTVRLIDLATRMPRVLADTPVIVRGAMTGLLARPN + SKASIGTVFQDRAARYGDRVFLKFGDQQLTYRDANATANRYAAVLAARGVGPGDVVGI + MLRNSPSTVLAMLATVKCGAIAGMLNYHQRGEVLAHSLGLLDAKVLIAESDLVSAVAE + CGASRGRVAGDVLTVEDVERFATTAPATNPASASAVQAKDTAFYIFTSGTTGFPKASV + MTHHRWLRALAVFGGMGLRLKGSDTLYSCLPLYHNNALTVAVSSVINSGATLALGKSF + SASRFWDEVIANRATAFVYIGEICRYLLNQPAKPTDRAHQVRVICGNGLRPEIWDEFT + TRFGVARVCEFYAASEGNSAFINIFNVPRTAGVSPMPLAFVEYDLDTGDPLRDASGRV + RRVPDGEPGLLLSRVNRLQPFDGYTDPVASEKKLVRNAFRDGDCWFNTGDVMSPQGMG + HAAFVDRLGDTFRWKGENVATTQVEAALASDQTVEECTVYGVQIPRTGGRAGMAAITL + RAGAEFDGQALARTVYGHLPGYALPLFVRVVGSLAHTTTFKSRKVELRNQAYGADIED + PLYVLAGPDEGYVPYYAEYPEEVSLGRRPQG" + gene 1352466..1353422 + /gene="folP2" + /locus_tag="BQ2027_MB1239" + CDS 1352466..1353422 + /gene="folP2" + /locus_tag="BQ2027_MB1239" + /note="Mb1239, folP2, len: 318 aa. Equivalent to Rv1207, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 318 aa overlap). Probable folP2, + Dihydropteroate synthase 2 (EC 2.5.1.15), similar to many + e.g. DHPS_ECOLI|P26282 Escherichia coli (282 aa), FASTA + scores: opt: 480, E(): 1.9e-22, (34.4% identity in 270 aa + overlap). Contains PS00792 dihydropteroate synthase + signature 1, PS00793 dihydropteroate synthase signature 2. + Protein product from Mb1239 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1239 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dihydropteroate synthase 2 folp2 (dhps 2) + (dihydropteroate pyrophosphorylase 2)" + /protein_id="SIT99840.1" + /db_xref="GOA:P64140" + /db_xref="InterPro:IPR000489" + /db_xref="InterPro:IPR006390" + /db_xref="InterPro:IPR011005" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64140" + /translation="MRSTPPASAGRSTPPALAGHSTPPALAGHSTLCGRPVAGDRALI + MAIVNRTPDSFYDKGATFSDAAARDAVHRAVADGADVIDVGGVKAGPGERVDVDTEIT + RLVPFIEWLRGAYPDQLISVDTWRAQVAKAACAAGADLINDTWGGVDPAMPEVAAEFG + AGLVCAHTGGALPRTRPFRVSYGTTTRGVVDAVISQVTAAAERAVAAGVAREKVLIDP + AHDFGKNTFHGLLLLRHVADLVMTGWPVLMALSNKDVVGETLGVDLTERLEGTLAATA + LAAAAGARMFRVHEVAATRRVLEMVASIQGVRPPTRTVRGLA" + gene 1353419..1354393 + /gene="gpgs" + /locus_tag="BQ2027_MB1240" + CDS 1353419..1354393 + /gene="gpgs" + /locus_tag="BQ2027_MB1240" + /note="Mb1240, -, len: 324 aa. Equivalent to Rv1208, len: + 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 324 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q49955|U1756L Mycobacterium leprae + (318 aa), FASTA scores, opt: 1621, E(): 0, (80.5% identity + in 318 aa overlap). Protein product from Mb1240 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1240 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable glucosyl-3-phosphoglycerate synthase + gpgs" + /protein_id="SIT99841.1" + /db_xref="GOA:Q7U0E1" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="PDB:5JUD" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0E1" + /translation="MTASELVAGDLAGGRAPGALPLDTTWHRPGWTIGELEAAKAGRT + ISVVLPALNEEATIESVIDSISPLVDGLVDELIVLDSGSTDDTEIRAIASGARVVSRE + QALPEVPVRPGKGEALWRSLAATSGDIVVFIDSDLINPHPLFVPWLVGPLLTGEGIQL + VKSFYRRPLQVSDVTSGVCATGGGRVTELVARPLLAALRPELGCVLQPLSGEYAASRE + LLTSLPFAPGYGVEIGLLIDTFDRLGLDAIAQVNLGVRAHRNRPLDELGAMSRQVIAT + LLSRCGIPDSGVGLTQFLPGGPDDSDYTRHTWPVSLVDRPPMKVMRPR" + gene 1354432..1354800 + /locus_tag="BQ2027_MB1241" + CDS 1354432..1354800 + /locus_tag="BQ2027_MB1241" + /note="Mb1241, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv1209, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 122 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, containing a hydrophobic N-terminus. Similar to + Q49956|U1756M hypothetical protein from Mycobacterium + leprae (114 aa), FASTA scores: opt: 524, E(): 8.9e-29, + (78.6% identity in 112 aa overlap). Protein product from + Mb1241 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1241 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99842.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZT7" + /db_xref="InterPro:IPR019933" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT7" + /translation="MALVLVYLVVLVLVAIVLFAAASLLFGRGEQLPPLPRATTATTL + PAFGVTRADVDAVKFTQVLRGYKTSEVDWVLERLGRELEALRSQLGAIHASSEDAEAE + SDASNPSRGETVVHYRSDPA" + gene 1354797..1355411 + /gene="tagA" + /locus_tag="BQ2027_MB1242" + CDS 1354797..1355411 + /gene="tagA" + /locus_tag="BQ2027_MB1242" + /note="Mb1242, tagA, len: 204 aa. Equivalent to Rv1210, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 204 aa overlap). Probable tagA, + DNA-3-methyladenine glycosidase I (EC 3.2.2.20), similar + to several e.g. 3MG1_ECOLI|P05100 DNA-3-methyladenine + glycosidase I from Escherichia coli (187 aa), FASTA + scores: opt: 530, E(): 1.3e-27, (44.2% identity in 190 aa + overlap). Also similar to Q49957 Mycobacterium leprae + cosmid B1756 (192 aa), FASTA scores: opt: 1042, E(): 0, + (80.2% identity in 192 aa overlap). Protein product from + Mb1242 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1242 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dna-3-methyladenine glycosylase i taga + (tag i) (3-methyladenine-dna glycosylase i, constitutive) + (dna-3-methyladenine glycosidase i)" + /protein_id="SIT99843.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYM7" + /db_xref="InterPro:IPR004597" + /db_xref="InterPro:IPR005019" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYM7" + /translation="MSGDGLVRCPWAEVRPGPDAQLYRDYHDNEWGRPLYGRVALFER + MSLEAFQSGLSWLIILRKRENFRRAFSGFDIDKIARYTDTDVRRLLADDGIVRNRAKI + EATIANARAAADLGSSEDLSELLWSFAPPPRPRPVDGSEIPSVSTESKAMSRELKRRG + FRFVGPTTAYALMQATGMVDDHIQACWVPTERPFDQPGCPMAAR" + gene 1355518..1355745 + /locus_tag="BQ2027_MB1243" + CDS 1355518..1355745 + /locus_tag="BQ2027_MB1243" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1243, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv1211, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 75 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q49958|U1756N Mycobacterium leprae (75 + aa), FASTA scores: opt: 460, E(): 0, (90.7% identity in 75 + aa overlap). Protein product from Mb1243 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1243 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99844.1" + /db_xref="InterPro:IPR021465" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ4" + /translation="MLGADQARAGGPARIWREHSMAAMKPRTGDGPLEATKEGRGIVM + RVPLEGGGRLVVELTPDEAAALGDELKGVTS" + gene complement(1355773..1356936) + /gene="glga" + /locus_tag="BQ2027_MB1244C" + CDS complement(1355773..1356936) + /gene="glga" + /locus_tag="BQ2027_MB1244C" + /note="Mb1244c, -, len: 387 aa. Equivalent to Rv1212c, + len: 387 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 387 aa overlap). Putative glycosyl + transferase (EC 2.-.-.-), highly similar to + AJ243803|SCO243803_2 Putative glycosyl transferase from + Streptomyces coelicolor (387 aa), FASTA scores: opt: 1344, + E(): 0, (54.9% identity in 388 aa overlap). Also similar + to MJ1607 probable hexosyltransferase (EC 2.4.1.-) from + Methanococcus jannaschii (390 aa), FASTA scores: opt: 445, + E(): 7.8e-23, (27.9% identity in 401 aa overlap). The + region from aa 267-355 highly similar to Q49959 COSMID + B1756 from Mycobacterium leprae (91 aa), FASTA scores, + opt: 471, E(): 4.8e-25, (80.9% identity in 89 aa overlap). + Similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + protein, Rv3032. Protein product from Mb1244c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1244c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative glycosyl transferase glga" + /protein_id="SIT99845.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY10" + /db_xref="InterPro:IPR001296" + /db_xref="InterPro:IPR011875" + /db_xref="InterPro:IPR028098" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY10" + /translation="MRVAMLTREYPPEVYGGAGVHVTELVAYLRRLCAVDVHCMGAPR + PGAFAYRPDPRLGSANAALSTLSADLVMANAASAATVVHSHTWYTALAGHLAAILYDI + PHILTAHSLEPLRPWKKEQLGGGYQVSTWVEQTAVLAANAVIAVSSAMRNDMLRVYPS + LDPNLVHVIRNGIDTETWYPAGPARTGSVLAELGVDPNRPMAVFVGRITRQKGVVHLV + TAAHRFRSDVQLVLCAGAADTPEVADEVRVAVAELARNRTGVFWIQDRLTIGQLREIL + SAATVFVCPSVYEPLGIVNLEAMACATAVVASDVGGIPEVVADGITGSLVHYDADDAT + GYQARLAEAVNALVADPATAERYGHAGRQRCIQEFSWAYIAEQTLDIYRKVCA" + gene 1357111..1358325 + /gene="glgC" + /locus_tag="BQ2027_MB1245" + CDS 1357111..1358325 + /gene="glgC" + /locus_tag="BQ2027_MB1245" + /note="Mb1245, glgC, len: 404 aa. Equivalent to Rv1213, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 404 aa overlap). Probable glgC, + glucose-1-phosphate adenylyltransferase (EC 2.7.7.27), + similar to many e.g. GLGC_ECOLI|P00584 Escherichia coli + (430 aa), FASTA scores: opt: 1075, E(): 0, (40.3% identity + in 407 aa overlap); highly similar to Q49961 GLGC from + Mycobacterium leprae (419 aa), FASTA scores: opt: 2532, + E(): 0, (92.6% identity in 404 aa overlap). BELONGS TO THE + BACTERIAL AND PLANTS GLUCOSE-1-PHOSPHATE + ADENYLYLTRANSFERASE FAMILY. Protein product from Mb1245 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1245 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="glucose-1-phosphate adenylyltransferase glgc + (adp-glucose synthase) (adp-glucose pyrophosphorylase)" + /protein_id="SIT99846.1" + /db_xref="GOA:P64242" + /db_xref="InterPro:IPR005835" + /db_xref="InterPro:IPR005836" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="InterPro:IPR011831" + /db_xref="InterPro:IPR023049" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64242" + /translation="MREVPHVLGIVLAGGEGKRLYPLTADRAKPAVPFGGAYRLIDFV + LSNLVNARYLRICVLTQYKSHSLDRHISQNWRLSGLAGEYITPVPAQQRLGPRWYTGS + ADAIYQSLNLIYDEDPDYIVVFGADHVYRMDPEQMVRFHIDSGAGATVAGIRVPRENA + TAFGCIDADDSGRIRSFVEKPLEPPGTPDDPDTTFVSMGNYIFTTKVLIDAIRADADD + DHSDHDMGGDIVPRLVADGMAAVYDFSDNEVPGATDRDRAYWRDVGTLDAFYDAHMDL + VSVHPVFNLYNKRWPIRGESENLAPAKFVNGGSAQESVVGAGSIISAASVRNSVLSSN + VVVDDGAIVEGSVIMPGTRVGRGAVVRHAILDKNVVVGPGEMVGVDLEKDRERFAISA + GGVVAVGKGVWI" + gene complement(1358521..1358895) + /gene="PE14" + /locus_tag="BQ2027_MB1246C" + CDS complement(1358521..1358895) + /gene="PE14" + /locus_tag="BQ2027_MB1246C" + /note="Mb1246c, PE14, len: 124 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1214c, len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 68 aa overlap). Member of + Mycobacterium tuberculosis PE family, appears to be + frameshifted but sequence appears to be correct. The + 5'-end is atypical as first 9 aa appear to be missing. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE14 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 5 bp + deletion (cttgt-*) leads to a diffferent COOH terminus. + Mb1246c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe14" + /protein_id="SIT99847.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXP3" + /translation="MLASAATDLAGIGSALSAANAAAAAPTTAMLAACADEVSAVVAS + LFARHAQAYQALSLQATAFHQQFVPDRRWRGLCGCRSRQRCCGAERAARRAECDQRSH + PGTVRSVTAPMADRAKTAGPGG" + gene complement(1359029..1360714) + /locus_tag="BQ2027_MB1247C" + CDS complement(1359029..1360714) + /locus_tag="BQ2027_MB1247C" + /EC_number="3.1.1.-" + /note="Mb1247c, -, len: 561 aa. Equivalent to Rv1215c, + len: 561 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 561 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, low similarity to Rv1835c|Y0D8_MYCTU|Q50598 + hypothetical 69.9 kd protein cy1a11.08 (628 aa), FASTA + scores: opt: 257, E(): 1.3e-09, (34.1% identity in 185 aa + overlap). Protein product from Mb1247c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1247c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cocaine esterase (EC" + /protein_id="SIT99848.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXP5" + /db_xref="InterPro:IPR000383" + /db_xref="InterPro:IPR005674" + /db_xref="InterPro:IPR008979" + /db_xref="InterPro:IPR013736" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXP5" + /translation="MARNPSPALDRPWRRPGALRYALERVRGVAKPPITVTDPPADVV + IERDVEVPTRDGTLLRINVFRSAEGGARPVIASIHPYGKDALPRRRGNRWTFSPQYRM + LRQPKPLTFSALTGWEAPDPAWWTAQGFVVVNADSRGCGRSDGTGDLLSHQEAEDTYD + LVGWLADQSWSDGRVVMLGVSYLAISQYAVAALQPPALRAICPWEGFTDAYRDLAFPG + GIRESGFTRLWSRGVRRRTRQTYDMEQMQEAHPLRDDFWRSRVPDLSAIKVPMLVCGS + FSDNNLHSRGSIRAFTRSGCGHARLYTHRGGKWETFYSATALSEQLKFLRDALAGSSG + SRSVRLEVREDRDTITAVREETQWPLAGTRWRPMYLAGPGLLATEPPPTAGSIRFQTR + SRAAAFNWTIPEDIELTGPMAARLWVQLDGCDDANLFVGVEKWRDGQFVAFEGSYGWG + RDRVTTGWQRVSLRELDPELSQPWEPVPACARPRPVTAGEVVAVDVALGPSATLFRAG + EQLRLVVGGRWLSPRNPLTGQFPAAYPRPPRGRVTLHWGPRYDAHLLIPEVPG" + gene complement(1360742..1361416) + /locus_tag="BQ2027_MB1248C" + CDS complement(1360742..1361416) + /locus_tag="BQ2027_MB1248C" + /note="Mb1248c, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv1216c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 224 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, C-terminal region similar to + Q49963|U1756P from Mycobacterium leprae (134 aa), FASTA + scores: opt: 311, E(): 3.3e-15, (52.2% identity in 113 aa + overlap). Protein product from Mb1248c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1248c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99849.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXQ5" + /db_xref="InterPro:IPR007318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ5" + /translation="MHIGLKIFIWGVLGLVVFGALLFGPAGTFDYWQAWVFLAAFVST + TIGPTIYLARNDPAALQRRMRSGPLAEGRTIQKFIVIGAFLGFFAMMVLSACDHRYGW + SSVPAAVCVIGDVLVMTGLGIAMLVVIQNRYAASTVRVEAGQILASDGLYKIVRHPMY + AGNVVMMTGIPLALGSYWAMFILVPGTLVLVFRILDEEKLLTQELSGYREYRQLVRYR + LVPYVW" + gene complement(1361425..1363071) + /locus_tag="BQ2027_MB1249C" + CDS complement(1361425..1363071) + /locus_tag="BQ2027_MB1249C" + /note="Mb1249c, -, len: 548 aa. Equivalent to Rv1217c, + len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 548 aa overlap). Probable + tetronasin-transport integral membrane ABC transporter + (see citation below), similar to many e.g. + AL049754|SCH10_12 probable ABC-type transport system + membrane-spanning protein from Streptomyces coelicolor + (539 aa), FASTA scores: opt: 1309, E(): 0, (40.9% identity + in 550 aa overlap); Q54407|X73633 TnrB3 protein from + Streptomyces longisporoflavus (337 aa), FASTA scores: opt: + 692, E(): 0, (39.5% identity in 324 aa overlap); etc. Also + has regions similar to Mycobacterium leprae proteins + Q49964|U1756Q (109 aa), FASTA scores: opt: 431, E(): + 3.1e-20, (64.8% identity in 105 aa overlap) and + Q49965|U1756R (82 aa), FASTA scores: opt:154, E(): 0.0028, + (61.0% identity in 41 aa overlap). Protein product from + Mb1249c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1249c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TETRONASIN-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99850.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXP2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXP2" + /translation="MSSTVIDRARPAGHRAPHRGSGFTGTLGLLRLYLRRDRVSLPLW + VLLLSVPLATVYIASVETVYPDRSARAAAAAAIMASPAQRALYGPVYNDSLGAVGIWK + AGMFHTLIAVAVILTVIRHTRADEESGRAELIDSTVVGRYTNLTGALLLSFGASIATG + AIGALGLLATDVAPAGSVAFGVALAASGMVFTAVAAVAAQLSPSARFTRAVAFAVLGT + AFALRAIGDAGSGTLSWCSPLGWSLQVRPYAGERWWVLLLSLATAAVLTVLAYRLRAG + RDVGAGLIAERPGAGTAGPMLSEPFGLAWRLNRGSLLLWTVGLCLYGLVMGSVVHGIG + DQLGDNTAVRDIVTRMGGTGALEQAFLALAFTMIGMVAAAFAVSLTLRLHQEETGLRA + ETLLAGAVSRTHWLASHLAMALAGSAVATLISGVAAGLAYGMTVGDVGGKLPTVVGTA + AVQLPAVWLLSAVTVGLFGLAPRFTPVAWGVLVGFIALYLLGSLAGFPQMLLNLEPFA + HIPRVGGGDFTAVPLLWLLAIDAALITLGAMAFRRRDVRC" + gene complement(1363068..1364003) + /locus_tag="BQ2027_MB1250C" + CDS complement(1363068..1364003) + /locus_tag="BQ2027_MB1250C" + /note="Mb1250c, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv1218c, + len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 311 aa overlap). Probable + tetronasin-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), similar to many e.g. + Q54406|X73633|TNRB2 TNRB2 PROTEIN from Streptomyces + longisporoflavus (300 aa), FASTA scores: opt: 1133, E(): + 0, (60.8% identity in 291 aa overlap); etc. Also similar + to others in Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY19H9.04 + (30.0% identity in 297 aa overlap); etc. Contains PS00211 + ABC transporters family signature and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS) + Protein product from Mb1250c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1250c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TETRONASIN-TRANSPORT ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99851.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXQ1" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR025302" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ1" + /translation="MSADNHQVPIEIRGLTKHFGSVRALDGLDLTVREGEVHGFLGPN + GAGKSTTLRILLGLVKADGGSVRLLGGDPWTDAVDLHRHIAYVPGDVTLWPSLTGGET + IDLLARMRGGIDNARRAELIERFGLDPTKKARTYSKGNRQKVSLISALSSHATLLLLD + EPSSGLDPLMENVFQQCIGEARQRGVTVLLSSHILAETEALCEKVTIIRAGKTVESGS + LDALRHLSRTSIKAEMIGDPGDLSRIKGVEDISIEGTTVRAQVDSESLRELIQVLGHA + GVRSLVSQPPTLEELFLRHYSLGPEVAAEQQVATP" + gene complement(1363993..1364631) + /locus_tag="BQ2027_MB1251C" + CDS complement(1363993..1364631) + /locus_tag="BQ2027_MB1251C" + /note="Mb1251c, -, len: 212 aa. Equivalent to Rv1219c, + len: 212 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 212 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, some similarity in + N-terminus to YBIH_ECOLI|P41037 hypothetical + transcriptional regulator from Escherichia coli (103 aa), + FASTA scores: opt: 143, E(): 8.9e-06, (39.7% identity in + 63 aa overlap); Helix turn helix motif from aa 28-49. + Protein product from Mb1251c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1251c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99852.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZU0" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="InterPro:IPR041484" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU0" + /translation="MRSADLTAHARIREAAIEQFGRHGFGVGLRAIAEAAGVSAALVI + HHFGSKEGLRKACDDFVAEEIRSSKAAALKSNDPTTWLAQMAEIESYAPLMAYLVRSM + QSGGELAKMLWQKMIDNAEEYLDEGVRAGTVKPSRDPRARARFLAITGGGGFLLYLQM + HENPTDLRAALRDYAHDMVLPSLEVYTEGLLADRAMYEAFLAEAQQGEAHVG" + gene complement(1364773..1365420) + /locus_tag="BQ2027_MB1252C" + CDS complement(1364773..1365420) + /locus_tag="BQ2027_MB1252C" + /note="Mb1252c, -, len: 215 aa. Equivalent to Rv1220c, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 215 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), some similarity to + MDMC_STRMY|Q00719 o-methyltransferase from Streptomyces + mycarofaciens (221 aa), FASTA scores; opt: 289, E(): + 1.3e-07, (30.0% identity in 203 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis methyltransferases + Rv0187|MTCI28.26 (32.9% identity in 222 aa overlap) and + Rv1703c. Start site chosen by homology; other possible + start sites exist upstream. Protein product from Mb1252c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1252c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIT99853.1" + /db_xref="GOA:Q7U0D0" + /db_xref="InterPro:IPR002935" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0D0" + /translation="MPGQPAPSRGESLWAHAEGSISEDVILAGARERATDIGAGAVTP + AVGALLCLLAKLSGGKAVAEVGTGAGVSGLWLLSGMRDDGVLTTIDIEPEHLRLARQA + FAEAGIGPSRTRLISGRAQEVLTRLADASYDLVFIDADPIDQPDYVAEGVRLLRSGGV + IVVHRAALGGRAGDPGARDAEVIAVREAARLIAEDERLTPALVPLGDGVLAAVRD" + gene 1365683..1366456 + /gene="sigE" + /locus_tag="BQ2027_MB1253" + CDS 1365683..1366456 + /gene="sigE" + /locus_tag="BQ2027_MB1253" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1253, sigE, len: 257 aa. Equivalent to Rv1221, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 257 aa overlap). sigE, alternative sigma + factor of extracytoplasmic function (ECF) family (see + citations below). Similar to many e.g. RPOE_HAEIN|P44790 + RNA polymerase sigma-e factor from Haemophilus influenzae + (189 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): 3.4e-06, (28.5% + identity in 186 aa overlap); etc. Also similar to + MTCY07D11.03 rpoE from Mycobacterium tuberculosis (35.2% + identity in 159 aa overlap). BELONGS TO THE SIGMA-70 + FACTOR FAMILY, ECF SUBFAMILY. Note that in Mycobacterium + bovis BCG, the sigE gene is transcribed from two + promoters, P1 and P2, and that these promoters were + expressed at temperatures from 30-50 C. Protein product + from Mb1253 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1253 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR SIGE" + /protein_id="SIT99854.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR2" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR2" + /translation="MELLGGPRVGNTESQLCVADGDDLPTYCSANSEDLNITTITTLS + PTSMSHPQQVRDDQWVEPSDQLQGTAVFDATGDKATMPSWDELVRQHADRVYRLAYRL + SGNQHDAEDLTQETFIRVFRSVQNYQPGTFEGWLHRITTNLFLDMVRRRARIRMEALP + EDYDRVPADEPNPEQIYHDARLGPDLQAALASLPPEFRAAVVLCDIEGLSYEEIGATL + GVKLGTVRSRIHRGRQALRDYLAAHPEHGECAVHVNPVR" + gene 1366614..1367078 + /gene="rsea" + /locus_tag="BQ2027_MB1254" + CDS 1366614..1367078 + /gene="rsea" + /locus_tag="BQ2027_MB1254" + /note="Mb1254, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv1222, len: + 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 154 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Identical to O06290|MTU87242 (but shorter due to + different start site chosen by proximity of RBS). + Equivalent to O05736|U87308|MAU87308_2 hypothetical + protein from Mycobacterium avium (133 aa), FASTA scores: + opt: 644, E(): 7e-32, (86.2% identity in 109 aa overlap). + Protein product from Mb1254 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1254 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-sigma factor rsea" + /protein_id="SIT99855.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY24" + /translation="MADPGSVGHVFRRAFSWLPAQFASQSDAPVGAPRQFRSTEHLSI + EAIAAFVDGELRMNAHLRAAHHLSLCAQCAAEVDDQSRARAALRDSHPIRIPSTLLGL + LSEIPRCPPEGPSKGSSGGSSQGPPDGAAAGFGDRFADGDGGNRGRQSRVRR" + gene 1367147..1368733 + /gene="htrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1255" + CDS 1367147..1368733 + /gene="htrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1255" + /note="Mb1255, htrA, len: 528 aa. Equivalent to Rv1223, + len: 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 528 aa overlap). Probable htrA + (alternate gene name: degP), serine protease precursor (EC + 3.4.21.-), equivalent to + U15180|MLU15180_31|Q49972|ML1078|HTRA POSSIBLE SERINE + PROTEASE from Mycobacterium leprae (533 aa), FASTA scores: + opt: 2777, E(): 4.1e-141, (81.6% identity in 533 aa + overlap). Also similar to many others e.g. + HTRA_ECOLI|P09376 protease do precursor from Escherichia + coli (EC 3.4.21.-) (474 aa), FASTA scores: opt: 581, E(): + 9.1e-27, (36.3% identity in 278 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Start + changed since first submission (-21 aa). Protein product + from Mb1255 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1255 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SERINE PROTEASE HTRA (DEGP PROTEIN)" + /protein_id="SIT99856.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXQ7" + /db_xref="InterPro:IPR001478" + /db_xref="InterPro:IPR001940" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="InterPro:IPR036034" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ7" + /translation="MDTRVDTDNAMPARFSAQIQNEDEVTSDQGNNGGPNGGGRLAPR + PVFRPPVDPASRQAFGRPSGVQGSFVAERVRPQKYQDQSDFTPNDQLADPVLQEAFGR + PFAGAESLQRHPIDAGALAAEKDGAGPDEPDDPWRDPAAAAALGTPALAAPAPHGALA + GSGKLGVRDVLFGGKVSYLALGILVAIALVIGGIGGVIGRKTAEVVDAFTTSKVTLST + TGNAQEPAGRFTKVAAAVADSVVTIESVSDQEGMQGSGVIVDGRGYIVTNNHVISEAA + NNPSQFKTTVVLNDGKEVPANLVGRDPKTDLAVLKVDNVDNLTVARLGDSSKVRVGDE + VLAVGAPLGLRSTVTQGIVSALHRPVPLSGEGSDTDTVIDAIQTDASINHGNSGGPLI + DMDAQVIGINTAGKSLSDSASGLGFAIPVNEMKLVANSLIKDGKIVHPTLGINTRSVS + NAIASGAQVANVKAGSPAQKGGILENDVIVKVGNRAVADSDEFVVAVRQLAIGQDAPI + EVVREGRHVTLTVKPDPDST" + gene 1368735..1369130 + /gene="tatB" + /locus_tag="BQ2027_MB1256" + CDS 1368735..1369130 + /gene="tatB" + /locus_tag="BQ2027_MB1256" + /note="Mb1256, tatB, len: 131 aa. Equivalent to Rv1224, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 131 aa overlap). Probable tatB, + component of twin-arginine translocation protein export + system (see citation below for more information). Possible + exported protein with hydrophobic stretch at N-terminus. + Highly similar to Q49973|U15180 hypothetical protein + U1756Y from Mycobacterium leprae (120 aa), FASTA scores: + opt: 601, E(): 0, (73.3% identity in 131 aa overlap). + Mb1256 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable protein TatB" + /protein_id="SIT99857.1" + /db_xref="GOA:Q7VEZ5" + /db_xref="InterPro:IPR003369" + /db_xref="InterPro:IPR018448" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEZ5" + /translation="MFANIGWGEMLVLVMVGLVVLGPERLPGAIRWAASALRQARDYL + SGVTSQLREDIGPEFDDLRGHLGELQKLRGMTPRAALTKHLLDGDDSLFTGDFDRPTP + KKPDAAGSAGPDATEQIGAGPIPFDSDAT" + gene complement(1369163..1369993) + /locus_tag="BQ2027_MB1257C" + CDS complement(1369163..1369993) + /locus_tag="BQ2027_MB1257C" + /note="Mb1257c, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv1225c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 276 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to other hypothetical proteins + e.g. AE001078|AE001078_2 Archaeoglobus fulgidus (265 aa), + FASTA scores: opt: 339, E(): 5.1e-15, (27.1% identity in + 262 aa overlap), and to NAGD_ECOLI|P15302 nagd protein + from Escherichia coli (250 aa), FASTA scores: opt: 167, + E(): 6.4e-12, (24.8% identity in 258 aa overlap). Also + weakly similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + protein Rv3400|MTCY78.28c (29.1% identity in 251 aa + overlap). Protein product from Mb1257c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1257c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HAD-superfamily subfamily IIA hydrolase, + hypothetical 2" + /protein_id="SIT99858.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXQ2" + /db_xref="InterPro:IPR006355" + /db_xref="InterPro:IPR006357" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ2" + /translation="MDVAHLMAAAVLFDIDGVLVLSWRAIPGAAETVRQLTHRGIACA + YLTNTTTRTRRQIAEALGAAGIPVAADDVITAGVLTAEYLHGAYPGARCFLVNNGDIT + EDLPGIDVVLSTEIGPEDCPEAPDVVVLGSAGPQFDHRTLSRVYGWMLDGVPVVAMHR + NMTWNTTDGLRIDTGMYLTGMEQACGKTATAIGKPAAEGFLAAADRVGVDPQQMVMIG + DDLHNDVLAAQAVGMTGVLVRTGKFRQQTLDRWLAGASATRPHHVIDSVAGLPPLLGC + " + gene complement(1370104..1371567) + /locus_tag="BQ2027_MB1258C" + CDS complement(1370104..1371567) + /locus_tag="BQ2027_MB1258C" + /note="Mb1258c, -, len: 487 aa. Equivalent to Rv1226c, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 487 aa overlap). Probable transmembrane + protein. Some similarity to AL049841|SCE9.01 Streptomyces + coelicolor (436 aa), FASTA scores: opt: 203, E(): 1.2e-05, + (29.8% identity in 346 aa overlap). Protein product from + Mb1258c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99859.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR6" + /db_xref="InterPro:IPR005182" + /db_xref="InterPro:IPR014529" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR6" + /translation="MTDRPHDWHRLSPRMLLVHPVHEMLRQLPVLIGSVVLGSATGNP + VWPLAALGVTVVFGVLRWFFTTYRIDDENVSLRTGILSRRAVSVPRNRIRSVQTEARL + LHRLLGLTVLRVGTGQEARGEAAFELDAVDSARVPRLRALLLAESLAPVEPTGRVLAR + WQSSWLRYAPLSFSGLVMIGAVIGLGYQTGLAVRLPESGFARSAVDAAQRAGVVLVVA + VTVLLVVGVSALLAVLFSWLTYGNLLLRRGGSGQEGVLHLRHGLLRVREHTYDMRRLR + GATLREPLLVRLLRGARLDAVMTGVHGEGQSSMLLPPCPFETATAVLTDLIDNTDAAA + GPLRRHGPAAARRRWTRALLVPTLAGVALIAAAPILGVPGWAWTLWAVLTAGCAGLAV + DRVRSLGHRVADGWLVARAGSLQRRRDCIACTGIIGWTVRQTLFQRRAGVATLVAATA + AGRKGYQVLDVPAELAWSVAGAASPWVADSVWLRHGS" + gene complement(1371564..1372097) + /locus_tag="BQ2027_MB1259C" + CDS complement(1371564..1372097) + /locus_tag="BQ2027_MB1259C" + /note="Mb1259c, -, len: 177 aa. Equivalent to Rv1227c, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 177 aa overlap). Possible transmembrane + protein, similar to P96615 hypothetical protein ydbS from + Bacillus subtilis (159 aa), fasta scores: E(): 3.6e-07, + (30.1% identity in 163 aa overlap). Protein product from + Mb1259c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1259c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99860.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXQ6" + /db_xref="InterPro:IPR005182" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXQ6" + /translation="MDHARNVPSATGPQRNHLALAEPAHRPSSQAPVMWALSASLGWI + LPVIAQLVWWAVHPQPPWPHLAAAALTAVAMVVHIGVVPLWRYRVHRWEISPQAVFTR + TGWLVQERRITPISRVQTVDTYRGPMDRLFGLANVTVTTASSAGAVHIEALDTDVADR + VVAQLTDIAALRGEDAT" + gene 1372192..1372749 + /gene="lpqX" + /locus_tag="BQ2027_MB1260" + CDS 1372192..1372749 + /gene="lpqX" + /locus_tag="BQ2027_MB1260" + /note="Mb1260, lpqX, len: 185 aa. Equivalent to Rv1228, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 185 aa overlap). Probable lipoprotein + LpqX. Contains possible signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb1260 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1260 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable lipoprotein lpqx" + /protein_id="SIT99861.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR3" + /translation="MSRQWHWLAATLLLITTAACSRPGTEEPDCPTKITLPPGATPTT + TLDPRCIVRATTTGTADGDAASRWTGTVRIAGFYASICNAVWDGNVSLAGKDELTGKA + TLILVETSCPGKVVAGELVLKGNVGSDSLAITWAHPELPQRAFDLGAGQGTIRRSGDR + AEGTFNSDMGGGTEFFLTWSLTMRN" + gene complement(1373049..1374221) + /gene="mrp" + /locus_tag="BQ2027_MB1261C" + CDS complement(1373049..1374221) + /gene="mrp" + /locus_tag="BQ2027_MB1261C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1261c, mrp, len: 390 aa. Equivalent to Rv1229c, + len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 390 aa overlap). Probable Mrp protein, + similar to others e.g. MRP_ECOLI|P21590 mrp protein from + Escherichia coli (379 aa), FASTA scores: E(): 0, (34.1% + identity in 355 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop); and PS01215 MRP + Prosite domain. BELONGS TO THE MRP/NBP35 FAMILY OF + ATP-BINDING PROTEINS. Protein product from Mb1261c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1261c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MRP-RELATED PROTEIN MRP" + /protein_id="SIT99862.1" + /db_xref="GOA:P65442" + /db_xref="InterPro:IPR000808" + /db_xref="InterPro:IPR002744" + /db_xref="InterPro:IPR019591" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR033756" + /db_xref="InterPro:IPR034904" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65442" + /translation="MPSRLHSAVMSGTRDGDLNAAIRTALGKVIDPELRRPITELGMV + KSIDTGPDGSVHVEIYLTIAGCPKKSEITERVTRAVADVPGTSAVRVSLDVMSDEQRT + ELRKQLRGDTREPVIPFAQPDSLTRVYAVASGKGGVGKSTVTVNLAAAMAVRGLSIGV + LDADIHGHSIPRMMGTTDRPTQVESMILPPIAHQVKVISIAQFTQGNTPVVWRGPMLH + RALQQFLADVYWGDLDVLLLDLPPGTGDVAISVAQLIPNAELLVVTTPQLAAAEVAER + AGSIALQTRQRIVGVVENMSGLTLPDGTTMQVFGEGGGRLVAERLSRAVGADVPLLGQ + IPLDPALVAAGDSGVPLVLSSPDSAIGKELHSIADGLSTRRRGLAGMSLGLDPTRR" + gene complement(1374234..1375469) + /locus_tag="BQ2027_MB1262C" + CDS complement(1374234..1375469) + /locus_tag="BQ2027_MB1262C" + /note="Mb1262c, -, len: 411 aa. Equivalent to Rv1230c, + len: 411 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 411 aa overlap). Possible membrane + protein with two hydrophobic stretches near N-terminus. + Some similarity to Rv1022|MTCY10G2.27c|Z92539 probable + lpqU protein from Mycobacterium tuberculosis (243 aa), + FASTA score: opt: 408, E(): 1e-11, (43.6% identity in 172 + aa overlap). Similar to AL133423|SC4A7.37 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (421 aa), FASTA + score: opt: 679, E(): 5.1e-23, (36.4% identity in 398 aa + overlap). Mb1262c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99863.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYP6" + /db_xref="InterPro:IPR001827" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="InterPro:IPR031304" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYP6" + /translation="MHIGGRWGARPAVAAVRRGACRLTRAPAFGVAAIAPLVFASAVG + GAAPVFPGRTAPVHAVITPVAAVAASGIDLSGPVVIAMKRPPTSFRVAVATIPAPPPP + MIVNSPGALGIPAMALSAYRNAELKMAAAAPGCGVSWNLLAGIGRIESMHANGGATDA + RGTAIQPIYGPTLDGTLPGNEIIIQSSVGNRVTYARAMGPMQFLPGTWARYATDGDDD + GVADPQNLFDSTLAAARYLCSGGLNLRDPAQVMAALLRYNNSMPYAQNVLGWAAGYAT + GVFPVDLPPITGPPPPLGDAHLENPEGLGPGLPINVNGLTADGPMAHLPLIDLTPRQA + ALNPPPMFPWMAPDPSAPMPGCTLICIGSHGPPVGAPPFPPTAPPPPFLPAAPPPPDP + LAGPPGDAGLAPPAPAPAG" + gene complement(1375594..1376136) + /locus_tag="BQ2027_MB1263C" + CDS complement(1375594..1376136) + /locus_tag="BQ2027_MB1263C" + /note="Mb1263c, -, len: 180 aa. Equivalent to Rv1231c, + len: 180 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 180 aa overlap). Probable membrane + protein, similar to others e.g. AL390975 Streptomyces + coelicolor (198 aa). Protein product from Mb1263c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1263c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99864.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS0" + /db_xref="InterPro:IPR010406" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS0" + /translation="MSKPFAPRRLYTPRTSRTLAPRLDPEAVGRTTESIARFFGTGRY + LLVQTLLVLTWIVLNLFAVGLRWDPYPFILLNLAFSTQASYAAPLILLAQNRQEKRDR + AVFEEDRRRAAQTKADTEYNARELAALRLAIGEVPTRDYLRHELDSLRALLAELQPTD + PDVAQPRVADEAEQHAKKSG" + gene complement(1376133..1377440) + /locus_tag="BQ2027_MB1264C" + CDS complement(1376133..1377440) + /locus_tag="BQ2027_MB1264C" + /note="Mb1264c, -, len: 435 aa. Equivalent to Rv1232c, + len: 435 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 435 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other hypothetical proteins e.g. + AB013374|AB013374_2 Bacillus halodurans C-125 mamX (449 + aa), FASTA scores: opt: 381, E(): 1e-16, (29.9% identity + in 251 aa overlap). Some similarity in N-terminus to + U15180|MLU1518033 hypothetical Mycobacterium leprae + protein u1756u (329 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): + 4.1e-12, (69.3% identity in 75 aa overlap). Protein + product from Mb1264c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1264c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mg/Co/Ni transporter MgtE, CBS + domain-containing" + /protein_id="SIT99865.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY33" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR006668" + /db_xref="InterPro:IPR006669" + /db_xref="InterPro:IPR011033" + /db_xref="InterPro:IPR038076" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY33" + /translation="MGSVNRVYLARLSRMSVLGPLGESFGRVRDVVISISIVRQQPRV + LGLVVDLATRRKIFIPILRVAAIEPHAVTLSTGNVSLHRFEQRPGEALALGQVLDTLV + KVNDPALPELAGVDVVVTDLGVEQTRSRDWMVTRVAVRTQRRLRRRGPVHVVDWHNVA + GLTPSALAMPGQDVAQLLDQFEGWKAVDVADAIRGLPPKRRHEVFKALHDKRLADVLQ + ELPELDQAEVLSQLGTERAADVLEEMDPDDAADLLAVLNPTEAELLLTRMDPGDSGQV + RRLLTHSPDTAGGLMTSDPVVLTPDTSIAEALARVRDPDLTPALASMVFVARPPTATP + TGHYLGCVHLQRLLRDPPAELVGGVVDTDLLTLTPETPLAAVTRYFAAYNLVCGPVVD + DENHLLGAVTVDDLLDHLLPHDWRVDMPELDPSGAPDRPGGPR" + gene complement(1377502..1378098) + /locus_tag="BQ2027_MB1265C" + CDS complement(1377502..1378098) + /locus_tag="BQ2027_MB1265C" + /note="Mb1265c, -, len: 198 aa. Equivalent to Rv1233c, + len: 198 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 198 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein, N-terminus is highly proline rich, + C-terminus has two hydrophobic stretches. Proline-rich + N-terminus has some similarity to CBPA_DICDI calcium + binding protein from Dictyostelium discoideum (467 aa), + FASTA scores: E(): 4.8e-06, (35.5% identity in 183 aa + overlap). Both sequences share multiple copies of a + Tyr-Pro-Pro motif. Mb1265c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99866.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR7" + /db_xref="InterPro:IPR025241" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR7" + /translation="MTAPSGSSGESAHDAAGGPPPVGERPPEQPIADAPWAPPASSPM + ADHPPPAYPPSGYPPAYQPGYPTDYPPPMPPGGYAPPGYPPPGTSSAGYGDIPYPPMP + PPYGGSPGGYYPEPGYLDGYGPSQPGMNTMALVSLISALVGVLCCIGSIVGIVFGAIA + INQIKQTREEGYGLAVAGIVIGIATLLVYMIAGIFAIP" + gene 1378248..1378775 + /locus_tag="BQ2027_MB1266" + CDS 1378248..1378775 + /locus_tag="BQ2027_MB1266" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1266, -, len: 175 aa. Equivalent to Rv1234, len: + 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 175 aa overlap). Possible transmembrane + protein with two TM helices. Protein product from Mb1266 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1266 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99867.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR1" + /translation="MTSPFQPRQVPGSTPAAAGAGRRGVPALPTPPKGWPVGSYPTYA + EAQRAVDYLSEQQFPVQQVTIVGVDLMQVERVTGRLTWPKVLGGGVLSGAWLGLFIGL + VLGFFSPNPWSALVTGLVAGVFFGLITSAVPYAMARGTRDFSSTMQLVAGRYDVLCDP + QNAEKARDLLARLAI" + gene 1378796..1380202 + /gene="lpqY" + /locus_tag="BQ2027_MB1267" + CDS 1378796..1380202 + /gene="lpqY" + /locus_tag="BQ2027_MB1267" + /note="Mb1267, lpqY, len: 468 aa. Equivalent to Rv1235, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 468 aa overlap). Probable lpqY, + sugar-binding lipoprotein component of sugar transport + system (see citation below), equivalent to MLU1518034 + protein u1756v from Mycobacterium leprae (469 aa), FASTA + scores: opt: 2442, E(): 0, (77.4% identity in 470 aa + overlap). Also similar to P18815|MALE_ENTAE + MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN from Enterobacter + aerogenes (396 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 2.3e-05, + (24.2% identity in 297 aa overlap). Contains PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb1267 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1267 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-BINDING LIPOPROTEIN LPQY" + /protein_id="SIT99868.1" + /db_xref="InterPro:IPR006059" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR4" + /translation="MVMSRGRIPRLGAAVLVALTTAAAACGADSQGLVVSFYTPATDG + ATFTAIAQRCNQQFGGRFTIAQVSLPRSPNEQRLQLARRLTGNDRTLDVMALDVVWTA + EFAEAGWALPLSDDPAGLAENDAVADTLPGPLATAGWNHKLYAAPVTTNTQLLWYRPD + LVNSPPTDWNAMIAEAARLHAAGEPSWIAVQANQGEGLVVWFNTLLVSAGGSVLSEDG + RHVTLTDTPAHRAATVSALQILKSVATTPGADPSITRTEEGSARLAFEQGKAALEVNW + PFVFASMLENAVKGGVPFLPLNRIPQLAGSINDIGTFTPSDEQFRIAYDASQQVFGFA + PYPAVAPGQPAKVTIGGLNLAVAKTTRHRAEAFEAVRCLRDQHNQRYVSLEGGLPAVR + ASLYSDPQFQAKYPMHAIIRQQLTDAAVRPATPVYQALSIRLAAVLSPITEIDPESTA + DELAAQAQKAIDGMGLLP" + gene 1380199..1381122 + /gene="sugA" + /locus_tag="BQ2027_MB1268" + CDS 1380199..1381122 + /gene="sugA" + /locus_tag="BQ2027_MB1268" + /note="Mb1268, sugA, len: 307 aa. Equivalent to Rv1236, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 307 aa overlap). Probable sugA, + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to U15180|MLU1518035 + protein malFM from Mycobacterium leprae (310 aa), FASTA + scores: opt: 1566, E(): 0, (81.8% identity in 292 aa + overlap). Also similar to numerous bacterial sugar + transport system components. Also similar to + Rv2316|MTCY3G12.18c from Mycobacterium tuberculosis (290 + aa), FASTA scores: opt: 514, E(): 7.3e-27, (33.2% identity + in 283 aa overlap). Contains PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature. Protein product from Mb1268 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1268 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER SUGA" + /protein_id="SIT99869.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS7" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS7" + /translation="MTSVEQRTATAVFSRTGSRMAERRLAFMLVAPAAMLMVAVTAYP + IGYALWLSLQRNNLATPNDTAFIGLGNYHTILIDRYWWTALAVTLAITAVSVTIEFVL + GLALALVMHRTLIGKGLVRTAVLIPYGIVTVVASYSWYYAWTPGTGYLANLLPYDSAP + LTQQIPSLGIVVIAEVWKTTPFMSLLLLAGLALVPEDLLRAAQVDGASAWRRLTKVIL + PMIKPAIVVALLFRTLDAFRIFDNIYVLTGGSNNTGSVSILGYDNLFKGFNVGLGSAI + SVLIFGCVAVIAFIFIKLFGAAAPGGEPSGR" + gene 1381127..1381951 + /gene="sugB" + /locus_tag="BQ2027_MB1269" + CDS 1381127..1381951 + /gene="sugB" + /locus_tag="BQ2027_MB1269" + /note="Mb1269, sugB, len: 274 aa. Equivalent to Rv1237, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 274 aa overlap). Probable sugB, + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to U15180|MLU1518036 + protein MalGM from Mycobacterium leprae (296 aa), FASTA + scores: opt: 1571, E(): 0, (89.8% identity in 274 aa + overlap). Also similar to numerous bacterial sugar + transport protein. Related to Rv2834c|MTCY16B7.08 from + Mycobacterium tuberculosis (275 aa), FASTA scores: opt: + 370, E(): 2.4e-17, (26.8% identity in 269 aa overlap). + Protein product from Mb1269 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1269 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER SUGB" + /protein_id="SIT99870.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXR5" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXR5" + /translation="MGARRATYWAVLDTLVVGYALLPVLWIFSLSLKPTSTVKDGKLI + PSTVTFDNYRGIFRGDLFSSALINSIGIGLITTVIAVVLGAMAAYAVARLEFPGKRLL + IGAALLITMFPSISLVTPLFNIERAIGLFDTWPGLILPYITFALPLAIYTLSAFFREI + PWDLEKAAKMDGATPGQAFRKVIVPLAAPGLVTAAILVFIFAWNDLLLALSLTATKAA + ITAPVAIANFTGSSQFEEPTGSIAAGAIVITIPIIVFVLIFQRRIVAGLTSGAVKG" + gene 1381956..1383137 + /gene="sugC" + /locus_tag="BQ2027_MB1270" + CDS 1381956..1383137 + /gene="sugC" + /locus_tag="BQ2027_MB1270" + /note="Mb1270, sugC, len: 393 aa. Equivalent to Rv1238, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 393 aa overlap). Probable sugC, + sugar-transport ATP-binding protein ABC transporter (see + citation below). Highly similar to U15180 protein ugpC + from Mycobacterium leprae (392 aa), FASTA score: opt: + 2007, E(): 0, (79.9% identity in 389 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1270 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1270 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER SUGC" + /protein_id="SIT99871.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS2" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008995" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR040582" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS2" + /translation="MAEIVLDHVNKSYPDGHTAVRDLNLTIADGEFLILVGPSGCGKT + TTLNMIAGLEDISSGELRIAGERVNEKAPKDRDIAMVFQSYALYPHMTVRQNIAFPLT + LAKMRKADIAQKVSETAKILDLTNLLDRKPSQLSGGQRQRVAMGRAIVRHPKAFLMDE + PLSNLDAKLRVQMRGEIAQLQRRLGTTTVYVTHDQTEAMTLGDRVVVMYGGIAQQIGT + PEELYERPANLFVAGFIGSPAMNFFPARLTAIGLTLPFGEVTLAPEVQGVIAAHPKPE + NVIVGVRPEHIQDAALIDAYQRIRALTFQVKVNLVESLGADKYLYFTTESPAVHSVQL + DELAEVEGESALHENQFVARVPAESKVAIGQSVELAFDTARLAVFDADSGANLTIPHR + A" + gene complement(1383214..1384314) + /gene="corA" + /locus_tag="BQ2027_MB1271C" + CDS complement(1383214..1384314) + /gene="corA" + /locus_tag="BQ2027_MB1271C" + /note="Mb1271c, corA, len: 366 aa. Equivalent to Rv1239c, + len: 366 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 366 aa overlap). Possible corA, + magnesium and cobalt transport transmembrane protein, + highly similar to U15180 corA protein from Mycobacterium + leprae (373 aa), FASTA scores: opt: 1985, E(): 0, (79.1% + identity in 369 aa overlap). Also similar to various CorA + proteins of Gram negative bacteria e.g. + P27841|CORA_ECOLI|B3816|Z5333|ECS4746 Magnesium and cobalt + transport protein from Escherichia coli strains K12 and + O157:H7 (316 aa), FASTA scores: opt: 236, E(): 8e-08, + (24.5% identity in 306 aa overlap); etc. SEEMS TO BELONG + TO THE MIT FAMILY. Protein product from Mb1271c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1271c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MAGNESIUM AND COBALT TRANSPORT + TRANSMEMBRANE PROTEIN CORA" + /protein_id="SIT99872.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZW9" + /db_xref="InterPro:IPR002523" + /db_xref="InterPro:IPR004488" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW9" + /translation="MFPGFDALPEVLRPVARPQPPNAHPVAQPPAQALVDCGVYVCGQ + RLPGKYTYAAALREVREIELTGQEAFVWIGLHEPDENQMQDVADVFGLHPLAVEDAVH + AHQRPKLERYDETLFLVLKTVNYVPHESVVLAREIVETGEIMIFVGKDFVVTVRHGEH + GGLSEVRKRMDADPEHLRLGPYAVMHAIADYVVDRYLEVTNLMETDIDSIEEVAFAPG + RKLDIEPIYLLKREVVELRRCVNPLSTAFQRMQTESKDLISKEVRRYLRDVADHQTEA + ADQIASYDDMLNSLVQAALARVGMQQNMDMRKISAWAGIIAVPTMIAGIYGMNFHFMP + ELDSRWGYPTVIGGMVLICLFLYHVFRNRNWL" + gene 1384485..1385474 + /gene="mdh" + /locus_tag="BQ2027_MB1272" + CDS 1384485..1385474 + /gene="mdh" + /locus_tag="BQ2027_MB1272" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1272, mdh, len: 329 aa. Equivalent to Rv1240, + len: 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 329 aa overlap). Probable mdh, Malate + dehydrogenase (EC 1.1.1.37). Most similar to + P50917|MDH_MYCLE MALATE DEHYDROGENASE from Mycobacterium + leprae (329 aa), FASTA scores: opt: 1887, E(): 0, (89.1% + identity in 329 aa overlap). Contains PS00068 Malate + dehydrogenase active site signature. BELONGS TO THE LDH + FAMILY. MDH SUBFAMILY. Protein product from Mb1272 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1272 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MALATE DEHYDROGENASE MDH" + /protein_id="SIT99873.1" + /db_xref="GOA:P0A5J7" + /db_xref="InterPro:IPR001236" + /db_xref="InterPro:IPR001252" + /db_xref="InterPro:IPR001557" + /db_xref="InterPro:IPR010945" + /db_xref="InterPro:IPR015955" + /db_xref="InterPro:IPR022383" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5J7" + /translation="MSASPLKVAVTGAAGQIGYSLLFRLASGSLLGPDRPIELRLLEI + EPALQALEGVVMELDDCAFPLLSGVEIGSDPQKIFDGVSLALLVGARPRGAGMERSDL + LEANGAIFTAQGKALNAVAADDVRVGVTGNPANTNALIAMTNAPDIPRERFSALTRLD + HNRAISQLAAKTGAAVTDIKKMTIWGNHSATQYPDLFHAEVAGKNAAEVVNDQAWIED + EFIPTVAKRGAAIIDARGASSAASAASATIDAARDWLLGTPADDWVSMAVVSDGSYGV + PEGLISSFPVTTKGGNWTIVSGLEIDEFSRGRIDKSTAELADERSAVTELGLI" + gene 1385550..1385810 + /gene="vapb33" + /locus_tag="BQ2027_MB1273" + CDS 1385550..1385810 + /gene="vapb33" + /locus_tag="BQ2027_MB1273" + /note="Mb1273, -, len: 86 aa. Equivalent to Rv1241, len: + 86 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 86 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, member of family of 16 hypothetical M. + tuberculosis proteins including: Rv2871|Q10799|YS71_MYCTU + HYPOTHETICAL 13.2 KD PROTEIN CY2 (124 aa), FASTA scores: + opt: 172, E(): 9.5e-06, (37.2% identity in 86 aa overlap); + Rv2132, Rv3321c, etc. Protein product from Mb1273 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1273 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb33" + /protein_id="SIT99874.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT0" + /translation="MRTTLTLDDDVVRLVEDAVHRERRPMKQVINDALRRALAPPVKR + QEQYRLEPHESAVRSGLDLAGFNKLADELEDEALLDATRRAR" + gene 1385807..1386238 + /gene="vapc33" + /locus_tag="BQ2027_MB1274" + CDS 1385807..1386238 + /gene="vapc33" + /locus_tag="BQ2027_MB1274" + /note="Mb1274, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv1242, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 143 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, member of family of 14 hypothetical M. + tuberculosis proteins including: Rv2872|Q10800|YS72_MYCTU + (147 aa), FASTA scores: opt: 226, E(): 2.7e-09, (32.1% + identity in 137 aa overlap); Rv0749, Rv0277c, Rv2530c, + etc. Protein product from Mb1274 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1274 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc33. contains pin domain." + /protein_id="SIT99875.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY37" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY37" + /translation="MIIPDINLLLYAVITGFPQHRRAHAWWQDTVNGHTRIGLTYPAL + FGFLRIATSARVLAAPLPTADAIAYVREWLSQPNVDLLTAGPRHLDIALGLLDKLGTA + SHLTTDVQLAAYGIEYDAEIHSSDTDFARFADLKWTDPLRE" + gene complement(1386261..1387949) + /gene="PE_PGRS23" + /locus_tag="BQ2027_MB1275C" + CDS complement(1386261..1387949) + /gene="PE_PGRS23" + /locus_tag="BQ2027_MB1275C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1275c, PE_PGRS23, len: 562 aa. Equivalent to + Rv1243c, len: 562 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 562 aa overlap). Member of + the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily + of gly-rich proteins." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs23" + /protein_id="SIT99876.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS6" + /translation="MEYLIAAQDVLVAAAADLEGIGSALAAANRAAEAPTTGLLAAGA + DEVSAAIASLFSGNAQAYQALSAQAAAFHQQFVRALSSAAGSYAAAEAANASPMQAVL + DVVNGPTQLLLGRPLIGDGANGGPGQNGGDGGLLYGNGGNGGSSSTPGQPGGRGGAAG + LIGNGGAGGAGGPGANGGAGGNGGWLYGNGGLGGNGGAATQIGGNGGNGGHGGNAGLW + GNGGAGGAGAAGAAGANGQNPVSHQVTHATDGADGTTGPDGNGTDAGSGSNAVNPGVG + GGAGGIGGDGTNLGQTDVSGGAGGDGGDGANFASGGAGGNGGAAQSGFGDAVGGNGGA + GGNGGAGGGGGLGGAGGSANVANAGNSIGGNGGAGGNGGIGAPGGAGGAGGNANQDNP + PGGNSTGGNGGAGGDGGVGASADVGGAGGFGGSGGRGGLLLGTGGAGGDGGVGGDGGI + GAQGGSGGNGGNGGIGADGMANQDGDGGDGGNGGDGGAGGAGGVGGNGGTGGAGGLFG + QSGSPGSGAAGGLGGAGGNGGAGGGGGTGFNPGAPGDPGTQGATGANGQHGLNG" + gene 1388129..1388989 + /gene="lpqZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1276" + CDS 1388129..1388989 + /gene="lpqZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1276" + /note="Mb1276, lpqZ, len: 286 aa. Equivalent to Rv1244, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 286 aa overlap). Probable lipoprotein + lpqZ, equivalent to U15180|MLU1518042 protein u1756x from + Mycobacterium leprae (228 aa), FASTA scores: opt: 1039, + E(): 0, (72.5% identity in 229 aa overlap). Similar to M. + tuberculosis hypothetical protein Rv3759c. Contains + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Protein product from Mb1276 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1276 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable lipoprotein lpqz" + /protein_id="SIT99877.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS3" + /db_xref="InterPro:IPR007210" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS3" + /translation="MRITRILALLLAVLLAVSGVAGCSADTGDRHPELVVGSTPDSEA + MLLAAIYVAALRSYGFAAHAETAADPVAKLDSGAFTVVPAFTGQMLQTLQPDASVRSD + AQVYRAIVSALPEGIAAGDYTTAAEDKPALVVTQSTAKAWGGGDLSELPSHCRGLLVG + RVAGAHTPAAVGPCRLPAPREFRNDATMFAALRAGQLVAAWTTTADPDIPADLIMLTD + GKPALIRAENIVPLYRRNALTERKLLAVNEVAGVLDTTALIGMRRQVAAGADPAAVAA + GWLAEHPLGR" + gene complement(1389070..1389900) + /locus_tag="BQ2027_MB1277C" + CDS complement(1389070..1389900) + /locus_tag="BQ2027_MB1277C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1277c, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv1245c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 276 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + NP_301801.1|NC_002677 short chain alcohol dehydrogenase + from Mycobacterium leprae (277 aa). Also highly similar to + various dehydrogenases and oxidoreductases e.g. + NP_250228.1|NC_002516 probable short-chain dehydrogenase + from Pseudomonas aeruginosa (295 aa); + NP_421969.1|NC_002696 short chain dehydrogenase family + protein from Caulobacter crescentus (278 aa); etc. Also + highly similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Rv3085|MTV013.06 PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE (276 aa), FASTA scores: opt: 368, + E(): 1.2e-16, (35.3% identity in 224 aa overlap); + Rv3057c|MTCY22D7.24 PUTATIVE SHORT CHAIN ALCOHOL + DEHYDROGENASE/REDUCTASE (287 aa), FASTA scores: opt: 471, + E(): 1.3e-21, (32.4% identity in 281 aa overlap); etc. + Contains PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases + family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb1277c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1277c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIT99878.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXS4" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS4" + /translation="MEGFAGKVAVVTGAGSGIGQALAIELARSGAKVAISDVDTDGLA + DTEHRLKAISTPVKTDRLDVTEREAFLAYADAVNEHFGTVNQIYNNAGIAFTGDIEVS + QFKDIERVMDVDFWGVVNGTKAFLPHLIASGDGHVINISSVFGLFSAPGQAAYNSAKF + AVRGFTEALRQEMALAGHPVKVTTVHPGGVKTAIARNATAAEGLDQAELAETFDKRVA + HLSPQRAAQIILTGVAKNKARVLVGVDAKVLDLVVRLTGSGYQRIFPIITGRLIPRPR + " + gene complement(1389957..1390250) + /gene="relE" + /locus_tag="BQ2027_MB1278C" + CDS complement(1389957..1390250) + /gene="relE" + /locus_tag="BQ2027_MB1278C" + /note="Mb1278c, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv1246c, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 97 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Rv2866|MTV003.12 hypothetical + Mycobacterium tuberculosis protein (87 aa), FASTA scores: + opt: 290, E(): 3.9e-24, (54.1% identity in 85 aa overlap). + Protein product from Mb1278c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1278c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin relE" + /protein_id="SIT99879.1" + /db_xref="InterPro:IPR007712" + /db_xref="InterPro:IPR035093" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT8" + /translation="MSDDHPYHVAITATAARDLQRLPEKIAAACVEFVFGPLLNNPHR + LGKPLRNDLEGLHSARRGDYRVVYAIDDGHHRVEIIHIARRSASYRMNPCRPR" + gene complement(1390247..1390516) + /gene="relB" + /locus_tag="BQ2027_MB1279C" + CDS complement(1390247..1390516) + /gene="relB" + /locus_tag="BQ2027_MB1279C" + /note="Mb1279c, -, len: 89 aa. Equivalent to Rv1247c, len: + 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 89 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to hypothetical proteins + including Mycobacterium tuberculosis proteins + Rv2865|MTV003.11 (93 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): + 5.4e-13, (44.2% identity in 86 aa overlap); + Rv0268|Z86089|P95225 (169 aa) opt: 125, E(): 0.0089, + (41.8% identity in 55 aa overlap); etc. and + AE000293|ECAE0002933 from Escherichia coli (92 aa), FASTA + scores: opt: 127, E(): 0.0038, (29.3% identity in 82 aa + overlap). Protein product from Mb1279c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1279c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antitoxin relb" + /protein_id="SIT99880.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXS5" + /translation="MAVVPLGEVRNRLSEYVAEVELTHERITITRHGHPAAVLISADD + LASIEETLEVLRTPGASEAIREGLADVAAGRFVSNDEIRNRYTAR" + gene complement(1390629..1394324) + /gene="sucA" + /locus_tag="BQ2027_MB1280C" + CDS complement(1390629..1394324) + /gene="sucA" + /locus_tag="BQ2027_MB1280C" + /note="Mb1280c, len: 1231 aa. Equivalent to Rv1248c len: + 1231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 1231 aa overlap). Multifunctional + alpha-ketoglutarate metabolic enzyme, highly similar to + D84102 Corynebacterium glutamicum (1257 aa), FASTA scores: + opt: 4418, E(): 0, (59.4% identity in 1223 aa overlap). + Cofactor: thiamine diphosphate. Start changed since first + submission (+17 aa). Protein product from Mb1280c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1280c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Multifunctional alpha-ketoglutarate metabolic + enzyme" + /protein_id="SIT99881.1" + /db_xref="GOA:Q7U0A6" + /db_xref="InterPro:IPR001017" + /db_xref="InterPro:IPR001078" + /db_xref="InterPro:IPR005475" + /db_xref="InterPro:IPR011603" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR031717" + /db_xref="InterPro:IPR032106" + /db_xref="InterPro:IPR042179" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U0A6" + /translation="MANISSPFGQNEWLVEAMYRKFRDDPSSVDPSWHEFLVDYSPEP + TSQPAAEPTRVTSPLVAERAAAAAPQAPPKPADTAAAGNGVVAALAAKTAVPPPAEGD + EVAVLRGAAAAVVKNMSASLEVPTATSVRAVPAKLLIDNRIVINNQLKRTRGGKISFT + HLLGYALVQAVKKFPNMNRHYTEVDGKPTAVTPAHTNLGLAIDLQGKDGKRSLVVAGI + KRCETMRFAQFVTAYEDIVRRARDGKLTTEDFAGVTISLTNPGTIGTVHSVPRLMPGQ + GAIIGVGAMEYPAEFQGASEERIAELGIGKLITLTSTYDHRIIQGAESGDFLRTIHEL + LLSDGFWDEVFRELSIPYLPVRWSTDNPDSIVDKNARVMNLIAAYRNRGHLMADTDPL + RLDKARFRSHPDLEVLTHGLTLWDLDRVFKVDGFAGAQYKKLRDVLGLLRDAYCRHIG + VEYAHILDPEQKEWLEQRVETKHVKPTVAQQKYILSKLNAAEAFETFLQTKYVGQKRF + SLEGAESVIPMMDAAIDQCAEHGLDEVVIGMPHRGRLNVLANIVGKPYSQIFTEFEGN + LNPSQAHGSGDVKYHLGATGLYLQMFGDNDIQVSLTANPSHLEAVDPVLEGLVRAKQD + LLDHGSIDSDGQRAFSVVPLMLHGDAAFAGQGVVAETLNLANLPGYRVGGTIHIIVNN + QIGFTTAPEYSRSSEYCTDVAKMIGAPIFHVNGDDPEACVWVARLAVDFRQRFKKDVV + IDMLCYRRRGHNEGDDPSMTNPYMYDVVDTKRGARKSYTEALIGRGDISMKEAEDALR + DYQGQLERVFNEVRELEKHGVQPSESVESDQMIPAGLATAVDKSLLARIGDAFLALPN + GFTAHPRVQPVLEKRREMAYEGKIDWAFGELLALGSLVAEGKLVRLSGQDSRRGTFSQ + RHSVLIDRHTGEEFTPLQLLATNSDGSPTGGKFLVYDSPLSEYAAVGFEYGYTVGNPD + AVVLWEAQFGDFVNGAQSIIDEFISSGEAKWGQLSNVVLLLPHGHEGQGPDHTSARIE + RFLQLWAEGSMTIAMPSTPSNYFHLLRRHALDGIQRPLIVFTPKSMLRHKAAVSEIKD + FTEIKFRSVLEEPTYEDGIGDRNKVSRILLTSGKLYYELAARKAKDNRNDLAIVRLEQ + LAPLPRRRLRETLDRYENVKEFFWVQEEPANQGAWPRFGLELPELLPDKLAGIKRISR + RAMSAPSSGSSKVHAVEQQEILDEAFG" + gene complement(1394466..1395254) + /locus_tag="BQ2027_MB1281C" + CDS complement(1394466..1395254) + /locus_tag="BQ2027_MB1281C" + /note="Mb1281c, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv1249c, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 262 aa overlap). Possible membrane + protein. Start uncertain. Protein product from Mb1281c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1281c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99882.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZY1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY1" + /translation="MSARRIRSWKRFDNRSANAAEPDPQLAGTGGRPKVSTRALAQVI + ERSSRIQGPAAQAYVARLRRAHPGASPAKIVAKLEKRFLSVVTASGAAVGTAATLPGI + GTLAAWFAAAGEVVVFLEATALFVLALASVHAIPLDHRERRRALVLAVLVGDNTTAVA + DLLGPGRTSGGWVSETMASLPLPAISSLNSRMLKYVVKRFALKRGALMFGKLVPMGIG + AIIGAIGNRLVGKKLVRNARSAFGTPPARWPVTLHVLPTVRDAS" + gene 1395451..1397190 + /locus_tag="BQ2027_MB1282" + CDS 1395451..1397190 + /locus_tag="BQ2027_MB1282" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1282, -, len: 579 aa. Equivalent to Rv1250, len: + 579 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 579 aa overlap). Probable + drug-transport integral membrane protein, member of major + facilitator superfamily (MFS), highly similar to several + including P39886|TCMA_STRGA TETRACENOMYCIN C RESISTANCE + PROTEIN from Streptomyces glaucescens (538 aa), FASTA + scores: opt: 847, E(): 0, (32.9% identity in 517 aa + overlap); etc. Also similar to MTCY20B11.14c|Rv3239C from + Mycobacterium tuberculosis (1048 aa), FASTA scores: opt: + 629, E(): 6.7e-13, (31.9% identity in 423 aa overlap). + TBparse score is 0.921. Protein product from Mb1282 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1282 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DRUG-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIT99883.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYR8" + /db_xref="InterPro:IPR004638" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR8" + /translation="MTTAIRRAAGSSYFRNPWPALWAMMVGFFMIMLDSTVVAIANPT + IMAQLRIGYATVVWVTSAYLLAYAVPMLVAGRLGDRFGPKNLYLIGLGVFTVASLGCG + LSSGAGMLIAARVVQGVGAGLLTPQTLSTITRIFPAHRRGVALGAWGTVASVASLVGP + LAGGALVDSMGWEWIFFVNVPVGVIGLILAAYLIPALPHHPHRFDWFGVGLSGAGMFL + IVFGLQQGQSANWQPWIWAVIVGGIGFMSLFVYWQARNAREPLIPLEVFNDRNFSLSN + LGIAIIAFAGTGMMLPVTFYAQAVCGLSPTHTAVLFAPTAIVGGVLAPFVGMIIDRSH + PLCVLGFGFSVLAIAMTWLLCEMAPGTPIWRLVLPFIALGVAGAFVWSPLTVTATRNL + RPHLAGASSGVFNAVRQLGAVLGSASMAAFMTSRIAAEMPGGVDALTGPAGQDATVLQ + LPEFVREPFAAAMSQSMLLPAFVALFGIVAALFLVDFTGAAVAKEPLPESDGDADDDD + YVEYILRREPEEDCDTQPLRASRPAAAAASRSGAGGPLAVSWSTSAQGMPPGPPGRRA + WQADTESTAPSAL" + gene complement(1397093..1400512) + /locus_tag="BQ2027_MB1283C" + CDS complement(1397093..1400512) + /locus_tag="BQ2027_MB1283C" + /note="Mb1283c, -, len: 1139 aa. Equivalent to Rv1251c, + len: 1139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100% identity in 1139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity in + C-terminal region with other proteins from eukaryotes and + bacteria e.g. NP_142121.1 hypothetical protein from + Pyrococcus horikoshii (1188 aa); and some similarity to + GTP-binding proteins e.g. P23249|MV10_MOUSE PUTATIVE + GTP-BINDING PROTEIN (1004 aa), FASTA scores: opt: 228, + E(): 1.7e-06, (27.7% identity in 560 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb1283c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Superfamily I DNA and RNA helicases and helicase + subunits" + /protein_id="SIT99884.1" + /db_xref="InterPro:IPR019993" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR038720" + /db_xref="InterPro:IPR041679" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU0" + /translation="MFVTGDSIVYSASDLAAAARCQYALLREFDAKLGRGPAVAVDDE + LMARAAVLGSAHEGRRLDQLRHEFGDAVAIIGRPAYTPAGLAAAADATRRAIANHAPV + VYQAAMFDGRFVGFADFLIRDGHRYRVADTKLARSPTVTALLQLAAYADALVHSGVPV + AADAELELGDGTIVRYRVGELIPVYRSQRALLQRLLDGHYTAGTAVRWDDERVQACFR + CPQCTERLRASDDLLLVGGMRVRQRDKLLEAGITTIAELADHTAPVPGLTTNALGKLT + AQAKLQIRQRDTGAPQFEIVDPRPLTLLPEPNPGDLFFDFEGDPLWTADGKQWGLEYL + FGVLEAGRAGVFRPLWAHDRTAERQALTDFLAIVARRRRRHPNMHIYHYAPYEKTALL + RLVGRYGIGEDDVDDLLRNGVLVDLYPLVRKSIRVGTDSFSLKALEPLYLGTQPRSGD + VTTAADSINSYARYCELRAAGRIDEAATVLKEIEGYNHYDCRSTRALRDWLLMRAWEA + GVTPIGAQPVPDADPIDDGDSLASVLSKFTGDAAAGERTPEQTAVALLAAARGYHRRE + DKPFWWAHFDRLNYPVDEWSDSTDVFLASEASVTVDWHMPPRARKPQRRVRLTGELAR + GDLNGNVFALYEPPAPPGMTDNPDRRAAGPAAVVETDDPTVPTEVVIVERTGSDGNTF + QQLPFALAPGPPVPTTALRESIESTAAAVASGSPQLPSTALMDVLLRRPPRTRSGAAL + PRSSDPVTDIAAAALDLDSSYLAVHGPPGTGKTYTAARVIAELVTEHAWRIGVVAQSH + ATVENLLEGVISAGLDPGQVAKKPHDHTAGRWQSIDGSQYTEFIRDTAGCVIGGTAWD + FANGNRVPKASLDLLVIDEAGQFCLANTIAVAPAATNLLLLGDPQQLPQVSQGTHPEP + VDTSALSWLVDGQHTLPDERGYFLDRSYRMHPAVCAAVSALSYEGRLCSHTERTAVRR + LDGYPPGVHTRGVHHKGNSIESPEEAEAILAELRQLLGSPWTDEHGTRPLAASDVLVL + APYNAQVALVRRRLASAGLGGADGVRVGTVDKFQGGQAPVVFISMTASSADDVPRGIS + FLLNRNRLNVAVSRAQYAAVIVRSELLTQYLPATPDGLVDLGAFLGLTSTS" + gene complement(1400568..1401176) + /gene="lprE" + /locus_tag="BQ2027_MB1284C" + CDS complement(1400568..1401176) + /gene="lprE" + /locus_tag="BQ2027_MB1284C" + /note="Mb1284c, lprE, len: 202 aa. Equivalent to Rv1252c, + len: 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 202 aa overlap). Probable lipoprotein + lprE, some similarity to Mycobacterium tuberculosis + protein Rv3483c|MTCY13E12.36C (220 aa), FASTA scores: E(): + 7e-05, (29.5% identity in 200 aa overlap). Contains + possible N-terminal signal sequence and appropriately + positioned prokaryotic lipoprotein lipid attachment site + (PS00013). Mb1284c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPRE" + /protein_id="SIT99885.1" + /db_xref="GOA:P65313" + /db_xref="InterPro:IPR025971" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65313" + /translation="MPGVWSPPCPTTPRVGVVAALVAATLTGCGSGDSTVAKTPEATP + SLSTAHPAPPSSEPSPPSATAAPPSNHSAAPVDPCAVNLASPTIAKVVSELPRDPRSE + QPWNPEPLAGNYNECAQLSAVVIKANTNAGNPTTRAVMFHLGKYIPQGVPDTYGFTGI + DTSQCTGDTVALTYASGIGLNNVVKFRWNGGGVELIGNTTGG" + gene 1401242..1402933 + /gene="deaD" + /locus_tag="BQ2027_MB1285" + CDS 1401242..1402933 + /gene="deaD" + /locus_tag="BQ2027_MB1285" + /note="Mb1285, deaD, len: 563 aa. Equivalent to Rv1253, + len: 563 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 563 aa overlap). Probable Dead, + Cold-shock DEAD-box protein A homolog, similar to many + e.g. DEAD_ECOLI|P23304 Escherichia coli (646 aa), FASTA + scores: opt: 1490, E(): 0, (46.7% identity in 578 aa + overlap); similar to Mycobacterium tuberculosis Rv3211. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, PS00039 + DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. + BELONGS TO THE DEAD BOX FAMILY HELICASE. Protein product + from Mb1285 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1285 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COLD-SHOCK DEAD-BOX PROTEIN A HOMOLOG + DEAD (ATP-dependent RNA helicase deaD homolog)" + /protein_id="SIT99886.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXT6" + /db_xref="InterPro:IPR000629" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR005580" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR012677" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR014014" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR028618" + /db_xref="InterPro:IPR034415" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT6" + /translation="MAFPEYSPAASAATFADLQIHPRVLRAIGDVGYESPTAIQAATI + PALMAGSDVVGLAQTGTGKTAAFAIPMLSKIDITSKVPQALVLVPTRELALQVAEAFG + RYGAYLSQLNVLPIYGGSSYAVQLAGLRRGAQVVVGTPGRVIDHLERATLDLSRVDFL + VLDEADEMLTMGFADDVERILSETPEYKQVALFSATMPPAIRKLSAKYLHDPFEVTCK + AKTAVAENISQSYIQVARKMDALTRVLEVEPFEAMIVFVRTKQATEEIAEKLRARGFS + AAAISGDVPQAQRERTITALRDGDIDILVATDVAARGLDVERISHVLNYDIPHDTESY + VHRIGRTGRAGRSGAALIFVSPRELHLLKAIEKATRQTLTEAQLPTVEDVNTQRVAKF + ADSITNALGGPGIELFRRLVEEYEREHDVPMADIAAALAVQCRGGEAFLMAPDPPLSR + RNRDQRRDRPQRPKRRPDLTTYRVAVGKRHKIGPGAIVGAIANEGGLHRSDFGQIRIG + PDFSLVELPAKLPRATLKKLAQTRISGVLIDLRPYRPPDAARRHNGGKPRRKHVG" + gene 1402930..1404081 + /locus_tag="BQ2027_MB1286" + CDS 1402930..1404081 + /locus_tag="BQ2027_MB1286" + /note="Mb1286, -, len: 383 aa. Equivalent to Rv1254, len: + 383 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 383 aa overlap). Probable + Acyltransferase (EC 2.3.1.-), similar to G927228 + midecamycin 4-0-propionyl transferase (fragment) (388 aa), + FASTA scores, opt: 305, E(): 5.6e-14, (28.4% identity in + 377 aa overlap). Also similar to other Mycobacterium + tuberculosis acyltransferases e.g. Rv0111, Rv0228, etc. + Contains PS00881 Protein splicing signature. Protein + product from Mb1286 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1286 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIT99887.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXT3" + /db_xref="InterPro:IPR002656" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT3" + /translation="MTLPKERAAQGGLERIAHVDRVASLTGIRAVAALLVVGTHAAYT + TGKYTHGYWGLMSSRMEIGVPIFFVLSGFLLFRPWVKSAATGGPPPSLSRYAWHRVRR + IMPAYTVTVLLAYLVYHFRTAGPNPGHTWVGLFRNLTLTQIYTDGYLGAFLHQGLTQM + WSLAVEVAFYLALPALAYLLLVLVCRRRWQPRLLLATMAGLTMISPAWLILVHNTHWM + PDGARLWLPTYLAWFVGGMMLAVLAAMGVRCYAFVAIPLAVICYFIVSTPIAGAPTTS + PTALAEALVKTAFYAVIAVLAVAPLALGDQGWYAQLLASRPMVFLGEISYEIFLIHLV + TMEIAMVDVLGYRVYTSSMVNLCLVTLVLTIPLAWLLHRFTRVQGDRPS" + gene complement(1404050..1404349) + /locus_tag="BQ2027_MB1287C" + CDS complement(1404050..1404349) + /locus_tag="BQ2027_MB1287C" + /note="Mb1287c, -, len: 99 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1257c and 3' end of Rv1255c, len: 455 aa and 202 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (89.5% + identity in 57 aa overlap and 83.6% identity in 67 aa + overlap). Rv1257c: Probable oxidoreductase (EC 1.-.-.-), + similar to e.g. GLCD_ECOLI|P52075 glycolate oxidase + subunit glcd (499 aa), FASTA scores: E(): 0, (38.9% + identity in 458 aa overlap). Similar to Mycobacterium + tuberculosis oxidoreductases e.g. Rv3107c. Rv1255c: + Possible regulatory protein, similar to others e.g. + ACRR_ECOLI|P34000 potential acrab operon repressor from E. + coli (215 aa), FASTA scores: opt: 128, E(): 0.25, (42.1% + identity in 57 aa overlap). Helix turn helix motif present + at aa 36-57 (+5.48 SD). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 3007 bp deletion (RD13) leads to + the fusion of Rv1257c and Rv1255c, and the deletion of + Rv1256c, compared to Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv. Protein product from Mb1287c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1287c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIT99888.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXT4" + /translation="MNTDVLAGLMAELPEGMVVTDPAVTDGYRQDRAFDPSAGKPLAI + IRPRRARWVVRMLTSLLMFPGRDEADERAMIAEFVVPIVTPASAAARKAGHPGPE" + gene complement(1404346..1405605) + /locus_tag="BQ2027_MB1288C" + CDS complement(1404346..1405605) + /locus_tag="BQ2027_MB1288C" + /note="Mb1288c, -, len: 419 aa. Equivalent to Rv1258c, + len: 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 419 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport (efflux) protein, possibly + member of major facilitator superfamily (MFS), highly + similar to O32859|TAP PROTEIN multidrug-resistance efflux + pump from Mycobacterium fortuitum (409 aa), FASTA scores: + E(): 0, (68.4% identity in 408 aa overlap). Contains + PS00216 Sugar transport proteins signature 1. Mb1288c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIT99889.1" + /db_xref="GOA:P64784" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64784" + /translation="MRNSNRGPAFLILFATLMAAAGDGVSIVAFPWLVLQREGSAGQA + SIVASATMLPLLFATLVAGTAVDYFGRRRVSMVADALSGAAVAGVPLVAWGYGGDAVN + VLVLAVLAALAAAFGPAGMTARDSMLPEAAARAGWSLDRINGAYEAILNLAFIVGPAI + GGLMIATVGGITTMWITATAFGLSILAIAALQLEGAGKPHHTSRPQGLVSGIAEGLRF + VWNLRVLRTLGMIDLTVTALYLPMESVLFPKYFTDHQQPVQLGWALMAIAGGGLVGAL + GYAVLAIRVPRRVTMSTAVLTLGLASMVIAFLPPLPVIMVLCAVVGLVYGPIQPIYNY + VIQTRAAQHLRGRVVGVMTSLAYAAGPLGLLLAGPLTDAAGLHATFLALALPIVCTGL + VAIRLPALRELDLAPQADIDRPVGSAQ" + gene 1405604..1406503 + /gene="udgb" + /locus_tag="BQ2027_MB1289" + CDS 1405604..1406503 + /gene="udgb" + /locus_tag="BQ2027_MB1289" + /note="Mb1289, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv1259, len: + 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 299 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to AL109732|SC7H2.04 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (237 aa), FASTA scores: opt: + 870, E(): 0, (57.1% identity in 231 aa overlap). Protein + product from Mb1289 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable uracil dna glycosylase, udgb" + /protein_id="SIT99890.1" + /db_xref="GOA:P64786" + /db_xref="InterPro:IPR005122" + /db_xref="InterPro:IPR036895" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64786" + /translation="MNIAAESSAKPVWGPPNFCAAAARMQDVRVLMHPKTGRAFRSPV + EPGSGWPGDPATPQTPVAADAAQVSALAGGAGSICELNALISVCRACPRLVSWREEVA + VVKRRAFADQPYWGRPVPGWGSKRPRLLILGLAPAAHGANRTGRMFTGDRSGDQLYAA + LHRAGLVNSPVSVDAADGLRANRIRITAPVRCAPPGNSPTPAERLTCSPWLNAEWRLV + SDHIRAIVALGGFAWQVALRLAGASGTPKPRFGHGVVTELGAGVRLLGCYHPSQQNMF + TGRLTPTMLDDIFREAKKLAGIE" + gene 1406505..1407329 + /locus_tag="BQ2027_MB1290" + CDS 1406505..1407329 + /locus_tag="BQ2027_MB1290" + /note="Mb1290, -, len: 274 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1260, len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 260 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + E1245747|AL021411 putative oxidoreductase SC7H1.18 from + Streptomyces coelicolor (397 aa), FASTA scores: E(): + 1.4e-29, (45.9% identity in 355 aa overlap); also some + similarity to G912582 FAD binding protein homologue from + Pseudomonas aeruginosa (286 aa), FASTA scores: opt: 245, + E(): 2e-09, (27.5% identity in 251 aa overlap); + PCPB_FLASP|P42535 pentachlorophenol 4-monooxygenase (537 + aa), FASTA scores: opt: 219, E(): 1.7e-07, (23.3% identity + in 360 aa overlap); TETX_BACFR|Q01911 tetracycline + resistance protein (388 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): + 3e-05, (22.8% identity in 373 aa overlap). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins Rv0575c + and Rv1751. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1260 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base deletion (g-*) splits Rv1260 into 2 parts, + Mb1290 and Mb1291. Mb1290 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99891.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU2" + /db_xref="InterPro:IPR002938" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU2" + /translation="MKTVVVSGASVAGTAAAYWLGRHGYSVTMVERHPGLRPGGQAID + VRGPALDVLERMGLLAAAQEHKTRIRGASFVDRDGNELFRDTESTPTGGPVNSPDIEL + LRDDLVELLYGATQPSVEYLFDDSISTLQDDGDSVRVTFERAAAREFDLVIGADGLHS + NVRRLVFGPEEQFVKRLGTHAAIFTVPNFLELDYWQTWHYGDSTMAGVYSARNNTEAR + AALAFMDTELRIDYRDTEAQFAELQRRMAEDGWVRAQLLHYIAAHRISISTKCRRS" + gene 1407329..1407622 + /locus_tag="BQ2027_MB1291" + CDS 1407329..1407622 + /locus_tag="BQ2027_MB1291" + /note="Mb1291, -, len: 102 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1260, len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 102 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + E1245747|AL021411 putative oxidoreductase SC7H1.18 from + Streptomyces coelicolor (397 aa), FASTA scores: E(): + 1.4e-29, (45.9% identity in 355 aa overlap); also some + similarity to G912582 FAD binding protein homologue from + Pseudomonas aeruginosa (286 aa), FASTA scores: opt: 245, + E(): 2e-09, (27.5% identity in 251 aa overlap); + PCPB_FLASP|P42535 pentachlorophenol 4-monooxygenase (537 + aa), FASTA scores: opt: 219, E(): 1.7e-07, (23.3% identity + in 360 aa overlap); TETX_BACFR|Q01911 tetracycline + resistance protein (388 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): + 3e-05, (22.8% identity in 373 aa overlap). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins Rv0575c + and Rv1751. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1260 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base deletion (g-*) splits Rv1260 into 2 parts, + Mb1290 and Mb1291. Protein product from Mb1291 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1291 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIT99892.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZY9" + /db_xref="InterPro:IPR002938" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY9" + /translation="MDRWSRGRVALVGDAGYCCSPLSGQGTSVALLGAYILAGELKAA + GDDYQLGFANYHAEFHGFVERNQWLVSDNIPGGAPIPQEEFERIVHSITIKDY" + gene complement(1407748..1408197) + /locus_tag="BQ2027_MB1292C" + CDS complement(1407748..1408197) + /locus_tag="BQ2027_MB1292C" + /note="Mb1292c, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv1261c, + len: 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 149 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv1558|MTCY48.07c (39.2% + identity in 125 aa overlap); Rv3547 and Rv3178. Protein + product from Mb1292c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1292c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AclJ" + /protein_id="SIT99893.1" + /db_xref="GOA:P64788" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64788" + /translation="MDISRWLERHVGVQLLRLHDAIYRGTNGRIGHRIPGAPPSLLLH + TTGAKTSQPRTTSLTYARDGDAYLIVASKGGDPRSPGWYHNLKANPDVEINVGPKRFG + VTAKPVQPHDPDYARLWQIVNENNANRYTNYQSRTSRPIPVVVLTRR" + gene complement(1408202..1408636) + /locus_tag="BQ2027_MB1293C" + CDS complement(1408202..1408636) + /locus_tag="BQ2027_MB1293C" + /note="Mb1293c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv1262c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 144 aa overlap). Hypothetical HIT-like + protein, similar to Q04344|HIT_YEAST hit1 protein (orf u) + (144 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): 3e-14, (35.9 % + identity in 142 aa overlap); also similar to + YHIT_MYCGE|P47378 hypothetical 15.6 kd protein (141 aa), + FASTA scores: opt: 250, E(): 1.6e-10, (35.5% identity in + 107 aa overlap); and YHIT_MYCLE|P49774 hypothetical 17.0 + kd protein hit-like (155 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): + 7e-07, (30.6% identity in 144 aa overlap). Similar to + other proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2613c, Rv0759c. Contains PS00892 HIT family signature. + BELONGS TO THE HIT FAMILY. Protein product from Mb1293c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1293c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL HIT-LIKE PROTEIN" + /protein_id="SIT99894.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU9" + /db_xref="InterPro:IPR001310" + /db_xref="InterPro:IPR011146" + /db_xref="InterPro:IPR019808" + /db_xref="InterPro:IPR036265" + /db_xref="InterPro:IPR039384" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU9" + /translation="MPCVFCAIIAGEAPAIRIYEDGGYLAILDIRPFTRGHTLVLPKR + HTVDLTDTPPEALADMVAIGQRIARAARATKLADATHIAINDGRAAFQTVFHVHLHVL + PRRNGDKLSVAKGMMLRRDPDREATGRILREALAQQDAAAQD" + gene 1408695..1410083 + /gene="amiB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1294" + CDS 1408695..1410083 + /gene="amiB2" + /locus_tag="BQ2027_MB1294" + /note="Mb1294, amiB2, len: 462 aa. Equivalent to Rv1263, + len: 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 462 aa overlap). Probable amiB2, amidase + (EC 3.5.1.4). Similar to G1001278 hypothetical 54.3 kDa + protein (506 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 7.6e-40, + (32.8% identity in 461 aa overlap), also similar to + G580673 rhodococcus enantiose lective amidase gene (462 + aa), FASTA scores, opt: 668, E(): 7.4e-34, (33.5% identity + in 484 aa overlap); and to NYLA_PSES8|P13398 + 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase (492 aa), FASTA + scores opt: 543, E(): 3.1e-26, (33.5% identity in 493 aa + overlap). Also similar to MTCY274.19c (33.5% identity in + 427 aa overlap). Similar to other putative amidases in M. + tuberculosis e.g. Rv2363, Rv2888c, etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A. BELONGS TO THE AMIDASE + FAMILY. Protein product from Mb1294 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMIDASE AMIB2 (AMINOHYDROLASE)" + /protein_id="SIT99895.1" + /db_xref="GOA:P63493" + /db_xref="InterPro:IPR000120" + /db_xref="InterPro:IPR020556" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63493" + /translation="MDPTDLAFAGAAAQARMLADGALTAPMLLEVYLQRIERLDSHLR + AYRVVQFDRARAEAEAAQQRLDAGERLPLLGVPIAIKDDVDIAGEVTTYGSAGHGPAA + TSDAEVVRRLRAAGAVIIGKTNVPELMIMPFTESLAFGATRNPWCLNRTPGGSSGGSA + AAVAAGLAPVALGSDGGGSIRIPCTWCGLFGLKPQRDRISLEPHDGAWQGLSVNGPIA + RSVMDAALLLDATTTVPGPEGEFVAAAARQPGRLRIALSTRVPTPLPVRCGKQELAAV + HQAGALLRDLGHDVVVRDPDYPASTYANYLPRFFRGISDDADAQAHPDRLEARTRAIA + RLGSFFSDRRMAALRAAEVVLSSRIQSIFDDVDVVVTPGAATGPSRIGAYQRRGAVST + LLLVVQRVPYFQVWNLTGQPAAVVPWDFDGDGLPMSVQLVGRPYDEATLLALAAQIES + ARPWAHRRPSVS" + gene 1410158..1411351 + /locus_tag="BQ2027_MB1295" + CDS 1410158..1411351 + /locus_tag="BQ2027_MB1295" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1295, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv1264, len: + 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 397 aa overlap). Adenylate cyclase (EC + 4.6.1.1) (function proven experimentally: see first + citation below), showing some similarity to other + adenylate cyclases e.g. CYAA_BRELI|P27580 (403 aa), FASTA + scores, opt: 270, E(): 1.3e-10, (29.3% identity in 317 aa + overlap); etc. Similar to other putative cyclases in M. + tuberculosis e.g. Rv2212, Rv1647. BELONG TO THE ADENYLYL + CYCLASE CLASS-4/GUANYLYL CYCLASE FAMILY. The C terminus + seems to code for a catalytic domain belonging to a + subfamily of adenylyl cyclase isozymes (mostly found in + Gram-positive bacteria). The N terminus seems to be a + potential novel regulator of adenylyl cyclase activity + (autoinhibitory domain). Protein product from Mb1295 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1295 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ADENYLYL CYCLASE (ATP PYROPHOSPHATE-LYASE) + (ADENYLATE CYCLASE)" + /protein_id="SIT99896.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU7" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="InterPro:IPR032026" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU7" + /translation="MTDHVREADDANIDDLLGDLGGTARAERAKLVEWLLEQGITPDE + IRATNPPLLLATRHLVGDDGTYVSAREISENYGVDLELLQRVQRAVGLARVDDPDAVV + HMRADGEAAARAQRFVELGLNPDQVVLVVRVLAEGLSHAAEAMRYTALEAIMRPGATE + LDIAKGSQALVSQIVPLLGPMIQDMLFMQLRHMMETEAVNAGECAAGKPLPGARQVTV + AFADLVGFTQLGEVVSAEELGHLAGRLAGLARDLTAPPVWFIKTIGDAVMLVCPDPAP + LLDTVLKLVEVVDTDNNFPRLRAGVASGMAVSRAGDWFGSPVNVASRVTGVARPGAVL + VADSVREALGDAPEADGFQWSFAGPRRLRGIRGDVRLFRVRRGATRTGSGGAAQDDDL + AGSSP" + gene 1411524..1412204 + /locus_tag="BQ2027_MB1296" + CDS 1411524..1412204 + /locus_tag="BQ2027_MB1296" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1296, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv1265, len: + 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 226 aa overlap). Hypothetical unknown + protein (see citation below). Protein product from Mb1296 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1296 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99897.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64790" + /translation="MVLARPDAVFAPARNRCHVSLPVNAMSLKMKVCNHVIMRHHHMH + GRRYGRPGGWQQAQQPDASGAAEWFAGRLPEDWFDGDPTVIVDREEITVIGKLPGLES + PEEESAARASGRVSRFRDETRPERMTIADEAQNRYGRKVSWGVEVGGERILFTHIAVP + VMTRLKQPERQVLDTLVDAGVARSRSDALAWSVKLVGEHTEEWLAKLRTAMSAVDDLR + AQGPDLPA" + gene complement(1412224..1414014) + /gene="pknH1" + /locus_tag="BQ2027_MB1297C" + CDS complement(1412224..1414014) + /gene="pknH1" + /locus_tag="BQ2027_MB1297C" + /note="Mb1297c, PknH1, len: 596 aa. Protein product from + Mb1297c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1297c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99898.1" + /db_xref="GOA:Q7U095" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U095" + /translation="MSDAQDSRVGSMFGPYHLKRLLGRGGMGEVYEAEHTVKEWTVAV + KLMTAEFSKDPVFRERMKREARIAGRLQEPHVVPIHDYGEVDGQMFLEMRLVEGTDLD + SVLKRFGPLTPPRAVAIITQIASALDAAHADGVMHRDVKPQNILITRDDFAYLVDFGI + ASATTDEKLTQLGTAVGTWKYMAPERFSNDEVTYRADIYALACVLHECLTGAPPYRAD + SAGTLVSSHLMGPIPQPSAIRPGIPKAFDAVVARGMAKKPEDRYASAGDLALAAHEAL + SDPDQDHAADILRRSQESTLPGTAAVTAQPPTMPTVTPPPIQAAPTGQPSWAPNSGPM + PASGPTPTPQYYQGGGWGAPPSGGPSPWAQTPRKTNPWPLVAGAAAVVLVLVLGAIGI + WIANRPKPVQPPQPVAEERLSALLLNSSEVNAVMGSSSMQPGKPITSMDSSPVTVSLP + DCQGALYTSQDPVYAGTGYTAINGLISSEPGDNYEHWVNQAVVAFPTADKARAFVQTS + ADKWKNCAGKTVTVTNKAKTYRWTFADVKGSPPTITVIDTQEGAEGWECQRAMSVANN + VVVDVNACGYQITNQAGQIAAKIVDKVNKE" + gene complement(1414258..1416654) + /gene="tbd2" + /locus_tag="BQ2027_MB1297CA" + CDS complement(1414258..1416654) + /gene="tbd2" + /locus_tag="BQ2027_MB1297CA" + /note="Mb1297cA, Tbd2, putative intergral membrane, + ATP-binding, ABC transporter. Part of RD900 first + identified in M. africanum GM041182 (Bentley et al. 2012, + PLoS Negl Top Dis. + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22389744). 797/798 + (99%) AA identity with MAF_12860. Misidentified in + original M. bovis AF2122/97 genome assembly. Mb1297cA + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99899.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXW0" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW0" + /translation="MTDTADMITPNAPRLELRAAGRTWHAVAGREWSIGRASEADIRL + DNPRVSRQHAVLEATPEGWVLVNLSTNGTFVDGQRVERLTVRQPITIFLGSASSGQRV + QLYPVAQSPTPTPASHPPAPPRPATPKPAQRQGETTVARPPTAFHAIDQLVVTIGRAP + ENTVVLNDLLVSRRHAILRRTGNRWELSDNASANGTYVNGHRISRAVIGPTDIVGIGH + QLLHLSADRLVEYVDTGDISYQASNLRVVTNKGRVLLADVSFVLPQRSLLAVVGPSGA + GKSTLLGALTGFRPAGNGTVRYDERDLYDNYAELRHRIGFVPQDDILHTPLTVRRALN + YAARLRFPQDVSVDERNQRIEEVLVELGLSTQADQRIDSLSGGQRKRTSVALELLTKP + SLLFLDEPTSGLDPGYEKSVMQTLRKLADDGRSVVVVTHNIAHLNMCDRLLILAPGGR + LAYFGPPQQALGYFNCTDFADLFTLLEHDTSTDWTGRFNASPLREALIGHPAMRPARP + AAARHARPVAQQSAFAQFAILCRRYLAVIAADRQYAVFLLVLPLLLSLFAHAVPGQAG + LSLAKAIELKSTQPSQLLVLLIIGGALMGCAASIREIVKERAIYRREHGIGLSRGAYL + ASKLVVLTALTSLQALILGFLGVALLPPPDQSVILPWPSVEVAVAVVAVTVVSMMIGL + LISAMIGNADRGMPLLVLVVMAQLVLCGGMFGVSGRPPLEQLSWLSPSRWAYAMAAAT + VDLNDLRRTAGGDQDPLWDYNVGSWLMAAGACAVQALVLVILIALQLKRIEPQRKARK + " + gene complement(1416665..1418431) + /gene="pknH2" + /locus_tag="BQ2027_MB1297CB" + CDS complement(1416665..1418431) + /gene="pknH2" + /locus_tag="BQ2027_MB1297CB" + /note="Mb1297cB, PknH2, putative membrane spanning + serine/threonine protein kinase, part of RD900 first + identified in M. africanum GM041182(Bentley et al. 2012, + PLoS Negl Top Dis. + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22389744). 555/567 + (96%) identity with MAF_12870" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIT99900.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXU5" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXU5" + /translation="MSAAAGWLGGSAMSDAQDSRVGSMFGPYHLKRLLGRGGMGEVYE + AEHTVKEWTVAVKLMTAEFSKDPVFRERMKREARIAGRLQEPHVVPIHDYGEVDGQMF + LEMRLVEGTDLDSVLKRFGPLTPPRAVAIITQIASALDAAHADGVMHRDVKPQNILIT + RDDFAYLVDFGIASATTDEKLTQLGTAVGTWKYMAPERFSNDEVTYRADSLRAGLRAA + RMLDRGPAVSRRHAGTLVSSHLMGPIPQPSAIRPGIPKAFDAVVARGMAKKPEDRYAS + AGDLALAAHEALSDPDQDHAADILRRSQESTLPGTAAVTAQPPTMPTVTPPPIQAAPT + GQPSWAPNSGPMPASGPTPTPQYYQGGGWGAPPSGGPSPWAQTPRKTNPWPFVAVAAA + VVLVLVLGAIGIWIANRPDDNPKRNIATSPGTPTTTATTSLPATTTPTTAPASDPQTR + LLSMLPSGYPTGTCKPTTPKPNSIWVNAVAMVDCGQNTNQGGPSRAIYGLFANPDKLK + QAFNDDIAAVELMNCPGEGPSPDGWHYNQTPDVTAGMIACGTYKNRPNVIWSNEAKLT + LSDVFGDPATIEDLHNWWAKYG" + gene complement(1418736..1419902) + /gene="embR" + /locus_tag="BQ2027_MB1298C" + CDS complement(1418736..1419902) + /gene="embR" + /locus_tag="BQ2027_MB1298C" + /note="Mb1298c, embR, len: 388 aa. Equivalent to Rv1267c, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 388 aa overlap). Probable embR, + regulatory protein (see citation below), similar to many + e.g. AFSR_STRCO|P25941 regulatory protein AfsR from + Streptomyces coelicolor (993 aa), FASTA scores: opt: 489, + E(): 1e-25, (33.5% identity in 361 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE AFSR/DNRI/REDD FAMILY OF REGULATORS. + Protein product from Mb1298c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + EMBR" + /protein_id="SIT99901.1" + /db_xref="GOA:P66800" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR005158" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66800" + /translation="MAGSATVEKRLDFGLLGPLQMTIDGTPVPSGTPKQRAVLAMLVI + NRNRPVGVDALITALWEEWPPSGARASIHSYVSNLRKLLGGAGIDPRVVLAAAPPGYR + LSIPDNTCDLGRFVAEKTAGVHAAAAGRFEQASRHLSAALREWRGPVLDDLRDFQFVE + PFATALVEDKVLAHTAKAEAEIACGRASAVIAELEALTFEHPYREPLWTQLITAYYLS + DRQSDALGAYRRVKTTLADDLGIDPGPTLRALNERILRQQPLDAKKSAKTTAAGTVTV + LDQRTMASGQQAVAYLHDIASGRGYPLQAAATRIGRLHDNDIVLDSANVSRHHAVIVD + TGTNYVINDLRSSNGVHVQHERIRSAVTLNDGDHIRICDHEFTFQISAGTHGGT" + gene complement(1420213..1420911) + /locus_tag="BQ2027_MB1299C" + CDS complement(1420213..1420911) + /locus_tag="BQ2027_MB1299C" + /note="Mb1299c, -, len: 232 aa. Equivalent to Rv1268c, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 232 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, probably secreted protein : contains possible + signal peptide sequence (score 7.9 at residue 28)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cysteine-Type endopeptidase" + /protein_id="SIT99902.1" + /db_xref="InterPro:IPR025660" + /db_xref="InterPro:IPR039564" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64792" + /translation="MTTSKIATAFKTATFALAAGAVALGLASPADAAAGTMYGDPAAA + AKYWRQQTYDDCVLMSAADVIGQVTGREPSERAIIKVAQSTPSVVHPGSIYTKPADAE + HPNSGMGTSVADIPTLLAHYGVDAVITDEDHATATGVATGMAALEQYLGSGHAVIVSI + NAEMIWGQPVEETDSAGNPRSDHAVVVTGVDTENGIVHLNDSGTPTGRDEQIPMETFV + EAWATSHDFMAVTT" + gene complement(1421134..1421508) + /locus_tag="BQ2027_MB1300C" + CDS complement(1421134..1421508) + /locus_tag="BQ2027_MB1300C" + /note="Mb1300c, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv1269c, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 124 aa overlap). Conserved probable + exported protein with putative N-terminal signal sequence. + Similar to Mycobacterium tuberculosis protein + Rv1813c|Y0DU_MYCTU|Q50620 hypothetical protein cy1a11.30 + (137 aa), FASTA scores: E(): 9e-21, (41.6% identity in 137 + aa overlap). Protein product from Mb1300c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1300c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED PROBABLE SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIT99903.1" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR025240" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5E2" + /translation="MTTMITLRRRFAVAVAGVATAAATTVTLAPAPANAADVYGAIAY + SGNGSWGRSWDYPTRAAAEATAVKSCGYSDCKVLTSFTACGAVAANDRAYQGGVGPTL + AAAMKDALTKLGGGYIDTWACN" + gene complement(1421569..1422303) + /gene="lprA" + /locus_tag="BQ2027_MB1301C" + CDS complement(1421569..1422303) + /gene="lprA" + /locus_tag="BQ2027_MB1301C" + /note="Mb1301c, lprA, len: 244 aa. Equivalent to Rv1270c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 244 aa overlap). Putative lipoprotein + lprA (Precursor). Similar to O32852|AJ000500 lipoprotein + from Mycobacterium bovis (236 aa), fasta scores: E(): + 5.2e-23, (35.1% identity in 245 aa overlap). Similar to M. + tuberculosis lipoproteins: Rv1368, Rv1411c, Rv2945c. + Contains probable N-terminal signal sequence. Protein + product from Mb1301c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1301c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipoprotein lpra" + /protein_id="SIT99904.1" + /db_xref="GOA:Q7U094" + /db_xref="InterPro:IPR009830" + /db_xref="InterPro:IPR029046" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U094" + /translation="MKHPPCSVVAAATAILAVVLAIGGCSTEGDAGKASDTAATASNG + DAAMLLKQATDAMRKVTGMHVRLAVTGDVPNLRVTKLEGDISNTPQTVATGSATLLVG + NKSEDAKFVYVDGHLYSDLGQPGTYTDFGNGTSIYNVSVLLDPNKGLANLLANLKDAS + VAGSQQADGVATTKITGNSSADDIATLAGSRLTSEDVKTVPTTVWIASDGSSHLVQIQ + IAPTKDTSVTLTMSDWGKQVTATKPV" + gene complement(1422516..1422857) + /locus_tag="BQ2027_MB1302C" + CDS complement(1422516..1422857) + /locus_tag="BQ2027_MB1302C" + /note="Mb1302c, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv1271c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 113 aa overlap). Conserved hypothetical + exported protein with potential N-terminal signal + sequence. Similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv1804c, Rv1810, Rv0622, etc. + Protein product from Mb1302c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1302c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIT99905.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64794" + /translation="MLSPLSPRIIAAFTTAVGAAAIGLAVATAGTAGANTKDEAFIAQ + MESIGVTFSSPQVATQQAQLVCKKLASGETGTEIAEEVLSQTNLTTKQAAYFVVDATK + AYCPQYASQLT" + gene complement(1422965..1424860) + /locus_tag="BQ2027_MB1303C" + CDS complement(1422965..1424860) + /locus_tag="BQ2027_MB1303C" + /note="Mb1303c, -, len: 631 aa. Equivalent to Rv1272c, + len: 631 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 631 aa overlap). Probable + drugs-transport transmembrane ATP-binding protein ABC + transporter (see citation below), similar to e.g. + Y015_MYCGE|P47261 hypothetical ABC transporter mg015m from + Mycoplasma genitalium (589 aa), FASTA scores: opt: 1054, + E(): 0, (34.3% identity in 522 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop); and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS), + MSBA SUBFAMILY. Mb1303c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DRUGS-TRANSPORT TRANSMEMBRANE + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99906.1" + /db_xref="GOA:P63398" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="InterPro:IPR039421" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63398" + /translation="MTAPPGARPRAASPPPNMRSRDFWGSAARLVKRLAPQRRLSIAV + ITLGIAGTTIGVIVPRILGHATDLLFNGVIGRGLPGGITKAQAVASARARGDNTFADL + LSGMNVVPGQGVDFAAVERTLALALALYLAAALMIWAQARLLNLTVQKTMVRLRTDVE + DKVHRLPLSYFDGQQRGELLSRVTNDIDNLQSSLSMTISQLVTSILTMVAVLAMMVSI + SGLLALITLLTVPLSLLVTRAITRRSQPLFVAHWTSTGRLNAHLEETYSGFTVVKTFG + HQAAARERFHELNDDVYQAGFGAQFLSGLVQPATAFIGNLGYVAVAVAGGLQVATGQI + TLGSIQAFIQYIRQFNMPLSQLAGMYNALQSGVASAERVFDVLDEPEESPEPEPELPN + LTGRVEFEHVNFAYLPGTPVIRDLSLVAEPGSTVAIVGPTGAGKTTLVNLLMRFYEIG + SGRILIDGVDIASVSRQSLRSRIGMVLQDTWLYDGTIAENIAYGRPEATTDEIVEAAR + AAHVDRFVNTLPAGYQTRVSGDGGSISVGEKQLITIARAFLARPQLLILDEATSSVDT + RTELLIQRAMRELRRDRTSFIIAHRLSTIRDADHILVVQTGQIVERGNHAELLARRGV + YYQMTRA" + gene complement(1424857..1426605) + /locus_tag="BQ2027_MB1304C" + CDS complement(1424857..1426605) + /locus_tag="BQ2027_MB1304C" + /note="Mb1304c, -, len: 582 aa. Equivalent to Rv1273c, + len: 582 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 582 aa overlap). Probable drug-transport + transmembrane ATP-binding protein ABC transporter (see + citation below), similar to e.g. YWJA_BACSU|P45861 + hypothetical abc transporter from Bacillus subtilis (575 + aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 0, (27.0% identity in + 578 aa overlap); etc. Contains PS00136 Serine proteases, + subtilase family, aspartic acid active site; 2 x PS00211 + ABC transporters family signature; and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS), + MSBA SUBFAMILY. Protein product from Mb1304c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1304c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DRUGS-TRANSPORT TRANSMEMBRANE + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIT99907.1" + /db_xref="GOA:P0A4W5" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="InterPro:IPR039421" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4W5" + /translation="MLLALLRQHIRPYRRLVAMLMMLQLVSTLASLYLPTVNAAIVDD + GVAKGDTATIVRLGAVMLGVTGLQVLCAIGAVYLGSRTGAGFGRDLRSAMFEHIITFS + ERETARFGAPTLLTRSTNDVRQILFLVQMTATVLVTAPIMCVGGIIMAIHQEAALTWL + LLVSVPILAVANYWIISHMLPLFRRMQSLIDGINRVMRDQLSGVRVVRAFTREGYERD + KFAQANTALSNAALSAGNWQALMLPVTTLTINASSVALIWFGGLRIDSGQMQVGSLIA + FLSYFAQILMAVLMATMTLAVLPRASVCAERITEVLSTPAALGNPDNPKFPTDGVTGV + VRLAGATFTYPGADCPVLQDISLTARPGTTTAIVGSTGSGKSTLVSLICRLYDVTAGA + VLVDGIDVREYHTERLWSAIGLVPQRSYLFSGTVADNLRYGGGPDQVVTEQEMWEALR + VAAADGFVQTDGLQTRVAQGGVNFSGGQRQRLAIARAVIRRPAIYVFDDAFSALDVHT + DAKVHASLRQVSGDATIIVVTQRISNAAQADQVIVVDNGKIVGTGTHETLLADCPTYA + EFAASQSLSATVGGVG" + gene 1426752..1427309 + /gene="lprB" + /locus_tag="BQ2027_MB1305" + CDS 1426752..1427309 + /gene="lprB" + /locus_tag="BQ2027_MB1305" + /note="Mb1305, lprB, len: 185 aa. Equivalent to Rv1274, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 185 aa overlap). Possible lipoprotein + lprB, contains possible N-terminal signal sequence and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site (PS00013) . Some similarity to Rv1275. + Protein product from Mb1305 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1305 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipoprotein lprb" + /protein_id="SIT99908.1" + /db_xref="GOA:Q7U093" + /db_xref="InterPro:IPR024520" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U093" + /translation="MRRKVRRLTLAVSALVALFPAVAGCSDSGDNKPGATIPSTPANA + EGRHGPFFPQCGGVSDQTVTELTRVTGLVNTAKNSVGCQWLAGGGILGPHFSFSWYRG + SPIGRERKTEELSRASVEDINIDGHSGFIAIGNEPSLGDSLCEVGIQFSDDFIEWSVS + FSQKPFPPPCDIAKELTRQSIANSK" + gene 1427306..1427848 + /gene="lprC" + /locus_tag="BQ2027_MB1306" + CDS 1427306..1427848 + /gene="lprC" + /locus_tag="BQ2027_MB1306" + /note="Mb1306, lprC, len: 180 aa. Equivalent to Rv1275, + len: 180 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 180 aa overlap). Possible lipoprotein + lprC, contains possible N-terminal signal sequence and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). Some similarity to Rv1274. + Protein product from Mb1306 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1306 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipoprotein lprc" + /protein_id="SIT99909.1" + /db_xref="InterPro:IPR024520" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW9" + /translation="MRRVLVGAAALITALLVLTGCTKSISGTAVKAGGAGVPRNNNSQ + ERYPNLLKECEVLTTDILAKTVGADPLDIQSTFVGAICRWQAANPAGLIDITRFWFEQ + GSLSNERKVAEGLKYQVETRAIQGVDSIVMRTGDPNGACGVASDAAGVVGWWVNPQAP + GIDACGQAIKLMELTLATNA" + gene complement(1427993..1428469) + /locus_tag="BQ2027_MB1307C" + CDS complement(1427993..1428469) + /locus_tag="BQ2027_MB1307C" + /note="Mb1307c, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv1276c, + len: 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 158 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AL096844|SCI28.03 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (172 aa), FASTA scores: opt: + 385, E(): 3.3e-19, (43.5% identity in 161 aa overlap). + Some similarity to P76502|SIXA_ECOLI PHOSPHOHISTIDINE + PHOSPHATASE SIXA (161 aa), FASTA scores: opt: 146, E(): + 0.0047, (31.9% identity in 116 aa overlap). BELONGS TO THE + SIXA FAMILY OF PHOSPHATASES. Protein product from Mb1307c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphohistidine phosphatase SixA" + /protein_id="SIT99910.1" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXV5" + /translation="MRHAKSAYPDGIADHDRPLAPRGIREAGLAGGWLRANLPAVDAV + LCSTATRARQTLAHTGIDAPARYAERLYGAAPGTVIEEINRVGDNVTSLLVVGHEPTT + SALAIVLASISGTDAAVAERISEKFPTSGIAVLRVAGHWADVEPGCAALVGFHVPR" + gene 1428719..1429972 + /locus_tag="BQ2027_MB1308" + CDS 1428719..1429972 + /locus_tag="BQ2027_MB1308" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1308, -, len: 417 aa. Equivalent to Rv1277, len: + 417 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 417 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to 3914967|O68033|SBCD_RHOCA + EXONUCLEASE SBCD HOMOLOG from Rhodobacter capsulatus (405 + aa). May be sbcD protein (see first citation below) + Protein product from Mb1308 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1308 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA double-strand break repair protein Mre11" + /protein_id="SIT99911.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXW2" + /db_xref="InterPro:IPR004843" + /db_xref="InterPro:IPR014577" + /db_xref="InterPro:IPR029052" + /db_xref="InterPro:IPR041796" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW2" + /translation="MSPRPGPAGRGPAPCRCADLHSLCVDSHALRRDGMRFLHTADWQ + LGMTRHFLAGDAQPRYSAARRDAVAGLKALAADVGAEFVVVAGDVFEHNQLAPQIVGQ + SLEAMRVIGLPVYLLPGNHDPLDASSVYTSTLFRAERPDNVVVLDRAGVHEVRPGVQI + VAAPWRSKAPTTDPVAEVLAGLPTDAAIRLLVAHGGVDALDPDHDKPSLIRLAALDDA + LTRQAIHYVALGDKHSLTQVGSSGRVWYSGAPEVTNFDDVEPDPGHVLVVDIDESDPR + HPVTVDARRIGRWRFVTLHHQVDTSRDIADLDLNLDLMTDKDRTVVRLALTGSLTVTD + RAALDTCLDKYARLFAWLGLWERHTDLAVIPVDAEFTDLGIGGFAAAAVDELVATARG + GDDESAVDAQAALALLLRLADRGAA" + gene 1429969..1432596 + /locus_tag="BQ2027_MB1309" + CDS 1429969..1432596 + /locus_tag="BQ2027_MB1309" + /note="Mb1309, -, len: 875 aa. Equivalent to Rv1278, len: + 875 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 875 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, possible coiled-coil regions, contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A. Protein product from Mb1309 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1309 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA double-strand break repair Rad50 ATPase" + /protein_id="SIT99912.1" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041685" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64796" + /translation="MKLHRLALTNYRGIAHRDVEFPDHGVVVVCGANEIGKSSMVEAL + DLLLEYKDRSTKKEVKQVKPTNADVGSEVIAEISSGPYRFVYRKRFHKRCETELTVLA + PRREQLTGDEAHERVRTMLAETVDTELWHAQRVLQAASTAAVDLSGCDALSRALDLAA + GDDAALSGTESLLIERIEAEYARYFTPTGRPTGEWSAAVSRLAAAEAAVADCAAAVAE + VDDGVRRHTELTEQVAELSQQLLAHQLRLEAARVAAEKIAAITDDAREAKLIATAAAA + TSGASTAAHAGRLGLLTEIDTRTAAVVAAEAKARQAADEQATARAEAEACDAALTEAT + QVLTAVRLRAESARRTLDQLADCEEADRLAARLARIDDIEGDRDRVCAELSAVTLTEE + LLSRIERAAAAVDRGGAQLASISAAVEFTAAVDIELGVGDQRVSLSAGQSWSVTATGP + TEVKVPGVLTARIVPGATALDFQAKYAAAQQELADALAAGEVADLAAARSADLCRREL + LSRRDQLTATLAGLCGDEQVDQLRSRLEQLCAGQPAELDLVSTDTATARAELDAVEAA + RIAAEKDCETRRQIAAGAARRLAETSTRATVLQNAAAAESAELGAAMTRLACERASVG + DDELAAKAEADLRVLQTAEQRVIDLADELAATAPDAVAAELAEAADAVELLRERHDEA + IRALHEVGVELSVFGTQGRKGKLDAAETEREHAASHHARVGRRARAARLLRSVMARHR + DTTRLRYVEPYRAELHRLGRPVFGPSFEVEVDTDLRIRSRTLDDRTVPYECLSGGAKE + QLGILARLAGAALVAKEDAVPVLIDDALGFTDPERLAKMGEVFDTIGADGQVIVLTCS + PTRYGGVKGAHRIDLDAIQ" + gene 1432617..1434203 + /locus_tag="BQ2027_MB1310" + CDS 1432617..1434203 + /locus_tag="BQ2027_MB1310" + /note="Mb1310, -, len: 528 aa. Equivalent to Rv1279, len: + 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 528 aa overlap). Probable dehydrogenase, + FAD flavoprotein GMC oxidoreductase (EC 1.1.-.-), similar + to several e.g. dBETA_ECOLI|P17444 choline dehydrogenase + from Escherichia coli (556 aa), FASTA scores, opt: 1047, + E(): 0, (37.7% identity in 541 aa overlap). Similar to + Rv0697 putative Mycobacterium tuberculosis GMC + oxidoreductase. Contains PS00623 GMC oxidoreductases + signature 1, and PS00624 GMC oxidoreductases signature 2. + BELONGS TO THE GMC OXIDOREDUCTASES FAMILY. Protein product + from Mb1310 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1310 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE FAD flavoprotein GMC + oxidoreductase" + /protein_id="SIT99913.1" + /db_xref="GOA:P64264" + /db_xref="InterPro:IPR000172" + /db_xref="InterPro:IPR007867" + /db_xref="InterPro:IPR012132" + /db_xref="InterPro:IPR027424" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64264" + /translation="MDTQSDYVVVGTGSAGAVVASRLSTDPATTVVALEAGPRDKNRF + IGVPAAFSKLFRSEIDWDYLTEPQPELDGREIYWPRGKVLGGSSSMNAMMWVRGFASD + YDEWAARAGPRWSYADVLGYFRRIENVTAAWHFVSGDDSGVTGPLHISRQRSPRSVTA + AWLAAARECGFAAARPNSPRPEGFCETVVTQRRGARFSTADAYLKPAMRRKNLRVLTG + ATATRVVIDGDRAVGVEYQSDGQTRIVYARREVVLCAGAVNSPQLLMLSGIGDRDHLA + EHDIDTVYHAPEVGCNLLDHLVTVLGFDVEKDSLFAAEKPGQLISYLLRRRGMLTSNV + GEAYGFVRSRPELKLPDLELIFAPAPFYDEALVPPAGHGVVFGPILVAPQSRGQITLR + SADPHAKPVIEPRYLSDLGGVDRAAMMAGLRICARIAQARPLRDLLGSIARPRNSTEL + DEATLELALATCSHTLYHPMGTCRMGSDEASVVDPQLRVRGVDGLRVADASVMPSTVR + GHTHAPSVLIGEKAADLIRS" + gene complement(1434220..1435995) + /gene="oppA" + /locus_tag="BQ2027_MB1311C" + CDS complement(1434220..1435995) + /gene="oppA" + /locus_tag="BQ2027_MB1311C" + /note="Mb1311c, oppA, len: 591 aa. Equivalent to Rv1280c, + len: 591 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 591 aa overlap). Probable oppA, + oligopeptide-binding lipoprotein component of peptide + transport system (see citation below), sharing some + similarity to other periplasmic solute binding proteins + e.g. OPPA_SALTY|P06202 periplasmic oligopeptide-binding + protein from Salmonella typhimurium (542 aa), FASTA + scores: E(): 5.1e-05, (22.1% identity in 458 aa overlap); + etc. Also similar to Rv1166 and Rv2585c from Mycobacterium + tuberculosis. Has possible N-terminal signal sequence and + prokaryotic lipoprotein lipid attachment site (PS00013). + BELONGS TO THE BACTERIAL EXTRACELLULAR SOLUTE-BINDING + PROTEIN FAMILY 5. Protein product from Mb1311c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1311c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING + LIPOPROTEIN OPPA" + /protein_id="SIT99914.1" + /db_xref="GOA:P66772" + /db_xref="InterPro:IPR000914" + /db_xref="InterPro:IPR030678" + /db_xref="InterPro:IPR039424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66772" + /translation="MADRGQRRGCAPGIASALRASFQGKSRPWTQTRYWAFALLTPLV + VAMVLTGCSASGTQLELAPTADRRAAVGTTSDINQQDPATLQDGGNLRLSLTDFPPNF + NILHIDGNNAEVAAMMKATLPRAFIIGPDGSTTVDTNYFTSIELTRTAPQVVTYTINP + EAVWSDGTPITWRDIASQIHAISGADKAFEIASSSGAERVASVTRGVDDRQAVVTFAK + PYAEWRGMFAGNGMLLPASMTATPEAFNKGQLDGPGPSAGPFVVSALDRTAQRIVLTR + NPRWWGARPRLDSITYLVLDDAARLPALQNNTIDATGVGTLDQLTIAARTKGISIRRA + PGPSWYHFTLNGAPGSILADKALRLAIAKGIDRYTIARVAQYGLTSDPVPLNNHVFVA + GQDGYQDNSGVVAYNPEQAKRELDALGWRRSGAFREKDGRQLVIRDLFYDAQSTRQFA + QIAQHTLAQIGVKLELQAKSGSGFFSDYVNVGAFDIAQFGWVGDAFPLSSLTQIYASD + GESNFGKIGSPQIDAAIERTLAELDPGKARALANQVDELIWAEGFSLPLTQSPGTVAV + RSTLANFGATGLADLDYTAIGFMRR" + gene complement(1435988..1437826) + /gene="oppD" + /locus_tag="BQ2027_MB1312C" + CDS complement(1435988..1437826) + /gene="oppD" + /locus_tag="BQ2027_MB1312C" + /note="Mb1312c, oppD, len: 612 aa. Equivalent to Rv1281c, + len: 612 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 612 aa overlap). Probable oppD, + oligopeptide-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), similar to others e.g. + DPPD_BACSU|P26905 dipeptide transport ATP-binding protein + from Bacillus subtilis (335 aa), FASTA scores: opt: 983, + E(): 0, (48.6% identity in 319 aa overlap); etc. Contains + 2 x PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop); 2 x + PS00211 ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1312c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1312c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OLIGOPEPTIDE-TRANSPORT ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER OPPD" + /protein_id="SIT99915.1" + /db_xref="GOA:P63396" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR013563" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63396" + /translation="MSPLLEVTDLAVTFRTDGDPVTAVRGISYRVEPGEVVAMVGESG + SGKSAAAMAVVGLLPEYAQVRGSVRLQGTELLGLADNAMSRFRGKAIGTVFQDPMSAL + TPVYTVGDQIAEAIEVHQPRVGKKAARRRAVELLDLVGISQPQRRSRAFPHELSGGER + QRVVIAIAIANDPDLLICDEPTTALDVTVQAQILDVLKAARDVTGAGVLIITHDLGVV + AEFADRALVMYAGRVVESAGVNDLYRDRRMPYTVGLLGSVPRLDAAQGTRLVPIPGAP + PSLAGLAPGCPFAPRCPLVIDECLTAEPELLDVATDHRAACIRTELVTGRSAADIYRV + KTEARPAALGDASVVVRVRHLVKTYRLAKGVVLRRAIGEVRAVDGISLELRQGRTLGI + VGESGSGKSTTLHEILELAAPQSGSIEVLGTDVATLGTAERRSLRRDIQVVFQDPVAS + LDPRLPVFDLIAEPLQANGFGKNETHARVAELLDIVGLRHGDASRYPAEFSGGQKQRI + GIARALALQPKILALDEPVSALDVSIQAGIINLLLDLQEQFGLSYLFVSHDLSVVKHL + AHQVAVMLAGTVVEQGDSEEVFGNPKHEYTRRLLGAVPQPDPARRG" + gene complement(1437823..1438698) + /gene="oppC" + /locus_tag="BQ2027_MB1313C" + CDS complement(1437823..1438698) + /gene="oppC" + /locus_tag="BQ2027_MB1313C" + /note="Mb1313c, oppC, len: 291 aa. Equivalent to Rv1282c, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 291 aa overlap). Probable oppC, + oligopeptide-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), similar to other + integral membrane proteins e.g. OPPC_ECOLI|P77664 + oligopeptide transport system permease from Escherichia + coli (302 aa), FASTA scores: E(): 4.6e-33, (40.7% identity + in 275 aa overlap); etc. Also similar to Rv3664c|DPPC + probable peptide-transport integral membrane protein from + Mycobacterium tuberculosis. Mb1313c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OLIGOPEPTIDE-TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER OPPC" + /protein_id="SIT99916.1" + /db_xref="GOA:P66965" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR025966" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66965" + /translation="MTEFASRRTLVVRRFLRNRAAVASLAALLLLFVSAYALPPLLPY + SYDDLDFNALLQPPGTKHWLGTNALGQDLLAQTLRGMQKSMLIGVCVAVISTGIAATV + GAISGYFGGWRDRTLMWVVDLLLVVPSFILIAIVTPRTKNSANIMFLVLLLAGFGWMI + SSRMVRGMTMSLREREFIRAARYMGVSSRRIIVGHVVPNVASILIIDAALNVAAAILA + ETGLSFLGFGIQPPDVSLGTLIADGTASATAFPWVFLFPASILVLILVCANLTGDGLR + DALDPASRSLRRGVR" + gene complement(1438695..1439672) + /gene="oppB" + /locus_tag="BQ2027_MB1314C" + CDS complement(1438695..1439672) + /gene="oppB" + /locus_tag="BQ2027_MB1314C" + /note="Mb1314c, oppB, len: 325 aa. Equivalent to Rv1283c, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 325 aa overlap). Probable oppB, + oligopeptide-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), similar to other + integral membrane proteins e.g. DPPB_ECOLI|P37316 + dipeptide transport system permease protein from + Escherichia coli (339 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): + 3.4e-20, (31.0% identity in 345 aa overlap); etc. Also + similar to Rv3665c|DppB probable peptide-transport + integral membrane protein from Mycobacterium tuberculosis. + Contains PS00402 Binding-protein-dependent transport + systems inner membrane comp signature. Protein product + from Mb1314c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1314c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OLIGOPEPTIDE-TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER OPPB" + /protein_id="SIT99917.1" + /db_xref="GOA:P66967" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66967" + /translation="MTRYLARRLLNYLVLLALASFLTYCLTSLAFSPLESLMQRSPRP + PQAVIDAKAHDLGLDRPILARYANWVSHAVRGDFGTTITGQPVGTELGRRIGVSLRLL + VVGSVFGTVAGVVIGAWGAIRQYRLSDRVMTTLALLVLSTPTFVVANLLILGALRVNW + AVGIQLFDYTGETSPGVAGGVWDRLGDRLQHLILPSLTLALAAAAGFSRYQRNAMLDV + LGQDFIRTARAKGLTRRRALLKHGLRTALIPMATLFAYGVAGLVTGAVFVEKIFGWHG + MGEWMVRGISTQDTNIVAAITVFSGAVVLLAGLLSDVIYAALDPRVRVS" + gene 1439879..1440370 + /gene="canA" + /locus_tag="BQ2027_MB1315" + CDS 1439879..1440370 + /gene="canA" + /locus_tag="BQ2027_MB1315" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1315, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv1284, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 163 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AL109663|SC4A10.26 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA + scores: opt: 567, E(): 1.5e-32, (53.4% identity in 163 aa + overla); shows some similarity to hypothetical protein + from Methanobacterium thermoautotrophicum. Weak similarity + to carbonic anhydrases e.g. U51624|MTU516242|P17582 + Methanothermobacter thermautotrophicus (171 aa), FASTA + score: opt: 305, E(): 1 .2e-14, (35.2% identity in 165 aa + overlap). Protein product from Mb1315 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1315 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="beta-carbonic anhydrase" + /protein_id="SIT99918.1" + /db_xref="GOA:P64798" + /db_xref="InterPro:IPR001765" + /db_xref="InterPro:IPR036874" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64798" + /translation="MTVTDDYLANNVDYASGFKGPLPMPPSKHIAIVACMDARLDVYR + MLGIKEGEAHVIRNAGCVVTDDVIRSLAISQRLLGTREIILLHHTDCGMLTFTDDDFK + RAIQDETGIRPTWSPESYPDAVEDVRQSLRRIEVNPFVTKHTSLRGFVFDVATGKLNE + VTP" + gene 1440464..1441462 + /gene="cysD" + /locus_tag="BQ2027_MB1316" + CDS 1440464..1441462 + /gene="cysD" + /locus_tag="BQ2027_MB1316" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1316, cysD, len: 332 aa. Equivalent to Rv1285, + len: 332 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 332 aa overlap). Probable cysD, sulfate + adenylyltransferase subunit 2 (EC 2.7.7.4) (see first + citation below), homology suggests start site at aa 24 or + 28, similar to e.g. CYSD_ECOLI|P21156 sulfate adenylate + transferase subunit 2 from Escherichia coli (302 aa), + FASTA score: opt: 973, E():0, (52.5% identity in 303 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv2392, 3'-phosphoadenylylsulfate reductase. BELONGS TO + THE PAPS REDUCTASE FAMILY. CYSD SUBFAMILY. Thought to be + differentially expressed within host cells (see third + citation below). Protein product from Mb1316 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1316 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE SUBUNIT 2 + CYSD" + /protein_id="SIT99919.1" + /db_xref="GOA:P65671" + /db_xref="InterPro:IPR002500" + /db_xref="InterPro:IPR011784" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65671" + /translation="MAITINMVNPTGFIRYEDVEQEAMTSDVTVGPAPGQYQLSHLRL + LEAEAIHVIREVAAEFERPVLLFSGGKDSIVMLHLALKAFRPGRLPFPVMHVDTGHNF + DEVIATRDELVAAAGVRLVVASVQDDIDAGRVVETIPSRNPIQTVTLLRAIRENQFDA + AFGGARRDEEKARAKERVFSFRDEFGQWDPKAQRPELWNLYNGRHHKGEHIRVFPLSN + WTEFDIWSYIGAEQVRLPSIYFAHRRKVFQRDGMLLAVHRHMQPRADEPVFEATVRFR + TVGDVTCTGCVESSASTVAEVIAETAVARLTERGATRADDRISEAGMEDRKRQGYF" + gene 1441462..1443306 + /gene="cysN" + /locus_tag="BQ2027_MB1317" + CDS 1441462..1443306 + /gene="cysN" + /locus_tag="BQ2027_MB1317" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1317, cysN, len: 614 aa. Equivalent to Rv1286, + len: 614 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 614 aa overlap). Probable cysN/cysC + bifunctional enzyme, sulfate adenylyltransferase subunit 1 + (EC 2.7.7.4) and Adenylylsulfate kinase (EC 2.7.1.25) (see + first citation below), similar to CYSN_ECOLI|P23845 + sulfate adenylate transferase subunit 1 from Escherichia + coli (475 aa), FASTA scores: opt: 1291, E():0, (50.2% + identity in 428 aa overlap). Contains 2 x PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A, PS00301 GTP-binding + elongation factors signature. Protein product from Mb1317 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1317 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL ENZYME CYSN/CYSC: SULFATE + ADENYLTRANSFERASE (SUBUNIT 1) + ADENYLYLSULFATE KINASE" + /protein_id="SIT99920.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXW4" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR002891" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR009001" + /db_xref="InterPro:IPR011779" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031157" + /db_xref="InterPro:IPR041757" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXW4" + /translation="MTTLLRLATAGSVDDGKSTLIGRLLYDSKAVMEDQWASVEQTSK + DRGHDYTDLALVTDGLRAEREQGITIDVAYRYFATPKRKFIIADTPGHIQYTRNMVTG + ASTAQLVIVLVDARHGLLEQSRRHAFLASLLGIRHLVLAVNKMDLLGWDQEKFDAIRD + EFHAFAARLDVQDVTSIPISALHGDNVVTKSDQTPWYEGPSLLSHLEDVYIAGDRNMV + DVRFPVQYVIRPHTLEHQDHRSYAGTLASGVMRSGDEVVVLPIGKTTRITAIDGPNGP + VAEAFPPMAVSVRLADDIDISRGDMIARTHNQPRITQEFDATVCWMADNAVLEPGRDY + VVKHTTRTVRARIAGLDYRLDVNTLHRDKTATALKLNELGRVSLRTQVPLLLDEYTRN + ASTGSFILIDPDTNGTVAAGMVLRDVSARTPSPNTVRHRSLVTAQDRPPRGKTVWFTG + LSGSGKSSVAMLVERKLLEKGISAYVLDGDNLRHGLNADLGFSMADRAENLRRLSHVA + TLLADCGHLVLVPAISPLAEHRALARKVHADAGIDFFEVFCDTPLQDCERRDPKGLYA + KARAGEITHFTGIDSPYQRPKNPDLRLTPDRSIDEQAQEVIDLLESSS" + gene 1443360..1443845 + /locus_tag="BQ2027_MB1318" + CDS 1443360..1443845 + /locus_tag="BQ2027_MB1318" + /note="Mb1318, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv1287, len: + 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 161 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to VJEB family of proteins e.g. FASTA + score: P44675|Y379_HAEIN HYPOTHETICAL PROTEIN HI0379 (150 + aa), FASTA scores: opt: 213, E(): 2.5e-08, (30.0% identity + in 130 aa overlap) and YJEB_ECOLI|P21498 hypothetical 15.6 + kd protein in pura-vacb (141 aa), opt: 167, E(): 9.5e-06, + (25.0% identity in 136 aa overlap). BELONGS TO THE UPF0074 + (RFF2) FAMILY. Protein product from Mb1318 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1318 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted transcriptional regulator of sulfate + adenylyltransferase, Rrf2 family" + /protein_id="SIT99921.1" + /db_xref="GOA:P67160" + /db_xref="InterPro:IPR000944" + /db_xref="InterPro:IPR030489" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67160" + /translation="MRMSAKAEYAVRAMVQLATAASGTVVKTDDLAAAQGIPPQFLVD + ILTNLRTDRLVRSHRGREGGYELARPGTEISIADVLRCIDGPLASVRDIGLGDLPYSG + PTTALTDVWRALRASMRSVLEETTLADVAGGALPEHVAQLADDYRAQESTRHGASRHG + D" + gene 1443903..1445120 + /locus_tag="BQ2027_MB1319" + CDS 1443903..1445120 + /locus_tag="BQ2027_MB1319" + /note="Mb1319, -, len: 405 aa. Similar to Rv1288, len: 456 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (98.3% + identity in 403 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to A85B_MYCTU|P31952 antigen 85-b + precursor (85b) (325 aa), FASTA scores: opt: 199, E(): + 2.7e-06, (24.7% identity in 279 aa overlap). Also similar + to Q01377|CSP1_CORGL PS1 PROTEIN PRECURSOR (related to + antigen 85 complex) from Corynebacterium glutamicum (657 + aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 1.9e-10, (26.4% identity + in 352 aa overlap). SEEMS TO CONTAIN 3 LYSM REPEATS. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 153 bp deletion leads to a shorter product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (405 aa + versus 456 aa). Protein product from Mb1319 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1319 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative esterase" + /protein_id="SIT99922.1" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR018392" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR036779" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y024" + /translation="MVSTHAVVAGETLSALALRFYGDAELYRLIAAASGIADPDVVNV + GQRLIMPDFTRYTVVAGDTLSALAARFYGDASLYPLIAAVNGIADPGVIDVGQVLVIF + IGRSDGFGLRIVDRNENDPRLWYYRFQTSAIGWNPGVNVLLPDDYRTSGRTYPVLYLF + HGGGTDQDFRTFDFLGIRDLTAGKPIIIVMPDGGHAGWYSNPVSSFVGPRNWETFHIA + QLLPWIEANFRTYAEYDGRAVAGFSMGGFGALKYAAKYYGHFASASSHSGPASLRRDF + GLVVHWANLSSAVLDLGGGTVYGAPLWDQARVSADNPVERIDSYRNKRIFLVAGTSPD + PANWFDSVNETQVLAGQREFRERLSNAGIPHESHEVPGGHVFRPDMFRLDLDGIVARL + RPASIGAAAERAD" + gene 1445169..1445801 + /locus_tag="BQ2027_MB1320" + CDS 1445169..1445801 + /locus_tag="BQ2027_MB1320" + /note="Mb1320, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv1289, len: + 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 210 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1320 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1320 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIT99923.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64800" + /translation="MCVSVGESVAQSLQQWDRKLWDVAMLHACNAVDETGRKRYPTLG + VGTRFRTALRDSLDIYGVMATPGVDLEKTRFPVGVRSDLLPDKRPDIADVLYGIHRWL + HGHADESSVEFEVSPYVNASAALRIANDGKIQLPKSAILGLLAVAVFAPENKGEVIPP + DYQLSWYDHVFFISVWWGWQDHFREIVNVDRASLVALDFGDLWNGWTPVG" + gene complement(1445940..1447505) + /locus_tag="BQ2027_MB1321C" + CDS complement(1445940..1447505) + /locus_tag="BQ2027_MB1321C" + /note="Mb1321c, -, len: 521 aa. Equivalent to Rv1290c, + len: 521 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 521 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AL031013|SC8A6.09 hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (443 aa), FASTA scores: opt: + 371, E(): 9.5e-17, (28.3% identity in 446 aa overlap). + Protein product from Mb1321c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1321c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted membrane protein" + /protein_id="SIT99924.1" + /db_xref="GOA:P0A5E4" + /db_xref="InterPro:IPR018723" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5E4" + /translation="MLQRSLGVNGRKLAMSARSAKRERKNASTAASKCYVVPPSARGW + VHAYSVTATSMLNRRKAILDYLQGAVWVLPTFGVAIGLGSGAVLSMIPVKSGTLIDKL + MFQGTPGDARGVLIVVSATMITTIGIVFSLTVLSLQIASSQFSVRLLRTFLRDVPNQV + VLAIFACTFAYSTGGLHTVGEHRDGGAFIPKVAVTGSLALAFVSIAALIYFLHHLMHS + IQIDTIMDKVRLRTLGLVDQLYPESDTADRQVETPPSPPADAVPLLAPHSGYLQTVDV + DDIAELAAASRYTALLVTFVGDYVTAGGLLGWCWRRGTAPGAPGSDFPQRCLRHVHIG + FERTLQQDIRFGLRQMVDIALRALSPALNDPYTAIQVVHHLSAVESVLASRALPDDVR + RDRAGELLFWLPYPSFATYLHVGCAQIRRYGSREPLVLTALLQLLSAVAQNCVDPSRR + VAVQTQIALVVRAAQREFADESDRAMVLGAAARATEVVERPGTLAPPPSTFGQVAAAQ + AAASTIRSADRDG" + gene 1447516..1447830 + /locus_tag="BQ2027_MB1322" + CDS 1447516..1447830 + /locus_tag="BQ2027_MB1322" + /note="Mb1322, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv1290A, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 104 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK45590 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (122 aa) but shorter 18 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99925.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY94" + /translation="MLALHGLSEGVSGSGGSGGRWGAGEVLEGARIGVIADGVSCFPT + KADCRRIRGVPVFDGYTRMVARLMGSLAVLRSVSIPKGYRDFGFGSLRAVAPKNCPDV + SG" + gene complement(1447957..1448292) + /locus_tag="BQ2027_MB1323C" + CDS complement(1447957..1448292) + /locus_tag="BQ2027_MB1323C" + /note="Mb1323c, -, len: 111 aa. Equivalent to Rv1291c, + len: 111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 111 aa overlap). Conserved hypothetical + secreted protein, similar to others in Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv1271c|Q11048|YC71_MYCTU HYPOTHETICAL + 11.6 KD PROTEIN (113 aa), FASTA score: opt: 246, E(): + 1.7e-09, (40.0% identity in 110 aa overlap); Rv1804c, + Rv1810, Rv0622, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIT99926.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5E6" + /translation="MFTRRFAASMVGTTLTAATLGLAALGFAGTASASSTDEAFLAQL + QADGITPPSAARAIKDAHAVCDALDEGHSAKAVIKAVAKATGLSAKGAKTFAVDAASA + YCPQYVTSS" + gene complement(1448651..1448723) + /locus_tag="BQ2027_ARGV" + tRNA complement(1448651..1448723) + /locus_tag="BQ2027_ARGV" + /product="tRNA-Arg" + /note="argV, len: 73 nt. Equivalent to argV, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Arg, anticodon ccg." + gene 1448837..1450489 + /gene="argS" + /locus_tag="BQ2027_MB1324" + CDS 1448837..1450489 + /gene="argS" + /locus_tag="BQ2027_MB1324" + /note="Mb1324, argS, len: 550 aa. Equivalent to Rv1292, + len: 550 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 550 aa overlap). Probable argS, + Arginyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.19), highly similar to + SYR_MYCLE|P45840 Mycobacterium leprae (550 aa), FASTA + scores: opt: 3115, E(): 0, (84.9% identity in 550 aa + overlap). Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-I signature. BELONGS TO CLASS-I + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb1324 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1324 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARGINYL-TRNA SYNTHETASE ARGS (ARGRS) + (Arginine--tRNA ligase)" + /protein_id="SIT99927.1" + /db_xref="GOA:P67570" + /db_xref="InterPro:IPR001278" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR005148" + /db_xref="InterPro:IPR008909" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR035684" + /db_xref="InterPro:IPR036695" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67570" + /translation="MTPADLAELLKATAAAVLAERGLDASALPQMVTVERPRIPEHGD + YASNLAMQLAKKVGTNPRELAGWLAEALTKVDGIASAEVAGPGFINMRLETAAQAKVV + TSVIDAGHSYGHSLLLAGRKVNLEFVSANPTGPIHIGGTRWAAVGDALGRLLTTQGAD + VVREYYFNDHGAQIDRFANSLIAAAKGEPTPQDGYAGSYITNIAEQVLQKAPDALSLP + DAELRETFRAIGVDLMFDHIKQSLHEFGTDFDVYTHEDSMHTGGRVENAIARLRETGN + IYEKDGATWLRTSAFGDDKDRVVIKSDGKPAYIAGDLAYYLDKRQRGFDLCIYMLGAD + HHGYIARLKAAAAAFGDDPATVEVLIGQMVNLVRDGQPVRMSKRAGTVLTLDDLVEAI + GVDAARYSLIRSSVDTAIDIDLALWSSASNENPVYYVQYAHARLSALARNAAELALIP + DTNHLELLNHDKEGTLLRTLGEFPRVLETAASLREPHRVCRYLEDLAGDYHRFYDSCR + VLPQGDEQPTDLHTARLALCQATRQVIANGLAIIGVTAPERM" + gene 1450486..1451829 + /gene="lysA" + /locus_tag="BQ2027_MB1325" + CDS 1450486..1451829 + /gene="lysA" + /locus_tag="BQ2027_MB1325" + /note="Mb1325, lysA, len: 447 aa. Equivalent to Rv1293, + len: 447 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 447 aa overlap). Probable lysA, + diaminopimelate decarboxylase (EC 4.1.1.20) (see citation + below), almost identical to DCDA_MYCTU|P31848. Contains + PS00878 Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P + attachment site, PS00879 Orn/DAP/Arg decarboxylases family + 2 signature 2. BELONGS TO FAMILY 2 OF ORNITHINE, DAP, AND + ARGININE DECARBOXYLASES. Protein product from Mb1325 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1325 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="diaminopimelate decarboxylase lysa (dap + decarboxylase)" + /protein_id="SIT99928.1" + /db_xref="GOA:P0A5M5" + /db_xref="InterPro:IPR000183" + /db_xref="InterPro:IPR002986" + /db_xref="InterPro:IPR009006" + /db_xref="InterPro:IPR022643" + /db_xref="InterPro:IPR022644" + /db_xref="InterPro:IPR022653" + /db_xref="InterPro:IPR022657" + /db_xref="InterPro:IPR029066" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5M5" + /translation="MNELLHLAPNVWPRNTTRDEVGVVCIAGIPLTQLAQEYGTPLFV + IDEDDFRSRCRETAAAFGSGANVHYAAKAFLCSEVARWISEEGLCLDVCTGGELAVAL + HASFPPERITLHGNNKSVSELTAAVKAGVGHIVVDSMTEIERLDAIAGEAGIVQDVLV + RLTVGVEAHTHEFISTAHEDQKFGLSVASGAAMAAVRRVFATDHLRLVGLHSHIGSQI + FDVDGFELAAHRVIGLLRDVVGEFGPEKTAQIATVDLGGGLGISYLPSDDPPPIAELA + AKLGTIVSDESTAVGLPTPKLVVEPGRAIAGPGTITLYEVGTVKDVDVSATAHRRYVS + VDGGMSDNIRTALYGAQYDVRLVSRVSDAPPVPARLVGKHCESGDIIVRDTWVPDDIR + PGDLVAVAATGAYCYSLSSRYNMVGRPAVVAVHAGNARLVLRRETVDDLLSLEVR" + gene 1451833..1453158 + /gene="thrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1326" + CDS 1451833..1453158 + /gene="thrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1326" + /note="Mb1326, thrA, len: 441 aa. Equivalent to Rv1294, + len: 441 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 441 aa overlap). Probable thrA (hom), + homoserine dehydrogenase (EC 1.1.1.3), highly similar to + DHOM_MYCLE|P46806 from Mycobacterium leprae (441 aa), + FASTA scores: opt: 2437, E():0, (89.5% identity in 438 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A; + PS01042 Homoserine dehydrogenase signature. BELONGS TO THE + HOMOSERINE DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product from + Mb1326 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1326 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOMOSERINE DEHYDROGENASE THRA" + /protein_id="SIT99929.1" + /db_xref="GOA:P63630" + /db_xref="InterPro:IPR001342" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR005106" + /db_xref="InterPro:IPR016204" + /db_xref="InterPro:IPR019811" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63630" + /translation="MPGDEKPVGVAVLGLGNVGSEVVRIIENSAEDLAARVGAPLVLR + GIGVRRVTTDRGVPIELLTDDIEELVAREDVDIVVEVMGPVEPSRKAILGALERGKSV + VTANKALLATSTGELAQAAESAHVDLYFEAAVAGAIPVIRPLTQSLAGDTVLRVAGIV + NGTTNYILSAMDSTGADYASALADASALGYAEADPTADVEGYDAAAKAAILASIAFHT + RVTADDVYREGITKVTPADFGSAHALGCTIKLLSICERITTDEGSQRVSARVYPALVP + LSHPLAAVNGAFNAVVVEAEAAGRLMFYGQGAGGAPTASAVTGDLVMAARNRVLGSRG + PRESKYAQLPVAPMGFIETRYYVSMNVADKPGVLSAVAAEFAKREVSIAEVRQEGVVD + EGGRRVGARIVVVTHLATDAALSETVDALDDLDVVQGVSSVIRLEGTGL" + gene 1453155..1454237 + /gene="thrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1327" + CDS 1453155..1454237 + /gene="thrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1327" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1327, thrC, len: 360 aa. Equivalent to Rv1295, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 360 aa overlap). Probable thrC, + threonine synthase (EC 4.2.3.1) (see first citation + below), highly similar to THRC_MYCLE|P45837 Mycobacterium + leprae (360 aa), FASTA scores: opt: 2202, E(): 0, (93.9% + identity in 359 aa overlap). Contains PS00165 + Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate + attachment site. Protein product from Mb1327 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1327 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="threonine synthase thrc (ts)" + /protein_id="SIT99930.1" + /db_xref="GOA:P66903" + /db_xref="InterPro:IPR000634" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR004450" + /db_xref="InterPro:IPR026260" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66903" + /translation="MTVPPTATHQPWPGVIAAYRDRLPVGDDWTPVTLLEGGTPLIAA + TNLSKQTGCTIHLKVEGLNPTGSFKDRGMTMAVTDALAHGQRAVLCASTGNTSASAAA + YAARAGITCAVLIPQGKIAMGKLAQAVMHGAKIIQIDGNFDDCLELARKMAADFPTIS + LVNSVNPVRIEGQKTAAFEIVDVLGTAPDVHALPVGNAGNITAYWKGYTEYHQLGLID + KLPRMLGTQAAGAAPLVLGEPVSHPETIATAIRIGSPASWTSAVEAQQQSKGRFLAAS + DEEILAAYHLVARVEGVFVEPASAASIAGLLKAIDDGWVARGSTVVCTVTGNGLKDPD + TALKDMPSVSPVPVDPVAVVEKLGLA" + gene 1454455..1455405 + /gene="thrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1328" + CDS 1454455..1455405 + /gene="thrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1328" + /note="Mb1328, thrB, len: 316 aa. Equivalent to Rv1296, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 316 aa overlap). Probable thrB, + homoserine kinase (EC 2.7.1.39) (see citation below), + highly similar to KHSE_MYCLE|P45836 from Mycobacterium + leprae (314 aa), FASTA scores, opt: 1657, E(): 0, (82.0% + identity in 311 aa overlap). Contains PS00639 Eukaryotic + thiol (cysteine) proteases histidine active site, and + PS00627 GHMP kinases putative ATP-binding domain. Protein + product from Mb1328 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1328 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOMOSERINE KINASE THRB" + /protein_id="SIT99931.1" + /db_xref="GOA:P65225" + /db_xref="InterPro:IPR000870" + /db_xref="InterPro:IPR006203" + /db_xref="InterPro:IPR006204" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR036554" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65225" + /translation="MVTQALLPSGLVASAVVAASSANLGPGFDSVGLALSLYDEIIVE + TTDSGLTVTVDGEGGDQVPLGPEHLVVRAVQHGLQAAGVSAAGLAVRCRNAIPHSRGL + GSSAAAVVGGLAAVNGLVVQTDSSPSSDAELIQLASEFEGHPDNAAAAVLGGAVVSWT + DHSGDRPNYSAVSLRLHPDIRLFTAIPEQRSSTAETRVLLPAQVSHDDARFNVSRAAL + LVVALTERPDLLMAATEDLLHQPQRAAAMTASAEYLRLLRRHNVAAALSGAGPSLIAL + STDSELPTDAVEFGAAKGFAVTELTVGEAVRWSPTVRVPG" + gene 1455662..1457470 + /gene="rho" + /locus_tag="BQ2027_MB1329" + CDS 1455662..1457470 + /gene="rho" + /locus_tag="BQ2027_MB1329" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1329, rho, len: 602 aa. Equivalent to Rv1297, + len: 602 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 602 aa overlap). Probable rho, + transcription termination factor homolog, highly similar + to many e.g. RHO_MYCLE|P45835 Mycobacterium leprae (610 + aa), FASTA scores: (81.5% identity in 612 aa overlap). + CONTAINS 1 RNA RECOGNITION MOTIF (RRM). Protein product + from Mb1329 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1329 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR RHO + HOMOLOG" + /protein_id="SIT99932.1" + /db_xref="GOA:P66029" + /db_xref="InterPro:IPR000194" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004665" + /db_xref="InterPro:IPR011112" + /db_xref="InterPro:IPR011113" + /db_xref="InterPro:IPR011129" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036269" + /db_xref="InterPro:IPR041703" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66029" + /translation="MTDTDLITAGESTDGKPSDAAATDPPDLNADEPAGSLATMVLPE + LRALANRAGVKGTSGMRKNELIAAIEEIRRQANGAPAVDRSAQEHDKGDRPPSSEAPA + TQGEQTPTEQIDSQSQQVRPERRSATREAGPSGSGERAGTAADDTDNRQGGQQDAKTE + ERGTDAGGDQGGDQQASGGQQARGDEDGEARQGRRGRRFRDRRRRGERSGDGAEAELR + EDDVVQPVAGILDVLDNYAFVRTSGYLPGPHDVYVSMNMVRKNGMRRGDAVTGAVRVP + KEGEQPNQRQKFNPLVRLDSINGGSVEDAKKRPEFGKLTPLYPNQRLRLETSTERLTT + RVIDLIMPIGKGQRALIVSPPKAGKTTILQDIANAITRNNPECHLMVVLVDERPEEVT + DMQRSVKGEVIASTFDRPPSDHTSVAELAIERAKRLVEQGKDVVVLLDSITRLGRAYN + NASPASGRILSGGVDSTALYPPKRFLGAARNIEEGGSLTIIATAMVETGSTGDTVIFE + EFKGTGNAELKLDRKIAERRVFPAVDVNPSGTRKDELLLSPDEFAIVHKLRRVLSGLD + SHQAIDLLMSQLRKTKNNYEFLVQVSKTTPGSMDSD" + gene 1457621..1457863 + /gene="rpmE" + /locus_tag="BQ2027_MB1330" + CDS 1457621..1457863 + /gene="rpmE" + /locus_tag="BQ2027_MB1330" + /note="Mb1330, rpmE, len: 80 aa. Equivalent to Rv1298, + len: 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 80 aa overlap). Probable rpmE, 50s + ribosomal protein L31, highly similar to many e.g. + RL31_MYCLE|P45834 50s ribosomal protein L31 from + Mycobacterium leprae (84 aa), FASTA scores: opt: 490, E(): + 5.5e-28, (89.6% identity in 77 aa overlap). Contains + PS01143 Ribosomal protein L31 signature. BELONGS TO THE + L31P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb1330 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1330 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l31 rpme" + /protein_id="SIT99933.1" + /db_xref="GOA:P66188" + /db_xref="InterPro:IPR002150" + /db_xref="InterPro:IPR027491" + /db_xref="InterPro:IPR034704" + /db_xref="InterPro:IPR042105" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66188" + /translation="MKSDIHPAYEETTVVCGCGNTFQTRSTKPGGRIVVEVCSQCHPF + YTGKQKILDSGGRVARFEKRYGKRKVGADKAVSTGK" + gene 1457953..1459026 + /gene="prfA" + /locus_tag="BQ2027_MB1331" + CDS 1457953..1459026 + /gene="prfA" + /locus_tag="BQ2027_MB1331" + /note="Mb1331, prfA, len: 357 aa. Equivalent to Rv1299, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 357 aa overlap). Probable prfA, peptide + chain release factor 1 (rf-1), highly similar to many e.g. + RF1_MYCLE|P45833 peptide chain release factor 1 (rf-1) + from Mycobacterium leprae (357 aa), FASTA scores: opt: + 2047, E(): 0, (89.3% identity in 356 aa overlap); also + similar to Mycobacterium tuberculosis Rv3105c, prfB + peptide chain release factor 2. Contains PS00745 + Prokaryotic-type class I peptide chain release factors + signature. BELONGS TO THE PROKARYOTIC AND MITOCHONDRIAL + RELEASE FACTORS FAMILY. Protein product from Mb1331 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1331 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 1 PRFA + (RF-1)" + /protein_id="SIT99934.1" + /db_xref="GOA:P66017" + /db_xref="InterPro:IPR000352" + /db_xref="InterPro:IPR004373" + /db_xref="InterPro:IPR005139" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66017" + /translation="MTQPVQTIDVLLAEHAELELALADPALHSNPAEARRVGRRFARL + APIVATHRKLTSARDDLETARELVASDESFAAEVAALEARVGELDAQLTDMLAPRDPH + DADDIVLEVKSGEGGEESALFAADLARMYIRYAERHGWAVTVLDETTSDLGGYKDATL + AIASKADTPDGVWSRMKFEGGVHRVQRVPVTESQGRVHTSAAGVLVYPEPEEVGQVQI + DESDLRIDVFRSSGKGGQGVNTTDSAVRITHLPTGIVVTCQNERSQLQNKTRALQVLA + ARLQAMAEEQALADASADRASQIRTVDRSERIRTYNFPENRITDHRIGYKSHNLDQVL + DGDLDALFDALSAADKQSRLRQS" + gene 1459023..1460000 + /gene="hemK" + /locus_tag="BQ2027_MB1332" + CDS 1459023..1460000 + /gene="hemK" + /locus_tag="BQ2027_MB1332" + /note="Mb1332, hemK, len: 325 aa. Equivalent to Rv1300, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 325 aa overlap). Probable hemK protein + homolog (EC 2.1.1.-), homology suggests translation may + start at aa 22, highly similar to many e.g. + HEMK_MYCLE|P45832 Mycobacterium leprae (288 aa), FASTA + scores: opt: 936, E(): 0, (76.7% identity in 189 aa + overlap). BELONGS TO THE HEMK FAMILY OF MODIFICATION + METHYLASES. Mb1332 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HEMK PROTEIN HOMOLOG HEMK" + /protein_id="SIT99935.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYA7" + /db_xref="InterPro:IPR002052" + /db_xref="InterPro:IPR004556" + /db_xref="InterPro:IPR019874" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR040758" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYA7" + /translation="MTSAPATMRWGNLPLAGESGTMTLRQAIDLAAALLAEAGVDSAR + CDAEQLAAHLAGTDRGRLPLFEPPGDEFFGRYRDIVTARARRVPLQHLIGTVSFGPVV + LHVGPGVFVPRPETEAILAWATAQSLPARPLIVDACTGSGALAVALAQHRANLGLKAR + IIGIDDSDCALDYARRNAAGTPVELVRADVTTPCLLPELDGQVDLMVSNPPYIPDAAV + LEPEVAQHDPHHALFGGPDGMTVISAVVGLAGRWLRPGGLFAVEHDDTTSSSTVDLVS + STKLFVDVQARKDLAGRPRFVTAMRWGHLPLAGENGAIDPRQRRCRAKR" + gene 1460016..1460669 + /locus_tag="BQ2027_MB1333" + CDS 1460016..1460669 + /locus_tag="BQ2027_MB1333" + /EC_number="2.7.7.87" + /note="Mb1333, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv1301, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 217 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to YRFE_MYCLE|P45831 hypothetical + 22.7 kd protein in rfe-hemk intergenic region, (220 aa), + FASTA scores: opt: 1168, E(): 0, (82.8% identity in 215 aa + overlap). Contains PS01147 Hypothetical SUA5/yciO/yrdC + family signature. BELONGS TO THE SUA5/YRDC/YCIO/YWLC + FAMILY. Protein product from Mb1333 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1333 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Threonylcarbamoyl-AMP synthase (EC" + /protein_id="SIT99936.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXY6" + /db_xref="InterPro:IPR006070" + /db_xref="InterPro:IPR017945" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXY6" + /translation="MTETFDCADPEQRSRGIVSAVGAIKAGQLVVMPTDTVYGIGADA + FDSSAVAALLSAKGRGRDMPVGVLVGSWHTIEGLVYSMPDGARELIRAFWPGALSLVV + VQAPSLQWDLGDAHGTVMLRMPLHPVAIELLREVGPMAVSSANISGHPPPVDAEQARS + QLGDHVAVYLDAGPSEQQAGSTIVDLTGATPRVLRQGPVSTERIAEVLGVDAASLFG" + gene 1460753..1461967 + /gene="rfe" + /locus_tag="BQ2027_MB1334" + CDS 1460753..1461967 + /gene="rfe" + /locus_tag="BQ2027_MB1334" + /note="Mb1334, rfe, len: 404 aa. Equivalent to Rv1302, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 404 aa overlap). Putative rfe, + undecaprenyl-phosphate + alpha-N-acetylglucosaminyltransferase (EC 2.4.1.-), + equivalent to RFE_MYCLE|P45830 Mycobacterium leprae (398 + aa), FASTA scores, opt: 2285, E(): 0, (89.2% identity in + 398 aa overlap). Protein product from Mb1334 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1334 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable undecapaprenyl-phosphate + alpha-n-acetylglucosaminyltransferase rfe (udp-glcnac + transferase)" + /protein_id="SIT99937.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXY8" + /db_xref="InterPro:IPR000715" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXY8" + /translation="MQYGLEVSSDVAGVAGGLLALSYRGAGVPLRELALVGLTAAIIT + YFATGPVRMLASRLGAVAYPRERDVHVTPTPRMGGLAMFLGIVGAVFLASQLPALTRG + FVYSTGMPAVLVAGAVIMGIGLIDDRWGLDALTKFAGQITAASVLVTMGVAWSVLYIP + VGGVGTIVLDQASSILLTLALTVSIVNAMNFVDGLDGLAAGLGLITALAICMFSVGLL + RDHGGDVLYYPPAVISVVLAGACLGFLPHNFHRAKIFMGDSGSMLIGLMLAAASTTAA + GPISQNAYGARDVFALLSPFLLVVAVMFVPMLDLLLAIVRRTRAGRSAFSPDKMHLHH + RLLQIGHSHRRVVLIIYLWVGIGAFGAASSIFFNPRDTAAVMLGAIVVAGVATLIPLL + RRGDDYYDPDLD" + gene 1462224..1462709 + /locus_tag="BQ2027_MB1335" + CDS 1462224..1462709 + /locus_tag="BQ2027_MB1335" + /note="Mb1335, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv1303, len: + 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 161 aa overlap). Conserved hypothetical + transmembrane protein, highly similar to P53431|Y02N_MYCLE + hypothetical Mycobacterium leprae protein (153 aa), FASTA + score: opt: 636, E():0, (69.8% identity in 149 aa + overlap). Protein product from Mb1335 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1335 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP synthase protein I" + /protein_id="SIT99938.1" + /db_xref="GOA:P64802" + /db_xref="InterPro:IPR005598" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64802" + /translation="MTTPAQDAPLVFPSVAFRPVRLFFINVGLAAVAMLVAGVFGHLT + VGMFLGLGLLLGLLNALLVRRSAESITAKEHPLKRSMALNSASRLAIITILGLIIAYI + FRPAGLGVVFGLAFFQVLLVATTALPVLKKLRTATEEPVATYSSNGQTGGSEGRSASD + D" + gene 1462702..1463454 + /gene="atpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1336" + CDS 1462702..1463454 + /gene="atpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1336" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1336, atpB, len: 250 aa. Equivalent to Rv1304, + len: 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 250 aa overlap). Probable atpB, ATP + synthase A chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATP6_MYCLE|P45829 Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA + scores: opt: 1382, E(): 0, (84.0% identity in 250 aa + overlap). Contains PS00449 ATP synthase A subunit + signature. SUBUNIT: F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, + CF(1) - THE CATALYTIC CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE + PROTON CHANNEL. CF(1) HAS FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), + BETA(3), GAMMA(1), DELTA(1), EPSILON(1). CF(0) HAS THREE + MAIN SUBUNITS: A, B AND C. BELONGS TO THE ATPASE A CHAIN + FAMILY. Protein product from Mb1336 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1336 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE A CHAIN ATPB (PROTEIN 6)" + /protein_id="SIT99939.1" + /db_xref="GOA:P63655" + /db_xref="InterPro:IPR000568" + /db_xref="InterPro:IPR023011" + /db_xref="InterPro:IPR035908" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63655" + /translation="MTETILAAQIEVGEHHTATWLGMTVNTDTVLSTAIAGLIVIALA + FYLRAKVTSTDVPGGVQLFFEAITIQMRNQVESAIGMRIAPFVLPLAVTIFVFILISN + WLAVLPVQYTDKHGHTTELLKSAAADINYVLALALFVFVCYHTAGIWRRGIVGHPIKL + LKGHVTLLAPINLVEEVAKPISLSLRLFGNIFAGGILVALIALFPPYIMWAPNAIWKA + FDLFVGAIQAFIFALLTILYFSQAMELEEEHH" + gene 1463503..1463748 + /gene="atpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1337" + CDS 1463503..1463748 + /gene="atpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1337" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1337, atpE, len: 81 aa. Equivalent to Rv1305, + len: 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 81 aa overlap). Probable atpE, ATP + synthase C chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + P45828|ATPL_MYCLE Mycobacterium leprae (92.6% identity in + 81 aa overlap). Contains PS00605 ATP synthase C subunit + signature. SUBUNIT: F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, + CF(1) - THE CATALYTIC CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE + PROTON CHANNEL. CF(1) HAS FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), + BETA(3), GAMMA(1), DELTA(1), EPSILON(1). CF(0) HAS THREE + MAIN SUBUNITS: A, B AND C. BELONGS TO THE ATPASE C CHAIN + FAMILY. Protein product from Mb1337 detected using shotgun + mass spectrometry. Mb1337 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE C CHAIN ATPE + (LIPID-BINDING PROTEIN) (DICYCLOHEXYLCARBODIIMIDE-BINDING + PROTEIN)" + /protein_id="SIT99940.1" + /db_xref="GOA:P63692" + /db_xref="InterPro:IPR000454" + /db_xref="InterPro:IPR002379" + /db_xref="InterPro:IPR005953" + /db_xref="InterPro:IPR020537" + /db_xref="InterPro:IPR035921" + /db_xref="InterPro:IPR038662" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63692" + /translation="MDPTIAAGALIGGGLIMAGGAIGAGIGDGVAGNALISGVARQPE + AQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVFATPVK" + gene 1463779..1464294 + /gene="atpF" + /locus_tag="BQ2027_MB1338" + CDS 1463779..1464294 + /gene="atpF" + /locus_tag="BQ2027_MB1338" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1338, atpF, len: 171 aa. Equivalent to Rv1306, + len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 171 aa overlap). Probable atpF, ATP + synthase B chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATPF_MYCLE P45827 (170 aa), FASTA scores, opt: 802, E(): + 0, (79.5% identity in 171 aa overlap). SUBUNIT: F-TYPE + ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) - THE CATALYTIC CORE -AND + CF(0) -THE MEMBRANE PROTON CHANNEL. CF(1) HAS FIVE + SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), GAMMA(1), DELTA(1), + EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN SUBUNITS: A, B AND C. + BELONGS TO THE ATPASE B CHAIN FAMILY. Protein product from + Mb1338 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1338 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE B CHAIN ATPF" + /protein_id="SIT99941.1" + /db_xref="GOA:P63657" + /db_xref="InterPro:IPR002146" + /db_xref="InterPro:IPR028987" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63657" + /translation="MGEVSAIVLAASQAAEEGGESSNFLIPNGTFFVVLAIFLVVLAV + IGTFVVPPILKVLRERDAMVAKTLADNKKSDEQFAAAQADYDEAMTEARVQASSLRDN + ARADGRKVIEDARVRAEQQVASTLQTAHEQLKRERDAVELDLRAHVGTMSATLASRIL + GVDLTASAATR" + gene 1464301..1465641 + /gene="atpH" + /locus_tag="BQ2027_MB1339" + CDS 1464301..1465641 + /gene="atpH" + /locus_tag="BQ2027_MB1339" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1339, atpH, len: 446 aa. Equivalent to Rv1307, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 446 aa overlap). Probable atpH, ATP + synthase delta chain (EC 3.6.3.14). This protein is much + longer than that of other bacterial delta chains, the + C-terminal region is homologous to delta chains while the + N-terminal region is similar to B/B' subunits e.g. + ATPD_STRLI|P50008 ATP synthase delta chain from + Streptomyces lividans (273 aa), FASTA scores: opt: 505, + E(): 5.4e-23, (35.0% identity in 277 aa overlap); and + ATPF_HAEIN|P43720 ATP synthase B chain (EC 3.6.1.34) from + Haemophilus influenzae (156 aa), FASTA scores: opt: 216, + E(): 1.2e-06, (26.1% identity in 153 aa overlap). SUBUNIT: + F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) - THE CATALYTIC + CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE PROTON CHANNEL. CF(1) HAS + FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), GAMMA(1), DELTA(1), + EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN SUBUNITS: A, B AND C. + BELONGS TO THE ATPASE DELTA CHAIN FAMILY. Protein product + from Mb1339 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1339 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE DELTA CHAIN ATPH" + /protein_id="SIT99942.1" + /db_xref="GOA:P0A501" + /db_xref="InterPro:IPR000711" + /db_xref="InterPro:IPR002146" + /db_xref="InterPro:IPR005864" + /db_xref="InterPro:IPR028987" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A501" + /translation="MSTFIGQLFGFAVIVYLVWRFIVPLVGRLMSARQDTVRQQLADA + AAAADRLAEASQAHTKALEDAKSEAHRVVEEARTDAERIAEQLEAQADVEAERIKMQG + ARQVDLIRAQLTRQLRLELGHESVRQARELVRNHVADQAQQSATVDRFLDQLDAMAPA + TADVDYPLLAKMRSASRRALTSLVDWFGTMAQDLDHQGLTTLAGELVSVARLLDREAV + VTRYLTVPAEDATPRIRLIERLVSGKVGAPTLEVLRTAVSKRWSANSDLIDAIEHVSR + QALLELAERAGQVDEVEDQLFRFSRILDVQPRLAILLGDCAVPAEGRVRLLRKVLERA + DSTVNPVVVALLSHTVELLRGQAVEEAVLFLAEVAVARRGEIVAQVGAAAELSDAQRT + RLTEVLSRIYGHPVTVQLHIDAALLGGLSIAVGDEVIDGTLSSRLAAAEARLPD" + gene 1465686..1467335 + /gene="atpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1340" + CDS 1465686..1467335 + /gene="atpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1340" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1340, atpA, len: 549 aa. Equivalent to Rv1308, + len: 549 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 549 aa overlap). Probable atpA, ATP + synthase alpha chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATPA_MYCLE|P45825 from Mycobacterium leprae (558 aa), + FASTA scores: opt: 3233, E(): 0, (90.3% identity in 547 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, + PS00152 ATP synthase alpha and beta subunits signature. + SUBUNIT: F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) - THE + CATALYTIC CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE PROTON CHANNEL. + CF(1) HAS FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), GAMMA(1), + DELTA(1), EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN SUBUNITS: A, B + AND C. BELONGS TO THE ATPASE ALPHA/BETA CHAINS FAMILY. + Protein product from Mb1340 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1340 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN ATPA" + /protein_id="SIT99943.1" + /db_xref="GOA:P63674" + /db_xref="InterPro:IPR000194" + /db_xref="InterPro:IPR000793" + /db_xref="InterPro:IPR004100" + /db_xref="InterPro:IPR005294" + /db_xref="InterPro:IPR020003" + /db_xref="InterPro:IPR023366" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR033732" + /db_xref="InterPro:IPR036121" + /db_xref="InterPro:IPR038376" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63674" + /translation="MAELTIPADDIQSAIEEYVSSFTADTSREEVGTVVDAGDGIAHV + EGLPSVMTQELLEFPGGILGVALNLDEHSVGAVILGDFENIEEGQQVKRTGEVLSVPV + GDGFLGRVVNPLGQPIDGRGDVDSDTRRALELQAPSVVHRQGVKEPLQTGIKAIDAMT + PIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQRQNWESGDPKKQVRCVYVAIGQKGTTIAA + VRRTLEEGGAMDYTTIVAAAASESAGFKWLAPYTGSAIAQHWMYEGKHVLIIFDDLTK + QAEAYRAISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERCAKLSDDLGGGSLTGLPIIETKA + NDISAYIPTNVISITDGQCFLETDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGS + LRLDLSQYRELEAFAAFASDLDAASKAQLERGARLVELLKQPQSQPMPVEEQVVSIFL + GTGGHLDSVPVEDVRRFETELLDHMRASEEEILTEIRDSQKLTEEAADKLTEVIKNFK + KGFAATGGGSVVPDEHVEALDEDKLAKEAVKVKKPAPKKKK" + gene 1467342..1468259 + /gene="atpG" + /locus_tag="BQ2027_MB1341" + CDS 1467342..1468259 + /gene="atpG" + /locus_tag="BQ2027_MB1341" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1341, atpG, len: 305 aa. Equivalent to Rv1309, + len: 305 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 305 aa overlap). Probable atpG, ATP + synthase gamma chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATPG_MYCLE|P45824 ATP synthase gamma chain from + Mycobacterium leprae (298 aa), FASTA scores: opt: 1579, + E():0, (83.9% identity in 305 aa overlap). Contains + PS00153 ATP synthase gamma subunit signature. SUBUNIT: + F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) - THE CATALYTIC + CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE PROTON CHANNEL. CF(1) HAS + FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), GAMMA(1), DELTA(1), + EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN SUBUNITS: A, B AND C. + BELONGS TO THE ATPASE GAMMA CHAIN FAMILY. Protein product + from Mb1341 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1341 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN ATPG" + /protein_id="SIT99944.1" + /db_xref="GOA:P63672" + /db_xref="InterPro:IPR000131" + /db_xref="InterPro:IPR023632" + /db_xref="InterPro:IPR035968" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63672" + /translation="MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIARAQARLESAR + PYAFEITRMLTTLAAEAALDHPLLVERPEPKRAGVLVVSSDRGLCGAYNANIFRRSEE + LFSLLREAGKQPVLYVVGRKAQNYYSFRNWNITESWMGFSEQPTYENAAEIASTLVDA + FLLGTDNGEDQRSDSGEGVDELHIVYTEFKSMLSQSAEAHRIAPMVVEYVEEDIGPRT + LYSFEPDATMLFESLLPRYLTTRVYAALLESAASELASRQRAMKSATDNADDLIKALT + LMANRERQAQITQEISEIVGGANALAEAR" + gene 1468299..1469759 + /gene="atpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1342" + CDS 1468299..1469759 + /gene="atpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1342" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1342, atpD, len: 486 aa. Equivalent to Rv1310, + len: 486 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 486 aa overlap). Probable atpD, ATP + synthase beta chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATPB_MYCLE|P45823 Mycobacterium leprae (485 aa), FASTA + score: opt: 2916, E(): 0, (92.6% identity in 484 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, + PS00152 ATP synthase alpha and beta subunits signature. + SUBUNIT: F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) - THE + CATALYTIC CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE PROTON CHANNEL. + CF(1) HAS FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), GAMMA(1), + DELTA(1), EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN SUBUNITS: A, B + AND C. BELONGS TO THE ATPASE ALPHA/BETA CHAINS FAMILY. + Protein product from Mb1342 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1342 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE BETA CHAIN ATPD" + /protein_id="SIT99945.1" + /db_xref="GOA:P63678" + /db_xref="InterPro:IPR000194" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004100" + /db_xref="InterPro:IPR005722" + /db_xref="InterPro:IPR020003" + /db_xref="InterPro:IPR024034" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036121" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63678" + /translation="MTTTAEKTDRPGKPGSSDTSGRVVRVTGPVVDVEFPRGSIPELF + NALHAEITFESLAKTLTLEVAQHLGDNLVRTISLQPTDGLVRGVEVIDTGRSISVPVG + EGVKGHVFNALGDCLDEPGYGEKFEHWSIHRKPPAFEELEPRTEMLETGLKVVDLLTP + YVRGGKIALFGGAGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELAEA + NVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEWFRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSE + VSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAPATT + FAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPSVVGDEHYRVAQEVIRILQRYKD + LQDIIAILGIDELSEEDKQLVNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPVKETIEAF + DRLCKGDFDHVPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL" + gene 1469773..1470138 + /gene="atpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1343" + CDS 1469773..1470138 + /gene="atpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1343" + /note="Mb1343, atpC, len: 121 aa. Equivalent to Rv1311, + len: 121 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 121 aa overlap). Probable atpC, ATP + synthase epsilon chain (EC 3.6.3.14), highly similar to + ATPE_MYCLE|P45822 Mycobacterium leprae (124 aa), FASTA + scores: opt: 682, E(): 5.4e-40, (87.6% identity in 121 aa + overlap). SUBUNIT: F-TYPE ATPASES HAVE 2 COMPONENTS, CF(1) + - THE CATALYTIC CORE - AND CF(0) - THE MEMBRANE PROTON + CHANNEL. CF(1) HAS FIVE SUBUNITS: ALPHA(3), BETA(3), + GAMMA(1), DELTA(1), EPSILON(1). CF(0) HAS THREE MAIN + SUBUNITS: A, B AND C. BELONGS TO THE ATPASE EPSILON CHAIN + FAMILY. Protein product from Mb1343 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1343 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN ATPC" + /protein_id="SIT99946.1" + /db_xref="GOA:P63663" + /db_xref="InterPro:IPR001469" + /db_xref="InterPro:IPR020546" + /db_xref="InterPro:IPR036771" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63663" + /translation="MAELNVEIVAVDRNIWSGTAKFLFTRTTVGEIGILPRHIPLVAQ + LVDDAMVRVEREGEKDLRIAVDGGFLSVTEEGVSILAESAEFESEIDEAAAKQDSESD + DPRIAARGRARLRAVGAID" + gene 1470146..1470580 + /locus_tag="BQ2027_MB1344" + CDS 1470146..1470580 + /locus_tag="BQ2027_MB1344" + /note="Mb1344, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv1312, len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 142 aa overlap). Conserved hypothetical + secreted protein with potential N-terminal signal + sequence. Highly similar to P53432|Y02W_MYCLE hypothetical + Mycobacterium leprae protein (147 aa), FASTA score: opt: + 884, E(): 0, (88.4% identity in 147 aa overlap). + N-terminus hydrophobic. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 2 bp deletion (cg-*) at the 3' end + leads to a slightly shorter product compared to + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (144 aa versus 147 + aa). Protein product from Mb1344 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1344 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIT99947.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XXZ8" + /db_xref="InterPro:IPR019675" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XXZ8" + /translation="MSVPMIGMVVLVVVLGLAVLALSYRLWKLRQGGTAGIMRDIPAV + GGHGWRHGVIRYRGGEAAFYRLSSLRLWPDRRLSRRGVEIISRRAPRGDEFDIMTDEI + VVVELCDSTQDRRVGYEIALDRGALTAFLSWLESRPSPRAPP" + gene complement(1470598..1472097) + /locus_tag="BQ2027_IS1557-2" + mobile_element complement(1470598..1472097) + /locus_tag="BQ2027_IS1557-2" + /note="IS1557-2, len: 1498 nt. Equivalent to IS1557, len: + 1509 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.4% identity in 785 nt overlap). IS1557-2nd + copy." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1557" + repeat_region 1470598..1470617 + /note="20 bp imperfect inverted repeat, + IRR,AGCAGACGCAAAAGCCCCCA, flanking IS element IS1557." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1470627..1471310) + /locus_tag="BQ2027_MB1345C" + /pseudo + CDS complement(1470627..1471310) + /locus_tag="BQ2027_MB1345C" + /note="Mb1345c, -, len: 243 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1313c, len: 444 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 243 aa overlap). Possible + IS1557 transposase, similar to several transposases e.g. + U57649|DBU57649 ORF1 from dibenzofuran-degrading bacterium + DPO360 (163 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 0, (67.3% + identity in 168 aa overlap); TNPA_BORPA|Q06126 transposase + for insertion sequence element IS1001 from Bordetella + parapertussis (406 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): + 3.3e-10, (24.9% identity in 402 aa overlap). Also similar + to putative Mycobacterium tuberculosis transposases, + Rv3798 and Rv0741. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1313c exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a 12 bp to 1 bp substitution (cttgtcgtggcc-t) splits + Rv1313c into 2 parts, Mb1345c and Mb1346c.;POSSIBLE + TRANSPOSASE [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene complement(1471333..1471950) + /locus_tag="BQ2027_MB1346C" + CDS complement(1471333..1471950) + /locus_tag="BQ2027_MB1346C" + /note="Mb1346c, -, len: 205 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1313c, len: 444 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 195 aa overlap). Possible + IS1557 transposase, similar to several transposases e.g. + U57649|DBU57649 ORF1 from dibenzofuran-degrading bacterium + DPO360 (163 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 0, (67.3% + identity in 168 aa overlap); TNPA_BORPA|Q06126 transposase + for insertion sequence element IS1001 from Bordetella + parapertussis (406 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): + 3.3e-10, (24.9% identity in 402 aa overlap). Also similar + to putative Mycobacterium tuberculosis transposases, + Rv3798 and Rv0741. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1313c exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a 12 bp to 1 bp substitution (cttgtcgtggcc-t) splits + Rv1313c into 2 parts, Mb1345c and Mb1346c. Mb1346c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIT99949.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="InterPro:IPR029261" + /db_xref="InterPro:IPR032877" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A0G2QBZ2" + /translation="MRNVRLFRALLGVDKRTVIEDIEFEEDDAGDGARVIARVRPRSA + VLRRCGRCGRKASWYDRGAGLRQWRSLDWGTVEVFLEAEAPRVNCPTHGPTVVAVPWA + RHHAGHTYAFDDTVAWLAVACSKTAVCELMRIAWRTVGAIVARVWADTEKRIDRFANL + RRIGIDEISYKRHHRYLTVVVDHDSGRLVWAAPSHPGLVLRCPGR" + repeat_region complement(1472078..1472097) + /locus_tag="BQ2027_IS1557-2" + /note="20 bp imperfect inverted repeat, + IRL,AGCAGACGCGAAAGCCCCCA, flanking IS element IS1557." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1472116..1472697) + /locus_tag="BQ2027_MB1347C" + CDS complement(1472116..1472697) + /locus_tag="BQ2027_MB1347C" + /EC_number="2.5.1.17" + /note="Mb1347c, -, len: 193 aa. Equivalent to Rv1314c, + len: 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 193 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to P53523|Y02Y_MYCLE hypothetical + Mycobacterium leprae protein (191 aa), FASTA score: + opt:1019, E(): 0, (81.2% identity in 191 aa overlap). Some + similarity with YDHW_CITFR|P45515 hypothetical 19.8 kd + protein in dhar-dhat intergenic region (176 aa), FASTA + scores: opt: 297, E(): 1.6e-13, (37.6% identity in 178 aa + overlap). Also similar to hypothetical protein + AE002007|AE002007_3 Deinococcus radiodurans (185 aa), + FASTA score: opt: 386, E(): 7.7e-19, (42.4% identity in + 172 aa overlap). Protein product from Mb1347c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1347c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP:Cob(I)alamin adenosyltransferase (EC" + /protein_id="SIT99950.1" + /db_xref="GOA:P64804" + /db_xref="InterPro:IPR016030" + /db_xref="InterPro:IPR029499" + /db_xref="InterPro:IPR036451" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64804" + /translation="MAVHLTRIYTRTGDDGTTGLSDMSRVAKTDARLVAYADCDEANA + AIGAALALGHPDTQITDVLRQIQNDLFDAGADLSTPIVENPKHPPLRIAQSYIDRLEG + WCDAYNAGLPALKSFVLPGGSPLSALLHVARTVVRRAERSAWAAVDAHPEGVSVLPAK + YLNRLSDLLFILSRVANPDGDVLWRPGGDRTAS" + gene 1472766..1474022 + /gene="murA" + /locus_tag="BQ2027_MB1348" + CDS 1472766..1474022 + /gene="murA" + /locus_tag="BQ2027_MB1348" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1348, murA, len: 418 aa. Equivalent to Rv1315, + len: 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 418 aa overlap). Probable murA, + UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (EC + 2.5.1.7), highly similar to many e.g. MURA_MYCLE|P45821 + (418 aa), FASTA scores: opt: 2495, E(): 0, (96.2% identity + in 396 aa overlap). BELONGS TO THE EPSP SYNTHASE FAMILY. + MURA SUBFAMILY. Protein product from Mb1348 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1348 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE + 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE MURA" + /protein_id="SIT99951.1" + /db_xref="GOA:P0A5L3" + /db_xref="InterPro:IPR001986" + /db_xref="InterPro:IPR005750" + /db_xref="InterPro:IPR013792" + /db_xref="InterPro:IPR036968" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5L3" + /translation="MAERFVVTGGNRLSGEVAVGGAKNSVLKLMAATLLAEGTSTITN + CPDILDVPLMAEVLRGLGATVELDGDVARITAPDEPKYDADFAAVRQFRASVCVLGPL + VGRCKRARVALPGGDAIGSRPLDMHQAGLRQLGAHCNIEHGCVVARAETLRGAEIQLE + FPSVGATENILMAAVVAEGVTTIHNAAREPDVVDLCTMLNQMGAQVEGAGSPTMTITG + VPRLHPTEHRVIGDRIVAATWGIAAAMTRGDISVAGVDPAHLQLVLHKLHDAGATVTQ + TDASFRVTQYERPKAVNVATLPFPGFPTDLQPMAIALASIADGTSMITENVFEARFRF + VEEMIRLGADARTDGHHAVVRGLPQLSSAPVWCSDIRAGAGLVLAGLVADGDTEVHDV + FHIDRGYPLFVENLVSLGAEIERVCC" + gene 1474291..1475827 + /gene="rrs" + /locus_tag="BQ2027_RRS" + rRNA 1474291..1475827 + /gene="rrs" + /locus_tag="BQ2027_RRS" + /product="ribosomal RNA 16S" + /note="rrs, len: 1537 nt. Equivalent to rrs, len: 1537 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 1537 nt overlap). 16s rRNA gene." + gene 1476103..1479240 + /gene="rrl" + /locus_tag="BQ2027_RRL" + rRNA 1476103..1479240 + /gene="rrl" + /locus_tag="BQ2027_RRL" + /product="ribosomal RNA 23S" + /note="rrl, len: 3138 nt. Equivalent to rrl, len: 3138 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 3138 nt overlap). 23S rRNA gene (approximate + coordinates)." + gene 1479344..1479458 + /gene="rrf" + /locus_tag="BQ2027_RRF" + rRNA 1479344..1479458 + /gene="rrf" + /locus_tag="BQ2027_RRF" + /product="ribosomal RNA 5S" + /note="rrf, len: 115 nt. Equivalent to rrf, len: 115 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 115 nt overlap). 5S rRNA gene. Identical to + Em_ba:MT5SRR, D10035 M.tuberculosis 5S rRNA, len: 116 nt." + gene complement(1479578..1480075) + /gene="ogt" + /locus_tag="BQ2027_MB1349C" + CDS complement(1479578..1480075) + /gene="ogt" + /locus_tag="BQ2027_MB1349C" + /note="Mb1349c, ogt, len: 165 aa. Equivalent to Rv1316c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 165 aa overlap). Probable ogt, + methylated-dna--protein-cysteine methytransferase (EC + 2.1.1.63), similar to many e.g. OGT_HAEIN|P44687 + Haemophilus influenzae (190 aa), FASTA scores: opt: 405, + E(): 6.5e-20, (41.9% identity in 155 aa overlap). Contains + PS00374 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase + active site. Protein product from Mb1349c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1349c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="methylated-dna--protein-cysteine + methyltransferase ogt (6-o-methylguanine-dna + methyltransferase) + (o-6-methylguanine-dna-alkyltransferase)" + /protein_id="SIT99952.1" + /db_xref="GOA:P0A697" + /db_xref="InterPro:IPR001497" + /db_xref="InterPro:IPR008332" + /db_xref="InterPro:IPR014048" + /db_xref="InterPro:IPR023546" + /db_xref="InterPro:IPR036217" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036631" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A697" + /translation="MIHYRTIDSPIGPLTLAGHGSVLTNLRMLEQTYEPSRTHWTPDP + GAFSGAVDQLNAYFAGELTEFDVELDLRGTDFQQRVWKALLTIPYGETRSYGEIADQI + GAPGAARAVGLANGHNPIAIIVPCHRVIGASGKLTGYGGGINRKRALLELEKSRAPAD + LTLFD" + gene complement(1480072..1481322) + /gene="alkAb" + /locus_tag="BQ2027_MB1350C" + CDS complement(1480072..1481322) + /gene="alkAb" + /locus_tag="BQ2027_MB1350C" + /note="Mb1350c, alkAb, len: 416 aa. Equivalent to the 3' + end of Rv1317c, len: 496 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 416 aa + overlap). Putative alkA (alternate gene name: ada), + regulatory protein (EC 2.1.1.63), similar to + 3MG2_ECOLI|P04395 dna-3-methyladenine glycosidase II from + Escherichia coli (282 aa), FASTA scores, opt: 437, E(): + 8.6e-22, (32.8% identity in 293 aa overlap), also similar + to other ada proteins e.g. ADA_SALTY|P26189 Salmonella + typhimurium (352 aa), FASTA scores: E(): 5.3e-08, (35.9% + identity in 156 aa overlap). Contains PS00041 Bacterial + regulatory proteins, araC family signature. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, alkA exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a single base transition (g-a) + introduces a premature stop codon that splits alkA into 2 + parts, alkAa and alkAb. Mb1350c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE ADA REGULATORY PROTEIN ALKAb [SECOND + PART] (Regulatory protein of adaptative response) : + Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase + (O-6-methylguanine-DNA alkyltransferase)" + /protein_id="SIT99953.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y043" + /db_xref="InterPro:IPR003265" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR010316" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="InterPro:IPR018062" + /db_xref="InterPro:IPR023170" + /db_xref="InterPro:IPR037046" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y043" + /translation="MRSDVVARAMRLIADGTVDRDGVSGLAAQLGYTIRQLERLLQAV + VGAGPLALARAQRMQTARVLIETTNLPFGDVAFAAGFSSIRQFNDTVRLACDGTPTAL + RARAAARFESATASAGTVSLRLPVRAPFAFEGVFGHLAATAVPGCEEVRDGAYRRTLR + LPWGNGIVSLTPAPDHVRCLLVLDDFRDLMTATARCRRLLDLDADPEAIVEALGADPD + LRAVVGKAPGQRIPRTVDEAEFAVRAVLAQQVSTKAASTHAGRLVAAYGRPVHDRHGA + LTHTFPSIEQLAEIDPGHLAVPKARQRTINALVASLADKSLVLDAGCDWQRARGQLLA + LPGVGPWTAEVIAMRGLGDPDAFPASDLGLRLAAKKLGLPAQRRALTVHSARWRPWRS + YATQHLWTTLEHPVNQWPPQEKIA" + gene complement(1481326..1481562) + /gene="alkAa" + /locus_tag="BQ2027_MB1351C" + CDS complement(1481326..1481562) + /gene="alkAa" + /locus_tag="BQ2027_MB1351C" + /note="Mb1351c, alkAa, len: 78 aa. Equivalent to the 5' + end of Rv1317c, len: 496 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (98.7% identity in 78 aa + overlap). Putative alkA (alternate gene name: ada), + regulatory protein (EC 2.1.1.63), similar to + 3MG2_ECOLI|P04395 dna-3-methyladenine glycosidase II from + Escherichia coli (282 aa), FASTA scores, opt: 437, E(): + 8.6e-22, (32.8% identity in 293 aa overlap), also similar + to other ada proteins e.g. ADA_SALTY|P26189 Salmonella + typhimurium (352 aa), FASTA scores: E(): 5.3e-08, (35.9% + identity in 156 aa overlap). Contains PS00041 Bacterial + regulatory proteins, araC family signature. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, alkA exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a single base transition (g-a) + introduces a premature stop codon that splits alkA into 2 + parts, alkAa and alkAb. Mb1351c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE ADA REGULATORY PROTEIN ALKAa [FIRST + PART] (Regulatory protein of adaptative response) : + Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase + (O-6-methylguanine-DNA alkyltransferase)" + /protein_id="SIT99954.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYZ1" + /db_xref="InterPro:IPR004026" + /db_xref="InterPro:IPR035451" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYZ1" + /translation="MHDDFERCYRAVQSKDARFDGWFVVAVLTTGVYCRPSCPVRPPF + ARNVRFLPTAAAAQGEGFRACKRCRPDASPGSPE" + gene complement(1481643..1483268) + /locus_tag="BQ2027_MB1352C" + CDS complement(1481643..1483268) + /locus_tag="BQ2027_MB1352C" + /note="Mb1352c, -, len: 541 aa. Equivalent to Rv1318c, + len: 541 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 541 aa overlap). Possible adenylate + cyclase (EC 4.6.1.1). Some similarity at the c-terminus to + CYAA_RHIME|P19485 adenylate cyclase from Rhizobium + meliloti (193 aa), FASTA scores, opt: 270, E(): 2.5e-11, + (28.8% identity in 184 aa overlap); similar to other + mycbacterium tuberculosis putative adenylate cyclases e.g. + Rv1319c|MTCY130.04c (535 aa), FASTA scores: opt: 2505, + E(): 0, (71.0% identity in 534 aa overlap), also similar + to Rv1320c|MTCY130.05c (567 aa), FASTA scores, opt: 2423, + E(): 0, (68.7% identity in 534 aa overlap). N-terminus is + hydrophobic. BELONGS TO ADENYLYL CYCLASE CLASS-3 FAMILY. + Mb1352c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ADENYLATE CYCLASE (ATP + PYROPHOSPHATE-LYASE) (ADENYLYL CYCLASE)" + /protein_id="SIT99955.1" + /db_xref="GOA:P63528" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63528" + /translation="MSAKKSTAQRLGRVLETVTRQSGRLPETPAYGSWLLGRVSESQR + RRRVRIQVMLTALVVTANLLGIGVALLLVTIAIPEPSIVRDTPRWLTFGVVPGYVLLA + LALGSYALTRQTVQALRWAIEGRKPTREEERRTFLAPWRVAVGHLMFWGVGTALLTTL + YGLINNAFIPRFLFAVSFCGVLVATATYLHTEFALRPFAAQALEAGPPPRRLAPGILG + RTMVVWLLGSGVPVVGIALMAMFEMVLLNLTRMQFATGVLIISMVTLVFGFILMWILA + WLTATPVRVVRAALRRVERGELRTNLVVFDGTELGELQRGFNAMVAGLRERERVRDLF + GRHVGREVAAAAERERSKLGGEERHVAVVFIDIVGSTQLVTSRPPADVVKLLNKFFAI + VVDEVDRHHGLVNKFEGDASLTIFGAPNRLPCPEDKALAAARAIADRLVNEMPECQAG + IGVAAGQVIAGNVGARERFEYTVIGEPVNEAARLCELAKSRPGKLLASAQAVDAASEE + ERARWSLGRHVKLRGHDQPVRLAKPVGLTKPRR" + gene complement(1483338..1484945) + /locus_tag="BQ2027_MB1353C" + CDS complement(1483338..1484945) + /locus_tag="BQ2027_MB1353C" + /note="Mb1353c, -, len: 535 aa. Equivalent to Rv1319c, + len: 535 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 535 aa overlap). Possible adenylate + cyclase (EC 4.6.1.1). Some similarity at the C-terminus to + CYAA_RHIME|P19485 adenylate cyclase from Rhizobium + meliloti (193 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): 2.4e-10, + (33.3% identity in 144 aa overlap); similar to other + mycbacterium tuberculosis putative adenylate cyclases e.g. + Rv1318c|MTCY130.03c (541 aa), FASTA scores: opt: 2505, + E(): 0, (71.0% identity in 534 aa overlap); + Rv1320c|MTCY130.05c (567 aa), FASTA scores: opt: 2354, + E(): 0, (66.3% identity in 534 aa overlap). N-terminus is + hydrophobic. BELONGS TO ADENYLYL CYCLASE CLASS-3 FAMILY. + Protein product from Mb1353c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1353c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ADENYLATE CYCLASE (ATP + PYROPHOSPHATE-LYASE) (ADENYLYL CYCLASE)" + /protein_id="SIT99956.1" + /db_xref="GOA:P0A4Y3" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Y3" + /translation="MPAKKTMAQRLGQALETMTRQCGQLPETPAYGSWLLGRVSESPS + RRWVRIKRIVTVYIMTANLTGIVVALLVVTFAFPVPSIYTDAPWWVTFGVAPAYATLA + LAIGTYWITTRIVRASIRWAIEERAPSQADGRNTLLLPFRVAAVHLILWDIGGALLAT + LYGLANRVFVTIILFSVTICGVLVATNCYLFTEFALRPVAAKALEAGRPPRRFAPGIM + GRTMTVWSLGSGVPVTGIATTALYVLLVHNLTETQLASAVLILSITTLIFGFLVMWIL + AWLTAAPVRVVRAALKRVEQGDLRGDLVVFDGTELGELQRGFNAMVNGLRERERVRDL + FGRHVGREVAAAAERERPQLGGEDRHAAVVFVDIVGSTQLVDNQPAAHVVKLLNRFFA + IVVNEVDRHHGLINKFAGDAALAIFGAPNRLDRPEDAALAAARAIADRLANEMPEVQA + GIGVAAGQIVAGNVGAKQRFEYTVVGKPVNQAARLCELAKSHPARLLASSDTLHAASE + TERAHWSLGETVTLRGHEQPTRLAVPT" + gene complement(1484958..1486661) + /locus_tag="BQ2027_MB1354C" + CDS complement(1484958..1486661) + /locus_tag="BQ2027_MB1354C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1354c, -, len: 567 aa. Equivalent to Rv1320c, + len: 567 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 567 aa overlap). Possible adenylate + cyclase (EC 4.6.1.1) (see second citation below). Some + similarity at the C-terminus to CYAA_RHIME|P19485 + adenylate cyclase from Rhizobium meliloti (193 aa), FASTA + scores: opt: 277, E(): 2e-12, (34.0% identity in 156 aa + overlap); similar to other mycbacterium tuberculosis + putative adenylate cyclases e.g. Rv1318c|MTCY130.03c (541 + aa), FASTA scores: opt: 2423, E(): 0, (68.7% identity in + 534 aa overlap); Rv1319c|MTCY130.04c (535 aa), FASTA + scores: opt: 2354, E(): 0, (66.3% identity in 534 aa + overlap). N-terminus is hydrophobic. BELONGS TO ADENYLYL + CYCLASE CLASS-3 FAMILY. Protein product from Mb1354c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1354c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ADENYLATE CYCLASE (ATP + PYROPHOSPHATE-LYASE) (ADENYLYL CYCLASE)" + /protein_id="SIT99957.1" + /db_xref="GOA:P59972" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59972" + /translation="MPSEKATTRHLPGAVETLSPRTGRRPETPAYGSWLLGRVSESPR + MRRVRIQGMLTVAILVTNVIGLIVGAMLLTVAFPKPSVILDAPHWVSFGIVPGYCVLA + FILGTYWLTRQTARALRWAIEERTPSHDEARSAFLVPLRVALAVLFLWGAAAALWTII + YGLANRLFIPRFLFSMGVIGVVAATSCYLLTEFALRPMAAQALEVGATPRSLVRGIVG + RTMLVWLLCSGVPNVGVALTAIFDDTFWELSNDQFMITVLILWAPLLIFGFILMWILA + WLTATPVRVVREALNRVEQGDLSGDLVVFDGTELGELQRGFNRMVEGLRERERVRDLF + GRHVGREVAAAAERERPKLGGEERHVAVVFVDIVGSTQLVTSRPAAEVVMLLNRFFTV + IVDEVNHHRGLVNKFQGDASLAVFGAPNRLSHPEDAALATARAIADRLASEMPECQAG + IGVAAGQVVAGNVGAHERFEYTVIGEPVNEAARLCELAKSYPSRLLASSQTLRGASEN + ECARWSLGETVTLRGHDQPIRLASPVQQLQMPAQSADIVGGALGDHQTHTIYRGAHPT + D" + gene 1486723..1487403 + /gene="nucS" + /locus_tag="BQ2027_MB1355" + CDS 1486723..1487403 + /gene="nucS" + /locus_tag="BQ2027_MB1355" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1355, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv1321, len: + 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 226 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to P53524|YD21_MYCLE hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (201 aa), FASTA scores: + opt: 1144, E(): 0, (87.6% identity in 193 aa overlap). + Some similarity to hypothetical proteins from other + organisms e.g. Y225_METJA|Q57678 Methanococcus jannaschii + (263 aa), FASTA scores: E(): 6.5e-05, (25.0% identity in + 212 aa overlap). Protein product from Mb1355 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1355 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Endonuclease NucS" + /protein_id="SIT99958.1" + /db_xref="GOA:P59979" + /db_xref="InterPro:IPR002793" + /db_xref="InterPro:IPR011856" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59979" + /translation="MSRVRLVIAQCTVDYIGRLTAHLPSARRLLLFKADGSVSVHADD + RAYKPLNWMSPPCWLTEESGGQAPVWVVENKAGEQLRITIEGIEHDSSHELGVDPGLV + KDGVEAHLQALLAEHIQLLGEGYTLVRREYMTAIGPVDLLCRDERGGSVAVEIKRRGE + IDGVEQLTRYLELLNRDSVLAPVKGVFAAQQIKPQARILATDRGIRCLTLDYDTMRGM + DSGEYRLF" + gene 1487426..1487722 + /locus_tag="BQ2027_MB1356" + CDS 1487426..1487722 + /locus_tag="BQ2027_MB1356" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1356, -, len: 98 aa. Equivalent to Rv1322, len: + 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 98 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Mb1356 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP/GTP-binding protein" + /protein_id="SIT99959.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64806" + /translation="MARRRKPLHRQRPEPPSWALRRVEAGPDGHEYEVRPVAAARAVK + TYRCPGCDHEIRSGTAHVVVWPTDLPQAGVDDRRHWHTPCWANRATRGPTRKWT" + gene complement(1487757..1488215) + /locus_tag="BQ2027_MB1357C" + CDS complement(1487757..1488215) + /locus_tag="BQ2027_MB1357C" + /EC_number="5.1.99.1" + /note="Mb1357c, -, len: 152 aa. Equivalent to Rv1322A, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 152 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to proteins from Mycobacterium leprae and + Streptomyces coelicolor e.g. AL583921_2|ML1157 from M. + leprae strain TN (155 aa), FASTA scores: opt: 771, E(): + 5.1e-43, (75.3% identity in 154 aa overlap); and + AL137242_2 from S. coelicolor (146 aa), FASTA scores: opt: + 404, E(): 2e-19, (43.165% identity in 139 aa overlap). + Protein product from Mb1357c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1357c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methylmalonyl-CoA epimerase (EC @ + Ethylmalonyl-CoA epimerase" + /protein_id="SIT99960.1" + /db_xref="InterPro:IPR017515" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY23" + /translation="MMTTDQVHARHMLATSLVTGLDHVGIAVADLDVAIEWYHDHLGM + ILVHEEINDDQGIREALLAVPGSAAQIQLMAPLDESSVIAKFLDKRGPGIQQLACRVS + DLDAMCRRLRSQGVRLVYETARRGTANSRINFIHPKDAGGVLIELVEPAP" + gene 1488306..1489475 + /gene="fadA4" + /locus_tag="BQ2027_MB1358" + CDS 1488306..1489475 + /gene="fadA4" + /locus_tag="BQ2027_MB1358" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1358, fadA4, len: 389 aa. Equivalent to Rv1323, + len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 389 aa overlap). Probable fadA4, + acetyl-CoA acetyltransferase (EC 2.3.1.9), equivalent to + THIL_MYCLE|P46707 possible acetyl-CoA C-acetyltransferase + from Mycobacterium leprae (393 aa), FASTA scores: opt: + 2218, E(): 0, (87.0% identity in 392 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. CAB70629.1|AL137242 probable + acetoacetyl-coA thiolase from Streptomyces coelicolor (401 + aa); T51772 acetyl-CoA C-acetyltransferase (EC 2.3.1.9) + [validated] from Alcaligenes latus (392 aa); etc. Some + homologies indicate ATA start codon. Contains PS00098 + Thiolases acyl-enzyme intermediate signature, PS00737 + Thiolases signature 2, and PS00099 Thiolases active site. + BELONGS TO THE THIOLASE FAMILY. Protein product from + Mb1358 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1358 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE FADA4 + (ACETOACETYL-COA THIOLASE)" + /protein_id="SIT99961.1" + /db_xref="GOA:P66927" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020610" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020615" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66927" + /translation="MIVAGARTPIGKLMGSLKDFSASELGAIAIKGALEKANVPASLV + EYVIMGQVLTAGAGQMPARQAAVAAGIGWDVPALTINKMCLSGIDAIALADQLIRARE + FDVVVAGGQESMTKAPHLLMNSRSGYKYGDVTVLDHMAYDGLHDVFTDQPMGALTEQR + NDVDMFTRSEQDEYAAASHQKAAAAWKDGVFADEVIPVNIPQRTGDPLQFTEDEGIRA + NTTAAALAGLKPAFRGDGTITAGSASQISDGAAAVVVMNQEKAQELGLTWLAEIGAHG + VVAGPDSTLQSQPANAINKALDREGISVDQLDVVEINEAFAAVALASIRELGLNPQIV + NVNGGAIAVGHPLGMSGTRITLHAALQLARRGSGVGVAALCGAGGQGDALILRAG" + gene 1489605..1490519 + /locus_tag="BQ2027_MB1359" + CDS 1489605..1490519 + /locus_tag="BQ2027_MB1359" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1359, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv1324, len: + 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 304 aa overlap). Possible thioredoxin + (EC 1.-.-.-), similar to several e.g. U00014|Q49716 TRXA + from Mycobacterium leprae (255 aa), FASTA scores: opt: + 1014, E(): 0, (69.7% identity in 228 aa overlap); + THIO_RHOSH|P08058 TrxA from Rhodobacter sphaeroides (105 + aa), FASTA scores: opt 196, E(): 1.9e-06, (33.0% identity + in 103 aa overlap). Contains PS00339 Aminoacyl-transfer + RNA synthetases class-II signature 2. Protein product from + Mb1359 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1359 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE THIOREDOXIN" + /protein_id="SIT99962.1" + /db_xref="GOA:P64808" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64808" + /translation="MTRPRPPLGPAMAGAVDLSGIKQRAQQNAAASTDADRALSTPSG + VTEITEANFEDEVIVRSDEVPVVVLLWSPRSEVCVDLLDTLSGLAAAAKGKWSLASVN + VDVAPRVAQIFGVQAVPTVVALAAGQPISSFQGLQPADQLSRWVDSLLSATAGKLKGA + ASSEESTEVDPAVAQARQQLEDGDFVAARKSYQAILDANPGSVEAKAAIRQIEFLIRA + TAQRPDAVSVADSLSDDIDAAFAAADVQVLNQDVSAAFERLIALVRRTSGEERTRVRT + RLIELFELFDPADPEVVAGRRNLANALY" + gene complement(1490598..1492409) + /gene="PE_PGRS24" + /locus_tag="BQ2027_MB1360C" + CDS complement(1490598..1492409) + /gene="PE_PGRS24" + /locus_tag="BQ2027_MB1360C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1360c, PE_PGRS24, len: 603 aa. Equivalent to + Rv1325c, len: 603 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 603 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of ala-, gly-rich proteins, similar to many e.g. + YQ04_MYCTU|P71933 hypothetical 63.1 kd glycine-rich + protein (778 aa), FASTA scores: E(): 0, (52.3% identity in + 724 aa overlap). Mb1360c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs24" + /protein_id="SIT99963.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y056" + /translation="MSFVIAAPETLVRAASDLANIGSTLGAANAAALGPTTELLAAGA + DEVSAAIASLFAAHGQAYQAVSAQMSAFHAQFVQTFTAGAGAYASAEAAAAAPLEGLL + NIVNTPTQLLLGRPLIGNGANGAPGTGQAGGAGGLLYGNGGAGGSGAPGQAGGPGGAA + GLFGNGGAGGAGGDGPGNGAAGGAGGAGGLLFGSGGAGGPGGVGNTGTGGLGGDGGAA + GLFGAGGIGGAGGPGFNGGAGGAGGRSGLFEVLAAGGAGGTGGLSVNGGTGGTGGTGG + GGGLFSNGGAGGAGGFGVSGSAGGNGGTGGDGGIFTGNGGTGGAGGTGTGNQLVGGEG + GAGGAGGNAGILFGAGGIGGTGGTGLGAPDPGGTGGKGGVGGIGGAGALFGPGGAGGT + GGFGASSADQMAGGIGGSGGSGGAAKLIGDGGAGGTGGDSVRGAAGSGGTGGTGGLIG + DGGAGGAGGTGIEFGSVGGAGGAGGNAAGLSGAGGAGGAGGFGETAGDGGAGGNAGLL + NGDGGAGGAGGLGIAGDGGNGGKGGKAGMVGNGGDGGAGGASVVANGGVGGSGGNATL + IGNGGNGGNGGVGSAPGKGGAGGTAGLLGLNGSPGLS" + gene complement(1492561..1494756) + /gene="glgB" + /locus_tag="BQ2027_MB1361C" + CDS complement(1492561..1494756) + /gene="glgB" + /locus_tag="BQ2027_MB1361C" + /note="Mb1361c, glgB, len: 731 aa. Equivalent to Rv1326c, + len: 731 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 731 aa overlap). Probable glgB, + 1,4-alpha-glucan branching enzyme (EC 2.4.1.18), similar + to others e.g. GLGB_ECOLI|P07762 Escherichia coli (728 + aa), FASTA scores: opt: 2330, E(): 0, (48.7% identity in + 719 aa overlap). Similar to other Mycobacterium + tuberculosis putative alpha-glucan branching enzymes + Rv1562c, Rv1563c. BELONGS TO FAMILY OF 13 GLYCOSYL + HYDROLASES, ALSO KNOWN AS THE ALPHA-AMYLASE FAMILY. + Protein product from Mb1361c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1361c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="1,4-alpha-glucan branching enzyme glgb (glycogen + branching enzyme)" + /protein_id="SIT99964.1" + /db_xref="GOA:P59816" + /db_xref="InterPro:IPR004193" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR006048" + /db_xref="InterPro:IPR006407" + /db_xref="InterPro:IPR013780" + /db_xref="InterPro:IPR013783" + /db_xref="InterPro:IPR014756" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="InterPro:IPR037439" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59816" + /translation="MSRSEKLTGEHLAPEPAEMARLVAGTHHNPHGILGAHEYGDHTV + IRAFRPHAVEVVALVGKDRFSLQHLDSGLFAVALPFVDLIDYRLQVTYEGCEPHTVAD + AYRFLPTLGEVDLHLFAEGRHERLWEVLGAHPRSFTTADGVVSGVSFAVWAPNAKGVS + LIGEFNGWNGHEAPMRVLGPSGVWELFWPDFPCDGLYKFRVHGADGVVTDRADPFAFG + TEVPPQTASRVTSSDYTWGDDDWMAGRALRNPVNEAMSTYEVHLGSWRPGLSYRQLAR + ELTDYIVDQGFTHVELLPVAEHPFAGSWGYQVTSYYAPTSRFGTPDDFRALVDALHQA + GIGVIVDWVPAHFPKDAWALGRFDGTPLYEHSDPKRGEQLDWGTYVFDFGRPEVRNFL + VANALYWLQEFHIDGLRVDAVASMLYLDYSRPEGGWTPNVHGGRENLEAVQFLQEMNA + TAHKVAPGIVTIAEESTSWPGVTRPTNIGGLGFSMKWNMGWMHDTLDYVSRDPVYRSY + HHHEMTFSMLYAFSENYVLPLSHDEVVHGKGTLWGRMPGNNHVKAAGLRSLLAYQWAH + PGKQLLFMGQEFGQRAEWSEQRGLDWFQLDENGFSNGIQRLVRDINDIYRCHPALWSL + DTTPEGYSWIDANDSANNVLSFMRYGSDGSVLACVFNFAGAEHRDYRLGLPRAGRWRE + VLNTDATIYHGSGIGNLGGVDATDDPWHGRPASAVLVLPPTSALWLTPA" + gene complement(1494764..1496869) + /gene="glgE" + /locus_tag="BQ2027_MB1362C" + CDS complement(1494764..1496869) + /gene="glgE" + /locus_tag="BQ2027_MB1362C" + /note="Mb1362c, glgE, len: 701 aa. Equivalent to Rv1327c, + len: 701 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 701 aa overlap). Probable glgE, + glucanase, similar to AF172946|AF172946_2 putative + glucanase GlgE from Mycobacterium smegmatis (697 aa), + FASTA scores: opt: 3816, E(): 0, (78.5% identity in 692 aa + overlap). Similar to putative alpha-amylases e.g. Q9L1K2 + Streptomyces coelicolor (675 aa), FASTA scores: opt: 2243, + E(): 7.4e-132, (54.2% identity in 684 aa overlap). Start + changed since original submission (-36) based on + similarity to GlgE of Mycobacterium smegmatis; previous + start at position 1494531. Protein product from Mb1362c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1362c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCANASE GLGE" + /protein_id="SIT99965.1" + /db_xref="GOA:P63532" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR013780" + /db_xref="InterPro:IPR013783" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="InterPro:IPR021828" + /db_xref="InterPro:IPR026585" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63532" + /translation="MSGRAIGTETEWWVPGRVEIDDVAPVVSCGVYPAKAVVGEVVPV + SAAVWREGHEAVAATLVVRYLGVRYPHLTDRPRARVLPTPSEPQQRVKPLLIPMTSGQ + EPFVFHGQFTPDRVGLWTFRVDGWGDPIHTWRHGLIAKLDAGQGETELSNDLLVGAVL + LERAATGVPRGLRDPLLAAAAALRTPGDPVTRTALALTPEIEELLADYPLRDLVTRGE + QFGVWVDRPLARFGAWYEMFPRSTGGWDDDGNPVHGTFATAAAELPRIAGMGFDVVYL + PPIHPIGKVHRKGRNNSPTAAPTDVGSPWAIGSDEGGHDTVHPSLGTIDDFDDFVSAA + RDLGMEVALDLALQCAPDHPWAREHRQWFTELPDGTIAYAENPPKKYQDIYPLNFDND + PEGLYDEVLRVVQHWVNHGVKFFRVDNPHTKPPNFWAWLIAQVKTVDPDVLFLSEAFT + PPARQYGLAKLGFTQSYSYFTWRTTKWELTEFGNQIAELADYRRPNLFVNTPDILHAV + LQHNGPGMFAIRAVLAATMSPAWGMYCGYELFEHRAVREGSEEYLDSEKYELRPRDFA + SALDQGRSLQPFITRLNIIRRLHPAFQQLRTIHFHHVDNDALLAYSKFDPATGDCVLV + VVTLNAFGPEEATLWLDMAALGMEDYDRFWVRDEITGEEYQWGQANYIRIDPARAVAH + IINMPAVPYESRNTLLRRR" + gene 1497008..1499599 + /gene="glgP" + /locus_tag="BQ2027_MB1363" + CDS 1497008..1499599 + /gene="glgP" + /locus_tag="BQ2027_MB1363" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1363, glgP, len: 863 aa. Equivalent to Rv1328, + len: 863 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 863 aa overlap). Probable glgP, + glycogen phosphorylase (EC 2.4.1.1), similar to many e.g. + PHSG_HAEIN|P45180 glycogen phosphorylase from Haemophilus + influenzae (821 aa), FASTA scores: E(): 6.9e-08, (25.6% + identity in 675 aa overlap). BELONGS TO THE GLYCOGEN + PHOSPHORYLASE FAMILY. Protein product from Mb1363 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1363 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCOGEN PHOSPHORYLASE GLGP" + /protein_id="SIT99966.1" + /db_xref="GOA:Q7U078" + /db_xref="InterPro:IPR000811" + /db_xref="InterPro:IPR011834" + /db_xref="InterPro:IPR024517" + /db_xref="InterPro:IPR035090" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U078" + /translation="MKALRRFTVRAHLPERLAALDQLSTNLRWSWDKPTQDLFAAIDP + ALWEQCGHDPVALLGAVNPARLDELALDAEFLGALDELAADLNDYLSRPLWYQEQQDA + GVAAQALPTGIAYFSLEFGVAEVLPNYSGGLGILAGDHLKSASDLGVPLIAVGLYYRS + GYFRQSLTADGWQHETYPSLDPQGLPLRLLTDANGDPVLVEVALGDNAVLRARIWVAQ + VGRVPLLLLDSDIPENEHDLRNVTDRLYGGDQEHRIKQEILAGIGGVRAIRAYTAVEK + LTPPEVFHMNEGHAGFLGIERIRELVTDAGLDFDTALTVVRSSTVFTTHTPVPAGIDR + FPLEMVQRYVNDQRGDGRSRLLPGLPADRIVALGAEDDPAKFNMAHMGLRLAQRANGV + SLLHGRVSRAMFNELWAGFDPDEVPIGSVTNGVHAPTWAAPQWLQLGRELAGSDSLRE + PVVWQRLHQVDPAHLWWIRSQLRSMLVEDVRARLRQSWLERGATDAELGWIATAFDPN + VLTVGFARRVPTYKRLTLMLRDPGRLEQLLLDEQRPIQLIVAGKSHPADDGGKALIQQ + VVRFADRPQFRHRIAFLPNYDMSMARLLYWGCDVWLNNPLRPLEACGTSGMKSALNGG + LNLSIRDGWWDEWYDGENGWEIPSADGVADENRRDDLEAGALYDLLAQAVAPKFYERD + ERGVPQRWVEMVRHTLQTLGPKVLASRMVRDYVEHYYAPAAQSFRRTAGAQFDAAREL + ADYRRRAEEAWPKIEIADVDSTGLPDTPLLGSQLTLTATVRLAGLRPNDVTVQGVLGR + VDSGDVLMDPVTVEMAHTGTGDGGYEIFSTTTPLPLAGPVGYTVRVLPRHPMLAASNE + LGLVTLA" + gene complement(1499639..1501633) + /gene="dinG" + /locus_tag="BQ2027_MB1364C" + CDS complement(1499639..1501633) + /gene="dinG" + /locus_tag="BQ2027_MB1364C" + /note="Mb1364c, dinG, len: 664 aa. Equivalent to Rv1329c, + len: 664 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 664 aa overlap). Probable dinG, + ATP-dependent helicase homolog, similar to several e.g. + DING_HAEIN|P44680 probable ATP-dependent helicase ding + from Haemophilus influenzae (640 aa), FASTA scores: opt: + 685, E(): 2.3e-38, (32.8% identity in 644 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. Protein + product from Mb1364c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1364c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable atp-dependent helicase ding" + /protein_id="SIT99967.1" + /db_xref="GOA:P64315" + /db_xref="InterPro:IPR006555" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR014013" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64315" + /translation="MSESVSMSVPELLAIAVAALGGTRRRGQQEMAAAVAHAFETGEH + LVVQAGTGTGKSLAYLVPAIIRALCDDAPVVVSTATIALQRQLVDRDLPQLVDSLTNA + LPRRPKFALLKGRRNYLCLNKIHNSVTASDHDDERPQEELFDPVAVTALGRDVQRLTA + WASTTVSGDRDDLKPGVGDRSWSQVSVSARECLGVARCPFGSECFSERARGAAGLADV + VVTNHALLAIDAVAESAVLPEHRLLVVDEAHELADRVTSVAAAELTSATLGMAARRIT + RLVDPKVTQRLQAASATFSSAIHDARPGRIDCLDDEMATYLSALRDAASAARSAIDTG + SDTTTASVRAEAGAVLTEISDTASRILASFAPAIPDRSDVVWLEHEDNHESARAVLRV + APLSVAELLATQVFARATTVLTSATLTIGGSFDAMATAWGLTADTPWRGLDVGSPFQH + AKSGILYVAAHLPPPGRDGSGSAEQLTEIAELITAAGGRTLGLFSSMRAARAATEAMR + ERLSTPVLCQGDDSTSTLVEKFTADAATSLFGTLSLWQGVDVPGPSLSLVLIDRIPFP + RPDDPLLSARQRAVAARGGNGFMTVAASHAALLLAQGSGRLLRRVTDRGVVAVLDSRM + ATARYGEFLRASLPPFWQTTNATQVRAALRRLARADAKAH" + gene complement(1501657..1503003) + /gene="pncB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1365C" + CDS complement(1501657..1503003) + /gene="pncB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1365C" + /note="Mb1365c, -, len: 448 aa. Equivalent to Rv1330c, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 448 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others and also several nicotinate + phosphoribosyltransferases e.g. O32090 YUEK PROTEIN from + Bacillus subtilis (490 aa), FASTA scores: E(): 8.6e-22, + (37.9% identity in 369 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis Rv0573c|MTV039.11c (38.0% identity in 437 aa + overlap). Start changed since original submission based on + similarity; previous start at position 1500740 (-61 aa). + Protein product from Mb1365c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1365c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nicotinic acid phosphoribosyltransferase pncB1" + /protein_id="SIT99968.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY18" + /db_xref="InterPro:IPR002638" + /db_xref="InterPro:IPR006405" + /db_xref="InterPro:IPR007229" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR036068" + /db_xref="InterPro:IPR040727" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY18" + /translation="MGPPPAARRREGEPDNQDPAGLLTDKYELTMLAAALRDGSANRP + TTFEVFARRLPTGRRYGVVAGTGRLLEALPQFRFDADACELLAQFLDPATVRYLREFR + FRGDIDGYAEGELYFPGSPVLSVRGSFAECVLLETLVLSIFNHDTAIASAAARMVSAA + GGRPLIEMGSRRTHERAAVAAARAAYIAGFAASSNLAAQRRYGVPAHGTAAHAFTMLH + AQHGGPTELAERAAFRAQVEALGPGTTLLVDTYDVTTGVANAVAAAGAELGAIRIDSG + ELGVLARQAREQLDRLGATRTRIVVSGDLDEFSIAALRGEPVDSYGVGTSLVTGSGAP + TANMVYKLVEVDGVPVQKRSSYKKSPGGRKEALRRSRATGTITEELVHPAGRPPVIVE + PHRVLTLPLVRAGQPVADTSLAAARQLVASGLRSLPADGLKLAPGEPAIPTRTIPA" + gene 1503105..1503410 + /gene="clpS" + /locus_tag="BQ2027_MB1366" + CDS 1503105..1503410 + /gene="clpS" + /locus_tag="BQ2027_MB1366" + /note="Mb1366, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv1331, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 101 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to U00014|ML014 B1549_C2_207 from + Mycobacterium leprae (94 aa), FASTA scores: opt: 573, E(): + 2.9e-40, (90.3% identity in 93 aa overlap). Similar to + AL096852|SCE19A_16 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (105 aa), FASTA scores: opt: 377, E(): 2.9e-22, + (60.0% identity in 105 aa overlap). Protein product from + Mb1366 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1366 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS" + /protein_id="SIT99969.1" + /db_xref="GOA:P67648" + /db_xref="InterPro:IPR003769" + /db_xref="InterPro:IPR014719" + /db_xref="InterPro:IPR022935" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67648" + /translation="MAVVSAPAKPGTTWQRESAPVDVTDRAWVTIVWDDPVNLMSYVT + YVFQKLFGYSEPHATKLMLQVHNEGKAVVSAGSRESMEVDVSKLHAAGLWATMQQDR" + gene 1503370..1504026 + /locus_tag="BQ2027_MB1367" + CDS 1503370..1504026 + /locus_tag="BQ2027_MB1367" + /note="Mb1367, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv1332, len: + 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 218 aa overlap). Possible regulatory + protein, high similarity to ML014|U00014 from + Mycobacterium leprae B1549_C3_236 (222 aa), FASTA scores: + opt: 1158, E(): 0, (75.6% identity in 221 aa overlap). + Helix turn helix motif fram aa 8-29 (+3.03 SD). Protein + product from Mb1367 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1367 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99970.1" + /db_xref="InterPro:IPR018561" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64810" + /translation="MPPVCGRRCSRTGEIRGYSGSIVRRWKRVETRDGPRFRSSLAPH + EAALLKNLAGAMIGLLDDRDSSSPSDELEEITGIKTGHAQRPGDPTLRRLLPDFYRPD + DLDDDDPTAVDGSESFNAALRSLHEPEIIDAKRVAAQQLLDTVPDNGGRLELTESDAN + AWIAAVNDLRLALGVMLEIGPRGPERLPGNHPLAAHFNVYQWLTVLQEYLVLVLMGSR + " + gene 1504043..1505077 + /locus_tag="BQ2027_MB1368" + CDS 1504043..1505077 + /locus_tag="BQ2027_MB1368" + /note="Mb1368, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv1333, len: + 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 344 aa overlap). Possible hydrolase (EC + 3.-.-.-), similar to Q57326|D26094 endo-type + 6-aminohexanoate oligomer hydrolase (355 aa), fasta + scores: E(): 1.4e-10, (31.9% identity in 339 aa overlap). + Equivalent to P53425|YD33_MYCLE HYPOTHETICAL 36.1 KD + PROTEIN B154 Mycobacterium leprae (362 aa), FASTA scores: + opt: 1735, E(): 0, (76.7% identity in 352 aa overlap). + Protein product from Mb1368 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1368 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HYDROLASE" + /protein_id="SIT99971.1" + /db_xref="GOA:P64812" + /db_xref="InterPro:IPR005321" + /db_xref="InterPro:IPR016117" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64812" + /translation="MNSITDVGGIRVGHYQRLDPDASLGAGWACGVTVVLPPPGTVGA + VDCRGGAPGTRETDLLDPANSVRFVDALLLAGGSAYGLAAADGVMRWLEEHRRGVAMD + SGVVPIVPGAVIFDLPVGGWNCRPTADFGYSACAAAGVDVAVGTVGVGVGARAGALKG + GVGTASATLQSGVTVGVLAVVNAAGNVVDPATGLPWMADLVGEFALRAPPAEQIAALA + QLSSPLGAFNTPFNTTIGVIACDAALSPAACRRIAIAAHDGLARTIRPAHTPLDGDTV + FALATGAVAVPPEAGVPAALSPETQLVTAVGAAAADCLARAVLAGVLNAQPVAGIPTY + RDMFPGAFGS" + gene 1505085..1505525 + /gene="mec" + /locus_tag="BQ2027_MB1369" + CDS 1505085..1505525 + /gene="mec" + /locus_tag="BQ2027_MB1369" + /note="Mb1369, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv1334, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 146 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to AL096852|SCE19A_13 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (140 aa), Fasta + scores: opt: 579, E(): 0, (65.0% identity in 140 aa + overlap); and Q54330|M29166 MEC+ from Streptomyces + kasugaensis (115 aa), FASTA scores; E(): 7.6e-33, (56.9% + identity in 109 aa overlap). Protein product from Mb1369 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1369 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible hydrolase" + /protein_id="SIT99972.1" + /db_xref="GOA:P64814" + /db_xref="InterPro:IPR000555" + /db_xref="InterPro:IPR028090" + /db_xref="InterPro:IPR037518" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64814" + /translation="MLLRKGTVYVLVIRADLVNAMVAHARRDHPDEACGVLAGPEGSD + RPERHIPMTNAERSPTFYRLDSGEQLKVWRAMEDADEVPVVIYHSHTATEAYPSRTDV + KLATEPDAHYVLVSTRDPHRHELRSYRIVDGAVTEEPVNVVEQY" + gene 1505547..1505828 + /gene="cysO" + /locus_tag="BQ2027_MB1370" + CDS 1505547..1505828 + /gene="cysO" + /locus_tag="BQ2027_MB1370" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1370, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv1335, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 93 aa overlap). 9.5 kDa culture filtrate + antigen cfp10A (see citation below). Similar to + hypothetical proteins from other organisms e.g. + P74060|D90911 Synechocystis (109 aa), FASTA scores: E(): + 2.3e-20, (49.5% identity in 93 aa overlap). Protein + product from Mb1370 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1370 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="sulfur carrier protein cysO" + /protein_id="SIT99973.1" + /db_xref="GOA:P0A647" + /db_xref="InterPro:IPR003749" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR016155" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A647" + /translation="MNVTVSIPTILRPHTGGQKSVSASGDTLGAVISDLEANYSGISE + RLMDPSSPGKLHRFVNIYVNDEDVRFSGGLATAIADGDSVTILPAVAGG" + gene 1505838..1506809 + /gene="cysM" + /locus_tag="BQ2027_MB1371" + CDS 1505838..1506809 + /gene="cysM" + /locus_tag="BQ2027_MB1371" + /note="Mb1371, cysM, len: 323 aa. Equivalent to Rv1336, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 323 aa overlap). Probable cysM, cysteine + synthase B (EC 4.2.99.8), similar to many e.g. + CYSM_ECOLI|P16703 Escherichia coli (303 aa), FASTA scores: + opt: 720, E(): 4.6e-40, (41.1% identity in 302 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + cysteine synthase subunits e.g. Rv1077, Rv2334, Rv0848, + etc. Contains PS00901 Cysteine synthase/cystathionine + beta-synthase P-phosphate attachment site. BELONGS TO THE + CYSTEINE SYNTHASE/CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE FAMILY. + Protein product from Mb1371 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1371 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cysteine synthase b cysm (csase b) + (o-phosphoserine sulfhydrylase b) (o-phosphoserine + (thiol)-lyase b)" + /protein_id="SIT99974.1" + /db_xref="GOA:P63874" + /db_xref="InterPro:IPR001216" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR005856" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63874" + /translation="MTRYDSLLQALGNTPLVGLQRLSPRWDDGRDGPHVRLWAKLEDR + NPTGSIKDRPAVRMIEQAEADGLLRPGATILEPTSGNTGISLAMAARLKGYRLICVMP + ENTSVERRQLLELYGAQIIFSAAEGGSNTAVATAKELAATNPSWVMLYQYGNPANTDS + HYCGTGPELLADLPEITHFVAGLGTTGTLMGTGRFLREHVANVKIVAAEPRYGEGVYA + LRNMDEGFVPELYDPEILTARYSVGAVDAVRRTRELVHTEGIFAGISTGAVLHAALGV + GAGALAAGERADIALVVADAGWKYLSTGAYAGSLDDAETALEGQLWA" + gene 1506800..1507522 + /locus_tag="BQ2027_MB1372" + CDS 1506800..1507522 + /locus_tag="BQ2027_MB1372" + /note="Mb1372, -, len: 240 aa. Equivalent to Rv1337, len: + 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 240 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Highly similar to P53426 hypothetical + protein B1549_C3_240 from M.leprae (251); and + P74553|D90916 hypothetical protein from Synechocystis sp. + (198 aa), FASTA scores: E(): 2.3e-25, (43.6% identity in + 181 aa overlap). Mb1372 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99975.1" + /db_xref="GOA:P64816" + /db_xref="InterPro:IPR022764" + /db_xref="InterPro:IPR035952" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64816" + /translation="MGMTPRRKRRGGAVQITRPTGRPRTPTTQTTKRPRWVVGGTTIL + TFVALLYLVELIDQLSGSRLDVNGIRPLKTDGLWGVIFAPLLHANWHHLMANTIPLLV + LGFLMTLAGLSRFVWATAIIWILGGLGTWLIGNVGSSCGPTDHIGASGLIFGWLAFLL + VFGLFVRKGWDIVIGLVVLFVYGGILLGAMPVLGQCGGVSWQGHLSGAVAGVVAAYLL + SAPERKARALKRAGARSGHPKL" + gene 1507519..1508334 + /gene="murI" + /locus_tag="BQ2027_MB1373" + CDS 1507519..1508334 + /gene="murI" + /locus_tag="BQ2027_MB1373" + /note="Mb1373, murI, len: 271 aa. Equivalent to Rv1338, + len: 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 271 aa overlap). Probable murI, + glutamate racemase (EC 5.1.1.3), highly similar to many + e.g. MURI_MYCLE|P46705 (272 aa), FASTA scores: opt: 1559, + E(): 0, (88.9% identity in 271 aa overlap). Contains + PS00924 Aspartate and glutamate racemases signature 2. + Protein product from Mb1373 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1373 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMATE RACEMASE MURI" + /protein_id="SIT99976.1" + /db_xref="GOA:P63636" + /db_xref="InterPro:IPR001920" + /db_xref="InterPro:IPR004391" + /db_xref="InterPro:IPR015942" + /db_xref="InterPro:IPR018187" + /db_xref="InterPro:IPR033134" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63636" + /translation="MNSPLAPVGVFDSGVGGLTVARAIIDQLPDEDIVYVGDTGNGPY + GPLTIPEIRAHALAIGDDLVGRGVKALVIACNSASSACLRDARERYQVPVVEVILPAV + RRAVAATRNGRIGVIGTRATITSHAYQDAFAAARDTEITAVACPRFVDFVERGVTSGR + QVLGLAQGYLEPLQRAEVDTLVLGCTHYPLLSGLIQLAMGENVTLVSSAEETAKEVVR + VLTEIDLLRPHDAPPATRIFEATGDPEAFTKLAARFLGPVLGGVQPVHPSRIH" + gene 1508361..1509182 + /locus_tag="BQ2027_MB1374" + CDS 1508361..1509182 + /locus_tag="BQ2027_MB1374" + /note="Mb1374, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv1339, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 273 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Y211_MYCLE|P50474 hypothetical + protein b1549_c2_211 from Mycobacterium leprae (284 aa), + FASTA scores: opt: 1672, E(): 0, (86.2% identity in 276 aa + overlap). Also similar to AL096852|SCE19A.08 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (250 aa), FASTA + scores: opt: 630, E(): 0, (42.2% identity in 256 aa + overlap). Similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv3796, Rv2407. Protein product from + Mb1374 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1374 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal-dependent hydrolases of the beta-lactamase + superfamily III" + /protein_id="SIT99977.1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66874" + /translation="MRRCIPHRCIGHGTVVSVRITVLGCSGSVVGPDSPASGYLLRAP + HTPPLVIDFGGGVLGALQRHADPASVHVLLSHLHADHCLDLPGLFVWRRYHPSRPSGK + ALLYGPSDTWSRLGAASSPYGGEIDDCSDIFDVHHWADSEPVTLGALTIVPRLVAHPT + ESFGLRITDPSGASLAYSGDTGICDQLVELARGVDVFLCEASWTHSPKHPPDLHLSGT + EAGMVAAQAGVRELLLTHIPPWTSREDVISEAKAEFDGPVHAVVCDETFEVRRAG" + gene 1509199..1509978 + /gene="rphA" + /locus_tag="BQ2027_MB1375" + CDS 1509199..1509978 + /gene="rphA" + /locus_tag="BQ2027_MB1375" + /note="Mb1375, rphA, len: 259 aa. Equivalent to Rv1340, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 259 aa overlap). Probable rphA, + Ribonuclease ph (EC 2.7.7.56), highly similar to others + e.g. RNPH_MYCLE|P37939 from Mycobacterium leprae (259 aa), + FASTA scores: opt: 1524, E(): 0, (88.8% identity in 259 aa + overlap). BELONGS TO THE RNASE PH FAMILY. Protein product + from Mb1375 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1375 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBONUCLEASE RPHA (RNase PH) (tRNA + nucleotidyltransferase)" + /protein_id="SIT99978.1" + /db_xref="GOA:Q7U076" + /db_xref="InterPro:IPR001247" + /db_xref="InterPro:IPR002381" + /db_xref="InterPro:IPR015847" + /db_xref="InterPro:IPR018336" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR027408" + /db_xref="InterPro:IPR036345" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U076" + /translation="MSKREDGRLDHELRPVIITRGFTENPAGSVLIEFGHTKVLCTAS + VTEGVPRWRKATGLGWLTAEYAMLPSATHSRSDRESVRGRLSGRTQEISRLISRSLRA + CIDLAALGENTIAIDCDVLQADGGTRTAAITGAYVALADAVTYLSAAGKLSDPRPLSC + AIAAVSVGVVDGRIRVDLPYEEDSRAEVDMNVVATDTGTLVEIQGTGEGATFARSTLD + KLLDMALGACDTLFAAQRDALALPYPGVLPQGPPPPKAFGT" + gene 1510017..1510631 + /locus_tag="BQ2027_MB1376" + CDS 1510017..1510631 + /locus_tag="BQ2027_MB1376" + /EC_number="3.6.1.66" + /note="Mb1376, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv1341, len: + 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 204 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to ML014|U00014 hypothetical protein + B1549_C2_213 from Mycobacterium leprae (285 aa), FASTA + scores: opt: 1073, E(): 0, (83.0% identity in 206 aa + overlap). Some similarity to P52061|YGGV_ECOLI + HYPOTHETICAL PROTEIN yggV (197 aa), FASTA scores: opt: + 521, E(): 7.9e-27, (46.0% identity in 200 aa overlap). + Protein product from Mb1376 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1376 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nucleoside 5-triphosphatase RdgB (dHAPTP, dITP, + XTP-specific) (EC" + /protein_id="SIT99979.1" + /db_xref="GOA:P64308" + /db_xref="InterPro:IPR002637" + /db_xref="InterPro:IPR020922" + /db_xref="InterPro:IPR029001" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64308" + /translation="MALVTKLLVASRNRKKLAELRRVLDGAGLSGLTLLSLGDVSPLP + ETPETGVTFEDNALAKARDAFSATGLASVADDSGLEVAALGGMPGVLSARWSGRYGDD + AANTALLLAQLCDVPDERRGAAFVSACALVSGSGEVVVRGEWPGTIAREPRGDGGFGY + DPVFVPYGDDRTAAQLSPAEKDAVSHRGRALALLLPALRSLATG" + gene complement(1510628..1510990) + /locus_tag="BQ2027_MB1377C" + CDS complement(1510628..1510990) + /locus_tag="BQ2027_MB1377C" + /note="Mb1377c, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv1342c, + len: 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 120 aa overlap). Conserved membrane + protein. Highly similar to G466926|P54133 hypothetical + protein B1549_F2_59 from Mycobacterium leprae (119 aa), + FASTA scores, opt: 544, E(): 1.9e-29, (68.3 % identity in + 120 aa overlap). Protein product from Mb1377c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1377c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIT99980.1" + /db_xref="GOA:P0A5E8" + /db_xref="InterPro:IPR023845" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5E8" + /translation="MTAPETPAAQHAEPAIAVERIRTALLGYRIMAWTTGLWLIALCY + EIVVRYVVKVDNPPTWIGVVHGWVYFTYLLLTLNLAVKVRWPLGKTAGVLLAGTIPLL + GIVVEHFQTKEIKARFGL" + gene complement(1510987..1511367) + /gene="lprD" + /locus_tag="BQ2027_MB1378C" + CDS complement(1510987..1511367) + /gene="lprD" + /locus_tag="BQ2027_MB1378C" + /note="Mb1378c, lprD, len: 126 aa. Equivalent to Rv1343c, + len: 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 126 aa overlap). Probable lprD, + conserved lipoprotein, highly similar to G466928 + Mycobacterium leprae protein B1549_F3_106 (126 aa), FASTA + scores, opt: 704, E(): 7.5e-36, (78.4 % identity in 125 aa + overlap). Has N-terminal signal sequence and appropriately + positioned prokaryotic lipoprotein attachment site. + Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Mb1378c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPRD" + /protein_id="SIT99981.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY27" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY27" + /translation="MSTTRRRRPALIALVIIATCGCLALGWWQWTRFQSTSGTFQNLG + YALQWPLFAWFCVYAYRNFVRYEETPPQPPTGGAAAAIPAGLLPERPKPAQQPPDDPV + LREYNAYLAELAKDDARKQNRTTA" + gene 1511412..1511732 + /gene="mbtl" + /locus_tag="BQ2027_MB1379" + CDS 1511412..1511732 + /gene="mbtl" + /locus_tag="BQ2027_MB1379" + /note="Mb1379, -, len: 106 aa. Equivalent to Rv1344, len: + 106 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 106 aa overlap). Possible acyl carrier + protein, similar to others e.g. ACP_RHIME|P19372 Rhizobium + meliloti (77 aa), FASTA scores: opt: 117, E(): 0.03, + (29.9% identity in 67 aa overlap) and ACP_SYNY3|P20804 + acyl carrier protein (acp) from Synechocystis sp (77 aa), + FASTA scores: E(): 7.1e-05, (34.8% identity in 66 aa + overlap). Also similar to Rv2244 and Rv0033 from + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb1379 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1379 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acyl carrier protein (acp) mbtl" + /protein_id="SIT99982.1" + /db_xref="GOA:P63453" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63453" + /translation="MWRYPLSTRLALPNTPGVASFAMTSSPSTVSTTLLSILRDDLNI + DLTRVTPDARLVDDVGLDSVAFAVGMVAIEERLGVALSEEELLTCDTVGELEAAIAAK + YRDE" + gene 1511725..1513290 + /gene="mbtm" + /locus_tag="BQ2027_MB1380" + CDS 1511725..1513290 + /gene="mbtm" + /locus_tag="BQ2027_MB1380" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1380, fadD33, len: 521 aa. Equivalent to Rv1345, + len: 521 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 521 aa overlap). Possible fadD33, + polyketide synthase, similar to N-terminus of T34918 + polyketide synthase from Streptomyces coelicolor (2297 + aa); and PKSJ_BACSU|P40806 putative polyketide + biosynthesis protein from Bacillus subtilis (557 aa), + FASTA scores: opt: 537, E(): 8.2e-27, (27.1% identity in + 468 aa overlap). Also similar to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis eg + Rv1013|MTCI237.30|MTCY10G2.36c|pks16 PUTATIVE POLYKETIDE + SYNTHASE (544 aa); etc. Protein product from Mb1380 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1380 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty acyl-amp ligase mbtm" + /protein_id="SIT99983.1" + /db_xref="GOA:P0A4X9" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4X9" + /translation="MSELAAVLTRSMQASAGDLMVLDRETSLWCRHPWPEVHGLAESV + AAWLLDHDRPAAVGLVGEPTVELVAAIQGAWLAGAAVSILPGPVRGANDQRWADATLT + RFLGIGVRTVLSQGSYLARLRSVDTAGVTIGDLSTAAHTNRSATPVASEGPAVLQGTA + GSTGAPRTAILSPGAVLSNLRGLNQRVGTDAATDVGCSWLPLYHDMGLAFVLSAALAG + APLWLAPTTAFTASPFRWLSWLSDSGATMTAAPNFAYNLIGKYARRVSEVDLGALRVT + LNGGEPVDCDGLTRFAEAMAPFGFDAGAVLPSYGLAESTCAVTVPVPGIGLLADRVID + GSGAHKHAVLGNPIPGMEVRISCGDQAAGNASREIGEIEIRGASMMAGYLGQQPIDPD + DWFATGDLGYLGAGGLVVCGRAKEVISIAGRNIFPTEVELVAAQVRGVREGAVVALGT + GDRSTRPGLVVAAEFRGPDEANARAELIQRVASECGIVPSDVVFVSPGSLPRTSSGKL + RRLAVRRSLEMAD" + gene 1513290..1514450 + /gene="mbtn" + /locus_tag="BQ2027_MB1381" + CDS 1513290..1514450 + /gene="mbtn" + /locus_tag="BQ2027_MB1381" + /note="Mb1381, fadE14, len: 386 aa. Equivalent to Rv1346, + len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 386 aa overlap). Possible fadE14, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + NP_251579.1|NC_002516 probable acyl-CoA dehydrogenase from + Pseudomonas aeruginosa (386 aa); + NP_036951.1|NM_012819|ACDL_RAT|P15650 acyl Coenzyme A + dehydrogenase (long chain) from Rattus norvegicus (430 + aa), FASTA scores: opt: 414, E(): 1.2e-18, (26.1% identity + in 376 aa overlap); etc. Protein product from Mb1381 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1381 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acyl-coa dehydrogenase mbtn" + /protein_id="SIT99984.1" + /db_xref="GOA:P63432" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63432" + /translation="MTAGSDLDDFRGLLAKAFDERVVAWTAEAEAQERFPRQLIEHLG + VCGVFDAKWATDARPDVGKLVELAFALGQLASAGIGVGVSLHDSAIAILRRFGKSDYL + RDICDQAIRGAAVLCIGASEESGGSDLQIVETEIRSRDGGFEVRGVKKFVSLSPIADH + IMVVARSVDHDPTSRHGNVAVVAVPAAQVSVQTPYRKVGAGPLDTAAVCIDTWVPADA + LVARAGTGLAAISWGLAHERMSIAGQIAASCQRAIGITLARMMSRRQFGQTLFEHQAL + RLRMADLQARVDLLRYALHGIAEQGRLELRTAAAVKVTAARLGEEVISECMHIFGGAG + YLVDETTLGKWWRDMKLARVGGGTDEVLWELVAAGMTPDHDGYAAVVGASKA" + gene complement(1514417..1515049) + /gene="mbtk" + /locus_tag="BQ2027_MB1382C" + CDS complement(1514417..1515049) + /gene="mbtk" + /locus_tag="BQ2027_MB1382C" + /note="Mb1382c, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv1347c, + len: 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 210 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to the C-terminus of + malonyl-coenzyme A carboxylases e.g. G545170 + malonyl-coenzyme A carboxylase (417 aa), FASTA scores: + opt: 392, E(): 4.9 e-20, (35.6% identity in 174 aa + overlap). Protein product from Mb1382c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1382c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="lysine n-acetyltransferase mbtk" + /protein_id="SIT99985.1" + /db_xref="GOA:P64820" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR019432" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64820" + /translation="MTKPTSAGQADDALVRLARERFDLPDQVRRLARPPVPSLEPPYG + LRVAQLTDAEMLAEWMNRPHLAAAWEYDWPASRWRQHLNAQLEGTYSLPLIGSWHGTD + GGYLELYWAAKDLISHYYDADPYDLGLHAAIADLSKVNRGFGPLLLPRIVASVFANEP + RCRRIMFDPDHRNTATRRLCEWAGCKFLGEHDTTNRRMALYALEAPTTAA" + gene 1515172..1515255 + /locus_tag="BQ2027_LEUW" + tRNA 1515172..1515255 + /locus_tag="BQ2027_LEUW" + /product="tRNA-Leu" + /note="leuW, len: 84 nt. Equivalent to leuW, len: 84 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, (100.0% + identity in 84 nt overlap). tRNA-Leu, anticodon tag." + gene 1515491..1518070 + /gene="irta" + /locus_tag="BQ2027_MB1383" + CDS 1515491..1518070 + /gene="irta" + /locus_tag="BQ2027_MB1383" + /note="Mb1383, -, len: 859 aa. Equivalent to Rv1348, len: + 859 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 859 aa overlap). Probable + drugs-transport transmembrane protein ATP binding protein + ABC transporter (see citation below), similar to + HMT1_SCHPO|Q02592 heavy metal tolerance protein precursor + from Schizosaccharomyces pombe (830 aa), FASTA scores: + opt: 806, E(): 5.1e-39, (32.9% identity in 504 aa + overlap); etc. Also similar to MTCY02B10.13 from + Mycobacterium tuberculosis, FASTA score: (31.9% identity + in 576 aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop), and PS00211 ABC transporters family + signature. BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb1383 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1383 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="iron-regulated transporter irta" + /protein_id="SIT99986.1" + /db_xref="GOA:P63392" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR007037" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR013113" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63392" + /translation="MARGLQGVMLRSFGARDHTATVIETISIAPHFVRVRMVSPTLFQ + DAEAEPAAWLRFWFPDPNGSNTEFQRAYTISEADPAAGRFAVDVVLHDPAGPASSWAR + TVKPGATIAVMSLMGSSRFDVPEEQPAGYLLIGDSASIPGMNGIIETVPNDVPIEMYL + EQHDDNDTLIPLAKHPRLRVRWVMRRDEKSLAEAIENRDWSDWYAWATPEAAALKCVR + VRLRDEFGFPKSEIHAQAYWNAGRAMGTHRATEPAATEPEVGAAPQPESAVPAPARGS + WRAQAASRLLAPLKLPLVLSGVLAALVTLAQLAPFVLLVELSRLLVSGAGAHRLFTVG + FAAVGLLGTGALLAAALTLWLHVIDARFARALRLRLLSKLSRLPLGWFTSRGSGSIKK + LVTDDTLALHYLVTHAVPDAVAAVVAPVGVLVYLFVVDWRVALVLFGPVLVYLTITSS + LTIQSGPRIVQAQRWAEKMNGEAGSYLEGQPVIRVFGAASSSFRRRLDEYIGFLVAWQ + RPLAGKKTLMDLATRPATFLWLIAATGTLLVATHRMDPVNLLPFMFLGTTFGARLLGI + AYGLGGLRTGLLAARHLQVTLDETELAVREHPREPLDGEAPATVVFDHVTFGYRPGVP + VIQDVSLTLRPGTVTALVGPSGSGKSTLATLLARFHDVERGAIRVGGQDIRSLAADEL + YTRVGFVLQEAQLVHGTAAENIALAVPDAPAEQVQVAAREAQIHDRVLRLPDGYDTVL + GANSGLSGGERQRLTIARAILGDTPVLILDEATAFADPESEYLVQQALNRLTRDRTVL + VIAHRLHTITRADQIVVLDHGRIVERGTHEELLAAGGRYCRLWDTGQGSRVAVAAAQD + GTR" + gene 1518067..1519806 + /gene="irtb" + /locus_tag="BQ2027_MB1384" + CDS 1518067..1519806 + /gene="irtb" + /locus_tag="BQ2027_MB1384" + /note="Mb1384, -, len: 579 aa. Equivalent to Rv1349, len: + 579 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 579 aa overlap). Probable + drugs-transport transmembrane ATP binding protein ABC + transporter (see citation below), most similar to + YWJA_BACSU|P45861 hypothetical ABC transporter from + Bacillus subtilis (575 aa), FASTA scores: opt: 721, E(): + 1.8e-35, (28.9% identity in 567 aa overlap); etc. Also + similar to MTCY02B10.12 from Mycobacterium tuberculosis, + FASTA score: (31.9% identity in 576 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Mb1384 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="iron-regulated transporter irtb" + /protein_id="SIT99987.1" + /db_xref="GOA:P63394" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63394" + /translation="MIRTWIALVPNDHRARLIGFALLAFCSVVARAVGTVLLVPLMAA + LFGEAPQRAWLWLGWLSAATVAGWVLDAVTARIGIELGFAVLNHTQHDVADRLPVVRL + DWFTAENTATARQAIAATGPELVGLVVNLVTPLTSAILLPAVIALALLPISWQLGVAA + LAGVPLLLGALWASAAFARRADTAADKANTALTERIIEFARTQQALRAARRVEPARSL + VGNALASQHTATMRLLGMQIPGQLLFSIASQLALIVLAGTTAALTITGTLTVPEAIAL + IVVMVRYLEPFTAVSELAPALESTRATLGRIGSVLTAPVMVAGSGTWRDGAVVPRIEF + DDVAFGYDGGSGPVLDGVSFCLQPGTTTAIVGPSGCGKSTILALIAGLHQPTRGRVLI + DGTDVATLDARAQQAVCSVVFQHPYLFHGTIRDNVFAADPGASDDQFAQAVRLARVDE + LIARLPDGANTIVGEAGSALSGGERQRVSIARALLKAAPVLLVDEATSALDAENEAAV + VDALAADPRSRTRVIVAHRLASIRHADRVLFVDDGRVVEDGSISELLTAGGRFSQFWR + QQHEAAEWQILAE" + gene 1519935..1520678 + /gene="fabG2" + /locus_tag="BQ2027_MB1385" + CDS 1519935..1520678 + /gene="fabG2" + /locus_tag="BQ2027_MB1385" + /note="Mb1385, fabG2, len: 247 aa. Equivalent to Rv1350, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 247 aa overlap). Probable fabG2, + 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase (EC 1.1.1.100), + highly similar to many e.g. NP_350157.1|NC_003030 + 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase from Clostridium + acetobutylicum (249 aa); NP_229523.1|NC_000853 + 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase from Thermotoga + maritima (246 aa); AAC44307.1|U59433 3-ketoacyl-acyl + carrier protein reductase from Bacillus subtilis (246 aa); + etc. Contains PS00061 Short-chain + dehydrogenases/reductases family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb1385 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1385 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] + reductase fabg2 (3-ketoacyl-acyl carrier protein + reductase)" + /protein_id="SIT99988.1" + /db_xref="GOA:P66782" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66782" + /translation="MASLLNARTAVITGGAQGLGLAIGQRFVAEGARVVLGDVNLEAT + EVAAKRLGGDDVALAVRCDVTQADDVDILIRTAVERFGGLDVMVNNAGITRDATMRTM + TEEQFDQVIAVHLKGTWNGTRLAAAIMRERKRGAIVNMSSVSGKVGMVGQTNYSAAKA + GIVGMTKAAAKELAHLGIRVNAIAPGLIRSAMTEAMPQRIWDQKLAEVPMGRAGEPSE + VASVAVFLASDLSSYMTGTVLDVTGGRFI" + gene 1520675..1521004 + /locus_tag="BQ2027_MB1386" + CDS 1520675..1521004 + /locus_tag="BQ2027_MB1386" + /note="Mb1386, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv1351, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 109 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1386 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99989.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64822" + /translation="MTPRSLPRYGNSSRRKSFPMHRPSNVATATRKKSSIGWVLLACS + VAGCKGIDTTEFILGRAGAFELAVRAAQHRHRYLTMVNVGRAPPRRCRTVCMAATDTP + RNIRLNG" + gene 1521207..1521578 + /locus_tag="BQ2027_MB1387" + CDS 1521207..1521578 + /locus_tag="BQ2027_MB1387" + /note="Mb1387, -, len: 123 aa. Equivalent to Rv1352, len: + 123 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 123 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to Rv1906c|MTCY180.12 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (156 + aa), FASTA scores: E(): 4e-05, (36.2% identity in 116 aa + overlap). Protein product from Mb1387 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1387 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIT99990.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64824" + /translation="MARTLALRASAGLVAGMAMAAITLAPGARAETGEQFPGDGVFLV + GTDIAPGTYRTEGPSNPLILVFGRVSELSTCSWSTHSAPEVSNENIVDTNTSMGPMSV + VIPPTVAAFQTHNCKLWMRIS" + gene complement(1521644..1522429) + /locus_tag="BQ2027_MB1388C" + CDS complement(1521644..1522429) + /locus_tag="BQ2027_MB1388C" + /note="Mb1388c, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv1353c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 261 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to + TER1_ECOLI|P03038 tetracycline repressor protein class A + from Escherichia coli (216 aa), FASTA scores, opt: 231, + E(): 1.6e-08, (31.3% identity in 211 aa overlap). Helix + turn helix motif present at aa 3859 (+3.59 SD). BELONGS TO + THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99991.1" + /db_xref="GOA:P67435" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR004111" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67435" + /translation="MQTTPGKRQRRQRGSINPEDIISGAFELAQQVSIDNLSMPLLGK + HLGVGVTSIYWYFRKKDDLLNAMTDRALSKYVFATPYIEAGDWRETLRNHARSMRKTF + ADNPVLCDLILIRAALSPKTARLGAQEMEKAIANLVTAGLSLEDAFDIYSAVSVHVRG + SVVLDRLSRKSQSAGSGPSAIEHPVAIDPATTPLLAHATGRGHRIGAPDETNFEYGLE + CILDHAGRLIEQSSKAAGEVAVRRPTATADAPTPGARAKAVAR" + gene complement(1522449..1524320) + /locus_tag="BQ2027_MB1389C" + CDS complement(1522449..1524320) + /locus_tag="BQ2027_MB1389C" + /note="Mb1389c, -, len: 623 aa. Equivalent to Rv1354c, + len: 623 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 623 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many hypothetical proteins e.g. the + C-terminus of G1001455 Synechocystis sp. (1244 aa), FASTA + scores: opt: 933, E(): 0, (36.8% identity in 462 aa + overlap); also similar to Rv1357c|MTCY02B10.21c (34.0% + identity in 253 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sensory box/GGDEF family protein" + /protein_id="SIT99992.1" + /db_xref="InterPro:IPR000160" + /db_xref="InterPro:IPR001633" + /db_xref="InterPro:IPR003018" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="InterPro:IPR035919" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64826" + /translation="MCNDTATPQLEELVTTVANQLMTVDAATSAEVSQRVLAYLVEQL + GVDVSFLRHNDRDRRATRLVAEWPPRLNIPDPDPLRLIYFADADPVFALCEHAKEPLV + FRPEPATEDYQRLIEEARGVPVTSAAAVPLVSGEITTGLLGFIKFGDRKWHEAELNAL + MTIATLFAQVQARVAAEARLRYLADHDDLTGLHNRRALLQHLDQRLAPGQPGPVAALF + LDLDRLKAINDYLGHAAGDQFIHVFAQRIGDALVGESLIARLGGDEFVLIPASPMSAD + AAQPLAERLRDQLKDHVAIGGEVLTRTVSIGVASGTPGQHTPSDLLRRADQAALAAKH + AGGDSVAIFTADMSVSGELRNDIELHLRRGIESDALRLVYLPEVDLRTGDIVGTEALV + RWQHPTRGLLAPGCFIPVAESINLAGELDRWVLRRACNEFSEWQSAGLGHDALLRINV + SAGQLVTGGFVDFVADTIGQHGLDASSVCLEITENVVVQDLHTARATLARLKEVGVHI + AIDDFGTGYSAISLLQTLPIDTLKIDKTFVRQLGTNTSDLVIVRGIMTLAEGFQLDVV + AEGVETEAAARILLDQRCYRAQGFLFSRPVPGEAMRHMLSARRLPPTCIPATDPALS" + gene complement(1524329..1526476) + /gene="moeY" + /locus_tag="BQ2027_MB1390C" + CDS complement(1524329..1526476) + /gene="moeY" + /locus_tag="BQ2027_MB1390C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1390c, moeY, len: 715 aa. Equivalent to Rv1355c, + len: 715 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 715 aa overlap). Possible moeY, + Molybdopterin biosynthesis protein, very weak similarity + to MOEB_ECOLI|P12282 molybdopterin biosynthesis moeb + protein (249 aa), FASTA scores, opt: 180, E(): 8.5e-05, + (29.3% identity in 174 aa overlap). Mb1390c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEY" + /protein_id="SIT99993.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y090" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="InterPro:IPR000594" + /db_xref="InterPro:IPR035985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y090" + /translation="MTIPHEGGSTGILVLRDDDHDDVLVLDRLRSDPSIEFVDRFAEQ + LAGVRRLLPQPDPDLLEEAKRWAYYPWRRMVVAILGPRGFRAVRLDRNRHLITAEEQR + ALHALRVGVVGLSAGHAIAYTLAAEGACGTLRLADFDKIELSNLNRVPVGVFDIGLNK + AMIAARRIAELDPYLAVDLVTSGLSPESVDEFLDGLDVVIEECDSLDIKVILRQAACA + RGVPVLMATSDRGLVDVERYDVEPGRPIFHGLLGDIDADKLCGLTTKDKVPHVLNILD + CQELSARCAASMIEVDQTLWGWPQLAGDIWVGAATVAEAVRRIGLGEPLESGRVRVDV + SAALDRLDQPPMPSRGNGWLLESVPPTAPAEPQPTSEIVAQAAIRAPSGGNVQPWHVV + AKQHSLTIRLAPEHTSAMDIAFRGSAVAVGAAMFNARVAAAAHRVLGSVEFDESQPDS + PLQATMHFGRGDDPSLAALYRPMLLRTTNRHHGMPGHVHPATVELLTNTAAAEGARLQ + LLLSRNEIDRAATILAAADRIRYLTPRLHEEMMSELRWPGDPSLDAGIDVRSLELDSG + ELRVLDILRRSDVVARLAQWDCGTALEDNTNERVSASSALAIVYVDGATLTDFARGGS + AMQAVWIVAQQHGLAVQPMSPIFLYARGRHDLDQASPHFAAQLHRLQLDFRELVKPGK + EGHEVLIFRLFHAPPPSVCSRRRVRHAIPEPHR" + gene complement(1526473..1527264) + /locus_tag="BQ2027_MB1391C" + CDS complement(1526473..1527264) + /locus_tag="BQ2027_MB1391C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1391c, -, len: 263 aa. Equivalent to Rv1356c, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 263 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIT99994.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64828" + /translation="MLIAGYLTDWRIMTTAQLRPIAPQKLHFSENLSVWVSDAQCRLV + VSQPALDPTLWNTYLQGALRAYSKHGVECTLDLDAISDGSDTQLFFAAIDIGGDVVGG + ARVIGPLRSADDSHAVVEWAGNPGLSAVRKMINDRAPFGVVEVKSGWVNSDAQRSDAI + AAALARALPLSMSLLGVQFVMGTAAAHALDRWRSSGGVIAARIPAAAYPDERYRTKMI + WWDRRTLANHAEPKQLSRMLVESRKLLRDVEALSATTAATAGAEQ" + gene complement(1527737..1528660) + /locus_tag="BQ2027_MB1392C" + CDS complement(1527737..1528660) + /locus_tag="BQ2027_MB1392C" + /note="Mb1392c, -, len: 307 aa. Equivalent to Rv1357c, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 307 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to members of the YEGE/YHJK/YJCC family + e.g. Y4LL_RHISN|P55552 hypothetical protein Y4ll from + Rhizobium sp. (827 aa), FASTA scores: E(): 0, (37.7% + identity in 257 aa overlap), also similar to + Rv1354c|MTCY02B10.18c (34.0% identity in 253 aa overlap). + BELONGS TO THE YEGE/YHDA/YHJK/YJCC FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sensory box/GGDEF family protein" + /protein_id="SIT99995.1" + /db_xref="GOA:P64830" + /db_xref="InterPro:IPR001633" + /db_xref="InterPro:IPR035919" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64830" + /translation="MDRCCQRATAFACALRPTKLIDYEEMFRGAMQARAMVANPDQWA + DSDRDQVNTRHYLSTSMRVALDRGEFFLVYQPIIRLADNRIIGAEALLRWEHPTLGTL + LPGRFIDRAENNGLMVPLTAFVLEQACRHVRSWRDHSTDPQPFVSVNVSASTICDPGF + LVLVEGVLGETGLPAHALQLELAEDARLSRDEKAVTRLQELSALGVGIAIDDFGIGFS + SLAYLPRLPVDVVKLGGKFIECLDGDIQARLANEQITRAMIDLGDKLGITVTAKLVET + PSQAARLRAFGCKAAQGWHFAKALPVDFFRE" + gene 1529056..1532535 + /locus_tag="BQ2027_MB1393" + CDS 1529056..1532535 + /locus_tag="BQ2027_MB1393" + /note="Mb1393, -, len: 1159 aa. Equivalent to Rv1358, len: + 1159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 1159 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, some similarity to + AFSR_STRCO|P25941 regulatory protein afsr from + Streptomyces coelicolor (993 aa), FASTA scores: opt: 210, + E(): 5.5e-06, (27.5% identity in 739 aa overlap). Similar + also to Rv0890C|MTCY31.18c (65.5% identity in 884 aa + overlap) and to Rv1359|MTCY02B10.23 (43.7% identity in 197 + aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A, PS00622 Bacterial regulatory proteins, luxR family + signature. Helix turn helix motif present at aa 1116-1137, + (Score 1291, +3.59 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99996.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYI6" + /db_xref="InterPro:IPR000792" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYI6" + /translation="MFLSAPAFRVEPTRSRHSALRWARHRRFADVPRWQMLRSLQIAD + QIARTGHMPVRRLDLIWISARNAARRELDLGVAALVEAVTLLTADVEGSTRLSQTRLN + ELAADYPTLDQNISEAVAAHGGVTRPVDQEVGSGLVVAFLRAGDAIACALELQLSTLA + PMRPRVGVHTGDVRLRGDGTITGSAINESACLRDLAHEGQTLLSAATGDLVIDQLPAN + TWLTDVGKYPLRGLHRQERVIQLCHRDLRNEFPPLRMSVGNRSSLPAQFTTFVGRDAQ + INEVQEVLTNYRLVTLRGEGGVGKTRLAIQIAAASEFRDGLCFVDLAPIADPGMVSTT + AAHALGLIDRPGSSTFDTLSHAIGNCHMLMVLDNCEHVLDACAELVVELLGACPELSI + LATSRESIGVTGEVTWVVPSLSPANEAIQLFTERARLVQPNFEIVADNFAAVSEICRR + LDGMPLAIELAAARLRSLSPNEIANSLDDRFRLLTGGARSTVQRQQTLRASMDWSYAL + LTDTERILFRRLAVFVGGFDLTAASEVAAAGGDDFVERYSVLDQLTLLVDKSLVVAEE + SRGSTRYRLLETVRQYALEKLNESEEIDGVRARHRTHYATMAAGLNVPASTDYEQRLL + QAEAEIDNLRAAFTWSRGNGDIAAALQLASALQPLWSQGRMREGLAWLESILEREGDN + HLVPAGVWARALAEKVILKAWPATSPMGAPDIVAQAHHALALARDAGDCAVLARALVA + CGCGSGCDTEAAQPYFAEAIELARAINDEWTLSQIDYWQVVGIFISGQPIPLRAAAEQ + ARELADSIGNRFVSRQCRLFACLAQIWEGDANGALALSRDVTAEAEVANDVVTKVLGL + YVEAMALSYIGDSAARTIAGAALEAATELGGIYQDLGYGAITRAALAAGDVAAIEASE + ASWDLRNQHNVVTAHHELMAQAALVRGDVTTARRFADEAVLASTGWHLMMALIARARV + AIAQDELGKARDDAHAAVACGVGVQTYLAMPDALELLAGLAGEAGNHGQAVRLFGAAA + AQRQRTGEVRHKIWDAGYEAATAALRDAMGDEDFTAAWAEGAAAPLDEAIAYAQRGRG + ERKRPSNGWDALTPAEHKIVKLVTEGLVTKDIAARLFVSPRTVQTHLTHIYTKLDVTS + RVQLVQEAAQHST" + gene 1532617..1533369 + /locus_tag="BQ2027_MB1394" + CDS 1532617..1533369 + /locus_tag="BQ2027_MB1394" + /note="Mb1394, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv1359, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 250 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to + Rv0891c|MTCY31.19c, (48.5% identity in 204 aa overlap) and + to Rv1358|MTCY02B10.22 (43.7% identity in 197 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIT99997.1" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY50" + /translation="MFMALRAPMLERMNGLHTDDAPVNWLERRGGRLTSRRRVTLLHA + GVEHPMRLWGVQSEAITAAMVLSRKVSAIIAGHCGVRLVDQGVGDGFVAAFAHASDAV + ACALELHQAPLSPIVLRIGIHTGEAQLVDERIYAGATMNLAAELRDLAHGGQTVMSGA + TEDAVLGRLPMRAWLIGLRPMEGSPERHNFPQSQRIAQLCHPNLRNTFPPLRMRIADA + SGIPYVGRILVNVQVVPHWEGGCAAAGMVLAG" + gene 1533792..1534814 + /locus_tag="BQ2027_MB1395" + CDS 1533792..1534814 + /locus_tag="BQ2027_MB1395" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1395, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv1360, len: + 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 340 aa overlap). Probable oxidoreductase + (EC 1.-.-.-). Similar to Q49598|G1002714 coenzyme + F420-dependent n5, n10-methylenetetrahydromethanopterin + reductase from Methanopyrus kandleri (349 aa), FASTA + scores: opt: 264, E(): 4.4e-11, (26.3% identity in 323 aa + overlap). Protein product from Mb1395 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1395 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIT99998.1" + /db_xref="GOA:P64832" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019919" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64832" + /translation="MGGARRLKLDGSIPNQLARAADAAVALERNGFDGGWTAEASHDP + FLPLLLAAEHTSRLELGTNIAVAFARNPMIVANVGWDLQTYSKGRLILGLGTQIRPHI + EKRFSMPWGHPARRMREFVAALRAIWLAWQDGTKLCFEGEFYTHKIMTPMFTPEPQPY + PVPRVFIAAVGEAMTEMCGEVADGHLGHPMVSKRYLTEVSVPALLRGLARSGRDRSAF + EVSCEVMVATGADDAELAAACTATRKQIAFYGSTPAYRKVLEQHGWGDLHPELHRLSK + LGEWEAMGGLIDDEMLGAFAVVGPVDTIAGALRNRCEGVVDRVLPIFMAASQECINAA + LQDFRR" + gene complement(1534887..1536077) + /gene="PPE19" + /locus_tag="BQ2027_MB1396C" + CDS complement(1534887..1536077) + /gene="PPE19" + /locus_tag="BQ2027_MB1396C" + /standard_name="mtb39b" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1396c, PPE19, len: 396 aa. Similar to Rv1361c, + len: 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (92.9% identity in 396 aa overlap). PPE19 (alternate gene + name: mtb39b). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PPE family of glycine-rich proteins, highly similar to + many e.g. Rv1196|MTCI364.08|PPE18, FASTA scores: E(): 0, + (84.9% identity in 397 aa overlap); MTCY274.23c (42.3% + identity in 416 aa overlap); etc. Contains PS00501 Signal + peptidases I serine active site. Note that expression of + Rv1361c was demonstrated in lysates by immunodetection + (see first citation below). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, the PPE19 gene contains nine + substitutions compared to Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Mb1396c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe19" + /protein_id="SIT99999.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY45" + /translation="MVDFGALPPEINSARMYAGPGSASLVAAAQMWDSVASDLFSAAS + AFQSVVWGLTVGSWIGSSAGLMVAAASPYVAWMSVTAGQAELTAAQVRVAAAAYETAY + GLTVPPPVIAENRAELMILIATNLLGQNTPAIAVNEAEYGEMWAQDAAAMFGYAAATA + TATATLLPFEEAPEMTSAGGLLEQAAAVEEASDTAAANQLMNNVPQALQQLAQPTQGT + TPSSKLGGLWKTVSPHLSPISNIVSMLNNHVSMTNSGVSMTNTLHSMLKGFAPAAAQA + VETAAQNGVQAMSSLGSQLGSSLGSSGLGAGVAANLGRAASVGSLSVPPAWAAANQAV + TPAARALPLTSLTSAAQTAPGHMLGGLPLGQLTNSGGGFGGVSNALRMPPRAYVMPRV + PAAG" + gene complement(1536392..1537054) + /locus_tag="BQ2027_MB1397C" + CDS complement(1536392..1537054) + /locus_tag="BQ2027_MB1397C" + /note="Mb1397c, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv1362c, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 220 aa overlap). Possible membrane + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv1362c|MTCY02B10.27c (25.9% + identity in 216 aa overlap), Rv0177, Rv1973, Rv1972, etc. + Protein product from Mb1397c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1397c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00000.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY64" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY64" + /translation="MTDDVRDVNTETTDATEVAEIDSAAGEAGDSATEAFDTDSATES + TAQKGQRHRDLWRMQVTLKPVPVILILLMLISGGATGWLYLEQYRPDQQTDSGAARAA + GAAASDGTIALLSYSPDTLDQDFATARSHLAGDFLSYYDQFTQQIVAPAAKQKSLKTT + AKVVRAAVSELHPDSAVVLVFVDQSTTSKDSPNPSMAASSVMVTLAKVDGNWLITKFT + PV" + gene complement(1537051..1537836) + /locus_tag="BQ2027_MB1398C" + CDS complement(1537051..1537836) + /locus_tag="BQ2027_MB1398C" + /note="Mb1398c, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv1363c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 261 aa overlap). Possible membrane + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv1362c|MTCY02B10.26c (25.9% + identity in 216 aa overlap); Rv1972|MTV051.10 and Rv0177 + etc. Protein product from Mb1398c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1398c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00001.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY48" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY48" + /translation="MAETTEPPSDAGTSQADAMALAAEAEAAEAEALAAAARARARAA + RLKREALAMAPAEDENVPEEYADWEDAEDYDDYDDYEAADQEAARSASWRRRLRVRLP + RLSTIAMAAAVVIICGFTGLSGYIVWQHHEATERQQRAAAFAAGAKQGVINMNSLDFN + KAKEDVARVIDSSTGEFRDDFQQRAADFTKVVEQSKVVTEGTVNATAVESMNEHSAVV + LVAATSRVTNSAGAKDEPRAWRLKVTVTEEGGQYKMSKVEFVP" + gene complement(1538127..1540088) + /locus_tag="BQ2027_MB1399C" + CDS complement(1538127..1540088) + /locus_tag="BQ2027_MB1399C" + /note="Mb1399c, -, len: 653 aa. Equivalent to Rv1364c, + len: 653 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 653 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to RSBU_BACSU|P40399 sigma factor + sibg regulation protein from Bacillus subtilis (335 aa), + FASTA scores: opt: 224, E(): 2e-07, (25.8% identity in 244 + aa overlap). Protein product from Mb1399c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1399c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible sigma factor regulatory protein" + /protein_id="SIU00002.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY52" + /db_xref="InterPro:IPR000014" + /db_xref="InterPro:IPR000700" + /db_xref="InterPro:IPR001932" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR013656" + /db_xref="InterPro:IPR035965" + /db_xref="InterPro:IPR036457" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY52" + /translation="MAAEMDWDKTVGAAEDVRRIFEHIPAILVGLEGPDHRFVAVNAA + YRGFSPLLDTVGQPAREVYPELEGQQIYEMLDRVYQTGEPQSGSEWRLQTDYDGSGVE + ERYFDFVVTPRRRADGSIEGVQLIVDDVTSRVRARQAAEARVEELSERYRNVRDSATV + MQQALLAASVPVVPGADIAAEYLVAAEDTAAGGDWFDALALGDRLVLVVGDVVGHGVE + AAAVMSQLRTALRMQISTGYTVVEALEAVDRFHKQVPGSKSATMCVGSLDFTSGEFQY + CTAGHPPPLLVTADASARYVEPTGAGPLGSGTGFPVRSEVLNIGDAILFYTDGLIERP + GRPLEASTAEFADLAASIASGSGGFVLDAPARPIDRLCSDTLELLLRSTGYNDDVTLL + AMQRRAPTPPLHITLDATINAARTVRAQLREWLAEIGADHSDIADIVHAISEFVENAV + EHGYATDVSKGIVVEAALAGDGNVRASVIDRGQWKDHRDGARGRGRGLAMAEALVSEA + RIMHGAGGTTATLTHRLSRPARFVTDTMVRRAAFQQTIDSEFVSLVESGRIVVRGDVD + STTAATLDRQIAVESRSGIAPVTIDLSAVTHLGSAGVGALAAACDRARKQGTECVLVA + PPGSPAHHVLSLVQLPVVGADTEDIFAQE" + gene complement(1540227..1540613) + /gene="rsfA" + /locus_tag="BQ2027_MB1400C" + CDS complement(1540227..1540613) + /gene="rsfA" + /locus_tag="BQ2027_MB1400C" + /note="Mb1400c, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv1365c, + len: 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 128 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + proteins e.g. Rv2638|MTCY441.08 (148 aa), FASTA scores: + E(): 0, (53.6% identity in 125 aa overlap); Rv1904, + Rv3687c. Weak similarity to putative anti-anti-sigma + factors e.g. AF134889|AF134889_1 Streptomyces coelicolor + (113 aa), FASTA scores: opt: 137, E(): 0.004, (26.0% + identity in 100 aa overlap). Mb1400c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-anti-sigma factor rsfA (anti-sigma factor + antagonist) (regulator of sigma f a)" + /protein_id="SIU00003.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y099" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR003658" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y099" + /translation="MNPTQAGSFTTPVSNALKATIQHHDSAVIIHARGEIDAANEHTW + QDLVTKAAAATTAPEPLVVNLNGLDFMGCCAVAVLAHKAERCRRRGVDVRLVSRDRAV + ARIIHACGYGDVLPVHPTTESALSAT" + gene 1540834..1541655 + /locus_tag="BQ2027_MB1401" + CDS 1540834..1541655 + /locus_tag="BQ2027_MB1401" + /EC_number="2.7.6.5" + /note="Mb1401, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv1366, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 273 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1401 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1401 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GTP pyrophosphokinase (EC" + /protein_id="SIU00004.1" + /db_xref="GOA:P64834" + /db_xref="InterPro:IPR007685" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64834" + /translation="MVVALVGSAIVDLHSRPPWSNNAVRRLGVALRDGVDPPVDCPSY + AEVMLWHADLAAEVQDRIEGRSWSASELLVTSRAKSQDTLLAKLRRRPYLQLNTIQDI + AGVRIDADLLLGEQTRLAREIADHFGADQPAIHDLRDHPHAGYRAVHVWLRLPAGRVE + IQIRTILQSLWANFYELLADAYGRGIRYDERPEQLAAGVVPAQLQELVGVMQDASADL + AMHEAEWQHCAEIEYPGQRAMALGEASKNKATVLATTKFRLERAINEAESAGGGG" + gene 1541624..1541884 + /locus_tag="BQ2027_MB1401A" + CDS 1541624..1541884 + /locus_tag="BQ2027_MB1401A" + /note="Mb1401A, len: 86 aa. Equivalent to Rv1366A len: 86 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 86 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Protein product from Mb1401A detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1401A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU00005.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY61" + /translation="MRPSRQGEVGEVAGYVVEYNRRTHVRRITEFATPQEAMEHRLKL + EAERTDSNIEIVALVSKSLGTLKQTHSRYFTGEELNVGNGAR" + gene complement(1541956..1543089) + /locus_tag="BQ2027_MB1402C" + CDS complement(1541956..1543089) + /locus_tag="BQ2027_MB1402C" + /note="Mb1402c, -, len: 377 aa. Equivalent to Rv1367c, + len: 377 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 377 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity to penicillin binding proteins + e.g. PBPE_BACSU|P32959 penicillin-binding protein 4* (pbp + 4*) from Bacillus subtilis (451 aa), FASTA scores: E(): + 6.9e-06, (23.6% identity in 373 aa overlap). Similar to + AL031107|SC5A7.06 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (409 aa), FASTA scores: opt: 675, E(): 0, + (40.4% identity in 339 aa overlap). Protein product from + Mb1402c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1402c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Beta-lactamase class C-like and penicillin + binding proteins (PBPs) superfamily" + /protein_id="SIU00006.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ6" + /translation="MVWQREKLLQVNEIGYRDIDAGVPMQRDTLFRIASMTKPVTVAA + AMSLVDEGKLALRDPITRWAPELCKVAVLDDAAGPLDRTHPARRAILIEDLLTHTSGL + AYGFSVSGPISRAYQRLPFGQGPDVWLAALATLPLVHQPGDRVTYSHAIDVLGVIVSR + IEDAPLYQVIDERVLGPAGMTDTGFYVSADAQRRAATMYRLDEQDRLRHDVMGPPHVT + PPSFCNAGGGLWSTADDYLRFVRMLLGDGTVDGVRVLSPESVRLMRTDRLTDEQKRHS + FLGAPFWVGRGFGLNLSVVTDPAKSRPLFGPGGLGTFSWPGAYGTWWQADPSADLILL + YLIQHCPDLSVDAAAAVAGNPSLAKLRTAQPKFVRRTYRALGL" + gene 1543464..1544249 + /gene="lprF" + /locus_tag="BQ2027_MB1403" + CDS 1543464..1544249 + /gene="lprF" + /locus_tag="BQ2027_MB1403" + /note="Mb1403, lprF, len: 261 aa. Equivalent to Rv1368, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 261 aa overlap). Probable lipoprotein + lprF, similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + lipoproteins e.g. Rv1270c|Y08C_MYCTU|Q11049 hypothetical + 26.4 kd protein cy50.12. (257 aa), FASTA scores: opt: 286, + E(): 5.3e-11, (26.3% identity in 270 aa overlap), also + Rv1411c|MTCY21B4.28c, (32.8% identity in 253 aa overlap) + and Rv2945c. Contains possible N-terminal signal sequence + and appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). BELONGS TO THE LPPX/LPRAFG + FAMILY OF LIPOPROTEINS. Protein product from Mb1403 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1403 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved lipoprotein lprf" + /protein_id="SIU00007.1" + /db_xref="GOA:P65315" + /db_xref="InterPro:IPR009830" + /db_xref="InterPro:IPR029046" + /db_xref="PDB:4QA8" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65315" + /translation="MNGLISQACGSHRPRRPSSLGAVAILIAATLFATVVAGCGKKPT + TASSPSPGSPSPEAQQILQDSSKATKGLHSVHVVVTVNNLSTLPFESVDADVTNQPQG + NGQAVGNAKVRMKPNTPVVATEFLVTNKTMYTKRGGDYVSVGPAEKIYDPGIILDKDR + GLGAVVGQVQNPTIQGRDAIDGLATVKVSGTIDAAVIDPIVPQLGKGGGRLPITLWIV + DTNASTPAPAANLVRMVIDKDQGNVDITLSNWGAPVTIPNPAG" + gene 1544445..1545398 + /locus_tag="BQ2027_MB1404" + CDS 1544445..1545398 + /locus_tag="BQ2027_MB1404" + /note="Mb1404 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing.,Mb1404, -, len: 317 aa. Similar to 5' end + of Rv1371, len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (90.9% identity in 166 aa overlap). Probable + membrane protein. Weak similarity to delta 5 fatty acid + desaturases e.g. AB022097|AB022097_1 Dictyostelium + discoideum (467 aa), FASTA score: opt: 173, E(): 0.00052, + (22.4% identity in 438 aa overlap); and Homo sapiens. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1371 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-a) splits Rv1371 into 2 parts, Mb1404 and + Mb1405, with the latter being the more likely product." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00008.1" + /db_xref="InterPro:IPR001199" + /db_xref="InterPro:IPR036400" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY65" + /translation="MTNDLPDVRERDGGPRPAPPAGGPRLSDVWVYNGRAYDLSEWIS + KHPGGAFFIGRTKNRDITAIVKSYHRDPAIVERILQRRYALGRDATPRDIHPKHNAPA + FLFKDDFNSWRDTPKYRFDDPNDLLHRVKARLAEPALAARIKRMDTLYQRHRCSTGRG + LFRGSGCAVGGTELDAAVGLRDCDGSAAQFVGRVRSLRTAPRATRPQPGFQQCLRSQL + CGLVLSHRRRTHPAAPPVYPERGGHQEERVHDDDAATVVVSRSRTYDSQIWPHAQRHG + DPDRRRLQDHAQGRCRGILRKLACRASTLPWIGRGALASGE" + gene 1545400..1545915 + /locus_tag="BQ2027_MB1405" + CDS 1545400..1545915 + /locus_tag="BQ2027_MB1405" + /note="Mb1405, -, len: 331 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1371, len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 331 aa overlap). Probable + membrane protein. Weak similarity to delta 5 fatty acid + desaturases e.g. AB022097|AB022097_1 Dictyostelium + discoideum (467 aa), FASTA score: opt: 173, E(): 0.00052, + (22.4% identity in 438 aa overlap); and Homo sapiens. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1371 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-a) splits Rv1371 into 2 parts, Mb1404 and + Mb1405, with the latter being the more likely product." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00009.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY54" + /translation="MVVFAIAGDFWPWALQFVATLWVSTFLVVASHEFEDDTQGGAVN + GEDWGIDQLEHANDLTVIGNRYVDCFLSAGLSSHRVHHVLPFQRSGFANIVTEDVLRE + EAAKFGVEWLPAKGFITDRLPRLCRKYLLTPSRQAKERHWGFVREHCSPAALKASASY + VVAGFVGIGSV" + gene 1545912..1547093 + /gene="pks18" + /locus_tag="BQ2027_MB1406" + CDS 1545912..1547093 + /gene="pks18" + /locus_tag="BQ2027_MB1406" + /EC_number="2.3.1.74" + /note="Mb1406, -, len: 393 aa. Equivalent to Rv1372, len: + 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 393 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several chalcone synthases e.g. + CHS2_GERHY|P48391 chalcone synthase 2 from gerbra hybrid + (402 aa), FASTA scores: opt: 511, E(): 7e-26, (28.4% + identity in 380 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis hypothetical chalcone synthases, Rv1665, + Rv1660. Mb1406 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Naringenin-chalcone synthase (EC" + /protein_id="SIU00010.1" + /db_xref="GOA:Q7U064" + /db_xref="InterPro:IPR001099" + /db_xref="InterPro:IPR011141" + /db_xref="InterPro:IPR012328" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U064" + /translation="MNVSAESGAPRRAGQRHEVGLAQLPPAPPTTVAVIEGLATGTPR + RVVNQSDAADRVAELFLDPGQRERIPRVYQKSRITTRRMAVDPLDAKFDVFRREPATI + RDRMHLFYEHAVPLAVDVSKRALAGLPYRAAEIGLLVLATSTGFIAPGVDVAIVKELG + LSPSISRVVVNFMGCAAAMNALGTATNYVRAHPAMKALVVCIELCSVNAVFADDINDV + VIHSLFGDGCAALVIGASQVQEKLEPGKVVVRSSFSQLLDNTEDGIVLGVNHNGITCE + LSENLPGYIFSGVAPVVTEMLWDNGLQISDIDLWAIHPGGPKIIEQSVRSLGISAELA + AQSWDVLARFGNMLSVSLIFVLETMVQQAESAKAISTGVAFAFGPGVTVEGMLFDIIR + R" + gene 1547099..1547896 + /locus_tag="BQ2027_MB1407" + CDS 1547099..1547896 + /locus_tag="BQ2027_MB1407" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1407, -, len: 265 aa. Equivalent to the 5' end of + Rv1373, len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 154 aa overlap). + Glycolipid sulfotransferase (EC 2.8.2.-) (see citation + below); slight similarity to sulfotransferases e.g. + SUOE_CAVPO|P49887 estrogen sulfotransferase from Cavia + porcellus (Guinea pig) (EC 2.8.2.4) (296 aa), FASTA + scores, opt: 165, E():0.00054, (24.5% identity in 294 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1373 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits Rv1373 into 2 parts, Mb1407 and + Mb1408. Mb1407 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GLYCOLIPID SULFOTRANSFERASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00011.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY57" + /db_xref="InterPro:IPR000863" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY57" + /translation="MNSEHPMTDRVVYRSLMADNLRWDALQLRDGDIIISAPSKSGLT + WTQRLVSLLVFDGPDLPGPLSTVSPWLDQTIRPIEEVVATLDAQQHRRFIKTHTPLDG + LVLDDRVSYICVGRDPRDAAVSMLYQSANMNEDRMRILHEAVVPFHERIAPPVCGTRS + CAQPDRGVPGLDGGAESASPWHRFHTSEGDRHSGQHPAPARHGMGPPSPTQRGLVSLR + RLPGGLGGRAAPAGKGPRYRRDPRSSPGPGAVRHAGCDALPRVRNRS" + gene 1547562..1548080 + /locus_tag="BQ2027_MB1408" + /pseudo + CDS 1547562..1548080 + /locus_tag="BQ2027_MB1408" + /EC_number="2.8.2.-" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1408, -, len: 172 aa. Equivalent to the 3' end of + Rv1373, len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.4% identity in 172 aa overlap). + Glycolipid sulfotransferase (EC 2.8.2.-) (see citation + below); slight similarity to sulfotransferases e.g. + SUOE_CAVPO|P49887 estrogen sulfotransferase from Cavia + porcellus (Guinea pig) (EC 2.8.2.4) (296 aa), FASTA + scores, opt: 165, E():0.00054, (24.5% identity in 294 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1373 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c) splits Rv1373 into 2 parts, Mb1407 and + Mb1408.;GLYCOLIPID SULFOTRANSFERASE [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene complement(1548160..1548618) + /locus_tag="BQ2027_MB1409C" + CDS complement(1548160..1548618) + /locus_tag="BQ2027_MB1409C" + /note="Mb1409c, -, len: 152 aa. Equivalent to Rv1374c, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 152 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00012.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY59" + /translation="MVTSVADENVASRIASWGTGPAPDPRLDYAHAHLKGRRGRSPAR + PNAPIGARSFAVGRKICRVERFTLLEHGFVGHALHRVPCAGLVALVMSACSLAVCREV + GNYAQRRVGRFAFFEQTFVRHALTPRCSRTDSKASYTQLNRICKFPPHWV" + gene 1548920..1550239 + /locus_tag="BQ2027_MB1410" + CDS 1548920..1550239 + /locus_tag="BQ2027_MB1410" + /note="Mb1410, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv1375, len: + 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 439 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to hypothetical proteins from several + organisms e.g. Q52871|U39409 Rhizobium leguminosarum (420 + aa), FASTA scores: E(): 2e-30, (34.4% identity in 378 aa + overlap). Mb1410 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="YcaO-like protein" + /protein_id="SIU00013.1" + /db_xref="InterPro:IPR003776" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0B5" + /translation="MTGRRLARFPAFRAGVAQDDDVGSTLSQGSTTGVLSGPNWSYWP + SRVLGSADPTTIAHRHGTHRITSPDETWLALQPFLAPAGITRVADVTWLDCLGIPTVQ + AVRPASLTLSVSQGKAASYRAAQVSAVMESLEGWHAENVTADLWSATARDLEADLTYD + PAQLRHRPGSLYHAGVKLDWMVATTLLTGRRTWVPWTAVLVNVATRDCWEPPMFEMDT + TGLASGNCYDEATLHALYEVMERHSVAAAVAGETMFEVPTDDVAGSDSAHLVEMIRDA + GDDVDLARIDVWDGYYCFAAELTSATLEVTFGGFGLHHDPNVALSPAITEAAQSRITA + ISGAREDLPSAIYHRFGRVHTYAKARKTSLRLNRARPTPWRVPDVDSLPELVASAATA + VANRSGTEPLAVVCDFADACVPVVKVLAPGLVLSSASPMRTPLQEAE" + gene 1550236..1551729 + /locus_tag="BQ2027_MB1411" + CDS 1550236..1551729 + /locus_tag="BQ2027_MB1411" + /note="Mb1411, -, len: 497 aa. Equivalent to Rv1376, len: + 497 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 497 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to hypothetical proteins from + several organisms e.g. Q52872|U39409 Rhizobium + leguminosarum (247 aa), FASTA scores: E(): 2.1e-12, (34.7% + identity in 219 aa overlap). Mb1411 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00014.1" + /db_xref="InterPro:IPR012924" + /db_xref="InterPro:IPR016845" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ59" + /translation="MTACGRIVVTAGPTISAADIRSVVPDAEVAPPIAFGQALSYDLR + SGDTLLIVDGLFFQQPSVRHKELLTLMADGVRVVGSSSMGALRAAELHPFGMEGYGWV + FESYRDGVLEADDEVGVVHGDADDGYPVFVDALVNMRHTLARAVATGVVCSELAERII + ETARATPFTMRTWARLLSEVGAPDQRGLAAQLRSLRVDVKHADALLALRQLGQRPRVE + PLRPGPPPTVWSRRWRQPWAPPTSVAASADHGESFVDVTDLEVLSFLSVSSVDYWAYR + PALQQVAAWYWTLKHPEQSGSVGERAARAVAEVASEGYGRALEFIAYRYALATGIIDE + TGFPEAVAAHWLTTEERHGLGNDPISISARVITRTLFVVRLLPAIDHFLDLLRKDSRL + PRWRAMAAHALCKRDDLARQKPHLNLGRPDPTQLKRLFGARWGTQVNRIELARRGLMT + EDAFYAAATPFAVAAVDDQLPRIEVGTLGPAPLSADVPERHFDFGSV" + gene complement(1551667..1552305) + /locus_tag="BQ2027_MB1412C" + CDS complement(1551667..1552305) + /locus_tag="BQ2027_MB1412C" + /note="Mb1412c, -, len: 212 aa. Equivalent to Rv1377c, + len: 212 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 212 aa overlap). Putative transferase + (EC 2.-.-.-), similar to YQEM_BACSU|P54458 hypothetical + 28.3 kd protein from Bacillus subtilis (247 aa), FASTA + scores: opt: 221, E(): 7.6e-08, (30.6% identity in 144 aa + overlap); some similarity to methyltransferases, also + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins Rv0560c, Rv3699, and Rv2675c (~ 39.1% identity in + 197 aa overlap). Protein product from Mb1412c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb1412c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSFERASE" + /protein_id="SIU00015.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY67" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY67" + /translation="MPGIDFDALYRGESPGEGLPPITTPPWDTKAPKDNVIGWHTGGW + VHGDVLDIGCGLGDNAIYLARNGYQVTGLDISPTALTTAKRRASDAGVDVKFAVGDAT + KLTGYTGAFDTVIDCGMFHCLDDDGKRSYAASVHRATRPGATLLLSCFSNAMPPDEEW + PRSTVSEQTLRDVLGGAGWDIESLEPATVRRELDGTEVEMAFWNVRAQRRGS" + gene complement(1552316..1553743) + /locus_tag="BQ2027_MB1413C" + CDS complement(1552316..1553743) + /locus_tag="BQ2027_MB1413C" + /note="Mb1413c, -, len: 475 aa. Equivalent to Rv1378c, + len: 475 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 475 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv3074|MTCY22D7.07C (424 aa), + FASTA scores: E(): 0, (73.0% identity in 429 aa overlap). + Mb1413c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU00016.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK4" + /translation="MGNLDLLLHLSGRIVKGCRPLGSVALARCGPAVRWPWWPRPAIL + EHMFDLVSLAGVDSRDDEASLTARIAELERVKSAAAAGQARAAAALDKLRRCNEADAG + VPARRRGRGVASEVALARRDSPARGGRHLGFAKALVYEMPHTLAALEVGRLSEWRATL + IVRESACLDVEDRRALDAELCADMSALDGMGDARIAAAARAIAYRLDAQAVVERAARA + ETERTVTIRPAPDTMTWVTALLPVARGVSVYAALKRAADTTFDDRTRGQVMADTLVER + VTGQPAEAAQPVAVNLVLSDETLLAGDRAPAVVDGYGPIPAAVARNLVRDAVADTRSR + ATLRRLYRHPRSGALVAMESRARRFPKGLAAFIGLRDQRCRMPYCDAPIRHRDHAQPH + HRGGPTTATNGLGSCERCNYVKEAPGWRVSTDTDETGRHTAEFTTPTGMYYHCTAPPL + PGPLEIDVSQVEARIGVALTHLHAA" + gene 1553742..1554323 + /gene="pyrR" + /locus_tag="BQ2027_MB1414" + CDS 1553742..1554323 + /gene="pyrR" + /locus_tag="BQ2027_MB1414" + /note="Mb1414, pyrR, len: 193 aa. Equivalent to Rv1379, + len: 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 193 aa overlap). Probable pyrR, + pyrimidine operon regulatory protein, similar to + PYRR_BACCL|P41007 pyrimidine operon regulatory protein + from Bacillus caldolyticus (179 aa), FASTA scores: opt: + 544, E(): 1.1e-30, (54.2% identity in 179 aa overlap). + Protein product from Mb1414 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1414 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN + PYRR" + /protein_id="SIU00017.1" + /db_xref="GOA:P65942" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR023050" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65942" + /translation="MGAAGDAAIGRESRELMSAADVGRTISRIAHQIIEKTALDDPVG + PDAPRVVLLGIPTRGVTLANRLAGNITEYSGIHVGHGALDITLYRDDLMIKPPRPLAS + TSIPAGGIDDALVILVDDVLYSGRSVRSALDALRDVGRPRAVQLAVLVDRGHRELPLR + ADYVGKNVPTSRSESVHVRLREHDGRDGVVISR" + gene 1554320..1555279 + /gene="pyrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1415" + CDS 1554320..1555279 + /gene="pyrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1415" + /note="Mb1415, pyrB, len: 319 aa. Equivalent to Rv1380, + len: 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 319 aa overlap). Probable pyrB, + aspartate carbamoyltransferase (EC 2.1.3.2), similar to + many e.g. PYRB_BACCL|P41008 aspartate carbamoyltransferase + from Bacillus caldolyticus (308 aa), FASTA scores, opt: + 639, E(): 7.3e-36, (39.5% identity in 311 aa overlap). + Contains PS00097 Aspartate and ornithine + carbamoyltransferases signature. BELONGS TO THE + ATCASES/OTCASES FAMILY. Protein product from Mb1415 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1415 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE PYRB + (ATCase) (Aspartate transcarbamylase)" + /protein_id="SIU00018.1" + /db_xref="GOA:P65614" + /db_xref="InterPro:IPR002082" + /db_xref="InterPro:IPR006130" + /db_xref="InterPro:IPR006131" + /db_xref="InterPro:IPR006132" + /db_xref="InterPro:IPR036901" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65614" + /translation="MTPRHLLTAADLSRDDATAILDDADRFAQALVGRDIKKLPTLRG + RTVVTMFYENSTRTRVSFEVAGKWMSADVINVSAAGSSVGKGESLRDTALTLRAAGAD + ALIIRHPASGAAHLLAQWTGAHNDGPAVINAGDGTHEHPTQALLDALTIRQRLGGIEG + RRIVIVGDILHSRVARSNVMLLDTLGAEVVLVAPPTLLPVGVTGWPATVSHDFDAELP + AADAVLMLRVQAERMNGGFFPSVREYSVRYGLTERRQAMLPGHAVVLHPGPMVRGMEI + TSSVADSSQSAVLQQVSNGVQVRMAVLFHVLVGAQDAGKEGAA" + gene 1555276..1556568 + /gene="pyrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1416" + CDS 1555276..1556568 + /gene="pyrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1416" + /note="Mb1416, pyrC, len: 430 aa. Equivalent to Rv1381, + len: 430 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 430 aa overlap). Probable pyrC, + dihydroorotase (EC 3.5.2.3), similar to many e.g. + PYRC_BACCL|P46538 (40.5% identity in 395 aa overlap). + Contains PS00483 Dihydroorotase signature 2. BELONGS TO + THE DHOASE FAMILY. SUBFAMILY 2. Protein product from + Mb1416 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1416 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIHYDROOROTASE PYRC (DHOase)" + /protein_id="SIU00019.1" + /db_xref="GOA:Q7U057" + /db_xref="InterPro:IPR002195" + /db_xref="InterPro:IPR004722" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR011059" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U057" + /translation="MSVLIRGVRPYGEGERVDVLVDDGQIAQIGPDLAIPDTADVIDA + TGHVLLPGFVDLHTHLREPGREYAEDIETGSAAAALGGYTAVFAMANTNPVADSPVVT + DHVWHRGQQVGLVDVHPVGAVTVGLAGAELTEMGMMNAGAAQVRMFSDDGVCVHDPLI + MRRALEYATGLGVLIAQHAEEPRLTVGAFAHEGPMAARLGLAGWPRAAEESIVARDAL + LARDAGARVHICHASAAGTVEILKWAKDQGISITAEVTPHHLLLDDARLASYDGVNRV + NPPLREASDAVALRQALADGIIDCVATDHAPHAEHEKCVEFAAARPGMLGLQTALSVV + VQTMVAPGLLSWRDIARVMSENPACIARLPDQGRPLEVGEPANLTVVDPDATWTVTGA + DLASRSANTPFESMSLPATVTATLLRGKVTARDGKIRA" + gene 1556565..1557062 + /locus_tag="BQ2027_MB1417" + CDS 1556565..1557062 + /locus_tag="BQ2027_MB1417" + /note="Mb1417, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv1382, len: + 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 165 aa overlap). Possible exported or + membrane protein, hydrophobic domain at N-terminus. + Protein product from Mb1417 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1417 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXPORT OR MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00020.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY77" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY77" + /translation="MNSGTLAGSLIFAAVLVMLIAVLARLMMRGWRRRSERQAELLGD + LPDVPEHVSSATVTTRGLYVGATLSPAWNERVTVGDLGYRSKAVLTRYPSGIMVERAR + AQPIWIPTESIAAIRMERGVAGKVVAGIGILAIRWRLPSGTEIDVGFRADNRDEYQEW + LEEPV" + gene 1557059..1558189 + /gene="carA" + /locus_tag="BQ2027_MB1418" + CDS 1557059..1558189 + /gene="carA" + /locus_tag="BQ2027_MB1418" + /note="Mb1418, carA, len: 376 aa. Equivalent to Rv1383, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 376 aa overlap). Probable carA, + Carbamoyl-phosphate synthase small chain (EC 6.3.5.5), + similar to many e.g. CARA_ECOLI|P00907 carbamoyl-phosphate + synthase small chain from Escherichia coli (382 aa), FASTA + scores: opt: 796, E(): 0, (45.5% identity in 382 aa + overlap). Contains PS00442 Glutamine amidotransferases + class-I active site. THE GATASE DOMAIN BELONGS TO TYPE-1 + GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASES. SUBUNIT: COMPOSED OF TWO + CHAINS; THE SMALL (OR GLUTAMINE) CHAIN PROMOTES THE + HYDROLYSIS OF GLUTAMINE TO AMMONIA, WHICH IS USED BY THE + LARGE (OR AMMONIA) CHAIN TO SYNTHESIZE CARBAMOYL + PHOSPHATE. Protein product from Mb1418 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1418 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE SMALL + CHAIN CARA (Carbamoyl-phosphate synthetase glutamine + chain)" + /protein_id="SIU00021.1" + /db_xref="GOA:Q7U055" + /db_xref="InterPro:IPR002474" + /db_xref="InterPro:IPR006274" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="InterPro:IPR035686" + /db_xref="InterPro:IPR036480" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U055" + /translation="MSKAVLVLEDGRVFTGRPFGATGQALGEAVFSTGMSGYQETLTD + PSYHRQIVVATAPQIGNTGWNGEDSESRGERIWVAGYAVRDPSPRASNWRATGTLEDE + LIRQRIVGIAGIDTRGVVRHLRSRGSMKAGVFSDGALAEPADLIARVRAQQSMLGADL + AGEVSTAEPYVVEPDGPPGVSRFTVAALDLGIKTNTPRNFARRGIRCHVLPASTTFEQ + IAELNPHGVFLSNGPGDPATADHVVALTREVLGAGIPLFGICFGNQILGRALGLSTYK + MVFGHRGINIPVVDHATGRVAVTAQNHGFALQGEAGQSFATPFGPAVVSHTCANDGVV + EGVKLVDGRAFSVQYHPEAAAGPHDAEYLFDQFVELMAGEGR" + gene 1558189..1561536 + /gene="carB" + /locus_tag="BQ2027_MB1419" + CDS 1558189..1561536 + /gene="carB" + /locus_tag="BQ2027_MB1419" + /note="Mb1419, carB, len: 1115 aa. Equivalent to Rv1384, + len: 1115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1115 aa overlap). Probable carB, + Carbamoyl-phosphate synthase large chain (EC 6.3.5.5), + similar to many e.g. CARB_ECOLI|P00968 E. coli (1072 aa), + FASTA scores: E(): 0, (52.3% identity in 1118 aa overlap). + Contains two PS00867 Carbamoyl-phosphate synthase + subdomain signature 2 and PS00866 + Carbamoyl-phosphatesynthase subdomain signature 1. + SUBUNIT: COMPOSED OF TWO CHAINS; THE SMALL (OR GLUTAMINE) + CHAIN PROMOTES THE HYDROLYSIS OF GLUTAMINE TO AMMONIA, + WHICH IS USED BY THE LARGE (OR AMMONIA) CHAIN TO + SYNTHESIZE CARBAMOYL PHOSPHATE. Protein product from + Mb1419 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1419 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE + CHAIN CARB (Carbamoyl-phosphate synthetase ammonia chain)" + /protein_id="SIU00022.1" + /db_xref="GOA:Q7U054" + /db_xref="InterPro:IPR005479" + /db_xref="InterPro:IPR005480" + /db_xref="InterPro:IPR005483" + /db_xref="InterPro:IPR006275" + /db_xref="InterPro:IPR011607" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="InterPro:IPR033937" + /db_xref="InterPro:IPR036897" + /db_xref="InterPro:IPR036914" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U054" + /translation="MPRRTDLHHVLVIGSGPIVIGQACEFDYSGTQACRVLRAEGLQV + SLVNSNPATIMTDPEFADHTYVEPITPAFVERVIAQQAERGNKIDALLATLGGQTALN + TAVALYESGVLEKYGVELIGADFDAIQRGEDRQRFKDIVAKAGGESARSRVCFTMAEV + RETVAELGLPVVVRPSFTMGGLGSGIAYSTDEVDRMAGAGLAASPSANVLIEESIYGW + KEFELELMRDGHDNVVVVCSIENVDPMGVHTGDSVTVAPAMTLTDREYQRMRDLGIAI + LREVGVDTGGCNIQFAVNPRDGRLIVIEMNPRVSRSSALASKATGFPIAKIAAKLAIG + YTLDEIVNDITGETPACFEPTLDYVVVKAPRFAFEKFPGADPTLTTTMKSVGEAMSLG + RNFVEALGKVMRSLETTRAGFWTAPDPDGGIEEALTRLRTPAEGRLYDIELALRLGAT + VERVAEASGVDPWFIAQINELVNLRNELVAAPVLNAELLRRAKHSGLSDHQIASLRPE + LAGEAGVRSLRVRLGIHPVYKTVDTCAAEFEAQTPYHYSSYELDPAAETEVAPQTERP + KVLILGSGPNRIGQGIEFDYSCVHAATTLSQAGFETVMVNCNPETVSTDYDTADRLYF + EPLTFEDVLEVYHAEMESGSGGPGVAGVIVQLGGQTPLGLAHRLADAGVPIVGTPPEA + IDLAEDRGAFGDLLSAAGLPAPKYGTATTFAQARRIAEEIGYPVLVRPSYVLGGRGME + IVYDEETLQGYITRATQLSPEHPVLVDRFLEDAVEIDVDALCDGAEVYIGGIMEHIEE + AGIHSGDSACALPPVTLGRSDIEKVRKATEAIAHGIGVVGLLNVQYALKDDVLYVLEA + NPRASRTVPFVSKATAVPLAKACARIMLGATIAQLRAEGLLAVTGDGAHAARNAPIAV + KEAVLPFHRFRRADGAAIDSLLGPEMKSTGEVMGIDRDFGSAFAKSQTAAYGSLPAQG + TVFVSVANRDKRSLVFPVKRLADLGFRVLATEGTAEMLRRNGIPCDDVRKHFEPAQPG + RPTMSAVDAIRAGEVNMVINTPYGNSGPRIDGYEIRSAAVAGNIPCITTVQGASAAVQ + GIEAGIRGDIGVRSLQELHRVIGGVER" + gene 1561533..1562357 + /gene="pyrF" + /locus_tag="BQ2027_MB1420" + CDS 1561533..1562357 + /gene="pyrF" + /locus_tag="BQ2027_MB1420" + /note="Mb1420, pyrF, len: 274 aa. Equivalent to Rv1385, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 274 aa overlap). Probable pyrF, + orotidine 5'-phosphate decarboxylase (EC 4.1.1.23), + identical to DCOP_MYCBO|P42610 Mycobacterium bovis (274 + aa). Contains PS00156 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase + active site. BELONGS TO THE OMP DECARBOXYLASE FAMILY. + Protein product from Mb1420 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1420 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE + PYRF (OMP decarboxylase) (OMPdecase)" + /protein_id="SIU00023.1" + /db_xref="GOA:P0A5M7" + /db_xref="InterPro:IPR001754" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR011995" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR018089" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5M7" + /translation="MTGFGLRLAEAKARRGPLCLGIDPHPELLRGWDLATTADGLAAF + CDICVRAFADFAVVKPQVAFFESYGAAGFAVLERTIAELRAADVLVLADAKRGDIGAT + MSAYATAWVGDSPLAADAVTASPYLGFGSLRPLLEVAAAHGRGVFVLAATSNPEGAAV + QNAAADGRSVAQLVVDQVGAANEAAGPGPGSIGVVVGATAPQAPDLSAFTGPVLVPGV + GVQGGRPEALGGLGGAASSQLLPAVAREVLRAGPGVPELRAAGERMRDAVAYLAAV" + gene 1562552..1562860 + /gene="PE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1421" + CDS 1562552..1562860 + /gene="PE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1421" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1421, PE15, len: 102 aa. Equivalent to Rv1386, + len: 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 102 aa overlap). Member of Mycobacterium + tuberculosis PE family (see first citation below), similar + to many e.g. G913039 ORF 3' OF PGRS TANDEM REPEAT + (polymorphic GC-rich sequence) (100 aa), FASTA scores: + opt: 149, E(): 0.0013, (31.5% identity in 92 aa overlap); + also similar to Q49943|U1756A (99 aa) (34.7% identity in + 95 aa overlap) and G466937|U1620K (100 aa) (36.2% identity + in 69 aa overlap). Protein product from Mb1421 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1421 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe15" + /protein_id="SIU00024.1" + /db_xref="GOA:P0A683" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A683" + /translation="MTLRVVPESLAGASAAIEAVTARLAAAHAAAAPFIAAVIPPGSD + SVSVCNAVEFSVHGSQHVAMAAQGVEELGRSGVGVAESGASYAARDALAAASYLSGGL + " + gene 1562857..1564476 + /gene="PPE20" + /locus_tag="BQ2027_MB1422" + CDS 1562857..1564476 + /gene="PPE20" + /locus_tag="BQ2027_MB1422" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1422, PPE20, len: 539 aa. Equivalent to Rv1387, + len: 539 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 539 aa overlap). Member of + Mycobacterium tuberculosis PPE family of proteins, similar + to many e.g. Y05F_MYCTU|Q10892 hypothetical 46.9 kd + protein cy251.15 (463 aa), FASTA scores: E(): 4.2e-26, + (37.7% identity in 531 aa overlap); similar also to + MTCY274.23c (37.5% identity in 168 aa overlap). Contains + PS00343 Gram-positive cocci surface proteins 'anchoring' + hexapeptide. Protein product from Mb1422 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1422 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe20" + /protein_id="SIU00025.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY78" + /translation="MTEPWIAFPPEVHSAMLNYGAGVGPMLISATQNGELSAQYAEAA + SEVEELLGVVASEGWQGQAAEAFVAAYMPFLAWLIQASADCVEMAAQQHAVIEAYTAA + VELMPTQVELAANQIKLAVLVATNFFGINTIPIAINEAEYVEMWVRAATTMATYSTVS + RSALSAMPHTSPPPLILKSDELLPDTGEDSDEDGHNHGGHSHGGHARMIDNFFAEILR + GVSAGRIVWDPVNGTLNGLDYDDYVYPGHAIWWLARGLEFFQDGEQFGELLFTNPTGA + FQFLLYVVVVDLPTHIAQIATWLGQYPQLLSAALTGVIAHLGAITGLAGLSGLSAIPS + AAIPAVVPELTPVAAAPPMLAVAGVGPAVAAPGMLPASAPAPAAAAGATAAGPTPPAT + GFGGFPPYLVGGGGPGIGFGSGQSAHAKAAASDSAAAESAAQASARAQARAARRGRSA + AKARGHRDEFVTMDMGFDAAAPAPEHQPGARASDCGAGPIGFAGTVRKEAVVKAAGLT + TLAGDDFGGGPTMPMMPGTWTHDQGVFDEHR" + gene 1564782..1565354 + /gene="mihF" + /locus_tag="BQ2027_MB1423" + CDS 1564782..1565354 + /gene="mihF" + /locus_tag="BQ2027_MB1423" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1423, mihF, len: 190 aa. Equivalent to Rv1388, + len: 190 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 190 aa overlap). Putative mihF, + integration host factor. Almost identical to, but longer + than, P96802|U75344 Mycobacterium smegmatis integration + host factor (mIHF) for mycobacteriophage L5 (105 aa), + FASTA scores: E(): 0, (96.1% identity in 102 aa overlap). + Protein product from Mb1423 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1423 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE INTEGRATION HOST FACTOR MIHF" + /protein_id="SIU00026.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL4" + /translation="MLGNTIHVPCQPCRHGHGAPSRGLRGRPADRWPVARATPTLHVC + PQNQGVGLDFVRKPEYGRLRWPAYPAGTNNDRLISMRDGGIVALPQLTDEQRAAALEK + AAAARRARAELKDRLKRGGTNLTQVLKDAESDEVLGKMKVSALLEALPKVGKVKAQEI + MTELEIAPTRRLRGLGDRQRKALLEKFGSA" + gene 1565489..1566115 + /gene="gmk" + /locus_tag="BQ2027_MB1424" + CDS 1565489..1566115 + /gene="gmk" + /locus_tag="BQ2027_MB1424" + /note="Mb1424, gmk, len: 208 aa. Equivalent to Rv1389, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 208 aa overlap). Probable gmk, guanylate + kinase (EC 2.7.4.8), similar to e.g. KGUA_ECOLI|P24234 + guanylate kinase from Escherichia coli (207 aa), FASTA + scores: opt: 424, E(): 6.6e-20, (35.9% identity in 184 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), PS00856 Guanylate kinase signature. BELONGS TO + THE GUANYLATE KINASE FAMILY. Protein product from Mb1424 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1424 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GUANYLATE KINASE GMK" + /protein_id="SIU00027.1" + /db_xref="GOA:P0A5I5" + /db_xref="InterPro:IPR008144" + /db_xref="InterPro:IPR008145" + /db_xref="InterPro:IPR017665" + /db_xref="InterPro:IPR020590" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5I5" + /translation="MSVGEGPDTKPTARGQPAAVGRVVVLSGPSAVGKSTVVRCLRER + IPNLHFSVSATTRAPRPGEVDGVDYHFIDPTRFQQLIDQGELLEWAEIHGGLHRSGTL + AQPVRAAAATGVPVLIEVDLAGARAIKKTMPEAVTVFLAPPSWQDLQARLIGRGTETA + DVIQRRLDTARIELAAQGDFDKVVVNRRLESACAELVSLLVGTAPGSP" + gene 1566181..1566513 + /gene="rpoZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1425" + CDS 1566181..1566513 + /gene="rpoZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1425" + /note="Mb1425, rpoZ, len: 110 aa. Equivalent to Rv1390, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 110 aa overlap). Probable rpoZ, + DNA-directed RNA polymerase omega chain (EC 2.7.7.6). + BELONGS TO THE RNA POLYMERASE OMEGA CHAIN FAMILY. Protein + product from Mb1425 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1425 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (OMEGA + CHAIN) RPOZ (TRANSCRIPTASE OMEGA CHAIN) (RNA POLYMERASE + OMEGA SUBUNIT)" + /protein_id="SIU00028.1" + /db_xref="GOA:P66722" + /db_xref="InterPro:IPR003716" + /db_xref="InterPro:IPR006110" + /db_xref="InterPro:IPR012293" + /db_xref="InterPro:IPR036161" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66722" + /translation="MSISQSDASLAAVPAVDQFDPSSGASGGYDTPLGITNPPIDELL + DRVSSKYALVIYAAKRARQINDYYNQLGEGILEYVGPLVEPGLQEKPLSIALREIHAD + LLEHTEGE" + gene 1566529..1567785 + /gene="dfp" + /locus_tag="BQ2027_MB1426" + CDS 1566529..1567785 + /gene="dfp" + /locus_tag="BQ2027_MB1426" + /note="Mb1426, dfp, len: 418 aa. Equivalent to Rv1391, + len: 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 418 aa overlap). Probable dfp, + DNA/pantothenate metabolism flavoprotein homolog, similar + to many e.g. DFP_ECOLI|P24285 Escherichia coli (430 aa), + FASTA scores: opt: 763, E(): 0, (40.2% identity in 408 aa + overlap). Protein product from Mb1426 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1426 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA/PANTOTHENATE METABOLISM + FLAVOPROTEIN HOMOLOG DFP" + /protein_id="SIU00029.1" + /db_xref="GOA:P67734" + /db_xref="InterPro:IPR003382" + /db_xref="InterPro:IPR005252" + /db_xref="InterPro:IPR007085" + /db_xref="InterPro:IPR035929" + /db_xref="InterPro:IPR036551" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67734" + /translation="MVDHKRIPKQVIVGVSGGIAAYKACTVVRQLTEASHRVRVIPTE + SALRFVGAATFEALSGEPVCTDVFADVPAVPHVHLGQQADLVVVAPATADLLARAAAG + RADDLLTATLLTARCPVLFAPAMHTEMWLHPATVDNVATLRRRGAVVLEPATGRLTGA + DSGAGRLPEAEEITTLAQLLLERHDALPYDLAGRKLLVTAGGTREPIDPVRFIGNRSS + GKQGYAVARVAAQRGADVTLIAGHTAGLVDPAGVEVVHVSSAQQLADAVSKHAPTADV + LVMAAAVADFRPAQVATAKIKKGVEGPPTIELLRNDDVLAGVVRARAHGQLPNMRAIV + GFAAETGDANGDVLFHARAKLRRKGCDLLVVNAVGEGRAFEVDSNDGWLLASDGTESA + LQHGSKTLMASRIVDAIVTFLAGCSS" + gene 1567913..1569124 + /gene="metK" + /locus_tag="BQ2027_MB1427" + CDS 1567913..1569124 + /gene="metK" + /locus_tag="BQ2027_MB1427" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1427, metK, len: 403 aa. Equivalent to Rv1392, + len: 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 403 aa overlap). Probable metK, + S-adenosylmethionine synthetase (EC 2.5.1.6), similar to + many e.g. METK_STAAU|P50307 Staphylococcus aureus (397 + aa), FASTA scores: opt: 1484, E(): 0, (58.0% identity in + 400 aa overlap). Contains PS00376 S-adenosylmethionine + synthetase signature 1, PS00377 S-adenosylmethionine + synthetase signature 2. BELONGS TO THE ADOMET SYNTHETASE + FAMILY. Protein product from Mb1427 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1427 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE METK + (MAT) (AdoMet synthetase) (Methionine + adenosyltransferase)" + /protein_id="SIU00030.1" + /db_xref="GOA:Q7U051" + /db_xref="InterPro:IPR002133" + /db_xref="InterPro:IPR022628" + /db_xref="InterPro:IPR022629" + /db_xref="InterPro:IPR022630" + /db_xref="InterPro:IPR022631" + /db_xref="InterPro:IPR022636" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U051" + /translation="MSEKGRLFTSESVTEGHPDKICDAISDSVLDALLAADPRSRVAV + ETLVTTGQVHVVGEVATSAKEAFADITNTVRARILEIGYDSSDKGFDGATCGVNIGIG + AQSPDIAQGVDTAHEARVEGAADPLDSQGAGDQGLMFGYAINATPELMPLPIALAHRL + SRRLTEVRKNGVLPYLRPDGKTQVTIAYEDNVPVRLDTVVISTQHAADIDLEKTLDPD + IREKVLNTVLDDLAHETLDASTVRVLVNPTGKFVLGGPMGDAGLTGRKIIVDTYGGWA + RHGGGAFSGKDPSKVDRSAAYAMRWVAKNVVAAGLAERVEVQVAYAIGKAAPVGLFVE + TFGTETEDPVKIEKAIGEVFDLRPGAIIRDLNLLRPIYAPTAAYGHFGRTDVELPWEQ + LDKVDDLKRAI" + gene complement(1569197..1570675) + /locus_tag="BQ2027_MB1428C" + CDS complement(1569197..1570675) + /locus_tag="BQ2027_MB1428C" + /note="Mb1428c, -, len: 492 aa. Equivalent to Rv1393c, + len: 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 492 aa overlap). Probable monooxygenase + (EC 1.14.13.-), similar to others e.g. CYMO_ACISP|P12015 + cyclohexanone monooxygenase (EC 1.14.13.22) from + Acinetobacter sp. (542 aa), FASTA scores: E(): 0, (33.0% + identity in 473 aa overlap); also to + Rv3083|MTCY31.20|E241788 hypothetical 55.0 kDa protein + from Mycobacterium tuberculosis (495 aa) (36.3% identity + in 490 aa overlap); and Rv0565c, Rv3854c, Rv3049c, Rv0892. + Protein product from Mb1428c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1428c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOXYGENASE" + /protein_id="SIU00031.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY79" + /translation="MMPDYHALIVGAGFSGIGAAIKLDRAGFSDYLVVEAGDGVGGTW + HWNTYPGIAVDIPSFSYQFSFEQSRHWSRTYAPGHELKAYAEHCVDKYGIRSRIRLNT + KVLAAEFDDEHSLWRVQTDPGGEITARFLISACGILTVPKLPDIDGVDSFEGVTMHTA + RWDHTQDLTGKRVGIIGTGASAVQVIPEMAPIVSHLTVFQRTPIWCFPKFDVPLPTAV + RWAMRIPGGKAVHRLLSQAFVEATFPIAAHYFAVFPLAKHMESAGRRYLRQQVHDPVV + REQLTPRYAVGCKRPGFHNTYLSTFNRDNVRLVTEPIDKITPTAVATTDGASHEIDVL + VLATGFKVLDTDSIPTYAVTGTGGASLSRFWDEHRLQAYEGVSVPGYPNFFTVFGPYG + YVGSSYFALIETQAHHIIRCLKRARRTGATRIEVTEEANARYFAEVMRRRHRQVFWQD + SCRLANSYYFDKNGDVPLRPTTTVEAYWRSRRFDLGDYRISS" + gene complement(1570672..1572057) + /gene="cyp132" + /locus_tag="BQ2027_MB1429C" + CDS complement(1570672..1572057) + /gene="cyp132" + /locus_tag="BQ2027_MB1429C" + /note="Mb1429c, cyp132, len: 461 aa. Equivalent to + Rv1394c, len: 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 461 aa overlap). Probable + cyp132, cytochrome P450 132 (EC 1.14.-.-). Some similarity + to others e.g. CP4B_HUMAN|P13584 human cytochrome p450 + (511 aa), FASTA scores: opt: 486, E(): 7.4e-21, (28.6% + identity in 423 aa overlap); etc. Contains PS00086 + Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. MAY + BELONG TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. Mb1429c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 132 CYP132" + /protein_id="SIU00032.1" + /db_xref="GOA:P59954" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002401" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59954" + /translation="MATATTQRPLKGPAKRMSTWTMTREAITIGFDAGDGFLGRLRGS + DITRFRCAGRRFVSISHPDYVDHVLHEARLKYVKSDEYGPIRATAGLNLLTDEGDSWA + RHRGALNSTFARRHLRGLVGLMIDPIADVTAALVPGAQFDMHQSMVETTLRVVANALF + SQDFGPLVQSMHDLATRGLRRAEKLERLGLWGLMPRTVYDTLIWCIYSGVHLPPPLRE + MQEITLTLDRAINSVIDRRLAEPTNSADLLNVLLSADGGIWPRQRVRDEALTFMLAGH + ETTANAMSWFWYLMALNPQARDHMLTELDDVLGMRRPTADDLGKLAWTTACLQESQRY + FSSVWIIAREAVDDDIIDGHRIRRGTTVVIPIHHIHHDPRWWPDPDRFDPGRFLRCPT + DRPRCAYLPFGGGRRICIGQSFALMEMVLMAAIMSQHFTFDLAPGYHVELEATLTLRP + KHGVHVIGRRR" + gene 1572135..1573169 + /locus_tag="BQ2027_MB1430" + CDS 1572135..1573169 + /locus_tag="BQ2027_MB1430" + /note="Mb1430, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv1395, len: + 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 344 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to many e.g. + URER_PROMI|Q02458 urease operon transcriptional activator + from Proteus mirabilis (293 aa), FASTA scores: + E():1.5e-08, (41.7% identity in 84 aa overlap); + YHIX_ECOLI|P37639 hypothetical transcriptional regulatory + protein from Escherichia coli (274 aa), FASTA scores: opt: + 238, E(): 3.5e-09, (27.3% identity in 249 aa overlap); and + G296916|X68281 POSSIBLE VIRULENCE-REGULATING protein from + Mycobacterium tuberculosis (339 aa), FASTA scores: opt: + 228, E(): 1.9e-08, (27.0% identity in 278 aa overlap). + Helix turn helix motif present, aa 261-282 (+4.68 SD). + BELONGS TO THE ARAC/XYLS FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. 3' part corrected since first submission (-14 + aa). Mb1430 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU00033.1" + /db_xref="GOA:P68912" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="InterPro:IPR020449" + /db_xref="InterPro:IPR032687" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68912" + /translation="MGHLPPPAEVRHPVYATRVLCEVANERGVPTADVLAGTAIEPAD + LDDPDAVVGALDEITAVRRLLARLPDDAGIGIDVGSRFALTHFGLFGFAVMSCGTLRE + LLTIAMRYFALTTMHVDITLFETADDCLVELDASHLPADVRGFFIERDIAGIIATTTS + FALPLAAKYADQVSAELAVDAELLRPLLELVPVHDVAFGRAHNRVHFPRAMFDEPLPQ + ADRHTLEMCIAQCDVLMQRNERRRGITALVRSKLFRDSGLFPTFTDVAGELDMHPRTL + RRRLAEEGTSFRALLGEARSTVAVDLLRNVGLTVQQVSTRLGYTEVSTFSHAFKRWYG + VAPSEYSRRG" + gene complement(1573215..1574573) + /gene="PE_PGRS25" + /locus_tag="BQ2027_MB1431C" + CDS complement(1573215..1574573) + /gene="PE_PGRS25" + /locus_tag="BQ2027_MB1431C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1431c, PE_PGRS25, len: 452 aa. Similar to + Rv1396c, len: 576 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (78.1% identity in 576 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, strong similarity to many + e.g. glycine rich protein MTCY130.10C|E245019 (603 aa), + FASTA scores: opt: 1945, E(): 0, (57.5% identity in 619 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, + similar to other PGRS-type sequences. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 372 bp deletion leads to a shorter product with a + different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (452 aa versus 576 + aa). Mb1431c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs25" + /protein_id="SIU00034.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ81" + /translation="MSFLFAQPEMLGAAATDLASIGSAISTANAAAAAATTRVLAAGA + DEVSAAVAALFSGHAQTYQALSTQAAAFHQQIVQTLTSTAGAYASAEAANVEQQLLGA + INAPTMALLGRPLIGHGADGAPGTGQAGGAGGILYGNGGNGGSGATGQAGGAGGAAGL + IGHGGAGGLGGTGASGGAGGAGGWLWGNGGAGGNGGVGVAGDPGGVGGAGGAGGAAGL + WGSGGSGGTGGQGGVGGGKSGDGGTGGIGGAGGGGGWLHGDGGAGGHGGQGGTGVSSG + GNGGAGGTGGDGRGLSGSGGAGGHGGQTGVGGKVGENNFGGAGGAGGTGGLIGNGGAG + GTGGKGGDGFGVFGKGGAGGTGGRGGAAGLIGDAGTGGTGGKGGTAGEDGTGGNGGTG + GNGGAAVLIGNGGGGGAGGNGGAGNDGTPGNGGGGGVGGTGGTLFGQPGQPGPPGQPG + PA" + gene complement(1574828..1575229) + /gene="vapc10" + /locus_tag="BQ2027_MB1432C" + CDS complement(1574828..1575229) + /gene="vapc10" + /locus_tag="BQ2027_MB1432C" + /note="Mb1432c, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv1397c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 133 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis protein + MTCY159.08C|Rv2548 (125 aa), FASTA scores: E(): 2.3e-14, + (42.4% identity in 125 aa overlap). Protein product from + Mb1432c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1432c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc10" + /protein_id="SIU00035.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY88" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY88" + /translation="MILVDSDVLIAHLRGVVAARDWLVSARKDGPLAISVVSTAELIG + GMRTAERREVWRLLASFRVQPATEVIARRAGDMMRRYRRSHNRIGLGDYLIAATADVQ + GLQLATLNVWHFPMFEQLKPPFAVPGHRPRA" + gene complement(1575226..1575483) + /gene="vapb10" + /locus_tag="BQ2027_MB1433C" + CDS complement(1575226..1575483) + /gene="vapb10" + /locus_tag="BQ2027_MB1433C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1433c, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv1398c, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + Rv2547|MTCY159.09C (85 aa), FASTA scores: E(): 0.0035, + (37.1% identity in 62 aa overlap); Rv0581, Rv2871, Rv1241, + etc. Protein product from Mb1433c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1433c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb10" + /protein_id="SIU00036.1" + /db_xref="GOA:P64836" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR013321" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64836" + /translation="MKRTNIYLDEEQTASLDKLAAQEGVSRAELIRLLLNRALTTAGD + DLASDLQAINDSFGTLRHLDPPVRRSGGREQHLAQVWRATS" + gene complement(1575566..1576525) + /gene="nlhh" + /locus_tag="BQ2027_MB1434C" + CDS complement(1575566..1576525) + /gene="nlhh" + /locus_tag="BQ2027_MB1434C" + /note="Mb1434c, lipH, len: 319 aa. Equivalent to Rv1399c, + len: 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 319 aa overlap). Possible LipH, lipase + (EC 3.1.-.-), most similar to G695278 lipase like enzyme + from Ralstonia eutropha (364 aa), FASTA scores: opt: 648, + E(): 4.4e-34, (37.3% identity in 327 aa ov erlap), similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical lipases e.g. + Rv2284, Rv2485c, Rv1426c, etc. Protein product from + Mb1434c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1434c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable non lipolytic carboxylesterase nlhh" + /protein_id="SIU00037.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY93" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY93" + /translation="MTEPTVARPDIDPVLKMLLDTFPVTFTAADGVEVARARLRQLKT + PPELLPELRIEERTVGYDGLTDIPVRVYWPPVVRDNLPVVVYYHGGGWSLGGLDTHDP + VARAHAVGAQAIVVSVDYRLAPEHPYPAGIDDSWAALRWVGENAAELGGDPSRIAVAG + DSAGGNISAVMAQLARDVGGPPLVFQLLWYPTTMADLSLPSFTENADAPILDRDVIDA + FLAWYVPGLDISDHTMLPTTLAPGNADLSGLPPAFIGTAEHDPLRDDGACYAELLTAA + GVSVELSNEPTMVHGYVNFALVVPAAAEATGRGLAALKRALHA" + gene complement(1576550..1577512) + /gene="lipI" + /locus_tag="BQ2027_MB1435C" + CDS complement(1576550..1577512) + /gene="lipI" + /locus_tag="BQ2027_MB1435C" + /note="Mb1435c, lipI, len: 320 aa. Equivalent to Rv1400c, + len: 320 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 320 aa overlap). Possible lipI, lipase + (EC 3.1.-.-), most similar to G695278 lipase like enzyme + (364 aa), FASTA sscores: opt: 611, E(): 3.5e-30, (36.6% + identity in 352 aa overlap); similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical lipases e.g. + Rv1399c|MTCY21B4.16c (58.1% identical in 315 aa overlap); + Rv1426c, Rv2284, etc. Protein product from Mb1435c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1435c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPASE LIPH" + /protein_id="SIU00038.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY96" + /db_xref="InterPro:IPR002168" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR033140" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY96" + /translation="MPSLDNTADEKPAIDPILLKVLDAVPFRLSIDDGIEAVRQRLRD + LPRQPVHPELRVVDLAIDGPAGPIGTRIYWPPTCPDQAEAPVVLYFHGGGFVMGDLDT + HDGTCRQHAVGADAIVVSVDYRLAPEHPYPAAIEDAWAATRWVAEHGRQVGADLGRIA + VAGDSAGGTIAAVIAQRARDMGGPPIVFQLLWYPSTLWDQSLPSLAENADAPILDVKA + IAAFSRWYAGEIDLHNPPAPMAPGRAENLADLPPAYIAVAGYDPLRDDGIRYGELLAA + AGVPVEVHNAQTLVHGYVGYAGVVPAATEATNRGLVALRVVLHG" + gene 1577646..1578248 + /locus_tag="BQ2027_MB1436" + CDS 1577646..1578248 + /locus_tag="BQ2027_MB1436" + /note="Mb1436, -, len: 200 aa. Equivalent to Rv1401, len: + 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 200 aa overlap). Possible membrane + protein. Mb1436 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00039.1" + /db_xref="GOA:P64838" + /db_xref="InterPro:IPR012506" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64838" + /translation="MLQPAFKASMAVLLAAAAVAHPIGRERRWLVPALLLSATGDWLL + AIPWWTWAFVFGLGAFLLAHLCFIGALLPLARQAAPSRGRVAAVVAMCVASAGLLVWF + WPHLGKDNLTIPVTVYIVALSAMVCTALLARLPTIWTAVGAVCFAASDSMIGIGRFIL + GNEALAVPIWWSYAAAEILITAGFFFGREVPDNAAAPTDS" + gene 1578329..1580296 + /gene="priA" + /locus_tag="BQ2027_MB1437" + CDS 1578329..1580296 + /gene="priA" + /locus_tag="BQ2027_MB1437" + /note="Mb1437, priA, len: 655 aa. Equivalent to Rv1402, + len: 655 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 655 aa overlap). Putative priA, + primosomal protein N'. Similar to e.g. PRIA_ECOLI|P17888 + primosomal protein N' (replication factor Y) (732 aa), + FASTA scores, opt: 386, E(): 1.3e-16, (27.6% identity in + 711 aa overlap). Compared to other bacterial priA, it has + a very divergent helicase domain. BELONGS TO THE HELICASE + FAMILY. PRIA SUBFAMILY. Protein product from Mb1437 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1437 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE PRIMOSOMAL PROTEIN N' PRIA (Replication + factor Y)" + /protein_id="SIU00040.1" + /db_xref="GOA:P0A5A6" + /db_xref="InterPro:IPR005259" + /db_xref="InterPro:IPR041222" + /db_xref="InterPro:IPR042115" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5A6" + /translation="MLSVPHLDRDFDYLVPAEHSDDAQPGVRVRVRFHGRLVDGFVLE + RRSDSDHHGKLGWLDRVVSPEPVLTTEIRRLVDAVAARYAGTRQDVLRLAVPARHARV + EREITTAPGRPVVAPVDPSGWAAYGRGRQFLAALADSRAARAVWQALPGELWADRFAE + AAAQTVRAGRTVLAIVPDQRDLDTLWQAATALVDEHSVVALSAGLGPEARYRRWLAAL + RGSARLVIGTRSAVFAPLSELGLVMVWADADDSLAEPRAPYPHAREVAMLRAHQARCA + ALIGGYARTAEAHALVRSGWAHDVVAPRPEVRARSPRVVALDDSGYDDARDPAARTAR + LPSIALRAARSALQSGAPVLVQVPRRGYIPSLACGRCRAIARCRSCTGPLSLQGAGSP + GAVCRWCGRVDPTLRCVRCGSDVVRAVVVGARRTAEELGRAFPGTAVITSAGDTLVPQ + LDAGPALVVATPGAEPRAPGGYGAALLLDSWALLGRQDLRAAEDALWRWMTAAALVRP + RGAGGVVTVVAESSIPTVQSLIRWDPVGHAEAELAARTEVGLPPSVHIAALDGPAGTV + TALLEAARLPDPDRLQADLLGPVDLPPGVRRPAGIPADAPVIRMLLRVCREQGLELAA + SLRRGIGVLSARQTRQTRSLVRVQIDPLHIG" + gene complement(1580314..1581138) + /locus_tag="BQ2027_MB1438C" + CDS complement(1580314..1581138) + /locus_tag="BQ2027_MB1438C" + /note="Mb1438c, -, len: 274 aa. Equivalent to Rv1403c, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 274 aa overlap). Putative + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to + PMTA_RHOSH|Q05197 phosphatidylethanolamine + m-methyltransferase (203 aa), FASTA scores: opt: 217, E(): + 1.1e-07, (37.1% identity in 105 aa overlap); similar to + Rv1405c|MTCY21B4.22c (59.3% identity in 273 aa overlap) + and to Rv1523, Rv2952, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIU00041.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64840" + /translation="MTVYTPTSERQAPATTHRQMWALGDYAAIAEELLAPLGPILVST + SGIRRGDRVLDVAAGSGNVSIPAAMAGAHVTASDLTPELLRRAQARAAAAGLELGWRE + ANAEALPFSAGEFDAVLSTIGVMFAPRHQRTADELARVCRRGGKISTLNWTPEGFYGK + LLSTIRPYRPTLPAGAPHEVWWGSEDYVSGLFRDHVSDIRTRRGSLTVDRFGCPDECR + DYFKNFYGPAINAYRSIADSPECVATLDAEITELCREYLCDGVMQWEYLIFTARKC" + gene 1581307..1581789 + /locus_tag="BQ2027_MB1439" + CDS 1581307..1581789 + /locus_tag="BQ2027_MB1439" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1439, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv1404, len: + 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 160 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, some similarity to + MARR_ECOLI|P27245 multiple antibiotic resistance protein + from Escherichia coli (125 aa), FASTA scores: opt: 136, + E(): 0.004, (35.1% identity in 74 aa overlap). Protein + product from Mb1439 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1439 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00042.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY87" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR023187" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY87" + /translation="MMPTEYPATAEESVDVITDALLTASRLLVAISAHSIAQVDENIT + IPQFRTLVILSNHGPINLATLATLLGVQPSATGRMVDRLVGAELIDRLPHPTSRRELL + AALTKRGRDVVRQVTEHRRTEIARIVEQMAPAERHGLVRALTAFTEAGGEPDARYEIE + " + gene complement(1581861..1582685) + /locus_tag="BQ2027_MB1440C" + CDS complement(1581861..1582685) + /locus_tag="BQ2027_MB1440C" + /note="Mb1440c, -, len: 274 aa. Equivalent to Rv1405c, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 274 aa overlap). Putative + methyltransferase (EC 2.1.1.-), most similar to + PMTA_RHOSH|Q05197 phosphatidylethanolamine + m-methyltransferase (203 aa), FASTA scores: opt: 219, E(): + 2.6e-07, (29.9% identity in 144 aa overlap); similar to + Rv1403c|MTCY21B4.20c (59.3% identity in 273 aa overlap), + Rv1523, Rv2952, etc. Protein product from Mb1440c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIU00043.1" + /db_xref="GOA:P64842" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64842" + /translation="MTIDTPAREDQTLAATHRAMWALGDYALMAEEVMAPLGPILVAA + AGIGPGVRVLDVAAGSGNISLPAAKTGATVISTDLTPELLQRSQARAAQQGLTLQYQE + ANAQALPFADDEFDTVISAIGVMFAPDHQAAADELVRVCRPGGTIGVISWTCEGFFGR + MLATIRPYRPSVSADLPPSALWGREAYVTGLLGDGVTGLKTARGLLEVKRFDTAQAVH + DYFKNNYGPTIEAYAHIGDNAVLAAELDRQLVELAAQYLSDGVMEWEYLLLTAEKR" + gene 1582882..1583820 + /gene="fmt" + /locus_tag="BQ2027_MB1441" + CDS 1582882..1583820 + /gene="fmt" + /locus_tag="BQ2027_MB1441" + /note="Mb1441, fmt, len: 312 aa. Equivalent to Rv1406, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 312 aa overlap). Probable fmt, + methionyl-tRNA formyltransferase (EC 2.1.2.9), similar to + many e.g. FMT_ECOLI|P23882 Escherichia coli (314 aa), + FASTA scores: opt: 616, E(): 6.7e-31, (39.3% identity in + 303 aa overlap). BELONGS TO THE FMT FAMILY. Protein + product from Mb1441 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1441 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHIONYL-TRNA FORMYLTRANSFERASE FMT" + /protein_id="SIU00044.1" + /db_xref="GOA:P64135" + /db_xref="InterPro:IPR002376" + /db_xref="InterPro:IPR005793" + /db_xref="InterPro:IPR005794" + /db_xref="InterPro:IPR011034" + /db_xref="InterPro:IPR036477" + /db_xref="InterPro:IPR037022" + /db_xref="InterPro:IPR041711" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64135" + /translation="MRLVFAGTPEPALASLRRLIESPSHDVIAVLTRPDAASGRRGKP + QPSPVAREAAERGIPVLRPSRPNSAEFVAELSDLAPECCAVVAYGALLGGPLLAVPPH + GWVNLHFSLLPAWRGAAPVQAAIAAGDTITGATTFQIEPSLDSGPIYGVVTEVIQPTD + TAGDLLKRLAVSGAALLSTTLDGIADQRLTPRPQPADGVSVAPKITVANARVRWDLPA + AVVERRIRAVTPNPGAWTLIGDLRVKLGPVHLDAAHRPSKPLPPGGIHVERTSVWIGT + GSEPVRLGQIQPPGKKLMNAADWARGARLDLAARAT" + gene 1583817..1585190 + /gene="fmu" + /locus_tag="BQ2027_MB1442" + CDS 1583817..1585190 + /gene="fmu" + /locus_tag="BQ2027_MB1442" + /note="Mb1442, fmu, len: 457 aa. Equivalent to Rv1407, + len: 457 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 457 aa overlap). Probable fmu protein, + similar to SUN_ECOLI|P36929 sun protein (fmu protein) from + Escherichia coli (429 aa), FASTA scores: E(): 2.5e-20, + (30.6% identity in 451 aa overlap). Protein product from + Mb1442 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1442 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FMU PROTEIN (SUN PROTEIN)" + /protein_id="SIU00045.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XY95" + /db_xref="InterPro:IPR001678" + /db_xref="InterPro:IPR006027" + /db_xref="InterPro:IPR018314" + /db_xref="InterPro:IPR023267" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR035926" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XY95" + /translation="MTPRSRGPRRRPLDPARRAAFETLRAVSARDAYANLVLPALLAQ + RGIGGRDAAFATELTYGTCRARGLLDAVIGAAAERSPQAIDPVLLDLLRLGTYQLLRT + RVDAHAAVSTTVEQAGIEFDSARAGFVNGVLRTIAGRDERSWVGELAPDAQNDPIGHA + AFVHAHPRWIAQAFADALGAAVGELEAVLASDDERPAVHLAARPGVLTAGELARAVRG + TVGRYSPFAVYLPRGDPGRLAPVRDGQALVQDEGSQLVARALTLAPVDGDTGRWLDLC + AGPGGKTALLAGLGLQCAARVTAVEPSPHRADLVAQNTRGLPVELLRVDGRHTDLDPG + FDRVLVDAPCTGLGALRRRPEARWRRQPADVAALAKLQRELLSAAIALTRPGGVVLYA + TCSPHLAETVGAVADALRRHPVHALDTRPLFEPVLAGLGEGPHVQLWPHRHGTDAMFA + AALRRLT" + gene 1585215..1585913 + /gene="rpe" + /locus_tag="BQ2027_MB1443" + CDS 1585215..1585913 + /gene="rpe" + /locus_tag="BQ2027_MB1443" + /note="Mb1443, rpe, len: 232 aa. Equivalent to Rv1408, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 232 aa overlap). Probable rpe, + ribulose-phosphate 3-epimerase (EC 5.1.3.1), similar to + many e.g. CXEC_ALCEU|P40117 (241 aa), FASTA scores: opt: + 638, E(): 1.5e-34, (48.3% identity in 234 aa overlap); and + RPE_ECOLI|P32661 ribulose-phosphate 3-epimerase (225 aa), + FASTA scores: E(): 0, (46.2% identity in 221 aa overlap). + Contains PS01085 Ribulose-phosphate 3-epimerase family + signature 1. BELONGS TO THE RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE + FAMILY. Protein product from Mb1443 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1443 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE RPE + (PPE) (R5P3E) (Pentose-5-phosphate 3-epimerase)" + /protein_id="SIU00046.1" + /db_xref="GOA:P65761" + /db_xref="InterPro:IPR000056" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR026019" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65761" + /translation="MSLMAGSTGGPLIAPSILAADFARLADEAAAVNGADWLHVDVMD + GHFVPNLTIGLPVVESLLAVTDIPMDCHLMIDNPDRWAPPYAEAGAYNVTFHAEATDN + PVGVARDIRAAGAKAGISVKPGTPLEPYLDILPHFDTLLVMSVEPGFGGQRFIPEVLS + KVRAVRKMVDAGELTILVEIDGGINDDTIEQAAEAGVDCFVAGSAVYGADDPAAAVAA + LRRQAGAASLHLSL" + gene 1585910..1586929 + /gene="ribG" + /locus_tag="BQ2027_MB1444" + CDS 1585910..1586929 + /gene="ribG" + /locus_tag="BQ2027_MB1444" + /note="Mb1444, ribG, len: 339 aa. Equivalent to Rv1409, + len: 339 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 339 aa overlap). Probable ribG + (alternate gene name: ribD), bifunctional riboflavin + biosynthesis protein, including + diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and + 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase (EC + 3.5.4.26 and 1.1.1.193), similar to many e.g. + RIBD_ECOLI|P25539 riboflavin-specific deaminase from + Escherichia coli (367 aa), FASTA scores: E(): 0, (39.8% + identity in 364 aa overlap); etc. Contains PS00903 + Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding + region signature. IN THE N-TERMINAL SECTION; BELONGS TO + THE CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASES FAMILY. IN THE + C-TERMINAL SECTION; BELONGS TO THE HTP REDUCTASE FAMILY. + Protein product from Mb1444 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1444 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL riboflavin biosynthesis + protein RIBG : Diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine + deaminase (Riboflavin-specific deaminase) + + 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase (HTP + reductase)" + /protein_id="SIU00047.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYA3" + /db_xref="InterPro:IPR002125" + /db_xref="InterPro:IPR002734" + /db_xref="InterPro:IPR004794" + /db_xref="InterPro:IPR016192" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="InterPro:IPR024072" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYA3" + /translation="MNVEQVKSIDEAMGLAIEHSYQVKGTTYPNPPVGAVIVDPNGRI + VGAGGTEPAGGDHAEVVALRRAGGLATGAIVVVTMEPCNHYGKTPPCVNALIEARVGT + VVYAVADPNGIAGGGAGRLSAAGLQVRSGVLAEQVAAGPLREWLHKQRTGLPHVTWKY + ATSIDGRSAAADGSSQWISSEAARLDLHRRRAIADAILVGTGTVLADDPALTARLADG + SLAPQQPLRVVVGKRDIPPEARVLNDEARTMMIRTHEPMEVLRALSDRTDVLLEGGPT + LAGAFLRAGAINRILAYVAPILLGGPVTAVDDVGVSNITNALRWQFDSVEKVGPDLLL + SLVAR" + gene complement(1586926..1588482) + /locus_tag="BQ2027_MB1445C" + CDS complement(1586926..1588482) + /locus_tag="BQ2027_MB1445C" + /standard_name="P55" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1445c, -, len: 518 aa. Equivalent to Rv1410c, + len: 518 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 518 aa overlap). + Aminoglycoside/tetracycline-transport integral membrane + protein (see citation below), member of major facilitator + superfamily (MFS), similar to others e.g. + AC22_STRCO|P46105 probable actinorhodin transporter from + Streptomyces coelicolor (578 aa), FASTA scores: opt: 442, + E(): 4.9e-21, (28.5% identity in 466 aa overlap); etc. + Contains PS00216 Sugar transport proteins signature 1. + Could be termed P55. Note that the Rv1410c-Rv1411c operon + seems transcribed from two promoters in M. bovis BCG (see + second citation). Protein product from Mb1445c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1445c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AMINOGLYCOSIDES/TETRACYCLINE-TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00048.1" + /db_xref="GOA:Q7U042" + /db_xref="InterPro:IPR001411" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U042" + /translation="MRAGRRVAISAGSLAVLLGALDTYVVVTIMRDIMNSVGIPINQL + HRITWIVTMYLLGYIAAMPLLGRASDRFGRKLMLQVSLAGFIIGSVVTALAGHFGDFH + MLIAGRTIQGVASGALLPITLALGADLWSQRNRAGVLGGIGAAQELGSVLGPLYGIFI + VWLLHDWRDVFWINVPLTAIAMVMIHFSLPSHDRSTEPERVDLVGGLLLALALGLAVI + GLYNPNPDGKHVLPDYGAPLLVGALVAAVAFFGWERFARTRLIDPAGVHFRPFLSALG + ASVAAGAALMVTLVDVELFGQGVLQMDQAQAAGMLLWFLIALPIGAVTGGWIATRAGD + RAVAFAGLLIAAYGYWLISHWPVDLLADRHNILGLFTVPAMHTDLVVAGLGLGLVIGP + LSSATLRVVPSAQHGIASAAVVVARMTGMLIGVAALSAWGLYRFNQILAGLSAAIPPN + ASLLERAAAIGARYQQAFALMYGEIFTITAIVCVFGAVLGLLISGRKEHADEPEVQEQ + PTLAPQVEPL" + gene complement(1588488..1589198) + /gene="lprG" + /locus_tag="BQ2027_MB1446C" + CDS complement(1588488..1589198) + /gene="lprG" + /locus_tag="BQ2027_MB1446C" + /standard_name="P27" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1446c, lprG, len: 236 aa. Equivalent to Rv1411c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 236 aa overlap). Probable lprG + (alternate gene name: P27), conserved lipoprotein, similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical lipoproteins + e.g. Rv1270c|MTCY50.12 (35.1% identity in 245 aa overlap); + Rv1368, Rv2945c. Contains N-terminal signal sequence and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). Note that the Rv1410c-Rv1411c + operon seems transcribed from two promoters in M. bovis + BCG (see second citation). Protein product from Mb1446c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1446c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved lipoprotein lprg" + /protein_id="SIU00049.1" + /db_xref="GOA:P0A5I9" + /db_xref="InterPro:IPR009830" + /db_xref="InterPro:IPR029046" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5I9" + /translation="MRTPRRHCRRIAVLAAVSIAATVVAGCSSGSKPSGGPLPDAKPL + VEEATAQTKALKSAHMVLTVNGKIPGLSLKTLSGDLTTNPTAATGNVKLTLGGSDIDA + DFVVFDGILYATLTPNQWSDFGPAADIYDPAQVLNPDTGLANVLANFADAKAEGRDTI + NGQNTIRISGKVSAQAVNQIAPPFNATQPVPATVWIQETGDHQLAQAQLDRGSGNSVQ + MTLSKWGEKVQVTKPPVS" + gene 1589283..1589888 + /gene="ribC" + /locus_tag="BQ2027_MB1447" + CDS 1589283..1589888 + /gene="ribC" + /locus_tag="BQ2027_MB1447" + /note="Mb1447, ribC, len: 201 aa. Equivalent to Rv1412, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 201 aa overlap). Probable ribC (ribE), + Riboflavin synthase alpha chain (EC 2.5.1.9), strong + similarity to others e.g. RISA_ACTPL|P50854 (215 aa), + FASTA scores: opt: 586, E(): 1.8e-33, (50.8% identity in + 197 aa overlap). Contains 2 x PS00693 Riboflavin synthase + alpha chain family signature. Protein product from Mb1447 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1447 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN RIBC + (RIBE)" + /protein_id="SIU00050.1" + /db_xref="GOA:P65328" + /db_xref="InterPro:IPR001783" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR023366" + /db_xref="InterPro:IPR026017" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65328" + /translation="MFTGIVEERGEVTGREALVDAARLTIRGPMVTADAGHGDSIAVN + GVCLTVVDVLPDGQFTADVMAETLNRSNLGELRPGSRVNLERAAALGSRLGGHIVQGH + VDATGEIVARCPSEHWEVVRIEMPASVARYVVEKGSITVDGISLTVSGLGAEQRDWFE + VSLIPTTRELTTLGSAAVGTRVNLEVDVVAKYVERLMRSAG" + gene 1590102..1590617 + /locus_tag="BQ2027_MB1448" + CDS 1590102..1590617 + /locus_tag="BQ2027_MB1448" + /note="Mb1448, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv1413, len: + 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 171 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to part of AB010956|AB010956_1 + metal-activated pyridoxal enzyme from Arthrobacter sp. + (379 aa), FASTA scores: opt: 187, E(): 0.00026, (29.0% + identity in 162 aa overlap). Mb1448 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="METAL-ACTIVATED PYRIDOXAL ENZYME" + /protein_id="SIU00051.1" + /db_xref="InterPro:IPR001608" + /db_xref="InterPro:IPR029066" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64844" + /translation="MATIGEVEVFVDHGADDVFITYPLWIGTRQADRLRQLADRARIA + VGAGTAEGASNTGARLADAAGAIDVLIEIDSGHHRSGVRAEQVLEVAHAVGEAGLHLV + GVFTFPGHSYAPGKPGEAGEQERRALNDAANALVAVGFPISCRSGGSTPTALLTAADG + ASETSRRLCAR" + gene 1590607..1591008 + /locus_tag="BQ2027_MB1449" + CDS 1590607..1591008 + /locus_tag="BQ2027_MB1449" + /note="Mb1449, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv1414, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 133 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to C-terminal part of AB010956|AB010956_1 + novel metal-activated pyridoxal enzyme from Arthrobacter + sp. (379 aa), FASTA scores: opt: 163, E(): 0.00063, (32.1% + identity in 112 aa overlap). Rv1413 is similar to + N-terminal part of same enzyme suggesting possible + frameshift. Sequence has been checked and no errors found, + it is identical in Mycobacterium tuberculosis CDC1551. + Mb1449 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted amino acid aldolase or racemase" + /protein_id="SIU00052.1" + /db_xref="InterPro:IPR026956" + /db_xref="InterPro:IPR042208" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64846" + /translation="MLGDAQQLELGRCAPADIALTVAATVVSRQDCRSGLRRIVLDCG + SKILGSDRPAWATGFGRLIDHADARIAALSEHHATVVWPDDAPLPPVGTRLRVIPNHV + CLTTNLVDDVAVVRDATLIDRWKVAARGKNH" + gene 1591113..1592390 + /gene="ribA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1450" + CDS 1591113..1592390 + /gene="ribA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1450" + /note="Mb1450, ribA2, len: 425 aa. Equivalent to Rv1415, + len: 425 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 425 aa overlap). Probable ribA2, + Riboflavin biosynthesis protein (EC 3.5.4.25), similar to + many e.g. GCH2_BACSU|P17620 from Bacillus subtilis (398 + aa), FASTA scores: opt: 1388, E(): 0, (55.4% identity in + 399 aa overlap). Also similar to second Mycobacterium + tuberculosis gtp cyclohydrolase Rv1940|ribA1 (353 aa). IN + THE N-TERMINAL SECTION; BELONGS TO THE DHBP SYNTHASE + FAMILY. IN THE C-TERMINAL SECTION; BELONGS TO THE GTP + CYCLOHYDROLASE II FAMILY. Protein product from Mb1450 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1450 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBA2 : + GTP cyclohydrolase II + 3,4-dihydroxy-2-butanone + 4-phosphate synthase (DHBP synthase)" + /protein_id="SIU00053.1" + /db_xref="GOA:P0A5V1" + /db_xref="InterPro:IPR000422" + /db_xref="InterPro:IPR000926" + /db_xref="InterPro:IPR016299" + /db_xref="InterPro:IPR017945" + /db_xref="InterPro:IPR032677" + /db_xref="InterPro:IPR036144" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5V1" + /translation="MTRLDSVERAVADIAAGKAVIVIDDEDRENEGDLIFAAEKATPE + MVAFMVRYTSGYLCVPLDGAICDRLGLLPMYAVNQDKHGTAYTVTVDARNGIGTGISA + SDRATTMRLLADPTSVADDFTRPGHVVPLRAKDGGVLRRPGHTEAAVDLARMAGLQPA + GAICEIVSQKDEGSMAHTDELRVFADEHGLALITIADLIEWRRKHEKHIERVAEARIP + TRHGEFRAIGYTSIYEDVEHVALVRGEIAGPNADGDDVLVRVHSECLTGDVFGSRRCD + CGPQLDAALAMVAREGRGVVLYMRGHEGRGIGLMHKLQAYQLQDAGADTVDANLKLGL + PADARDYGIGAQILVDLGVRSMRLLTNNPAKRVGLDGYGLHIIERVPLPVRANAENIR + YLMTKRDKLGHDLAGLDDFHESVHLPGEFGGAL" + gene 1592405..1592869 + /gene="ribH" + /locus_tag="BQ2027_MB1451" + CDS 1592405..1592869 + /gene="ribH" + /locus_tag="BQ2027_MB1451" + /note="Mb1451, ribH, len: 154 aa. Equivalent to Rv1416, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 154 aa overlap). Probable ribH, + riboflavin synthase beta chain (EC 2.5.1.9), similar to + many e.g. RISB_ECOLI|P25540 Escherichia coli (156 aa), + FASTA scores: opt: 330, E(): 1.8e-15, (44.1% identity in + 145 aa overlap). Note alternative GTG start possible + overlapping the stop codon of Rv1415|MTCY21B4.33. BELONGS + TO THE DMRL SYNTHASE FAMILY. Protein product from Mb1451 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1451 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN RIBH + (6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase) (DMRL synthase) + (Lumazine synthase)" + /protein_id="SIU00054.1" + /db_xref="GOA:P66035" + /db_xref="InterPro:IPR002180" + /db_xref="InterPro:IPR034964" + /db_xref="InterPro:IPR036467" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66035" + /translation="MPDLPSLDASGVRLAIVASSWHGKICDALLDGARKVAAGCGLDD + PTVVRVLGAIEIPVVAQELARNHDAVVALGVVIRGQTPHFDYVCDAVTQGLTRVSLDS + STPIANGVLTTNTEEQALDRAGLPTSAEDKGAQATVAALATALTLRELRAHS" + gene 1592866..1593330 + /locus_tag="BQ2027_MB1452" + CDS 1592866..1593330 + /locus_tag="BQ2027_MB1452" + /note="Mb1452, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv1417, len: + 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 154 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to others e.g. AL133213|SC6D7_2 + Streptomyces coelicolor (156 aa), FASTA scores: opt: 212, + E(): 4.4e-07, (32.4% identity in 136 aa overlap). Protein + product from Mb1452 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1452 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00055.1" + /db_xref="GOA:P64848" + /db_xref="InterPro:IPR019692" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64848" + /translation="MTAAPNDWDVVLRPHWTPLFAYAAAFLIAVAHVAGGLLLKVGSS + GVVFQTADQVAMGALGLVLAGAVLLFARPRLRVGSAGLSVRNLLGDRIVGWSEVIGVS + FPGGSRWARIDLADDEYIPVMAIQAVDKDRAVAAMDTVRSLLARYRPDLCAR" + gene 1593355..1594041 + /gene="lprH" + /locus_tag="BQ2027_MB1453" + CDS 1593355..1594041 + /gene="lprH" + /locus_tag="BQ2027_MB1453" + /note="Mb1453, lprH, len: 228 aa. Equivalent to Rv1418, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 228 aa overlap). Probable lprH, + lipoprotein. Contains N-terminal signal sequence and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). Mb1453 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPRH" + /protein_id="SIU00056.1" + /db_xref="GOA:P65317" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65317" + /translation="MACLGRPGCRGWAGASLVLVVVLALAACTESVAGRAMRATDRSS + GLPTSAKPARARDLLLQDGDRAPFGQVTQSRVGDSYFTSAVPPECSAALLFKGSPLRP + DGSSDHAEAAYNVTGPLPYAESVDVYTNVLNVHDVVWNGFRDVSHCRGDAVGVSRAGR + STPMRLRYFATLSDGVLVWTMSNPRWTCDYGLAVVPHAVLVLSACGFKPGFPMAEWAS + KRRAQLDSQV" + gene 1594221..1594694 + /locus_tag="BQ2027_MB1454" + CDS 1594221..1594694 + /locus_tag="BQ2027_MB1454" + /note="Mb1454, -, len: 157 aa. Equivalent to Rv1419, len: + 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 157 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1454 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1454 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00057.1" + /db_xref="GOA:P64850" + /db_xref="InterPro:IPR000772" + /db_xref="InterPro:IPR035992" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64850" + /translation="MGELRLVGGVLRVLVVVGAVFDVAVLNAGAASADGPVQLKSRLG + DVCLDAPSGSWFSPLVINPCNGTDFQRWNLTDDRQVESVAFPGECVNIGNALWARLQP + CVNWISQHWTVQPDGLVKSDLDACLTVLGGPDPGTWVSTRWCDPNAPDQQWDSVP" + gene 1594758..1596698 + /gene="uvrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1455" + CDS 1594758..1596698 + /gene="uvrC" + /locus_tag="BQ2027_MB1455" + /note="Mb1455, uvrC, len: 646 aa. Equivalent to Rv1420, + len: 646 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 646 aa overlap). Probable uvrC, + excinuclease ABC subunit C, similar to many e.g. + UVRC_PSEFL|P32966 Pseudomonas fluorescens (607 aa), fasta + scores: opt: 738, E(): 8.4e-39, (36.6% identity in 629 aa + overlap). BELONGS TO THE UVRC FAMILY. Protein product from + Mb1455 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1455 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable excinuclease abc (subunit c-nuclease) + uvrc" + /protein_id="SIU00058.1" + /db_xref="GOA:P67427" + /db_xref="InterPro:IPR000305" + /db_xref="InterPro:IPR001162" + /db_xref="InterPro:IPR001943" + /db_xref="InterPro:IPR003583" + /db_xref="InterPro:IPR004791" + /db_xref="InterPro:IPR010994" + /db_xref="InterPro:IPR035901" + /db_xref="InterPro:IPR036876" + /db_xref="InterPro:IPR038476" + /db_xref="InterPro:IPR041663" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67427" + /translation="MPDPATYRPAPGSIPVEPGVYRFRDQHGRVIYVGKAKSLRSRLT + SYFADVASLAPRTRQLVTTAAKVEWTVVGTEVEALQLEYTWIKEFDPRFNVRYRDDKS + YPVLAVTLGEEFPRLMVYRGPRRKGVRYFGPYSHAWAIRETLDLLTRVFPARTCSAGV + FKRHRQIDRPCLLGYIDKCSAPCIGRVDAAQHRQIVADFCDFLSGKTDRFARALEQQM + NAAAEQLDFERAARLRDDLSALKRAMEKQAVVLGDGTDADVVAFADDELEAAVQVFHV + RGGRVRGQRGWIVEKPGEPGDSGIQLVEQFLTQFYGDQAALDDAADESANPVPREVLV + PCLPSNAEELASWLSGLRGSRVVLRVPRRGDKRALAETVHRNAEDALQQHKLKRASDF + NARSAALQSIQDSLGLADAPLRIECVDVSHVQGTDVVGSLVVFEDGLPRKSDYRHFGI + REAAGQGRSDDVACIAEVTRRRFLRHLRDQSDPDLLSPERKSRRFAYPPNLYVVDGGA + PQVNAASAVIDELGVTDVAVIGLAKRLEEVWVPSEPDPIIMPRNSEGLYLLQRVRDEA + HRFAITYHRSKRSTRMTASALDSVPGLGEHRRKALVTHFGSIARLKEATVDEITAVPG + IGVATATAVHDALRPDSSGAAR" + gene 1596695..1597600 + /locus_tag="BQ2027_MB1456" + CDS 1596695..1597600 + /locus_tag="BQ2027_MB1456" + /note="Mb1456, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv1421, len: + 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 301 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many hypothetical proteins e.g. + YHBJ_ECOLI|P33995 hypothetical 32.5 kd protein from + Escherichia coli (284 aa), FASTA scores: opt: 648, E(): + 6.3e-36, (38.7% identity in 282aa overlap). Protein + product from Mb1456 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1456 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNase adapter protein RapZ" + /protein_id="SIU00059.1" + /db_xref="GOA:P67107" + /db_xref="InterPro:IPR005337" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67107" + /translation="MMNHARGVENRSEGGGIDVVLVTGLSGAGRGTAAKVLEDLGWYV + ADNLPPQLITRMVDFGLAAGSRITQLAVVMDVRSRGFTGDLDSVRNELATRAITPRVV + FMEASDDTLVRRYEQNRRSHPLQGEQTLAEGIAAERRMLAPVRATADLIIDTSTLSVG + GLRDSIERAFGGDGGATTSVTVESFGFKYGLPMDADMVMDVRFLPNPHWVDELRPLTG + QHPAVRDYVLHRPGAAEFLESYHRLLSLVVDGYRREGKRYMTIAIGCTGGKHRSVAIA + EALMGLLRSDQQLSVRALHRDLGRE" + gene 1597597..1598625 + /locus_tag="BQ2027_MB1457" + CDS 1597597..1598625 + /locus_tag="BQ2027_MB1457" + /note="Mb1457, -, len: 342 aa. Equivalent to Rv1422, len: + 342 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 342 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many hypothetical proteins e.g. + YAMB_THETU|P38541 Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes + (323 aa), FASTA scores: opt: 519, E(): 1.6e-25, (33.1% + identity in 320 aa overlap); and AF106003|AF106003_3 + Streptomyces coelicolor (363 aa), FASTA scores: opt: 1047, + E(): 0, (54.5% identity in 308 aa overlap). Protein + product from Mb1457 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1457 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG002813: LPPG:FO 2-phospho-L-lactate + transferase like, CofD-like" + /protein_id="SIU00060.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYB6" + /db_xref="InterPro:IPR002882" + /db_xref="InterPro:IPR010119" + /db_xref="InterPro:IPR038136" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB6" + /translation="MTDGIVALGGGHGLYATLSAARRLTPYVTAVVTVADDGGSSGRL + RSELDVVPPGDLRMALAALASDSPHGRLWATILQHRFGGSGVLAGHPIGNLMLAGLSE + VLADPVAALDELGRILGVKGRVLPMCPVALQIEADVSGLEADPRMFRLIRGQVAIATT + PGKVRRVRLLPTDPPATRQAVDAIMAADLVVLGPGSWFTSVIPHVLVPGLAAALRATS + ARRALVLNLVAEPGETAGFSVERHLHVLAQHAPGFTVHDIIIDAERVPSEREREQLRR + TATMLQAEVHFADVARPGTPLHDPGKLAAVLDGVCARDVGASEPPVAATQEIPIDGGR + PRGDDAWR" + gene 1598622..1599599 + /gene="whiA" + /locus_tag="BQ2027_MB1458" + CDS 1598622..1599599 + /gene="whiA" + /locus_tag="BQ2027_MB1458" + /note="Mb1458, whiA, len: 325 aa. Equivalent to Rv1423, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 325 aa overlap). Putative whiA, + transcriptional regulator, probably equivalent to + AL035591|SCC54.10 whiA protein from Streptomyces + coelicolor (328 aa), FASTA scores: opt: 1505, E(): 0, + (70.4% identity in 324 aa overlap). Also some similarity + to O06975|YVCL hypothetical protein from Bacillus subtilis + (316 aa), FASTA scores: E(): 1.8e-0 8, (25.7% identity in + 304 aa overlap). Protein product from Mb1458 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1458 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + WHIA" + /protein_id="SIU00061.1" + /db_xref="GOA:Q7U040" + /db_xref="InterPro:IPR003802" + /db_xref="InterPro:IPR018478" + /db_xref="InterPro:IPR023054" + /db_xref="InterPro:IPR027434" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039518" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U040" + /translation="MTTDVKDELSRLVVKSVSARRAEVTSLLRFAGGLHIVGGRVVVE + AELDLGSIARRLRKEIFELYGYTAVVHVLSASGIRKSTRYVLRVANDGEALARQTGLL + DMRGRPVRGLPAQVVGGSIDDAEAAWRGAFLAHGSLTEPGRSSALEVSCPGPEAALAL + VGAARRLGVGAKAREVRGADRVVVRDGEAIGALLTRMGAQDTRLVWEERRLRREVRAT + ANRLANFDDANLRRSARAAVAAAARVERALEILGDTVPEHLASAGKLRVEHRQASLEE + LGRLADPPMTKDAVAGRIRRLLSMADRKAKVDGIPDTESVVTPDLLEDA" + gene complement(1599609..1600370) + /locus_tag="BQ2027_MB1459C" + CDS complement(1599609..1600370) + /locus_tag="BQ2027_MB1459C" + /note="Mb1459c, -, len: 253 aa. Equivalent to Rv1424c, + len: 253 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 253 aa overlap). Possible membrane + protein, contains PS00402 Binding-protein-dependent + transport systems inner membrane comp signature. Protein + product from Mb1459c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1459c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00062.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64852" + /translation="MTVVPGAPSRPASAVSRPSYRQCVQASAQTSARRYSFPSYRRPP + AEKLVFPVLLGILTLLLSACQTASASGYNEPRGYDRATLKLVFSMDLGMCLNRFTYDS + KLAPSRPQVVACDSREARIRNDGFHANAPSCMRIDYELITQNHRAYYCLKYLVRVGYC + YPAVTTPGKPPSVLLYAPSACDESLPSPRVATALVPGTRSANREFSRFVVTEIKSLGA + GGRCDSASVSLQPPEEIEGPAIPPASSQLVCVAPK" + gene 1600374..1601753 + /locus_tag="BQ2027_MB1460" + CDS 1600374..1601753 + /locus_tag="BQ2027_MB1460" + /note="Mb1460, -, len: 459 aa. Equivalent to Rv1425, len: + 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 459 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv3740c, Rv3734c, Rv1760, etc. + Protein product from Mb1460 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1460 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU00063.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0E4" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E4" + /translation="MKRLSSVDAAFWSAETAGWHMHVGALAICDPSDAPEYSFQRLRE + LIIERLPEIPQLRWRVTGAPLGLDRPWFVEDEELDIDFHIRRIGVPAPGGRRELEELV + GRLMSYKLDRSRPLWELWVIEGVEGGRIATLTKMHHAIVDGVSGAGLGEILLDITPEP + RPPQQETVGFVGFQIPGLERRAIGALINVGIMTPFRIVRLLEQTVRQQIAALGVAGKP + ARYFEAPKTRFNAPVSPHRRVTGTRVELARAKAVKDAFGVKLNDVVLALVAGAARQYL + QKRDELPAKPLIAQIPVSTRSEETKADVGNQVSSMTASLATHIEDPAKRLAAIHESTL + SAKEMAKALSAHQIMGLTETTPPGLLQLAARAYTASGLSHNLAPINLVVSNVPGPPFP + LYMAGARLDSLVPLGPPVMDVALNITCFSYQDYLDFGLVTTPEVANDIDEMADAIEPA + LAELERAAE" + gene complement(1601775..1603037) + /gene="lipO" + /locus_tag="BQ2027_MB1461C" + CDS complement(1601775..1603037) + /gene="lipO" + /locus_tag="BQ2027_MB1461C" + /note="Mb1461c, lipO, len: 420 aa. Equivalent to Rv1426c, + len: 420 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 420 aa overlap). Possible Lipo, esterase + (EC 3.1.-.-), similar to several Mycobacterium + tuberculosis hypothetical lipases and esterases e.g. + Rv1399c, Rv2284, etc. Also similar in central region to + AAAD_HUMAN|P22760 human arylacetamide deacetylase (398 + aa), FASTA scores: opt:210, E(): 7.6e-07, (29.3% identity + in 191 aa overlap). Protein product from Mb1461c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1461c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ESTERASE LIPO" + /protein_id="SIU00064.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA8" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA8" + /translation="MRFRRMARPRPLTRAAVELLNAANGLRPLSGSGYSTVLAFWLGW + PTSEVPGVYLGASVLDALRRGRRGDFGGLKGKAALALTAAAWVILAVIRYRGATTPGP + VLEAGLTEQLGPDYAKELATLPTEPMRSRGRNLPLRTAMARRRYVETTNVVCYGPYGR + ANLADIWRRRDLPRDAKAPVLVQVPGGAWVLGWRRPQAYPLMSHLAARGWVCVSLNYR + VSPRHTWPDHIVDVKRALAWVKENIAAYGGDPNFVAISGGSAGGHLCALAALTPNDPR + FQPGFEQVDTSVAAAVPVYGRYDWFTTDAPGRREFVGLLETFVVKRKFSTHRDIFVDA + SPIHHVRADAPPFFVLHGRHDSLIPVAEAHAFVEELRAVSKSPVAYADLPHAQHAFDV + FGSPRAHHTAEAVARFLSWVYATNPPAT" + gene complement(1603037..1604644) + /gene="fadD12" + /locus_tag="BQ2027_MB1462C" + CDS complement(1603037..1604644) + /gene="fadD12" + /locus_tag="BQ2027_MB1462C" + /note="Mb1462c, fadD12, len: 535 aa. Equivalent to + Rv1427c, len: 535 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 535 aa overlap). Possible + fadD12, long-chain-fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), + similar to many e.g. NP_302632.1|NC_002677 acyl-CoA + synthase from Mycobacterium leprae (548 aa); + AAD01929.2|AF031419 putative long-chain-fatty-acid--CoA + ligase from Pseudomonas putida (565 aa); + NP_419782.1|NC_002696 putative long-chain-fatty-acid--CoA + ligase from Caulobacter crescentus (530 aa); + PC60_YEAST|P38137 yeast peroxisomal-coenzyme A synthetase + (543 aa), FASTA scores: opt: 507, E(): 2.9e-25, (30.4% + identity in 365 aa overlap). Also similar to many M. + tuberculosis proteins e.g. MTCY06A4.14 (44.8% identity in + 525 aa overlap). Contains PS00455 Putative AMP-binding + domain signature. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING + ENZYME FAMILY. Protein product from Mb1462c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1462c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE + FADD12 (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA + SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00065.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYB5" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB5" + /translation="MRIRQAFGLIATMRRAGLIAPLRPDRYLRIVAAMRREGMGFTAG + FAGAARRCPDRPGLIDELGTLTWRQLDERGNALAAALQALPAGPPRVVGIMCRNHRGF + VDALLAVNRIGAHILLLNTSFAGPALAEVVTREGVDTVVYDEEFSATVDRALAEKPQA + TRIVAWTDEDHDLTVEKLVAAHAGRRPEHTGSHGKVILLTSGTTGTPKGARHSGGGIG + TLKAILDRTPWRAEEVTVIVAPMFHAWGFSQLVLASSLACTIVTRRRFDPEATLDLID + RHHATGLVVVPVMFDRIMDLPAEIRNRYDGRSLRFAAASGSRMRPDVVIAFMDQFGDV + IYNNYNATEAGMIATATPADLRTAPDTAGRPAEGTEIRILDQQFTEVPTGEVGTIYVR + NDSQFDGYTSGAAKDFHAGFMSSGDVGYLDENGRLFVVGRDDEMIVSGGENIYPIEVE + KTLATHPDVAEAAVIGVDDQQYGQRLAAFVVLKPGVSATPETLKQHVRDNLANYKVPR + DIAVLDELPRGITGKILRTELQSRVGS" + gene complement(1604648..1605475) + /locus_tag="BQ2027_MB1463C" + CDS complement(1604648..1605475) + /locus_tag="BQ2027_MB1463C" + /note="Mb1463c, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv1428c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 275 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to hypothetical proteins from M. + tuberculosis e.g. Rv0502|YV29_MYCTU|Q11167 (358 aa), FASTA + scores: opt: 355, E(): 5e-16, (32.6% identity in 273 aa + overlap); and Rv1920. Protein product from Mb1463c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1463c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Lysophospholipid Acyltransferases (LPLATs) of + Glycerophospholipid Biosynthesis: MGAT-like" + /protein_id="SIU00066.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYQ3" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="InterPro:IPR016676" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ3" + /translation="MSETDSPGNGDDAGIGDIGKFDPGLTQRLISVLRPVLKTYHRSQ + VHGLDSFPPGGALVVANHSGGMFPMDVPVFSVDFYDKFGYDRPVYTLSHDILFMGLTG + DLFRRTGYIRATRENAAKALRSGGVVVVFPGGDYDAYRPTFAENVIDFNGRKGYVSTA + VEAGVPIVPAVSIGGQESQLYLSRGTWLARRLGLKRLLRSDILPISFGFPFGFSAAIP + PNLPLPAKIVMQVLDPINLTKQFGEDPDVDAVDEHVRSVMQQALNDLAAKRRFPILG" + gene 1605594..1606862 + /locus_tag="BQ2027_MB1464" + CDS 1605594..1606862 + /locus_tag="BQ2027_MB1464" + /note="Mb1464, -, len: 422 aa. Equivalent to Rv1429, len: + 422 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 422 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to transcriptional regulator + proteins e.g. CDAR_ECOLI|P37047 Carbohydrate diacid + regulator from Escherichia coli (391 aa), FASTA scores: + opt: 210, E(): 3e-06, (27.7% identity in 296 aa overlap). + Also similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins Rv2370c, Rv1194c, Rv1453, Rv2242, and Rv1186c. + Protein product from Mb1464 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1464 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible regulatory protein Trx" + /protein_id="SIU00067.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR041522" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC5" + /translation="MAEAGGGPISVIARHMQLIRDDFISELFDKMKAEIRGLDYDARM + ADLWRASITENFVTAVHYLDRDTPQSLVEAPAAALAYARAAAQRDIPLSGLVRAHRLG + HARFLEVAMQYVSLLEPADRVSTIIELVNRSARLVDLVADQLIVAYEHEHDRWLSRRS + GLQQQWVSELLADTPVDVPRAERALGYRLDGVHIAAVVWVDSAVPIGDVVAQFDQVRC + LLAGELGPELGPVANSLMVPTDEREARLWFSPAPTRAFAPSRIRAAFESAGIRARLAC + GRVGDGLRGFRASLKQAERVKALALAGGARPGGRVMFYDDVAPVALLADDLEELRRFV + TDVLGDLSVDDERNSWLRETLREFLLRNRSYVATADAMILHRNTIQYRVIQAMELCGQ + NLDDPDAAFRVQMALEVCRWMAPAVLRAKQ" + gene 1607102..1608688 + /gene="PE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1465" + CDS 1607102..1608688 + /gene="PE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1465" + /note="Mb1465, PE16, len: 528 aa. Equivalent to Rv1430, + len: 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 528 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family of proteins e.g. Y0D4_MYCTU|Q50594 + (55.9% identity in 127 aa overlap). The C-terminus shows + similarity to Q49633|LEPB1170_F3_112 hypothetical + Mycobacterium leprae protein (391 aa), FASTA scores: opt: + 342, E(): 1.2e-13, (29.8% identity in 292 aa overlap). + Possible TMhelix aa 500-522. Mb1465 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe16" + /protein_id="SIU00068.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYC9" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC9" + /translation="MSFVFAVPEMVAATASDLASLGAALSEATAAAAIPTTQVLAAAA + DEVSAAIAELFGAHGQEFQALSAQASAFHDRFVRALSAAAGWYVDAEAANAALVDTAA + TGASELGSGGRTALILGSTGTPRPPFDYMQQVYDRYIAPHYLGYAFSGLYTPAQFQPW + TGIPSLTYDQSVAEGAGYLHTAIMQQVAAGNDVVVLGFSQGASVATLEMRHLASLPAG + VAPSPDQLSFVLLGNPNNPNGGILARFPGLYLQSLGLTFNGATPDTDYATTIYTTQYD + GFADFPKYPLNILADVNALLGIYYSHSLYYGLTPEQVASGIVLPVSSPDTNTTYILLP + NEDLPLLQPLRGIVPEPLLDLIEPDLRAIIELGYDRTGYADVPTPAALFPVHIDPIAV + PPQIGAAIGGPLTALDGLLDTVINDQLNPVVTSGIYQAGAELSVAAAGYGAPAGVTNA + IFIGQQVLPILVEGPGALVTADTHYLVDAIQDLAAGDLSGFNQNLQLIPATNIALLVF + AAGIPAVAAVAILTGQDFPV" + gene 1608799..1610568 + /locus_tag="BQ2027_MB1466" + CDS 1608799..1610568 + /locus_tag="BQ2027_MB1466" + /note="Mb1466, -, len: 589 aa. Equivalent to Rv1431, len: + 589 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 589 aa overlap). Conserved membrane + protein, shows strong similarity to another M. + tuberculosis hypothetical protein Rv1132|MTCY22G8.21 + (48.2% identity in 585 aa overlap). Protein product from + Mb1466 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1466 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00069.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYB1" + /db_xref="InterPro:IPR021941" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB1" + /translation="MGFLKPDLPDVDHDTWLTQPRRTRLQVVTRDWVEHGFGTPYAVY + LLYLTKIAVYVAAGAAIISLTPGLGGLSRIGDWWTQPIVYQKVIVFTLLFEVLGFGCG + SGPLTGRFWPPIGGFLYWLRPNTIRLPAWPDKVPFTQGDTRTVVDVALYAIVLIGGVW + ALLSPGSPGPGGTPVTAAGDVGLINPVLVVPTIVALGVLGLRDKTIFLAARGEHYWLK + LFVFFFPFTDQIAAFKIIMLCLWWGAATSKLNHHFPYVVAVMTSNNALLRSRVFNPIK + HLLYRDHANDLRPSWLPKLMAHGGGTTAEFLVPGILVLVADGHPWRWFLIGFMVLFHL + NILSNLPMGVPLEWNVFFIFSLCYLFGHYGAITATDLRSPLLLAIVIAVVAVVIMGNL + LPEKISFLPAMRYYAGNWATSIWCFRGDAEATMETSVVKSSALVVNQLAKLYDGATAE + IMTDQVAAFRAMHTHGRALNGLLPRALDDEAHYRIREGEIVAGPLVGWNFGEGHLHNE + QLVAAVQRRCNFADGDLRVIILEGQPIHVQKQWYRIVDAKTGLFEAGYVTVEDMLSRQ + PWPEPGDEFPVHVTTQRGTPSKP" + gene 1610565..1611986 + /locus_tag="BQ2027_MB1467" + CDS 1610565..1611986 + /locus_tag="BQ2027_MB1467" + /note="Mb1467, -, len: 473 aa. Equivalent to Rv1432, len: + 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 473 aa overlap). Probable dehydrogenase + (EC 1.-.-.-), shows strong simlarity to P49_STRLI|P06108 + p49 protein from Streptomyces lividans (469 aa), FASTA + scores: opt: 1362, E(): 0, (44.9% identity in 474 aa + overlap); and weak simlarity to other dehydrogenases. + Protein product from Mb1467 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1467 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU00070.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC4" + /translation="MTTAVVVGAGPNGLAAAIHLARHGVDVQVLEARDTIGGGARSGE + LTVPGVIHDHCSAFHPLGVGSPFWAAIDLQRYGLTWKWPDVDCAHPLDDGTAGVLYRS + IEATAAGLGPDGKRWQRAVGDLAAGFDELAEDLLRPVLNMPRHPIRLARFGPRAALPA + TAMARRFHTERARALFGGAAAHVYTRLDRPLTASLGLMILASGHRHGWPVARGGSGSI + TKALAAALDAYGGTVATGVTVTSRRDIPDADIVMLDLSPAAVLGIYGDVMPTRINRSY + RRYRAGSSAFKVDFAIEGDVGWTNPDCRRAGTVHLGGTFAEIADTERQRAQGTMVQRP + FVLVGQQYLADPSRSVGNINPIWAYAHVPFGYTGDATAAVIDQIERFAPGFRDRIVAT + VSTSTTELQTYNRNFIGGDIIGGANDRLQVIFRPRVAVDPYAIGVPGVYLCSQSAPPG + AGIHGLCGYHAAESALRWLRKRR" + gene 1612150..1612965 + /locus_tag="BQ2027_MB1468" + CDS 1612150..1612965 + /locus_tag="BQ2027_MB1468" + /note="Mb1468, -, len: 271 aa. Equivalent to Rv1433, len: + 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 271 aa overlap). Possible exported + protein with N-terminal signal sequence, highly similar to + Q49706 hypothetical protein from Mycobacterium leprae (271 + aa), FASTA scores: opt: 1341, E(): 0, (68.3% identity in + 271 aa overlap). Also shows similarity to Mycobacterium + tuberculosis lipoprotein Rv2518c|MTV009.03c lppS (408 aa) + (40.0% identity in 230 aa overlap); and others e.g. + Rv0116c, Rv0192, Rv2518c, Rv0483. Mb1468 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIU00071.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYB7" + /db_xref="InterPro:IPR005490" + /db_xref="InterPro:IPR038063" + /db_xref="InterPro:IPR041280" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB7" + /translation="MRAVFGCAIAVVGIAGSVVAGPADIHLVAAKQSYGFAVASVLPT + RGQVVGVAHPVVVTFSAPITNPANRHAAERAVEVKSTPAMTGKFEWLDNDVVQWVPDR + FWPAHSTVELSVGSLSSDFKTGPAVVGVASISQHTFTVSIDGVEEGPPPPLPAPHHRV + HFGEDGVMPASMGRPEYPTPVGSYTVLSKERSVIMDSSSVGIPVDDPDGYRLSVDYAV + RITSRGLYVHSAPWALPALGLENVSHGCISLSREDAEWYYNAVDIGDPVIVQE" + gene 1612972..1613109 + /locus_tag="BQ2027_MB1469" + CDS 1612972..1613109 + /locus_tag="BQ2027_MB1469" + /note="Mb1469, -, len: 45 aa. Equivalent to Rv1434, len: + 45 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 45 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Mb1469 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00072.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYB2" + /translation="MRASPAERVDGAYAGAGPHTQSVLEEDQRQRAPAGAEAEGPGRT + G" + gene complement(1613058..1613687) + /locus_tag="BQ2027_MB1470C" + CDS complement(1613058..1613687) + /locus_tag="BQ2027_MB1470C" + /note="Mb1470c, -, len: 209 aa. Highly similar to Rv1435c, + len: 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (96.2% identity in 209 aa overlap). Probable conserved + Pro-, Gly-, Val-rich secreted protein (see citation below) + with a N-terminal signal sequence. Similar at C-terminus + to AF017099|AF017099_1 Mycobacterium tuberculosis pGB1 (87 + aa), FASTA scores: opt: 550, E(): 2.3e-17, (97.7% identity + in 86 aa overlap). Shows some similarity to N-terminus of + CPN_DROME|Q02910 calphotin. drosophila melanogaster (865 + aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 2.5e-05, (37.2% identity + in 191 aa overlap). Contains at least five 7 aa imperfect + repeats. Also shows similarity to other Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. MTCI237.20c (34.7% identity in + 193 aa overlap), MTCI65.25c (36.9% identity in 160 aa + overlap) and MTCI65.24c (34.2% identity in 196 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, an in-frame insertion of 21 bp leads to a longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (209 aa versus 202 aa). Mb1470c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved Proline, Glycine, Valine-rich + secreted protein" + /protein_id="SIU00073.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0G3" + /translation="MTLMAIVNRFNIKVIAGAGLFAAAIALSPDAAADPLMTGGYACI + QGMAGDAPVAAGDPVAAGGPAATGACSAALTDMAGVPFVAPGPVPAAAPVPIGAPVPI + PGAPVPIPGAPVPIPGAPVPIPGGPVPIPGAPVPVPAVPAPVIPVGTPLIALGPVLAG + APGDGVVSAPIIGMSGVKDALTDPAPAGGPVPGQPVLPGPSASAPAGAR" + gene 1614044..1615063 + /gene="gap" + /locus_tag="BQ2027_MB1471" + CDS 1614044..1615063 + /gene="gap" + /locus_tag="BQ2027_MB1471" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1471, gap, len: 339 aa. Equivalent to Rv1436, + len: 339 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 339 aa overlap). Probable gap, + Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (EC 1.2.1.12), + highly similar to many e.g. G3P_MYCLE|P46713 Mycobacterium + leprae (339 aa), FASTA scores: opt: 1933, E():0, (89.1% + identity in 339 aa overlap). Contains PS00071 + Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. + BELONGS TO THE GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + FAMILY. Protein product from Mb1471 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1471 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE + DEHYDROGENASE GAP (GAPDH)" + /protein_id="SIU00074.1" + /db_xref="GOA:P64179" + /db_xref="InterPro:IPR006424" + /db_xref="InterPro:IPR020828" + /db_xref="InterPro:IPR020829" + /db_xref="InterPro:IPR020830" + /db_xref="InterPro:IPR020831" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64179" + /translation="MTVRVGINGFGRIGRNFYRALLAQQEQGTADVEVVAANDITDNS + TLAHLLKFDSILGRLPCDVGLEGDDTIVVGRAKIKALAVREGPAALPWGDLGVDVVVE + STGLFTNAAKAKGHLDAGAKKVIISAPATDEDITIVLGVNDDKYDGSQNIISNASCTT + NCLAPLAKVLDDEFGIVKGLMTTIHAYTQDQNLQDGPHKDLRRARAAALNIVPTSTGA + AKAIGLVMPQLKGKLDGYALRVPIPTGSVTDLTVDLSTRASVDEINAAFKAAAEGRLK + GILKYYDAPIVSSDIVTDPHSSIFDSGLTKVIDDQAKVVSWYDNEWGYSNRLVDLVTL + VGKSL" + gene 1615066..1616304 + /gene="pgk" + /locus_tag="BQ2027_MB1472" + CDS 1615066..1616304 + /gene="pgk" + /locus_tag="BQ2027_MB1472" + /note="Mb1472, pgk, len: 412 aa. Equivalent to Rv1437, + len: 412 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 412 aa overlap). Probable pgk, + Phosphoglycerate kinase (EC 2.7.2.3), highly similar to + many e.g. PGK_MYCLE|P46712 Mycobacterium leprae (416 aa), + FASTA scores: opt: 2153, E(): 0, (80.4% identity in 414 aa + overlap). Contains PS00111 Phosphoglycerate kinase + signature. BELONGS TO THE PHOSPHOGLYCERATE KINASE FAMILY. + Protein product from Mb1472 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1472 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOGLYCERATE KINASE PGK" + /protein_id="SIU00075.1" + /db_xref="GOA:P65701" + /db_xref="InterPro:IPR001576" + /db_xref="InterPro:IPR015824" + /db_xref="InterPro:IPR015911" + /db_xref="InterPro:IPR036043" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65701" + /translation="MSVANLKDLLAEGVSGRGVLVRSDLNVPLDEDGTITDAGRIIAS + APTLKALLDADAKVVVAAHLGRPKDGPDPTLSLAPVAVALGEQLGRHVQLAGDVVGAD + ALARAEGLTGGDILLLENIRFDKRETSKNDDDRRALAKQLVELVGTGGVFVSDGFGVV + HRKQASVYDIATLLPHYAGTLVADEMRVLEQLTSSTQRPYAVVLGGSKVSDKLGVIES + LATKADSIVIGGGMCFTFLAAQGFSVGTSLLEDDMIEVCRGLLETYHDVLRLPVDLVV + TEKFAADSPPQTVDVGAVPNGLMGLDIGPGSIKRFSTLLSNAGTIFWNGPMGVFEFPA + YAAGTRGVAEAIVAATGKGAFSVVGGGDSAAAVRAMNIPEGAFSHISTGGGASLEYLE + GKTLPGIEVLSREQPTGGVL" + gene 1616301..1617086 + /gene="tpi" + /locus_tag="BQ2027_MB1473" + CDS 1616301..1617086 + /gene="tpi" + /locus_tag="BQ2027_MB1473" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1473, tpi, len: 261 aa. Equivalent to Rv1438, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 261 aa overlap). Probable tpi (tpiA), + Triosephosphate isomerase (EC 5.3.1.1), highly similar to + many e.g. TPIS_MYCLE|P46711 Mycobacterium leprae (261 aa), + FASTA scores: opt: 1456, E(): 0, (83.9% identity in 261 aa + overlap). Contains PS00171 Triosephosphate isomerase + active site. BELONGS TO THE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE + FAMILY. Protein product from Mb1473 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1473 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE TPI (TIM)" + /protein_id="SIU00076.1" + /db_xref="GOA:P66941" + /db_xref="InterPro:IPR000652" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR020861" + /db_xref="InterPro:IPR022896" + /db_xref="InterPro:IPR035990" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66941" + /translation="MSRKPLIAGNWKMNLNHYEAIALVQKIAFSLPDKYYDRVDVAVI + PPFTDLRSVQTLVDGDKLRLTYGAQDLSPHDSGAYTGDVSGAFLAKLGCSYVVVGHSE + RRTYHNEDDALVAAKAATALKHGLTPIVCIGEHLDVREAGNHVAHNIEQLRGSLAGLL + AEQIGSVVIAYEPVWAIGTGRVASAADAQEVCAAIRKELASLASPRIADTVRVLYGGS + VNAKNVGDIVAQDDVDGGLVGGASLDGEHFATLAAIAAGGPLP" + gene complement(1617698..1618123) + /locus_tag="BQ2027_MB1474C" + CDS complement(1617698..1618123) + /locus_tag="BQ2027_MB1474C" + /note="Mb1474c, -, len: 141 aa. Equivalent to Rv1439c, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 141 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1474c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1474c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00077.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYD4" + /translation="MQMSASNAFVEGFADFWKAPSPDRLTDHLHPDVVLVRPLSPPRH + GLGAAQREFTRILGLLPDLHGEVDRWSQAGDVVFIEFRLIARLGSEVVEWPVVDRFLL + RGDKAVERVSYFDSLPLLIKVVKHPSAWRGWLTTMRSRA" + gene 1618574..1618807 + /gene="secG" + /locus_tag="BQ2027_MB1475" + CDS 1618574..1618807 + /gene="secG" + /locus_tag="BQ2027_MB1475" + /note="Mb1475, secG, len: 77 aa. Equivalent to Rv1440, + len: 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 77 aa overlap). Probable protein-export + membrane protein secG, similar to many e.g. + P38388|SECG_MYCLE PROBABLE PROTEIN-EXPORT MEMBRANE (77 + aa), FASTA scores: opt: 450, E(): 6.7e-24, (96.1% identity + in 77 aa overlap). Start changed since original submission + (-40 aa). PART OF THE PROKARYOTIC PROTEIN TRANSLOCATION + APPARATUS WHICH COMPRISE SECA|Rv3240c, SECD|Rv2587c, + SECE|Rv0638, SECF|Rv2586c, SECG AND SECY|Rv0732. Mb1475 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable protein-export membrane protein + (translocase subunit) secg" + /protein_id="SIU00078.1" + /db_xref="GOA:P66792" + /db_xref="InterPro:IPR004692" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66792" + /translation="MELALQITLIVTSVLVVLLVLLHRAKGGGLSTLFGGGVQSSLSG + STVVEKNLDRLTLFVTGIWLVSIIGVALLIKYR" + gene complement(1618946..1620421) + /gene="PE_PGRS26" + /locus_tag="BQ2027_MB1476C" + CDS complement(1618946..1620421) + /gene="PE_PGRS26" + /locus_tag="BQ2027_MB1476C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1476c, PE_PGRS26, len: 491 aa. Equivalent to + Rv1441c, len: 491 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 491 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to + Y0DP_MYCTU|Q50615 hypothetical glycine-rich 40.8 kd + protein (498 aa), fasta scores: opt: 1625, E(): 0, (55.2% + identity in 518 aa overlap). Mb1476c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs26" + /protein_id="SIU00079.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC1" + /translation="MSNVMVVPGMLSAAAADVASIGAALSAANGAAAPTTAGVLAAGA + DEVSAAIASLFSGYARDYQALSAQMARFHQQFVQALTASVGSYAAAEAANASPLQALE + QQVLAAINAPTQTLLGRPLIGNGADGLPGQNGGAGGLLWGNGGNGGAGDAAHPNGGNG + GDAGMFGNGGAGGAGYSPAAGTGAAGGAGGAGGAGGWLSGNGGAGGNGGTGASGADGG + GGLPPVPASPGGNGGGGGAGGAAGMFGTGGAGGTGGDGGAGGAGDSPNSGANGARGGD + GGNGAAGGAGGRLFGNGGAGGNGGTAGQGGDGGTALGAGGIGGDGGTGGAGGTGGTAG + IGGSSAGAGGAGGDGGAGGNGGGSSMIGGKGGTGGNGGVGGTGGASALTIGNGSSAGA + GGAGGAGGTGGTGGYIESLDGKGQAGNGGNGGNGAAGGAGGGGTGAGGNGGAGGNGGD + GGPSQGGGNPGFGGDGGTGGPGGVGVPDGIGGANGAQGKHG" + gene 1620528..1622828 + /gene="bisC" + /locus_tag="BQ2027_MB1477" + CDS 1620528..1622828 + /gene="bisC" + /locus_tag="BQ2027_MB1477" + /note="Mb1477, bisC, len: 766 aa. Equivalent to Rv1442, + len: 766 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 766 aa overlap). Probable bisC, Biotin + sulfoxide reductase (EC 1.-.-.-), similar to + BISC_ECOLI|P20099 biotin sulfoxide reductase from + Escherichia coli (739 aa), FASTA scores: opt: 1271, E():0, + (40.2% identity in 744 aa overlap). Protein product from + Mb1477 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1477 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIOTIN SULFOXIDE REDUCTASE BISC (BDS + reductase) (BSO reductase)" + /protein_id="SIU00080.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYD3" + /db_xref="InterPro:IPR006656" + /db_xref="InterPro:IPR006657" + /db_xref="InterPro:IPR006658" + /db_xref="InterPro:IPR009010" + /db_xref="InterPro:IPR041460" + /db_xref="InterPro:IPR041954" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYD3" + /translation="MQVYTSATHWGVFTARVHGGDIAAVAALASDTNPAPQLQNLPGA + VRHRSRIANPAVRRGWLQHGPGPSSARGAEEFVEVSWDELIELLASELRRTVDRYGNE + AIYGSSYGWASAGRFHHAQSQVHRFLNMLGGYTASRHSYSAGASEVIFPHIVGAALFE + ALAETTTWDVIVDHTALLVAFGGLPVKNTAVMPGGTTAHPDRDYVGRYRARGGRLVSV + SPLRDDIAAIAGPLDDRCRWLAPVPGTDVAIMLGLAYVLATESLADRAFLGRYCTGYE + RFERYLLGLDDGIPKTPEWAAALSGLAAGDLRDLARRMAEHRTLITTSLSLQRIEHGE + QTVWMAATLAAMLGQIGLPGGGFGHGYSSNGVGNPPLACGLPALPQGNNPVSTFIPVA + AISELLQRPGQRLAYNGRLLELPDIKCVYWAGGNPFHHHQNLPRLRRALSRVDTIVVH + EQYWTAMAKHADIVVPTTTSFERDDFAASKTNPTLIAMPAMVPPYANARDDYHTFSAL + AHRLGFGKQFTEGRSAREWLEHMYDKWSAELDFPVPSFAEFWRTGRLELPTRTGLTWL + ADFRADPAAHPLGTPSGRIEIFSDTVDAFALPDCAGHPTWYEPSEWLGGPRAARYPLH + LIANQPRTRLHSQLDHGGASMASKIRGREPIRIHPDDAAARELTDGDIVRVFNDRGAC + LAGVVIDDGLRPKVVQLSTGAWFDPADPRDPDSMCVHGNPNALSNDSGTSSLAHGSTG + QHVLVQIERFTGELPPVRAHEPPRLA" + gene complement(1622944..1623429) + /locus_tag="BQ2027_MB1478C" + CDS complement(1622944..1623429) + /locus_tag="BQ2027_MB1478C" + /note="Mb1478c, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv1443c, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 161 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1478c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1478c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00081.1" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC2" + /translation="MVGYAEPVLIERQSVVAAPAEQVWQRVVTPEGINDELRPWMTMS + VPRGAKGMTVDTVPIGAPIGRAWLRLFGVLPFDYDRLSIAELEPGRRFREDSTMLSMR + QWQHERTVTPEGDTKTIVRDRITFQTRAGLRFAAPLIAAGLRALFGHRHRRLQRHFAQ + G" + gene complement(1624043..1624453) + /locus_tag="BQ2027_MB1479C" + CDS complement(1624043..1624453) + /locus_tag="BQ2027_MB1479C" + /note="Mb1479c, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv1444c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 136 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1479c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1479c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00082.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYC3" + /translation="MTVMADRSGRPAPVRRRMKTLTQAALNADKTVEQVEDVLDGLGK + TMAELNSSLSQLNSTVERLEDGLDHLEGTLHSLDDLAKRLIVLVEPVEAIVDRIDYIV + SLGETVMSPLSVTEHAVRGVLDRLRNRTVHEPTN" + gene complement(1624470..1625213) + /gene="devB" + /locus_tag="BQ2027_MB1480C" + CDS complement(1624470..1625213) + /gene="devB" + /locus_tag="BQ2027_MB1480C" + /note="Mb1480c, devB, len: 247 aa. Equivalent to Rv1445c, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 247 aa overlap). Possible devB (PGL), + 6-phosphogluconolactonase (EC 3.1.1.31), belongs to a + different family to the upstream gene zwf2. Similar to + e.g. DEVB_ANASP|P46016 putative glucose-6-phosphate + 1-dehydrogenase (239 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): + 2.6e-20, (34.0% identity in 247 aa overlap). BELONGS TO + THE GLUCOSAMINE/GALACTOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE + FAMILY. 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE SUBFAMILY. Protein + product from Mb1480c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1480c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE DEVB (6PGL)" + /protein_id="SIU00083.1" + /db_xref="GOA:P63339" + /db_xref="InterPro:IPR005900" + /db_xref="InterPro:IPR006148" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="InterPro:IPR039104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63339" + /translation="MSSSIEIFPDSDILVAAAGKRLVGAIGAAVAARGQALIVLTGGG + NGIALLRYLSAQAQQIEWSKVHLFWGDERYVPEDDDERNLKQARRALLNHVDIPSNQV + HPMAASDGDFGGDLDAAALAYEQVLAASAAPGDPAPNFDVHLLGMGPEGHINSLFPHS + PAVLESTRMVVAVDDSPKPPPRRITLTLPAIQRSREVWLLVSGPGKADAVAAAIGGAD + PVSVPAAGAVGRQNTLWLLDRDAAAKLPS" + gene complement(1625210..1626121) + /gene="opcA" + /locus_tag="BQ2027_MB1481C" + CDS complement(1625210..1626121) + /gene="opcA" + /locus_tag="BQ2027_MB1481C" + /note="Mb1481c, opcA, len: 303 aa. Equivalent to Rv1446c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 303 aa overlap). Putative opcA, OxPP + cycle protein. Highly similar to S72774 B1496_F1_30 + protein from Mycobacterium leprae (265 aa), FASTA scores: + opt: 1056, E(): 0, (70.3% identity in 239 aa overlap). + Also similar to OPCA_NOSS2|P48971 putative oxppcycle + protein opca from Nostoc punctiforme (465 aa), fasta + scores: opt: 177, E(): 7.3e-05, (23.4% identity in 321 aa + overlap). AIDS IN G6PD ACTIVITY. Protein product from + Mb1481c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1481c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE OXPP CYCLE PROTEIN OPCA" + /protein_id="SIU00084.1" + /db_xref="InterPro:IPR004555" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC7" + /translation="MIVDLPDTTTTAVNKKLDELREKIGAVAMGRVLTLIIAPDSEAM + LEESIEAANDASHEHPSRIIVTMRGDPYADRPRLDAQLRVGADAGAGEFVVLRLSGPL + AGHADSVVIPFLLPDIPVVAWWPDIAPAVPAQDALGKLAIRRITDATNAIDPLSAIKS + RLAGYGAGDTDLAWSRITYWRALLTSAVDQPPHEPIESALVSGLKTEPALDVLAGWLA + SRIEGPVRRAVGELKVELVRNSETIVLSRPQEGITATLTRTGKPDALVPLARRVTGEC + LAEDLRRLDPDEIYCAALEGIKKVQYR" + gene complement(1626174..1627718) + /gene="zwf2" + /locus_tag="BQ2027_MB1482C" + CDS complement(1626174..1627718) + /gene="zwf2" + /locus_tag="BQ2027_MB1482C" + /note="Mb1482c, zwf2, len: 514 aa. Equivalent to Rv1447c, + len: 514 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 514 aa overlap). Probable zwf2 (ZWF), + Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (EC 1.1.1.49), highly + similar to many e.g. G6PD_SYNY3|P73411 Synechocystis sp. + (509 aa), FASTA scores: opt: 1578, E(): 0, (46.8% identity + in 509 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis Rv1121, zwf glucose-6-phosphate + 1-dehydrogenase. Contains PS00069 Glucose-6-phosphate + dehydrogenase active site. M. tuberculosis has two genes + for ZWF. This one looks like a classical ZWF. BELONGS TO + THE GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FAMILY. Protein + product from Mb1482c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1482c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCOSE-6-PHOSPHATE 1-DEHYDROGENASE + ZWF2 (G6PD)" + /protein_id="SIU00085.1" + /db_xref="GOA:P0A585" + /db_xref="InterPro:IPR001282" + /db_xref="InterPro:IPR019796" + /db_xref="InterPro:IPR022674" + /db_xref="InterPro:IPR022675" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A585" + /translation="MKPAHAAASWRNPLRDKRDKRLPRIAGPCGMVIFGVTGDLARKK + VMPAVYDLANRGLLPPTFSLVGFARRDWSTQDFGQVVYNAVQEHCRTPFRQQNWDRLA + EGFRFVPGTFDDDDAFAQLAETLEKLDAERGTGGNHAFYLAIPPKSFPVVCEQLHKSG + LARPQGDRWSRVVIEKPFGHDLASARELNKAVNAVFPEEAVFRIDHYLGKETVQNILA + LRFANQLFDPIWNAHYVDHVQITMAEDIGLGGRAGYYDGIGAARDVIQNHLMQLLALT + AMEEPVSFHPAALQAEKIKVLSATRLAEPLDQTTSRGQYAAGWQGGEKVVGLLDEEGF + AEDSTTETFAAITLEVDTRRWAGVPFYLRTGKRLGRRVTEIALVFRRAPHLPFDATMT + DELGTNAMVIRVQPDEGVTLRFGSKVPGTAMEVRDVNMDFSYGSAFAEDSPEAYERLI + LDVLLGEPSLFPVNAEVELAWEILDPALEHWAAHGTPDAYEAGTWGPESSLEMLRRTG + REWRRP" + gene complement(1627715..1628836) + /gene="tal" + /locus_tag="BQ2027_MB1483C" + CDS complement(1627715..1628836) + /gene="tal" + /locus_tag="BQ2027_MB1483C" + /note="Mb1483c, tal, len: 373 aa. Equivalent to Rv1448c, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 373 aa overlap). Probable tal, + Transaldolase (EC 2.2.1.2), highly similar to many e.g. + TAL_MYCLE|P55193 transaldolase from Mycobacterium leprae + (375 aa), FASTA scores: opt: 1891, E(): 0, (78.6% identity + in 370 aa overlap). BELONGS TO THE TRANSALDOLASE FAMILY. + Protein product from Mb1483c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1483c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSALDOLASE TAL" + /protein_id="SIU00086.1" + /db_xref="GOA:P59955" + /db_xref="InterPro:IPR001585" + /db_xref="InterPro:IPR004732" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR018225" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59955" + /translation="MTAQNPNLAALSAAGVSVWLDDLSRDRLRSGNLQELIDTKSVVG + VTTNPSIFQKALSEGHTYDAQIAELAARGADVDATIRTVTTDDVRSACDVLVPQWEDS + DGVDGRVSIEVDPRLAHETEKTIQQAIELWKIVDRPNLFIKIPATKAGLPAISAVLAE + GISVNVTLIFSVQRYREVMDAYLTGMEKARQAGHSLSKIHSVASFFVSRVDTEIDKRL + DRIGSRQALELRGQAGVANARLAYAAYREVFEDSDRYRSLKVDGARVQRPLWASTGVK + NPDYSDTLYVTELVAPHTVNTMPEKTIDAVADHGVIQGDTVTGTASDAQAVFDQLGAI + GIDLTDVFAVLEEEGVRKFEASWNELLQETRAHLDTAAQ" + gene complement(1628853..1630955) + /gene="tkt" + /locus_tag="BQ2027_MB1484C" + CDS complement(1628853..1630955) + /gene="tkt" + /locus_tag="BQ2027_MB1484C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1484c, tkt, len: 700 aa. Equivalent to Rv1449c, + len: 700 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 700 aa overlap). Probable tkt, + Transketolase (EC 2.2.1.1). Highly similar to several e.g. + TKT_MYCLE|P46708 transketolase (tk) from Mycobacterium + leprae (699 aa), FASTA scores: opt: 4216, E(): 0, (89.1% + identity in 700 aa overlap). Start site chosen by + homology. Contains PS00801 Transketolase signature 1. + BELONGS TO THE TRANSKETOLASE FAMILY. Protein product from + Mb1484c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1484c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transketolase tkt (tk)" + /protein_id="SIU00087.1" + /db_xref="GOA:P59956" + /db_xref="InterPro:IPR005474" + /db_xref="InterPro:IPR005475" + /db_xref="InterPro:IPR005478" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR020826" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR033247" + /db_xref="InterPro:IPR033248" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59956" + /translation="MTTLEEISALTRPRHPDDWTEIDSAAVDTIRVLAADAVQKVGNG + HPGTAMSLAPLAYTLFQRTMRHDPSDTHWLGRDRFVLSAGHSSLTLYIQLYLGGFGLE + LSDIESLRTWGSKTPGHPEFRHTPGVEITTGPLGQGLASAVGMAMASRYERGLFDPDA + EPGASPFDHYIYVIASDGDIEEGVTSEASSLAAVQQLGNLIVFYDRNQISIEDDTNIA + LCEDTAARYRAYGWHVQEVEGGENVVGIEEAIANAQAVTDRPSFIALRTVIGYPAPNL + MDTGKAHGAALGDDEVAAVKKIVGFDPDKTFQVREDVLTHTRGLVARGKQAHERWQLE + FDAWARREPERKALLDRLLAQKLPDGWDADLPHWEPGSKALATRAASGAVLSALGPKL + PELWGGSADLAGSNNTTIKGADSFGPPSISTKEYTAHWYGRTLHFGVREHAMGAILSG + IVLHGPTRAYGGTFLQFSDYMRPAVRLAALMDIDTIYVWTHDSIGLGEDGPTHQPIEH + LSALRAIPRLSVVRPADANETAYAWRTILARRNGSGPVGLILTRQGVPVLDGTDAEGV + ARGGYVLSDAGGLQPGEEPDVILIATGSEVQLAVAAQTLLADNDILARVVSMPCLEWF + EAQPYEYRDAVLPPTVSARVAVEAGVAQCWHQLVGDTGEIVSIEHYGESADHKTLFRE + YGFTAEAVAAAAERALDN" + gene complement(1631394..1635620) + /gene="PE_PGRS27" + /locus_tag="BQ2027_MB1485C" + CDS complement(1631394..1635620) + /gene="PE_PGRS27" + /locus_tag="BQ2027_MB1485C" + /note="Mb1485c, PE_PGRS27, len: 1408 aa. Similar to + Rv1450c, len: 1329 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (92.1% identity in 1417 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to + Y03A_MYCTU|Q10637 hypothetical glycine-rich 49.6 kd + protein (603 aa), fasta scores: opt: 2112, E(): 0, (56.5% + identity in 630 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + insertions of 27 bp, 207 bp and 27 bp, substitutions of 60 + bp to 63 bp and 11 bp, and a 27 bp deletion, leads to a + longer product compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (1408 aa versus 1329 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs27" + /protein_id="SIU00088.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE8" + /translation="MSLVIVAPETVAAAALDVARIGSSIGVANSAAAGSTTSVLAAGA + DEVSAAIATLFGSHAREYQAISTQVAAFHDRFAQTLSAAVGSYVSAEATNAAPLATLE + HNVLNALNAPTQALLGRPLIGDGAAGAPGTGQAGGAGGILWGNGGAGGSGAPGQVGGA + GGAAGLFGTGGAGGAGGAGAAGGAGGSGGWLLGNGGVGGAGGQSLLGGATGGAGGNAG + LFGVGGTGGPGGPGGPGGPGGPGGPGGVGGTGGAGGLGGTLYGAGGHGGAGGPGPIGG + VGGHGGVGGAAGLLGVGGHGGAGGHGAAGIAGAAGKGGIFPDGSNGGAGGDAGDGGTG + GRGGWLAGAGGAGGDGGIGGTGGAGGAGFSRALIVAGDNGGDGGNGGMGGAGGAGGPG + GAGGLISLLGGQGAGGDGGDGGAGGVGGDRGAGANGNQAVNAGAGGAGGHGGDPGAGG + AGGTGGAGSTIGAHGAAGASPTSGGNGGAGGNGAHFSSGGKAGGNGGAGGAGGLVGNG + GAGGAGGNGAPGAPPSGGDPNGGGGGAGGAGGKGGDGGAQAGDGGAGGAGGKGGNGGN + GATGATGLNGLGAGADGTDGGKGGNGGAGGGGGAGGQGGKALAATHQDGSMGAGGAGG + NGGAGGMGGDGGNGAKGTFDNGGDGVGGNGGNGGSRGIGGAGGIGGAGSTAGADGARG + ATPTSGGNGGTGGNGANATVAGGAGGAGGKGGNGGLVGNGGAGGKGGDGMAGVAGSSP + TTAGESGTSGQNGGAGGAGGAGGRGGDFGGDGGTGGAGGNGADGGAGGNGANGANATT + PGAKGGDGGHGGPGAQGGNGGQGGPGGLAGNLFGQNGIQGVGGSGGKGGAGGLAGDGG + NGANGNFAFGDGNGGHGGNGGNPGAGGQGGSGGAGSTPGAKGAHGFTPTSGGDGGDGG + NGGHSQVVGGNGGDGGNGGNGGSAGTGGNGGRGGDGAFGGMSANATNPGENGPNGNPG + GNGGAGGAGGAGLNGGNGGAGGNGGLGGFGGNGAAGANGVAVGAPGQPGGAGGHGGAG + GNGGAGGNGGQGVVSDGAGGAGGAGGDGGAPGDGANGGNGQGAGAFAGGGGGRGGDGG + NAGNAGAGGPGGTGSTAGKAGPAGSILHDGGNGGHGGHGAASGGNGGPGGHGGNGGNG + GTGANGGNGGIGGTGGAGSTGAKGVLGTNEGDGGDGGRGGNGGRGGNGGQGLTGAGGN + GGTGGTPGNGGNGGNGASGDLVTSPGDGGGGGRGGDAGRGGDAGLGGSSGPGGTPGDW + GTGGTGGTGGTGGQGANGGLTGGRGGTGGNGGAGGTGGTGHNGSQPGMGGNGGAGGFG + GNGFAGVGGRGGMGGSGGTGGTGDAGPFGTGTGGTGGHGGQGGGGGFSILLGLGGLGG + LGSPGSIATGTAGGAGGGGGFGGLGGGEFV" + gene 1636022..1636948 + /gene="ctaB" + /locus_tag="BQ2027_MB1486" + CDS 1636022..1636948 + /gene="ctaB" + /locus_tag="BQ2027_MB1486" + /note="Mb1486, ctaB, len: 308 aa. Equivalent to Rv1451, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 308 aa overlap). Probable ctaB, + cytochrome C oxidase assembly factor, and integral + membrane protein. Highly similar to several Mycobacterium + leprae proteins e.g. Q49685 CYOE cytochrome O ubiquinol + oxidase assembly factor (300 aa), FASTA scores: opt: 1636, + E(): 0, (82.7% identity in 307 aa overlap); + NP_301495.1|NC_002677 putative protoheme IX + farnesyltransferase (321 aa); NP_301495.1|NC_002677 + putative protoheme IX farnesyltransferase (321 aa). Mb1486 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME C OXIDASE ASSEMBLY FACTOR + CTAB" + /protein_id="SIU00089.1" + /db_xref="GOA:Q7U021" + /db_xref="InterPro:IPR000537" + /db_xref="InterPro:IPR006369" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U021" + /translation="MNVRGRVAPRRVTGRAMSTLLAYLALTKPRVIELLLVTAIPAML + LADRGAIHPLLMLNTLVGGMMAATGANTLNCVADADIDKVMKRTARRPLAREAVPTRN + ALALGLTLTVISFFWLWCATNLLAGVLALVTVAFYVFVYTLWLKRRTSQNVVWGGAAG + CMPVMIGWSAITGTIAWPALAMFAIIFFWTPPHTWALAMRYKQDYQVAGVPMLPAVAT + ERQVTKQILIYTWLTVAATLVLALATSWLYGAVALVAGGWFLTMAHQLYAGVRAGEPV + RPLRLFLQSNNYLAVVFCALAVDSVIALPTLH" + gene complement(1636997..1639384) + /gene="PE_PGRS28" + /locus_tag="BQ2027_MB1487C" + CDS complement(1636997..1639384) + /gene="PE_PGRS28" + /locus_tag="BQ2027_MB1487C" + /note="Mb1487c, PE_PGRS28, len: 795 aa. Highly similar to + Rv1452c, len: 741 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (89.1% identity in 795 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to + Y03A_MYCTU|Q10637 hypothetical glycine-rich 49.6 kd + protein (603 aa), fasta scores: opt: 2090, E(): 0, (56.3% + identity in 641 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + substitutions of 3 bp to 144 bp, 40 bp to 49 bp, 31 bp to + 31 bp, 4 bp to 4 bp (gggc-ttgg), 12 bp to 12 bp, 11 bp to + 11 bp, 60 bp to 63 bp, 13 bp to 13 bp and 2 bp to 2 bp + (tt-cc), and a 9 bp insertion (*-cccgccggc), leads to a + longer product compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (795 aa versus 741 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs28" + /protein_id="SIU00090.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE4" + /translation="MSLVIVAPETVAAAALDVARIGSSIGVANSAAAGSTTSVLAAGA + DEVSAAIATLFGSHAREYQAISTQVAAFHDRFAQTLSAAVGSYVSAEATNAAPLATLE + HNVLNALNAPTQALLGRPLIGDGAAGAPGTGQAGGAGGILWGNGGAGGSGAPGQVGGA + GGAAGLFGTGGAGGAGGAGAAGGAGGSGGWLLGNGGVGGAGGQSLLGGATGGAGGNAG + LFGVGGTGGPGGPGGPGGVGGTGGAGGLGGTLYGAGGHGGAGGPGPIGGVGGHGGVGG + AAGLLGVGGHGGAGGHGAAGIAGAAGKGGIFPDGSNGGAGGDAGDGGTGGRGGWLAGA + GGAGGDGGIGGTGGAGGAGFSRALIVAGDNGGDGGNGGMGGAGGAGGPGGAGGLISLL + GGQGAGGDGGDGGAGGVGGDRGAGANGNQAVNAGAGGAGGHGGDPGAGGAGGTGGAGS + TIGAHGAAGASPTSGGNGGAGGNGAHFSSGGKAGGNGGAGGAGGHGGLVGNGGAGGAG + GNGANGAAGTNASDSGAVGGKGNSGGNGGQGGAGGDGGTLAGNGGAGGTGGRGADGGL + GGSGAEGANATTAGERGQDGGKGGNGGVGGTGGNAVAPGANGGHGGNGGNPGFSGAGG + LGGLSGDGVTRAAQGATPDFADTGGKGGNGGNGANAVAPGGTGASGGAGGNAGAGGKG + GENIIGDGGGGGNGGAGGQGGDGTAGAGGDGGAGGKGGDGGDGGSDPTEGRGFGGLGG + AGGAGGKGGAGTLLGLTVFGDNGGAGVLGDSTDPDGSGGAGGAGGAGGAGGDPTI" + gene 1639536..1640801 + /locus_tag="BQ2027_MB1488" + CDS 1639536..1640801 + /locus_tag="BQ2027_MB1488" + /note="Mb1488, -, len: 421 aa. Equivalent to Rv1453, len: + 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 421 aa overlap). Possible + transcriptional activator, similar to Q50018 putative + transcriptional activator trx from Mycobacterium leprae + (517 aa), FASTA scores: opt: 1719, E(): 0, (54.0% identity + in 500 aa overlap). Also highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv2370c, Rv1194c, Rv2242, Rv1186c, + and to the further upstream ORF's Rv1429|MTCY493.25c + (28.1% identity in 335 aa overlap). Start changed since + first submission (-11 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN" + /protein_id="SIU00091.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR041522" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYD2" + /translation="MALRETSPRIHELIREAARIALNPTQEWLDEFDRAILAANPSIA + ADPALATVVKRSNRAHLIHFAAANLRNPGAPVPANLGPEPLRMARDLVRVGLDALALD + IYRIGQNVAWRRWTDIAFGLTSDPDELHELLDVPFRTANEFVDTTLAGITTEMQLERD + KLTRDVPAERRKIVQLLIDGAPISREHAEARLGYPLDRSHTAAVIWGDQAQGDHSHLD + RVADAFGHAGGCPHPLVVVAGAATRWVWVKDAPGFDIDLIHEVLHDIPDARIAIGATA + PGIEGFRRSHRDALTTARMIIRLESPHRVAFFTDVEMVALLTENAEGADDFIQRTLGN + LESASPALKTTLLTFINQQCNASRAARLLFTHRNTLMNRLETAQRLLPRPLADTTIHV + AVALEAQQWREKQTSDPPAKKESNGTKMR" + gene complement(1640829..1641815) + /gene="qor" + /locus_tag="BQ2027_MB1489C" + CDS complement(1640829..1641815) + /gene="qor" + /locus_tag="BQ2027_MB1489C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1489c, qor, len: 328 aa. Equivalent to Rv1454c, + len: 328 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 328 aa overlap). Probable qor, quinone + oxidoreductase (EC 1.6.5.5), simiar to U87282|RCU87282_2 + quinone oxidoreductase from Rhodobacter capsulatus (323 + aa), FASTA scores: opt: 849, E(): 0, (44.7% identity in + 329 aa overlap). Also similar to MTCY180.06 Hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (334 aa), FASTA + scores: opt: 430, E(): 2e-14, (32.3% identity in 350 aa + overlap). Contains PS01162 Quinone oxidoreductase / + zeta-crystallin signature. Protein product from Mb1489c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1489c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE QUINONE REDUCTASE QOR (NADPH:quinone + reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)" + /protein_id="SIU00092.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYD6" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYD6" + /translation="MHAIEVTETGGPGVLRHVDQPQPQPGHGELLIKAEAIGVNFIDT + YFRSGQYPRELPFVIGSEVCGTVEAVGPGVTAADTAISVGDRVVSASANGAYAEFCTA + PASLTAKVPDDVTSEVAASALLKGLTAHYLLKSVYPVKRGDTVLVHAGAGGVGLILTQ + WATHLGVRVITTVSTAEKAKLSKDAGADVVLDYPEDAWQFAGRVRELTGGTGVQAVYD + GVGATTFDASLASLAVRGTLALFGAASGPVPPVDPQRLNAAGSVYLTRPSLFHFTRTG + EEFSWRAAELFDAIGSEAITVAVGGRYPLADALRAHQDLEARKTVGSVVLLP" + gene 1641835..1642698 + /locus_tag="BQ2027_MB1490" + CDS 1641835..1642698 + /locus_tag="BQ2027_MB1490" + /note="Mb1490, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv1455, len: + 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 287 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity from aa 80-160 to + Z99125|MLCL536.35c hypothetical Mycobacterium leprae + protein (101 aa), FASTA scores: opt: 238, E(): 1.8e-08, + (51.3% identity in 78 aa overlap). Protein product from + Mb1490 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00093.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I3" + /translation="MKLARPDVFHPRVVLAGWPQQPAGDGDDAGLVAALRHRGLHAGW + LSWDDPEIVHADLVILRATRDYPARLDEFLAWTTRVANLLNSRPVVAWNVERRYLRDL + MDRGVPTVPGEVYVPGEPVRLPRKGQVFVGPTIGTGTRRCSARFAAEFVAQLHAAGQA + VLVQPGGSGDETVLVFLGGEPSHAFTKQADTWRQTEPDFEIWDVGAAAVAGAAAQVGV + DPGELLYARAHITGGSRDPRLLELQLVDPSLGWQWLDPDIRNLAQRDFALCVQSALER + LGLGPFSHRRP" + gene complement(1642648..1643580) + /locus_tag="BQ2027_MB1491C" + CDS complement(1642648..1643580) + /locus_tag="BQ2027_MB1491C" + /note="Mb1491c, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv1456c, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 310 aa overlap). Possible unidentified + antibiotic-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), equivalent to + Z99125|MLCL536.34 from Mycobacterium leprae (311 aa), + FASTA scores: opt: 1607, E(): 0, (83.3% identity in 300 aa + overlap). Mb1491c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UNIDENTIFIED ANTIBIOTIC-TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00094.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZD6" + /db_xref="InterPro:IPR003780" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD6" + /translation="MPYDRAVSPSLRVQRVIAAIVILTQGGIAVTGAIVRVTASGLGC + PTWPQCFPGSFTPVVVAEVPRVHQAVEFGNRMVTFAVVIAAALAVLVVTRARRRTEVL + AYAWLMPVSTVVQAMIGGITVRTGLLWWTVAIHLLASMTMVWLAVLLYVKIGQPDDGV + VHELVVSPLRALTALSALNLAAVLVTGTLVTAAGPHAGDRSPSRTVPRLKVEITTLVH + MHSSLLVAYLALLIGLGFGLLAVGATRAILVRLAVLLALVATQAAVGTTQYFTGVPAA + LVAIHVAGAAAVTAATAALWASMGERAQPQPLQR" + gene complement(1643692..1644477) + /locus_tag="BQ2027_MB1492C" + CDS complement(1643692..1644477) + /locus_tag="BQ2027_MB1492C" + /note="Mb1492c, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv1457c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 261 aa overlap). Possible unidentified + antibiotic-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), equivalent to + Z99125|MLCL536.32 from Mycobacterium leprae (265 aa), + FASTA scores: opt: 1415, E(): 0, (83.1% identity in 260 aa + overlap). Mb1492c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UNIDENTIFIED ANTIBIOTIC-TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00095.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYE5" + /db_xref="InterPro:IPR000412" + /db_xref="InterPro:IPR004377" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE5" + /translation="MTQTNRPAFPAGTFSPDPRPNAVPLMLAAQFSLELKLLLRNGEQ + LLLTMFIPITLLVGLTLLPMGSFGHNRAATFVPVIMALAVISTAFTGQAIAVAFDRRY + GALKRLGATPLPVWGIIAGKSLAVVAVVFLQAIILGAIGFALGWRPALTALTLGAGII + ALGTAGFAALGLLLGGTLRAEIVLAVANLMWFVFAGFGALTLESNVIPTAFKWVARVT + PSGALTEALSQAMTVSVDWFGIVVLAVWGALAALAALRWFRFT" + gene complement(1644474..1645415) + /locus_tag="BQ2027_MB1493C" + CDS complement(1644474..1645415) + /locus_tag="BQ2027_MB1493C" + /note="Mb1493c, -, len: 313 aa. Equivalent to Rv1458c, + len: 313 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 313 aa overlap). Possible unidentified + antibiotic-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to Z99125|MLCL536.31 from + Mycobacterium leprae (315 aa), FASTA scores: opt: 1812, + E(): 0, (88.0% identity in 308 aa overlap). Similar to + AF027770|AF027770_7 ABC-type transporter in FxbA region in + Mycobacterium smegmatis (284 aa), FASTA scores: opt: 1412, + E(): 0, (85.1% identity in 248 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1493c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1493c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE UNIDENTIFIED ANTIBIOTIC-TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00096.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYT3" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYT3" + /translation="MNRAPDTPEVVLRLRGVCKRYGSITAVSNLDLDVHDAEVMALLG + PNGAGKTTTVEMCEGFVRPDAGSIEVLGLDPITDNARLRARIGVMLQGGGGYPAARAG + EMLDLVASYAANPLDPHWLLDTLGLTEAARTTYRRLSGGQQQRLALACALVGRPQLVF + LDEPTAGMDAHARVLVWELIDALRRDGVTVVLTTHHLKEAEELADRLVIIDHGVTVAA + GTPAELMRSGAKDQLRFTAPPRLDLSLLASALPEGYQATELTPGEYLVEGPVDPQVLA + TVTAWCAQIDVLATDMRVEQRSLEDVFLDLTGRKLRQ" + gene complement(1645518..1647293) + /locus_tag="BQ2027_MB1494C" + CDS complement(1645518..1647293) + /locus_tag="BQ2027_MB1494C" + /note="Mb1494c, -, len: 591 aa. Equivalent to Rv1459c, + len: 591 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 591 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, equivalent to MLCL536.30|Z99125 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (593 aa), + FASTA scores: opt: 1670, E(): 0, (78.6% identity in 585 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + protein Rv2174|MTV021.07 (33.1% identity in 523 aa + overlap). Protein product from Mb1494c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1494c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00097.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYF9" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF9" + /translation="MAARHHTLSWSIASLHGDEQAVGAPLTTTELTALARTRLFGATG + TVLMAIGALGAGARPVVQDPTFGVRLLNLPSRIQTVSLTMTTTGAVMMALAWLMLGRF + TLGRRRMSRGELDRTLLLWMLPLLIAPPMYSKDVYSYLAQSEIGRDGLDPYRVGPASG + LGLGHVFTLSVPSLWRETPAPYGPLFLWIGRGISSLTGENIVAAVLCHRLVVLIGVTL + IVWATPRLAQRCGVAEVSALWLGAANPLLIMHLVAGIHNEALMLGLMLTGVEFALRGL + DMANTPRPSPETWRLGPATIRASRRPELGASPRAGASRAVKPRPEWGPLAMLLAGSIL + ITLSSQVKLPSLLAMGFVTTVLAYRWGGNLRALLLAAAVMASLTLAIMAILGWASGLG + FGWINTLGTANVVRSWMSPPTLLALGTGHVGILLGLGDHTTAVLSLTRAIGVLIITVM + VCWLLLAVLRGRLHPIGGLGVALAVTVLLFPVVQPWYLLWAIIPLAAWATRPGFRVAA + ILATLIVGIFGPTANGDRFALFQIVDATAASAIIVILLIALTYTRLPWRPLAAEQVVT + AAESASKTPATRRPTAAPDAYADST" + gene 1647341..1648147 + /locus_tag="BQ2027_MB1495" + CDS 1647341..1648147 + /locus_tag="BQ2027_MB1495" + /note="Mb1495, -, len: 268 aa. Equivalent to Rv1460, len: + 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 268 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein. Equivalent to + Z99125|MLCL536.29c hypothetical protein from Mycobacterium + leprae (254 aa), FASTA scores: opt: 1273, E(): 0, (79.6% + identity in 250 aa overlap). Possible helix-turn-helix + motif between aa 68 - 89. Start changed since original + submission. Protein product from Mb1495 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1495 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00098.1" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF5" + /translation="MTSTTLPHRASLVDRSTEFCHTDVVKIPAVSTTVPAAVSDGHTR + RAIVRLLLESGSITAGEIGDRLGLSAAGVRRHLDALIEAGDAEASAAAPWQQVGRGRP + AKRYRLTAAGRAKLDHSYDDLASAAMRQLREIGGEEAVRTFARRRIDAILADVAPADG + PDDAALEAAAERIATALSKAGYVATTTRVGGPIHGVQICQHHCPVSHVAEEFPELCET + EQQAMAEVLGTHVQRLATIVNGDCACTTHVPLSPAPSPRPPATSTEGVSR" + gene 1648144..1650684 + /locus_tag="BQ2027_MB1496" + CDS 1648144..1650684 + /locus_tag="BQ2027_MB1496" + /note="Mb1496, -, len: 846 aa. Equivalent to Rv1461, len: + 846 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 846 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent of spliced protein from Mycobacterium + leprae MLCL536.28c len: 869. Residues 1-253 represent + N-extein, and 613-846 the C-extein. The intein present + from residues 254 - 612 is different in sequence and site + of the insertion from the one present in MLCL536.28c. + FASTA scores: Z99125|MLCL536_23 Mycobacterium leprae + cosmid L536 (869 aa), opt: 1498 E(): 0, (54.1% identity in + 917 aa overlap). The mature protein is similar to + Z99120|BSUB0017_150 hypothetical Bacillus subtilis protein + (465 aa), FASTA scores: opt:1053, E(): 0, (34.8% identity + in 821 aa overlap). The intein shows some similarity to + inteins from U67548|MJU67548_6 Methanococcus jannaschii + (895 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): 0.00023, (25.2% + identity in 274 aa overlap). Protein product from Mb1496 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1496 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Iron-sulfur cluster assembly protein SufB" + /protein_id="SIU00099.1" + /db_xref="GOA:P67126" + /db_xref="InterPro:IPR000825" + /db_xref="InterPro:IPR003586" + /db_xref="InterPro:IPR003587" + /db_xref="InterPro:IPR004042" + /db_xref="InterPro:IPR006141" + /db_xref="InterPro:IPR006142" + /db_xref="InterPro:IPR010231" + /db_xref="InterPro:IPR027434" + /db_xref="InterPro:IPR030934" + /db_xref="InterPro:IPR036844" + /db_xref="InterPro:IPR037284" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67126" + /translation="MTLTPEASKSVAQPPTQAPLTQEEAIASLGRYGYGWADSDVAGA + NAQRGLSEAVVRDISAKKNEPDWMLQSRLKALRIFDRKPIPKWGSNLDGIDFDNIKYF + VRSTEKQAASWDDLPEDIRNTYDRLGIPEAEKQRLVAGVAAQYESEVVYHQIREDLEA + QGVIFLDTDTGLREHPDIFKEYFGTVIPAGDNKFSALNTAVWSGGSFIYVPPGVHVDI + PLQAYFRINTENMGQFERTLIIADEGSYVHYVEGCLPAGELITTADGDLRPIESIRVG + DFVTGHDGRPHRVTAVQVRDLDGELFTFTPMSPANAFSVTAEHPLLAIPRDEVRVMRK + ERNGWKAEVNSTKLRSAEPRWIAAKDVAEGDFLIYPKPKPIPHRTVLPLEFARLAGYY + LAEGHACLTNGCESLIFSFHSDEFEYVEDVRQACKSLYEKSGSVLIEEHKHSARVTVY + TKAGYAAMRDNVGIGSSNKKLSDLLMRQDETFLRELVDAYVNGDGNVTRRNGAVWKRV + HTTSRLWAFQLQSILARLGHYATVELRRPGGPGVIMGRNVVRKDIYQVQWTEGGRGPK + QARDCGDYFAVPIKKRAVREAHEPVYNLDVENPDSYLAYGFAVHNCTAPIYKSDSLHS + AVVEIIVKPHARVRYTTIQNWSNNVYNLVTKRARAEAGATMEWIDGNIGSKVTMKYPA + VWMTGEHAKGEVLSVAFAGEDQHQDTGAKMLHLAPNTSSNIVSKSVARGGGRTSYRGL + VQVNKGAHGSRSSVKCDALLVDTVSRSDTYPYVDIREDDVTMGHEATVSKVSENQLFY + LMSRGLTEDEAMAMVVRGFVEPIAKELPMEYALELNRLIELQMEGAVG" + gene 1650681..1651874 + /locus_tag="BQ2027_MB1497" + CDS 1650681..1651874 + /locus_tag="BQ2027_MB1497" + /note="Mb1497, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv1462, len: + 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 397 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to MLCL536.27c|Z99125 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (392 aa), FASTA scores: + opt: 2059, E(): 0, (80.4% identity in 392 aa overlap). + Also similar to nearby Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv1461. Protein product from Mb1497 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1497 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Iron-sulfur cluster assembly protein SufD" + /protein_id="SIU00100.1" + /db_xref="GOA:P59973" + /db_xref="InterPro:IPR000825" + /db_xref="InterPro:IPR011542" + /db_xref="InterPro:IPR037284" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59973" + /translation="MTAPGLTAAVEGIAHNKGELFASFDVDAFEVPHGRDEIWRFTPL + RRLRGLHDGSARATGSATITVSERPGVYTQTVRRGDPRLGEGGVPTDRVAAQAFSSFN + SATLVTVERDTQVVEPVGITVTGPGEGAVAYGHLQVRIEELGEAVVVIDHRGGGTYAD + NVEFVVDDAARLTAVWIADWADDTVHLSAHHARIGKDAVLRHVTVMLGGDVVRMSAGV + RFCGAGGDAELLGLYFADDGQHLESRLLVDHAHPDCKSNVLYKGALQGDPASSLPDAH + TVWVGDVLIRAQATGTDTFEVNRNLVLTDGARADSVPNLEIETGEIVGAGHASATGRF + DDEQLFYLRSRGIPEAQARRLVVRGFFGEIIAKIAVPEVRERLTAAIEHELEITESTE + KTTVS" + gene 1651871..1652671 + /locus_tag="BQ2027_MB1498" + CDS 1651871..1652671 + /locus_tag="BQ2027_MB1498" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1498, -, len: 266 aa. Equivalent to Rv1463, len: + 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 266 aa overlap). Probable conserved + ATP-binding protein ABC transporter, equivalent to + Z99125|MLCL536.26c putative ABC transporter ATP-binding + protein from Mycobacterium leprae (260 aa), FASTA scores: + opt: 1444, E(): 0, (86.0% identity in 267 aa overlap). + Very similar to U38804|PPU38804_55 ATP-DEPENDENT + TRANSPORTER YCF16 from PORPHYRA PURPUREA chloroplast (251 + aa), FASTA scores: opt: 822, E(): 0, (52.4% identity in + 248 aa overlap); and similar to others. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1498 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1498 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00101.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYE2" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR010230" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYE2" + /translation="MTILEIKDLHVSVENPAEADHEIPILRGVDLTVKSGETHALMGP + NGSGKSTLSYAIAGHPKYHVTSGTITLDGADVLAMSIDERARAGLFLAMQYPVEVPGV + SMSNFLRSAATAIRGEPPKLRHWVKEVKAAMAALDIDPAFAERSVNEGFSGGEKKRHE + ILQLELLKPKIAILDETDSGLDVDALRVVSEGVNRYAESQHGGILLITHYTRILRYIH + PEYVHVFVGGRIVESGGSELADELDQNGYVRFSPASGRYPHQPAPTGA" + gene 1652673..1653926 + /gene="csd" + /locus_tag="BQ2027_MB1499" + CDS 1652673..1653926 + /gene="csd" + /locus_tag="BQ2027_MB1499" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1499, csd, len: 417 aa. Equivalent to Rv1464, + len: 417 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 417 aa overlap). Probable csd, cysteine + desulfurase (EC 4.4.1.-). Equivalent to Q49690|MLCL536.25C + cysteine desulfurase from Mycobacterium leprae (418 aa), + FASTA scores: opt: 2333, E(): 0, (85.4% identity in 417 aa + overlap); and similar to cysteine desulfurase from other + organisms. Also similar to M. tuberculosis proteins + Rv3025c|ISCS and Rv3778c. Contains PS00595 + Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment + site. BELONGS TO CLASS-V OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. CSD SUBFAMILY. Protein product from + Mb1499 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1499 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYSTEINE DESULFURASE CSD" + /protein_id="SIU00102.1" + /db_xref="GOA:P63517" + /db_xref="InterPro:IPR000192" + /db_xref="InterPro:IPR010970" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR020578" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63517" + /translation="MTASVNSLDLAAIRADFPILKRIMRGGNPLAYLDSGATSQRPLQ + VLDAEREFLTASNGAVHRGAHQLMEEATDAYEQGRADIALFVGADTDELVFTKNATEA + LNLVSYVLGDSRFERAVGPGDVIVTTELEHHANLIPWQELARRTGATLRWYGVTDDGR + IDLDSLYLDDRVKVVAFTHHSNVTGVLTPVSELVSRAHQSGALTVLDACQSVPHQPVD + LHELGVDFAAFSGHKMLGPNGIGVLYGRRELLAQMPPFLTGGSMIETVTMEGATYAPA + PQRFEAGTPMTSQVVGLAAAARYLGAIGMAAVEAHERELVAAAIEGLSGIDGVRILGP + TSMRDRGSPVAFVVEGVHAHDVGQVLDDGGVAVRVGHHCALPLHRRFGLAATARASFA + VYNTADEVDRLVAGVRRSRHFFGRA" + gene 1653923..1654411 + /locus_tag="BQ2027_MB1500" + CDS 1653923..1654411 + /locus_tag="BQ2027_MB1500" + /note="Mb1500, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv1465, len: + 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 162 aa overlap). Possible nitrogen + fixation related protein. Equivalent to Z99125|MLCL536.24c + nitrogen fixation protein NIFU from Mycobacterium leprae + (165 aa), FASTA scores: opt: 870, E(): 0, (81.8% identity + in 165 aa overlap). Also similar to + O32163|Z99120|NIFU_BACSU NifU-like protein from Bacillus + subtilis (147 aa), FASTA scores: opt: 354, E(): 4.1e-17, + (38.3% identity in 141 aa overlap) and to + AL096839|SCC22.02 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (156 aa), FASTA scores: opt: 569, E(): 1.2e-31, + (56.3% identity in 158 aa overlap). Protein product from + Mb1500 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1500 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE NITROGEN FIXATION RELATED PROTEIN" + /protein_id="SIU00103.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0J3" + /db_xref="InterPro:IPR002871" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J3" + /translation="MTLRLEQIYQDVILDHYKHPQHRGLREPFGAQVYHVNPICGDEV + TLRVALSEDGTRVTDVSYDGQGCSISQAATSVLTEQVIGQRVPRALNIVDAFTEMVSS + RGTVPGDEDVLGDGVAFAGVAKYPARVKCALLGWMAFKDALAQASEAFEEVTDERNQR + TG" + gene 1654386..1654733 + /locus_tag="BQ2027_MB1501" + CDS 1654386..1654733 + /locus_tag="BQ2027_MB1501" + /note="Mb1501, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv1466, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 115 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to Z99125|MLCL536.23c hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (115 aa), FASTA scores: + opt: 648, E(): 0, (81.7% identity in 115 aa overlap). + Similar to ORF's downstream of sigma factors in + Streptococcus mutans and Streptococcus pneumoniae e.g. + O06451 ORF3 downstream of RpoD (SPDNAGCPO) (109 aa). + Alternative TTG start possible at 13757 then avoids + overlap with MTV007.12. Protein product from Mb1501 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1501 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PaaD-like protein (DUF59) involved in Fe-S + cluster assembly" + /protein_id="SIU00104.1" + /db_xref="InterPro:IPR002744" + /db_xref="InterPro:IPR034904" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE4" + /translation="MSETSAPAEELLADVEEAMRDVVDPELGINVVDLGLVYGLDVQD + GDEGTVALIDMTLTSAACPLTDVIEDQSRSALVGSGLVDDIRINWVWNPPWGPDKITE + DGREQLRALGFTV" + gene complement(1654828..1656657) + /gene="fadE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1502C" + CDS complement(1654828..1656657) + /gene="fadE15" + /locus_tag="BQ2027_MB1502C" + /note="Mb1502c, fadE15, len: 609 aa. Equivalent to + Rv1467c, len: 609 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 609 aa overlap). Probable + fadE15, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly + similar to NP_302639.1|NC_002677 acyl-CoA dehydrogenase + from Mycobacterium leprae (611 aa). Also highly similar to + many e.g. T36481 probable acyl-CoA dehydrogenase + (fragment) from Streptomyces coelicolor (491 aa) (has its + N-terminus very shorter); NP_384640.1|NC_003047 PUTATIVE + ACYL-COA DEHYDROGENASE PROTEIN from Sinorhizobium meliloti + (598 aa); ACDS_MEGEL|Q06319 acyl-CoA dehydrogenase + (short-chain specific) from Megasphaera elsdenii (383 aa), + FASTA scores: E(): 2e-12, (25.4% identity in 410 aa + overlap); etc. Also highly similar to + fadE5|Rv0244c|MTV034.10c ACYL-COA DEHYDROGENASE from M. + tuberculosis (611 aa); and similar to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb1502c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1502c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE15" + /protein_id="SIU00105.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYF3" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR020953" + /db_xref="InterPro:IPR025878" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF3" + /translation="MGHYIANVRDLEFNLLEVLDIGAVLGTGRYSDLDVDTVRTILAE + AARLAEGPIAESFGYADRNPPVFDPNTHSISVPDELAKTVQAIKEAGWWRLGLAEEIG + GMPAPPPLAWAVNEMIYCANPSACFFNLGPVLAQSLYIEGNDEQRRWAAEGVQRGWQA + TMVLTEPDAGSDVGAGRTKAFEQPDGTWHIEGVKRFISGGDVGNTAENIFHLVLARPE + GAGPGTKGLSLFYVPNYLFDPDTFELGARNGVYVTGLEHKMGLKSSPTCELTFGGADV + PAVGYLVGGVHNGIAQMFTVIEHARMTIGVKSAGTLSTGYLNALAFAKERVQGADLTQ + MTDKTAPRVTIMHHPDVRRSLMTQKAYAEGLRALYLYAAAHQDDAVAQRVSGADHDMA + HRVDDLLLPIVKGVGSERAYEILTESLQTLGGSGFLVDYPLEQYIRDAKIDSLYEGTT + AIQALDFFFRKIVRDHGKALQFVLAQVTHTVENIDPSLKPQAELLRTALDDITAMTGA + LTGYLMSAAQHSSDIYKVGLGSVRYLLAVGDLLIGWRLLVLAGVAHAALADGPSQNDE + AFYRGKIAVAAFFAKNMLPKLTGVRSVIENIDDDIMRVPEDAF" + gene complement(1656764..1657876) + /gene="PE_PGRS29" + /locus_tag="BQ2027_MB1503C" + CDS complement(1656764..1657876) + /gene="PE_PGRS29" + /locus_tag="BQ2027_MB1503C" + /note="Mb1503c, PE_PGRS29, len: 370 aa. Equivalent to + Rv1468c, len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 370 aa overlap). Member of + the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily + of gly-rich proteins. Mb1503c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs29" + /protein_id="SIU00106.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU6" + /translation="MSFVVANTEFVSGAAGNLARLGSMISAANSAAAAQTTAVAAAGA + DEVSAAVAALFGAHGQTYQVLSAQAAAFHSQFVQALSGGAQAYAAAEATNFGPLQPLF + DVINAPTLALLNRPLIGNGADGTAANPNGQAGGLLIGNGGNGFSPAAGPGGNGGAAGL + LGHGGNGGVGALGANGGAGGTGGWLFGNGGAGGNSGGGGGAGGIGGSAVLFGAGGAGG + ISPNGMGAGGSGGNGGLFFGNGGAGASSFLGGGGAGGRAFLFGDGGAGGAALSAGSAG + RGGDAGFFYGNGGAGGSGAGGASSAHGGAGGQAGLFGNGGEGGDGGALGGNGGNGGNA + QLIGNGGDGGDGGGAGAPGLGGRGGLLLGLPGANGT" + gene 1658118..1660091 + /gene="ctpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1504" + CDS 1658118..1660091 + /gene="ctpD" + /locus_tag="BQ2027_MB1504" + /note="Mb1504, ctpD, len: 657 aa. Equivalent to Rv1469, + len: 657 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 657 aa overlap). Probable ctpD, + cation-transporting P-type ATPase D (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.-), highly similar to others e.g. + T35947 probable cation-transporting ATPase from + Streptomyces coelicolor (638 aa); NP_442633.1|NC_000911 + cation-transporting ATPase (E1-E2 ATPase) from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (642 aa), FASTA scores: + opt: 1438, E(): 0, (41.9% identity in 592 aa overlap); + NP_389268.1|NC_000964 protein similar to heavy + metal-transporting ATPase from Bacillus subtilis (637 aa); + etc. Also highly similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv3743c|MTV025.091c|CTPJ (660 aa). + Contains PS00154 E1-E2 ATPases phosphorylation site. + BELONGS TO THE CATION TRANSPORT ATPASES FAMILY (E1-E2 + ATPASES), SUBFAMILY IB. Mb1504 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CATION TRANSPORTER P-TYPE ATPASE D + CTPD" + /protein_id="SIU00107.1" + /db_xref="GOA:P63686" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR027256" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63686" + /translation="MTLTACEVTAAEAPFDRVSKTIPHPLSWGAALWSVVSVRWATVA + LLLFLAGLVAQLNGAPEAMWWTLYLACYLAGGWGSAWAGAQALRNKALDVDLLMIAAA + VGAVAIGQIFDGALLIVIFATSGALDDIATRHTAESVKGLLDLAPDQAVVVQGDGSER + VVAASELVVGDRVVVRPGDRIPADGAVLSGASDVDQRSITGESMPVAKARGDEVFAGT + VNGSGVLHLVVTRDPSQTVVARIVELVADASATKAKTQLFIEKIEQRYSLGMVAATLA + LIVIPLMFGADLRPVLLRAMTFMIVASPCAVVLATMPPLLSAIANAGRHGVLVKSAVV + VERLADTSIVALDKTGTLTRGIPRLASVAPLDPNVVDARRLLQLAAAAEQSSEHPLGR + AIVAEARRRGIAIPPAKDFRAVPGCGVHALVGNDFVEIASPQSYRGAPLAELAPLLSA + GATAAIVLLDGVAIGVLGLTDQLRPDAVESVAAMAALTAAPPVLLTGDNGRAAWRVAR + NAGITDVRAALLPEQKVEVVRNLQAGGHQVLLVGDGVNDAPAMAAARAAVAMGAGADL + TLQTADGVTIRDELHTIPTIIGLARQARRVVTVNLAIAATFIAVLVLWDLFGQLPLPL + GVVGHEGSTVLVALNGMRLLTNRSWRAAASAAR" + gene 1660135..1660509 + /gene="trxA" + /locus_tag="BQ2027_MB1505" + CDS 1660135..1660509 + /gene="trxA" + /locus_tag="BQ2027_MB1505" + /note="Mb1505, trxA, len: 124 aa. Equivalent to Rv1470, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 124 aa overlap). Probable trxA, + thioredoxin (EC 1.-.-.-), similar to many e.g. + P12243|THI1_SYNP7 THIOREDOXIN 1 from Synechococcus sp. + (106 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): 9.2e-08, (35.4% + identity in 99 aa overlap); etc. Highly similar to + downstream ORF Rv1471|trxB1 probable thioredoxin from M. + tuberculosis (123 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): 0, + (54.4% identity in 114 aa overlap). Warning: note that + Rv3914|MT4033|MTV028.05|trxC can be alternatively named + trxA. Protein product from Mb1505 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1505 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOREDOXIN TRXA" + /protein_id="SIU00108.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYG2" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYG2" + /translation="MTTRDLTAAYFQQTISANSNVLVYFWAPLCAPCDLFTPTYEASS + RKHFDVVHGKVNIETEKDLASIAGVKLLPTLMAFKKGKLVFKQAGIANPAIMDNLVQQ + LRAYTFKSPAGEGIGPGTKTSS" + gene 1660525..1660896 + /gene="trxB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1506" + CDS 1660525..1660896 + /gene="trxB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1506" + /standard_name="trxB" + /note="Mb1506, trxB1, len: 123 aa. Equivalent to Rv1471, + len: 123 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 123 aa overlap). Probable trxB1, + thioredoxin (EC 1.-.-.-), similar to many bacterial + thioredoxins e.g. P33636|THI2_ECOLI from Escherichia coli + (139 aa), FASTA scores: opt: 290, E(): 1.8e-13, (44.3% + identity in 97 aa overlap); etc. Highly similar to + Rv1470|TrxA probable thioredoxin from Mycobacterium + tuberculosis (124 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): + 1.2e-32, (54.4% identity in 114 aa overlap). Contains + PS00194 Thioredoxin family active site. BELONGS TO THE + THIOREDOXIN FAMILY. Note that previously known as trxB. + Protein product from Mb1506 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1506 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOREDOXIN TRXB1" + /protein_id="SIU00109.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYF1" + /db_xref="InterPro:IPR005746" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR017937" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF1" + /translation="MTTRDLTAAQFNETIQSSDMVLVDYWASWCGPCRAFAPTFAESS + EKHPDVVHAKVDTEAERELAAAAQIRSIPTIMAFKNGKLLFNQAGALPPAALESLVQQ + LKAYEVEAGEATTQNGRAQQA" + gene 1660918..1661775 + /gene="echA12" + /locus_tag="BQ2027_MB1507" + CDS 1660918..1661775 + /gene="echA12" + /locus_tag="BQ2027_MB1507" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1507, echA12, len: 285 aa. Equivalent to Rv1472, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 285 aa overlap). Possible echA12, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), highly similar to + P53526|ECHH_MYCLE|NP_301896.1|NC_002677 possible enoyl-CoA + hydratase/isomerase from Mycobacterium leprae (294 aa), + FASTA scores: opt: 1265, E(): 0, (72.0% identity in 271 aa + overlap). Also similar to others e.g. CAA66096.1|X97452 + enoyl-CoA isomerase from Escherichia coli strain K12 (262 + aa); CAC44593.1|AL596162 putative enoyl-CoA hydratase from + Streptomyces coelicolor (275 aa); etc. Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + ECHA16|Rv2831|MTCY16B7.11c (249 aa), FASTA scores: opt: + 232, E(): 1.3e-15, (33.8% identity in 204 aa overlap); + etc. TBparse score is 0.916. Protein product from Mb1507 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1507 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA12 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU00110.1" + /db_xref="GOA:Q7U004" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7U004" + /translation="MPHRCAAQVVAGYRSTVSLVLVEHPRPEIAQITLNRPERMNSMA + FDVMVPLKEALAQVSYDNSVRVVVLTGAGRGFSSGADHKSAGVVPHVENLTRPTYALR + SMELLDDVILMLRRLHQPVIAAVNGPAIGGGLCLALAADIRVASSSAYFRAAGINNGL + TASELGLSYLLPRAIGSSRAFEIMLTGRDVSAEEAERIGLVSRQVPDEQLLDACYAIA + ARMAGFSRPGIELTKRTLWSGLDAASLEAHMQAEGLGQLFVRLLTANFEEAVAARAEQ + RAPVFTDDT" + gene 1661811..1663439 + /locus_tag="BQ2027_MB1508" + CDS 1661811..1663439 + /locus_tag="BQ2027_MB1508" + /note="Mb1508, -, len: 542 aa. Equivalent to Rv1473, len: + 542 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 542 aa overlap). Possible + macrolide-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), possibly in EF-3 subfamily. Similar + to many ABC-transporters e.g. D90909_48|YHES_HAEIN from + Synechocystis sp. strain PCC6803 (574 aa), FASTA scores: + opt: 870, E(): 0, (33.3% identity in 525 aa overlap); + P44808|YHES_HAEIN from Haemophilus influenzae (638 aa), + FASTA scores: opt: 706, E(): 0, (33.7% identity in 517 aa + overlap); etc. Contains two PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop), and two PS00211 ABC transporter family + signatures. BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb1508 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1508 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MACROLIDE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00111.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYF2" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR032781" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF2" + /translation="MITATDLEVRAGARILLAPDGPDLRVQPGDRIGLVGRNGAGKTT + TLRILAGEVEPYAGSVTRAGEIGYLPQDPKVGDLDVLARDRVLSARGLDVLLTDLEKQ + QALMAEVADEDERDRAIRRYGQLEERFVALGGYGAESEAGRICASLGLPERVLTQRLR + TLSGGQRRRVELARILFAASESGAGNSTTLLLDEPTNHLDADSLGWLRDFLRLHTGGL + VVISHNVDLVADVVNKVWFLDAVRGQVDVYNMGWQRYVDARATDEQRRIRERANAERK + AAALRAQAAKLGAKATKAVAAQNMLRRADRMMAALDEERVADKVARIKFPTPAACGRT + PLVANGLGKTYGSLEVFTGVDLAIDRGSRVVILGLNGAGKTTLLRLLAGVEQPDTGVL + EPGYGLRIGYFAQEHDTLDNDATVWENVRHAAPDAGEQDLRGLLGAFMFTGPQLEQPA + GTLSGGEKTRLALAGLVASTANVLLLDEPTNNLDPASREQVLDALRSYRGAVVLVTHD + PGAAAALGPQRVVLLPDGTEDYWSDEYRDLIELA" + gene 1663536..1663727 + /locus_tag="BQ2027_MB1509" + CDS 1663536..1663727 + /locus_tag="BQ2027_MB1509" + /note="Mb1509, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv1473A, len: + 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.4% identity in 63 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, CDS predicted by GC plot. + Similar to SCI8.24c|AL132644_24 putative transcriptional + regulator from Streptomyces coelicolor (73 aa), FASTA + scores: opt: 210, E(): 1.5e-08, (56.15% identity in 57 aa + overlap). Protein product from Mb1509 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1509 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00112.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYF8" + /translation="MRKSKKTRDQLLRELRNAYEGGASIRNLAATTGRSYGSIHSMLR + ESGTTMRGRGGPNRRPRPR" + gene complement(1663796..1664359) + /locus_tag="BQ2027_MB1510C" + CDS complement(1663796..1664359) + /locus_tag="BQ2027_MB1510C" + /note="Mb1510c, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv1474c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 187 aa overlap). Probable transcription + regulator, equivalent to AF0021|AF002133_1 transcriptional + regulator from Mycobacterium avium strain GIR10 (82 aa), + FASTA scores: opt: 490, E(): 6.7e-26, (92.5% identity in + 80 aa overlap). Also similar to Q59431|UIDR_ECOLI UID + OPERON REPRESSOR (GUS OPERON) from Escherichia coli (196 + aa), FASTA scores: opt: 192, E(): 5.8e-06, (28.5% identity + in 172 aa overlap). BELONGS TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Helix turn helix motif + predicted at aa 33-54 (+3.40 SD). Protein product from + Mb1510c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1510c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00113.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0K1" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0K1" + /translation="MPKVSEDHLAARRRQILDGARRCFAEYGYDKATVRRLEQAIGMS + RGAIFHHFRDKDALFFALAREDTERMAAVASREGLIGVMRDMLAAPDQFDWLATRLEI + ARKLRNDPDFSRGWAERSAELAAATTDRLRRQKQANRVRDDVPSDVLRCYLDLVLDGL + LARLASGEDPQRLAAVLDLVENSVRRS" + gene complement(1664370..1667201) + /gene="acn" + /locus_tag="BQ2027_MB1511C" + CDS complement(1664370..1667201) + /gene="acn" + /locus_tag="BQ2027_MB1511C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1511c, acn, len: 943 aa. Equivalent to Rv1475c, + len: 943 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 943 aa overlap). Probable acn, aconitate + hydratase (EC 4.2.1.3), similar to many e.g. + P70920|ACON_BRAJA ACONITATE HYDRATASE from Bradyrhizobium + japonicum (906 aa), FASTA scores: opt:1912, E(): 0, (54.8% + identity in 958 aa overlap); closest to AF0021|AF002133_2 + Mycobacterium avium strain GIR10 (961 aa), FASTA scores: + opt: 5072, E(): 0, (82.8% identity in 943 aa overlap). + NOTE ACONITASE HAS AN ACTIVE (4FE-4S) AND AN INACTIVE + (3FE-4S) FORMS. THE ACTIVE (4FE-4S) CLUSTER IS PART OF THE + CATALYTIC SITE THAT INTERCONVERTS CITRATE, CIS-ACONITASE, + AND ISOCITRATE. Protein product from Mb1511c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1511c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable iron-regulated aconitate hydratase acn + (citrate hydro-lyase) (aconitase)" + /protein_id="SIU00114.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZG0" + /db_xref="InterPro:IPR000573" + /db_xref="InterPro:IPR001030" + /db_xref="InterPro:IPR006249" + /db_xref="InterPro:IPR015928" + /db_xref="InterPro:IPR018136" + /db_xref="InterPro:IPR036008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZG0" + /translation="MTSKSVNSFGAHDTLKVGEKSYQIYRLDAVPNTAKLPYSLKVLA + ENLLRNEDGSNITKDHIEAIANWDPKAEPSIEIQYTPARVVMQDFTGVPCIVDLATMR + EAIADLGGNPDKVNPLAPADLVIDHSVIADLFGRADAFERNVEIEYQRNGERYQFLRW + GQGAFDDFKVVPPGTGIVHQVNIEYLASVVMTRDGVAYPDTCVGTDSHTTMVNGLGVL + GWGVGGIEAEAAMLGQPVSMLIPRVVGFRLTGEIQPGVTATDVVLTVTEMLRQHGVVG + KFVEFYGEGVAEVPLANRATLGNMSPEFGSTAAIFPIDEETIKYLRFTGRTPEQVALV + EAYAKAQGMWHDPKHEPEFSEYLELNLSDVVPSIAGPKRPQDRIALAQAKSTFREQIY + HYVGNGSPDSPHDPHSKLDEVVEETFPASDPGQLTFANDDVATDETVHSAAAHADGRV + SNPVRVKSDELGEFVLDHGAVVIAAITSCTNTSNPEVMLGAALLARNAVEKGLTSKPW + VKTTIAPGSQVVNDYYDRSGLWPYLEKLGFYLVGYGCTTCIGNSGPLPEEISKAVNDN + DLSVTAVLSGNRNFEGRINPDVKMNYLASPPLVIAYALAGTMDFDFQTQPLGQDKDGK + NVFLRDIWPSQQDVSDTIAAAINQEMFTRNYADVFKGDDRWRNLPTPSGNTFEWDPNS + TYVRKPPYFEGMTAKPEPVGNISGARVLALLGDSVTTDHISPAGAIKPGTPAARYLDE + HGVDRKDYNSFGSRRGNHEVMIRGTFANIRLRNQLLDDVSGGYTRDFTQPGGPQAFIY + DAAQNYAAQHIPLVVFGGKEYGSGSSRDWAAKGTLLLGVRAVIAESFERIHRSNLIGM + GVIPLQFPEGKSASSLGLDGTEVFDITGIDVLNDGKTPKTVCVQATKGDGATIEFDAV + VRIDTPGEADYYRNGGILQYVLRNILKSG" + gene 1667359..1667919 + /locus_tag="BQ2027_MB1512" + CDS 1667359..1667919 + /locus_tag="BQ2027_MB1512" + /note="Mb1512, -, len: 186 aa. Equivalent to Rv1476, len: + 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 186 aa overlap). Possible membrane + protein, TMhelix 138-60. Protein product from Mb1512 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1512 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00115.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYG3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYG3" + /translation="MTGPYFPQTIPFLPSYIPQDVDMTAVKAEVAALGVSAPPAATPG + LLEVVQHARDEGIDLKIVLLDHNPPNDTPLRDIATVVGADYSDATVLVLSPNYVGSYS + TQYPRVTLEAGEDHSKTGNPVQSAQNFVHELSTPEFPWSALTIVLLIGVLAAAVGARL + MQLRGRRSATSTDAAPGAGDDLNQGV" + gene 1668145..1669563 + /gene="ripa" + /locus_tag="BQ2027_MB1513" + CDS 1668145..1669563 + /gene="ripa" + /locus_tag="BQ2027_MB1513" + /note="Mb1513, -, len: 472 aa. Equivalent to Rv1477, len: + 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 472 aa overlap). Hypothetical Invasion + protein. Possibly exported protein with unusually long + signal sequence. The last 277 residues are nearly + identical to those of AF0060|AF006054_1 hypothetical + invasion protein INV1 from Mycobacterium tuberculosis (277 + aa), FASTA scores: opt: 1833, E(): 0, (98.2% identity in + 277 aa overlap); also very similar to AF0021|AF002133_4 + invasin 1 protein from Mycobacterium avium (273 aa), FASTA + scores: opt: 1452, E(): 0, (78.1% identity in 279 aa + overlap). Similar to Rv1566c|MTCY336.37|Z95586 + Mycobacterium tuberculosis cosmid (230 aa), FASTA scores: + opt: 528, E(): 4.4e-20, (52.0% identity in 150 aa + overlap); and weakly similar to p60 proteins of Listeria + spp throughout its length e.g. M80351|LISIAPB_1 Listeria + monocytogenes iap-related protein (478 aa), FASTA scores: + opt: 251, E(): 8e-06, (24.4% identity in 487 aa overlap). + C-terminal domain highly similar to next ORF + Rv1478|MTV007.25. Mb1513 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="peptidoglycan hydrolase" + /protein_id="SIU00116.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYV5" + /db_xref="InterPro:IPR000064" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYV5" + /translation="MRRNRRGSPARPAARFVRPAIPSALSVALLVCTPGLATADPQTD + TIAALIADVAKANQRLQDLSDEVQAEQESVNKAMVDVETARDNAAAAEDDLEVSQRAV + KDANAAIAAAQHRFDTFAAATYMNGPSVSYLSASSPDEIIATVTAAKTLSASSQAVMA + NLQRARTERVNTESAARLAKQKADKAAADAKASQDAAVAALTETRRKFDEQREEVQRL + AAERDAAQARLQAARLVAWSSEGGQGAPPFRMWDPGSGPAGGRAWDGLWDPTLPMIPS + ANIPGDPIAVVNQVLGISATSAQVTANMGRKFLEQLGILQPTDTGITNAPAGSAQGRI + PRVYGRQASEYVIRRGMSQIGVPYSWGGGNAAGPSKGIDSGAGTVGFDCSGLVLYSFA + GVGIKLPHYSGSQYNLGRKIPSSQMRRGDVIFYGPNGSQHVTIYLGNGQMLEAPDVGL + KVRVAPVRTAGMTPYVVRYIEY" + gene 1669574..1670299 + /locus_tag="BQ2027_MB1514" + CDS 1669574..1670299 + /locus_tag="BQ2027_MB1514" + /note="Mb1514, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv1478, len: + 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 241 aa overlap). Hypothetical Invasion + protein. Possibly exported protein, nearly identical to + AF0060|AF006054_2 hypothetical invasion protein INV2 of M. + tuberculosis (240 aa), FASTA scores: opt: 1509, E(): 0, + (95.0% identity in 241 aa overlap); very similar to + AF0021|AF002133_5 hypothetical invasion protein INV2 from + Mycobacterium avium (244 aa), FASTA scores: opt: 1269, + E():0, (78.0% identity in 246 aa overlap). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis protein MTCY336.37 and weakly + similar to C-terminal segment of p60 proteins of Listeria + spp.e.g. Q01836|P60_LISIN PROTEIN P60 PRECURSOR (481 aa), + FASTA scores: opt: 241, E():4e-07, (37.7% identity in 122 + aa overlap). Highly similar to C-terminal domain of + preceeding ORF Rv1477|MTV007.24 (472 aa), FASTA scores: + opt: 864, E(): 0, (60.1% identity in 213 aa overlap). + Mb1514 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible invasion protein" + /protein_id="SIU00117.1" + /db_xref="InterPro:IPR000064" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH7" + /translation="MRHTRFHPIKLAWITAVVAGLMVGVATPADAEPGQWDPTLPALV + SAGAPGDPLAVANASLQATAQATQTTLDLGRQFLGGLGINLGGPAASAPSAATTGASR + IPRANARQAVEYVIRRAGSQMGVPYSWGGGSLQGPSKGVDSGANTVGFDCSGLVRYAF + AGVGVLIPRFSGDQYNAGRHVPPAEAKRGDLIFYGPGGGQHVTLYLGNGQMLEASGSA + GKVTVSPVRKAGMTPFVTRIIEY" + gene 1670438..1671571 + /gene="moxR1" + /locus_tag="BQ2027_MB1515" + CDS 1670438..1671571 + /gene="moxR1" + /locus_tag="BQ2027_MB1515" + /standard_name="moxR" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1515, moxR1, len: 377 aa. Equivalent to Rv1479, + len: 377 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 377 aa overlap). Probable moxR1, + transcriptional regulatory protein, similar to + X96434|BBGIDBMOX_2 moxR regulator from Borrelia + burgdorferi (329 aa), FASTA scores: opt: 850, E():0, + (43.5% identity in 317 aa overlap); and P. denitrificans. + Highly similar to MoxR homologs of Mycobacterium + tuberculosis and M. avium (but these both differ at + C-terminus) e.g. Rv3692, Rv3164c, and AF0021|AF002133_6 + Mycobacterium avium strain GIR10 (309 aa), FASTA scores: + opt: 1181, E(): 0, (83.7% identity in 227 aa overlap). + Also similar to O33173|AF006054 MoxR fragment from + Mycobacterium tuberculosis (211 aa), FASTA scores: opt: + 1305, E(): 0, (94.3% identity in 212 aa overlap). Note + that previously known as moxR. Protein product from Mb1515 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1515 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + MOXR1" + /protein_id="SIU00118.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYH3" + /db_xref="InterPro:IPR011703" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041628" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH3" + /translation="MTSAGGFPAGAGGYQTPGGHSASPAHEAPPGGAEGLAAEVHTLE + RAIFEVKRIIVGQDQLVERMLVGLLSKGHVLLEGVPGVAKTLAVETFARVVGGTFSRI + QFTPDLVPTDIIGTRIYRQGREEFDTELGPVVANFLLADEINRAPAKVQSALLEVMQE + RHVSIGGRTFPMPSPFLVMATQNPIEHEGVYPLPEAQRDRFLFKINVGYPSPEEEREI + IYRMGVTPPQAKQILSTGDLLRLQEIAANNFVHHALVDYVVRVVFATRKPEQLGMNDV + KSWVAFGASPRASLGIIAAARSLALVRGRDYVIPQDVIEVIPDVLRHRLVLTYDALAD + EISPEIVINRVLQTVALPQVNAVPQQGHSVPPVMQAAAAASGR" + gene 1671568..1672521 + /locus_tag="BQ2027_MB1516" + CDS 1671568..1672521 + /locus_tag="BQ2027_MB1516" + /note="Mb1516, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv1480, len: + 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 317 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, last 110 aa residues correspond to first 110 aa + of YS01_MYCAV|O07394 hypothetical 18.7 KD Mycobacterium + avium protein MAV169 (169 aa), FASTA scores: opt: 642, + E(): 0, (84.2% identity in 114 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins + Rv3163c and Rv3693. Protein product from Mb1516 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1516 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00119.1" + /db_xref="InterPro:IPR002881" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64854" + /translation="MTESKAPAVVHPPSMLRGDIDDPKLAAALRTLELTVKQKLDGVL + HGDHLGLIPGPGSEPGESRLYQPGDDVRRMDWAVTARTTHPHVRQMIADRELETWLVV + DMSASLDFGTACCEKRDLAVAAAAAITFLNSGGGNRLGALIANGAAMTRVPARTGRQH + QHTMLRTIATMPQAPAGVRGDLAVAIDALRRPERRRGMAVIISDFLGPINWMRPLRAI + AARHEVLAIEVLDPRDVELPDVGDVVLQDAESGVVREFSIDPALRDDFARAAAAHRAD + VARTIRGCGAPLLSLRTDRDWLADIVRFVASRRRGALAGHQ" + gene 1672532..1673539 + /locus_tag="BQ2027_MB1517" + CDS 1672532..1673539 + /locus_tag="BQ2027_MB1517" + /note="Mb1517, -, len: 335 aa. Equivalent to Rv1481, len: + 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 335 aa overlap). Probable membrane + protein, highly similar to YS02_MYCAV|O07395 hypothetical + 36.1 kd protein mav335 from M. avium (335 aa), FASTA + scores: opt: 1904, E(): 0, (89.0% identity in 337 aa + overlap). Similar to AF116251|AF116251_1 BatA protein from + Bacteroides fragilis (327 aa), FASTA scores: opt: 317, + E(): 2e-12, (26.5% identity in 340 aa overlap). Protein + product from Mb1517 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1517 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00120.1" + /db_xref="GOA:P64856" + /db_xref="InterPro:IPR002035" + /db_xref="InterPro:IPR022933" + /db_xref="InterPro:IPR024163" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64856" + /translation="MTLPLLGPMTLSGFAHSWFFLFLFVVAGLVALYILMQLARQRRM + LRFANMELLESVAPKRPSRWRHVPAILLVLSLLLFTIAMAGPTHDVRIPRNRAVVMLV + IDVSQSMRATDVEPSRMVAAQEAAKQFADELTPGINLGLIAYAGTATVLVSPTTNREA + TKNALDKLQFADRTATGEAIFTALQAIATVGAVIGGGDTPPPARIVLFSDGKETMPTN + PDNPKGAYTAARTAKDQGVPISTISFGTPYGFVEINDQRQPVPVDDETMKKVAQLSGG + NSYNAATLAELRAVYSSLQQQIGYETIKGDASVGWLRLGALALALAALAALLINRRLP + T" + gene complement(1673612..1674454) + /locus_tag="BQ2027_MB1518C" + CDS complement(1673612..1674454) + /locus_tag="BQ2027_MB1518C" + /note="Mb1518c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv1482c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 280 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to O07396|AF002133 Mycobacterium + avium protein MAV346 (346 aa), FASTA scores: E(): 0, + (65.2% identity in 342 aa overlap); slight similarity to + GRPE_ECOLI|P09372 heat shock protein from E. coli (197 + aa), FASTA scores: opt: 139, E(): 0.012, (28.3% identity + in 159 aa overlap). Similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv3517, Rv3555c, Rv3714c, Rv1073, + etc. Start changed since first submission (-59 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00121.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYG0" + /translation="MTDPFLGSEALAAGVLTPYELRSRYVALHKDVYVPQGVELTAQL + RAKALWLRSRRRGVLAGYSASAFHGAKWIDADLPAAIIDTNRRRAPGLQVWEERIEPD + EICVIEGMRVTTPERTALDLTSRFPLDPAVAAVDALIQATDLKVADVEPLIERYRGRR + GMKAARAALDLVDGGAQSPKETWLRLLLIRAGFPRPQTQIAVRNEWGWAEAHLDMGWQ + DIKVAAEYDGDHHLTSRYHYRKDILRHEKVQHRYGWIVVRVVAEDHPADIIRRVGEAR + AFRA" + gene 1674595..1675338 + /gene="fabG1" + /locus_tag="BQ2027_MB1519" + CDS 1674595..1675338 + /gene="fabG1" + /locus_tag="BQ2027_MB1519" + /standard_name="mabA" + /note="Mb1519, fabG1, len: 247 aa. Equivalent to Rv1483, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 247 aa overlap). Probable fabG1 + (alternate gene name: mabA), 3-oxoacyl-[acyl-carrier + protein] reductase (EC 1.1.1.100), equivalent to + O07399|FABG_MYCAV 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] + REDUCTASE from Mycobacterium avium (255 aa); + P71534|FABG_MYCSM 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] + REDUCTASE from Mycobacterium smegmatis (255 aa); and + NP_302228.1|NC_002677 3-oxoacyl-[ACP] reductase (aka MabA) + from Mycobacterium leprae (253 aa). Also highly similar to + many e.g. T36779 probable 3-oxacyl-(acyl-carrier-protein) + reductase from Streptomyces coelicolor (234 aa); + FABG_ECOLI|P25716|NP_415611.1|NC_000913 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from + Escherichia coli strain K12 (244 aa), FASTA scores: opt: + 664, E(): 6.8e-35, (44.4% identity in 241 aa overlap); + etc. Contains PS00061 Short-chain + dehydrogenases/reductases family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb1519 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1519 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase fabg1 + (3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase) (mycolic acid + biosynthesis a protein)" + /protein_id="SIU00122.1" + /db_xref="GOA:P0A5Y5" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Y5" + /translation="MTATATEGAKPPFVSRSVLVTGGNRGIGLAIAQRLAADGHKVAV + THRGSGAPKGLFGVECDVTDSDAVDRAFTAVEEHQGPVEVLVSNAGLSADAFLMRMTE + EKFEKVINANLTGAFRVAQRASRSMQRNKFGRMIFIGSVSGSWGIGNQANYAASKAGV + IGMARSIARELSKANVTANVVAPGYIDTDMTRALDERIQQGALQFIPAKRVGTPAEVA + GVVSFLASEDASYISGAVIPVDGGMGMGH" + gene 1675357..1676166 + /gene="inhA" + /locus_tag="BQ2027_MB1520" + CDS 1675357..1676166 + /gene="inhA" + /locus_tag="BQ2027_MB1520" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1520, inhA, len: 269 aa. Equivalent to Rv1484, + len: 269 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 269 aa overlap). inhA, NADH-dependent + enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (EC 1.3.1.9) (see + citations below). Identical to INHA_MYCTU|P46533 + enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Mycobacterium + tuberculosis and G1155270 Mycobacterium bovis enoyl acp + reductase. SOME SIMILARITY TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb1520 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb1520 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NADH-DEPENDENT ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] + REDUCTASE INHA (NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE)" + /protein_id="SIU00123.1" + /db_xref="GOA:P0A5Y7" + /db_xref="InterPro:IPR014358" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Y7" + /translation="MTGLLDGKRILVSGIITDSSIAFHIARVAQEQGAQLVLTGFDRL + RLIQRITDRLPAKAPLLELDVQNEEHLASLAGRVTEAIGAGNKLDGVVHSIGFMPQTG + MGINPFFDAPYADVSKGIHISAYSYASMAKALLPIMNPGGSIVGMDFDPSRAMPAYNW + MTVAKSALESVNRFVAREAGKYGVRSNLVAAGPIRTLAMSAIVGGALGEEAGAQIQLL + EEGWDQRAPIGWNMKDATPVAKTVCALLSDWLPATTGDIIYADGGAHTQLL" + gene 1676172..1677206 + /gene="hemZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1521" + CDS 1676172..1677206 + /gene="hemZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1521" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1521, hemZ, len: 344 aa. Equivalent to Rv1485, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 344 aa overlap). hemZ, ferrochelatase + (EC 4.99.1.1) (see citation below), similar to many e.g. + HEMZ_BACSU|P32396 ferrochelatase from Bacillus subtilus + (310 aa), FASTA scores: opt:490, E(): 2e-24, (30.2% + identity in 295 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + FERROCHELATASE FAMILY. Protein product from Mb1521 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1521 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FERROCHELATASE HEMZ (PROTOHEME FERRO-LYASE) + (HEME SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU00124.1" + /db_xref="GOA:P0A577" + /db_xref="InterPro:IPR001015" + /db_xref="InterPro:IPR019772" + /db_xref="InterPro:IPR033644" + /db_xref="InterPro:IPR033659" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A577" + /translation="MQFDAVLLLSFGGPEGPEQVRPFLENVTRGRGVPAERLDAVAEH + YLHFGGVSPINGINRTLIAELEAQQELPVYFGNRNWEPYVEDAVTAMRDNGVRRAAVF + ATSAWSGYSSCTQYVEDIARARRAAGRDAPELVKLRPYFDHPLFVEMFADAITAAAAT + VRGDARLVFTAHSIPTAADRRCGPNLYSRQVAYATRLVAAAAGYCDFDLAWQSRSGPP + QVPWLEPDVTDQLTGLAGAGINAVIVCPIGFVADHIEVVWDLDHELRLQAEAAGIAYA + RASTPNADPRFARLARGLIDELRYGRIPARVSGPDPVPGCLSSINGQPCRPPHCVASV + SPARPSAGSP" + gene complement(1677172..1678038) + /locus_tag="BQ2027_MB1522C" + CDS complement(1677172..1678038) + /locus_tag="BQ2027_MB1522C" + /note="Mb1522c, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv1486c, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 288 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to YS07_MYCAV|O07402 hypothetical + 33.5 kd protein mav321 from Mycobacterium avium (320 aa), + FASTA scores: opt: 1217, E(): 0, (71.1% identity in 315 aa + overlap). Weak similarity to AL079332|SCI5.07 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (259 aa), FASTA + scores: opt: 131, E(): 0.29, (32.3% identity in 279 aa + overlap). Start changed since original submission. Protein + product from Mb1522c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1522c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00125.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59980" + /translation="MWCPSVSLSIWANAWLAGKAAPDDVLDALSLWAPTQSVAAYDAV + AAGHTGLPWPDVHDAGTVSLLQTLRAAVGRRRLRGTINVVLPVPGDVRGLAAGTQFEH + DALAAGEAVIVANPEDPGSAVGLVPEFSYGDVDEAAQSEPLTPELCALSWMVYSLPGA + PVLEHYELGDAEYALRSAVRSAAEALSTIGLGSSDVANPRGLVEQLLESSRQHRVPDH + APSRALRVLENAAHVDAIIAVSAGLSRLPIGTQSLSDAQRATDALRPLTAVVRSARMS + AVTAILHSAWPD" + gene 1678096..1678530 + /locus_tag="BQ2027_MB1523" + CDS 1678096..1678530 + /locus_tag="BQ2027_MB1523" + /note="Mb1523, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv1487, len: + 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 144 aa overlap). Conserved membrane + protein. Highly similar to O07404|AF002133 MAV145 from + Mycobacterium avium (145 aa), FASTA scores: opt: 667, E(): + 0, (72.5% identity in 142 aa overlap). Also similar to + AL079332|SCI5.05 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (143 aa), FASTA scores: opt: 344, E(): 1.3e-15, + (44.8% identity in 134 aa overlap). Protein product from + Mb1523 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1523 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00126.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYW5" + /db_xref="InterPro:IPR002810" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW5" + /translation="MPVALIWLIAALVLVGAEALTGDMFLLMLGGGALAASVSSWLLA + WPMWADGAVFLLVSVLLLVLVRPAVRRRLTQTKGVQLGIEALEGKKAVVLGRVARDGG + QVKLDGQVWTARPLNDGDVFEPGDSVTVVQIDGATAVVFKDV" + gene 1678552..1679697 + /locus_tag="BQ2027_MB1524" + CDS 1678552..1679697 + /locus_tag="BQ2027_MB1524" + /note="Mb1524, -, len: 381 aa. Equivalent to Rv1488, len: + 381 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 381 aa overlap). Possible exported + conserved protein; contains possible N-terminal signal + sequence. Similar to YBBK_ECOLI|P77367 hypothetical + protein ybbK from Escherichia coli (305 aa), FASTA scores: + opt: 716, E(): 0, (37.1% identity in 307 aa overlap). + Similar to stomatin-like proteins e.g. AF065260|AF065260_1 + Clostridium difficile (320 aa), FASTA scores: opt: 767, + E(): 0, (42.3% identity in 307 aa overlap). Protein + product from Mb1524 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1524 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein QmcA (possibly involved in integral + membrane quality control)" + /protein_id="SIU00127.1" + /db_xref="GOA:P63694" + /db_xref="InterPro:IPR001107" + /db_xref="InterPro:IPR001972" + /db_xref="InterPro:IPR018080" + /db_xref="InterPro:IPR036013" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63694" + /translation="MQGAVAGLVFLAVLVIFAIIVVAKSVALIPQAEAAVIERLGRYS + RTVSGQLTLLVPFIDRVRARVDLRERVVSFPPQPVITEDNLTLNIDTVVYFQVTVPQA + AVYEISNYIVGVEQLTTTTLRNVVGGMTLEQTLTSRDQINAQLRGVLDEATGRWGLRV + ARVELRSIDPPPSIQASMEKQMKADREKRAMILTAEGTREAAIKQAEGQKQAQILAAE + GAKQAAILAAEADRQSRMLRAQGERAAAYLQAQGQAKAIEKTFAAIKAGRPTPEMLAY + QYLQTLPEMARGDANKVWVVPSDFNAALQGFTRLLGKPGEDGVFRFEPSPVEDQPKHA + ADGDDAEVAGWFSTDTDPSIARAVATAEAIARKPVEGSLGTPPRLTQ" + gene 1679707..1680063 + /locus_tag="BQ2027_MB1525" + CDS 1679707..1680063 + /locus_tag="BQ2027_MB1525" + /note="Mb1525, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv1489, len: + 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 118 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to hypothetical proteins from + Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis and + Streptomyces coelicolor e.g. AJ250017_1 insertion sequence + IS900, Locus 3, putative invasion protein from M. + paratuberculosis (138 aa), FASTA scores: opt: 120, E(): + 0.26, (34.375% identity in 96 aa overlap); + SCD6.11c|AL353815_11 possible integral membrane protein + from Streptomyces coelicolor (136 aa), FASTA scores: opt: + 106, E(): 2.2, (35.9% identity in 103 aa overlap). ORF + predicted by GC plot. Replaces previous Rv1489c on other + strand. Protein product from Mb1525 detected using shotgun + mass spectrometry. Mb1525 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00128.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYI2" + /db_xref="InterPro:IPR032808" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYI2" + /translation="MSGLTSPKTYAVLAALQAGDAVACAIPLPPIARLLDDLDVPVSV + RPVLPVVKAASAVGLLSVTRFPALARLTTAMLTLYFILAVGAHVRVRDRVVNAIPAAS + FLTLFALMTAKGPERT" + gene 1680097..1680327 + /locus_tag="BQ2027_MB1526" + CDS 1680097..1680327 + /locus_tag="BQ2027_MB1526" + /EC_number="5.4.99.2" + /note="Mb1526, -, len: 76 aa. Equivalent to Rv1489A, len: + 76 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 76 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to part of alpha subunit of many + methylmalonyl-CoA mutases (~750 aa). Size difference + suggests possible gene fragment although Mycobacterium + tuberculosis has intact methylmalonyl-CoA mutase gene. + P71774|MUTB_MYCTU PROBABLE METHYLMALONYL-COA MUTASE from + Mycobacterium tuberculosis (750 aa), FASTA scores: opt: + 258, E(): 3.2e-10, (73.35% identity in 60 aa overlap). ORF + predicted by GC plot. Mb1526 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methylmalonyl-CoA mutase large subunit, MutB + (EC" + /protein_id="SIU00129.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYH1" + /db_xref="InterPro:IPR006099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH1" + /translation="MSVGEVEVLKVENSRVRAEQLAKLYELRSSRDRVRVDAALAELS + RAAAARGCAGTSGLGNNLMAPGPPHSLLGRDR" + gene 1680477..1681784 + /locus_tag="BQ2027_MB1527" + CDS 1680477..1681784 + /locus_tag="BQ2027_MB1527" + /note="Mb1527, -, len: 435 aa. Equivalent to Rv1490, len: + 435 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 435 aa overlap). Probable membrane + protein. Protein product from Mb1527 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00130.1" + /db_xref="GOA:P64858" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64858" + /translation="MSQCFAVKGIGGADQATLGSAEILVKYAQLADKRARVYVLVSTW + LVVWGIWHVYFVEAVFPNAILWLHYYAASYEFGFVRRGLGGELIRMLTGDHFFAGAYT + VLWTSITVWLIALAVVVWLILSTGNRSERRIMLALLVPVLPFAFSYAIYNPHPELFGM + TALVAFSIFLTRAHTSRTRVILSTLYGLTMAVLALIHEAIPLEFALGAVLAIIVLSKN + ATGATRRICTALAIGPGTVSVLLLAVVGRRDIADQLCAHIPHGMVENPWAVATTPQRV + LDYIFGRVESHADYHDWVCEHVTPWFNLDWITSAKLVAVVGFRALFGAFLLGLLFFVA + TTSMIRYVSAVPVRTFFAELRGNLALPVLASALLVPLFITAVDWTRWWVMITLDVAIV + YILYAIDRPEIEQPPSRRNVQVFVCVVLVLAVIPTGSANNIGR" + gene complement(1682363..1683121) + /locus_tag="BQ2027_MB1528C" + CDS complement(1682363..1683121) + /locus_tag="BQ2027_MB1528C" + /note="Mb1528c, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv1491c, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 252 aa overlap). Conserved membrane + protein. Similar to hypothetical proteins from many + organisms e.g. YDJZ_ECOLI|P76221 Escherichia coli (235 + aa), FASTA scores: opt: 223, E():6.7e-07, (31.7% identity + in 145 aa overlap); AL133252|SCE46.15 Streptomyces + coelicolor (249 aa), FASTA scores: opt: 378, E(): 1.5e-17, + (39.1% identity in 169 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis hypothetical protein Rv0625c. Mb1528c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00131.1" + /db_xref="GOA:P67118" + /db_xref="InterPro:IPR015414" + /db_xref="InterPro:IPR032816" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67118" + /translation="MTAPAICNTTETVHGIATSLGAVARQASLPRIVGTVVGITVLVV + VALLVPVPTAVELRDWAKSLGAWFPLAFLLVHTVVTVPPFPRTAFTLAAGLLFGSVVG + VFIAVVGSTASAVIAMLLVRATGWQLNSLVRRRAINRLDERLRERGWLAILSLRLIPV + VPFAAINYAAGASGVRILSFAWATLAGLLPGTAAVVILGDAFAGSGSPLLILVSVCTG + ALGLTGLVYEIRNYRRQHRRMPGYDDPVREPALI" + gene 1683312..1685159 + /gene="mutA" + /locus_tag="BQ2027_MB1529" + CDS 1683312..1685159 + /gene="mutA" + /locus_tag="BQ2027_MB1529" + /note="Mb1529, mutA, len: 615 aa. Equivalent to Rv1492, + len: 615 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 615 aa overlap). Probable mutA, + Methylmalonyl-coa mutase small-subunit (EC 5.4.99.2), + strong similarity to e.g. MUTA_STRCM|Q05064 + methylmalonyl-coa mutase beta-subunit from Streptomyces + cinnamonensis (616 aa), FASTA scores: opt: 1512, E(): 0, + (45.9% identity in 628 aa overlap). Contains PS00213 + Lipocalin signature, PS00544 Methylmalonyl-CoA mutase + signature. BELONGS TO THE METHYLMALONYL-COA MUTASE FAMILY. + Protein product from Mb1529 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1529 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLMALONYL-COA MUTASE SMALL SUBUNIT + MUTA (MCM)" + /protein_id="SIU00132.1" + /db_xref="GOA:P65486" + /db_xref="InterPro:IPR004608" + /db_xref="InterPro:IPR006099" + /db_xref="InterPro:IPR016176" + /db_xref="InterPro:IPR036724" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65486" + /translation="MSIDVPERADLEQVRGRWRNAVAGVLSKSNRTDSAQLGDHPERL + LDTQTADGFAIRALYTAFDELPEPPLPGQWPFVRGGDPLRDVHSGWKVAEAFPANGAT + ADTNAAVLAALGEGVSALLIRVGESGVAPDRLTALLSGVYLNLAPVILDAGADYRPAC + DVMLALVAQLDPGQRDTLSIDLGADPLTASLRDRPAPPIEEVVAVASRAAGERGLRAI + TVDGPAFHNLGATAATELAATVAAAVAYLRVLTESGLVVSDALRQISFRLAADDDQFM + TLAKMRALRQLWARVAEVVGDPGGGAAVVHAETSLPMMTQRDPWVNMLRCTLAAFGAG + VGGADTVLVHPFDVAIPGGFPGTAAGFARRIARNTQLLLLEESHVGRVLDPAGGSWFV + EELTDRLARRAWQRFQAIEARGGFVEAHDFLAGQIAECAARRADDIAHRRLAITGVNE + YPNLGEPALPPGDPTSPVRRYAAGFEALRDRSDHHLARTGARPRVLLLPLGPLAEHNI + RTTFATNLLASGGIEAIDPGTVDAGTVGNAVADAGSPSVAVICGTDARYRDEVADIVQ + AARAAGVSRVYLAGPEKALGDAAHRPDEFLTAKINVVQALSNLLTRLGA" + gene 1685160..1687412 + /gene="mutB" + /locus_tag="BQ2027_MB1530" + CDS 1685160..1687412 + /gene="mutB" + /locus_tag="BQ2027_MB1530" + /note="Mb1530, mutB, len: 750 aa. Equivalent to Rv1493, + len: 750 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 750 aa overlap). Probable mutB, + Methylmalonyl-coa mutase large-subunit (EC 5.4.99.2), + strong similarity to e.g. MUTB_STRCM|Q05065 + methylmalonyl-coa mutase alpha-subunit from Streptomyces + cinnamonensis (733 aa), FASTA scores: opt: 3562, E(): 0, + (75.8% identity in 730 aa overlap). Contains PS00544 + Methylmalonyl-CoA mutase signature. BELONGS TO THE + METHYLMALONYL-COA MUTASE FAMILY. Protein product from + Mb1530 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1530 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLMALONYL-COA MUTASE LARGE SUBUNIT + MUTB (MCM)" + /protein_id="SIU00133.1" + /db_xref="GOA:P65488" + /db_xref="InterPro:IPR006098" + /db_xref="InterPro:IPR006099" + /db_xref="InterPro:IPR006158" + /db_xref="InterPro:IPR006159" + /db_xref="InterPro:IPR016176" + /db_xref="InterPro:IPR036724" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65488" + /translation="MTTKTPVIGSFAGVPLHSERAAQSPTEAAVHTHVAAAAAAHGYT + PEQLVWHTPEGIDVTPVYIAADRAAAEAEGYPLHSFPGEPPFVRGPYPTMYVNQPWTI + RQYAGFSTAADSNAFYRRNLAAGQKGLSVAFDLATHRGYDSDHPRVQGDVGMAGVAID + SILDMRQLFDGIDLSTVSVSMTMNGAVLPILALYVVAAEEQGVAPEQLAGTIQNDILK + EFMVRNTYIYPPKPSMRIISDIFAYTSAKMPKFNSISISGYHIQEAGATADLELAYTL + ADGVDYIRAGLNAGLDIDSFAPRLSFFWGIGMNFFMEVAKLRAGRLLWSELVAQFAPK + SAKSLSLRTHSQTSGWSLTAQDVFNNVARTCIEAMAATQGHTQSLHTNALDEALALPT + DFSARIARNTQLVLQQESGTTRPIDPWGGSYYVEWLTHRLARRARAHIAEVAEHGGMA + QAISDGIPKLRIEEAAARTQARIDSGQQPVVGVNKYQVPEDHEIEVLKVENSRVRAEQ + LAKLQRLRAGRDEPAVRAALAELTRAAAEQGRAGADGLGNNLLALAIDAARAQATVGE + ISEALEKVYGRHRAEIRTISGVYRDEVGKAPNIAAATELVEKFAEADGRRPRILIAKM + GQDGHDRGQKVIATAFADIGFDVDVGSLFSTPEEVARQAADNDVHVIGVSSLAAGHLT + LVPALRDALAQVGRPDIMIVVGGVIPPGDFDELYAAGATAIFPPGTVIADAAIDLLHR + LAERLGYTLD" + gene 1687426..1687728 + /gene="maze4" + /locus_tag="BQ2027_MB1531" + CDS 1687426..1687728 + /gene="maze4" + /locus_tag="BQ2027_MB1531" + /note="Mb1531, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv1494, len: + 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 100 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1531 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin maze4" + /protein_id="SIU00134.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5F0" + /translation="MPFLVALSGIISGVRDHSMTVRLDQQTRQRLQDIVKGGYRSANA + AIVDAINKRWEALHDEQLDAAYAAAIHDNPAYPYESEAERSAARARRNARQQRSAQ" + gene 1687725..1688042 + /gene="mazf4" + /locus_tag="BQ2027_MB1532" + CDS 1687725..1688042 + /gene="mazf4" + /locus_tag="BQ2027_MB1532" + /note="Mb1532, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv1495, len: + 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 105 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to Rv1942c|MTCY09F9.22 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (109 + aa) (0.7% identity in 101 aa overlap) and Rv0659c, + Rv1102c. Protein product from Mb1532 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1532 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin mazf4" + /protein_id="SIU00135.1" + /db_xref="GOA:P64860" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64860" + /translation="MNAPLRGQVYRCDLGYGAKPWLIVSNNARNRHTADVVAVRLTTT + RRTIPTWVAMGPSDPLTGYVNADNIETLGKDELGDYLGEVTPATMNKINTALATALGL + PWP" + gene 1688039..1689043 + /locus_tag="BQ2027_MB1533" + CDS 1688039..1689043 + /locus_tag="BQ2027_MB1533" + /note="Mb1533, -, len: 334 aa. Equivalent to Rv1496, len: + 334 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 334 aa overlap). Possible transport + system kinase (EC 2.7.-.-). Equivalent to + NP_302220.1|NC_002677 putative kinase from Mycobacterium + leprae (327 aa). Highly similar to several transport + system kinases and NTPase transporters e.g. + P27254|ARGK_ECOLI|B2918 LAO/AO transport system kinase (EC + 2.7.-.-) from Escherichia coli K12 (331 aa) (see citation + below); NP_311815.1|NC_002695 ATPase component of two + convergent arginine transporter from Escherichia coli + O157:H7 (331 aa); etc. Also similar to YPLE_CAUCR|P37895 + hypothetical 34.6 kd protein in Caulobacter crescentus + (326 aa), FASTA scores, opt: 1125, E(): 0, (55.7% identity + in 316 aa overlap). Protein product from Mb1533 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1533 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible transport system kinase" + /protein_id="SIU00136.1" + /db_xref="GOA:P63578" + /db_xref="InterPro:IPR005129" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63578" + /translation="MMAASHDDDTVDGLATAVRGGDRAALPRAITLVESTRPDHREQA + QQLLLRLLPDSGNAHRVGITGVPGVGKSTAIEALGMHLIERGHRVAVLAVDPSSTRTG + GSILGDKTRMARLAVHPNAYIRPSPTSGTLGGVTRATRETVVLLEAAGFDVILIETVG + VGQSEVAVANMVDTFVLLTLARTGDQLQGIKKGVLELADIVVVNKADGEHHKEARLAA + RELSAAIRLIYPREALWRPPVLTMSAVEGRGLAELWDTVERHRQVLTGAGEFDARRRD + QQVDWTWQLVRDAVLDRVWSNPTVRKVRSELERRVRAGELTPALAAQQILEIANLTDR + " + gene 1689096..1690385 + /gene="lipL" + /locus_tag="BQ2027_MB1534" + CDS 1689096..1690385 + /gene="lipL" + /locus_tag="BQ2027_MB1534" + /note="Mb1534, lipL, len: 429 aa. Equivalent to Rv1497, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 429 aa overlap). Probable LipL, esterase + (EC 3.1.-.-), very similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical esterases and penicillin binding proteins + e.g. Rv1923, Rv2463, Rv3775, etc. Also similar to + G151214|M68491 esterase estA from Pseudomonas sp (389 aa), + FASTA scores: opt: 604, E(): 1e-31, (34.4% identity in 389 + aa overlap). Protein product from Mb1534 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1534 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ESTERASE LIPL" + /protein_id="SIU00137.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ7" + /translation="MMVDTGVDHRAVSSHDGPDAGRRVFGAADPRFACVVRAFASMFP + GRRFGGGALAVYLDGQPVVDVWKGWADRAGWVPWSADSAPMVFSATKGMTATVIHRLA + DRGLIDYEAPVAEYWPAFGANGKATLTVRDVMRHQAGLSGLRGATQQDLLDHVVMEER + LAAAVPGRLLGKSAYHALTFGWLMSGLARAVTGKDMRLLFREELAEPLDTDGLHLGRP + PADAPTRVAEIIMPQDIAANAVLTCAMRRLAHRFSGGFRSMYFPGAIAAVQGEAPLLD + AEIPAANGVATARALARMYGAIANGGEIDGIRFLSRELVTGLTRNRRQVLPDRNLLVP + LNFHLGYHGMPIGNVMPGFGHVGLGGSIGWTDPETGVAFALVHNRLLSPLVMTDHAGF + VGIYHLIRQAAAQARKRGYQPVTPFGAPYSEPGAAAG" + gene complement(1690458..1691231) + /locus_tag="BQ2027_MB1535C" + CDS complement(1690458..1691231) + /locus_tag="BQ2027_MB1535C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1535c, -, len: 205 aa. Equivalent to Rv1498c, + len: 205 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 205 aa overlap). Probable + methyltransferase (EC 2.1.1.-). Similar to + G2792343|AF040571 METHYLTRANSFERASE from AMYCOLATOPSIS + MEDITERRANEI (272 aa), FASTA scores: E(): 5.1e-11, (32.3% + identity in 124 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A. Protein product from Mb1535c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1535c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIU00138.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ0" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ0" + /translation="MTRSKRGSADGGSAEALPPKSLRQFVGGAYKEVGAEFVGYLVDL + CGLQPDEAVLDVGCGSGRMALPLTGYLNSEGRYAGFDISQKAIAWCQEHITSAHPNFQ + FEVSDIYNSLYNPKGKYQSLDFRFPYPDASFDVVFLTSVFTHMFPPDVEHYLDEISRV + LKPGGRCLCTYFLLNDESLAHIAEGKSAHNFQHEGPGYRTIHKKRPEEAIGLPETFVR + DVYGKFGLAVHEPLHYGSWSGREPHLSFQDIVIATKTAS" + gene complement(1691289..1691480) + /locus_tag="BQ2027_MB1536C" + CDS complement(1691289..1691480) + /locus_tag="BQ2027_MB1536C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1536c, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv1498A, len: + 70 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 63 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to other hypothetical proteins + e.g. from Streptomyces coelicolor, Sinorhizobium meliloti + and Pseudomonas aeruginosa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, a single base transition (a-g) at + the 5' start leads to a shorter product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (63 aa + versus 70 aa). Protein product from Mb1536c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1536c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Dodecin, a flavin storage/sequestration protein" + /protein_id="SIU00139.1" + /db_xref="InterPro:IPR009923" + /db_xref="InterPro:IPR025543" + /db_xref="InterPro:IPR036694" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYI0" + /translation="MIEIVGTSPDGVDAAIQGGLARAAQTMRALDWFEVQSIRGHLVD + GAVAHFQVTMKVGFRLEDS" + gene 1691562..1691960 + /locus_tag="BQ2027_MB1537" + CDS 1691562..1691960 + /locus_tag="BQ2027_MB1537" + /note="Mb1537, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv1499, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 132 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, was initially longer but has been shortened owing + to overlap with Rv1498A." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00140.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ5" + /translation="MPSGEPSTAGHFEHLPRGSFGRILSVLNAAADHHPRELLVVGIA + TFDQKRPAVGVDEHDPGGAATPAVVINYESRSSAGGTIGHSTTSQVACCLYQQPKRPA + LRPTKAAATTAATTWIERVQNRRGRHSALV" + gene 1692005..1693033 + /locus_tag="BQ2027_MB1538" + CDS 1692005..1693033 + /locus_tag="BQ2027_MB1538" + /note="Mb1538, -, len: 342 aa. Equivalent to Rv1500, len: + 342 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 342 aa overlap). Probable + glycosyltransferase (EC 2.-.-.-), hydrophobic domain near + C-terminus. Some similarity to putative + glycosyl-transferases from Bacillus subtilis e.g. + O34319|YKCC_BACSU (323 aa), opt: 490, E(): 6.1e-25, + (28.85% identity in 312 aa overlap) and to N-acetyl + glucosamine transferases. Also similar to G1001347 + hypothetical 36.7 kDa protein (318 aa), FASTA scores: opt: + 523, E(): 7.2e-26, (30.6% identity in 307 aa overlap). + Protein product from Mb1538 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1538 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCOSYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIU00141.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYH5" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYH5" + /translation="MRLSIVTTMYMSEPYVLEFYRRARAAADKITPDVEIIFVDDGSP + DAALQQAVSLLDSDPCVRVIQLSRNFGHHKAMMTGLAHATGDLVFLIDSDLEEDPALL + EPFYEKLISTGADVVFGCHARRPGGWLRNFGPKIHYRASALLCDPPLHENTLTVRLMT + ADYVRSLVQHQERELSIAGLWQITGFYQVPMSVNKAWKGTTTYTFRRKVATLVDNVTS + FSNKPLVFIFYLGAAIFIISSSAAGYLIIDRIFFRALQAGWASVIVSIWMLGGVTIFC + IGLVGIYVSKVFIETKQRPYTIIRRIYGSDLTTREPSSLKTAFPAAHLSNGKRVTSEP + EGLATGNR" + gene 1693045..1693866 + /locus_tag="BQ2027_MB1539" + CDS 1693045..1693866 + /locus_tag="BQ2027_MB1539" + /note="Mb1539, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv1501, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 273 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to O06374|Rv3633|MTCY15C10.19C + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis, + FASTA scores: E(): 3.9e-10, (27.5% identity in 280 aa + overlap). Protein product from Mb1539 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1539 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein involved in biosynthesis of mitomycin + antibiotics/polyketide fumonisin" + /protein_id="SIU00142.1" + /db_xref="InterPro:IPR008775" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67771" + /translation="MIPVKVENNTSLDQVQDALNCVGYAVVEDVLDEASLAATRDRMY + RVQERILTEIGKERLARAGELGVLRLMMKYDPHFFTFLEIPEVLSIVDRVLSETAILH + LQNGFILPSFPPFSTPDVFQNAFHQDFPRVLSGYIASVNIMFAIDPFTRDTGATLVVP + GSHQRIEKPDHTYLARNAVPVQCAAGSLFVFDSTLWHAAGRNTSGKDRLAINHQFTRS + FFKQQIDYVRALGDAVVLEQPARTQQLLGWYSRVVTNLDEYYQPPDKRLYRKGQG" + gene 1694079..1694429 + /locus_tag="BQ2027_MB1540" + CDS 1694079..1694429 + /locus_tag="BQ2027_MB1540" + /note="Mb1540, -, len: 116 aa. Equivalent to the 5' end of + Rv1502, len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (94.7% identity in 114 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1502 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (t-*), splits Rv1502 into 2 parts, Mb1540 and + Mb1541. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1502 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (t-*), splits Rv1502 into 2 parts, Mb1540 and + Mb1541. Mb1540 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00143.1" + /db_xref="InterPro:IPR023296" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Q2" + /translation="MAWRKLGRIFAPSGELDWSRSHAALPVPEWIEGDIFRIYFSGRD + GQNRSSIGSVIVDLAVGGKILDIPAEPILRPGARGMFDDCGVSIGSIVRAGDTRLLYY + TGWNSLSPCPGKTP" + gene 1694432..1694977 + /locus_tag="BQ2027_MB1541" + CDS 1694432..1694977 + /locus_tag="BQ2027_MB1541" + /note="Mb1541, -, len: 189 aa. Equivalent to the 3' end of + Rv1502, len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 189 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. Protein product from Mb1541 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1541 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00144.1" + /db_xref="InterPro:IPR023296" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI4" + /translation="MAISEAGAPFERWSTFPVVALDERDPFSLSYPWVIQDGGTYRMW + YGSNLGWGEGTDEIPHVIRYAQSRDGVHWEKQDRVHIDTSGSDNSAACRPCVVRDAGV + YRMWFCARGAKYRIYCATSEDGLTWRQLGKDEGIDVSPDSWDSDMIEYPCVFDHRGQR + FMLYSGDGYGRTGFGLAVLEN" + gene complement(1695150..1696298) + /locus_tag="BQ2027_MB1542C" + CDS complement(1695150..1696298) + /locus_tag="BQ2027_MB1542C" + /EC_number="2.6.1.59" + /note="Mb1542c, -, len: 382 aa. Equivalent to Rv1503c and + Rv1504c, len: 182 aa and 199 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.5% identity in 182 aa + overlap and 100% identity in 199 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to C-terminal region of + P27833|RFFA_ECOLI LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN + from Escherichia coli (376 aa), FASTA scores: opt: 565, + E(): 0, (49.4% identity in 170 aa overlap) and similar to + N-terminal region of P27833|RFFA_ECOLI LIPOPOLYSACCHARIDE + BIOSYNTHESIS PROTEIN from Escherichia coli (376 aa), FASTA + scores: opt: 863, E(): 0, (68.0% identity in 194 aa + overlap); Rv1503c and Rv1504c are both similar to + RFFA_ECOLI but are separated by a stop codon, sequence + appears to be correct so possible pseudogene. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1503c and Rv1504c exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base transversion + (t-g) leads to a single product. Mb1542c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase + (EC" + /protein_id="SIU00145.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ3" + /db_xref="InterPro:IPR000653" + /db_xref="InterPro:IPR012749" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ3" + /translation="MSDHKVPFNRPYMTGRELAYIAEAHSCGHLAGDGPFTRRSHAWL + EQQTGCRKALLTPSCTAALEMMALLLDIEEGDEVILPSYTFVSTANAFVLRGGVPVFV + DIRPDTLNIDETRIVDAITPRTKAIVPVHYAGVACEMDAIMKIATHHNLAVVEDAAQG + AMASYRGRALGSIGDLGALSFHETKNVISGEGGALLVNSEDFLLRAEILREKGTNRSR + FLRNEVDKYTWQDKGSSYLPSELVAAFLWAQFEEAERITRIRLDLWNRYHESFESLEQ + RGLLRRPIIPQGCSHNAHMYYVLLAPSADREEVLARLTSKGIGAVFHYVPLHDSPAGR + RYGRTNGNLTVTNDVASRLIRLPMWVGLQEVDQSRVVEALTRILTLRA" + gene complement(1696435..1697100) + /locus_tag="BQ2027_MB1543C" + CDS complement(1696435..1697100) + /locus_tag="BQ2027_MB1543C" + /note="Mb1543c, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv1505c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 221 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to hypothetical proteins and + glycosylases e.g. P71063|O08181 HYPOTHETICAL 22.5 KD + PROTEIN YVFD from Bacillus subtilis (216 aa), FASTA + scores: E(): 2.4e-08, (25.5% identity in 196 aa overlap). + Protein product from Mb1543c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1543c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative transferase" + /protein_id="SIU00146.1" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="InterPro:IPR020019" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY4" + /translation="MTKPLVIFGSGDIAQLAHYYFTRDSEYEVVAFTVDRDYASVSEF + CGLPLVAFDEVAQRFPPESHAMFVALAYAKLNGVRKEKYLAAKALGYELASYVSSHAT + VLNDGRIGENVFLLEDNTIQPFVSIGNNVTLWSGNHIGHHSTIHDHCFLASHIVVSGG + VVIEEQSFIGVNATLRDHITIGSRCVVGAGALLLGDADADGVYIGTKTERRPVPSTEL + RKI" + gene 1697293..1698057 + /locus_tag="BQ2027_MB1544" + CDS 1697293..1698057 + /locus_tag="BQ2027_MB1544" + /note="Mb1544, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv1517, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 254 aa overlap). Conserved hypothetical + transmembrane protein, similar to G466802|LEPB1170_F2_64 + from Mycobacterium leprae (230 aa), FASTA scores: opt: + 282, E(): 2.2e-11, (34.1% identity in 255 aa overlap). + Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv3821|MTCY409.09c (237 aa) (36.3% identity in 256 aa + overlap); and Rv3481c. Mb1544 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00147.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYK5" + /db_xref="InterPro:IPR021315" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK5" + /translation="MWTMVLLLGLGMAIDPARLGLAVVMLSRRRPMLNLFAFWVGGMV + AGVGIALAVLVFMRDVALAAIQGVVSAANEFREAVGILAGGRLHIVIGVIMLLLAARM + VARARAQVGVPVGPVGVADGGMSALALAQRPPGLVARLEVRTQQMLQGDVVWPAFVVG + VASSAPPFESVVALTVIMASGAEIGTQFGAFVVFTLLVLAVIEIPLVAYLAIPQQTQQ + VMLRFQDWVRSNRRQISLTILIGVGFLFLYQGVTSL" + gene 1698066..1699025 + /locus_tag="BQ2027_MB1545" + CDS 1698066..1699025 + /locus_tag="BQ2027_MB1545" + /EC_number="2.4.1.-" + /note="Mb1545, -, len: 319 aa. Equivalent to Rv1518, len: + 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 319 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly a glycosyl transferase involved in + exopolysaccharide synthesis, similar to several + hypothetical proteins and glycosyl transferases from + diverse organisms e.g. P73996|D90911 from SYNECHO CYSTIS + sp. (309 aa), Fasta scores: opt: 300, E(): 1.8e-13, (29.5% + identity in 241 aa overlap). Mb1545 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glycosyltransferase PglI (EC" + /protein_id="SIU00148.1" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK2" + /translation="MVPGDASSVVSVNPAKPLISVCIPMYNNGATIERCLRSILEQEG + VEFEIVVVDDDSSDDCAAIAATMLRPGDRLLRNEPRLGLNRNHNKCLEVARGGLIQFV + HGDDRLLPGALQTLSRRFEDPSVGMAFAPRRVESDDIKWQQRYGRVHTRFRKLRDRNH + GPSLVLQMVLHGAKENWIGEPTAVMFRRQLALDAGGFRTDIYQLVDVDFWLRLMLRSA + VCFVPHELSVRRHTAATETTRVMATRRNVLDRQRILTWLIVDPLSPNRVRSAAALWWI + PAWLAMIVEVAVLGPQRRTHLKALAPAPFREFAHARRQLPLAD" + gene 1699155..1699424 + /locus_tag="BQ2027_MB1546" + CDS 1699155..1699424 + /locus_tag="BQ2027_MB1546" + /note="Mb1546, -, len: 89 aa. Equivalent to Rv1519, len: + 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 89 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, high similarity to C-terminus of + Q50723|MTCY78.26|Rv3402c (412 aa) (58.1% identity in 74 aa + overlap). Mb1546 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00149.1" + /db_xref="GOA:P64862" + /db_xref="InterPro:IPR000653" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64862" + /translation="MRCGCLACDGVLCANGPGRPRRPALTCTAVATRTLHSLATNAEL + VESADLTVTEDICSRIVSLPVHDHMAIADVARVVAPFGEGLARGG" + gene 1699450..1700490 + /locus_tag="BQ2027_MB1547" + CDS 1699450..1700490 + /locus_tag="BQ2027_MB1547" + /note="Mb1547, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv1520, len: + 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 346 aa overlap). Probable sugar + transferase (EC 2.-.-.-), similar to several e.g. + AB010970|AB010970_6 Streptococcus mutans + glycosyltransferase (465 aa), FASTA scores: opt: 381, E(): + 1.2e-18, (31.7% identity in 240 aa overlap); O34234|Y07786 + SUGAR TRANSFERASE from Vibrio cholerae (337 aa), FASTA + scores: opt: 214, E(): 8.4e-05, (25.9% identity in 212 aa + overlap). Also strongly similar to Mycobacterium + tuberculosis probable sugar transferase Rv1516c. Mb1547 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable sugar transferase" + /protein_id="SIU00150.1" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64864" + /translation="MSIVSISYNQEEYIREALDGFAAQRTEFPVEVIIADDASTDATP + RIIGEYAARYPQLFRPILRQTNIGVHANFKDVLSAARGEYLALCEGDDYWTDPLKLSK + QVKYLDRHPETTVCFHPVRVIYEDGAKDSEFPPLSWRRDLSVDALLARNFIQTNSVVY + RRQPSYDDIPANVMPIDWYLHVRHAVGGEIAMLPETMAVYRRHAHGIWHSAYTDRRKF + WETRGHGMAATLEAMLDLVHGHREREAIVGEVSAWVLREIGKTPGRQGRALLLKSIAD + HPRMTMLSLQHRWAQTPWRRFKRRLSTELSSLAALAYATRRRALEGRDGGYRETTSPP + TGRGRNVRGSHA" + gene 1700724..1702475 + /gene="fadD25" + /locus_tag="BQ2027_MB1548" + CDS 1700724..1702475 + /gene="fadD25" + /locus_tag="BQ2027_MB1548" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1548, fadD25, len: 583 aa. Equivalent to Rv1521, + len: 583 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 583 aa overlap). Probable fadD25, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to + many e.g. P71495|U75685 ACYL-CoA SYNTHASE from + Mycobacterium bovis (582 aa), FASTA scores: opt: 2486, + E(): 0, (63.4% identity in 584 aa overlap); + NP_301232.1|NC_002677 acyl-CoA synthetase from + Mycobacterium leprae (579 aa); etc. Also highly similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. fadD24 (584 + aa); fadD28 (580 aa); etc. Protein product from Mb1548 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1548 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty-acid-amp ligase fadd25 + (fatty-acid-amp synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU00151.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ1" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ1" + /translation="MSVVESSLPGVLRERASFQPNDKALTFIDYERSWDGVEETLTWS + QLYRRTLNLAAQLREHGSTGDRALILAPQILDYVVSFIASLQAGIVAVPLSIPQGGAH + DERTVSVFADTAPAIVLTASSVVDNVVEYVQPQPGQNAPAVIEVDRLDLDARPSSGSR + SAAHGHPDILYLQYTSGSTRTPAGVMVSNKNLFANFEQIMTSYYGVYGKVAPPGSTVV + SWLPFYHDMGFVLGLILPILAGIPAVLTSPIGFLQRPARWIQMLASNTLAFTAAPNFA + FDLASRKTKDEDMEGLDLGGVHGILNGSERVQPVTLKRFIDRFAPFNLDPKAIRPSYG + MAEATVYVATRKAGQPPKIVQFDPQKLPDGQAERTESDGGTPLVSYGIVDTQLVRIVD + PDTGIERPAGTIGEIWVHGDNVAIGYWQKPEATERTFSATIVNPSEGTPAGPWLRTGD + SGFLSEGELFIMGRIKDLLIVYGRNHSPDDIEATIQTISPGRCAAIAVSEHGAEKLVA + IIELKKKDESDDEAAERLGFVKREVTSAISKSHGLSVADLVLVSPGSIPITTSGKIRR + AQCVELYRQDEFTRLDA" + gene complement(1702711..1706034) + /gene="mmpL12" + /locus_tag="BQ2027_MB1549C" + CDS complement(1702711..1706034) + /gene="mmpL12" + /locus_tag="BQ2027_MB1549C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1549c, mmpL12, len: 1107 aa. Equivalent to + Rv1522c, len: 1146 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 1107 aa overlap). + Probable mmpL12, conserved transmembrane transport protein + (see first citation below), member of RND superfamily. + Strong similarity to many Mycobacterial membrane proteins + e.g. Q49619|G466786 putative transport protein + B1170_C1_181 from Mycobacterium leprae (1008 aa), FASTA + scores: opt: 2418, E(): 0, (51.0% identity in 1006 aa + overlap); etc. Also highly similar to + MmpL8|MTCY48.08c|Rv3823c PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE + TRANSPORT PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis, FASTA + score: (34.3% identity in 376 aa overlap); and some + similarity to MmpL10|MTCY20G9|Rv1183 PROBABLE CONSERVED + TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN, FASTA score: (27.2% + identity in 1011 aa overlap). BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transversion (c-a) omitting a stop codon, + leads to a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (1107 aa versus + 1146 aa). Protein product from Mb1549c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1549c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL12" + /protein_id="SIU00152.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ9" + /db_xref="InterPro:IPR000731" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ9" + /translation="MARHDEAKAGGLFDRIGNFVVRWPLIVIGCWIAVAAALTLLLPT + LQAQAAKREQAPLPPGAPSMVLQKEMSAAFQEKIETSALLLVLLTNENGLGPADEAVY + RKLIENLRADTQDKISVQDFLAVPEMKELLASKDNKAWNLPITFAGDAASPETQAAFK + RVAAIVKQTVAGTSLTVHLSGPIATVADLTELGEKDVRIIEIGAAVSVLIILILVYRN + LVTMLVPLATIGASVVTAQGTLSGLAEFGLAVNMQAIVFMSAVMIGAGTDYAVFLISR + YHDYVRHGEKSDMAVKKALMSIGKVITASAATVAVTFLAMVFTKLEVFSAVGPAIAVA + ITVSLLGAVTLLPAILTLTGRRGWIKPRRDLTSRMWRRSGVRIVRRPTIHLVGSLIVL + VALAGCTLLIRFNYDDLKTVPQHVESVKGYEAMNRHFPMNAMTPMVLFIKSPRDLRTP + GALADIEMMSREIAELPNIVMVRGLTRPNGEPLKETKVSFQAGEVGGKLDEATTLLEE + HGGELDQLTGGAHQLADALAQIRNEINGAVASSSGIVNTLQAMMDLMGGDKTIRQLEN + ASQYVGRMRALGDNLSGTVTDAEQIATWASPMVNALNSSPVCNSDPACRTSRAQLAAI + VQAQDDGLLRSIRALAVTLQQTQEYQTLARTVSTLDGQLKQVVSTLKAVDGLPTKLAQ + MQQGANALADGSAALAAGVQELVDQVKKMGSGLNEAADFLLGIKRDADKPSMAGFNIP + PQIFSRDEFKKGAQIFLSADGHAARYFVQSALNPATTEAMDQVNDILRVADSARPNTE + LEDATIGLAGVPTALRDIRDYYNSDMKFIVIATIVIVFLILVILLRALVAPIYLIGSV + LISYLSALGIGTLVFQLILGQEMHWSLPGLSFILLVAIGADYNMLLISRIRDESPHGI + RIGVIRTVGSTGGVITSAGLIFAASMFGLVGANINTMAQAGFTIGIGIVLDTFLVRTV + TVPALTTMIGRANWWPSELGRDPSTPPTKADRWLRRVKGHRRKAPIPAPKPPHTKVVR + NTNGHASKAATKSVPNGKPADLAEGNGEYLIDHLRRHSLPLFGYAAMPAYDVVDGVSK + PNGDGAHIGKEPVDHLLGH" + gene 1706075..1707118 + /locus_tag="BQ2027_MB1550" + CDS 1706075..1707118 + /locus_tag="BQ2027_MB1550" + /note="Mb1550, -, len: 347 aa. Equivalent to Rv1523, len: + 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 347 aa overlap). Probable + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to G560513|U0002O + Mycobacterium leprae (270 aa), FASTA scores: opt: 965, + E(): 0, (60.3% identity in 247 aa overlap). Also similar + to many e.g. Q54303|X86780 METHYLTRANSFERASE RAPM from + Streptomyces hygroscopicus (317 aa), FASTA scores: opt: + 323, E(): 1e-15, (41.2% identity in 136 aa overlap). And + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins Rv2952, Rv1405c, Rv1403c, Rv0839. Start + uncertain. Protein product from Mb1550 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1550 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable methyltransferase" + /protein_id="SIU00153.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0R2" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R2" + /translation="MTITALTVTLPLLWRRLTTAGVKYADQGHFVGSAGVPAADAGGR + DAASEQIARWTQTCTVVLVCGHGPAKWAFRSWCTSRSCDTLPVALRYRLQSNPLVGKL + TTKYFLPLGTRQVGDHVVFFNFGYEEDPPMALPLSESDEPNRYCIQLYHQTASQVDLT + GKEVLEVSCGAGGGASYIARNLGPASYTGLDLNPASIDLCRAKHRLPGLQFVQGDAQN + LPFPDESFDAVVNVEASHQYPDFRGFLAEVARVLRPGGHFLYTDSRRNPVVAEWEAAL + ADAPLRTISQRDIGAQAKRGLDANTARSQEAIGRRAPVLLAGLTRCAVRVLDWDLRRG + GGFSYRIYLFAKD" + gene 1707148..1708392 + /locus_tag="BQ2027_MB1551" + CDS 1707148..1708392 + /locus_tag="BQ2027_MB1551" + /note="Mb1551, -, len: 414 aa. Equivalent to Rv1524, len: + 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 414 aa overlap). Probable + glycosyltransferase (EC 2.4.1.-), similar to many e.g. + P96559|U84349 GLYCOSYLTRANSFERASE GTFB from Amycolatopsis + orientalis (407 aa), FASTA scores: opt: 363, E(): 6.2e-23, + (28.8% identity in 430 aa overlap); also high similarity + to Rv1526c|MTCY19G5.02 Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein (58.7% identity in 416 aa overlap); + and AF143772|AF143772_15 glycosyltransferase gtfB from + Mycobacterium avium strain 215 (418 aa), FASTA scores: + opt: 1801, E(): 0, (65.2% identity in 417 aa overlap). + Protein product from Mb1551 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1551 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable glycosyltransferase" + /protein_id="SIU00154.1" + /db_xref="GOA:P64866" + /db_xref="InterPro:IPR004276" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64866" + /translation="MKFVVASYGTRGDIEPCAAVGLELQRRGHDVCLAVPPNLIGFVE + TAGLSAVAYGSRDSQEQLDEQFLHNAWKLQNPIKLLREAMAPVTEGWAELSAMLTPVA + AGADLLLTGQIYQEVVANVAEHHGIPLAALHFYPVRANGEIAFPARLPAPLVRSTITA + IDWLYWRMTKGVEDAQRRELGLPKASTPAPRRMAVRGSLEIQAYDALCFPGLAAEWGG + RRPFVGALTMESATDADDEVASWIAADTPPIYFGFGSMPIGSLADRVAMISAACAELG + ERALICSGPSDATGIPQFDHVKVVRVVSHAAVFPTCRAVVHHGGAGTTAAGLRAGIPT + LILWVTSDQPIWAAQIKQLKVGRGRRFSSATKESLIADLRTILAPDYVTRAREIASRM + TKPAASVTATADLLEDAARRAR" + gene 1708439..1709224 + /gene="wbbL2" + /locus_tag="BQ2027_MB1552" + CDS 1708439..1709224 + /gene="wbbL2" + /locus_tag="BQ2027_MB1552" + /note="Mb1552, wbbL2, len: 261 aa. Equivalent to Rv1525, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 261 aa overlap). Possible wbbL2, + rhamnosyl transferase (EC 2.-.-.-), showing weak + similarity to several rhamnosyl transferases. Similar to + AF105060|AF105060_1 Riftia pachyptila endosymbiont (746 + aa), FASTA scores: opt: 183, E(): 0.00013, (35.2% identity + in 105 aa overlap). Protein product from Mb1552 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1552 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RHAMNOSYL TRANSFERASE WBBL2" + /protein_id="SIU00155.1" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64868" + /translation="MYAPLVSLMITVPVFGQHEYTHALVADLEREGADYLIVDNRGDY + PRIGTERVSTPGENLGWAGGSELGFRLAFAEGYSHAMTLNNDTRVSKGFVAALLDSRL + PADAGMVGPMFDVGFPFAVADEKPDAESYVPRARYRKVPAVEGTALVMSRDCWDAVGG + MDLSTFGRYGWGLDLDLALRARKSGYGLYTTEMAYINHFGRKTANTHFGGHRYHWGAS + AAMIRGLRRTHGWPAAMGILREMGMAHHRKWHKSFPLTCPASC" + gene complement(1709202..1710482) + /locus_tag="BQ2027_MB1553C" + CDS complement(1709202..1710482) + /locus_tag="BQ2027_MB1553C" + /note="Mb1553c, -, len: 426 aa. Equivalent to Rv1526c, + len: 426 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 426 aa overlap). Probable + glycosyltransferase (EC 2.4.1.-), highly similar to + G467196 Protein L518_C2_147 from Mycobacterium leprae (421 + aa), FASTA scores, opt: 1497, E(): 0, (55.0% identity in + 424 aa overlap); similar to G452504 rhamnosyltransferase + (24.7% identity in 433 aa overlap); and P96565|U84350 + GLYCOSYLTRANSFERASE GTFE from Amycolatopsis orientalis + (408 aa), E(): 3.4e-24, (28.4% identity in 429 aa + overlap), also high similarity to Rv1524|MTCY19G5.04c + (58.7 % identity in 416 aa overlap). Protein product from + Mb1553c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1553c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable glycosyltransferase" + /protein_id="SIU00156.1" + /db_xref="GOA:P64870" + /db_xref="InterPro:IPR004276" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64870" + /translation="MKFVLAVHGTRGDVEPCAAVGVELRRRGHAVHMAVPPNLIEFVE + SAGLTGVAYGPDSDEQINTVAAFVRNLTRAQNPLNLARAVKELFVEGWAEMGTTLTTL + ADGADLVMTGQTYHGVAANVAEYYDIPAAALHHFPMQVNGQIAIPSIPTPATLVRATM + KVSWRLYAYVSKDADRAQRRELGLPPAPAPAVRRLAERGAPEIQAYDPVFFPGLAAEW + SDRRPFVGPLTMELHSEPNEELESWIAAGTPPIYFGFGSTPVQTPVQTLAMISDVCAQ + LGERALIYSPAANSTRIRHADHVKRVGLVNYSTILPKCRAVVHHGGAGTTAAGLRAGM + PTLILWDVADQPIWAGAVQRLKVGSAKRFTNITRGSLLKELRSILAPECAARAREIST + RMTRPTAAVTAAADLLEATARQTPGSTPSSSPGR" + gene complement(1710505..1716831) + /gene="pks5" + /locus_tag="BQ2027_MB1554C" + CDS complement(1710505..1716831) + /gene="pks5" + /locus_tag="BQ2027_MB1554C" + /note="Mb1554c, pks5, len: 2108 aa. Equivalent to Rv1527c, + len: 2108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 2108 aa overlap). Probable pks5, + polyketide synthase, highly similar to many e.g. + MCAS_MYCBO|Q02251 mycocerosic acid synthase from + Mycobacterium bovis (2110 aa), FASTA scores: opt: 6270, + E(): 0, (63.6% identity in 2126 aa overlap). Protein + product from Mb1554c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1554c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable polyketide synthase pks5" + /protein_id="SIU00157.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYL5" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL5" + /translation="MGKERTKTVDRTRVTPVAVIGMGCRLPGGIDSPDRLWEALLRGD + DLVTEIPADRWDIDEYYDPEPGVPGRTDCKWGAYLDNVGDFDPEFFGIGEKEAIAIDP + QHRLLLETSWEAMEHGGLTPNQMASRTGVFVGLVHTDYILVHADNQTFEGPYGNTGTN + ACFASGRVAYAMGLQGPAITVDTACSSGLTAIHLACRSLHDGESDIALAGGVYVMLEP + RRFASGSALGMLSATGRCHAFDVSADGFVSGEGCVMLALKRLPDALADGDRILAVIRG + TAANQDGHTVNIATPSRSAQVAAYREALDVAGVDPATVGMVEAHGPGTPVGDPIEYAS + LAEVYGNDGPCALASVKTNFGHTQSAAGALGLMKAVLALQHGVVPQNLHFTALPDKLA + AIETNLFVPQEITPWPGADQETPRRAAVSSYGMTGTNVHAIVEQAPVPAPESGAPGDT + PATPGIDGALLFALSASSQDALRQTAARLADWVDAQGPELAPADLAYTLARRRGHRPV + RTAVLAATTAELTEALREVATGETPYPPAVGQDDRGPVWVFSGQGSQWAGMGADLLAT + EPVFAATIAAIEPLIAAESGFSVTEAMTAPEVVTGIDRVQPTLFAMQVALAATMKSYG + VAPGAVIGHSLGESAAAVVAGALCLEDGVRVICRRSALMTRIAGAGAMASVELPAQQV + LSELMARGVNDAVVAVVASPQSTVIGGATQTVRDLVAAWEQRDVLAREVAVDVASHSP + QVDPILDELAEALAEISPLQPEIPYYSATSFDPREEPYCDAYYWVDNLRHTVRFAAAV + QAALEDGYRVFTELTPHPLLTHAVDQTARSLDMSAAALAGMRREQPLPHGLRALAGDL + YAAGAAVDFAVLYPTGRLINAPLPTWNHRRLLLDDTTRRIAHANTVAVHPLLGSHVRL + PEEPERHVWQGEVGTVTQPWLADHQIHGAAALPGAAYCEMALAAARAVLGEASEVRDI + RFEQMLLLDDETPIGVTATVEAPGVVPLTVETSHDGRYTRQLAAVLHVVREADDAPDQ + PPQKNIAELLASHPHKVDGAEVRQWLDKRGHRLGPAFAGLVDAYIAEGAGDTVLAEVN + LPGPLRSQVKAYGVHPVLLDACFQSVAAHPAVQGMADGGLLLPLGVRRLRSYGSARHA + RYCCTTVTACGVGVEADLDVLDEHGAVVLAVRGLQLGTGASQASERARVLGERLLSIE + WHERELPENSHAEPGAWLLISTCDATDLVAAQLTDALKVHDAQCTTMSWPQRADHAAQ + AARLRDQLGTGGFTGVFVLTAPQTGDPDAESPVRGGELVKHVVRIAREIPEITAQEPR + LYVLTHNAQAVLSGDRPNLEQGGMRGLLRVIGAEHPHLKASYVDVDEQTGAESVARQL + LAASGEDETAWRNDQWYTARLCPAPLRPEERQTTVVDHAEAGMRLQIRTPGDLQTLEF + AALDRVPPGPGEIEVAVTASSINFADVLVTFGRYQTLDGRQPQLGTDFAGVVSAVGPG + VSELKVGDRVGGMSPNGCWATFVTCDARLATRLPEGLTDAQAAAVTTASATAWYGLQD + LARIKAGDKVLIHSATGGVGQAAIAIARAAGAQIYATAGNEKRRDLLRDMGIEHVYDS + RSVEFAEQIRRDTAGYGVDIVLNSVTGAAQLAGLKLLALGGRFIEIGKRDIYSNTRLE + LLPFRRNLAFYGLDLGLMSVSHPAAVRELLSTVYRLTVEGVLPMPQSTHYPLAEAATA + IRVMGAAEHTGKLILDVPHAGRSSVVLPPEQARVFRSDGSYIITGGLGGLGLFLAEKM + ANAGAGRIVLSSRSQPSQKALETIELVRAIGSDVVVECGDIAQPDTADRLVTAATATG + LPLRGVLHAAAVVEDATLANITDELIERDWAPKAYGAWQLHRATADQPLDWFCSFSSA + AALVGSPGQGAYAAANSWLDTFTHWRRAQDLPATSIAWGAWGQIGRAIAFAEQTGDAI + APEEGAYAFETLLRHNRAYSGYAPVIGSPWLTAFAQHSPFAEKFQSLGQNRSGTSKFL + AELVDLPREEWPDRLRRLLSKQVGLILRRTIDTDRLLSEYGLDSLSSQELRARVEAET + GIRISATEINTTVRGLADLMCDKLAADRDAPAPA" + gene complement(1717375..1717872) + /gene="papA4" + /locus_tag="BQ2027_MB1555C" + CDS complement(1717375..1717872) + /gene="papA4" + /locus_tag="BQ2027_MB1555C" + /note="Mb1555c, papA4, len: 165 aa. Equivalent to Rv1528c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 165 aa overlap). Probable papA4, + conserved polyketide synthase (PKS) associated protein; + shows some similarity to C-terminal part of hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium + leprae e.g. Z97188|MTCY409_10 Mycobacterium tuberculosis + cosmid (468) (37.9% identity in 66 aa overlap); or + U00010_11 Mycobacterium leprae cosmid B1170 (35.7% + identity in 84 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis PKS-associated proteins Rv1182, Rv3824c, + Rv3820c. Mb1555c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED POLYKETIDE SYNTHASE + ASSOCIATED PROTEIN PAPA4" + /protein_id="SIU00158.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL0" + /translation="MTQLPQPTWRWWQQRETEQVQSSHIDGEIVGALIPDLAVLHSED + ASRAAVGREKHRCSLDPLGGGFRSRRASMPAGALLLSAVIAIQLDRMNARVFGDGWIG + AQACMWVNKFHEESTVTALSPSSPIAQGSIARHPETMQSAYVRIAEGGSRDVAPAAQL + QRRRP" + gene 1717924..1719678 + /gene="fadD24" + /locus_tag="BQ2027_MB1556" + CDS 1717924..1719678 + /gene="fadD24" + /locus_tag="BQ2027_MB1556" + /note="Mb1556, fadD24, len: 584 aa. Equivalent to Rv1529, + len: 584 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 584 aa overlap). Probable fadD24, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to + many e.g. MBU75685_1|AAB52538.1|U75685 acyl-CoA synthase + from Mycobacterium bovis (582 aa), FASTA score: (65.6% + identity in 582 aa overlap); and many other fatty-acid-CoA + synthetases from Mycobacteria e.g. fadD25|MTCY19G5_7 from + Mycobacterium tuberculosis (583 aa), FASTA score: (68.7% + identity in 584 aa overlap); fadD28|MTCY24G1_8 from + Mycobacterium tuberculosis (580 aa), FASTA score: (66.0% + identity in 582 aa overlap); + NP_301232.1|NC_002677|U00010_6 from Mycobacterium leprae + (372 aa), FASTA score: (57.6% identity in 342 aa overlap); + FADD23|Rv3826|MTCY409.04c from Mycobacterium tuberculosis + (584 aa), FASTA score: (63.2% identity in 584 aa overlap); + etc. Protein product from Mb1556 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1556 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty-acid-amp ligase fadd24 + (fatty-acid-amp synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU00159.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYJ8" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYJ8" + /translation="MVASSIPTALRERASVHPNGAAITYIDYEQDWAGVAETLTWSQL + YRRMLNVAEPLRHVGATGDRAVILAPQGIEYVVGFLGALQAGRIAVPLPVPHAGAHDE + RTISVLSDTSPAVILTTSGAVDDVRECAQPQPGQSAPSIVELDLLDLDSRQRSRSPGA + RPTGRDTPETAYLQYTSGSTRTPAGVMVSNKNVFANFEQIVADFFAPEGGVVPPDLTV + VSWLPLYHDMGLLLGAIMPILAGVPTVLTSPVGFLQRPARWIQLLARNGRTISAGPNF + AFELAVRKTSDDDMDGLDLAGVHTILNGSERVHPATLKRFAERFGRFNFAAAALRPAY + GMAEATVYIATRNVNEPPEIVDFESEKLPAGQAIRCPSGSGTPLVSYGVPRSQLVRIV + DPDTCIECPQGSVGEIWVQGGNVASGYWHKPEESKRTFGARIVTPSAGTPEAPWLRTG + DSGFVSGGELFIIGRIKDLLIVYGRNHAPDDIEATIQEITSGRCAAIAVPDHGTEKLV + AIIELKKRGDSDEDVADRLRIVKRDVAAAIFDSHGLSVADLVLVSPGSIPITTSGKIR + RAQCVQLYRRREFTRLDA" + gene 1719795..1720898 + /gene="adh" + /locus_tag="BQ2027_MB1557" + CDS 1719795..1720898 + /gene="adh" + /locus_tag="BQ2027_MB1557" + /note="Mb1557, adh, len: 367 aa. Equivalent to Rv1530, + len: 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 367 aa overlap). Probable adh, alcohol + dehydrogenase (EC 1.1.1.1), zinc-dependent, similar to + many e.g. AE0009|AE000958_23 Archaeoglobus fulgidus + section 1 (402 aa), FASTA scores: opt: 423, E(): 1.8e-19, + (31.7% identity in 341 aa overlap). Contains PS00059 + Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. Protein + product from Mb1557 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1557 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable alcohol dehydrogenase adh" + /protein_id="SIU00160.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYL6" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL6" + /translation="MSDGAVVRALVLEAPRRLVVRQYRLPRIGDDDALVRVEACGLCG + TDHEQYTGELAGGFAFVPGHETVGTIAAIGPRAEQRWGVSAGDRVAVEVFQSCRQCAN + CRGGEYRRCVRHGLADMYGFIPVDREPGLWGGYAEYQYLAPDSMVLRVAGDLSPEVAT + LFNPLGAGIRWGVTIPETKPGDVVAVLGPGIRGLCAAAAAKGAGAGFVMVTGLGPRDA + DRLALAAQFGADLAVDVAIDDPVAALTEQTGGLADVVVDVTAKAPAAFAQAIALARPA + GTVVVAGTRGVGSGAPGFSPDVVVFKELRVLGALGVDATAYRAALDLLVSGRYPFASL + PRRCVRLEGAEDLLATMAGERDGVPPIHGVLTP" + gene 1720895..1721461 + /locus_tag="BQ2027_MB1558" + CDS 1720895..1721461 + /locus_tag="BQ2027_MB1558" + /note="Mb1558, -, len: 188 aa. Equivalent to Rv1531, len: + 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 188 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv0464c|MTV038.08c (190 aa), FASTA + scores: E(): 4.8e-10, (30.9% identity in 175 aa overlap). + Protein product from Mb1558 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1558 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00161.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYK1" + /db_xref="InterPro:IPR003779" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK1" + /translation="MTTSRVPLLPVDEAKAAADEAGVPDYMAELSIFQVLLNHPRLAR + TFNDLLATMLWHGTLDSRLRELVIMRIGWLTDCDYEWTQHWRVASGLGVSADDLLGVR + DWQGYNGFGPAEQAVLAATDDVVREGAVSAQSWSACERELHCDKVVLIELVTVISAWR + MVASILHSLEVPLEDGVSSWPPDGLSPR" + gene complement(1721538..1721972) + /locus_tag="BQ2027_MB1559C" + CDS complement(1721538..1721972) + /locus_tag="BQ2027_MB1559C" + /note="Mb1559c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv1532c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 144 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P20378|YPHR_HALHA Hypothetical 15.6 kd + protein from Halobacterium halobium (151 aa), FASTA + scores: opt: 152, E():4.5e-05, (30.1% identity in 103 aa + overlap). Protein product from Mb1559c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1559c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00162.1" + /db_xref="InterPro:IPR003736" + /db_xref="InterPro:IPR006683" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYK8" + /translation="MSDPLTAQEQHKRRQAVRELMPRTPFIGGLGIVFERYEPDDVVI + RLPFRTDLTNDGTYFHGGVIASVMDTAGAAAAWSNHDFDRGTRAATVAMSIQYTGAAK + RCDLLCHARTARRRKELTFTEITATDPDGNIVAHAVQTYRIV" + gene 1722032..1723159 + /locus_tag="BQ2027_MB1560" + CDS 1722032..1723159 + /locus_tag="BQ2027_MB1560" + /note="Mb1560, -, len: 375 aa. Equivalent to Rv1533, len: + 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 375 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to 2NPD_NEUCR|Q01284 2-nitropropane + dioxygenase precursor (378 aa), fasta scores: opt: 279, + E(): 9.1e-11, (31.3% identity in 256 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins Rv1894c, Rv0021c, Rv3553, Rv2781c. Protein + product from Mb1560 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1560 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative oxidoreductase, nitronate monooxygenase + family" + /protein_id="SIU00163.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0S2" + /db_xref="InterPro:IPR004136" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0S2" + /translation="MRTRVAELLGAEFPICAFSHCRDVVAAVSNAGGFGILGAVAHSP + KRLESELTWIEEHTGGKPYGVDVLLPPKYIGAEQGGIDAQQARELIPEGHRTFVDDLL + VRYGIPAVTDRQRSSSAGGLHISPKGYQPLLDVAFAHDIRLIASALGPPPPDLVERAH + NHDVLVAALAGTAQHARRHAAAGVDLIVAQGTEAGGHTGEVATMVLVPEVVDAVSPTP + VLAAGGIARGRQIAAALALGAEGVWCGSVWLTTEEAETPPVVKDKFLAATSSDTVRSR + SLTGKPARMLRTAWTDEWDRPDSPDPLGMPLQSALVSDPQLRINQAAGQPGAKARELA + TYFVGQVVGSLDRVRSARSVVLDMVEEFIDTVGQLQGLVQR" + gene 1723156..1723833 + /locus_tag="BQ2027_MB1561" + CDS 1723156..1723833 + /locus_tag="BQ2027_MB1561" + /note="Mb1561, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv1534, len: + 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 225 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, similar to YCDC_ECOLI|P75899 + hypothetical transcriptional regulator from Escherichia + coli (212 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): 9.8e-05, + (24.2% identity in 219 aa overlap). Contains PS01081 + Bacterial regulatory proteins, tetR family signature and + helix turn helix motif (aa 41-62). Protein product from + Mb1561 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1561 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transcriptional regulator" + /protein_id="SIU00164.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ7" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="InterPro:IPR041669" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ7" + /translation="MSRASARRRRAVSDEDKSQRRDEILAAAKIVFAHKGFHATTVAD + IAKQAGLAYGLIYWYFDSKDDLFHALMAGEEEALRAHVAAELARVGGSTEAPLRALLQ + AAVQATFEFFETDKATVKLLFRDAYALGGRFEEHLGGIYERFIDDIEAVVVAAQRRGE + VVEAPSRMAAYTLAALVGQLAHRRLNTDDNVTAAQVADFVVSLVLDGLRPRALAVGAR + GGRAART" + gene 1724398..1724634 + /locus_tag="BQ2027_MB1562" + CDS 1724398..1724634 + /locus_tag="BQ2027_MB1562" + /note="Mb1562, -, len: 78 aa. Equivalent to Rv1535, len: + 78 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 78 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Mb1562 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00165.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYL3" + /translation="MTAALHNDVVTVASAPKLRVVRDVPPAPASKKVARRLDAQPFGT + GGDPLVDGAARLLSIPLRHLYAALWRVGLLEVQA" + gene 1724941..1728066 + /gene="ileS" + /locus_tag="BQ2027_MB1563" + CDS 1724941..1728066 + /gene="ileS" + /locus_tag="BQ2027_MB1563" + /note="Mb1563, ileS, len: 1041 aa. Equivalent to Rv1536, + len: 1041 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1041 aa overlap). ileS, + Isoleucyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.5), similar to several + e.g. SYIC_YEAST P09436 isoleucyl-tRNA synthetase (1072 + aa), FASTA scores: opt: 1447, E(): 0, (37.8% identity in + 1072 aa overlap); contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-I signature. BELONGS TO CLASS-I + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb1563 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1563 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="isoleucyl-tRNA synthetase ileS" + /protein_id="SIU00166.1" + /db_xref="GOA:Q7VEZ0" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR002300" + /db_xref="InterPro:IPR002301" + /db_xref="InterPro:IPR009008" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR013155" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR023586" + /db_xref="InterPro:IPR033709" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEZ0" + /translation="MTDNAYPKLAGGAPDLPALELEVLDYWSRDDTFRASIARRDGAP + EYVFYDGPPFANGLPHYGHLLTGYVKDIVPRYRTMRGYKVERRFGWDTHGLPAELEVE + RQLGITDKSQIEAMGIAAFNDACRASVLRYTDEWQAYVTRQARWVDFDNDYKTLDLAY + MESVIWAFKQLWDKGLAYEGYRVLPYCWRDETPLSNHELRMDDDVYQSRQDPAVTVGF + KVVGGQPDNGLDGAYLLVWTTTPWTLPSNLAVAVSPDITYVQVQAGDRRFVLAEARLA + AYARELGEEPVVLGTYRGAELLGTRYLPPFAYFMDWPNAFQVLAGDFVTTDDGTGIVH + MAPAYGEDDMVVAEAVGIAPVTPVDSKGRFDVTVADYQGQHVFDANAQIVRDLKTQSG + PAAVNGPVLIRHETYEHPYPHCWRCRNPLIYRSVSSWFVRVTDFRDRMVELNQQITWY + PEHVKDGQFGKWLQGARDWSISRNRYWGTPIPVWKSDDPAYPRIDVYGSLDELERDFG + VRPANLHRPYIDELTRPNPDDPTGRSTMRRIPDVLDVWFDSGSMPYAQVHYPFENLDW + FQGHYPGDFIVEYIGQTRGWFYTLHVLATALFDRPAFKTCVAHGIVLGFDGQKMSKSL + RNYPDVTEVFDRDGSDAMRWFLMASPILRGGNLIVTEQGIRDGVRQVLLPLWNTYSFL + ALYAPKVGTWRVDSVHVLDRYILAKLAVLRDDLSESMEVYDIPGACEHLRQFTEALTN + WYVRRSRSRFWAEDADAIDTLHTVLEVTTRLAAPLLPLITEIIWRGLTRERSVHLTDW + PAPDLLPSDADLVAAMDQVRDVCSAASSLRKAKKLRVRLPLPKLIVAVENPQLLRPFV + DLIGDELNVKQVELTDAIDTYGRFELTVNARVAGPRLGKDVQAAIKAVKAGDGVINPD + GTLLAGPAVLTADEYNSRLVAADPESTAALPDGAGLVVLDGTVTAELEAEGWAKDRIR + ELQELRKSTGLDVSDRIRVVMSVPAEREDWARTHRDLIAGEILATDFEFADLADGVAI + GDGVRVSIEKT" + gene 1728278..1729669 + /gene="dinX" + /locus_tag="BQ2027_MB1564" + CDS 1728278..1729669 + /gene="dinX" + /locus_tag="BQ2027_MB1564" + /note="Mb1564, dinX, len: 463 aa. Equivalent to Rv1537, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 463 aa overlap). Probable dinX, DNA + polymerase IV. Similar to umuC, mucB, samb, and impb (uv + protection and mutation) e.g. IMPB_SALTY|P18642 impb + protein from Salmonella typhimurium (424 aa), FASTA + scores, opt: 386, E(): 1.7e-17, (27.5% identity in 415 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv3056. Mb1564 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dna polymerase iv dinx (pol iv 1) (dna + nucleotidyltransferase (dna-directed))" + /protein_id="SIU00167.1" + /db_xref="GOA:P63986" + /db_xref="InterPro:IPR001126" + /db_xref="InterPro:IPR017961" + /db_xref="InterPro:IPR022880" + /db_xref="InterPro:IPR024728" + /db_xref="InterPro:IPR036775" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63986" + /translation="MLHLDMDAFFASVEQLTRPTLRGRPVLVGGLGGRGVVAGASYEA + RAYGARSAMPMHQARRLIGVTAVVLPPRGVVYGIASRRVFDTVRGLVPVVEQLSFDEA + FAEPPQLAGAVAEDVETFCERLRRRVRDETGLIASVGAGSGKQIAKIASGLAKPDGIR + VVRHAEEQALLSGLPVRRLWGIGPVAEEKLHRLGIETIGQLAALSDAEAANILGATIG + PALHRLARGIDDRPVVERAEAKQISAESTFAVDLTTMEQLHEAIDSIAEHAHQRLLRD + GRGARTITVKLKKSDMSTLTRSATMPYPTTDAGALFTVARRLLPDPLQIGPIRLLGVG + FSGLSDIRQESLFADSDLTQETAAAHYVETPGAVVPAAHDATMWRVGDDVAHPELGHG + WVQGAGHGVVTVRFETRGSGPGSARTFPVDTGDISNASPLDSLDWPDYIGQLSVEGSA + GASAPTVDDVGDR" + gene complement(1729634..1730614) + /gene="ansA" + /locus_tag="BQ2027_MB1565C" + CDS complement(1729634..1730614) + /gene="ansA" + /locus_tag="BQ2027_MB1565C" + /note="Mb1565c, ansA, len: 326 aa. Equivalent to Rv1538c, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 326 aa overlap). Probable ansA, + L-aparaginase, most similar to ASPG_BACLI|P30363 + L-asparaginase (322 aa), FASTA scores: opt: 417, E(): + 8.8e-19, (30.9% identity in 314 aa overlap). Contains + PS00917 Asparaginase / glutaminase active site signature + 2. Protein product from Mb1565c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1565c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable L-aparaginase ansA" + /protein_id="SIU00168.1" + /db_xref="GOA:P63628" + /db_xref="InterPro:IPR004550" + /db_xref="InterPro:IPR006034" + /db_xref="InterPro:IPR020827" + /db_xref="InterPro:IPR027473" + /db_xref="InterPro:IPR027474" + /db_xref="InterPro:IPR027475" + /db_xref="InterPro:IPR036152" + /db_xref="InterPro:IPR037152" + /db_xref="InterPro:IPR040919" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63628" + /translation="MGANHVRNDPIMARLTVITTGGTISTTAGPDGVLRPTHCGATLI + AGLDMDSDIEVVDLMALDSSKLTPADWDRIGAAVQEAFRGGADGVVITHGTDTLEETA + LWLDLTYAGSRPVVLTGAMLSADAPGADGPANLRDALAVAADPAARDLGVLVSFGGRV + LQPLGLHKVANPDLCGFAGESLGFTSGGVRLTRTKTRPYLGDLGAAVAPRVDIVAVYP + GSDAVAMDACVAAGARAVVLEALGSGNAGAAVIEGVRRHCRDGSDPVVIAVSTRVAGA + RVGAGYGPGHDLVEAGAVMVPRLPPSQARVLLMAALAANSPVADVIDRWG" + gene 1730666..1731274 + /gene="lspA" + /locus_tag="BQ2027_MB1566" + CDS 1730666..1731274 + /gene="lspA" + /locus_tag="BQ2027_MB1566" + /note="Mb1566, lspA, len: 202 aa. Equivalent to Rv1539, + len: 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 202 aa overlap). Probable lspA, + lipoprotein signal peptidase (EC 3.4.23.36), similar to + several e.g. LSPA_PSEFL|P17942 (170 aa), FASTA scores: + opt: 299, E(): 2.6e-12, (38.3% identity in 167 aa + overlap). Mb1566 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable lipoprotein signal peptidase lspA" + /protein_id="SIU00169.1" + /db_xref="GOA:P65263" + /db_xref="InterPro:IPR001872" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65263" + /translation="MPDEPTGSADPLTSTEEAGGAGEPNAPAPPRRLRMLLSVAVVVL + TLDIVTKVVAVQLLPPGQPVSIIGDTVTWTLVRNSGAAFSMATGYTWVLTLIATGVVV + GIFWMGRRLVSPWWALGLGMILGGAMGNLVDRFFRAPGPLRGHVVDFLSVGWWPVFNV + ADPSVVGGAILLVILSIFGFDFDTVGRRHADGDTVGRRKADG" + gene 1731267..1732193 + /locus_tag="BQ2027_MB1567" + CDS 1731267..1732193 + /locus_tag="BQ2027_MB1567" + /EC_number="5.4.99.23" + /note="Mb1567, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv1540, len: + 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 308 aa overlap). Member of the + yabO/yceC/yfiI family of hypothetical proteins, similar to + P44445|YFII_HAEIN hypothetical protein HI0176 from + Haemophilus influenzae (324 aa), FASTA scores: opt: 437, + E(): 1.2e-22, (33.2% identity in 322 aa overlap). + Equivalent to AL049478|MLCL458_13 hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (308 aa), (89.3% identity in 307 + aa overlap). Contains PS01129 hypothetical yabO/yceC/yfiI + family signature. Protein product from Mb1567 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1567 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LSU rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase + (EC" + /protein_id="SIU00170.1" + /db_xref="GOA:P0A5T3" + /db_xref="InterPro:IPR002942" + /db_xref="InterPro:IPR006145" + /db_xref="InterPro:IPR006224" + /db_xref="InterPro:IPR006225" + /db_xref="InterPro:IPR020103" + /db_xref="InterPro:IPR036986" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5T3" + /translation="MADRSMPVPDGLAGMRVDTGLARLLGLSRTAAAALAEEGAVELN + GVPAGKSDRLVSGALLQVRLPEAPAPLQNTPIDIEGMTILYSDDDIVAVDKPAAVAAH + ASVGWTGPTVLGGLAAAGYRITTSGVHERQGIVHRLDVGTSGVMVVAISERAYTVLKR + AFKYRTVDKRYHALVQGHPDPSSGTIDAPIGRHRGHEWKFAITKNGRHSLTHYDTLEA + FVAASLLDVHLETGRTHQIRVHFAALHHPCCGDLVYGADPKLAKRLGLDRQWLHARSL + AFAHPADGRRVEIVSPYPADLQHALKILRGEG" + gene complement(1732200..1732793) + /gene="lprI" + /locus_tag="BQ2027_MB1568C" + CDS complement(1732200..1732793) + /gene="lprI" + /locus_tag="BQ2027_MB1568C" + /note="Mb1568c, lprI, len: 197 aa. Equivalent to Rv1541c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 197 aa overlap). Possible lipoprotein + lprI, contains appropriately positioned prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site (PS0013)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible lipoprotein lprI" + /protein_id="SIU00171.1" + /db_xref="GOA:P65319" + /db_xref="InterPro:IPR009739" + /db_xref="InterPro:IPR018660" + /db_xref="InterPro:IPR036328" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65319" + /translation="MRWIGVLVTALVLSACAANPPANTTSPTAGQSLDCTKPATIVQQ + LVCHDRQLTSLDHRLSTAYQQALAHRRSAALEAAQSSWTMLRDACAQDTDPRTCVQEA + YQTRLVQLAIADPATATPPVLTYRCPTQDGPLTAQFYNQFDPKTAVLNWKGDQVIVFV + ELSGSGARYGRQGIEYWEHQGEVRLDFHGATFVCRTS" + gene complement(1732848..1733258) + /gene="glbN" + /locus_tag="BQ2027_MB1569C" + CDS complement(1732848..1733258) + /gene="glbN" + /locus_tag="BQ2027_MB1569C" + /note="Mb1569c, glbN, len: 136 aa. Equivalent to Rv1542c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 136 aa overlap). Probable glbN, + hemoglobin. Belongs to the protozoan/cyanobacterial globin + family. Similar to myoglobins e.g. GLB_PARCA|P15160 + myoglobin (hemoglobin) paramecium (116 aa), FASTA scores, + opt: 284, E(): 2.1e -13, (35.7% identity in 115 aa + overlap). Similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical globin, Rv2470." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="hemoglobin glbn" + /protein_id="SIU00172.1" + /db_xref="GOA:P0A593" + /db_xref="InterPro:IPR001486" + /db_xref="InterPro:IPR009050" + /db_xref="InterPro:IPR012292" + /db_xref="InterPro:IPR016339" + /db_xref="InterPro:IPR019795" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A593" + /translation="MGLLSRLRKREPISIYDKIGGHEAIEVVVEDFYVRVLADDQLSA + FFSGTNMSRLKGKQVEFFAAALGGPEPYTGAPMKQVHQGRGITMHHFSLVAGHLADAL + TAAGVPSETITEILGVIAPLAVDVTSGESTTAPV" + gene 1733486..1734511 + /locus_tag="BQ2027_MB1570" + CDS 1733486..1734511 + /locus_tag="BQ2027_MB1570" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1570, -, len: 341 aa. Equivalent to Rv1543, len: + 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 341 aa overlap). Possible fatty-acyl CoA + reductase (EC 1.2.1.-), highly similar to P94129|U77680 + FATTY ACYL-COA REDUCTASE ACR1 from Acinetobacter + calcoaceticus (295 aa), FASTA scores: opt: 899, E(): 0, + (48.5% identity in 293 aa overlap). Also highly similar to + acrA1|Rv3391|MTV004.49|NP_217908.1|NC_000962 fatty + acyl-CoA reductase from Mycobacterium tuberculosis (650 + aa). Also highly similar to many oxidoreductases + short-chain family. Protein product from Mb1570 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1570 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FATTY ACYL-COA REDUCTASE" + /protein_id="SIU00173.1" + /db_xref="GOA:P66780" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66780" + /translation="MNLGDLTNFVEKPLAAVSNIVNTPNSAGRYRPFYLRNLLDAVQG + RNLNDAVKGKVVLITGGSSGIGAAAAKKIAEAGGTVVLVARTLENLENVANDIRAIRG + NGGTAHVYPCDLSDMDAIAVMADQVLGDLGGVDILINNAGRSIRRSLELSYDRIHDYQ + RTMQLNYLGAVQLILKFIPGMRERHFGHIVNVSSVGVQTRAPRFGAYIASKAALDSLC + DALQAETVHDNVRFTTVHMALVRTPMISPTTIYDKFPTLTPDQAAGVITDAIVHRPRR + ASSPFGQFAAVADAVNPAVMDRVRNRAFNMFGDSSAAKGSESQTDTSELDKRSETFVR + ATRGIHW" + gene 1734516..1735319 + /locus_tag="BQ2027_MB1571" + CDS 1734516..1735319 + /locus_tag="BQ2027_MB1571" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1571, -, len: 267 aa. Equivalent to Rv1544, len: + 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 267 aa overlap). Possible ketoacyl + reductase (EC 1.3.1.-), highly similar to + Z97179|MLCL383_26 putative oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (268 aa), FASTA score: (43.0% + identity in 270 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. T29125 ketoacyl reductase homolog from Streptomyces + coelicolor (276 aa); NP_470957.1|NC_003212 protein similar + to ketoacyl reductases from Listeria innocua (253 aa); + HETN_ANASP|P37694 ketoacyl reductase from Anabaena sp. + strain PCC 7120 (287 aa), FASTA scores: opt: 379, E(): + 7.5e-18, (31.6% identity in 250 aa overlap); etc. And + highly similar to many oxidoreductases short-chain family. + Also highly similar to Rv2509 from Mycobacterium + tuberculosis (268 aa). Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb1571 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1571 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible ketoacyl reductase" + /protein_id="SIU00174.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ9" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ9" + /translation="MSLPKPNNQTTVVITGASSGIGVELARGLAGRGFPLMLVARRRE + RLDELADQLRQEHCVGVEVLPLDLADTQARAQLADRLRSDAIAGLCNSAGFGTSGRFW + ELPFARESEEVVLNALALMELTHAALPGMVKRGAGAVLNIASIAGFQPIPYMAVYSAT + KAFVLTFSEAVQEELHGTGVSVTALCPGPVPTEWAEIASAERFSIPLAQVSPHDVAEA + AIAGMLSGKRTVVPGIVPKFVSTSGRFAPRSLLLPAIRIGNRLRGGPSR" + gene 1735341..1735568 + /locus_tag="BQ2027_MB1572" + CDS 1735341..1735568 + /locus_tag="BQ2027_MB1572" + /note="Mb1572, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv1545, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 75 aa overlap). Hypothetical unknown protein. + Mb1572 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00175.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64872" + /translation="MPNGVLGLGNPSRLAALYGLQLAHESQCCQMHNLPSAARQVTVA + CREEVGITTILAGRDECGVCDKTAGLDGAAP" + gene 1735617..1736048 + /locus_tag="BQ2027_MB1573" + CDS 1735617..1736048 + /locus_tag="BQ2027_MB1573" + /note="Mb1573, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv1546, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 143 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to O05902|Rv0910|MTCY21C12.04 + Hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (144 + aa), FASTA scores: E(): 5e-30, (37.3% identity in 142 aa + overlap). Protein product from Mb1573 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1573 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00176.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64874" + /translation="MASVELSADVPISPQDTWDHVSELSELGEWLVIHEGWRSELPDQ + LGEGVQIVGVARAMGMRNRVTWRVTKWDPPHEVAMTGSGKGGTKYGVTLTVRPTKGGS + ALGLRLELGGRALFGPLGSAAARAVKGDVEKSLKQFAELYG" + gene 1736116..1739670 + /gene="dnaE1" + /locus_tag="BQ2027_MB1574" + CDS 1736116..1739670 + /gene="dnaE1" + /locus_tag="BQ2027_MB1574" + /note="Mb1574, dnaE1, len: 1184 aa. Equivalent to Rv1547, + len: 1184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100% identity in 1184 aa overlap). Probable dnaE1, + DNA polymerase III, alpha chain (EC 2.7.7.7), similar to + e.g. DP3A_ECOLI|P10443 dna polymerase III, alpha chain + (1160 aa), FASTA scores: opt: 1789, E(): 0, (36.5% + identity in 1193 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis, DnaE2|Rv3370c. Protein product from Mb1574 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1574 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dna polymerase iii (alpha chain) dnae1 + (dna nucleotidyltransferase)" + /protein_id="SIU00177.1" + /db_xref="GOA:P63978" + /db_xref="InterPro:IPR003141" + /db_xref="InterPro:IPR004013" + /db_xref="InterPro:IPR004805" + /db_xref="InterPro:IPR011708" + /db_xref="InterPro:IPR016195" + /db_xref="InterPro:IPR029460" + /db_xref="InterPro:IPR040982" + /db_xref="InterPro:IPR041931" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63978" + /translation="MSGSSAGSSFVHLHNHTEYSMLDGAAKITPMLAEVERLGMPAVG + MTDHGNMFGASEFYNSATKAGIKPIIGVEAYIAPGSRFDTRRILWGDPSQKADDVSGS + GSYTHLTMMAENATGLRNLFKLSSHASFEGQLSKWSRMDAELIAEHAEGIIITTGCPS + GEVQTRLRLGQDREALEAAAKWREIVGPDNYFLELMDHGLTIERRVRDGLLEIGRALN + IPPLATNDCHYVTRDAAHNHEALLCVQTGKTLSDPNRFKFDGDGYYLKSAAEMRQIWD + DEVPGACDSTLLIAERVQSYADVWTPRDRMPVFPVPDGHDQASWLRHEVDAGLRRRFP + AGPPDGYRERAAYEIDVICSKGFPSYFLIVADLISYARSAGIRVGPGRGSAAGSLVAY + ALGITDIDPIPHGLLFERFLNPERTSMPDIDIDFDDRRRGEMVRYAADKWGHDRVAQV + ITFGTIKTKAALKDSARIHYGQPGFAIADRITKALPPAIMAKDIPLSGITDPSHERYK + EAAEVRGLIETDPDVRTIYQTARGLEGLIRNAGVHACAVIMSSEPLTEAIPLWKRPQD + GAIITGWDYPACEAIGLLKMDFLGLRNLTIIGDAIDNVRANRGIDLDLESVPLDDKAT + YELLGRGDTLGVFQLDGGPMRDLLRRMQPTGFEDVVAVIALYRPGPMGMNAHNDYADR + KNNRQAIKPIHPELEEPLREILAETYGLIVYQEQIMRIAQKVASYSLARADILRKAMG + KKKREVLEKEFEGFSDGMQANGFSPAAIKALWDTILPFADYAFNKSHAAGYGMVSYWT + AYLKANYPAEYMAGLLTSVGDDKDKAAVYLADCRKLGITVLPPDVNESGLNFASVGQD + IRYGLGAVRNVGANVVGSLLQTRNDKGKFTDFSDYLNKIDISACNKKVTESLIKAGAF + DSLGHARKGLFLVHSDAVDSVLGTKKAEALGQFDLFGSNDDGTGTADPVFTIKVPDDE + WEDKHKLALEREMLGLYVSGHPLNGVAHLLAAQVDTAIPAILDGDVPNDAQVRVGGIL + ASVNRRVNKNGMPWASAQLEDLTGGIEVMFFPHTYSSYGADIVDDAVVLVNAKVAVRD + DRIALIANDLTVPDFSNAEVERPLAVSLPTRQCTFDKVSALKQVLARHPGTSQVHLRL + ISGDRITTLALDQSLRVTPSPALMGDLKELLGPGCLGS" + gene complement(1739719..1741755) + /gene="PPE21" + /locus_tag="BQ2027_MB1575C" + CDS complement(1739719..1741755) + /gene="PPE21" + /locus_tag="BQ2027_MB1575C" + /note="Mb1575c, PPE21, len: 678 aa. Equivalent to Rv1548c, + len: 678 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 678 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family, similar to several e.g. + YHS6_MYCTU|P42611 hypothetical 50.6 kd protein in hsp65 3' + region (517 aa), FASTA scores: opt:1142, E(): 0, (40.6% + identity in 616 aa overlap); also similar to MTCY31.06c + (54.9% identity in 381 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe21" + /protein_id="SIU00178.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYN6" + /translation="MNFSVLPPEINSALMFAGAGPGPMLAAASAWTGLAGDLGSAAAS + FSAVTSQLATGSWQGPASAAMTGAAASYARWLTTAAAQAEQAAGQAQAAVSAFEAALA + ATVHPGAVSANRGRLRSLVASNLLGQNAPAIAAVEAVYEQMWAADVAAMLGYHGEASA + VALSLTPFTPSPSAAATPGGAVIIAGFPFLDLGNVTIGGFNLASGNLGLGNLGSFNPG + SANTGSVNLGNANIGDLNLGSGNIGSYNLGGGNTGDLNPGSGNTGTLNWGSGNIGSYN + LGGGNLGSYNLGSGNTGDTNFGGGNTGNLNVGGGNTGNSNFGFGNTGNVNFGNGNTGD + TNFGSGNLGSGNIGFGNKGSHNIGFGNSGNNNIGFGLTGDNQIGFGALNSGSGNLGFG + NSGNGNIGFFNSGNNNIGMGNSGNGVGALSVEFGSSAERSSGFGNSGELSTGIGNSGQ + LSTGWFNSATTSTGWFNSGTTNTGWFNSGTTNTGIGNSGGNLVTGSMGLFNSGHTNTG + SFNAGSMNTGDFNSGNVNTGYFNSGNINTGFFNSGDLNTGLFNSVNQPVQNSGWLHTG + TNNSGYANAGTFNSGFDNNARDEHAEFVTGNSGLANVGNYNAGIINVGDHLSGFRNSV + PTITGTANISGFVNAGTSISGFFNFGSLMSGFANFDDEVSGYLNGDSRASGWIH" + gene 1741912..1743855 + /gene="fadD11" + /locus_tag="BQ2027_MB1576" + CDS 1741912..1743855 + /gene="fadD11" + /locus_tag="BQ2027_MB1576" + /note="Mb1576, fadD11, len: 647 aa. Equivalent to Rv1549 + (fadD11') and Rv1550 (fadD11), len: 175 aa and 571 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 167 aa overlap and 99.8% identity in 470 aa + overlap). Possible fadD11', fatty-acid-CoA synthetase (EC + 6.2.1.-), similar to the N-terminus of many fatty-acid CoA + synthetases e.g. NP_147860.1|NC_000854 + long-chain-fatty-acid--CoA ligase from Aeropyrum pernix + (651 aa); P31685|4CL2_SOLTU 4-coumarate--CoA ligase 2 (EC + 6.2.1.12) from Solanum tuberosum (Potato) (545 aa), FASTA + scores: opt: 168, E(): 4.4e-06, (30.4% identity in 112 aa + overlap); etc. Possible frameshift with respect to next + ORF Rv1550|MTCY48.15c but we can find no sequence error to + account for this. Probable fadD11, fatty-acid-CoA + synthetase (EC 6.2.1.-), similar, except in N-terminus, to + many e.g. SC6A5.39|T35430 probable + long-chain-fatty-acid--CoA ligase (EC 6.2.1.3) from + Streptomyces coelicolor (612 aa); NP_301672.1|NC_002677 + putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase from + Mycobacterium leprae (600 aa); P44446|LCFH_HAEIN putative + long-chain-fatty-acid-CoA ligase from Haemophilus + influenzae (607 aa), FASTA scores: opt: 762, E(): 2.3e-38, + (34.4% identity in 436 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1549 and Rv1550 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a two single base + insertions (*-c and *-c) lead to a single product. Protein + product from Mb1576 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1576 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty-acid-coa ligase fadd11 + (fatty-acid-coa synthetase) (fatty-acid-coa synthase)" + /protein_id="SIU00179.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYM2" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYM2" + /translation="MGRHGSRWSRPPCFRVLRLWTYAHRCDLGHTDPLSRRTEMTTTE + RPTTMCEAFQRTAVMDPDAVALRTPGGNQTMTWRDYAAQVRRVAAGLAGLGVRRGDTV + SLMMANRIEFYPLDVGAQHVGATSFSVYNTLPAEQLTYVFDNAGTKVVICEQQYVDRV + RASGVPIEHIVCVDGAPPGTLSLTDLYAAASGDFFDFESTWRAVQPEDIVTLIYTSGT + TGNPKGVEMTHANLLFEGYAIDEVLGIRFGDRVTSFLPSAHIADRMTGLYLQEMFGTQ + VTAVADARTIAAALPDVRPTVWGAVPRVWEKLKAGIEFTVARETDEMKRQALAWAMSV + AGKRANALLAGESMSDQLVAEWAKADESVLSKLRERLGFGELRWALSGAAPIPKETLA + FFAGIGIPIAEIWGMSELSCVATASHPRDGRLGTVGKLLPGLQGKIAEDGEYLVRGPL + VMKGYRKEPAKTAEAIDSDGWLHTGDVFDIDSDGYLRVVDRKKELIINAAGKNMSPAN + IENTILAACPMVGVMMAIGDGRTYNTALLVFDADSLGPYAAQRGLDASPAALAADPEV + IARIAAGVAEGNAKLSRVEQIKRFRILPTLWEPGGDEITLTMKLKRRRIAAKYSAEIE + ELYASELRPQVYEPAAVPSTQPA" + gene 1743869..1745734 + /gene="plsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1577" + CDS 1743869..1745734 + /gene="plsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1577" + /note="Mb1577, plsB1, len: 621 aa. Equivalent to Rv1551, + len: 621 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 621 aa overlap). Possible plsB1, + acyltransferase (EC 2.-.-.-), similar to PLSB_HAEIN|P44857 + glycerol-3-phosphate acyltransferase from Haemophilus + influenzae (810 aa), FASTA scores: opt: 434, E(): 6.2e-22, + (27.6% identity in 395 aa overlap). Also similar to + Rv2482c|plsB2 Probable glycerol-3-phosphate + acyltransferase from M.tuberculosis (789 aa). Protein + product from Mb1577 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1577 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible acyltransferase plsB1" + /protein_id="SIU00180.1" + /db_xref="GOA:P65735" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="InterPro:IPR022284" + /db_xref="InterPro:IPR028354" + /db_xref="InterPro:IPR041728" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65735" + /translation="MTAREVGRIGLRKLLQRIGIVAESMTPLATDPVEVTQLLDARWY + DERLRALADELGRDPDSVRAEAAGYLREMAASLDERAVQAWRGFSRWLMRAYDVLVDE + DQITQLRKLDRKATLAFAFSHRSYLDGMLLPEAILANRLSPALTFGGANLNFFPMGAW + AKRTGAIFIRRQTKDIPVYRFVLRAYAAQLVQNHVNLTWSIEGGRTRTGKLRPPVFGI + LRYITDAVDEIDGPEVYLVPTSIVYDQLHEVEAMTTEAYGAVKRPEDLRFLVRLARQQ + GERLGRAYLDFGEPLPLRKRLQEMRADKSGTGSEIERIALDVEHRINRATPVTPTAVV + SLALLGADRSLSISEVLATVRPLASYIAARNWAVAGAADLTNRSTIRWTLHQMVASGV + VSVYDAGTEAVWGIGEDQHLVAAFYRNTAIHILVDRAVAELALLAAAETTTNGSVSPA + TVRDEALSLRDLLKFEFLFSGRAQFEKDLANEVLLIGSVVDTSKPAAAADVWRLLESA + DVLLAHLVLRPFLDAYHIVADRLAAHEDDSFDEEGFLAECLQVGKQWELQRNIASAES + RSMELFKTALRLARHRELVDGADATDIAKRRQQFADEIATATRRVNTIAELARRQ" + gene 1746105..1747856 + /gene="frdA" + /locus_tag="BQ2027_MB1578" + CDS 1746105..1747856 + /gene="frdA" + /locus_tag="BQ2027_MB1578" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1578, frdA, len: 583 aa. Equivalent to Rv1552, + len: 583 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 583 aa overlap). Probable frdA, fumarate + reductase, flavoprotein subunit (EC 1.3.99.1), highly + similar to others e.g. P00363|FRDA_ECOLI fumarate + reductase flavoprotein subunit from Escherichia coli + strain K12 (601 aa), FASTA scores: opt: 2102, E(): 0, + (54.7% identity in 585 aa overlap); NP_232284.1|NC_002505 + fumarate reductase, flavoprotein subunit from Vibrio + cholerae (602 aa); frdA|NP_438995.1|NC_000907 fumarate + reductase, flavoprotein subunit from Haemophilus + influenzae (599 aa); etc. Contains PS00504 Fumarate + reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. NOTE + THAT FUMARATE REDUCTASE FORMS PART OF AN ENZYME COMPLEX + CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN (Rv1552|frdA), AN + IRON-SULFUR (Rv1553|frdB), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEINS (Rv1554|frdC and Rv1555|frdD). Protein product + from Mb1578 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1578 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FUMARATE REDUCTASE [FLAVOPROTEIN + SUBUNIT] FRDA (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC + HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU00181.1" + /db_xref="GOA:P64175" + /db_xref="InterPro:IPR003952" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR005884" + /db_xref="InterPro:IPR014006" + /db_xref="InterPro:IPR015939" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR037099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64175" + /translation="MTAQHNIVVIGGGGAGLRAAIAIAETNPHLDVAIVSKVYPMRSH + TVSAEGGAAAVTGDDDSLDEHAHDTVSGGDWLCDQDAVEAFVAEAPKELVQLEHWGCP + WSRKPDGRVAVRPFGGMKKLRTWFAADKTGFHLLHTLFQRLLTYSDVMRYDEWFATTL + LVDDGRVCGLVAIELATGRIETILADAVILCTGGCGRVFPFTTNANIKTGDGMALAFR + AGAPLKDMEFVQYHPTGLPFTGILITEAARAEGGWLLNKDGYRYLQDYDLGKPTPEPR + LRSMELGPRDRLSQAFVHEHNKGRTVDTPYGPVVYLDLRHLGADLIDAKLPFVRELCR + DYQHIDPVVELVPVRPVVHYMMGGVHTDINGATTLPGLYAAGETACVSINGANRLGSN + SLPELLVFGARAGRAAADYAARHQKSDRGPSSAVRAQARTEALRLERELSRHGQGGER + IADIRADMQATLESAAGIYRDGPTLTKAVEEIRVLQERFATAGIDDHSRTFNTELTAL + LELSGMLDVALAIVESGLRREESRGAHQRTDFPNRDDEHFLAHTLVHRESDGTLRVGY + LPVTITRWPPGERVYGR" + gene 1747859..1748983 + /gene="frdBC" + /locus_tag="BQ2027_MB1579" + CDS 1747859..1748983 + /gene="frdBC" + /locus_tag="BQ2027_MB1579" + /note="Mb1579, frdBC, len: 374 aa. Equivalent to Rv1553 + (frdB) and Rv1554 (frdC), len: 247 aa and len: 126 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 247 aa overlap and 99.2% identity in 126 aa + overlap). Probable frdB, fumarate reductase, iron-sulfur + subunit (EC 1.3.99.1), highly similar to others e.g. + P00364|FRDB_ECOLI fumarate reductase iron-sulfur protein + from Escherichia coli strain K12 (243 aa), FASTA scores: + opt: 846, E(): 0, (50.0% identity in 242 aa overlap); + P20921|FRDB_PROVU FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN + from Proteus vulgaris (245 aa); G64097 fumarate reductase + (EC 1.3.99.1) iron-sulfur protein from Haemophilus + influenzae (276 aa); etc. Contains PS00198 4Fe-4S + ferredoxins, iron-sulfur binding region signature. And + probable frdC, fumarate reductase, membrane-anchor subunit + (EC 1.3.99.1), highly similar to others e.g. + P03805|FRDC_ECOLI fumarate reductase 15 kDa hydrophobic + protein from Escherichia coli strain K12 (131 aa), FASTA + scores, opt: 268, E(): 3.9e-10, (31.1% identity in 122 aa + overlap); NP_458780.1|NC_003198 fumarate reductase complex + subunit C; membrane anchor polypeptide from Salmonella + enterica subsp. enterica serovar Typhi (131 aa); + P20923|FRDC_PROVU FUMARATE REDUCTASE 15 KD HYDROPHOBIC + PROTEIN from Proteus vulgaris (131 aa); etc. NOTE THAT + FUMARATE REDUCTASE FORMS PART OF AN ENZYME COMPLEX + CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN (Rv1552|frdA), AN + IRON-SULFUR (Rv1553|frdB), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEINS (Rv1554|frdC and Rv1555|frdD). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1553 and Rv1554 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a 4 bp insertion (*-gggg) + leads to a single product. Mb1579 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fumarate reductase [membrane anchor + subunit] frdc (fumarate dehydrogenase) (fumaric + hydrogenase)" + /protein_id="SIU00182.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYM8" + /db_xref="InterPro:IPR003510" + /db_xref="InterPro:IPR004489" + /db_xref="InterPro:IPR009051" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR017900" + /db_xref="InterPro:IPR025192" + /db_xref="InterPro:IPR034804" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYM8" + /translation="MMDRIVMEVSRYRPEIESAPTFQAYEVPLTREWAVLDGLTYIKD + HLDGTLSFRWSCRMGICGSSGMTINGDPKLACATFLADYLPGPVRVEPMRNFPVIRDL + VVDISDFMAKLPSVKPWLVRHDEPPVEDGEYRQTPAELDAFKQFSMCINCMLCYSACP + VYALDPDFLGPAAIALGQRYNLDSRDQGAADRRDVLAAADGAWACTLVGECSTACPKG + VDPAGAIQRYKLTAATHALKKLLFPWGGGRMSAYRQPVERYWWARRRSYLRFMLREIS + CIFVAWFVLYLVLVLRAVGAGGNSYQRFLDFSANPVVVVLNVVALSFLLLHAVTWFGS + APRAMVIQVRGRRVPARAVLAGHYAAWLVVSVIVAWMVLS" + gene 1748980..1749357 + /gene="frdD" + /locus_tag="BQ2027_MB1580" + CDS 1748980..1749357 + /gene="frdD" + /locus_tag="BQ2027_MB1580" + /note="Mb1580, frdD, len: 125 aa. Equivalent to Rv1555, + len: 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 125 aa overlap). Probable frdD, fumarate + reductase, membrane-anchor subunit (EC 1.3.99.1), similar + to others e.g. P03806|FRDD_ECOLI fumarate reductase 13 kDa + hydrophobic protein from Escherichia coli strain K12 (119 + aa), FASTA scores: opt: 212, E(): 4.4e-08, (36.8% identity + in 106 aa overlap); etc. NOTE THAT FUMARATE REDUCTASE + FORMS PART OF AN ENZYME COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: + A FLAVOPROTEIN (Rv1552|frdA), AN IRON-SULFUR + (Rv1553|frdB), AND TWO HYDROPHOBIC ANCHOR PROTEINS + (Rv1554|frdC and Rv1555|frdD). Protein product from Mb1580 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1580 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FUMARATE REDUCTASE [MEMBRANE ANCHOR + SUBUNIT] FRDD (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC + HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU00183.1" + /db_xref="GOA:P67644" + /db_xref="InterPro:IPR003418" + /db_xref="InterPro:IPR034804" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67644" + /translation="MTPSTSDARSRRRSAEPFLWLLFSAGGMVTALVAPVLLLLFGLA + FPLGWLDAPDHGHLLAMVRNPITKLVVLVLVVLALFHAAHRFRFVLDHGLQLGRFDRV + IALWCYGMAVLGSATAGWMLLTM" + gene 1749425..1750033 + /locus_tag="BQ2027_MB1581" + CDS 1749425..1750033 + /locus_tag="BQ2027_MB1581" + /note="Mb1581, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv1556, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 202 aa overlap). Possible regulatory + protein, similar to X86780|SHGCPIR2|g987088 orfY, + regulator of antibiotic transport complexes from + Streptomyces hygroscopicus (204 aa), FASTA score: opt: + 251, E(): 1.7e-10, (33.8% identity in 201 aa overlap) and + others. Protein product from Mb1581 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1581 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible regulatory protein" + /protein_id="SIU00184.1" + /db_xref="GOA:P67437" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR011075" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67437" + /translation="MVGAVTQIADRPTDPSPWSPRETELLAVTLRLLQEHGYDRLTVD + AVAASARASKATVYRRWPSKAELVLAAFIEGIRQVAVPPNTGNLRDDLLRLGELICRE + VGQHASTIRAVLVEVSRNPALNDVLQHQFVDHRKALIQYILQQAVDRGEISSAAISDE + LWDLLPGYLIFRSIIPNRPPTQDTVQALVDDVILPSLTRSTG" + gene 1750172..1750618 + /gene="mmpS6" + /locus_tag="BQ2027_MB1582" + CDS 1750172..1750618 + /gene="mmpS6" + /locus_tag="BQ2027_MB1582" + /note="Mb1582, mmpS6, len: 148 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Probable mmpS6, + conserved membrane protein (see citations below), highly + similar to other Mycobacterial proteins e.g. + P54880|MMS4_MYCLE|ML2377|U1740W|MMPS4 Putative membrane + protein from Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: + opt: 521, E(): 4.7e-29, (53.06% identity in 147 aa + overlap); + P95212|MMPS1|MMS1_MYCTU|Rv0403c|MT0415|MTCY04D9.16c + PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (142 aa), FASTA scores: opt: 518, E(): + 7.2e-29, (56.75% identity in 141 aa overlap); + O53736|MMS4_MYCTU|MMPS4|Rv0451c|MT0467|MTV037.15c PROBABLE + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (140 aa), FASTA scores: opt: 498, E(): 1.8e-27, (52.85% + identity in 140 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MMPS + FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 2153 bp insertion leads to a new protein with no + equivalent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Belongs to the TbD1 region. Mb1582 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS6" + /protein_id="SIU00185.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYN3" + /db_xref="InterPro:IPR008693" + /db_xref="InterPro:IPR038468" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYN3" + /translation="MQGISVTGLVKRGWMVLVAVAVVAVAGFSVYRLHGIFGSHDTTS + TAGGVANDIKPFNPKQVTLEVFGAPGTVATINYLDVDATPRQVLDTTLPWSYTITTTL + PAVFANVVAQGDSNSIGCRITVNGVVKDERIVNEVRAYTFCLDKSS" + gene 1750615..1753518 + /gene="mmpL6" + /locus_tag="BQ2027_MB1583" + CDS 1750615..1753518 + /gene="mmpL6" + /locus_tag="BQ2027_MB1583" + /note="Mb1583, mmpL6, len: 967 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1557, len: 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 384 aa overlap). Probable + mmpL6, conserved transmembrane transport protein (see + citations below). Member of RND superfamily, with strong + similarity to other members of large Mycobacterial + membrane protein family belonging to RND superfamily e.g. + Q11171|MML2_MYCTU|MMPL2|Rv0507|MT0528|MTCY20G9.34 PROBABLE + CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (968 aa), FASTA scores: opt: + 4142, E(): 0, (64.4% identity in 947 aa overlap); + O53735|MML4_MYCTU|MMPL4|Rv0450c|MT0466|MTV037.14c PROBABLE + CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (967 aa), FASTA scores: opt: + 4035, E(): 0, (61.5% identity in 948 aa overlap); + P54881|MML4_MYCLE|MMPL4|ML2378|U1740V Putative membrane + protein from Mycobacterium leprae (959 aa), FASTA scores: + opt: 3961, E(): 0, (60.95% identity in 945 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 2153 bp insertion leads to a longer product compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Belongs to the TbD1 region. Mb1583 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL6" + /protein_id="SIU00186.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ18" + /db_xref="InterPro:IPR000731" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ18" + /translation="MSNHHRPRPWLPHTIRRLSLPILLFWVGVAAITNAAVPQLEVVG + EAHNVAQSSPDDPSLQAMKRIGKVFHEFDSDSAAMIVLEGDKPLGNDAHRFYDTLLRN + LSNDTKHVEHVQDFWGDPLTAAGSQSTDGKAAYVQVYLAGNQGEALSIESVDAVRDIV + AHTPPPAGVKAYVTGAAPLMADQFQVGSKGTAKVTGITLVVIAVMLLFVYRSVVTMVL + VLITVLIELAAARGIVAFLGNAGVIGLSTYSTNLLTLLVIAAGTDYAIFVLGRYHEAR + YAAQDRETAFYTMYRGTAHVVLGSGLTVAGAVYCLSFTRLPYFQSLGIPASIGVMIAL + AAALSLAPSVLILGSRFGCFEPKRRMRTRGWRRIGTAIVRWPGPILAVACAIAVVGLL + ALPGYKTSYDARYYMPATAPANIGYMAAERHFPQARLNPELLMIETDHDMRNPADMLI + LDRIAKAVFHLPGIGLVQAMTRPLGTPIDHSSIPFQISMQSVGQIQNLKYQRDRAADL + LKQAEELGKTIEILQRQYALQQELAAATHEQAESFHQTIATVKELRDRIANFDDFFRP + IRSYFYWEKHCYDIPSCWALRSVFDTIDGIDQLGEQLASVTVTLDKLAAIQPQLVALL + PDEIASQQINRELALANYATMSGIYAQTAALIENAAAMGQAFDAAKNDDSFYLPPEAF + DNPDFQRGLKLFLSADGKAARMIISHEGDPATPEGISHIDAIKQAAHEAVKGTPMAGA + GIYLAGTAATFKDIQDGATYDLLIAGIAALSLILLIMMIITRSLVAALVIVGTVALSL + GASFGLSVLVWQHLLGIQLYWIVLALAVILLLAVGSDYNLLLISRFKEEIGAGLNTGI + IRAMAGTGGVVTAAGLVFAATMSSFVFSDLRVLGQIGTTIGLGLLFDTLVVRAFMTPS + IAVLLGRWFWWPQRVRPRPASRMLRPYGPRPVVRELLLREGNDDPRTQVATHR" + gene 1753528..1753974 + /locus_tag="BQ2027_MB1584" + CDS 1753528..1753974 + /locus_tag="BQ2027_MB1584" + /EC_number="1.1.98.-" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1584, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv1558, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 148 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterial tuberculosis + proteins e.g. P71854|MTCY03C7.09c|Rv3547 (151 aa), FASTA + scores opt: 330, E(): 9.1e-17, (39.7% identity in 151 aa + overlap); also Q11057|Rv1261c (149 aa), and O53328|Rv3178 + (119 aa). Similar also to AF072709|AF072709_5 Hypothetical + protein with a new amplifiable element AUD4 from + Streptomyces lividans (149 aa), FASTA scores: opt: 695, + E(): 0, (69.1% identity in 149 aa overlap). Protein + product from Mb1584 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1584 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="F420H(2)-dependent quinone reductase Rv1558 + (Fqr) (EC" + /protein_id="SIU00187.1" + /db_xref="GOA:P64876" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64876" + /translation="MPLSGEYAPSPLDWSREQADTYMKSGGTEGTQLQGKPVILLTTV + GAKTGKLRKTPLMRVEHDGQYAIVASLGGAPKNPVWYHNVVKNPRVELQDGTVTGDYD + AREVFGDEKAIWWQRAVAVWPDYASYQTKTDRQIPVFVLTPVRAGG" + gene 1754009..1755298 + /gene="ilvA" + /locus_tag="BQ2027_MB1585" + CDS 1754009..1755298 + /gene="ilvA" + /locus_tag="BQ2027_MB1585" + /note="Mb1585, ilvA, len: 429 aa. Equivalent to Rv1559, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 429 aa overlap). Probable ilvA, + threonine dehydratase (EC 4.3.1.19), biosynthetic protein, + similar to several e.g. THD1_CORGL|Q04513 threonine + dehydratase biosynthetic (436 aa), FASTA scores: opt: + 1694, E(): 0, (61.9% identity in 415 aa overlap). Contains + PS00165 Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate + attachment site. Protein product from Mb1585 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1585 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable threonine dehydratase ilvA" + /protein_id="SIU00188.1" + /db_xref="GOA:P66898" + /db_xref="InterPro:IPR000634" + /db_xref="InterPro:IPR001721" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR011820" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="InterPro:IPR038110" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66898" + /translation="MSAELSQSPSSSPLFSLSGADIDRAAKRIAPVVTPTPLQPSDRL + SAITGATVYLKREDLQTVRSYKLRGAYNLLVQLSDEELAAGVVCSSAGNHAQGFAYAC + RCLGVHGRVYVPAKTPKQKRDRIRYHGGEFIDLIVGGSTYDLAAAAALEDVERTGATL + VPPFDDLRTIAGQGTIAVEVLGQLEDEPDLVVVPVGGGGCIAGITTYLAERTTNTAVL + GVEPAGAAAMMAALAAGEPVTLDHVDQFVDGAAVNRAGTLTYAALAAAGDMVSLTTVD + EGAVCTAMLDLYQNEGIIAEPAGALSVAGLLEADIEPGSTVVCLISGGNNDVSRYGEV + LERSLVHLGLKHYFLVDFPQEPGALRRFLDDVLGPNDDITLFEYVKRNNRETGEALVG + IELGSAADLDGLLARMRATDIHVEALEPGSPAYRYLL" + gene 1755336..1755554 + /gene="vapb11" + /locus_tag="BQ2027_MB1586" + CDS 1755336..1755554 + /gene="vapb11" + /locus_tag="BQ2027_MB1586" + /note="Mb1586, -, len: 72 aa. Equivalent to Rv1560, len: + 72 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 72 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, part of a Mycobacterial tuberculosis family of + proteins e.g. Q10848|Rv2009|MTCY39.08c (80 aa), FASTA + score: (54.4% identity in 68 aa overlap); + Q10799|Rv2871|MTCY274.02 (85 aa); O50456|Rv1241|MTV006.13 + (86 aa), O06243|Rv2132|MTCY270.36C (76 aa); etc. Mb1586 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb11" + /protein_id="SIU00189.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64878" + /translation="MYRWCMSRTNIDIDDELAAEVMRRFGLTTKRAAVDLALRRLVGS + PLSREFLLGLEGVGWEGDLDDLRSDRPD" + gene 1755560..1755964 + /gene="vapc11" + /locus_tag="BQ2027_MB1587" + CDS 1755560..1755964 + /gene="vapc11" + /locus_tag="BQ2027_MB1587" + /note="Mb1587, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv1561, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 134 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. Q10847|Rv2010|MTCY39.07c (132 aa), FASTA scores: + (37.0% identity in 127 aa overlap); and + O06566|Rv1114|MTCY22G8.03 (124 aa). Protein product from + Mb1587 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1587 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc11" + /protein_id="SIU00190.1" + /db_xref="GOA:P64880" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64880" + /translation="MILIDTSAWVEYFRATGSIAAVEVRRLLSEEAARIAMCEPIAME + ILSGALDDNTHTTLERLVNGLPSLNVDDAIDFRAAAGIYRAARRAGETVRSINDCLIA + ALAIRHGARIVHRDADFDVIARITNLQAASFR" + gene complement(1755981..1757723) + /gene="treZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1588C" + CDS complement(1755981..1757723) + /gene="treZ" + /locus_tag="BQ2027_MB1588C" + /standard_name="glgZ" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1588c, treZ, len: 580 aa. Equivalent to Rv1562c, + len: 580 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 580 aa overlap). treZ (previously + called glgZ), Maltooligosyltrehalose trehalohydrolase, + confirmed biochemically (see citation below). Similar to + Q44316|D63343 TREZ MALTOOLIGOSYL TREHALOSE + TREHALOHYDROLASE from ARTHROBACTER SP (598 aa), FASTA + scores: opt: 2071, E(): 0, (52.2% identity in 582 aa + overlap); also similar to 1,4-alpha-glucan branching + enzymes e.g. GLGB_BACST|P30538 (639 aa), FASTA scores: + opt: 313, E(): 3.8e-13, (27.5% identity in 462 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins Rv1326c|glgB, and Rv1563c treY (previously glgY). + Protein product from Mb1588c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1588c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Maltooligosyltrehalose trehalohydrolase TreZ" + /protein_id="SIU00191.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYM9" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR012768" + /db_xref="InterPro:IPR013783" + /db_xref="InterPro:IPR014756" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="InterPro:IPR022567" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYM9" + /translation="MPEFRVWAPKPALVRLDVNGAVHAMTRSADGWWHTTVAAPADAR + YGYLLDDDPTVLPDPRSARQPDGVHARSQRWEPPGQFGAARTDTGWPGRSVEGAVIYE + LHIGTFTTAGTFDAAIEKLDYLVDLGIDFVELMPVNSFAGTRGWGYDGVLWYSVHEPY + GGPDGLVRFIDACHTRRLGVLIDAVFNHLGPSGNYLPRFGPYLSSASNPWGDGINIAG + ADSDEVRHYIIDCALRWMRDFHADGLRLDAVHALVDTTAVHVLEELANATRWLSGQLG + RPLSLIAETDRNDPRLITRPSHGGYGITAQWNDDIHHAIHTAVSGERQGYYADFGSLA + TLAYTLRNGYFHAGTYSSFRRRRHGRALDTSAIPATRLLAYTCTHDQVGNRALGDRPS + QYLTGGQLAIKAALTLGSPYTAMLFMGEEWGASSPFQFFCSHPEPELAHSTVAGRKEE + FAEHGWAADDIPDPQDPQTFQRCKLNWAEAGSGEHARLHRFYRDLIALRHNEADLADP + WLDHLMVDYDEQQRWVVMRRGQLMIACNLGAEPTCVPVSGELVLAWESPIIGDNSTEL + AAYSLAILRAAEPA" + gene complement(1757716..1758450) + /gene="treYb" + /locus_tag="BQ2027_MB1589C" + CDS complement(1757716..1758450) + /gene="treYb" + /locus_tag="BQ2027_MB1589C" + /standard_name="glgY" + /note="Mb1589c, treYb, len: 244 aa. Equivalent to the 3' + end of Rv1563c, len: 765 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 244 aa + overlap). treY (previously called glgY), maltooligosyl + trehalose synthase, confirmed biochemically (see citation + below). Strong similarity to Q44315|63343 TREY + MALTOOLIGOSYL TREHALOSE SYNTHASE from ARTHROBACTER SP (775 + aa), fasta scores: opt: 1953, E(): 0; (46.0% identity in + 789 aa overlap). Some similarity to alpha-amylases and to + MTCY48.03 (30.2% identity in 215 aa overlap). May catalyse + conversion of maltodextrins to maltooligosyl trehaloses. + Also similar to Mycobacterium tuberculosis glgB (Rv1326c), + treZ (Rv1562c). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1563c/treY + exists as a single gene. In Mycobacterium bovis, a large + deletion of 806 bp splits Rv1563c into two parts, treYa + and treYb. Protein product from Mb1589c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1589c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Maltooligosyltrehalose synthase TreYb [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU00192.1" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYN8" + /translation="MTGQFLWQNVFGVWPVSGEVSAALRGRLHTYAEKAIREAAWHTS + WHNPNRAFEDDVHGWLDLVLDGPLASELTGLVAHLNSHAESDALAAKLLALTVPGVPD + VYQGSELWDDSLVDPDNRRPVDYGTRRVALKALQHPKIRVLAAALRLRRTHPESFLGG + AYHPVFAAGPAADHVVAFRRGDDILVAVTRWTVRLQQTGWDHTVLPLPDGSWTDALTG + FTASGHTPAVELFADLPVVLLVRDNA" + gene complement(1758455..1759207) + /gene="treYa" + /locus_tag="BQ2027_MB1590C" + CDS complement(1758455..1759207) + /gene="treYa" + /locus_tag="BQ2027_MB1590C" + /standard_name="glgY" + /note="Mb1590c, treYa, len: 250 aa. Equivalent to the 5' + end of Rv1563c, len: 765 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (97.4% identity in 191 aa + overlap). treY (previously called glgY), maltooligosyl + trehalose synthase, confirmed biochemically (see citation + below). Strong similarity to Q44315|63343 TREY + MALTOOLIGOSYL TREHALOSE SYNTHASE from ARTHROBACTER SP (775 + aa), fasta scores: opt: 1953, E(): 0; (46.0% identity in + 789 aa overlap). Some similarity to alpha-amylases and to + MTCY48.03 (30.2% identity in 215 aa overlap). May catalyse + conversion of maltodextrins to maltooligosyl trehaloses. + Also similar to Mycobacterium tuberculosis glgB (Rv1326c), + treZ (Rv1562c). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1563c/treY + exists as a single gene. In Mycobacterium bovis, a large + deletion of 806 bp splits Rv1563c in two parts, treYa and + treYb. Mb1590c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Maltooligosyltrehalose synthase TreYa [FIRST + PART]" + /protein_id="SIU00193.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U5" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U5" + /translation="MAFPVISTYRVQMRGRSNGFGFTFADAENLLDYLDDLGVSHLYL + SPILTAVGGSTHGYDVTDPTTVSPELGGSDGLARLSAAARSRGMGLIVDIVPSHVGVG + KPEQNAWWWDVLKFGRSSAYAEFFDIDWELGDGRIILPLLGSDSDVANLRVDGDLLRL + GDLALPVAPGSGDGTGPAVHDRQHSVWCGRRGVSSPGRHPCSVVATVHDDTVHPRHQT + RRGRACPHRRAVPSAVAVGQVHRPRPSHCARP" + gene complement(1759211..1761376) + /gene="treX" + /locus_tag="BQ2027_MB1591C" + CDS complement(1759211..1761376) + /gene="treX" + /locus_tag="BQ2027_MB1591C" + /standard_name="glgX" + /note="Mb1591c, treX, len: 721 aa. Equivalent to Rv1564c, + len: 721 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 721 aa overlap). Probable treX + (previously called glgX), Maltooligosyltrehalose synthase. + Strong similarity to D83245|g1890053 treX, glycogen + debranching enzyme (glgX) from Sulfolobus acidocaldarius + (713 aa), FASTA score: opt: 2396, E(): 0, (48.4% identity + in 709 aa overlap); similar to GLGX_HAEIN|P45178 glycogen + operon protein glgx (659 aa), FASTA scores: opt: 1512, + E(): 0, (42.3% identity in 645 aa overlap). Protein + product from Mb1591c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1591c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable maltooligosyltrehalose synthase trex" + /protein_id="SIU00194.1" + /db_xref="GOA:P0A4Y5" + /db_xref="InterPro:IPR004193" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR011837" + /db_xref="InterPro:IPR013780" + /db_xref="InterPro:IPR013783" + /db_xref="InterPro:IPR014756" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Y5" + /translation="MSSNNAGESDGTGPALPTVWPGNAYPLGATYDGAGTNFSLFSEI + AEKVELCLIDEDGVESRIPLDEVDGYVWHAYLPNITPGQRYGFRVHGPFDPAAGHRCD + PSKLLLDPYGKSFHGDFTFGQALYSYDVNAVDPDSTPPMVDSLGHTMTSVVINPFFDW + AYDRSPRTPYHETVIYEAHVKGMTQTHPSIPPELRGTYAGLAHPVIIDHLNELNVTAV + ELMPVHQFLHDSRLLDLGLRNYWGYNTFGFFAPHHQYASTRQAGSAVAEFKTMVRSLH + EAGIEVILDVVYNHTAEGNHLGPTINFRGIDNTAYYRLMDHDLRFYKDFTGTGNSLNA + RHPHTLQLIMDSLRYWVIEMHVDGFRFDLASTLARELHDVDRLSAFFDLVQQDPVVSQ + VKLIAEPWDVGEGGYQVGNFPGLWTEWNGKYRDTVRDYWRGEPATLGEFASRLTGSSD + LYEATGRRPSASINFVTAHDGFTLNDLVSYNDKHNEANGENNRDGESYNRSWNCGVEG + PTDDPDILALRARQMRNMWATLMVSQGTPMIAHGDEIGRTQYGNNNVYCQDSELSWMD + WSLVDKNADLLAFARKATTLRKNHKVFRRRRFFEGEPIRSGDEVRDIAWLTPSGREMT + HEDWGRGFDRCVAVFLNGEAITAPDARGERVVDDSFLLCFNAHDHDVEFVMPHDGYAQ + QWTGELDTNDPVGDIDLTVTATDTFSVPARSLLVLRKTL" + gene complement(1761415..1763604) + /locus_tag="BQ2027_MB1592C" + CDS complement(1761415..1763604) + /locus_tag="BQ2027_MB1592C" + /note="Mb1592c, -, len: 729 aa. Equivalent to Rv1565c, + len: 729 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 729 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein, some similarity to O05402 HYPOTHETICAL + 72.2 KD PROTEIN from Bacillus subtilis (634 aa), FASTA + results: opt: 384, E(): 4.8e-17, (29.1% identity in 378 aa + overlap); and to Y392_HAEIN|P43993 hypothetical protein + hi0392 from H. influenzae (245 aa), FASTA results: opt: + 265, E(): 5.5e-10, (28.3% identity in 247 aa overlap). + C-terminal half equivalent to AL049478|MLCL458_19 (274 aa) + (78.5% identity in 274 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis hypothetical proteins Rv0111, Rv0228, Rv1254, + Rv0517. N-terminal half hydrophobic. Protein product from + Mb1592c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1592c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-antigen acetylase" + /protein_id="SIU00195.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYP2" + /db_xref="InterPro:IPR002656" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYP2" + /translation="MLTLSPPRPPALTPEPALPPVTMGTRTTGFYRHDLDGLRGVAIA + LVAVFHVWFGRVSGGVDVFLALSGFFFGGKILRAALNPDLSLSPIAEVIRLIRRLLPA + LVVVLAGCALLTIAIQPQTRWEAFANQSLASLGYYQNWELASTVSNYLRAGEAVSPLQ + HIWSMSVQGQFYLAFLLLVAGCAYLLRRLFRGPRAPYLRTMFVVLLSTLTLASFIYAI + VAHHAYQATAYYNTFARAWELLAGALVGAVVPHVRWPMWLRTAVATAALAAILSCGAL + IDGVKEFPGPWALVPVGATMLMILAGANRQGHPGTRDRLPLPNRLLATAPLVALGAMA + YSWYLWHWPLLIFWLSYTGHRHANFVEGAAVLLVSGLLAYLTTRLVEDPLRYRAPAGV + RSPAAVPPIPWRLRLRRPTIVLGSVVALLGVALTATSFTWREHVIVQRAAGKELSGLS + SRDYPGARALIDHVRVPKLRMRPTVLEVRHDLPTSTKDGCISDFVNPAIINCTYGDVD + APRTIALAGGSHAEHWLTALDLLGRMHHFKVVTYLKMGCPLSTEEVPLIMGNNAPYPQ + CHQWVQAAMAKLVADHPDYVFTTSTRPWNIKPGDVMPATYVGIWQTFADNNIPVLAMR + DTPWLVKDGQPFIPADCLAKGGNPQSCGIARSKVLVDRNPTLDFVARFPLLKPLDMSD + AICRTDTCRAVEGNVLVYRDSHHLTPTYMRTMTSELGRQIAANTDWW" + gene complement(1763703..1764395) + /locus_tag="BQ2027_MB1593C" + CDS complement(1763703..1764395) + /locus_tag="BQ2027_MB1593C" + /note="Mb1593c, -, len: 230 aa. Equivalent to Rv1566c, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 230 aa overlap). Possible inv protein, + probably exported as has QQAPV repeats at C-terminus. + Similar to Q49634 inv protein from Mycobacterium leprae + (246 aa), FASTA scores: opt: 957, E(): 0, (70.0% identity + in 207 aa overlap); also to putative invasins 1,2 (O07390, + O07391) from M. avium. Slightly similar to C-terminus of + P60_LISMO|P21171 Listeria invasion-associated protein p60 + precursor. Also similar to Mycobacterium tuberculosis p60 + homologues Rv1477, Rv1478, Rv0024, Rv2190c. Protein + product from Mb1593c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1593c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible inv protein" + /protein_id="SIU00196.1" + /db_xref="InterPro:IPR000064" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ27" + /translation="MKRSMKSGSFAIGLAMMLAPMVAAPGLAAADPATRPVDYQQITD + VVIARGLSQRGVPFSWAGGGISGPTRGTGTGINTVGFDASGLIQYAYAGAGLKLPRSS + GQMYKVGQKVLPQQARKGDLIFYGPEGTQSVALYLGKGQMLEVGDVVQVSPVRTNGMT + PYLVRVLGTQPTPVQQAPVQPAPVQQAPVQQAPVQQAPVQQAPVQQAPVQQAPVQQAP + VQPPPFGTARSR" + gene complement(1764635..1764919) + /locus_tag="BQ2027_MB1594C" + CDS complement(1764635..1764919) + /locus_tag="BQ2027_MB1594C" + /note="Mb1594c, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv1567c, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 94 aa overlap). Probable membrane protein. + Mb1594c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable hypothetical membrane protein" + /protein_id="SIU00197.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYQ4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ4" + /translation="MVTMTSWPSRLFAFTDNVCPPDACPLVPFGVNYYIYPVMWGGIG + AAIATAVIGPFVSMLKGWYMSFWPIISIAVITVTSIAGYAIAGFSERYWH" + gene 1765167..1766480 + /gene="bioA" + /locus_tag="BQ2027_MB1595" + CDS 1765167..1766480 + /gene="bioA" + /locus_tag="BQ2027_MB1595" + /note="Mb1595, bioA, len: 437 aa. Equivalent to Rv1568, + len: 437 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 437 aa overlap). Probable bioA, + adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase + (EC 2.6.1.62). Highly similar to BIOA_MYCLE|P4548 from M. + leprae (436 aa), FASTA results: opt: 2534, E(): 0, (85.1% + identity in 436 aa overlap). Also similar to other M. + tuberculosis proteins e.g. MTCY227.12c (449 aa), FASTA + score: E(): 3.5e-16, (29.5% identity in 421 aa overlap). + Contains aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate + attachment site (PS00600). BELONGS TO CLASS-III OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. Protein + product from Mb1595 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1595 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate + aminotransferase bioa" + /protein_id="SIU00198.1" + /db_xref="GOA:P0A4X7" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR005815" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="PDB:5KGS" + /db_xref="PDB:5KGT" + /db_xref="PDB:5TE2" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4X7" + /translation="MAAATGGLTPEQIIAVDGAHLWHPYSSIGREAVSPVVAVAAHGA + WLTLIRDGQPIEVLDAMSSWWTAIHGHGHPALDQALTTQLRVMNHVMFGGLTHEPAAR + LAKLLVDITPAGLDTVFFSDSGSVSVEVAAKMALQYWRGRGLPGKRRLMTWRGGYHGD + TFLAMSICDPHGGMHSLWTDVLAAQVFAPQVPRDYDPAYSAAFEAQLAQHAGELAAVV + VEPVVQGAGGMRFHDPRYLHDLRDICRRYEVLLIFDEIATGFGRTGALFAADHAGVSP + DIMCVGKALTGGYLSLAATLCTADVAHTISAGAAGALMHGPTFMANPLACAVSVASVE + LLLGQDWRTRITELAAGLTAGLDTARALPAVTDVRVCGAIGVIECDRPVDLAVATPAA + LDRGVWLRPFRNLVYAMPPYICTPAEITQITSAMVEVARLVGSLP" + gene 1766477..1767637 + /gene="bioF1" + /locus_tag="BQ2027_MB1596" + CDS 1766477..1767637 + /gene="bioF1" + /locus_tag="BQ2027_MB1596" + /note="Mb1596, bioF1, len: 386 aa. Equivalent to Rv1569, + len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 386 aa overlap). Probable bioF1, + 8-amino-7-oxononanoate synthase (EC 2.3.1.47), highly + similar to BIOF_MYCLE|P45487 from Mycobacterium leprae + (385 aa), FASTA results: opt: 1971, E(): 0, (80.1% + identity in 381 aa overlap). Also similar to + BIOF2|Rv0032|MTCY10H4.32 POSSIBLE 8-AMINO-7-OXONONANOATE + SYNTHASE from Mycobacterium tuberculosis (771 aa), FASTA + score: E(): 5.5e-29, (37.4% identity in 393 aa overlap). + Contains aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate + attachment site (PS00599). BELONGS TO CLASS-II OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. Protein + product from Mb1596 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1596 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 8-AMINO-7-OXONONANOATE SYNTHASE BIOF1 + (AONS) (8-AMINO-7-KETOPELARGONATE SYNTHASE) + (7-KETO-8-AMINO-PELARGONIC ACID SYNTHETASE) (7-KAP + SYNTHETASE) (L-ALANINE--PIMELYL CoA LIGASE)" + /protein_id="SIU00199.1" + /db_xref="GOA:P0A4X5" + /db_xref="InterPro:IPR001917" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4X5" + /translation="MKAATQARIDDSPLAWLDAVQRQRHEAGLRRCLRPRPAVATELD + LASNDYLGLSRHPAVIDGGVQALRIWGAGATGSRLVTGDTKLHQQFEAELAEFVGAAA + GLLFSSGYTANLGAVVGLSGPGSLLVSDARSHASLVDACRLSRARVVVTPHRDVDAVD + AALRSRDEQRAVVVTDSVFSADGSLAPVRELLEVCRRHGALLLVDEAHGLGVRGGGRG + LLYELGLAGAPDVVMTTTLSKALGSQGGVVLGPTPVRAHLIDAARPFIFDTGLAPAAV + GAARAALRVLQAEPWRPQAVLNHAGELARMCGVAAVPDSAMVSVILGEPESAVAAAAA + CLDAGVKVGCFRPPTVPAGTSRLRLTARASLNAGELELARRVLTDVLAVARR" + gene 1767634..1768314 + /gene="bioD" + /locus_tag="BQ2027_MB1597" + CDS 1767634..1768314 + /gene="bioD" + /locus_tag="BQ2027_MB1597" + /note="Mb1597, bioD, len: 226 aa. Equivalent to Rv1570, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 226 aa overlap). Probable bioD, + dethiobiotin synthetase (EC 6.3.3.3). Similar to many e.g. + BIOD_MYCLE|P45486 from Mycobacterium leprae (223 aa), + FASTA results: opt: 1059, E(): 0, (74.8% identity in 222 + aa overlap). BELONGS TO THE DETHIOBIOTIN SYNTHETASE + FAMILY. Protein product from Mb1597 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1597 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dethiobiotin synthetase biod" + /protein_id="SIU00200.1" + /db_xref="GOA:O52587" + /db_xref="InterPro:IPR004472" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O52587" + /translation="MTILVVTGTGTGVGKTVVCAALASAARQAGIDVAVCKPVQTGTA + RGDDDLAEVGRLAGVTQLAGLARYPQPMAPAAAAEHAGMALPARDQIVRLIADLDRPG + RLTLVEGAGGLLVELAEPGVTLRDVAVDVAAAALVVVTADLGTLNHTKLTLEALAAQQ + VSCAGLVIGSWPDPPGLVAASNRSALARIATVRAALPAGAASLDAGDFAAMSAAAFDR + NWVAGLVG" + gene 1768314..1768823 + /locus_tag="BQ2027_MB1598" + CDS 1768314..1768823 + /locus_tag="BQ2027_MB1598" + /note="Mb1598, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv1571, len: + 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 169 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar at N-terminal region to + Q49625|LEPB1170_C3_227 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (104 aa), FASTA results: opt: 473, + E(): 3.9e-24, (74.5% identity in 102 aa overlap). + Identical to O06619|AF041819|AF041819_6 Mycobacterium + bovis BCG (169 aa). Protein product from Mb1598 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1598 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00201.1" + /db_xref="InterPro:IPR009097" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYN9" + /translation="MVHSIELVFDSDTEAAIRRIWAGLAAAGIPSQAPASRPHVSLAV + AERIAPEVDEPLGAVARRLPLDCVIGAPVLFGRANVVFTRLVVPTSELLALHAEVHRL + CGPHLAPAPMANSLPGQWTAHVTLARRVGGHQLGRALRIAGRPSRIDGRFAGLRRWDG + NTRAEYLLG" + gene complement(1768969..1769073) + /locus_tag="BQ2027_MB1598A" + CDS complement(1768969..1769073) + /locus_tag="BQ2027_MB1598A" + /note="Mb1598A, -, len: 34 aa. Equivalent to Rv1572c + (MTCY336.31B), len: 34 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (100.0% identity in 34 aa overlap). Partial + ORF, part of REP13E12 repeat element; 3' end of Rv1613c + (Rv1587c) (MTCY336.17) after phage-like element (see + citation below). Similar to C-terminal ends of other + REP13E12 repeat elements e.g. Rv1148, Rv1945, Rv3467, etc. + Length extended since first submission (+7 aa). Mb1598A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00202.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYP9" + /translation="MECSSAVHGQPRTNTFHHHEKLLRHNDEDNHDDP" + gene 1769089..1769499 + /locus_tag="BQ2027_MB1599" + CDS 1769089..1769499 + /locus_tag="BQ2027_MB1599" + /note="Mb1599, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv1573, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 136 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (see citation below). Mb1599 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRV1 phage protein" + /protein_id="SIU00203.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V5" + /translation="MTTTPARFNHLVTVTDLETGDRAVCDRDQVAETIRAWFPDAPLE + VREALVRLQAALNRHEHTGELEAFLRISVEHADAAGGDECGPAILAGRSGPEQAAINR + QLGLAGDDEPDGDDTPPWSRMIGLGGGSPAEDER" + gene 1769705..1770016 + /locus_tag="BQ2027_MB1600" + CDS 1769705..1770016 + /locus_tag="BQ2027_MB1600" + /note="Mb1600, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv1574, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 103 aa overlap). Probable phiRV1 phage + related protein (see citation below); some similarity to + Rv1575|MTCY441.17, E() 1.5e-06; and Rv2647|MTCY336.29c + phiRV2 phage protein, E(): 3.5e-05. Belongs to phage + phiRv1 proteins. Helix turn helix motif present at aa + 14-35 (+3.61 SD). Mb1600 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRV1 phage related protein" + /protein_id="SIU00204.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM7" + /translation="MGYKPESERHSTKTDTAIGAALGISAGTYRRLKRIDNATHSDDK + EIRRFAEKQMAPLVAGSPSWNARKPRSANARVVASVHRSPMPALVPWNQSRLSATLTR + R" + gene 1770121..1770474 + /locus_tag="BQ2027_MB1601" + CDS 1770121..1770474 + /locus_tag="BQ2027_MB1601" + /note="Mb1601, -, len: 117 aa. Similar to Rv1575 and + Rv1575A, len: 117 aa and 65 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (66.9% identity in 124 aa + overlap). Probable phiRV1 phage protein (see citation + below). Similarity in N-terminal part to + Rv1574|MTCY336.30c (103 aa), FASTA score: E(): 0.00022, + (44.0% identity in 50 aa overlap); and Rv2647 phiRV2 phage + protein. Similarity suggests should continue as Rv1575A. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1575 and Rv1575A exist as 2 + genes with an overlap region between them. In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (c-*) and a + single base insertion (*-g) lead to a single product. + Mb1601 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRV1 phage protein" + /protein_id="SIU00205.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ2" + /translation="MAPLAAGSPSWNGRKPSSGNRKAATMAARLDILAWGPWAQARIG + ASFDENRHCYRRSPRHLRRHLPAAQTNRQRNPQRVGGVGGPAPLSRGRPRLALSYLRG + SLHLQNSKRVAHQHI" + gene complement(1770418..1771839) + /locus_tag="BQ2027_MB1602C" + CDS complement(1770418..1771839) + /locus_tag="BQ2027_MB1602C" + /note="Mb1602c, -, len: 473 aa. Equivalent to Rv1576c, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 473 aa overlap). Probable phiRV1 phage + protein (capsid subunit) (see citation below). Highly + similar to hypothetical Mycobacterium tuberculosis protein + Rv2650c|MTCY441.19 phiRV2 phage related protein, FASTA + scores: opt: 2782, E(): 0, (89.1% identity in 468 aa + overlap). Protein product from Mb1602c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1602c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRV1 phage protein" + /protein_id="SIU00206.1" + /db_xref="InterPro:IPR024455" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ36" + /translation="MTEFDDIKNLSLPETRDAAKQLLDSVAGDLTGEAAQRFQALTRH + AEELRAEQRRRGREAEEELRRYRAGELRVVPGAPTGGDDGDAPPGNSLRDTAFRTLDS + CVRDGLMSSRAAETAETLCRTGPPQSTSWAQRWLAATGSRDYLGAFVKRVSNPVAGHT + VWTDREAAAWREAAAVAAEQRAMGLVDTQGGFLIPAALDPAILLSGDGSTNPIRQVAR + VVQTTSEIWRGVTSEGAEARWYSEAQEVSDDSPALAQPAVPNYRGSCWIPFSIELEGD + AASFVGEIGKILADSVEQLQTAAFVNGSGNGEPTGFVSALTGTSDQVVVGAGSEAIVA + ADVYALQSALPPRFQASAAFAANLSTINTLRQAETSNGALKFPSLHDSPPMLAGKSVL + EVSHMDTVDSAVTATNHPLVLGDWKQFLIVDRVGSMVELVPHLFGPNRRPTGQRGFFA + WFRVGSDVLVRNAFRVLKVETTA" + gene complement(1771847..1772359) + /locus_tag="BQ2027_MB1603C" + CDS complement(1771847..1772359) + /locus_tag="BQ2027_MB1603C" + /note="Mb1603c, -, len: 170 aa. Equivalent to Rv1577c, + len: 170 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 170 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (prohead protease) (see citation below). Highly + similar to hypothetical protein Rv2651c|MTCY441.20c phiRV2 + prohead protease, FASTA scores: E(): 0, (89.3% identity in + 169 aa overlap). Some similarity to VP4_BPHK7|P49860 + putative bacteriophage HK97 prohead protease (gp4) (225 + aa), FASTA results: opt: 176, E(): 1.3e-05, (27.3% + identity in 165 aa overlap). Mb1603c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00207.1" + /db_xref="InterPro:IPR006433" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR4" + /translation="MAELRSGEGRTVHGTIVPYNEATTVRDFDGEFQEMFAPGAFRRS + IAERGHKLKLLVSHDARTRYPVGRAVELREEPHGLFGAFEIADTPDGDEALANVKAGV + VDSFSVGFRPIRDRREGDVLVRVEAALLEVSLTGVPAYSGAQIAGVRAESLTVVSRST + AEAWLSLLDW" + gene complement(1772533..1773003) + /locus_tag="BQ2027_MB1604C" + CDS complement(1772533..1773003) + /locus_tag="BQ2027_MB1604C" + /note="Mb1604c, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv1578c, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 156 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (terminase) (see citation below), highly similar + to Rv2652c|MTCY441.21c phiRV2 phage protein from M. + tuberculosis, FASTA scores: E(): 4.8e-22, (48.1% identity + in 156 aa overlap). Also similar to X65555|ARP3COS_1 + hypothetical protein (cos site) - actinophage RP3 (210 + aa), FASTA scores: opt: 373, E(): 6.5e-17, (50.0% identity + in 114 aa overlap). Contains MIP family signature + (PS00221). Protein product from Mb1604c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1604c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00208.1" + /db_xref="InterPro:IPR006448" + /db_xref="InterPro:IPR022357" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR7" + /translation="MPRPPKPARLKLVEGRSPGRDSGGRKVPESPKFIRQAPDAPDWL + DAEALAEWRRVAPTLERLDLLKPEDRALLSAYCETWSVYVAAVQRVRAEGLTITSPKS + GVVHRNPAVTVAETARMHLLRLASEFGLTPAAEQRLAVAPGDDGDGLNPFAPDR" + gene complement(1773084..1773398) + /locus_tag="BQ2027_MB1605C" + CDS complement(1773084..1773398) + /locus_tag="BQ2027_MB1605C" + /note="Mb1605c, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv1579c, + len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 104 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (see citation below). Protein product from Mb1605c + detected using shotgun mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00209.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR0" + /translation="MTPINRPLTNDERQLMHELAVQVVCSQTGCSPDAAVEALESFAK + DGTLILRGDTENAYLEAGGNVLVHADRDWLAFHASYPGNDPLRDARPIEQDDDQGAGS + PS" + gene complement(1773395..1773667) + /locus_tag="BQ2027_MB1606C" + CDS complement(1773395..1773667) + /locus_tag="BQ2027_MB1606C" + /note="Mb1606c, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv1580c, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 90 aa overlap). Probable phiRv1 phage protein + (see citation below). Protein product from Mb1606c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00210.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR2" + /translation="MAETPDHAELRRRIADMAFNADVGMATCKRCGDAVPYIILPNLQ + TGEPVMGVADNKWKRANCPVDVGKPCPFLIAEGVADSTDDTIEVDQ" + gene complement(1773681..1774076) + /locus_tag="BQ2027_MB1607C" + CDS complement(1773681..1774076) + /locus_tag="BQ2027_MB1607C" + /note="Mb1607c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv1581c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 131 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (see citation below)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00211.1" + /db_xref="InterPro:IPR036869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYP8" + /translation="MTAVAITPASGGRHSVRFAYDSAIVSLIKSTIPAYARSWSAHTR + CWFIDADWTPLLAAELRYHGHTVTGPADPAQQQCTDWAKALFRAVGPQRTPAVYRALS + KVLHPDAPTGCPILQQQLNAARTALTNPA" + gene complement(1774272..1775687) + /locus_tag="BQ2027_MB1608C" + CDS complement(1774272..1775687) + /locus_tag="BQ2027_MB1608C" + /note="Mb1608c, -, len: 471 aa. Equivalent to Rv1582c, + len: 471 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 471 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (see citation below). N-terminus is similar to + C-terminus of Q38030 ORF9 Bacteriophage phi-C31 (519 aa), + FASTA scores: opt: 331, E(): 6.5e-15, (28.5% identity in + 235 aa overlap); and C-terminus to whole of Q38031 ORF10 + of Bacteriophage phi-C31 (202 aa), FASTA scores: opt: 353, + E(): 1e-16, (31.1% identity in 190 aa overlap). Also + similar to part of AB016282|AB016282_42 Bacteriophage + phi-105 (806 aa), FASTA scores: opt: 790, E(): 0, (32.7% + identity in 459 aa overlap). Similarity to other phage + proteins described as putative DNA-polymerase or + DNA-primase. Also slightly similar to MTCY441.24c, FASTA + scores: E(): 0.0055, (36.0% identity in 75 aa overlap). + Mb1608c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00212.1" + /db_xref="InterPro:IPR006500" + /db_xref="InterPro:IPR014015" + /db_xref="InterPro:IPR014818" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYQ8" + /translation="MADIPYGTDYPDAPWIDRDGHVLIDDGGKPTQVHRGQARIAYRL + AERYQDKLLHVAGIGWHSWDGRRWAADDRGEAKRAVLAELRQALSDSLNDKELRADVR + KCESASGVAGVLDLAAALVPFAATLADLDSDPHLLNVANGTLDLHTLKLRPHAPADRI + TKICRGAYQSDTESPLWQAFLTRVLPDEGVRGFVQRLAGVGLLGTVREHVLAILIGVG + ANGKSVFDKAIRYALGDYACTAEPDLFMHRENAHPTGEMDLRGVRWVAVSESEKDRRL + AESTIKRLTGGDTIRARKMRQDFVEFTPSHTPLLITNHLPRVPGDDTAIWRRIRVVPF + EVVIPADEQDRELDARLQLEADSILSWAVAGWSDYQRIGLSQPDAVLAATSNYREDSD + TIKRFIDDECVTSSPVLKATTTHLFEAWQRWRVQEGVPEISRKAFGQSLDTHGYPVTD + KARDGRWRAGIAVRGADDFDD" + gene complement(1775687..1776085) + /locus_tag="BQ2027_MB1609C" + CDS complement(1775687..1776085) + /locus_tag="BQ2027_MB1609C" + /note="Mb1609c, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv1583c, + len: 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 132 aa overlap). Probable phiRv1 phage + protein (see citation below), highly similar to + Rv2656c|MTCY441.25c phiRV2 phage protein (130 aa), FASTA + score: E(): 1.3e-33, (81.7% identity in 131 aa overlap). + Mb1609c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00213.1" + /db_xref="InterPro:IPR024384" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W3" + /translation="MTAGAGGSPPTRRCSATEDRAPATVATPSSADPTASRAVSWWSV + HEHVAPVLDAAGSWPMAGTPAWRQLDDADPRKWAAICDAARHWALRVETCQEAMAQAS + RDVSAAADWPGIAREIVRRRGVYIPRAGVA" + gene complement(1776082..1776303) + /locus_tag="BQ2027_MB1610C" + CDS complement(1776082..1776303) + /locus_tag="BQ2027_MB1610C" + /note="Mb1610c, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv1584c, len: + 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 73 aa overlap). Possible phiRv1 phage protein + (putative excisionase) (see citation below). Mb1610c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible phiRv1 phage protein" + /protein_id="SIU00214.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN2" + /translation="MSTIYHHRGRVAALSRSRASDDPEFIAAKTDLVAANIADYLIRT + LAAAPPLTDEQRTRLAELLRPVRRSGGAR" + gene complement(1776359..1776874) + /locus_tag="BQ2027_MB1611C" + CDS complement(1776359..1776874) + /locus_tag="BQ2027_MB1611C" + /note="Mb1611c, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv1585c, + len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 171 aa overlap). Possible phage phiRv1 + protein (see citation below). Protein product from Mb1611c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1611c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible phage phiRv1 protein" + /protein_id="SIU00215.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR1" + /translation="MSRHHNIVIVCDHGRKGDGRIEHERCDLVAPIIWVDETQGWLPQ + APAVATLLDDDNQPRAVIGLPPNESRLRPEMRRDGWVRLHWEFACLRYGAAGVRTCEQ + RPVRVRNGDLQTLCENVPRLLTGLAGNPDYAPGFAVQSDAVVVAMWLWRTLCESDTPN + KLRATPTRGSC" + gene complement(1776871..1777935) + /locus_tag="BQ2027_MB1612C" + CDS complement(1776871..1777935) + /locus_tag="BQ2027_MB1612C" + /note="Mb1612c, -, len: 469 aa. Equivalent to Rv1586c, + len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 469 aa overlap). Probable phiRv1 + integrase, possibly member of the serine family of + recombinases (see citation below), similar to several + bacteriophage integrases e.g. Q37839 ORF469 PROTEIN from + Bacteriophage R4 (469 aa), FASTA scores: opt: 623, E(): + 1.6e-29, (31.1% identity in 482 aa overlap); and + Bacteriophage TP901-1. Protein product from Mb1612c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1612c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phiRv1 integrase" + /protein_id="SIU00216.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ46" + /db_xref="InterPro:IPR011109" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ46" + /translation="MATPQGRLVARLKGSVAAHETEHKKARQRRAARQKAERGHPNWS + KAFGYLPGPNGPEPDPRTAPLVKQAYADILAGASLGDVCRQWNDAGAFTITGRPWTTT + TLSKFLRKPRNAGLRAYKGARYGPVDRDAIVGKAQWSPLVDEATFWAAQAVLDAPGRA + PGRKSVRRHLLTGLAGCGKCGNHLAGSYRTDGQVVYVCKACHGVAILADNIEPILYHI + VAERLAMPDAVDLLRREIHDAAEAETIRLELETLYGELDRLAVERAEGLLTARQVKIS + TDIVNAKITKLQARQQDQERLRVFDGIPLGTPQVAGMIAELSPDRFRAVLDVLAEVVV + QPVGKSGRIFNPERVQVNWR" + gene complement(1777937..1778938) + /locus_tag="BQ2027_MB1613C" + CDS complement(1777937..1778938) + /locus_tag="BQ2027_MB1613C" + /note="Mb1613c, -, len: 333 aa. Equivalent to Rv1587c, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (97.2% identity in 217 aa overlap). Partial REP13E12 + repeat protein (see citation below), nearly identical (but + has been interrupted by phiRv1 prophage) to + Q50655|MTCY251.13c HYPOTHETICAL 34.6 KD PROTEIN from M. + tuberculosis (317 aa), FASTA results: opt: 2020, E(): 0, + (98.0% identity in 302 aa overlap); Rv0094c|MTCY251.13c + (317 aa), FASTA results: E(): 0, (100.0% identity in 217 + aa overlap). Codon usage suggests that translation may + involve frameshifting of Rv1588c mRNA in poly_C stretch + into reading frame of Rv1587c. 3' end found in Rv1572c. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv and Mycobacterium bovis, Rv1587 + possibly exists as a pseudogene that has been disrupted + when the phage entered. Mb1613c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Partial REP13E12 repeat protein" + /protein_id="SIU00217.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYS5" + /translation="MLAKLAAPGATNPDDHTPVIDTTPDAAAIDRDTRSQAQRNHDGL + LAGLRALIASGELGQHNGLPVSIVVTTTLTDLQTGAGKGFTGGGTLLPMADVIRMTSH + AHHYSPASGRYPQAIFDHGTPLALYHTKRLASPAQRIMLFANDRGCTKPGCDAPAYHS + QAHHVTGWTSTGRTDITDLTLACDPDNRLAEKGWTTRKNTHGHTEWLPPPHLDHGQPW + TCEIHYTCACCCLPPNLRRPLRRTARRGPPTRGLPKAVRAAKMGARRVPRQRRQRINR + QAPPRLRADVGRHHRRQDRRRGGLGPGPAPSPSHRAGSLHVISRREAAGPGHRRRRR" + repeat_region complement(1778282..1779644) + /note="REP-5, len: 1363 nt. Equivalent to REP, len: 1298 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (96.6% + identity in 1363 nt overlap). REP336, member of REP13E12 + family." + /rpt_family="REP" + gene complement(1778943..1779611) + /locus_tag="BQ2027_MB1614C" + CDS complement(1778943..1779611) + /locus_tag="BQ2027_MB1614C" + /note="Mb1614c, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv1588c, + len: 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.2% identity in 222 aa overlap). Partial REP13E12 + repeat protein (see citation below), nearly identical to + ORF's in other Rep13E12 repeats, including + Rv0095c|MTCY251.14c|Y05E_MYCTU|Q10891 hypothetical 15.4 kd + protein cy251.14 from Mycobacterium tuberculosis (136 aa), + FASTA results: opt: 613, E(): 9.9e-29, (86.5% identity in + 111 aa overlap). Mb1614c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Partial REP13E12 repeat protein" + /protein_id="SIU00218.1" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5F2" + /translation="MLANSREELVEVFDALDAELDRLDEVSFEVLTTPERLRSLERLE + CLVRRLPAVGHTLINQLDTQASEEELGGTLCCALANRLRITKPDAALRIADAADLGPR + RALTGEPLAPQLTATATAQRQGLIGEAHIKVIRALFRPPARRGGCVHPPGRRSRPGRQ + SRSISSRRAGPLRPAGHGLATPRRRPHRHRTRPQTRHHPEQPAIRRHVTAKWLPDPPS + AGHL" + gene 1780059..1781108 + /gene="bioB" + /locus_tag="BQ2027_MB1615" + CDS 1780059..1781108 + /gene="bioB" + /locus_tag="BQ2027_MB1615" + /note="Mb1615, bioB, len: 349 aa. Equivalent to Rv1589, + len: 349 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 349 aa overlap). bioB, biotin synthetase + (EC 2.8.1.-) O06601. Highly similar to BIOB_MYCLE|P46715 + BioB from Mycobacterium leprae (345 aa), FASTA results: + opt: 1982, E(): 0, (86.5% identity in 349 aa overlap). + Protein product from Mb1615 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1615 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable biotin synthetase biob" + /protein_id="SIU00219.1" + /db_xref="GOA:P0A507" + /db_xref="InterPro:IPR002684" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR010722" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR024177" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A507" + /translation="MTQAATRPTNDAGQDGGNNSDILVVARQQVLQRGEGLNQDQVLA + VLQLPDDRLEELLALAHEVRMRWCGPEVEVEGIISLKTGGCPEDCHFCSQSGLFASPV + RSAWLDIPSLVEAAKQTAKSGATEFCIVAAVRGPDERLMAQVAAGIEAIRNEVEINIA + CSLGMLTAEQVDQLAARGVHRYNHNLETARSFFANVVTTHTWEERWQTLSMVRDAGME + VCCGGILGMGETLQQRAEFAAELAELGPDEVPLNFLNPRPGTPFADLEVMPVGDALKA + VAAFRLALPRTMLRFAGGREITLGDLGAKRGILGGINAVIVGNYLTTLGRPAEADLEL + LDELQMPLKALNASL" + gene 1781109..1781348 + /locus_tag="BQ2027_MB1616" + CDS 1781109..1781348 + /locus_tag="BQ2027_MB1616" + /note="Mb1616, -, len: 79 aa. Equivalent to Rv1590, len: + 79 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 79 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q49616|LEPB1170_C1_162|YF90_MYCLE from + Mycobacterium leprae (80 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): + 1.7e-21, Smith-Waterman score: 368, (67.1% identity in 73 + aa overlap). Protein product from Mb1616 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1616 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00220.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64882" + /translation="MVEIVAGKQRAPVAAGVYNVYTGELADTATPTAARMGLEPPRFC + AQCGRRMVVQVRPDGWWARCSRHGQVDSADLATQR" + gene 1781345..1782010 + /locus_tag="BQ2027_MB1617" + CDS 1781345..1782010 + /locus_tag="BQ2027_MB1617" + /note="Mb1617, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv1591, len: + 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 221 aa overlap). Probable transmembrane + protein, similar to Q49626|LEPB1170_C3_229|YF91_MYCLE + Hypothetical Mycobacterium leprae protein (198 aa), FASTA + results: opt: 802, E(): 0, (63.8% identity in 188 aa + overlap). Protein product from Mb1617 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1617 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00221.1" + /db_xref="GOA:P0A5F4" + /db_xref="InterPro:IPR021213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5F4" + /translation="MTEPPGFGGPSEPSGAPRTSRTRAVLFVMLGLSATGVLVGGLWA + WIAPPIHAVVAITRAGERVHEYLGSESQNFFIAPFMLLGLLSVLAVVASALMWQWREH + RGPQMVAGLSIGLTTAAAIAAGVGALVVRLRYGALDFDTVPLSRGDHALTYVTQAPPV + FFARRPLQIALTLMWPAGIASLVYALLAAGTARDDLGGYPAVDPSSNARTEALETPQA + PVS" + gene complement(1782175..1783515) + /locus_tag="BQ2027_MB1618C" + CDS complement(1782175..1783515) + /locus_tag="BQ2027_MB1618C" + /EC_number="3.1.1.3" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1618c, -, len: 446 aa. Equivalent to Rv1592c, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 446 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to Q49629|B1170_F1_46 from + Mycobacterium leprae (132 aa), FASTA results: opt: 332, + E(): 4.5e-14, (56.3% identity in 87 aa overlap). Nearly + identical to truncated Mycobacterium bovis BCG protein + (148 aa) AF041819|AF041819_11. Protein product from + Mb1618c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1618c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Lipase 1 (EC" + /protein_id="SIU00222.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYR5" + /db_xref="InterPro:IPR005152" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYR5" + /translation="MVEPGNLAGATGAEWIGRPPHEELQRKVRPLLPSDDPFYFPPAG + YQHAVPGTVLRSRDVELAFMGLIPQPVTATQLLYRTTNMYGNPEATVTTVIVPAELAP + GQTCPLLSYQCAIDAMSSRCFPSYALRRRAKALGSLTQMELLMISAALAEGWAVSVPD + HEGPKGLWGSPYEPGYRVLDGIRAALNSERVGLSPATPIGLWGYSGGGLASAWAAEAC + GEYAPDLDIVGAVLGSPVGDLGHTFRRLNGTLLAGLPALVVAALQHSYPGLARVIKEH + ANDEGRQLLEQLTEMTTVDAVIRMAGRDMGDFLDEPLEDILSTPEVSHVFGDTKLGSA + VPTPPVLIVQAVHDYLIDVSDIDALADSYTAGGANVTYHRDLFSEHVSLHPLSAPMTL + RWLTDRFAGKPLTDHRVRTTWPTIFNPMTYAGMARLAVIAAKVITGRKLSRRPL" + gene complement(1783772..1784482) + /locus_tag="BQ2027_MB1619C" + CDS complement(1783772..1784482) + /locus_tag="BQ2027_MB1619C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1619c, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv1593c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 236 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q49628|B1170_F1_44 from + Mycobacterium leprae (286 aa), FASTA scores: opt: 1304, E + (): 0, (85.4% identity in 233 aa overlap); similar to + several putative DNA hydrolases e.g. Q9S233|SCI51.07C from + Streptomyces coelicolor (239 aa), FASTA scores: opt: 415, + E(): 4.6e-20, (34.8% identity in 221 aa overlap); also + similar to P74291|SLR1690 hypothetical protein from + synechocystis (261 aa), FASTA scores: opt: 228, E(): + 1.4e-17, (31.5% identity in 213 aa overlap). TBparse score + is 0.922 Protein product from Mb1619c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1619c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nudix-related transcriptional regulator NrtR" + /protein_id="SIU00223.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0X0" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X0" + /translation="MAHGSTAHEVLAVVFQVRGVGMSRGAAKPQLNVLLWQRAKEPQR + GAWSLPGGRLRNDEDMTSSVRRQLAEKVDLRELAHLEQLAVFSDPHRLPGIRMIASTY + LGVVPSPATPELPADTRWHPVSSLPPMAFDHGPMVTHARTRLIAKMSYTNIGFALAPK + EFALSTLRDIYGAALGYQVDATNLQRVLARRRVITQTGTIAQSGRSGGRPAALYRFTD + SQLRVTDEFAALRPPGQL" + gene 1784531..1785580 + /gene="nadA" + /locus_tag="BQ2027_MB1620" + CDS 1784531..1785580 + /gene="nadA" + /locus_tag="BQ2027_MB1620" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1620, nadA, len: 349 aa. Equivalent to Rv1594, + len: 349 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 349 aa overlap). Probable nadA, + quinolinate synthetase. Similar to many e.g. Q49622 NADA + from Mycobacterium leprae (368 aa), FASTA results: opt: + 1994, E(): 0, (84.4% identity in 352 aa overlap). Protein + product from Mb1620 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1620 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable quinolinate synthetase nadA" + /protein_id="SIU00224.1" + /db_xref="GOA:P65498" + /db_xref="InterPro:IPR003473" + /db_xref="InterPro:IPR023066" + /db_xref="InterPro:IPR036094" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65498" + /translation="MTVLNRTDTLVDELTADITNTPLGYGGVDGDERWAAEIRRLAHL + RGATVLAHNYQLPAIQDVADHVGDSLALSRVAAEAPEDTIVFCGVHFMAETAKILSPH + KTVLIPDQRAGCSLADSITPDELRAWKDEHPGAVVVSYVNTTAAVKALTDICCTSSNA + VDVVASIDPDREVLFCPDQFLGAHVRRVTGRKNLHVWAGECHVHAGINGDELADQARA + HPDAELFVHPECGCATSALYLAGEGAFPAERVKILSTGGMLEAAHTTRARQVLVATEV + GMLHQLRRAAPEVDFRAVNDRASCKYMKMITPAALLRCLVEGADEVHVDPGIAASGRR + SVQRMIEIGHPGGGE" + gene 1785580..1787163 + /gene="nadB" + /locus_tag="BQ2027_MB1621" + CDS 1785580..1787163 + /gene="nadB" + /locus_tag="BQ2027_MB1621" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1621, nadB, len: 527 aa. Equivalent to Rv1595, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 527 aa overlap). Probable nadB, + L-aspartate oxidase (EC 1.4.3.16). Similar to many e.g. + Q49617 L-ASPARTATE OXIDASE (QUINOLINATE SYNTHETASE) from + Mycobacterium leprae (424 aa), FASTA results: opt: 2152, + E(): 0, (82.0% identity in 400 aa overlap). Also shows + some similarity to Rv1552 frdA from Mycobacterium + tuberculosis (583 aa), FASTA results: E(): 1e-10, (35.3% + identity in 566 aa overlap). HETERODIMER. THE QUINOLINATE + SYNTHETASE COMPLEX CONSISTS OF THE TWO ENZYMES QUINOLINATE + SYNTHETASE A AND B. TBparse score is 0.896. Protein + product from Mb1621 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1621 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable L-aspartate oxidase nadB" + /protein_id="SIU00225.1" + /db_xref="GOA:P65500" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR005288" + /db_xref="InterPro:IPR015939" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR037099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65500" + /translation="MAGPAWRDAADVVVIGTGVAGLAAALAADRAGRSVVVLSKAAQT + HVTATHYAQGGIAVVLPDNDDSVDAHVADTLAAGAGLCDPDAVYSIVADGYRAVTDLV + GAGARLDESVPGRWALTREGGHSRRRIVHAGGDATGAEVQRALQDAAGMLDIRTGHVA + LRVLHDGTAVTGLLVVRPDGCGIISAPSVILATGGLGHLYSATTNPAGSTGDGIALGL + WAGVAVSDLEFIQFHPTMLFAGRAGGRRPLITEAIRGEGAILVDRQGNSITAGVHPMG + DLAPRDVVAAAIDARLKATGDPCVYLDARGIEGFASRFPTVTASCRAAGIDPVRQPIP + VVPGAHYSCGGIVTDVYGQTELLGLYAAGEVARTGLHGANRLASNSLLEGLVVGGRAG + KAAAAHAAAAGRSRATSSATWPEPISYTALDRGDLQRAMSRDASMYRAAAGLHRLCDS + LSGAQVRDVACRRDFEDVALTLVAQSVTAAALARTESRGCHHRAEYPCTVPEQARSIV + VRGADDANAVCVQALVAVC" + gene 1787163..1788020 + /gene="nadC" + /locus_tag="BQ2027_MB1622" + CDS 1787163..1788020 + /gene="nadC" + /locus_tag="BQ2027_MB1622" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1622, nadC, len: 285 aa. Equivalent to Rv1596, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 285 aa overlap). Probable nadC, + nicotinate-nucleotide pyrophosphatase (EC 2.4.2.19) + O06594. Similar to many e.g. ADC_MYCLE|P46714 from + Mycobacterium leprae (284 aa), FASTA results: opt: 1418, + E(): 0,(79.2% identity in 283 aa overlap). BELONGS TO THE + NADC/MODD FAMILY. Protein product from Mb1622 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1622 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphatase + nadC" + /protein_id="SIU00226.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ55" + /db_xref="InterPro:IPR002638" + /db_xref="InterPro:IPR004393" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR022412" + /db_xref="InterPro:IPR027277" + /db_xref="InterPro:IPR036068" + /db_xref="InterPro:IPR037128" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ55" + /translation="MGLSDWELAAARAAIARGLDEDLRYGPDVTTLATVPASATTTAS + LVTREAGVVAGLDVALLTLDEVLGTNGYRVLDRVEDGARVPPGEALMTLEAQTRGLLT + AERTMLNLVGHLSGIATATAAWVDAVRGTKAKIRDTRKTLPGLRALQKYAVRTGGGVN + HRLGLGDAALIKDNHVAAAGSVVDALRAVRNAAPDLPCEVEVDSLEQLDAVLPEKPEL + ILLDNFAVWQTQTAVQRRDSRAPTVMLESSGGLSLQTAATYAETGVDYLAVGALTHSV + RVLDIGLDM" + gene 1788069..1788827 + /locus_tag="BQ2027_MB1623" + CDS 1788069..1788827 + /locus_tag="BQ2027_MB1623" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1623, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv1597, len: + 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 252 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1623 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1623 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU00227.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYT4" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYT4" + /translation="MARTFEDLVAEAASASVGGWDFSWLDGRATEERPSWGYQRQLSQ + RLANATAALDLETGGGEVLAGAGNFPPTMVATEAWPPNAAMATRRLHPLGAVVVITGD + KPPLPFADAAFDLVTSRHPSTRWWTEIARVLRAGGSYFAQHVGPATLWDLREHFLGPR + EHNGADQYAQVVRTCITDAGLEIVDLQMERLRVEFFDVGAVIYFLRKVIWFLPDFTVE + GYHDRLRALHERIQAEGPFVTYSTRALIEARKPS" + gene complement(1788848..1789258) + /locus_tag="BQ2027_MB1624C" + CDS complement(1788848..1789258) + /locus_tag="BQ2027_MB1624C" + /note="Mb1624c, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv1598c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 136 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to O06389|Rv0523c|MTCY25D10.02 + from Mycobacterium tuberculosis (131 aa), FASTA scores: + E(): 2.2e-09, (38.4% identity in 99 aa overlap); and + P95144|MTCY359.02|Rv1871c (129 aa). Protein product from + Mb1624c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1624c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00228.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYT8" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYT8" + /translation="MSAKDHPNNAPGVPMVFPLWLERLQVKYINRALKPIARYLPGTA + TIEHRGRKSGKPYQTIVTAYRKDGVLAIALAHGKTDWVKNVLAAGEADVHFARGVVHV + INPRIVPAGSDGQGLPRMARLQLRRIGVFVGDIA" + gene 1789358..1790674 + /gene="hisD" + /locus_tag="BQ2027_MB1625" + CDS 1789358..1790674 + /gene="hisD" + /locus_tag="BQ2027_MB1625" + /note="Mb1625, hisD, len: 438 aa. Equivalent to Rv1599, + len: 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 438 aa overlap). Probable hisD, + histidinol dehydrogenase (EC 1.1.1.23) (see citation + below) O08396. Similar to many e.g. HISX_MYCSM|P28736 from + Mycobacterium smegmatis (445 aa), FASTA results: opt: + 2356, E(): 0, (83.1% identity in 437 aa overlap). Contains + histidinol dehydrogenase signature (PS00611). Protein + product from Mb1625 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1625 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable histidinol dehydrogenase HisD (HDH)" + /protein_id="SIU00229.1" + /db_xref="GOA:P63951" + /db_xref="InterPro:IPR001692" + /db_xref="InterPro:IPR012131" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR022695" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63951" + /translation="MLTRIDLRGAELTAAELRAALPRGGADVEAVLPTVRPIVAAVAE + RGAEAALDFGASFDGVRPHAIRVPDAALDAALAGLDCDVCEALQVMVERTRAVHSGQR + RTDVTTTLGPGATVTERWVPVERVGLYVPGGNAVYPSSVVMNVVPAQAAGVDSLVVAS + PPQAQWDGMPHPTILAAARLLGVDEVWAVGGAQAVALLAYGGTDTDGAALTPVDMITG + PGNIYVTAAKRLCRSRVGIDAEAGPTEIAILADHTADPVHVAADLISQAEHDELAASV + LVTPSEDLADATDAELAGQLQTTVHRERVTAALTGRQSAIVLVDDVDAAVLVVNAYAA + EHLEIQTADAPQVASRIRSAGAIFVGPWSPVSLGDYCAGSNHVLPTAGCARHSSGLSV + QTFLRGIHVVEYTEAALKDVSGHVITLATAEDLPAHGEAVRRRFER" + gene 1790671..1791813 + /gene="hisC1" + /locus_tag="BQ2027_MB1626" + CDS 1790671..1791813 + /gene="hisC1" + /locus_tag="BQ2027_MB1626" + /standard_name="hisC" + /note="Mb1626, hisC1, len: 380 aa. Equivalent to Rv1600, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 380 aa overlap). Probable hisC1, + histidinol-phosphate aminotransferase (EC 2.6.1.9) O06591. + Similar to many e.g. HIS8_STRCO|P16246 from Streptomyces + coelicolor (369 aa), FASTA results: opt: 1353, E(): 0, + (59.0% identity in 356 aa overlap). Some similarity to + other Mycobacterium tuberculosis aminotransferases e.g. + Rv3772|MTCY13D12.06, FASTA results: E(): 7.4e-25, (33.7% + identity in 365 aa overlap). Contains aminotransferases + class-II pyridoxal-phosphate attachment site (PS00599). + BELONGS TO CLASS-II OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. Note that previously known as hisC. + Protein product from Mb1626 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1626 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable histidinol-phosphate aminotransferase + hisC1" + /protein_id="SIU00230.1" + /db_xref="GOA:P0A679" + /db_xref="InterPro:IPR001917" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR005861" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A679" + /translation="MTRSGHPVTLDDLPLRADLRGKAPYGAPQLAVPVRLNTNENPHP + PTRALVDDVVRSVREAAIDLHRYPDRDAVALRADLAGYLTAQTGIQLGVENIWAANGS + NEILQQLLQAFGGPGRSAIGFVPSYSMHPIISDGTHTEWIEASRANDFGLDVDVAVAA + VVDRKPDVVFIASPNNPSGQSVSLPDLCKLLDVAPGIAIVDEAYGEFSSQPSAVSLVE + EYPSKLVVTRTMSKAFAFAGGRLGYLIATPAVIDAMLLVRLPYHLSSVTQAAARAALR + HSDDTLSSVAALIAERERVTTSLNDMGFRVIPSDANFVLFGEFADAPAAWRRYLEAGI + LIRDVGIPGYLRATTGLAEENDAFLRASARIATDLVPVTRSPVGAP" + gene 1791810..1792442 + /gene="hisB" + /locus_tag="BQ2027_MB1627" + CDS 1791810..1792442 + /gene="hisB" + /locus_tag="BQ2027_MB1627" + /note="Mb1627, hisB, len: 210 aa. Equivalent to Rv1601, + len: 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 210 aa overlap). Probable hisB, + imidazole glycerol-phosphate dehydratase (EC 4.2.1.19). + Similar to many e.g. HIS7_STRCO|P16247 from Streptomyces + coelicolor (197 aa),FASTA results: opt: 763, E(): 0, + (57.4% identity in 202 aa overlap). BELONGS TO THE + IMIDAZOLEGLYCEROL-PHOSPHATE DEHYDRATASE FAMILY. Protein + product from Mb1627 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1627 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable imidazole glycerol-phosphate + dehydratase hisB" + /protein_id="SIU00231.1" + /db_xref="GOA:P64369" + /db_xref="InterPro:IPR000807" + /db_xref="InterPro:IPR020565" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR038494" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64369" + /translation="MTTTQTAKASRRARIERRTRESDIVIELDLDGTGQVAVDTGVPF + YDHMLTALGSHASFDLTVRATGDVEIEAHHTIEDTAIALGTALGQALGDKRGIRRFGD + AFIPMDETLAHAAVDLSGRPYCVHTGEPDHLQHTTIAGSSVPYHTVINRHVFESLAAN + ARIALHVRVLYGRDPHHITEAQYKAVARALRQAVEPDPRVSGVPSTKGAL" + gene 1792439..1793059 + /gene="hisH" + /locus_tag="BQ2027_MB1628" + CDS 1792439..1793059 + /gene="hisH" + /locus_tag="BQ2027_MB1628" + /note="Mb1628, hisH, len: 206 aa. Equivalent to Rv1602, + len: 206 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 206 aa overlap). Probable hisH, + amidotransferase (EC 2.4.2.-). Similar to many e.g. + HIS5_STRCO|P16249 from Streptomyces coelicolor (222 aa), + FASTA results: opt: 872, E():0, (61.0% identity in 210 aa + overlap). Contains glutamine amidotransferases class-I + active site (PS00442). BELONGS TO THE HISH FAMILY. Protein + product from Mb1628 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1628 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable amidotransferase hisH" + /protein_id="SIU00232.1" + /db_xref="GOA:P59957" + /db_xref="InterPro:IPR010139" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59957" + /translation="MTAKSVVVLDYGSGNLRSAQRALQRVGAEVEVTADTDAAMTADG + LVVPGVGAFAACMAGLRKISGERIIAERVAAGRPVLGVCVGMQILFACGVEFGVQTPG + CGHWPGAVIRLEAPVIPHMGWNVVDSAAGSALFKGLDVDARFYFVHSYAAQRWEGSPD + ALLTWATYRAPFLAAVEDGALAATQFHPEKSGDAGAAVLSNWVDGL" + gene 1793069..1793806 + /gene="hisA" + /locus_tag="BQ2027_MB1629" + CDS 1793069..1793806 + /gene="hisA" + /locus_tag="BQ2027_MB1629" + /note="Mb1629, hisA, len: 245 aa. Equivalent to Rv1603, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 245 aa overlap). Probable hisA, + PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE + RIBOTIDE ISOMERASE (EC 5.3.1.16), similar to many e.g. + HIS4_STRCO|P16250 phosphoribosylformimino-5-aminoimidaz + from Streptomyces coelicolor (240 aa), FASTA scores: opt: + 1081, E(): 0, (69.0% identity in 239 aa overlap). Protein + product from Mb1629 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1629 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE + PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE + RIBOTIDE ISOMERASE HISA" + /protein_id="SIU00233.1" + /db_xref="GOA:P60579" + /db_xref="InterPro:IPR006062" + /db_xref="InterPro:IPR010188" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR023016" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60579" + /translation="MMPLILLPAVDVVEGRAVRLVQGKAGSQTEYGSAVDAALGWQRD + GAEWIHLVDLDAAFGRGSNHELLAEVVGKLDVQVELSGGIRDDESLAAALATGCARVN + VGTAALENPQWCARVIGEHGDQVAVGLDVQIIDGEHRLRGRGWETDGGDLWDVLERLD + SEGCSRFVVTDITKDGTLGGPNLDLLAGVADRTDAPVIASGGVSSLDDLRAIATLTHR + GVEGAIVGKALYARRFTLPQALAAVRD" + gene 1793814..1794626 + /gene="impA" + /locus_tag="BQ2027_MB1630" + CDS 1793814..1794626 + /gene="impA" + /locus_tag="BQ2027_MB1630" + /note="Mb1630, impA, len: 270 aa. Equivalent to Rv1604, + len: 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 270 aa overlap). Probable impA, + inositol monophosphatase (EC 3.1.3.25), similar to many + e.g. AF0059|AF005905_2 inositol monophosphate phosphatase + from Mycobacterium smegmatis (276 aa), FASTA scores: opt: + 1241, E(): 0, (70.5% identity in 261 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv3137 and + Rv2701c. Mb1630 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INOSITOL-MONOPHOSPHATASE IMPA (IMP)" + /protein_id="SIU00234.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP5" + /db_xref="InterPro:IPR000760" + /db_xref="InterPro:IPR020550" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP5" + /translation="MHLDSLVAPLVEQASAILDAATALFLVGHRADSAVRKKGNDFAT + EVDLAIERQVVAALVAATGIEVHGEEFGGPAVDSRWVWVLDPIDGTINHAAGSPLAAI + LLGLLHDGVPVAGLTWMPFTDQRYTAVAGGPLIKNGVPQPPLADAELANVLVGVGTFS + ADSRGQFPGRYRLAVLEKLSRVSSRLRMHGSTGIDLVFVADGILGGAISFGGHVWDHA + AGVALVRAAGGVVTDLAGQPWTPASRSALAGPLRVHAQILEILGSIGEPEDY" + gene 1794628..1795431 + /gene="hisF" + /locus_tag="BQ2027_MB1631" + CDS 1794628..1795431 + /gene="hisF" + /locus_tag="BQ2027_MB1631" + /note="Mb1631, hisF, len: 267 aa. Equivalent to Rv1605, + len: 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 267 aa overlap). Probable hisF, cyclase + involved in histidine biosynthetic pathway, similar to + many e.g. AF0304|AF030405_1 Corynebacterium glutamicum + cyclase (257 aa), FASTA scores: opt: 1201, E(): 0, (71.9% + identity in 256 aa overlap). BELONGS TO THE HISA / HISF + FAMILY. Protein product from Mb1631 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1631 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cyclase hisF" + /protein_id="SIU00235.1" + /db_xref="GOA:Q7VEW8" + /db_xref="InterPro:IPR004651" + /db_xref="InterPro:IPR006062" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEW8" + /translation="MYADRDLPGAGGLAVRVIPCLDVDDGRVVKGVNFENLRDAGDPV + ELAAVYDAEGADELTFLDVTASSSGRATMLEVVRRTAEQVFIPLTVGGGVRTVADVDS + LLRAGADKVAVNTAAIACLDLLADMARQFGSQCIVLSVDARTVPVGSAPTPSGWEVTT + HGGRRGTGMDAVQWAARGADLGVGEILLNSMDADGTKAGFDLALLRAVRAAVTVPVIA + SGGAGAVEHFAPAVAAGADAVLAASVFHFRELTIGQVKAALAAEGITVR" + gene 1795428..1795775 + /gene="hisI" + /locus_tag="BQ2027_MB1632" + CDS 1795428..1795775 + /gene="hisI" + /locus_tag="BQ2027_MB1632" + /note="Mb1632, hisI, len: 115 aa. Equivalent to Rv1606, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 115 aa overlap). Probable hisI, + phosphoribosyl-AMP 1,6 cyclohydrolase (EC 3.5.4.19), + similar to several e.g. X82010|RSHISI_2 HISI from + Rhodobacter sphaeroides (119 aa), FASTA scores: opt: 378, + E(): 2.8e-21, (52.3% identity in 109 aa overlap); etc. + Protein product from Mb1632 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1632 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable phosphoribosyl-AMP 1,6 cyclohydrolase + hisI" + /protein_id="SIU00236.1" + /db_xref="GOA:P0A5B4" + /db_xref="InterPro:IPR002496" + /db_xref="InterPro:IPR026660" + /db_xref="InterPro:IPR038019" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5B4" + /translation="MTLDPKIAARLKRNADGLVTAVVQERGSGDVLMVAWMNDEALAR + TLQTREATYYSRSRAEQWVKGATSGHTQHVHSVRLDCDGDAVLLTVDQVGGACHTGDH + SCFDAAVLLEPDD" + gene 1795956..1797038 + /gene="chaA" + /locus_tag="BQ2027_MB1633" + CDS 1795956..1797038 + /gene="chaA" + /locus_tag="BQ2027_MB1633" + /note="Mb1633, chaA, len: 360 aa. Equivalent to Rv1607, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 360 aa overlap). Probable chaA, ionic + transporter integral membrane protein, putative + calcium/proton antiporter, similar to many e.g. + P31801|CHAA_ECOLI CALCIUM/PROTON ANTIPORTER from + Escherichia coli (366 aa), FASTA scores: opt: 736, E(): 0, + (35.9% identity in 351 aa overlap). Equivalent to + Mycobacterium leprae AL049913|MLCB1610_21 (77.7% identity + in 364 aa overlap). SEEMS TO BELONG TO THE CaCA FAMILY. + Protein product from Mb1633 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1633 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable ionic transporter integral membrane + protein chaA" + /protein_id="SIU00237.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU2" + /db_xref="InterPro:IPR004837" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU2" + /translation="MLKRVPWTVVLPSLAFVALVLTWGKQIGPVVGLLAAVLLAGAVL + AAVNHAEVVAARVGEPFGSLVLAVAVTTIEVALIVALMVSGGDDAATLARDTVFAAVM + ITTNGIAGLSLLLGSLRYGVTLFNPHGSGAALATVTTLATLSLVLPTFTTSQSGPELS + PGQLIFAGAASLGLYVLFLFTQTVRHRDFFLPVAQKGAVEDDSHADPPSTRAALLSLG + LLLVALVAVVGLAKVESPVIEEVVSAAGFPQSFVGVVIATLVLLPETLAAARAARQGR + LQTSLNLAYGSAMASIGLTIPTIALASLWLSGPLQLGLGAIQLVLLVLTVVVSVLTVV + PGRATRLQGEVHLVLLAAYLFLAVVP" + gene complement(1797073..1797537) + /gene="bcpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1634C" + CDS complement(1797073..1797537) + /gene="bcpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1634C" + /note="Mb1634c, bcpB, len: 154 aa. Equivalent to Rv1608c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 154 aa overlap). Probable bcpB, + peroxidoxin or bacterioferritin comigratory protein, + similar to many, e.g. AE0003|ECAE000335_4 bacterioferritin + comigratory protein from Escherichia coli K-12 MG1655 (156 + aa), FASTA scores: opt: 329, E(): 1.2e-16, (38.2% identity + in 152 aa overlap); Z97179|MLCL383_22 Mycobacterium leprae + cosmid L383 (161 aa) (40.2% identity in 132 aa overlap). + Also similar to Rv2428 AhpC, alkyl hydroperoxide reductase + from Mycobacterium tuberculosis; and other Mycobacterium + tuberculosis putative peroxidoxins Rv2521, Rv2238c, + Rv1932. Protein product from Mb1634c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1634c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable peroxidoxin bcpB" + /protein_id="SIU00238.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU8" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR024706" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU8" + /translation="MKTGDTVADFELPDQTGTPRRLSVLLSDGPVVLFFYPAAMTPGC + TKEACHFRDLAKEFAEVRASRVGISTDPVRKQAKFAEVRRFDYPLLSDAQGTVAAQFG + VKRGLLGKLMPVKRTTFVIDTDRKVLDVISSEFSMDAHADKALATLRAIRSG" + gene 1797678..1799228 + /gene="trpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1635" + CDS 1797678..1799228 + /gene="trpE" + /locus_tag="BQ2027_MB1635" + /note="Mb1635, trpE, len: 516 aa. Equivalent to Rv1609, + len: 516 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 516 aa overlap). Probable trpE, + anthranilate synthase component I (EC 4.1.3.27). FASTA + best: TRPE_CLOTM|P14953 anthranilate synthase component I + from Clostridium thermocellum (494 aa), E(): 0, (42.6% + identity in 498 aa overlap). Some similarity to + Rv2386c|MTCY253.35, E(): 6.3e-17; and + Rv3215|MTCY07D11.11c, E(): 5.7e-15. BELONGS TO THE + ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I FAMILY. Protein product + from Mb1635 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1635 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anthranilate synthase component i trpe + (glutamine amidotransferase)" + /protein_id="SIU00239.1" + /db_xref="GOA:P67002" + /db_xref="InterPro:IPR005256" + /db_xref="InterPro:IPR005801" + /db_xref="InterPro:IPR006805" + /db_xref="InterPro:IPR015890" + /db_xref="InterPro:IPR019999" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67002" + /translation="MHADLAATTSREDFRLLAAEHRVVPVTRKVLADSETPLSAYRKL + AANRPGTFLLESAENGRSWSRWSFIGAGAPTALTVREGQAVWLGAVPKDAPTGGDPLR + ALQVTLELLATADRQSEPGLPPLSGGMVGFFAYDMVRRLERLPERAVDDLCLPDMLLL + LATDVAAVDHHEGTITLIANAVNWNGTDERVDWAYDDAVARLDVMTAALGQPLPSTVA + TFSRPEPRHRAQRTVEEYGAIVEYLVDQIAAGEAFQVVPSQRFEMDTDVDPIDVYRIL + RVTNPSPYMYLLQVPNSDGAVDFSIVGSSPEALVTVHEGWATTHPIAGTRWRGRTDDE + DVLLEKELLADDKERAEHLMLVDLGRNDLGRVCTPGTVRVEDYSHIERYSHVMHLVST + VTGKLGEGRTALDAVTACFPAGTLSGAPKVRAMELIEEVEKTRRGLYGGVVGYLDFAG + NADFAIAIRTALMRNGTAYVQAGGGVVADSNGSYEYNEARNKARAVLNAIAAAETLAA + PGANRSGC" + gene 1799218..1799925 + /locus_tag="BQ2027_MB1636" + CDS 1799218..1799925 + /locus_tag="BQ2027_MB1636" + /note="Mb1636, -, len: 235 aa. Equivalent to Rv1610, len: + 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 235 aa overlap). Possible conserved + membrane protein. Equivalent to AL049913|MLCB1610_23 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (264 aa), + FASTA score: (65.8% identity in 231 aa overlap). Protein + product from Mb1636 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1636 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00240.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU4" + /db_xref="InterPro:IPR011746" + /db_xref="InterPro:IPR019051" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU4" + /translation="MAANAGSVRPNRRARPMIGIAQLLLVVAAGALWMAARLPWVVIG + SFDELGPPKEVTLTGASWSTALLPLALLMLAAAVAALAVRGWPLRALAVLLAAASFAV + GYLGISLWVVPDVAARGADLAHVPVVTLVGSARHYWGAVAAVLAAVCALLAAVFLMSS + AAIRGSAGEDMARYAAPRARRSIARRQHSNAAGRAAPQDDGPDMGPRMSERMIWEALD + EGRDPTDREQESDTEGR" + gene 1800015..1800833 + /gene="trpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1637" + CDS 1800015..1800833 + /gene="trpC" + /locus_tag="BQ2027_MB1637" + /note="Mb1637, trpC, len: 272 aa. Equivalent to Rv1611, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 272 aa overlap). Probable trpC, + indole-3-glycerol phosphate synthase (EC 4.1.1.48). + Similar to Q55508|SLR0546 HYPOTHETICAL 33.0 KD PROTEIN + from SYNECHOCYSTIS SP (295 aa), FASTA score: opt: 26, E(): + 7.6e-32, (44.2% identity in 265 aa overlap); also similar + to TRPC_AZOBR|P26938 indole-3-glycerol-phosphate + synthaseindole-3-glycerol-phosphate synthase from + Azospirillum brasilense (262 aa), FASTA score: opt: 596, + E(): 4.8e-30, (43.8% identity in 258 aa overlap). + Equivalent to AL0499 13|MLCB1610_24 from Mycobacterium + leprae (272 aa) (90.8% identity in 272 aa overlap). + Contains indole-3-glycerol phosphate synthase signature + (PS00614). BELONGS TO THE TRPC FAMILY. Protein product + from Mb1637 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1637 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable indole-3-glycerol phosphate synthase + trpC" + /protein_id="SIU00241.1" + /db_xref="GOA:P0A633" + /db_xref="InterPro:IPR001468" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR013798" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A633" + /translation="MSPATVLDSILEGVRADVAAREASVSLSEIKAAAAAAPPPLDVM + AALREPGIGVIAEVKRASPSAGALATIADPAKLAQAYQDGGARIVSVVTEQRRFQGSL + DDLDAVRASVSIPVLRKDFVVQPYQIHEARAHGADMLLLIVAALEQSVLVSMLDRTES + LGMTALVEVHTEQEADRALKAGAKVIGVNARDLMTLDVDRDCFARIAPGLPSSVIRIA + ESGVRGTADLLAYAGAGADAVLVGEGLVTSGDPRAAVADLVTAGTHPSCPKPAR" + gene 1800902..1802134 + /gene="trpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1638" + CDS 1800902..1802134 + /gene="trpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1638" + /note="Mb1638, trpB, len: 410 aa. Equivalent to Rv1612, + len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 410 aa overlap). Probable trpB, + tryptophan synthase beta chain (EC 4.2.1.20). Equivalent + to AL049913|MLCB1610_25 from Mycobacterium leprae (340 aa) + (88.5% identity in 331 aa overlap). Similar to others e.g. + TRPB_CAUCR|P12290 tryptophan synthase beta chain from + Caulobacter crescentus (406 aa), FASTA scores: opt: 1662, + E(): 0, (60.6% identity in 404 aa overlap). BELONGS TO THE + TRPB FAMILY. TETRAMER OF TWO ALPHA AND TWO BETA CHAINS. + Protein product from Mb1638 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1638 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tryptophan synthase, beta subunit trpb" + /protein_id="SIU00242.1" + /db_xref="GOA:P66985" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR006653" + /db_xref="InterPro:IPR006654" + /db_xref="InterPro:IPR023026" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66985" + /translation="MSAAIAEPTSHDPDSGGHFGGPSGWGGRYVPEALMAVIEEVTAA + YQKERVSQDFLDDLDRLQANYAGRPSPLYEATRLSQHAGSARIFLKREDLNHTGSHKI + NNVLGQALLARRMGKTRVIAETGAGQHGVATATACALLGLDCVIYMGGIDTARQALNV + ARMRLLGAEVVAVQTGSKTLKDAINEAFRDWVANADNTYYCFGTAAGPHPFPTMVRDF + QRIIGMEARVQIQGQAGRLPDAVVACVGGGSNAIGIFHAFLDDPGVRLVGFEAAGDGV + ETGRHAATFTAGSPGAFHGSFSYLLQDEDGQTIESHSISAGLDYPGVGPEHAWLKEAG + RVDYRPITDSEAMDAFGLLCRMEGIIPAIESAHAVAGALKLGVELGRGAVIVVNLSGR + GDKDVETAAKWFGLLGND" + gene 1802134..1802946 + /gene="trpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1639" + CDS 1802134..1802946 + /gene="trpA" + /locus_tag="BQ2027_MB1639" + /note="Mb1639, trpA, len: 270 aa. Equivalent to Rv1613, + len: 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 270 aa overlap). Probable trpA, + tryptophan synthase alpha chain (EC 4.2.1.20). FASTA best: + O68906|TRPA_MYCIT TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN from + Mycobacterium intracellulare (271 aa), opt: 1442, E(): 0, + (85.3% identity in 265 aa overlap). Protein product from + Mb1639 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1639 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable tryptophan synthase, alpha subunit + trpA" + /protein_id="SIU00243.1" + /db_xref="GOA:P66981" + /db_xref="InterPro:IPR002028" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR018204" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66981" + /translation="MVAVEQSEASRLGPVFDSCRANNRAALIGYLPTGYPDVPASVAA + MTALVESGCDIIEVGVPYSDPGMDGPTIARATEAALRGGVRVRDTLAAVEAISIAGGR + AVVMTYWNPVLRYGVDAFARDLAAAGGLGLITPDLIPDEAQQWLAASEEHRLDRIFLV + APSSTPERLAATVEASRGFVYAASTMGVTGARDAVSQAAPELVGRVKAVSDIPVGVGL + GVRSRAQAAQIAQYADGVIVGSALVTALTEGLPRLRALTGELAAGVRLGMSA" + gene 1802946..1804352 + /gene="lgt" + /locus_tag="BQ2027_MB1640" + CDS 1802946..1804352 + /gene="lgt" + /locus_tag="BQ2027_MB1640" + /note="Mb1640, lgt, len: 468 aa. Equivalent to Rv1614, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 468 aa overlap). Possible lgt, + prolipoprotein diacylglyceryl transferases (EC 2.4.99.-), + similar to many prolipoprotein diacylglyceryl + transferases. FASTA scores: LGT_STAAU|P52282 + prolipoprotein diacylglyceryl transferase from + Staphylococcus aureus subsp. (279 aa), opt: 289, + E():3.6e-09, (31.5% identity in 257 aa overlap); + AL096884|SC4G6_3 cosmid 4G6 from Streptomyces coelicolor + (343 aa), opt: 735, E(): 4e-32, (46.5% identity in 391 aa + overlap). Protein product from Mb1640 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1640 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible prolipoprotein diacylglyceryl + transferases Lgt" + /protein_id="SIU00244.1" + /db_xref="GOA:Q7VEW5" + /db_xref="InterPro:IPR001640" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEW5" + /translation="MRMLPSYIPSPPRGVWYLGPLPVRAYAVCVITGIIVALLIGDRR + LTARGGERGMTYDIALWAVPFGLIGGRLYHLATDWRTYFGDGGAGLAAALRIWDGGLG + IWGAVTLGVMGAWIGCRRCGIPLPVLLDAVAPGVVLAQAIGRLGNYFNQELYGRETTM + PWGLEIFYRRDPSGFDVPNSLDGVSTGQVAFVVQPTFLYELIWNVLVFVALIYIDRRF + IIGHGRLFGFYVAFYCAGRFCVELLRDDPATLIAGIRINSFTSTFVFIGAVVYIILAP + KGREAPGALRGSEYVVDEALEREPAELAAAAVASAASAVGPVGPGEPNQPDDVAEAVK + AEVAEVTDEVAAESVVQVADRDGESTPAVEETSEADIEREQPGDLAGQAPAAHQVDAE + AASAAPEEPAALASEAHDETEPEVPEKAAPIPDPAKPDELAVAGPGDDPAEPDGIRRQ + DDFSSRRRRWWRLRRRRQ" + gene 1805028..1805468 + /locus_tag="BQ2027_MB1641" + CDS 1805028..1805468 + /locus_tag="BQ2027_MB1641" + /note="Mb1641, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv1615, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 146 aa overlap). Probable membrane + protein. Protein product from Mb1641 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1641 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable membrane protein" + /protein_id="SIU00245.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU1" + /db_xref="InterPro:IPR007829" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU1" + /translation="MGLRPARVVRPARSGMLKGVTDPLQHGAFEPGWQSAPPGYPPPY + PQYPGPGSYFDPFAPYGRHPVTGQPFSDKSKTVAGLLQLLGLFGIAGIGRIYLGHTGL + GIAQLLVGWVTCGLGAVIWGVIDALLILTDKVGDPWGRPLRDGS" + gene 1805458..1805856 + /locus_tag="BQ2027_MB1642" + CDS 1805458..1805856 + /locus_tag="BQ2027_MB1642" + /note="Mb1642, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv1616, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 132 aa overlap). Conserved membrane + protein, with some similarity to other hypothetical + proteins e.g. AL096884|SC4G6_9 from Streptomyces + coelicolor cosmid 4G6 (148 aa), FASTA scores: opt: 245, + E(): 1.7e-1 0, (36.7% identity in 128 aa overlap); + Q55401|SLL0543 HYPOTHETICAL 16.5 KD PROTEIN from + SYNECHOCYSTIS SP (148 aa), FASTA scores: opt: 225, E(): + 6.5e-10, (35.9% identity in 117 aa overlap). Has cysteine + cluster and contains a rubredoxin signature (PS00202). + Mb1642 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00246.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ74" + /db_xref="InterPro:IPR021215" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ74" + /translation="MEASGRQRRYAAAGSVVLLAGALGYIGLVDPHNSNSLYPPCLFK + LLTGWNCPACGGLRMIHDLLHGELAASINDNVFLLVGVPVLASWVLLRRRHGDLALPI + PVMIAVAVAVIAWTVLRNLPGFPLVPTISG" + gene 1805964..1807382 + /gene="pykA" + /locus_tag="BQ2027_MB1643" + CDS 1805964..1807382 + /gene="pykA" + /locus_tag="BQ2027_MB1643" + /note="Mb1643, pykA, len: 472 aa. Equivalent to Rv1617, + len: 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 472 aa overlap). Probable pykA, + pyruvate kinase (EC 2.7.1.40). FASTA best: Q46078 PYRUVATE + KINASE from CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (475 aa), opt: + 2221, E(): 0, (72.2% identity in 468 aa overlap). BELONGS + TO THE PYRUVATE KINASE FAMILY. Protein product from Mb1643 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1643 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable pyruvate kinase pykA" + /protein_id="SIU00247.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYV1" + /db_xref="InterPro:IPR001697" + /db_xref="InterPro:IPR011037" + /db_xref="InterPro:IPR015793" + /db_xref="InterPro:IPR015795" + /db_xref="InterPro:IPR015806" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR036918" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYV1" + /translation="MTRRGKIVCTLGPATQRDDLVRALVEAGMDVARMNFSHGDYDDH + KVAYERVRVASDATGRAVGVLADLQGPKIRLGRFASGATHWAEGETVRITVGACEGSH + DRVSTTYKRLAQDAVAGDRVLVDDGKVALVVDAVEGDDVVCTVVEGGPVSDNKGISLP + GMNVTAPALSEKDIEDLTFALNLGVDMVALSFVRSPADVELVHEVMDRIGRRVPVIAK + LDKPEAIDNLEAIVLAFDAVMVARGDLGVELPLEEVPLVQKRAIQMARENAKPVIVAT + QMLDSMIENSRPTRAEASDVANAVLDGADALMLSGETSVGKYPLAAVRTMSRIICAVE + ENSTAAPPLTHIPRTKRGVISYAARDIGERLDAKALVAFTQSGDTVRRLARLHTPLPL + LAFTAWPEVRSQLAMTWGTETFIVPKMQSTDGMIRQVDKSLLELARYKRGDLVVIVAG + APPGTVGSTNLIHVHRIGEDDV" + gene 1807390..1808292 + /gene="tesB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1644" + CDS 1807390..1808292 + /gene="tesB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1644" + /note="Mb1644, tesB1, len: 300 aa. Equivalent to Rv1618, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 300 aa overlap). Probable tesB1, + acyl-CoA thioesterase II (EC 3.1.2.-), similar to other + acyl-CoA thioesterases e.g. TESB_ECOLI|P23911 acyl-coa + thioesterase II from Escherichia coli (285 aa), FASTA + scores: opt: 495, E(): 2.9e-27, (32.5% identity in 283 aa + overlap); etc. Also similar to Rv2605c|tesB2 from M. + tuberculosis. Protein product from Mb1644 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1644 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable acyl-CoA thioesterase II tesB1" + /protein_id="SIU00248.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYV7" + /db_xref="InterPro:IPR003703" + /db_xref="InterPro:IPR025652" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR042171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYV7" + /translation="MPDGKPMSDFDELLAVLDLNAVASDLFTGSHPSKNPLRTFGGQL + MAQSFVASSRTLTRHHLPPSAFSVHFINGGDTAKDIEFQVIRLRDERRFANRRVDAVQ + DGTLLSSAMVSYMAGGRGLEHALDPPQVAEPHTRPPIGELLRGYEETVPHFVNALQPI + EWRYANDPAWIMRDKGDRLAYNRVWVKALGEMPDDPVLHTATLLYSSDTTVLDSVITT + HGLSWGFDRIFAASANHSVWFHRQVNFDDWVLYSTSSPVAADSRGLGSGHFFDRSGKL + IATVVQEGVLKYFPATPDSAAGRS" + gene 1808350..1809804 + /locus_tag="BQ2027_MB1645" + CDS 1808350..1809804 + /locus_tag="BQ2027_MB1645" + /note="Mb1645, -, len: 484 aa. Equivalent to Rv1619, len: + 484 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 484 aa overlap). Conserved membrane + protein. Some similarity to N-terminus of + P94974|Rv1640c|MTCY06H11.04c PROBABLE LYSYL-TRNA + SYNTHETASE 2 (EC 6.1.1.6) from Mycobacterium tuberculosis + (1172 aa), FASTA scores: E(): 1.4e-16, (28.0% identity in + 410 aa overlap); and similar in part to O69916| SC3C8.03C + Putative intergral membrane protein from Streptomyces + coelicolor cosmid 3C8 (589 aa), FASTA scores: opt: 453 + E(): 8.4e-22, (31.3% identity in 313 aa overlap). Mb1645 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00249.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU9" + /db_xref="InterPro:IPR024320" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU9" + /translation="MVAAAGEPLNCQRANPEVTVKLPSADVVPRLRGRQRVVVHVDSR + TARCVGALALVCAACWLIALLAGDYRHAQWAVAGRLGWSLTVLAAVAFIARGIFLGRP + VTAMHATAAGLFLLAGLAAHVLVADLLGEILIAGSGWALMWPTSAHPRPEDLPRVWAL + INATRADSLAPFAMQAGKSHHFSAAGTAALAYRTRIGYAVVSGDPIGDEAQFPQLVAD + FAAMCHMHGWRIVVVGCSERRLGLWSDPMVVGQSLRPIPIGRDVVIDVSNFEMTGRRF + RNLRQAVKRTHNFGVTTEIVAEQQLDDQRQAELAEVLAASPSGARTDRGFCMNLDGVL + EGRYPGIQLIIARDASGRVQGFHRYATAGGGSDMSLDVPWRRRGAPNGIDERLSADMI + AAAKDAGVQRLSLAFAAFPDLFGANQLGRLQRVCRALIHILDPLIALESLYRYLRKFH + ALDERRYVLISMTQVFALALVLLSLEFVPRRRHL" + gene complement(1809738..1811468) + /gene="cydC" + /locus_tag="BQ2027_MB1646C" + CDS complement(1809738..1811468) + /gene="cydC" + /locus_tag="BQ2027_MB1646C" + /note="Mb1646c, cydC, len: 576 aa. Equivalent to Rv1620c, + len: 576 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 576 aa overlap). Probable cydC, + transmembrane ATP-binding protein ABC transporter involved + in transport of component linked with the assembly of + cytochrome (see citation below), similar to others e.g. + CYDC_ECOLI|P23886 transport ATP-binding protein from + Escherichia coli (573 aa), FASTA scores: opt: 631, E(): + 1.6e-30, (28.5% identity in 569 aa overlap); C-terminal + part of AL034355|SCD78_14 from Streptomyces coelicolor + (1172 aa), FASTA scores: opt: 956, E(): 0, (38.8% identity + in 554 aa overlap); etc. Contains (PS00211) ABC + transporters family signature, and (PS00017) + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Mb1646c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 'COMPONENT LINKED WITH THE ASSEMBLY OF + CYTOCHROME' TRANSPORT TRANSMEMBRANE ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER CYDC" + /protein_id="SIU00250.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYV3" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR014223" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYV3" + /translation="MNRPSAVSRRQRDLLAASGLLGPRLPRILAAVALGVLSLGSALA + LAGVSAWLITRAWQMPPVLDLSVAVVAVRAFAISRGVLHYCERLATHDTALRAAGRAR + TLIYHRLAHGPAAAAVGLHSGDLAARVGADVDELANMLVRALVPIAVAAVLAVAATAV + VAAVSVPAAVVLAVCLLVAGVVAPWLAGRTAAAQEAIARQHRGMRDTSAMIALEHAPE + LRVAGALRNVIADSQRRQHAWADALDAAARTGAIAEAMPTAAIGASLLGAVVAGIGMA + PTVAPTTLAILMLLPLSAFEATVALPAAAVQLTRSRIAAARLLDLTGSNRVRETESTV + SARLPVGTGVLAADVCCGHQEAQSIRVTIDLPPGARLAVTGASGAGKTTLLMTLAGLL + PPVHGRVLLDGTNLSDFDEDELRSAVSFFAEDAHIFATTVRDNLLTARGDCPDDELIE + ALDRVGLCGWLAGLPEGLSTVLIGGAQAVSAGQRRRLLLARAVLSPARIVLLDEPVEH + LDAANADLLRDLLAPNSGIMSAMRTVVVATHHLPNDIQCAELSIATDQRCRRRGTNSS + DNNTNASAKT" + gene complement(1811465..1813048) + /gene="cydD" + /locus_tag="BQ2027_MB1647C" + CDS complement(1811465..1813048) + /gene="cydD" + /locus_tag="BQ2027_MB1647C" + /note="Mb1647c, cydD, len: 527 aa. Equivalent to Rv1621c, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 527 aa overlap). Probable cydD, + transmembrane ATP-binding protein ABC transporter involved + in transport of component linked with the assembly of + cytochrome (see citation below), similar to others e.g. + P94366|CYDC_BACSU TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN from + Bacillus subtilis (567 aa), FASTA scores: opt: 784, E(): + 0, (30.1% identity in 535 aa overlap); N-terminal part of + AL034355|SCD78_14 from Streptomyces coelicolor (1172 aa), + FASTA scores: opt: 1295, E(): 0, (44.6% identity in 534 aa + overlap); etc. Also similar to Q11019|Y07D_MYCTU from + Mycobacterium tuberculosis (579 aa), FASTA scores: opt: + 530, E(): 6.9e-25, (29.1% identity in 530 aa overlap). + Contains (PS00211) ABC transporters family signature, and + (PS00017) ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS + TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Mb1647c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 'COMPONENT LINKED WITH THE ASSEMBLY OF + CYTOCHROME' TRANSPORT TRANSMEMBRANE ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER CYDD" + /protein_id="SIU00251.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYT5" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR014216" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="InterPro:IPR039421" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYT5" + /translation="MACGVGISGCAIGSAIVLASIVAGVIDPANPGMAGLRRWLGPLS + ILLVLWGLRASIQWLQARLAQRGASAVIADLSGQVLTAVTARRPSQLAAQRDAAAVLI + TRGLDGLRPYFTGYLPTLLLAAILTPATVAVIGLYDLKSMAIVVITLPLIPIFMVLIG + LATTNPSAAALAAMTAVQARLLDLIAGIPTLRALGRASGPEQRIAELSADHRRSAMAT + LRIAFLSALVLELLATLGVALVAVGIGLRLVFGEMSLTAGLTVLLLAPEVYWPLRRVG + VQFHAAADGRTAADKAFALLGESPSPTPGRRTVTARGGVIRLERLSVRGRDGRAPYDL + TADIEPGRVTVLTGRNGAGKSTTLQAIAGLTAPSSGRITVAGVDVTNLAPAAWWRQLS + WLPQRPVLVPGTVRHNLVLLGPVDDLERACAAAGFDAVLDELPRGLDTVLGRGGVGLS + LGQRQRLGLARALGSPAAVLLLDEPTAHLDARTEQHVLGAIVERARAGATVLVVAHRQ + QVAAAGDRVVEVNSDGFRR" + gene complement(1813135..1814175) + /gene="cydB" + /locus_tag="BQ2027_MB1648C" + CDS complement(1813135..1814175) + /gene="cydB" + /locus_tag="BQ2027_MB1648C" + /note="Mb1648c, cydB, len: 346 aa. Equivalent to Rv1622c, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 346 aa overlap). Probable cydB, + cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II (EC 1.10.3.-), + integral membrane protein, similar to others e.g. + P11027|CYDB_ECOLI CYTOCHROME D UBIQUINOL OXIDASE SUBUNIT + II from Escherichia coli strain K12 (379 aa), FASTA + scores: opt: 519, E(): 0, (32.3% identity in 372 aa + overlap); P94365|CYDB_BACSU CYTOCHROME D UBIQUINOL OXIDASE + SUBUNIT II from Bacillus subtilis (338 aa), FASTA scores: + opt: 824, E(): 0, (39.5% identity in 337 aa overlap); etc. + Protein product from Mb1648c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1648c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable integral membrane cytochrome D + ubiquinol oxidase (subunit II) cydB (Cytochrome BD-I + oxidase subunit II)" + /protein_id="SIU00252.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYU5" + /db_xref="InterPro:IPR003317" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYU5" + /translation="MVLQELWFGVIAALFLGFFILEGFDFGVGMLMAPFAHVGMGDPE + THRRTALNTIGPVWDGNEVWLITAGAAIFAAFPGWYATVFSALYLPLLAILFGMILRA + VAIEWRGKIDDPKWRTGADFGIAAGSWLPALLWGVAFAILVRGLPVDANGHVALSIPD + VLNAYTLLGGLATAGLFSLYGAVFIALKTSGPIRDDAYRFAVWLSLPVAGLVAGFGLW + TQLAYGKDWTWLVLAVAGCAQAAATVLVWRRVSDGWAFMCTLIVVAAVVVLLFGALYP + NLVPSTLNPQWSLTIHNASSTPYTLKIMTWVTAFFAPLTVAYQTWTYWVFRQRISAER + IPPPTGLARRAP" + gene complement(1814205..1815662) + /gene="cydA" + /locus_tag="BQ2027_MB1649C" + CDS complement(1814205..1815662) + /gene="cydA" + /locus_tag="BQ2027_MB1649C" + /standard_name="appC" + /note="Mb1649c, cydA, len: 485 aa. Equivalent to Rv1623c, + len: 485 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 485 aa overlap). Probable cydA + (previously known as appC, but renamed cydA to conform + with Mycobacterium smegmatis nomenclature), cytochrome D + ubiquinol oxidase subunit I (EC 1.10.3.-), integral + membrane protein, similar to others e.g. + P26459|APPC_ECOLI|CYXA|CBDA|B0978 CYTOCHROME BD-II OXIDASE + SUBUNIT I from Escherichia coli strain K12 (514 aa), FASTA + scores: opt: 870, E(): 0, (35.9% identity in 485 aa + overlap); AL034355|SCD78_12 from Streptomyces coelicolor + (501 aa), FASTA scores: opt: 1099, E(): 0, (48.6% identity + in 510 aa overlap); etc. Protein product from Mb1649c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1649c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable integral membrane cytochrome D + ubiquinol oxidase (subunit I) cydA (Cytochrome BD-I + oxidase subunit I)" + /protein_id="SIU00253.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Z3" + /db_xref="InterPro:IPR002585" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z3" + /translation="MNVVDISRWQFGITTVYHFIFVPLTIGLAPLIAVMQTLWVVTDN + PAWYRLTKFFGKLFLINFAIGVATGIVQEFQFGMNWSEYSRFVGDVFGAPLAMEGLAA + FFFESTFIGLWIFGWNRLPRLVHLACIWIVAIAVNVSAFFIIAANSFMQHPVGAHYNP + TTGRAELSSIVVLLTNNTAQAAFTHTVSGALLTAGTFVAAVSAWWLVRSSTTHADSDT + QAMYRPATILGCWVALAATAGLLFTGDHQGKLMFQQQPMKMASAESLCDTQTDPNFSV + LTVGRQNNCDSLTRVIEVPYVLPFLAEGRISGVTLQGIRDLQQEYQQRFGPNDYRPNL + FVTYWSFRMMIGLMAIPVLFALIALWLTRGGQIPNQRWFSWLALLTMPAPFLANSAGW + VFTEMGRQPWVVVPNPTGDQLVRLTVKAGVSDHSATVVATSLLMFTLVYAVLAVIWCW + LLKRYIVEGPLEHDAEPAAHGAPRDDEVAPLSFAY" + gene complement(1815773..1816360) + /locus_tag="BQ2027_MB1650C" + CDS complement(1815773..1816360) + /locus_tag="BQ2027_MB1650C" + /note="Mb1650c, -, len: 195 aa. Equivalent to Rv1624c, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 195 aa overlap). Probable membrane + protein, first start taken. Some similarity to Rv3155 + nuoK, NADH dehydrogenase chain K from Mycobacterium + tuberculosis. Also similar to AAK72093.1|AF196488 + hypothetical protein from Mycobacterium smegmatis (205 + aa). Identities = 117/195 (60%). Mb1650c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved membrane protein" + /protein_id="SIU00254.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZR5" + /db_xref="InterPro:IPR005325" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR5" + /translation="MCHTAPMEPSPVVSPLPRLLPHLWKSTLASGILSLILGVLVLAW + PGISILVAAMAFGVYLLITGVAQVAFAFSLHVSAGGRILLFISGAASLILAVLAFRHF + GDAVLLLAIWIGIGFIFRGVATTVSAISDPMLPGRGWSIFVGVISLIAGIVVMASPFE + SIWILALVVGIWLVVIGACEIASSFAIRKASQTLG" + gene complement(1816389..1817645) + /gene="cya" + /locus_tag="BQ2027_MB1651C" + CDS complement(1816389..1817645) + /gene="cya" + /locus_tag="BQ2027_MB1651C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1651c, cya, len: 418 aa. Equivalent to Rv1625c, + len: 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 418 aa overlap). cya, membrane-anchored + adenylyl cyclase (EC 4.6.1.1) (see citations below). + C-terminal half is similar to region in numerous + eukaryotic adenylate and guanylate cyclases. N-terminal + half hydrophobic. FASTA score: CYG2_RAT|P22717 guanylate + cyclase soluble, beta-2 chain (682 aa), FASTA scores: opt: + 552, E(): 2.7e-26, (40.3% identity in 226 aa overlap). + Some similarity to Rv2435c|MTCY428.11 from Mycobacterium + tuberculosis (730 aa), E(): 7e-19. Start changed since + first submission (+25 aa). BELONGS TO ADENYLYL CYCLASE + CLASS-4/GUANYLYL CYCLASE FAMILY. Protein product from + Mb1651c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1651c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MEMBRANE-ANCHORED ADENYLYL CYCLASE CYA (ATP + PYROPHOSPHATE-LYASE) (ADENYLATE CYCLASE)" + /protein_id="SIU00255.1" + /db_xref="GOA:P0A4Y1" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR018297" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Y1" + /translation="MRTQARAPTQHYAESVARRQRVLTITAWLAVVVTGSFALMQLAT + GAGGWYIALINVFTAVTFAIVPLLHRFGGLVAPLTFIGTAYVAIFAIGWDVGTDAGAQ + FFFLVAAALVVLLVGIEHTALAVGLAAVAAGLVIALEFLVPPDTGLQPPWAMSVSFVL + TTVSACGVAVATVWFALRDTARAEAVMEAEHDRSEALLANMLPASIAERLKEPERNII + ADKYDEASVLFADIVGFTERASSTAPADLVRFLDRLYSAFDELVDQHGLEKIKVSGDS + YMVVSGVPRPRPDHTQALADFALDMTNVAAQLKDPRGNPVPLRVGLATGPVVAGVVGS + RRFFYDVWGDAVNVASRMESTDSVGQIQVPDEVYERLKDDFVLRERGHINVKGKGVMR + TWYLIGRKVAADPGEVRGAEPRTAGV" + gene complement(1817790..1817863) + /locus_tag="BQ2027_LEUV" + tRNA complement(1817790..1817863) + /locus_tag="BQ2027_LEUV" + /product="tRNA-Leu" + /note="leuV, len: 74 nt. Equivalent to leuV, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Leu, anticodon caa." + gene 1817955..1818572 + /locus_tag="BQ2027_MB1652" + CDS 1817955..1818572 + /locus_tag="BQ2027_MB1652" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1652, -, len: 205 aa. Equivalent to Rv1626, len: + 205 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 205 aa overlap). Probable two-component + response system transcriptional regulator, similar to many + e.g. CHEY_BACSU|P24072 chemotaxis protein chey homolog + (119 aa), FASTA scores: opt: 283, E(): 1.6e-16, (43.0% + identity in 114 aa overlap). Also similar to + AL109732|SC7H2_27 hypothetical protein from Streptomyces + coelicolor (218 aa), opt: 880, E(): 0, (69.4% identity in + 196 aa overlap). Protein product from Mb1652 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1652 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable two-component system transcriptional + regulator" + /protein_id="SIU00256.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ84" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR005561" + /db_xref="InterPro:IPR008327" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ84" + /translation="MTGPTTDADAAVPRRVLIAEDEALIRMDLAEMLREEGYEIVGEA + GDGQEAVELAELHKPDLVIMDVKMPRRDGIDAASEIASKRIAPIVVLTAFSQRDLVER + ARDAGAMAYLVKPFSISDLIPAIELAVSRFREITALEGEVATLSERLETRKLVERAKG + LLQTKHGMTEPDAFKWIQRAAMDRRTTMKRVAEVVLETLGTPKDT" + gene complement(1818640..1819848) + /locus_tag="BQ2027_MB1653C" + CDS complement(1818640..1819848) + /locus_tag="BQ2027_MB1653C" + /note="Mb1653c, -, len: 402 aa. Equivalent to Rv1627c, + len: 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 402 aa overlap). Probable nonspecific + lipid-transfer protein, similar to many lipid carrier + proteins e.g. Q51797 ACETYL CoA SYNTHASE from Pyrococcus + furiosus (388 aa), FASTA scores: opt: 400, E(): 3.2e-18, + (34.4% identity in 407 aa overlap); etc. Also some + similarity to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv3523, + Rv3540c, Rv0244, Rv2790c, Rv1323, etc. Protein product + from Mb1653c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1653c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable nonspecific lipid-transfer protein" + /protein_id="SIU00257.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYW1" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW1" + /translation="MRMSAPEPVYILGAGMHPWGKWGNDFTEYGVVAARAALRDAGVD + WRHVQLVAGADTIRNGYPGFVAGATFAQKLGWTGVPVSSSYAACASGSQALQSARAQI + LAGFCDVALVIGADTTPKGFFAPVGGERKGDPDWQRFHLIGATNTVYFALLARRRMDL + YGATVEDFAQVKVKNSRHGLDNPNARYRKENSIDDVLASPVVSDPLRLLDICATSDGA + AALIVASKSFTEKHLGSVAGVPSVRAISTVTPKYPQHLPELPDIATDSTAAVPAPERV + FKDQILDAAYAEAGIGPEDLSLAEVYDLSTALELDWYEHLGLCPKGEAEALLRSGATT + LGGRVPVNPSGGLACFGEAIPAQAIAQVCELTWQLRGQATGRQVADAKVGVTANQGLF + GHGSSVIVAR" + gene complement(1819845..1820336) + /locus_tag="BQ2027_MB1654C" + CDS complement(1819845..1820336) + /locus_tag="BQ2027_MB1654C" + /note="Mb1654c, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv1628c, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 163 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to others e.g. Q51796 ACAC + PROTEIN in Pyrococcus furiosus (136 aa), FASTA scores: + opt: 199, E(): 4.6e-06, (34.7% identity in 121 aa + overlap). Protein product from Mb1654c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1654c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted nucleic-acid-binding protein + containing a Zn-ribbon" + /protein_id="SIU00258.1" + /db_xref="InterPro:IPR002878" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR022002" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW6" + /translation="MPEVTREEPAIDGWFTTDKAGNPHLLGGKCPQCGTYVFPPRADN + CPNPACGSDTLESVGLSTRGKLWSYTENRYAPPPPYPAPDPFEPFAVAAVELADEGLI + VLGKVVDGTLAADLKVGMEMELTTMPLFADDDGVQRIVYAWRIPSRAGDDAERSDAEE + RRR" + gene 1820440..1823154 + /gene="polA" + /locus_tag="BQ2027_MB1655" + CDS 1820440..1823154 + /gene="polA" + /locus_tag="BQ2027_MB1655" + /note="Mb1655, polA, len: 904 aa. Equivalent to Rv1629, + len: 904 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 904 aa overlap). polA, DNA polymerase I + (EC 2.7.7.7). Has DNA polymerase family A signature + (PS00447) at C-terminal end. FASTA best: DPO1_MYCTU|Q07700 + DNA polymerase I from Mycobacterium tuberculosis (904 aa). + Some similarity to Rv2090|MTCY49.30 (393 aa), E(): + 2.2e-18, (38.7% identity in 292 aa overlap). BELONGS TO + DNA POLYMERASE TYPE-A FAMILY. Protein product from Mb1655 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1655 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dna polymerase i pola" + /protein_id="SIU00259.1" + /db_xref="GOA:P0A551" + /db_xref="InterPro:IPR001098" + /db_xref="InterPro:IPR002298" + /db_xref="InterPro:IPR002421" + /db_xref="InterPro:IPR002562" + /db_xref="InterPro:IPR008918" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR018320" + /db_xref="InterPro:IPR019760" + /db_xref="InterPro:IPR020045" + /db_xref="InterPro:IPR020046" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="InterPro:IPR036279" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A551" + /translation="MVTTASAPSEDRAKPTLMLLDGNSLAFRAFYALPAENFKTRGGL + TTNAVYGFTAMLINLLRDEAPTHIAAAFDVSRQTFRLQRYPEYKANRSSTPDEFAGQI + DITKEVLGALGITVLSEPGFEADDLIATLATQAENEGYRVLVVTGDRDALQLVSDDVT + VLYPRKGVSELTRFTPEAVVEKYGLTPRQYPDFAALRGDPSDNLPGIPGVGEKTAAKW + IAEYGSLRSLVDNVDAVRGKVGDALRANLASVVRNRELTDLVRDVPLAQTPDTLRLQP + WDRDHIHRLFDDLEFRVLRDRLFDTLAAAGGPEVDEGFDVRGGALAPGTVRQWLAEHA + GDGRRAGLTVVGTHLPHGGDATAMAVAAADGEGAYLDTATLTPDDDAALAAWLADPAK + PKALHEAKAAVHDLAGRGWTLEGVTSDTALAAYLVRPGQRSFTLDDLSLRYLRRELRA + ETPQQQQLSLLDDDDTDAETIQTTILRARAVIDLADALDAELARIDSTALLGEMELPV + QRVLAKMESAGIAVDLPMLTELQSQFGDQIRDAAEAAYGVIGKQINLGSPKQLQVVLF + DELGMPKTKRTKTGYTTDADALQSLFDKTGHPFLQHLLAHRDVTRLKVTVDGLLQAVA + ADGRIHTTFNQTIAATGRLSSTEPNLQNIPIRTDAGRRIRDAFVVGDGYAELMTADYS + QIEMRIMAHLSGDEGLIEAFNTGEDLHSFVASRAFGVPIDEVTGELRRRVKAMSYGLA + YGLSAYGLSQQLKISTEEANEQMDAYFARFGGVRDYLRAVVERARKDGYTSTVLGRRR + YLPELDSSNRQVREAAERAALNAPIQGSAADIIKVAMIQVDKALNEAQLASRMLLQVH + DELLFEIAPGERERVEALVRDKMGGAYPLDVPLEVSVGYGRSWDAAAH" + gene 1823317..1824762 + /gene="rpsA" + /locus_tag="BQ2027_MB1656" + CDS 1823317..1824762 + /gene="rpsA" + /locus_tag="BQ2027_MB1656" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1656, rpsA, len: 481 aa. Equivalent to Rv1630, + len: 481 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 481 aa overlap). Probable rpsA, + ribosomal protein S1. FASTA best: RS1_MYCLE|P46836 30s + ribosomal protein S1 from Mycobacterium leprae (482 aa), + opt: 2655, E(): 0, (87.2% identity in 483 aa overlap). + Protein product from Mb1656 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1656 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s1 rpsa" + /protein_id="SIU00260.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYW3" + /db_xref="InterPro:IPR003029" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR022967" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW3" + /translation="MPSPTVTSPQVAVNDIGSSEDFLAAIDKTIKYFNDGDIVEGTIV + KVDRDEVLLDIGYKTEGVIPARELSIKHDVDPNEVVSVGDEVEALVLTKEDKEGRLIL + SKKRAQYERAWGTIEALKEKDEAVKGTVIEVVKGGLILDIGLRGFLPASLVEMRRVRD + LQPYIGKEIEAKIIELDKNRNNVVLSRRAWLEQTQSEVRSEFLNNLQKGTIRKGVVSS + IVNFGAFVDLGGVDGLVHVSELSWKHIDHPSEVVQVGDEVTVEVLDVDMDRERVSLSL + KATQEDPWRHFARTHAIGQIVPGKVTKLVPFGAFVRVEEGIEGLVHISELAERHVEVP + DQVVAVGDDAMVKVIDIDLERRRISLSLKQANEDYTEEFDPAKYGMADSYDEQGNYIF + PEGFDAETNEWLEGFEKQRAEWEARYAEAERRHKMHTAQMEKFAAAETAGRGADDQSS + ASSAPSEKTAGGSLASDAQLAALREKLAGSA" + gene 1824788..1826011 + /gene="coaE" + /locus_tag="BQ2027_MB1657" + CDS 1824788..1826011 + /gene="coaE" + /locus_tag="BQ2027_MB1657" + /note="Mb1657, coaE, len: 407 aa. Equivalent to Rv1631, + len: 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 407 aa overlap). Probable coaE, + dephospho-CoA kinase (EC 2.7.1.24), similar to many e.g. + Q50178|ML1383|COAE_MYCLE DEPHOSPHO-COA KINASE from + Mycobacterium leprae (410 aa), FASTA scores: E(): 0, + (77.5% identity in 409 aa overlap). Has ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop, PS00017) at N-terminus. IN THE + N-TERMINAL SECTION; BELONGS TO THE COAE FAMILY. IN THE + C-TERMINAL SECTION; BELONGS TO THE UPF0157 (GRPB) FAMILY. + Protein product from Mb1657 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1657 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable dephospho-CoA kinase coaE + (dephosphocoenzyme A kinase)" + /protein_id="SIU00261.1" + /db_xref="GOA:P63827" + /db_xref="InterPro:IPR001977" + /db_xref="InterPro:IPR007344" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63827" + /translation="MLRIGLTGGIGAGKSLLSTTFSQCGGIVVDGDVLAREVVQPGTE + GLASLVDAFGRDILLADGALDRQALAAKAFRDDESRGVLNGIVHPLVARRRSEIIAAV + SGDAVVVEDIPLLVESGMAPLFPLVVVVHADVELRVRRLVEQRGMAEADARARIAAQA + SDQQRRAVADVWLDNSGSPEDLVRRARDVWNTRVQPFAHNLAQRQIARAPARLVPADP + SWPDQARRIVNRLKIACGHKALRVDHIGSTAVSGFPDFLAKDVIDIQVTVESLDVADE + LAEPLLAAGYPRLEHITQDTEKTDARSTVGRYDHTDSAALWHKRVHASADPGRPTNVH + LRVHGWPNQQFALLFVDWLAANPGAREDYLTVKCDADRRADGELARYVTAKEPWFLDA + YQRAWEWADAVHWRP" + gene complement(1826162..1826605) + /locus_tag="BQ2027_MB1658C" + CDS complement(1826162..1826605) + /locus_tag="BQ2027_MB1658C" + /note="Mb1658c, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv1632c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 147 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1658c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1658c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00262.1" + /db_xref="InterPro:IPR007295" + /db_xref="InterPro:IPR014465" + /db_xref="InterPro:IPR035930" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW0" + /translation="MRAVDEYTVHPWGLYLARPTPGRAQFHYLESWLLPSLGLRATVF + HFNPSHKRDHDYYLDVGEYTPGPSVWRSEDHYLDIEVRTGGGAELADVDELLDAVRHG + LLTPTVAEQAVRHAVDAVEGLARNGYDLTRWLATKGMELTWRSGS" + gene 1826850..1828946 + /gene="uvrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1659" + CDS 1826850..1828946 + /gene="uvrB" + /locus_tag="BQ2027_MB1659" + /note="Mb1659, uvrB, len: 698 aa. Equivalent to Rv1633, + len: 698 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 698 aa overlap). uvrB, Excinuclease abc + subunit B, has ATP/GTP-binding site motif A (P-loop; + PS00017) near N-terminus. FASTA best: UVRB_MICLU|P10125 + from Micrococcus luteus (709 aa), opt: 3268, E(): 0, + (71.3% identity in 704 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis Rv2973c (recG); and Rv1020 (mfd). BELONGS TO + THE UVRB FAMILY. Protein product from Mb1659 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1659 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable excinuclease abc (subunit b-helicase) + uvrb" + /protein_id="SIU00263.1" + /db_xref="GOA:P67423" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR001943" + /db_xref="InterPro:IPR004807" + /db_xref="InterPro:IPR006935" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR024759" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036876" + /db_xref="InterPro:IPR041471" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67423" + /translation="MRAGGHFEVVSPHAPAGDQPAAIDELERRINAGERDVVLLGATG + TGKSATTAWLIERLQRPTLVMAPNKTLAAQLANELREMLPHNAVEYFVSYYDYYQPEA + YIAQTDTYIEKDSSINDDVERLRHSATSALLSRRDVVVVASVSCIYGLGTPQSYLDRS + VELKVGEEVPRDGLLRLLVDVQYTRNDMSFTRGSFRVRGDTVEIIPSYEELAVRIEFF + GDEIEALYYLHPLTGEVIRQVDSLRIFPATHYVAGPERMAHAVSAIEEELAERLAELE + SQGKLLEAQRLRMRTNYDIEMMRQVGFCSGIENYSRHIDGRGPGTPPATLLDYFPEDF + LLVIDESHVTVPQIGGMYEGDISRKRNLVEYGFRLPSACDNRPLTWEEFADRIGQTVY + LSATPGPYELSQTGGEFVEQVIRPTGLVDPKVVVKPTKGQIDDLIGEIRTRADADQRV + LVTTLTKKMAEDLTDYLLEMGIRVRYLHSEVDTLRRVELLRQLRLGDYDVLVGINLLR + EGLDLPEVSLVAILDADKEGFLRSSRSLIQTIGRAARNVSGEVHMYADKITDSMREAI + DETERRRAKQIAYNEANGIDPQPLRKKIADILDQVYREADDTAVVEVGGSGRNASRGR + RAQGEPGRAVSAGVFEGRDTSAMPRAELADLIKDLTAQMMAAARDLQFELAARFRDEI + ADLKRELRGMDAAGLK" + gene 1828943..1830358 + /locus_tag="BQ2027_MB1660" + CDS 1828943..1830358 + /locus_tag="BQ2027_MB1660" + /note="Mb1660, -, len: 471 aa. Equivalent to Rv1634, len: + 471 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 471 aa overlap). Possible drug efflux + membrane protein of major facilitator superfamily (MFS), + similar to many antibiotic resistance (efflux) proteins. + FASTA best: Q56175 TU22 DTDP-GLUCOSE DEHYDRTATASE (GRAE) + from Streptomyces violaceoruber (557 aa), opt: 415, E(): + 1.7e-17, (26.7% identity in 446 aa overlap). Relatives in + Mycobacterium tuberculosis: MTCY369.27c, E(): 4.8e-12; + MTCY20B11.14c, E(): 2.9e-10. Mb1660 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible drug efflux membrane protein" + /protein_id="SIU00264.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZR8" + /db_xref="InterPro:IPR001411" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR8" + /translation="MTETASETGSWRELLSRYLGTSIVLAGGVALYATNEFLTISLLP + STIADIGGSRLYAWVTTLYLVGSVVAATTVNTMLLRVGARSSYLMGLAVFGLASLVCA + AAPSMQILVAGRTLQGIAGGLLAGLGYALINSTLPKSLWTRGSALVSAMWGVATLIGP + ATGGLFAQLGLWRWAFGVMTLLTALMAMLVPVALGAGRVGPGGETPVGSTHKVPVWSL + LLMGAAALAISVAALPNYLVQTAGLLAAAALLVAVFVVVDWRIHAAVLPPSVFGSGPL + KWIYLTMSVQMIAAMVDTYVPLFGQRLGHLTPVAAGFLGAALAVGWTVGEVASASLNS + ARVIGHVVAAAPLVMASGLALGAVTQRADAPVGIIALWALALLIIGTGIGIAWPHLTV + RAMDSVADPAESSAAAAAINVVQLISGAFGAGLAGVVVNTAKGGEVAAARGLYMAFTV + LAAAGVIASYQATHRDRRLPR" + gene complement(1830347..1832017) + /locus_tag="BQ2027_MB1661C" + CDS complement(1830347..1832017) + /locus_tag="BQ2027_MB1661C" + /note="Mb1661c, -, len: 556 aa. Equivalent to Rv1635c, + len: 556 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 556 aa overlap). Membrane protein + equivalent to CAC31770.1|AL583921 Mycobacterium leprae + membrane protein (527 aa), Identities = 332/527 (62%). + Mb1661c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable mannosyltransferase. probable conserved + transmembrane protein." + /protein_id="SIU00265.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYV8" + /db_xref="InterPro:IPR038731" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYV8" + /translation="MHASRPGAPPHAGLPSRRTAGDQDHRADPKVTRIMSASTLEQPA + AAHVDELVARMRGRLLDPLAIAVLAAVISGAWASRPSLWFDEGATISASASRTLPELW + SLLGHIDAVHGLYYLLMHGWFAIFPPTELWSRLPSCLAIGAAAAGVVVFAKQFSGRTT + AVCAGAVFAILPRVTWAGIEARSSALSVAAAVWLTVLLVAAVRCNTQRRWLLYALVLM + LSILVSINLALLVPAYATMVPLLASGKSRKSPVIWWTVVTAAALGAMTPFILFAHGQV + WQVGWIAGLNRNIILDVIHRQYFDHSVPFAILAGLIVAAGIAAHLAGARGPGGDTHRL + VLVSAAWIVVPTAVVLIYSATVEPIYYPRYLILTAPAAAVILAVCVVTIARKPWLIAG + VVFLLAAAAFPNYFFTQRGPYAKEGWDYSQVADVISAHAKPGDCLLVDNTAGWRPGPI + RALLATRPAAFRSLIDVERGTYGPKVGTLWDGHVAVWLTTAKIDKCPTLWTIANRDKS + LPDHQVGEMLSPGTGFGRTPVYRFPSYLGFRIVERWQFHYSQVVKSTR" + gene 1832226..1832666 + /gene="TB15.3" + /locus_tag="BQ2027_MB1662" + CDS 1832226..1832666 + /gene="TB15.3" + /locus_tag="BQ2027_MB1662" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1662, TB15.3, len: 146 aa. Equivalent to Rv1636, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 146 aa overlap). TB15.3, conserved + hypothetical protein (see citations below), similar to + other hypothetical proteins from diverse organisms e.g. + Q57951|MJ0531|Y531_METJA from Methanococcus jannaschii + (170 aa), FASTA scores: opt: 188, E(): 6e-06, (32.2% + identity in 149 aa overlap); also P42297|YXIE_BACSU + hypothetical 15.9 kd protein in bglh-wapa intergenic + region precursor from Bacillus subtilis (148 aa), FASTA + scores: opt: 162, E(): 0.00025, (30.8% identity in 156 aa + overlap). Part of family of Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins (but lacks C-terminal region) + including Rv2005c, Rv2623, Rv2026c, Rv1996, etc. Protein + product from Mb1662 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1662 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="iron-regulated universal stress protein family + protein tb15.3" + /protein_id="SIU00266.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ92" + /translation="MSAYKTVVVGTDGSDSSMRAVDRAAQIAGADAKLIIASAYLPQH + EDARAADILKDESYKVTGTAPIYEILHDAKERAHNAGAKNVEERPIVGAPVDALVNLA + DEEKADLLVVGNVGLSTIAGRLLGSVPANVSRRAKVDVLIVHTT" + gene complement(1832673..1833467) + /locus_tag="BQ2027_MB1663C" + CDS complement(1832673..1833467) + /locus_tag="BQ2027_MB1663C" + /note="Mb1663c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv1637c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 264 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to others e.g. P05446|GLO2_RHOBL + PROBABLE HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (EC 3.1.2.6) + (255 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 2e-09, (39.0% + identity in 146 aa overlap). Also similar to + Q9Z505|AL035591|SCC54.20 putative hydrolase from + Streptomyces coelicolor (218 aa), FASTA scores: opt: 732, + E(): 0, (52.3% identity in 220 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins and + putative glyoxylases e.g. Rv0634c, Rv3677c, Rv2581c, + Rv2260. Protein product from Mb1663c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1663c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MBL-fold metallo-hydrolase superfamily" + /protein_id="SIU00267.1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYW9" + /translation="MLCARTDNHQGTGNVVTSAHMTRANDDDAGAAGIGAVAHMTTVD + DNYTGHVERGKAARRFLPGATILKASVGPMDNNAYLVTCSATGETLLIDAANDAEVLI + DLVRRYAPKLALIVTSHQHFDHWQALQAVAAATGAPTAAHPIDADPLPVKPDRLLTHG + DSVRIGELTFDVIHLRGHTPGSIALALGGPVTGGVTQLFTGDCLFPGGVGKTWQPADF + TQLLDDVTTRVFDVYADSTVIYPGHGDDTELGAERPSLSEWRARGW" + gene 1833516..1836434 + /gene="uvrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1664" + CDS 1833516..1836434 + /gene="uvrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1664" + /note="Mb1664, uvrA, len: 972 aa. Equivalent to Rv1638, + len: 972 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 972 aa overlap). uvrA, Excinuclease ABC + subunit A, similar to many e.g. UVRA_ECOLI|P07671 + excinuclease abc subunit a from Escherichia coli (940 aa), + FASTA scores: opt: 2573, E(): 0, (56.2% identity in 951 aa + overlap). Contains 2x PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A, PS00211 ABC transporters family signature, PS00211 ABC + transporters family signature. CONSISTS OF THREE SUBUNITS; + UVRA, UVRB AND UVRC. BELONGS TO THE ABC TRANSPORTER + FAMILY. UVRA SUBFAMILY. Protein product from Mb1664 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1664 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable excinuclease abc (subunit a-dna-binding + atpase) uvra" + /protein_id="SIU00268.1" + /db_xref="GOA:P63381" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR004602" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041102" + /db_xref="InterPro:IPR041552" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63381" + /translation="MADRLIVKGAREHNLRSVDLDLPRDALIVFTGLSGSGKSSLAFD + TIFAEGQRRYVESLSAYARQFLGQMDKPDVDFIEGLSPAVSIDQKSTNRNPRSTVGTI + TEVYDYLRLLYARAGTPHCPTCGERVARQTPQQIVDQVLAMPEGTRFLVLAPVVRTRK + GEFADLFDKLNAQGYSRVRVDGVVHPLTDPPKLKKQEKHDIEVVVDRLTVKAAAKRRL + TDSVETALNLADGIVVLEFVDHELGAPHREQRFSEKLACPNGHALAVDDLEPRSFSFN + SPYGACPECSGLGIRKEVDPELVVPDPDRTLAQGAVAPWSNGHTAEYFTRMMAGLGEA + LGFDVDTPWRKLPAKARKAILEGADEQVHVRYRNRYGRTRSYYADFEGVLAFLQRKMS + QTESEQMKERYEGFMRDVPCPVCAGTRLKPEILAVTLAGESKGEHGAKSIAEVCELSI + ADCADFLNALTLGPREQAIAGQVLKEIRSRLGFLLDVGLEYLSLSRAAATLSGGEAQR + IRLATQIGSGLVGVLYVLDEPSIGLHQRDNRRLIETLTRLRDLGNTLIVVEHDEDTIE + HADWIVDIGPGAGEHGGRIVHSGPYDELLRNKDSITGAYLSGRESIEIPAIRRSVDPR + RQLTVVGAREHNLRGIDVSFPLGVLTSVTGVSGSGKSTLVNDILAAVLANRLNGARQV + PGRHTRVTGLDYLDKLVRVDQSPIGRTPRSNPATYTGVFDKIRTLFAATTEAKVRGYQ + PGRFSFNVKGGRCEACTGDGTIKIEMNFLPDVYVPCEVCQGARYNRETLEVHYKGKTV + SEVLDMSIEEAAEFFEPIAGVHRYLRTLVDVGLGYVRLGQPAPTLSGGEAQRVKLASE + LQKRSTGRTVYILDEPTTGLHFDDIRKLLNVINGLVDKGNTVIVIEHNLDVIKTSDWI + IDLGPEGGAGGGTVVAQGTPEDVAAVPASYTGKFLAEVVGGGASAATSRSNRRRNVSA + " + gene complement(1836491..1836748) + /locus_tag="BQ2027_MB1665C" + CDS complement(1836491..1836748) + /locus_tag="BQ2027_MB1665C" + /note="Mb1665c, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv1638A, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to C-terminal part of P31511|35KD_MYCTU + 35kd immunogenic protein from Mycobacterium tuberculosis + (270 aa), FASTA scores: opt: 159, E(): 0.002, (50.90% + identity in 55 aa overlap); and to Mycobacterium leprae + ML0981 possible pseudogene, an orthologue of 35kd + immunogenic protein from M. tuberculosis. Size difference + suggests possible gene fragment. Protein product from + Mb1665c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1665c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage shock protein A (IM30), suppresses + sigma54-dependent transcription" + /protein_id="SIU00269.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX0" + /translation="MPDEPTPPEATTPNSESDPRYDSAGVPTFESVREKIETRYGTAL + GATELDAESPQGRRLEDQYAQRQRAAAERLAQIRESMHTDE" + gene complement(1836764..1838233) + /locus_tag="BQ2027_MB1666C" + CDS complement(1836764..1838233) + /locus_tag="BQ2027_MB1666C" + /note="Mb1666c, -, len: 489 aa. Equivalent to Rv1639c, + len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 489 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein. Some similarity to P35866|YLI2_CORGL + Hypothetical 45.7 kd protein from Corynebacterium + glutamicum (426 aa), FASTA scores: opt: 511, E(): 2.4e-23, + (28.9% identity in 370 aa overlap). Contains PS00904 + protein phenyltransferases alpha subunit repeat signature. + Mb1666c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00270.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYX3" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX3" + /translation="MAQNELVTASTPPAATQPLAVGHTSLMHGWVPLAVQVVTAVVLV + LAAGWRSRHWQRRWLPTAAAIGATLAWGTRWYVTGNGLANERPPSTLWIWVALTGAAA + TVLILGWRSARWWRRGASLLAVPLCLLSATLTLNLWVGYFPTVQTAWNQLTSGPLPDQ + ADQAAVAALAHSGVRPSHGTLLPVVIPSDASHFKHRGELVYLPPAWFDREHRSENPPP + PQLPTVMMIGGQFNTPADWARAGNAVKTLDDFAAAHSGNAPVVVFVDSGGAFNNDTEC + VNGRRGNAADHLTKDVVPYMVSKFGVSPEQTSWGIVGWSMGGTCAVDLTVMHPTLFSA + FVDIAGDFYPNAGNKTQTIVRLFGGNEDAWSAFDPTTVITRHGSYTGLSGWFAISSPG + PPSPDNAVADTTTMRLAGRDAAANPGNQAAAANALCALGRANGIYCAVVPQPGKHDWP + FADRVFAAALPWLAGQLATPGVPKIPLPGTTQQIAGTGR" + gene complement(1838292..1841810) + /gene="lysX" + /locus_tag="BQ2027_MB1667C" + CDS complement(1838292..1841810) + /gene="lysX" + /locus_tag="BQ2027_MB1667C" + /note="Mb1667c, lysX, len: 1172 aa. Equivalent to Rv1640c, + len: 1172 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1172 aa overlap). Probable two + domain protein, possible lysyl-tRNA synthetase 2 (EC + 6.1.1.6). N-terminal part (bases 1850153 to 1852033) is + similar to AL023861|SC3C8_3 hypothetical membrane protein + from Streptomyces coelicolor (589 aa), Fasta scores: opt: + 1426, E(): 0, (44.6% identity in 585 aa overlap). The + C-terminal part is similar to SYK_CRILO|P37879 lysyl-tRNA + synthetases (EC 6.1.1.6) from Cricetulus longicaudatus + (Long-tailed hamster) (597 aa), Fasta scores, opt: 985, + E(): 0, (36.8% identity in 524 aa overlap). Contains + PS00179 Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II + signature 1, PS00339 Aminoacyl-transfer RNA synthetases + class-II signature 2. This may indicate a frame shift but + sequence has been checked and no error found. BELONGS TO + CLASS-II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product + from Mb1667c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1667c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="lysyl-trna synthetase 2 lysx" + /protein_id="SIU00271.1" + /db_xref="GOA:Q7VEV7" + /db_xref="InterPro:IPR002313" + /db_xref="InterPro:IPR004364" + /db_xref="InterPro:IPR004365" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR018149" + /db_xref="InterPro:IPR024320" + /db_xref="InterPro:IPR031553" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEV7" + /translation="MGLHLTVPGLRRDGRGVQSNSHDTSSKTTADISRCPQHTDAGLQ + RAATPGISRLLGISSRSVTLTKPRSATRGNSRYHWVPAAAGWTVGVIATLSLLASVSP + LIRWIIKVPREFINDYLFNFPDTNFAWSFVLALLAAALTARKRIAWLVLLANMVLAAV + VNAAEIAAGGNTAAESFGENLGFAVHVVAIVVLVLGYREFWAKVRRGALFRAAAVWLA + GAVVGIVASWGLVELFPGSLAPDERLGYAANRVVGFALADPDLFTGRPHVFLNAIFGL + FGAFALIGAAIVLFLSQRADNALTGEDESAIRGLLDLYGKDDSLGYFATRRDKSVVFA + SSGRACITYRVEVGVCLASGDPVGDHRAWPQAVDAWLRLCQTYGWAPGVMGASSQGAQ + TYREAGLTALELGDEAILRPADFKLSGPEMRGVRQAVTRARRAGLTVRIRRHRDIAED + EMAQTITRADSWRDTETERGFSMALGRLGDPADSDCLLVEAIDPHNQVLAMLSLVPWG + TTGVSLDLMRRSPQSPNGTIELMVSELALHAESLGITRISLNFAVFRAAFEQGAQLGA + GPVARLWRGLLVFFSRWWQLETLYRSNMKYQPEWVPRYACYEDARVIPRVGVASVIAE + GFLVLPFSRRNRVHTGHHPAVPERLAATGLLHHDGSAPDVSGLRQVGLTNGDGVERRL + PEQVRVRFDKLEKLRSSGIDAFPVGRPPSHTVAQALAADHQASVSVSGRIMRIRNYGG + VLFAQLRDWSGEMQVLLDNSRLDQGCAADFNAATDLGDLVEMTGHMGASKTGTPSLIV + SGWRLIGKCLRPLPNKWKGLLDPEARVRTRYLDLAVNAESRALITARSSVLRAVRETL + FAKGFVEVETPILQQLHGGATARPFVTHINTYSMDLFLRIAPELYLKRLCVGGVERVF + ELGRAFRNEGVDFSHNPEFTLLEAYQAHAGYLEWIDGCRELIQNAAQAANGAPIAMRP + RTDKGSDGTRHHLEPVDISGIWPVRTVHDAISEALGERIDADTGLTTLRKLCDAAGVP + YRTQWDAGAVVLELYEHLVECRTEQPTFYIDFPTSVSPLTRPHRSKRGVAERWDLVAW + GIELGTAYSELTDPVEQRRRLQEQSLLAAGGDPEAMELDEDFLQAMEYAMPPTGGLGM + GIDRVVMLITGRSIRETLPFPLAKPH" + gene 1842047..1842652 + /gene="infC" + /locus_tag="BQ2027_MB1668" + CDS 1842047..1842652 + /gene="infC" + /locus_tag="BQ2027_MB1668" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1668, infC, len: 201 aa. Equivalent to Rv1641, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 201 aa overlap). Probable infC, + initiation factor IF-3, similar to many e.g. + IF3_BACST|P03000 initiation factor IF-3 from Bacillus + stearothermophilus (171 aa), FASTA scores: opt: 560, E(): + 1.9e-27, (50.6% identity in 166 aa overlap). Note that an + AUC initiation codon has been used, the Bacillus + (IF3_BACSU) and Escherichia coli (IF3_ECOLI) proteins use + an AUU initiation codon, and the Myxococcus xanthus + (DSG_MYXXA) homolog uses a AUC. BELONGS TO THE IF-3 + FAMILY. Protein product from Mb1668 detected using shotgun + mass spectrometry. Mb1668 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INITIATION FACTOR IF-3 INFC" + /protein_id="SIU00272.1" + /db_xref="GOA:P65136" + /db_xref="InterPro:IPR001288" + /db_xref="InterPro:IPR019813" + /db_xref="InterPro:IPR019814" + /db_xref="InterPro:IPR019815" + /db_xref="InterPro:IPR036787" + /db_xref="InterPro:IPR036788" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65136" + /translation="MSTETRVNERIRVPEVRLIGPGGEQVGIVRIEDALRVAADADLD + LVEVAPNARPPVCKIMDYGKYKYEAAQKARESRRNQQQTVVKEQKLRPKIDDHDYETK + KGHVVRFLEAGSKVKVTIMFRGREQSRPELGYRLLQRLGADVADYGFIETSAKQDGRN + MTMVLAPHRGAKTRARARHPGEPAGGPPPKPTAGDSKAAPN" + gene 1842702..1842896 + /gene="rpmI" + /locus_tag="BQ2027_MB1669" + CDS 1842702..1842896 + /gene="rpmI" + /locus_tag="BQ2027_MB1669" + /note="Mb1669, rpmI, len: 64 aa. Equivalent to Rv1642, + len: 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 64 aa overlap). rpmI, 50S ribosomal + protein L35, similar to several e.g. RL35_SYNY3|P48959 + from Synechocystis sp. (67 aa), fasta scores: opt: 179, + E(): 2.7e-08, (51.6% identity in 64 aa overlap). BELONGS + TO THE L35P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb1669 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1669 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50S ribosomal protein L35 rpmI" + /protein_id="SIU00273.1" + /db_xref="GOA:P66272" + /db_xref="InterPro:IPR001706" + /db_xref="InterPro:IPR018265" + /db_xref="InterPro:IPR021137" + /db_xref="InterPro:IPR037229" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66272" + /translation="MPKAKTHSGASKRFRRTGTGKIVRQKANRRHLLEHKPSTRTRRL + DGRTVVAANDTKRVTSLLNG" + gene 1842958..1843347 + /gene="rplT" + /locus_tag="BQ2027_MB1670" + CDS 1842958..1843347 + /gene="rplT" + /locus_tag="BQ2027_MB1670" + /note="Mb1670, rplT, len: 129 aa. Equivalent to Rv1643, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 129 aa overlap). rplT, 50S ribosomal + protein L20, similar to several e.g. RL20_ECOLI|P02421 + from Escherichia coli (117 aa), FASTA scores: opt: 438, + E(): 5.8e-24, (60.3% identity in 116 aa overlap). Contains + PS00937 Ribosomal protein L20 signature. Protein product + from Mb1670 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1670 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50S ribosomal protein L20 rplT" + /protein_id="SIU00274.1" + /db_xref="GOA:P66106" + /db_xref="InterPro:IPR005813" + /db_xref="InterPro:IPR035566" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66106" + /translation="MARVKRAVNAHKKRRSILKASRGYRGQRSRLYRKAKEQQLHSLN + YAYRDRRARKGEFRKLWIARINAAARLNDITYNRLIQGLKAAGVEVDRKNLADIAISD + PAAFTALVDVARAALPEDVNAPSGEAA" + gene 1843380..1844162 + /gene="tsnR" + /locus_tag="BQ2027_MB1671" + CDS 1843380..1844162 + /gene="tsnR" + /locus_tag="BQ2027_MB1671" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1671, tsnR, len: 260 aa. Equivalent to Rv1644, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 260 aa overlap). Possible tsnR, 23S + rRNA methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to several + e.g. TSNR_STRLU|P52393 from Streptomyces laurentii (270 + aa), FASTA scores: opt: 276, E(): 3.6e-11, (27.6% identity + in 261 aa overlap). Also similar to M. tuberculosis + hypothetical proteins Rv0881, Rv3579c, and Rv0380c. + Protein product from Mb1671 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1671 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible 23S rRNA methyltransferase tsnR" + /protein_id="SIU00275.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYX1" + /db_xref="InterPro:IPR001537" + /db_xref="InterPro:IPR013123" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="InterPro:IPR029064" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX1" + /translation="MLTERSARVATAVKLHRHVGRRRAGRFLAEGPNLVAAALARGLV + REVFVTEVAARRHELLLAAHEASVHLVTERAAKALSDTVTPAGLVAVCDLPATRLEDV + LAGSPQLIAVTVEIREPGNAGTVIRIADAMGAAAVILAGRSVDPYNGKCLRASTGSIF + AIPVVVAPDVGAAIADLRAAGLQVLATAVDGEMALDDADRLLAEPTAWLFGPEAHGLS + AEIAALADHRVHIPMSGGAESLNVAAAAAICLYESARALGRR" + gene complement(1844173..1845228) + /locus_tag="BQ2027_MB1672C" + CDS complement(1844173..1845228) + /locus_tag="BQ2027_MB1672C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1672c, -, len: 351 aa. Equivalent to Rv1645c, + len: 351 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 351 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. O53837|Rv0826|MTV043.18 (351 + aa), FASTA scores: (57.5% identity in 299 aa overlap); + Q10519|Rv2237|YM37_MYCTU (255 aa), O53682|Rv0276 (306 aa). + Mb1672c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00276.1" + /db_xref="InterPro:IPR018713" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA1" + /translation="MTVASRTSADPLGPDSLTWKYFGDLRTGMMGVWIGAIQNMYPEL + GAGVEEHSILLREPLQRVARSVYPIMGVVYDGDRAAQTGQQIKGYHRTIKGVDAEGRR + YHALNPDTFYWAHATFFMLVIKVAEYFCGGLTEAEKHQLFEEHVRWYRMYGMSMRPVP + KSWEDFQDYWDRVCRDKLEINQATVDILQMRIPKPRFVLMPTPIWDQLFKPLIAGQRW + IAAGLFDPAVREKAGMHWTPGDEVLLRVFGKVVELAFLAVPDEIRLHPRALAAYRRAA + GRTRHDAPLVQAPGFMAPPRDRQGLPMHYFPPRSHRFTRSALDPAKALMERAGALVHS + TLSLAGVRPARGPSRAA" + gene 1845538..1846470 + /gene="PE17" + /locus_tag="BQ2027_MB1673" + CDS 1845538..1846470 + /gene="PE17" + /locus_tag="BQ2027_MB1673" + /note="Mb1673, PE17, len: 310 aa. Equivalent to Rv1646, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 310 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family of proteins, similar to many e.g. + YW36_MYCTU|Q10873 hypothetical 53.7 kd protein cy39.36c + (558 aa), FASTA scores, opt: 411, E(): 1.3e-15, (34.4% + identity in 320 aa overlap). Mb1673 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe17" + /protein_id="SIU00277.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX8" + /translation="MSFLTVAPDMVTAAAGNLESVGSALNEAAAAAAPATVGLAAPAA + DRVSAVVAAMLGAYARDFQGISAQIAGFHNQFVGALRGGAAAYASAEAANVQQTVVNA + VNAPAQALLGHPLIGPETVGSSAAAVSFGFGPLLLAGSDPLLAVPFSYPASLPTPFGP + VTMTLNGSFDPLTQQVVFDSGSLTAPAPFVYGLGAVGPALTTMTALQNSGTAFSGAVQ + SGNLLGAAGALLQAPGNAVTGFLFGQTAISQSIPGPSNLGYESVGISVPVGGLLAPLQ + PVTVTLTPTSGMPTAIQLSGTQFGGLLPALLNGF" + gene 1846548..1847498 + /locus_tag="BQ2027_MB1674" + CDS 1846548..1847498 + /locus_tag="BQ2027_MB1674" + /note="Mb1674, -, len: 316 aa. Equivalent to Rv1647, len: + 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 316 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Q11055|Rv1264|YC64_MYCTU Hypothetical 42.2 kd protein (397 + aa), FASTA scores: opt: 197, E(): 9.4e-06, (27.1% identity + in 181 aa overlap) and Q10400|Rv2212|YM12_MYCTU (378 aa). + Protein product from Mb1674 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1674 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="adenylate cyclase (atp pyrophosphate-lyase) + (adenylyl cyclase)" + /protein_id="SIU00278.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY5" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY5" + /translation="MPGSARTTYPCHVEVGPQDSESGAPDETATAMASPVPRQRSALR + WLRTVNRSPGLVSFIHRARRLLPGDPEFGDPLSTAGEGGPRAAARAADRLLRDRDAAS + REVGLSVLQVWQALTEAVSRRPANPEVTLVFTDLVGFSTWSLHAGDDATLTLLRQVAR + AVESPLLDAGGHIVKRLGDGIMAVFRNPTVALRAVLVAQDAVKSLEVQGYTPRMRIGI + HTGRPQRLAADWLGVDVNIAARVMERATKGGIMISQPTLDLIPQSELDALGVVARRVR + KPVFASKPTGIPPDLAIYRIKTVSESTAADNFDEMSPDAQ" + gene 1847505..1848311 + /locus_tag="BQ2027_MB1675" + CDS 1847505..1848311 + /locus_tag="BQ2027_MB1675" + /note="Mb1675, -, len: 268 aa. Equivalent to Rv1648, len: + 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 268 aa overlap). Probable transmembrane + protein, some similarity to Rv3434c|MTCY77.06C (237 aa), + FASTA scores: E(): 0.00039, (31.4% identity in 194 aa + overlap). Mb1675 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transmembrane protein" + /protein_id="SIU00279.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY0" + /translation="MIYRVACLLARIRFTVGYVAALASVSTTILMHGPQVHAQVIRHA + STNLHNLAHGHLGTLWNSAFVIDEGPLYFWLPCLACLLAVAELQLRSLRLTVAFVVGH + IGATLLVAAVLAGAIEIGWLPWSISRVSDVGMSYGALAALGALTAAIPGRWRPAWIGW + WVSLGLATATIGGGFTDAGHTVALLLGMLVTACFTRPARWTLGRCALLAVASGFCLVL + LAHSWWSLVSGSALGLLGALGAAGFARWTRARATSLPPGALAIPQPALSR" + gene 1848507..1849532 + /gene="pheS" + /locus_tag="BQ2027_MB1676" + CDS 1848507..1849532 + /gene="pheS" + /locus_tag="BQ2027_MB1676" + /note="Mb1676, pheS, len: 341 aa. Equivalent to Rv1649, + len: 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 341 aa overlap). pheS, + Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain (EC 6.1.1.20), + similar to several e.g. SYFA_ECOLI|P08312 from Escherichia + coli (327 aa), FASTA scores: opt: 978, E(): 0, (46.5% + identity in 331 aa overlap). Homology suggests this start + site, but there is a potential rbs upstream of a gtg 30 bp + upstream; contains PS00179 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-II signature 1. BELONGS TO CLASS-II + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. PHE-TRNA SYNTHETASE + ALPHA CHAIN SUBFAMILY 1. Protein product from Mb1676 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1676 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable phenylalanyl-trna synthetase, alpha + chain phes" + /protein_id="SIU00280.1" + /db_xref="GOA:Q7VEV4" + /db_xref="InterPro:IPR002319" + /db_xref="InterPro:IPR004188" + /db_xref="InterPro:IPR004529" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR010978" + /db_xref="InterPro:IPR022911" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEV4" + /translation="MLSPEALTTAVDAAQQAIALADTLDVLARVKTEHLGDRSPLALA + RQALAVLPKEQRAEAGKRVNAARNAAQRSYDERLATLRAERDAAVLVAEGIDVTLPST + RVPAGARHPIIMLAEHVADTFIAMGWELAEGPEVETEQFNFDALNFPADHPARGEQDT + FYIAPEDSRQLLRTHTSPVQIRTLLARELPVYIISIGRTFRTDELDATHTPIFHQVEG + LAVDRGLSMAHLRGTLDAFARAEFGPSARTRIRPHFFPFTEPSAEVDVWFANKIGGAD + WVEWGGCGMVHPNVLRATGIDPDLYSGFAFGMGLERTLQFRNGIPDMRDMVEGDVRFS + LPFGVGA" + gene 1849532..1852027 + /gene="pheT" + /locus_tag="BQ2027_MB1677" + CDS 1849532..1852027 + /gene="pheT" + /locus_tag="BQ2027_MB1677" + /note="Mb1677, pheT, len: 831 aa. Equivalent to Rv1650, + len: 831 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 831 aa overlap). pheT, + Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain (EC 6.1.1.20), + similar to several e.g. SYFB_ECOLI|P07395 from Escherichia + coli (795 aa), FASTA scores: opt: 995, E(): 0, (31.8% + identity in 847 aa overlap). BELONGS TO THE + PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN FAMILY - SUBFAMILY + 1. Protein product from Mb1677 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1677 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable phenylalanyl-trna synthetase, beta + chain phet" + /protein_id="SIU00281.1" + /db_xref="GOA:Q7VEV3" + /db_xref="InterPro:IPR002547" + /db_xref="InterPro:IPR004532" + /db_xref="InterPro:IPR005121" + /db_xref="InterPro:IPR005146" + /db_xref="InterPro:IPR005147" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR020825" + /db_xref="InterPro:IPR033714" + /db_xref="InterPro:IPR036690" + /db_xref="InterPro:IPR041616" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEV3" + /translation="MRLPYSWLREVVAVGASGWDVTPGELEQTLLRIGHEVEEVIPLG + PVDGPVTVGRVADIEELTGYKKPIRACAVDIGDRQYREIICGATNFAVGDLVVVALPG + ATLPGGFTISARKAYGRNSDGMICSAAELNLGADHSGILVLPPGAAEPGADGAGVLGL + DDVVFHLAITPDRGYCMSVRGLARELACAYDLDFVDPASNSRVPPLPIEGPVWPLTVQ + PETGVRRFALRPVIGIDPAAVSPWWLQRRLLLCGIRATCPAVDVTNYVMLELGHPMHA + HDRNRISGTLGVRFARSGETAVTLDGIERKLDTADVLIVDDAATAAIGGVMGAASTEV + RADSTDVLLEAAIWDPAAVSRTQRRLHLPSEAARRYERTVDPAISVAALDRCARLLAD + IAGGEVSPTLTDWRGDPPCDDWSPPPIRMGVDVPDRIAGVAYPQGTTARRLAQIGAVV + THDGDTLTVTPPSWRPDLRQPADLVEEVLRLEGLEVIPSVLPPAPAGRGLTAGQQRRR + TIGRSLALSGYVEILPTPFLPAGVFDLWGLEADDSRRMTTRVLNPLEADRPQLATTLL + PALLEALVRNVSRGLVDVALFAIAQVVQPTEQTRGVGLIPVDRRPTDDEIAMLDASLP + RQPQHVAAVLAGLREPRGPWGPGRPVEAADAFEAVRIIARASRVDVTLRPAQYLPWHP + GRCAQVFVGESSVGHAGQLHPAVIERSGLPKGTCAVELNLDAIPCSAPLPAPRVSPYP + AVFQDVSLVVAADIPAQAVADAVRAGAGDLLEDIALFDVFTGPQIGEHRKSLTFALRF + RAPDRTLTEDDASAARDAAVQSAAERVGAVLRG" + gene complement(1852121..1855177) + /gene="PE_PGRS30" + /locus_tag="BQ2027_MB1679C" + CDS complement(1852121..1855177) + /gene="PE_PGRS30" + /locus_tag="BQ2027_MB1679C" + /note="Mb1679c, PE_PGRS30, len: 1018 aa. Equivalent to + Rv1651c, len: 1011 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 1018 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to many e.g. + Q10637|Y03A_MYCTU hypothetical glycine-rich 49.6 kd + protein (603 aa), FASTA scores: opt: 1757, E(): 0, (50.8% + identity in 714aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, an in-frame insertion of 21 bp + leads to a longer product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (1018 aa versus + 1011 aa). Mb1679c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs30" + /protein_id="SIU00282.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYX7" + /translation="MSFLLVEPDLVTAAAANLAGIRSALSEAAAAASTPTTALASAGA + DEVSAAVSRLFGAYGQQFQALNARAATFHAEFVSLLNGGAAAYTGAEAASVSSMQALL + DAVNAPTQTLLGRPLIGNGADGVAGTGSNAGGNGGPGGILYGNGGNGGAGGPDGGAGG + NGGAAGLIGNGGAGGAGGVGGAGGAGGAGGTGGLLYGNGGAGGNGGSAAAAGGAGGNA + LLFGNGGNGGSGASGGAAGHAGTIFGNGGNAGAGSGLAGADGGLFGNGGDGGSSTSKA + GGAGGNALFGNGGDGGSSTVAAGGAGGNTLVGNGGAGGAGGTSGLTGSGVAGGAGGSV + GLWGSGGAGGDGGAATSLLGVGMNAGAGGAGGNAGLLYGNGGAGGAGGNGGDTTVPLF + DSGVGGAGGAGGNASLFGNGGTGGVGGKGGTSSDLASATSGAGGAGGAGGVGGLLYGN + GGNGGAGGIGGAAINILANAGAGGAGGAAGSSFIGNGGNGGAGGAGGAAALFSSGVGG + AGGSGGTALLLGSGGAGGNGGTGGANSGSLFASPGGTGGAGGHGGAGGLIWGNGGAGG + NGGNGGTTADGALEGGTGGIGGTGGSAIAFGNGGQGGAGGTGGDHSGGNGIGGKGGAS + GNGGNAGQVFGDGGTGGTGGAGGAGSGTKAGGTGSDGGHGGNATLIGNGGDGGAGGAG + GAGSPAGAPGNGGTGGTGGVLFGQSGSSGPPGAAALAFPSLSSSVPILGPYEDLIANT + VANLASIGNTWLADPAPFLQQYLANQFGYGQLTLTALTDATRDFAIGLAGIPPSLQSA + LQALAAGDVSGAVTDVLGAVVKVFVSGVDASDLSNILLLGPVGDLFPILSIPGAMSQN + FTNVVMTVTDTTIAFSIDTTNLTGVMTFGLPLAMTLNAVGSPITTAIAFAESTTAFVS + AVQAGNLQAAAAALVGAPANVANGFLNGEARLPLALPTSATGGIPVTVEVPVGGILAP + LQPFQATAVIPVIGPVTVTLEGTPAGGIVPALVNYAPTQLAQAIAP" + gene 1855371..1856429 + /gene="argC" + /locus_tag="BQ2027_MB1680" + CDS 1855371..1856429 + /gene="argC" + /locus_tag="BQ2027_MB1680" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1680, argC, len: 352 aa. Equivalent to Rv1652, + len: 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 352 aa overlap). Probable argC, + N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase (EC 1.2.1.38), + similar to many e.g. ARGC_STRCL|P54896 from Streptomyces + clavuligerus (340 aa), FASTA scores: opt: 1119, E(): 0, + (56.9% identity in 350 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + NAGSA DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product from Mb1680 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1680 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable n-acetyl-gamma-glutamyl-phoshate + reductase argc" + /protein_id="SIU00283.1" + /db_xref="GOA:P63563" + /db_xref="InterPro:IPR000534" + /db_xref="InterPro:IPR000706" + /db_xref="InterPro:IPR012280" + /db_xref="InterPro:IPR023013" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63563" + /translation="MQNRQVANATKVAVAGASGYAGGEILRLLLGHPAYADGRLRIGA + LTAATSAGSTLGEHHPHLTPLAHRVVEPTEAAVLGGHDAVFLALPHGHSAVLAQQLSP + ETLIIDCGADFRLTDAAVWERFYGSSHAGSWPYGLPELPGARDQLRGTRRIAVPGCYP + TAALLALFPALAADLIEPAVTVVAVSGTSGAGRAATTDLLGAEVIGSARAYNIAGVHR + HTPEIAQGLRAVTDRDVSVSFTPVLIPASRGILATCTARTRSPLSQLRAAYEKAYHAE + PFIYLMPEGQLPRTGAVIGSNAAHIAVAVDEDAQTFVAIAAIDNLVKGTAGAAVQSMN + LALGWPETDGLSVVGVAP" + gene 1856426..1857640 + /gene="argJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1681" + CDS 1856426..1857640 + /gene="argJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1681" + /note="Mb1681, argJ, len: 404 aa. Equivalent to Rv1653, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 404 aa overlap). Probable argJ, + Glutamate n-acetyltransferase (EC 2.3.1.35), similar to + ARGJ_BACSU|P36843 from Bacillus subtilis (406 aa), fasta + scores: opt: 727, E(): 0, (36.3% identity in 410 a a + overlap). Protein product from Mb1681 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1681 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Glutamate n-acetyltransferase argJ" + /protein_id="SIU00284.1" + /db_xref="GOA:P63572" + /db_xref="InterPro:IPR002813" + /db_xref="InterPro:IPR016117" + /db_xref="InterPro:IPR042195" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63572" + /translation="MTDLAGTTRLLRAQGVTAPAGFRAAGVAAGIKASGALDLALVFN + EGPDYAAAGVFTRNQVKAAPVLWTQQVLTTGRLRAVILNSGGANACTGPAGFADTHAT + AEAVAAALSDWGTETGAIEVAVCSTGLIGDRLPMDKLLAGVAHVVHEMHGGLVGGDEA + AHAIMTTDNVPKQVALHHHDNWTVGGMAKGAGMLAPSLATMLCVLTTDAAAEPAALER + ALRRAAAATFDRLDIDGSCSTNDTVLLLSSGASEIPPAQADLDEAVLRVCDDLCAQLQ + ADAEGVTKRVTVTVTGAATEDDALVAARQIARDSLVKTALFGSDPNWGRVLAAVGMAP + ITLDPDRISVSFNGAAVCVHGVGAPGAREVDLSDADIDITVDLGVGDGQARIRTTDLS + HAYVEENSAYSS" + gene 1857637..1858521 + /gene="argB" + /locus_tag="BQ2027_MB1682" + CDS 1857637..1858521 + /gene="argB" + /locus_tag="BQ2027_MB1682" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1682, argB, len: 294 aa. Equivalent to Rv1654, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 294 aa overlap). Probable argB, + Acetylglutamate kinase (EC 2.7.2.8), similar to + ARGB_CORGL|Q59281 (294 aa), FASTA scores: opt: 1209, E(): + 0, (64.4% identity in 270 aa overlap). BELONGS TO THE + ACETYLGLUTAMATE KINASE FAMILY. Protein product from Mb1682 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1682 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Acetylglutamate kinase argB" + /protein_id="SIU00285.1" + /db_xref="GOA:P0A4Y7" + /db_xref="InterPro:IPR001048" + /db_xref="InterPro:IPR001057" + /db_xref="InterPro:IPR004662" + /db_xref="InterPro:IPR036393" + /db_xref="InterPro:IPR037528" + /db_xref="InterPro:IPR041727" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Y7" + /translation="MSRIEALPTHIKAQVLAEALPWLKQLHGKVVVVKYGGNAMTDDT + LRRAFAADMAFLRNCGIHPVVVHGGGPQITAMLRRLGIEGDFKGGFRVTTPEVLDVAR + MVLFGQVGRELVNLINAHGPYAVGITGEDAQLFTAVRRSVTVDGVATDIGLVGDVDQV + NTAAMLDLVAAGRIPVVSTLAPDADGVVHNINADTAAAAVAEALGAEKLLMLTDIDGL + YTRWPDRDSLVSEIDTGTLAQLLPTLESGMVPKVEACLRAVIGGVPSAHIIDGRVTHC + VLVELFTDAGTGTKVVRG" + gene 1858518..1859720 + /gene="argD" + /locus_tag="BQ2027_MB1683" + CDS 1858518..1859720 + /gene="argD" + /locus_tag="BQ2027_MB1683" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1683, argD, len: 400 aa. Equivalent to Rv1655, + len: 400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 400 aa overlap). Probable argD, + Acetylornithine aminotransferase (EC 2.6.1.11), similar to + ARGD_ECOLI|P18335 (406 aa), FASTA scores: opt: 958, E(): + 0, (38.6% identity in 404 aa overlap), contains PS00600 + Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment + site. BELONGS TO CLASS-III OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. Protein + product from Mb1683 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1683 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Acetylornithine aminotransferase argD" + /protein_id="SIU00286.1" + /db_xref="GOA:P63569" + /db_xref="InterPro:IPR004636" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63569" + /translation="MTGASTTTATMRQRWQAVMMNNYGTPPIALASGDGAVVTDVDGR + TYIDLLGGIAVNVLGHRHPAVIEAVTRQMSTLGHTSNLYATEPGIALAEELVALLGAD + QRTRVFFCNSGAEANEAAFKLSRLTGRTKLVAAHDAFHGRTMGSLALTGQPAKQTPFA + PLPGDVTHVGYGDVDALAAAVDDHTAAVFLEPIMGESGVVVPPAGYLAAARDITARRG + ALLVLDEVQTGMGRTGAFFAHQHDGITPDVVTLAKGLGGGLPIGACLAVGPAAELLTP + GLHGSTFGGNPVCAAAALAVLRVLASDGLVRRAEVLGKSLRHGIEALGHPLIDHVRGR + GLLLGIALTAPHAKDAEATARDAGYLVNAAAPDVIRLAPPLIIAEAQLDGFVAALPAI + LDRAVGAP" + gene 1859717..1860640 + /gene="argF" + /locus_tag="BQ2027_MB1684" + CDS 1859717..1860640 + /gene="argF" + /locus_tag="BQ2027_MB1684" + /note="Mb1684, argF, len: 307 aa. Equivalent to Rv1656, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 307 aa overlap). Probable argF, + ornithine carbamoyltransferase, anabolic (EC 2.1.3.3) (see + citation below), almost identical to OTCA_MYCBO|Q02095 + ornithine carbamoyltransferase, anabolic from + Mycobacterium bovis (307 aa), FASTA scores: opt: 1980, + E(): 0, (99.0% identity in 307 aa overlap); contains + PS00097 Aspartate and ornithine carbamoyltransferases + signature. BELONGS TO THE ATCASES/OTCASES FAMILY. Protein + product from Mb1684 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1684 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Ornithine carbamoyltransferase, + anabolic ArgF" + /protein_id="SIU00287.1" + /db_xref="GOA:P0A5M9" + /db_xref="InterPro:IPR002292" + /db_xref="InterPro:IPR006130" + /db_xref="InterPro:IPR006131" + /db_xref="InterPro:IPR006132" + /db_xref="InterPro:IPR024904" + /db_xref="InterPro:IPR036901" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5M9" + /translation="MIRHFLRDDDLSPAEQAEVLELAAELKKDPVSRRPLQGPRGVAV + IFDKNSTRTRFSFELGIAQLGGHAVVVDSGSTQLGRDETLQDTAKVLSRYVDAIVWRT + FGQERLDAMASVATVPVINALSDEFHPCQVLADLQTIAERKGALRGLRLSYFGDGANN + MAHSLLLGGVTAGIHVTVAAPEGFLPDPSVRAAAERRAQDTGASVTVTADAHAAAAGA + DVLVTDTWTSMGQENDGLDRVKPFRPFQLNSRLLALADSDAIVLHCLPAHRGDEITDA + VMDGPASAVWDEAENRLHAQKALLVWLLERS" + gene 1860637..1861149 + /gene="argR" + /locus_tag="BQ2027_MB1685" + CDS 1860637..1861149 + /gene="argR" + /locus_tag="BQ2027_MB1685" + /standard_name="ahrC" + /note="Mb1685, argR, len: 170 aa. Equivalent to Rv1657, + len: 170 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 170 aa overlap). Probable argR, Arginine + repressor (alternate gene name: ahrC). Similar to + AHRC_BACSU|P17893 arginine hydroximate resistance protein + from Bacillus subtilis (149 aa), FASTA scores: opt: 283, + E(): 1.8e-11, (34.5% identity in 142 aa overlap); and + ARGR_ECOLI|P15282 arginine repressor from Escherichia coli + (156 aa), FASTA scores: opt: 194, E(): 6.4e-06, (30.8% + identity in 146 aa overlap). BELONGS TO THE ARGR FAMILY. + Protein product from Mb1685 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1685 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Arginine repressor argR (AHRC)" + /protein_id="SIU00288.1" + /db_xref="GOA:P0A4Y9" + /db_xref="InterPro:IPR001669" + /db_xref="InterPro:IPR020899" + /db_xref="InterPro:IPR020900" + /db_xref="InterPro:IPR036251" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Y9" + /translation="MSRAKAAPVAGPEVAANRAGRQARIVAILSSAQVRSQNELAALL + AAEGIEVTQATLSRDLEELGAVKLRGADGGTGIYVVPEDGSPVRGVSGGTDRMARLLG + ELLVSTDDSGNLAVLRTPPGAAHYLASAIDRAALPQVVGTIAGDDTILVVAREPTTGA + QLAGMFENLR" + gene 1861158..1862354 + /gene="argG" + /locus_tag="BQ2027_MB1686" + CDS 1861158..1862354 + /gene="argG" + /locus_tag="BQ2027_MB1686" + /note="Mb1686, argG, len: 398 aa. Equivalent to Rv1658, + len: 398 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 398 aa overlap). Probable argG, + Argininosuccinate synthase (EC 6.3.4.5), similar to + ASSY_STRCL|P50986 argininosuccinate synthase from + Streptomyces clavuligerus (397 aa), FASTA scores: opt: + 1873, E(): 0, (67.8% identity in 397 aa overlap); contains + PS00564 Argininosuccinate synthase signature 1, PS00565 + Argininosuccinate synthase signature 2. BELONGS TO THE + ARGININOSUCCINATE SYNTHASE FAMILY. Protein product from + Mb1686 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1686 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Argininosuccinate synthase argG" + /protein_id="SIU00289.1" + /db_xref="GOA:P63643" + /db_xref="InterPro:IPR001518" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR018223" + /db_xref="InterPro:IPR023434" + /db_xref="InterPro:IPR024074" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63643" + /translation="MSERVILAYSGGLDTSVAISWIGKETGREVVAVAIDLGQGGEHM + DVIRQRALDCGAVEAVVVDARDEFAEGYCLPTVLNNALYMDRYPLVSAISRPLIVKHL + VAAAREHGGGIVAHGCTGKGNDQVRFEVGFASLAPDLEVLAPVRDYAWTREKAIAFAE + ENAIPINVTKRSPFSIDQNVWGRAVETGFLEHLWNAPTKDIYAYTEDPTINWGVPDEV + IVGFERGVPVSVDGKPVSMLAAIEELNRRAGAQGVGRLDVVEDRLVGIKSREIYEAPG + AMVLITAHTELEHVTLERELGRFKRQTDQRWAELVYDGLWYSPLKAALEAFVAKTQEH + VSGEVRLVLHGGHIAVNGRRSAESLYDFNLATYDEGDSFDQSAARGFVYVHGLSSKLA + ARRDLR" + gene 1862434..1863846 + /gene="argH" + /locus_tag="BQ2027_MB1687" + CDS 1862434..1863846 + /gene="argH" + /locus_tag="BQ2027_MB1687" + /note="Mb1687, argH, len: 470 aa. Equivalent to Rv1659, + len: 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 470 aa overlap). Probable argH, + argininosuccinate lyase (EC 4.3.2.1), similar to + ARLY_ECOLI|P11447 argininosuccinate lyase from Escherichia + coli (457 aa), FASTA scores: opt: 1091, E(): 0, (42.5% + identity in 461 aa overlap); contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A, PS00163 Fumarate lyases + signature. BELONGS TO THE LYASE 1 FAMILY. + ARGININOSUCCINATE LYASE SUBFAMILY. Protein product from + Mb1687 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1687 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Argininosuccinate lyase argH" + /protein_id="SIU00290.1" + /db_xref="GOA:P0A4Z1" + /db_xref="InterPro:IPR000362" + /db_xref="InterPro:IPR008948" + /db_xref="InterPro:IPR009049" + /db_xref="InterPro:IPR020557" + /db_xref="InterPro:IPR022761" + /db_xref="InterPro:IPR024083" + /db_xref="InterPro:IPR029419" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Z1" + /translation="MSTNEGSLWGGRFAGGPSDALAALSKSTHFDWVLAPYDLTASRA + HTMVLFRAGLLTEEQRDGLLAGLDSLAQDVADGSFGPLVTDEDVHAALERGLIDRVGP + DLGGRLRAGRSRNDQVAALFRMWLRDAVRRVATGVLDVVGALAEQAAAHPSAIMPGKT + HLQSAQPILLAHHLLAHAHPLLRDLDRIVDFDKRAAVSPYGSGALAGSSLGLDPDAIA + ADLGFSAAADNSVDATAARDFAAEAAFVFAMIAVDLSRLAEDIIVWSSTEFGYVTLHD + SWSTGSSIMPQKKNPDIAELARGKSGRLIGNLAGLLATLKAQPLAYNRDLQEDKEPVF + DSVAQLELLLPAMAGLVASLTFNVQRMAELAPAGYTLATDLAEWLVRQGVPFRSAHEA + AGAAVRAAEQRGVGLQELTDDELAAISPELTPQVREVLTIEGSVSARDCRGGTAPGRV + AEQLNAIGEAAERLRRQLVR" + gene 1863955..1865016 + /gene="pks10" + /locus_tag="BQ2027_MB1688" + CDS 1863955..1865016 + /gene="pks10" + /locus_tag="BQ2027_MB1688" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1688, pks10, len: 353 aa. Equivalent to Rv1660, + len: 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 353 aa overlap). Possible pks10, + chalcone synthase (EC 2.3.1.74), similar to + BCSA_BACSU|P54157 putative chalcone synthase from B. + subtilis (365 aa), FASTA scores: opt: 701, E(): 0, (33.1% + identity in 362 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis Rv1665|pks11 polyketide synthase (chalcone + synthase); and Rv1372|pks18 polyketide synthase. Other + upstream initiation sites are possible but homology + suggests this start. Protein product from Mb1688 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1688 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="chalcone synthase pks10" + /protein_id="SIU00291.1" + /db_xref="GOA:Q7VEV2" + /db_xref="InterPro:IPR001099" + /db_xref="InterPro:IPR011141" + /db_xref="InterPro:IPR012328" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEV2" + /translation="MSVIAGVFGALPPYRYSQRELTDSFVSIPDFEGYEDIVRQLHAS + AKVNSRHLVLPLEKYPKLTDFGEANKIFIEKAVDLGVQALAGALDESGLRPEDLDVLI + TATVTGLAVPSLDARIAGRLGLRADVRRVPLFGLGCVAGAAGVARLHDYLRGAPDGVA + ALVSVELCSLTYPGYKPTLPGLVGSALFADGAAAVVAAGVKRAQDIGADGPDILDSRS + HLYPDSLRTMGYDVGSAGFELVLSRDLAAVVEQYLGNDVTTFLASHGLSTTDVGAWVT + HPGGPKIINAITETLDLSPQALELTWRSLGEIGNLSSASVLHVLRDTIAKPPPSGSPG + LMIAMGPGFCSELVLLRWH" + gene 1865099..1871479 + /gene="pks7" + /locus_tag="BQ2027_MB1689" + CDS 1865099..1871479 + /gene="pks7" + /locus_tag="BQ2027_MB1689" + /note="Mb1689, pks7, len: 2126 aa. Equivalent to Rv1661, + len: 2126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 2126 aa overlap). Probable pks7, + polyketide synthase, similar to many e.g. + ERY2_SACER|Q03132 erythronolide synthase, modules 3 and 4 + (3567 aa), FASTA scores: E(): 0, (48.8% identity in 2131 + aa overlap); also similar to Mycobacterium tuberculosis + pks12. Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases active + site, PS00012 Phosphopantetheine attachment site. Protein + product from Mb1689 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1689 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable polyketide synthase pks7" + /protein_id="SIU00292.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY8" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR041314" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY8" + /translation="MNSTPEDLVKALRRSLKQNERLKRENRDLLARTTEPVAVVGMGC + RYPGGVDSPETLWELVAHGRDAVSEFPADRGWDVAGLFDPDPDAVGKSYTRCGGFLTD + VAGFDAEFFGIAPSEALAMDPQQRLLLEVSWEALERAGIDPITLRGSQTGVFAGVFHG + SYGGQGRVPGDLERYGLRGSTLSVASGRVAYVLGLQGPAVSVDTACSSSLVALHLAVQ + SLRLGECDLALVGGVTVMATPAMFIEFSRQRALSADGRCKAYAGAADGTAFAEGAGVL + VLARLADARRLGHPVLALVRGSAVNQDGASNGLATPNGPAQQRVITAALASARLGVAD + VDVVEGHGTGTTLGDPIEAQAILATYGQRPADRPLWLGSIKSNIGHTSAAAGVAGVIK + MVQAMRHGVLPKTLHVDVPTPHVDWSAGAVSLLTEPRPWHVPGRPRRAGVSSFGISGT + NAHVILEEAPAVEPVGAAHGNDPVAVPWVLSARSAQALTNQARRLLAWVGADENVRPL + DVGWSLVNTRSLFDHRAVVVGADRTQLMEGLTGLAAGVPGADVVAGRAQTVGKTAFVF + PGQGAQWLGMGAQLCATAPVFAEHIHRCERALREHVEWSLLDVLRGAPGAPGLDRVDV + VQPALWAVMVSLAELWRSVGVVPDAVIGHSQGEIAAAYVAGALSLWDAAAVVALRSRL + LVRLGGAGGMVSLACGQPQAEKLASQWGDRLNIAAVNGVSSVVLAGETDAVTELMQRC + EAEGIRARRIDVDYASHSAQVDAIREELIAALRGIEPRTSTVAFFSTVTGELMDTAGV + NAEYWYRSIRQPVQFERAVRNAFDGGYRVFVESSPHPVLIAGIEETLVDCDRGATGEP + IVIPTLGRDDGGVGRFWLSAGQAHVAGVGVDWRAAFADLGGRRVELPTYAFARQRFWL + DGLGAVGGDLGGVGLVGAEHGLLAAVVQRPDSGGVVLTGRISVVAAPWLADHAVGPVV + LFPGTGFVELALRAGDEVGCSVLQELTLQAPLVLPADGVRVQVVVGGVEQSGTRNVWV + YSAAGQADSSPGWTLHAQGVLGVGSVQPAAELSVWPPVGARAMDVADGYQVLAARGYG + YGPAFRGLQALWRRGAEVFADVTLPEGVPIRGFGIHPAVLDAALHAWGIVEGEQQTML + PFSWQGVCLHASGAARVRVRLAPVGRGAVPVELADPQGLPVLSVRQLMVRPVSAAALS + RSTAGDRGLLEMIWTPVPLEGGDIGDDAVVWELPPHAGAQAGGDVLAAVYRGVHEVLE + VLQSWLASDATGLGVVVTRGAVGPVDDDVTDLAGAAVWGLVRSAQAEHPGRVVLVDTD + GSVAVEDAVGFGARSGEPQLVVRRGRVYAARLAPVAAGLTLPSASAGGWRLVAGGGGT + LADVVVAPVAPVELATGQVRVAVGAVGVNFRDVLVALGMYPGGGELGVDGAGVVVEVG + PGVTGLAVGDRVMGLLGLVGSEAVVDARLVTMVPAGWSLVEAAAVPVAFLTAFYGLSV + LAEVAAGQKVLVHAGTGGVGMAAVSLARYWGAEVFVTASRAKWDTLRAMGFDDIHISD + SRSLEFEEAFLRATEGSGVDVVLNSLAGEFTDASLRLLPSGGRFIELGKTDIRDGQTV + AERHRGVRYRAFDLVEAGPDRIAAMLSEVVGLLAAGVLARLPVKTFDARCAPAAYRFV + SQARHIGKVVLTIPDGPGGQSGLAGGTVVVTGGTGMAGSAVATHLVRRHGVANLVLVS + RSGEQADRAAEVAALLREGGAQVAVVSCDVADRDALAALLAGLDPRYPLKGVFHAAGV + LDDAVITGLTPDRVDTVLRAKVDGAWNLHELTEDMDLSAFVVFSSMAGIVGTPAQGNY + AAANAFLDGLVAYRRSRGLAGLSVAWGLWEQASAMTRHLGERDRARMTQAGLAPLTTE + QALGFLDTALQADRAVVVAARLDRAALAGAGAALPALFSQLAAGPTRRRIDAADTAVS + MSGLVSRLHALTPERRQRELTDLVISNAAAVLGRSSSVDINAHKAFQDLGFDSLTAVE + LRNRLKTATGLTLSPTLIFDYPTPATLAEHLDSRLVTASGSDQQSLSDRVDDITRELV + VLLDQPDLSANVKAHLRTRLQTMLTSLTTEDDDIAAATESQLFAILDEELGS" + gene 1871499..1876307 + /gene="pks8" + /locus_tag="BQ2027_MB1690" + CDS 1871499..1876307 + /gene="pks8" + /locus_tag="BQ2027_MB1690" + /note="Mb1690, pks8, len: 1602 aa. Equivalent to Rv1662, + len: 1602 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.7% identity in 1602 aa overlap). Probable pks8, + polyketide synthase, similar to many polyketide synthases + e.g. ERY2_SACER|Q03132 erythronolide synthase, modules 3 + and 4 from Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces + erythraeus) (3567 aa), FASTA scores: opt: 3319, E(): 0, + (45.8% identity in 1619 aa overlap). Also similar to other + Mycobacterium tuberculosis probable polyketide synthases + e.g. pks7 and pks12. Contains PS00606 Beta-ketoacyl + synthases active site and PS01162 Quinone + oxidoreductase/zeta-crystallin signature. Note that the + similarity extends into the downstream ORF Rv1663 + (MTCY275.02), and this could be accounted for by a + frameshift, although the sequence has been checked and no + discrepancy was found." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable polyketide synthase pks8" + /protein_id="SIU00293.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y136" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR002364" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR015083" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y136" + /translation="MSGTTTHVDYLKRLTADLRRTRRRLSDLEAKLSEPVAVVGMGCR + YPGGVDSPETLWELVAQGRDAVSDFPADRGWDVYGLFDPDPDACGKMYTRRGTFLEHA + GDFDAGFFGIGPSEALAMDPQQRLLLEVSWEALERTGIDPTKLRGSATGVFAGVIHAG + YGGQLSGELEGYGLTGSTLSVASGRVAYVLGLEGPAVSVDTACSSSLVALHLAVQSLR + SGECDLALAGGVTVMATPAAFVEFSRQRALARDGRCKVYAGAADGTAWSEGAGVLVVE + RLVDARRLGHPVLALVRGSAVNQDGASNGLTAPNGPSQQRVIRAALASARLRAVEVDV + VEGHGTGTMLGDPIEAQALLATYGQDRVEPLWLGSIKSNIGHTSAAAGVAGVIKMVQA + MRHGVMPKTLHVDVPTPHVDWSVGAVSLLTQPRAWSVHGRPRRAGVSSFGISGTNAHV + ILEQAPVVESVVPEVASPTAASAVPWVLSARSEQALAGQAQRLLAFVAANPDLDPIDV + GWSLVKTRAMFEHRAVVVGADRGALLAGLAALAAGESGAGVAVGRARSVGKTVFVFPG + QGAQWVGMGAQLYAELPLFALAFDAVAEELDRHLRLPLRNVLWEGDEALLTSTEFAQP + ALFAIEVALATLLQHWGISPDFLIGHSVGEIAAAHLAGVLSLTDAAGLVAARGRLMAE + LPAGGVMVVVAASEEEVLPVLVDGANLAAVNAPHSVVVSGCEAAVSDIADHFARRGRR + VHRLAVSHAFHSLLMEPMLAEFTRIAAGISVSKPRIPLVSNVTGQMAGAGYGDGQYWV + EHARRPVRFVEGVQLLNAVGATRFVEVGPGGGLTALVEQSLPLGEALSVAMMRREHPE + VSSVLGAVATLFTAGAQMDWPAVFGSPGRRIELPTYAFQRQRYWLPPTSAGSADISGV + GLLAARHGLLGAVVEQPDSDVVVLTGRLSVGEQRWLADHVIAGVVLLAGAAFVELALR + AADQVDCGVVEELTVVTPLVLPTVGGVQLQVVVGVGEMGQRPVSIYSRNAESDSGWVL + HARGVLGAKAVAPAADLSVWPPLGAAPVDVDGAYQRFAELGYEYGRAFQGLTAMWRRE + SELFADVAVPDDVDVTLSGFGIHPLVLDAALHAMGMVGEQAATMLPFSWQGVSLHAAG + ASRVRARIAPAGDGTVSVELADQAGLPVLSVQALVMRSVSSQLLSAAVAAADAAGRGL + LEVAWLPVELAHNDISADLVVWELESFQDGVGPVYSATHRVLVALQSWLAQERAGGLV + VLTQGSVGQDATNLAGAAVWGLVRSAQAEHPGRVMLVDSDGSMDVGDVIGCGEEQLMI + RNGTAYAARLAQLRPQPILQLPDTNSGWRLVAGGAGTLEDLTLASCPAKELAPGQVRI + EVRALGVNFRDVLVALGIYPGAAELGAEGAGVVTEVGPGVTGLAVGDPVMGLLGVAGS + EAVVDARLVVKLPNRWPLTDAAGVPVVFLTAYCALRVLAQVQPGESVLVHAAAGGVGM + AAVQLARLWGLEVFATASRGKWDTLHTMGCDNTHVADSRTLAFEETFWLTTEGRGVDV + VLNSLAGEFTDASLRLLPRGGRFIEMGKTEFGTPRSLPRTILGWPTGLST" + gene 1876307..1877815 + /gene="pks17" + /locus_tag="BQ2027_MB1691" + CDS 1876307..1877815 + /gene="pks17" + /locus_tag="BQ2027_MB1691" + /note="Mb1691, pks17, len: 502 aa. Equivalent to Rv1663, + len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 502 aa overlap). Probable pks17, + polyketide synthase, similar to other polyketide synthases + e g. ERY2_SACER|Q03132 erythronolide synthase, modules 3 + and 4 (3567 aa) from Saccharopolyspora erythraea + (Streptomyces erythraeus), FASTA scores: opt: 1207, E(): + 0, (43.9% identity in 531 aa overlap). Also similar to + other Mycobacterium tuberculosis probable polyketide + synthases e.g. pks7 and pks1. Note that the similarity + extends into the upstream ORF Rv1662 (MTCY275.01) and this + could be accounted for by a frameshift, although the + sequence has been checked and no discrepancy was found. + Contains PS00012 Phosphopantetheine attachment site. + Mb1691 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable polyketide synthase pks17" + /protein_id="SIU00294.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZU8" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU8" + /translation="MEAGPQRIAQMLAELVELFKTEALHRLPVKSWDVRHAREAYRFL + SQARHVGKVVLTMPDAWAAGTVLITGGTGMAGSAVARHLVSRYGVRQVVLASRAGEHT + ESVAALVDELGSAGARVQVVSCDVADRDAVAGLVASQPDLTAVFHAAGVLDDAVITGL + TPERVDKVLRAKVDGAWNLHELTRHLDVSAFVLFSSMAGIVGAPGQANYAAANAFLDG + LAAYRRSRGLAALSVAWGLWEQASAMTEHLGERDRVRMSRVGLAPLPTNQAMGFLDAA + LLADRPVVVAARLDRAALAGAELPALFSQLVAGPIRRIIDGADEVSGSGLASRLHGLT + PEQRHRELTELVCSNAAIVLGHSGTEIDAHKAFQDLGFDSLTAVELRNRLKTATGLTL + PPTLIFDYPTAAELAEHLDIQLANAPAVTVDQPNPSTRFNEVTRELQALLDQPNWNPD + DKTRLIKRLQAILTDCTAPPASSGPSTTHDDEDITTATESQLFAILDDELGP" + gene 1877821..1880874 + /gene="pks9" + /locus_tag="BQ2027_MB1692" + CDS 1877821..1880874 + /gene="pks9" + /locus_tag="BQ2027_MB1692" + /note="Mb1692, pks9, len: 1017 aa. Equivalent to Rv1664, + len: 1017 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1017 aa overlap). Probable pks9, + polyketide synthase, similar to OL56_STRAT|Q07017 + oleandomycin polyketide synthase, modules 5 and 6 from + Streptomyces antibioticus (3519 aa), FASTA scores: opt: + 1767, E(): 0, (41.6% identity in 919 aa overlap). Similar + to other Mycobacterium tuberculosis probable polyketide + synthases e.g. pks6, pks8, etc. Contains PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. Mb1692 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable polyketide synthase pks9" + /protein_id="SIU00295.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYZ5" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYZ5" + /translation="MQPTGIAIIGLACRFPTVVSPGDLWDLLRDGREATGSIDNVADF + DADFFNLSPREASAMDPRQRLALELTWELLEDAFVVPETLRGQPIAVYLGAMNDDYAV + LTLAADRVDHHAFAGTSRAIIANRVSFAFGLRGPSVTIDSGQSSSLVAVHLACESVRT + GEAPLAIAGGVHLNLARETAMLEQEFGAVSPSGHTYAFDERADGYVPGDGGGLVLLKP + VQAALDDGDRIHAIIRGSAVGNAGHSATGLTVPSVAGQVDVIRRAMSGAGVDCHQVHY + VEAHGTGTKIGDPIEARALGEIFAARQRRPVSVGSVKTNIGHTGGAAGIAGLLKAVLA + IENAVIPPSLNYVGAPIDLDSLGLRVDTALTPWPVADEPRRAGVSSFGMGGTNAHVIL + EQGPTQSPEIVESVAAAGSNAPVAVPWVLAARSPQALTNQAGRLLAHLTADDGLTALD + VGWSLVSTRSVFDHRAVVVGADRGRLMAGLAGLAAGEPGAGVVVGRARSVGKTVFVFP + GQGSQWLGMGRQLYGRYSVFARAFDEVVAVLDGQLRLSVRQVMWGADAGLLESTEFAQ + PALFVVQVALAALLQDWGVLPDLVMGHSVGEIAAAYVAGALSLVDAARVVAARGRLMQ + ALPAGGVMVAVAASEDEVAPLLTEGVCIAAVNAPESVVISGEQAAVGVVVDRLVGLGR + RVRRLAVSHAFHSVLMDPMVEEFSKVLADVCVRAPRIGLVSNVTGQLAGAGYGSPAYW + VEHVRKPVRFFDGVGLAESLGARVFVEVGPGAGLEASVALLARDRPEVESVLAGVGRL + FAEGVAVDWSSVFAGLGGRRVELPTYGFARQRFWLGDNGELSVDQTGKDAGAIARLQS + LAPPELQRQLVELVCFHAAIVLGRKSSHDIDPECAFQDLGFDSMSGVELRNRLQMAIG + LPGLSLPRTLIFDYPTASALAECLGQLLGGQHESSDDESIWQLLKNIPIHQLRRTGLL + DKLLLLAGQPEESLAGRTVSDEVIDSLSPEALIGLALDEDENDIR" + gene 1881021..1882082 + /gene="pks11" + /locus_tag="BQ2027_MB1693" + CDS 1881021..1882082 + /gene="pks11" + /locus_tag="BQ2027_MB1693" + /note="Mb1693, pks11, len: 353 aa. Equivalent to Rv1665, + len: 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 353 aa overlap). Probable pks11, + chalcone synthase (EC 2.3.1.74), some similarity to + BCSA_BACSU|P54157 putative chalcone synthase from Bacillus + subtilis (365 aa), FASTA scores: opt: 615, E(): 6.2e-32, + (33.4% identity in 308 aa overlap); and to many plant + chalcone synthases e.g. CHS_VIGUN|P51089 chalcone synthase + (EC 2.3.1.74) (388 aa), FASTA scores: opt: 391, E(): + 7.8e-18, (27.2% identity in 349 aa overlap). Highly + similar to upstream ORF Rv1660|MTCY06H11.25 pks10 (72.7% + identity in 308 aa overlap); and Rv1372 pks18. Protein + product from Mb1693 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1693 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="chalcone synthase pks11" + /protein_id="SIU00296.1" + /db_xref="GOA:Q7VEU7" + /db_xref="InterPro:IPR001099" + /db_xref="InterPro:IPR011141" + /db_xref="InterPro:IPR012328" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEU7" + /translation="MSVIAGVFGALPPHRYSQSEITDSFVEFPGLKEHEEIIRRLHAA + AKVNGRHLVLPLQQYPSLTDFGDANEIFIEKAVDLGVEALLGALDDANLRPSDIDMIA + TATVTGVAVPSLDARIAGRLGLRPDVRRMPLFGLGCVAGAAGVARLRDYLRGAPDDVA + VLVSVELCSLTYPAVKPTVSSLVGTALFGDGAAAVVAVGDRRAEQVRAGGPDILDSRS + SLYPDSLHIMGWDVGSHGLRLRLSPDLTNLIERYLANDVTTFLDAHRLTKDDIGAWVS + HPGGPKVIDAVATSLALPPEALELTWRSLGEIGNLSSASILHILRDTIEKRPPSGSAG + LMLAMGPGFCTELVLLRWR" + gene complement(1882065..1883357) + /gene="cyp139" + /locus_tag="BQ2027_MB1694C" + CDS complement(1882065..1883357) + /gene="cyp139" + /locus_tag="BQ2027_MB1694C" + /note="Mb1694c, cyp139, len: 430 aa. Equivalent to + Rv1666c, len: 430 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 430 aa overlap). Probable + cyp139, cytochrome P450 (EC 1.14.-.-), similar to many + e.g. U38537|APU38537_7 from Anabaena sp. (459 aa), FASTA + scores: opt: 516, E(): 1.7e-26, (25.8% identity in 418 aa + overlap). Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine + heme-iron ligand signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 + FAMILY. Protein product from Mb1694c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1694c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cytochrome P450 139 CYP139" + /protein_id="SIU00297.1" + /db_xref="GOA:P63720" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002403" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63720" + /translation="MRYPLGEALLALYRWRGPLINAGVGGHGYTYLLGAEANRFVFAN + ADAFSWSQTFESLVPVDGPTALIVSDGADHRRRRSVVAPGLRHHHVQRYVATMVSNID + TVIDGWQPGQRLDIYQELRSAVRRSTAESLFGQRLAVHSDFLGEQLQPLLDLTRRPPQ + VMRLQQRVNSPGWRRAMAARKRIDDLIDAQIADARTAPRPDDHMLTTLISGCSEEGTT + LSDNEIRDSIVSLITAGYETTSGALAWAIYALLTVPGTWESAASEVARVLGGRVPAAD + DLSALTYLNGVVHETLRLYSPGVISARRVLRDLWFDGHRIRAGRLLIFSAYVTHRLPE + IWPEPTEFRPLRWDPNAADYRKPAPHEFIPFSGGLHRCIGAVMATTEMTVILARLVAR + AMLQLPAQRTHRIRAANFAALRPWPGLTVEIRKSAPAQ" + gene complement(1883372..1885147) + /locus_tag="BQ2027_MB1695C" + CDS complement(1883372..1885147) + /locus_tag="BQ2027_MB1695C" + /note="Mb1695c, -, len: 591 aa. Equivalent to Rv1668c and + Rv1667c, len: 372 aa and 217 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 347 aa + overlap and 100% identity in 217 aa overlap). + Macrolide-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), similar to many ATP-binding proteins + ABC transporter e.g. X80735|SEABCT_1|Q54072 + Saccharopolyspora erythraea ertX gene (481 aa), FASTA + scores: opt: 938, E(): 0, (45.6% identity in 353 aa + overlap); etc. Similarity to other NBD components of ABC + transporters suggests that Rv1667c and Rv1668c should be + contiguous. However, sequence has been checked and no + error found, also same sequence in Mycobacterium + tuberculosis CSU93 and Mycobacterium bovis. Contains + PS00211 ABC transporters family signature and two times + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1668c and Rv1667c exist as 2 + genes with a small overlap between them. In Mycobacterium + bovis, a 10 bp insertion (*-tcttgccgcg) leads to a single + product. Protein product from Mb1695c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1695c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable second part of macrolide-transport + atp-binding protein abc transporter" + /protein_id="SIU00298.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ10" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ10" + /translation="MAHLLGAEAVHLAYPTQVVFEAVTLGVNDGARIGIVGRNGDGKS + SLLGLLTGQLRPDSGRVTRRSGLRVNALSQTDTLDPNRTVGWTLIGDQPEHQWAGNPR + IRDVVAGLVSDIAWDTPVSTLSGGQRRRVQLASLLVGEWDVIALDEPTNHLDIQGITW + LADHLRRRWARNTGGLLVVTHDRWFLDEVATTTWEVHDGIVEPFEGGYAAYVLQRVER + DRLTAAAEAKRQNLLRKELAWLRRGAPARTCKPKFRIEAANQLIADVPPPRNTVELAK + LAAARLGKDVVDLLGVSVSYQPSGGRPVLRDIEWRIGPGERIGIVGANGAGKSTLLGL + IAGTVQPGVGRVKRGKTVRLAVLDQHGDDLAPFADDRIADVLGRLRGGYQVEGREVTP + TQLLERLGFRRDQLSARVDDLSGGQRRRLQLMLTLLSEPNVLLLDEPTNDVDTEMLTA + TEDLLDSWAGTLIVVSHDRYLLERVTDQQYAILDDRLRHLPGGIDEYLQLAARVSAPA + PAERPAPPAMSGAQRRATEKELAAVDRQLARLADRVAAKHTELAEHDQSDHVGITRLT + QQLRVLQDHVAAMENRWLELSEMLE" + gene 1885530..1885892 + /locus_tag="BQ2027_MB1696" + CDS 1885530..1885892 + /locus_tag="BQ2027_MB1696" + /note="Mb1696, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv1669, len: + 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 120 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00299.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ00" + /translation="MSRRPGYSNGRAGASRQAARGGSAGASSVAFSSQPNCGLTESVL + GHQVTGICLGTIHLDAMQWPWSSAYRLEPAVATTLIGISAWWANGSVKQYAGDLTDRV + ATMTVCRRTPAPRVHYRQ" + gene 1885925..1886272 + /locus_tag="BQ2027_MB1697" + CDS 1885925..1886272 + /locus_tag="BQ2027_MB1697" + /note="Mb1697, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv1670, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 115 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to D90908|D90908_87 Hypothetical + protein of Synechocystis sp. PCC6803 complete (94 aa), + FASTA scores opt: 378, E(): 3.5e-2, (55.2% identity in 96 + aa overlap); also shows some similarity to M.tuberculosis + hypothetical proteins e.g. C-terminal region of + O53404|Rv1056 (254 aa), and P96817|Rv0140 (126 aa). Mb1697 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00300.1" + /db_xref="InterPro:IPR007361" + /db_xref="InterPro:IPR038694" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ03" + /translation="MIRAVWNGTVLAEAPRTVRVEGNHYFPPESLHREHLIESPTTSI + CPWKGLAHYYNVVVDGPYGPVNPDAAWYYRRPSPLARRIKNHVAFWHGVTVEGESESR + HGLARRVVAWLGK" + gene 1886280..1886672 + /locus_tag="BQ2027_MB1698" + CDS 1886280..1886672 + /locus_tag="BQ2027_MB1698" + /note="Mb1698, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv1671, len: + 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 130 aa overlap). Probable membrane + protein. Weak similarity to mercuric transport proteins. + Mb1698 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable membrane protein" + /protein_id="SIU00301.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY1" + /translation="MPTVGPADHAAGLDRRATPDQLPIWRIGIISGLVGMLCCVGPTI + LALVGIISAATAFAWANDLYDNYAWWFRVSGLAVLAILVWWALRHRNRCSVNAIRRLR + WRLMAVLAIAVGTYGVLSAVTTWFGTFV" + gene complement(1886681..1888012) + /locus_tag="BQ2027_MB1699C" + CDS complement(1886681..1888012) + /locus_tag="BQ2027_MB1699C" + /note="Mb1699c, -, len: 443 aa. Equivalent to Rv1672c, + len: 443 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 443 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, major facilitator + superfamily, similar to several phthalate transporters or + tartrate transporters e.g. U25634|AVU25634_2 Agrobacterium + vitis plasmid pTrAB (433 aa), FASTA scores: opt: 914, E(): + 0, (37.1% identity in 426 aa overlap); etc. Protein + product from Mb1699c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1699c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIU00302.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYZ8" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYZ8" + /translation="MATIAASPTHNALGKAARRLLPLLFVLYVINFVDRANISVAALA + MNADLRLSATAYGTAAGVFFLGYVLFQVPANAALARFGAGRTLTAVVLAWGVCSAATA + LVTSAHTLYLARFALGVAEGGFFPGVIAYLTVWFPCAQRARAVATFLLAIPVANTVGL + PLSGLIVGHVHMAGLPGWRAMFVIEALPALLLAPLLRRLLPDNPQRASWLTPEERAEL + SARLTEDTPAPTGRSSGAGWDLVLFAVVYGGLYFALYALQFFLPQLVASLAHGTATLT + AATLAALPYGVAALAMLAWSHRSIDRSGAQAGHITLPTTAAGSAALGAALSPMSPIVT + LSWLTIAVAGILAAMPAFWSRCTAALAGPRVAVAIATVNAVASLASFAGPYATGHLKD + ATGTYHLALLTVAAVLAAAAACSLLLRHAGRTVCANDSEIMLHPSPATPFV" + gene complement(1888105..1889037) + /locus_tag="BQ2027_MB1700C" + CDS complement(1888105..1889037) + /locus_tag="BQ2027_MB1700C" + /note="Mb1700c, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv1673c, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 310 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, shows weak similarity to P44103|YA48_HAEIN + Hypothetical protein HI10 48 precursor (369 aa), FASTA + scores: E(): 8.3e-11, (26.1% identity in 330 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine + proteases" + /protein_id="SIU00303.1" + /db_xref="InterPro:IPR002931" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y145" + /translation="MTITDPAVSAHADATIGLFEITDHITIDSTQGAHTVEMWCPVIG + DGAFQRVLDVEVTSEDPYDLTREPEFGNLMLYSRLRLATAASWSIRYVVERRAIGHAP + DPARARPLATAQLFSRALIPEAHVDVDERTRTLAQDVVGPETNPLEQARRIYDYVTGA + MDYDATKQSFLGSTEHALTCSVGNCNDIHALFVSLCRSVDIPARFVLGQALELPQPGA + QDCEVCGYHCWAEFFVAGLGWLPADASCATKYGTHGLFANLQANHIAWSIGRDILLAP + PQRAGRSLFFAGPYAEIDGETHPAQRQIRFTAMT" + gene complement(1889065..1889721) + /locus_tag="BQ2027_MB1701C" + CDS complement(1889065..1889721) + /locus_tag="BQ2027_MB1701C" + /note="Mb1701c, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv1674c, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 218 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein. Highly similar to + AJ005575|SPE005575_2 Streptomyces peucetius (226 aa), + FASTA scores: opt: 662, E(): 0, (50.0% identity in 208 aa + overlap). Similar to Rv0324|Z96800|MTCY63.29 M. + tuberculosis cosmid (226 aa), FASTA scores: opt: 579, E(): + 0, (45.3% identity in 214 aa overlap). N-terminus is + similar to transcriptional activators e.g. + MERR_STRLI|P30346 probable mercury resistance operon + regulator (125 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): 1.9e-06, + (35.6% identity in 90 aa overlap). Contains PS00380 + Rhodanese signature 1. Protein product from Mb1701c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00304.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZU9" + /db_xref="InterPro:IPR001307" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU9" + /translation="MSGAKKLIFEQFALVGQALSSGHRLELLDLLVQGERSVDALARA + SGLTFANASQHLLQLRRAGLVTSRRDGKRVIYALSDPQVWDVVRAVRAVAERNLASVG + SLVRQYYTDRDSLEPISRDELQARVAAGSVLVLDVRPAMEYAAGHLPGAVSIPLDELA + ERLDELPSGIDIVACCRGPYCVYAYDALELLRPNGFSARRLDGGFSEWLAADLPVVRT + " + gene complement(1890046..1890780) + /gene="cmr" + /locus_tag="BQ2027_MB1702C" + CDS complement(1890046..1890780) + /gene="cmr" + /locus_tag="BQ2027_MB1702C" + /note="Mb1702c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv1675c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 244 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, weak similarity to + D00496|LBATRP_7 trp operon from Lactobacillus casei (219 + aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 0.00011, (26.9% identity + in 186 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein cmr" + /protein_id="SIU00305.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ04" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR012318" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ04" + /translation="MADRSVRPLRHLVHAVTGGQPPSEAQVRQAAWIARCVGRGGSAP + LHRDDVSALAETLQAKEFAPGAVVFHADQTADGVWIVRHGLIELAVGSRRRRAVVNIL + HPGDVDGDIPLLLEMPMVYTGRALTQATCLFLDRQAFERLLATHPAIARRWLSSVAQR + VSTAQIRLMGMLGRPLPAQVAQLLLDEAIDARIELAQRTLAAMLGAQRPSINKILKEF + ERDRLITVGYAVIEITDQHGLRARAQ" + gene 1890852..1891556 + /locus_tag="BQ2027_MB1703" + CDS 1890852..1891556 + /locus_tag="BQ2027_MB1703" + /note="Mb1703, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv1676, len: + 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 234 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1703 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1703 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Peroxiredoxin" + /protein_id="SIU00306.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZC9" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC9" + /translation="MACPEWEISRSKRTRKPVLRPRHSVSTLTNRFLAEFCHRYGIGV + PTRLARGATVPTRRLQDINDQPVDVPAATGRTHLQFRRFAACPICHLHLRSFANRHQE + VADSGITEVVFFHSAADALRGYQSLLPFAVIADPDRVQYREFGVEKSLGAITHPRALW + AAVRGSAAMLHRNDPERAGVGFGDGTTHLGLPADFLLDADGTVAAVHYGRHADDQWSV + DQLIDINRSLGGKGTQ" + gene 1891553..1892101 + /gene="dsbF" + /locus_tag="BQ2027_MB1704" + CDS 1891553..1892101 + /gene="dsbF" + /locus_tag="BQ2027_MB1704" + /note="Mb1704, dsbF, len: 182 aa. Equivalent to Rv1677, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 182 aa overlap). Probable dsbF, + conserved lipoprotein possibly involved in thiol:disulfide + interchange. Highly similar to C-terminus of + Z74024|MTCY274.09 mpt53 soluble secreted antigen precursor + from Mycobacterium tuberculosis (173 aa), FASTA scores: + opt: 482, E(): 3.6e-23, (52.8% identity in 142 aa overlap) + . Also some similarity to P52237|TIPB_PSEFL + THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TIPB PRECURSOR from + Pseudomonas fluorescens (178 aa), FASTA scores: opt: 190, + E(): 4.4e-05, (28.5% identity in 151 aa overlap); and + P33926|DSBE_ECOLI THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN from + Escherichia coli (185 aa), FASTA scores: opt: 194, E(): + 2.6e-05, (29.1% identity in 175 aa overlap). Contains + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site and PS00194 Thioredoxin family active site. Protein + product from Mb1704 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb1704 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN DSBF" + /protein_id="SIU00307.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ07" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR017937" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ07" + /translation="MTHSRLIGALTVVAIIVTACGSQPKSQPAVAPTGDAAAATQVPA + GQTVPAQLQFSAKTLDGHDFHGESLLGKPAVLWFWAPWCPTCQGEAPVVGQVAASHPE + VTFVGVAGLDQVPAMQEFVNKYPVKTFTQLADTDGSVWANFGVTQQPAYAFVDPHGNV + DVVRGRMSQDELTRRVTALTSR" + gene 1892202..1893104 + /locus_tag="BQ2027_MB1705" + CDS 1892202..1893104 + /locus_tag="BQ2027_MB1705" + /note="Mb1705, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv1678, len: + 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 300 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Protein product from Mb1705 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1705 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable integral membrane protein" + /protein_id="SIU00308.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ23" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ23" + /translation="MARVRRGTELLLSPQSPPATGGLIVLTGLRLLAGLIWLYNVVWK + VPPDFGERGRRDLYHFTHLAVEHPVFTPFSWVIEHAVLPYFTAFGWGVLFAESALAVL + LLTGTAVRLAALIGIGQSVAIGLSVAESPGEWPWAYAMLLGIHVVLLFTCSTRYAAVD + AVRAAATGSAARTAAQRLLAGWGIVLGLIGLVAVWRGLGDDRPAYVGIRALEFSLGEY + NLRGALALIAIALAMLAAAKRGWRTVALVAAVVAVAAAAAIYLQVGRTAVWLGGTNTT + AAVFVCAAVVSLATEFRIGRVEGA" + gene 1893104..1894225 + /gene="fadE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1706" + CDS 1893104..1894225 + /gene="fadE16" + /locus_tag="BQ2027_MB1706" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1706, fadE16, len: 373 aa. Equivalent to Rv1679, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 373 aa overlap). Possible fadE16, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to + acyl/butyryl-CoA dehydrogenases e.g. NP_244665.1|NC_002570 + acyl-CoA dehydrogenase from Bacillus halodurans (380 aa); + NP_000008.1|NM_000017 acyl-Coenzyme A dehydrogenase from + Homo sapiens (412 aa); Z99113|BSUB0010_119 from Bacillus + subtilis (380 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): 3.4e-20, + (29.6% identity in 287 aa overlap); etc. Weakly similar to + many dehydrogenases and to P31571|CAIA_ECOLI probable + carnitine operon oxidoreductase from Escherichia coli (380 + aa), FASTA scores: opt: 109, E(): 0.0066, (28.6% identity + in 98 aa overlap). Protein product from Mb1706 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1706 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE16" + /protein_id="SIU00309.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ09" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ09" + /translation="MATPGVVQEVVSVAAEHAERVDTDCAFPAEAVDALRKTGLLGLV + LPREIGGMGSGPVEFTEVVAQLSAACGSTAMIYLMHMAAAVTVAASPPPGLPDLLADM + ASGKQLGTLAFSEPGSRSHFWAPVSTASADGDGIAVRADKSWVTSAGFADVYVVSVGS + ADGAAGDVDLYAVPADTPGLRVAGTFTGMGLRGNASAPMAVDIRIPDSYRLGEAGGGF + GIMMQTVLPWFNLGNAAVSLGLATAATGAAVKHVGTARLEHLGGSLAELPTIRAQIAR + MGTTLAAQKAYLEVAANSVSSPDDTTLTHVLGVKASVNDAALTITESAMRVCGGAAFS + KHLPIERAFRDARAGSVMAPTADALYDFYGRAVTGLPLF" + gene 1894234..1895058 + /locus_tag="BQ2027_MB1707" + CDS 1894234..1895058 + /locus_tag="BQ2027_MB1707" + /note="Mb1707, -, len: 274 aa. Equivalent to Rv1680, len: + 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 274 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1707 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1707 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ABC transporter, substrate-binding protein + (cluster 12, methionine/phosphonates)" + /protein_id="SIU00310.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ13" + /translation="MSTEPLVVGAVAYTPNVVPIWEGIRGYFQDSESPDTQMDFVLYS + NYARLVDSLIAGHIDIAWNTNLAYVRTVLQTGGRCTPLAQRDTDVDYTTVFVAHAGSD + LHGAKDIAGKRLALGSADSAHAAILPLYYLRRAGIAESDLQVIRFDTDIGKHGDTGRS + ELDAVDAVLAGEADVAAIGSSTWAAMGAAELMGESLTEVWRTDGYCHCMFTALDTLPA + ERYQPWLDRLLGMSWDDSEHRKILELEGLRRWVPPHLDGYKPLFEAVQEQGIDPRW" + gene 1895055..1896047 + /gene="moeX" + /locus_tag="BQ2027_MB1708" + CDS 1895055..1896047 + /gene="moeX" + /locus_tag="BQ2027_MB1708" + /note="Mb1708, moeX, len: 330 aa. Equivalent to Rv1681, + len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 330 aa overlap). Possible moeX, + Molybdopterin biosynthesis protein, has weak similarity to + MOAA_ECOLI|P30745 molybdenum cofactor biosynthesis protein + (329 aa), FASTA scores: opt: 162, E(): 0.00081, (27.7% + identity in 224 aa overlap) and to Rv3109|MTCY164.19 MoaA + from Mycobacterium tuberculosis (28.5% identity in 165 aa + overlap). Mb1708 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEX" + /protein_id="SIU00311.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XYY9" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYY9" + /translation="MIIELMRRVVGLAQGATAEVAVYGDRDRDLAERWCANTGNTLVR + ADVDQTGVGTLVVRRGHPPDPASVLGPDRLPGVRLWLYTNFHCNLCCDYCCVSSSPST + PHRELGAERIGRIVGEAARWGVRELFLTGGEPFLLPDIDTIIATCVKQLPTTVLTNGM + VFKGRGRRALESLPRGLALQISLDSATPELHDAHRGAGTWVKAVAGIRLALSLGFRVR + VAATVASPAPGELTAFHDFLDGLGIAPGDQLVRPIALEGAASQGVALTRESLVPEVTV + TADGVYWHPVAATDERALVTRTVEPLTPALDMVSRLFAEQWTRAAEEAALFPCA" + gene 1896208..1897125 + /locus_tag="BQ2027_MB1709" + CDS 1896208..1897125 + /locus_tag="BQ2027_MB1709" + /note="Mb1709, -, len: 305 aa. Equivalent to Rv1682, len: + 305 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 305 aa overlap). Probable coiled-coil + structural protein, weakly similar to many paramyosins, + kinesins and plectins e.g. MYSP_ONCVO|Q02171 paramyosin + from onchocerca volvulus (879 aa), fasta scores: opt: 180, + E():2.6e-08, (24.4% identity in 234 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + coiled-coil proteins (wag31 antigen 84) Rv2145c and + Rv2927c. Mb1709 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable coiled-coil structural protein" + /protein_id="SIU00312.1" + /db_xref="InterPro:IPR007793" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ06" + /translation="MLPQRPNCTKLFRPRRGVSERYRVTTAHNGSAPRFQRTRSGYDP + VAVNHYIAELVLRQQAQHCEIETLKAEIASLKDENAALKDTSPSAQAVTDRMAKMLRL + AVDEVFQMQSEARAEAATLVSAARDEAEAVRTQKREMLADMNARQRALESEHADVMRR + AREEAEQLVAQATAEVERMRVIDARRREKAEQELDAEIIRLRTDAQFQIDDQLQATQQ + ECEKRLGEAKIEADRRLHVADEQIEHGLSEARRTLEEISQRRVGILEQLARIHAQLEN + IPALLESARHSETEPLQSINGAVAELRAI" + gene 1897343..1900342 + /locus_tag="BQ2027_MB1710" + CDS 1897343..1900342 + /locus_tag="BQ2027_MB1710" + /note="Mb1710, -, len: 999 aa. Equivalent to Rv1683, len: + 999 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 999 aa overlap). Possible long-chain + acyl-CoA synthase. Equivalent to Z95117|MLCB1351_21 + possible long-chain acyl-CoA synthase from Mycobacterium + leprae (1002 aa) (85.6% identity in 1002 aa overlap). + Weakly similar to FATP_MOUSE|Q60714 long-chain fatty acid + transport protein (646 aa), fasta scores: opt: 331, E(): + 5e-08, (24.8% identity in 630 aa overlap). Also similar to + O35488|AF033031 Mouse VERY-LONG-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE + (620 aa), fasta scores: opt: 435, E(): 2.2e-12, (24.8% + identity in 545 aa overlap). Weakly similar to M. + tuberculosis protein MTCI364.18 (27.4% identity in 583 aa + overlap) . Contains PS00120 Lipases, serine active site. + Protein product from Mb1710 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1710 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible bifunctional enzyme; long-chain + acyl-coa synthase and lipase." + /protein_id="SIU00313.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y153" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y153" + /translation="MVDLNFSMVTRPIERLVATAQNGLEVLRLGGLETGSVPSPSQIV + ESVPMYKLRRYFPPDNRPGQPPVGPPVLMVHPMMMSADMWDVTREDGAVGILHASGLD + PWVIDFGSPDEVEGGMRRNLADHIVALSEAVDTVKDATGHDVHFVGYSQGGMFCYQAA + AYRRSKDIASVVAFGSPVDTLAALPMGIPANMGAAVADFMADHVFNRLDIPSWMARMG + FQMMDPLKTAKARVDFVRQLHDREALLPREQQRRFLESEGWIAWSGPAISELLKQFIA + HNRMMTGGFAISGQMVTLTDITCPILAFVGEVDDIGQPASVRGIRRAAPNSEVYECLI + RAGHFGLVVGSRAAQQSWPTVADWVRWISGDGTKPENIHLMADQPAEHTDSGVAFSSR + VAHGIGEVSEAALALARGAADAVVAANRSVRTLAVETVRTLPRLARLGQLNDHTRISL + GRIIDEQAHDAPKGEFLLFDGRVHTYEAVNRRINNVVRGLIAVGVRQGDRVGVLMETR + PSALVAIAALSRLGAVAVVMRPDTDLSASVRLGRVTEILTDPTNLDAARQLPGQVLVL + GGGESRDLDLPADALEQGQVIDMEKIDPDAVELPAWYRPNPGLARDLAFIAFSSADGD + LVAKQITNYRWAVSAFGTASTAALGRRDTVYCLTPLHHESALLVSLGGAVVGGTRIAL + SRGLRPDRFVAEVRQYGVTVVSYTWAMLRDVVDDPAFVLHGNHPVRLFIGSGMPTGLW + ERVVEAFAPAHVVEFFATTDGQAVLANVAGAKIGSKGRPLPGAGRVELGAYDAEHDLI + LENDRGFVQVAGVNQVGVLLAQSRGPIDPTASVKRGVFAPADTWISTDYLFWRDDDGD + YWLAGGRGSVVRTARGMVYTEPVTNALGLITGVDLAVTYGVLVRGRHVAVSAVTLLPG + ATITAADLTEAVASMPVGLGPDIVHVVPQLTLSGTYRPTVSALRANGIPKAGRQAWYF + NSGGNEYRRLTPAVRTELTGQHRRGNA" + gene 1900335..1900559 + /locus_tag="BQ2027_MB1710A" + CDS 1900335..1900559 + /locus_tag="BQ2027_MB1710A" + /note="Mb1710A, -, len: 74 aa. Equivalent to Rv1684, len: + 74 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 74 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P75844|YCAR_ECOLI Protein YCAR from + Escherichia coli (60 aa), FASTA scores: opt: 108, E(): + 0.00022, (39.0% identity in 59 aa overlap). Protein + product from Mb1710A detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1710A found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG002473: Protein YcaR in KDO2-Lipid A + biosynthesis cluster" + /protein_id="SIU00314.1" + /db_xref="InterPro:IPR005651" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV4" + /translation="MLDEALLAILVCPADRGPLVLVEDGDIQVLYNPRLRRAYRIEDG + IPVLLVDEAREVDEDEHARLMARGRPAAPQ" + gene complement(1900525..1901148) + /locus_tag="BQ2027_MB1711C" + CDS complement(1900525..1901148) + /locus_tag="BQ2027_MB1711C" + /note="Mb1711c, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv1685c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 207 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical regulatory proteins e.g. + Q10774|Rv1556|YF56_MYCTU (202 aa), FASTA scores: opt: 111, + E(): 1.7e-05, (24.1% identity in 195 aa overlap); and + P95215|Rv0258c|MTCY06A4.02c (151 aa) FASTA scores: (32.9% + identity in 140 aa overlap); also similar to + Q9X8G9|SCE7.13C|AL049819 putative Streptomyces coelicolor + transcriptional regulator (204 aa), FASTA scores: opt: + 480, E(): 6.4e-25, (40.4% identity in 203 aa overlap). + Protein product from Mb1711c detected using shotgun mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, AcrR family" + /protein_id="SIU00315.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ14" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="InterPro:IPR041678" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ14" + /translation="MAAPDNSRRRPGRPAGSSDTRERILSSARELFAHNGIDRTSIRA + VAAKAGVDAALVHHYFGTKQQLFAAAIHIPIDPMVIIGPIREAPVEELGYKLPSLLLP + IWDSELGAGLIATLRSLISGSDVGLARSFLEEVVTVELGSRVDNPPGTGKIRTQFVAS + QLMGVVMARYIVRIEPFASLPAEQIVQTIAPNLQRYLTGELPDDLAP" + gene complement(1901150..1901830) + /locus_tag="BQ2027_MB1712C" + CDS complement(1901150..1901830) + /locus_tag="BQ2027_MB1712C" + /note="Mb1712c, -, len: 226 aa. Equivalent to Rv1686c, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 226 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein ABC transporter (see citation + below), similar to AL049819|SCE7.05 putative integral + membrane protein from Streptomyces coelicolor (266 aa), + FASTA sacores: opt: 661, E(): 0, (45.1% identity in 226 aa + overlap); and Q53627|U43537 MEMBRANE PROTEIN INVOLVED IN + MITHRAMYCIN RESISTANCE from STREPTOMYCES ARGILLACEUS (233 + aa), FASTA scores: opt: 222, E(): 5.4e-10, (28.7% identity + in 216 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC + TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00316.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZE1" + /db_xref="InterPro:IPR000412" + /db_xref="InterPro:IPR004377" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE1" + /translation="MILLVPILIITLMYFMFENFPHRPGTPSGFNTACLVLLGLFPLF + VMFVITAITMQRERASGTLERILTTPLRRLDLLAGYGTAFSIAAAAQATLACIVAFWF + LGFDTAGSPVWVFAIAIVNAVLGVGLGLLCSAFARTEFQAVQFIPLVMVPQLLLAGII + VPRALMPTWLEWISNVMPASYALEALQQVGAHPELTGIAVRDVVVVLSFAVASLCLAA + VTLRRRTS" + gene complement(1901902..1902669) + /locus_tag="BQ2027_MB1713C" + CDS complement(1901902..1902669) + /locus_tag="BQ2027_MB1713C" + /note="Mb1713c, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv1687c, + len: 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 255 aa overlap). Probable conserved + ATP-binding protein ABC transporter (see citation below), + similar to many ABC-type transporters e.g. + P55476|NODI_RHISN nodulation ATP-binding protein I from + Rhizobium sp. (343 aa), FASTA scores: opt: 479, E(): + 3.7e-23, (34.6% identity in 243 aa overlap); etc. Also + similar to many other Mycobacterium tuberculosis ABC-type + transporters e.g. MTCY19H9.04 (34.5% identity in 238 aa + overlap). Contains PS00211 ABC transporters family + signature and PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Also contains PS00039 DEAD-box + subfamily ATP-dependent helicases signature, though this + may be spurious. Protein product from Mb1713c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00317.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ19" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ19" + /translation="MMISSSDELLRDGADPAVIIDQLRVIRGKRLALQDVSVRVACGT + ITGLLGPSGSGKTTLIRCIVGSQIIASGSVSVLGQPAGSAELRHRVGYMPQDPTIYND + LRVIDNIRYFAELCGVDRQAADEVIEAVDLRDHRTARCANLSGGQRARVSLACALVGR + PDLLVLDEPTIGLDPVLRVELWDRFTALARRGTTLLVSSHVMDEADRCGDLLLLRQGQ + LLAHTTPHRLRKETGCTSLEEAFLSIVRRTTTVPAAG" + gene 1902728..1903339 + /gene="mpg" + /locus_tag="BQ2027_MB1714" + CDS 1902728..1903339 + /gene="mpg" + /locus_tag="BQ2027_MB1714" + /note="Mb1714, -, len: 203 aa. Equivalent to Rv1688, len: + 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 203 aa overlap). Possible + 3-methyladenine DNA glycosylase (EC 3.2.2.-), similar to + several eukaryotic 3-methylpurine DNA glycosylases and + 3-methyladenine DNA glycosylases e.g. Q39147|X76169 + 3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE from Arabidobsis thaliana (254 + aa), FASTA scores: opt: 297, E(): 8.3e-15, (31.8% identity + in 198 aa overlap) and P29372|3MG_HUMAN + dna-3-methyladenine glycosidase (298 aa), FASTA scores: + opt: 220, E(): 7.2e-05, (36.4% identity in 184 aa + overlap). BELONGS TO THE MPG FAMILY OF DNA GLYCOSYLASES. + Protein product from Mb1714 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible 3-methyladenine dna glycosylase mpg" + /protein_id="SIU00318.1" + /db_xref="GOA:P65413" + /db_xref="InterPro:IPR003180" + /db_xref="InterPro:IPR011034" + /db_xref="InterPro:IPR036995" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65413" + /translation="MNAEELAIDPVAAAHRLLGATIAGRGVRAMVVEVEAYGGVPDGP + WPDAAAHSYRGRNGRNDVMFGPPGRLYTYRSHGIHVCANVACGPDGTAAAVLLRAAAI + EDGAELATSRRGQTVRAVALARGPGNLCAALGITMADNGIDLFDPSSPVRLRLNDTHR + ARSGPRVGVSQAADRPWRLWLTGRPEVSAYRRSSRAPARGASD" + gene 1903351..1904625 + /gene="tyrS" + /locus_tag="BQ2027_MB1715" + CDS 1903351..1904625 + /gene="tyrS" + /locus_tag="BQ2027_MB1715" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1715, tyrS, len: 424 aa. Equivalent to Rv1689, + len: 424 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 424 aa overlap). Probable tyrS, + Tyrosyl-tRNA synthase (EC 6.1.1.1), highly similar to many + e.g. SYY_ECOLI|P00951 Escherichia coli (EC 6.1.1.1) (423 + aa), FASTA scores: opt: 1271, E(): 0, (47.3% identity in + 419 aa overlap). Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-I signature. BELONGS TO CLASS-I + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb1715 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1715 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Tyrosyl-tRNA synthase tyrS (TYRRS)" + /protein_id="SIU00319.1" + /db_xref="GOA:P67612" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR002305" + /db_xref="InterPro:IPR002307" + /db_xref="InterPro:IPR002942" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR024088" + /db_xref="InterPro:IPR024107" + /db_xref="InterPro:IPR036986" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67612" + /translation="MSGMILDELSWRGLIAQSTDLDTLAAEAQRGPMTVYAGFDPTAP + SLHAGHLVPLLTLRRFQRAGHRPIVLAGGATGMIGDPRDVGERSLNEADTVAEWTERI + RGQLERFVDFDDSPMGAIVENNLEWTGSLSAIEFLRDIGKHFSVNVMLARDTIRRRLA + GEGISYTEFSYLLLQANDYVELHRRHGCTLQIGGADQWGNIIAGVRLVRQKLGATVHA + LTVPLVTAADGTKFGKSTGGGSLWLDPQMTSPYAWYQYFVNTADADVIRYLRWFTFLS + ADELAELEQATAQRPQQRAAQRRLASELTVLVHGEAATAAVEHASRALFGRGELARLD + EATLAAALRETTVAELKPGSPDGIVDLLVASGLSASKGAARRTIHEGGVSVNNIRVDN + EEWVPQSSDFLHGRWLVLRRGKRSIAGVERIG" + gene 1905242..1905661 + /gene="lprJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1716" + CDS 1905242..1905661 + /gene="lprJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1716" + /note="Mb1716, lprJ, len: 139 aa. Equivalent to Rv1690, + len: 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 124 aa overlap). Probable lprJ, + lipoprotein, contains possible signal sequence and PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Weakly similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins with conserved cysteines e.g. + Rv1804c, Rv1810, Rv3354, etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 2 + bp insertion (*-ac) at the 5' end, leads to a longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (139 aa versus 127 aa). Mb1716 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPRJ" + /protein_id="SIU00320.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ22" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ22" + /translation="MTQVRQQREAGDDGTHTHDGTRTWRTGRQATTLLALLAGVFGGA + ASCAAPIQADMMGNAFLTALTNAGIAYDQPATTVALGRSVCPMVVAPGGTFESITSRM + AEINGMSRDMASTFTIVAIGTYCPAVIAPLMPNRLQA" + gene 1905700..1906452 + /locus_tag="BQ2027_MB1717" + CDS 1905700..1906452 + /locus_tag="BQ2027_MB1717" + /note="Mb1717, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv1691, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 250 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9S210|SCI51.30C|AL109848 Hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (210 aa), FASTA + score: opt: 556, E(): 6.4e-27, (50.6% identity in 180 aa + overlap). Protein product from Mb1717 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1717 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TPR-repeat-containing protein" + /protein_id="SIU00321.1" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XYZ9" + /translation="MVDDRQGRRGGRRPRSAAADNRPAFRDGPAIPPGIHARQLAPEI + RRELSTLDRATADAVACHLVAAGELIDDDPEAALRHARAARVRASRIAAVREAVGIAA + YRCGDWAQALAELRAARRMGSKSPLLALIADCERGLGRPQRAIELARGSEAVELSGDA + ADELRIVAAGARADLGQLEQALTVLSTPQLDPGRTGSTAARLFYAYAEILLALGRGDE + ALQWFLRSAAADIDGVTDAEDRVDELGAREQK" + gene 1906449..1907510 + /locus_tag="BQ2027_MB1718" + CDS 1906449..1907510 + /locus_tag="BQ2027_MB1718" + /note="Mb1718, -, len: 353 aa. Equivalent to Rv1692, len: + 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 353 aa overlap). Probable phosphatase + (EC 3.1.-.-), some similarity to others e.g. + PNPP_SCHPO|Q00472 4-nitrophenylphosphatase (269 aa), FASTA + scores: opt: 214, E(): 1.3e-10, (29.5% identity in 241 aa + overlap); and to NAGD_ECOLI|P15302 nagd protein from + Escherichia coli (250 aa), FASTA scores: opt: 314, E(): + 9.8e-08, (28.2% identity in 245 aa overlap). Also similar + to AL109848|SCI51.28 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (343 aa), FASTA scores: opt: 768, + E(): 0, (44.8% identity in 315 aa overlap). Protein + product from Mb1718 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1718 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATASE" + /protein_id="SIU00322.1" + /db_xref="InterPro:IPR006357" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="InterPro:IPR041065" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ15" + /translation="MKSIAQEHDCLLIDLDGTVFCGRQPTGGAVQSLSQVRSRKLFVT + NNASRSADEVAAHLCELGFTATGEDVVTSAQSAAHLLAGQLAPGARVLIVGTEALANE + VAAVGLRPVRRFEDRPDAVVQGLSMTTGWSDLAEAALAIRAGALWVAANVDPTLPTER + GLLPGNGSMVAALRTATGMDPRVAGKPAPALMTEAVARGDFRAALVVGDRLDTDIEGA + NAAGLPSLMVLTGVNSAWDAVYAEPVRRPTYIGHDLRSLHQDSKLLAVAPQPGWQIDV + GGGAVTVCANGDVDDLEFIDDGLSIVRAVASAVWEARAADLHQRPLRIEAGDERARAA + LQRWSLMRSDHPVTSVGTQ" + gene 1907507..1907683 + /locus_tag="BQ2027_MB1719" + CDS 1907507..1907683 + /locus_tag="BQ2027_MB1719" + /note="Mb1719, -, len: 58 aa. Equivalent to Rv1693, len: + 58 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 58 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, shows some similarity to AL583921 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (61 aa). Probable + coiled-coil from aa 30 to 58. Protein product from Mb1719 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1719 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00323.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y163" + /translation="MTIDPDQIRAEIDALLASLPDPADAENGPSLAELEGIARRLSEA + HEVLLAALESAEKG" + gene 1907691..1908497 + /gene="tlyA" + /locus_tag="BQ2027_MB1720" + CDS 1907691..1908497 + /gene="tlyA" + /locus_tag="BQ2027_MB1720" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1720, tlyA, len: 268 aa. Equivalent to Rv1694, + len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 268 aa overlap). tlyA, + cytotoxin/haemolysin homologue (see citations below), + almost identical to NP_301968.1|NC_002677 + cytotoxin/haemolysin homologue TlyA from Mycobacterium + leprae (269 aa). TlyA homologues were also identified by + PCR in M. avium, M. bovis BCG, but appeared absent in M. + smegmatis, M. vaccae, M. kansasii, M. chelonae and M. + phlei (see first citation below). Also highly similar to + CAB83047.1|AJ271681 putative haemolysin from Mycobacterium + ulcerans (281 aa); and similar to HLYA_TREHY|Q06803 + pore-forming haemolysin/cytotoxin virulence determinant + from Treponema hyodysenteriae (240 aa), FASTA scores: opt: + 514, E():3e-30, (37.3% identity in 236 aa overlap). Mb1720 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="2'-o-methyltransferase tlya" + /protein_id="SIU00324.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZV6" + /db_xref="InterPro:IPR002877" + /db_xref="InterPro:IPR002942" + /db_xref="InterPro:IPR004538" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR036986" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV6" + /translation="MARRARVDAELVRRGLARSRQQAAELIGAGKVRIDGLPAVKPAT + AVSDTTALTVVTDSERAWVSRGAHKLVGALEAFAIAVAGRRCLDAGASTGGFTEVLLD + RGAAHVVAADVGYGQLAWSLRNDPRVVVLERTNARGLTPEAIGGRVDLVVADLSFISL + ATVLPALVGCASRDADIVPLVKPQFEVGKGQVGPGGVVHDPQLRARSVLAVARRAQEL + GWHSVGVKASPLPGPSGNVEYFLWLRTQTDRALSAKGLEDAVHRAISEGP" + gene 1908497..1909420 + /gene="ppnK" + /locus_tag="BQ2027_MB1721" + CDS 1908497..1909420 + /gene="ppnK" + /locus_tag="BQ2027_MB1721" + /note="Mb1721, ppnK, len: 307 aa. Equivalent to Rv1695, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 307 aa overlap). Probable ppnK, + inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase (EC 2.7.1.23), + equivalent to Q49897|MLC1351.13C|Z95117|PPNK_MYCLE + INORGANIC POLYPHOSPHATE/ATP-NAD KINASE from Mycobacterium + leprae (311 aa) (87.9% identity in 305 aa overlap). Also + similar to many e.g. P37768|PPNK_ECOLI PROBABLE INORGANIC + POLYPHOSPHATE/ATP-NAD KINASE (292 aa), FASTA scores: opt: + 384, E(): 1.7e-23, (33.5% identity in 233 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE NAD KINASE FAMILY. Protein product + from Mb1721 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1721 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="inorganic polyphosphate/atp-nad kinase ppnk + (poly(p)/atp nad kinase)" + /protein_id="SIU00325.1" + /db_xref="GOA:P0A5S7" + /db_xref="InterPro:IPR002504" + /db_xref="InterPro:IPR016064" + /db_xref="InterPro:IPR017437" + /db_xref="InterPro:IPR017438" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5S7" + /translation="MTAHRSVLLVVHTGRDEATETARRVEKVLGDNKIALRVLSAEAV + DRGSLHLAPDDMRAMGVEIEVVDADQHAADGCELVLVLGGDGTFLRAAELARNASIPV + LGVNLGRIGFLAEAEAEAIDAVLEHVVAQDYRVEDRLTLDVVVRQGGRIVNRGWALNE + VSLEKGPRLGVLGVVVEIDGRPVSAFGCDGVLVSTPTGSTAYAFSAGGPVLWPDLEAI + LVVPNNAHALFGRPMVTSPEATIAIEIEADGHDALVFCDGRREMLIPAGSRLEVTRCV + TSVKWARLDSAPFTDRLVRKFRLPVTGWRGK" + gene 1909434..1911197 + /gene="recN" + /locus_tag="BQ2027_MB1722" + CDS 1909434..1911197 + /gene="recN" + /locus_tag="BQ2027_MB1722" + /note="Mb1722, recN, len: 587 aa. Equivalent to Rv1696, + len: 587 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 587 aa overlap). Probable recN, DNA + repair protein, similar to many e.g. RECN_ECOLI|P05824 dna + repair protein recN (553 aa), FASTA scores: opt: 508, E(): + 1.9e-33, (31.5% identity in 587 aa overlap). Equivalent to + Z95117|MLCB1351_12 recN from Mycobacterium leprae (587 + aa), FASTA scores: (76.1% identit y in 589 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb1722 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1722 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable DNA repair protein recN (Recombination + protein N)" + /protein_id="SIU00326.1" + /db_xref="GOA:P0A5U7" + /db_xref="InterPro:IPR003395" + /db_xref="InterPro:IPR004604" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5U7" + /translation="MLTELRIESLGAISVATAEFDRGFTVLTGETGTGKTMVVTGLHL + LGGARADATRVRSGADRAVVEGRFTTTDLDDATVAGLQAVLDSSGAERDEDGSVIALR + SISRDGPSRAYLGGRGVPAKSLSGFTNELLTLHGQNDQLRLMRPDEQRGALDRFAAAG + EAVQRYRKLRDAWLTARRDLVDRRNRARELAQEADRLKFALNEIDTVDPQPGEDVALV + ADIARLSELDTLREAATTARATLCGTPDADAFDRGAVDSLGRARAALQSSDDAALRGL + AEQVGEALTVVVDAVAELGAYLDELPADASALDAKLARQAQLRTLTRKYAADIDGVLR + WADEARARLAQLDVSEEGLAALERRTGELAHELGQAAVDLSTIRRKAAKRLAKEVSAE + LSALAMADAEFTIGVTTELADHGDPVALALASGELARAGADGVDAVEFGFVAHRGMTV + LPLAKSASGGELSRVMLSLEVVLATSRKQAAGTTMVFDEIDAGVGGWAAVQIGRRLAR + LARTHQVIVVTHLPQVAAYADVHLMVQRTGRDGASGVRRLTSEDRVAELARMLAGLGD + SDSGRAHARELLETAQNDELT" + gene 1911293..1912474 + /locus_tag="BQ2027_MB1723" + CDS 1911293..1912474 + /locus_tag="BQ2027_MB1723" + /note="Mb1723, -, len: 393 aa. Equivalent to Rv1697, len: + 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 393 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q49895|MLC1351.11C|U00021 + Hypothetical protein of Mycobacterium leprae from cosmid + L247 (430 aa), FASTA scores: opt: 2345, E(): 0, (90.6% + identity in 393 aa overlap). Protein product from Mb1723 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1723 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG005773: conserved membrane protein ML1361" + /protein_id="SIU00327.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ32" + /db_xref="InterPro:IPR022215" + /db_xref="InterPro:IPR036759" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ32" + /translation="MRMSALLSRNTSRPGLIGIARVDRNIDRLLRRVCPGDIVVLDVL + DLDRITADALVEAEIAAVVNASSSVSGRYPNLGPEVLVTNGVTLIDETGPEIFKKVKD + GAKVRLYEGGVYAGDRRLIRGTERTDHDIADLMREAKSGLVAHLEAFAGNTIEFIRSE + SPLLIDGIGIPDVDVDLRRRHVVIVADEPSGPDDLKSLKPFIKEYQPVLVGVGTGADV + LRKAGYRPQLIVGDPDQISTEVLKCGAQVVLPADADGHAPGLERIQDLGVGAMTFPAA + GSATDLALLLADHHGAALLVTAGHAANIETFFDRTRVQSNPSTFLTRLRVGEKLVDAK + AVATLYRNHISGGAIALLALTMLIAIIVALWVSRTDGVVLHWIIDYWNRFSLWVQHLV + S" + gene 1912496..1913440 + /gene="mctb" + /locus_tag="BQ2027_MB1724" + CDS 1912496..1913440 + /gene="mctb" + /locus_tag="BQ2027_MB1724" + /note="Mb1724, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv1698, len: + 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 314 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly exported protein with potential + N-terminal signal sequence. Equivalent to + Q49894|MLC1351.10C|Z95117 Hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (317 aa), FASTA scores: (77.0% + identity in 317 aa overlap). Probable coiled-coil from aa + 31 to 67. Protein product from Mb1724 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1724 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="outer membrane protein mctb" + /protein_id="SIU00328.1" + /db_xref="GOA:P64884" + /db_xref="InterPro:IPR021522" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64884" + /translation="MISLRQHAVSLAAVFLALAMGVVLGSGFFSDTLLSSLRSEKRDL + YTQIDRLTDQRDALREKLSAADNFDIQVGSRIVHDALVGKSVVIFRTPDAHDDDIAAV + SKIVGQAGGAVTATVSLTQEFVEANSAEKLRSVVNSSILPAGSQLSTKLVDQGSQAGD + LLGIALLSNADPAAPTVEQAQRDTVLAALRETGFITYQPRDRIGTANATVVVTGGALS + TDAGNQGVSVARFAAALAPRGSGTLLAGRDGSANRPAAVAVTRADADMAAEISTVDDI + DAEPGRITVILALHDLINGGHVGHYGTGHGAMSVTVSQ" + gene 1913580..1915340 + /gene="pyrG" + /locus_tag="BQ2027_MB1725" + CDS 1913580..1915340 + /gene="pyrG" + /locus_tag="BQ2027_MB1725" + /note="Mb1725, pyrG, len: 586 aa. Equivalent to Rv1699, + len: 586 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 586 aa overlap). pyrG, CTP synthase (EC + 6.3.4.2) highly similar to many e.g. PYRG_ECOLI|P08398 ctp + synthase from Escherichia coli (544 aa), FASTA scores: + opt: 1786, E():0, (51.8% identity in 548 aa overlap). + Contains PS00442 Glutamine amidotransferases class-I + active site. Protein product from Mb1725 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1725 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable ctp synthase pyrg" + /protein_id="SIU00329.1" + /db_xref="GOA:P0A5U3" + /db_xref="InterPro:IPR004468" + /db_xref="InterPro:IPR017456" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="InterPro:IPR033828" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5U3" + /translation="MRKHPQTATKHLFVSGGVASSLGKGLTASSLGQLLTARGLHVTM + QKLDPYLNVDPGTMNPFQHGEVFVTEDGAETDLDVGHYERFLDRNLPGSANVTTGQVY + STVIAKERRGEYLGDTVQVIPHITDEIKRRILAMAQPDADGNRPDVVITEIGGTVGDI + ESQPFLEAARQVRHYLGREDVFFLHVSLVPYLAPSGELKTKPTQHSVAALRSIGITPD + ALILRCDRDVPEALKNKIALMCDVDIDGVISTPDAPSIYDIPKVLHREELDAFVVRRL + NLPFRDVDWTEWDDLLRRVHEPHETVRIALVGKYVELSDAYLSVAEALRAGGFKHRAK + VEICWVASDGCETTSGAAAALGDVHGVLIPGGFGIRGIEGKIGAIAYARARGLPVLGL + CLGLQCIVIEAARSVGLTNANSAEFDPDTPDPVIATMPDQEEIVAGEADLGGTMRLGS + YPAVLEPDSVVAQAYQTTQVSERHRHRYEVNNAYRDKIAESGLRFSGTSPDGHLVEFV + EYPPDRHPFVVGTQAHPELKSRPTRPHPLFVAFVGAAIDYKAGELLPVEIPEIPEHTP + NGSSHRDGVGQPLPEPASRG" + gene 1915333..1915956 + /locus_tag="BQ2027_MB1726" + CDS 1915333..1915956 + /locus_tag="BQ2027_MB1726" + /note="Mb1726, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv1700, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 207 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q49891|MLC1351.08C|Z95117 + Hypothetical protein from Mycobacterium leprae (177 aa), + FASTA scores: (66.7% identity in 171 aa overlap); also + similar to Q9S225|SCI51.15C|AL109848 Hypothetical protein + from Streptomyces coelicolor (211 aa), FASTA scores: opt: + 508, E(): 1.2e-27, (43.1% identity in 197 aa overlap); + similar to P54570|ADPP_BACSU ADP-RIBOSE PYROPHOSPHATASE + (EC 3.6.1.13) (185 aa), FASTA scores: opt: 313, E(): + 1.1e-06, (42.7% identity in 124 aa overlap). Protein + product from Mb1726 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1726 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nudix hydrolase" + /protein_id="SIU00330.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ31" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ31" + /translation="MAEHDFETISSETLHTGAIFALRRDQVRMPGGGIVTREVVEHLG + AVAIVAMDDNGNIPMVYQYRHTYGRRLWELPAGLLDVAGEPPHLTAARELREEVGLQA + STWQVLVDLDTAPGFSDESVRVYLATGLREVGRPEAHHEEADMTMGWYPIAEAARRVL + RGEIVNSIAIAGVLAVHAVTTGFAQPRPLDTEWIDRPTAFATRRAER" + gene 1915953..1916888 + /locus_tag="BQ2027_MB1727" + CDS 1915953..1916888 + /locus_tag="BQ2027_MB1727" + /note="Mb1727, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv1701, len: + 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 311 aa overlap). Probable + integrase/recombinase, similar to many e.g. + XERD_ECOLI|P21891 integrase/recombinase xerd (298 aa), + FASTA scores: opt: 583, E(): 0, (41.8% identity in 311 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + integrase/recombinase proteins RV2894c|MTCY274.25c (43.1% + identity in 304 aa overlap); and Rv2646|MTCY441.16 phiRv2 + integrase (31.1% identity in 161 aa overlap). Equivalent + to Z95117|MLCB1351_7 from Mycobacterium leprae (316 aa) + (85.4% identity in 316 aa overlap). Protein product from + Mb1727 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1727 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRASE/RECOMBINASE" + /protein_id="SIU00331.1" + /db_xref="GOA:P67637" + /db_xref="InterPro:IPR002104" + /db_xref="InterPro:IPR004107" + /db_xref="InterPro:IPR010998" + /db_xref="InterPro:IPR011010" + /db_xref="InterPro:IPR011932" + /db_xref="InterPro:IPR013762" + /db_xref="InterPro:IPR023009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67637" + /translation="MKTLALQLQGYLDHLTIERGVAANTLSSYRRDLRRYSKHLEERG + ITDLAKVGEHDVSEFLVALRRGDPDSGTAALSAVSAARALIAVRGLHRFAAAEGLAEL + DVARAVRPPTPSRRLPKSLTIDEVLSLLEGAGGDKPSDGPLTLRNRAVLELLYSTGAR + ISEAVGLDLDDIDTHARSVLLRGKGGKQRLVPVGRPAVHALDAYLVRGRPDLARRGRG + TAAIFLNARGGRLSRQSAWQVLQDAAERAGITAGVSPHMLRHSFATHLLEGGADVRVV + QELLGHASVTTTQIYTLVTVHALREVWAGAHPRAR" + repeat_region complement(1916962..1918340) + /note="REP-6, len: 1379 nt. Equivalent to REP, len: 1362 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, (65.3% + identity in 1364 nt overlap). REPI125, member of REP13E12 + family." + /rpt_family="REP" + gene complement(1916962..1918326) + /locus_tag="BQ2027_MB1728C" + CDS complement(1916962..1918326) + /locus_tag="BQ2027_MB1728C" + /note="Mb1728c, -, len: 454 aa. Equivalent to Rv1702c, + len: 454 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 454 aa overlap). Conserved hypothetical + ORF in REP13E12 degenerate repeat. Similar to other + hypothetical proteins inside REP13E12 elements (often in + two parts) e.g. Rv0094c|Q50655|MTCY251.13c (317 aa), FASTA + scores: opt: 1284, E(): 0, (59.7% identity in 315 aa + overlap); and Rv1128c, Rv1945, Rv1148c, etc. Mb1728c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="SIU00332.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64886" + /translation="MYSSSREEAVAAFDNLDTALNRVLKVSPDDLTIPECLAMLQRCE + KIRRRLPAAEHPFINKLADQTDQTELGGKLPFALAERLHISRGEASRRIHEAADLGPR + RTLTGQPLPPLLTATAAAQRAGHLGPAHVQVIRCFLHQLPHHVDLPTREKAEAELATL + GGRFRPDQLHKLATKLADCLNPDGNYNDTDRARRRSIILGNQGPDGMSAISGYLTPEA + RATVDAVLAKLAAPGMANPADDTPCLAGTPSQAAIEADTRSAGQRHHDGLLAALRALL + CSGELGQHNGLPAAIIVSTSLTELQSRAGHALTGGGTLLPMSDVIRLASHANHYLRIF + DHGRELALYHTKRLASPGQRIVLYAKDRGCSFPNCDVPGYLTEVHHVTDFAQCQETDI + NELTQGCGPHHQLATTGGWITRKRKDGTTEWLPPAHLDHGQPRTNSYFHPEKLLHDSD + EDDP" + gene complement(1918881..1919471) + /locus_tag="BQ2027_MB1729C" + CDS complement(1918881..1919471) + /locus_tag="BQ2027_MB1729C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1729c, -, len: 196 aa. Equivalent to Rv1703c, + len: 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 196 aa overlap). Probable + catechol-o-methyltransferase (EC 2.1.1.6), most similar to + COMT_HUMAN|P21964 soluble form of mammalian catechol + o-methyltransferase (271 aa), FASTA scores: opt: 405, E(): + 7 .8e-29, (38.9% identity in 190 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + methyltransferases Rv0187, Rv1220c. Protein product from + Mb1729c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1729c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable catechol-o-methyltransferase" + /protein_id="SIU00333.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y172" + /db_xref="InterPro:IPR002935" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y172" + /translation="MLATIDKFAYEKSMLINVGDEKGTLLDAAVRRADPALALELGTY + LGYGALRIARAAPEARVYSVELAEANASNARRIWAHAGVDDRVVCVVGTIGDGGRTLD + ALTEHGFATGTLDFVFLDHDKKAYLPDLQSILDRGWLHPGSIVVADNVRVPGAPKYRA + YMRRQQGMSWNTIEHKTHLEYQTLVPDLVLESEYLG" + gene complement(1919536..1921206) + /gene="cycA" + /locus_tag="BQ2027_MB1730C" + CDS complement(1919536..1921206) + /gene="cycA" + /locus_tag="BQ2027_MB1730C" + /note="Mb1730c, cycA, len: 556 aa. Equivalent to Rv1704c, + len: 556 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 556 aa overlap). Probable cycA, + D-serine/D-alanine/glycine transporter, highly similar to + P39312|CYCA_ECOLI d-serine/d-alanine/glycine transporter + from Escherichia coli (470 aa), FASTA scores: opt: 1906, + E(): 0, (59.3% identity in 459 aa overlap); etc. Also + similar to other Mycobacterium tuberculosis amino-acid + permeases e.g. Rv2127, Rv0346c, etc. Contains PS00218 + amino acid permeases signature. BELONGS TO THE AMINO ACID + PERMEASE FAMILY (APC FAMILY). Protein product from Mb1730c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1730c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE D-SERINE/ALANINE/GLYCINE TRANSPORTER + PROTEIN CYCA" + /protein_id="SIU00334.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZW7" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="InterPro:IPR004840" + /db_xref="InterPro:IPR004841" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW7" + /translation="MPDDIAAADPTDTQPHLRRDLANRHIQLIAIGGAIGTGLFMGSG + RTISLAGPAVMVVYGIIGFFVFFVLRAMGELLLSNLNYKSFVDFAADLLGPAAGFFVG + WSYWFAWVVTGIADLVAITGYARFWWPGLPIWVPALVTVALILAVNLFSVRHFGELEF + WFALIKVAAIVCLIAVGAILVATNFVSPHGVHATIENLWNDNGFFPTGFLGVVSGFQI + AFFAYIGVELVGTAAAETADPRRTLPRAINAVPLRVAVFYIGALLAILAVVPWRQFAS + GESPFVTMFSLAGLAAAASVVNFVVVTAAASSANSGFFSTGRMLFGLADEGHAPAAFH + QLNRGGVPAPALLLTAPLLLTSIPLLYAGRSVIGAFTLVTTVSSLLFMFVWAMIIISY + LVYRRRHPQRHTDSVYKMPGGVVMCWAVLVFFAFVIWTLTTETETATALAWFPLWFVL + LAVGWLVTQRRQSRRSFGFHCQVVGVRQQLGRGMARLAMKIHARPKLRSAVVVEPVSA + GEPGARRSAKSVRKLASDDSQSAHCPVAVVGLADGGRDPQYHHDGPDR" + gene complement(1921247..1922404) + /gene="PPE22" + /locus_tag="BQ2027_MB1731C" + CDS complement(1921247..1922404) + /gene="PPE22" + /locus_tag="BQ2027_MB1731C" + /note="Mb1731c, PPE22, len: 385 aa. Equivalent to Rv1705c, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 385 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family of glycine-rich proteins, similar + to many e.g. YX23_MYCTU|Q10813 hypothetical 41.1 kd + protein cy274.2 3 (404 aa), fasta scores: opt: 819, E(): + 0, (46.2% identity in 413 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe22" + /protein_id="SIU00335.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ34" + /translation="MDFGALPPEVNSGRMYCGPGSAPMVAAASAWNGLAAELSVAAVG + YERVITTLQTEEWLGPASTLMVEAVAPYVAWMRATAIQAEQAASQARAAAAAYETAFA + AIVPPPLIAANRARLTSLVTHNVFGQNTASIAATEAQYAEMWAQDAMAMYGYAGSSAT + ATKVTPFAPPPNTTSPSAAATQLSAVAKAAGTSAGAAQSAIAELIAHLPNTLLGLTSP + LSSALTAAATPGWLEWFINWYLPISQLFYNTVGLPYFAIGIGNSLITSWRALGWIGPE + AAEAAAAAPAAVGAAVGGTGPVSAGLGNAATIGKLSVPPNWAGASPSLAPTVGSASAP + LVSDIVEQPEAGAAGNLLGGMPLAGSGTGTGGAGPRYGFRVTVMSRPPFAG" + gene complement(1922444..1923628) + /gene="PPE23" + /locus_tag="BQ2027_MB1732C" + CDS complement(1922444..1923628) + /gene="PPE23" + /locus_tag="BQ2027_MB1732C" + /note="Mb1732c, PPE23, len: 394 aa. Equivalent to Rv1706c, + len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 394 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family of glycine-rich proteins, similar + to many e.g. YX23_MYCTU|Q10813 hypothetical 41.1 kd + protein cy274.23 (404 aa), fasta scores: opt: 841, E(): + 3.9e-31, (46.8% identity in 408 aa overlap). Mb1732c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe23" + /protein_id="SIU00336.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZG1" + /translation="MTLDVPVNQGHVPPGSVACCLVGVTAVADGIAGHSLSNFGALPP + EINSGRMYSGPGSGPLMAAAAAWDGLAAELSSAATGYGAAISELTNMRWWSGPASDSM + VAAVLPFVGWLSTTATLAEQAAMQARAAAAAFEAAFAMTVPPPAIAANRTLLMTLVDT + NWFGQNTPAIATTESQYAEMWAQDAAAMYGYASAAAPATVLTPFAPPPQTTNATGLVG + HATAVAALRGQHSWAAAIPWSDIQKYWMMFLGALATAEGFIYDSGGLTLNALQFVGGM + LWSTALAEAGAAEAAAGAGGAAGWSAWSQLGAGPVAASATLAAKIGPMSVPPGWSAPP + ATPQAQTVARSIPGIRSAAEAAETSVLLRGAPTPGRSRAAHMGRRYGRRLTVMADRPN + VG" + gene complement(1924232..1924399) + /locus_tag="BQ2027_MB1733C" + CDS complement(1924232..1924399) + /locus_tag="BQ2027_MB1733C" + /note="Mb1733c, -, len: 55 aa. Equivalent to Rv1706A, len: + 55 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 55 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to part of several probable export + proteins e.g. Rv0783c|Z80226_28 from Mycobacterium + tuberculosis (540 aa), FASTA scores: opt: 125, E(): 0.011, + (52.85% identity in 53 aa overlap). Size difference + suggests possible gene fragment." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Permeases of the major facilitator superfamily" + /protein_id="SIU00337.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ39" + /translation="MGSLAAFKLGWLLSAMAPNVVLLTAFRVPQGLTMLTVFATGQAG + QHRCRTFHVTP" + gene 1924632..1926092 + /locus_tag="BQ2027_MB1734" + CDS 1924632..1926092 + /locus_tag="BQ2027_MB1734" + /note="Mb1734, -, len: 486 aa. Equivalent to Rv1707, len: + 486 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 486 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, possibly involved in transport of + sulfate, similar to several hypothetical proteins + belonging to the sulfate permease family e.g. + P40877|YCHM_ECOLI hypothetical 58.4 kd protein in pth-prsa + intergenic region from Escherichia coli (550 aa), FASTA + scores: opt: 486, E(): 0, (33.1% identity in 492 aa + overlap). Also similar to many other Mycobacterium + tuberculosis membrane proteins eg. Rv3273, Rv1739c. SEEMS + TO BELONG TO THE SULP FAMILY. Protein product from Mb1734 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1734 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00338.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ51" + /db_xref="InterPro:IPR001902" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR011547" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ51" + /translation="MLQRIARELLSGVAVAIVALPLAIAFGITATGTSQGALIGLYGA + IFAGFFAAVFGGTPGQVTGPTGPITVVATATIAEHGLEGAFFAFILAGVFQILFGACR + LGSLIRYVPHPVISGFMGGIAILIIMTQLDQVRSSSLLVLVTVVLLLASGRFIKAIPP + SLLVLVLVSSVLPLAAPWLRDLRAGPVSINRTVDYIGEIPQAMPSFDFPQVANSTMLQ + VLLSAVAIALLGSLDSLLTSLVMDNIRGTRHRSNKELIGQGIGNIAAGLFGGLAGAGA + TVRSVVNVRNGGQTALSAATHSVVLFVFVAGLGAVVQYIPLAVLSGILILVAVGMFDW + HAMRKAHVSPRGDVIVMFTTMIITVVVDLTIAVMVGIALSLLVHRLRSRQRKAKVTQD + DTGTYRIDGPLSFLSVDGVFGSLRDGREDVSLDLQHVTYLDTSGAQALLYFIDHSEKD + GVAVSIKRIPPRLESQLTALADNEQRDKLRTVLESA" + gene 1926110..1927066 + /locus_tag="BQ2027_MB1735" + CDS 1926110..1927066 + /locus_tag="BQ2027_MB1735" + /note="Mb1735, -, len: 318 aa. Equivalent to Rv1708, len: + 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 318 aa overlap). Putative initiation + inhibitor protein, a soj-related protein probably involved + in cell process, highly similar to many sporulation + initiation inhibitor proteins soj e.g. P37522|SOJ_BACSU + Soj protein from Bacillus subtilis (253 aa), FASTA scores: + opt: 745, E(): 0, (46.0% identity in 248 aa overlap), and + more weakly to various repA/para/incC proteins from + various organisms e.g. Y4CK_RHISN|P55393 putative + replication protein A from Rhizobium sp. (407 aa), FASTA + scores: opt: 205, E(): 4e-13, (29.0% identity in 252 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hyothetical proteins Rv3213c and Rv3918c. Protein product + from Mb1735 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1735 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE INITIATION INHIBITOR PROTEIN" + /protein_id="SIU00339.1" + /db_xref="InterPro:IPR025669" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ37" + /translation="MPAGLPGQASVAVRLSCDVPPDARHHEPRPGMTDHPDTGNGIGL + TGRPPRAIPDPTPRSSHGPAKVIAMCNQKGGVGKTTSTINLGAALGEYGRRVLLVDMD + PQGALSAGLGVPHYELDKTIHNVLVEPRVSIDDVLIHSRVKNMDLVPSNIDLSAAEIQ + LVNEVGREQTLARALYPVLDRYDYVLIDCQPSLGLLTVNGLACTDGVIIPTECEFFSL + RGLALLTDTVDKVRDRLNPKLDISGILITRYDPRTVNSREVMARVVERFGDLVFDTVI + TRTVRFPETSVAGEPITTWAPKSAGALAYRALARELIDRFGM" + gene 1927063..1927899 + /gene="scpa" + /locus_tag="BQ2027_MB1736" + CDS 1927063..1927899 + /gene="scpa" + /locus_tag="BQ2027_MB1736" + /note="Mb1736, -, len: 278 aa. Equivalent to Rv1709, len: + 278 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 278 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others e.g. P35154|YPUG_BACSU from + Bacillus subtilis (251 aa), FASTA scores: opt: 271, E(): + 8.2e-10, (27.0% identity in 248 aa overlap); + Q9S230|SCI51.10C|AL109848 from Streptomyces coelicolor + (264 aa), FASTA scores: opt: 855, E(): 0, (56.8% identity + in 257 aa overlap). Equivalent to + Q49888|MLC1351.05C|Z95117 from Mycobacterium leprae (268 + aa), FASTA scores: (78.9% identity in 251 aa overlap). + Protein product from Mb1736 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1736 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible segregation and condensation protein + scpa" + /protein_id="SIU00340.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ42" + /db_xref="InterPro:IPR003768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ42" + /translation="MNGLQNSLANGGTAPENGYSAGFRVRLTNFEGPFDLLLQLIFAH + QLDVTEVALHQVTDDFIAYTKAIGARLELEETTAFLVIAATLLDLKAARLLPAGQVDD + EEDLALLEVRDLLFARLLQYRAFKHVAEMFAELEATALRSYPRAVSLEDGFVGLLPEV + MLGVDAHRFAEIAAIALTPRPAPTVATEHLHELMVSVPEQAEHLLAMLKARGSGQWAS + FSELVADCTAPIEIVGRFLALLELYRTRAVAFEQSEPLGALQVSWTGDDAERSDEKER + RL" + gene 1927896..1928591 + /gene="scpb" + /locus_tag="BQ2027_MB1737" + CDS 1927896..1928591 + /gene="scpb" + /locus_tag="BQ2027_MB1737" + /note="Mb1737, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv1710, len: + 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 231 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several hypothetical proteins e.g. + P35155|YPUH_BACSU from Bacillus subtilis (197 aa), FASTA + scores: opt: 339, E(): 1.3e-09, (36.0% identity in 186 aa + overlap); Q9S231|SCI51.09C|AL109848 from Streptomyces + coelicolor (223 aa), FASTA scores: opt: 626, E(): 0, + (51.0% identity in 192 aa overlap). Equivalent to + O05669|MLC1351.04C|Z95117 Hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (231 aa), FASTA scores: (77.9% + identity in 231 aa overlap). Protein product from Mb1737 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1737 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible segregation and condensation protein + scpb" + /protein_id="SIU00341.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ21" + /db_xref="InterPro:IPR005234" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ21" + /translation="MTEHMPEHDPSYGIPDIAEPAELDADELKRVLEALLLVIDTPVT + ADALAAATEQPVYRVAAKLQLMADELTGRDSGIDLRHTSEGWRMYTRARFAPYVEKLL + LDGARTKLTRAALETLAVVAYRQPVTRARVSAVRGVNVDAVMRTLLARGLITEVGTDA + DTGAVTFATTELFLERLGLTSLSELPDIAPLLPDVDTIDDLSESLDSEPRFIKLTGEL + ASEQTLSFDVDRD" + gene 1928588..1929352 + /locus_tag="BQ2027_MB1738" + CDS 1928588..1929352 + /locus_tag="BQ2027_MB1738" + /EC_number="5.4.99.22" + /note="Mb1738, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv1711, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 254 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to a large family of hypothetical + proteins e.g. P37765|YCIL_ECOLI from Escherichia coli (291 + aa), FASTA scores: opt: 496, E(): 1.1e-29, (41.6% identity + in 250 aa overlap); 9S232|SCI51.08C|AL109848 PUTATIVE + PSEUDOURIDINE SYNTHASE from Streptomyces coelicolor (371 + aa), FASTA scores: opt: 818, E(): 0, (53.1% identity in + 245 aa overlap). Equivalent to O05668|MLCB1351.03C|Z95117 + Hypothetical protein from Mycobacterium leprae (256 aa), + (80.5% identity in 256 aa overlap). Contains PS01149 + Hypothetical yciL/yejD/yjbC family signature. Protein + product from Mb1738 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1738 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LSU rRNA pseudouridine(2605) synthase (EC" + /protein_id="SIU00342.1" + /db_xref="GOA:P65843" + /db_xref="InterPro:IPR000748" + /db_xref="InterPro:IPR002942" + /db_xref="InterPro:IPR006145" + /db_xref="InterPro:IPR018496" + /db_xref="InterPro:IPR020103" + /db_xref="InterPro:IPR036986" + /db_xref="InterPro:IPR042092" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65843" + /translation="MMAEPEESREPRGIRLQKVLSQAGIASRRAAEKMIVDGRVEVDG + HVVTELGTRVDPQVAVVRVDGARVVLDDSLVYLALNKPRGMHSTMSDDRGRPCIGDLI + ERKVRGTKKLFHVGRLDADTEGLMLLTNDGELAHRLMHPSHEVPKTYLATVTGSVPRG + LGRTLRAGIELDDGPAFVDDFAVVDAIPGKTLVRVTLHEGRNRIVRRLLAAAGFPVEA + LVRTDIGAVSLGKQRPGSVRALRSNEIGQLYQAVGL" + gene 1929349..1930041 + /gene="cmk" + /locus_tag="BQ2027_MB1739" + CDS 1929349..1930041 + /gene="cmk" + /locus_tag="BQ2027_MB1739" + /note="Mb1739, cmk, len: 230 aa. Equivalent to Rv1712, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 230 aa overlap). Probable cmk, + cytidylate kinase (EC 2.7.4.14), highly similar to many + e.g. KCY_ECOLI|P23863 cytidylate kinase from Escherichia + coli (227 aa), FASTA scores: opt: 534, E (): 0, (40.3% + identity in 221 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Equivalent to + Z95117|MLCB1351_2 from Mycobacterium leprae (223 aa) + (73.5% identity in 226 aa overlap). BELONGS TO THE + CYTIDYLATE KINASE FAMILY, SUBFAMILY 1. Protein product + from Mb1739 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1739 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cytidylate kinase cmk (cmp kinase) (cytidine + monophosphate kinase) (ck)" + /protein_id="SIU00343.1" + /db_xref="GOA:P63804" + /db_xref="InterPro:IPR003136" + /db_xref="InterPro:IPR011994" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63804" + /translation="MSRLSAAVVAIDGPAGTGKSSVSRRLARELGARFLDTGAMYRIV + TLAVLRAGADPSDIAAVETIASTVQMSLGYDPDGDSCYLAGEDVSVEIRGDAVTRAVS + AVSSVPAVRTRLVELQRTMAEGPGSIVVEGRDIGTVVFPDAPVKIFLTASAETRARRR + NAQNVAAGLADDYDGVLADVRRRDHLDSTRAVSPLQAAGDAVIVDTSDMTEAEVVAHL + LELVTRRSEAVR" + gene 1930038..1931429 + /gene="engA" + /locus_tag="BQ2027_MB1740" + CDS 1930038..1931429 + /gene="engA" + /locus_tag="BQ2027_MB1740" + /note="Mb1740, engA, len: 463 aa. Equivalent to Rv1713, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 463 aa overlap). Probable engA, + GTP-binding protein. Equivalent to + Q49884|MLCB1351.01|U00021_5 PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN + ENGA from Mycobacterium leprae (461 aa), (88.6% identity + in 463 aa overlap). And similar to many e.g. + P50743|ENGA_BACSU PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN ENGA from + Bacillus subtilus (436 aa), FASTA scores: opt: 1077, E(): + 0, (40.6% identity in 434 aa overlap). Contains two + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE ERA/TRME FAMILY OF GTP-BINDING PROTEINS. ENGA + SUBFAMILY. Protein product from Mb1740 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1740 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN ENGA" + /protein_id="SIU00344.1" + /db_xref="GOA:P64058" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR016484" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031166" + /db_xref="InterPro:IPR032859" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64058" + /translation="MTQDGTWVDESDWQLDDSEIAESGAAPVVAVVGRPNVGKSTLVN + RILGRREAVVQDIPGVTRDRVCYDALWTGRRFVVQDTGGWEPNAKGLQRLVAEQASVA + MRTADAVILVVDAGVGATAADEAAARILLRSGKPVFLAANKVDSEKGESDAAALWSLG + LGEPHAISAMHGRGVADLLDGVLAALPEVGESASASGGPRRVALVGKPNVGKSSLLNK + LAGDQRSVVHEAAGTTVDPVDSLIELGGDVWRFVDTAGLRRKVGQASGHEFYASVRTH + AAIDSAEVAIVLIDASQPLTEQDLRVISMVIEAGRALVLAYNKWDLVDEDRRELLQRE + IDRELVQVRWAQRVNISAKTGRAVHKLVPAMEDALASWDTRIATGPLNTWLTEVTAAT + PPPVRGGKQPRILFATQATARPPTFVLFTTGFLEAGYRRFLERRLRETFGFDGSPIRV + NVRVREKRAGKRR" + gene 1931603..1932415 + /locus_tag="BQ2027_MB1741" + CDS 1931603..1932415 + /locus_tag="BQ2027_MB1741" + /note="Mb1741, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv1714, len: + 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 270 aa overlap). Probable oxidoreductase + (EC 1.-.-.-) similar to many e.g. AE0010|AE001021_4 + Archaeoglobus fulgidus section 79 (281 aa), FASTA scores: + opt: 578, E(): 3.3e-31, (38.9% identity in 265 aa + overlap). Also similar to several other Mycobacterium + tuberculosis oxidoreductases e.g. Rv1544, etc. Mb1741 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable oxidoreductase" + /protein_id="SIU00345.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ44" + /translation="MEEMALAQQVPNLGLARFSVQDKSILITGATGSLGRVAARALAD + AGARLTLAGGNSAGLAELVNGAGIDDAAVVTCRPDSLADAQQMVEAALGRYGRLDGVL + VASGSNHVAPITEMAVEDFDAVMDANVRGAWLVCRAAGRVLLEQGQGGSVVLVSSVRG + GLGNAAGYSAYCPSKAGTDLLAKTLAAEWGGHGIRVNALAPTVFRSAVTEWMFTDDPK + GRATREAMLARIPLRRFAEPEDFVGALIYLLSDASSFYTGQVMYLDGGYTAC" + gene 1932189..1932363 + /locus_tag="BQ2027_IS1540'-1" + mobile_element 1932189..1932363 + /locus_tag="BQ2027_IS1540'-1" + /note="IS1540'-1, len: 175 nt. Equivalent to a region of + IS1540, len: 1163 nt, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.7% identity in 176 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1540" + gene 1932409..1932972 + /gene="fadB3a" + /locus_tag="BQ2027_MB1742" + CDS 1932409..1932972 + /gene="fadB3a" + /locus_tag="BQ2027_MB1742" + /note="Mb1742, fadB3a, len: 187 aa. Equivalent to the 5' + end of Rv1715, len: 304 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 187 aa + overlap). Probable fadB3, 3-hydroxybutyryl-CoA + dehydrogenase (EC 1.1.1.157), highly similar to many e.g. + NP_107236.1|NC_002678 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase + from Mesorhizobium loti (309 aa); NP_250319.1|NC_002516 + probable 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Pseudomonas + aeruginosa (509 aa); P45856|HBD_BACSU PROBABLE + 3-HYDROXYBUTYRYL-COA DEHYDROGENASE from Bacillus subtilis + (287 aa), FASTA scores: opt: 488, E(): 1.5e-24, (38.7% + identity in 279 aa overlap); etc. COULD BELONG TO THE + 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1715/fadB3 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base transition + (g-a) splits fadB3 into 2 parts, fadB3a and fadB3b. Mb1742 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-HYDROXYBUTYRYL-COA DEHYDROGENASE + FADB3a [FIRST PART] (BETA-HYDROXYBUTYRYL-COA + DEHYDROGENASE) (BHBD)" + /protein_id="SIU00346.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZG8" + /db_xref="InterPro:IPR006176" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZG8" + /translation="MLTSHGFSRAAVVGAGLMGRRIAGVLASAGLDVAITDTNAEILH + AAAVEAARVAGAGRGSVAAAADLAAAIPDADLVIEAVVENLAVKQELFERLATLAPDA + VLATNTSVLPIGAVTERVEDGSRVIGTHFWNPPDLIPVVEVVPSARTAPDTADRVVAL + LTQVGKLPVRVGRDVPGFIGNRLQHAL" + gene 1933030..1933323 + /gene="fadB3b" + /locus_tag="BQ2027_MB1743" + CDS 1933030..1933323 + /gene="fadB3b" + /locus_tag="BQ2027_MB1743" + /note="Mb1743, fadB3b, len: 97 aa. Equivalent to the 3' + end of Rv1715, len: 304 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100% identity in 97 aa + overlap). Probable fadB3, 3-hydroxybutyryl-CoA + dehydrogenase (EC 1.1.1.157), highly similar to many e.g. + NP_107236.1|NC_002678 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase + from Mesorhizobium loti (309 aa); NP_250319.1|NC_002516 + probable 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Pseudomonas + aeruginosa (509 aa); P45856|HBD_BACSU PROBABLE + 3-HYDROXYBUTYRYL-COA DEHYDROGENASE from Bacillus subtilis + (287 aa), FASTA scores: opt: 488, E(): 1.5e-24, (38.7% + identity in 279 aa overlap); etc. COULD BELONG TO THE + 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1715/fadB3 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base transition + (g-a) splits fadB3 into 2 parts, fadB3a and fadB3b. Mb1743 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-HYDROXYBUTYRYL-COA DEHYDROGENASE + FADB3b [SECOND PART] (BETA-HYDROXYBUTYRYL-COA + DEHYDROGENASE) (BHBD)" + /protein_id="SIU00347.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ49" + /db_xref="InterPro:IPR006108" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ49" + /translation="MVRNTIGLRLATLGPLENADYIGLDLTLAIHDAVIPSLNHDPHP + SPLLRELVAAGQLGARTGHGFLDWPAGAREATTARLAQHIAAQLQANEKGRGT" + gene 1933326..1934156 + /locus_tag="BQ2027_MB1744" + CDS 1933326..1934156 + /locus_tag="BQ2027_MB1744" + /EC_number="3.5.1.9" + /note="Mb1744, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv1716, len: + 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 276 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, shows high similarity with + AF1200|O29068|AE001021_11A conserved protein of + Archaeoglobus fulgidus, gp fulgidus section 7 (278 aa), + FASTA scores: E(): 0, (61.8% identity in 251 a a overlap); + also weak similarity to several polyketide cyclases e.g. + O68500|AF048833|DPSY from Streptomyces peucetius (272 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 1.7e-05, (29.6% identity in + 223 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Kynurenine formamidase, bacterial (EC" + /protein_id="SIU00348.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ58" + /db_xref="InterPro:IPR007325" + /db_xref="InterPro:IPR037175" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ58" + /translation="MTFAWPLGAAESTLEFYDLSHPWGHGAPAWPYFEDVQIERLHGM + AKSRVLTQKITTVMHSGTHIDAPAHVVEGTPFLDEIPLSAFFGTGVVVSIPKGKWGMV + TAEDLQNATPDIRPGDIVVVNTGWHHKYADSAEYYAYSPGFDKKAGEWFAAKGVKAVG + TDTQALDHPLATAIAPHGPAEAQGGLLPWAVREYEAQTGRKVLDDFPDWEPCHRAILS + QGIYGFENVGGDLDKVTGKRVTFAAFPWRWVGGDGCIVRLVAIVDPTGSYRIETGKAA + " + gene 1934156..1934506 + /locus_tag="BQ2027_MB1745" + CDS 1934156..1934506 + /locus_tag="BQ2027_MB1745" + /note="Mb1745, -, len: 116 aa. Equivalent to Rv1717, len: + 116 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 116 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to O29060|AF1208|AE001021 Hypothetical + protein from Arecheoglobus fulgidus (114 aa), FASTA + scores: opt: 254, E(): 3.3e-09, (37.7% identity in 114 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cupin 2 barrel protein" + /protein_id="SIU00349.1" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR013096" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ53" + /translation="MKLTRASQAPRYVAPAHHEVSTMRLQGREAGRTERFWVGLSVYR + PGGTAEPAPTREETVYVVLDGELVVTVDGAETVLGWLDSVHLAKGELRSIHNRTDRQA + LLLVTVAHPVAEVA" + gene 1934559..1935182 + /locus_tag="BQ2027_MB1746" + CDS 1934559..1935182 + /locus_tag="BQ2027_MB1746" + /note="Mb1746, -, len: 207 aa. Equivalent to the 5' end of + Rv1718, len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 193 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to O29058|AF1210|AE001021 + Hypothetical protein from Archeoglobus (313 aa), FASTA + scores: opt: 301, E(): 8e-23, (31.6% identity in 301 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1718 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a single base deletion (c-*) leads + to a shorter product with a different COOH terminus." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00350.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ47" + /db_xref="InterPro:IPR008567" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ47" + /translation="MSIVITVAPTGPIATKADNPALPTSPEEIATAVEQAYHAGAAVA + HIHLRDENERPTADPNIARRAMDLIGERCPILIQLSTGVGLTVPFEQREQLVELRPRM + ATLNPCSMSFGAGEFRNPPQAVRRLAARMRELDIKPELEIYDTGHLEACLRLWAEDLL + AEPLQFSIVLGVRGGMAATADNLLTMVRRLPPGRSGKSSRSVRPTWN" + gene 1935390..1936169 + /locus_tag="BQ2027_MB1748" + CDS 1935390..1936169 + /locus_tag="BQ2027_MB1748" + /note="Mb1748, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv1719, len: + 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 259 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to + YIAJ_ECOLI|P37671 hypothetical transcriptional regulator + from Escherichia coli (282 aa), FASTA scores: opt: 353, + E(): 3.2e-15, (31.1% identity in 235 aa overlap). Similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical IclR-family + transcriptional regulators Rv2989, Rv1773c. + Helix-turn-helix motif from aa 34-55 (+6.94 SD). Protein + product from Mb1748 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00351.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ29" + /db_xref="InterPro:IPR005471" + /db_xref="InterPro:IPR012318" + /db_xref="InterPro:IPR014757" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ29" + /translation="MSAEEQDTRSGGIQVIARAAELLRVLQAHPGGLSQAEIGERVGM + ARSTVSRILNALEDEGLVASRGARGPYRLGPEITRMATTVRLGVVTEMHPFLTELSRE + LDETVDLSILDGDRADVVDQVVPPQRLRAVSAVGESFPLYCCANGKALLAALPPERQA + RALPSRLAPLTANTITDRAALRDELNRIRVDGVAYDREEQTEGICAVGAVLRGVSVEL + VAVSVPVPAQRFYGREAELAGALLAWVSKVDAWFNGTEDRK" + gene 1936362..1936435 + /locus_tag="BQ2027_PROT" + tRNA 1936362..1936435 + /locus_tag="BQ2027_PROT" + /product="tRNA-Pro" + /note="proT, len: 74 nt. Equivalent to proT, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Pro, anticodon ggg." + gene 1936598..1936772 + /locus_tag="BQ2027_IS1540'-1" + gene complement(1936779..1937168) + /gene="vapc12" + /locus_tag="BQ2027_MB1749C" + CDS complement(1936779..1937168) + /gene="vapc12" + /locus_tag="BQ2027_MB1749C" + /note="Mb1749c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv1720c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 129 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. O53610|Rv0065|MTV030.08 (133 + aa), FASTA scores: E(): 1.5e-10, (39.1% identity in 128 aa + overlap); P71550|Rv0960|MTCY10D7.14C (129 aa) and + O06415|Rv0549c|MTCY25D10.28C (137 aa). Mb1749c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc12" + /protein_id="SIU00352.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ41" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ41" + /translation="MIVLDASAAVELMLTTPAGAAVARRLRGETVHAPAHFDVEVIGA + IRQAVVRQLISDHEGLVVVVNFLSLPVRRWPLKPFTQRAYQLRSTHTVADGAYVALAE + GLGVPLITCDGRLAQSHGHNAEIELVA" + gene complement(1937165..1937392) + /gene="vapb12" + /locus_tag="BQ2027_MB1750C" + CDS complement(1937165..1937392) + /gene="vapb12" + /locus_tag="BQ2027_MB1750C" + /note="Mb1750c, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv1721c, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 75 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv0300|MTCY63.05|O07227 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (73 + aa). Start changed since original submission. Protein + product from Mb1750c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1750c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb12" + /protein_id="SIU00353.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y196" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y196" + /translation="MSAMVQIRNVPDELLHELKARAAAQRMSLSDFLLARLAEIAEEP + ALDDVLDRLAALPRRDLGASAAELVDEARSE" + gene 1937610..1939094 + /locus_tag="BQ2027_MB1751" + CDS 1937610..1939094 + /locus_tag="BQ2027_MB1751" + /note="Mb1751, -, len: 494 aa. Equivalent to Rv1722, len: + 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 494 aa overlap). Possible carboxylases. + Weak similarity to several e.g. ACCC_BACSU|P49787 biotin + carboxylase from Bacillus subtilis (448 aa), fasta scores: + opt: 171, E(): 0.00021, (22.8% identity in 237 aa + overlap). Protein product from Mb1751 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1751 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CARBOXYLASE" + /protein_id="SIU00354.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZY7" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY7" + /translation="MIVPAREPEPQPRRVLNGLSDVRAFFHNNTMPLYFISPTPFNLL + GIYRWIRNFFYLTYYDSFEGEHSRVFVPRRRDRRDFDGMGDVCNHLLRDPETLEFIKN + RGPGGKACFVMLDEETQALARQAGLEVMHPPAELRHRLESKIVMTRLADEAGVPSVPH + VIGRVSSYDELSALAHGAGLGDDLVVEAAYGNAGSATFFVRGLRDWDQCAGGIVGQPE + IKVMKRIRNVEVCIEATVTRHGTVIGPAMTSLVGYPELTPYRGAWCGNDVWRGALPPA + QTRAAREMVAKLGDVLSREGYRGYFEVDLLHDLDADELYLGEVNPRLSGASPMTNLTT + EAYADMPLFLFHLLEYMDVDYELDIEAINSRWERGYGEDEVWGQLIMSETSPDLELFT + ATPRTGMWRLNHDGRVSFARQGNDWATMLDESEAFYMRVAAPGDLRCEGAQLGVLVTR + GHLQTDDYQLTERGRRWIDGLKAQFASTPLTPAAPIVSRLVARA" + gene 1939091..1940338 + /locus_tag="BQ2027_MB1752" + CDS 1939091..1940338 + /locus_tag="BQ2027_MB1752" + /note="Mb1752, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv1723, len: + 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 415 aa overlap). Possible hydrolase (EC + 3.-.-.-), similar to others e.g. NYLB_FLASP|P07061 + 6-aminohexanoate-dimer hydrolase from Flavobacterium sp. + (392 aa), FASTA scores: opt: 717, E(): 0, (35.1% identity + in 396 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical esterases and penicillin binding + proteins e.g. Rv1923, Rv1497, Rv2463, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HYDROLASE" + /protein_id="SIU00355.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ54" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ54" + /translation="MSGGVPAGLALDNWLSSPYSHWAFQHVEDFMPTTVIARGTEPVV + TLPADNAPIADIGLTSTDGIATTVGAVMAATATDGWAVAHRGALVAEQYLDGLGPRTR + HLLFSVSKSLVAAVVGALHGAGAIELDAPVTAYVPALADCGYAGATVRHLLDMRSGVA + FSENYDDPAAEIHVREQVIGWAPKRGPDLPATLRDYLLTLRRKSAHGGPFEYRSCETD + VLGWICEAAAGQPMPELMSELLWSRIGAQCDATIALDVAGAAGTGIFDGGISACLTDM + IRFGSLYLRDGVSLAGQQVVPAAWIADTFDGGPDSRQAFAASPDDNPMPGGMYRNQVW + FPYPGSNVALCVGMCGQLIYVNRAAEVVAAKLSTQPHSHEPHMLDTLRAFDAVAHELS + GIRSSSTNDPQRPSPPAQEASPG" + gene complement(1940381..1940800) + /locus_tag="BQ2027_MB1753C" + CDS complement(1940381..1940800) + /locus_tag="BQ2027_MB1753C" + /note="Mb1753c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv1724c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 139 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1753c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00356.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZH9" + /translation="MVGNEENELQDLRNLRRPCFSRAEAPIGVYNGEQAIIVYDLRPV + PHWPKYWIQALAKHFQRQLKPSPKIDISLLDDRIRFSVFVSTDVSAKDLCKLDDAVYN + AVRNAGRAIENEQAALDHKLAEVRKRRMDTWDESYFR" + gene complement(1940790..1941500) + /locus_tag="BQ2027_MB1754C" + CDS complement(1940790..1941500) + /locus_tag="BQ2027_MB1754C" + /note="Mb1754c, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv1725c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 236 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other hypothetical proteins from + diverse organisms e.g. P70885|U44893 ORF108 from + BUTYRIVIBRIO FIBRISOLVENS, (108 aa), FASTA scores: opt: + 223, E(): 2e-09, (39.1% identity in 92 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + transcriptional regulator, O05774|Rv3095|YU95_MYCTU (158 + aa). Protein product from Mb1754c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1754c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, HxlR family / Domain + of unknown function" + /protein_id="SIU00357.1" + /db_xref="InterPro:IPR002577" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR036527" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ57" + /translation="MQPYGQYCPVARAAELLGDRWTLLIVRELLFGPLRFTEIERGLP + GISRSVLAQRLRRLQHDRIIEAVPEHTGGGYRFTVAGEELRPVLQTLGDWVSRWLMAD + PTPAECDPELLTLWISRRVNTEALPGRRVVVEFRYHGERPLWAWLVLEPGDISVCLHD + PCLPVDLTVRGHPRDLYRVYSGRSTLAAEISAERIELDGLPAMRRAFPSWMAWSPFAP + AMRQAVVSVDQMPEAHGG" + gene 1941601..1942986 + /locus_tag="BQ2027_MB1755" + CDS 1941601..1942986 + /locus_tag="BQ2027_MB1755" + /note="Mb1755, -, len: 461 aa. Equivalent to Rv1726, len: + 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 461 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to HDNO_ARTOX|P08159 + 6-hydroxy-d-nicotine oxidase (458 aa), FASTA scores: opt: + 678, E(): 0, (29.5% identity in 465 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + dehydrogenases e.g. Rv3107c, Rv1257c, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00358.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ69" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR012951" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016167" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ69" + /translation="MTATLTKTLGSLDDFRGTLCVPGDPDYPRVRAIWNGQVAREPAL + IATCHDACDVRTVLRRPVDAGMVTAVRGGGHNVAGTALCDGGVVIDLSAMRAVSLDPA + TGRVRVQGGATLADLDHATVPFARVAPAGIVTTTGVGGLTLGGGVGWTTRRFGLSCDN + LVAVRLVTAAGDYLSVDDERDPELMWGLRGGGGNFGIVTEFEFATHPFGPVAVAGFVV + YRLDDGPAVLRGYRQFAAAAPEEVTTIVVLRHAPPAPWIPVDQRGKPVVMIGAVHTGS + IQTGIEALRPVKSLARPVADTVWPTPFLAHQAVLDASNPAGHRYYWKSDYLAELNDEA + IDLLVEQTAQLSSPDSLIGIFQLGGAAARGGERSCFPSRHARFMVNYATHWTEAREDD + LHRQWTRDAIEALAPYGLGTAYVNFTADDAPMHVETLYSTTEFSRLVTLKNRLDPDNV + FRNNHNIRPSA" + gene 1943019..1943588 + /locus_tag="BQ2027_MB1756" + CDS 1943019..1943588 + /locus_tag="BQ2027_MB1756" + /note="Mb1756, -, len: 189 aa. Equivalent to Rv1727, len: + 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 189 aa overlap). Similar to + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins + P72040|Rv3773c|MTCY13D12.07C (194 aa), FASTA scores: opt: + 176, E(): 2.7e-08, (31.1% identity in 180 aa overlap); and + O53801|Rv0738 (182 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00359.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ63" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR017520" + /db_xref="InterPro:IPR024344" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ63" + /translation="MDLYSNLVEAEQRLVALVSSIEADSYSSPTPCDRWDVRALLSHA + LASIDAFAAAVDGAPGPDMAQVFSGADIVGDDPLGATQRITRRSQAAWSTVRDLNAEL + STFIGVMPAGQALAIITFSTVVHGWDLAVATGQAGELPEHLAEAAQQVAAELVPVLRP + RGLFAHDVDLAGEATPTQRLVALTGRKPR" + gene complement(1943613..1944383) + /locus_tag="BQ2027_MB1757C" + CDS complement(1943613..1944383) + /locus_tag="BQ2027_MB1757C" + /note="Mb1757c, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv1728c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 256 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to O07246|Rv0320|MTCY63.25 + possible exported protein from Mycobacterium tuberculosis + (220 aa), FASTA scores: E(): 1.3e-31, (42.3% identity in + 220 aa overlap). C-terminal region similar to + Q9ZX60|AF068845|AF068845_17 segment of gp17 of + Mycobacteriophage TM4 (1229 aa), FASTA scores: opt: 385, + E(): 4.3e-17, (44.6% identity in 139 aa overlap). Mb1757c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00360.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ56" + /translation="MSVNGLPGAHNAGLQPIDSKGCHTRRTRHTKVLFVSKGVLANGR + GRWLAIAASLVVSAAILYAQGAEHTCCRETPAAIPTGPDSAPANAPRIASPTEADLLA + ASAPVAAQQFQFALPAGVASEEGLQVKTIWVARAVSVLFPQITNIFGYRQDPLKWHPN + GLAIDVMIPNHHSDEGIQLGNQVAGLALANAKRWGVLHVIWRQGYYPGIGAPSWTADY + GSETLNHYDHVHIATDGGGYPTGRETYYVGSMSPTPPE" + gene complement(1944380..1945318) + /locus_tag="BQ2027_MB1758C" + CDS complement(1944380..1945318) + /locus_tag="BQ2027_MB1758C" + /note="Mb1758c, -, len: 312 aa. Equivalent to Rv1729c, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 312 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Q50726|Rv3399|YX99_MYCTU (348 + aa), FASTA scores: opt: 1019, E(): 0, (55.7% identity in + 296 aa overlap); P95074|Rv0726c (367 aa), O53795|Rv0731c + (318 aa), and O53841|Rv0830 (301 aa), etc. Protein product + from Mb1758c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1758c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIU00361.1" + /db_xref="GOA:Q7TZP5" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZP5" + /translation="MARTDDDNWDLTSSVGVTATIVAVGRALATKDPRGLINDPFAEP + LVRAVGLDLFTKMMDGELDMSTIADVSPAVAQAMVYGNAVRTKYFDDYLLNATAGGIR + QVAILASGLDSRAYRLPWPTRTVVYEIDQPKVMEFKTTTLADLGAEPSAIRRAVPIDL + RADWPTALQAAGFDSAAPTAWLAEGLLIYLKPQTQDRLFDNITALSAPGSMVATEFVT + GIADFSAERARTISNPFRCHGVDVDLASLVYTGPRNHVLDYLAAKGWQPEGVSLAELF + RRSGLDVRAADDDTIFISGCLTDHSSISPPTAAGWR" + gene complement(1945498..1947051) + /locus_tag="BQ2027_MB1759C" + CDS complement(1945498..1947051) + /locus_tag="BQ2027_MB1759C" + /note="Mb1759c, -, len: 517 aa. Equivalent to Rv1730c, + len: 517 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 517 aa overlap). Possible + penicillin-binding protein, similar to others e.g. + PBP4_NOCLA|Q06317 penicillin-binding protein 4 (pbp-4) + from Nocardia lactamdurans (381 aa), FASTA scores: opt: + 643, E(): 3.8e-32, (33.8% identity in 370 aa overlap); + etc. Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical penicillin binding proteins and esterases + e.g. Rv1923, Rv1497, etc. Protein product from Mb1759c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1759c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PENICILLIN-BINDING PROTEIN" + /protein_id="SIU00362.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ52" + /translation="MCPPIILSSATPTGTRCGTRHGRAVVTEYVRALDRLPHEIATAV + VETVNCADPGAAFDELDAKINAGMKAYAIPGVAVAVWAGGQEYVKGYGVTNVDHPMPV + DGDTVFRIGSTTKTFTGTVMMRLVERGKVDLDSPVRRYIPDFAVADESASATVTVRQL + LNHTAGWDGRNGQDFGRGDDAVALYVKAMTRLPQLTPPGTAFAYNNSGLVVAGRIIEL + VAGTTYESTVQRLLLDPLQLAHTRYFSDQIIGLNVAASHSVVDGKPIAVTDFWTFPRS + CNPTGGLMSTARDQLRYAQFHLGDGRAPNGEQILSRQSLKAMRSNPGAGGTLWVELTG + MGVTWMLRPSAENVTIVEHGGTWKGQRSGFVMVPDRNFAMTVLTNSDGGFHMINDLFA + SDWALQRFAGLSNLPATPQRLGAVDLAPYEGRYIAKQVAQNGDLETTVIDFRARDGQL + AGSMSTDDANPDGQNSANLGLAFYRPDYGLDLGPDNKPTGSRSNFVRGPDGNIAWFCS + QHGRLFRRQ" + gene 1947483..1949039 + /gene="gabD2" + /locus_tag="BQ2027_MB1760" + CDS 1947483..1949039 + /gene="gabD2" + /locus_tag="BQ2027_MB1760" + /standard_name="gabD1" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1760, gabD2, len: 518 aa. Equivalent to Rv1731, + len: 518 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 518 aa overlap). Possible gabD2, + succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+] dependent (EC + 1.2.1.16), similar to others e.g. GABD_ECOLI|P25526 + succinate-semialdehyde dehydrogenase from Escherichia coli + (482 aa), FASTA scores: opt: 870, E(): 0, (34.7% identity + in 449 aa overlap); etc. Also similar to + gabD1|Rv0234c|MTCY08D5.30c PROBABLE SUCCINATE-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE [NADP+] DEPENDANT from Mycobacterium + tuberculosis (511 aa); and other semialdehyde + dehydrogenases e.g. Rv0768|aldA (489 aa), Rv2858c|aldC + (455 aa), etc. Contains PS00216 Sugar transport proteins + signature 1, PS00687 Aldehyde dehydrogenases glutamic acid + active site. BELONGS TO THE ALDEHYDE DEHYDROGENASES + FAMILY. Note that previously known as gabD1. Protein + product from Mb1760 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1760 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible succinate-semialdehyde dehydrogenase + [nadp+] dependent (ssdh) gabd2" + /protein_id="SIU00363.1" + /db_xref="GOA:Q7TZP3" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="InterPro:IPR029510" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZP3" + /translation="MPAPSAEVFDRLRNLAAIKDVAARPTRTIDEVFTGKPLTTIPVG + TAADVEAAFAEARAAQTDWAKRPVIERAAVIRRYRDLVIENREFLMDLLQAEAGKARW + AAQEEIVDLIANANYYARVCVDLLKPRKAQPLLPGIGKTTVCYQPKGVVGVISPWNYP + MTLTVSDSVPALVAGNAVVLKPDSQTPYCALACAELLYRAGLPRALYAIVPGPGSVVG + TAITDNCDYLMFTGSSATGSRLAEHAGRRLIGFSAELGGKNPMIVARGANLDKVAKAA + TRACFSNAGQLCISIERIYVEKDIAEEFTRKFGDAVRNMKLGTAYDFSVDMGSLISEA + QLKTVSGHVDDATAKGAKVIAGGKARPDIGPLFYEPTVLTNVAPEMECAANETFGPVV + SIYPVADVDEAVEKANDTDYGLNASVWAGSTAEGQRIAARLRSGTVNVDEGYAFAWGS + LSAPMGGMGLSGVGRRHGPEGLLKYTESQTIATARVFNLDPPFGIPATVWQKSLLPIV + RTVMKLPGRR" + gene complement(1949049..1949597) + /locus_tag="BQ2027_MB1761C" + CDS complement(1949049..1949597) + /locus_tag="BQ2027_MB1761C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1761c, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv1732c, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 182 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to hypothetical proteins from + several organisms e.g. P73178|SLL1289|D90904 from + Synechocystis (194 aa), FASTA scores: opt: 663, E(): 0, + (53.1% identity in 179 aa overlap); etc. Protein product + from Mb1761c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1761c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Alkyl hydroperoxide reductase and/or + thiol-specific antioxidant family (AhpC/TSA) protein" + /protein_id="SIU00364.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZZ8" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ8" + /translation="MAVESSMLALGTPAPSFTLPQPATGATVSLDELTGPALVVTFIC + NHCPYVQHVAAGLATLGRDLADQGVPMVGISSNDVVTYPQDGPDQMVAEARRHGWTFP + YLYDETQDVARAFSAACTPDTFVFDGQRRLVYRGQLDDSRPGNGRPVTAADVRAAVDA + LLAGRPVNPDQRPSIGCGIKWR" + gene complement(1949661..1950293) + /locus_tag="BQ2027_MB1762C" + CDS complement(1949661..1950293) + /locus_tag="BQ2027_MB1762C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1762c, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv1733c, + len: 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 210 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein. Similar to AL109962|SCJ1_26 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (193 + aa), FASTA scores: opt: 287, E(): 3.8e-11, (35.2% identity + in 182 aa overlap). Mb1762c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00365.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ65" + /db_xref="InterPro:IPR039708" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ65" + /translation="MIATTRDREGATMITFRLRLPCRTILRVFSRNPLVRGTDRLEAV + VMLLAVTVSLLTIPFAAAAGTAVHDSRSHVYAHQAQTRHPATATVIDHEGVIDSNTTA + TSAPPRTKITVPARWVVNGIERSGEVNAKPGTKSGDRVGIWVDSAGQLVDEPAPPARA + IADAALAALGLWLSVAAVAGALLALTRAILIRVRNASWQHDIDSLFCTQR" + gene complement(1950580..1950822) + /locus_tag="BQ2027_MB1763C" + CDS complement(1950580..1950822) + /locus_tag="BQ2027_MB1763C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1763c, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv1734c, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 80 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to C-terminal region + Q9Z8N2|CP0452|AE001615 Dihydrolipoamide Acetyltransferase + from Chlamydia pneumoniae (429 aa), FASTA scores: opt: + 138, E(): 0.0012, (26.9% identity in 78 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, + dihydrolipoamide acyltransferase (E2) component, and + related enzymes" + /protein_id="SIU00366.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZI3" + /db_xref="InterPro:IPR001078" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI3" + /translation="MTNVGDQGVDAVFGVIYPPQVALVSFGKPAQRVCAVDGAIHVMT + TVLATLPADHGCSDDHRGALFFLSINELTRCAAVAG" + gene complement(1951097..1951594) + /locus_tag="BQ2027_MB1764C" + CDS complement(1951097..1951594) + /locus_tag="BQ2027_MB1764C" + /note="Mb1764c, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv1735c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 165 aa overlap). Hypothetical membrane + protein, similar to part of O58614|PH0884|AP000004 + Hypothetical malic acid transport protein from Pyrococcus + horikoshii (330 aa), FASTA scores: opt: 167, E(): 0.0003, + (29.2% identity in 120 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00367.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ67" + /db_xref="InterPro:IPR004695" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ67" + /translation="MGATAITVLAGAHIVEMADAPMAIVTSGLVAGASVVFWAFGPWL + IPPLVAASIWKHVVHRVPLRYEATLWSVVFPLGMYGVGAYRLGLAAHLPIVESIGEFE + GWVALAVWTITFVAMLHHLAATIGRSGRSSHAIGAADDTHAIICRPPRSFDHQVRAFR + RNQPM" + gene complement(1952034..1953992) + /gene="narX" + /locus_tag="BQ2027_MB1765C" + CDS complement(1952034..1953992) + /gene="narX" + /locus_tag="BQ2027_MB1765C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1765c, narX, len: 652 aa. Equivalent to Rv1736c, + len: 652 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 652 aa overlap). Probable narX, nitrate + reductase (EC 1.7.99.4). Contains three domains: + N-terminus (250 aa) is similar to e.g. N-terminus of + NARG_ECOLI|P09152 respiratory nitrate reductase 1 alpha + chain from Escherichia coli (1246 aa), FASTA scores: E(): + 0, (58.6% identity in 251 aa overlap); and + Rv1161|MTCI65.28|NARG PROBABLE RESPIRATORY NITRATE + REDUCTASE (ALPHA CHAIN) from Mycobacterium tuberculosis + (1232 aa). Central region (260-410 aa) is similar to + Rv1163|O06561|NARJ PROBABLE RESPIRATORY NITRATE REDUCTASE + (DELTA CHAIN) from Mycobacterium tuberculosis (201 aa), + FASTA scores: E(): 0, (64.2% identity in 159 aa overlap). + C-terminus (420 aa-) is similar to Rv1164|O06562|NARI + PROBABLE RESPIRATORY NITRATE REDUCTASE (GAMMA CHAIN) from + M. tuberculosis (246 aa), FASTA scores: E(): 0, (68.6% + identity in 239 aa overlap). Contains PS00551 Prokaryotic + molybdopterin oxidoreductases signature 1. Mb1765c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable nitrate reductase NarX" + /protein_id="SIU00368.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ78" + /db_xref="InterPro:IPR003765" + /db_xref="InterPro:IPR003816" + /db_xref="InterPro:IPR006656" + /db_xref="InterPro:IPR006963" + /db_xref="InterPro:IPR020945" + /db_xref="InterPro:IPR023234" + /db_xref="InterPro:IPR027467" + /db_xref="InterPro:IPR036197" + /db_xref="InterPro:IPR036411" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ78" + /translation="MTVTPRTGSRIEELLARSGRFFIPGEISADLRTVTRRGGRDGDV + FYRDRWSHHKVVRSTHGVNCTGSCSWKIYVKDGIITWETQETDYPSVGPDRPEYEPRG + CPRGAAFSWYTYSPTRVRHPYARGVLVEMYREAKARLGDPVAAWADIQADPRRRRRYQ + RARGKGGLVRVSWAEATEMIAAAHVHTISTYGPDRVAGFSPIPAMSMVSHAAGSRFVE + LIGGVMTSFYDWYADLPVASPQVFGDQTDVPESGDWWDVVWQCASVLLTYPNSRQLGT + AEELLAHIDGPAADLLGRTVSELRRADPLTAATRYVDTFDLRGRATLYLTYWTAGDTR + NRGREMLAFAQTYRSTDVAPPRGETPDFLPVVLEFAATVDPEAGRRLLSGYRVPIAAL + CNALTEAALPYAHTVAAVCRTGDMMGELFWTVVPYVTMTIVAVGSWWRYRYDKFGWTT + RSSQLYESRLLRIASPMFHFGILVVIVGHGIGLVIPQSWTQAAGLSEGAYHVQAVVLG + SIAGITTLAGVTLLIYRRRTRGPVFMATTVNDKVMYLVLVAAIVAGLGATALGSGVVG + EAYNYRETVSVWFRSVWVLQPRGDLMAEAPLYYQIHVLIGLALFALWPFTRLVHAFSA + PIGYLFRPYIIYRSREELVLTRPRRRGW" + gene complement(1953989..1955176) + /gene="narK2" + /locus_tag="BQ2027_MB1766C" + CDS complement(1953989..1955176) + /gene="narK2" + /locus_tag="BQ2027_MB1766C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1766c, narK2, len: 395 aa. Equivalent to Rv1737c, + len: 395 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 395 aa overlap). Possible narK2, + nitrate/nitrite-transport integral membrane protein (see + first citation below), possibly member of major + facilitator superfamily (MFS), similar to + P46907|NARK_BACSU nitrite extrusion protein from Bacillus + subtilis (395 aa), FASTA scores: opt: 742, E(): 0, (33.6% + identity in 375 aa overlap); and to AL109989|SCJ12.23 + hypothetical nitrate/nitrite transporter from Streptomyces + coelicolor (412 aa), FASTA scores: opt: 1181, E(): 0, + (49.4% identity in 389 aa overlap). Protein product from + Mb1766c detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE NITRATE/NITRITE TRANSPORTER NARK2" + /protein_id="SIU00369.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ73" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ73" + /translation="MRGQAANLVLATWISVVNFWAWNLIGPLSTSYARDMSLSSAEAS + LLVATPILVGALGRIVTGPLTDRFGGRAMLIAVTLASILPVLAVGVAATMGSYALLVF + FGLFLGVAGTIFAVGIPFANNWYQPARRGFSTGVFGMGMVGTALSAFFTPRFVRWFGL + FTTHAIVAAALASTAVVAMVVLRDAPYFRPNADPVLPRLKAAARLPVTWEMSFLYAIV + FGGFVAFSNYLPTYITTIYGFSTVDAGARTAGFALAAVLARPVGGWLSDRIAPRHVVL + ASLAGTALLAFAAALQPPPEVWSAATFITLAVCLGVGTGGVFAWVARRAPAASVGSVT + GIVAAAGGLGGYFPPLVMGATYDPVDNDYTVGLLLLVATALVACTYTALHAREPVSEE + ASR" + gene 1955463..1955747 + /locus_tag="BQ2027_MB1767" + CDS 1955463..1955747 + /locus_tag="BQ2027_MB1767" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1767, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv1738, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 94 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P71931|Rv2632c|YQ32_MYCTU Hypothetical + 10.1 kd protein from Mycobacterium tuberculosis (93 aa), + FASTA scores: opt: 319, E(): 2.6e-27, (53.9% identity in + 89 aa overlap). Protein product from Mb1767 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1767 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00370.1" + /db_xref="InterPro:IPR015057" + /db_xref="InterPro:IPR038070" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64888" + /translation="MCGDQSDHVLQHWTVDISIDEHEGLTRAKARLRWREKELVGVGL + ARLNPADRNVPEIGDELSVARALSDLGKRMLKVSTHDIEAVTHQPARLLY" + gene complement(1955761..1957443) + /locus_tag="BQ2027_MB1768C" + CDS complement(1955761..1957443) + /locus_tag="BQ2027_MB1768C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1768c, -, len: 560 aa. Equivalent to Rv1739c, + len: 560 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 560 aa overlap). Probable + sulphate-transport transmembrane protein ABC transporter, + similar to several e.g. P53392|G607186 high affinity + sulphate transporter from Stylosanthes hamata (662 aa), + FASTA scores: opt: 382, E(): 1.6e-16, (28.0% identity in + 564 aa overlap); U59234.1|AAB88215.1 biotin carb. from + Synechococcus sp. PCC 7942 (574 aa), FASTA scores: opt: + 1838, E(): 0, (50.0% identity in 550 aa overlap); etc. + Contains PS00211 ABC transporters family signature. + BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS), AND SEEMS TO BELONG TO THE SULP FAMILY. + Protein product from Mb1768c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1768c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULPHATE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00371.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ50" + /db_xref="InterPro:IPR001902" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR011547" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ50" + /translation="MIPTMTSAGWAPGVVQFREYQRRWLRGDVLAGLTVAAYLIPQAM + AYATVAGLPPAAGLWASIAPLAIYALLGSSRQLSIGPESATALMTAAVLAPMAAGDLR + RYAVLAATLGLLVGLICLLAGTARLGFLASLLSRPVLVGYMAGIALVMISSQLGTITG + TSVEGNEFFSEVHSFATSVTRVHWPTFVLAMSVLALLTMLTRWAPRAPGPIIAVLAAT + MLVAVMSLDAKGIAIVGRIPSGLPTPGVPPVSVEDLRALIIPAAGIAIVTFTDGVLTA + RAFAARRGQEVNANAELRAVGACNIAAGLTHGFPVSSSSSRTALADVVGGRTQLYSLI + ALGLVVIVMVFASGLLAMFPIAALGALVVYAALRLIDLSEFRRLARFRRSELMLALAT + TAAVLGLGVFYGVLAAVALSILELLRRVAHPHDSVLGFVPGIAGMHDIDDYPQAKRVP + GLVVYRYDAPLCFANAEDFRRRALTVVDQDPGQVEWFVLNAESNVEVDLTALDALDQL + RTELLRRGIVFAMARVKQDLRESLRAASLLDKIGEDHIFMTLPTAVQAFRRR" + gene 1957511..1957723 + /gene="vapb34" + /locus_tag="BQ2027_MB1769" + CDS 1957511..1957723 + /gene="vapb34" + /locus_tag="BQ2027_MB1769" + /note="Mb1769, -, len: 70 aa. Equivalent to Rv1740, len: + 70 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100% + identity in 70 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P96913|Rv0623|MTCY20H10.04 (84 aa), (73.5% identity in 68 + aa overlap); P71998|Rv1740 (70 aa), and O07770|Rv0608 (81 + aa). Mb1769 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb34" + /protein_id="SIU00372.1" + /db_xref="InterPro:IPR011660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ61" + /translation="MELAARMGETLTQAVVVAVREQLARRTGRTRSISLREELAAIGR + RCAALPVLDTRAADTILGYDERGLPA" + gene 1957723..1957971 + /gene="vapc34" + /locus_tag="BQ2027_MB1770" + CDS 1957723..1957971 + /gene="vapc34" + /locus_tag="BQ2027_MB1770" + /note="Mb1770, -, len: 82 aa. Equivalent to Rv1741, len: + 82 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 82 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, very similar in N-terminus to other M. + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P96914|Rv0624|MTCY20H10.05 (131 aa), (80.4% identity in 56 + aa overlap); P71999|Rv1741 (82 aa) and O07769|Rv0609 (133 + aa). Mb1770 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc34. contains pin domain." + /protein_id="SIU00373.1" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B6" + /translation="MVIDTSALVAMLNDEPEAQRFEIAVAADHVWLMSTASYPEMATV + IETRFGEPGGREPKVSGQPLLYTGDDFACIDIRAVLAG" + gene 1958052..1958717 + /locus_tag="BQ2027_MB1771" + CDS 1958052..1958717 + /locus_tag="BQ2027_MB1771" + /note="Mb1771, -, len: 221 aa. Equivalent to the 3' end of + Rv1742, len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 220 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-c) leads to shorter product with + a different NH2 part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Protein product + from Mb1771 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1771 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00374.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y006" + /translation="MGRVRTGGLLLRTRVPGNRFADYRITVHVQQARTVLDPFPRDGY + RGVFESGQVRIESHDGAVISSRAHPRAAFFGRSGLRRNIRWDPLDSVYFAGYAMWNYL + TTPYLLTREGVAVEEGAPWQQEGETWRRLIVSFPPDIDTHSPRQTFYVDASGLLRRHD + YVPEVVGHWARAAHYCADPVDVDGFVFPTCRWVHPIGPGNRSLPFPTLVSILLTDIRV + ETD" + gene 1958811..1960511 + /gene="pknE" + /locus_tag="BQ2027_MB1772" + CDS 1958811..1960511 + /gene="pknE" + /locus_tag="BQ2027_MB1772" + /note="Mb1772, pknE, len: 566 aa. Equivalent to Rv1743, + len: 566 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 566 aa overlap). Probable pknE, + transmembrane serine/threonine protein kinase (EC 2.7.1.-) + (see citation below), similar to PKN1_MYXXA|P33973 + serine/threonine-protein kinase pkn1 (693 aa), fasta + scores: opt: 542, E(): 1.1e-19, (35.8% identity in 302 aa + overlap). Also highly similar to K08G_MYCTU|Q11053 + probable serine/threonine-protein kinase (626 aa) (59.8% + identity in 381 aa overlap). Contains PS00107 Protein + kinases ATP-binding region signature. Contains Hank's + kinase subdomain. BELONGS TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN + KINASES. Protein product from Mb1772 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1772 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN + KINASE E PKNE (PROTEIN KINASE E) (STPK E)" + /protein_id="SIU00375.1" + /db_xref="GOA:Q7TZN3" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR012336" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZN3" + /translation="MDGTAESREGTQFGPYRLRRLVGRGGMGDVYEAEDTVRERIVAL + KLMSETLSSDPDFRTRMQREARTAGRLQEPHVVPIHDFGEIDGQLYVDMRLINGVDLA + AMLRRQGPLAPPRAVAIVRQIGSALDAAHAAGATHRDVKPENILVSADDFAYLVDFGI + ASATTDEKLTQLGNTVGTLYYMAPERFSESHATYRADIYALTCVLYECLTGSPPYQGD + QLSVMGAHINQAIPRPSTVRPGIPVAFDAVIARGMAKNPEDRYVTCGDLSAAAHAALA + TADQDRATDILRRSQVAKLPVPSTHPVSPGTRWPQPTPWAGGAPPWGPPSSPLPRSAR + QPWLWVGVAVAVVVALAGGLGIALAHPWRSSGPRTSAPPPPPPADAVELRVLNDGVFV + GSSVAPTTIDIFNEPICPPCGSFIRSYASDIDTAVADKQLAVRYHLLNFLDDQSHSKN + YSTRAVAASYCVAGQNDPKLYASFYSALFGSDFQPQENAASDRTDAELAHLAQTVGAE + PTAISCIKSGADLGTAQTKATNASETLAGFNASGTPFVWDGSMVVNYQDPSWLARLIG + " + gene complement(1960796..1961197) + /locus_tag="BQ2027_MB1773C" + CDS complement(1960796..1961197) + /locus_tag="BQ2027_MB1773C" + /note="Mb1773c, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv1744c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 133 aa overlap). Probable membrane + protein, contains four imperfect 10 aa repeats, some + similarity to Q25946 (MSA-2) (FRAGMENT) from Plasmodium + falciparum (205 aa), FASTA scores: opt: 145, E(): 0.048, + (52.4% identity in 63 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00376.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ4" + /translation="MVINRSIASIDSIAVAGSAATTGAVAVAGSVATAGSVAVAGSVA + TAGSVAIAGAAATAGSVGIIGSLLTVLCVAVRQCVACLACITCTRCVACIGCVRCTDC + VGCLWCVNCSGLRNVVGAQNLRVGNLGRVSN" + gene complement(1961268..1961798) + /gene="idi" + /locus_tag="BQ2027_MB1774C" + CDS complement(1961268..1961798) + /gene="idi" + /locus_tag="BQ2027_MB1774C" + /note="Mb1774c, idi, len: 176 aa. Equivalent to Rv1745c, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 176 aa overlap). Probable idi, + isopentenyl-diphosphate delta-isomerase (EC 5.3.3.2), + similar to Q46822|ORF_O182 from Escherichia coli (182 aa), + FASTA scores: opt: 465, E(): 4.7e-25, (46.9% identity in + 162 aa overlap), and to IPPI_SCHPO|Q10132 + isopentenyl-diphosphate delta-isomerase from + Schizosaccharomyces pombe (227 aa), FASTA scores: opt: + 185, E(): 5.4e-06, (30.3% identity in 152 aa overlap). + BELONGS TO THE IPP ISOMERASE TYPE 1 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + truncation at the 3' end due to a single base tranversion + (g-t), leads to a shorter product compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (176 aa versus + 203 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable isopentenyl-diphosphate delta-isomerase + IDI (IPP isomerase) (Isopentenyl pyrophosphate isomerase)" + /protein_id="SIU00377.1" + /db_xref="GOA:Q7VEU0" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR011876" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEU0" + /translation="MTRSYRPAPPIERVVLLNDRGDATGVADKATVHTGDTPLHLAFS + SYVSDLHDQLLITRRAATKRTWPAVWTNSCCGHPLPGESLPGAIRRRLAAELGLTPDR + VDLILPGFRYRAAMADGTVENEICPVYRVQVDQQPRPNSDEVDAIRWLSWEQFVRDVT + AGVIAPVSPWCRSQLG" + gene 1961945..1963375 + /gene="pknF" + /locus_tag="BQ2027_MB1775" + CDS 1961945..1963375 + /gene="pknF" + /locus_tag="BQ2027_MB1775" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1775, pknF, len: 476 aa. Equivalent to Rv1746, + len: 476 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 476 aa overlap). pknF, transmembrane + serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) (see + citations below), highly similar to KY28_MYCTU|Q10697 + probable serine/threonine-protein kinase from + Mycobacterium tuberculosis (589 aa), FASTA scores: opt: + 870, E(): 0, (41.6% identity in 406 aa overlap). Contains + PS00108 Serine/Threonine protein kinases active-site + signature. Contains Hank's kinase subdomain. BELONGS TO + THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN KINASES. Experimental + studies show evidence of auto-phosphorylation. Start site + chosen by homology, may extend further upstream. Protein + product from Mb1775 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1775 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ANCHORED-MEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN + KINASE PKNF (PROTEIN KINASE F) (STPK F)" + /protein_id="SIU00378.1" + /db_xref="GOA:Q7TZN1" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZN1" + /translation="MPLAEGSTFAGFTIVRQLGSGGMGEVYLARHPRLPRQDALKVLR + ADVSADGEYRARFNREADAAASLWHPHIVAVHDRGEFDGQLWIDMDFVDGTDTVSLLR + DRYPNGMPGPEVTEIITAVAEALDYAHERRLLHRDVKPANILIANPDSPDRRIMLADF + GIAGWVDDPSGLTATNMTVGTVSYAAPEQLMGNELDGRADQYALAATAFHLLTGSPPF + QHANPAVVISQHLSASPPAIGDRVPELTPLDPVFAKALAKQPKDRYQRCVDFARALGH + RLGGAGDPDDTRVSQPVAVAAPAKRSLLRTAVIVPAVLAMLLVMAVAVTVREFQRADD + ERAAQPARTRTTTSAGTTTSVAPASTTRPAPTTPTTTGAADTATASPTAAVVAIGALC + FPLGSTGTTKTGATAYCSTLQGTNTTIWSLTEDTVASPTVTATADPTEAPLPIEQESP + IRVCMQQTGQTRRECREEIRRSNGWP" + gene 1963437..1966034 + /locus_tag="BQ2027_MB1776" + CDS 1963437..1966034 + /locus_tag="BQ2027_MB1776" + /note="Mb1776, -, len: 865 aa. Equivalent to Rv1747, len: + 865 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 865 aa overlap). Probable conserved + transmembrane ATP-binding protein ABC transporter (see + citation below), similar to others e.g Q55956 ABC + transporter from Synechocystis sp. (790 aa), FASTA scores: + opt: 738, E(): 6.3e-26, (31.6% identity in 632 aa + overlap); etc. Also similar to other Mycobacterium + tuberculosis ABC-type transporters e.g. + Rv2397c|MTCY253.24, FASTA score: (35.2% identity in 213 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00211 ABC transporters family signature. + BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Protein product from Mb1776 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1776 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU00379.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ83" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ83" + /translation="MPMSQPAAPPVLTVRYEGSERTFAAGHDVVVGRDLRADVRVAHP + LISRAHLLLRFDQGRWVAIDNGSLNGLYLNNRRVPVVDIYDAQRVHIGNPDGPALDFE + VGRHRGSAGRPPQTTSIRLPNLSAGAWPTDGPPQTGTLGSGQLQQLPPATTRIPAAPP + SGPQPRYPTGGQQLWPPSGPQRAPQIYRPPTAAPPPAGARGGTEAGNLATSMMKILRP + GRLTGELPPGAVRIGRANDNDIVIPEVLASRHHATLVPTPGGTEIRDNRSINGTFVNG + ARVDAALLHDGDVVTIGNIDLVFADGTLARREENLLETRVGGLDVRGVTWTIDGDKTL + LDGISLTARPGMLTAVIGPSGAGKSTLARLVAGYTHPTDGTVTFEGHNVHAEYASLRS + RIGMVPQDDVVHGQLTVKHALMYAAELRLPPDTTKDDRTQVVARVLEELEMSKHIDTR + VDKLSGGQRKRASVALELLTGPSLLILDEPTSGLDPALDRQVMTMLRQLADAGRVVLV + VTHSLTYLDVCDQVLLLAPGGKTAFCGPPTQIGPVMGTTNWADIFSTVADDPDAAKAR + YLARTGPTPPPPPVEQPAELGDPAHTSLFRQFSTIARRQLRLIVSDRGYFVFLALLPF + IMGALSMSVPGDVGFGFPNPMGDAPNEPGQILVLLNVGAVFMGTALTIRDLIGERAIF + RREQAVGLSTTAYLIAKVCVYTVLAVVQSAIVTVIVLVGKGGPTQGAVALSKPDLELF + VDVAVTCVASAMLGLALSAIAKSNEQIMPLLVVAVMSQLVFSGGMIPVTGRVPLDQMS + WVTPARWGFAASAATVDLIKLVPGPLTPKDSHWHHTASAWWFDMAMLVALSVIYVGFV + RWKIRLKAC" + gene 1966407..1967138 + /locus_tag="BQ2027_MB1777" + CDS 1966407..1967138 + /locus_tag="BQ2027_MB1777" + /note="Mb1777, -, len: 243 aa. Equivalent to Rv1748, len: + 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 243 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Possibly exported protein, hydrophobic domain, TM + helix aa 23-45. Protein product from Mb1777 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1777 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00380.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ76" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ76" + /translation="MPGGVCSGRPWGRPWWHPGLVGLLIRLAELLVVMLPLIGVLYVG + IKALSSFTRRLGEASGDLASDSPAMPRPTTVENDAARWRAITRAVEAHERTDARWLEY + ELDAAKLLDFPVMTDMRDPLTTAFHKAKLQADFHKPLRAEDLLDDPDAAGHYLDAVRD + YVTAFDTAEAEAMRRRRTGFSREEQQRLARAQSLLRVASDAGATAQERERAYRLARTE + LDGLIVLPDRTRAGIERGIAGELDD" + gene complement(1967135..1967692) + /locus_tag="BQ2027_MB1778C" + CDS complement(1967135..1967692) + /locus_tag="BQ2027_MB1778C" + /note="Mb1778c, -, len: 185 aa. Equivalent to Rv1749c, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 185 aa overlap). Possible integral + membrane protein, similar to O27914|AE000940 hypothetical + protein MTH1892 from Methanobacterium thermoautotrophicum + (168 aa), fasta scores: E(): 9.3e-16, (37.4% identity in + 123 aa overlap). Protein product from Mb1778c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1778c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00381.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ62" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ62" + /translation="MLRAVNEIRQHDGTLKLGKGVGMFTIVGVIVALIGAFVQSRRHR + HRPAADIHMLWWMVLIVGVVSIIGAGYHVFDGERTAELIGYTRGDGGFQWENAMGDLA + IGVVGLMAYRFRGHFWLATIVVLTIQYVGDAAGHIYYWVVENNTNPYNIGVPLWTDIL + LPIVMWALYAWSWHSNGDAVPKGQP" + gene complement(1967776..1969374) + /gene="fadD1" + /locus_tag="BQ2027_MB1779C" + CDS complement(1967776..1969374) + /gene="fadD1" + /locus_tag="BQ2027_MB1779C" + /note="Mb1779c, fadD1, len: 532 aa. Equivalent to Rv1750c, + len: 532 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 532 aa overlap). Possible fadD1, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar in part to + others e.g. O35488|VLCS_MOUSE VERY-LONG-CHAIN ACYL-COA + SYNTHETASE from Mus musculus (620 aa); + NP_113924.1|NM_031736 solute carrier family 27 (fatty acid + transporter) member 2 from Rattus norvegicus (620 aa); + NP_459076.1|NC_003197 crotonobetaine/carnitine-CoA ligase + from Salmonella typhimurium (517 aa); CAIC_ECOLI|P31552 + probable crotonobetaine/carnitine-coa ligase from + Escherichia coli (522 aa), FASTA scores: opt: 448, E(): + 1.9e-21, (25.1% identity in 502 aa overlap); etc. Also + highly similar to fadD17|Rv3506|MTV023.13 PROBABLE + FATTY-ACID-COA LIGASE from Mycobacterium tuberculosis (502 + aa); and similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. fadD6|MTCI364.18|Rv1206|O05307 PROBABLE + FATTY-ACID-COA LIGASE (597 aa), FASTA score: (28.3% + identity in 519 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product + from Mb1779c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1779c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD1 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00382.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ72" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR030310" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ72" + /translation="MTDTIQSLLRQHVSDPTIAVKYGGLQWTWSQYLAESAARAAALI + TIADPQRPTHIGSLLGNTPEMLAQLAAAGLGGYVLCGLNTTRRGDALAADVRRADCQI + VVTDADHRALLDGLDLAGARILDTSTPRWAELVAGDGAFVPYREVDTMDPFMMIFTSG + TSGNPKAVPVSHLMATFAGRSLTERFGLTEQDTCYVSMPLFHSNAVVAGWAPAVVSGA + AIAPATFSATGFLDDVRRYHATYMNYVGKPLAYILATPERDDDADNPLRVAFGNEAND + KDIEEFSRRFGVQVEDGFGSTENAVIVIREPGTPPGSIGRGAHGVAVYNGETVTECAV + ARFDAHGALTNADEAIGELVNTTGSGFFTGYYNDPEANAERMRHGMYWSGDLAYRDSE + GWIYLAGRTADWMRVDGENLTAAPIERILLRYKAINRVAVYAVPDEYVGDQVMAALVL + RAGDTFDPDAFEAFLDAQPDLSTKARPRYIRIAADLPSTATHKVLKRQLIDEGTAVGK + ADTLWVREPRGSAYHHASGPAKAI" + gene 1969428..1970810 + /locus_tag="BQ2027_MB1780" + CDS 1969428..1970810 + /locus_tag="BQ2027_MB1780" + /note="Mb1780, -, len: 460 aa. Equivalent to Rv1751, len: + 460 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 460 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), possibly a monooxygenase or + hydroxylase, similar to MHPA_ECOLI|P77397 + 3-(3-hydroxy-phenyl) propionate hydroxylase (554 aa), + FASTA scores: opt: 239, E(): 2e-08, (24.6% identity in 435 + aa overlap); and AJ007932|SAR7932.13 oxygenase from + Streptomyces argillaceus (436 aa), FASTA scores: opt: 587, + E(): 8.6e-30, (32.3% identity in 359 aa overlap). Contains + PS00075 Dihydrofolate reductase signature. Also similar to + Mycobacterium tuberculosis hypothetical oxidoreductases + Rv1260 and Rv0575c. Protein product from Mb1780 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1780 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00383.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C5" + /db_xref="InterPro:IPR002938" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C5" + /translation="MIATMPSMARRSRHDNKITTPAVDCLTIERLDSPASGAPQVTPY + ARALMGETTTCAIIGGGPAGMVLGLLLARAGVQVTLLEKHGDFLRDFRGDTVHPTTMR + LLDELGLWERFAALPYSEVRTATLHSNGRAVTYIDFERLHQPYPYVAMVPQWDLLNLL + AEAAQAEPSFTLRMKTEVTGLLREGGKVTGVRYQGAEGPGELRAELTVACDGRWSIAR + HEAGLKAREFPVNFDVWWFKLPREGDAEFSFLPRFSPGKGLGVIPREGYFQIAYLGPK + GTDAQLRERGIEEFRRDVSELLPEATASVAALASTDEVKHLNVKVNRLRRWHIDGLLC + IGDAAHAMSPVAGVGINLAVQDAVAAATILAEPLREHRVSSRHLAAVRRRRAFPTAVT + QAVQRVLHRRLLGPLLQGRDPTPPAALLGLVERLPWLSAVPAYFVGVGVRPEHAPAFA + RRGPGNRKGP" + gene 1970937..1971386 + /locus_tag="BQ2027_MB1781" + CDS 1970937..1971386 + /locus_tag="BQ2027_MB1781" + /note="Mb1781, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv1752, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 149 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to C-terminal half of + Q9TV68|AB021930|CAN2DD Dihydrodiol dehydrogenase (EC + 1.3.1.20) from Canis familiaris (335 aa), FASTA score, + opt: 168, E(): 0.00015, (31.3% identity in 112 aa + overlap). Mb1781 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00384.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y027" + /translation="MDAGCYAVHMAHTFGGATPEVVSAQAKLRDPAVDRAMTAELKFP + GGHTGGIRCSMRSSDLLNVSARVVGDRGELRVLNPVVPQLFHRLPPLACVSARRFRCR + SAARASGQDDAQGRGREHERDPRDLSGRRAPIAQPELNMVAASGSAA" + gene complement(1971421..1974576) + /gene="PPE24" + /locus_tag="BQ2027_MB1782C" + CDS complement(1971421..1974576) + /gene="PPE24" + /locus_tag="BQ2027_MB1782C" + /note="Mb1782c, PPE24, len: 1051 aa. Similar to Rv1753c, + len: 1053 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (90.7% identity in 1103 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of Gly-, Asn-rich + proteins, similar to many e.g. YF48_MYCTU|Q10778 + hypothetical protein cy48.17 (678 aa), FASTA scores: opt: + 1360, E(): 0, (48.9% identity in 550 aa overlap). Note + that the Gly-, Asn-rich sequence is interrupted by six + near-perfect 26 aa repeats, a unique region, and another, + more degenerate region of five 25 aa repeats before + resuming at the C-terminus. The end of the first Gly-, + Asn-rich region and the start of the first set of repeats + shows some similarity to Q50577|AT10S from Mycobacterium + tuberculosis (170 aa) (40.2% identity in 189 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 150 bp insertion and a 156 bp deletion, leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (1051 aa versus 1053 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe24" + /protein_id="SIU00385.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ91" + /translation="MNFSVLPPEINSALIFAGAGPEPMAAAATAWDGLAMELASAAAS + FGSVTSGLVGGAWQGASSSAMAAAAAPYAAWLAAAAVQAEQTAAQAAAMIAEFEAVKT + AVVQPMLVAANRADLVSLVMSNLFGQNAPAIAAIEATYEQMWAADVSAMSAYHAGASA + IASALSPFSKPLQNLAGLPAWLASGAPAAAMTAAAGIPALAGGPTAINLGIANVGGGN + VGNANNGLANIGNANLGNYNFGSGNFGNSNIGSASLGNNNIGFGNLGSNNVGVGNLGN + LNTGFANTGLGNFGFGNTGNNNIGIGLTGNNQIGIGGLNSGTGNFGLFNSGSGNVGFF + NSGNGNFGIGNSGNFNTGGWNSGHGNTGFFNAGSFNTGMLDVGNANTGSLNTGSYNMG + DFNPGSSNTGTFNTGNANTGFLNAGNINTGVFNIGHMNNGLFNTGDMNNGVFYRGVGQ + GSLQFSITTPDLTLPPLQIPGISVPAFSLPAITLPSLTIPAATTPANITVGAFSLPGL + TLPSLNIPAATTPANITVGAFSLPGLTLPSLNIPAATTPANITVGAFSLPGLTLPSLN + IPAATTPANITVSGFQLPPLSIPSVAIPPVTVPPITVGAFNLPPLQIPEVTIPQLTIP + AGITIGGFSLPAIHTQPITVGQIGVGQFGLPSIGWDVFLSTPRITVPAFGIPFTLQFQ + TNVPALQPPGGGLSTFTNGALIFGEFDLPQLVVHPYTLTGPIVIGSFFLPAFNIPGID + VPAINVDGFTLPQITTPAITTPEFAIPPIGVGGFTLPQITTQEIITPELTINSIGVGG + FTLPQITTPPITTPPLTIDPINLTGFTLPQITTPPITTPPLTIDPINLTGFTLPQITT + PPITTPPLTIDPINLTGFTLPQITTPPITTPPLTIDPINLTGFTLPQITTPPITTPPL + TIEPIGVGGFTTPPLTVPGIHLPSTTIGAFAIPGGPGYFNSSTAPSSGFFNSGAGGNS + GFGNNGSGLSGWFNTNPAGLLGGSGYQNFGGLSSGFSNLGSGVSGFANRGILPFSVAS + VVSGFANIGTNLAGFFQGTTS" + gene complement(1974780..1976471) + /locus_tag="BQ2027_MB1783C" + CDS complement(1974780..1976471) + /locus_tag="BQ2027_MB1783C" + /note="Mb1783c, -, len: 563 aa. Equivalent to Rv1754c, + len: 563 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 563 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, has proline-rich central region. Some similarity + in central region to other Mycobacterium tuberculosis + proline-rich proteins e.g. O06555|Rv1157c|MTCI65.24c (371 + aa), (32.5% identity in 191 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb1783c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1783c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00386.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZK5" + /db_xref="InterPro:IPR025442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK5" + /translation="MYRYQVRVQQRRSEMNRWVATRSRRHTYQWITDHKSPRDHYRHI + SELRTSIATSSPGRCDMSPIPRIVSVSLAWAAAIGLMVPIGLAPPAMAAPCSGDAANA + PPPPSAIVTDPGATALGPVRPGHGPIPTGRKPRGANDRAPLPKLGPLISALLNPGARN + AAPLQQQALVPRANPGPNPAPNPPATGPQPPNATQLTPNPAPAPDPAPAAAPDPGATL + AGATTSLAEWVTGPDSPNKTLERFGISGTDLGIPWDNGDPANRQVLMIFGDTFGYCAV + DGHQWRYNTLFRSQDRDLGNGVHVTSGDASNRYSGSPVRQPGFSKQLINSIKWARDET + GIIPTAGIAVGKTQYVNFMSIRNWGRDGEWTTNYSGIAVSKDNGQTWGVFPGTIRASG + PDSGGKARFVPGNENFQMGAYLKSNDGYLYSFGTPPGRGGSAYLARVPQRFVPDLTKY + QYWNGDSNSWVPNKPDAATPVIPGPVGEMSVQYNTYLKQYLALYTNGMNDVVARTAPA + PQGPWSAEQMLVSSWQMPGGIYAPMMHPWSTGKDVYFNLSLWSAYNVMLMHTVLP" + gene complement(1976655..1978199) + /gene="plcD" + /locus_tag="BQ2027_MB1784C" + CDS complement(1976655..1978199) + /gene="plcD" + /locus_tag="BQ2027_MB1784C" + /note="Mb1784c, plcD, len: 514 aa. Equivalent to MT1799, + len: 514 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551, (100% identity in 514 aa overlap). Probable plcD, + phospholipase C 4 (EC 3.1.4.3) (see citation below), + highly similar to other phospholipases e.g. + Q04001|PHLA_MYCTU|Rv2351c|PLCA|MTP40|MT2416|MTCY98.20c + PROBABLE MEMBRANE-ASSOCIATED PHOSPHOLIPASE C 1 PLCA from + Mycobacterium tuberculosis (512 aa), FASTA score: opt: + 2657, E(): 4.9e-156, (71.1% identity in 512 aa overlap); + P95246|PHLB_MYCTU|PLCB|MPCB|Rv2350c|MT2415|MTCY98.19c + PROBABLE MEMBRANE-ASSOCIATED PHOSPHOLIPASE C 2 PLCB from + Mycobacterium tuberculosis (512 aa), FASTA score: opt: + 2638, E(): 7.3e-155, (70.9% identity in 512 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE BACTERIAL PHOSPHOLIPASE C FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Belong to RvD2 + region." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOLIPASE C 4 PLCD" + /protein_id="SIU00387.1" + /db_xref="GOA:P0A5R9" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR007312" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5R9" + /translation="MSQSHIGGVSRREFLAKVAAGGAGALMSFAGPVIEKAYGAGPCS + GHLTDIEHFVFFMQENRSFDHYFGTLSGTDGFNTVSPLFQQKGWNPMTQALDATGVTM + PYRFDTTRGPFLDGACVNDPDHSWVAMHESWNGGVNDNWLPAQAKTRSAAHTPTVMGY + YTRQDIPIHYLLADAFTVCDRYFCSVLGPTLPNRLYWLSATIDPDGQNGGPELQSPTF + QPVRRFGWRIMPQNLSDAGVSWKVYRNKTLGPISSVLTYGSLVTSFKQSADPRSDLVR + FGVAPSYPASFAADVLANRLPRVSWVIPNVLESEHPAVPAAAGAFAIVNILRILLANP + AVWEKTALIVSYDENGGFFDHVVPATAPAGTPGEYVTVPDIDQVPGSGGIRGPIGLGF + RVPCFVISPYSRGPQMVHDTFDHTSQLRLLETRFGVPVPNLTAWRRSVTGDMTSTFNF + AVPPNSSWPNLDYPGLHALSTVPQCVPNAALGTINRGIPYRVPDPQIMPTQETTPTRG + IPSGPC" + gene complement(1978328..1979512) + /locus_tag="BQ2027_MB1785C" + CDS complement(1978328..1979512) + /locus_tag="BQ2027_MB1785C" + /note="Mb1785c, -, len: 394 aa. Similar to MT1800 (also + known as RVD2-ORF1), len: 381 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551, (99.71% identity in 345 aa + overlap). Conserved hypothetical protein (see citation + below), showing similarity with glycosyl transferases, + sulfolipid sulfoquinovosyldiacylglycerol synthases, and + hypothetical proteins, e.g. Q9R6U1|SQDX SQDX PROTEIN + (required for biosynthesis of the sulfolipid + sulfoquinovosyldiacylglycerol) from Synechococcus sp. + strain PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) (377 aa), FASTA + scores: opt: 348, E(): 6.7e-15, (30.40% identity in 296 aa + overlap); Q8YUR9|SQDX|ALR2265 SULFOLIPID + SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL BIOSYNTHESIS PROTEIN from + Anabaena sp. strain PCC 7120 (378 aa), FASTA scores: opt: + 336, E(): 4e-14, (27.832% identity in 309 aa overlap); + Q9AA50|CC0756 GLYCOSYL TRANSFERASE (GROUP 1 FAMILY + PROTEIN) from Caulobacter crescentus (455 aa), FASTA + scores: opt: 333, E(): 7.1e-14, (29.5% identity in 315 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: No + equivalent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Belongs to the RvD2 region." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00388.1" + /db_xref="InterPro:IPR001296" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ97" + /translation="MSLTAHDGRFCSRYACCSGRQLLWTSLGRTPHRGGPAGRGILRQ + RTRGVLIVPGARTERHLLRTGVVRITLPAKHIPYTGGYRAVMPGAVRTVLETLRPDTL + EVSDRLTLRSLGRWGREHGVTTVMISHERLDRFAGQLLPRRAAQKFADFANARTAANY + DTVVCTTGFAREEFDRIGATNTVTVPLGVDLKTFHPRRRCARVRQHWATPTQILLVHC + GRLSVEKHADRSIDALAALCDAGVDARLVIAGEGPLRARLERKATGLPIDFTGFISDR + HAVAGLLASADVALAPGPHETFGLAALESLACGTPAVVSRTSALTEIITADSGACADN + RPEAIAHAVRTIVSRPERHRRRCARRRAEIFTWQRAAASMLATLGAMAVSTRCGDTQD + TA" + gene 1979662..1980801 + /locus_tag="BQ2027_MB1786" + CDS 1979662..1980801 + /locus_tag="BQ2027_MB1786" + /note="Mb1786, -, len: 379 aa. Equivalent to MT1801, len: + 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551, + (99.75% identity in 379 aa overlap). See citations below. + Possible sulfite oxidase (EC 1.8.3.1), showing similarity + with others e.g. P51687|SUOX_HUMAN Sulfite oxidase, + mitochondrial precursor from Homo sapiens (488 aa), FASTA + scores: opt: 952, E(): 6.1e-52, (43.7% identity in 357 aa + overlap); Q07116|SUOX_RAT Sulfite oxidase, mitochondrial + precursor from Rattus norvegicus (488 aa), FASTA scores: + opt: 952, E(): 6.1e-52, (43.8% identity in 356 aa + overlap); Q9VWP4|CG7280 PROBABLE SULFITE OXIDASE PRECURSOR + from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (573 aa), FASTA + scores: opt: 764, E(): 4e-40, (38.4% identity in 362 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: No + equivalent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Belong to RvD2 region." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SULFITE OXIDASE" + /protein_id="SIU00389.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ93" + /db_xref="InterPro:IPR000572" + /db_xref="InterPro:IPR005066" + /db_xref="InterPro:IPR008335" + /db_xref="InterPro:IPR014756" + /db_xref="InterPro:IPR022407" + /db_xref="InterPro:IPR036374" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ93" + /translation="MTDRGENRTTIAMLETAGLWGKRADMIVRGCLPYNAEPPPAVLA + GSDITPINAFYVRNHGPVPDIAPQHWRLTVGGLVDNPLTVTYERLTTEFDQHCVVATL + ACAGNRRAELLRVRQIPGKEPWAHGAISTAQWCGVRLADILQAADVHIDEGLHVAFDA + PDVAEEARPIQPYGSSIPLSKALSPEVLLAWQMNSEPLPRAHGGPVRVVVPGFIGARS + VKWVTAITVQPGASQNYFQALDYRILPADADADIVGPGEGISLSSLALNCDILDPTDG + DDVPAGALTIRGYGMAGDGRSVERVDVSVDDGLTWQQADLHAAPSQWSWRPWSLTVDV + EPGPLGITARAWDDTGALQPESAVSLWNPRGYGNNAWARVALRVS" + gene 1981002..1983839 + /gene="mmpL14" + /locus_tag="BQ2027_MB1787" + CDS 1981002..1983839 + /gene="mmpL14" + /locus_tag="BQ2027_MB1787" + /note="Mb1787, mmpL14, len: 945 aa. Equivalent to MT1802 + (also known as RVD2-ORF3), len: 945 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551, (99.7% identity in 945 aa + overlap). Probable mmpL14, conserved transmembrane + transport protein (see citation below). Member of RND + superfamily, similar to several putative transport + proteins e.g. + O53784|MML5_MYCTU|MMPL5|Rv0676c|MT0705|MTV040.04c PROBABLE + CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (964 aa), FASTA + scores: opt: 1171, E(): 2.5e-61, (32.10% identity in 947 + aa overlap); + P95211|MML1_MYCTU|MMPL1|Rv0402c|MT0412|MTCY04D9.15c + PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (958 aa), FASTA + scores: opt: 1170, E(): 2.8e-61, (33.1% identity in 940 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Belong to RvD2 + region. Mb1787 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL14" + /protein_id="SIU00390.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ87" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ87" + /translation="MTAIGRLIHRYAIWIVGVWALAAIIGNNFAPPLEQVITAEDQPF + SPAGTATSRAVERSAAAFSQAPGDNIGYLVLERNGVLNDQDRAYYDALVVALRRDSRH + VIEVVDWWGTPAIAEVARSDDHHAVTAALRFGGMVGTSQAGESITAARSIVTQLHPPD + GLHVFVTGPGATIVDEFAAIDRQTQLITATTIVVLLILLLIVYRSAITATVPLLSVVV + SLAVAKPIVSVLVDRDFIGISLFSLGLSVAVVVGAGTGFAMFLIGRYHERRRQHIAPA + AALADAYRGVAPAIAGATFIVVTSLGAVGWLSLARIGMFATTGILCSIGVLAVGLAAL + TLTPALVALASRANLLKPPQHKRIQRQFRRLGTHVARWPAPILVASGVFVLIMMIALP + RVPIGWDEAAATPSAAESNRGYRAADRHFAPNQLLPTQVMIETDHDIRNPAGLTAIER + ITAAIMAIGGVRMVQSASHPNGMVSKQAALTASAGNLGDQLDEFSDQLTSRQATFTNL + EAAVRDVVSALDLVQAGIRQDGYGLGQVSLAVRLMQQAITKLQGSAGDVFDIFDPLRR + FVAAIPECRANPVCSVAQEVVQWANTVTESCAKLADAAGQLARGIADVASATSGVSGL + PNALDGIGGQLAQVRESAAGVQELLNNVGAAPLRELPDYLRELAAVSQSAPGVDLYAA + RRILTDPNMRAVLDYFVSPNGHATRLLVYGDGSEWGDDGAQRARAIVTAVAEETDEGT + LRPTAVELTGVGPATRDLQDLVGSDLTLLAVITLAVIFAIAALLLRSPLAGLVVVGTI + ATSYICALGASVVIWKHILGDNLHWSVLPIAFVLLISVGSAYNLLFALRIREESPAGP + RTSVIRAFAATGMVVTAAGIVFGTTMFALAASTSLSVAQIGVTVGMGLLLDALVIRGF + VLPALMVLLGRWLWWPRRSVSNRQVPEPSPA" + gene 1984160..1984816 + /gene="cut1" + /locus_tag="BQ2027_MB1788" + CDS 1984160..1984816 + /gene="cut1" + /locus_tag="BQ2027_MB1788" + /note="Mb1788, -, len: 218 aa. Similar to Rv1758, len: 174 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (98.25% + identity in 172 aa overlap). Probable cut1, serine + esterase, cutinase family (EC 3.1.1.-), similar to + Rv2301|CUT2_MYCTU|Q50664 probable cutinase cy339.08c + precursor from Mycobacterium tuberculosis (219 aa), FASTA + scores: opt: 369, E(): 1. 1e-16, (39.1% identity in 179 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical cutinases Rv3452, Rv1984c, Rv3451 and Rv3724. + CDS has been interrupted by IS6110 insertion element and + 5'-end deleted. BELONGS TO THE CUTINASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD2 region. + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1758 is + interrupted by IS6110 insertion element and the 5'-end is + deleted." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CUTINASE CUT1" + /protein_id="SIU00391.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ70" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ70" + /translation="MVTTWALLFAPVPAASADPPDPTVSDGACPDVEVVFARGTGEPP + GVGGIGEDFIDALRSKIGEKSMGVYGVDYPATTDFPTAMAGIYDAGTHVEQTAANCPQ + SKLVLGGFSQGAAVMGFVTAAAIPDGAPLDAPRPMPPEVADHVAAVTLFGMPSVAFMH + SIGAPPIVIGPLYAEKTIQLCAPGDPVCSSGGNWAAHNGYADDGMVEQAAVFAAGRLG + " + gene complement(1985083..1987545) + /gene="wag22b" + /locus_tag="BQ2027_MB1789C" + CDS complement(1985083..1987545) + /gene="wag22b" + /locus_tag="BQ2027_MB1789C" + /note="Mb1789c, wag22b, len: 820 aa. Equivalent to 3' end + of Rv1759c, len: 914 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 820 aa overlap). wag22, + antigen member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, highly + similar to others e.g. MT1367|Q10637 hypothetical + glycine-rich 49.6 kd protein from Mycobacterium + tuberculosis (603 aa), FASTA scores: opt: 2010, E(): 0, + (53.0% identity in 724 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1759c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base deletion (c-*) + splits wag22 into 2 parts, wag22a and wag22b." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN WAG22B [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00392.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A687" + /translation="MTPLLNSINAPVLAATGRPLIGNGANGAPGTGANGGDAGWLIGN + GGAGGSGAKGANGGAGGPGGAAGLFGNGGAGGAGGTATANNGIGGAGGAGGSAMLFGA + GGAGGAGGAATSLVGGIGGTGGTGGNAGMLAGAAGAGGAGGFSFSTAGGAGGAGGAGG + LFTTGGVGGAGGQGHTGGAGGAGGAGGLFGAGGMGGAGGFGDHGTLGTGGAGGDGGGG + GLFGAGGDGGAGGSGLTTGGAAGNGGNAGTLSLGAAGGAGGTGGAGGTVFGGGKGGAG + GAGGNAGMLFGSGGGGGTGGFGFAAGGQGGVGGSAGMLSGSGGSGGAGGSGGPAGTAA + GGAGGAGGAPGLIGNGGNGGNGGESGGTGGVGGAGGNAVLIGNGGEGGIGALAGKSGF + GGFGGLLLGADGYNAPESTSPWHNLQQDILSFINEPTEALTGRPLIGNGDSGTPGTGD + DGGAGGWLFGNGGNGGAGAAGTNGSAGGAGGAGGILFGTGGAGGAGGVGTAGAGGAGG + AGGSAFLIGSGGTGGVGGAATTTGGVGGAGGNAGLLIGAAGLGGCGGGAFTAGVTTGG + AGGTGGAAGLFANGGAGGAGGTGSTAGGAGGAGGAGGLYAHGGTGGPGGNGGSTGAGG + TGGAGGPGGLYGAGGSGGAGGHGGMAGGGGGVGGNAGSLTLNASGGAGGSGGSSLSGK + AGAGGAGGSAGLFYGSGGAGGNGGYSLNGTGGDGGTGGAGQITGLRSGFGGAGGAGGA + SDTGAGGNGGAGGKAGLYGNGGDGGAGGDGATSGKGGAGGNAVVIGNGGNGGNAGKAG + GTAGAGGAGGLVLGRDGQHGLT" + gene complement(1987542..1987826) + /gene="wag22a" + /locus_tag="BQ2027_MB1790C" + CDS complement(1987542..1987826) + /gene="wag22a" + /locus_tag="BQ2027_MB1790C" + /note="Mb1790c, wag22a, len: 94 aa. Equivalent to 5' end + of Rv1759c, len: 914 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 84 aa overlap). wag22, + antigen member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, highly + similar to others e.g. MT1367|Q10637 hypothetical + glycine-rich 49.6 kd protein from Mycobacterium + tuberculosis (603 aa), FASTA scores: opt: 2010, E(): 0, + (53.0% identity in 724 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1759c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base deletion (c-*) + splits wag22 into 2 parts, wag22a and wag22b. Mb1790c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN WAG22A [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00393.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A687" + /translation="MSFVIAVPETIAAAATDLADLGSTIAGANAAAAANTTSLLAAGA + DEISAAIAALFGAHGRAYQAASAEAAAFHGRFVQALTTGGAPMRPPRPPP" + gene 1988402..1989931 + /locus_tag="BQ2027_MB1791" + CDS 1988402..1989931 + /locus_tag="BQ2027_MB1791" + /note="Mb1791, -, len: 509 aa. Equivalent to the 5' end of + Rv1760, len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 442 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to several other + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Q10554|Y895_MYCTU|MTCY31.23 (505 aa), FASTA scores: opt: + 692, E(): 0, (31.7% identity in 477 aa overlap). Member of + family with at least 15 other members e.g. Rv3740c, + Rv3734c, Rv1425, etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) leads to a longer product with a different + COOH part compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv. Mb1791 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU00394.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y029" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y029" + /translation="MPRGCAGARFACNACLNFLAGLGISEPISPGWAAMERLSGLDAF + FLYMETPSQPLNVCCVLELDTSTMPGGYTYGRFHAALEKYVKAAPEFRMKLADTELNL + DHPVWVDDDNFQIRHHLRRVAMPAPGGRRELAEICGYIAGLPLDRDRPLWEMWVIEGG + ARSDTVAVMLKVHHAVVDGVAGANLLSHLCSLQPDAPAPQPVRGTGGGNVLQIAASGL + VGFASRPVRLATVVPATVLTLVRTLLRAREGRTMAAPFSAPPTPFNGPLGRLRNIAYT + QLDMRDVKRVKDRFGVTINDVVVALCAGALRRFLLEHGVLPEAPLVATVPVSVHDKSD + RPGRNQATWMFCRVPSQISDPAQRIRTIAAGNTVAKDHAAAIGPTLLHDWIQFGGSTM + FGAAMRILPHISITHSPAYNLILSNVPGPQAQLYFLGCRMDSMFPLGPSLATRASTSP + SCPSTGNWVSALSPAPTCCRTCGAWQTGFPRRSKSCWSAVMTSRKAATTRTPESYVQN + R" + gene complement(1989919..1990302) + /locus_tag="BQ2027_MB1792C" + CDS complement(1989919..1990302) + /locus_tag="BQ2027_MB1792C" + /note="Mb1792c, -, len: 127 aa. Equivalent to Rv1761c, + len: 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 127 aa overlap). Possibly exported + protein with hydrophobic stretch or TMhelix at aa 15-37. + Protein product from Mb1792c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1792c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible exported protein" + /protein_id="SIU00395.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA7" + /db_xref="InterPro:IPR031816" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA7" + /translation="MSDFDTERVSRAVAAALVGPGGVALVVKVFAGLPGVIHTPARRG + FFRSNPERIQIGDWRYEVAHDGRLLAAHMVNGIVIAEDALIAEAVGPHLARALGQIVS + RYGATVIPNINAAIEVLGTGTDYRF" + gene complement(1990302..1991090) + /locus_tag="BQ2027_MB1793C" + CDS complement(1990302..1991090) + /locus_tag="BQ2027_MB1793C" + /note="Mb1793c, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv1762c, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 262 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1793c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1793c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00396.1" + /db_xref="InterPro:IPR002765" + /db_xref="InterPro:IPR035439" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL4" + /translation="MQSSSLDPVASERLSHAEKSFTSDLSINEFALLHGAGFEPIELV + MGVSVYHVGFQFSGMRQQQELGVLTEATYRARWNAMARMQAEADALKADGIVGVRLNW + RHHGEGGEHLEFMAVGTAVRYTAKPGAFRRPNGQAFSSHLSGQDMVTLLRSGFAPVAF + VMGNCVFHIAVQGFMQTLRQIGRNMEMPQWTQGNYQARELAMSRMQSEAERDGATGVV + GVHFAISNYAWGVHTVEFYTAGTAVRRTGSGETITPSFVLPMDS" + gene complement(1992108..1993364) + /locus_tag="BQ2027_MB1794C" + CDS complement(1992108..1993364) + /locus_tag="BQ2027_MB1794C" + /note="Mb1794c, -, len: 418 aa. Equivalent to Rv1765c, + len: 365 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (97.8% identity in 364 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to O53461|Rv2015c|MTV018.02c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (418 aa), (97.8% identity + in 364 aa overlap). BLAST hits with non-IS part of + sequence submitted under MTU78639. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 121 bp to 848 bp substitution affects the COOH part of + Mb1794c leading to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (418 aa + versus 365 aa). Mb1794c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HNH endonuclease domain protein" + /protein_id="SIU00397.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ95" + /db_xref="InterPro:IPR002711" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ95" + /translation="MSSTATSGAAVVSPAERVEVLFEELAELAGQRNAIDGRIVEIVA + ELDRDGLWGVTGARSVAGLVAWKMGCSSGNAHTIATVARRLPEFPRCARGMREGRLSL + DQVGVIAGRAGEGSDAHYAQLAGVATVNQLRTALKLEPRPEPEPDFRPEPRPSITRSA + DEQFSCWRIKLPHVEAAKFDAALQSHLDALIAEYKRDHDNSDGVSDQRPPLPGNVEAF + LRLVEAGWDAEVARRPHGQHTTVVMHLDVQERAAGLHLGPLLSESERRYLLCDATFEA + WFERDGQVIGCGRTTRQINRRLRRALEHRDRTCVVPGCGATRGLHAHHIRHWQDGGAT + ELANLVLVCPYHHRAHHRGLITITGPADNLTVADSAGRPLSAGSLARASTKPPPAVAP + WPGPTGERADWWWYEPFQPQPPPISN" + gene complement(1993433..1994662) + /locus_tag="BQ2027_ISB9'" + mobile_element complement(1993433..1994662) + /locus_tag="BQ2027_ISB9'" + /note="ISB9', len: 1230 nt. Equivalent to ISB9', len: 1230 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (99.9% + identity in 1230 nt overlap). Sequence ISB9, nearly + identical to EM_BA:MTU78639. Note that this sequence shows + several differences to EM_BA: MTU78639, and the + transposase ORFs are extensively frameshi fted. Our + sequence has been checked and is thought to be correct; + the sequence in EM_BA:MTU78639 is from a different isolate + of Mycobacterium tuberculosis." + /mobile_element_type="insertion sequence:ISB9" + repeat_region 1993433..1993446 + /note="14 bp imperfect inverted repeat, + IRR,ATCACCCCGCAAAG, flanking IS element ISB9'." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(1993991..1994206) + /locus_tag="BQ2027_MB1795C" + CDS complement(1993991..1994206) + /locus_tag="BQ2027_MB1795C" + /note="Mb1795c, -, len: 71 aa. Equivalent to Rv1765A, len: + 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.6% identity in 71 aa overlap). Putative transposase + (fragment), similar to part of many transposase genes + including IS6110 e.g. P19774|TRA9_MYCTU PUTATIVE + TRANSPOSASE from Mycobacterium tuberculosis (278 aa), + FASTA scores: opt: 231, E(): 4.7e-11, (45.35% identity in + 75 aa overlap). Mb1795c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIU00398.1" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA2" + /translation="MWVADITFVRTWQGFCYTAFVTDVCTRKIVVRAVSATMRTEDLP + VQVFNHAVWQSNSDLSELVHHSDPGSQ" + gene 1994586..1994855 + /locus_tag="BQ2027_MB1795A" + CDS 1994586..1994855 + /locus_tag="BQ2027_MB1795A" + /note="Mb1795A, -, len: 89 aa. Equivalent to Rv1766, len: + 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 89 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to P54431|YRKD_BACSU Hypothetical + 7.0 kDa protein in bltr-spoIIIC intergenic region from + Bacillus subtilis (63 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): + 1.5e-05, (53.3% identity in 45 aa overlap). Also similar + to Q9RD62|SCF56.04C|AL133424 Hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (92 aa), FASTA scores: opt: 239, + E(): 1.3e-11, (62.5% identity in 64 aa overlap). Also some + similarity to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. O07434|Rv0190|MTCI28.29 (96 + aa), (35.5% identity in 62 aa overlap); P71543|Rv0967 (119 + aa), and P71600|Rv0030 (109 aa). Start changed since + original submission. Protein product from Mb1795A detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1795A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal-sensitive transcriptional repressor" + /protein_id="SIU00399.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA6" + /db_xref="InterPro:IPR003735" + /db_xref="InterPro:IPR038390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA6" + /translation="MIGDQDSIAAVLNRLRRAQGQLAGVISMIEQGRDCRDVVTQLAA + VSRALDRAGFKIVAAGLKECVSGATASGAAPLSAAELEKLFLALA" + repeat_region complement(1994649..1994662) + /locus_tag="BQ2027_ISB9'" + /note="14 bp imperfect inverted repeat, + IRL,ATCACCCCGGCAAG, flanking IS element ISB9'." + /rpt_type=INVERTED + gene 1994923..1995282 + /locus_tag="BQ2027_MB1796" + CDS 1994923..1995282 + /locus_tag="BQ2027_MB1796" + /EC_number="4.1.1.44" + /note="Mb1796, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv1767, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q57498|YA53_HAEIN + HYPOTHETICAL PROTEIN HI1053 from Haemophilus influenzae + (113 aa), FASTA scores: opt: 233, E(): 6.4e-10, (40.0% + identity in 90 aa overlap). Protein product from Mb1796 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1796 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible carboxymuconolactone decarboxylase + family protein (EC" + /protein_id="SIU00400.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZ98" + /db_xref="InterPro:IPR003779" + /db_xref="InterPro:IPR004675" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ98" + /translation="MSDQPRHHQVLDDLLPQHRALRHQIPQVYQRFVALGDAALTDGA + LSRKVKELVALAIAVVQGCDGCVASHAQAAVRAGATAQEAAEAIGVTILMHGGPATIH + GARAYAAFCEFADTTPS" + gene 1995463..1997337 + /gene="PE_PGRS31" + /locus_tag="BQ2027_MB1797" + CDS 1995463..1997337 + /gene="PE_PGRS31" + /locus_tag="BQ2027_MB1797" + /note="Mb1797, PE_PGRS31, len: 624 aa. Equivalent to + Rv1768, len: 618 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.88% identity in 624 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to Q50615 + HYPOTHETICAL 40.8 KD PROTEIN (498 aa), FASTA scores: opt: + 1703, E(): 0, (57.4% identity in 566 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 18 bp insertion, leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (624 aa + versus 618 aa). Mb1797 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs31" + /protein_id="SIU00401.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ75" + /translation="MSYLVVVPELVAAAATDLANIGSSISAANAAAAAPTTALVAAGG + DEVSAAIAALFGAHARAYQALSAQAAMFHEQFVRALAAGGNSYAVAEAATAQSVQQDL + LNLINAPTQALLGRPLIGNGANGLPGTGQNGGDGGILYGNGGNGGSGGVNQAGGNGGN + AGLWGNGGSGGAGGNATTAGRNGFNGGAGGSGGLLWGNGGAGGAGGHGGPAPLVGGVG + TTGGAGGNGGGAGLFYGFGGAGGNGGMGGVAPSTGPSMGILPAGGVGGPGGSGGASAL + AFGSGGVGGAGGLGGPTDGTVQGVGGFGGQGGNGGQSGLLFGNAGAGGAGAAGGAGTG + DTESFGGHGGAGGDGGAVGLIGNGGGGGNGGAGGTGSPGAVVGGNGGVGGLGGAGSPG + GLLYGTGGAGGNGGPGGDGGTGATVGFAGSGGFGGAGGIAQLFGTGGMGGSGGGIGAG + TTTVVPPDVAPVGGTGGNGGRAGLLLGVGGMGGNGGATSVGGTLYAAGGNGGDGGLVW + GNGGTGGSGGAGGAGSVGNGGAGGNAALLFGNGGAGGAGGAGGIGAGGAGGFGAVLFG + NGGAGGSGAPGGIGAGGNGGNALLVGNGGNGGAGTGGAAGGAGGSGGLLFGQNGMPGP + " + gene 1997493..1998737 + /locus_tag="BQ2027_MB1798" + CDS 1997493..1998737 + /locus_tag="BQ2027_MB1798" + /EC_number="1.1.3.8" + /note="Mb1798, -, len: 414 aa. Equivalent to Rv1769, len: + 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 414 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to O88066|SCI35.31|AL031541 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (402 + aa), FASTA scores: opt: 1341, E(): 0, (53.8% identity in + 398 aa overlap). Protein product from Mb1798 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1798 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="L-gulono-1,4-lactone oxidase (EC" + /protein_id="SIU00402.1" + /db_xref="InterPro:IPR001608" + /db_xref="InterPro:IPR029066" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ90" + /translation="MHEVAAREQRSDGPMRLDAQGRLQRYEEAFADYDAPFAFVDLDA + MWGNADQLLARAGDKPIRVASKSLRCRPLQREILDASERFDGLLTFTLTETLWLAGQG + FSNLLLAYPPTDRAALRALGELTAKDPDGAPIVMVDSVEHLDLIERTTDKPVRLCLDF + DAGYWRAGGRIKIGSKRSPLHTPEQARALAVEIARRPALTLAALMCYEAHIAGLGDNV + AGKRVHNAIIRRMQRMSFEELRERRARAVELVREVADIKIVNAGGTGDLQLVAQEPLI + TEATAGSGFYAPTLFDSYSTFTLQPAAMFALPVCRRPGAKTVTALGGGYLASGVGAKD + RMPTPYLPVGLKLNALEGTGEVQTPLSGDAARRLKLGDKVYFRHTKAGELCERFDHLH + LVRGAEVVDTVPTYRGEGRTFL" + gene 1998745..2000031 + /locus_tag="BQ2027_MB1799" + CDS 1998745..2000031 + /locus_tag="BQ2027_MB1799" + /note="Mb1799, -, len: 428 aa. Equivalent to Rv1770, len: + 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 428 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar in N-terminus to + Q49882 Hypothetical protein from Mycobacterium leprae from + cosmid L247 (83 aa), FASTA scores: opt: 301, E(): 1e-12, + (56.5% identity in 85 aa overlap). Protein product from + Mb1799 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1799 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative aminopeptidase" + /protein_id="SIU00403.1" + /db_xref="InterPro:IPR007484" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E3" + /translation="MDEAHPAHPADAGRPGGPIQGARRGAAMTPITALPTELAAMREV + VETLAPIERAAGEPGEHKAAEWIVERLRTAGAQDARIEEEQYLDGYPRLHLKLSVIGV + AAGVAGLLSRRLRIPAALAGVGAGLAIADDCANGPRIVRKRTETPRTTWNAVAEAGDP + AGQLTVVVCAHHDAAHSGKFFEAHIEEVMVELFPGIVERIDTQLPNWWGPILAPALAG + VGALRGSRPMMIAGTVGSALAAALFADIARSPVVPGANDNLSAVALLVALAERLRERP + VKGVRVLLVSLGAEETLQGGIYGFLARHKPELDRDRTYFLNFDTIGSPELIMLEGEGP + TVMEDYFYRPFRDLVIRAAERADAPLRRGIRSRNSTDAVLMSRAGYPTACFVSINRHK + SVANYHLMSDTPENLCYETVSHAVTVAESVIRELAR" + gene 2000028..2001314 + /locus_tag="BQ2027_MB1800" + CDS 2000028..2001314 + /locus_tag="BQ2027_MB1800" + /note="Mb1800, -, len: 428 aa. Equivalent to Rv1771, len: + 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 428 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to e.g. + GGLO_RAT|P10867 l-gulonolactone oxidase (ec 1.1.3.8) (439 + aa), FASTA scores: opt: 862, E(): 0, (34.1% identity in + 434 aa overlap). Also shows slight similarity to + Mycobacterium tuberculosis oxidoreductase + Rv1726|MTCY04C12.11 (22.9% identity in 441 aa overlap) and + others e.g. Rv3107c, Rv1257c, Rv2251, etc. Contains + PS00862 Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. + Protein product from Mb1800 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1800 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="l-gulono-1,4-lactone dehydrogenase" + /protein_id="SIU00404.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y038" + /db_xref="InterPro:IPR006093" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR007173" + /db_xref="InterPro:IPR010031" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016167" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR016171" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y038" + /translation="MSPIWSNWPGEQVCAPSAIVRPTSEAELADVIAQAAKRGERVRA + VGSGHSFTDIACTDGVMIDMTGLQRVLDVDQPTGLVTVEGGAKLRALGPQLAQRRLGL + ENQGDVDPQSITGATATATHGTGVRFQNLSARIVSLRLVTAGGEVLSLSEGDDYLAAR + VSLGALGVISQVTLQTVPLFTLHRHDQRRSLAQTLERLDEFVDGNDHFEFFVFPYADK + ALTRTMHRSDEQPKPTPGWQRMVGENFENGGLSLICQTGRRFPSVAPRLNRLMTNMMS + SSTVQDRAYKVFATQRKVRFTEMEYAIPRENGREALQRVIDLVRRRSLPIMFPIEVRF + SAPDDSFLSTAYGRDTCYIAVHQYAGMEFESYFRAVEEIMDDYAGRPHWGKRHYQTAA + TLRERYPQWDRFAAVRDRLDPDRVFLNDYTRRVLGP" + gene 2001503..2001814 + /locus_tag="BQ2027_MB1801" + CDS 2001503..2001814 + /locus_tag="BQ2027_MB1801" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1801, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv1772, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1801 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00405.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZB7" + /db_xref="InterPro:IPR005561" + /db_xref="InterPro:IPR024189" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB7" + /translation="MGSTGGSQPMTANRGPAAISSGSNSGRVLDTARGILIALRRCPA + ETAFDELHNAAQRHRLPVFEIAWALVHLAVEGSTPCRSFVDAQSAARREWGQLFAHAA + A" + gene complement(2001887..2002633) + /locus_tag="BQ2027_MB1802C" + CDS complement(2001887..2002633) + /locus_tag="BQ2027_MB1802C" + /note="Mb1802c, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv1773c, + len: 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 248 aa overlap). Probable + transcriptional regulator belonging to IclR family, + similar to ICLR_ECOLI|P16528 acetate operon repressor from + Escherichia coli (274 aa), FASTA scores: opt: 261, E(): + 3.3e-10, (26.9% identity in 249 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis protein Rv1719|MTCY04C12.04 + (40.2% identity in 244 aa overlap); and Rv2989. Start site + chosen by homology, but may extend further upstream. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 37-58 + (+3.24 SD). Protein product from Mb1802c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1802c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00406.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZM4" + /db_xref="InterPro:IPR005471" + /db_xref="InterPro:IPR014757" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM4" + /translation="MPPTEGKSTTNRDEGIQVLRRAVAALDEIAAEPGHLRLVDLCER + LGLAKSTTRRLLVGLVEVGLVSVDSHGRFALGERLLGFGSVTGAHIAAAFRPTVERVA + RATDGETVDLSVLRGQRMWFVDQIESSYRLRAVSAVGLRFPLNGTANGKAALAALDDA + DAEAALCRLDPMVAEGLRREIVEIRRTGIAFDRNEHTPGISAAAIARRALGDNVIAIS + VPAPTARFLEKEQRIIAALRAAADSPDWTR" + gene 2002699..2004039 + /locus_tag="BQ2027_MB1803" + CDS 2002699..2004039 + /locus_tag="BQ2027_MB1803" + /note="Mb1803, -, len: 446 aa. Equivalent to Rv1774, len: + 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 446 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to several e.g. + HDNO_ARTOX|P08159 6-hydroxy-d-nicotine oxidase (458 aa), + FASTA scores: opt: 417, E(): 6e-20, (28.4% identity in 462 + aa overlap). Also some similarity to Mycobacterium + tuberculosis oxidoreductase MTCY04C12.11 (24.1% identity + in 444 aa overlap). Contains PS00862 Oxygen + oxidoreductases covalent FAD-binding site. Protein product + from Mb1803 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1803 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00407.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA5" + /db_xref="InterPro:IPR006093" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016167" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA5" + /translation="MRALPAGRHFFRGSDGYEAARRGTVWHRRVPDRYPEVIVQAVSA + DDIVSAIRYATVNGHKVSVVSGGHSFAASHLRDGAVLLDVSRIDHASIDADKGRAVVG + PGKGGSVLMAELEAQGLFFPGGHCRGVCLGGYLLQGGYGWNSRIYGPACESVIGLDVI + TADGAQIHCDADNHADLYWAARGAGPGFFGVVTSFYLKLYPRPATCGTSVYVYPFDLA + DEVFTWARAVSAEVDPRVELQALASRGEPSMGIDVPVISLASPAFADSPEEAEQALAL + FGTCPVVEQALVKVPYMPTDLPAWYDVAMTHYLSDHHYAVDNMWTSASAEDLLPGIRS + ILDTLPPHPAHFLWLNWGPCPPRQDMAYSIEADIYLALYGSWKDPADEAKYADWARSH + MAAMSHLAVGIQLADENLGARPARFASDAAMAKLDRVRAEYDPDGLFNSWMGRI" + gene 2004039..2004857 + /locus_tag="BQ2027_MB1804" + CDS 2004039..2004857 + /locus_tag="BQ2027_MB1804" + /note="Mb1804, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv1775, len: + 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to O28806|AF1466 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus (255 aa), + FASTA scores: opt: 364, E(): 1e-17, (29.2% identity in 267 + aa overlap). Protein product from Mb1804 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1804 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00408.1" + /db_xref="InterPro:IPR041526" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB6" + /translation="MASDLYLGYRNDDADTPFGKFFKPEMAPLPQHVVVALQHGPQAG + MALLAFDDAASIVDEGYQQTENGYGILGDGSMQVSVRTDMPGVTPAMWAWWFGWHGSD + TRRYKLWHPRAHLSARWKDGDQDSGAGRRGAQRYVGRWSMISEYIGSTKLGAAIQFVE + PAAMGLPDDSDDTVSICARLGSADAPVDAGWFVHQVRSTPGGSEMRSRFWMGGPHIAV + RKAPEVASKAVRPIASKLIGVSESTARNLLVYCAQEMNHLAGFLADLWESFGDE" + gene complement(2004862..2005422) + /locus_tag="BQ2027_MB1805C" + CDS complement(2004862..2005422) + /locus_tag="BQ2027_MB1805C" + /note="Mb1805c, -, len: 186 aa. Equivalent to Rv1776c, + len: 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 186 aa overlap). Possible regulatory + protein, some similarity to Mycobacterium tuberculosis + Rv1255c|Q11063 hypothetical transcriptional regulator (202 + aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 9.7e-09, (28.3% identity + in 191 aa overlap) . Contains possible helix-turn-helix + motif at aa 37-58 (+3.49 SD). Mb1805c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00409.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZB2" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB2" + /translation="MPGNDWIVGGNRRTIAAERIYAAATDLITRYGLNALDIDKLARE + VHCSRATIYRRAGGKAQIRDVVLTRAAARIADGVRSDVETLRGRERVVAAILLSLQRI + RSDPLGKLMFGSIHGGAGELAWLTESPLLADFATELTGIAGGDPQGAKWVVRVVLSLM + YWPAENDEAERRLVEKYVAPAFAEQS" + gene 2005523..2006827 + /gene="cyp144" + /locus_tag="BQ2027_MB1806" + CDS 2005523..2006827 + /gene="cyp144" + /locus_tag="BQ2027_MB1806" + /note="Mb1806, cyp144, len: 434 aa. Equivalent to Rv1777, + len: 434 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 434 aa overlap). Probable cyp144, + cytochrome p450 (EC 1.14.-.-), similar to + CPXM_BACME|Q06069 cytochrome p450 (meg) (EC 1.14.99.-) + (410 aa), FASTA scores: opt: 435 E(): 2.3e-16, (28.8% + identity in 372 aa overlap). Also similar to several other + Mycobacterium tuberculosis p450 genes including Rv0766c, + Rv2266, etc. Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine + heme-iron ligand signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 + FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cytochrome p450 144 CYP144" + /protein_id="SIU00410.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA3" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA3" + /translation="MRRSPKGSPGAVLDLQRRVDQAVSADHAELMTIAKDANTFFGAE + SVQDPYPLYERMRAAGSVHRIANSDFYAVCGWDAVNEAIGRPEDFSSNLTATMTYTAE + GTAKPFEMDPLGGPTHVLATADDPAHAVHRKLVLRHLAAKRIRVMEQFTVQAADRLWV + DGMQDGCIEWMGAMANRLPMMVVAELIGLPDPDIAQLVKWGYAATQLLEGLVENDQLV + AAGVALMELSGYIFEQFDRAAADPRDNLLGELATACASGELDTLTAQVMMVTLFAAGG + ESTAALLGSAVWILATRPDIQQQVRANPELLGAFIEETLRYEPPFRGQYRHVRNATTL + DGTELPADSHLLLLWGAANRDPAQFEAPGEFRLDRAGGKGHISFGKGAHFCVGAALAR + LEARIVLRLLLDRTSVIEAADVGGWLPSILVRRIERLELAVQ" + gene complement(2006948..2007397) + /locus_tag="BQ2027_MB1807C" + CDS complement(2006948..2007397) + /locus_tag="BQ2027_MB1807C" + /note="Mb1807c, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv1778c, + len: 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 149 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1807c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1807c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00411.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ85" + /translation="MRVSLFLSDAAQADAQSGKVHALGLGWRQCQRPTPPFALVLFLD + IDWDETNKQHQLKCQLLTADGDPVVVPGPHGPQRILFEAAAEAGRAPGAIHGTSVRMP + LTLNIPAGIPLEPGIYEWRVEVEGYERATAVEAFIVAGGGHPPASCG" + gene complement(2007553..2009346) + /locus_tag="BQ2027_MB1808C" + CDS complement(2007553..2009346) + /locus_tag="BQ2027_MB1808C" + /note="Mb1808c, -, len: 597 aa. Equivalent to Rv1779c, + len: 597 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 597 aa overlap). Possible integral + membrane protein. Protein product from Mb1808c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1808c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible integral membrane protein" + /protein_id="SIU00412.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZA4" + /db_xref="InterPro:IPR025519" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZA4" + /translation="MCAHEYAEQRSAVSGIEGLLTWLGGGHWRELGERHERSTHAVAG + VIVAVGAALAGLLASLAVSEAAQGPISSPIGAASLALVLGLLVGAVTRGTASGPARGR + AGVTGRASVAVAVGFVVGELAALVMFSGAIDRRLDEQAMHSADATPAAVQASASLQQA + RNARTALDSAVERARGRLDDALVVARCEYHPTPACPQTRITGVPGRGPETRTANQLLA + DAQRELDNALAARDHQAPALDAKMAHDEQALAEVRQAVVADAGRGLGSRWVAMNDLTL + ASAGALTARMLAIAFFALLYLLPLILRLWRGDTTHDRHAAARAERERAELEADTAIAI + KRAEVRRAAEIMWAEHQLTQTRLAIEAQAEIDREQQRRRVVEALEGPVRASSERTLQP + VEDEVYLPIAAETEAASRTVAQLPAGAAHHRPGIAKNLPAQVQPEGAVEPREKRATPV + IRSIPDATKAAARWIRPLVPPFVARMLDNTTAPLRTARQVFEEVEEIAFSFKRTHKVT + VNAEGSDPNDQPPLESHSPAAPAESNPIASSDSARRSRLATNDDHPPLAQVPPRDLAS + LSVGSTGELTQREGPHELRSPDGPRQLPPPR" + gene 2009566..2010129 + /locus_tag="BQ2027_MB1809" + CDS 2009566..2010129 + /locus_tag="BQ2027_MB1809" + /note="Mb1809, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv1780, len: + 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 187 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q49881|ML1380|U00021_2 + cosmid L247 from Mycobacterium leprae (187 aa), FASTA + scores: opt: 1000, E(): 0, (82.4% identity in 187 aa + overlap). Protein product from Mb1809 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1809 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00413.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F0" + /translation="MQNHDYVTYEEFGRRFFEVAVTPDRVAAAFADIAGSEFAMEPIS + QGPGGIAKVSANVKIREPRVTRKLGDLITFVIHIPLSIDLLLDLRLDKQRFMVAGDIA + LRATARAAEPLLLIVDVAKPRPSDITVNVSSKSIRGEVLRILAGVDGEIRRFIAQYVS + AEIDSPKSQAAQVINVAEQLDSTWSGP" + gene complement(2010169..2012343) + /gene="malQ" + /locus_tag="BQ2027_MB1810C" + CDS complement(2010169..2012343) + /gene="malQ" + /locus_tag="BQ2027_MB1810C" + /note="Mb1810c, malQ, len: 724 aa. Equivalent to Rv1781c, + len: 724 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 724 aa overlap). Probable malQ, + 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE (EC 2.4.1.25), similar to many, + e.g. P15977|MALQ_ECOLI 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE (694 + aa), FASTA scores: opt: 964, E(): 0, (31.8% identity in + 694 aa overlap). BELONGS TO THE DISPROPORTIONATING ENZYME + FAMILY. Protein product from Mb1810c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1810c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE MALQ + (Amylomaltase) (Disproportionating enzyme) (D-enzyme)" + /protein_id="SIU00414.1" + /db_xref="GOA:P65337" + /db_xref="InterPro:IPR003385" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65337" + /translation="MTELAPSLVELARRFGIATEYTDWTGRQVLVSEATLVAALAALG + VPAQTEQQRNDALAAQLRSYWARPLPATIVMRAGEQTQFRVHVTDGAPADVWLQLEDG + TTRAEVVQVDNFTPPFDLDGRWIGEASFVLPADLPLGYHRVNLRSGDSQASAAVVVTP + DWLGLPDKLAGRRAWGLAVQLYSVRSRQSWGIGDLTDLANLALWSASAHGAGYVLVNP + LHAATLPGPAGRSKPIEPSPYLPTSRRFVNPLYLRVEAIPELVDLPKRGRVQRLRTNV + QQHADQLDTIDRDSAWAAKRAALKLVHRVPRSAGRELAYAAFRTREGRALDDFATWCA + LAETYGDDWHRWPKSLRHPDASGVADFVDKHADAVDFHRWLQWQLDEQLASAQSQALR + AGMSLGIMADLAVGVHPNGADAWALQDVLAQGVTAGAPPDEFNQLGQDWSQPPWRPDR + LAEQEYRPFRALIQAALRHAGAVRIDHIIGLFRLWWIPDGAPPTQGTYVRYDHDAMIG + IVALEAHRAGAVVVGEDLGTVEPWVRDYLLLRGLLGTSILWFEQDRDCGPAGTPLPAE + RWREYCLSSVTTHDLPPTAGYLAGDQVRLRESLGLLTNPVEAELESARADRAAWMAEL + RRVGLLADGAEPDSEEAVLALYRYLGRTPSRLLAVALTDAVGDRRTQNQPGTTDEYPN + WRVPLTGPDGQPMLLEDIFTDRRAATLAEAVRAATTSPMSCW" + gene 2012607..2014127 + /gene="eccb5" + /locus_tag="BQ2027_MB1811" + CDS 2012607..2014127 + /gene="eccb5" + /locus_tag="BQ2027_MB1811" + /note="Mb1811, -, len: 506 aa. Equivalent to Rv1782, len: + 506 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 506 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, similar to four other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical membrane proteins e.g. + O05449|Rv3895c|MTCY15F10.17|Z94121 (495 aa), FASTA scores: + opt: 1106, E(): 0, (41.2% identity in 485 aa overlap); + Rv0283, Rv3450c, and Rv3869, all located near ESAT-6 + family genes. Also similar to O33088|MLCB628.17C|Y14967 + cosmid B628 from Mycobacterium leprae (481 aa), (32.7% + identity in 486 aa overlap); and equivalent to + Q9Z5I3|MLCB596.27|AL035472 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (506 aa) (82.6% identity in 506 aa + overlap). Has hydrophobic stretch from aa 54-76. Protein + product from Mb1811 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1811 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccb5. esx-5 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU00415.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZC8" + /db_xref="InterPro:IPR007795" + /db_xref="InterPro:IPR042485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC8" + /translation="MAEESRGQRGSGYGLGLSTRTQVTGYQFLARRTAMALTRWHVRM + EIEPGRRQTLAVVASVSAALVICLGALLWSFISPSGQLNESPIIADRDSGALYVRVGD + RLYPALNLASARLITGRPDNPHLVRSSQIATMPRGPLVGIPGAPSSFSPKSPPASSWL + VCDTVATSSSIGSLQGVTVTVIDGTPDLTGHRQILSGSDAVVLRYGGDAWVIREGRRS + RIEPTNRAVLLPLGLTPEQVSQARPMSRALFDALPVGPELLVPEVPNAGGPATFPGAP + GPIGTVIVTPQISGPQQYSLVLGDGVQTLPPLVAQILQNAGSAGNTKPLTVEPSTLAK + MPVVNRLDLSAYPDNPLEVVDIREHPSTCWWWERTAGENRARVRVVSGPTIPVAATEM + NKVVSLVKADTSGRQADQVYFGPDHANFVAVTGNNPGAQTSESLWWVTDAGARFGVED + SKEARDALGLTLTPSLAPWVALRLLPQGPTLSRADALVEHDTLPMDMTPAELVVPK" + gene 2014124..2018299 + /gene="eccc5" + /locus_tag="BQ2027_MB1812" + CDS 2014124..2018299 + /gene="eccc5" + /locus_tag="BQ2027_MB1812" + /note="Mb1812, -, len: 1391 aa. Similar to Rv1783 and + Rv1784, len: 435 aa and 932 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 435 aa + overlap and 99.9% identity in 932 aa overlap). Rv1783: + Probable conserved membrane protein. Member of family of + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins including + O05450|Rv3894c|MTY15F10.18|Z94121 (1396 aa), FASTA scores: + opt: 542, E(): 1.5e-26, (31.4% identity in 440 aa + overlap); Rv3447c, Rv0284, Rv3870, Rv1784, and Rv3871, all + linked to ESAT-6 family gene. Similar to N-terminal part + of Rv3894c (1396 aa), Rv1784 is similar to remainder of + Rv3894c. Also similar to O33087|MLCB628.16C|Y14967 + Hypothetical protein from Mycobacterium leprae (744 aa), + (30.0% identity in 437 aa overlap) and equivalent to + N-terminal part of Q9Z5I2|MLCB596.28|AL035472 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (1345 aa), (86.4% + identity in 397 aa overlap). Rv1784: Conserved + hypothetical protein, member of family of Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins including Rv3447c, + Rv0284, Rv3870, Rv1783, Rv3871, Rv3894c, all linked to + ESAT-6 family genes. Probably ATP-binding membrane + proteins. Similar to C-terminal region of 006264|Rv3447c + (1236 aa), (36.2% identity in 930 aa overlap). Equivalent + to C-terminal region of Mycobacterium leprae hypothetical + protein Q9Z512|MLCB596.28|AL035472 (1345 aa), (87.8% + identity in 932 aa overlap); also similar to other + hypothetical proteins e.g. MLCB628.14 from Mycobacterium + leprae, (32.0% identity in 600 aa overlap); MLCB628.15 + from Mycobacterium leprae, (35.0% identity in 280 aa + overlap); and O86653|SC3C3.20|AL031231 ATP/GTP binding + protein from Streptomyces coelicolor (1321 aa), FASTA + scores: opt: 618, E(): 4.6e-30, (34.3% identity in 937 aa + overlap). Contains two times PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1783 and Rv1784 + exist as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a single base + transversion (a-t) leads to a single product. Protein + product from Mb1812 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1812 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccc5. esx-5 type vii + secretion system protein." + /protein_id="SIU00416.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZN3" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR023836" + /db_xref="InterPro:IPR023837" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN3" + /translation="MKRGFARPTPEKPPVIKPENIVLSTPLSIPPPEGKPWWLIVVGV + VVVGLLGGMVAMVFASGSHVFGGIGSIFPLFMMVGIMMMMFRGMGGGQQQMSRPKLDA + MRAQFMLMLDMLRETAQESADSMDANYRWFHPAPNTLAAAVGSPRMWERKPDGKDLNF + GVVRVGVGMTRPEVTWGEPQNMPTDIELEPVTGKALQEFGRYQSVVYNLPKMVSLLVE + PWYALVGEREQVLGLMRAIICQLAFSHGPDHVQMIVVSSDLDQWDWVKWLPHFGDSRR + HDAAGNARMVYTSVREFAAEQAELFAGRGSFTPRHASSSAQTPTPHTVIIADVDDPQW + EYVISAEGVDGVTFFDLTGSSMWTDIPERKLQFDKTGVIEALPRDRDTWMVIDDKAWF + FALTDQVSIAEAEEFAQKLAQWRLAEAYEEIGQRVAHIGARDILSYYGIDDPGNIDFD + SLWASRTDTMGRSRLRAPFGNRSDNGELLFLDMKSLDEGGDGPHGVMSGTTGSGKSTL + VRTVIESLMLSHPPEELQFVLADLKGGSAVKPFAGVPHVSRIITDLEEDQALMERFLD + ALWGEIARRKAICDSAGVDDAKEYNSVRARMRARGQDMAPLPMLVVVIDEFYEWFRIM + PTAVDVLDSIGRQGRAYWIHLMMASQTIESRAEKLMENMGYRLVLKARTAGAAQAAGV + PNAVNLPAQAGLGYFRKSLEDIIRFQAEFLWRDYFQPGVSIDGEEAPALVHSIDYIRP + QLFTNSFTPLEVSVGGPDIEPVVAQPNGEMLESDDIEGGEDEDEEGVRTPKVGTVIID + QLRKIKFEPYRLWQPPLTQPVAIDDLVNRFLGRPWHKEYGSACNLVFPIGIIDRPYKH + DQPPWTVDTSGPGANVLILGAGGSGKTTALQTLICSAALTHTPQQVQFYCLAYSSTAL + TTVSRIPHVGEVAGPTDPYGVRRTVAELLALVRERKRSFLECGIASMEMFRRRKFGGE + AGPVPDDGFGDVYLVIDNYRALAEENEVLIEQVNVIINQGPSFGVHVVVTADRESELR + PPVRSGFGSRIELRLAAVEDAKLVRSRFAKDVPVKPGRGMVAVNYVRLDSDPQAGLHT + LVARPALGSTPDNVFECDSVVAAVSRLTSAQAPPVRRLPARFGVEQVRELASRDTRQG + VGAGGIAWAISELDLAPVYLNFAENSHLMVTGRRECGRTTTLATIMSEIGRLYAPGAS + SAPPPAPGRPSAQVWLVDPRRQLLTALGSDYVERFAYNLDGVVAMMGELAAALAGREP + PPGLSAEELLSRSWWSGPEIFLIVDDIQQLPPGFDSPLHKAVPFVNRAADVGLHVIVT + RTFGGWSSAGSDPMLRALHQANAPLLVMDADPDEGFIRGKMKGGPLPRGRGLLMAEDT + GVFVQVAATEVRR" + gene complement(2018314..2019495) + /gene="cyp143" + /locus_tag="BQ2027_MB1813C" + CDS complement(2018314..2019495) + /gene="cyp143" + /locus_tag="BQ2027_MB1813C" + /note="Mb1813c, cyp143, len: 393 aa. Equivalent to + Rv1785c, len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 393 aa overlap). + Probable cyp143, cytochrome P450 (1.14.-.-), similar to + many e.g. AE0001|RZAE000101_4 Rhizobium sp. NGR234 (414 + aa), FASTA scores: opt: 663, E(): 0, (32.4% identity in + 413 aa overlap). Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine + heme-iron ligand signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 + FAMILY. Protein product from Mb1813c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1813c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 143 CYP143" + /protein_id="SIU00417.1" + /db_xref="GOA:P63724" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63724" + /translation="MTTPGEDHAGSFYLPRLEYSTLPMAVDRGVGWKTLRDAGPVVFM + NGWYYLTRREDVLAALRNPKVFSSRKALQPPGNPLPVVPLAFDPPEHTRYRRILQPYF + SPAALSKALPSLRRHTVAMIDAIAGRGECEAMADLANLFPFQLFLVLYGLPLEDRDRL + IGWKDAVIAMSDRPHPTEADVAAARELLEYLTAMVAERRRNPGPDVLSQVQIGEDPLS + EIEVLGLSHLLILAGLDTVTAAVGFSLLELARRPQLRAMLRDNPKQIRVFIEEIVRLE + PSAPVAPRVTTEPVTVGGMTLPAGSPVRLCMAAVNRDGSDAMSTDELVMDGKVHRHWG + FGGGPHRCLGSHLARLELTLLVGEWLNQIPDFELAPDYAPEIRFPSKSFALKNLPLRW + S" + gene 2019695..2019898 + /locus_tag="BQ2027_MB1814" + CDS 2019695..2019898 + /locus_tag="BQ2027_MB1814" + /note="Mb1814, -, len: 67 aa. Equivalent to Rv1786, len: + 67 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 67 aa overlap). Probable ferredoxin + (EC 1.-.-.-), similar to others e.g. X63601|FERS_STRGR + FERREDOXIN from Streptomyces griseus (65 aa), FASTA + scores: opt: 140, E(): 0.001, (38.1% identity in 63 aa + overlap); T50943 probable ferredoxin DitA from Pseudomonas + abietaniphila (78 aa); BAA84714.1|AB017795 ferredoxin from + Nocardioides sp. (69 aa); etc. Also similar to + Rv0763c|MTCY369.08 from Mycobacterium tuberculosis (68 + aa), FASTA score: (30.6% identity in 62 aa overlap); and + Rv0763c. Mb1814 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable ferredoxin" + /protein_id="SIU00418.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC4" + /translation="MKVRLDPSRCVGHAQCYAVDPDLFPIDDSGNSILAEHEVRPEDM + QLTRDGVAACPEMALILEEDDAD" + gene 2020168..2021262 + /gene="PPE25" + /locus_tag="BQ2027_MB1815" + CDS 2020168..2021262 + /gene="PPE25" + /locus_tag="BQ2027_MB1815" + /note="Mb1815, PPE25, len: 364 aa. Equivalent to Rv1787, + len: 365 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 365 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, similar to Z74024|MTCY274.24 Mycobacterium + tuberculosis cosmid (404 aa), FASTA scores: opt: 837, E(): + 0, (52.0% identity in 406 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 8 + bp to 5 bp substitution (agcccggt-ccggg), leads to a + slightly shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (364 aa versus 365 + aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe25" + /protein_id="SIU00419.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC3" + /translation="MDFGALPPEINSGRMYCGPGSGPMLAAAAAWDGVAVELGLAATG + YASVIAELTGAPWVGAASLSMVAAATPYVAWLSQAAARAEQAGMQAAAAAAAYEAAFV + MTVPPPVITANRVLVMTLIATNFFGQNSAAIAVAEAQYAEMWAQDAVAMYGYAAASAS + ASRLIPFAAPPKTTNSAGVVAQVAAVAAMPGLLQRLSSAASVSWSNPNDWWLVRLLGS + ITPTERTTIVRLLGQSYFATGMAQFFASIAQQLTFGPGGTTAGSGGAWYPTPQFAGLG + ASRAVSASLARANKIGALSVPPSWVKTTALTEPGAHAVSANPTVGSSHGPHGLLRGLP + LGSRITRRSGAFAHRYGFRHSVVARPPSAG" + gene 2021341..2021640 + /gene="PE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1816" + CDS 2021341..2021640 + /gene="PE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1816" + /note="Mb1816, PE18, len: 99 aa. Equivalent to Rv1788, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of gly-, ala-rich + proteins, similar to Z93777|MTCI364.07 Mycobacterium + tuberculosis cosmid (99 aa), FASTA scores: opt: 414, E(): + 3.6e-20, (72.4% identity in 98 aa overlap). Mb1816 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe18" + /protein_id="SIU00420.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB3" + /translation="MSFVTTQPEALAAAAGSLQGIGSALNAQNAAAATPTTGVVPAAA + DEVSALTAAQFAAHAQIYQAVSAQAAAIHEMFVNTLQMSSGSYAATEAANAAAAG" + gene 2021654..2022835 + /gene="PPE26" + /locus_tag="BQ2027_MB1817" + CDS 2021654..2022835 + /gene="PPE26" + /locus_tag="BQ2027_MB1817" + /note="Mb1817, PPE26, len: 393 aa. Equivalent to Rv1789, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 393 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, highly similar to others e.g.Z98268|MTCI125.26 + Mycobacterium tuberculosis cosmid (385 aa), FASTA score: + opt: 1283, E(): 0, (62.7% identity in 408 aa overlap). + Mb1817 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe26" + /protein_id="SIU00421.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZ96" + /translation="MDFGALPPEVNSVRMYAGPGSAPMVAAASAWNGLAAELSSAATG + YETVITQLSSEGWLGPASAAMAEAVAPYVAWMSAAAAQAEQAATQARAAAAAFEAAFA + ATVPPPLIAANRASLMQLISTNVFGQNTSAIAAAEAQYGEMWAQDSAAMYAYAGSSAS + ASAVTPFSTPPQIANPTAQGTQAAAVATAAGTAQSTLTEMITGLPNALQSLTSPLLQS + SNGPLSWLWQILFGTPNFPTSISALLTDLQPYASFFYNTEGLPYFSIGMGNNFIQAAK + TLGLIGSAAPAAVAAAGDAAKGLPGLGGMLGGGPVAAGLGNAASVGKLSVPPVWSGPL + PGSVTPGAAPLPVSTVSAAPEAAPGSLLGGLPLAGAGGAGAGPRYGFRPTVMARPPFA + G" + gene 2023289..2024341 + /gene="PPE27" + /locus_tag="BQ2027_MB1818" + CDS 2023289..2024341 + /gene="PPE27" + /locus_tag="BQ2027_MB1818" + /note="Mb1818, PPE27, len: 350 aa. Equivalent to Rv1790, + len: 350 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 350 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + protein, similar to Z74024|MTCY274.24 Mycobacterium + tuberculosis cosmid (404 aa), FASTA scores: opt: 849, E(): + 0, (50.0% identity in 406 aa overlap). Mb1818 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe27" + /protein_id="SIU00422.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB1" + /translation="MDFGALPPEINSGRMYCGPGSGPMLAAAAAWDGVAVELGLAATG + YASVIAELTGAPWVGAASLSMVAAATPYVAWLSQAAARAEQAGMQAAAAAAAYEAAFV + MTVPPPVITANRVLVMTLIATNFFGQNSAAIAVAEAQYAEMWAQDAVAMYGYAAASAS + ASRLIPFAAPPKTTNSAGVVAQAVASVSWSNPNDWWLVRLLGSITPTERTTIVRLLGQ + SYLATGMARFLTSIAQQLTFGPGGTTAGSGGAWYPTPQFAGLGAGPAVSASLARAEPV + GRLSVPPSWAVAAPAFAEKPEAGTPMSVIGEASSCGQGGLLRGIPLARAGRRTGAFAH + RYGFRHSVITRSPSAG" + gene 2024768..2025067 + /gene="PE19" + /locus_tag="BQ2027_MB1819" + CDS 2024768..2025067 + /gene="PE19" + /locus_tag="BQ2027_MB1819" + /note="Mb1819, PE19, len: 99 aa. Equivalent to Rv1791, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, but no glycine rich + C-terminus, highly similar to Z93777|MTCI364.07 + M.tuberculosis cosmid (99 aa) opt: 430 E(): 2.4e-21, + (75.5% identity in 98 aa overlap). Mb1819 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe19" + /protein_id="SIU00423.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H4" + /translation="MSFVTTQPEALAAAAANLQGIGTTMNAQNAAAAAPTTGVVPAAA + DEVSALTAAQFAAHAQMYQTVSAQAAAIHEMFVNTLVASSGSYAATEAANAAAAG" + gene 2025211..2025507 + /gene="esxM" + /locus_tag="BQ2027_MB1820" + CDS 2025211..2025507 + /gene="esxM" + /locus_tag="BQ2027_MB1820" + /standard_name="TB11.0; QILSS" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1820, esxM, len: 98 aa. Equivalent to Rv1792, + len: 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.0% identity in 98 aa overlap). esxM, conserved + hypothetical protein, member of Mycobacterium tuberculosis + QILSS familyof proteins, genes linked to those of ESAT-6 + family. Has in-frame stop codon at 18074, no error could + be found to account for this. Identical (apart from stop + codon) to P96363|Rv1038c|MTCY10G2.11 PUTATIVE ESAT-6 LIKE + PROTEIN 2 (98 aa), FASTA scores: opt: 389, E(): 5.8e-26, + (100.0% identity in 58 aa overlap). Also identical to + Rv1038c, Rv1197, and almost identical to Rv3620c and + Rv2347c. Similar protein present in Mycobacterium leprae + e.g. Q49946|MLCB1701.06C|AL049191 PUTATIVE ESAT-6 LIKE + PROTEIN X (95 aa), FASTA scores: opt: 343, E(): 1.6e-17, + (57.6% identity in 92 aa overlap). Mb1820 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxm" + /protein_id="SIU00424.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59805" + /translation="MASRFMTDPHAMRDMAGRFEVHAQTVEDEARRMWASAQNISGAG + WSGQAEATSLDTMTQMNQAFRNIVNMLHGVRDGLVRDANNYEQQEQASQQILSS" + gene 2025558..2025842 + /gene="esxN" + /locus_tag="BQ2027_MB1821" + CDS 2025558..2025842 + /gene="esxN" + /locus_tag="BQ2027_MB1821" + /standard_name="ES6_5; Mtb9.9A" + /note="Mb1821, esxN, len: 94 aa. Equivalent to Rv1793, + len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). esxN, putative ESAT-6 + like protein, conserved hypothetical protein, almost + identical to several hypothetical mycobacterial proteins + of the ESAT-6-like family including + P95242|Rv2346c|MTCY98.15C|Z83860 PUTATIVE ESAT-6 LIKE + PROTEIN 6 (94 aa), FASTA scores: opt: 610, E(): 0, (97.9 % + identity in 94 aa overlap); Rv3619c, Rv1037c, and Rv1198, + etc. Also present in Mycobacterium leprae. Protein product + from Mb1821 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1821 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative esat-6 like protein esxn (esat-6 like + protein 5)" + /protein_id="SIU00425.1" + /db_xref="GOA:P0A571" + /db_xref="InterPro:IPR009416" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A571" + /translation="MTINYQFGDVDAHGAMIRAQAASLEAEHQAIVRDVLAAGDFWGG + AGSVACQEFITQLGRNFQVIYEQANAHGQKVQAAGNNMAQTDSAVGSSWA" + gene 2025930..2026832 + /gene="espG5" + /locus_tag="BQ2027_MB1822" + CDS 2025930..2026832 + /gene="espG5" + /locus_tag="BQ2027_MB1822" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1822, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv1794, len: + 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, slight similarity to Mycobacterium + tuberculosis O53694|Rv0289|MTV035.17, (295 aa), FASTA + scores: opt: 172, E(): 0.00083, (25.7% identity in 261 aa + overlap). Equivalent to Mycobacterium leprae hypothetical + protein Q9Z5I1|MLCB596.31|AL035472 (300 aa), (88.0% + identity in 300 aa overlap). Contains PS00211 ABC + transporters family signature. Protein product from Mb1822 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb1822 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ESX-5 secretion-associated protein EspG5" + /protein_id="SIU00426.1" + /db_xref="InterPro:IPR025734" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP3" + /translation="MDQQSTRTDITVNVDGFWMLQALLDIRHVAPELRCRPYVSTDSN + DWLNEHPGMAVMREQGIVVNDAVNEQVAARMKVLAAPDLEVVALLSRGKLLYGVIDDE + NQPPGSRDIPDNEFRVVLARRGQHWVSAVRVGNDITVDDVTVSDSASIAALVMDGLES + IHHADPAAINAVNVPMEEMLEATKSWQESGFNVFSGGDLRRMGISAATVAALGQALSD + PAAEVAVYARQYRDDAKGPSASVLSLKDGSGGRIALYQQARTAGSGEAWLAICPATPQ + LVQVGVKTVLDTLPYGEWKTHSRV" + gene 2027104..2028615 + /gene="eccd5" + /locus_tag="BQ2027_MB1823" + CDS 2027104..2028615 + /gene="eccd5" + /locus_tag="BQ2027_MB1823" + /note="Mb1823, -, len: 503 aa. Equivalent to Rv1795, len: + 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 503 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein, has a hydrophilic stretch from ~1-130 + then very hydrophobic. Similar to several other + mycobacterial proteins, all linked to ESAT-6 family e.g. + Rv3887c|MTY15F10.24|Z94121 (509 aa), FASTA scores: opt: + 360, E(): 1.6e-15, (26.7% identity in 514 aa overlap); + Rv3448, and Rv0290. Protein product from Mb1823 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1823 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccd5. esx-5 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU00427.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZC1" + /db_xref="InterPro:IPR006707" + /db_xref="InterPro:IPR024962" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC1" + /translation="MTAVADAPQADIEGVASPQAVVVGVMAGEGVQIGVLLDANAPVS + VMTDPLLKVVNSRLRELGEAPLEATGRGRWALCLVDGAPLRATQSLTEQDVYDGDRLW + IRFIADTERRSQVIEHISTAVASDLSKRFARIDPIVAVQVGASMVATGVVLATGVLGW + WRWHHNTWLTTIYTAVIGVLVLAVAMLLLMRAKTDADRRVADIMLMSAIMPVTVAAAA + APPGPVGSPQAVLGFGVLTVAAALALRFTGRRLGIYTAIVIIDALTMLAALARMVAAT + SAVTLLSSLLLICVVAYHAAPALSRRLAGIRLPVFPSATSRWVFEARPDLPTTVVVSG + GSAPVLEGPSSVRDVLLQAERARSFLSGLLTGLGVMVVVCMTSLCDPHTGQRWLPLIL + AGFTSGFLLLRGRSYVDRWQSITLAGTAVIIAAAVCVRYALELSSPLAVSIVAAILVL + LPAAGMAAAAHVPHTIYSPLFRKFVEWIEYLCLMPIFPLALWLMNVYAAIRYR" + gene 2028593..2030350 + /gene="mycp5" + /locus_tag="BQ2027_MB1824" + CDS 2028593..2030350 + /gene="mycp5" + /locus_tag="BQ2027_MB1824" + /note="Mb1824, -, len: 585 aa. Equivalent to Rv1796, len: + 585 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 585 aa overlap). Conserved + hypothetical Pro-rich protease. Member of family with four + other Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteases + including Rv3886c|O05458|MTCY15F10.26|Z94121 (550 aa), + FASTA scores: opt: 1173, E(): 0, (47.9% identity in 578 aa + overlap); Rv0291, Rv3883c, and Rv3449. Genes all linked to + those of ESAT-6 family. Has possible N-terminal signal + peptide and hydrophobic anchor-like stretch at C-terminus. + Contains two serine protease, subtilase family active site + motifs: a aspartic acid active site motif (PS00136); and a + histidine active site motif (PS00137). Protein product + from Mb1824 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1824 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable proline rich membrane-anchored mycosin + mycp5 (serine protease) (subtilisin-like protease) + (subtilase-like) (mycosin-5)" + /protein_id="SIU00428.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZD8" + /db_xref="InterPro:IPR000209" + /db_xref="InterPro:IPR015500" + /db_xref="InterPro:IPR023827" + /db_xref="InterPro:IPR023834" + /db_xref="InterPro:IPR036852" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD8" + /translation="MQRFGTGSSRSWCGRAGTATIAAVLLASGALTGLPPAYAISPPT + IDPGALPPDGPPGPLAPMKQNAYCTEVGVLPGTDFQLQPKYMEMLNLNEAWQFGRGDG + VKVAVIDTGVTPHPRLPRLIPGGDYVMAGGDGLSDCDAHGTLVASMIAAVPANGAVPL + PSVPRRPVTIPTTETPPPPQTVTLSPVPPQTVTVIPAPPPEEGVPPGAPVPGPEPPPA + PGPQPPAVDRGGGTVTVPSYSGGRKIAPIDNPRNPHPSAPSPALGPPPDAFSGIAPGV + EIISIRQSSQAFGLKDPYTGDEDPQTAQKIDNVETMARAIVHAANMGASVINISDVMC + MSARNVIDQRALGAAVHYAAVDKDAVIVAAAGDGSKKDCKQNPIFDPLQPDDPRAWNA + VTTVVTPSWFHDYVLTVGAVDANGQPLSKMSIAGPWVSISAPGTDVVGLSPRDDGLIN + AIDGPDNSLLVPAGTSFSAAIVSGVAALVRAKFPELSAYQIINRLIHTARPPARGVDN + QVGYGVVDPVAALTWDVPKGPAEPPKQLSAPLVVPQPPAPRDMVPIWVAAGGLAGALL + IGGAVFGTATLMRRSRKQQ" + gene 2030347..2031567 + /gene="ecce5" + /locus_tag="BQ2027_MB1825" + CDS 2030347..2031567 + /gene="ecce5" + /locus_tag="BQ2027_MB1825" + /note="Mb1825, -, len: 406 aa. Equivalent to Rv1797, len: + 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to Mycobacterium + tuberculosis O05462|Rv3882c|MTCY15F10.30|Z94121 (462 aa), + FASTA scores: opt: 181, E(): 9.2e-05, (25.4% identity in + 283 aa overlap). Has hydrophobic stretch near N-terminus. + Protein product from Mb1825 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1825 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecce5. esx-5 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU00429.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZD1" + /db_xref="InterPro:IPR021368" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD1" + /translation="MKAQRSFGLALSWPRVTAVFLVDVLILAVASHCPDSWQADHHVA + WWVGVGVAAVVTLLSVVSYHGITVISGLATWVRDWSADPGTTLGAGCTPAIDHQRRFG + RDTVGVREYNGRLVSVIEVTCGESGPSGRHWHRKSPVPMLPVVAVADGLRQFDIHLDG + IDIVSVLVRGGVDAAKASASLQEWEPQGWKSEERAGDRTVADRRRTWLVLRMNPQRNV + AAVACRDSLASTLVAATERLVQDLDGQSCAARPVTADELTEVDSAVLADLEPTWSRPG + WRHLKHFNGYATSFWVTPSDITSETLDELCLPDSPEVGTTVVTVRLTTRVGSPALSAW + VRYHSDTRLPKEVAAGLNRLTGRQLAAVRASLPAPTHRPLLVIPSRNLRDHDELVLPV + GQELEHATSSFVGQ" + gene 2031564..2033396 + /gene="ecca5" + /locus_tag="BQ2027_MB1826" + CDS 2031564..2033396 + /gene="ecca5" + /locus_tag="BQ2027_MB1826" + /note="Mb1826, -, len: 610 aa. Equivalent to Rv1798, len: + 610 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 610 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several mycobacterial + proteins e.g. O05460|MTCY15F10.28|Rv3884c|Z94121 from M. + tuberculosis (619 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): 0, + (31.0% identity in 549 aa overlap); and + O33089|MLCB628.18c|Y14967 from Mycobacterium leprae (573 + aa), FASTA scores: opt: 723, E(): 0, (32.4% identity in + 568 aa overlap). Also very similar to Rv0282. May belong + to the CBXX/CFQX family as last ~320 aa domain very + similar to several family members. Contains + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop; PS00017). Protein + product from Mb1826 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1826 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecca5. esx-5 type vii + secretion system protein." + /protein_id="SIU00430.1" + /db_xref="GOA:P63745" + /db_xref="InterPro:IPR000641" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR023835" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041627" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63745" + /translation="MTRPQAAAEDARNAMVAGLLASGISVNGLQPSHNPQVAAQMFTT + ATRLDPKMCDAWLARLLAGDQSIEVLAGAWAAVRTFGWETRRLGVTDLQFRPEVSDGL + FLRLAITSVDSLACAYAAVLAEAKRYQEAAELLDATDPRHPFDAELVSYVRGVLYFRT + KRWPDVLAQFPEATQWRHPELKAAGAAMATTALASLGVFEEAFRRAQEAIEGDRVPGA + ANIALYTQGMCLRHVGREEEAVELLRRVYSRDAKFTPAREALDNPNFRLILTDPETIE + ARTDPWDPDSAPTRAQTEAARHAEMAAKYLAEGDAELNAMLGMEQAKKEIKLIKSTTK + VNLARAKMGLPVPVTSRHTLLLGPPGTGKTSVARAFTKQLCGLTVLRKPLVVETSRTK + LLGRYMADAEKNTEEMLEGALGGAVFFDEMHTLHEKGYSQGDPYGNAIINTLLLYMEN + HRDELVVFGAGYAKAMEKMLEVNQGLRRRFSTVIEFFSYTPQELIALTQLMGRENEDV + ITEEESQVLLPSYTKFYMEQSYSEDGDLIRGIDLLGNAGFVRNVVEKARDHRSFRLDD + EDLDAVLASDLTEFSEDQLRRFKELTREDLAEGLRAAVAEKKTK" + gene 2034023..2034214 + /gene="lppT" + /locus_tag="BQ2027_MB1827" + CDS 2034023..2034214 + /gene="lppT" + /locus_tag="BQ2027_MB1827" + /note="Mb1827, lppT, len: 63 aa. Equivalent to Rv1799, + len: 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Probable lppT + lipoprotein, has possible signal peptide and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Mb1827 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPPT" + /protein_id="SIU00431.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZB0" + /translation="MSVKSKNGRLAARVLVALAALFAMIALTGSACLAEGPPLGRNPQ + GAPAPVGGTVIVAPMHSGV" + gene 2034317..2036284 + /gene="PPE28" + /locus_tag="BQ2027_MB1828" + CDS 2034317..2036284 + /gene="PPE28" + /locus_tag="BQ2027_MB1828" + /note="Mb1828, PPE28, len: 655 aa. Equivalent to Rv1800, + len: 655 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 655 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, C-terminal very similar to parts of PE proteins + e.g. Z92770|MTCI5.25|Rv0151c (588 aa), FASTA scores: opt: + 1269, E(): 0, (41.5% identity in 591 aa overlap). Mb1828 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe28" + /protein_id="SIU00432.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC0" + /translation="MLPNFAVLPPEVNSARVFAGAGSAPMLAAAAAWDDLASELHCAA + MSFGSVTSGLVVGWWQGSASAAMVDAAASYIGWLSTSAAHAEGAAGLARAAVSVFEEA + LAATVHPAMVAANRAQVASLVASNLFGQNAPAIAALESLYEWMWAQDAAAMAGYYVGA + SAVATQLASWLQRLQSIPGAASLDARLPSSAEAPMGVVRAVNSAIAANAAAAQTVGLV + MGGSGTPIPSARYVELANALYMSGSVPGVIAQALVTPQGLYPVVVIKNLTFDSSVAQG + AVILESAIRQQIAAGNNVTVFGYSQSATISSLVMANLAASADPPSPDELSFTLIGNPN + NPNGGVATRFPGISFPSLGVTATGATPHNLYPTKIYTIEYDGVADFPRYPLNFVSTLN + AIAGTYYVHSNYFILTPEQIDAAVPLTNTVGPTMTQYYIIRTENLPLLEPLRSVPIVG + NPLANLVQPNLKVIVNLGYGDPAYGYSTSPPNVATPFGLFPEVSPVVIADALAAGTQQ + GIGDFAYDVSHLELPLPADGSTMPSTAPGSGTPVPPLSIDSLIDDLQVANRNLANTIS + KVAATSYATVLPTADIANAALTIVPSYNIHLFLEGIQQALKGDPMGLVNAVGYPLAAD + VALFTAAGGLQLLIIISAGRTIANDISAIVP" + gene 2036865..2038136 + /gene="PPE29" + /locus_tag="BQ2027_MB1829" + CDS 2036865..2038136 + /gene="PPE29" + /locus_tag="BQ2027_MB1829" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1829, PPE29, len: 423 aa. Equivalent to Rv1801, + len: 423 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 423 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, most similar to AL022021|MTV049.29|Rv1808 (409 + aa), FASTA scores: opt: 1229, E(): 0, (55.2% identity in + 422 aa overlap). TBparse score is 0.927." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe29" + /protein_id="SIU00433.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I6" + /translation="MDFGLLPPEINSGRMYTGPGPGPMLAAATAWDGLAVELHATAAG + YASELSALTGAWSGPSSTSMASAAAPYVAWMSATAVHAELAGAQARLAIAAYEAAFAA + TVPPPVIAANRAQLMVLIATNIFGQNTPAIMMTEAQYMEMWAQDAAAMYGYAGSSATA + SRMTAFTEPPQTTNHGQLGAQSSAVAQTAATAAGGNLQSAFPQLLSAVPRALQGLALP + TASQSASATPQWVTDLGNLSTFLGGAVTGPYTFPGVLPPSGVPYLLGIQSVLVTQNGQ + GVSALLGKIGGKPITGALAPLAEFALHTPILGSEGLGGGSVSAGIGRAGLVGKLSVPQ + GWTVAAPEIPSPAAALQATRLAAAPIAATDGAGALLGGMALSGLAGRAAAGSTGHPIG + SAAAPAVGAAAAAVEDLATEANIFVIPAMDD" + gene 2038248..2039639 + /gene="PPE30" + /locus_tag="BQ2027_MB1830" + CDS 2038248..2039639 + /gene="PPE30" + /locus_tag="BQ2027_MB1830" + /note="Mb1830, PPE30, len: 463 aa. Equivalent to Rv1802, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 463 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, most similar to AL022021|MTV049.30|Rv1809 (468 + aa), FASTA scores: opt: 1238, E(): 0, (51.0% identity in + 471 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe30" + /protein_id="SIU00434.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A693" + /translation="MDFGVLPPEINSGRMYAGPGSGPMLAAAAAWDGLATELQSTAAD + YGSVISVLTGVWSGQSSGTMAAAAAPYVAWMSATAALAREAAAQASAAAAAYEAAFAA + TVPPPVVAANRAELAVLAATNIFGQNTGAIAAAEARYAEMWAQDAAAMYGYAGSSSVA + TQVTPFAAPPPTTNAAGLATQGVAVAQAVGASAGNARSLVSEVLEFLATAGTNYNKTV + ASLMNAVTGVPYASSVYNSMLGLGFAESKMVLPANDTVISTIFGMVQFQKFFNPVTPF + NPDLIPKSALGAGLGLRSAISSGLGSTAPAISAGASQAGSVGGMSVPPSWAAATPAIR + TVAAVFSSTGLQAVPAAAISEGSLLSQMALASVAGGALGGAAARATGGFLGGGRVTAV + KKSLKDSDSPDKLRRVVAHMMEKPESVQHWHTDEDGLDDLLAELKKKPGIHAVHMAGG + NKAEIAPTISESG" + gene complement(2039787..2041409) + /gene="PE_PGRS32b" + /locus_tag="BQ2027_MB1831C" + CDS complement(2039787..2041409) + /gene="PE_PGRS32b" + /locus_tag="BQ2027_MB1831C" + /note="Mb1831c, PE_PGRS32b, len: 540 aa. Equivalent to 3' + end of Rv1803c, len: 639 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 540 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins. Most similar + to Rv1768|MTCY28.34|Z95890 (618 aa), FASTA scores: opt: + 1827, E(): 0, (53.5% identity in 664 aa overlap). Contains + two PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases signatures + 1. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS32 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base transition (c-t) splits PE_PGRS32 into 2 parts, + PE_PGRS32a and PE_PGRS32b, with PE_PGRS32a being + truncated. Mb1831c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00435.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE5" + /translation="MQIVGQTALDAINSPVQTLTGRPLIGNGANGVAGTGQNGGDGGW + LYGNGGNGGSGGTGQNGGNGGSAGLWGSGGNGGQGGAGANGAAGQPGKAGGSGGNGGA + GGWIYGHGGHGGAGGNGGNATAPGGASAGFDGGAGGNGGSGGRGGLLFGNGGNGSVGG + MGGQGTNDTAGDSAGSGGLGGNGGNGAQGGWLIGNGGQGGDSGAGGGTDSTQTGVMNG + ASGGSAGIAGNGGDAGLVGNGGAGGNGGNGAAGSALGTTIFGGSGGVGGSGGDGGNGG + WLFGSGASGGNGGQGGDAGTNGFAGFGGSAGGGGWVGAVNFGPISVQGFGLFGHGGDG + GNGGDVGAGSLSIQFGASGGDGGQGGVLYGNGGNGGNAGSGGGTGFEGSAGQGGAAIL + IGNGGAGGNGATGGTGVGNIIQEAGGDGSDGGAGGSGGLLFGSGGAGGIGGAGGVGGS + GNDGGNGGDGGQGGASGLGIGNGGPGGSGGTGGAGGTGGSAGTGGAGGDGGNAALLIG + TGGDGGDGVPPAPGGQGGKGGLIGLPGQNGQP" + gene complement(2041443..2041706) + /gene="PE_PGRS32a" + /locus_tag="BQ2027_MB1832C" + CDS complement(2041443..2041706) + /gene="PE_PGRS32a" + /locus_tag="BQ2027_MB1832C" + /note="Mb1832c, PE_PGRS32a, len: 87 aa. Equivalent to 5' + end of Rv1803c, len: 639 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 87 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins. Most similar + to Rv1768|MTCY28.34|Z95890 (618 aa), FASTA scores: opt: + 1827, E(): 0, (53.5% identity in 664 aa overlap). Contains + two PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases signatures + 1. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS32 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base transition (c-t) splits PE_PGRS32 into 2 parts, + PE_PGRS32a and PE_PGRS32b, with PE_PGRS32a being + truncated. Mb1832c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00436.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZQ3" + /translation="MWTSQMIVAPAFVDAAAKDLATIGSAISRANAEALVPITALLPA + GADDVSAAIAALFATHGQAYQELSAHAVAFHEQFVQLMSAGAA" + gene complement(2041887..2042213) + /locus_tag="BQ2027_MB1833C" + CDS complement(2041887..2042213) + /locus_tag="BQ2027_MB1833C" + /note="Mb1833c, -, len: 108 aa. Equivalent to Rv1804c, + len: 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 108 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + Mycobacterium tuberculosis proteins that may be exported + (hydrophobic stretch at N-terminus) e.g. + O07222|Rv1810|MTCY16F9.04C|Z96073 (118 aa), FASTA scores: + opt: 361, E(): 2.3e-19, (53.5% identity in 101 aa + overlap); Rv0622, Rv1690, and Rv3067, etc. Mb1833c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00437.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD2" + /translation="MRVVSTLLSIPLMIGLAVPAHAGPSGDDAVFLASLERAGITYSH + PDQAIASGKAVCALVESGESGLQVVNELRTRNPGFSMDGCCKFAAISAHVYCPHQITK + TSVSAK" + gene complement(2042551..2042898) + /locus_tag="BQ2027_MB1834C" + CDS complement(2042551..2042898) + /locus_tag="BQ2027_MB1834C" + /note="Mb1834c, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv1805c, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00438.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZF2" + /translation="MTASVVATSRERHSHKAAKQRACEITDFEPEGRFRVRKRRRGRI + GTKRSSISDTDYRRDSFRSHLLTAGAHGDADAQHKGMTAQQTTELGTPLVRALAPHGV + SGRSSRKPLGLNP" + gene 2042936..2043235 + /gene="PE20" + /locus_tag="BQ2027_MB1835" + CDS 2042936..2043235 + /gene="PE20" + /locus_tag="BQ2027_MB1835" + /note="Mb1835, PE20, len: 99 aa. Equivalent to Rv1806, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of gly-, ala-rich + proteins, most similar to Rv1788|MTV049.10|AL022021 (99 + aa), FASTA scores: opt: 334, E(): 4.7 e-15, (59.8% + identity in 97 aa overlap). Mb1835 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe20" + /protein_id="SIU00439.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE2" + /translation="MAFVLVCPDALAIAAGQLRHVGSVIAARNAVAAPATAELAPAAA + DEVSALTATQFNFHAAMYQAVGAQAIAMNEAFVAMLGASADSYAATEAANIIAVS" + gene 2043250..2044461 + /gene="PPE31" + /locus_tag="BQ2027_MB1836" + CDS 2043250..2044461 + /gene="PPE31" + /locus_tag="BQ2027_MB1836" + /note="Mb1836, PPE31, len: 403 aa. Equivalent to Rv1807, + len: 399 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99% identity in 399 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, most similar to Rv1789|MTV049.11|AL022021 (393 + aa), FASTA scores: opt: 1169, E(): 0, (49.5% identity in + 399 aa overlap). Start site changed since original genome + assembly submission" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe31" + /protein_id="SIU00440.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE3" + /translation="MTAALDFATLPPEINSARMYSGAGSAPMLAAASAWHGLSAELRA + SALSYSSVLSTLTGEEWHGPASASMTAAAAPYVAWMSVTAVRAEQAGAQAEAAAAAYE + AAFAATVPPPVIEANRAQLMALIATNVLGQNAPAIAATEAQYAEMWSQDAMAMYGYAG + ASAAATQLTPFTEPVQTTNASGLAAQSAAIAHATGASAGAQQTTLSQLIAAIPSVLQG + LSSSTAATSASGPSGLLGILGSGSSWLDKLWALLDPNSNFWNTIASSGLFLPSNTIAP + FLGLLGGVAAADAAGDVLGEATSGGLGGALVAPLGSAGGLGGTVAAGLGNAATVGTLS + VPPSWTAAAPLASPLGSALGGTPMVAPPPAVAAGMPGMPFGTMGGQGFGRAVPQYGFR + PNFVARPPAAG" + gene 2044785..2046014 + /gene="PPE32" + /locus_tag="BQ2027_MB1837" + CDS 2044785..2046014 + /gene="PPE32" + /locus_tag="BQ2027_MB1837" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1837, PPE32, len: 409 aa. Equivalent to Rv1808, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 409 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, most similar to Rv1800|MTV049.22|AL022021 (655 + aa), FASTA scores: opt: 1225, E(): 0, (55.1% identity in + 423 aa overlap). Contains PS00343 Gram-positive cocci + surface proteins 'anchoring' hexapeptide. TBparse score is + 0.919. Protein product from Mb1837 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1837 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe32" + /protein_id="SIU00441.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZC6" + /translation="MDFGALPPEINSGRMYAGPGSGPLLAAAAAWDALAAELYSAAAS + YGSTIEGLTVAPWMGPSSITMAAAVAPYVAWISVTAGQAEQAGAQAKIAAGVYETAFA + ATVPPPVIEANRALLMSLVATNIFGQNTPAIAATEAHYAEMWAQDAAAMYGYAGSSAT + ASQLAPFSEPPQTTNPSATAAQSAVVAQAAGAAASSDITAQLSQLISLLPSTLQSLAT + TATATSASAGWDTVLQSITTILANLTGPYSIIGLGAIPGGWWLTFGQILGLAQNAPGV + AALLGPKAAAGALSPLAPLRGGYIADITPLGGGATGGIARAIYVGSLSVPQGWAEAAP + VMRAVASVLPGTGAAPALAAEAPGALFGEMALSSLAGRALAGTAVRSGAGAARVAGGS + VTEDVASTTTIIVIPAD" + gene 2046146..2046709 + /gene="PPE33a" + /locus_tag="BQ2027_MB1838" + CDS 2046146..2046709 + /gene="PPE33a" + /locus_tag="BQ2027_MB1838" + /note="Mb1838, PPE33a, len: 187 aa. Equivalent to 5' end + of Rv1809, len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 187 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of + glycine-rich proteins, most similar to + RV1802AL022021|MTV049.23 (463 aa), FASTA scores: opt: + 1238, E(): 0, (51.2% identity in 471 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE33 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + transition (c-t) splits PPE33 into 2 parts, PPE33a and + PPE33b, with PPE33a being truncated. Mb1838 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00442.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD0" + /translation="MDFGLQPPEITSGEMYLGPGAGPMLAAAVAWDGLAAELQSMAAS + YASIVEGMASESWLGPSSAGMAAAAAPYVTWMSGTSAQAKAAADQARAAVVAYETAFA + AVVPPPQIAANRSQLISLVATNIFGQNTAAIAATEAEYGEMWAQDTMAMFGYASSSAT + ASRLTPFTAPPQTTNPSGLAGQAAATG" + gene 2046710..2047558 + /gene="PPE33b" + /locus_tag="BQ2027_MB1839" + /pseudo + CDS 2046710..2047558 + /gene="PPE33b" + /locus_tag="BQ2027_MB1839" + /note="Mb1839, PPE33b, len: 282 aa. Equivalent to 3' end + of Rv1809, len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (). Member of the Mycobacterium tuberculosis + PPE family of glycine-rich proteins, most similar to + RV1802AL022021|MTV049.23 (463 aa), FASTA scores: opt: + 1238, E(): 0, (51.2% identity in 471 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE33 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + transition (c-t), splits PPE33 into 2 parts, PPE33a and + PPE33b, with PPE33a being truncated. Mb1839 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing.;PPE FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene 2047797..2048153 + /locus_tag="BQ2027_MB1840" + CDS 2047797..2048153 + /locus_tag="BQ2027_MB1840" + /note="Mb1840, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv1810, len: + 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + Mycobacterium tuberculosis proteins that may be exported + (possible N-terminal signal sequence) e.g. + O53953|Rv1804c|MTV049.26c|AL022021 (108 aa), FASTA scores: + opt: 361, E(): 9.6e-17, (53.5% identity in 101 aa + overlap); Rv0622, and Rv1690, etc. Protein product from + Mb1840 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1840 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00444.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J6" + /translation="MQLQRTMGQCRPMRMLVALLLSAATMIGLAAPGKADPTGDDAAF + LAALDQAGITYADPGHAITAAKAMCGLCANGVTGLQLVADLRDYNPGLTMDSAAKFAA + IASGAYCPEHLEHHPS" + gene 2048307..2049011 + /gene="mgtC" + /locus_tag="BQ2027_MB1841" + CDS 2048307..2049011 + /gene="mgtC" + /locus_tag="BQ2027_MB1841" + /note="Mb1841, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv1811, len: + 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Possible mgtC, + magnesium (Mg2+) transport P-type ATPase C (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.1), highly similar to many e.g. + NP_442124.1|NC_000911 Mg2+ transport ATPase from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (234 aa); + NP_251248.1|NC_002516 probable transport protein from + Pseudomonas aeruginosa (230 aa); P22037|ATMC_SALTY|STM3764 + magnesium transport ATPase protein C from Salmonella + typhimurium (231 aa), FASTA scores: opt: 545, E(): + 4.1e-30, (42.3% identity in 220 aa overlap); N-terminus of + NP_213315.1|NC_000918 Mg(2+) transport ATPase from Aquifex + aeolicus (225 aa); etc. BELONGS TO THE MGTC / SAPB + FAMILY,Mb1841 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE Mg2+ TRANSPORT P-TYPE ATPASE C MGTC" + /protein_id="SIU00445.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y076" + /db_xref="InterPro:IPR003416" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y076" + /translation="MQTLTVADFALRLAVGVGCGAIIGLERQWRARMAGLRTNALVAT + GATLFVLYAVATEDSSPTRVASYVVSGIGFLGGGVILREGFNVRGLNTAATLWCSAAV + GVLAASGHLVFTLIGTGTIVAVHLLGRPLGRLVDRDNAVEDEGLQPYQVRVICRPKAE + TYVRAHIVQRTSSNDITLRGIRTGPAGDDNITLTAHLLMVGHTPAKLERLVAELSLQP + GVYAVHWYAGEHAQAE" + gene complement(2049021..2050223) + /locus_tag="BQ2027_MB1842C" + CDS complement(2049021..2050223) + /locus_tag="BQ2027_MB1842C" + /note="Mb1842c, -, len: 400 aa. Equivalent to Rv1812c, + len: 400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 400 aa overlap). Probable dehydrogenase + (EC 1.-.-.-), similar to other dehydrogenases/oxidases + e.g. AE001947|AE001947_10 NADH dehydrogenase II of + Deinococcus radiodurans (379 aa), FASTA scores: opt: 404, + E(): 3.4e-18, (26.4% identity in 363 aa overlap) and + DHNA_HAEIN|P44856 nadh dehydrogenase (EC 1.6.99.3) (444 + aa), FASTA scores: opt: 200, E(): 8.5e-06, (23.3% identity + in 258 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical dehydrogenases Rv0392c, and + Rv1854c|MTCY359.19 ndh probable NADH dehydrogenase (31.5% + identity in 321 aa overlap). Protein product from Mb1842c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1842c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU00446.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZF5" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZF5" + /translation="MTRVVVIGSGFAGLWAALGAARRLDELAVPAGTVDVMVVSNKPF + HDIRVRNYEADLSACRIPLGDVLGPAGVAHVTAEVTAIDADGRRVTTSTGASYSYDRL + VLASGSHVVKPALPGLAEFGFDVDTYDGAVRLQQHLQGLAGGPLTSAAATVVVVGAGL + TGIETACELPGRLHALFARGDGVTPRVVLIDHNPFVGSDMGLSARPVIEQALLDNGVE + TRTGVSVAAVSPGGVTLSSGERLAAATVVWCAGMRASRLTEQLPVARDRLGRLQVDDY + LRVIGVPAMFAAGDVAAARMDDEHLSVMSCQHGRPMGRYAGCNVINDLFDQPLLALRI + PWYVTVLDLGSAGAVYTEGWERKVVSQGAPAKTTKQSINTRRIYPPLNGSRADLLAAA + APRVQPRP" + gene complement(2050545..2050976) + /locus_tag="BQ2027_MB1843C" + CDS complement(2050545..2050976) + /locus_tag="BQ2027_MB1843C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1843c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv1813c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Possibly a exported protein with + potential N-terminal signal sequence. Similar to + Q11050|Rv1269c|MTCY50.13 hypothetical protein from + Mycobacterium tuberculosis (124 aa), (42.7% identity in + 143 aa overlap). Protein product from Mb1843c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1843c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIU00447.1" + /db_xref="GOA:P64890" + /db_xref="InterPro:IPR025240" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64890" + /translation="MITNLRRRTAMAAAGLGAALGLGILLVPTVDAHLANGSMSEVMM + SEIAGLPIPPIIHYGAIAYAPSGASGKAWHQRTPARAEQVALEKCGDKTCKVVSRFTR + CGAVAYNGSKYQGGTGLTRRAAEDDAVNRLEGGRIVNWACN" + gene 2051385..2052287 + /gene="erg3" + /locus_tag="BQ2027_MB1844" + CDS 2051385..2052287 + /gene="erg3" + /locus_tag="BQ2027_MB1844" + /note="Mb1844, erg3, len: 300 aa. Equivalent to Rv1814, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). erg3, transmembrane + C-5 sterol desaturase (EC 1.3.-.-) (see *), weak + similarity to several e.g. ERG3_YEAST|P32353 c-5 sterol + desaturase (365 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.0011, + (22.9% identity in 288 aa overlap). BELONGS TO THE STEROL + DESATURASE FAMILY. [* note work of Jackson, C.J., Lamb, + D.C., Kelly, D.E., Kelly, S.L., Characterization of a + sterol delta 5,6-desaturase homolog in Mycobacterium bovis + (BCG). Submitted (JUN-2000) to the EMBL/GenBank/DDBJ + databases]. Mb1844 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MEMBRANE-BOUND C-5 STEROL DESATURASE ERG3 + (STEROL-C5-DESATURASE)" + /protein_id="SIU00448.1" + /db_xref="GOA:P68434" + /db_xref="InterPro:IPR006694" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68434" + /translation="MRDPVLFAIPCFLLLLILEWTAARKLESIETAATGQPRPASGAY + LTRDSVASISMGLVSIATTAGWKSLALLGYAAIYAYLAPWQLSAHRWYTWVIAIVGVD + LLYYSYHRIAHRVRLIWATHQAHHSSEYFNFATALRQKWNNSGEILMWVPLPLMGLPP + WMVFCSWSLNLIYQFWVHTERIDRLPRWFEFVFNTPSHHRVHHGMDPVYLDKNYGGIL + IIWDRLFGSFQPELFRPHYGLTKRVDTFNIWKLQTREYVAIVRDWRSATRLRDRLGYV + FGPPGWEPRTIDKSNAAASLVTSR" + gene 2052392..2053057 + /locus_tag="BQ2027_MB1845" + CDS 2052392..2053057 + /locus_tag="BQ2027_MB1845" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1845, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv1815, len: + 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 221 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to G473456 hypothetical protein from + Mycobacterium fortuitum (255 aa), FASTA scores: opt: 182, + E(): 3.2e-05, (29.6% identity in 230 aa overlap). Mb1845 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00449.1" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59981" + /translation="MVRLVPRAFAATVALLAAGFSPATASADPVLVFPGMEIRQDNHV + CTLGYVDPALKIAFTAGHCRGGGAVTSRDYKVIGHLRAFRDNTPSGSTVATHELIADY + EAIVLADDVTASNILPSGRALESRPGVVLHPGQAVCHFGVSTGETCGTVESVNNGWFT + MSHGVLSEKGDSGGPVYLAPDGGPAQIVGIFNSVWGGFPAAVSWRSTSEQVHADLGVT + PLA" + gene 2053120..2053824 + /locus_tag="BQ2027_MB1846" + CDS 2053120..2053824 + /locus_tag="BQ2027_MB1846" + /note="Mb1846, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv1816, len: + 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein. MEME analysis suggests + similarity to putative Mycobacterium tuberculosis + transcriptional regulators, Rv0653c, Rv0681. Contains + helix-turn-helix motif at aa 38-59 (+4.30 SD). Protein + product from Mb1846 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1846 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00450.1" + /db_xref="GOA:P67439" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR025996" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67439" + /translation="MCQTCRVGKRRDAREQIEAKIVELGRRQLLDHGAAGLSLRAIAR + NLGMVSSAVYRYVSSRDELLTLLLVDAYSDLADTVDRARDDTVADSWSDDVIAIARAV + RGWAVTNPARWALLYGSPVPGYHAPPDRTAGVATRVVGAFFDAIAAGIATGDIRLTDD + VAPQPMSSDFEKIRQEFGFPGDDRVVTKCFLLWAGVVGAISLEVFGQYGADMLTDPGV + VFDAQTRLLVAVLAEH" + gene 2054305..2054385 + /locus_tag="BQ2027_MB1847" + CDS 2054305..2054385 + /locus_tag="BQ2027_MB1847" + /note="Mb1847, -, len: 26 aa. Equivalent to Rv1816A, len: + 26 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 26 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Mb1847 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00451.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZE9" + /translation="MSRAGDDAVGVPPACGGRSDDEERRQ" + gene 2054459..2055922 + /locus_tag="BQ2027_MB1848" + CDS 2054459..2055922 + /locus_tag="BQ2027_MB1848" + /note="Mb1848, -, len: 487 aa. Equivalent to Rv1817, len: + 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 487 aa overlap). Possible + flavoprotein, similar to G746486 flavoprotein subunit of + fumarate reductase fad domain homologue (474 aa), FASTA + scores: opt: 223, E(): 5.7e-07, (24.1% identity in 489 aa + overlap); and AJ236923|SFR236923_3 soluble fumarate + reductase of Shewanella frigidimarina ifcA (588 aa), FASTA + scores: opt: 310, E(): 2.5e-11, (27.3% identity in 484 aa + overlap). Mb1848 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FLAVOPROTEIN" + /protein_id="SIU00452.1" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD7" + /translation="MSTDIPATVSAETVTSWSDDVDVTVIGFGIAGGCAAVSAAAAGA + RVLVLERAAAAGGTTALAGGHFYLGGGTTVQLATGHPDSPEEMYKYLVAVSREPDHDK + IRAYCDGSVEHFNWLEGLGFQFERSYFPGKAVIQPNTEGLMFTGNEKVWPFLELAVPA + PRGHKVPVPGDTGGAAMVIDLLLKRAASLGIQIRYETGATELIVDGTGKVTGVMWKRF + SETGAIKAKSVIIAAGGFVMNPDMVAKYTPKLAEKPFVLGNTYDDGLGIRLGVSAGGA + TQHMDQMFITAPPYPPSILLTGIIVNKLGQRFVAEDSYHSRTAGFIMEQPDSAAYLIV + DEAHLEHPKMPLVPLIDGWETVVEMEAALGIPPGNLAATLDRYNAYAARGADPDFHKQ + PEFLAAQDNGPWGAFDMSLGKAMYAGFTLGGLATSVDGQVLRDDGAVVAGLYAVGACA + SNIAQDGKGYASGTQLGEGSFFGRRAGAHAAARAQGM" + gene complement(2056042..2057547) + /gene="PE_PGRS33" + /locus_tag="BQ2027_MB1849C" + CDS complement(2056042..2057547) + /gene="PE_PGRS33" + /locus_tag="BQ2027_MB1849C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1849c, PE_PGRS33, len: 501 aa. Equivalent to + Rv1818c, len: 498 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 501 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins (see first citation), + similar to many. Contains 2 x PS00583 pfkB family of + carbohydrate kinases signature 1. Supposed localised to + the cell surface. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 9 bp insertion (*-gccgccggc), leads + to a longer product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (501 aa versus 498 + aa). Mb1849c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs33" + /protein_id="SIU00453.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZD5" + /translation="MSFVVTIPEALAAVATDLAGIGSTIGTANAAAAVPTTTVLAAAA + DEVSAAMAALFSGHAQAYQALSAQAALFHEQFVRALTAGAGSYAAAEAASAAPLEGVL + DVINAPALALLGRPLIGNGANGAPGTGANGGDGGILIGNGGAGGSGAAGMPGGNGGAA + GLFGNGGAGGAGGNVASGTAGFGGAGGAGGLLYGAGGAGGAGGRAGGGVGGIGGAGGA + GGNGGLLFGAGGAGSVGGLAADAGDGGAGGDGGLFFGVGGAGGAGGTGTNVTGGAGGA + GGNGGLLFGAGGVGGVGGDGVAFLGTAPGGPGGAGGAGGLFGVGGAGGAGGIGLVGNG + GAGGSGGSALLWGDGGAGGAGGVGSTTGGAGGAGGNAGLLVGAGGAGGAGALGGGATG + VGGAGGNGGTAGLLFGAGGAGGAGGFGFGGAGGAGGLGGKAGLIGDGGDGGAGGNGTG + AKGGDGGAGGGAILVGNGGNGGNAGSGTPNGSAGTGGAGGLLGKNGMNGLP" + gene complement(2057682..2059601) + /gene="baca" + /locus_tag="BQ2027_MB1850C" + CDS complement(2057682..2059601) + /gene="baca" + /locus_tag="BQ2027_MB1850C" + /note="Mb1850c, -, len: 639 aa. Equivalent to Rv1819c, + len: 639 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 639 aa overlap). Probable + drugs-transport transmembrane ATP-binding protein ABC + transporter (see citation below), equivalent to + AL008609|MLCB1788.47 hypothetical ABC transporter from + Mycobacterium leprae (638 aa), (74.9% identity in 634 aa + overlap). Also similar to other transmembrane ATP-binding + proteins e.g. Q57335|Y036_HAEIN hypothetical ABC + transporter ATP-binding protein from Haemophilus + influenzae (592 aa), FASTA scores: opt: 1235, E(): + 2.8e-61, (40.8% identity in 623 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00211 + ABC transporters family signature. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb1850c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1850c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable drug-transport transmembrane + atp-binding protein abc transporter baca" + /protein_id="SIU00454.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1K9" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011527" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036640" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1K9" + /translation="MGPKLFKPSIDWSRAFPDSVYWVGKAWTISAICVLAILVLLRYL + TPWGRQFWRITRAYFVGPNSVRVWLMLGVLLLSVVLAVRLNVLFSYQGNDMYTALQKA + FEGIASGDGTVKRSGARGFWMSIGVFSVMAVLHVTRVMADIYLTQRFIIAWRVWLTHH + LTQDWLDGRAYYRDLFIDETIDNPDQRIQQDVDIFTAGAGGTPNAPSNGTASTLLFGA + VQSIISVISFTAILWNLSGTLNIFGVSIPRAMFWTVLVYVFVATVISFIIGRPLIWLS + FRNEKLNAAFRYALVRLRDAAEAVGFYRGERVEGTQLQRRFTPVIDNYRRYVRRSIAF + NGWNLSVSQTIVPLPWVIQAPRLFAGQIDFGDVGQTATSFGNIHDSLSFFRNNYDAFA + SFRAAIIRLHGLVDANEKGRALPAVLTRPSDDESVELNDIEVRTPAGDRLIDPLDVRL + DRGGSLVITGRSGAGKTTLLRSLAELWPYASGTLHRPGGENETMFLSQLPYVPLGTLR + DVVCYPNSAAAIPDATLRDTLTKVALAPLCDRLDEERDWAKVLSPGEQQRVAFARILL + TKPKAVFLDESTSALDTGLEFALYQLLRSELPDCIVVSVSHRPALERLHENQLELLGG + GQWRLAPVEAAPAEV" + gene 2059672..2061315 + /gene="ilvG" + /locus_tag="BQ2027_MB1851" + CDS 2059672..2061315 + /gene="ilvG" + /locus_tag="BQ2027_MB1851" + /note="Mb1851, ilvG, len: 547 aa. Equivalent to Rv1820, + len: 547 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 547 aa overlap). Probable ilvG, + acetolactate synthase (EC 4.1.3.18). Equivalent to + AL008609|MLCB1788.46c ilvG from Mycobacterium leprae (548 + aa) (86.1% identity in 548 aa overlap). Similar to + ILVB_KLEPN|P27696 (559 aa), FASTA scores: opt: 660, E(): + 2.9e-34, (29.1% identity in 549 aa overlap). Also similar + to other Mycobacterium tuberculosis Ilv proteins e.g. + Rv3003c (ilvB), etc. Contains PS00187 Thiamine + pyrophosphate enzymes signature. Protein product from + Mb1851 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1851 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Acetolactate synthase ilvG + (Acetohydroxy-acid synthase)(ALS)" + /protein_id="SIU00455.1" + /db_xref="GOA:P66947" + /db_xref="InterPro:IPR000399" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR012000" + /db_xref="InterPro:IPR012001" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66947" + /translation="MSTDTAPAQTMHAGRLIARRLKASGIDTVFTLSGGHLFSIYDGC + REEGIRLIDTRHEQTAAFAAEGWSKVTRVPGVAALTAGPGITNGMSAMAAAQQNQSPL + VVLGGRAPALRWGMGSLQEIDHVPFVAPVARFAATAQSAENAGLLVDQALQAAVSAPS + GVAFVDFPMDHAFSMSSDNGRPGALTELPAGPTPAGDALDRAAGLLSTAQRPVIMAGT + NVWWGHAEAALLRLVEERHIPVLMNGMARGVVPADHRLAFSRARSKALGEADVALIVG + VPMDFRLGFGGVFGSTTQLIVADRVEPAREHPRPVAAGLYGDLTATLSALAGSGGTDH + QGWIEELATAETMARDLEKAELVDDRIPLHPMRVYAELAALLERDALVVIDAGDFGSY + AGRMIDSYLPGCWLDSGPFGCLGSGPGYALAAKLARPQRQVVLLQGDGAFGFSGMEWD + TLVRHNVAVVSVIGNNGIWGLEKHPMEALYGYSVVAELRPGTRYDEVVRALGGHGELV + SVPAELRPALERAFASGLPAVVNVLTDPSVAYPRRSNLA" + gene 2061330..2063756 + /gene="secA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1852" + CDS 2061330..2063756 + /gene="secA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1852" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1852, secA2, len: 808 aa. Equivalent to Rv1821, + len: 808 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 808 aa overlap). Possible secA2, + preprotein translocase, component of secretion apparatus, + similar to several preprotein translocases e.g. + P28366|SECA_BACSU preprotein translocase secA subunit from + Bacillus subtilis (841 aa), FASTA scores: opt: 1424, E(): + 0, (35.9% identity in 786 aa overlap). Equivalent to + AL008609|MLCB1788.45 Preprotein translocase SecA 2 from + Mycobacterium leprae (778 aa) (87.1% identity in 780 aa + overlap). Also similar to Rv3240c|MTCY20B11.15c secA + preprotein translocase from Mycobacterium tuberculosis + (949 aa). COULD BE PART OF THE PROKARYOTIC PROTEIN + TRANSLOCATION APPARATUS WHICH COMPRISE SECA|Rv3240c, + SECD|Rv2587c, SECE|Rv0638, SECF|Rv2586c, SECG|Rv1440 AND + SECY|Rv0732. Protein product from Mb1852 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1852 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible preprotein translocase atpase seca2" + /protein_id="SIU00456.1" + /db_xref="GOA:P66786" + /db_xref="InterPro:IPR000185" + /db_xref="InterPro:IPR011115" + /db_xref="InterPro:IPR011116" + /db_xref="InterPro:IPR011130" + /db_xref="InterPro:IPR014018" + /db_xref="InterPro:IPR020937" + /db_xref="InterPro:IPR026389" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036266" + /db_xref="InterPro:IPR036670" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66786" + /translation="MNVHGCPRIAACRCTDTHPRGRPAFAYRWFVPKTTRAQPGRLSS + RFWRLLGASTEKNRSRSLADVTASAEYDKEAADLSDEKLRKAAGLLNLDDLAESADIP + QFLAIAREAAERRTGLRPFDVQLLGALRMLAGDVIEMATGEGKTLAGAIAAAGYALAG + RHVHVVTINDYLARRDAEWMGPLLDAMGLTVGWITADSTPDERRTAYDRDVTYASVNE + IGFDVLRDQLVTDVNDLVSPNPDVALIDEADSVLVDEALVPLVLAGTTHRETPRLEII + RLVAELVGDKDADEYFATDSDNRNVHLTEHGARKVEKALGGIDLYSEEHVGTTLTEVN + VALHAHVLLQRDVHYIVRDDAVHLINASRGRIAQLQRWPDGLQAAVEAKEGIETTETG + EVLDTITVQALINRYATVCGMTGTALAAGEQLRQFYQLGVSPIPPNKPNIREDEADRV + YITTAAKNDGIVEHITEVHQRGQPVLVGTRDVAESEELHERLVRRGVPAVVLNAKNDA + EEARVIAEAGKYGAVTVSTQMAGRGTDIRLGGSDEADHDRVAELGGLHVVGTGRHHTE + RLDNQLRGRAGRQGDPGSSVFFSSWEDDVVAANLDHNKLPMATDENGRIVSPRTGSLL + DHAQRVAEGRLLDVHANTWRYNQLIAQQRAIIVERRNTLLRTVTAREELAELAPKRYE + ELSDKVSEERLETICRQIMLYHLDRGWADHLAYLADIRESIHLRALGRQNPLDEFHRM + AVDAFASLAADAIEAAQQTFETANVLDHEPGLDLSKLARPTSTWTYMVNDNPLSDDTL + SALSLPGVFR" + gene 2063953..2064582 + /gene="pgsA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1853" + CDS 2063953..2064582 + /gene="pgsA2" + /locus_tag="BQ2027_MB1853" + /note="Mb1853, pgsA2, len: 209 aa. Equivalent to Rv1822, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Probable pgsA2, + CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate + 3-phosphatidyl-transferase (EC 2.7.8.5) (see citation + below), integral membrane protein, equivalent to + AL008609|MLCB1788_17 phosphatidyltransferase from + Mycobacterium leprae (206 aa), FASTA score: (76.6% + identity in 205 aa overlap). Also highly similar or + similar to others e.g. CAB88885.1|AL353861 putative + CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate + 3-phosphatidyl-transferase from Streptomyces coelicolor + (215 aa); AAC44003.1|U29587 phosphatidylglycerol phosphate + synthase from Rhodobacter sphaeroides (227 aa); + NP_405431.1|NC_003143 + CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate + 3-phosphatidyltransferase from Yersinia pestis (182 aa); + P06978|PGSA_ECOLI CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate + 3-phosphatidyltransferase from Escherichia coli (181 aa), + FASTA scores: opt: 252, E(): 2.8e-09, (29.7% identity in + 175 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2746c|PGSA3|MTV002.11c + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE (PGP SYNTHASE) from + Mycobacterium tuberculosis (209 aa). Contains PS00379 + CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature; and + PS00075 Dihydrofolate reductase signature. BELONGS TO THE + CDP-ALCOHOL PHOSPHATIDYLTRANSFERASE CLASS-I FAMILY. + Protein product from Mb1853 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1853 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE PGSA2 (PGP SYNTHASE) + (PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE) + (3-PHOSPHATIDYL-1'-GLYCEROL-3'PHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00457.1" + /db_xref="GOA:P63754" + /db_xref="InterPro:IPR000462" + /db_xref="InterPro:IPR004570" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63754" + /translation="MEPVLTQNRVLTVPNMLSVIRLALIPAFVYVVLSAHANGWGVAI + LVFSGVSDWADGKIARLLNQSSRLGALLDPAVDRLYMVTVPIVFGLSGIVPWWFVLTL + LTRDALLAGTLPLLWSRGLSALPVTYVGKAATFGFMVGFPTILLGQCDPLWSHVLLAC + GWAFLIWGMYAYLWAFVLYAVQMTMVVRQMPKLKGRAHRPAAQNAGERG" + gene 2064575..2065498 + /locus_tag="BQ2027_MB1854" + CDS 2064575..2065498 + /locus_tag="BQ2027_MB1854" + /note="Mb1854, -, len: 307 aa. Equivalent to Rv1823, len: + 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 307 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to P71582|MTCY10H4.12|RV0012 + hypothetical protein CY10H4.12 from Mycobacterium + tuberculosis (262 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): + 1.5e-12, (30.1% identity in 246 aa overlap). Protein + product from Mb1854 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1854 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0749 protein Rv1823" + /protein_id="SIU00458.1" + /db_xref="GOA:P64892" + /db_xref="InterPro:IPR010273" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64892" + /translation="MAESDRLLGGYDPNAGYSAHAGAQPQRIPVPSLLRALLSEHLDA + GYAAVAAERERAAAPRCWQARAVSWMWQALAATLVAAVFAAAVAQARSVAPGVRAAQQ + LLVASVRSTQAAATTLAQRRSTLSAKVDDVRRIVLADDAEGQRLLARLDVLSLAAASA + PVVGPGLTVTVTDPGASPNLSDVSKQRVSGSQQIILDRDLQLVVNSLWESGAEAISID + GVRIGPNVTIRQAGGAILVDNNPTSSPYTILAVGPPHAMQDVFDRSAGLYRLRLLETS + YGVGVSVNVGDGLALPAGATRDVKFAKQIGP" + gene 2065527..2065892 + /locus_tag="BQ2027_MB1855" + CDS 2065527..2065892 + /locus_tag="BQ2027_MB1855" + /note="Mb1855, -, len: 121 aa. Equivalent to Rv1824, len: + 121 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 121 aa overlap). Conserved + hypothetical membrane protein similar to P28265|SBP_BACSU + sbp protein from Bacillus subtilis (121 aa), FASTA scores: + opt: 261, E(): 1.9e-12, (38.9% identity in 113 aa + overlap). Mb1855 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Small basic protein Sbp" + /protein_id="SIU00459.1" + /db_xref="GOA:P64894" + /db_xref="InterPro:IPR009709" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64894" + /translation="MGSDTAWSPARMIGIAALAVGIVLGLVFHPGVPEVIQPYLPIAV + VAALDAVFGGLRAYLERIFDPKVFVVSFVFNVLVAALIVYVGDQLGVGTQLSTAIIVV + LGIRIFGNTAALRRRLFGA" + gene 2065909..2066787 + /locus_tag="BQ2027_MB1856" + CDS 2065909..2066787 + /locus_tag="BQ2027_MB1856" + /note="Mb1856, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv1825, len: + 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 292 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weak similarity to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins + Q50610|MTCY1A11.20C|Rv1823|Z78020 (307 aa), FASTA scores: + opt: 182, E(): 0.00044, (29.9% identity in 204 aa + overlap); and Rv0012. Has a hydrophobic stretch, TMhelix + from aa 67 to 85 Protein product from Mb1856 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1856 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0749 protein Rv1825" + /protein_id="SIU00460.1" + /db_xref="GOA:P64896" + /db_xref="InterPro:IPR010273" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64896" + /translation="MSENRPEPVAAETSAATTARHSQADAGAHDAVRRGRHELPADHP + RSKVGPLRRTRLTEILRGGRSRLVFGTLAILLCLVLGVAIVTQVRQTDSGDSLETARP + ADLLVLLDSLRQREATLNAEVIDLQNTLNALQASGNTDQAALESAQARLAALSILVGA + VGATGPGVMITIDDPGPGVAPEVMIDVINELRAAGAEAIQINDAHRSVRVGVDTWVVG + VPGSLTVDTKVLSPPYSILAIGDPPTLAAAMNIPGGAQDGVKRVGGRMVVQQADRVDV + TALRQPKQHQYAQPVK" + gene 2066825..2067229 + /gene="gcvH" + /locus_tag="BQ2027_MB1857" + CDS 2066825..2067229 + /gene="gcvH" + /locus_tag="BQ2027_MB1857" + /note="Mb1857, gcvH, len: 134 aa. Equivalent to Rv1826, + len: 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 134 aa overlap). Probable gcvH, glycine + cleavage system H protein, highly similar to + GCSH_ECOLI|P23884 glycine cleavage system H protein from + Escherichia coli (129 aa), FASTA scores: opt: 428, E(): + 2.2e-22, (47.8% identity in 134 aa overlap). Equivalent to + MLCB1788.37c gcvH from Mycobacterium leprae (78.4% + identity in 134 aa overlap). Contains PS00189 2-oxo acid + dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding + site. BELONGS TO THE GCVH FAMILY. Protein product from + Mb1857 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1857 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM H PROTEIN GCVH" + /protein_id="SIU00461.1" + /db_xref="GOA:Q7TZG8" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR002930" + /db_xref="InterPro:IPR003016" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR017453" + /db_xref="InterPro:IPR033753" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZG8" + /translation="MSDIPSDLHYTAEHEWIRRSGDDTVRVGITDYAQSALGDVVFVQ + LPVIGTAVTAGETFGEVESTKSVSDLYAPISGKVSAVNSDLDGTPQLVNSDPYGAGWL + LDIQVDSSDVAALESALTTLLDAEAYRGTLTE" + gene 2067469..2067957 + /gene="garA" + /locus_tag="BQ2027_MB1858" + CDS 2067469..2067957 + /gene="garA" + /locus_tag="BQ2027_MB1858" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1858, cfp17, len: 162 aa. Equivalent to Rv1827, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). cfp17, conserved + hypothetical protein (see citation below), equivalent to + O32919|MLCB1788.36c hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (162 aa), FASTA scores: opt: 888, + E(): 0, (87.0% identity in 161 aa overlap). Protein + product from Mb1858 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1858 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glycogen accumulation regulator GarA" + /protein_id="SIU00462.1" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="PDB:2KKL" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64898" + /translation="MTDMNPDIEKDQTSDEVTVETTSVFRADFLSELDAPAQAGTESA + VSGVEGLPPGSALLVVKRGPNAGSRFLLDQAITSAGRHPDSDIFLDDVTVSRRHAEFR + LENNEFNVVDVGSLNGTYVNREPVDSAVLANGDEVQIGKFRLVFLTGPKQGEDDGSTG + GP" + gene 2067954..2068697 + /locus_tag="BQ2027_MB1859" + CDS 2067954..2068697 + /locus_tag="BQ2027_MB1859" + /note="Mb1859, -, len: 247 aa. Equivalent to Rv1828, len: + 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O32918|MLCB1788.35c|AL008609 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA scores: opt: 1397, + E(): 0, (87.6% identity in 251 aa overlap). Protein + product from Mb1859 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1859 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, MerR family" + /protein_id="SIU00463.1" + /db_xref="GOA:P67670" + /db_xref="InterPro:IPR000551" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67670" + /translation="MSAPDSPALAGMSIGAVLDLLRPDFPDVTISKIRFLEAEGLVTP + RRASSGYRRFTAYDCARLRFILTAQRDHYLPLKVIRAQLDAQPDGELPPFGSPYVLPR + LVPVAGDSAGGVGSDTASVSLTGIRLSREDLLERSEVADELLTALLKAGVITTGPGGF + FDEHAVVILQCARALAEYGVEPRHLRAFRSAADRQSDLIAQIAGPLVKAGKAGARDRA + DDLAREVAALAITLHTSLIKSAVRDVLHR" + gene 2068816..2069310 + /locus_tag="BQ2027_MB1860" + CDS 2068816..2069310 + /locus_tag="BQ2027_MB1860" + /note="Mb1860, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv1829, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 164 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to O32917|MLCB1788.34|AL008609 + Hypothetical protein from Mycobacterium leprae (164 aa), + FASTA scores: opt: 1011, E(): 0, (95.1% identity in 164 aa + overlap). Also present in Aquifex aeolicus, etc. Protein + product from Mb1860 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1860 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00464.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1L8" + /db_xref="InterPro:IPR003729" + /db_xref="InterPro:IPR036104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1L8" + /translation="MGEVRVVGIRVEQPQNQPVLLLREANGDRYLPIWIGQSEAAAIA + LEQQGVEPPRPLTHDLIRDLIAALGHSLKEVRIVDLQEGTFYADLIFDCNIKVSARPS + DSVAIALRVGVPIYVEEAVLAQAGLLIPDESDEEATTAVREDEVEKFKEFLDSVSPDD + FKAT" + gene 2069602..2070279 + /locus_tag="BQ2027_MB1861" + CDS 2069602..2070279 + /locus_tag="BQ2027_MB1861" + /note="Mb1861, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv1830, len: + 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 225 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Mycobacterium leprae + hypothetical protein MLCB1788.33c|AL008609|O32916 (231 + aa), FASTA scores: opt: 1307, E(): 0, (89.6% identity in + 231 aa overlap). Protein product from Mb1861 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1861 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted transcriptional regulators" + /protein_id="SIU00465.1" + /db_xref="GOA:P67672" + /db_xref="InterPro:IPR000551" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67672" + /translation="MTQLVTRARSARGSTLGEQPRQDQLDFADHTGTAGDGNDGAAAA + SGPVQPGLFPDDSVPDELVGYRGPSACQIAGITYRQLDYWARTSLVVPSIRSAAGSGS + QRLYSFKDILVLKIVKRLLDTGISLHNIRVAVDHLRQRGVQDLANITLFSDGTTVYEC + TSAEEVVDLLQGGQGVFGIAVSGAMRELTGVIADFHGERADGGESIAAPEDELASRRK + HRDRKIG" + gene 2070332..2070589 + /locus_tag="BQ2027_MB1862" + CDS 2070332..2070589 + /locus_tag="BQ2027_MB1862" + /note="Mb1862, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv1831, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1862 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00466.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64900" + /translation="MRLCVCSAVDWTTHRSSAGEFCGCQLRTPKEQYLSVNLSGTRTA + RDYDASGKRWRPLAVLTRRWGKAIHLTVDRVAESLRRLACR" + gene 2070638..2073463 + /gene="gcvB" + /locus_tag="BQ2027_MB1863" + CDS 2070638..2073463 + /gene="gcvB" + /locus_tag="BQ2027_MB1863" + /note="Mb1863, gcvB, len: 941 aa. Equivalent to Rv1832, + len: 941 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 941 aa overlap). Probable gcvB, glycine + dehydrogenase [decarboxylating] (EC 1.4.4.2), highly + similar to GCSP_ECOLI|P33195 glycine dehydrogenase + (decarboxylating) from Escherichia coli (957 aa), FASTA + scores: opt: 2194, E(): 0, (55.4% identity in 961 aa + overlap). THE GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM IS COMPOSED OF FOUR + PROTEINS: P, T, L, AND H. Protein product from Mb1863 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1863 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable glycine dehydrogenase gcvB (Glycine + decarboxylase) (Glycine cleavage system P-protein)" + /protein_id="SIU00467.1" + /db_xref="GOA:Q7VET8" + /db_xref="InterPro:IPR003437" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR020581" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VET8" + /translation="MSDHSTFADRHIGLDSQAVATMLAVIGVDSLDDLAVKAVPAGIL + DTLTDTGAAPGLDSLPPAASEAEALAELRALADANTVAVSMIGQGYYDTHTPPVLLRN + IIENPAWYTAYTPYQPEISQGRLEALLNFQTLVTDLTGLEIANASMLDEGTAAAEAMT + LMHRAARGPVKRVVVDADVFTQTAAVLATRAKPLGIEIVTADLRAGLPDGEFFGAIAQ + LPGASGRITDWSALVQQAHDRGALVAVGADLLALTLIAPPGEIGADVAFGTTQRFGVP + MGFGGPHAGYLAVHAKHARQLPGRLVGVSVDSDGTPAYRLALQTREQHIRRDKATSNI + CTAQVLLAVLAAMYASYHGAGGLTAIARRVHAHAEAIAGALGDALVHDKYFDTVLARV + PGRADEVLARAKANGINLWRVDADHVSVACDEATTDTHVAVVLDAFGVAAAAPAHADI + ATRTSEFLTHPAFTQYRTETSMMRYLRALADKDIALDRSMIPLGSCTMKLNAAAEMES + ITWPEFGRQHPFAPASDTAGLRQLVADLQSWLVLITGYDAVSLQPNAGSQGEYAGLLA + IHEYHASRGEPHRDICLIPSSAHGTNAASAALAGMRVVVVDCHDNGDVDLDDLRAKVG + EHAERLSALMITYPSTHGVYEHDIAEICAAVHDAGGQVYVDGANLNALVGLARPGKFG + GDVSHLNLHKTFCIPHGGGGPGVGPVAVRAHLAPFLPGHPFAPELPKGYPVSSAPYGS + ASILPITWAYIRMMGAEGLRAASLTAITSANYIARRLDEYYPVLYTGENGMVAHECIL + DLRGITKLTGITVDDVAKRLADYGFHAPTMSFPVAGTLMVEPTESESLAEVDAFCEAM + IGIRAEIDKVGAGEWPVDDNPLRGAPHTAQCLLASDWDHPYTREQAAYPLGTAFRPKV + WPAVRRIDGAYGDRNLVCSCPPVEAFA" + gene complement(2073690..2074550) + /locus_tag="BQ2027_MB1864C" + CDS complement(2073690..2074550) + /locus_tag="BQ2027_MB1864C" + /note="Mb1864c, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv1833c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Possible haloalkane + dehalogenase (EC 3.8.1.5). Similar to several haloalkane + dehalogenase e.g. CAB45532.1|AJ243259 from Mycobacterium + bovis (300 aa); also similar to LINB_PSEPA|P51698 + 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadien from Pseudomonas + paucimobilis (295 aa), FASTA scores: opt: 314, E(): + 1.5e-13, (33.1% identity in 281 aa overlap). Protein + product from Mb1864c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1864c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible haloalkane dehalogenase" + /protein_id="SIU00468.1" + /db_xref="GOA:P64304" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR023489" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64304" + /translation="MSIDFTPDPQLYPFESRWFDSSRGRIHYVDEGTGPPILLCHGNP + TWSFLYRDIIVALRDRFRCVAPDYLGFGLSERPSGFGYQIDEHARVIGEFVDHLGLDR + YLSMGQDWGGPISMAVAVERADRVRGVVLGNTWFWPADTLAMKAFSRVMSSPPVQYAI + LRRNFFVERLIPAGTEHRPSSAVMAHYRAVQPNAAARRGVAEMPKQILAARPLLARLA + REVPATLGTKPTLLIWGMKDVAFRPKTIIPRLSATFPDHVLVELPNAKHFIQEDAPDR + IAAAIIERFG" + gene 2074591..2075457 + /gene="lipz" + /locus_tag="BQ2027_MB1865" + CDS 2074591..2075457 + /gene="lipz" + /locus_tag="BQ2027_MB1865" + /note="Mb1865, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv1834, len: + 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 288 aa overlap). Probable hydrolase (EC + 3.-.-.-), some similarity to haloalkane dehalogenases and + D16262 hypothetical 38.9 kd protein (335 aa), FASTA + scores: opt: 507, E(): 7.6e-28, (33.0% identity in 300 aa + overlap). Mb1865 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable hydrolase" + /protein_id="SIU00469.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ0" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ0" + /translation="MTSPSVREWRDGGRWLPTAVGKVFVRSGPGDTPTMLLLHGYPSS + SFDFRAVIPHLTGQAWVTMDFLGFGLSDKPRPHRYSLLEQAHLVETVVAHTVTGAVVV + LAHDMGTSVTTELLARDLDGRLPFDLRRAVLSNGSVILERASLRPIQKVLRSPLGPVA + ARLVSRGGFTRGFGRIFSPAHPLSAQEAQAQWELLCYNDGNRIPHLLISYLDERIRHA + QRWHGAVRDWPKPLGFVWGLDDPVATTNVLNGLRELRPSAAVVELPGLGHYPQAEAPK + AYAEAALSLLVD" + gene complement(2075462..2077348) + /locus_tag="BQ2027_MB1866C" + CDS complement(2075462..2077348) + /locus_tag="BQ2027_MB1866C" + /note="Mb1866c, -, len: 628 aa. Equivalent to Rv1835c, + len: 628 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 628 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to putative acylases + e.g. G216374 glutaryl 7-aca acylase precursor (634 aa) + FASTA scores, opt: 202, E(): 3.5e-06, (25.1% identity in + 669 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Rv2800 and Rv1215c. + Protein product from Mb1866c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1866c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted acyl esterases" + /protein_id="SIU00470.1" + /db_xref="GOA:P0A5F6" + /db_xref="InterPro:IPR000383" + /db_xref="InterPro:IPR005674" + /db_xref="InterPro:IPR008979" + /db_xref="InterPro:IPR013736" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5F6" + /translation="MTRRGGSDAAWYSAPDQRSAYPRYRGMRYSSCYVTMRDGVRIAI + DLYLPAGLTSAARLPAILHQTRYYRSLQLRWPLRMLLGGKPLQHIAADKRRRRRFVAS + GYAWVDVDVRGSGASFGARVCEWSSDEIRDGAEIVDWIVRQPWCNGTVAALGNSYDGT + SAELLLVNQHPAVRVIAPCFSLFDVYTDIAFPGGIHAAWFTDTWGRYNEALDRNALHE + VVGWWAKLPVTGMQPVQEDRDRSLRDGAIAAHRGNYDVHQIAGSLTFRDDVSASDPYR + GQPDARLEPIGTPIESGSINLISPHNYWRDVQASGAAIYSYSGWFDGGYAHAAIKRFL + TVSTPGSHLILGPWNHTGGWRVDPLRGLSRPDFDHDGELLRFIDHHVKGADTGIGSEP + PVHYFTMVENRWKSADTWPPPATTQSYYLSADRQLRPDAPDCDSGADEYVVDQTAGTG + ERSRWRSQVGIGGHVCYPDRKAQDAKLLTYTSAPLDHPLEVTGHVVVTLFITSTSSDG + TFFVYLEDVDPRGRVAYITEGQLRAIHRRLSDGPPPYRQVVPYRTFASGDAWPLVPGE + IARLTFDLLPTSYLFQPGHRIRIAIAGADASHFAILPGCAPTVRVYRSRMHASRIDLP + VIQP" + gene complement(2077364..2079397) + /locus_tag="BQ2027_MB1867C" + CDS complement(2077364..2079397) + /locus_tag="BQ2027_MB1867C" + /note="Mb1867c, -, len: 677 aa. Equivalent to Rv1836c, + len: 677 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 677 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to MLCB1788.28|AL008609 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (710 aa), FASTA scores: + opt: 2938, E(): 0, (66.0% identity in 714 aa overlap). + Contains PS00036 bZIP transcription factors basic domain + signature. Protein product from Mb1867c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1867c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Von Willebrand factor (vWF) type A + domain-containing protein" + /protein_id="SIU00471.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZG5" + /db_xref="InterPro:IPR002035" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZG5" + /translation="MGRHSKPDPEDSVDDLSDGHAAEQQHWEDISGSYDYPGVDQPDD + GPLSSEGHYSAVGGYSASGSEDYPDIPPRPDWEPTGAEPIAAAPPPLFRFGHRGPGDW + QAGHRSADGRRGVSIGVIVALVAVVVMVAGVILWCFFGDALSNRSHTAAARCVGGKDT + VAVIADPSIADQVKESADSYNASAGPVGDRCVAVAVTSAGSDAVINGFIGKWPTELGG + QPGLWIPSSSISAARLTGAAGSQAISDSRSLVISPVLLAVRPELQQALANQNWAALPG + LQTNPNSLSGLDLPAWGSLRLAMPSSGNGDAAYLAGEAVAAASAPAGAPATAGIGAVR + TLMGARPKLADDSLTAAMDTLLKPGDVATAPVHAVVTTEQQLFQRGQSLSDAENTLGS + WLPPGPAAVADYPTVLLSGAWLSQEQTSAASAFARYLHKPEQLAKLARAGFRVSDVKP + PSSPVTSFPALPSTLSVGDDSMRATLADTMVTASAGVAATIMLDQSMPNDEGGNSRLS + NVVAALENRIKAMPPSSVVGLWTFDGREGRTEVPAGPLADPVNGQPRPAALTAALGKQ + YSSGGGAVSFTTLRLIYQEMLANYHVGQANSVLVITAGPHTDQTLDGPGLQDFIRKSA + DPAKPIAVNIIDFGADPDRATWEAVAQLSGGSYQNLETSASPDLATAVNIFLS" + gene complement(2079517..2081742) + /gene="glcB" + /locus_tag="BQ2027_MB1868C" + CDS complement(2079517..2081742) + /gene="glcB" + /locus_tag="BQ2027_MB1868C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1868c, glcB, len: 741 aa. Equivalent to Rv1837c, + len: 741 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 741 aa overlap). Probable glcB, malate + synthase G (EC 4.1.3.2) (see citations below), highly + similar to MASY_CORGL|P42450 malate synthase (738 aa), + FASTA score: opt: 2961, E(): 0, (61.3% identity in 724 aa + overlap). BELONGS TO THE MALATE SYNTHASE G FAMILY. Protein + product from Mb1868c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1868c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="malate synthase g glcb" + /protein_id="SIU00472.1" + /db_xref="GOA:P0A5J5" + /db_xref="InterPro:IPR001465" + /db_xref="InterPro:IPR006253" + /db_xref="InterPro:IPR011076" + /db_xref="InterPro:IPR023310" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5J5" + /translation="MTDRVSVGNLRIARVLYDFVNNEALPGTDIDPDSFWAGVDKVVA + DLTPQNQALLNARDELQAQIDKWHRRRVIEPIDMDAYRQFLTEIGYLLPEPDDFTITT + SGVDAEITTTAGPQLVVPVLNARFALNAANARWGSLYDALYGTDVIPETDGAEKGPTY + NKVRGDKVIAYARKFLDDSVPLSSGSFGDATGFTVQDGQLVVALPDKSTGLANPGQFA + GYTGAAESPTSVLLINHGLHIEILIDPESQVGTTDRAGVKDVILESAITTIMDFEDSV + AAVDAADKVLGYRNWLGLNKGDLAAAVDKDGTAFLRVLNRDRNYTAPGGGQFTLPGRS + LMFVRNVGHLMTNDAIVDTDGSEVFEGIMDALFTGLIAIHGLKASDVNGPLINSRTGS + IYIVKPKMHGPAEVAFTCELFSRVEDVLGLPQNTMKIGIMDEERRTTVNLKACIKAAA + DRVVFINTGFLDRTGDEIHTSMEAGPMVRKGTMKSQPWILAYEDHNVDAGLAAGFSGR + AQVGKGMWTMTELMADMVETKIAQPRAGASTAWVPSPTAATLHALHYHQVDVAAVQQG + LAGKRRATIEQLLTIPLAKELAWAPDEIREEVDNNCQSILGYVVRWVDQGVGCSKVPD + IHDVALMEDRATLRISSQLLANWLRHGVITSADVRASLERMAPLVDRQNAGDVAYRPM + APNFDDSIAFLAAQELILSGAQQPNGYTEPILHRRRREFKARAAEKPAPSDRAGDDAA + R" + gene complement(2082018..2082413) + /gene="vapc13" + /locus_tag="BQ2027_MB1869C" + CDS complement(2082018..2082413) + /gene="vapc13" + /locus_tag="BQ2027_MB1869C" + /note="Mb1869c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv1838c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Part of 14-membered Mycobacterium + tuberculosis protein family with Rv2863|MTV003.09|AL008883 + (126 aa), FASTA scores: opt: 293, E(): 1.5e-14, (38.2% + identity in 123 aa overlap); Rv0749, Rv0277c, Rv2530c, + etc. Also similar to AJ248288|CNSPAX06_181 Pyrococcus + abyssi complete genome (136 aa), FASTA scores: opt: 197, + E(): 2.2e-07, (33. 1% identity in 133 aa overlap). Protein + product from Mb1869c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1869c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc13" + /protein_id="SIU00473.1" + /db_xref="GOA:P64902" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64902" + /translation="MILVDSNIPMYLVGASHPHKLDAQRLLESALSGGERLVTDAEVL + QEICHRYVAIKRREAIQPAFDAIIGVVDEVLPIERTDVEHARDALLRYQTLSARDALH + IAVMAHHDITRLMSFDRGFDSYPGIKRLA" + gene complement(2082410..2082673) + /gene="vapb13" + /locus_tag="BQ2027_MB1870C" + CDS complement(2082410..2082673) + /gene="vapb13" + /locus_tag="BQ2027_MB1870C" + /note="Mb1870c, -, len: 87 aa. Equivalent to Rv1839c, len: + 87 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 87 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity to G217008 CHO-ORF1 (279 aa), + FASTA scores: opt: 86, E(): 13, (38.7% identity in 62 aa + overlap). Mb1870c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb13" + /protein_id="SIU00474.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1M5" + /translation="MSKRLQVLLDPDEWEELREIARRHRTTVSEWVRRTLREAREREP + RGDLDMKLRSVRAAARHEFPTADVEQMLEEIERGRGAEREGSR" + gene complement(2082732..2084132) + /gene="PE_PGRS34" + /locus_tag="BQ2027_MB1871C" + CDS complement(2082732..2084132) + /gene="PE_PGRS34" + /locus_tag="BQ2027_MB1871C" + /note="Mb1871c, PE_PGRS34, len: 466 aa. Similar to + Rv1840c, len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (90.485% identity in 515 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to many e.g. + Y03A_MYCTU|Q10637 hypothetical glycine-rich 49.6 kd + protein (603 aa), FASTA scores: opt: 1693, E(): 0, (53.1% + identity in 612 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, an + in-frame deletion of 147 bp leads to a longer protein + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (466 aa versus 518 aa). Mb1871c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs34" + /protein_id="SIU00475.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0B4" + /translation="MSFVVAAPEVVVAAASDLAGIGSAIGAANAAAAVPTMGVLAAGA + DEVSAAVADLFGAHAQAYQALSAQAALFHEQFVHAMTAGAGAYAGAEAADAAALDVLN + GPFQALFGRPLIGDGANGAPGQPGGPGGLLYGNGGNGGNGGIGQPGGAGGDAGLIGNG + GNGGIGGPGATGLAGGAGGLGKAGFAGGAGGTGGTGGLLYGNGGNGGNVPSGAADGGA + GGDARLIGNGGDGGSVGAAPTGIGNGGNGGNGGWLYGDGGSGGSTLQGFSDGGTGGNA + GMFGDGGNGGFSFFDGNGGDGGTGGTLIGNGGDGGNSVQTDGFLRGHGGDGGNAVGLI + GNGGAGGAGSAGTGVFAPGGGSGGNGGNGALLVGNGGAGGSGGPTQIPSVAVPVTGAG + GTGGNGGTAGLIGNGGNGGAAGVSGDGTPGTGGNGGYAQLIGDGGDGGPGDSGGPGGS + GGTGGTLAGQNGSPGG" + gene complement(2084295..2085344) + /locus_tag="BQ2027_MB1872C" + CDS complement(2084295..2085344) + /locus_tag="BQ2027_MB1872C" + /note="Mb1872c, -, len: 349 aa. Equivalent to Rv1841c, + len: 345 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 349 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein. Some similarity to O07585|YHDP_BACSU + HYPOTHETICAL 49.9 KD PROTEIN from Bacillus subtilis (444 + aa), FASTA scores: opt: 620, E(): 0, (31.1% identity in + 350 aa overlap). Also similar to other Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. Rv1842c, Rv2366c. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 12 bp in-frame insertion leads to a longer product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (349 aa versus 345 aa). Protein product from + Mb1872c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1872c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Magnesium and cobalt efflux protein CorC" + /protein_id="SIU00476.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZI0" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR002550" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI0" + /translation="MDVLSAVLLALLLIGANAFFVGAEFALISARRDRLEALAEQGKA + TAVTVIRAGEQLPAMLTGAQLGVTVSSILLGRVGEPAVVKLLQLSFGLSGVPPALLHT + LSLAVALAIVVALHVLLGEMVPKNIALAGPERTAMLLVPPYLVYVRLARPFIAFYNNC + ANAILRLVGVQPKDELDIAVSTAELSEMIAESLSEGLLDHEEHTRLTRALRIRTRLVA + DVAVPLVNIRAVQVSAVGSGPTIGGVEQALAQTGYSRFPVVDRGGRFIGYLHIKDVLT + LGDNPQTVIDLAVVRPLPRVPQSLPLADALSRMRRINSHLALVTADNGSVVGMVALED + VVEDLVGTMRDGTHR" + gene complement(2085344..2086711) + /locus_tag="BQ2027_MB1873C" + CDS complement(2085344..2086711) + /locus_tag="BQ2027_MB1873C" + /note="Mb1873c, -, len: 455 aa. Equivalent to Rv1842c, + len: 455 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 455 aa overlap). Conserved hypothetical + membrane protein. Similar to Z99109|0O7589 Potential + integral membrane protein from Bacillus subtilis (461 aa), + FASTA scores: opt: 723, E(): 0, (31.2% identity in 449 aa + overlap). Similar to other Mycobacterium tuberculosis + putative integral membrane proteins e.g. Rv2366c, Rv1841c. + Protein product from Mb1873c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1873c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0053 protein Rv1842c/MT1890" + /protein_id="SIU00477.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZW2" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR002550" + /db_xref="InterPro:IPR005170" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW2" + /translation="MNLTDTVATILAILALTAGTGVFVAAEFSLTALDRSTVEANARG + GTSRDRFIQRAHHRLSFQLSGAQLGISITTLATGYLTEPLVAELPHPGLVAVGMSDRV + ADGLITFFALVIVTSLSMVFGELVPKYLAVARPLRTARSVVAGQVLFSLLLTPAIRLT + NGAANWIVRRLGIEPAEELRSARTPQELVSLVRSSARSGALDDATAWLMRRSLQFGAL + TAEELMTPRSKIVALQTDDTIADLVAAAAASGFSRFPVVEGDLDATVGIVHVKQVFEV + PPGDRAHTLLTTVAEPVAVVPSTLDGDAVMAQVRASALQTAMVVDEYGGTAGMVTLED + LIEEIVGDVRDEHDDATPDVVAAGNGWRVSGLLRIDEVASATGYRAPDGPYETIGGLV + LRELGHIPVAGETVELTALDQDGLPDDSMRWLATVIQMDGRRIDSLELIKMGGHADPG + SGRGR" + gene complement(2086885..2087679) + /gene="guaB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1874C" + CDS complement(2086885..2087679) + /gene="guaB1" + /locus_tag="BQ2027_MB1874C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1874c, guaB1, len: 479 aa. Equivalent to Rv1843c, + len: 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). Probable guaB1, + inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (EC 1.1.1.205). + Similar to others e.g. IMDH_BACSU|P21879 from Bacillus + subtilis (513 aa), FASTA score: opt: 904, E(): 0, (37.8% + identity in 471 aa overlap). Similar to other + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. guaB2, Rv3411c. + Protein product from Mb1874c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1874c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE + GUAB1(IMP DEHYDROGENASE) (IMPDH) (IMPD)" + /protein_id="SIU00478.1" + /db_xref="GOA:P65173" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR001093" + /db_xref="InterPro:IPR005990" + /db_xref="InterPro:IPR005991" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65173" + /translation="MRIGAAVGINGDVGAKARALAEAGVDVLVIDTAHGHQVKTLDAI + KAVSALDLGLPLAAGNVVSAEGTRDLLKAGANVVKVGVGPGAMCTTRMMTGVGRPQFS + AVLECASAARQLGGHIWADGGIRHPRDVALALAAGASNVMIGSWFAGTYESPGDLMRD + RDDQPYKESYGMASKRAVVARTGADNPFDRARKALFEEGISTSRMGLDPDRGGVEDLI + DHITSGVRSTCTYVGASNLAELHERAVVGVQSGAGFAEGHPLPAGW" + gene complement(2087690..2089747) + /gene="gnd1" + /locus_tag="BQ2027_MB1875C" + CDS complement(2087690..2089747) + /gene="gnd1" + /locus_tag="BQ2027_MB1875C" + /note="Mb1875c, gnd1, len: 705 aa. Similar to 5' end of + Rv1844c, len: 485 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 404 aa overlap). Probable + gnd1, 6-phosphogluconate dehydrogenase (EC 1.1.1.44). + Similar to others e.g. 6PGD_ECOLI|P00350 from Escherichia + coli (468 aa), FASTA scores: opt: 1661, E(): 0, (53.6% + identity in 466 aa overlap); etc. Also similar to + Rv1122|MTCY22G8.11|gnd2 PROBABLE 6-PHOSPHOGLUCONATE + DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING from Mycobacterium + tuberculosis (340 aa), FASTA score: (33.0% identity in 351 + aa overlap). Note that Rv1844c is most similar to gnd's + from Gram negative organisms, while + Rv1122|MTCY22G8.11|gnd2 is most similar to gnd's from Gram + positive organisms. BELONGS TO THE 6-PHOSPHOGLUCONATE + DEHYDROGENASE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base insertion (c-*) leads + to a longer product with a different COOH part compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (705 aa versus 485 aa). Mb1875c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE GND1" + /protein_id="SIU00479.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZK7" + /db_xref="InterPro:IPR006113" + /db_xref="InterPro:IPR006114" + /db_xref="InterPro:IPR006115" + /db_xref="InterPro:IPR006183" + /db_xref="InterPro:IPR006184" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK7" + /translation="MGSNIARNFARHGYTVAVHNRSVAKTDALLKEHSSDGKFVRSET + IPEFLAALEKPRRVLIMVKAGEATDAVINELADAMEPGDIIIDGGNALYTDTMRREKA + MRERGLHFVGAGISGGEEGALNGPSIMPGGPAESYQSLGPLLEEISAHVDGVPCCTHI + GPDGSGHFVKMVHNGIEYSDMQLIGEAYQLMRDGLGLTAPAIADVFTEWNNGDLDSYL + VEITAEVLRQTDAKTGKPLVDVIVDRAEQKGTGRWTVKSALDLGVPVTGIAEAVFARA + LSGSVGQRSAASGLASGKLGEQPADPATFTEDVRQALYASKIVAYAQGFNQIQAGSAE + FGWDITPGDLATIWRGGCIIRAKFLNHIKEAFDASPNLASLIVAPYFRAPSNRRSTVG + GVWCRRRPNWVSRPRDSRRPCRITTRCAPRGCPLHSPRPSATSSAHTPTAGSTNQASS + THYGVQTAPKYRCSGLELKGGKGVSDEISRRAPTRVRPDIQRRVHRSEPIRGRVALRR + RFVHRRRLGHHHSGSGRQYDRGSRAADGRDGRPPRWHRNPAAGSADPGGKADGGVRQK + PGPGARHPSDAGTRRFGVRRHGAHPQARTWRRGGHPRGSPDRIGARIVLPGRGSLHPG + ARYRRDGLCDRSSGNRATQDLRPAGARPGRRCGADRRRRHVGGSAKPHRGYPRRYLHP + GHR" + gene complement(2089837..2090787) + /gene="blar" + /locus_tag="BQ2027_MB1876C" + CDS complement(2089837..2090787) + /gene="blar" + /locus_tag="BQ2027_MB1876C" + /note="Mb1876c, -, len: 316 aa. Equivalent to Rv1845c, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 316 aa overlap). Conserved + hypothetical transmembrane protein. Equivalent to + MLCB1788.18|AL008609 Hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (316 aa), FASTA scores: opt: 1762, + E(): 0, (87.6% identity in 314 aa overlap). Similar to + proteins in Streptomyces coelicolor e.g. + SC10A7.04|AL078618.1. Mb1876c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible sensor-transducer protein blar" + /protein_id="SIU00480.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZH7" + /db_xref="InterPro:IPR001915" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZH7" + /translation="MSALAFTILAVLLAGPTPALLARATWPLRAPRAAMVLWQAIALA + AVLSSFSAGIAIASRLLMPGPDGRPTTSFVGAAGRLGWPLWAAYITVFALTVLVGARL + AVAVVRVATATRRRRAHHRMVVDLVGVGHNGALAQPCARARDLRVLDVAQPLAYCLPG + VRSRVVVSEGTLTALADAEVAAILTHERAHLRARHDLVLEAFTAVHAAFPRLVRSANA + LGAVQLLVELLADDAAVRAAGRTPLARALVACASGRAPSGALAVGGPSTVLRVRRLSG + RGNSAVLSAAAYLAAAAVLVVPTVALAVPWLTQLQRLFIA" + gene complement(2090802..2091218) + /gene="blai" + /locus_tag="BQ2027_MB1877C" + CDS complement(2090802..2091218) + /gene="blai" + /locus_tag="BQ2027_MB1877C" + /note="Mb1877c, -, len: 138 aa. Equivalent to Rv1846c, + len: 138 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 138 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein. Equivalent to + MLCB1788.17|AL008609 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (142 aa), FASTA scores: opt: 736 E(): + 0, (95.1% identity in 123 aa overlap). Also similar to + BLAI_BACLI|P06555 penicillinase repressor (128 aa), fasta + scores: opt: 114, E(): 0.12, (23.7% identity in 131 aa + overlap). Protein product from Mb1877c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1877c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional repressor blai" + /protein_id="SIU00481.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZH1" + /db_xref="InterPro:IPR005650" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZH1" + /translation="MAKLTRLGDLERAVMDHLWSRTEPQTVRQVHEALSARRDLAYTT + VMTVLQRLAKKNLVLQIRDDRAHRYAPVHGRDELVAGLMVDALAQAEYSGSRQAALVH + FVERVGADEADALRRALAELEAGHGNRPPAGAATET" + gene 2091496..2091918 + /locus_tag="BQ2027_MB1878" + CDS 2091496..2091918 + /locus_tag="BQ2027_MB1878" + /note="Mb1878, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv1847, len: + 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 140 aa overlap=. Conserved hypothetical + protein, possible thioesterase, some similarity to YBDB + proteins of Escherichia coli and H. influenzae e.g. + P15050|YBDB_ECOLI HYPOTHETICAL 15.0 KD PROTEIN IN + ENTA-CSTA INTERGENIC REGION (137 aa), FASTA scores: opt: + 232, E(): 6.6e-10, (35.8% identity in 106 aa overlap); + C48956|G142208 thioesterase from Arthrobacter sp (151 aa), + FASTA score: opt: 254, E(): 1.7e-11, (33.3% identity in + 138 aa overlap). Also similar to AF064959|AF064959_1 + hypothetical protein from Coxiella burnetii (148 aa), + FASTA score: opt: 264, E(): 9.3e- 12, (36.8% identity in + 117 aa overlap). Protein product from Mb1878 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1878 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative esterase" + /protein_id="SIU00482.1" + /db_xref="InterPro:IPR003736" + /db_xref="InterPro:IPR006683" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZH4" + /translation="MQPSPDSPAPLNVTVPFDSELGLQFTELGPDGARAQLDVRPKLL + QLTGVVHGGVYCAMIESIASMAAFAWLNSHGEGGSVVGVNNNTDFLRSISSGMVYGTA + EPLHRGRRQQLWLVTITDDTDRVVARGQVRLQNLEARP" + gene 2091967..2092269 + /gene="ureA" + /locus_tag="BQ2027_MB1879" + CDS 2091967..2092269 + /gene="ureA" + /locus_tag="BQ2027_MB1879" + /note="Mb1879, ureA, len: 100 aa. Equivalent to Rv1848, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). ureA, urease gamma + subunit (EC 3.5.1.5). Similar to URE3_MYCTU|P50043 from + Mycobacterium tuberculosis (100 aa), FASTA scores: opt: + 630, E(): 1.3e-36, (99.0% identity in 100 aa overlap). + BELONGS TO THE UREASE GAMMA SUBUNIT FAMILY. Protein + product from Mb1879 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1879 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Urease gamma subunit ureA (Urea amidohydrolase)" + /protein_id="SIU00483.1" + /db_xref="GOA:P0A677" + /db_xref="InterPro:IPR002026" + /db_xref="InterPro:IPR012010" + /db_xref="InterPro:IPR036463" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A677" + /translation="MRLTPHEQERLLLSYAAELARRRRARGLRLNHPEAIAVIADHIL + EGARDGRTVAELMASGREVLGRDDVMEGVPEMLAEVQVEATFPDGTKLVTVHQPIA" + gene 2092266..2092580 + /gene="ureB" + /locus_tag="BQ2027_MB1880" + CDS 2092266..2092580 + /gene="ureB" + /locus_tag="BQ2027_MB1880" + /note="Mb1880, ureB, len: 104 aa. Equivalent to Rv1849, + len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). ureB, urease beta + subunit (EC 3.5.1.5). Identical to URE2_MYCTU|P50048 + urease beta subunit from Mycobacterium tuberculosis (100 + aa). BELONGS TO THE UREASE GAMMA SUBUNIT FAMILY. Mb1880 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="urease beta subunit ureb (urea amidohydrolase)" + /protein_id="SIU00484.1" + /db_xref="GOA:P0A663" + /db_xref="InterPro:IPR002019" + /db_xref="InterPro:IPR036461" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A663" + /translation="MIPGEIFYGSGDIEMNAAALSRLQMRIINAGDRPVQVGSHVHLP + QANRALSFDRATAHGYRLDIPAATAVRFEPGIPQIVGLVPLGGRREVPGLTLNPPGRL + DR" + gene 2092580..2094313 + /gene="ureC" + /locus_tag="BQ2027_MB1881" + CDS 2092580..2094313 + /gene="ureC" + /locus_tag="BQ2027_MB1881" + /note="Mb1881, ureC, len: 577 aa. Equivalent to Rv1850, + len: 577 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 577 aa overlap). ureC, urease alpha + subunit (EC 3.5.1.5). Similar to URE1_MYCTU|P50042 from M. + tuberculosis (577 aa), FASTA scores: opt: 3794, E(): 0, + (98.3% identity in 577 aa overlap). Contains PS00145 + Urease active site motif. BELONGS TO THE UREASE FAMILY. + Protein product from Mb1881 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1881 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Urease alpha subunit ureC (Urea amidohydrolase)" + /protein_id="SIU00485.1" + /db_xref="GOA:P0A661" + /db_xref="InterPro:IPR005848" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR011059" + /db_xref="InterPro:IPR011612" + /db_xref="InterPro:IPR017950" + /db_xref="InterPro:IPR017951" + /db_xref="InterPro:IPR029754" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A661" + /translation="MARLSRERYAQLYGPTTGDRIRLADTNLLVEVTEDRCGGPGLAG + DEAVFGGGKVLRESMGQGRASRADGAPDTVITGAVIIDYWGIIKADIGIRDGRIVGIG + KAGNPDIMTGVHRDLVVGPSTEIISGNRRIVTAGTVDCHVHLICPQIIVEALAAGTTT + IIGGGTGPAEGTKATTVTPGEWHLARMLESLDGWPVNFALLGKGNTVNPDALWEQLRG + GASGFKLHEDWGSTPAAIDTCLAVADVAGVQVALHSDTLNETGFVEDTIGAIAGRSIH + AYHTEGAGGGHAPDIITVAAQPNVLPSSTNPTRPHTVNTLDEHLDMLMVCHHLNPRIP + EDLAFAESRIRPSTIAAEDVLHDMGAISMIGSDSQAMGRVGEVVLRTWQTAHVMKARR + GALEGDPSGSQAADNNRVRRYIAKYTICPAIAHGMDHLIGSVEVGKLADLVLWEPAFF + GVRPHVVLKGGAIAWAAMGDANASIPTPQPVLPRPMFGAAAATAAATSVHFVAPQSID + ARLADRLAVNRGLAPVADVRAVGKTDLPLNDALPSIEVDPDTFTVRIDGQVWQPQPAA + ELPMTQRYFLF" + gene 2094313..2094948 + /gene="ureF" + /locus_tag="BQ2027_MB1882" + CDS 2094313..2094948 + /gene="ureF" + /locus_tag="BQ2027_MB1882" + /note="Mb1882, ureF, len: 211 aa. Equivalent to Rv1851, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 211 aa overlap). ureF, urease accessory + protein. Identical to UREF_MYCTU|P50050 from M. + tuberculosis. Mb1882 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Urease accessory protein uref" + /protein_id="SIU00486.1" + /db_xref="GOA:Q7VET6" + /db_xref="InterPro:IPR002639" + /db_xref="InterPro:IPR038277" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VET6" + /translation="MTSLAVLLTLADSRLPTGAHVHSGGIEEAIAAGLVTGLATLEAF + LKRRVRTHGLLTASIAAAVHRGELAVDDADRETDARTPAPAARHASRSQGRGLIRLAR + RVWPDSGWEELGPRPHLAVVAGRVGALSGLAPEHNALHLVYITMTGSAIAAQRLLALD + PAEVTVVTFQLSELCEQIAQEATAGLADLSDPLLDTLAQRHDERVRPLFVS" + gene 2094959..2095633 + /gene="ureG" + /locus_tag="BQ2027_MB1883" + CDS 2094959..2095633 + /gene="ureG" + /locus_tag="BQ2027_MB1883" + /note="Mb1883, ureG, len: 224 aa. Equivalent to Rv1852, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). ureG, urease + accessory protein. Identical to UREG_MYCTU|P50051 from M. + tuberculosis. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE UREG FAMILY. Protein product + from Mb1883 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1883 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Urease accessory protein ureG" + /protein_id="SIU00487.1" + /db_xref="GOA:P0A665" + /db_xref="InterPro:IPR003495" + /db_xref="InterPro:IPR004400" + /db_xref="InterPro:IPR012202" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A665" + /translation="MATHSHPHSHTVPARPRRVRKPGEPLRIGVGGPVGSGKTALVAA + LCRQLRGELSLAVLTNDIYTTEDADFLRTHAVLPDDRIAAVQTGGCPHTAIRDDITAN + LDAIDELMAAHDALDLILVESGGDNLTATFSSGLVDAQIFVIDVAGGDKVPRKGGPGV + TYSDLLVVNKTDLAALVGADLAVMARDADAVRDGRPTVLQSLTEDPAASDVVAWVRSQ + LAADGV" + gene 2095641..2096267 + /gene="ureD" + /locus_tag="BQ2027_MB1884" + CDS 2095641..2096267 + /gene="ureD" + /locus_tag="BQ2027_MB1884" + /note="Mb1884, ureD, len: 208 aa. Equivalent to Rv1853, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 208 aa overlap). ureD, probable urease + accessory protein. Similar to URED_YEREN|P42868 Urease + operon ureD protein from Yersinia enterocolitica (325 aa), + Fasta scores: opt: 114, E(): 0.37, (25.2% identity in 119 + aa overlap). Mb1884 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable urease accessory protein ureD" + /protein_id="SIU00488.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZI1" + /db_xref="InterPro:IPR002669" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI1" + /translation="MVASPNRLPRIDCRGGVQARRTAPDTVHLVSAAATPLGGDTMRI + RVIVERGAQLRLRSAAATVALPGVDTLTSHAHWEIDVTGTLDVDLEPTVVAASARHLS + HATLRLHDDGRVRLRERVQIGRCNEREGFWSSSLQADRHGRPLLRHRVELGAGSLADD + VIAAPRATISELRYPATAFTDAIDARSTVLALAGGGTLSTWQADRLPG" + gene complement(2096270..2097661) + /gene="ndh" + /locus_tag="BQ2027_MB1885C" + CDS complement(2096270..2097661) + /gene="ndh" + /locus_tag="BQ2027_MB1885C" + /note="Mb1885c, ndh, len: 463 aa. Equivalent to Rv1854c, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 463 aa overlap). Probable ndh, NADH + dehydrogenase (EC 1.6.99.3) (see citations below), similar + to several e.g. S74826 NADH dehydrogenase from + Synechocystis sp. (445 aa), FASTA score: opt: 1228, E(): + 0, (46.3% identity in 432 aa overlap). Highly similar to + Rv0392c|Z84725|g1817703 from Mycobacterium tuberculosis + (470 aa), FASTA scores: opt: 1911, E(): 0, (64.7% identity + in 459 aa overlap); and Rv1812c. Protein product from + Mb1885c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1885c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE NDH" + /protein_id="SIU00489.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL7" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL7" + /translation="MSPQQEPTAQPPRRHRVVIIGSGFGGLNAAKKLKRADVDIKLIA + RTTHHLFQPLLYQVATGIISEGEIAPPTRVVLRKQRNVQVLLGNVTHIDLAGQCVVSE + LLGHTYQTPYDSLIVAAGAGQSYFGNDHFAEFAPGMKSIDDALELRGRILSAFEQAER + SSDPERRAKLLTFTVVGAGPTGVEMAGQIAELAEHTLKGAFRHIDSTKARVILLDAAP + AVLPPMGAKLGQRAAARLQKLGVEIQLGAMVTDVDRNGITVKDSDGTVRRIESACKVW + SAGVSASWLGRDLAEQSRVELDRAGRVQVLPDLSIPGYPNVFVVGDMAAVEGVPGVAQ + GAIQGAKYVASTIKAELAGANPAEREPFQYFDKGSMATVSRFSAVAKIGPVEFSGFIA + WLIWLVLHLAYLIGFKTKITTLLSWTVTFLSTRRGQLTITDQQAFARTRLEQLAELAA + EAQGSAASAKVAS" + gene complement(2097802..2098725) + /locus_tag="BQ2027_MB1886C" + CDS complement(2097802..2098725) + /locus_tag="BQ2027_MB1886C" + /note="Mb1886c, -, len: 307 aa. Equivalent to Rv1855c, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 307 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), possibly a monooxygenase. + Contains PS00217 Sugar transport proteins signature 2, + probably fortuitously. Similar to G487716 (78-11) + LINCOMYCIN PRODUCTION GENES (29.2% identity in 154 aa + overlap). Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + proteins e.g. Rv0953c, Rv0791c, Rv0132c, Rv2951c, etc. + Protein product from Mb1886c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1886c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00490.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ1" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019952" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ1" + /translation="MTIRLGLQIPNFSYGTGVEKLFPSVIAQAREAEAAGYDSLFVMD + HFYQLPMLGTPDQPMLEAYTALGALATATERLQLGALVTGNTYRSPTLLAKIITTLDV + VSAGRAILGIGAGWFELEHRQLGFEFGTFSDRFNRLEEALQILEPMVKGERPTFFGDW + YTTESAMAEPRYRDRIPILIGGGGEKKTFAIAARFADHLNIVAAVDELPRKMRALAAR + CDEAGRDRSTLQTSLLLTVMIDETLSPDAIPAEMSGRVVVGSPAQIADQIQAKVLDAG + VDGLIINLAPHGYLPGVITTAAEALRPLLGV" + gene complement(2098764..2099441) + /locus_tag="BQ2027_MB1887C" + CDS complement(2098764..2099441) + /locus_tag="BQ2027_MB1887C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1887c, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv1856c, + len: 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 225 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-). Equivalent to + MLCB1788.11c|AL008609 OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium + leprae (224 aa), FASTA scores: opt: 1211, E(): 0; (80.4% + identity in 224 aa overlap). Some similarity to + dehydrogenases of short-chain dehydrogenase/reductase + family and fatty-acyl CoA reductases e.g. + P16543|DHK2_STRVN GRANATICIN POLYKETIDE SYNTHASE P (249 + aa), FASTA score: opt: 194, E(): 1.1e-05, (32.5% identity + in 237 aa overlap). Protein product from Mb1887c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1887c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00491.1" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZI6" + /translation="MAVEVLVTGGDTDLGRTMAEGFRNDGHKVTLVGARRGDLEVAAK + ELDVDAVVCDTTDPTSLTEARGLFPRHLDTIVNVPAPSWDAGDPRAYSVSDTANAWRN + ALDATVLSVVLTVQSVGDHLRSGGSIVSVVAENPPAGGAESAIKAALSNWIAGQAAVF + GTRGITINTVACGRSVQTGYEGLSHTPAPVAAEIARLALFLTTPAARHITGQTLHVSH + GALAHFG" + gene 2099603..2100388 + /gene="modA" + /locus_tag="BQ2027_MB1888" + CDS 2099603..2100388 + /gene="modA" + /locus_tag="BQ2027_MB1888" + /note="Mb1888, modA, len: 261 aa. Equivalent to Rv1857, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable modA, + molybdate-binding protein attached to membrane by + lipid-modified N-terminal cysteine (contains PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site), + component of molybdate transport system (see citation + below). Shows strong similarity to precursors of + periplasmic molybdate/sulphate binding proteins e.g. + O31229|Y10817|ANY108174 ModA from Arthrobacter + nicotinovorans (260 aa), FASTA score: opt: 725, E(): 0, + (47.8% identity in 249 aa overlap). Mb1888 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDATE-BINDING LIPOPROTEIN MODA" + /protein_id="SIU00492.1" + /db_xref="GOA:P0A5Y1" + /db_xref="InterPro:IPR005950" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Y1" + /translation="MRWIGLSTGLVSAMLVAGLVACGSNSPASSPAGPTQGARSIVVF + AAASLQSAFTQIGEQFKAGNPGVNVNFAFAGSSELATQLTQGATADVFASADTAQMDS + VAKAGLLAGHPTNFATNTMVIVAAAGNPKKIRSFADLTRPGLNVVVCQPSVPCGSATR + RIEDATGIHLNPVSEELSVTDVLNKVITGQADAGLVYVSDALSVATKVTCVRFPEAAG + VVNVYAIAVLKRTSQPALARQFVAMVTAAAGRRILDQSGFAKP" + gene 2100391..2101185 + /gene="modB" + /locus_tag="BQ2027_MB1889" + CDS 2100391..2101185 + /gene="modB" + /locus_tag="BQ2027_MB1889" + /note="Mb1889, modB, len: 264 aa. Equivalent to Rv1858, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Probable modB, + molybdenum-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), similar to others e.g. + Y10817|ANY108175 ModB from Arthrobacter (239 aa), FASTA + scores: opt: 937, E(): 0, (67.8% identity in 230 aa + overlap); etc. Similar to other Mycobacterium tuberculosis + transport proteins e.g. Rv2039c, Rv2316, etc. Mb1889 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable molybdenum-transport integral membrane + protein abc transporter modb" + /protein_id="SIU00493.1" + /db_xref="GOA:P0A625" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR006469" + /db_xref="InterPro:IPR011867" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A625" + /translation="MHPPTDLPRWVYLPAIAGIVFVAMPLVAIAIRVDWPRFWALITT + PSSQTALLLSVKTAAASTVLCVLLGVPMALVLARSRGRLVRSLRPLILLPLVLPPVVG + GIALLYAFGRLGLIGRYLEAAGISIAFSTAAVVLAQTFVSLPYLVISLEGAARTAGAD + YEVVAATLGARPGTVWWRVTLPLLLPGVVSGSVLAFARSLGEFGATLTFAGSRQGVTR + TLPLEIYLQRVTDPDAAVALSLLLVVVAALVVLGVGARTPIGTDTR" + gene 2101192..2102301 + /gene="modC" + /locus_tag="BQ2027_MB1890" + CDS 2101192..2102301 + /gene="modC" + /locus_tag="BQ2027_MB1890" + /note="Mb1890, modC, len: 369 aa. Equivalent to Rv1859, + len: 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 369 aa overlap). Probable modC, + molybdenum-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), similar to others e.g. + Y10817|ANY108176 ModC from Arthrobacter (349 aa), FASTA + scores: opt: 895, E(): 0, (46.0% identity in 361 aa + overlap); etc. Shows similarity to other Mycobacterium + tuberculosis ABC-transporter proteins e.g. Rv0073, Rv1238, + Rv2564, etc. Contains both PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop) and PS00211 ABC transporters family + signatures involved in molybdate uptake. BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Mb1890 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM-TRANSPORT ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER MODC" + /protein_id="SIU00494.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1P5" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005116" + /db_xref="InterPro:IPR008995" + /db_xref="InterPro:IPR015852" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P5" + /translation="MSKLQLRAVVADRRLDVEFSVSAGEVLAVLGPNGAGKSTALHVI + AGLLRPDAGLVRLGDRVLTDTEAGVNVATHDRRVGLLLQDPLLFPHLSVAKNVAFGPQ + CRRGMFGSGRARTRASALRWLREVNAEQFADRKPRQLSGGQAQRVAIARALAAEPDVL + LLDEPLTGLDVAAAAGIRSVLRSVVARSGCAVVLTTHDLLDVFTLADRVLVLESGTIA + EIGPVADVLTAPRSRFGARIAGVNLVNGTIGPDGSLRTQSGAHWYGTPVQDLPTGHEA + IAVFPPTAVAVYPEPPHGSPRNIVGLTVAEVDTRGPMVLVRGHDQPGGAPGLAACITV + DAATELRVAPGSRVWFSVKAQEVALHPAPHQHASS" + gene 2102354..2103331 + /gene="apa" + /locus_tag="BQ2027_MB1891" + CDS 2102354..2103331 + /gene="apa" + /locus_tag="BQ2027_MB1891" + /standard_name="mpt32; modD" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1891, apa, len: 325 aa. Equivalent to Rv1860, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 325 aa overlap). apa (alternate gene + names: mpt32, modD), Ala-, Pro-rich 45/47 kDa secreted + protein, very similar to P46842|N43L_MYCLE from + Mycobacterium leprae (287 aa), FASTA scores: opt: 1166, + E(): 0, (66.4% identity in 298 aa overlap). Known to be + glycosylated fibronectin-binding protein (see some + citations). TBparse score is 0.924. Protein product from + Mb1891 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1891 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALANINE AND PROLINE RICH SECRETED PROTEIN APA + (FIBRONECTIN ATTACHMENT PROTEIN) (Immunogenic protein + MPT32) (Antigen MPT-32) (45-kDa glycoprotein) (45/47 kDa + antigen)" + /protein_id="SIU00495.1" + /db_xref="GOA:O30620" + /db_xref="InterPro:IPR010801" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O30620" + /translation="MHQVDPNLTRRKGRLAALAIAAMASASLVTVAVPATANADPEPA + PPVPTTAASPPSTAAAPPAPATPVAPPPPAAANTPNAQPGDPNAAPPPADPNAPPPPV + IAPNAPQPVRIDNPVGGFSFALPAGWVESDAAHLDYGSALLSKTTGDPPFPGQPPPVA + NDTRIVLGRLDQKLYASAEATDSKAAARLGSDMGEFYMPYPGTRINQETVSLDANGVS + GSASYYEVKFSDPSKPNGQIWTGVIGSPAANAPDAGPPQRWFVVWLGTANNPVDKGAA + KALAESIRPLVAPPPAPAPAPAEPAPAPAPAGEVAPTPTTPTPQRTLPA" + gene 2103783..2104088 + /locus_tag="BQ2027_MB1892" + CDS 2103783..2104088 + /locus_tag="BQ2027_MB1892" + /note="Mb1892, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv1861, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, showing weak similarity to + AE002069|AE002069_10 hypothetical protein from Deinococcus + radiodurans (146 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.0027, + (30.8% identity in 104 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb1892 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00496.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZK0" + /db_xref="InterPro:IPR007341" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK0" + /translation="MDITATTEFSAMNLDGKTGIGWLGYIVIGGIAGWLASKIVKGGG + SGILMNVVIGVVGAFGAGLVLNALGVDVNHGGYWFTFFVALGGAVVLLWIVGMVRKT" + gene 2104163..2105203 + /gene="adhA" + /locus_tag="BQ2027_MB1893" + CDS 2104163..2105203 + /gene="adhA" + /locus_tag="BQ2027_MB1893" + /note="Mb1893, adhA, len: 346 aa. Equivalent to Rv1862, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap=. Probable adhA, + alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1), similar to + ADH2_BACST|P42327 alcohol dehydrogenase (339 aa), FASTA + scores: opt: 630, E(): 2.4e-32 (34.4% identity in 320 aa + overlap). Contains PS00059 Zinc-containing alcohol + dehydrogenases signature. Protein product from Mb1893 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1893 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable alcohol dehydrogenase adhA" + /protein_id="SIU00497.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZX7" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR014187" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX7" + /translation="MVSPATTATMSAWQVRRPGPMDTGPLERVTTRVPRPAPSELLVA + VHACGVCRTDLHVTEGDLPVHRERVIPGHEVVGEVIEVGSAVGAAAGGEFDRGDRVGI + AWLRHTCGVCKYCRRGSENLCPQSRYTGWDADGGYAEFTTVPAAFAHHLPSGYSDSEL + APLLCAGIIGYRSLLRTELPPGGRLGLYGFGGSAHITAQVALAQGAEIHVMTRGARAR + KLALQLGAASAQDAADRPPVPLDAAILFAPVGDLVLPALEALDRGGILAIAGIHLTDI + PDLNYQQHLFQERQIRSVTSNTRADARAFFDFAAQHHIEVTTPEYPLGQADRALGDLS + AGRIAGAAVLLI" + gene complement(2105210..2105980) + /locus_tag="BQ2027_MB1894C" + CDS complement(2105210..2105980) + /locus_tag="BQ2027_MB1894C" + /note="Mb1894c, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv1863c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to + Rv0804|Z95618|MTCY7H7A.05 Hypothetical protein from + Mycobacterium tuberculosis (209 aa), FASTA scores: opt: + 199, E(): 1e-06, (33.2% identity in 220 aa overlap); and + Rv0658c. Mb1894c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00498.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ3" + /db_xref="InterPro:IPR003675" + /db_xref="InterPro:IPR015837" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ3" + /translation="MSDHLTACAAVHPGPLVSHLSVMHRFRIYVDIAVVVLVLVLTNL + IAHFTTPWASIATVPAAAVGLVILVRSRGLGWAELGLSRQHWKSGLVYALAAVALVVA + VISVGVLLPITRPMFMNHHYATISGAVIASMVMIPLQTVIPEELAFRGVLHGALNRAW + GFRGVAVAGSVLFGLWHIATSLGLTSSNVGFTRLFGGGIIGLVAGVMLAVLATGVAGF + VFSWLRRRSGSLIAPIALHWSLNGMGALAAALVWHLST" + gene complement(2105973..2106728) + /locus_tag="BQ2027_MB1895C" + CDS complement(2105973..2106728) + /locus_tag="BQ2027_MB1895C" + /note="Mb1895c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv1864c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to other hypothetical + proteins e.g. AL031317|SC6G4.43 from Streptomyces + coelicolor cosmid 6G (233 aa), FASTA scores: opt: 716, + E(): 0, (54.4% identity in 215 aa overlap); also + P43976|YIIM_HAEIN hypothetical protein hi0278 (221 aa), + FASTA scores: opt: 223, E(): 3.8e-08, (29.5% identity in + 173 aa overlap). Protein product from Mb1895c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1895c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00499.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZM6" + /db_xref="InterPro:IPR005302" + /db_xref="InterPro:IPR011037" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM6" + /translation="MTVAPRRLAWTNARQSYPVRVAHVLSVNLARVRANPDPRAQSKL + TGIDKVAASEAVMVRAPGSMHAGVGSGLVGDTVGNPKLHGGDDQAVYAYAREDLDAWE + TQLHRTLHNGMFGENLTTSGVDVTYARIGERWRIGSDGLVLEVSAPRIPCRTFAAFLD + LRYWIKTFTRAAKPGAYLRVIAPGTVRAGDTITVDYRPEHNVTVGLVFRARTSESELL + PQLLAADALAAELKAYARERTPSPPPVDSADDV" + gene complement(2106725..2107585) + /locus_tag="BQ2027_MB1896C" + CDS complement(2106725..2107585) + /locus_tag="BQ2027_MB1896C" + /note="Mb1896c, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv1865c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), highly similar to C-terminus + of NP_301650.1|NC_00267 putative oxidoreductase from + Mycobacterium leprae (596 aa). Also similar to various + dehydrogenases, generally belonging to short-chain family, + e.g. AAG02168.1|AF212041_24|AF212041 + 3-oxoacyl-(acylcarrier protein) reductase from Zymomonas + mobilis (251 aa); P50198|LINX_PSEPA + 2,5-DICHLORO-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIOL DEHYDROGENASE + from Sphingomonas paucimobilis (250 aa); + NP_105680.1|NC_002678 sorbitol dehydrogenase (also similar + to acetoin reductase) from Mesorhizobium loti (256 aa); + etc. And highly similar to C-terminus of + ephD|Rv2214c|MTCY190.25c from Mycobacterium tuberculosis + (592 aa); and many other oxidoreductases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Y00P_MYCTU|Q10402 putative + oxidoreductase (650 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): + 8.9e-20, (32.5% identity in 280 aa overlap). Contains + PS00061 Short-chain alcohol dehydrogenase family + signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb1896c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1896c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU00500.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ8" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ8" + /translation="MPGRTSIGVKIRDKVQDKVIAITGGARGIGLATAAALHNLGAKV + AIGDIDEAMAKESGADLDLDMYGKLDVTDPDSFSGFLDAVERQLGPIDVLVNNAGIMP + VGRIVDEPDPVTRRILDINVYGVILGSKLAAQRMVPRGRGHVINVASLAGEIYAVGVA + TYCASKHAVVAFTDSARLEYRSAGVKFSMVLPSFVNTELIAGTGGIKGFKNAEPADIA + DAIVGLIVHPKPRVRVTKAAGSMIVAQRFMPRQVSEGLNRLLGGEHVFTDDVDMEKRR + TYEARARGEE" + gene 2107759..2110095 + /locus_tag="BQ2027_MB1897" + CDS 2107759..2110095 + /locus_tag="BQ2027_MB1897" + /note="Mb1897, -, len: 778 aa. Equivalent to Rv1866, len: + 778 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 778 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, N-terminal region similar to fatty acyl-CoA + racemases e.g. Rv0855, Rv1143, and C-terminal region (from + aa 370) similar to L-carnitine dehydratases, racemases, + and Rv3272|MTCY71.12 Mycobacterium tuberculosis (394 aa), + FASTA score: opt: 472, E(): 2.1e-21, (29.9% identity in + 388 aa overlap). Also similar to P31572|CAIB_ECOLI + L-CARNITINE DEHYDRATASE (EC 4.2.1.89) (405 aa), FASTA + score: opt: 306, E(): 2.1e-11, (23.3% identity in 424 aa + overlap). Protein product from Mb1897 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CaiB/BaiF family protein" + /protein_id="SIU00501.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZJ5" + /db_xref="InterPro:IPR003673" + /db_xref="InterPro:IPR023606" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ5" + /translation="MVTRLLADLGADVLKVQPPGGSPGRHVRPTLAGTSIGFAMHNAN + KRSAVLNPLDESDRRRFLDLAASADIVVDCGLPGQAAAYGASCAELADRYRHLVALSI + TDFGAAGPRSSWRATDPVLYAMSGALSRSGPTAGTPVLPPDGIASATAAVQAAWAVLV + AYFNRLRCGTGDYIDFSRFDAVVMALDPPFGAHGQVAAGIRSTGRWRGRPKNQDAYPI + YPCRDGYVRFCVMAPRQWRGLRRWLGEPEDFQDPKYDVIGARLAAWPQISVLVAKLCA + EKTMKELVAAGQALGVPITAVLTPSRILASEHFQAVGAITDAELVPGVRTGVPTGYFV + VDGKRAGFRTPAPAAGQDEPRWLADPAPVPPPSGRVGGYPFEGLRILDLGIIVAGGEL + SRLFGDLGAEVIKVESADHPDGLRQTRVGDAMSESFAWTHRNHLALGLDLRNSEGKAI + FGRLVAESDAVFANFKPGTLTSLGFSYDVLHAFNPRIVLAGSSAFGNRGPWSTRMGYG + PLVRAATGVTRVWTSDEAQPDNSRHPFYDATTIFPDHVVGRVGALLALAALIHRDRTG + GGAHVHISQAEVVVNQLDTMFVAEAARATDVAEIHPDTSVHAVYPCAGDDEWCVISIR + SDDEWRRATSVFGQPELANDPRFGASRSRVANRSELVAAVSAWTSTRTPVQAAGALQA + AGVAAGPMNRPSDILEDPQLIERNLFRDMVHPLIARPLPAETGPAPFRHIPQAPQRPA + PLPGQDSVQICRKLLGMTADETERLINERVMFGPAVTA" + gene 2110383..2111867 + /locus_tag="BQ2027_MB1898" + CDS 2110383..2111867 + /locus_tag="BQ2027_MB1898" + /note="Mb1898, -, len: 494 aa. Equivalent to Rv1867, len: + 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 494 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to acetyl CoA + synthase and to lipid carriers. FASTA best: E155295 acetyl + CoA synthase (388 aa), opt: 213, E(): 4.5e-07, (23.2% + identity in 423 aa overlap). Protein product from Mb1898 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1898 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acetyl-CoA acetyltransferase" + /protein_id="SIU00502.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZK6" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR040771" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK6" + /translation="MPVDPRTPVLIGYGQVNHRGDIDAEKQSIEPVDLMAAAARKAAD + STVLEAVDSIRVVHMLSAHYRNPGQLLGERIKARTFTTGYSGVGGNMPQSLVNRACLD + IQRGRAGVVLLAGAETWRTRTGLRAKGSKLEWTVQDESVPLPDMAGDDVPMAGAAELR + INLDRPAYVYPIFEQALRIAYGESIENHRKRIGELWARFSAVAADNPHAWIRNPVTAD + EIWQPGPQNRMVSWPYTKLMNSNNMVDQGAALLLTSVERATRLRIPAERWVYPQAGTD + AHDTPAVADRHRLHRSTAIRIAGARALELAGLGLDDIEYVDLYSCFPSAVQVAAIELG + LDTDDPARPLTVTGGLTFAGGPWSNYVTHSIATMAELLAANPGRRGLITANGGYLTKH + SFGVYGTEPPSEFRWEDMQPAVDREPTGDGLVEWEGIGTVEAWTTPVNRDGQPEKAFL + AVRTPDGSRSLAVITDPASVQATVREDIAGVKVAVAPDGTATLR" + gene 2111966..2114065 + /locus_tag="BQ2027_MB1899" + CDS 2111966..2114065 + /locus_tag="BQ2027_MB1899" + /EC_number="2.7.9.2" + /note="Mb1899, -, len: 699 aa. Equivalent to Rv1868, len: + 699 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 699 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to products of three + consecutive ORFS in Mycobacterium leprae + MLCB2052.18|Z98604|B2052 (257 aa), FASTA scores: opt: 314, + E(): 9.9e-12, (35.2% identity in 213 aa overlap); + MLCB2052.17, and MLCB2052.16. Also similar to M. + tuberculosis hypothetical protein Rv2047c. Protein product + from Mb1899 detected using SWATH mass spectrometry. Mb1899 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoenolpyruvate synthase (EC" + /protein_id="SIU00503.1" + /db_xref="InterPro:IPR016040" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZJ6" + /translation="MQILVTDATGAVGRSVTRQLIAAGHTVSGIAQHPHDALDPRVDY + VCASLRNPVLQELAGEADAVIHLAPVDTSAPGGVGITGLAHVANAAARAGARLLFVSQ + AAGRPELYRQAETLVSTGWAPSLVIRIAPPVGRQLDWMVCRTVATLLRSKVSARPIRV + LHLDDLVRFLVLALNTDRNGVVDLATPDTTNVVTAWRLLRSVDPHLRTRRVRSWEQLI + PEVDIAAVQEDWNFEFGWQATEAIVDTGRGLVGRRLHPAGATNGSGQLALPVEAPPRS + VPSHGEPLGSAAPEGLEGEFDDRIDERFPVFSSASLAEALPGPLTPMTLDVQLSGLRA + AGRAMGRVLALGGVVADEWERRAIAVFGHRPYIGVSANIVAAAQLPGWDAQAVARRAL + GEQPQVTELLPFGRPQLAGGPLGSVAKVVVTARSLALLRHLRSDTHHYVAAADAEHLA + AGQLASLPDAGLEVRIRLLRDRIHQGWILTVLWVIDTGVTAATLEHTRAGSAVSGGGM + IMESGRIGAEIAPLAAVLRADPPLCALANDGNLASIRALSAPAAAAVDAVIARIGHRG + LGEAELANLTFADDPALLLKTAAEIAARPAGPAHPATLIQRLAAGTRSARELAHDTTI + RFTHELRMTLRELGSRRVAADVIDVVDDVFYLTCDELITTPADARLRIKRRRAERERL + QAQRPPDVIDHAWVPVE" + gene complement(2114079..2115314) + /locus_tag="BQ2027_MB1900C" + CDS complement(2114079..2115314) + /locus_tag="BQ2027_MB1900C" + /note="Mb1900c, -, len: 411 aa. Equivalent to Rv1869c, + len: 411 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 411 aa overlap). Probable reductase + (1.-.-.-). Similar to several reductases e.g. + CAC04223.1|AL391515 putative ferredoxin reductase from + Streptomyces coelicolor (420 aa); THCD_RHOSO|P43494 + rhodocoxin reductase (426 aa), FASTA scores: opt: 904, + E(): 0, (40.8% identity in 370 aa overlap). Also similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins Rv0688 (406 aa) + (39.9% identity in 391 aa overlap); and Rv0253 (nitrite + reductase subunit). Protein product from Mb1900c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1900c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable reductase" + /protein_id="SIU00504.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Q6" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR028202" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q6" + /translation="MASSTTFVIVGGGLAGAKAVEALRRSDFGGRIILFGDEEHLPYD + RPPLSKEFLAGKKSLSDFTIQTSDWYRDHDVDVRLGVRVSSLDRSAHTVELPDGAAVR + YDKLLLATGSAPRRPPIPGSDAAGVHYLRSYNDAVALNSVLVQGSSLAVVGAGWIGLE + VAASARQRGVDVTVVETAIQPLLAALGEAVGKVFADLHRDQGVDLRLQTQLEEITAAD + GKATGLKMRDGSTVAADAVLVAVGAKPNVELAQQAGLAMGEGGVLVDASLRTSDPDIY + AVGDIAAAEHPLLGTRVRTEHWANALKQPAVAAAGMLGRPGEYAELPYLFTDQYDLGM + EYVGHAPSCDRVVFRGNVAGREFLSFWLDGDSRVLAGMNVNVWDVVDDVKGLIRSGNP + VDVDRLVDPQWPLADLTTN" + gene complement(2115381..2116049) + /locus_tag="BQ2027_MB1901C" + CDS complement(2115381..2116049) + /locus_tag="BQ2027_MB1901C" + /note="Mb1901c, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv1870c, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to SC6F7.17c + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (216 + aa). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a single base transversion (t-a) and a single base + transition (c-t) lead to a slightly longer product + compared to the homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (222 aa versus 211 aa). Mb1901c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein involved in DNA repair" + /protein_id="SIU00505.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0D9" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D9" + /translation="MPPRIAGMRLLVIKPEPLARRLLKLAGTTYAAEAGIRIRDKPMP + LFQLLVLCMLASKPIGAATAARAARELFCSGLRTPKAVLSAERQTMISAFGRAHYVRY + DESSATRLTAIAHRVRDEYSGDLRELAQRTRPDVSAAKRMLKTFNGIGDTGADIFLRE + VQDVWIWVRPYFDDRATAAAKQLGLPTDPKKLASVAPSSNALLAAALVRVALDDELRL + QVTG" + gene complement(2116114..2116503) + /locus_tag="BQ2027_MB1902C" + CDS complement(2116114..2116503) + /locus_tag="BQ2027_MB1902C" + /note="Mb1902c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv1871c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Q11057|Rv1261|MTCY50.21 + (149 aa), FASTA score: opt: 125, E(): 0.019, (32.6% + identity in 89 aa overlap); Rv0523c, and Rv1598c. Protein + product from Mb1902c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1902c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA-repair" + /protein_id="SIU00506.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL5" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL5" + /translation="MNAAMNLKREFVHRVQRFVVNPIGRQLPMTMLETIGRKTGQPRR + TAVGGRVVDNQFWMVSEHGEHSDYVYNIKANPAVRVRIGGRWRSGTAYLLPDDDPRQR + LRGLPRLNSAGVRAMGTDLLTIRVDLD" + gene complement(2116526..2117770) + /gene="lldD2" + /locus_tag="BQ2027_MB1903C" + CDS complement(2116526..2117770) + /gene="lldD2" + /locus_tag="BQ2027_MB1903C" + /note="Mb1903c, lldD2, len: 414 aa (start uncertain). + Equivalent to Rv1872c, len: 414 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.5% identity in 414 aa + overlap). Possible lldD2, L-lactate dehydrogenase + (cytochrome) (EC 1.1.2.3), similar to other lactate + dehydrogenases and other oxidases e.g. LLDD_ECOLI|P33232 + l-lactate dehydrogenase (cytochrome) from Escherichia coli + strain K12 (396 aa), FASTA results: opt: 674, E(): + 1.1e-37, (40.5% identity in 279 aa overlap); Q51135 + LACTATE DEHYDROGENASE from Neisseria meningitidis (390 + aa), FASTA results: opt: 309, E(): 4.1e-15, (42.5% + identity in 113 aa overlap); etc. Also shows similarity + with Rv0694|lldD1|MTCY210.11 POSSIBLE L-LACTATE + DEHYDROGENASE (CYTOCHROME) from Mycobacterium tuberculosis + (396 aa). Contains PS00557 FMN-dependent alpha-hydroxy + acid dehydrogenases active site. BELONGS TO THE + FMN-DEPENDENT ALPHA-HYDROXY ACID DEHYDROGENASES FAMILY. + Protein product from Mb1903c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1903c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE L-LACTATE DEHYDROGENASE (CYTOCHROME) + LLDD2" + /protein_id="SIU00507.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZY8" + /db_xref="InterPro:IPR000262" + /db_xref="InterPro:IPR008259" + /db_xref="InterPro:IPR012133" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR037396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY8" + /translation="MAVNRRVPRVRDLAPLLQFNRPQFDTSKRRLGAALTIQDLRRIA + KRRTPRAAFDYADGAAEDELSIARARQGFRDIEFHPTILRDVTTVCAGWNVLGQPTVL + PFGIAPTGFTRLMHTEGEIAGARAAAAAGIPFSLSTLATCAIEDLVIAVPQGRKWFQL + YMWRDRDRSMALVRRAAAAGFDTMLVTVDVPVAGARLRDVRNGMSIPPALTLRTVLDA + MGHPRWWFDLLTTEPLAFASLDRWPGTVGEYLNTVFDPSLTFDDLAWIKSQWPGKLVV + KGIQTLDDARAVVDRGVDGIVLSNHGGRQLDRAPVPFHLLPHVARELGKHTEILVDTG + IMSGADIVAAIALGARCTLIGRAYLYGLMAGGEAGVNRAIEILQTGVIRTMRLLGVTC + LEELSPRHVTQLRRLGPIGAPT" + gene 2117793..2118230 + /locus_tag="BQ2027_MB1904" + CDS 2117793..2118230 + /locus_tag="BQ2027_MB1904" + /note="Mb1904, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv1873, len: + 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 145 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity to AL591783 hypothetical protein + from Sinorhizobium meliloti. Mb1904 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NTP pyrophosphohydrolases including oxidative + damage repair enzymes" + /protein_id="SIU00508.1" + /db_xref="InterPro:IPR014937" + /db_xref="InterPro:IPR036287" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK4" + /translation="MKSASDPFDLKRFVYAQAPVYRSVVEELRAGRKRGHWMWFVFPQ + LRGLGSSPLAVRYGISSLEEAQAYLQHDLLGPRLHECTGLVNQVQGRSIEEIFGPPDN + LKLCSSMTLFARATDANQDFVALLAKYYGGGEDRRTVALLAVT" + gene 2118303..2118989 + /locus_tag="BQ2027_MB1905" + CDS 2118303..2118989 + /locus_tag="BQ2027_MB1905" + /note="Mb1905, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv1874, len: + 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1905 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1905 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to sulfotransferase activity" + /protein_id="SIU00509.1" + /db_xref="InterPro:IPR009799" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN4" + /translation="MLMRPEPDDDWCARQRAQVADALLGLGVAGLSINVRDSTVRDSL + MTLTTLYPPVAAVVSLWTQQCYGEQVAAALRLLAQECDELGAYLVTESVPLTFPSLVE + SGSRTPGLANIALLRRPDGLDQATWLTRWQRDHTQVAIEAQATFGYTQNWVVRALTPE + APGIAGIVEELFPVAATTDLKAFFGAADDNDLRNRISRMVASTSAFGANQNIDTVPTS + RYVFRTPFKD" + gene 2119000..2119443 + /locus_tag="BQ2027_MB1906" + CDS 2119000..2119443 + /locus_tag="BQ2027_MB1906" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1906, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv1875, len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv1155|MTCI65.22|Z95584 (147 aa), FASTA scores: opt: 178, + E(): 7.4e-06, (26.9% identity in 130 aa overlap); Rv0121c + and Rv2074. Also similar to AL079356|SC6G9.21 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (144 aa), FASTA + scores: opt: 239, E(): 3.1 e-09, (38.7% identity in 137 aa + overlap). Protein product from Mb1906 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb1906 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable F420-dependent enzyme" + /protein_id="SIU00510.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL6" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019920" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL6" + /translation="MTTLNEAAALAAAERGLAVVSTVRADGTVQASLVNVGLLPHPVS + GEPSLGFTTYGKVKLGNLRARPQLAVTFRNGWQWATVEGRAQLVGPDDPRPWLVDGER + LRLLLREVFTAAGGTHDDWDEYDRVMAQEQRAVVLITPTRIYSNG" + gene 2119959..2120438 + /gene="bfrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1907" + CDS 2119959..2120438 + /gene="bfrA" + /locus_tag="BQ2027_MB1907" + /standard_name="bfr" + /note="Mb1907, bfrA, len: 159 aa. Equivalent to Rv1876, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). Probable bfrA, + bacterioferritin, similar to BFR_MYCLE|P43315 + bacterioferritin (bfr) from Mycobacterium leprae (159 aa), + FASTA results: opt: 958, E(): 0, (90.6% identity in 159 aa + overlap). Also similar to Rv3841|MTCY01A6.28c|bfrB + POSSIBLE BACTERIOFERRITIN from Mycobacterium tuberculosis + (181 aa). BELONGS TO THE BACTERIOFERRITIN FAMILY. Protein + product from Mb1907 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1907 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BACTERIOFERRITIN BFRA" + /protein_id="SIU00511.1" + /db_xref="GOA:P63698" + /db_xref="InterPro:IPR002024" + /db_xref="InterPro:IPR008331" + /db_xref="InterPro:IPR009040" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012347" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63698" + /translation="MQGDPDVLRLLNEQLTSELTAINQYFLHSKMQDNWGFTELAAHT + RAESFDEMRHAEEITDRILLLDGLPNYQRIGSLRIGQTLREQFEADLAIEYDVLNRLK + PGIVMCREKQDTTSAVLLEKIVADEEEHIDYLETQLELMDKLGEELYSAQCVSRPPT" + gene 2120523..2122058 + /locus_tag="BQ2027_MB1908" + CDS 2120523..2122058 + /locus_tag="BQ2027_MB1908" + /note="Mb1908, -, len: 511 aa. Similar to 5' end of + Rv1877, len: 687 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (93.2% identity in 292 aa overlap). Probable + conserved integral membrane protein, part of major + facilitator superfamily (MFS), similar to many antibiotic + and drug efflux proteins. Similar to e.g. Q56175 TU22 + DTDP-GLUCOSE DEHYDRTATASE from Streptomyces violaceoruber + (557 aa), FASTA scores: opt: 895, E(): 0, (34.7% identity + in 528 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis relatives protein, include Rv3728, Rv3239c, + Rv2846c, etc. Contains PS00217 Sugar transport proteins + signature 2 (PS00217). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv1877 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-c), splits Rv1877 into 2 parts, + Mb1908 and Mb1909. Mb1908 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00512.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL3" + /db_xref="InterPro:IPR001411" + /db_xref="InterPro:IPR001958" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL3" + /translation="MAGPTAPTTAPTAIRAGGPLLSPVRRNIIFTALVFGVLVAATGQ + TIVVPALPTIVAELGSTVDQSWAVTSYLLGGTVVVVVAGKLGDLLGRNRVLLGSVVVF + VVGSVLCGLSQTMTMLAISRALQGVGAGAISVTAYALAAEVVPLRDRGRYQGVLGAVF + GVNTVTGPLLGGWLTDYLSWRWAFWINVPVSIAVLTVAATAVPALARPPKPVIDYLGI + LVIAVATTALIMATSWGGTTYAWGSATIVGLLIGAAVALGFFVWLEGRARCGHPAAQA + VWQPSICRVLRPVLRGRIRDAGCTDLRTDLSGVRGRRVGDRVRSAHVADGDRPADRLD + RDGCPGRPDGPLQDLPGRGDGADGGCVPADVADGRVDATAAAIAVPGRPRCRHRIVHA + GARSHRAEHVVFRRPRRRNIGCDLLPGGRRLVWYRNIRCVVRKLPGPKTRFRADVGRR + ACPGSAISGCLASAAPEHGRPDRAGICRVAHPGVPLRGLGHGGRFHPGAVAARGTAHR + HPR" + gene 2122087..2122587 + /locus_tag="BQ2027_MB1909" + CDS 2122087..2122587 + /locus_tag="BQ2027_MB1909" + /note="Mb1909, -, len: 404 aa. Equivalent to 3' end of + Rv1877, len: 687 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 404 aa overlap). + Probable conserved integral membrane protein, part of + major facilitator superfamily (MFS), similar to many + antibiotic and drug efflux proteins. Similar to e.g. + Q56175 TU22 DTDP-GLUCOSE DEHYDRTATASE from Streptomyces + violaceoruber (557 aa), FASTA scores: opt: 895, E(): 0, + (34.7% identity in 528 aa overlap). Also similar to + Mycobacterium tuberculosis relatives protein, include + Rv3728, Rv3239c, Rv2846c, etc. Contains PS00217 Sugar + transport proteins signature 2 (PS00217). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1877 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c), splits Rv1877 into 2 parts, Mb1908 and + Mb1909. Mb1909 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00513.1" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK3" + /translation="MPRAESPEDVLEIAVRRMLPNGVRLRDIATQPGCGLGVAELWAL + LRIYQYQRLFEAVRLTDIGRHLHVPYQVFEPVFDRLVQTGYAARDGDILTLTPSGHRQ + VDSLAVLIRQWLLDHLAVAPGLKRQPDHQFEAALQHVTDAVLVQRDWYEDLGDLSESR + QLAATT" + gene 2122642..2123994 + /gene="glnA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1910" + CDS 2122642..2123994 + /gene="glnA3" + /locus_tag="BQ2027_MB1910" + /note="Mb1910, glnA3, len: 450 aa. Equivalent to Rv1878, + len: 450 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 450 aa overlap). Probable glnA3, + glutamine synthetase class I (EC 6.3.1.2), similar to many + e.g. GLNA_BACCE|P19064 from Bacillus cereus (443 aa), + FASTA results: opt: 497, E(): 5.2e-23, (29.0% identity in + 331 aa overlap); etc. Also similar to C-terminus of + FLUG_EMENI|P38094 flug protein from emericella nidulans + (865 aa), FASTA scores: opt: 227, E (): 6.4e-13, (29.9% + identity in 394 aa overlap). Note that the downstream ORF + MTCY180.39c is similar to the N-terminus. Also similar to + three other potential glutamine synthases in M. + tuberculosis: + Q10378|GLN2_MYCTU|GLNA2|Rv2222c|MT2280|MTCY190.33c|MTCY427 + .03c; Rv2860c|MTV003.06c|glnA4 and Rv2220|glnA1. BELONGS + TO THE GLUTAMINE SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb1910 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb1910 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE SYNTHETASE GLNA3 (GLUTAMINE + SYNTHASE) (GS-I)" + /protein_id="SIU00514.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1R5" + /db_xref="InterPro:IPR008146" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R5" + /translation="MTATPLAAAAIAQLEAEGVDTVIGTVVNPAGLTQAKTVPIRRTN + TFANPGLGASPVWHTFCIDQCSIAFTADISVVGDQRLRIDLSALRIIGDGLAWAPAGF + FEQDGTPVPACSRGTLSRIEAALADAGIDAVIGHEVEFLLVDADGQRLPSTLWAQYGV + AGVLEHEAFVRDVNAAATAAGIAIEQFHPEYGANQFEISLAPQPPVAAADQLVLTRLI + IGRTARRHGLRVSLSPAPFAGSIGSGAHQHFSLTMSEGMLFSGGTGAAGMTSAGEATV + AGVLRGLPDAQGILCGSIVSGLRMRPGNWAGIYACWGTENREAAVRFVKGGAGSAYGG + NVEVKVVDPSANPYLASAAILGLALDGMKTKAVLPSETTVDPTQLSDVDRDRAGILRL + AADQADAIAVLDSSKLLRCILGDPVVDAVVAVRQLEHERYGDLDPAQLADKFRMAWSV + " + gene 2123997..2125133 + /locus_tag="BQ2027_MB1911" + CDS 2123997..2125133 + /locus_tag="BQ2027_MB1911" + /note="Mb1911, -, len: 378 aa. Equivalent to Rv1879, len: + 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 378 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to SCC22.14c|AL096839 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (368 + aa), FASTA results: opt: 772, E(): 0 (40.3% identity in + 372 aa overlap); and to N-terminal half of + nodulin/glutamate-ammonia ligase-like protein. Some + similarity to N-terminus of AL132958|ATT4D2_11 Arabidopsis + thaliana (845 aa), FASTA results: opt: 354, E(): 3.1e-16, + (29.2% identity in 383 aa overlap); and to + P38094|FLUG_EMENI Flug protein of Emericella nidulans (865 + aa), FASTA results: opt: 306, E(): 6.2e-13, (26.5% + identity in 415 aa overlap). Note that the upstream ORF + Rv1878|MTCY18 0.40c is similar to the C-terminus. Mb1911 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Amidohydrolase" + /protein_id="SIU00515.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F1" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F1" + /translation="MADSAGSDLTRHTAEVPLIDQHVHGCWLTEGNRRRFENALNEAN + TEPLADFDSGFDSQLGFAVRNHCAPILGLPRHVDPQTYWDRRSQFSEAELARRFLQAA + GVTDWLVETGIGYDVSGMASVAGLGELSGSHAHEVVRLEQVAEQAVQASGDYASAFNE + ILRRRAATAVATKSILAYRGGFDGDLTEPPAAQVAEAAKRWRDRGGVRLQDRVLLRFG + LHQALRLGKPLQFHVGFGDRDADLHKANPLYLLDFLRQSGNTPIVLLHCYPYEREAGY + LAQAFNNVYLDGGLSVHYLGARSPAFIGRLLELAPFRKIVYSSDGFGPAELHFLGATL + WRSGIQRVLRGFVERDDWCETDALRVVDLIAHGTAARIYRLGDR" + gene complement(2125161..2126477) + /gene="cyp140" + /locus_tag="BQ2027_MB1912C" + CDS complement(2125161..2126477) + /gene="cyp140" + /locus_tag="BQ2027_MB1912C" + /note="Mb1912c, cyp140, len: 438 aa. Equivalent to + Rv1880c, len: 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 438 aa overlap). + Probable cyp140, cytochrome p450 (EC 1.14.-.-). Similar to + Q00441|CPXJ_SACER 6-deoxyerythronolide beta hydroxylase + (404 aa), FASTA scores: opt: 775, E(): 0, (44.2% identity + in 319 aa overlap); and other members of the cytochrome + P450 family. Related to Mycobacterium tuberculosis + proteins include: Rv0766c, Rv2266, Rv0778, etc. Contains + cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature + (PS00086). BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. Protein + product from Mb1912c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1912c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cytochrome p450 140 CYP140" + /protein_id="SIU00516.1" + /db_xref="GOA:P63722" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63722" + /translation="MKDKLHWLAMHGVIRGIAAIGIRRGDLQARLIADPAVATDPVPF + YDEVRSHGALVRNRANYLTVDHRLAHDLLRSDDFRVVSFGENLPPPLRWLERRTRGDQ + LHPLREPSLLAVEPPDHTRYRKTVSAVFTSRAVSALRDLVEQTAINLLDRFAEQPGIV + DVVGRYCSQLPIVVISEILGVPEHDRPRVLEFGELAAPSLDIGIPWRQYLRVQQGIRG + FDCWLEGHLQQLRHAPGDDLMSQLIQIAESGDNETQLDETELRAIAGLVLVAGFETTV + NLLGNGIRMLLDTPEHLATLRQHPELWPNTVEEILRLDSPVQLTARVACRDVEVAGVR + IKRGEVVVIYLAAANRDPAVFPDPHRFDIERPNAGRHLAFSTGRHFCLGAALARAEGE + VGLRTFFDRFPDVRAAGAGSRRDTRVLRGWSTLPVTLGPARSMVSP" + gene complement(2126527..2126949) + /gene="lppE" + /locus_tag="BQ2027_MB1913C" + CDS complement(2126527..2126949) + /gene="lppE" + /locus_tag="BQ2027_MB1913C" + /note="Mb1913c, lppE, len: 140 aa. Equivalent to Rv1881c, + len: 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap=. Possible lppE, + lipoprotein, showing some similarity to L12238|MSG18S19K_1 + 19K antigen from Mycobacterium intracellulare (162 aa), + FASTA scores: opt: 137, E(): 0.0069, (27.6% identity in + 156 aa overlap). Contains signal sequence and + appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb1913c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1913c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPE" + /protein_id="SIU00517.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZZ9" + /db_xref="InterPro:IPR008691" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ9" + /translation="MCNRLVTVTGVAMVVAAGLSACGQAQTVPRKAARLTIDGVTHTT + RPATCSQEHSYRTIDIRNHDSTVQAVVLLSGDRVIPQWVKIRNVDGFNGSFWHGGVGN + ARADRARNTYTVAGSAYGISSKKPNTVVSTDFNILAEC" + gene complement(2126990..2127823) + /locus_tag="BQ2027_MB1914C" + CDS complement(2126990..2127823) + /locus_tag="BQ2027_MB1914C" + /note="Mb1914c, -, len: 277 aa. Equivalent to Rv1882c, + len: 277 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 277 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases, generally belonging to SDR + family, e.g. NP_250789.1|NC_002516 probable short-chain + dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa (251 aa); + NP_421760.1|NC_002696 short chain dehydrogenase family + protein from Caulobacter crescentus (270 aa); + NP_107167.1|NC_002678 oxidoreductase (short chain + dehydrogenase/reductase family) from Mesorhizobium loti + (253 aa); P50197|LINC_PSEPA + 2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase + from Pseudomonas paucimobilis (Sphingomonas paucimobilis) + (250 aa), FASTA scores: opt: 301, E(): 2.3e-12, (30.0% + identity in 223 aa overlap); etc. Also similar to proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv3057c, Rv1245, etc. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 246-267 + (+4.32 SD). Contains PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb1914c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1914c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU00518.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL1" + /translation="MKAIFITGAGSGMGREGATLFHANGWRVGAIDRNEDGLAALRVQ + LGAERLWARAVDVTDKAALEGALADFCAGNVGGGLDMMWNNAGIGEGGWFEDVPYEAA + VRVVDVNFKAVLTGAYAALPYLKKAPGSLMFSTSSSSGTYGMPRIAVYSATKHAVKGL + TEALSVEWQRHGVRVADVLPGLIDTAILTSTRQHSDEGPYTISAEQIRAAAPKKGMFR + LMPSSSVAEAAWRAYQHPTRLHWYVPRSIRWIDRLKGVSPEFVRRHIAKSLATLEPKR + K" + gene complement(2127851..2128327) + /locus_tag="BQ2027_MB1915C" + CDS complement(2127851..2128327) + /locus_tag="BQ2027_MB1915C" + /note="Mb1915c, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv1883c, + len: 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (96.8% identity in 158 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to hypothetical proteins e.g. + Rv2778c|AL008967|MTV002.43 from Mycobacterium tuberculosis + (156 aa), FASTA score: opt: 212, E(): 3.1e-08, (34.4% + identity in 151 aa overlap). Also similar to + U75434|SAU75434_3 Nsh-OrfB from Streptomyces actuosus (173 + aa), FASTA score: opt: 207, E(): 1.8e-07, (40.2% identity + in 102 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 15 bp in-frame insertion leads to a + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (158 aa versus 153 aa). Protein + product from Mb1915c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1915c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00519.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN9" + /translation="MCLDQVMEGSATVHMAAPPDKIWTLIADVRNTGRFSPETFEAEW + LDGATGPALGARFRGHVRRNGIGPVYWTVCEVTACEPGREFGFAVLLGDRPVNNWHYR + LTPTADGTEVTESFRLPPSVLTTVYYRVFGGWLRQRRNIRDMTKTLQRIKDLVEAG" + gene complement(2128366..2128896) + /gene="rpfC" + /locus_tag="BQ2027_MB1916C" + CDS complement(2128366..2128896) + /gene="rpfC" + /locus_tag="BQ2027_MB1916C" + /note="Mb1916c, rpfC, len: 176 aa. Equivalent to Rv1884c, + len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Probable rpfC, + resuscitation promoting factor (see citation below), + similar to Z96935|MLRPF_1 resusicitation-promoting factor + from Micrococcus luteus (220 aa), FASTA score: opt: 287, + E() : 3.3e-11, (40.0% identity in 120 aa overlap). Also + similar to others from Mycobacterium tuberculosis: + Rv2389c|MTCY253.32|RPFD PROBABLE RESUSCITATION-PROMOTING + FACTOR (154 aa), FASTA score: opt: 382, E(): 7.1e-17, + (55.4% identity in 101 aa overlap); Rv0867c|RPFA + (N-terminal part), Rv2450c|RPFE, and Rv1009|RPFB + (C-terminal part). Mb1916c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFC" + /protein_id="SIU00520.1" + /db_xref="InterPro:IPR010618" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM2" + /translation="MHPLPADHGRSRCNRHPISPLSLIGNASATSGDMSSMTRIAKPL + IKSAMAAGLVTASMSLSTAVAHAGPSPNWDAVAQCESGGNWAANTGNGKYGGLQFKPA + TWAAFGGVGNPAAASREQQIAVANRVLAEQGLDAWPTCGAASGLPIALWSKPAQGIKQ + IINEIIWAGIQASIPR" + gene complement(2128908..2129507) + /locus_tag="BQ2027_MB1917C" + CDS complement(2128908..2129507) + /locus_tag="BQ2027_MB1917C" + /note="Mb1917c, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv1885c, + len: 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to P42517|CHMU_ERWHE + MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE (181 aa), FASTA score: + opt: 181, E(): 0.00017, (28.6% identity in 133 aa + overlap). Protein product from Mb1917c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb1917c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="chorismate mutase" + /protein_id="SIU00521.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZL2" + /db_xref="InterPro:IPR002701" + /db_xref="InterPro:IPR008240" + /db_xref="InterPro:IPR036263" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL2" + /translation="MLTRPREIYLATAVSIGILLSLIAPLGPPLARADGTSQLAELVD + AAAERLEVADPVAAFKWRAQLPIEDSGRVEQQLAKLGEDARSQHIDPDYVTRVFDDQI + RATEAIEYSRFSDWKLNPASAPPEPPDLSASRSAIDSLNNRMLSQIWSHWSLLSAPSC + AAQLDRAKRDIVRSRHLDSLYQRALTTATQSYCQALPPA" + gene complement(2129525..2130502) + /gene="fbpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1918C" + CDS complement(2129525..2130502) + /gene="fbpB" + /locus_tag="BQ2027_MB1918C" + /standard_name="mpt59; 85B" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1918c, fbpB, len: 325 aa. Equivalent to Rv1886c, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (100.0% identity in 325 aa overlap). fbpB (alternate gene + names: mpt59, 85B), precursor of the 85-B antigen + (fibronectin-binding protein B) (mycolyl transferase 85B) + (EC 2.3.1.-) (see citations below), highly similar to + other Mycobacterial antigen precursors e.g. + P12942|A85B_MYCBO ANTIGEN 85-B PRECURSOR from + Mycobacterium bovis (323 aa); P21160|A85B_MYCKA ANTIGEN + 85-B PRECURSOR from Mycobacterium kansasii (325 aa); etc. + Also highly similar to Mycobacterium tuberculosis antigen + precursors: Rv3804c|fbpA (338 aa), Rv0129c|fbpC2 (340 aa), + and Rv3803c|fbpC1 (299 aa). Protein product from Mb1918c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1918c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secreted antigen 85-B fbpB (85B) (antigen 85 + complex B) (Mycolyl transferase 85B) (Fibronectin-binding + protein B) (Extracellular alpha-antigen)" + /protein_id="SIU00522.1" + /db_xref="GOA:P0C2T2" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0C2T2" + /translation="MTDVSRKIRAWGRRLMIGTAAAVVLPGLVGLAGGAATAGAFSRP + GLPVEYLQVPSPSMGRDIKVQFQSGGNNSPAVYLLDGLRAQDDYNGWDINTPAFEWYY + QSGLSIVMPVGGQSSFYSDWYSPACGKAGCQTYKWETFLTSELPQWLSANRAVKPTGS + AAIGLSMAGSSAMILAAYHPQQFIYAGSLSALLDPSQGMGPSLIGLAMGDAGGYKAAD + MWGPSSDPAWERNDPTQQIPKLVANNTRLWVYCGNGTPNELGGANIPAEFLENFVRSS + NLKFQDAYNAAGGHNAVFNFPPNGTHSWEYWGAQLNAMKGDLQSSLGAG" + gene 2130893..2132035 + /locus_tag="BQ2027_MB1919" + CDS 2130893..2132035 + /locus_tag="BQ2027_MB1919" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1919, -, len: 380 aa. Equivalent to Rv1887, len: + 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 380 aa overlap). Hypothetical unknown + protein; contains eukaryotic thiol (cysteine) proteases + histidine active site at N-terminus (PS00639) and Pro-rich + region near C-terminus. Protein product from Mb1919 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb1919 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIU00523.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZK9" + /translation="MDTVLGLSITPTTLGWVLAEGHGADGAILDRNELELHSGRNAQA + IHTAEQLAAEVLLAHEVAAAGDHRLRVIGVTWNAEASAQAALLVESLTGAGFDNVVPV + RRLRAIETLAQAIAPVIGYEQIAVCVLEHESATVVMVDTHDGKTQIAVKHVCRGLSGL + TSWLTGMFGRDAWRPAGVVVVGSDSEVSEFSWQLERVLPVPVFAQTMAQVTVARGAAL + AAAQSTEFTDAQLVADSVSQPTVAPRRSRHYAGAAAALAAAAVTFVASLSLAVGIQLA + PHNDTGTAKHGAHKPTPRIAKAVAPAVPPPPTVTPPVPARAPRPAAQHEPPARVTSGE + ALTEPNPPEEQPNASAPQQDRNDSQPITRVLEHIPGAYGDSAPPAE" + gene complement(2132005..2132724) + /locus_tag="BQ2027_MB1920C" + CDS complement(2132005..2132724) + /locus_tag="BQ2027_MB1920C" + /note="Mb1920c, -, len: 239 aa. Similar to Rv1888c, len: + 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 186 aa overlap). Possible + transmembrane protein. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 10 bp insertion (*-tccgatcacc) + leads to a longer product with a different COOH part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + H37Rv (239 aa versus 186 aa). Protein product from Mb1920c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1920c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00524.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1S2" + /db_xref="InterPro:IPR025498" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1S2" + /translation="MQPDAYPVRVRGDLDPALSRWQWLVKWFLAIPHYIVLFFLHVAA + VVVTVIAFFAILFTGRYPRTLFDFNVGVMRWRWRVAFYALSALGTDRYPPFSLQTKAE + YPADLEVDYPERLSRGLVLIKWWLLAIPHYLILAVFLSSGWRVFLIDPHDRVGIMWPS + LLVILLLVAVVALLFTGRYPIGLYNLVIGVNRWALRVRAYTTLMRDEYPPLRLDMGPR + EQVSQPATAASDYSAGGAESP" + gene complement(2133089..2133262) + /locus_tag="BQ2027_MB1921C" + CDS complement(2133089..2133262) + /locus_tag="BQ2027_MB1921C" + /note="Mb1921c, -, len: 57 aa. Equivalent to Rv1888A, len: + 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 57 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Possibly continuation of Rv1889c, part of large + family of Mycobacterium tuberculosis proteins with + conserved N-terminal domain of ~ 120 aa. Includes: + C-terminus of Rv0726c|P95074 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN (367 aa), FASTA scores: opt: 295, E(): 3.1e-15, + (73.684% identity in 57 aa overlap); C-terminus of + Rv3399|Q50726|MTCY78.29c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + (348 aa), FASTA scores: opt: 504, E(): 7.3e-29, (64.2% + identity in 120 aa overlap); C-terminus of Rv0731c; etc. + Mb1921c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-methyltransferase" + /protein_id="SIU00525.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F9" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F9" + /translation="MVPVDLRRDWPTPLRQAGFDPNQPSAWLAEGLLAFLPPDAQDRL + LDNITALSAPGSR" + gene complement(2133306..2133662) + /locus_tag="BQ2027_MB1922C" + CDS complement(2133306..2133662) + /locus_tag="BQ2027_MB1922C" + /note="Mb1922c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv1889c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Part of large family of + Mycobacterium tuberculosis proteins with conserved + N-terminal domain of ~ 120 aa. Includes: + Rv3399|Q50726|MTCY78.29C hypothetical 38.1 kd protein (348 + aa), FASTA results: opt: 504, E(): 7.3e-29, (64.2% + identity in 120 aa overlap); Rv0726c, Rv0731c, etc. + Mb1922c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-methyltransferase" + /protein_id="SIU00526.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZN6" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN6" + /translation="MPRTNNDAWDLATSVGATATMVAAARAVATRADNPLIDDPFAEP + LVRAVGIDFFTRWAAGNIKATDVDDPDGTWGLQRLADLLAARTRYFDAFFRDATSAGI + RQAVILASGLDARAYR" + gene complement(2133721..2134332) + /locus_tag="BQ2027_MB1923C" + CDS complement(2133721..2134332) + /locus_tag="BQ2027_MB1923C" + /note="Mb1923c, -, len: 203 aa. Equivalent to Rv1890c, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 203 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1923c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00527.1" + /db_xref="InterPro:IPR007372" + /db_xref="InterPro:IPR036761" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y011" + /translation="MAHKTRREGRAGRSSEYSRGVSDAVWTLDASDGELVLRTGVVGR + AARLGHRLTIAMTRWQALVNWSGTDPVAGELVAEVDSFEVMRGEGGVKGLSEPEKALV + RANALKTLNASRFPHIRFTTEAIAQTGNGYRLTGKLHIRGKSREHVIDLHTEDLGAAW + RISADTTVRQSNYGVKPYSLLMGSIRVADEVSVAFTAVRAKDD" + gene 2134386..2134793 + /locus_tag="BQ2027_MB1924" + CDS 2134386..2134793 + /locus_tag="BQ2027_MB1924" + /note="Mb1924, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv1891, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Equivalent to MLCB561.09|AL049571 + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (134 aa), + FASTA scores: opt: 800, E(): 0, (79.7% identity in 133 aa + overlap). Mb1924 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIU00528.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZL9" + /translation="MIRELVTTAAITGAAIGGAPVAGADPQRYDGDVPGMNYDASLGA + PCSSWERFIFGRGPSGQAEACHFPPPNQFPPAETGYWVISYPLYGVQQVGAPCPKPQA + AAQSPDGLPMLCLGARGWQPGWFTGAGFFPPEP" + gene 2134810..2135121 + /locus_tag="BQ2027_MB1925" + CDS 2134810..2135121 + /locus_tag="BQ2027_MB1925" + /note="Mb1925, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv1892, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Probable membrane + protein. Mb1925 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00529.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP7" + /translation="MIMCEGRPTESPIPRWLRFVLTSDRAGSAWYIGAGFFFAPVLAV + LSPWPTITAVLWWIIGLAGLWLGLLGIAMAVGLARVLRSGAEIPEAYWRTLVDYRSAN + E" + gene 2135131..2135349 + /locus_tag="BQ2027_MB1926" + CDS 2135131..2135349 + /locus_tag="BQ2027_MB1926" + /note="Mb1926, -, len: 72 aa. Equivalent to Rv1893, len: + 72 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 72 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Equivalent to MLCB561.11|AL049571 hypothetical + protein from Mycobacterium leprae (74 aa), FASTA scores: + opt: 317, E(): 4.6e-15, (69.4% identity in 72 aa overlap). + Protein product from Mb1926 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1926 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00530.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN1" + /translation="MSFNPKDAVDAVRDIAANAVEKASDIVENAGHIIRGDIAGGASG + IVKDSIDIATHAVDRTKEVFTGKTDDEG" + gene complement(2135384..2136514) + /locus_tag="BQ2027_MB1927C" + CDS complement(2135384..2136514) + /locus_tag="BQ2027_MB1927C" + /note="Mb1927c, -, len: 376 aa. Equivalent to Rv1894c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weak similarity to some + oxidoreductases e.g. Q01284 2-NITROPROPANE DIOXYGENASE + PRECURSOR (378 aa), FASTA results: opt: 204, E(): 5.8e-06, + (34.3% identity in 140 aa overlap). Similar to + hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Rv3553|MTCY03C7.02c (355 aa), FASTA results: opt: 296, + E(): 1.6e-10, (32.9% identity in 167 aa overlap); Rv1533 + (375 aa) (48.1% identity in 376 aa overlap); Rv0021c, + Rv2781c. Protein product from Mb1927c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1927c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative oxidoreductase, nitronate monooxygenase + family" + /protein_id="SIU00531.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZM5" + /db_xref="InterPro:IPR004136" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM5" + /translation="MHTAICDELGIEFPIFAFTHCRDVVVAVSKAGGFGVLGAVGFTP + EQLEIELNWIDEHIGDHPYGVDIVIPNKYEGMDSQLSADELAKTLRSMVPQEHLDFAR + KILADHGVPVEDADEDSLQLLGWTEATATPQVDAALKHPKMTMVANALGTPPADMIKH + IHDSGRKVAALCGSPSQARKHADAGVDIIIAQGGEAGGHCGEVGSIVLWPQVVKEVAP + VPVLAAGGIGSGQQIAAALALGTQGAWTGSQWLMVEEAANTAVQQAAYVKATSRDTVR + SRSFTGKPARMLRNDWTEAWEQPESPKPLGMPLQYMVSGMAVKATHKYPNETVDVAFN + PVGQVVGQFTKVEKTATVIERWVQEYLEATARLDALNAAASV" + gene 2137166..2137489 + /locus_tag="BQ2027_MB1928" + CDS 2137166..2137489 + /locus_tag="BQ2027_MB1928" + /note="Mb1928, -, len: 107 aa. Equivalent to 5' end of + Rv1895, len: 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 96 aa overlap). Possible + dehydrogenase (EC 1.1.-.-), similar to various sorbitol + and alcohol dehydrogenases, and to putative + glutathione-dependent aldehyde dehydrogenase e.g + DHSO_BACSU|Q06004 Sorbitol dehydrogenase (EC 1.1.1.14) + from Streptomyces coelicolor (352 aa), FASTA results: opt: + 506, E(): 7.2e-24, (30.6% identity in 350 aa overlap); and + AL109962|SCJ1.28 PUTATIVE ZINC-CONTAINING DEHYDROGENASE + from Streptomyces coelicolor (356 aa), FASTA results: opt: + 634, E(): 2.9e-30, (34.7% identity in 357 aa overlap). + Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + dehydrogenases. Note that there is a substantial (134 bp) + overlap at the C-terminus with the C-terminus of the + downstream ORF, although both appear to be true coding + regions. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1895 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, two frameshifts due to a single + base deletion (a-*) and a single base insertion (*-t), + consecutively, splits Rv1895 into 2 main parts, Mb1928 and + Mb1929. Mb1928 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DEHYDROGENASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00532.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP1" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP1" + /translation="MRAVVIDGAGSVRVNTQPDPALPGPDGVVVAVTAAGICGSDLHF + YEGEYPFTEPVALGHEAVGTIVEAGPQVRTVGVGDLVMVSSVAGCGVCPGCEPMIQSC + ASPAR" + gene 2137486..2138190 + /locus_tag="BQ2027_MB1929" + CDS 2137486..2138190 + /locus_tag="BQ2027_MB1929" + /note="Mb1929, -, len: 234 aa. Equivalent to middle part + of Rv1895, len: 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.9% identity in 234 aa overlap). Possible + dehydrogenase (EC 1.1.-.-), similar to various sorbitol + and alcohol dehydrogenases, and to putative + glutathione-dependent aldehyde dehydrogenase e.g + DHSO_BACSU|Q06004 Sorbitol dehydrogenase (EC 1.1.1.14) + from Streptomyces coelicolor (352 aa), FASTA results: opt: + 506, E(): 7.2e-24, (30.6% identity in 350 aa overlap); and + AL109962|SCJ1.28 PUTATIVE ZINC-CONTAINING DEHYDROGENASE + from Streptomyces coelicolor (356 aa), FASTA results: opt: + 634, E(): 2.9e-30, (34.7% identity in 357 aa overlap). + Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + dehydrogenases. ****Note that there is a substantial (134 + bp) overlap at the C-terminus with the C-terminus of the + downstream ORF, although both appear to be true coding + regions. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv1895 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, two frameshifts due to a single + base deletion (a-*) and a single base insertion (*-t), + consecutively, splits Rv1895 into 2 main parts, Mb1928 and + Mb1929." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DEHYDROGENASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00533.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZM8" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM8" + /translation="MIFGAGVLGGAQADLLAVPAADFQVLKIPEGITTEQALLLTDNL + ATGWAAAQRADISFGSAVAVIGLGAVGLCALRSAFIHGAATVFAVDRVKGRLQRAATW + GATPIPSPAAETILAATRGRGADSVIDAVGTDASMSDALNAVRPGGTVSVVGVHDLQP + FPLPALTCLLRSITLRMTMAPVQRTWPELIPLLQSGRLDVDGIFTTTLPLDEAAKGYA + TARARSGEELKVLLTP" + gene complement(2138180..2139091) + /locus_tag="BQ2027_MB1931C" + CDS complement(2138180..2139091) + /locus_tag="BQ2027_MB1931C" + /note="Mb1931c, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv1896c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 303 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to several (14) hypothetical + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. Rv0145|MTCI5.19 + (317 aa), FASTA results: opt: 720, E(): 0, (41.6% identity + in 308 aa overlap); Q10552|YZ21_MYCTU (325 aa), opt: 689, + E(): 0, (40.5% identity in 304 aa overlap); Rv0726c, + Rv0731c, Rv3399, etc. and to related proteins in other + actinomycetes. Note that there is a substantial (134 bp) + overlap at the C-terminus with the C-terminus of the + downstream ORF, although both appear to be true coding + regions. Protein product from Mb1931c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1931c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-methyltransferase" + /protein_id="SIU00534.1" + /db_xref="GOA:Q7TZC0" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZC0" + /translation="MTTPEYGSLRSDDDHWDIVSNVGYTALLVAGWRALHTTGPKPLV + QDEYAKHFITASADPYLEGLLANPRTSEDGTAFPRLYGVQTRFFDDFFNCADEAGIRQ + AVIVAAGLDCRAYRLDWQPGTTVFEIDVPKVLEFKARVLSERGAVPKAHRVAVPADLR + TDWPTPLTAAGFDPQRPSAWSVEGLLPYLTGDAQYALFARIDELCAPGSRVALGALGS + RLDHEQLAALETAHPGVNMSGDVNFSALTYDDKTDPVEWLVEHGWAVDPVRSTLELQV + GYGLTPPDVDVKIDSFMRSQYITAVRA" + gene complement(2139096..2139527) + /gene="dtd" + /locus_tag="BQ2027_MB1932C" + CDS complement(2139096..2139527) + /gene="dtd" + /locus_tag="BQ2027_MB1932C" + /EC_number="3.1.1.96" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1932c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv1897c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to D63706|Q54235 + ORF2 from Streptomyces griseus (149 aa), FASTA results: + opt: 509, E(): 1.2e-28, (57.3% identity in 150 aa + overlap); and Q45303 ORF1 PROTEIN from Corynebacterium + glutamicum (144 aa), FASTA results: opt: 460, E(): + 5.5e-23, (49.7% identity in 143 aa overlap). Mb1932c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="D-aminoacyl-tRNA deacylase (EC" + /protein_id="SIU00535.1" + /db_xref="GOA:P63996" + /db_xref="InterPro:IPR003732" + /db_xref="InterPro:IPR023509" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63996" + /translation="MRVLVQRVSSAAVRVDGRVVGAIRPDGQGLVAFVGVTHGDDLDK + ARRLAEKLWNLRVLADEKSASDMHAPILVISQFTLYADTAKGRRPSWNAAAPGAVAQP + LIAAFAAALRQLGAHVEAGVFGAHMQVELVNDGPVTVMLEG" + gene 2139585..2139893 + /locus_tag="BQ2027_MB1933" + CDS 2139585..2139893 + /locus_tag="BQ2027_MB1933" + /note="Mb1933, -, len: 102 aa. Equivalent to Rv1898, len: + 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to other + hypothetical proteins e.g. Q58452 from METHANOCOCCUS + JANNASCH II (100 aa), FASTA results: opt: 152, E(): + 9.1e-05, (31.5% identity in 92 aa overlap); and + AE000771|AE000771_2 from Aquifex aeolicus (157 aa), FASTA + results: opt: 246, E(): 3.2e-11, (39.0% identity in 100 aa + overlap). Protein product from Mb1933 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1933 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ExtraCellular Mutant; Ecm15p" + /protein_id="SIU00536.1" + /db_xref="InterPro:IPR002767" + /db_xref="InterPro:IPR029756" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67120" + /translation="MSVLVAFSVTPLGVGEGVGEIVTEAIRVVRDSGLPNQTDAMFTV + IEGDTWAEVMAVVQRAVEAVAARAPRVSAVIKVDWRPGVTDAMTQKVATVERYLLRPE + " + gene complement(2139859..2140935) + /gene="lppD" + /locus_tag="BQ2027_MB1934C" + CDS complement(2139859..2140935) + /gene="lppD" + /locus_tag="BQ2027_MB1934C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1934c, lppD, len: 358 aa. Similar to Rv1899c, + len: 343 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (95.5% identity in 358 aa overlap). Possible lipoprotein; + contains appropriately localized lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). Some similarity to C-terminal + part of AE000717|AE000717_4 hypothetical protein from + Aquifex aeolicus section 49 (165 aa), FASTA results: opt: + 372, E(): 2.3e-14, (43.5% identity in 147 aa overlap); and + Q44020 4-hydroxybutyrate dehydrogenase (173 aa), FASTA + results: opt: 272, E(): 4.7e-09, (35.8% identity in 165 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 45 bp in-frame insertion leads to a longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (358 aa versus 343 aa). Protein + product from Mb1934c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1934c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPOPROTEIN LPPD" + /protein_id="SIU00537.1" + /db_xref="InterPro:IPR002589" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZB9" + /translation="MSRAAGLPRLSWFAGLTWFAGGSTGAGCAAHPALAGLTAGARCP + AYAAISASTARPAATALPAVAASTARPAATAGTTPATGASGSARPTDAAGMADLARPG + VVATHAVRTLGTTGSRAIGLCPCQPLDCPRSPQATPNLGSMGRSLDGPQWRRARVRLC + GRWWRRSNTTRGASPRPPSTCRGDNVSMIELEVHQADVTKLELDAITNAANTRLRHAG + GVAAAIARAGGPELQRESTEKAPIGLGEAVETTAGDMPARYVIHAATMELGGPTSGEI + ITAATAATLRKADELGCRSLALVAFGTGVGGFPLDDAARLMVGAVRRHRPGSLQRVVF + AVHGDAAERAFSAAIQAGEDTARR" + gene complement(2140935..2142323) + /gene="lipJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1935C" + CDS complement(2140935..2142323) + /gene="lipJ" + /locus_tag="BQ2027_MB1935C" + /note="Mb1935c, lipJ, len: 462 aa. Equivalent to Rv1900c, + len: 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 462 aa overlap). Probable lipJ, lignin + peroxidase, with some similarity to esterases, hydrolases + and hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Q43936 BETA-KETOADIPATE ENOL-LACTONE HYDROLASE from + Acinetobacter calcoaceticus (267 aa), FASTA results: opt: + 217, E(): 1.7e-07, (29.2% identity in 260 aa overlap). + Also similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. Rv2212|Q10400|YM12_MYCTU (378 + aa), FASTA results: opt: 216, E(): 6.7e-07, (27.7% + identity in 285 aa overlap). Protein product from Mb1935c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1935c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIGNIN PEROXIDASE LIPJ" + /protein_id="SIU00538.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZM9" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZM9" + /translation="MAQAPHIHRTRYAKCGDMDIAYQVLGDGPTDLLVLPGPFVPIDS + IDDEPSLYRFHRRLASFSRVIRLDHRGVGLSSRLAAITTLGPKFWAQDAIAVMDAVGC + EQATIFAPSFHAMNGLVLAADYPERVRSLIVVNGSARPLWAPDYPVGAQVRRADPFLT + VALEPDAVEQGFDVLSIVAPTVAGDDVFRAWWDLAGNRAGPPSMARAVSKVIAEADVR + DVLGHIEAPTLILHRVGSTYIPVGHGRYLAEHIAGSRLVELPGTDTLYWVGDTGPMLD + EIEEFITGVRGGADAERMLATIMFTDIVGSTQHAAALGDDRWRDLLDNHDTIVCHEIQ + RFGGREVNTAGDGFVATFTSPSAAIACADDIVDAVAALGIEVRIGIHAGEVEVRDASH + GTDVAGVAVHIGARVCALAGPSEVLVSSTVRDIVAGSRHRFAERGEQELKGVPGRWRL + CVLMRDDATRTR" + gene 2142352..2143644 + /gene="cinA" + /locus_tag="BQ2027_MB1936" + CDS 2142352..2143644 + /gene="cinA" + /locus_tag="BQ2027_MB1936" + /note="Mb1936, cinA, len: 430 aa. Equivalent to Rv1901, + len: 430 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 430 aa overlap). Probable cinA-like + protein, strong similarity to competence damage proteins + CinA of Bacillus subtilis and S. pneumoniae. FASTA + results: Q55760 HYPOTHETICAL 44.7 KD PROTEIN (416 aa) opt: + 755, E(): 0, (36.0% identity in 433 aa overlap). Protein + product from Mb1936 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1936 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CINA-LIKE PROTEIN CINA" + /protein_id="SIU00539.1" + /db_xref="InterPro:IPR001453" + /db_xref="InterPro:IPR008135" + /db_xref="InterPro:IPR008136" + /db_xref="InterPro:IPR036425" + /db_xref="InterPro:IPR036653" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63776" + /translation="MAVSARAGIVITGTEVLTGRVQDRNGPWIADRLLELGVELAHIT + ICGDRPADIEAQLRFMAEQGVDLIVTSGGLGPTADDMTVEVVARYCGRELVLDDELEN + RIANILKKLMGRNPAIEPANFDSIRAANRKQAMIPAGSQVIDPVGTAPGLVVPGRPAV + MVLPGPPRELQPIWSKAIQTAPVQDAIAGRTTYRQETIRIFGLPESSLADTLRDAEAA + IPGFDLVEITTCLRRGEIEMVTRFEPNAAQVYTQLARLLRDRHGHQVYSEDGASVDEL + VAKLLTGRRIATAESCTAGLLAARLTDRPGSSKYVAGAVVAYSNEAKAQLLGVDPALI + EAHGAVSEPVAQAMAAGALQGFGADTATAITGIAGPSGGTPEKPVGTVCFTVLLDDGR + TTTRTVRLPGNRSDIRERSTTVAMHLLRRTLSGIPGSP" + gene complement(2143696..2144964) + /gene="nanT" + /locus_tag="BQ2027_MB1937C" + CDS complement(2143696..2144964) + /gene="nanT" + /locus_tag="BQ2027_MB1937C" + /note="Mb1937c, nanT, len: 422 aa. Equivalent to Rv1902c, + len: 422 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 422 aa overlap). Probable nanT, sialic + acid-transport integral membrane protein, possibly member + of major facilitator superfamily (MFS), similar to others + e.g. Q48076 SIALIC ACID TRANSPORTER (407 aa), FASTA + results: opt: 443, E(): 5.4e-22, (26.7% identity in 389 aa + overlap); etc. Some similarity to MTCI364.12|O05301 + conserved hypothetical protein from Mycobacterium + tuberculosis (425 aa), FASTA results: opt: 251, E(): + 1.1e-09, (23.5% identity in 417 aa overlap). Contains + sugar transport proteins signature 2 (PS00217). Mb1937c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SIALIC ACID-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN NANT" + /protein_id="SIU00540.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZN8" + /db_xref="InterPro:IPR004742" + /db_xref="InterPro:IPR005828" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN8" + /translation="MAAPRLTGDQRNAFMASFLGWTMDAFDYFLVVLVYADIATTFHH + TKTDVAFLTTATLAMRPVGALLFGLWADRVGRRVPLMVDVSFYSVIGFLCAFAPNFTV + LVILRLLYGIGMGGEWGLGAALSMEKVPAERRGVFSGLLQEGYAFGYLLASVAALVVM + NWLGLSWRWLFGLSIIPALISLIIRYRVKESEVWEAAQDRMRLTKTRIRDVLGNPAIV + RRFVYLVLLMTAFNWMSHGTQDVYPTFLTATTDHGAGLSSLTARWIVVIYNIGAIIGG + LAFGTLSQRFSRRYTIVFCAALGLPIVPLFAYSRTAAMLCLGSFLMQVFVQGAWGVIP + AHLTEMSPDAIRGVYPGVTYQLGNLLAAFNLPIQERLAESHGYPFALAATIVPVLLVV + AVLTAIGKDATGIRFGTTETAFLVRHRNRH" + gene 2145054..2145458 + /locus_tag="BQ2027_MB1938" + CDS 2145054..2145458 + /locus_tag="BQ2027_MB1938" + /note="Mb1938, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv1903, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, similar to Q53868|YPT3_STRCO + hypothetical 15.9 kd protein from Streptomyces coelicolor + (148 aa) opt: 323, E(): 1.3e-16, (42.9% identity in 126 aa + overlap); and equivalent to AJ000521|MLCOSL672_3 from + Mycobacterium leprae (139 aa), FASTA results: opt: 680, + E(): 0, (80.6% identity in 129 aa overlap). Protein + product from Mb1938 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1938 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00541.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZN5" + /db_xref="InterPro:IPR007165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZN5" + /translation="MVPFLMRAAVTGFALWVVTLFVPGMRFAGGDTTLQRVAIIFVVA + VIFGLVNAFIKPIVQILSIPLYILTLGLFHVVVNASMLWLTAWITEHTTHWGLQIDHF + WWTAIWAAILLSIVSWILSLLARDFRRVTRAH" + gene 2145644..2146075 + /locus_tag="BQ2027_MB1939" + CDS 2145644..2146075 + /locus_tag="BQ2027_MB1939" + /note="Mb1939, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv1904, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 143 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, some similarity to other hypothetical + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Rv2638|MTCY441.08|P71937 (148 aa), FASTA results: opt: + 456, E(): 2.7e-23, (52.8% identity in 125 aa overlap); + Rv1365|Q11035 (128 aa), FASTA results: opt: 393, E(): + 1.4e-19, (48.8% identity in 123 aa overlap); and Rv3687c. + Also weak similarity to Q9WVX8|RSBV_STRCO ANTI-SIGMA B + FACTOR ANTAGONIST from Streptomyces coelicolor (113 aa). + Protein product from Mb1939 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1939 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Anti-sigma B factor antagonist RsbV" + /protein_id="SIU00542.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZQ1" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR003658" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZQ1" + /translation="MRTVAIGPGAGPSSTRPSSQPSDLHSGLRAVTECTGSAVVVHVG + GDIDASNEVAWQRLVSKSAAIAIAPGPFVIDIRDLDFMGSCAYAVLAQESVRCRRRGV + NMRLVSNQPIVARTIAACGLRRLIPLYAMVETALAPPPSAH" + gene complement(2146123..2147085) + /gene="aao" + /locus_tag="BQ2027_MB1940C" + CDS complement(2146123..2147085) + /gene="aao" + /locus_tag="BQ2027_MB1940C" + /note="Mb1940c, aao, len: 320 aa. Equivalent to Rv1905c, + len: 320 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 320 aa overlap). Probable aao, D-amino + acid oxidase (EC 1.4.3.3), similar to many. Equivalent to + AJ000521|MLCOSL672.02|O33145 Mycobacterium leprae (320 + aa), FASTA results: opt: 1541, E(): 0, (71.7% identity in + 315 aa overlap); also similar to OXDD_BOVIN|P31228 + d-aspartate oxidase (EC 1.4.3.1) from bos taurus (338 aa), + FASTA results: opt: 461, E(): 1.1e-21, (31.8% identity in + 321 aa overlap). Protein product from Mb1940c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1940c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable d-amino acid oxidase aao" + /protein_id="SIU00543.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP0" + /db_xref="InterPro:IPR006076" + /db_xref="InterPro:IPR023209" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP0" + /translation="MAIGEQQVIVIGAGVSGLTSAICLAEAGWPVRVWAAALPQQTTS + AVAGAVWGPRPKEPVAKVRGWIEQSLHVFRDLAKDPATGVRMTPALSVGDRIETGAMP + PGLELIPDVRPADPADVPGGFRAGFHATLPMIDMPQYLDCLTQRLAATGCEIETRPLR + SLAEAAEAAPIVINCAGLGARELAGDATVWPRFGQHVVLTNPGLEQLFIERTGGSEWI + CYFAHPQRVVCGGISIPGRWDTTPEPEITERILQRCRRIQPRLAEAAVIETITGLRPD + RPSVRVEAEPIGRALCIHNYGHGGDGVTLSWGCAREVVNLVGGG" + gene complement(2147115..2147585) + /locus_tag="BQ2027_MB1941C" + CDS complement(2147115..2147585) + /locus_tag="BQ2027_MB1941C" + /note="Mb1941c, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv1906c, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 156 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, possibly exported protein, + equivalent to Mycobacterium leprae AJ000521|MLCOSL672.01 + (153 aa), FASTA scores: opt: 637, E(): 2.6e-28, (63.2% + identity in 155 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis hypothetical exported protein, Rv1352. + Protein product from Mb1941c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1941c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00544.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T0" + /translation="MRLKPAPSPAAAFAVAGLILAGWAGSVGLAGADPEPAPTPKTAI + DSDGTYAVGIDIAPGTYSSAGPVGDGTCYWKRMGNPDGALIDNALSKKPQVVTIEPTD + KAFKTHGCQPWQNTGSEGAAPAGVPGPEAGAQLQNQLGILNGLLGPTGGRVPQP" + gene complement(2147925..2148572) + /locus_tag="BQ2027_MB1942C" + CDS complement(2147925..2148572) + /locus_tag="BQ2027_MB1942C" + /note="Mb1942c, -, len: 215 aa. Equivalent to Rv1907c, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 215 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Similar to Q50763 Ethyl methane sulphonate + resistance protein from Mycobacterium tuberculosis (168 + aa), FASTA scores: opt: 638, E(): 0, (69.7% identity in + 152 aa overlap). Downstream of a cloned katG gene + (EMBL:MTKATG). Differences are due to frameshift errors in + the EMBL sequence and the use of an earlier start codon. + Mb1942c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00545.1" + /db_xref="InterPro:IPR025358" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H4" + /translation="MIGPARRSTTTRRSTPRADRLAGCWCLPGAICQTPRAWWSQARR + DGDDETGMRRKGAEMCWMCDHPEATAEEYLDEVYGIMLMHGWAVQHVECERRPFAYTV + GLTRRGLPELVVTGLSPRRGQRLLNIAARRALVGDLLTPGMQTTLPAGPLVETVQVTH + PDAHLYCAIAIFGDKVTALQLVWADRRGRWPWAADFDEGRGTQPVLGMRATRRSA" + gene complement(2148579..2150801) + /gene="katG" + /locus_tag="BQ2027_MB1943C" + CDS complement(2148579..2150801) + /gene="katG" + /locus_tag="BQ2027_MB1943C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1943c, katG, len: 740 aa. Equivalent to Rv1908c, + len: 740 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (99.9% identity in 740 aa overlap). katG, + catalase-peroxidase-peroxynitritase T (EC 1.11.1.6) (see + citations below), HPI. FASTA results: Q57215 + CATALASE-PEROXIDASE from Mycobacterium tuberculosis (740 + aa) opt: 5081, E(): 0, (100% identity in 740 aa overlap). + Contains peroxidases active site signature (PS00436) and + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop; PS00017). Cosmid + sequence was corrected to agree with a sequencing read + from the H37Rv genome. DELETIONS OR DEFECTS IN KATG GENE + CAUSE ISONIAZID (INH) RESISTANCE. BELONGS TO THE + PEROXIDASE FAMILY. BACTERIAL PEROXIDASE/CATALASE + SUBFAMILY. KATG TRANSCRIPTION SEEMS TO BE REGULATED BY + FURA|Rv1909c PRODUCT. The catalase-peroxidase activity is + associated with the amino-terminal domain but no definite + function has been assigned to the carboxy-terminal domain. + Protein product from Mb1943c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1943c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CATALASE-PEROXIDASE-PEROXYNITRITASE T KATG" + /protein_id="SIU00546.1" + /db_xref="GOA:P46817" + /db_xref="InterPro:IPR000763" + /db_xref="InterPro:IPR002016" + /db_xref="InterPro:IPR010255" + /db_xref="InterPro:IPR019793" + /db_xref="InterPro:IPR019794" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P46817" + /translation="MPEQHPPITETTTGAASNGCPVVGHMKYPVEGGGNQDWWPNRLN + LKVLHQNPAVADPMGAAFDYAAEVATIDVDALTRDIEEVMTTSQPWWPADYGHYGPLF + IRMAWHAAGTYRIHDGRGGAGGGMQRFAPLNSWPDNASLDKARRLLWPVKKKYGKKLS + WADLIVFAGNCALESMGFKTFGFGFGRVDQWEPDEVYWGKEATWLGDERYSGKRDLEN + PLAAVQMGLIYVNPEGPNGNPDPMAAAVDIRETFRRMAMNDVETAALIVGGHTFGKTH + GAGPADLVGPEPEAAPLEQMGLGWKSSYGTGTGKDAITSGIEVVWTNTPTKWDNSFLE + ILYGYEWELTKSPAGAWQYTAKDGAGAGTIPDPFGGPGRSPTMLATDLSLRVDPIYER + ITRRWLEHPEELADEFAKAWYKLIHRDMGPVARYLGPLVPKQTLLWQDPVPAVSHDLV + GEAEIASLKSQILASGLTVSQLVSTAWAAASSFRGSDKRGGANGGRIRLQPQVGWEVN + DPDGDLRKVIRTLEEIQESFNSAAPGNIKVSFADLVVLGGCAAIEKAAKAAGHNITVP + FTPGRTDASQEQTDVESFAVLEPKADGFRNYLGKGNPLPAEYMLLDKANLLTLSAPEM + TVLVGGLRVLGANYKRLPLGVFTEASESLTNDFFVNLLDMGITWEPSPADDGTYQGKD + GSGKVKWTGSRVDLVFGSNSELRALVEVYGADDAQPKFVQDFVAAWDKVMNLDRFDVR + " + gene complement(2150839..2151282) + /gene="furA" + /locus_tag="BQ2027_MB1944C" + CDS complement(2150839..2151282) + /gene="furA" + /locus_tag="BQ2027_MB1944C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1944c, len: 147 aa. Equivalent to Rv1909c len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). FurA, Ferric uptake + regulation protein, similar to Q48835 legionella + pneumophila 130B (wadsworth) ferric uptake regulation (136 + aa), FASTA results: opt: 230, E(): 2.5e-09, (32.3% + identity in 133 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis zur zinc uptake regulatory protein, Rv2359. + Belongs to the fur family. Start changed since original + submission (-3 aa). Mb1944c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ferric uptake regulation protein FurA (fur)" + /protein_id="SIU00547.1" + /db_xref="GOA:P0A583" + /db_xref="InterPro:IPR002481" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A583" + /translation="MSSIPDYAEQLRTADLRVTRPRVAVLEAVNAHPHADTETIFGAV + RFALPDVSRQAVYDVLHALTAAGLVRKIQPSGSVARYESRVGDNHHHIVCRSCGVIAD + VDCAVGEAPCLTASDHNGFLLDEAEVIYWGLCPDCSISDTSRSHP" + gene complement(2151396..2151989) + /locus_tag="BQ2027_MB1945C" + CDS complement(2151396..2151989) + /locus_tag="BQ2027_MB1945C" + /note="Mb1945c, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv1910c, + len: 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 197 aa overlap). Possible exported + protein, very similar to upstream ORF MTCY180.07 (201 aa), + FASTA score: E(): 0, (64.0% identity in 200 aa overlap). + Also similar to Q9Z729|Y877_CHLPN PROTEIN CPN0877 from + Chlamydophila pneumoniae (150 aa). Protein product from + Mb1945c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1945c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIU00548.1" + /db_xref="InterPro:IPR005247" + /db_xref="InterPro:IPR008914" + /db_xref="InterPro:IPR036610" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67223" + /translation="MAHAFHRFALAILGLALPVALVAYGGNGDSRKAAPLAPKAAALG + RSMPETPTGDVLTISSPAFADGAPIPEQYTCKGANIAPPLTWSAPFGGALVVDDPDAP + REPYVHWIVIGIAPGAGSTADGETPGGGISLPNSSGQPAYTGPCPPAGTGTHHYRFTL + YHLPAVPPLAGLAGTQAARVIAQAATMQARLIGTYEG" + gene complement(2152072..2152677) + /gene="lppC" + /locus_tag="BQ2027_MB1946C" + CDS complement(2152072..2152677) + /gene="lppC" + /locus_tag="BQ2027_MB1946C" + /note="Mb1946c, lppC, len: 201 aa. Equivalent to Rv1911c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Probable lipoprotein + lppC, contains appropriately positioned prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site (PS00013). Very + similar to downstream ORF MTCY180.08 (204 aa) (although + this lacks lipoprotein motif), FASTA score: opt: 831, E(): + 0, (64.0% identity in 200 aa overlap). Also similar to + Q9Z729|Y877_CHLPN HYPOTHETICAL PROTEIN CPN0877 from + Chlamydia pneumoniae (strain CWL029) (150 aa). Protein + product from Mb1946c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1946c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPPC" + /protein_id="SIU00549.1" + /db_xref="GOA:P67225" + /db_xref="InterPro:IPR005247" + /db_xref="InterPro:IPR008914" + /db_xref="InterPro:IPR036610" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67225" + /translation="MTSTLHRTPLATAGLALVVALGGCGGGGGDSRETPPYVPKATTV + DATTPAPAAEPLTIASPMFADGAPIPVQFSCKGANVAPPLTWSSPAGAAELALVVDDP + DAVGGLYVHWIVTGIAPGSGSTADGQTPAGGHSVPNSGGRQGYFGPCPPAGTGTHHYR + FTLYHLPVALQLPPGATGVQAAQAIAQAASGQARLVGTFEG" + gene complement(2152777..2153781) + /gene="fadB5" + /locus_tag="BQ2027_MB1947C" + CDS complement(2152777..2153781) + /gene="fadB5" + /locus_tag="BQ2027_MB1947C" + /note="Mb1947c, fadB5, len: 334 aa. Equivalent to Rv1912c, + len: 334 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 334 aa overlap). Possible fadB5, + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (EC + 1.1.1.35), quinone oxidoreductases (EC 1.6.5.5), and + polyketide synthases, e.g. NP_104067.1|NC_002678 probable + oxidoreductase from Mesorhizobium loti (308 aa); + NP_464140.1|NC_003210 protein similar to oxidoreductase + from Listeria monocytogenes (313 aa); + NP_193889.1|NC_003075 putative NADPH quinone + oxidoreductase from Arabidopsis thaliana (325 aa); + NP_001880.2|NM_001889 crystallin, zeta; quinone + oxidoreductase; NADPH:quinone reductase from Homo sapiens + (329 aa); part 2983 to 3197 of T17410 polyketide synthase + type I from Streptomyces venezuelae (3739 aa); + Q53927|SCBAC20F6.16 HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE from + Streptomyces coelicolor (329 aa), FASTA scores: opt: 621, + E(): 2e-30, (39.5% identity in 349 aa overlap); etc. Also + similar to many hypothetical Mycobacterium tuberculosis + proteins including: MTCY24G1.09, MTCY13D12.11, + MTCY19H9.01, MTCY24G1.03, MTCY03A2.17c, etc. Contains + quinone oxidoreductase/zeta-crystallin signature + (PS01162). Protein product from Mb1947c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1947c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE FADB5" + /protein_id="SIU00550.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZP6" + /db_xref="InterPro:IPR002364" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP6" + /translation="MRAVVITKHGDPSVLQVRQRPDPPPPGPGQLRVAVRAAGVNFAD + HLARVGLYPDAPKLPAVVGYEVAGTVEAVGDGVDPNRVGERVLAGTRFGGYCEIVNVA + ATDSVVLPDALSFEQGAAVPVNYATAWAALHGYGSLRAGERVLIHAAAGGVGIAAVQF + AKAAKAEVHGTASPQKHQKLAEFGVDRAIDYRRDGWWQGLGPYDVVLDALGGTSLRRS + YTLLRPGGRLVGYGISNMQHGEKRSMRRVAPHALSMLRGFNLMKQLEESKTVIGLNML + RLWDDRRTLEPWIAPLTKALNDGTILPIVHAIVPFAEAPEAHRILAARENVGKVVLVP + " + gene 2153881..2154633 + /locus_tag="BQ2027_MB1948" + CDS 2153881..2154633 + /locus_tag="BQ2027_MB1948" + /note="Mb1948, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv1913, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, slight similarity to dehydrase and + beta-lactamase precursors e.g. Q02057 DEHYDRASE from + Streptomyces coelicolor (297 aa), FASTA scores: opt: 184, + E(): 4.3e-05, (31.6% identity in 215 aa overlap). Protein + product from Mb1948 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1948 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MBL-fold metallo-hydrolase superfamily" + /protein_id="SIU00551.1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP2" + /translation="MHFDWERLTDSVHRCRLPFCDVTVGLVRGRTGILLVDTGTTLGE + ATAIAADVKQIAGCQVTHVVLTHKHFDHVLGSSVFDQAEVFCAPEVVEYLRSATDRLR + EDALSYGADTAEVDRAIAALKPPQHGIYDAAVDLGDRTVTITHPGSGHTTADLVVVAP + ATGHADGPTVVFTGDLVEESADPDIDADSDLAAWPATLDRVLAIGGPDASYVPGHGKV + VDAQFVRRQRAWLRTRASRQPRETPATLPCKR" + gene complement(2154611..2155018) + /locus_tag="BQ2027_MB1949C" + CDS complement(2154611..2155018) + /locus_tag="BQ2027_MB1949C" + /note="Mb1949c, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv1914c, + len: 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1949c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1949c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00552.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS2" + /translation="MVLSRTSTGRVILVPTQLRFDRWFLPLAVPLGLGPKNSELWVGA + GSLHVKMGWAFAADIPLTSITKAEATNARVYAAGVHFGFGRWLVNGSRKGLVALTIDP + PEQAKMWKKSMTVRELWVSVTDPDALVTACTAK" + gene 2155153..2157453 + /gene="aceA" + /locus_tag="BQ2027_MB1950" + CDS 2155153..2157453 + /gene="aceA" + /locus_tag="BQ2027_MB1950" + /note="Mb1950, aceA, len: 766 aa. Similar to Rv1915 and + Rv1916, len: 367 aa and 398 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (89.1% identity in 339 aa + overlap and 100.0% identity in 398 aa overlap). Probable + aceA, isocitrate lyase (EC 4.1.3.1). Contains PS00161 + Isocitrate lyase signature. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, aceAa and + aceAb exist as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a single + base insertion (*-t) leads to a single product. Protein + product from Mb1950 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1950 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable isocitrate lyase aceab [second part] + (isocitrase) (isocitratase) (icl)" + /protein_id="SIU00553.1" + /db_xref="GOA:Q7TZA8" + /db_xref="InterPro:IPR006254" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR018523" + /db_xref="InterPro:IPR039556" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZA8" + /translation="MAIAETDTEVHTPFEQDFEKDVAATQRYFDSSRFAGIIRLYTAR + QVVEQRGTIPVDHIVAREAAGAFYERLRELFAARKSITTFGPYSPGQAVSMKRMGIEA + IYLGGWATSAKGSSTEDPGPDLASYPLSQVPDDAAVLVRALLTADRNQHYLRLQMSER + QRAATPAYDFRPFIIADADTGHGGDPHVRNLIRRFVEVGVPGYHIEDQRPGTKKCGHQ + GGKVLVPSDEQIKRLNAARFQLDIMRVPGIIVARTDAEAANLIDSRADERDQPFLLGA + TKLDVPSYKSCFLAMVRRFYELGVKELNGHLLYALGDSEYAAAGGWLERQGIFGLVSD + AVNAWREDGQQSIDGIFDQVESRFVAAWEDDAGLMTYGEAVADVLEFGQSEGEPIGMA + PEEWRAFAARASLHAARAKAKELGADPPWDCELAKTPEGYYQIRGGIPYAIAKSLAAA + PFADILWMETKTADLADARQFAEAIHAEFPDQMLAYNLSPSFNWDTTGMTDEEMRRFP + EELGKMGFVFNFITYGGHQIDGVAAEEFATALRQDGMLALARLQRKMRLVESPYRTPQ + TLVGGPRSDAALAASSGRTATTKAMGKGSTQHQHLVQTEVPRKLLEEWLAMWSGHYQL + KDKLRVQLRPQRAGSEVLELGIHGESDDKLANVIFQPIQDRRGRTILLVRDQNTFGAE + LRQKRLMTLIHLWLVHRFKAQAVHYVTPTDDNLYQTSKMKSHGIFTEVNQEVGEIIVA + EVNHPRIAELLTPDRVALRKLITKEA" + gene complement(2157623..2163355) + /gene="PPE34" + /locus_tag="BQ2027_MB1951C" + CDS complement(2157623..2163355) + /gene="PPE34" + /locus_tag="BQ2027_MB1951C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1951c, PPE34, len: 1910 aa. Similar to Rv1917c, + len: 1459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv. Member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family + of glycine-rich proteins, MPTR subfamily (see citation + below). Similar to MTCY28.16, MTCY13E10.17, MTCY63.10, + MTV004.05, MTCY98.24, MTCY6G11.05, etc. C-terminus is + identical to Q50471. Unknown Mycobacterium tuberculosis + protein (693 aa), FASTA results: opt: 2635, E(): 0, (99.7% + identity in 391 aa overlap). Start changed since original + submission (+23 aa). Thougth to be surface exposed, + cell-wall associated. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, deletions of 12 bp and 69 bp, + insertions of 483 bp and 375 bp, and a large substitution + of 52 bp to 628 bp, leads to a longer product compared to + the homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (1910 aa versus 1459 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe34" + /protein_id="SIU00554.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U1" + /translation="MNFSTLPPEINSALIFGGAGSEPMSAAAVAWDQLAMELASAAAS + FNSVTSGLVGESWLGPSSAAMAAAVAPYLGWLAAAAAQAQRSATQAAALVAEFEAVRA + AMVQPALVAANRSDLVSLVFSNFFGQNAPAIAAIEAAYEQMWAIDVSVMSAYHAGASA + VASALTPFTAPPQNLTDLPAQLAAAPAAVVTAAITSSKGVLANLSLGLANSGFGQMGA + ANLGILNLGSLNPGGNNFGLGNVGSNNVGLGNTGNGNIGFGNTGNGNIGFGLTGDNQQ + GFGGWNSGTGNIGLFNSGTGNIGIGNTGTGNFGIGNSGTSYNTGIGNTGQANTGFFNA + GIANTGIGNTGNYNTGSFNLGSFNTGDFNTGSSNTGFFNPGNLNTGVGNTGNVNTGGF + NSGNYSNGFFWRGDYQGLIGFSGTLTIPAAGLDLNGLGSVGPITIPSITIPEIGLGIN + SSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPIN + VPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITVPAIG + LGVSSSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALV + GPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITVPAIGLGVSSSGALVGPINVPPITL + NSIGLELSAFQVINVGSISIPASPLAIGLFGVNPTVGSIGPGSISIQLGTPEIPAIPP + FFPGFPPDYVTVSGQIGPITFLSGGYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIPL + GIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIPLGIDVGGGL + GPFTVFPDGYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPD + GYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIPLGIDVGGGLGPFTVFPDGYSLPAIP + LGIDVGGAIGPLTTPPITIPAIPLGIDVSGSLGPINIPIEIAGTPGFGNSTTTPSSGF + FNSGTGGTSGFGNVGSGGSGFWNIAGNLGNSGFLNVGPLTSGILNFGNTVSGLYNTST + LGLATSAFHSGVGNTDSQLAGFMRNAAGGTLFNFGFANDGTLNLGNANLGDYNVGSGN + VGSYNFGSGNIGNGSFGFGNIGSNNFGFGNVGSNNLGFANTGPGLTEALHNIGFGNIG + GNNYGFANIGNGNIGFGNTGTGNIGIGLTGDNQVGFGALNSGSGNIGFFNSGNGNIGF + FNSGNGNVGIGNSGNYNTGLGNVGNANTGLFNTGNVNTGIGNAGSYNTGSYNAGDTNT + GDLNPGNANTGYLNLGDLNTGWGNIGDLNTGALISGSYSNGILWRGDYQGLIGYSDTL + SIPAIPLSVEVNGGIGPIVVPDITIPGIPLSLNALGGVGPIVVPDITIPGIPLSLNAL + GGVGPIVVPDITIPGIPLSLNALGGVGPIVVPDITIPGIPLSLNALGGVGPITVPGVP + ISRIPLTINIRIPVNITLNELPFNVAGIFTGYIGPIPLSTFVLGVTLAGGTLESGIQG + FSVNPFGLNIPLSGATNAVTIPGFAINPFGLNVPLSGGTSPVTIPGFAINPFGLDVPL + SGGTNAVTIPGFAINPFGLDVPLSGGTSPVTIPGFAINPFGLDVPLSGGTNAVTIPGF + AINPFGLDVPLSGGTNAVTIPGFAINPFGLDVPLSGGTSPVTIPGFAINPFDLNVPLS + GGTNAVTIPGFAINPFGLNVPLSGGTSPVTIPGFAINPFGLNVPLSGGTSPVTIPGFT + IPGSPLNLTANGGLGPINITSAPGFGNSTTTPSSGFFNSGDGSASGFGNVGPGISGLW + NQVPNALQGGVSGIYNVGQLASGVANLGNTVSGFNNTSTVGHLTAAFNSGVNNIGQML + LGFFSPGAGP" + gene complement(2163693..2164697) + /gene="PPE35b" + /locus_tag="BQ2027_MB1952C" + CDS complement(2163693..2164697) + /gene="PPE35b" + /locus_tag="BQ2027_MB1952C" + /note="Mb1952c, PPE35b, len: 334 aa. Equivalent to 3' end + of Rv1918c, len: 987 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.1% identity in 334 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of + glycine-rich proteins. Similar to MTCY28.16|Z95890 M. + tuberculosis cosmid (1053 aa), FASTA scores: opt: 3404, + E(): 0, (65.6% identity in 1058 aa overlap). Also similar + to MTV004.05, MTY13E10.17, MTV014.03, MTCY3C7.23, + MTCY6G11.05, MTCY48.17, MTV004.03, MTCY31.07, MTCY4C12.36, + MTCY180.01, etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PPE35 exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base insertion (*-t) splits PPE35 into 2 parts, + PPE35a and PPE35b. Mb1952c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU00555.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I4" + /translation="MVVFIPNNITALQTNMPGVFPQIGGFANTPPAFINTGTITVGGG + QINGVGFSIGAINVTPFTLPNVVIQPWSLGGISVDGFTLPEISTQEFTTPALTISPIG + VGALSLPDIITQQFTTPELTIDPITLGGFTLPQLSIPAITTPAFTIDPIALGGFTLPQ + IMTPEITTPPFAIDPIGLSGFTLPQVNIPEITTPEFTIQPVGLAAFTTPALTIARIHL + PSTTMGGFAIPAGPGYFNSSATPSSGFFNAGIGGNSGFGNSGSGLSGWFNTSPVGLLA + GSGYQNYGGLISGFSNLGSGISGFANTGTLPFAVTSLVSGLANIGNNLSGLFFQSTTP + " + gene complement(2164780..2166657) + /gene="PPE35a" + /locus_tag="BQ2027_MB1953C" + CDS complement(2164780..2166657) + /gene="PPE35a" + /locus_tag="BQ2027_MB1953C" + /note="Mb1953c, PPE35a, len: 625 aa. Equivalent to 5'end + of Rv1918c, len: 987 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 599 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of + glycine-rich proteins. Similar to MTCY28.16|Z95890 M. + tuberculosis cosmid (1053 aa), FASTA scores: opt: 3404, + E(): 0, (65.6% identity in 1058 aa overlap). Also similar + to MTV004.05, MTY13E10.17, MTV014.03, MTCY3C7.23, + MTCY6G11.05, MTCY48.17, MTV004.03, MTCY31.07, MTCY4C12.36, + MTCY180.01, etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PPE35 exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base insertion (*-t) splits PPE35 into 2 parts, + PPE35a and PPE35b. Mb1953c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU00556.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR2" + /translation="MHYSVLPPEINSALIFAGAGSGPMLAAASAWDGLATELASAAVS + FGSVTAGLVGGSWQGRSSVAMAAAAAPYAGWLAAAATQAEQAATQAQVMVAEFEAVRL + AMVQPALVAANRSGLISLVISNLFGQNAPAIAAAEAAYEEMWALDVSAMAAYHSGASA + VAVALPAFALPLRLPAGLAAGPAAVVTALTTAVGMPTFAGRAIAASLGLANVGGGNLG + NANNGLGNIGNANLGNNNLGSGNFGSFNIGSANLGGNNIGIGNAGANNFGLANLGNLN + TGFANAGIGNFGIANTGNNNIGNGLTGNNQIGIGGLNSGNGNVGLFNAGSANIGFFNS + GNGNFGIGNSGNFSTGLFNPGHGNTGFLNAGSFNTGMFDVGNANTGSFNVGHYNFGAF + NPGPSNTGTFNTGGANTGWFNTGSINTGAFNIGDMNNGLFNTGDMNNGVFYRGVGQGS + LQFAITSPDLTLPSLEIPGISVPAFSLPAITLPSLTIPAVTTPANVTVGAFDLPGLTV + PSLTIPAAMTPANITVGAFDLPGLTVPSLTIPATTTPANITVGAFNLPQLSIPSVTVP + PITIPAGTALGAFNLPTLSIPSVTVPPITIPAGNHCRRIYATHDTHPVNKYTPNKYRR + L" + gene complement(2167106..2167570) + /locus_tag="BQ2027_MB1954C" + CDS complement(2167106..2167570) + /locus_tag="BQ2027_MB1954C" + /note="Mb1954c, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv1919c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, shows weak similarity to several + major pollen antigens e.g. Z72431|BVGC25_1 MAJOR ALLERGEN + BET V 1 from Betula verrucosa (160 aa), FASTA scores: opt: + 133, E(): 0.012, (26.8% identity in 149 aa overlap). Also + shows some similarity to Rv2574|MTCY227.27C Hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (167 aa), (27.4% + identity in 124 aa overlap). Protein product from Mb1954c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb1954c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00557.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y050" + /translation="MSGRKFSFEVTKTSSAPAATLFRLVTDGGNWATWAKPIVAQSSW + ARRGDPAPGGIGAIRKLGMWPVFVQEETVEYEQDRRHVYKLVGARTPVQDYFGEVVLT + PNASGGTDLRWSGSFTEKVRGTGPVMRAALGGAVRFFAGQLVKAAEREAVRR" + gene 2167668..2168531 + /locus_tag="BQ2027_MB1955" + CDS 2167668..2168531 + /locus_tag="BQ2027_MB1955" + /note="Mb1955, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv1920, len: + 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 287 aa overlap). Probable membrane + protein, similar to AL0215|SC10A5.04 putative membrane + protein from Streptomyces coelicolor cosmid 10A5 (295 aa), + FASTA scores: opt: 292, E(): 3.6e-13, (31.3% identity in + 243 aa overlap). Also weakly similar to several + Mycobacterial putative proteins with unknown function e.g. + Rv0502, Rv1428c, U00018_22 Mycobacterium leprae cosmid + B2168. Protein product from Mb1955 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1955 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00558.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZR3" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="InterPro:IPR016676" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR3" + /translation="MFPRWPQQAHNHEVSRADTVSVPRAPTQAEVAAVLRIMTPLRKV + IKPKVYGIENVPTERALLVGNHNTLGLVDAPLLAAELWERGRIVRSLGDHAHFKIPGW + RDALTRTGVVEGTREITSELMRRGELVIVFPGGAREVNKRKNERYKLVWKNRLGFARL + AIQHGYPIVPFASVGAEHGIDIVLDNESPLLAPVQFLAEKLLGTKDGPALVRGVGLTP + VPRPERQYYWFGEPIDTTEFMGQQADDNAARRVRERAAAAIEHGIELMLAERAADPNR + SLVGRLLRSDA" + gene complement(2168569..2169840) + /gene="lppF" + /locus_tag="BQ2027_MB1956C" + CDS complement(2168569..2169840) + /gene="lppF" + /locus_tag="BQ2027_MB1956C" + /note="Mb1956c, lppF, len: 423 aa. Equivalent to Rv1921c, + len: 423 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 423 aa overlap). Probable lppF, + conserved lipoprotein, similar to G403173 lipoprotein + precursor (fragment) from Rhodococcus erythropolis (225 + aa), fasta scores: opt: 364, E(): 9.2e-19, (41.9% identity + in 148 aa overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPF" + /protein_id="SIU00559.1" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS0" + /translation="MVRLIPSLLAMATVLGGVIGCSAHQPPTPASGCRQLDAFLKWHH + GVREFLQSAIDANSRCTGTADGSARKVAIFDWDNTVVKNDIGYATNYYMLQHSLVLQP + ANQDWHAASRYLTDAAANALSVACGKVVPAGKPLPTGSNALCANEILSLLDGETTTGQ + PAFVGNNVRRLAGPYAWSNALSAGYTAEELAGFADQAKKQNLAADVGATQQVGTQQVD + GYIRVYPQMKDLIGTLQAHGIDTWVVSASPEPIVKVWAGEVGLDDQHVVGVRSVADQS + GKLTAHLVGCGGVRDGDDSVMTYLDGKRCWANQVIFGVTGPQAFNQLAADRRQVLAAG + DSNSDATFVGDATVVSLVINRNQDDLMCRAYDGLFTRGGKWAINPMFIDPLPQHAPYV + CGEAFINPDGSKQPVLRNDGTPIPDQVDSVF" + gene 2170112..2171227 + /locus_tag="BQ2027_MB1957" + CDS 2170112..2171227 + /locus_tag="BQ2027_MB1957" + /note="Mb1957, -, len: 371 aa. Equivalent to Rv1922, len: + 371 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 371 aa overlap). Probable conserved + lipoprotein, possibly peptidase (EC 3.4.-.-) similar to + many peptidases, e.g. P15555|DAC_STRSQ D-alanyl-D-alanine + carboxypeptidase from Streptomyces sp. (406 aa), FASTA + scores: opt: 382, E(): 3.1e-17, (28.0% identity in 379 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv1497, Rv2463, Rv3775, etc. + Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb1957 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1957 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN" + /protein_id="SIU00560.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZQ7" + /translation="MDSTVTASIRRMLGLLAATLLLGGCTGQHTTRTAASTTYTPHIK + ASSQDVLDGAINADEPGCSAAVGVEGKVIWSGVRGIADLASGAKITTDTVFDIASVSK + QFTATAILLLVEAGKLTLDDPISQYVPELPDWAQTVTVEQLMHQTSGIPDYVALLAAR + GYQVSDRTIEAEARQALAAAPELQFKPGTRFDYSNSNYLLLGEIVHRASGQPLPEFLS + AEIFQPLGLAMVVDPVGKVPNKAVSYEKGTGGNRSEYRVGNPAWEQIGDGGIQTTPSQ + LARWADNYRTGSVGGLKLLEAQLAGAVETEPGGGDRYGAGIVSRADGTLDHAGAWAGF + VTAFHISSDRRTSVAISCNTDKPDPVAMADALGRLWM" + gene 2171218..2172558 + /gene="lipD" + /locus_tag="BQ2027_MB1958" + CDS 2171218..2172558 + /gene="lipD" + /locus_tag="BQ2027_MB1958" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1958, lipD, len: 446 aa. Equivalent to Rv1923, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 446 aa overlap). Probable lipD, + hydrolase lipase (EC 3.1.-.-), similar to esterases and + beta-lactamases e.g. G151214 esterase, (389 aa), fasta + scores: opt: 569, E(): 5.4e-29, (33.7% identity in 401 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins Rv1497, Rv2463, Rv3775, etc. Protein + product from Mb1958 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1958 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPASE LIPD" + /protein_id="SIU00561.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZP8" + /translation="MDVAGLPRLAAGTQAAIIHGMAQPPSLLTTDNGLPFGVQGACDS + RFTGVIRAFAGLYPGRKFGGGALSVYIDDRQVVDVWTGWSDRQGKVPWTADTGAMVFS + ATKGLAATVIHRLVDRGLLSYDAPVAEYWPEFGANGKSEVTVSDVLRHRSGLAHLKGV + DKDEVMDHLLMEQKLAAAPLNRQHGKLAYHAVTYGWLLSGLARAVTGKGMRELFREEL + ARPLNTDGIHLGRPPADSPTKAAQTLLPQAKVPTPLLDFIAPKVAGLSFSGLLGAVYF + PGILSLLQDDMPFLDGEVPAVNGVVTARALAKTYGALANDGVIDGTRLLSSQAVRGLT + GKSELWPDLNLGLPFTYHQGYQSSPVPGLLEGYGHIGLGGTIGWADPETGSAFGYVHN + RLLTLLLFDIGSFAGLAALLNSAVVAARRDDPLEVPHFGAPYSEPRHEQAASGA" + gene complement(2172595..2172975) + /locus_tag="BQ2027_MB1959C" + CDS complement(2172595..2172975) + /locus_tag="BQ2027_MB1959C" + /note="Mb1959c, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv1924c, + len: 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1959c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1959c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00562.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZT1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT1" + /translation="MDPADVINPTSTRDAALARVLAYRQRVRARPLLIRATLAVVGGG + LFVVSLPMIVLLPELGIPALLVAFRLLAVEAQWAVRAYAWTDWRFTQLREWFHRQVLV + TRAAILVGLFLAAVALVWLLVYEF" + gene 2173132..2174994 + /gene="fadD31" + /locus_tag="BQ2027_MB1960" + CDS 2173132..2174994 + /gene="fadD31" + /locus_tag="BQ2027_MB1960" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1960, fadD31, len: 620 aa. Equivalent to Rv1925, + len: 620 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 620 aa overlap). Probable fadD31, + acyl-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to others + from Mycobacterium leprae e.g. NP_301198.1|NC_002677 + putative acyl-CoA synthetase (635 aa); + NP_302537.1|NC_002677 probable acyl-CoA synthase (583 aa); + etc. Also highly similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. fadD32 (637 aa); fadD21 (578 aa); fadD29 + (619 aa); fadD26|FD26_MYCTU|Q10976 (626 aa), FASTA scores: + opt: 945, E(): 0, (39.8% identity in 598 aa overlap); etc. + Also similar to N-terminus of G1171128 SAFRAMYCIN MX1 + SYNTHETASE B from Myxococcus xanthus (1770 aa), FASTA + scores: opt: 845, E(): 0, (37.4% identity in 593 aa + overlap); N-terminus of T34918 polyketide synthase from + Streptomyces coelicolor (2297 aa); etc. Protein product + from Mb1960 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb1960 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA LIGASE FADD31 (ACYL-COA + SYNTHETASE) (ACYL-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00563.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZQ8" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZQ8" + /translation="MNDGSRQELRVRSGLLQIEDCLDADGGIALPAGTTLISLIERNI + KYVGDLVAYRYLDHARSAAGCALEVTWTQFGMRLAAIGAHVQRFAGPGDRVAILAPQG + IDYVCGFYAAIKAGTVAVPLFAPELPGHAERLDTALRDSEPAVILTTAAAKNAVEGFL + NNVPRLRKPTVLVIDQIPDREGELFVPVELDIDAVSHLQYTSGSTRPPVGVEITHRAV + GTNLVQMILSIDLLNRNTHGVSWLPLYHDMGLSMIGFPAVYGGHSTLMSPTAFVRRPL + RWIQALSEGSRTGRVVTAAPNFAYEWAAQRGLPAQGDDVDLSNVVLIIGSEPVSIDAV + TTFNKAFAPYGLPRTAFKPSYGIAEATLLVATIDHAAEPTVVYLDPEQLGAGHATRVA + PDAPNAVVHVSCGHVARSLWAVIVDPDTGPEAGAELPDGEIGEVWLQGDNVARGYWGR + PEETRMTFGARLQSPLAEGSHADGSAIDDTWLRTGDLGVYLDGELYITGRIADLLTID + GRNHYPQDIEATAAEASPMVRRGYITAFTVPASDGDDRNQRLVIIAERAAGTSRSDPR + PALDAIRAAVCNRHGLSVADLSFLPAGAIPRTTSGKLARQACRAQYLSGRLGVH" + gene complement(2175002..2175481) + /gene="mpt63" + /locus_tag="BQ2027_MB1961C" + CDS complement(2175002..2175481) + /gene="mpt63" + /locus_tag="BQ2027_MB1961C" + /standard_name="mpb63" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1961c, mpt63, len: 159 aa. Equivalent to Rv1926c, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). mpt63 (alternate gene + name: mpb63), immunogenic protein (see citations below), + identical to MPT63|MPB63 from Mycobacterium bovis (159 + aa). Exported protein containing a N-terminal signal + sequence: see notes below about proteomics. Protein + product from Mb1961c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1961c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="immunogenic protein mpt63 (antigen mpt63/mpb63) + (16 kda immunoprotective extracellular protein)" + /protein_id="SIU00564.1" + /db_xref="GOA:P0A5Q3" + /db_xref="InterPro:IPR015250" + /db_xref="InterPro:IPR029050" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Q3" + /translation="MKLTTMIKTAVAVVAMAAIATFAAPVALAAYPITGKLGSELTMT + DTVGQVVLGWKVSDLKSSTAVIPGYPVAGQVWEATATVNAIRGSVTPAVSQFNARTAD + GINYRVLWQAAGPDTISGATIPQGEQSTGKIYFDVTGPSPTIVAMNNGMEDLLIWEP" + gene 2175718..2176491 + /locus_tag="BQ2027_MB1962" + CDS 2175718..2176491 + /locus_tag="BQ2027_MB1962" + /note="Mb1962, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv1927, len: + 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 257 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to SCG11A.10c|AL133210 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (252 + aa), FASTA scores: opt: 729, E(): 0, (48.3% identity in + 238 aa overlap). Slight similarity with P54543|YQJF_BACSU + hypothetical 23.9 kd protein from Bacillus subtilis (209 + aa), FASTA scores, opt: 230, E(): 2.8e-08, (28.0% identity + in 164 aa overlap). Protein product from Mb1962 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1962 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00565.1" + /db_xref="InterPro:IPR018644" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J4" + /translation="MTAIPGPSGAEPGESRALAGYPVTPPALPRPVIFDQRWTDLTFI + HWPVLPESVAGSYPPGTRPDVFADGMTYVGLVPFRMSSTKLGTALPIPYVGTFPETNV + RLYSIDNAGRHGVLFRSLETARLTVVPLTRIGLGIPYAWSRMRMMRSGKHITYHSVRR + WPRRGLRSLLTITIGDLVEPTPLEVWLTARWGAHTRKAGRTWWVPNEHKPWPLRAAEI + AELNDELIDASGVQPTGDRLRALFSPGVHARFGRPCVVQ" + gene complement(2176495..2177262) + /locus_tag="BQ2027_MB1963C" + CDS complement(2176495..2177262) + /locus_tag="BQ2027_MB1963C" + /note="Mb1963c, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv1928c, + len: 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + others e.g. NP_228109.1|NC_000853 oxidoreductase (short + chain dehydrogenase/reductase family) from Thermotoga + maritima (257 aa); T41116 short chain dehydrogenase from + Schizosaccharomyces pombe (261 aa); P87219|SOU1_CANAL + SORBITOL UTILIZATION PROTEIN (SDR FAMILY) from Candida + albicans (281 aa); P25529|HDHA_ECOLI + 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase from Escherichia coli + (255 aa), FASTA scores: opt: 541, E(): 1.2e-27, (37.5% + identity in 251 aa overlap); etc. Also similar to many + mycobacterial tuberculosis proteins e.g. Rv1350, Rv0927c, + Rv2002, Rv0769, Rv2766c, etc. Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb1963c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1963c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU00566.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZS7" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS7" + /translation="MSVLDLFDLHGKRALITGASTGIGKRVALAYVEAGAQVAIAARH + LDALEKLADEIGTSGGKVVPVCCDVSQHQQVTSMLDQVTAELGGIDIAVCNAGIITVT + PMLDMPLEEFQRLQNTNVTGVFLTAQAAAKAMVKQGQGGVIINTASMSGHIINVPQQV + SHYCASKAAVIHLTKAMAVELAPHKIRVNSVSPGYILTELVEPYTEYQPLWEPKIPLG + RLGRPEELAGLYLYLASEASSYMTGSDIVIDGGYTCP" + gene complement(2177307..2177951) + /locus_tag="BQ2027_MB1964C" + CDS complement(2177307..2177951) + /locus_tag="BQ2027_MB1964C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1964c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv1929c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.533% identity in 214 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to SC4G6.14|AL096884 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (211 + aa), FASTA scores: opt: 416, E(): 2.4e-22, (39.8% identity + in 206 aa overlap). Protein product from Mb1964c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb1964c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00567.1" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR017519" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y060" + /translation="MADVPLDAQERLELCDLLEELGPAVATLIEGWTAHDLAAHIVLR + ERDLVAGLCIVLPGPFQRFAERRRARLAQSKDFTWLVARIRSGPPMGFFRIGWVRTLA + NLNEFFVHHEDVRRASGRGPRSLTPEMDAALWRNVRRGSHFLSRRLHGCGLEIEWVGT + GKRVRVRSGEPTARLTGPPGELLLYVFGRRAVARVEVSGPLEAIAAVHRTHFGM" + gene complement(2177963..2178487) + /locus_tag="BQ2027_MB1965C" + CDS complement(2177963..2178487) + /locus_tag="BQ2027_MB1965C" + /note="Mb1965c, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv1930c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 174 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to SC5F2A.30|AL049587 + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (211 + aa), FASTA scores: opt: 307, E(): 2.8e-13, (54.8% identity + in 84 aa overlap). Some similarity to M. tuber culosis + hypothetical protein Rv0052|MTCY21D4.15 (43% identity in + 93 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative intracellular protease/amidase" + /protein_id="SIU00568.1" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR9" + /translation="MTQIAFVAYPGVTALDVVGPYEVLRNLPHAQVRFVWLRGRRATS + HWLTLPALKAFGAIPVADERIVHQDNIVTSAGVSAGLDLALWLAGQLGGEARAKAIQL + AIEYDPQPPFDSGHMSKASPTTKAAATALLSKDSAKPANLTAATLLAWERALAAVQSR + RRKRQPVGAQARRP" + gene complement(2178505..2179284) + /locus_tag="BQ2027_MB1966C" + CDS complement(2178505..2179284) + /locus_tag="BQ2027_MB1966C" + /note="Mb1966c, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv1931c, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein. Similarity in + C-terminal half to transcriptional activators e.g. Q43970 + ARAC-LIKE PROTEIN (227 aa), FASTA scores: opt: 238, E(): + 7.1e-07, (42.4% identity in 92 aa overlap). Similar to + many probable transcription regulators in Streptomyces + e.g. AL049587|SC5F2A.29 Streptomyces coelicolor (325 aa), + FASTA scores: opt: 387, E(): 3.2e-16, (34.4% identity in + 259 aa overlap). Mb1966c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00569.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZS8" + /db_xref="InterPro:IPR002818" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS8" + /translation="MVIVGFPGDPVDTVILPGGAGVDAARSEPALIDWVKAVSGTARR + VVTVCTGAFLAAEAGLLGRTPSDDALGLCRTFRPRISGRSGRCRPDLHAQFAEGVDRG + WSHRRHRPRAGTGRRRPRHRDCPDGCPLARPVSAPTRWADPVRGSGVDATRQTDLDPP + GAGGHRGRAGGAHRIGELAQRAAMSPRHFTRVFSDEVGEAPGRYVERIRTEAARRQLE + ETHDTVVAIAARCGFGTAETMRRSFIRRVGISPDQYRKAFA" + gene 2179417..2179914 + /gene="tpx" + /locus_tag="BQ2027_MB1967" + CDS 2179417..2179914 + /gene="tpx" + /locus_tag="BQ2027_MB1967" + /standard_name="cfp20" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1967, tpx, len: 165 aa. Equivalent to Rv1932, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Probable tpx + (alternate gene name: cfp20), thiol peroxidase (EC + 1.11.1.-) similar to TPX_ECOLI|P37901 thiol peroxidase (EC + 1.11.1.-) (p20) from Escherichia coli (167 aa), fasta + scores: opt: 535, E(): 7.3e-25, (52.4% identity in 164 aa + overlap). There are four other related enzymes in M. + tuberculosis: Rv2428, Rv2521, Rv2238c, Rv1608c. Protein + product from Mb1967 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1967 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOL PEROXIDASE TPX" + /protein_id="SIU00570.1" + /db_xref="GOA:P66953" + /db_xref="InterPro:IPR002065" + /db_xref="InterPro:IPR013740" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR018219" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66953" + /translation="MAQITLRGNAINTVGELPAVGSPAPAFTLTGGDLGVISSDQFRG + KSVLLNIFPSVDTPVCATSVRTFDERAAASGATVLCVSKDLPFAQKRFCGAEGTENVM + PASAFRDSFGEDYGVTIADGPMAGLLARAIVVIGADGNVAYTELVPEIAQEPNYEAAL + AALGA" + gene complement(2179911..2181002) + /gene="fadE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1968C" + CDS complement(2179911..2181002) + /gene="fadE18" + /locus_tag="BQ2027_MB1968C" + /note="Mb1968c, fadE18, len: 363 aa. Equivalent to + Rv1933c, len: 363 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 363 aa overlap). + Probable fadE18, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. CAB61609.1|AL133210 putative acyl-CoA + dehydrogenase from Streptomyces coelicolor (362 aa); + NP_421282.1|NC_002696 acyl-CoA dehydrogenase family + protein from Caulobacter crescentus (344 aa); + ACDS_RAT|P15651 short-chain specific acyl-CoA + dehydrogenase from Rattus norvegicus (Rat) (412 aa), fasta + scores: opt: 239, E(): 2.1e-08, (28.4% identity in 331 aa + overlap); etc. Also similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. N-terminus of fadE22 (721 aa); fadE33 + (318 aa); N-terminus of fadE34 (711 aa); etc. COULD BELONG + TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE18" + /protein_id="SIU00571.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZR1" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR1" + /translation="MDFRYSTEQDDFRASLRGFLGRGAPVREMAAADGSDRRLWQRLC + TELELPALHVPPEHGGLGATLVETAIAFAELGRALTPIPFAATVFAIEAILRMGDDEQ + RKRLLAGLLTGARIGTIAVSGHDVASATTVRAVRRDGRPALTGECTPVLHGHVADLFV + VPAVADGSIVLHVVAADAPGVTVTPLPSFDITRPVATLRLAGSPAEPLTAGTPDDMER + VLDVARVLLAAEMLGGAEACLDLAVQYAGRRTQFDRPIGSFQAVKHACADMMIEIDAT + RATVMFAAMSAANGDELQTVAPLAKAQTAETFVLCAGSALQIHGAIAFTWEHDLHLYY + RRAKTTEALFGSSARNRALLAERAGLVKA" + gene complement(2181004..2182233) + /gene="fadE17" + /locus_tag="BQ2027_MB1969C" + CDS complement(2181004..2182233) + /gene="fadE17" + /locus_tag="BQ2027_MB1969C" + /note="Mb1969c, fadE17, len: 409 aa. Equivalent to + Rv1934c, len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 409 aa overlap). + Probable fadE17, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + highly similar to ACD_MYCLE|P46703 acyl-CoA dehydrogenase + from Mycobacterium leprae (389 aa), FASTA scores: opt: + 414, E(): 2.6e-19, (28.3% identity in 407 aa overlap). + Also similar to many e.g. NP_249713.1|NC_002516 probable + acyl-CoA dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa (381 + aa); NP_420614.1|NC_002696 acyl-CoA dehydrogenase family + protein from Caulobacter crescentus (355 aa); + CAB61610.1|AL133210 putative acyl-CoA dehydrogenase from + Streptomyces coelicolor (393 aa); etc. Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. fadE30 (385 + aa); fadE31 (377 aa); C-terminus of fadE34 (711 aa); etc. + COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE17" + /protein_id="SIU00572.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZU2" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU2" + /translation="MDVSYPPEAEAFRDRIREFVAEHLPPGWPGPGALPPHEREEFAR + HWRRALAGAGLVAVSWPTEYGGGGLSPMEQVVLAEEFARAGAPERAENDLLGIDLLGN + TLIALGSEAQKRHFLPRILSGEHRWCQGFSEPEAGSDLASVRTRGVLDGDEWVINGHK + IWTSAGTTANWIFLLARTDPSAAKHRGLSFLLVPMDQPGVVVRPIVNAAGHSSFSEVF + LTDARTSAGNVVGRVGDGWSTAMTLLGFERGSHIATAAIDFERDLQRLCELARDRGLH + TDPRVRDGLAWCYARVQIMRYRGYRDLTLALTGRPPGAEAAITKVIWSEYFRRYTDLA + VEILGLEALGPRGPGNGGARLVPEAGTPNSPACWMDELLYARAATIYAGSSQIQRNVI + GERLLGLPKEPRPEVLC" + gene complement(2182248..2183204) + /gene="echA13" + /locus_tag="BQ2027_MB1970C" + CDS complement(2182248..2183204) + /gene="echA13" + /locus_tag="BQ2027_MB1970C" + /note="Mb1970c, echA13, len: 318 aa. Equivalent to + Rv1935c, len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 318 aa overlap). + Possible echA13, enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), + similar to others and various enzymes e.g. + CAC48381.1|Y16952 putative enoyl-CoA-isomerase from + Amycolatopsis mediterranei (269 aa); + AAK18173.1|AF290950_5|AF290950|FadB1x enoyl-CoA hydratase + from Pseudomonas putida (257 aa); AAF78820.1|AF042490 + 4-chlorobenzoyl CoA dehalogenase from Arthrobacter sp. TM1 + (276 aa); ECHM_RAT|P14604 enoyl-coa hydratase + mitochondrial precursor from Rattus norvegicus (Rat) (290 + aa), FASTA scores: opt: 228, E(): 1.2e-08, (31.0% identity + in 258 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA13 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU00573.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZR7" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZR7" + /translation="MFVGRVGPVDRRSDGERSRRPREFEYIRYETIDDGRIAAITLDR + PKQRNAQTRGMLVELGAAFELAEADDTVRVVILRAAGPAFSAGHDLGSADDIRERSPG + PDQHPSYRCNGATFGGVESRNRQEWHYYFENTKRWRNLRKITIAQVHGAVLSAGLMLA + WCCDLIVASEDTVFADVVGTRLGMCGVEYFGHPWEFGPRKTKELLLTGDCIGADEAHA + LGMVSKVFPADELATSTIEFARRIAKVPTMAALLIKESVNQTVDAMGFSAALDGCFKI + HQLNHAHWGEVTGGKLSYGTVEYGLEDWRAAPQIRPAIKQRP" + gene 2183429..2184538 + /locus_tag="BQ2027_MB1971" + CDS 2183429..2184538 + /locus_tag="BQ2027_MB1971" + /note="Mb1971, -, len: 369 aa. Equivalent to Rv1936, len: + 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 369 aa overlap). Possible + monooxygenase (EC 1.-.-.-), similar to LXA2_PHOLU|P23146 + alkanal monooxygenase alpha chain (362 aa), FASTA scores: + opt: 196, E(): 6.3e-06, (22.3% identity in 373 aa + overlap). Also similar to many other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical oxidoreductases and + monooxygenases e.g. Rv0953c, Rv0791c, Rv0132c, etc. + Protein product from Mb1971 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1971 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="SIU00574.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1V8" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1V8" + /translation="MEIGIFLMPAHPPERTLYDATRWDLDVIELADQLGYVEAWVGEH + FTVPWEPICAPDLLLAQALLRTQQIKLAPGAHLLPYHHPVELAHRVAYFDHLAQGRFM + LGVGASGIPGDWALYDVDGKNGEHREMTREALEIMLRIWTEDEPWEHRGKYWNANGIA + PMFEGLMRRHIKPYQKPHPPIGVTGFSAGSETLKLAGERGYIPMSLDLNTEYVATHWD + AVEEGALRSGRTPDRRDWRLVREVLVAETDEQAFRYAVDGTMGRAMREYVLPTFRMFG + MTKFYKHNPSVPDDEVTPEYLAENTFVVGSVQTVVDKLEATYDQVGGFGHLLILGFDY + SDNPGPWKESLRLLAHEVMPRLNARLATKPATAVV" + gene 2184541..2187060 + /locus_tag="BQ2027_MB1972" + CDS 2184541..2187060 + /locus_tag="BQ2027_MB1972" + /note="Mb1972, -, len: 839 aa. Equivalent to Rv1937, len: + 839 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 839 aa overlap). Possible oxygenase + (EC 1.-.-.-), similar in N-terminus to N-terminal part + (approx. 350 aa) of dioxygenases (including + ring-hydroxylating dioxygenase electron transfer + components) and monooxygenases, e.g. AAC34815.1|AF071556 + anthranilate dioxygenase reductase from Acinetobacter sp. + (343 aa); AAK52291.1|AY026914|AntC putative anthranilate + dioxygenase reductase from Pseudomonas putida (340 aa); + AAF63450.1|AF218267_7|AF218267 benzoate dioxygenase / + ferredoxin reductase from Pseudomonas putida (336 aa); + P23101|XYLZ_PSEPU toluate 1,2-dioxygenase electron + transfer component [INCLUDES: FERREDOXIN; + FERREDOXIN--NAD(+) REDUCTASE (EC 1.18.1.3)] from + Pseudomonas putida plasmid TOL pWW0 (336 aa), FASTA + scores: opt: 700, E(): 0, (34.3% identity in 335 aa + overlap); S23479 probable benzoate 1,2-dioxygenase (EC + 1.14.12.10) reductase component benC from Acinetobacter + calcoaceticus (338 aa); AAC45294.1|U81594 soluble methane + monooxygenase protein C from Methylocystis sp. (343 aa); + P22868|MEMC_METCA METHANE MONOOXYGENASE COMPONENT C from + Methylococcus capsulatus (348 aa); etc. Also similar in + part to Mycobacterium tuberculosis hypothetical electron + transfer proteins Rv3554, Rv3571, etc. Contains PS00197 + 2Fe-2S ferredoxins, iron-sulfur binding region signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXYGENASE" + /protein_id="SIU00575.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0K2" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR001433" + /db_xref="InterPro:IPR006058" + /db_xref="InterPro:IPR008333" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0K2" + /translation="MAVRQVTVGYSDGTHKTMPVRCDQTVLDAAEEHGVAIVNECQSG + ICGTCVATCTAGRYQMGRTEGLSDVERAARKILTCQTFVTSDCRIELQYPVDDNAALL + VTGDGVVTAVELVSPSTAILRVDTSGMAGALRYRAGQFAQLQVPGTNVWRNYSYAHPA + DGRGECEFIIRLLPDGVMSNYLRDRAQPGDHIALRCSKGSFYLRPIVRPVILVAGGTG + LSAILAMAQSLDADVAHPVYLLYGVERTEDLCKLDELTELRRRVGRLEVHVVVARPDP + DWDGRTGLVTDLLDERMLASGDADVYLCGPVAMVDAARTWLDHNGFHRVGLYYEKFVA + SGAARRRTPARLDYAGVDIAEVCRRGRGTAVVIGGSIAGIAAAKMLSETFDRVIVLEK + DGPHRRREGRPGAAQGWHLHHLLTAGQIELERIFPGIVDDMVREGAFKVDMAAQYRIR + LGGTWKKPGTSDIEIVCAGRPLLEWCVRRRLDDEPRIDFRYESEVADLAFDRANNAIV + GVAVDNGDADGGDGLQVVPAEFVVDASGKNTRVPEFLERLGVGAPEAEQDIINCFYST + MQHRVPPERRWQDKVMVICYAYRPFEDTYAAQYYTDSSRTILSTSLVAYNCYSPPRTA + REFRAFADLMPSPVIGENIDGLEPASPIYNFRYPNMLRLRYEKKRNLPRALLAVGDAY + TSADPVSGLGMSLALKEVREMQALLAKYGAGHRDLPRRYYRAIAKMADTAWFVIREQN + LRFDWMKDVDKKRPFYFGVLTWYMDRVLELVHDDLDAYREFLAVVHLVKPPSALMRPR + IASRVLGKWARTRLSGQKTLIARNYENHPIPAEPADQLVNA" + gene 2187072..2188142 + /gene="ephB" + /locus_tag="BQ2027_MB1973" + CDS 2187072..2188142 + /gene="ephB" + /locus_tag="BQ2027_MB1973" + /note="Mb1973, ephB, len: 356 aa. Equivalent to Rv1938, + len: 356 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 356 aa overlap). Probable ephB, + epoxide hydrolase (EC 3.3.2.3) (see citation below), + similar to many e.g. G1109600 ATSEH (EC 3.3.2.3) (321 aa), + FASTA scores: opt: 442, E(): 1.2e-21 (33.1% identity in + 356 aa overlap); etc. Also similar to many other M. + tuberculosis hypothetical epoxide hydrolases e.g. Rv3617, + Rv3670, Rv0134, etc. Protein product from Mb1973 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE EPHB (EPOXIDE + HYDRATASE)" + /protein_id="SIU00576.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZT6" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT6" + /translation="MSQVHRILNCRGTRIHAVADSPPDQQGPLVVLLHGFPESWYSWR + HQIPALAGAGYRVVAIDQRGYGRSSKYRVQKAYRIKELVGDVVGVLDSYGAEQAFVVG + HDWGAPVAWTFAWLHPDRCAGVVGISVPFAGRGVIGLPGSPFGERRPSDYHLELAGPG + RVWYQDYFAVQDGIITEIEEDLRGWLLGLTYTVSGEGMMAATKAAVDAGVDLESMDPI + DVIRAGPLCMAEGARLKDAFVYPETMPAWFTEADLDFYTGEFERSGFGGPLSFYHNID + NDWHDLADQQGKPLTPPALFIGGQYDVGTIWGAQAIERAHEVMPNYRGTHMIADVGHW + IQQEAPEETNRLLLDFLGGLRP" + gene 2188139..2188873 + /locus_tag="BQ2027_MB1974" + CDS 2188139..2188873 + /locus_tag="BQ2027_MB1974" + /note="Mb1974, -, len: 244 aa. Similar to Rv1939, len: 171 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 167 aa overlap). Probable oxidoreductase (EC + 1.-.-.-), similar to NP_302637.1|NC_002677 probable + oxidoreductase from Mycobacterium leprae (162 aa) Also + similar to NTAB_CHELE|P54990 nitrilotriacetate + monooxygenase component from Chelatobacter heintzii (322 + aa), fasta scores: opt: 269, E(): 5.3e-11, (33.1% identity + in 151 aa overlap). And similar to Mycobacterium + tuberculosis probable monooxygenase components Rv0246, + Rv3567, and to a lesser extent, Rv3007c. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base deletion (t-*) leads to a longer product with + a different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis H37Rv (244 aa versus 171 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU00577.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y070" + /db_xref="InterPro:IPR002563" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y070" + /translation="MSCTFDMVPETVDHLDEVGLRRVFGCFPCGVIAVCAMVDDQPVG + MAASSFTSVSVDPPLVSICVQNCSTTWPKLRDRPRLGVSVLAEGHDAACMSLSRKEGN + RFAGVFWSELSSGGVVIAGAGAWLDCRPYAEIPAGDHLIALLEICAVRADPETPPLVF + HGSRFRRWSLDEDDRCAGTSCDHGDGGRSRRGPDRRPQWRWLSRLRRPGRDAAAGCLC + GPAHLGLFARRAAGRRMRATAPAAHV" + gene 2188650..2189711 + /gene="ribA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1975" + CDS 2188650..2189711 + /gene="ribA1" + /locus_tag="BQ2027_MB1975" + /standard_name="ribA" + /note="Mb1975, ribA1, len: 353 aa. Equivalent to Rv1940, + len: 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 353 aa overlap). Probable ribA1, + Riboflavin biosynthesis protein (EC 3.5.4.25), similar to + GCH2_BACSU|P17620 gtp cyclohydrolase ii (EC 3.5.4.25) (398 + aa), FASTA scores: opt: 682, E(): 0, (37.7% identity in + 363 aa overlap), also similar to Rv1415|MTCY21B4.33|ribA2 + (428 aa) (45.4% identity in 368 aa overlap). Note that + previously known as ribA." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Riboflavin biosynthesis protein ribA1 + (GTP cyclohydrolase II)" + /protein_id="SIU00578.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZS4" + /db_xref="InterPro:IPR000422" + /db_xref="InterPro:IPR017945" + /db_xref="InterPro:IPR032677" + /db_xref="InterPro:IPR036144" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS4" + /translation="MKTTDVRVRRAITAMAGGHAVVLTGDPNGDGYLVFAAQAATPRL + VAFAVRHTSGYLRVALPGAECERLHLPPMCDRDTTHCVSVDVRGTGTGISASDRAWTI + AALASATSVAADFQRPGHVVPVQAQADGVLGRRGPAEAAVDLARLAERRPAAALCEIV + SPDNPVQMAHHAESVEFAVEHGLAMVSIGELVAYRRRIEPQVVRFTAATLPTWAGASR + VIGFRDVYDLGEHLAVIVGAVGAGVPVPLHVHIECLTGDVFGSTACRCGEELNGALAR + MSAQGSGVVLYLRPPGPAQACGLFARGDAATDVMPETVTWILRDLGVYAIRLSDDVPG + FGLVMFGAIREASTLAAAG" + gene 2189708..2190478 + /locus_tag="BQ2027_MB1976" + CDS 2189708..2190478 + /locus_tag="BQ2027_MB1976" + /note="Mb1976, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv1941, len: + 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases, generally belonging to SDR + family, e.g. NP_299015.1|NC_002488 + 2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase + from Xylella fastidiosa (255 aa); NP_250340.1|NC_002516 + probable short-chain dehydrogenase from Pseudomonas + aeruginosa (253 aa); NP_106890.1|NC_002678 PROBABLE + SHORT-CHAIN TYPE DEHYDROGENASE/REDUCTASE from + Mesorhizobium loti (374 aa) (has its N-terminus longter); + P50197|LINC_PSEPA + 2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-dehydrogenase from + Pseudomonas paucimobilis (Sphingomonas paucimobilis) (250 + aa), FASTA scores: opt: 529, E(): 5.7e-25, (40.6% identity + in 251 aa overlap); etc. Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Mb1976 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU00579.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZV8" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV8" + /translation="MNHPDLAGKVAIVTGAGAGIGLAVARRLADEGCHVLCADIDGDA + ADAAATKIGCGAAACRVDVSDEQQIIAMVDACVAAFGGVDKLVANAGVVHLASLIDTT + VEDFDRVIAINLRGAWLCTKHAAPRMIERGGGAIVNLSSLAGQVAVGGTGAYGMSKAG + IIQLSRITAAELRSSGIRSNTLLPAFVDTPMQQTAMAMFDGALGAGGARSMIARLQGR + MAAPEEMAGIVVFLLSDDASMITGTTQIADGGTIAALW" + gene complement(2190688..2191017) + /gene="mazf5" + /locus_tag="BQ2027_MB1977C" + CDS complement(2190688..2191017) + /gene="mazf5" + /locus_tag="BQ2027_MB1977C" + /note="Mb1977c, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv1942c, + len: 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, shows some similarity to + Q10867|MTCY39.28|Rv1991 hypothetical 12.3 kd protein (114 + aa), FASTA scores: opt: 117, E(): 0.021, (24. 5% identity + in 110 aa overlap) also P33645|CHPA_ECOLI pemk-like + protein 1 (mazf protein) from Escherichia coli (111 aa), + FASTA scores: opt: 104, E(): 0.18, (29.1% identity in 110 + aa overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv0659c (102 aa) (32.7% identity in 101 aa overlap); + Rv1102c (33.3% identity in 93 aa overlap) and Rv1495. + Protein product from Mb1977c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1977c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin mazf5" + /protein_id="SIU00580.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZS9" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS9" + /translation="MTALPARGEVWWCEMAEIGRRPVVVLSRDAAIPRLRRALVAPCT + TTIRGLASEVVLEPGSDPIPRRSAVNLDSVESVSVAVLVNRLGRLADIRMRAICTALE + VAVDCSR" + gene complement(2191014..2191391) + /gene="maze5" + /locus_tag="BQ2027_MB1978C" + CDS complement(2191014..2191391) + /gene="maze5" + /locus_tag="BQ2027_MB1978C" + /note="Mb1978c, -, len: 125 aa. Equivalent to Rv1943c, + len: 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with + Rv1946c|MTCY09F9.18|lppG possible conserved lipoprotein + from Mycobacterium tuberculosis (150 aa), FASTA score: + (71.4% identity in 28 aa overlap). Protein product from + Mb1978c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1978c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin maze5" + /protein_id="SIU00581.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS3" + /translation="MKTARLQVTLRCAVDLINSSSDQCFARIEHVASDQADPRPGVWH + SSGMNRIRLSTTVDAALLTSARDMRAGITDAALIDEALAALLARHRSAEVDASYAAYD + KHPVDEPDEWGDLASWRRAAGDS" + gene complement(2191388..2191978) + /locus_tag="BQ2027_MB1979C" + CDS complement(2191388..2191978) + /locus_tag="BQ2027_MB1979C" + /note="Mb1979c, -, len: 196 aa. Equivalent to Rv1944c, + len: 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 196 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to C-terminal part of + SCE20.29|AL136058|CAB65585.1 hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (338 aa), BLASTP scores, + Identities = 37/131 (28%), Positives = 51/131 (38%). + Protein product from Mb1979c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb1979c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00582.1" + /db_xref="InterPro:IPR004027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV1" + /translation="MISDTEDFAHGDKAAPPRLRASYAACGGDAAGCWTMSDNGASRV + PPVDETPAAESAEPITAVSLAWLPAGDYERALDLWPDFAGSDLVTGPDGPVAHPLYCR + RMQQKLVEFAEAGFPGLAVAAIRVAPFAAWCAEQGQEPDSPEARAEYAAYLTAHGDHD + VMAWPPGRNQQCWCGSGHKYKKCCAAASFIDTEPAP" + gene 2192033..2193397 + /locus_tag="BQ2027_MB1980" + CDS 2192033..2193397 + /locus_tag="BQ2027_MB1980" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1980, -, len: 454 aa. Equivalent to Rv1945, len: + 454 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.780% identity in 454 aa overlap). Member of + Mycobacterium tuberculosis REP13E12 repeat family. Similar + to several others, best with Rv1148c|Z95584|MTCI65.15 (482 + aa), FASTA score: opt: 2954, E(): 0, (97.1% identity in + 454 aa overlap). Contains possible helix-turn-helix motif + at aa 74-95 (+2.90 SD). Mb1980 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="SIU00583.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZS1" + /translation="MRSDTREEISAALDAYHASLSRVLDLKCDALTTPELLACLQRLE + VERRRQGAAEHALINQLAGQACEEELGGTLRTALANRLHITPGEASRRIAEAEDLGER + RALTGEPLPAQLTATAAAQREGKIGREHIKEIQAFFKELSAAVDLGIREAAEAQLAEL + ATSRRPDHLHGLATQLMDWLHPDGNFSDQERARKRGITMGKQEFDGMSRISGLLTPEL + RATIEAVLAKLAAPGACNPDDQTPLVDDTPDADAVRRDTRSQAQRHHDGLLAGLRGLL + ASGELGQHRGLPVTVVVSTTLKELEAATGKGVTGGGSRVPMSDLIRMASNAHHYLALF + DGAKPLALYHTKRLASPAQRIMLYAKDRGCSRPGCDAPAYHSEVHHVTPWTTTHRTDI + NDLTLACGPDNRLVEKGWKTRKNAKGDTEWLPPAHLDHGQPRINRYHHPEKILCEPDD + DEPH" + repeat_region 2192033..2193394 + /locus_tag="BQ2027_MB1980" + /note="REP-7, len: 1362 nt. Equivalent to REP, len: 1362 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (99.9% + identity in 1362 nt overlap). REP09F9, member of the + REP13E12 family." + /rpt_family="REP" + gene complement(2193552..2194004) + /gene="lppG" + /locus_tag="BQ2027_MB1981C" + CDS complement(2193552..2194004) + /gene="lppG" + /locus_tag="BQ2027_MB1981C" + /note="Mb1981c, lppG, len: 150 aa. Equivalent to Rv1946c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 150 aa overlap). Possible lppG, + conserved lipoprotein, showing some similarity to + Rv1943c|MTCY09F9.21 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (125 aa), FASTA score: (71.4% + identity in 28 aa overlap). Contains PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPOPROTEIN" + /protein_id="SIU00584.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W8" + /translation="MIRGSAVSGLLMPSVNGGTAGSVACVQCLFLPKVAVDLINLSGI + QCFARIEHVAHAQAHPFVVLVGKPAQHGARIGAVAGAILTGDVIVSHDGELYRTVTAL + RQNGPRPHASRRLHAPALCSARSRRGHLRPSCWLPPPRFAGRQSLVAR" + gene 2194068..2194469 + /locus_tag="BQ2027_MB1982" + CDS 2194068..2194469 + /locus_tag="BQ2027_MB1982" + /note="Mb1982, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv1947, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Hypothetical unknown + protein,Mb1982 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00585.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0K9" + /translation="MDRYNDQASGRALIEIRLCNERATPMPIPIGLWMFQTKLHVNAG + GADVFLPVCDVLEQDLAERDEEVRQLNLQYRNRLEYAIGRTCSAAWSVNGSRRPSAVW + TTWLPVAETPHTRARSVENALLSMDSRGGVT" + gene complement(2194758..2195108) + /locus_tag="BQ2027_MB1983C" + CDS complement(2194758..2195108) + /locus_tag="BQ2027_MB1983C" + /note="Mb1983c, -, len: 116 aa. Equivalent to Rv1948c, + len: 116 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 116 aa overlap). Hypothetical unknown + protein" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00586.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU5" + /translation="MTVFRIKPDNYFGDVVLAAADRDGLRIFQYAVRSAHESGQATFD + IDGVQQRIVRESGTADMELGSQTVVWRFDDTKLVEILDKLSPLIDGEGPGHQYIDDLN + SPAPTLMISVDEYA" + gene complement(2195119..2196021) + /locus_tag="BQ2027_MB1984C" + CDS complement(2195119..2196021) + /locus_tag="BQ2027_MB1984C" + /note="Mb1984c, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv1949c, + len: 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 300 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, partial ORF. Rv1949c and Rv1950c|MTCY09F9.14 are + similar but frameshifted with respect to + Rv2077c|MTCY49.16C|Q10685 hypothetical 33.3 kd protein + (323 aa), FASTA scores: opt: 459, E(): 2.8e-16, (54.8% + identity in 157 aa overlap). Cosmid sequence appears to be + correct, genomic sequence is also frameshifted in + Mycobacterium bovis strain AF2122/97. Similar to M. + tuberculosis hypothetical proteins: Rv2542, Rv2077c, + Rv2797c, Rv0963c, etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00587.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y079" + /translation="MRQASGLAREGAGTIGAAQRRVIYAVQDAHNAGFNVEEDLSVTD + TRTSRTFAEQAARQAQAQALAGDIRQRATQLIGVEHEVAAKIATATAPLNTVGFHEPP + IAPSLPTPVPHNEKPQIHAVDRSWKQDPPSPMPGDPKDMTAVQARAAWDAVNADIARY + NARCGRTFVLPNEQAAYDACIADKGSLLERQAAIRARLGELGVPVEGEPPPAPDPAGP + QPNEGLPPPGVSPPAESNLTVGPPSRPIQQARGGESLWDENGGEWRYFPGDNYRYPHW + DYNPHDSPTARWQNIPIGDLPTHK" + gene complement(2196042..2196233) + /locus_tag="BQ2027_MB1985C" + CDS complement(2196042..2196233) + /locus_tag="BQ2027_MB1985C" + /note="Mb1985c, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv1950c, len: + 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, partial ORF. Highly similar to N-terminus of + Rv2077c|MTCY49.16C|Q10685 hypothetical 33.3 kd protein + (323 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 1.2 e-16, (71.7% + identity in 53 aa overlap) but homology continues in + different frame ie MTCY09F9.15, cosmid sequence appears to + be correct, genomic sequence is also frameshifted in + Mycobacterium bovis strain AF2122/97. Mb1985c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00588.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT4" + /translation="MLPTLSHIHAWDTEHLIEAAYYWTKVADQWEDVFLEMRNRSHFI + AWEGAGGDGCDSEPALTYR" + gene complement(2196234..2196530) + /locus_tag="BQ2027_MB1986C" + CDS complement(2196234..2196530) + /locus_tag="BQ2027_MB1986C" + /note="Mb1986c, -, len: 98 aa. Equivalent to Rv1951c, len: + 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 98 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv2541 (135 aa) (40.9% identity in 88 + aa overlap). Mb1986c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00589.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX0" + /translation="MKAGELRVNIQQVAATASQWSGRSTELSVLAPPPLGQPFQPTTA + AVGGAHAAVGLAVAAFTARTHATASAVEAAAAEYANNEAAAAAEMAAVPQTRLV" + gene 2196770..2196985 + /gene="vapb14" + /locus_tag="BQ2027_MB1987" + CDS 2196770..2196985 + /gene="vapb14" + /locus_tag="BQ2027_MB1987" + /note="Mb1987, -, len: 71 aa. Equivalent to Rv1952, len: + 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 71 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity to P55510|Y4JJ_RHISN PUTATIVE + PLASMID STABILITY PROTEIN (85 aa), FASTA scores: opt: 127, + E(): 0.00096, (42.5% identity in 73 aa overlap). Mb1987 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb14" + /protein_id="SIU00590.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZT8" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR013321" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT8" + /translation="MIRNLPEGTKAALRVRAARHHHSVEAEARAILTAGLLGEEVPMP + VLLAADSGHDIDFEPERLGLIARTPQL" + gene 2196982..2197293 + /gene="vapc14" + /locus_tag="BQ2027_MB1988" + CDS 2196982..2197293 + /gene="vapc14" + /locus_tag="BQ2027_MB1988" + /note="Mb1988, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv1953, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to O33827 PLASMID + STABILITY-LIKE PROTEIN from Thiobacillus ferrooxidans (143 + aa), FASTA scores: opt: 170, E(): 3.5e-06, (45.3% identity + in 75 aa overlap). Mb1988 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc14" + /protein_id="SIU00591.1" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT3" + /translation="MTYVLDTNVVSALRVPGRHPAVAAWADSVQVAEQFVVAITLAEI + ERGVIAKERTDPTQSEHLRRWFDDKVLRIFVFARRGTNLIMQPLAGHIGYSLYSGISW + F" + gene complement(2197267..2197788) + /locus_tag="BQ2027_MB1989C" + CDS complement(2197267..2197788) + /locus_tag="BQ2027_MB1989C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1989c, -, len: 173 aa. Equivalent to Rv1954c, + len: 173 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 173 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, end overlaps next ORF upstream, Rv1955 + (MTCY09F9.09c)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00592.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV7" + /translation="MAAGSGGGTVGLVLPRVASLSGLDGAPTVPEGSDKALMHLGDPP + RRCDTHPDGTSSAAAALVLRRIDVHPLLTGLGRGRQTVSLRNGHLVATANRAILSRRR + SRLTRGRSFTSHLITSCPRLDDHQHRHPTRCRAEHAGCTVATCIPNARDPAPGHQTPR + WGPFRLKPAYTRI" + gene 2197321..2197623 + /locus_tag="BQ2027_MB1988A" + CDS 2197321..2197623 + /locus_tag="BQ2027_MB1988A" + /note="Mb1988A, len: 100 aa. Equivalent to Rv1954A len: + 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 100 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1988A detected using SWATH + mass spectrometry. Mb1988A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hypothetical protein" + /protein_id="SIU00593.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT2" + /translation="MARGRVACIGDAGCDCTPGVFRATAGGMPVLVVIESGTGGDQMA + RKATSPGKPAPTSGQYRPVGGGNEVTVPKGHRLPPSPKPGQKWVNVDPTKNKSGRG" + gene 2197628..2198140 + /gene="higb" + /locus_tag="BQ2027_MB1990" + CDS 2197628..2198140 + /gene="higb" + /locus_tag="BQ2027_MB1990" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1990, -, len: 170 aa. Equivalent to Rv1955, len: + 170 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 170 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, start overlaps another ORF, Rv1954c + (MTCY09F9.10). Mb1990 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin higb" + /protein_id="SIU00594.1" + /db_xref="InterPro:IPR009241" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X7" + /translation="MPSGWVSHRLGGSPKCISALSLPSGTVGAPSKPDNDATRGRTRP + TVPPPDPAAMGTWKFFRASVDGRPVFKKEFDKLPDQARAALIVLMQRYLVGDLAAGSI + KPIRGDILELRWHEANNHFRVLFFRWGQHPVALTAFYKNQQKTPKTKIETALDRQKIW + KRAFGDTPPI" + gene 2198182..2198631 + /gene="higa" + /locus_tag="BQ2027_MB1991" + CDS 2198182..2198631 + /gene="higa" + /locus_tag="BQ2027_MB1991" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1991, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv1956, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 149 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, contains probable + helix-turn-helix motif at aa 52-73 (+4.78 SD). Protein + product from Mb1991 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb1991 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin higa" + /protein_id="SIU00595.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0L8" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0L8" + /translation="MSIDFPLGDDLAGYIAEAIAADPSFKGTLEDAEEARRLVDALIA + LRKHCQLSQVEVAKRMGVRQPTVSGFEKEPSDPKLSTLQRYARALDARLRLVLEVPTL + REVPTWHRLSSYRGSARDHQVRVGADKEILMQTNWARHISVRQVEVA" + gene 2198628..2199173 + /gene="secBL" + /locus_tag="BQ2027_MB1992" + CDS 2198628..2199173 + /gene="secBL" + /locus_tag="BQ2027_MB1992" + /note="Mb1992, -, len: 181 aa. Equivalent to Rv1957, len: + 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb1992 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb1992 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SecB-like chaperone" + /protein_id="SIU00596.1" + /db_xref="InterPro:IPR035958" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV0" + /translation="MTDRTDADDLDLQRVGARLAARAQIRDIRLLRTQAAVHRAPKPA + QGLTYDLEFEPAVDADPATISAFVVRISCHLRIQNQAADDDVKEGDTKDETQDVATAD + FEFAALFDYHLQEGEDDPTEEELTAYAATTGRFALYPYIREYVYDLTGRLALPPLTLE + ILSRPMPVSPGAQWPATRGTP" + gene complement(2199062..2199676) + /locus_tag="BQ2027_MB1993C" + CDS complement(2199062..2199676) + /locus_tag="BQ2027_MB1993C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb1993c, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv1958c, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1993c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00597.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y088" + /translation="MIPTPSIGAVINAKISHRACRTFPRPTDIHPRRYLPRKHGGTNP + RRLSMNPGGMRIRCRRGDKSRKLLSRSQVQPLVGRPAKIPSPAANAPPSRARTASPVF + ENLELRAAAGLAFGFRLRPFGGTAADSPPVAAQDLDPCRWADSPALHLAVGVETMVVG + QLDSPSFGQGVPLVAGHWAPGETGIGRDNISRVNGGSARRPVRS" + gene complement(2199725..2200021) + /gene="pare1" + /locus_tag="BQ2027_MB1994C" + CDS complement(2199725..2200021) + /gene="pare1" + /locus_tag="BQ2027_MB1994C" + /note="Mb1994c, -, len: 98 aa. Equivalent to Rv1959c, len: + 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 98 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other hypothetical plasmid proteins + e.g. AL117189|YPCD1.08 from Yersinia pestis (99 aa), FASTA + scores: opt: 162, E(): 7.3e-05, (33.0% identity in 91 aa + overlap); also some similarity to E145339 hypothetical + protein (103 aa), FASTA scores: opt: 142, E(): 0.0003, + (33.0% identity in 91 aa overlap). Protein product from + Mb1994c detected using SWATH mass spectrometry. Mb1994c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin pare1" + /protein_id="SIU00598.1" + /db_xref="InterPro:IPR007712" + /db_xref="InterPro:IPR028344" + /db_xref="InterPro:IPR035093" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU3" + /translation="MSSRYLLSPAAQAHLEEIWDCTYDRWGVDQAEQYLRELQHAIDR + AAANPRIGRACDEIRPGYRKLSAGSHTLFYRVTGEGTIDVVRVLHQRMDVDRNL" + gene complement(2200018..2200269) + /gene="pard1" + /locus_tag="BQ2027_MB1995C" + CDS complement(2200018..2200269) + /gene="pard1" + /locus_tag="BQ2027_MB1995C" + /note="Mb1995c, -, len: 83 aa. Equivalent to Rv1960c, len: + 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to O85269|AF102990|AF102990_51 + hypothetical protein of Yersinia enterocolitica (80 aa), + FASTA scores: opt: 149, E(): 0.00037, (42 .1% identity in + 57 aa overlap). Mb1995c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin pard1" + /protein_id="SIU00599.1" + /db_xref="GOA:P67299" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR022789" + /db_xref="InterPro:IPR038296" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67299" + /translation="MGKNTSFVLDEHYSAFIDGEIAAGRYRSASEVIRSALRLLEDRE + TQLRALREALEAGERSGSSTPFDFDGFLGRKRADASRGR" + gene 2200256..2200750 + /locus_tag="BQ2027_MB1996" + CDS 2200256..2200750 + /locus_tag="BQ2027_MB1996" + /note="Mb1996, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv1961, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 164 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb1996 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Helicase, C-terminal" + /protein_id="SIU00600.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW1" + /translation="MFLPTNAQYQLLVVGVSPWDTPSPSGRISWGSAWPHQARRAQTC + QRVRRHWMIDTTEAAYRLTYQPDGTSITVRENLVDILARELLGPIRGPQEVLPFSPRS + QYLVGHLAPVKLTGAALIDDNAVQARANAEALAEGGGVPAYAADETTPTPTTTPKTAH + PSRA" + gene complement(2200910..2201317) + /gene="vapc35" + /locus_tag="BQ2027_MB1997C" + CDS complement(2200910..2201317) + /gene="vapc35" + /locus_tag="BQ2027_MB1997C" + /note="Mb1997c, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv1962c, + len: 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Rv3408|MTCY78.20c (133 + aa) (36.2% identity in 138 aa overlap); and Rv3384c (130 + aa) (43.1% identity in 130 aa overlap) Protein product + from Mb1997c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1997c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc35. contains pin domain." + /protein_id="SIU00601.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZT9" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZT9" + /translation="MIYLETSALVKLIRIEVESDALADWLDDRTELRWITSALTEVEL + SRAIRAVSPEGLPAVPSVLARLDRFEIDAVIRSTAAAYPNPALRSLDAIHLATAQTAG + SVAPLTALVTYDNRLKEAAEALSLAVVAPGQAR" + gene complement(2201321..2201593) + /gene="vapB35" + /locus_tag="BQ2027_MB1997A" + CDS complement(2201321..2201593) + /gene="vapB35" + /locus_tag="BQ2027_MB1997A" + /note="Mb1997A, len: 90 aa. Equivalent to Rv1962A len: 90 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 90 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB35, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv1962c, see Arcus et al. 2005. Similar to others in M. + tuberculosis e.g. Rv3385c, Rv3407, Rv0626,Mb1997A found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB35" + /protein_id="SIU00602.1" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW6" + /translation="MNEVSIRTLNQETSKVLARVKRGEEINLTERGKVIARIIPASAG + PLDSLISTGSVQPARVHGPAPRPTIPMRGGLDSGTLLERMRAEERY" + gene complement(2201626..2202846) + /gene="mce3r" + /locus_tag="BQ2027_MB1998C" + CDS complement(2201626..2202846) + /gene="mce3r" + /locus_tag="BQ2027_MB1998C" + /note="Mb1998c, -, len: 406 aa. Equivalent to Rv1963c, + len: 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to several + e.g. AL049485|SC6A5.30 Streptomyces coelicolor cosmid 6 A + (404 aa), FASTA scores: opt: 319, E(): 6.4e-13, (29.5% + identity in 373 aa overlap); and Z84498|MTCY9F9_1 (259 + aa), FASTA scores: opt: 208, E(): 1.6e-07, (100.0% + identity in 32 aa overlap). Contains probable + helix-turn-helix at aa 36-57 (+4.23 SD). Protein product + from Mb1998c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb1998c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional repressor (probably + tetr-family) mce3r" + /protein_id="SIU00603.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZU1" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU1" + /translation="MASVAQPVRRRPKDRKKQILDQAVGLFIERGFHSVKLEDIAEAA + GVTARALYRHYDNKQALLAEAIRTGQDQYQSARRLTEGETEPTPRPLNADLEDLIAAA + VASRALTVLWQREARYLNEDDRTAVRRRINAIVAGMRDSVLLEVPDLSPQHSELRAWA + VSSTLTSLGRHSLSLPGEELKKLLYQACMAAARTPPVCELPPLPAGDAARDEADVLFS + RYETLLAAGARLFRAQGYPAVNTSEIGKGAGIAGPGLYRSFSSKQAILDALIRRLDEW + RCLECIRALRANQQAAQRLRGLVQGHVRISLDAPDLVAVSVTELSHASVEVRDGYLRN + QGDREAVWIDLIGKLVPATSVAQGRLLVAAAISFIEDVARTWHLTRYAGVADEISGLA + LAILTSGAGNLLRA" + gene 2203745..2204149 + /gene="yrbE3A" + /locus_tag="BQ2027_MB1999" + CDS 2203745..2204149 + /gene="yrbE3A" + /locus_tag="BQ2027_MB1999" + /note="Mb1999, yrbE3A, len: 134 aa. Similar to 5' end of + Rv1964, len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 102 aa overlap). yrbE3A, + hypothetical unknown integral membrane protein, part of + mce3 operon and member of YrbE family (see citations below + for more information), highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins O07412|Rv0167|MTCI28.07|yrbE1A (265 + aa), O07791|Rv0587|MTCY19H5.35|yrbE2A (265 aa), + Rv3501c|MTV023.08c|yrbE4A (254 aa), etc. Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of yrbEA type, e.g. AAD24544.1|AF116213|YrbE1A + from Mycobacterium leprae (112 aa); P45392|YRBE_ECOLI from + Escherichia coli (260 aa), FASTA scores: opt: 893, E(): 0, + (51.4% identity in 253 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large deletion of 12719 bp (RD7) leads to the loss of the + COOH part of yrbE3A, the entire mce3 operon and the + following genes up to Mb2000 compared to Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv. Mb1999 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + YRBE3A" + /protein_id="SIU00604.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Y6" + /db_xref="InterPro:IPR030802" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y6" + /translation="MVIVADKAAGRVADPVLRPVGALGDFFAMTLDTSVCMFKPPFAW + REYLLQCWFVARVSTLPGVLMTIPWAVISGFLFNVLLTDIGAADFSGTGCAIFTVNQS + RGTGSLERGRFIGPQDHRVAAALEVTAPLLRS" + gene 2204234..2205082 + /locus_tag="BQ2027_MB2000" + CDS 2204234..2205082 + /locus_tag="BQ2027_MB2000" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2000, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv1978, len: + 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 282 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several hypothetical proteins and + methyltransferases e.g. X86780|SHGCPIR.15 + methyltransferase from S. hygroscopicus (211 aa), FASTA + scores: opt: 151, E(): 0.0072, (30.6% identity in 121 aa + overlap). Protein product from Mb2000 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2000 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferases" + /protein_id="SIU00605.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0M7" + /translation="MGEANIREQAIATMPRGGPDASWLDRRFQTDALEYLDRDDVPDE + VKQKIIGVLDRVGTLTNLHEKYARIALKLVSDIPNPRILELGAGHGKLSAKILELHPT + ATVTISDLDPTSVANIAAGELGTHPRARTQVIDATAIDGHGHSYDLAVFALAFHHLPP + TVACKAIAEATRVGKRFLIIDLKRQKPLSFTLSSVLLLPLHLLLLPWSSMRSSMHDGF + ISALRAYSPSALQTLARAADPGMQVEILPAPTRLFPPSLAVVFSRSSSAPTESSECSA + DRQPGE" + gene complement(2205045..2206490) + /locus_tag="BQ2027_MB2001C" + CDS complement(2205045..2206490) + /locus_tag="BQ2027_MB2001C" + /note="Mb2001c, -, len: 481 aa. Equivalent to Rv1979c, + len: 481 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 480 aa overlap). Possible permease, APC + family possibly involved in transport of amino acid, + showing some similarity to other permeases. Also similar + to MTCY39.19 from Mycobacterium tuberculosis (28.2% + identity in 277 aa overlap). Contains PS00599 + Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment + site. Mb2001c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED PERMEASE" + /protein_id="SIU00606.1" + /db_xref="GOA:Q7TZ67" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZ67" + /translation="MVGPRTRGYAIHKLGFCSVVMLGINSIIGAGIFLTPGEVIGLAG + PFAPMAYVLAGIFAGVVAIVFATAARYVRTNGASYAYTTAAFGRRIGIYVGVTHAITA + SIAWGVLASFFVSTLLRVAFPDKAWADAEQLFSVKTLTFLGFIGVLLAINLFGNRAIK + WANGTSTVGKAFALSAFIVGGLWIITTQHVNNYATAWSAYSATPYSLLGVAEIGKGTF + SSMALATIVALYAFTGFESIANAAEEMDAPDRNLPRAIPIAIFSVGAIYLLTLTVAML + LGSNKIAASGDTVKLAAAIGNATFRTIIVVGALISMFGINVAASFGAPRLWTALADSG + VLPTRLSRKNQYDVPMVSFAITASLALAFPLALRFDNLHLTGLAVIARFVQFIIVPIA + LIALARSQAVEHAAVRRNAFTDKVLPLVAIVVSVGLAVSYDYRCIFLVRGGPNYFSIA + LIVITFIVVPAMAYLHYYRIIRRVGDRPSTR" + gene complement(2206669..2207355) + /gene="mpt64" + /locus_tag="BQ2027_MB2002C" + CDS complement(2206669..2207355) + /gene="mpt64" + /locus_tag="BQ2027_MB2002C" + /standard_name="mpb64" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2002c, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv1980c, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). mpt64 (alternate gene + name: mpb64), immunogenic protein (alternate gene name: + mpb64) (see citations below), identical to MPT64|MPB64 + from Mycobacterium bovis (228 aa). Similar to + Rv3036c|MTV012.51c from Mycobacterium tuberculosis. + Exported protein containing a N-terminal signal sequence: + see notes below about proteomics. Protein product from + Mb2002c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2002c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="IMMUNOGENIC PROTEIN MPT64 (ANTIGEN MPT64/MPB64)" + /protein_id="SIU00607.1" + /db_xref="GOA:P0A5Q5" + /db_xref="InterPro:IPR021729" + /db_xref="InterPro:IPR037126" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Q5" + /translation="MRIKIFMLVTAVVLLCCSGVATAAPKTYCEELKGTDTGQACQIQ + MSDPAYNINISLPSYYPDQKSLENYIAQTRDKFLSAATSSTPREAPYELNITSATYQS + AIPPRGTQAVVLKVYQNAGGTHPTTTYKAFDWDQAYRKPITYDTLWQADTDPLPVVFP + IVQGELSKQTGQQVSIAPNAGLDPVNYQNFAVTNDGVIFFFNPGELLPEAAGPTQVLV + PRSAIDSMLA" + gene complement(2207546..2208514) + /gene="nrdF1" + /locus_tag="BQ2027_MB2003C" + CDS complement(2207546..2208514) + /gene="nrdF1" + /locus_tag="BQ2027_MB2003C" + /standard_name="nrdF" + /note="Mb2003c, nrdF1, len: 322 aa. Equivalent to Rv1981c, + len: 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 322 aa overlap). nrdF1, + ribonucleoside-diphosphate reductase, beta chain (EC + 1.17.4.1) (see citation below), highly similar to others + e.g. RIR4_SALTY|P17424 ribonucleoside-diphosphate + reductase (319 aa), FASTA scores: opt: 1402, E(): 0, + (66.0% identity in 315 aa overlap); etc. Also similar to + Rv3048c|MTV012.63c from Mycobacterium tuberculosis. + Contains PS00368 Ribonucleotide reductase small subunit + signature. BELONGS TO THE RIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE + REDUCTASE SMALL CHAIN FAMILY. COFACTOR: BINDS 2 IRON IONS + (BY SIMILARITY). Note that previously known as nrdF. + Protein product from Mb2003c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2003c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE (BETA + CHAIN) NRDF1 (RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL SUBUNIT) (R2F + PROTEIN)" + /protein_id="SIU00608.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZV2" + /db_xref="InterPro:IPR000358" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012348" + /db_xref="InterPro:IPR026494" + /db_xref="InterPro:IPR030475" + /db_xref="InterPro:IPR033909" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZV2" + /translation="MTGKRVERVHAINWNRLLDAKDLQVWERLTGNFWLPEKIPLSND + LASWQTLSSTEQQTTIRVFTGLTLLDTAQATVGAVAMIDDAVTPHEEAVLTNMAFMES + VHAKSYSSIFSTLCSTKQIDDAFDWSEQNPYLQRKAQIIVDYYRGDDALKRKASSVML + ESFLFYSGFYLPMYWSSRGKLTNTADLIRLIIRDEAVHGYYIGYKCQRGLADLTDAER + ADHREYTCELLHTLYANEIDYAHDLYDELGWTDDVLPYMRYNANKALANLGYQPAFDR + DTCQVNPAVRAALDPGAGENHDFFSGSGSSYVMGTHQPTTDTDWDF" + gene complement(2208739..2209158) + /gene="vapc36" + /locus_tag="BQ2027_MB2004C" + CDS complement(2208739..2209158) + /gene="vapc36" + /locus_tag="BQ2027_MB2004C" + /note="Mb2004c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv1982c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. BELONGS TO THE UPF0110 FAMILY. + Similar to Rv0624|Z92772|MTY20H10.05 from Mycobacterium + tuberculosis (131 aa), FASTA scores: opt: 288, E(): + 4.1e-14, (40.2% identity in 127 aa overlap); also similar + to Rv0624, Rv2759c, and Rv0609,Mb2004c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc36. contains pin domain." + /protein_id="SIU00609.1" + /db_xref="GOA:P0A653" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A653" + /translation="MIVDTSAVVALVQGERPHATLVAAALAGAHSPVMSAPTVAECLI + VLTARHGPVARTIFERLRSEIGLSVSSFTAEHAAATQRAFLRYGKGRHRAALNFGDCM + TYATAQLGHQPLLAVGNDFPQTDLEFRGVVGYWPGVA" + gene complement(2209167..2209427) + /gene="vapB36" + /locus_tag="BQ2027_MB2004A" + CDS complement(2209167..2209427) + /gene="vapB36" + /locus_tag="BQ2027_MB2004A" + /note="Mb2004A, len: 86 aa. Equivalent to Rv1982A len: 86 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 86 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB36, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv1982c, see Arcus et al. 2005. Similar to others in + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0623, Rv2760c, Rv0608 + Protein product from Mb2004A detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2004A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB36" + /protein_id="SIU00610.1" + /db_xref="InterPro:IPR011660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX5" + /translation="MALNIKDPEVDRLAAELADRLHTSKTAAIRHALSAQLAFLESRA + GDREAQLLDILRTEIWPLLADRSPITKLEREQILGYDPATGV" + gene 2209570..2211246 + /gene="PE_PGRS35" + /locus_tag="BQ2027_MB2005" + CDS 2209570..2211246 + /gene="PE_PGRS35" + /locus_tag="BQ2027_MB2005" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2005, PE_PGRS35, len: 558 aa. Equivalent to + Rv1983, len: 558 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 558 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to other PE + proteins e.g. Rv0977, etc. Contains PS00141 Eukaryotic and + viral aspartyl proteases active site. Mb2005 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs35" + /protein_id="SIU00611.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR021109" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZU6" + /translation="MSFLVVVPEFLTSAAADVENIGSTLRAANAAAAASTTALAAAGA + DEVSAAVAALFARFGQEYQAVSAQASAFHQQFVQTLNSASGSYAAAEATIASQLQTAQ + HDLLGAVNAPTETLLGRPLIGDGAPGTATSPNGGAGGLLYGNGGNGYSATASGVGGGA + GGSAGLIGNGGAGGAGGPNAPGGAGGNGGWLLGNGGIGGPGGASSIPGMSGGAGGTGG + ATGLLGWGANGGAGGLGDGVGVDRGTGGAGGRGGLLYGGYGVSGPGGDGRTVPLEIIH + VTEPTVHANVNGGPTSTILVDTGSAGLVVSPEDVGGILGVLHMGLPTGLSISGYSGGL + YYIFATYTTTVDFGNGIVTAPTAVNVVLLSIPTSPFAISTYFSALLADPTTTPFEAYF + GAVGVDGVLGVGPNAVGPGPSIPTMALPGDLNQGVLIDAPAGELVFGPNPLPAPNVEV + VGSPITTLYVKIDGGTPIPVPSIIDSGGVTGTIPSYVIGSGTLPANTNIEVYTSPGGD + RLYAFNTNDYRPTVISSGLMNTGFLPFRFQPVYIDYSPSGIGTTVFDHPA" + gene complement(2211234..2211887) + /gene="cfp21" + /locus_tag="BQ2027_MB2006C" + CDS complement(2211234..2211887) + /gene="cfp21" + /locus_tag="BQ2027_MB2006C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2006c, cfp21, len: 217 aa. Equivalent to Rv1984c, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). cfp21, probable + cutinase precursor with N-terminal signal sequence (EC + 3.1.1.-), similar to P41744|CUTI_ALTBR cutinase precursor + from Alternaria brassicicola (209 aa), FASTA scores: opt: + 283, E(): 2.2e-11, (32.6% identity in 193 aa overlap). + Also similar to Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + Rv3452, Rv3451, Rv2301, Rv1758, Rv3724. BELONGS TO THE + CUTINASE FAMILY. Protein product from Mb2006c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2006c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CUTINASE PRECURSOR CFP21" + /protein_id="SIU00612.1" + /db_xref="GOA:P63880" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR011150" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63880" + /translation="MTPRSLVRIVGVVVATTLALVSAPAGGRAAHADPCSDIAVVFAR + GTHQASGLGDVGEAFVDSLTSQVGGRSIGVYAVNYPASDDYRASASNGSDDASAHIQR + TVASCPNTRIVLGGYSQGATVIDLSTSAMPPAVADHVAAVALFGEPSSGFSSMLWGGG + SLPTIGPLYSSKTINLCAPDDPICTGGGNIMAHVSYVQSGMTSQAATFAANRLDHAG" + gene complement(2212317..2213228) + /locus_tag="BQ2027_MB2007C" + CDS complement(2212317..2213228) + /locus_tag="BQ2027_MB2007C" + /note="Mb2007c, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv1985c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 303 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, LysR family member. + Similar to many regulatory proteins, especially + ICIA_ECOLI|P24194 chromosome initiation inhibitor from + Escherichia coli (297 aa), FASTA scores: opt: 520, E(): + 1.1e-28, (35.8% identity in 285 aa overlap); and + P94632|LYSG_CORGL LYSINE EXPORT REGULATOR PROTEIN (290 + aa), FASTA scores: opt: 705, E(): 0, (42.7% identity in + 288 aa overlap); etc. Contains PS00044 Bacterial + regulatory proteins, lysR family signature. Also contains + helix-turn-helix motif at aa 22-43,(+5.52 SD). BELONGS TO + THE LYSR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb2007c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2007c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY LYSR-FAMILY)" + /protein_id="SIU00613.1" + /db_xref="GOA:P67666" + /db_xref="InterPro:IPR000847" + /db_xref="InterPro:IPR005119" + /db_xref="InterPro:IPR017685" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67666" + /translation="MVDPQLDGPQLAALAAVVELGSFDAAAERLHVTPSAVSQRIKSL + EQQVGQVLVVREKPCRATTAGIPLLRLAAQTALLESEALAEMGGNASLKRTRITIAVN + ADSMATWFSAVFDGLGDVLLDVRIEDQDHSARLLREGVAMGAVTTERNPVPGCRVHPL + GEMRYLPVASRPFVQRHLSDGFTAAAAAKAPSLAWNRDDGLQDMLVRKAFRRAITRPT + HFVPTTEGFTAAARAGLGWGMFPEKLAASPLADGSFVRVCDIHLDVPLYWQCWKLDSP + IIARITDTVRAAASGLYRGQQRRRRPG" + gene 2213337..2213936 + /locus_tag="BQ2027_MB2008" + CDS 2213337..2213936 + /locus_tag="BQ2027_MB2008" + /note="Mb2008, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv1986, len: + 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, LysE family possibly involved + in transport of Lysine, similar to P11667|YGGA_ECOLI + hypothetical 23.2 kd protein in sbm-fba intergenic region + (211 aa), FASTA scores: opt: 379, E(): 1.5e-19, (37.3% + identity in 185 aa overlap); and Q11154|Rv0488 + HYPOTHETICAL 20.9 KD PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (201 aa), FASTA scores: opt: 784, E(): 0, + (63.4% identity in 186 aa overlap). BELONGS TO THE + LYSE/YGGA FAMILY. Mb2008 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00614.1" + /db_xref="GOA:P64904" + /db_xref="InterPro:IPR001123" + /db_xref="InterPro:IPR004777" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64904" + /translation="MNSPLVVGFLACFTLIAAIGAQNAFVLRQGIQREHVLPVVALCT + VSDIVLIAAGIAGFGALIGAHPRALNVVKFGGAAFLIGYGLLAARRAWRPVALIPSGA + TPVRLAEVLVTCAAFTFLNPHVYLDTVVLLGALANEHSDQRWLFGLGAVTASAVWFAT + LGFGAGRLRGLFTNPGSWRILDGLIAVMMVALGISLTVT" + gene 2214352..2214780 + /locus_tag="BQ2027_MB2009" + CDS 2214352..2214780 + /locus_tag="BQ2027_MB2009" + /note="Mb2009, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv1987, len: + 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Possible chitinase + (EC 3.2.1.14), similar to several e.g. P36909|CHIT_STRLI + chitinase c precursor (619 aa) FASTA scores, opt: 324, + E(): 1.2e-14, (39.5% identity in 129 aa overlap). Protein + product from Mb2009 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2009 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CHITINASE" + /protein_id="SIU00615.1" + /db_xref="GOA:P64906" + /db_xref="InterPro:IPR001919" + /db_xref="InterPro:IPR008965" + /db_xref="InterPro:IPR012291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64906" + /translation="MAGLNIYVRRWRTALHATVSALIVAILGLAITPVASAATARATL + SVTSTWQTGFIARFTITNSSTAPLTDWKLEFDLPAGESVLHTWNSTVARSGTHYVLSP + ANWNRIIAPGGSATGGLRGGLTGSYSPPSSCLLNGQYPCT" + gene 2215006..2215545 + /gene="erm(37)" + /locus_tag="BQ2027_MB2010" + CDS 2215006..2215545 + /gene="erm(37)" + /locus_tag="BQ2027_MB2010" + /note="Mb2010, -, len: 179 aa. Equivalent to Rv1988, len: + 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 179 aa overlap). Probable + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to + ERME_SACER|P07287 rrna adenine n-6-methyltransferase (370 + aa), FASTA scores: opt: 259, E(): 2e-11, (35.1% identity + in 171 aa overlap); contains PS00092 N-6 Adenine-specific + DNA methylases signature. Also similar to Mycobacterium + tuberculosis Rv1010 ksgA 16S rRNA dimethyltransferase. + Mb2010 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 23s rrna methyltransferase erm(37)" + /protein_id="SIU00616.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZX2" + /db_xref="InterPro:IPR001737" + /db_xref="InterPro:IPR020598" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX2" + /translation="MSALGRSRRAWGWHRLHDEWAARVVSAAAVRPGELVFDIGAGEG + ALTAHLVRAGARVVAVELHPRRVGVLRERFPGITVVHADAASIRLPGRPFRVVANPPY + GISSRLLRTLLAPNSGLVAADLVLQRALVCKFASRNARRFTLTVGLMLPRRAFLPPPH + VDSAVLVVRRRKCGDWQGR" + gene complement(2216065..2216625) + /locus_tag="BQ2027_MB2011C" + CDS complement(2216065..2216625) + /locus_tag="BQ2027_MB2011C" + /note="Mb2011c, -, len: 186 aa. Equivalent to Rv1989c, + len: 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 186 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2011c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2011c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00617.1" + /db_xref="GOA:P64908" + /db_xref="InterPro:IPR014914" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64908" + /translation="MSDALDEGLVQRIDARGTIEWSETCYRYTGAHRDALSGEGARRF + GGRWNPPLLFPAIYLADSAQACMVEVERAAQAASTTAEKMLEAAYRLHTIDVTDLAVL + DLTTPQAREAVGLENDDIYGDDWSGCQAVGHAAWFLHMQGVLVPAAGGVGLVVTAYEQ + RTRPGQLQLRQSVDLTPALYQELRAT" + gene complement(2216622..2216963) + /locus_tag="BQ2027_MB2012C" + CDS complement(2216622..2216963) + /locus_tag="BQ2027_MB2012C" + /note="Mb2012c, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv1990c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 113 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to + Mycobacterium tuberculosis Rv3188|AL021646|MTV014.32 (115 + aa), FASTA scores: opt: 184, E(): 8.2e-07, (28.4% identity + in 109 aa overlap). Contains probable helix-turn-helix + motif at aa 20-44 (+4.22 SD). Protein product from Mb2012c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2012c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU00618.1" + /db_xref="InterPro:IPR024467" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64910" + /translation="MGVNVLASTVSGAIERLGLTYEEVGDIVDASPRSVARWTAGQVV + PQRLNKQRLIELAYVADALAEVLPRDQANVWMFSPNRLLEHRKPADLVRDGEYQRVLA + LIDAMAEGVFV" + gene complement(2217207..2217542) + /locus_tag="BQ2027_MB2013C" + CDS complement(2217207..2217542) + /locus_tag="BQ2027_MB2013C" + /note="Mb2013c, -, len: 111 aa. Equivalent to Rv1990A, + len: 111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 111 aa overlap). Possible + dehydrogenase (fragment) (EC 1.-.-.-), similar to + N-terminal part of several dehydrogenases and hypothetical + proteins, e.g. Rv2750|MTV002.15|AL008967 from + Mycobacterium tuberculosis (272 aa), FASTA scores: opt: + 151, E(): 0.0045, (47.45% identity in 78 aa overlap), but + lacks C-terminal part. Maybe a pseudogene. Also similar to + U17129|RSU17129_7 putative short-chain alcohol + dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis (275 aa), + FASTA scores: opt: 142, E(): 0.018, (54.15% identity in 48 + aa overlap). Mb2013c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DEHYDROGENASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIU00619.1" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y001" + /translation="MGRLEGKVAFITGVARGQGRSHAVRLADGQARALGKVDVEACGA + LVGEVEVWGRDVRDDRRVFVESPADEFGACRRVARQGIRVVGLPVSQRELVEPEAGCA + ARRSAAGSQ" + gene complement(2217631..2217975) + /gene="mazf6" + /locus_tag="BQ2027_MB2014C" + CDS complement(2217631..2217975) + /gene="mazf6" + /locus_tag="BQ2027_MB2014C" + /note="Mb2014c, -, len: 114 aa. Equivalent to Rv1991c, + len: 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + P13976|PEMK_ECOLI pemk protein (133 aa), FASTA scores: + opt: 113, E(): 0.043, (29.2% identity in 113 aa overlap); + and P96622|YDCE PROTEIN from Bacillus subtilis (116 aa), + FASTA scores: opt: 227, E(): 6.9e-09, (37.4% identity in + 115 aa overlap). Also similar to Mycobacterium + tuberculosis Rv2801c, and Rv0659c. Mb2014c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin mazf6" + /protein_id="SIU00620.1" + /db_xref="GOA:P64912" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64912" + /translation="MVISRAEIYWADLGPPSGSQPAKRRPVLVIQSDPYNASRLATVI + AAVITSNTALAAMPGNVFLPATTTRLPRDSVVNVTAIVTLNKTDLTDRVGEVPASLMH + EVDRGLRRVLDL" + gene complement(2217969..2218217) + /gene="mazE6" + /locus_tag="BQ2027_MB2014A" + CDS complement(2217969..2218217) + /gene="mazE6" + /locus_tag="BQ2027_MB2014A" + /note="Mb2014A, len: 82 aa. Equivalent to Rv1991A len: 82 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 82 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). MazE6, antitoxin, part + of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv1991c. Similar to + ChpI of L. interrogans, FASTA scores: opt: 134, E(): + 0.024,29.762% identity (65.476% similar) in 84 aa overlap. + Note that Pandey and Gerdes, 2005 predicts a different + N-terminus, adding 10 amino acids. Mb2014A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antitoxin MazE6" + /protein_id="SIU00621.1" + /db_xref="GOA:P0CL58" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0CL58" + /translation="MKTAISLPDETFDRVSRRASELGMSRSEFFTKAAQRYLHELDAQ + LLTGQIDRALESIHGTDEAEALAVANAYRVLETMDDEW" + gene complement(2218317..2220632) + /gene="ctpG" + /locus_tag="BQ2027_MB2015C" + CDS complement(2218317..2220632) + /gene="ctpG" + /locus_tag="BQ2027_MB2015C" + /note="Mb2015c, ctpG, len: 771 aa. Equivalent to Rv1992c, + len: 771 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 771 aa overlap). Probable ctpG, metal + cation-transporting P-type ATPase G (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.-), similar to others, especially + cadmium-transporting ATPases (EC 3.6.3.3), e.g. + NP_244904.1|NC_002570 cadmium-transporting ATPase from + Bacillus halodurans (707 aa); P30336|CADA_BACFI PROBABLE + CADMIUM-TRANSPORTING ATPASE from Bacillus firmus (723 aa); + BAB47609.1|AB037671 cadmium resistance protein B from + Staphylococcus aureus (804 aa); 3121832|Q60048|CADA_LISMO + PROBABLE CADMIUM-TRANSPORTING ATPase from Listeria + monocytogenes (707 aa); etc. Also similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv0969|MTCY10D7.05c|ctpV + PUTATIVE CATION TRANSPORTER P-TYPE ATPASE V (770 aa); + Rv1469; Rv0092; etc. Contains PS00435 Peroxidases proximal + heme-ligand signature and PS00154 E1-E2 ATPases + phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION TRANSPORT + ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES), SUBFAMILY IB. Protein + product from Mb2015c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2015c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METAL CATION TRANSPORTER P-TYPE ATPASE + G CTPG" + /protein_id="SIU00622.1" + /db_xref="GOA:P63690" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR027256" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63690" + /translation="MTTVVDAEVQLTVVSDAAGRMRVQATGFQFDAGRAVAIEDTVGK + VAGVQAVHAYPRTASIVIWYSRAICDTAAILSAIIDAETVPAAAVPAYASRSASNRKA + GVVQKIIDWSTRTLSGVRRDVAAQPSGETSDACCDGEDNEDREPEQLWQVAKLRRAAF + SGVLLTASLVAAWAYPLWPVVLGLKALALAVGASTFVPSSLKRLAEGRVGVGTLMTIA + ALGAVALGELGEAATLAFLFSISEGLEEYATARTRRGLRALLSLVPDQATVLREGTET + IVASTELHVGDQMIVKPGERLATDGIIRAGRTALDVSAITGESVPVEVGPGDEVFAGS + INGLGVLQVGVTATAANNSLARIVHIVEAEQVRKGASQRLADCIARPLVPSIMIAAAL + IAGTGSVLGNPLVWIERALVVLVAAAPCALAIAVPVTVVASIGAASRLGVLIKGGAAL + ETLGTIRAVALDKTGTLTANRPVVIDVATTNGATREEVLAVAAALEARSEHPLAVAVL + AATQATTAASDVQAVPGAGLIGRLDGRVVRLGRPGWLDAAELADHVACMQQAGATAVL + VERDQQLLGAIAVRDELRPEAAEVVAGLRTGGYQVTMLTGDNHATAAALAAQAGIEQV + HAELRPEDKAHLVAQLRARQPTAMVGDGVNDAPALAAADLGIAMGAMGTDVAIETADV + ALMGQDLRHLPQALDHARRSRQIMVQNVGLSLSIITVLMPLALFGILGLAAVVLVHEF + TEVIVIANGVRAGRIKPLAGPPKTPDRTIPG" + gene complement(2220629..2220901) + /locus_tag="BQ2027_MB2016C" + CDS complement(2220629..2220901) + /locus_tag="BQ2027_MB2016C" + /note="Mb2016c, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv1993c, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, very similar to Rv3269|Z92771|MTCY71.09 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (93 + aa), FASTA results: opt: 309, E(): 3.2e-16, (63.3% + identity in 79 aa overlap). Also similar to Rv0968 (98 aa) + (51.1% identity in 94 aa overlap). Protein product from + Mb2016c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2016c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00623.1" + /db_xref="InterPro:IPR009963" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64914" + /translation="MVTHELLVKAAGAVLTGLVGVSAYETLRKALGTAPIRRASVTVM + EWGLRGTRRAEAAAESARLTVADVVAEARGRIGEEAPLPAGARVDE" + gene complement(2220954..2221310) + /gene="cmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB2017C" + CDS complement(2220954..2221310) + /gene="cmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB2017C" + /note="Mb2017c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv1994c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 118 aa overlap). Probable + transcription regulator, similar to MERR_STRLI|P30346 + probable mercury resistance operon repressor (125 aa), + FASTA scores: opt: 199, E(): 3e-08, (36.3% identity in 102 + aa overlap). Contains probable helix-turn-helix motif at + aa 36-57 (+3.78 SD). Mb2017c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="metal sensor transcriptional regulator cmtr + (arsr-smtb family)" + /protein_id="SIU00624.1" + /db_xref="GOA:P67732" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67732" + /translation="MLTCEMRESALARLGRALADPTRCRILVALLDGVCYPGQLAAHL + GLTRSNVSNHLSCLRGCGLVVATYEGRQVRYALADSHLARALGELVQVVLAVDTDQPC + VAERAASGEAVEMTGS" + gene 2221467..2222234 + /locus_tag="BQ2027_MB2018" + CDS 2221467..2222234 + /locus_tag="BQ2027_MB2018" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2018, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv1995, len: + 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2018 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Repair of Iron Centers di-iron protein" + /protein_id="SIU00625.1" + /db_xref="InterPro:IPR012312" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64916" + /translation="MVASGAATKGVTVMKQTPPAAVGRRHLLEISASAAGVIALSACS + GSPPEPGKGRPDTTPEQEVPVTAPEDLMREHGVLKRILLIYREGIRRLQADDQSPAPA + LNESAQIIRRFIEDYHGQLEEQYVFPKLEQAGKLTDITSVLRTQHQRGRVLTDRVLAA + TTAAAAFDQPARDTLAQDMAAYIRMFEPHEAREDTVVFPALRDVMSAVEFRDMAETFE + DEEHRRFGEAGFQSVVDKVADIEKSLGIYDLSQFTPS" + gene 2222330..2223283 + /locus_tag="BQ2027_MB2019" + CDS 2222330..2223283 + /locus_tag="BQ2027_MB2019" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2019, -, len: 317 aa. Identical to Rv1996, len: + 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 317 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to several Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + Rv2005c|Q10851|YK05_MYCTU (295 aa), FASTA scores: opt: + 775, E(): 0, (50.3% identity in 316 aa overlap); Rv2026c + (294 aa) (47.9% identity in 311 aa overlap); and Rv2623, + etc. Also similar to SCJ1.30c|AL109962 hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor (328 aa). Protein + product from Mb2019 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2019 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU00626.1" + /db_xref="GOA:P0A5F8" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5F8" + /translation="MSAQQTNLGIVVGVDGSPCSHTAVEWAARDAQMRNVALRVVQVV + PPVITAPEGWAFEYSRFQEAQKREIVEHSYLVAQAHQIVEQAHKVALEASSSGRAAQI + TGEVLHGQIVPTLANISRQVAMVVLGYRGQGAVAGALLGSVSSSLVRHAHGPVAVIPE + EPRPARPPHAPVVVGIDGSPTSGLAAEIAFDEASRRGVDLVALHAWSDMGPLDFPRLN + WAPIEWRNLEDEQEKMLARRLSGWQDRYPDVVVHKVVVCDRPAPRLLELAQTAQLVVV + GSHGRGGFPGMHLGSVSRAVVNSGQAPVIVARIPQDPAVPA" + gene 2223485..2226202 + /gene="ctpF" + /locus_tag="BQ2027_MB2020" + CDS 2223485..2226202 + /gene="ctpF" + /locus_tag="BQ2027_MB2020" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2020, ctpF, len: 905 aa. Equivalent to Rv1997, + len: 905 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 905 aa overlap). Probable ctpF, metal + cation-transporting P-type ATPase F (transmembrane + protein) (EC 3.6.3.-), highly similar to others e.g. + NP_250120.1|NC_002516 probable cation-transporting P-type + ATPase from Pseudomonas aeruginosa (902 aa); + NP_441217.1|NC_000911 cation-transporting ATPase (E1-E2 + ATPase) from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (905 aa); + NP_404093.1|NC_003143 putative cation-transporting P-type + ATPase from Yersinia pestis (908 aa); P37367|ATA1_SYNY3 + cation-transporting ATPase pma1 from Synechocystis sp. + (915 aa), FASTA scores: opt: 2392, E(): 0, (46.5% identity + in 852 aa overlap); etc. Contains PS00154 E1-E2 ATPases + phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION TRANSPORT + ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES), SUBFAMILY IB. Was + frame-shifted in original cosmid sequence. Protein product + from Mb2020 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2020 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METAL CATION TRANSPORTER P-TYPE ATPASE + A CTPF" + /protein_id="SIU00627.1" + /db_xref="GOA:P63688" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR004014" + /db_xref="InterPro:IPR006068" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63688" + /translation="MSASVSATTAHHGLPAHEVVLLLESDPYHGLSDGEAAQRLERFG + PNTLAVVTRASLLARILRQFHHPLIYVLLVAGTITAGLKEFVDAAVIFGVVVINAIVG + FIQESKAEAALQGLRSMVHTHAKVVREGHEHTMPSEELVPGDLVLLAAGDKVPADLRL + VRQTGLSVNESALTGESTPVHKDEVALPEGTPVADRRNIAYSGTLVTAGHGAGIVVAT + GAETELGEIHRLVGAAEVVATPLTAKLAWFSKFLTIAILGLAALTFGVGLLRRQDAVE + TFTAAIALAVGAIPEGLPTAVTITLAIGMARMAKRRAVIRRLPAVETLGSTTVICADK + TGTLTENQMTVQSIWTPHGEIRATGTGYAPDVLLCDTDDAPVPVNANAALRWSLLAGA + CSNDAALVRDGTRWQIVGDPTEGAMLVVAAKAGFNPERLATTLPQVAAIPFSSERQYM + ATLHRDGTDHVVLAKGAVERMLDLCGTEMGADGALRPLDRATVLRATEMLTSRGLRVL + ATGMGAGAGTPDDFDENVIPGSLALTGLQAMSDPPRAAAASAVAACHSAGIAVKMITG + DHAGTATAIATEVGLLDNTEPAAGSVLTGAELAALSADQYPEAVDTASVFARVSPEQK + LRLVQALQARGHVVAMTGDGVNDAPALRQANIGVAMGRGGTEVAKDAADMVLTDDDFA + TIEAAVEEGRGVFDNLTKFITWTLPTNLGEGLVILAAIAVGVALPILPTQILWINMTT + AIALGLMLAFEPKEAGIMTRPPRDPDQPLLTGWLVRRTLLVSTLLVASAWWLFAWELD + NGAGLHEARTAALNLFVVVEAFYLFSCRSLTRSAWRLGMFANRWIILGVSAQAIAQFA + ITYLPAMNMVFDTAPIDIGVWVRIFAVATAITIVVATDTLLPRIRAQPP" + gene complement(2226271..2227047) + /locus_tag="BQ2027_MB2021C" + CDS complement(2226271..2227047) + /locus_tag="BQ2027_MB2021C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2021c, -, len: 258 aa. Equivalent to Rv1998c, + len: 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 258 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with other hypothetical + proteins e.g. U82823|SEU82823.03 Saccharopolyspora + erythraea (266 aa), FASTA results: opt: 654, E(): 0, + (43.8% identity in 249 aa overlap); and AL034446|SC1A9.07 + Streptomyces coelicolor (251 aa), FASTA scores: opt: 592, + E(): 1.5e-31, (43.4% identity in 251 aa overlap). Protein + product from Mb2021c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2021c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PEP phosphonomutase and related enzymes" + /protein_id="SIU00628.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZW5" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR039556" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW5" + /translation="MSFHDLHHQGVPFVLPNAWDVPSALAYLAEGFTAIGTTSFGVSS + SGGHPDGHRATRGANIALAAALAPLQCYVSVDIEDGYSDEPDAIADYVAQLSTAGINI + EDSSAEKLIDPALAAAKIVAIKQRNPEVFVNARVDTYWLRQHADTTSTIQRALRYVDA + GADGVFVPLANDPDELAELTRNIPCPVNTLPVPGLTIADLGELGVARVSTGSVPYSAG + LYAAAHAARAVRDGEQLPRSVPYAELQARLVDYENRTSTT" + gene complement(2227142..2228464) + /locus_tag="BQ2027_MB2022C" + CDS complement(2227142..2228464) + /locus_tag="BQ2027_MB2022C" + /note="Mb2022c, -, len: 440 aa. Equivalent to Rv1999c, + len: 440 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 440 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, possibly transporter of + cationic amino acid, similar to many transporters, + especially amino acid transporters, e.g. + CAC08265.1|AL392146 putative amino acid transporter from + Streptomyces coelicolor (414 aa); P39277|YJEH_ECOLI + hypothetical 44.8 kd protein from Escherichia coli (418 + aa), FASTA scores, opt: 343, E(): 6.6e-15, (27.2% identity + in 408 aa overlap); etc. Also similar to Rv1979c from + Mycobacterium tuberculosis, FASTA score: (28.2% identity + in 277 aa overlap); Rv2127, Rv0346c, Rv0522, etc. SEEMS TO + BELONG TO THE APC FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00629.1" + /db_xref="GOA:P63350" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63350" + /translation="MRRPLDPRDIPDELRRRLGLLDAVVIGLGSMIGAGIFAALAPAA + YAAGSGLLLGLAVAAVVAYCNAISSARLAARYPASGGTYVYGRMRLGDFWGYLAGWGF + VVGKTASCAAMALTVGFYVWPAQAHAVAVAVVVALTAVNYAGIQKSAWLTRSIVAVVL + VVLTAVVVAAYGSGAADPARLDIGVDAHVWGMLQAAGLLFFAFAGYARIATLGEEVRD + PARTIPRAIPLALGITLAVYALVAVAVIAVLGPQRLARAAAPLSEAMRVAGVNWLIPV + VQIGAAVAALGSLLALILGVSRTTLAMARDRHLPRWLAAVHPRFKVPFRAELVVGAVV + AALAATADIRGAIGFSSFGVLVYYAIANASALTLGLDEGRPRRLIPLVGLIGCVVLAF + ALPLSSVAAGAAVLGVGVAAYGVRRIITRRARQTDSGDTQRSGHPSAT" + gene 2228535..2230148 + /locus_tag="BQ2027_MB2023" + CDS 2228535..2230148 + /locus_tag="BQ2027_MB2023" + /note="Mb2023, -, len: 537 aa. Equivalent to Rv2000, len: + 537 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 537 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2023 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00630.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64918" + /translation="MRPGFVGLGFGQWPVYVVRWPKLHLTPRQRKRVLHRRRLLTDRP + ISLSQIPIRTGGPMNDPWPRPTQGPAKTIETDYLVIGAGAMGMAFTDTLITESGARVV + MIDRACQPGGHWTTAYPFVRLHQPSAYYGVNSRALGNNTIDLVGWNQGLNELAPVGEI + CAYFDAVLQQQLLPTGRVDYFPMSEYLGDGRFRTLAGTEYVVTVNRRIVDATYLRAVV + PSMRPAPYSVAPGVDCVAPNELPKLGTRDRYVVVGAGKTGMDVCLWLLRNDVCPDKLT + WIMPRDSWLIDRATLQPGPTFVRQFRESYGATLEAIGAATSTDDLFDRLETAGTLLRI + DPSVRPSMYRCATVSHLELEQLRRIRDIVRMGHVQRIEPTTIVLDGGSVPATPTALYI + DCTADGAPQRPAKPVFDADHLTLQAVRGCQQVFSAAFIAHVEFAYEDDAVKNELCTPI + PHPDCDLDWMRLMHSDLGNFQRWLNDPDLTDWLSSARLNLLADLLPPLSHKPRVRERV + VSMFQKRLGTAGDQLAKLLDAATATTEQR" + gene 2230158..2230910 + /locus_tag="BQ2027_MB2024" + CDS 2230158..2230910 + /locus_tag="BQ2027_MB2024" + /note="Mb2024, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv2001, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 250 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to Mycobacterium tuberculosis Rv0466, + AL021933|MTV038_10 (264 aa), FASTA scores: opt: 592, + E():0, (38.0% identity in 263 aa overlap). Protein product + from Mb2024 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acyl-ACP thioesterase" + /protein_id="SIU00631.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZW3" + /db_xref="InterPro:IPR002864" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZW3" + /translation="MHHNRDVDLALVERPSSGYVYTTGWRLATTDIDEHQQLRLDGVA + RYIQEVGAEHLADAQLAEVHPHWIVLRTVIDVINPIELPSDITFHRWCAALSTRWCSM + RVQLQGSAGGHIETEGFWICVNKDTLTPSRLTDDCIARFGSTTENHRLKWRPWLTGPN + IDGTETPFPLRRTDIDPFEHVNNTIYWHGVHEILCQIPTLTAPYRAVLEYRSPIKSGE + PLTIRYEQHDDVVRMHFVVGDDVRAAALLRRL" + gene 2230986..2231768 + /gene="fabG3" + /locus_tag="BQ2027_MB2025" + CDS 2230986..2231768 + /gene="fabG3" + /locus_tag="BQ2027_MB2025" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2025, fabG3, len: 260 aa. Equivalent to Rv2002, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Possible fabG3, + 20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (EC 1.1.1.53), + similar to e.g. 2BHD_STREX|P19992 20-beta-hydroxysteroid + dehydrogenase (255 aa), FASTA scores: opt: 718, E(): + 2e-38, (49.8% identity in 243 aa overlap), and many + mycobacterial proteins. Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb2025 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2025 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE 20-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE + FABG3 (Cortisone reductase) ((R)-20-hydroxysteroid + dehydrogenase)" + /protein_id="SIU00632.1" + /db_xref="GOA:P69166" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69166" + /translation="MSGRLIGKVALVSGGARGMGASHVRAMVAEGAKVVFGDILDEEG + KAVAAELADAARYVHLDVTQPAQWTAAVDTAVTAFGGLHVLVNNAGILNIGTIEDYAL + TEWQRILDVNLTGVFLGIRAVVKPMKEAGRGSIINISSIEGLAGTVACHGYTATKFAV + RGLTKSTALELGPSGIRVNSIHPGLVKTPMTDWVPEDIFQTALGRAAEPVEVSNLVVY + LASDESSYSTGAEFVVDGGTVAGLAHNDFGAVEVSSQPEWVT" + gene complement(2231889..2232746) + /locus_tag="BQ2027_MB2026C" + CDS complement(2231889..2232746) + /locus_tag="BQ2027_MB2026C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2026c, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv2003c, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 285 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity with Methanococcus + jannaschii 67555|U67555_3 (205 aa), FASTA scores: opt: + 357, E(): 3.2e-17, (33.8% identity in 204 aa overlap). + Protein product from Mb2026c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2026c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methyltransferase type 11" + /protein_id="SIU00633.1" + /db_xref="GOA:P64920" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64920" + /translation="MVKRSRATRLSPSIWSGWESPQCRSIRARLLLPRGRSRPPNADC + CWNQLAVTPDTRMPASSAAGRDAAAYDAWYDSPTGRPILATEVAALRPLIEVFAQPRL + EIGVGTGRFADLLGVRFGLDPSRDALMFARRRGVLVANAVGEAVPFVSRHFGAVLMAF + TLCFVTDPAAIFRETRRLLADGGGLVIGFLPRGTPWADLYALRAARGQPGYRDARFYT + AAELEQLLADSGFRVIARRCTLHQPPGLARYDIEAAHDGIQAGAGFVAISAVDQAHEP + KDDHPLESE" + gene complement(2232804..2234300) + /locus_tag="BQ2027_MB2027C" + CDS complement(2232804..2234300) + /locus_tag="BQ2027_MB2027C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2027c, -, len: 498 aa. Equivalent to Rv2004c, + len: 498 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 498 aa overlap). Conserved + hypothetical protein similar to several e.g. >pir||T36945 + hypothetical protein SCJ1.12 (508 aa) - Streptomyces + coelicolor >gi|5748625|emb|CAB53130.1| (AL109962). + Smith-Waterman score: 7e-94, Identities = 199/468 (42%). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. Protein + product from Mb2027c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2027c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted kinase" + /protein_id="SIU00634.1" + /db_xref="GOA:P0A5G0" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5G0" + /translation="MDSPTNDGTCDAHPVTDEPFIDVRETHTAVVVLAGDRAFKAKKP + VVTDFCDFRTAEQRERACIREFELNSRLAAQSYLGIAHLSDPSGGHAEPVVVMRRYRD + KQRLASMVTAGLPVEGALDAIAEVLARFHQRAQRNRCIDTQGEVGAVARRWHENLAEL + RHHADKVVSGDVIRRIEHMVDEFVSGREVLFAGRIKEGCIVDGHADLLADDIFLVDGE + PALLDCLEFEDELRYLDRIDDAAFLAMDLEFLGRKDLGDYFLAGYAVRSGDTAPASLR + DFYIAYRAVVRAKVECVRFSQGKPEAAADAVRHLIIATQHLQHATVRLALVGGNPGTG + KSTLARGVAELVGAQVISTDDVRRRLRDCGVITGEPGVLDSGLYSRANVVAVYQEALR + KARLLLGSGHSVILDGTWGDPQMRACARRLAADTHSAIVEFRCSATVDVMADRIVARA + GGNSDATAEIAAALAARQADWDTGHRIDTAGPRERSVGQAYHIWRSAI" + gene complement(2234322..2235209) + /locus_tag="BQ2027_MB2028C" + CDS complement(2234322..2235209) + /locus_tag="BQ2027_MB2028C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2028c, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv2005c, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to MTCY39.23c, (50.3% + identity in 316 aa overlap), C-terminus shows some + similarity with YXIE_BACSU P42297 hypothetical 15.9 kd + protein in bglh- (148 aa), FASTA scores, opt: 124, E(): + 0.038, (28.5% identity in 144 aa overlap), also similar to + Rv2623 (294 aa), (52.7% identity in 296 aa overlap) and + other Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins + e.g. Rv1996, Rv2624c, Rv2028c, Rv3134c, Rv1636. Some, + possibly all, of these belong to universal stress protein + family. Protein product from Mb2028c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2028c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU00635.1" + /db_xref="GOA:P64922" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64922" + /translation="MSKPRKQHGVVVGVDGSLESDAAACWGATDAAMRNIPLTVVHVV + NADVATWPPMPYPETWGVWQEDEGRQIVANAVKLAKEAVGADRKLSVKSELVFSTPVP + TMVEISNEAEMVVLGSSGRGALARGLLGSVSSSLVRRAGCPVAVIHSDDAVIPDPQHA + PVLVGIDGSPVSELATAVAFDEASRRGVELIAVHAWSDVEVVELPGLDFSAVQQEAEL + SLAERLAGWQERYPDVPVSRVVVCDRPARKLVQKSASAQLVVVGSHGRGGLTGMLLGS + VSNAVLHAARVPVIVARQS" + gene 2235328..2239311 + /gene="otsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB2029" + CDS 2235328..2239311 + /gene="otsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB2029" + /standard_name="otsB" + /note="Mb2029, otsB1, len: 1327 aa. Equivalent to Rv2006, + len: 1327 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1327 aa overlap). Probable + otsB1, trehalose-6-phosphate phosphatase (EC 3.1.3.12) + (see citations below); strong similarity in central domain + to OTSB_ECOLI P31678 trehalose-phosphatase (266 aa) and M. + leprae TREHALOSE-PHOSPHATASE Q49734 (429 aa). Belongs to + Glycosyl hydrolases family 65 + (http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?glycosid.txt). FASTA + scores, sp|Q49734|Q49734 PUTATIVE TREHALOSE-PHOSPHATASE + (429 aa) opt: 1283 E(): 0; 51.7% identity in 420 aa + overlap opt: 278, E(): 3.6e-11, (29.4% identity in 255 aa + overlap). Note that previously known as otsB. Protein + product from Mb2029 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2029 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TREHALOSE-6-PHOSPHATE PHOSPHATASE OTSB1 + (TREHALOSE-PHOSPHATASE) (TPP)" + /protein_id="SIU00636.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZZ3" + /db_xref="InterPro:IPR003337" + /db_xref="InterPro:IPR005194" + /db_xref="InterPro:IPR005195" + /db_xref="InterPro:IPR005196" + /db_xref="InterPro:IPR006379" + /db_xref="InterPro:IPR008928" + /db_xref="InterPro:IPR011013" + /db_xref="InterPro:IPR012341" + /db_xref="InterPro:IPR023198" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="InterPro:IPR037018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ3" + /translation="MRCGIVVNVTGPPPTIDRRYHDAVIVGLDNVVDKATRVHAAAWT + KFLDDYLTRRPQRTGEDHCPLTHDDYRRFLAGKPDSVADFLAARGIRLPPGSPTDLTD + DTVYGLQNLERQTFLQLLNTGVPEGKSIASFARRLQVAGVRVAAHTSHRNYGHTLDAT + GLAEVFAVFVDGAVTAELGLPAEPNPAGLIETAKRLGANPGRCVVIDSCQTGLRAGRN + GGFALVIAVDAHGDAENLLSSGADAVVADLAAVTVGSGDAAISTIPDALQVYSQLKRL + LTGRRPAVFLDFDGTLSDIVERPEAATLVDGAAEALRALAAQCPVAVISGRDLADVRN + RVKVDGLWLAGSHGFELVAPDGSHHQNAAATAAIDGLAEAAAQLADALREIAGAVVEH + KRFAVAVHYRNVADDSVDNLIAAVRRLGHAAGLRVTTGRKVVELRPDIAWDKGKALDW + IGERLGPAEVGPDLRLPIYIGDDLTDEDAFDAVRFTGVGIVVRHNEHGDRRSAATFRL + ECPYTVCQFLSQLACDLQEAVQHDDPWTLVFHGYDPGQERLREALCAVGNGYLGSRGC + APESAESEAHYPGTYVAGVYNQLTDHIEGCTVDNESLVNLPNWLSLTFRIDGGAWFNV + DTVELLSYRQTFDLRRATLTRSLRFRDAGGRVTTMTQERFASMNRPNLVALQTRIESE + NWSGTVDFRSLVDGGVHNTLVDRYRQLSSQHLTTAEIEVLADSVLLRTQTSQSGIAIA + VAARSTLWRDGQRVDAQYRVARDTNRGGHDIQVTLSAGQSVTLEKVATIFTSRDAATL + TAAISAQRCLGEAGRYAELCQQHVRAWARLWERCAIDLTGNTEELRLVRLHLLHLLQT + ISPHTAELDAGVPARGLNGEAYRGHVFWDALFVAPVLSLRMPKVARSLLDYRYRRLPA + ARRAAHRAGHLGAMYPWQSGSDGSEVSQQLHLNPRSGRWTPDPSDRAHHVGLAVAYNA + WHYYQVTGDRQYLVDCGAELLVEIARFWVGLAKLDDSRGRYLIRGVIGPDEFHSGYPG + NEYDGIDNNAYTNVMAVWVILRAMEALDLLPLTDRRHLIEKLGLTTQERDQWDDVSRR + MFVPFHDGVISQFEGYSELAELDWDHYRHRYGNIQRLDRILEAEGDSVNNYQASKQAD + ALMLLYLLSSDELIGLLARLGYRFAPTQIPGTVDYYLARTSDGSTLSAVVHAWVLARA + NRSNAMEYFRQVLRSDIADVQGGTTQEGIHLAAMAGSIDLPQRCYSGLELRDDRLVLS + PQWPEALGPLEFPFVYRRHQLSLRISGRSATLTAESGDAEPIEVECRGHVQRLRCGHT + IEVGCSR" + gene 2239359..2240586 + /locus_tag="BQ2027_IS1607" + mobile_element 2239359..2240586 + /locus_tag="BQ2027_IS1607" + /note="IS1607, len: 1228 nt. Equivalent to IS1607, len: + 1228 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.8% identity in 1084 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1607" + gene complement(2239410..2239754) + /gene="fdxA" + /locus_tag="BQ2027_MB2030C" + CDS complement(2239410..2239754) + /gene="fdxA" + /locus_tag="BQ2027_MB2030C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2030c, fdxA, len: 114 aa. Equivalent to Rv2007c, + len: 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Probable fdxA, + ferredoxin, similar to e.g. FER_MYCSM P00215 ferredoxin, + Mycobacterium smegmatis (106 aa), FASTA scores, opt: 448, + E(): 1 .6e-21, (58.7% identity in 109 aa overlap), also + similar to Rv0886|MTCY31.14, (34.2% identity in 117 aa + overlap) and fdxC|Rv1177. Protein product from Mb2030c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2030c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ferredoxin fdxa" + /protein_id="SIU00637.1" + /db_xref="GOA:P64123" + /db_xref="InterPro:IPR000813" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64123" + /translation="MTYVIGSECVDVMDKSCVQECPVDCIYEGARMLYINPDECVDCG + ACKPACRVEAIYWEGDLPDDQHQHLGDNAAFFHQVLPGRVAPLGSPGGAAAVGPIGVD + TPLVAAIPVECP" + gene complement(2239943..2241268) + /locus_tag="BQ2027_MB2031C" + CDS complement(2239943..2241268) + /locus_tag="BQ2027_MB2031C" + /note="Mb2031c, -, len: 441 aa. Equivalent to Rv2008c, + len: 441 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 441 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A, PS00501 Signal peptidases I serine active + site. Also contains helix-turn-helix motif at aa 258-279. + Similar to several conserved hypothetical proteins e.g. + NP_085874.1|14028123|dbj|BAB54715.1 hypothetical protein + from Mesorhizobium loti (435 aa). Smith-Waterman score: + 1e-74, Identities = 158/359 (44%) Protein product from + Mb2031c detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATPase, AAA family" + /protein_id="SIU00638.1" + /db_xref="GOA:P64924" + /db_xref="InterPro:IPR025420" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041682" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64924" + /translation="MDEIESLIGLRPTPLTWPVVIAGDFLGVWDPPPSLPGAANHEIS + APTARISCMLIERRDAAARLRRALHRAPVVLLTGPRQAGKTTLSRLVGKSAPECTFDA + ENPVDATRLADPMLALSGLSGLITIDEAQRIPDLFPVLRVLVDRPVMPARFLILGSAS + PDLVGLASESLAGRVELVELSGLTVRDVGSSAADRLWLRGGLPPSFTARSNEDSAAWR + DGYITTFLERDLAQLGVRIPAATMRRAWTMLAHYHGQLFSGAELARSLDVAQTTARRY + LDALTDALVVRQLTPWFANIGKRQRRSPKIYIRDTGLLHRLLGIDDRLALERNPKLGA + SWEGFVLEQLAALLAPNPLYYWRTQQDAELDLYVELSGRPYGFEIKRTSTPSISRSMR + SALVDLQLARLAIVYPGEHRFPLSDTVVAVPADQILTTGSVDELLALLK" + gene 2241356..2241598 + /gene="vapb15" + /locus_tag="BQ2027_MB2032" + CDS 2241356..2241598 + /gene="vapb15" + /locus_tag="BQ2027_MB2032" + /note="Mb2032, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv2009, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 80 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, very similar to Rv1560|MTCY48.05c (54.4% identity + in 68 aa overlap). Mb2032 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antitoxin vapb15" + /protein_id="SIU00639.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y019" + /translation="MYSGVVSRTNIEIDDELVAAAQRMYRLDSKRSAVDLALRRLVGE + PLGRDEALALQGSGFDFSDDEIESFSDTDRKLADES" + gene 2241599..2241997 + /gene="vapc15" + /locus_tag="BQ2027_MB2033" + CDS 2241599..2241997 + /gene="vapc15" + /locus_tag="BQ2027_MB2033" + /note="Mb2033, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv2010, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 132 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Rv1561|MTCY48.04c, (38.1% + identity in 126 aa overlap) Protein product from Mb2033 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2033 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin vapc15" + /protein_id="SIU00640.1" + /db_xref="GOA:P64926" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64926" + /translation="MIVDTSVWIAYLSTSESLASRWLADRIAADSTVIVPEVVMMELL + IGKTDEDTAALRRRLLQRFAIEPLAPVRDAEDAAAIHRRCRRGGDTVRSLIDCQVAAM + ALRIGVAVAHRDRDYEAIRTHCGLRTEPLF" + gene complement(2242180..2242611) + /locus_tag="BQ2027_MB2034C" + CDS complement(2242180..2242611) + /locus_tag="BQ2027_MB2034C" + /note="Mb2034c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv2011c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to putative + regulatory proteins e.g. putative marR-family regulatory + protein from Streptomyces coelicolor A3(2) (157 aa), + emb|CAB63189.1| (AL133469) 34% identity in 110 aa overlap. + Low similarity to PETP_RHOCA P31078 petp protein. + Rhodobacter capsulatus (166 aa), FASTA scores, opt: 101, + E(): 0 .36, (31.8% identity in 88 aa overlap)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, MarR family" + /protein_id="SIU00641.1" + /db_xref="GOA:P64928" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64928" + /translation="MSDEIARLVADVFELAGLLRRSGEVVAAREGHTQARWQLLSVVS + DRALTVPQAARRLGVTRQGVQRVANDLVVCGLAELRHNPDHRTSPLLVLTENGRRVLQ + AITERAIVVNNRLADAVDPAALQATRDSLRRMIVALKAERP" + gene 2242652..2243146 + /locus_tag="BQ2027_MB2035" + CDS 2242652..2243146 + /locus_tag="BQ2027_MB2035" + /note="Mb2035, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv2012, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 164 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to AAK04358.1|AE006263_5 + hypothetical protein from Lactococcus lactis (137 aa), + (48% identity in 129 aa overlap). Protein product from + Mb2035 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage envelope protein" + /protein_id="SIU00642.1" + /db_xref="InterPro:IPR009833" + /db_xref="InterPro:IPR036696" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64930" + /translation="MLSKSKRSCRRRETLRIGEKMSAPITNLQAAQRDAIMNRPAVNG + FPHLAETLRRAGVRTNTWWLPAMQSLYETDYGPVLDQGVPLIDGVAEVPAFDRTALVT + ALRADQAGQTSFREFAAAAWRAGVLRYVVDLENRTCTYFGLHDQTYMEHYAAVEPSGG + APTS" + gene 2243769..2244996 + /locus_tag="BQ2027_IS1607" + gene 2243850..2244470 + /locus_tag="BQ2027_MB2036" + CDS 2243850..2244470 + /locus_tag="BQ2027_MB2036" + /note="Mb2036, -, len: 206 aa. Similar to Rv2013, len: 159 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Possible + transposase: shows similarity to N-terminal part of + transposase and insertion element hypothetical proteins eg + sp|Q53198|Y4UE_RHISN PUTATIVE TRANSPOSASE Y4UE (359 aa) + opt: 383, E(): 1.3e-18; 35.1% identity in 225 aa overlap; + sp|P 14707|YM3_STRCO MINI-CIRCLE HYPOTHETICAL 45.7 KD P + (414 aa) opt: 302, E(): 4.2e-13; 33.3% identity in 207 aa + overlap; and YI90_MYCPA P14322 insertion element is900 + hypothetical protein (399 aa), FASTA scores, opt: 146, + E(): 0.0021, (26.9% identity in 145 aa overlap). Length + changed since first submission (no clear start apparent). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transition (c-t) at the 5' start of Mb2036, + leads to a longer product with a different NH2 part + compared toits homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (206 aa versus 159 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transposase" + /protein_id="SIU00643.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZY3" + /db_xref="InterPro:IPR002525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY3" + /translation="MSIVDARGREVRRATIEHNAAGLRELLELLSRAGAREVAIERPD + GPVVDTLLEAGITVVVISPNQLKNLRGRYGSAGNKDDRFDAFVLADTLRTDRSRLRPL + LPDTPATATLRRTCRPRKDLVAHRVALANQLRAHLRVVFPGVVGLFADLDSPISLAFL + TFLPRFDCQDRADWLSVKRLAGWLAAAGYCGRAPRPAHRCPARRHR" + gene 2244424..2245014 + /locus_tag="BQ2027_MB2037" + CDS 2244424..2245014 + /locus_tag="BQ2027_MB2037" + /note="Mb2037, -, len: 196 aa. Equivalent to Rv2014, len: + 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (). + Possible transposase, similar to insertion elements e.g. + sp|P14707|YM3_STRCO MINI-CIRCLE HYPOT HETICAL 45.7 KD P + (414 aa) opt: 249 z-score: 307.0 E(): 1.4e-09; 33.1% + identity in 169 aa overlap; and YI90_MYCPA P14322 + insertion element is900 hypothetical protein (399 a a), + FASTA scores, opt: 242, z-score: 299.9, E(): 3.7e-10, (3 + 2.5% identity in 163 aa overlap); possibly made by + frameshifting with respect to upstream ORF. Length changed + since first submission." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transposase" + /protein_id="SIU00644.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y237" + /db_xref="InterPro:IPR003346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y237" + /translation="MLHDRLTGAPRGATGDEGAANAHITRAMVAALTSVATQIKTLDA + QIAEQLSLHADAHIFTSLPRSGTVRAARLLAEIGDCRARFPTPESLACLAGVAPSTRQ + SGKVKHVGFRWAADKQLRDAVCDFAGDSRRANLWAADRYNRAIARGHDHPHAVRILAR + AWLYAIWHCWQDGAAYHPANHRALQALLNQDQDRAA" + gene complement(2245142..2246398) + /locus_tag="BQ2027_MB2038C" + CDS complement(2245142..2246398) + /locus_tag="BQ2027_MB2038C" + /note="Mb2038c, -, len: 418 aa. Equivalent to Rv2015c, + len: 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 418 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Nearly identical to Mycobacterium tuberculosis + Rv1765c|MTCY28.31c, (378 aa), an ORF starting next to + ISB9, and ending in IS6110. Different N-terminus chosen + and C-terminus differs as that of Rv1765c has been + truncated by IS6110. Does NOT show similarities with + transposases. BLAST hits with non-IS part of MTU78639. + FASTA scores: Z95890|MTCY28_31 (378 aa) opt: 2417, E(): 0, + (97.8% identity in 364 aa overlap). Mb2038c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HNH endonuclease domain protein" + /protein_id="SIU00645.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Q9" + /db_xref="InterPro:IPR002711" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Q9" + /translation="MSSTATSGAAVVSPAERVEVLFEELAELAGQRNAIDGRIVEIVA + ELDRDGLWGVTGARLVAGLVAWKMGCSSGNAHTIATVARRLPEFPRCARGMREGRLSL + DQVGVIAGRAGEGSDAHYAQLAGVATVNQLRTALKLEPRPEPEPDFRPEPRPSITRSA + DEQFSCWRIKLPHVEAAKFDAALQSHLDALIAEYKRDHDNSDGVSDQRPPLPGNVEAF + LRLVEAGWDAEVARRPHGQHTTVVMHLDVQERAAGLHLGPLLSESERRYLLCDATFEA + WFERDGQVIGCGRTTRQINRRLRRALEHRDRTCVVPGCGATRGLHAHHIRHWQDGGAT + ELANLVLVCPYHHRAHHRGLITITGPADNLTVADSAGRPLSAGSLARASTKPPPAVAP + WPGPTGERADWWWYEPFQPQPPPISN" + gene 2246752..2247327 + /locus_tag="BQ2027_MB2039" + CDS 2246752..2247327 + /locus_tag="BQ2027_MB2039" + /note="Mb2039, -, len: 191 aa. Equivalent to Rv2016, len: + 191 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 191 aa overlap). Hypothetical protein. + Protein product from Mb2039 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00646.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y002" + /translation="MTELGDKFLAALVGTIRDTRFDIADMRNWRPGWFPTMHSRCLSN + LIHDRIWAHLVTLIASNPGTSIKDKGATREIVVGAHLRLRIKRHHAGDEISTYPTRTA + IEFWQQGSQPAFPGLEEVRIAVGYRWDPDTREIGAPLLSLRDGKDHVIWVVELDEPAA + GVKITWTPIEPTLPSIDFGDLGEDSGASGER" + gene 2247324..2248364 + /locus_tag="BQ2027_MB2040" + CDS 2247324..2248364 + /locus_tag="BQ2027_MB2040" + /note="Mb2040, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv2017, len: + 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 346 aa overlap). Hypothetical + regulatory protein, shows similarity at N-terminal end to + several transcriptional regulators e.g. Bacillus subtilis + BSUB0012_44 (108 aa). Contains PS00142 Neutral zinc + metallopeptidases, zinc-binding region signature in + C-terminal half, may be fortuitous. FASTA scores: + Z99115|BSUB0012_44 Bacillus subtilis (108 aa) opt: 154, + E(): 0.0012; 35.5% identity in 62 aa overlap. Contains + probable helix-turn-helix motif at aa 18-39 (Score 2243, + +6.83 SD)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU00647.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0C4" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010359" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0C4" + /translation="MNGLGDVLAVARKARGLTQIELAELVGLTQPAINRYESGDRDPD + QHIVAKLAEILGVTDDLLIHGNRFRGALAVDAHMRRHKTTKASAWRQLEARLNLLRVH + ASFLFEEVAINSEQHVPAFDPEFTAAEDAARLVRAQWRMPMGPVVNLTRWMEAAGCLV + FEEDFATQRIDGLSQWVDDYPVMLINANAAPDRKRLTLAHELGHLVLHSTNPTENMET + EATAFAAEFLMPESEIRPELRRLDLGKLLELKREWGVSMQALLERAYRMGLVSAEART + KLYKAMNARGWKTKEPGIESIVREKPSLPAHIGMTLRSRGFTDQQAAAIAGYANPADN + PFRPEGGRLHAI" + gene 2248606..2249325 + /gene="vapB45" + /locus_tag="BQ2027_MB2041" + CDS 2248606..2249325 + /gene="vapB45" + /locus_tag="BQ2027_MB2041" + /note="Mb2041, -, len: 239 aa. Equivalent to Rv2018, len: + 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 239 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Rv2308|MTCY339.01c (238 aa). FASTA + scores: Z77163|MTCY339_1 Mycobacterium tuberculosis cosmid + (238 aa) opt: 142, E(): 0.029; (24.8% identity in 250 aa + overlap). Contains probable helix-turn-helix motif at aa + 215-236 (Score 1175, +3.19 SD). Protein product from + Mb2041 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2041 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative antitoxin VapB45" + /protein_id="SIU00648.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZX8" + /db_xref="InterPro:IPR007367" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR017277" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX8" + /translation="MAGDQELELRFDVPLYTLAEASRYLVVPRATLATWADGYERRPA + NAPAVQGQPIITALPHPTGSHARLPFVGIAEAYVLNAFRRAGVPMQRIRPSLDWLIKN + VGPHALASQDLCTGGAEVLWRFAERSGEGSPDDLVVRGLIVPRSGQYVFKEIVEHYLQ + QISFADDNLASMIRLPQYGDANVVLDPRRGYGQPVFDGSGVRVADVLGPLRAGATFQA + VADDYGVTPDQLRDALDAIAA" + gene 2249315..2249731 + /gene="vapC45" + /locus_tag="BQ2027_MB2042" + CDS 2249315..2249731 + /gene="vapC45" + /locus_tag="BQ2027_MB2042" + /EC_number="3.1.-.-" + /note="Mb2042, -, len: 138 aa. Equivalent to Rv2019, len: + 138 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 138 aa overlap). Hypothetical protein. + Protein product from Mb2042 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2042 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative ribonuclease VapC45 (RNase VapC45) (EC + (Toxin VapC45)" + /protein_id="SIU00649.1" + /db_xref="InterPro:IPR041375" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y032" + /translation="MQPDRNLLADLDHIFVDRSLGAVQVPQLLRDAGFRLTTMREHYG + ETQAQSVSDHKWIAMTAECGWIGFHKDANIRRNAVERRTVLDTGARLFCVPRADILAE + QVAARYIASLAAIARAARFPGPFIYTVHPSKIVRVL" + gene complement(2249747..2250046) + /locus_tag="BQ2027_MB2043C" + CDS complement(2249747..2250046) + /locus_tag="BQ2027_MB2043C" + /note="Mb2043c, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv2020c, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, nearly identical to C-terminal part of + hypothetical protein RvD1-Rv2024c' from Mycobacterium + bovis BCG (1606 aa) emb|CAB44655.1| (Y18605). Corresponds + to deletion region RvD1 so probably truncated protein. + Mb2043c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative helicase" + /protein_id="SIU00650.1" + /db_xref="InterPro:IPR041635" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y013" + /translation="MAPGMKWAAKTDHLAIVLLPRHHRRHSRRGRALPARSRSALGWI + IERYRVTTDKASGIVNDPNDWCDEHDDPTYIVDLIKKVTTVSVETMKIVDGLAGG" + gene complement(2250131..2250436) + /locus_tag="BQ2027_MB2044C" + CDS complement(2250131..2250436) + /locus_tag="BQ2027_MB2044C" + /note="Mb2044c, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv2021c, + len: 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Unknown, possible + regulatory protein similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein Rv3183, MTV014.27 (EMBL; AL021646). + FASTA scores; TR:E12487 74 (109 aa) opt: 214 E(): 1.2e-09, + 43.0% identity in 107 aa overlap. Contains probable + helix-turn-helix at aa 45-66 (Score 1472, +4.20 SD) + Protein product from Mb2044c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2044c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU00651.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZX6" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="InterPro:IPR039554" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZX6" + /translation="MAMTLRDMDAVRPVNREAVDRHKARMRDEVRAFRLRELRAAQSL + TQVQVAALAHIRQSRVSSIENGDIGSAQVNTLRKYVSALGGELDITVRLGDETFTLA" + gene complement(2250445..2251050) + /gene="higB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2045C" + CDS complement(2250445..2251050) + /gene="higB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2045C" + /note="Mb2045c, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv2022c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical protein Rv3182, MTV014.26 + (EMBL:AL 021646). FASTA scores; TR:E1248773 (114 aa) opt: + 335, E(): 3e-22, 53.8% identity in 106 aa overlap and to + hypothetical proteins from Yersinia pestis (115 aa) e.g. + emb|CAB53172.1| (AL109969), 41% identity in 108 aa + overlap. Protein product from Mb2045c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2045c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Toxin HigB" + /protein_id="SIU00652.1" + /db_xref="InterPro:IPR009241" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y021" + /translation="MNVPWENAHGGALYCLIRGDEFSAWHRLLFQRPGCAESVLACRH + FLDGSPVARCSYPEEYHPCVISRIALLCDSVGWTADVERISAWLNGLDRETYELVFAA + IEVLEEEGPALGCPLVDTVRGSRHKNMKELRPGSQGRSEVRILFAFDPARQAIMLAAG + NKAGRWTQWYDEKIKAADEMFAEHLAQFEDTKPKRRKRKKG" + gene complement(2251075..2251434) + /locus_tag="BQ2027_MB2046C" + CDS complement(2251075..2251434) + /locus_tag="BQ2027_MB2046C" + /note="Mb2046c, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv2023c, + len: 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Hypothetical protein, + alternative upstream start possible. Mb2046c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00653.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ5" + /translation="MAARHARAGRWAAQPRPMLGSGAVRYEVGANIDATGFGGIAAVH + RLVTRLGLVTRLGLVERVDAHSRFSSSNLPKSSRRISGRVSLSGMSNSAAKVVASTSS + SPWGQPLSVGLRRRWRS" + gene complement(2251594..2252271) + /locus_tag="BQ2027_MB2047C" + CDS complement(2251594..2252271) + /locus_tag="BQ2027_MB2047C" + /note="Mb2047c, -, len: 225 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but equivalent to + MT2080, len: 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (100.0% identity in 225 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD1 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb2047c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00654.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y244" + /translation="MVQRYPFRMVQRTPAMTSVAQLEHYLEEHLTKELAWLLRAATEW + HAQHCMNLGIDGYSMQVYALDSTVLHARTLFEFFTQNTSVGQNANYYNCTVYKVPLIG + SILYQFHWRRPIHSHMMHAQDRRPVTQLPTYDDHAQTKPLNEMPVDFAKEIVRLWRVF + VKDLNNHTNLQFRPIGATAQTALASEINAAKRVRTNDVTQRQIAVGKETSRLEPNFSI + PQIEWPA" + gene complement(2252666..2253562) + /locus_tag="BQ2027_MB2048C" + CDS complement(2252666..2253562) + /locus_tag="BQ2027_MB2048C" + /note="Mb2048c, -, len: 298 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but equivalent to + MT2081, len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (99.66% identity in 298 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD1 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb2048c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00655.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R8" + /translation="MTLIQTVTTDDLVIQVADRRLSRPDGSVFDDDYTKLVCWNTSFT + VGFTGLARIDPAQKKSTSEWLAETLCDYASFEDGVDALRYWASGQIGQLPTGKGWEDK + RLGIIIAGFDRRRIPLVAEISNFDPEAPIPANQNEFKCYRIRRAPGHSASFRITGAAL + TEKMYANILLRRVPRMLKQQDGITRAARLMVALQRRISEDNPGVGRHAMAVAIPRERT + MPAVLSNLDAPSLNTMNSNFCYFDDAGFNYKQLGPHMAGGGWAWADFVAEADPSNPDM + QKVGGRVLKCPQPPPQAESTGC" + gene complement(2253746..2258566) + /locus_tag="BQ2027_MB2049C" + CDS complement(2253746..2258566) + /locus_tag="BQ2027_MB2049C" + /note="Mb2049c, RvD1-Rv2024c, len: 1606 aa. Equivalent to + Rv2024c and similar to Rv2020c, len: 515 aa and 99 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (99.2% + identity in 506 aa overlap and 67.0% identity in 97 aa + overlap). Rv2024c: Conserved hypothetical protein. + Identical to N-terminal part of much larger hypothetical + protein, RvD1-Rv2024c' (1606 aa), from Mycobacterium bovis + BCG: CAB44655.1|Y18605|13881753|AAK46361.1|AE007059 so + probably truncated. Part of RvD1 chromosomal deletion + region. Also similar to hypothetical protein from + Helicobacter pylori. FASTA scores: AE0005|HPAE000580_2 + Helicobacter pylori (607 aa) opt: 64, E(): 0, (36.2% + identity in 464 aa overlap). Rv2020c: Conserved + hypothetical protein, nearly identical to C-terminal part + of hypothetical protein RvD1-Rv2024c' from Mycobacterium + bovis BCG (1606 aa) emb|CAB44655.1| (Y18605). Corresponds + to deletion region RvD1 so probably truncated protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, a large deletion region (RvD1) + exists in between Rv2023 and Rv2024. In Mycobacterium + bovis a 5000 bp insertion at this region results in + Mb2049c being a much larger product with a different COOH + part (1606 aa versus 515 aa). Protein product from Mb2049c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2049c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative helicase" + /protein_id="SIU00656.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y012" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR002052" + /db_xref="InterPro:IPR006935" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR039442" + /db_xref="InterPro:IPR041635" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y012" + /translation="MGSVHDVIEAFRKAPSNAERGTKFEQLMVRYFELDPTMAQQYDA + VWRWIDWPERRGRTDTGIDLVARERDTGNYTAIQCKFYEPTHTLAKGDIDSFFTASGK + TGFTNRVIISTTDRWGRNAEDALADQLVPVQRIGMAEIAESPIDWDIAWPAGDLQVNL + TPAKRHELRPHQQQAIDAVFRGFAVGNDRGKLIMACGTGKTFTALKIAERIAADNGGS + ARILLLVPSISLLSQTLREWTAQSELDVRAFAVCSDTKVSRSAEDYHVHDVPIPVTTD + ARVLLHEMAHRRCAQGLTVVFCTYQSLPTVAKAQRLGVDEFDLVMCDEAHRTTGVTLA + GDDESNVVRVHDGQYLKAARRLYMTATPRIFTESIKDRADQHSAELVSMDDELTFGPE + FHRLSFGEAVERGLLTDYKVMVLTVDQGVIAPRLQQELSGVSGELMLDDASKIVGCWN + GLAKRSGTGIVAGEPPMRRAVAFAKDIKTSKQVAELFPKVVEAYRELVDDGPGLACSV + RHVDGTFNALVRNEQLAWLKGVVAEDECRILSNARCLSEGVDVPALDAVLFLNPRNSI + VDVVQSVGRVMRKSPGKDYGYVILPVAVPEGVEPSAALADNKRFKVVWQVLNALRSHD + ERFDAMVNSIALNVKPTKTGEGSDKLLGGHIGPTSDEAGPAVAEQLAMFSLSQWQEAI + YARIVDKVGTRTYWEQWAADVADIAATLTTRIHALLGGADATAAAAFEQFLAGLRDNL + NDSITPDDAISMLSQHLITKPVFDALFAGHDFASHNPVSRAMQKMVDTVGGAGLEAET + ARLEGFYESVRRRAGEVTSAEGKQQVIAELYEKFFRIGFKKQAEALGIVYTPVEVVDF + IVRAADFVSRKHFGRGLTDEGVHILDGFAGTGTFITRLLQSDLITAADLTRKYSQELH + ANEIMLLAYYIAAVNIESTYHALAGKTADADAYEPFPGMALADTFQISEAGDSMDAIM + FPYNNARILRQLATPISVIIGNPPYSVGQSSANDLNANVKYPTLDGRIEQTYAKRSTA + QLKNSLYDSYIRAFRWATDRIGDNGVVGFVSNGGYIDGNTADGMRLSLADDYAAVYVY + NLRGNQRTAGELSRQEGGKVFGGGSRNTVAIFLGIKDPKHSGPCDVLYRDIGDYLSRE + EKLRIVGDGYLDTVEWQTVTPNLHGDWVNQRDDAFSAWPVIGDKKAALDVTRVFANYS + AGLKTSRDAWCYNFSRGALEANIGRTIDFYNSEVDRINEIRGRDAKTPPVDALITVDS + AKFSWDRINKRQVAQGIRIEFAPAGMRLGTYRPFTKEHAYLDPNQQLNNCTYQLPSMF + PTPEHGNVGYYVVGMGSDKPFSCLMLNAIPDLAFWGSSNGQFFPRWTYEKTEPRDGEL + DFESTTNAEVDDHGYRRVDNITGVILKLYRDTIGDQVTKDDIFYYVYGLLHDPAYRTK + YAADLKKMLPHIPTPETRERFDQLASAGRKLADLHVGYESVKPYPLDVQLKPGADPED + RETWRVEKMKWKSKQDHSTIIYNSRVTIAGIPDEAERYLLGSRSALGWIIDRYRVTTD + KASGIVNDPNDWCDEHANPTYIVDLIKKVTTVSVETMKIVDSIVALASAGSDST" + gene complement(2259075..2260073) + /locus_tag="BQ2027_MB2050C" + CDS complement(2259075..2260073) + /locus_tag="BQ2027_MB2050C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2050c, -, len: 332 aa. Equivalent to Rv2025c, + len: 332 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 332 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, CDF family possibly involved in + transport of metal ions, similar to several hypothetical + bacterial proteins e. g. Methanobacterium + thermoautotrophicum AE000941_1 (298 aa; described as + cation efflux system protein) and Archaeoglob us fulgidus + AE001111_5 (384 aa). FASTA scores: AE000941_1 M + ethanobacterium thermoautotrophicum (298 aa) opt: 452 E(): + 3.3e-24; 30.8% identity in 266 aa overlap and AE001111_5 + Archaeoglobus fulgidus section 16 (384 aa) opt: 371 E(): + 1.7e-18; 27.7% identity in 267 aa overlap. TBparse score + is 0.897 Protein product from Mb2050c detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved membrane protein" + /protein_id="SIU00657.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0D1" + /db_xref="InterPro:IPR002524" + /db_xref="InterPro:IPR027469" + /db_xref="InterPro:IPR027470" + /db_xref="InterPro:IPR036837" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D1" + /translation="MTHDHAHSRGVPAMIKEIFAPHSHDAADSVDDTLESTAAGIRTV + KISLLVLGLTALIQIVIVVMSGSVALAADTIHNFADALTAVPLWIAFALGAKPATRRY + TYGFGRVEDLAGSFVVAMITMSAIIAGYEAIARLIHPQQIEHVGWVALAGLVGFIGNE + WVALYRIRVGHRIGSAALIADGLHARTDGFTSLAVLCSAGGVALGFPLADPIVGLLIT + AAILAVLRTAARDVFRRLLDGVDPAMVDAAEQALAARPGVQAVRSVRMRWIGHRLHAD + AELDVDPALDLAQAHRIAHDAEHELTHTVPKLTTALIHAYPAEHGSSIPDRGRTVE" + gene complement(2260188..2261072) + /locus_tag="BQ2027_MB2051C" + CDS complement(2260188..2261072) + /locus_tag="BQ2027_MB2051C" + /note="Mb2051c, -, len: 294 aa. Equivalent to Rv2026c, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 294 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, very similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Rv2005c, Rv2623, + Rv1996, Rv2624c, Rv2028c, Rv3134c, Rv1636. Some, possibly + all, of these belong to universal stress protein family. + Protein product from Mb2051c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU00658.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZY6" + /translation="MSAATAKYGILVGVDGSAQSNAAVAWAAREAVMRQLPITLLHIV + APVVVGWPVGQLYANMTEWQKDNAQQVIEQAREALTNSLGESKPPQVHTELVFSNVVP + TLIDASQQAWLMVVGSQGMGALGRLLLGSISTALLHHARCPVAIIHSGNGATPDSDAP + VLVGIDGSPASEAATALAFDEASRRRVDLVALHAWTDLGMFPVLGMDWREREKREAEV + LAERLAGWQEQYPDVRVHRSLVCDKPARWLLEHSEQAQLVVVGSHGRGGFSGMLLGSV + SSAVAHSVRIPVIVVRPS" + gene complement(2261112..2262833) + /gene="dost" + /locus_tag="BQ2027_MB2052C" + CDS complement(2261112..2262833) + /gene="dost" + /locus_tag="BQ2027_MB2052C" + /note="Mb2052c, -, len: 573 aa. Equivalent to Rv2027c, + len: 573 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 573 aa overlap). Membrane protein + related to histidine kinase response regulators. Highly + similar to Mycobacterium tuberculosis protein Rv3132c, + MTCY03A2.2 6. FASTA scores: Z83867|MTCY3A2_26 (578 aa) + opt: 2330, E(): 0; 62.5% identity in 560 aa overlap. + Protein product from Mb2052c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2052c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="two component sensor histidine kinase dost" + /protein_id="SIU00659.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y037" + /db_xref="InterPro:IPR003018" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR011712" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y037" + /translation="MTHPDRANVNPGSPPVRETLSQLRLRELLLEVQDRIEQIVEGRD + RLDGLIDAILAITSGLKLDATLRAIVHTAAELVDARYGALGVRGYDHRLVEFVYEGID + EETRHLIGSLPEGRGVLGALIEEPKPIRLDDISRHPASVGFPLHHPPMRTFLGVPVRI + RDEVFGNLYLTEKADGQPFSDDDEVLVQALAAAAGIAVDNARLFEESRTREAWIEATR + DIGTQMLAGADPAMVFRLIAEEALTLMAGAATLVAVPLDDEAPACEVDDLVIVEVAGE + ISPAVKQMTVAVSGTSIGGVFHDRTPRRFDRLDLAVDGPVEPGPALVLPLRAADTVAG + VLVALRSADEQPFSDKQLDMMAAFADQAALAWRLATAQRQMREVEILTDRDRIARDLH + DHVIQRLFAVGLTLQGAAPRARVPAVRESIYSSIDDLQEIIQEIRSAIFDLHAGPSRA + TGLRHRLDKVIDQLAIPALHTTVQYTGPLSVVDTVLANHAEAVLREAVSNAVRHANAT + SLAINVSVEDDVRVEVVDDGVGISGDITESGLRNLRQRADDAGGEFTVENMPTGGTLL + RWSAPLR" + gene complement(2262894..2263733) + /locus_tag="BQ2027_MB2053C" + CDS complement(2262894..2263733) + /locus_tag="BQ2027_MB2053C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2053c, -, len: 279 aa. Equivalent to Rv2028c, + len: 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 279 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv2005c, Rv2623, Rv1996, Rv2624c, + Rv3134c, Rv1636. Some, possibly all, of these belong to + universal stress protein family. Rv2624c|MTCY01A10.08 (272 + aa) and Rv3134c|MTCY03A2.24 (268 aa). FASTA scores: + Z95387|MTCY1A10_8 (272 aa) opt: 563, E(): 2.5e-31, (36.8% + identity in 266 aa overlap) and Z83867|MTCY3A2_24 (268 aa) + opt: 562, E(): 2.9e-31, (40.7% identity in 273 aa + overlap). Protein product from Mb2053c detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU00660.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y020" + /translation="MNQSHKPPSIVVGIDGSKPAVQAALWAVDEAASRDIPLRLLYAI + EPDDPGYAAHGAAARKLAAAENAVRYAFTAVEAADRPVKVEVEITQERPVTSLIRASA + AAALVCVGAIGVHHFRPERVGSTAAALALSAQCPVAIVRPHRVPIGRDAAWIVVEADG + SSDIGVLLGAVMAEARLRDSPVRVVTCRQSGVGDTGDDVRASLDRWLARWQPRYPDVR + VQSAAVHGELLDYLAGLGRSVHMVVLSASDQEHVEQLVGAPGNAVLQEAGCTLLVVGQ + QYL" + gene complement(2263730..2264749) + /gene="pfkB" + /locus_tag="BQ2027_MB2054C" + CDS complement(2263730..2264749) + /gene="pfkB" + /locus_tag="BQ2027_MB2054C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2054c, pfkB, len: 339 aa. Equivalent to Rv2029c, + len: 339 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 339 aa overlap). Probable pfkB, + phosphofructokinase (EC 2.7.1.-), similar to others eg + P06999|K6P2_ECOLI 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE I SOZYME 2 from E. + coli (309 aa), FASTA scores: opt: 705, E(): 0; (41.4% + identity in 304 aa overlap); and LACC_STRMU + phosphotagatosekinase (310 aa); etc. Contains PS00583 pfkB + family of carbohydrate kinases signature 1. Protein + product from Mb2054c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="6-phosphofructokinase pfkb (phosphohexokinase) + (phosphofructokinase)" + /protein_id="SIU00661.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3XZZ1" + /db_xref="InterPro:IPR002173" + /db_xref="InterPro:IPR011611" + /db_xref="InterPro:IPR017583" + /db_xref="InterPro:IPR029056" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ1" + /translation="MTEPAAWDEGKPRIITLTMNPALDITTSVDVVRPTEKMRCGAPR + YDPGGGGINVARIVHVLGGCSTALFPAGGSTGSLLMALLGDAGVPFRVIPIAASTRES + FTVNESRTAKQYRFVLPGPSLTVAEQEQCLDELRGAAASAAFVVASGSLPPGVAADYY + QRVADICRRSSTPLILDTSGGGLQHISSGVFLLKASVRELRECVGSELLTEPEQLAAA + HELIDRGRAEVVVVSLGSQGALLATRHASHRFSSIPMTAVSGVGAGDAMVAAITVGLS + RGWSLIKSVRLGNAAGAAMLLTPGTAACNRDDVERFFELAAEPTEVGQDQYVWHPIVN + PEASP" + gene complement(2264766..2265005) + /locus_tag="BQ2027_MB2055C" + CDS complement(2264766..2265005) + /locus_tag="BQ2027_MB2055C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2055c, -, len: 79 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2030c, len: 681 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.000% identity in 79 aa overlap). + Conserved hypothetical protein that corresponds to + products of two adjacent ORF's described previously + MSGTUBDWN_4 (390 aa) and MSGTUBDWN_1 (385 aa). Also + similar to C-terminal two-thirds of Mycobacterium + tuberculosis protein Rv2143 (MTCY270.25c; 352 aa) and to + Rv0571c (443 aa) and Mycobacterium leprae protein U650s + MLU15184_16 (258 aa). FASTA scores: M93129|MSGTUBDWN_4 + (390 aa) opt: 2530 E(): 0; 97.7% identity in 385 aa + overlap and M93129|MSGTUBDWN_1 (385 aa) opt: 1983 E(): 0; + 99.0% identity in 309 aa overlap. Z95388| MTCY270_25 (352 + aa) opt: 882 E(): 0; 61.1 % identity in 226 aa overlap. + U15184|MLU15184_16 (258 aa) opt: 549 E(): 9.8e-29; 43.8% + identity in 219 aa overlap. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2030c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a single base deletion (c-*) splits Rv2030c into 2 + parts, Mb2055c and Mb2056c. Protein product from Mb2055c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2055c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00662.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y033" + /db_xref="InterPro:IPR007815" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y033" + /translation="MSARLSRDAEAPLDVVRLGRAIGVVYLPATERQSHYLHVRPADQ + FDAMIHIDQTRALEPLEVTSRWIAGENPETYPTGL" + gene complement(2264990..2266810) + /locus_tag="BQ2027_MB2056C" + CDS complement(2264990..2266810) + /locus_tag="BQ2027_MB2056C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2056c, -, len: 606 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2030c, len: 681 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 587 aa overlap). + Conserved hypothetical protein that corresponds to + products of two adjacent ORF's described previously + MSGTUBDWN_4 (390 aa) and MSGTUBDWN_1 (385 aa). Also + similar to C-terminal two-thirds of Mycobacterium + tuberculosis protein Rv2143 (MTCY270.25c; 352 aa) and to + Rv0571c (443 aa) and Mycobacterium leprae protein U650s + MLU15184_16 (258 aa). FASTA scores: M93129|MSGTUBDWN_4 + (390 aa) opt: 2530 E(): 0; 97.7% identity in 385 aa + overlap and M93129|MSGTUBDWN_1 (385 aa) opt: 1983 E(): 0; + 99.0% identity in 309 aa overlap. Z95388| MTCY270_25 (352 + aa) opt: 882 E(): 0; 61.1 % identity in 226 aa overlap. + U15184|MLU15184_16 (258 aa) opt: 549 E(): 9.8e-29; 43.8% + identity in 219 aa overlap. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2030c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a single base deletion (g-*) splits Rv2030c into 2 + parts, Mb2055c and Mb2056c. Protein product from Mb2056c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2056c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00663.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y005" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR007815" + /db_xref="InterPro:IPR014622" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y005" + /translation="MLMTAAADVTRRSPRRVFRDRREAGRVLAELLAAYRDQPDVIVL + GLARGGLPVAWEVAAALHAPLDAFVVRKLGAPGHDEFAVGALASGGRVVVNDDVVRGL + RITPQQLRDIAEREGRELLRRESAYRGERPPTDITGKTVIVVDDGLATGASMFAAVQA + LRDAQPAQIVIAVPAAPESTCREFAGLVDDVVCATMPTPFLAVGESFWDFRQVTDEEV + RRLLATPTAGPSLRRPAASTAADVLRRVAIDAPGGVPTHEVLAELVGDARIVLIGESS + HGTHEFYQARAAMTQWLIEEKGFGAVAAEADWPDAYRVNRYVRGLGEDTNADEALSGF + ERFPAWMWRNTVVRDFVEWLRTRNQRYESGALRQAGFYGLDLYSLHRSIQEVISYLDK + VDPRAAARARARYACFDHACADDGQAYGFAAAFGAGPSCEREAVEQLVDVQRNALAYA + RQDGLLAEDELFYAQQNAQTVRDAEVYYRAMFSGRVTSWNLRDQHMAQTLGSLLTHLD + RHLDAPPARIVVWAHNSHVGDARATEVWADGQLTLGQIVRERYGDESRSIGFSTYTGT + VTAASEWGGIAQRKAVRPALHAVSRSSSTRLQTVSWCQRG" + gene complement(2266822..2267256) + /gene="hspX" + /locus_tag="BQ2027_MB2057C" + CDS complement(2266822..2267256) + /gene="hspX" + /locus_tag="BQ2027_MB2057C" + /standard_name="acr" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2057c, hspX, len: 144 aa. Equivalent to Rv2031c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). hspX, heat shock + protein localized in the inner membrane (see citations + below). Identical to P30223|14KD_MYCTU 14 KD ANTIGEN (16 + kDa ANTIGEN) (HSP 16.3) of Mycobacterium tuberculosis (143 + aa), FASTA scores: opt: 933, E(): 0, (100.0% identity in + 143 aa overlap). BELONGS TO THE SMALL HEAT SHOCK PROTEIN + (HSP20) FAMILY. Also known as alpha-crystallin and gene as + acr (see some citations below). TBparse score is 0.897. + Protein product from Mb2057c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2057c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="heat shock protein hspx (alpha-crystallin + homolog) (14 kda antigen) (hsp16.3)" + /protein_id="SIU00664.1" + /db_xref="GOA:P0A5B8" + /db_xref="InterPro:IPR002068" + /db_xref="InterPro:IPR008978" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5B8" + /translation="MATTLPVQRHPRSLFPEFSELFAAFPSFAGLRPTFDTRLMRLED + EMKEGRYEVRAELPGVDPDKDVDIMVRDGQLTIKAERTEQKDFDGRSEFAYGSFVRTV + SLPVGADEDDIKATYDKGILTVSVAVSEGKPTEKHIQIRSTN" + gene 2267453..2268448 + /gene="acg" + /locus_tag="BQ2027_MB2058" + CDS 2267453..2268448 + /gene="acg" + /locus_tag="BQ2027_MB2058" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2058, -, len: 331 aa. Equivalent to Rv2032, len: + 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 331 aa overlap). acg (for + acr-coregulated gene), conserved hypothetical protein + possibly member of a superfamily of classical + nitroreductases (see first citation below), similar to + hypothetical mycobacterial proteins Rv3127|MTCY164.37 (344 + aa) and Rv3131|MTCY03A2.27c (332 aa). FASTA scores: + Z95150|MTCY164_38 Mycobacterium tuberculosis cosmid (344 + aa) opt: 1208, E(): 0, (56.4% identity in 321 aa overlap); + Z83867| MTCY3A2_27 Mycobacterium tuberculosis cosmid (332 + aa) opt: 568, E(): 8.6e-30, (36.8% identity in 321 aa + overlap). Similar to proteins SCJ1.11 (330 aa; AL109962) + and SCJ12.27c (335 aa; AL109989) in Streptomyces + coelicolor. Protein product from Mb2058 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2058 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Dinucleotide-utilizing enzymes involved in + molybdopterin and thiamine biosynthesis family 2" + /protein_id="SIU00665.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0T1" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0T1" + /translation="MPDTMVTTDVIKSAVQLACRAPSLHNSQPWRWIAEDHTVALFLD + KDRVLYATDHSGREALLGCGAVLDHFRVAMAAAGTTANVERFPNPNDPLHLASIDFSP + ADFVTEGHRLRADAILLRRTDRLPFAEPPDWDLVESQLRTTVTADTVRIDVIADDMRP + ELAAASKLTESLRLYDSSYHAELFWWTGAFETSEGIPHSSLVSAAESDRVTFGRDFPV + VANTDRRPEFGHDRSKVLVLSTYDNERASLLRCGEMLSAVLLDATMAGLATCTLTHIT + ELHASRDLVAALIGQPATPQALVRVGLAPEMEEPPPATPRRLIDEVFHVRAKDHR" + gene complement(2268564..2269406) + /locus_tag="BQ2027_MB2059C" + CDS complement(2268564..2269406) + /locus_tag="BQ2027_MB2059C" + /note="Mb2059c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv2033c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical protein + SCC77.24 (274 aa) from Streptomyces coelicolor A3(2) + CAB66235.1|AL13650) (50% identity in 261 aa overlap). + Mb2059c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="intermediary metabolism and respiration" + /protein_id="SIU00666.1" + /db_xref="InterPro:IPR021447" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y017" + /translation="MLDRYGTDVLAAGGRRRPRSVEHPVELGMVVEDAETGYVGAVVR + VEYGRIDLEDRYGKTRGFPLGPGYLLDGLPVILTAPRCAAAAGPRRTASGSVAVPGAR + ARVARASRIYVEGRHDAELIAAVWGADLRIEGVVVEHLGGVDDLVEIVAKFRPGPRRR + LGVLVDHLVAGSKEARIAEVVRRGPGGSDTLVVGHPYVDIWQAVKPQRVGLAAWPRVP + RHIEWKHGVCDALGWPHADQADIAAAWRRIRSQVRDWTDLEPALIGRVEELIDFVTQP + AGDE" + gene 2269618..2269941 + /locus_tag="BQ2027_MB2060" + CDS 2269618..2269941 + /locus_tag="BQ2027_MB2060" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2060, -, len: 107 aa. Equivalent to Rv2034, len: + 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 107 aa overlap). Probable repressor + protein similar to several belonging to the ARSR FAMILY + e.g. Q53040 (112 aa). FASTA scores: sptr|Q53040|Q53040 + NITRILE HYDRATASE REGULATAR 2 (112 aa) opt: 167, E(): + 6.7e-06; 44.7% identity in 76 aa overlap. TBparse score is + 0.905. Contains probable helix-turn-helix at aa 32-53 (S + core 1350, +3.78 SD),Mb2060 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="arsr repressor protein" + /protein_id="SIU00667.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0E0" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E0" + /translation="MSTYRSPDRAWQALADGTRRAIVERLAHGPLAVGELARDLPVSR + PAVSQHLKVLKTARLVCDRPAGTRRVYQLDPTGLAALRTDLDRFWTRALTGYAQLIDS + EGDDT" + gene 2269938..2270426 + /locus_tag="BQ2027_MB2061" + CDS 2269938..2270426 + /locus_tag="BQ2027_MB2061" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2061, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv2035, len: + 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to conserved hypothetical + protein (156 aa) from Sinorhizobium meliloti + CAC46569.1|AL591789 (34% identity in 146 aa overlap). + Protein product from Mb2061 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2061 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ligand-binding SRPBCC domain CalC" + /protein_id="SIU00668.1" + /db_xref="InterPro:IPR013538" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3XZZ7" + /translation="MTRPRTDAIHHHVVVNAPIERAFAVFTTRFGDFKPREHNLLAIP + ITETVFECHAGGHIYDRGVDGSVCKWARVLVYEPPSRVLFTWDIGPTWRPETDLAKTS + EVEVRFTAQSAETTRVDLEHRHLDRHGPGWESVADGVDSEAGWPLYLRRYTDLLCIQV + QP" + gene 2270423..2271064 + /locus_tag="BQ2027_MB2062" + CDS 2270423..2271064 + /locus_tag="BQ2027_MB2062" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2062, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv2036, len: + 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 213 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; slight similarity to Streptomyces lincolnensis + protein involved in lincomycin production Q54375 (238 aa). + FASTA scores: sptr|Q54375|Q54375 (78-11) LINCOMYCIN + PRODUCTION GENES (238 aa) opt: 119, E(): 0.97; 31.3% + identity in 99 aa overlap. TBparse score is 0.934,Mb2062 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00669.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y046" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR024344" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y046" + /translation="MIAADDDTEKSMMDMARAERAELAAFLTTLTLQQWETPSLCAGW + SVKEVVAHMISYEDLGVFGLLKRFAKGRIVRANEVGVDEFAGLSPQELVDYVGRHLQP + RGLTAGFGGMIALVDGMIHHQDIRRPLGQPRTIPAQRLDRVLRLMPKNPRLRARPRIK + GLRLRATDLDWTIGTGPEVTGPGEALLMAMAGRPAAVSDLSGPGKPTLAGRLG" + gene complement(2271071..2272045) + /locus_tag="BQ2027_MB2063C" + CDS complement(2271071..2272045) + /locus_tag="BQ2027_MB2063C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2063c, -, len: 324 aa. Equivalent to Rv2037c, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 324 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, similar to hypothetical proteins + from Mycobacterium leprae MLCB2052.31 (329 aa) and + Bacillus subtilis P54513|YQHO_BACSU (291 aa). FASTA + scores: Z98604|MLCB2052_1 6 Mycobacterium leprae cosmid + B205 (329 aa) opt: 1764, E(): 0; 80.5% identity in 323 aa + overlap and sp|P54513|YQHO_BACSU HYPOTHETICAL 32.9 KD + PROTEIN IN G (291 aa) opt: 328, E(): 8.8e-14; 36.6% + identity in 306 aa overlap. TBparse score is 0.919 Protein + product from Mb2063c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2063c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00670.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y031" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y031" + /translation="MALVSTARVDLVCEGGGVRGIGLVGAVDALADAGYRFPRVAGSS + AGAIVASLVAALQTAGEPVTRLAEMMRSIDYPKFLDRNLIGHVPLIGGGLSLLLSDGV + YRGAYLEQLLGGLLADLGVHTFGDLRTGEAPEQFAWSLVVTASDLSRRRLVRIPWDLD + SYGIHPDDFSVARAVHASSAIPFVFEPVRVRGATWVDGGLLSNFPVALFDRTDAEPRW + PTFGIRLSARPGIPPTRPVQGPVSLGIAAIETLVSNQDNAYIDDPCTVRRTIFVPAHD + VSPIDFDITAEQREALYQRGFQAGQKFLANWNYADYLADCGGPFTPSL" + gene complement(2272047..2273120) + /locus_tag="BQ2027_MB2064C" + CDS complement(2272047..2273120) + /locus_tag="BQ2027_MB2064C" + /note="Mb2064c, -, len: 357 aa. Equivalent to Rv2038c, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 357 aa overlap). Probable + sugar-transport ATP-binding protein ABC transporter (see + citation below), equivalent to + MLCB2052.30|Z98604|MLCB2052_15 from Mycobacterium leprae + (356 aa), FASTA scores: opt: 1866, E(): 0, (79.7% identity + in 355 aa overlap). Also similar to multiple sugar import + proteins e.g. Y08921|SRMSIK_1 msiK protein from + Streptomyces reticuli (377 aa), FASTA scores: opt: 1336, + E(): 0, (62.6% identity in 377 aa overlap); etc. Also + similar to several proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Rv2832c, Rv1238, Rv2397c, Rv3758c. + Contains PS00211 ABC transporters family signature and + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Mb2064c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable sugar-transport ATP-binding protein ABC + transporter" + /protein_id="SIU00671.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y000" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008995" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR040582" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y000" + /translation="MASVSFEQATRRYPGTDRPALDRLDLIVGDGEFVVLVGPSGCGK + TTSLRMVAGLETLDCGRIRIGERDVTEVDPKDRDVAMVFQNYALYPHMTVAQNMGFAL + KVAKIGKAEIRERVLAAAKLLDLQSYLDRKPKDLSGGQRQRVAMGRAIVRRPQVFLMD + EPLSNLDAKLRGQTRNQIAALQRQLGTTTVYVTHDQVEAMTMGDRVAVLSDGVLQQCA + SPRELYRNPGNVFVAGFIGSPAMNLFRLSIADSTVSLGDWQILLPRAVVGTAAEVIIG + VRPEHLELGGAGIEMDVDMVEELGADAYLYGRIVSGGCEMDQSIVARVDGRGPPERGS + RVRLCPTPGHLHFFAVDGRRIPG" + gene complement(2273123..2273965) + /locus_tag="BQ2027_MB2065C" + CDS complement(2273123..2273965) + /locus_tag="BQ2027_MB2065C" + /note="Mb2065c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv2039c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 280 aa overlap). Probable + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to + MLCB2052.29|Z98604|MLCB2052_14 from Mycobacterium leprae + (283 aa), FASTA scores: opt: 1593, E(): 0, (79.2% identity + in 283 aa overlap). Also similar to maltose and lactose + transport proteins e.g. X66092|CPMALGHOM_1 from C. + perfringens (275 aa), FASTA scores: opt: 695, E(): 0, + (41.2% identity in 228 aa overlap); etc. Contains PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature. Also contains possible helix-turn-helix + motif at aa 171-192, although this is probably + fortuitous." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable sugar-transport integral membrane + protein ABC transporter" + /protein_id="SIU00672.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y041" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y041" + /translation="MGWADRIVHRHFIRGLALYAGLIGIAWCALFPIIWALSGSLKAD + GEVTEPTLFPSHPQWSNYREVFALMPFWRMFFNTVLYAGCVTAGQVFFCSLAGYAFAR + LQFRGRDTLFVLYLSTLMVPLTVTVIPQFILMRIVGWVDTPWAMIVPGLFGSAFGTYL + MRQFFRTLPTDLEEAAILDGCSPWQIYWRILLPHSRPAVLVLGVLTWVNVWNDFLWPL + LMIQRNSLATLTLGLVRLRGEYVARWPVLMAASMLMLVPLVILYAVAQRSFVRGIAVT + GLGG" + gene complement(2273952..2274854) + /locus_tag="BQ2027_MB2066C" + CDS complement(2273952..2274854) + /locus_tag="BQ2027_MB2066C" + /note="Mb2066c, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv2040c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Probable + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), equivalent to + MLCB2052.28|Z98604|MLCB2052_13 from Mycobacterium leprae + (319 aa), FASTA scores: opt: 1606, E(): 0, (81.6% identity + in 293 aa overlap). Also similar to many diverse sugar + transport proteins. Mb2066c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable sugar-transport integral membrane + protein ABC transporter" + /protein_id="SIU00673.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y015" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y015" + /translation="MTRRRGRRAWAGRMFVAPNLAAVVVFMLFPLGFSLYMSFQKWDL + FTHATFVRLDNFRNLFTSDPLFLIAVVNTAVYTVGTVVPTVIVSLVVAAFLNRKIKGI + SLFRTVVFLPLAISSVVMAVVWQFVFNTDNGLLNIMLGWLGIGPIPWLIEPRWAMVSL + CLVSVWRSVPFATVVLLAAMQGVPETVYEAARIDGAGEIRQFVSITVPLIRGALSFVV + VISIIHAFQAFDLVYVLTGANGGPETATYVLGIMLFQHAFSFLEFGYASALAWVMFAI + LLVLTVLQLRITHRRSWEASRGLG" + gene complement(2274851..2276170) + /locus_tag="BQ2027_MB2067C" + CDS complement(2274851..2276170) + /locus_tag="BQ2027_MB2067C" + /note="Mb2067c, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv2041c, + len: 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 439 aa overlap). Probable sugar-binding + lipoprotein component of sugar transport system, + equivalent to Z98604|MLCB2052_1|MLCB2052.27 from + Mycobacterium leprae (445 aa), FASTA scores: opt: 2324, + E(): 0, (77.4% identity in 446 aa overlap). Contains + signal sequence and appropriately positioned PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb2067c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2067c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable sugar-binding lipoprotein" + /protein_id="SIU00674.1" + /db_xref="InterPro:IPR006059" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y269" + /translation="MVNKPFERRSLLRGAGALTAASLAPWAAGCAADDDDALTFFFAA + NPDELRPRMRVVNEFQRRYPDIKVRALLSGPGVMQQLATFCAGGKCPDVLMAWELTYA + ELADRGVLLDLNTLLARDQVFAAELKSDSIGALYETFTFNGGQYAFPEQWSGNFLFYN + KQLFDDAGVPPPPGSWERPWSFAEFLDAAQALTKQGRSGRDRQWGFVNAWVSFYAAGL + FAMNNGVPWSVPRMNPTHLNFDHDGFLEAVQFYADLTNKHKVAPSAAEQQSMSTADLF + SVGKAGIALAGHWRYQTFDRADGLDFDVAPLPIGPRGRAACSDIGVTGLAIAATSRRK + DQAWEFVKFATGPVGQALIGESRLFVPVLRSAINSHGFANAHRRVGNLAVLSEGPAYS + EGLPVTPAWEKIAALMDRYFGPVLRGSRPATSLTGLSQAVDEVLRNP" + gene complement(2276208..2277005) + /locus_tag="BQ2027_MB2068C" + CDS complement(2276208..2277005) + /locus_tag="BQ2027_MB2068C" + /note="Mb2068c, -, len: 265 aa. Equivalent to Rv2042c, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). Conserved + hypothetical protein,similar in N-terminal part to + hypothetical proteins MLCB2052.24 (95 aa) and + Rv0760c|MTCY369.05 (139 aa). FASTA scores: + Z98604|MLCB2052_9 Mycobacterium leprae cosmid B2052 (95 + aa) opt: 269, E(): 2.9e-12, (55.4% identity in 92 aa + overlap) and Z80226|MTCY369_5 Mycobacterium tuberculosis + cosmid (139 aa) opt: 150, E(): 0.001, (28.7% identity in + 136 aa overlap). Protein product from Mb2068c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2068c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nuclear transport factor 2" + /protein_id="SIU00675.1" + /db_xref="InterPro:IPR002075" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U1" + /translation="MAPPNRDELLAAVERSPQAAAAHDRAGWVGLFTGDARVEDPVGS + QPQVGHEAIGRFYDTFIGPRDITFHRDLDIVSGTVVLRDLELEVAMDSAVTVFIPAFL + RYDLRPVTGEWQIAALRAYWELPAMMLQFLRTGSGATRPALQLSRALLGNQGLGGTAG + FLTGFRRAGRRHKKLVETFLNAASRADKSAAYHALSRTATMTLGEDELLDIVELFEQL + RGASWTKVTGAGSTVAVSLASDHRRGIMFADVPWRGNRINRIRYFPA" + gene complement(2277005..2277565) + /gene="pncA" + /locus_tag="BQ2027_MB2069C" + CDS complement(2277005..2277565) + /gene="pncA" + /locus_tag="BQ2027_MB2069C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2069c, pncA, len: 186 aa. Equivalent to Rv2043c, + len: 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 186 aa overlap). pncA, + pyrazinamidase/nicotinamidase (EC 3.5.1.-) (see citations + below). Identical to PYRAZINAMIDASE/NICOTINAMIDASE + involved in susceptibility or resistance to + antituberculous drug pyrazinamide. FASTA scores: + sptr|Q50575|Q50575 PYRAZINAMIDASE/NICOTINAMIDASE. (186 aa) + opt: 1236, E(): 0; 100.0% identity in 186 aa overlap. + Protein product from Mb2069c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2069c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pyrazinamidase/nicotinamidase pnca (pzase)" + /protein_id="SIU00676.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y026" + /db_xref="InterPro:IPR000868" + /db_xref="InterPro:IPR036380" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y026" + /translation="MRALIIVDVQNDFCEGGSLAVTGGAALARAISDYLAEAADYHHV + VATKDFHIDPGDDFSGTPDYSSSWPPHCVSGTPGADFHPSLDTSAIEAVFYKGAYTGA + YSGFEGVDENGTPLLNWLRQRGVDEVDVVGIATDHCVRQTAEDAVRNGLATRVLVDLT + AGVSADTTVAALEEMRTASVELVCSS" + gene complement(2277606..2277923) + /locus_tag="BQ2027_MB2070C" + CDS complement(2277606..2277923) + /locus_tag="BQ2027_MB2070C" + /note="Mb2070c, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv2044c, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to conserved hypothetical + protein PA3386 (121 aa) from Pseudomonas aeruginosa + |E83221 conserved hypothetical protein PA3386 [imported] + -Pseudomonas aeruginosa (strain PAO1) + 9949522|gb|AAG06774.1|AE004760_2 (AE004760). (46% identity + in 92 aa overlap). Mb2070c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIU00677.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F0" + /db_xref="InterPro:IPR021218" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F0" + /translation="MHFAFIAYVLAGGFLALRWRRTMWLHVPAVIWGIGIAAKRVDCP + LTWVERWARTKAAMTPLSPDGFVAHYITGVIYPAGWVAAAQLVMFAIVAASWTLYLWL + PRR" + gene complement(2278009..2279544) + /gene="lipT" + /locus_tag="BQ2027_MB2071C" + CDS complement(2278009..2279544) + /gene="lipT" + /locus_tag="BQ2027_MB2071C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2071c, lipT, len: 511 aa. Equivalent to Rv2045c, + len: 511 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 511 aa overlap). Probable lipT, + carboxylesterase similar to many e.g. O08472 (489 aa) and + P37967|PNBA_ BACSU (489 aa). PARA-NITROBENZYL ESTERASE (EC + 3.1.1.-). Contains PS00941 Carboxylesterases type-B + signature 2. Contains PS00122 Carboxylesterases type-B + serine active site. FASTA scores: sptr|O08472|O08472 + INTRACELLULAR ESTERASE B (489 aa) opt: 849, E(): 0, (36.2% + identity in 489 aa overlap) and sp|P37967|PNBA_BACSU + PARA-NITROBENZYL ESTERASE (489 aa) opt: 838, E(): 0, + (36.0% identity in 489 aa overlap). TBparse score is 0 + .918 Protein product from Mb2071c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2071c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="carboxylesterase lipt" + /protein_id="SIU00678.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y007" + /db_xref="InterPro:IPR002018" + /db_xref="InterPro:IPR002168" + /db_xref="InterPro:IPR019819" + /db_xref="InterPro:IPR019826" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y007" + /translation="MALESATVGSMHERTVRARTATGIVEGFTRDGVHRWRSIPYARA + PVGSLRFRAPQPAQPWPGVRHCHTFANCAPQQRRYTVMGIGRYQTRSEDCLTLNVVTP + EEPATQPLPVMVFIHGGGYILGSSATPIYDGAALARRGCVYVSVNYRLGALGCLDLSS + LSTPQITLDSNVYLRDLVLALRWVHDNIAEFGGDPGNVTIFGESAGAHITATLLAVPA + AKGLFARAISESPAAGMVRSREVAAEFAARFANLIGARTQDAANALMQASPAQLVEAQ + HHLIRQGMRKRLGAFPIGPVFGDDYLPMDPVEAMRSGRVHAVPLIVGTNAEEGRLFTR + FLGMLPTNEPMVEELLSGMKPADRERITAAYPNYPAPSACIQLGGDFAFSSAAWQIAE + AHGANAPTYLYRYDYAPRTLRWSGFGATHATELFAVFDIYRTRFGALLTAAADRRAAL + RVSNEVQRRWRCFSQIGVPGDDWPAYTQDDRAVLVFDRRCRIEFDPHQHRRIAWDGFS + LAN" + gene 2279593..2280249 + /gene="lppI" + /locus_tag="BQ2027_MB2072" + CDS 2279593..2280249 + /gene="lppI" + /locus_tag="BQ2027_MB2072" + /note="Mb2072, lppI, len: 218 aa. Equivalent to Rv2046, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 218 aa overlap). Probable lppI, + lipoprotein contains signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb2072 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2072 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable lipoprotein lppI" + /protein_id="SIU00679.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y052" + /translation="MRIAALVAVSLLIAGCPREVGGDVGQSQTIAPPAPAPSAAPSTP + PAAGAPITTIVSWIEAGHPVDPAAYHVATRDGVTTQLGDDVAFSASSGTVACMTDARH + TSGTLACLVRLANPPPRPETAYGEWKGGWVDFDGIHLQVGSARADPGPFVYGNGPELA + NGDTLSIGDYRCRSYQAGLFCVNYAHQSAVRFASAGIEPFGCLKPAPPPDGVGVAFGC + " + gene complement(2280286..2282850) + /locus_tag="BQ2027_MB2073C" + CDS complement(2280286..2282850) + /locus_tag="BQ2027_MB2073C" + /EC_number="2.7.9.2" + /note="Mb2073c, -, len: 854 aa. Equivalent to Rv2047c, + len: 854 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 854 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical protein from + Mycobacterium tuberculosis Rv1868|MTCY359.05c (699 aa) and + three possible pseudogene fragments from Mycobacterium + leprae MLCB2052.16 (251 aa), MLCB2052.17 (120 aa), + MLCB2052.18 (257 aa). FASTA scores: gp|Z98604|MLCB2052_7 + (257 aa) opt: 1248, E(): 0, (78.6% identity in 248 aa + overlap); and Z98604|MLCB2052_5 (251 aa) opt: 674, E(): 0, + (50.0% identity in 250 aa overlap); and Z98604|MLCB2052_6 + (120 aa) opt: 608 E() : 3.6e-30, (84.0% identity in 106 aa + overlap); and Rv1868 Z83859|MTCY359_5 (699 aa) opt: 521 + E(): 3e-24; (33.0% identity in 730 aa overlap). Protein + product from Mb2073c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2073c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoenolpyruvate synthase (EC" + /protein_id="SIU00680.1" + /db_xref="GOA:P65685" + /db_xref="InterPro:IPR001509" + /db_xref="InterPro:IPR008279" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036637" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65685" + /translation="MRIAVTGASGVLGRGLTARLLSQGHEVVGIARHRPDSWPSSADF + IAADIRDATAVESAMTGADVVAHCAWVRGRNDHINIDGTANVLKAMAETGTGRIVFTS + SGHQPRVEQMLADCGLEWVAVRCALIFGRNVDNWVQRLFALPVLPAGYADRVVQVVHS + DDAQRLLVRALLDTVIDSGPVNLAAPGELTFRRIAAALGRPMVPIGSPVLRRVTSFAE + LELLHSAPLMDVTLLRDRWGFQPAWNAEECLEDFTLAVRGRIGLGKRTFSLPWRLANI + QDLPAVDSPADDGVAPRLAGPEGANGEFDTPIDPRFPTYLATNLSEALPGPFSPSSAS + VTVRGLRAGGVGIAERLRPSGVIQREIAMRTVAVFAHRLYGAITSAHFMAATVPFAKP + ATIVSNSGFFGPSMASLPIFGAQRPPSESSRARRWLRTLRNIGVFGVNLVGLSAGSPR + DTDAYVADVDRLERLAFDNLATHDDRRLLSLILLARDHVVHGWVLASGSFMLCAAFNV + LLRGLCGRDTAPAAGPELVSARSVEAVQRLVAAARRDPVVIRLLAEPGERLDKLAVEA + PEFHSAVLAELTLIGHRGPAEVEMAATSYADNPELLVRMVAKTLRAVPAPQPPTPVIP + LRAKPVALLAARQLRDREVRRDRMVRAIWVLRALLREYGRRLTEAGVFDTPDDVFYLL + VDEIDALPADVSGLVARRRAEQRRLAGIVPPTVFSGSWEPSPSSAAALAAGDTLRGVG + VCGGRVRGRVRIVRPETIDDLQPGEILVAEVTDVGYTAAFCYAAAVVTELGGPMSHAA + VVAREFGFPCVVDAQGATRFLPPGALVEVDGATGEIHVVELASEDGPALPGSDLSR" + gene complement(2282855..2295310) + /gene="pks12" + /locus_tag="BQ2027_MB2074C" + CDS complement(2282855..2295310) + /gene="pks12" + /locus_tag="BQ2027_MB2074C" + /note="Mb2074c, pks12, len: 4151 aa. Equivalent to + Rv2048c, len: 4151 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.4% identity in 4151 aa overlap). + Probable pks12, polyketide synthase similar to many + polyketide synthases e.g. the second and third modules of + polyketide synthase from S. erythraea (3567 aa), many + other Streptomyces enzymes and putative Mycobacterium + tuberculosis polyketide synthases, e.g. + Z85982|MTCY06H11.26 (2126 aa), FASTA scores: opt: 6668, + E(): 0 (61.2% identity in 2058 aa overlap); and + Q03132|ERY2_SACER ERYTHRONOLIDE SYNTHASE, MODULES 3 from + S. erythraea (3567 aa), FASTA scores: opt: 5309, E(): 0, + (40.5% identity in 4141 aa overlap). Contains 2x PS00012 + Phosphopantetheine attachment site, 2x PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site, and PS00343 + Gram-positive cocci surface proteins 'anchor ing' + hexapeptide. Protein product from Mb2074c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2074c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="polyketide synthase pks12" + /protein_id="SIU00681.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y009" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y009" + /translation="MVDQLQHATEALRKALVQVERLKRTNRALLERSSEPIAIVGMSC + RFPGGVDSPEGLWQMVADARDVMSEFPTDRGWDLAGLFDPDPDVRHKSYARTGGFVDG + VADFDPAFFGISPSEALAMDPQHRMLLELSWEALERAGIDPTGLRGSATGVFAGLIVG + GYGMLAEEIEGYRLTGMTSSVASGRVAYVLGLEGPAVSVDTACSSSLVALHMAVGSLR + SGECDLALAGGVTVNATPTVFVEFSRHRGLAPDGRCKPYAGRADGVGWSEGGGMLVLQ + RLSDARRLGHPVLAVVVGSAVNQDGASNGLTAPNGPSQQRVVRAALANAGLSAAEVDV + VEGHGTGTTLGDPIEAQALLATYGQDRGEPGEPLWLGSVKSNMGHTQAAAGVAGVIKM + VLAMRHELLPATLHVDVPSPHVDWSAGAVELLTAPRVWPAGARTRRAGVSSFGISGTN + AHVIIEAVPVVPRREAGWAGPVVPWVVSAKSESALRGQAARLAAYVRGDDGLDVADVG + WSLAGRSVFEHRAVVVGGDRDRLLAGLDELAGDQLGGSVVRGTATAAGKTVFVFPGQG + SQWLGMGIELLDTAPAFAQQIDACAEAFAEFVDWSLVDVLRGAPGAPGLDRVDVVQPV + LFAVMVSLAELWKSVAVHPDAVIGHSQGEIAAAYVAGALSLRDAARVVTLRSKLLAGL + AGPGGMVSIACGADQARDLLAPFGDRVSIAVVNGPSAVVVSGEVGALEELIAVCSTKE + LRTRRIEVDYASHSVEVEAIRGPLAEALSGIEPRSTRTVFFSTVTGNRLDTAGLDADY + WYRNVRQTVLFDQAVRNACEQGYRTFIESSPHPALITGVEETFAACTDGDSEAIVVPT + LGRGDGGLHRFLLSAASAFVAGVAVNWRGTLDGAGYVELPTYAFDKRRFWLSAEGSGA + DVSGLGLGASEHPLLGAVVDLPASGGVVLTGRLSPNVQPWLADHAVSDVVLFPGTGFV + ELAIRAGDEVGCSVLDELTLAAPLLLPATGSVAVQVVVDAGRDSNSRGVSIFSRADAQ + AGWLLHAEGILRPGSVEPGADLSVWPPAGAVTVDVADGYERLATRGYRYGPAFRGLTA + MWARGEEIFAEVRLPEAAGGVGGFGVHPALLDAVLHAVVIAGDPDELALPFAWQGVSL + HATGASAVRARIAPAGPSAVSVELADGLGLPVLSVASMVARPVTERQLLAAVSGSGPD + RLFEVIWSPASAATSPGPTPAYQIFESVAADQDPVAGSYVRSHQALAAVQSWLTDHES + GVLVVATRGAMALPREDVADLAGAAVWGLVRSAQTEHPGRIVLVDSDAATDDAAIAMA + LATGEPQVVLRGGQVYTARVRGSRAADAILVPPGDGPWRLGLGSAGTFENLRLEPVPN + ADAPLGPGQVRVAMRAIAANFRDIMITLGMFTHDALLGGEGAGVVVEVGPGVTEFSVG + DSVFGFFPDGSGTLVAGDVRLLLPMPADWSYAEAAAISAVFTTAYYAFIHLADVQPGQ + RVLIHAGTGGVGMAAVQLARHLGLEVFATASKGKWDTLRAMGFDDDHISDSRSLEFED + KFRAATGGRGFDVVLDSLAGEFVDASLRLVAPGGVFLEMGKTDIRDPGVIAQQYPGVR + YRAFDLFEAGPDRIAQILAELATLFGDGVLRPLPVTTFDVRRAPAALRYLSQARHTGK + VVMLMPGSWAAGTVLITGGTGMAGSAVARHVVARHGVRNLVLVSRRGPDAPGAAELVA + ELAAAGAQVQVVACDAADRAALAKVIADIPVQHPLSGVIHTAGALDDAVVMSLTPDRV + DVVLRSKVDAAWHLHELTRDLDVSAFVMFSSMAGLVGSSGQANYAAANSFLDALAAHR + RAHGLPAISLGWGLWDQASAMTSGLDAADLARLGREGVLALSTAEALELFDTAMIVDE + PFLAPARIDLTALRAHAVAVPPMFSDLASAPTRRQVDDSVAAAKSKSALAHRLHGLPE + AEQHAVLLGLVRLHIATVLGNITPEAIDPDKAFQDLGFDSLTAVEMRNRLKSATGLSL + SPTLIFDYPTPNRLASYIRTELAGLPQEIKHTPAVRTTSEDPIAIVGMACRYPGGVNS + PDDMWDMLIQGRDVLSEFPADRGWDLAGLYNPDPDAAGACYTRTGGFVDGVGDFDPAF + FGVGPSEALAMDPQQRMLLELSWEALERAGIDPTGLRGSATGVFAGVMTQGYGMFAAE + PVEGFRLTGQLSSVASGRVAYVLGLEGPAVSVDTACSSSLVALHMAVGSLRSGECDLA + LAGGVTVNATPDIFVEFSRWRGLSPDGRCKAFAAAADGTGFSEGGGMLVLQRLSDARR + LGHPVLAVVVGSAVNQDGASNGLTAPNGPSQQRVVRAALANAGLSAAEVDVVEGHGTG + TTLGDPIEAQALLATYGQDRGEPGEPLWLGSVKSNMGHTQAAAGVAGVIKMVLAMRHE + LLPATLHVDVPSPHVDWSAGAVELLTAPRVWPAGARTRRAGVSSFGISGTNAHVIIEA + VPVVPRREAGWAGPVVPWVVSAKSESALRGQAARLAAYVRGDDGLDVADVGWSLAGRS + VFEHRAVVVGGDRDRLLAGLDELAGDQLGGSVVRGTATAAGKTVFVFPGQGSQWLGMG + MGLHAGYPVFAEAFNTVVGELDRHLLRPLREVMWGHDENLLNSTEFAQPALFAVEVAL + FRLLGSWGVRPDFVMGHSIGELSAAHVAGVLSLENAAVLVAARGRLMQALPAGGAMVA + VQAAEEEVRPLLSAEVDIAAVNGPASLVISGAQNAVAAVADQLRADGRRVHQLAVSHA + FHSPLMDPMIDEFAAVAAGIAIGRPTIGVISNVTGQLAGDDFGSAAYWRRHIRQAVRF + ADSVRFAQAAGGSRFLEVGPSGGLVASIEESLPDVAVTTMSALRKDRPEPATLTNAVA + QGFVTGMDLDWRAVVGEAQFVELPTYAFQRRRFWLSGDGVAADAASLGLAASEHALLG + AVIDLPASGGVVLTGRLSPSVQGWLADHSVAGVTIFPGAGFVELAIRAGDEVGCGVVD + ELTLAAPLVLPASGSVAVQVVVNGPDESGVRGVSVYSRGDVGTGWVLHAEGALRAGSA + EPTADLAMWPPAGAVPVEVADGYQQLAERGYGYGPAFRGLTAMWRRGDEVFAEVALPA + DAGVSVTGFGVHPVLLDAALHAVVLSAESAERGQGSVLVPFSWQGVSLHAAGASAVRA + RIAPVGPSAVSIELADGLGLPVLSVASMLARPVTDQQLRAAVSSSGPDRLFEVTWSPQ + PSAAVEPLPVCAWGTTEDSAAVVFESVPLAGDVVAGVYAATSSVLDVLQSWLTRDGAG + VLVVMTRGAVALPGEDVTDLAGAAVWGLVRSAQTEHPGRIVLVDSDAPLDDSALAAVV + TTGEPQVLWRRGEVYTARVHGSRAVGGLLVPPSDRPWRLAMSTAGTFENLRLELIPDA + DAPLGPGQVRVAVSAIAANFRDVMIALGLYPDPDAVMGVEACGVVIETSLNKGSFAVG + DRVMGLFPEGTGTVASTDQRLLVKVPAGWSHTAAATTSVVFATAHYALVDLADVQPGQ + RVLIHAGTGGVGMAAVQLARHLGLEVFATASKGKWDTLRAMGFDDDHISDSRSLEFED + KFRAATGGRGFDVVLDSLAGEFVDASLRLVAPGGVFLEMGKTDIRDPGVIAQQYPGVR + YRAFDLFEAGPDRIAQILAELATLFGDGVLRPLPVTTFDVRRAPAALRYLSQARHTGK + VVMLMPGSWAAGTVLITGGTGMAGSAVARHVVARHGVRNLVLVSRRGPDAPGAAELVA + ELAAAGAQVQVVACDAADRAALAKVIADIPVQHPLSGVIHTAGALDDAVVMSLTPDRV + DVVLRSKVDAAWHLHELTRDLDVSAFVMFSSMAGLVGSSGQANYAAANSFLDALAAHR + RAHGLPAISLGWGLWDQASAMTSGLATVDFKRFARDGIVAMSSADALQLFDTAMIVDE + PFMLPAHIDFAALKVKFDGGTLPPMFVDLINAPTRRQVDDSLAAAKSKSALAHRLHGL + PEDEQHAVLLDLVRSHIATVLGSASPEAIDPDRAFQDLGFDSLTAVEMRNRLKSATGL + SLSPTLIFDYPNSAALAGYMRRELLGSSPQDTSAVAAGEAELQRIVASIPVKRLRQAG + VLDLLLALANETETSGQDPALAPTAEQEIADMDLDDLVNAAFRNDDE" + gene complement(2295617..2295841) + /locus_tag="BQ2027_MB2075C" + CDS complement(2295617..2295841) + /locus_tag="BQ2027_MB2075C" + /note="Mb2075c, -, len: 74 aa. Equivalent to Rv2049c, len: + 74 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 74 aa overlap). Hypothetical protein. + Mb2075c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIU00682.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y049" + /translation="MLTRGEVRALPADAVVLSADDAADLSDRVYQVRCAAEDVVTALD + EGAAATELRDLCDELIRAARAADGWRRAGA" + gene 2296145..2296480 + /gene="rbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2076" + CDS 2296145..2296480 + /gene="rbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2076" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2076, -, len: 111 aa. Equivalent to Rv2050, len: + 111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 111 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from Mycobacterium leprae, MLCB2052.03c (113 aa), and + Streptomyces coelicolor A3(2), SC6D7.18c (124 aa). FASTA + scores: Z98604|MLCB2052_3 Mycobacterium leprae cosmid + B2052 (113 aa) opt: 737, E(): 0, (97.3% identity in 111 aa + overlap) and (55% identity in 85 aa overlap) with + emb|CAB61670.1|AL133213 hypothetical protein SC6D7.18c. + TBparse score is 0.884 Protein product from Mb2076 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2076 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin/upstream fork DNA" + /protein_id="SIU00683.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y022" + /db_xref="InterPro:IPR025182" + /db_xref="InterPro:IPR038638" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y022" + /translation="MADRVLRGSRLGAVSYETDRNHDLAPRQIARYRTDNGEEFEVPF + ADDAEIPGTWLCRNGMEGTLIEGDLPEPKKVKPPRTHWDMLLERRSIEELEELLKERL + ELIRSRRRG" + gene complement(2296455..2299079) + /gene="ppm1" + /locus_tag="BQ2027_MB2077C" + CDS complement(2296455..2299079) + /gene="ppm1" + /locus_tag="BQ2027_MB2077C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2077c, ppm1, len: 874 aa. Equivalent to Rv2051c, + len: 874 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 874 aa overlap). ppm1, + Polyprenol-monophosphomannose synthase. Transfers mannose + from GDP-Mannose to all endogenous polyprenol-phosphates + in Mycobacterium tuberculosis, proven experimentally (A. + Baulard, Institut Pasteur de Lille: see citation below). + Very similar to polyprenol-phosphate-mannose synthases + from Mycobacterium smegmatis (594 aa). Two-domain protein + similar to products of two adjacent ORFs in Mycobacterium + leprae MLCB2052.01 (644 aa), probable membrane protein and + MLCB2052.02 (277 aa). First domain (aa 1 - 590) + corresponds to membrane protein with similarity to + P23930|LNT_ECOLI apolipoprotein n-acyltransferase (512 aa) + while second domain (aa 591 - 874) is similar to + Schizosaccharomyces pombe dolichol monophosphate mannose + synthase (236 aa) and to Mycobacterium tuberculosis + Rv0539. FASTA scores: Z 98604|MLCB2052_1 (644 aa) opt: + 2725 E(): 0; 67.7% identity in 601 aa overlap; and + Z98604|MLCB2052_2 (277 aa) opt: 1449 E(): 0; 78.9% + identity in 275 aa overlap; and gp|AF0078|AF007873_1 + Schizosaccharomyces pombe dolichocholmonophosphate mannose + synthase (236 aa) opt: 456 E(): 7.8e-19; 34.5% identity in + 223 aa overlap and sp|P23930|LNT_ECOLI APOLIPOPROTEIN + N-ACYLTRANSFERASE (512 aa) opt: 330 E(): 1.9e-11; 26.9% + identity in 539 aa overlap; and + polyprenol-phosphate-mannose synthases from Mycobacterium + smegmatis (594 aa). CAC15462.1|AJ294477 putative + polyprenol-phosphate-mannose synthase 2 (Ppm2): (55% + identity in 533 aa overlap). Protein product from Mb2077c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2077c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Polyprenol-monophosphomannose synthase Ppm1" + /protein_id="SIU00684.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y276" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR003010" + /db_xref="InterPro:IPR004563" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="InterPro:IPR036526" + /db_xref="InterPro:IPR039528" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y276" + /translation="MKLGAWVAAQLPTTRTAVRTRLTRLVVSIVAGLLLYASFPPRNC + WWAAVVALALLAWVLTHRATTPVGGLGYGLLFGLVFYVSLLPWIGELVGPGPWLALAT + TCALFPGIFGLFAVVVRLLPGWPIWFAVGWAAQEWLKSILPFGGFPWGSVAFGQAEGP + LLPLVQLGGVALLSTGVALVGCGLTAIALEIEKWWRTGGQGDAPPAVVLPAACICLVL + FAAIVVWPQVRHAGSGSGGEPTVTVAVVQGNVPRLGLDFNAQRRAVLDNHVEETLRLA + ADVHAGLAQQPQFVIWPENSSDIDPFVNPDAGQRISAAAEAIGAPILIGTLMDVPGRP + RENPEWTNTAIVWNPGTGPADRHDKAIVQPFGEYLPMPWLFRHLSGYADRAGHFVPGN + GTGVVRIAGVPVGVATCWEVIFDRAPRKSILGGAQLLTVPSNNATFNKTMSEQQLAFA + KVRAVEHDRYVVVAGTTGISAVIAPDGGELIRTDFFQPAYLDSQVRLKTRLTPATRWG + PILQWILVGAAAAVVLVAMRQNGWFPRPRRSEPKGENDDSDAPPGRSEASGPPALSES + DDELIQPEQGGRHSSGFGRHRATSRSYMTTGQPAPPAPGNRPSQRVLVIIPTFNEREN + LPVIHRRLTQACPAVHVLVVDDSSPDGTGQLADELAQADPGRTHVMHRTAKNGLGAAY + LAGFAWGLSREYSVLVEMDADGSHAPEQLQRLLDAVDAGADLAIGSRYVAGGTVRNWP + WRRLVLSKTANTYSRLALGIGIHDITAGYRAYRREALEAIDLDGVDSKGYCFQIDLTW + RTVSNGFVVTEVPITFTERELGVSKMSGSNIREALVKVARWGIEGRLSRSDHARARPD + IARPGAGGSRVSRADVTE" + gene complement(2299237..2300841) + /locus_tag="BQ2027_MB2078C" + CDS complement(2299237..2300841) + /locus_tag="BQ2027_MB2078C" + /note="Mb2078c, -, len: 534 aa. Equivalent to Rv2052c, + len: 534 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 534 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, very similar to hypothetical protein + SC6D7.15 (536 aa) from Streptomyces coelicolor A3(2). + Smith-Waterman scores >emb|CAB61667.1| (AL133213) + hypothetical protein SC6D7.15 [Streptomyces coelicolor + A3(2)] Expect = e-113 Identities = 247/533 (46%) Protein + product from Mb2078c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2078c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Exoenzymes regulatory protein AepA in + lipid-linked oligosaccharide synthesis cluster" + /protein_id="SIU00685.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U8" + /db_xref="InterPro:IPR011059" + /db_xref="InterPro:IPR013108" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="InterPro:IPR033932" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U8" + /translation="MSQIPVKLLVNGRVYSPTHPEATAMAVRGDVVAWLGSDDVGRDQ + FPDADVQDLDGRFVAPGFVDSHIHLTATGLMLSGLDLRPATSRAQCLRMVADYAADHP + GQPLWGHGWDESAWPENAAPSTADLDAVLGDCPAYLARIDSHSALVSSGLRRLVPELA + AATGYTAQRPLTGDAHHLARAAARYLLTDVQLADARAVALQAIAAAGVVAVHECAGPE + IGGLDDWLRLRALEHGVEVIGYWGEAVATPAQARDLVTETGARGLAGDLFVDGALGSR + TAWLHEPYADAPDCIGTCHLDVDGIEAHVRACTKAEVTAGFHVIGDAAVSAAVAAFER + VVADLGVVAVARCGHRLEHVEMVTADQAAKLGAWGVIASVQPNFDELWGGGDGMYARR + LGAQRGSELNPLALLASQGVPLALGSDAPVTGFDPWASVRAAVNHRTPGSGVSARAAF + AAATRGGWRAGGVRDGRIGTLVPGAPASYAIWDAGDFDVDAPRDAVQRWSTDPRSRVP + ALPRLGPTDALPRCRQTVHRGAVIYG" + gene complement(2300846..2301373) + /gene="fxsa" + /locus_tag="BQ2027_MB2079C" + CDS complement(2300846..2301373) + /gene="fxsa" + /locus_tag="BQ2027_MB2079C" + /note="Mb2079c, -, len: 175 aa. Equivalent to Rv2053c, + len: 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 175 aa overlap). Probable + transmembrane protein,Mb2079c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transmembrane protein fxsa" + /protein_id="SIU00686.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y030" + /db_xref="InterPro:IPR007313" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y030" + /translation="MSRLLLSYAVVELAVVFALAATIGFGWTLLVLLATFVLGFGLLA + PLGGWQLGRRLLWLRSGLAEPRSALSDGALVTVASVLVLVPGLVTTTMGLLLLVPPIR + ALARPGLTAIAVRGFLRNVPLTADAAANMAGAFGESGTDPDFIDGEVIDVIDVEPLTL + QPPRVAAEPPSPGSN" + gene 2301449..2302162 + /locus_tag="BQ2027_MB2080" + CDS 2301449..2302162 + /locus_tag="BQ2027_MB2080" + /note="Mb2080, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv2054, len: + 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 237 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to various + carboxymethylenebutenolidases e.g. sp|O67988|CLCD_RHOOP + CARBOXYMETHYLENEBUTENOLIDASE (DIENELACTONE HYDROLASE) + (DLH) >gi|2935034|gb|AAC38252.1| (AF003948) dienelactone + hydrolase [Rhodococcus opacus] Smith-Waterman scores: + Length = 252, Expect = 4e-08 Identities = 62/217 (28%). + Also similar to Rv2765. Protein product from Mb2080 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2080 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Dienelactone hydrolase family protein" + /protein_id="SIU00687.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F5" + /db_xref="InterPro:IPR002925" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F5" + /translation="MTTIEIDAPAGPIDALLGLPPGQGPWPGVVVVHDAVGYVPDNKL + ISERIARAGYVVLTPNMYARGGRARCITRVFRELLTKRGRALDDILAARDHLLAMPEC + SGRVGIVGFCMGGQFALVLSPRGFGATAPFYGTPLPRHLSETLNGACPIVASFGTRDP + LGIGAANRLRKVTAAKNIPADIKSYPGAGHSFANKLPGQPLVRIAGFGYNEAATEDAW + RRVFEFFGQHLRAGSPGEP" + gene complement(2302411..2302677) + /gene="rpsR2" + /locus_tag="BQ2027_MB2081C" + CDS complement(2302411..2302677) + /gene="rpsR2" + /locus_tag="BQ2027_MB2081C" + /note="Mb2081c, rpsR2, len: 88 aa. Equivalent to Rv2055c, + len: 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Probable rpsR2, + ribosomal protein S18, similar to others e.g. + RR18_ODOSI|P49505 chloroplast 30S ribosomal protein S18 + (72 aa), FASTA scores: opt: 209, E(): 4.7e-09, (51.6% + identity in 64 aa overlap); etc. Also similar to + rpsR|Rv0055|MTCY21D4.18 from Mycobacterium tuberculosis + (50.0% identity in 84 aa overlap). Protein product from + Mb2081c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2081c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s18 rpsr2" + /protein_id="SIU00688.1" + /db_xref="GOA:P66466" + /db_xref="InterPro:IPR001648" + /db_xref="InterPro:IPR018275" + /db_xref="InterPro:IPR036870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66466" + /translation="MAAKSARKGPTKAKKNLLDSLGVESVDYKDTATLRVFISDRGKI + RSRGVTGLTVQQQRQVAQAIKNAREMALLPYPGQDRQRRAALCP" + gene complement(2302678..2302983) + /gene="rpsN2" + /locus_tag="BQ2027_MB2082C" + CDS complement(2302678..2302983) + /gene="rpsN2" + /locus_tag="BQ2027_MB2082C" + /note="Mb2082c, rpsN2, len: 101 aa. Equivalent to Rv2056c, + len: 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Probable rpsN2, + ribosomal protein S14, similar to others e.g. + RS14_ECOLI|P02370 30S ribosomal protein S14 from + Escherichia coli (100 aa), FASTA scores: opt: 290; E(): + 1.7e- 13; (46.0% identity in 100 aa overlap); etc. Also + similar to rpsN|Rv0717|MTCY210.36 from Mycobacterium + tuberculosis, (50.0% identity in 62 aa overlap). Mb2082c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s14 rpsn2" + /protein_id="SIU00689.1" + /db_xref="GOA:P66406" + /db_xref="InterPro:IPR001209" + /db_xref="InterPro:IPR023036" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66406" + /translation="MAKKSKIVKNQRRAATVARYASRRTALKDIIRSPSSAPEQRSTA + QRALARQPRDASPVRLRNRDAIDGRPRGHLRKFGLSRVRVRQLAHDGHLPGVRKASW" + gene complement(2302985..2303149) + /gene="rpmG1" + /locus_tag="BQ2027_MB2083C" + CDS complement(2302985..2303149) + /gene="rpmG1" + /locus_tag="BQ2027_MB2083C" + /note="Mb2083c, rpmG1, len: 54 aa. Equivalent to Rv2057c, + len: 54 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 54 aa overlap). Probable rpmG1, + ribosomal protein L33. FASTA results: RL33_ECOLI P02436 + 50S ribosomal protein L33 (54 aa) opt: 183; E(): 1.6e-09; + 51.0% identity in 49 aa overlap. Note that previously + known as rpmG. Protein product from Mb2083c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2083c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l33 rpmg1" + /protein_id="SIU00690.1" + /db_xref="GOA:P0A5W1" + /db_xref="InterPro:IPR001705" + /db_xref="InterPro:IPR011332" + /db_xref="InterPro:IPR018264" + /db_xref="InterPro:IPR038584" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5W1" + /translation="MARTDIRPIVKLRSTAGTGYTYTTRKNRRNDPDRLILRKYDPIL + RRHVDFREER" + gene complement(2303149..2303385) + /gene="rpmB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2084C" + CDS complement(2303149..2303385) + /gene="rpmB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2084C" + /note="Mb2084c, rpmB2, len: 78 aa. Equivalent to Rv2058c, + len: 78 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 78 aa overlap). Probable rpmB2, + ribosomal protein L28, very similar to rL28 of M. + tuberculosis. FASTA results: RL28_MYCTU Q10879 50S + ribosomal protein L28. mycobacter (94 aa) opt: 338; E(): + 9.8e-19; 64.9% identity in 77 aa overlap. Also similar to + rpmB (Rv0105c) of Mycobacterium tuberculosis. Protein + product from Mb2084c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2084c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l28 rpmb2" + /protein_id="SIU00691.1" + /db_xref="GOA:P66149" + /db_xref="InterPro:IPR001383" + /db_xref="InterPro:IPR026569" + /db_xref="InterPro:IPR034704" + /db_xref="InterPro:IPR037147" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66149" + /translation="MSAHCQVTGRKPGFGNTVSHSHRRSRRRWSPNIQQRTYYLPSEG + RRIRLRVSTKGIKVIDRDGIEAVVARLRRQGQRI" + gene 2303498..2305033 + /locus_tag="BQ2027_MB2085" + CDS 2303498..2305033 + /locus_tag="BQ2027_MB2085" + /note="Mb2085, -, len: 511 aa. Equivalent to Rv2059, len: + 511 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 511 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to EWLA protein + gp|U52850|ERU52850_1 Erysipelothrix rhusiopathiae 36 k + (304 aa), FASTA score, opt: 287 E(): 6.9e-09; 27.2% + identity in 228 aa overlap. There appears to be a + frameshift in this ORF around position 3315980 that causes + an overlap with next ORF. C-terminal end of protein may be + wrong. No error can be found to account for this. Mb2085 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Zinc ABC transporter, substrate-binding protein + ZnuA" + /protein_id="SIU00692.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y059" + /db_xref="InterPro:IPR006127" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y059" + /translation="MATPVILVTGHEGTAAVTADLLGLLTDHGTATLRSVAPGSVRRA + DPRPRCHRREQRRRHRASMKSAIHPDHHPRRLPRCPVLRRDQVVLEMIVITMVGRPSG + PGERKWDVWGSVARAVTGGHVPVKSILTGAHADPHSYQASPADAAAIVDAELVIYNGG + GYDPWVDQVLAGHPGVQAVDAYSLLGAVGDDDAPNEHVFYDPNVAKAVAATIADRLAD + LDPSNSGNYRANAAEFSRGADAIAISEHAIATTYPDAAVIATEPVVHYLLAAAGLKNR + TPATFIAANENGNDPTPADMAAVLDMIAGREVAALLVNPQTPTAATDELQVAARRAGV + PITELTETLPSGTDRDQFCAADRPDRRGRSLRADHADRGLSARGHRVGDLLPTALVCH + RRSGGRGRPRRASARPGNCVRRTDGRGSRPGCPDRRGTPRDVFADHPRRGGRPGRGCP + GRRDRDLGGLRRGFRRRRHPAVAGAWSPGVGVRGHHLVCDLPDLLVAPAAPLTSRSRF + RPL" + gene 2304603..2305004 + /locus_tag="BQ2027_MB2086" + CDS 2304603..2305004 + /locus_tag="BQ2027_MB2086" + /note="Mb2086, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv2060, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.000% identity in 133 aa overlap). Possible + conserved integral membrane protein smaller than but + similar to several hypothetical bacterial proteins e.g. + >emb|CAC29843.1| (AL583918) putative ABC-transporter + transmembrane protein [Mycobacterium leprae] Length = 286 + and P44691|YEBI_HAEIN (261 aa). FASTA scores: + P44691|YEBI_HAEIN HYPOTHETICAL PROTEIN HI0407 (261 aa) + opt: 218, E(): 4.2e-08; 31.1% identity in 122 aa overlap. + Maybe frameshift upstream at position 3315980 but no error + can be found to account for this." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible conserved integral membrane protein" + /protein_id="SZX79525.1" + /db_xref="GOA:A0A383WQC6" + /db_xref="InterPro:IPR001626" + /db_xref="InterPro:IPR037294" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A383WQC6" + /translation="MLTVVCLLVVTVLAICYRPLLFATVDPEVAAARGVPVRALGIVF + AALMGVVAAQAVQIVGALLVMSLLITPAAAAARVVVAPVAAIATSVVFAEVSAVGGIL + LSLAPGVPVSVFVATISFVIYLICWLLRRRR" + gene complement(2305005..2305409) + /locus_tag="BQ2027_MB2087C" + CDS complement(2305005..2305409) + /locus_tag="BQ2027_MB2087C" + /note="Mb2087c, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv2061c, + len: 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to conserved hypothetical + proteins from Mycobacterium leprae (128 aa) and + Streptomyces coelicolor (153 aa). Smith-Waterman scores: + >emb|CAC30396.1| (AL583922) [Mycobacterium leprae], Expect + = 7e-47, Identities = 92/131 (70%); >emb|CAC14932.1| + (AL449216) [Streptomyces coelicolor], Expect = 6e-19 + Identities = 48/124 (38%). Protein product from Mb2087c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2087c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="F420-dependent enzyme Rv2061c" + /protein_id="SIU00693.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y034" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019965" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y034" + /translation="MTPTFSDLAEAQYLLLTTFTKDGRPKPVPIWAALDTDRGDRLLV + ITEKKSWKVKRIRNTPRVTLATCTLRGRPTSEAVEATAAILDESQTGAVYDAIVKRYG + IQGKLFTFVSKLRGGMRNNIGLELKVAESETG" + gene complement(2305493..2309077) + /gene="cobN" + /locus_tag="BQ2027_MB2088C" + CDS complement(2305493..2309077) + /gene="cobN" + /locus_tag="BQ2027_MB2088C" + /note="Mb2088c, cobN, len: 1194 aa. Equivalent to Rv2062c, + len: 1194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1194 aa overlap). Probable cobN, + cobalamin biosynthesis protein - very similar to + COBN_PSEDE P29929 cobn protein. Pseudomonas denitrifica + (1275 aa), FASTA scores, opt: 831, E(): 0, (37.5% identity + in 983 aa overlap). Also similar to several + Mg2+-chelatases e.g. H64479 magnesium chelatase subunit + homolog (1226 aa)opt: 962 E(): 0; (27.3% identity in 846 + aa overlap) Protein product from Mb2088c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2088c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cobalamin biosynthesis protein cobn" + /protein_id="SIU00694.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y298" + /db_xref="InterPro:IPR003672" + /db_xref="InterPro:IPR011953" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y298" + /translation="MPEPTVLLLSTSDTDLISARSSGKNYRWANPSRLSDLELTDLLA + EASIVVIRILGGYRAWQSGIDTVIAGGVPAALVSGEQAADAELTDRSTVAAGTALQAH + IYLAHGGVDNLRELHAFLCDTVLMTGFGFTPPVATPTWGVLERPDAGKTGPTIAVLYY + RAQHLAGNTGYVEALCRAIEDAGGRPLPLYCASLRTAEPRLLERLGGADAMVVTVLAA + GGVKPAAASAGGDDDSWNVEHLAALDIPILQGLCLTSPRDQWCANDDGLSPLDVASQV + AVPEFDGRIITVPFSFKEIDDDGLISYVADPERCARVAGLAVRHARLRQVAPADKRVA + LVFSAYPTKHARIGNAVGLDTPASAVALLQAMRQRGYRVGDLPGVESNDGDALIHALI + ECGGHDPDWLTEGQLAGNPIRVSAKEYRDWFATLPAELTDVVTAYWGPPPGELFVDRS + HDPDGEIVIAALRAGNLVLMVQPPRGFGENPVAIYHDPDLPPSHHYLAAYRWLDTGFS + NGFGAHAVVHLGKHGNLEWLPGKTLGMSASCGPDAALGDLPLIYPFLVNDPGEGTQAK + RRAHAVLVDHLIPPMARAETYGDIARLEQLLDEHASVAALDPGKLPAIRQQIWTLIRA + AKMDHDLGLTERPEEDSFDDMLLHVDGWLCEIKDVQIRDGLHILGQNPTGEQELDLVL + AILRARQLFGGAHAIPGLRQALGLAEDGTDERATVDQTEAKARELVAALQATGWDPSA + ADRLTGNADAAAVLRFAATEVIPRLAGTATEIEQVLRALDGRFIPAGPSGSPLRGLVN + VLPTGRNFYSVDPKAVPSRLAWEAGVALADSLLARYRDEHGRWPRSVGLSVWGTSAMR + TAGDDIAEVLALLGVRPVWDDASRRVIDLAPMQPAELGRPRIDVTVRISGFFRDAFPH + VVTMLDDAVRLVADLDEAAEDNYVRAHAQADLAHHGDQRRATTRIFGSKPGTYGAGLL + QLIDSRSWRDDADLAQVYTAWGGFAYGRDLDGREAIDDMNRQYRRIAVAAKNTDTREH + DIADSDDYFQYHGGMVATVRALTGQAPAAYIGDNTRPDAIRTRTLSEETTRVFRARVV + NPRWMAAMRRHGYKGAFEMAATVDYLFGYDATAGVMADWMYEQLTQRYVLDAQNRTFM + TESNPWALHGMAERLLEAAGRGLWAQPAPETLDGLRQVLLETEGDLEA" + gene 2309155..2309388 + /gene="maze7" + /locus_tag="BQ2027_MB2089" + CDS 2309155..2309388 + /gene="maze7" + /locus_tag="BQ2027_MB2089" + /note="Mb2089, -, len: 77 aa. Equivalent to Rv2063, len: + 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 77 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to other conserved + hypothetical proteins e.g. AL109974_2|SCF34.02c + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (133 + aa), FASTA scores: opt: 102, E(): 1.7, (34.35% identity in + 67 aa overlap); and AE005182_1 from Escherichia coli + strain O157:H7 (77 aa), FASTA scores: opt: 95, E(): 3.3, + (34.85% identity in 66 aa overlap). This ORF replaces + previous Rv2063c on other strand. Protein product from + Mb2089 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antitoxin maze7" + /protein_id="SIU00695.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V7" + /translation="MSTSTTIRVSTQTRDRLAAQARERGISMSALLTELAAQAERQAI + FRAEREASHAETTTQAVRDEDREWEGTVGDGLG" + gene 2309381..2309791 + /gene="mazF7" + /locus_tag="BQ2027_MB2089A" + CDS 2309381..2309791 + /gene="mazF7" + /locus_tag="BQ2027_MB2089A" + /note="Mb2089A, len: 136 aa. Equivalent to Rv2063A len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible mazF7 + toxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv2063 + (See Pandey and Gerdes, 2005). Protein product from + Mb2089A detected using SWATH mass spectrometry. Mb2089A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible toxin MazF7" + /protein_id="SIU00696.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y048" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y048" + /translation="MAEPRRGDLWLVSLGAARAGEPGKHRPAVVVSVDELLTGIDDEL + VVVVPVSSSRSRTPLRPPVAPSEGVAADSVAVCRGVRAVARARLVERLGALKPATMRA + IENALTLILGLPTGPERGEAATHSPVRWTGGRDP" + gene 2309775..2310866 + /gene="cobG" + /locus_tag="BQ2027_MB2090" + CDS 2309775..2310866 + /gene="cobG" + /locus_tag="BQ2027_MB2090" + /note="Mb2090, cobG, len: 363 aa. Equivalent to Rv2064, + len: 363 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 363 aa overlap). Possible cobG, + cobalamin biosynthesis protein. Some similarity to + COBG_PSEDE P21637 cobg protein. pseudomonas (459 aa) FASTA + scores, opt: 240, E(): 1.3e-08, (27.5% identity in 407 aa + overlap); contains PS01156 TonB-dependent receptor + proteins signature 2 Protein product from Mb2090 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2090 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="precorrin-3b synthase cobg" + /protein_id="SIU00697.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0G9" + /db_xref="InterPro:IPR005117" + /db_xref="InterPro:IPR012798" + /db_xref="InterPro:IPR036136" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0G9" + /translation="MAGTRDADACPGALRPHQAADGALARIRLPGGMITAAQLATLAS + VASDFGSATLELTARGNVQLRGIRDVAAVADAVAKAGLLPSATHERVRNIVASPLSGR + AGGLADVRAWVGELDAAIRAEPRLAELGGRFWFGLDDGRADVSGLGADVGVQVFPDGP + RLLLTGRDTGVRVADVAETLIEVALRFVKIRETAWRVTELADIGELQSGVELGPSVRP + VTKTPVGWIPQDDSRVTLGAAVPLGVLPARVAECLAAIEAPLVITPWRSVLICDLDDA + TADAALRVLAPLGLVFDENSPWLNISACTGSPGCAHSAADVRADAARSLNVESAGHRH + FVGCERACGSPPAGEVLVATGGGYRRLRP" + gene 2310876..2311502 + /gene="cobH" + /locus_tag="BQ2027_MB2091" + CDS 2310876..2311502 + /gene="cobH" + /locus_tag="BQ2027_MB2091" + /note="Mb2091, cobH, len: 208 aa. Equivalent to Rv2065, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 208 aa overlap). Probable cobH, + precorrin-8X methylmutase (aka precorrin isomerase) (EC + 5.4.1.2), similar to COBH_PSEDE P21638 precorrin isomerase + (210 aa), FASTA scores: opt: 750, E(): 0, (55.4% identity + in 202 aa overlap). Protein product from Mb2091 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2091 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="precorrin-8x methylmutase cobh (aka precorrin + isomerase)" + /protein_id="SIU00698.1" + /db_xref="GOA:P63840" + /db_xref="InterPro:IPR003722" + /db_xref="InterPro:IPR036588" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63840" + /translation="MLDYLRDAAEIYRRSFAVIRAEADLARFPADVARVVVRLIHTCG + QVDVAEHVAYTDDVVARAGAALAAGAPVLCDSSMVAAGITTSRLPADNQIVSLVADPR + ATELAARRQTTRSAAGVELCAERLPGAVLAIGNAPTALFRLLELVDEGAPPPAAVLGG + PVGFVGSAQAKEELIERPRGMSYLVVRGRRGGSAMAAAAVNAIASDRE" + gene 2311499..2313025 + /gene="cobI" + /locus_tag="BQ2027_MB2092" + CDS 2311499..2313025 + /gene="cobI" + /locus_tag="BQ2027_MB2092" + /note="Mb2092, cobI, len: 508 aa. Equivalent to Rv2066, + len: 508 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 508 aa overlap). Probable CobI-CobJ + fusion protein, S-adenosyl-L-methionine-precorrin-2 methyl + transferase and precorrin-3 methylase (EC 2.1.1.-). + Similar in N-terminal half (aa 1-240) to + COBI_PSEDE|P21639, S-adenosyl-L-methionine-precorrin-2 + methyl transferase (244 aa), FASTA scores: opt: 759, E(): + 4.4e-34, (49.2% identity in 238 aa overlap); and in + C-terminal half (aa 240-508) to P21640|COBJ_PSEDE + PRECORRIN-3 METHYLASE (EC 2.1.1.-) (254 aa), FASTA scores: + opt: 695, E(): 0, (45.3% identity in 258 aa overlap). + Protein product from Mb2092 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2092 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable bifunctional protein, CobI-CobJ fusion + protein: S-adenosyl-L-methionine-precorrin-2 methyl + transferase + precorrin-3 methylase" + /protein_id="SIU00699.1" + /db_xref="GOA:P66878" + /db_xref="InterPro:IPR000878" + /db_xref="InterPro:IPR003043" + /db_xref="InterPro:IPR006363" + /db_xref="InterPro:IPR006364" + /db_xref="InterPro:IPR012382" + /db_xref="InterPro:IPR014776" + /db_xref="InterPro:IPR014777" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66878" + /translation="MSARGTLWGVGLGPGDPELVTVKAARVIGEADVVAYHSAPHGHS + IARGIAEPYLRPGQLEEHLVYPVTTEATNHPGGYAGALEDFYADATERIATHLDAGRN + VALLAEGDPLFYSSYMHLHTRLTRRFNAVIVPGVTSVSAASAAVATPLVAGDQVLSVL + PGTLPVGELTRRLADADAAVVVKLGRSYHNVREALSASGLLGDAFYVERASTAGQRVL + PAADVDETSVPYFSLAMLPGGRRRALLTGTVAVVGLGPGDSDWMTPQSRRELAAATDL + IGYRGYLDRVEVRDGQRRHPSDNTDEPARARLACSLADQGRAVAVVSSGDPGVFAMAT + AVLEEAEQWPGVRVRVIPAMTAAQAVASRVGAPLGHDYAVISLSDRLKPWDVIAARLT + AAAAADLVLAIYNPASVTRTWQVGAMRELLLAHRDPGIPVVIGRNVSGPVSGPNEDVR + VVKLADLNPAEIDMRCLLIVGSSQTRWYSVDSQDRVFTPRRYPEAGRATATKSSRHSD + " + gene complement(2312971..2314194) + /locus_tag="BQ2027_MB2093C" + CDS complement(2312971..2314194) + /locus_tag="BQ2027_MB2093C" + /note="Mb2093c, -, len: 407 aa. Equivalent to Rv2067c, + len: 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 407 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to YAT1_SYNP6 P08442 + atp synthase subunits region ORF 1. (417 aa), FASTA + scores, opt: 373, E(): 4.9e-18, (27.7% identity in 358 aa + overlap) Protein product from Mb2093c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2093c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU00700.1" + /db_xref="InterPro:IPR025714" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5G2" + /translation="MTDDHPRADIVSRQYHRWLYPHPIADLEAWTTANWEWFDPVHSH + RILWPDREYRPDLDILIAGCGTNQAAIFAFTNRAAKVVAIDISRPALDHQQYLKDKHG + LANLELHLLPIEELATLGRDFDLVVSTGVLHHLADPRAGMKELAHCLRRDGVVAAMLY + GKYGRIGVELLGSVFRDLGLGQDDASIKLAKEAISLLPTYHPLRNYLTKARDLLSDSA + LVDTFLHGRQRSYTVEECVDLVTSAGLVFQGWFHKAPYYPHDFFVPNSEFYAAVNTLP + EVKAWSVMERLETLNATHLFMACRRDRPKEQYTIDFSTVAALDYVPLMRTRCGVSGTD + MFWPGWRMAPSPAQLAFLQQVDGRRTIREIAGCVARTGEPSGGSLADLEEFGRKLFQS + LWRLDFVAVALPASG" + gene complement(2314210..2315133) + /gene="blaC" + /locus_tag="BQ2027_MB2094C" + CDS complement(2314210..2315133) + /gene="blaC" + /locus_tag="BQ2027_MB2094C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2094c, blaC, len: 307 aa. Equivalent to Rv2068c, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 307 aa overlap). blaC, class A + beta-lactamase (EC 3.5.2.6) (see citation below), similar + to e.g. BLAC_NOCLA Q06316 beta-lactamase precursor (302 + aa), FASTA scores, opt: 860, E(): 0, (50.2% identity in + 283 aa overlap); eyc. Contains PS00013 Prokaryotic lipid + attachment site near N-terminus, and PS00146 + Beta-lactamase class-A active site. BELONGS TO THE CLASS-C + BETA-LACTAMASE FAMILY. Protein product from Mb2094c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2094c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CLASS A BETA-LACTAMASE BLAC" + /protein_id="SIU00701.1" + /db_xref="GOA:P0A5I7" + /db_xref="InterPro:IPR000871" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR023650" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5I7" + /translation="MRNRGFGRRELLVAMAMLVSVTGCARHASGARPASTTLPAGADL + ADRFAELERRYDARLGVYVPATGTTAAIEYRADERFAFCSTFKAPLVAAVLHQNPLTH + LDKLITYTSDDIRSISPVAQQHVQTGMTIGQLCDAAIRYSDGTAANLLLADLGGPGGG + TAAFTGYLRSLGDTVSRLDAEEPELNRDPPGDERDTTTPHAIALVLQQLVLGNALPPD + KRALLTDWMARNTTGAKRIRAGFPADWKVIDKTGTGDYGRANDIAVVWSPTGVPYVVA + VMSDRAGGGYDAEPREALLAEAATCVAGVLA" + gene 2315268..2315825 + /gene="sigC" + /locus_tag="BQ2027_MB2095" + CDS 2315268..2315825 + /gene="sigC" + /locus_tag="BQ2027_MB2095" + /note="Mb2095, sigC, len: 185 aa. Equivalent to Rv2069, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 185 aa overlap). Probable sigC, RNA + polymerase sigma factor (see citation below), with + similarity to SIGX_BACSU|P35165 probable RNA polymerase + sigma factor from Bacillus subtilis (194 aa), FASTA + scores: opt: 218, E(): 4.1e-07, (32.6% identity in 129 aa + overlap). Belongs to ECF subfamily. Mb2095 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="rna polymerase sigma factor, ecf subfamily, + sigc" + /protein_id="SIU00702.1" + /db_xref="GOA:P66810" + /db_xref="InterPro:IPR000838" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66810" + /translation="MTATASDDEAVTALALSAAKGNGRALEAFIKATQQDVWRFVAYL + SDVGSADDLTQETFLRAIGAIPRFSARSSARTWLLAIARHVVADHIRHVRSRPRTTRG + ARPEHLIDGDRHARGFEDLVEVTTMIADLTTDQREALLLTQLLGLSYADAAAVCGCPV + GTIRSRVARARDALLADAEPDDLTG" + gene complement(2315815..2316510) + /gene="cobK" + /locus_tag="BQ2027_MB2096C" + CDS complement(2315815..2316510) + /gene="cobK" + /locus_tag="BQ2027_MB2096C" + /note="Mb2096c, cobK, len: 231 aa. Similar to Rv2070c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.7% identity in 227 aa overlap). Probable cobK, + precorrin-6x reductase (EC 1.3.1.54), similar to e.g. + L21196|g347169|RERCOBLMK3 RERCOBLMKN from Rhodococcus sp. + NI86/21 (248 aa), FASTA scores: opt: 792, E(): 0, (53.6% + identity in 250 aa overlap). Also similarity to + CBIJ_SALTY|Q05591 cbij protein from Salmonella typhimurium + (263 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): 9e-0 5, (26.7% + identity in 258 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-a) leads to a shorter product + with a different NH2 part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (231 aa versus 244 + aa). Protein product from Mb2096c detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="precorrin-6x reductase cobk" + /protein_id="SIU00703.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y042" + /db_xref="InterPro:IPR003723" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y042" + /translation="MRWRKSCNPHVEIVSSLAGRVPNPALPIGPVRIGGFGGVEGLRG + WLREERIDAVVDATHPFAVTITAHAAQVCGELGLPYLVLARPPWDPGTAIIAVSDIEA + ADVVAEQGYSRVFLTTGRSGIAAFANSDAWFLIRVVTAPDGTALPRRHKLVLSRGPYG + YHDEFALLREQRIDALVTKNSGGKMTRAKLDAAAALGISVVMIARPLLPAGVAAVDSV + HRAAMWVAGLPSR" + gene complement(2316547..2317302) + /gene="cobM" + /locus_tag="BQ2027_MB2097C" + CDS complement(2316547..2317302) + /gene="cobM" + /locus_tag="BQ2027_MB2097C" + /note="Mb2097c, cobM, len: 251 aa. Equivalent to Rv2071c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 251 aa overlap). Probable cobM, + precorrin-3 methylase (EC 2.1.1.133), similar to e.g. + L21196|g347169|RERCOBLMK2 RERCOBLMK from Rhodococococcus + sp. NI86/21 (249 aa), FASTA scores: opt: 992, E(): 0, + (62.4% identity in 245 aa overlap) and to COBM_ + PSEDE|P21922 precorrin-3 methylase (253 aa), FASTA scores: + opt: 863, E(): 0, (54.6% identity in 249 aa overlap). + Contains PS00839 Uroporphyrin-III C-methyltransferase + signature 1, and PS00840 Uroporphyrin-III + C-methyltransferase signature 2." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="precorrin-3 methylase cobm (precorrin-4 + c11-methyltransferase)" + /protein_id="SIU00704.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2A3" + /db_xref="InterPro:IPR000878" + /db_xref="InterPro:IPR003043" + /db_xref="InterPro:IPR006362" + /db_xref="InterPro:IPR014776" + /db_xref="InterPro:IPR014777" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A3" + /translation="MTVYFIGAGPGAADLITVRGQRLLQRCPVCLYAGSIMPDDLLAQ + CPPGATIVDTGPLTLEQIVRKLADADADGRDVARLHSGDPSLYSALAEQCRELDALGI + GYEIVPGVPAFAAAAAALKRELTVPGVAQTVTLTRVATLSTPMPPGEDLAALARSRAT + LVLHLAAAQIDAIVPRLLDGGYRPETPVAVVAFASWPQQRTLRGTLADIAARMHDAKI + TRTAVIVVGDVLTAEGFTDSYLYSVARHGRYAQ" + gene complement(2317299..2318132) + /gene="cobLb" + /locus_tag="BQ2027_MB2098C" + CDS complement(2317299..2318132) + /gene="cobLb" + /locus_tag="BQ2027_MB2098C" + /note="Mb2098c, cobLb, len: 294 aa. Equivalent to 3' end + of Rv2072c, len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 294 aa overlap). Probable + cobL, methyl transferase (EC 2.1.1.132), similar to + L21196|g347169|RERCOBLMK1 from Rhodocococcus sp. NI86/21 + (447 aa), FASTA scores: opt: 892; E(): 0; (50.1% identity + in 369 aa overlap), and to COBL_PSEDE|P21921 precorrin-6y + methylase (413 aa), FASTA scores: opt: 830, E(): 0, (40.6% + identity in 404 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large 2029 bp deletion (H37Rv2.2330073-2332101-*)(RD9) + leads to the loss of the NH2 part of cobL, the entire + Rv2073 and Rv2074, and the COOH part of Mb2100c. In + addition, while cobL exists as a single gene in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, in Mycobacterium + bovis a frameshift due to a single base insertion (*-t) + splits cobL into 2 parts, cobLa and cobLb." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable precorrin-6y methyltransferase CobLb + [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00705.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0W7" + /db_xref="InterPro:IPR014008" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W7" + /translation="MYDTEVISLVTAQPHTAVRRGGRAIVLSGDRSTPQALAVLLTEH + GRGDSKFSVLEQLGGPAERRRDGTARAWACDPPLDVDELNVIAVRYLPDERTSWAPDE + AFAHDGQITKHPIRVLTLAALAPRPGQRLWDVGAGSGAIAVQWCRSWPGCTAVAFERD + ERRRRNIGFNAAAFGVSVDVRGDAPDAFDDAARPSVIFLGGGVTQPGLLEACLDSLPA + GGNLVANAVTVESEAALAHAYSRLGGELRRFQHYLGEPLGGFTGWRPQLPVTQWSVTK + R" + gene complement(2318125..2318313) + /gene="cobLa" + /locus_tag="BQ2027_MB2099C" + CDS complement(2318125..2318313) + /gene="cobLa" + /locus_tag="BQ2027_MB2099C" + /note="Mb2099c, cobLa, len: 62 aa. Similar to 5' end of + Rv2072c, len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.727% identity in 44 aa overlap). + Probable cobL, methyl transferase (EC 2.1.1.132), similar + to L21196|g347169|RERCOBLMK1 from Rhodocococcus sp. + NI86/21 (447 aa), FASTA scores: opt: 892; E(): 0; (50.1% + identity in 369 aa overlap), and to COBL_PSEDE|P21921 + precorrin-6y methylase (413 aa), FASTA scores: opt: 830, + E(): 0, (40.6% identity in 404 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large deletion of 2029 bp (H37Rv2.2330073-2332101-*) (RD9) + leads to the loss of the NH2 part of cobL, the entire + Rv2073 and Rv2074, and the COOH part of Mb2100c. In + addition, while cobL exists as a single gene in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, in Mycobacterium + bovis a frameshift due to a single base insertion (*-t) + splits cobL into 2 parts, cobLa and cobLb. Mb2099c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable precorrin-6y methyltransferase CobLa + [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00706.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y058" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y058" + /translation="MLPAVQGLSPDGADLHVVASGDPLLHGIGSTLIRLFGHDNVTVF + AARVRGDVGVRPDGLERV" + gene complement(2318388..2319176) + /locus_tag="BQ2027_MB2100C" + CDS complement(2318388..2319176) + /locus_tag="BQ2027_MB2100C" + /note="Mb2100c, -, len: 262 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2075c, len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 259 aa overlap). + Possibly exported or envelope protein; has potential + signal peptide at N-terminus and hydrophobic stretch + around residue 430. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a large 2029 bp deletion (RD9) leads + to the loss of the COOH part of Mb2100c, the entire Rv2074 + and Rv2073, and the NH2 part of cobL compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Mb2100c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible hypothetical exported or envelope + protein" + /protein_id="SIU00707.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0I2" + /db_xref="InterPro:IPR017946" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I2" + /translation="MPRARWLQSAALMGALAVVLITAAPVAADAYQVPAPPSPTASCD + VISPVAIPCVALGKFADAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTA + RFQDALQDPVPLRETQWLGTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELD + LHYLPRLEGHGAPGVTVCHGLGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVIL + LYLEDQLKNASAYESVVATLDQVLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ" + gene complement(2319334..2319585) + /locus_tag="BQ2027_MB2101C" + CDS complement(2319334..2319585) + /locus_tag="BQ2027_MB2101C" + /note="Mb2101c, -, len: 83 aa. Equivalent to Rv2076c, len: + 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Unknown, questionable + ORF,Mb2101c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIU00708.1" + /db_xref="GOA:P64932" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64932" + /translation="MVVCLIGGVAGSLWPRPAGRLRGGCYFAFMGVAWVLLAISAIAN + AVKGSLWWDIWSLGLLVLIPAVVYGKMRRSRRISSDQDR" + gene complement(2319620..2320591) + /locus_tag="BQ2027_MB2102C" + CDS complement(2319620..2320591) + /locus_tag="BQ2027_MB2102C" + /note="Mb2102c, -, len: 323 aa. Equivalent to Rv2077c, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein. Part of Mycobacterium tuberculosis + protein family with Rv2542, Rv2079, Rv2797c, Rv0963c, + Rv1949c. Hydrophobic stretches at C-terminus." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00709.1" + /db_xref="GOA:P64934" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64934" + /translation="MLATLSQIRAWSTEHLIDAAGYWTETADRWEDVFLQMRNQAHAI + AWNGAGGDGLRQRTRADFSTVSGIADQLRRAATIARNGAGTIDAAQRRVMYAVEDAQD + AGFNVGEDLSVTDTKTTQPAAVQAARLAQAQALAGDIRLRVGQLVAAENEVSGQLAAT + TGDVGNVRFAGAPVVAHSAVQLVDFFKQDGPTPPPPGAPHPSGGADGPYSDPITSMML + PPAGTEAPVSDATKRWVDNMVNELAARPPDDPIAVEARRLAFQALHRPCNSAEWTAAV + AGFAGSSAGVVGTALAIPAGPADWALLGAALLGVGGSGAAVVNCATK" + gene complement(2320592..2320891) + /locus_tag="BQ2027_MB2103C" + CDS complement(2320592..2320891) + /locus_tag="BQ2027_MB2103C" + /note="Mb2103c, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv2077A, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to P95263|Rv1951c CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (137 aa), FASTA + scores: opt: 271, E(): 1.5e-11, (51.04% identity in 97 aa + overlap); and some similarity with P95012|Rv2541 + HYPOTHETICAL ALANINE RICH PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (135 aa), FASTA scores: opt: 140, E(): 0.014, + (32.95% identity in 88 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00710.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y068" + /translation="MGSNELQVVLGQLEVAASQSQGLGAQFAASATPPESGQPFQATT + VAVSGINAAICCAAAEFATRTQATATGVAAAAAAYAHQEATAASEMAAVTQVTVV" + gene 2321356..2321670 + /locus_tag="BQ2027_MB2104" + CDS 2321356..2321670 + /locus_tag="BQ2027_MB2104" + /note="Mb2104, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv2078, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 104 aa overlap). Unknown" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIU00711.1" + /db_xref="InterPro:IPR022534" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59982" + /translation="MFVDVGLLHSGANESHYAGEHAHGGADQLSRGPLLSGMFGTFPV + AQTFHDAVGAAHAQQMRNLHAHRQALITVGEKARHAATGFTDMDDGNAAELKAVVCSC + AT" + gene 2321652..2323622 + /locus_tag="BQ2027_MB2105" + CDS 2321652..2323622 + /locus_tag="BQ2027_MB2105" + /note="Mb2105, -, len: 656 aa. Equivalent to Rv2079, len: + 656 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 656 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; part of Mycobacterium tuberculosis protein family + with Rv2542, Rv2077c, Rv2797c, Rv0963c, Rv1949c. Contains + PS00120 Lipases, serine active site,Mb2105 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00712.1" + /db_xref="InterPro:IPR010427" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y081" + /translation="MQLRHINIRALIAEAGGDPWAIEHSLHAGRPAQIAELAEAFHAA + GRCTAEANAAFEEARRRFEASWNRENGEHPINDSAEVQRVTAALGVQSLQLPKIGVDL + ENIAADLAEAQRAAAGRIATLESQLQRIDDQLDQALELEHDPRLAAAERSELDALITC + LEQDAIDDTASALGQLQSIRAGYSDHLQQSLAMLRADGYDGAGLQGLDAPQSPVKLEE + PIQIPPPGTGAPEVHRWWTSLTSEERQRLIAEHPEQIGNLNGVPVSARSDANIAVMTR + DLNRVRDIATRYRTSVDDVLGDPAKYGLSAGDITRYRNADETKKGLDHNARNDPRNPS + PVYLFAYDPMAFGGKGRAAIAIGNPDTAKHTAVIVPGTSSSVKGGWLHDNHDDALNLF + NQAKAADPNNPTAVIAWMGYDAPNDFTDPRIATPMLARIGGAALAEDVNGLWVTHLGV + GQNVTVLGHSYGSTTVADAFALGGMHANDAVLLGCPGTDLAHSAASFHLDGGRVYVGA + ASTDPISMLGQLDSLSQYVNRGNLAGQLQGLAVGLGTDPAGDGFGSVRFRAEVPNSDG + INPHDHSYYYHRGSEALRSMADIASGHGDALASDGMLAQPRHQPGVEIDIPGLGSVEI + DIPGTPASIDPEWSRPPGSITDDHVFDAPLHR" + gene 2323603..2324166 + /gene="lppJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2106" + CDS 2323603..2324166 + /gene="lppJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2106" + /note="Mb2106, lppJ, len: 187 aa. Equivalent to Rv2080, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 187 aa overlap). Possible lppJ, + lipoprotein; contains prokayotic lipoprotein modification + site (PS00013) and signal sequence at N-terminus. Mb2106 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="lipoprotein lppj" + /protein_id="SIU00713.1" + /db_xref="GOA:Q7VER1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VER1" + /translation="MPHSTADRRLRLTRQALLAAAVAPLLAGCALVMHKPHSAGSSNP + WDDSAHPLTDDQAMAQVVEPAKQIVAAADLQAVRAGFSFTSCNDQGDPPYQGTVRMAF + LLQGDHDAYFQHVRAAMLSHGWIDGPPPGQYFHGITLHKNGVTANMSLALDHSYGEMI + LDGECRNTTDHHHDDETTNITNQLVQP" + gene complement(2324362..2324805) + /locus_tag="BQ2027_MB2107C" + CDS complement(2324362..2324805) + /locus_tag="BQ2027_MB2107C" + /note="Mb2107c, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv2081c, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 147 aa overlap). Possible transmembrane + unknown protein. Hydrophobic stretch from aa 32-54. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 3 + bp insertion (*-ggg) leads to a slightly longer product + compared t its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (147 aa versus 146 aa). Mb2107c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00714.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B4" + /translation="MFANAGLSPFVAIWTARAASLYTSHNFWCAAAVSAAVYVGSAVV + PAAVAGPLFVGRVSATIKAAAPSTTAAIATLATAANGQLRERGGAGGWVGVHCPVVGG + GGGVGHPRKAIAAAVSVHSTCMPAAFGGHLGLGDRSRSVSLSGTP" + gene 2324842..2326310 + /locus_tag="BQ2027_IS1556" + mobile_element 2324842..2326310 + /locus_tag="BQ2027_IS1556" + /note="IS1556, len: 1469 nt. Equivalent to IS1556, len: + 1469 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1469 nt overlap). Possible + IS-like region." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1556" + gene 2325009..2327174 + /locus_tag="BQ2027_MB2108" + CDS 2325009..2327174 + /locus_tag="BQ2027_MB2108" + /note="Mb2108, -, len: 721 aa. Equivalent to Rv2082, len: + 721 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 721 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to Mycobacterium tuberculosis Rv0029, and + to Rv3899c and Rv3900c which may be frameshifted. Protein + product from Mb2108 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2108 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Vegetative cell wall protein gp1 precursor" + /protein_id="SIU00715.1" + /db_xref="InterPro:IPR040604" + /db_xref="InterPro:IPR040833" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X4" + /translation="MAGDLPPGRWSALLVGAWWPARPDAPMAGVTYWRKAAQLKRNEA + NDLRNERSLLAVNQGRTADDLLERYWRGEQRLATIAHQCEVKSDQSEQVADAVNYLRD + RLTEIAQSGNQQINQILAGKGPIEAKVAAVNAVIEQSNAMADHVGATAMSNIIDATQR + VFDETIGGDAHTWLRDHGVSLDAPARPRPVTAEDMTSMTANSPAGSPFGAAPSAPSHS + TTTSGPPTAPTPTSPFGTAPMVLSSSSTSSGPPTAPTPTSPFGTAPMPPGPPPPGTVS + PPLPPSAPAVGVGGPSVPAAGMPPAAAAATAPLSPQSLGQSFTTGMTTGTPAAAGAQA + LSAGALHAATEPLPPPAPPPTTPTVTTPTVATATTAGIPHIPDSAPTPSPAPIAPPTT + DNASAMTPIAPMVANGPPASPAPPAAAPAGPLPAYGADLRPPVTTPPATPPTPTGPIS + GAAVTPSSPAAGGSLMSPVVNKSTAPATTQAQPSNPTPPLASATAAATTGAAAGDTSR + RAAEQQRLRRILDTVARQEPGLSWAAGLRDNGQTTLLVTDLASGWIPPHIRLPAHITL + LEPAPRRRHATVTDLLGTTTVAAAHHPHGYLSQPDPDTPALTGDRTARIAPTIDELGP + TLVETVRRHDTLPRIAQAVVVAATRNYGVPDNETDLLHHKTTEIHQAVLTTYPNHDIA + TVVDWMLLAAINALIAGDQSGANYHLAWAIAAISTRRSR" + gene 2327171..2328115 + /locus_tag="BQ2027_MB2109" + CDS 2327171..2328115 + /locus_tag="BQ2027_MB2109" + /note="Mb2109, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv2083, len: + 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 314 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to Mycobacterium tuberculosis Rv3898c + (110 aa) and Rv3897c (210 aa) Protein product from Mb2109 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2109 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00716.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y069" + /translation="MTSIESHPEQYWAAAGRPGPVPLALGPVHPGGPTLIDLLMALFG + LSTNADLGGTNADIEGDDTDRRAHAADAARKFSANEANAAEQMQGVGAQGMAQMASGI + GGALSGALGGVMGPLTQLPQQAMQAGQGAMQPLMSAMQQAQGADGLAAVDGARLLDSI + GGEPGLGSGAGGGDVGGGGAGGTTPTGYLGPPPVPTSSPPTTPAGAPTKSATMPPPGG + ASPASAHMGAAGMPMVPPGAMGARGEGSGQEKPVEKRVTAPAVPNGQPVKGRLTVPPS + APTTKPTDGKPVVRRRILLPEHKDFGRIAPDEKTDAGE" + gene 2328108..2329103 + /locus_tag="BQ2027_MB2110" + CDS 2328108..2329103 + /locus_tag="BQ2027_MB2110" + /note="Mb2110, -, len: 331 aa. Similar to 5' end of + Rv2084, len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.3% identity in 284 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2084 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to an 11 bp + insertion (*-ggcgtacacac), splits Rv2084 into 2 parts, + Mb2110 and Mb2111. Mb2110 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00717.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J2" + /translation="MSDDSSSAFDLICAEIERQLRGGELLMDAAAASELLLTVRYQLD + TQPRPLVIVHGPLFQAVKAARAQVYGRLIQLRHARCEVLDERWQLRPTGQRDVRALLI + DVLNVLLAAITAAGVERAYACAERRAMAAAVVAKNYRDALGVELQCNSVCRAAAEAIH + ALAHRTGATEDADCLPPVDVIHADVTRRMHGEVATDVVAAGELVIAARHLLDPMPRGE + LSYGPLHEGGNAARKSVYRRLVQLWQARRAVTDGDVDLRDARTLLTDLDSILREMRTA + ATIQQAYTRAERRAMAAAVVAKIRGDAMGLDAQRDAVHRAAADALHALQSVGIHQ" + gene 2329148..2329255 + /locus_tag="BQ2027_MB2111" + CDS 2329148..2329255 + /locus_tag="BQ2027_MB2111" + /note="Mb2111 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing.,Mb2111, -, len: 110 aa. Similar to 3' end + of Rv2084, len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (97.0% identity in 100 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis stain H37Rv, Rv2084 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to an 11 bp + insertion (*-ggcgtacacac), splits Rv2084 into 2 parts, + Mb2110 and Mb2111. Protein product from Mb2111 detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00718.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y045" + /translation="MPGRESTPSDDGGSLHPSGRPRRVHRRRWCGLGLC" + gene 2329253..2330721 + /locus_tag="BQ2027_IS1556" + gene 2329338..2329643 + /locus_tag="BQ2027_MB2112" + CDS 2329338..2329643 + /locus_tag="BQ2027_MB2112" + /note="Mb2112, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv2085, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to YI32_MYCTU P19772 + insertion element IS986 hypothetical 6.6 kda protein (59 + aa), FASTA scores, opt: 119, E(): 0.002 9, (36.4% identity + in 55 aa overlap); ORFs Rv2085, Rv2086 and Rv2087 + (MTCY49.24,25,26, and 27) all show similarity to + transposases but we can find no sequence errors to account + for the frameshifts. Contains possible helix-turn-helix + motif at aa 33 to 54,(+3.11 SD). Mb2112 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00719.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64936" + /translation="MSDMCDVVSFVGAAERVLRARFRPSPESGPPVHARRCGWSLGIS + AETLRRWAGQAEVDSGVVAGVSASRSGSVKTSELEQTIEILKVATSFFARKCDPRHR" + gene 2329622..2330227 + /locus_tag="BQ2027_MB2113" + CDS 2329622..2330227 + /locus_tag="BQ2027_MB2113" + /note="Mb2113, -, len: 201 aa. Equivalent to Rv2086, len: + 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Conserved + hypothetical protein: low similarity to transposases; ORFs + Rv2085, Rv2086 and Rv2087 (MTCY49.24,25,26, and 27) all + show similarity to transposases but we can find no + sequence errors to account for the frameshifts. Start + changed since first submission (-16 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00720.1" + /db_xref="InterPro:IPR025948" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64938" + /translation="MRPATPLICAFGDKHKHTYGVTPICRALAVHGVQIASRTYFADR + AAAPSKRALWDTTITEILAGYYEPDAEGKRPPECLYGSLKMWAHLQRQGFRWPSATVK + TIMRANGWRGVPLAAHITHHRTRPGRGPGPRPGGSAMAGFSNEPAGSGRLHLRADDVE + FRLHRVRGRRLRRCDRGLGMLADQRRSVRRTRITPRPSRLT" + gene 2330305..2330535 + /locus_tag="BQ2027_MB2114" + CDS 2330305..2330535 + /locus_tag="BQ2027_MB2114" + /note="Mb2114, -, len: 76 aa. Equivalent to Rv2087, len: + 76 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 76 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, with low similarity to transposases; ORFs Rv2085, + Rv2086 and Rv2087 (MTCY49.24,25,26, and 27) all show + similarity to transposases but we can find no sequence + errors to account for the frameshifts. Start changed since + first submission (-45 aa). Mb2114 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00721.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y063" + /translation="MLAGLRPSIGIVGDALDNALCETTTGPHRTECSHGSPFRSGPIR + TLADLEDIASAWVEHTCHTQQGVRIPGRLQPA" + gene 2330722..2332491 + /gene="pknJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2115" + CDS 2330722..2332491 + /gene="pknJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2115" + /note="Mb2115, pknJ, len: 589 aa. Equivalent to Rv2088, + len: 589 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 589 aa overlap). Probable pknJ, + transmembrane serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) + (see citation below), similar to other + serine/threonine-protein kinases e.g. PKWA_THECU|P49695 + putative serine/threonine-protein kinase (742 aa), FASTA + scores: opt: 457, E(): 2.7e-15, (26.0% identity in 578 aa + overlap); etc. Contains PS00108 Serine/Threonine protein + kinases active-site signature. Contains Hank's kinase + subdomain. BELONGS TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN + KINASES. Experimental studies show evidence of + auto-phosphorylation. Protein product from Mb2115 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2115 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transmembrane serine/threonine-protein kinase j + pknj (protein kinase j) (stpk j)" + /protein_id="SIU00722.1" + /db_xref="GOA:P65733" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65733" + /translation="MAHELSAGSVFAGYRIERMLGAGGMGTVYLARNPDLPRSEALKV + LAAELSRDLDFRARFVREADVAAGLDHPNIVAVHQRGQFEGRLWIAMQFVDGGNAEDA + LRAATMTTARAVYVIGEVAKALDYAHQQGVIHRDIKPANFLLSRAAGGDERVLLSDFG + IARALGDTGLTSTGSVLATLAYAAPEVLAGQGFDGRADLYSLGCALFRLLTGEAPFAA + GAGAAVAVVAGHLHQPPPTVSDRVPGLSAAMDAVIATAMAKDPMRRFTSAGEFAHAAA + AALYGGATDGWVPPSPAPHVISQGAVPGSPWWQHPVGSVTALATPPGHGWPPGLPPLP + RRPRRYRRGVAAVAAVMVVAAAAVTAVTMTSHQPRTATPPSAAALSPTSSSTTPPQPP + IVTRSRLPGLLPPLDDVKNFVGIQNLVAHEPMLQPQTPNGSINPAECWPAVGGGVPSA + YDLGTVIGFYGLTIDEPPTGTAPNQVGQLIVAFRDAATAQRHLADLASIWRRCGGRTV + TLFRSEWRRPVELSTSVPEVVDGITTMVLTAQGPVLRVREDHAIAAKNNVLVDVDIMT + PDTSRGQQAVIGITNYILAKIPG" + gene complement(2332508..2333635) + /gene="pepE" + /locus_tag="BQ2027_MB2116C" + CDS complement(2332508..2333635) + /gene="pepE" + /locus_tag="BQ2027_MB2116C" + /note="Mb2116c, pepE, len: 375 aa. Equivalent to Rv2089c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 375 aa overlap). Probable pepE, + dipeptidase, similar to e.g. PEPQ_LACDL P46545, xaa-pro + dipeptidase (368 aa), FASTA scores, opt: 617, E(): 5.1 + e-32, (34.7% identity in 363 aa overlap); contains PS00491 + Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. Also + similar to Mycobacterium tuberculosis peptidases Rv2861c, + Rv0734, Rv2535c. Protein product from Mb2116c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2116c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dipeptidase pepe" + /protein_id="SIU00723.1" + /db_xref="GOA:P65811" + /db_xref="InterPro:IPR000587" + /db_xref="InterPro:IPR000994" + /db_xref="InterPro:IPR001131" + /db_xref="InterPro:IPR029149" + /db_xref="InterPro:IPR036005" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65811" + /translation="MGSRRFDAEVYARRLALAAAATADAGLAGLVITPGYDLCYLIGS + RAETFERLTALVLPAAGAPAVVLPRLELAALKQSAAAELGLRVCDWVDGDDPYGLVSA + VLGGAPVATAVTDSMPALHMLPLADALGVLPVLATDVLRRLRMVKEETEIDALRKAGA + AIDRVHARVPEFLVPGRTEADVAADIAEAIVAEGHSEVAFVIVGSGPHGADPHHGYSD + RELREGDIVVVDIGGTYGPGYHSDSTRTYSIGEPDSDVAQSYSMLQRAQRAAFEAIRP + GVTAEQVDAAARDVLAEAGLAEYFVHRTGHGIGLCVHEEPYIVAGNDLVLVPGMAFSI + EPGIYFPGRWGARIEDIVIVTEDGAVSVNNCPHELIVVPVS" + gene 2333684..2334808 + /locus_tag="BQ2027_MB2117" + CDS 2333684..2334808 + /locus_tag="BQ2027_MB2117" + /note="Mb2117, -, len: 374 aa. Equivalent to Rv2090, len: + 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (94.7% identity in 393 aa overlap). Probable 5'-3' + exonuclease, similar to exonuclease part of DNA + polymerase, e.g. DPO1_MYCTU Q07700 DNA polymerase I (EC + 2.7.7.7) (pol i) (904 aa), FASTA scores, opt: 461, E(): + 1.2e-17, (38.7% identity in 292 aa overlap). BELONGS TO + FAMILY A OF DNA POLYMERASES. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 57 bp in-frame deletion leads to a shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (374 aa versus 393 aa). Protein product from + Mb2117 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 5'-3' exonuclease" + /protein_id="SIU00724.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B9" + /db_xref="InterPro:IPR002421" + /db_xref="InterPro:IPR008918" + /db_xref="InterPro:IPR020045" + /db_xref="InterPro:IPR020046" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="InterPro:IPR036279" + /db_xref="InterPro:IPR038969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B9" + /translation="MPAPDPMRGDPPHPAPPRLRSPLDPTSGDPLHPAPPRLRSPLDP + TSGDPLHPAPPRLRSPLVLLDGASMWFRSFFGVPSSITAPDGRPVNAVRGFIDSMAVV + IIQQRPNRLAVCLDLDWRPQFRVDLIPSYKAHRVAEPEPNGQPDVEEVPDELTPQVDM + IMELLDAFGIAMAGAPGFEADDVLGTLATRERRDPVIVVSGDRDLLQVVADDPVPVRV + LYLGRGLAKATLFGPAEVAERYGLPAHRAGAAYAELALLRGDPSDGLPGVPGVGEKTA + ATLLARHGSLDQIMAAADDRKTTMAKGLRTKLLAASAYIKAADRVVRVATDAPVTLST + PTDRLPLVAADPERTAELATRFGVESSIARLQKALDTLPG" + gene complement(2334812..2335546) + /locus_tag="BQ2027_MB2118C" + CDS complement(2334812..2335546) + /locus_tag="BQ2027_MB2118C" + /note="Mb2118c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv2091c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Probable membrane + protein; contains potential transmembrane region. + Repetitive ORF. Protein product from Mb2118c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2118c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable membrane protein" + /protein_id="SIU00725.1" + /db_xref="GOA:P64940" + /db_xref="InterPro:IPR025637" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64940" + /translation="MSGPQGSDPRQPWQPPGQGADHSSDPTVAAGYPWQQQPTQEATW + QAPAYTPQYQQPADPAYPQQYPQPTPGYAQPEQFGAQPTQLGVPGQYGQYQQPGQYGQ + PGQYGQPGQYAPPGQYPGQYGPYGQSGQGSKRSVAVIGGVIAVMAVLFIGAVLILGFW + APGFFVTTKLDVIKAQAGVQQVLTDETTGYGAKNVKDVKCNNGSDPTVKKGATFECTV + SIDGTSKRVTVTFQDNKGTYEVGRPQ" + gene complement(2335588..2338308) + /gene="helY" + /locus_tag="BQ2027_MB2119C" + CDS complement(2335588..2338308) + /gene="helY" + /locus_tag="BQ2027_MB2119C" + /note="Mb2119c, helY, len: 906 aa. Equivalent to Rv2092c, + len: 906 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 906 aa overlap). Probable helY, DNA + helicase (EC 3.6.1.-), with similarity to YJF0_YEAST + P47047 hypothetical helicase in tdh1-gyp6 intergenic + region, (1073 aa), FASTA scores, opt: 1004, E(): 0, (29.0% + identity in 970 aa o verlap); contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A, PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature. BELONGS TO THE SKI2 SUBFAMILY OF + HELICASES. Protein product from Mb2119c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2119c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="atp-dependent dna helicase hely" + /protein_id="SIU00726.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y080" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR012961" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y080" + /translation="MTELAELDRFTAELPFSLDDFQQRACSALERGHGVLVCAPTGAG + KTVVGEFAVHLALAAGSKCFYTTPLKALSNQKHTDLTARYGRDQIGLLTGDLSVNGNA + PVVVMTTEVLRNMLYADSPALQGLSYVVMDEVHFLADRMRGPVWEEVILQLPDDVRVV + SLSATVSNAEEFGGWIQMVRGDTTVVVDEHRPVPLWQHVLVGKRMFDLFDYRIGEAEG + QPQVNRELLRHIAHRREADRMADWQPRRRGSGRPGFYRPPGRPEVIAKLDAEGLLPAI + TFVFSRAGCDAAVTQCLRSPLRLTSEEERARIAEVIDHRCGDLADSDLAVLGYYEWRE + GLLRGLAAHHAGMLPAFRHTVEELFTAGLVKAVFATETLALGINMPARTVVLERLVKF + NGEQHMPLTPGEYTQLTGRAGRRGIDVEGHAVVIWHPEIEPSEVAGLASTRTFPLRSS + FAPSYNMTINLVHRMGPQQAHRLLEQSFAQYQADRSVVGLVRGIERGNRILGEIAAEL + GGSDAPILEYARLRARVSELERAQARASRLQRRQAATDALAALRRGDIITITHGRRGG + LAVVLESARDRDDPRPLVLTEHRWAGRISSADYSGTTPVGSMTLPKRVEHRQPRVRRD + LASALRSAAAGLVIPAARRVSEAGGFHDPELESSREQLRRHPVHTSPGLEDQIRQAER + YLRIERDNAQLERKVAAATNSLARTFDRFVGLLTEREFIDGPATDPVVTDDGRLLARI + YSESDLLVAECLRTGAWEGLKPAELAGVVSAVVYETRGGDGQGAPFGADVPTPRLRQA + LTQTSRLSTTLRADEQAHRITPSREPDDGFVRVIYRWSRTGDLAAALAAADVNGSGSP + LLAGDFVRWCRQVLDLLDQVRNAAPNPELRATAKRAIGDIRRGVVAVDAG" + gene complement(2338357..2339283) + /gene="tatC" + /locus_tag="BQ2027_MB2120C" + CDS complement(2338357..2339283) + /gene="tatC" + /locus_tag="BQ2027_MB2120C" + /note="Mb2120c, tatC, len: 308 aa. Equivalent to Rv2093c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Probable tatC, + transmembrane protein, component of twin-arginine + translocation protein export system (see citation below + for more information), equivalent to U00017|U00017_1 from + Mycobacterium leprae (317 aa), FASTA scores: opt: 1722, + E(): 0, (84.5% identity in 310 aa overlap). Similarity to + others e.g. P27857|TATC_ECOLI|MTTB|B3839|Z5360|ECS4768 + Sec-independent protein translocase protein from E. coli + strain K12 and O157:H7 (258 aa), FASTA scores: opt: 344, + E(): 6e-16, (32.5% identity in 265 aa overlap). BELONGS TO + THE TATC FAMILY. Protein product from Mb2120c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2120c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="sec-independent protein translocase + transmembrane protein tatc" + /protein_id="SIU00727.1" + /db_xref="GOA:P66896" + /db_xref="InterPro:IPR002033" + /db_xref="InterPro:IPR019820" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66896" + /translation="MRAAGLLKRLNPRNRRSRVNPDATMSLVDHLTELRTRLLISLAA + ILVTTIFGFVWYSHSIFGLDSLGEWLRHPYCALPQSARADISADGECRLLATAPFDQF + MLRLKVGMAAGIVLACPVWFYQLWAFITPGLYQRERRFAVAFVIPAAVLFVAGAVLAY + LVLSKALGFLLTVGSDVQVTALSGDRYFGFLLNLLVVFGVSFEFPLLIVMLNLAGLLT + YERLKSWRRGLIFAMFVFAAIFTPGSDPFSMTALGAALTVLLELAIQIARVHDKRKAK + REAAIPDDEASVIDPPSPVPAPSVIGSHDDVT" + gene complement(2339300..2339551) + /gene="tatA" + /locus_tag="BQ2027_MB2121C" + CDS complement(2339300..2339551) + /gene="tatA" + /locus_tag="BQ2027_MB2121C" + /note="Mb2121c, tatA, len: 83 aa. Equivalent to Rv2094c, + len: 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Probable tatA, + membrane-bound protein, component of twin-arginine + translocation protein export system (see citation below + for more information), equivalent to U00017_2 from + Mycobacterium leprae (88 aa), FASTA scores: opt: 392, E(): + 2e-20, (68.2% identity in 88 aa overlap). Similarity to + others e.g. P27856|O65938|TATA_ECOLI SEC-INDEPENDENT + PROTEIN TRANSLOCASE PROTEIN from E. coli strains K12 and + O157:H7 (261 aa), FASTA scores: opt: 111, E(): 0.25, (28.0 + % identity in 75 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + TATA/E FAMILY. Protein product from Mb2121c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2121c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="sec-independent protein translocase + membrane-bound protein tata" + /protein_id="SIU00728.1" + /db_xref="GOA:P66890" + /db_xref="InterPro:IPR003369" + /db_xref="InterPro:IPR006312" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66890" + /translation="MGSLSPWHWAILAVVVIVLFGAKKLPDAARSLGKSLRIFKSEVR + ELQNENKAEASIETPTPVQSQRVDPSAASGQDSTEARPA" + gene complement(2339619..2340569) + /gene="pafc" + /locus_tag="BQ2027_MB2122C" + CDS complement(2339619..2340569) + /gene="pafc" + /locus_tag="BQ2027_MB2122C" + /note="Mb2122c, -, len: 316 aa. Equivalent to Rv2095c, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 316 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Highly similar to ML1330 P54075|YY35_MYCLE + HYPOTHETICAL 27.0 KD PROTEIN (247 aa) opt: 1127 E(): 0, + (78.4% identity in 227 aa overlap). Also similar to + ORF11(1) of Rhodococcus erythropolis. FASTA score: + Z82004|REZ820043 REZ82004 NID: g1666179 - Rhodococcus (326 + aa) opt: 624 E(): 1.1e-30; (56.7% identity in 319 aa + overlap). Contains possible helix-turn-helix motif at aa + 25-46, (+2.92 SD) Protein product from Mb2122c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2122c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteasome accessory factor c pafc" + /protein_id="SIU00729.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0A3" + /db_xref="InterPro:IPR026881" + /db_xref="InterPro:IPR028349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0A3" + /translation="MSALSTRLVRLLNMVPYFQANPRITRAEAAAELGVTAKQLEEDL + NQLWMCGLPGYSPGDLIDFEFCGDTIEVTFSAGIDRPLKLTSPEATGLLVALRALADI + PGVVDPQAARSAIAKIAAAAGAVAAVAEQAPTESPAAAAVRAAVRNSRALTIDYYAAS + HDTLTTRIVDPIRVLLIGGHSYLEAWSREAEGVRLFRFDRIVDAAELGEPAVPPESAR + QAPPDTSLFDGDLSLPSATLRVAPSASWMLEYYPIRELRQLPDGSCEVVMTYASEDWM + TRLLLGFGSDVRVLAPESLAQRVRDAATAALDAYQAAAPP" + gene complement(2340566..2341564) + /gene="pafb" + /locus_tag="BQ2027_MB2123C" + CDS complement(2340566..2341564) + /gene="pafb" + /locus_tag="BQ2027_MB2123C" + /note="Mb2123c, -, len: 332 aa. Equivalent to Rv2096c, + len: 332 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 332 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Highly similar to ML1329, + P54076|YY36_MYCLE HYPOTHETICAL 35.4 KD PROTEIN B21 (331 + aa) opt: 1676 E(): 0; (80.2% identity in 329 aa overlap) + and to ORF10(1) of Rhodococcus erythropolis, + Z82004|REZ820042 REZ 82004 NID: g1666179 (330 aa) opt: + 1232, E(): 0; 59.9% identity in 332 aa overlap Protein + product from Mb2123c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2123c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteasome accessory factor b pafb" + /protein_id="SIU00730.1" + /db_xref="InterPro:IPR026881" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64942" + /translation="MATSKVERLVNLVIALLSTRGYITAEKIRSSVAGYSDSPSVEAF + SRMFERDKNELRDLGIPLEVGRVSALEPTEGYRINRDAYALSPVELTPDEAAAVAVAT + QLWESPELITATQGALLKLRAAGVDVDPLDTGAPVAIASAAAVSGLRGSEDVLGILLS + AIDSGQVVQFSHRSSRAEPYTVRTVEPWGVVTEKGRWYLVGHDRDRDATRVFRLSRIG + AQVTPIGPAGATTVPAGVDLRSIVAQKVTEVPTGEQATVWVAEGRATALRRAGRSAGP + RQLGGRDGEVIELEIRSSDRLAREITGYGADAIVLQPGSLRDDVLARLRAQAGALA" + gene complement(2341573..2342931) + /gene="pafa" + /locus_tag="BQ2027_MB2124C" + CDS complement(2341573..2342931) + /gene="pafa" + /locus_tag="BQ2027_MB2124C" + /note="Mb2124c, -, len: 452 aa. Equivalent to Rv2097c, + len: 452 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 452 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similarity to YTH6_ RHOSO P43484 + hypothetical protein in thcr 5' region (333 aa), FASTA + scores opt: 738, E(): 0, (38.5% identity in 330 aa + overlap). Also highly similar to Mycobacterium leprae + protein ML1328, P54077|YY37_MYCLE HYPOTHETICAL 38.1 KD + PROTEIN (336 aa) opt: 1985 E(): 0; (96.4% identity in 307 + aa overlap) Protein product from Mb2124c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2124c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteasome accessory factor a pafa" + /protein_id="SIU00731.1" + /db_xref="GOA:P64944" + /db_xref="InterPro:IPR004347" + /db_xref="InterPro:IPR022279" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64944" + /translation="MQRRIMGIETEFGVTCTFHGHRRLSPDEVARYLFRRVVSWGRSS + NVFLRNGARLYLDVGSHPEYATAECDSLVQLVTHDRAGEWVLEDLLVDAEQRLADEGI + GGDIYLFKNNTDSAGNSYGCHENYLIVRAGEFSRISDVLLPFLVTRQLICGAGKVLQT + PKAATYCLSQRAEHIWEGVSSATTRSRPIINTRDEPHADAEKYRRLHVIVGDSNMSET + TTMLKVGTAALVLEMIESGVAFRDFSLDNPIRAIREVSHDVTGRRPVRLAGGRQASAL + DIQREYYTRAVEHLQTREPNAQIEQVVDLWGRQLDAVESQDFAKVDTEIDWVIKRKLF + QRYQDRYDMELSHPKIAQLDLAYHDIKRGRGIFDLLQRKGLAARVTTDEEIAEAVDQP + PQTTRARLRGEFISAAQEAGRDFTVDWVHLKLNDQAQRTVLCKDPFRAVDERVKRLIA + SM" + gene complement(2342983..2344458) + /gene="pe21" + /locus_tag="BQ2027_MB2125C" + CDS complement(2342983..2344458) + /gene="pe21" + /locus_tag="BQ2027_MB2125C" + /note="Mb2125c, PE_PGRS36, len: 491 aa. Equivalent to + Rv2099c (PE21) and Rv2098c (PE_PGRS36), len: 58 aa and 433 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 58 aa overlap and 99.8% identity in 433 aa + overlap). Rv2098c|PE_PGRS36: Member of Mycobacterium + tuberculosis PE-family, PGRS sub-family. Frameshifted near + N-terminus. Rv2099c|PE21: 5'-end of Rv2098c (MTCY49.38c), + then frameshifts. Sequence has been checked, no errors + found. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS36 and PE21 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base insertion + (*-c) leads to a single product more similar to PE_PGRS36. + There is also a 3 bp in-frame deletion (ggc-*)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs36" + /protein_id="SIU00732.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A689" + /translation="MSFVIASPEALLAAATDLAAIRSTIRAANAAAAVPTTGALAPAA + DEVSAGIAALFGAQAQSYQAVSAQAAAFHDRFVQLLNAGGGSYASAEIANAQQNLLNA + VNAPTQTLLGRPLVGDGADGASGPVGQPGGDGGILWGNGGNGGDSTSPGVAGGAGGSA + GLIGNGGRGGNGAPGGAGGNGGLGGLLLGNGGAGGVGGTGDNGVGDLGAGGGGGDGGL + GGRAGLIGHGGAGGNGGDGGHGGSGKAGGSGGSGGFGQFGGAGGLLYGNGGAAGSGGN + GGDAGTGVSSDGFAGLGGSGGRGGDAGLIGVGGGGGNGGDPGLGARLFQVGSRGGDGG + VGGWLYGDGGGGGDGGNGGLPFIGSTNAGNGGSARLIGNGGAGGSGGSGAPGSVSSGG + VGGAGNPGGSGGNGGVWYGNGGAGGAAGQGGPGMNTTSPGGPGGVGGHGGTAILFGDG + GAGGAGAAGGPGTPDGAAGPGGSGGTGGLLFGVPGPSGPDG" + gene 2344641..2346293 + /locus_tag="BQ2027_MB2126" + CDS 2344641..2346293 + /locus_tag="BQ2027_MB2126" + /note="Mb2126, -, len: 550 aa. Equivalent to Rv2100, len: + 550 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 550 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Member of Mycobacterium tuberculosis + 13E12 repeat family with Rv1148c, Rv1945, Rv3467, Rv0094c, + Rv1128c, Rv1587c, Rv1702c, Rv3466, Rv1588c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein, HNH endonuclease + domain" + /protein_id="SIU00733.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64946" + /translation="MAGALFEPSFAAAHPAGLLRRPVTRTVVLSVAATSIAHMFEISL + PDPTELCRSDDGALVAAIEDCARVEAAASARRLSAIAELTGRRTGADQRADWACDFWD + CAAAEVAAALTISHGKASGQMHLSLALNRLPQVAALFLAGHLGARLFSIIAWRTYLVR + DPHALSLLDAALAEHAGAWGPLSAPKLEKAIDSWIDRYDPGALRRSRISARTRDLCIG + DPDEDAGTAALWGRLYATDAAMLDRRLTEMAHGVCEDDPRTLAQRRADALGALAAGAD + HLACGCGKPDCPSGAGNDERAAGVVIHVVADASALDAQPDPHLSGDEPPSRPLTPETT + LFEALTPDPEPDPPATHAPAELITTGGGVVPAPLLAELIRGGATISQVRHPGDLAAEP + HYRPSAKLAEFVRMRDLTCRFPGCDVPAEFCDIDHSAPWPLGPTHPSNLKCACRKHHL + LKTFWTGWRDVQLPDGTVIWTAPNGHTYTTHPGSRIFFPTWHTTTAELPQTSTAAVNV + DARGLMMPRRRRTRAAELAHRINAERALNDAYMAERNKPPSF" + gene 2346492..2349533 + /gene="helZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2127" + CDS 2346492..2349533 + /gene="helZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2127" + /note="Mb2127, helZ, len: 1013 aa. Equivalent to Rv2101, + len: 1013 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.7% identity in 1013 aa overlap). Probable helZ, + helicase (EC 3.6.-.-), similar to many e.g. + PCC6803|P74552|SLL1366 HELICASE OF THE SNF2/RAD54 FAMILY + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (1039 aa), FASTA + scores: opt: 2015, E(): 0, (38.4% identity in 1063 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2127 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2127 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HELICASE HELZ" + /protein_id="SIU00734.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2C1" + /db_xref="InterPro:IPR000330" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR022138" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR038718" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C1" + /translation="MLVLHGFWSNSGGMRLWAEDSDLLVKSPSQALRSARPHPFAAPA + DLIAGIHPGKPATAVLLLPSLRSAPLDSPELIRLAPRPAARTDPMLLAWTVPVVDLDP + TAALAAFDQPAPDVRYGASVDYLAELAVFARELVERGRVLPQLRRDTHGAAACWRPVL + QGRDVVAMTSLVSAMPPVCRAEVGGHDPHELATSALDAMVDAAVRAALSPMDLLPPRR + GRSKRHRAVEAWLTALTCPDGRFDAEPDELDALAEALRPWDDVGIGTVGPARATFRLS + EVETENEETPAGSLWRLEFLLQSTQDPSLLVPAEQAWNDDGSLRRWLDRPQELLLTEL + GRASRIFPELVPALRTACPSGLELDADGAYRFLSGTAAVLDEAGFGVLLPSWWDRRRK + LGLVLSAYTPVDGVVGKASKFGREQLVEFRWELAVGDDPLSEEEIAALTETKSPLIRL + RGQWVALDTEQLRRGLEFLERKPTGRKTTAEILALAASHPDDVDTPLEVTAVRADGWL + GDLLAGAAAASLQPLDPPDGFTATLRPYQQRGLAWLAFLSSLGLGSCLADDMGLGKTV + QLLALETLESVQRHQDRGVGPTLLLCPMSLVGNWQQEAARFAPNLRVYAHHGGARLHG + EALRDHLERTDLVVSTYTTATRDIDELSEYEWNRVVLDEAQAVKNSLSRAAKAVRRLR + AAHRVALTGTPMENRLAELWSIMDFLNPGLLGSSERFRTRYAIPIERHGHTEPAERLR + ASTRPYILRRLKTDPAIIDDLPEKIEIKQYCQLTTEQASLYQAVVADMMEKIENTEGI + ERRGNVLAAMAKLKQVCNHPAQLLHDRSPVGRRSGKVIRLEEILEEILAEGDRVLCFT + QFTEFAELLVPHLAARFGRAARDIAYLHGGTPRKRRDEMVARFQSGDGPPIFLLSLKA + GGTGLNLTAANHVVHLDRWWNPAVENQATDRAFRIGQRRTVQVRKFICTGTLEEKIDE + MIEEKKALADLVVTDGEGWLTELSTRDLREVFALSEGAVGE" + gene 2349526..2350359 + /locus_tag="BQ2027_MB2128" + CDS 2349526..2350359 + /locus_tag="BQ2027_MB2128" + /note="Mb2128, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv2102, len: + 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 238 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to part of hypothetical + protein D90916_18 (289 aa) from Synechocystis sp. PCC6803. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A(P-loop). + FASTA scores: D90916|D90916_18 Synechocystis sp.PCC6803 + complete (289 aa) opt: 498, E(): 1.9e-25; 46.7% identity + in 167 aa overlap. Protein product from Mb2128 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2128 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SWF/SNF family helicase Rv2102" + /protein_id="SIU00735.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Z5" + /db_xref="InterPro:IPR007527" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z5" + /translation="MSSTWYPPPSRPRPVEGGIKARSTRGAIAQTWWSERFIAVLEDI + GLGNRLQRGRSYARKGQVISLQVDAGLVTALVQGSRARPYRIRIGIPAFGKSQWAHVE + RTLAENAWYAAKLLSGEMPEDIEDVFAGLGLSLFPGTARELSLDCSCPDYAVPCKHLA + ATFYLLAESFDEDPFAILAWRGREREDLLANLAAARADGAAPAADHAEQVAQPLTDCL + DRYYARQADINVPSPPATPSTALLDQLPDTGLSARGRPLTELLRPAYHALTHHHNSAG + G" + gene complement(2350338..2350772) + /gene="vapc37" + /locus_tag="BQ2027_MB2129C" + CDS complement(2350338..2350772) + /gene="vapc37" + /locus_tag="BQ2027_MB2129C" + /note="Mb2129c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv2103c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical + mycobacterial proteins belonging to family, includes + Rv0749, Rv0277c, Rv2530c, Rv3320c, Rv2494, Rv2872, Rv0617, + Rv1242 etc. FASTA scores: sptr|Q49793|Q49793 B2126_C3_261 + (97 aa) opt: 331, E(): 4.8e-18; 59.4% identity in 96 aa + overlap and gp|Z74024|MTCY274_3 Mycobacterium tuberculosis + cosmid (147 aa) opt: 234, E(): 1.2e-10; 34.8% identity in + 141 aa overlap. Protein product from Mb2129c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb2129c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc37. contains pin domain." + /protein_id="SIU00736.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y089" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y089" + /translation="MKIVDANVLLYAVNTTSEHHKPSLRWLDGALSGADRVGFAWVPL + LAFVRLATKVGLFPRPLPREAAITQVADWLAAPSAVLVNPTVRHADILARMLTYVGTG + ANLVNDAHLAALAVEHRASIVSYDSDFGRFEGVRWDQPPALL" + gene complement(2350779..2351033) + /gene="vapb37" + /locus_tag="BQ2027_MB2130C" + CDS complement(2350779..2351033) + /gene="vapb37" + /locus_tag="BQ2027_MB2130C" + /note="Mb2130c, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv2104c, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to members of a family of hypothetical + mycobacterial proteins including Rv2871, Rv1241, Rv2132, + Rv3321c, Rv1113, Rv0657, Rv1560, etc. FASTA scores: + sptr|Q49787|Q49787 B2126_C2_217 (97 aa) opt: 197, E(): + 2e-07; 57.1% identity in 56 aa overlap and + Z95388|MTCY270_36 Mycobacterium tuberculosis cosmid (76 + aa) opt: 142, E(): 0.0011; 41.8% identity in 55 aa + overlap. Mb2130c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb37" + /protein_id="SIU00737.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0M6" + /translation="MRTTVTLDDDVEQLVRRRMAERQVSFKKALNDAIRDGASGRPAP + SHFSTRTADLGVPAVNLDRALQLAADLEDEELVRRQRRGS" + gene 2352253..2352549 + /gene="PE22" + /locus_tag="BQ2027_MB2131" + CDS 2352253..2352549 + /gene="PE22" + /locus_tag="BQ2027_MB2131" + /note="Mb2131, PE22, len: 98 aa. Equivalent to Rv2107, + len: 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 98 aa overlap). Member of + mycobacterial PE family e.g. Y03A_MYCTU Q10637 + hypothetical glycine-rich 49.6 kd protein (603 aa), FASTA + scores; opt: 214 E(): 1.3e-14, 39.8% identity in 93 aa + overlap" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe22" + /protein_id="SIU00738.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y062" + /translation="MSFVNVDPFGMLAAAATLESLGSHMAVSNAAVASVTTKVPPPAA + DYVSKKLSLFFSSHGQQYQVQAARGTAFHRKLVRTLANGALAYEEVEIANNEGF" + gene 2352605..2353336 + /gene="PPE36" + /locus_tag="BQ2027_MB2132" + CDS 2352605..2353336 + /gene="PPE36" + /locus_tag="BQ2027_MB2132" + /note="Mb2132, PPE36, len: 243 aa. Equivalent to Rv2108, + len: 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 243 aa overlap). N-terminus is similar + to N-terminal region of Mycobacterium tuberculosis PPE + family proteins eg. YX23_MYCTU Q10813 hypothetical 41.1 kd + protein cy274.23 (404 aa), FASTA scores; opt: 431, E(): + 3.9e-32, 44.0% identity in 166 aa overlap" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe36" + /protein_id="SIU00739.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0A7" + /translation="MPNFWALPPEINSTRIYLGPGSGPILAAAQGWNALASELEKTKV + GLQSALDTLLESYRGQSSQALIQQTLPYVQWLTTTAEHAHKTAIQLTAAANAYEQARA + AMVPPAMVRANRVQTTVLKAINWFGQFSTRIADKEADYEQMWFQDALVMENYWEAVQE + AIQSTSHFEDPPEMADDYDEAWMLNTVFDYHNENAKEEVIHLVPDVNKERGPIELVTK + VDKEGTIRLVYDGEPTFSYKEHPKF" + gene complement(2353876..2354622) + /gene="prcA" + /locus_tag="BQ2027_MB2133C" + CDS complement(2353876..2354622) + /gene="prcA" + /locus_tag="BQ2027_MB2133C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2133c, prcA, len: 248 aa. Equivalent to Rv2109c, + len: 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 248 aa overlap). prcA, proteasome + alpha-type subunit 1, highly similar to TR:Q53080 + (EMBL:U26421) proteasome alpha-type subunit 1 from + Rhodococcus (259 aa), FASTA scores; opt: 1035, E(): 0, + 67.2% identity in 247 aa overlap. Protein product from + Mb2133c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2133c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteasome alpha subunit prca; assembles with + beta subunit prcb." + /protein_id="SIU00740.1" + /db_xref="GOA:Q7TZ14" + /db_xref="InterPro:IPR001353" + /db_xref="InterPro:IPR022296" + /db_xref="InterPro:IPR023332" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZ14" + /translation="MSFPYFISPEQAMRERSELARKGIARAKSVVALAYAGGVLFVAE + NPSRSLQKISELYDRVGFAAAGKFNEFDNLRRGGIQFADTRGYAYDRRDVTGRQLANV + YAQTLGTIFTEQAKPYEVELCVAEVAHYGETKPPELYRITYDGSIADEPHFVVMGGTT + EPIANALKESYAENASLTDALGIAVAALRAGSADTSGGDQPTLGVASLEVAVLDANRP + RRAFRRITGSALQALLVDQESPQSDGESSG" + gene complement(2354619..2355494) + /gene="prcB" + /locus_tag="BQ2027_MB2134C" + CDS complement(2354619..2355494) + /gene="prcB" + /locus_tag="BQ2027_MB2134C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2134c, prcB, len: 291 aa. Equivalent to Rv2110c, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). prcB, proteasome + beta-type subunit 2, highly similar to eg. TR:Q53083 + (EMBL:U264 22) proteasome beta-type subunit 2 from + Rhodococcus (292 aa), FASTA scores; opt: 1103, E(): 0, + 64.5% identity in 262 aa overlap. Protein product from + Mb2134c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2134c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteasome beta subunit prcb; assembles with + alpha subunit prca." + /protein_id="SIU00741.1" + /db_xref="GOA:Q7TZ13" + /db_xref="InterPro:IPR001353" + /db_xref="InterPro:IPR022483" + /db_xref="InterPro:IPR023333" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZ13" + /translation="MTWPLPDRLSINSLSGTPAVDLSSFTDFLRRQAPELLPASISGG + APLAGGDAQLPHGTTIVALKYPGGVVMAGDRRSTQGNMISGRDVRKVYITDDYTATGI + AGTAAVAVEFARLYAVELEHYEKLEGVPLTFAGKINRLAIMVRGNLAAAMQGLLALPL + LAGYDIHASDPQSAGRIVSFDAAGGWNIEEEGYQAVGSGSLFAKSSMKKLYSQVTDGD + SGLRVAVEALYDAADDDSATGGPDLVRGIFPTAVIIDADGAVDVPESRIAELARAIIE + SRSGADTFGSDGGEK" + gene complement(2355491..2355685) + /gene="pup" + /locus_tag="BQ2027_MB2135C" + CDS complement(2355491..2355685) + /gene="pup" + /locus_tag="BQ2027_MB2135C" + /note="Mb2135c, -, len: 64 aa. Equivalent to Rv2111c, len: + 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 64 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Highly similar to a hypothetical protein + TR:Q53078 (EMBL:U26422) (64 aa) upstream of Rhodococcus + proteasome beta-type subunit 1, FASTA scores; opt: 349, + E(): 7.3e-25, 84.4% identity in 64 aa overlap Protein + product from Mb2135c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2135c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="prokaryotic ubiquitin-like protein pup" + /protein_id="SIU00742.1" + /db_xref="GOA:Q7TZ12" + /db_xref="InterPro:IPR008515" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TZ12" + /translation="MAQEQTKRGGGGGDDDDIAGSTAAGQERREKLTEETDDLLDEID + DVLEENAEDFVRAYVQKGGQ" + gene complement(2355798..2357405) + /gene="dop" + /locus_tag="BQ2027_MB2136C" + CDS complement(2355798..2357405) + /gene="dop" + /locus_tag="BQ2027_MB2136C" + /note="Mb2136c, -, len: 535 aa. Similar to Rv2112c, len: + 554 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 532 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Highly similar to a hypothetical + protein TR:Q53081 (EMBL:U26422) (499 aa) upstream of + Rhodococcus proteasome beta-type subunit 1, FASTA scores + opt: 2832 E(): 0, 85.3% identity in 502 aa overlap. Also + some similarity to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + protein Rv2097c (MTCY49.37c, 38.2% identity in 419 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 57 bp in-frame deletion at the NH2 part, leads to + a shorter product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (535 aa versus 554 aa). Protein + product from Mb2136c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2136c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="deamidase of pup dop" + /protein_id="SIU00743.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y085" + /db_xref="InterPro:IPR004347" + /db_xref="InterPro:IPR022366" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y085" + /translation="MFWVGGRCLMPASSAARCAARIVGGPRLYGMQRIIGTEVEYGIS + SPSDPTANPILTSTQAVLAYAAAAGIQRAKRTRWDYEVESPLRDARGFDLSRSAGPPP + VVDADEVGAANMILTNGARLYVDHAHPEYSAPECTDPLDAVIWDKAGERVMEAAARHV + ASVPGAAKLQLYKNNVDGKGASYGSHENYLMSRQTPFSAIITGLTPFLVSRQVVTGSG + RVGIGPSGDEPGFQLSQRSDYIEVEVGLETTLKRGIINTRDEPHADADRYRRLHVIIG + DANLAETSTYLKLGTTALVLDLIEEGPAHAIDLTDLALARPVHAVHAISRDPSLRATV + ALADGRELTGLALQRIYLDRVAKLVDSRDPDPRAADIVETWAHVLDQLERDPMDCAEL + LDWPAKLRLLDGFRQRENLSWSAPRLHLVDLQYSDVRLDKGLYNRLVARGSMKRLVTE + HQVLSAVENPPTDTRAYFRGECLRRFGADIAAASWDSVIFDLGGDSLVRIPTLEPLRG + SKAHVGALLDSVDSAVELVEQLTAEPR" + gene 2357466..2358659 + /locus_tag="BQ2027_MB2137" + CDS 2357466..2358659 + /locus_tag="BQ2027_MB2137" + /note="Mb2137, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv2113, len: + 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 397 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Protein product from Mb2137 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2137 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable integral membrane protein" + /protein_id="SIU00744.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2C2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C2" + /translation="MSLSVRRPPAARAAAIVEAESWFLKRGLPSVLTMRGRCRRLWPR + SAPMLAAWAVVEGCLMAVFFVTDGGEVFISATPTTAQWVILALLAVALPLASLVGWLV + SQISSGRGQAAVATMAVAFAAASDVIESGPIQLLRTAVVVGLVLLQTGCGVGSVLGWA + VRMTLEHLATVGTLAVRALPIVLLTALVFFNTYVWLMAANINGERLPLAMVFLLAIAG + AFVVSKTVERVRPLLRSTTVMPQGSQSLAGTPFATMGDPSPGFPLTRAERLNVVFLLA + ALQLVEILVVASVGAAIYLVLGMIILTPPLLREWTHYDSMTTTVLGMTFPAPDSLIRM + CLFLGALTFMYISARAVDDAEYRAMFLDPLIDDLHTALLARNRYRNNVVTAPCAGVDA + GHVDD" + gene 2358670..2359293 + /locus_tag="BQ2027_MB2138" + CDS 2358670..2359293 + /locus_tag="BQ2027_MB2138" + /note="Mb2138, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv2114, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Unknown Protein + product from Mb2138 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2138 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00745.1" + /db_xref="InterPro:IPR016792" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y103" + /translation="MSAPERVTGLSGQRYGEVLLVTPGEAGPQATVYNSFPLNDCPAE + LWSALDPQALATEHKAATALLNGPRYWLMNAIEKAPQGPPVTKTFGGIEMLQQATVLL + SSMNPAPYTVSQVSRNTVFVFNAGEEVYELQDPKGQRWVMQTWSQVVDPNLSRADLPK + LGERLNLPAGWSYHTRVLTSELRVDTTNREARVLQDDLTNSYSLVTA" + gene complement(2359297..2361126) + /gene="mpa" + /locus_tag="BQ2027_MB2139C" + CDS complement(2359297..2361126) + /gene="mpa" + /locus_tag="BQ2027_MB2139C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2139c, -, len: 609 aa. Equivalent to Rv2115c, + len: 609 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 609 aa overlap). Probable ATPase (EC + 3.6.1.-), similar to e.g. YB56_METJA Q58556 cell division + cycle protein 48 homolog (903 aa), FASTA scores; opt: 423, + E(): 8.1e-32, 45.8% identity in 249 aa overlap. Contains + PS00674 AAA-protein family signature and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Also some + similarity to other Mycobacterium tuberculosis ATPases eg. + Rv0435c and Rv3610c. Equivalent to Mycobacterium leprae + U00 017|U00017_18 (609 aa), FASTA scores; opt: 3670 E(): + 0; 92.9% identity in 609 aa overlap. Protein product from + Mb2139c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2139c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="mycobacterial proteasome atpase mpa" + /protein_id="SIU00746.1" + /db_xref="GOA:P63346" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR003960" + /db_xref="InterPro:IPR022482" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR032501" + /db_xref="InterPro:IPR041626" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63346" + /translation="MGESERSEAFGIPRDSPLSSGDAAELEQLRREAAVLREQLENAV + GSHAPTRSARDIHQLEARIDSLAARNSKLMETLKEARQQLLALREEVDRLGQPPSGYG + VLLATHDDDTVDVFTSGRKMRLTCSPNIDAASLKKGQTVRLNEALTVVEAGTFEAVGE + ISTLREILADGHRALVVGHADEERVVWLADPLIAEDLPDGLPEALNDDTRPRKLRPGD + SLLVDTKAGYAFERIPKAEVEDLVLEEVPDVSYADIGGLSRQIEQIRDAVELPFLHKE + LYREYSLRPPKGVLLYGPPGCGKTLIAKAVANSLAKKMAEVRGDDAHEAKSYFLNIKG + PELLNKFVGETERHIRLIFQRAREKASEGTPVIVFFDEMDSIFRTRGTGVSSDVETTV + VPQLLSEIDGVEGLENVIVIGASNREDMIDPAILRPGRLDVKIKIERPDAEAAQDIYS + KYLTEFLPVHADDLAEFDGDRSACIKAMIEKVVDRMYAEIDDNRFLEVTYANGDKEVM + YFKDFNSGAMIQNVVDRAKKNAIKSVLETGQPGLRIQHLLDSIVDEFAENEDLPNTTN + PDDWARISGKKGERIVYIRTLVTGKSSSASRAIDTESNLGQYL" + gene 2361407..2361976 + /gene="lppK" + /locus_tag="BQ2027_MB2140" + CDS 2361407..2361976 + /gene="lppK" + /locus_tag="BQ2027_MB2140" + /note="Mb2140, lppK, len: 189 aa. Equivalent to Rv2116, + len: 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 189 aa overlap). Probable lppK, + conserved lipoprotein, similar to Mycobacterium leprae + B2126_F3_115 TR:Q49803 (194 aa), FASTA scores; opt: 624, + E(): 3.1e-31, 51.6% identity in 190 aa overlap. Contains + N-terminal signal sequence and PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site. Some + similarity to Rv2376c. Mb2140 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved lipoprotein lppk" + /protein_id="SIU00747.1" + /db_xref="GOA:P65301" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65301" + /translation="MRRNIRVTLGAATIVAALGLSGCSHPEFKRSSPPAPSLPPVTSS + PLEAAPITPLPAPEALIDVLSRLADPAVPGTNKVQLIEGATPENAAALDRFTTALRDG + SYLPMTFAANDIAWSDNKPSDVMATVVVTTAHPDNREFTFPMEFVSFKGGWQLSRQTA + EMLLAMGNSPDSTPSATSPAPAPSPTPPG" + gene 2361984..2362277 + /locus_tag="BQ2027_MB2141" + CDS 2361984..2362277 + /locus_tag="BQ2027_MB2141" + /note="Mb2141, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv2117, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Similar to hypothetical proteins from + Mycobacterium leprae TR:Q49798 U2126J (97 aa), FASTA + scores; opt: 554, E(): 0, 85.6% identity in 97 aa overlap, + and Bacillus subtilis YLXP_BACSU P32730 hypothetical 10.7 + kd protein (92 aa), FASTA scores; opt: 173, E(): 1.4e-11, + 34.1% identity in 82 aa overlap Protein product from + Mb2141 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="YlxP-like protein" + /protein_id="SIU00748.1" + /db_xref="InterPro:IPR007546" + /db_xref="InterPro:IPR036746" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y074" + /translation="MWIGWLEFDVLLGDVRSLKQKRSVTRPLVAELQRKFSVSAAETG + SHDLYRRAGIGVAVVSGDRSHAVDVLDNAERLVAAHPEFELLSVRRGLHRTDD" + gene complement(2362306..2363148) + /locus_tag="BQ2027_MB2142C" + CDS complement(2362306..2363148) + /locus_tag="BQ2027_MB2142C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2142c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv2118c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Possible + S-adenosyl-l-methionine-dependent RNA methyltransferase + (EC 2.1.1.-) (see citation below); corresponds to + Mycobacterium leprae B2126_C1_165, similar to hypothetical + proteins from several organisms e.g. Y134_METJA Q57598 + hypothetical protein mj0134 (282 aa), FASTA scores; opt: + 256, E(): 1e-13, FASTA scores; 30.2% identity in 285 aa + overlap. The larger catalytic C-terminal domain binds the + cofactor S-adenosyl-l-methionine (AdoMet) and is involved + in the transfer of methyl group from AdoMet to the + substrate. Protein product from Mb2142c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2142c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="rna methyltransferase" + /protein_id="SIU00749.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0B7" + /db_xref="InterPro:IPR014816" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0B7" + /translation="MSATGPFSIGERVQLTDAKGRRYTMSLTPGAEFHTHRGSIAHDA + VIGLEQGSVVKSSNGALFLVLRPLLVDYVMSMPRGPQVIYPKDAAQIVHEGDIFPGAR + VLEAGAGSGALTLSLLRAVGPAGQVISYEQRADHAEHARRNVSGCYGQPPDNWRLVVS + DLADSELPDGSVDRAVLDMLAPWEVLDAVSRLLVAGGVLMVYVATVTQLSRIVEALRA + KQCWTEPRAWETLQRGWNVVGLAVRPQHSMRGHTAFLVATRRLAPGAVAPAPLGRKRE + GRDG" + gene 2363222..2364058 + /locus_tag="BQ2027_MB2143" + CDS 2363222..2364058 + /locus_tag="BQ2027_MB2143" + /note="Mb2143, -, len: 278 aa. Equivalent to Rv2119, len: + 278 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 278 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to Mycobacterium leprae + hypothetical protein TR:Q49799 U2126V (212 aa), FASTA + scores; opt: 1153, E(): 0, 83.6% identity in 195 aa + overlap. Orthologs present in Rhodococcus erythropolis + (gb|AAC68687.1|(AF088800) and Streptomyces + emb|CAB59506.1|(AL132648),Mb2143 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RecB family exonuclease" + /protein_id="SIU00750.1" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR011604" + /db_xref="InterPro:IPR038726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0B1" + /translation="MADQPDPPTPRPALSPSRATDFKQCPLLYRFRAIDRLPEATSAA + QLRGSVVHAALEQLYGLPAGLRSPDTARSLVQRAWDQMVAAEPELAGELDPGQPTQLL + EDARALVSGYYRLEDPTRFDPQCCEQRVEVELADGTLLRGYIDRIDVAATGELRVVDY + KTGKAPPAARALAEFKAMFQMKFYAVALFRSRGVPPTRLRLIYLADGQLLDYSPDRDE + LLRFEKTLMAIWRAIQSAGETGDFRPNPSRLCDWCPHQQRCPAFGGTPPPYPGWPTEP + AA" + gene complement(2364081..2364563) + /locus_tag="BQ2027_MB2144C" + CDS complement(2364081..2364563) + /locus_tag="BQ2027_MB2144C" + /note="Mb2144c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv2120c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to hypothetical protein + from Mesorhizobium loti (153 aa). Smith-Waterman scores: + NP_104030.1 hypothetical protein [Mesorhizobium loti] + >gi|14023209|dbj|BAB49816.1| (AP003000) Identities = + 50/135 (37%). Mb2144c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00751.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y094" + /db_xref="InterPro:IPR008816" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y094" + /translation="MTHVLVLLLALLIGVVAGLRSLTAPAVVSWAAFLGWINLHGTWA + SWMGNFVTVVIVSVLAVAELVNDKRPKTPPRTVTPVFAVRIILGAFAGAVIGTAWGYR + WGGLGAGVIGAVLGTMGGYQARTRLVAARGGHDLPIALLEDSVAVLGGFAIVAAAAAL + " + gene complement(2364642..2365496) + /gene="hisG" + /locus_tag="BQ2027_MB2145C" + CDS complement(2364642..2365496) + /gene="hisG" + /locus_tag="BQ2027_MB2145C" + /note="Mb2145c, hisG, len: 284 aa. Equivalent to Rv2121c, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Probable hisG, ATP + phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.17) (see citation + below), similar to others e.g. HIS1_ECOLI|P10366 ATP + phosphoribosyltransferase from Escherichia coli (299 aa), + FASTA scores: opt: 351, E(): 4.5e-20, (31.8% identity in + 289 aa overlap); etc. Protein product from Mb2145c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="atp phosphoribosyltransferase hisg" + /protein_id="SIU00752.1" + /db_xref="GOA:P60760" + /db_xref="InterPro:IPR001348" + /db_xref="InterPro:IPR011322" + /db_xref="InterPro:IPR013115" + /db_xref="InterPro:IPR013820" + /db_xref="InterPro:IPR015867" + /db_xref="InterPro:IPR018198" + /db_xref="InterPro:IPR020621" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60760" + /translation="MLRVAVPNKGALSEPATEILAEAGYRRRTDSKDLTVIDPVNNVE + FFFLRPKDIAIYVGSGELDFGITGRDLVCDSGAQVRERLALGFGSSSFRYAAPAGRNW + TTADLAGMRIATAYPNLVRKDLATKGIEATVIRLDGAVEISVQLGVADAIADVVGSGR + TLSQHDLVAFGEPLCDSEAVLIERAGTDGQDQTEARDQLVARVQGVVFGQQYLMLDYD + CPRSALKKATAITPGLESPTIAPLADPDWVAIRALVPRRDVNGIMDELAAIGAKAILA + SDIRFCRF" + gene complement(2365499..2365780) + /gene="hisE" + /locus_tag="BQ2027_MB2146C" + CDS complement(2365499..2365780) + /gene="hisE" + /locus_tag="BQ2027_MB2146C" + /standard_name="irg1" + /note="Mb2146c, hisE, len: 93 aa. Equivalent to Rv2122c, + len: 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Probable hisE + (alternate gene name: irg1), phosphoribosyl-AMP + cyclohydrolase (EC 3.6.1.31) (see citation below), similar + to N-terminus of e.g. HIS2_SYNY3 P74755 phosphoribosyl-AMP + cyclohydrolase (230 aa), FASTA scores; opt: 150, E(): + 4e-08, (37.9% identity in 87 aa overlap); etc. Note that + previously misnamed hisI. Protein product from Mb2146c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="phosphoribosyl-amp pyrophosphatase hise" + /protein_id="SIU00753.1" + /db_xref="GOA:P0A5B2" + /db_xref="InterPro:IPR008179" + /db_xref="InterPro:IPR021130" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5B2" + /translation="MQQSLAVKTFEDLFAELGDRARTRPADSTTVAALDGGVHALGKK + LLEEAGEVWLAAEHESNDALAEEISQLLYWTQVLMISRGLSLDDVYRKL" + gene 2365907..2367301 + /gene="PPE37" + /locus_tag="BQ2027_MB2147" + CDS 2365907..2367301 + /gene="PPE37" + /locus_tag="BQ2027_MB2147" + /standard_name="irg2" + /note="Mb2147, PPE37, len: 464 aa. Equivalent to Rv2123, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (97.9% identity in 473 aa overlap). PPE37 (alternate gene + name: irg2), member of the Mycobacterium tuberculosis PPE + family of proteins but the C-terminus is not repetitive. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 27 bp in-frame deletion leads to a slightly shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (464 aa versus 473 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe37" + /protein_id="SIU00754.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D4" + /translation="MTFPMWFAVPPEVPSAWLSTGMGPGPLLAAQYTEIATELASVLA + AVQASSWQGPSADRFVVAHQPFRYWLTHAATVATAAAAAHETAAAGYTSALGGMPTLA + ELAANHAMHGALVTTNFFGVNTIPIALNEADYLRMWIQAATVMSHYQAVAHESVAATP + STPPAPQIVTSAASSAASISFPDPTKLILQLLKDFLELLRYLAVELLPGPLGDLIAQV + LDWFISFVSGPVFTFLAYLVLDPLIYFGPFAPLTSPVLLPAGLTGLAGLGAVSGPAGP + MVERVHSDGPSRQSWPAATGVTLVGTNPAALVTTPAPAPTTSAAPTAPSTPGSSAAQG + LYAVGGPDGEGFNPIAKTTALAGVTTDAAAPAAKLPGDQAQSSASKATRLRRRLRQHR + FEFLADDGRLTMPNTPEMADVAAGNRGLDALGFAGTIPKSAPGSATGLTHLGGGFADV + LSQPMLPHTWDGSD" + gene complement(2367298..2370876) + /gene="metH" + /locus_tag="BQ2027_MB2148C" + CDS complement(2367298..2370876) + /gene="metH" + /locus_tag="BQ2027_MB2148C" + /note="Mb2148c, metH, len: 1192 aa. Equivalent to Rv2124c, + len: 1192 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1192 aa overlap). Probable metH, + methionine synthase (EC 2.1.1.13), similar to many e.g. + METH_ECOLI|P13009 5-methyltetrahydrofolate--homocystein + methyltransferase from Escherichia coli (1226 aa), FASTA + scores: opt: 1446, E(): 0, (32.1% identity in 1223 aa + overlap); etc. Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-I signature. BELONGS TO THE VITAMIN-B12 + DEPENDENT METHIONINE SYNTHASE FAMILY. Protein product from + Mb2148c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2148c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="5-methyltetrahydrofolate--homocystein + methyltransferase meth (methionine synthase, vitamin-b12 + dependent isozyme) (ms)" + /protein_id="SIU00755.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y112" + /db_xref="InterPro:IPR000489" + /db_xref="InterPro:IPR003726" + /db_xref="InterPro:IPR003759" + /db_xref="InterPro:IPR004223" + /db_xref="InterPro:IPR006158" + /db_xref="InterPro:IPR011005" + /db_xref="InterPro:IPR011822" + /db_xref="InterPro:IPR033706" + /db_xref="InterPro:IPR036589" + /db_xref="InterPro:IPR036594" + /db_xref="InterPro:IPR036724" + /db_xref="InterPro:IPR037010" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y112" + /translation="MTAADKHLYDTDLLDVLSQRVMVGDGAMGTQLQAADLTLDDFRG + LEGCNEILNETRPDVLETIHRNYFEAGADAVETNTFGCNLSNLGDYDIADRIRDLSQK + GTAIARRVADELGSPDRKRYVLGSMGPGTKLPTLGHTEYAVIRDAYTEAALGMLDGGA + DAILVETCQDLLQLKAAVLGSRRAMTRAGRHIPVFAHVTVETTGTMLLGSEIGAALTA + VEPLGVDMIGLNCATGPAEMSEHLRHLSRHARIPVSVMPNAGLPVLGAKGAEYPLLPD + ELAEALAGFIAEFGLSLVGGCCGTTPAHIREVAAAVANIKRPERQVSYEPSVSSLYTA + IPFAQDASVLVIGERTNANGSKGFREAMIAEDYQKCLDIAKDQTRDGAHLLDLCVDYV + GRDGVADMKALASRLATSSTLPIMLDSTETAVLQAGLEHLGGRCAINSVNYEDGDGPE + SRFAKTMALVAEHGAAVVALTIDEEGQARTAQKKVEIAERLINDITGNWGVDESSILI + DTLTFTIATGQEESRRDGIETIEAIRELKKRHPDVQTTLGLSNISFGLNPAARQVLNS + VFLHECQEAGLDSAIVHASKILPMNRIPEEQRNVALDLVYDRRREDYDPLQELMRLFE + GVSAASSKEDRLAELAGLPLFERLAQRIVDGERNGLDADLDEAMTQKPPLQIINEHLL + AGMKTVGELFGSGQMQLPFVLQSAEVMKAAVAYLEPHMERSDDDSGKGRIVLATVKGD + VHDIGKNLVDIVLSNNGYEVVNIGIKQPIATILEVAEDKSADVVGMSGLLVKSTVVMK + ENLEEMNTRGVAEKFPVLLGGAALTRSYVENDLAEIYQGEVHYARDAFEGLKLMDTIM + SAKRGEAPDENSPEAIKAREKEAERKARHQRSKRIAAQRKAAEEPVEVPERSDVAADI + EVPAPPFWGSRIVKGLAVADYTGLLDERALFLGQWGLRGQRGGEGPSYEDLVETEGRP + RLRYWLDRLSTDGILAHAAVVYGYFPAVSEGNDIVVLTEPKPDAPVRYRFHFPRQQRG + RFLCIADFIRSRELAAERGEVDVLPFQLVTMGQPIADFANELFASNAYRDYLEVHGIG + VQLTEALAEYWHRRIREELKFSGDRAMAAEDPEAKEDYFKLGYRGARFAFGYGACPDL + EDRAKMMALLEPERIGVTLSEELQLHPEQSTDAFVLHHPEAKYFNV" + gene 2371102..2371980 + /locus_tag="BQ2027_MB2149" + CDS 2371102..2371980 + /locus_tag="BQ2027_MB2149" + /note="Mb2149, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv2125, len: + 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 292 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Corresponds to Mycobacterium leprae hypothetical + protein e.g. TR:Q49797 B2126_F1_36 (317 aa), FASTA scores; + opt: 1648, E(): 0, 84.1% identity in 290 aa overlap. Very + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical protein + Rv2714,Mb2149 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00756.1" + /db_xref="InterPro:IPR008492" + /db_xref="InterPro:IPR019151" + /db_xref="InterPro:IPR038389" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D5" + /translation="MTPSEGNAPLPELHNTVVVAAFEGWNDAGDAASDAVAHLAASWQ + ALPIVEIDDEAYYDYQVNRPVIRQVDGVTRELQWPAMRISHCRPPGSDRDVVLMCGVE + PNMRWRTFCDELLAVIDKLNVDTVVILGALLADTPHTRPVPVSGAAYSAASARQFGLQ + ETRYEGPTGIAGVFQSACVGAGIPAVTFWAAVPHYVSHPPNPKATIALLRRVEDVLDV + EVPLADLPAQAEAWEREITETIAEDHELAEYVQTLEQHGDAAVDMNEALGNIDGDALA + AEFERYLRRRRPGFGR" + gene complement(2372011..2373078) + /gene="PE_PGRS37" + /locus_tag="BQ2027_MB2150C" + CDS complement(2372011..2373078) + /gene="PE_PGRS37" + /locus_tag="BQ2027_MB2150C" + /note="Mb2150c, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv2126c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 256 aa overlap). Possible PE_PGRS + pseudogene fragment, similar to the Gly-rich C-terminus of + many members of the Mycobacterium tuberculosis PGRS family + e.g. MTCY441.04c (778 aa), FASTA scores; opt: 935, E(): + 4.4e-18, 56.1% identity in 271 aa overlap,Mb2150c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs37" + /protein_id="SIU00757.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0P0" + /translation="MAGIGSAISAANALVAGPTTALAADRRRRGVDGYRGAVRRECAG + IPTDQRAGGRVSRAVCRGPNLGWRVVRGRRDRQRHVGTRSAQCRQCAHPGIVGRPLIG + DGANGGPGQPGGPGGLLYGNGGHGGAGAAGQDRGAGNSAGLIGNGGAGGAGGNGGIGG + AGAPGGLGGDGGKGGFADEFTGGFAQGGRGGFGGNGNTGASGGMGGAGGAGGAGGAGG + LLIGDGGAGGAGGIGGAGGVGGGGGAGGTGGGGVASAFGGGNAFGGRGGDGGDGGDGG + TGGAGGARGAGGAGGAGGWLSGHSGAHGAMGSGGEGGAGGGGGARGEAGAGGGTSTGT + NPGKAGAPGTQGDSGDPGPPG" + gene 2373425..2374894 + /gene="ansP1" + /locus_tag="BQ2027_MB2151" + CDS 2373425..2374894 + /gene="ansP1" + /locus_tag="BQ2027_MB2151" + /note="Mb2151, ansP1, len: 489 aa. Equivalent to Rv2127, + len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 489 aa overlap). Probable ansP1, + L-asparagine permease, integral membrane protein highly + similar to many eg. ANSP_ECOLI P77610 L-asparagine + permease (L-asparagine transport protein) (516 aa), FASTA + scores: opt: 1880, E(): 0, (60.3% identity in 463 aa + overlap); etc. Also highly similar to Mycobacterium + tuberculosis permeases Rv0346c|MTCY13E10.06c, (72.1% + identity in 473 aa overlap) and Rv1704c|MTCI125.26c|cycA. + Contains PS00218 Amino acid permeases signature. SEEMS TO + BELONG TO THE APC FAMILY. Protein product from Mb2151 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2151 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="l-asparagine permease ansp1" + /protein_id="SIU00758.1" + /db_xref="GOA:Q7VEQ4" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="InterPro:IPR004840" + /db_xref="InterPro:IPR004841" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEQ4" + /translation="MSAASQRVDAFGEEAGYHKGLKPRQLQMIGIGGAIGTGLFLGAS + GRLAKAGPGLFLVYGVCGVFVFLILRALGELVLHRPSSGSFVSYAREFFGEKAAYAVG + WMYFLHWAMTSIVDTTAIATYLQRWTIFTVVPQWILALIALTVVLSMNLISVEWFGEL + EFWAALIKVLALMAFLVVGTVFLAGRYPVDGHSTGLSLWNNHGGLFPTSWLPLLIVTS + GVVFAYSAVELVGTAAGETAEPEKIMPRAINSVVARIAIFYVGSVALLALLLPYTAYK + AGESPFVTFFSKIGFHGAGDLMNIVVLTAALSSLNAGLYSTGRVMHSIAMSGSAPRFT + ARMSKSGVPYGGIVLTAVITLFGVALNAFKPGEAFEIVLNMSALGIIAGWATIVLCQL + RLHKLANAGIMQRPRFRMPFSPYSGYLTLLFLLVVLVTMASDKPIGTWTVATLIIVIP + ALTAGWYLVRKRVMAVARERLGHTGPFPAVANPPVRSRD" + gene 2374894..2375097 + /locus_tag="BQ2027_MB2152" + CDS 2374894..2375097 + /locus_tag="BQ2027_MB2152" + /note="Mb2152, -, len: 67 aa. Equivalent to Rv2128, len: + 67 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 67 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein. Mb2152 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00759.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0C7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0C7" + /translation="MLRRGESIIRNRYASKPPLYGMAMVFLAMAVVAVTAYFRMGWWS + IIGYAAAAIIGVIGFALAFRDLS" + gene complement(2375117..2375998) + /locus_tag="BQ2027_MB2153C" + CDS complement(2375117..2375998) + /locus_tag="BQ2027_MB2153C" + /note="Mb2153c, -, len: 293 aa. Equivalent to Rv2129c, + len: 293 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 293 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to many e.g. + FABG_SYNY3|P73826 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] + reductase (240 aa), FASTA scores: opt: 241, E(): 5.1e-17, + (32.7% identity in 196 aa overlap); etc. Also similar to a + number of other Mycobacterium tuberculosis oxidoreductases + e.g. MTCY210.04 (34.1% identity in 217 aa overlap). + Protein product from Mb2153c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2153c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable oxidoreductase" + /protein_id="SIU00760.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0C0" + /translation="MTSLQGKVVFITGAARGIGAEVARRLHNKGAKLVLTDLSKSELA + VMGAELGGDDRLLTVVADVRDLPAMQAAAETAVERFGGIDVVVANAGIASYGSVLKVD + PQAFRRVLDVNLLGNFHTVRATLPALIDRRGYVLIVSSLAAFAAPPGMAPYNMSKAGN + EHFANALRLEVAHLGVSVGSAHMSWIDTALVRDTKADLPAFAELLARLPWPLNKTTSV + NKCAAAFVNGIEGRKDRVYCPGWVALFRWLKPLLSTRVGQRPIRNTVAKLMPQMDAEV + AALGRFASAYTESLENS" + gene complement(2376024..2377268) + /gene="mshc" + /locus_tag="BQ2027_MB2154C" + CDS complement(2376024..2377268) + /gene="mshc" + /locus_tag="BQ2027_MB2154C" + /note="Mb2154c, cysS2, len: 414 aa. Equivalent to Rv2130c, + len: 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 414 aa overlap). Probable cysS2, + cysteinyl-tRNA synthetase, similar to many e.g. + SYC_ECOLI|P21888 cysteinyl-tRNA synthetase from + Escherichia coli (461 aa), FASTA scores: opt: 535, E(): 0, + (37.0% identity in 370 aa overlap); etc. Also similar to + Mycobacterium tuberculosis cysS|Rv3580c|MTCY06G11.27c, + (35.8% identity in 372 aa overlap). Protein product from + Mb2154c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2154c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cysteine:1d-myo-inosityl + 2-amino-2-deoxy--d-glucopyranoside ligase mshc" + /protein_id="SIU00761.1" + /db_xref="GOA:P67018" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR017812" + /db_xref="InterPro:IPR024909" + /db_xref="InterPro:IPR032678" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67018" + /translation="MQSWYCPPVPVLPGRGPQLRLYDSADRQVRPVAPGSKATMYVCG + ITPYDATHLGHAATYVTFDLIHRLWLDLGHELHYVQNITDIDDPLFERADRDGVDWRD + LAQAEVALFCEDMAALRVLPPQDYVGATEAIAEMVELIEKMLACGAAYVIDREMGEYQ + DIYFRADATLQFGYESGYDRDTMLRLCEERGGDPRRPGKSDELDALLWRAARPGEPSW + PSPFGPGRPGWHVECAAIALSRIGSGLDIQGGGSDLIFPHHEFTAAHAECVSGERRFA + RHYVHAGMIGWDGHKMSKSRGNLVLVSALRAQDVEPSAVRLGLLAGHYRADRFWSQQV + LDEATARLHRWRTATALPAGPAAVDVVARVRRYLADDLDTPKAIAALDGWVTDAVEYG + GHDAGAPKLVATAIDALLGVDL" + gene complement(2377326..2378129) + /gene="cysQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2155C" + CDS complement(2377326..2378129) + /gene="cysQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2155C" + /note="Mb2155c, cysQ, len: 267 aa. Equivalent to Rv2131c, + len: 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 267 aa overlap). cysQ, equivalent to + Mycobacterium leprae CYSQ_MYCLE P46726 cysQ protein + homolog (289 aa). Contains inositol monophosphatase family + signature 1 (PS00629), significance uncertain. FASTA best: + CYSQ_MYCLE P4672 6 cysq protein homolog (289 aa) opt: + 1374, E(): 0; (77.3% identity in 264 aa overlap) Protein + product from Mb2155c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2155c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="monophosphatase cysq" + /protein_id="SIU00762.1" + /db_xref="GOA:P65164" + /db_xref="InterPro:IPR000760" + /db_xref="InterPro:IPR020583" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65164" + /translation="MVSPAAPDLTDDLTDAELAADLAADAGKLLLQVRAEIGFDQPWT + LGEAGDRQANSLLLRRLQAERPGDAVLSEEAHDDLARLKSDRVWIIDPLDGTREFSTP + GRDDWAVHIALWRRSSNGQPEITDAAVALPARGNVVYRTDTVTSGAAPAGVPGTLRIA + VSATRPPAVLHRIRQTLAIQPVSIGSAGAKAMAVIDGYVDAYLHAGGQWEWDSAAPAG + VMLAAGMHASRLDGSPLRYNQLDPYLPDLLMCRAEVAPILLGAIADAWR" + gene 2378220..2378450 + /locus_tag="BQ2027_MB2156" + CDS 2378220..2378450 + /locus_tag="BQ2027_MB2156" + /note="Mb2156, -, len: 76 aa. Equivalent to Rv2132, len: + 76 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 76 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Function unknown but belongs to Mycobacterium + tuberculosis protein family including Rv2871, Rv1241, + Rv3321c, Rv1113, Rv0657c, Rv1560, Rv2104c, etc. Similarity + to Mycobacterium tuberculosis protein Rv2871 + (AL021924|MTV020_4, 84 aa). FASTA score: opt: 142, E(): + 0.00036; 41.8% identity in 55 aa overlap Protein product + from Mb2156 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2156 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antitoxin to Toxin 1, PIN domain" + /protein_id="SIU00763.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0A2" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0A2" + /translation="MRTTVSLADDVAAAVQRLRKERSIGLSEAVNELIRAGLTKRQVA + NRFQQQTYDMGEGIDYSNIGDAIETLDGPASG" + gene complement(2378660..2379448) + /locus_tag="BQ2027_MB2157C" + CDS complement(2378660..2379448) + /locus_tag="BQ2027_MB2157C" + /note="Mb2157c, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv2133c, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Function: unknown but equivalent to + hypothetical Mycobacterium leprae protein, Q49774. FASTA + best: Q49774 B2126_C1_150 (262 aa) opt: 1447, E(): 0; + (79.0% identity in 262 aa overlap),Mb2157c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase" + /protein_id="SIU00764.1" + /db_xref="InterPro:IPR022292" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F0" + /translation="MLADGELTVLGRIRSASNATFLCESTLGLRSLHCVYKPVSGERP + LWDFPDGTLAGRELSAYLVSTQLGWNLVPHTIIRDGPAGIGMLQLWVQQPGDAVDSDP + LPGPDLVDLFPAHRPRPGYLPVLRAYDYAGDEVVLMHADDIRLRRMAVFDVLINNADR + KGGHILCGIDGQVYGVDHGLCLHVENKLRTVLWGWAGKPIDDQILQAVAGLADALGGP + LAEALAGRIAAAEIGALRRRAQSLLDQPVMPGPNGHRPIPWPAF" + gene complement(2379459..2380046) + /locus_tag="BQ2027_MB2158C" + CDS complement(2379459..2380046) + /locus_tag="BQ2027_MB2158C" + /note="Mb2158c, -, len: 195 aa. Equivalent to Rv2134c, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 195 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Function: unknown but equivalent to + hypothetical Mycobacterium leprae protein, Q49789. FASTA + best: Q49789 B2126_C3_228, opt: 1192, E(): 0 (91.1% + identity in 192 aa overlap) Protein product from Mb2158c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2158c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00765.1" + /db_xref="InterPro:IPR021441" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y123" + /translation="MARAIHVFRTPDRFVAGTVGQPGNRTFYLQAVHDSRVVSVVLEK + QQVAVLAERIGALLFEVNRRFGTPVPPEPTEIDDLSPLIMPVDAEFRVGTMGLGWDSE + AQSVVVELLAVTDAEFDASVVLDDTEEGPDAVRVFLTPESARQFATRSYRVISAGRPP + CPLCDEPLDPEGHICARTNGYRRDVLLGSGDDPAG" + gene complement(2380110..2380820) + /locus_tag="BQ2027_MB2159C" + CDS complement(2380110..2380820) + /locus_tag="BQ2027_MB2159C" + /note="Mb2159c, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv2135c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Function: unknown but equivalent to + hypothetical Mycobacterium leprae protein, Q49773. FASTA + best: Q49773 B2126_C1_148 opt: 1183, E() : 0; (74.8% + identity in 250 aa overlap), also similar in C-terminus to + PMG2_ECOLI P36942 probable phosphoglycerate mutase 2 (215 + aa), FASTA scores; opt: 212, E(): 2.5e-07 27.9% identity + in 190 aa overlap; and to Rv2228 and Rv2419c Protein + product from Mb2159c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2159c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoglycerate mutase family protein" + /protein_id="SIU00766.1" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR022492" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E8" + /translation="MTVILLRHARSTSNTAGVLAGRSGVDLDEKGREQATGLIDRIGD + LPIRAVASSPMLRCQRTVEPLAEALCLEPLIDDRFSEVDYGEWTGRKIGDLVDEPLWR + VVQAHPSAAVFPGGEGLAQVQTRAVAAVREHDRRLADQHGHDVLWLACTHGDVIKAVI + ADAFGMHLDSFQRITADPGSVSVVRYTQLRPFVLHVNHTGARLAPALQAAASAQGASP + EPNAAVPPGDAVIGGSTD" + gene complement(2380817..2381647) + /locus_tag="BQ2027_MB2160C" + CDS complement(2380817..2381647) + /locus_tag="BQ2027_MB2160C" + /note="Mb2160c, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv2136c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 276 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, very similar to hypothetical + Mycobacterium leprae protein Q49783. FASTA best: Q49783 + B2126_C2_190 opt: 1023, E(): 0; (82.4% identity in 187 aa + over lap) similar to BACA_ECOLI P31054 bacitracin + resistance protein (273 aa) opt: 477, E(): 7e-26, (35.6% + identity in 267 aa overlap),Mb2160c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00767.1" + /db_xref="GOA:Q7VEQ2" + /db_xref="InterPro:IPR003824" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEQ2" + /translation="MSWWQVIVLAAAQGLTEFLPVSSSGHLAIVSRIFFSGDAGASFT + AVSQLGTEAAVVIYFARDIVRILSAWVHGLVVKAHRNTDYRLGWYVIIGTIPICILGL + FFKDDIRSGVRNLWVVVTALVVFSGVIALAEYVGRQSRHIERLTWRDAVVVGIAQTLA + LVPGVSRSGSTISAGLFLGLDRELAARFGFLLAIPAVFASGLFSLPDAFHPVTEGMSA + TGPQLLVATLIAFVLGLTAVAWLLRFLVRHNMYWFVGYRVLVGTGMLVLLATGTVAAT + " + gene complement(2381711..2382124) + /locus_tag="BQ2027_MB2161C" + CDS complement(2381711..2382124) + /locus_tag="BQ2027_MB2161C" + /note="Mb2161c, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv2137c, + len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. C-terminus is very similar to + hypothetical Mycobacterium leprae protein B2126_C2_188 + (150 aa). FASTA best: Q49782 B2126_C2_188. (150 aa) opt: + 469, E(): 9.6e-28; (77.2% identity in 101 aa overlap) + Protein product from Mb2161c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2161c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secretion/lipid metabolism" + /protein_id="SIU00768.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y093" + /translation="MRNMKSTSHESESGKLLSISSCRPREMVLQRYSLGMTVTADRHL + ADKREEFAVEDISTGIFASGYGQVGDGRSFSFHIEHRSLVVEIYRPRVAGPVPQAEDV + VAMAVRGLVDIDLTDERSLAAAVRDSVASAAPVSR" + gene 2382139..2383215 + /gene="lppL" + /locus_tag="BQ2027_MB2162" + CDS 2382139..2383215 + /gene="lppL" + /locus_tag="BQ2027_MB2162" + /note="Mb2162, lppL, len: 358 aa. Equivalent to Rv2138, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 358 aa overlap). Probable lppL, + conserved lipoprotein, with appropriately placed + lipoprotein signature (PS00013) strongly similar to + hypothetical Mycobacterium leprae protein, Q49806. FASTA + best: Q49806 B2126_F3_142. (298 aa) opt: 1495, E(): 0; + (75.3% identity in 300 aa overlap). Protein product from + Mb2162 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2162 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved lipoprotein LppL" + /protein_id="SIU00769.1" + /db_xref="InterPro:IPR015943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D3" + /translation="MLTGNKPAVQRRFIGLLMLSVLVAGCSSNPLANFAPGYPPTIEP + AQPAVSPPTSQDPAGAVRPLSGHPRAALFDNGTRQLVALRPGADSAAPASIMVFDDVH + VAPRVIFLPGPAAALTSDDHGTAFLAARGGYFVADLSSGHTARVNVADAAHTDFTAIA + RRSDGKLVLGSADGAVYTLAKNPAVDPASGAATVASRTKIFARVDALVTQGNTTVVLD + RGQTSVTTIGADGHAQQALRAGQGATTMAADPLGRVLIADTRGGQLLVYGVDPLILRQ + AYPVRQAPYGLAGSRELAWVSQTASNTVIGYDLTTGIPVEKVRYPTVQQPNSLAFDET + SDTLYVVSGSGAGVQVIEHAAGTR" + gene 2383529..2384602 + /gene="pyrD" + /locus_tag="BQ2027_MB2163" + CDS 2383529..2384602 + /gene="pyrD" + /locus_tag="BQ2027_MB2163" + /note="Mb2163, pyrD, len: 357 aa. Equivalent to Rv2139, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 357 aa overlap). Probable pyrD, + dihydroorotate dehydrogenase (EC 1.3.3.1); contains + dihydroorotate dehydrogenase signatures 1 and 2 (PS00911, + PS00912). FASTA best: PYRD_MYCLE P46727 dihydroorotate + dehydrogenase (309 aa) opt: 1653, E(): 0; (82.6% identity + in 304 aa overlap) Protein product from Mb2163 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2163 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dihydroorotate dehydrogenase pyrd" + /protein_id="SIU00770.1" + /db_xref="GOA:P65909" + /db_xref="InterPro:IPR001295" + /db_xref="InterPro:IPR005719" + /db_xref="InterPro:IPR005720" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65909" + /translation="MYPLVRRLLFLIPPEHAHKLVFAVLRGVAAVAPVRRLLRRLLGP + TDPVLASTVFGVRFPAPLGLAAGFDKDGTALSSWGAMGFGYAEIGTVTAHPQPGNPAP + RLFRLADDRALLNRMGFNNHGARALAIRLARHRPEIPIGVNIGKTKKTPAGDAVNDYR + ASARMVGPLASYLVVNVSSPNTPGLRDLQAVESLRPILSAVRAETSTPVLVKIAPDLS + DSDLDDIADLAVELDLAGIVATNTTVSRDGLTTPGVDRLGPGGISGPPLAQRAVQVLR + RLYDRVGDRLALISVGGIETADDAWERITAGASLLQGYTGFIYGGERWAKDIHEGIAR + RLHDGGFGSLHEAVGSARRRQPS" + gene complement(2384607..2385137) + /gene="TB18.6" + /locus_tag="BQ2027_MB2164C" + CDS complement(2384607..2385137) + /gene="TB18.6" + /locus_tag="BQ2027_MB2164C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2164c, TB18.6, len: 176 aa. Equivalent to + Rv2140c, len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 176 aa overlap). TB18.6, + conserved hypothetical protein; shows good similarity to + hypothetical proteins from Streptomyces coelicolor (177 + aa; 58% identity) >emb|CAC32358.1| (AL583945) and to 17.1 + kd Escherichia coli protein YbhB. FASTA best: YBHB_ECOLI + P12994 hypothetical 17.1 kd protein (158 aa) opt: 465 E(): + 2e-23; (46.2% identity in 156 aa overlap). Protein product + from Mb2164c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2164c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phospholipid-binding protein" + /protein_id="SIU00771.1" + /db_xref="InterPro:IPR005247" + /db_xref="InterPro:IPR008914" + /db_xref="InterPro:IPR036610" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67227" + /translation="MTTSPDPYAALPKLPSFSLTSTSITDGQPLATPQVSGIMGAGGA + DASPQLRWSGFPSETRSFAVTVYDPDAPTLSGFWHWAVANLPANVTELPEGVGDGREL + PGGALTLVNDAGMRRYVGAAPPPGHGVHRYYVAVHAVKVEKLDLPEDASPAYLGFNLF + QHAIARAVIFGTYEQR" + gene complement(2385185..2386531) + /locus_tag="BQ2027_MB2165C" + CDS complement(2385185..2386531) + /locus_tag="BQ2027_MB2165C" + /note="Mb2165c, -, len: 448 aa. Equivalent to Rv2141c, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 448 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Shows some similarity to conserved + hypothetical proteins and to acetylornithine deacetylase + and succinyl-diaminopimelate desuccinylase and contains + ArgE/dapE/ACY1/CPG2/yscS family signature 1 (PS00758). + FASTA best: CBPS_YEAST P27614 carboxypeptidases precursor + (576 aa) opt: 234, E(): 4.3e-08; (24.3% identity in 412 aa + overlap). Previously named dapE2 Protein product from + Mb2165c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2165c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="YscS-like amidohydrolase" + /protein_id="SIU00772.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0E1" + /db_xref="InterPro:IPR001261" + /db_xref="InterPro:IPR002933" + /db_xref="InterPro:IPR011650" + /db_xref="InterPro:IPR036264" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E1" + /translation="MTDETGASSDHSDDVAQVVSRLIRFDTTNSGEPGTTKGEAECAR + WVAEQLAEVGYQPEYVESGAPGRGNVFARLAGADSSRGALLIHGHLDVVPAEPAEWSV + HPFSGAIEDGYVWGRGAVDMKDMVGMMIVVARHLRQAAIVPPRDLVFAFVADEEHGGK + YGSHWLVDNRPDLFDGITEAIGEVGGFSLTVPRHDGGERRLYLIETAEKGIQWMRLTA + RGRAGHGSMVHDQNAVTAVCEAVARLGRHQFPLVCTDTVAQFLAVVGEETGLAFDLDS + PDLAGTIDKLGPMARMLKAVLHDTANPTMLKAGYKANVVPATAEAVVDCRVLPGRRAA + FEAEVDALIGPDVTREWVSDLPSYETTFDGDLVAAMNAAVLAVDPDGRTVPYMLSGGT + DAKAFARLGIRCFGFSPLRLPPDLDFTSLFHGVDERVPIDGLRFGTEVLTHLLTHC" + gene 2386912..2386997 + /locus_tag="BQ2027_LEUU" + tRNA 2386912..2386997 + /locus_tag="BQ2027_LEUU" + /product="tRNA-Leu" + /note="leuU, len: 86 nt. Equivalent to leuU, len: 86 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 86 nt overlap). leu-tRNA, anticodon gag." + gene complement(2387118..2387435) + /gene="pare2" + /locus_tag="BQ2027_MB2166C" + CDS complement(2387118..2387435) + /gene="pare2" + /locus_tag="BQ2027_MB2166C" + /note="Mb2166c, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv2142c, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2166c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin pare2" + /protein_id="SIU00773.1" + /db_xref="InterPro:IPR007712" + /db_xref="InterPro:IPR035093" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0A6" + /translation="MTRRLRVHNGVEDDLFEAFSYYADAAPDQIDRLYNLFVDAVTKR + IPQAPNAFAPLFKHYRHIYLRPFRYYVAYRTTDEAIDILAVRHGMENPNAVEAEISGR + TFE" + gene complement(2387432..2387647) + /gene="parD2" + /locus_tag="BQ2027_MB2166A" + CDS complement(2387432..2387647) + /gene="parD2" + /locus_tag="BQ2027_MB2166A" + /note="Mb2166A, len: 71 aa. Equivalent to Rv2142A len: 71 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 71 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible parD2, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv2142c (See Pandey and Gerdes, 2005). Protein product + from Mb2166A detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2166A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin ParD2" + /protein_id="SIU00774.1" + /db_xref="InterPro:IPR013406" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F4" + /translation="MVVNRALLASVDALSRDEQIELVEHINGNLAEGMHISEANQALI + EARANDTDDAHWSTIDDFDKRIRARLG" + gene 2387902..2388960 + /locus_tag="BQ2027_MB2167" + CDS 2387902..2388960 + /locus_tag="BQ2027_MB2167" + /note="Mb2167, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv2143, len: + 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, strongly similar to two hypothetical + mycobacterial proteins Rv2030c 2.1e-50 and Rv0571c from + position 120 (Q50819; Q50111). FASTA best: Q50819 opt: + 882, E() 0; (61.1% identity in 226 aa overlap). Also + similar to AL021942|MTV039_9 (443 aa), FASTA scores: opt: + 592, E(): 5e-30; 46.9% identity in 224 aa overlap,Mb2167 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoribosyl transferase domain protein" + /protein_id="SIU00775.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y135" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y135" + /translation="MEAPPYAGDPTFERLRRSFQPADLLPELQAAGVHYTIAVEAADD + PAENESLLATARHHDWIARVIGWVPLADPDEVTESSTHGRHRPDASWRRDLRCPGLLP + PGCHQPVLVVGLVGQQPEMRPMNPPSGFLRRTPTRRFRDRRDAGRVLADELASYRGRD + RLLVLGLARGGVPVGWEVASALGAELDVFLVRKLGVPQWRELAMGALASGGGVVMNDD + VVSSLRITDQQVRAAIDSETAELQRRELAYRGGRPVVDPRARIVILVDDGIATGASML + AAVRTIRATGPESIVVAVPVGPATACRELAAEADDVVCATMPAAFEAVGQVYNDFHQV + TDDEVRELLATPTTGAAT" + gene complement(2389090..2389446) + /locus_tag="BQ2027_MB2168C" + CDS complement(2389090..2389446) + /locus_tag="BQ2027_MB2168C" + /note="Mb2168c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv2144c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Probable + transmembrane protein. Mb2168c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transmembrane protein" + /protein_id="SIU00776.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F4" + /translation="MLIIALVLALIGLLALVFAVVTSNQLVAWVCIGASVLGVALLIV + DALRERQQGGADEADGAGETGVAEEADVDYPEEAPEESQAVDAGVIGSEEPSEEASEA + TEESAVSADRSDDSAK" + gene complement(2389541..2390323) + /gene="wag31" + /locus_tag="BQ2027_MB2169C" + CDS complement(2389541..2390323) + /gene="wag31" + /locus_tag="BQ2027_MB2169C" + /standard_name="ag84" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2169c, wag31, len: 260 aa. Equivalent to Rv2145c, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). wag31 (alternate gene + name: ag84). Function unknown but corresponds to antigen + 84 of Mycobacterium tuberculosis (wag31) (see first + citation below). Predicted to contain significant amount + of coiled coil structure. Some similarity to Rv1682 and + Rv2927c. FASTA best: AG84_MYCTU P46816 antigen 84. Protein + product from Mb2169c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2169c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="diviva family protein wag31" + /protein_id="SIU00777.1" + /db_xref="GOA:P0A5N3" + /db_xref="InterPro:IPR007793" + /db_xref="InterPro:IPR019933" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5N3" + /translation="MPLTPADVHNVAFSKPPIGKRGYNEDEVDAFLDLVENELTRLIE + ENSDLRQRINELDQELAAGGGAGVTPQATQAIPAYEPEPGKPAPAAVSAGMNEEQALK + AARVLSLAQDTADRLTNTAKAESDKMLADARANAEQILGEARHTADATVAEARQRADA + MLADAQSRSEAQLRQAQEKADALQADAERKHSEIMGTINQQRAVLEGRLEQLRTFERE + YRTRLKTYLESQLEELGQRGSAAPVDSNADAGGFDQFNRGKN" + gene complement(2390591..2390881) + /locus_tag="BQ2027_MB2170C" + CDS complement(2390591..2390881) + /locus_tag="BQ2027_MB2170C" + /note="Mb2170c, -, len: 96 aa. Equivalent to Rv2146c, len: + 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, orthologs present in Mycobacterium + leprae, ML0921 (96 aa) and Streptomyces coelicolor. Second + start taken GTG alternative upstream but much less + probable in TBparse. FASTA best: Q44935 SIMILAR TO A + HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROT EIN (97 aa) opt: 105, + E(): 0.093; (25.3% identity in 87 aa overlap). + >emb|CAC31302.1| (AL583920) possible membrane protein + ML0921 [Mycobacterium leprae] E(): 5e-32 (76% identity in + 96 aa overlap),Mb2170c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00778.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0A1" + /db_xref="InterPro:IPR003425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0A1" + /translation="MVVFFQILGFALFIFWLLLIARVVVEFIRSFSRDWRPTGVTVVI + LEIIMSITDPPVKVLRRLIPQLTIGAVRFDLSIMVLLLVAFIGMQLAFGAAA" + gene complement(2391043..2391768) + /gene="sepF" + /locus_tag="BQ2027_MB2171C" + CDS complement(2391043..2391768) + /gene="sepF" + /locus_tag="BQ2027_MB2171C" + /note="Mb2171c, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv2147c, + len: 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to conserved hypothetical + proteins in Mycobacterium leprae ML0920 (210 aa) and + Streptomyces coelicolor. FASTA scores: >emb|CAC31301.1| + (AL583920) hypothetical protein ML0920 hypothetical + protein (210 aa) opt: 1242, E(): 5.7e-74; 83.486% identity + in 218 aa overlap Protein product from Mb2171c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2171c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SepF, FtsZ-interacting protein related to cell + division" + /protein_id="SIU00779.1" + /db_xref="GOA:Q7TYZ5" + /db_xref="InterPro:IPR007561" + /db_xref="InterPro:IPR023052" + /db_xref="InterPro:IPR038594" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYZ5" + /translation="MNSHCSHTFITDNRSPRARRGHAMSTLHKVKAYFGMAPMEDYDD + EYYDDRAPSRGYARPRFDDDYGRYDGRDYDDARSDSRGDLRGEPADYPPPGYRGGYAD + EPRFRPREFDRAEMTRPRFGSWLRNSTRGALAMDPRRMAMMFEDGHPLSKITTLRPKD + YSEARTIGERFRDGSPVIMDLVSMDNADAKRLVDFAAGLAFALRGSFDKVATKVFLLS + PADVDVSPEERRRIAETGFYAYQ" + gene complement(2391765..2392541) + /locus_tag="BQ2027_MB2172C" + CDS complement(2391765..2392541) + /locus_tag="BQ2027_MB2172C" + /note="Mb2172c, -, len: 258 aa. Equivalent to Rv2148c, + len: 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 258 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; should belong to the + YGGS/YBL036C/F09E5.8 family. FASTA best: + AB003132|AB003132_5 Corynebacterium glutamicum gene (221 + aa) opt: 440, E(): 2.3e-23; 42.8% identity in 236 aa + overlap; and YPI1_VIBAL P52055 hypothetical protein in + pilt-proc intergenic region in Vibrio alginolyticus. opt: + 266, E(): 1.8e-11; 27.9% identity in 244 aa overlap. + Protein product from Mb2172c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2172c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pyridoxal phosphate-containing protein YggS" + /protein_id="SIU00780.1" + /db_xref="GOA:P67084" + /db_xref="InterPro:IPR001608" + /db_xref="InterPro:IPR011078" + /db_xref="InterPro:IPR029066" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67084" + /translation="MAADLSAYPDRESELTHALAAMRSRLAAAAEAAGRNVGEIELLP + ITKFFPATDVAILFRLGCRSVGESREQEASAKMAELNRLLAAAELGHSGGVHWHMVGR + IQRNKAGSLARWAHTAHSVDSSRLVTALDRAVVAALAEHRRGERLRVYVQVSLDGDGS + RGGVDSTTPGAVDRICAQVQESEGLELVGLMGIPPLDWDPDEAFDRLQSEHNRVRAMF + PHAIGLSAGMSNDLEVAVKHGSTCVRVGTALLGPRRLRSP" + gene complement(2392547..2393299) + /gene="yfiH" + /locus_tag="BQ2027_MB2173C" + CDS complement(2392547..2393299) + /gene="yfiH" + /locus_tag="BQ2027_MB2173C" + /note="Mb2173c, yfiH, len: 250 aa. Equivalent to Rv2149c, + len: 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). yfiH; corresponds to + hypothetical 25.3 kDa YfiH protein in ftsZ 3' region of + Streptomyces griseus, and to YfiH proteins in other + bacteria. Belongs to UPF0124 Family. FASTA best: + YFIH_STRGR P45496, (246 aa) opt: 722, E(): 1.9e-37; (49.4% + identity in 245 aa overlap) Protein product from Mb2173c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2173c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00003370: Multicopper polyphenol oxidase" + /protein_id="SIU00781.1" + /db_xref="GOA:P67257" + /db_xref="InterPro:IPR003730" + /db_xref="InterPro:IPR011324" + /db_xref="InterPro:IPR038371" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67257" + /translation="MLASTRHIARGDTGNVSVRIRRVTTTRAGGVSAPPFDTFNLGDH + VGDDPAAVAANRARLAAAIGLPGNRVVWMNQVHGDRVELVDQPRNTALDDTDGLVTAT + PRLALAVVTADCVPVLMADARAGIAAAVHAGRAGAQRGVVVRALEVMLSLGAQVRDIS + ALLGPAVSGRNYEVPAAMADEVEAALPGSRTTTAAGTPGVDLRAGIACQLRDLGVESI + DVDPRCTVADPTLFSHRRDAPTGRFASLVWME" + gene complement(2393310..2394449) + /gene="ftsZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2174C" + CDS complement(2393310..2394449) + /gene="ftsZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2174C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2174c, ftsZ, len: 379 aa. Equivalent to Rv2150c, + len: 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 379 aa overlap). ftsZ, cell division + protein (see first citation below). Contains FtsZ protein + signature 2 (PS01135). FASTA best: FTSZ_STRCO P45500 cell + division protein FtsZ (399 aa) opt: 1674, E(): 0; (77.3% + identity in 339 aa overlap). Protein product from Mb2174c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2174c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cell division protein FtsZ" + /protein_id="SIU00782.1" + /db_xref="GOA:P64171" + /db_xref="InterPro:IPR000158" + /db_xref="InterPro:IPR003008" + /db_xref="InterPro:IPR008280" + /db_xref="InterPro:IPR018316" + /db_xref="InterPro:IPR020805" + /db_xref="InterPro:IPR024757" + /db_xref="InterPro:IPR036525" + /db_xref="InterPro:IPR037103" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64171" + /translation="MTPPHNYLAVIKVVGIGGGGVNAVNRMIEQGLKGVEFIAINTDA + QALLMSDADVKLDVGRDSTRGLGAGADPEVGRKAAEDAKDEIEELLRGADMVFVTAGE + GGGTGTGGAPVVASIARKLGALTVGVVTRPFSFEGKRRSNQAENGIAALRESCDTLIV + IPNDRLLQMGDAAVSLMDAFRSADEVLLNGVQGITDLITTPGLINVDFADVKGIMSGA + GTALMGIGSARGEGRSLKAAEIAINSPLLEASMEGAQGVLMSIAGGSDLGLFEINEAA + SLVQDAAHPDANIIFGTVIDDSLGDEVRVTVIAAGFDVSGPGRKPVMGETGGAHRIES + AKAGKLTSTLFEPVDAVSVPLHTNGATLSIGGDDDDVDVPPFMRR" + gene complement(2394622..2395566) + /gene="ftsQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2175C" + CDS complement(2394622..2395566) + /gene="ftsQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2175C" + /note="Mb2175c, ftsQ, len: 314 aa. Equivalent to Rv2151c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Possible ftsQ, cell + division protein, with some homology to FTSQ_STRGR|P45503 + cell division protein ftsq homolog from Streptomyces + griseus (208 aa), FASTA scores: opt: 204, E(): 4e-05; + (30.6% identity in 193 aa overlap). Protein product from + Mb2175c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2175c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CELL DIVISION PROTEIN FTSQ" + /protein_id="SIU00783.1" + /db_xref="GOA:P64169" + /db_xref="InterPro:IPR005548" + /db_xref="InterPro:IPR013685" + /db_xref="InterPro:IPR026579" + /db_xref="InterPro:IPR034746" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64169" + /translation="MTEHNEDPQIERVADDAADEEAVTEPLATESKDEPAEHPEFEGP + RRRARRERAERRAAQARATAIEQARRAAKRRARGQIVSEQNPAKPAARGVVRGLKALL + ATVVLAVVGIGLGLALYFTPAMSAREIVIIGIGAVSREEVLDAARVRPATPLLQIDTQ + QVADRVATIRRVASARVQRQYPSALRITIVERVPVVVKDFSDGPHLFDRDGVDFATDP + PPPALPYFDVDNPGPSDPTTKAALQVLTALHPEVASQVGRIAAPSVASITLTLADGRV + VIWGTTDRCEEKAEKLAALLTQPGRTYDVSSPDLPTVK" + gene complement(2395563..2397047) + /gene="murC" + /locus_tag="BQ2027_MB2176C" + CDS complement(2395563..2397047) + /gene="murC" + /locus_tag="BQ2027_MB2176C" + /note="Mb2176c, murC, len: 494 aa. Equivalent to Rv2152c, + len: 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 494 aa overlap). Probable murC, + UDP-N-acetylmuramate-alanine ligase (EC 6.3.2.8). FASTA + best: MURC_ECOLI P17952 (491 aa) opt: 764, E(): 0; (36.9% + identity in 474 aa overlap) Protein product from Mb2176c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2176c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable udp-n-acetylmuramate-alanine ligase + murc" + /protein_id="SIU00784.1" + /db_xref="GOA:P65473" + /db_xref="InterPro:IPR000713" + /db_xref="InterPro:IPR004101" + /db_xref="InterPro:IPR005758" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="InterPro:IPR036615" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65473" + /translation="MSTEQLPPDLRRVHMVGIGGAGMSGIARILLDRGGLVSGSDAKE + SRGVHALRARGALIRIGHDASSLDLLPGGATAVVTTHAAIPKTNPELVEARRRGIPVV + LRPAVLAKLMAGRTTLMVTGTHGKTTTTSMLIVALQHCGLDPSFAVGGELGEAGTNAH + HGSGDCFVAEADESDGSLLQYTPHVAVITNIESDHLDFYGSVEAYVAVFDSFVERIVP + GGALVVCTDDPGGAALAQRATELGIRVLRYGSVPGETMAATLVSWQQQGVGAVAHIRL + ASELATAQGPRVMRLSVPGRHMALNALGALLAAVQIGAPADEVLDGLAGFEGVRRRFE + LVGTCGVGKASVRVFDDYAHHPTEISATLAAARMVLEQGDGGRCMVVFQPHLYSRTKA + FAAEFGRALNAADEVFVLDVYGAREQPLAGVSGASVAEHVTVPMRYVPDFSAVAQQVA + AAASPGDVIVTMGAGDVTLLGPEILTALRVRANRSAPGRPGVLG" + gene complement(2397044..2398276) + /gene="murG" + /locus_tag="BQ2027_MB2177C" + CDS complement(2397044..2398276) + /gene="murG" + /locus_tag="BQ2027_MB2177C" + /note="Mb2177c, murG, len: 410 aa. Equivalent to Rv2153c, + len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 410 aa overlap). Probable MURG PROTEIN + (UPD-N-acetylglucosamine-N-acetylmuramyl-(pentapeptide) + pyrophosphoryl-undecaprenol-N-acetylglucosamine + transferase. FASTA score: MURG_BACSU P37585 murg protein + (363 aa) opt: 494, E(): 1.1e-20; (27.9% identity in 365 aa + overlap) Protein product from Mb2177c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2177c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable + upd-n-acetylglucosamine-n-acetylmuramyl-(pentapeptide) + pyrophosphoryl-undecaprenol-n-acetylglucosamine + transferase murg" + /protein_id="SIU00785.1" + /db_xref="GOA:Q7VEP8" + /db_xref="InterPro:IPR004276" + /db_xref="InterPro:IPR006009" + /db_xref="InterPro:IPR007235" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEP8" + /translation="MKDTVSQPAGGRGATAPRPADAASPSCGSSPSADSLSVVLAGGG + TAGHVEPAMAVADALVALDPRVRITALGTPRGLETRLVPQRGYHLELITAVPMPRKPG + GDLARLPSRVWRAVREARDVLDDVDADVVVGFGGYVALPAYLAARGLPLPPRRRRRIP + VVIHEANARAGLANRVGAHTADRVLSAVPDSGLRRAEVVGVPVRASIAALDRAVLRAE + ARAHFGFPDDARVLLVFGGSQGAVSLNRAVSGAAADLAAAGVCVLHAHGPQNVLELRR + RAQGDPPYVAVPYLDRMELAYAAADLVICRAGAMTVAEVSAVGLPAIYVPLPIGNGEQ + RLNALPVVNAGGGMVVADAALTPELVARQVAGLLTDPARLAAMTAAAARVGHRDAAGQ + VARAALAVATGAGARTTT" + gene complement(2398273..2399847) + /gene="ftsW" + /locus_tag="BQ2027_MB2178C" + CDS complement(2398273..2399847) + /gene="ftsW" + /locus_tag="BQ2027_MB2178C" + /note="Mb2178c, ftsW, len: 524 aa. Equivalent to Rv2154c, + len: 524 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 524 aa overlap). Probable ftsW, cell + division protein, related to MTCY10H4.17c, 3.2e-17. FASTA + best: SP5E_BACSU P07373 stage V sporulation protein E (366 + aa) opt: 755, E(): 1.6e-33; (38.4% identity in 357 aa + overlap),Mb2178c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FtsW-like protein FtsW" + /protein_id="SIU00786.1" + /db_xref="GOA:P63763" + /db_xref="InterPro:IPR001182" + /db_xref="InterPro:IPR013437" + /db_xref="InterPro:IPR018365" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63763" + /translation="MLTRLLRRGTSDTDGSQTRGAEPVEGQRTGPEEASNPGSARPRT + RFGAWLGRPMTSFHLIIAVAALLTTLGLIMVLSASAVRSYDDDGSAWVIFGKQVLWTL + VGLIGGYVCLRMSVRFMRRIAFSGFAITIVMLVLVLVPGIGKEANGSRGWFVVAGFSM + QPSELAKMAFAIWGAHLLAARRMERASLREMLIPLVPAAVVALALIVAQPDLGQTVSM + GIILLGLLWYAGLPLRVFLSSLAAVVVSAAILAVSAGYRSDRVRSWLNPENDPQDSGY + QARQAKFALAQGGIFGDGLGQGVAKWNYLPNAHNDFIFAIIGEELGLVGALGLLGLFG + LFAYTGMRIASRSADPFLRLLTATTTLWVLGQAFINIGYVIGLLPVTGLQLPLISAGG + TSTAATLSLIGIIANAARHEPEAVAALRAGRDDKVNRLLRLPLPEPYLPPRLEAFRDR + KRANPQPAQTQPARKTPRTAPGQPARQMGLPPRPGSPRTADPPVRRSVHHGAGQRYAG + QRRTRRVRALEGQRYG" + gene complement(2399859..2401319) + /gene="murD" + /locus_tag="BQ2027_MB2179C" + CDS complement(2399859..2401319) + /gene="murD" + /locus_tag="BQ2027_MB2179C" + /note="Mb2179c, -, len: 486 aa. Equivalent to Rv2155c, + len: 486 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 486 aa overlap). Probable murD, + UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase (EC + 6.3.2.9). FASTA best: MURD_BACSU Q03522 (451 aa) opt: 534, + E(): 2.7e-25; (28.8% identity in 483 aa overlap); contains + PS01011 Folylpolyglutamate synthase signature 1 Protein + product from Mb2179c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2179c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable udp-n-acetylmuramoylalanine-d-glutamate + ligase murd" + /protein_id="SIU00787.1" + /db_xref="GOA:Q7VEP7" + /db_xref="InterPro:IPR004101" + /db_xref="InterPro:IPR005762" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="InterPro:IPR036615" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEP7" + /translation="MLDPLGPGAPVLVAGGRVTGQAVAAVLTRFGATPTVCDDDPVML + RPHAERGLPTVSSSDAVQQITGYALVVASPGFSPATPLLAAAAAAGVPIWGDVELAWR + LDAAGCYGPPRSWLVVTGTNGKTTTTSMLHAMLIAGGRRAVLCGNIGSAVLDVLDEPA + ELLAVELSSFQLHWAPSLRPEAGAVLNIAEDHLDWHATMAEYTAAKARVLTGGVAVAG + LDDSRAAALLDGSPAQVRVGFRLGEPAAGELGVRDAHLVDRAFSDDLTLLPVASIPVP + GPVGVLDALAAAALARSVGVPAGAIADAVTSFRVGRHRAEVVAVADGITYVDDSKATN + PHAARASVLAYPRVVWIAGGLLKGASLHAEVAAMASRLVGAVLIGRDRAAVAEALSRH + APDVPVVQVVAGEDTGMPATVEVPVACVLDVAKDDKAGETVGAAVMTAAVAAARRMAQ + PGDTVLLAPAGASFDQFTGYADRGEAFATAVRAVIR" + gene complement(2401321..2402400) + /gene="murX" + /locus_tag="BQ2027_MB2180C" + CDS complement(2401321..2402400) + /gene="murX" + /locus_tag="BQ2027_MB2180C" + /note="Mb2180c, murX, len: 359 aa. Equivalent to Rv2156c, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable murX, + phospho-N-acetylmuramoyl-pentappeptidetransferase (EC + 2.7.8 .13). FASTA best: MRAY_ECOLI P15876 (360 aa) opt: + 572 z-sco re: 651.6 E(): 2.7e-29; (35.8% identity in 344 + aa overlap) Protein product from Mb2180c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2180c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable + phospho-n-acetylmuramoyl-pentappeptidetransferase murx" + /protein_id="SIU00788.1" + /db_xref="GOA:P64260" + /db_xref="InterPro:IPR000715" + /db_xref="InterPro:IPR003524" + /db_xref="InterPro:IPR018480" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64260" + /translation="MRQILIAVAVAVTVSILLTPVLIRLFTKQGFGHQIREDGPPSHH + TKRGTPSMGGVAILAGIWAGYLGAHLAGLAFDGEGIGASGLLVLGLATALGGVGFIDD + LIKIRRSRNLGLNKTAKTVGQITSAVLFGVLVLQFRNAAGLTPGSADLSYVREIATVT + LAPVLFVLFCVVIVSAWSNAVNFTDGLDGLAAGTMAMVTAAYVLITFWQYRNACVTAP + GLGCYNVRDPLDLALIAAATAGACIGFLWWNAAPAKIFMGDTGSLALGGVIAGLSVTS + RTEILAVVLGALFVAEITSVVLQILTFRTTGRRMFRMAPFHHHFELVGWAETTVIIRF + WLLTAITCGLGVALFYGEWLAAVGA" + gene complement(2402397..2403929) + /gene="murF" + /locus_tag="BQ2027_MB2181C" + CDS complement(2402397..2403929) + /gene="murF" + /locus_tag="BQ2027_MB2181C" + /note="Mb2181c, murF, len: 510 aa. Equivalent to Rv2157c, + len: 510 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 510 aa overlap). Probable murF, + UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, + 6-diaminopimelate-D -alanyl-D-alanyl ligase (EC 6.3.2.15) + (UDP-MURNAC-PENTAPEPTIDE SYNTHETASE) also related to other + Mycobacterium tuberculosis mur gene products. FASTA best: + MURF_ECOLI P11880 (452 aa) opt: 515, E(): 2.6e-24, (31.9% + identity in 511 aa overlap); deleted EC number 6.3.2.15 + Protein product from Mb2181c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2181c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable + udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamyl-2, + 6-diaminopimelate-d-alanyl-d-alanyl ligase murf" + /protein_id="SIU00789.1" + /db_xref="GOA:P0A5L5" + /db_xref="InterPro:IPR000713" + /db_xref="InterPro:IPR004101" + /db_xref="InterPro:IPR005863" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR035911" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="InterPro:IPR036615" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5L5" + /translation="MIELTVAQIAEIVGGAVADISPQDAAHRRVTGTVEFDSRAIGPG + GLFLALPGARADGHDHAASAVAAGAAVVLAARPVGVPAIVVPPVAAPNVLAGVLEHDN + DGSGAAVLAALAKLATAVAAQLVAGGLTIIGITGSSGKTSTKDLMAAVLAPLGEVVAP + PGSFNNELGHPWTVLRATRRTDYLILEMAARHHGNIAALAEIAPPSIGVVLNVGTAHL + GEFGSREVIAQTKAELPQAVPHSGAVVLNADDPAVAAMAKLTAARVVRVSRDNTGDVW + AGPVSLDELARPRFTLHAHDAQAEVRLGVCGDHQVTNALCAAAVALECGASVEQVAAA + LTAAPPVSRHRMQVTTRGDGVTVIDDAYNANPDSMRAGLQALAWIAHQPEATRRSWAV + LGEMAELGEDAIAEHDRIGRLAVRLDVSRLVVVGTGRSISAMHHGAVLEGAWGSGEAT + ADHGADRTAVNVADGDAALALLRAELRPGDVVLVKASNAAGLGAVADALVADDTCGSV + RP" + gene complement(2403926..2405533) + /gene="murE" + /locus_tag="BQ2027_MB2182C" + CDS complement(2403926..2405533) + /gene="murE" + /locus_tag="BQ2027_MB2182C" + /note="Mb2182c, murE, len: 535 aa. Equivalent to Rv2158c, + len: 535 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 535 aa overlap). Probable murE, + UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate + ligase (EC 6.3.2.13; UDP-N-ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE + SYNTHETASE) also related to other Mycobacterium + tuberculosis mur gene products. FASTA best: MURE_BACSU + Q03523 (494 aa) opt: 1020 z- score: 1110.1 E(): 0; (40.1% + identity in 476 aa overlap) Protein product from Mb2182c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2182c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable + UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate + ligase MurE" + /protein_id="SIU00790.1" + /db_xref="GOA:P65478" + /db_xref="InterPro:IPR000713" + /db_xref="InterPro:IPR004101" + /db_xref="InterPro:IPR005761" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR035911" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="InterPro:IPR036615" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65478" + /translation="MSSLARGISRRRTEVATQVEAAPTGLRPNAVVGVRLAALADQVG + AALAEGPAQRAVTEDRTVTGVTLRAQDVSPGDLFAALTGSTTHGARHVGDAIARGAVA + VLTDPAGVAEIAGRAAVPVLVHPAPRGVLGGLAATVYGHPSERLTVIGITGTSGKTTT + TYLVEAGLRAAGRVAGLIGTIGIRVGGADLPSALTTPEAPTLQAMLAAMVERGVDTVV + MEVSSHALALGRVDGTRFAVGAFTNLSRDHLDFHPSMADYFEAKASLFDPDSALRART + AVVCIDDDAGRAMAARAADAITVSAADRPAHWRATDVAPTDAGGQQFTAIDPAGVGHH + IGIRLPGRYNVANCLVALAILDTVGVSPEQAVPGLREIRVPGRLEQIDRGQGFLALVD + YAHKPEALRSVLTTLAHPDRRLAVVFGAGGDRDPGKRAPMGRIAAQLADLVVVTDDNP + RDEDPTAIRREILAGAAEVGGDAQVVEIADRRDAIRHAVAWARPGDVVLIAGKGHETG + QRGGGRVRPFDDRVELAAALEALERRA" + gene complement(2405556..2406590) + /locus_tag="BQ2027_MB2183C" + CDS complement(2405556..2406590) + /locus_tag="BQ2027_MB2183C" + /note="Mb2183c, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv2159c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; some similarity to hypothetical + protein from Streptomyces coelicolor SC1A6.09c (337 aa, + 29% identity). Smith-Waterman scores: >pir||T28690 + hypothetical protein -Streptomyces coelicolor + >gi|3127841|emb|CAA18907.1| (AL023496) Expect = 2e-18 + Protein product from Mb2183c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Peroxidase" + /protein_id="SIU00791.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0C9" + /db_xref="InterPro:IPR003779" + /db_xref="InterPro:IPR004675" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0C9" + /translation="MKFVNHIEPVAPRRAGGAVAEVYAEARREFGRLPEPLAMLSPDE + GLLTAGWATLRETLLVGQVPRGRKEAVAAAVAASLRCPWCVDAHTTMLYAAGQTDTAA + AILAGTAPAAGDPNAPYVAWAAGTGTPAGPPAPFGPDVAAEYLGTAVQFHFIARLVLV + LLDETFLPGGPRAQQLMRRAGGLVFARKVRAEHRPGRSTRRLEPRTLPDDLAWATPSE + PIATAFAALSHHLDTAPHLPPPTRQVVRRVVGSWHGEPMPMSSRWTNEHTAELPADLH + APTRLALLTGLAPHQVTDDDVAAARSLLDTDAALVGALAWAAFTAARRIGTWIGAAAE + GQVSRQNPTG" + gene complement(2406587..2407207) + /locus_tag="BQ2027_MB2184C" + CDS complement(2406587..2407207) + /locus_tag="BQ2027_MB2184C" + /note="Mb2184c, -, len: 206 aa. Similar to 5' end of + Rv2160A and 3' end of Rv2160c, len: 211 aa and 112 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (96.3% + identity in 107 aa overlap and 92.0% identity in 112 aa + overlap). Conserved hypothetical protein, possibly a + tetR-family transcriptional regulator, similar to + N-terminal half of AL512667_12|Q9AD73|SCK31.01c PUTATIVE + TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (200 aa), FASTA scores: opt: 285, E(): 1.4e-08, + (51.042% identity in 96 aa overlap). Next gene, Rv2160c, + is similar to C-terminal half of 2SCK31.01c suggesting + possible frameshift near 2421978 but sequence of this + region has been checked and is also identical in strain + CDC1551. Conserved hypothetical protein, possibly a + tetR-family transcriptional regulator, similar to + C-terminal half of AL512667_12|Q9AD73|SCK31.01c PUTATIVE + TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (200 aa), while Rv2160A is similar to the + N-terminal half of 2SCK31.01c. This suggests possible + frameshift near 2421978 but sequence of this region has + been checked and is also identical in strain CDC1551. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2160A and Rv2160c exist as 2 + genes with an overlap region between them. In + Mycobacterium bovis, a 4 bp insertion (*-ggaa) leads to a + single product." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00792.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0F7" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F7" + /translation="MPSADVGRQTRAQILRAAMDIASVKGLSGLSIGELAGRLGMSKS + GLFRHFGAKEQLQLATVEAAVSVFEAEVVAPAMAAPPGVDRVRALMHAWVGYLERDVF + PGGCFFAAAAADVDSQPGPVRDRIAATGRAGIAAITADVETAQRRGEIRADIEARQLA + FELHAYAMEANWALLLLDDDGAGERARTAIDAALARVGTTQEGVES" + gene complement(2407200..2408066) + /locus_tag="BQ2027_MB2185C" + CDS complement(2407200..2408066) + /locus_tag="BQ2027_MB2185C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2185c, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv2161c, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 288 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; shows some similarity to protein + involved in lincomycin production and to other M. + tuberculosis proteins e.g. Rv0953c, Rv0791c, Rv0132c, + Rv2951c, Rv1855c. FASTA best: Q54379 (78-11) LINCOMYCIN + PRODUCTION GENES (295 aa) opt: 243, E(): 2.4e-09; (29.5% + identity in 285 aa overlap). Protein product from Mb2185c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2185c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable F420-dependent oxidoreductase family + protein" + /protein_id="SIU00793.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0D6" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019921" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D6" + /translation="MLVSLMQFVTDLTPPPQLVAVWAEERGFAGLYVPEKTHVPISRS + TPWPGGELPDWYRRCYDPVVALAAAAAVTTRLRVGTGACLVAVHDPILLAKQIASLCA + MSGERFVLGVGFGWNVEELADHGVPFADRIAVTVDKLAAMRALWAAEPVHYEGTHASV + PPSWAWPKPAVAPPVLFGCRPSARAFEVIARHGDGWQPIEGYGELLGALPMLHAAFER + AGRDPATAQVCVYSSAGDPATLHEYRRAGVAEVALALPSAGRDQVLAALDRSAPLVDA + FAGDDREVKSHA" + gene complement(2408169..2409641) + /gene="PE_PGRS38" + /locus_tag="BQ2027_MB2186C" + CDS complement(2408169..2409641) + /gene="PE_PGRS38" + /locus_tag="BQ2027_MB2186C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2186c, PE_PGRS38, len: 490 aa. Similar to + Rv2162c, len: 532 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (92.105% identity in 532 aa overlap). Member + of Mycobacterium tuberculosis PE_PGRS family. FASTA score: + Y03A_MYCTU Q 10637 hypothetical glycine-rich 49.6 kd + protein (603 aa) op t: 1798 z-score: 1220.0 E(): 0; (55.4% + identity in 590 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + in-frame deletions of 108 bp and 18 bp leads to a shorter + product than in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (490 aa versus 532 aa). Mb2186c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs38" + /protein_id="SIU00794.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H6" + /translation="MSFVIAAPEVMAAAATDLANIGSSISAASAAAAGPTMGILAAGA + DEVSVAISALFGSHAQGYQTLSAQLAAYHNQFVRALNAGAGSYASAEAANVQQTLLNA + INAPTQTLLGRPLIGNGADGGPGQNGGPGGLLYGNGGNGGAGDTANPNGGNGGSAGLI + GNGGAGGAGAATGAGGAGGNGGWLYGNGGPGGAAGLGTAGGVSPAGGAGGAAGLWGHG + GAGGAGGSASGAPGAGGAGGDGGRGGLLYGDGGAGGAGGNGSNGVTGVHGGNGGAGGA + AGLIGNGGAGGDGGNGGLSNTGASGGAGGAGGAALIGNGGDGGHGGNGGHGNSGGAGG + AGGAGGHVGLIGNGGNGGAGGNGGNDNSSTLADAGSGGAGAAGGNGGLFYGNGGVGGR + GGNGGQAPTPGNAGDGGAGGNARLIGDGGRGGNGGEGGDGPPGVKGDGGNGGNGGNAV + VIGNGGNGGAGGFGIPVGSGGAGGSRGVLFGTPGANGADG" + gene complement(2409851..2411890) + /gene="pbpB" + /locus_tag="BQ2027_MB2187C" + CDS complement(2409851..2411890) + /gene="pbpB" + /locus_tag="BQ2027_MB2187C" + /note="Mb2187c, pbpB, len: 679 aa. Equivalent to Rv2163c, + len: 679 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 679 aa overlap). Probable pbpB, + penicillin-binding membrane protein, similar to many + bacterial PBP2 proteins e.g. + P11882|PBP2_NEIME|PENA|NMA2072|NMB0413 penicillin-binding + protein 2 (pbp-2) from Neisseria meningitidis (serogroups + A and B) (581 aa), FASTA scores: opt: 665, E(): 1.6e-31, + (33.2% identity in 591 aa overlap); etc. Also similar to + Rv0016c and Rv2864c from Mycobacterium tuberculosis + (2.8e-10). Contains PS00017 possible ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop) near C-terminus. FASTA best: PBP2_NEIME + P11882 penicillin-binding protein 2 (pbp-2). (581 aa) opt: + 665, E(): 1.6e-31; (33 .2% identity in 591 aa + overlap),Mb2187c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable penicillin-binding membrane protein + pbpB" + /protein_id="SIU00795.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y155" + /db_xref="InterPro:IPR001460" + /db_xref="InterPro:IPR005311" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR036138" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y155" + /translation="MSRAAPRRASQSQSTRPARGLRRPPGAQEVGQRKRPGKTQKARQ + AQEATKSRPATRSDVAPAGRSTRARRTRQVVDVGTRGASFVFRHRTGNAVILVLMLVA + ATQLFFLQVSHAAGLRAQAAGQLKVTDVQPAARGSIVDRNNDRLAFTIEARALTFQPK + RIRRQLEEARKKTSAAPDPQQRLRDIAQEVAGKLNNKPDAAAVLKKLQSDETFVYLAR + AVDPAVASAICAKYPEVGAERQDLRQYPGGSLAANVVGGIDWDGHGLLGLEDSLDAVL + AGTDGSVTYDRGSDGVVIPGSYRNRHKAVHGSTVVLTLDNDIQFYVQQQVQQAKNLSG + AHNVSAVVLDAKTGEVLAMANDNTFDPSQDIGRQGDKQLGNPAVSSPFEPGSVNKIVA + ASAVIEHGLSSPDEVLQVPGSIQMGGVTVHDAWEHGVMPYTTTGVFGKSSNVGTLMLS + QRVGPERYYDMLRKFGLGQRTGVGLPGESAGLVPPIDQWSGSTFANLPIGQGLSMTLL + QMTGMYQAIANDGVRVPPRIIKATVAPDGSRTEEPRPDDIRVVSAQTAQTVRQMLRAV + VQRDPMGYQQGTGPTAGVPGYQMAGKTGTAQQINPGCGCYFDDVYWITFAGIATADNP + RYVIGIMLDNPARNSDGAPGHSAAPLFHNIAGWLMQRENVPLSPDPGPPLVLQAT" + gene complement(2411887..2413041) + /locus_tag="BQ2027_MB2188C" + CDS complement(2411887..2413041) + /locus_tag="BQ2027_MB2188C" + /note="Mb2188c, -, len: 384 aa. Equivalent to Rv2164c, + len: 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 384 aa overlap). Probable pro- rich + conserved membrane protein, equivalent to ML0907|AL022602 + putative conserved membrane protein from Mycobacterium + leprae (377 aa) (AL022602), FASTA scores: opt: 1495, E(): + 1.7e-56, (62.217% identity in 397 aa overlap). Protein + product from Mb2188c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2188c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED PROLINE RICH MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU00796.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H5" + /translation="MRAKREAPKSRSSDRRRRADSPAAATRRTTTNSAPSRRIRSRAG + KTSAPGRQARVSRPGPQTSPMLSPFDRPAPAKNTSQAKARAKARKAKAPKLVRPTPME + RLAARLTSIDLRPRTLANKVPFVVLVIGSLGVGLGLTLWLSTDAAERSYQLSNARERT + RMLQQHKEALERDVREAASAPALAEAARRQGMIPTRDTAHLAQDPDGNWVVVGTPKPA + DGVPPPPLNTKLPEDPPPPPKPAAVPLEVPVRVTPGPDDPAPPARSGPEVLVRTPDGT + ATLGGATHLPTQAGPQLPGPVPIPGAPGPMPAPPLGAVPSPAPAENPVPLQVGAAPPA + GLPGPAPVAATPGLSGGSQPMVAPPAPVPANGEQFGPVTAPVPTAPGAPR" + gene complement(2413038..2414228) + /gene="rsmH" + /locus_tag="BQ2027_MB2189C" + CDS complement(2413038..2414228) + /gene="rsmH" + /locus_tag="BQ2027_MB2189C" + /EC_number="2.1.1.199" + /note="Mb2189c, -, len: 396 aa. Equivalent to Rv2165c, + len: 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 396 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; shows strong similarity to several + hypothetical bacterial proteins but has extra 80 aa + residues at N-terminus FASTA best: YLXA_BACSU Q07876 + hypothetical 35.3 kd protein in ftsl (311 aa) opt: 781, + E(): 0; (45.6% identity in 296 aa overlap), BELONGS TO THE + YABC (E.COLI), YLXA (B.SUBTILIS) FAMILY Protein product + from Mb2189c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2189c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase + (EC" + /protein_id="SIU00797.1" + /db_xref="GOA:P65430" + /db_xref="InterPro:IPR002903" + /db_xref="InterPro:IPR023397" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65430" + /translation="MQTRAPWSLPEATLAYFPNARFVSSDRDLGAGAAPGIAASRSTA + CQTWGGITVADPGSGPTGFGHVPVLAQRCFELLTPALTRYYPDGSQAVLLDATIGAGG + HAERFLEGLPGLRLIGLDRDPTALDVARSRLVRFADRLTLVHTRYDCLGAALAESGYA + AVGSVDGILFDLGVSSMQLDRAERGFAYATDAPLDMRMDPTTPLTAADIVNTYDEAAL + ADILRRYGEERFARRIAAGIVRRRAKTPFTSTAELVALLYQAIPAPARRVGGHPAKRT + FQALRIAVNDELESLRTAVPAALDALAIGGRIAVLAYQSLEDRIVKRVFAEAVASATP + AGLPVELPGHEPRFRSLTHGAERASVAEIERNPRSTPVRLRALQRVEHRAQSQQWATE + KGDS" + gene complement(2414230..2414661) + /gene="mraZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2190C" + CDS complement(2414230..2414661) + /gene="mraZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2190C" + /note="Mb2190c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv2166c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; shows strong similarity to several + hypothetical bacterial proteins such as YLLB_BACSU P55343. + Is equivalent to Mycobacterium leprae hypothetical protein + ML0905 (143 aa, 92% identity) MLCB268.11c + >sp|O69561|YL66_MYCLE HYPOTHETICAL 16.1 KDA PROTEIN ML0905 + >gi|3080482|emb|CAA18677.1|(AL022602) + >gi|13092975|emb|CAC31286.1|(AL583920). FASTA scores: + ML0905|ML0905 conserved hypothetical protein (143 aa) opt: + 873, E(): 3.1e-52; 92.254% identity in 142 aa overlap; + YLLB_BACSU P55343 hypothetical 16.6 kd protein (143 aa) + opt: 340, E(): 3.6e-17; (35.0% identity in 143 aa + overlap). BELONGS TO THE YABB (E.COLI), YLLB (B.SUBTILIS), + MG221 (M.GENITALIUM) FAMILY Protein product from Mb2190c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2190c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator MraZ" + /protein_id="SIU00798.1" + /db_xref="GOA:P65437" + /db_xref="InterPro:IPR003444" + /db_xref="InterPro:IPR007159" + /db_xref="InterPro:IPR020603" + /db_xref="InterPro:IPR035642" + /db_xref="InterPro:IPR035644" + /db_xref="InterPro:IPR037914" + /db_xref="InterPro:IPR038619" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65437" + /translation="MFLGTYTPKLDDKGRLTLPAKFRDALAGGLMVTKSQDHSLAVYP + RAAFEQLARRASKAPRSNPEARAFLRNLAAGTDEQHPDSQGRITLSADHRRYASLSKD + CVVIGAVDYLEIWDAQAWQNYQQIHEENFSAASDEALGDIF" + gene complement(2415010..2415414) + /locus_tag="BQ2027_MB2191C" + CDS complement(2415010..2415414) + /locus_tag="BQ2027_MB2191C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2191c, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv2169c, + len: 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with orthologs in M. leprae, ML0904 + probable membrane protein (134 aa), and Streptomyces + coelicolor. FASTA scores with ML0904, opt: 767, E(): + 5.1e-43; 86.567% identity in 134 aa overlap. + emb|CAA18678.1| (AL022602) >gi|13092974|emb|CAC31285.1| + (AL583920). TBparse score is 0.934 Protein product from + Mb2191c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2191c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00799.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0G1" + /db_xref="InterPro:IPR021401" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0G1" + /translation="MPLSDHEQRMLDQIESALYAEDPKFASSVRGGGFRAPTARRRLQ + GAALFIIGLGMLVSGVAFKETMIGSFPILSVFGFVVMFGGVVYAITGPRLSGRMDRGG + SAAGASRQRRTKGAGGSFTSRMEDRFRRRFDE" + gene 2415680..2416300 + /locus_tag="BQ2027_MB2192" + CDS 2415680..2416300 + /locus_tag="BQ2027_MB2192" + /note="Mb2192, -, len: 206 aa. Equivalent to Rv2170, len: + 206 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 206 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to hypothetical protein + ML0903 (210 aa) from Mycobacterium leprae. FASTA scores: + ML0903 conserved hypothetical protein (210 aa) opt: 1045, + E(): 9.1e-57; 77.143% identity in 210 aa overlap. + >emb|CAA18679.1| (AL022602) >gi|13092973|emb|CAC31284.1| + (AL583920). Protein product from Mb2192 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2192 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU00800.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H2" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR013653" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H2" + /translation="MAIFLIDLPPSDMERRLGDALTVYVDAMRYPRGTETLRAPMWLE + HIRRRGWQAVAAVEVTAAEQAEAADTTALPSAAELSNAPMLGVAYGYPGAPGQWWQQQ + VVLGLQRSGFPRLAIARLMTSYFELTELHILPRAQGRGLGEALARRLLAGRDEDNVLL + STPETNGEDNRAWRLYRRLGFTDIIRGYHFAGDPRAFAILGRTLPL" + gene 2416396..2417079 + /gene="lppM" + /locus_tag="BQ2027_MB2193" + CDS 2416396..2417079 + /gene="lppM" + /locus_tag="BQ2027_MB2193" + /note="Mb2193, lppM, len: 227 aa. Equivalent to Rv2171, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 227 aa overlap). Probable lppM, + conserved lipoprotein; contains putative signal peptide + and appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Has hydrophobic stretch + at C-terminus and also contains PS00225 Crystallins beta + and gamma 'Greek key' motif signature. Unknown but + equivalent to Mycobacterium leprae lipoprotein ML0902 (239 + aa). FASTA scores: opt: 1083, E(): 2.4e-56; 75.446% + identity in 224 aa overlap (5-227:16-239) >emb|CAA18680.1| + (AL022602) >gi|13092972|emb|CAC31283.1| (AL583920). + Protein product from Mb2193 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2193 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved lipoprotein lppM" + /protein_id="SIU00801.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0D8" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0D8" + /translation="MARTRRRGMLAIAMLLMLVPLATGCLRVRASITISPDDLVSGEI + IAAAKPKNSKDTGPALDGDVPFSQKVAVSNYDSDGYVGSQAVFSDLTFAELPQLANMN + SDAAGVNLSLRRNGNIVILEGRADLTSVSDPDADVELTVAFPAAVTSTNGDRIEPEVV + QWKLKPGVVSTMSAQARYTDPNTRSFTGAGIWLGIAAFAAAGVVAVLAWIDRDRSPRL + TASGDPPTS" + gene complement(2417076..2417981) + /locus_tag="BQ2027_MB2194C" + CDS complement(2417076..2417981) + /locus_tag="BQ2027_MB2194C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2194c, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv2172c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 301 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Mycobacterium leprae + conserved hypothetical protein ML0901 (304 aa). FASTA + scores: opt: 1656, E(): 7.7e-98; 81.271% identity in 299 + aa overlap (1-299:1-299) + CAA18681.1|AL022602|13092971|CAC31282.1|AL583920. TBparse + score is 0.905 Protein product from Mb2194c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2194c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00802.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0G5" + /translation="MTLNTIALELVPPNLEGGKERAIEDARKVVQYSAASGLDGRIRH + VMMPGMIAEDDDRPIPMQPKLDVLDFWSIIKPELAGVHGLCTQVTAFMDEPSLHRRLV + DLSDAGMEGIVFVGVPRTMQDGEGSGVAPTDALSLYRQLVANRGVIVIPTRDGEQGRL + NFKCSRGATYGMTQLLYSDAIVGFLREFARTTEHRPEILLSFGFVPKVETRIGLINWL + IQDPGNAAVADEQAFVQKLAGSEPARRRRLMVDLYKRVLDGVADLGFPLSIHLEATYG + VSAAAFETFAEMLAYWSPAEPGKPD" + gene 2418292..2419350 + /gene="idsA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2195" + CDS 2418292..2419350 + /gene="idsA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2195" + /note="Mb2195, idsA2, len: 352 aa. Equivalent to Rv2173, + len: 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Probable idsA2, + geranylgeranyl pyrophosphate synthase (EC 2.5.1.-), + similar to many e.g. Q54193 geranylgeranyl pyrophosphate + synthase from Streptomyces griseus (425 aa). Contains + PS00723 and PS00444Polyprenyl synthetases signature 1 and + 2. FASTA scores: sptr|Q54193|Q54193 GERANYLGERANYL + PYROPHOSPHATE SYNTHASE (425 aa) opt: 744, E(): 0; 39.2% + identity in 352 aa overlap. Protein product from Mb2195 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2195 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE + IDSA2 (GGPPSASE) (GGPP SYNTHETASE) (GERANYLGERANYL + DIPHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00803.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0E9" + /db_xref="InterPro:IPR000092" + /db_xref="InterPro:IPR008949" + /db_xref="InterPro:IPR033749" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E9" + /translation="MAGAITDQLRRYLHGRRRAAAHMGSDYDGLIADLEDFVLGGGKR + LRPLFAYWGWHAVASREPDPDVLLLFSALELLHAWALVHDDLIDRSATRRGRPTAQLR + YAALHRDRDWRGSPDQFGMSAAILLGDLAQVWADDIVSKVCQSALAPDAQRRVHRVWA + DIRNEVLGGQYLDIVAEASAAESIESAMNVATLKTACYTVSRPLQLGTAAAADRSDVA + AIFEHFGADLGVAFQLRDDVLGVFGDPAVTGKPSGDDLKSGKRTVLVAEAVELADRSD + PLAAKLLRTSIGTRLTDAQVRELRTVIEAVGARAAAESRIAALTQRALATLASAPINA + TAKAGLSELAMMAANRSA" + gene 2419354..2420904 + /gene="mpta" + /locus_tag="BQ2027_MB2196" + CDS 2419354..2420904 + /gene="mpta" + /locus_tag="BQ2027_MB2196" + /note="Mb2196, -, len: 516 aa. Equivalent to Rv2174, len: + 516 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 516 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, similar to some hypothetical + mycobacterial proteins e.g. Mycobacterium leprae ML0899 + probable integral-membrane protein (505 aa) and MLCL536_26 + (593 aa). FASTA scores: ML0899 opt: 2715; 78.884% identity + in 502 aa overlap and gp|Z99125|MLCL536_26 Mycobacterium + leprae cosmid L536. (593 aa) opt: 552, E(): 7.1e-30; 31.6% + identity in 513 aa overlap. Also similar to Rv1459c. + Mb2196 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alpha(1->6)mannosyltransferase. possible + conserved integral membrane protein." + /protein_id="SIU00804.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2J0" + /db_xref="InterPro:IPR017822" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2J0" + /translation="MTTPSHAPAVDLATAKDAVVQHLSRLFEFTTGPQGGPARLGFAG + AVLITAGGLGAGSVRQHDPLLESIHMSWLRFGHGLVLSSILLWTGVGVMLLAWLGLGR + RVLAGEATEFTMRATTVIWLAPLLLSVPVFSRDTYSYLAQGALLRDGLDPYAVGPVGN + PNALLDDVSPIWTITTAPYGPAFILVAKFVTVIVGNNVVAGTMLLRLCMLPGLALLVW + ATPRLASHLGTHGPTALWICVLNPLVLIHLMGGVHNEMLMVGLMTAGIALTVQGRNVA + GIILITVAIAVKATAGIALPFLVWVWLRHLRERRGYRPVQAFLAAAAISLLIFVAVFA + VLSAVAGVGLGWLTALAGSVKIINWLTVPTGAANVIHALGRGLFTVDFYTLLRITRLI + GIVIIAVSLPLLWWRFRRDDRAALTGVAWSMLIVVLFVPAALPWYYSWPLAVAAPLAQ + SRRAIAAIAGLSTWVMVIFKPDGSHGMYSWLHFWIATACALTAWYVLYRSPDRRGVQA + ATPVVNTP" + gene complement(2420891..2421331) + /locus_tag="BQ2027_MB2197C" + CDS complement(2420891..2421331) + /locus_tag="BQ2027_MB2197C" + /note="Mb2197c, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv2175c, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 146 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possibly involved in regulation. Contains + possible helix-turn-helix domain at aa 31-52 (Score 1042, + +2.74 SD). Equivalent to Mycobacterium leprae ML0898 + putative DNA-binding protein (134 aa). FASTA scores: opt: + 747; 82.090% identity in 134 aa overlap (AL022602) + >gi|13092969|emb|CAC31279.1| (AL583920) Protein product + from Mb2197c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2197c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved regulatory protein" + /protein_id="SIU00805.1" + /db_xref="InterPro:IPR041098" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y164" + /translation="MPGRAPGSTLARVGSILAGDDVLDPDEPTYDLPRVAELLGVPVS + KVAQQLREGHLVAVRRAGGVVIPQVFFTNSGQVVKSLPGLLTILHDGGYRDTEIMRWL + FTPDPSLTITRDGSRDAVSNARPVDALHAHQAREVVRRAQAMAY" + gene 2421386..2422585 + /gene="pknL" + /locus_tag="BQ2027_MB2198" + CDS 2421386..2422585 + /gene="pknL" + /locus_tag="BQ2027_MB2198" + /note="Mb2198, pknL, len: 399 aa. Equivalent to Rv2176, + len: 399 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 399 aa overlap). Probable pknL, + transmembrane serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) + (see citation below), similar to many e.g. MLCB1770_9 (622 + aa). Lacks C-terminal domain and ends with putative + transmembrane segment. Contains PS00108 Serine/Threonine + protein kinases active-site signature. FASTA scores: + Z70722|MLC B1770_9 Mycobacterium leprae cosmid B1770 (622 + aa) opt: 732, E(): 5.9e-23; 44.4% identity in 266 aa + overlap. Also similar to several Mycobacterium + tuberculosis STPK proteins e.g. Rv0014c|PKNB, + Rv0015c|PKNA, Rv1743|PKNE, Rv1266c|PKNH etc. Contains + Hank's kinase subdomain. BELONGS TO THE SER/THR FAMILY OF + PROTEIN KINASES. Protein product from Mb2198 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2198 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN + KINASE L PKNL (PROTEIN KINASE L) (STPK L)" + /protein_id="SIU00806.1" + /db_xref="GOA:Q7TYY6" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR008271" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYY6" + /translation="MVEAGTRDPLESALLDSRYLVQAKIASGGTSTVYRGLDVRLDRP + VALKVMDARYAGDEQFLTRFRLEARAVARLNNRALVAVYDQGKDGRHPFLVMELIEGG + TLRELLIERGPMPPHAVVAVLRPVLGGLAAAHRAGLVHRDVKPENILISDDGDVKLAD + FGLVRAVAAASITSTGVILGTAAYLSPEQVRDGNADPRSDVYSVGVLVYELLTGHTPF + TGDSALSIAYQRLDADVPRASAVIDGVPPQFDELVACATARNPADRYADAIAMGADLE + AIAEELALPEFRVPAPRNSAQHRSAALYRSRITQQGQLGAKPVHHPTRQLTRQPGDCS + EPASGSEPEHEPITGQFAGIAIEEFIWARQHARRMVLVWVSVVLAITGLVASAAWTIG + SNLSGLL" + gene complement(2422590..2423393) + /locus_tag="BQ2027_IS1558'-1" + mobile_element complement(2422590..2423393) + /locus_tag="BQ2027_IS1558'-1" + /note="IS1558'-1, len: 804 nt. Equivalent to IS1558', len: + 804 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 804 nt overlap). Nearly identical + to complement of region 24105 24908 in EM_BA:MTCY428 + Z81451 Mycobacterium tuberculosis cosmid Y428." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1558" + gene complement(2422727..2423392) + /locus_tag="BQ2027_MB2199C" + CDS complement(2422727..2423392) + /locus_tag="BQ2027_MB2199C" + /note="Mb2199c, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv2177c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 221 aa overlap). Possible IS1558 + transposase (see citation below), similar to several IS + element proteins and transposases but nearly identical to + last 221 residues of MTCY428_23 (333 aa). FASTA scores: + Z81451|MTCY428_23 Mycobacterium tuberculosis cosmid (333 + aa) opt: 1491, E() : 0; 98.6% identity in 221 aa overlap. + Mb2199c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU00807.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U4" + /db_xref="InterPro:IPR003346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U4" + /translation="MRSKIPDLQRALEGRFDDHHALMCRLHLAHLDQLDAMIGALDEQ + IEQLMHPFCARRELIASIPGIGVGASATVISEIGADPAAWFPSAEHLASWVRLCPGNH + ESAGKRHHGARRKGNQHLQPVLVECAWAAVRTDGYLREYYRRQVRKFGGFRSPAANKK + AIIAVAHKLIVIIWHVLATGRPYQDLGADYFTTRMDPDKERRRLVAKLEAQGLGVTLE + PAA" + gene complement(2423777..2425165) + /gene="aroG" + /locus_tag="BQ2027_MB2200C" + CDS complement(2423777..2425165) + /gene="aroG" + /locus_tag="BQ2027_MB2200C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2200c, aroG, len: 462 aa. Equivalent to Rv2178c, + len: 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 462 aa overlap). Probable aroG, + 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase + similar to many, especially those from plants. FASTA + scores: Y15113|M C3DDAH7P_1Morinda citrifolia mRNA for + 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase (535 + aa) opt: 1421, E(): 0; 48.3% identity in 443 aa overlap. + Protein product from Mb2200c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2200c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate + synthase arog (dahp synthetase, + phenylalanine-repressible)" + /protein_id="SIU00808.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0C5" + /db_xref="InterPro:IPR002480" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0C5" + /translation="MNWTVDIPIDQLPSLPPLPTDLRTRLDAALAKPAAQQPTWPADQ + ALAMRTVLESVPPVTVPSEIVRLQEQLAQVAKGEAFLLQGGDCAETFMDNTEPHIRGN + VRALLQMAVVLTYGASMPVVKVARIAGQYAKPRSADIDALGLRSYRGDMINGFAPDAA + AREHDPSRLVRAYANASAAMNLVRALTSSGLASLHLVHDWNREFVRTSPAGARYEALA + TEIDRGLRFMSACGVADRNLQTAEIYASHEALVLDYERAMLRLSDGEDGEPQLFDLSA + HTVWIGERTRQIDGAHIAFAQVIANPVGVKLGPNMTPELAVEYVERLDPHNKPGRLTL + VSRMGNHKVRDLLPPIVEKVQATGHQVIWQCDPMHGNTHESSTGFKTRHFDRIVDEVQ + GFFEVHRALGTHPGGIHVEITGENVTECLGGAQDISETDLAGRYETACDPRLNTQQSL + ELAFLVAEMLRD" + gene complement(2425256..2425762) + /locus_tag="BQ2027_MB2201C" + CDS complement(2425256..2425762) + /locus_tag="BQ2027_MB2201C" + /EC_number="3.1.13.-" + /note="Mb2201c, -, len: 168 aa. Equivalent to Rv2179c, + len: 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to conserved hypothetical + protein from Mycobacterium leprae ML0895 conserved + hypothetical protein (171 aa). FASTA scores: opt: 977, + E(): 1.4e-58; 82.530% identity in 166 aa overlap + (AL022602). Protein product from Mb2201c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2201c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3'-5' exoribonuclease Rv2179c (EC" + /protein_id="SIU00809.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H1" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR030853" + /db_xref="InterPro:IPR033390" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H1" + /translation="MRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAG + SWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQL + WGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD + DAGRGAAR" + gene complement(2425772..2426659) + /locus_tag="BQ2027_MB2202C" + CDS complement(2425772..2426659) + /locus_tag="BQ2027_MB2202C" + /note="Mb2202c, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv2180c, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 295 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to pir||T35292 probable + integral membrane protein from Streptomyces coelicolor + >gi|5578858|emb|CAB51260.1| (AL096872) (246 aa) (36% + identity in 249 aa overlap). Mb2202c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved integral membrane protein" + /protein_id="SIU00810.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H9" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H9" + /translation="MEVFHWLQHDIVDRGRLPLLCCLVAFVLTFLVTRSFVRFIHRRA + ADGRPARWWQPRNVHIGSVHIHHVAFGVVLVMISGLTLVTLSVDGREPEFTIAASIFG + VGAALVLDEYALILHLSDVYWEEDGRTSVDAVFAAVAVAGLLIMGLHPLIFFLTVRQG + ANWVVLQTTLIAGLVLTLPLAVVVLLKGKVWTGLLGMFVVVLLVVGAVRLSRPHAPWA + RWRYTRHPEKMRRALQRERTWRRPVVRIKLWLQYVIAGTPRMPDERAVDAQLDQDVRP + APPPERTAPILISGSVWSD" + gene 2426747..2428030 + /locus_tag="BQ2027_MB2203" + CDS 2426747..2428030 + /locus_tag="BQ2027_MB2203" + /note="Mb2203, -, len: 427 aa. Equivalent to Rv2181, len: + 427 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 427 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to others in + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1159 (MTCI65.26, 431 + aa). Start uncertain. FASTA scores: Z95584|MTCI65_26 (431 + aa) opt: 428, E(): 8e-22; 31.2% identity in 407 aa + overlap. Protein product from Mb2203 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2203 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alpha(1->2)mannosyltransferase" + /protein_id="SIU00811.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0E6" + /db_xref="InterPro:IPR018584" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0E6" + /translation="MSAWRAPEVGSRLGRRVLWCLLWLLAGVALGYVAWRLFGHTPYR + IDIDIYQMGARAWLDGRPLYGGGVLFHTPIGLNLPFTYPPLAAVLFSPFAWLQMPAAS + VAITVLTLVLLIASTAIVLTGLDAWPTSRLVPAPARLRRLWLAVLIVAPATIWLEPIS + SNFAFGQINVVLMTLVIVDCFPRRTPWPRGLMLGLGIALKLTPAVFLLYFLLRRDGRA + ALTALASFAVATLLGFVLAWRDSWEYWTHTLHHTDRIGAAALNTDQNIAGALARLTIG + DDERFALWVAGSLLVLAATIWAMRRVLRAGEPTLAVICVALFGLVVSPVSWSHHWVWM + LPAVLVIGLLGWRRRNVALAMLSLAGVVLMRWTPIDLLPQHRETTAVWWRQLAGMSYV + WWALAVIVVAGLTVTARMTPQRSLTRGLTPAPTAS" + gene complement(2428031..2428774) + /locus_tag="BQ2027_MB2204C" + CDS complement(2428031..2428774) + /locus_tag="BQ2027_MB2204C" + /note="Mb2204c, -, len: 247 aa. Equivalent to Rv2182c, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Probable + 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase, similar to + many e.g. in Streptomyces. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). FASTA scores: + pir||T35503 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase + (EC 2.3.1.51) homolog SC6E10.16c - Streptomyces coelicolor + >gi|5689932|emb|CAB51970.1| (AL109661) hypothetical + protein [Streptomyces coelicolor A3(2)] Length = 262, + Expect = 6e-61 (54% identity in 215 aa overlap). Protein + product from Mb2204c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2204c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase" + /protein_id="SIU00812.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H6" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H6" + /translation="MWYYLFKYIFMGPLFTLLGRPKVEGLEYIPSSGPAILASNHLAV + ADSFYLPLVVRRRIWFLAKSEYFTGTGLKGWINRWFYSVSGQVPIDRTNADSAQGALQ + TAVVLLGQGKLLGMYPEGTRSPDGRLYKGKTGLARLALHTGVPVIPVAMIGTNVVNPP + GRKMLRFGRVTVRFGKPMDFSRFEGLAGNHFIERAVTDEVIYELMGLSGQEYVDIYAA + SVKDGRNAGGAGANPNSTDAARIPETAAG" + gene complement(2428860..2429255) + /locus_tag="BQ2027_MB2205C" + CDS complement(2428860..2429255) + /locus_tag="BQ2027_MB2205C" + /note="Mb2205c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv2183c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Mycobacterium leprae + hypothetical protein ML0891 (MLCB268.25c, 130 aa). FASTA + scores: opt: 558, E(): 8.3e-28; 61.832% identity in 131 aa + overlap >gi|13092963|emb|CAC31272.1| (AL583920) + (AL022602). Protein product from Mb2205c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2205c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to cyclase activity" + /protein_id="SIU00813.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0F8" + /translation="MSGAHTDVRPELRKLAQAILDGIDPAVRVAAAMASGGGPGTGKC + QQVWCPLCALAALVTGEQHPLLTVIADHSLALLEVIRAIVDDIDRSAKPPPEGPPGGG + QTGASGGENTNGEGSMKSHYQAIPVTIEE" + gene complement(2429252..2430391) + /locus_tag="BQ2027_MB2206C" + CDS complement(2429252..2430391) + /locus_tag="BQ2027_MB2206C" + /note="Mb2206c, -, len: 379 aa. Equivalent to Rv2184c, + len: 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 379 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to hypothetical protein + ML0890 (415 aa) from Mycobacterium leprae and also shows + some similarity to other hypothetical proteins. FASTA + scores: ML0890 opt: 1949; 79.630% identity in 378 aa + overlap >emb|CAA18692.1| (AL022602) + >gi|13092962|emb|CAC31271.1| (AL583920) and + sptr|Q55794|Q55794 HYPOTHETICAL 44.6 KD PROTEIN. (396 aa) + opt: 251, E(): 3.3e-09; 25.5% identity in 384 aa overlap. + Protein product from Mb2206c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2206c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anion-transporting ATPase" + /protein_id="SIU00814.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2K1" + /db_xref="InterPro:IPR008978" + /db_xref="InterPro:IPR016300" + /db_xref="InterPro:IPR025723" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR040612" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2K1" + /translation="MVVSTDQAHSLGDVLGIAVPPTGQGDPVRVLAYDPEAGGGFLDA + LALDTLALLEGRWLHVVETLDRRFPGSELSSIAPEELCALPGIQEVLGLHAVGELAAA + RRWDRIVVDCASTADALRMLTLPATFGLYVERAWPRHRRLSIGADDGRSAVLAELLER + IRASVERLSTLLTDGALVSAHLVLTPERVVAAEAVRTLGSLALMGVRVEELLVNQLLV + QDENYEYRSLPDHPAFHWYAERIGEQRAVLDDLDATIGDVALVLVPHLAGEPIGPKAL + GGLLDSARRRQGSAPPGPLQPIVDLESGSGLASIYRLRLALPQLDPGTLTLGRADDDL + IVSAGGMRRRVRLASVLRRCTVLDAHLRGGELTVRFRPNPEVWPT" + gene complement(2430511..2430945) + /gene="TB16.3" + /locus_tag="BQ2027_MB2207C" + CDS complement(2430511..2430945) + /gene="TB16.3" + /locus_tag="BQ2027_MB2207C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2207c, TB16.3, len: 144 aa. Equivalent to + Rv2185c, len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 144 aa overlap). TB16.3, + conserved hypothetical protein, similar to other + hypothetical actinomycete proteins and equivalent to + Mycobacterium leprae ML0889 (144 aa). Some similarity to + Mycobacterium tuberculosis Rv0854, Rv0856, Rv0857, Rv0164 + and other Mycobacterium leprae proteins. FASTA scores : + ML0889 opt: 811; 85.417% identity in 144 aa overlap + (AL022602). Protein product from Mb2207c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2207c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclase/Dehydrase" + /protein_id="SIU00815.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y175" + /translation="MADKTTQTIYIDADPGEVMKAIADIEAYPQWISEYKEVEILEAD + DEGYPKRARMLMDAAIFKDTLIMSYEWPEDRQSLSWTLESSSLLKSLEGTYRLAPKGS + GTEVTYELAVDLAVPMIGMLKRKAERRLIDGALKDLKKRVEG" + gene complement(2431050..2431439) + /locus_tag="BQ2027_MB2208C" + CDS complement(2431050..2431439) + /locus_tag="BQ2027_MB2208C" + /note="Mb2208c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2186c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to hypothetical + Mycobacterium leprae protein ML0888 (135 aa). FASTA + scores: ML0888 opt: 704, E(): 2.9e-43; 80.000% identity in + 130 aa overlap CAA18694.1| (AL022602). Protein product + from Mb2208c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb2208c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to cyclase activity" + /protein_id="SIU00816.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J5" + /translation="MNSIQIADETYVAADAARVSAAVADRCSWRRWWPDLRLQVTEDR + ADKGIRWTVTGALTGTMEIWLEPSMDGVLLHYFLHAEPTGVAAWQLARMNLARMTHHR + RVAGKKMAFEVKTVLERSRPIGVSPVT" + gene 2431605..2432117 + /locus_tag="BQ2027_FADD15" + CDS 2431605..2432117 + /locus_tag="BQ2027_FADD15" + /note="Mb2209, -, len: 170 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2187, len: 600 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 90 aa overlap). Probable + fadD15, long-chain-fatty-acid-CoA ligase (EC 6.2.1.3), + similar to several e.g. P44446|LCFH_HAEIN PUTATIVE + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--CoA LIGASE from Haemophilus + influenzae (607 aa), FASTA scores: (607 aa) opt: 992, E(): + 0, (31.5% identity in 578 aa overlap); etc. Contains + PS00455 Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO + THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, fadD15 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to single base + deletion (t-*) splits fadD15 into 2 parts, Mb2209 and + fadD15." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00817.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0V3" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V3" + /translation="MREISVPAPFTVGEHDNVAAMVFEHERDDPDYVIYQRLIDGVWT + DVTCAEAANQIRAAALGLISLGVQAGDRVVIFSATRYEWAILDFAIRLWVRSPYRSTR + PRQRSRCAGFYKTPKRWCCSPKPTHTRQWSPNSPAACPPCGRYCRSPVRVPTRSIGSR + RRAPRSTRPS" + gene 2432204..2433406 + /gene="fadD15" + /locus_tag="BQ2027_MB2210" + CDS 2432204..2433406 + /gene="fadD15" + /locus_tag="BQ2027_MB2210" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2210, fadD15, len: 508 aa. Equivalent to 3' end + of Rv2187, len: 600 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 508 aa overlap). Probable + fadD15, long-chain-fatty-acid-CoA ligase (EC 6.2.1.3), + similar to several e.g. P44446|LCFH_HAEIN PUTATIVE + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--CoA LIGASE from Haemophilus + influenzae (607 aa), FASTA scores: (607 aa) opt: 992, E(): + 0, (31.5% identity in 578 aa overlap); etc. Contains + PS00455 Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO + THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. TBparse score + is 0.902. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a frameshift due to single base deletion (t-*) + leads to a shorter product with a different NH2 part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Protein product from Mb2210 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2210 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable long-chain-fatty-acid-CoA ligase fadD15 + (FATTY-ACID-CoA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-CoA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00818.1" + /db_xref="GOA:Q7TYX8" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYX8" + /translation="MTQSNLVHEIKGARAYHPTLLRKGERLLVFLPLAHVLARAISMA + AFHSKVTVGFTSDIKNLLPMLAVFKPTVVVSVPRVFEKVYNTAEQNAANAGKGRIFAI + AAQTAVDWSEACDRGGPGLLLRAKHAVFDRLVYRKLRAALGGNCRAAVSGGAPLGARL + GHFYRGAGLTIYEGYGLSETSGGVAISQFNDLKIGTVGKPVPGNSLRIADDGELLVRG + GVVFSGYWRNEQATTEAFTDGWFKTGDLGAVDEDGFLTITGRKKEIIVTAGGKNVAPA + VLEDQLRAHPLISQAVVVGDAKPFIGALITIDPEAFEGWKQRNSKTAGASVGDLATDP + DLIAEIDAAVKQANLAVSHAESIRKFRILPVDFTEDTGELTPTMKVKRKVVAEKFASD + IEAIYNKE" + gene complement(2433437..2434594) + /gene="pimb" + /locus_tag="BQ2027_MB2211C" + CDS complement(2433437..2434594) + /gene="pimb" + /locus_tag="BQ2027_MB2211C" + /note="Mb2211c, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv2188c, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 385 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, possibly glycosyl transferase + similar to several putative glycosyl transferases and + hypothetical proteins e.g. P73369. Equivalent to + Mycobacterium leprae ML0886 putative glycosyl transferase + (384 aa). FASTA scores: ML0886 (CAA18697.1| (AL022602)) + opt: 2113, E(): 1.8e-106; 81.462% identity in 383 aa + overlap; sptr|P73369|P73369 HYPOTHETICAL 46.2 KD PROTEIN + (404 aa) opt: 379, E(): 2.2e-18; 27.5% identity in 397 aa + overlap. Start changed since first submission, now 14 aa + shorter. Protein product from Mb2211c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2211c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="mannosyltransferase pimb" + /protein_id="SIU00819.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0H8" + /db_xref="InterPro:IPR001296" + /db_xref="InterPro:IPR028098" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0H8" + /translation="MSRVLLVTNDFPPRRGGIQSYLGEFVGRLVGSRAHAMTVYAPQW + KGADAFDDAARAAGYRVVRHPSTVMLPGPTVDVRMRRLIAEHDIETVWFGAAAPLALL + APRARLAGASRVLASTHGHEVGWSMLPVARSVLRRIGDGTDVVTFVSSYTRSRFASAF + GPAASLEYLPPGVDTDRFRPDPAARAELRKRYRLGERPTVVCLSRLVPRKGQDTLVTA + LPSIRRRVDGAALVIVGGGPYLETLRKLAHDCGVADHVTFTGGVATDELPAHHALADV + FAMPCRTRGAGMDVEGLGIVFLEASAAGVPVIAGNSGGAPETVQHNKTGLVVDGRSVD + RVADAVAELLIDRDRAVAMGAAGREWVTAQWRWDTLAAKLADFLRGDDAAR" + gene complement(2434691..2435464) + /locus_tag="BQ2027_MB2212C" + CDS complement(2434691..2435464) + /locus_tag="BQ2027_MB2212C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2212c, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv2189c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 257 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; some similarity to hypothetical + protein SC6G10.07c (385 aa) from Streptomyces coelicolor + A3(2). Smith-Waterman scores: pir||T35516 hypothetical + protein SC6G10.07c -Streptomyces coelicolor + >gi|4539203|emb|CAB39861.1| (AL049497) Expect = 2e-08; 30% + identity in 245 aa overlap. TBparse score is 0.908,Mb2212c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00820.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J0" + /translation="MRDGPAAPAQVVAPADGFVALRVADDRTVRLLSLGGAATDRLLS + RIAAGIDAAVDEVVAFWGTDWSHDIFVVAAGSDEQFHAAAGGGLASQWADIAAITVVD + RVDPARRTVVGQRIVFAPGAAHMSPAALRIVLGHELFHYAARADTALDAPRWLAEGVA + DFVARPKTPPPADAVSVALSLPSDTDLDTPGPQRSLAYDRAWWFARFVAAAYGTAKLR + ELYLATCGVGHFDLATAAHDVLGIDAAGLLARWQRWLMG" + gene complement(2435559..2436716) + /locus_tag="BQ2027_MB2213C" + CDS complement(2435559..2436716) + /locus_tag="BQ2027_MB2213C" + /note="Mb2213c, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv2190c, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 385 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; similar to other hypothetical + mycobacterial proteins, including Rv1477, Rv1478, Rv1566c, + Rv0024, that are similar to protein p60 precursors from + Listeria eg Q018 38|P60_LISSE protein p60 precursor + (invasion-associated protein) (524 aa). FASTA scores: + gp|Z80233|MTCY10H4_25 (281 a a) opt: 290, E(): 6.9e-05; + 37.0% identity in 127 aa overlap and sp|Q01838|P60_LISSE + PROTEIN P60 PRECURSOR (523 aa) opt: 268, E(): 0.00071; + 38.5% identity in 104 aa overlap. Protein product from + Mb2213c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2213c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cell wall-associated hydrolases + (invasion-associated proteins)" + /protein_id="SIU00821.1" + /db_xref="GOA:P67474" + /db_xref="InterPro:IPR000064" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67474" + /translation="MRLDQRWLIARVIMRSAIGFFASFTVSSGVLAANVLADPADDAL + AKLNELSRQAEQTTEALHSAQLDLNEKLAAQRAADQKLADNRTALDAARARLATFQTA + VNKVAAATYMGGRTHGMDAILTAESPQLLIDRLSVQRVMAHQMSTQMARFKAAGEQAV + KAEQAAAKSAADARSAAEQAAAVRANLQHKQSQLQVQIAVVKSQYVALTPEERTALAD + PGPVPAVAAIAPGAPPAALPPGAPPGDGPAPGVAPPPGGMPGLPFVQPDGAGGDRTAV + VQAALTQVGAPYAWGGAAPGGFDCSGLVMWAFQQAGIALPHSSQALAHGGQPVALSDL + QPGDVLTFYSDASHAGIYIGDGLMVHSSTYGVPVRVVPMDSSGPIYDARRY" + gene 2437263..2439200 + /locus_tag="BQ2027_MB2214" + CDS 2437263..2439200 + /locus_tag="BQ2027_MB2214" + /note="Mb2214, -, len: 645 aa. Equivalent to Rv2191, len: + 645 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 645 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to SW:DP3A_B ACSU P13267 DNA polymerase + III, alpha chain (31.3% identity in 249 aa overlap) and + SW:UVRC_ECOLI P07028 excinuclease ABC subunit C (25.7% + identity in 230 aa overlap). Also similar to M. + tuberculosis Rv3711c (dnaQ DNA polymerase III e chain) and + Rv1420 (uvrC excinuclease ABC subunit C),Mb2214 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA polymerase III epsilon subunit-related + protein MSMEG4261" + /protein_id="SIU00822.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0I7" + /db_xref="InterPro:IPR000305" + /db_xref="InterPro:IPR006054" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR013520" + /db_xref="InterPro:IPR035901" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I7" + /translation="MQGPNVAAMGATGGTQLSFADLAHAQGAAWTPADEMSLRETTFV + VVDLETTGGRTTGNDATPPDAITEIGAVKVCGGAVLGEFATLVNPQHSIPPQIVRLTG + ITTAMVGNAPTIDAVLPMFFEFAGDSVLVAHNAGFDIGFLRAAARRCDITWPQPQVLC + TMRLARRVLSRDEAPSVRLAALARLFAVASNPTHRALDDARATVDVLHALIERVGNQG + VHTYAELRSYLPNVTQAQRCKRVLAETLPHRPGVYLFRGPSGEVLYVGTAADLRRRVS + QYFNGTDRRKRMTEMVMLASSIDHVECAHPLEAGVRELRMLSTHAPPYNRRSKFPYRW + WWVALTDEAFPRLSVIRAPRHDRVVGPFRSRSKAAETTALLARCTGLRTCTTRLTRSA + RHGPACPELEVSACPAARDVTAAQYAEAVLRAAALIGGLDNAALAAAVQQVTELAERR + RYESAARLRDHLATAIEALWHGQRLRALAALPELIAAKPDGPREGGYQLAVIRHGQLA + AAGRAPRGVPPMPVVDAIRRGAQAILPTPAPLGGALVEEIALIARWLAEPGVRIVGVS + NDAAGLASPVRSAGPWAAWAATARSAQLAGEQLSRGWQSDLPTEPHPSREQLFGRTGV + DCRTGPPQPLLPGRQPFSTAG" + gene complement(2439075..2440187) + /gene="trpD" + /locus_tag="BQ2027_MB2215C" + CDS complement(2439075..2440187) + /gene="trpD" + /locus_tag="BQ2027_MB2215C" + /note="Mb2215c, trpD, len: 370 aa. Equivalent to Rv2192c, + len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 370 aa overlap). Probable trpD, + anthranilate phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.18) (see + citation below), similar to e.g. TRPD_LACCA|P17170, (43.2% + identity in 308 aa overlap). Initiation codon uncertain, + gtg at 4086 in MTCY190 favoured by homology but this has + no clear ribosome binding site. Protein product from + Mb2215c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2215c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable anthranilate phosphoribosyltransferase + TrpD" + /protein_id="SIU00823.1" + /db_xref="GOA:P66993" + /db_xref="InterPro:IPR000312" + /db_xref="InterPro:IPR005940" + /db_xref="InterPro:IPR017459" + /db_xref="InterPro:IPR035902" + /db_xref="InterPro:IPR036320" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66993" + /translation="MALSAEGSSGGSRGGSPKAEAASVPSWPQILGRLTDNRDLARGQ + AAWAMDQIMTGNARPAQIAAFAVAMTMKAPTADEVGELAGVMLSHAHPLPADTVPDDA + VDVVGTGGDGVNTVNLSTMAAIVVAAAGVPVVKHGNRAASSLSGGADTLEALGVRIDL + GPDLVARSLAEVGIGFCFAPRFHPSYRHAAAVRREIGVPTVFNLLGPLTNPARPRAGL + IGCAFADLAEVMAGVFAARRSSVLVVHGDDGLDELTTTTTSTIWRVAAGSVDKLTFDP + AGFGFARAQLDQLAGGDAQANAAAVRAVLGGARGPVRDAVVLNAAGAIVAHAGLSSRA + EWLPAWEEGLRRASAAIDTGAAEQLLARWVRFGRQI" + gene 2440345..2440956 + /gene="ctaE" + /locus_tag="BQ2027_MB2216" + CDS 2440345..2440956 + /gene="ctaE" + /locus_tag="BQ2027_MB2216" + /note="Mb2216, ctaE, len: 203 aa. Equivalent to Rv2193, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 203 aa overlap). Probable ctaE, + cytochrome c oxidase polypeptide III (cox3) (EC 1.9.3.1), + with strong similarity to others e.g. COX3_SYNY3|Q06475 + (29.8% identity in 225 aa overlap). Protein product from + Mb2216 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2216 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME C OXIDASE (SUBUNIT III) + CTAE" + /protein_id="SIU00824.1" + /db_xref="GOA:P63857" + /db_xref="InterPro:IPR000298" + /db_xref="InterPro:IPR013833" + /db_xref="InterPro:IPR024791" + /db_xref="InterPro:IPR035973" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63857" + /translation="MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLF + AFYFSARAQAGGNWPPPPTELNLYQAVPVTLVLIASSFTCQMGVFAAERGDIFGLRRW + YVITFLMGLFFVLGQAYEYRNLMSHGTSIPSSAYGSVFYLATGFHGLHVTGGLIAFIF + LLVRTGMSKFTPAQATASIVVSYYWHFVDIVWIALFTVIYFIR" + gene 2440997..2441839 + /gene="qcrC" + /locus_tag="BQ2027_MB2217" + CDS 2440997..2441839 + /gene="qcrC" + /locus_tag="BQ2027_MB2217" + /note="Mb2217, qcrC, len: 280 aa. Equivalent to Rv2194, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Probable qcrC, + Ubiquinol-cytochrome C reductase cytochrome C subunit + (cyoA), shows similarity to cytochrome c family; contains + 2 X PS00190 Cytochrome c family heme-binding site + signature. Protein product from Mb2217 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2217 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrC + (cytochrome C subunit)" + /protein_id="SIU00825.1" + /db_xref="GOA:P63888" + /db_xref="InterPro:IPR009056" + /db_xref="InterPro:IPR009152" + /db_xref="InterPro:IPR036909" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63888" + /translation="MTKLGFTRSGGSKSGRTRRRLRRRLSGGVLLLIALTIAGGLAAV + LTPTPQVAVADESSSALLRTGKQLFDTSCVSCHGANLQGVPDHGPSLIGVGEAAVYFQ + VSTGRMPAMRGEAQAPRKDPIFDEAQIDAIGAYVQANGGGPTVVRNPDGSIATQSLRG + NDLGRGGDLFRLNCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLAPANEQQILTAMLTGPQNMPKF + SNRQLSFEAKKDIIAYVKVATEARQPGGYLLGGFGPAPEGMAMWIIGMVAAIGLALWI + GARS" + gene 2441836..2443125 + /gene="qcrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2218" + CDS 2441836..2443125 + /gene="qcrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2218" + /note="Mb2218, qcrA, len: 429 aa. Equivalent to Rv2195, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 429 aa overlap). Probable qcrA, + Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit + (cyoB), shows some similarity to cytochrome B6-F complex + iron-sulphur subunits (Rieske iron-sulfur protein); + contains PS00200 Rieske iron-sulfur protein signature 2 + Protein product from Mb2218 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2218 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Rieske iron-sulfur protein QcrA" + /protein_id="SIU00826.1" + /db_xref="GOA:Q7TYX4" + /db_xref="InterPro:IPR014349" + /db_xref="InterPro:IPR017941" + /db_xref="InterPro:IPR036922" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYX4" + /translation="MSRADDDAVGVPPTCGGRSDEEERRIVPGPNPQDGAKDGAKATA + VPREPDEAALAAMSNQELLALGGKLDGVRIAYKEPRWPVEGTKAEKRAERSVAVWLLL + GGVFGLALLLIFLFWPWEFKAADGESDFIYSLTTPLYGLTFGLSILSIAIGAVLYQKR + FIPEEISIQERHDGASREIDRKTVVANLTDAFEGSTIRRRKLIGLSFGVGMGAFGLGT + LVAFAGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWTSGWTPRYQGETIYLARATGTEDGPPFIKM + RPEDIDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESHHKLQEIAMGIRNPVMLIRIKPSDLGRVVK + RKGQESFNFGEFFAFTKVCSHLGCPSSLYEQQSYRILCPCHQSQFDALHFAKPIFGPA + ARALAQLPITIDTDGYLVANGDFVEPVGPAFWERTTT" + gene 2443122..2444771 + /gene="qcrB" + /locus_tag="BQ2027_MB2219" + CDS 2443122..2444771 + /gene="qcrB" + /locus_tag="BQ2027_MB2219" + /note="Mb2219, qcrB, len: 549 aa. Equivalent to Rv2196, + len: 549 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 549 aa overlap). Probable qcrB, + Ubiquinol-cytochrome C reductase cytochrome B subunit + (cytB), integral membrane protein, low similarity in + amino-terminal half to cytochrome b subunits, highly + similar at C-terminus to SW:12KD_MYCLE P15878 12 KD + protein PIR:S08427 (86.9% identity in 153 aa overlap). + FASTA scores: sp|Q45658|QCRB_BACST MENAQUINOL-CYTOCHROME C + REDUCTASE (224 aa) opt: 341, E(): 6.8e-15; 28.0% identity + in 207 aa overlap Protein product from Mb2219 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2219 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB + (cytochrome B subunit)" + /protein_id="SIU00827.1" + /db_xref="GOA:P63886" + /db_xref="InterPro:IPR005797" + /db_xref="InterPro:IPR016174" + /db_xref="InterPro:IPR027387" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63886" + /translation="MSPKLSPPNIGEVLARQAEDIDTRYHPSAALRRQLNKVFPTHWS + FLLGEIALYSFVVLLITGVYLTLFFDPSMVDVTYNGVYQPLRGVEMSRAYQSALDISF + EVRGGLFVRQIHHWAALMFAAAIMVHLARIFFTGAFRRPRETNWVIGSLLLILAMFEG + YFGYSLPDDLLSGLGLRAALSSITLGMPVIGTWLHWALFGGDFPGTILIPRLYALHIL + LLPGIILALIGLHLALVWFQKHTQFPGPGRTEHNVVGVRVMPVFAFKSGAFFAAIVGV + LGLMGGLLQINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARIWPPWEFYFWHHTIPA + PVWVAVIMGLVFVLLPAYPFLEKRFTGDYAHHNLLQRPRDVPVRTAIGAMAIAFYMVL + TLAAMNDIIALKFHISLNATTWIGRIGMVILPPFVYFITYRWCIGLQRSDRSVLEHGV + ETGIIKRLPHGAYIELHQPLGPVDEHGHPIPLQYQGAPLPKRMNKLGSAGSPGSGSFL + FADSAAEDAALREAGHAAEQRALAALREHQDSIMGSPDGEH" + gene complement(2445062..2445706) + /locus_tag="BQ2027_MB2220C" + CDS complement(2445062..2445706) + /locus_tag="BQ2027_MB2220C" + /note="Mb2220c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv2197c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 214 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to ML0878 conserved + hypothetical protein (212 aa) of Mycobacterium leprae. + FASTA scores: opt: 858; 62.559% identity in 211 aa overlap + CAC31259.1|(AL583920) Protein product from Mb2220c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2220c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00828.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0G0" + /db_xref="InterPro:IPR024381" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0G0" + /translation="MVSRYSAYRRGPDVISPDVIDRILVGACAAVWLVFTGVSVAAAV + ALMDLGRGFHEMAGNPHTTWVLYAVIVVSALVIVGAIPVLLRARRMAEAEPATRPTGA + SVRGGRSIGSGHPAKRAVAESAPVQHADAFEVAAEWSSEAVDRIWLRGTVVLTSAIGI + ALIAVAAATYLMAVGHDGPSWISYGLAGVVTAGMPVIEWLYSRQLRRVVAPQSS" + gene complement(2445706..2446605) + /gene="mmpS3" + /locus_tag="BQ2027_MB2221C" + CDS complement(2445706..2446605) + /gene="mmpS3" + /locus_tag="BQ2027_MB2221C" + /note="Mb2221c, mmpS3, len: 299 aa. Equivalent to Rv2198c, + len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). Probable mmpS3, + conserved membrane protein (see citation below), + equivalent to ML0877|mmpS3 putative membrane protein from + Mycobacterium leprae (293 aa), FASTA scores: opt: 1089, + E(): 1.2e-43, (69.80% identity in 308 aa overlap). Also + similar to other proteins e.g. Rv3209 from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00499 C2 domain signature, a + hydrophobic region, and a repetitive proline and threonine + rich region. BELONGS TO THE MMPS FAMILY. Protein product + from Mb2221c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2221c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN MMPS3" + /protein_id="SIU00829.1" + /db_xref="GOA:P65379" + /db_xref="InterPro:IPR008693" + /db_xref="InterPro:IPR038468" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65379" + /translation="MSGPNPPGREPDEPESEPVSDTGDERASGNHLPPVAGGGDKLPS + DQTGETDAYSRAYSAPESEHVTGGPYVPADLRLYDYDDYEESSDLDDELAAPRWPWVV + GVAAIIAAVALVVSVSLLVTRPHTSKLATGDTTSSAPPVQDEITTTKPAPPPPPPAPP + PTTEIPTATETQTVTVTPPPPPPPATTTAPPPATTTTAAAPPPTTTTPTGPRQVTYSV + TGTKAPGDIISVTYVDAAGRRRTQHNVYIPWSMTVTPISQSDVGSVEASSLFRVSKLN + CSITTSDGTVLSSNSNDGPQTSC" + gene complement(2446791..2447210) + /locus_tag="BQ2027_MB2222C" + CDS complement(2446791..2447210) + /locus_tag="BQ2027_MB2222C" + /note="Mb2222c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv2199c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, similar to hypothetical + membrane proteins in Actinomycetes and equivalent to + Mycobacterium leprae, ML0876, putative membrane protein + (139 aa) FASTA scores: opt: 866, E(): 1.1e-43; 91.367% + identity in 139 aa overlap CAC31257.1| (AL583920),Mb2222c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible conserved integral membrane protein" + /protein_id="SIU00830.1" + /db_xref="GOA:P64948" + /db_xref="InterPro:IPR021050" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64948" + /translation="MHIEARLFEFVAAFFVVTAVLYGVLTSMFATGGVEWAGTTALAL + TGGMALIVATFFRFVARRLDSRPEDYEGAEISDGAGELGFFSPHSWWPIMVALSGSVA + AVGIALWLPWLIAAGVAFILASAAGLVFEYYVGPEKH" + gene complement(2447218..2448309) + /gene="ctaC" + /locus_tag="BQ2027_MB2223C" + CDS complement(2447218..2448309) + /gene="ctaC" + /locus_tag="BQ2027_MB2223C" + /note="Mb2223c, ctaC, len: 363 aa. Equivalent to Rv2200c, + len: 363 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 363 aa overlap). Probable ctaC, + transmembrane cytochrome C oxidase (subunit II), COX2, + similar e.g. to JT0964 cytochrome-c oxidase chain II + (23.0% identity in 317 aa overlap); etc. Contains PS00078 + Cytochrome c oxidase subunit II, copper A binding region + signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 + FAMILY. Protein product from Mb2223c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2223c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE CYTOCHROME C OXIDASE + (SUBUNIT II) CTAC" + /protein_id="SIU00831.1" + /db_xref="GOA:P63855" + /db_xref="InterPro:IPR001505" + /db_xref="InterPro:IPR002429" + /db_xref="InterPro:IPR008972" + /db_xref="InterPro:IPR036257" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63855" + /translation="MTPRGPGRLQRLSQCRPQRGSGGPARGLRQLALAAMLGALAVTV + SGCSWSEALGIGWPEGITPEAHLNRELWIGAVIASLAVGVIVWGLIFWSAVFHRKKNT + DTELPRQFGYNMPLELVLTVIPFLIISVLFYFTVVVQEKMLQIAKDPEVVIDITSFQW + NWKFGYQRVNFKDGTLTYDGADPERKRAMVSKPEGKDKYGEELVGPVRGLNTEDRTYL + NFDKVETLGTSTEIPVLVLPSGKRIEFQMASADVIHAFWVPEFLFKRDVMPNPVANNS + VNVFQIEEITKTGAFVGHCAEMCGTYHSMMNFEVRVVTPNDFKAYLQQRIDGKTNAEA + LRAINQPPLAVTTHPFDTRRGELAPQPVG" + gene 2448555..2450513 + /gene="asnB" + /locus_tag="BQ2027_MB2224" + CDS 2448555..2450513 + /gene="asnB" + /locus_tag="BQ2027_MB2224" + /note="Mb2224, asnB, len: 652 aa. Equivalent to Rv2201, + len: 652 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 652 aa overlap). Probable asnB, + asparagine synthetase, similar to e.g. SW:ASNH_BACSU + P42113 putative asparagine synthetase (26.0% identity in + 438 aa overlap) Protein product from Mb2224 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2224 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable asparagine synthetase AsnB" + /protein_id="SIU00832.1" + /db_xref="GOA:P64248" + /db_xref="InterPro:IPR001962" + /db_xref="InterPro:IPR006426" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="InterPro:IPR033738" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64248" + /translation="MCGLLAFVAAPAGAAGPEGADAASAIARASHLMRHRGPDESGTW + HAVDGASGGVVFGFNRLSIIDIAHSHQPLRWGPPEAPDRYVLVFNGEIYNYLELRDEL + RTQHGAVFATDGDGEAILAGYHHWGTEVLQRLRGMFAFALWDTVTRELFCARDPFGIK + PLFIATGAGGTAVASEKKCLLDLVELVGFDTEIDHRALQHYTVLQYVPEPETLHRGVR + RLESGCFARIRADQLAPVITRYFVPRFAASPITNDNDQARYDEITAVLEDSVAKHMRA + DVTVGAFLSGGIDSTAIAALAIRHNPRLITFTTGFEREGFSEIDVAVASAEAIGARHI + AKVVSADEFVAALPEIVWYLDEPVADPALVPLFFVAREARKHVKVVLSGEGADELFGG + YTIYREPLSLRPFDYLPKPLRRSMGKVSKPLPEGMRGKSLLHRGSLTLEERYYGNARS + FSGAQLREVLPGFRPDWTHTDVTAPVYAESAGWDPVARMQHIDLFTWLRGDILVKADK + ITMANSLELRVPFLDPEVFAVASRLPAGAKITRTTTKYALRRALEPIVPAHVLHRPKL + GFPVPIRHWLRAGELLEWAYATVGSSQAGHLVDIAAVYRMLDEHRCGSSDHSRRLWTM + LIFMLWHAIFVEHSVVPQISEPQYPVQL" + gene complement(2450611..2451585) + /gene="adok" + /locus_tag="BQ2027_MB2225C" + CDS complement(2450611..2451585) + /gene="adok" + /locus_tag="BQ2027_MB2225C" + /note="Mb2225c, cbhK, len: 324 aa. Equivalent to Rv2202c, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 324 aa overlap). Probable cbhK, + carbohydrate kinase (but not ribose) (EC 2.7.-.-), similar + to several e.g. AE000915_1 Methanobacterium thermoautotrop + (309 aa) FASTA score: opt: 370, E(): 3.3e-18; 31.2% + identity in 276 aa overlap. Low similarity to carbohydrate + kinases, e.g. SW:RBSK_BACSU P36945 ribokinase (23.9% + identity in 272 aa overlap); contains PS00583 pfkB family + of carbohydrate kinases signature 1 Protein product from + Mb2225c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2225c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="adenosine kinase" + /protein_id="SIU00833.1" + /db_xref="GOA:P83736" + /db_xref="InterPro:IPR002173" + /db_xref="InterPro:IPR011611" + /db_xref="InterPro:IPR029056" + /db_xref="PDB:4UBE" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P83736" + /translation="MTIAVTGSIATDHLMRFPGRFSEQLLPEHLHKVSLSFLVDDLVM + HRGGVAGNMAFAIGVLGGEVALVGAAGADFADYRDWLKARGVNCDHVLISETAHTARF + TCTTDVDMAQIASFYPGAMSEARNIKLADVVSAIGKPELVIIGANDPEAMFLHTEECR + KLGLAFAADPSQQLARLSGEEIRRLVNGAAYLFTNDYEWDLLLSKTGWSEADVMAQID + LRVTTLGPKGVDLVEPDGTTIHVGVVPETSQTDPTGVGDAFRAGFLTGRSAGLGLERS + AQLGSLVAVLVLESTGTQEWQWDYEAAASRLAGAYGEHAAAEIVAVLA" + gene 2451789..2452481 + /locus_tag="BQ2027_MB2226" + CDS 2451789..2452481 + /locus_tag="BQ2027_MB2226" + /note="Mb2226, -, len: 230 aa. Equivalent to Rv2203, len: + 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). Possible conserved + membrane protein; has single hydrophobic stretch from aa + 75 to 97 and is equivalent to Mycobacterium leprae ML0872 + putative membrane protein (171 aa). FASTA scores: opt: + 821, E(): 3.4e-42; 72.353% identity in 170 aa overlap + -CAC31253.1| (AL583920). 2468411. Protein product from + Mb2226 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2226 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00834.1" + /db_xref="GOA:P64950" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64950" + /translation="MPGPHSPNPGVGTNGPAPYPEPSSHEPQALDYPHDLGAAEPAFA + PGPADDAALPPAAYPGVPPQVSYPKRRHKRLLIGIVVALALVSAMTAAIIYGVRTNGA + NTAGTFSEGPAKTAIQGYLNALENRDVDTIVRNALCGIHDGVRDKRSDQALAKLSSDA + FRKQFSQVEVTSIDKIVYWSQYQAQVLFTMQVTPAAGGPPRGQVQGIAQLLFQRGQVL + VCSYVLRTAGSY" + gene complement(2452489..2452845) + /locus_tag="BQ2027_MB2227C" + CDS complement(2452489..2452845) + /locus_tag="BQ2027_MB2227C" + /note="Mb2227c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv2204c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to conserved hypothetical + proteins in Actinomycetes and equivalent to Mycobacterium + leprae ML0871|ML0871 conserved hypothetical protein (118 + aa) and to sp|P45344|YADR_HAEIN HYPOTHETICAL PROTEIN + HI1723 (114 aa). FASTA score: ML0871 opt: 720, E(): + 8.4e-45; 92.373% identity in 118 aa overlapCAC31252.1| + (AL583920); and P45344 opt: 346, E(): 1.8e-18; 45.6% + identity in 103 aa overlap. Contains PS01152 Hypothetical + hesB/y yadR/yfhF family signature Protein product from + Mb2227c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2227c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Iron-sulfur cluster insertion protein SCO2161" + /protein_id="SIU00835.1" + /db_xref="GOA:P0A5B0" + /db_xref="InterPro:IPR000361" + /db_xref="InterPro:IPR016092" + /db_xref="InterPro:IPR017870" + /db_xref="InterPro:IPR035903" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5B0" + /translation="MTVQNEPSAKTHGVILTEAAAAKAKSLLDQEGRDDLALRIAVQP + GGCAGLRYNLFFDDRTLDGDQTAEFGGVRLIVDRMSAPYVEGASIDFVDTIEKQGFTI + DNPNATGSCACGDSFN" + gene complement(2452945..2454021) + /locus_tag="BQ2027_MB2228C" + CDS complement(2452945..2454021) + /locus_tag="BQ2027_MB2228C" + /EC_number="2.7.1.31" + /note="Mb2228c, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv2205c, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 358 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Very similar to YHAD_ECOLI|P23524 + hypothetical protein (YHAD (E.coli) / YXAA (S14A) + (B.subtilis) family) (41.6% identity in 154 aa overlap), + and to other members of the glycerate kinase family. Start + changed since first submission; protein now 122 aa + shorter, owing to extension of Rv2206. Mb2228c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glycerate kinase (EC" + /protein_id="SIU00836.1" + /db_xref="GOA:P64289" + /db_xref="InterPro:IPR004381" + /db_xref="InterPro:IPR018193" + /db_xref="InterPro:IPR018197" + /db_xref="InterPro:IPR036129" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64289" + /translation="MRVLVAPDCYGDSLSAVEAAAAIATGWTRSRPGDSFIVAPQSDG + GPGFVEVLGSRLGETRRLRVCGPLNTVVNAAWVFDPGSATAYLECAQACGLGLLGGPP + TPETALAAHSKGVGQLIAAALRAGAARIVVGLGGSACTDGGKGMIAELGGLDAARRQL + ADVEVIAASDVEYPLLGPWGTARVFAPQKGADMATVAVLEGRLAAWAIELDAAAGRGV + SAEPGAGAAGGIGAGLLAVGGRYQSGAAIIAEHTHFADDLADAELIVTGEGRFDEQSL + HGKVVGAIAAAARPLAIPVIVLAGQVSLDKSALRSAGIMAALSIAEYAGSVRLALADA + ANQLMGLASQVAARLGNSGPSGYR" + gene 2454180..2454890 + /locus_tag="BQ2027_MB2229" + CDS 2454180..2454890 + /locus_tag="BQ2027_MB2229" + /note="Mb2229, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv2206, len: + 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein. Equivalent to hypothetical protein + ML0869 (247 aa) of Mycobacterium leprae gZ98741|MLCB22_2 + (247 aa), FASTA scores: opt: 1052, (67.5% identity in 237 + aa overlap). Two hydrophobic stretches in C-terminal part. + Start changed since original submission (+112 aa). Protein + product from Mb2229 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2229 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00837.1" + /db_xref="GOA:P64952" + /db_xref="InterPro:IPR021403" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64952" + /translation="MKLLGHRKSHGHQRADASPDAGSKDGCRPDSGRTSGSDTSRGSQ + TTGPKGRPTPKRNQSRRHTKKGPVAPAPMTAAQARARRKSLAGPKLSREERRAEKAAN + RARMTERRERMMAGEEAYLLPRDRGPVRRYVRDVVDSRRNLLGLFMPSALTLLFVMFA + VPQVQFYLSPAMLILLALMTIDAIILGRKVGRLVDTKFPSNTESRWRLGLYAAGRASQ + IRRLRAPRPQVERGGDVG" + gene 2454969..2456054 + /gene="cobT" + /locus_tag="BQ2027_MB2230" + CDS 2454969..2456054 + /gene="cobT" + /locus_tag="BQ2027_MB2230" + /note="Mb2230, cobT, len: 361 aa. Equivalent to Rv2207, + len: 361 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 361 aa overlap). Probable cobT, + phosphoribosyltransferase, similar to many e.g. + SW:COBT_ECOLI P36562 + nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazol + phosphoribosyltransferase (34.6% identity in 341 aa + overlap) Protein product from Mb2230 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2230 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable + nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazol + phosphoribosyltransferase CobT" + /protein_id="SIU00838.1" + /db_xref="GOA:P63842" + /db_xref="InterPro:IPR003200" + /db_xref="InterPro:IPR017846" + /db_xref="InterPro:IPR023195" + /db_xref="InterPro:IPR036087" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63842" + /translation="MIGFAPVSTPDAAAEAAARARQDSLTKPRGALGSLEDLSVWVAS + CQQRCPPRQFERARVVVFAGDHGVARSGVSAYPPEVTAQMVANIDAGGAAINALADVA + GATVRVADLAVDADPLSERIGAHKVRRGSGNIATEDALTNDETAAAITAGQQIADEEV + DAGADLLIAGDMGIGNTTAAAVLVAALTDAEPVAVVGFGTGIDDAGWARKTAAVRDAL + FRVRPVLPDPVGLLRCAGGADLAAIAGFCAQAAVRRTPLLLDGVAVTAAALVAERLAP + GAHRWWQAGHRSSEPGHGLALAALGLDPIVDLHMRLGEGTGAAVALMVLRAAVAALSS + MATFTEAGVSTRSVDGVDRTAPPAVSP" + gene 2456051..2456800 + /gene="cobS" + /locus_tag="BQ2027_MB2231" + CDS 2456051..2456800 + /gene="cobS" + /locus_tag="BQ2027_MB2231" + /note="Mb2231, cobS, len: 249 aa. Equivalent to Rv2208, + len: 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 249 aa overlap). Probable cobS, + cobalamin 5'-phosphate synthase; similarity to + SW:COBS_ECOLI P36561 cobalamin (5'-phosphate) synthase + (28.0% identity in 243 aa overlap),Mb2231 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cobalamin 5'-phosphate synthase CobS" + /protein_id="SIU00839.1" + /db_xref="GOA:Q7VEN6" + /db_xref="InterPro:IPR003805" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEN6" + /translation="MMRSLATAFAFATVIPTPGSATTPMGRGPMTALPVVGAALGALA + AAIAWAGAQVFGPSSPLSGMLTVAVLLVVTRGLHIDGVADTADGLGCYGPPQRALAVM + RDGSTGPFGVAAVVLVIALQGLAFATLTTVGIAGITLAVLSGRVTAVLVCRRSVPAAH + GSTLGSRVAGTQPAPVVAAWLAVLLAVSVPAGPRPWQGPIAVLVAVTAGAALAAHCVH + RFGGVTGDVLGSAIELSTTVSAVTLAGLARL" + gene 2456958..2458496 + /locus_tag="BQ2027_MB2232" + CDS 2456958..2458496 + /locus_tag="BQ2027_MB2232" + /note="Mb2232, -, len: 512 aa. Equivalent to Rv2209, len: + 512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 512 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to but longer than + Rv0246 gp|AL021929|MTV 034_12 Mycobacterium tuberculosis + (436 aa). FASTA score: opt: 712, E(): 2.8e- 32; 33.4% + identity in 422 aa overlap,Mb2232 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved integral membrane protein" + /protein_id="SIU00840.1" + /db_xref="GOA:P64954" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64954" + /translation="MPASRLVRQVSAPRNLFGRLVAQGGFYTAGLQLGSGAVVLPVIC + AHQGLTWAAGLLYPAFCIGAILGNSLSPLILQRAGQLRHLLMAAISATAAALVVCNAA + VPWTGVGVAAVFLATTGAGGVVTGVSSVAYTDMISSMLPAVRRGELLLTQGAAGSVLA + TGVTLVIVPMLAHGNEMARYHDLLWLGAAGLVCSGIAALFVGPMRSVSVTTATRMPLR + EIYWMGFAIARSQPWFRRYMTTYLLFVPISLGTTFFSLRAAQSNGSLHVLVILSSIGL + VVGSMLWRQINRLFGVRGLLLGSALLNAAAALLCMVAESCGQWVHAWAYGTAFLLATV + AAQTVVAASISWISVLAPERYRATLICVGSTLAAVEATVLGVALGGIAQKHATIWPVV + VVLTLAVIAAVASLRAPTRIGVTADTSPQAATLQAYRPATPNPIHSDERSTPPDHLSV + RRGQLRHVWDSRRPAPPLNRPSCRRAARRPAPGKPAAALPQPRHPAVGVREGAPLDAG + QRIA" + gene complement(2458422..2459528) + /gene="ilvE" + /locus_tag="BQ2027_MB2233C" + CDS complement(2458422..2459528) + /gene="ilvE" + /locus_tag="BQ2027_MB2233C" + /note="Mb2233c, ilvE, len: 368 aa. Equivalent to Rv2210c, + len: 368 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 368 aa overlap). Probable ilvE, + Branched-chain-amino-acid transaminase, highly similar to + many e.g. YWAA_BACSU|P39576 from Bacillus subtilis (48.4% + identity in 339 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2233c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2233c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="branched-chain amino acid transaminase ilve" + /protein_id="SIU00841.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0I1" + /db_xref="InterPro:IPR001544" + /db_xref="InterPro:IPR005786" + /db_xref="InterPro:IPR018300" + /db_xref="InterPro:IPR033939" + /db_xref="InterPro:IPR036038" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I1" + /translation="MTSGSLQFTVLRAVNPATDAQRESMLRAPGFGKYHTDHMVSIDY + AEGRGWHNARVIPYGPIELDPSAIVLHYAQEVFEGLKAYRWADGSIVSFRADANAARL + RSSARRLAIPELPDAVFIESLRQLIAVDKAWVPGAGGEEALYLRPFIFATEPGLGVRP + ATQYRYLLIASPAGAYFKGGIAPVSVWVSTEYVRACPGGTGAAKFGGNYAASLLAQAE + AAENGCDQVVWLDAVERRYIEEMGGMNIFFVLGSGGSARLVTPELSGSLLPGITRDSL + LQLAIDAGFAVEERRIDIDEWQKKAAAGEITEVFACGTAAVITPVARVRHGASEFRIA + DGQPGEVTMALRDTLTGIQRGTFADTHGWMARLG" + gene complement(2459600..2460739) + /gene="gcvT" + /locus_tag="BQ2027_MB2234C" + CDS complement(2459600..2460739) + /gene="gcvT" + /locus_tag="BQ2027_MB2234C" + /note="Mb2234c, gcvT, len: 379 aa. Equivalent to Rv2211c, + len: 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 379 aa overlap). Probable gcvT, + aminomethyltransferase (EC 2.1.2.10), similar to many e.g. + GCST_ECOLI|P27248 for Escherichia coli (38.2% identity in + 364 aa overlap); etc. BELONGS TO THE GCVT FAMILY. Protein + product from Mb2234c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2234c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable aminomethyltransferase GcvT (Glycine + cleavage system T protein)" + /protein_id="SIU00842.1" + /db_xref="GOA:P64221" + /db_xref="InterPro:IPR006222" + /db_xref="InterPro:IPR006223" + /db_xref="InterPro:IPR013977" + /db_xref="InterPro:IPR022903" + /db_xref="InterPro:IPR027266" + /db_xref="InterPro:IPR028896" + /db_xref="InterPro:IPR029043" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64221" + /translation="MCQQGRPLGWDAVSDVPELIHGPLEDRHRELGASFAEFGGWLMP + VSYAGTVSEHNATRTAVGLFDVSHLGKALVRGPGAAQFVNSALTNDLGRIGPGKAQYT + LCCTESGGVIDDLIAYYVSDDEIFLVPNAANTAAVVGALQAAAPGGLSITNLHRSYAV + LAVQGPCSTDVLTALGLPTEMDYMGYADASYSGVPVRVCRTGYTGEHGYELLPPWESA + GVVFDALLAAVSAAGGEPAGLGARDTLRTEMGYPLHGHELSLDISPLQARCGWAVGWR + KDAFFGRAALLAEKAAGPRRLLRGLRMVGRGVLRPGLAVLVGDETVGVTTSGTFSPTL + QVGIGLALIDSDAGIEDGQQINVDVRGRAVECQVVCPPFVAVKTR" + gene 2460748..2461884 + /locus_tag="BQ2027_MB2235" + CDS 2460748..2461884 + /locus_tag="BQ2027_MB2235" + /note="Mb2235, -, len: 378 aa. Equivalent to Rv2212, len: + 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 378 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to adenylate + cyclases, e.g. SW:CYAA_STRCO P40135 (29.2% identity in 291 + aa overlap); ttg at 24614 in MTCY190 has a better rbs. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 64- 85, + (+2.72 SD). Also similar to Rv1264 and Rv1647 Protein + product from Mb2235 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2235 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="adenylyl cyclase (atp pyrophosphate-lyase) + (adenylate cyclase)" + /protein_id="SIU00843.1" + /db_xref="GOA:P64266" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="InterPro:IPR032026" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64266" + /translation="MYDSLDFDALEAAGIANPRERAGLLTYLDELGFTVEEMVQAERR + GRLFGLAGDVLLWSGPPIYTLATAADELGLSADDVARAWSLLGLTVAGPDVPTLSQAD + VDALATWVALKALVGEDGAFGLLRVLGTAMARLAEAESTMIRAGSPNIQMTHTHDELA + TARAYRAAAEFVPRIGALIDTVHRHHLASARTYFEGVIGDTSASVTCGIGFADLSSFT + ALTQALTPAQLQDLLTEFDAAVTDVVHADGGRLVKFIGDAVMWVSSSPERLVRAAVDL + VDHPGARAAELQVRAGLAYGTVLALNGDYFGNPVNLAARLVAAAAPGQILAAAQLRDM + LPDWPALAHGPLTLKGFDAPVMAFELHDNPRARDADTPSPAASD" + gene 2461896..2463443 + /gene="pepB" + /locus_tag="BQ2027_MB2236" + CDS 2461896..2463443 + /gene="pepB" + /locus_tag="BQ2027_MB2236" + /note="Mb2236, pepB, len: 515 aa. Equivalent to Rv2213, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 515 aa overlap). Probable pepB, leucine + aminopeptidase, similar to many e.g. SW:AMPA_ECOLI P11648 + aminopeptidase A/I, (41.4% identity in 309 aa overlap). + Equivalent to Z98741|MLCB22_6 Mycobacterium leprae cosmid + B22; Am (524 aa), FASTA scores: opt: 2793, E(): 0; 83.1% + identity in 522 aa overlap. Contains PS00631 Cytosol + aminopeptidase signature, NTDAEGRL Protein product from + Mb2236 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2236 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable aminopeptidase PepB" + /protein_id="SIU00844.1" + /db_xref="GOA:Q7VEN5" + /db_xref="InterPro:IPR000819" + /db_xref="InterPro:IPR008283" + /db_xref="InterPro:IPR011356" + /db_xref="InterPro:IPR023042" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEN5" + /translation="MTTEPGYLSPSVAVATSMPKRGVGAAVLIVPVVSTGEEDRPGAV + VASAEPFLRADTVAEIEAGLRALDATGASDQVHRLAVPSLPVGSVLTVGLGKPRREWP + ADTIRCAAGVAARALNSSEAVITTLAELPGDGICSATVEGLILGSYRFSAFRSDKTAP + KDAGLRKITVLCCAKDAKKRALHGAAVATAVATARDLVNTPPSHLFPAELAKRAKTLS + ESVGLDVEVIDEKALKKAGYGGVIGVGQGSSRPPRLVRLIHRGSRLAKNPQKAKKVAL + VGKGITFDTGGISIKPAASMHHMTSDMGGAAAVIATVTLAARLRLPIDVIATVPMAEN + MPSATAQRPGDVLTQYGGTTVEVLNTDAEGRLILADAIVRACEDKPDYLIETSTLTGA + QTVALGTRIPGVMGSDEFRDRVAAISQRVGENGWPMPLPDDLKDDLKSTVADLANVSG + QRFAGMLVAGVFLREFVAESVDWAHIDVAGPAYNTGSAWGYTPKGATGVPTRTMFAVL + EDIAKNG" + gene complement(2463481..2465259) + /gene="ephD" + /locus_tag="BQ2027_MB2237C" + CDS complement(2463481..2465259) + /gene="ephD" + /locus_tag="BQ2027_MB2237C" + /note="Mb2237c, ephD, len: 592 aa. Equivalent to Rv2214c, + len: 592 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 592 aa overlap). Possible ephD, + short-chain dehydrogenase (EC 1.-.-.-) (see citation + below), equivalent to Z98741|MLCB22_8 Mycobacterium leprae + cosmid B22; (596 aa), FASTA score: opt: 3262, E(): 0; + 80.4% identity in 596 aa overlap. C-terminus similar to + short-chain alcohol dehydrogenase family, similar to + SW:LIGD_PSEPA Q01198 c alpha-dehydrogenase (30.7% identity + in 241 aa overlap); contains PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature, PS00697 ATP-dependent DNA + ligase AMP-binding site. N-terminus corresponds to several + epoxide hydrolases of plants and Mycobacterium + tuberculosis e.g. MTCY9F925 Protein product from Mb2237c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2237c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible short-chain dehydrogenase EphD" + /protein_id="SIU00845.1" + /db_xref="GOA:P66778" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66778" + /translation="MPATQQMSRLVDSPDGVRIAVYHEGNPDGPTVVLVHGFPDSHVL + WDGVVPLLAERFRIVRYDNRGVGRSSVPKPISAYTMAHFADDFDAVIGELSPGEPVHV + LAHDWGSVGVWEYLRRPGASDRVASFTSVSGPSQDHLVNYVYGGLRRPWRPRTFLRAI + SQTLRLSYMALFSVPVVAPLLLRVALSSAAVRRNMVGDIPVDQIHHSETLARDAAHSV + KTYPANYFRSFSSSRRGRAIPIVDVPVQLIVNSQDPYVRPYGYDQTARWVPRLWRRDI + KAGHFSPMSHPQVMAAAVHDFADLADGKQPSRALLRAQVGRPRGYFGDTLVSVTGAGS + GIGRETALAFAREGAEIVISDIDEATVKDTAAEIAARGGIAYPYVLDVSDAEAVEAFA + ERVSAEHGVPDIVVNNAGIGQAGRFLDTPAEQFDRVLAVNLGGVVNGCRAFGQRLVER + GTGGHIVNVSSMAAYAPLQSLSAYCTSKAATYMFSDCLRAELDAAGVGLTTICPGVID + TNIVATTGFHAPGTDEEKIDGRRGQIDKMFALRSYGPDKVADAIVSAVKKKKPIRPVA + PEAYALYGISRVLPQALRSTARLRVI" + gene 2465523..2467184 + /gene="dlat" + /locus_tag="BQ2027_MB2238" + CDS 2465523..2467184 + /gene="dlat" + /locus_tag="BQ2027_MB2238" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2238, sucB, len: 553 aa. Equivalent to Rv2215, + len: 553 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 553 aa overlap). Probable sucB, + dihydrolipoamide acetyltransferase component (E2), similar + to e.g. SW:O PD2_ACHLA P35489 dihydrolipoamide + acetyltransferase component (E2) of pyruvate dehydrogenase + complex (35.3% identity in 552 aa overlap); contains + PS00189 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase + component lipoyl binding site. Protein product from Mb2238 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2238 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dlat, dihydrolipoamide acyltransferase, e2 + component of pyruvate dehydrogenase" + /protein_id="SIU00846.1" + /db_xref="GOA:P65634" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR001078" + /db_xref="InterPro:IPR003016" + /db_xref="InterPro:IPR004167" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR014276" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR036625" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65634" + /translation="MAFSVQMPALGESVTEGTVTRWLKQEGDTVELDEPLVEVSTDKV + DTEIPSPAAGVLTKIIAQEDDTVEVGGELAVIGDAKDAGEAAAPAPEKVPAAQPESKP + APEPPPVQPTSGAPAGGDAKPVLMPELGESVTEGTVIRWLKKIGDSVQVDEPLVEVST + DKVDTEIPSPVAGVLVSISADEDATVPVGGELARIGVAADIGAAPAPKPAPKPVPEPA + PTPKAEPAPSPPAAQPAGAAEGAPYVTPLVRKLASENNIDLAGVTGTGVGGRIRKQDV + LAAAEQKKRAKAPAPAAQAAAAPAPKAPPAPAPALAHLRGTTQKASRIRQITANKTRE + SLQATAQLTQTHEVDMTKIVGLRARAKAAFAEREGVNLTFLPFFAKAVIDALKIHPNI + NASYNEDTKEITYYDAEHLGFAVDTEQGLLSPVIHDAGDLSLAGLARAIADIAARARS + GNLKPDELSGGTFTITNIGSQGALFDTPILVPPQAAMLGTGAIVKRPRVVVDASGNES + IGVRSVCYLPLTYDHRLIDGADAGRFLTTIKHRLEEGAFEADLGL" + gene 2467184..2468089 + /locus_tag="BQ2027_MB2239" + CDS 2467184..2468089 + /locus_tag="BQ2027_MB2239" + /note="Mb2239, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv2216, len: + 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 301 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Mycobacterium leprae + ML0860 (307 aa), Z98741|MLCB22_10 Mycobacterium leprae + cosmid B22; H (307 aa). FASTA score: opt: 1656, E(): 0; + 84.2% identity in 297 aa overlap. Also + gp|AE000319|ECAE000319_8 Escherichia coli strain K12 + MG1655 (297 aa) opt: 640, E(): 0; 39.5% identity in 294 aa + overlap. Protein product from Mb2239 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2239 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cell division inhibitor SulA" + /protein_id="SIU00847.1" + /db_xref="GOA:P67233" + /db_xref="InterPro:IPR001509" + /db_xref="InterPro:IPR010099" + /db_xref="InterPro:IPR013549" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67233" + /translation="MANAVVAIAGSSGLIGSALTAALRAADHTVLRIVRRAPANSEEL + HWNPESGEFDPHALTDVDAVVNLCGVNIAQRRWSGAFKQSLRDSRITPTEVLSAAVAD + AGVATLINASAVGYYGNTKDRVVDENDSAGTGFLAQLCVDWETATRPAQQSGARVVLA + RTGVVLSPAGGMLRRMRPLFSVGLGARLGSGRQYMSWISLEDEVRALQFAIAQPNLSG + PVNLTGPAPVTNAEFTTAFGRAVNRPTPLMLPSVAVRAAFGEFADEGLLIGQRAIPSA + LERAGFQFHHNTIGEALGYATTRPG" + gene 2468142..2468834 + /gene="lipB" + /locus_tag="BQ2027_MB2240" + CDS 2468142..2468834 + /gene="lipB" + /locus_tag="BQ2027_MB2240" + /note="Mb2240, lipB, len: 230 aa. Equivalent to Rv2217, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 230 aa overlap). Probable lipB, similar + to SW:LIPB_ECOLI P30976 liopate biosynthesis protein B + (33.8% identity in 160 aa overlap). Equivalent to + gp|Z98741| MLCB22_11 Mycobacterium leprae (235 aa). FASTA + score: opt: 1124, E(): 0; 78.4% identity in 218 aa overlap + Protein product from Mb2240 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2240 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable lipoate biosynthesis protein B LipB" + /protein_id="SIU00848.1" + /db_xref="GOA:Q7VEN4" + /db_xref="InterPro:IPR000544" + /db_xref="InterPro:IPR004143" + /db_xref="InterPro:IPR020605" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEN4" + /translation="MTGSIRSKLSAIDVRQLGTVDYRTAWQLQRELADARVAGGADTL + LLLEHPAVYTAGRRTETHERPIDGTPVVGTDRGGKITWHGPGQLVGYPIIGLAEPLDV + VNYVRRLEESLIQVCADLGLHAGRVDGRSGVWLPGRPARKVAAIGVRVSRATTLHGFA + LNCDCDLAAFTAIVPCGISDAAVTSLSAELGRTVTVDEVRATVAAAVCAALDGVLPVG + DRVPSHAVPSPL" + gene 2468831..2469766 + /gene="lipA" + /locus_tag="BQ2027_MB2241" + CDS 2468831..2469766 + /gene="lipA" + /locus_tag="BQ2027_MB2241" + /note="Mb2241, lipA, len: 311 aa. Equivalent to Rv2218, + len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 311 aa overlap). Probable lipA, lipoic + acid synthetase, similar to e.g. SW:LIPA_HAEIN P44463 (42 + .6% identity in 291 aa overlap). Equivalent to + Z98741|MLCB2 2_12 Mycobacterium leprae cosmid B22; (314 + aa). FASTA score : opt: 1836, E(): 0; 86.8% identity in + 310 aa overlap,Mb2241 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable lipoate biosynthesis protein A LipA" + /protein_id="SIU00849.1" + /db_xref="GOA:P65284" + /db_xref="InterPro:IPR003698" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR031691" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65284" + /translation="MSVAAEGRRLLRLEVRNAQTPIERKPPWIKTRARIGPEYTELKN + LVRREGLHTVCEEAGCPNIFECWEDREATFLIGGDQCTRRCDFCQIDTGKPAELDRDE + PRRVADSVRTMGLRYATVTGVARDDLPDGGAWLYAATVRAIKELNPSTGVELLIPDFN + GEPTRLAEVFESGPEVLAHNVETVPRIFKRIRPAFTYRRSLGVLTAARDAGLVTKSNL + ILGLGETSDEVRTALGDLRDAGCDIVTITQYLRPSARHHPVERWVKPEEFVQFARFAE + GLGFAGVLAGPLVRSSYRAGRLYEQARNSRALASR" + gene 2469793..2470545 + /locus_tag="BQ2027_MB2242" + CDS 2469793..2470545 + /locus_tag="BQ2027_MB2242" + /note="Mb2242, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv2219, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 250 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein. Equivalent to hypothetical membrane + protein ML0857 (250 aa) from Mycobacterium leprae Z98741 + |MLCB22_13 Mycobacterium leprae cosmid B22; H (250 aa) opt + : 1328, E(): 0; 80.8% identity in 250 aa overlap. Protein + product from Mb2242 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2242 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00850.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0L2" + /db_xref="InterPro:IPR025445" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0L2" + /translation="MAKPRNAAESKAAKAQANAARKAAARQRRAQLWQAFTLQRKEDK + RLLPYMIGAFLLIVGASVGVGVWAGGFTMLTMIPLGVLLGALVAFVIFGRRAQRTVYR + KAEGQTGAAAWALDNLRGKWRVTPGVAATGNLDAVHRVIGRPGVIFVGEGSAARVKPL + LAQEKKRTARLVGDVPIYDIIVGNGDGEVPLAKLERHLTRLPANITVKQMDTVESRLA + ALGSRAGAGVMPKGPLPTTAKMRSVQRTVRRK" + gene complement(2470552..2470974) + /locus_tag="BQ2027_MB2243C" + CDS complement(2470552..2470974) + /locus_tag="BQ2027_MB2243C" + /note="Mb2243c, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv2219A, + len: 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 140 aa overlap). Probable membrane + protein, similar to SC3H12.05c|AL355740_5 possible + integral membrane protein from Streptomyces coelicolor + (155 aa), FASTA scores: opt: 327, E(): 7.5e-14, (46.6% + identity in 133 aa overlap), also linked to glnA. Protein + product from Mb2243c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2243c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved membrane protein" + /protein_id="SIU00851.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0I9" + /db_xref="InterPro:IPR010432" + /db_xref="InterPro:IPR016795" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0I9" + /translation="MTAKSPPDYPGKTLGLPDTGPGSLAPMGRRLAALLIDWLIAYGL + ALLGVEFGVWSTPMLSTVVLVIWLLLGVAAVRLFGFTPGQLMLGLVVVAVGGRRPVGI + GRLVVRGLLIGLVVPPLFTDSDGRGLHDRLTATAVVRR" + gene 2471173..2472609 + /gene="glnA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2244" + CDS 2471173..2472609 + /gene="glnA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2244" + /standard_name="glnA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2244, glnA1, len: 478 aa. Equivalent to Rv2220, + len: 478 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 478 aa overlap). glnA1, glutamine + synthetase class I (EC 6.3.1.2) (see first citation + below), similar to many e.g. GLNA_STRCO|P15106 from + Streptomyces coelicolor, FASTA score: (71.4% identity in + 475 aa overlap); etc. Also similar to three other + potential glutamine synthetases in Mycobacterium + tuberculosis: Rv2222c|glnA2, Rv2860c|glnA4, and + Rv1878|glnA3. Contains PS00180 Glutamine synthetase + signature 1, PS00181 Glutamine synthetase putative + ATP-binding region signature, and PS00182 Glutamine + synthetase class-I adenylation site. BELONGS TO THE + GLUTAMINE SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb2244 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2244 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GLUTAMINE SYNTHETASE GLNA1 (GLUTAMINE SYNTHASE) + (GS-I)" + /protein_id="SIU00852.1" + /db_xref="GOA:P0A591" + /db_xref="InterPro:IPR001637" + /db_xref="InterPro:IPR004809" + /db_xref="InterPro:IPR008146" + /db_xref="InterPro:IPR008147" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR027302" + /db_xref="InterPro:IPR027303" + /db_xref="InterPro:IPR036651" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A591" + /translation="MTEKTPDDVFKLAKDEKVEYVDVRFCDLPGIMQHFTIPASAFDK + SVFDDGLAFDGSSIRGFQSIHESDMLLLPDPETARIDPFRAAKTLNINFFVHDPFTLE + PYSRDPRNIARKAENYLISTGIADTAYFGAEAEFYIFDSVSFDSRANGSFYEVDAISG + WWNTGAATEADGSPNRGYKVRHKGGYFPVAPNDQYVDLRDKMLTNLINSGFILEKGHH + EVGSGGQAEINYQFNSLLHAADDMQLYKYIIKNTAWQNGKTVTFMPKPLFGDNGSGMH + CHQSLWKDGAPLMYDETGYAGLSDTARHYIGGLLHHAPSLLAFTNPTVNSYKRLVPGY + EAPINLVYSQRNRSACVRIPITGSNPKAKRLEFRSPDSSGNPYLAFSAMLMAGLDGIK + NKIEPQAPVDKDLYELPPEEAASIPQTPTQLSDVIDRLEADHEYLTEGGVFTNDLIET + WISFKRENEIEPVNIRPHPYEFALYYDV" + gene complement(2472927..2475911) + /gene="glnE" + /locus_tag="BQ2027_MB2245C" + CDS complement(2472927..2475911) + /gene="glnE" + /locus_tag="BQ2027_MB2245C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2245c, glnE, len: 994 aa. Equivalent to Rv2221c, + len: 994 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 994 aa overlap). glnE, + glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase (EC 2.7.7.42) + (see citations below), similar to others e.g. + GLNE_ECOLI|P30870 glutamate-ammonia-ligase + adenylyltransferase from Escherichia coli, FASTA score: + (24.4% identity in 721 aa overlap); GLNE_HAEIN|P44419 + Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase from + Haemophilus influenzae (981 aa), FASTA score: (28.1% + identity in 199 aa overlap); etc. Note that initiation + codon uncertain. Protein product from Mb2245c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2245c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GLUTAMATE-AMMONIA-LIGASE ADENYLYLTRANSFERASE + GLNE (Glutamine-synthetase adenylyltransferase)" + /protein_id="SIU00853.1" + /db_xref="GOA:P69941" + /db_xref="InterPro:IPR005190" + /db_xref="InterPro:IPR013546" + /db_xref="InterPro:IPR023057" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69941" + /translation="MVVTKLATQRPKLPSVGRLGLVDPPAGERLAQLGWDRHEDQAHV + DLLWSLSRAPDADAALRALIRLSENPDTGWDELNAALLRERSLRGRLFSVLGSSLALG + DHLVAHPQSWKLLRGKVTLPSHDQLQRSFVECVEESEGMPGSLVHRLRTQYRDYVLML + AALDLAATVEDEPVLPFTVVAARLADAADAALAAALRVAEASVCGEHPPPRLAVIAMG + KCGARELNYVSDVDVIFVAERSDPRNARVASEMMRVASAAFFEVDAALRPEGRNGELV + RTLESHIAYYQRWAKTWEFQALLKARPVVGDAELGERYLTALMPMVWRACEREDFVVE + VQAMRRRVEQLVPADVRGRELKLGSGGLRDVEFAVQLLQLVHARSDESLRVASTVDAL + AALGEGGYIGREDAANMTASYEFLRLLEHRLQLQRLKRTHLLPDPEDEEAVRWLARAA + HIRPDGRNDAAGVLREELKKQNVRVSKLHTKLFYQPLLESIGPTGLEIAHGMTLEAAG + RRLAALGYEGPQTALKHMSALVNQSGRRGRVQSVLLPRLLDWMSYAPDPDGGLLAYRR + LSEALATESWYLATLRDKPAVAKRLMHVLGTSAYVPDLLMRAPRVIQQYEDGPAGPKL + LETEPAAVARALIASASRYPDPERAIAGARTLRRRELARIGSADLLGLLEVTEVCRAL + TSVWVAVLQAALDVMIRASLPDDDRAPAAIAVIGMGRLGGAELGYGSDADVMFVCEPA + TGVDDARAVKWSTSIAERVRALLGTPSVDPPLELDANLRPEGRNGPLVRTLGSYAAYY + EQWAQPWEIQALLRAHAVAGDAELGQRFLRMVDKTRYPPDGVSADSVREIRRIKARIE + SERLPRGADPNTHTKLGRGGLADIEWTVQLLQLQHAHQVPALHNTSTLQSLDVIAAAD + LVPAADVELLRQAWLTATRARNALVLVRGKPTDQLPGPGRQLNAVAVAAGWRNDDGGE + FLDNYLRVTRRAKAVVRKVFGS" + gene complement(2475960..2477300) + /gene="glnA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2246C" + CDS complement(2475960..2477300) + /gene="glnA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2246C" + /note="Mb2246c, glnA2, len: 446 aa. Equivalent to Rv2222c, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 446 aa overlap). Probable glnA2, + glutamine synthetase class II (EC 6.3.1.2), similar to + others. Also similar to three other potential glutamine + synthetases in Mycobacterium tuberculosis: Rv2220|glnA1, + Rv2860c|glnA4, and Rv1878|glnA3. BELONGS TO THE GLUTAMINE + SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb2246c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2246c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE SYNTHETASE GLNA2 (GLUTAMINE + SYNTHASE) (GS-II)" + /protein_id="SIU00854.1" + /db_xref="GOA:P64246" + /db_xref="InterPro:IPR008146" + /db_xref="InterPro:IPR008147" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR027303" + /db_xref="InterPro:IPR036651" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64246" + /translation="MDRQKEFVLRTLEERDIRFVRLWFTDVLGFLKSVAIAPAELEGA + FEEGIGFDGSSIEGFARVSESDTVAHPDPSTFQVLPWATSSGHHHSARMFCDITMPDG + SPSWADPRHVLRRQLTKAGELGFSCYVHPEIEFFLLKPGPEDGSVPVPVDNAGYFDQA + VHDSALNFRRHAIDALEFMGISVEFSHHEGAPGQQEIDLRFADALSMADNVMTFRYVI + KEVALEEGARASFMPKPFGQHPGSAMHTHMSLFEGDVNAFHSADDPLQLSEVGKSFIA + GILEHACEISAVTNQWVNSYKRLVQGGEAPTAASWGAANRSALVRVPMYTPHKTSSRR + VEVRSPDSACNPYLTFAVLLAAGLRGVEKGYVLGPQAEDNVWDLTPEERRAMGYRELP + SSLDSALRAMEASELVAEALGEHVFDFFLRNKRTEWANYRSHVTPYELRTYLSL" + gene complement(2477395..2478957) + /locus_tag="BQ2027_MB2247C" + CDS complement(2477395..2478957) + /locus_tag="BQ2027_MB2247C" + /note="Mb2247c, -, len: 520 aa. Equivalent to Rv2223c, + len: 520 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 520 aa overlap). Probable exported + protease (EC 3.4.-.-); has signal sequence. Very similar + to three proteases/peptidases from Streptomyces spp.: + L42758, L42759, L27466. FASTA score: L42758|STMSLPD + STMSLPD NID: g940302 - Streptomyces (539 aa) opt: 1032 + E(): 0, (37.5% identity in 533 aa overlap). Also similar + to hypothetical proteins SW:YZZE _ECOLI P34211 (25.4% + identity in 406 aa overlap) and PIR:B36944 in ompP 3' + region (27.5% identity in 218 aa overlap). Highly similar + to Rv2224c and Rv2672 (49.3% identity in 507 aa overlap); + contains PS00120 Lipases, serine active site,Mb2247c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable exported protease" + /protein_id="SIU00855.1" + /db_xref="GOA:P65822" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR013595" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65822" + /translation="MAAMWRRRPLSSALLSFGLLLGGLPLAAPPLAGATEEPGAGQTP + GAPVVAPQQSWNSCREFIADTSEIRTARCATVSVPVDYDQPGGTQAKLAVIRVPATGQ + RFGALLVNPGGPGASAVDMVAAMAPAIADTDILRHFDLVGFDPRGVGHSTPALRCRTD + AEFDAYRRDPMADYSPAGVTHVEQVYRQLAQDCVDRMGFSFLANIGTASVARDMDMVR + QALGDDQINYLGYSYGTELGTAYLERFGTHVRAMVLDGAIDPAVSPIEESISQMAGFQ + TAFNDYAADCARSPACPLGTDSAQWVNRYHALVDPLVQKPGKTSDPRGLSYADATTGT + INALYSPQRWKYLTSGLLGLQRGSDAGDLLVLADDYDGRDADGHYSNDQDAFNAVRCV + DAPTPADPAAWVAADQRIRQVAPFLSYGQFTGSAPRDLCALWPVPATSTPHPAAPAGA + GKVVVVSTTHDPATPYQSGVDLARQLGAPLITFDGTQHTAVFDGNQCVDSAVMHYFLD + GTLPPTSLRCAP" + gene complement(2479019..2480581) + /gene="caea" + /locus_tag="BQ2027_MB2248C" + CDS complement(2479019..2480581) + /gene="caea" + /locus_tag="BQ2027_MB2248C" + /note="Mb2248c, -, len: 520 aa. Equivalent to Rv2224c, + len: 520 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 520 aa overlap). Probable exported + protease (EC 3.4.-.-); has signal sequence and lipoprotein + motif at N-terminal end. Very similar to three + proteases/peptidases from Streptomyces spp.: L42758, + L42759, L27466. FASTA score: L4 2758|STMSLPD STMSLPD NID: + g940302 - Streptomyces (539 aa) opt: 1032 E(): 0, (37.5% + identity in 533 aa overlap). Similar to hypothetical + protein SW:YZZE_ECOLI P34211 (27.7% identity in 412 aa + overlap) and highly similar to Rv2224c and Rv2672 (49.3% + identity in 507 aa overlap); contains PS00013, Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site, and PS00120 + Lipases, serine active site. Protein product from Mb2248c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2248c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable carboxylesterase caea" + /protein_id="SIU00856.1" + /db_xref="GOA:P65824" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65824" + /translation="MGMRLSRRDKIARMLLIWAALAAVALVLVGCIRVVGGRARMAEP + KLGQPVEWTPCRSSNPQVKIPGGALCGKLAVPVDYDRPDGDVAALALIRFPATGDKIG + SLVINPGGPGESGIEAALGVFQTLPKRVHERFDLVGFDPRGVASSRPAIWCNSDADND + RLRAEPQVDYSREGVAHIENETKQFVGRCVDKMGKNFLAHVGTVNVAKDLDAIRAALG + DDKLTYLGYSYGTRIGSAYAEEFPQRVRAMILDGAVDPNADPIEAELRQAKGFQDAFN + NYAADCAKNAGCPLGADPAKAVEVYHSLVDPLVDPDNPRISRPARTKDPRGLSYSDAI + VGTIMALYSPNLWQHLTDGLSELVDNRGDTLLALADMYMRRDSHGRYNNSGDARVAIN + CVDQPPVTDRDKVIDEDRRAREIAPFMSYGKFTGDAPLGTCAFWPVPPTSQPHAVSAP + GLVPTVVVSTTHDPATPYKAGVDLANQLRGSLLTFDGTQHTVVFQGDSCIDEYVTAYL + IGGTTPPSGAKC" + gene 2481300..2482145 + /gene="panB" + /locus_tag="BQ2027_MB2249" + CDS 2481300..2482145 + /gene="panB" + /locus_tag="BQ2027_MB2249" + /note="Mb2249, panB, len: 281 aa. Equivalent to Rv2225, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 281 aa overlap). Probable panB, + 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase (EC + 2.1.2.11), similar to PANB_ECOLI|P31057 + 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase from + Escherichia coli (45.9% identity in 257 aa overlap). + Protein product from Mb2249 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2249 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase + panb" + /protein_id="SIU00857.1" + /db_xref="GOA:P0C2T4" + /db_xref="InterPro:IPR003700" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0C2T4" + /translation="MSEQTIYGANTPGGSGPRTKIRTHHLQRWKADGHKWAMLTAYDY + STARIFDEAGIPVLLVGDSAANVVYGYDTTVPISIDELIPLVRGVVRGAPHALVVADL + PFGSYEAGPTAALAAATRFLKDGGAHAVKLEGGERVAEQIACLTAAGIPVMAHIGFTP + QSVNTLGGFRVQGRGDAAEQTIADAIAVAEAGAFAVVMEMVPAELATQITGKLTIPTV + GIGAGPNCDGQVLVWQDMAGFSGAKTARFVKRYADVGGELRRAAMQYAQEVAGGVFPA + DEHSF" + gene 2482390..2483931 + /locus_tag="BQ2027_MB2250" + CDS 2482390..2483931 + /locus_tag="BQ2027_MB2250" + /note="Mb2250, -, len: 513 aa. Equivalent to Rv2226, len: + 513 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 513 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to hypothetical secreted protein (510 aa) + from Streptomyces coelicolor A3(2) emb|CAB59601.1| + (AL132662) hypothetical secreted protein [Streptomyces + coelicolor. Smith-Waterman scores Expect = 5e-44 + Identities = 166/506 (32%) Protein product from Mb2250 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2250 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CHAD domain containing protein" + /protein_id="SIU00858.1" + /db_xref="InterPro:IPR007899" + /db_xref="InterPro:IPR023577" + /db_xref="InterPro:IPR033469" + /db_xref="InterPro:IPR038186" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0J1" + /translation="MPVEAPRPARHLEVERKFDVIESTVSPSFEDIAAVVRVEQSPTQ + QLDAVYFDTPSHDLARNQITLRRRTGGADAGWHLKLPAGPDKRTEMRAPLSASGDAVP + AELLDVVLAIVRDQPVQPVARISTHRESQILYGAGGDALAEFCNDDVTAWSAGAFHAA + GAADNGPAEQQWREWELELVTTDGTADTKLLDRLANRLLDAGAAPAGHGSKLARVLGA + TSPGELPNGPQPPADPVHRAVSEQVEQLLLWDRAVRADAYDAVHQMRVTTRKIRSLLT + DSQESFGLKESAWVIDELRELANVLGVARDAEVLGDRYQRELDALAPELVRGRVRERL + VDGARRRYQTGLRRSLIALRSQRYFRLLDALDALVSERAHATSGEESAPVTIDAAYRR + VRKAAKAAKTAGDQAGDHHRDEALHLIRKRAKRLRYTAAATGADNVSQEAKVIQTLLG + DHQDSVVSREHLIQQAIAANTAGEDTFTYGLLYQQEADLAERCREQLEAALRKLDKAV + RKARD" + gene complement(2484003..2484309) + /gene="rnpB" + misc_RNA complement(2484003..2484309) + /gene="rnpB" + /product="ribonuclease P RNA" + /note="rnpB, len: 307 nt. Equivalent to rnpB, len: 307 + nt,from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 307 nt overlap). rna component of RNase P." + gene 2484489..2484809 + /locus_tag="BQ2027_MB2251" + CDS 2484489..2484809 + /locus_tag="BQ2027_MB2251" + /note="Mb2251, -, len: 106 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2227, len: 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (93.8% identity in 80 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to conserved hypothetical + proteins from various bacteria e.g. gb|AAK22693.1| + (AE005746) conserved hypothetical protein from Caulobacter + crescentus (234 aa) Smith-Waterman score = 109 bits (429), + Expect = 1e-41 Identities = 83/167 (49%). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2227 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 1 bp to 2 bp + substitution (t-cc) splits Rv2227 in two parts, Mb2251 and + Mb2252." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00859.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0L3" + /translation="MGQTRRLRRLGRHRCRGQRVRWRTATSADHPRRGRPAAQAVRRR + RPVSLDGRYGIQAVRRRAVSIFPCPLSRADRASQAGAVSQTAADSAQLVGQTGPGGAL + ARQP" + gene 2484817..2485191 + /locus_tag="BQ2027_MB2252" + CDS 2484817..2485191 + /locus_tag="BQ2027_MB2252" + /note="Mb2252, -, len: 124 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2227, len: 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 124 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to conserved + hypothetical proteins from various bacteria e.g. + gb|AAK22693.1| (AE005746) conserved hypothetical protein + from Caulobacter crescentus (234 aa) Smith-Waterman score + = 109 bits (429), Expect = 1e-41 Identities = 83/167 + (49%). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2227 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 1 bp to 2 bp + substitution (t-cc) splits Rv2227 in two parts, Mb2251 and + Mb2252." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00860.1" + /db_xref="InterPro:IPR018655" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0M4" + /translation="MASCHAAGQTRSTALMLKYGTNDWNALHQDLYGELVFPLQVVIN + LSDPETDYTGGEFLLVEQRPRAQSRGTAMQLPQGHGYVLTTRDRPVRTSRGWSASPVR + HGLSTIRSGERYAMGLIFHDAA" + gene complement(2485203..2486297) + /locus_tag="BQ2027_MB2253C" + CDS complement(2485203..2486297) + /locus_tag="BQ2027_MB2253C" + /note="Mb2253c, -, len: 364 aa. Equivalent to Rv2228c, + len: 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 364 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to phosphoglycerate + mutase and ribonuclease H. Similar to CAB88177.1|AL352972 + putative bifunctional protein (ribonuclease + H/phosphoglycerate mutase) from Streptomyces coelicolor + A3(2) (497 aa); Smith-Waterman scores: 107 bits (424), + Expect = 4e-41 Identities = 160/485 (32%). Also similar in + C-terminal part to Rv2419c and Rv2135c. Protein product + from Mb2253c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2253c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="multifunctional protein. has rnase + h,alpha-ribazole phosphatase, and acid phosphatase + activities." + /protein_id="SIU00861.1" + /db_xref="GOA:P64956" + /db_xref="InterPro:IPR002156" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR014636" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64956" + /translation="MKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRAT + NNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQAL + ASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAAADADPAKIVATESPTSPGWTGA + RGTPTRLLLLRHGQTELSEQRRYSGRGNPGLNEVGWRQVGAAAGYLARRGGIAAVVSS + PLQRAYDTAVTAARALALDVVVDDDLVETDFGAWEGLTFAEAAERDPELHRRWLQDTS + ITPPGGESFDDVLRRVRRGRDRIIVGYEGATVLVVSHVTPIKMLLRLALDAGSGVLYR + LHLDLASLSIAEFYADGASSVRLVNQTGYL" + gene complement(2486294..2487031) + /locus_tag="BQ2027_MB2254C" + CDS complement(2486294..2487031) + /locus_tag="BQ2027_MB2254C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2254c, -, len: 245 aa. Equivalent to Rv2229c, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 245 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; probable coiled-coil protein similar to conserved + hypothetical proteins in Actinomycetes. Equivalent to + Mycobacterium leprae ML1638 (232 aa), FASTA scores: opt: + 868 E(): 4.4e-43; 60.870% identity in 230 aa overlap + emb|CAC30589.1| (AL583922) Protein product from Mb2254c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2254c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Zn-ribbon protein, possibly nucleic + acid-binding" + /protein_id="SIU00862.1" + /db_xref="InterPro:IPR003743" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0L9" + /translation="MKAGVAQQRSLLELAKLDAELTRIAHRATHLPQRAAYQQVQAEH + NAANDRMAALRIAAEDLDGQVSRFESEIDAVRKRGDRDRSLLTSGATDAKQLADLQHE + LDSLQRRQASLEDALLEVLERREELQAQQTAESRALQALRADLAAAQQALDEALAEID + QARHQHSSQRDMLTATLDPELAGLYERQRAGGGPGAGRLQGHRCGACRIEIGRGELAQ + ISAAAEDEVVRCPECGAILLQLEGFEE" + gene complement(2487028..2488167) + /locus_tag="BQ2027_MB2255C" + CDS complement(2487028..2488167) + /locus_tag="BQ2027_MB2255C" + /note="Mb2255c, -, len: 379 aa. Equivalent to Rv2230c, + len: 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 379 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Equivalent to Mycobacterium leprae, + ML1639, conserved hypothetical protein (385 aa). Similar + to hypothetical proteins from B. subtilis, P54472, and L. + monocytogenes, P53434. FASTA score: ML1639 (MLCB1243.36) + opt: 2088, E(): 4e-107; 79.481% identity in 385 aa overlap + same as >pir||T44719 hypothetical protein MLCB1243.36 + [imported] - Mycobacterium leprae + >gi|3150237|emb|CAA19217.1| (AL023635); P54472|YQFO_BACSU + HYPOTHETICAL 30. 7 KD PROTEIN IN (279 aa) opt: 604; E(): + 2.2e-30; 38.8% identity in 258 aa overlap. + P53434|YRP2_LISMO HYPOTHETICAL 41.4 KD PROTEIN (373 aa) + opt: 595, E(): 1e-29; 30.7% identity in 326 aa overlap + Protein product from Mb2255c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2255c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog YbgI" + /protein_id="SIU00863.1" + /db_xref="GOA:P0A657" + /db_xref="InterPro:IPR002678" + /db_xref="InterPro:IPR015867" + /db_xref="InterPro:IPR017221" + /db_xref="InterPro:IPR036069" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A657" + /translation="MSVRLADVIDVLDQAYPPRLAQSWDSVGLVCGDPDDVVDSVTVA + VDATPAVVDQVPQAGLLLVHHPLLLRGVDTVAANTPKGVLVHRLIRTGRSLFTAHTNA + DSASPGVSDALAHAVGLTVDAVLDPVPGAADLDKWVIYVPRENSEAVRAAVFEAGAGH + IGDYSHCSWSVAGTGQFLAHDGASPAIGSVGTVERVAEDRVEVVAPARARAEVLAAMR + AAHPYEEPAFDIFALVPPPVGSGLGRIGRLPKPEPLRTFVARLEAALPPTATGVRAAG + DPDLLVSRVAVCGGAGDSLLATVAAADVQAYVTADLRHHPADEHCRASQVALIDVAHW + ASEFPWCGQAAEVLRSHFGASLPVRVCTICTDPWNLDHETGRDQA" + gene complement(2488164..2489258) + /gene="cobC" + /locus_tag="BQ2027_MB2256C" + CDS complement(2488164..2489258) + /gene="cobC" + /locus_tag="BQ2027_MB2256C" + /note="Mb2256c, cobC, len: 364 aa. Equivalent to Rv2231c, + len: 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 364 aa overlap). Possible cobC, + aminotransferase. Note that initiation codon uncertain. + Similar to CobC aminotransferases e.g. + sp|P21633|COBC_PSEDE COBC PROTEIN (333 aa) opt: 277, E(): + 1.7e-11; 28.8% identity in 313 aa overlap and also to e.g. + SW:HIS8_ECOLI P06986 histidinol-phosphate aminotransferase + (27.0% identity in 289 aa overlap), contains PS00105 + aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment + site. Real Mycobacterium tuberculosis histidinol-phosphate + aminotransferase, hisC, is Rv1600 (MTCY336.04c). Protein + product from Mb2256c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2256c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible aminotransferase CobC" + /protein_id="SIU00864.1" + /db_xref="GOA:P63501" + /db_xref="InterPro:IPR004838" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63501" + /translation="MLWILGPHTGPLLFDAVASLDTSPLAAARYHGDQDVAPGVLDFA + VNVRHDRPPEWLVRQLAALLPELARYPSTDDVHRAQDAVAERHGRTRDEVLPLVGAAE + GFALLHNLSPVRAAIVVPAFTEPAIALSAAGITAHHVVLKPPFVLDTAHVPDDADLVV + VGNPTNPTSVLHLREQLLELRRPGRILVVDEAFADWVPGEPQSLADDSLPDVLVLRSL + TKTWSLAGLRVGYALGSPDVLARLTVQRAHWPLGTLQLTAIAACCAPRAVAAAAADAV + RLTALRAEMVAGLRSVGAEVVDGAAPFVLFNIADADGLRNYLQSKGIAVRRGDTFVGL + DARYLRAAVRPEWPVLVAAIAEWAKRGGRR" + gene complement(2489295..2489720) + /gene="vapC16" + /locus_tag="BQ2027_MB2256A" + CDS complement(2489295..2489720) + /gene="vapC16" + /locus_tag="BQ2027_MB2256A" + /note="Mb2256A, len: 141 aa. Equivalent to Rv2231A len: + 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible + vapC16, toxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv2231B (See Pandey and Gerdes, 2005). Nucleotide position + 2505919 in the genome sequence has been corrected, A:G + resulting in A81A." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible toxin VapC16" + /protein_id="SIU00865.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C4" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR041705" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C4" + /translation="MTMACTACPTIWTLRCQTTCSNAFTGEALPHRHPRLAADAVNET + RAIVQDVRNSILLSAASAWEIAINYRLGKLPPPEPSASYVPDRMRRCGTSPLSVDHAH + TAHRRASGSPSTSIRPCAHRPGTAAWPDDHHRRRPVSCL" + gene complement(2489766..2489942) + /gene="vapB16" + /locus_tag="BQ2027_MB2256B" + CDS complement(2489766..2489942) + /gene="vapB16" + /locus_tag="BQ2027_MB2256B" + /note="Mb2256B, len: 58 aa. Equivalent to Rv2231B len: 58 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 58 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB16, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv2231A + (See Pandey and Gerdes, 2005). Mb2256B found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB16" + /protein_id="SIU00866.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0S0" + /translation="MALWYQAMIAKFGEQVVDAKVWAPAKRVGVHEAKTRLSELLRLV + YGGQRLRLPAAASR" + gene 2489837..2490712 + /gene="ptka" + /locus_tag="BQ2027_MB2257" + CDS 2489837..2490712 + /gene="ptka" + /locus_tag="BQ2027_MB2257" + /note="Mb2257, -, len: 291 aa. Equivalent to Rv2232, len: + 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to members of haloacid + dehalogenase-like family from several bacteria and to + putative phosphatases e.g. Q9I767 and AAK78398. Contains + N-terminal extension. FASTA scores: Q9I767 HYPOTHETICAL + PROTEIN PA0065 (221 aa) opt: 439 E(): 3.2e-18; 38.679% + identity (40.196% ungapped) in 212 aa overlap; + >>tr|AAK78398 Predicted phosphatase, HAD family (216 aa) + opt: 427, E(): 1.5e-17; 34.762% identity (35.437% + ungapped) in 210 aa overlap. Replaces previous Rv2232 and + Rv2233. Mb2257 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="protein tyrosine kinase transcriptional + regulatory protein ptka" + /protein_id="SIU00867.1" + /db_xref="InterPro:IPR023198" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="InterPro:IPR041492" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68910" + /translation="MSSPRERRPASQAPRLSRRPPAHQTSRSSPDTTAPTGSGLSNRF + VNDNGIVTDTTASGTNCPPPPRAAARRASSPGESPQLVIFDLDGTLTDSARGIVSSFR + HALNHIGAPVPEGDLATHIVGPPMHETLRAMGLGESAEEAIVAYRADYSARGWAMNSL + FDGIGPLLADLRTAGVRLAVATSKAEPTARRILRHFGIEQHFEVIAGASTDGSRGSKV + DVLAHALAQLRPLPERLVMVGDRSHDVDGAAAHGIDTVVVGWGYGRADFIDKTSTTVV + THAATIDELREALGV" + gene 2490705..2491196 + /gene="ptpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2258" + CDS 2490705..2491196 + /gene="ptpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2258" + /standard_name="MPtpA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2258, ptpA, len: 163 aa. Equivalent to Rv2234, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). ptpA (alternate gene + name: MPtpA), low molecular weight + protein-tyrosine-phosphatase (see citations below) (EC + 3.1.3.48), similar to other phosphotyrosine protein + phosphatases e.g. P53433|PTPA_STRCO LOW MOLECULAR WEIGHT + PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE from Streptomyces coelicolor + (164 aa), FASTA scores: opt: 455, E(): 3.3e -25, (49.7% + identity in 155 aa overlap); PA1S_HUMAN|P24667 red cell + acid phosphatase 1, FASTA score: (37.7% identity in 138 aa + overlap); etc. Contains a phosphatase catalytic site + domain located in N-terminal part. Activity proven + biochemically. Supposed a secreted protein. Protein + product from Mb2258 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2258 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHOSPHOTYROSINE PROTEIN PHOSPHATASE PTPA + (PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE) (PTPase) (LMW PHOSPHATASE)" + /protein_id="SIU00868.1" + /db_xref="GOA:P65717" + /db_xref="InterPro:IPR017867" + /db_xref="InterPro:IPR023485" + /db_xref="InterPro:IPR036196" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65717" + /translation="MSDPLHVTFVCTGNICRSPMAEKMFAQQLRHRGLGDAVRVTSAG + TGNWHVGSCADERAAGVLRAHGYPTDHRAAQVGTEHLAADLLVALDRNHARLLRQLGV + EAARVRMLRSFDPRSGTHALDVEDPYYGDHSDFEEVFAVIESALPGLHDWVDERLARN + GPS" + gene 2491196..2492011 + /locus_tag="BQ2027_MB2259" + CDS 2491196..2492011 + /locus_tag="BQ2027_MB2259" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2259, -, len: 271 aa. Equivalent to Rv2235, len: + 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 271 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein (see first citation below); + hydrophobic regions near N- and C-terminus. Similar to + conserved membrane proteins in other Actinomycetes. + Equivalent to Mycobacterium leprae. ML1644 (270 aa). FASTA + scores: opt: 1357, E(): 1.2e-72; 74.170% identity in 271 + aa overlap T44717|3150235|CAA19213.1|AL023635 + 13093419|CAC30595.1|AL583922. Protein product from Mb2259 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2259 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00869.1" + /db_xref="GOA:P66884" + /db_xref="InterPro:IPR002994" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66884" + /translation="MPRLAFLLRPGWLALALVVVAFTYLCFTVLAPWQLGKNAKTSRE + NQQIRYSLDTPPVPLKTLLPQQDSSAPDAQWRRVTATGQYLPDVQVLARLRVVEGDQA + FEVLAPFVVDGGPTVLVDRGYVRPQVGSHVPPIPRLPVQTVTITARLRDSEPSVAGKD + PFVRDGFQQVYSINTGQVAALTGVQLAGSYLQLIEDQPGGLGVLGVPHLDPGPFLSYG + IQWISFGILAPIGLGYFAYAEIRARRREKAGSPPPDKPMTVEQKLADRYGRRR" + gene complement(2491993..2492934) + /gene="cobD" + /locus_tag="BQ2027_MB2260C" + CDS complement(2491993..2492934) + /gene="cobD" + /locus_tag="BQ2027_MB2260C" + /note="Mb2260c, cobD, len: 313 aa. Equivalent to Rv2236c, + len: 313 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 313 aa overlap). Probable cobD, + conserved membrane protein, similar to PIR:S52223 + Rhodobacter capsulatus 945 protein BluD (39.0% identity in + 287 aa overlap) involved in cobinamide synthesis, and to + SW:COBD_PSEDE Pseudomonas dentrificans cobD protein (37.5% + identity in 269 aa overlap), also SW:CBIB_SALTY Salmonella + typhimurum cbiB protein (35.5% identity in 304 aa + overlap)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cobalamin biosynthesis transmembrane + protein cobd" + /protein_id="SIU00870.1" + /db_xref="GOA:Q7VEN1" + /db_xref="InterPro:IPR004485" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEN1" + /translation="MFASIWQTRAVGVLIGCLLDVVFGDPKRGHPVALFGRAAAKLEQ + ITYRDGRVAGAVHVGLLVGAVGLLGAALQRLPGRCWPVAATATATWAALGGTSLARTG + RQISDLLERDDVEAARRLLPSLCGRDPAQLGGPGLTRAALESVAENTADAQVVPLLWA + ASSGVPAVLGYRAINTLDSMIGYRSPRYLRFGWAAARLDDWANYVGARATAVLVVICA + PVVGGSPRGAVRAWRRDAARHPSPNAGVVEAAFAGALDVRLGGPTRYHHELQIRPTLG + DGRSPKVADLRRAVVLSRVVQAGAAVLAVMLVYRRRP" + gene 2493048..2493815 + /locus_tag="BQ2027_MB2261" + CDS 2493048..2493815 + /locus_tag="BQ2027_MB2261" + /note="Mb2261, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv2237, len: + 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins Rv0276, Rv0826, + Rv1645c. FASTA score: Rv0276 gp|AL021930|MTV035_4 (306 aa) + opt: 874, E(): 0; 49.6% identity in 282 aa overlap Protein + product from Mb2261 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2261 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00871.1" + /db_xref="GOA:P64958" + /db_xref="InterPro:IPR018713" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64958" + /translation="MLLPAANVIMQLAVPGVGYGVLESPVDSGNVYKHPFKRARTTGT + YLAVATIGTESDRALIRGAVDVAHRQVRSTASSPVSYNAFDPKLQLWVAACLYRYFVD + QHEFLYGPLEDATADAVYQDAKRLGTTLQVPEGMWPPDRVAFDEYWKRSLDGLQIDAP + VREHLRGVASVAFLPWPLRAVAGPFNLFATTGFLAPEFRAMMQLEWSQAQQRRFEWLL + SVLRLADRLIPHRAWIFVYQLYLWDMRFRARHGRRIV" + gene complement(2493910..2494146) + /locus_tag="BQ2027_MB2261A" + CDS complement(2493910..2494146) + /locus_tag="BQ2027_MB2261A" + /note="Mb2261A, len: 78 aa. Equivalent to Rv2237A len: 78 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 78 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Protein product from Mb2261A detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2261A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU00872.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0N1" + /translation="MLRCRRGAGYGSVVVVGERPGFQSDSAARQTAPPVRPMTSDQLP + ATKADLYAAVDAMRADMRELLEQISTLIREATQK" + gene complement(2494157..2494228) + /locus_tag="BQ2027_VALV" + tRNA complement(2494157..2494228) + /locus_tag="BQ2027_VALV" + /product="tRNA-Val" + /note="valV, len: 72 nt. Equivalent to valV, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Val, anticodon tac." + gene complement(2494274..2494735) + /gene="ahpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2262C" + CDS complement(2494274..2494735) + /gene="ahpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2262C" + /note="Mb2262c, ahpE, len: 153 aa. Equivalent to Rv2238c, + len: 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 153 aa overlap). ahpE, peroxiredoxin. + Similarity to many members of AHPC/TSA family e.g. + sp|Q96291|BAS1_ARATH 2-CYS PEROXIREDOXIN BAS1 PRECURSOR + (265 aa). FASTA score: opt: 275, E(): 2.7e-12; 35.0% + identity in 143 aa overlap Protein product from Mb2262c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2262c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable peroxiredoxin ahpe" + /protein_id="SIU00873.1" + /db_xref="GOA:P65689" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR024706" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65689" + /translation="MLNVGATAPDFTLRDQNQQLVTLRGYRGAKNVLLVFFPLAFTGI + CQGELDQLRDHLPEFENDDSAALAISVGPPPTHKIWATQSGFTFPLLSDFWPHGAVSQ + AYGVFNEQAGIANRGTFVVDRSGIIRFAEMKQPGEVRDQRLWTDALAALTA" + gene complement(2494735..2495211) + /locus_tag="BQ2027_MB2263C" + CDS complement(2494735..2495211) + /locus_tag="BQ2027_MB2263C" + /note="Mb2263c, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv2239c, + len: 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to conserved hypothetical + proteins from Mycobacterium leprae (ML1649, 140 aa) and + Streptomyces coelicolor A3(2) (SCC8A.28c, 159 aa). + Equivalent to ML1649 conserved hypothetical protein (140 + aa). FASTA scores: ML1649 conserved hypothetical protein + (140 aa) opt: 846, E(): 6.5e-45; 86.429% identity in 140 + aa overlap (tr|O69479|O69479 HYPOTHETICAL 15.2 KDA PROTEIN + (140 aa); and opt: 447, E(): 1.2e-21; 50.355% identity + (51.825% ungapped) in 141 aa overlap. Similarity with + ML1649 suggests alternative start at 251198. Protein + product from Mb2263c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2263c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cell redox homeostasis" + /protein_id="SIU00874.1" + /db_xref="InterPro:IPR021412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64960" + /translation="MPIATVCTWPAETEGGSTVVAADHASNYARKLGIQRDQLIQEWG + WDEDTDDDIRAAIEEACGGELLDEDTDEVIDVVLLWWRDGDGDLVDTLMDAIGPLAED + GVIWVVTPKTGQPGHVLPAEIAEAAPTAGLMPTSSVNLGNWSASRLVQPKSRAGKR" + gene complement(2495249..2495839) + /locus_tag="BQ2027_MB2264C" + CDS complement(2495249..2495839) + /locus_tag="BQ2027_MB2264C" + /note="Mb2264c, len: 196 aa. Equivalent to Rv2240c len: + 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 196 aa overlap). Unknown protein. Start + changed since first submission (-69 aa). Protein product + from Mb2264c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2264c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00875.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1D4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D4" + /translation="MLIGWRAVPRRHGGELPRRGALALGCIALLLMGIVGCTTVTDGT + AMPDTNVAPAYRSSVSASVSASAATSSIRESQRQQSLTTKAIRTSCDALAATSKDAID + KVNAYVAAFNQGRNTGPTEGPAIDALNNSASTVSGSLSAALSAQLGDALNAYVDAARA + VANAIGAHASTAEFNRRVDRLNDTKTKALKMCVAAF" + gene 2496098..2498803 + /gene="aceE" + /locus_tag="BQ2027_MB2265" + CDS 2496098..2498803 + /gene="aceE" + /locus_tag="BQ2027_MB2265" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2265, aceE, len: 901 aa. Equivalent to Rv2241, + len: 901 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 901 aa overlap). Probable aceE, + pyruvate dehydrogenase E1 component (EC 1.2.4.1), similar + to others e.g. ODP1_ECOLI|P06958 pyruvate dehydrogenase E1 + component from Escherichia coli, FASTA score: (51.2% + identity in 891 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2265 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2265 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pyruvate dehydrogenase e1 component acee + (pyruvate decarboxylase) (pyruvate dehydrogenase) (pyruvic + dehydrogenase)" + /protein_id="SIU00876.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0S8" + /db_xref="InterPro:IPR004660" + /db_xref="InterPro:IPR005474" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR035807" + /db_xref="InterPro:IPR041621" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0S8" + /translation="MASYLPDIDPEETSEWLESFDTLLQRCGPSRARYLMLRLLERAG + EQRVAIPALTSTDYVNTIPTELEPWFPGDEDVERRYRAWIRWNAAIMVHRAQRPGVGV + GGHISTYASSAALYEVGFNHFFRGKSHPGGGDQVFIQGHASPGIYARAFLEGRLTAEQ + LDGFRQEHSHVGGGLPSYPHPRLMPDFWEFPTVSMGLGPLNAIYQARFNHYLHDRGIK + DTSDQHVWCFLGDGEMDEPESRGLAHVGALEGLDNLTFVINCNLQRLDGPVRGNGKII + QELESFFRGAGWNVIKVVWGREWDALLHADRDRALVNLMNTTPDGDYQTYKANDGGYV + RDHFFGRDPRTKALVENMSDQDIWNLKRGGHDYRKVYAAYRAAVDHKGQPTVILAKTI + KGYALGKHFEGRNATHQMKKLTLEDLKEFRDTQRIPVSDAQLEENPYLPPYYHPGLNA + PEIRYMLDRRRALGGFVPERRTKSKALTLPGRDIYAPLKKGSGHQEVATTMATVRTFK + EVLRDKQIGPRIVPIIPDEARTFGMDSWFPSLKIYNRNGQLYTAVDADLMLAYKESEV + GQILHEGINEAGSVGSFIAAGTSYATHNEPMIPIYIFYSMFGFQRTGDSFWAAADQMA + RGFVLGATAGRTTLTGEGLQHADGHSLLLAATNPAVVAYDPAFAYEIAYIVESGLARM + CGENPENIFFYITVYNEPYVQPPEPENFDPEGVLRGIYRYHAATEQRTNKAQILASGV + AMPAALRAAQMLAAEWDVAADVWSVTSWGELNRDGVAIETEKLRHPDRPAGVPYVTRA + LENARGPVIAVSDWMRAVPEQIRPWVPGTYLTLGTDGFGFSDTRPAARRYFNTDAESQ + VVAVLEALAGDGEIDPSVPVAAARQYRIDDVAAAPEQTTDPGPGA" + gene 2498863..2500107 + /locus_tag="BQ2027_MB2266" + CDS 2498863..2500107 + /locus_tag="BQ2027_MB2266" + /note="Mb2266, -, len: 414 aa. Equivalent to Rv2242, len: + 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 414 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Equivalent to ML1652 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (414 aa), + and ortholog in Streptomyces coelicolor A3(2). FASTA + scores: ML1652 opt: 2369, E(): 4.2e-128; 88.406% identity + in 414 aa overlap (AL023635)(AL583922). some similarity at + 3' end with S25203 srmR protein - Streptomyces ambofaciens + (604 aa) opt: 188 E(): 9e-05; (26.4% identity in 277 aa + overlap) and with SW:YAEG_HAEIN P44509 hypothetical + protein HI0093 (42.3% identity in 52 aa overlap). Contains + possible helix-turn-helix motif at aa 360-381 (+3.52 SD) + Protein product from Mb2266 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2266 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, CdaR-family" + /protein_id="SIU00877.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR041522" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63750" + /translation="MNDNQLAPVARPRSPLELLDTVPDSLLRRLKQYSGRLATEAVSA + MQERLPFFADLEASQRASVALVVQTAVVNFVEWMHDPHSDVGYTAQAFELVPQDLTRR + IALRQTVDMVRVTMEFFEEVVPLLARSEEQLTALTVGILKYSRDLAFTAATAYADAAE + ARGTWDSRMEASVVDAVVRGDTGPELLSRAAALNWDTTAPATVLVGTPAPGPNGSNSD + GDSERASQDVRDTAARHGRAALTDVHGTWLVAIVSGQLSPTEKFLKDLLAAFADAPVV + IGPTAPMLTAAHRSASEAISGMNAVAGWRGAPRPVLARELLPERALMGDASAIVALHT + DVMRPLADAGPTLIETLDAYLDCGGAIEACARKLFVHPNTVRYRLKRITDFTGRDPTQ + PRDAYVLRVAATVGQLNYPTPH" + gene 2500346..2501254 + /gene="fabD" + /locus_tag="BQ2027_MB2267" + CDS 2500346..2501254 + /gene="fabD" + /locus_tag="BQ2027_MB2267" + /standard_name="mtFabD" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2267, fabD, len: 302 aa. Equivalent to Rv2243, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). fabD (alternate gene + name: mtFabD), malonyl CoA-acyl carrier protein + transacylase (EC 2.3.1.39) (see citations below), highly + similar to e.g. A57356 acyl-CoA carrier protein + malonyltransferase from Streptomyces coelicolor (316 aa), + FASTA score: opt: 955, E(): 0, (52.6% identity in 304 aa + overlap); FABD_HAEIN|P43712 malonyl CoA-acyl carrier + protein transacylase from Haemophilus influenzae, FASTA + score: (30.5% identity in 308 aa overlap); and + FABD_ECOLI|P25715 from Escherichia coli, FASTA score: + (31.4% identity in 309 aa overlap). Protein product from + Mb2267 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2267 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MALONYL CoA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE + FABD (Malonyl CoA:AcpM acyltransferase) (MCT)" + /protein_id="SIU00878.1" + /db_xref="GOA:P63459" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63459" + /translation="MIALLAPGQGSQTEGMLSPWLQLPGAADQIAAWSKAADLDLARL + GTTASTEEITDTAVAQPLIVAATLLAHQELARRCVLAGKDVIVAGHSVGEIAAYAIAG + VIAADDAVALAATRGAEMAKACATEPTGMSAVLGGDETEVLSRLEQLDLVPANRNAAG + QIVAAGRLTALEKLAEDPPAKARVRALGVAGAFHTEFMAPALDGFAAAAANIATADPT + ATLLSNRDGKPVTSAAAAMDTLVSQLTQPVRWDLCTATLREHTVTAIVEFPPAGTLSG + IAKRELRGVPARAVKSPADLDELANL" + gene 2501330..2501677 + /gene="acpM" + /locus_tag="BQ2027_MB2268" + CDS 2501330..2501677 + /gene="acpM" + /locus_tag="BQ2027_MB2268" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2268, acpM, len: 115 aa. Equivalent to Rv2244, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). acpM, acyl carrier + protein, meromycolate precursor transport, involved in + meromycolate extension (see citations below). Highly + similar to others e.g. L43074|STMFABD2|STMFABD|g870805 + acyl carrier protein from Streptomyces glaucescens (82 + aa), FASTA scores: opt: 298, E(): 8.4e-13, (56.6% identity + in 76 aa overlap); and ACP_ECOLI|P02901 acyl carrier + protein from Escherichia coli, FASTA score: (37.3% + identity in 67 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2268 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2268 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MEROMYCOLATE EXTENSION ACYL CARRIER PROTEIN + ACPM" + /protein_id="SIU00879.1" + /db_xref="GOA:P0A4W7" + /db_xref="InterPro:IPR003231" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4W7" + /translation="MPVTQEEIIAGIAEIIEEVTGIEPSEITPEKSFVDDLDIDSLSM + VEIAVQTEDKYGVKIPDEDLAGLRTVGDVVAYIQKLEEENPEAAQALRAKIESENPDA + VANVQARLEAESK" + gene 2501674..2502924 + /gene="kasA" + /locus_tag="BQ2027_MB2269" + CDS 2501674..2502924 + /gene="kasA" + /locus_tag="BQ2027_MB2269" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2269, kasA, len: 416 aa. Equivalent to Rv2245, + len: 416 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 416 aa overlap). kasA, + beta-ketoacyl-ACP synthase (EC 2.3.1.41), involved in + meromycolate extension (see citations below): belongs to + the FAS-II system, which utilizes primarily palmitoyl-ACP + rather than short-chain acyl-ACP primers. Highly similar + to others e.g. L43074|STMFABD3|g870805 beta-ketoacyl-ACP + synthase from Streptomyces glaucescens (423 aa), FASTA + scores: opt: 1105, E(): 0, (44.6% identity in 417 aa + overlap); FABF_ECOLI|P39435 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II from + Escherichia coli, FASTA score: (39.4% identity in 254 aa + overlap); FABB_HORVU|P23902 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, FASTA score: + (33.4% identity in 413 aa overlap); etc. Strongest + similarity to downstream ORF kasB|Rv2246|MTCY427.27 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 from + Mycobacterium tuberculosis (438 aa), FASTA score: (66.3% + identity in 409 aa overlap). BELONGS TO THE + BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASES FAMILY. Protein product from + Mb2269 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2269 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] SYNTHASE 1 KASA + (BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE) (KAS I)" + /protein_id="SIU00880.1" + /db_xref="GOA:P63455" + /db_xref="InterPro:IPR000794" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63455" + /translation="MSQPSTANGGFPSVVVTAVTATTSISPDIESTWKGLLAGESGIH + ALEDEFVTKWDLAVKIGGHLKDPVDSHMGRLDMRRMSYVQRMGKLLGGQLWESAGSPE + VDPDRFAVVVGTGLGGAERIVESYDLMNAGGPRKVSPLAVQMIMPNGAAAVIGLQLGA + RAGVMTPVSACSSGSEAIAHAWRQIVMGDADVAVCGGVEGPIEALPIAAFSMMRAMST + RNDEPERASRPFDKDRDGFVFGEAGALMLIETEEHAKARGAKPLARLLGAGITSDAFH + MVAPAADGVRAGRAMTRSLELAGLSPADIDHVNAHGTATPIGDAAEANAIRVAGCDQA + AVYAPKSALGHSIGAVGALESVLTVLTLRDGVIPPTLNYETPDPEIDLDVVAGEPRYG + DYRYAVNNSFGFGGHNVALAFGRY" + gene 2502955..2504271 + /gene="kasB" + /locus_tag="BQ2027_MB2270" + CDS 2502955..2504271 + /gene="kasB" + /locus_tag="BQ2027_MB2270" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2270, kasB, len: 438 aa. Equivalent to Rv2246, + len: 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 438 aa overlap). kasB, + beta-ketoacyl-ACP synthase (EC 2.3.1.41), involved in + meromycolate extension (see citations below). Highly + similar or similar to others e.g. L43074|STMFABD3|g870805 + beta-ketoacyl-ACP synthase from Streptomyces glaucescens + (423 aa), FASTA scores: opt: 1091, E(): 0, (44.7% identity + in 416 aa overlap); FABF_ECOLI|P39435 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II from + Escherichia coli, FASTA score: (37.0% identity in 411 aa + overlap); FABB_HORVU|P23902 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, FASTA score: + (32.5% identity in 415 aa overlap); etc. Strongest + similarity to upstream ORF Rv2245|kasA|MTCY427.26 + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 from + Mycobacterium tuberculosis (416 aa), FASTA score: (66.3% + identity in 409 aa overlap). BELONGS TO THE + BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASES FAMILY. Protein product from + Mb2270 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2270 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] SYNTHASE 2 KASB + (BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE) (KAS I)" + /protein_id="SIU00881.1" + /db_xref="GOA:P63457" + /db_xref="InterPro:IPR000794" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63457" + /translation="MGVPPLAGASRTDMEGTFARPMTELVTGKAFPYVVVTGIAMTTA + LATDAETTWKLLLDRQSGIRTLDDPFVEEFDLPVRIGGHLLEEFDHQLTRIELRRMGY + LQRMSTVLSRRLWENAGSPEVDTNRLMVSIGTGLGSAEELVFSYDDMRARGMKAVSPL + TVQKYMPNGAAAAVGLERHAKAGVMTPVSACASGAEAIARAWQQIVLGEADAAICGGV + ETRIEAVPIAGFAQMRIVMSTNNDDPAGACRPFDRDRDGFVFGEGGALLLIETEEHAK + ARGANILARIMGASITSDGFHMVAPDPNGERAGHAITRAIQLAGLAPGDIDHVNAHAT + GTQVGDLAEGRAINNALGGNRPAVYAPKSALGHSVGAVGAVESILTVLALRDQVIPPT + LNLVNLDPEIDLDVVAGEPRPGNYRYAINNSFGFGGHNVAIAFGRY" + gene 2504302..2505723 + /gene="accD6" + /locus_tag="BQ2027_MB2271" + CDS 2504302..2505723 + /gene="accD6" + /locus_tag="BQ2027_MB2271" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2271, accD6, len: 473 aa. Equivalent to Rv2247, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 473 aa overlap). accD6, + Acetyl/Propionyl CoA Carboxylase, beta subunit (EC + 6.4.1.3) (see citations below), highly similar to e.g. + PCCB_RHOSO|Q06101 propionyl-CoA carboxylase beta chain, + FASTA score: (75.1% identity in 437 aa overlap). Similar + to many other Acetyl/Propionyl CoA Carboxylases from + Mycobacterium tuberculosis. BELONGS TO THE ACCD / PCCB + FAMILY. Protein product from Mb2271 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2271 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ACETYL/PROPIONYL-CoA CARBOXYLASE (BETA SUBUNIT) + ACCD6" + /protein_id="SIU00882.1" + /db_xref="GOA:P63408" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63408" + /translation="MTIMAPEAVGESLDPRDPLLRLSNFFDDGSVELLHERDRSGVLA + AAGTVNGVRTIAFCTDGTVMGGAMGVEGCTHIVNAYDTAIEDQSPIVGIWHSGGARLA + EGVRALHAVGQVFEAMIRASGYIPQISVVVGFAAGGAAYGPALTDVVVMAPESRVFVT + GPDVVRSVTGEDVDMASLGGPETHHKKSGVCHIVADDELDAYDRGRRLVGLFCQQGHF + DRSKAEAGDTDIHALLPESSRRAYDVRPIVTAILDADTPFDEFQANWAPSMVVGLGRL + SGRTVGVLANNPLRLGGCLNSESAEKAARFVRLCDAFGIPLVVVVDVPGYLPGVDQEW + GGVVRRGAKLLHAFGECTVPRVTLVTRKTYGGAYIAMNSRSLNATKVFAWPDAEVAVM + GAKAAVGILHKKKLAAAPEHEREALHDQLAAEHERIAGGVDSALDIGVVDEKIDPAHT + RSKLTEALAQAPARRGRHKNIPL" + gene 2505831..2506646 + /locus_tag="BQ2027_MB2272" + CDS 2505831..2506646 + /locus_tag="BQ2027_MB2272" + /note="Mb2272, -, len: 271 aa. Equivalent to Rv2248, len: + 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 271 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Very similar to hypothetical Mycobacterium + tuberculosis proteins Rv3517, Rv1482c, Rv3555c, Rv3714c, + Rv1073. FASTA score: MTCY06G11.02c MTCY6G11 NID: g1877284 + -(289 aa) opt: 366 E(): 5.3e-18; (32.1% identity in 249 aa + overlap). Some similarity to M. avium protein + AF002133|AF0021 339 AF002133 NID: g2183254 (346 aa) opt: + 308 E(): 5.2e-14; (28.3% identity in 254 aa + overlap),Mb2272 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00883.1" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0M0" + /translation="MTRQQLDVQVKNGGLVRVWYGVYAAQEPDLLGRLAALDVFMGGH + AVACLGTAAALYGFDTENTVAIHMLDPGVRMRPTVGLMVHQRVGARLQRVSGRLATAP + AWTAVEVARQLRRPRALATLEAALRSMRCARSEIENAVAEQRGRRGIVAARELLPFAD + GRAESAMESEARLVMIDHGLPLPELQYPIHGHGGEMWRVDFAWPDMRLAAEYESIEWH + AGPAEMLRDKTRWAKLQELGWTIVPIVVDDVRREPGRLAARIARHLDRARMAG" + gene complement(2506715..2508265) + /gene="glpD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2273C" + CDS complement(2506715..2508265) + /gene="glpD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2273C" + /note="Mb2273c, glpD1, len: 516 aa. Equivalent to Rv2249c, + len: 516 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 516 aa overlap). Probable glpD1, + glycerol-3-phosphate dehydrogenase, similar to + SW:GLPD_ECOLI P13035 aerobic glycerol-3-phosphate + dehydrogenase (30.0% identity in 486 aa overlap) and + SW:GLPA_ECOLI P13032 anaerobic glycerol-3-phosphate + dehydrogenase (28.2% identity in 504 aa overlap). Also + similar to Rv3302c|glpD2 glycerol-3-phosphate + dehydrogenase. COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). BELONGS TO + THE FAD-DEPENDENT GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + FAMILY. Protein product from Mb2273c detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + GLPD1" + /protein_id="SIU00884.1" + /db_xref="GOA:P64183" + /db_xref="InterPro:IPR000447" + /db_xref="InterPro:IPR006076" + /db_xref="InterPro:IPR031656" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR038299" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64183" + /translation="MLMPHSAALNAARRSADLTALADGGALDVIVIGGGITGVGIALD + AATRGLTVALVEKHDLAFGTSRWSSKLVHGGLRYLASGNVGIARRSAVERGILMTRNA + PHLVHAMPQLVPLLPSMGHTKRALVRAGFLAGDALRVLAGTPAATLPRSRRIPASRVV + EIAPTVRRDGLDGGLLAYDGQLIDDARLVMAVARTAAQHGARILTYVGASNVTGTSVE + LTDRRTRQSFALSARAVINAAGVWAGEIDPSLRLRPSRGTHLVFDAKSFANPTAALTI + PIPGELNRFVFAMPEQLGRIYLGLTDEDAPGPIPDVPQPSSEEITFLLDTVNTALGTA + VGTKDVIGAYAGLRPLIDTGGAGVQGRTADVSRDHAVFESPSGVISVVGGKLTEYRYM + AEDVLNRAITLRHLRAAKCRTRNLPLIGAPANPGPAPGSGAGLPESLVARYGAEAANV + AAAATCERPTEPVADGIDVTRAEFEYAVTHEGALDVDDILDRRTRIGLVPRDRERVVA + VAKEFLSR" + gene complement(2508259..2508828) + /locus_tag="BQ2027_MB2274C" + CDS complement(2508259..2508828) + /locus_tag="BQ2027_MB2274C" + /note="Mb2274c, -, len: 189 aa. Equivalent to Rv2250c, + len: 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 189 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, TetR family. Start + unclear; ORF has been shortened since first submission to + avoid overlap with Rv2251 (-30 aa). Contains probable + helix-turn-helix motif (Score 2243, +6.70 SD) Protein + product from Mb2274c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU00885.1" + /db_xref="GOA:Q7VEN0" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEN0" + /translation="MLSMSNDRADTGGRILRAAASCVVDYGVDRVTLAEIARRAGVSR + PTVYRRWPDTRSIMASMLTSHIAAVLREVPLDGDDREALVKQIVAVADRLRGDDLIMS + VMHSELARVYITERLGTSQQVLIEGLAARLTVAQRSGSVRSGDARRLATMVLLIAQST + IQSADIVDSILDSAALATELTHALNGYLC" + gene 2508876..2510465 + /locus_tag="BQ2027_MB2275" + CDS 2508876..2510465 + /locus_tag="BQ2027_MB2275" + /note="Mb2275, -, len: 529 aa. Similar to 5' end of + Rv2250A and 3' end of Rv2251, len: 139 aa and 475 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 108 aa overlap and 98.2% identity in 433 aa overlap). + Rv2250A: Conserved hypothetical protein, possibly + flavoprotein. Similar to N-terminus of + SCF91.28c|AL132973_28 possible flavoprotein from + Streptomyces coelicolor (530 aa), FASTA scores: opt: 240, + E(): 1.1e-07, (39.25% identity in 107 aa overlap). + Possible frameshift between nt 2525723 to 2525727. The + sequences of CDC 1551 and Mycobacterium bovis are missing + a single G base. Rv2251: Possible flavoprotein, probably + continuation of Rv2250A, similar to MTCY164.18 from + Mycobacterium tuberculosis and to several + ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASES (e.g. O00116). + Also some similarity to D-lactate dehydrogenases. FASTA + scores: sptr|O05784|O05784 HYPOTHETICAL 56.5 KD PROTEIN. + (527 aa) opt: 1019 E(): 0; (38.6% identity in 487 aa + overlap) and sp|O00116|ADAS_HUMAN ALKYLDIHYDROXYACETON + EPHOSPHATE SYNTHASE PRECURSOR (EC 2.5.1.26) (658 aa) opt: + 558 E(): 6.2e-27; (31.3% identity in 447 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, Rv2250A and Rv2251 exist as 2 genes + with an overlap region between them. In Mycobacterium + bovis, a single base deletion (g-*) leads to a single + product. Protein product from Mb2275 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2275 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FLAVOPROTEIN" + /protein_id="SIU00886.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U3" + /db_xref="InterPro:IPR004113" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016164" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016171" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U3" + /translation="MKWDAWGDPAAAKPLSDGVRSLLKQVVGLADSEQPELDPAQVQL + RPSALSGADHDALARIVGTEYFRTADRDRLLHAGGKSTPDLLRRKDTGVQDAPDAVLL + PGGPNGEDAVADILHYCSDHGIAVVPFGGGTSVVGGLDPVRNDFRAVISLDMRRFDRL + HRIDEVSGEAELEAGVTGPEAERLLGEHGFSLGHFPQSFEFATIGGFAATRSSGQDSA + GYGRFNDMILGLRMITPVGVLDLGRVPASAAGPDLRQLAIGSEGVFGVITRVRLRVHR + IPESTRYEAWSFPDFATGVAALRTITQTGTGPTVVRLSDEAETGVNLATTEAIGETQI + TGGCLGITVFEGTQEHTESRHAETRALLAARGGTSLGEGPARAWERGRFAAPYLRDSL + LAAGALCETLETATVWSNTPVLKAAVTEALTTSLAASGTPALVMCHVSHVYPTGASLY + FTVVAGQRGDPIEQWLAAKKAASDAIMATGGTITHHHAVGSDHRPWMRAEVGDLGVTL + LRTIKATLDPAGILNPGKLIP" + gene 2510462..2511391 + /locus_tag="BQ2027_MB2276" + CDS 2510462..2511391 + /locus_tag="BQ2027_MB2276" + /note="Mb2276, -, len: 309 aa. Equivalent to Rv2252, len: + 309 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 309 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from Bacillus subtilis (e.g. BSUB0004_120), Streptomyces + coelicolor A3(2) >emb|CAB61184.1| (AL132973) hypothetical + protein SCF91.27c (293 aa) and P39074. FASTA scores: + Z99107|BSUB0004_120 Bacillus subtilis complete genome (303 + aa) opt: 397, E(): 1.7e-19; (26.4% identity in 299 aa + overlap) and P390 74|BMRU_BACSU BMRU PROTEIN (297 aa) opt: + 309, E(): 1.3e-13; (25.0% identity in 284 aa overlap). + Protein product from Mb2276 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2276 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="diacylglycerol kinase" + /protein_id="SIU00887.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y113" + /db_xref="InterPro:IPR001206" + /db_xref="InterPro:IPR005218" + /db_xref="InterPro:IPR016064" + /db_xref="InterPro:IPR017438" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y113" + /translation="MSAGQLRRHEIGKVTALTNPLSGHGAAVKAAHGAIARLKHRGVD + VVEIVGGDAHDARHLLAAAVAKGTDAVMVTGGDGVVSNALQVLAGTDIPLGIIPAGTG + NDHAREFGLPTKNPKAAADIVVDGWTETIDLGRIQDDNGIEKWFGTVAATGFDSLVND + RANRMRWPHGRMRYYIAMLAELSRLRPLPFRLVLDGTEEIVADLTLADFGNTRSYGGG + LLICPNADHSDGLLDITMAQSDSRTKLLRLFPTIFKGAHVELDEVSTTRAKTVHVECP + GINVYADGDFACPLPAEISAVPAALQVLRPRHG" + gene 2511457..2511960 + /locus_tag="BQ2027_MB2277" + CDS 2511457..2511960 + /locus_tag="BQ2027_MB2277" + /note="Mb2277, -, len: 167 aa. Equivalent to Rv2253, len: + 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 167 aa overlap). Possible secreted + protein; has potential N-terminal signal peptide. Mb2277 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible secreted unknown protein" + /protein_id="SIU00888.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0L7" + /translation="MSGHRKKAMLALAAASLAATLAPNAVAAAEPSWNGQYLVTLSAN + AKTGTSMAANRPEYPHKANYTFSSRCASDVCIATVVDAPPPKNEFIPRPIEYTWNGTQ + WVREISWQWDCLLPDGTIEYAPAKSITAYTPGQYGILTGVFHTDIASGTCKGNVDMPV + SAKPIVG" + gene complement(2511993..2512448) + /locus_tag="BQ2027_MB2278C" + CDS complement(2511993..2512448) + /locus_tag="BQ2027_MB2278C" + /note="Mb2278c, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv2254c, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 151 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Mb2278c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable integral membrane protein" + /protein_id="SIU00889.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0P4" + /db_xref="InterPro:IPR001123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0P4" + /translation="MRYRDLETVAAPTINVLRVWPEIVGAIVLLVIAAMGIGHGLRPS + PEPVPAPQKQLGCVRFALIFGLTVINPATFVYFTAVAVTLARALRATTAIAVVVGVAL + ASLLWQLLLVSAGAFLRSRATARVRRMTVLAGNAVIAAFGAVLVVHAFA" + gene complement(2512453..2512647) + /locus_tag="BQ2027_MB2279C" + CDS complement(2512453..2512647) + /locus_tag="BQ2027_MB2279C" + /note="Mb2279c, -, len: 64 aa. Equivalent to Rv2255c, len: + 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 64 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2279c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00890.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Q3" + /translation="MDGIVDRGVRARPCQKVVAVLRRSKSHIDKRLDAATGNAFLGKQ + VLSAAGVVEYRPPRRSPLST" + gene complement(2512814..2513347) + /locus_tag="BQ2027_MB2280C" + CDS complement(2512814..2513347) + /locus_tag="BQ2027_MB2280C" + /note="Mb2280c, -, len: 177 aa. Equivalent to Rv2256c, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 177 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Streptomyces glaucescens ORF5 (164 aa) + and Streptomyces coelicolor hypothetical protein SC4A7.19c + (164 aa; emb|CAB62723.1|AL133423). FASTA scores: + sptr|Q54209|Q54209 FABD, FABH, FABC, FABB, AND ORF5 (164 + aa) opt: 504, E(): 3.9e-27; (44.4% identity in 162 aa + overlap). Protein product from Mb2280c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2280c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00891.1" + /db_xref="InterPro:IPR021491" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0N9" + /translation="MEPKEQQMRASNQFADVTSGVVYIHGSPAAVCPHVEWALSSTLQ + AKANLVWTPQPALPPQLRAVTNWVGPVGTGARLANALRSWSVLRFEVTEDPSPGVDGQ + RFSHTPQLGLWSGAMSANGDIMVGEMRLRAMMAQGADTLAAELDSVLGTAWDQALEVY + RDGGDAGEVTWLSRGVG" + gene complement(2513477..2514295) + /locus_tag="BQ2027_MB2281C" + CDS complement(2513477..2514295) + /locus_tag="BQ2027_MB2281C" + /note="Mb2281c, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv2257c, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical protein + SC4A7.08 from Streptomyces coelicolor (273 aa; 58% + identity in 243 aa overlap). Also similar to several + putative esterases and penicillin-binding proteins in M. + tuberculosis e.g. Rv1923, Rv1497, Rv2463, Rv3775, Rv1922, + Rv1730c. Protein product from Mb2281c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2281c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Beta-lactamase class C-like and penicillin + binding proteins (PBPs) superfamily" + /protein_id="SIU00892.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0P6" + /translation="MTALEVLGGWPVPAAAAAVIGPAGVLATHGDTARVFALASVTKP + LVARAAQVAVEEGVVNLDTPAGPPGSTVRHLLAHTSGLAMHSDQALARPGTRRMYSNY + GFTVLAESVQRESGIEFGRYLTEAVCEPLGMVTTRLDGGPAAAGFGATSTVADLAVFA + GDLLRPSTVSAQMHADATTVQFPGLDGVLPGYGVQRPNDWGLGFEIRNSKSPHWTGEC + NSTRTFGHFGQSGGFIWVDPKADLALVVLTARDFGDWALDLWPAISDAVLAEYT" + gene complement(2514309..2515370) + /locus_tag="BQ2027_MB2282C" + CDS complement(2514309..2515370) + /locus_tag="BQ2027_MB2282C" + /note="Mb2282c, -, len: 353 aa. Equivalent to Rv2258c, + len:353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 353 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, similar to several + hypothetical proteins from C. elegans. FASTA scores: + sptr|O01593|O01593 CODED FOR BY C. ELEGANS CDNA YK102 F + (365 aa) opt: 577, E(): 6.4e-31; (30.5% identity in 341 aa + overlap). Contains possible helix-turn helix motif at aa + 47-68 (+3.65 SD) Protein product from Mb2282c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2282c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU00893.1" + /db_xref="InterPro:IPR025714" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0N3" + /translation="MSGALETTEEFGNRFVAAIDSAGLAILVSVGHQTGLLDTMAGLP + PATSMEIAEAAGLEERYVREWLGGMTTGQIVEYDAGSSTYSLPAHRAGMLTRAAGPDN + LAVIAQFVSLLGEVEQKVIRCFREGGGVPYSEYPRFHKLMAEMSGMVFDAALIDVVLP + LVDGLPDRLRSGADVADFGCGSGRAVKLMAQAFGASRFTGIDFSDEAVAAGTEEAARL + GLANATFERHDLAELDKVGAYDVITVFDAIHDQAQPARVLQNIYRALRPGGVLLMVDI + KASSQLEDNVGVPLSTYLYTTSLMHCMTVSLALDGAGLGTVWGRQLATSMLADAGFTD + VTVAEIESDVLNNYYIARK" + gene 2515612..2516697 + /gene="mscr" + /locus_tag="BQ2027_MB2283" + CDS 2515612..2516697 + /gene="mscr" + /locus_tag="BQ2027_MB2283" + /note="Mb2283, adhE2, len: 361 aa. Equivalent to Rv2259, + len: 361 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 361 aa overlap). Probable adhE2, + zinc-containing alcohol dehydrogenase, similar to several, + especially mycothiol-dependent formaldehyde dehydrogenase + from Amycolatopsis methanolica P80094 (360 aa). Contains + PS00059 Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. + FASTA scores: >sp|P80094|FADH_AMYME + NAD/MYCOTHIOL-DEPENDENT FORMALDEHYDE DEHYDROGENASE + (MD-FALDH) Length = 360, Expect = e-156, Identities = + 268/358 (74%). Also similar to Rv0162c, (MTCI28.02c, 35.0% + identity in 371 aa overlap). Protein product from Mb2283 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2283 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="s-nitrosomycothiol reductase mscr" + /protein_id="SIU00894.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2U2" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR017816" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2U2" + /translation="MSQTVRGVIARQKGEPVELVNIVVPDPGPGEAVVDVTACGVCHT + DLTYREGGINDEYPFLLGHEAAGIIEAVGPGVTAVEPGDFVILNWRAVCGQCRACKRG + RPRYCFDTFNAEQKMTLTDGTELTAALGIGAFADKTLVHSGQCTKVDPAADPAVAGLL + GCGVMAGLGAAINTGGVTRDDTVAVIGCGGVGDAAIAGAALVGAKRIIAVDTDDTKLD + WARTFGATHTVNAREVDVVQAIGGLTDGFGADVVIDAVGRPETYQQAFYARDLAGTVV + LVGVPTPDMRLDMPLVDFFSHGGALKSSWYGDCLPESDFPTLIDLYLQGRLPLQRFVS + ERIGLEDVEEAFHKMHGGKVLRSVVML" + gene 2516697..2517332 + /locus_tag="BQ2027_MB2284" + CDS 2516697..2517332 + /locus_tag="BQ2027_MB2284" + /note="Mb2284, -, len: 211 aa. Equivalent to Rv2260, len: + 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + Rv0634c, Rv1637c, Rv3677c, Rv2581c from Mycobacterium + tuberculosis and to various hydrolases. FASTA scores: + sptr|O06154|O06154 HYPOTHETICAL 21.3 KD PROTEIN (200 aa) + opt: 355, E(): 4e-15; (37.4% identity in 198 aa overlap). + Protein product from Mb2284 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2284 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative hydrolase in cluster with + formaldehyde/S-nitrosomycothiol reductase MscR" + /protein_id="SIU00895.1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H3" + /translation="MAAIERVITHGTFELDGGSWEVDNNIWLVGDDSEVVVFDAAHHA + APIIDAVGGRKVVAVICTHGHNDHVTVAPELGTALDAPVLMHPGDAVLWRMTHPDKSF + RAVSDGDAVRVGGTELRALHTPGHSPGSVCWYAPELGPGTGTVFSGDTLFAGGPGATG + RSYSDFPTILRSISGRLGALPGDTVVHTGHGDSTTIGDEIVHYEEWVARGH" + gene complement(2517409..2518917) + /locus_tag="BQ2027_MB2285C" + CDS complement(2517409..2518917) + /locus_tag="BQ2027_MB2285C" + /note="Mb2285c, -, len: 502 aa. Equivalent to Rv2262c and + Rv2261c, len: 360 aa and 140 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (94.7% identity in 357 aa + overlap and 100.0% identity in 140 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with function unknown but some + similarity to N-terminal 70% of + P23930|P77703|LNT_ECOLI|CUTE|B0657 APOLIPOPROTEIN + N-ACYLTRANSFERASE (EC 2.3.1.-) from Escherichia coli + strain K12 (512 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 1.6e-07, + (30.4% identity in 359 aa overlap). Note that neighboring + ORF shows similarity to N -terminal part of PCC6803 + apolipoprotein N-acyltransferase from Synechocystis sp., + suggesting possibility of frameshift. Sequence of clones + from two sources has been checked but no error found. + Appear to be two extra bases at position 1876970 compared + to CDC1551 strain. Conserved hypothetical protein, with + function unknown but some similarity to C-terminal end of + PCC6803 apolipoprotein N-acyltransferase from + Synechocystis sp. Note that next ORF shows similarity to + N-terminal part of P74055 APOLIPOPROTEIN N-ACYLTRANSFERASE + from Escherichia coli (519 aa), FASTA scores: opt: 142, + E(): 0.007, (29.9% identity in 117 aa overlap), suggesting + possible frameshift. Sequence of clones from two sources + has been checked but no error found. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2262c and Rv2261c exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a 2 bp deletion (ct-*) + results in a single product which is more similar to + Rv2262c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Apolipoprotein N-acyltransferase" + /protein_id="SIU00896.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0V4" + /db_xref="InterPro:IPR003010" + /db_xref="InterPro:IPR004563" + /db_xref="InterPro:IPR036526" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V4" + /translation="MALRAGARRQPVIGCAAALVFGGLPALAFPAPSWWWLAWFGLVP + LLLVVRAAPTSWEGALRAWTGMGGFVLATQYWLVTSAGPMLVLLAAGLGVLWLPAGWL + AHRLLSVPVTTCRVGAALVVVPSAWVAAEAVRSWQSLGGPWALLGASQWSQPVTLASA + SLGGVWLTSFLLVATNTAIASVLVCRATGGRLVALGCVIGCAGLGPASYLLGSVPVGG + PTVRVALVQAGDIADAAARLAAGEEFTAAVADQRPDLVVWGESSVGQDLTRHPDVLAR + LAELSQRVGADLLVNVDAPAPDGGIYKSAVLVGAHEAVGSYRKTRLVPFGEYVPLRPL + FGWITRYSKAAAKDRQRGAGPVVLAVNSLHIAPLISYEMTFSDLTRHAARLGAALLVY + QSSTSTFQGSWAQPQLAAQPAVRAVEAGIPAVHASLSGDSSAFDTRGRRLAWCSAEFN + GAIVVNVPLASNVTLYLRLGDWVPVTAFVVMGAGFAVFLRRSLARVSDCADK" + gene 2519006..2519959 + /locus_tag="BQ2027_MB2286" + CDS 2519006..2519959 + /locus_tag="BQ2027_MB2286" + /note="Mb2286, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv2263, len: + 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 317 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to several + oxidoreductases. Similarity suggests alternative GTG start + at 10154 but then no rbs. FASTA scores: sptr|Q544 + 05|Q54405 PROBABLY AN NADP-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE (297 + aa) opt: 487, E(): 1.1e-23; (36.1% identity in 299 aa + overlap). Also similar to M. tuberculosis Rv0068, and + Rv0439c. Protein product from Mb2286 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2286 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible oxidoreductase" + /protein_id="SIU00897.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y124" + /translation="MAKDLVATVPDLSGKLAIITGANSGLGFGLARRLSAAGADVIMA + IRNRAKGEAAVEEIRTAVPDAKLTIKALDLSSLASVAALGEQLMADGRPIDLLINNAG + VMTPPERVTTADGFELQFGSNHLGHFALTAHLLPLLRAAQRARVVSLSSLAARRGRIH + FDDLQFERSYAPMTAYGQSKLAVLMFARELDRRSRAAGWGIISNAAHPGLTKTNLQIA + GPSHGRDKPALMERLYKTSWRFAPFLWQEIEEGILPALYAAATPQADGGAFYGPRGRY + EVAGGGVREAKVPAAARNDADSKRLWEVSEQLTGVSYPKSR" + gene complement(2519937..2521715) + /locus_tag="BQ2027_MB2287C" + CDS complement(2519937..2521715) + /locus_tag="BQ2027_MB2287C" + /note="Mb2287c, -, len: 592 aa. Equivalent to Rv2264c, + len: 592 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 592 aa overlap). Conserved + hypothetical Pro-rich protein, similar to hypothetical + proteins Rv0312 (MTCY63.17, 620 aa and Rv0350) that has + highly Pro-, Thr-rich C-terminus. Contains PS00343 + Gram-positive cocci surface proteins 'anchoring' + hexapeptide. FASTA scores: Z96800|MTCY63_17 Mycobacterium + tuberculosis cosmid (620 aa) opt: 1075, E(): 8.8e-24; + (38.9% identity in 627 aa overlap). Protein product from + Mb2287c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2287c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00821990: molecular chaperone" + /protein_id="SIU00898.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0M5" + /db_xref="InterPro:IPR004753" + /db_xref="InterPro:IPR013126" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0M5" + /translation="MATGARPALGLSIGVTNLAAVAADHSITRKPVLTLYRQRPPEVG + VPSENPRLDEPGLVITDFVDRVGDSVGIVAADGSVYRSEALVADALLALAYTATGGRA + LPGSVTVTYPAHWGPAAVAALDSALRRASEWSHGTSSTAQPLSLLPDAAAALYAIRAD + PGIPARGIVAVCDFGGSGTGITLVDAADEYRPVAATVRHQAFSGDLIDQSLLSYVMSE + LPGTGAFDPAGTSAIGSLTKLRIECRKAKERLSSSTVTTLTDALGGDIRLTRNELEDT + IRDSLDSVGRALEQTLARSGIRTAELVAIVSVGGGANIPAVTTTLSGRFCVPVVRTPR + PQLTAAFGGALWAARRPGDTSATVLTAVTSATATAPADAPASVLQPALAWSEADEDSH + IGPAPGYTAARPSLSFDHDAHAEPEPKSPPIPWYRLPAVIITGTTVAVLLVGAAVAIG + LSTGDQPTAPGTPQRPGVTTTAAPPPSPAPASDGPTTEPAPPVQAPATGGPAPPLQQP + LPPPPTTTNTQPAVTTDVITPAPTTPASAPPATTQPPATTQPPATTSPSPPPIPPIPP + IPEIPQLPPGIPQVPGIGQFSAISGS" + gene 2522065..2523294 + /locus_tag="BQ2027_MB2288" + CDS 2522065..2523294 + /locus_tag="BQ2027_MB2288" + /note="Mb2288, -, len: 409 aa. Equivalent to Rv2265, len: + 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 409 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, with some similarity to others + e.g. M. thermoauto. sp|O26855|O26855 CONSERVED PROTEIN + (383 aa), FASTA score: opt: 898 z-score: 1023.5 E(): 0; + 38.0% identity in 384 aa overlap; Q58713 HYPOTHETICAL 44.1 + KD PROTEIN 1 317 (398 aa), FASTA scores, opt: 305 E(): + 1.2e-11; 22.8% identity in 382 aa overlap; also KGTP_ECOLI + P17448 alpha-ketoglutarate permease (432 aa), FASTA + scores, opt: 156, E(): 0.006, (24.8% identity in 416 aa + overlap) Protein product from Mb2288 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible conserved integral membrane protein" + /protein_id="SIU00899.1" + /db_xref="GOA:P64962" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64962" + /translation="MGANGDVALSRIGATRPALSAWRFVTVFGVVGLLADVVYEGARS + ITGPLLASLGATGLVVGVVTGVGEAAALGLRLVSGPLADRSRRFWAWTIAGYTLTVVT + VPLLGIAGALWVACALVIAERVGKAVRGPAKDTLLSHAASVTGRGRGFAVHEALDQVG + AMIGPLTVAGMLAITGNAYAPALGVLTLPGGAALALLLWLQRRVPRPESYEDCPVVLG + NPSAPRPWALPAQFWLYCGFTAITMLGFGTFGLLSFHMVSHGVLAAAMVPVVYAAAMA + ADALTALASGFSYDRYGAKTLAVLPILSILVVLFAFTDNVTMVVIGTLVWGAAVGIQE + STLRGVVADLVASPRRASAYGVFAAGLGAATAGGGALIGWLYDISIGTLVVVVIALEL + MALVMMFAIRLPRVAPS" + gene 2523469..2524755 + /gene="cyp124" + /locus_tag="BQ2027_MB2289" + CDS 2523469..2524755 + /gene="cyp124" + /locus_tag="BQ2027_MB2289" + /note="Mb2289, cyp124, len: 428 aa. Equivalent to Rv2266, + len: 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 428 aa overlap). Probable cyp124, + cytochrome P450 (EC 1.14.-.-), similar to e.g. G405543 + cytochrome P450 (406 aa), FASTA scores, opt: 763,E(): 0, + (35.4% identity in 393 aa overlap), similar to e.g. + MTCY50.26, 33.8% identity in 370 aa overlap Protein + product from Mb2289 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2289 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable cytochrome P450 124 CYP124" + /protein_id="SIU00900.1" + /db_xref="GOA:P0A517" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A517" + /translation="MGLNTAIATRVNGTPPPEVPIADIELGSLDFWALDDDVRDGAFA + TLRREAPISFWPTIELPGFVAGNGHWALTKYDDVFYASRHPDIFSSYPNITINDQTPE + LAEYFGSMIVLDDPRHQRLRSIVSRAFTPKVVARIEAAVRDRAHRLVSSMIANNPDRQ + ADLVSELAGPLPLQIICDMMGIPKADHQRIFHWTNVILGFGDPDLATDFDEFMQVSAD + IGAYATALAEDRRVNHHDDLTSSLVEAEVDGERLSSREIASFFILLVVAGNETTRNAI + THGVLALSRYPEQRDRWWSDFDGLAPTAVEEIVRWASPVVYMRRTLTQDIELRGTKMA + AGDKVSLWYCSANRDESKFADPWTFDLARNPNPHLGFGGGGAHFCLGANLARREIRVA + FDELRRQMPDVVATEEPARLLSQFIHGIKTLPVTWS" + gene complement(2525009..2526175) + /gene="stf3" + /locus_tag="BQ2027_MB2290C" + CDS complement(2525009..2526175) + /gene="stf3" + /locus_tag="BQ2027_MB2290C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2290c, -, len: 388 aa. Equivalent to Rv2267c, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 388 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; some similarity to Mycobacterium + tuberculosis Rv3529c; gp|Z82098|MTCY3C7_27 (384 aa) FASTA + score: opt: 261, E(): 3.6e-10; 27.3% identity in 253 aa + overlap" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfotransferase" + /protein_id="SIU00901.1" + /db_xref="GOA:P64964" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64964" + /translation="MKALRSSSRLSRWREWAAPLWVGCNFSAWMRLLIRNRFAVHHSR + WHFAVLYTFLSMVNSCLGLWQKIVFGRRVAETVIADPPIFIVGHWRTGTTLLHELLVV + DDRHTGPTGYECLAPHHFLLTEWFAPYVEFLVSKHRAMDNMDLSLHHPQEDEFVWCMQ + GLPSPYLTIAFPNRPPQYEEYLDLEQVAPRELEIWKRTLFRFVQQVYFRRRKTVILKN + PTHSFRIKVLLEVFPQAKFIHIVRDPYVVYPSTIHLHKALYRIHGLQQPTFDGLDDKV + VSTYVDLYRKLDEGRELVDPTRFYELRYEDLIGDPEGQLRRLYQHLGLGDFECYLPRL + RQYLADHADYKTNSYQLTVEQRAIVDEHWGEIIDRYGYDRHTPEPARLRPAVGG" + gene complement(2526172..2527641) + /gene="cyp128" + /locus_tag="BQ2027_MB2291C" + CDS complement(2526172..2527641) + /gene="cyp128" + /locus_tag="BQ2027_MB2291C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2291c, cyp128, len: 489 aa. Equivalent to + Rv2268c, len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 489 aa overlap). + Probable cyp128, cytochrome P450 (EC 1.14.-.-), similar to + (but longer than) cytochrome p-450 e.g. CPXK_SACER P3 3271 + cytochrome p-450 107b1 (405 aa), FASTA scores, opt: 620, + E(): 8.3e-33, (31.8% identity in 406 aa overlap); contains + PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand + signature, similar to MTCY50.26, 32.7% identity in 382 aa + overlap" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 128 CYP128" + /protein_id="SIU00902.1" + /db_xref="GOA:P63714" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63714" + /translation="MTATQSPPEPAPDRVRLAGCPLAGTPDVGLTAQDATTALGVPTR + RRASSGGIPVATSMWRDAQTVRTYGPAVAKALALRVAGKARSRLTGRHCRKFMQLTDF + DPFDPAIAADPYPHYRELLAGERVQYNPKRDVYILSRYADVREAARNHDTLSSARGVT + FSRGWLPFLPTSDPPAHTRMRKQLAPGMARGALETWRPMVDQLARELVGGLLTQTPAD + VVSTVAAPMPMRAITSVLGVDGPDEAAFCRLSNQAVRITDVALSASGLISLVQGFAGF + RRLRALFTHRRDNGLLRECTVLGKLATHAEQGRLSDDELFFFAVLLLVAGYESTAHMI + STLFLTLADYPDQLTLLAQQPDLIPSAIEEHLRFISPIQNICRTTRVDYSVGQAVIPA + GSLVLLAWGAANRDPRQYEDPDVFRADRNPVGHLAFGSGIHLCPGTQLARMEGQAILR + EIVANIDRIEVVEPPTWTTNANLRGLTRLRVAVTPRVAP" + gene complement(2527654..2527986) + /locus_tag="BQ2027_MB2292C" + CDS complement(2527654..2527986) + /locus_tag="BQ2027_MB2292C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2292c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv2269c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Unknown protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00903.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64966" + /translation="MANDARPLARLANCRVGDQSSATHAYTVGPVLGVPPTGGVDLRY + GGRAGIGRSETVTDHGAVGRRYHQPCAGQIRLSELRVTILLRCETLCETAQLLRCPPL + PCDCSTPL" + gene 2528063..2528590 + /gene="lppN" + /locus_tag="BQ2027_MB2293" + CDS 2528063..2528590 + /gene="lppN" + /locus_tag="BQ2027_MB2293" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2293, lppN, len: 175 aa. Equivalent to Rv2270, + len: 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 175 aa overlap). Probable lppN, + lipoprotein; has appropriately positioned prokaryotic + membrane lipoprotein attachment site PS00013. Mb2293 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable lipoprotein lppN" + /protein_id="SIU00904.1" + /db_xref="GOA:Q7VEM3" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7VEM3" + /translation="MRLPGRHVLYALSAVTMLAACSSNGARGGIASTNMNPTNPPATA + ETATVSPTPAPQSARTETWINLQVGDCLADLPPADLSRITVTIVDCATAHSAEVYLRA + PVAVDAAVVSMANRDCAAGFAPYTGQSVDTSPYSVAYLIDSHQDRTGADLTPSTVICL + LQPANGQLLTGSARR" + gene 2528697..2528996 + /locus_tag="BQ2027_MB2294" + CDS 2528697..2528996 + /locus_tag="BQ2027_MB2294" + /note="Mb2294, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv2271, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Conserved hypothetical + protein; some similarity to hypothetical protein + AAK01340.1|AF265275_3 (AF265275) from uncultured organism + Pu8 (104 aa) E= 4e-10, (34% identity in 91 aa overlap) + Protein product from Mb2294 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2294 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00905.1" + /db_xref="InterPro:IPR024248" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64968" + /translation="MTTPPDKARRRFLRDAYKNAERVARTALLTIDQDQLEQLLDYVD + ERLGEQPCDHTARHAQRWAQSHRIEWETLAEGLQEFGGYCDCEIVMNVEPEAIFG" + gene 2529102..2529470 + /locus_tag="BQ2027_MB2295" + CDS 2529102..2529470 + /locus_tag="BQ2027_MB2295" + /note="Mb2295, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv2272, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Probable conserved + transmembrane PROTEIN, similar to YIDH_ECOLI P31445 + hypothetical 12.8 kd protein (115 aa), FASTA scores, opt: + 291, E(): 2.9e-14, (45.6% identity in 103 aa overlap), + similar to MTCY339.37c, (35.0% identity in 100 aa + overlap). Mb2295 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU00906.1" + /db_xref="GOA:P64970" + /db_xref="InterPro:IPR003807" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64970" + /translation="MADDSNDTATDVEPDYRFTLANERTFLAWQRTALGLLAAAVALV + QLVPELTIPGARQVLGVVLAILAILTSGMGLLRWQQADRAMRRHLPLPRHPTPGYLAV + GLCVVGVVALALVVAKAITG" + gene 2529467..2529796 + /locus_tag="BQ2027_MB2296" + CDS 2529467..2529796 + /locus_tag="BQ2027_MB2296" + /note="Mb2296, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv2273, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to Rv2272 (MTCY339.38c), + (35.0% identity in 100 aa overlap). Mb2296 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00907.1" + /db_xref="GOA:P64972" + /db_xref="InterPro:IPR003807" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64972" + /translation="MNRHSTAASDRGLQAERTTLAWTRTAFALLVNGVLLTLKDTQGA + DGPAGLIPAGLAGAAASCCYVIALQRQRALSHRPLPARITPRGQVHILATAVLVLMVV + TAFAQLL" + gene complement(2529853..2530170) + /gene="mazf8" + /locus_tag="BQ2027_MB2297C" + CDS complement(2529853..2530170) + /gene="mazf8" + /locus_tag="BQ2027_MB2297C" + /note="Mb2297c, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv2274c, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 105 aa overlap). Unknown protein; + questionable ORF,Mb2297c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin mazf8" + /protein_id="SIU00908.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0N0" + /translation="MSIARSAQPIGWISCPPKGGSSCCRCGGGYTHMFCVSAWTGLVV + DLQAEQVRSVVTERLRRRIGRGAPILAGTLAPGVGLAAQNREFRQFTGRSAPPSATIA + FGE" + gene complement(2530204..2530452) + /gene="mazE8" + /locus_tag="BQ2027_MB2297A" + CDS complement(2530204..2530452) + /gene="mazE8" + /locus_tag="BQ2027_MB2297A" + /note="Mb2297A, len: 82 aa. Equivalent to Rv2274A len: 82 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 82 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible mazE8, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv2274c (See Pandey and Gerdes, 2005). Mb2297A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin MazE8" + /protein_id="SIU00909.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R0" + /translation="MAEPETLPGRWLPECACLAETVSWEQSRLWSRLLCRPHFRHALP + GLTGGSASRPSARSARLVRQPRMTLFSLDHRDGVDARC" + gene 2530248..2531117 + /locus_tag="BQ2027_MB2298" + CDS 2530248..2531117 + /locus_tag="BQ2027_MB2298" + /EC_number="2.3.2.21" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2298, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv2275, len: + 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to Bacillus subtilis + sp|O34351|O34351 YVMC (248 aa), FASTA score: opt: 280, + E(): 2.7e -11; 28.2% identity in 227 aa overlap,Mb2298 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclo(L-tyrosyl-L-tyrosyl) synthase (EC" + /protein_id="SIU00910.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0S3" + /db_xref="InterPro:IPR030903" + /db_xref="InterPro:IPR038622" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0S3" + /translation="MSYVAAEPGVLISPTDDLQSPRSAPAAHDENADGITGGTRDDSA + PNSRFQLGRRIPEATAQEGFLVRPFTQQCQIIHTEGDHAVIGVSPGNSYFSRQRLRDL + GLWGLTNFDRVDFVYTDVHVAESYEALGDSAIEARRKAVKNIRGVRAKITTTVNELDP + AGARLCVRPMSEFQSNEAYRELHADLLTRLKDDEDLRAVCQDLVRRFLSTKVGPRQGA + TATQEQVCMDYICAEAPLFLDTPAILGVPSSLNCYHQSLPLAEMLYARGSGLRASRNQ + GHAIVTPDGSPAE" + gene 2531114..2532304 + /gene="cyp121" + /locus_tag="BQ2027_MB2299" + CDS 2531114..2532304 + /gene="cyp121" + /locus_tag="BQ2027_MB2299" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2299, cyp121, len: 396 aa. Equivalent to Rv2276, + len: 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 396 aa overlap). cyp121, cytochrome + P450 (EC 1.14.-.-) (see citation below), similar to e.g. + G303644 (397 aa) opt: 675, z-score: 776.4, E(): 2.7e-36, + (33.7% identity in 407 aa overlap); contains PS00086 + Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature, + similar to MTCY339.42, 29.2% identity in 298 aa overlap. + Protein product from Mb2299 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2299 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cytochrome P450 121 CYP121" + /protein_id="SIU00911.1" + /db_xref="GOA:P0A515" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="PDB:5EDT" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A515" + /translation="MTATVLLEVPFSARGDRIPDAVAELRTREPIRKVRTITGAEAWL + VSSYALCTQVLEDRRFSMKETAAAGAPRLNALTVPPEVVNNMGNIADAGLRKAVMKAI + TPKAPGLEQFLRDTANSLLDNLITEGAPADLRNDFADPLATALHCKVLGIPQEDGPKL + FRSLSIAFMSSADPIPAAKINWDRDIEYMAGILENPNITTGLMGELSRLRKDPAYSHV + SDELFATIGVTFFGAGVISTGSFLTTALISLIQRPQLRNLLHEKPELIPAGVEELLRI + NLSFADGLPRLATADIQVGDVLVRKGELVLVLLEGANFDPEHFPNPGSIELDRPNPTS + HLAFGRGQHFCPGSALGRRHAQIGIEALLKKMPGVDLAVPIDQLVWRTRFQRRIPERL + PVLW" + gene complement(2532489..2533388) + /locus_tag="BQ2027_MB2300C" + CDS complement(2532489..2533388) + /locus_tag="BQ2027_MB2300C" + /note="Mb2300c, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv2277c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.661% identity in 295 aa overlap). Possible + glycerolphosphodiesterase, similar to e.g. UGPQ_ECOLI + P10908 glycerophosphoryldiester phosphodiesterase + (cytosolic) (247 aa), FASTA scores, opt: 149, E(): 0.0061, + (27.2% identity in 195 aa overlap). Start of protein + uncertain, encoded by neighbouring IS6110 as given, is + intact in Mycobacterium tuberculosis CDC1551. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 1358 bp deletion containing an IS6110 sequence prior to + the start of Mb2300c disrupts the 5' start of Rv2277c + resulting in a slightly shorter product compared to the + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (299 aa + versus 301 aa). Mb2300c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible glycerolphosphodiesterase" + /protein_id="SIU00912.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0R7" + /db_xref="InterPro:IPR017946" + /db_xref="InterPro:IPR030395" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R7" + /translation="MLGAVALVIALGGTCGVADALPLGQTDDPMIVAHRAGTRDFPEN + TVLAITNAVAAGVDGMWLTVQVSSDGVPVLYRPSDLATLTDGAGPVNSKTVQQLQQLN + AGWNFTTPGVEGHPYRQRATPIPTLEQAIGATPPDMTLFLDPKQTPPQPLVSAVAQVL + TRTGAAGRSIVYSTNADITAAASRQEGLQVAESRDVTRQRLFNMALNHHCDPQPDPGK + WAGFELHRDVTVTEEFTLGSGISAVNAELWDEASVDCFRSQSGMKVMGFAVKTVDDYR + LAHKIGLDAVLVDSPLAAQQWRH" + gene 2533567..2534946 + /locus_tag="BQ2027_MB2301" + CDS 2533567..2534946 + /locus_tag="BQ2027_MB2301" + /note="Mb2301, -, len: 459 aa. Equivalent to Rv2280, len: + 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 459 aa overlap). Probable + dehydrogenase. Similar to D-lactate dehydrogenase + (cytochrome) precursor e.g. G1061264 (587 aa), FASTA + scores, opt: 645,E(): 1.3e-31, (28.0% identity in 478 aa + overlap), similar to MTCY50.25, 36.5% identity in 447 aa + overlap Protein product from Mb2301 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2301 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable dehydrogenase" + /protein_id="SIU00913.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0P8" + /db_xref="InterPro:IPR004113" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016164" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016171" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0P8" + /translation="MSEMTARFSEIVGNANLLTGDAIPEDYAHDEELTGPPQKPAYAA + KPATPEEVAQLLKAASENGVPVTARGSGCGLSGAARPVEGGLLISFDRMNKVLEVDTA + NQVAVVQPGVALTDLDAATADTGLRYTVYPGELSSSVGGNVGTNAGGMRAVKYGVARH + NVLGLQAVLPTGEIIRTGGRMAKVSTGYDLTQLIIGSEGTLALVTEVIVKLHPRLDHN + ASVLAPFADFDQVMAAVPKILASGLAPDILEYIDNTSMAALISTQNLELGIPDQIRDS + CEAYLLVALENRIADRLFEDIQTVGEMLMELGAVDAYVLEGGSARKLIEAREKAFWAA + KALGADDIIDTVVPRASMPKFLSTARGLAAAADGAAVGCGHAGDGNVHMAIACKDPEK + KKKLMTDIFALAMELGGAISGEHGVGRAKTGYFLELEDPVKISLMRRIKQSFDPAGIL + NPGVVFGDT" + gene 2535180..2536838 + /gene="pitB" + /locus_tag="BQ2027_MB2302" + CDS 2535180..2536838 + /gene="pitB" + /locus_tag="BQ2027_MB2302" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2302, pitB, len: 552 aa. Equivalent to Rv2281, + len: 552 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 552 aa overlap). Putative pitB, + phosphate-transport permease, integral membrane protein, + similar to YG04_HAEIN P45268 putative phosphate permease + hi1604 (420 aa). FASTA scores, opt: 484, E(): 5e-23, + (33.5% identity in 498 aa overlap) also to G399598 + amphotropic murine retrovirus receptor (656 aa) FASTA + scores, opt: 453, E(): 5.8e-21, (26.8% identity in 645 aa + overlap). Also similar to Rv0545c|pitA from M. + tuberculosis. BELONGS TO THE PIT SUBFAMILY. Mb2302 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative phosphate-transport permease PitB" + /protein_id="SIU00914.1" + /db_xref="GOA:P65713" + /db_xref="InterPro:IPR001204" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65713" + /translation="MSDNAKHHRDGHLVASGLQDRAARTPQHEGFLGPDRPWHLSFSL + LLAGSFVLFSWWAFDYAGSGANKVILVLATVVGMFMAFNVGGNDVANSFGTSVGAGTL + TMKQALLVAAIFEVSGAVIAGGDVTETIRSGIVDLSGVSVDPRDFMNIMLSALSAAAL + WLLFANRMGYPVSTTHSIIGGIVGAAIALGMVSGQGGAALRMVQWDQIGQIVVSWVLS + PVLGGLVSYLLYGVIKRHILLYNEQAERRLTEIKKERIAHRERHKAAFDRLTEIQQIA + YTGALARDAVAANRKDFDPDELESDYYRELHEIDAKTSSVDAFRALQNWVPLVAAAGS + MIIVAMLLFKGFKHMHLGLTTMNNYFIIAMVGAAVWMATFIFAKTLRGESLSRSTFLM + FSWMQVFTASGFAFSHGSNDIANAIGPFAAILDVLRTGAIEGNAAVPAAAMVTFGVAL + CAGLWFIGRRVIATVGHNLTTMHPASGFAAELSAAGVVMGATVLGLPVSSTHILIGAV + LGVGIVNRSTNWGLMKPIVLAWVITLPSAAILASVGLVALRAIF" + gene complement(2536945..2537883) + /locus_tag="BQ2027_MB2303C" + CDS complement(2536945..2537883) + /locus_tag="BQ2027_MB2303C" + /note="Mb2303c, -, len: 312 aa. Equivalent to Rv2282c, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 312 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, lysR family, similar to others + e.g. YC30_CYAPA|P48271 hypothetical transcriptional + regulator YCF30 (324 aa), FASTA scores: opt: 292, E(): + 4e-12, (27.6% identity in 286 aa overlap); etc. Also + similar to Rv0377|MTCY39.34 from Mycobacterium + tuberculosis, FASTA score: (25.4% identity in 268 aa + overlap). Contains PS00044 Bacterial regulatory proteins, + lysR family signature, and contains helix-turn-helix motif + at aa 24 -45 (+4.93 SD). Protein product from Mb2303c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transcription regulator (lysR family)" + /protein_id="SIU00915.1" + /db_xref="GOA:P67668" + /db_xref="InterPro:IPR000847" + /db_xref="InterPro:IPR005119" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67668" + /translation="MPLSSRMPGLTCFEIFLAIAEAGSLGGAARELGLTQQAVSRRLA + SMEAQIGVRLAIRTTRGSQLTPAGIVVAEWAARLLEVADEIDAGLGSLRTEGRQRIRV + VASQTIAEQLMPHWMLSLRAADMRRGGTVPEVILTATNSEHAIAAVRDGIADLGFIEN + PCPPTGLGSVVVARDELVVVVPPGHKWARRSRVVSARELAQTPLVTREPNSGIRDSLT + AALRDTLGEDMQQAPPVLELSSAAAVRAAVLAGAGPAAMSRLAIADDLAFGRLLAVDI + PALNLRRQLRAIWVGGRTPPAGAIRDLLSHITSRST" + gene 2537948..2538142 + /locus_tag="BQ2027_MB2304" + CDS 2537948..2538142 + /locus_tag="BQ2027_MB2304" + /note="Mb2304, -, len: 64 aa. Equivalent to Rv2283, len: + 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 64 aa overlap). Unknown protein; + questionable ORF" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00916.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64974" + /translation="MLEKCPHASVDCGASKIGITDNDPATATNRRLASTIRKPPIEHA + AGPLGSTSRAGHRSYGGVAS" + gene 2538152..2539447 + /gene="lipM" + /locus_tag="BQ2027_MB2305" + CDS 2538152..2539447 + /gene="lipM" + /locus_tag="BQ2027_MB2305" + /note="Mb2305, lipM, len: 431 aa. Equivalent to Rv2284, + len: 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 431 aa overlap). Probable lipM, + esterase (EC 3.1.-.-), similar to others e.g. + gp|Z95844|MTCY493_28 from Mycobacterium tuberculosis + cosmid (420 aa), FASTA scores: opt: 1266, E(): 0, (50.1% + identity in 411 aa overlap). Some similarity to G537514 + arylacetamide deacetylase (399 aa), FASTA scores: opt: + 190, E(): 5.9e-05, (30.4% identity in 138 aa overlap). + Protein product from Mb2305 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2305 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable esterase LipM" + /protein_id="SIU00917.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y144" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y144" + /translation="MGAPRLIHVIRQIGALVVAAVTAAATINAYRPLARNGFASLWSW + FIGLVVTEFPLPTLASQLGGLVLTAQRLTRPVRAVSWLVAAFSALGLLNLSRAGRQAD + AQLTAALDSGLGPDRRTASAGLWRRPAGGGTAKTPGPLRMLRIYRDYAHDGDISYGEY + GRANHLDIWRRPDLDLTGTAPVLFQIPGGAWTTGNKRGQAHPLMSHLAELGWICVAIN + YRHSPRNTWPDHIIDVKRALAWVKAHISEYGGDPDFIAITGGSAGGHLSSLAALTPND + PRFQPGFEEADTRVQAAVPFYGVYDFTRLQDAMHPMMLPLLERMVVKQPRTANMQSYL + DASPVTHISADAPPFFVLHGRNDSLVPVQQARGFVDQLRQVSKQPVVYAELPFTQHAF + DLLGSARAAHTAIAVEQFLAEVYATQHAGSEPGPAVAIP" + gene 2539480..2540817 + /locus_tag="BQ2027_MB2306" + CDS 2539480..2540817 + /locus_tag="BQ2027_MB2306" + /note="Mb2306, -, len: 445 aa. Equivalent to Rv2285, len: + 445 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 445 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, member of Mycobacterium tuberculosis + 15-membered protein family including Rv3740c, Rv3734c, + Rv1425, Rv1760, Rv0895, Rv3480c. FASTA scores: + gp|Z95844|MTCY493_29 Mycobacterium tuberculosis cosmid + (459 aa) opt: 640, E(): 0; 33.4% identity in 470 aa + overlap. Protein product from Mb2306 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2306 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU00918.1" + /db_xref="GOA:P67207" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67207" + /translation="MKLLSPLDQMFARMEAPRTPMHIGAFAVFDLPKGAPRRFIRDLY + EAISQLAFLPFPFDSVIAGGASMAYWRQVQPDPSYHVRLSALPYPGTGRDLGALVERL + HSTPLDMAKPLWELHLIEGLTGRQFAMYFKAHHCAVDGLGGVNLIKSWLTTDPEAPPG + SGKPEPFGDDYDLASVLAAATTKRAVEGVSAVSELAGRLSSMVLGANSSVRAALTTPR + TPFNTRVNRHRRLAVQVLKLPRLKAVAHATDCTVNDVILASVGGACRRYLQELGDLPT + NTLTASVPVGFERDADTVNAASGFVAPLGTSIEDPVARLTTISASTTRGKAELLAMSP + NALQHYSVFGLLPIAVGQKTGALGVIPPLFNFTVSNVVLSKDPLYLSGAKLDVIVPMS + FLCDGYGLNVTLVGYTDKVVLGFLGCRDTLPHLQRLAQYTGAAFEELETAALP" + gene complement(2540884..2541147) + /locus_tag="BQ2027_MB2307C" + CDS complement(2540884..2541147) + /locus_tag="BQ2027_MB2307C" + /note="Mb2307c, -, len: 87 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2286c, len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (). Conserved hypothetical protein. Similar + to Mycobacterium tuberculosis hypothetical protein, + Rv2466c, AL021246|MTV008_22 (207 aa). FASTA score: opt: + 324, E(): 8.9e-15; . REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2286c exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base transition (c-t) splits Rv2286c into 2 + parts, Mb2307c and Mb2308c. Protein product from Mb2307c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2307c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00919.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R9" + /translation="MPTLFLDGQCLFGPVLVDPPAGPAALNLWSVVTGMAGLPHVYEL + QRPKSPADVELIAQQLRPYLDGRDWVSINRGEIVDIDRLAGRS" + gene complement(2541175..2541576) + /locus_tag="BQ2027_MB2308C" + CDS complement(2541175..2541576) + /locus_tag="BQ2027_MB2308C" + /note="Mb2308c, -, len: 133 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2286c, len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 133 aa overlap). + Conserved hypothetical protein. Similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical protein, Rv2466c, + AL021246|MTV008_22 (207 aa). FASTA score: opt: 324, E(): + 8.9e-15; 30.4% identity in 194 aa overlap. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2286c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base transition (c-t) splits Rv2286c into 2 parts, Mb2307c + and Mb2308c. Mb2308c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00920.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0T3" + /db_xref="InterPro:IPR001853" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0T3" + /translation="MTTVDFHFDPLCPFAYQTSVWIRDVRAQLGITINWRFFSLEEIN + LVAGKKHPWERDWSYGWSLMRIGALLRRTNMSLLDRWYAAIGHELHTLGGKPHDPAVA + RRLLCDVGVNAAILDAALDDPTTHDDVRADH" + gene 2541710..2543338 + /gene="yjcE" + /locus_tag="BQ2027_MB2309" + CDS 2541710..2543338 + /gene="yjcE" + /locus_tag="BQ2027_MB2309" + /note="Mb2309, yjcE, len: 542 aa. Equivalent to Rv2287, + len: 542 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 542 aa overlap). Probable yjcE, + conserved integral membrane transport protein, similar to + eukaryote NA+/H+ exchangers e.g. YJCE_ECOLI|P32703|B4065 + Putative Na(+)/H(+) exchanger from Escherichia coli (549 + aa), FASTA scores: opt: 436, E(): 5.6e-21, (29.4% identity + in 555 aa overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO CPA1 FAMILY + (NA(+)/H(+) EXCHANGER FAMILY)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved integral membrane transport + protein YjcE" + /protein_id="SIU00921.1" + /db_xref="GOA:P65527" + /db_xref="InterPro:IPR004705" + /db_xref="InterPro:IPR006153" + /db_xref="InterPro:IPR018422" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65527" + /translation="MNGRRTIGEDGLVFGLVVIVALVAAVVVGTVLGHRYRVGPPVLL + ILSGSLLGLIPRFGDVQIDGEVVLLLFLPAILYWESMNTSFREIRWNLRVIVMFSIGL + VIATAVAVSWTARALGMESHAAAVLGAVLSPTDAAAVAGLAKRLPRRALTVLRGESLI + NDGTALVLFAVTVAVAEGAAGIGPAALVGRFVVSYLGGIMAGLLVGGLVTLLRRRIDA + PLEEGALSLLTPFAAFLLAQSLKCSGVVAVLVSALVLTYVGPTVIRARSRLQAHAFWD + IATFLINGSLWVFVGVQIPGAIDHIAGEDGGLPRATVLALAVTGVVIATRIAWVQATT + VLGHTVDRVLKKPTRHVGFRQRCVTSWAGFRGAVSLAAALAVPMTTNSGAPFPDRNLI + IFVVSVVILVTVLVQGTSLPTVVRWARMPEDVAHANELQLARTRSAQAALDALPTVAD + ELGVAPDLVKHLEKEYEERAVLVMADGADSATSDLAERNDLVRRVRLGVLQHQRQAVT + TLRNQNLIDDIVLRELQAAMDLEEVQLLDPADAE" + gene 2543335..2543712 + /locus_tag="BQ2027_MB2310" + CDS 2543335..2543712 + /locus_tag="BQ2027_MB2310" + /note="Mb2310, -, len: 125 aa. Equivalent to Rv2288, len: + 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). Unknown hypothetical + protein,Mb2310 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00922.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64976" + /translation="MSRRRPLIEPATVQVLAIAFTDSFSVSLHWPQREQGCRTAILAP + MRRWCDGDVDGRKLLPPARRTGTQQRRIRPAAPRVYTTGDILRDRKGIAPWQEQREPG + WAPFGWLHEPSGARCPKADGQSV" + gene 2543682..2544464 + /gene="cdh" + /locus_tag="BQ2027_MB2311" + CDS 2543682..2544464 + /gene="cdh" + /locus_tag="BQ2027_MB2311" + /note="Mb2311, cdh, len: 260 aa. Equivalent to Rv2289, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Probable cdh, + CDP-diacylglycerol pyrophosphatase (EC 3.6.1.26), similar + to CDH_SALTY|P26219 cdp-diacylglycerol pyrophosphatase + (251 aa), FASTA scores: opt: 395, E(): 5.9e-20, (33.5% + identity in 221 aa overlap). Protein product from Mb2311 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2311 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable CDP-diacylglycerol pyrophosphatase Cdh + (CDP-diacylglycerol diphosphatase) (CDP-diacylglycerol + phosphatidylhydrolase)" + /protein_id="SIU00923.1" + /db_xref="GOA:P63752" + /db_xref="InterPro:IPR003763" + /db_xref="InterPro:IPR036265" + /db_xref="InterPro:IPR038433" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63752" + /translation="MPKSRRAVSLSVLIGAVIAALAGALIAVTVPARPNRPEADREAL + WKIVHDRCEFGYRRTGAYAPCTFVDEQSGTALYKADFDPYQFLLIPLARITGIEDPAL + RESAGRNYLYDAWAARFLVTARLNNSLPESDVVLTINPKNARTQDQLHIHISCSSPTT + SAALRNVDTSEYVGWKQLPIDLGGRRFQGLAVDTKAFESRNLFRDIYLKVTADGKKME + NASIAVANVAQDQFLLLLAEGTEDQPVAAETLQDHDCSITKS" + gene 2544606..2544761 + /gene="lppOa" + /locus_tag="BQ2027_MB2312" + CDS 2544606..2544761 + /gene="lppOa" + /locus_tag="BQ2027_MB2312" + /note="Mb2312, lppOa, len: 51 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2290, len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 39 aa overlap). Probable + lppO, conserved lipoprotein, similar to Rv3763, 19KD_MYCTU + P11572 19 kd lipoprotein antigen precursor (159 aa) FASTA + scores, opt: 119, E (): 1.3, (25.6% identity in 164 aa + overlap). ???Contains appropriately positioned PS00013 + lipoprotein motif (with one mismatch). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, lppO exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*), splits lppO into 2 parts, lppOa and lppOb. + Protein product from Mb2312 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2312 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved lipoprotein lppOa" + /protein_id="SIU00924.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X6" + /translation="MTDPRHTVRIAVGATALGVSALGATLPACSAHSGPGSPPVRRQL + PRPRPSW" + gene 2544755..2545120 + /gene="lppOb" + /locus_tag="BQ2027_MB2313" + CDS 2544755..2545120 + /gene="lppOb" + /locus_tag="BQ2027_MB2313" + /note="Mb2313, lppOb, len: 121 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2290, len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 121 aa overlap). Probable + lppO, conserved lipoprotein, similar to Rv3763, 19KD_MYCTU + P11572 19 kd lipoprotein antigen precursor (159 aa) FASTA + scores, opt: 119, E (): 1.3, (25.6% identity in 164 aa + overlap). Contains appropriately positioned PS00013 + lipoprotein motif (with one mismatch). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, lppO exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*), splits lppO into 2 parts, lppOa and lppOb. + Protein product from Mb2313 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2313 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable conserved lipoprotein lppOb" + /protein_id="SIU00925.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1J8" + /db_xref="InterPro:IPR008691" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J8" + /translation="MVEGHTHTISGAVECRTSPAVRTATPSESGTQTTRVNAHDDSAS + VTLSLSDSTPPDVNGFGISLKIGSVDYQMPYQPVQSPTQVEATRQGKSYTLTGTGHAV + IPGQTGMRELPFGVHVTCP" + gene 2545262..2546032 + /gene="sseB" + /locus_tag="BQ2027_MB2314" + CDS 2545262..2546032 + /gene="sseB" + /locus_tag="BQ2027_MB2314" + /note="Mb2314, sseB, len: 256 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2291, len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 256 aa overlap). Probable + sseB, thiosulfate sulfurtransferase. Very similar to + thiosulfate sulfurtransferas/rhodanese from Streptomyces + coelicolor AL00920 4|SC9B10_21 (283 aa) opt: 765, E(): 0; + Smith-Waterman score: 765; 46.9% identity in 286 aa + overlap, similar to THTR_ECOLI P31142 putative thiosulfate + sulfurtransferase (280 aa), FASTA scores, opt: 478, E(): + 1e-23, (35.1% identity in 265 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + truncation at the 5' start due to a 2 bp deletion (tg-*), + leads to a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (256 aa versus 284 + aa). Protein product from Mb2314 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2314 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable thiosulfate sulfurtransferase SseB" + /protein_id="SIU00926.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Y9" + /db_xref="InterPro:IPR001307" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Y9" + /translation="MRWRLDEPDGHAAYLQGHLPGAVFVSLEDELSDHTIAGRGRHPL + PSGASLQATVRRCGIRHDVPVVVYDDWNRAGSARAWWVLTAAGIANVRILDGGLPAWR + SAGGSIETGQVSPQLGNVTVLHDDLYAGQRLTLTAQQAGAGGVTLLDARVPERFRGDV + EPVDAVAGHIPGAINVPSGSVLADDGTFLGNGALNALLSDHGIDHGGRVGVYCGSGVS + AAVIVAALAVIGQDAALFPGSWSEWSSDPTRPVGRGTA" + gene complement(2546033..2547037) + /locus_tag="BQ2027_MB2315C" + CDS complement(2546033..2547037) + /locus_tag="BQ2027_MB2315C" + /EC_number="3.2.2.16" + /EC_number="3.2.2.9" + /note="Mb2315c, -, len: 334 aa. Similar to Rv2293c and + Rv2292c, len: 246 aa and 74 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (92.2% identity in 245 aa + overlap and 100.0% identity in 74 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; some similarity to hypothetical + protein (299 aa) AAK24237.1| (AE005897) belonging to + phosphorylase family [Caulobacter crescentus] (33% + identity in 131 aa overlap). Possible lipoprotein: signal + peptide at N-terminus. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2293c and + Rv2292c exist as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a single + base insertion (*-g) results in a single product which is + more similar to Rv2293c. Mb2315c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="5'-methylthioadenosine nucleosidase (EC @ + S-adenosylhomocysteine nucleosidase (EC" + /protein_id="SIU00927.1" + /db_xref="GOA:P64978" + /db_xref="InterPro:IPR000845" + /db_xref="InterPro:IPR035994" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64978" + /translation="MGAPLRHCLLVAAALSLGCGVAAADPGYVANVIPCEQRTLVLSA + FPAEADAVLAHTALDANPVVVADRRRYYLGSISGKKVIVAMTGIGLVNATNTTETAFA + RFTCASSIAIAAVMFSGVAGGAGRTSIGDVAIPARWTLDNGATFRGVDPGMLATAQTL + SVVLDNINTLGNPVCLCRNVPVVRLNHLGRQPQLFVGGDGSSSDKNNGQAFPCIPNGG + SVFGCQPCSAPDRSLGYTGNFFQAAGPWLKNALISNLNIVSTVNPGFDAVDQETAAAQ + AVADAHGVPFLGIRGMSDGPGDPLHLPGFPVQFFVYKQIAANNAARVTEAFLQNWAGV + " + gene 2547332..2548555 + /locus_tag="BQ2027_MB2316" + CDS 2547332..2548555 + /locus_tag="BQ2027_MB2316" + /note="Mb2316, -, len: 407 aa. Equivalent to Rv2294, len: + 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 407 aa overlap). Probable + aminotransferase (EC 2.6.1.-), similar to others in M. + tuberculosis e.g. MTV030_19, also similar to + PATB_BACSU|Q08432 putative aminotransferase b from + Bacillus subtilis (387 aa), FASTA scores: opt: 563, E(): 2 + .8e-29, (31.4% identity in 408 aa overlap); and to + MALY_ECOLI|P23256 maly protein from Escherichia coli (390 + aa), FASTA scores: opt: 530, E(): 3.6e-27, (31.3% identity + in 384 aa overlap). BELONGS TO CLASS-II OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. Protein + product from Mb2316 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2316 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable aminotransferase" + /protein_id="SIU00928.1" + /db_xref="GOA:P63503" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63503" + /translation="MIPNPLEELTLEQLRSQRTSMKWRAHPADVLPLWVAEMDVKLPP + TVADALRRAIDDGDTGYPYGTEYAEAVREFACQRWQWHDLEVSRTAIVPDVMLGIVEV + LRLITDRGDPVIVNSPVYAPFYAFVSHDGRRVIPAPLRGDGRIDLDALQEAFSSARAS + SGSSGNVAYLLCNPHNPTGSVHTADELRGIAERAQRFGVRVVSDEIHAPLIPSGARFT + PYLSVPGAENAFALMSASKAWNLGGLKAALAIAGREAAADLARMPEEVGHGPSHLGVI + AHTAAFRTGGNWLDALLRGLDHNRTLLGALVDEHLPGVQYRWPQGTYLAWLDCRELGF + DDAASDEMTEGLAVVSDLSGPARWFLDHARVALSSGHVFGIGGAGHVRINFATSRAIL + IEAVSRMSRSLLERR" + gene 2548778..2549416 + /locus_tag="BQ2027_MB2317" + CDS 2548778..2549416 + /locus_tag="BQ2027_MB2317" + /note="Mb2317, -, len: 212 aa. Equivalent to Rv2295, len: + 212 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 212 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, cysteine-rich protein, similar to + YIEJ_ECOLI P31469 hypothetical 22.5 kd protein in + tnab-bglb intergenic region (195 aa), opt: 270, E(): + 3.4e-11, (36.4% identity in 198 aa overlap). Alternative + start suggested by similarity 26 codons further + downstream,Mb2317 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Colicin E2 tolerance protein CbrC-like protein" + /protein_id="SIU00929.1" + /db_xref="InterPro:IPR005363" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67310" + /translation="MDQSANHACLPTPLASTTGRGQDHEMPVEETSTPQKLPQFRYHP + DPVGTGSIVADEVSCVSCEQRRPYTYTGPVYAEEELNEAICPWCIADGSAASRFDATF + TDAMWAVPDDVPEDVTEEVLCRTPGFTGWLQEEWLHHCGDAAAFLGPVGASEVADLPD + ALDALRNEYRGYDWPADKIEEFILTLDRNGLATAYLFRCLSCGVHLAYADFA" + gene 2549510..2550412 + /locus_tag="BQ2027_MB2318" + CDS 2549510..2550412 + /locus_tag="BQ2027_MB2318" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2318, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv2296, len: + 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Probable haloalkane + dehalogenase (EC 3.8.1.5), similar to e.g. HALO_XANAU + P22643, haloalkane dehalogenase, (310 aa), opt: 510 + z-score: 577.7 E(): 3.1e-25 (39.0% identity in 315 aa + overlap). Protein product from Mb2318 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2318 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable haloalkane dehalogenase" + /protein_id="SIU00930.1" + /db_xref="GOA:P64302" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR023489" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64302" + /translation="MDVLRTPDSRFEHLVGYPFAPHYVDVTAGDTQPLRMHYVDEGPG + DGPPIVLLHGEPTWSYLYRTMIPPLSAAGHRVLAPDLIGFGRSDKPTRIEDYTYLRHV + EWVTSWFENLDLHDVTLFVQDWGSLIGLRIAAEHGDRIARLVVANGFLPAAQGRTPLP + FYVWRAFARYSPVLPAGRLVNFGTVHRVPAGVRAGYDAPFPDKTYQAGARAFPRLVPT + SPDDPAVPANRAAWEALGRWDKPFLAIFGYRDPILGQADGPLIKHIPGAAGQPHARIK + ASHFIQEDSGTELAERMLSWQQAT" + gene 2550444..2550896 + /locus_tag="BQ2027_MB2319" + CDS 2550444..2550896 + /locus_tag="BQ2027_MB2319" + /note="Mb2319, -, len: 150 aa. Equivalent to Rv2297, len: + 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 150 aa overlap). Unknown protein; + contains PS00343 Gram-positive cocci surface proteins + 'anchoring' hexapeptide Protein product from Mb2319 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2319 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00931.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64980" + /translation="MAMEMAMMGLLGTVVGASAMGIGGIAKSIAEAYVPGVAAAKDRR + QQMNVDLQARRYEAVRVWRSGLCSASNAYRQWEAGSRDTHAPNVVGDEWFEGLRPHLP + TTGEAAKFRTAYEVRCDNPTLMVLSLEIGRIEKEWMVEASGRTPKHRG" + gene 2551088..2552059 + /locus_tag="BQ2027_MB2320" + CDS 2551088..2552059 + /locus_tag="BQ2027_MB2320" + /note="Mb2320, -, len: 323 aa. Equivalent to Rv2298, len: + 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Similar to SLR0545 Synechocystis sp, + Q55493 hypothetical 34.6 kDa protein (314 aa), FASTA + scores, opt: 427, E(): 1.7e-20, (39.3% identity in 303 aa + overlap) and to YZAE_BACSU P46905 hypothetical protein in + natb 3'region (268 aa) FASTA scores, opt: 370, E(): + 6.1e-17, (31.4% identity in 264 aa overlap) Protein + product from Mb2320 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2320 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Aldo/keto reductase" + /protein_id="SIU00932.1" + /db_xref="GOA:P63485" + /db_xref="InterPro:IPR023210" + /db_xref="InterPro:IPR036812" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63485" + /translation="MKYLDVDGIGQVSRIGLGTWQFGSREWGYGDRYATGAARDIVKR + ARALGVTLFDTAEIYGLGKSERILGEALGDDRTEVVVASKVFPVAPFPAVIKNRERAS + ARRLQLNRIPLYQIHQPNPVVPDSVIMPGMRDLLDSGDIGAAGVSNYSLARWRKADAA + LGRPVVSNQVHFSLAHPDALEDLVPFAELENRIVIAYSPLAQGLLGGKYGLENRPGGV + RALNPLFGTENLRRIEPLLATLRAIAVDVDAKPAQVALAWLISLPGVVAIPGASSVEQ + LEFNVAAADIELSAQSRDALTDAARAFRPVSTGRFLTDMVREKVSRR" + gene complement(2552065..2554008) + /gene="htpG" + /locus_tag="BQ2027_MB2321C" + CDS complement(2552065..2554008) + /gene="htpG" + /locus_tag="BQ2027_MB2321C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2321c, htpG, len: 647 aa. Equivalent to Rv2299c, + len: 647 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 647 aa overlap). htpG, probable + chaperone, HSP90 familyHEAT SHOCK PROTEIN HSP90 FAMILY. + Similar to HTPG_BACSU|P46208 heat shock protein htpG + homologue from Bacillus subtilis (626 aa), FASTA scores: + opt: 1551, E(): 0, (39.6% identity in 631 aa overlap). + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 519-540 + (+3.77 SD). BELONGS TO THE HEAT SHOCK PROTEIN 90 FAMILY. + Protein product from Mb2321c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2321c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHAPERONE PROTEIN HTPG (HEAT SHOCK + PROTEIN) (HSP90 FAMILY PROTEIN) (HIGH TEMPERATURE PROTEIN + G)" + /protein_id="SIU00933.1" + /db_xref="GOA:P64412" + /db_xref="InterPro:IPR001404" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR019805" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR020575" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="InterPro:IPR037196" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64412" + /translation="MNAHVEQLEFQAEARQLLDLMVHSVYSNKDAFLRELISNASDAL + DKLRIEALRNKDLEVDTSDLHIEIDADKAARTLTVRDNGIGMAREEVVDLIGTLAKSG + TAELRAQLREAKNAAASEELIGQFGIGFYSSFMVADKVQLLTRKAGESAATRWESSGE + GTYTIESVEDAPQGTSVTLHLKPEDAEDDLHDYTSEWKIRNLVKKYSDFIAWPIRMDV + ERRTPASQEEGGEGGEETVTIETETLNSMKALWARPKEEVSEQEYKEFYKHVAHAWDD + PLEIIAMKAEGTFEYQALLFIPSHAPFDLFDRDAHVGIQLYVKRVFIMGDCDQLMPEY + LRFVKGVVDAQDMSLNVSREILQQDRQIKAIRRRLTKKVLSTIKDVQSSRPEDYRTFW + TQFGRVLKEGLLSDIDNRETLLGISSFVSTYSEEEPTTLAEYVERMKDGQQQIFYATG + ETRQQLLKSPHLEAFKAKGYEVLLLTDPVDEVWVGMVPEFDGKPLQSVAKGEVDLSSE + EDTSEAEREERQKEFADLLTWLQETLSDHVKEVRLSTRLTESPACLITDAFGMTPALA + RIYRASGQEVPVGKRILELNPSHPLVTGLRQAHQDRADDAEKSLAETAELLYGTALLA + EGGALEDPARFAELLAERLARTL" + gene complement(2554082..2555014) + /locus_tag="BQ2027_MB2322C" + CDS complement(2554082..2555014) + /locus_tag="BQ2027_MB2322C" + /note="Mb2322c, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv2300c, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. Q9RXY2|DR0172 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (271 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): + 1.3e-12, (34.6% identity in 229 aa overlap); Q9HZH1|PA3037 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (288 aa), + FASTA scores: opt: 248, E(): 7.9e-09, (31.5% identity in + 238 aa overlap); Q9PDL8|XF1361 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Xylella fastidiosa (279 aa), FASTA scores: opt: 236, E(): + 4.6e-08, (29.7% identity in 249 aa overlap); + U70053|XCU70053_3 GumP PROTEIN from Xanthomonas campestris + (282 aa), FASTA scores: opt: 222, E(): 3.7e-07, (30.1% + identity in 248 aa overlap); etc. Mb2322c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MBL-fold metallo-hydrolase superfamily" + /protein_id="SIU00934.1" + /db_xref="GOA:P64982" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64982" + /translation="MVATRGRPCPTNFSRPQRPRVAGNGTKSQRCRGRLTTSMLGVAP + EAKGPPVKVHHLNCGTMNAFGIALLCHVLLVETDDGLVLVDTGFGIQDCLDPGRVGLF + RHVLRPAFLQAETAARQIEQLGYRTSDVRHIVLTHFDFDHIGGIADFPEAHLHVTAAE + ARGAIHAPSLRERLRYRRGQWAHGPKLVEHGPDGEPWRGFASAKPLDSIGTGVVLVPM + PGHTRGHAAVAVDAGHRWVLHCGDAFYHRGTLDGRFRVPFVMRAEEKLLSYNRNQLRD + NQARIVELHRRHDPDLLIVCAHDPDLYQLARDTA" + gene 2555021..2555713 + /gene="cut2" + /locus_tag="BQ2027_MB2323" + CDS 2555021..2555713 + /gene="cut2" + /locus_tag="BQ2027_MB2323" + /standard_name="cfp25" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2323, cut2, len: 230 aa. Equivalent to Rv2301, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). Probable cut2 + (alternate gene name: cfp25), cutinase (EC 3.1.1.-), + highly similar to others from Mycobacteria tuberculosis + e.g. MTCY13E12.04|Rv3451|O06318|CUT3_MYCTU (247 aa), FASTA + scores: opt: 569, E(): 2.3e-27, (45.3% identity in 223 aa + overlap); MT2037|MTCY39.35|RV1984C|Q10837|CUT1_MYCTU (217 + aa), FASTA scores: opt: 383, E(): 3.4e-16 (42.9% identity + in 217 aa overlap); O69691|Rv3724|MTV025.072 PUTATIVE + CUTINASE PRECURSOR (187 aa), FASTA scores: opt: 248, E(): + 4.3e-08, (41.85% identity in 172 aa overlap); etc. Also + similar to few others from other organisms e.g. Q9KK87 + SERINE ESTERASE CUTINASE from Mycobacterium avium (220 + aa), FASTA scores: opt: 391, E(): 1.1e-16, (39.15% + identity in 235 aa overlap); etc. Contains PS00095 C-5 + cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. + BELONGS TO THE CUTINASE FAMILY. Start changed since first + submission (+11 aa). Protein product from Mb2323 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2323 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CUTINASE CUT2" + /protein_id="SIU00935.1" + /db_xref="GOA:P63882" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR011150" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63882" + /translation="MNDLLTRRLLTMGAAAAMLAAVLLLTPITVPAGYPGAVAPATAA + CPDAEVVFARGRFEPPGIGTVGNAFVSALRSKVNKNVGVYAVKYPADNQIDVGANDMS + AHIQSMANSCPNTRLVPGGYSLGAAVTDVVLAVPTQMWGFTNPLPPGSDEHIAAVALF + GNGSQWVGPITNFSPAYNDRTIELCHGDDPVCHPADPNTWEANWPQHLAGAYVSSGMV + NQAADFVAGKLQ" + gene 2555819..2556061 + /locus_tag="BQ2027_MB2324" + CDS 2555819..2556061 + /locus_tag="BQ2027_MB2324" + /note="Mb2324, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv2302, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 80 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others: + O53766|AL021942|Rv0569|MTV039.07 HYPOTHETICAL 9.5 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (88 aa), FASTA + scores: opt: 300, E(): 1.4e-14, (61.85% identity in 76 aa + overlap); O88049|SCI35.11 HYPOTHETICAL 7.1 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (64 aa), FASTA scores: opt: + 169, E(): 1.5e-05, (46.55% identity in 58 aa overlap) (has + its C-terminus shorter); Q9XCD1 HYPOTHETICAL 12.0 KDA + PROTEIN (FRAGMENT) from Thermomonospora fusca (106 aa), + FASTA scores: opt: 126, E(): 0.023, (50.0% identity in 34 + aa overlap) (similarity in part for this one). Also weakly + similar to U650M|G699303|Q50105 HYPOTHETICAL 5.7 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (53 aa), FASTA scores: + opt: 89, E(): 0.66, (45.5% identity in 33 aa overlap); and + weakly similar to N-terminus of Q9RIZ1|SCJ1.23c putative + DNA-binding protein from Streptomyces coelicolor (323 aa), + FASTA scores: opt: 182, E(): 7.3e-06, (42.25% identity in + 71 aa overlap). Protein product from Mb2324 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2324 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU00936.1" + /db_xref="InterPro:IPR015035" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64984" + /translation="MHAKVGDYLVVKGTTTERHDQHAEIIEVRSADGSPPYVVRWLVN + GHETTVYPGSDAVVVTATEHAEAEKRAAARAGHAAT" + gene complement(2556102..2557025) + /locus_tag="BQ2027_MB2325C" + CDS complement(2556102..2557025) + /locus_tag="BQ2027_MB2325C" + /note="Mb2325c, -, len: 307 aa. Equivalent to Rv2303c, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 307 aa overlap). Probable + antibiotic-resistance protein, with some similarity to + Q54229|G153373 macrotetrolide antibiotic-resistance + protein (NONR) from Streptomyces griseus (347 aa) (see the + first citation below), FASTA scores: opt: 438, E(): + 3.1e-21, (33.2% identity in 226 aa overlap); and other + hypothetical proteins e.g. P95886 ORF C02006 from + Sulfolobus solfataricus (269 aa), FASTA scores: opt: 252, + E(): 3.5e-09, (25.5% identity in 286 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv3510c|O53555|MTV023.17. Note that the protein + Q9XDF3|NONC from Streptomyces griseus subsp. griseus (317 + aa) is equivalent to Q54229|G153373|NONR however the + N-terminal end is shorter (30 aa) owing to a changed start + codon (see the second citation below). Protein product + from Mb2325c detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ANTIBIOTIC-RESISTANCE PROTEIN" + /protein_id="SIU00937.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y165" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR032465" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y165" + /translation="MTAPEPRVPVIDMWAPFVPSAEVIDDLREGFPVELLSYFEVFTK + TTISAEQFGAYAESLRRTDDQILDSLDDAGITRSLITGFDERSTCGVTFVHNASVAAV + AARYPDRFLPFAGADILAGDSAVDEFERWVVEHGFRGLSLRPFMIGRPASDPAYFPCY + AKCVELGVPVSIHTSADWTRTRLSDLGHPRHIDDVACRFPELTILMSHGGYPWVLQAC + LIAWKHPNVYLELAAHRPKYFASPGAGWEPLMRFGQTTIRNKIVYGTGGFLINRPYLQ + LCDEMRALPVPREVLEDWLWRNATRVLRLDT" + gene complement(2557022..2557231) + /locus_tag="BQ2027_MB2326C" + CDS complement(2557022..2557231) + /locus_tag="BQ2027_MB2326C" + /note="Mb2326c, -, len: 69 aa. Equivalent to Rv2304c, len: + 69 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 69 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2326c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00938.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64986" + /translation="MSHDIATEEADDGALDRCVLCDLTGKRVDVKEATCTGRPATTFE + QAFAVERDAGFDDFLHGPVGPRSTP" + gene 2557815..2559104 + /locus_tag="BQ2027_MB2327" + CDS 2557815..2559104 + /locus_tag="BQ2027_MB2327" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2327, -, len: 429 aa. Equivalent to Rv2305, len: + 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 429 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2327 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2327 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NRPS condensation (elongation) domain containing + protein" + /protein_id="SIU00939.1" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U0" + /translation="MTQTLRLTALDEMFITDDIDIVPSVQIEARVSGRFDLDRLAAAL + RAAVAKHALARARLGRASLTARTLYWEVPDRADHLAVEITDEPVGEVRSRFYARAPEL + HRSPVFAVAVVRETVGDRLLLNFHHAAFDGMGGLRLLLSLARAYADEPDEVGGPPIEE + ARNLKGVAGSRDLFDVLIRARGLAKPAIDRKRTTRVAPDGGSPDGPRFVFAPLTIESD + EMATAVARRPEGATVNDLAMAALALTILQWNRTHDVPAADSVSVNMPVNFRPTAWSTE + VISNFASYLAIVLRVDEVTDLEKATAIVAGITGPLKQSGAAGWVVDLLEGGKVLPAML + KRQLQLLLPLVEDRFVESVCLSNLGRVDVPAFGGEAGDTTEVWFSPTAAMSVMPIGVG + LVGFGGTLRAMFRGDGRTIGGEALGRFAALYRDTLLT" + gene 2559114..2559707 + /locus_tag="BQ2027_MB2328" + CDS 2559114..2559707 + /locus_tag="BQ2027_MB2328" + /note="Mb2328, -, len: 197 aa. Equivalent to Rv2306A, len: + 197 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 197 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to several hypothetical membrane + proteins from Mycobacterium tuberculosis and Streptomyces + coelicolor, e.g. Rv0625c|P96915|Y625_MYCTU HYPOTHETICAL + 25.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (246 aa), + FASTA scores: opt: 410, E(): 2.7e-17, (53.25% identity in + 139 aa overlap). First 140 aa show high similarity, this + then decreases but continues in next ORF Rv2306B, + suggesting a frameshift near nt 2577473. However the + sequence has been checked and no error found. The sequence + is identical in CDC1551 and Mycobacterium bovis. Replaces + original Rv2306c on other strand." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00940.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0V2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V2" + /translation="MTDNECPADSRRRHVLRLALFAGILLGLFYLVAVARVIHVDGVR + SAVVVATGPIAPLAYVVVSAALGALFVPGPILAAGSGVLFGPLLDTFVTLPAFSAGAQ + AGMTPRRCWVSIAPIASMHRSNGADCGRWSVSASSPASRMRWPRTPSGRSEFRCGRWS + LGRSSGRRHGCSSTPRWARRSPTCRRRWFTRRSRCGA" + gene 2559494..2559928 + /locus_tag="BQ2027_MB2329" + CDS 2559494..2559928 + /locus_tag="BQ2027_MB2329" + /note="Mb2329, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv2306B, len: + 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to C-terminal part of several + hypothetical membrane proteins from Mycobacterium + tuberculosis and Streptomyces coelicolor e.g. + P96915|Y625_MYCTU|RV0625c HYPOTHETICAL 25.2 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (246 aa), FASTA scores: + opt: 480, E(): 5e-24, (77.15% identity in 92 aa overlap). + Could be a continuation of Rv2306A suggesting there may be + a frameshift near nt 2577473. The C-terminal part is + longer than Rv0625c and the 3'-end of gene overlaps + Rv2307c, so maybe a further framehift. However, sequence + has been checked and no error found. Also same sequence as + strain CDC1551 and Mycobacterium bovis. Replaces original + Rv2306c on other strand." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00941.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0T8" + /db_xref="InterPro:IPR015414" + /db_xref="InterPro:IPR032816" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0T8" + /translation="MWAVVGQRFVPGISDALASYTFGAFGVPLWQMVVGSFIGSAPRV + FVYTALGASITNLSSPLVYSAIAVWCVTAIIGAFAARRWYRKWRARPRRRCGLAQLTT + GSQQRHTSHRTPAGVVMPGSLSEHRRLRQEAPDRIEHHPPIE" + gene complement(2559857..2560702) + /locus_tag="BQ2027_MB2330C" + CDS complement(2559857..2560702) + /locus_tag="BQ2027_MB2330C" + /note="Mb2330c, -, len: 281 aa. Equivalent to Rv2307c, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 281 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many other hypothetical proteins and + BEM1/BUD5 suppressors e.g. P77538 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Escherichia coli (293 aa), FASTA scores: opt: 421, + E(): 2.4e-18, (32.1% identity in 268 aa overlap) (alias + AAG57647|Z3802|BAB36823|ECS3400 Putative enzyme (3.4.-) + from Escherichia coli (293 aa), FASTA scores: opt: 425, + E(): 1.7e-18, (32.1% identity in 268 aa + overlap));P54069|BE46_SCHPO|BEM46|SPBC32H8.03|PI020 BEM46 + PROTEIN from Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) + (352 aa), FASTA scores: opt: 355, E(): 3.3e-14, (30.45% + identity in 279 aa overlap); O76462|BEM46 BEM46 PROTEIN + from Drosophila melanogaster (338 aa), FASTA scores: opt: + 404, E(): 2.8e-17, (32.75% identity in 281 aa overlap); + etc. Equivalent (but with few differences) to + AAK46650|MT2364 protein from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (281 aa). Mb2330c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hydrolase, alpha/beta fold family" + /protein_id="SIU00942.1" + /db_xref="InterPro:IPR022742" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V0" + /translation="MSLKRCRALPVVAIVALVASGVITFIWSQQRRLIYFPSAGPVPS + ASSVLPAGRDVVVETQDGMRLGGWYFPHTSGGSGPAVLVCNGNAGDRSMRAELAVALH + GLGLSVLLFDYRGYGGNPGRPSEQGLAADARAAQEWLSGQSDVDPARIAYFGESLGAA + VAVGLAVQRPPAALVLRSPFTSLAEVGAVHYPWLPLRRLLLDHYPSIERIASVHAPVL + VIAGGSDDIVPATLSEWLVAAAAEPKRYVVVPGVGHNDPELLDGRVMLDAIRRFLTET + AVLGQ" + gene complement(2561234..2561425) + /locus_tag="BQ2027_MB2331C" + CDS complement(2561234..2561425) + /locus_tag="BQ2027_MB2331C" + /note="Mb2331c, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv2307A, len: + 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2331c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL GLYCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU00943.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0S7" + /translation="MAFVDLRYPWCRGDGWISPPVVAVALGWAMRRKPFSRFNEYVGS + ASNTCWFARALELRTLLIR" + gene complement(2561510..2561941) + /locus_tag="BQ2027_MB2332C" + CDS complement(2561510..2561941) + /locus_tag="BQ2027_MB2332C" + /note="Mb2332c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv2307B, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Hypothetical unknown + Gly- rich protein. Equivalent to AAK46653 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (133 aa) but + longer 10 aa. Mb2332c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL GLYCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU00944.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z9" + /translation="MEEVPTGPPAMGHRACGGQKAAFPTRMNSGVEKMYKNSIAIAIG + TLTMAVEFSMVSANAEPAPPPGQDPHMPNSAMGYCPGGGFGGITGWGYCDGIRYPDGS + YWHQVRVPAPFVGTTLTLSCVIDDGSPVPPLAAPGSCGGGA" + gene complement(2562034..2562216) + /locus_tag="BQ2027_MB2333C" + CDS complement(2562034..2562216) + /locus_tag="BQ2027_MB2333C" + /note="Mb2333c, -, len: 60 aa. Equivalent to Rv2307D, len: + 60 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 60 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2333c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00945.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1L6" + /translation="MWRHLWLMQPQRRYPRGSGTTRTARRDAGVAPLYGVSRVTVLAS + TTATTAPPVKSFPDLL" + gene 2562425..2563141 + /locus_tag="BQ2027_MB2334" + CDS 2562425..2563141 + /locus_tag="BQ2027_MB2334" + /note="Mb2334, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv2308, len: + 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 238 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, sharing similarity with O53464|Rv2018|MTV018.05 + from Mycobacterium tuberculosis (239 aa), FASTA scores: + opt: 142, E(): 0.034, (24.8% identity in 250 aa overlap). + As contains possible helix-turn-helix motif at aa 16-37 + (Sequence: YVYAEVDKLIGLPAGTAKRWIN) (Score 1169, +3.17 SD), + may be a transcriptional regulator. Mb2334 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00946.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y108" + /db_xref="InterPro:IPR007367" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR017277" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y108" + /translation="MRADMSVTSMLDREVYVYAEVDKLIGLPAGTAKRWINGYERGVK + DHPPILRVTPGATPWVTWGEFVETRMLAEYRDRRKVPIVRQRAAIEELRARFNLRYPL + AHLRPFLSTHERDLTMGGEEIGLPDAEVTIRTGQALLGDARWLASIATPGRDEVGEAV + IVELPVDKAFPEIVINPSRYSGQPTFVGRRVSPVTIAQMVDGGEEREDLAADYGLSLK + QIQDAIDYTKKYRLARLVAA" + gene complement(2563770..2563843) + /locus_tag="BQ2027_METV" + tRNA complement(2563770..2563843) + /locus_tag="BQ2027_METV" + /product="tRNA-Met" + /note="metV, len: 74 nt. Equivalent to metV, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Met, anticodon cat." + gene complement(2563849..2564304) + /locus_tag="BQ2027_MB2335C" + CDS complement(2563849..2564304) + /locus_tag="BQ2027_MB2335C" + /note="Mb2335c, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv2309c, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Possible integrase + (fragment), similar to others e.g. Q48908 INTEGRASE + (FRAGMENT) from Mycobacterium paratuberculos (191 aa), + FASTA scores: opt: 279, E(): 3.2e-11, (40.4% identity in + 136 aa overlap); etc. Also similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Rv1055|MTV017.08 INTEGRASE + (FRAGMENT) (78 aa) (72.85% identity in 70 aa overlap); and + Rv1054|MTV017.07 INTEGRASE (FRAGMENT). COULD BELONG TO THE + 'PHAGE' INTEGRASE FAMILY. Mb2335c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRASE (FRAGMENT)" + /protein_id="SIU00947.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y177" + /db_xref="InterPro:IPR002104" + /db_xref="InterPro:IPR011010" + /db_xref="InterPro:IPR013762" + /db_xref="InterPro:IPR014417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y177" + /translation="MTGAGIVETTTNRVRHVPVPEPVSERLRDELPTEPNALVFPSYR + GGHLPIEEYRRAFDKGCKAVGIADLVPHGLRHTTASLAISAGANVKVVQRLLGHATAA + MTLDRHGHLLSDDLAGVAGLLVQAIKSAAASLRYSDPDSVAVENISAAS" + gene 2565051..2565338 + /locus_tag="BQ2027_MB2336" + CDS 2565051..2565338 + /locus_tag="BQ2027_MB2336" + /note="Mb2336, -, len: 95 aa. Equivalent to Rv2309A, len: + 95 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 95 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK46663 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (95 aa) but longer 13 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00948.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0R5" + /translation="MATSSDDITINRHPPLNCAVNRHDESRRSPLRRGLLANGLRERQ + AGALFERYKSQFDSFGYIEKVRYRGSGYRVEDVYARADSGPSAGAELPVGP" + gene 2565441..2565785 + /locus_tag="BQ2027_MB2337" + CDS 2565441..2565785 + /locus_tag="BQ2027_MB2337" + /note="Mb2337, -, len: 114 aa. Equivalent to Rv2310, len: + 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Possible excisionase, + showing some similarity to others e.g. Q9LCU5 PUTATIVE + EXCISIONASE from Arthrobacter sp. TM1 (174 aa) FASTA + scores: opt: 341, E(): 6.6e-15, (48.2% identity in 110 aa + overlap); O85865 PUTATIVE EXCISIONASE from Sphingomonas + aromaticivorans (152 aa), FASTA scores: opt: 205, E(): + 2.2e-06, (41.25% identity in 80 aa overlap); etc. Also + similar to Rv3750c|O69717 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (130 aa), FASTA scores: opt: + 228, E(): 6.9e-08, (43.9% identity in 82 aa overlap). + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 20-41 + (Score 2181, +6.62 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXCISIONASE" + /protein_id="SIU00949.1" + /db_xref="GOA:P64988" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR010093" + /db_xref="InterPro:IPR041657" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64988" + /translation="MVAALHAGKAVTIAPQSMTLTTQQAADLLGVSRPTVVRLIKSGE + LAAERIGNRHRLVLDDVLAYREARRQRQYDALAESAMDIDADEDPEVICEQLREARRV + VAARRRTERRRA" + gene 2565890..2566414 + /locus_tag="BQ2027_MB2338" + CDS 2565890..2566414 + /locus_tag="BQ2027_MB2338" + /note="Mb2338, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv2311, len: + 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with similarity (in part) to + transfer proteins homologous TRAA e.g. Q9EUN8|TRAA + TRANSFER PROTEIN HOMOLOG TRAA from Corynebacterium + glutamicum (1160 aa), FASTA scores: opt: 221, E(): + 2.9e-07, (36.8% identity in 136 aa overlap); Q9ETQ3|TRAA + CONJUGAL TRANSFER PROTEIN (TRAA-LIKE PROTEIN) from + Corynebacterium equii (1367 aa), FASTA scores: opt: 188, + E(): 5.5e-05, (33% identity in 106 aa overlap); + P55418|TRAA_RHISN|Y4DS PROBABLE CONJUGAL TRANSFER PROTEIN + from Rhizobium sp. strain NGR234 (1102 aa), FASTA scores: + opt: 145, E(): 0.035, (29.08% identity in 141 aa overlap); + etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00950.1" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64990" + /translation="MAPTGQAVDVAVREGAGDVGYSVERENLPADDPVRNGNRWRVIA + VDTEHHRIAARRLGDGARAAFSGDYLHEHITHGYAITVHASQGTTAHSTHAVLGDNTS + RATLYVAMTPARESNTAYLCERTAGEGARVDLAGWDLWVSGKAEAMSDEKSASPVWCR + VGARCDHRGKRSCW" + gene 2566492..2566761 + /locus_tag="BQ2027_MB2339" + CDS 2566492..2566761 + /locus_tag="BQ2027_MB2339" + /note="Mb2339, -, len: 89 aa. Equivalent to Rv2312, len: + 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 89 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2339 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00951.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64992" + /translation="MMKEIELHLVDAAAPSGEIAIKDLAALATALQELTTRISRDPIN + TPGPGRTKQFMEELSQLASAPGPDIDGGIDLTDDEFQAFLQAARS" + gene complement(2567058..2567912) + /locus_tag="BQ2027_MB2340C" + CDS complement(2567058..2567912) + /locus_tag="BQ2027_MB2340C" + /note="Mb2340c, -, len: 284 aa. Equivalent to Rv2313c, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2340c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2340c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00952.1" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64994" + /translation="MPAPVSVRDDLCRLVALSPGDGRIAGLVRQVCARALSLPSLPCE + VAVNEPESPAEAVVAEFAEQFSVDVSAITGEQRSLLWTHLGEDAFGAVVAMYIADFVP + RVRAGLEALGVGKEYLGWVTGPISWDHNTDLSAAVFNGFLPAVARMRALDPVTSELVR + LRGAAQHNCRVCKSLREVSALDAGGSETLYGEIERFDTSVLLDVRAKAALRYADALIW + TPAHLAVDVAVEVRSRFSDDEAVELTFDIMRNASNKVAVSLGADAPRVQQGTERYRIG + LDGQTVFG" + gene complement(2567923..2569296) + /locus_tag="BQ2027_MB2341C" + CDS complement(2567923..2569296) + /locus_tag="BQ2027_MB2341C" + /note="Mb2341c, -, len: 457 aa. Equivalent to Rv2314c, + len: 457 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 457 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9RJ51|SCI8.02 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (464 aa) + FASTA scores: opt: 1485, E(): 5.2e-83, (53.5% identity in + 454 aa overlap); similar to AAK24788|CC2824 TldD/PmbA + family protein from Caulobacter crescentus (441 aa), FASTA + scores: opt: 364, E(): 8.3e-15, (29.8% identity in 460 aa + overlap); and showing similarity with Q9HJZ6|TA0814 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermoplasma acidophilum (430 + aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 4.7e-06, (21.85% + identity in 348 aa overlap). Protein product from Mb2341c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2341c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TldE/PmbA family protein, Actinobacterial + subgroup" + /protein_id="SIU00953.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0T7" + /db_xref="InterPro:IPR002510" + /db_xref="InterPro:IPR036059" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0T7" + /translation="MIEPQHAVNIVLKEAARSGRADETMVLVTEKVEATLRWAGNSMT + TNGVSHSRNVTVISIVRRGDSAFVGSVVSAEVDPSVLPGLVVSSQDAARSAPEAGDAA + PLLADTGEPDDWDAPVPGTGAGVFTGIAGSLSRGFRGADRLYGYAHRSVSTTFLASST + GLRRRYTQPTGAIEINAKRGDASAWVGIGTPDFVEVPIDLMLERLSTRLRWAQRTVEL + PAGRYQTIMPPSTVADMMIYLGWSMAGRGAQEGRTAFSAPGGGTRVGERLTELPLTLF + TDPAAPGLACTPFVAVSNSSETQSVFDNGMEISQVDWIRSGVINALAYPRATAAKFDA + PVAVAADNLIMTGGSADLADMIAGTERGLLLTTLWYIREVDPTTLLLTGLTRDGVYLV + EDGEVSAAVNNFRFNESPLDLLRRATEAGVSEPTLPREWSDWVTRTAMPPLRIPDFHM + SSVSQAQ" + gene complement(2569293..2570810) + /locus_tag="BQ2027_MB2342C" + CDS complement(2569293..2570810) + /locus_tag="BQ2027_MB2342C" + /note="Mb2342c, -, len: 515 aa. Equivalent to Rv2315c, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 505 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9S273|SCI28.10 + HYPOTHETICAL 47.1 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (435 aa), FASTA scores: opt: 1768, E():5.6e-101, (63.2% + identity in 432 overlap); and similar to others e.g. + AAK24787|CC2823 hypothetical protein (TldD/PmbA family) + from Caulobacter crescentus (543 aa), FASTA scores: opt: + 876, E():3.1e-46, (42.8% identity in 505 overlap); + O58578|PH0848 HYPOTHETICAL 54.4 KDA PROTEIN from + Pyrococcus horikoshii (481 aa), FASTA scores: opt: 661, + E(): 4.3e-33, (29.95% identity in 484 aa overlap); + Q9UZ95|PAB1547 HYPOTHETICAL 53.6 KDA PROTEIN from + Pyrococcus abyssi (473 aa), FASTA scores: opt: 656, E(): + 8.6e-33, (29.1% identity in 481 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2342c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2342c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TldD family protein, Actinobacterial subgroup" + /protein_id="SIU00954.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y309" + /db_xref="InterPro:IPR002510" + /db_xref="InterPro:IPR035068" + /db_xref="InterPro:IPR036059" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y309" + /translation="MTPNRGIDEDFLDLPRQQLADAALSAAATAGASHADLRVHRIST + EIIQLRDGELETAVISRELGLAVRVIVAGTWGFASHAELAPDVAAATARHAVHVATVL + AALNTERVRLAPEPVYTDAEWVSNYRIDPFGVPASEKIAVLRDYSGRLLDADGIDHVS + ASLNAVKEQTFYADTFGSSITQQRVRLLPCLDAVAVDSAAGNFESMRTLAPPTARGWE + VVAGDEIWNWTDELAQLPSLLAEKVRAPSVMPGPTDLVIDPTNLWLTIHESIGHATEY + DRAIGYEAAYAGTSFATPDKLGTLRYGSPVMNVTADRTAEFGLATVGYDDEGVAAQSW + DLVRDGVFVGYQLDRAFAPRLGEPRSNGCSYADSPHHVPIQRMANISLQPGIEDLSTA + DLIGRVDDGIYIVGDKSWSIDMQRYNFQFTGQRFFRIRGGQLYGQLRDVAYQSSTTDF + WNAMEAVGGPSTWRMGGAINCGKAQPGQVAAVSHGCPSALFRGVNVLNTRTEGGR" + gene 2570844..2571716 + /gene="uspA" + /locus_tag="BQ2027_MB2343" + CDS 2570844..2571716 + /gene="uspA" + /locus_tag="BQ2027_MB2343" + /note="Mb2343, uspA, len: 290 aa. Equivalent to Rv2316, + len: 290 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 290 aa overlap). Probable uspA, + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), most similar to Q9CBN8|USPA|ML1768 + SUGAR TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (328 aa), FASTA scores: opt: 1593, + E(): 1.9e-93, (82.35% identity in 289 aa overlap); and + similar to O32940|ML1426|MLCB2052.28 POSSIBLE SUGAR + TRANSPORT PROTEIN (PROBABLE ABC-TRANSPORT PROTEIN, INNER + MEMBRANE COMPONENT) from Mycobacterium leprae (319 aa), + FASTA scores: opt: 600, E(): 9.2e-31, (34.25% identity in + 295 aa overlap). Also similar to other proteins involved + in transport e.g. Q9X860|SCE134.05c PUTATIVE BINDING + PROTEIN DEPENDENT TRANSPORT PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (327 aa), FASTA scores: opt: 639, E(): 3.2e-33, + (40.45% identity in 272 aa overlap); Q9K6N9|BH3689 SUGAR + TRANSPORT SYSTEM (PERMEASE) from Bacillus halodurans (300 + aa), FASTA scores: opt: 590, E(): 3.7e-30, (35.65% + identity in 289 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER USPA" + /protein_id="SIU00955.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1M8" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1M8" + /translation="MRDAPRRRTALAYALLAPSLVGVVAFLLLPILVVVWLSLHRWDL + LGPLRYVGLTNWRSVLTDSGFADSLVVTAVFVAIVVPAQTVLGLLAASLLARRLPGTG + LFRTLYVLPWICAPLAIAVMWRWILAPTDGAISTVLGHRIEWLTDPGLALPVVSAVVV + WTNVGYVSLFFLAGLMAIPQDIHNAARTDGASAWQRFWRITLPMLRPTMFFVLVTGII + SAAQVFDTVYALTGGGPQGSTDLVAHRIYAEAFGAAAIGRASVMAVVLFVILVGATVV + QHLYFRRRISYELT" + gene 2571703..2572527 + /gene="uspB" + /locus_tag="BQ2027_MB2344" + CDS 2571703..2572527 + /gene="uspB" + /locus_tag="BQ2027_MB2344" + /note="Mb2344, uspB, len: 274 aa. Equivalent to Rv2317, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 274 aa overlap). Probable uspB, + sugar-transport integral membrane protein ABC transporter + (see citation below), most similar to Q9CBN7|USPE|ML1769 + SUGAR TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (274 aa), FASTA scores: opt: 1522, + E(): 3.4e-89, (85.0% identity in 274 aa overlap); and + similar to O32941|ML1425|MLCB2052.29 PROBABLE + ABC-TRANSPORT PROTEIN, INNER MEMBRANE COMPONENT from + Mycobacterium leprae (283 aa), FASTA scores: opt: 630, + E(): 8.4e-33, (36.55% identity in 268 aa overlap). Also + similar to other integral membrane proteins e.g. + P73854|LACG|SLR1723 LACTOSE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (270 aa), + FASTA scores: opt: 605, E(): 3.1e-31, (36.0% identity in + 264 aa overlap); Q9F3B8|SC5F1.11 PUTATIVE SUGAR TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (307 aa), FASTA scores: opt: 582, E(): 9.7e-30, (34.45% + identity in 264 aa overlap); etc. Also similar to + O53483|Rv2039c|MTV018.26c SUGAR TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (280 aa), FASTA scores: opt: + 630, E(): 8.3e-89, (37.7% identity in 268 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER USPB" + /protein_id="SIU00956.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y122" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y122" + /translation="MSSPSRVSNTAVYAVLTIGAVITLSPFLLGLLTSFTSAHQFATG + TPLQLPRPPTLANYADIADAGFRRAAVVTALMTAVILLGQLTFSVLAAYAFARLQFRG + RDALFWVYVATLMVPGTVTVVPLYLMMAQLGLRNTFWALVLPFMFGSPYAIFLLREHF + RLIPDDLINAARLDGANTLDVIVHVVIPSSRPVLAALAMITVVSQWNNFMWPLVITSG + HKWRVLTVATADLQSRFNDQWTLVMAATTVAIVPLIALFVTFQRHIVASIVVSGLK" + gene 2572524..2573846 + /gene="uspC" + /locus_tag="BQ2027_MB2345" + CDS 2572524..2573846 + /gene="uspC" + /locus_tag="BQ2027_MB2345" + /note="Mb2345, uspC, len: 440 aa. Equivalent to Rv2318, + len: 440 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 440 aa overlap). Probable uspC, + sugar-binding lipoprotein component of sugar transport + system (see citation below), most similar to + Q9CBN6|USPC|ML1770 SUGAR TRANSPORT PERIPLASMIC BINDING + PROTEIN from Mycobacterium leprae (446 aa), FASTA scores: + opt: 2294, E(): 8.1e-135, (74.7% identity in 446 aa + overlap). Also similar to other substrate-binding proteins + e.g. Q9RK89|SCF1.15 PUTATIVE SUBSTRATE BINDING PROTEIN + (EXTRACELLULAR) (BINDING-PROTEIN-DEPENDENT TRANSPORT) + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (221 aa), FASTA + scores: opt: 377, E(): 3e-16, (32.25% identity in 217 aa + overlap); Q9K6N8|BH3690 SUGAR TRANSPORT SYSTEM + (SUGAR-BINDING PROTEIN) from Bacillus halodurans (420 aa), + FASTA scores: opt: 227, E(): 1e-06, (25.00% identity in + 452 aa overlap); etc. Also similar to + O53485|Rv2041c|MTV018.28C LIPOPROTEIN COMPONENT OF SUGAR + TRANSPORT SYSTEM from Mycobacterium tuberculosis (439 aa), + FASTA scores: opt: 246, E(): 7e-08, (26.75% identity in + 325 aa overlap). Contains a hydrophobic stretch (possible + signal peptide) at N-terminal end. Mb2345 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING LIPOPROTEIN + USPC" + /protein_id="SIU00957.1" + /db_xref="InterPro:IPR006059" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y187" + /translation="MTRPRQSTLVATALVLVAILLGVTAVLLGLSAEPRGGKIVVTVR + LWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNA + YFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAA + GVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQ + AIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSR + NQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKH + PDAVRQVLAWMGSTEGNSYVGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGP + RIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAATQR" + gene complement(2573854..2574732) + /locus_tag="BQ2027_MB2346C" + CDS complement(2573854..2574732) + /locus_tag="BQ2027_MB2346C" + /note="Mb2346c, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv2319c, + len: 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 292 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2346c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU00958.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64996" + /translation="MTIVVGYLAGKVGPSALHLAVRVARMHKTSLTVATIVRRHWPTP + SLARVDAEYELWSEQLAAASAREAQRYLRRLADGIEVSYHHRAHRSVSAGLLDVVEEL + EAEVLVLGSFPSGRRARVLIGSTADRLLHSSPVPVAITPRRYRCYTDRLTRLSCGYSA + TSGSVDVVRRCGHLASRYGVPMRVITFAVRGRTMYPPEVGLHAEASVLEAWAAQAREL + LEKLRINGVVSEDVVLQVVTGNGWAQALDAADWQDGEILALGTSPFGDVARVFLGSWS + GKIIRYSPVPVLVLPG" + gene complement(2574729..2576159) + /gene="rocE" + /locus_tag="BQ2027_MB2347C" + CDS complement(2574729..2576159) + /gene="rocE" + /locus_tag="BQ2027_MB2347C" + /note="Mb2347c, rocE, len: 476 aa. Equivalent to Rv2320c, + len: 476 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 476 aa overlap). Probable rocE, + cationic amino acid (especially arginine and ornithine) + transporter (permease), highly similar to other amino acid + transporters e.g. Q9L100|SCL6.16C PUTATIVE AMINO ACID + TRANSPORTER from Streptomyces coelicolor (496 aa), FASTA + scores: opt: 1485, E(): 9.4e-82, (48.4% identity in 477 aa + overlap); O06479|YFNA PUTATIVE AMINO ACID TRANSPORTER from + Bacillus subtilis (462 aa), FASTA scores: opt: 1271, E(): + 6.1e-69, (41.9% identity in 463 aa overlap); Q9PG94|XF0408 + AMINO ACID TRANSPORTER from Xylella fastidiosa (509 aa), + FASTA scores: opt: 1128, E(): 2.5e-60, (39.5% identity in + 481 aa overlap); etc. Also some similarity with + Z99108.1|BSUB0005 from Bacillus subtilis (461 aa), FASTA + scores: opt: 1271, E(): 0, (41.9% identity in 463 aa + overlap); and G403170 ETHANOLAMINE PERMEASE (488 aa), + FASTA scores: opt: 468, E(): 1e-23, (28.1% identity in 462 + aa overlap). SEEMS TO BELONG TO THE APC FAMILY. Mb2347c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CATIONIC AMINO ACID TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ROCE" + /protein_id="SIU00959.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0V6" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V6" + /translation="MPTTSMSLRELMLRRRPVSGAPVASGASGNLKRSFGTFQLTMFG + VGATIGTGIFFVLAQAVPEAGPGVIVSFIIAGIAAGLAAICYAELASAVPISGSAYSY + AYTTLGEAVAMVVAACLLLEYGVATAAVAVGWSGYVNKLLSNLFGFQMPHVLSAAPWD + THPGWVNLPAVILIGLCALLLIRGASESARVNAIMVLIKLGVLGMFMIIAFSAYSADH + LKDFVPFGVAGIGSAAGTIFFSYIGLDAVSTAGDEVKDPQKTMPRALIAALVVVTGVY + VLVALAALGTQPWQDFAEQETAGLAIILDNVTHGEWASTILAAGAVVSIFTVTLVTMY + GQTRILFAMGRDGLLPARFAKVNPRTMTPVHNTVIVAIFASTLAAFIPLDSLADMVSI + GTLTAFSVVAVGVIVLRVREPDLPRGFKVPGYPVTPVLSVLACGYILASLHWYTWLAF + SGWVAVAVIFYLMWGRHHSALNEEVP" + gene complement(2576160..2576705) + /gene="rocD2" + /locus_tag="BQ2027_MB2348C" + CDS complement(2576160..2576705) + /gene="rocD2" + /locus_tag="BQ2027_MB2348C" + /note="Mb2348c, rocD2, len: 181 aa. Equivalent to Rv2321c, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Probable rocD2, + ornithine aminotransferase (EC: 2.6.1.13), highly similar + to C-terminal region of other ornithine aminotransferases, + e.g. Q9FC90|ROCD from Streptomyces coelicolor (407 aa), + FASTA scores: opt: 628, E(): 1.2e-32, (55.35% identity in + 168 aa overlap); P3802|OAT_BACSU|ROCD from Bacillus + subtilis (401 aa), FASTA scores: opt: 477, E(): 4.3e-23, + (42.1% identity in 178 aa overlap); BAB42057|ROCD|SA0818 + from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (396 aa), + FASTA scores: opt: 437, E(): 1.5e-20, (41.3% identity in + 170 aa overlap); etc. Contains PS00600 Aminotransferases + class-III pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO + CLASS-III OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. Rv2322c|MTCY3G12.12 (upstream ORF) and + Rv2321c|MTCY3G12.13 appear to be an ornithine + aminotransferase homologue but are frameshifted - we can + find no sequence error in the cosmid to account for this. + Mb2348c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ORNITHINE AMINOTRANSFERASE (C-terminus + part) ROCD2 (ORNITHINE--OXO-ACID AMINOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU00960.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0W4" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR034757" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W4" + /translation="MIADEIQSGLACTGYPFACDHGGVLPDIYLLGKTLGGGAVPLSA + MVADREIFGVVHPGEHGSTFGGNPLAAAIGTPVVSMVVWGECQARSAKLGAHLHQRLA + DLIGDGAVALRGLGWWADVDIERALAIGTDMSMRLADRGVLLKDTYGAALRFAPPLVI + TAQEIDCAVRRFADALWEAGS" + gene complement(2576705..2577370) + /gene="rocD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2349C" + CDS complement(2576705..2577370) + /gene="rocD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2349C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2349c, rocD1, len: 221 aa. Equivalent to Rv2322c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 221 aa overlap). Probable rocD1, + ornithine aminotransferase (EC: 2.6.1.13), highly similar + to N-terminal region of other ornithine aminotransferases, + e.g. Q9FC90|ROCD from Streptomyces coelicolor (407 aa), + FASTA scores: opt: 770, E(): 8.7e-40, (55.7% identity in + 201 aa overlap); BAB42057|ROCD|SA0818 from Staphylococcus + aureus subsp. aureus N315 (396 aa) FASTA scores: opt: 632, + E(): 2.2e-31, (46.1% identity in 208 aa overlap); + P38021|OAT_BACSU|ROCD from Bacillus subtilis (401 aa), + FASTA scores: opt: 626, E(): 5.1e-31, (43.1% identity in + 218 aa overlap); etc. BELONGS TO CLASS-III OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. + Rv2322c|MTCY3G12.12 and Rv2321c|MTCY3G12.13 (upstream ORF) + appear to be an ornithine aminotransferase homologue but + are frameshifted - we can find no sequence error in the + cosmid to account for this. Mb2349c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ORNITHINE AMINOTRANSFERASE (N-terminus + part) ROCD1 (ORNITHINE--OXO-ACID AMINOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU00961.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0W6" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR034757" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W6" + /translation="MTNLADATQATMALVERHAAHNYSPLPVVAASAEGAWIADIDGL + RYLDWLAAYSAVNLGHRNPASTATAHAQVDTVTLLNRALHADRLGPLGAALAQLCGKD + VVLPMNSDAEAVESGLRVARKWGADVNGLPAGRHDIILANNNFHGHTSSVVSFSSDPA + AGSGVEPSTPGLRSVPFGDAAAPAQTIDDNTVADLLEPIPGQAGIIVPADDYLPAASS + TTC" + gene complement(2577367..2578275) + /locus_tag="BQ2027_MB2350C" + CDS complement(2577367..2578275) + /locus_tag="BQ2027_MB2350C" + /EC_number="3.5.3.18" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2350c, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv2323c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others eg Q9FC91|2SCG58.22 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (288 aa), FASTA scores: opt: 561, E(): 7.3e-28, + (46.95% identity in 279 aa overlap); P74535|SLL1336 + HYPOTHETICAL 78.3 KDA PROTEIN from Synechocystis sp. (705 + aa), FASTA scores: opt: 555, E(): 2.1e-27, (37.75% + identity in 265 aa overlap); etc. Also similar to various + hydrolases e.g. Q53797 BETA-HYDROXYLASE + (BLEOMYCIN/PHLEOMYCIN BINDING PROTEIN, ANKYRIN HOMOLOGUE, + BLEOMYCIN AND TRANSPORT PROTEIN) from Streptomyces + verticillus (326 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): + 4.5e-06, (26.75% identity in 303 aa overlap); + Q9X7M4|DDAH_STRCO|SC5F2A.01c NG,NG-dimethylarginine + dimethylaminohydrolase (EC 3.5.3.18) (Dimethylargininase) + (Dimethylarginine dimethylaminohydrolase) (258 aa), FASTA + scores: opt: 209, E(): 4.9e-06, (27.15% identity in 243 aa + overlap); G434715 beta-hydroxylase (bleomicin/phleomycin + binding protein) from Streptomyces verticillus (326 aa), + FASTA scores: opt: 211, E(): 4.5e-06, (26.75% identity in + 303 aa overlap); etc. Mb2350c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NG,NG-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 + (EC" + /protein_id="SIU00962.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X5" + /translation="MENTQRPSFDCEIRAKYRWFMTDSYVAAARLGSPARRTPRTRRY + AMTPPAFFAVAYAINPWMDVTAPVDVQVAQAQWEHLHQTYLRLGHSVDLIEPISGLPD + MVYTANGGFITHDIAVVARFRFPERAGESRAYASWMSSVGYRPVTTRHVNEGQGDLLM + VGERVLAGYGFRTDQRAHAEIAAVLGLPVVSLELVDPRFYHLDTALAVLDDHTIAYYP + PAFSTAAQEQLSALFPDAIVVGSADAFVFGLNAVSDGLNVVLPVAAMGFAAQLRAAGF + EPVGVDLSELLKGGGSVKCCTLEIHP" + gene 2578340..2578786 + /locus_tag="BQ2027_MB2351" + CDS 2578340..2578786 + /locus_tag="BQ2027_MB2351" + /note="Mb2351, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv2324, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 148 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, asnC-family, similar + to other PUTATIVE ASNC-FAMILY REGULATORY PROTEINS e.g. + Q9L101|SCL6.15C from Streptomyces coelicolor (150 aa) + FASTA scores: opt: 466, E(): 2.4e-24, (52.8% identity in + 142 aa overlap); Q9RKY4|SC6D7.14 PUTATIVE ASNC-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (165 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 5.5e-11, + (32.4% identity in 145 aa overlap); Q9ZEP1|LRPA|SCE94.12c + PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (150 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): 6.9e-10, + (33.35% identity in 147 aa overlap); etc. Also similar to + P96896|Rv3291c|MTCY71.31c from Mycobacterium tuberculosis + (150 aa), FASTA scores: opt: 261, E(): 1.1e-10, (36.4% + identity in 143 aa overlap). Mb2351 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY ASNC-FAMILY)" + /protein_id="SIU00963.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U9" + /db_xref="InterPro:IPR000485" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="InterPro:IPR019887" + /db_xref="InterPro:IPR019888" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U9" + /translation="MDRLDDTDERILAELAEHARATFAEIGHKVSLSAPAVKRRVDRM + LESGVIKGFTTVVDRNALGWNTEAYVQIFCHGRIAPDQLRAAWVNIPEVVSAATVTGT + SDAILHVLAHDMRHLEAALERIRSSADVERSESTVVLSNLIDRMPP" + gene complement(2579015..2579863) + /locus_tag="BQ2027_MB2352C" + CDS complement(2579015..2579863) + /locus_tag="BQ2027_MB2352C" + /note="Mb2352c, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv2325c, + len: 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 282 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O32970|MLCB22.37c|ML0849 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (283 aa), FASTA scores: opt: 1405, + E(): 1.8e-78, (77.7% identity in 282 aa overlap). Also + some similarity to other proteins e.g. Q9Z9J1|YBAF|BH0166 + YBAF PROTEIN (BH0166 PROTEIN) (HYPOTHETICAL PROTEIN) from + Bacillus halodurans (265 aa), FASTA scores: opt: 288, E(): + 2.8e-10, (25.8% identity in 264 aa overlap); P70972|YBAF + YBAF PROTEIN (HYPOTHETICAL PROTEIN) from Bacillus subtilis + (265 aa), FASTA scores: opt: 259, E(): 1.5e-08, (25.45% + identity in 224 aa overlap); AAK34821|SPY2193|Q99X13 + Conserved hypothetical protein from Streptococcus pyogenes + (266 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 6.5e-07, (25.1% + identity in 267 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2352c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2352c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transmembrane component of energizing module of + ECF transporters in Mycobacteria" + /protein_id="SIU00964.1" + /db_xref="GOA:P64998" + /db_xref="InterPro:IPR003339" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64998" + /translation="MTTTSAPARNGTRRPSRPIVLLIPVPGSSVIHDLWAGTKLLVVF + GISVLLTFYPGWVTIGMMAALVLAAARIAHIPRGALPSVPRWLWIVLAIGFLTAALAG + GTPVVAVGGVQLGLGGALHFLRITALSVVLLALGAMVSWTTNVAEISPAVATLGRPFR + VLRIPVDEWAVALALALRAFPMLIDEFQVLYAARRLRPKRMPPSRKARRQRHARELID + LLAAAITVTLRRADEMGDAITARGGTGQLSAHPGRPKLADWVTLAITAMASGTAVAIE + SLILHS" + gene complement(2579860..2581953) + /locus_tag="BQ2027_MB2353C" + CDS complement(2579860..2581953) + /locus_tag="BQ2027_MB2353C" + /note="Mb2353c, -, len: 697 aa. Equivalent to Rv2326c, + len: 697 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 697 aa overlap). Putative + transmembrane ATP-binding protein ABC transporter (see + citation below). Equivalent to Q9CCF9|ML0848 ABC + TRANSPORTER from Mycobacterium leprae (724 aa), FASTA + scores: opt: 3482, E(): 2.8e-182, (76.9% identity in 697 + aa overlap) and also to O32971|MLCB22.38c ABC-TYPE + TRANSPORTER from Mycobacterium leprae (726 aa), FASTA + scores: opt: 3482, E(): 2.8e-182, (76.9% identity in 697 + aa overlap). Similar in part to other ABC TRANSPORTERS + e.g. Q9WY65|TM0222 from Thermotoga maritima (266 aa), + FASTA scores: opt: 407, E(): 4.2e-15, (38.0% identity in + 213 aa overlap); etc. Contains 2 X PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop); and 2 x PS00211 ABC transporters + family signature. BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT + PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from + Mb2353c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2353c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transmembrane atp-binding protein abc + transporter" + /protein_id="SIU00965.1" + /db_xref="GOA:P63400" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63400" + /translation="MCCAVCGPEPGRIGEVTPLGPCPAQHRGGPLRPSELAQASVMAA + LCAVTAIISVVVPFAAGLALLGTVPTGLLAYRYRLRVLAAATVAAGMIAFLIAGLGGF + MGVVHSAYIGGLTGIVKRRGRGTPTVVVSSLIGGFVFGAAMVGMLAAMVRLRHLIFKV + MTANVDGIAATLARMHMQGAAADVKRYFAEGLQYWPWVLLGYFNIGIMIVSLIGWWAL + SRLLERMRGIPDVHKLDPPPGDDVDALIGPVPVRLDKVRFRYPRAGQDALREVSLDVR + AGEHLAIIGANGSGKTTLMLILAGRAPTSGTVDRPGTVGLGKLGGTAVVLQHPESQVL + GTRVADDVVWGLPLGTTADVGRLLSEVGLEALAERDTGSLSGGELQRLALAAALAREP + AMLIADEVTTMVDQQGRDALLAVLSGLTQRHRTALVHITHYDNEADSADRTLSLSDSP + DNTDMVHTAAMPAPVIGVDQPQHAPALELVGVGHEYASGTPWAKTALRDINFVVEQGD + GVLIHGGNGSGKSTLAWIMAGLTIPTTGACLLDGRPTHEQVGAVALSFQAARLQLMRS + RVDLEVASAAGFSASEQDRVAAALTVVGLDPALGARRIDQLSGGQMRRVVLAGLLARA + PRALILDEPLAGLDAASQRGLLRLLEDLRRARGLTVVVVSHDFAGMEELCPRTLHLRD + GVLESAAASEAGGMS" + gene 2581994..2582485 + /locus_tag="BQ2027_MB2354" + CDS 2581994..2582485 + /locus_tag="BQ2027_MB2354" + /note="Mb2354, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv2327, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to + Z80775|MTCY21D4.05c|Rv0042c from Mycobacterium + tuberculosis (208 aa), FASTA scores: opt: 242, E(): 5e-08, + (43.0% identity in 107 aa overlap). Also slight similarity + to putative transcriptional regulatory proteins belonging + to the MARR-FAMILY e.g. Q9CCY2/ML2696 from Mycobacterium + leprae (243 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): 3.7e-08, + (35.35% identity in 150 aa overlap); Q9L135|SC6D11.20 from + Streptomyces coelicolor (155 aa), FASTA scores: opt: 242, + E(): 3.9e-08, (34.75% identity in 141 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2354 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2354 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator Rv2327, MarR family" + /protein_id="SIU00966.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y131" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y131" + /translation="MSPSPAAANRSEVGGPLPGLGADLLAVVARLNRLATQRIQMPLP + AAQARLLATIEAQGEARIGDLAAVDHCSQPTMTTQVRRLEDAGLVTRTADPGDARAVR + IRITPEGIRTLTAVRADRAAAIEPQLALLPPADRRVLADAVDVLRRLLDHAATTPGRA + TRQ" + gene 2582737..2583885 + /gene="PE23" + /locus_tag="BQ2027_MB2355" + CDS 2582737..2583885 + /gene="PE23" + /locus_tag="BQ2027_MB2355" + /note="Mb2355, PE23, len: 382 aa. Equivalent to Rv2328, + len: 382 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 382 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to others + e.g. Q9L8K5|MAG24-1 PE-PGRS HOMOLOG from Mycobacterium + marinum (638 aa), FASTA scores: opt: 495, E(): 6.6e-18, + (34.65% identity in 401 aa overlap); etc. Mb2355 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe23" + /protein_id="SIU00967.1" + /db_xref="GOA:P0A685" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A685" + /translation="MQFLSVIPEQVESAAQDLAGIRSALSASYAAAAGPTTAVVSAAE + DEVSTAIASIFGAYGRQCQVLSAQASAFHDEFVNLLKTGATAYRNTEFANAQSNVLNA + VNAPARSLLGHPSAAESVQNSAPTLGGGHSTVTAGLAAQAGRAVATVEQQAAAAVAPL + PSAGAGLAQVVNGVVTAGQGSAAKLATALQSAAPWLAKSGGEFIVAGQSALTGVALLQ + PAVVGVVQAGGTFLTAGTSAATGLGLLTLAGVEFSQGVGNLALASGTAATGLGLLGSA + GVQLFSPAFLLAVPTALGGVGSLAIAVVQLVQGVQHLSLVVPNVVAGIAALQTAGAQF + AQGVNHTMLAAQLGAPGIAVLQTAGGHFAQGIGHLTTAGNAAVTVLIS" + gene complement(2583920..2585467) + /gene="narK1" + /locus_tag="BQ2027_MB2356C" + CDS complement(2583920..2585467) + /gene="narK1" + /locus_tag="BQ2027_MB2356C" + /note="Mb2356c, narK1, len: 515 aa. Equivalent to Rv2329c, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 515 aa overlap). Probable narK1, + nitrite extrusion protein, possibly member of major + facilitator superfamily (MFS). Equivalent to + O32974|MLCB22.41c|NARK|ML0844 PUTATIVE NITRITE EXTRUSION + PROTEIN from Mycobacterium leprae (517 aa), FASTA scores: + opt: 2224, E(): 1.9e-129, (69.3% identity in 488 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. P94933 + NITRITE EXTRUSION PROTEIN from Mycobacterium fortuitum + (471 aa), FASTA scores: opt: 1969, E(): 8.6e-114, (62.1% + identity in 459 aa overlap); P37758|NARU_ECOLI NITRITE + EXTRUSION PROTEIN 2 from Escherichia coli strain K12 (462 + aa), FASTA scores: opt: 792, E(): 2.3e-41, (36.95% + identity in 476 aa overlap); P10903|NARK_ECOLI nitrite + extrusion protein (nitrite facilitator 1) from Escherichia + coli strain K12 (463 aa), FASTA scores: opt: 784, E(): + 7e-41, (35.3% identity in 468 aa overlap); etc. Also + similar to RV0261c|Z86089|MTCY6A4_5 from Mycobacterium + tuberculosis (469 aa), FASTA scores: opt: 2000, E(): + 1.1e-115, (62.6% identity in 470 aa overlap). BELONGS TO + THE NARK/NASA FAMILY OF TRANSPORTERS." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NITRITE EXTRUSION PROTEIN 1 NARK1 + (NITRITE FACILITATOR 1)" + /protein_id="SIU00968.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0T4" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0T4" + /translation="MEQHTLLQREESPRSPAAPSLRRLGGSRHITHWDPEDLGAWEAG + NKGIARRNLLWSVVTVHLGYSVWTLWPVLELLMPQDVYGFSTSDKFLLGTIATLFGAF + LRMPYALASAIFGGRNWATFSAIVLLIPAIGTTVLLTHPGLPLWPYLVCAALTGLGGG + NFASSMSNANAFYPHRLKGSALGIAGGVGNLGVPAIQLVGLLAIATVGERKPYLVCAL + YVVLVAIAVIGVSLFMNNVEQHRVQVNRLRPIVSAVLSTRDTWLLSLLYLGTFGSFIG + FSFVFGQVLQTNFLACGQSPARATLHAVELAFVGPLLAAVARIYGGRLADRVGGSRLT + LIVFVAMTLAAGLLISASTLEGRHVGQHRGATMVGYFVCFVALFVLSGLGNGSVYKMI + PTIFEACSRSLDLSEAERRDWSRIISGVVIGFVAAFGALGGVGINMALRESYLSTGSG + TDAFWIFMMCYAAAAVLTWKVYDRRTVTDMGMLQAALVRQPASTPAELIGPRTQSDRF + SGCSISA" + gene complement(2585701..2586228) + /gene="lppP" + /locus_tag="BQ2027_MB2357C" + CDS complement(2585701..2586228) + /gene="lppP" + /locus_tag="BQ2027_MB2357C" + /note="Mb2357c, lppP, len: 175 aa. Equivalent to Rv2330c, + len: 175 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 175 aa overlap). Probable lppP, + lipoprotein. Contains signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Protein product from Mb2357c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPPP" + /protein_id="SIU00969.1" + /db_xref="GOA:P65303" + /db_xref="InterPro:IPR025971" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65303" + /translation="MRRQRSAVPILALLALLALLALIVGLGASGCAWKPPTTRPSPPN + TCKDSDGPTADTVRQAIAAVPIVVPGSKWVEITRGHTRNCRLHWVQIIPTIASQSTPQ + QLLFFDRNIPLGSPTRNPKPYITVLPAGDDTVTVQYQWQIGSDQECCPTGIGTVRFHI + GSDGKLEALGSIPHQ" + gene 2586303..2586689 + /locus_tag="BQ2027_MB2358" + CDS 2586303..2586689 + /locus_tag="BQ2027_MB2358" + /EC_number="1.7.99.4" + /note="Mb2358, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv2331, len: + 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Hypothetical unknown + protein; shortened version of MTCY3G12.03c to eliminate + overlap with MTCY3G12.04. Mb2358 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Assimilatory nitrate reductase large subunit + (EC" + /protein_id="SIU00970.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5G4" + /translation="MPPVFLPQIGRLTPDAVGEAIGIAADDIPMAARWIGSRPCSLIG + QPNTMGDEMGYLGPGLAGQRCVDRLVMGASRSTCSRLPVIASVDERLSVLKPVRPRLH + SISFIFKGRPGEVYLTVTGYNFRGVP" + gene 2586746..2587084 + /locus_tag="BQ2027_MB2359" + CDS 2586746..2587084 + /locus_tag="BQ2027_MB2359" + /note="Mb2359, -, len: 112 aa. Equivalent to Rv2331A, len: + 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 112 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2359 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00971.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X3" + /translation="MKGHLATFGHPALPTYRGSWLSREPGSPYRLPAGAGRDRGDACR + RLPRRTGSGTLLRPGQRCTFAANADPMAKGVDRALCEIVAERRQLDLDLAKAQVRSAL + ANQRYHRDVH" + gene 2587114..2588760 + /gene="mez" + /locus_tag="BQ2027_MB2360" + CDS 2587114..2588760 + /gene="mez" + /locus_tag="BQ2027_MB2360" + /note="Mb2360, mez, len: 548 aa. Equivalent to Rv2332, + len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 548 aa overlap). Probable mez, malate + oxidoreductase [NAD] dependant (EC 1.1.1.38) (malic + enzyme), highly similar to others e.g. O34389|MALS + PUTATIVE MALOLACTIC ENZYME [INCLUDES: MALIC ENZYME (EC + 1.1.1.-); L-LACTATE DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.27)] from + Bacillus subtilis (566 aa), FASTA scores: opt: 1927, E(): + 5.5e-111, (52.9% identity in 539 aa overlap); + P45868|MAO2_BACSU|YWKA PROBABLE NAD-DEPENDENT MALIC ENZYME + from Bacillus subtilis (582 aa), FASTA scores: opt: 1849, + E(): 3.6e-106, (50.45% identity in 543 aa overlap); + Q48796|MLES_OENOE MALOLACTIC ENZYME from Oenococcus oeni + (541 aa), FASTA scores: opt: 1540, E(): 3.6e-87, (44.2% + identity in 536 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MALIC + ENZYMES FAMILY. N-terminus shortened since first + submission (previously 652 aa). Protein product from + Mb2360 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE [NAD] DEPENDENT MALATE OXIDOREDUCTASE + MEZ (MALIC ENZYME) (NAD-MALIC ENZYME) (MALATE + DEHYDROGENASE (OXALOACETATE DECARBOXYLATING)) + (PYRUVIC-MALIC CARBOXYLASE) (NAD-ME)" + /protein_id="SIU00972.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Y2" + /db_xref="InterPro:IPR001891" + /db_xref="InterPro:IPR012301" + /db_xref="InterPro:IPR012302" + /db_xref="InterPro:IPR015884" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR037062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Y2" + /translation="MSDARVPRIPAALSAPSLNRGVGFTHAQRRRLGLTGRLPSAVLT + LDQQAERVWHQLQSLATDLGRNLLLEQLHYRHEVLYFKVLADHLPELMPVVYTPTVGE + AIQRFSDEYRGQRGLFLSIDEPDEIEEAFNTLGLGPEDVDLIVCTDAEAILGIGDWGV + GGIQIAVGKLALYTAGGGVDPRRCLAVSLDVGTDNEQLLADPFYLGNRHARRRGREYD + EFVSRYIETAQRLFPRAILHFEDFGPANARKILDTYGTDYCVFNDDMQGTGAVVLAAV + YSGLKVTGIPLRDQTIVVFGAGTAGMGIADQIRDAMVADGATLEQAVSQIWPLDRPGL + LFDDMDDLRDFQVPYAKNRHQLGVAVGDRVGLSDAIKIASPTILLGCSTVYGAFTKEV + VEAMTASCKHPMIFPLSNPTSRMEAIPADVLAWSNGRALLATGSPVAPVEFDETTYVI + GQANNVLAFPGIGLGVIVAGARLITRRMLHAAAKAIAHQANPTNPGDSLLPDVQNLRA + ISTTVAEAVYRAAVQDGVASRTHDDVRQAIVDTMWLPAYD" + gene complement(2588757..2590328) + /gene="stp" + /locus_tag="BQ2027_MB2361C" + CDS complement(2588757..2590328) + /gene="stp" + /locus_tag="BQ2027_MB2361C" + /note="Mb2361c, -, len: 523 aa. Equivalent to Rv2333c, + len: 537 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 508 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, member of major + facilitator superfamily (MFS) possibly involved in + transport of drug, highly similar to many e.g. + Q9RL22|C5G9.04c PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (489 aa), FASTA scores: opt: 1031, + E(): 4e-55, (37.4% identity in 412 aa overlap); + Q9L0L9|SCD82.12 PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (490 aa), FASTA scores: opt: 883, + E(): 3.8e-46, (36.35% identity in 407 aa overlap); + Q9ZBW5|SC4B5.03c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE EFFLUX PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (504 aa), FASTA scores: opt: + 899, E(): 4.1e-47, (37.4% identity in 415 aa overlap); + P39886|TCMA_STRGA tetracenomycin C resistance and export + protein from Streptomyces glaucescens (538 aa), FASTA + scores: opt: 839, E(): 1.9e-43, (32.3% identity in 489 aa + overlap); etc. Also highly similar to + Rv2459|O53186|MTV008.15 PROBABLE CONSERVED INTEGRAL + MEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (508 aa), FASTA scores: opt: 1385, E(): + 1.5e-76, (44.05% identity in 504 aa overlap); and + AAK46834|MT2534 DRUG TRANSPORTER from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (523 aa), FASTA scores: opt: + 1385, E(): 1.5e-76, (44.4% identity in 504 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-g) leads to a slightly longer + product with a different COOH part compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (523 aa versus + 537 aa). Mb2361c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="integral membrane drug efflux protein stp" + /protein_id="SIU00973.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0V9" + /db_xref="InterPro:IPR004638" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0V9" + /translation="MNRTQLLTLIATGLGLFMIFLDALIVNVALPDIQRSFAVGEDGL + QWVVASYSLGMAVFIMSAATLADLYGRRRWYLIGVSLFTLGSIACGLAPSIAVLTTAR + GAQGLGAAAVSVTSLALVSAAFPEAKEKARAIGIWTAIASIGTTTGPTLGGLLVDQWG + WRSIFYVNLPMGALVLFLTLCYVEESCNERARRFDLSGQLLFIVAVGALVYAVIEGPQ + IGWTSVQTIVMLWTAAVGCALFVWLERRSSNPMMDLTLFRDTSYALAIATICTVFFAV + YGMLLLTTQFLQNVRGYTPSVTGLMILPFSAAVAIVSPLVGHLVGRIGARVPILAGLC + MLMLGLLMLIFSEHRSSALVLVGLGLCGSGVALCLTPITTVAMTAVPAERAGMASGIM + SAQRAIGSTIGFAVLGSVLAAWLSATLEPHLERAVPDPVQRHVLAEIIIDSANPRAHV + GGIVPRRHIEHRDPVAIAEEDFIEGIRVALLVATATLAVVFLAGWRWFPRDVQTAGSD + AKREAAYSDDRRVRG" + gene 2590803..2591735 + /gene="cysK1" + /locus_tag="BQ2027_MB2362" + CDS 2590803..2591735 + /gene="cysK1" + /locus_tag="BQ2027_MB2362" + /note="Mb2362, cysK1, len: 310 aa. Equivalent to Rv2334, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Probable cysK1, + cysteine synthase A (EC 4.2.99.8), equivalent to + O32978|CYSK_MYCLE|ML0839|MLCB22.47 CYSTEINE SYNTHASE A + from Mycobacterium leprae (310 aa), FASTA scores: opt: + 1756, E(): 8.6e-96, (85.8% identity in 310 aa overlap). + Also highly similar to other CYSTEINE SYNTHASES e.g. + Q9JQL6|CYSK|NMA0974|NMB0763 PUTATIVE CYSTEINE SYNTHASE + from Neisseria meningitidis (serogroup A and B) (310 aa), + FASTA scores: opt: 1368, E(): 4.6e-73, (66.45% identity in + 310 aa overlap); P73410|CYSK_SYNY3|SLR1842 from + Synechocystis sp (312 aa), FASTA scores: opt: 1310, E(): + 1.2e-69, (64.65% identity in 311 aa overlap); + Q43725|CYSM_ARATH|OASC|ACS1|AT3G59760|F24G16.30 CYSTEINE + SYNTHASE (MITOCHONDRIAL PRECURSOR) from Arabidopsis + thaliana (Mouse-ear cress) (424 aa), FASTA scores: opt: + 1253, E(): 3.2e-66, (59.2% identity in 309 aa overlap) + (has its N-terminus longer 104 aa); etc. Contains PS00901 + Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate + attachment site. BELONGS TO THE CYSTEINE + SYNTHASE/CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE FAMILY. Note that + previously known as cysK. Protein product from Mb2362 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2362 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cysteine synthase a cysk1 (o-acetylserine + sulfhydrylase a) (o-acetylserine (thiol)-lyase a) (csase + a)" + /protein_id="SIU00974.1" + /db_xref="GOA:P0A535" + /db_xref="InterPro:IPR001216" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR005856" + /db_xref="InterPro:IPR005859" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A535" + /translation="MSIAEDITQLIGRTPLVRLRRVTDGAVADIVAKLEFFNPANSVK + DRIGVAMLQAAEQAGLIKPDTIILEPTSGNTGIALAMVCAARGYRCVLTMPETMSLER + RMLLRAYGAELILTPGADGMSGAIAKAEELAKTDQRYFVPQQFENPANPAIHRVTTAE + EVWRDTDGKVDIVVAGVGTGGTITGVAQVIKERKPSARFVAVEPAASPVLSGGQKGPH + PIQGIGAGFVPPVLDQDLVDEIITVGNEDALNVARRLAREEGLLVGISSGAATVAALQ + VARRPENAGKLIVVVLPDFGERYLSTPLFADVAD" + gene 2591739..2592428 + /gene="cysE" + /locus_tag="BQ2027_MB2363" + CDS 2591739..2592428 + /gene="cysE" + /locus_tag="BQ2027_MB2363" + /note="Mb2363, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv2335, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Probable cysE, serine + acetyltransferase (EC 2.3.1.30), equivalent to + O32979|CYSE|ML0838 SERINE ACETYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (227 aa), FASTA scores: opt: 1152, + E(): 9.6e-62, (76.4% identity in 229 aa overlap). Also + highly similar, except in C-terminal part, to others e.g. + Q9HXI6|CYSE|PA3816 O-ACETYLSERINE SYNTHASE from + Pseudomonas aeruginosa (258 aa), FASTA scores: opt: 737, + E(): 6e-37, (61.3% identity in 168 aa overlap); + P23145|NIFP_AZOCH PROBABLE SERINE ACETYLTRANSFERASE from + Azotobacter chroococcum mcd 1 (269 aa), FASTA scores: opt: + 718, E(): 8.4e-36, (55.45% identity in 220 aa overlap); + Q06750|CYSE_BACSU SERINE ACETYLTRANSFERASE from Bacillus + subtilis (217 aa), FASTA scores: opt: 640, E(): 3.1e-31, + (48.0% identity in 200 aa overlap); etc. Contains PS00101 + Bacterial hexapeptide-repeat containing-transferases + signature. BELONGS TO THE CYSE/LACA/LPXA/NODL FAMILY OF + ACETYLTRANSFERASES. COMPOSED OF MULTIPLE REPEATS OF + [LIV]-G-X(4). Protein product from Mb2363 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2363 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SERINE ACETYLTRANSFERASE CYSE (SAT)" + /protein_id="SIU00975.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1P8" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR005881" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="InterPro:IPR018357" + /db_xref="InterPro:IPR042122" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P8" + /translation="MLTAMRGDIRAARERDPAAPTALEVIFCYPGVHAVWGHRLAHWL + WQRGARLLARAAAEFTRILTGVDIHPGAVIGARVFIDHATGVVIGETAEVGDDVTIYH + GVTLGGSGMVGGKRHPTVGDRVIIGAGAKVLGPIKIGEDSRIGANAVVVKPVPPSAVV + VGVPGQVIGQSQPSPGGPFDWRLPDLVGASLDSLLTRVARLEALGGGPQAAGVIRPPE + AGIWHGEDFSI" + gene 2592844..2593812 + /locus_tag="BQ2027_MB2364" + CDS 2592844..2593812 + /locus_tag="BQ2027_MB2364" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2364, -, len: 322 aa. Equivalent to Rv2336, len: + 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 322 aa overlap). Hypothetical unknown + protein (see second citation below). Protein product from + Mb2364 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2364 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00976.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y142" + /translation="MDVPHEQPALSSSKSNRFTSQRQTTGVGTTTVERLEPRLSPASR + HITEAKAFGTECHVSSFTREQDPDRAVRVEQIHGEAYVAAGHVYESALDELGRLDNSN + AEFILDKARGSTRETEVIYLHAVPAEPLSGSQGEGGLRIVGISAVGSIDDLSAFKAAK + PSMGLAHQRKLYDAIEDLGHGGVKEIAALSVTADAPPTVSYSLIREVLRLYHRTGEKL + IITFAMPAYAKMVMNFGRFAMPQVGEPFYAHRNNDPRTSNDLLLVPSIVEPSNFLENI + SRGVVTADDGPTARRRFATLCYMTDGLDDYFMPLTRQVLSEGIQDI" + gene complement(2593876..2594994) + /locus_tag="BQ2027_MB2365C" + CDS complement(2593876..2594994) + /locus_tag="BQ2027_MB2365C" + /note="Mb2365c, -, len: 372 aa. Equivalent to Rv2337c, + len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 372 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, sharing some similarity with Q9RI33|SCJ12.27c + HYPOTHETICAL 37.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (335 aa), BLAST scores: 134 AND 46, (28% AND 33% identity, + 52% AND 44% positive); FASTA scores: opt: 176, E(): + 0.00042, (31.95% identity in 355 aa overlap). Mb2365c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00977.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1A9" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1A9" + /translation="MRAGRWGPGMTGLDPAEFLSLVEAAALAPSADNRREVQLEHAGR + RVRLWGDQTWRSAPEHRRIMSLVAIGAAVENVKLRAGRLGFETKVCWFPDSGNPGLVA + EIDVDRLPQTRVDPIEVAIERRRTNRRVRFRGPPLSQGELGALSAEATGIDGIQLHWF + DSPETRKQILRLVRLAETERFRSRELHEELFSAVRFDIGWTASSDDGLPPGSLEVEAW + MRPMFRGLRHWRVLRLLRTVGMHHALGLRAAYLPCRLAPHVGALTTSLDLASGALTAG + AVFERIWLRTTLLGAELQPFAASAVLSLPACEWVAPHVRAALVGGWNLLAPGHWPMMV + FRIGHARAPSVRTMRQSVEAYCYAPAERSGSDSESRFA" + gene complement(2595114..2596070) + /gene="moeW" + /locus_tag="BQ2027_MB2366C" + CDS complement(2595114..2596070) + /gene="moeW" + /locus_tag="BQ2027_MB2366C" + /note="Mb2366c, moeW, len: 318 aa. Equivalent to Rv2338c, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 318 aa overlap). Possible moeW, + molybdoptenum biosynthesis protein, showing some + similarity to several molybdopterin biosynthesis proteins + e.g. O27613|MTH1571 MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEB HOMOLOG from Methanobacterium thermoautotrophicum + (251 aa), FASTA scores: opt: 309, E(): 4.7e-14; (30.7% + identity in 254 aa overlap); Q9KPQ5|VC2311 HESA/MOEB/THIF + FAMILY PROTEIN from Vibrio cholerae (273 aa), FASTA + scores: opt: 255, E(): 4e-09, (36.25% identity in 149 aa + overlap); Q9PD34|XF1545 MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + from Xylella fastidiosa (276 aa), FASTA scores: opt: + 233,E(): 1e-07, (33.6% identity in 128 aa overlap); etc. + SEEMS TO BELONG TO THE HESA/MOEB/THIF FAMILY. Protein + product from Mb2366c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2366c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS PROTEIN + MOEW" + /protein_id="SIU00978.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0U6" + /db_xref="InterPro:IPR000594" + /db_xref="InterPro:IPR035985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0U6" + /translation="MRAGADAPDSGRVKESAPWSYDEAFCRNLGLISPTEQQRLRNSR + VAIAGMGGVGGIDMVALARMGIGKFTIADPDVFEIRNSNRQYGAMRSTNGQAKAEVMR + NIVHDINPEAEIRAFCEPIGKENAATFLEGADVLVDGIDAFEIDLRRLLYREAQQRGI + YALGAGPLGFSTAWVVFDPKGMTFDRYFDLSDAMNTVDKFVAFIAGIAPSATHRRSID + LSYVDIENRTGPSVGLACHLASGVVAAEVLKILLGHGRVYAAPYFHQFDAYRSIYVRK + RLRCGNRHPLQRVKRRLLARYINRRSAGVIPGLRYHRTEPSY" + gene 2596701..2599181 + /gene="mmpL9a" + /locus_tag="BQ2027_MB2367" + CDS 2596701..2599181 + /gene="mmpL9a" + /locus_tag="BQ2027_MB2367" + /note="Mb2367, mmpL9a, len: 826 aa. Equivalent to 5' end + of Rv2339, len: 962 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 826 aa overlap). Probable + mmpL9, conserved transmembrane transport protein (see + citation below), with strong similarity to other + Mycobacterial proteins e.g. P54881|YV34_MYCLE|MML4_MYCLE + hypothetical 105.2 kd protein from Mycobacterium leprae + (959 aa), FASTA scores: opt: 3799, E(): 0, (59.3% identity + in 937 aa overlap); G699237|U1740AB from Mycobacterium + leprae; and MTCY20G9.34; MTCY48.08c; MTCY19G5.06 from M. + tuberculosis. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mmpL9 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, truncation due to a single base + transition (g-a) splits mmpL9 into 2 parts, mmpL9a and + mmpL9b, resulting in a shorter mmpL9a product. Mb2367 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL9A [FIRST PART]" + /protein_id="SIU00979.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0X6" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X6" + /translation="MVPGEVHMSDTPSGPHPIIPRTIRLAAIPILLCWLGFTVFVSVV + VPPLEAIGETRAVAVAPDDAQSMRAMRRAGKVFNEFDSNSIAMVVLESDQPLGEKAHR + YYDHLVDTLVLDQSHIQHIQDFWRDPLTAAGAVSADGKAAYVQLYLAGNMGEALANES + VEAVRKIVANSTPPEGIRTYVTGPAALFADQIAAGDRSMKLITGLTFAVITVLLLLVY + RSIATTLLILPMVFIGLGATRGTIAFLGYHGMVGLSTFVVNILTALAIAAGTDYAIFL + VGRYQEARHIGQNREASFYTMYRGTANVILGSGLTIAGATYCLSFARLTLFHTMGPPL + AIGMLVSVAAALTLAPAIIAIAGRFGLLDPKRRLKTRGWRRVGTAVVRWPGPILATSV + ALALVGLLALPGYRPGYNDRYYLRAGTPVNRGYAAADRHFGPARMNPEMLLVESDQDM + RNPAGMLVIDKIAKEVLHVSGVERVQAITRPQGVPLEHASIPFQISMMGATQTMSLPY + MRERMADMLTMSDEMLVAINSMEQMLDLVQQLNDVTHEMAATTREIKATTSELRDHLA + DIDDFVRPLRSYFYWEHHCFDIPLCSATRSLFDTLDGVDTLTDQLRALTDDMNKMEAL + TPQFLALLPPMITTMKTMRTMMLTMRSTISGVQDQMADMQDHATAMGQAFDTAKSGDS + FYLPPEAFDNAEFQQGMKLFLSPNGKAVRFVISHESDPASTEGIDRIEAIRAATKDAI + KATPLQGAKIYIGGTAATYQDIRDGTKYDILIVGIAAVCLVFIVMLMITQSLIASLVI + VGTVLLSLGTAFGLSVLIWQHFVGLQVH" + gene 2599194..2599589 + /gene="mmpL9b" + /locus_tag="BQ2027_MB2368" + CDS 2599194..2599589 + /gene="mmpL9b" + /locus_tag="BQ2027_MB2368" + /note="Mb2368, mmpL9b, len: 131 aa. Equivalent to 3' end + of Rv2339, len: 962 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 131 aa overlap). + Probable mmpL9, conserved transmembrane transport protein + (see citation below), with strong similarity to other + Mycobacterial proteins e.g. P54881|YV34_MYCLE|MML4_MYCLE + hypothetical 105.2 kd protein from Mycobacterium leprae + (959 aa), FASTA scores: opt: 3799, E(): 0, (59.3% identity + in 937 aa overlap); G699237|U1740AB from Mycobacterium + leprae; and MTCY20G9.34; MTCY48.08c; MTCY19G5.06 from M. + tuberculosis. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mmpL9 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, truncation due to a single base + transition (g-a) splits mmpL9 into 2 parts, mmpL9a and + mmpL9b. Protein product from Mb2368 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2368 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN MMPL9B [SECOND PART]" + /protein_id="SIU00980.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Y1" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Y1" + /translation="MSVIVLLAVGSDYNLLLVSRFKEEVGAGLKTGIIRAMAGTGAVV + TSAGLVFAFTMASMAVSELRVIGQVGTTIGLGLLFDTLVVRSFMTPSIAALLGRWFWW + PNMIHSRPTVPEAHTRQGARRIQPHLHRG" + gene complement(2599675..2600916) + /gene="PE_PGRS39" + /locus_tag="BQ2027_MB2369C" + CDS complement(2599675..2600916) + /gene="PE_PGRS39" + /locus_tag="BQ2027_MB2369C" + /note="Mb2369c, PE_PGRS39, len: 413 aa. Equivalent to + Rv2340c, len: 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 413 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE_family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to others eg + YI18_MYCTU|Q50615|Rv1818c|MTCY1A11.25 PE-PGRS FAMILY + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (498 aa), FASTA + scores: opt: 710, E(): 1.4e-22, (41.0% identity in 368 aa + overlap); O53884|Rv0872v|MTV043.65c PGRS-FAMILY PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (606 aa), FASTA scores: + opt: 708, E(): 1.9e-22, (42.4% identity in 389 aa + overlap); etc. Mb2369c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs39" + /protein_id="SIU00981.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X9" + /translation="MSHVTAAPNVLAASAGELAAIGSTMRAANAAAAAPTAGVLAAGG + DDVSAGIAALFGARAQAYQAISAQAALFHDRFVQILQEGAAAYAMAEAANALPLQKAQ + GVVSELAQDRTGGTGTGQSRGAGGFGGVGQAGGKGWDGGPIGNGQVGEQHGAGQLGST + DGNPGVAGAAHGSGVSASHGSGATGAAGVADPGGSGAGVGSAAGNGTGAGSADAVGGA + GTGRDIVGSVRGDGGVGMASGDGGLSTGAAGASAEGGLMPGFGGAPWVGGHWGLGGEG + HSGAIGGVGEQVAPAVATAPAVSPATTSAVAAESGSTPATKAQAMHATTNPGNAAHQG + NPADPGNSARRADGGRDEQLLLLPLTSLRGLRHTLKKLSGLRARNGLLTASGDNASGS + GRPWDRDQLLRALGLRPPGHE" + gene complement(2601415..2601487) + /locus_tag="BQ2027_ASNT" + tRNA complement(2601415..2601487) + /locus_tag="BQ2027_ASNT" + /product="tRNA-Asn" + /note="asnT, len: 73 nt. Equivalent to asnT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Asn, anticodon gtt." + gene 2601605..2602024 + /gene="lppQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2370" + CDS 2601605..2602024 + /gene="lppQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2370" + /note="Mb2370, lppQ, len: 139 aa. Equivalent to Rv2341, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Probable lppQ, + conserved lipoprotein, showing some similarity with + Rv1228|O33224|LPQX|MTCI61.11 from Mycobacterium + tuberculosis (185 aa), FASTA scores: opt: 155; E(): + 0.0073; (31.9% identity in 116 aa overlap). Also shows few + similarity with P29228|VLPA_MYCHR variant surface antigen + A precursor from Mycoplasma hyorhinis (157 aa), FASTA + scores: opt: 96, E(): 7.3, (23.1% identity in 143 aa + overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Mb2370 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPQ" + /protein_id="SIU00982.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Y8" + /translation="MPVGGRQHVFEKLASILGLVAAPLMLLGLSACGRSAGKTSEPTC + PTEPIDAADSSTTPDPSCVVRATEINGNGSRIQTWTGSYDAAATQSGGVCGGTCNFHA + TVRFTVDEGQISGSVDQVYQAAMVAIATRPTSPSLAP" + gene 2602280..2602537 + /locus_tag="BQ2027_MB2371" + CDS 2602280..2602537 + /locus_tag="BQ2027_MB2371" + /note="Mb2371, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv2342, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q9CCG1|ML0834 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (100 aa), FASTA scores: + opt: 392, E(): 2.9e-20, (78.2% identity in 78 aa overlap). + N-terminus highly similar to N-terminal part of + Q9L085|SCC24.32 PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (108 aa), FASTA scores: opt: 122, + E(): 0.077, (39.15% identity in 46 aa overlap). Protein + product from Mb2371 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2371 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU00983.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W0" + /translation="MIGYVAVLGLGYVLGAKAGRRRYEQIASTYRALTGSPVARSMIE + GGRRKIANRISPDAGFVTLAEIDNQTAVVQRGVERQPKTAR" + gene complement(2602541..2604460) + /gene="dnaG" + /locus_tag="BQ2027_MB2372C" + CDS complement(2602541..2604460) + /gene="dnaG" + /locus_tag="BQ2027_MB2372C" + /note="Mb2372c, dnaG, len: 639 aa. Equivalent to Rv2343c, + len: 639 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 639 aa overlap). Probable dnaG, DNA + primase (EC 2.7.7.-), equivalent to O52200|PRIM_MYCSM|DNAG + DNA PRIMASE from Mycobacterium smegmatis (636 aa), FASTA + scores: opt: 3504, E(): 5.5e-202, (81.55% identity in 639 + aa overlap); and Q9CCG2|DNAG|ML0833 DNA PRIMASE from + Mycobacterium leprae (642 aa), FASTA scores: opt: 3443, + E(): 2.5e-198, (80.4% identity in 642 aa overlap). Also + highly similar to many DNA primases e.g. + Q9S1N4|PRIM_STRCO|DNAG|SC7A8.07c from Streptomyces + coelicolor (641 aa), FASTA scores: opt: 1899, E(): + 5.1e-106, (47.9% identity in 643 aa overlap); + P74893|PRIM_SYNP7|DNAG from Synechococcus sp. strain PCC + 7942 (Anacystis nidulans R2) (616 aa), FASTA scores: opt: + 860, E(): 6.6e-44, (35.3% identity in 513 aa overlap); + P05096|PRIM_BACSU from Bacillus subtilis (603 aa) FASTA + scores: opt: 800, E(): 2.5e-40, (33.7% identity in 430 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2372c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2372c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA PRIMASE DNAG" + /protein_id="SIU00984.1" + /db_xref="GOA:P63963" + /db_xref="InterPro:IPR002694" + /db_xref="InterPro:IPR006171" + /db_xref="InterPro:IPR006295" + /db_xref="InterPro:IPR013173" + /db_xref="InterPro:IPR013264" + /db_xref="InterPro:IPR019475" + /db_xref="InterPro:IPR030846" + /db_xref="InterPro:IPR034151" + /db_xref="InterPro:IPR036977" + /db_xref="InterPro:IPR037068" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63963" + /translation="MSGRISDRDIAAIREGARIEDVVGDYVQLRRAGADSLKGLCPFH + NEKSPSFHVRPNHGHFHCFGCGEGGDVYAFIQKIEHVSFVEAVELLADRIGHTISYTG + AATSVQRDRGSRSRLLAANAAAAAFYAQALQSDEAAPARQYLTERSFDAAAARKFGCG + FAPSGWDSLTKHLQRKGFEFEELEAAGLSRQGRHGPMDRFHRRLLWPIRTSAGEVVGF + GARRLFDDDAMEAKYVNTPETLLYKKSSVMFGIDLAKRDIAKGHQAVVVEGYTDVMAM + HLAGVTTAVASCGTAFGGEHLAMLRRLMMDDSFFRGELIYVFDGDEAGRAAALKAFDG + EQKLAGQSFVAVAPDGMDPCDLRLKCGDAALRDLVARRTPLFEFAIRAAIAEMDLDSA + EGRVAALRRCVPMVGQIKDPTLRDEYARQLAGWVGWADVAQVIGRVRGEAKRTKHPRL + GRLGSTTIARAAQRPTAGPPTELAVRPDPRDPTLWPQREALKSALQYPALAGPVFDAL + TVEGFTHPEYAAVRAAIDTAGGTSAGLSGAQWLDMVRQQTTSTVTSALISELGVEAIQ + VDDDKLPRYIAGVLARLQEVWLGRQIAEVKSKLQRMSPIEQGDEYHALFGDLVAMEAY + RRSLLEQASGDDLTA" + gene complement(2604465..2605760) + /gene="dgt" + /locus_tag="BQ2027_MB2373C" + CDS complement(2604465..2605760) + /gene="dgt" + /locus_tag="BQ2027_MB2373C" + /note="Mb2373c, dgt, len: 431 aa. Equivalent to Rv2344c, + len: 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 431 aa overlap). Probable dgt, + deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase (EC + 3.1.5.1), equivalent to Q9CCG3|DGT|ML0831 PUTATIVE + DEOXYGUANOSINE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE from + Mycobacterium leprae (429 aa), FASTA scores: opt: 2316, + E(): 1.6e-137, (83.85% identity in 421 aa overlap); and + O52199|DGTP_MYCSM|AF027507_2 DEOXYGUANOSINETRIPHOSPHATE + TRIPHOSPHOHYDROLASE from Mycobacterium smegmatis (428 aa), + FASTA scores: opt: 1991, E(): 3.4e-117, (73.5% identity in + 422 aa overlap). Also highly similar or similar to several + deoxyguanosine triphosphate hydrolases e.g. + Q9L2E9|SC7A8.09c PUTATIVE DEOXYGUANOSINETRIPHOSPHATE + TRIPHOSPHOHYDROLASE from Streptomyces coelicolor (424 aa), + FASTA scores: opt: 1216, E(): 1e-68, (51.05% identity in + 425 aa overlap); BAB48544|MLL1093 DGTP TRIPHOSPHOHYDROLASE + from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (404 aa), FASTA + scores: opt: 489, E(): 3.1e-23, (33.85% identity in 387 aa + overlap); P15723|DGTP_ECOLI|DGT|B0160 from Escherichia + coli strain K12 (504 aa), FASTA scores: opt: 173, E(): + 0.0022, (31.65% identity in 259 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE DGTPASE FAMILY. Protein product from Mb2373c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2373c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEOXYGUANOSINE TRIPHOSPHATE + TRIPHOSPHOHYDROLASE DGT (DGTPASE) (DGTP + TRIPHOSPHOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU00985.1" + /db_xref="GOA:P0A541" + /db_xref="InterPro:IPR003607" + /db_xref="InterPro:IPR006261" + /db_xref="InterPro:IPR006674" + /db_xref="InterPro:IPR023023" + /db_xref="InterPro:IPR026875" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A541" + /translation="MSASEHDPYDDFDRQRRVAEAPKTAGLPGTEGQYRSDFARDRAR + VLHSAALRRLADKTQVVGPREGDTPRTRLTHSLEVAQIGRGMAIGLGCDLDLVELAGL + AHDIGHPPYGHNGERALDEVAASHGGFEGNAQNFRILTSLEPKVVDAQGLSAGLNLTR + ASLDAVTKYPWMRGDGLGSQRRKFGFYDDDRESAVWVRQGAPPERACLEAQVMDWADD + VAYSVHDVEDGVVSERIDLRVLAAEEDAAALARLGEREFSRVSADELMAAARRLSRLP + VVAAVGKYDATLSASVALKRLTSELVGRFASAAIATTRAAAGPGPLVRFRADLQVPDL + VRAEVAVLKILALQFIMSDPRHLETQARQRERIHRVAHRLYSGAPQTLDPVYAAAFNT + AADDAARLRVVVDQIASYTEGRLERIDADQLGVSRNALD" + gene 2605829..2607811 + /locus_tag="BQ2027_MB2374" + CDS 2605829..2607811 + /locus_tag="BQ2027_MB2374" + /note="Mb2374, -, len: 660 aa. Equivalent to Rv2345, len: + 660 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 660 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, with hydrophobic stretch at + N-terminal end around position 180. Similar to O52198 + HYPOTHETICAL 21.2 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium smegmatis (195 aa), FASTA scores: opt: 589, + E(): 1.5e-23; (47.2% identity in 195 aa overlap). Protein + product from Mb2374 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2374 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00986.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y161" + /db_xref="InterPro:IPR007621" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y161" + /translation="MRLVRLLGMVLTILAAGLLLGPPAGAQPPFRLSNYVTDNAGVLT + SSGRTAVTAAVDRLYADRRIRLWVVYVENFSGQSALNWAQRTTRTSELGNYDALLAVA + TTGREYAFLVPSAMPGVSEGQVDNVRRYQIEPALHDGDYSGAAVAAANGLNRSPSSSS + RVVLLVTVGIIVIVVAVLLVVMRHRNRRRRADELAAARRVDPTNVMALAAVPLQALDD + LSRSMVVDVDNAVRTSTNELALAIEEFGERRTAPFTQAVNNAKAALSQAFTVRQQLDD + NTPETPAQRRELLTRVIVSAAHADRELASQTEAFEKLRDLVINAPARLDLLTQQYVEL + TTRIGPTQQRLAELHTEFDAAAMTSIAGNVTTATERLAFADRNISAARDLADQAVSGR + QAGLVDAVRAAESALGQARALLDAVDSAATDIRHAVASLPAVVADIQTGIKRANQHLQ + QAQQPQTGRTGDLIAARDAAARALDRARGAADPLTAFDQLTKVDADLDRLLATLAEEQ + ATADRLNRSLEQALFTAESRVRAVSEYIDTRRGSIGPEARTRLAEAKRQLEAAHDRKS + SNPTEAIAYANAASTLAAHAQSLANADVQSAQRAYTRRGGNNAGAILGGIIIGDLLSG + GTRGGLGGWIPTSFGGSSNAPGSSPDGGFLGGGGRF" + gene complement(2607896..2608078) + /gene="esxO" + /locus_tag="BQ2027_MB2375C" + CDS complement(2607896..2608078) + /gene="esxO" + /locus_tag="BQ2027_MB2375C" + /standard_name="ES6_6; Mtb9.9E" + /note="Mb2375c, esxO, len: 60 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2346c, len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.3% identity in 60 aa overlap). esxO, + putative ESAT-6 like protein 6, conserved + hypotheticalprotein, member of proteins family from + Mycobacterium tuberculosis, with O53942|Rv1793|MTV049.15, + O05300|Rv1198|MTCI364.10, MTCY15C10.33, + P96364|MTCY07H7B.03|Rv1037c|MTCY10G2.12, MTCI364.10, etc. + BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large 8963 bp deletion (RD5) leads to the loss of the NH2 + part of Mb2375c, and the 9 following CDSs up to Rv2356 + including the 3 phospolipases C enzymes plcC, plcB and + plcA, compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis H37Rv. Protein product from Mb2375c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2375c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative esat-6 like protein esxo (esat-6 like + protein 6)" + /protein_id="SIU00987.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C7" + /translation="MLAAGDFWGGAGSVACQEFITQLGRNFQVIYEQANAHGQKVQAA + GNNMAQTDSAVGSSWA" + gene complement(2608062..2609435) + /gene="PPE71" + /locus_tag="BQ2027_MB2376C" + CDS complement(2608062..2609435) + /gene="PPE71" + /locus_tag="BQ2027_MB2376C" + /note="Mb2376c, PPE71, len: 457 aa. Equivalent to 5' end + of MT2423, len: 621 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (98.475% identity in 459 aa overlap). PPE + FAMILY PROTEIN. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, there is a large 8963 bp deletion + (RD5) in between Mb2375c and Mb2377c compared to + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. In this region of + Mycobacterium bovis two substitutions are present that + encode a CDS, Mb2376c, equivalent to that found in + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551. The first + substitution is of 1218 bp to 350 bp and the second is of + 123 bp to 431 bp. Mb2376c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU00988.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0W9" + /translation="MVNFSVLPPEINSGRMFFGAGSGPMLAAAAAWDGLAAELGLAAE + SFGLVTSGLAGGSGQAWQGAAAAMVVAAAPYAGWLAAAAARAGGAAVQAKAVAGAFEA + ARAAMVDPVVVAANRSAFVQLVLSNVFGQNAPAIAAAEATYEQMWAADVAAMVGYHGG + ASAAAALAPWQQAVPGLLGLLDSAQSSAQAVTAQAVGSTVPGPLQGINFGFGNIGSLN + LGSGNTGDTNVGSGNIGNTNLGGGNIGSFNLGSGNQGDINLGIGNVGNLNLGSGNFGS + QNLGSGNIGSTNVGSGNIGSTNVGSGNIGDTNFGNGNNGNFNFGSGNTGSNNIGFGNT + GSGNFGFGNTGNNNIGIGLTGDGQIGIGGLNSGSGNIGFGNSGTGNVGLFNSGTGNVG + FGNSGTANTGFGNAGNVNTGFWNGGSTNTGLANAGAGNTGFFDAGNYNFGSLNAGNIN + SSFVGRG" + gene complement(2610173..2612017) + /gene="PPE40" + /locus_tag="BQ2027_MB2377C" + CDS complement(2610173..2612017) + /gene="PPE40" + /locus_tag="BQ2027_MB2377C" + /note="Mb2377c, PPE40, len: 614 aa. Equivalent to Rv2356c, + len: 615 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 615 aa overlap). Member of + Mycobacterium tuberculosis PPE_family, highly similar to + others e.g. Q10778|MTCY48.17|YF48_MYCTU HYPOTHETICAL + PPE-FAMILY PROTEIN (678 aa), FASTA scores: opt: 1888, E(): + 1.9e-78, (54.4% identity in 667 aa overlap); + Q10540|MTCY31.06c, E241779|MTCY98, P42611|MTV037.06c, + Q10813|MTCY274.23c, P71657|MTCY02B10.25c, MTCY03C7.23, + P71869|MTCY03C7.24c, etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, a 3 bp deletion (gcg-*) leads to a + slightly shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (614 aa versus 615 + aa). Mb2377c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe40" + /protein_id="SIU00989.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z4" + /translation="MVNFSVLPPEINSGRMFFGAGSGPMLAAAAAWDGLAAELGLAAE + SFGLVTSGLAGGSGQAWQGAAAAAMVVAAAPYAGWLAAAAARAGGAAVQAKAVAGAFE + AARAAMVDPVVVAANRSAFVQLVLSNVFGQNAPAIAAAEATYEQMWAADVAAMVGYHG + GASAAAALAPWQQAVPGLSGLLGGAANAPAAAAQGAAQGLAELTLNLGVGNIGSLNLG + SGNIGGTNVGSGNVGGTNLGSGNYGSLNWGSGNTGTGNAGSGNTGDYNPGSGNFGSGN + FGSGNIGSLNVGSGNFGTLNLANGNNGDVNFGGGNTGDFNFGGGNNGTLNFGFGNTGS + GNFGFGNTGNNNIGIGLTGDGQIGIGGLNSGTGNIGFGNSGNNNIGFFNSGDGNIGFF + NSGDGNTGFGNAGNINTGFWNAGNLNTGFGSAGNGNVGIFDGGNSNSGSFNVGFQNTG + FGNSGAGNTGFFNAGDSNTGFANAGNVNTGFFNGGDINTGGFNGGNVNTGFGSALTQA + GANSGFGNLGTGNSGWGNSDPSGTGNSGFFNTGNGNSGFSNAGPAMLPGFNSGFANIG + SFNAGIANSGNNLAGISNSGDDSSGAVNSGSQNSGAFNAGVGLSGFFR" + gene complement(2612155..2613546) + /gene="glyS" + /locus_tag="BQ2027_MB2378C" + CDS complement(2612155..2613546) + /gene="glyS" + /locus_tag="BQ2027_MB2378C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2378c, glyS, len: 463 aa. Equivalent to Rv2357c, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 463 aa overlap). Probable glyS, + glycyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.14), equivalent to + Q9CCG4|GLYS|ML0826 PUTATIVE GLYCYL-TRNA SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (463 aa), FASTA scores: opt: 2898, + E(): 1e-179, (90.2% identity in 459 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9L2H9|SYG_STRCO|SCC121.07c + from Streptomyces coelicolor (460 aa), FASTA scores: opt: + 2210, E(): 2.9e-135, (68.3% identity in 457 aa overlap); + Q9PPZ7|SYG_UREPA|GLYS|UU493 GLYCYL-TRNA SYNTHETASE from + Ureaplasma parvum (Ureaplasma urealyticum biotype 1) (473 + aa), FASTA scores: opt: 1254, E(): 1.7e-73, (45.25% + identity in 462 aa overlap); + P75425|SYG_MYCPN|GLYS|MPN354|MP482 GLYCYL-TRNA SYNTHETASE + from Mycoplasma pneumoniae (449 aa), FASTA scores: opt: + 1074, E(): 6.9e-62, (39.45% identity in 454 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00179 Aminoacyl-transfer RNA synthetases + class-II signature 1. BELONGS TO CLASS-II AMINOACYL-TRNA + SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb2378c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2378c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCYL-tRNA SYNTHETASE GLYS + (GLYCINE--tRNA LIGASE) (GLYRS)" + /protein_id="SIU00990.1" + /db_xref="GOA:P67033" + /db_xref="InterPro:IPR002314" + /db_xref="InterPro:IPR002315" + /db_xref="InterPro:IPR004154" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR022961" + /db_xref="InterPro:IPR027031" + /db_xref="InterPro:IPR033731" + /db_xref="InterPro:IPR036621" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67033" + /translation="MHHPVAPVIDTVVNLAKRRGFVYPSGEIYGGTKSAWDYGPLGVE + LKENIKRQWWRSVVTGRDDVVGIDSSIILPREVWVASGHVDVFHDPLVESLITHKRYR + ADHLIEAYEAKHGHPPPNGLADIRDPETGEPGQWTQPREFNMMLKTYLGPIETEEGLH + YLRPETAQGIFVNFANVVTTARKKPPFGIGQIGKSFRNEITPGNFIFRTREFEQMEME + FFVEPATAKEWHQYWIDNRLQWYIDLGIRRENLRLWEHPKDKLSHYSDRTVDIEYKFG + FMGNPWGELEGVANRTDFDLSTHARHSGVDLSFYDQINDVRYTPYVIEPAAGLTRSFM + AFLIDAYTEDEAPNTKGGMDKRTVLRLDPRLAPVKAAVLPLSRHADLSPKARDLGAEL + RKCWNIDFDDAGAIGRRYRRQDEVGTPFCVTVDFDSLQDNAVTVRERDAMTQDRVAMS + SVADYLAVRLKGS" + gene 2613728..2614135 + /gene="smtb" + /locus_tag="BQ2027_MB2379" + CDS 2613728..2614135 + /gene="smtb" + /locus_tag="BQ2027_MB2379" + /note="Mb2379, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv2358, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, arsR family, equivalent to + Q9CCG5|ML0825 PUTATIVE ARSR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium leprae (140 aa), FASTA + scores: opt: 647, E(): 2e-34, (72.9% identity in 140 aa + overlap). Also similar to others e.g. BAB48273|MLR0745 + Transcriptional regulator from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (104 aa), FASTA scores: opt: 185, + E(): 3.4e-05, (43.25% identity in 74 aa overlap) (has its + N-terminus shorter); P15905|ARR1_ECOLI arsenical + resistance operon repressor from Escherichia coli (117 + aa), FASTA scores: opt: 164, E(): 8.1e-05, (39.1% identity + in 69 aa overlap); etc. Also similar to + O53838|Rv0827|MTV043.19c PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium tuberculosis (130 aa), FASTA + scores: opt: 201, E(): 4e-06, (35.7% identity in 98 aa + overlap); and O69711|Rv3744|MTV025.092 PUTATIVE REGULATORY + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (120 aa), FASTA + scores: opt: 209, E(): 1.2e-06, (35.5 % identity in 93 aa + overlap). Contains possible helix-turn-helix motif at aa + 72-93 (Score 1103, +2.94 SD). Belongs to the ARSR family + of transciptional regulators. Protein product from Mb2379 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2379 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein smtb + (probably arsr-family)" + /protein_id="SIU00991.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y102" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y102" + /translation="MVTSPSTPTAAHEDVGADEVGGHQHPADRFAECPTFPAPPPREI + LDAAGELLRALAAPVRIAIVLQLRESQRCVHELVDALHVPQPLVSQHLKILKAAGVVT + GERSGREVLYRLADHHLAHIVLDAVAHAGEDAI" + gene 2614132..2614524 + /gene="zur" + /locus_tag="BQ2027_MB2380" + CDS 2614132..2614524 + /gene="zur" + /locus_tag="BQ2027_MB2380" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2380, furB, len: 130 aa. Equivalent to Rv2359, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 130 aa overlap). Probable furB, ferric + uptake regulation protein, equivalent to + FURB|ML0824|Q9CCG6 PUTATIVE FERRIC UPTAKE REGULATORY + PROTEIN from Mycobacterium leprae (131 aa), FASTA scores: + opt: 765, E(): 1.7e-43, (86.9% identity in 130 aa + overlap). Also highly similar to FERRIC UPTAKE REGULATION + PROTEINS e.g. Q9L2H5|SCC121.11 PUTATIVE METAL UPTAKE + REGULATION PROTEIN from Streptomyces coelicolor (139 aa), + FASTA scores: opt: 547, E(): 3.4e-29, (59.4% identity in + 133 aa overlap); P06975|FUR_ECOLI from Escherichia coli + (148 aa), FASTA scores: opt: 322, E(): 1.9e-14, (37.9% + identity in 132 aa overlap); P45599|FUR_KLEPN FERRIC + UPTAKE REGULATION PROTEIN from Klebsiella pneumoniae (155 + aa), FASTA scores: opt: 314, E(): 6.7e-14, (36.35% + identity in 132 aa overlap); etc. BELONGS TO THE FUR + FAMILY. Protein product from Mb2380 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2380 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable zinc uptake regulation protein zur" + /protein_id="SIU00992.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y106" + /db_xref="InterPro:IPR002481" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y106" + /translation="MSAAGVRSTRQRAAISTLLETLDDFRSAQELHDELRRRGENIGL + TTVYRTLQSMASSGLVDTLRTDTGESVYRRCSEHHHHHLVCRSCGSTIEVGDHEVEAW + AAEVATKHGFSDVSHTIEIFGTCSDCRS" + gene complement(2614632..2615060) + /locus_tag="BQ2027_MB2381C" + CDS complement(2614632..2615060) + /locus_tag="BQ2027_MB2381C" + /note="Mb2381c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv2360c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 142 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2381c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2381c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU00993.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0X8" + /translation="MPSLPDRLASILRDVLPAEEEPDGALTVRHDGTFASLRVVSIAE + DLELVSLTQILAWDLPLTKRLTEQVAKQARDINFGSVSLREKVSEKAARRSSGRPASN + TADVMLRYNFPGTGLTDDALRTLILLVLETGATIRSALVG" + gene complement(2615060..2615950) + /locus_tag="BQ2027_MB2382C" + CDS complement(2615060..2615950) + /locus_tag="BQ2027_MB2382C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2382c, -, len: 296 aa. Equivalent to Rv2361c, + len: 296 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 296 aa overlap). Long (C50) chain + Z-isoprenyl diphosphate synthase (EC 2.5.1.-) (see + citation below), equivalent to + UPPS_MYCLE|ML0634|B1937_F2_65|P38119 UNDECAPRENYL + PYROPHOSPHATE SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (296 + aa), FASTA scores: opt: 1789, E(): 1.8e-97, (86.5% + identity in 296 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. UPPS|Q9L2H4 UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE + from Streptomyces coelicolor (277 aa), FASTA scores: opt: + 1098, E(): 8.2e-60, (63.5% identity in 247 aa overlap); + Q55482|UPPS_SYNY3|SLL0506 from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (249 aa), FASTA scores: opt: 686, E(): 4.2e-33, + (46.4% identity in 235 aa overlap); + O67291|UPPS_AQUAE|AQ_1248 from Aquifex aeolicus (231 aa), + FASTA scores: opt: 684, E(): 5.2e-33, (46.3% identity in + 229 aa overlap); etc. Also similar to Rv1086|MTV017.39 + from Mycobacterium tuberculosis. Contains PS01066 + Hypothetical YBR002c family signature. SEEMS TO BELONG TO + THE UPP SYNTHETASE FAMILY. Note that previously known as + uppS. Protein product from Mb2382c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2382c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LONG (C50) CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE + SYNTHASE (Z-DECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU00994.1" + /db_xref="GOA:P60478" + /db_xref="InterPro:IPR001441" + /db_xref="InterPro:IPR018520" + /db_xref="InterPro:IPR036424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60478" + /translation="MARDARKRTSSNFPQLPPAPDDYPTFPDTSTWPVVFPELPAAPY + GGPCRPPQHTSKAAAPRIPADRLPNHVAIVMDGNGRWATQRGLARTEGHKMGEAVVID + IACGAIELGIKWLSLYAFSTENWKRSPEEVRFLMGFNRDVVRRRRDTLKKLGVRIRWV + GSRPRLWRSVINELAVAEEMTKSNDVITINYCVNYGGRTEITEATREIAREVAAGRLN + PERITESTIARHLQRPDIPDVDLFLRTSGEQRSSNFMLWQAAYAEYIFQDKLWPDYDR + RDLWAACEEYASRTRRFGSA" + gene complement(2615943..2616740) + /gene="reco" + /locus_tag="BQ2027_MB2383C" + CDS complement(2615943..2616740) + /gene="reco" + /locus_tag="BQ2027_MB2383C" + /note="Mb2383c, -, len: 265 aa. Equivalent to Rv2362c, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 265 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to the Mycobacterium + leprae proteins Q49754|B1937_F1_25 Hypothetical protein + (269 aa), FASTA scores: opt: 1561, E(): 8.5e-93, (86.6% + identity in 268 aa overlap); and Q9CCN0|ML0633 + Hypothetical protein (268 aa), FASTA scores: opt: 1560, + E(): 8.5e-93, (86.6% identity in 268 aa overlap). Also + highly similar to Q9L2H3|SCC121.13c HYPOTHETICAL 27.1 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (251 aa), FASTA + scores: opt: 843, E(): 6.9e-47, (52.2% identity in 249 aa + overlap); ans similar to other hypothetical proteins. Weak + similarity with P42095|RECO_BACSU DNA REPAIR PROTEIN + RECOMBINASE from Bacillus subtilis (255 aa), FASTA scores: + opt: 270, E(): 3.6e-10, (26.4% identity in 182 aa + overlap). Mb2383c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dna repair protein reco" + /protein_id="SIU00995.1" + /db_xref="GOA:P65984" + /db_xref="InterPro:IPR003717" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR022572" + /db_xref="InterPro:IPR037278" + /db_xref="InterPro:IPR042242" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65984" + /translation="MRLYRDRAVVLRQHKLGEADRIVTLLTRDHGLVRAVAKGVRRTR + SKFGARLEPFAHIEVQLHPGRNLDIVTQVVSVDAFATDIVADYGRYTCGCAILETAER + LAGEERAPAPALHRLTVGALRAVADGQRPRDLLLDAYLLRAMGIAGWAPALTECARCA + TPGPHRAFHIATGGSVCAHCRPAGSTTPPLGVVDLMSALYDGDWEAAEAAPQSARSHV + SGLVAAHLQWHLERQLKTLPLVERFYQADRSVAERRAALIGQDIAGG" + gene 2616802..2618256 + /gene="amiA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2384" + CDS 2616802..2618256 + /gene="amiA2" + /locus_tag="BQ2027_MB2384" + /note="Mb2384, amiA2, len: 484 aa. Equivalent to Rv2363, + len: 484 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 484 aa overlap). Probable amiA2, + amidase (EC 3.5.1.4), highly similar or similar to others + e.g. O28325|YJ54_ARCFU|AF1954 PUTATIVE AMIDASE from + Archaeoglobus fulgidus (453 aa), FASTA scores: opt: 777, + E(): 1.1e-38, (35.0% identity in 474 aa overlap); + Q55424|AMID_SYNY3|SLL0828 PUTATIVE AMIDASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (506 aa), FASTA scores: + opt: 770, E(): 3e-38, (36.4% identity in 456 aa overlap); + Q53116|AMDA ENANTIOMERASE-SELECTIVE AMIDASE from + Rhodococcus sp. (462 aa), FASTA scores: opt: 701, E(): + 3.5e-34, (32.7% identity in 468 aa overlap); etc. Also + highly similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. + AMI2_MYCTU|AMIB2|Q11056|Rv1263|MT1301|MTCY50.19c|cy50.19c + AMIDASE (462 aa), FASTA scores: opt: 1141, E(): 2.9e-60, + (45.4% identity in 454 aa overlap); etc. Contains PS00571 + Amidases signature, and PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE AMIDASE FAMILY. Protein product + from Mb2384 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2384 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMIDASE AMIA2 (AMINOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU00996.1" + /db_xref="GOA:P63491" + /db_xref="InterPro:IPR000120" + /db_xref="InterPro:IPR020556" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63491" + /translation="MVGASGSDAGAISGSGNQRLPTLTDLLYQLATRAVTSEELVRRS + LRAIDVSQPTLNAFRVVLTESALADAAAADKRRAAGDTAPLLGIPIAVKDDVDVAGVP + TAFGTQGYVAPATDDCEVVRRLKAAGAVIVGKTNTCELGQWPFTSGPGFGHTRNPWSR + RHTPGGSSGGSAAAVAAGLVTAAIGSDGAGSIRIPAAWTHLVGIKPQRGRISTWPLPE + AFNGVTVNGVLARTVEDAALVLDAASGNVEGDRHQPPPVTVSDFVGIAPGPLKIALST + HFPYTGFRAKLHPEILAATQRVGDQLELLGHTVVKGNPDYGLRLSWNFLARSTAGLWE + WAERLGDEVTLDRRTVSNLRMGHVLSQAILRSARRHEAADQRRVGSIFDIVDVVLAPT + TAQPPPMARAFDRLGSFGTDRAIIAACPSTWPWNLLGWPSINVPAGFTSDGLPIGVQL + MGPANSEGMLISLAAELEAVSGWATKQPQVWWTS" + gene complement(2618253..2619155) + /gene="era" + /locus_tag="BQ2027_MB2385C" + CDS complement(2618253..2619155) + /gene="era" + /locus_tag="BQ2027_MB2385C" + /note="Mb2385c, era, len: 300 aa. Equivalent to Rv2364c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Probable era, + GTP-binding protein, equivalent to + Q49768|ERA_MYCLE|ML0631|B1937_F3_102 GTP-BINDING PROTEIN + ERA HOMOLOG from Mycobacterium leprae (300 aa) FASTA + scores: opt: 1589, E(): 3.4e-88, (81.4% identity in 301 aa + overlap). Also highly similar to other GTP-binding + proteins e.g. Q9RDF2|ERA_STRCO|SCC77.06 from Streptomyces + coelicolor (317 aa), FASTA scores: opt: 1264, E(): + 1.1e-68, (64.0% identity in 306 aa overlap); + Q9KD52|ERA_BACHD|BH1367|BEX from Bacillus halodurans (304 + aa), FASTA scores: opt: 869, (44.8% identity in 297 aa + overlap); Q9KIH7|ERA_LACLA|ERAL from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis), and Lactococcus + lactis (subsp. cremoris) (Streptococcus cremoris) (303 + aa), FASTA scores: opt: 781, E(): 9.4e-40, (40.25% + identity in 298 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ERA/TRME FAMILY OF GTP-BINDING PROTEINS, ERA SUBFAMILY. + Note that previously known as bex. Protein product from + Mb2385c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2385c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN ERA" + /protein_id="SIU00997.1" + /db_xref="GOA:P0A563" + /db_xref="InterPro:IPR004044" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR005662" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR009019" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR030388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A563" + /translation="MTEFHSGFVCLVGRPNTGKSTLTNALVGAKVAITSTRPQTTRHA + IRGIVHSDDFQIILVDTPGLHRPRTLLGKRLNDLVRETYAAVDVIGLCIPADEAIGPG + DRWIVEQLRSTGPANTTLVVIVTKIDKVPKEKVVAQLVAVSELVTNAAEIVPVSAMTG + DRVDLLIDVLAAALPAGPAYYPDGELTDEPEEVLMAELIREAALQGVRDELPHSLAVV + IDEVSPREGRDDLIDVHAALYVERDSQKGIVIGKGGARLREVGTAARSQIENLLGTKV + YLDLRVKVAKNWQRDPKQLGRLGF" + gene complement(2619229..2619570) + /locus_tag="BQ2027_MB2386C" + CDS complement(2619229..2619570) + /locus_tag="BQ2027_MB2386C" + /note="Mb2386c, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv2365c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 113 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + Q49767|ML0630|B1937_F3_101|CAC30138 Hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (108 aa), FASTA scores: opt: + 426, E(): 1.4e-18, (67.9% identity in 106 aa overlap). + Also highly similar to Q9RDF3|SCC77.05 from Streptomyces + coelicolor (132 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): 1.9e-18, + (53.1% identity in 96 aa overlap). Equivalent to AAK46728 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (93 aa) but + longer 20 aa. Protein product from Mb2386c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2386c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein involved in pyrimidine metabolism" + /protein_id="SIU00998.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Z2" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z2" + /translation="MMRRPITLAEQLDAEDAKLVVLARAAMARAEAGAGAAVRDVDGR + TYAAAPVALSALELTGLQAAVAAAVSSGATGLQAAVLVAGSVDDPGIAAVRELAPTAA + IIVTDRAGNPL" + gene complement(2619542..2620849) + /locus_tag="BQ2027_MB2387C" + CDS complement(2619542..2620849) + /locus_tag="BQ2027_MB2387C" + /note="Mb2387c, -, len: 435 aa. Equivalent to Rv2366c, + len: 435 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 435 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, highly similar to Q9L2L3|SCC117.07 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (358 aa), FASTA scores: opt: 1159, E(): 5.5e-64, (53.0% + identity in 353 aa overlap); ans similar to hypothetical + proteins and hemolysin-related proteins e.g. + Q9HN02|HLP|VNG2308G HEMOLYSIN PROTEIN from Halobacterium + sp. strain NRC-1 (457 aa), FASTA scores: opt: 623, E(): + 6.2e-31, (28.4% identity in 433 aa overlap); etc. + Potential transmembrane protein with 2 CBS domains. + BELONGS TO THE UPF0053 FAMILY. Protein product from + Mb2387c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2387c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU00999.1" + /db_xref="GOA:P67131" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR002550" + /db_xref="InterPro:IPR005170" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67131" + /translation="MTGYYQLLGSIVLIGLGGLFAAIDAAISTVSPARVDELVRDQRP + GAGSLRKVMADRPRYVNLVVLLRTSCEITATALLVVFIRYHFSMVWGLYLAAGIMVLA + SFVVVGVGPRTLGRQNAYSISLATALPLRLISWLLMPISRLLVLLGNALTPGRGFRNG + PFASEIELREVVDLAQQRGVVAADERRMIESVFELGDTPAREVMVPRTEMIWIESDKT + AGQAMTLAVRSGHSRIPVIGENVDDIVGVVYLKDLVEQTFCSTNGGRETTVARVMRPA + VFVPDSKPLDALLREMQRDRNHMALLVDEYGAIAGLVSIEDVLEEIVGEIADEYDQAE + TAPVEDLGDKRFRVSARLPIEDVGELYGVEFDDDLDVDTVGGLLALELGRVPLPGAEV + ISHGLRLHAEGGTDHRGRVRIGTVLLSPAEPDGADDEEADHPG" + gene complement(2620846..2621394) + /gene="ybeY" + /locus_tag="BQ2027_MB2388C" + CDS complement(2620846..2621394) + /gene="ybeY" + /locus_tag="BQ2027_MB2388C" + /note="Mb2388c, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv2367c, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49752|YN67_MYCLE|ML0628|B1937_F1_21 HYPOTHETICAL 19.8 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (178 aa), FASTA scores: + opt: 1051, E(): 2e-59, (89.1% identity in 175 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. Q9L2L4|SCC117.06 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (165 aa), FASTA scores: opt: 599, E(): 6e-31, + (56.5% identity in 154 aa overlap); Q9KD56|BH1363 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (159 aa), + FASTA scores: opt: 311, E(): 8.3e-13, (45.05% identity in + 111 aa overlap); etc. Protein product from Mb2388c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2388c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal-dependent hydrolase YbeY, involved in rRNA + and/or ribosome maturation and assembly" + /protein_id="SIU01000.1" + /db_xref="GOA:P67135" + /db_xref="InterPro:IPR002036" + /db_xref="InterPro:IPR020549" + /db_xref="InterPro:IPR023091" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67135" + /translation="MREHLMSIEVANESGIDVSEAELVSVARFVIAKMDVNPCAELSM + LLLDTAAMADLHMRWMDLPGPTDVMSFPMDELEPGGRPDAPEPGPSMLGDIVLCPEFA + AEQAAAAGHSLGHELALLTIHGVLHLLGYDHAEPDEEKEMFALQDRLLEEWVADQVEA + YQHDRQDEKDRRLLDKSRYFDL" + gene complement(2621398..2622456) + /gene="phoH1" + /locus_tag="BQ2027_MB2389C" + CDS complement(2621398..2622456) + /gene="phoH1" + /locus_tag="BQ2027_MB2389C" + /note="Mb2389c, phoH1, len: 352 aa. Equivalent to Rv2368c, + len: 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Probable phoH1, + phoH-like protein (phosphate starvation-induced protein), + probably ATP-binding protein, equivalent to + Q49751|PHOL_MYCLE| ML0627|B1937_F1_20 PHOH-LIKE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (349 aa), FASTA scores: opt: + 1952, E(): 4.7e-107, (88.9% identity in 352 aa overlap). + Also highly similar to Q9L2L5|SCC117.05 PHOH-LIKE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (359 aa), FASTA scores: opt: + 1407, E(): 3.6e-75, (63.6% identity in 349 aa overlap); + Q9RSY1|DR1988 PHOH-RELATED PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (380 aa), FASTA scores: opt: 1053, E(): + 1.9e-54, (53.3% identity in 349 aa overlap); + Q9KD58|PHOH|BH1361 PHOSPHATE STARVATION-INDUCED PROTEIN + from Bacillus halodurans (320 aa), FASTA scores: opt: + 1019, E(): 1.6e-52, (54.35% identity in 300 aa overlap); + P46343|PHOL_BACSU PHOH-LIKE PROTEIN from Bacillus subtilis + (319 aa), FASTA scores: opt: 1014, E(): 3.2e-52, (50.8% + identity in 303 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE PHOH + FAMILY. Note that previously known as phoH. Protein + product from Mb2389c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2389c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOH-LIKE PROTEIN PHOH1 (PHOSPHATE + STARVATION-INDUCIBLE PROTEIN PSIH)" + /protein_id="SIU01001.1" + /db_xref="GOA:P0A5S1" + /db_xref="InterPro:IPR003714" + /db_xref="InterPro:IPR004087" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036612" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5S1" + /translation="MTSRETRAADAAGARQADAQVRSSIDVPPDLVVGLLGSADENLR + ALERTLSADLHVRGNAVTLCGEPADVALAERVISELIAIVASGQSLTPEVVRHSVAML + VGTGNESPAEVLTLDILSRRGKTIRPKTLNQKRYVDAIDANTIVFGIGPAGTGKTYLA + MAKAVHALQTKQVTRIILTRPAVEAGERLGFLPGTLSEKIDPYLRPLYDALYDMMDPE + LIPKLMSAGVIEVAPLAYMRGRTLNDAFIVLDEAQNTTAEQMKMFLTRLGFGSKVVVT + GDVTQIDLPGGARSGLRAAVDILEDIDDIHIAELTSVDVVRHRLVSEIVDAYARYEEP + GSGLNRAARRASGARGRR" + gene complement(2622428..2622730) + /locus_tag="BQ2027_MB2390C" + CDS complement(2622428..2622730) + /locus_tag="BQ2027_MB2390C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2390c, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv2369c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2390c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01002.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y116" + /translation="MIVGLADRHGHGRDVAAHRQAQLAGPRVAAVRRHRTGGHRQASS + RIKVSAHGLGVVRCAPTPSLTGVRMKLQHSSVRQVPVDRPESRHQKPGDVPRDPRC" + gene complement(2622727..2624040) + /locus_tag="BQ2027_MB2391C" + CDS complement(2622727..2624040) + /locus_tag="BQ2027_MB2391C" + /note="Mb2391c, -, len: 437 aa. Equivalent to Rv2370c, + len: 437 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 437 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, member of family proteins from + Mycobacterium tuberculosis with Rv1453|MTCY493_01c|O06807 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (432 aa), FASTA scores: opt: 1943, E(): + 9.4e-115, (69.9% identity in 409 aa overlap); + Rv1194c|MTCI364.06c; etc. Also similar to AAK45764|MT1500 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (432 aa), FASTA scores: opt: + 1934, E(): 9.4e-115, (69.9% identity in 409 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible regulatory protein Trx" + /protein_id="SIU01003.1" + /db_xref="InterPro:IPR025736" + /db_xref="InterPro:IPR041522" + /db_xref="InterPro:IPR042070" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Y6" + /translation="MVLPKPTPRGRELIRQAAKVALHPTPEWLDELDRATLAAHPSIA + ADPALATVVSRANRSHLIHFATANLRKPGQPVPANLGPDPLRMARDLVRRGLDASALD + VYRVGQNVAWQRWTEIAFGLTTDPQELHELLTLPFRSASEFIDATLAGLAAQMQLEYD + ELTRDVHAEHRRIVELILDGAPISRQSAEAKLGYPLDRSHTAAIIWYDDPDDNQNHLD + HTARAFGRALGCPQPLIAVASAATRWVWVSDAATLDTDRIHQVLDHAPHARIAVGTTA + RGIDGFRRSHRDALATQRMLARLRSQQRLAFFADIHMIAVLTENPDSAADFITSTLGD + LESASPQLLTTVLTYINEQCNASRAAHVLHTHRNTLLRRLETAQRLLPRPLDHTIIQV + AVAISALQWRGSQTSDPVETPVEGITSPPPESLGRRRSRLAQLER" + gene 2624235..2624420 + /gene="PE_PGRS40" + /locus_tag="BQ2027_MB2392" + CDS 2624235..2624420 + /gene="PE_PGRS40" + /locus_tag="BQ2027_MB2392" + /note="Mb2392, PE_PGRS40, len: 61 aa. Equivalent to + Rv2371, len: 61 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 61 aa overlap). Short protein, + member of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to + N-terminal part of others e.g. AAK44356|MT0132 PE_PGRS + FAMILY PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (561 aa), FASTA scores: opt: 217, E(): 4.9e-08, + (69.65% identity in 56 aa overlap); etc. Mb2392 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs40" + /protein_id="SIU01004.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y370" + /translation="MSLVSVAPELVVTAVPDVARIGSSIGAPDTAAAARPTTSVLAAG + ADEVSADVVALFGWVAR" + gene complement(2624519..2625307) + /gene="rsmE" + /locus_tag="BQ2027_MB2393C" + CDS complement(2624519..2625307) + /gene="rsmE" + /locus_tag="BQ2027_MB2393C" + /EC_number="2.1.1.193" + /note="Mb2393c, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv2372c, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCN1|ML0626 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (257 aa), + FASTA scores: opt: 1277, E(): 3e-71, (77.25% identity in + 255 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9RDD9|SDRD HYPOTHETICAL 26.1 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (249 aa), FASTA scores: opt: 624, + E(): 3.2e-31, (45.05% identity in 253 aa overlap); + P54461|YQEU_BACSU hypothetical 28.8 kd protein from + Bacillus subtilis (256 aa), FASTA scores: opt: 375, E(): + 6e-16, (32.5% identity in 234 aa overlap); etc. C-terminal + half highly similar to Q49763|B1937_F2_57 from + Mycobacterium leprae (128 aa), FASTA scores: opt: 577, + E(): 1.4e-28, (75.8% identity in 124 aa overlap). BELONGS + TO THE UPF0088 FAMILY. Protein product from Mb2393c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2393c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase + (EC" + /protein_id="SIU01005.1" + /db_xref="GOA:P67203" + /db_xref="InterPro:IPR006700" + /db_xref="InterPro:IPR015947" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67203" + /translation="MVAMLFYVDTLPDTGAVAVVDGDEGFHAATVRRIRPGEQLVLGD + GVGRLARCVVEQAGRGGLRARVLRRWSVPPVRPPVTVVQALPKSERSELAIELATEAG + ADAFLAWQAARCVANWDGARVDKGLRRWRAVVRSAARQSRRARIPPVDGVLSTPMLVQ + RVREEVAAGAAVLVLHEEATERIVDIAAAQAGSLMLVVGPEGGIAPDELAALTDAGAV + AVRLGPTVLRTSTAAAVALGAVGVLTSRWDASASDCEYCDVTRR" + gene complement(2625321..2626469) + /gene="dnaJ2" + /locus_tag="BQ2027_MB2394C" + CDS complement(2625321..2626469) + /gene="dnaJ2" + /locus_tag="BQ2027_MB2394C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2394c, dnaJ2, len: 382 aa. Equivalent to Rv2373c, + len: 382 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 382 aa overlap). Probable dnaJ2, + chaperone protein, equivalent to + Q49762|DNJ2_MYCLE|ML0625|B1937_F2_56 CHAPERONE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (378 aa), FASTA scores: opt: + 2301, E(): 1.7e-120, (87.5% identity in 382 aa overlap). + Also highly similar to OTHER CHAPERONE PROTEINS DNAJ/DNAJ2 + e.g. Q9RDD7|DNJ2_STRCO|SCC77.21c from Streptomyces + coelicolor (378 aa), FASTA scores: opt: 1456, E(): + 1.2e-73, (54.8% identity in 385 aa overlap); + O52164|DNJ2_STRAL from Streptomyces albus (379 aa) FASTA + scores: opt: 1378, E(): 2.6e-69, (52.2% identity in 385 aa + overlap); Q9S5A3|DNAJ_LISMO from Listeria monocytogenes + (377 aa), FASTA scores: opt: 1013, E(): 4.6e-49, (41.3% + identity in 385 aa overlap); etc. Also similar to + Rv0352|MTCY13E10.12 from Mycobacterium tuberculosis. + Contains 1 J domain and 1 CR domain. BELONGS TO THE DNAJ + FAMILY. Protein product from Mb2394c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2394c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHAPERONE PROTEIN DNAJ2" + /protein_id="SIU01006.1" + /db_xref="GOA:P63967" + /db_xref="InterPro:IPR001305" + /db_xref="InterPro:IPR001623" + /db_xref="InterPro:IPR002939" + /db_xref="InterPro:IPR008971" + /db_xref="InterPro:IPR012724" + /db_xref="InterPro:IPR036410" + /db_xref="InterPro:IPR036869" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63967" + /translation="MARDYYGLLGVSKNASDADIKRAYRKLARELHPDVNPDEAAQAK + FKEISVAYEVLSDPDKRRIVDLGGDPLESAAAGGNGFGGFGGLGDVFEAFFGGGFGGG + AASRGPIGRVRPGSDSLLRMRLDLEECATGVTKQVTVDTAVLCDRCQGKGTNGDSVPI + PCDTCGGRGEVQTVQRSLLGQMLTSRPCPTCRGVGVVIPDPCQQCMGDGRIRARREIS + VKIPAGVGDGMRVRLAAQGEVGPGGGPAGDLYVEVHEQAHDVFVREGDHLHCTVSVPM + VDAALGVTVTVDAILDGLSEITIPPGTQPGSVITLRGRGMPHLRSNTRGDLHVHVEVV + VPTRLDHQDIELLRELKGRRDREVAEVRSTHAAAGGLFSRLRETFTGR" + gene complement(2626544..2627575) + /gene="hrcA" + /locus_tag="BQ2027_MB2395C" + CDS complement(2626544..2627575) + /gene="hrcA" + /locus_tag="BQ2027_MB2395C" + /note="Mb2395c, hrcA, len: 343 aa. Equivalent to Rv2374c, + len: 343 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 343 aa overlap). Probable hrcA, + heat-inducible transcriptional repressor, equivalent to + Q9CCN2|HRCA|ML0624 PUTATIVE HEAT-INDUCIBLE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium leprae (343 aa), FASTA + scores: opt: 1926, E(): 3.9e-107, (89.8% identity in 343 + aa overlap). Also highly similar to other heat-inducible + transcription repressor proteins e.g. + Q9RDD6|HRCA|SCC77.22c from Streptomyces coelicolor (338 + aa), FASTA scores: opt: 1227, E(): 1.1e-65, (58.8% + identity in 335 aa overlap); O52163|HRCA_STRAL from + Streptomyces albus (338 aa), FASTA scores: opt: 1196, E(): + 7.7e-64, (56.1% identity in 335 aa overlap); + P25499|HRCA_BACSU HEAT-INDUCIBLE TRANSCRIPTION REPRESSOR + from Bacillus subtilis (343 aa), FASTA scores: opt: 538, + E(): 8.4e-25, (28.9% identity in 325 aa overlap); etc. + Almost identical, but conflict at C-terminus, to + Q49749|YGRP|B1937_F1_18 PUTATIVE HEAT-INDUCIBLE + TRANSCRIPTION REPRESSOR from Mycobacterium leprae (197 aa) + FASTA scores: opt: 1126, E(): 6.9e-60, (91.8% identity in + 195 aa overlap). BELONGS TO THE HRCA FAMILY. Protein + product from Mb2395c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2395c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable heat shock protein transcriptional + repressor hrca" + /protein_id="SIU01007.1" + /db_xref="GOA:P64399" + /db_xref="InterPro:IPR002571" + /db_xref="InterPro:IPR021153" + /db_xref="InterPro:IPR023120" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64399" + /translation="MGSADERRFEVLRAIVADFVATQEPIGSKSLVERHNLGVSSATV + RNDMAVLEAEGYITQPHTSSGRVPTEKGYREFVDRLEDVKPLSSAERRAIQSFLESGV + DLDDVLRRAVRLLAQLTRQVAVVQYPTLSTSTVRHLEVIALTPARLLMVVITDSGRVD + QRIVELGDVIDDHQLAQLREILGQALEGKKLSAASVAVADLASQLGGAGGLGDAVGRA + ATVLLESLVEHTEERLLLGGTANLTRNAADFGGSLRSILEALEEQVVVLRLLAAQQEA + GKVTVRIGHETASEQMVGTSMVSTAYGTAHTVYGGMGVVGPTRMDYPGTIASVAAVAL + YIGDVLGAR" + gene 2627747..2628064 + /locus_tag="BQ2027_MB2396" + CDS 2627747..2628064 + /locus_tag="BQ2027_MB2396" + /note="Mb2396, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv2375, len: + 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to only + CAC32314|2SCD60.09c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (98 aa), FASTA scores: opt: 425, + E(): 5.7e-24, (63.25% identity in 98 aa overlap). Protein + product from Mb2396 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2396 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcription regulator of the Arc/MetJ class" + /protein_id="SIU01008.1" + /db_xref="InterPro:IPR014447" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z8" + /translation="MIFKGVREGKPYPEHGLSYRDWSQIPPQQIRLDELVTTTTVLAL + DRLLSEDSTFYGDLFPHAVKWRGTTYLEDGLHRAVRAALRNRTVLHARVFDMDASPGG + RRS" + gene complement(2628091..2628597) + /gene="cfp2" + /locus_tag="BQ2027_MB2397C" + CDS complement(2628091..2628597) + /gene="cfp2" + /locus_tag="BQ2027_MB2397C" + /standard_name="mtb12" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2397c, cfp2, len: 168 aa. Equivalent to Rv2376c, + len: 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). cfp2 (alternate gene + name: mtb12), low molecular weight antigen, secreted + protein similar to Q49771|MB12_MYCLE|ML0620|B1937_F3_91 + LOW MOLECULAR WEIGHT ANTIGEN MTB12 HOMOLOG PRECURSOR from + Mycobacterium leprae (167 aa), FASTA scores: opt: 682, + E(): 1.7e-32, (65.5% identity in 165 aa overlap). BELONGS + TO THE MTB12 FAMILY. Protein product from Mb2397c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2397c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LOW MOLECULAR WEIGHT ANTIGEN CFP2 (LOW MOLECULAR + WEIGHT PROTEIN ANTIGEN 2) (CFP-2)" + /protein_id="SIU01009.1" + /db_xref="GOA:P0A5P9" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5P9" + /translation="MKMVKSIAAGLTAAAAIGAAAAGVTSIMAGGPVVYQMQPVVFGA + PLPLDPASAPDVPTAAQLTSLLNSLADPNVSFANKGSLVEGGIGGTEARIADHKLKKA + AEHGDLPLSFSVTNIQPAAAGSATADVSVSGPKLSSPVTQNVTFVNQGGWMLSRASAM + ELLQAAGN" + gene complement(2628697..2628912) + /gene="mbtH" + /locus_tag="BQ2027_MB2398C" + CDS complement(2628697..2628912) + /gene="mbtH" + /locus_tag="BQ2027_MB2398C" + /note="Mb2398c, mbtH, len: 71 aa. Equivalent to Rv2377c, + len: 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.6% identity in 71 aa overlap). Putative mbtH, + conserved protein with no function assigned (see first and + second citation), similar to hypothetical proteins or + proteins found in several gene clusters for biosynthesis + or transport of siderophores and other nonribosomally + synthesized peptides e.g. Q9Z388|SCE8.11c PUTATIVE SMALL + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (71 aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 1.4e-19, + (68.2% identity in 66 aa overlap); Q9F8V3|CUMB COUY + PROTEIN (probably involved in the biosynthesis of + aminocoumarin antibiotic coumermycin A(1)) (see third + citation below) from Streptomyces rishiriensis (71 aa), + FASTA scores: opt: 329, E(): 2.2e-18, (63.2% identity in + 68 aa overlap); Q9F5J2|SIM-CB MBTH-LIKE PROTEIN (probably + protein involved in the biosynthesis of aminocoumarin + antibiotic coumermycin A(1)) from Streptomyces + antibioticus (70 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): + 8.4e-17, (65.6% identity in 64 aa overlap); Q9FB14 + MBTH-LIKE PROTEIN (involved in the biosynthesis of the + antitumor drug bleomycin) (see fourth citation below) from + Streptomyces verticillus FASTA scores: opt: 220, E(): + 8.8e-10, (41.2% identity in 68 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2398c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2398c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MbtH-like NRPS chaperone => MbtH" + /protein_id="SIU01010.1" + /db_xref="InterPro:IPR005153" + /db_xref="InterPro:IPR037407" + /db_xref="InterPro:IPR038020" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59965" + /translation="MSTNPFDDDNGAFFVLVNDEDQHSLWPVFADIPAGWRVVHGEAS + RAACLDYVEKNWTDLRPKSLRDAMAED" + gene complement(2628890..2630185) + /gene="mbtG" + /locus_tag="BQ2027_MB2399C" + CDS complement(2628890..2630185) + /gene="mbtG" + /locus_tag="BQ2027_MB2399C" + /note="Mb2399c, mbtG, len: 431 aa. Equivalent to Rv2378c, + len: 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 431 aa overlap). mbtG, lysine-N + -oxygenase (hydroxylase) (EC 1.14.13.59) showing some + similarity with various proteins including ornithine and + lysine-N-oxygenases, e.g. Q9K6Q1|TRKA|BH3677 POTASSIUM + UPTAKE PROTEIN from Bacillus halodurans (350 aa), FASTA + scores: opt: 153, E(): 0.016, (25.2% identity in 246 aa + overlap); P56584|SID1_USTMA L-ORNITHINE 5-MONOOXYGENASE + (EC 1.13.12.-) from Ustilago maydis (Smut fungus) (570 + aa), FASTA scores: opt: 136, E(): 0.31, (22.85% identity + in 127 aa overlap); Q9HHV0|HXYA|VNG6214G MONOOXYGENASE + from Halobacterium sp. strain NRC-1 (477 aa), FASTA + scores: opt: 119, E(): 3.4, (40.0% identity in 70 aa + overlap); O69828|SC1A6.23 PUTATIVE LYSINE N-HYDROXLASE + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (134 aa), BLAST + score: 76 (similarity in part for this one); etc. + COFACTORS: FAD (BY SIMILARITY). Protein product from + Mb2399c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2399c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LYSINE-N-OXYGENASE MBTG (L-LYSINE + 6-MONOOXYGENASE) (LYSINE N6-HYDROXYLASE)" + /protein_id="SIU01011.1" + /db_xref="GOA:Q7TYQ9" + /db_xref="InterPro:IPR025700" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYQ9" + /translation="MNPTLAVLGAGAKAVAVAAKASVLRDMGVDVPDVIAVERIGVGA + NWQASGGWTDGAHRLGTSPEKDVGFPYRSALVPRRNAELDERMTRYSWQSYLIATASF + AEWIDRGRPAPTHRRWSQYLAWVADHIGLKVIHGEVERLAVTGDRWALCTHETTVQAD + ALMITGPGQAEKSLLPGNPRVLSIAQFWDRAAGHDRINAERVAVIGGGETAASMLNEL + FRHRVSTITVISPQVTLFTRGEGFFENSLFSDPTDWAALTFDERRDALARTDRGVFSA + TVQEALLADDRIHHLRGRVAHAVGRQGQIRLTLSTNRGSENFETVHGFDLVIDGSGAD + PLWFTSLFSQHTLDLLELGLGGPLTADRLQEAIGYDLAVTDVTPKLFLPTLSGLTQGP + GFPNLSCLGLLSDRVLGAGIFTPTKHNDTRRSGEHQSFR" + gene complement(2630182..2634567) + /gene="mbtF" + /locus_tag="BQ2027_MB2400C" + CDS complement(2630182..2634567) + /gene="mbtF" + /locus_tag="BQ2027_MB2400C" + /note="Mb2400c, mbtF, len: 1461 aa. Equivalent to Rv2379c, + len: 1461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1461 aa overlap). mbtF, peptide + synthetase (see citations below), similar in part to + several synthases e.g. O52820|PCZA363.4 PROTEIN from + Amycolatopsis orientalis (4077 aa), FASTA scores: opt: + 1873, E(): 1.1e-99, (35.55% identity in 1522 aa overlap); + O07944|SNBDE PRISTINAMYCIN I SYNTHASE 3 AND 4 from + Streptomyces pristinaespiralis (4848 aa), FASTA scores: + opt: 1817, E(): 2.1e-96, (33.65% identity in 1463 aa + overlap); O52821 PROTEIN SIMILAR TO PEPTIDE SYNTHETASE + from Amycolatopsis orientalis (1860 aa) FASTA scores: opt: + 1705, E(): 2.9e-90, (34.75% identity in 1344 aa overlap); + Q9XCF2|PSTB PUTATIVE PEPTIDE SYNTHETASE (similar to + Mycobacterium tuberculosis nrp protein) from Mycobacterium + avium (2552 aa), FASTA scores: opt: 1687, E(): 4e-89, + (35.45% identity in 1058 aa overlap); Q9ZET7 PEPTIDE + SYNTHETASE (FRAGMENT) from Mycobacterium smegmatis (1438 + aa), FASTA scores: opt: 1479, E(): 2.5e-77, (30.45% + identity in 1507 aa overlap); etc. Contains PS00455 + putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product + from Mb2400c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2400c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PEPTIDE SYNTHETASE MBTF (PEPTIDE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01012.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y126" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR010071" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y126" + /translation="MGPVAVTRADARGAIDDVMALSPLQQGLFSRATLVAAESGSEAA + EADPYVIAMAADAAGPLDIALLRDCAAAMLTRHPNLRASFLHGNLSRPVQVIPSSAEV + LWRHVRAHPSEVGALAAEERRRRFDVGRGPLIRFLLIELPDECWHLVIVAHHIVIDGW + SLPLFVSELLALYRAGGHVAALPAAPRPYRDYIGWLAGRDQTASRAMWADHLNGLDGP + TLLSPALADTPVQPGIPGRTEVRLDREATAELADAARTRGVTISTLVQMAWATTLSAF + TGRGDVTFGVTVSGRPSELSGVETMIGLFINTVPLRVRLDARATVGGQCAVLQRQFAM + LRDHSYLGFNEFRAIAGIGEMFDTLLVYENFPPGEVVGTAEFVANGVTFRPVALESLS + HFPVTVAAHRSTGELTLLVEVLDGALGTMAPESLGRRVLAVLQRLVSRWDRPLRDVDI + LLDGEHDPTAPGLPDVTTSAPAVHTRFAEIAAAQPDSVAVSWADGQLTYRELDALADR + LATGLRRADVSRETPVAVALSRGPRYVAAMLAVLKAGGMIVPLDPAMPGERVAEILRQ + TSAPVVIDEGVFAASVGADILEDDRAITVPVDQAAYVIFTSGTTGTPKGVIGTHRALS + AYADDHIERVLRPAAQRLGRPLRIAHAWSFTFDAAWQPLVALLDGHAVHIVDDHRQRD + AGALVEAIDRFGLDMIDTTPSMFAQLHNAGLLDRAPLAVLALGGEALGAATWRMIQQN + CARTAMTAFNCYGPTETTVEAVVAAVAEHARPVIGRPTCTTRAYVMDSWLRPVPDGVA + GELYLAGAQLTRGYLGRPAETAARFVAEPNGRGSRMYRTGDVVRRLPDGGLEFLGRSD + DQVKIRGFRVEPGEIAAVLNGHHAVHGCHVTARGHASGPRLTAYVAGGPQPPPVAELR + AMLLERLPRYLVPHHIVVLDELPLTPHGKIDENALAAINVTEGPATPPQTPTELVLAE + AFADVMETSNVDVTAGFLQMGLDSIVALSVVQAARRRGIALRARLMVECDTIRELAAA + IDSDAAWQAPANDAGEPIPVLPNTHWLYEYGDPRRLAQTEVIRLPDRITRERLDAVLA + AVVDGHEVLRCRFDRDAMALVAQPKTDILSEVWVSGELVTAVAEQTLGVLASLDPQAG + RLLSAVWLREPDGPGVLVLTAHVLAMDPASWRIVLGELDAGLHALAAGRAPSPARENT + SYRQWSRLLAQRAKALDSVDFWVAELEGADPPLGARRVAPQTDRVGELAITMSISDAD + LTARLLSTGRSMTDLLATAAARMVTAWRRQRGQQTPAPLLALETHGRADVHVDKTADT + SDTVGLLSAIYPLRIHCDGATDFARIPGSGIDYGLLRYLRADTAERLRAHREPQLLLN + YLGSLHVGVGDLAVDRALLADVGQLPEPEQPVRHELTVLAALLGPADAPVLATRWRTL + PDILSADDVATLQSLWQGALAEITA" + gene complement(2634549..2639597) + /gene="mbtE" + /locus_tag="BQ2027_MB2401C" + CDS complement(2634549..2639597) + /gene="mbtE" + /locus_tag="BQ2027_MB2401C" + /note="Mb2401c, mbtE, len: 1682 aa. Equivalent to Rv2380c, + len: 1682 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1682 aa overlap). mbtE, peptide + synthetase (see citations below), similar in part to + several synthases e.g. O07944|SNBDE PRISTINAMYCIN I + SYNTHASE 3 AND 4 from Streptomyces pristinaespiralis (4848 + aa), FASTA scores: opt: 2635, E(): 1.9e-146, (36.8% + identity in 1657 aa overlap); O05647|SNBDE VIRGINIAMYCIN S + SYNTHETASE (FRAGMENT) from Streptomyces virginiae (1997 + aa) FASTA scores: opt: 2580, E(): 1.6e-143, (40.65% + identity in 1163 aa overlap); Q9R9I2|DHBF PROTEIN INVOLVED + IN SIDEROPHORE PRODUCTION from Bacillus subtilis (2378 + aa), FASTA scores: opt: 2388, E(): 3.6e-132, (33.9% + identity in 1579 aa overlap); O68487|ACMB ACTINOMYCIN + SYNTHETASE II from Streptomyces chrysomallus (2611 aa), + FASTA scores: opt: 2165, E(): 4.9e-119, (35.0% identity in + 1634 aa overlap); etc. Equivalent to AAK46743 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1787 aa) but + shorter 105 aa. Contains PS00455 putative AMP-binding + domain signature, and PS00012 Phosphopantetheine + attachment site. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING + ENZYME FAMILY. Protein product from Mb2401c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2401c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PEPTIDE SYNTHETASE MBTE (PEPTIDE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01013.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Z1" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR010071" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z1" + /translation="MWFVQMADPSGALLNICVSYRITGDIDLARLRDAVNAVARRHRI + LRTTYPVGDDGVAQPTVHADLRPGWTQYDLTDLSQRAQRLRLEVLAQREFCAPFELSR + DAPLRITVVRTAADEHVLLLVAHHIAWDDGSWRVFFTDLTQAYSRADLGADLGPEHRP + SAASGPDTTEADLNYWRAIMADPPEPLELPGPAGTCVPTSWRAARATLRLPADTAARV + ATMAKNTGCTPYMVLLAAFGALVHRYTHSDDFLVAAPVLNRGAGTEDAIGYFGNTVAM + RLRPQSAMSFRELLTATRDIASGAFAHQRINLDRVVRELNPDRRHGAERMTRVSFGFR + EPDGGGFNPPGIECERYDLRSNITQLPLGFMVEFDRAGVLVEAEHLVEILEPALAKQM + LRHFGVLLDNALAAPDNTLSGLALMDERDAARLREVSRGERFDTPVKTLVDLVNEQTT + RTPDATAVVYEGQHFTYHDLNEASNRLGHWLIEQGIGSEDRVAVLLDKSPDLIVTALG + VVKSGAVYVPVDPSYPQDRLDFILADCDAKLVLRTPVRELAGYRSDDPTDADRIRPLR + PDNTAYLIYTSGTTGLPKGVAVPHRPVAEYFVWFKGEYDVDDTDRLLQVASPSFDVSI + AEIFGTLACGARMVIPRPGGLTDIGYLTALLRDEGITAMHFVPSLLGLFLSLPGVSQW + RTLQRVPIGGEPLPGEVADKFHATFDALLHNFYGPTETVINASRFKVVGPQGTRIVPI + GRPKINTTMHLLDDSLQPVPTGVIGEIYIGGTHVAYGYHRRAGLTAERFVADPFNPGS + RMYRSGDLARRNADGDIEFVGRADEQVKIRGFRIELGDVAAAIAVDPTVGQAVVVVSD + LPRLGKSLVGYVTPAAGGDGPADVGVDLDRIRARVAAALPEYMLPAAYVVLDEIPITA + HGKIDRAALPEPQIASDTEFRAPQTATERRLAQLFGELLGRDRVGADDSFFDLGGHSL + LATKLVAAVRNAFGVDVGVREIFEFATVTALAGHIDTLDSDSARPRLTRVDHDGPVRL + SSSQMRSWFNYRFDGPNAVNNIPFAAALHGPCDTNAFAAAITDVVARHEILRTVYREI + GGVPHQIIQPPAEVPVRCAAGSDAAWLRAELNNERGYVFDLETDWPIRAALLSTPEQT + VLSLVVHHIAGDHWSAGVLFTDLLTAYRARSTGQRPSWAPLPVQYADYSVWQSALLDD + GAGIVGPQRDYWIRQLGGLAGETGLRPDFPRPALLSGAGDAVEFRLGAAIRDKLAAVS + RDLGVTEFMLLQAAVAVVLHKAGGGVDVPIGAPVAGRSEANLDQLIGFFINIVVLRND + LRGNPTLREVLQRTRQMALAAYAHQDLPFDQVVEAVNPQRSLSRNPLFDIVVHVREQM + PQDHVIDTGPDGDTTLRVLEPTFDAAQADLSVNFFACGDEYRGHVIYRTELYERATAQ + RFADWLVRVVEAFADRPDQPLREVEMVSAQARRRILDRSNAGAGTARVYLLDDALKPV + PVGVVGDVYYGGGPAVGARLARPSETATRFVADPFAAQPGSRLYRNGERGVWKADGQL + ELLAEIERLPTAQAAPVPAEPADTETERALAAILADVLEVGEVGRYDDFFNLGGDSIL + ATQVAARARDGGIPLTARMVFEHPVLCELAAAVDAKPHVEAEPDDKHHAPMSTSGLSP + DELSALTASWDQWP" + gene complement(2639737..2642751) + /gene="mbtD" + /locus_tag="BQ2027_MB2402C" + CDS complement(2639737..2642751) + /gene="mbtD" + /locus_tag="BQ2027_MB2402C" + /note="Mb2402c, mbtD, len: 1004 aa. Equivalent to Rv2381c, + len: 1004 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1004 aa overlap). mbtD, + polyketide synthase (see citations below), similar in part + to several synthases e.g. Q03132|ERY2_SACER|ERYA + ERYTHRONOLIDE SYNTHASE, MODULES 3 AND 4 (EC 2.3.1.94) from + Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) + (3567 aa), FASTA scores: opt: 971, E(): 1e-46, (29.35% + identity in 1043 aa overlap); Q9F829|MEGAII MEGALOMICIN + 6-DEOXYERYTHRONOLIDE B SYNTHASE 2 from Micromonospora + megalomicea subsp. nigra (3562 aa), FASTA scores: opt: + 787, E(): 2.4e-36, (29.35% identity in 1032 aa overlap); + Q9L4W4|NYSB POLYKETIDE SYNTHASE from Streptomyces noursei + (3192 aa), FASTA scores: opt: 761, E(): 6.6e-35, (29.55% + identity in 1086 aa overlap); O30764|NIDA1 POLYKETIDE + SYNTHASE MODULES 1 AND 2 from Streptomyces caelestis (4340 + aa), FASTA scores: opt: 726, E(): 7.8e-33, (27.3% identity + in 1052 aa overlap); etc. Contains PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. Protein product from + Mb2402c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2402c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POLYKETIDE SYNTHETASE MBTD (POLYKETIDE + SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01014.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y380" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y380" + /translation="MAPKQLPDGRVAVLLSAHAEELIGPDARAIADYLERFPATTVTE + VARQLRKTRRVRRHRAVLRAADRLELAEGLRALAAGREHPLIARSSLGSAPRQAFVFP + GQGGHWPGMGAVAYRELPTYRTATDTCAAAFAAAGVDSPLPYLIAPPGTDERQAFCEI + EIEGAQFVHAVALAEVWRSCGVLPDLTVGHSLGEVAAAYLAGSITLSDAVAVVAARAN + VVGRLPGRYAVAALGIGEQDASALIATTGGWLELSVVNASSTVAVSGERQAVAAIVDT + VRSSGHFARGITVGFPVHTSVLESLRDELCEQLPDSEFMEAPVQFIGGTTGDVVAPGT + TFGDYWYANLRHTVRFDRAVESAIRCGARAFIEISAHPALLFAIGQNCEGAANLPDGP + AVLVGSARRGERFVDALSANIVSAAVADPGYPWGDLGGDPLDGDVDLSGFPNAPMRAV + PMWAHPEPLPPVSGLTIAVERWERMVPSTPVAGRHRHLAVLDLGAHRALAQTLCAAID + SHPDTELSAARDAELILVIAPDFEHTDAVRAAGALADLVGAGLLDYPMHIGARCQSVC + LVTVGAEQVDAADAVPSAGQAALAAMHRSIGFEHPEQTFSHLDLPSWDLDPVLGVSVI + TAVLRGFGETALRGSVNGYTLFERTLADAPAVPNWSLDSGVLDDVVVTGGAGAIGMHY + ARYLAEHGARRIVLLSRRAADQATVAMLRKQHGTVIVSPPCDITDPTQLSAIAAEYGG + VGASLIVHAAGSVISGTAPGVTSAAVVDNFAAKVLGLAQMIELWPLRPDVRTLLCSSV + MGVWGGHGVVAYSAANRLLDVMAAQLRAQGRHCVAVKWGLWQAPKAGEPARGIADAVT + IARVERSGLRQMAPQQAIEASLHEFTVDPLVFAADAARLQMLLDSRQFERYEGPTDPN + LTIVDAVRTQLAAVLGIPQAGEVNLQESLFDLGVDSMLALDLRNRLKRSIGATVSLAT + LMGDITGDGLVAKLEDADERSHTAQKVDISRD" + gene complement(2642751..2644085) + /gene="mbtC" + /locus_tag="BQ2027_MB2403C" + CDS complement(2642751..2644085) + /gene="mbtC" + /locus_tag="BQ2027_MB2403C" + /note="Mb2403c, mbtC, len: 444 aa. Equivalent to Rv2382c, + len: 444 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 444 aa overlap). mbtC, polyketide + synthase (see citations below), similar in part to several + synthases e.g. Q9F7T9 AVERMECTIN POLYKETIDE SYNTHASE + (FRAGMENT) from Streptomyces avermitilis (3626 aa), FASTA + scores: opt: 1458, E(): 7e-82, (50.65% identity in 446 aa + overlap); AAG23264|SPNA POLYKETIDE SYNTHASE LOADING AND + EXTENDER MODULE 1 from Saccharopolyspora spinosa (2595 aa) + FASTA scores: opt: 1441, E(): 6e-81, (49.1% identity in + 446 aa overlap); O33954|TYLG TYLACTONE SYNTHASE STARTER + MODULE AND MODULES 1 & 2 from Streptomyces fradiae (4472 + aa) FASTA scores: opt: 1439, E(): 1.2e-80, (51.0% identity + in 447 aa overlap); O30764|NIDA1 POLYKETIDE SYNTHASE + MODULES 1 AND 2 from Streptomyces caelestis (4340 aa) + FASTA scores: opt: 1432, E(): 3.3e-80, (50.9% identity in + 442 aa overlap); etc. Protein product from Mb2403c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POLYKETIDE SYNTHETASE MBTC (POLYKETIDE + SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01015.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1U7" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U7" + /translation="MSDNDPVVIVGLAIEAPGGVETADDYWTLLSEQREGLGPFPTDR + GWALRELFDGSRRNGFKPIHNLGGFLSSATTFDPEFFRISPREATAMDPQQRVGLRVA + WRTLENSGINPDDLAGHDVGCYVGASALEYGPALTEFSHHSGHLITGTSLGVISGRIA + YTLDLAGPALTVDTSCSSALAAFHTAVQAIRAGDCDLALAGGVCVMGTPGYFVEFSKQ + HALSDDGHCRPYSAHASGTAWAEGAAMFLLQRRSRATADRRRVLAEVRASCLNSDGLS + DGLTAPSGDAQTRLLRRAIAQAAVVPADVGMVEGHGTATRLGDRTELRSLAASYGTAP + AGRGPLLGSVKSNIGHAQAAAGGLGLVKVILAAQHAAIPPTLHVDEPSREIDWEKQGL + RLADKLTPWRAVDGWRTAAVSAFGMSGTNSHVIVSMPDTVSAPERGPECGEV" + gene complement(2644075..2648319) + /gene="mbtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2404C" + CDS complement(2644075..2648319) + /gene="mbtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2404C" + /note="Mb2404c, mbtB, len: 1414 aa. Equivalent to Rv2383c, + len: 1414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1414 aa overlap). mbtB, + phenyloxazoline synthase (see citations below), similar to + the N-terminal region of several synthetases e.g. + Q9EWP5|SC4C2.17 PUTATIVE NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHASE + from Streptomyces coelicolor (2229 aa), FASTA scores: opt: + 2878, E(): 4.1e-156, (46.85% identity in 1138 aa overlap); + Q9Z399|IRP2 YERSINIABACTIN BIOSYNTHETIC from Yersinia + pestis (2041 aa), FASTA scores: opt: 2297, E(): 5.3e-123, + (38.55% identity in 1069 aa overlap); + P48633|HMP2_YEREN|IRP2 HIGH-MOLECULAR-WEIGHT PROTEIN 2 + (MAY BE INVOLVED IN THE NONRIBOSOMAL SYNTHESIS OF SMALL + PEPTIDES) from Yersinia enterocolitica (2035 aa), FASTA + scores: opt: 2275, E(): 9.4e-122, (38.45% identity in 1069 + aa overlap); O85739|PCHE|PA4226 DIHYDROAERUGINOIC ACID + SYNTHETASE from Pseudomonas aeruginosa (1438 aa) FASTA + scores: opt: 2236, E(): 1.2e-119, (38.2% identity in 1330 + aa overlap); Q9RFM8|PCHE PYOCHELIN SYNTHETASE from + Pseudomonas aeruginosa (1438 aa), FASTA scores: opt: 2229, + E(): 3e-119, (38.0% identity in 1329 aa overlap); etc. + Contains PS00455 Putative AMP-binding domain signature, + and PS00012 Phosphopantetheine attachment site. BELONGS TO + THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein + product from Mb2404c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENYLOXAZOLINE SYNTHASE MBTB (PHENYLOXAZOLINE + SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU01016.1" + /db_xref="GOA:Q7TYQ4" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR001031" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR010071" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYQ4" + /translation="MVHATACSEIIRAEVAELLGVRADALHPGANLVGQGLDSIRMMS + LVGRWRRKGIAVDFATLAATPTIEAWSQLVSAGTGVAPTAVAAPGDAGLSQEGEPFPL + APMQHAMWVGRHDHQQLGGVAGHLYVEFDGARVDPDRLRAAATRLALRHPMLRVQFLP + DGTQRIPPAAGSRDFPISVADLRHVAPDVVDQRLAGIRDAKSHQQLDGAVFELALTLL + PGERTRLHVDLDMQAADAMSYRILLADLAALYDGREPPALGYTYQEYRQAIEAEETLP + QPVRDADRDWWAQRIPQLPDPPALPTRAGGERDRRRSTRRWHWLDPQTRDALFARARA + RGITPAMTLAAAFANVLARWSASSRFLLNLPLFSRQALHPDVDLLVGDFTSSLLLDVD + LTGARTAAARAQAVQEALRSAAGHSAYPGLSVLRDLSRHRGTQVLAPVVFTSALGLGD + LFCPDVTEQFGTPGWIISQGPQVLLDAQVTEFDGGVLVNWDVREGVFAPGVIDAMFTH + QVDELLRLAAGDDAWDAPSPSALPAAQRAVRAALNGRTAAPSTEALHDGFFRQAQQQP + DAPAVFASSGDLSYAQLRDQASAVAAALRAAGLRVGDTVAVLGPKTGEQVAAVLGILA + AGGVYLPIGVDQPRDRAERILATGSVNLALVCGPPCQVRVPVPTLLLADVLAAAPAEF + VPGPSDPTALAYVLFTSGSTGEPKGVEVAHDAAMNTVETFIRHFELGAADRWLALATL + ECDMSVLDIFAALRSGGAIVVVDEAQRRDPDAWARLIDTYEVTALNFMPGWLDMLLEV + GGGRLSSLRAVAVGGDWVRPDLARRLQVQAPSARFAGLGGATETAVHATIFEVQDAAN + LPPDWASVPYGVPFPNNACRVVADSGDDCPDWVAGELWVSGRGIARGYRGRPELTAER + FVEHDGRTWYRTGDLARYWHDGTLEFVGRADHRVKISGYRVELGEIEAALQRLPGVHA + AAATVLPGGSDVLAAAVCVDDAGVTAESIRQQLADLVPAHMIPRHVTLLDRIPFTDSG + KIDRAEVGALLAAEVERSGDRSAPYAAPRTVLQRALRRIVADILGRANDAVGVHDDFF + ALGGDSVLATQVVAGIRRWLDSPSLMVADMFAARTIAALAQLLTGREANADRLELVAE + VYLEIANMTSADVMAALDPIEQPAQPAFKPWVKRFTGTDKPGAVLVFPHAGGAAAAYR + WLAKSLVANDVDTFVVQYPQRADRRSHPAADSIEALALELFEAGDWHLTAPLTLFGHC + MGAIVAFEFARLAERNGVPVRALWASSGQAPSTVAASGPLPTADRDVLADMVDLGGTD + PVLLEDEEFVELLVPAVKADYRALSGYSCPPDVRIRANIHAVGGNRDHRISREMLTSW + ETHTSGRFTLSHFDGGHFYLNDHLDAVARMVSADVR" + gene 2648418..2650115 + /gene="mbtA" + /locus_tag="BQ2027_MB2405" + CDS 2648418..2650115 + /gene="mbtA" + /locus_tag="BQ2027_MB2405" + /note="Mb2405, mbtA, len: 565 aa. Equivalent to Rv2384, + len: 565 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 565 aa overlap). mbtA, bifunctional + enzyme, including salicyl-AMP ligase (Sal-AMP ligase) (EC + 6.-.-.-) and salicyl-S-ArCP synthetase (see first and + second citations below), highly similar to other ligases + e.g. Q9F638|MXCE from Stigmatella aurantiaca 2,3-DHBA-AMP + ligase (protein involved in the biosynthesis of + 2,3-dihydroxybenzoic acid, contains the AMP binding + signature) (543 aa), FASTA scores: opt: 1683, E(): + 2.8e-90, (48.25% identity in 545 aa overlap) (see third + citation below); P40871|DHBE_BACSU|ENTE + 2,3-DIHYDROXYBENZOATE-AMP LIGASE (EC 6.3.2.-) from + Bacillus subtilis (539 aa), FASTA scores: opt: 1569, E(): + 1.2e-83, (44.9% identity in 532 aa overlap); + O07899|VIBE_VIBCHVC0772 VIBRIOBACTIN-SPECIFIC + 2,3-DIHYDROXYBENZOATE-AMP LIGASE from Vibrio cholerae (543 + aa), FASTA scores: opt: 1457, E(): 3.7e-77, (44.6% + identity in 545 aa overlap); etc. Also similar to + P95819|SNBA PRISTINAMYCIN I SYNTHETASE I from Streptomyces + pristinaespiralis (582 aa), FASTA scores: opt: 1532, E(): + 1.7e-81, (46.35% identity in 548 aa overlap); and + Q9RFM9|PCHD SALICYL-AMP LIGASE from Pseudomonas aeruginosa + (547 aa), FASTA scores: opt: 1415, E(): 1e-74, (45.95% + identity in 533 aa overlap). Contains PS00455 Putative + AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT + AMP-BINDING ENZYME FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="BIFUNCTIONAL ENZYME MBTA: SALICYL-AMP LIGASE + (SAL-AMP LIGASE) + SALICYL-S-ArCP SYNTHETASE" + /protein_id="SIU01017.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F4" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F4" + /translation="MPPKAADGRRPSPDGGLGGFVPFPADRAASYRAAGYWSGRTLDT + VLSDAARRWPDRLAVADAGDRPGHGGLSYAELDQRADRAAAALHGLGITPGDRVLLQL + PNGCQFAVALFALLRAGAIPVMCLPGHRAAELGHFAAVSAATGLVVADVASGFDYRPM + ARELVADHPTLRHVIVDGDPGPFVSWAQLCAQAGTGSPAPPADPGSPALLLVSGGTTG + MPKLIPRTHDDYVFNATASAALCRLSADDVYLVVLAAGHNFPLACPGLLGAMTVGATA + VFAPDPSPEAAFAAIERHGVTVTALVPALAKLWAQSCEWEPVTPKSLRLLQVGGSKLE + PEDARRVRTALTPGLQQVFGMAEGLLNFTRIGDPPEVVEHTQGRPLCPADELRIVNAD + GEPVGPGEEGELLVRGPYTLNGYFAAERDNERCFDPDGFYRSGDLVRRRDDGNLVVTG + RVKDVICRAGETIAASDLEEQLLSHPAIFSAAAVGLPDQYLGEKICAAVVFAGAPITL + AELNGYLDRRGVAAHTRPDQLVAMPALPTTPIGKIDKRAIVRQLGIATGPVTTQRCH" + gene 2650211..2651131 + /gene="mbtJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2406" + CDS 2650211..2651131 + /gene="mbtJ" + /locus_tag="BQ2027_MB2406" + /note="Mb2406, mbtJ, len: 306 aa. Equivalent to Rv2385, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 306 aa overlap). Putative mbtJ, acetyl + hydrolase (EC 3.1.1.-) (see citations below), showing some + similarity with various hydrolases including acetyl + hydrolases e.g. Q9ZBM4|MLCB1450.08|ML0314 PUTATIVE + HYDROLASE/ESTERASE from Mycobacterium leprae (335 aa), + FASTA scores: opt: 449, E(): 6.7e-21, (33.85% identity in + 313 aa overlap); AAK47950|MT3591 Esterase from M. + tuberculosis strain CDC1551 (327 aa), FASTA scores: opt: + 469, E(): 3.6e-22, (35% identity in 283 aa overlap); + Q9X8J4|SCE9.22 PUTATIVE ESTERASE from Streptomyces + coelicolor (266 aa), FASTA scores: opt: 430,E(): 8.5e-20, + (38% identity in 245 aa overlap); Q01109|BAH_STRHY + ACETYL-HYDROLASE (EC 3.1.1.-) from Streptomyces + hygroscopicus (299 aa), FASTA scores: opt: 420, E(): + 4e-19, (35.1% identity in 265 aa overlap). Equivalent to + AAK46748 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (327 aa) but shorter 21 aa. Note that previously known as + lipK. Protein product from Mb2406 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2406 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE ACETYL HYDROLASE MBTJ" + /protein_id="SIU01018.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y107" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y107" + /translation="MVLRPITGAIPPDGPWGIWASRRIIAGLMGTFGPSLAGTRVEQV + NSVLPDGRRVVGEWVYGPHNNAINAGPGGGAIYYVHGSGYTMCSPRTHRRLTSWLSSL + TGLPVFSVDYRLAPRYRFPTAATDVRAAWDWLAHVCGLAAEHMVIAADSAGGHLTVDM + LLQPEVAARPPAAVVLFSPLIDLTFRLGASRELQRPDPVVRADRAARSVALYYTGVDP + AHHRLALDVAGGPPLPPTLIQVGGAEILEADARQLDADIRAAGGICELQVWPDQMHVF + QALPRMTPEAAKAMTYVAQFIRSTTARGDL" + gene complement(2651135..2652487) + /gene="mbtI" + /locus_tag="BQ2027_MB2407C" + CDS complement(2651135..2652487) + /gene="mbtI" + /locus_tag="BQ2027_MB2407C" + /note="Mb2407c, mbtI, len: 450 aa. Equivalent to Rv2386c, + len: 450 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 450 aa overlap). Putative mbtI, + isochorismate synthase (see citations below), similar to + Q9X9I8|IRP9 SALICYLATE SYNTHETASE from Yersinia + enterocolitica (434 aa), FASTA scores: opt: 887, E(): + 7.5e-48, (37.45% identity in 422 aa overlap); and similar + in C-terminal region to many anthranilate synthases + component I (EC 4.1.3.27) e.g. Q9Z4W7|TRPE_STRCO|SCE8.07c + from Streptomyces coelicolor (511 aa), FASTA scores: opt: + 509, E(): 3e-24, (40.4% identity in 255 aa overlap); + P33975|TRPE_HALVO from Halobacterium volcanii (Haloferax + volcanii) (523 aa) FASTA scores: opt: 488, E(): 6.2e-23, + (34.2% identity in 298 aa overlap); and similar to + Q08653|TRPE_THEMA|TM0142 ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I + from Thermotoga maritima (461 aa), FASTA scores: opt: 478, + E(): 2.3e-22, (28.4% identity in 440 aa overlap); etc. + COULD BE BELONG TO THE ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I + FAMILY. Note that previously known as trpE2, an + anthranilate synthase component I (EC 4.1.3.27). Protein + product from Mb2407c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="isochorismate synthase mbti" + /protein_id="SIU01019.1" + /db_xref="GOA:Q7TYQ1" + /db_xref="InterPro:IPR005801" + /db_xref="InterPro:IPR015890" + /db_xref="InterPro:IPR019996" + /db_xref="InterPro:IPR019999" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYQ1" + /translation="MSELSVATGAVSTASSSIPMPAGVNPADLAAELAAVVTESVDED + YLLYECDGQWVLAAGVQAMVELDSDELRVIRDGVTRRQQWSGRPGAALGEAVDRLLLE + TDQAFGWVAFEFGVHRYGLQQRLAPHTPLARVFSPRTRIMVSEKEIRLFDAGIRHREA + IDRLLATGVREVPQSRSVDVSDDPSGFRRRVAVAVDEIAAGRYHKVILSRCVEVPFAI + DFPLTYRLGRRHNTPVRSFLLQLGGIRALGYSPELVTAVRADGVVITEPLAGTRALGR + GPAIDRLARDDLESNSKEIVEHAISVRSSLEEITDIAEPGSAAVIDFMTVRERGSVQH + LGSTIRARLDPSSDRMAALEALFPAVTASGIPKAAGVEAIFRLDECPRGLYSGAVVML + SADGGLDAALTLRAAYQVGGRTWLRAGAGIIEESEPEREFEETCEKLSTLTPYLVARQ + " + gene 2652940..2653149 + /locus_tag="BQ2027_MB2407A" + CDS 2652940..2653149 + /locus_tag="BQ2027_MB2407A" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb2407A, len: 69 aa. No equivalent in M. tuberculosis + H37Rv. Identified by de novo proteomics of Mycobacterium + bovis AF2122/97 under exponential conditions,Mb2407A found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01020.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y121" + /translation="MFVIRLADGEEVHGECDELTINPATGVLTVCRVDGFEETTTHYS + PSAWRSVTHRKRGVGVRPSLVSTAQ" + gene 2653247..2654500 + /locus_tag="BQ2027_MB2408" + CDS 2653247..2654500 + /locus_tag="BQ2027_MB2408" + /note="Mb2408, -, len: 417 aa. Equivalent to Rv2387, len: + 417 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 417 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarities with + others e.g. Q9K663|BH3869 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus halodurans (337 aa), FASTA scores: opt: 343, E(): + 4.8e-14, (29.0% identity in 400 aa overlap); + AAK25471|CC3509 HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter + crescentus (365 aa), FASTA scores: opt: 282, E(): 3.2e-10, + (32.6% identity in 399 aa overlap); P73953|SLR1512 + [D90911_21] CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC6803 (374 aa), FASTA scores: + opt: 230, E(): 5.5e-07; (24.75% identity in 408 aa + overlap); etc. Contains PS00213 Lipocalin signature. + Mb2408 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative sodium-dependent bicarbonate + transporter" + /protein_id="SIU01021.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y132" + /db_xref="InterPro:IPR010293" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y132" + /translation="MLHEFWVNFTHNLFKPLLLFFYFGFLIPIFKVRFEFPYVLYQGL + TLYLLLAIGWHGGEELAKIKPSNVGAIVGFMVVGFALNFVIGTLAYFLLSKLTAMRRV + DRATVAGYYGSDSAGTFATCVAVLTSVGMAFDAYMPVMLAVMEIPGCLVALYLVARLR + HRGMNEAGYMADEPGYTTAAMIGAGPGTPARPAHSDSLTAQAERGIEEELELSLEKRE + HPNWDEDGVKDSGTNASIFSRELLQEVFLNPGLVLLFGGIVIGLISGLQGQKVLHDDD + NFFVAAFQGVLCLFLLEMGMTASRKLKDLASAGSGFVFFGLLAPNLFATLGIIVAHGY + AYVTNNDFAPGTYVLFAVLCGAASYIAVPAVQRLAIPEASPTLPLAASLGLTFSYNVT + IGIPLYIEIARIVGQWFPATGASIG" + gene complement(2654497..2655624) + /gene="hemN" + /locus_tag="BQ2027_MB2409C" + CDS complement(2654497..2655624) + /gene="hemN" + /locus_tag="BQ2027_MB2409C" + /note="Mb2409c, hemN, len: 375 aa. Equivalent to Rv2388c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 375 aa overlap). Probable hemN, + oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidases (EC + 1.3.3.-), highly similar to many PUTATIVE + OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASES e.g. + Q9RDD2|SCC77.26 from Streptomyces coelicolor (435 aa), + FASTA scores: opt: 1358, E(): 1.5e-76, (56.55% identity in + 382 aa overlap); BAB51237|MLR4627 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (392 aa), FASTA scores: opt: 696, + E(): 1.1e-35, (36.8% identity in 383 aa overlap); + Q9KUR0|VC0455 from Vibrio cholerae (391 aa), FASTA scores: + opt: 691, 2.2e-35, (32.65% identity in 386 aa overlap); + P54304|HEMN_BACSU from Bacillus subtilis (366 aa), FASTA + scores: opt: 668, E(): 5.6e-34; (34.9% identity in 327 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK46752 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (390 aa) but shorter 375 aa. + BELONGS TO THE ANAEROBIC COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE + FAMILY. Protein product from Mb2409c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2409c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN + III OXIDASE HEMN (COPROPORPHYRINOGENASE) (COPROGEN + OXIDASE)" + /protein_id="SIU01022.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y134" + /db_xref="InterPro:IPR004559" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR023404" + /db_xref="InterPro:IPR034505" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y134" + /translation="MPGQPFGVYLHVPFCLTRCGYCDFNTYTPAQLGGVSPDRWLLAL + RAELELAAAKLDAPTVHTVYVGGGTPSLLGGERLATLLDMVRDHFVLAPDAEVSTEAN + PESTWPEFFATIRAAGYTRVSLGMQSVAPRVLATLDRVHSPGRAAAAATEAIAEGFTH + VNLDLIYGTPGESDDDLVRSVDATVQAGVDHVSAYALVVEHGTALARRVRRGELAAPD + DDVLAHRYELVDARLSAAGFAWYEVSNWCRPGGECRHNLGYWDGGQWWGAGPGAHGYI + GVTRWWNVKHPNTYAEILAGATLPVAGFEQLGADALHTEDVLLKVRLRQGLPLARLGA + AERERAEAVLADGLLDYHGDRLVLTGRGRLLADAVVRTLLG" + gene complement(2655730..2656194) + /gene="rpfD" + /locus_tag="BQ2027_MB2410C" + CDS complement(2655730..2656194) + /gene="rpfD" + /locus_tag="BQ2027_MB2410C" + /note="Mb2410c, rpfD, len: 154 aa. Equivalent to Rv2389c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Probable rpfD, + resuscitation-promoting factor. Possible autocrine and/or + paracrine bacterial growth factor or cytokine (see + citation below). Similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O07747|Rv1884c|MTCY180.34|RPFC PROBABLE + RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR from Mycobacterium + tuberculosis (176 aa), FASTA scores: opt: 382, E(): + 2.3e-17, (55.45% identity in 101 aa overlap); etc. Also + similarity with Q9CBF8|ML2030 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (157 aa), FASTA scores: opt: 397, + E(): 2.4e-18, (47.95% identity in 121 aa overlap); + Q9F2Q2|SCE41.06c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (244 aa), FASTA scores: opt: 341, + E(): 1.1e-14, (40.45% identity in 131 aa overlap); and + O86308|Z96935|MLRPF_1 RPF PROTEIN PRECURSOR from + Micrococcus luteus (220 aa), FASTA scores: opt: 301, E(): + 3.6e-12, (39.4% identity in 132 aa overlap). Contains a + secretory signal sequence in N-terminus. Supposed acts at + very low concentration. Mb2410c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFD" + /protein_id="SIU01023.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y0Z9" + /db_xref="InterPro:IPR010618" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y0Z9" + /translation="MTPGLLTTAGAGRPRDRCARIVCTVFIETAVVATMFVALLGLST + ISSKADDIDWDAIAQCESGGNWAANTGNGLYGGLQISQATWDSNGGVGSPAAASPQQQ + IEVADNIMKTQGPGAWPKCSSCSQGDAPLGSLTHILTFLAAETGGCSGSRDD" + gene complement(2656191..2656748) + /locus_tag="BQ2027_MB2411C" + CDS complement(2656191..2656748) + /locus_tag="BQ2027_MB2411C" + /note="Mb2411c, -, len: 185 aa. Equivalent to Rv2390c, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 185 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other Mycobacterium tuberculosis + proteins Q11032|YD62_MYCTU|MTCY02B10.26c|Rv1362c + hypothetical 23.5 kd protein (220 aa), FASTA scores: opt: + 223, E(): 2.1e-07, (27.4% identity in 190 aa overlap); and + Q11033|YD63_MYCTU|MTCY02B10.27c|Rv1363c hypothetical 28.3 + kd protein (261 aa), FASTA scores: opt: 238, E(): 2.7e-08, + (27.6% identity in 163 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00821219: MCE associated membrane protein" + /protein_id="SIU01024.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y390" + /translation="MAIFGRGHGASEPGGTGEPAETPGRGRLTRSVTGWVGAVAVVVS + LAGSGWCGWVLFEKHQTDVAAGQALQAARSYVVKLATMDCERIDHNMRDILEGSTGEF + KDKYGKSSAHLRQLLADNRVATHGTVVAASVKSATTNKVVVLMFIDQSVSNRNSPTPQ + IDRSRIKVIMDKVNGRWLASKVELL" + gene 2657161..2658852 + /gene="sira" + /locus_tag="BQ2027_MB2412" + CDS 2657161..2658852 + /gene="sira" + /locus_tag="BQ2027_MB2412" + /note="Mb2412, nirA, len: 563 aa. Equivalent to Rv2391, + len: 563 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 563 aa overlap). Probable nirA, + ferredoxin-dependant nitrite reductase (EC 1.7.7.1), + similar to many nitrate reductases e.g. + CAC33947|SCBAC1A6.26c Putative nitrite/sulphite reductase + from Streptomyces coelicolor (565 aa), FASTA scores: opt: + 2335, E(): 1.2e-137, (60.1% identity in 567 aa overlap); + Q9RZD6|DRA0013 FERREDOXIN-NITRITE REDUCTASE from + Deinococcus radiodurans (563 aa), FASTA scores: opt: 1141, + E(): 2.2e-63, (39.6% identity in 533 aa overlap); + Q59656|NIRA (D31732|PEENIRNRT_1) ferredoxin-dependant* + NITRITE REDUCTASE (*: see citation below) from Plectonema + boryanum (654 aa), FASTA scores: opt: 805, E(): 1.9e-42, + (31.7% identity in 517 aa overlap); Q55366|NIRA|SLR0898 + FERREDOXIN-NITRITE REDUCTASE from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (502 aa), FASTA scores: opt: 799, E(): 3.7e-42, + (32.3% identity in 517 aa overlap). Highly similar (only + in N-terminal part because shortened protein (fragment) + owing to an IS900 insertion) to Q9K541|NIRA NITRATE + REDUCTASE (FRAGMENT) from Mycobacterium paratuberculosis + (198 aa), FASTA scores: opt: 798, E(): 2.1e-42, (65.4% + identity in 182 aa overlap). Protein product from Mb2412 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2412 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ferredoxin-dependent sulfite reductase sira" + /protein_id="SIU01025.1" + /db_xref="GOA:Q7TYP6" + /db_xref="InterPro:IPR005117" + /db_xref="InterPro:IPR006066" + /db_xref="InterPro:IPR006067" + /db_xref="InterPro:IPR036136" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYP6" + /translation="MSAKENPQMTTARPAKARNEGQWALGHREPLNANEELKKAGNPL + DVRERIENIYAKQGFDSIDKTDLRGRFRWWGLYTQREQGYDGTWTGDDNIDKLEAKYF + MMRVRCDGGALSAAALRTLGQISTEFARDTADISDRQNVQYHWIEVENVPEIWRRLDD + VGLQTTEACGDCPRVVLGSPLAGESLDEVLDPTWAIEEIVRRYIGKPDFADLPRKYKT + AISGLQDVAHEINDVAFIGVNHPEHGPGLDLWVGGGLSTNPMLAQRVGAWVPLGEVPE + VWAAVTSVFRDYGYRRLRAKARLKFLIKDWGIAKFREVLETEYLKRPLIDGPAPEPVK + HPIDHVGVQRLKNGLNAVGVAPIAGRVSGTILTAVADLMARAGSDRIRFTPYQKLVIL + DIPDALLDDLIAGLDALGLQSRPSHWRRNLMACSGIEFCKLSFAETRVRAQHLVPELE + RRLEDINSQLDVPITVNINGCPNSCARIQIADIGFKGQMIDDGHGGSVEGFQVHLGGH + LGLDAGFGRKLRQHKVTSDELGDYIDRVVRNFVKHRSEGERFAQWVIRAEEDDLR" + gene 2658849..2659613 + /gene="cysH" + /locus_tag="BQ2027_MB2413" + CDS 2658849..2659613 + /gene="cysH" + /locus_tag="BQ2027_MB2413" + /note="Mb2413, cysH, len: 254 aa. Equivalent to Rv2392, + len: 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 254 aa overlap). Probable cysH, + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate reductase (EC + 1.8.4.8), similar to many e.g. + P94498|O34620|CYH1_BACSU|CYSH from Bacillus subtilis (233 + aa), FASTA scores: opt: 618, E(): 8.1e-32, (46.5% identity + in 202 aa overlap); Q9KCT3|CYSH|BH1486 from Bacillus + halodurans (231 aa), FASTA scores: opt: 560, E(): 3.6e-28, + (41.3% identity in 230 aa overlap); P56860|CYSH_DEIRA from + Deinococcus radiodurans (255 aa), FASTA scores: opt: 489, + E(): 1.1e-23, (44.7% identity in 190 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE PAPS REDUCTASE FAMILY and CYSH SUBFAMILY. + Note that operon cysA-cysW-cysT-subI, probably involved in + sulfate transport, is near this putative ORF. Protein + product from Mb2413 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2413 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate + reductase cysh (paps reductase, thioredoxin dep.) (padops + reductase) (3'-phosphoadenylylsulfate reductase) (paps + sulfotransferase)" + /protein_id="SIU01026.1" + /db_xref="GOA:P65669" + /db_xref="InterPro:IPR002500" + /db_xref="InterPro:IPR004511" + /db_xref="InterPro:IPR011798" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65669" + /translation="MSGETTRLTEPQLRELAARGAAELDGATATDMLRWTDETFGDIG + GAGGGVSGHRGWTTCNYVVASNMADAVLVDLAAKVRPGVPVIFLDTGYHFVETIGTRD + AIESVYDVRVLNVTPEHTVAEQDELLGKDLFARNPHECCRLRKVVPLGKTLRGYSAWV + TGLRRVDAPTRANAPLVSFDETFKLVKVNPLAAWTDQDVQEYIADNDVLVNPLVREGY + PSIGCAPCTAKPAEGADPRSGRWQGLAKTECGLHAS" + gene 2659610..2660455 + /gene="che1" + /locus_tag="BQ2027_MB2414" + CDS 2659610..2660455 + /gene="che1" + /locus_tag="BQ2027_MB2414" + /note="Mb2414, -, len: 281 aa. Equivalent to Rv2393, len: + 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 281 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with some similarity to + Q9L2E8|SC7A8.10c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (274 aa), FASTA scores: opt: 407, + E(): 2.8e-18, (37% identity in 246 aa overlap); + CAC38793|SCI39.05 Conserved hypothetical protein from + Streptomyces coelicolor (305 aa), FASTA scores: opt: 394, + E(): 2e-17, (35.0% identity in 251 aa overlap); + AAK44492|MT0272 Chalcone/stilbene synthase family protein + from Mycobacterium tuberculosis (247 aa), FASTA scores: + opt: 350, E(): 9.2e-15, (34.0% identity in 235 aa + overlap); P95216|Rv0259c|MTCY06A4.03c|Z86089 hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (247 aa), FASTA + scores: opt: 345, E(): 1.9e-14,(33.6% identity in 235 aa + overlap). Mb2414 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ferrochelatase che1" + /protein_id="SIU01027.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1G4" + /db_xref="InterPro:IPR002762" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G4" + /translation="MTAPATMQSAAMLRSGAIEAPPATMQSAAMRWGHLPLAEESGTI + APQLVLTAHGSKDPRSAANARAIAGRLARMRPGLDVRVAFCELNSPNLVDVLNRCRGA + AVVTPLLLADAYHARVDIPAQIASCRVGHRVRQASVLGEDIRLVSALHERLTELGVSP + FDHTLGVVVLAIGSSHPAANARTSTVASRLAEGTQWAAVTTAFITRPEASLADATDRL + RRHGARRMVIAPWLLAPGILSDRVRGYAREAGIAMAQPLGAHPMVAATMWDRYRQAVA + GRIAA" + gene 2660492..2662423 + /gene="ggtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2415" + CDS 2660492..2662423 + /gene="ggtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2415" + /note="Mb2415, ggtB, len: 643 aa. Equivalent to Rv2394, + len: 643 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 643 aa overlap). Probable ggtB, + gamma-glutamyltranspeptidase precursor (EC 2.3.2.2), + similar to many e.g. Q9KVF2|VC0194 from Vibrio cholerae + (588 aa), FASTA scores: opt: 943, E(): 7.5e-47, (40.0% + identity in 597 aa overlap); O69935|SC3C8.26 from + Streptomyces coelicolor (603 aa), FASTA scores: opt: 822, + E(): 7.2e-40, (33.6% identity in 622 aa overlap); + P54422|GGT_BACSU from Bacillus subtilis (587 aa) FASTA + scores: opt: 491, E(): 8.2e-21, (33.4% identity in 574 aa + overlap); etc. Has potential signal peptide and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein + attachment site (PS00013). Protein product from Mb2415 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2415 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE PRECURSOR + GGTB (GAMMA-GLUTAMYLTRANSFERASE) (GLUTAMYL + TRANSPEPTIDASE)" + /protein_id="SIU01028.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y119" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y119" + /translation="MSVWLRAGALVAAVMLSLSGCGGFHAGAPSTAGPCEIVPNGTPA + PKTPPATVPSSRNLATNPEIATGYRRDMTVVRTAHYAAATANPLATQVACRVLRDGGT + AADAVVAAQAVLGLVEPQSSGIGGGGYLVYFDARTGSVQAYDGREVAPAAATENYLRW + VSDVDRSAPRPNARASGRSIGVPGILRMLEMVHNEHGRTPWRDLFGPAVTLADGGFDI + SARMGAAISDAAPQLRDDPEARKYFLNPDGSPKPAGTRLTNPAYSKTLSAIASAGANA + FYSGDIAHDIVAAASDTSNGRTPGLLTIEDLAGYLAKRRQPLCTTYRGREICGMPSSG + GVAVAATLGILEHFPMSDYAPSKVDLNGGRPTVMGVHLIAEAERLAYADRDQYIADVD + FVQLPGGSLTTLVDPGYLAARAALISPQHSMGSARPGDFGAPTAVAPPVPEHGTSHLS + VVDSYGNAATLTTTVESSFGSYHLVDGFILNNQLSDFSAEPHATDGSPVANRVEPGKR + PRSSMAPTLVFDHSSAGRGALYAVLGSPGGSMIIQFVVKTLVAMLDWGLNPQQAVSLV + DFGAANSPHTNLGGENPEINTSDDGDHDPLVQGLRALGHRVNLAEQSSGLSAITRSEA + GWAGGADPRREGAVMGDDA" + gene 2662554..2662994 + /locus_tag="BQ2027_MB2416" + CDS 2662554..2662994 + /locus_tag="BQ2027_MB2416" + /note="Mb2416, -, len: 146 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2395, len: 667 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 44 aa overlap). Probable + conserved integral membrane protein, similar to + AAK24613|CC2646 OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER/OPT FAMILY + PROTEIN from Caulobacter crescentus (666 aa), FASTA + scores: opt: 1638, E(): 4.8e-86, (51.0% identity in 658 aa + overlap); Q9PIS5|CJ0204 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + from Campylobacter jejuni (665 aa), FASTA scores: opt: + 1484, E(): 2.9e-77, (40.6% identity in 658 aa overlap); + and P44016|Y561_HAEIN hypothetical integral membrane + protein from Haemophilus influenzae (635 aa), FASTA + scores: opt: 1449, E(): 2.8e-75, (42.15% identity in 624 + aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2395 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-t) splits Rv2395 into 2 parts, + Mb2416 and Mb2417. Mb2416 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01029.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y128" + /db_xref="InterPro:IPR004813" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y128" + /translation="MSGATVGAREITIRGVVLGALITLVFTAANVYLGLRVGLTFATS + HTGRGDLDGRAAVVRQPLSGGEQYCSDDRVGGRHAVVDHLRVTGTAHDRLVERVSVLD + NGGGVCTGRDPWRHVLNSVAPRTRHRIRPAVPRRRCRSRGSQDR" + gene 2663008..2664558 + /locus_tag="BQ2027_MB2417" + CDS 2663008..2664558 + /locus_tag="BQ2027_MB2417" + /note="Mb2417, -, len: 516 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2395, len: 667 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 516 aa overlap). Probable + conserved integral membrane protein, similar to + AAK24613|CC2646 OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER/OPT FAMILY + PROTEIN from Caulobacter crescentus (666 aa), FASTA + scores: opt: 1638, E(): 4.8e-86, (51.0% identity in 658 aa + overlap); Q9PIS5|CJ0204 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + from Campylobacter jejuni (665 aa), FASTA scores: opt: + 1484, E(): 2.9e-77, (40.6% identity in 658 aa overlap); + and P44016|Y561_HAEIN hypothetical integral membrane + protein from Haemophilus influenzae (635 aa), FASTA + scores: opt: 1449, E(): 2.8e-75, (42.15% identity in 624 + aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2395 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-t) splits Rv2395 into 2 parts, + Mb2416 and Mb2417. Mb2417 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01030.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y129" + /db_xref="InterPro:IPR004813" + /db_xref="InterPro:IPR004814" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y129" + /translation="MEHNRRGIGVIALGAAAAAGYALLASLRVINNSLSATFRVGSGA + TMIGASLSLALIGVGHLVGVTVGVAMIVGLAIAFGVMLPIRTAGQLPPDGDYAVAVAR + IFSTDVRFIGAGAIAVAAAWTFLKILGPILRGIADAAVSARTRRRGQAVGQTERDIPI + HIVAMVVLLSLIPIGWLLADFTDGTPLDDRRPGAIAAGVLLVLVIGLMVAAVCGYMAG + LIGSSNSPISGVGILVVVLAGLLIKTAYGPATGSQIPALVAYTVFTAALVFGVATISN + DNLQDLKTGQLVGATPWKQQVALIIGVLVGSVVMAPILQLMQAGFGFQGAPGATANAL + AAPQAALMSALAKGVFGGSLNWSLVGVGALTGVIAVALDETLAKTTTNLRLPPLAVGM + GMYLPAALTLMIPIGAFLGRIYDSWARWSGDDDERKKRLGVMLATGLIVGESLYGVLF + AVIVATTGKEEPLAMVGDGFRFASQPLGAIVFAGLLAWLYQRTRVTASYRLAAPAGSS + KPLPDLPG" + gene 2664707..2664922 + /gene="aprA" + /locus_tag="BQ2027_MB2417A" + CDS 2664707..2664922 + /gene="aprA" + /locus_tag="BQ2027_MB2417A" + /note="Mb2417A, len: 71 aa. Equivalent to Rv2395A len: 71 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 71 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). AprA, acid and phagosome + regulated protein A, restricted to M. tuberculosis + complex. Note completely overlapped by sRNA mcr7. Mb2417A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acid and phagosome regulated protein A AprA" + /protein_id="SIU01031.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y138" + /translation="MTMTASVAKVTAARPEPSAAWAEARRRVRQRREDMLRHPAFLSK + QLPAEPADDDGVAAVYDIAIARRRRPA" + gene 2665034..2665198 + /gene="aprB" + /locus_tag="BQ2027_MB2417B" + CDS 2665034..2665198 + /gene="aprB" + /locus_tag="BQ2027_MB2417B" + /note="Mb2417B, len: 54 aa. Equivalent to Rv2395B len: 54 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 54 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). AprB, acid and phagosome + regulated protein B, restricted to M. tuberculosis + complex. Mb2417B found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acid and phagosome regulated protein B AprB" + /protein_id="SIU01032.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y143" + /translation="MPGLVPAMPLDALRPARQPTSGLGECATMRRPEAGNEKVAVIWE + SLDVVPPESL" + gene 2665282..2666364 + /gene="PE_PGRS41" + /locus_tag="BQ2027_MB2418" + CDS 2665282..2666364 + /gene="PE_PGRS41" + /locus_tag="BQ2027_MB2418" + /note="Mb2418, PE_PGRS41, len: 360 aa. Equivalent to + Rv2396, len: 361 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.2% identity in 361 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + e.g. AAK47132|MT2812 PE_PGRS family protein from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (454 aa), FASTA + scores: opt: 1256, E(): 2.4e-44, (56.0% identity in 377 aa + overlap); AAK46139|MT1866 PE_PGRS FAMILY PROTEIN from M. + tuberculosis strain CDC1551 (491 aa), FASTA scores: opt: + 1250, E(): 4.4e-44, (57.8% identity in 372 aa overlap); + Y278_MYCTU|Rv0278C|MTV035.06c HYPOTHETICAL PE-PGRS FAMILY + PROTEIN (957 aa), FASTA scores: opt: 1253, E(): 5.2e-44, + (55.5% identity in 400 aa overlap); + P71664|Rv1396c|MTCY21B4.13c HYPOTHETICAL GLYCINE-RICH 47.9 + KDA PROTEIN (576 aa), FASTA scores: opt: 1236, E(): + 1.8e-43, (55.55% identity in 402 aa overlap); etc. + Contains PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases + signature 1. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 3 bp deletion (gcc-*) leads to a + slightly shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (360 aa versus 361 + aa). Mb2418 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs41" + /protein_id="SIU01033.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y109" + /translation="MSFLIASPEALAATATYLTGIGSAINAANAVAAAPTTEILAAGT + DEVSTAISALFGAHAQAYQALSAHVAAFHDQFVHTLTAGAGSYMAAEAAASPLQALQL + ELLNAINAPTLALLGRPLIGDGTDAAPGSGGAGGAGGILIGNGGTGGASDLAGTGRGG + VGGAGGAGGLFGIGGAGGGCGSAVAIGGDGGAGGAGGVFSGGGAGGAGDAIGGSGGAG + GTGGLLGGGGGAGGAGGAGGNGGGASNSASIGGDGGSGGAGGMLYGAGGVGGNGGAAV + AIGGDGGAGGRAGAIGNGGDGGNGGTSNTPGGSGGDGGNGGNAGLIGSGGNGGNAEIV + ISGGSVAGTGGNGGLLLGFNGTNGLP" + gene complement(2666389..2667444) + /gene="cysA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2419C" + CDS complement(2666389..2667444) + /gene="cysA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2419C" + /standard_name="cysA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2419c, cysA1, len: 351 aa. Equivalent to Rv2397c, + len: 351 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 351 aa overlap). Probable cysA1, + sulfate-transport ATP-binding protein ABC transporter (see + citations below), similar to OTHER SULFATE ABC TRANSPORTER + ATP-BINDING PROTEINS e.g. P14788|CYSA_SYNP7 from + Synechococcus sp. (344 aa), FASTA scores: opt: 1112, E(): + 2.6e-56, (54.6% identity in 328 aa overlap); + P74548|CYSA_SYNY3 from Synechocystis sp. (355 aa), FASTA + scores: opt: 1063, E(): 1.7e-53, (51.9% identity in 343 aa + overlap); Q9I6L0|CYSA|PA0280 from Pseudomonas aeruginosa + (329 aa), FASTA scores: opt: 987, E(): 3.3e-49, (49.2% + identity in 339 aa overlap); etc. Also similar to many + ATP-binding proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Rv2038c, Rv1238, Rv2832c, etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00211 ABC + transporters family signature. BELONGS TO THE ATP-BINDING + TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Note that + previously known as cysA. Protein product from Mb2419c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2419c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="sulfate-transport atp-binding protein abc + transporter cysa1" + /protein_id="SIU01034.1" + /db_xref="GOA:P0A4W3" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005666" + /db_xref="InterPro:IPR008995" + /db_xref="InterPro:IPR014769" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR024765" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4W3" + /translation="MTYAIVVADATKRYGDFVALDHVDFVVPTGSLTALLGPSGSGKS + TLLRTIAGLDQPDTGTITINGRDVTRVPPQRRGIGFVFQHYAAFKHLTVRDNVAFGLK + IRKRPKAEIKAKVDNLLQVVGLSGFQSRYPNQLSGGQRQRMALARALAVDPEVLLLDE + PFGALDAKVREELRAWLRRLHDEVHVTTVLVTHDQAEALDVADRIAVLHKGRIEQVGS + PTDVYDAPANAFVMSFLGAVSTLNGSLVRPHDIRVGRTPNMAVAAADGTAGSTGVLRA + VVDRVVVLGFEVRVELTSAATGGAFTAQITRGDAEALALREGDTVYVRATRVPPIAGG + VSGVDDAGVERVKVTST" + gene complement(2667461..2668279) + /gene="cysW" + /locus_tag="BQ2027_MB2420C" + CDS complement(2667461..2668279) + /gene="cysW" + /locus_tag="BQ2027_MB2420C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2420c, cysW, len: 272 aa. Equivalent to Rv2398c, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 272 aa overlap). Probable cysW, + sulfate-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citations below), similar to others e.g. + Q9K877|CYSW|BH3129 SULFATE ABC TRANSPORTER (PERMEASE) from + Bacillus halodurans (287 aa), FASTA scores: opt: 765, E(): + 4.1e-40, (43.8% identity in 249 aa overlap); + P27370|CYSW_SYNP7 sulfate transport system (permease) + protein from Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis + nidulans R2) (286 aa), FASTA scores: opt: 757, E(): + 1.3e-39, (44.3% identity in 264 aa overlap); + Q9I6K9|CYSW|PA0281 SULFATE TRANSPORT PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (289 aa), FASTA scores: opt: 753, + E(): 2.3e-39, (44.4% identity in 250 aa overlap); + P16702|P76534|CYSW_ECOLI SULFATE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE + from Escherichia coli (291 aa), FASTA scores: opt: 633, + E(): 5.7e-32, (38.2% identity in 267 aa overlap); etc. + Contains PS00402 Binding-protein-dependent transport + systems inner membrane component signature. SIMILARITY + WITH INTEGRAL MEMBRANE COMPONENTS OF OTHER + BINDING-PROTEIN-DEPENDENT TRANSPORT SYSTEMS and BELONGS TO + THE CYSTW SUBFAMILY. Mb2420c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULFATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER CYSW" + /protein_id="SIU01035.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1W5" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR005667" + /db_xref="InterPro:IPR011866" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W5" + /translation="MTSLPAARYLVRSVALGYVFVLLIVPVALILWRTFEPGFGQFYA + WISTPAAISALNLSLLVVAIVVPLNVIFGVTTALVLARNRFRGKGVLQAIIDLPFAVS + PVIVGVSLILLWGSAGALGFVEQDLGFKIIFGLPGIVLASMFVTCPFVVREVEPVLHE + LGTDQEQAAATLGSGWWQTFWRITLPSIRWGLTYGIVLTVARTLGEYGAVIIVSSNLP + GTSQTLTLLVSDRYHRGAEYGAYALSTLLMAVSVVVLIVQMVLDAHRARAVSEG" + gene complement(2668276..2669127) + /gene="cysT" + /locus_tag="BQ2027_MB2421C" + CDS complement(2668276..2669127) + /gene="cysT" + /locus_tag="BQ2027_MB2421C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2421c, cysT, len: 283 aa. Equivalent to Rv2399c, + len: 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 283 aa overlap). Probable cysT, + sulfate-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citations below), similar to others e.g. + BAB48989|MLR1667 PERMEASE PROTEIN OF SULFATE ABC + TRANSPORTER from Rhizobium loti (283 aa), FASTA scores: + opt: 756, E(): 7.9e-40, (40.95% identity in 271 aa + overlap); Q9K878|CYST|BH3128 SULFATE ABC TRANSPORTER + (PERMEASE) from Bacillus halodurans (279 aa), FASTA + scores: opt: 750, E(): 1.8e-39, (44.55% identity in 258 aa + overlap); P16701|CYST_ECOLI|CYSU|CYST|B2424 from + Escherichia coli (277 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): + 1.9e-34, (40.0% identity in 260 aa overlap); etc. Contains + PS00402 Binding-protein-dependent transport systems inner + membrane component signature, and PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). BELONGS TO THE CYSTW SUBFAMILY. + Protein product from Mb2421c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2421c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULFATE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER CYST" + /protein_id="SIU01036.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1B0" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR005667" + /db_xref="InterPro:IPR011865" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B0" + /translation="MTESLVGERRAPQFRARLSGPAGPPSVRVGMAVVWLSVIVLLPL + AAIVWQAAGGGWRAFWLAVSSHAAMESFRVTLTISTAVTVINLVFGLLIAWVLVRDDF + AGKRIVDAIIDLPFALPTIVASLVMLALYGNNSPVGLHFQHTATGVGVALAFVTLPFV + VRAVQPVLLEIDRETEEAAASLGANGAKIFTSVVLPSLTPALLSGAGLAFSRAIGEFG + SVVLIGGAVPGKTEVSSQWIRTLIENDDRTGAAAISVVLLSISFIVLLILRVVGARAA + KREEMAA" + gene complement(2669124..2670194) + /gene="subI" + /locus_tag="BQ2027_MB2422C" + CDS complement(2669124..2670194) + /gene="subI" + /locus_tag="BQ2027_MB2422C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2422c, subI, len: 356 aa. Equivalent to Rv2400c, + len: 356 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 356 aa overlap). Probable subI, + sulfate-binding lipoprotein component of sulfate transport + system (see citations below), equivalent to + Q9CCN3|SUBI|ML0615 (alias Q49748|B1937_F1_11, 358 aa) + PUTATIVE SULPHATE-BINDING PROTEIN from Mycobacterium + leprae (348 aa), FASTA scores: opt: 1775, E(): 2.3e-102, + (76.45% identity in 340 aa overlap). Also similar to + others and other substrate-binding proteins e.g. + P27366|SUBI_SYNP7|SBPA SULFATE-BINDING PROTEIN PRECURSOR + from Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis nidulans + R2) (350 aa), FASTA scores: opt: 703, E(): 4.6e-36, (35.6% + identity in 351 aa overlap); Q9I6K7|SBP|PA0283 + SULFATE-BINDING PROTEIN PRECURSOR from Pseudomonas + aeruginosa (332 aa), FASTA scores: opt: 591, E(): 3.7e-29, + (36.9% identity in 317 aa overlap); CAC49112|SMB21133 + PUTATIVE SULFATE UPTAKE ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC + SOLUTE-BINDING PROTEIN PRECURSOR from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (341 aa), FASTA scores: opt: 569, + E(): 8.8e-28, (36.15% identity in 321 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE PROKARYOTIC SULFATE BINDING PROTEIN FAMILY. + Protein product from Mb2422c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2422c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SULFATE-BINDING LIPOPROTEIN SUBI" + /protein_id="SIU01037.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1G6" + /db_xref="InterPro:IPR005669" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G6" + /translation="MLSLTLSEASCIASASRWRHIIPAGVVCALIAGIGVGCHGGPSD + VVGRAGPDRAHTSITLVAYAVPEPGWSAVIPAFNASEQGRGVQVITSYGASADQSRGV + ADGKPADLVNFSVEPDIARLVKAGKVDKDWDADATKGIPFGSVVTFVVRAGNPKNIRD + WDDLLRPGIEVITPSPLSSGSAKWNLLAPYAAKSDGGRNNQAGIDFVNTLVNEHVKLR + PGSGREATDVFVQGSGDVLISYENEAIATERAGKPVQHVTPPQTFKIENPLAVVATST + HLGAATAFRNFQYTVQAQKLWAQAGFRPVDPAVAADFADLFPVPAKLWTIADLGGWGS + VDPQLFDKATGSITKIYLRATG" + gene 2670208..2670537 + /locus_tag="BQ2027_MB2423" + CDS 2670208..2670537 + /locus_tag="BQ2027_MB2423" + /note="Mb2423, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv2401, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK46768 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (134 aa) but shorter 25 aa. + N-terminus extended since first submission (previously 72 + aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01038.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y130" + /translation="MRDFGQRSRSGGKAIAEHCRTHELHIRPRTGGESATTVQVGRSA + ANERADIAPRKTRCCVHVAKPNRIRLADQLARSSMGEKPGHDHQRNQRDQNQRDVRPR + HPGYLGA" + gene complement(2670522..2670725) + /locus_tag="BQ2027_MB2424C" + CDS complement(2670522..2670725) + /locus_tag="BQ2027_MB2424C" + /note="Mb2424c, -, len: 67 aa. Equivalent to Rv2401A, len: + 67 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 67 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, highly similar, but with 29 aa shorter, + to ML0614|AL583919_34|Q49760 from Mycobacterium leprae (95 + aa), FASTA scores: opt: 297, E(): 3.6e-15, (67.7% identity + in 65 aa overlap). Has hydrophobic stretch. Mb2424c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01039.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y141" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y141" + /translation="MGPMNGFLSWWDGVELWLSGLPFALQALAVMPVVLALAYFTAAL + LDALLGRVIQLIRRARRPDQAPR" + gene 2670853..2672937 + /locus_tag="BQ2027_MB2425" + CDS 2670853..2672937 + /locus_tag="BQ2027_MB2425" + /EC_number="3.2.1.28" + /note="Mb2425, -, len: 642 aa. Equivalent to Rv2402, len: + 642 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 642 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to others e.g. + 9X8C4|SCE36.11c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (FRAGMENT) + from Streptomyces coelicolor (612 aa), FASTA scores: opt: + 1283, E(): 6.5e-75, (41.9% identity in 623 aa overlap); + Q9RJ38|SCI8.15 HYPOTHETICAL 66.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (595 aa), FASTA scores: opt: 1152, + E(): 1.7e-66, (39.9% identity in 622 aa overlap), + Q9S223|CI51.17 HYPOTHETICAL 68.4 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (612 aa), FASTA scores: opt: 1146, + E(): 4.2e-66, (40.6% identity in 623 aa overlap); + YAY3_SCHPO|Q10211|c4h3.03c HYPOTHETICAL 74.5 kd PROTEIN + from Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (649 aa) + FASTA scores: opt: 999, E(): 1.3e-56, (35.0% identity in + 642 aa overlap); etc. Contains possible helix-turn-helix + motif, at aa 224-245 (+4.68 SD). Protein product from + Mb2425 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2425 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Trehalase (EC" + /protein_id="SIU01040.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y140" + /db_xref="InterPro:IPR008928" + /db_xref="InterPro:IPR011613" + /db_xref="InterPro:IPR012341" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y140" + /translation="MKWTPSKSTDDDVGMVLHAQPPDQSTETAREAKALAGATDGATA + TSADLHAPMALSSSSPLRNPFPPIADYAFLSDWETTCLISPAGSVEWLCVPRPDSPSV + FGAILDRSAGHFRLGPYGVSVPSARRYLPGSLIMETTWQTHTGWLIVRDALVMGKWHD + IERRSRTHRRTPMDWDAEHILLRTVRCVSGTVELMMSCEPAFDYHRLGATWEYSAEAY + GEAIARANTEPDAHPTLRLTTNLRIGLEGREARARTRMKEGDDVFVALSWTKHPPPQT + YDEAADKMWQTTECWRQWINIGNFPDHPWRAYLQRSALTLKGLTYSPTGALLAASTTS + LPETPRGERNWDYRYAWIRDSTFALWGLYTLGLDREADDFFAFIADVSGANNNERHPL + QVMYGVGGERSLVEAELHHLSGYDHARPVRIGNGAYNQRQHDIWGSILDSFYLHAKSR + EQVPENLWPVLKRQVEEAIKHWREPDRGIWEVRGEPQHFTSSKVMCWVALDRGAKLAE + RQGEKSYAQQWRAIADEIKADILEHGVDSRGVFTQRYGDEALDASLLLVVLTRFLPPD + DPRVRNTVLAIADELTEDGLVLRYRVHETDDGLSGEEGTFTICSFWLVSALVEIGEVG + RAKRLCERLLSFASPLLLYAEEIEPRSGRHLGNFPQAFTHLALINAVVHVIRAEEEAD + SSGMFQPANAPM" + gene complement(2673015..2673770) + /gene="lppR" + /locus_tag="BQ2027_MB2426C" + CDS complement(2673015..2673770) + /gene="lppR" + /locus_tag="BQ2027_MB2426C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2426c, lppR, len: 251 aa. Equivalent to Rv2403c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 251 aa overlap). Probable lppR, + conserved lipoprotein, with weak similarity with + MYCOBACTERIAL SERINE/THREONINE PROTEIN KINASES (EC + 2.7.1.-) e.g. AAK45563|MT1304 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (626 aa), FASTA scores: opt: + 186, E(): 0.00023, (24.4% identity in 238 aa overlap), and + the C-terminal part of Q11053|Rv1266c|MTCY50.16|PKNH_MYCTU + from Mycobacterium tuberculosis (626 aa), FASTA scores: + opt: 185, E()= 0.00027, (24.35% identity in 238 aa + overlap). Has signal peptide and appropriate positioned + prokaryotic lipoprotein attachment site (PS00013). Could + belong to the SER/THR FAMILY of protein kinases. Protein + product from Mb2426c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2426c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPR" + /protein_id="SIU01041.1" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y147" + /translation="MTNRWRWVVPLFAVFLAAGCTTTTTGKAGLAPNAVPRPLMGSLI + QRVPLDGAALSTLLNQPFQALPPFPPVFGGSDSLGDSDVSARPADCVGVGYLTQRNVY + RSVEVKSVARVSWRHDGSSVKVDDLDEGVVALPSAAAADDLFARFSAQWKECDGTTLT + VPASAFGQRSITDVRVADSVVAATVSLRRGTHSILASVPQARAVGVRGNCVVEVAVTF + FGITHPSDQGSADISTSAVDIAHAMMDRISELS" + gene complement(2673767..2675728) + /gene="lepA" + /locus_tag="BQ2027_MB2427C" + CDS complement(2673767..2675728) + /gene="lepA" + /locus_tag="BQ2027_MB2427C" + /note="Mb2427c, lepA, len: 653 aa. Equivalent to Rv2404c, + len: 653 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 653 aa overlap). Probable lepA, + GTP-binding protein (a protein of unknown function, but + apparently with membrane-related functions and very + similar to protein synthesis elongation factors; see + citations below). Equivalent to + P53530|LEPA_MYCLE|ML0611|B1937_F3_81 GTP-BINDING PROTEIN + from Mycobacterium leprae (646 aa), FASTA scores: opt: + 3610, E(): 1.2e-205, (88.0% identity in 649 aa overlap). + Also highly similar to many GTP-BINDING PROTEINS LEPA e.g. + Q9RDC9|LEPA_STRCO|SCC77.29c from Streptomyces coelicolor + (622 aa), FASTA scores: opt: 3046, E(): 2.3e-172, (74.3% + identity in 626 aa overlap); P37949|LEPA_BACSU from B. + subtilis (612 aa), FASTA scores: opt: 2430, E(): 5.3e-136, + (58.7% identity in 610 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00301 + GTP-binding elongation factors signature. BELONGS TO THE + GTP-BINDING ELONGATION FACTOR FAMILY, LEPA SUBFAMILY. + Protein product from Mb2427c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2427c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN LEPA (GTP-BINDING + ELONGATION FACTOR)" + /protein_id="SIU01042.1" + /db_xref="GOA:P65270" + /db_xref="InterPro:IPR000640" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR006297" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR013842" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031157" + /db_xref="InterPro:IPR035647" + /db_xref="InterPro:IPR035654" + /db_xref="InterPro:IPR038363" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65270" + /translation="MRTPCSQHRRDRPSAIGSQLPDADTLDTRQPPLQEIPISSFADK + TFTAPAQIRNFCIIAHIDHGKSTLADRMLQLTGVVDERSMRAQYLDRMDIERERGITI + KAQNVRLPWRVDKTDYVLHLIDTPGHVDFTYEVSRALEACEGAVLLVDAAQGIEAQTL + ANLYLALDRDLHIIPVLNKIDLPAADPDRYAAEMAHIIGCEPAEVLRVSGKTGEGVSD + LLDEVVRQVPPPQGDAEAPTRAMIFDSVYDIYRGVVTYVRVVDGKISPRERIMMMSTG + ATHELLEVGIVSPEPKPCEGLGVGEVGYLITGVKDVRQSKVGDTVTSLSRARGAAAEA + LTGYREPKPMVYSGLYPVDGSDYPNLRDALDKLQLNDAALTYEPETSVALGFGFRCGF + LGLLHMEITRERLEREFGLDLISTSPNVVYRVHKDDGTEIRVTNPSDWPEGKIRTVYE + PVVKTTIIAPSEFIGTIMELCQSRRGELGGMDYLSPERVELRYTMPLGEIIFDFFDAL + KSRTRGYASLDYEEAGEQEAALVKVDILLQGEAVDAFSAIVHKDTAYAYGNKMTTKLK + ELIPRQQFEVPVQAAIGSKIIARENIRAIRKDVLSKCYGGDITRKRKLLEKQKEGKKR + MKTIGRVEVPQEAFVAALSTDAAGDKGKK" + gene 2675749..2676318 + /locus_tag="BQ2027_MB2428" + CDS 2675749..2676318 + /locus_tag="BQ2027_MB2428" + /EC_number="6.5.1.4" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2428, -, len: 189 aa. Equivalent to Rv2405, len: + 189 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 189 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, identical (but N-terminus longer 40 + residues) to AAK46773|MT2477 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551. Also highly + similar, but N-terminus longer 38 residues, to + Q9RD03|SCCM1.41 HYPOTHETICAL 17.4 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (154 aa), FASTA scores: opt: 451, + E(): 2e-22, (48.7% identity in 154 aa overlap). Shows also + similarity with hypothetical proteins from other species. + Protein product from Mb2428 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2428 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNA 3'-terminal phosphate cyclase (EC" + /protein_id="SIU01043.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y120" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y120" + /translation="MQRFAENLVFTEAPKLVRHLQNTQETLRTIRQAVKITANIMTTA + VPSPPAEIAAGRPVTSTSCPTAARARRLVYAPDLDGRADPGEIVWTWVAYEQDPTRGK + DRPVLVVGRDRSVLLGLLVSSQERHAADRDWVGIGSGAWDYEGRESWVRLDRVLDVPE + ESIRREGAILEREVFDVVAARLRADYAWR" + gene complement(2676489..2676917) + /locus_tag="BQ2027_MB2429C" + CDS complement(2676489..2676917) + /locus_tag="BQ2027_MB2429C" + /note="Mb2429c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv2406c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. C-terminal region is identical with + many CBS DOMAIN PROTEIN e.g. AAK46774|MT2478 CBS DOMAIN + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (aa + 47-142), FASTA scores: opt: 594, E(): 1.9e-30, (98.97% + identity in 97 aa overlap); etc. Also similar to other + hypothetical proteins e.g. AAK24594|CC2626 CBS DOMAIN + PROTEIN from Caulobacter crescentus (157 aa), FASTA + scores: opt: 377, E(): 8.3e-17, (42.55% identity in 141 aa + overlap); BAB47826|MLR0188 from Rhizobium loti; etc. + Protein product from Mb2429c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2429c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CBS domain protein" + /protein_id="SIU01044.1" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B0" + /translation="MRIADVLRNKGAAVVTINPDATVGELLAGLAEQNIGAMVVVGAE + GVVGIVSERDVVRQLHTYGASVLSRPVAKIMSTTVATCTKSDTVDKISVLMTENRVRH + VPVLDGKKLIGIVSIGDVVKSRMGELEAEQQQLQSYITQG" + gene 2677177..2678019 + /gene="rnz" + /locus_tag="BQ2027_MB2430" + CDS 2677177..2678019 + /gene="rnz" + /locus_tag="BQ2027_MB2430" + /note="Mb2430, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv2407, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (97.5% identity in 280 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar (but longer at N-terminus) to + AAK46775|MT2479 putative arylsulfatase from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (224 aa) FASTA scores: opt: + 1433, E(): 2.5e-81, (96.43% identity in 224 aa overlap); + O33130|MLCL536.01 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (220 aa), FASTA scores: opt: 658, E(): 1.5e-33, + (56.75% identity in 215 aa overlap). Also similar to + AAK23160|CC1176 Metallo-beta-lactamase family protein from + Caulobacter crescentus (317 aa), FASTA scores: opt: 286, + E(): 1.8e-10, (33% identity in 291 aa overlap). And + similar to other hypothetical proteins eg + Q49744|B1937_C1_163 HYPOTHETICAL 22.6 KDA PROTEIN + (PRECURSOR) from Mycobacterium leprae (211 aa), FASTA + scores: opt: 623, E(): 2.1e-31, (56.3% identity in 206 aa + overlap); O27859|MTH1831 CONSERVED PROTEIN from + Methanothermobacter thermautotrophicus (307 aa), FASTA + scores: opt: 268, E(): 2.3e-09, (28.35% identity in 307 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 21 bp in-frame insertion leads to a + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (280 aa versus 273 aa). Protein + product from Mb2430 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2430 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MBL-fold metallo-hydrolase superfamily" + /protein_id="SIU01045.1" + /db_xref="GOA:Q7TYN1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR013471" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYN1" + /translation="MLEITLLGTGSPIPDPDRAGPSTLVRAGAQAFLVDCGRGVLQRA + AAVGVGAAGLSAVLLTHLHSDHIAELGDVLITSWVTNFAADPAPLPIIGPPGTAEVVE + ATLKAFGHDIGYRIAHHADLTTPPPIEVHEYTAGPAWDRDGVTIRVAPTDHRPVTPTI + GFRIESDGASVVLAGDTVPCDSLDQLAAGADALVHTVIRKDIVTQIPQQRVKDICDYH + SSVQEAAATANRAGVGTLVMTHYVPAIGPGQEEQWRALAATEFSGRIEVGNDLHRVEV + HPRR" + gene 2678612..2679331 + /gene="PE24" + /locus_tag="BQ2027_MB2431" + CDS 2678612..2679331 + /gene="PE24" + /locus_tag="BQ2027_MB2431" + /note="Mb2431, PE24, len: 239 aa. Equivalent to Rv2408, + len: 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 239 aa overlap). Possibly a member of + PE family, similar to AAK46440|MT2159 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (491 aa) FASTA scores: opt: + 269, E(): 5.4e-08, (38.45% identity in 156 aa overlap) and + AAK45466|MT1209 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (308 aa), FASTA scores: opt: 265, E(): 6.3e-08, + (36.0% identity in 197 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible pe family-related protein pe24" + /protein_id="SIU01046.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C0" + /translation="MLIARPDILCSRGPEAMRAKAADLDLAAAAKTVGVQPAADQVAA + AIAAILLSHAQIYQDISTQMAAFHDQLVENRTADSTSYASAEANAQQSLLNAMDAPSW + QQRRETVGEVGLPADPAGSGTATAAVAAATTARAGSRSAAQATVAPIGGLKLRRESAL + SQPGDLHHHVEVGDALPRVDPFQRGNVGVVAAYTHTDVLLGDLIVIGGVVVPPSTGPG + LNPGMAAPVYRLSHHGITLRV" + gene complement(2679089..2679928) + /locus_tag="BQ2027_MB2432C" + CDS complement(2679089..2679928) + /locus_tag="BQ2027_MB2432C" + /note="Mb2432c, -, len: 279 aa. Equivalent to Rv2409c, + len: 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 279 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49757|YP69_MYCLE|G466976|B1937_F2_39 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (279 aa), FASTA scores: opt: + 1564, E(): 4.6e-95, (82.1% identity in 279 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q9RSX6|DR1993 from Deinococcus + radiodurans (274 aa), FASTA scores: opt: 494, E(): 4e-25, + (35.1% identity in 282 aa overlap); BAB49898|Mll2875 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (294 aa), FASTA + scores: opt: 382, E(): 8.9e-18, (29.75% identity in 269 aa + overlap); Q9I305|PA1732 from Pseudomonas aeruginosa (266 + aa), FASTA scores: opt: 326, E(): 3.7e-14, (31.25% + identity in 275 aa overlap); etc. Also similar to + Rv2569c|MTCY227.32 from Mycobacterium tuberculosis. + Protein product from Mb2432c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2432c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing transglutaminase-like domain, + putative cysteine protease" + /protein_id="SIU01047.1" + /db_xref="InterPro:IPR002931" + /db_xref="InterPro:IPR013589" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H6" + /translation="MWRTRVVHTTGYVYQSPVTASYNEARLTPRSSSRQNLVLNRVET + IPATRSYRYIDYWGTAVTAFDLHAPHTELTVTSSSVVETERPEPLAAKATWADLQSTA + VIDRFDEVLRPTPHTPASARVDAVGRRIRKCHEPSEAVVAAARWARSELDYIPGTTSV + HSSGLDALEQGKGVCQDFVHLSLMVLRSMGIPCRYVSGYLHPKRDAVVGKTVDGRSHA + WVQAWTGGWWHYDPTNDNEITEQYISVGVGRDYTDVSPLKGIYSGEGVTDLDVVVEIT + RLA" + gene complement(2679928..2680905) + /locus_tag="BQ2027_MB2433C" + CDS complement(2679928..2680905) + /locus_tag="BQ2027_MB2433C" + /note="Mb2433c, -, len: 325 aa. Equivalent to Rv2410c, + len: 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 325 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q49770|CAC30114|ML0606 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae + (325 aa), FASTA scores: opt: 1928, E(): 3.5e-117, (90.75% + identity in 325 aa overlap). Also some similarity with + other hypothetical proteins e.g. Q9RST2|DR2041 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus radiodurans (316 + aa), FASTA scores: opt: 329, E(): 5.3e-14, (32.4% identity + in 318 aa overlap); C-terminus of Q9HUN7|PA4927 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (830 aa), + FASTA scores: opt: 297, E(): 1.5e-11, (27.6% identity in + 315 aa overlap); etc. Protein product from Mb2433c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2433c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing domains DUF403" + /protein_id="SIU01048.1" + /db_xref="InterPro:IPR007296" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y139" + /translation="MLARNAEALYWIGRYVERADDTARILDVAVHQLLEDSSVDPDQA + SRLLLRVLGIEPPDHELDVWSLTDLVAFSTNSQGGSSIVDAISAARENAKSAREVTSS + ETWECLNTTYNALPERERAAKRLGPHEFLSFIEGRAAMFAGLADSTLLRDDGYRFMLL + GRAIERVDMTVRLLLSRVGDSASSPAWVTLLRSAGAHDTYLRTYRGVLDAGRVVEFMM + LDRLFPRSVFHSLKLAEHNLAELMHNPHSRIGATTEAQRLLGQARSELEFVQPGVLLE + TLESRLAGLQTTCRDVGDALALQYFHAAPWVAWSDAGQRGQLVGSQEES" + gene complement(2680905..2682560) + /locus_tag="BQ2027_MB2434C" + CDS complement(2680905..2682560) + /locus_tag="BQ2027_MB2434C" + /note="Mb2434c, -, len: 551 aa. Equivalent to Rv2411c, + len: 551 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 551 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to + Q49755|YO11_MYCLE|ML0605|MLCL536.05c|U1937B|B1937_F1_4 + HYPOTHETICAL 61.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (561 aa), FASTA scores, opt: 3163, E(): 4.1e-178, (87.35% + identity in 554 aa overlap). Also highly similar, except + in N-terminus, to others e.g. Q55587|Y335_SYNY3|SLL0335 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (481 aa), FASTA scores: opt: 1620, E(): 1.2e-87, + (52.8% identity in 468 aa overlap); Q9I307|PA1730 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (470 aa), + FASTA scores: opt: 1574, E(): 5.8e-85, (52.7% identity in + 467 aa overlap); Q9RST1|DR2042 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (655 aa), FASTA + scores: opt: 1561, E(): 4.4e-84, (53.3% identity in 467 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2434c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2434c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing domains DUF404, DUF407" + /protein_id="SIU01049.1" + /db_xref="InterPro:IPR007302" + /db_xref="InterPro:IPR016450" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65002" + /translation="MRRVSLPNQLNETRRRSPTRGERIFGGYNTSDVYAMAFDEMFDA + QGIVRGPYKGIYAELAPSDASELKARADALGRAFIDQGITFSLSGQERPFPLDLVPRV + ISAPEWTRLERGITQRVKALECYLDDIYGDQEILRDGVIPRRLVTSCEHFHRQAVGIV + PPNGVRIHVAGIDLIRDHRGDFRVLEDNLRSPSGVSYVMENRRTMARVFPNLFATHRV + RAVDDYASHLLRALRNSAATNEADPTVVVLTPGVYNSAYFEHSLLARQMGVELVEGRD + LFCRDNQVYMRTTEGERQVDVIYRRIDDAFLDPLQFRADSVLGVAGLVNAARAGNVVL + SSAIGNGVGDDKLVYTYVPTMIEYYLHEKPLLANVETLRCWLDDEREEVLDRIRELVL + KPVEGSGGYGIVFGPEASQAELAAVSQKIRDDPRSWIAQPMMELSTVPTRIEGTLAPR + YVDLRPFAVNDGNEVWVLPGGLTRVALVEGSRVVNSSQGGGSKDTWVLAPRASAAARE + LGAAQIVRSLPQPLCDPTVDASGYEPHDQQPQQQQQQQQQAFH" + gene 2682670..2682930 + /gene="rpsT" + /locus_tag="BQ2027_MB2435" + CDS 2682670..2682930 + /gene="rpsT" + /locus_tag="BQ2027_MB2435" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2435, rpsT, len: 86 aa. Equivalent to Rv2412, + len: 86 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 86 aa overlap). Probable rpsT, 30s + ribosomal protein s20, equivalent to + O33132|RS20_MYCLE|L0604|MLCL536.06 30S RIBOSOMAL PROTEIN + S20 from Mycobacterium leprae (86 aa), FASTA scores: opt: + 456, E(): 4.6e-24, (87.20% identity in 86 aa overlap). + Also highly similar or similar to others e.g. + Q9RDM3|RPST|SCC123.01 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 from + Streptomyces coelicolor (88 aa), FASTA scores: opt: 363, + E(): 7.1e-18, (70.95% identity in 86 aa overlap); + Q9KD79|RPST|BH1339 RIBOSOMAL PROTEIN S20 (BS20) from + Bacillus halodurans (91 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): + 1.8e-10, (49.4% identity in 85 aa overlap); + P02378|RS20_ECOLI 30s ribosomal protein s20 from + Escherichia coli (86 aa), FASTA scores: opt: 210, E(): + 1e-07, (42.4% identity in 85 aa overlap); etc. BELONGS TO + THE S20P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb2435 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2435 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s20 rpst" + /protein_id="SIU01050.1" + /db_xref="GOA:P66506" + /db_xref="InterPro:IPR002583" + /db_xref="InterPro:IPR036510" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66506" + /translation="MANIKSQQKRNRTNERARLRNKAVKSSLRTAVRAFREAAHAGDK + AKAAELLASTNRKLDKAASKGVIHKNQAANKKSALAQALNKL" + gene complement(2682946..2683896) + /locus_tag="BQ2027_MB2436C" + CDS complement(2682946..2683896) + /locus_tag="BQ2027_MB2436C" + /EC_number="2.7.7.7" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2436c, -, len: 316 aa. Equivalent to Rv2413c, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 316 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + O33133|MLCL536.07c|ML0603|Q49756|G466975|B1937_F2_36 + hypothetical 39.1 KDA protein from Mycobacterium leprae + (389 aa), FASTA scores: opt: 1683, E(): 1.8e-88, (83.9% + identity in 316 aa overlap). ML0603 is a putative + lipoprotein with an N-terminal signal sequence and + appropriately positioned prokaryotic lipoprotein lipid + attachment site that is not present in Rv2413c as this + seems to be 73 aa shorter. Also some similarity with + various proteins from other organisms e.g. + Q9RDM2|SCC123.02c PUTATIVE DNA-BINDING PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (336 aa), FASTA scores: opt: 792, + E(): 6.1e-38, (42.4% identity in 316 aa overlap); + Q9HX31|HOLA|PA3989 DNA POLYMERASE III, DELTA SUBUNIT from + Pseudomonas aeruginosa (345 aa), FASTA scores: opt: 173, + E(): 0.0084, (25.4% identity in 307 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2436c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2436c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA polymerase III delta subunit (EC" + /protein_id="SIU01051.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y156" + /db_xref="InterPro:IPR008921" + /db_xref="InterPro:IPR010372" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y156" + /translation="MHLVLGDEELLVERAVADVLRSARQRAGTADVPVSRMRAGDVGA + YELAELLSPSLFAEERIVVLGAAAEAGKDAAAVIESAAADLPAGTVLVVVHSGGGRAK + SLANQLRSMGAQVHPCARITKVSERADFIRSEFASLRVKVDDETVTALLDAVGSDVRE + LASACSQLVADTGGAVDAAAVRRYHSGKAEVRGFDIADKAVAGDVAGAAEALRWAMMR + GEPLVVLADALAEAVHTIGRVGPQSGDPYRLAAQLGMPPWRVQKAQKQARRWSRDTVA + TAMRLVAELNANVKGAVADADYALESAVRQVAELVADRGR" + gene complement(2683901..2685472) + /locus_tag="BQ2027_MB2437C" + CDS complement(2683901..2685472) + /locus_tag="BQ2027_MB2437C" + /note="Mb2437c, -, len: 523 aa. Similar to Rv2414c, len: + 514 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 483 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with COME + OPERON PROTEINS 3 (COMEC OR COME3) e.g. Q9RTB1|DR1854 + PUTATIVE COMPETENCE PROTEIN COMEC/REC2 from Deinococcus + radiodurans (755 aa), FASTA scores: opt: 311, E(): + 8.2e-11, (27.3% identity in 538 aa overlap); + P73100|COME|SLL1929 COME PROTEIN from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (709 aa), FASTA scores: opt: 302, E(): + 2.6e-10, (26.3% identity in 323 aa overlap) (no similarity + on N-terminus); P39695|CME3_BACSU COME OPERON PROTEIN 3 + from Bacillus subtilis (776 aa), FASTA scores: opt: 273, + E(): 1.4e-08, (25.2% identity in 282 aa overlap) (no + similarity on N-terminus); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-t) leads to a longer product with + a different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis H37Rv (523 aa versus 514 aa). + Mb2437c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA internalization-related competence protein + ComEC/Rec2" + /protein_id="SIU01052.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y162" + /db_xref="InterPro:IPR004477" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y162" + /translation="MGFGASRLDVRLVPAALVSWIVTAAGIVWPIGNVCALCCVVVAL + GGGALWWCVARRSWHAPRLGSISAGLVAVGMVGAGYGLAVALRSEAVDRHPITVAFGT + SALVTVTPSESPVSLGRGRLMFRATVQRLRDDETSGRVVVFARALDFGELMVGQPVQF + RARISRPARHDLTVAVFNATGRPTVGRAGPVHRAAHIVRHRFAAAVREVLPADQATML + PALVLGDTSTVTALTSREFRAAGLTHLTAVSGANVTIVCAAALVSARLIGPRAAVVCA + AVALVAFVILVQPTASVLRAAVMGAIALVGMLSARRRQAIPALSGSVLVLLAAAPHLA + VDIGFALSVAATGALVVIAPVWSRRLVDRGCPKVLADALAVAAAAQLVTAPLVAAISG + RVSLVAVVANLAVAAVIAPITVLGSVAAVLVVPWPAGAQVLIRFTGPEVWWVLRVAHW + ASGVPAATVPVAAGLPGVLLVGGATVFTVAQWRLALVSRGHVQNDGGGRHMSACLVAV + RAGRPFVTPSWGERG" + gene complement(2685487..2686380) + /locus_tag="BQ2027_MB2438C" + CDS complement(2685487..2686380) + /locus_tag="BQ2027_MB2438C" + /note="Mb2438c, -, len: 297 aa. Equivalent to Rv2415c, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 297 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity in C-terminal part to comE operon + proteins 1 e.g. Q9EU10|COME|COME4|COME1|COME2|COME3 COME + PROTEIN (a competence protein with DNA-binding activity) + from Neisseria gonorrhoeae (99 aa), FASTA scores: opt: + 190, E(): 0.0032, (49.2% identity in 61 aa overlap); + Q9JYB8|NMB1657 from Neisseria meningitidis (205 aa) FASTA + scores: opt: 191, E(): 0.0052, (49.2% identity in 61 aa + overlap); CME1_BACSU|P39694 come operon protein 1 from + Bacillus subtilis (205 aa), FASTA scores, opt: 181, E(): + 0.017 (29.8% identity in 218 aa overlap); etc. Mb2438c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Late competence protein ComEA, DNA receptor" + /protein_id="SIU01053.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y127" + /db_xref="InterPro:IPR003583" + /db_xref="InterPro:IPR010994" + /db_xref="InterPro:IPR019554" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y127" + /translation="MRTELPAERLQRRLGAVPDIDSHAASAHLDPEPHDPTDDGPDHD + EPRDDPNSLLPRWLPDTSRGQGWADRIRADPGRAGAVALAVIAALAVLVTVFTLIRDR + TEPVMSAKLPPVEPVSPTNPRSSASPGSPDRSGLPVVVSVVGLVHTPGLVTLAPGARI + ADALQAAGGAVDGADTVGLNMARQLGDGEQIVVGLAPPSGQPRVLGSSVGAGTPGPAG + TSGTATTGPKTAPKTAEVLDLNTATVEQLDALPGIGPVTAAAIVAWRQRNGRFTSVDQ + LADVDGIGPARLDKLRNLVRV" + gene complement(2686720..2687946) + /gene="eis" + /locus_tag="BQ2027_MB2439C" + CDS complement(2686720..2687946) + /gene="eis" + /locus_tag="BQ2027_MB2439C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2439c, -, len: 408 aa. Equivalent to Rv2416c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 408 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, sharing similarity with Q9F309|SCC80.10 + HYPOTHETICAL 44.7 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (413 aa), FASTA scores: opt: 382, E(): 1e-16, (31.45% + identity in 407 aa overlap); Q9K4F4|SCD66.23 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (418 + aa), FASTA scores: opt: 238, E(): 1.3e-07, (36.5% identity + in 364 aa overlap): and Q54238|G1139577|ORF5 hypothetical + protein from Streptomyces griseus (416 aa), FASTA scores: + opt: 237, E(): 1.5e-07, (34.0 identity in 423 aa overlap). + Protein product from Mb2439c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2439c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="enhanced intracellular survival protein + eis,gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01054.1" + /db_xref="GOA:P59772" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR022902" + /db_xref="InterPro:IPR025559" + /db_xref="InterPro:IPR036527" + /db_xref="InterPro:IPR041380" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59772" + /translation="MPQSDSVTVTLCSPTEDDWPGMFLLAAASFTDFIGPESATAWRT + LVPTDGAVVVRDGAGPGSEVVGMALYMDLRLAVPGEVVLPTAGLSFVAVAPTHRRRGL + LRAMCAELHRRIADSGYPVAALHASEGGIYGRFGYGPATTLHELTVDRRFARFHADAP + GGGLGGSSVRLVRPTEHRGEFEAIYERWRQQVPGGLLRPQVLWDELLAECKAAPGGDR + ESFALLHPDGYALYRVDRTDLKLARVSELRAVTADAHCALWRALIGLDSMERISIITH + PQDPLPHLLTDTRLARTTWRQDGLWLRIMNVPAALEARGYAHEVGEFSTVLEVSDGGR + FALKIGDGRARCTPTDAAAEIEMDRDVLGSLYLGAHRASTLAAANRLRTKDSQLLRRL + DAAFASDVPVQTAFEF" + gene complement(2688068..2688910) + /locus_tag="BQ2027_MB2440C" + CDS complement(2688068..2688910) + /locus_tag="BQ2027_MB2440C" + /note="Mb2440c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv2417c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9RDL7|SCC123.07c + HYPOTHETICAL 29.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (281 aa), FASTA scores: opt: 579, E(): 3.6e-27, (38.3% + identity in 274 aa overlap). Also some similarity with + DEGV proteins or hypothetical proteins from other + organisms, e.g. Q9RSY3|DR1986 from Deinococcus radiodurans + (281 aa), FASTA scores: opt: 393, E(): 3.4e-16, (31.0% + identity in 280 aa overlap); P32436|DEGV_BACSU from + Bacillus subtilis (281 aa), FASTA scores: opt: 365, E(): + 1.5e-14, (27.8% identity in 284 aa overlap); + BAB41937|BAB46307|SA0704|SAV0749 Conserved hypothetical + protein from Staphylococcus aureus strain Mu50 and N315 + (288 aa), FASTA scores: opt: 371, E(): 7e-15, (28.85% + identity in 281 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2440c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2440c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DegV family protein" + /protein_id="SIU01055.1" + /db_xref="GOA:P67369" + /db_xref="InterPro:IPR003797" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67369" + /translation="MTVVVVTDTSCRLPADLREQWSIRQVPLHILLDGLDLRDGVDEI + PDDIHKRHATTAGATPVELSAAYQRALADSGGDGVVAVHISSALSGTFRAAELTAAEL + GPAVRVIDSRSAAMGVGFAALAAGRAAAAGDELDTVARAAAAAVSRIHAFVAVARLDN + LRRSGRISGAKAWLGTALALKPLLSVDDGKLVLVQRVRTVSNATAVMIDRVCQLVGDR + PAALAVHHVADPAAANDVAAALAERLPACEPAMVTAMGPVLALHVGAGAVGVCVDVGA + SPPA" + gene complement(2688991..2689734) + /gene="octT" + /locus_tag="BQ2027_MB2441C" + CDS complement(2688991..2689734) + /gene="octT" + /locus_tag="BQ2027_MB2441C" + /EC_number="2.3.1.273" + /note="Mb2441c, -, len: 247 aa. Equivalent to Rv2418c, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2441c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2441c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Diglucosylglycerate octanoyltransferase (DGG + octanoyltransferase) (EC" + /protein_id="SIU01056.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D0" + /translation="MSSRRGRRPALLVFADSLAYYGPTGGLPADDPRIWPNIVASQLD + WDLELIGRIGWTCRDVWWAATQDPRAWAALPRAGAVIFATGGMDSLPSVLPTALRELI + RYVRPSWLRRWVRDGYAWVQPRLSPVARAALPPHLTAEYLEKTRGAIDFNRPGIPIIA + SLPSVHIAETYGKAHHGRAGTVAAITEWAQHHDIPLVDLKAAVAEQILSGYGNRDGIH + WNFEAHQAVAELMLKALAEAGVPNEKSRG" + gene complement(2689724..2690395) + /gene="gpgp" + /locus_tag="BQ2027_MB2442C" + CDS complement(2689724..2690395) + /gene="gpgp" + /locus_tag="BQ2027_MB2442C" + /note="Mb2442c, -, len: 223 aa. Equivalent to Rv2419c, + len: 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 223 aa overlap). Probable + phosphoglycerate mutase (EC 5.4.2.1), equivalent to + Q9CC00|ML1452 POSSIBLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from + Mycobacterium leprae (224 aa), FASTA scores: opt: 1206, + E(): 8.8e-68, (80.35% identity in 224 aa overlap). Also + highly similar to Q9RDL0|SCC123.14c PUTATIVE + PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from Streptomyces coelicolor (223 + aa), FASTA scores: opt: 431, E(): 9.4e-20, (40.85% + identity in 213 aa overlap); and similar to others e.g. + Q9RVD2|DR1097 from Deinococcus radiodurans (232 aa), FASTA + scores: opt: 291, E(): 4.6e-11, (39.3% identity in 173 aa + overlap); etc. Some similarity to + Q10512|Rv2228c|Y019_MYCTU|MT2287|MTcy427.09c hypothetical + 39.2 kd protein from Mycobacterium tuberculosis (364 aa) + FASTA scores: opt: 196, E(): 2.8e-06, (45.6% identity in + 79 aa overlap). Contains PS00175 Phosphoglycerate mutase + family phosphohistidine signature. BELONGS TO THE + PHOSPHOGLYCERATE MUTASE FAMILY. Protein product from + Mb2442c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2442c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase gpgp" + /protein_id="SIU01057.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I3" + /db_xref="InterPro:IPR001345" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I3" + /translation="MRARRLVMLRHGQTDYNVGSRMQGQLDTELSELGRTQAVAAAEV + LGKRQPLLIVSSDLRRAYDTAVKLGERTGLVVRVDTRLRETHLGDWQGLTHAQIDADA + PGARLAWREDATWAPHGGESRVDVAARSRPLVAELVASEPEWGGADEPDRPVVLVAHG + GLIAVLSAALLKLPVANWPALGGMGNASWTQLSGHWAPGSDFESIRWRLDVWNASAQV + SSDVL" + gene complement(2690392..2690772) + /gene="rsfS" + /locus_tag="BQ2027_MB2443C" + CDS complement(2690392..2690772) + /gene="rsfS" + /locus_tag="BQ2027_MB2443C" + /note="Mb2443c, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv2420c, + len: 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBZ9|ML1453 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (129 aa), + FASTA scores: opt: 681, E(): 1.6e-38, (87.0% identity in + 123 aa overlap). Also highly similar to Q9RDK9|SCC123.15c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (148 + aa), FASTA scores: opt: 447, E(): 5.8e-23, (52.7% identity + in 129 aa overlap); and similar to others e.g. + P54457|YQEL_BACSU HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + subtilis (118 aa), FASTA scores: opt: 318, E(): 1.8e-14, + (37.3% identity in 110 aa overlap); Q9KD89|BH1328 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (117 aa), + FASTA scores: opt: 296, E(): 5.1e-13, (37.6% identity in + 109 aa overlap); etc. Protein product from Mb2443c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2443c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribosomal silencing factor RsfA" + /protein_id="SIU01058.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y150" + /db_xref="InterPro:IPR004394" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y150" + /translation="MTANREAIDMARVAAGAAAAKLADDVVVIDVSGQLVITDCFVIA + SGSNERQVNAIVDEVEEKMRQAGYRPARREGAREGRWTLLDYRDIVVHIQHQDDRNFY + ALDRLWGDCPVVPVDLSANSAGAQ" + gene complement(2690769..2691404) + /gene="nadD" + /locus_tag="BQ2027_MB2444C" + CDS complement(2690769..2691404) + /gene="nadD" + /locus_tag="BQ2027_MB2444C" + /note="Mb2444c, nadD, len: 211 aa. Equivalent to Rv2421c, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 211 aa overlap). Probable nadD, + nicotinate-nucleotide adenylyltransferase (EC 2.7.7.18), + equivalent to Q9CBZ8|NADD_MYCLE|ML1454 PROBABLE + NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (214 aa), FASTA scores: opt: 1125, + E(): 2.7e-66, (80.2% identity in 212 aa overlap). Also + highly similar to Q9RDK7|NADD_STRCO PROBABLE + NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (188 aa), FASTA scores: opt: 855, + E(): 9.8e-49, (66.5% identity in 194 aa overlap); and + similar to others e.g. P54455|NADD_BACSU from Bacillus + subtilis (189 aa), FASTA scores: opt: 351, E(): 7e-16, + (36.1% identity in 191 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + NADD FAMILY. Protein product from Mb2444c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2444c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NICOTINATE-NUCLEOTIDE + ADENYLYLTRANSFERASE NADD (DEAMIDO-NAD(+) + PYROPHOSPHORYLASE) (DEAMIDO-NAD(+) DIPHOSPHORYLASE) + (NICOTINATE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE) (NAMN + ADENYLYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01059.1" + /db_xref="GOA:Q7TYM1" + /db_xref="InterPro:IPR004821" + /db_xref="InterPro:IPR005248" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYM1" + /translation="MGGTFDPIHYGHLVAASEVADLFDLDEVVFVPSGQPWQKGRQVS + AAEHRYLMTVIATASNPRFSVSRVDIDRGGPTYTKDTLADLHALHPDSELYFTTGADA + LASIMSWQGWEELFELARFVGVSRPGYELRNEHITSLLGQLAKDALTLVEIPALAISS + TDCRQRAEQSRPLWYLMPDSVVQYVSKCRLYCGACDAGARSTTSLAAGNGL" + gene 2691679..2691951 + /locus_tag="BQ2027_MB2445" + CDS 2691679..2691951 + /locus_tag="BQ2027_MB2445" + /note="Mb2445, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv2422, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01060.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y160" + /translation="MPASVSTVLVDTSVAVAPVVADHDHHEDTFQALRGRTLGLAGHA + AFERRTLATVAKLLAHTFPATRFLGAGAAMSLLPELAPAEIAGGAV" + gene 2692193..2693239 + /locus_tag="BQ2027_MB2446" + CDS 2692193..2693239 + /locus_tag="BQ2027_MB2446" + /note="Mb2446, -, len: 348 aa. Equivalent to Rv2423, len: + 348 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 348 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2446 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2446 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU01061.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y166" + /translation="MDNLPIESAESTRLAKAAMTRRFYTRSVVKGEITLPAVPSMIDE + YVTMCAGLFAGVGRKFSDEELAHLRAVLQGQLAEAYAASQRSTIVISYNAPMGPTLHY + QVRAQWRTVAQEYENWIATREPPLFGTEPDARVWALANEAADPTTHRVLEIGAGTGRN + ALALARRGHPVDVVEMTPKFADIIRSDAERDSLDVRVIMRDVFSTMDDLRQDYQLMVL + SEVVPDFRTTQQLRNLFELAAQCLAPGARLVFNAFLANGDYAPDQAAREFGQQMYTGM + CTRAEMSAAAAGLPLELVADDSVYDYEKTHLPPGAWPPTSWYADWIRGLDVFTTNVES + CPIEMRWLVFQRRR" + gene complement(2693240..2694450) + /locus_tag="BQ2027_IS1558-2" + mobile_element complement(2693240..2694450) + /locus_tag="BQ2027_IS1558-2" + /note="IS1558-2, len: 1211 nt. Equivalent to IS1558, len: + 999 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.4% identity in 999 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1558" + repeat_region 2693240..2693252 + /note="13 bp imperfect inverted repeat, IRR,GCAGTCGTAAAAG, + flanking IS element IS1558." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(2693372..2694064) + /locus_tag="BQ2027_MB2447C" + CDS complement(2693372..2694064) + /locus_tag="BQ2027_MB2447C" + /note="Mb2447c, -, len: 230 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2424c, len: 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.7% identity in 230 aa overlap). Probable + transposase for IS1558, similar to IS element proteins + e.g. AL021957|Rv2177c|MTV021_10 from Mycobacterium + tuberculosis (221 aa), FASTA scores: opt: 1491, E(): + 6.2e-87, (98.6% identity in 221 aa overlap); + P19780|YIS1_STRCO HYPOTHETICAL INSERTION ELEMENT IS110 + from Streptomyces coelicolor (45 aa), FASTA scores: opt: + 203, E(): 1.7e-05; (27.3% identity in 238 aa overlap); + etc. Contains PS01159 WW/rsp5/WWP domain signature. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2424c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + deletion (gt-*) splits Rv2424c into 2 parts, Mb2447c and + Mb2448c. Mb2447c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01062.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y171" + /db_xref="InterPro:IPR003346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y171" + /translation="MLADLARGSMRSKIPDLQRALEGRFDDHHALMCRLHLAHLDQLD + AMIGALDEQIEQLMHPFCARRELIASIPGIGVGASATVISEIGADPAAWFPSAEHLAS + WVRLCPGNHESAGKRHHGARRTGNQHLQPVLVECAWAAVRTDGYLREYYRRQVRKFGG + FRSPAANKKAIIAVAHKLIVIIWHVLATGRPYQDLGADYFTTRMDPDKERRRLVAKLE + AQGLGVTLEPAA" + gene complement(2694078..2694371) + /locus_tag="BQ2027_MB2448C" + CDS complement(2694078..2694371) + /locus_tag="BQ2027_MB2448C" + /note="Mb2448c, -, len: 97 aa. Similar to 5' end of + Rv2424c, len: 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 67 aa overlap). Probable + transposase for IS1558, similar to IS element proteins + e.g. AL021957|Rv2177c|MTV021_10 from Mycobacterium + tuberculosis (221 aa), FASTA scores: opt: 1491, E(): + 6.2e-87, (98.6% identity in 221 aa overlap); + P19780|YIS1_STRCO HYPOTHETICAL INSERTION ELEMENT IS110 + from Streptomyces coelicolor (45 aa), FASTA scores: opt: + 203, E(): 1.7e-05; (27.3% identity in 238 aa overlap); + etc. Contains PS01159 WW/rsp5/WWP domain signature. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2424c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + deletion (gt-*) splits Rv2424c into 2 parts, Mb2447c and + Mb2448c. Mb2448c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01063.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y137" + /translation="MQCRAREERPGRKTDLLDAEWLVHLLECGLLRGWLIPPADIKAA + RDVIRYRRKLVEHRTSKLQRLGNASRRRDQGRQRGVLGHPQVGAGDGGGAHRR" + repeat_region complement(2694438..2694450) + /locus_tag="BQ2027_IS1558-2" + /note="13 bp imperfect inverted repeat, IRL,GCAGTCGCAAAAG, + flanking IS element IS1558." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(2694460..2695902) + /locus_tag="BQ2027_MB2449C" + CDS complement(2694460..2695902) + /locus_tag="BQ2027_MB2449C" + /note="Mb2449c, -, len: 480 aa. Equivalent to Rv2425c, + len: 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 480 aa overlap). Hypothetical protein; + C-terminal half shares similarity to other unknown + conserved proteins e.g. Q53065 HYPOTHETICAL 24.3 KDA + PROTEIN from Rhodococcus erythropolis (219 aa), FASTA + scores: opt: 398, E(): 9.9e-17, (34.15% identity in 202 aa + overlap); C-terminus of O27843|MTH1815 CONSERVED PROTEIN + from Methanothermobacter thermautotrophicus (346 aa), + FASTA scores: opt: 341, E(): 3.7e-13, (31.35% identity in + 233 aa overlap); etc. Protein product from Mb2449c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2449c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Carbon monoxide oxidation accessory protein + CoxE" + /protein_id="SIU01064.1" + /db_xref="InterPro:IPR008912" + /db_xref="InterPro:IPR011195" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C9" + /translation="MAARRIRAARPLAPHGLPGHLVGFVEALRGSGISVGPSETVDAG + RVMATLGLGDREVLREGIACAVLRRPDHRDTYDAMFDLWFPAALGARAVITTEDESAG + SGGLPPDDVEAMRQLLLDLLANNQDLAGKDERLVEMIARIVEAYGKYSSSRGPSFSSY + QALKAMALDELEGKLLAGLLAPYGDEPTATQEQIAKALAAQKIAQLRRMVDAETKRRT + AEQLGREHVQMYGIPQLSENVEFLRASGEQLRQMRRVVAPLARTLATRLAARRRRARA + GSIDLRKTLRKSMSTGGVPIDLVLHKPRPARPELVVLCDVSGSVAGFSHFTLLLVHAL + RQQFSRVRVFAFIDSTDEVTHMFGPESDLAIAIQRITREAGVYARDGHSDYGNAFVSF + MQGFPNVLSPRSSLLVLGDGRTNYRNPATDVLADMVTASRHAHWLNPEPKHLWGSGDS + AVPRYQEVITMHECRSAKQLATVIDQLLPV" + gene complement(2695902..2696777) + /locus_tag="BQ2027_MB2450C" + CDS complement(2695902..2696777) + /locus_tag="BQ2027_MB2450C" + /note="Mb2450c, -, len: 291 aa. Equivalent to Rv2426c, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 291 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others e.g. Q51326|ORF4 from + Pseudomonas carboxydovorans (295 aa), FASTA scores: opt: + 853, E(): 3.7e-43, (48.75% identity in 277 aa overlap); + BAB47746|MLR0088 from Rhizobium loti (309 aa), FASTA + scores: opt :809, E(): 1.5e-40, (46.5% identity in 291 aa + overlap); Q9Y9R8|APE2220 from Aeropyrum pernix (297 aa), + FASTA scores: opt: 763, E(): 7.4e-38, (47.1% identity in + 261 aa overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). Protein product from Mb2450c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2450c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Carbon monoxide oxidation accessory protein + CoxD" + /protein_id="SIU01065.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Z5" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011704" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Z5" + /translation="MTVPARPTPLFADIADVSRRLAETGYLPDTATATAVFLADRLGK + PLLVEGPAGVGKTELARAVAQATGSGLVRLQCYEGVDEARALYEWNHAKQILRIQAGS + GDWEATKTDVLSEEFLLQRPLLTAIRRTEPTVLLIDETDKADIEIEGLLLEVLSDFAV + TVPELGTLTATRAPFVLLTSNATRELSEALKRRCLYLHIDFPTPELERRILLSRVPEL + PEHFAEELVRIIGVLRGMQLKKVPSIAETIDWGRTVLALGLDTIDDAVVAATLGVVLK + HQSDQQRATGELRLN" + gene complement(2696804..2698051) + /gene="proA" + /locus_tag="BQ2027_MB2451C" + CDS complement(2696804..2698051) + /gene="proA" + /locus_tag="BQ2027_MB2451C" + /note="Mb2451c, proA, len: 415 aa. Equivalent to Rv2427c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 415 aa overlap). Probable proA, + gamma-glutamyl phosphate reductase protein (EC 1.2.1.41), + equivalent to Q9CBZ7|ML1458|PROA [GAMMA]-GLUTAMYL + PHOSPHATE REDUCTASE from Mycobacterium leprae (409 aa), + FASTA scores: opt: 2120, E(): 7.4e-118, (81.9% identity in + 409 aa overlap). Also highly similar or similar to other + GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASES PROTEINS (GPR) e.g. + Q9RDK1|PROA from Streptomyces coelicolor (428 aa), FASTA + scores: opt: 1073, E(): 4.6e-56, (60.4% identity in 429 aa + overlap); P45638|PROA_CORGL from Corynebacterium + glutamicum (432 aa), FASTA scores: opt: 993, E(): 2.4e-51, + (58.5% identity in 417 aa overlap); P96489|PROA_STRTR + GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE from Streptococcus + thermophilus (416 aa), FASTA scores: opt: 863, E(): + 1.1e-43, (49.15% identity in 413 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE FAMILY. Protein + product from Mb2451c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2451c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE + PROTEIN PROA (GPR) (GLUTAMATE-5-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE) (GLUTAMYL-GAMMA-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01066.1" + /db_xref="GOA:P65789" + /db_xref="InterPro:IPR000965" + /db_xref="InterPro:IPR012134" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="InterPro:IPR020593" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65789" + /translation="MTVPAPSQLDLRQEVHDAARRARVAARRLASLPTTVKDRALHAA + ADELLAHRDQILAANAEDLNAAREADTPAAMLDRLSLNPQRVDGIAAGLRQVAGLRDP + VGEVLRGYTLPNGLQLRQQRVPLGVVGMIYEGRPNVTVDAFGLTLKSGNAALLRGSSS + AAKSNEALVAVLRTALVGLELPADAVQLLSAADRATVTHLIQARGLVDVVIPRGGAGL + IEAVVRDAQVPTIETGVGNCHVYVHQAADLDVAERILLNSKTRRPSVCNAAETLLVDA + AIAETALPRLLAALQHAGVTVHLDPDEADLRREYLSLDIAVAVVDGVDAAIAHINEYG + TGHTEAIVTTNLDAAQRFTEQIDAAAVMVNASTAFTDGEQFGFGAEIGISTQKLHARG + PMGLPELTSTKWIAWGAGHTRPA" + gene complement(2698134..2698439) + /locus_tag="BQ2027_MB2452C" + CDS complement(2698134..2698439) + /locus_tag="BQ2027_MB2452C" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb2452c, -, len: 101 aa. Equivalent to the second part of + oxyR' pseudogene (see citation below)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01067.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J3" + /translation="MHEGHCLRDQTLDAAQHPGGVAGHRRAVRDRRAGGDTDSADRGR + RRDHAKPAGTRPIRRPCPARRIGLVFSSFGGREKSYQRLAGIIGKLIRGDRQVRLIA" + gene complement(2698440..2698634) + /locus_tag="BQ2027_MB2453C" + CDS complement(2698440..2698634) + /locus_tag="BQ2027_MB2453C" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb2453c, -, len: 64 aa. Equivalent to the first part of + oxyR' pseudogene. Mb2453c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01068.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y157" + /translation="MAGLRAFAAVAAKQWFSSAASILDMSQSTLRRAVVGSRSRCTPR + ACLSGKQRVPLTALSELTLL" + gene 2698767..2699354 + /gene="ahpC" + /locus_tag="BQ2027_MB2454" + CDS 2698767..2699354 + /gene="ahpC" + /locus_tag="BQ2027_MB2454" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2454, ahpC, len: 195 aa. Equivalent to Rv2428, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 195 aa overlap). ahpC, alkyl + hydroperoxide reductase C (EC 1.-.-.-) (see citations + below), equivalent to other alkyl hydroperoxide reductases + C mycobacterial proteins e.g. Q9CBF5|AHPC|ML2042 ALKYL + HYDROPEROXIDE REDUCTASE from Mycobacterium leprae (195 aa) + FASTA scores: opt: 1183, E(): 2.6e-72, (88.20% identity in + 195 aa overlap); O87323|AHPC from Mycobacterium marinum + (195 aa), FASTA scores: opt: 1215, E(): 1.9e-74, (90.8% + identity in 195 aa overlap); Q57413|AHPC|AVI-3 from + Mycobacterium avium (195 aa), FASTA scores: opt: 1201, + E(): 1.6e-73, (90.25% identity in 195 aa overlap). Also + highly similar to others from other organisms e.g. + Q9FBP5|AHPC ALKYL HYDROPEROXIDE REDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (184 aa), FASTA scores: opt: 768, + E(): 1.7e-44, (62.45% identity in 189 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2454 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2454 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALKYL HYDROPEROXIDE REDUCTASE C PROTEIN AHPC + (ALKYL HYDROPEROXIDASE C)" + /protein_id="SIU01069.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y168" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR024706" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y168" + /translation="MPLLTIGDQFPAYQLTALIGGDLSKVDAKQPGDYFTTITSDEHP + GKWRVVFFWPKDFTFVCPTEIAAFSKLNDEFEDRDAQILGVSIDSEFAHFQWRAQHND + LKTLPFPMLSDIKRELSQAAGVLNADGVADRVTFIVDPNNEIQFVSATAGSVGRNVDE + VLRVLDALQSDELCACNWRKGDPTLDAGELLKASA" + gene 2699380..2699913 + /gene="ahpD" + /locus_tag="BQ2027_MB2455" + CDS 2699380..2699913 + /gene="ahpD" + /locus_tag="BQ2027_MB2455" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2455, ahpD, len: 177 aa. Equivalent to Rv2429, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 177 aa overlap). ahpD, alkyl + hydroperoxide reductase (EC 1.-.-.-), similar to other + alkyl hydroperoxide reductases D proteins e.g. Q9RN73|AHPD + from Streptomyces coelicolor (178 aa), FASTA scores: opt: + 611, E(): 1.4e-33, (57.4% identity in 169 aa overlap); + Q50441|AHPD_MYCSM AHPD PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium smegmatis (52 aa), FASTA score: opt:196. + Protein product from Mb2455 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2455 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALKYL HYDROPEROXIDE REDUCTASE D PROTEIN AHPD + (ALKYL HYDROPEROXIDASE D)" + /protein_id="SIU01070.1" + /db_xref="GOA:P0A5N5" + /db_xref="InterPro:IPR003779" + /db_xref="InterPro:IPR004674" + /db_xref="InterPro:IPR004675" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5N5" + /translation="MSIEKLKAALPEYAKDIKLNLSSITRSSVLDQEQLWGTLLASAA + ATRNPQVLADIGAEATDHLSAAARHAALGAAAIMGMNNVFYRGRGFLEGRYDDLRPGL + RMNIIANPGIPKANFELWSFAVSAINGCSHCLVAHEHTLRTVGVDREAIFEALKAAAI + VSGVAQALATIEALSPS" + gene complement(2699910..2700494) + /gene="PPE41" + /locus_tag="BQ2027_MB2456C" + CDS complement(2699910..2700494) + /gene="PPE41" + /locus_tag="BQ2027_MB2456C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2456c, PPE41, len: 194 aa. Equivalent to Rv2430c, + len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 194 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family similar to others + e.g. AAK46014|Rv1745|MT1745 from Mycobacterium + tuberculosis (385 aa) FASTA scores: opt: 389, E(): + 1.2e-17, (35.95% identity in 192 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2456c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2456c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe41" + /protein_id="SIU01071.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y173" + /translation="MHFEAYPPEVNSANIYAGPGPDSMLAAARAWRSLDVEMTAVQRS + FNRTLLSLMDAWAGPVVMQLMEAAKPFVRWLTDLCVQLSEVERQIHEIVRAYEWAHHD + MVPLAQIYNNRAERQILIDNNALGQFTAQIADLDQEYDDFWDEDGEVMRDYRLRVSDA + LSKLTPWKAPPPIAHSTVLVAPVSPSTASSRTDT" + gene complement(2700541..2700840) + /gene="PE25" + /locus_tag="BQ2027_MB2457C" + CDS complement(2700541..2700840) + /gene="PE25" + /locus_tag="BQ2027_MB2457C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2457c, PE25, len: 99 aa. Equivalent to Rv2431c, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family (see first citation + below), similar to others e.g. AAK47158|MT2839 from + Mycobacterium tuberculosis (275 aa) FASTA scores: opt: + 194, E(): 2.5e-06, (40.0% identity in 95 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2457c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2457c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe25" + /protein_id="SIU01072.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y179" + /translation="MSFVITNPEALTVAATEVRRIRDRAIQSDAQVAPMTTAVRPPAA + DLVSEKAATFLVEYARKYRQTIAAAAVVLEEFAHALTTGADKYATAEADNIKTFS" + gene complement(2701011..2701421) + /locus_tag="BQ2027_MB2458C" + CDS complement(2701011..2701421) + /locus_tag="BQ2027_MB2458C" + /note="Mb2458c, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv2432c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2458c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01073.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y148" + /translation="MTVRAEHCRGAGGCDECPSVMPEHPTALFHDVAAIALAQPGAEP + GAMMGFPCRPALLPHLSRAVMRCVRTRSASTSLGVSVIAGQLPAAGSRHRLGAPCRHV + RWWLASDGHWGMVSYIPTALNVSMGGIVGWRCVP" + gene complement(2701418..2701708) + /locus_tag="BQ2027_MB2459C" + CDS complement(2701418..2701708) + /locus_tag="BQ2027_MB2459C" + /note="Mb2459c, -, len: 96 aa. Equivalent to Rv2433c, len: + 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01074.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D5" + /translation="MGLRDADERWDTVGQAIGLFLRGHTLRTAAPTALIVGTVLCAVN + QGATLAEGAATIGTWVRMVINYLVPFLVASVGYLGARRGVRRASGRSDPSAQ" + gene complement(2701689..2703134) + /locus_tag="BQ2027_MB2460C" + CDS complement(2701689..2703134) + /locus_tag="BQ2027_MB2460C" + /note="Mb2460c, -, len: 481 aa. Equivalent to Rv2434c, + len: 481 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 481 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with some similarity to + BAB48444|MLR0973 PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Rhizobium loti (410 aa), FASTA scores: opt: 298, E(): + 4.1e-11, (27.25% identity in 389 aa overlap); and also + similarity with other hypothetical proteins and/or + putative integral membrane proteins. Mb2460c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01075.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y204" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR006685" + /db_xref="InterPro:IPR010920" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016846" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y204" + /translation="MNLLDSTWFYWAVGIAIGLPAGLIVLTELHNILVRRNSHLARQA + SLLRNYLLPLGAVLLLLVKASEVPAEDPTVRVLTTAFGFLVLVLLLSLLNATLFQGAP + QQSWRKRLPAIFVDVARFALIGIGLAVILSYIWGVRVGGLFAALGVTSVVIGLMLQNS + VGQIVSGLFMLFEQPFRIDDWLETPTARGRVVEVNWRAVHIDTGSGLQIMPNSMLATT + AFTNLSRPAGAHECSITTTFSTSDPPDKVCAMLNRAASALPHVKPGVVPATIARGAAE + YRTTVRLTSPADEGPTQATFLRWVWYAARREGLHLDEADDEFSTAERVESALRTVVGP + ELRLSSSDQQSLARYARLVRYGTDEIVQHAGVVPMGITFVIAGSVRLTVTTDDGSVVA + IATLKKGTFLGLTALTRQPDPAGAVALEEVTALQIGREHLEQVVMNKPMLLQELGRVI + DERQRKAQQAIRRDLHQSPAAAGEHRGPARR" + gene complement(2703131..2705323) + /locus_tag="BQ2027_MB2461C" + CDS complement(2703131..2705323) + /locus_tag="BQ2027_MB2461C" + /note="Mb2461c, -, len: 730 aa. Equivalent to Rv2435c, + len: 730 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 730 aa overlap). Probably a cyclase + (adenylyl- or guanylyl-cyclase; EC 4.6.1.1 or 4.6.1.2 + respectively); C-terminal domain (aa 500-730) similar to + domain at C-terminus of a series of adenylate/guanylate + cyclases (EC 4.6.-.-) e.g. O30820|CYA AAK45931|MT1661 from + Mycobacterium tuberculosis (443 aa) FASTA scores: opt: + 446, E(): 1.3e-19, (30.55% identity in 301 aa overlap); + BAB50179|MLL3242 CYCLASE (ADENYLYL OR GUANYLYL) from + Rhizobium loti (356 aa), FASTA scores: opt: 372, E(): + 3.4e-15, (28.75% identity in 219 aa overlap); etc. BELONGS + TO ADENYLYL CYCLASE CLASS-4/GUANYLYL CYCLASE FAMILY. + Mb2461c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cyclase (adenylyl-or + guanylyl-)(adenylate-or guanylate-)" + /protein_id="SIU01076.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E6" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E6" + /translation="MTSGEALDSVAESESTPAKKRHKNVLRRRPRFRASIQSKLMVLL + LLTSIVSVAAIAAIVYQSGRTSLRAAAYERLTQLRESQKRAVETLFSDLTNSLVIYER + GLTVVDAVVRFTAGFDQLADATISPAQQQAIVNYYNNEFITPVERTTGDKLDITALLP + TSPAQRYLQAYYTAPFTSDQDAMRLDDAGDGSAWSAANAQFNSYFREIVTRFDYDDAV + LLDTRGNIVYTLSKDPDLGTNILTGPYRESNLRDAYLKALGANAVDFTWITDFKPYQP + QLGVPTAWLVAPVEAGGKTQGVLALPLPIDKINKIMTADRQWQAAGMGSGTETYLAGP + DSLMRSDSRLFLQDPEEYRKQVVAAGTSLDVVNRAIQFGGTTLLQPVATEGLRAAQRG + QTGTVTSTDYTGSRELEAYAPLNVPDSDLHWSILATRNDSEAFAAVASFSRALVLVTV + GIIVVICVASMLIAHAMVRPIRRLEVGTQKISAGDYEVNIPVKSRDEIGDLTAAFNEM + SRNLQTKEELLNEQRKENDRLLLSMMPEPVVERYRLGEQTIAQEHQDVTVLFADILGV + DEISSGLSGNELVKIVDELVRQFDSAAEHLGVERIRTLHNGYLAGCGVTTPRLDNIPR + TVDFALEMRRIVDRFNCQTGNDLHLRVGINTGDVISGLVGRSSVVYDMWGAAVSLAYQ + MHSGSPQPGIYVTSQVYEAMRDVWQFTAAGTISVGGLEEPIYRLSERS" + gene 2705804..2706718 + /gene="rbsK" + /locus_tag="BQ2027_MB2462" + CDS 2705804..2706718 + /gene="rbsK" + /locus_tag="BQ2027_MB2462" + /note="Mb2462, rbsK, len: 304 aa. Equivalent to Rv2436, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 304 aa overlap). Probable rbsK, + ribokinase (EC 2.7.1.15), similar to others e.g. + Q9RZ99|DRA0055 from Deinococcus radiodurans (300 aa) FASTA + scores: opt: 485, E(): 9.1e-21, (44.55% identity in 301 aa + overlap); P36945|P96733|RBSK_BACSU from Bacillus subtilis + (293 aa), FASTA scores: opt: 398, E(): 8.5e-16, (36.35% + identity in 297 aa overlap); + P05054|RBSK_ECOLI|B3752|Z5253|ECS4694 from Escherichia + coli strain K12 (309 aa), FASTA scores: opt: 387, E(): + 3.8e-15, (34.7% identity in 314 aa overlap); etc. Contains + PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. + BELONGS TO THE PFKB FAMILY OF CARBOHYDRATE KINASES. + Protein product from Mb2462 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2462 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RIBOKINASE RBSK" + /protein_id="SIU01077.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1K3" + /db_xref="InterPro:IPR002139" + /db_xref="InterPro:IPR011611" + /db_xref="InterPro:IPR011877" + /db_xref="InterPro:IPR029056" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1K3" + /translation="MANASETNVGPMAPRVCVVGSVNMDLTFVVDALPRPGETVLAAS + LTRTPGGKGANQAVAAARAGAQVQFSGAFGDDPAAAQLRAHLRANAVGLDRTVTVPGP + SGTAIIVVDASAENTVLVAPGANAHLTPVPSAVANCDVLLTQLEIPVATALAAARAAQ + SADAVVMVNASPAGQDRSSLQDLAAIADVVIANEHEANDWPSPPTHFVITLGVRGARY + VGADGVFEVPAPTVTPVDTAGAGDVFAGVLAANWPRNPGSPAERLRALRRACAAGVLA + TLVSGAGDCAPAAAAIDAALRANRHNGS" + gene 2706950..2707369 + /locus_tag="BQ2027_MB2463" + CDS 2706950..2707369 + /locus_tag="BQ2027_MB2463" + /note="Mb2463, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv2437, len: + 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with some similarity to CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEINS e.g. O06539|RV1139C|MTCI65.06c from + Mycobacterium tuberculosis (166 aa); AAK45430|MT1172 from + Mycobacterium tuberculosis (124 aa), FASTA scores: opt: + 166, E(): 0.00013, (35.7% identity in 112 aa overlap); + BAB48937|Mlr1600 from Rhizobium loti (222 aa), FASTA + scores: opt: 163, E(): 0.00033, (28.1% identity in 121 aa + overlap); etc. Mb2463 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU01078.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y167" + /db_xref="InterPro:IPR007318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y167" + /translation="MLQRTNVVQPLNTLRMVWIQVAGIIPATAGIAATVYAQLAMGDS + WRIGVDEQENTTLVRTGPFKWVRHPIYTAMMAFGLGLLLVTPNLVALAGFILLVATLE + VHVRRVEEPYLLRTHSAVYRGYTASVGRFVPGVGLIR" + gene complement(2707366..2709405) + /gene="nadE" + /locus_tag="BQ2027_MB2464C" + CDS complement(2707366..2709405) + /gene="nadE" + /locus_tag="BQ2027_MB2464C" + /note="Mb2464c, nadE, len: 679 aa. Equivalent to Rv2438c, + len: 679 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 679 aa overlap). nadE, + glutamine-dependent NAD(+) synthetase (EC 6.3.5.1) (see + citation below), equivalent to Q9CBZ6|NADE_MYCLE|ML1463 + Glutamine-dependent NAD(+) synthetase from Mycobacterium + leprae (680 aa), FASTA scores: opt: 3877, E(): 0. Also + similar to others e.g. O83759|NADE_TREPA|TP0780 from + Treponema pallidum (679 aa), FASTA scores: opt: 543, E(): + 1.1e-25; O74940|NADE_SCHPO|SPCC553.02 from + Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (700 aa), FASTA + scores: opt: 354, E(): 4.7e-14; P38795|NADE_YEAST|YHR074W + from Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) (714 aa), + FASTA scores: opt: 339, E(): 4e-13; etc. Contains PS00591 + Glycosyl hydrolases family 10 active site. BELONGS TO THE + NAD SYNTHETASE FAMILY IN THE C-TERMINAL SECTION. + N-terminus shorter since first submission. Protein product + from Mb2464c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2464c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GLUTAMINE-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE NADE + (NAD(+) SYNTHASE [GLUTAMINE-HYDROLYSING])" + /protein_id="SIU01079.1" + /db_xref="GOA:P0A5L7" + /db_xref="InterPro:IPR003010" + /db_xref="InterPro:IPR003694" + /db_xref="InterPro:IPR014445" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR022310" + /db_xref="InterPro:IPR036526" + /db_xref="InterPro:IPR041856" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5L7" + /translation="MNFYSAYQHGFVRVAACTHHTTIGDPAANAASVLDMARACHDDG + AALAVFPELTLSGYSIEDVLLQDSLLDAVEDALLDLVTESADLLPVLVVGAPLRHRHR + IYNTAVVIHRGAVLGVVPKSYLPTYREFYERRQMAPGDGERGTIRIGGADVAFGTDLL + FAASDLPGFVLHVEICEDMFVPMPPSAEAALAGATVLANLSGSPITIGRAEDRRLLAR + SASARCLAAYVYAAAGEGESTTDLAWDGQTMIWENGALLAESERFPKGVRRSVADVDT + ELLRSERLRMGTFDDNRRHHRELTESFRRIDFALDPPAGDIGLLREVERFPFVPADPQ + RLQQDCYEAYNIQVSGLEQRLRALDYPKVVIGVSGGLDSTHALIVATHAMDREGRPRS + DILAFALPGFATGEHTKNNAIKLARALGVTFSEIDIGDTARLMLHTIGHPYSVGEKVY + DVTFENVQAGLRTDYLFRIANQRGGIVLGTGDLSELALGWSTYGVGDQMSHYNVNAGV + PKTLIQHLIRWVISAGEFGEKVGEVLQSVLDTEITPELIPTGEEELQSSEAKVGPFAL + QDFSLFQVLRYGFRPSKIAFLAWHAWNDAERGNWPPGFPKSERPSYSLAEIRHWLQIF + VQRFYSFSQFKRSALPNGPKVSHGGALSPRGDWRAPSDMSARIWLDQIDREVPKG" + gene 2709283..2709561 + /locus_tag="BQ2027_MB2465" + CDS 2709283..2709561 + /locus_tag="BQ2027_MB2465" + /note="Mb2465, -, len: 92 aa. Equivalent to Rv2438A, len: + 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 92 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing few similarity with various enzymes e.g. + part of O83441|VAA1_TREPA|ATPA1|TP0426 V-TYPE ATP SYNTHASE + ALPHA CHAIN 1 (EC 3.6.1.34) from Treponema pallidum (589 + aa), FASTA scores: opt: 110, E(): 1.5, (40.3% identity in + 72 aa overlap); N-terminus of O95178|NIGM_HUMAN + NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE AGGG SUBUNIT PRECURSOR (EC + 1.6.5.3) (EC 1.6.99.3) from Homo sapiens (105 aa), FASTA + scores: opt: 109, E(): 1.5, (35.5% identity in 62 aa + overlap); N-terminus of Q9HJ76|TA1096 PROBABLE GLYCEROL + KINASE from Thermoplasma acidophilum (488 aa); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01080.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y181" + /translation="MARTGHVQYRRGVGRRVTDGGVVSAGGNAHEPVLVGGVKVHRPF + IVAQRRQNARITRRVSTLDTVESPALLADGGIDRRGDATDWAAADPGP" + gene complement(2709691..2710821) + /gene="proB" + /locus_tag="BQ2027_MB2466C" + CDS complement(2709691..2710821) + /gene="proB" + /locus_tag="BQ2027_MB2466C" + /note="Mb2466c, proB, len: 376 aa. Equivalent to Rv2439c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 376 aa overlap). Probable proB, + glutamate 5-kinase protein (GK) (EC 2.7.2.11), equivalent + to Q9CBZ5|PROB|ML1464 from Mycobacterium leprae (367 aa) + FASTA scores: opt: 1937, E(): 1.1e-102, (84.4% identity in + 366 aa overlap). Also highly similar to other glutamate + 5-kinase proteins e.g. P46546|PROB_CORGL from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (369 + aa), FASTA scores: opt: 1241, E(): 3e-63, (54.35% identity + in 368 aa overlap); Q9ZG98|PROB_MEIRU GLUTAMATE 5-KINASE + from Meiothermus ruber (390 aa), FASTA scores: opt: 825, + E(): 1.2e-39, (45.05% identity in 353 aa overlap); + Q9RDJ9|PROB|SCC123.25c from Streptomyces coelicolor (374 + aa), FASTA scores: opt: 1193, E(): 1.6e-60, (55.85% + identity in 367 aa overlap); etc. Contains PS00902 + Glutamate 5-kinase signature. BELONGS TO THE GLUTAMATE + 5-KINASE FAMILY. Protein product from Mb2466c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2466c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMATE 5-KINASE PROTEIN PROB + (GAMMA-GLUTAMYL KINASE) (GK)" + /protein_id="SIU01081.1" + /db_xref="GOA:P59958" + /db_xref="InterPro:IPR001048" + /db_xref="InterPro:IPR001057" + /db_xref="InterPro:IPR002478" + /db_xref="InterPro:IPR005715" + /db_xref="InterPro:IPR011529" + /db_xref="InterPro:IPR015947" + /db_xref="InterPro:IPR019797" + /db_xref="InterPro:IPR036393" + /db_xref="InterPro:IPR036974" + /db_xref="InterPro:IPR041739" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59958" + /translation="MRSPHRDAIRTARGLVVKVGTTALTTPSGMFDAGRLAGLAEAVE + RRMKAGSDVVIVSSGAIAAGIEPLGLSRRPKDLATKQAAASVGQVALVNSWSAAFARY + GRTVGQVLLTAHDISMRVQHTNAQRTLDRLRALHAVAIVNENDTVATNEIRFGDNDRL + SALVAHLVGADALVLLSDIDGLYDCDPRKTADATFIPEVSGPADLDGVVAGRSSHLGT + GGMASKVSAALLAADAGVPVLLAPAADAATALADASVGTVFAARPARLSARRFWVRYA + AEATGALTLDAGAVRAVVRQRRSLLAAGITAVSGRFCGGDVVELRAPDAAMVARGVVA + YDASELATMVGRSTSELPGELRRPVVHADDLVAVSAKQAKQV" + gene complement(2710821..2712260) + /gene="obg" + /locus_tag="BQ2027_MB2467C" + CDS complement(2710821..2712260) + /gene="obg" + /locus_tag="BQ2027_MB2467C" + /note="Mb2467c, obg, len: 479 aa. Equivalent to Rv2440c, + len: 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). Probable obg, + nucleotide-binding protein, equivalent to Q9CBZ4|ML1465 + GTP1/OBG-FAMILY GTP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium + leprae (478 aa), FASTA scores: opt: 1328, E(): 8.4e-70, + (58.9% identity in 479 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. P95722|OBG GTP-BINDING PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (478 aa), FASTA scores: opt: 1311, + E(): 8.2e-69, (60.7% identity in 476 aa overlap); + P20964|OBG_BACSU SPO0B-ASSOCIATED GTP-BINDING PROTEIN from + Bacillus subtilis (428 aa), FASTA scores: opt: 1006, E(): + 3.9e-51, (42.9% identity in 436 aa overlap); + Q9KDK0|OBG|BH1213 GTP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN + INITIATION OF SPORULATION from Bacillus halodurans (427 + aa), FASTA scores: opt: 978, E(): 1.7e-49, (41.95% + identity in 436 aa overlap); etc. Highly similar + (identical but shorter 5 aa) to AAK46813|MT2516 + GTP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (484 aa), FASTA scores: opt: 3205, E(): 7.9e-179, + (100% identity in 479 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + GTP1/OBG FAMILY. Protein product from Mb2467c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2467c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP1/OBG-FAMILY GTP-BINDING PROTEIN + OBG" + /protein_id="SIU01082.1" + /db_xref="GOA:Q7TYK5" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR006074" + /db_xref="InterPro:IPR006169" + /db_xref="InterPro:IPR014100" + /db_xref="InterPro:IPR015349" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031167" + /db_xref="InterPro:IPR036346" + /db_xref="InterPro:IPR036726" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYK5" + /translation="MPRFVDRVVIHTRAGSGGNGCASVHREKFKPLGGPDGGNGGRGG + SIVFVVDPQVHTLLDFHFRPHLTAASGKHGMGNNRDGAAGADLEVKVPEGTVVLDENG + RLLADLVGAGTRFEAAAGGRGGLGNAALASRVRKAPGFALLGEKGQSRDLTLELKTVA + DVGLVGFPSAGKSSLVSAISAAKPKIADYPFTTLVPNLGVVSAGEHAFTVADVPGLIP + GASRGRGLGLDFLRHIERCAVLVHVVDCATAEPGRDPISDIDALETELACYTPTLQGD + AALGDLAARPRAVVLNKIDVPEARELAEFVRDDIAQRGWPVFCVSTATRENLQPLIFG + LSQMISDYNAARPVAVPRRPVIRPIPVDDSGFTVEPDGHGGFVVSGARPERWIDQTNF + DNDEAVGYLADRLARLGVEEELLRLGARSGCAVTIGEMTFDWEPQTPAGEPVAMSGRG + TDPRLDSNKRVGAAERKAARSRRREHGDG" + gene complement(2712346..2712606) + /gene="rpmA" + /locus_tag="BQ2027_MB2468C" + CDS complement(2712346..2712606) + /gene="rpmA" + /locus_tag="BQ2027_MB2468C" + /note="Mb2468c, rpmA, len: 86 aa. Equivalent to Rv2441c, + len: 86 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 86 aa overlap). Probable rpmA, 50S + RIBOSOMAL PROTEINS L27, equivalent to Q9CBZ3|RL27_MYCLE + from Mycobacterium leprae (88 aa), FASTA scores: opt: 504, + E(): 7.6e-28, (93.2% identity in 81 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. P95757|RL27_STRGR from + Streptomyces griseus (85 aa), FASTA scores: opt: 442, E(): + 1.2e-23, (81.5% identity in 81 aa overlap); etc. Contains + PS00831 Ribosomal protein L27 signature. BELONGS TO THE + L27P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb2468c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2468c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l27 rpma" + /protein_id="SIU01083.1" + /db_xref="GOA:P66128" + /db_xref="InterPro:IPR001684" + /db_xref="InterPro:IPR018261" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66128" + /translation="MAHKKGASSSRNGRDSAAQRLGVKRYGGQVVKAGEILVRQRGTK + FHPGVNVGRGGDDTLFAKTAGAVEFGIKRGRKTVSIVGSTTA" + gene complement(2712621..2712935) + /gene="rplU" + /locus_tag="BQ2027_MB2469C" + CDS complement(2712621..2712935) + /gene="rplU" + /locus_tag="BQ2027_MB2469C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2469c, rplU, len: 104 aa. Equivalent to Rv2442c, + len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Probable rplU, 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L21, equivalent to Q9CBZ2|RL21_MYCLE + from Mycobacterium leprae (103 aa), FASTA scores: opt: + 579, E(): 4.8e-31, (91.1% identity in 102 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. P95756|RL21_STRGR from + Streptomyces griseus (106 aa), FASTA scores: opt: 362, + E(): 5.4e-17, (56.0% identity in 100 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2469c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2469c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l21 rplu" + /protein_id="SIU01084.1" + /db_xref="GOA:P66118" + /db_xref="InterPro:IPR001787" + /db_xref="InterPro:IPR018258" + /db_xref="InterPro:IPR028909" + /db_xref="InterPro:IPR036164" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66118" + /translation="MMATYAIVKTGGKQYKVAVGDVVKVEKLESEQGEKVSLPVALVV + DGATVTTDAKALAKVAVTGEVLGHTKGPKIRIHKFKNKTGYHKRQGHRQQLTVLKVTG + IA" + gene 2713283..2714758 + /gene="dctA" + /locus_tag="BQ2027_MB2470" + CDS 2713283..2714758 + /gene="dctA" + /locus_tag="BQ2027_MB2470" + /note="Mb2470, dctA, len: 491 aa. Equivalent to Rv2443, + len: 491 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 491 aa overlap). Probable dctA, + C4-dicarboxylate-transport transmembrane protein, similar + to other C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT PROTEINS e.g. + AAK46817|MT2519 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (491 aa); Q9L1K8|SC6A11.12 PUTATIVE + SODIUM:DICARBOXYLATE SYMPORTER from Streptomyces + coelicolor (466 aa), FASTA scores: opt: 1797, E(): + 2.9e-98, (61.3% identity in 452 aa overlap); Q9RRG7|DR2525 + from Deinococcus radiodurans (463 aa); P50334|DCTA_SALTY + from Salmonella typhimurium (428 aa) FASTA scores: opt: + 1241, E(): 1.3e-65, (47.2% identity in 415 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE SODIUM DICARBOXYLATE SYMPORTER FAMILY + (SDF) (DAACS FAMILY). Protein product from Mb2470 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2470 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE C4-DICARBOXYLATE-TRANSPORT + TRANSMEMBRANE PROTEIN DCTA" + /protein_id="SIU01085.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y209" + /db_xref="InterPro:IPR001991" + /db_xref="InterPro:IPR036458" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y209" + /translation="MTAPLDRAPVTDLPANNKGRDRTHWLYLAVIFAVIAGVIVGLTA + PSTGKSLTVLGTVFVNLIKMMIAPVIFCTIVLGIGSVRKAAAVGKVGGLALAYFLTMS + SVALGIGLIVGNLLSPGRDLHLRPGAVGSGAALAGQAAESHGIAGFIQQIIPRSLPSA + LTEGNVLQVLLVALLVGFAVQGLGPAGESILRAVENLQKLVFKVLVMVLWLAPIGAFG + AIANIVATTGFNAVTNLLLLMAGFYLTCVVFVFGVLGVLLRIVSGLSIFRLLRYLARE + YLLIFATSSSEVVLPRLITKMKHLGVQSSTVGVVVPTGYSFNLDGTAIYLTMASLFIA + DAMGHRLTWGEQIALLAFMIIASKGAAGVSGAGLATLAGGLQAHRPELLDGVGLIVGI + DRFMSEARSLTNFSGNAVATILVASWTKTIDLSKADEVLRGRDPFDESTMVDPHDEEP + PAATPHGGGVPTNPALCDFEQVSLGGLVGRPAGPQRADVDG" + gene complement(2714697..2717558) + /gene="rne" + /locus_tag="BQ2027_MB2471C" + CDS complement(2714697..2717558) + /gene="rne" + /locus_tag="BQ2027_MB2471C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2471c, rne, len: 953 aa. Equivalent to Rv2444c, + len: 953 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 953 aa overlap). Possible rne, + ribonuclease E (EC 3.1.-.-), highly similar to others e.g. + Q9CBZ1|ML1468 POSSIBLE RIBONUCLEASE from Mycobacterium + leprae (924 aa), FASTA scores: opt: 3713, E(): 2.4e-174, + (74.2% identity in 966 aa overlap); Q9SI08|AT2G04270 + PUTATIVE RIBONUCLEASE E from Arabidopsis thaliana (502 + aa), FASTA scores: opt: 674, E(): 7.5e-26, (31.2% identity + in 410 aa overlap); etc. Similar at C-terminal end to + P21513|RNE_ECOLI|AMS|HMP1|B1084 ribonuclease E (EC + 3.1.4.-) (RNASE E) from Escherichia coli strain K12 (1061 + aa), FASTA scores: opt: 554, E(): 9.9e-20, (37.8% identity + in 386 aa overlap). Also similar in medium part to several + cytoplasmic axial filament proteins e.g. + Q9HVU4|CAFA|PA4477 from Pseudomonas aeruginosa (485 aa), + FASTA scores: opt: 664, E(): 2.3e-25, (42.8% identity in + 418 aa overlap); etc. Equivalent to AAK46818 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (621 aa) but + longer 332 aa in N-terminal part. SEEMS TO BELONG TO THE + RNE FAMILY. Protein product from Mb2471c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2471c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RIBONUCLEASE E RNE" + /protein_id="SIU01086.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F2" + /db_xref="InterPro:IPR003029" + /db_xref="InterPro:IPR004659" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR019307" + /db_xref="InterPro:IPR022967" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F2" + /translation="MIDGAPPSDPPEPSQHEELPDRLRVHSLARTLGTTSRRVLDALT + ALDGRVRSAHSTVDRVDAVRVRDLLATHLETAGVLAASVHAPEASEEPESRLMLETQE + TRNADVERPHYMPLFVAPQPIPEPLADDEDVDDGPDYVADDSDADDEGQLDRPANRRR + RRGRRGRGRGRGEQGGSDGDPVDQQSEPRAQQFTSADAAETDDGDDRDSEDTEAGDNG + EDENGSLEAGNRRRRRRRRRKSASGDDNDAALEGPLPDDPPNTVVHERVPRAGDKAGN + SQDGGSGSTEIKGIDGSTRLEAKRQRRRDGRDAGRRRPPVLSEAEFLARREAVERVMV + VRDRVRTEPPLPGTRYTQIAVLEDGIVVEHFVTSAASASLVGNIYLGIVQNVLPSMEA + AFVDIGRGRNGVLYAGEVNWDAAGLGGADRKIEQALKPGDYVVVQVSKDPVGHKGARL + TTQVSLAGRFLVYVPGASSTGISRKLPDTERQRLKEILREVVPSDAGVIIRTASEGVK + EDDIRADVARLRERWEQIEAKAQETKEKAAGAAVALYEEPDVLVKVIRDLFNEDFVGL + IVSGDEAWNTINEYVNSVAPELVSKLTKYESADGPDGQSAPDVFTVHRIDEQLAKAMD + RKVWLPSGGTLVIDRTEAMTVIDVNTGKFTGAGGNLEQTVTKNNLEAAEEIVRQLRLR + DIGGIVVIDFIDMVLESNRDLVLRRLTESLARDRTRHQVSEVTSLGLVQLTRKRLGTG + LIEAFSTSCPNCSGRGILLHADPVDSAAATGRKSEPGARRGKRSKKSRSEESSDRSMV + AKVPVHAPGEHPMFKAMAAGLSSLAGRGDEESGEPAAELAEQAGDQPPTDLDDTAQAD + FEDTEDTDEDEDELDADEDLEDLDDEDLDEDLDVEDSDSDDEDSDEDAADADVDEEDA + AGLDGSPGEVDVPGVTELAPTRPRRRVAGRPAGPPIRLD" + gene complement(2717888..2718298) + /gene="ndkA" + /locus_tag="BQ2027_MB2472C" + CDS complement(2717888..2718298) + /gene="ndkA" + /locus_tag="BQ2027_MB2472C" + /standard_name="ndk" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2472c, ndkA, len: 136 aa. Equivalent to Rv2445c, + len: 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Probable ndkA + (alternate gene name: ndk), nucleoside diphosphate kinase + (EC 2.7.4.6), equivalent to Q9CBZ0|NDK|ML1469 from + Mycobacterium leprae (136 aa), FASTA scores: opt: 762, + E(): 1.5e-42, (87.4% identity in 135 aa overlap); and + O85501|NDK from Mycobacterium smegmatis (139 aa), FASTA + scores: opt: 714, E(): 1.9e-39, (80.7% identity in 135 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + P50589|NDK_STRCO from Streptomyces coelicolor (137 aa), + FASTA scores: opt: 535, 6.8e-28, (60.3% identity in 136 aa + overlap); O29491|NDK_ARCFU|AF0767 from Archaeoglobus + fulgidus (151 aa), FASTA scores: opt: 521, E(): 5.9e-27, + (58.0% identity in 131 aa overlap); P31103|NDK_BACSU from + Bacillus subtilis (151 aa), FASTA scores: opt: 515, E(): + 1.4e-26, (56.5% identity in 131 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE NDK FAMILY. Protein product from Mb2472c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2472c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE NDKA + (NDK) (NDP KINASE) (NUCLEOSIDE-2-P KINASE)" + /protein_id="SIU01087.1" + /db_xref="GOA:P84283" + /db_xref="InterPro:IPR001564" + /db_xref="InterPro:IPR034907" + /db_xref="InterPro:IPR036850" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P84283" + /translation="MTERTLVLIKPDGIERQLIGEIISRIERKGLTIAALQLRTVSAE + LASQHYAEHEGKPFFGSLLEFITSGPVVAAIVEGTRAIAAVRQLAGGTDPVQAAAPGT + IRGDFALETQFNLVHGSDSAESAQREIALWFPGA" + gene complement(2718341..2718712) + /locus_tag="BQ2027_MB2473C" + CDS complement(2718341..2718712) + /locus_tag="BQ2027_MB2473C" + /note="Mb2473c, -, len: 123 aa. Equivalent to Rv2446c, + len: 123 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 123 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to Q9CBY9|ML1470 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (123 + aa), FASTA scores: opt: 468, E(): 6.7e-23, (66.65% + identity in 108 aa overlap). Also similar to + Q9L1G5|SCC88.24c PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (118 aa), FASTA scores: opt: 130, + E(): 0.13, (37.2% identity in 86 aa overlap); and some + similarity to O06852|Y13070 hypothetical Streptomyces + coelicolor gene also between fpgs and ndk genes (see + citation below) (117 aa), FASTA scores: opt: 128, E(): + 0.17, (36.0% identity in 86 aa overlap). Mb2473c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01088.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y174" + /db_xref="InterPro:IPR025327" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y174" + /translation="MTDRSREPADPWKGFSAVMAATLILEAIVVLLAIPVVDAVGGGL + RPASLGYLVGLAVLLILLTGLQRRPWAIWVNLGAQPVLVAGFAVYPGVGFIGVLFAAL + WVLIAYLRAEVRRRRDYRVSQ" + gene complement(2718709..2720172) + /gene="folC" + /locus_tag="BQ2027_MB2474C" + CDS complement(2718709..2720172) + /gene="folC" + /locus_tag="BQ2027_MB2474C" + /note="Mb2474c, folC, len: 487 aa. Equivalent to Rv2447c, + len: 487 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 487 aa overlap). Probable folC, + folylpolyglutamate synthase (EC 6.3.2.17), equivalent to + Q9CBY8|FOLC|ML1471 from Mycobacterium leprae (485 aa), + FASTA scores: opt: 2425, E(): 2.2e-134, (78.7% identity in + 483 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9L1G4|FPGS|O08416|Y13070 from Streptomyces coelicolor + (444 aa), FASTA scores: opt: 774, E(): 6.3e-38, (53.9% + identity in 462 aa overlap); P15925|FOLC_LACCA|FGS from + Lactobacillus casei (428 aa), FASTA scores: opt: 631, E(): + 1.4e-29, (34.55% identity in 437 aa overlap); + Q05865|FOLC_BACSU from Bacillus subtilis (430 aa), FASTA + scores: opt: 421, E(): 2.6e-17, (32.9% identity in 383 aa + overlap); etc. Contains PS01012 Folylpolyglutamate + synthase signature 2. BELONGS TO THE FOLYLPOLYGLUTAMATE + SYNTHASE FAMILY. Protein product from Mb2474c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2474c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FOLYLPOLYGLUTAMATE SYNTHASE PROTEIN + FOLC (FOLYLPOLY-GAMMA-GLUTAMATE SYNTHETASE) (FPGS)" + /protein_id="SIU01089.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y188" + /db_xref="InterPro:IPR001645" + /db_xref="InterPro:IPR004101" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR018109" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="InterPro:IPR036615" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y188" + /translation="MNSTNSGPPDSGSATGVVPTPDEIASLLQVEHLLDQRWPETRID + PSLTRISALMDLLGSPQRSYPSIHIAGTNGKTSVARMVDALVTALHRRTGRTTSPHLQ + SPVERISIDGKPISPAQYVATYREIEPLVALIDQQSQASAGKGGPAMSKFEVLTAMAF + AAFADAPVDVAVVEVGMGGRWDATNVINAPVAVITPISIDHVDYLGADIAGIAGEKAG + IITRAPDGSPDTVAVIGRQVPKVMEVLLAESVRADASVAREDSEFAVLRRQIAVGGQV + LQLQGLGGVYSDIYLPLHGEHQAHNAVLALASVEAFFGAGAQRQLDGDAVRAGFAAVT + SPGRLERMRSAPTVFIDAAHNPAGASALAQTLAHEFDFRFLVGVLSVLGDKDVDGILA + ALEPVFDSVVVTHNGSPRALDVEALALAAGERFGPDRVRTAENLRDAIDVATSLVDDA + AADPDVAGDAFSRTGIVITGSVVTAGAARTLFGRDPQ" + gene complement(2720169..2722799) + /gene="valS" + /locus_tag="BQ2027_MB2475C" + CDS complement(2720169..2722799) + /gene="valS" + /locus_tag="BQ2027_MB2475C" + /note="Mb2475c, valS, len: 876 aa. Equivalent to Rv2448c, + len: 876 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 876 aa overlap). Probable valS, + valyl-tRNA synthetases (EC 6.1.1.9), equivalent to + Q9CBY7|VALS|ML1472 VALYL-TRNA SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (886 aa), FASTA scores: opt: 5181,E(): 0, (85.4% + identity in 876 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. O06851|SYV_STRCO from Streptomyces coelicolor (874 + aa), FASTA scores: opt: 2470, E(): 1.6e-143, (60.45% + identity in 880 aa overlap); Q9X2D7|SYV_THEMA|VALS|TM1817 + from Thermotoga maritima (865 aa), FASTA scores: opt: + 2418, E(): 2.4e-140, (44.2% identity in 891 aa overlap); + Q05873|SYV_BACSU|VALS from Bacillus subtilis (880 aa), + FASTA scores: opt: 2063, E(): 1.4e-118, (46.08% identity + in 894 aa overlap); etc. Contains PS00178 + Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. + Contains probable coiled-coil from aa 810 to 846. BELONGS + TO CLASS-I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein + product from Mb2475c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2475c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE VALYL-tRNA SYNTHASE PROTEIN VALS + (VALYL-tRNA SYNTHETASE) (VALINE--tRNA LIGASE) (VALINE + TRANSLASE)" + /protein_id="SIU01090.1" + /db_xref="GOA:P67600" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR002300" + /db_xref="InterPro:IPR002303" + /db_xref="InterPro:IPR009008" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR010978" + /db_xref="InterPro:IPR013155" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR019499" + /db_xref="InterPro:IPR033705" + /db_xref="InterPro:IPR037118" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67600" + /translation="MLPKSWDPAAMESAIYQKWLDAGYFTADPTSTKPAYSIVLPPPN + VTGSLHMGHALEHTMMDALTRRKRMQGYEVLWQPGTDHAGIATQSVVEQQLAVDGKTK + EDLGRELFVDKVWDWKRESGGAIGGQMRRLGDGVDWSRDRFTMDEGLSRAVRTIFKRL + YDAGLIYRAERLVNWSPVLQTAISDLEVNYRDVEGELVSFRYGSLDDSQPHIVVATTR + VETMLGDTAIAVHPDDERYRHLVGTSLAHPFVDRELAIVADEHVDPEFGTGAVKVTPA + HDPNDFEIGVRHQLPMPSILDTKGRIVDTGTRFDGMDRFEARVAVRQALAAQGRVVEE + KRPYLHSVGHSERSGEPIEPRLSLQWWVRVESLAKAAGDAVRNGDTVIHPASMEPRWF + SWVDDMHDWCISRQLWWGHRIPIWYGPDGEQVCVGPDETPPQGWEQDPDVLDTWFSSA + LWPFSTLGWPDKTAELEKFYPTSVLVTGYDILFFWVARMMMFGTFVGDDAAITLDGRR + GPQVPFTDVFLHGLIRDESGRKMSKSKGNVIDPLDWVEMFGADALRFTLARGASPGGD + LAVSEDAVRASRNFGTKLFNATRYALLNGAAPAPLPSPNELTDADRWILGRLEEVRAE + VDSAFDGYEFSRACESLYHFAWDEFCDWYLELAKTQLAQGLTHTTAVLAAGLDTLLRL + LHPVIPFLTEALWLALTGRESLVSADWPEPSGISVDLVAAQRINDMQKLVTEVRRFRS + DQGLADRQKVPARMHGVRDSDLSNQVAAVTSLAWLTEPGPDFEPSVSLEVRLGPEMNR + TVVVELDTSGTIDVAAERRRLEKELAGAQKELASTAAKLANADFLAKAPDAVIAKIRD + RQRVAQQETERITTRLAALQ" + gene complement(2722887..2724146) + /locus_tag="BQ2027_MB2476C" + CDS complement(2722887..2724146) + /locus_tag="BQ2027_MB2476C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2476c, -, len: 419 aa. Equivalent to Rv2449c, + len: 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 419 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to hypothetical + proteins e.g. P95139|Rv2953|MTCY349.37c from M. + tuberculosis (418 aa), FASTA scores: opt: 1829, E(): + 4.7e-103, (67.3% identity in 419 aa overlap); + AAK47353|MT3027 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (418 aa), FASTA score: opt: 1829, E(): 4.7e-103, + (67.3 identity in 419 aa overlap); Q9CD87|ML0129 from + Mycobacterium leprae (418 aa), FASTA scores: opt: 1727, + E(): 6.8e-97, (65.45% identity in 414 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2476c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2476c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative membrane protein" + /protein_id="SIU01091.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y194" + /db_xref="InterPro:IPR005097" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y194" + /translation="MTATPREFDIVLYGATGFVGKLTAEYLARAGGDARIALAGRSTQ + RVLAVREALGESAQTWPILTADASLPSTLQAMAARAQVVVTTVGPYTRYGLPLVAACA + AAGTDYADLTGEPMFMRNSIDLYHKQAADTGARIVHACGFDSVPSDLSVYALYHAARE + DGAGELTDTNCVVRSFKGGFSGGTIASMLEVLSTASNDPDARRQLSDPYMLSPDRGAE + PELGPQPDLPSRRGRRLAPELAGVWTAGFIMAPTNTRIVRRSNALLDWAYGRRFRYSE + TMSVGSTVLAPVVSVVGGGVGNAMFGLASRYIRLLPRGLVKRVVPKPGTGPSAAARER + GYYRIETYTTTTTGARYLARMAQDGDPGYKATSVLLGECGLALALDRDKLSDMRGVLT + PAAAMGDALLERLPAAGVSLQTTRLAS" + gene complement(2724236..2724754) + /gene="rpfE" + /locus_tag="BQ2027_MB2477C" + CDS complement(2724236..2724754) + /gene="rpfE" + /locus_tag="BQ2027_MB2477C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2477c, rpfE, len: 172 aa. Equivalent to Rv2450c, + len: 172 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 172 aa overlap). Probable rpfE, + resuscitation-promoting factor (see first citation below), + similar to O86308|Z96935|MLRPF_1 RPF PROTEIN PRECURSOR + from Micrococcus luteus (220 aa), FASTA scores: opt: 291, + E(): 3e-7, (48.75% identity in 80 aa overlap). C-terminus + is similar to other Mycobacterial rpf proteins e.g. + O05594|Rv1009|MTCI237.26|RPFB PROBABLE + RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR from Mycobacterium + tuberculosis (362 aa), FASTA scores: opt: 344, E(): + 1.4e-09, (42.85% identity in 147 aa overlap); etc. + C-terminal region similar to N-terminal region of + Q9F2Q2|SCE41.06c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (244 aa), FASTA scores: opt: 355, + E(): 3.1e-10, (56.65% identity in 90 aa overlap). Also + similar to Q9F2Q1|SCE41.07c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (near Q9F2Q2|SCE41.06c) (341 aa) + FASTA scores: opt: 317, E(): 2.5e-08, (51.7% identity in + 87 aa overlap). With Mycobacterium leprae, high similarity + between the two corresponding C-terminal regions of two + HYPOTHETICAL PROTEINS, Q9CD53|ML0240 (375 aa), FASTA + scores: opt: 339, E(): 2.5e-09, (59.15% identity in 93 aa + overlap) and O33049|MLCB57.05c|ML2151 (174 aa), FASTA + scores: opt: 329, E(): 4e-09, (58.14% identity in 86 aa + overlap). Contains a possible secretory signal sequence in + N-terminus. Possible autocrine and/or paracrine bacterial + growth factor or cytokine (see citation below). Protein + product from Mb2477c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2477c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE" + /protein_id="SIU01092.1" + /db_xref="InterPro:IPR010618" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y199" + /translation="MKNARTTLIAAAIAGTLVTTSPAGIANADDAGLDPNAAAGPDAV + GFDPNLPPAPDAAPVDTPPAPEDAGFDPNLPPPLAPDFLSPPAEEAPPVPVAYSVNWD + AIAQCESGGNWSINTGNGYYGGLQFTAGTWRANGGSGSAANASREEQIRVAENVLRSQ + GIRAWPVCGRRG" + gene 2724836..2725234 + /locus_tag="BQ2027_MB2478" + CDS 2724836..2725234 + /locus_tag="BQ2027_MB2478" + /note="Mb2478, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv2451, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 132 aa overlap). Hypothetical unknown + pro-, ser-rich protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROLINE AND SERINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01093.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y170" + /translation="MGRAVSVRHGSGALDLPGAAASRRLRVGQPIQPSPAPLARGSVD + SIVEISCCPSAGPRGPYDDDLDSSSPANRDISSITSRSRRGGTIVVAGQKCGFGSAVS + LRPRRYREPNHANIVTPDTDLSPSWPWSGI" + gene complement(2725422..2725568) + /locus_tag="BQ2027_MB2479C" + CDS complement(2725422..2725568) + /locus_tag="BQ2027_MB2479C" + /note="Mb2479c, -, len: 48 aa. Equivalent to Rv2452c, len: + 48 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 48 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2479c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01094.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E7" + /translation="MAFRDILVLFSMKTLLTLAMAAASSTALTTVGVSGARLITYCVG + VEDI" + gene complement(2725592..2726197) + /gene="mobA" + /locus_tag="BQ2027_MB2480C" + CDS complement(2725592..2726197) + /gene="mobA" + /locus_tag="BQ2027_MB2480C" + /note="Mb2480c, mobA, len: 201 aa. Equivalent to Rv2453c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Probable mobA, + molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A, + similar to others e.g. Q9F8G7 from Carboxydothermus + hydrogenoformans (224 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): + 3.9e-08, (30.6% identity in 173 aa overlap); + P95645|MOBA_RHOSH|MOB|Y09560 from Rhodobacter sphaeroides + (199 aa), FASTA scores: opt: 240, E(): 1.2e-07, (33.9% + identity in 186 aa overlap); Q9X7K0|MOBA_RHOCA from + Rhodobacter capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (191 + aa), FASTA scores: opt: 217, E(): 2.9e-06, (37.4% identity + in 123 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MOBA FAMILY. + Protein product from Mb2480c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2480c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE + BIOSYNTHESIS PROTEIN A MOBA" + /protein_id="SIU01095.1" + /db_xref="GOA:P65403" + /db_xref="InterPro:IPR013482" + /db_xref="InterPro:IPR025877" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65403" + /translation="MAELAPDTVPLAGVVLAGGESRRMGRDKATLPLPGGTTTLVEHM + VGILGQRCAPVFVMAAPGQPLPTLPVPVLRDELPGLGPLPATGRGLRAAAEAGVRLAF + VCAVDMPYLTVELIEDLARRAVQTDAEVVLPWDGRNHYLAAVYRTDLADRVDTLVGAG + ERKMSALVDASDALRIVMADSRPLTNVNSAAGLHAPMQPGR" + gene complement(2726199..2727320) + /locus_tag="BQ2027_MB2481C" + CDS complement(2726199..2727320) + /locus_tag="BQ2027_MB2481C" + /note="Mb2481c, -, len: 373 aa. Equivalent to Rv2454c, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 373 aa overlap). Probable + oxidoreductase, beta subunit (EC 1.-.-.-), similar to + Q9F2W7|SCD20.12c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Streptomyces + coelicolor (352 aa), FASTA scores: opt: 1461, E(): + 6.4e-85, (65.3% identity in 343 aa overlap) alias + Q9RKS5|STAH10.34c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE BETA-SUBUNIT + from Streptomyces coelicolor (350 aa), FASTA scores: opt: + 1429, E(): 6.7e-83, (64.0% identity in 342 aa overlap); + and similar in part to others e.g. Q9Z5X3 FERREDOXIN + OXIDOREDUCTASE B-SUBUNIT from Frankia sp. (346 aa), FASTA + scores: opt: 1143, E(): 7.5e-65, (51.2% identity in 336 aa + overlap); BAB21495|KORB FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE BETA + SUBUNIT from Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (295 aa), + FASTA scores: opt: 682, E(): 8.3e-36, (48.25% identity in + 201 aa overlap); etc. Note that the upstream ORF + (MTV008.11c|Rv2455c) is possibly an oxidoreductase alpha + subunit. Protein product from Mb2481c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2481c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE (BETA SUBUNIT)" + /protein_id="SIU01096.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1H5" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H5" + /translation="MTRSGDEAQLMTGVTGDLAGTELGLTPSLTKNAGVPTTDQPQKG + KDFTSDQEVRWCPGCGDYVILNTIRNFLPELGLRRENIVFISGIGCSSRFPYYLETYG + FHSIHGRAPAIATGLALAREDLSVWVVTGDGDALSIGGNHLIHALRRNINVTILLFNN + RIYGLTKGQYSPTSEVGKVTKSTPMGSLDHPFNPVSLALGAEATFVGRALDSDRNGLT + EVLRAAAQHRGAALVEILQDCPIFNDGSFDALRKEGAEERVIKVRHGEPIVFGANGEY + CVVKSGFGLEVAKTADVAIDEIIVHDAQVDDPAYAFALSRLSDQNLDHTVLGIFRHIS + RPTYDDAARSQVVAARNAAPSGTAALQSLLHGRDTWTVD" + gene complement(2727317..2729278) + /locus_tag="BQ2027_MB2482C" + CDS complement(2727317..2729278) + /locus_tag="BQ2027_MB2482C" + /note="Mb2482c, -, len: 653 aa. Equivalent to Rv2455c, + len: 653 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 653 aa overlap). Probable + oxidoreductase, alpha subunit (EC 1.-.-.-), similar to + others e.g. Q9F2W6|SCD20.13c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (645 aa), FASTA scores: opt: 2017, + E(): 1e-111, (66.45% identity in 617 aa overlap) alias + Q9RKS4|STAH10.35c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE ALPHA-SUBUNIT + from Streptomyces coelicolor (630 aa), FASTA scores: opt: + 2008, E(): 3.4e-111, (66.45% identity in 614 aa overlap); + Q9YA13|APE2126 LONG HYPOTHETICAL 2-OXOACID--FERREDOXIN + OXIDOREDUCTASE ALPHA CHAIN from Aeropyrum pernix (644 aa) + FASTA scores: opt: 687, E(): 4.6e-33, (33.35% identity in + 441 aa overlap); etc. Note that the downstream ORF + (MTV008.10c|Rv2454c) is possibly an oxidoreductase beta + subunit. Protein product from Mb2482c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2482c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE (ALPHA SUBUNIT)" + /protein_id="SIU01097.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1M4" + /db_xref="InterPro:IPR002869" + /db_xref="InterPro:IPR002880" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR019752" + /db_xref="InterPro:IPR022367" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR033412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1M4" + /translation="MDPNGSGAGPESHDAAFHAAPDRQRLENVVIRFAGDSGDGMQLT + GDRFTSEAALFGNDLATQPNYPAEIRAPAGTLPGVSSFQIQIADYDILTAGDRPDVLV + AMNPAALKANIGDLPLGGMVIVNSDEFTKRNLTKVGYVTNPLESGELSDYVVHTVAMT + TLTLGAVEAIGASKKDGQRAKNMFALGLLSWMYGRELEHSEAFIREKFARKPEIAEAN + VLALKAGWNYGETTEAFGTTYEIPPATLPPGEYRQISGNTALAYGIVVAGQLAGLPVV + LGSYPITPASDILHELSKHKNFNVVTFQAEDEIGGICAALGAAYGGALGVTSTSGPGI + SLKSEALGLGVMTELPLLVIDVQRGGPSTGLPTKTEQADLLQALYGRNGESPVAVLAP + RSPADCFETALEAVRIAVSYHTPVILLSDGAIANGSEPWRIPDVNALPPIKHTFAKPG + EPFQPYARDRETLARQFAIPGTPGLEHRIGGLEAANGSGDISYEPTNHDLMVRLRQAK + IDGIHVPDLEVDDPTGDAELLLIGWGSSYGPIGEACRRARRRGTKVAHAHLRYLNPFP + ANLGEVLRRYPKVVAPELNLGQLAQVLRGKYLVDVQSVTKVKGVSFLADEIGRFIRAA + LAGRLAELEQDKTLVARLSAATAGAGANG" + gene complement(2729510..2730766) + /locus_tag="BQ2027_MB2483C" + CDS complement(2729510..2730766) + /locus_tag="BQ2027_MB2483C" + /note="Mb2483c, -, len: 418 aa. Equivalent to Rv2456c, + len: 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 418 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, involved in a efflux + system, weakly similar to many e.g. + Q9RUR0|YD22_DEIRA|DR1322 PUTATIVE SUGAR EFFLUX TRANSPORTER + from Deinococcus radiodurans (389 aa), FASTA scores: opt: + 224, E(): 8.4e-06, (24.45% identity in 409 aa overlap); + Q9UYY0|PAB0913 MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN from + Pyrococcus abyssi (410 aa), FASTA scores: opt: 210, E(): + 5.6e-05, (21.8% identity in 408 aa overlap); etc. Contains + PS00216 Sugar transport proteins signature 1. Mb2483c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved integral membrane transport + protein" + /protein_id="SIU01098.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y183" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y183" + /translation="MSGTVVAVPPRVARALDLLNFSLADVRDGLGPYLSIYLLLIHDW + DQASIGFVMAVGGIAAIVAQTPIGALVDRTTAKRALVVAGAVLVTAAAVAMPLFAGLY + SISVLQAVTGIASSVFAPALAAITLGAVGPQFFARRIGRNEAFNHAGNASAAGATGAL + AYFFGPVVVFWVLAGMALISVLATLRIPPDAVDHDLARGMDHAPGEPHPQPSRFTVLA + HNRELVIFGAAVVAFHFANAAMLPLVGELLALHNRDEGTALMSSCIVAAQVVMVPVAY + VVGTRADAWGRKPIFLVGFAVLTARGFLYTLSDNSYWLVGVQLLDGIGAGIFGALFPL + VVQDVTHGTGHFNISLGAVTTATGIGAALSNLVAGWIVVVAGYDAAFMSLGALAGAGF + LLYLVAMPETVDSDVRVRSRPTLGGK" + gene complement(2730782..2732062) + /gene="clpX" + /locus_tag="BQ2027_MB2484C" + CDS complement(2730782..2732062) + /gene="clpX" + /locus_tag="BQ2027_MB2484C" + /note="Mb2484c, clpX, len: 426 aa. Equivalent to Rv2457c, + len: 426 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 426 aa overlap). Probable clpX, + ATP-dependent clp protease ATP-binding subunit clpX (EC + 3.4.-.-), equivalent to Q9CBY6|CLPX|ML1477 ATP-DEPENDENT + CLP PROTEASE ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae + (426 aa), FASTA scores: opt: 2652, E(): 1.4e-142, (96.0% + identity in 426 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9F316|CLPX from Streptomyces coelicolor (428 aa) + FASTA scores: opt: 2178, E(): 8.2e-116, (77.8% identity in + 428 aa overlap); P50866|CLPX_BACSU from Bacillus subtilis + (420 aa), FASTA scores: opt: 1788, E(): 8.5e-94, (63.6% + identity in 426 aa overlap); P33138|CLPX_ECOLI from + Escherichia coli (423 aa), FASTA scores: opt: 1694, E(): + 1.7e-88, (62.4% identity in 415 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE CLPX CHAPERONE FAMILY. Protein product from Mb2484c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2484c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING + SUBUNIT CLPX" + /protein_id="SIU01099.1" + /db_xref="GOA:P0A529" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR004487" + /db_xref="InterPro:IPR010603" + /db_xref="InterPro:IPR019489" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR038366" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A529" + /translation="MARIGDGGDLLKCSFCGKSQKQVKKLIAGPGVYICDECIDLCNE + IIEEELADADDVKLDELPKPAEIREFLEGYVIGQDTAKRTLAVAVYNHYKRIQAGEKG + RDSRCEPVELTKSNILMLGPTGCGKTYLAQTLAKMLNVPFAIADATALTEAGYVGEDV + ENILLKLIQAADYDVKRAETGIIYIDEVDKIARKSENPSITRDVSGEGVQQALLKILE + GTQASVPPQGGRKHPHQEFIQIDTTNVLFIVAGAFAGLEKIIYERVGKRGLGFGAEVR + SKAEIDTTDHFADVMPEDLIKFGLIPEFIGRLPVVASVTNLDKESLVKILSEPKNALV + KQYIRLFEMDGVELEFTDDALEAIADQAIHRGTGARGLRAIMEEVLLPVMYDIPSRDD + VAKVVVTKETVQDNVLPTIVPRKPSRSERRDKSA" + gene 2732353..2733261 + /gene="mmuM" + /locus_tag="BQ2027_MB2485" + CDS 2732353..2733261 + /gene="mmuM" + /locus_tag="BQ2027_MB2485" + /note="Mb2485, mmuM, len: 302 aa. Equivalent to Rv2458, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Probable mmuM, + homocysteine S-methyltransferase (EC 2.1.1.10), equivalent + to Q9CBY5|ML1478 POSSIBLE TRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (293 aa), FASTA scores: opt: 1507, E(): 2.7e-86, + (78.85% identity in 293 aa overlap). Also similar to + others e.g. Q47690|MMUM_ECOLI|B0261 HOMOCYSTEINE + S-METHYLTRANSFERASE from Escherichia coli strain K12 (310 + aa), FASTA scores: opt: 863, E(): 2.4e-46, (47.65% + identity in 298 aa overlap); Q9FUM7 HOMOCYSTEINE + S-METHYLTRANSFERASE-4 from Zea mays (Maize) (342 aa), + FASTA scores: opt: 324, E(): 6.8e-13, (44.45% identity in + 306 aa overlap); Q9LUI7|HMT3 CYSTEINE METHYLTRANSFERASE + from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (347 aa), + FASTA scores: opt: 312, E(): 3.8e-12, (41.85% identity in + 313 aa overlap); etc. Identical to AAK46833|MT2533 + HOMOCYSTEINE S-METHYLTRANSFERASE from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (302 aa). Protein product from + Mb2485 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2485 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOMOCYSTEINE S-METHYLTRANSFERASE MMUM + (S-METHYLMETHIONINE:HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE) + (CYSTEINE METHYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01100.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1A0" + /db_xref="InterPro:IPR003726" + /db_xref="InterPro:IPR017226" + /db_xref="InterPro:IPR036589" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1A0" + /translation="MELVSDSVLISDGGLATELEARGHDLSDPLWSARLLVDAPHAIT + AVHTAYFRAGAQIATTASYQASFEGFAARGIGHDDATVLLRRSVELAQAARDEVGVGG + LSVAASVGPYGAALADGSEYRGCYGLSVAALMKWHLPRLEVLVDAGADMLALETIPDI + DEAEALVNLVRRLATPAWLSYTINGTRTRAGQPLTDAFAVAAGVPEIVAVGVNCCAPD + DVLPAIAFAVAHTGKPVIVYPNSGEGWDGRRRAWVGPRRFSGSSGQLAREWVAAGARI + VGGCCRVRPIDIAEIGRALTTAPPRG" + gene 2733428..2734954 + /locus_tag="BQ2027_MB2486" + CDS 2733428..2734954 + /locus_tag="BQ2027_MB2486" + /note="Mb2486, -, len: 508 aa. Equivalent to Rv2459, len: + 508 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 508 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, member of major + facilitator superfamily (MFS) possibly involved in drug + transport, highly similar to many efflux proteins e.g. + Q9RL22|SC5G9.04c PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (489 aa), FASTA scores: opt: + 788, E(): 1.3e-38, (34.45% identity in 412 aa overlap); + Q9I428|PA1316 PROBABLE MFS TRANSPORTER from Pseudomonas + aeruginosa (513 aa), FASTA scores: opt: 782, E(): 3.1e-38, + (32.75% identity in 519 aa overlap); P39886|TCMA_STRGA + tetracenomycin C resistance and export protein from + Streptomyces glaucescens (538 aa), FASTA scores: opt: 752, + E(): 1.8e-36, (31.7% identity in 511 aa overlap); etc. + Also highly similar to AAK46687|MT2395 DRUG TRANSPORTER + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (537 aa), + FASTA scores: opt: 1396, E(): 5.6e-74, (44.45% identity in + 504 aa overlap); and P71879|Rv2333c|MTCY3G12.01 PROBABLE + CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (537 aa), FASTA + scores: opt: 1385, E(): 2.5e-73, (44.25% identity in 504 + aa overlap). Mb2486 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIU01101.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1A4" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1A4" + /translation="MTPRQRLTVLATGLGIFMVFVDVNIVNVALPSIQKVFHTGEQGL + QWAVAGYSLGIAAVLMSCALLGDRYGRRRSFVFGVTLFVVSSIVCVLPVSLAVFTVAR + VIQGLGAAFISVLSLALLSHSFPNPRMKARAISNWMAIGMVGAASAPALGGLMVDGLG + WRSVFLVNVPLGAIVWLLTLVGVDESQDPEPTQLDWVGQLTLIPAVALIAYTIIEAPR + FDRQSAGFVAALLLAAGVLLWLFVRHEHRAAFPLVDLKLFAEPLYRSVLIVYFVVMSC + FFGTLMVITQHFQNVRDLSPLHAGLMMLPVPAGFGVASLLAGRAVNKWGPQLPVLTCL + AAMFIGLAIFAISMDHAHPVALVGLTIFGAGAGGCATPLLHLGMTKVDDGRAGMAAGM + LNLQRSLGGIFGVAFLGTIVAAWLGAALPNTMADEIPDPIARAIVVDVIVDSANPHAH + AAFIGPGHRITAAQEDEIVLAADAVFVSGIKLALGGAAVLLTGAFVLGWTRFPRTPAS + " + gene complement(2735105..2735749) + /gene="clpP2" + /locus_tag="BQ2027_MB2487C" + CDS complement(2735105..2735749) + /gene="clpP2" + /locus_tag="BQ2027_MB2487C" + /note="Mb2487c, clpP2, len: 214 aa. Equivalent to Rv2460c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Probable clpP2, + ATP-dependent clp protease proteolytic subunit 2 (EC + 3.4.21.92), equivalent to Q9CBY4|CLP2_MYCLE ATP-DEPENDENT + CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT from Mycobacterium leprae + (214 aa). Also highly similar to others e.g. Q9ZH58|CLPP2 + from Streptomyces coelicolor (236 aa), FASTA scores: opt: + 918, E(): 2.1e-50, (66.35% identity in 214 aa overlap); + O67357|CLPP_AQUAE|AQ_1339 from Aquifex aeolicus (201 aa), + FASTA scores: opt: 680, E(): 1.4e-35, (52.0% identity in + 194 aa overlap); P43867|CLPP_HAEIN from Haemophilus + influenzae (193 aa), FASTA scores: opt: 662, E(): 1.8e-34, + (53.35% identity in 193 aa overlap); etc. Contains PS00381 + Endopeptidase Clp serine active site. Also similar to + upstream ORF Rv2461c|MTV008.17c|clpP1 (200 aa), FASTA + score: (48.3% identity in 172 aa overlap). BELONGS TO + PEPTIDASE FAMILY S14, ALSO KNOWN AS CLPP FAMILY. Protein + product from Mb2487c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2487c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC + SUBUNIT 2 CLPP2 (ENDOPEPTIDASE CLP 2)" + /protein_id="SIU01102.1" + /db_xref="GOA:P63784" + /db_xref="InterPro:IPR001907" + /db_xref="InterPro:IPR018215" + /db_xref="InterPro:IPR023562" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR033135" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63784" + /translation="MNSQNSQIQPQARYILPSFIEHSSFGVKESNPYNKLFEERIIFL + GVQVDDASANDIMAQLLVLESLDPDRDITMYINSPGGGFTSLMAIYDTMQYVRADIQT + VCLGQAASAAAVLLAAGTPGKRMALPNARVLIHQPSLSGVIQGQFSDLEIQAAEIERM + RTLMETTLARHTGKDAGVIRKDTDRDKILTAEEAKDYGIIDTVLEYRKLSAQTA" + gene complement(2735746..2736348) + /gene="clpP1" + /locus_tag="BQ2027_MB2488C" + CDS complement(2735746..2736348) + /gene="clpP1" + /locus_tag="BQ2027_MB2488C" + /note="Mb2488c, clpP1, len: 200 aa. Equivalent to Rv2461c, + len: 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 200 aa overlap). Probable clpP1, + ATP-dependent clp protease proteolytic subunit 1 (EC + 3.4.21.92), equivalent to Q9CBY3|CLP1_MYCLE ATP-DEPENDENT + CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT from Mycobacterium leprae + (224 aa), FASTA scores: opt: 1226, E(): 1.3e-71, (95.0% + identity in 200 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9F315|CLPP1 from Streptomyces coelicolor (219 aa), + FASTA scores: opt: 713, E(): 9.3e-39, (61.75% identity in + 183 aa overlap); P80244|CLPP_BACSU from Bacillus subtilis + (197 aa), FASTA scores: opt: 658, E(): 2.8e-35, (54% + identity in 187 aa overlap); Q9WZF9|CLPP_THEMA|TM0695 from + Thermotoga maritima (203 aa), FASTA scores: opt: 653, E(): + 6.1e-35, (55.25% identity in 172 aa overlap); etc. Also + similar to downstream ORF Rv2460c|MTV008.16c|clpP2 (214 + aa), FASTA score: (48.3% identity in 172 aa overlap). + BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S14, ALSO KNOWN AS CLPP + FAMILY. Note that previously known as clp. Protein product + from Mb2488c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2488c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC + SUBUNIT 1 CLPP1 (ENDOPEPTIDASE CLP)" + /protein_id="SIU01103.1" + /db_xref="GOA:P0A527" + /db_xref="InterPro:IPR001907" + /db_xref="InterPro:IPR023562" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR033135" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A527" + /translation="MSQVTDMRSNSQGLSLTDSVYERLLSERIIFLGSEVNDEIANRL + CAQILLLAAEDASKDISLYINSPGGSISAGMAIYDTMVLAPCDIATYAMGMAASMGEF + LLAAGTKGKRYALPHARILMHQPLGGVTGSAADIAIQAEQFAVIKKEMFRLNAEFTGQ + PIERIEADSDRDRWFTAAEALEYGFVDHIITRAHVNGEAQ" + gene complement(2736465..2737865) + /gene="tig" + /locus_tag="BQ2027_MB2489C" + CDS complement(2736465..2737865) + /gene="tig" + /locus_tag="BQ2027_MB2489C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2489c, tig, len: 466 aa. Equivalent to Rv2462c, + len: 466 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 466 aa overlap). Probable tig, trigger + factor (TF), a chaperone protein, equivalent to + Q9CBY2|ML1481 POSSIBLE MOLECULAR CHAPERONE from + Mycobacterium leprae (469 aa), FASTA scores: opt: 2171, + E(): 7.2e-113, (70.1% identity in 468 aa overlap). Also + similar to oyher trigger factors from several organisms + e.g. Q9F314|SCC80.05c from Streptomyces coelicolor (468 + aa), FASTA scores: opt: 1224, E(): 1.7e-60, (41.8% + identity in 469 aa overlap); Q9K8F3|TIG_BACHD from + Bacillus halodurans (431 aa), FASTA scores: opt: 675, E(): + 3.6e-30, (28.5% identity in 421 aa overlap); + P22257|TIG_ECOLI from Escherichia coli (432 aa), FASTA + scores: opt: 493, E(): 4.2e-20, (23.35% identity in 433 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE FKBP-TYPE PPIASE FAMILY, TIG + SUBFAMILY. Protein product from Mb2489c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2489c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRIGGER FACTOR (TF) PROTEIN TIG" + /protein_id="SIU01104.1" + /db_xref="GOA:Q7TYJ1" + /db_xref="InterPro:IPR005215" + /db_xref="InterPro:IPR008880" + /db_xref="InterPro:IPR008881" + /db_xref="InterPro:IPR027304" + /db_xref="InterPro:IPR036611" + /db_xref="InterPro:IPR037041" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYJ1" + /translation="MKSTVEQLSPTRVRINVEVPFAELEPDFQRAYKELAKQVRLPGF + RPGKAPAKLLEARIGREAMLDQIVNDALPSRYGQAVAESDVQPLGRPNIEVTKKEYGQ + DLQFTAEVDIRPKISLPDLSALTVSVDPIEIGEDDVDAELQSLRTRFGTLTAVDRPVA + VGDVVSIDLSATVDGEDIPNAAAEGLSHEVGSGRLIAGLDDAVVGLSADESRVFTAKL + AAGEHAGQEAQVTVTVRSVKERELPEPDDEFAQLASEFDSIDELRASLSDQVRQAKRA + QQAEQIRNATIDALLEQVDVPLPESYVQAQFDSVLHSALSGLNHDEARFNELLVEQGS + SRAAFDAEARTASEKDVKRQLLLDALADELQVQVGQDDLTERLVTTSRQYGIEPQQLF + GYLQERNQLPTMFADVRRELAIRAAVEAATVTDSDGNTIDTSEFFGKRVSAGEAEEAE + PADEGAARAASDEATT" + gene complement(2737905..2737977) + /locus_tag="BQ2027_PROU" + tRNA complement(2737905..2737977) + /locus_tag="BQ2027_PROU" + /product="tRNA-Pro" + /note="proU, len: 74 nt. Equivalent to proU, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Pro; anticodon tgg." + gene 2738115..2738185 + /locus_tag="BQ2027_GLYV" + tRNA 2738115..2738185 + /locus_tag="BQ2027_GLYV" + /product="tRNA-Gly" + /note="glyV, len: 71 nt. Equivalent to glyV, len: 71 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 71 nt overlap). tRNA-Gly; anticodon tcc." + gene 2738229..2739413 + /gene="lipP" + /locus_tag="BQ2027_MB2490" + CDS 2738229..2739413 + /gene="lipP" + /locus_tag="BQ2027_MB2490" + /note="Mb2490, lipP, len: 394 aa. Equivalent to Rv2463, + len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 394 aa overlap). Probable lipP, + esterase (EC 3.1.-.-), lipase similar to others eg + O87861|ESTA ESTERASE A from Streptomyces chrysomallus (389 + aa), FASTA scores: opt: 964, E(): 1.9e-53, (44.35% + identity in 399 aa overlap); Q9I4S7|PA1047 PROBABLE + ESTERASE from Pseudomonas aeruginosa (392 aa), FASTA + scores: opt: 863, E(): 4.6e-47, (40.05% identity in 377 aa + overlap); Q53403|ESTC ESTERASE III from Pseudomonas + fluorescens (382 aa), FASTA scores: opt: 753, E(): + 3.9e-40, (36.3% identity in 380 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2490 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2490 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ESTERASE/LIPASE LIPP" + /protein_id="SIU01105.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y234" + /translation="MNQPDIKGSCASEFTKVRDAFERNFVLRNEVGAAVAVWVDGDLV + VNLWGGSADAGGTRPWQHDTLATVLSGTKALTATCVHQLVDRGELDLHAPVARYWPEF + GQAGKQAITLAMVMSHRSGAIGPRGRLGWEQVADWDFVCEQLAAAEPWWQPGAAQGYH + MTTFGFILGEVFRRVTGRTVGQYLRTEIAEPLGADVHIGLHPGEQLRCADLVDKPHIR + QLLADVQAPGYPTSLNEHPKAALSVSMGFAPDDELGSNDLQLWRQIEFPGTNGQVSAL + GLATFYNGLAQEKLLSREHMELVRVSQGGFDTDLVLGPRVADHGWGLGYMLNQRGVNG + PNPRIFGHGGLGGSFGFVDLEHRIGYAYVMNRFDATKANADPRSVVLSNEVYAALGVN + RS" + gene complement(2739433..2740239) + /locus_tag="BQ2027_MB2491C" + CDS complement(2739433..2740239) + /locus_tag="BQ2027_MB2491C" + /note="Mb2491c, -, len: 268 aa. Equivalent to Rv2464c, + len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 268 aa overlap). Possible DNA + glycosylase (EC 3.2.2.-), showing some similarity to + several other DNA glycosylases e.g. Q9F308|SCC80.11c + PUTATIVE DNA REPAIR HYDROLASE (FRAGMENT) from Streptomyces + coelicolor (306 aa), FASTA scores: opt: 894, E(): 6.1e-51, + (51.05% identity in 282 aa overlap); O50606|MUTM|FPG_THETH + FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE (EC 3.2.2.23) from + Thermus aquaticus (267 aa), FASTA scores: opt: 342, E(): + 4.6e-15, (32.4% identity in 250 aa overlap); + Q9RCW5|SCM10.34c PUTATIVE FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA + GLYCOSYLASE from Streptomyces coelicolor (287 aa), FASTA + scores: opt: 321, E(): 1.1e-13, (29.35% identity in 259 aa + overlap); etc. Identical to AAK46839|MT2539 + FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551. Also similar to other M. + tuberculosis DNA glycosylases e.g. MTCY71.37 (32.9% + identity in 277 aa overlap). BELONGS TO THE FPG FAMILY. + Protein product from Mb2491c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2491c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DNA GLYCOSYLASE" + /protein_id="SIU01106.1" + /db_xref="GOA:P64159" + /db_xref="InterPro:IPR000214" + /db_xref="InterPro:IPR010663" + /db_xref="InterPro:IPR010979" + /db_xref="InterPro:IPR012319" + /db_xref="InterPro:IPR015886" + /db_xref="InterPro:IPR015887" + /db_xref="InterPro:IPR035937" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64159" + /translation="MPEGHTLHRLARLHQRRFAGAPVSVSSPQGRFADSASALNGRVL + RRASAWGKHLFHHYVGGPVVHVHLGLYGTFTEWARPTDGWLPEPAGQVRMRMVGAEFG + TDLRGPTVCESIDDGEVADVVARLGPDPLRSDANPSSAWSRITKSRRPIGALLMDQTV + IAGVGNVYRNELLFRHRIDPQRPGRGIGEPEFDAAWNDLVSLMKVGLRRGKIIVVRPE + HDHGLPSYLPDRPRTYVYRRAGEPCRVCGGVIRTALLEGRNVFWCPVCQT" + gene complement(2740245..2740733) + /gene="rpib" + /locus_tag="BQ2027_MB2492C" + CDS complement(2740245..2740733) + /gene="rpib" + /locus_tag="BQ2027_MB2492C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2492c, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv2465c, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Probable isomerase + (EC 5.-.-.-), equivalent to AAK46840|MT2540 PUTATIVE + CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (159 aa). Equivalent to + Q9CBY1|ML1484 POSSIBLE PHOSPHOPENTOSE ISOMERASE from M. + leprae (162 aa), FASTA scores: opt: 992, E(): 7.1e-59, + (89.5% identity in 162 aa overlap). Also highly similar or + similar to several diverse isomerases e.g. + Q9L206|SC8E4.02c PUTATIVE ISOMERASE from Streptomyces + coelicolor (159 aa), FASTA scores: opt: 661, E(): 6.1e-37, + (61.45% identity in 153 aa overlap); + P47636|Y396_MYCGE|MG396 HYPOTHETICAL LACA/RPIB FAMILY + PROTEIN from Mycoplasma genitalium (152 aa), FASTA scores: + opt: 357, E(): 8.2e-17, (42% identity in 150 aa overlap); + P53527|Y396_MYCPN|MPN595|MP247 HYPOTHETICAL LACA/RPIB + FAMILY PROTEIN from Mycoplasma pneumoniae (152 aa), FASTA + scores: opt: 340, E(): 1.1e-15, (38.6% identity in 145 aa + overlap); P26592|LACB_STAAU galactose-6-phosphate + isomerase from Staphylococcus aureus (171 aa), FASTA + scores: opt: 296, E(): 1e-12, (35.4% identity in 158 aa + overlap) and P37351|RPIB_ECOLI ribose 5-phosphate + isomerase b from Escherichia coli (149 aa), FASTA scores: + opt: 262, E(): 1.6e-10, (32.2% identity in 146 aa + overlap); etc. COULD BELONG TO THE LACA/RPIB FAMILY. + Protein product from Mb2492c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2492c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ribose-5-phosphate isomerase" + /protein_id="SIU01107.1" + /db_xref="GOA:Q7TYI9" + /db_xref="InterPro:IPR003500" + /db_xref="InterPro:IPR011860" + /db_xref="InterPro:IPR036569" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYI9" + /translation="MSGMRVYLGADHAGYELKQRIIEHLKQTGHEPIDCGALRYDADD + DYPAFCIAAATRTVADPGSLGIVLGGSGNGEQIAANKVPGARCALAWSVQTAALAREH + NNAQLIGIGGRMHTVAEALAIVDAFVTTPWSKAQRHQRRIDILAEYERTHEAPPVPGA + PA" + gene complement(2740835..2741458) + /locus_tag="BQ2027_MB2493C" + CDS complement(2740835..2741458) + /locus_tag="BQ2027_MB2493C" + /note="Mb2493c, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv2466c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBY0|ML1485 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (207 aa), + FASTA scores: opt: 1154, E(): 1.1e-67, (80.6% identity in + 206 aa overlap). Also highly similar to Q9L201|SC8E4A.04c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (216 + aa), FASTA scores: opt: 789, E(): 4.6e-44, (57.9% identity + in 213 aa overlap). Also similar to AAK46628|MT2344 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (230 aa), FASTA scores: opt: 324, E(): + 6.1e-14, (30.4% identity in 194 aa overlap). Contains + PS00195 Glutaredoxin active site. Protein product from + Mb2493c detected using shotgun mass spectrometry. Mb2493c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein disulfide oxidoreductase" + /protein_id="SIU01108.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y191" + /db_xref="InterPro:IPR001853" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y191" + /translation="MLEKAPQKSVADFWFDPLCPWCWITSRWILEVAKVRDIEVNFHV + MSLAILNENRDDLPEQYREGMARAWGPVRVAIAAEQAHGAKVLDPLYTAMGNRIHNQG + NHELDEVITQSLADAGLPAELAKAATSDAYDNALRKSHHAGMDAVGEDVGTPTIHVNG + VAFFGPVLSKIPRGEEAGKLWDASVTFASYPHFFELKRTRTEPPQFD" + gene 2741560..2744145 + /gene="pepN" + /locus_tag="BQ2027_MB2494" + CDS 2741560..2744145 + /gene="pepN" + /locus_tag="BQ2027_MB2494" + /note="Mb2494, pepN, len: 861 aa. Equivalent to Rv2467, + len: 861 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 861 aa overlap). Probable pepN, + aminopeptidase N (EC 3.4.11.2), equivalent to + Q9CBX9|ML1486 PROBABLE AMINOPEPTIDASE from Mycobacterium + leprae (862 aa), FASTA scores: opt: 4751,E(): 0, (83.3% + identity in 862 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q11010|AMPN_STRLI|PEPN from Streptomyces lividans + (857 aa), FASTA scores: opt: 2839, E(): 1.8e-170, (53.25% + identity in 864 aa overlap); Q9L1Z2|PEPN from Streptomyces + coelicolor (857 aa), FASTA scores: opt: 2834, E(): + 3.8e-170, (53.1% identity in 864 aa overlap); + P37896|AMPN_LACDL|PEPN from Lactobacillus delbrueckii + (subsp. lactis) (842 aa), FASTA scores: opt: 719, E(): + 2.4e-37, (31.65% identity in 439 aa overlap); etc. + Contains PS00142 Neutral zinc metallopeptidases, + zinc-binding region signature. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY + M1 (ZINC METALLOPROTEASE), ALSO KNOWN AS THE PEPN + SUBFAMILY. Note that previously known as pepD. Protein + product from Mb2494 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2494 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINOPEPTIDASE N PEPN (LYSYL + AMINOPEPTIDASE) (LYS-AP) (ALANINE AMINOPEPTIDASE)" + /protein_id="SIU01109.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1B2" + /db_xref="InterPro:IPR001930" + /db_xref="InterPro:IPR012778" + /db_xref="InterPro:IPR014782" + /db_xref="InterPro:IPR024571" + /db_xref="InterPro:IPR042097" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B2" + /translation="MALPNLTRDQAVERAALITVDSYQIILDVTDGNGAPGERTFRST + TTVVFDALPGADTVIDISAHTVRRASLNDQDLDVSGYDEAAGIPLRGLAQRNVVVVDA + DCHYSNTGEGLHRFVDPVDGETYLYSQFETADAKRMFACFDQPDLKATFDVRVTAPAH + WKVISNGAPLAAANGVHTFATTPRMSTYLVALIAGPYAAWTDTYIDDHGEIPLGIYCR + ASLAEYMDAERLFTQTKQGFGFYHKHFGLPYAFGKYDQLFVPEFNAGAMENAGAVTFL + EDYVFRSKVTRASYERRAETVLHEMAHMWFGDLVTMTWWDDLWLNESFATFASVLCQS + EATEFTEAWTTFATVEKSWAYRQDQLPSTHPIAADIPDLAAVEVNFDGITYAKGASVL + KQLVAYVGLERFLAGLRDYFRTHAFGNASFDDLLAALEKASGRDLSNWGEQWLKTTGL + NTLRPDFEVDAEGRFTRFAVTQSGAAPGAGETRVHRLAVGIYDDDGSKSSGKLVRVHR + EELDVSGPITNVPALVGVSRGKLILVNDDDLTYCSLRLDERSLQTALDRIADIAEPLP + RTLVWSAAWEMTREAELRARDFVSLVSGGVHAETEVGVAQRLLLQAQTALGCYAEPGW + ARERGWPQFADRLLELAREAEPGSDHQLAYINSLCSSVLSPRHVQTLGALLEGEPAAC + GLAGLAVDTDLRWRIVTALATAGAIDADGPETPRIDAEVQRDPTAAGKRHAAQARAAR + PQFVVKDEAFTTVVEDDTLANATGRAMIAGIAAPGQGELLKPFARRYFQAIPGVWARR + SSEVAQSVVIGLYPHWDISEQGITAAEEFLSDPEVPPALRRLVLEGQAAVQRSLRARN + FDADG" + gene complement(2744218..2744721) + /locus_tag="BQ2027_MB2495C" + CDS complement(2744218..2744721) + /locus_tag="BQ2027_MB2495C" + /note="Mb2495c, -, len: 167 aa. Equivalent to Rv2468c, + len: 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 167 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Mycobacterium + leprae HYPOTHETICAL PROTEINS Q9CC58|ML1255 (163 aa), FASTA + scores: opt: 859, E(): 1.6e-49, (81.2% identity in 165 aa + overlap) and Q9X7B5|MLCB1610.16 (169 aa), FASTA scores: + opt: 859, E(): 1.6e-49, (81.2% identity in 165 aa + overlap). Also weak similarity with Q9X8D7|SCE39.14c + PUTATIVE GNTR-FAMILY REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (243 aa), FASTA scores: opt: 116, E(): 1.3, + (30.1% identity in 156 aa overlap). Protein product from + Mb2495c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2495c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01110.1" + /db_xref="InterPro:IPR033437" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B1" + /translation="MTHRSSRLEVGPVARGDVATIEHAELPPGWVLTTSGRISGVTEP + GELSVHYPFPIADLVALDDALTYSSRACQVRFAIYLGDLGRDTAARAREILGKVPTPD + NAVLLAVSPNQCAIEVVYGSQVRGRGAESAAPLGVAAASSAFEQGELVDGLISAIRVL + SAGIAPG" + gene complement(2744672..2744905) + /locus_tag="BQ2027_MB2495A" + CDS complement(2744672..2744905) + /locus_tag="BQ2027_MB2495A" + /note="MB2495A, len: 77 aa. Equivalent to Rv2468A len: 77 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 77 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Mb2495A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU01111.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1B3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B3" + /translation="MEIHLFFVGIPLLLVVVLSVLIWSRKGPHPATYKLSEPWTHPPI + LWAATDEVVGSAHGGHGHDASEFTVGGGASGTW" + gene complement(2744941..2745609) + /locus_tag="BQ2027_MB2496C" + CDS complement(2744941..2745609) + /locus_tag="BQ2027_MB2496C" + /note="Mb2496c, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv2469c, + len: 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 222 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to other HYPOTHETICAL PROTEINS + e.g. Q9X7B4|MLCB1610.15|ML1254 from Mycobacterium leprae + (215 aa), FASTA scores: opt: 1183, E(): 3.3e-70, (77.9% + identity in 222 aa overlap); Q9L1Y0|SC8E4A.25c from + Streptomyces coelicolor (178 aa), FASTA scores: opt: 589, + E(): 1.7e-31, (53.4% identity in 161 aa overlap) + (N-terminal region is shorter 50 aa approximatively); + Q9RRS6|DR2409 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (186 aa), FASTA scores: opt: 440, + E(): 9.6e-22, (42.25% identity in 168 aa overlap) + (N-terminal region is shorter 30 aa approximatively); etc. + Mb2496c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HNH endonuclease family protein" + /protein_id="SIU01112.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR029471" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B7" + /translation="MAHGKKRRGHRSSGVAAGVTGPASCLHGVHSHRLASGVETHPPN + RHESASIWNRRRVLLLNSTYEPLTALSMRRAIVMVICGKADVVHEDPSGPVIHSSTRS + ILVPSVIQLRSYVRVPYRARVPMTRAALMHRDRFCCAYCGGKADTVDHVVPRSRGGAH + SWENCVACCSPCNHRKGDRLLTELGWALRRAPLPPTGPHWRLLSAVKELDPSWARYLG + EGAA" + gene 2745752..2746138 + /gene="glbO" + /locus_tag="BQ2027_MB2497" + CDS 2745752..2746138 + /gene="glbO" + /locus_tag="BQ2027_MB2497" + /note="Mb2497, glbO, len: 128 aa. Equivalent to Rv2470, + len: 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Possible glbO, + globin-like protein, highly similar to Q9CC59|GLBO|ML1253 + HEMOGLOBIN-LIKE (OXYGEN CARRIER) from Mycobacterium leprae + (128 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 4e-47, (88.1% + identity in 126 aa overlap); Q9X7B3|MLCB1610.14c PUTATIVE + GLOBIN from Mycobacterium leprae (131 aa); + Q9L250|SC6D10.14 PUTATIVE GLOBIN from Streptomyces + coelicolor (137 aa), FASTA scores: opt: 466, E(): 5.7e-26, + (53.6% identity in 125 aa overlap). Also similar to O31607 + YJBI PROTEIN from Bacillus subtilis (132 aa), FASTA + scores: opt: 294, E(): 6.6e-14; (39.85% identity in 128 aa + overlap). COULD BELONG TO PROTOZOAN/CYANOBACTERIAL GLOBIN + FAMILY PROTEIN. Protein product from Mb2497 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2497 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="globin (oxygen-binding protein) glbo" + /protein_id="SIU01113.1" + /db_xref="GOA:P0A596" + /db_xref="InterPro:IPR001486" + /db_xref="InterPro:IPR009050" + /db_xref="InterPro:IPR012292" + /db_xref="InterPro:IPR019795" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A596" + /translation="MPKSFYDAVGGAKTFDAIVSRFYAQVAEDEVLRRVYPEDDLAGA + EERLRMFLEQYWGGPRTYSEQRGHPRLRMRHAPFRISLIERDAWLRCMHTAVASIDSE + TLDDEHRRELLDYLEMAAHSLVNSPF" + gene 2746138..2747778 + /gene="aglA" + /locus_tag="BQ2027_MB2498" + CDS 2746138..2747778 + /gene="aglA" + /locus_tag="BQ2027_MB2498" + /note="Mb2498, aglA, len: 546 aa. Equivalent to Rv2471, + len: 546 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 546 aa overlap). Probable aglA, maltase + (alpha-glucosidase) (EC 3.2.1.20), highly similar or + similar to several e.g. Q60027|AGLA from Thermomonospora + curvata (544 aa), FASTA scores: opt: 2071, E(): 4e-116, + (57.7% identity in 525 aa overlap); Q9KZE3|AGLAE from + Streptomyces coelicolor (534 aa), FASTA scores: opt: 1475, + E(): 1.5e-80, (50.1% identity in 537 aa overlap); + O86874|AGLA from Streptomyces lividans (534 aa), FASTA + scores: opt: 1473, E(): 2e-80, (50.1% identity in 537 aa + overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO FAMILY 13 OF GLYCOSYL + HYDROLASES, ALSO KNOWN AS THE ALPHA-AMYLASE FAMILY. Mb2498 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALPHA-GLUCOSIDASE AGLA (MALTASE) + (GLUCOINVERTASE) (GLUCOSIDOSUCRASE) (MALTASE-GLUCOAMYLASE) + (LYSOSOMAL ALPHA-GLUCOSIDASE) (ACID MALTASE)" + /protein_id="SIU01114.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3F9" + /db_xref="InterPro:IPR006047" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F9" + /translation="MDQHQRPDPMGPGSPRASARRPEPDPMGEPWWSRAVFYQVYPRS + FADSNGDGVGDLDGLASRLDHLQQLGVDAIWINPVTVSPMADHGYDVADPRDIDPLFG + GMPAFERLVAAAHRQGIKVTMDVVPNHTSSAHPWFQAALADLPGSPARDRYFFRDGRG + PDGSLPPNNWESVFGGPAWTRVREPDGNPGQWYLHLFDTEQPDLNSDNPEILDDFEKT + LRFWLDRGVDGFRIDVAHGMAKPPGLPDSPDLGIEVLHHRDDDPRFNHPNVHAIHRDI + RTVIDEYPGAVTVGEVWVHDNARWAEYLRPDELHLGFNFRLARTEFDAAEIRDAVANS + LAAAALQNATPTWTLANHDVGREVSRYGGGEIGLRRAKAMAVVMLALPGVVFLYNGQE + LGLPDVDLPDEVLQDPTWERSGRTERGRDGCRVPIPWSGNIPPFGFSTCPDTWLPMPP + EWAALTAEKQRADAGSTLSFFRLALRLRRERNEFDGDVDWLAAPDDALIFRRHGGGLV + CALNAAERPLALPAGEPILASAPLTDATLPPNAAAWLV" + gene 2747846..2748139 + /locus_tag="BQ2027_MB2499" + CDS 2747846..2748139 + /locus_tag="BQ2027_MB2499" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2499, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv2472, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity to + O53451|Rv1103c|MTV017.56c from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (106 aa), FASTA scores: opt: 135, E(): 0.026, + (45.85% identity in 72 aa overlap); and AAK45393|MT1135 + HYPOTHETICAL 11.4 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (78 aa) FASTA scores: opt: + 139, E(): 0.011, (45.35% identity in 75 aa overlap). + Mb2499 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01115.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y242" + /translation="MMMRIAVRLPGEVITFVDSEVSQIRIPSRRAAVVLRASNASDAA + ILTATEPNHHLDALAGQAAKLAPTSIDAAHPARPARRDPCLYPRTGQALPRTG" + gene 2748142..2748858 + /locus_tag="BQ2027_MB2500" + CDS 2748142..2748858 + /locus_tag="BQ2027_MB2500" + /note="Mb2500, -, len: 238 aa. Equivalent to Rv2473, len: + 238 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 238 aa overlap). Possible + pro-,ala-rich membrane protein, with possible + transmembrane domain around aa 81-104. Protein product + from Mb2500 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb2500 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALANINE AND PROLINE RICH MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU01116.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1J5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J5" + /translation="MAPTSSSVASELLMPWPSAAASGVVGWRTTATASQRYHRPMSDT + PFAEPYPEQRPPWGVPPPGWDGSSRPAPSTTPRSPGRWSLVAALALAVVSLGVGIVGW + FHRQPHDKPSPAPSAPTFTSQQISDAKENVCAAHRIVRQAAVLNTNQANPVPGDPTGD + LAVAANARLALYSGGDYLLRRLTAEPATPAELRDAVRSLANALQELAVNYLAGAPDSV + VTPLRLALERDTRAVDPLCV" + gene complement(2748890..2749543) + /locus_tag="BQ2027_MB2501C" + CDS complement(2748890..2749543) + /locus_tag="BQ2027_MB2501C" + /note="Mb2501c, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv2474c, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 217 aa overlap). Hypothetical protein. + Shows weak similarity with Q9L246|SC6D10.18c HYPOTHETICAL + 24.9 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (238 aa), + FASTA scores: opt: 111, E(): 5.6, (30% identity in 233 aa + overlap), BLASTP scores: Score= 135, E= 3.5e-07, P= + 3.5e-07, Identities= 55/182 (30%). Protein product from + Mb2501c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2501c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01117.1" + /db_xref="InterPro:IPR016601" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P6" + /translation="MVERGLWLPDPAHRADLATFVDHALRLDDVAVIRIRARSTGLLS + AWVATGFDVLASRVVAGKVRPDDLSVAARSLAHGLATTDASGYVDPGYSMDSAWRGGL + PPESGFTYLDDVPARVMLDLAHRGARLAKEHGSSAGPPVSLLDQEVIQVSSADVVVGL + PMRCVFALTAMGFLPQSAETISADELIRVRISPAWLRLDARFGSVYRHRGHAALVLR" + gene complement(2749549..2749965) + /locus_tag="BQ2027_MB2502C" + CDS complement(2749549..2749965) + /locus_tag="BQ2027_MB2502C" + /note="Mb2502c, -, len: 138 aa. Equivalent to Rv2475c, + len: 138 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 138 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with + Q9L245|SC6D10.19c HYPOTHETICAL 16.2 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (136 aa), FASTA scores: opt: 236, + E(): 1.9e-09, (34.1% identity in 126 aa overlap). Also + some similarity with AAK44393|Z97050|MTCI28_3 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + cosmid I (151 aa), FASTA scores: opt: 147, E(): 0.00025, + (29.2% identity in 120 aa overlap). Protein product from + Mb2502c detected using shotgun mass spectrometry. Mb2502c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted thioesterase" + /protein_id="SIU01118.1" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1A2" + /translation="MSVGFVTPVGVRWSDIDMYQHVNHATMVTILEEARVPFLKDAFG + ADITSTGLLIADVRVTYKGQLRLSDSPLQVTIWTKRLRAVDFTLGYEVRSVNAEPDSR + PAVIAESQLAAFHIEEQRLVRLSPHHREYLQRWFRG" + gene complement(2749962..2754833) + /gene="gdh" + /locus_tag="BQ2027_MB2503C" + CDS complement(2749962..2754833) + /gene="gdh" + /locus_tag="BQ2027_MB2503C" + /note="Mb2503c, gdh, len: 1623 aa. Equivalent to Rv2476c, + len: 1624 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1624 aa overlap). Probable gdh, + glutamate dehydrogenase (EC 1.4.1.2). Highly similar to + Q9X7B2|MLCB1610.10|ML1249 HYPOTHETICAL 177.9 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (1622 aa), FASTA scores: opt: + 8630,E(): 0, (81.45% identity in 1634 aa overlap). But + highly similar to Q9F0J1|GDH NAD-GLUTAMATE DEHYDROGENASE + from Streptomyces clavuligerus (1651 aa), FASTA scores: + opt: 3833, E(): 0, (45.8% identity in 1600 aa overlap); + (see first citation). Also similar with others e.g. + AAG53963|PA3068|GDHB HYPOTHETICAL (NAD(+)-DEPENDENT + GLUTAMATE DEHYDROGENASE from Pseudomonas aeruginosa (1620 + aa), FASTA scores: opt: 2214, E(): 1e-124, (40.1% identity + in 1561 aa overlap) (see second citation); and Q9Y8G5|GDHB + NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE from Agaricus + bisporus (1029 aa), FASTA scores: opt: 194, E(): 0.00099, + (22.7% identity in 647 aa overlap) (see third citation); + etc. Contains possible Helix-turn-helix motif at aa 1568 + to 1589 (score 1098, +2.93 SD). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 3 + bp deletion (cgg-*) leads to a slightly shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (1623 aa versus 1624 aa). Protein product + from Mb2503c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2503c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NAD-DEPENDENT GLUTAMATE DEHYDROGENASE + GDH (NAD-GDH) (NAD-DEPENDENT GLUTAMIC DEHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01119.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C3" + /db_xref="InterPro:IPR007780" + /db_xref="InterPro:IPR028971" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C3" + /translation="MTIDPGAKQDVEAWTTFTASADIPDWISKAYIDSYRGPRDDSSE + ATKAAEASWLPASLLTPAMLGAHYRLGRHRAAGESCVAVYRADDPAGFGPALQVVAEH + GGMLMDSVTVLLHRLGIAYAAILTPVFDVHRSPTGELLRIEPKAEGTSPHLGEAWMHV + ALSPAVDHKGLAEVERLLPKVLADVQRVATDATALIATLSELAGEVESNAGGRFSAPD + RQDVGELLRWLGDGNFLLLGYQRCRVADGMVYGEGSSGMGVLRGRTGSRPRLTDDDKL + LVLAQARVGSYLRYGAYPYAIAVREYVDGSVVEHRFVGLFSVAAMNADVLEIPTISRR + VREALAMAESDPSHPGQLLLDVIQTVPRPELFTLSAQRLLTMARAVVDLGSQRQALLF + LRADRLQYFVSCLVYMPRDRYTTAVRMQFEDILVREFGGTRLEFTARVSESPWALMHF + MVRLPEVGVAGEGAAAPPVDVSEANRIRIQGLLTEAARTWADRLIGAAAAGSVGQADA + MHYAAAFSEAYKQAVTPADAIGDIAVITELTDDSVKLVFSERDEQGVAQLTWFLGGRT + ASLSQLLPMLQSMGVVVLEERPFSVTRPDGLPVWIYQFKISPHPTIPLAPTVAERAAT + AHRFAEAVTAIWHGRVEIDRFNELVMRAGLTWQQVVLLRAYAKYLRQAGFPYSQSYIE + SVLNEHPATVRSLVDLFEALFVPVPSGSASNRDAQAAAAAVAADIDALVSLDTDRILR + AFASLVQATLRTNYFVTRQGSARCRDVLALKLNAQLIDELPLPRPRYEIFVYSPRVEG + VHLRFGPVARGGLRWSDRRDDFRTEILGLVKAQAVKNAVIVPVGAKGGFVVKRPPLPT + GDPAADRDATRAEGVACYQLFISGLLDVTDNVDHATASVNPPPEVVRRDGDDAYLVVA + ADKGTATFSDIANDVAKSYGFWLGDAFASGGSVGYDHKAMGITARGAWEAVKRHFREI + GIDTQTQDFTVVGIGDMSGDVFGNGMLLSKHIRLIAAFDHRHIFLDPNPDAAVSWAER + RRMFELPRSSWGDYDRSLISEGGGVYSREQKAIPLSAQVRAVLGIDGSVDGGAAEMAP + PNLIRAILRAPVDLLFNGGIGTYIKAESESDADVGDRANDPVRVNANQVRAKVIGEGG + NLGVTALGRVEFDLSGGRINTDALDNSAGVDCSDHEVNIKILIDSLVSAGTVKADERT + QLLESMTDEVAQLVLADNEDQNDLMGTSRANAASLLPVHAMQIKYLVAERGVNRELEA + LPSEKEIARRSEAGIGLTSPELATLMAHVKLGLKEEVLATELPDQDVFASRLPRYFPT + ALRERFTPEIRSHQLRREIVTTMLINDLVDTAGITYAFRIAEDVGVTPIDAVRTYVAT + DAIFGVGHIWRRIRAANLPIALSDRLTLDTRRLIDRAGRWLLNYRPQPLAVGAEINRF + AAMVKALTPRMSEWLRGDDKAIVEKTAAEFASQGVPEDLAYRVSTGLYRYSLLDIIDI + ADIADIDAAEVADTYFALMDRLGTDGLLTAVSQLPRHDRWHSLARLAIRDDIYGALRS + LCFDVLAVGEPGESSEQKIAEWEHLSASRVARARRTLDDIRASGQKDLATLSVAARQI + RRMTRTSGRGISG" + gene complement(2754937..2756613) + /locus_tag="BQ2027_MB2504C" + CDS complement(2754937..2756613) + /locus_tag="BQ2027_MB2504C" + /note="Mb2504c, -, len: 558 aa. Equivalent to Rv2477c, + len: 558 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 558 aa overlap). Probable ATP binding + protein ABC-transporter (see citation below), probably + involved in macrolide transport, equivalent to + Q9X7B1|MLCB1610.09|ML1248 PUTATIVE ABC TRANSPORTER + ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae (556 aa) + FASTA scores: opt: 3448, E(): 3.8e-176, (92.3% identity in + 557 aa overlap). Also highly similar to many ATP binding + proteins e.g. Q9L244|SC6D10.20c PUTATIVE ABC TRANSPORTER + ATP-BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (547 aa), + FASTA scores: opt: 2937, E(): 5.6e-149, (79.5% identity in + 551 aa overlap); AAK24119|CC2148 ABC transporter + ATP-binding protein from Caulobacter crescentus (555 aa), + FASTA scores: opt: 2175, E(): 1.9e-108, (59.4% identity in + 557 aa overlap); Q9HVJ1 PROBABLE ATP-BINDING COMPONENT OF + ABC TRANSPORTER from Pseudomonas aeruginosa (554 aa), + FASTA scores: opt: 2054, E(): 5.1e-102, (56.9% identity in + 559 aa overlap); etc. Contains 2 x PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop), 2 x PS00211 ABC transporters family + signature, and probable coiled-coil from aa 273 to 311. + BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Protein product from Mb2504c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2504c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MACROLIDE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU01120.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1B9" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR022374" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR032781" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B9" + /translation="MAEFIYTMKKVRKAHGDKVILDDVTLSFYPGAKIGVVGPNGAGK + SSVLRIMAGLDKPNNGDAFLATGATVGILQQEPPLNEDKTVRGNVEEGMGDIKIKLDR + FNEVAELMATDYTDELMEEMGRLQEELDHADAWDLDAQLEQAMDALRCPPADEPVTNL + SGGERRRVALCKLLLSKPDLLLLDEPTNHLDAESVQWLEQHLASYPGAILAVTHDRYF + LDNVAEWILELDRGRAYPYEGNYSTYLEKKAERLAVQGRKDAKLQKRLTEELAWVRSG + AKARQAKSKARLQRYEEMAAEAEKTRKLDFEEIQIPVGPRLGNVVVEVDHLDKGYDGR + ALIKDLSFSLPRNGIVGVIGPNGVGKTTLFKTIVGLETPDSGSVKVGETVKLSYVDQA + RAGIDPRKTVWEVVSDGLDYIQVGQTEVPSRAYVSAFGFKGPDQQKPAGVLSGGERNR + LNLALTLKQGGNLILLDEPTNDLDVETLGSLENALLNFPGCAVVISHDRWFLDRTCTH + ILAWEGDDDNEAKWFWFEGNFGAYEENKVERLGVDAARPHRVTHRKLTRG" + gene complement(2756694..2757179) + /locus_tag="BQ2027_MB2505C" + CDS complement(2756694..2757179) + /locus_tag="BQ2027_MB2505C" + /note="Mb2505c, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv2478c, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with weak similarity with many + single-strand binding proteins e.g. Q9X8U3|SCH24.29 + PUTATIVE SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (199 aa), FASTA scores: opt: 246, E(): 4.5e-08, + (31.5% identity in 162 aa overlap); + P46390|SSB_MYCLE|ML2684|MLCB1913.20c SINGLE-STRAND BINDING + PROTEIN (SSB) (HELIX-DESTABILIZING PROTEIN) from + Mycobacterium leprae (168 aa), FASTA scores: opt: 239, + E(): 1e-07, (30.8% identity in 146 aa overlap); + P18310|SSBF_ECOLI SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN from + Escherichia coli (178 aa), FASTA scores: opt: 116, E(): + 2.9, (25.7% identity in 140 aa overlap); etc. Also + similarity with Rv0054|P71711|MTCY21D4.17|SSB_MYCTU + PROBABLE SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN from M. + tuberculosis (164 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 2e-07, + (31.75% identity in 148 aa overlap). N-terminus shorter 8 + aa from AAK46855|MT2553 SINGLE-STRAND DNA BINDING PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Single-stranded DNA-binding protein" + /protein_id="SIU01121.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C2" + /db_xref="InterPro:IPR000424" + /db_xref="InterPro:IPR011344" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C2" + /translation="MVGHIVNDLQRRKVGDQEVVKFRVASNSRRRTSDGGWEPGNSLF + ITVNCWGRLVTGVGAALGKGAPVIVVGHVYTSEYEDRDGIRRSSLEMRATSVGPDLSR + VIVRIEKPAYTGPSAGDLPAATGTGAAGAADAPASAADSVSDVVVDDAITGHNPLPIS + A" + gene complement(2757788..2758111) + /locus_tag="BQ2027_MB2506C" + CDS complement(2757788..2758111) + /locus_tag="BQ2027_MB2506C" + /note="Mb2506c, -, len: 107 aa. Equivalent to Rv2481c, + len: 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 107 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2506c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01122.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C8" + /translation="MALRRRHEPDGWPFSQRSEKPNAVRHAVRCSAVSAAASTANGTP + VNWVSGRVTRAMGVHRQTRGGVASVHADSLRGAVLVHGQLRNSIPISANVPASGANTK + SSIAH" + gene complement(2758127..2760496) + /gene="plsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2507C" + CDS complement(2758127..2760496) + /gene="plsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2507C" + /note="Mb2507c, plsB2, len: 789 aa. Equivalent to Rv2482c, + len: 789 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 789 aa overlap). Probable plsB2, + glycerol-3-phosphate acyltransferase (EC 2.3.1.15), highly + similar to Q9X7B0|PLSB_MYCLE PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE + ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (775 aa), FASTA + scores: opt: 4210, E(): 0, (80.7% identity in 783 aa + overlap). Also similar to others e.g. P00482|PLSB_ECOLI + from Escherichia coli (806 aa), FASTA scores: opt: 521, + E(): 3e-24, (24.35 identity in 612 aa overlap); + Q9CLN7|PLSB_PASMU from Pasteurella multocida (809 aa), + FASTA scores: opt: 529, E(): 9.7e-25, (27.05% identity in + 540 aa overlap); Q9KVP8|PLSB_VIBCH from Vibrio cholerae + (811 aa), FASTA scores: opt: 510, E(): 1.4e-23, (26.0% + identity in 639 aa overlap); etc. Also highly similar to + Q10775|PLSB1|Rv1551|MTCY48.14c from Mycobacterium + tuberculosis (621 aa), FASTA scores: opt: 1013, E(): + 1.5e-54, (34.65% identity in 586 aa overlap). BELONGS TO + THE GPAT/DAPAT FAMILY. Protein product from Mb2507c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2507c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE + PLSB2 (GPAT)" + /protein_id="SIU01123.1" + /db_xref="GOA:Q7TYH5" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="InterPro:IPR022284" + /db_xref="InterPro:IPR028354" + /db_xref="InterPro:IPR041728" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYH5" + /translation="MTKPAADASAVLTAEDTLVLASTATPVEMELIMGWLGQQRARHP + DSKFDILKLPPRNAPPAALTALVEQLEPGFASSPQSGEDRSIVPVRVIWLPPADRSRA + GKVAALLPGRDPYHPSQRQQRRILRTDPRRARVVAGESAKVSELRQQWRDTTVAEHKR + DFAQFVSRRALLALARAEYRILGPQYKSPRLVKPEMLASARFRAGLDRIPGATVEDAG + KMLDELSTGWSQVSVDLVSVLGRLASRGFDPEFDYDEYQVAAMRAALEAHPAVLLFSH + RSYIDGVVVPVAMQDNRLPPVHMFGGINLSFGLMGPLMRRSGMIFIRRNIGNDPLYKY + VLKEYVGYVVEKRFNLSWSIEGTRSRTGKMLPPKLGLMSYVADAYLDGRSDDILLQGV + SICFDQLHEITEYAAYARGAEKTPEGLRWLYNFIKAQGERNFGKIYVRFPEAVSMRQY + LGAPHGELTQDPAAKRLALQKMSFEVAWRILQATPVTATGLVSALLLTTRGTALTLDQ + LHHTLQDSLDYLERKQSPVSTSALRLRSREGVRAAADALSNGHPVTRVDSGREPVWYI + APDDEHAAAFYRSSVIHAFLETSIVELALAHAKHAEGDRVAAFWAQAMRLRDLLKFDF + YFADSTAFRANIAQEMAWHQDWEDHLGVGGNEIDAMLYAKRPLMSDAMLRVFFEAYEI + VADVLRDAPPDIGPEELTELALGLGRQFVAQGRVRSSEPVSTLLFATARQVAVDQELI + APAADLAERRVAFRRELRNILRDFDYVEQIARNQFVAREFKARQGRDRI" + gene complement(2760493..2762235) + /gene="plsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2508C" + CDS complement(2760493..2762235) + /gene="plsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2508C" + /note="Mb2508c, plsC, len: 580 aa. Equivalent to Rv2483c, + len: 580 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 580 aa overlap). Possible plsC, a + transmembrane phospholipid biosynthesis bifunctionnal + enzyme, including L-3-phosphoserine phosphatase (EC + 3.1.3.3) and 1-acyl-Sn-glycerol-3-phosphate + acyltransferase (EC 2.3.1.51), equivalent to + Q9X7A9|PLSC|ML1245 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (579 aa), FASTA scores: opt: 2835, + E(): 9.2e-153, (77.15% identity in 573 aa overlap). + C-terminal end is similar to many + 1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASES + (LYSOPHOSPHATIDIC ACIDACYLTRANSFERASES) e.g. Q9SDQ2 from + Limnanthes floccosa (281 aa), FASTA scores: opt: 378, E(): + 3.1e-14, (30.0% identity in 230 aa overlap) and + Q42868|PLSC_LIMAL from Limnanthes alba (White meadowfoam) + (281 aa), FASTA scores: opt: 374, E(): 5.2e-14, (30.55% + identity in 221 aa overlap); and the N-terminal end is + similar to many SERB FAMILY PROTEINS e.g. AAK44749|MT0526 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (308 aa), + FASTA scores: opt: 356, E(): 5.8e-13, (32.5% identity in + 298 aa overlap) and Q49823|ML2424 from Mycobacterium + leprae (300 aa), FASTA scores: opt: 346, E(): 2.1e-12, + (32.0% identity in 278 aa overlap). So belongs to the + 1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE FAMILY and + may belong to the SERB FAMILY. Protein product from + Mb2508c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2508c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transmembrane phospholipid biosynthesis + bifunctional enzyme plsc: putative l-3-phosphoserine + phosphatase (o-phosphoserine phosphohydrolase) (psp) + (pspase) + 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase + (1-agp acyltransferase) (1-agpat) (lysophosphatidic acid + acyltransferase) (lpaat)" + /protein_id="SIU01124.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3G3" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="InterPro:IPR006385" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G3" + /translation="MSAADEQGEERATRKSAPDLRLPGSVAEILASPAGPKVGAFFDL + DGTLVAGFTAVILTQERLRRRDMGVGELLGMVQAGLNHTLGRIEFEDLIGKAAAALAG + RLLTDLEEIGERLFAQRIESRIYPEMRELVRAHVARGHTVVLSSSALTIQVGPVARFL + GINNMLTNKFETNEDGILTGGVLKPILWGPGKATAVQRFAAEHDIDLKDSYFYADGDE + DVALMYLVGNPRPTNPEGKMAAVAKRRGWPILKFNSRGGVGIRRQLRTLAGLSTIVPV + AAGAVGIGVLTGSRRRGVNFFTSTFSQLLLATSGVHLNVIGKENLTAQRPAVFIFNHR + NQVDPVIAGALVRDNWVGVGKKELASDPIMGTLGKLLDGVFIDRDDPVAAVETLHTVE + ERARNGLSIVIAPEGTRLDTTEVGSFKKGPFRIAMAAKIPIVPIVIRNAEIVASRNST + TINPGTVDVAVFPPIPVDDWTLDALPDRIAEVRQLYLDTLADWPVDGLPAVDLYAEQK + AARKARAQVAKATAKRVPAKKAPAKSAANKGAAATKAATKKASPKAKPSESKIAGKDG + EASASPSSSAKGRS" + gene complement(2762232..2763707) + /locus_tag="BQ2027_MB2509C" + CDS complement(2762232..2763707) + /locus_tag="BQ2027_MB2509C" + /note="Mb2509c, -, len: 491 aa. Equivalent to Rv2484c, + len: 491 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 491 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar or similar to many Mycobacterial + hypothetical proteins e.g. Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (491 + aa), FASTA scores: opt: 2459, E(): 3e-138, (75.15% + identity in 483 aa overlap); + O53304|YU87_MYCTU|Rv3087|MTV013.08 from Mycobacterium + tuberculosis (472 aa), FASTA scores: opt: 527, E(): + 8.1e-24, (29.1% identity in 485 aa overlap); + O53305|YU88_MYCTU|Rv3088|MT3173|MTV013.09 from + Mycobacterium tuberculosis (474 aa), FASTA scores: opt: + 370, E(): 1.6e-14, (26.05% identity in 422 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2509c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2509c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU01125.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y252" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y252" + /translation="MAESGESPRLSDELGPVDYLMHRGEANPRTRSGIMALELLDGTP + DWDRFRTRFENASRRVLRLRQKVVVPTLPTAAPRWVVDPDFNLDFHVRRVRVSGPATL + REVLDLAEVILQSPLDISRPLWTATLVEGMADGRAAMLLHVSHAVTDGVGGVEMFAQI + YDLERDPPPRSTPPQPIPEDLSPNDLMRRGINHLPIAVVGGVLDALSGAVSMAGRAVL + EPVSTVSGILGYARSGIRVLNRAAEPSPLLRRRSLTTRTEAIDIRLADLHKAAKAGGG + SINDAYLAGLCGALRRYHEALGVPISTLPMAVPVNLRAEGDAAGGNQFTGVNLAAPVG + TIDPVARMKKIRAQMTQRRDEPAMNIIGSIAPVLSVLPTAVLEGITGSVIGSDVQASN + VPVYPGDTYLAGAKILRQYGIGPLPGVAMMVVLISRGGWCTVTVRYDRASVRNDELFA + QCLQAGFDEILALAGDPAPRVLPASFDTQGAGSVPRSVSGS" + gene complement(2763936..2765201) + /gene="lipQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2510C" + CDS complement(2763936..2765201) + /gene="lipQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2510C" + /note="Mb2510c, lipQ, len: 421 aa. Equivalent to Rv2485c, + len: 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 421 aa overlap). Probable lipQ, + carboxylesterase protein (lipase) (EC 3.1.-.-). Similar + (greater at the C-terminal end) to AAK46626|MT2342 + PUTATIVE CARBOXYLESTERASE from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (431 aa), FASTA scores: opt: 1134, E(): + 4.3e-60, (46.25% identity in 428 aa overlap); and + Q50681|Rv2284|MTCY339.26c HYPOTHETICAL PROTEIN from M. + tuberculosis strain H37Rv (431 aa), FASTA scores: opt: + 1134, E(): 4.3e-60, (46.25% identity in 428 aa overlap). + Also similar in part to other putative lipases/esterases + e.g. AAK44451|MT0230 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (403 aa), FASTA scores: opt: 763, E(): + 4.6e-38, (37.95% identity in 390 aa overlap); + Q9RY19|DR0133 from Deinococcus radiodurans (296 aa), FASTA + scores: opt: 392, E(): 4e-16, (33.7% identity in 276 aa + overlap); Q9Z545|SC9B2.14 from Streptomyces coelicolor + (502 aa) FASTA scores: opt: 279, E(): 3.2e-09, (31.15% + identity in 292 aa overlap); etc. Mb2510c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBOXYLESTERASE LIPQ" + /protein_id="SIU01126.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1K5" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1K5" + /translation="MHIASVTSRCSRAGAEALRQGAQLAADARDTCRAGALLLRGSPC + AIGWVAGWLSAEFPARVVTGHALSRISPRSIGRFGTSWAAQRADQILHAALVDAFGPD + FRDLVWHPTGEQSEAARRSGLLNLPHIPGPHRRYAAQTSDIPYGPGGRENLLDIWRRP + DLAPGRRAPVLIQVPGGAWTINGKRPQAYPLMSRMVELGWICVSINYSKSPRCTWPAH + IVDVKRAIAWVRENIADYGGDPDFITITGGSAGAHLAALAALSANDPALQPGFESADT + AVQAAAPYYGVYDLTNAENMHEMMMPFLEHFVMRSRYVDNPGLFKAASPISYVHSEAP + PFFVLHGEKDPMVPSAQSRAFSAALRDAGAATVSYAELPNAHHAFDLAATVRSRMVAE + AVSDFLGVIYGRRMGARKGSLALSSPPAS" + gene 2765389..2765462 + /locus_tag="BQ2027_ARGW" + tRNA 2765389..2765462 + /locus_tag="BQ2027_ARGW" + /product="tRNA-Arg" + /note="argW, len: 74 nt. Equivalent to argW, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Arg; anticodon tct." + gene 2765563..2766333 + /gene="echA14" + /locus_tag="BQ2027_MB2511" + CDS 2765563..2766333 + /gene="echA14" + /locus_tag="BQ2027_MB2511" + /note="Mb2511, echA14, len: 256 aa. Equivalent to Rv2486, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Probable echA14, + enoyl-coA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to others e.g. + P24162|ECHH_RHOCA2|FADB1 from Rhodobacter capsulatus + (Rhodopseudomonas capsulata) (257 aa), FASTA scores; opt: + 453, E(): 3.8e-23, (39.4% identity in 259 aa overlap); + Q9ETY7|PACA|PAAG from Azoarcus evansii (273 aa), FASTA + scores: opt: 404, E(): 5.7e-17, (37.5% identity in 224 aa + overlap); P77467|PAAG_ECOLI from Escherichia coli (262 + aa), FASTA scores: opt: 401, E(): 8.3e-17, (36.3% identity + in 259 aa overlap); etc. Contains PS00166 Enoyl-CoA + hydratase/isomerase signature. BELONGS TO THE ENOYL-COA + HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. Protein product from Mb2511 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2511 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA14 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU01127.1" + /db_xref="GOA:P64019" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64019" + /translation="MAQYDPVLLSVDKHVALITVNDPDRRNAVTDEMSAQLRAAIQRA + EGDPDVHAVVVTGAGKAFCAGADLSALGAGVGDPAEPRLLRLYDGFMAVSSCNLPTIA + AVNGAAVGAGLNLALAADVRIAGPAALFDARFQKLGLHPGGGATWMLQRAVGPQVARA + ALLFGMCFDAESAVRHGLALMVADDPVTAALELAAGPAAAPREVVLASKATMRATASP + GSLDLEQHELAKRLELGPQAKSVQSPEFAARLAAAQHR" + gene complement(2766513..2767016) + /gene="PE_PGRS42d" + /locus_tag="BQ2027_MB2512C" + /pseudo + CDS complement(2766513..2767016) + /gene="PE_PGRS42d" + /locus_tag="BQ2027_MB2512C" + /note="Mb2512c, PE_PGRS42d, len: 167 aa. Similar to 3' end + of Rv2487c, len: 694 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 274 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of Gly-rich proteins, similar to many e.g. + AAK47245|MT2919 PE_PGRS family protein from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1515 (663 aa), FASTA scores: opt: + 2317, E(): 2.3e-84, (58.35% identity in 622 aa overlap); + etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS42 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts, the first due + to a single base insertion (*-c) and the second due to a + single base deletion (g-*) splits PE_PGRS42 into 3 parts, + PE_PGRS42a and PE_PGRS42b and PE_PGRS42d.;PE-PGRS FAMILY + PROTEIN [THIRD PART]" + /pseudo + /codon_start=1 + /transl_table=11 + gene complement(2767013..2767960) + /gene="PE_PGRS42b" + /locus_tag="BQ2027_MB2513C" + CDS complement(2767013..2767960) + /gene="PE_PGRS42b" + /locus_tag="BQ2027_MB2513C" + /note="Mb2513c, PE_PGRS42b, len: 315 aa. Similar to middle + section of Rv2487c, len: 694 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.3% identity in 284 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of Gly-rich proteins, similar to + many e.g. AAK47245|MT2919 PE_PGRS family protein from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1515 (663 aa), FASTA + scores: opt: 2317, E(): 2.3e-84, (58.35% identity in 622 + aa overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS42 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts, + the first due to a single base insertion (*-c) and the + second due to a single base deletion (g-*) splits + PE_PGRS42 into 3 parts, PE_PGRS42a and PE_PGRS42b and + PE_PGRS42d." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01129.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1A8" + /translation="MFGHGGAGGTGGAGLAGANGVNPTPGPAASTGDSPADVSGIGDQ + TGGDGGTGGHGTAGTPTGGTGGDGATATAGSGKATGGAGGDGGTAAAGGGGGNGGDGG + VAQGDIASAFGGDGGNGSDGVAAGSGGGSGGAGGGAFVHIVTATSTGGSGGFGGNGAA + SAASGADGGAGGAGGNGGAGGLLFGDGGNGGAGGAGGIGGDGATGGPGEAAATLASRG + LTAQTPRQNPMWSAARVVMAARAAAALASAAPAGPAARAATAAPAGCCSATAATAATP + GPAGMAAPALPVGLAVTAAVVAPRRFTKTRSLVSGRSVA" + gene complement(2767977..2768597) + /gene="PE_PGRS42a" + /locus_tag="BQ2027_MB2514C" + CDS complement(2767977..2768597) + /gene="PE_PGRS42a" + /locus_tag="BQ2027_MB2514C" + /note="Mb2514c, PE_PGRS42a, len: 206 aa. Similar to 5' end + of Rv2487c, len: 694 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 136 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of Gly-rich proteins, similar to many e.g. + AAK47245|MT2919 PE_PGRS family protein from M. + tuberculosis strain CDC1515 (663 aa), FASTA scores: opt: + 2317, E(): 2.3e-84, (58.35% identity in 622 aa overlap); + etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS42 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts, the first due + to a single base insertion (*-c) and the second due to a + single base deletion (g-*) splits PE_PGRS42 into 3 parts, + PE_PGRS42a and PE_PGRS42b and PE_PGRS42d." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01130.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D3" + /translation="MSLVIATPQLLATAALDLASIGSQVSAANAAAAMPTTEVVAAAA + DEVSAAIAGLFGAHARQYQALSVQVAAFHEQFVQALTAAAGRYASTEAAVERSLLGAV + NAPTEALLGRPLIGNGADGTAPGQPGAAGGLLFGQRWQRRGWRVRSNRRQRRRGRVDR + QRRQRRGRWYRRGRRCRWERGVVVGQRRQRRCRRHQRGRRHRGCGR" + gene complement(2768679..2772092) + /locus_tag="BQ2027_MB2515C" + CDS complement(2768679..2772092) + /locus_tag="BQ2027_MB2515C" + /note="Mb2515c, -, len: 1137 aa. Equivalent to Rv2488c, + len: 1137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1137 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, belonging to luxR + family, similar to many in Mycobacterium tuberculosis e.g. + AAK44621|MT0399 from strain CDC1551 (1092 aa) FASTA + scores: opt: 3767, E(): 1.8e-211, (56.75% identity in 1093 + aa overlap); O53720|Rv0386|MTV036.21 from strain H37Rv + (1085 aa), FASTA scores: opt: 3756, E(): 7.6e-211, (56.75% + identity in 1089 aa overlap); AAK45665|MT1402 from strain + CDC1551 (1159 aa), FASTA scores: opt: 3395, E(): 8.2e-190, + (52.0% identity in 1093 aa overlap); etc. Also similar to + transcriptional regulatory proteins luxR-family from other + organisms e.g. Q9CBP3|ML1753 from Mycobacterium leprae + (1106 aa), FASTA scores: opt: 2823, E(): 1.5e-156, (50.35% + identity in 1116 aa overlap); Q9KYF4|SCD72A.02 from + Streptomyces coelicolor (1114 aa), FASTA scores: opt: 915, + E(): 1.7e-45, (30.7% identity in 1143 aa overlap); etc. + Some similarity with Q9KXP6|SC9C5.28 HYPOTHETICAL 81.8 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (750 aa), FASTA + scores: opt: 1085, E(): 1.6e-55, (35.45% identity in 722 + aa overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), PS00622 Bacterial regulatory proteins, luxR + family signature, probable coiled-coil from aa 585 to 616 + and probable helix-turn-helix motif at aa 1086 to 1107 + (score 1206, +3.29 SD). BELONGS TO THE LUXR/UHPA FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb2515c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2515c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (LUXR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01131.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C9" + /db_xref="InterPro:IPR000792" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR002182" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C9" + /translation="MDRRPRDFEQSRRRCRCNALRAGSMLASMSKIHPGVDVVPVDWS + ADGVSELVPTGTVTLLLADIEGATHLPGSQLDTTAIAKLDRTLTELVREHRGVCPVEQ + GEGDSFLVAFARASDAVACALGLQRAPLAPIRLRIGMHTGEVSSPDEGNCVGPTIDRT + ARLRELAHGGQTVLSGTTSDLVADLLPKDAWLNDLGTYRLDDLPRPERVVQLCHPDLH + NAFPPLRTRKVVGAHCLPAQLTRLVGRVDEVAQVRGLLDVKRWVTLTGVGGVGKTRLA + TQVASAVADGYPDGVWYVNLAPITDPALVPIAAARVLGLPDQPGRSTVDTIVRRIGDR + RMLVVLDNCEHLLDGCAALIVALLGACPALRVLATSREPIAVAGEQIWRVPPLGHGEA + IELFTDRAREARPELEITADNLALVTEICHRLDGIPLAIELAASRVRALALTEIVDSL + HDRFRLLTGGSRIAVRRQQTMRASVDWSHALLTGPEQVLFRRLAVFPSGFDLDGAQAA + AAGGDVQRYEVVDLLSLLADKSLVVTDDSDGRTRYRLLETVRQYALEKLRESGDADAV + RARHRDHYAAVAAGLDAPSVAGHERRLNQAELEIDNLRAAFAFSRENGDTGHALLLAS + CLQPLWRARGRLQEGLAWFAAALADHDAHPAGADPGLYARALADRALIDAVAGITDRL + DDAQKALAIARDIEDPALLARALTACGGVAAYNADLARPWLAEAVGLARAVGDKWRLA + EVLAWQAYVGFAGEGDPGATRAAGEEARSLADEIGDAFLSRSCRWALAAANLWQGNLE + AAVGLSREVIGESDAAHDMVSSCAGQACLAHALAHRGDTEAAAAAQASIDTAVGLSPV + LSGSACSALVFATLAAGDVAAAEHARESATRFFGASAAAIINDPTSSAQISCARGDLN + AAHRLADGAASITRGVHRARALTTRCRIEIAQGDRHRAERDAHDALGVAASIGAYLWV + PDILECLASVMADAGSNREAVRLFGAADAARGRMGAVRFGIYQAGCNSSLATLRKSMG + DSEFDDAWAEGTALSIDEAIAYAQRGRGARKRPTSGWGALTPTELEVALLVGEGLSNK + EIGVRLFISPRTVHSHLTHVYTKLGLSSRLQLAQQAARRGESERGPSRP" + gene complement(2772058..2772357) + /locus_tag="BQ2027_MB2516C" + CDS complement(2772058..2772357) + /locus_tag="BQ2027_MB2516C" + /note="Mb2516c, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv2489c, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein. Mb2516c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01132.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D1" + /translation="MGVTAKAAEAAAPSSSFPSLRKPHRAGDSADRSAGDFDGTAHDA + VVSVLAGDAASTGGLTIASGQHGHCRSAAMARRSPNASTKARRTHGPAAKRFRAI" + gene complement(2772466..2775918) + /gene="PE_PGRS43b" + /locus_tag="BQ2027_MB2517C" + CDS complement(2772466..2775918) + /gene="PE_PGRS43b" + /locus_tag="BQ2027_MB2517C" + /note="Mb2517c, PE_PGRS43b, len: 1150 aa. Similar to 3' + end of Rv2490c, len: 1660 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (98.0% identity in 1150 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS-subfamily of Gly-rich proteins, similar to + many e.g. AAK47971|MT3612.1 PE_PGRS family protein from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1715 aa), FASTA + scores: opt: 5161, E(): 1.5e-187, (51.7% identity in 1752 + aa overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS43 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 8 bp insertion (*-gggggggg) splits PE_PGRS43 into 2 + parts, PE_PGRS43a and PE_PGRS43b." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01133.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D6" + /translation="MTAIFLGSSGTPGEDGGNGGAGGAGGAGGAHAGDGGAGGAGGNG + GAGGAGGNGAHGFNAVLVSDGGNGGDGGAGGRGGDGGAGGAGGDAPAGRAGSQGVGGD + GGAGGAGGAPGNGGSGGRGDMAFKDGDGGAGGDGGDPGAGGKGGAGGAGATEGVTGAT + GATVHSGGNGGKGGNGADATVAGANGGKGGAGGNGGLVGDGGAGGDGGSGAAGANGAN + VGEDGADGTLSGQPGEGSEANGGQGGVGGGGAGGAGGDGGAGSSALGSGGNGGRGDAG + QAGGAGGAGGAGGAGGSVSGDGGPGGKGGAGGAGGAGASGGGGGKGASGADSAEAVGG + AGGKGGDGGVGGVGGDGGPGGDGGAGGAAPAGQVGSHGVGGVGGDGGLGGAGGNGGDG + GHGSDGGDGGDGGDPGAGGLGGLGGDSGNGTRAASGVDASDHGPGSGGNGGNGGNGAQ + ASVAGGAGGNGGDGGNAGRVGDGGAGGNGGDGAAGANGANSGAPGSDALALGQPGGNG + GQGDAGQAGGAGGAGGAGGSVSGDGGAGGNGGAGGNGGVGASGGAGARGANGIDSIGG + TGGAGGGGGDGGAGGVGGHGGDGGVGGAAPSGTVGSHGTGGVGGDGGLGGAGGVGGAG + GNGGIGITVGGAGGAGGNGGDPGAGGRGGLGGDSGNGTSAANGVDASKHGPLTGGDGG + VGGNGAKAAAAGGDGGQGGDGGNAGLFGDGGAGGDGADGTAAEALGGDGGAGGAGGKG + GDAGDIGDGGDGGKGGDGAHGALGGLTVAGGNGGAGGAGGAGGAGGAFLGDGGNGGAG + GQGGAGRGGSPGGGGGVGGHGGAGGDAGMNGGGGTGGQGGNGAAGGAGWSPDSDLKGF + DGFDGGSGGAGGDGGAGGAGGTQTGDGGDGGAGGLGGAGGVGGNGVDGFDINETTGRD + GDGGDGGYGGWGGAGGNGGAGGSAPAGEVGNRGVGGDGGDGGSGGDAGNGGLGGDGFT + YLADFDGEPGGDGGDGGDGGWGRPGGQGGFGSTSGAHGKAGFGAPGGDGGDGGNGGHG + GDGNGSFADAGDGGPGGNGGNGGLGGAGRDGGAPGGDGGDGGTGGSGGFGAPPPRSIG + GGDGGDGGRGGDGGRGAGGLTSGGVGSSGESGGSGNGRGDPGSGGSGGEGGEGGPSIS + VNVT" + gene complement(2775915..2777444) + /gene="PE_PGRS43a" + /locus_tag="BQ2027_MB2518C" + CDS complement(2775915..2777444) + /gene="PE_PGRS43a" + /locus_tag="BQ2027_MB2518C" + /note="Mb2518c, PE_PGRS43a, len: 509 aa. Similar to 5' end + of Rv2490c, len: 1660 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.0% identity in 444 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, + PGRS-subfamily of Gly-rich proteins, similar to many e.g. + AAK47971|MT3612.1 PE_PGRS family protein from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1715 aa), FASTA + scores: opt: 5161, E(): 1.5e-187, (51.7% identity in 1752 + aa overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS43 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 8 bp insertion (*-gggggggg) splits PE_PGRS43 into 2 + parts, PE_PGRS43a and PE_PGRS43b." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01134.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B4" + /translation="MSYVIATPEMMATAAFDLARIGSQVSAASAVAAMPTTEVVAAGA + DEVSAGIAALFSAHAQEYQALSAQAAAFHDQFVHTLTAAARWYTATEIANAAAMRVVL + GAVNAPTQTLLGRPLIGDGAHGTAPGQPGGAGGLLFGNGGNGAAGAVGQVGGAGGAAG + LFGIGGAGGAGGAGAPGGTGGTGGWLAGGGGVGGMGGAGGGAGGAGGNAGLFGNGGAG + GAGGAGGGAGGAGGNAGWFGHGGAGGVGGVGAAGANGATPGQDGAAGVAGSDDGAGGD + GLAGSDGGDGGAGGVGGNGGRGGWLLGNGGAGGVGGVGGAGGAGAAGGAGGAGATGIN + GPAGISAAGGDGGAGGNGGAGGNGGVGGAGGAGGSAGLLGYVGRAGDGGAGGGGGLGG + APGDGGAGGNGGSWLAAGDGGAGGHGGDPGLGGAGGAGGGGGRRAAPVLARGPMVWRP + ATTGRSAAATAAKVAMAPTHRSPAVMAVTAVPVATAGWSVTVGPAVMAVTEPRVPAMP + I" + gene 2777873..2778496 + /locus_tag="BQ2027_MB2519" + CDS 2777873..2778496 + /locus_tag="BQ2027_MB2519" + /note="Mb2519, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv2491, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to other + hypothetical proteins e.g. O29139|AF1126 from + Archaeoglobus fulgidus (151 aa), FASTA scores: opt: 293, + E(): 2.8e-11, (42.85% identity in 126 aa overlap); + O66531|AQ_134 from Aquifex aeolicus (151 aa), FASTA + scores: opt: 261, E(): 2.6e-09, (37.75% identity in 106 aa + overlap); Q9HKU3|TA0501 from Thermoplasma acidophilum (161 + aa), FASTA scores: opt: 260, E(): 3.2e-09, (35.9% identity + in 117 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rossmann-fold nucleotide-binding protein" + /protein_id="SIU01135.1" + /db_xref="InterPro:IPR005268" + /db_xref="InterPro:IPR041164" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G8" + /translation="MVDTSAPASRLDTDPRRAHVSLSKHPYQIGVFGSGTIGPRVYEL + AYQVGAEIAKQGHILISGGMTGTMEASSRGASDADGLVVGVLPGDKFTDGNAYSTIKI + LSGMQFARNYITGLSCHGAIVVGGSSGAYEEARRVWEGRGPVVVLANSGSPTGASAQM + LSMQEIFGVAFPEDKPKPWRVFSAATPAESVSLVIGLIRKGYAQHEP" + gene 2778486..2779238 + /locus_tag="BQ2027_MB2520" + CDS 2778486..2779238 + /locus_tag="BQ2027_MB2520" + /note="Mb2520, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv2492, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 250 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Thymidylate synthase" + /protein_id="SIU01136.1" + /db_xref="InterPro:IPR036926" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y264" + /translation="MSRRIINEFGVQIYGATIGDTWAGLVRAVLDLGSQCFDEDRERI + ALSNVRIKSSVQNYPDLTIEEHCNSDQLKAMLDFMFNTDTMEDIDVVKSFSRGAKSYH + RRIKEGRMIEFVIERLSLIPESKKAVVVFPTYEDYAAVMRNHRDDYLPCLVSIQFRLL + PDGKDYVFHTTFYSRSMDAWQKGHGNLLSIAKLSDWVRENVSARIGRKIMLGPLDGMI + CDVHIYKETYAEACKRLANLDLRRTQFDAVRN" + gene 2779291..2779512 + /gene="vapb38" + /locus_tag="BQ2027_MB2521" + CDS 2779291..2779512 + /gene="vapb38" + /locus_tag="BQ2027_MB2521" + /note="Mb2521, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv2493, len: + 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to AAK46916|MT2606 HYPOTHETICAL + 8.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (74 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 4e-09, + (56.95% identity in 74 aa overlap); and similar to + O53373|Rv3321c|MTV016.21c HYPOTHETICAL 8.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (80 aa), + FASTA scores: opt: 126, E(): 0.055, (30.75% identity in 78 + aa overlap); and with weak similarity with other + Mycobacterial hypothetical proteins e.g. Q9CCR7|ML0525 + from Mycobacterium leprae (58 aa), FASTA scores: opt: 115, + E(): 0.22, (47.75% identity in 44 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2521 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2521 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb38" + /protein_id="SIU01137.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1L5" + /translation="MRTTLDLDDDVIAAARELASSQRRSLGSVISELARRGLMPGRVE + ADDGLPVIRVPAGTPPITPEMVRRALDED" + gene 2779518..2779943 + /gene="vapc38" + /locus_tag="BQ2027_MB2522" + CDS 2779518..2779943 + /gene="vapc38" + /locus_tag="BQ2027_MB2522" + /note="Mb2522, -, len: 141 aa. Equivalent to Rv2494, len: + 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P95023|EMBL:Z83863|MTCY159.26|Rv2530c (139 aa) FASTA + scores: opt: 380 E(): 6.6e-19, (48.0% identity in 125 aa + overlap); O53372|Rv3320c|MTV016.20c (142 aa), FASTA + scores: opt: 287, E(): 1.3e-12, (41.6% identity in 125 aa + overlap); AAK46915|MT2605 (strain CDC1551) (139 aa) FASTA + scores: opt: 380, E(): 6.6e-19 (48.0% identity in 125 aa + overlap); etc. Mb2522 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc38. contains pin domain." + /protein_id="SIU01138.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1R4" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R4" + /translation="MALLDVNALVALAWDSHIHHARIREWFTANATLGWATCPLTEAG + FVRVSTNPKVLPSAIGIADARRVLVALRAVGGHRFLADDVSLVDDDVPLIVGYRQVTD + AHLLTLARRRGVRLVTFDAGVFTLAQQRPKTPVELLTIL" + gene complement(2779966..2781147) + /gene="bkdc" + /locus_tag="BQ2027_MB2523C" + CDS complement(2779966..2781147) + /gene="bkdc" + /locus_tag="BQ2027_MB2523C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2523c, pdhC, len: 393 aa. Equivalent to Rv2495c, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 393 aa overlap). Probable pdhC, + dihydrolipoamide S-acetyltransferase, e2 component (EC + 2.3.1.12), similar to others e.g. Q9XA49|SCGD3.30c from + Streptomyces coelicolor (491 aa) FASTA scores: opt: 615, + E(): 1.2e-28, (36.45% identity in 491 aa overlap; several + gaps); P19262|ODO2_YEAST|KGD2|YDR148C|YD8358.05c from + Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) (463 aa) FASTA + scores: opt: 533, E(): 7.1e-24, (28.55% identity in 396 aa + overlap); Q9HN75|DSA|VNG2219G from Halobacterium sp. + strain NRC-1 (478 aa), FASTA scores: opt: 521, E(): E(): + 3.7e-23, (30.25% identity in 486 aa overlap; in part); + etc. BELONGS TO THE 2-OXOACID DEHYDROGENASE FAMILY. + Protein product from Mb2523c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2523c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable branched-chain keto acid dehydrogenase + e2 component bkdc" + /protein_id="SIU01139.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1B8" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR001078" + /db_xref="InterPro:IPR004167" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR036625" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1B8" + /translation="MSGEDSIRSFPVPDLGEGLQEVTVTCWSVAVGDDVEINQTLCSV + ETAKAEVEIPSPYAGRIVELGGAEGDVLKVGAELVRIDTGPTAVAQPNGEGAVPTLVG + YGADAAIETSRRTSRPLAAPVVRKLAKELAVDLAALQRGSGAGGVITRADVLAAARGG + VGAGPDVRPVHGVHARMAEKMTLSHKEIPTAKASVEVICAELLRLRDWFVSAAPEITP + FALTLRLLVIALKHNVILNSTWVDSGEGPQVHVHRGVHLGFGAATERGLLVPVVTDAQ + DKNTRELASRVAELITGAREGTLTPAELRGSTFTVSNFGALGVDDGVPVINHPEAAIL + GLGAIKPRPVVVGGEVVARPTMTLTCVFDHRVVDGAQVAQFMCELRDLIESPETALLD + L" + gene complement(2781144..2782190) + /gene="bkdb" + /locus_tag="BQ2027_MB2524C" + CDS complement(2781144..2782190) + /gene="bkdb" + /locus_tag="BQ2027_MB2524C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2524c, pdhB, len: 348 aa. Equivalent to Rv2496c, + len: 348 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 348 aa overlap). Probable pdhB, + pyruvate dehydrogenase e1 component, beta subunit (EC + 1.2.4.1), similar to others e.g. Q9Y8I6||PDHB from + Halobacterium volcanii (Haloferax volcanii) (327 aa) FASTA + scores: opt: 1050, E(): 6.4e-60, (49.7% identity in 324 aa + overlap); Q9KG98|BH0214 from Bacillus halodurans (328 aa), + FASTA scores: opt: 987, E(): 6.9e-56, (45.7% identity in + 324 aa overlap); Q9HN76|PDHB|VNG2218G from Halobacterium + sp. strain NRC-1 (297 aa), FASTA scores: opt: 968, E(): + 1.1e-54, (51.2% identity in 297 aa overlap); + P21874|ODPB_BACST|PDHB PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT + from Bacillus stearothermophilus (324 aa), FASTA scores: + opt: 951, E(): 1.4e-53, (47.6% identity in 321 aa + overlap); etc. Also similar to Q9XA61|SCGD3.17c PUTATIVE + BRANCHED-CHAIN ALPHA KETO ACID DEHYDROGENASE E1, BETA + SUBUNIT (2-oxoisovalerate dehydrogenase) (EC 1.2.4.4) from + Streptomyces coelicolor, (326 aa), FASTA scores: opt: + 1178, E(): 4.1e-68, (55.0% identity in 322 aa overlap); + Q9XA48|SCGD3.31c PUTATIVE BRANCHED-CHAIN ALPHA KETO ACID + DEHYDROGENASE E1 BETA SUBUNIT from Streptomyces coelicolor + (334 aa), FASTA scores: opt: 1173, E(): 8.8e-68, (55.6% + identity in 320 aa overlap); Q53593|BKDB E1-BETA + BRANCHED-CHAIN ALPHA KETO ACID DEHYDROGENASE from + Streptomyces avermitilis (334 aa), FASTA scores: opt: + 1132, E(): 3.7e-65, (55.0% identity in 320 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2524c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2524c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable branched-chain keto acid dehydrogenase + e1 component, beta subunit bkdb" + /protein_id="SIU01140.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E4" + /db_xref="InterPro:IPR005475" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR033248" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E4" + /translation="MTQIADRPARPDETLAVAVSDITQSLTMVQAINRALYDAMAADE + RVLVFGEDVAVEGGVFRVTEGLADTFGADRCFDTPLAESAIIGIAVGLALRGFVPVPE + IQFDGFSYPAFDQVVSHLAKYRTRTRGEVDMPVTVRIPSFGGIGAAEHHSDSTESYWV + HTAGLKVVVPSTPGDAYWLLRHAIACPDPVMYLEPKRRYHSRGMVDTSRPEPPIGHAM + VRRSGTDVTVVTYGNLVSTALSSADTAEQQHDWSLEVIDLRSLAPLDFDTIAASIQRT + GRCVVMHEGPRSLGYGAGLAARIQEEMFYQLEAPVLRACGFDTPYPPARLEKLWLPGP + DRLLDCVERVLRQP" + gene complement(2782201..2783304) + /gene="bkda" + /locus_tag="BQ2027_MB2525C" + CDS complement(2782201..2783304) + /gene="bkda" + /locus_tag="BQ2027_MB2525C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2525c, pdhA, len: 367 aa. Equivalent to Rv2497c, + len: 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 367 aa overlap). Probable pdhA, + pyruvate dehydrogenase e1 component, alpha subunit (EC + 1.2.4.1), similar to many e.g. Q9Y8I5|PDHA from + Halobacterium volcanii (Haloferax volcanii) (368 aa) FASTA + scores: opt: 961, E(): 1.3e-52, (45.6% identity in 351 aa + overlap); BAB40585 from Bacillus sp. UTB2301 (356 aa) + FASTA scores: opt: 947, E(): 9.1e-52, (43.1% identity in + 355 aa overlap); Q9KG99|BH0213 from Bacillus halodurans + (367 aa), FASTA scores: opt: 896, E(): 1.4e-48, (42.65% + identity in 340 aa overlap); etc. Also similar to several + PUTATIVE BRANCHED-CHAIN ALPHA KETO ACID DEHYDROGENASES E1, + BETA SUBUNIT (EC 1.2.4.4), alternate name : + 2-oxoisovalerate dehydrogenase, e.g. Q53592|BKDA from + Streptomyces avermitilis (381 aa), FASTA scores: opt: 980, + E(): 8.5e-54, (45.65% identity in 370 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2525c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2525c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable branched-chain keto acid dehydrogenase + e1 component, alpha subunit bkda" + /protein_id="SIU01141.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1D9" + /db_xref="InterPro:IPR001017" + /db_xref="InterPro:IPR017596" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D9" + /translation="MGEGSRRPSGMLMSVDLEPVQLVGPDGTPTAERRYHRDLPEETL + RWLYEMMVVTRELDTEFVNLQRQGELALYTPCRGQEAAQVGAAACLRKTDWLFPQYRE + LGVYLVRGIPPGHVGVAWRGTWHGGLQFTTKCCAPMSVPIGTQTLHAVGAAMAAQRLD + EDSVTVAFLGDGATSEGDVHEALNFAAVFTTPCVFYVQNNQWAISMPVSRQTAAPSIA + HKAIGYGMPGIRVDGNDVLACYAVMAEAAARARAGDGPTLIEAVTYRLGPHTTADDPT + RYRSQEEVDRWATLDPIPRYRTYLQDQGLWSQRLEEQVTARAKHVRSELRDAVFDAPD + FDVDEVFTTVYAEITPGLQAQREQLRAELARTD" + gene complement(2783563..2784384) + /gene="citE" + /locus_tag="BQ2027_MB2526C" + CDS complement(2783563..2784384) + /gene="citE" + /locus_tag="BQ2027_MB2526C" + /note="Mb2526c, citE, len: 273 aa. Equivalent to Rv2498c, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Probable citE, + citrate lyase, beta subunit (EC 4.1.3.6), similar to + others e.g. Q9S3L3|CITE from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (217 aa), FASTA scores: opt: 565, + E(): 1.5e-28, (41.85% identity in 215 aa overlap); + Q9HRM8|CITE|VNG0627G from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (303 aa), FASTA scores: opt: 535, E(): 1.5e-26, (41.65% + identity in 276 aa overlap); Q9S2U9|SC4G6.02 from + Streptomyces coelicolor (274 aa), FASTA scores: opt: 426, + E(): 1e-19, (37.6% identity in 274 aa overlap); + P77770|CILB_ECOLI from Escherichia coli (307 aa), FASTA + scores: opt: 265, E(): 1.5e-10, (32.8% identity in 265 aa + overlap); etc. Also similar to Rv3075c|MTCY22D7.06 from + Mycobacterium tuberculosis, FASTA score: (35.2% identity + in 264 aa overlap). Protein product from Mb2526c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2526c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CITRATE (PRO-3S)-LYASE (BETA SUBUNIT) + CITE (CITRASE) (CITRATASE) (CITRITASE) (CITRIDESMOLASE) + (CITRASE ALDOLASE)" + /protein_id="SIU01142.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E1" + /db_xref="InterPro:IPR005000" + /db_xref="InterPro:IPR011206" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E1" + /translation="MNLRAAGPGWLFCPADRPERFAKAAAAADVVILDLEDGVAEAQK + PAARNALRDTPLDPERTVVRINAGGTADQARDLEALAGTAYTTVMLPKAESAAQVIEL + APRDVIALVETARGAVCAAEIAAADPTVGMMWGAEDLIATLGGSSSRRADGAYRDVAR + HVRSTILLAASAFGRLALDAVHLDILDVEGLQEEARDAAAVGFDVTVCIHPSQIPVVR + KAYRPSHEKLAWARRVLAASRSERGAFAFEGQMVDSPVLTHAETMLRRAGEATSE" + gene complement(2784381..2784938) + /locus_tag="BQ2027_MB2527C" + CDS complement(2784381..2784938) + /locus_tag="BQ2027_MB2527C" + /note="Mb2527c, -, len: 185 aa. Equivalent to Rv2499c, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 185 aa overlap). Possible oxidase + regulatory-related protein, similar to many maoC MONOAMINE + OXIDASE REGULATORY PROTEIN e.g. Q9RUZ1|DR1239 MAOC-RELATED + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (160 aa), FASTA + scores: opt: 519, E(): 7.6e-28, (58.1% identity in 148 aa + overlap); BAB48392|MLR0905 Probable monoamine oxidase + regulatory protein from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (150 aa), FASTA scores: opt: 480, E(): 2.9e-25, + (49.0% identity in 149 aa overlap); Q9HN18|MAOC1|VNG2290G + MONOAMINE OXIDASE REGULATORY-LIKE from Halobacterium sp. + strain NRC-1 (208 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): + 4.6e-21, (45.6% identity in 158 aa overlap); + P77455|MAOC_ECOLI|PAAZ|B1387 MaoC protein (Phenylacetic + acid degradation protein paaZ) from Escherichia coli + strain K12 (681 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 1.9e-09, + (36.0% identity in 172 aa overlap); etc. But also similar + to other proteins with different putative functions e.g. + Q9HRM9|MAOC2|VNG0626G MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN from Halobacterium sp strain NRC-1 (157 aa), FASTA + scores: opt: 380, E(): 1.5e-18, (45.75% identity in 153 aa + overlap); Q9KIF1 FKBR2 from Streptomyces hygroscopicus + var. ascomyceticus (175 aa), FASTA scores: opt: 355, E(): + 7.6e-17, (42.0% identity in 150 aa overlap); + CAC36828|Q99Q03|SAPE Spore associated protein from + Streptomyces coelicolor (174 aa), FASTA scores: opt: 318, + E(): 2.2e-14, (41.45% identity in 152 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2527c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2527c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDASE REGULATORY-RELATED PROTEIN" + /protein_id="SIU01143.1" + /db_xref="InterPro:IPR002539" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E5" + /translation="MTKHAGDRESDDAVSACRVAGSTVGRRILQRGLWFEEFQIGTTY + LHRPGRTVTEADNVLFTTLTMNTQSLHLDAAWAGQQPGFRGERLVNSMFTLSTMVGLS + VAQLTLGTIVANLGFSEVSFPKPVFHGDTLYAETVCTGKRESKSRPGEGIVTLEHIAR + NQHGEVVARAVRTTLVQKQSIKEAQ" + gene complement(2784935..2786119) + /gene="fadE19" + /locus_tag="BQ2027_MB2528C" + CDS complement(2784935..2786119) + /gene="fadE19" + /locus_tag="BQ2027_MB2528C" + /note="Mb2528c, fadE19, len: 394 aa. Equivalent to + Rv2500c, len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 394 aa overlap). + Possible fadE19 (alternate gene name: mmgC), acyl-CoA + dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + Q9XCG6|ACDH from Streptomyces coelicolor (386 aa), FASTA + scores: opt: 1714, E(): 1.1e-98, (69.45% identity in 383 + aa overlap); Q9XCG5|ACDH from Streptomyces avermitilis + (386 aa), FASTA scores: opt: 1713, E(): 1.3e-98, (70.0% + identity in 383 aa overlap); Q9L7W5|FENK from Bacillus + subtilis (370 aa), FASTA scores: opt: 1094, E(): 2.3e-60, + (48.4% identity in 372 aa overlap); etc. Contains PS00072 + Acyl-CoA dehydrogenases signature 1, PS00073 Acyl-CoA + dehydrogenases signature 2. BELONGS TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb2528c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2528c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE19 (MMGC)" + /protein_id="SIU01144.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C1" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C1" + /translation="MTTTTTTISGGILPKEYQDLRDTVADFARTVVAPVSAKHDAEHS + FPYEIVAKMGEMGLFGLPFPEEYGGMGGDYFALSLVLEELGKVDQSVAITLEAAVGLG + AMPIYRFGTEEQKQKWLPDLTSGRALAGFGLTEPGAGSDAGSTRTTARLEGDEWIING + SKQFITNSGTDITSLVTVTAVTGTTGTAADAKKEISTIIVPSGTPGFTVEPVYNKVGW + NASDTHPLTFADARVPRENLLGARGSGYANFLSILDEGRIAIAALATGAAQGCVDESV + KYANQRQSFGQPIGAYQAIGFKIARMEARAHVARTAYYDAAAKMLAGKPFKKEAAIAK + MISSEAAMDNSRDATQIHGGYGFMNEYPVARHYRDSKVLEIGEGTTEVQLMLIARSLG + LQ" + gene complement(2786124..2788088) + /gene="accA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2529C" + CDS complement(2786124..2788088) + /gene="accA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2529C" + /note="Mb2529c, accA1, len: 654 aa. Equivalent to Rv2501c, + len: 654 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 654 aa overlap). Probable accA1 + (alternate gene name: bccA), acetyl-/propionyl-coenzyme A + carboxylase (alpha subunit) [INCLUDES: BIOTIN CARBOXYLASE + (EC 6.3.4.14); BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN (BCCP)], + similar to others eg Q9L076|FABG from Streptomyces + coelicolor (646 aa), FASTA scores: opt: 2071, E(): 1e-113, + (57.8% identity in 659 aa overlap); AAK24139|Q9A6C6|CC2168 + from Caulobacter crescentus (654 aa), FASTA scores: opt: + 1754, E(): 3.7e-95, (47.2% identity in 661 aa overlap); + etc. Contains PS00188 Biotin-requiring enzymes attachment + site, PS00866 Carbamoyl-phosphate synthase subdomain + signature 1, and PS00867 Carbamoyl-phosphate synthase + subdomain signature 2. Protein product from Mb2529c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2529c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-/PROPIONYL-COENZYME A + CARBOXYLASE ALPHA CHAIN (ALPHA SUBUNIT) ACCA1: BIOTIN + CARBOXYLASE + BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN (BCCP)" + /protein_id="SIU01145.1" + /db_xref="GOA:P0A509" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR001882" + /db_xref="InterPro:IPR005479" + /db_xref="InterPro:IPR005481" + /db_xref="InterPro:IPR005482" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR011764" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A509" + /translation="MFDTVLVANRGEIAVRVIRTLRRLGIRSVAVYSDPDVDARHVLE + ADAAVRLGPAPARESYLDIGKVLDAAARTGAQAIHPGYGFLAENADFAAACERARVVF + LGPPARAIEVMGDKIAAKNAVAAFDVPVVPGVARAGLTDDALVTAAAEVGYPVLIKPS + AGGGGKGMRLVQDPARLPEALVSARREAMSSFGDDTLFLERFVLRPRHIEVQVLADAH + GNVVHLGERECSLQRRHQKVIEEAPSPLLDPQTRERIGVAACNTARCVDYVGAGTVEF + IVSAQRPDEFFFMEMNTRLQVEHPVTEAITGLDLVEWQLRVGAGEKLGFAQNDIELRG + HAIEARVYAEDPAREFLPTGGRVLAVFEPAGPGVRVDSSLLGGTVVGSDYDPLLTKVI + AHGADREEALDRLDQALARTAVLGVQTNVEFLRFLLADERVRVGDLDTAVLDERSADF + TARPAPDDVLAAGGLYRQWALARRAQGDLWAAPSGWRGGGHMAPVRTAMRTPLRSETV + SVWGPPESAQVQVGDGEIDCASVQVTREQMSVTISGLRRDYRWAEADRHLWIADERGT + WHLREAEEHKIHRAVGARPAEVVSPMPGSVIAVQVESGSQISAGDVVVVVEAMKMEHS + LEAPVSGRVQVLVSVGDQVKVEQVLARIKD" + gene complement(2788093..2789682) + /gene="accD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2530C" + CDS complement(2788093..2789682) + /gene="accD1" + /locus_tag="BQ2027_MB2530C" + /note="Mb2530c, accD1, len: 529 aa. Equivalent to Rv2502c, + len: 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 529 aa overlap). Probable accD1, + acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (beta subunit) (EC + 6.4.1.-), similar, but with N-terminus shorter, to + Q9L077|ACCD1 from Streptomyces coelicolor (538 aa), FASTA + scores: opt: 2747, E(): 1.9e-159, (77.9% identity in 516 + aa overlap). Also similar to others e.g. AAK24141 CC2170 + from Caulobacter crescentus (530 aa), FASTA scores: opt: + 2413, E(): 3.8e-139, (69.4% identity in 529 aa overlap); + BAB54131|MLL7731 from Rhizobium loti (537 aa), FASTA + scores: opt: 2399, E(): 2.7e-138, (67.4% identity in 527 + aa overlap); etc. COULD BELONG TO THE ACCD/PCCB FAMILY. + Protein product from Mb2530c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2530c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-/PROPIONYL-COA CARBOXYLASE (BETA + SUBUNIT) ACCD1" + /protein_id="SIU01146.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y277" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y277" + /translation="MTTPSIAIAPSFADEHRRLVAELNNKLAAAALGGNERARKRHVS + RGKLLPRERVDRLLDPGSPFLELAPLAAGGMYSDESPGAGIITGIGRVSGRQCVIVAN + DATVKGGTYYPMTVKKHLRAQEVALQNMLPCIYLVDSGGAFLPRQDEVFPDREHFGRI + FYNQATMSAKGIPQVAAVLGSCTAGGAYVPAMSDEAVIVREQGTIFLGGPPLVKAATG + EIVSAEELGGGDLHSRTSGVTDHLADDDEDALRIVRAIADTFGPCEPAQWDVRRSVEP + KYPQAELYDVVPPDPRVPYDVHEVVVRIVDGSEFSEFKAKYGKTLVTAFARVHGHPVG + IVANNGVLLSESALKGAHFIELCDKRKIPLLFLQNIAGFMVGRDYEAGGIAKHGAKMV + TAVACARVPKLTVVIGGSYGAGNYSMCGRAYSPRFLWMWPNARISVMGGEQAASVLAT + VRGEQLSAAGTPWSPDEEEAFKAPIRAQYEDQGNPYYSTARLWDDGIIDPADTRTVVG + LALSLCAHAPLDQVGYGVFRM" + gene complement(2789679..2790335) + /gene="scoB" + /locus_tag="BQ2027_MB2531C" + CDS complement(2789679..2790335) + /gene="scoB" + /locus_tag="BQ2027_MB2531C" + /note="Mb2531c, scoB, len: 218 aa. Equivalent to Rv2503c, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Probable scoB, 3-oxo + acid:CoA transferase, beta subunit + (succinyl-CoA:3-ketoacid-CoA transferase) (EC 2.8.3.5). + Highly similar to others e.g. Q9XAM8|SC4C6.12c from + Streptomyces coelicolor (217 aa), FASTA scores: opt: 1048, + E(): 2.6e-60, (73.9% identity in 207 aa overlap); + Q9XD82|PCAJ from Streptomyces sp. 2065 (214 aa), FASTA + scores: opt: 1031, E(): 3.2e-59, (70.8% identity in 209 aa + overlap); AAK53493|LPSJ from Xanthomonas campestris (pv. + campestris) (212 aa), FASTA scores: opt: 886, E(): + 6.6e-50, (62.5% identity in 208 aa overlap); + P42316|SCOB_BACSU from Bacillus subtilis (216 aa), FASTA + scores: opt: 820, E(): 1.2e-45, (58.2% identity in 201 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE 3-OXOACID COA-TRANSFERASE + SUBUNIT B FAMILY. Protein product from Mb2531c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2531c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A + TRANSFERASE (BETA SUBUNIT) SCOB (3-OXO-ACID:COA + TRANSFERASE) (OXCT B) (SUCCINYL CoA:3-OXOACID + CoA-TRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01147.1" + /db_xref="GOA:P63651" + /db_xref="InterPro:IPR004164" + /db_xref="InterPro:IPR004165" + /db_xref="InterPro:IPR012791" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63651" + /translation="MSAPGWSRDEMAARVAAEFEDGQYVNLGIGMPTLIPNHIPDGVH + VVLHSENGILGVGPYPRREDVDADLINAGKETVTTLPGAAFFSSSTSFGIIRGGHLDV + AVLGAMQVSVTGDLANWMIPGKMVKGMGGAMDLVHGARKVIVMMEHTAKDGSPKILER + CTLPLTGVGCVDRIVTELAVIDVCADGLHLVQTAPGVSVDEVVAKTQPPLVLRDLATQ + " + gene complement(2790332..2791078) + /gene="scoA" + /locus_tag="BQ2027_MB2532C" + CDS complement(2790332..2791078) + /gene="scoA" + /locus_tag="BQ2027_MB2532C" + /note="Mb2532c, scoA, len: 248 aa. Equivalent to Rv2504c, + len: 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 248 aa overlap). Probable scoA, + succinyl-CoA:3-ketoacid-Coenzyme A transferase, alpha + subunit (3-oxo acid:CoA transferase) (EC 2.8.3.6). Highly + similar to others e.g. Q9XAM7|SC4C6.13c from Streptomyces + coelicolor (260 aa), FASTA scores: opt: 1130, E(): + 2.2e-64, (69.9% identity in 249 aa overlap); Q9XD83|PCAI + from Streptomyces sp. 2065 (251 aa), FASTA scores: opt: + 1121, E(): 8.1e-64, (69.5% identity in 249 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE 3-OXOACID COA-TRANSFERASE SUBUNIT A + FAMILY. Protein product from Mb2532c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2532c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A + TRANSFERASE (ALPHA SUBUNIT) SCOA (3-OXO ACID:CoA + TRANSFERASE) (OXCT A) (SUCCINYL-COA:3-OXOACID-COENZYME A + TRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01148.1" + /db_xref="GOA:P63649" + /db_xref="InterPro:IPR004163" + /db_xref="InterPro:IPR004165" + /db_xref="InterPro:IPR012792" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63649" + /translation="MDKVVATAAEAVADIANGSSLAVGGFGLCGIPEALIAALVDSGV + TDLETVSNNCGIDGVGLGLLLQHKRIRRTVSSYVGENKEFARQFLAGELEVELTPQGT + LAERLRAGGMGIPAFYTPAGVGTQVADGGLPWRYDASGGVAVVSPAKETREFDGVTYV + LERGIRTDFALVHAWQGDRHGNLMYRHAAANFNPECASAGRITIAEVEHLVEPGEIDP + ATVHTPGVFVHRVVHVPNPAKKIERETVRQ" + gene complement(2791161..2792804) + /gene="fadD35" + /locus_tag="BQ2027_MB2533C" + CDS complement(2791161..2792804) + /gene="fadD35" + /locus_tag="BQ2027_MB2533C" + /note="Mb2533c, fadD35, len: 547 aa. Equivalent to + Rv2505c, len: 547 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 547 aa overlap). + Probable fadD35, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), + highly similar to many e.g. Q9Z5A6|SC2G5.17 from + Streptomyces coelicolor (541 aa), FASTA scores: opt: 2202, + E(): 8e-131, (61.55% identity in 528 aa overlap); + Q9F9U4|FADD from Pseudomonas stutzeri (Pseudomonas + perfectomarina), FASTA scores: opt: 1551, E(): 7.3e-90, + (55.55% identity in 551 aa overlap); Q987S7|MLR6932 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (590 aa), FASTA + scores: opt: 1453, E(): 1.1e-83, (50.7% identity in 564 aa + overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD35 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01149.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1C6" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1C6" + /translation="MAAAEVVDPNRLSYDRGPSAPSLLESTIGANLAATAARYGHREA + LVDMVARRRFNYSELLTDVHRLATGLVRAGIGPGDRVGIWAPNRWEWVLVQYATAEIG + AILVTINPAYRVREVEYALRQSGVAMVIAVASFKDADYAAMLAEVGPRCPDLADVILL + ESDRWDALAGAEPDLPALQQTAARLDGSDPVNIQYTSGTTAYPKGVTLSHRNILNNGY + LVGELLGYTAQDRICIPVPFYHCFGMVMGNLAATSHGAAMVIPAPGFDPAATLRAVQD + ERCTSLYGVPTMFIAELGLPDFTDYELGSLRTGIMAGAACPVEVMRKVISRMHMPGVS + ICYGMTETSPVSTQTRADDSVDRRVGTVGRVGPHLEIKVVDPATGETVPRGVVGEFCT + RGYSVMAGYWNDPQKTAEVIDADGWMHTGDLAEMDPSGYVRIAGRIKDLVVRGGENIS + PREIEELLHTHPDIVDGHVIGVPDAKYGEELMAVVKLRNDAPELTIERLREYCMGRIA + RFKIPRYLWIVDEFPMTVTGKVRKVEMRQQALEYLRGQQ" + gene 2792920..2793567 + /locus_tag="BQ2027_MB2534" + CDS 2792920..2793567 + /locus_tag="BQ2027_MB2534" + /note="Mb2534, -, len: 215 aa. Equivalent to Rv2506, len: + 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 215 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, tetR family, similar to many + others e.g. Q9L078|SCC105.06c PUTATIVE TETR-FAMILY + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (208 aa), + FASTA scores: opt: 333, E(): 1.5e-14, (48.75% identity in + 197 aa overlap); Q9X7X6|SC6A5.30c PUTATIVE REGULATORY + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (404 aa), FASTA + scores: opt: 267, E(): 4.8e-10, (30.45% identity in 207 aa + overlap) (similarity only with C-terminus for this one); + Q9FBI8|SCP8.33c PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (213 aa), FASTA + scores: opt: 239, E(): 1.8e-08, (29.9% identity in 184 aa + overlap); etc. Also similar to transcriptional regulatory + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O05858|Rv3208|MTCY07D11.18c (228 aa), FASTA scores: opt: + 218, E(): 4.4e-07, (30.35% identity in 191 aa overlap); + C-terminus of P95251|Rv1963c|MTV051.01c|MTCY09F9.01 (406 + aa), FASTA scores: opt: 238, E(): 3.6e-08, (28.25% + identity in 177 aa overlap); P96839|Rv3557c|MTCY06G11.04c + (200 aa), FASTA scores: opt: 215, E(): 6.2e-07, (38.25% + identity in 148 aa overlap); etc. Equivalent to AAK46885 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (231 aa) + but shorter 16 aa. Contains probable helix-turn-helix + motif at aa 46-67, (Score 1660, +4.84 SD). BELONGS TO THE + TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb2534 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2534 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01150.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E9" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="InterPro:IPR041490" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E9" + /translation="MTASAPDGRPGQPEATNRRSQLKSDRRFQLLAAAERLFAERGFL + AVRLEDIGAAAGVSGPAIYRHFPNKESLLVELLVGVSARLLAGARDVTTRSANLAAAL + DGLIEFHLDFALGEADLIRIQDRDLAHLPAVAERQVRKAQRQYVEVWVGVLRELNPGL + AEADARLMAHAVFGLLNSTPHSMKAADSKPARTVRARAVLRAMTVAALSAADRCL" + gene 2793646..2794467 + /locus_tag="BQ2027_MB2535" + CDS 2793646..2794467 + /locus_tag="BQ2027_MB2535" + /note="Mb2535, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv2507, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Possible conserved + pro-rich membrane protein (N-terminal half is + Proline-rich), highly similar to Q9CCU3|ML0431 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (259 aa) (alias + O07711|MLCL383.38c but longer 2 aa), FASTA scores: opt: + 968, E(): 1.4e-31, (60.35% identity in 275 aa overlap). + Contains potential membrane spanning region. Mb2535 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED PROLINE RICH MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU01151.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E8" + /db_xref="InterPro:IPR008693" + /db_xref="InterPro:IPR038468" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E8" + /translation="MNDPRRPQRFGPPLSGYGPTGPQVPPNPPTADPAYADQSPYAST + YGGYVSPPWSPGGPPPRPPQWPPGPHEASPTQQLPQYWQYDQPPPGGFPPDGLTPPPP + QGPRTPRWLWFAAGSAVLLVVALVIALVIANGSVKKQTAIEPLPPMPGPSPTRPTTTT + PTPPSPSAAPAPTTTTGTPSETVAGAMQTVVYDVTGEGRAISITYMDSGNVIQTEFNV + ALPWRKEVSLSKSSLHPASVTIVNIGHNVTCSVTVAGVQVRQRTGAGLTICDAPS" + gene complement(2794464..2795801) + /locus_tag="BQ2027_MB2536C" + CDS complement(2794464..2795801) + /locus_tag="BQ2027_MB2536C" + /note="Mb2536c, -, len: 445 aa. Equivalent to Rv2508c, + len: 445 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 445 aa overlap). Probable conserved + integral membrane leu-, ala-rich protein, equivalent to + Q9CCU4|ML0430 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (454 aa) (alias O07710|MLCL383.37 longer 10 aa), + FASTA scores: opt: 2205, E(): 2.5e-124, (75.75% identity + in 441 aa overlap). Also similar to hypothetical or + membrane proteins e.g. BAB50841|MLL4103 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (458 aa), + FASTA scores: opt: 396, E(): 2.4e-16, (27.75% identity in + 447 aa overlap); Q9RKX9|SC6D7.19c PUTATIVE INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor (486 aa), + FASTA scores: opt: 323, E(): 5.7e-12, (28.95% identity in + 428 aa overlap); P42306|YXIO_BACSU PROBABLE INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN from Bacillus subtilis (428 aa), FASTA + scores: opt: 220, E(): 7.2e-06, (20.35% identity in 413 aa + overlap); etc. Also similar to proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. + Q10564|Y876_MYCTU|Rv0876c|MT0899|MTCY31.04c (548 aa), + FASTA scores: opt: 184, E(): 0.0012, (24.7% identity in + 466 aa overlap). Mb2536c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE LEUCINE AND + ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01152.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F8" + /db_xref="InterPro:IPR024671" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F8" + /translation="MNNPGSRAGTLLHFRVVAWAMWDCGSTGLNAIVTTFVFSVYLTS + AVGQGLPGGTSPASWLGRAGAVAGLTIGVLAPVVGVWVESPHRRRVALSVLTGTAVAL + TCAMFLIRDDPRYLWAGLVLLAATAASSDLSSVPYNAMLRQLSTPSTAGRISGFGWAS + GYVGSVALLLVIYLGFMSGSGSQRGLLQLPVANGLNVRMAMLVAAAWLALLGLPLLLV + AHRLPDSGAASHPSTGLLGGYRKLWTEISAEWRRDRNLVYFLVASAIFRDGLAAIFAF + GAVLGVNAYGLTQADVLIFGAAASVVAAVGAVLGGFVDHRIGSKPVIVGSLAAIIAAA + LTLLTLSGPTAFWACGLLLCVFIGPAQSSARALLLHMAQHGKEGVAFGLYTMTGRAVS + FLGPWLFSVFVDVFHTVRAGLGGVCLVLTTGLLLMLRVQVSRHGGALTTAQSS" + gene 2795886..2796692 + /locus_tag="BQ2027_MB2537" + CDS 2795886..2796692 + /locus_tag="BQ2027_MB2537" + /note="Mb2537, -, len: 268 aa. Equivalent to Rv2509, len: + 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 268 aa overlap). Probable ala-rich + oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase (EC + 1.-.-.-), equivalent to O07709|MLCL383.36c|ML0429 + DEHYDROGENASE (PUTATIVE OXIDOREDUCTASE) from Mycobacterium + leprae (268 aa), FASTA scores: opt: 1509, E(): 2.6e-84, + (88.75% identity in 267 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. O86553|SC1F2.16c PUTATIVE DEHYDROGENASE + from Streptomyces coelicolor (276 aa), FASTA scores: opt: + 492, E(): 9.5e-23, (38.15% identity in 262 aa overlap); + Q9I5R3|PA0658 PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from + Pseudomonas aeruginosa (266 aa), FASTA scores: opt: 472, + E(): 1.5e-21, (37.8% identity in 246 aa overlap); + AAK22120|CC0133 OXIDOREDUCTASE (SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY) from Caulobacter + crescentus (266 aa), FASTA scores: opt: 428, E(): 6.9e-19, + (35.8% identity in 243 aa overlap); etc. Also highly + similar or similar to oxidoreductases from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Q10782|Rv1544|MTCY48.21 PUTATIVE + KETOACYL REDUCTASE (EC 1.3.1.-) (267 aa), FASTA scores: + opt: 656, E(): 1.1e-32, (43.05% identity in 267 aa + overlap). Contains PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb2537 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2537 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIU01153.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F1" + /translation="MPIPAPSPDARAVVTGASQNIGAALATELAARGHHLIVTARRED + VLTELAARLADKYRVTVDVRPADLADPQERSKLADELAARPISILCANAGTATFGPIA + SLDLAGEKTQVQLNAVAVHDLTLAVLPGMIERKAGGILISGSAAGNSPIPYNATYAAT + KAFVNTFSESLRGELRGSGVHVTVLAPGPVRTELPDASEASLVEKLVPDFLWISTEHT + ARVSLNALERNKMRVVPGLTSKAMSVASQYAPRAIVAPIVGAFYKRLGGS" + gene complement(2796696..2798297) + /locus_tag="BQ2027_MB2538C" + CDS complement(2796696..2798297) + /locus_tag="BQ2027_MB2538C" + /note="Mb2538c, -, len: 533 aa. Equivalent to Rv2510c, + len: 533 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 533 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, highly similar, but longer approximatively 20 aa, + to others e.g. Q9ABY0|CC0090 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Caulobacter crescentus (516 aa), FASTA scores: opt: 1282, + E(): 8.4e-63, (45.1% identity in 490 aa overlap); + Q9A130|SPY0500 HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptococcus + pyogenes (500 aa), FASTA scores: opt: 1281, E(): 9.3e-63, + (43.8% identity in 491 aa overlap); Q985L5|MLR7622 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (515 aa), FASTA scores: opt: 1259, E(): 1.5e-61, + (44.1% identity in 510 aa overlap); + P39342|YJGR_ECOLI|B4263 HYPOTHETICAL 54.3 KDA PROTEIN from + Escherichia coli strain K12 (500 aa), FASTA scores: opt: + 1257, E(): 1.9e-61, (42.7% identity in 501 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). Protein product from Mb2538c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2538c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted ATPase" + /protein_id="SIU01154.1" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR033186" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D2" + /translation="MGTESAAGGPGGPAQRIAAGYTVEGQALQLGTVVVDGEPDPSAQ + IRIPLATVNRHGLVAGATGTGKTKTLQLIAEQLSAAGVAVLMADVKGDLSGLARPGEA + ADKTAARAKDTGDDWVPTAFPVEFLSLGASGVGVPVRATISSFGPILLAKVLGLNATQ + ESTLGLIFHWADQRGLPLLDLKDLRAVITHLTSDEGKVELKSLGAVSPTTAGVILRAL + VNLEAEGADTFFGEPELRPEDLLRVDSQGRGIISLLEFGSQALRPAMFSTFLMWVLAD + LFTFLPEVGDLDKPKLVFFFDEAHLLFTDASKAFLEQVEQTVKLIRSKGVGVFFCTQL + PTDLPNDVLSQLGARIQHALRAFTPDDHKALRKTVRTYPKTDVYDLESALTSLGTGEA + VVTVLSEKGAPTPVAWTRMRAPRSLMAAIGAEAIGAAAQASSLQAVYGQTIDRPSAHE + ILSAKLAPAQEAPAQEAPAPRGQYDPLPWPDDFEVPPMPAPVEPQGPAVWEEILKNPT + VKSVLNTTAREITRSIFGTGRRRRK" + gene 2798365..2799012 + /gene="orn" + /locus_tag="BQ2027_MB2539" + CDS 2798365..2799012 + /gene="orn" + /locus_tag="BQ2027_MB2539" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2539, orn, len: 215 aa. Equivalent to Rv2511, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 215 aa overlap). Probable orn, + oligoribonuclease (EC 3.1.-.-), equivalent to + O07708|ORN_MYCLE|ORN|ML0427|MLCL383.34c OLIGORIBONUCLEASE + from Mycobacterium leprae (215 aa), FASTA scores: opt: + 1170, E(): 3.5e-65, (84.5% identity in 213 aa overlap). + Also highly similar to many e.g. P57667|ORN_STRGR|ORNA + from Streptomyces griseus (201 aa), FASTA scores: opt: + 807, E(): 7.7e-43, (59.0% identity in 200 aa overlap); + ORN_STRCO|ORNA|2SC13.01 from Streptomyces coelicolor (200 + aa), FASTA scores: opt: 799, E(): 2.4e-42, (59.7% identity + in 201 aa overlap); P39287|ORN_ECOLI|B4162 from + Escherichia coli strain K12 (180 aa), FASTA scores: opt: + 519, E(): 3.9e-25, (47.4% identity in 173 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE OLIGORIBONUCLEASE FAMILY. Protein + product from Mb2539 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2539 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="oligoribonuclease orn" + /protein_id="SIU01155.1" + /db_xref="GOA:P65598" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR013520" + /db_xref="InterPro:IPR022894" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65598" + /translation="MQDELVWIDCEMTGLDLGSDKLIEIAALVTDADLNILGDGVDVV + MHADDAALSGMIDVVAEMHSRSGLIDEVKASTVDLATAEAMVLDYINEHVKQPKTAPL + AGNSIATDRAFIARDMPTLDSFLHYRMIDVSSIKELCRRWYPRIYFGQPPKGLTHRAL + ADIHESIRELRFYRRTAFVPQPGPSTSEIAAVVAELSDGAGAQEETDSAEAPQSG" + gene 2799062..2799134 + /locus_tag="BQ2027_HIST" + tRNA 2799062..2799134 + /locus_tag="BQ2027_HIST" + /product="tRNA-His" + /note="hisT, len: 73 nt. Equivalent to hisT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-His, anticodon gtg." + gene complement(2799702..2801136) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-3" + mobile_element complement(2799702..2801136) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-3" + /note="IS1081-3, len: 1435 nt. Equivalent to IS1081, len: + 1450 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1435 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + repeat_region 2799740..2799754 + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(2799764..2801011) + /locus_tag="BQ2027_MB2540C" + CDS complement(2799764..2801011) + /locus_tag="BQ2027_MB2540C" + /note="Mb2540c, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv2512c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 415 aa overlap). Transposase for + IS1081, identical to P35882|TRA1_MYCBO transposase for + insertion sequence element IS1081 from Mycobacterium bovis + (415 aa), FASTA scores: opt: 2680, E(): 1.9e-162, (100.0% + identity in 415 aa overlap). Also highly similar to others + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96354|Rv1047|MTCY10G2.02c|Rv3115|MTCY164.25|Rv3023c|MTV01 + 2.38c (415 aa), FASTA scores: opt: 2675, E(): 3.9e-162, + (99.75% identity in 415 aa overlap). Contains PS00435 + Peroxidases proximal heme-ligand signature, PS01007 + Transposases, Mutator family, signature. BELONGS TO THE + MUTATOR FAMILY OF TRANSPOSASE." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE ELEMENT + IS1081" + /protein_id="SIU01156.1" + /db_xref="GOA:P60231" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60231" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANLMAATPKPSWPWVRT + LLHSIYDQPDAESVVAQYDRVLDALTDKLPAVAEHLDTARTDLLAFTAFPKQIWRQIW + SNNPQERLNREVRRRTDVVGIFPDRASIIRLVGAVLAEQHDEWIEGRRYLGLEVLTRA + RAALTSTEEPAKQQTTNTPALTT" + gene 2801011..2801148 + /locus_tag="BQ2027_MB2541" + CDS 2801011..2801148 + /locus_tag="BQ2027_MB2541" + /note="Mb2541, -, len: 45 aa. Equivalent to Rv2512A, len: + 45 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 45 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to N-terminus of Rv1046c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (239 aa), FASTA + scores: opt: 293, E(): 2.1e-18, (100.0% identity in 42 aa + overlap). Mb2541 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01157.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1N6" + /translation="MRHFLRLTFAGRFEGSRDDRPLLGYDTPTGLTCPYTTPLDVTPR + R" + repeat_region complement(2801049..2801063) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-3" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene 2801369..2801791 + /locus_tag="BQ2027_MB2542" + CDS 2801369..2801791 + /locus_tag="BQ2027_MB2542" + /note="Mb2542, -, len: 140 aa. Equivalent to Rv2513, len: + 140 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 140 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2542 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01158.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T5" + /translation="MDDIAAFKLDSLPDITFTVTRAISSGGENPAGFLNFAARREQPE + ILGGGGRPGPVGPEAVDTPRIRGGKVPFVFRTLPGYTFYASQIEPRVGDPEGPTLLAG + FGNIPETSQRSPGWIRITCKGPDDDEELEFFGFAGPES" + gene complement(2802085..2802546) + /locus_tag="BQ2027_MB2543C" + CDS complement(2802085..2802546) + /locus_tag="BQ2027_MB2543C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2543c, -, len: 153 aa. Equivalent to Rv2514c, + len: 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 153 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + Q9PG05|XF0497 HYPOTHETICAL PROTEIN from Xylella fastidiosa + (155 aa), FASTA scores: opt: 215, E(): 1.4e-07, (30.6% + identity in 160 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="regulated by general enzymatic activity" + /protein_id="SIU01159.1" + /db_xref="InterPro:IPR016541" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1D7" + /translation="MLYSFDTSAILNGRRDLFRPAVFRSLWGRVEDAISAGQIRSVDE + VQRELARRDDDAKRWADGQTGLFCPLDEQIQQAARHILRLHPNMVRQGGRRSAADPFV + IALAMVNNATVVTQETASGNIEKPRIPDVCDALGVPWLTLMGYIEAQGWTF" + gene complement(2802552..2803799) + /locus_tag="BQ2027_MB2544C" + CDS complement(2802552..2803799) + /locus_tag="BQ2027_MB2544C" + /note="Mb2544c, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv2515c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 415 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + Q9PG06|XF0496 HYPOTHETICAL PROTEIN from Xylella fastidiosa + (391 aa), FASTA scores: opt: 388, E(): 4.4e-18, (27.8% + identity in 399 aa overlap). Contains PS00142 Neutral zinc + metallopeptidases, zinc-binding region signature. Protein + product from Mb2544c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA-binding protein" + /protein_id="SIU01160.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F6" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010359" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F6" + /translation="MGIGHPMWVGWCIIIAMRSIPASVESSVLRWARESCGLTEVAAA + RKLGLPDDRVAAWEVGEVVPTIAQLRKAAEVYKRSLAVFFLSEPPEGFDTLRDFRRLD + GAASGQWTPGLHEEFRRAHTQRDFALELADAEDREIPGAWRLPLSGDEADADIAARIR + KALIEVSPLPIPVASVDPYEHLNAWVSAIETSGVLVLATRGGKVAIDEMRGMCLYFDE + LPVIVLNGSDHPRPRLFSLLHEFVHVVLHTEGLCDVIADAHPSTQDRSLEARCNAIAA + AVLMPADVVRARPEVIVRSETPSSWDYESLRPVAAHFGVSAEAFLRRLSTLGIVPVEV + YRQRRAEFIAAHEDEAERARSAGGGNWYRNTVRDLGKGYVRAVTDAHRRRVIDSNTAA + IYLDAKVSQIPKLAESAELRSVV" + gene complement(2803918..2804721) + /locus_tag="BQ2027_MB2545C" + CDS complement(2803918..2804721) + /locus_tag="BQ2027_MB2545C" + /note="Mb2545c, -, len: 267 aa. Equivalent to Rv2516c, + len: 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.625% identity in 267 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Contains probable helix-turn-helix motif at aa 98 + to 119 (Score 1743, +5.12 SD). C-terminus extended since + first submission (+ 18 aa). Protein product from Mb2545c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2545c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01161.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F5" + /translation="MTADWVVTFTFDADPSMETMDAWETQLEGFDALVSRVPGHGIDV + TVYAPGDWSVFDALAKMAGEVMPVVQAKSPIAVQIISEPEHRLRAEAFTTPELMSAAE + IADELGVSRQRVHQLRSTAGFPAPLADLRGGAVWDAAAVRRFAETWERKPGRPHTGTA + KFAYSWAVGPAVGRSGKAPNVRWRVENPDKIRFVLRNIGDDIAEDVEIDLSRIDAITR + NVPKKTVIRPGEGLNMVLIAAWGHPLPNQLYVRWAGQDEWAAVPLHPAH" + gene complement(2804718..2804969) + /locus_tag="BQ2027_MB2546C" + CDS complement(2804718..2804969) + /locus_tag="BQ2027_MB2546C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2546c, -, len: 83 aa. Equivalent to Rv2517c, len: + 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK46899 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (97 aa) but shorter 14 aa. + Protein product from Mb2546c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2546c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU01162.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G2" + /translation="MNSAIIKIAKWAQSQQWTVEDDASGYTRFYNPQGVYIARFPATP + SNEYRRMRDLLGALKKAGLTWPPPSKKERRAQHRKEGAQ" + gene complement(2805317..2806543) + /gene="ldtb" + /locus_tag="BQ2027_MB2547C" + CDS complement(2805317..2806543) + /gene="ldtb" + /locus_tag="BQ2027_MB2547C" + /note="Mb2547c, lppS, len: 408 aa. Equivalent to Rv2518c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 408 aa overlap). Probable lppS, + conserved lipoprotein, highly similar to O07707|MLCL383.3 + HYPOTHETICAL 43.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (407 aa), FASTA scores: opt: 2300, E(): 1.2e-130, (82.5% + identity in 406 aa overlap); Q9CCU5|LPPS|ML0426 PUTATIVE + SECRETED PROTEIN from Mycobacterium leprae (404 aa), FASTA + scores: opt: 2279, E(): 2.3e-129, (82.4% identity in 403 + aa overlap); and Q9CB49|ML2446 POSSIBLE LIPOPROTEIN from + Mycobacterium leprae (441 aa), FASTA scores: opt: 736, + E(): 8.4e-37, (35.6% identity in 399 aa overlap). Also + similar to other proteins from several organisms e.g. + Q9X811|SC6G10.26c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (424 aa), FASTA scores: opt: 867, + E(): 1.1e-44, (32.25% identity in 403 aa overlap); + Q9L1E8|SC3D11.14 PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces + coelicolor (416 aa), FASTA scores: opt: 737, E(): 7e-37, + (32.95% identity in 413 aa overlap); Q9KYV1|SCE22.11 + PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces coelicolor (407 + aa), FASTA scores: opt: 721, E(): 6.2e-36, (33.5% identity + in 400 aa overlap). And similar to several hypothetical + mycobacterial proteins e.g. + Q11149|Y483_MYCTU|Rv0483|MT0501|MTCY20G9.09 (451 aa), + FASTA scores: opt: 763, E(): 2.1e-38, (34.85% identity in + 402 aa overlap). Has very long signal sequence and + appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb2547c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2547c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable l,d-transpeptidase ldtb" + /protein_id="SIU01163.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1G0" + /db_xref="InterPro:IPR005490" + /db_xref="InterPro:IPR038063" + /db_xref="InterPro:IPR041280" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G0" + /translation="MPKVGIAAQAGRTRVRRAWLTALMMTAVMIGAVACGSGRGPAPI + KVIADKGTPFADLLVPKLTASVTDGAVGVTVDAPVSVTAADGVLAAVTMVNDNGRPVA + GRLSPDGLRWSTTEQLGYNRRYTLNATALGLGGAATRQLTFQTSSPAHLTMPYVMPGD + GEVVGVGEPVAIRFDENIADRGAAEKAIKITTNPPVEGAFYWLNNREVRWRPEHFWKP + GTAVDVAVNTYGVDLGEGMFGEDNVQTHFTIGDEVIATADDNTKILTVRVNGEVVKSM + PTSMGKDSTPTANGIYIVGSRYKHIIMDSSTYGVPVNSPNGYRTDVDWATQISYSGVF + VHSAPWSVGAQGHTNTSHGCLNVSPSNAQWFYDHVKRGDIVEVVNTVGGTLPGIDGLG + DWNIPWDQWRAGNAKA" + gene 2806703..2806774 + /locus_tag="BQ2027_LYSU" + tRNA 2806703..2806774 + /locus_tag="BQ2027_LYSU" + /product="tRNA-Lys" + /note="lysU, len: 73 nt. Equivalent to lysU, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Lys, anticodon ctt." + gene 2806993..2808471 + /gene="PE26" + /locus_tag="BQ2027_MB2548" + CDS 2806993..2808471 + /gene="PE26" + /locus_tag="BQ2027_MB2548" + /note="Mb2548, PE26, len: 492 aa. Equivalent to Rv2519, + len: 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 492 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family, highly similar to many e.g. + Q50630|YP91_MYCTU|Rv2591|MT2668.1|MTCY227.10c (543 aa), + FASTA scores: opt: 848, E(): 3e-30, (39.55% identity in + 445 aa overlap). Mb2548 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe26" + /protein_id="SIU01164.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1E2" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR001969" + /db_xref="InterPro:IPR021109" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1E2" + /translation="MSRLIVAPDWLASAAAEVQSIGSALSAANAAAAAPTTLLVAAAE + DEVSAAAAALFANYGREYQTLSVRFASLDQQFAQALNSAAASYQTAEATGASLVQTAT + QGVLGVINAPTEFMFGRSLIGDGADGTAASPIGEPGGILYGDGGNGYSQTTPGAVGGA + GGSAGFIGNGGAAGAGGPGAGGGTGGLGGWLWGNNGAAGTGDPVNVAVPLRVENNFPL + VNLLVNRGPTVPILLDTGSSSLVIPFWKIGWQNLGLPTGFDVVHYGNGVSIVYADVPT + TVDFGGGAATTPTSVHVGILPYPRNLDSLVLIASGGAFGPNGNGILGIGPNVGSYAVS + GPGNVVTTDLPGQLNEGTLIDIPGGYMQFGPNTGTPITSVTGAPITVLNVQIGGYDPN + GGYWSLPSIFDSGGNHGTLPAVILGTGQTTGYAPPGTVISISIHDNQTLLYQYTTTAS + NSPVVTADPRLNTGLTPFLLGPVYISNNPSGVGTVVFNYPPP" + gene complement(2808596..2808823) + /locus_tag="BQ2027_MB2549C" + CDS complement(2808596..2808823) + /locus_tag="BQ2027_MB2549C" + /note="Mb2549c, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv2520c, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 75 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to O07706|MLCL383.32 + HYPOTHETICAL 10.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (91 aa), FASTA scores: opt: 290, E(): 4.1e-14, (58.65% + identity in 75 aa overlap); and Q9CCU6|ML0425 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (75 aa), FASTA + scores: opt: 286, E(): 6.6e-14, (57.35% identity in 75 aa + overlap). Protein product from Mb2549c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2549c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01165.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3J5" + /db_xref="InterPro:IPR022062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J5" + /translation="MVDRDPNTIKQEIDQTRDQLAATIDSLAERANPRRLADDAKTRV + IAFLRKPIVTVSLVGIGSVVVVVVIHKIRNR" + gene 2808892..2809365 + /gene="bcp" + /locus_tag="BQ2027_MB2550" + CDS 2808892..2809365 + /gene="bcp" + /locus_tag="BQ2027_MB2550" + /note="Mb2550, bcp, len: 157 aa. Equivalent to Rv2521, + len: 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 157 aa overlap). Probable bcp, + bacterioferritin comigratory protein, equivalent to + O07705|BCP|ML0424 from Mycobacterium leprae (161 aa), + FASTA scores: opt: 829, E(): 6.8e-46, (79.6% identity in + 157 aa overlap). Also highly similar to Q9KZQ2|SCE6.38 + HYPOTHETICAL 16.8 KDA PROTEIN Streptomyces coelicolor (155 + aa), FASTA scores: opt: 727, E(): 2e-39, (69.5% identity + in 154 aa overlap); + P23480|AAG57590|BCP_ECOLI|B2480|BAB36765|Z3739|ECS3342 + BACTERIOFERRITIN COMIGRATORY PROTEIN from Escherichia coli + strain K12 (156 aa), FASTA scores: opt: 513, E(): 8.3e-26, + (48.3% identity in 149 aa overlap); Q9RW23|DR0846 + BACTERIOFERRITIN COMIGRATORY PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (175 aa), FASTA scores: opt: 465, E(): 1e-22, + (46.5% identity in 157 aa overlap); + P44411|BCP_HAEIN|HI0254 BACTERIOFERRITIN COMIGRATORY + PROTEIN from Haemophilus influenzae (155 aa), FASTA + scores: opt: 453, E(): 5.3e-22, (47.5% identity in 139 aa + overlap); etc. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + Rv1608c|MTV046.06|bcpB and Rv2238c|MTCY427.19c|hpE. + Protein product from Mb2550 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2550 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BACTERIOFERRITIN COMIGRATORY PROTEIN + BCP" + /protein_id="SIU01166.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y297" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR024706" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y297" + /translation="MTKTTRLTPGDKAPAFTLPDADGNNVSLADYRGRRVIVYFYPAA + STPGCTKQACDFRDNLGDFTTAGLNVVGISPDKPEKLATFRDAQGLTFPLLSDPDREV + LTAWGAYGEKQMYGKTVQGMIRSTFVVDEDGKIVVAQYNVKATGHVAKLRRDLSV" + gene complement(2809337..2810749) + /locus_tag="BQ2027_MB2551C" + CDS complement(2809337..2810749) + /locus_tag="BQ2027_MB2551C" + /EC_number="3.5.1.14" + /note="Mb2551c, -, len: 470 aa. Equivalent to Rv2522c, + len: 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 470 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but longer 20 aa, to + Q9X7E4|ML1193|MLCB458.08 from HYPOTHETICAL 46.6 KDA + PROTEIN Mycobacterium leprae (442 aa), FASTA scores: opt: + 2521, E(): 4.1e-142, (86.35% identity in 440 aa overlap). + Also similar to various proteins e.g. Q9K425|SCG22.20 + PUTATIVE PEPTIDASE from Streptomyces coelicolor (451 aa), + FASTA scores: opt: 1097, E(): 1.1e-57, (42.5% identity in + 451 aa overlap); Q9FCK3|2SC3B6.09 PUTATIVE PEPTIDASE from + Streptomyces coelicolor (470 aa), FASTA scores: opt: 669, + E(): 2.8e-32, (34.2% identity in 462 aa overlap); + Q98AF9|MLL6018 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (486 aa), FASTA scores: opt: 622, + E(): 1.7e-29, (33.95% identity in 442 aa overlap); + Q9RSU7|DR2025 ARGE/DAPE/ACY1 FAMILY PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (459 aa), FASTA scores: opt: 616, + E(): 3.7e-29, (34.15% identity in 442 aa overlap); etc + (include some similarity to hypothetical proteins from C. + elegans and yeast). Alternative start possible at 6687 but + then no RBS obvious. Protein product from Mb2551c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2551c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="N-acyl-L-amino acid amidohydrolase (EC" + /protein_id="SIU01167.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1P4" + /db_xref="InterPro:IPR002933" + /db_xref="InterPro:IPR011650" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P4" + /translation="MSASRRRIASKSGFSCDSASARELVERVREVLPSVRCDLEELVR + IESVWADPDRRDEVHRSARAVADLLSQAGFDDVRIVSERGAPAVIARYPAPPGAPTVL + LYAHHDVQPEGDRGQWVSPPFEPTERGGRLYGRGTADDKAGIATHVAAFWAHGGRPPV + GVTVFVEGEEESGSPSLGRLLAAHRDALAADVIVIADSDNWSTDIPALTVSLRGMADC + VVEVATLDHGLHSGLWGGVVPDALTVLVRLLASLHDDDGNVAVAGMHESTAARVDYPA + GRVRAESGLLDGVSEIGTGSVPQRLWAKPAITVIGIDTTSVAAASNTLIPRARAKISI + RVAPGGDATAHLDAVEAHLRRHAPWGAQVTVTRGEVGQPYAIEASGPVYDAARSAFRQ + AWGADPIDMGMGGSIPFIAEFAAAFPQATILVTGVEDPGTQAHSVNESLHLGVLERAA + TAEALLLAKLAAIPTGRAEA" + gene complement(2810746..2811138) + /gene="acpS" + /locus_tag="BQ2027_MB2552C" + CDS complement(2810746..2811138) + /gene="acpS" + /locus_tag="BQ2027_MB2552C" + /note="Mb2552c, acpS, len: 130 aa. Equivalent to Rv2523c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). acpS, holo-[Acyl + Carrier Protein] synthase (EC 2.7.8.7) (see citation + below), equivalent to Q9X7E3|ACPS_MYCLE|ML1192|MLCB458.07 + HOLO-[ACYL-CARRIER PROTEIN] SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (130 aa), FASTA scores: opt: 732, E(): 5.5e-42, + (87.5% identity in 128 aa overlap). Also similar to others + e.g. O86785|ACPS_STRCO|SC6G4.22c from Streptomyces + coelicolor (123 aa), FASTA scores: opt: 204, E(): 6.6e-07, + (36.7% identity in 139 aa overlap); Q9KPB6|VC2457 from + Vibrio cholerae (126 aa), FASTA scores: opt: 163, E(): + 0.00036, (32.55% identity in 129 aa overlap); + P24224|ACPS_ECOLI|DPJ|B2563 from Escherichia coli strain + K12 (125 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.0022, (30.55% + identity in 131 aa overlap); etc. BELONGS TO THE ACPS + FAMILY. Protein product from Mb2552c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2552c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HOLO-[ACYL-CARRIER PROTEIN] SYNTHASE ACPS + (HOLO-ACP SYNTHASE) + (CoA:APO-[ACP]PANTETHEINEPHOSPHOTRANSFERASE) + (CoA:APO-[ACYL-CARRIER + PROTEIN]PANTETHEINEPHOSPHOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01168.1" + /db_xref="GOA:P0A4W9" + /db_xref="InterPro:IPR002582" + /db_xref="InterPro:IPR004568" + /db_xref="InterPro:IPR008278" + /db_xref="InterPro:IPR037143" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4W9" + /translation="MGIVGVGIDLVSIPDFAEQVDQPGTVFAETFTPGERRDASDKSS + SAARHLAARWAAKEAVIKAWSGSRFAQRPVLPEDIHRDIEVVTDMWGRPRVRLTGAIA + EYLADVTIHVSLTHEGDTAAAVAILEAP" + gene complement(2811331..2820540) + /gene="fas" + /locus_tag="BQ2027_MB2553C" + CDS complement(2811331..2820540) + /gene="fas" + /locus_tag="BQ2027_MB2553C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2553c, fas, len: 3069 aa. Equivalent to Rv2524c, + len: 3069 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 3069 aa overlap). Probable fas, + Fatty Acid Synthase (EC 2.3.1.-), equivalent to + Q9X7E2|FAS|ML1191 PUTATIVE TYPE I FATTY ACID SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (3076 aa), FASTA scores: opt: 17484, + E(): 0, (85.8% identity in 3081 aa overlap). Also similar + to others e.g. Q04846|FAS|Q59497 from Corynebacterium + ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) (3104 aa), + FASTA scores: opt: 3981, E(): 5.5e-203, (49.8% identity in + 3099 aa overlap); Q48926|FAS from Mycobacterium bovis + (2796 aa), FASTA scores: opt: 2098, E(): 3.9e-103, (59.7% + identity in 2862 aa overlap) (see first citation below); + P34731|FAS1_CANAL FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA from + Candida albicans (Yeast) (2037 aa), FASTA scores: opt: + 955, E(): 1.3e-42, (27.4% identity in 1926 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site. + Protein product from Mb2553c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2553c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY ACID SYNTHASE FAS (FATTY ACID + SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU01169.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F3" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR002539" + /db_xref="InterPro:IPR003965" + /db_xref="InterPro:IPR013565" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F3" + /translation="MTIHEHDRVSADRGGDSPHTTHALVDRLMAGEPYAVAFGGQGSA + WLETLEELVSATGIETELATLVGEAELLLDPVTDELIVVRPIGFEPLQWVRALAAEDP + VPSDKHLTSAAVSVPGVLLTQIAATRALARQGMDLVATPPVAMAGHSQGVLAVEALKA + GGARDVELFALAQLIGAAGTLVARRRGISVLGDRPPMVSVTNADPERIGRLLDEFAQD + VRTVLPPVLSIRNGRRAVVITGTPEQLSRFELYCRQISEKEEADRKNKVRGGDVFSPV + FEPVQVEVGFHTPRLSDGIDIVAGWAEKAGLDVALARELADAILIRKVDWVDEITRVH + AAGARWILDLGPGDILTRLTAPVIRGLGIGIVPAATRGGQRNLFTVGATPEVARAWSS + YAPTVVRLPDGRVKLSTKFTRLTGRSPILLAGMTPTTVDAKIVAAAANAGHWAELAGG + GQVTEEIFGNRIEQMAGLLEPGRTYQFNALFLDPYLWKLQVGGKRLVQKARQSGAAID + GVVISAGIPDLDEAVELIDELGDIGISHVVFKPGTIEQIRSVIRIATEVPTKPVIMHV + EGGRAGGHHSWEDLDDLLLATYSELRSRANITVCVGGGIGTPRRAAEYLSGRWAQAYG + FPLMPIDGILVGTAAMATKESTTSPSVKRMLVDTQGTDQWISAGKAQGGMASSRSQLG + ADIHEIDNSASRCGRLLDEVAGDAEAVAERRDEIIAAMAKTAKPYFGDVADMTYLQWL + RRYVELAIGEGNSTADTASVGSPWLADTWRDRFEQMLQRAEARLHPQDFGPIQTLFTD + AGLLDNPQQAIAALLARYPDAETVQLHPADVPFFVTLCKTLGKPVNFVPVIDQDVRRW + WRSDSLWQAHDARYDADAVCIIPGTASVAGITRMDEPVGELLDRFEQAAIDEVLGAGV + EPKDVASRRLGRADVAGPLAVVLDAPDVRWAGRTVTNPVHRIADPAEWQVHDGPENPR + ATHSSTGARLQTHGDDVALSVPVSGTWVDIRFTLPANTVDGGTPVIATEDATSAMRTV + LAIAAGVDSPEFLPAVANGTATLTVDWHPERVADHTGVTATFGEPLAPSLTNVPDALV + GPCWPAVFAAIGSAVTDTGEPVVEGLLSLVHLDHAARVVGQLPTVPAQLTVTATAANA + TDTDMGRVVPVSVVVTGADGAVIATLEERFAILGRTGSAELADPARAGGAVSANATDT + PRRRRRDVTITAPVDMRPFAVVSGDHNPIHTDRAAALLAGLESPIVHGMWLSAAAQHA + VTATDGQARPPARLVGWTARFLGMVRPGDEVDFRVERVGIDQGAEIVDVAARVGSDLV + MSASARLAAPKTVYAFPGQGIQHKGMGMEVRARSKAARKVWDTADKFTRDTLGFSVLH + VVRDNPTSIIASGVHYHHPDGVLYLTQFTQVAMATVAAAQVAEMREQGAFVEGAIACG + HSVGEYTALACVTGIYQLEALLEMVFHRGSKMHDIVPRDELGRSNYRLAAIRPSQIDL + DDADVPAFVAGIAESTGEFLEIVNFNLRGSQYAIAGTVRGLEALEAEVERRRELTGGR + RSFILVPGIDVPFHSRVLRVGVAEFRRSLDRVMPRDADPDLIIGRYIPNLVPRLFTLD + RDFIQEIRDLVPAEPLDEILADYDTWLRERPREMARTVFIELLAWQFASPVRWIETQD + LLFIEEAAGGLGVERFVEIGVKSSPTVAGLATNTLKLPEYAHSTVEVLNAERDAAVLF + ATDTDPEPEPEEDEPVAESPAPDVVSEAAPVAPAASSAGPRPDDLVFDAADATLALIA + LSAKMRIDQIEELDSIESITDGASSRRNQLLVDLGSELNLGAIDGAAESDLAGLRSQV + TKLARTYKPYGPVLSDAINDQLRTVLGPSGKRPGAIAERVKKTWELGEGWAKHVTVEV + ALGTREGSSVRGGAMGHLHEGALADAASVDKVIDAAVASVAARQGVSVALPSAGSGGG + ATIDAAALSEFTDQITGREGVLASAARLVLGQLGLDDPVNALPAAPDSELIDLVTAEL + GADWPRLVAPVFDPKKAVVFDDRWASAREDLVKLWLTDEGDIDADWPRLAERFEGAGH + VVATQATWWQGKSLAAGRQIHASLYGRIAAGAENPEPGRYGGEVAVVTGASKGSIAAS + VVARLLDGGATVIATTSKLDEERLAFYRTLYRDHARYGAALWLVAANMASYSDVDALV + EWIGTEQTESLGPQSIHIKDAQTPTLLFPFAAPRVVGDLSEAGSRAEMEMKVLLWAVQ + RLIGGLSTIGAERDIASRLHVVLPGSPNRGMFGGDGAYGEAKSALDAVVSRWHAESSW + AARVSLAHALIGWTRGTGLMGHNDAIVAAVEEAGVTTYSTDEMAALLLDLCDAESKVA + AARSPIKADLTGGLAEANLDMAELAAKAREQMSAAAAVDEDAEAPGAIAALPSPPRGF + TPAPPPQWDDLDVDPADLVVIVGGAEIGPYGSSRTRFEMEVENELSAAGVLELAWTTG + LIRWEDDPQPGWYDTESGEMVDESELVQRYHDAVVQRVGIREFVDDGAIDPDHASPLL + VSVFLEKDFAFVVSSEADARAFVEFDPEHTVIRPVPDSTDWQVIRKAGTEIRVPRKTK + LSRVVGGQIPTGFDPTVWGISADMAGSIDRLAVWNMVATVDAFLSSGFSPAEVMRYVH + PSLVANTQGTGMGGGTSMQTMYHGNLLGRNKPNDIFQEVLPNIIAAHVVQSYVGSYGA + MIHPVAACATAAVSVEEGVDKIRLGKAQLVVAGGLDDLTLEGIIGFGDMAATADTSMM + RGRGIHDSKFSRPNDRRRLGFVEAQGGGTILLARGDLALRMGLPVLAVVAFAQSFGDG + VHTSIPAPGLGALGAGRGGKDSPLARALAKLGVAADDVAVISKHDTSTLANDPNETEL + HERLADALGRSEGAPLFVVSQKSLTGHAKGGAAVFQMMGLCQILRDGVIPPNRSLDCV + DDELAGSAHFVWVRDTLRLGGKFPLKAGMLTSLGFGHVSGLVALVHPQAFIASLDPAQ + RADYQRRADARLLAGQRRLASAIAGGAPMYQRPGDRRFDHHAPERPQEASMLLNPAAR + LGDGEAYIG" + gene complement(2821060..2821782) + /locus_tag="BQ2027_MB2554C" + CDS complement(2821060..2821782) + /locus_tag="BQ2027_MB2554C" + /note="Mb2554c, -, len: 240 aa. Equivalent to Rv2525c, + len: 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 240 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q9X7E1|ML1190|MLCB458.05 HYPOTHETICAL 25.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (239 aa), FASTA scores: opt: + 1358, E(): 1e-75, (82.15% identity in 241 aa overlap). + Protein product from Mb2554c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2554c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative secreted protein" + /protein_id="SIU01170.1" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR015020" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="InterPro:IPR019546" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G1" + /translation="MSVSRRDVLKFAAATPGVLGLGVVASSLRAAPASAGSLGTLLDY + AAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQY + GKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYL + RSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEIDK + RKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA" + gene 2822299..2822526 + /gene="vapb17" + /locus_tag="BQ2027_MB2555" + CDS 2822299..2822526 + /gene="vapb17" + /locus_tag="BQ2027_MB2555" + /note="Mb2555, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv2526, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2555 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2555 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb17" + /protein_id="SIU01171.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G3" + /translation="MTVKRTTIELDEDLVRAAQAVTGETLRATVERALQQLVAAAAEQ + AAARRRRIVDHLAHAGTHVDADVLLSEQAWR" + gene 2822523..2822924 + /gene="vapc17" + /locus_tag="BQ2027_MB2556" + CDS 2822523..2822924 + /gene="vapc17" + /locus_tag="BQ2027_MB2556" + /note="Mb2556, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv2527, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity to hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. P95007|MTCY159.10c|Rv2546 + (137 aa), FASTA scores: opt: 206, E(): 1.4e-07, (38.0% + identity in 100 aa overlap); O33299|MTV002.22c|Rv2757c + (138 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): 3.1e-07, (35.7% + identity in 126 aa overlap); and + P96411|MTCY08D5.24c|Rv0229c (226 aa), FASTA scores: opt: + 153, E(): 0.0011, (32.8% identity in 128 aa overlap). + Protein product from Mb2556 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2556 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc17" + /protein_id="SIU01172.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1G9" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G9" + /translation="MTTWILDKSAHVRLVAGATPPAGIDLTDLAICDIGELEWLYSAR + SATDYDSQQTSLRAYQILRAPSDIFDRVRHLQRDLAHHRGMWHRTPLPDLFIAETALH + HRAGVLHHDRDYKRIAVVRPGFQACELSRGR" + gene complement(2822959..2823879) + /gene="mrr" + /locus_tag="BQ2027_MB2557C" + CDS complement(2822959..2823879) + /gene="mrr" + /locus_tag="BQ2027_MB2557C" + /note="Mb2557c, mrr, len: 306 aa. Equivalent to Rv2528c, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 306 aa overlap). Probable mrr, + restriction system protein, similar to other mrr proteins + e.g. Q9RWS8|DR0587|MRR from Deinococcus radiodurans (306 + aa), FASTA scores: opt: 776, E(): 4.2e-40, (40.45% + identity in 309 aa overlap); P24202|MRR_ECOLI|B4351 from + Escherichia coli strain K12 (304 aa), FASTA scores: opt: + 647, E(): 2.9e-32, (35.25% identity in 309 aa overlap); + Q9RX07|DR0508 from Deinococcus radiodurans (336 aa), FASTA + scores: opt: 456, E(): 1.3e-20, (37.3% identity in 319 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2557c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESTRICTION SYSTEM PROTEIN MRR" + /protein_id="SIU01173.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1G5" + /db_xref="InterPro:IPR007560" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR025745" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1G5" + /translation="MTIPDAQTLMRPILAYLADGQAKSAKDVIAAMSDEFGLSDDERA + QMLPSGRQRTMYDRVHWSLTHMSQAGLLDRPTRGHVQVTDTGRQVLKAHPERVDMAVL + REFPSYIAFRERTKAKQPVDATAKRPSGDDVQVSPEDLIDAALAENRAAVEGEILKKA + LTLSPTGFEDLVIRLLEAMGYGRAGAVERTSASGDAGIDGIISQDPLGLDRIYVQAKR + YAVDQTIGRPKIHEFAGALLGKQGDRGVYITTSSFSRGARQEAERINARIELIDGARL + AELLVRYRVGVQAVQTVELLRLDEDFFDGL" + gene 2824083..2825474 + /locus_tag="BQ2027_MB2558" + CDS 2824083..2825474 + /locus_tag="BQ2027_MB2558" + /note="Mb2558, -, len: 463 aa. Equivalent to Rv2529, len: + 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 463 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Note that C-terminal part is similar to short + region of Q53609|MTS1_STRAL|SALIM MODIFICATION METHYLASE + SALI from Streptomyces albus G (587 aa), FASTA scores: + opt: 170, E(): 0.016, (59.45% identity in 37 aa overlap). + Protein product from Mb2558 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ERCC4-type nuclease" + /protein_id="SIU01174.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1F9" + /db_xref="InterPro:IPR006166" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR024412" + /db_xref="InterPro:IPR042254" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1F9" + /translation="MHLAHRVASSRDTPSSSATPNAVSGSASNAADRPCLVRPPTAPP + WAHGPRLRRDPTGGGSTPSIVLSRSTDRSKDGHRIVPAGARKSGVRASTERLPSTRKT + TRSPDCRPSASRTAFGTVTCPFDVTMGSSECLLHRCRTPPVPSHSVELLVAANPAEDS + RLPYLIRLPVGAGLVFATSDVWPRTKALYCHRLDIADWPADPVVVDRVELRSCSRRGA + AIDVVAARARENRSQLVHTMARGRQVVFWQSPKTRKQSRPGVRTPTARAAGIPELHIV + VDAHERYPYTFADKPAKTTREALPCGDYGLKVAGQLVAAVERKALADLTSGVLNGNLK + YQLTELAALPRAAVVVEDRYSEIFAHSFARPTAIADGLAELQIGFPNVPIVFCQTRKL + AQEYTYRYLAAALTWFVDDADATTVFEPAAAEPEPSSAELRAWAKSVGLPVSDRGRLR + PQILQAWRAAHPR" + gene complement(2825475..2825894) + /gene="vapc39" + /locus_tag="BQ2027_MB2559C" + CDS complement(2825475..2825894) + /gene="vapc39" + /locus_tag="BQ2027_MB2559C" + /note="Mb2559c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv2530c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to two HYPOTHETICAL + PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv + and CDC1551): O53219|Rv2494|MTV008.50 (141 aa), FASTA + scores: opt: 380, E(): 3.6e-19, (48.0% identity in 125 aa + overlap); and O53372|Rv3320c|MTV016.20c (142 aa), FASTA + scores: opt: 286, E(): 9.3e-13, (41.35% identity in 133 aa + overlap); and similar to others e.g. + O07760|Rv0617|MTCY19H5.04c (133 aa), FASTA scores: opt: + 158, E(): 0.00048, (39.55% identity in 129 aa overlap). + Also some similarity with CAC48798|SMB20412 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymB (54 aa), FASTA + scores: opt: 184, E(): 3.7e-06, (53.85% identity in 52 aa + overlap); and CAC48797|SMB20411 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + plasmid pSymB (82 aa), FASTA scores: opt: 170, E(): + 4.8e-05, (44.45% identity in 63 aa overlap). Protein + product from Mb2559c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2559c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc39. contains pin domain." + /protein_id="SIU01175.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K9" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K9" + /translation="MTALLDVNVLIALGWPNHVHHAAAQRWFTQFSSNGWATTPITEA + GYVRISSNRSVMQVSTTPAIAIAQLAAMTSLAGHTFWPDDVPLIVGSAGDRDAVSNHR + RVTDCHLIALAARYGGRLVTFDAALADSASAGLVEVL" + gene complement(2825891..2826115) + /gene="vapb39" + /locus_tag="BQ2027_MB2559AC" + CDS complement(2825891..2826115) + /gene="vapb39" + /locus_tag="BQ2027_MB2559AC" + /note="Mb2559Ac, -, len: 74 aa. Equivalent to Rv2530A, + len: 74 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 74 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9CCR7|ML0525 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (58 aa), FASTA scores: opt: 179, + E(): 1.8e-06, (63.65% identity in 44 aa overlap). Highly + similar to O53218|Rv2493 from Mycobacterium tuberculosis + (73 aa), FASTA scores: opt: 240, E(): 5.7e-11, (56.75% + identity in 74 aa overlap); and Q92WE1|RB0399|SMB20413 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti)p lasmid pSymB (megaplasmid 2) (75 + aa), FASTA scores: opt: 226, E(): 6.5e-10, (56.00% + identity in 75 aa overlap). Protein product from Mb2559Ac + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2559Ac found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb39" + /protein_id="SIU01176.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A5" + /translation="MRTTLQIDDDVLEDARSIARSEGKSVGAVISELARRSLRPVGIV + EVDGFPVFDVPPDAPTVTSEDVVRALEDDV" + gene complement(2826146..2828989) + /locus_tag="BQ2027_MB2560C" + CDS complement(2826146..2828989) + /locus_tag="BQ2027_MB2560C" + /note="Mb2560c, -, len: 947 aa. Equivalent to Rv2531c, + len: 947 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 947 aa overlap). Probable amino acid + decarboxylase (EC 4.1.1.-), equivalent to + Q9CCR8|ADI|ML0524 PUTATIVE AMINO ACID DECARBOXYLASE from + Mycobacterium leprae (950 aa), FASTA scores: opt: 5426, + E(): 0, (86.45% identity in 951 aa overlap). Also similar + to other amino acid decarboxylases (but longer in + N-terminus) e.g. Q9I2S7|PA1818 PROBABLE ORN/ARG/LYS AMINO + ACID DECARBOXYLASE from Pseudomonas aeruginosa (751 aa), + FASTA scores: opt: 434, E(): 2.5e-19, (29.15% identity in + 738 aa overlap); Q9CML3|SPEF|PM0806 ORNITHINE + DECARBOXYLASE from Pasteurella multocida (720 aa), FASTA + scores: opt: 402, E(): 2.4e-17, (24.85% identity in 752 aa + overlap); + P21169|DCOR_ECOLI|SPEC|B2965|BAB37264|ECS3841|AAG58096 + ORNITHINE DECARBOXYLASE ISOZYME (CONSTITUTIVE ENZYME) from + Escherichia coli strain K12 (711 aa), FASTA scores: opt: + 396, E(): 5.6e-17, (28.0% identity in 646 aa overlap); + P44317|DCOR_HAEIN|SPEF|HI0591 ORNITHINE DECARBOXYLASE from + Haemophilus influenzae (720 aa), FASTA scores: opt: 393, + E(): 8.8e-17, (25.05% identity in 743 aa overlap); etc. + SEEMS TO BELONG TO FAMILY 1 OF ORNITHINE, LYSINE, AND + ARGININE DECARBOXYLASES. Note that previously known as + adi. Protein product from Mb2560c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2560c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINO ACID DECARBOXYLASE" + /protein_id="SIU01177.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Q3" + /db_xref="InterPro:IPR000310" + /db_xref="InterPro:IPR008286" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR036633" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q3" + /translation="MNPNSVRPRRLHVSALAAVANPSYTRLDTWNLLDDACRHLAEVD + LAGLDTTHDVARAKRLMDRIGAYERYWLYPGAQNLATFRAHLDSHSTVRLTEEVSLAV + RLLSEYGDRTALFDTSASLAEQELVAQAKQQQFYTVLLADDSPATAPDSLAECLRQLR + NPADEVQFELLVVASIEDAITAVALNGEIQAAIIRHDLPLRSRDRVPLMTTLLGTDGD + EAVANETHDWVECAEWIRELRPHIDLYLLTDESIAAETQDEPDVYDRTFYRLNDVTDL + HSTVLAGLRNRYATPFFDALRAYAAAPVGQFHALPVARGASIFNSKSLHDMGEFYGRN + IFMAETSTTSGGLDSLLDPHGNIKTAMDKAAVTWNANQTYFVTNGTSTANKIVVQALT + RPGDIVLIDRNCHKSHHYGLVLAGAYPMYLDAYPLPQYAIYGAVPLRTIKQALLDLEA + AGQLHRVRMLLLTNCTFDGVVYNPRRVMEEVLAIKPDICFLWDEAWYAFATAVPWARQ + RTAMIAAERLEQMLSTAEYAEEYRNWCASMDGVDRSEWVDHRLLPDPNRARVRVYATH + STHKSLSALRQASMIHVRDQDFKALTRDAFGEAFLTHTSTSPNQQLLASLDLARRQVD + IEGFELVRHVYNMALVFRHRVRKDRLISKWFRILDESDLVPDAFRSSTVSSYRQVRQG + ALADWNEAWRSDQFVLDPTRLTLFIGATGMNGYDFREKILMERFGIQINKTSINSVLL + IFTIGVTWSSVHYLLDVLRRVAIDLDRSQKAASGADLALHRRHVEEITQDLPHLPDFS + EFDLAFRPDDASSFGDMRSAFYAGYEEADREYVQIGLAGRRLAEGKTLVSTTFVVPYP + PGFPVLVPGQLVSKEIIYFLAQLDVKEIHGYNPDLGLSVFTQAALARMEAARNAVATV + GAALPAFEVPRDASALNGTVNGDSVLQGVAEDA" + gene complement(2829061..2829462) + /locus_tag="BQ2027_MB2561C" + CDS complement(2829061..2829462) + /locus_tag="BQ2027_MB2561C" + /note="Mb2561c, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv2532c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK46918 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but shorter 157 aa. Protein + product from Mb2561c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2561c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcription termination factor" + /protein_id="SIU01178.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1W4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W4" + /translation="MTRLELRVVVAAVLAATVVLGAVVCAAYGLTIVASAMSIYALGV + GAWLYHAIERLILARRISTVRTAAKPLQPLLPVMAAIMGLTQAVVRSLGDVTDLPARR + RELSQLPVLRWVDNSGNRANRRIADSDDLAD" + gene complement(2829462..2829932) + /gene="nusB" + /locus_tag="BQ2027_MB2562C" + CDS complement(2829462..2829932) + /gene="nusB" + /locus_tag="BQ2027_MB2562C" + /note="Mb2562c, nusB, len: 156 aa. Equivalent to Rv2533c, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 156 aa overlap). nusB, N utilization + substance protein (see citation below), equivalent to + Q9CCR9|NUSB_MYCLE|ML0523 N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN B + from Mycobacterium leprae (190 aa), FASTA scores: opt: + 749, E(): 2.6e-41, (75.7% identity in 148 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. Q9KXR0|SC9C5.14 from + Streptomyces coelicolor (142 aa), FASTA scores: opt: 358, + E(): 2.7e-16, (45.0% identity in 140 aa overlap); + P54520|NUSB_BACSU from Bacillus subtilis (131 aa), FASTA + scores: opt: 315, E(): 1.5e-13, (39.55% identity in 129 aa + overlap); O83979|NUSB_TREPA|TP1015 from Treponema pallidum + (141 aa), FASTA scores: opt: 268, E(): 1.6e-10, (36.95% + identity in 138 aa overlap); etc. BELONGS TO THE NUSB + FAMILY. Protein product from Mb2562c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2562c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN NUSB (NUSB + PROTEIN)" + /protein_id="SIU01179.1" + /db_xref="GOA:Q7TYC8" + /db_xref="InterPro:IPR006027" + /db_xref="InterPro:IPR011605" + /db_xref="InterPro:IPR035926" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYC8" + /translation="MSDRKPVRGRHQARKRAVDLLFEAEVRGISAAEVVDTRAALAEA + KPDIARLHPYTAAVARGVSEHAAHIDDLITAHLRGWTLDRLPAVDRAILRVSVWELLH + AADVPEPVVVDEAVQLAKELSTDDSPGFVNGVLGQVMLVTPQLRAAAQAVRGGA" + gene complement(2829935..2830498) + /gene="efp" + /locus_tag="BQ2027_MB2563C" + CDS complement(2829935..2830498) + /gene="efp" + /locus_tag="BQ2027_MB2563C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2563c, efp, len: 187 aa. Equivalent to Rv2534c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 187 aa overlap). Probable efp, + elongation factor P, equivalent to Q9CCS0|EFP|ML0522 + ELONGATION FACTOR P from Mycobacterium leprae (187 aa), + FASTA scores: opt: 1158, E(): 2.1e-67, (94.1% identity in + 186 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q45288|EFP_CORGL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (187 aa), FASTA scores: opt: 843, + E(): 3.4e-47, (69.5% identity in 187 aa overlap); + Q9KXQ9|EFP from Streptomyces coelicolor (188 aa), FASTA + scores: opt: 833, E(): 1.5e-46, (67.0% identity in 188 aa + overlap); P49778|EFP_BACSU from Bacillus subtilis (185 + aa), FASTA scores: opt: 607, E(): 4.6e-32, (47.8% identity + in 182 aa overlap); P33398|EFP_ECOLI|B4147 from + Escherichia coli strain K12 (187 aa), FASTA scores: opt: + 503, E(): 1.8e-27, (42.3% identity in 182 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE ELONGATION FACTOR P FAMILY. Protein + product from Mb2563c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2563c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELONGATION FACTOR P EFP" + /protein_id="SIU01180.1" + /db_xref="GOA:P64035" + /db_xref="InterPro:IPR001059" + /db_xref="InterPro:IPR008991" + /db_xref="InterPro:IPR011768" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR013185" + /db_xref="InterPro:IPR013852" + /db_xref="InterPro:IPR014722" + /db_xref="InterPro:IPR015365" + /db_xref="InterPro:IPR020599" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64035" + /translation="MATTADFKNGLVLVIDGQLWTITEFQHVKPGKGPAFVRTKLKNV + LSGKVVDKTFNAGVKVDTATVDRRDTTYLYRDGSDFVFMDSQDYEQHPLPEALVGDAA + RFLLEGMPVQVAFHNGVPLYIELPVTVELEVTHTEPGLQGDRSSAGTKPATLQTGAQI + NVPLFINTGDKLKVDSRDGSYLGRVNA" + gene complement(2830508..2831626) + /gene="pepQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2564C" + CDS complement(2830508..2831626) + /gene="pepQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2564C" + /note="Mb2564c, pepQ, len: 372 aa. Equivalent to Rv2535c, + len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 372 aa overlap). Probable pepQ, + cytoplasmic peptidase (EC 3.4.-.-), equivalent to + Q9CCS1|PEPQ|ML0521 PUTATIVE CYTOPLASMIC PEPTIDASE from + Mycobacterium leprae (376 aa), FASTA scores: opt: 1954, + E(): 1.1e-105, (82.7% identity in 376 aa overlap). Also + similar to other peptidases e.g. P54518|YQHT_BACSU + PUTATIVE PEPTIDASE (BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M24B) from + Bacillus subtilis (353 aa), FASTA scores: opt: 808, E(): + 1.6e-39, (39.65% identity in 368 aa overlap); + Q9KXQ8|SC9C5.16c PUTATIVE PEPTIDASE from Streptomyces + coelicolor (368 aa), FASTA scores: opt: 803, E(): 3.2e-39, + (43.15% identity in 380 aa overlap); Q9K950|BH2800 XAA-PRO + DIPEPTIDASE from Bacillus halodurans (355 aa), FASTA + scores: opt: 801, E(): 4.1e-39, (39.45% identity in 365 aa + overlap); etc. Note that second part of protein is similar + to second part of MTCY49.29c|Rv2089c|MT2150|MTCY49.29c + PROBABLE DIPEPTIDASE (EC 3.4.13.-; BELONGS TO PEPTIDASE + FAMILY M24B) from Mycobacterium tuberculosis (375 aa) + (33.9% identity in 354 aa overlap) BLAST RESULTS: Score: + 142 bits (359), E: 4e-33, Identities: 86/224 (38%), + Positives: 119/224 (52%), Gaps: 4/224 (1%). COULD BE + BELONG TO PEPTIDASE FAMILY M24B. Protein product from + Mb2564c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2564c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cytoplasmic peptidase pepq" + /protein_id="SIU01181.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1H0" + /db_xref="InterPro:IPR000587" + /db_xref="InterPro:IPR000994" + /db_xref="InterPro:IPR001131" + /db_xref="InterPro:IPR001714" + /db_xref="InterPro:IPR029149" + /db_xref="InterPro:IPR036005" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H0" + /translation="MTHSQRRDKLKAQIAASGLDAMLISDLINVRYLSGFSGSNGALL + VFADERDAVLATDGRYRTQAASQAPDLEVAIERAVGRYLAGRAGEAGVGKLGFESHVV + TVDGLDALAGALEGKNTELVRASGTVESLREVKDAGELALLRLACEAADAALTDLVAR + GGLRPGRTERQVSRELEALMLDHGADAVSFETIVAAGANSAIPHHRPTDAVLQVGDFV + KIDFGALVAGYHSDMTRTFVLGKAADWQLEIYQLVAEAQQAGRQALLPGAELRGVDAA + ARQLIADAGYGEHFGHGLGHGVGLQIHEAPGIGVTSAGTLLAGSVVTVEPGVYLPGRG + GVRIEDTLVVAGGTPKMPETAGQTPELLTRFPKELAIL" + gene 2831660..2832352 + /locus_tag="BQ2027_MB2565" + CDS 2831660..2832352 + /locus_tag="BQ2027_MB2565" + /note="Mb2565, -, len: 230 aa. Equivalent to Rv2536, len: + 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CCS2|ML0520 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (202 + aa), FASTA scores: opt: 812, E(): 2e-41, (63.2% identity + in 201 aa overlap). Also similar in part to + Q9HMD5|VNG2594c from Halobacterium sp. strain NRC-1 (117 + aa), FASTA scores: opt: 33.6, E(): 1.8, (33.6% identity in + 116 aa overlap); and perhaps AAK65752|SMA1996 PUTATIVE ABC + TRANSPORTER PERMEASE PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymA (323 aa), FASTA + scores: opt: 117, E(): 6.1, (30.6% identity in 121 aa + overlap). Protein product from Mb2565 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2565 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01182.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I2" + /translation="MTNWMLRGLAFAAAMVVLRLFQGALINAWQMLSGLISLVLLLLF + AIGGVVWGVMDGRADAKASPDPDRRQDLAMTWLLAGLVAGALSGAVAWLISLFYKAIY + TGGPINELTTFAAFTALIVFLVGIVGVAVGRWLVDRQLAKAPVRHHGLAAEHERAADT + DVFSAVRADDSPTGEMQVAQPEAQTAAVATVEREAPTEVIRTTESDTPTEVIRTDTEA + DQTKPGDEPKKD" + gene complement(2832356..2832799) + /gene="aroD" + /locus_tag="BQ2027_MB2566C" + CDS complement(2832356..2832799) + /gene="aroD" + /locus_tag="BQ2027_MB2566C" + /note="Mb2566c, aroD, len: 147 aa. Equivalent to Rv2537c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). aroD (alternate gene + name: aroQ), 3-dehydroquinate dehydratase (EC 4.2.1.10) + (see citation below), equivalent to Q9CCS3|AROD|ML0519 + 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE from Mycobacterium leprae + (145 aa), FASTA scores: opt: 803, E(): 3.4e-46, (85.9% + identity in 142 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. P96750|AROQ_CORPS from Corynebacterium + pseudotuberculosis (146 aa), FASTA scores: opt: 559, E(): + 4.1e-30, (61.05% identity in 136 aa overlap); + Q9K949|BH2801 from Bacillus halodurans (145 aa), FASTA + scores: opt: 453, E(): 4e-23, (52.15% identity in 138 aa + overlap); P54517|AROQ_BACSU|YQHS from Bacillus subtilis + (148 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 7.1e-21, (45.3% + identity in 139 aa overlap); etc. Contains PS01029 + Dehydroquinase class II signature. BELONGS TO THE TYPE-II + 3-DEHYDROQUINASE FAMILY. Protein product from Mb2566c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2566c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-dehydroquinate dehydratase arod (aroq) + (3-dehydroquinase) (type ii dhqase)" + /protein_id="SIU01183.1" + /db_xref="GOA:P0A4Z7" + /db_xref="InterPro:IPR001874" + /db_xref="InterPro:IPR018509" + /db_xref="InterPro:IPR036441" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Z7" + /translation="MSELIVNVINGPNLGRLGRREPAVYGGTTHDELVALIEREAAEL + GLKAVVRQSDSEAQLLDWIHQAADAAEPVILNAGGLTHTSVALRDACAELSAPLIEVH + ISNVHAREEFRRHSYLSPIATGVIVGLGIQGYLLALRYLAEHVGT" + gene complement(2832796..2833884) + /gene="aroB" + /locus_tag="BQ2027_MB2567C" + CDS complement(2832796..2833884) + /gene="aroB" + /locus_tag="BQ2027_MB2567C" + /note="Mb2567c, aroB, len: 362 aa. Equivalent to Rv2538c, + len: 362 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 362 aa overlap). aroB, + 3-dehydroquinate synthase (EC 4.2.3.4) (see citation + below), equivalent to Q9CCS4|AROB_MYCLE|ML0518 + 3-DEHYDROQUINATE SYNTHASE from Mycobacterium leprae (361 + aa), FASTA scores: opt: 2059, E(): 3.3e-117, (87.25% + identity in 361 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9KXQ6|AROB from Streptomyces coelicolor (363 aa), + FASTA scores: opt: 1363, E(): 4e-75, (60.05% identity in + 358 aa overlap); Q9X5D2|AROB_CORGL from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (366 aa), FASTA scores: + opt: 1154, E(): 1.7e-62, (50.95% identity in 359 aa + overlap); P07639|AROB_ECOLI|B3389 from Escherichia coli + strain K12 (362 aa), FASTA scores: opt: 771, E(): 2.4e-39, + (40.6% identity in 345 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + DEHYDROQUINATE SYNTHASE FAMILY. Protein product from + Mb2567c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2567c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-DEHYDROQUINATE SYNTHASE AROB" + /protein_id="SIU01184.1" + /db_xref="GOA:P0A4Z5" + /db_xref="InterPro:IPR016037" + /db_xref="InterPro:IPR030960" + /db_xref="InterPro:IPR030963" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Z5" + /translation="MTDIGAPVTVQVAVDPPYPVVIGTGLLDELEDLLADRHKVAVVH + QPGLAETAEEIRKRLAGKGVDAHRIEIPDAEAGKDLPVVGFIWEVLGRIGIGRKDALV + SLGGGAATDVAGFAAATWLRGVSIVHLPTTLLGMVDAAVGGKTGINTDAGKNLVGAFH + QPLAVLVDLATLQTLPRDEMICGMAEVVKAGFIADPVILDLIEADPQAALDPAGDVLP + ELIRRAITVKAEVVAADEKESELREILNYGHTLGHAIERRERYRWRHGAAVSVGLVFA + AELARLAGRLDDATAQRHRTILSSLGLPVSYDPDALPQLLEIMAGDKKTRAGVLRFVV + LDGLAKPGRMVGPDPGLLVTAYAGVCAP" + gene complement(2833881..2834411) + /gene="aroK" + /locus_tag="BQ2027_MB2568C" + CDS complement(2833881..2834411) + /gene="aroK" + /locus_tag="BQ2027_MB2568C" + /note="Mb2568c, aroK, len: 176 aa. Equivalent to Rv2539c, + len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Probable aroK, + shikimate kinase (EC 2.7.1.71) (see citation below), + equivalent to Q9CCS5|AROK|ML0517 PUTATIVE SHIKIMATE KINASE + from Mycobacterium leprae (199 aa), FASTA scores: opt: + 852, E(): 1.3e-42, (79.65% identity in 167 aa overlap). + Also highly similar to many e.g. Q9X5D1|AROK_CORG from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (169 + aa), FASTA scores: opt: 478, E(): 5.4e-21, (47.0% identity + in 168 aa overlap); Q9KXQ5|AROK from Streptomyces + coelicolor (171 aa), FASTA scores: opt: 465, E(): 3.1e-20, + (49.1% identity in 167 aa overlap); P24167|AROK_ECOLI from + Escherichia coli strain K12 (172 aa), FASTA scores: opt: + 316, E(): 1.3e-11, (38.4% identity in 164 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, and + PS01128 Shikimate kinase signature. BELONGS TO THE + SHIKIMATE KINASE FAMILY. Protein product from Mb2568c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2568c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="shikimate kinase arok (sk)" + /protein_id="SIU01185.1" + /db_xref="GOA:P0A4Z3" + /db_xref="InterPro:IPR000623" + /db_xref="InterPro:IPR023000" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR031322" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Z3" + /translation="MAPKAVLVGLPGSGKSTIGRRLAKALGVGLLDTDVAIEQRTGRS + IADIFATDGEQEFRRIEEDVVRAALADHDGVLSLGGGAVTSPGVRAALAGHTVVYLEI + SAAEGVRRTGGNTVRPLLAGPDRAEKYRALMAKRAPLYRRVATMRVDTNRRNPGAVVR + HILSRLQVPSPSEAAT" + gene complement(2834415..2835620) + /gene="aroF" + /locus_tag="BQ2027_MB2569C" + CDS complement(2834415..2835620) + /gene="aroF" + /locus_tag="BQ2027_MB2569C" + /standard_name="aroC" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2569c, aroF, len: 401 aa. Equivalent to Rv2540c, + len: 401 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 401 aa overlap). Probable aroF + (alternate gene name: aroC), chorismate synthase (EC + 4.2.3.5), equivalent to Q9CCS6|AROF|ML0516 PUTATIVE + CHORISMATE SYNTHASE from Mycobacterium leprae (407 aa), + FASTA scores: opt: 2278, E(): 6.2e-123, (88.05% identity + in 401 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9X5D0|AROC_CORGL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (410 aa), FASTA scores: opt: 1811, + E(): 3e-96, (70.3% identity in 397 aa overlap); + Q9KXQ4|AROC_STRCO|AROF|SC9C5.20c from Streptomyces + coelicolor (394 aa), FASTA scores: opt: 1710, E(): + 1.7e-90, (67.0% identity in 385 aa overlap); + Q9KCB7|AROC_BACHD|AROF|BH1656 from Bacillus halodurans + (390 aa), FASTA scores: opt: 1196, E(): 3.9e-61, (48.7% + identity in 386 aa overlap); etc. Contains PS00788 + Chorismate synthase signature 2. BELONGS TO THE CHORISMATE + SYNTHASE FAMILY. COFACTOR: REDUCED FLAVIN. Protein product + from Mb2569c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2569c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHORISMATE SYNTHASE AROF + (5-ENOLPYRUVYLSHIKIMATE-3-PHOSPHATE PHOSPHOLYASE)" + /protein_id="SIU01186.1" + /db_xref="GOA:P63612" + /db_xref="InterPro:IPR000453" + /db_xref="InterPro:IPR020541" + /db_xref="InterPro:IPR035904" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63612" + /translation="MLRWITAGESHGRALVAVVEGMVAGVHVTSADIADQLARRRLGY + GRGARMTFERDAVTVLSGIRHGSTLGGPIAIEIGNTEWPKWETVMAADPVDPAELADV + ARNAPLTRPRPGHADYAGMLKYGFDDARPVLERASARETAARVAAGTVARAFLRQALG + VEVLSHVISIGASAPYEGPPPRAEDLPAIDASPVRAYDKAAEADMIAQIEAAKKDGDT + LGGVVEAVALGLPVGLGSFTSGDHRLDSQLAAAVMGIQAIKGVEIGDGFQTARRRGSR + AHDEMYPGPDGVVRSTNRAGGLEGGMTNGQPLRVRAAMKPISTVPRALATVDLATGDE + AVAIHQRSDVCAVPAAGVVVETMVALVLARAALEKFGGDSLAETQRNIAAYQRSVADR + EAPAARVSG" + gene 2835635..2836042 + /locus_tag="BQ2027_MB2570" + CDS 2835635..2836042 + /locus_tag="BQ2027_MB2570" + /note="Mb2570, -, len: 135 aa. Equivalent to Rv2541, len: + 135 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 135 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein, equivalent to AAK46926|MT2615.1 + HYPOTHETICAL 38.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but AAK46926|MT2615.1 longer + at C-terminus. Questionable ORF. Some similarity with + Rv2077A from Mycobacterium tuberculosis (99 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01187.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R3" + /translation="MRRRRPPHVNAPTPCDRGDVRPPGCPASIPGVEVAGGTRARLRV + TADGLQALAGRCATLAGELSAAVAPSGAVLSWQANAVAVNAAHARAGAAAAAVSARMR + ATAAALGQAARRYAGQDTAAAAALGAVRPWGTH" + gene 2836338..2837549 + /locus_tag="BQ2027_MB2571" + CDS 2836338..2837549 + /locus_tag="BQ2027_MB2571" + /note="Mb2571, -, len: 403 aa. Equivalent to Rv2542, len: + 403 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 265 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to AAK46927|MT2616 HYPOTHETICAL + 28.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (265 aa), FASTA scores: opt: 1776, E(): 2.3e-94, + (99.25% identity in 265 aa overlap). And similar to + several hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis (strain H37Rv and CDC1551) e.g. + P71654|Rv2797c|MTCY16B7.46 (562 aa), FASTA scores: opt: + 537, E(): 2.6e-23, (40.75% identity in 292 aa overlap); + P71547|Y963_MYCTU|Rv0963c|MT0992|MTCY10D7.11 (266 aa), + FASTA scores: opt: 357, E(): 2.6e-13, (34.6% identity in + 234 aa overlap); + Q10685|YK77_MYCTU|Rv2077c|MT2137|MTCY49.16c (323 aa), + FASTA scores: opt: 261, E(): 9.5e-08, (32.7% identity in + 211 aa overlap); etc. Also similar to Q9RDQ9|SC4A7.03 + PUTATIVE SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (406 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): 7.3e-07, (30.35% + identity in 303 aa overlap). Mb2571 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative transmembrane protein" + /protein_id="SIU01188.1" + /db_xref="InterPro:IPR010427" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X4" + /translation="MLDAVSDARRDGFAVGEDYTVTDRSTGGSRQQRAARLGQAQGHA + DFIRHRVGALLATDRDIATRVSAATQGLDELAFEDVPGVDTPAEDGVQAVDFRQAPPP + GAPGGMSSGDIDAIDAANRALLQDMLAEYSRLPDGQVKTDRLADIAAIQEALRVPDSH + LIYVARPDDPADMIPAVTAVGDPFTADHVSVTVPGVSGTTRQTIATMTQEARGLREEA + RVIAHSVGESENVATIAWVGYQPPPVLASWNTVDDDLAQAGAPKLEAFLRDLQAGSHN + PGHTTALFGHSYGSLLSGIALKDGASSLVDNAVLYGSPGFDATSPAKLGMNDHNFFVM + TTPDDPIRYPARLAPLHGWGSDGADTIGTVGRQGTPARVGIRPQRDHRRIPGPLPLHP + SADRRGIHSAG" + gene 2837676..2838335 + /gene="lppA" + /locus_tag="BQ2027_MB2572" + CDS 2837676..2838335 + /gene="lppA" + /locus_tag="BQ2027_MB2572" + /note="Mb2572, lppA, len: 219 aa. Equivalent to Rv2543, + len: 219 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 219 aa overlap). Probable lppA, + conserved lipoprotein, highly similar to upstream orf + P95009|LPPB|Rv2544|MTCY159.12 PUTATIVE LIPOPROTEIN LPPB + from Mycobacterium tuberculosis (220 aa), FASTA scores: + opt: 1240, E(): 1.1e-73, (87.15% identity in 218 aa + overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA" + /protein_id="SIU01189.1" + /db_xref="InterPro:IPR032018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H8" + /translation="MIAPQPISRTLPRWQRIVALTMIGISTALIGGCTMDHNPDTSRR + LTGEQKIQLIDSMRNKGSYEAARERLTATARIIADRVSAAIPGQTWKFDDDPNIQQSD + RNGALCDKLTADIARRPIANSVMFGATFSAEDFKIAANIVREEAAKYGATTESSLFNE + SAKRDYDVQGNGYEFRLLQIKFATLNITGDCFLLQKVLDLPAGQLPPEPPIWPTTSTP + H" + gene 2838332..2838991 + /gene="lprR" + /locus_tag="BQ2027_MB2573" + CDS 2838332..2838991 + /gene="lprR" + /locus_tag="BQ2027_MB2573" + /note="Mb2573, lprR, len: 219 aa. Equivalent to MT2619, + len: 219 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551, (99.55% identity in 219 aa overlap). Also similar + to Rv2543 and Rv2544, len: 219 aa and 220 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (88.15% identity + in 219 aa overlap and 84.40% identity in 218 aa overlap). + See citation below. Rv2543: Probable lppA, conserved + lipoprotein, highly similar to upstream ORF + P95009|LPPB|Rv2544|MTCY159.12 PUTATIVE LIPOPROTEIN LPPB + from Mycobacterium tuberculosis (220 aa), FASTA scores: + opt: 1240, E(): 1.1e-73, (87.15% identity in 218 aa + overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Rv2544: Probable lppB, + conserved lipoprotein, highly similar to downstream ORF + P95010|MTCY159.13c|LPPA|Rv2543|MTCY159.13 PUTATIVE + LIPOPROTEIN LPPA from Mycobacterium tuberculosis (219 aa), + FASTA scores: opt: 1242, E(): 4.8e-72, (87.15% identity in + 218 aa overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + there is a 656 bp insertion relative to Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPRR" + /protein_id="SIU01190.1" + /db_xref="InterPro:IPR032018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I1" + /translation="MIAPQPIPRTLPRWQRIVALTMIGISTALIGGCTMDQSPDTSRR + LTDEQKIQLIDSMRNKGSYEAARERLTATARIIADRVSAAIPGQTWKFTEDPAGRKAD + REGLSCKELTGDIARRPIADAVIFGTAFSAEDFKVVTNIVREEAAKYGATTESSLFNE + SAKRDYDVQGNGYEFRLLQIKFATLNITGDCFLLQKVLDLPAGQLPPEPPIWPTTSTP + H" + gene 2838988..2839650 + /gene="lppB" + /locus_tag="BQ2027_MB2574" + CDS 2838988..2839650 + /gene="lppB" + /locus_tag="BQ2027_MB2574" + /note="Mb2574, lppB, len: 220 aa. Equivalent to Rv2544, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Probable lppB, + conserved lipoprotein, highly similar to downstream ORF + P95010|MTCY159.13c|LPPA|Rv2543|MTCY159.13 PUTATIVE + LIPOPROTEIN LPPA from Mycobacterium tuberculosis (219 aa), + FASTA scores: opt: 1242, E(): 4.8e-72, (87.15% identity in + 218 aa overlap). Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPB" + /protein_id="SIU01191.1" + /db_xref="InterPro:IPR032018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1H9" + /translation="MIAPQPIPRTLPRWQRIVALTMIGISTALIGGCTMGQNPDKSPH + LTGEQKIQLIDSMRHKGSYEAARERLTATAQIIADRVSAAIPGQTWKFNDDSYGQDFY + RNGSLCKELSADIARRPMAKPVDFGSTFSAEDFKIAANIVREEAAKYGVTTESSLFNE + SAKRDYDVQGNGYEFNLGQIKFATLNITGDCFLLQKVLDLPAGQLPPEPPIWPTTSTP + TP" + gene 2839647..2839925 + /gene="vapb18" + /locus_tag="BQ2027_MB2575" + CDS 2839647..2839925 + /gene="vapb18" + /locus_tag="BQ2027_MB2575" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2575, -, len: 92 aa. Equivalent to Rv2545, len: + 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 92 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. C-terminus highly similar to + O33300|Rv2758c|MTV002.23c PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (88 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): + 9.8e-05, (66.65% identity in 45 aa overlap); and + Q10771|Rv1560|MT1611|MTCY48.05 PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (72 aa), FASTA scores: opt: 84, E(): 8.2, + (46.5% identity in 43 aa overlap). Mb2575 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb18" + /protein_id="SIU01192.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J0" + /translation="MSTTIVAGVIQGHLPVILPTRRRARDLGHTTALFRAQTLQCIYL + SIEYLYVCSMSRRTTIDIDDILLARAQAALGTTGLKDRVDAALRAAVR" + gene 2840018..2840431 + /gene="vapc18" + /locus_tag="BQ2027_MB2576" + CDS 2840018..2840431 + /gene="vapc18" + /locus_tag="BQ2027_MB2576" + /note="Mb2576, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv2546, len: + 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to several + HYPOTHETICAL PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis + (strain H37Rv and CDC1551) e.g. + P96411|Rv0229c|MTCY08D5.24c (226 aa), FASTA scores: opt: + 272, E(): 1.3e-11, (39.7% identity in 136 aa overlap); + O33299|Rv2757c|MTV002.22c (138 aa), FASTA scores: opt: + 265, E(): 2.5e-11, (38.5% identity in 135 aa overlap); + P95026|Rv2527|MTCY159.29c (133 aa), FASTA scores: opt: + 206, E(): 2.6e-07, (38.0% identity in 100 aa overlap); + etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc18" + /protein_id="SIU01193.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I5" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I5" + /translation="MVFCVDTSAWHHAARPEVARRWLAALSADQIGICDHVRLEILYS + ANSATDYDALADELDGLARIPVGAETFTRACQVQRELAHVAGLHHRSVKIADLVIAAA + AELSGTIVWHYDENYDRVAAITGQPTEWIVPRGTL" + gene 2840470..2840727 + /gene="vapb19" + /locus_tag="BQ2027_MB2577" + CDS 2840470..2840727 + /gene="vapb19" + /locus_tag="BQ2027_MB2577" + /note="Mb2577, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv2547, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity to + P71666|YD98_MYCTU|Rv1398c|MT1442|MTCY21B4.15c HYPOTHETICAL + 9.4 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (85 aa), + FASTA scores: opt: 108, E(): 0.33, (37.1% identity in 62 + aa overlap); CAC45864|SMC01933 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + (71 aa), FASTA scores: opt: 105, E(): 0.46, (28.4% + identity in 74 aa overlap); Q97W38|SSO10342 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Sulfolobus solfataricus (58 aa), FASTA + scores: opt: 94, E(): 2.3, (46.95% identity in 49 aa + overlap). Mb2577 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb19" + /protein_id="SIU01194.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I0" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I0" + /translation="MRTQVTLGKEELELLDRAAKASGASRSELIRRAIHRAYGTGSKQ + ERLAALDHSRGSWRGRDFTGTEYVDAIRGDLNERLARLGLA" + gene 2840724..2841101 + /gene="vapc19" + /locus_tag="BQ2027_MB2578" + CDS 2840724..2841101 + /gene="vapc19" + /locus_tag="BQ2027_MB2578" + /note="Mb2578, -, len: 125 aa. Equivalent to Rv2548, len: + 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Some similarity to various proteins + e.g. P71665|Rv1397c|MTCY21B4.14c HYPOTHETICAL 15.0 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (133 aa), FASTA + scores: opt: 265, E(): 7.1e-12, (42.3% identity in 123 aa + overlap); Q97WY5|SSO1975 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Sulfolobus solfataricus (125 aa), FASTA scores: opt: 131, + E(): 0.018, (30.0% identity in 110 aa overlap); O52285|YLE + HYPOTHETICAL 14.9 KDA PROTEIN from Agrobacterium + radiobacter (133 aa), FASTA scores: opt: 128, E(): 0.03, + (32.8% identity in 125 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2578 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2578 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc19" + /protein_id="SIU01195.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3N1" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3N1" + /translation="MKLIDTTIAVDHLRGEPAAAVLLAELINNGEEIAASELVRFELL + AGVRESELAALEAFFSAVVWTLVTEDIARIGGRLARRYRSSHRGIDDVDYLIAATAIV + VDADLLTTNVRHFPMFPDLQPPY" + gene complement(2841117..2841491) + /locus_tag="BQ2027_MB2578A" + CDS complement(2841117..2841491) + /locus_tag="BQ2027_MB2578A" + /note="Mb2578A, len: 124 aa. Equivalent to Rv2548A len: + 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 124 aa overlap). Transferred manually + from H37Rv. Conserved protein. Protein product from + Mb2578A detected using SWATH mass spectrometry. Mb2578A + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU01196.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C5" + /translation="MLPENLEQRVTALESQVRELADRVRASEQDAAAARVLAGAADRD + VTEFVGEFRDFRRATIGSFNALREDFTALREEMTERFSHVEERFSRVDDGFTEMRGKL + DGAAAGQQRIVELIEQLIADQG" + gene complement(2841591..2841986) + /gene="vapc20" + /locus_tag="BQ2027_MB2579C" + CDS complement(2841591..2841986) + /gene="vapc20" + /locus_tag="BQ2027_MB2579C" + /note="Mb2579c, -, len:131 aa. Equivalent to Rv2549c, len: + 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + P73415|SLL1715 from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (157 + aa), FASTA scores: opt: 167, E(): 4.2e-05, (29.45% + identity in 129 aa overlap); Q9HHY6|VNG6166H from + Halobacterium sp. plasmid pNRC200 strain NRC-1 (144 aa), + FASTA scores: opt: 133, E(): 0.011, (29.6% identity in 125 + aa overlap); and Q9HSU3|VNG0072H from Halobacterium sp. + strain NRC-1 (144 aa), FASTA scores: opt: 113, E(): 0.29, + (25.75% identity in 136 aa overlap). Mb2579c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc20" + /protein_id="SIU01197.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1S7" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="InterPro:IPR039018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1S7" + /translation="MIFVDTSFWAALGNAGDARHGTAKRLWASKPPVVMTSNHVLGET + WTLLNRRCGHRAAVAAAAIRLSTVVRVEHVTADLEEQAWEWLVRHDEREYSFVDATSF + AVMRKKGIQNAYAFDGDFSAAGFVEVRPE" + gene complement(2841983..2842228) + /gene="vapb20" + /locus_tag="BQ2027_MB2580C" + CDS complement(2841983..2842228) + /gene="vapb20" + /locus_tag="BQ2027_MB2580C" + /note="Mb2580c, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv2550c, len: + 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2580c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb20" + /protein_id="SIU01198.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Y4" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y4" + /translation="MLVAYICHVKRLQIYIDEDVDRALAVEARRRRTSKAALIREYVA + EHLRQPGPDPVDAFVGSFVGEADLSASVDDVVYGKHE" + gene complement(2842639..2843058) + /locus_tag="BQ2027_MB2581C" + CDS complement(2842639..2843058) + /locus_tag="BQ2027_MB2581C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2581c, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv2551c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to the second part of + Q9XAP1|SC10A7.34c PUTATIVE TYPE IV PEPTIDASE from + Streptomyces coelicolor (259 aa), FASTA scores: opt: 243, + E(): 7.4e-08, (40.95% identity in 144 aa overlap). Also + some similarity with other proteins e.g. AAK58497|GSPO + GSPO PROTEIN from Acetobacter diazotrophicus (261 aa), + FASTA scores: opt: 152, E(): 0.025, (33.35% identity in + 135 aa overlap). Mb2581c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable type IV peptidase" + /protein_id="SIU01199.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I8" + /db_xref="InterPro:IPR000045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I8" + /translation="MLAAAVLAWMGVLCVCDVRQRRLPNWLTLPGAGVILLFAGLAGR + GVPALAGAAALAGVYLLVHLALPAAMGAGDVKLAIGLGGLTGCFGVEVWFLAALAAPL + LTAVCGVMVTPWGVRTLPHGPSMCVASLGAVGLALLG" + gene complement(2843070..2843852) + /gene="aroE" + /locus_tag="BQ2027_MB2582C" + CDS complement(2843070..2843852) + /gene="aroE" + /locus_tag="BQ2027_MB2582C" + /note="Mb2582c, aroE, len: 260 aa. Equivalent to Rv2552c, + len: 269 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 260 aa overlap). Probable aroE, + shikimate 5-dehydrogenase (EC 1.1.1.25), equivalent to + Q9CCS7|AROE|ML0515 PUTATIVE SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE from + Mycobacterium leprae (278 aa), FASTA scores: opt: 1452, + E(): 1.8e-77, (81.5% identity in 270 aa overlap). Also + highly similar, but longer 101 aa, to Q9KH59|AROE PUTATIVE + SHIKIMATE DEHYDROGENASE (FRAGMENT) from Mycobacterium + marinum (148 aa), FASTA scores: opt: 729, E(): 1.3e-35, + (76.35% identity in 148 overlap); Q9F7W3|AROE from + Mycobacterium ulcerans (148 aa), FASTA scores: opt: 718, + E(): 5.9e-35, (75.7% identity in 148 aa overlap). And also + similar to to others e.g. Q9KXQ2|AROE from Streptomyces + coelicolor (255 aa), FASTA scores: opt: 572, E(): 2.8e-26, + (43.4% identity in 251 aa overlap); Q98DY3|MLR4492 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (280 aa), FASTA + scores: opt: 385, E(): 2.2e-15, (34.85% identity in 284 aa + overlap); P74591|AROE_SYNY3|SLR1559 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (290 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): + 3.7e-13, (30.9% identity in 275 aa overlap); + P15770|AROE_ECOLI|B3281 from Escherichia coli strain K12 + (272 aa), FASTA scores: opt: 230, E(): 7.7e-08, (29.5% + identity in 251 aa overlap); etc. BELONGS TO THE SHIKIMATE + DEHYDROGENASE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (t-*) leads to + a shorter product compared to Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (260 aa versus 269 aa). Protein product from + Mb2582c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2582c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE AROE + (5-DEHYDROSHIKIMATE REDUCTASE)" + /protein_id="SIU01200.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1J1" + /db_xref="InterPro:IPR010110" + /db_xref="InterPro:IPR013708" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR041121" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J1" + /translation="MLGSPIAHSRSPQLHLAAYRALGLHDWTYERIECGAAELPVVVG + GFGPEWVGVSVTMPGKFAALRFADERTARADLVGSANTLVRTPHGWRADNTDIDGVAG + ALGAAAGHALVLGSGGTAPAAVVGLAELGVTDITVVARNSDKAARLVDLGTRVGVATR + FCAFDSGGLADAVAAAEVLVSTIPAEVAAGYAGTLAAIPVLLDAIYDPWPTPLAAAVG + SAGGRVISGLQMLLHQAFAQVEQFTGLPAPREAMTCALAALD" + gene complement(2843875..2845128) + /locus_tag="BQ2027_MB2583C" + CDS complement(2843875..2845128) + /locus_tag="BQ2027_MB2583C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2583c, -, len: 417 aa. Equivalent to Rv2553c, + len: 417 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 417 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to Q9CCS8|ML0514 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (421 aa), FASTA + scores: opt: 1955, E(): 1.1e-111, (72.7% identity in 414 + aa overlap). Also similar in part to various proteins e.g. + Q9L9G6|NOVB NOVB PROTEIN (aminodesoxychorismate lyase) + from Streptomyces sphaeroides (284 aa), FASTA scores: opt: + 451, E(): 2.9e-2, (37.95% identity in 203 aa overlap); + Q9EWY3|2SCG38.36 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (253 aa), FASTA scores: opt: 419, + E(): 2.3e-18, (39.2% identity in 171 aa overlap); + Q9CHT3|YGCC HYPOTHETICAL PROTEIN from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (550 aa), FASTA + scores: opt: 379, E(): 1.2e-15, (23.0% identity in 417 aa + overlap); O25309|HP0587 AMINODEOXYCHORISMATE LYASE (PABC) + from Helicobacter pylori (Campylobacter pylori) (329 aa), + FASTA scores: opt: 290, E(): 2e-10, (31.65% identity in + 180 aa overlap); etc. Protein product from Mb2583c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2583c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01201.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1I9" + /db_xref="InterPro:IPR003770" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1I9" + /translation="MPDGGHRHRAQPVSVRPNRHRRTRVSRAQRRHAQQIRRRRRVAG + GFALSLLVVVVVVAVVVGAKLWQTMLGFGNDYTGPGKRDIVIQIRAGDSTTAVGETLL + KHGVVATVRAFVDAAHGNTAISSIQPGFYRMRTEISAASAVARLTDPHNRVGKLVIPE + GRQLDDTTDMKTNVVNPGIFALISRATCVDLDGTQRCVSVADLRAAASRSTPTMLSVP + RWAVGPVMELGTDHRRIEGLIAPGTFNIDPSASAETILATLISAGAVEYMKSGLVDTA + KSLGLSPYDILVVASLVQQEANTQDFPKVARVIYNRLHEHRTLEFDSTVNYPLDRREV + ATSDTDRAQRTPWNTYMAQGLPATAICSPGVDALRAAEHPVPGDWLYFVTIDSQGTTL + FTRDYQQHLANIELAKHNGVLDSAR" + gene complement(2845121..2845633) + /locus_tag="BQ2027_MB2584C" + CDS complement(2845121..2845633) + /locus_tag="BQ2027_MB2584C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2584c, -, len: 170 aa. Equivalent to Rv2554c, + len: 170 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 170 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCS9|ML0513 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (184 aa), + FASTA scores: opt: 701, E(): 2e-34, (72.05% identity in + 161 aa overlap). Also highly similar to Q9KXQ0|SC9C5.24c + HYPOTHETICAL 17.7 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (167 aa), FASTA scores: opt: 461, E(): 2.3e-20, (54.65% + identity in 150 aa overlap); and similar to other + hypothetical proteins e.g. Q9KDE4 from Bacillus halodurans + (140 aa), FASTA scores: opt: 291, E(): 1.9e-10, (38.7% + identity in 137 aa overlap); P74662|SLL1547 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (152 aa), FASTA scores: + opt: 290, (36.55% identity in 145 aa overlap); + Q52673|YQGF_RHOCA from Rhodobacter capsulatus + (Rhodopseudomonas capsulata) (159 aa), FASTA scores: opt: + 246, E(): 8.4e-08, (34.8% identity in 135 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2584c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2584c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative pre-16S rRNA nuclease YqgF" + /protein_id="SIU01202.1" + /db_xref="GOA:P67488" + /db_xref="InterPro:IPR005227" + /db_xref="InterPro:IPR006641" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR037027" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67488" + /translation="MVPAQHRPPDRPGDPAHDPGRGRRLGIDVGAARIGVACSDPDAI + LATPVETVRRDRSGKHLRRLAALAAELEAVEVIVGLPRTLADRIGRSAQDAIELAEAL + ARRVSPTPVRLADERLTTVSAQRSLRQAGVRASEQRAVIDQAAAVAILQSWLDERLAA + MAGTQEGSDA" + gene complement(2845634..2848348) + /gene="alaS" + /locus_tag="BQ2027_MB2585C" + CDS complement(2845634..2848348) + /gene="alaS" + /locus_tag="BQ2027_MB2585C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2585c, alaS, len: 904 aa. Equivalent to Rv2555c, + len: 904 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 904 aa overlap). Probable alaS, + alanyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.7), equivalent to + Q9CCT0|ALAS|ML0512 ALANYL-TRNA SYNTHETASE from + Mycobacterium leprae (908 aa), FASTA scores: opt: 5013, + E(): 0, (84.65% identity in 907 aa overlap). Also highly + similar to many e.g. Q9KXP9|ALAS from Streptomyces + coelicolor (890 aa), FASTA scores: opt: 2159, E(): + 3.8e-118, (53.45% identity in 907 aa overlap); Q9FFC7 + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (954 aa), FASTA + scores: opt: 1963, E(): 1.1e-106, (41.1% identity in 925 + aa overlap); Q9RS27|DR2300 from Deinococcus radiodurans + (890 aa), FASTA scores: opt: 1352, E(): 4.1e-71, (38.05% + identity in 915 aa overlap); etc. BELONGS TO CLASS-II + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb2585c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2585c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALANYL-TRNA SYNTHETASE ALAS + (ALANINE--TRNA LIGASE) (ALANINE TRANSLASE) (ALARS)" + /protein_id="SIU01203.1" + /db_xref="GOA:Q7TYB1" + /db_xref="InterPro:IPR002318" + /db_xref="InterPro:IPR003156" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR012947" + /db_xref="InterPro:IPR018162" + /db_xref="InterPro:IPR018163" + /db_xref="InterPro:IPR018164" + /db_xref="InterPro:IPR018165" + /db_xref="InterPro:IPR023033" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYB1" + /translation="MQTHEIRKRFLDHFVKAGHTEVPSASVILDDPNLLFVNAGMVQF + VPFFLGQRTPPYPTATSIQKCIRTPDIDEVGITTRHNTFFQMAGNFSFGDYFKRGAIE + LAWALLTNSLAAGGYGLDPERIWTTVYFDDDEAVRLWQEVAGLPAERIQRRGMADNYW + SMGIPGPCGPSSEIYYDRGPEFGPAGGPIVSEDRYLEVWNLVFMQNERGEGTTKEDYQ + ILGPLPRNNIDTGMGVERIALVLQDVHNVYETDLLRPVIDTVARVAARAYDVGNHEDD + VRYRIIADHSRTAAILIGDGVSPGNDGRGYVLRRLLRRVIRSAKLLGIDAAIVGDLMA + TVRNAMGPSYPELVADFERISRIAVAEETAFNRTLASGSRLFEEVASSTKKSGATVLS + GSDAFTLHDTYGFPIELTLEMAAETGLQVDEIGFRELMAEQRRRAKADAAARKHAHAD + LSAYRELVDAGATEFTGFDELRSQARILGIFVDGKRVPVVAHGVAGGAGEGQRVELVL + DRTPLYAESGGQIADEGTISGTGSSEAARAAVTDVQKIAKTLWVHRVNVESGEFVEGD + TVIAAVDPGWRRGATQGHSGTHMVHAALRQVLGPNAVQAGSLNRPGYLRFDFNWQGPL + TDDQRTQVEEVTNEAVQADFEVRTFTEQLDKAKAMGAIALFGESYPDEVRVVEMGGPF + SLELCGGTHVSNTAQIGPVTILGESSIGSGVRRVEAYVGLDSFRHLAKERALMAGLAS + SLKVPSEEVPARVANLVERLRAAEKELERVRMASARAAATNAAAGAQRIGNVRLVAQR + MSGGMTAADLRSLIGDIRGKLGSEPAVVALIAEGESQTVPYAVAANPAAQDLGIRAND + LVKQLAVAVEGRGGGKADLAQGSGKNPTGIDAALDAVRSEIAVIARVG" + gene complement(2848439..2848828) + /locus_tag="BQ2027_MB2586C" + CDS complement(2848439..2848828) + /locus_tag="BQ2027_MB2586C" + /note="Mb2586c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2556c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to others e.g. + Q9EWY5|2SCG38.34 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (140 aa), FASTA scores: opt: 488, + E(): 8.2e-26, (58.8% identity in 131 aa overlap); + Q9L9G4|NOVD NOVD PROTEIN from Streptomyces sphaeroides + (143 aa), FASTA scores: opt: 474, E(): 7.2e-25, (60.85% + identity in 120 aa overlap); Q9X2I5|TM1872 from Thermotoga + maritima (132 aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 2.7e-11, + (39.55% identity in 129 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2586c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2586c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0047 protein Rv2556c" + /protein_id="SIU01204.1" + /db_xref="InterPro:IPR001602" + /db_xref="InterPro:IPR035917" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67122" + /translation="MLDVDTARRRIVDLTDAVRAFCTAHDDGLCNVFVPHATAGVAII + ETGAGSDEDLVDTLVRLLPRDDRYRHAHGSYGHGADHLLPAFVAPSVTVPVSGGQPLL + GTWQSIVLVDLNQDNPRRSVRLSFVEG" + gene 2848935..2849609 + /locus_tag="BQ2027_MB2587" + CDS 2848935..2849609 + /locus_tag="BQ2027_MB2587" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2587, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv2557, len: + 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar only to upstream ORF + Q50740|MTCY9C4.10c|Rv2558|MT2635 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (236 aa), FASTA + scores: opt: 1007, E(): 6.9e-60, (69.2% identity in 224 aa + overlap). Protein product from Mb2587 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2587 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01205.1" + /db_xref="InterPro:IPR007138" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65004" + /translation="MTGGATGALPRTMKEGWIVYARSTTIQAQSECIDTGIAHVRDVV + MPALQGMDGCIGVSLLVDRQSGRCIATSAWETAEAMHASREQVTPIRDRCAEMFGGTP + AVEEWEIAAMHRDHRSAEGACVRATWVKVPADQVDQGIEYYKSSVLPQIEGLDGFCSA + SLLVDRTSGRAVSSATFDSFDAMERNRDQSNALKATSLREAGGEELDECEFELALAHL + RVPELV" + gene 2849694..2850404 + /locus_tag="BQ2027_MB2588" + CDS 2849694..2850404 + /locus_tag="BQ2027_MB2588" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2588, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv2558, len: + 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar only to downstream + ORF Q50741|MTCY9C4.11c|Rv2557|MT2645 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (224 + aa), FASTA scores: opt: 1007, E(): 4.7e-59, (69.2% + identity in 224 aa overlap). Protein product from Mb2588 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2588 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01206.1" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65006" + /translation="MPGSAGWRKVFGGTGGATGALPRHGRGSIVYARSTTIEAQPLSV + DIGIAHVRDVVMPALQEIDGCVGVSLLVDRQSGRCIATSAWETLEAMRASVERVAPIR + DRAALMFAGSARVEEWDIALLHRDHPSHEGACVRATWLKVVPDQLGRSLEFYRTSVLP + ELESLDGFCSASLMVDHPACRRAVSCSTFDSMDAMARNRDRASELRSRRVRELGAEVL + DVAEFELAIAHLRVPELV" + gene complement(2850434..2851792) + /locus_tag="BQ2027_MB2589C" + CDS complement(2850434..2851792) + /locus_tag="BQ2027_MB2589C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2589c, -, len: 452 aa. Equivalent to Rv2559c, + len: 452 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 452 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, leu-, val-rich protein, equivalent to Q9CCT1|ML0510 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (473 aa), + FASTA scores: opt: 2411, E(): 3.9e-121, (83.4% identity in + 452 aa overlap); O69490|O69490 HYPOTHETICAL 47.1 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (447 aa), FASTA scores: + opt: 2406, E(): 6.9e-121, (83.95% identity in 448 aa + overlap). Also highly similar to Q9KXP4|SC9C5.30c + CONSERVED ATP/GTP BINDING PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (451 aa), FASTA scores: opt: 1742, E(): + 1.5e-85, (64.4% identity in 430 aa overlap); Q9RT67|DR1898 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (434 aa), FASTA scores: opt: 1147, E(): + 6.6e-54, (46.0% identity in 415 aa overlap); + P45262|YCAJ_HAEIN|HI1590 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Haemophilus influenzae (446 aa), FASTA scores: opt: 1140, + E(): 1.6e-53, (42.5% identity in 428 aa overlap); etc. + Also similar to + Q50629|MTCY227.09|RUVB|Rv2592c|MT2669|MTCY227.09 HOLLIDAY + JUNCTION DNA HELICASE from Mycobacterium tuberculosis (344 + aa), (30.1% identity in 296 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb2589c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2589c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Replication-associated recombination protein + RarA" + /protein_id="SIU01207.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1T6" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR008921" + /db_xref="InterPro:IPR021886" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR032423" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T6" + /translation="MPEAVSDGLFDVPGVPMTSGHDLGASAGAPLAVRMRPASLDEVV + GQDHLLAPGSPLRRLVEGSGVASVILYGPPGSGKTTLAALISQATGRRFEALSALSAG + VKEVRAVIENSRKALLHGEQTVLFIDEVHRFSKTQQDALLSAVEHRVVLLVAATTENP + SFSVVAPLLSRSLILQLRPLTAEDTRAVVQRAIDDPRGLGRAVAVAPEAVDLLVQLAA + GDARRALTALEVAAEAAQAAGELVSVQTIERSVDKAAVRYDRDGDQHYDVVSAFIKSV + RGSDVDAALHYLARMLVAGEDPRFIARRLMILASEDIGMADPSALQVAVAAAQTVALI + GMPEAQLTLAHATIHLATAPKSNAVTTALAAAMNDIKAGKAGLVPAHLRDGHYSGAAA + LGNAQGYKYSHDDPDGVVAQQYPPDELVDVDYYRPTGRGGEREIAGRLDRLRAIIRKK + RG" + gene 2851938..2852915 + /locus_tag="BQ2027_MB2590" + CDS 2851938..2852915 + /locus_tag="BQ2027_MB2590" + /note="Mb2590, -, len: 325 aa. Equivalent to Rv2560, len: + 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 325 aa overlap). Probable transmembrane + protein, pro-, gly-rich protein. Protein product from + Mb2590 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2590 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROLINE AND GLYCINE RICH TRANSMEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU01208.1" + /db_xref="GOA:P59983" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59983" + /translation="MSQPPEHPGNPADPQGGNQGAGSYPPPGYGAPPPPPGYGPPPGT + YLPPGYNAPPPPPGYGPPPGPPPPGYPTHLQSSGFSVGDAISWSWNRFTQNAVTLVVP + VLAYAVALAAVIGATAGLVVALSDRATTAYTNTSGVSSESVDITMTPAAGIVMFLGYI + ALFALVLYMHAGILTGCLDIADGKPVTIATFFRPRNLGLVLVTGLLIVALTFIGGLLC + VIPGLIFGFVAQFAVAFAVDRSTSPIDSVKASIETVGSNIGGSVLSWLAQLTAVLVGE + LLCFVGMLIGIPVAALIHVYTYRKLSGGQVVEAVRPAPPVGWPPGPQLA" + gene 2853272..2854009 + /locus_tag="BQ2027_MB2591" + CDS 2853272..2854009 + /locus_tag="BQ2027_MB2591" + /note="Mb2591, -, len: 245 aa. Similar to Rv2561 and + Rv2562, len: 97 aa and 129 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (87.3% identity in 79 aa + overlap and 99.2% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar in part (and longer + 33 aa) to upstream ORF AAK46951|RV2562|MT2638|MTCY9C4.06c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (212 aa), FASTA scores: opt: 205, E(): 2e-06, + (76.1% identity in 46 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar, but shorter 83 aa, to downstream + ORF AAK46951|RV2561|MT2638|MTCY9C4.07c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (97 + aa), FASTA scores: opt: 866, E(): 2.2e-54, (100.0% + identity in 129 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2561 and Rv2562 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base deletion + (g-*) results in a single product which is more similar to + Rv2561. Mb2591 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01209.1" + /db_xref="InterPro:IPR020503" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1J7" + /translation="MGIQRAVLLIADIGGYTNYMHWNRKHLAHAQWTVAQLLESVIDA + AKGMKLAKLEGDAAFFWAPGGNTSVLVCDRPPQMRQRFRTRREQIKKDHPCDCKSCEQ + RDNLSIKFVAHEGEVAEQKVKRNVELAGVDVILVHRMLKNEVPVSEYLFMTDVVAQCL + DESVRKLATPLTHDFEGIGETSTHYTDLATSDMPPAVPDHSFFGLLWADVKFEWHALP + YLLGFKKACAGFRSLGRGATEEPAEMG" + gene 2854152..2855201 + /locus_tag="BQ2027_MB2592" + CDS 2854152..2855201 + /locus_tag="BQ2027_MB2592" + /note="Mb2592, -, len: 349 aa. Equivalent to Rv2563, len: + 349 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 349 aa overlap). Probable + glutamine-transport transmembrane protein ABC transporter + (see citation below), highly similar to + O53617|Rv0072|MTV030.16 PUTATIVE ABC-TRANSPORTER + TRANSMEMBRANE SUBUNIT from Mycobacterium tuberculosis (349 + aa), FASTA scores: opt: 1772, E(): 1.1e-89, (76.2% + identity in 349 aa overlap). Also some similarity with + various hypothetical proteins e.g. Q9RYN1|DRA0279 + HYPOTHETICAL 37.1 KDA PROTEIN from Deinococcus radiodurans + (353 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): 6.6e-12, (24.35% + identity in 357 aa overlap); BAB58522|SAV2360 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Staphylococcus aureus subsp. + aureus Mu50 (351 aa), FASTA scores: opt: 262, E(): + 2.9e-07, (19.4% identity in 356 aa overlap); + Q9AK94|SC10A9.10c PUTATIVE ABC TRANSPORT SYSTEM + TRANSMEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor (379 + aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 0.025, (26.85% identity + in 387 aa overlap); etc. Protein product from Mb2592 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2592 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER" + /protein_id="SIU01210.1" + /db_xref="GOA:P65008" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65008" + /translation="MLFAALRDVQWRKRRLVIAIVSTGLVFAMTLVLTGLVNGFRVEA + ERTVDSMGVDAFVVKAGAAGPFLGSTPFAQIDLPQVARAPGVLAAAPLATAPSTIRQG + TSARNVTAFGAPEHGPGMPRVSDGRAPSTPDEVAVSSTLGRNLGDDLQVGARTLRIVG + IVPESTALAKIPNIFLTTEGLQQLAYNGQPTISSIGIDGMPRQLPDGYQTVNRADAVS + DLMRPLKVAVDAITVVAVLLWIVAALIVGSVVYLSALERLRDFAVFKAIGVPTRSILA + GLALQAVVVALLAAVVGGILSLLLAPLFPMTVVVPLSAFVALPAIATVIGLLASVAGL + RRVVAIDPALAFGGP" + gene 2855204..2856196 + /gene="glnQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2593" + CDS 2855204..2856196 + /gene="glnQ" + /locus_tag="BQ2027_MB2593" + /note="Mb2593, glnQ, len: 330 aa. Equivalent to Rv2564, + len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Probable glnQ, + glutamine-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), highly similar to many e.g. + Q9L0J9|SCD40A.12c PUTATIVE ABC-TRANSPORTER ATP-BINDING + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (246 aa), FASTA + scores: opt: 598, E(): 2.5e-26, (46.35% identity in 218 aa + overlap); O54136|SC2E9.11 from Streptomyces coelicolor + (230 aa), FASTA scores: opt: 592, E(): 5.1e-26, (46.55% + identity in 219 aa overlap); O29244|AF1018 from + Archaeoglobus fulgidus (228 aa), FASTA scores: opt: 580, + E(): 2.4e-25, (42.4% identity in 210 aa overlap); + P75831|YBJZ_ECOLI|B0879 from Escherichia coli strain K12 + (648 aa), FASTA scores: opt: 555, E(): 1.3e-23, (39.65% + identity in 232 aa overlap); etc. Also highly similar to + O53618|Rv0073|MTV030.17 ABC-TRANSPORTER ATP-BINDING + SUBUNIT from Mycobacterium tuberculosis (330 aa), FASTA + scores: opt: 1782, E(): 4.7e-92, (83.65% identity in 330 + aa overlap); etc. Shows some similarity to + Q11040|YC81_MYCTU|MTCY50.01|Rv1281c|MT1318 HYPOTHETICAL + ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (612 aa) (32.9 % identity in 234 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), + PS00211 ABC transporters family signature, and PS00889 + Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. BELONGS TO + THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Protein product from Mb2593 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2593 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER GLNQ" + /protein_id="SIU01211.1" + /db_xref="GOA:P63402" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR018488" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63402" + /translation="MGGLTISDLVVEYSSGGYAVRPIDGLSLDVAPGSLVILLGPSGC + GKTTLLSCLGGILRPKSGSIKFDDVDITTLEGAALAKYRRDKVGIVFQAFNLVSSLTA + LENVMVPLRAAGVSRAAARKRAEDLLIRVNLGERMKHRPGDMSGGQQQRVAVARAIAL + DPQLILADEPTAHLDFIQVEEVLRLIRSLAQGDRVVVVATHDSRMLPLADRVLELMPA + QVSPNQPPETVHVKAGEVLFEQSTMGDLIYVVSEGEFEIVRELADGGEELVKTAAPGD + YFGEIGVLFHLPRSATVRARSDATAVGYTAQAFRERLGVTRVADLIEHRELASE" + gene 2856473..2858224 + /locus_tag="BQ2027_MB2594" + CDS 2856473..2858224 + /locus_tag="BQ2027_MB2594" + /note="Mb2594, -, len: 583 aa. Equivalent to Rv2565, len: + 583 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 583 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to Q9A6C3|CC2171 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter crescentus (610 aa), + FASTA scores: opt: 765, E(): 2.8e-37, (32.15% identity in + 575 aa overlap). C-terminus also highly similar to various + bacterial proteins e.g. O34731|YLBK_BACSU HYPOTHETICAL + 28.3 KDA PROTEIN from Bacillus subtilis (260 aa), FASTA + scores: opt: 386, E(): 2.2e-15, (33.05% identity in 245 aa + overlap); CAC45997|SMC01003 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (321 aa), + FASTA scores: opt: 352, E(): 2.5e-13, (29.65% identity in + 280 aa overlap); Q9K9Q8|BH2587 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus halodurans (275 aa), FASTA scores: opt: 334, E(): + 2.5e-12, (33.7% identity in 175 aa overlap); etc. And + shows similarity to C-terminal half of some eukaryotic + proteins e.g. Q9R114|NTE NEUROPATHY TARGET ESTERASE + HOMOLOG from Mus musculus (Mouse) (1327 aa), FASTA scores: + opt: 411, E(): 2.7e-16, (24.45% identity in 626 aa + overlap); O60859 NEUROPATHY TARGET ESTERASE from Homo + sapiens (Human) (1327 aa), FASTA scores: opt: 410, E(): + 3.1e-16, (24.1% identity in 627 aa overlap); + Q9U969|SWS|CG2212 SWISS CHEESE PROTEIN from Drosophila + melanogaster (Fruit fly) (1425 aa), FASTA scores: opt: + 401, E(): 1.1e-15, (27.75% identity in 544 aa overlap); + etc. Also shows strong similarity to C-terminal half of + O05884|Z95121|Rv3239c|MTY20B11.14c HYPOTHETICAL 110.2 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (1048 aa), FASTA + scores: opt: 648, E(): 3e-30, (36.55% identity in 572 aa + overlap); and O69695|Rv3728|MTV025.076 PUTATIVE TWO-DOMAIN + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (1065 + aa), FASTA scores: opt: 643, E(): 6e-30, (34.3% identity + in 595 aa overlap). Protein product from Mb2594 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2594 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted esterase of the alpha-beta hydrolase + superfamily" + /protein_id="SIU01212.1" + /db_xref="GOA:P0A643" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR001423" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A643" + /translation="MTTARRRPKRRGTDARTALRNVPILADIDDEQLERLATTVERRH + VPANQWLFHAGEPADSIYIVDSGRFVAVAPEGHVFAEMASGDSIGDLGVIAGAARSAG + VRALRDGVVWRIAAETFTDMLEATPLLQSAMLRAMARMLRQSRPAKTARRPRVIGVVS + NGDTAAAPMVDAIATSLDSHGRTAVIAPPVETTSAVQEYDELVEAFSETLDRAERSND + WVLVVADRGAGDLWRHYVSAQSDRLVVLVDQRYPPDAVDSLATQRPVHLITCLAEPDP + SWWDRLAPVSHHPANSDGFGALARRIAGRSLGLVMAGGGARGLAHFGVYQELTEAGVV + IDRFGGTSSGAIASAAFALGMDAGDAIAAAREFIAGSDPLGDYTIPISALTRGGRVDR + LVQGFFGNTLIEHLPRGFFSVSADMITGDQIIHRRGSVSGAVRASISIPGLIPPVHNG + EQLLVDGGLLNNLPANVMCADTDGEVICVDLRRTFVPSKGFGLLPPIVTPPGLLRRLL + TGTDNALPPLQETLLRAFDLAASTANLRELPRVAAIIEPDVSKIGVLNFKQIDAALEA + GRMAARAALQAQPDLVR" + gene 2858235..2859836 + /locus_tag="BQ2027_MB2595" + CDS 2858235..2859836 + /locus_tag="BQ2027_MB2595" + /note="Mb2595, -, len: 533 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2566, len: 1140 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 531 aa overlap). Long + conserved hypothetical protein, equivalent to + O53120|ML2678 OR MLCB1913.12 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (1000 aa), FASTA scores: opt: 760, + E(): 7.1e-38, (50.2% identity in 1128 aa overlap); and + middle part equivalent to Q9ZB40 72.2 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Mycobacterium leprae (644 aa), FASTA + scores: opt: 1017, E(): 1.5e-65, (45.65% identity in 655 + aa overlap). Also highly similar to Q98HG6|MLL2877 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (1119 aa), FASTA scores: opt: 1413, E(): 3.7e-77, + (52.4% identity in 1148 aa overlap); and N-terminus shows + similarity with other proteins e.g. Q9HUN8|PA4926 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (311 aa), + FASTA scores: opt: 278, E(): 3e-09, (29.95% identity in + 284 aa overlap); and upstream ORF + Q50652|YP69_MYCTU|Rv2569c|MT2645|MTCY227.32 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (314 + aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 1.1e-07, (28.9% identity + in 315 aa overlap). Equivalent to AAK46955 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1156 aa) but + shorter 16 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2566 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a 2 bp deletion (gc-*) splits Rv2566 into 2 parts, Mb2595 + and Mb2596. Mb2595 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LONG CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST + PART]" + /protein_id="SIU01213.1" + /db_xref="InterPro:IPR002931" + /db_xref="InterPro:IPR013589" + /db_xref="InterPro:IPR018667" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1K4" + /translation="MPLRPTQVSSTGRTRCAGRSGVISSAAMSIKVALEHRTSYTFDR + LVRVYPHIVRLRPAPHSRTSIEAYSLRIEPADHFINWQQDALGNFLARLVFPNPMRQL + RITVGLIADLKVINPFDFFIEDWAEIWPCAGMAYPKALADDLRPYLRPVDEDGDGSGP + GELTQAWVRNFTVPDGTRTIDFLVALNRAINADVGYCVRMEPGVQTPDFTLRTGVGSC + RDSAWLLVSILRQFGLAARFVSGYLVQLASDIEALDGPSGPAADFTDLHAWSEAYIPG + AGWIGLDPTSGLLAGEGHIPLAATPHPASAAPISGGTDVCDTVLEFSNTVTRVHEDPR + VTLPYTDESWKTICEVGQRVDERLAAADVRLTVGGEPTFVSVDNQVAEEWRTAADGPH + KRERASDLAARLKAVWAPQGLIHRGQGRWYPGEPLPRWQIALYWRTDGRPLWTNDALL + ADPWGAPPADPVDDDAAYRVLAGIADGLGLPISQVRPAYEDPLSRLAAAVRMPAGDPV + ESGDDLGCDTNPDTPTGRAALLAPR" + gene 2859862..2861655 + /locus_tag="BQ2027_MB2596" + CDS 2859862..2861655 + /locus_tag="BQ2027_MB2596" + /note="Mb2596, -, len: 597 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2566, len: 1140 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 597 aa overlap). Long + conserved hypothetical protein, equivalent to + O53120|ML2678 OR MLCB1913.12 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (1000 aa), FASTA scores: opt: 760, + E(): 7.1e-38, (50.2% identity in 1128 aa overlap); and + middle part equivalent to Q9ZB40 72.2 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Mycobacterium leprae (644 aa), FASTA + scores: opt: 1017, E(): 1.5e-65, (45.65% identity in 655 + aa overlap). Also highly similar to Q98HG6|MLL2877 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (1119 aa), FASTA scores: opt: 1413, E(): 3.7e-77, + (52.4% identity in 1148 aa overlap); and N-terminus shows + similarity with other proteins e.g. Q9HUN8|PA4926 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (311 aa), + FASTA scores: opt: 278, E(): 3e-09, (29.95% identity in + 284 aa overlap); and upstream ORF + Q50652|YP69_MYCTU|Rv2569c|MT2645|MTCY227.32 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (314 + aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 1.1e-07, (28.9% identity + in 315 aa overlap). Equivalent to AAK46955 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1156 aa) but + shorter 16 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2566 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a 2 bp deletion (gc-*) splits Rv2566 into 2 parts, Mb2595 + and Mb2596. Protein product from Mb2596 detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LONG CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU01214.1" + /db_xref="InterPro:IPR018667" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1K2" + /translation="MLPLHRRDDGQGWASANWRLRRGRIVLLEGDSPAGLRLPLDSIS + WRPPRASFDADPVAVRSTLPAEPHTDRAVVEDPETAPTTALVAEVRGGLVHIFLPPTD + ALEHFIDLVARVEAAATTANCPVVIEGYGPPPDPRLTSTTITPDPGVIEVNIAPTASF + AEQRQQLETLYQQARLARLTTEAFDVDGTHGGTGGGNHITLGGVTPADSPLLRRPDLL + VSLLTYWQRHPSLSYLFAGRFVGTTSQAPRVDEGRAEALYELEIAFAEILRLSPSSGG + GRPQPWVTDRALRHLLTDITGNTHRAEFCIDKLYSPDSARGRLGLLELRGFEMPPHLH + MAMVQSLLVRSLVAWFWDQPLRAPLIRHGANLHGRYLLPHFLIHDIADVAADLRAHGI + AFETSWLDPFTEFRFPRIGTAVFDGIEIELRGAIEPWHTLGEEATAAGTARYVDSSVE + RIQVRIIGADRHRYVVTCNGYPMPLLATDNPDIHVGGVRFKAWQPPSALHPTITVDGP + LRFELIDIATATSCGGCTYHVAHPGGRAYDEPPVNAVEAEARRARRFEATGFTPGKLD + LSDIREKQARISTDIGAPGILDLRRVRTVQQ" + gene 2861655..2864309 + /locus_tag="BQ2027_MB2597" + CDS 2861655..2864309 + /locus_tag="BQ2027_MB2597" + /note="Mb2597, -, len: 884 aa. Equivalent to Rv2567, len: + 884 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 884 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, leu-rich protein, equivalent to + O53121|ML2679|MLCB1913.13 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (893 aa), FASTA scores: opt: 4326, + E(): 0, (75.2% identity in 883 aa overlap); and similar to + Q49755|YO11_MYCLE|ML0605|MLCL536.05c|U1937B|B1937_F1_4 + HYPOTHETICAL 61.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (561 aa), FASTA scores: opt: 758, E(): 1.2e-38, (32.2% + identity in 537 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9HUN7|PA4927 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (830 aa), FASTA scores: opt: 1247, E(): + 2.2e-68, (38.25% identity in 831 aa overlap); + Q98HG7|MLL2876 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (803 aa), FASTA scores: opt: 937, + E(): 1.9e-49, (32.15% identity in 828 aa overlap); + CAC47419|SMC04057 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (802 aa), + FASTA scores: opt: 900, E(): 3.4e-47, (30.85% identity in + 852 aa overlap); etc. And similar to + P71732|YO11_MYCTU|Rv2411c|MT2484|MTCY253.09 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (551 + aa), FASTA scores: opt: 781, E(): 4.6e-40, (33.75% + identity in 495 aa overlap). Protein product from Mb2597 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2597 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing domains DUF404, DUF407, + DUF403" + /protein_id="SIU01215.1" + /db_xref="InterPro:IPR007296" + /db_xref="InterPro:IPR025841" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59974" + /translation="MAPSASAATNGYDVDRLLAGYRTARAQETLFDLRDGPGAGYDEF + VDDDGNVRPTWTELADAVAERGKAGLDRLRSVVHSLIDHDGITYTAIDAHRDALTGDH + DLEPGPWRLDPLPLVISAADWEVLEAGLVQRSRLLDAILADLYGPRSMLTEGVLPPEM + LFAHPGYVRAANGIQMPGRHQLFMHACDLSRLPDGTFQVNADWTQAPSGSGYAMADRR + VVAHAVPDLYEELAPRPTTPFAQALRLALIDAAPDVAQDPVVVVLSPGIYSETAFDQA + YLATLLGFPLVESADLVVRDGKLWMRSLGTLKRVDVVLRRVDAHYADPLDLRADSRLG + VVGLVEAQHRGTVTVVNTLGSGILENPGLLRFLPQLSERLLDESPLLHTAPVYWGGIA + SERSHLLANVSSLLIKSTVSGETLVGPTLSSAQLADLAVRIEAMPWQWVGQELPQFSS + APTNHAGVLSSAGVGMRLFTVAQRSGYAPMIGGLGYVLAPGPAAYTLKTVAAKDIWVR + PTERAHAEVITVPVLAPPAKTGAGTWAVSSPRVLSDLFWMGRYGERAENMARLLIVTR + ERYHVFRHQQDTDESECVPVLMAALGKITGYDTATGAGSAYDRADMIAVAPSTLWSLT + VDPDRPGSLVQSVEGLALAARAVRDQLSNDTWMVLANVERAVEHKSDPPQSLAEADAV + LASAQAETLAGMLTLSGVAGESMVHDVGWTMMDIGKRIERGLWLTALLQATLSTVRHP + AAEQAIIEATLVACESSVIYRRRTVGKFSVAAVTELMLFDAQNPRSLVYQLERLRADL + KDLPGSSGSSRPERMVDEMNTRLRRSHPEELEEVSADGLRAELAELLAGIHASLRDVA + DVLTATQLALPGGMQPLWGPDQRRVMPA" + gene complement(2864306..2865331) + /locus_tag="BQ2027_MB2598C" + CDS complement(2864306..2865331) + /locus_tag="BQ2027_MB2598C" + /note="Mb2598c, -, len: 341 aa. Equivalent to Rv2568c, + len: 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 341 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar (but longer 60 aa) to + Q98E75|MLR4376 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (308 aa), FASTA scores: opt: 566, + E(): 4.1e-29, (40.2% identity in 291 aa overlap). Protein + product from Mb2598c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2598c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01216.1" + /db_xref="InterPro:IPR011201" + /db_xref="InterPro:IPR031321" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65010" + /translation="MRDFHCPNCGQRLAFENSACLSCGSALGFSLGRMALLVIADDAD + VQLCANLHLAQCNWLVPSDQLGGLCSSCVLTIERPSDTNTAGLAEFARAEGAKRRLIA + ELHELKLPIVGRDQDPDHGLAFRLLSSAHENVTTGHQNGVITLDLAEGDDVHREQLRV + EMDEPYRTLLGHFRHEIGHYYFYRLIASSSDYLSRFNELFGDPDADYSQALDRHYRGG + PPEGWQDSFVSSYATMHASEDWAETFAHYLHIRDALDTAAWCGLAPASATFDRPALGP + SAFNTIIDKWLPLSWSLNMVNRSMGHDDLYPFVLPAAVLEKMRFIHTVVDEVAPDFEP + AHSRRTV" + gene complement(2865324..2866268) + /locus_tag="BQ2027_MB2599C" + CDS complement(2865324..2866268) + /locus_tag="BQ2027_MB2599C" + /note="Mb2599c, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv2569c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCT2|ML0508 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (313 aa), + FASTA scores: opt: 1723, E(): 1.9e-95, (84.4% identity in + 301 aa overlap); and some similarity with + Q49757|YP69_MYCLE|ML0607|MLCL536.03c|B1937_F2_39 + HYPOTHETICAL 31.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (279 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 4.5e-11, (33.0% + identity in 300 aa overlap). Also similar to to other + hypothetical proteins e.g. Q9HUN8|PA4926 from Pseudomonas + aeruginosa (311 aa), FASTA scores: opt: 704, E(): 8.7e-35, + (39.7% identity in 320 aa overlap); Q98HG8|MLL2875 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (294 aa), FASTA + scores: opt: 521, E(): 6.5e-24, (35.05% identity in 294 aa + overlap); Q9A7W9|CC1600 from Caulobacter crescentus (325 + aa), FASTA scores: opt: 510, E(): 3.2e-23, (34.4% identity + in 2588 aa overlap); etc. Also some similarity with + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71734|Rv2409c|MTCY253.11 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + (279 aa), FASTA scores: opt: 312, E(): 1.7e-11, (34.45% + identity in 296 aa overlap); and Q50732|Rv2566|MTCY9C4.02 + LONG CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (1140 aa), FASTA + scores: opt: 252, E(): 2.2e-07, (28.9% identity in 315 aa + overlap) Protein product from Mb2599c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2599c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing transglutaminase-like domain, + putative cysteine protease" + /protein_id="SIU01217.1" + /db_xref="InterPro:IPR002931" + /db_xref="InterPro:IPR013589" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5G6" + /translation="MSADSSLSLPLSGTHRYRVTHRTEYRYSDVVTSSYGRGFLTPRN + SLRQRCVAHRLTIDPAPADRSTSRDGYGNISSYFHVTEPHRTLTITSDSIVDVSPPPP + GLYTSGPALQPWEAARPAGLPGSLATEFTLDLNPPEITDAVREYAAPSFLPKRPLVEV + LRDLASRIYTDFTYRSGSTTISTGVNEVLLAREGVCQDFARLAIACLRANGLAACYVS + GYLATDPPPGKDRMIGIDATHAWASVWTPQQPGRFEWLGLDPTNDQLVDQRYIVVGRG + RDYADVPPLRGIIYTNSENSVIDVSVDVVPFEGDALHA" + gene 2866372..2866761 + /locus_tag="BQ2027_MB2600" + CDS 2866372..2866761 + /locus_tag="BQ2027_MB2600" + /note="Mb2600, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2570, len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q98GQ7|MLR3218 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (133 aa), FASTA scores: opt: 174, E(): 9.6e-05, + (32.25% identity in 124 aa overlap); Q9A390|CC3314 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter crescentus (129 aa), + FASTA scores: opt: 155, E(): 0.0017, (33.35% identity in + 108 aa overlap); and Q9A2Y0|CC3426 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Caulobacter crescentus (120 aa), FASTA scores: opt: + 144, E(): 0.0083, (32.95% identity in 91 aa overlap). + Mb2600 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="YjbR family protein" + /protein_id="SIU01218.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65014" + /translation="MATWDDVARIVGGLPLTAEQAPHDWRVGRKLLAWERPLRKSDRE + ALTRAGSEPPSGDIVGVRVSDEGVKFALIADEPGVYFTTPHFDGYPAVLVRLAEIEVR + DLEELITEAWLMQAPKQLVQAFLANSG" + gene complement(2866753..2867820) + /locus_tag="BQ2027_MB2601C" + CDS complement(2866753..2867820) + /locus_tag="BQ2027_MB2601C" + /note="Mb2601c, -, len: 355 aa. Equivalent to Rv2571c, + len: 355 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 355 aa overlap). Probable + transmembrane ala-, val-, leu-rich protein, showing some + similarity with other membrane proteins e.g. + Q99340|YFDA_CORGL HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + from Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) + (359 aa), FASTA scores: opt: 338, E(): 2.5e-13, (29.4% + identity in 255 aa overlap); Q9RD86|SCF43.02 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (379 aa), FASTA scores: opt: 208, E(): 2.1e-05, (26.05% + identity in 303 aa overlap); Q9RD81|SCF43.07 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (419 aa), FASTA scores: opt: 205, E(): 3.5e-05, (25.15% + identity in 362 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2601c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2601c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE ALANINE AND VALINE AND + LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01219.1" + /db_xref="GOA:P65016" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65016" + /translation="MSASLLVRTACGGRAVAQRLRTVLWPITQTSVVAGLAWYLTHDV + FNHPQAFFAPISAVVCMSATNVLRARRAQQMIVGVALGIVLGAGVHALLGSGPIAMGV + VVFIALSVAVLCARGLVAQGLMFINQAAVSAVLVLVFASNGSVVFERLFDALVGGGLA + IVFSILLFPPDPVVMLCSARADVLAAVRDILAELVNTVSDPTSAPPDWPMAAADRLHQ + QLNGLIEVRANAAMVARRAPRRWGVRSTVRDLDQQAVYLALLVSSVLHLARTIAGPGG + DKLPTPVHAVLTDLAAGTGLADADPTAANEHAAAARATASTLQSAACGSNEVVRADIV + QACVTDLQRVIERPGPSGMSA" + gene complement(2867827..2869662) + /gene="aspS" + /locus_tag="BQ2027_MB2602C" + CDS complement(2867827..2869662) + /gene="aspS" + /locus_tag="BQ2027_MB2602C" + /note="Mb2602c, aspS, len: 611 aa. Equivalent to Rv2572c, + len: 596 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 595 aa overlap). Probable aspS, + aspartyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.12), equivalent to + P36429|SYD_MYCLE|ML0501|MLCB1259.19 ASPARTYL-TRNA + SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (589 aa), FASTA + scores: opt: 3534, E(): 1.8e-215, (87.85% identity in 592 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. + O67589|SYD_AQUAE|AQ_1677 from Aquifex aeolicus (603 aa), + FASTA scores: opt: 1829, E(): 8.2e-108, (47.5% identity in + 598 aa overlap); O32038|SYD_BACSU from Bacillus subtilis + (592 aa), FASTA scores: opt: 1732, E(): 1.1e-101, (46.25% + identity in 597 aa overlap); P21889|SYD_ECOLI|TLS|B1866 + from Escherichia coli strain K12 (590 aa), FASTA scores: + opt: 1588, E(): 1.3e-92, (47.35% identity in 581 aa + overlap); etc. Contains PS00179 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-II signature 1. BELONGS TO CLASS-II + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base deletion (t-*) omitting a stop codon, leads to + a longer protein with a different COOH end compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (611 aa + versus 596 aa). Protein product from Mb2602c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2602c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable aspartyl-trna synthetase asps + (aspartate--trna ligase) (asprs) (aspartic acid + translase)" + /protein_id="SIU01220.1" + /db_xref="GOA:Q7TYA6" + /db_xref="InterPro:IPR002312" + /db_xref="InterPro:IPR004115" + /db_xref="InterPro:IPR004364" + /db_xref="InterPro:IPR004365" + /db_xref="InterPro:IPR004524" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR029351" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TYA6" + /translation="MFVLRSHAAGLLREGDAGQQVTLAGWVARRRDHGGVIFIDLRDA + SGIAQVVFRDPQDTEVLAQAHRLRAEFCVSVAGVVEIRPEGNANPEIATGEIEVNATS + LTVLGECAPLPFQLDEPAGEELRLKYRYLDLRRDDPAAAIRLRSRVNAAARAVLARHD + FVEIETPTITRSTPEGARDFLVPARLHPGSFYALPQSPQLFKQLLMVAGMERYYQIAR + CYRDEDFRADRQPEFTQLDMEMSFVDAEDIIAISEEVLTELWALIGYRIPTPIPRIGY + AEAMRRFGTDKPDLRFGLELVECTDFFSDTTFRVFQAPYVGAVVMPGGASQPRRTLDG + WQDWAKQRGHRGLAYVLVAEDGTLGGPVAKNLTEAERTGLADHVGAKPGDCIFFSAGP + VKSSRALLGAARVEIANRLGLIDPDAWAFVWVVDPPLFEPADEATAAGEVAVGSGAWT + AVHHAFTAPKPEWEDRIESDTGSVLADAYDIVCNGHEIGGGSVRIHRRDIQERVFAVM + GLDKAEVEEKFGFLLEAFMFGAPPHGGIAFGWDRTTALLAGMDSIREVIAFPKTGGGV + DPLTDAPAPITAQQRKESGIDAQPKRVQRHDQIFAVTTSHPSVNK" + gene 2869812..2870642 + /locus_tag="BQ2027_MB2603" + CDS 2869812..2870642 + /locus_tag="BQ2027_MB2603" + /EC_number="1.1.1.169" + /note="Mb2603, -, len: 246 aa. Equivalent to Rv2573, len: + 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 246 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to various proteins e.g. + Q9ABG6|CC0261 HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter + crescentus (290 aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 5.8e-26, + (40.1% identity in 237 aa overlap); Q99R37|SA2393 + HYPOTHETICAL PROTEIN (similar to 2-dehydropantoate + 2-reductase) from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 + (286 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): 1.8e-16, (31.75% + identity in 230 aa overlap); Q9KPQ9|VC2307 + 2-DEHYDROPANTOATE 2-REDUCTASE from Vibrio cholerae (296 + aa), FASTA scores: opt: 223, E(): 3.9e-07, (27.7% identity + in 224 aa overlap); etc. Equivalent to AAK46962 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (275 aa) but + shorter 29 aa. Mb2603 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="2-dehydropantoate 2-reductase (EC" + /protein_id="SIU01221.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1L0" + /db_xref="InterPro:IPR003710" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR013332" + /db_xref="InterPro:IPR013752" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1L0" + /translation="MLHKAGYSPLLCGHTPRAGIELRRDGADPIVVPGPVHTSPREVA + GPVDVLILAVKATQNDAARPWLTRLCDERTVVAVLQNGVEQVEQVQPHCPSSAVVPAI + VWCSAETQPQGWVRLRGEAALVVPTGPAAEQFAGLLRGAGATVDCDPDFTTAAWRKLL + VNALAGFMVLSGRRSAMFRRDDVAALSRRYVAECLAVARAEGARLDDDVVDEVVRLVR + SAPQDMGTSMLADRAAHRPLEWDLRNGVIVRKARAHGLATPISDVLVPLLAAASDGPG + " + gene 2870665..2871168 + /locus_tag="BQ2027_MB2604" + CDS 2870665..2871168 + /locus_tag="BQ2027_MB2604" + /note="Mb2604, -, len: 167 aa. Equivalent to Rv2574, len: + 167 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 167 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with + Q9K3N3|SCG20A.07 HYPOTHETICAL 17.4 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (157 aa), FASTA scores: opt: 218, + E(): 2.8e-08, (30.65% identity in 150 aa overlap). Protein + product from Mb2604 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2604 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01222.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65018" + /translation="MYPCERVGLSFTETAPYLFRNTVDLAITPEQLFEVLADPQAWPR + WATVITKVTWTSPEPFGAGTTRIVEMRGGIVGDEEFISWEPFTRMAFRFNECSTRAVG + AFAEDYRVQAIPGGCRLTWTMAQKLAGPARPALFVFRPLLNLALRRFLRNLRRYTDAR + FAAAQQS" + gene 2871198..2872079 + /locus_tag="BQ2027_MB2605" + CDS 2871198..2872079 + /locus_tag="BQ2027_MB2605" + /note="Mb2605, -, len: 293 aa. Equivalent to Rv2575, len: + 293 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 293 aa overlap). Possible conserved + membrane gly-rich protein, highly similar to hypothetical + proteins e.g. Q9RR98|DR2596 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Deinococcus radiodurans (313 aa), FASTA scores: opt: + 734, E(): 2.8e-38, (42.95% identity in 291 aa overlap); + Q9HV81|PA4717 from Pseudomonas aeruginosa (297 aa), FASTA + scores: opt: 641, E(): 1.5e-32, (43.35% identity in 300 aa + overlap); Q98IA4|MLL2493 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (306 aa), FASTA scores: opt: 628, + E(): 1e-31, (38.45% identity in 307 aa overlap); etc. + Contains PS00142 Neutral zinc metallopeptidases, + zinc-binding region signature. Protein product from Mb2605 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2605 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE GLYCINE RICH + PROTEIN" + /protein_id="SIU01223.1" + /db_xref="GOA:P65020" + /db_xref="InterPro:IPR007343" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65020" + /translation="MTFNEGVQIDTSTTSTSGSGGGRRLAIGGGLGGLLVVVVAMLLG + VDPGGVLSQQPLDTRDHVAPGFDLSQCRTGADANRFVQCRVVATGNSVDAVWKPLLPG + YTRPHMRLFSGQVGTGCGPASSEVGPFYCPVDKTAYFDTDFFQVLVTQFGSSGGPFAE + EYVVAHEYGHHVQNLLGVLGRAQQGAQGAAGSGVRTELQADCYAGVWAYYASTVKQES + TGVPYLEPLSDKDIQDALAAAAAVGDDRIQQQTTGRTNPETWTHGSAAQRQKWFTVGY + QTGDPNICDTFSAADLG" + gene complement(2872085..2872549) + /locus_tag="BQ2027_MB2606C" + CDS complement(2872085..2872549) + /locus_tag="BQ2027_MB2606C" + /note="Mb2606c, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv2576c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, showing similarity with Q9ZFC2 + HYPOTHETICAL 15.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium sp. FM10 + (146 aa), FASTA scores: opt: 235, E(): 4.1e-08, (31.35% + identity in 150 aa overlap). Mb2606c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01224.1" + /db_xref="GOA:P65022" + /db_xref="InterPro:IPR016793" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65022" + /translation="MPAGVGNASGSVLDMTSVRTVPSAVALVTFAGAALSGVIPAIAR + ADPVGHQVTYTVTTTSDLMANIRYMSADPPSMAAFNADSSKYMITLHTPIAGGQPLVY + TATLANPSQWAIVTASGGLRVNPEFHCEIVVDGQVVVSQDGGSGVQCSTRPW" + gene 2872777..2873028 + /locus_tag="BQ2027_MB2607" + CDS 2872777..2873028 + /locus_tag="BQ2027_MB2607" + /note="Mb2607, -, len: 83 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2577, len: 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 83 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, showing similarity with + various proteins from eukaryotes, in particular + phosphatases, e.g. Q9SE01|PAP PURPLE ACID PHOSPHATASE + PRECURSOR (EC 3.1.3.2) from Glycine max (Soybean) (464 + aa), FASTA scores: opt: 190, E(): 0.00026, (27.3% identity + in 388 aa overlap); Q9SVP2|F18A5.90|AT4G13700 HYPOTHETICAL + 53.4 KDA PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (474 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 6.6e-10, + (27.2% identity in 331 aa overlap); Q9FK32 SIMILARITY TO + UNKNOWN PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (529 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): 6.2e-08, + (25.3% identity in 435 aa overlap); Q12546|APHA ACID + PHOSPHATASE PRECURSOR from Aspergillus ficuum (614 aa), + FASTA scores: opt: 207, E(): 2.9e-05, (22.95% identity in + 458 aa overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2577 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base transition (g-a) splits Rv2577 into 2 parts, + Mb2607 and Mb2608. Mb2607 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01225.1" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P7" + /translation="MGADLKQPQDADSPPKGVSRRRFLTTGAAAVVGTGVGAGGTALL + SSHPRGPAVWYQRGRSGAPPVGGLHLQFGRNASTEMVVS" + gene 2873062..2874366 + /locus_tag="BQ2027_MB2608" + CDS 2873062..2874366 + /locus_tag="BQ2027_MB2608" + /note="Mb2608, -, len: 434 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2577, len: 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 434 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, showing similarity with + various proteins from eukaryotes, in particular + phosphatases, e.g. Q9SE01|PAP PURPLE ACID PHOSPHATASE + PRECURSOR (EC 3.1.3.2) from Glycine max (Soybean) (464 + aa), FASTA scores: opt: 190, E(): 0.00026, (27.3% identity + in 388 aa overlap); Q9SVP2|F18A5.90|AT4G13700 HYPOTHETICAL + 53.4 KDA PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (474 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 6.6e-10, + (27.2% identity in 331 aa overlap); Q9FK32 SIMILARITY TO + UNKNOWN PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (529 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): 6.2e-08, + (25.3% identity in 435 aa overlap); Q12546|APHA ACID + PHOSPHATASE PRECURSOR from Aspergillus ficuum (614 aa), + FASTA scores: opt: 207, E(): 2.9e-05, (22.95% identity in + 458 aa overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2577 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a single base + transition (g-a) splits Rv2577 into 2 parts, Mb2607 and + Mb2608." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01226.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F9" + /db_xref="InterPro:IPR004843" + /db_xref="InterPro:IPR008963" + /db_xref="InterPro:IPR029052" + /db_xref="InterPro:IPR039331" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F9" + /translation="MLGTPTSGFGSVVVAETRSYRDAKSNTEVRVNHAHLTNLTPDTD + YVYAAVHDGTTPELGTARTAPSGRKPLRFTSFGDQSTPALGRLADGRYVSDNIGSPFA + GDITIAIERIAPLFNLINGDLCYANLAQDRIRTWSDWFDNNTRSARYRPWMPAAGNHE + NEVGNGPIGYDAYQTYFAVPDSGSSPQLRGLWYSFTAGSVRVISLHNDDVCYQDGGNS + YVRGYSGGEQRRWLQAELANARRDSEIDWVVVCMHQTAISTADDNNGADLGIRQEWLP + LFDQYQVDLVVCGHEHHYERSHPLRGALGTDTRTPIPVDTRSDLIDSTRGTVHLVIGG + GGTSKPTNALLFPQPRCQVITGVGDFDPAIRRKPSIFVLEDAPWSAFRDRDNPYGFVA + FDVDPGQPGGTTSIKATYYAVTGPFGGLTVIDQFTLTKPRGG" + gene complement(2874368..2875390) + /locus_tag="BQ2027_MB2609C" + CDS complement(2874368..2875390) + /locus_tag="BQ2027_MB2609C" + /note="Mb2609c, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv2578c, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 340 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to hypothetical + proteins (conserved or not) e.g. Q9ZBJ3|SC9C7.17c from + Streptomyces coelicolor (348 aa), FASTA scores: opt: 998, + E(): 1.6e-55, (47.6% identity in 355 aa overlap); + Q9I763|PA0069 from Pseudomonas aeruginosa (352 aa), FASTA + scores: opt: 560, E(): 6e-28, (36.6% identity in 284 aa + overlap); Q986C9|MLL7417 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (356 aa), FASTA scores: opt: 550, + E(): 2.6e-27, (39.15% identity in 240 aa overlap); etc. + Mb2609c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Radical SAM domain protein" + /protein_id="SIU01227.1" + /db_xref="GOA:P65024" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR040086" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65024" + /translation="MRWARQAVAVNGMPVDDGALPGLQRIGLVRSVRAPQFDGITFHE + VLCKSALNKVPNAAALPFRYTVNGYRGCSHACRYCFARPTHEYLDFNPGTDFDTQVVV + KTNVAAVLRHELRRPSWRRETVALGTNTDPYQRAEGRYALMPGIIGALAASGTPLSIL + TKGTLLRRDLPLIAEAAQQVPVSVAVSLAVGDPELHRDVESGTPTPQARLALITAIRA + AGLDCHVMVAPVLPQLTDSGEHLDQLLGQIAAAGATGVTVFGLHLRGSTRGWFMCWLA + RAHPELVSRYRELYRRGPYLPPSYREMLRERVAPLIAKYRLAGDHRPAPPETEAALVP + VQATLF" + gene 2875498..2876400 + /gene="dhaA" + /locus_tag="BQ2027_MB2610" + CDS 2875498..2876400 + /gene="dhaA" + /locus_tag="BQ2027_MB2610" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2610, dhaA, len: 300 aa. Equivalent to Rv2579, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 300 aa overlap). Possible dhaA, + haloalkane dehalogenase (EC 3.8.1.5), strictly equivalent + to Q9XB14|ISO-RV2579 HALOALKANE DEHALOGENASE + (1-chlorohexane halidohydrolase) (EC 3.8.1.5) from + Mycobacterium bovis (300 aa), FASTA scores: opt: 2075, + E(): 7.1e-125, (99.35% identity in 300 aa overlap); note + that only two residues, 120 and 293 are different. Also + highly similar to others e.g. Q9ZER0|DHAAF HALOALKANE + DEHALOGENASE from Mycobacterium sp strain GP1 (307 aa), + FASTA scores: opt: 842, E(): 2.3e-46, (44.95% identity in + 298 aa overlap); Q53042|DHAA HALOALKANE DEHALOGENASE from + Rhodococcus rhodochrous, and Pseudomonas pavonaceae (293 + aa), FASTA scores: opt: 837, E(): 4.5e-46, (44.6% identity + in 298 aa overlap); etc. Note that this protein may also + be a 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase (EC + 3.8.1.-), because also highly similar to P51698|LINB_PSEPA + 1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE from + Pseudomonas paucimobilis (Sphingomonas paucimobilis) (see + first citation below) (296 aa), FASTA scores: opt: 1494, + E(): 6.8e-88, (69.5% identity in 295 aa overlap). Also + shows some similarity with proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. + Q50670|YM96_MYCTU|Rv2296|MT2353|MTCY339.14c PUTATIVE + HALOALKANE DEHALOGENASE (300 aa), FASTA scores: opt: 302, + E(): 5.3e-12, (30.85% identity in 295 aa overlap); and + Q50600|YJ33_MYCTU|Rv1833c|MT1881|MTCY1A11.10 HYPOTHETICAL + 32.2 KDA PROTEIN (286 aa), FASTA scores: opt: 286, E(): + 5.3e-11, (29.85% identity in 288 aa overlap). MAY BE + BELONG TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD FAMILY. Note that + previously known as linB. Protein product from Mb2610 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2610 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HALOALKANE DEHALOGENASE DHAA + (1-CHLOROHEXANE HALIDOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU01228.1" + /db_xref="GOA:Q9XB14" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR023594" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q9XB14" + /translation="MTAFGVEPYGQPKYLEIAGKRMAYIDEGKGDAIVFQHGNPTSSY + LWRNIMPHLEGLGRLVACDLIGMGASDKLSPSGPDRYSYGEQRDFLFALWDTLDLGDH + VVLVLHDWGSALGFDWANQHRDRVQGIAFMEAIVTPMTWADWPPAVRGVFQGFRSPQG + EPMALEHNIFVERVLPGAILRQLSDEEMNHYRRPFVNGGEDRRPTLSWPRNLPIDGEP + AEVVALVNEYRSWLEETDMPKLFINAEPGAIITGRIRDYVRSWPNQTEITVPGVHFVQ + EDSPEEIGAAIAQFVRQLRSAAGV" + gene complement(2876680..2877951) + /gene="hisS" + /locus_tag="BQ2027_MB2611C" + CDS complement(2876680..2877951) + /gene="hisS" + /locus_tag="BQ2027_MB2611C" + /note="Mb2611c, hisS, len: 423 aa. Equivalent to Rv2580c, + len: 423 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 423 aa overlap). Probable hisS, + histidyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.21), equivalent to + P46696|SYH_MYCLE|HISS|ML0494|MLCB1259.12|B1177_C3_248 + HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (427 + aa), FASTA scores: opt: 2380, E(): 2.1e-131, (85.85% + identity in 417 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9KXP2|HISS from Streptomyces coelicolor (425 aa), + FASTA scores: opt: 1542, E(): 1.4e-82, (56.0% identity in + 418 aa overlap); O32422|SYH_STAAU|HISS from Staphylococcus + aureus (420 aa), FASTA scores: opt: 1135, E(): 7.4e-59, + (44.9% identity in 412 aa overlap); + P04804|SYH_ECOLI|HISS|B2514 from Escherichia coli strain + K12 (423 aa), FASTA scores: opt: 1099, E(): 9.4e-57, + (43.9% identity in 417 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO CLASS-II + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb2611c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2611c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable histidyl-trna synthetase hiss + (histidine--trna ligase) (hisrs) (histidine--translase)" + /protein_id="SIU01229.1" + /db_xref="GOA:P67484" + /db_xref="InterPro:IPR004154" + /db_xref="InterPro:IPR004516" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR015807" + /db_xref="InterPro:IPR033656" + /db_xref="InterPro:IPR036621" + /db_xref="InterPro:IPR041715" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67484" + /translation="MTEFSSFSAPKGVPDYVPPDSAQFVAVRDGLLAAARQAGYSHIE + LPIFEDTALFARGVGESTDVVSKEMYTFADRGDRSVTLRPEGTAGVVRAVIEHGLDRG + ALPVKLCYAGPFFRYERPQAGRYRQLQQVGVEAIGVDDPALDAEVIAIADAGFRSLGL + DGFRLEITSLGDESCRPQYRELLQEFLFGLDLDEDTRRRAGINPLRVLDDKRPELRAM + TASAPVLLDHLSDVAKQHFDTVLAHLDALGVPYVINPRMVRGLDYYTKTAFEFVHDGL + GAQSGIGGGGRYDGLMHQLGGQDLSGIGFGLGVDRTVLALRAEGKTAGDSARCDVFGV + PLGEAAKLRLAVLAGRLRAAGVRVDLAYGDRGLKGAMRAAARSGARVALVAGDRDIEA + GTVAVKDLTTGEQVSVSMDSVVAEVISRLAG" + gene complement(2877948..2878622) + /locus_tag="BQ2027_MB2612C" + CDS complement(2877948..2878622) + /locus_tag="BQ2027_MB2612C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2612c, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv2581c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Possible glyoxalase + II (EC 3.1.2.6), equivalent to + Q49649|YP81_MYCLE|ML0493|MLCB1259.11|B1177_C3_247 + HYPOTHETICAL 23.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (218 aa), FASTA scores: opt: 1264, E(): 7.8e-73, (82.0% + identity in 222 aa overlap). Also highly similar to + Q9KXP1|SC9C5.33c POSSIBLE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (235 aa), FASTA scores: opt: 654, E(): 2.9e-34, + (46.8% identity in 220 aa overlap); and similar to + Q9CI24|YFCI HYPOTHETICAL PROTEIN from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (210 aa), FASTA + scores: opt: 360, E(): 9.9e-16, (35.0% identity in 217 aa + overlap); AAK75726|SP1646 METALLO-BETA-LACTAMASE + SUPERFAMILY PROTEIN from Streptococcus pneumoniae (209 + aa), FASTA scores: opt: 320, E(): 3.3e-13, (35.85% + identity in 198 aa overlap); AAK80229|CAC2272 PREDICTED + ZN-DEPENDENT HYDROLASE OF METALLO-BETA-LACTAMASE + SUPERFAMILY from Clostridium acetobutylicum (199 aa), + FASTA scores: opt: 282, E(): 8e-11, (32.7% identity in 217 + aa overlap); etc. Equivalent to AAK46971 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (246 aa) but + shorter 22 aa. BELONGS TO THE GLYOXALASE II FAMILY. + COFACTOR: BINDS TWO ZINC IONS. Protein product from + Mb2612c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2612c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYOXALASE II (HYDROXYACYLGLUTATHIONE + HYDROLASE) (GLX II)" + /protein_id="SIU01230.1" + /db_xref="GOA:P64262" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64262" + /translation="MLITGFPAGLLACNCYVLAERPGTDAVIVDPGQGAMGTLRRILD + KNRLTPAAVLLTHGHIDHIWSAQKVSDTFGCPTYVHPADRFMLTDPIYGLGPRIAQLV + AGAFFREPKQVVELDRDGDKIDLGGISVNIDHTPGHTRGSVVFRVLQATNNDKDIVFT + GDTLFERAIGRTDLAGGSGRDLLRSIVDKLLVLDDSTVVLPGHGNSTTIGAERRFNPF + LEGLSR" + gene 2878673..2879599 + /gene="ppiB" + /locus_tag="BQ2027_MB2613" + CDS 2878673..2879599 + /gene="ppiB" + /locus_tag="BQ2027_MB2613" + /note="Mb2613, ppiB, len: 308 aa. Equivalent to Rv2582, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 308 aa overlap). Probable ppiB + (alternate gene name: ppi), cyclophilin (peptidyl-prolyl + cis-trans isomerase) (EC 5.2.1.8), equivalent to + P46697|PPIB_MYCLE|PPI|ML0492|MLCB1259.10c|B1177_F3_97 + PROBABLE PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE B from + Mycobacterium leprae (295 aa), FASTA scores: opt: 1423, + E(): 1.3e-66, (72.2% identity in 295 aa overlap). Aldo + similar to others e.g. Q9KJG8|PPIB PEPTIDYL-PROLYL + CIS-TRANS ISOMERASE from Streptomyces lividans (277 aa), + FASTA scores: opt: 485, E(): 3.2e-18, (38.35% identity in + 292 aa overlap); Q9KXP0|SC9C5.34 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS + ISOMERASE from Streptomyces coelicolor (277 aa), FASTA + scores: opt: 483, E(): 4.1e-18, (38.35% identity in 292 aa + overlap); Q9RT72|DR1893 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS + ISOMERASE from Deinococcus radiodurans (350 aa), FASTA + scores: opt: 296, E(): 2.2e-08, (29.0% identity in 276 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE CYCLOPHILIN-TYPE PPIASE + FAMILY. Protein product from Mb2613 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2613 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE B + PPIB (CYCLOPHILIN) (PPIASE) (ROTAMASE) (PEPTIDYLPROLYL + ISOMERASE)" + /protein_id="SIU01231.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1L9" + /db_xref="InterPro:IPR002130" + /db_xref="InterPro:IPR029000" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1L9" + /translation="MGHLTPVAAPRLACAFVPTNAQRRATAKRKLERQLERRAKQAKR + RRILTIVGGSLAAVAVIVAVVFTVVVNKDDHQSTTSATPTDSASTSPPQAATAPPLPP + FKPSANLGANCQYPPSPDKAVKPVKLPRTGKVPTDPAQVSVSMVTNQGNIGLMLANNE + SPCTVNSFVSLAQQGFFKGTTCHRLTTSPMLAVLQCGDPKGDGTGGPGYQFANEYPTD + QYSANDPKLNEPVIYPRGTLAMANAGPNTNSSQFFMVYRDSKLPPQYTVFGTIQADGL + TTLDKIAKAGVAGGGEDGKPATEVTITSVLLD" + gene complement(2879685..2882057) + /gene="relA" + /locus_tag="BQ2027_MB2614C" + CDS complement(2879685..2882057) + /gene="relA" + /locus_tag="BQ2027_MB2614C" + /note="Mb2614c, relA, len: 790 aa. Equivalent to Rv2583c, + len: 790 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 790 aa overlap). Probable relA, GTP + pyrophosphokinase (EC 2.7.6.5), equivalent to + Q49640|RELA_MYCLE|ML0491|MLCB1259.09|B1177_C1_168 PROBABLE + GTP PYROPHOSPHOKINASE from Mycobacterium leprae (787 aa), + FASTA scores: opt: 4834, E(): 0, (93.4% identity in 790 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + O87331|RELA_CORGL|RELA|REL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (760 aa), FASTA scores: opt: 3375, + E(): 1.6e-196, (67.0% identity in 758 aa overlap); + O85709|RELA_STRAT from Streptomyces antibioticus (841 aa), + FASTA scores: opt: 3209, E(): 1.9e-186, (63.85% identity + in 786 aa overlap); Q9KDH1|RELA|BH1242 from Bacillus + halodurans (728 aa), FASTA scores: opt: 2195,E(): + 3.8e-125, (45.65% identity in 714 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE RELA / SPOT FAMILY. Protein product from + Mb2614c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2614c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP PYROPHOSPHOKINASE RELA (ATP:GTP + 3'-PYROPHOSPHOTRANSFERASE) (PPGPP SYNTHETASE I) ((P)PPGPP + SYNTHETASE) (GTP DIPHOSPHOKINASE)" + /protein_id="SIU01232.1" + /db_xref="GOA:P66015" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR003607" + /db_xref="InterPro:IPR004095" + /db_xref="InterPro:IPR004811" + /db_xref="InterPro:IPR007685" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR012676" + /db_xref="InterPro:IPR033655" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66015" + /translation="MAEDQLTAQAVAPPTEASAALEPALETPESPVETLKTSISASRR + VRARLARRMTAQRSTTNPVLEPLVAVHREIYPKADLSILQRAYEVADQRHASQLRQSG + DPYITHPLAVANILAELGMDTTTLVAALLHDTVEDTGYTLEALTEEFGEEVGHLVDGV + TKLDRVVLGSAAEGETIRKMITAMARDPRVLVIKVADRLHNMRTMRFLPPEKQARKAR + ETLEVIAPLAHRLGMASVKWELEDLSFAILHPKKYEEIVRLVAGRAPSRDTYLAKVRA + EIVNTLTASKIKATVEGRPKHYWSIYQKMIVKGRDFDDIHDLVGVRILCDEIRDCYAA + VGVVHSLWQPMAGRFKDYIAQPRYGVYQSLHTTVVGPEGKPLEVQIRTRDMHRTAEYG + IAAHWRYKEAKGRNGVLHPHAAAEIDDMAWMRQLLDWQREAADPGEFLESLRYDLAVQ + EIFVFTPKGDVITLPTGSTPVDFAYAVHTEVGHRCIGARVNGRLVALERKLENGEVVE + VFTSKAPNAGPSRDWQQFVVSPRAKTKIRQWFAKERREEALETGKDAMAREVRRGGLP + LQRLVNGESMAAVARELHYADVSALYTAIGEGHVSAKHVVQRLLAELGGIDQAEEELA + ERSTPATMPRRPRSTDDVGVSVPGAPGVLTKLAKCCTPVPGDVIMGFVTRGGGVSVHR + TDCTNAASLQQQAERIIEVLWAPSPSSVFLVAIQVEALDRHRLLSDVTRALADEKVNI + LSASVTTSGDRVAISRFTFEMGDPKHLGHLLNAVRNVEGVYDVYRVTSAA" + gene complement(2882088..2882759) + /gene="apt" + /locus_tag="BQ2027_MB2615C" + CDS complement(2882088..2882759) + /gene="apt" + /locus_tag="BQ2027_MB2615C" + /note="Mb2615c, apt, len: 223 aa. Equivalent to Rv2584c, + len: 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 223 aa overlap). Probable apt, adenine + phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.7), similar, but + longer in N-terminus, to others e.g. O87330|APT_CORGL from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (185 + aa), FASTA scores: opt: 524, E(): 1.3e-24, (50.95% + identity in 159 aa overlap); P52561|APT_STRCO from + Streptomyces coelicolor (182 aa), FASTA scores: opt: 503, + E(): 2.3e-23, (51.85% identity in 164 aa overlap); + P47956|APT_MUSPA|APRT from Mus pahari (Shrew mouse) (180 + aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 2.5e-18, (44.7% identity + in 170 aa overlap); P07672|P09993|P77121|APT_ECOLI|B0469 + from Escherichia coli strain K12 (183 aa), FASTA scores: + opt: 393, E(): 1.9e-18, (42.6% identity in 162 aa + overlap); etc. Contains PS00103 Purine/ pyrimidine + phosphoribosyl transferases signature, and PS00144 + Asparaginase / glutaminase active site signature 1. + BELONGS TO THE PURINE/PYRIMIDINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE + FAMILY. Nearest initiation codon indicated by homology is + TTG at 17426 or GTG at 17465. Protein product from Mb2615c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2615c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE APT (APRT) + (AMP DIPHOSPHORYLASE) (AMP PYROPHOSPHORYLASE) + (TRANSPHOSPHORIBOSIDASE)" + /protein_id="SIU01233.1" + /db_xref="GOA:P59959" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR005764" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59959" + /translation="MCHGGTWAGDYVLNVIATGLSLKARGKRRRQRWVDDGRVLALGE + SRRSSAISVADVVASLTRDVADFPVPGVEFKDLTPLFADRRGLAAVTEALADRASGAD + LVAGVDARGFLVAAAVATRLEVGVLAVRKGGKLPRPVLSEEYYREYGAATLEILAEGI + EVAGRRVVIIDDVLATGGTIGATRRLLERGGANVAGAAVVVELAGLSGRAALAPLPVH + SLSRL" + gene complement(2882863..2884536) + /locus_tag="BQ2027_MB2616C" + CDS complement(2882863..2884536) + /locus_tag="BQ2027_MB2616C" + /note="Mb2616c, -, len: 557 aa. Equivalent to Rv2585c, + len: 557 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 557 aa overlap). Possible conserved + lipoprotein precursor, possibly attached to the membrane + by a lipid anchor and substrate-binding protein involved + in transport, equivalent to + Q49646|YP85_MYCLE|ML0489|MLCB1259.07|B1177_C2_197 + HYPOTHETICAL LIPOPROTEIN PRECURSOR from Mycobacterium + leprae (555 aa), FASTA scores: opt: 2812, E(): 9.8e-158, + (78.95% identity in 546 aa overlap); and C-terminus highly + similar to C-terminus of Q49638|DCIAE|B1177_C1_166 DCIAE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (344 aa), FASTA scores: + opt: 1177, E(): 7.4e-62, (78.6% identity in 229 aa + overlap). Also similar in part to various proteins, + principally substrate-binding proteins, e.g. O87329|DCIAE + DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (502 aa), FASTA scores: opt: 614, + E(): 1.2e-28, (30.7% identity in 427 aa overlap); + Q9AKR0|OPPA|CAC49261 PUTATIVE OLIGOPEPTIDE UPTAKE ABC + TRANSPORTER PERIPLASMIC SOLUTE-BINDING PROTEIN PRECURSOR + from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (532 aa), + FASTA scores: opt: 209, E(): 7.7e-05, (22.85% identity in + 460 aa overlap); P76128|YDDS_ECOLI|B1487|P77769|P76874 + PUTATIVE ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC BINDING PROTEIN from + Escherichia coli strain K12 (516 aa), FASTA scores: opt: + 182, E(): 0.0029, (20.0% identity in 315 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2616c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2616c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN" + /protein_id="SIU01234.1" + /db_xref="GOA:P59984" + /db_xref="InterPro:IPR000914" + /db_xref="InterPro:IPR039424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59984" + /translation="MAPRRRRHTRIAGLRVVGTATLVAATTLTACSGSAAAQIDYVVD + GALVTYNTNTVIGAASAGAQAFARTLTGFGYHGPDGQVVADRDFGTVSVVEGSPLILD + YQISDDAVYSDGRPVTCDDLVLAWAAQSGRFPGFDAATQAGYVDIANIECTAGQKKAR + VSFIPDRSVVDHSQLFTATSLMPSHVIADQLHIDVTAALLSNNVSAVEQIARLWNSTW + DLKPGRSHDEVRSRFPSSGPYKIESVLDDGAVVLVANDRWWGTKAITKRITVWPQGAD + IQDRVNNRSVDVVDVAAGSSGSLVTPDSYQRTDYPSAGIEQLIFAPQGSLAQSRTRRA + LALCVPRDAIARDAGVPIANSRLSPATDDALTDADGAAEARQFGRVDPAAARDALGGT + PLTVRIGYGRPNARLAATIGTIADACAPAGITVSDVTVDTPGPQALRDGKIDVLLAST + GGATGSGSSGSSAMDAYDLHSGNGNNLSGYANAQIDGIISALAVSADPAERARLLAEA + APVLWDEMPTLPLYRQQRTLLMSTKMYAVSRNPTRWGAGWNMDRWALAR" + gene complement(2884542..2885870) + /gene="secF" + /locus_tag="BQ2027_MB2617C" + CDS complement(2884542..2885870) + /gene="secF" + /locus_tag="BQ2027_MB2617C" + /note="Mb2617c, secF, len: 442 aa. Equivalent to Rv2586c, + len: 442 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 442 aa overlap). Probable secF, + protein-export membrane protein (integral membrane + protein), equivalent to + P38386|SECF_MYCLE|SECF|ML0488|MLCB1259.06|B1177_C3_239 + PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae + (471 aa), FASTA scores: opt: 1910, E(): 2.9e-104, (72.15% + identity in 456 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9AE06|SECF from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (403 aa), FASTA scores: opt: 1198, + E(): 9.8e-63, (47.1% identity in 399 aa overlap); + Q53956|SECF_STRCO|SCL2.05c from Streptomyces coelicolor + (373 aa), FASTA scores: opt: 670, E(): 6.4e-32, (39.25% + identity in 400 aa overlap); Q55611|SECF_SYNY3|SLR0775 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (315 aa), FASTA + scores: opt: 416, E(): 3.8e-17, (33.8% identity in 296 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE SECD/SECF FAMILY, SECF + FAMILY. PART OF THE PROKARYOTIC PROTEIN TRANSLOCATION + APPARATUS WHICH COMPRISE SECA|Rv3240c, SECD|Rv2587c, + SECE|Rv0638, SECF, SECG|Rv1440 AND SECY|Rv0732. Protein + product from Mb2617c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2617c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN SECF" + /protein_id="SIU01235.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Q8" + /db_xref="InterPro:IPR005665" + /db_xref="InterPro:IPR022645" + /db_xref="InterPro:IPR022646" + /db_xref="InterPro:IPR022813" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q8" + /translation="MASKAKTGRDDEATSAVELTEATESAVARTDGDSTTDTASKLGH + HSFLSRLYTGTGAFEVVGRRRLWFGVSGAIVAVAIASIVFRGFTFGIDFKGGTTVSFP + RGSTQVAQVEDVYYRALGSEPQSVVIVGAGASATVQIRSETLTSDQTAKLRDALFEAF + GPKGTDGQPSKQAISDSAVSETWGGQITKKAVIALVVFLVLVALYITVRYERYMTISA + ITAMLFDLTVTAGVYSLVGFEVTPATVIGLLTILGFSLYDTVIVFDKVEENTHGFQHT + TRRTFAEQANLAINQTFMRSINTSLIGVLPVLTLMVVAVWLLGVGTLKDLALVQLIGI + IIGTYSSIFFATPLLVTLRERTELVRNHTRRVLKRRNSGSPAGSEDASTDGGEQPAAA + DEQSLVGITQASSQSAPRAAQGSSKPAPGARPVRPVGTRRPPGKRNAGRR" + gene complement(2885874..2887595) + /gene="secD" + /locus_tag="BQ2027_MB2618C" + CDS complement(2885874..2887595) + /gene="secD" + /locus_tag="BQ2027_MB2618C" + /note="Mb2618c, secD, len: 573 aa. Equivalent to Rv2587c, + len: 573 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 573 aa overlap).Probable secD, + protein-export membrane protein (integral membrane + protein), equivalent to + P38387|SECD_MYCLE|ML0487|MLCB1259.05|B1177_C1_164 + PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae + (571 aa), FASTA scores: opt: 2948, E(): 2.6e-97, (80.6% + identity in 583 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9AE07|SECD from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (637 aa), FASTA scores: opt: 1023, + E(): 1.9e-29, (44.95% identity in 596 aa overlap); + Q53955|SECD_STRCO from Streptomyces coelicolor (570 aa), + FASTA scores: opt: 864, E(): 7.2e-24, (38.0% identity in + 584 aa overlap); O33517|SECD_RHOCA from Rhodobacter + capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (554 aa), FASTA + scores: opt: 551, E(): 7.6e-13, (32.25% identity in 304 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK46977 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (554 aa) but longer 19 aa. + BELONGS TO THE SECD/SECF FAMILY, SECD FAMILY. PART OF THE + PROKARYOTIC PROTEIN TRANSLOCATION APPARATUS WHICH COMPRISE + SECA|Rv3240c, SECD, SECE|Rv0638, SECF|Rv2586c, SECG|Rv1440 + AND SECY|Rv0732. Protein product from Mb2618c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2618c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable protein-export membrane protein secd" + /protein_id="SIU01236.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2G6" + /db_xref="InterPro:IPR005791" + /db_xref="InterPro:IPR022645" + /db_xref="InterPro:IPR022646" + /db_xref="InterPro:IPR022813" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2G6" + /translation="MASSSAPVHPARYLSVFLVMLIGIYLLVFFTGDKHTAPKLGIDL + QGGTRVTLTARTPDGSAPSREALAQAQQIISARVNGLGVSGSEVVVDGDNLVITVPGN + DGSEARNLGQTARLYIRPVLNSMPAQPAAEEPQPAPSAEPQPPGQPAAPPPAQSGAPA + SPQPGAQPRPYPQDPAPSPNPTSPASPPPAPPAEAPATDPRKDLAERIAQEKKLRQST + NQYMQMVALQFQATRCESDDILAGNDDPKLPLVTCSTDHKTAYLLAPSIISGDQIQNA + TSGMDQRGIGYVVDLQFKGPAANIWADYTAAHIGTQTAFTLDSQVVSAPQIQEAIPGG + RTQISGGDPPFTAATARQLANVLKYGSLPLSFEPSEAQTVSATLGLSSLRAGMIAGAI + GLLLVLVYSLLYYRVLGLLTALSLVASGSMVFAILVLLGRYINYTLDLAGIAGLIIGI + GTTADSFVVFFERIKDEIREGRSFRSAVPRGWARARKTIVSGSAVTFLAAAVLYFLAI + GQVKGFAFTLGLTTILDLVVVFLVTWPLVYLASKSSLLAKPAYNGLGAVQQVARERRA + MARTGRG" + gene complement(2887705..2888052) + /gene="yajC" + /locus_tag="BQ2027_MB2619C" + CDS complement(2887705..2888052) + /gene="yajC" + /locus_tag="BQ2027_MB2619C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2619c, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv2588c, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Probable yajC, + secretion factor, a conserved membrane protein (see first + citation below), equivalent to + Q49647|YP88_MYCLE|ML0486|MLCB1259.04|B1177_C3_235 + HYPOTHETICAL 12.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (114 aa), FASTA scores: opt: 499, E(): 2.7e-26, (77.0% + identity in 100 aa overlap). Also similar to other + proteins e.g. Q9AE08 HYPOTHETICAL 13.5 KDA PROTEIN from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (121 + aa), FASTA scores: opt: 222, E(): 5e-08, (39.8% identity + in 103 aa overlap); Q9L292|SCL2.07c PUTATIVE SECRETED + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (169 aa), FASTA + scores: opt: 203, E(): 1.2e-06, (32.05% identity in 106 aa + overlap); Q9CDT0|YWAB UNKNOWN PROTEIN from Lactococcus + lactis (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (110 aa), + FASTA scores: opt: 150, E(): 0.0026, (30.85% identity in + 94 aa overlap); etc. Protein product from Mb2619c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2619c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN SECRETION + FACTOR YAJC" + /protein_id="SIU01237.1" + /db_xref="GOA:P65026" + /db_xref="InterPro:IPR003849" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65026" + /translation="MESFVLFLPFLLIMGGFMYFASRRQRRAMQATIDLHDSLQPGER + VHTTSGLEATIVAIADDTIDLEIAPGVVTTWMKLAIRDRILPDDDIDEELNEDLDKDV + DDVAGERRVTNDS" + gene 2888219..2889568 + /gene="gabT" + /locus_tag="BQ2027_MB2620" + CDS 2888219..2889568 + /gene="gabT" + /locus_tag="BQ2027_MB2620" + /note="Mb2620, gabT, len: 449 aa. Equivalent to Rv2589, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Probable gabT, + 4-aminobutyrate aminotransferase (EC 2.6.1.9), equivalent + to P40829|GABT_MYCLE|ML0485|MLCB1259.03c|B1177_F2_67 + 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE (446 aa), FASTA scores: + opt: 2468, E(): 4.5e-141, (83.75% identity in 449 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. O86823|GABT + from Streptomyces coelicolor (444 aa), FASTA scores: opt: + 1832, E(): 8e-103, (63.9% identity in 443 aa overlap); + AAK79395|CAC1427 from Clostridium acetobutylicum (445 aa), + FASTA scores: opt: 1283, E(): 8.4e-70, (45.75% identity in + 433 aa overlap); Q9KE66|BH0991 from Bacillus halodurans + (443 aa), FASTA scores: opt: 1224, E(): 2.9e-66, (44.55% + identity in 431 aa overlap); etc. Contains PS00600 + Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment + site. BELONGS TO CLASS-III OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: + PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein product from Mb2620 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2620 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE GABT + (GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE) (GABA TRANSAMINASE) + (GLUTAMATE:SUCCINIC SEMIALDEHYDE TRANSAMINASE) (GABA + AMINOTRANSFERASE) (GABA-AT)" + /protein_id="SIU01238.1" + /db_xref="GOA:P63505" + /db_xref="InterPro:IPR004632" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63505" + /translation="MASLQQSRRLVTEIPGPASQALTHRRAAAVSSGVGVTLPVFVAR + AGGGIVEDVDGNRLIDLGSGIAVTTIGNSSPRVVDAVRTQVAEFTHTCFMVTPYEGYV + AVAEQLNRITPGSGPKRSVLFNSGAEAVENAVKIARSYTGKPAVVAFDHAYHGRTNLT + MALTAKSMPYKSGFGPFAPEIYRAPLSYPYRDGLLDKQLATNGELAAARAIGVIDKQV + GANNLAALVIEPIQGEGGFIVPAEGFLPALLDWCRKNHVVFIADEVQTGFARTGAMFA + CEHEGPDGLEPDLICTAKGIADGLPLSAVTGRAEIMNAPHVGGLGGTFGGNPVACAAA + LATIATIESDGLIERARQIERLVTDRLTTLQAVDDRIGDVRGRGAMIAVELVKSGTTE + PDAGLTERLATAAHAAGVIILTCGMFGNIIRLLPPLTIGDELLSEGLDIVCAILADL" + gene 2889730..2893236 + /gene="fadD9" + /locus_tag="BQ2027_MB2621" + CDS 2889730..2893236 + /gene="fadD9" + /locus_tag="BQ2027_MB2621" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2621, fadD9, len: 1168 aa. Equivalent to Rv2590, + len: 1168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1168 aa overlap). Probable + fadD9, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly + similar to O69484|FADD9 (alias Q9CCT4|FADD9|ML0484 but + longer 14 aa) PUTATIVE ACYL-COA SYNTHETASE from + Mycobacterium leprae (1174 aa), FASTA scores: opt: 5247, + E(): 0, (68.0% identity in 1178 aa overlap); + Q49651|LCLA|B1177_F1_23 PUTATIVE + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE from Mycobacterium + leprae (827 aa), FASTA scores: opt: 3170, E(): 7.1e-181, + (63.9% identity in 770 aa overlap). N-terminal (700 + residues) similar to other long chain fatty acid ligases. + And C-terminus highly similar to C-terminus of Q9XCF2|PSTB + PSTB PROTEIN from Mycobacterium avium (2552 aa), FASTA + scores: opt: 2083, E(): 8.4e-116, (40.8% identity in 1150 + aa overlap) (and weak similarity on N-terminus); + Q49653|POL1|B1177_F2_70 POL1 PROTEIN from Mycobacterium + leprae (400 aa), FASTA scores: opt: 2066, E(): 2e-115, + (76.25% identity in 404 aa overlap). C-terminal part + highly similar to polyketide synthases and peptides + synthases (weak similarity on N-terminus) e.g. + Q10896|Rv0101|MTCY251.20|NRP PROBABLE PEPTIDE SYNTHETASE + from Mycobacterium tuberculosis (2512 aa), FASTA scores: + opt: 1988, E(): 3.7e-110, (40.2% identity in 1181 aa + overlap); etc. Contains PS00455 putative AMP-binding + domain signature, and PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature. SEEMS TO BELONG TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY, AND TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Protein product from Mb2621 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2621 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-CoA LIGASE FADD9 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01239.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1N0" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR010080" + /db_xref="InterPro:IPR013120" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1N0" + /translation="MSINDQRLTRRVEDLYASDAQFAAASPNEAITQAIDQPGVALPQ + LIRMVMEGYADRPALGQRALRFVTDPDSGRTMVELLPRFETITYRELWARAGTLATAL + SAEPAIRPGDRVCVLGFNSVDYTTIDIALIRLGAVSVPLQTSAPVTGLRPIVTETEPT + MIATSIDNLGDAVEVLAGHAPARLVVFDYHGKVDTHREAVEAARARLAGSVTIDTLAE + LIERGRALPATPIADSADDALALLIYTSGSTGAPKGAMYRESQVMSFWRKSSGWFEPS + GYPSITLNFMPMSHVGGRQVLYGTLSNGGTAYYVAKSDLSTLFEDLALVRPTELCFVP + RIWDMVFAEFHSEVDRRLVDGADRAALEAQVKAELRENVLGGRFVMALTGSAPISAEM + TAWVESLLADVHLVEGYGSTEAGMVLNDGMVRRPAVIDYKLVDVPELGYFGTDQPYPR + GELLVKTQTMFPGYYQRPDVTAEVFDPDGFYRTGDIMAKVGPDQFVYLDRRNNVLKLS + QGEFIAVSKLEAVFGDSPLVRQIFIYGNSARAYPLAVVVPSGDALSRHGIENLKPVIS + ESLQEVARAAGLQSYEIPRDFIIETTPFTLENGLLTGIRKLARPQLKKFYGERLERLY + TELADSQSNELRELRQSGPDAPVLPTLCRAAAALLGSTAADVRPDAHFADLGGDSLSA + LSLANLLHEIFGVDVPVGVIVSPASDLRALADHIEAARTGVRRPSFASIHGRSATEVH + ASDLTLDKFIDAATLAAAPNLPAPSAQVRTVLLTGATGFLGRYLALEWLDRMDLVNGK + LICLVRARSDEEAQARLDATFDSGDPYLVRHYRELGAGRLEVLAGDKGEADLGLDRVT + WQRLADTVDLIVDPAALVNHVLPYSQLFGPNAAGTAELLRLALTGKRKPYIYTSTIAV + GEQIPPEAFTEDADIRAISPTRRIDDSYANGYANSKWAGEVLLREAHEQCGLPVTVFR + CDMILADTSYTGQLNLPDMFTRLMLSLAATGIAPGSFYELDAHGNRQRAHYDGLPVEF + VAEAICTLGTHSPDRFVTYHVMNPYDDGIGLDEFVDWLNSPTSGSGCTIQRIADYGEW + LQRFETSLRALPDRQRHTSLLPLLHNYREPAKPICGSIAPTDQFRAAVQEAKIGPDKD + IPHLTAAIIAKYISNLRLLGLL" + gene 2893410..2895050 + /gene="PE_PGRS44" + /locus_tag="BQ2027_MB2622" + CDS 2893410..2895050 + /gene="PE_PGRS44" + /locus_tag="BQ2027_MB2622" + /note="Mb2622, PE_PGRS44, len: 546 aa. Equivalent to + Rv2591, len: 543 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.1% identity in 546 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to others + e.g. O53845|Rv0834c|MTV043.26c from Mycobacterium + tuberculosis (882 aa), FASTA scores: opt: 1813, E(): + 5.8e-66, (55.3% identity in 568 aa overlap). Equivalent to + AAK46982 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (505 aa) but longer 38 aa. Contains PS00583 pfkB family of + carbohydrate kinases signature 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 9 + bp in-frame insertion (*-ggcggcacc) leads to a slightly + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (546 aa versus 543 aa). Mb2622 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs44" + /protein_id="SIU01240.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1N3" + /translation="MSFVTAAPEMLATAAQNVANIGTSLSAANATAAASTTSVLAAGA + DEVSQAIARLFSDYATHYQSLNAQAAAFHHSFVQTLNAAGGAYSSAEAANASAQALEQ + NLLAVINAPAQALFGRPLIGNGANGTAASPNGGDGGILYGNGGNGFSQTTAGVAGGAG + GSAGLIGNGGNGGAGGAGAAGGAGGAGGWLLGNGGAGGPGGPTDVPAGTGGAGGAGGD + APLIGWGGNGGPGGFAAFGNGGAGGNGGASGSLFGVGGAGGVGGSSEDVGGTGGAGGA + GRGLFLGLGGDGGAGGTSNNNGGDGGAGGTAGGRLFSLGGDGGNGGAGTAIGSNAGDG + GAGGDSSALIGYAQGGSGGLGGFGESTGGDGGLGGAGAVLIGTGVGGFGGLGGGSNGT + GGAGGAGGTGATLIGLGAGGGGSIGGFAVNVGNGVGGLGGQGGQGAALIGLGAGGAGG + AGGATVVGLGGNDGDGGDGGGLFSIGVGGDGGNAGNGAMPANGGNGGNAGVIANGSFA + PSFVGFGGNGGNGVNGGTGGTGGSGGILFGANGANGPS" + gene complement(2895067..2896101) + /gene="ruvB" + /locus_tag="BQ2027_MB2623C" + CDS complement(2895067..2896101) + /gene="ruvB" + /locus_tag="BQ2027_MB2623C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2623c, ruvB, len: 344 aa. Equivalent to Rv2592c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Probable ruvB, + Holliday junction binding protein (EC 3.6.1.-) (see first + citation below), equivalent to + P40833|RUVB_MYCLE|ML0483|B1177_C3_227 HOLLIDAY JUNCTION + DNA HELICASE from Mycobacterium leprae (349 aa), FASTA + scores: opt: 2059, E(): 2.1e-106, (94.45% identity in 342 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9AE09|RUVB from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (363 aa), FASTA scores: opt: 1651, + E(): 6.5e-84, (75.6% identity in 332 aa overlap); + Q9L291|RUVB from Streptomyces coelicolor (357 aa), FASTA + scores: opt: 1530, E(): 3e-77, (68.2% identity in 343 aa + overlap); P08577|RUVB_ECOLI|B1860|Z2912|ECS2570 from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (336 aa), FASTA + scores: opt: 1284, E(): 1e-63, (55.45% identity in 330 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE RUVB FAMILY. Protein product + from Mb2623c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2623c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB" + /protein_id="SIU01241.1" + /db_xref="GOA:P66754" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004605" + /db_xref="InterPro:IPR008823" + /db_xref="InterPro:IPR008824" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR041445" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66754" + /translation="MTERSDRDVSPALTVGEGDIDVSLRPRSLREFIGQPRVREQLQL + VIEGAKNRGGTPDHILLSGPPGLGKTSLAMIIAAELGSSLRVTSGPALERAGDLAAML + SNLVEHDVLFIDEIHRIARPAEEMLYLAMEDFRVDVVVGKGPGATSIPLEVAPFTLVG + ATTRSGALTGPLRDRFGFTAHMDFYEPAELERVLARSAGILGIELGADAGAEIARRSR + GTPRIANRLLRRVRDFAEVRADGVITRDVAKAALEVYDVDELGLDRLDRAVLSALTRS + FGGGPVGVSTLAVAVGEEAATVEEVCEPFLVRAGMVARTPRGRVATALAWTHLGMTPP + VGASQPGLFE" + gene complement(2896098..2896688) + /gene="ruvA" + /locus_tag="BQ2027_MB2624C" + CDS complement(2896098..2896688) + /gene="ruvA" + /locus_tag="BQ2027_MB2624C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2624c, ruvA, len: 196 aa. Equivalent to Rv2593c, + len: 196 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 196 aa overlap). Probable ruvA, + Holliday junction binding protein (see citations below), + equivalent to P40832|RUVA_MYCLE|ML0482|B1177_C2_188 + HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE from Mycobacterium leprae + (203 aa), FASTA scores: opt: 923, E(): 9.9e-50, (76.85% + identity in 203 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9L290|RUVA from Streptomyces coelicolor (201 aa) + (201 aa), FASTA scores: opt: 549, E(): 8.2e-27, (47.55% + identity in 204 aa overlap); Q9AE10|RUVA from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (206 + aa), FASTA scores: opt: 440, E(): 4e-20, (47.1% identity + in 206 aa overlap); P08576|RUVA_ECOLI|B1861|Z2913|ECS2571 + from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (203 aa), + FASTA scores: opt: 312, E(): 2.8e-12, (34.85% identity in + 201 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RUVA FAMILY. Protein + product from Mb2624c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2624c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA" + /protein_id="SIU01242.1" + /db_xref="GOA:P66745" + /db_xref="InterPro:IPR000085" + /db_xref="InterPro:IPR003583" + /db_xref="InterPro:IPR010994" + /db_xref="InterPro:IPR011114" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR013849" + /db_xref="InterPro:IPR036267" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66745" + /translation="MIASVRGEVLEVALDHVVIEAAGVGYRVNATPATLATLRQGTEA + RLITAMIVREDSMTLYGFPDGETRDLFLTLLSVSGVGPRLAMAALAVHDAPALRQVLA + DGNVAALTRVPGIGKRGAERMVLELRDKVGVAATGGALSTNGHAVRSPVVEALVGLGF + AAKQAEEATDTVLAANHDATTSSALRSALSLLGKAR" + gene complement(2896685..2897251) + /gene="ruvC" + /locus_tag="BQ2027_MB2625C" + CDS complement(2896685..2897251) + /gene="ruvC" + /locus_tag="BQ2027_MB2625C" + /note="Mb2625c, ruvC, len: 188 aa. Equivalent to Rv2594c, + len: 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 188 aa overlap). Probable ruvC, + Holliday junction resolvase (EC 3.1.22.4) (see citations + below), equivalent to + P40834|RUVC_MYCLE|ML0481|B1177_C3_226 CROSSOVER JUNCTION + ENDODEOXYRIBONUCLEASE from Mycobacterium leprae (188 aa), + FASTA scores: opt: 984, E(): 2.3e-55, (81.0% identity in + 184 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9AE11|RUVC from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (221 aa), FASTA scores: opt: 713, + E(): 3.6e-38, (56.9% identity in 188 aa overlap); + Q9L289|RUVC_STRCO|SCL2.10c from Streptomyces coelicolor + (188 aa), FASTA scores: opt: 704, E(): 1.2e-37, (60.65% + identity in 178 aa overlap); P24239|RUVC_ECOLI|B1863 from + Escherichia coli strain K12 (172 aa), FASTA scores: opt: + 322, E(): 1.6e-13, (38.65% identity in 163 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE RUVC FAMILY. COFACTOR: MAGNESIUM. + Mb2625c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CROSSOVER JUNCTION + ENDODEOXYRIBONUCLEASE RUVC (HOLLIDAY JUNCTION NUCLEASE) + (HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE)" + /protein_id="SIU01243.1" + /db_xref="GOA:P66761" + /db_xref="InterPro:IPR002176" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR020563" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66761" + /translation="MRVMGVDPGLTRCGLSLIESGRGRQLTALDVDVVRTPSDAALAQ + RLLAISDAVEHWLDTHHPEVVAIERVFSQLNVTTVMGTAQAGGVIALAAAKRGVDVHF + HTPSEVKAAVTGNGSADKAQVTAMVTKILALQAKPTPADAADALALAICHCWRAPTIA + RMAEATSRAEARAAQQRHAYLAKLKAAR" + gene 2897360..2897605 + /gene="vapb40" + /locus_tag="BQ2027_MB2626" + CDS 2897360..2897605 + /gene="vapb40" + /locus_tag="BQ2027_MB2626" + /note="Mb2626, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv2595, len: + 81 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with various bacterial + proteins e.g. O28268|AF2011 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Archaeoglobus fulgidus (86 aa), FASTA scores: opt: + 120, E(): 0.13, (34.35% identity in 67 aa overlap); + CAC46196|SMC01176 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (79 aa), FASTA + scores: opt: 119, E(): 0.14, (33.35% identity in 63 aa + overlap); P37554|SP5T_BACSU|SPOVT STAGE V SPORULATION + PROTEIN T from Bacillus subtilis (178 aa), FASTA scores: + opt: 104, E(): 2.9, (51.45% identity in 35 aa overlap); + etc. Also similar to O07779|Rv0599c|MTCY19H5.23 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (78 + aa), FASTA scores: opt: 160, E(): 0.00026, (35.8% identity + in 81 aa overlap). Protein product from Mb2626 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2626 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb40" + /protein_id="SIU01244.1" + /db_xref="GOA:P65028" + /db_xref="InterPro:IPR007159" + /db_xref="InterPro:IPR037914" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65028" + /translation="MRTTIDVAGRLVIPKRIRERLGLRGNDQVEITERDGRIEIEPAP + TGVELVREGSVLVARPERPLPPLTDEIVRETLDRTRR" + gene 2897602..2898006 + /gene="vapc40" + /locus_tag="BQ2027_MB2627" + CDS 2897602..2898006 + /gene="vapc40" + /locus_tag="BQ2027_MB2627" + /note="Mb2627, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv2596, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 134 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, only similar to O07780|Rv0598c|MTCY19H5.24 + HYPOTHETICAL 14.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (137 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): + 8.8e-11, (41.55% identity in 130 aa overlap). Protein + product from Mb2627 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2627 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc40. contains pin domain." + /protein_id="SIU01245.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R7" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R7" + /translation="MIAPDTSVLVAGFATWHEGHEAAVRALNRGVHLIAHAAVETYSV + LTRLPPPHRIAPVAVHAYLADITSSNYLALDARSYRGLTDHLAEHDVTGGATYDALVG + FTAKAAGAKLLTRDLRAVETYERLRVEVELVT" + gene 2898223..2898843 + /locus_tag="BQ2027_MB2628" + CDS 2898223..2898843 + /locus_tag="BQ2027_MB2628" + /note="Mb2628, -, len: 206 aa. Equivalent to Rv2597, len: + 206 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 206 aa overlap). Probable membrane + protein. Protein product from Mb2628 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2628 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01246.1" + /db_xref="GOA:P65030" + /db_xref="InterPro:IPR025235" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65030" + /translation="MGNLLVVIAVALFIAAIVVLVVAIRRPKTPATPGGRRDPLAFDA + MPQFGPRQLGPGAIVSHGGIDYVVRGSVTFREGPFVWWEHLLEGGDTPTWLSVQEDDG + RLELAMWVKRTDLGLQPGGQHVIDGVTFQETERGHAGYTTEGTTGLPAGGEMDYVDCA + SAGQGADESMLLSFERWAPDMGWEIATGKSVLAGELTVYPAPPVSA" + gene 2898854..2899348 + /locus_tag="BQ2027_MB2629" + CDS 2898854..2899348 + /locus_tag="BQ2027_MB2629" + /note="Mb2629, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv2598, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 164 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with hypothetical + proteins from Streptomyces coelicolor e.g. + Q9X8S3|SCH10.34c (185 aa), FASTA scores: opt: 197, E(): + 3.5e-06, (34.75% identity in 167 aa overlap); and + Q9L088|SCC24.29c (172 aa), FASTA scores: opt: 149, E(): + 0.0053, (37.65% identity in 146 aa overlap). Equivalent to + AAK46988 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (154 aa) but longer 10 aa. Mb2629 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01247.1" + /db_xref="InterPro:IPR024486" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65032" + /translation="MPLHQLAIAPVDVSGALLGLVLNAPAPRPLATHRLAHTDGSALQ + LGVLGASHVVTVEGRFCEEVSCVARSRGGDLPESTHAPGYHLQSHTETHDEAAFRRLA + RHLRERCTRATGWLGGVFPGDDAALTALAAEPDGTGWRWRTWHLYPSASGGTVVHTTS + RWRP" + gene 2899345..2899776 + /locus_tag="BQ2027_MB2630" + CDS 2899345..2899776 + /locus_tag="BQ2027_MB2630" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2630, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv2599, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 143 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to Q9K536|2599 HYPOTHETICAL + 15.0 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from Mycobacterium + paratuberculosis (143 aa), FASTA scores: opt: 691, E(): + 1.7e-33, (68.55% identity in 143 aa overlap). Shows weak + similarity with Q9L089|SCC24.28c PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Streptomyces coelicolor (131 aa), FASTA scores: opt: 130, + E(): 0.52, (26.45% identity in 136 aa overlap). Contains + PS00626 Regulator of chromosome condensation (RCC1) + signature 2. Protein product from Mb2630 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2630 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01248.1" + /db_xref="InterPro:IPR025341" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y235" + /translation="MSRNRLFLVAGILAVAAAVSLISGITLLNRDVGSYIASHYRQES + RDVNGTRYLCTGSPKQVATTLVKYQTPAARASHTDTEYLRYRNNIVTVGPDGTYPCII + RVENLSAGYNHGAYVFLGPGFTPGSPSGGSGGSPGGPGGSK" + gene 2899858..2900259 + /locus_tag="BQ2027_MB2631" + CDS 2899858..2900259 + /locus_tag="BQ2027_MB2631" + /note="Mb2631, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv2600, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent (but shorter 18 aa) + to Q9K537|YQ00_MYCPA HYPOTHETICAL PROTEIN RV2600 HOMOLOG + from Mycobacterium paratuberculosis (151 aa), FASTA + scores: opt: 543, E(): 4.2e-28, (62.9% identity in 132 aa + overlap). Also some similarity with other hypothetical or + membrane proteins e.g. Q9L090|SCC24.27c PUTATIVE INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor (146 aa), + FASTA scores: opt: 241, E(): 8.7e-09, (34.8% identity in + 135 aa overlap); O58487|PH0773 HYPOTHETICAL 15.0 KDA + PROTEIN from Pyrococcus horikoshii (138 aa), FASTA scores: + opt: 116, E(): 0.84, (34.35% identity in 96 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK46990 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (152 aa) but shorter 19 aa. + Mb2631 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01249.1" + /db_xref="GOA:P68914" + /db_xref="InterPro:IPR007140" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68914" + /translation="MVATVLYFLVGAAVLVAGFLMVNLLTPGDLRRLVFIDRRPNAVV + LAATMYVALAIVTIAAIYASSNQLAQGLIGVAVYGIVGVALQGVALVILEIAVPGRFR + EHIDAPALHPAVFATAVMLLAVAGVIAAALS" + gene 2900256..2901827 + /gene="speE" + /locus_tag="BQ2027_MB2632" + CDS 2900256..2901827 + /gene="speE" + /locus_tag="BQ2027_MB2632" + /note="Mb2632, speE, len: 523 aa. Equivalent to Rv2601, + len: 523 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 523 aa overlap). Probable speE, + spermidine synthase (EC 2.5.1.16), highly similar to many + e.g. Q9L091|SCC24.26c from Streptomyces coelicolor (531 + aa), FASTA scores: opt: 1493, E(): 1.3e-79, (48.45% + identity in 514 aa overlap); Q9X8S2|SCH10.33c from + Streptomyces coelicolor (554 aa), FASTA scores: opt: 1045, + E(): 1.7e-53, (40.55% identity in 525 aa overlap); + P09158|SPEE_ECOLI|B0121 from Escherichia coli strain K12 + (287 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): 2.9e-14, (30.5% + identity in 272 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2632 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable spermidine synthase spee (putrescine + aminopropyltransferase) (aminopropyltransferase) (spdsy)" + /protein_id="SIU01250.1" + /db_xref="GOA:Q7TY95" + /db_xref="InterPro:IPR001045" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR030373" + /db_xref="InterPro:IPR030374" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY95" + /translation="MTSTRQAGEATEASVRWRAVLLAAVAACAACGLVYELALLTLAA + SLNGGGIVATSLIVAGYIAALGAGALLIKPLLAHAAIAFIAVEAVLGIIGGLSAAALY + AAFAFLDELDGSTLVLAVGTALIGGLVGAEVPLLMTLLQRGRVAGAADAGRTLANLNA + ADYLGALVGGLAWPFLLLPQLGMIRGAAVTGIVNLAAAGVVSIFLLRHVVSGRQLVTA + LCALAAALGLIATLLVHSHDIETTGRQQLYADPIIAYRHSAYQEIVVTRRGDDLRLYL + DGGLQFCTRDEYRYTESLVYPAVSDGARSVLVLGGGDGLAARELLRQPGIEQIVQVEL + DPAVIELARTTLRDVNAGSLDNPRVHVVIDDAMSWLRGAAVPPAGFDAVIVDLRDPDT + PVLGRLYSTEFYALAARALAPGGLMVVQAGSPYSTPTAFWRIISTIRSAGYAVTPYHV + HVPTFGDWGFALARLTDIAPTPAVPSTAPALRFLDQQVLEAATVFSGDIRPRTLDPST + LDNPHIVEDMRHGWD" + gene 2901938..2902225 + /gene="vapb41" + /locus_tag="BQ2027_MB2633" + CDS 2901938..2902225 + /gene="vapb41" + /locus_tag="BQ2027_MB2633" + /note="Mb2633, -, len: 95 aa. Equivalent to Rv2601A, len: + 95 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.000% identity in 95 aa overlap). Mb2633 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb41" + /protein_id="SIU01251.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1N9" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR013321" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1N9" + /translation="MKTTLDLPDELMRAIKVRAAQQGRKMKDVVTELLRSGLSQTHSG + APIPTPRRVQLPLVHCGGAATREQEMTPERVAAALLDQEAQWWSGHDDAAL" + gene 2902212..2902652 + /gene="vapc41" + /locus_tag="BQ2027_MB2634" + CDS 2902212..2902652 + /gene="vapc41" + /locus_tag="BQ2027_MB2634" + /note="Mb2634, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv2602, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 146 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some weak similarity with proteins + from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv and + CDC1551) e.g. O50457|Rv1242|MTV006.14 (143 aa), FASTA + scores: opt: 147, E(): 0.0021, (26.25% identity in 141 aa + overlap); P95023|Rv2530c|MTCY159.26 (139 aa), FASTA + scores: opt: 131, E(): 0.027, (33.35% identity in 135 aa + overlap); O53812|Rv0749|MTV041.23 (142 aa), FASTA scores: + opt: 125, E(): 0.072, (26.45% identity in 140 aa overlap). + Protein product from Mb2634 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2634 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc41. contains pin domain." + /protein_id="SIU01252.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1P7" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P7" + /translation="MLLCDTNIWLALALSGHVHHRASRAWLDTINAPGVIHFCRATQQ + SLLRLLTNRTVLGAYGSPPLTNREAWAAYAAFLDDDRIVLAGAEPDGLEAQWRAFAVR + QSPAPKVWMDAYLAAFALTGGFELVTTDTAFTQYGGIELRLLAK" + gene complement(2902673..2903428) + /locus_tag="BQ2027_MB2635C" + CDS complement(2902673..2903428) + /locus_tag="BQ2027_MB2635C" + /note="Mb2635c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv2603c, + len: 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Highly conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49645|YQ03_MYCLE|ML0475|U1177B|B1177_C2_181 HYPOTHETICAL + 26.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA + scores: opt: 1514, E(): 2.2e-84, (92.45% identity in 251 + aa overlap). Also highly similar to Q9L288|SCL2.11c + HYPOTHETICAL 26.8 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (250 aa), FASTA scores: opt: 1268, E(): 1.5e-69, (76.7% + identity in 249 aa overlap); Q9AE12|YFCA HYPOTHETICAL + STRUCTURAL PROTEIN from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (251 aa), FASTA scores: opt: 1231, + E(): 2.6e-67, (72.9% identity in 251 aa overlap); + O83487|Y474_TREPA|TP0474 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Treponema pallidum (245 aa), FASTA scores: opt: 780, E(): + 4.4e-40, (47.75% identity in 245 aa overlap); + P24237|YEBC_ECOLI|B1864 PROTEIN YEBC from Escherichia coli + strain K12 (246 aa), FASTA scores: opt: 776, E(): 7.6e-40, + (47.8% identity in 249 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2635c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2635c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable transcriptional regulatory protein + YebC" + /protein_id="SIU01253.1" + /db_xref="GOA:P67178" + /db_xref="InterPro:IPR002876" + /db_xref="InterPro:IPR017856" + /db_xref="InterPro:IPR026564" + /db_xref="InterPro:IPR029072" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67178" + /translation="MSGHSKWATTKHKKAVVDARRGKMFARLIKNIEVAARVGGGDPA + GNPTLYDAIQKAKKSSVPNENIERARKRGAGEEAGGADWQTIMYEGYAPNGVAVLIEC + LTDNRNRAASEVRVAMTRNGGTMADPGSVSYLFSRKGVVTLEKNGLTEDDVLAAVLEA + GAEDVNDLGDSFEVISEPAELVAVRSALQDAGIDYESAEASFQPSVSVPVDLDGARKV + FKLVDALEDSDDVQNVWTNVDVSDEVLAALDDE" + gene complement(2903561..2904157) + /gene="snop" + /locus_tag="BQ2027_MB2636C" + CDS complement(2903561..2904157) + /gene="snop" + /locus_tag="BQ2027_MB2636C" + /note="Mb2636c, -, len: 198 aa. Equivalent to Rv2604c, + len: 198 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 198 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent (but shorter 21 aa) to + Q49637|HISH|B1177_C1_149 HISH PROTEIN (BELONGS TO THE + YFL060C/YAAE/HI1648 FAMILY) (alias Q9CCT5|ML0474 + HYPOTHETICAL PROTEIN 223 aa) from Mycobacterium leprae + (219 aa), FASTA scores: opt: 1069, E(): 1.7e-60, (83.35% + identity in 198 aa overlap). Also highly similar to + hypothetical proteins or amidotransferases e.g. + Q9L287|SCL2.12c HYPOTHETICAL 21.5 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (202 aa), FASTA scores: opt: 702, + E(): 2.3e-37, (56.75% identity in 192 aa overlap); + P37528|YAAE_BACSU HYPOTHETICAL 21.4 KDA PROTEIN from + Bacillus subtilis (196 aa), FASTA scores: opt: 608, E(): + 1.9e-31, (48.7% identity in 189 aa overlap); Q9KGN5|BH0023 + AMIDOTRANSFERASE from Bacillus halodurans (196 aa), FASTA + scores: opt: 583, E(): 7.4e-30, (48.7% identity in 195 aa + overlap); etc. Also some similarity with several proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O06589|HIS5_MYCTU|Rv1602|MT1638|MTCY336.02c + AMIDOTRANSFERASE (EC 2.4.2.-) (206 aa), FASTA scores: opt: + 154, E(): 0.00036, (30.6% identity in 193 aa overlap). + Protein product from Mb2636c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2636c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable glutamine amidotransferase snop" + /protein_id="SIU01254.1" + /db_xref="GOA:Q7TY92" + /db_xref="InterPro:IPR002161" + /db_xref="InterPro:IPR021196" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY92" + /translation="MSVPRVGVLALQGDTREHLAALRECGAEPMTVRRRDELDAVDAL + VIPGGESTTMSHLLLDLDLLGPLRARLADGLPAYGSCAGMILLASEILDAGAAGRQAL + PLRAMNMTVRRNAFGSQVDSFEGDIEFAGLDDPVRAVFIRAPWVERVGDGVQVLARAA + GHIVAVRQGAVLATAFHPEMTGDRRIHQLFVDIVTSAA" + gene complement(2904165..2905010) + /gene="tesB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2637C" + CDS complement(2904165..2905010) + /gene="tesB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2637C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2637c, tesB2, len: 281 aa. Equivalent to Rv2605c, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 281 aa overlap). Probable tesB2, + acyl-CoA thioesterase II (EC 3.1.2.-), highly similar to + others e.g. Q98EG9|MLL4250 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (286 aa), FASTA scores: opt: 563, + E(): 3.9e-29, (47.75% identity in 287 aa overlap); + CAC47767 from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + (294 aa), FASTA scores: opt: 553, E(): 1.8e-28, (49.3% + identity in 280 aa overlap); P23911|TESB_ECOLI|B0452 from + Escherichia coli strain K12 (285 aa), FASTA scores: opt: + 487, E(): 3.1e-24, (41.9% identity in 277 aa overlap); + etc. Also similar to O06135|TESB1|Rv1618|MTCY01B2.10 + ACYL-COA THIOESTERASE II from Mycobacterium tuberculosis + (300 aa), FASTA scores: opt: 425, E(): 1.1e-21, (34.9% + identity in 278 aa overlap). BELONGS TO THE C/M/P + THIOESTER HYDROLASE FAMILY. Protein product from Mb2637c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2637c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA THIOESTERASE II TESB2 (TEII)" + /protein_id="SIU01255.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3T0" + /db_xref="InterPro:IPR003703" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR042171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T0" + /translation="MSIEEILDLEQLEVNIYRGSVFSPESGFLQRTFGGHVAGQSLVS + AVRTVDPRYMVHSLHGYFLRPGDAKERTVFLVERIRDGGSLCTRRVNAVQHGETIFSM + AASFQTEQEGITHQDVMPAAPPPDGLPGLNSIKVFDDAGFRQFDEWDVCIVPRERLRL + LPGKASQQQVWLRHRDPLPDDPVLHICALAYMSDLTLLGSAQVNHLDVRDQLQVASLD + HAMWFMRPFRADEWLLYDQSSPSASGGRALTRGEIFTRSGEMVAAVMQEGLTRHRRGH + RSVGQ" + gene complement(2905039..2905938) + /gene="snzp" + /locus_tag="BQ2027_MB2638C" + CDS complement(2905039..2905938) + /gene="snzp" + /locus_tag="BQ2027_MB2638C" + /note="Mb2638c, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv2606c, + len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O07145|YQ06_MYCLE|ML0450|MLCL581.12c HYPOTHETICAL 35.6 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (307 aa), FASTA scores: + opt: 1686, E(): 1.5e-95, (89.7% identity in 291 aa + overlap). Also highly similar to other hypothetical + proteins (or product of pyroA gene) e.g. Q9L286|SCL2.13c + HYPOTHETICAL 32.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (303 aa), FASTA scores: opt: 1461, E(): 7.6e-82, (76.8% + identity in 293 aa overlap); + O14027|YEM4_SCHPO|SPAC29B12.04 HYPOTHETICAL 31.4 KDA + PROTEIN from Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) + (296 aa), FASTA scores: opt: 1318, E(): 3.8e-73, (70.35% + identity in 290 aa overlap); Q9UW83|PYROA PROTEIN INVOLVED + IN PYRIDOXINE BIOSYNTHESIS from Emericella nidulans + (Aspergillus nidulans) (see citation below) (304 aa), + FASTA scores: opt: 1288, E(): 2.6e-71, (67.9% identity in + 302 aa overlap); etc. Protein product from Mb2638c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2638c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible pyridoxine biosynthesis protein snzp" + /protein_id="SIU01256.1" + /db_xref="GOA:P60795" + /db_xref="InterPro:IPR001852" + /db_xref="InterPro:IPR011060" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR033755" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60795" + /translation="MDPAGNPATGTARVKRGMAEMLKGGVIMDVVTPEQARIAEGAGA + VAVMALERVPADIRAQGGVSRMSDPDMIEGIIAAVTIPVMAKVRIGHFVEAQILQTLG + VDYIDESEVLTPADYAHHIDKWNFTVPFVCGATNLGEALRRISEGAAMIRSKGEAGTG + DVSNATTHMRAIGGEIRRLTSMSEDELFVAAKELQAPYELVAEVARAGKLPVTLFTAG + GIATPADAAMMMQLGAEGVFVGSGIFKSGAPEHRAAAIVKATTFFDDPDVLAKVSRGL + GEAMVGINVDEIAVGHRLAQRGW" + gene 2906066..2906740 + /gene="pdxH" + /locus_tag="BQ2027_MB2639" + CDS 2906066..2906740 + /gene="pdxH" + /locus_tag="BQ2027_MB2639" + /note="Mb2639, pdxH, len: 224 aa. Equivalent to Rv2607, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Probable pdxH, + pyridoxinephosphate oxidase (EC 1.4.3.5), equivalent to + O33065|PDXH_MYCLE|ML2131|MLCB57.46 PYRIDOXAMINE + 5'-PHOSPHATE OXIDASE from Mycobacterium leprae (219 aa), + FASTA scores: opt: 1038, E(): 8.3e-61, (67.1% identity in + 219 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9I4S5|PDXH|PA1049 from Pseudomonas aeruginosa (215 aa), + FASTA scores: opt: 608, E(): 1.1e-32, (49.55% identity in + 218 aa overlap); Q9K3V7|SCD10.19c from Streptomyces + coelicolor (234 aa), FASTA scores: opt: 600, E(): 3.9e-32, + (42.3% identity in 234 aa overlap); + P28225|PDXH_ECOLI|B1638 from Escherichia coli strain K12 + (217 aa), FASTA scores: opt: 533, E(): 8.9e-28, (40.3% + identity in 216 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE FAMILY. COFACTOR: FMN. + Protein product from Mb2639 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2639 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE PDXH + (PNP/PMP OXIDASE) (PYRIDOXINEPHOSPHATE OXIDASE) (PNPOX) + (PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE)" + /protein_id="SIU01257.1" + /db_xref="GOA:P65683" + /db_xref="InterPro:IPR000659" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019576" + /db_xref="InterPro:IPR019740" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65683" + /translation="MDDDAQMVAIDKDQLARMRGEYGPEKDGCGDLDFDWLDDGWLTL + LRRWLNDAQRAGVSEPNAMVLATVADGKPVTRSVLCKILDESGVAFFTSYTSAKGEQL + AVTPYASATFPWYQLGRQAHVQGPVSKVSTEEIFTYWSMRPRGAQLGAWASQQSRPVG + SRAQLDNQLAEVTRRFADQDQIPVPPGWGGYRIAPEIVEFWQGRENRMHNRIRVANGR + LERLQP" + gene 2906914..2908656 + /gene="PPE42" + /locus_tag="BQ2027_MB2640" + CDS 2906914..2908656 + /gene="PPE42" + /locus_tag="BQ2027_MB2640" + /note="Mb2640, PPE42, len: 580 aa. Equivalent to Rv2608, + len: 580 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 580 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. O06828|Rv1430|MTCY493.24c from Mycobacterium + tuberculosis (528 aa), FASTA scores: opt: 1004, E(): + 5.9e-48, (56.05% identity in 307 aa overlap). Mb2640 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe42" + /protein_id="SIU01258.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y246" + /translation="MNFAVLPPEVNSARIFAGAGLGPMLAAASAWDGLAEELHAAAGS + FASVTTGLAGDAWHGPASLAMTRAASPYVGWLNTAAGQAAQAAGQARLAASAFEATLA + ATVSPAMVAANRTRLASLVAANLLGQNAPAIAAAEAEYEQIWAQDVAAMFGYHSAASA + VATQLAPIQEGLQQQLQNVLAQLASGNLGSGNVGVGNIGNDNIGNANIGFGNRGDANI + GIGNIGDRNLGIGNTGNWNIGIGITGNGQIGFGKPANPDVLVVGNGGPGVTALVMGGT + DSLLSLPNIPLLEYAARFITPVHPGYTATFLETPSQFFPFTGLNSLTYDVSVAQGVTN + LHTAIMAQLAAGNEVVVFGTSQSATIATFEMRYLQSLPAHLRPGLDELSFTLTGNPNR + PDGGILTRFGFSIPQLGFTLSGATPADAYPTVDYAFQYDGVNDFPKYPLNVFATANAI + AGILFLHSGLIALPPDLASGVVQPVSSPDVLTTYILLPSQDLPLLVPLRAIPLLGNPL + ADLIQPDLRVLVELGYDRTAHQDVPSPFGLFPDVDWAEVAADLQQGAVQGVNDALSGL + GLPPPWQPALPRLF" + gene complement(2908678..2909733) + /locus_tag="BQ2027_MB2641C" + CDS complement(2908678..2909733) + /locus_tag="BQ2027_MB2641C" + /note="Mb2641c, -, len: 351 aa. Equivalent to Rv2609c, + len: 351 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 351 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to O07146|MLCL581.13c|ML0451 + HYPOTHETICAL 37.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (349 aa), FASTA scores: opt: 1675, E(): 1.4e-95, (77.85% + identity in 334 aa overlap). Also similar to hypothetical + proteins: O69888|SC2E1.17|MUTT HYPOTHETICAL 19.4 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor and Streptomyces + lividans (172 aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 3.5e-14, + (44.7% identity in 161 aa overlap); Q9L285|SCL2.14c + HYPOTHETICAL 19.8 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (180 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): 0.00056, (43.25% + identity in 171 aa overlap); and Q9RYE5|DR0004 MUTT/NUDIX + FAMILY PROTEIN from Deinococcus radiodurans (350 aa), + FASTA scores: opt: 153, E(): 0.037, (33.35% identity in + 123 aa overlap). Contains PS00893 mutT domain signature. + BELONGS TO THE MUTT/NUDIX FAMILY. Protein product from + Mb2641c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2641c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01259.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1P9" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1P9" + /translation="MTWLVLAGAVLLVVLVAFGAWGYQTANRLNRLNVRYDLSWQSLD + SALARRAVVARAVAIDAYGGAPQGSRLAALADAAEGAPRHARENAENELSAALAMVNP + ASLPAALIAELADAEARVLLARRFHNDAVRDTLALGERRLVRLLRLGGTAVLPTYFEI + VERPHALVHGDQGASGRRTSARVVLLDDSGAVLLLCGSDPANPAFRDGAAPKWWFTVG + GQVRPGERLAQAAARELAEETGLRVAPADMIGPIWRRDEVFEFNGSLIDSEEFYLVHR + TRRFEPAVQGRTELERRYIRDARWCDANDIAQLVAAGERVYPLQLGELLPAANRLVDV + ALDNGAARDAGVPQPIR" + gene complement(2909733..2910869) + /gene="pimA" + /locus_tag="BQ2027_MB2642C" + CDS complement(2909733..2910869) + /gene="pimA" + /locus_tag="BQ2027_MB2642C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2642c, pimA, len: 378 aa. Equivalent to Rv2610c, + len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 378 aa overlap). pimA, + alpha-mannosyltransferase (EC 2.4.1.-) (see citations + below), equivalent to O07147|MLCL581.14c|ML0452 PUTATIVE + GLYCOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (374 aa), + FASTA scores: opt: 2044, E(): 8.8e-118, (82.25% identity + in 378 aa overlap). N-terminus (from aa 1 to 27) + equivalent to Q9FY7 PUTATIVE ALPHA-MANNOSYL TRANSFERASE + (FRAGMENT) from Mycobacterium smegmatis (27 aa), BLASTP + scores: 57.4 bits (137), E(): 3e-8, Identities = 25/27 + (92%), Positives = 27/27 (99%) (see citation below). Also + highly similar to Q9L284|SCL2.15c PUTATIVE SUGAR + TRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (387 aa), FASTA + scores: opt: 1222, E(): 1.8e-67, (52.95% identity in 376 + aa overlap); and similar in part to various proteins e.g. + Q9YA73|APE2066 LONG HYPOTHETICAL + N-ACETYLGLUCOSAMINYL-PHOSPHATIDYLINOSITOL BIOSYNTHETIC + PROTEIN from Aeropyrum pernix (392 aa), FASTA scores: opt: + 434, E(): 3e-19, (31.5% identity in 378 aa overlap); + Q9UZA1|PAB0827 GALACTOSYLTRANSFERASE OR LPS BIOSYNTHESIS + RFBU RELATED PROTEIN from Pyrococcus abyssi (371 aa), + FASTA scores: opt: 382, E(): 4.3e-16, (28.2% identity in + 383 aa overlap); O26275|MTH173 LPS BIOSYNTHESIS RFBU + RELATED PROTEIN from Methanothermobacter + thermautotrophicus (382 aa), FASTA scores: opt: 372, E(): + 1.8e-15, (28.4% identity in 391 aa overlap); etc. Shows + also some similarity with O05313|Rv1212c|MTCI364.24c + HYPOTHETICAL 41.5 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (387 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 1.1e + -07, (28.4% identity in 402 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb2642c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2642c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALPHA-MANNOSYLTRANSFERASE PIMA" + /protein_id="SIU01260.1" + /db_xref="GOA:Q7TY88" + /db_xref="InterPro:IPR028098" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY88" + /translation="MRIGMICPYSFDVPGGVQSHVLQLAEVMRTRGHLVSVLAPASPH + AALPDYFVSGGRAVPIPYNGSVARLRFGPATHRKVKKWLAHGDFDVLHLHEPNAPSLS + MLALNIAEGPIVATFHTSTTKSLTLTVFQGILRPMHEKIVGRIAVSDLARRWQMEALG + SDAVEIPNGVDVDSFASAARLDGYPRQGKTVLFLGRYDEPRKGMAVLLDALPKVVQRF + PDVQLLIVGHGDADQLRGQAGRLAAHLRFLGQVDDAGKASAMRSADVYCAPNTGGESF + GIVLVEAMAAGTAVVASDLDAFRRVLRDGEVGHLVPVDPPDLQAAALADGLIAVLEND + VLRERYVAAGNAAVRRYDWSVVASQIMRVYETVAGSGAKVQVAS" + gene complement(2910880..2911830) + /locus_tag="BQ2027_MB2643C" + CDS complement(2910880..2911830) + /locus_tag="BQ2027_MB2643C" + /note="Mb2643c, -, len: 316 aa. Equivalent to Rv2611c, + len: 316 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 316 aa overlap). Probable + acyltransferase (EC 2.3.1.-), equivalent to + O07148|MLCL581.15c|ML0453 HYPOTHETICAL 35.4 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (320 aa), FASTA scores: opt: + 1529, E(): 5e-90, (71.45% identity in 312 aa overlap); and + equivalent to Q9F7Y8 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Mycobacterium smegmatis (303 aa), FASTA scores: opt: 1464, + E(): 6.5e-86, (72.15% identity in 291 aa overlap) (see + citation below). Also highly similar to Q9L283|SCL2.16c + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (311 + aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 2.8e-44, (47.7% identity + in 302 aa overlap); and similar to other acyltransferases + e.g. Q9F0N3 ACYLTRANSFERASE from Campylobacter jejuni (295 + aa), FASTA scores: opt: 207, E(): 6.4e-06, (20.45% + identity in 220 aa overlap); Q9K379 ACYLTRANSFERASE (LIPID + A BIOSYNTHESIS ACYLTRANSFERASE) from Campylobacter jejuni + (295 aa), FASTA scores: opt: 203, E(): 1.1e-05, (20.0% + identity in 220 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2643c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2643c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable acyltransferase" + /protein_id="SIU01261.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Q0" + /db_xref="InterPro:IPR004960" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q0" + /translation="MIAGLKGLKLPKDPRSSVTRTATDWAYAAGWMAVRALPEFAVRN + AFDTGARYFARHGGPEQLRKNLARVLGVPPAAVPDPLMCASLESYGRYWREVFRLPTM + NHRKLARQLDRVIGGLDHLDAALAAGLGAVLALPHSGNWDMAGMWLVQRHGTFTTVAE + RLKPESLYQRFIDYRESLGFEVLPLSGGERPPFEVLCERLRNNRVVCLMAERDLTRTG + VEVDFFGEPTRMPVGPAKLAVETGAALLPTHCWFEGRGWGFQVYPALDCTSGDVAAIT + QALADRFAQNIAAHPADWHMLQPQWLADLSESRRAQLRSR" + gene complement(2911827..2912480) + /gene="pgsA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2644C" + CDS complement(2911827..2912480) + /gene="pgsA1" + /locus_tag="BQ2027_MB2644C" + /note="Mb2644c, pgsA1, len: 217 aa. Equivalent to Rv2612c, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Probable pgsA1 + (previously known as pgsA), PI + synthase/CDP-diacylglyceride--inositol + phosphatidyltransferase (EC 2.7.8.11), transmembrane + protein, equivalent to O07149|MLCL581.16c|PGSA|ML0454 + PUTATIVE PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae + (239 aa), FASTA scores: opt: 1141, E(): 4.1e-70, (79.35% + identity in 213 aa overlap); and Q9F7Y9|PGSA + PHOSPHATIDYLINOSITOL SYNTHASE from Mycobacterium smegmatis + (222 aa), FASTA scores: opt: 981, E(): 2.7e-59, (67.3% + identity in 217 aa overlap) (see citation below). Also + similar to other proteins e.g. Q9L282|SCL2.17c PUTATIVE + MEMBRANE TRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (241 + aa), FASTA scores: opt: 564, E(): 4.9e-31, (43.4% identity + in 212 aa overlap); Q9UYD0|PGSA-LIKE|PAB1041 + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Pyrococcus abyssi (186 aa), + FASTA scores: opt: 264, E(): 8.4e-11, (33.15% identity in + 190 aa overlap); Q9HQS2|PGSA|VNG1030G + CDP-DIACYLGLYCEROL-GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Halobacterium sp. strain + NRC-1 (199 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): 9.1e-10, + (32.1% identity in 193 aa overlap); etc. Contains PS00379 + CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. BELONGS TO + THE CDP-ALCOHOL PHOSPHATIDYLTRANSFERASE CLASS-I FAMILY. + Note that in M. smegmatis, the psgA homolog is essential + to the survival of the bacteria and seems cannot be + compensated by any other enzyme of M. smegmatis. Protein + product from Mb2644c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2644c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pi synthase pgsa1 (phosphatidylinositol + synthase) + (cdp-diacylglycerol--inositol-3-phosphatidyltransferase)" + /protein_id="SIU01262.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Q7" + /db_xref="InterPro:IPR000462" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q7" + /translation="MSKLPFLSRAAFARITTPIARGLLRVGLTPDVVTILGTTASVAG + ALTLFPMGKLFAGACVVWFFVLFDMLDGAMARERGGGTRFGAVLDATCDRISDGAVFC + GLLWWIAFHMRDRPLVIATLICLVTSQVISYIKARAEASGLRGDGGFIERPERLIIVL + TGAGVSDFPFVPWPPALSVGMWLLAVASVITCVQRLHTVWTSPGAIDRMAIPGKGDR" + gene complement(2912477..2913064) + /locus_tag="BQ2027_MB2645C" + CDS complement(2912477..2913064) + /locus_tag="BQ2027_MB2645C" + /note="Mb2645c, -, len: 195 aa. Equivalent to Rv2613c, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 195 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCU0|ML0455 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (206 aa), + FASTA scores: opt: 1074, E(): 7.4e-62, (84.7% identity in + 196 aa overlap); and highly similar, but longer 18 aa, to + O07150|MLCL581.17c HYPOTHETICAL 20.7 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (186 aa), FASTA scores: opt: 1038, + E(): 1.4e-59, (89.7% identity in 175 aa overlap). Also + highly similar to other hypothetical proteins (often Hit + family member) e.g. Q9F7Z0 from Mycobacterium smegmatis + (see citation below) (205 aa), FASTA scores: opt: 975, + E(): 1.6e-55, (79.35% identity in 184 aa overlap); + Q9L279|SCL2.20 from Streptomyces coelicolor (186 aa), + FASTA scores: opt: 638, E(): 5.8e-34, (52.85% identity in + 176 aa overlap); Q9YFX8|APE0122 from Aeropyrum pernix (184 + aa), FASTA scores: opt: 515, E(): 4.4e-26, (45.9% identity + in 159 aa overlap); etc. It seems the Rv2613c and + downstream ORF Rv2612c|psgA1 are expressed from the same + promoter (see citation below) and that Rv2613c should be + involved in lipid metabolism. Protein product from Mb2645c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2645c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG049476: HIT family protein" + /protein_id="SIU01263.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Q2" + /db_xref="InterPro:IPR001310" + /db_xref="InterPro:IPR011146" + /db_xref="InterPro:IPR036265" + /db_xref="InterPro:IPR039383" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q2" + /translation="MSDEDRTDRATEDHTIFDRGVGQRDQLQRLWTPYRMNYLAEAPV + KRDPNSSASPAQPFTEIPQLSDEEGLVVARGKLVYAVLNLYPYNPGHLMVVPYRRVSE + LEDLTDLESAELMAFTQKAIRVIKNVSRPHGFNVGLNLGTSAGGSLAEHLHVHVVPRW + GGDANFITIIGGSKVIPQLLRDTRRLLATEWARQP" + gene complement(2913057..2915135) + /gene="thrS" + /locus_tag="BQ2027_MB2646C" + CDS complement(2913057..2915135) + /gene="thrS" + /locus_tag="BQ2027_MB2646C" + /note="Mb2646c, thrS, len: 692 aa. Equivalent to Rv2614c, + len: 692 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 692 aa overlap). Probable thrS, + threonyl-tRNA synthetase (Threonine--tRNA ligase) (EC + 6.1.1.3), equivalent to + O07151|SYT_MYCLE|THRS|ML0456|MLCL581.18c THREONYL-TRNA + SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (702 aa), FASTA + scores: opt: 3988, E(): 0, (84.05% identity in 702 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. Q9L278|THRS + from Streptomyces coelicolor (658 aa), FASTA scores: opt: + 1982, E(): 5.1e-114, (65.1% identity in 659 aa overlap); + P56881|SYT_THETH|THRS from Thermus aquaticus (subsp. + thermophilus) (659 aa), FASTA scores: opt: 1551, E(): + 1.5e-87, (46.5% identity in 650 aa overlap); + P00955|SYT_ECOLI from Escherichia coli (642 aa), FASTA + scores: opt: 946, E(): 0, (40.7% identity in 612 aa overl + ap); etc. Contains PS00339 Aminoacyl-transfer RNA + synthetases class-II signature 2. BELONGS TO CLASS-II + AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. COFACTOR: BINDS 1 ZINC + ION (BY SIMILARITY). Protein product from Mb2646c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2646c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THREONYL-TRNA SYNTHETASE THRS + (THREONINE-TRNA SYNTHETASE)(ThrRS) (THREONINE-TRNA + LIGASE)" + /protein_id="SIU01264.1" + /db_xref="GOA:P67583" + /db_xref="InterPro:IPR002314" + /db_xref="InterPro:IPR002320" + /db_xref="InterPro:IPR004154" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR012947" + /db_xref="InterPro:IPR018163" + /db_xref="InterPro:IPR033728" + /db_xref="InterPro:IPR036621" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67583" + /translation="MSAPAQPAPGVDGGDPSQARIRVPAGTTAATAVGEAGLPRRGTP + DAIVVVRDADGNLRDLSWVPDVDTDITPVAANTDDGRSVIRHSTAHVLAQAVQELFPQ + AKLGIGPPITDGFYYDFDVPEPFTPEDLAALEKRMRQIVKEGQLFDRRVYESTEQARA + ELANEPYKLELVDDKSGDAEIMEVGGDELTAYDNLNPRTRERVWGDLCRGPHIPTTKH + IPAFKLTRSSAAYWRGDQKNASLQRIYGTAWESQEALDRHLEFIEEAQRRDHRKLGVE + LDLFSFPDEIGSGLAVFHPKGGIVRRELEDYSRRKHTEAGYQFVNSPHITKAQLFHTS + GHLDWYADGMFPPMHIDAEYNADGSLRKPGQDYYLKPMNCPMHCLIFRARGRSYRELP + LRLFEFGTVYRYEKSGVVHGLTRVRGLTMDDAHIFCTRDQMRDELRSLLRFVLDLLAD + YGLTDFYLELSTKDPEKFVGAEEVWEEATTVLAEVGAESGLELVPDPGGAAFYGPKIS + VQVKDALGRTWQMSTIQLDFNFPERFGLEYTAADGTRHRPVMIHRALFGSIERFFGIL + TEHYAGAFPAWLAPVQVVGIPVADEHVAYLEEVATQLKSHGVRAEVDASDDRMAKKIV + HHTNHKVPFMVLAGDRDVAAGAVSFRFGDRTQINGVARDDAVAAIVAWIADRENAVPT + AELVKVAGRE" + gene 2915244..2915471 + /locus_tag="BQ2027_MB2647" + CDS 2915244..2915471 + /locus_tag="BQ2027_MB2647" + /note="Mb2647, -, len: 75 aa. Equivalent to Rv2614A, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.7% identity in 75 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. The region from aa 10-35 is similar to part of + C-terminal part of several TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASES (EC + 5.3.1.1) e.g. + P46711|TPIS_MYCLE|TPIA|TPI|ML0572|B1496_C1_127 from + Mycobacterium leprae (261 aa), FASTA scores: opt: 112, + E(): 0.95, (60.0% identity in 25 aa overlap); and + O08408|TPIS_MYCTU|TPIA|TPI|Rv1438|MT1482|MTCY493.16c from + Mycobacterium tuberculosis (261 aa), FASTA scores: opt: + 104, E(): 3.3, (60.0% identity in 25 aa overlap); + P19583|TPIS_CORGL|TPIA|TPI from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (259 aa), FASTA scores: opt: 100, + E(): 6, (45.45% identity in 33 aa overlap); etc. + TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASES PLAY AN IMPORTANT ROLE IN + SEVERAL METABOLIC PATHWAYS (CATALYTIC ACTIVITY: + D-GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE = DIHYDROXY-ACETONE + PHOSPHATE)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01265.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T9" + /translation="MGDRYRAGDRVLYGGSMSPKDVDDLATQQDVDDGQSIERRWTGS + GQRRWRRSPPTGHYRSNSQIQVWISGAGRLR" + gene complement(2915468..2916862) + /gene="PE_PGRS45" + /locus_tag="BQ2027_MB2648C" + CDS complement(2915468..2916862) + /gene="PE_PGRS45" + /locus_tag="BQ2027_MB2648C" + /note="Mb2648c, PE_PGRS45, len: 464 aa. Equivalent to + Rv2615c, len: 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.7% identity in 464 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + e.g. P71664|Rv1396c|MTCY21B4.13c from Mycobacterium + tuberculosis (576 aa), FASTA scores: opt: 1629, E(): + 4.8e-58, (56.65% identity in 482 aa overlap). Equivalent + to AAK47006 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (476 aa) but shorter 15 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, a 9 bp in-frame insertion + (*-ccgccgttt) leads to a slightly longer product compared + to its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (464 aa versus 461 aa). Mb2648c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs45" + /protein_id="SIU01266.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2J2" + /translation="MSFVNVAPQLVSTAAADAARIGSAINTANTAAAATTQVLVAAQD + EVSTAIAALFGSHGQHYQAISAQVAAYQERFVLALSQAGSTYAVAEAASATPLQNVLD + AINAPVQSLTGRPLIGDGANGIDGTGQAGGNGGWLWGNGGNSGSGAPGQAGGAGGAAG + LIGNGGAGGAGGQGLPFEAGANGGAGGAGGWLFGNGGAGGNGGIGGAGTNLAIGGHGG + NGGNAGLIGAGGTGGAGGTGGGEPSAGASGGNGGNGGNGGLLIGNSGDGGAAGNGAGI + SQNGPASGFGGNGGHAGTTGLIGNGGNGGAGGAGGDVSADFGGVGFGGQGGNGGAGGL + LYGNGGAGGNGGAAGSPGSVTAFGGNGGSGGSGGNGGNALIGNAGAGGSAGAGGNGAS + AGTAGGSGGDGGKGGNGGSVGLIGNGGNGGNGGNGGAGSLFNGAPGFGGPGGSGGASL + LGPPGLAGTNGADG" + gene 2917207..2917707 + /locus_tag="BQ2027_MB2649" + CDS 2917207..2917707 + /locus_tag="BQ2027_MB2649" + /note="Mb2649, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv2616, len: + 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 166 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to bacterial proteins: + Q9L1G0|SC3D11.02c HYPOTHETICAL 20.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (188 aa), FASTA scores: opt: 407, + E(): 2.3e-20, (44.0% identity in 159 aa overlap); Q9X945 + A3(2) GLYCOGEN METABOLISM CLUSTER from Streptomyces + coelicolor (134 aa), FASTA scores: opt: 330, E(): 2.5e-15, + (46.65% identity in 120 aa overlap) (N-terminus shorter); + Q9RST8|DR2035 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (198 aa), FASTA scores: opt: 228, + E(): 2.4e-08, (35.1% identity in 168 aa overlap). Protein + product from Mb2649 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2649 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01267.1" + /db_xref="InterPro:IPR014457" + /db_xref="InterPro:IPR018960" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y9" + /translation="MDLNALADLPLTYPEVGATATGRLPAGYNHLDVSTQIGTGRQRF + EQAADAVMHWGMQRNAGLRVRASSETAIVSAVVLVGIAFLRAPCRVVYVIDEPDVRGF + GYGTLPGHPVSGEERFAVRCDPMTSVVFAEVLSFSRPATWASKAAGPLGAVTQRFIAQ + RYLRAV" + gene complement(2917724..2918164) + /locus_tag="BQ2027_MB2650C" + CDS complement(2917724..2918164) + /locus_tag="BQ2027_MB2650C" + /note="Mb2650c, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv2617c, + len: 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 146 aa overlap). Probable + transmembrane protein, showing some similarity to + hypothetical or membrane proteins e.g. CAC47207|SMC00744 + PUTATIVE TRANSPORT PROTEIN TRANSMEMBRANE from Rhizobium + meliloti (Sinorhizobium meliloti) (399 aa), FASTA scores: + opt: 108, E(): 5.5, (29.15% identity in 144 aa overlap). + Protein product from Mb2650c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2650c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01268.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y256" + /db_xref="InterPro:IPR032808" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y256" + /translation="MSIRPTTSPALADQLKDPAYSAYVLLRTLFTVAPILFGLDKFFN + LLTHPQHWNMYLAGWINDLVPGTADQCMYLVGAIEIVAGVLVAVAPRIGAWVVAAWLA + GIILNLVTGPGFYDIALRDFGLLVGAIALARLAQGVHSGGIGRP" + gene 2918311..2918988 + /locus_tag="BQ2027_MB2651" + CDS 2918311..2918988 + /locus_tag="BQ2027_MB2651" + /note="Mb2651, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv2618, len: + 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 225 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to Q9EWQ9|SC4C2.03 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (159 aa), FASTA scores: opt: 235, E(): 1.3e-07, + (43.7% identity in 103 aa overlap); Q9HLM6|TA0201 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermoplasma acidophilum (215 + aa), FASTA scores: opt: 164, E(): 0.0038, (23.4% identity + in 201 aa overlap); and to mycobacterial proteins e.g. + O06191|Rv2621c|MTCY01A10.11 HYPOTHETICAL 24.2 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (224 aa), FASTA scores: + opt: 149, E(): 0.033, (28.05% identity in 196 aa overlap). + Mb2651 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative transcriptional regulatory protein" + /protein_id="SIU01269.1" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Q9" + /translation="MDPVRRQLYQFVCSQSMPVSRDQAADAVGIPRHQAKFHLDRLTA + EGLLDTEYARLTGRSGPGAGRTAKLYRRAGRDIALSLPQREYELAGRLMAAAIVLSAT + TGEPTVEVLNRIAHDYGQAMGAAATTRPPADPAAALELTLDVLRKYGYEPRRPAGPGD + DEVELVNCPFHALAREQTELACNMNHALITGVADALAPHSPAVRLAPGPARCCVVLKR + CSAHDPE" + gene complement(2918973..2919326) + /locus_tag="BQ2027_MB2652C" + CDS complement(2918973..2919326) + /locus_tag="BQ2027_MB2652C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2652c, -, len: 117 aa. Equivalent to Rv2619c, + len: 117 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 117 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9L0F3|SCD31.14 + HYPOTHETICAL 11.6 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (110 aa), FASTA scores: opt: 407, E(): 2.3e-21, (55.95% + identity in 109 aa overlap). Also similarity with other + short bacterial hypothetical proteins e.g. Q9F8B9 + HYPOTHETICAL 12.4 KDA PROTEIN from Streptococcus + agalactiae (112 aa), FASTA scores: opt: 143, E(): 0.0032, + (32.45% identity in 74 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2652c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2652c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein containing double-stranded beta-helix + domain" + /protein_id="SIU01270.1" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R7" + /translation="MESISLTSLAAEKLAEAQQTHSGRAAHTIHGGHTHELRQTVLAL + LAGHDLSEHDSPGEATLQVLQGHVCLTAGEDAWNGRAGDYVAIPPTRHALHAVEDSVI + MLTVLKSLPDAHSGS" + gene complement(2919339..2919764) + /locus_tag="BQ2027_MB2653C" + CDS complement(2919339..2919764) + /locus_tag="BQ2027_MB2653C" + /note="Mb2653c, -, len: 141 aa. Equivalent to Rv2620c, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, highly similar to O54184|SC7H1.25 + HYPOTHETICAL 14.6 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (144 aa), FASTA scores: opt: 459, E(): 1.4e-22, (56.45% + identity in 140 aa overlap). Protein product from Mb2653c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2653c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01271.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1R0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R0" + /translation="MSAGPAIEVAVAFVWLGMVVAISFLEAPLKFRAAGVTLQIGLGI + GRLVFRALNTVEVGFALVILAIVVVGSTPARIAAAFSVALAALAVQLIAVRPRLTRRS + NQVLAGLQAPRSRGHHIYVGLEIVKVVALLVAGILLLNG" + gene complement(2919761..2920432) + /locus_tag="BQ2027_MB2654C" + CDS complement(2919761..2920432) + /locus_tag="BQ2027_MB2654C" + /note="Mb2654c, -, len: 223 aa. Equivalent to Rv2621c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 224 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, similar in part to + Q49688|MLCL536.29c|ML0592 PUTATIVE DNA-BINDING PROTEIN + from Mycobacterium leprae (254 aa), FASTA scores: opt: + 168, E(): 0.0018, (29.75% identity in 222 aa overlap). + Shows similarity with Q9XAD0|SCC22.08c PUTATIVE + DNA-BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (252 aa), + FASTA scores: opt: 148, E(): 0.032, (29.4% identity in 204 + aa overlap); and Q9RVM8|DR0999 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (225 aa), FASTA + scores: opt: 195, E(): 3.3e-05, (29.6% identity in 213 aa + overlap). Also some similarity with + O06195|Rv2618|MTCY01A10.15c from Mycobacterium + tuberculosis (225 aa), FASTA scores: opt: 149, E(): 0.025, + (28.95% identity in 197 aa overlap). Contains + helix-turn-helix motif at aa 31-52 (Score 1662, +4.85 SD). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 3 + bp deletion (ggg-*) leads to a slightly shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (223 aa versus 224 aa). Mb2654c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01272.1" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R6" + /translation="MGVSVIIRSLQEPVGRRRAVLRALCASRVPMSIAAIAGKLGVHP + NTVRFHLDNLVADGQVERVEPGRGRPGRPPLMFRAVRRTDSTGTRRYRLLAEILASGL + AAERDSRAMALSAGRAWGRQLEAPPAGADTEETIDHLVAVLDDLGFAPERRASNGRQQ + VGLRHCPFLELAETQAGVVCPVHLGIMRGALQTWAPVTVDRLDAFVEPDLCLAHFTPL + EGAIR" + gene 2920510..2921331 + /locus_tag="BQ2027_MB2655" + CDS 2920510..2921331 + /locus_tag="BQ2027_MB2655" + /note="Mb2655, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv2622, len: + 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar in part to others + e.g. AAK75664|SP1578 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from + Streptococcus pneumoniae (252 aa), FASTA scores: opt: 406, + E(): 6.6e-18, (32.65% identity in 251 aa overlap); Q9F8B8 + METHYLTRANSFERASE from Streptococcus agalactiae (254 aa), + FASTA scores: opt: 381, E(): 2.3e-16, (31.75% identity in + 252 aa overlap); Q9RJB6|SCF91.08 PUTATIVE + METHYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (231 aa), + FASTA scores: opt: 159, E(): 0.0091, (33.1% identity in + 151 aa overlap); etc. Also similar in part to several + hypothetical proteins e.g. Q99YR0|SPY1582 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptococcus pyogenes (251 aa), FASTA + scores: opt: 397, E(): 2.3e-17, (36.3% identity in 248 aa + overlap). Protein product from Mb2655 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2655 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="SIU01273.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1R1" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R1" + /translation="MANKRGNAGQPLPLSDRDDDHMQGHWLLARLGKRVLRPGGVELT + RTLLARAEVTDADVLELAPGLGRTAAEILARNPRSYVGAESDPNAANLVRHVLAGRGD + VRVTDAADTGLSDASADVVIGEAMLTMQGNAAKHTIVAEAARVLRPGGRYAIHELALV + PDDVAEQVRTDLRQSLARALKVNARPLTVAEWSHLLAGHGLVVEHVVTASMALLQPRR + VIADEGLLGALRFAGNLLIHRAARRRVLLMRHTFRRHRERLTAVAIVAHKPHVDS" + gene 2921467..2922360 + /gene="TB31.7" + /locus_tag="BQ2027_MB2656" + CDS 2921467..2922360 + /gene="TB31.7" + /locus_tag="BQ2027_MB2656" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2656, TB31.7, len: 297 aa. Equivalent to Rv2623, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 297 aa overlap). TB31.7, conserved + hypothetical protein, highly similar to hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q10851|YK05_MYCTU|Rv2005c|MT2061|MTCY39.12 (295 aa), FASTA + scores: opt: 1076, E(): 1.4e-60, (55.25% identity in 295 + aa overlap); O53472|Rv2026c|MTV018.13c (294 aa), FASTA + scores: opt: 988, E(): 4.8e-55, (51.5% identity in 295 aa + overlap); Q10862|YJ96_MYCTU|Rv1996|MT2052|MTCY39.23c (317 + aa), FASTA scores: opt: 688, E(): 4.1e-36, (45.1% identity + in 315 aa overlap); etc. Also similar to several + Streptomyces proteins e.g. Q9RIZ8|SCJ1.16c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (294 + aa), FASTA scores: opt: 407, E(): 2e-18, (32.65% identity + in 303 aa overlap); and other bacterial hypothetical + proteins e.g. Q9HPP5|VNG1536 from Halobacterium sp (147 + aa), FASTA scores: opt: 180, E(): 0.00022, (31.65% + identity in 139 aa overlap). Protein product from Mb2656 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2656 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein tb31.7" + /protein_id="SIU01274.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R2" + /translation="MSSGNSSLGIIVGIDDSPAAQVAVRWAARDAELRKIPLTLVHAV + SPEVATWLEVPLPPGVLRWQQDHGRHLIDDALKVVEQASLRAGPPTVHSEIVPAAAVP + TLVDMSKDAVLMVVGCLGSGRWPGRLLGSVSSGLLRHAHCPVVIIHDEDSVMPHPQQA + PVLVGVDGSSASELATAIAFDEASRRNVDLVALHAWSDVDVSEWPGIDWPATQSMAEQ + VLAERLAGWQERYPNVAITRVVVRDQPARQLVQRSEEAQLVVVGSRGRGGYAGMLVGS + VGETVAQLARTPVIVARESLT" + gene complement(2922363..2923181) + /locus_tag="BQ2027_MB2657C" + CDS complement(2922363..2923181) + /locus_tag="BQ2027_MB2657C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2657c, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv2624c, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several Streptomyces + proteins e.g. Q9RIY5|SCJ1.29c HYPOTHETICAL 30.1 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (283 aa), FASTA + scores: opt: 260, E(): 5e-09, (32.05% identity in 290 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins O53474|Rv2028c|MTV018.15c (279 aa), FASTA scores: + opt: 563, E(): 7e-28, (36.85% identity in 266 aa overlap); + P95192|Rv3134c|MTCY03A2.240 (268 aa), FASTA scores: opt: + 458, E(): 2.3e-21, (36.55% identity in 271 aa overlap); + Q10851|YK05_MYCTU|Rv2005c|MT2061|MTCY39.12 (295 aa), FASTA + scores: opt: 199, E(): 3.2e-05, (29.35% identity in 286 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2657c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2657c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU01275.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U4" + /translation="MSGRGEPTMKTIIVGIDGSHAAITAALWGVDEAISRAVPLRLVS + VIKPTHPSPDDYDRDLAHAERSLREAQSAVEAAGKLVKIETDIPRGPAGPVLVEASRD + AEMICVGSVGIGRYASSILGSTATELAEKAHCPVAVMRSKVDQPASDINWIVVRMTDA + PDNEAVLEYAAREAKLRQAPILALGGRPEELREIPDGEFERRVQDWHHRHPDVRVYPI + TTHTGIARFLADHDERVQLAVIGGGEAGQLARLVGPSGHPVFRHAECSVLVVRR" + gene complement(2923196..2924377) + /locus_tag="BQ2027_MB2658C" + CDS complement(2923196..2924377) + /locus_tag="BQ2027_MB2658C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2658c, -, len: 393 aa. Equivalent to Rv2625c, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 393 aa overlap). Probable conserved + transmembrane ala-, leu-rich protein, similar to many + hypothetical or membrane proteins e.g. + Q55518|Y528_SYNY3|SLL0528 POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (379 aa), + FASTA scores: opt: 552, E(): 5.6e-26, (30.75% identity in + 374 aa overlap); Q9RJ56|SCI41.35c HYPOTHETICAL 39.8 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (374 aa), FASTA + scores: opt: 419, E(): 5.7e-18, (31.6% identity in 383 aa + overlap); CAC49448|SMB20925 CONSERVED HYPOTHETICAL + MEMBRANE PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium + meliloti) (372 aa), FASTA scores: opt: 401, E(): 6.9e-17, + (29.5% identity in 383 aa overlap); etc. Contains PS00142 + Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region + signature. Protein product from Mb2658c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2658c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE ALANINE AND + LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01276.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2K2" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR008915" + /db_xref="InterPro:IPR016483" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2K2" + /translation="MRDAIPLGRIAGFVVNVHWSVLVILWLFTWSLATMLPGTVGGYP + AVVYWLLGAGGAVMLLASLLAHELAHAVVARRAGVSVESVTLWLFGGVTALGGEAKTP + KAAFRIAFAGPATSLALSATFGALAITLAGVRTPAIVISVAWWLATVNLLLGLFNLLP + GAPLDGGRLVRAYLWRRHGDSVRAGIGAARAGRVVALVLIALGLAEFVAGGLVGGVWL + AFIGWFIFAAAREEETRISTQQLFAGVRVADAMTAQPHTAPGWINVEDFIQRYVLGER + HSAYPVADRDGSITGLVALRQLRDVAPSRRSTTSVGDIALPLHSVPTARPQEPLTALL + ERMAPLGPRSRALVTEGSAVVGIVTPSDVARLIDVYRLAQPEPTFTTSPQDADRFSDA + G" + gene complement(2924436..2924867) + /gene="hrp1" + /locus_tag="BQ2027_MB2659C" + CDS complement(2924436..2924867) + /gene="hrp1" + /locus_tag="BQ2027_MB2659C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2659c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv2626c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to CAC49670|SMB21441 + PUTATIVE INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE PROTEIN + (EC 1.1.1.205) from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium + meliloti) (120 aa), FASTA scores: opt: 287, E(): 6.6e-12, + (43.75% identity in 112 aa overlap) (has its N-terminus + shorter 27 aa); AAK78655|CAC0678 CBS DOMAINS from + Clostridium acetobutylicum (142 aa), FASTA scores: opt: + 276, E(): 3.9e-11, (35.65% identity in 115 aa overlap); + Q9K9P0|BH2605 BH2605 PROTEIN from Bacillus halodurans (142 + aa), FASTA scores: opt: 276, E(): 3.9e-11, (35.65% + identity in 115 aa overlap); etc. Also some similarity to + P71737|Rv2406c|MTCY253.14 HYPOTHETICAL 15.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (142 aa), FASTA scores: + opt: 145, E(): 0.00012, (22.3% identity in 112 aa + overlap). Protein product from Mb2659c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2659c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="hypoxic response protein 1 hrp1" + /protein_id="SIU01277.1" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y200" + /translation="MTTARDIMNAGVTCVGEHETLTAAAQYMREHDIGALPICGDDDR + LHGMLTDRDIVIKGLAAGLDPNTATAGELARDSIYYVDANASIQEMLNVMEEHQVRRV + PVISEHRLVGIVTEADIARHLPEHAIVQFVKAICSPMALAS" + gene complement(2925381..2926622) + /locus_tag="BQ2027_MB2660C" + CDS complement(2925381..2926622) + /locus_tag="BQ2027_MB2660C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2660c, -, len: 413 aa. Equivalent to Rv2627c, + len: 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 413 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. Some similarity in C-terminal part of + O53697|Rv0293c|MTV035.21c HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (400 aa), FASTA scores: + opt: 392, E(): 1.9e-17, (31.1% identity in 299 aa + overlap). Protein product from Mb2660c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2660c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01278.1" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y265" + /translation="MASSASDGTHERSAFRLSPPVLSGAMGPFMHTGLYVAQSWRDYL + GQQPDKLPIARPTIALAAQAFRDEIVLLGLKARRPVSNHRVFERISQEVAAGLEFYGN + RGWLEKPSGFFAQPPPLTEVAVRKVKDRRRSFYRIFFDSGFTPHPGEPGSQRWLSYTA + NNREYALLLRHPEPRPWLVCVHGTEMGRAPLDLAVFRAWKLHDELGLNIVMPVLPMHG + PRGQGLPKGAVFPGEDVLDDVHGTAQAVWDIRRLLSWIRSQEEESLIGLNGLSLGGYI + ASLVASLEEGLACAILGVPVADLIELLGRHCGLRHKDPRRHTVKMAEPIGRMISPLSL + TPLVPMPGRFIYAGIADRLVHPREQVTRLWEHWGKPEIVWYPGGHTGFFQSRPVRRFV + QAALEQSGLLDAPRTQRDRSA" + gene 2926932..2927294 + /locus_tag="BQ2027_MB2661" + CDS 2926932..2927294 + /locus_tag="BQ2027_MB2661" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2661, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv2628, len: + 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.3% identity in 120 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2661 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01279.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1R8" + /translation="MSTQRPRHSGIRAVGPYAWAGRCGRIGRWGVHQEAMMNLAIWHP + RKVQSATIYQVTDRLHDGRTARVRGDEITSTVSGWLSELGTQSPLADELARAVRIGDW + PAAYAIGEHLSVEIAVAV" + gene 2927641..2928765 + /locus_tag="BQ2027_MB2662" + CDS 2927641..2928765 + /locus_tag="BQ2027_MB2662" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2662, -, len: 374 aa. Equivalent to Rv2629, len: + 374 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 374 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9ZC00|SC1E6.22c + HYPOTHETICAL 40.7 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (373 aa), FASTA scores: opt: 425, E(): 2.5e-18, (30.2% + identity in 371 aa overlap). Protein product from Mb2662 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2662 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01280.1" + /db_xref="InterPro:IPR029064" + /db_xref="InterPro:IPR040701" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1S3" + /translation="MRSERLRWLVAAEGPFASVYFDDSHDTLDAVERREATWRDVRKH + LESRDAKQELIDSLEEAVRDSRPAVGQRGRALIATGEQVLVNEHLIGPPPATVIRLSD + YPYVVPLIDLEMRRPTYVFAAVDHTGADVKLYQGATISSTKIDGVGYPVHKPVTAGWN + GYGDFQHTTEEAIRMNCRAVADHLTRLVDAADPEVVFVSGEVRSRTDLLSTLPQRVAV + RVSQLHAGPRKSALDEEEIWDLTSAEFTRRRYAEITNVAQQFEAEIGRGSGLAAQGLA + EVCAALRDGDVDTLIVGELGEATVVTGKARTTVARDADMLSELGEPVDRVARADEALP + FAAIAVGAALVRDDNRIAPLDGVGALLRYAATNRLGSHRS" + gene 2928767..2929306 + /locus_tag="BQ2027_MB2663" + CDS 2928767..2929306 + /locus_tag="BQ2027_MB2663" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2663, -, len: 179 aa. Equivalent to Rv2630, len: + 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 179 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2663 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Archease" + /protein_id="SIU01281.1" + /db_xref="InterPro:IPR023572" + /db_xref="InterPro:IPR036820" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1S0" + /translation="MLHRDDHINPPRPRGLDVPCARLRATNPLRALARCVQAGKPGTS + SGHRSVPHTADLRIEAWAPTRDGCIRQAVLGTVESFLDLESAHAVHTRLRRLTADRDD + DLLVAVLEEVIYLLDTVGETPVDLRLRDVDGGVDVTFATTDASTLVQVGAVPKAVSLN + ELRFSQGRHGWRCAVTLDV" + gene 2929445..2930743 + /gene="rtcB" + /locus_tag="BQ2027_MB2664" + CDS 2929445..2930743 + /gene="rtcB" + /locus_tag="BQ2027_MB2664" + /note="Mb2664, -, len: 432 aa. Equivalent to Rv2631, len: + 432 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 432 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to several conserved + hypothetical proteins from various species e.g. + O29399|AF0862 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Archaeoglobus fulgidus (482 aa), FASTA scores: opt: 1496, + E(): 2.1e-80, (52.3% identity in 438 aa overlap) (has its + N-terminus longer 38 aa); O27634|MTH1597 CONSERVED PROTEIN + from Methanothermobacter thermautotrophicus (488 aa), + FASTA scores: opt: 1428, E(): 2.1e-76, (50.9% identity in + 438 aa overlap); Q9YB37|APE1758 HYPOTHETICAL 53.7 KDA + PROTEIN APE1758 from Aeropyrum pernix (483 aa), FASTA + scores: opt: 1422, E(): 4.6e-76, (49.3% identity in 440 aa + overlap) (has its N-terminus longer 38 aa); etc. + Equivalent to AAK47022 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (432 aa) but longer 8 aa. 3' part extended + since first submission (+175 aa). Protein product from + Mb2664 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2664 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNA-2',3'-PO4:RNA-5'-OH ligase" + /protein_id="SIU01282.1" + /db_xref="GOA:P59975" + /db_xref="InterPro:IPR001233" + /db_xref="InterPro:IPR036025" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59975" + /translation="MQVVNVATLPGIVRASYAMPDVHWGYGFPIGGVAATDVDNDGVV + SPGGVGFDISCGVRLLVGEGLDREELQPRLPAVMDRLDRAIPRGVGTAGVWRLPDRNT + LQEVLTGGARFAVEQGHGVALDLERCEDGGVMTGADAAKISDRALQRGLGQIGSLGSG + NHFLEVQAVDRVYDPVAAAPMGLAEGTVCVMIHTGSRGLGHQICTDHVRQMEQAMGRY + GIAVPDRQLACVPVHSPDGQAYLAAMAAAANYGRANRQLLTEATRRVFADATGTPLDL + LYDVSHNLAKIETHPIDGQLRSVCVHRKGATRSLPPHHHELPAELAAVGQPVLIPGTM + GTASYVLAGVTGNPAFFSTAHGAGRVLSRHQAARHTSGEAIRASLAKRGIIVRGTSRR + GIAEEKPEAYKDVDEVIEASHQSGLARKVARLVPLGCVKG" + gene complement(2930782..2931063) + /locus_tag="BQ2027_MB2665C" + CDS complement(2930782..2931063) + /locus_tag="BQ2027_MB2665C" + /note="Mb2665c, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv2632c, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to conserved hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis: + P71996|YH38_MYCTU|Rv1738|MT1780|MTCY04C12.23 (94 aa), + FASTA scores: opt: 319, E(): 4.2e-15, (53.95% identity in + 89 aa overlap); and Q9KK61 from Mycobacterium bovis BCG + (56 aa), FASTA scores: opt: 178, E(): 9.2e-06, (52.95% + identity in 51 aa overlap). Protein product from Mb2665c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2665c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01283.1" + /db_xref="InterPro:IPR015057" + /db_xref="InterPro:IPR038070" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65034" + /translation="MTDSEHVGKTCQIDVLIEEHDERTRAKARLSWAGRQMVGVGLAR + LDPADEPVAQIGDELAIARALSDLANQLFALTSSDIEASTHQPVTGLHH" + gene complement(2931208..2931693) + /locus_tag="BQ2027_MB2666C" + CDS complement(2931208..2931693) + /locus_tag="BQ2027_MB2666C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2666c, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv2633c, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2666c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2666c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hemerythrin domain protein" + /protein_id="SIU01284.1" + /db_xref="InterPro:IPR012312" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65036" + /translation="MNAYDVLKRHHTVLKGLGRKVGEAPVNSEERHVLFDEMLIELDI + HFRIEDDLYYPALSAAGKPITGTHAEHRQVVDQLATLLRTPQRAPGYEEEWNVFRTVL + EAHADVEERDMIPAPTPVHITDAELEELGDKMAARIEQLRGSPLYTLRTKGKADLLKA + I" + gene complement(2931978..2934314) + /gene="PE_PGRS46" + /locus_tag="BQ2027_MB2667C" + CDS complement(2931978..2934314) + /gene="PE_PGRS46" + /locus_tag="BQ2027_MB2667C" + /note="Mb2667c, PE_PGRS46, len: 778 aa. Equivalent to + Rv2634c, len: 778 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 778 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + e.g. O53553|YZ08_MYCTU|Rv3508|MTV023.15 from Mycobacterium + tuberculosis (1901 aa), FASTA scores: opt: 2553, E(): + 2.2e-93, (53.8% identity in 866 aa overlap). Equivalent to + AAK47026 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (788 aa) but shorter 10 aa. Mb2667c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs46" + /protein_id="SIU01285.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A691" + /translation="MSFVIAVPEALTMAASDLANIGSTINAANAAAALPTTGVVAAAA + DEVSAAVAALFGSYAQSYQAFGAQLSAFHAQFVQSLTNGARSYVVAEATSAAPLQDLL + GVVNAPAQALLGRPLIGNGANGADGTGAPGGPGGLLLGNGGNGGSGAPGQPGGAGGDA + GLIGNGGTGGKGGDGLVGSGAAGGVGGRGGWLLGNGGTGGAGGAAGATLVGGTGGVGG + ATGLIGSGGFGGAGGAAAGVGTTGGVGGSGGVGGVFGNGGFGGAGGLGAAGGVGGAAS + YFGTGGGGGVGGDGAPGGDGGAGPLLIGNGGVGGLGGAGAAGGNGGAGGMLLGDGGAG + GQGGPAVAGVLGGMPGAGGNGGNANWFGSGGAGGQGGTGLAGTNGVNPGSIANPNTGA + NGTDNSGNGNQTGGNGGPGPAGGVGEAGGVGGQGGLGESLDGNDGTGGKGGAGGTAGT + DGGAGGAGGAGGIGETDGSAGGVATGGEGGDGATGGVDGGVGGAGGKGGQGHNTGVGD + AFGGDGGIGGDGNGALGAAGGNGGTGGAGGNGGRGGMLIGNGGAGGAGGTGGTGGGGA + AGFAGGVGGAGGEGLTDGAGTAEGGTGGLGGLGGVGGTGGMGGSGGVGGNGGAAGSLI + GLGGGGGAGGVGGTGGIGGIGGAGGNGGAGGAGTTTGGGATIGGGGGTGGVGGAGGTG + GTGGAGGTTGGSGGAGGLIGWAGAAGGTGAGGTGGQGGLGGQGGNGGNGGTGATGGQG + GDFALGGNGGAGGAGGSPGGSSGIQGNMGPPGTQGADG" + gene 2934343..2934585 + /locus_tag="BQ2027_MB2668" + CDS 2934343..2934585 + /locus_tag="BQ2027_MB2668" + /note="Mb2668, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv2635, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 80 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01286.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65038" + /translation="MVAADHRALGSNKSYPASQTAEAIWPPARTLRYDRQSPWLATGF + DRRMSQTVTGVGVQNCAVSKRRCSAVDHSSRTPYRR" + gene 2934586..2935263 + /locus_tag="BQ2027_MB2669" + CDS 2934586..2935263 + /locus_tag="BQ2027_MB2669" + /EC_number="2.7.1.-" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2669, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv2636, len: + 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 225 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with various + proteins: Q98FG2|MLL3789 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (239 aa), FASTA + scores: opt: 304, E(): 3.7e-13, (31.55% identity in 187 aa + overlap); CAC46568|SMC04451 PUTATIVE CHLORAMPHENICOL + PHOSPHOTRANSFERASE PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (220 aa), FASTA scores: opt: 175, + E(): 0.00014, (28.0% identity in 225 aa overlap); + Q56148|CPT_STRVL CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE + (EC 2.7.1.-) from Streptomyces violaceus (Streptomyces + venezuelae) (178 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 0.1, + (31.75% identity in 170 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Translational start + site uncertain, chosen by similarity. Protein product from + Mb2669 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2669 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative O-phosphotransferase (EC" + /protein_id="SIU01287.1" + /db_xref="GOA:P65040" + /db_xref="InterPro:IPR012853" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65040" + /translation="MINPTRARRMRYRLAAMAGMPEGKLILLNGGSSAGKTSLALAFQ + DLAAECWMHIGIDLFWFALPPEQLDLARVRPEYYTWDSAVEADGLEWFTVHPGPILDL + AMHSRYRAIRAYLDNGMNVIADDVIWTREWLVDALRVFEGCRVWMVGVHVSDEEGARR + ELERGDRHPGWNRGSARAAHADAEYDFELDTTATPVHELARELHESYQACPYPMAFNR + LRKRFLS" + gene 2935459..2936115 + /gene="dedA" + /locus_tag="BQ2027_MB2670" + CDS 2935459..2936115 + /gene="dedA" + /locus_tag="BQ2027_MB2670" + /note="Mb2670, dedA, len: 218 aa. Equivalent to Rv2637, + len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Possible dedA, + transmembrane protein, equivalent to + Q49642|YQ37_MYCLE|ML0467|MLCL581.27|B1177_C2_172/B1177_C1_ + 140 HYPOTHETICAL 23.1 KDA PROTEIN (POTENTIAL INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN, BELONGS TO THE DEDA FAMILY) from + Mycobacterium leprae (214 aa), FASTA scores: opt: 1160, + E(): 4.4e-64, (82.75% identity in 209 aa overlap); and + O69601|Y364_MYCLE|ML0287|MLCB4.30 HYPOTHETICAL PROTEIN + (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) (222 aa), FASTA + scores: opt: 292, E(): 6.6e-11, (32.25% identity in 189 aa + overlap). Also highly similar to other membrane proteins + e.g. CAC42863|SCBAC36F5.27c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + from Streptomyces coelicolor (211 aa), FASTA scores: opt: + 837, E(): 2.6e-44, (59.2% identity in 201 aa overlap); + Q55705|Y232_SYNY3|SLR0232 POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (218 aa), + FASTA scores: opt: 415, E(): 1.9e-18, (37.85% identity in + 206 aa overlap); Q9RV63|DR1167 DEDA PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (200 aa); + P09548|DEDA_ECOLI|B2317|Z3579|ECS3201 DEDA PROTEIN (DSG-1 + PROTEIN) from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 + (219 aa), BLAST scores: 178, E(): 1.8e-13, Identities = + 53/175 (30%); etc. Also similar to + O06314|Y364_MYCTU|Rv0364|MT0380|MTCY13E10.26 HYPOTHETICAL + 24.5 KDA PROTEIN (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) + from Mycobacterium tuberculosis (227 aa), FASTA scores: + opt: 293, E(): 5.8e-11, (35.85% identity in 184 aa + overlap). BELONGS TO THE DEDA FAMILY. Protein product from + Mb2670 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2670 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN DEDA" + /protein_id="SIU01288.1" + /db_xref="GOA:P63912" + /db_xref="InterPro:IPR032816" + /db_xref="InterPro:IPR032818" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63912" + /translation="MDVEALLQSIPPLMVYLVVGAVVGIESLGIPLPGEIVLVSAAVL + SSHPELAVNPIGVGGAAVIGAVVGDSIGYSIGRRFGLPLFDRLGRRFPKHFGPGHVAL + AERLFNRWGVRAVFLGRFIALLRIFAGPLAGALKMPYPRFLAANVTGGICWAGGTTAL + VYFAGMAAQHWLERFSWIALVIAVIAGITAAILLRERTSRAIAELEAEHCRKAGTTAA + " + gene 2936278..2936724 + /locus_tag="BQ2027_MB2671" + CDS 2936278..2936724 + /locus_tag="BQ2027_MB2671" + /note="Mb2671, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv2638, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 148 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to + Q9WVX8|RSBV_STRCO|BLDG|SCH5.12c ANTI-SIGMA B FACTOR + ANTAGONIST from Streptomyces coelicolor (113 aa), FASTA + scores: opt: 162, E(): 0.00066, (31.8% identity in 110 aa + overlap); and showing weak similarity with various + proteins e.g. O69205 HYPOTHETICAL 13.4 KDA PROTEIN from + Actinosynnema pretiosum (subsp. auranticum) (128 aa), + FASTA scores: opt: 157, E(): 0.0016, (29.8% identity in + 114 aa overlap); Q9RJ93|SCF91.32 PUTATIVE ANTI-SIGMA + FACTOR ANTAGONIST from Streptomyces coelicolor (183 aa), + FASTA scores: opt: 148, E(): 0.0082, (30.85% identity in + 107 aa overlap); etc. Also highly similar to hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis: + O07728|Rv1904|MTCY180.14c (143 aa), FASTA scores: opt: + 456, E(): 3.9e-23, (52.8% identity in 125 aa overlap); and + Q11035|YD65_MYCTU|Rv1365c|MT1411|MTCY02B10.29c (128 aa), + FASTA scores: opt: 435, E(): 8.6e-22, (53.6% identity in + 125 aa overlap). Mb2671 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Anti-sigma B factor antagonist RsbV" + /protein_id="SIU01289.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1T2" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR003658" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T2" + /translation="MGLITTEPRSSPHPLSPRLVHELGDPHSTLRATTDGSGAALLIH + AGGEIDGRNEHLWRQLVTEAAAGVTAPGPLIVDVTGLDFMGCCAFAALADEAQRCRCR + GIDLRLVSHQPIVARIAEAGGLSRVLPIYPTVDTALGKGTAGPARC" + gene complement(2936899..2937231) + /locus_tag="BQ2027_MB2672C" + CDS complement(2936899..2937231) + /locus_tag="BQ2027_MB2672C" + /note="Mb2672c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv2639c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to many + bacterial hypothetical or membrane proteins e.g. + Q9X889|YE14_STRCO|SCE15.14 POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (112 aa), FASTA + scores: opt: 597, E(): 3.1e-31, (73.15% identity in 108 aa + overlap); Q55939|Y793_SYNY3|SLL0793 POTENTIAL INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 + (108 aa), FASTA scores: opt: 341, E(): 4.9e-15, (51.4% + identity in 109 aa overlap); O31553|YFJF_BACSU POTENTIAL + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Bacillus subtilis (109 aa), + FASTA scores: opt: 334, E(): 1.4e-14, (47.5% identity in + 109 aa overlap); etc. Mb2672c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01290.1" + /db_xref="GOA:P67147" + /db_xref="InterPro:IPR003844" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67147" + /translation="MVVRSILLFVLAAVAEIGGAWLVWQGVREQRGWLWAGLGVIALG + VYGFFATLQPDAHFGRVLAAYGGVFVAGSLAWGMALDGFRPDRWDVIGALGCMAGVAV + IMYAPRGH" + gene complement(2937351..2937710) + /locus_tag="BQ2027_MB2673C" + CDS complement(2937351..2937710) + /locus_tag="BQ2027_MB2673C" + /note="Mb2673c, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv2640c, + len: 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, arsR family, highly similar to + many e.g. Q9L1V5|SC4A9.07 PUTATIVE ARSR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (117 aa), FASTA scores: opt: 261, E(): 5.6e-10, (47.75% + identity in 103 aa overlap); Q9X8X8|SCH35.28c PUTATIVE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (122 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 2.2e-09, (37.05% + identity in 116 aa overlap); Q9L220|SC1A2.21 PUTATIVE + ARSR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL from Streptomyces coelicolor + (119 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 2.2e-09, (37.05% + identity in 116 aa overlap); P77295|YGAV_ECOLI|B2667 + HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Escherichia + coli strain K12 (99 aa), FASTA scores: opt: 156, E(): + 0.0023, (34.1% identity in 88 aa overlap); etc. Also + similar to upstream ORF P71941|Rv2642|MTCY441.12 PUTATIVE + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (126 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): 2e-08, + (38.55% identity in 109 aa overlap). Contains + helix-turn-helix motif at aa 59-80 (Score 1166, +3.16 SD). + BELONGS TO THE ARSR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. + Mb2673c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY ARSR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01291.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1T4" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T4" + /translation="MPKSLPVIDISAPVCCAPVAAGPMSDGDALAVALRLKALADPAR + VKIMSYLFSSPAGEQVSGQLAAALSLSDGTVSHHLAQLRKAGLVISDRRGMHVFHRVH + PEALQALCTVLNPNCCA" + gene 2937812..2938270 + /gene="cadI" + /locus_tag="BQ2027_MB2674" + CDS 2937812..2938270 + /gene="cadI" + /locus_tag="BQ2027_MB2674" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2674, cadI, len: 152 aa. Equivalent to Rv2641, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 152 aa overlap). cadI, conserved + hypothetical protein. Gene induced by cadmium (see first + citation below), highly similar to hypothetical proteins + e.g. Q9L222|SC1A2.19c from Streptomyces coelicolor (152 + aa), FASTA scores: opt: 509, E(): 2.3e-27, (55.05% + identity in 149 aa overlap); P45945|YQCK_BACSU from + Bacillus subtilis (146 aa), FASTA scores: opt: 295, E(): + 5.4e-13, (33.55% identity in 146 aa overlap); and + Q98CF8|MLL5167 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (124 aa), FASTA scores: opt: 110, E(): 1.3, (31.4% + identity in 121 aa overlap). Some similarity with + Q10548|Y887_MYCTU|Rv0887c|MT0910|MTCY31.15c from + Mycobacterium tuberculosis (152 aa), FASTA scores: opt: + 108, E(): 2.1, (25.7% identity in 148 aa overlap). Protein + product from Mb2674 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2674 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CADMIUM INDUCIBLE PROTEIN CADI" + /protein_id="SIU01292.1" + /db_xref="InterPro:IPR004360" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5N7" + /translation="MSRVQLALNVDDLEAAITFYSRLFNAEPAKRKPGYANFAIADPP + LKLVLLENPGTGGTLNHLGVEVGSSNTVHAEIARLTEAGLVTEKEIGTTCCFATQDKV + WVTGPGGERWEVYTVLADSETFGSGPRHNDTSDGEASMCCDGQVAVGASG" + gene 2938406..2938786 + /locus_tag="BQ2027_MB2675" + CDS 2938406..2938786 + /locus_tag="BQ2027_MB2675" + /note="Mb2675, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv2642, len: + 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, arsR family, highly similar to + many e.g. Q9X8X8|SCH35.28c PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (122 aa), FASTA + scores: opt: 390, E(): 3.7e-19, (56.55% identity in 122 aa + overlap); Q9L220|SC1A2.21 PUTATIVE ARSR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL from Streptomyces coelicolor (119 aa), + FASTA scores: opt: 378, E(): 2.3e-18, (59.8% identity in + 97 aa overlap); Q9L1V5|SC4A9.07 PUTATIVE ARSR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (117 aa), FASTA scores: opt: 359, E(): 4.1e-17, (56.9% + identity in 116 aa overlap); P52144|ARR2_ECOLI|ARSR from + Escherichia coli (117 aa), FASTA scores: opt: 202, E(): + 1e-06, (39.8% identity in 88 aa overlap); etc. Also + similar to downstream ORF P71939|Rv2640c|MTCY441.10c + PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (119 aa), FASTA scores: opt: + 237, E(): 5e-09, (38.55% identity in 109 aa overlap); and + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O05840|Rv2358|MTCY27.22c. Contains PS00846 Bacterial + regulatory proteins, arsR family signature. Contains + helix-turn-helix motif at aa 58-79 (Score 1112, +2.97 SD). + BELONGS TO THE ARSR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. + Mb2675 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY ARSR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01293.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1T1" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR018334" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T1" + /translation="MSNLHPLPEVASCVVAPLVREPLNPPAAAEMAARFKALADPVRL + QLLSSVASRAGGEACVCDISAGVEVSQPTISHHLKVLRDAGLLTSRRRASWVYYAVVP + EALTVLSNLLSVHADAAPALGAPA" + gene 2938783..2940279 + /gene="arsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2676" + CDS 2938783..2940279 + /gene="arsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2676" + /note="Mb2676, arsC, len: 498 aa. Equivalent to Rv2643, + len: 498 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 498 aa overlap). Probable arsC, + arsenical resistance transport integral membrane protein, + highly similar or similar to others e.g. Q9L1X4|SC3D9.05 + POSSIBLE ARSENIC RESISTANCE MEMBRANE TRANSPORT PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (368 aa), FASTA scores: opt: + 1729, E(): 2.2e-96, (74.3% identity in 358 aa overlap); + Q9X8Y0|SCH35.26 PUTATIVE HEAVY METAL RESISTANCE MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (369 aa), FASTA + scores: opt: 1729, E(): 2.2e-96, (73.8% identity in 359 aa + overlap); Q06598|ACR3_YEAST|ACR3|YPR201W|P9677.2 + ARSENICAL-RESISTANCE PROTEIN from Saccharomyces cerevisiae + (Baker's yeast) (404 aa), FASTA scores: opt: 591, E(): + 4e-28, (36.6% identity in 380 aa overlap); etc. BELONGS TO + THE ACR3 FAMILY. Protein product from Mb2676 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2676 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARSENIC-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ARSC" + /protein_id="SIU01294.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1T7" + /db_xref="InterPro:IPR002657" + /db_xref="InterPro:IPR004706" + /db_xref="InterPro:IPR023485" + /db_xref="InterPro:IPR036196" + /db_xref="InterPro:IPR038770" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T7" + /translation="MTETVTRTAAPAVVGKLSTLDRFLPVWIGSAMAAGLLLGRWIPG + LHTALEGVQLDGISLPIALGLLIMMYPVLAKVRYDRLDTVTGDRKLLLSSLLLNWVLG + PALMFALAWLLLADLPEYRTGLIIVGLARCIAMVIIWNDLACGDREAAAVLVALNSIF + QVAMFAALGWFYLSVLPGWLGLEQTTIATSPWQIAKSVLIFLGIPLLAGYLSRRIGEK + TKGRNWYESRFLPKVGPWALYGLLFTIVILFALQGDQITGRPLDVARIALPLLAYFAI + MWVGGYLLGAALRLGYRRTTTLAFTAASNNFELAIAVAIATYGATSGQALAGVVGPLI + EVPVLVGLVYVSLALRNRLAGPNATHDADKPSVLFVCVHNAGRSQMAAGLLTHLAGDR + IEVRSAGTEPAGQVNPTAVAAMAEMGIDITANAPTLLTGGQVQSSDVVITMGCGDACP + YFPGASYRNWKLPDPAGQPLDVVRMIRDDIADRVQALIAELLATAKTR" + gene 2939425..2940353 + /locus_tag="BQ2027_IS1081'-4" + mobile_element 2939425..2940353 + /locus_tag="BQ2027_IS1081'-4" + /note="IS1081'-4, len: 929 nt. Truncated form of + IS1081,len: 1450 nt. Equivalent to IS1081', len: 909 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 909 nt overlap). Truncated at 3' end." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + gene complement(2940406..2940723) + /locus_tag="BQ2027_MB2677C" + CDS complement(2940406..2940723) + /locus_tag="BQ2027_MB2677C" + /note="Mb2677c, -, len: 105 aa. Equivalent to Rv2644c, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01295.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65042" + /translation="MSPRRTSGGVVPVDRYRIDEGLIVVLVFAGRDERRRTVCFADKF + GCVHIGNPDLYRPQTSLPQPLPISSHAISGSRFVETTNRADQQEPIGPNRAELFDQAL + HAG" + gene complement(2941370..2941441) + /locus_tag="BQ2027_VALT" + tRNA complement(2941370..2941441) + /locus_tag="BQ2027_VALT" + /product="tRNA-Val" + /note="valT, len: 72 nt. Equivalent to valT, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Val, anticodon cac." + gene 2941626..2941698 + /locus_tag="BQ2027_GLYT" + tRNA 2941626..2941698 + /locus_tag="BQ2027_GLYT" + /product="tRNA-Gly" + /note="glyT, len: 73 nt. Equivalent to glyT, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Gly, anticodon gcc." + gene 2941725..2941795 + /locus_tag="BQ2027_CYSU" + tRNA 2941725..2941795 + /locus_tag="BQ2027_CYSU" + /product="tRNA-Cys" + /note="cysU, len: 71 nt. Equivalent to cysU, len: 71 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 71 nt overlap). tRNA-Cys, anticodon gca." + gene 2941815..2941886 + /locus_tag="BQ2027_VALU" + tRNA 2941815..2941886 + /locus_tag="BQ2027_VALU" + /product="tRNA-Val" + /note="valU, len: 72 nt. Equivalent to valU, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Val, anticodon gac." + gene complement(2941860..2942081) + /locus_tag="BQ2027_MB2678C" + CDS complement(2941860..2942081) + /locus_tag="BQ2027_MB2678C" + /note="Mb2678c, -, len: 73 aa. Equivalent to Rv2660c, len: + 75 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). (questionable orf). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large 10982 bp deletion leads to deletion of genes between + Mb2677c and Mb2678c compared to Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01296.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2M8" + /translation="MIAGVDQALAATGQASQRAAGASGGVTVGVGVGTEQRNLSVVAP + SQFTFSSRSPDFVDETAGQSWCAILGLNQ" + gene complement(2942078..2942467) + /locus_tag="BQ2027_MB2679C" + CDS complement(2942078..2942467) + /locus_tag="BQ2027_MB2679C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2679c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2661c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2679c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01297.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y216" + /translation="MRARSDAGGQSVKSRTSNRSRSSRRSRVRSSISALVDNPQARPR + ELPVLCGWPVVRVEPVCEFVPEPVCGQAEVLGEPAAAHRVTSARRSPSTTVCSRSQKA + SAVVISSVSSVARVRRASVSSVDATTA" + gene 2942373..2942645 + /locus_tag="BQ2027_MB2680" + CDS 2942373..2942645 + /locus_tag="BQ2027_MB2680" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2680, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv2662, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2680 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01298.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y279" + /translation="MDDLTRLRRELLDRFDVRDFTDWPPASLRALIATYDPWIDMTAS + PPQPVSPGGPRLRLVRLTTNPSARAAPIGNGGDSSVCAGEKQCRPP" + gene 2942744..2942977 + /locus_tag="BQ2027_MB2681" + CDS 2942744..2942977 + /locus_tag="BQ2027_MB2681" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2681, -, len: 77 aa. Equivalent to Rv2663, len: + 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 77 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2681 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01299.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1T9" + /translation="MEVRASARKHGINDDAMLHAYRNALRYVELEYHGEVQLLVIGPD + QTGRLLELVIPADEPPRIIHANVLRPKFYDYLR" + gene 2942988..2943242 + /locus_tag="BQ2027_MB2682" + CDS 2942988..2943242 + /locus_tag="BQ2027_MB2682" + /note="Mb2682, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv2664, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Hypothetical protein. + Some weak similarity to nearby + P71964|Rv2667|clpX'|MT2741|MTCY441.36 POSSIBLE + ATP-DEPENDENT PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT from + Mycobacterium tuberculosis (252 aa), FASTA scores: opt: + 134, E(): 0.027, (31.15% identity in 77 aa overlap). + Protein product from Mb2682 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2682 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01300.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U5" + /translation="MKHKTDIDEWLDTIEPNPADAHDASHLRRIIAAKEAVQTAESEL + RAAVNAARAAGDTWAAIGVALGITRQAAFQRFGPHSTASP" + gene complement(2943239..2943412) + /locus_tag="BQ2027_MB2683C" + CDS complement(2943239..2943412) + /locus_tag="BQ2027_MB2683C" + /note="Mb2683c, -, len: 57 aa. Equivalent to Rv2664cA, + len: 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; N-terminus similar to N-terminus of + Rv1046c from Mycobacterium tuberculosis (239 aa). Mb2683c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01301.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U6" + /translation="MSLCVGVWGFVRVWGCGGQQTQNPCLANTTPRVSARRCDSASAL + SGRRQLHRGGAPV" + gene 2943590..2943871 + /locus_tag="BQ2027_MB2684" + CDS 2943590..2943871 + /locus_tag="BQ2027_MB2684" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2684, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv2665, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Hypothetical arg-rich + protein, showing some similarity to N-terminus of + P71640|Rv2811|MTCY16B7.32c HYPOTHETICAL 21.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (202 aa), FASTA scores: + opt: 157, E(): 0.0011, (37.5% identity in 72 aa overlap); + and also to part of O35132|CP2B_RAT|CYP27B1|CYP27B + 25-HYDROXYVITAMIN D-1 ALPHA HYDROXYLASE, MITOCHONDRIAL + PRECURSOR from Rattus norvegicus (Rat) (501 aa), FASTA + scores: opt: 106, E(): 5.4, (34.5% identity in 87 aa + overlap). Mb2684 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL ARGININE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01302.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U4" + /translation="MIVVRTAEAAEQALTEGQLVCPRRGCGDTLRRWRYGRRRHVRSL + GSQVIDVRPQRVRCRRCESTHVLLPAALQPRLGRGGGGQLRPGVWCTGR" + gene 2943837..2944765 + /locus_tag="BQ2027_IS1081'-4" + repeat_region 2943910..2943924 + /locus_tag="BQ2027_IS1081'-4" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene 2943962..2944765 + /locus_tag="BQ2027_MB2685" + CDS 2943962..2944765 + /locus_tag="BQ2027_MB2685" + /note="Mb2685, -, len: 267 aa. Equivalent to Rv2666, len: + 267 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 267 aa overlap). Transposase + (fragment), identical in region of overlap to + P35882|TRA1_MYCBO|TRA1_MYCTU TRANSPOSASE FOR INSERTION + SEQUENCE ELEMENT IS1081 from Mycobacterium tuberculosis or + bovis (415 aa). Last 4 codons not part of gene. Contains + PS01007 Transposases, Mutator family, signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase for insertion sequence + element is1081 (fragment)" + /protein_id="SIU01303.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1U2" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U2" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANHGRHNA" + gene 2944787..2945545 + /gene="clpX'" + /locus_tag="BQ2027_MB2686" + CDS 2944787..2945545 + /gene="clpX'" + /locus_tag="BQ2027_MB2686" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2686, clpX', len: 252 aa. Equivalent to Rv2667, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Possible clpX', + ATP-dependent protease atp-binding subunit (EC 3.4.-.-), + highly similar to Q9X8L2|SCE9.40 HYPOTHETICAL 27.3 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (258 aa), FASTA + scores: opt: 877, E(): 2.2e-46, (57.25% identity in 255 aa + overlap). The second half of the protein is highly similar + to N-terminal of several CLP-FAMILY proteins e.g. + P24428|CLPC_MYCLE|ML0235 PROBABLE ATP-DEPENDENT CLP + PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT from Mycobacterium leprae + (848 aa), FASTA scores: opt: 307, E(): 3.2e-11, (38.6% + identity in 158 aa overlap); + O06286|CLPC_MYCTU|Rv3596c|MT3703|MTCY07H7B.26 PROBABLE + ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT from + Mycobacterium tuberculosis (848 aa), FASTA scores: opt: + 307, E(): 3.2e-11, (38.6% identity in 158 aa overlap); + Q9S6T8|SCE94.24c PUTATIVE CLP-FAMILY ATP-BINDING PROTEASE + from Streptomyces coelicolor (841 aa), FASTA scores: opt: + 303, E(): 5.6e-11, (38.8% identity in 152 aa overlap); + etc. Some weak similarity to nearby + P71961|MTCY441.33|Rv2664 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (83 aa). Protein product from + Mb2686 detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible atp-dependent protease atp-binding + subunit clpc2" + /protein_id="SIU01304.1" + /db_xref="GOA:P0A525" + /db_xref="InterPro:IPR004176" + /db_xref="InterPro:IPR036628" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A525" + /translation="MPEPTPTAYPVRLDELINAIKRVHSDVLDQLSDAVLAAEHLGEI + ADHLIGHFVDQARRSGASWSDIGKSMGVTKQAAQKRFVPRAEATTLDSNQGFRRFTPR + ARNAVVAAQNAAHGAASSEITPDHLLLGVLTDPAALATALLQQQEIDIATLRTAVTLP + PAVTEPPQPIPFSGPARKVLELTFREALRLGHNYIGTEHLLLALLELEDGDGPLHRSG + VDKSRAEADLITTLASLTGANAAGATDAGATDAG" + gene 2945624..2946145 + /locus_tag="BQ2027_MB2687" + CDS 2945624..2946145 + /locus_tag="BQ2027_MB2687" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2687, -, len: 173 aa. Equivalent to Rv2668, len: + 173 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.3% identity in 173 aa overlap). Hypothetical ala-, + val-rich protein, possibly exported. Equivalent to + AAK47057 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (208 aa) but N-terminal part shorter 35 aa and with few + differences. Has potential signal peptide sequence. + Protein product from Mb2687 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2687 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EXPORTED ALANINE AND VALINE RICH + PROTEIN" + /protein_id="SIU01305.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V8" + /translation="MRRWLIVLATLLVAAAGVAAANDVPRAWAGDAPIGHIGDTLRVD + TGTYVADVTVSSVVPVDPPPGFAYTRSGVPVKSFPDSSVTRADVTVRAVRVPNSFILA + TNFSFTGVTPFADAYKPRPCDASDWLDAALGNAPQGSIVRGGVYWDAYRDPVSVVVLL + DKKTGQHLAQWNL" + gene 2946174..2946644 + /locus_tag="BQ2027_MB2688" + CDS 2946174..2946644 + /locus_tag="BQ2027_MB2688" + /note="Mb2688, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv2669, len: + 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 156 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to various + proteins e.g. Q9A6M0|CC2073 ACETYLTRANSFERASE (GNAT + FAMILY) from Caulobacter crescentus (178 aa), FASTA + scores: opt: 242, E(): 1.2e-09, (30.9% identity in 165 aa + overlap); Q99RQ8|SA2159 hypothetical protein similar to + transcription repressor of sporulation, septation and + degradation paiA from Staphylococcus aureus subsp. aureus + N315 (171 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): 9.8e-08, + (27.5% identity in 160 aa overlap); BAB58531|SAV2369 + HYPOTHETICAL 20.1 KDA PROTEIN from Staphylococcus aureus + subsp. aureus Mu50 (171 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): + 9.8e-08, (27.5% identity in 160 aa overlap); + P21340|PAIA_BACSU|O32112 PROTEASE SYNTHASE AND SPORULATION + from Bacillus subtilis (171 aa), FASTA scores: opt: 209, + E(): 2.1e-07, (22.85% identity in 162 aa overlap); etc. + Mb2688 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01306.1" + /db_xref="GOA:P63426" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63426" + /translation="MTDADELAAVAARTFPLACPPAVAPEHIASFVDANLSSARFAEY + LTDPRRAILTARHDGRIVGYAMLIRGDDRDVELSKLYLLPGYHGTGAAAALMHKVLAT + AADWGALRVWLGVNQKNQRAQRFYAKTGFKINGTRTFRLGAHHENDYVMVRELV" + gene complement(2946622..2947731) + /locus_tag="BQ2027_MB2689C" + CDS complement(2946622..2947731) + /locus_tag="BQ2027_MB2689C" + /note="Mb2689c, -, len: 369 aa. Equivalent to Rv2670c, + len: 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 369 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but longer 164 aa, to + O05683|MLC1351.22c HYPOTHETICAL 17.3 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (160 aa), FASTA scores: opt: 847, + E(): 1.2e-45, (82.4% identity in 159 aa overlap). And + highly similar to Q9X824|SC9B1.04c PUTATIVE + ATP/GTP-BINDING INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (350 aa), FASTA scores: opt: 1169, + E(): 2e-65, (56.85% identity in 343 aa overlap); and + Q9RWB0|DR0759 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (351 aa), FASTA scores: opt: 859, + E(): 4e-46, (45.9% identity in 331 aa overlap). Also some + similarity with other proteins e.g. + P46442|YHCM_ECOLI|AAG58360|BAB37528 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (375 aa), + FASTA scores: opt: 237, E(): 2.1e-07, (28.0% identity in + 325 aa overlap); Q9JRK2|NMA1520|NMB1306 PUTATIVE + NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN from Neisseria meningitidis + (serogroup A and B) (383 aa), FASTA scores: opt: 221, E(): + 2.1e-06, (27.8% identity in 356 aa overlap); Q9HVX7|PA4438 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (364 aa), + FASTA scores: opt: 211, E(): 8.5e-06, (28.9% identity in + 353 aa overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). Protein product from Mb2689c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AFG1 family ATPase" + /protein_id="SIU01307.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y224" + /db_xref="InterPro:IPR004435" + /db_xref="InterPro:IPR005654" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y224" + /translation="MTLIAARRYSATMHGSASEACGSVDHLVDRHPTVSPVRLIAQLR + PPPTFAEVSFATYRPDPVEPTQAAAVVACQDFCRQAVERRAGRKKWFGKRDVLPGVGL + YLDGGFGVGKTHLLASAYYQLPGTGPDAPTCPKAFATFGELTQLAGVFGFADCIDLLA + NYTALCIDEFELDDPGNTTLISRLLSALVERGVSVAATSNTLPEQLGEGRFAAQDFLR + EINTLASIFTTVRIEGPDYRHRDLPPAPAPLSDEEVAARAARVEGATLDDFDALCAHL + ATMHPSRYLTLIEGVTAVFLTGVHGIDDQNVALRLVALVDRLYDAGIPVVASGAKLDT + IFSEEMLAGGYRKKYLRATSRLLALTAGVIQAREP" + gene 2947730..2948506 + /gene="ribD" + /locus_tag="BQ2027_MB2690" + CDS 2947730..2948506 + /gene="ribD" + /locus_tag="BQ2027_MB2690" + /note="Mb2690, ribD, len: 258 aa. Equivalent to Rv2671, + len: 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 258 aa overlap). Possible ribD + (alternate gene name: ribG), bifunctional riboflavin + biosynthesis protein incuding + diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and + 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase (EC + 3.5.4.26 and 1.1.1.193), highly similar to + O05684|MLC1351.23|ML1340 POSSIBLE REDUCTASE from + Mycobacterium leprae (268 aa), FASTA scores: opt: 1211, + E(): 3e-68, (72.9% identity in 251 aa overlap). Also + weakly similar to others e.g. Q9HWX2|RIBD|PA4056 + RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE/REDUCTASE from Pseudomonas + aeruginosa (373 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): 6.3e-06, + (30.1% identity in 216 aa overlap); Q9HQA1|RIBG|VNG1256G + RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE from Halobacterium sp. + strain NRC-1 (220 aa), FASTA scores: opt: 202, E(): + 1.5e-05, (27.0% identity in 174 aa overlap); + O28272|RIB7_ARCFU|AF2007 PUTATIVE + 5-AMINO-6-(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO)URACIL REDUCTASE (HTP + REDUCTASE) (EC 1.1.1.193) from Archaeoglobus fulgidus (219 + aa), FASTA scores: opt: 209, E(): 5.4e-06, (24.15% + identity in 211 aa overlap); P25539|RIBD_ECOLI|RIBG|B0414 + from Escherichia coli strain K12 (367 aa), FASTA scores: + opt: 185, E(): 0.00026, (26.7% identity in 221 aa + overlap); etc. But also similar to several hydrolases e.g. + Q9X825|SC9B1.05 PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (265 aa), FASTA scores: opt: 536, E(): 2.9e-26, + (44.25% identity in 235 aa overlap); Q9RKM1|SCD17.10 + PUTATIVE BIFUNCTIONAL ENZYME DEAMINASE/REDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (376 aa), FASTA scores: opt: 228, + E(): 5.6e-07, (33.5% identity in 188 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47060 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (239 aa) but longer 19 aa. SUPPOSED BELONG + TO THE CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASES FAMILY IN + THE N-TERMINAL SECTION; and TO THE HTP REDUCTASE FAMILY IN + THE C-TERMINAL SECTION. Protein product from Mb2690 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2690 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE BIFUNCTIONAL ENZYME RIBOFLAVIN + BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBD: + DIAMINOHYDROXYPHOSPHORIBOSYLAMINOPYRIMIDINE DEAMINASE + (RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE) + + 5-AMINO-6-(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO)URACIL REDUCTASE (HTP + REDUCTASE)" + /protein_id="SIU01308.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y294" + /db_xref="InterPro:IPR002734" + /db_xref="InterPro:IPR024072" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y294" + /translation="MPDSGQLGAADTPLRLLSSVHYLTDGELPQLYDYPDDGTWLRAN + FISSLDGGATVDGTSGAMAGPGDRFVFNLLRELADVIVVGVGTVRIEGYSGVRMGVVQ + RQHRQARGQSEVPQLAIVTRSGRLDRDMAVFTRTEMAPLVLTTTAVADDTRQRLAGLA + EVIACSGDDPGTVDEAVLVSQLAARGLRRILTEGGPTLLGTFVERDVLDELCLTIAPY + VVGGLARRIVTGPGQVLTRMRCAHVLTDDSGYLYTRYVKT" + gene 2948573..2950159 + /locus_tag="BQ2027_MB2691" + CDS 2948573..2950159 + /locus_tag="BQ2027_MB2691" + /note="Mb2691, -, len: 528 aa. Equivalent to Rv2672, len: + 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 528 aa overlap). Possible secreted + protease (EC 3.4.-.-), equivalent to + O05685|MLC1351.24|ML1339 PUTATIVE SECRETED PROTEASE from + Mycobacterium leprae (525 aa), FASTA scores: opt: 2722, + E(): 9.4e-140, (74.45% identity in 528 aa overlap). Also + similar to several exported proteinases from Streptomyces + and Mycobacteria e.g. Q54399|SLPE PROTEINASE from + Streptomyces lividans (513 aa), FASTA scores: opt: 429, + E(): 6.8e-16, (26.2% identity in 538 aa overlap); + Q9FCK9|2SC3B6.03c PEPTIDASE from Streptomyces coelicolor + (513 aa), FASTA scores: opt: 421, E(): 1.8e-15, (26.45% + identity in 541 aa overlap); Q10508|YM23_MYCTU from + Mycobacterium tuberculosis (520 aa), FASTA scores: opt: + 349, E(): 1.4e-11, (26.6% identity in 523 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK47061 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (518 aa) but longer 10 aa. + Protein product from Mb2691 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2691 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SECRETED PROTEASE" + /protein_id="SIU01309.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1V3" + /db_xref="InterPro:IPR013595" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1V3" + /translation="MATVVGMSRPMTSTAMLVALTCSATVLAACVPAFGADPRFATYS + GAGPQGAATTTPPPAGPPPLAAPKNDLSWHDCTSRVYSNAGIPAAPGVKLECASYDTD + LDPLVGGSTAVSIGVVRARSNQTPSDAGPLVFTTGSDLPSSTQLPVWLAHAGIDVLRS + HPIVAVDRRGMGMSSPIDCRDHFDRDEMRDQAQFQAGDDPVANLSDISNTATTDCTDA + IAPGESAYDNTHAASDIERLRKLWDVPALAFVGIGNGTQVALAYAASRPDNVARLILD + SPIALGVSAEAAAEQQVQGQQAALDAFAAQCVAVNCALGSDPKGAVSALLSAARSGDG + PGGASVAAVANAVATALGFPDSGRVDSTTKLADALAAARSGDMNLLSALINRADTTRD + TDGQFISSCSDAVNRPTPDRVRELVVAWGKLYPQFGAVAALNLVKCVHWPSSSPPQPP + KDLKVDVLLLGVQNDPIVGNEGVAATAATAINANAASKRVMWQGIGHGASIYSSCAVP + PLVAYLDTGKLPDTDTYCPA" + gene 2950182..2951483 + /gene="aftc" + /locus_tag="BQ2027_MB2692" + CDS 2950182..2951483 + /gene="aftc" + /locus_tag="BQ2027_MB2692" + /note="Mb2692, -, len: 433 aa. Equivalent to Rv2673, len: + 433 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 433 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, equivalent to MLC1351.25|ML1338 + POSSIBLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (440 aa), FASTA scores: opt: 2410, + E(): 5.3e-143, (82.05% identity in 434 aa overlap); and + showing some similarity with Q9CBX0|ML1504 PROBABLE + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (430 + aa), FASTA scores: opt: 159, E(): 0.014, (24.4% identity + in 340 aa overlap). Also similar to Q53873|SC6G4.11 + PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (411 aa), FASTA scores: opt: 383, E(): 1.4e-16, + (29.6% identity in 422 aa overlap); and with weak + similarity with P71061|YVFB HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus subtilis (396 aa), FASTA scores: opt: 136, E(): + 0.36, (24.35% identity in 279 aa overlap); and + BAB60134|TVG1014811 HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermoplasma + volcanium (695 aa), FASTA scores: opt: 133, E(): 0.85, + (26.45% identity in 280 aa overlap). Shows also some + similarity with O06557|Rv1159|MTCI65.26 HYPOTHETICAL 47.1 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (431 aa), + FASTA scores: opt: 149, E(): 0.059, (22.45% identity in + 410 aa overlap); and O53515|Rv2181|MTV021.14 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (427 aa), + FASTA scores: opt: 129, E(): 1, (24.8% identity in 367 aa + overlap). Protein product from Mb2692 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2692 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible arabinofuranosyltransferase aftc" + /protein_id="SIU01310.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1U8" + /db_xref="InterPro:IPR018584" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U8" + /translation="MYGALVTAADSIRTGLGASLLAGFRPRTGAPSTATILRSALWPA + AVLSVLHRSIVLTTNGNITDDFKPVYRAVLNFRRGWDIYNEHFDYVDPHYLYPPGGTL + LMAPFGYLPFAPSRYLFISINTAAILVAAYLLLRMFNFTLTSVAAPALILAMFATETV + TNTLVFTNINGCILLLEVLFLRWLLDGRASRQWCGGLAIGLTLVLKPLLGPLLLLPLL + NRQWRALVAAVVVPVVVNVAALPLVSDPMSFFTRTLPYILGTRDYFNSSILGNGVYFG + LPTWLILFLRILFTAITFGALWLLYRYYRTGDPLFWFTTSSGVLLLWSWLVMSLAQGY + YSMMLFPFLMTVVLPNSVIRNWPAWLGVYGFMTLDRWLLFNWMRWGRALEYLKITYGW + SLLLIVTFTVLYFRYLDAKADNRLDGGIDPAWLTPEREGQR" + gene 2951652..2952062 + /gene="msrb" + /locus_tag="BQ2027_MB2693" + CDS 2951652..2952062 + /gene="msrb" + /locus_tag="BQ2027_MB2693" + /note="Mb2693, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv2674, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to various proteins + e.g. Q9X828|SC9B1.08 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (135 aa), FASTA scores: opt: 653, + E(): 1.8e-37, (71.1% identity in 128 aa overlap); + O26807|MTH711 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Methanothermobacter thermautotrophicus (151 aa), FASTA + scores: opt: 533, E(): 2.7e-29, (58.15% identity in 129 aa + overlap); Q9C5C8|AT4G21860 HYPOTHETICAL 22.0 KDA PROTEIN + from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (202 aa), + FASTA scores: opt: 490, E(): 2.8e-26, (54.05% identity in + 124 aa overlap); P39903|YEAA_ECOLI|B1778|Z2817|ECS2487 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Escherichia coli strains K12 and + O157:H7 (137 aa), FASTA scores: opt: 426, E(): 4.4e-22, + (46.8% identity in 126 aa overlap). Protein product from + Mb2693 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2693 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable peptide methionine sulfoxide reductase + msrb (protein-methionine-r-oxide reductase) (peptide + met(o) reductase)" + /protein_id="SIU01311.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1V0" + /db_xref="InterPro:IPR002579" + /db_xref="InterPro:IPR011057" + /db_xref="InterPro:IPR028427" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1V0" + /translation="MTRPKLELSDDEWRQKLTPQEFHVLRRAGTERPFTGEYTDTTTA + GIYQCRACGAELFRSTEKFESHCGWPSFFDPKSSDAVTLRPDHSLGMTRTEVLCANCD + SHLGHVFAGEGYPTPTDKRYCINSISLRLVPGSV" + gene complement(2952130..2952882) + /locus_tag="BQ2027_MB2694C" + CDS complement(2952130..2952882) + /locus_tag="BQ2027_MB2694C" + /EC_number="2.1.1.-" + /note="Mb2694c, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv2675c, + len: 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. C-terminus highly similar to + Q50010|U1764Z from Mycobacterium leprae (69 aa), FASTA + scores: opt: 284, E(): 4.6e-11, (68.25% identity in 63 aa + overlap). Shows some similarity with Q9P3V6|SPAC1348.04 + (alias Q9P3E7|Q9P7U5) HYPOTHETICAL 16.6 KDA PROTEIN from + Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (145 aa), FASTA + scores: opt: 203, E(): 9.5e-06, (33.05% identity in 118 aa + overlap); Q9ZSZ7|BMCT METHYL CHLORIDE TRANSFERASE from + Batis maritima (230 aa), FASTA scores: opt: 197, E(): + 3.3e-05, (28.85% identity in 156 aa overlap); P72459|STSG + METHYLTRANSFERASE from Streptomyces griseus (253 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 5.5e-05, (24.45% identity in + 229 aa overlap); etc. Also similar to various proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71805|Rv1377c|MTCY02B12.11c HYPOTHETICAL 22.8 KDA PROTEIN + (212 aa), FASTA scores: opt: 431, E(): 8.3e-20, (39.1% + identity in 197 aa overlap); O06426|Rv0560c|MTCY25D10.39c + HYPOTHETICAL 25.9 KDA PROTEIN (241 aa), FASTA scores: opt: + 379, E(): 1.6e-16, (35.95% identity in 178 aa overlap); + O69667|Rv3699|MTV025.047 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE (233 + aa), FASTA scores: opt: 297, E(): 2e-11, (30.55% identity + in 193 aa overlap); etc. Protein product from Mb2694c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2694c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methyltransferase (EC colocalized with Q" + /protein_id="SIU01312.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1V7" + /translation="MTAQFDPADPTRFEEMYRDDRVAHGLPAATPWDIGGPQPVVQQL + VALGAIRGEVLDPGTGPGHHAIYYAAKGYAATGIDGSVAAIERARDNARKAGVSVNFQ + VGDATTLDGLDGRFDTVVDCAFYHTFSTAPELQRCYVRALRRASKPGARLYMFEFGEH + NVNGFSMPRSLSEDDFRQVLPVGGWEITYLGTTTYQVNLSVEALELMAARNPDMADQV + RCVLERFRAIKPWLVGGRVHAPFWEVHATRVD" + gene complement(2952879..2953574) + /locus_tag="BQ2027_MB2695C" + CDS complement(2952879..2953574) + /locus_tag="BQ2027_MB2695C" + /note="Mb2695c, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv2676c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCB2|ML1045 (alias + Q50009|U1764Y but longer 66 aa) HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (231 aa), FASTA scores: opt: 1401, + E(): 8.7e-88, (87.45% identity in 231 aa overlap). Also + highly similar to O69830|SC1B5.02 HYPOTHETICAL 28.1 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (243 aa), FASTA + scores: opt: 915, E(): 7.7e-55, (61.25% identity in 222 aa + overlap); and similar to others e.g. Q9RUB0|DR1481 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (289 aa), FASTA scores: opt: 327, E(): + 6.1e-15, (31.8% identity in 176 aa overlap); + Q97WP2|SSO2169 HYPOTHETICAL PROTEIN from Sulfolobus + solfataricus (223 aa), FASTA scores: opt: 285, E(): + 3.4e-12, (31.3% identity in 163 aa overlap); + BAB59947|TVG0805714 HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermoplasma + volcanium (223 aa), FASTA scores: opt: 206, E(): 7.7e-07, + (25.0% identity in 176 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2695c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2695c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Coproheme decarboxylase HemQ (no EC)" + /protein_id="SIU01313.1" + /db_xref="InterPro:IPR010644" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1U9" + /translation="MARLDYDALNATLRYLMFSVFSVSPGALGDQRDAIIDDASTFFK + QQEERGVVVRGLYDVAGLRADADFMVWTHAERVEALQATYADFRRTTTLGRACTPVWS + GVGLHRPAEFNKSHIPAFLAGEEPGAYICVYPFVRSYEWYLLPDEERRRMLAEHGMAA + RGYKDVRANTVPAFALGDYEWILAFEAPELDRIVDLMRELRATDARRHTRAETPFFTG + PRVPVEQLVHSLP" + gene complement(2953580..2954938) + /gene="hemY" + /locus_tag="BQ2027_MB2696C" + CDS complement(2953580..2954938) + /gene="hemY" + /locus_tag="BQ2027_MB2696C" + /note="Mb2696c, hemY, len: 452 aa. Equivalent to Rv2677c, + len: 452 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 452 aa overlap). Probable hemY, + protoporphyrinogen oxidase (EC 1.3.3.4), equivalent to + Q50008|PPOX_MYCLE|HEMY|ML1044 PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE + from Mycobacterium leprae (451 aa), FASTA scores: opt: + 2211, E(): 8.8e-118, (75.4% identity in 455 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q9RV99|DR1130 from Deinococcus + radiodurans (462 aa), FASTA scores: opt: 523, E(): + 2.7e-22, (29.8% identity in 453 aa overlap); + O32434|PPOX_PROFR|HEMY from Propionibacterium + freudenreichii shermanii (527 aa), FASTA scores: opt: 344, + E(): 4e-12, (32.1% identity in 495 aa overlap); + P32397|PPOX_BACSU|HEMY|HEMG from Bacillus subtilis (470 + aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 5.9e-10, (26.8% identity + in 463 aa overlap); etc. BELONGS TO THE PROTOPORPHYRINOGEN + OXIDASE FAMILY. COFACTOR: CONTAINS ONE FAD PER HOMODIMER. + Protein product from Mb2696c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2696c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE HEMY + (PROTOPORPHYRINOGEN-IX OXIDASE) (PROTOPORPHYRINOGENASE) + (PPO)" + /protein_id="SIU01314.1" + /db_xref="GOA:P0A5A8" + /db_xref="InterPro:IPR002937" + /db_xref="InterPro:IPR004572" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5A8" + /translation="MTPRSYCVVGGGISGLTSAYRLRQAVGDDATITLFEPADRLGGV + LRTEHIGGQPMDLGAEAFVLRRPEMPALLAELGLSDRQLASTGARPLIYSQQRLHPLP + PQTVVGIPSSAGSMAGLVDDATLARIDAEAARPFTWQVGSDPAVADLVADRFGDQVVA + RSVDPLLSGVYAGSAATIGLRAAAPSVAAALDRGATSVTDAVRQALPPGSGGPVFGAL + DGGYQVLLDGLVRRSRVHWVRARVVQLERGWVLRDETGGRWQADAVILAVPAPRLARL + VDGIAPRTHAAARQIVSASSAVVALAVPGGTAFPHCSGVLVAGDESPHAKAITLSSRK + WGQRGDVALLRLSFGRFGDEPALTASDDQLLAWAADDLVTVFGVAVDPVDVRVRRWIE + AMPQYGPGHADVVAELRAGLPPTLAVAGSYLDGIGVPACVGAAGRAVTSVIEALDAQV + AR" + gene complement(2954935..2956008) + /gene="hemE" + /locus_tag="BQ2027_MB2697C" + CDS complement(2954935..2956008) + /gene="hemE" + /locus_tag="BQ2027_MB2697C" + /note="Mb2697c, hemE, len: 357 aa. Equivalent to Rv2678c, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 357 aa overlap). Probable hemE, + uroporphyrinogen decarboxylase (EC 4.1.1.37), equivalent + to P46809|DCUP_MYCLE|HEME|ML1043 UROPORPHYRINOGEN + DECARBOXYLASE from Mycobacterium leprae (357 aa), FASTA + scores: opt: 2017, E(): 8.2e-111, (83.75% identity in 357 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. + O69861|DCUP_STRCO|HEME|SC1C3.19 from Streptomyces + coelicolor (355 aa), FASTA scores: opt: 1165, E(): + 5.6e-61, (58.15% identity in 349 aa overlap); + P32395|DCUP_BACSU|HEME from Bacillus subtilis (353 aa), + FASTA scores: opt: 859, E(): 4.5e-43, (44.1% identity in + 356 aa overlap); Q9RV96|DCUP_DEIRA|HEME|DR1133 from + Deinococcus radiodurans (344 aa), FASTA scores: opt: 850, + E(): 1.5e-42, (43.0% identity in 349 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47067 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (372 aa) but shorter 15 aa. Contains + PS00907 Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. + BELONGS TO THE UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE FAMILY. + Protein product from Mb2697c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2697c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable uroporphyrinogen decarboxylase heme + (uroporphyrinogen iii decarboxylase) (uro-d) (upd)" + /protein_id="SIU01315.1" + /db_xref="GOA:Q7TY47" + /db_xref="InterPro:IPR000257" + /db_xref="InterPro:IPR006361" + /db_xref="InterPro:IPR038071" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY47" + /translation="MSTRRDLPQSPYLAAVTGRKPSRVPVWFMRQAGRSLPEYRALRE + RYSMLAACFEPDVACEITLQPIRRYDVDAAILFSDIVVPLRAAGVDLDIVADVGPVIA + DPVRTAADVAAMKPLDPQAIQPVLVAASLLVAELGDVPLIGFAGAPFTLASYLVEGGP + SRHHAHVKAMMLAEPASWHALMAKLTDLTIAFLVGQIDAGVDAIQVFDSWAGALSPID + YRQYVLPHSARVFAALGEHGVPMTHFGVGTAELLGAMSEAVTAGERPGRGAVVGVDWR + TPLTDAAARVVPGTALQGNLDPAVVLAGWPAVERAARAVVDDGRRAVDAGAAGHIFNL + GHGVLPESDPAVLADLVSLVHSL" + gene 2956061..2956891 + /gene="echA15" + /locus_tag="BQ2027_MB2698" + CDS 2956061..2956891 + /gene="echA15" + /locus_tag="BQ2027_MB2698" + /note="Mb2698, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv2679, len: + 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 276 aa overlap). Probable echA15, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to + P53526|ECHC_MYCLE|ECHA12|ML1241|MLCB1610.01|B1170_C2_224 + PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE from Mycobacterium leprae + (294 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): 2.5e-16, (32.15% + identity in 277 aa overlap). Also highly similar to + Q9RXX1|DR0184 from Deinococcus radiodurans (273 aa), FASTA + scores: opt: 993, E(): 2.2e-56, (58.15% identity in 263 aa + overlap); and similar to many e.g. Q9ETY7|PACA|PAAG from + Azoarcus evansii (273 aa), FASTA scores: opt: 396, E(): + 3.8e-18, (34.9% identity in 258 aa overlap); + O29299|AF0963|FAD-3 from Archaeoglobus fulgidus (259 aa), + FASTA scores: opt: 363, E(): 4.7e-16, (30.4% identity in + 250 aa overlap); P77467|PAAG_ECOLI|B1394 from Escherichia + coli strain W (262 aa), FASTA scores: opt: 357, E(): + 1.1e-15, (31.75% identity in 252 aa overlap); etc. Also + similar to + O53163|ECHC_MYCTU|ECHA12|FADB2|Rv1472|MT1518|MTV007.19 + ENOYL-COA HYDRATASE from Mycobacterium tuberculosis (285 + aa), FASTA scores: opt: 355, E(): 1.6e-15, (31.3% identity + in 265 aa overlap); and + O06542|ECHA10|Rv1142c|MTCI65.09c|Z95584 ENOYL-COA + HYDRATASE from Mycobacterium tuberculosis (268 aa). + Contains PS00166 Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. + BELONGS TO THE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. + Protein product from Mb2698 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2698 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA15 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU01316.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2P7" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2P7" + /translation="MPVTYDDFPSLRCEIHDQPGHEGVLELVLDSPGLNSVGPHMHRD + LADIWPVIDRDPAVRVVLVRGEGKAFSSGGSFDLIAETIGDYQGRLRIMREARDLVLN + LVNFDKPVVSAIRGPAVGAGLVVALLADISVAGRAAKIIDGHTKLGVAAGDHAAICWP + LLVGMAKAKYYLLTCEPLSGEEAERIGLVSICVDDDDVLPTATRLAERLAAGAQNAIR + WTKRSLNHWYRMFGPAFETSLGLEFIGFGGPDVREGLAAHREKRPARFGADPDPGAGS + " + gene 2957153..2957785 + /locus_tag="BQ2027_MB2699" + CDS 2957153..2957785 + /locus_tag="BQ2027_MB2699" + /note="Mb2699, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv2680, len: + 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 210 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q50005|ML1041|U1764V + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (196 aa), + FASTA scores: opt: 1136, E(): 9.7e-66, (83.95% identity in + 193 aa overlap). Also similar to O69860|SC1C3.18c + HYPOTHETICAL 24.7 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (238 aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 5.7e-26, (45.5% + identity in 189 aa overlap); and similar in part to + Q9I6V4|PA0178 PROBABLE TWO-COMPONENT SENSOR from + Pseudomonas aeruginosa (639 aa), FASTA scores: opt: 120, + E(): 3.1, (33.05% identity in 115 aa overlap); and a few + other proteins. Equivalent to AAK47069 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (178 aa) but longer 32 aa; and + N-terminus highly similar to N-terminus of AAK48352|MT3984 + HYPOTHETICAL 4.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (38 aa), FASTA scores: opt: + 102, E(): 3.6, (62.05% identity in 29 aa overlap). Protein + product from Mb2699 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2699 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01317.1" + /db_xref="InterPro:IPR021555" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y229" + /translation="MTSAGDDAERSDEEERRLTSAEPALFREAVAAMNAVTVRPEIEL + GPIRPPQRLAPYSYALGAEIKHPELDVIPERSEGDAFGRLIMLYDPDGSDAWDGTIRL + VAYVQADLDSSEAVDPLLPEVAWSWLVDALTARTDQVRALGGTVTATTSVRYGDISGP + PRAHQLELRASWTATTPDLGAHVQAFCDVLEHAAGLPPAGVTDLGSRSRA" + gene 2957787..2959103 + /locus_tag="BQ2027_MB2700" + CDS 2957787..2959103 + /locus_tag="BQ2027_MB2700" + /EC_number="3.1.26.3" + /note="Mb2700, -, len: 438 aa. Equivalent to Rv2681, len: + 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 438 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-rich protein, equivalent to Q50004|ML1040|U1764U + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (429 aa), + FASTA scores: opt: 2146, E(): 1.1e-119, (77.4% identity in + 416 aa overlap). Also highly similar to O69858|SC1C3.16c + HYPOTHETICAL 42.5 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (394 aa), FASTA scores: opt: 1336, E(): 9e-72, (51.6% + identity in 405 aa overlap); and with some similarity to + RIBONUCLEASES D e.g. Q983F2|MLL8354 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (383 aa), FASTA scores: opt: 379, + E(): 3.9e-15, (31.6% identity in 323 aa overlap); + Q9A7L8|CC1704 from Caulobacter crescentus (389 aa), FASTA + scores: opt: 370, E(): 1.3e-14, (31.45% identity in 318 aa + overlap); CAC45770 from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium + meliloti) (383 aa), FASTA scores: opt: 331, E(): 2.7e-12, + (27.75% identity in 357 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2700 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2700 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribonuclease D (EC" + /protein_id="SIU01318.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2A8" + /db_xref="InterPro:IPR002121" + /db_xref="InterPro:IPR002562" + /db_xref="InterPro:IPR010997" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="InterPro:IPR041605" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A8" + /translation="MCPEPSHAGAAESEGTESEPTPLLRPAGGIPDLCVTVGEIAAAA + ELLDRGRGPFAVDAERASGFRYSGRAYLIQIRRAEAGTVLIDPVSHGGDPLTVLAPVA + EVLSTNEWILHSADQDLPCLAEVGMRPPALYDTELAGRLAGFDRVNLAAMVERLLGLG + LTKGHGAADWSKRPLPSAWLNYAALDVELLIELRAVISRVLAEQGKTDWAAQEFEHLR + SFESRPPPAAARQDRWRRTSGIHKVHDRRGLAAVRELWTARDRIAQRRDIAPRRILPD + SAIIDAAIADPKSVDDLVALPVFGGRNQRRSAAVWWAALAAARESPDPPEIAEPANGP + PPPGRWVRRKPAAAARLDAARAALTEVSQRVRVPTENLVSPDLVRRLCWEWEDISQSS + PDPIAAVEAYLRTGQARAWQLELVVPILTAALTGAPDAGAQGDDGS" + gene complement(2959100..2961016) + /gene="dxs1" + /locus_tag="BQ2027_MB2701C" + CDS complement(2959100..2961016) + /gene="dxs1" + /locus_tag="BQ2027_MB2701C" + /standard_name="dxs" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2701c, dxs1, len: 638 aa. Equivalent to Rv2682c, + len: 638 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 638 aa overlap). Probable dxs1, + 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (EC 2.2.-.-), + equivalent to Q50000|DXS_MYCLE|TKTB|ML1038 + 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (643 aa), FASTA scores: opt: 3635, E(): 5.6e-209, + (86.4% identity in 632 aa overlap). Also highly similar to + other Q9X7W3|DXS_STRCO|DXS|SC6A5.17 from Streptomyces + coelicolor (656 aa), FASTA scores: opt: 2501, E(): 2e-141, + (61.3% identity in 623 aa overlap); + Q9K971|DXS_BACHD|DXS|BH2779 from Bacillus halodurans (629 + aa), FASTA scores: opt: 1612, E(): 1.8e-88, (41.35% + identity in 619 aa overlap); P77488|DXS_ECOLI|DXS|B0420 + from Escherichia coli strain K12 (619 aa), FASTA scores: + opt: 1511, E(): 1.8e-82, (39.5% identity in 625 aa + overlap); etc. Also similar to O50408|Rv3379c|MTV004.37c + from Mycobacterium tuberculosis (536 aa). BELONGS TO THE + TRANSKETOLASE FAMILY. DXS SUBFAMILY. COFACTOR: THIAMINE + PYROPHOSPHATE. Note that previously known as dxs. Protein + product from Mb2701c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2701c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE SYNTHASE + DXS1 (1-DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE SYNTHASE) (DXP SYNTHASE) + (DXPS)" + /protein_id="SIU01319.1" + /db_xref="GOA:P0A555" + /db_xref="InterPro:IPR005474" + /db_xref="InterPro:IPR005475" + /db_xref="InterPro:IPR005477" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR020826" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR033248" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A555" + /translation="MLQQIRGPADLQHLSQAQLRELAAEIREFLIHKVAATGGHLGPN + LGVVELTLALHRVFDSPHDPIIFDTGHQAYVHKMLTGRSQDFATLRKKGGLSGYPSRA + ESEHDWVESSHASAALSYADGLAKAFELTGHRNRHVVAVVGDGALTGGMCWEALNNIA + ASRRPVIIVVNDNGRSYAPTIGGVADHLATLRLQPAYEQALETGRDLVRAVPLVGGLW + FRFLHSVKAGIKDSLSPQLLFTDLGLKYVGPVDGHDERAVEVALRSARRFGAPVIVHV + VTRKGMGYPPAEADQAEQMHSTVPIDPATGQATKVAGPGWTATFSDALIGYAQKRRDI + VAITAAMPGPTGLTAFGQRFPDRLFDVGIAEQHAMTSAAGLAMGGLHPVVAIYSTFLN + RAFDQIMMDVALHKLPVTMVLDRAGITGSDGASHNGMWDLSMLGIVPGIRVAAPRDAT + RLREELGEALDVDDGPTALRFPKGDVGEDISALERRGGVDVLAAPADGLNHDVLLVAI + GAFAPMALAVAKRLHNQGIGVTVIDPRWVLPVSDGVRELAVQHKLLVTLEDNGVNGGA + GSAVSAALRRAEIDVPCRDVGLPQEFYEHASRSEVLADLGLTDQDVARRITGWVAALG + TGVCASDAIPEHLD" + gene 2961160..2961657 + /locus_tag="BQ2027_MB2702" + CDS 2961160..2961657 + /locus_tag="BQ2027_MB2702" + /note="Mb2702, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv2683, len: + 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 165 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent, but shorter 19 aa, to + Q49999|ML1037|U1764Q HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (184 aa), FASTA scores: opt: 750, + E(): 1.2e-41, (73.8% identity in 164 aa overlap). Shows + some similarity with other HYPOTHETICAL PROTEINS e.g. + Q988S9|MLL6611 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (232 aa), FASTA scores: opt: 128, E(): 0.25, (25.5% + identity in 149 aa overlap); Q9YFL5|APE0233 from Aeropyrum + pernix (340 aa), FASTA scores: opt: 123, E(): 0.73, (29.1% + identity in 141 aa overlap); BAB60477|TVG1377730 from + Thermoplasma volcanium (174 aa), FASTA scores: opt: 118, + E(): 0.86, (28.8% identity in 59 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2702 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2702 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FOG- CBS domain" + /protein_id="SIU01320.1" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1V9" + /translation="MKVNIDPTAPTFATYRRDMRAEQMAEDYPVVSIDSDALDAARML + AEHRLPGLLVTAGAGKQYAVLPASQVVRFIVPRYVQDDPSLAGVLNESTADRCAERLS + GKKVRDVLPDHLVEVPPANADDTIIEVAAVMARLRSPLLAVVKDGSLLGVVTASRLLA + AALKT" + gene 2961662..2962951 + /gene="arsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2703" + CDS 2961662..2962951 + /gene="arsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2703" + /note="Mb2703, arsA, len: 429 aa. Equivalent to Rv2684, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 429 aa overlap). Probable arsA, + arsenic-transport integral membrane protein, equivalent to + P46838|AG45_MYCLE|ML1036 46 KDA PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN (antigen 45, a transmembrane protein related to + arsenical pumps) from Mycobacterium leprae (429 aa), FASTA + scores: opt: 2067, E(): 9.9e-118, (74.05% identity in 428 + aa overlap); and upstream orf + O07187|YQ85_MYCTU|ARSB|Rv2685|MT2759|MTCY05A6.06 PROBABLE + INTEGRAL MEMBRANE 45.2 KDA PROTEIN ARSB from Mycobacterium + tuberculosis (428 aa), FASTA scores: opt: 2148, E(): + 1.3e-122, (76.58% identity in 427 aa overlap). Also highly + similar to other proteins e.g. Q9UY19|PAB1107 TRANSPORT + PROTEIN from Pyrococcus abyssi (425 aa), FASTA scores: + opt: 1109, E(): 8.3e-60, (41.45% identity in 427 aa + overlap); O59575|PH1912 HYPOTHETICAL 46.0 KDA PROTEIN from + Pyrococcus horikoshii (424 aa), FASTA scores: opt: 1101, + E(): 2.5e-59, (41.95% identity in 429 aa overlap); + Q9KDI2|BH1231 HYPOTHETICAL 46.0 KDA PROTEIN from Bacillus + halodurans (428 aa), FASTA scores: opt: 1018, E(): + 2.7e-54, (38.9% identity in 427 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE NADC/P/PHO87 FAMILY OF TRANSPORTERS, P SUBFAMILY + (ARS FAMILY). Mb2703 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARSENIC-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ARSA" + /protein_id="SIU01321.1" + /db_xref="GOA:P0A607" + /db_xref="InterPro:IPR000802" + /db_xref="InterPro:IPR004680" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A607" + /translation="MSVVAVTIFVAAYVLIASDRVNKTMVALTGAAAVVVLPVITSHD + IFYSHDTGIDWDVIFLLVGMMIIVGVLRQTGVFEYTAIWAAKRARGSPLRIMILLVLV + SALASALLDNVTTVLLIAPVTLLVCDRLNINTTSFLMAEVFASNIGGAATLVGDPPNI + IVASRAGLTFNDFMLHLTPLVVIVLIALIAVLPRLFGSITVEADRIADVMALDEGEAI + RDRGLLVKCGAVLVLVFAAFVAHPVLHIQPSLVALLGAGMLIVVSGLTRSEYLSSVEW + DTLLFFAGLFIMVGALVKTGVVNDLARAATQLTGGNIVATAFLILGVSAPISGIIDNI + PYVATMTPLVAELVAVMGGQPSTDTPWWALALGADFGGNLTAIGASANVVMLGIARRA + GAPISFWEFTRKGAVVTAVSIALAAIYLWLRYFVLLH" + gene 2963031..2964317 + /gene="arsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB2704" + CDS 2963031..2964317 + /gene="arsB1" + /locus_tag="BQ2027_MB2704" + /note="Mb2704, arsB1, len: 428 aa. Equivalent to Rv2685, + len: 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 428 aa overlap). Probable arsB1, + arsenic-transport integral membrane protein, equivalent to + P46838|AG45_MYCLE|ML1036 46 KDA PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN (antigen 45, a transmembrane protein related to + arsenical pumps) from Mycobacterium leprae (429 aa), FASTA + scores: opt: 2048, E(): 7.3e-120, (74.25% identity in 427 + aa overlap); and downstream ORF + O07186|YQ84_MYCTU|ARSA|Rv2684|MT2758|MTCY05A6.05 PROBABLE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ARSA from Mycobacterium + tuberculosis (429 aa), FASTA scores: opt: 2154, E(): + 1.9e-126, (76.8% identity in 427 aa overlap). Also highly + similar to other proteins e.g. O59575|PH1912 HYPOTHETICAL + 46.0 KDA PROTEIN from Pyrococcus horikoshii (424 aa), + FASTA scores: opt: 1075, E(): 1.9e-59, (43.55% identity in + 427 aa overlap); Q9UY19|PAB1107 TRANSPORT PROTEIN from + Pyrococcus abyssi (425 aa), FASTA scores: opt: 1062, E(): + 1.3e-58, (41.8% identity in 428 aa overlap); Q9KDI2|BH1231 + HYPOTHETICAL 46.0 KDA PROTEIN from Bacillus halodurans + (428 aa), FASTA scores: opt: 993, E(): 2.4e-54, (39.55% + identity in 430 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + NADC/P/PHO87 FAMILY OF TRANSPORTERS, P SUBFAMILY. Note + that previously known as arsB. Protein product from Mb2704 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2704 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARSENIC-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ARSB1" + /protein_id="SIU01322.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1W7" + /db_xref="InterPro:IPR000802" + /db_xref="InterPro:IPR004680" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W7" + /translation="MSIIAITVFVAGYALIASDRVSKTRVALTCAAIMVGAGIVGSDD + VFYSHEAGIDWDVIFLLLGMMIIVSVLRHTGVFEYVAIWAVKRANAAPLRIMILLVLV + TALGSALLDNVTTVLLIAPVTLLVCDRLGVNSTPFLVAEVFASNVGGAATLVGDPPNI + IIASRAGLTFNDFLIHMAPAVLVVMIALIGLLPWLLGSVTAEPDRVADVLSLNEREAI + HDRGLLIKCGVVLVLVFAAFIAHPVLHIQPSLVALLGAGVLVRFSGLERSDYLSSVEW + DTLLFFAGLFVMVGALVKTGVVEQLARAATELTGGNELLTVGLILGISAPVSGIIDNI + PYVATMTPIVTELVAAMPGHVHPDTFWWALALSADFGGNLTAVGASANVVMLGIARRS + CTPISFWKFTRKGAVVTAVSLVLSAVYLWLRYFVFG" + gene complement(2964328..2965086) + /locus_tag="BQ2027_MB2705C" + CDS complement(2964328..2965086) + /locus_tag="BQ2027_MB2705C" + /note="Mb2705c, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv2686c, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Probable + antibiotic-transport integral membrane leu-, ala-, + val-rich protein ABC transporter (see citation below). The + region from aa ~115 to 160 is highly similar to N-terminus + of Q49998|U1764P HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (53 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.011, + (58.15% identity in 43 aa overlap). Shows some similarity + with membrane proteins e.g. AAK75541|SP1447 MEMBRANE + PROTEIN from Streptococcus pneumoniae (298 aa), FASTA + scores: opt: 139, E(): 0.21, (29.65% identity in 135 aa + overlap); Q9K4C9|2SC6G5.26c PUTATIVE ABC TRANSPORTER + INTEGRAL MEMBRANE SUBUNIT from Streptomyces coelicolor + (249 aa), FASTA scores: opt: 138, E(): 0.21, (26.9% + identity in 253 aa overlap); Q53627|MTRB MEMBRANE PROTEIN + INVOLVED IN MITHRAMYCIN RESISTANCE from Streptomyces + argillaceus (233 aa), FASTA scores: opt: 136, E(): 0.27, + (26.7% identity in 191 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2705c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2705c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antibiotic-transport integral membrane leucine + and alanine and valine rich protein abc transporter" + /protein_id="SIU01323.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1W1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W1" + /translation="MRAISSLAGPRALAAFGRNDIRGTYRDPLLVMLVIAPVIWTTGV + ALLTPLFTEMLARRYGFDLVGYYPLILTAFLLLTSIIVAGALAAFLVLDDVDAGTMTA + LRVTPVPLSVFFGYRAATVMVVTTIYVVATMSCSGILEPGLVSSLIPIGLVAGLSAVV + TLLLILAVANNKIQGLAMVRALGMLIAGLPCLPWFISSNWNLAFGVLPPYWAAKAFWV + ASDHGTWWPYLVGGAVYNLAIVWVLFRRFRAKHA" + gene complement(2965083..2965796) + /locus_tag="BQ2027_MB2706C" + CDS complement(2965083..2965796) + /locus_tag="BQ2027_MB2706C" + /note="Mb2706c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv2687c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 237 aa overlap). Probable + antibiotic-transport integral membrane leu-, val-rich + protein ABC transporter (see citation below), showing some + similarity with two other hypothetical proteins, + BAB59668|TVG0517148 from Thermoplasma volcanium (241 aa), + FASTA scores: opt: 136, E(): 0.32, (23.1% identity in 208 + aa overlap); and Q97U55|SSO3168 from Sulfolobus + solfataricus (249 aa), FASTA scores: opt: 136, E(): 0.33, + (25.15% identity in 195 aa overlap). Has some hydrophobic + stretches and contains bacterial regulatory proteins, araC + family signature (PS00041). Mb2706c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antibiotic-transport integral membrane leucine + and valine rich protein abc transporter" + /protein_id="SIU01324.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1W6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1W6" + /translation="MTRLVPALRLELTLQVRQKFLHAAVFSGLIWLAVLLPMPVSLRP + VAEPYVLVGDIAIIGFFFVGGTVFFEKQERTIGAIVSTPLRFWEYLAAKLTVLLAISL + FVAVVVATIVHGLGYHLLPLVAGIVLGTLLMLLVGFSSSLPFASVTDWFLAAVIPLAI + MLAPPVVHYSGLWPNPVLYLIPTQGPLLLLGAAFDQVSLAPWQVGYAVVYPIVCAAGL + CRAAKALFGRYVVQRSGVL" + gene complement(2965793..2966698) + /locus_tag="BQ2027_MB2707C" + CDS complement(2965793..2966698) + /locus_tag="BQ2027_MB2707C" + /note="Mb2707c, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv2688c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 301 aa overlap). Probable + antibiotic-transport ATP-binding protein ABC transporter + (see citation below), highly similar to AAK47077|MT2762 + ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (317 aa), FASTA scores: opt: + 1714, E(): 5.1e-93, (95.6% identity in 274 aa overlap). + Also highly similar to other ATP-BINDING PROTEINS ABC + TRANSPORTER e.g. Q9K639|BH3893 from Bacillus halodurans + (282 aa), FASTA scores: opt: 644, E(): 1.4e-30, (38.% + identity in 285 aa overlap); O58550|PH0820 from Pyrococcus + horikoshii (312 aa), FASTA scores: opt: 574, E(): 1.8e-26, + (39.1% identity in 307 aa overlap); Q9WYM0|TM0389 from + Thermotoga maritima (301 aa), FASTA scores: opt: 536, E(): + 2.9e-24, (36.1% identity in 291 aa overlap); etc. Has + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) at N-terminus + (PS00017). BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb2707c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2707c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antibiotic-transport atp-binding protein abc + transporter" + /protein_id="SIU01325.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3X6" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X6" + /translation="MTALNRAVASARVGTEVIRVRGLTFRYPKAAEPAVRGMEFTVGR + GEIFGLLGPSGAGKSTTQKLLIGLLRDHGGQATVWDKEPAEWGPDYYERIGVSFELPN + HYQKLTGYENLRFFASLYAGATADPMQLLAAVGLADDAHTLVGKYSKGMQMRLTFARS + LINDPELLFLDEPTSGLDPVNARKIKDIIVDLKARGRTIFLTTHDMATADELCDRVAF + VVDGRIVALDSPTELKIARSRRRVRVEYRGDGGGLETAEFGMDGLADDPAFHSVLRNH + HVETIHSREASLDDVFVEVTGRQLT" + gene complement(2966893..2968110) + /locus_tag="BQ2027_MB2708C" + CDS complement(2966893..2968110) + /locus_tag="BQ2027_MB2708C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2708c, -, len: 405 aa. Equivalent to Rv2689c, + len: 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 405 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-, val-, gly-rich protein, similar to + O54099|SC10A5.06 HYPOTHETICAL 49.5 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (458 aa), FASTA scores: opt: 455, + E(): 2.7e-20, (38.35% identity in 417 aa overlap); and + shows weak similarity in part with several + methyltransferases (EC 2.1.1.-) e.g. Q9X0H9|TM1094 + PUTATIVE RNA METHYLTRANSFERASE from Thermotoga maritima + (439 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): 3e-11, (25.9% + identity in 436 aa overlap); AK79403|CAC1435 + S-ADENOSYLMETHIONINE-DEPENDENT METHYLTRANSFERASES from + Clostridium acetobutylicum (456 aa), FASTA scores: opt: + 294, E(): 1.6e-10, (23.4% identity in 449 aa overlap); + Q9A8M7|CC1326 RNA METHYLTRANSFERASE from Caulobacter + crescentus (415 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): 1.1e-07, + (28.4% identity in 433 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47078 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (434 aa) but shorter 29 aa. Other less probable starts + possible. Protein product from Mb2708c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2708c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine and valine and glycine rich + protein" + /protein_id="SIU01326.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Q7" + /db_xref="InterPro:IPR002792" + /db_xref="InterPro:IPR010280" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Q7" + /translation="MTRAGDDAVNLTLVTGAPANGGSCVAHHEGRVVFVRYALPGERV + RARVTAQRGSYWHAEAFEVIDPSPDRIGSLCSIAGADGAGCCDLAFAAPEAARTLKAQ + VVANQLERLGRHSWQGEAQPLSDAGPTGWRIRVRLDVGADRRPGFHRYHSGELVTDLD + CGQLPVGMLDGLVAADWPPEAQLYVALDDDGERHVVCSVRQGPRNRTRTVTNVVEGAY + HAHQRVHRRSWRVPVTAFWQAHRDAAAVYSDLIADWAQPAPGMTAWDLYGGAGVFAAV + LGEAVGESGRVLTVDTSRLASGAARAALVDLPQVEVVTGSVRRVLAVQPAGADLAVLD + PPRSGAGREVVDLLAGAGVPRLIHIGCEAASFARDIGLYRGHGYAVEKIKVFDAFPLT + HYVECVALLTRKV" + gene complement(2968266..2970257) + /locus_tag="BQ2027_MB2709C" + CDS complement(2968266..2970257) + /locus_tag="BQ2027_MB2709C" + /note="Mb2709c, -, len: 663 aa. Equivalent to Rv2690c, + len: 657 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 657 aa overlap). Probable conserved + integral membrane ala-, val-, leu-rich protein, highly + similar to others e.g. O54098|SC10A5.05 PUTATIVE MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (691 aa), FASTA + scores: opt: 2007, E(): 1.6e-116, (62.35% identity in 669 + aa overlap); O69917|SC3C8.04c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (644 aa), FASTA + scores: opt: 923, E(): 1.7e-49, (35.3% identity in 669 aa + overlap); AAK78253|CAC0272 AMINO ACID TRANSPORTER from + Clostridium acetobutylicum (620 aa), FASTA scores: opt: + 674, E(): 4.1e-34, (36.55% identity in 640 aa overlap); + etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a single base transition (t-c) leads to a slightly + longer product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (663 aa versus 657 aa). Protein + product from Mb2709c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2709c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE ALANINE AND + VALINE AND LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01327.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y240" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y240" + /translation="MSKLSTAARRLLIGRPFRSDRLSHTLLPKRIALPVFASDAMSSI + AYAPEEIFLVLSVAGLAAYSMAPLIGLAVAAVLLVVVSSYRQNVHAYPSGGGDYEVVT + TNLGATGGLVVASALMVDYVLTVAVSISSAASNIGSVSPFVYEHKVLFAVGAIVLIMA + MNLRGVRESGLAFAIPTYAFIAGIGTMLVWGLFRIFVLGNPVRAESAAFEMHAEHGQI + VGFALVFLVARSFSSGCAALTGVEAISNGVPAFQKPKSRNAATTLLMLGIIAVSMFMG + MIVLAVETGVQVVDDPDTQLTGAPPGYQQKTLVAQLAQAVFGGFYLGFLLIAAVTALI + LVLAANTAFNGFPVLGSVLAQHSYLPRQLHTRGDRLAFSNGILFLAAAAIGAVVAFRA + ELTALIQLYIVGVFISFTMSQVGMVRHWTRLLSAETDPRARRAMLRSRAVNTVGFVST + GTVLLIVLVTKFLAGAWIAIVAMGGFFMMMKLIHRHYDAVNRELAEQAEEAEITLPSR + NHAVVLVSKLHLPTLRALTYARATRPDVLEAVTVNVDDAETRELVRQWQDSDVSVPLK + VIASPYREITRPVLDYVKRVSKESPRTVVTVFIPEYVVGRWWEQLLHNQSALRLKGRL + LFMPGVMVTSVPWQLTSSERIKTLQPHAAPGDTRRGIFD" + gene 2970392..2971075 + /gene="ceoB" + /locus_tag="BQ2027_MB2710" + CDS 2970392..2971075 + /gene="ceoB" + /locus_tag="BQ2027_MB2710" + /note="Mb2710, ceoB, len: 227 aa. Equivalent to Rv2691, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 227 aa overlap). ceoB (alternate gene + name: trkA), TRK system potassium uptake protein (see + citation below), highly similar to others e.g. + Q53949|TRKA_STRCO|SC2E9.17c from Streptomyces coelicolor + (223 aa), FASTA scores: opt: 781, E(): 5.8e-42, (53.2% + identity in 220 aa overlap); O27333|TRKA_METTH|MTH1265 + from Methanobacterium thermoautotrophicum (216 aa), FASTA + scores: opt: 287, E(): 5.3e-11, (27.0% identity in 211 aa + overlap); O54141|SC2E9.16c from Streptomyces coelicolor + (226 aa), FASTA scores: opt: 269, E(): 7.3e-10, (29.9% + identity in 214 aa overlap); etc. Also similar to upstream + orf + O07194|CEOC|TRKA_MYCTU|TRKA|TRKB|Rv2692|MT2766|MTCY05A6.13 + TRK SYSTEM POTASSIUM UPTAKE PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (220 aa), FASTA scores: opt: 259, E(): 3e-09, + (26.55% identity in 226 aa overlap). Contains a motif + common to NAD+ binding pockets (see citation below). + BELONGS TO THE TRKA FAMILY. Protein product from Mb2710 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb2710 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRK SYSTEM POTASSIUM UPTAKE PROTEIN CEOB" + /protein_id="SIU01328.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B8" + /db_xref="InterPro:IPR003148" + /db_xref="InterPro:IPR006036" + /db_xref="InterPro:IPR006037" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036721" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B8" + /translation="MRVVVMGCGRVGASVADGLSRIGHEVAIIDRDSAAFNRLSPQFA + GERVLGQGFDRDVLLRAGIQGADAFAAVSSGDNSNIISARLARETFGVPRVVARIYDA + KRAEVYERLGIPTIATVPWTTDRLLNALMQDTETAKWRDPTGTVAVAEVVLHEDWVGH + RATDLEQATGARIAFLIRFGTGVLPEPKTVLQAGDKVYIAAISGRAAEAAAIAALPPS + EDFESGARR" + gene 2971072..2971734 + /gene="ceoC" + /locus_tag="BQ2027_MB2711" + CDS 2971072..2971734 + /gene="ceoC" + /locus_tag="BQ2027_MB2711" + /note="Mb2711, ceoC, len: 220 aa. Equivalent to Rv2692, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 220 aa overlap). ceoC (alternate gene + names: trkA and trkB), TRK system potassium uptake protein + (see citation below), highly similar to others e.g. + O54141|SC2E9.16c from Streptomyces coelicolor (226 aa), + FASTA scores: opt: 870, E(): 9.4e-48, (58.8% identity in + 216 aa overlap); Q58505|TRKA_METJA|MJ1105 from + Methanococcus jannaschii (218 aa), FASTA scores: opt: 361, + E(): 9.7e-16, (29.8% identity in 218 aa overlap); + O27333|TRKA_METTH|MTH1265 from Methanobacterium + thermoautotrophicum (216 aa), FASTA scores: opt: 326, E(): + 1.5e-13, (30.1% identity in 216 aa overlap); etc. Also + similar to downstream orf + O07193|CEOB|TRKA|Rv2691|MTCY05A6.12 TRK SYSTEM POTASSIUM + UPTAKE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (227 aa), + FASTA scores: opt: 259, E(): 2.6e-09, (26.55% identity in + 226 aa overlap). Contains a motif common to NAD+ binding + pockets (see citation below). BELONGS TO THE TRKA FAMILY. + Protein product from Mb2711 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2711 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRK SYSTEM POTASSIUM UPTAKE PROTEIN CEOC" + /protein_id="SIU01329.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1X0" + /db_xref="InterPro:IPR003148" + /db_xref="InterPro:IPR006036" + /db_xref="InterPro:IPR006037" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036721" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X0" + /translation="MKVAVAGAGAVGRSVTRELVENGHDITLIERNPDHLDAAAIPEA + HWRLGDACELSLLESIHLEEFDVVVAATGDDKVNVVLSLLAKTEFAVPRVVARVNDPR + NEWLFNDAWGVDVAVSTPRMLASLIEEAVTVGDLVRLMEFRTGQANLVEITLPDNTPW + GGKPVRKLQLPRDAALVTILRGPRVIVPEADEPLEGGDELLFVAVTEAEEELSRLLLP + SM" + gene complement(2971745..2972416) + /locus_tag="BQ2027_MB2712C" + CDS complement(2971745..2972416) + /locus_tag="BQ2027_MB2712C" + /note="Mb2712c, -, len: 223 aa. Equivalent to Rv2693c, + len: 223 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 223 aa overlap). Probable conserved + integral membrane ala-, leu-rich protein, showing some + similarity to O54140|SC2E9.15 HYPOTHETICAL 29.6 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (272 aa), FASTA + scores: opt: 212, E(): 4.3e-06, (23.5% identity in 247 aa + overlap). Mb2712c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE ALANINE AND + LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01330.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1X1" + /db_xref="InterPro:IPR016566" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X1" + /translation="MNANRTSAQRLLAQAGGVSGLVYSSLPVVTFVVASSAAGLLPAI + GFALSMAGLILLWRLLRRESARPVVAGFCGVAVCALIAYLVGQSKGYFLLGIWMSLLW + AVVFTLSILIRRPIVGYLWSWLSGRDRAWRDVSRAVFAFDVATLGWTLVFAARFIVQR + HLYDADKTGWLGVARIGMGWPLTALAALATYAAIKAAQRAILASHDAAAVGGAAEFDA + DAGRE" + gene complement(2972447..2972815) + /locus_tag="BQ2027_MB2713C" + CDS complement(2972447..2972815) + /locus_tag="BQ2027_MB2713C" + /note="Mb2713c, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv2694c, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 122 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar in part to SC2E9.14 HYPOTHETICAL + 16.9 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (154 aa), + FASTA scores: opt: 299, E(): 1.9e-13, (41.05% identity in + 117 aa overlap. Equivalent to AAK47083 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (157 aa) but shorter 35 aa. + Protein product from Mb2713c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2713c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="OB-fold nucleic acid binding protein" + /protein_id="SIU01331.1" + /db_xref="InterPro:IPR016499" + /db_xref="InterPro:IPR033454" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X3" + /translation="MGAQGYLRRLTRRLTEDLEQRDVEELSDEVLNAGAQRAIDCQRG + QEVTVVGTLRSVETNGKGCSGGVSAELFDGSDTVTLVWLGQRRIPGIDTGRTLRVRGR + LGKLENGTKAIYNPHYEIQR" + gene 2972964..2973671 + /locus_tag="BQ2027_MB2714" + CDS 2972964..2973671 + /locus_tag="BQ2027_MB2714" + /note="Mb2714, -, len: 235 aa. Equivalent to Rv2695, len: + 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 235 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to + Q49994|ML1030|U1764L HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (232 aa), FASTA scores: opt: 1166, + E(): 6.3e-63, (76.95% identity in 230 aa overlap). Also + shows some similarity with other hypothetical proteins + e.g. Q986S2|MLR7232 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (277 aa), FASTA scores: opt: + 150, E(): 0.059, (33.55% identity in 173 aa overlap); + CAC47772|SMC03810 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium + meliloti (Sinorhizobium meliloti) (269 aa), FASTA scores: + opt: 143, E(): 0.15, (28.05% identity in 228 aa overlap); + Q9A5N6|CC2411 3-OXOADIPATE ENOL-LACTONE + HYDROLASE/4-CARBOXYMUCONOLACTONE DECARBOXYLASE from + Caulobacter crescentus (393 aa), FASTA scores: opt: 138, + E(): 0.41, (26.45% identity in 238 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2714 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2714 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted hydrolases or acyltransferases + (alpha/beta hydrolase superfamily)" + /protein_id="SIU01332.1" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y2" + /translation="MAVDLDGVTTVLLPGTGSDNDYVRRAFSAPLRRAGAVLVTPVPH + PGRLIDGYRAALDDAARDGPVVVGGVSLGAAVAAAWALEHPDRAVAVLAALPAWTGEP + ELAPAAQAARYTAARLRCDGLAATTTRMRASSPVWLAEELTRSWRVQWPELPDAMEEA + AAYVAPSRAELARLVAPLAVAAAVDDPIHPLQVAADWVSVAPHAALRTVTLDEIGADA + AALGSACLAALAEVSGA" + gene complement(2973877..2974656) + /locus_tag="BQ2027_MB2715C" + CDS complement(2973877..2974656) + /locus_tag="BQ2027_MB2715C" + /note="Mb2715c, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv2696c, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 259 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, gly-, val-rich protein, equivalent (but shorter 18 + aa) to Q49993|ML1029|U1764K HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (273 aa), FASTA scores: opt: 1174, + E(): 2.1e-63, (70.6% identity in 262 aa overlap). Also + similar to O54135|SC2E9.10 from Streptomyces coelicolor + (250 aa), FASTA scores: opt: 213, E(): 9.8e-06, (28.25% + identity in 255 aa overlap); and showing weak similarity + with other proteins. Protein product from Mb2715c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2715c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine and glycine and valine rich + protein" + /protein_id="SIU01333.1" + /db_xref="InterPro:IPR022183" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X2" + /translation="MAFGRRTGKDGGKRKAGHAPVQPADEHVRPEDTVVASAAAASGV + EDQEELQGPFDIDDFDDPSVAVLARLDLGSVLIPMPAAGQVQVELTESGVPSAVWVIT + PNGRYSIAAYAAPKTGGLWREVAGELADSLRKDSAKVSIKDGPWGREVIGIAAGVVRF + IGVNGYRWMIRCVVNGPQETVDALTEEAREALADTVVRRGDTPLPVRTPLPVHLPEPM + AAQLREAAAAQADTQRQAAAGVARRGAQGSAMQQLRSTTGG" + gene complement(2974731..2975195) + /gene="dut" + /locus_tag="BQ2027_MB2716C" + CDS complement(2974731..2975195) + /gene="dut" + /locus_tag="BQ2027_MB2716C" + /note="Mb2716c, dut, len: 154 aa. Equivalent to Rv2697c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Probable dut, + deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (EC + 3.6.1.23), equivalent to Q49992|DUT_MYCLE|ML1028 + DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE from + Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: opt: 928, + E(): 2.1e-51, (90.25% identity in 154 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. O54134|DUT_STRCO|SC2E9.09 + from Streptomyces coelicolor (183 aa), FASTA scores: opt: + 534, E(): 1.2e-26, (56.1% identity in 148 aa overlap); + O66592|DUT_AQUAE|AQ_220 from Aquifex aeolicus (150 aa), + FASTA scores: opt: 398, E(): 3.3e-18, (48.05% identity in + 152 aa overlap); Q9X3X5|DUT_ZYMMO from Zymomonas mobilis + (146 aa), FASTA scores: opt: 396, E(): 4.4e-18, (49.0% + identity in 147 aa overlap); etc. BELONGS TO THE DUTPASE + FAMILY. Protein product from Mb2716c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2716c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable deoxyuridine 5'-triphosphate + nucleotidohydrolase dut (dutpase) (dutp pyrophosphatase) + (deoxyuridine 5'-triphosphatase) (dutp diphosphatase) + (deoxyuridine-triphosphatase)" + /protein_id="SIU01334.1" + /db_xref="GOA:P0A553" + /db_xref="InterPro:IPR008181" + /db_xref="InterPro:IPR029054" + /db_xref="InterPro:IPR033704" + /db_xref="InterPro:IPR036157" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A553" + /translation="MSTTLAIVRLDPGLPLPSRAHDGDAGVDLYSAEDVELAPGRRAL + VRTGVAVAVPFGMVGLVHPRSGLATRVGLSIVNSPGTIDAGYRGEIKVALINLDPAAP + IVVHRGDRIAQLLVQRVELVELVEVSSFDEAGLASTSRGDGGHGSSGGHASL" + gene 2975221..2975706 + /locus_tag="BQ2027_MB2717" + CDS 2975221..2975706 + /locus_tag="BQ2027_MB2717" + /note="Mb2717, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv2698, len: + 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Probable conserved + ala-rich transmembrane protein, equivalent to + Q49991|ML1027|U1764I POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (157 aa), FASTA scores: opt: 886, + E(): 1.1e-49, (78.9% identity in 161 aa overlap). Also + similar to O54132|SC2E9.07c HYPOTHETICAL 16.5 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (154 aa), FASTA scores: opt: + 230, E(): 7.1e-08, (35.7% identity in 154 aa overlap). + Protein product from Mb2717 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2717 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ALANINE RICH TRANSMEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU01335.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3X7" + /db_xref="InterPro:IPR021443" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X7" + /translation="MSGTRLAPHSVRYRERLWVPWWWWPLAFALAALIAFEVNLGVAA + LPDWVPFATLFTVAAGTLLWLGRVEIRVTAGSADGAGVKLWAGPAHLPVAVIARSAEI + PATAKSAALGRQLDPAAYVLHRAWVGPMVLVVLDDPNDPTPYWLVSCRHPERVLSALR + S" + gene complement(2975711..2976013) + /locus_tag="BQ2027_MB2718C" + CDS complement(2975711..2976013) + /locus_tag="BQ2027_MB2718C" + /note="Mb2718c, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv2699c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, very equivalent to + Q49990|ML1026|U1764J HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (100 aa), FASTA scores: opt: 632, + E(): 7.7e-36, (96.0% identity in 100 aa overlap). Also + highly similar to O54130|SC2E9.05 HYPOTHETICAL 11.0 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (98 aa), FASTA + scores: opt: 465, E(): 1.1e-24, (71.45% identity in 98 aa + overlap). Protein product from Mb2718c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2718c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01336.1" + /db_xref="InterPro:IPR025242" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R7" + /translation="MPTDYDAPRRTETDDVSEDSLEELKARRNEAASAVVDVDESESA + ESFELPGADLSGEELSVRVVPKQADEFTCSSCFLVQHRSRLASEKNGVMICTDCAA" + gene 2976251..2976901 + /locus_tag="BQ2027_MB2719" + CDS 2976251..2976901 + /locus_tag="BQ2027_MB2719" + /note="Mb2719, -, len: 216 aa. Equivalent to Rv2700, len: + 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). Possible secreted + ala-rich protein, equivalent to Q4998|ML1025|U1764H + POSSIBLE SECRETED PROTEIN from Mycobacterium leprae (216 + aa), FASTA scores: opt: 1198, E(): 1.2e-65, (82.4% + identity in 216 aa overlap). Also showing some similarity + with Q9AK75|2SCD60.08c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (204 aa), FASTA scores: opt: 193, + E(): 8.9e-05, (31.25% identity in 192 aa overlap). Protein + product from Mb2719 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2719 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible conserved secreted alanine rich + protein" + /protein_id="SIU01337.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y250" + /db_xref="InterPro:IPR027381" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y250" + /translation="MVAQITEGTAFDKHGRPFRRRNPRPAIVVVAFLVVVTCVMWTLA + LTRPPDVREAAVCNPPPQPAGSAPTNLGEQVSRTDMTDVAPAKLSDTKVHVLNASGRG + GQAADIAGALQDLGFAQPTAANDPIYAGTRLDCQGQIRFGTAGQATAAALWLVAPCTE + LYHDSRADDSVDLALGTDFTTLAHNDDIDAVLANLRPGATEPSDPALLAKIHANSC" + gene complement(2976911..2977783) + /gene="suhB" + /locus_tag="BQ2027_MB2720C" + CDS complement(2976911..2977783) + /gene="suhB" + /locus_tag="BQ2027_MB2720C" + /note="Mb2720c, suhB, len: 290 aa. Equivalent to Rv2701c, + len: 290 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 290 aa overlap). Possible suhB, + extragenic suppressor protein, equivalent to + P46813|SUHB_MYCLE|SUHB|SSYA|ML1024 EXTRAGENIC SUPPRESSOR + PROTEIN from Mycobacterium leprae (291 aa), FASTA scores: + opt: 1424, E(): 4.9e-78, (77.55% identity in 294 aa + overlap). Similar (except at N-terminus) to others e.g. + O54128|SUHB from Streptomyces coelicolor (209 aa), FASTA + scores: opt: 560, E(): 1.7e-26, (46.95% identity in 213 aa + overlap); Q9CNV8|SUHB|PM0315 from Pasteurella multocida + (267 aa), FASTA scores: opt: 479, E(): 1.5e-21, (39.3% + identity in 234 aa overlap); P44333|SUHB_HAEIN|HI0937 from + Haemophilus influenzae (267 aa), FASTA scores: opt: 438, + E(): 4.1e-19, (34.7% identity in 248 aa overlap); + P22783|SUHB_ECOLI|SSYA|B2533 from Escherichia coli strain + K12 (267 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 5.7e-18, + (34.45% identity in 267 aa overlap); etc. And also similar + to putative myo-inositol-1(or 4)-monophosphatases e.g. + Q9S1M1|SPCA from Streptoverticillium netropsis + (Streptoverticillium flavopersicus) (266 aa), FASTA + scores: opt: 556, E(): 3.6e-26, (45.4% identity in 240 aa + overlap); Q9S3X5|SPCA from Streptomyces spectabilis (264 + aa), FASTA scores: opt: 502, E(): 6.1e-23, (46.05% + identity in 265 aa overlap); CAC47357 from Rhizobium + meliloti (Sinorhizobium meliloti) (266 aa), FASTA scores: + opt: 452, E(): 6e-20, (38.5% identity in 244 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK47090 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (277 aa) but longer 13 aa. + Contains PS00630 Inositol monophosphatase family + signatures 1 and 2 (PS00629 and PS00630). BELONGS TO THE + INOSITOL MONOPHOSPHATASE FAMILY. Protein product from + Mb2720c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2720c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="inositol-1-monophosphatase suhb" + /protein_id="SIU01338.1" + /db_xref="GOA:P65166" + /db_xref="InterPro:IPR000760" + /db_xref="InterPro:IPR020550" + /db_xref="InterPro:IPR020583" + /db_xref="InterPro:IPR033942" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65166" + /translation="MTRPDNEPARLRSVAENLAAEAAAFVRGRRAEVFGISRAGDGDG + AVRAKSSPTDPVTVVDTDTERLLRDRLAQLRPGDPILGEEGGGPADVTATPSDRVTWV + LDPIDGTVNFVYGIPAYAVSIGAQVGGITVAGAVADVAARTVYSAATGLGAHLTDERG + RHVLRCTGVDELSMALLGTGFGYSVRCREKQAELLAHVVPLVRDVRRIGSAALDLCMV + AAGRLDAYYEHGVQVWDCAAGALIAAEAGARVLLSTPRAGGAGLVVVAAAPGIADELL + AALQRFNGLEPIPD" + gene 2977906..2978703 + /gene="ppgK" + /locus_tag="BQ2027_MB2721" + CDS 2977906..2978703 + /gene="ppgK" + /locus_tag="BQ2027_MB2721" + /note="Mb2721, ppgK, len: 265 aa. Equivalent to Rv2702, + len: 265 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 265 aa overlap). ppgK, polyphosphate + glucokinase (EC 2.7.1.2) (see citation below), equivalent, + but shorter 60 aa, to Q49988|PPGK_MYCLE|ML1023|U1764FG + POLYPHOSPHATE GLUCOKINASE from Mycobacterium leprae (324 + aa), FASTA scores: opt: 1411, E(): 5.6e-80, (82.8% + identity in 262 aa overlap). Also highly similar (or just + similar) to others e.g. Q9ADE8|PPGK from Streptomyces + coelicolor (246 aa), FASTA scores: opt: 912, E(): 3e-49, + (57.3% identity in 239 aa overlap); Q9AGV8|PPGK from + Corynebacterium ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) + (277 aa), FASTA scores: opt: 890, E(): 7.5e-48, (57.75% + identity in 239 aa overlap); P40184|GLK_STRCO|SC6E10.20c + from Streptomyces coelicolor (317 aa), FASTA scores: opt: + 233, E(): 3.2e-07, (31.3% identity in 163 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2721 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2721 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POLYPHOSPHATE GLUCOKINASE PPGK + (POLYPHOSPHATE-GLUCOSE PHOSPHOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01339.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Y1" + /db_xref="InterPro:IPR000600" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y1" + /translation="MTSTGPETSETPGATTQRHGFGIDVGGSGIKGGIVDLDTGQLIG + DRIKLLTPQPATPLAVAKTIAEVVNGFGWRGPLGVTYPGVVTHGVVRTAANVDKSWIG + TNARDTIGAELGGQQVTILNDADAAGLAETRYGAGKNNPGLVVLLTFGTGIGSAVIHN + GTLIPNTEFGHLEVGGKEAEERAASSVKEKNDWTYPKWAKQVTRVLIAIENAIWPDLF + IAGGGISRKADKWVPLLENRTPVVPAALQNTAGIVGAAMASVADTTH" + gene 2978883..2980469 + /gene="sigA" + /locus_tag="BQ2027_MB2722" + CDS 2978883..2980469 + /gene="sigA" + /locus_tag="BQ2027_MB2722" + /standard_name="mysA; rpoV; rpoD" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2722, sigA, len: 528 aa. Equivalent to Rv2703, + len: 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 528 aa overlap). sigA (formerly named + mysA, and also known as rpoV or rpoD), RNA polymerase + sigma factor (see citations below), equivalent (but + shorter 55 aa) to Q9S5K3|RPOT (alias Q59532) RNA + POLYMERASE SIGMA FACTOR from Mycobacterium leprae (576 + aa), FASTA scores: opt: 2638, E(): 8.6e-115, (80.35% + identity in 535 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q59552|MYSA from Mycobacterium smegmatis (466 aa), FASTA + scores: opt: 2259, E(): 2.3e-97, (76.5% identity in 528 aa + overlap); Q45302|SIGA from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (497 aa), FASTA scores: opt: 1972, + E(): 4.3e-84, (67.35% identity in 505 aa overlap); + Q59813|HRDB from Streptomyces aureofaciens (525 aa), FASTA + scores: opt: 1654, E(): 2.1e-69, (67.5% identity in 468 aa + overlap); etc. Contains sigma-70 family signatures 1 and 2 + (PS00715 and PS00716). BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR + FAMILY. Protein product from Mb2722 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2722 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR SIGA (SIGMA-A)" + /protein_id="SIU01340.1" + /db_xref="GOA:P0A603" + /db_xref="InterPro:IPR000943" + /db_xref="InterPro:IPR007624" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR007630" + /db_xref="InterPro:IPR009042" + /db_xref="InterPro:IPR012760" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR028630" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A603" + /translation="MAATKASTATDEPVKRTATKSPAASASGAKTGAKRTAAKSASGS + PPAKRATKPAARSVKPASAPQDTTTSTIPKRKTRAAAKSAAAKAPSARGHATKPRAPK + DAQHEAATDPEDALDSVEELDAEPDLDVEPGEDLDLDAADLNLDDLEDDVAPDADDDL + DSGDDEDHEDLEAEAAVAPGQTADDDEEIAEPTEKDKASGDFVWDEDESEALRQARKD + AELTASADSVRAYLKQIGKVALLNAEEEVELAKRIEAGLYATQLMTELSERGEKLPAA + QRRDMMWICRDGDRAKNHLLEANLRLVVSLAKRYTGRGMAFLDLIQEGNLGLIRAVEK + FDYTKGYKFSTYATWWIRQAITRAMADQARTIRIPVHMVEVINKLGRIQRELLQDLGR + EPTPEELAKEMDITPEKVLEIQQYAREPISLDQTIGDEGDSQLGDFIEDSEAVVAVDA + VSFTLLQDQLQSVLDTLSEREAGVVRLRFGLTDGQPRTLDEIGQVYGVTRERIRQIES + KTMSKLRHPSRSQVLRDYLD" + gene 2980506..2980934 + /locus_tag="BQ2027_MB2723" + CDS 2980506..2980934 + /locus_tag="BQ2027_MB2723" + /note="Mb2723, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv2704, len: + 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar (but shorter 25 aa) + to Q9RYB7|DR0033 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (157 aa), FASTA scores: opt: 381, + E(): 1.5e-17, (54.85% identity in 124 aa overlap); and + highly similar to various proteins e.g. CAC47758|SMC03796 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (126 aa), FASTA scores: opt: 302, + E(): 1.4e-12, (46.6% identity in 126 aa overlap); + Q98E55|MLL4402 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (130 aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 2.1e-09, (40.15% + identity in 127 aa overlap); Q9K3V5|SCD10.21 PUTATIVE + ACETYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (291 aa), + FASTA scores: opt: 247, E(): 8.7e-09, (41.3% identity in + 138 aa overlap) (homology only in N-terminal region); etc. + Mb2723 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RidA/YER057c/UK114 superfamily, group 6" + /protein_id="SIU01341.1" + /db_xref="InterPro:IPR006175" + /db_xref="InterPro:IPR035959" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y3" + /translation="MSASRTMVSSGSEFESAVGYSRAVRIGPLVVVAGTTGSGDDIAA + QTRDALRRIEIALGQAGATLADVVRTRIYVTDISRWREVGEVHAQAFGKIRPVTSMVE + VTALIAPGLLVEIEADAYVGSAVADRNSGAGPKDPSPAGG" + gene complement(2980862..2981251) + /locus_tag="BQ2027_MB2724C" + CDS complement(2980862..2981251) + /locus_tag="BQ2027_MB2724C" + /note="Mb2724c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2705c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others e.g. Q9RXR5|DR0242 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (112 aa), FASTA scores: opt: 259, E(): + 9.4e-10, (40.5% identity in 116 aa overlap); + CAC45122|SMC02246 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (115 aa), + FASTA scores: opt: 208, E(): 1.6e-06, (38.3% identity in + 107 aa overlap); Q98B88|MLL5682 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (116 aa), FASTA + scores: opt: 173, E(): 0.00026, (34.95% identity in 103 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2724c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2724c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glutathione S-transferase domain protein" + /protein_id="SIU01342.1" + /db_xref="InterPro:IPR009297" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Z2" + /translation="MRMTPDPAMLVHLCGVQEWSHARERGGIYPESDKTGYIHLSTLE + QVHLPANRLYRGRADLVLLYIDPAALDSPVRWEPGVPTDPRSMLFPHLYGPLPVRAVI + GAAAYPPAGDGSFGPAPEFRSATADPT" + gene complement(2981248..2981505) + /locus_tag="BQ2027_MB2725C" + CDS complement(2981248..2981505) + /locus_tag="BQ2027_MB2725C" + /note="Mb2725c, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv2706c, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01343.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1X8" + /translation="MLVGVMLAEKKLGSGGQLGAHPSCSATAVAAVCSSQLRTGQSCV + HGSPFSGIFTFSDVRGSRRVPRPLSGVSFLTTFAPANRAGW" + gene 2981621..2982595 + /locus_tag="BQ2027_MB2726" + CDS 2981621..2982595 + /locus_tag="BQ2027_MB2726" + /note="Mb2726, -, len: 324 aa. Equivalent to Rv2707, len: + 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 324 aa overlap). Probable conserved + transmembrane ala-, leu-rich protein, equivalent to + Q49985|ML1017|U1764D POSSIBLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (330 aa), FASTA scores: + opt: 1617, E(): 2.5e-91, (75.4% identity in 325 aa + overlap). Also similar to other membrane proteins e.g. + Q9ADF6|SCBAC1A6.31 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (344 aa), FASTA scores: opt: 593, + E(): 5.9e-29, (36.2% identity in 268 aa overlap); + Q99SZ8|SA1699 HYPOTHETICAL PROTEIN (similar to + transporter) from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 + (405 aa), FASTA scores: opt: 318, E(): 3.7e-12, (27.9% + identity in 265 aa overlap); O34437|YFKH HYPOTHETICAL + PROTEIN (similar to transporter) from Bacillus subtilis + (275 aa), FASTA scores: opt: 309, E(): 9.7e-12, (29.3% + identity in 263 aa overlap); etc. Mb2726 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE ALANINE AND + LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01344.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y1Y8" + /db_xref="InterPro:IPR017039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Y8" + /translation="MSDQVPKPHRHHIWRITRRTLSKSWDDSIFSESAQAAFWSALSL + PPLLLGMLGSLAYVAPLFGPDTLPAIEKSALSTAHSFFSPSVVNEIIEPTIGDITNNA + RGEVASLGFLISLWAGSSAISAFVDAVVEAHDQTPLRHPVRQRFFALFLYVVMLVFLV + ATAPVMVVGPRKVSEHIPESLANLLRYGYYPALILGLTVGVILLYRVALPVPLPTHRL + VLGAVLAIAVFLIATLGLRVYLAWITRTGYTYGALATPIAFLLFAFFGGFAIMLGAEL + NAAVQEEWPAPATHAHRLGNWLKARIGVGTTTYSSTAQHSAVAAEPPS" + gene complement(2982596..2982844) + /locus_tag="BQ2027_MB2727C" + CDS complement(2982596..2982844) + /locus_tag="BQ2027_MB2727C" + /note="Mb2727c, -, len: 82 aa. Equivalent to Rv2708c, len: + 82 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 82 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent (but shorter 25 aa) to + Q49984|ML1016|U1764C HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (107 aa), FASTA scores: opt: 492, + E(): 7.3e-27, (87.8% identity in 82 aa overlap). Also + highly similar to Q9L1U7|SCE59.06c HYPOTHETICAL 10.4 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (97 aa), FASTA + scores: opt: 200, E(): 4.4e-07, (51.6% identity in 62 aa + overlap). Protein product from Mb2727c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2727c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01345.1" + /db_xref="InterPro:IPR021400" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y9" + /translation="MSGMQTQTIERTDADERVDDGTGSDTPKYFHYVKKDKIAESAVM + GSHVVALCGEVFPVTRAPKPGSPVCPDCKRIYDTLKKG" + gene 2982887..2983333 + /locus_tag="BQ2027_MB2728" + CDS 2982887..2983333 + /locus_tag="BQ2027_MB2728" + /note="Mb2728, -, len: 148 aa. Equivalent to Rv2709, len: + 148 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 148 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CCB4|ML1015 (alias + Q49983|U1764B but extended in N-terminus) POSSIBLE + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (139 + aa), FASTA scores: opt: 578, E(): 5.5e-31, (70.75% + identity in 123 aa overlap). Shows also similarity with + Q9RJ48|SCI8.05 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (159 aa), FASTA scores: opt: 119, + E(): 0.57, (31.95% identity in 119 aa overlap). Protein + product from Mb2728 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2728 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01346.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2S7" + /db_xref="InterPro:IPR021449" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2S7" + /translation="MWDSRVMKHGLRLGFNGQFDDFDDFDDKGRPVLISAAAPSYEVE + HRTRVRKYLTLMAFRVPALILAAIAYGAWHNGLISLLIVAASVPLPWMAVLIANDRPP + RRADEPRRFDVARRRIPLFPTAERPALEPRRQPAERSAPRGFADHG" + gene 2983509..2984480 + /gene="sigB" + /locus_tag="BQ2027_MB2729" + CDS 2983509..2984480 + /gene="sigB" + /locus_tag="BQ2027_MB2729" + /standard_name="mysB" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2729, sigB, len: 323 aa. Equivalent to Rv2710, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). sigB (formerly known + as mysB), RNA polymerase sigma factor (see citations + below), equivalent to Q59531|ML1014 RNA POLYMERASE SIGMA + FACTOR from Mycobacterium leprae (319 aa), FASTA scores: + opt: 1935, E(): 1.9e-109, (96.2% identity in 316 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. Q59553|MYSB + from Mycobacterium smegmatis (319 aa), FASTA scores: opt: + 1874, E(): 9.1e-106, (92.4% identity in 316 aa overlap); + Q9ANT6|SIGB from Brevibacterium flavum (331 aa), FASTA + scores: opt: 1525, E(): 9.9e-85, (78.9% identity in 303 aa + overlap); Q60158|RPOV from Mycobacterium bovis (528 aa), + FASTA scores: opt: 1246, E(): 9.3e-68, (62.85% identity in + 315 aa overlap); etc. Contains sigma-70 factors family + signatures 1 and 2 (PS00715 and PS00716). And contains + possible helix-turn-helix motif at aa 282-303 (Score 1887, + +5.61 SD). BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR FAMILY. Protein + product from Mb2729 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2729 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR SIGB" + /protein_id="SIU01347.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y258" + /db_xref="InterPro:IPR000943" + /db_xref="InterPro:IPR007624" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR007630" + /db_xref="InterPro:IPR009042" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y258" + /translation="MADAPTRATTSRVDSDLDAQSPAADLVRVYLNGIGKTALLNAAG + EVELAKRIEAGLYAEHLLETRKRLGENRKRDLAAVVRDGEAARRHLLEANLRLVVSLA + KRYTGRGMPLLDLIQEGNLGLIRAMEKFDYTKGFKFSTYATWWIRQAITRGMADQSRT + IRLPVHLVEQVNKLARIKREMHQHLGREATDEELAAESGIPIDKINDLLEHSRDPVSL + DMPVGSEEEAPLGDFIEDAEAMSAENAVIAELLHTDIRSVLATLDEREHQVIRLRFGL + DDGQPRTLDQIGKLFGLSRERVRQIERDVMSKLRHGERADRLRSYAS" + gene 2984613..2985305 + /gene="ideR" + /locus_tag="BQ2027_MB2730" + CDS 2984613..2985305 + /gene="ideR" + /locus_tag="BQ2027_MB2730" + /standard_name="dtxR" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2730, ideR, len: 230 aa. Equivalent to Rv2711, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). ideR (formerly known + as dtxR), iron dependent repressor and activator (see + citations below), equivalent to Q9CCB5|ML1013 IRON + DEPENDENT REPRESSOR from Mycobacterium leprae (230 aa), + FASTA scores: opt: 1365, E(): 3.8e-77, (90.0% identity in + 230 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q50379|DTXR from Mycobacterium smegmatis (233 aa), FASTA + scores: opt: 1291, E(): 1.4e-72, (86.1% identity in 230 aa + overlap); Q9F7T3|IDER from Corynebacterium equii + (Rhodococcus equi) (230 aa), FASTA scores: opt: 1130, E(): + 1.2e-62, (74.8% identity in 230 aa overlap); + P33120|DTXR_CORDI from Corynebacterium diphtheriae (226 + aa), FASTA scores: opt: 803, E(): 1.6e-42, (57.85% + identity in 230 aa overlap); etc. BELONGS TO THE FUR + FAMILY. Protein product from Mb2730 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2730 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="IRON-DEPENDENT REPRESSOR AND ACTIVATOR IDER" + /protein_id="SIU01348.1" + /db_xref="GOA:P0A673" + /db_xref="InterPro:IPR001367" + /db_xref="InterPro:IPR007167" + /db_xref="InterPro:IPR008988" + /db_xref="InterPro:IPR022687" + /db_xref="InterPro:IPR022689" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR036421" + /db_xref="InterPro:IPR038157" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A673" + /translation="MNELVDTTEMYLRTIYDLEEEGVTPLRARIAERLDQSGPTVSQT + VSRMERDGLLRVAGDRHLELTEKGRALAIAVMRKHRLAERLLVDVIGLPWEEVHAEAC + RWEHVMSEDVERRLVKVLNNPTTSPFGNPIPGLVELGVGPEPGADDANLVRLTELPAG + SPVAVVVRQLTEHVQGDIDLITRLKDAGVVPNARVTVETTPGGGVTIVIPGHENVTLP + HEMAHAVKVEKV" + gene complement(2985318..2986376) + /locus_tag="BQ2027_MB2731C" + CDS complement(2985318..2986376) + /locus_tag="BQ2027_MB2731C" + /note="Mb2731c, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv2712c, + len: 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, leu-rich protein. Mb2731c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Heme binding protein" + /protein_id="SIU01349.1" + /db_xref="InterPro:IPR025447" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Z1" + /translation="MTKYRGQFELNRPATLIAALPAILGFVPEKSLVLVSLAAGELGS + VMRADLCDELADRVGHLAELVAAANPAAAIAVIVDANGAQCPRCNEEYRQLCAALAAA + LSQRDIVLWAAHVVDRVAAGGRWHCVDGCGCSGVIDDPSASPLAMAAVLDGRQLYPRR + SDLQAVIAVDDPVRSAELAVALGHQAADREIAHRADSVGCSRQDVENALAAAARVADG + QSLSDTELARLGCALGDARVRDMLYALAVGENAGAAESLWALLARVLPEPWRVEALVL + LAFSAYARGDGPLAGVSLQAALCCEPGHRMAGMLDTALQSGLRPEHIRDIAVTGYQRA + EQLGIRLPPRRAFGQRAG" + gene 2986489..2987895 + /gene="sthA" + /locus_tag="BQ2027_MB2732" + CDS 2986489..2987895 + /gene="sthA" + /locus_tag="BQ2027_MB2732" + /note="Mb2732, sthA, len: 468 aa. Equivalent to Rv2713, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 468 aa overlap). Probable sthA, + soluble pyridine nucleotide transhydrogenase (EC 1.6.1.1), + highly similar to others e.g. Q983E2|MLR8366 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (481 aa), FASTA + scores: opt: 1447, E(): 4.1e-78, (49.55% identity in 460 + aa overlap); P27306|STHA_ECOLI|STH|UDHA|B3962 from + Escherichia coli strain K12 (465 aa), FASTA scores: opt: + 1267, E(): 1.7e-67, (43.05% identity in 462 aa overlap); + O05139|STHA_PSEFL|STH from Pseudomonas fluorescens (463 + aa), FASTA scores: opt: 1257, E(): 6.6e-67, (43.8% + identity in 461 aa overlap); etc. Also highly similar to + CAC46308|SMC00300 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (467 aa), + FASTA scores: opt: 1466, E(): 3e-79, (49.55% identity in + 462 aa overlap). Shows some similarity to MTCY359.04, E(): + 3.1e-08; MTCY210.05, E(): 3.4e-08. Contains + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop; PS00017). BELONGS TO + THE PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASES CLASS-I. + COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). Protein product from Mb2732 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2732 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SOLUBLE PYRIDINE NUCLEOTIDE + TRANSHYDROGENASE STHA (STH) (NAD(P)(+) TRANSHYDROGENASE + [B-SPECIFIC]) (NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01350.1" + /db_xref="GOA:P66007" + /db_xref="InterPro:IPR001100" + /db_xref="InterPro:IPR004099" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR022962" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66007" + /translation="MREYDIVVIGSGPGGQKAAIASAKLGKSVAIVERGRMLGGVCVN + TGTIPSKTLREAVLYLTGMNQRELYGASYRVKDRITPADLLARTQHVIGKEVDVVRNQ + LMRNRVDLIVGHGRFIDPHTILVEDQARREKTTVTGDYIIIATGTRPARPSGVEFDEE + RVLDSDGILDLKSLPSSMVVVGAGVIGIEYASMFAALGTKVTVVEKRDNMLDFCDPEV + VEALKFHLRDLAVTFRFGEEVTAVDVGSAGTVTTLASGKQIPAETVMYSAGRQGQTDH + LDLHNAGLEVQGRGRIFVDDRFQTKVDHIYAVGDVIGFPALAATSMEQGRLAAYHAFG + EPTDGITELQPIGIYSIPEVSYVGATEVELTKSSIPYEVGVARYRELARGQIAGDSYG + MLKLLVSTEDLKLLGVHIFGTSATEMVHIGQAVMGCGGSVEYLVDAVFNYPTFSEAYK + NAALDVMNKMRALNQFRR" + gene 2988113..2989087 + /locus_tag="BQ2027_MB2733" + CDS 2988113..2989087 + /locus_tag="BQ2027_MB2733" + /note="Mb2733, -, len: 324 aa. Equivalent to Rv2714, len: + 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 324 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, leu-rich protein, equivalent to + Q49847|ML1009|B2235_F1_6 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (326 aa), FASTA scores: opt: 1881, + E(): 5.8e-107, (89.7% identity in 320 aa overlap); and + similar to Q49797|MLCB2533.03c|B2126_F1_36 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (317 aa), FASTA scores: + opt: 376, E(): 1.2e-15, (30.1% identity in 279 aa + overlap); and Q9CC38|ML1306 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (274 aa), FASTA scores: opt: 367, + E(): 3.6e-15, (29.8% identity in 275 aa overlap). Also + highly similar to Q9S2K6|SC7H2.11c HYPOTHETICAL 34.2 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (312 aa), FASTA + scores: opt: 770, E(): 1.4e-39, (40.9% identity in 286 aa + overlap); and similar to Q9ADA5|SCI52.04 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (333 + aa), FASTA scores: opt: 386, E(): 3e-16, (29.05% identity + in 296 aa overlap). Also similar to + O33260|Rv2125|MTCY261.21 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (292 aa), FASTA scores: opt: + 387, E(): 2.3e-16, (29.45% identity in 292 aa overlap). + Protein product from Mb2733 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2733 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine and leucine rich protein" + /protein_id="SIU01351.1" + /db_xref="InterPro:IPR008492" + /db_xref="InterPro:IPR019151" + /db_xref="InterPro:IPR038389" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Z3" + /translation="MARDQGADEAREYEPGQPGMYELEFPAPQLSSSDGRGPVLVHAL + EGFSDAGHAIRLAAAHLKAALDTELVASFAIDELLDYRSRRPLMTFKTDHFTHSDDPE + LSLYALRDSIGTPFLLLAGLEPDLKWERFITAVRLLAERLGVRQTIGLGTVPMAVPHT + RPITMTAHSNNRELISDFQPWISEIQVPGSASNLLEYRMAQHGHEVVGFTVHVPHYLT + QTDYPAAAQALLEQVAKTGSLQLPLAALAEAAAEVQAKIDEQVQASAEVAQVVAALER + QYDAFIDAQENRSLLTRDEDLPSGDELGAEFERFLAQQAEKKSDDDPT" + gene 2989146..2990171 + /locus_tag="BQ2027_MB2734" + CDS 2989146..2990171 + /locus_tag="BQ2027_MB2734" + /note="Mb2734, -, len: 341 aa. Equivalent to Rv2715, len: + 341 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 341 aa overlap). Possible hydrolase + (EC 3.-.-.-), showing some similarity with other + hydrolases e.g. Q9I5B0|PA0829 PROBABLE HYDROLASE from + Pseudomonas aeruginosa (313 aa), FASTA scores: opt: 336, + E(): 9.9e-14, (28.05% identity in 289 aa overlap); + BAB55888 HYDROLASE (FRAGMENT) from Terrabacter sp. DBF63 + (319 aa), FASTA scores: opt: 326, E(): 4.2e-13, (27.95% + identity in 290 aa overlap); O52866|CEH|EH SOLUBLE EPOXIDE + HYDROLASE from Corynebacterium SP (285 aa), FASTA scores: + opt: 325, E(): 4.4e-13, (29.95% identity in 284 aa + overlap); etc. Also shows some similarity to + P96811|EPHF|Rv0134|MTCI5.08 HYPOTHETICAL 33.8 KDA + PROTEINfrom Mycobacterium tuberculosis (300 aa), FASTA + scores: E(): 1.8e-10, (27.7% identity in 271 aa overlap). + Contains lipases, serine active site motif (PS00120). + Protein product from Mb2734 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2734 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE" + /protein_id="SIU01352.1" + /db_xref="GOA:P0A573" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A573" + /translation="MTERKRNLRPVRDVAPPTLQFRTVHGYRRAFRIAGSGPAILLIH + GIGDNSTTWNGVHAKLAQRFTVIAPDLLGHGQSDKPRADYSVAAYANGMRDLLSVLDI + ERVTIVGHSLGGGVAMQFAYQFPQLVDRLILVSAGGVTKDVNIVFRLASLPMGSEAMA + LLRLPLVLPAVQIAGRIVGKAIGTTSLGHDLPNVLRILDDLPEPTASAAFGRTLRAVV + DWRGQMVTMLDRCYLTEAIPVQIIWGTKDVVLPVRHAHMAHAAMPGSQLEIFEGSGHF + PFHDDPARFIDIVERFMDTTEPAEYDQAALRALLRRGGGEATVTGSADTRVAVLNAIG + SNERSAT" + gene 2990220..2990906 + /locus_tag="BQ2027_MB2735" + CDS 2990220..2990906 + /locus_tag="BQ2027_MB2735" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2735, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv2716, len: + 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other proteins e.g. + Q9RKR0|SCC75A.14 HYPOTHETICAL 23.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (214 aa), FASTA scores: opt: 447, + E(): 4e-22, (44.1% identity in 220 aa overlap); + Q9HHG6|PHZF|VNG6408G PHENAZINE BIOSYNTHETIC PROTEIN from + Halobacterium sp. strain NRC-1 (299 aa), FASTA scores: + opt: 201, E(): 6.1e-06, (30.4% identity in 148 aa overlap) + (similarity only at N-terminus); P73125|SLR1019 + HYPOTHETICAL 34.1 KDA PROTEIN from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (314 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): + 1.4e-05, (28.5% identity in 298 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2735 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2735 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phenazine biosynthesis protein PhzF like" + /protein_id="SIU01353.1" + /db_xref="GOA:P0A5G8" + /db_xref="InterPro:IPR003719" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5G8" + /translation="MAIEVSVLRVFTDSDGNFGNPLGVINASKVEHRDRQQLAAQSGY + SETIFVDLPSPGSTTAHATIHTPRTEIPFAGHPTVGASWWLRERGTPINTLQVPAGIV + QVSYHGDLTAISARSEWAPEFAIHDLDSLDALAAADPADFPDDIAHYLWTWTDRSAGS + LRARMFAANLGVTEDEATGAAAIRITDYLSRDLTITQGKGSLIHTTWSPEGWVRVAGR + VVSDGVAQLD" + gene complement(2990915..2991409) + /locus_tag="BQ2027_MB2736C" + CDS complement(2990915..2991409) + /locus_tag="BQ2027_MB2736C" + /note="Mb2736c, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv2717c, + len: 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 164 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCB8|ML1006 (alias + Q49838 but shortened N-terminus) HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (161 aa), FASTA scores: opt: 797, + E(): 2.3e-46, (73.8% identity in 164 aa overlap). Also + highly similar to other eukaryotic proteins e.g. + O64527|YUP8H12R.14 HYPOTHETICAL PROTEIN from Arabidopsis + thaliana (Mouse-ear cress) (166 aa), FASTA scores: opt: + 393, E(): 2.3e-19, (42.4% identity in 158 aa overlap); + Q9Y325 CGI-36 PROTEIN from Homo sapiens (Human) (165 aa), + FASTA scores: opt: 294, E(): 9.5e-13, (33.95% identity in + 159 aa overlap); etc. Protein product from Mb2736c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2736c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DUF1794" + /protein_id="SIU01354.1" + /db_xref="GOA:Q7TY17" + /db_xref="InterPro:IPR012674" + /db_xref="InterPro:IPR014878" + /db_xref="InterPro:IPR022939" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY17" + /translation="MTRDLAPALQALSPLLGSWAGRGAGKYPTIRPFEYLEEVVFAHV + GKPFLTYTQQTRAVADGKPLHSETGYLRVCRPGCVELVLAHPSGITEIEVGTYSVTGD + VIELELSTRADGSIGLAPTAKEVTALDRSYRIDGDELSYSLQMRAVGQPLQDHLAAVL + HRQR" + gene complement(2991461..2991925) + /gene="nrdr" + /locus_tag="BQ2027_MB2737C" + CDS complement(2991461..2991925) + /gene="nrdr" + /locus_tag="BQ2027_MB2737C" + /note="Mb2737c, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv2718c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49844|ML1005|U2235A|B2235_C2_209 HYPOTHETICAL 17.3 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (154 aa), FASTA scores: + opt: 937, E(): 1.5e-52, (92.7% identity in 151 aa + overlap). Highly similar to O86848|NRDR_STRCL PUTATIVE + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces clavuligerus (172 + aa), FASTA scores: opt: 750, E(): 1.1e-40, (73.65% + identity in 148 aa overlap); O69980|SC4H2.25 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (182 aa), FASTA + scores: opt: 725, E(): 4.6e-39, (73.1% identity in 145 aa + overlap); Q9KPU0|VC2272 HYPOTHETICAL PROTEIN from Vibrio + cholerae (156 aa), FASTA scores: opt: 462, E(): 1.8e-22, + (47.3% identity in 148 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2737c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2737c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein + nrdr" + /protein_id="SIU01355.1" + /db_xref="GOA:P67314" + /db_xref="InterPro:IPR003796" + /db_xref="InterPro:IPR005144" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67314" + /translation="MHCPFCRHPDSRVIDSRETDEGQAIRRRRSCPECGRRFTTVETA + VLAVVKRSGVTEPFSREKVISGVRRACQGRQVDDDALNLLAQQVEDSVRAAGSPEIPS + HDVGLAILGPLRELDEVAYLRFASVYRSFSSADDFAREIEALRAHRNLSAHS" + gene complement(2992088..2992585) + /locus_tag="BQ2027_MB2738C" + CDS complement(2992088..2992585) + /locus_tag="BQ2027_MB2738C" + /note="Mb2738c, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv2719c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 165 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to Q49846|ML1004|B2235_C3_243 + POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (164 aa), FASTA scores: opt: 486, E(): 4e-21, + (55.2% identity in 163 aa overlap). Mb2738c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01356.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2T8" + /db_xref="InterPro:IPR018392" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2T8" + /translation="MTPVRPPHTPDPLNLRGPLDGPRWRRAEPAQSRRPGRSRPGGAP + LRYHRTGVGMSRTGHGSRPVPPATTVGLALLAAAITLWLGLVAQFGQMITGGSADGSA + DSTGRVPDRLAVVRVETGESLHDVAVRVAPNAPTRQVADRIRELNGLQTPALAVGQTL + IAPVG" + gene 2992893..2993546 + /gene="lexA" + /locus_tag="BQ2027_MB2739" + CDS 2992893..2993546 + /gene="lexA" + /locus_tag="BQ2027_MB2739" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2739, lexA, len: 217 aa. Equivalent to Rv2720, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 217 aa overlap). LexA repressor (EC + 3.4.21.88) (see citations below), equivalent to + Q49848|LEXA_MYCLE|ML1003|B2235_F2_55 LEXA REPRESSOR from + Mycobacterium leprae (217 aa), FASTA scores: opt: 1255, + E(): 7.1e-70, (89.8% identity in 216 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. O69979|LEXA_STRCO|SC4H2.24c + from Streptomyces coelicolor (234 aa), FASTA scores: opt: + 1034, E(): 2.6e-56, (70.5% identity in 217 aa overlap); + O86847|LEXA_STRCL from Streptomyces clavuligerus (239 aa), + FASTA scores: opt: 1021, E(): 1.6e-55, (69.1% identity in + 217 aa overlap); Q9KAD3|LEXA_BACHD from Bacillus + halodurans (207 aa), FASTA scores: opt: 645, E(): 1.5e-32, + (47.9% identity in 213 aa overlap); etc. BELONGS TO + PEPTIDASE FAMILY S24; ALSO KNOWN AS THE UMUD/LEXA FAMILY. + Protein product from Mb2739 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2739 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="REPRESSOR LEXA" + /protein_id="SIU01357.1" + /db_xref="GOA:Q7TY15" + /db_xref="InterPro:IPR006197" + /db_xref="InterPro:IPR006199" + /db_xref="InterPro:IPR006200" + /db_xref="InterPro:IPR015927" + /db_xref="InterPro:IPR036286" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR039418" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TY15" + /translation="MLSADSALTERQRTILDVIRASVTSRGYPPSIREIGDAVGLTST + SSVAHQLRTLERKGYLRRDPNRPRAVNVRGADDAALPPVTEVAGSDALPEPTFAPVLG + RIAAGGPILAEEAVEDVFPLPRELVGEGTLFLLKVIGDSMVEAAICDGDWVVVRQQNV + ADNGDIVAAMIDGEATVKTFKRAGGQVWLMPHNPAFDPIPGNDATVLGKVVTVIRKV" + gene complement(2993568..2995667) + /locus_tag="BQ2027_MB2740C" + CDS complement(2993568..2995667) + /locus_tag="BQ2027_MB2740C" + /note="Mb2740c, -, len: 699 aa. Equivalent to Rv2721c, + len: 699 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 699 aa overlap). Possible conserved + transmembrane ala-, gly-rich protein, equivalent to + Q49837|ML1002|U2235I POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (687 aa), FASTA scores: opt: + 2703, E(): 6.6e-135, (60.3% identity in 713 aa overlap). + Shows some similaity to Q01377|CSP1 PS1 PROTEIN PRECURSOR + (SECRETED PROTEIN) from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (657 aa), FASTA scores: opt: 276, + E(): 3.8e-07, (29.4% identity in 272 aa overlap); and + Q9KIJ0 Rv2721c-LIKE PROTEIN from Mycobacterium + paratuberculosis (246 aa), FASTA scores: opt: 178, E(): + 0.025, (37.5% identity in 120 aa overlap). Protein product + from Mb2740c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2740c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE ALANINE AND + GLYCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01358.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F1" + /db_xref="InterPro:IPR013207" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F1" + /translation="MNGQRGQLSTLIGRTLLGLAATAVTAVLLAPTVAASPMGDAEDA + MMAAWEKAGGDTSTLGVRKGDVYPIGDGFALDFAGGKMFFTPATGAKYLYGPLLDKYE + SLGGAADSDLGFPTINEVPGLAGPDSRVSTFSAADNPVIFWTPEHGAFVVRGALNAAW + DKLGSSGGVLGAPVGDETYDGEVTAQKFSGGEVSWNRATKEFTTVPAVLAEQLKGLQV + AIDPSAAINMAWRAAGGAAGPLGAKKGGQYPIGGDGIAQDFVGGKVFFSPATGANAVE + GEILAKYESLGGPVSSDLGFPIANETDGGFGPSSRIVRFSAADKPVIFWTPDHGAFVV + RGAMVAAWDKLRGPNGKLGAPVGDQTVDGDVVSQKFTGGMISWNRAKNTFTTDPANLA + PLLSGLQVSGQNQPSTSAMPPPGKKFTWHWWWLGAAALGVLLVVMVALVVFGLRRRRR + GYDAAAYDDDRAGDVEYGTAADGDWPPDEDFGSEHFGFGDQFPPEPVAPDAGSTPRVS + WPRGAGAAVGDAEHLPGEEGYGSDLLSGPSNVGVEEEDTDAVDTTPTPVVSQADLSEV + GPDLIVPERVVPETFVPQAFVPEAVAPEAVPPDVHAADLADTGLPAAAVSAAEDRGGR + HAAAEPPEPPSAGVRPAIHLPLEDPYQMPNGYPVKASVSFGLYYPPGSALYHDTLAEL + WFASEEVAQVNGFIRAD" + gene 2995683..2995931 + /locus_tag="BQ2027_MB2741" + CDS 2995683..2995931 + /locus_tag="BQ2027_MB2741" + /note="Mb2741, -, len: 82 aa. Equivalent to Rv2722, len: + 82 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 82 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9CCB9|ML1001 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (91 aa), FASTA scores: opt: 154, + E(): 0.00053, (37.5% identity in 88 aa overlap). + Equivalent to AAK47111 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (94 aa) but shorter by 12 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01359.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y1Z8" + /translation="MPCLARQPVDLPPWAGPRCGPYCPRARITLLQRTTIAKSNRKYY + ENGYPADVKLMPGHAAVVSNRAAARAGFALPCRKRQPD" + gene 2995957..2997150 + /locus_tag="BQ2027_MB2742" + CDS 2995957..2997150 + /locus_tag="BQ2027_MB2742" + /note="Mb2742, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv2723, len: + 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 397 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to others e.g. + Q9Z503|SCC54.23c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE EXPORT PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (333 aa), FASTA scores: opt: + 883, E(): 2.4e-48, (46.4% identity in 332 aa overlap); + Q9RD18|SCM1.25c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (316 aa), FASTA scores: opt: 865, + E(): 3.1e-47, (47.55% identity in 324 aa overlap); + P96554|Y319_MYXXA INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN (PROBABLE) + from Myxococcus xanthus (319 aa), FASTA scores: opt: 626, + E(): 3.4e-32, (34.65% identity in 323 aa overlap); + P42601|YGJT_ECOLI|B3088 from Escherichia coli strain K12 + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN (PROBABLE) (321 aa), FASTA + scores: opt: 541, E(): 7.7e-27, (35.1% identity in 279 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2742 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2742 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01360.1" + /db_xref="GOA:P0A615" + /db_xref="InterPro:IPR005496" + /db_xref="InterPro:IPR022369" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A615" + /translation="MGASGLVWTLTIVLIAGLMLVDYVLHVRKTHVPTLRQAVIQSAT + FVGIAILFGIAVVVFGGSELAVEYFACYLTDEALSVDNLFVFLVIISSFGVPRLAQQK + VLLFGIAFALVTRTGFIFVGAALIENFNSAFYLFGLVLLVMAGNLARPTGLESRDAET + LKRSVIIRLADRFLRTSQDYNGDRLFTVSNNKRMMTPLLLVMIAVGGTDILFAFDSIP + ALFGLTQNVYLVFAATAFSLLGLRQLYFLIDGLLDRLVYLSYGLAVILGFIGVKLMLE + ALHDNKIPFINGGKPVPTVEVSTTQSLTVIIIVLLITTAASFWSARGRAQNAMARARR + YATAYLDLHYETESAERDKIFTALLAAERQINTLPTKYRMQPGQDDDLMTLLCRAHAA + RDAHM" + gene complement(2997179..2998339) + /gene="fadE20" + /locus_tag="BQ2027_MB2743C" + CDS complement(2997179..2998339) + /gene="fadE20" + /locus_tag="BQ2027_MB2743C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2743c, fadE20, len: 386 aa. Equivalent to + Rv2724c, len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 386 aa overlap). Probable + fadE20, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), highly + similar to many e.g. Q9X7Y2|SC6A5.36 from Streptomyces + coelicolor (382 aa), FASTA scores: opt: 1583, E(): + 6.9e-94, (62.7% identity in 378 aa overlap); Q9HVY0|PA4435 + from Pseudomonas aeruginosa (381 aa), FASTA scores: opt: + 1468, E(): 1.6e-86, (57.65% identity in 380 aa overlap); + Q9ABZ1|CC0079 from Caulobacter crescentus (391 aa), FASTA + scores: opt: 1298, E(): 1.2e-75, (51.9% identity in 391 aa + overlap); etc. Also similar to many other Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. + O06164|FADE19|Rv2500c|MTCY07A7.06c ACYL-CoA DEHYDROGENASE + (394 aa) (34.3% identity in 382 aa overlap). Contains + acyl-CoA dehydrogenases signature 2 (PS00073). BELONGS TO + THE ACYL-CoA DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from + Mb2743c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2743c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE20" + /protein_id="SIU01361.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y203" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y203" + /translation="MGSATKYQRTLFEPEHELFRESYRAFLDRHVAAYHDEWEKTKIV + DRGVWLEAGKQGFLGMAVPEEYGGGGNADFRYNTVITEETCAGRYSGIGFGLHNDIVA + PYLLALATEEQKRRWFPNFCTGELTTAIAMTEPGTGSDLQGITTRAVKHGDHYVLNGS + KTFITNGINSDLVIVVAQTDPEKGAQGFSLLVVERGMAGFERGRQLDKIGLDAQDTAE + LSFTDVAVPAENLLGQEGMGFIYLMQNLPQERISIAIMAAAGMESVLEQTLQYAKERK + AFGRSIGSFQNSRFLLAELATEATVVRIMVDEFIKLHLAGKLTAEQAAMAKWYATEKQ + VYLNDRCLQLHGGYGYMREYPVARAYLDSRVQTIYGGTTEIMKEIIGRGLGV" + gene complement(2998475..2999962) + /gene="hflX" + /locus_tag="BQ2027_MB2744C" + CDS complement(2998475..2999962) + /gene="hflX" + /locus_tag="BQ2027_MB2744C" + /note="Mb2744c, hflX, len: 495 aa. Equivalent to Rv2725c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 495 aa overlap). Probable hflX (hfl + for high frequency of lysogenization), GTP-binding protein + (EC 3.1.5.-),equivalent to Q9CCC0|ML0997 (alias + Q49843|HFLX but longer) POSSIBLE ATP/GTP-BINDING PROTEIN + from Mycobacterium leprae (488 aa), FASTA scores: opt: + 2562, E(): 1.1e-133, (84.55% identity in 485 aa overlap). + Also highly similar to many e.g. Q9XCC1 from Streptomyces + fradiae (425 aa), FASTA scores: opt: 1280, E(): 3.2e-63, + (57.7% identity in 423 aa overlap); P73965|HFLX|SLR1521 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (534 aa), FASTA + scores: opt: 1028, E(): 2.8e-49, (44.7% identity in 414 aa + overlap); P25519|HFLX_ECOLI|B4173 from Escherichia coli + strain K12 (426 aa), FASTA scores: opt: 916, E(): 3.4e-43, + (40.1% identity in 414 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb2744c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2744c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GTP-BINDING PROTEIN HFLX" + /protein_id="SIU01362.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y218" + /db_xref="InterPro:IPR006073" + /db_xref="InterPro:IPR016496" + /db_xref="InterPro:IPR025121" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR030394" + /db_xref="InterPro:IPR032305" + /db_xref="InterPro:IPR042108" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y218" + /translation="MPANSDARPAATCHHRVLAMTYPDPPQTGLSDFTPSLGELALED + RSALRRVAGLSTELADVSEVEYRQLRLERVVLVGVWTEGSAADNRASLAELAALAETA + GSQVLEGLIQRRDKPDPSTYIGSGKAAELREVIVATGADTVICDGELSPAQLTALEKA + VQVKVIDRTALILDIFAQHATSREGKAQVSLAQMEYMLPRLRGWGESMSRQAGGRAGG + SGGGVGLRGPGETKIETDRRRIRERMAKLRRDIRAMKQVRDTQRSRRRHSDVPSIAIV + GYTNAGKSSLLNALTGAGVLVQDALFATLEPTTRRAEFGDGRPVVLTDTVGFVRHLPT + QLVEAFRSTLEEVVHADLLVHVVDGSDGHPLAQIDAVRQVISEVIADHDGDPPPELLV + VNKVDVASDLMLAKLRHGLPGAVFVSARTGDGIDALRRRMAELVVPADTAVDVVIPYD + RGDLVARVHADGRIQQAEHKPEGTRIKARVPEALAATLREFAPRA" + gene complement(2999979..3000848) + /gene="dapF" + /locus_tag="BQ2027_MB2745C" + CDS complement(2999979..3000848) + /gene="dapF" + /locus_tag="BQ2027_MB2745C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2745c, dapF, len: 289 aa. Equivalent to Rv2726c, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Probable dapF, + diaminopimelate epimerase (EC 5.1.1.7), equivalent to + P46814|DAPF_MYCLE|ML0996|B2235_C3_233 DIAMINOPIMELATE + EPIMERASE from Mycobacterium leprae (296 aa), FASTA + scores: opt: 1488, E(): 2.1e-83, (76.05% identity in 292 + aa overlap). Also highly similar to + O69969|DAPF_STRCO|SC4H2.14 from Streptomyces coelicolor + (289 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): 1.4e-19, (45.6% + identity in 296 aa overlap); and similar to many e.g. + O29511|DAPF_ARCFU|AF0747 from Archaeoglobus fulgidus (280 + aa), FASTA scores: opt: 310, E(): 9.7e-12, (33.8% identity + in 296 aa overlap); Q51564|DAPF_PSEAE|PA5278 from + Pseudomonas aeruginosa (276 aa), FASTA scores: opt: 272, + E(): 2e-09, (30.15% identity in 292 aa overlap); + P08885|DAPF_ECOLI|B3809 from Escherichia coli strain K12 + (274 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 4.5e-09, (30.4% + identity in 296 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + DIAMINOPIMELATE EPIMERASE FAMILY. Protein product from + Mb2745c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2745c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIAMINOPIMELATE EPIMERASE DAPF (DAP + EPIMERASE)" + /protein_id="SIU01363.1" + /db_xref="GOA:P63898" + /db_xref="InterPro:IPR001653" + /db_xref="InterPro:IPR018510" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63898" + /translation="MIFAKGHGTQNDFVLLPDVDAELVLTAARVAALCDRRKGLGADG + VLRVTTAGAAQAVGVLDSLPEGVRVTDWYMDYRNADGSAAQMCGNGVRVFAHYLRASG + LEVRDEFVVGSLAGPRPVTCHHVEAAYADVSVDMGKANRLGAGEAVVGGRRFHGLAVD + VGNPHLACVDSQLTVDGLAALDVGAPVSFDGAQFPDGVNVEVLTAPVDGAVWMRVHER + GVGETRSCGTGTVAAAVAALAAVGSPTGTLTVHVPGGEVVVTVTDATSFLRGPSVLVA + RGDLADDWWNAMG" + gene complement(3000873..3001817) + /gene="miaA" + /locus_tag="BQ2027_MB2746C" + CDS complement(3000873..3001817) + /gene="miaA" + /locus_tag="BQ2027_MB2746C" + /note="Mb2746c, miaA, len: 314 aa. Equivalent to Rv2727c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Probable miaA, tRNA + delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase (EC + 2.5.1.8), equivalent to + P46811|MIAA_MYCLE|ML0995|B2235_C3_232 TRNA + DELTA(2)-ISOPENTENYLPYROPHOSPHATE TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (311 aa), FASTA scores: opt: 1679, + E(): 3.2e-89, (81.85% identity in 314 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. O69967|MIAA_STRCO|SC4H2.12 + from Streptomyces coelicolor (312 aa), FASTA scores: opt: + 1006, E(): 1.2e-50, (55.5% identity in 301 aa overlap); + O31795|MIAA_BACSU from Bacillus subtilis (314 aa), FASTA + scores: opt: 671, E(): 1.9e-31, (38.55% identity in 293 aa + overlap);P16384|MIAA_ECOLI|TRPX|B4171 from Escherichia + coli strain K12 and Shigella flexneri (316 aa), FASTA + scores: opt: 565, E(): 2.3e-25, (35.2% identity in 307 aa + overlap);etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P -loop). BELONGS TO THE IPP TRANSFERASE FAMILY. + Protein product from Mb2746c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2746c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRNA DELTA(2)-ISOPENTENYLPYROPHOSPHATE + TRANSFERASE MIAA (IPP TRANSFERASE) + (ISOPENTENYL-DIPHOSPHATE:TRNA ISOPENTENYLTRANSFERASE) + (IPTASE) (IPPT)" + /protein_id="SIU01364.1" + /db_xref="GOA:P65353" + /db_xref="InterPro:IPR018022" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR039657" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65353" + /translation="MRPLAIIGPTGAGKSQLALDVAARLGARVSVEIVNADAMQLYRG + MDIGTAKLPVSERRGIPHHQLDVLDVTETATVARYQRAAAADIEAIAARGAVPVVVGG + SMLYVQSLLDDWSFPATDPSVRARWERRLAEVGVDRLHAELARRDPAAAAAILPTDAR + RTVRALEVVELTGQPFAASAPRIGAPRWDTVIVGLDCQTTILDERLARRTDLMFDQGL + VEEVRTLLRNGLREGVTASRALGYAQVIAALDAGAGADMMRAAREQTYLGTRRYVRRQ + RSWFRRDHRVHWLDAGVASSPDRARLVDDAVRLWRHVT" + gene complement(3001814..3002509) + /locus_tag="BQ2027_MB2747C" + CDS complement(3001814..3002509) + /locus_tag="BQ2027_MB2747C" + /note="Mb2747c, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv2728c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to + Q49835|ML0994|B2235_C1_162 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (232 aa), FASTA scores: opt: 1037, + E(): 1.2e-54, (68.55% identity in 232 aa overlap). Also + similar to O69964|SC4H2.09 from Streptomyces coelicolor + (237 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 7.7e-11, (32.8% + identity in 241 aa overlap); and some similarity with + other proteins e.g. Q14234|ELN ELASTIN from Homo sapiens + (Human) (757 aa), FASTA scores: opt: 161, E(): 0.03, + (30.6% identity in 242 aa overlap); P55488|Y4IE + HYPOTHETICAL 15.4 KDA PROTEIN from Rhizobium sp. strain + NGR234 (135 aa), FASTA scores: opt: 147, E(): 0.061, + (34.95% identity in 123 aa overlap). Shows also some + similarity with P71657|Rv1387|MTCY21B4.04 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (539 aa), FASTA + scores: opt: 159, E(): 0.035, (34.8% identity in 135 aa + overlap). Protein product from Mb2747c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2747c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine rich protein" + /protein_id="SIU01365.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y408" + /translation="MLSAIGIVPSAPVLVPELAGAAAAELADLGAAVIAAASLLPKSW + IAVGTGRADDVVRPTDVGTFAGFGADVRVGLAPQDGDGVAVPVELPLCALLTAWVRGQ + ARPEARAQVHVYASDHGSDAAVARGRQLRADIDREPDPIGVLVVADGLNTLTPRAPGG + YDPDGAGMQRALDDALASGDLAVLTRLPAQVLGRVAFQVLAGLAEPGPRSAKEFYRGA + PHGVGYFAGVWQP" + gene complement(3002618..3003523) + /locus_tag="BQ2027_MB2748C" + CDS complement(3002618..3003523) + /locus_tag="BQ2027_MB2748C" + /note="Mb2748c, -, len: 301 aa. Equivalent to Rv2729c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 301 aa overlap). Probable conserved + integral membrane ala-, val-, leu-rich protein, similar to + P42459|YLEU_CORGL HYPOTHETICAL 29.6 KDA PROTEIN from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum)(270 + aa), FASTA scores: opt: 365, E(): 4.7e-15, (30.75% + identity in 221 aa overlap); and to other integral + membrane proteins (principally from Streptomyces sp.) e.g. + Q9EWZ8|2SCG38.21 from Streptomyces coelicolor (302 aa), + FASTA scores: opt: 365, E(): 5.2e-15, (32.0% identity in + 278 aa overlap); Q9S267|SCI30A.06 from Streptomyces + coelicolor (297 aa), FASTA scores: opt: 356, E(): 1.8e-14, + (31.5% identity in 289 aa overlap); AAK81278|CAC3346 from + Clostridium acetobutylicum (472 aa), FASTA scores: opt: + 154, E(): 0.038, (24.1% identity in 224 aa overlap); etc. + Mb2748c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved integral membrane alanine + valine and leucine rich protein" + /protein_id="SIU01366.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2U4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2U4" + /translation="MASVEFATILALGAALLAGIGYVTLQRSARQVTAEEYVGHLTLF + HLSLRHALWWLGSLAAVASFTLQAIALTMGSVVLVQSLQATALLFALLIDARLTHHRC + TPREWMWAVLLAGAVAVIVMSGNPAAGTTRAPFSTWAVVAVVVVPAVVLCVVGARIAS + GSLSAVLLAVASSATLAVFTVLTKGVVTELGEGFATLIRTPELYAWILVLPIGLMLQQ + SSLRVGALTASLPTITVARPVIASVLGITVLDEVLHTGRVALVALVAVVVVVVVATVA + LARDEVAMMTVSAGELGAAGQLAVR" + gene 3003590..3004066 + /locus_tag="BQ2027_MB2749" + CDS 3003590..3004066 + /locus_tag="BQ2027_MB2749" + /note="Mb2749, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv2730, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01367.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y275" + /translation="MMMNWRQTNITTKRCAQTRASSSASEFCGIFAAPGLMRNCHHGG + SAPSAVGGSAVQLTVAYGPQRFHGRCASNSSVRPLTTGGSWTPTSISSTDGGKAQGHD + THDRQISRRTVCQAASILASILLETVAGPGEGIGPTTSVPLRAADARHTREGLQGR" + gene 3004074..3005426 + /locus_tag="BQ2027_MB2750" + CDS 3004074..3005426 + /locus_tag="BQ2027_MB2750" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2750, -, len: 450 aa. Equivalent to Rv2731, len: + 450 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 450 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-, arg-rich protein, highly similar in + part to Q49849|B2235_F2_77 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (266 aa), FASTA scores: opt: 368, + E(): 1e-10, (73.5% identity in 83 aa overlap); and + Q9KXN9|SC9C5.35 HYPOTHETICAL 6.5 KDA PROTEIN (FRAGMENT) + from Streptomyces coelicolor (58 aa), FASTA scores: opt: + 214, E(): 0.00065, (51.7% identity in 58 aa overlap). Also + similar to Q9L296|SCL2.01 HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (328 aa), FASTA + scores: opt: 843, E(): 3.7e-33, (45.95% identity in 296 aa + overlap) (but N-terminus shorter); and shows some + similarity with other proteins e.g. Q26938 + KINETOPLAST-ASSOCIATED PROTEIN (KAP) from Trypanosoma + cruzi (1052 aa), FASTA scores: opt: 223, E(): 0.0022, + (30.3% identity in 297 aa overlap). Start site chosen by + RBS and to avoid overlap, although there are several other + possible start sites further upstream. Protein product + from Mb2750 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2750 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine and arginine rich protein" + /protein_id="SIU01368.1" + /db_xref="InterPro:IPR007139" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2G1" + /translation="MTADEPRSDDSSGSAPQPAATPVPRPGPRPGPRPVPRPTSYPVG + AHPPSDPHRFGRIDDDGTVWLVSASGERIVGSWQAGDPEAAFAHFGRRFDDLSTEIML + MDERLASGTGDARKIKAHAIALAETLPTACVLGDVDALADRLTSIRDRAEVIAAADRS + RREEHRAAQTARKEALAAEAEELAANATQWKVAGDRLRAILDEWKTISGVDRKVDDAL + WKRYSTARDTFNRRRGSHFAELDRERSGVRQSKERLCERAEELSESTDWTATSAEFRK + LLADWKAAGRASKDVDDALWRRFKAAQDSFFTARNAATAEKEAELRANADAKEALLAE + AERLDTTNHEAARAALRSIAEKWDAIGKVSRERAAELERRLRAVEKKVREAGEADWSD + PQARARAEQFRARAEQFEHQAEKAAAAGRTKEADEAKANAEQWRQWAEAAADALTRRP + " + gene complement(3005423..3006037) + /locus_tag="BQ2027_MB2751C" + CDS complement(3005423..3006037) + /locus_tag="BQ2027_MB2751C" + /note="Mb2751c, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv2732c, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to Q49834 hypothetical + protein B2235_C1_155 from Mycobacterium leprae (209 aa), + FASTA scores: opt: 932, E(): 0, (70.6% identity in 201 aa + overlap). Contains PS00343 Gram-positive cocci surface + proteins 'anchoring' hexapeptide. Protein product from + Mb2751c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2751c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01369.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y212" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y212" + /translation="MMSHEHDAGDLDALRAEIEAAERRVAREIEPGARALVVAILVFV + LLGSFILPHTGSVRGWDVLFSSHGAGRAAVALPSRVFAWLALVFGVGFSMLALLTRRW + ALAWVALAGSAMASGTGLLAVWSRQTVAAGHPGPGIGLIVAWITAIVLTFHWAQVVWS + RTIVQLAAEERRRRVVAQQQCKTLLDHVQTDSEAGTTPDRGTDR" + gene complement(3006034..3007572) + /gene="miaB" + /locus_tag="BQ2027_MB2752C" + CDS complement(3006034..3007572) + /gene="miaB" + /locus_tag="BQ2027_MB2752C" + /EC_number="2.8.4.3" + /note="Mb2752c, -, len: 512 aa. Equivalent to Rv2733c, + len: 512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 512 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-, arg-rich protein. Similar to other + hypothetical proteins from a range of organisms e.g. + Y195_MYCLE|Q49842 hypothetical 56.0 kd protein + b2235_c2_195 from Mycobacterium leprae (516 aa), FASTA + scores: opt: 2689, E(): 0, (80.4% identity in 509 aa + overlap). Protein product from Mb2752c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2752c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tRNA-i(6)A37 methylthiotransferase (EC" + /protein_id="SIU01370.1" + /db_xref="GOA:P67086" + /db_xref="InterPro:IPR002792" + /db_xref="InterPro:IPR005839" + /db_xref="InterPro:IPR006463" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013848" + /db_xref="InterPro:IPR020612" + /db_xref="InterPro:IPR023404" + /db_xref="InterPro:IPR038135" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67086" + /translation="MVAHDAAAGVTGEGAGPPVRRAPARTYQVRTYGCQMNVHDSERL + AGLLEAAGYRRATDGSEADVVVFNTCAVRENADNRLYGNLSHLAPRKRANPDMQIAVG + GCLAQKDRDAVLRRAPWVDVVFGTHNIGSLPTLLERARHNKVAQVEIAEALQQFPSSL + PSSRESAYAAWVSISVGCNNSCTFCIVPSLRGREVDRSPADILAEVRSLVNDGVLEVT + LLGQNVNAYGVSFADPALPRNRGAFAELLRACGDIDGLERVRFTSPHPAEFTDDVIEA + MAQTRNVCPALHMPLQSGSDRILRAMRRSYRAERYLGIIERVRAAIPHAAITTDLIVG + FPGETEEDFAATLDVVRRARFAAAFTFQYSKRPGTPAAQLDGQLPKAVVQERYERLIA + LQEQISLEANRALVGQAVEVLVATGEGRKDTVTARMSGRARDGRLVHFTAGQPRVRPG + DVITTKVTEAAPHHLIADAGVLTHRRTRAGDAHTAGQPGRAVGLGMPGVGLPVSAAKP + GGCR" + gene 3007869..3008723 + /locus_tag="BQ2027_MB2753" + CDS 3007869..3008723 + /locus_tag="BQ2027_MB2753" + /note="Mb2753, -, len: 284 aa. Equivalent to Rv2734, len: + 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to various proteins + e.g. Q984J2|MLR7981 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN + from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (286 aa), FASTA + scores: opt: 877, E(): 9e-50, (52.45% identity in 246 aa + overlap) (N-terminus longer); Q98DH1|MLL4707 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (249 aa), + FASTA scores: opt: 829, E(): 1.1e-46, (50.4% identity in + 244 aa overlap); AAK65865|SMA2239 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + (259 aa), FASTA scores: opt: 796, E(): 1.5e-44, (50.0% + identity in 252 aa overlap); etc. Mb2753 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Bacteriophage protein gp37" + /protein_id="SIU01371.1" + /db_xref="InterPro:IPR011101" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y213" + /translation="MSDRSAIEWTGATWNPVTGCDRVSPGCDHCYAMTLAKRLKAMGS + DKYQTDGDPRTSGPGFGVTIHPRSLDEPFRWRSPRTVFVNSMADLFHARVALWFIREV + FEVMRATPQHTYQILTKRSLRLRRLAHKLEWPSNVWMGVSVENVDAFRRIEDLRQVPA + AVRFLSCEPLLGPLDGINLGSIDWVIAGGESGPNFRPIDPQWVRHIRDTCTAADVPFF + FKQWGGRTPKAFGRELDGRCWDEMPLIEIRNPDPRTTSRVHADPMLATAPTESAQRSN + PGQLVRQR" + gene complement(3008608..3009600) + /locus_tag="BQ2027_MB2754C" + CDS complement(3008608..3009600) + /locus_tag="BQ2027_MB2754C" + /note="Mb2754c, -, len: 330 aa. Equivalent to Rv2735c, + len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with + Q98DH2|MLR4706 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (302 aa), FASTA scores: opt: 140, + E(): 0.062, (27.0% identity in 200 aa overlap); and + Q9PHA1|XF0043 HYPOTHETICAL PROTEIN from Xylella fastidiosa + (293 aa), FASTA scores: opt: 120, E(): 1.2, (30.75% + identity in 117 aa overlap). Mb2754c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01372.1" + /db_xref="InterPro:IPR031009" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y227" + /translation="MAREWSYWTRNKLEILAGYLPAFNRASQTSRERIYLDLMAGQPE + NIDRDMGEKFDGSSLIAMKADPPFTRLRFCELNPLASELDVALRTRFPGDGRYRVVAG + DSNVTIDETLAELGPWRWAPTFAFIDQQAAEVHWETINKVAAFRQNPRNLKTELWMLM + SPTMIARGVKGTNAELFIEQVTRMYGDADWKRIQAARWRHHLTAPAYRAEMVNLMRVK + LEYELGYKYSHRIPMQMHNKVTIFDMVFATDHWAGDAIMCHLYNRAAQKEPEMMRQAK + SAKQQKESEDRGEMGLFSVGELAVQDSNAGQILWAPSPTWDPRARGWWSEDPGF" + gene complement(3009610..3010134) + /gene="recX" + /locus_tag="BQ2027_MB2755C" + CDS complement(3009610..3010134) + /gene="recX" + /locus_tag="BQ2027_MB2755C" + /note="Mb2755c, recX, len: 174 aa. Equivalent to Rv2736c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Probable recX, + regulatory protein (see citation below), equivalent to + P37859|RECX_MYCLE|ML0988|U2235B REGULATORY PROTEIN RECX + from Mycobacterium leprae (171 aa), FASTA scores: opt: + 848, E(): 2e-46, (77.0% identity in 174 aa overlap); and + CAA67596|RECX|P94965|RECX_MYCSM REGULATORY PROTEIN RECX + from Mycobacterium smegmatis (188 aa), FASTA scores: opt: + 679, E(): 8.8e-36, (66.45% identity in 164 aa overlap). + Also similar (or highly similar to) others e.g. + O50488|RECX_STRCO|SC4H8.09 from Streptomyces coelicolor + (188 aa), FASTA scores: opt: 371, E(): 1.9e-16, (42.7% + identity in 164 aa overlap); Q9LCZ3|RECX from Xanthomonas + campestris pv. citri (162 aa), FASTA scores: opt: 189, + E(): 4.4e-05, (32.45% identity in 151 aa overlap); + P37860|RECX_PSEAE|PA3616 from Pseudomonas aeruginosa (153 + aa), FASTA scores: opt: 159, E(): 0.0032, (30.65% identity + in 137 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RECX FAMILY. + Mb2755c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="REGULATORY PROTEIN RECX" + /protein_id="SIU01373.1" + /db_xref="GOA:P0A5U9" + /db_xref="InterPro:IPR003783" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5U9" + /translation="MTVSCPPPSTSEREEQARALCLRLLTARSRTRAELAGQLAKRGY + PEDIGNRVLDRLAAVGLVDDTDFAEQWVQSRRANAAKSKRALAAELHAKGVDDDVITT + VLGGIDAGAERGRAEKLVRARLRREVLIDDGTDEARVSRRLVAMLARRGYGQTLACEV + VIAELAAERERRRV" + gene complement(3010100..3012472) + /gene="recA" + /locus_tag="BQ2027_MB2756C" + CDS complement(3010100..3012472) + /gene="recA" + /locus_tag="BQ2027_MB2756C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2756c, recA, len: 790 aa. Equivalent to Rv2737c, + len: 790 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 790 aa overlap). recA, recombinase A + (EC 3.1.-.-), (see citations below), equivalent to + Q59560|RECA_MYCSM RECA PROTEIN from Mycobacterium + smegmatis (349 aa), FASTA scores: opt: 1495, E(): 1.9e-79, + (93.15% identity in 249 aa overlap); and + P35901|RECA_MYCLE|ML0987 RECA PROTEIN from Mycobacterium + leprae (711 aa), FASTA scores: opt: 1217, E(): 4.5e-63, + (46.7% identity in 814 aa overlap). Also highly similar to + many e.g. Q9REV6|RECA_AMYMD from Amycolatopsis + mediterranei (Nocardia mediterranei) (348 aa), FASTA + scores: opt: 1450, E(): 7.6e-77, (89.25% identity in 251 + aa overlap); P42442|RECA_CORGL from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (376 aa), FASTA scores: + opt: 1355, E(): 2.6e-71, (76.55% identity in 273 aa + overlap); P41054|RECA_STRAM from Streptomyces ambofaciens + (372 aa), FASTA scores: opt: 1347, E(): 7.6e-71, (82.1% + identity in 246 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), PS00321 recA + signature, and PS00881 Protein splicing signature. BELONGS + TO THE RECA FAMILY. THIS PROTEIN UNDERGOES A PROTEIN SELF + SPLICING THAT INVOLVES A POST-TRANSLATIONAL EXCISION OF + THE INTERVENING REGION (INTEIN) FOLLOWED BY PEPTIDE + LIGATION. BELONGS TO THE HOMING ENDONUCLEASE FAMILY IN THE + INTEIN SECTION. Protein product from Mb2756c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2756c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RECA PROTEIN (RECOMBINASE A) [CONTAINS: + ENDONUCLEASE PI-MTUI (MTU RECA INTEIN)]." + /protein_id="SIU01374.1" + /db_xref="GOA:P0A5U5" + /db_xref="InterPro:IPR003586" + /db_xref="InterPro:IPR003587" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004042" + /db_xref="InterPro:IPR004860" + /db_xref="InterPro:IPR006141" + /db_xref="InterPro:IPR006142" + /db_xref="InterPro:IPR013765" + /db_xref="InterPro:IPR020584" + /db_xref="InterPro:IPR020587" + /db_xref="InterPro:IPR020588" + /db_xref="InterPro:IPR023400" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR027434" + /db_xref="InterPro:IPR030934" + /db_xref="InterPro:IPR036844" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5U5" + /translation="MTQTPDREKALELAVAQIEKSYGKGSVMRLGDEARQPISVIPTG + SIALDVALGIGGLPRGRVIEIYGPESSGKTTVALHAVANAQAAGGVAAFIDAEHALDP + DYAKKLGVDTDSLLVSQPDTGEQALEIADMLIRSGALDIVVIDSVAALVPRAELEGEM + GDSHVGLQARLMSQALRKMTGALNNSGTTAIFINQLRDKIGVMFGSPETTTGGKALKF + YASVRMDVRRVETLKDGTNAVGNRTRVKVVKNKCLAEGTRIFDPVTGTTHRIEDVVDG + RKPIHVVAAAKDGTLHARPVVSWFDQGTRDVIGLRIAGGAIVWATPDHKVLTEYGWRA + AGELRKGDRVAQPRRFDGFGDSAPIPADHARLLGYLIGDGRDGWVGGKTPINFINVQR + ALIDDVTRIAATLGCAAHPQGRISLAIAHRPGERNGVADLCQQAGIYGKLAWEKTIPN + WFFEPDIAADIVGNLLFGLFESDGWVSREQTGALRVGYTTTSEQLAHQIHWLLLRFGV + GSTVRDYDPTQKRPSIVNGRRIQSKRQVFEVRISGMDNVTAFAESVPMWGPRGAALIQ + AIPEATQGRRRGSQATYLAAEMTDAVLNYLDERGVTAQEAAAMIGVASGDPRGGMKQV + LGASRLRRDRVQALADALDDKFLHDMLAEELRYSVIREVLPTRRARTFDLEVEELHTL + VAEGVVVHNCSPPFKQAEFDILYGKGISREGSLIDMGVDQGLIRKSGAWFTYEGEQLG + QGKENARNFLVENADVADEIEKKIKEKLGIGAVVTDDPSNDGVLPAPVDF" + gene 3012667..3012840 + /locus_tag="BQ2027_MB2757" + CDS 3012667..3012840 + /locus_tag="BQ2027_MB2757" + /note="Mb2757, -, len: 57 aa. Equivalent to Rv2737A, len: + 57 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 57 aa overlap). Conserved hypothetical + cys-rich protein (possibly gene fragment), similar to + central part of AJ243803_1|glgA from Streptomyces + coelicolor glgA (181 aa), FASTA scores: opt: 210, E(): + 6.1e-09, (59.25% identity in 54 aa overlap). Mb2757 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL CYSTEINE RICH PROTEIN + (FRAGMENT)" + /protein_id="SIU01375.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y418" + /db_xref="InterPro:IPR024726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y418" + /translation="MRPDLRARLVRITDDLLNTASLAGSGVLTGPDLTFRRRSCCLFY + RVPAGGKCGDCPL" + gene complement(3012854..3013060) + /locus_tag="BQ2027_MB2758C" + CDS complement(3012854..3013060) + /locus_tag="BQ2027_MB2758C" + /note="Mb2758c, -, len: 68 aa. Equivalent to Rv2738c, len: + 68 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 68 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9CCC1|ML0986 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (67 aa), FASTA scores: opt: 397, + E(): 3.7e-22, (83.6% identity in 67 aa overlap). Also + highly similar to O50484|SC4H8.05 HYPOTHETICAL 7.5 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (64 aa), FASTA + scores: opt: 185, E(): 5.9e-07, (39.7% identity in 63 aa + overlap). Second part of the protein is highly similar to + C-terminus of upstream ORF O33285|Rv2742c|MTV002.07c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (277 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): + 1.7e-07, (78.4% identity in 37 aa overlap). Protein + product from Mb2758c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2758c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01376.1" + /db_xref="InterPro:IPR021408" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2V4" + /translation="MLAGVRLTEFHERVALHFGAAYGSSVLLDHVLTGFDGRSAAQAI + EDGVEPRDVWRALCADFDVPHDRW" + gene complement(3013071..3014237) + /locus_tag="BQ2027_MB2759C" + CDS complement(3013071..3014237) + /locus_tag="BQ2027_MB2759C" + /note="Mb2759c, -, len: 388 aa. Equivalent to Rv2739c, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 388 aa overlap). Possible ala-rich + transferase (EC 2.-.-.-), equivalent to + Q49841|ML0985|MLCB33.02c|U2235C POSSIBLE + GLYCOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (392 aa), + FASTA scores: opt: 2112, E(): 5.1e-114, (80.95% identity + in 388 aa overlap). Shows some similarity with other + transferases e.g. Q9S1V2|SCJ4.21 PUTATIVE GLYCOSYL + TRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (407 aa), FASTA + scores: opt: 290, E(): 2e-09, (27.75% identity in 382 aa + overlap); Q9RYI3|DRA0329 PUTATIVE GLYCOSYLTRANSFERASE from + Deinococcus radiodurans (418 aa), FASTA scores: opt: 267, + E(): 4.3e-08, (29.05% identity in 396 aa overlap); + P96560|GTFC GLYCOSYLTRANSFERASE from Amycolatopsis + orientalis (409 aa), FASTA scores: opt: 253, E(): 2.7e-07, + (27.75% identity in 418 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47130 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (420 aa) but shorter 32 aa. Protein product from Mb2759c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2759c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALANINE RICH TRANSFERASE" + /protein_id="SIU01377.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y285" + /db_xref="InterPro:IPR007235" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y285" + /translation="MRVAVVAGPDPGHSFPAIALCQRFRAAADTPTLFTGVEWLEAAR + AAGIDAVELDGLAATDRDLDAGARIHRRAAQMAVLNVPRLRALEPELVVSDVITACGG + MAAELLGIPWVELNPHPLYLPSKGLPPIGSGLAAGTGIRGRLRDATMRALTGRSWRAG + LRQRAAVRVEIGLPARDPGPLRRLIATLPALEVPRPDWPAEAVVVGPLHFEPTDRVLA + IPAGTGPVVVVAPSTALTGTAGLTEVALQSLTPGETVPSGSRLVVSRLSGADLTVPPW + AVAGLGSQAELLTRADLVICGGGHGMVAKTLLAGVPMVVVPGGGDQWEIANRVVRQGS + AVLIRPLTADALVAAVNEVLSSPRFREAARRAAASVAGAADPVRVCHDALALAG" + gene 3014281..3014730 + /gene="ephg" + /locus_tag="BQ2027_MB2760" + CDS 3014281..3014730 + /gene="ephg" + /locus_tag="BQ2027_MB2760" + /note="Mb2760, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv2740, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 149 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but shorter 17 aa, to + Q9CCC2|ML0984 (alias Q49850 but longer) HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (164 aa), FASTA scores: + opt: 481, E(): 9.7e-26, (52.0% identity in 150 aa + overlap). Protein product from Mb2760 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2760 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="epoxide hydrolase" + /protein_id="SIU01378.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2H1" + /db_xref="InterPro:IPR013100" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H1" + /translation="MAELTETSPETPETTEAIRAVEAFLNALQNEDFDTVDAALGDDL + VYENVGFSRIRGGRRTATLLRRMQGRVGFEVKIHRIGADGAAVLTERTDALIIGPLRV + QFWVCGVFEVDDGRITLWRDYFDVYDMFKGLLRGLVALVVPSLKATL" + gene 3014940..3016454 + /gene="PE_PGRS47" + /locus_tag="BQ2027_MB2761" + CDS 3014940..3016454 + /gene="PE_PGRS47" + /locus_tag="BQ2027_MB2761" + /note="Mb2761, PE_PGRS47, len: 504 aa. Equivalent to + Rv2741, len: 525 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (94.37% identity in 515 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to others + e.g. Q10637|YD25_MYCTU|Rv1325c|MT1367|MTCY130.10c + HYPOTHETICAL PE-PGRS FAMILY PROTEIN (603 aa), FASTA + scores: opt: 1936, E(): 1.1e-71, (56.95% identity in 611 + aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, deletions of a single base (t-*) and + of 84 bp (H37Rv2.3054724-3054807-*) leads to a shorter + product with a diferent 5' start compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (504 aa versus + 525 aa). NO PE motif. Mb2761 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs47" + /protein_id="SIU01379.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y222" + /translation="MACLEVSDVICDRGTGVLTAAAMDLASIGSTVSAASAAASAPTV + AILAAGADEVSIAVAALFGMHGQAYQALSVQASAFHQQFVQALTAGAYSYASAEAAAV + TPLQQLVDVINAPFRSALGRPLIGNGANGKPGTGQDGGAGGLLYGSGGNGGSGLAGSG + QKGGNGGAAGLFGNGGAGGAGASNQAGNGGAGGNGGAGGLIWGTAGTGGNGGFTTFLD + AAGGAGGAGGAGGLFGAGGAGGVGGAALGGGAQAAGGNGGAGGVGGLFGAGGAGGAGG + FGDTGGTGGDGGSGGLFGVGGAGGHGGFGSAAGGDGGAGGAGGTVFGSGGAGGAGGVA + TVAGHGGHGGNAGLLYGTGGAGGAGGFGGFGGDGGDDGIGGLVGSGGAGGSGGTGTLS + GGRGGAGGNAGTFYGSGGAGGAGGESDNGDGGNGGVGGKAGLVGEGGNGGDGGATIAG + KGGSGGNGGNAWLTGQGGNGGNAAFGKAGTGSVGVGGAGGLLEGQNGENGLLPS" + gene complement(3016478..3016726) + /locus_tag="BQ2027_MB2762C" + CDS complement(3016478..3016726) + /locus_tag="BQ2027_MB2762C" + /note="Mb2762c, -, len: 82 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2742c, len: 277 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 82 aa overlap). + Conserved hypothetical arg-rich protein. Extreme + N-terminus is highly similar to the N-teminus of + Q9CCC1ML0986 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (67 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): 0.00052, + (71.05% identity in 38 aa overlap); and to the downstream + ORF O33281|Rv2738c|MTV002.03c CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (68 aa), FASTA + scores: opt: 200, E(): 5.5e-05, (78.4% identity in 37 aa + overlap). Questionable ORF. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2742c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 23 bp insertion splits Rv2742c into two parts, + Mb2762c and Mb2763c. Mb2762c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL ARGININE RICH PROTEIN + [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01380.1" + /db_xref="InterPro:IPR021408" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y217" + /translation="MPQGADARGWRHTADGVPRVGQPAIRRGVPGFWCWLDHVLTGFG + GRNAICAIEDGVEPRVAWWALCTDFDVPRSMGRRTPGG" + gene complement(3016747..3017334) + /locus_tag="BQ2027_MB2763C" + CDS complement(3016747..3017334) + /locus_tag="BQ2027_MB2763C" + /note="Mb2763c, -, len: 195 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2742c, len: 277 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 195 aa overlap). + Conserved hypothetical arg-rich protein. Extreme + N-terminus is highly similar to the N-teminus of + Q9CCC1ML0986 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (67 aa), FASTA scores: opt: 183, E(): 0.00052, + (71.05% identity in 38 aa overlap); and to the downstream + ORF O33281|Rv2738c|MTV002.03c CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (68 aa), FASTA + scores: opt: 200, E(): 5.5e-05, (78.4% identity in 37 aa + overlap). Questionable ORF. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2742c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 23 bp insertion splits Rv2742c into two parts, + Mb2762c and Mb2763c. Mb2763c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL ARGININE RICH PROTEIN + [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01381.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y225" + /translation="MLVDELGVKIVHAQHVPAPYLVQRMREIHERDENRQRHAQVDVQ + RRRDQPERGQHQHRRNRDADHHPDGRTLAGQIVAHPVSHRVRQPRPVAIADVLPRVGP + RADCVVAHSLQGSPRRRERRRGQTAHQRLGRRSGNAIACPLYLENAAGPEPDTKRAEG + RRFGAFGGGDLRWMADRVPRQGSGRRGLGSRSGAG" + gene complement(3017406..3018218) + /locus_tag="BQ2027_MB2764C" + CDS complement(3017406..3018218) + /locus_tag="BQ2027_MB2764C" + /note="Mb2764c, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv2743c, + len: 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 270 aa overlap). Possible conserved + membrane ala-rich protein, equivalent to + Q49833|MLCB33.04c|B2235_C1_148 UNKNOWN PROTEIN from + Mycobacterium leprae (123 aa), FASTA scores: opt: 639, + E(): 3.3e-31, (74.8% identity in 123 aa overlap). Protein + product from Mb2764c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2764c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible conserved transmembrane alanine rich + protein" + /protein_id="SIU01382.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y231" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y231" + /translation="MAVKAGQRRPWRSLLQRGVDTAGDLADLVAQKISVAIDPRARLL + RRRRRALRWGLVFTAGCLLWGLVTALLAAWGWFTSLLVITGTIAVTQAIPATLLLLRY + RWLRSEPLPVRRPASVRRLPPPGSAARPAMSALGASERGFFSLLGVMERGAMLPADEI + RDLTAAANQTSAAMVATAAEVVSMERAVQCSAASRSYLVPTINAFTAQLSTGVRQYNE + MVTAAAQLVSSANGAGGAGPGQQRYREELAGATDRLVAWAQAFDELGGLPRR" + gene complement(3018237..3019049) + /gene="35kd_ag" + /locus_tag="BQ2027_MB2765C" + CDS complement(3018237..3019049) + /gene="35kd_ag" + /locus_tag="BQ2027_MB2765C" + /note="Mb2765c, 35kd_ag, len: 270 aa. Equivalent to + Rv2744c, len: 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 270 aa overlap). 35kd_ag, + conserved ala-rich protein 35-kd antigen (see citation + below). N-terminal part is equivalent to + Q49840|MLCB33.06c|B2235_C2_187 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (167 aa), FASTA scores: opt: 789, + E(): 3.4e-35, (85.05% identity in 147 aa overlap); and + C-terminal part equivalent to + Q49845|MLCB33.05c|B2235_C3_214 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (114 aa), FASTA scores: opt: 465, + E(): 3.6e-18, (65.8% identity in 114 aa overlap); note + that these two proteins from Mycobacterium leprae are + adjacent. Shows some similarity with + Q55707||Y617_SYNY3|SLL0617 HYPOTHETICAL 28.9 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (267 aa), FASTA + scores: opt: 155, E(): 0.19, (23.4% identity in 252 aa + overlap); and C-terminus of Q9L4N1|EMM M PROTEIN from + Streptococcus equisimilis (592 aa), FASTA scores: opt: + 165, E(): 0.11, (23.45% identity in 260 aa overlap). + C-terminus also similar to AAK45945|MT1676 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (85 aa), FASTA scores: opt: 159, E(): + 0.047, (50.9% identity in 55 aa overlap). Protein product + from Mb2765c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb2765c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 35 KDA ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01383.1" + /db_xref="InterPro:IPR007157" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y211" + /translation="MANPFVKAWKYLMALFSSKIDEHADPKVQIQQAIEEAQRTHQAL + TQQAAQVIGNQRQLEMRLNRQLADIEKLQVNVRQALTLADQATAAGDAAKATEYNNAA + EAFAAQLVTAEQSVEDLKTLHDQALSAAAQAKKAVERNAMVLQQKIAERTQLLSQLEQ + AKMQEQVSASLRSMSELAAPGNTPSLDEVRDKIERRYANAIGSAELAESSVQGRMLEV + EQAGIQMAGHSRLEQIRASMRGEALPAGGTTATPRPATETSGGAIAEQPYGQ" + gene complement(3019179..3019517) + /gene="clgr" + /locus_tag="BQ2027_MB2766C" + CDS complement(3019179..3019517) + /gene="clgr" + /locus_tag="BQ2027_MB2766C" + /note="Mb2766c, -, len: 112 aa. Equivalent to Rv2745c, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, highly similar to + O86815|SC7C7.10 HYPOTHETICAL 13.6 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (126 aa), FASTA scores: opt: 300, + E(): 2.4e-13, (60.45% identity in 86 aa overlap); and + highly similar to other transcriptional regulators e.g. + Q9X7S1|SC5H1.13c POSSIBLE DNA-BINDING PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (157 aa), FASTA scores: opt: 254, + E(): 3.3e-10, (50.0% identity in 94 aa overlap) + (N-terminus longer); Q9F885|POPR TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + from Streptomyces lividans (148 aa), FASTA scores: opt: + 248, E(): 7.8e-10, (53.6% identity in 97 aa overlap) + (N-terminus longer); Q9FCH1|2SCD46.12 PUTATIVE DNA-BINDING + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (141 aa), FASTA + scores: opt: 162, E(): 0.00038, (33.0% identity in 106 aa + overlap); etc. Mb2766c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein clgr" + /protein_id="SIU01384.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y247" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y247" + /translation="MAALVREVVGDVLRGARMSQGRTLREVSDSARVSLGYLSEIERG + RKEPSSELLSAICTALQLPLSVVLIDAGERMARQERLARATPAGRATGATIDASTKVV + IAPVVSLAVA" + gene complement(3019588..3020217) + /gene="pgsA3" + /locus_tag="BQ2027_MB2767C" + CDS complement(3019588..3020217) + /gene="pgsA3" + /locus_tag="BQ2027_MB2767C" + /note="Mb2767c, pgsA3, len: 209 aa. Equivalent to Rv2746c, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Probable pgsA3, PGP + synthase (EC 2.7.8.5) (see citation below), transmembrane + protein, equivalent, but longer 19 aa, to + Q49839|O08087|PGSA|ML0979 PGSA from Mycobacterium leprae + (193 aa), FASTA scores: opt: 925, E(): 3.7e-53, (77.15% + identity in 188 aa overlap). Also highly similar to + O86813|PGSA PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE from + Streptomyces coelicolor (263 aa), FASTA scores: opt: 692, + E(): 6.6e-38, (57.85% identity in 185 aa overlap) (has its + N-terminus longer); and similar to others (generally with + N-terminus shorter) e.g. Q99XI0|PGSA|SPY2196 + PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE from Streptococcus + pyogenes (180 aa), FASTA scores: opt: 368, E(): 5.4e-17, + (39.9% identity in 168 aa overlap); + Q9ZE96|PGSA_RICPR|PGSA|RP049 + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Rickettsia prowazekii (181 + aa), FASTA scores: opt: 343, E(): 2.3e-15, (40.1% identity + in 172 aa overlap); + P06978|PGSA_ECOLI|PGSA|B1912|Z3000|ECS2650 + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Escherichia coli strains + K12 and O157:H7 (181 aa), FASTA scores: opt: 322, E(): + 5.3e-14, (34.45% identity in 180 aa overlap); etc. Also + some similarity to PGSA2|Rv1822|MTCY1A11.21c PROBABLE + CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (209 aa), FASTA score: (27.1% identity in 166 aa overlap). + Contains PS00379 CDP-alcohol phosphatidyltransferases + signature. BELONGS TO THE CDP-ALCOHOL + PHOSPHATIDYLTRANSFERASE CLASS-I FAMILY. Mb2767c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PGP SYNTHASE PGSA3 + (CDP-DIACYLGLYCEROL--GLYCEROL-3-PHOSPHATE + 3-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE) (PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE + SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01385.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y425" + /db_xref="InterPro:IPR000462" + /db_xref="InterPro:IPR004570" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y425" + /translation="MSRSTRYSVAVSAQPETGQIAGRARIANLANILTLLRLVMVPVF + LLALFYGGGHHSAARVVAWAIFATACITDRFDGLLARNYGMATEFGAFVDPIADKTLI + GSALIGLSMLGDLPWWVTVLILTRELGVTVLRLAVIRRGVIPASWGGKLKTFVQAVAI + GLFVLPLSGPLHVAAVVVMAAAILLTVITGVDYVARALRDIGGIRQTAS" + gene 3020248..3020772 + /gene="arga" + /locus_tag="BQ2027_MB2768" + CDS 3020248..3020772 + /gene="arga" + /locus_tag="BQ2027_MB2768" + /note="Mb2768, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv2747, len: + 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Possible transferase + (EC 2.-.-.-), equivalent to O05559|ML0978|MLCB33.08 + PUTATIVE ACETYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (180 + aa), FASTA scores: opt: 997, E(): 1.2e-57, (86.8% identity + in 174 aa overlap). Also similar to various transferases + e.g. Q9X8N2|SCE94.27c PUTATIVE ACETYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (169 aa), FASTA scores: opt: 656, + E(): 1.3e-35, (60.35% identity in 164 aa overlap); + C-terminus of Q9K3D6|ARGH(A) ARGININOSUCCINASE AND + N-ACETYLGLUTAMATE SYNTHASE from Moritella sp. 2693 (629 + aa), FASTA scores: opt: 243, E(): 2e-08, (31.95% identity + in 144 aa overlap); C-terminus of Q9JW21|ARGA OR NMA0580 + PUTATIVE ACETYLGLUTAMATE SYNTHASE from Neisseria + meningitidis serogroup A (436 aa), FASTA scores: opt: 201, + E(): 7.8e-06, (32.75% identity in 119 aa overlap); etc. + Also similar to hypothetical proteins e.g. O67372|AQ_1359 + HYPOTHETICAL 21.1 KDA PROTEIN from Aquifex aeolicus (181 + aa), FASTA scores: opt: 348, E(): 1.2e-15, (42.35% + identity in 137 aa overlap). Protein product from Mb2768 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2768 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable l-glutamate alpha-n-acetyltranferase + arga (alpha-n-acetylglutamate synthase)" + /protein_id="SIU01386.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2W2" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR010167" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2W2" + /translation="MTERPRDCRPVVRRARTSDVPAIKQLVDTYAGKILLEKNLVTLY + EAVQEFWVAEHPDLYGKVVGCGALHVLWSDLGEIRTVAVDPAMTGHGIGHAIVDRLLQ + VARDLQLQRVFVLTFETEFFARHGFTEIEGTPVTAEVFDEMCRSYDIGVAEFLDLSYV + KPNILGNSRMLLVL" + gene complement(3020841..3023492) + /gene="ftsK" + /locus_tag="BQ2027_MB2769C" + CDS complement(3020841..3023492) + /gene="ftsK" + /locus_tag="BQ2027_MB2769C" + /note="Mb2769c, ftsK, len: 883 aa. Equivalent to Rv2748c, + len: 883 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 883 aa overlap). Possible ftsK, cell + division transmembrane protein, equivalent to + O05560|ML0977|FTSK|MLCB33.09c CELL DIVISION PROTEIN from + Mycobacterium leprae (886 aa), FASTA scores: opt: 3147, + E(): 7.9e-175, (78.1% identity in 885 aa overlap). Also + similar to other members of the spoIIIE/ftsK family e.g. + O86810|SC7C7.05 FTSK HOMOLOG from Streptomyces coelicolor + (929 aa), FASTA scores: opt: 2256, E(): 3.8e-123, (49.05% + identity in 924 aa overlap); Q9CF25|FTSK CELL DIVISION + PROTEIN FTSK from Lactococcus lactis (subsp. lactis) + (Streptococcus lactis) (763 aa), FASTA scores: opt: 1438, + E(): 9.1e-76, (37.7% identity in 751 aa overlap); + AAK75005|Q97RE4|SP0878 SPOE FAMILY PROTEIN from + Streptococcus pneumoniae (767 aa), FASTA scores: opt: + 1405, E(): 7.5e-74, (48.0% identity in 477 aa overlap); + P46889|FTSK_ECOLI|B0890 from Escherichia coli strain K12 + (1329 aa), FASTA scores: opt: 759, E(): 0, (44.5% identity + in 537 aa overlap) (similarity in C-terminal half); etc. + Equivalent to AAK47139 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (968 aa) but shorter 85 aa. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE FTSK/SPOIIIE FAMILY. Protein product from Mb2769c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2769c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CELL DIVISION TRANSMEMBRANE PROTEIN + FTSK" + /protein_id="SIU01387.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y287" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR018541" + /db_xref="InterPro:IPR025199" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR041027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y287" + /translation="MLGPPGTPRVGRRDAARSLVTLLRRPWQRGEQIAVTSVADGVDG + VIATRLAVMSSKTVARSGTRTSRSKATSRGASRSARSAVPRKRSRPVKGVGRPSRRHH + RSLLVSTGLACGRAMRAVWMMAAKGTGGAARSIGRARDIEPGHRRDGIALVLLGLAVV + VAASSWFDAARPLGAWVDALLRTFIGSAVVMLPLVAAAVAVVLMRTSPNPDSRPRLIL + GASLIGLSFLGLCHLWAGSPEAPESRLRAAGFIGFAIGGPLSDGLTAWIAAPLLFIGA + LFGLLLLAGITIREVPDAMRAMFGTRLLPREYADDFEDFADFDGDDADTVEVARQDFS + DGYYDEVPLCSDDGPPAWPSAEVPQDDTATIPEASAGRGSGRRGRRKDTQVLDRIVEG + PYTLPSLDLLISGDPPKKRSAANTHMAGAIGEVLTQFKVDAAVTGCTRGPTVTRYEVE + LGPGVKVEKITALQRNIAYAVATESVRMLAPIPGKSAVGIEVPNTDREMVRLADVLTA + RETRRDHHPLVIGLGKDIEGDFISANLAKMPHLLVAGSTGSGKSSFVNSMLVSLLTRA + TPEEVRMILIDPKMVELTPYEGIPHLITPIITQPKKAAAALAWLVDEMEQRYQDMQAS + RVRHIDDFNDKVRSGAITAPLGSQREYRPYPYVVAIVDELADLMMTAPRDVEDAIVRI + TQKARAAGIHLVLATQRPSVDVVTGLIKTNVPSRLAFATSSLTDSRVILDQAGAEKLI + GMGDGLFLPMGASKPLRLQGAYVSDEEIHAVVTACKEQAEPEYTEGVTTAKPTAERTD + VDPDIGDDMDVFLQAVELVVSSQFGSTSMLQRKLRVGFAKAGRLMDLMETRGIVGPSE + GSKAREVLVKPDELAGTLAAIRGDGGE" + gene 3023491..3023805 + /locus_tag="BQ2027_MB2770" + CDS 3023491..3023805 + /locus_tag="BQ2027_MB2770" + /note="Mb2770, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv2749, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with + Q9I1R9|PA2198 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (114 aa), FASTA scores: opt: 157, E(): 0.00081, + (35.0% identity in 100 aa overlap); and + O86332|Rv0793|MTV042.03 HYPOTHETICAL 11.2 KDA PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (101 aa), FASTA scores: opt: + 143, E(): 0.0062, (26.9% identity in 93 aa overlap). + Protein product from Mb2770 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2770 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antibiotic biosynthesis monooxygenase" + /protein_id="SIU01388.1" + /db_xref="InterPro:IPR007138" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2I1" + /translation="MPVVVVATLTAKPESVDTVRDILTRAVDDVHREPGCQLYALHET + GETFIFVEQWADAEALKAHSGAPAVATMFTAAGEHLVGAPDIKLLQPVPAGDPSKGQL + RR" + gene 3023802..3024620 + /locus_tag="BQ2027_MB2771" + CDS 3023802..3024620 + /locus_tag="BQ2027_MB2771" + /note="Mb2771, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv2750, len: + 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Probable + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), highly similar to other + dehydrogenases/reductases e.g. Q9L5X5|COX CHOLESTEROL + OXIDASE from Nocardioides simplex (Arthrobacter simplex) + (270 aa), FASTA scores: opt: 836, E(): 1.8e-43, (55.7% + identity in 264 aa overlap); Q9RA05|LIMC CARVEOL + DEHYDROGENASE from Rhodococcus erythropolis (277 aa), + FASTA scores: opt: 792, E(): 8.6e-41, (48.55% identity in + 274 aa overlap); Q9F5J1|SIM-NJ1|SIMD2 PUTATIVE + 3-KETO-ACYL-REDUCTASE from Streptomyces antibioticus (273 + aa), FASTA scores: opt: 435, E(): 3.7e-19, (35.75% + identity in 263 aa overlap); etc. Also highly similar to + AAK44941MT0715 OXIDOREDUCTASE (SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY) from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (275 aa), FASTA scores: opt: + 702, E(): 2.4e-35, (44.45% identity in 270 aa overlap); + and similar to many other Mycobacterium tuberculosis + dehydrogenases. Protein product from Mb2771 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2771 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU01389.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y233" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR023985" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y233" + /translation="MIDRPLEGKVAFITGAARGLGRAHAVRLAADGANIIAVDICEQI + ASVPYPLSTADDLAATVELVEDAGGGIVARQGDVRDRASLSVALQAGLDEFGRLDIVV + ANAGIAMMQAGDDGWRDVIDVNLTGVFHTVQVAIPTLIEQGTGGSIVLISSAAGLVGI + GSSDPGSLGYAAAKHGVVGLMRAYANHLAPQNIRVNSVHPCGVDTPMINNEFFQQWLT + TADMDAPHNLGNALPVELVQPTDIANAVAWLASEEARYVTGVTLPVDAGFVNKR" + gene 3024624..3025514 + /locus_tag="BQ2027_MB2772" + CDS 3024624..3025514 + /locus_tag="BQ2027_MB2772" + /note="Mb2772, -, len: 296 aa. Equivalent to Rv2751, len: + 296 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 296 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to others e.g. + Q98LR1|MLR0915 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (299 aa), FASTA scores: opt: 279, + E(): 1.6e-11, (32.85% identity in 210 aa overlap); + Q9FBX1|SC8E7.10 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (283 aa), FASTA scores: opt: 232, + E(): 2.4e-08, (27.9% identity in 269 aa overlap); Q9FMY9 + HYPOTHETICAL PROTEIN (GENOMIC DNA, CHROMOSOME 5, P1 + CLONE:MJB21) from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) + (370 aa), FASTA scores: opt: 205, E(): 2.1e-06, (28.9% + identity in 211 aa overlap); etc. Also similar in part to + several proteins from Mycobacterium tuberculosis: + P72053|Rv3787c|MTCY13D12.21 HYPOTHETICAL 33.4 KDA PROTEIN + (308 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 1.3e-10, (29.6% + identity in 267 aa overlap); + O53795|MBE50c|Rv0731c|MTV041.05c HYPOTHETICAL 34.9 KDA + PROTEIN (318 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 1.3e-10, + (32.05% identity in 281 aa overlap); + O53841|Rv0830|MTV043.22 HYPOTHETICAL 33.4 KDA PROTEIN (301 + aa), FASTA scores: opt: 263, E(): 2e-10, (31.3% identity + in 262 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MTCY13D12.21 / + MTCY210.45C / MTCY78.29C FAMILY. Protein product from + Mb2772 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2772 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-Methyltransferase involved in polyketide + biosynthesis" + /protein_id="SIU01390.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y226" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y226" + /translation="MARNPAAQTAFGPMVLAAVEQNEPPGRRLVDDDLADLFLPRPLR + WLAGATRSAVLRRLLISASEWSGRGLWANLACRKRFIGDKLDEALGDIDAVVILGAGL + DTRAYRLTRRVRMPVFEVDLPVNIARKAKTVRRVLGELPLSVRLVALDFEHDDLLTAL + AEHGYRTEYRVFFVCEGVTQYLTERAVRRTLEGLRAAAPGSRMVFTYVRRDFIDGTNR + YGTRTLYHTVRQRRQLWHFGLDPEEVAGFLADYGWRLTEQAGPEELVQRYVEPTGRNL + NASQIEWSAYAEKSEPVTPR" + gene complement(3025501..3027177) + /gene="rnj" + /locus_tag="BQ2027_MB2773C" + CDS complement(3025501..3027177) + /gene="rnj" + /locus_tag="BQ2027_MB2773C" + /note="Mb2773c, -, len: 558 aa. Equivalent to Rv2752c, + len: 558 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 558 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBW5|ML1512 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (558 aa), + FASTA scores: opt: 3301, E(): 1.2e-195, (89.05% identity + in 558 aa overlap). Also highly similar to other + hypothetical proteins from a wide range of prokaryotes + e.g. CAC19480|P54122|YOR4_CORGL from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (718 aa), FASTA scores: + opt: 2142, E(): 3.5e-124, (57.2% identity in 554 aa + overlap) (N-terminus longer); O86842|SC9A10.09 from + Streptomyces coelicolor (561 aa), FASTA scores: opt: 2077, + E(): 2.9e-120, (55.95% identity in 556 aa overlap); Q9ZI80 + from Streptomyces toyocaensis (528 aa), FASTA scores: opt: + 1843, E(): 7.3e-106, (52.45% identity in 528 aa overlap) + (N-terminus shorter 30 aa); etc. Protein product from + Mb2773c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2773c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribonuclease J2 (endoribonuclease in RNA + processing)" + /protein_id="SIU01391.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y230" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR004613" + /db_xref="InterPro:IPR011108" + /db_xref="InterPro:IPR030854" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="InterPro:IPR041636" + /db_xref="InterPro:IPR042173" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y230" + /translation="MDVDLPPPGPLTSGGLRVTALGGINEIGRNMTVFEHLGRLLIID + CGVLFPGHDEPGVDLILPDMRHVEDRLDDIEALVLTHGHEDHIGAIPFLLKLRPDIPV + VGSKFTLALVAEKCREYRITPVFVEVREGQSTRHGVFECEYFAVNHSTPDALAIAVYT + GAGTILHTGDIKFDQLPPDGRPTDLPGMSRLGDTGVDLLLCDSTNAEIPGVGPSESEV + GPTLHRLIRGADGRVIVACFASNVDRVQQIIDAAVALGRRVSFVGRSMVRNMRVARQL + GFLRVADSDLIDIAAAETMAPDQVVLITTGTQGEPMSALSRMSRGEHRSITLTAGDLI + VLSSSLIPGNEEAVFGVIDALSKIGARVVTNAQARVHVSGHAYAGELLFLYNGVRPRN + VMPVHGTWRMLRANAKLAASTGVPQESILLAENGVSVDLVAGKASISGAVPVGKMFVD + GLIAGDVGDITLGERLILSSGFVAVTVVVRRGTGQPLAAPHLHSRGFSEDPKALEPAV + RKVEAELESLVAANVTDPIRIAQGVRRTVGKWVGETYRRQPMIVPTVIEV" + gene complement(3027208..3028110) + /gene="dapA" + /locus_tag="BQ2027_MB2774C" + CDS complement(3027208..3028110) + /gene="dapA" + /locus_tag="BQ2027_MB2774C" + /note="Mb2774c, dapA, len: 300 aa. Equivalent to Rv2753c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Probable dapA, + dihydrodipicolinate synthase (EC 4.2.1.52), equivalent to + Q9CBW4|DAPA_MYCLE|ML1513 DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (300 aa), FASTA scores: opt: 1699, + E(): 2.2e-98, (86.65% identity in 300 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. P19808|DAPA_CORGL from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (301 + aa), FASTA scores: opt: 1089, E(): 2e-60, (58.7% identity + in 288 aa overlap); O86841|DAPA_STRCO|SC9A10.08 from + Streptomyces coelicolor (299 aa), FASTA scores: opt: 1044, + E(): 1.3e-57, (55.75% identity in 287 aa overlap); + P05640|DAPA_ECOLI (292 aa), FASTA scores: opt: 515, E(): + 0, (33.8% identity in 287 aa overlap); etc. Contains + PS00665 and PS00666 Dihydrodipicolinate synthetase + signatures 1 and 2. BELONGS TO THE DHDPS FAMILY. Protein + product from Mb2774c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2774c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE DAPA + (DHDPS) (DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU01392.1" + /db_xref="GOA:P63946" + /db_xref="InterPro:IPR002220" + /db_xref="InterPro:IPR005263" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR020624" + /db_xref="InterPro:IPR020625" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63946" + /translation="MTTVGFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQ + GCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKAC + AAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRA + LASHPNIVGVKDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLAMGATGFISVIAHLA + AGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLCNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRL + PQVAATPEQIDALAADMRAASVLR" + gene complement(3028179..3028931) + /gene="thyx" + /locus_tag="BQ2027_MB2775C" + CDS complement(3028179..3028931) + /gene="thyx" + /locus_tag="BQ2027_MB2775C" + /note="Mb2775c, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv2754c, + len: 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to + Q9CBW3|YF14_MYCLE|ML1514 HYPOTHETICAL 28.0 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (254 aa), FASTA scores: opt: + 1351, E(): 1e-84, (81.5% identity in 254 aa overlap). Also + highly similar to 40111|YDAP_CORGL from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (250 aa), FASTA scores: + opt: 1071, E(): 1.2e-65, (62.85% identity in 245 aa + overlap); Q05259|VG48_BPML5 GENE 48 PROTEIN (GP48) from + Mycobacteriophage L5 (243 aa), FASTA scores: opt: 610, + E(): 3.2e-34, (49.55% identity in 220 aa overlap); + O64238|VG48_BPMD2 GENE 48 PROTEIN (GP48) from + Mycobacteriophage D29 (235 aa), FASTA scores: opt: 593, + E(): 4.5e-33, (46.95% identity in 245 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE THY1 FAMILY. Protein product from Mb2775c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2775c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable thymidylate synthase thyx (ts) (tsase)" + /protein_id="SIU01393.1" + /db_xref="GOA:P66931" + /db_xref="InterPro:IPR003669" + /db_xref="InterPro:IPR036098" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66931" + /translation="MAETAPLRVQLIAKTDFLAPPDVPWTTDADGGPALVEFAGRACY + QSWSKPNPKTATNAGYLRHIIDVGHFSVLEHASVSFYITGISRSCTHELIRHRHFSYS + QLSQRYVPEKDSRVVVPPGMEDDADLRHILTEAADAARATYSELLAKLEAKFADQPNA + ILRRKQARQAARAVLPNATETRIVVTGNYRAWRHFIAMRASEHADVEIRRLAIECLRQ + LAAVAPAVFADFEVTTLADGTEVATSPLATEA" + gene complement(3029175..3029450) + /gene="hsdS'" + /locus_tag="BQ2027_MB2776C" + CDS complement(3029175..3029450) + /gene="hsdS'" + /locus_tag="BQ2027_MB2776C" + /note="Mb2776c, hsdS', len: 91 aa. Equivalent to Rv2755c, + len: 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 91 aa overlap). Possible hsdS', + fragment of type I restriction/modification system + specificity determinant (S protein), similar to the + N-terminus of other hsdS proteins e.g. O34140|HSDS from + Klebsiella pneumoniae (439 aa), FASTA scores: opt: 303, + E(): 2.1e-13, (46.65% identity in 90 aa overlap); + P72419|STY|SBLI from Salmonella typhimurium (434 aa), + FASTA scores: opt: 278, E(): 1.1e-11, (47.65% identity in + 86 aa overlap); and Q9P9X9|XF2741 from Xylella fastidiosa + (412 aa), FASTA scores: opt: 144, E(): 0.015, (31.7% + identity in 82 aa overlap). Also some similarity with + O33303|Rv2761c|MTV002.26c|HSDS POSSIBLE TYPE I + RESTRICTION/MODIFICATION SYSTEM SPECIFICITY DETERMINANT + from Mycobacterium tuberculosis (364 aa), FASTA scores: + opt: 145, E(): 0.012, (29.9% identity in 87 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible type i restriction/modification system + specificity determinant (fragment) hsds.1 (s protein)" + /protein_id="SIU01394.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y254" + /translation="MSDGWKTLRFGEVLELQRGHDLPAASRGSGTVPVIGSFGVTGMH + DTAAYDGPGVAIGRSGAAIGTATFVAGPIWPLDTCLFVRDFKGNDPR" + gene complement(3029447..3031069) + /gene="hsdM" + /locus_tag="BQ2027_MB2777C" + CDS complement(3029447..3031069) + /gene="hsdM" + /locus_tag="BQ2027_MB2777C" + /note="Mb2777c, hsdM, len: 540 aa. Equivalent to Rv2756c, + len: 540 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 540 aa overlap). Possible hsdM, type I + restriction/modification system DNA methylase (M protein) + (EC 2.1.1.-), highly similar to others e.g. Q9P9X8|XF2742 + from Xylella fastidiosa (519 aa), FASTA scores: opt: 1613, + E(): 1.9e-96, (52.3% identity in 543 aa overlap); + O34139|HSDM from Klebsiella pneumoniae (539 aa), FASTA + scores: opt: 1267, E(): 4.4e-74, (45.9% identity in 549 aa + overlap); P72418|STY|SBLI|HSDM from Salmonella typhimurium + (539 aa), FASTA scores: opt: 1263, E(): 8e-74, (45.7% + identity in 549 aa overlap); etc. Possible alternative + start site (GTG) overlapping with termination codon of + previous ORF 90 bp upstream. Note that the corresponding + endonuclease (M protein) does not appear to be present in + Mycobacterium tuberculosis. Protein product from Mb2777c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2777c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TYPE I RESTRICTION/MODIFICATION SYSTEM + DNA METHYLASE HSDM (M PROTEIN) (DNA METHYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01395.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y434" + /db_xref="InterPro:IPR003356" + /db_xref="InterPro:IPR022749" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR038333" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y434" + /translation="MPPRKKQAPQAPSTMKELKDTLWKAADKLRGSLSASQYKDVILG + LVFLKYVSDAYDERREAIRAELAAEGMEESQIEDLIDDPEQYQGYGVFVVPVSARWKF + LAENTKGKPAVGGEPAKNIGQLIDEAMDAVMKANPTLGGTLPRLYNKDNIDQRRLGEL + IDLFNSARFSRQGEHRARDLMGEVYEYFLGNFARAEGKRGGEFFTPPSVVKVIVEVLE + PSSGRVYDPCCGSGGMFVQTEKFIYEHDGDPKDVSIYGQESIEETWRMAKMNLAIHGI + DNKGLGARWSDTFARDQHPDVQMDYVMANPPFNIKDWARNEEDPRWRFGVPPANNANY + AWIQHILYKLAPGGRAGVVMANGSMSSNSNGEGDIRAQIVEADLVSCMVALPTQLFRS + TGIPVCLWFFAKDKAAGKQGSIDRCGQVLFIDARELGDLVDRAERALTNEEIVRIGDT + FHAWRGSKSAAVKGIMYEDVPGFCKSATLAEIKATDYALTPGRYVGTPAVEDDGEPID + EKMARLSKALLEAFDESARLERVVREQLGRLR" + gene complement(3031156..3031572) + /gene="vapc21" + /locus_tag="BQ2027_MB2778C" + CDS complement(3031156..3031572) + /gene="vapc21" + /locus_tag="BQ2027_MB2778C" + /note="Mb2778c, -, len: 138 aa. Equivalent to Rv2757c, + len: 138 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 138 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several other M. + tuberculosis hypothetical proteins e.g. P96411|Rv0229c| + MTCY08D5.24c (226 aa), FASTA scores: opt: 354, E(): + 4.6e-18, (45.25% identity in 137 aa overlap) (N-terminus + longer 89 aa); P95007|RV2546|MTCY159.10c (137 aa), FASTA + scores: opt: 265, E(): 7.5e-12, (38.5% identity in 135 aa + overlap); O07228|Rv0301|MTCY63.06 (141 aa), FASTA scores: + opt: 259, E(): 2.1e-11, (42.4% identity in 132 aa + overlap); etc. Mb2778c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc21" + /protein_id="SIU01396.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X2" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X2" + /translation="MTTRYLLDKSAAYRAHLPAVRHRLEPLMERGLLARCGITDLEFG + VSARSREDHRTLGTYRRDALEYVNTPDTVWVRAWEIQEALTDKGFHRSVKIPDLIIAA + VAEHHGIPVMHYDQDFERIAAITRQPVEWVVAPGTA" + gene complement(3031569..3031835) + /gene="vapb21" + /locus_tag="BQ2027_MB2779C" + CDS complement(3031569..3031835) + /gene="vapb21" + /locus_tag="BQ2027_MB2779C" + /note="Mb2779c, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv2758c, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to several other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. P95008|Rv2545 (92 + aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.00028, (66.65% + identity in 45 aa overlap); + Q10771|YF60_MYCTU|RV1560|MT1611|MTCY48.05c (72 aa), FASTA + scores: opt: 106, E(): 0.52, (39.15% identity in 46 aa + overlap); O06565|Rv1113|MTCY22G8.02 (65 aa), FASTA scores: + opt: 97, E(): 2.2, (33.35% identity in 69 aa overlap); + etc. Contains PS00402 Binding-protein-dependent transport + systems inner membrane comp signature. Mb2779c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb21" + /protein_id="SIU01397.1" + /db_xref="InterPro:IPR019239" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y296" + /translation="MHRGYALVVCSPGVTRTMIDIDDDLLARAAKELGTTTKKDTVHA + ALRAALRASAARSLMNRMAENATGTQDEALVNAMWRDGHPENTA" + gene complement(3031861..3032256) + /gene="vapc42" + /locus_tag="BQ2027_MB2780C" + CDS complement(3031861..3032256) + /gene="vapc42" + /locus_tag="BQ2027_MB2780C" + /note="Mb2780c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv2759c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to three M. + tuberculosis hypothetical proteins + O07769|Y609_MYCTU|Rv0609|MT0638|MTCY19H5.13c (133 aa), + FASTA scores: opt: 364, E(): 5.1e-18, (49.6% identity in + 131 aa overlap); + P96914|Y624_MYCTU|Rv0624|MT0652|MTCY20H10.05 (131 aa), + FASTA scores: opt: 324, E(): 2.9e-15, (42.85% identity in + 126 aa overlap); and + Q10874|YJ82_MYCTU|Rv1982c|MT2034|MTCY39.37 (139 aa), FASTA + scores: opt: 271, E(): 1.4e-11, (38.6% identity in 127 aa + overlap). Also similar to other hypothetical proteins from + other bacteria e.g. CAC45376|SMC00900 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (128 aa), FASTA scores: opt: 286, + E(): 1.2e-12, (39.55% identity in 129 aa overlap); + Q981I7|MLL9357 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (131 aa), FASTA scores: opt: 257, + E(): 1.2e-10, (36.35% identity in 132 aa overlap); + Q9AAG1|CC0639 HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter + crescentus (131 aa), FASTA scores: opt: 217, E(): 6.9e-08, + (33.35% identity in 132 aa overlap); etc. Mb2780c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc42. contains pin domain." + /protein_id="SIU01398.1" + /db_xref="GOA:P67243" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67243" + /translation="MIVDTSAIVAIVSGESGAQVLKEALERSPNSRMSAPNYVELCAI + MQRRDRPEISRLVDRLLDDYGIQVEAVDADQARVAAQAYRDYGRGSGHPARLNLGDTY + SYALAQVTGEPLLFRGDDFTHTDIRPACT" + gene complement(3032253..3032522) + /gene="vapb42" + /locus_tag="BQ2027_MB2781C" + CDS complement(3032253..3032522) + /gene="vapb42" + /locus_tag="BQ2027_MB2781C" + /note="Mb2781c, -, len: 89 aa. Equivalent to Rv2760c, len: + 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 89 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with two hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis + O07770|Rv0608|MTCY19H5.14c (81 aa), FASTA scores: opt: + 128, E(): 0.057, (37.5% identity in 88 aa overlap); and + P96913|Rv0623|MTCY20H10.04 (84 aa), FASTA scores: opt: 99, + E(): 5.5, (37.1% identity in 89 aa overlap). Also showing + some similarity with CAC45377|SMC00899 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (84 aa), FASTA scores: opt: 116, + E(): 0.38, (36.25% identity in 91 aa overlap). Protein + product from Mb2781c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb42" + /protein_id="SIU01399.1" + /db_xref="InterPro:IPR011660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y243" + /translation="MSLNIKSQRTVALVRELAARTGTNQTAAVEDAVARRLSELDRED + RARAEARRAAAEQTLRDLDKLLSDDDKRLIRRHEVDLYDDSGLPR" + gene complement(3032532..3033626) + /gene="hsdS" + /locus_tag="BQ2027_MB2782C" + CDS complement(3032532..3033626) + /gene="hsdS" + /locus_tag="BQ2027_MB2782C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2782c, hsdS, len: 364 aa. Equivalent to Rv2761c, + len: 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 364 aa overlap). Possible hsdS, type I + restriction/modification system specificity determinant (S + protein), similar in part to other hsdS protein (S + PROTEINS) e.g. Q9P9X9|XF2741 from Xylella fastidiosa (412 + aa), FASTA scores: opt: 252, E(): 7.4e-09, (24.95% + identity in 401 aa overlap); N-terminus of Q9RC12 TYPE I + S-SUBUNIT from Lactobacillus delbrueckii (subsp. lactis) + (389 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 1.4e-07, (28.1% + identity in 185 aa overlap); N-terminus of P72419|STY|SBLI + from Salmonella typhimurium (434 aa), FASTA scores: opt: + 221, E(): 8e-07, (28.45% identity in 130 aa overlap); + C-terminus of P17222|PRRB_ECOLI from Escherichia coli + strain CTR5X (401 aa), FASTA scores: opt: 197, E(): + 2.8e-05, (27.05% identity in 148 aa overlap); etc. SEEMS + TO BELONG TO TYPE-I RESTRICTION SYSTEM S METHYLASE FAMILY. + Protein product from Mb2782c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2782c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TYPE I RESTRICTION/MODIFICATION SYSTEM + SPECIFICITY DETERMINANT HSDS (S PROTEIN)" + /protein_id="SIU01400.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y232" + /db_xref="InterPro:IPR000055" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y232" + /translation="MSRVEKVEKVRLGDHLDFSNGHTSGHTSPASEPGGRYPVYGANG + VIGYSAQHNARGPLIVVGRVGSYCGSLRYCDSDVWVTDNALACRAKKPEETRYWYYAL + LGFGLNRYRAGSGQPLLSQGVLRNVSVSAVAAPDRPRIGEILGAFDDKIAANDRVIEA + AEALMLAIVGRLSAYVPLSSLASRSTACLDAQHFDSTVAHYSFAAFDGGAQPSRVGGR + TIRSAKLVVSQPCVLFPKLNPRIPRIWNITSLPSEMALASTEFVVLRPVGVDTSALWA + ALRQPDVLAELRQLVGGMTGSRQRIQPTQLLRVWVRDVRRLTPGHAAAIANLGALCNE + RRIESARLASCRDALLPLLMSGIDGLPAGR" + gene complement(3033623..3033895) + /locus_tag="BQ2027_MB2783C" + CDS complement(3033623..3033895) + /locus_tag="BQ2027_MB2783C" + /note="Mb2783c, -, len: 90 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2762c, len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 90 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to C-terminus of + hypothetical proteins: Q9A380|CC3324 from Caulobacter + crescentus (409 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): 9.8e-05, + (43.55% identity in 101 aa overlap); Q98KQ4|MLR1373 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (399 aa), FASTA + scores: opt: 174, E(): 0.00028, (46.35% identity in 82 aa + overlap); and Q9HZZ9|PA2844 from Pseudomonas aeruginosa + (402 aa), FASTA scores: opt: 158, E(): 0.0033, (40.0% + identity in 80 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2762c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a single base + transition (c-t) splits Rv2762c into 2 parts, Mb2783c and + Mb2784c. Mb2783c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01401.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y239" + /translation="MAAKRRHLYYVRPLDGHPVARVDRKTDRAADSLPVAGVLGELDI + PPVTVAEGLAGELASMASWLGLGGIAVSTRGDLAGELCAATKRTNG" + gene complement(3033911..3034042) + /locus_tag="BQ2027_MB2784C" + CDS complement(3033911..3034042) + /locus_tag="BQ2027_MB2784C" + /note="Mb2784c, -, len: 43 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2762c, len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 43 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to C-terminus of + hypothetical proteins: Q9A380|CC3324 from Caulobacter + crescentus (409 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): 9.8e-05, + (43.55% identity in 101 aa overlap); Q98KQ4|MLR1373 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (399 aa), FASTA + scores: opt: 174, E(): 0.00028, (46.35% identity in 82 aa + overlap); and Q9HZZ9|PA2844 from Pseudomonas aeruginosa + (402 aa), FASTA scores: opt: 158, E(): 0.0033, (40.0% + identity in 80 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2762c exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a single base transition (c-t) splits Rv2762c into 2 + parts, Mb2783c and Mb2784c. Mb2784c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01402.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y253" + /translation="MSAATAAWDRRAAVVVGGVAEPGSAGPIAGADRKRLISRIQVR" + gene complement(3034116..3034595) + /gene="dfrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2785C" + CDS complement(3034116..3034595) + /gene="dfrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2785C" + /note="Mb2785c, dfrA, len: 159 aa. Equivalent to Rv2763c, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). Probable dfrA + (alternate gene name: folA), dihydrofolate reductase (EC + 1.5.1.3), equivalent to O30463|FOLA DIHYDROFOLATE + REDUCTASE from Mycobacterium avium (see citation below) + (181 aa), FASTA scores: opt: 802, E(): 4.5e-48, (70.2% + identity in 161 aa overlap); and Q9CBW1|FOLA|ML1518 + DIHYDROFOLATE REDUCTASE from Mycobacterium leprae (165 + aa), FASTA scores: opt: 782, E(): 1e-46, (70.55% identity + in 163 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9K168|DYR_NEIMB|FOLA|NMB0308 from Neisseria meningitidis + (serogroup B) (162 aa), FASTA scores: opt: 469, E(): + 3.8e-25, (46.65% identity in 163 aa overlap); + P12833|DYR3_SALTY|DHFRIII from Salmonella typhimurium (162 + aa), FASTA scores: opt: 367, E(): 4e-18, (45.4% identity + in 141 aa overlap); Q59408|DYRC_ECOLI|DHFRXIII from + Escherichia coli strain RA33.2 (165 aa), FASTA scores: + opt: 313, E(): 2.2e-14, (41.9% identity in 136 aa + overlap); etc. Contains PS00075 Dihydrofolate reductase + signature. BELONGS TO THE DIHYDROFOLATE REDUCTASE FAMILY. + Protein product from Mb2785c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2785c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dihydrofolate reductase dfra (dhfr) + (tetrahydrofolate dehydrogenase)" + /protein_id="SIU01403.1" + /db_xref="GOA:P0A547" + /db_xref="InterPro:IPR001796" + /db_xref="InterPro:IPR012259" + /db_xref="InterPro:IPR017925" + /db_xref="InterPro:IPR024072" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A547" + /translation="MVGLIWAQATSGVIGRGGDIPWRLPEDQAHFREITMGHTIVMGR + RTWDSLPAKVRPLPGRRNVVLSRQADFMASGAEVVGSLEEALTSPETWVIGGGQVYAL + ALPYATRCEVTEVDIGLPREAGDALAPVLDETWRGETGEWRFSRSGLRYRLYSYHRS" + gene complement(3034666..3035457) + /gene="thyA" + /locus_tag="BQ2027_MB2786C" + CDS complement(3034666..3035457) + /gene="thyA" + /locus_tag="BQ2027_MB2786C" + /note="Mb2786c, thyA, len: 263 aa. Equivalent to Rv2764c, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 263 aa overlap). Probable thyA, + thymidylate synthase (EC 2.1.1.45), equivalent to + Q9CBW0|TYSY_MYCLE|THYA|ML1519 THYMIDYLATE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (266 aa), FASTA scores: opt: 1602, + E(): 5.9e-102, (85.5% identity in 262 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. + P00470|TYSY_ECOLI|B2827|Z4144|ECS3684|BAB37107|AAG57938 + from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (264 aa), + FASTA scores: opt: 1309, E(): 5.9e-82, (66.65% identity in + 261 aa overlap); P48464|TYSY_SHIFL|THYA from Shigella + flexneri (264 aa), FASTA scores: opt: 1303, E(): 1.5e-81, + (65.9% identity in 261 aa overlap); + P54081|TYSB_BACAM|THYB|THYBA from Bacillus + amyloliquefaciens (264 aa), FASTA scores: opt: 1235, E(): + 6.7e-77, (66.65% identity in 261 aa overlap); etc. + Contains PS00091 Thymidylate synthase active site. BELONGS + TO THE THYMIDYLATE SYNTHASE FAMILY. Protein product from + Mb2786c detected using SWATH mass spectrometry. Mb2786c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THYMIDYLATE SYNTHASE THYA (TS) (TSASE)" + /protein_id="SIU01404.1" + /db_xref="GOA:P67045" + /db_xref="InterPro:IPR000398" + /db_xref="InterPro:IPR020940" + /db_xref="InterPro:IPR023451" + /db_xref="InterPro:IPR036926" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67045" + /translation="MTPYEDLLRFVLETGTPKSDRTGTGTRSLFGQQMRYDLSAGFPL + LTTKKVHFKSVAYELLWFLRGDSNIGWLHEHGVTIWDEWASDTGELGPIYGVQWRSWP + APSGEHIDQISAALDLLRTDPDSRRIIVSAWNVGEIERMALPPCHAFFQFYVADGRLS + CQLYQRSADLFLGVPFNIASYALLTHMMAAQAGLSVGEFIWTGGDCHIYDNHVEQVRL + QLSREPRPYPKLLLADRDSIFEYTYEDIVVKNYDPHPAIKAPVAV" + gene 3035622..3036359 + /locus_tag="BQ2027_MB2787" + CDS 3035622..3036359 + /locus_tag="BQ2027_MB2787" + /note="Mb2787, -, len: 245 aa. Equivalent to Rv2765, len: + 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 245 aa overlap). Probable ala-rich + hydrolase (EC 3.-.-.-), similar to various hydrolases or + hypothetical proteins e.g. Q9KYM6|SC9H11.13c PUTATIVE + HYDROLASE from Streptomyces coelicolor (251 aa), FASTA + scores: opt: 630, E(): 1.4e-33, (43.1% identity in 246 aa + overlap); Q9A5T9|CC2358 DIENELACTONE HYDROLASE FAMILY + PROTEIN from Caulobacter crescentus (286 aa), FASTA + scores: opt: 592, E(): 4.5e-31, (38.45% identity in 242 aa + overlap); Q9FCF1|2SCD46.33 PUTATIVE HYDROLASE + (DIENELACTONE HYDROLASE FAMILY) from Streptomyces + coelicolor (254 aa), FASTA scores: opt: 500, E(): 3.9e-25, + (37.7% identity in 252 aa overlap); + P73163|DLHH_SYNY3|SLL1298 PUTATIVE + CARBOXYMETHYLENEBUTENOLIDASE (DIENELACTONE HYDROLASE) (EC + 3.1.1.45) from Synechocystis sp. (strain PCC 6803) (246 + aa), FASTA scores: opt: 276, E(): 1.3e-10, (26.95% + identity in 230 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2787 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2787 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALANINE RICH HYDROLASE" + /protein_id="SIU01405.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y443" + /db_xref="InterPro:IPR002925" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y443" + /translation="MPKTTDTAATPDGTCAVRLFTPDGPGRWPGVVMFPDAGGVRDTF + DRMAAKLAGFGYVVLLPDVYYREGDWAPFDMKTAFGDPQERARIMFMIGTLTPDRVTR + DADALLNYLASRPEVIGDRFGVCGYCMGGRMSVVVAGRLPDRVAAAAAFHPGGLVANS + PDSPHLLADRISATVYIGGAENDPSFTADHAEKLDKAFSAAGVPHRIECYPAAHGFAV + PDNPSYDAAADERHWAAMTETFGAALN" + gene complement(3036574..3037356) + /locus_tag="BQ2027_MB2788C" + CDS complement(3036574..3037356) + /locus_tag="BQ2027_MB2788C" + /note="Mb2788c, -, len: 260 aa. Equivalent to Rv2766c, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to others + (from bacteria and eukaryota) e.g. Q9K3Y8|2SCG61.27c + PUTATIVE SHORT CHAIN OXIDOREDUCTASE from Streptomyces + coelicolor (253 aa), FASTA scores: opt: 722, E(): 7.4e-39, + (44.75% identity in 248 aa overlap); Q93790|F54F3.4 + HYPOTHETICAL SDR PROTEIN from Caenorhabditis elegans (260 + aa), FASTA scores: opt: 613, E(): 6.9e-32, (41.7% identity + in 247 aa overlap); O95162|O95162|SCAD-SRL PEROXISOMAL + SHORT-CHAIN ALCOHOL DEHYDROGENASE from Homo sapiens + (Human) (260 aa), FASTA scores: opt: 594, E(): 1.1e-30, + (39.6% identity in 250 aa overlap); P51831|FABG_BACSU + 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] from Bacillus subtilis + (246 aa), FASTA scores: opt: 504, E(): 4e-28, (37.2% + identity in 247 aa overlap); etc. Also similar to many + other Mycobacterium tuberculosis acyl-carrier proteins + e.g. MTCY03C7.07 (38.5% identity in 244 aa overlap). + Contains PS00061 Short-chain alcohol dehydrogenase family + signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Note that + previously known as fabG5, a + 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein]. Protein product from + Mb2788c detected using shotgun mass spectrometry. Mb2788c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU01406.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y3" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y3" + /translation="MTSLDLTGRTAIITGASRGIGLAIAQQLAAAGAHVVLTARRQEA + ADEAAAQVGDRALGVGAHAVDEDAARRCVDLTLERFGSVDILINNAGTNPAYGPLLEQ + DHARFAKIFDVNLWAPLMWTSLVVTAWMGEHGGAVVNTASIGGMHQSPAMGMYNATKA + ALIHVTKQLALELSPRIRVNAICPGVVRTRLAEALWKDHEDPLAATIALGRIGEPADI + ASAVAFLVSDAASWITGETMIIDGGLLLGNALGFRAAPSTEH" + gene complement(3037353..3037706) + /locus_tag="BQ2027_MB2789C" + CDS complement(3037353..3037706) + /locus_tag="BQ2027_MB2789C" + /note="Mb2789c, -, len: 117 aa. Equivalent to Rv2767c, + len: 117 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 117 aa overlap). Possible membrane + protein, showing very weak similarity with + Q9L2H7|SCC121.09 PUTATIVE METAL TRANSPORT ABC TRANSPORTER + from Streptomyces coelicolor (256 aa), FASTA scores: opt: + 110, E(): 1, (33.05% identity in 112 aa overlap). + Questionable ORF. Protein product from Mb2789c detected + using shotgun mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01407.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2A7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A7" + /translation="MVGYEGARGRAGREMSESATAGARSSRIPFGIIRNHEAVRPRRS + RHLNHARDTPQMVAVAQVWREVVQATAIAIAPPLPVVSWGLISLAFLSHTVRGRYRRS + PPAESGHHSNRRQAK" + gene complement(3037880..3039064) + /gene="PPE43" + /locus_tag="BQ2027_MB2790C" + CDS complement(3037880..3039064) + /gene="PPE43" + /locus_tag="BQ2027_MB2790C" + /note="Mb2790c, PPE43, len: 394 aa. Equivalent to Rv2768c, + len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 394 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. upstream ORF O33312|Rv2770c|MTV002.35c (402 aa), + FASTA scores: opt: 1135, E(): 6.1e-51, (62.15% identity in + 391 aa overlap); and P96362|Rv1039c|MTCY10G2.10 from M. + tuberculosis (391 aa), FASTA scores: opt: 1721, E(): + 6.8e-81, (70.35% identity in 398 aa overlap). Equivalent + to AAK47157 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (462 aa) but shorter 68 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe43" + /protein_id="SIU01408.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2K0" + /translation="MDFGALPPEINSTRMYAGAGAAPLMAAGATWNGLAVELSTTASS + VESVIMQLTTEQWLGPASMSMVVAAQPYLAWLTYTAESAAHAAAQAMASAAAFEAAFA + MTVPPAEVAANRALLAALVATNVLGQNTPAIMATEAHYGEMWAQDALAMYGYAASSAA + AGRLNPLITPSQTANMAGLAGQAAAVSHAAAASTVQQVGLGSLISNLPNAVMGFASPL + TSAADAAGLGGIIQDIEELLGITFVQNAINGAVNTTAWFVMATIRNAVFLGHAFAALN + PATVTAAADAVPAAAAAAGLAHTVTPVGVGGASLTASLGEASSVGGLSVPAGWSTAAP + AMTSGTTALEGSGWAVPEEAGPVAAMPGMAGISGAAKGAGAYAGPRYGFKPIVMPKQV + VV" + gene complement(3039144..3039971) + /gene="PE27" + /locus_tag="BQ2027_MB2791C" + CDS complement(3039144..3039971) + /gene="PE27" + /locus_tag="BQ2027_MB2791C" + /note="Mb2791c, PE27, len: 275 aa. Equivalent to Rv2769c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 275 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, highly similar to + many (notably in N-terminal part) e.g. + P96361|Rv1040c|MTCY10G2.09 from Mycobacterium tuberculosis + (275 aa), FASTA scores: opt: 1111, E(): 5.9e-52, (68.55% + identity in 283 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe27" + /protein_id="SIU01409.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y255" + /translation="MSFLTTQPEELAAAAGKLETIGSAMVAQNAAAAAPTTTGVIPAA + ADEISVLQASLFTAYGTLYQQVSAEAAAVYDLFVKTLGVSAGTYAATEAANSSAAASP + LSGIASILGSTPGKVPSWISDIANIFNIGAGNWASAASDLLGLASGGLLPAAEEAALE + EGLEGAGLSELGAAEAAVGEAPIAAGLGAAPLAAGLSRASSIGALSVPPSWAGQANLV + SSTSTLQGAGWTTAAPHGAAGTVIPGMPGLASATRSSAGFGAPRYGAKPIVMPKPAV" + gene complement(3040295..3041443) + /gene="PPE44" + /locus_tag="BQ2027_MB2792C" + CDS complement(3040295..3041443) + /gene="PPE44" + /locus_tag="BQ2027_MB2792C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2792c, PPE44, len: 382 aa. Equivalent to Rv2770c, + len: 382 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 382 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. downstream ORF O33310|Rv2768c|MTV002.33c from M. + tuberculosis (394 aa), FASTA scores: opt: 1135, E(): + 2.2e-53, (62.15% identity in 391 aa overlap); and + P96362|Rv1039c|MTCY10G2.10 from Mycobacterium tuberculosis + (391 aa), FASTA scores: opt: 1010, E(): 1e-46, (55.95% + identity in 395 aa overlap). Equivalent to AAK47159 from + M. tuberculosis strain CDC1551 (402 aa) but shorter 20 aa. + Start changed since first submission (-20 aa). Mb2792c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe44" + /protein_id="SIU01410.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y245" + /translation="MDFGALPPEVNSARMYGGAGAADLLAAAAAWNGIAVEVSTAASS + VGSVITRLSTEHWMGPASLSMAAAVQPYLVWLTCTAESSALAAAQAMASAAAFETAFA + LTVPPAEVVANRALLAELTATNILGQNVSAIAATEARYGEMWAQDASAMYGYAAASAV + AARLNPLTRPSHITNPAGLAHQAAAVGQAGASASARQVGLSHLISDVADAVLSFASPV + MSAADTGLEAVRQFLNLDVPLFVESAFHGLGGVADFATAAIGNMTLLADAMGTVGGAA + PGGGAAAAVAHAVAPAGVGGTALTADLGNASVVGRLSVPASWSTAAPATAAGAALDGT + GWAVPEEDGPIAVMPPAPGMVVAANSVGADSGPRYGVKPIVMPKHGLF" + gene complement(3041567..3042019) + /locus_tag="BQ2027_MB2793C" + CDS complement(3041567..3042019) + /locus_tag="BQ2027_MB2793C" + /note="Mb2793c, -, len: 150 aa. Equivalent to Rv2771c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 150 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9CBV8|ML1525 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (151 aa), FASTA scores: opt: + 489, E(): 1.7e-27, (52.7% identity in 148 aa overlap). + Also highly similar to Q9RD46|SCF56.21 HYPOTHETICAL 15.7 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (151 aa), FASTA + scores: opt: 671, E(): 2.2e-40, (67.8% identity in 146 aa + overlap). Protein product from Mb2793c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2793c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Multimeric flavodoxin WrbA" + /protein_id="SIU01411.1" + /db_xref="InterPro:IPR029039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y249" + /translation="MRRLLIVHHTPSPHMQEMFEAVVSGATDPEIEGVEVVRRPALTV + SPIEMLEADGYLLGTPANLGYISGALKHAFDVCYYPCLDTTRGRSFGAYIHGNEGTEG + AERAVDAITTGLGWVQAAETVVVMGKPSKADIEACWNLGATVAAQLMG" + gene complement(3042105..3042578) + /locus_tag="BQ2027_MB2794C" + CDS complement(3042105..3042578) + /locus_tag="BQ2027_MB2794C" + /note="Mb2794c, -, len: 157 aa. Equivalent to Rv2772c, + len: 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 157 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CBV7|ML1526 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (160 + aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 1.5e-43, (76.6% identity + in 154 aa overlap); and similar to P46830|YDAB_MYCBO from + Mycobacterium bovis (177 aa), FASTA scores: opt: 337, E(): + 3.9e-15, (40.75% identity in 135 aa overlap). Also similar + to O86837|SC9A10.04 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (151 aa), FASTA scores: opt: 338, + E(): 3e-15, (43.75% identity in 144 aa overlap). Protein + product from Mb2794c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2794c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01412.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y262" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y262" + /translation="MTRRTLYVQLIIAFMCVAMVAYLVMLGRVAVAMIGSGRAAAAGL + GLALLILPVIGLWAMIATLRAGFAYQRLARLIAEDGLDIDASALPRRASGRIQRDAAD + ALFAAVRTELEDDADDWRRWYRLARAYDYAGDRRRAREAMKTALQLEGRARPGAR" + gene complement(3042590..3043327) + /gene="dapB" + /locus_tag="BQ2027_MB2795C" + CDS complement(3042590..3043327) + /gene="dapB" + /locus_tag="BQ2027_MB2795C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2795c, dapB, len: 245 aa. Equivalent to Rv2773c, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 245 aa overlap). dapB, + dihydrodipicolinate reductase (EC 1.3.1.26) (see first + citation below), highly similar to many e.g. + P40110|DAPB_CORGL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (248 aa), FASTA scores: opt: 1030, + E(): 1.8e-58, (65.45% identity in 246 aa overlap); + O86836|DAPB_STRCO|SC9A10.03 from Streptomyces coelicolor + (250 aa), FASTA scores: opt: 997, E(): 2.3e-56, (61.15% + identity in 247 aa overlap); P42976|DAPB_BACSU from + Bacillus subtilis (267 aa), FASTA scores: opt: 608, E(): + 1.7e-31, (45.95% identity in 209 aa overlap); + P46829|DAPB_MYCBO from Mycobacterium bovis (see second + citation below) (271 aa), FASTA scores: opt: 505, E(): + 6.3e-25, (36.2% identity in 246 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE FAMILY. Protein + product from Mb2795c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2795c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE DAPB (DHPR)" + /protein_id="SIU01413.1" + /db_xref="GOA:Q7TXX0" + /db_xref="InterPro:IPR000846" + /db_xref="InterPro:IPR022663" + /db_xref="InterPro:IPR022664" + /db_xref="InterPro:IPR023940" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXX0" + /translation="MRVGVLGAKGKVGATMVRAVAAADDLTLSAELDAGDPLSLLTDG + NTEVVIDFTHPDVVMGNLEFLIDNGIHAVVGTTGFTAERFQQVESWLVAKPNTSVLIA + PNFAIGAVLSMHFAKQAARFFDSAEVIELHHPHKAEAPSGTAARTAKLIAEARKGLPP + NPDATSTSLPGARGADVDGIPVHAVRLAGLVAHQEVLFGTEGEILTIRHDSLDRTSFV + PGVLLAVRRIAERPGLTVGLEPLLDLH" + gene complement(3043338..3043742) + /locus_tag="BQ2027_MB2796C" + CDS complement(3043338..3043742) + /locus_tag="BQ2027_MB2796C" + /note="Mb2796c, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv2774c, + len: 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2796c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01414.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y271" + /translation="MGTAVEVGWRDPCGLAVGELRCAPAVSDQPVVGCAGCPLVDMVD + FAPVTGCVAVGSTMGAVPALLRVRFPWPPFEPDVRLSPYLALHGICRWGGSDSCDRTT + VQVFHLHSINKRLTAHAGFGAAAVVGLEDGPV" + gene 3043895..3044356 + /locus_tag="BQ2027_MB2797" + CDS 3043895..3044356 + /locus_tag="BQ2027_MB2797" + /note="Mb2797, -, len: 153 aa. Equivalent to Rv2775, len: + 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 153 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, showing weak similarity with hypothetical + proteins e.g. Q9ZBJ7|SC9C7.13c from Streptomyces + coelicolor (179 aa), FASTA scores: opt: 167, E(): 0.00024, + (29.05% identity in 148 aa overlap). Equivalent to + AAK47164 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (185 aa) but shorter 32 aa. Protein product from Mb2797 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2797 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01415.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y455" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y455" + /translation="MHYPVWRQSWTGILDPYLLDMIGSPKLWVEESYPQSLKRGGWSM + WIAESGGQPIGMTMFGPDIAHPDRIQIDALYVAENSQRHGIGGRLLNRALHSHPSADM + ILWCAEKNSKARGFYEKKDFHIDGRTFTWKPLSGVNVPHVGYRLYRSAPPG" + gene complement(3044360..3045289) + /locus_tag="BQ2027_MB2798C" + CDS complement(3044360..3045289) + /locus_tag="BQ2027_MB2798C" + /note="Mb2798c, -, len: 309 aa. Equivalent to Rv2776c, + len: 309 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 309 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to other + oxidoreductases e.g. Q9KZ15|SC10B7.17 PUTATIVE IRON-SULFUR + OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor (364 aa), + FASTA scores: opt: 846, E(): 1.2e-45, (46.75% identity in + 308 aa overlap); O88034|SC5A7.28c IRON-SULFUR + OXIDOREDUCTASE BETA SUBUNIT from Streptomyces coelicolor + (313 aa), FASTA scores: opt: 745, E(): 2.3e-39, (41.45% + identity in 316 aa overlap); P33164|PDR_BURCE|OPHA1 + PHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE from Burkholderia cepacia + (Pseudomonas cepacia) (321 aa), FASTA scores: opt: 616, + E(): 2.9e-31, (33.65% identity in 309 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47165 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (363 aa) but shorter 54 aa. Contains + PS00197 2Fe-2S ferredoxins, iron-sulfur binding region + signature and PS00063 Aldo/keto reductase family putative + active site signature. SEEMS TO BELONG TO THE 2FE2S + PLANT-TYPE FERREDOXIN FAMILY IN THE C-TERMINAL SECTION. + Mb2798c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01416.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Z3" + /db_xref="InterPro:IPR000951" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR001433" + /db_xref="InterPro:IPR006058" + /db_xref="InterPro:IPR008333" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z3" + /translation="MRRTNPAVVTKRELVAPDVVALTLADPGGGLLPAWSPGGHIDVQ + LPSGRRRQYSLCGVPGRRTDYRIAIRRIADGGGGSIEMHEAFDVGDTCEFEGPRNAFH + LGLAERDVLFVIGGIGVTPILPMIRAAEQRGIDWRAIYAGRGREYMPFLDEVVAVAPG + RVTVWADDEHGRFASVDELLAGAGPTTAVYVCGPPGMLEAVRVARNQHADAPLHYERF + SPPPVVDGVPFELELARSRRVLRVPANRSALDVMLDWDPTTAYSCQQGFCGTCKVRVL + AGQVDRRGRIIEGDNEMLVCVSRAVSGRVVIDA" + gene complement(3045471..3046541) + /locus_tag="BQ2027_MB2799C" + CDS complement(3045471..3046541) + /locus_tag="BQ2027_MB2799C" + /note="Mb2799c, -, len: 356 aa. Equivalent to Rv2777c, + len: 356 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 356 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar (but longer in + N-terminus) to hypothetical proteins Q9KZ16|SC10B7.16 from + Streptomyces coelicolor (296 aa), FASTA scores: opt: 980, + E(): 6.8e-57, (51.25% identity in 281 aa overlap); and + Q9HYS0|PA3325 from Pseudomonas aeruginosa (295 aa), FASTA + scores: opt: 816, E(): 4e-46, (43.75% identity in 288 aa + overlap); and similar (but longer in N-terminus) to other + hypothetical proteins e.g. Q9I3H1|PA1542 from Pseudomonas + aeruginosa (278 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 6.3e-08, + (31.8% identity in 258 aa overlap). Equivalent to AAK47166 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (393 aa) + but shorter 37 aa. Mb2799c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FF domain protein" + /protein_id="SIU01417.1" + /db_xref="InterPro:IPR016516" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B7" + /translation="MNVEVHSAPGWRAGSSPLGYAQLYLPTRDVYWGDMSGIYVNAVA + TFSEGAAMVSVDDRATGPHSSESRAADHERLVLEPRDVEFDWTNLPFHYVPNEPMATH + VLNVLHMLLPAGEEFFVRVFKKTLPLIKDDQLRLDVQGFIGQEAMHSQAHSGVVDHFD + AQGVDVTAFTNQIRWLFEKLLGESPRRSPRRQYSWLLEQVSFIAAIEHYTAVMGEWIL + NSPQLDAVGADPVMLDMLRWHGAEEVEHKAVAFDTMKHLRAGYWRQVRAQLTVTPVML + LLWIRGVRFMYSVDPYLPPGTKPRWRDYFKAARRGLVPGLPRLLRVVGHYYKPGFHPS + QLGGLGAAVDYLAVSPAARASH" + gene complement(3046699..3047169) + /locus_tag="BQ2027_MB2800C" + CDS complement(3046699..3047169) + /locus_tag="BQ2027_MB2800C" + /note="Mb2800c, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv2778c, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 156 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9CBF7|ML2031 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (151 aa), + FASTA scores: opt: 227, E(): 8.5e-09, (35.95% identity in + 153 aa overlap). Also similar to AAK46204|MT1931.1 + HYPOTHETICAL 17.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (158 aa), FASTA scores: opt: + 238, E(): 1.5e-09, (35.75% identity in 151 aa overlap); or + O07748|Rv1883c|MTCY180.35 HYPOTHETICAL 17.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (158 aa), + FASTA scores: opt: 212, E(): 9.7e-08, (34.45% identity in + 151 aa overlap); note that AAK46204|MT1931.1 and + O07748|Rv1883c|MTCY180.35 are essentially the same protein + except for a small (5 aa) gap. Protein product from + Mb2800c detected using shotgun mass spectrometry. Mb2800c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01418.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2L0" + /translation="MPDPDGPSVTVTVEIDANPDLVYGLITDLPTLASLAEEVVAMQL + RKGDDVRKGAVFVGRNENGGRRWTTTCTVTDADPGRVFAFDVRSGIIPISRWQYGIVA + TEHGCRVTESTWDRRPSWFRAVARMATGVKDRASVNTEHIRRTLQRLKDRAEAG" + gene complement(3047201..3047716) + /locus_tag="BQ2027_MB2801C" + CDS complement(3047201..3047716) + /locus_tag="BQ2027_MB2801C" + /note="Mb2801c, -, len: 171 aa. Equivalent to Rv2779c, + len: 179 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (94.475% identity in 179 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, from the Lrp/AsnC family, + similar (but longer ~30 aa in N-terminus) to others e.g. + CAC42842|SCBAC36F5.06 PUTATIVE ASNC-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (163 aa), + FASTA scores: opt: 333, E(): 4.4e-16, (39.7% identity in + 141 aa overlap); O07920|AZLB_BACSU TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR (ASNC FAMILY) from Bacillus subtilis; + Q9I233|PA2082 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (ASNC + FAMILY) from Pseudomonas aeruginosa (158 aa), FASTA + scores: opt: 322, E(): 2.5e-15, (33.1% identity in 148 aa + overlap); etc. Also similar to P96896|Rv3291c|MTCY71.31c + from Mycobacterium tuberculosis (33.3% identity in 120 aa + overlap). Equivalent to AAK47168 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (181 aa). SEEMS TO BELONG TO + THE ASNC FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Start + changed since first submission (+8 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 24 bp deletion leads to a shorter product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (171 aa + versus 179 aa). Mb2801c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY LRP/ASNC-FAMILY)" + /protein_id="SIU01419.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y261" + /db_xref="InterPro:IPR000485" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR019887" + /db_xref="InterPro:IPR019888" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y261" + /translation="MIILFRGHIRDNSTEHKTRRAASSKDVRPAELDEVDRRILSLLH + GDARMPNNALADTVGIAPSTCHGRVRRLVDLGVIRGFYTDIDPVAVGLPLQAMISVNL + QSSARGKIRSFIQQIRRKRQGADDFILHVAARDTEDLRSFVVENLNADADVAGTQTSL + IFEHLRGAAPI" + gene 3047782..3048180 + /gene="alda" + /locus_tag="BQ2027_MB2802" + CDS 3047782..3048180 + /gene="alda" + /locus_tag="BQ2027_MB2802" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2802, alda, len: 132 aa. Similar to 5' end of + Rv2780, len: 371 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.9% identity in 89 aa overlap). ald, + secreted L-alanine dehydrogenase (EC 1.4.1.1) (40 kd + antigen) (see first citations below); equivalent to + Q9CBV6|ALD|ML1532 L-ALANINE DEHYDROGENASE from + Mycobacterium leprae (371 aa), FASTA scores: opt: 2081, + E(): 4e-115, (85.45% identity in 371 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9S227|SCI51.13c from + Streptomyces coelicolor (371 aa), FASTA scores: opt: 1575, + E(): 2.3e-85, (66.05% identity in 371 aa overlap); + Q9K827|BH3180 from Bacillus halodurans (371 aa), FASTA + scores: opt: 1341, E(): 1.4e-71, (56.45% identity in 372 + aa overlap); Q9RT70|DR1895 from Deinococcus radiodurans + (390 aa), FASTA scores: opt: 1319, E(): 2.8e-70, (54.2% + identity in 371 aa overlap); etc. Contains PS00836 and + PS00837 Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide + transhydrogenase signature 1 and 2. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, ald exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (a-*) splits ald into 2 parts, alda and aldb. + Mb2802 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED L-ALANINE DEHYDROGENASE ALDa [FIRST + PART] (40 KDA ANTIGEN) (TB43)" + /protein_id="SIU01420.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y257" + /db_xref="InterPro:IPR007886" + /db_xref="InterPro:IPR008141" + /db_xref="InterPro:IPR008142" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y257" + /translation="MRVGIPTETKNNEFRVAITPAGVAELTRRGHEVLIQAGAGEGSA + ITDADFKAAGAQLVGTADQVWADADLLLKVKEPIAAEYGRLRHGRSCSRSCIWPRHVL + APMRCWIPAPRQLPTRPSRPPTAHYPCLPR" + gene 3048177..3048896 + /gene="aldb" + /locus_tag="BQ2027_MB2803" + CDS 3048177..3048896 + /gene="aldb" + /locus_tag="BQ2027_MB2803" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2803, aldb, len: 239 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2780, len: 371 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 239 aa overlap). ald, + secreted L-alanine dehydrogenase (EC 1.4.1.1) (40 kd + antigen) (see first citations below); equivalent to + Q9CBV6|ALD|ML1532 L-ALANINE DEHYDROGENASE from + Mycobacterium leprae (371 aa), FASTA scores: opt: 2081, + E(): 4e-115, (85.45% identity in 371 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9S227|SCI51.13c from + Streptomyces coelicolor (371 aa), FASTA scores: opt: 1575, + E(): 2.3e-85, (66.05% identity in 371 aa overlap); + Q9K827|BH3180 from Bacillus halodurans (371 aa), FASTA + scores: opt: 1341, E(): 1.4e-71, (56.45% identity in 372 + aa overlap); Q9RT70|DR1895 from Deinococcus radiodurans + (390 aa), FASTA scores: opt: 1319, E(): 2.8e-70, (54.2% + identity in 371 aa overlap); etc. Contains PS00836 and + PS00837 Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide + transhydrogenase signature 1 and 2. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, ald exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (a-*) splits ald into 2 parts, alda and aldb. + Protein product from Mb2803 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2803 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED L-ALANINE DEHYDROGENASE ALDb [SECOND + PART] (40 KDA ANTIGEN) (TB43)" + /protein_id="SIU01421.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y259" + /db_xref="InterPro:IPR007698" + /db_xref="InterPro:IPR008141" + /db_xref="InterPro:IPR008143" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y259" + /translation="MSEVAGRLAAQVGAYHLMRTQGGRGVLMGGVPGVEPADVVVIGA + GTAGYNAARIANGMGATVTVLDINIDKLRQLDAEFCGRIHTRYSSAYELEGAVKRADL + VIGAVLVPGAKAPKLVSNSLVAHMKPGAVLVDIAIDQGGCFEGSRPTTYDHPTFAVHD + TLFYCVANMPASVPKTSTYALTNATMPYVLELADHGWRAACRSNPALAKGLSTHEGAL + LSERVATDLGVPFTEPASVLA" + gene complement(3048911..3049945) + /locus_tag="BQ2027_MB2804C" + CDS complement(3048911..3049945) + /locus_tag="BQ2027_MB2804C" + /note="Mb2804c, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv2781c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Possible ala-rich + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases or hypothetical proteins e.g. + Q9RDD8|SCC77.20c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Streptomyces + coelicolor (364 aa), FASTA scores: opt: 912, E(): 5.3e-47, + (45.55% identity in 336 aa overlap); Q9FDD4|2-NPDL + PUTATIVE 2-NITROPROPANE DIOXYGENASE from Streptomyces + ansochromogenes (363 aa), FASTA scores: opt: 869, E(): + 1.9e-44, (44.2% identity in 337 aa overlap); O05413|YRPB + 2-NITROPROPANE DIOXYGENASE from Bacillus subtilis (347 + aa), FASTA scores: opt: 560, E(): 4.9e-26, (33.75% + identity in 317 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2804c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2804c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALANINE RICH OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01422.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y272" + /db_xref="InterPro:IPR004136" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y272" + /translation="MVLGFWDIAVPIVGAPMAGGPSTPALAAAVSNAGGLGFVAGGYL + SADRLADDIAAARAATTGPIGANLFVPQPSVADWAQLEYYADELEEVAEYYHTEVGQP + VYGDDDDWVRKLEVVADVRPEVVSFTFGAPPPDVVQRLSALGLLVSITVTSVYEAGVA + IAAGADSLVVQGPAAGGHRGTFAPDMEPGTESLHQLLDRIGSAHDVPLVAAGGLGTAE + DVAAVLRRGAIAAQVGTALLLADEAGTNAAHRAALKNPEFDATLVTRAFSGRYARGLA + NNFTRLLDHVAPLGYPEVHQMTKPIRAAAVQADDPHGTNLWAGSAHRKTRPGPAADII + ASLTPDVCSA" + gene complement(3050006..3051322) + /gene="pepR" + /locus_tag="BQ2027_MB2805C" + CDS complement(3050006..3051322) + /gene="pepR" + /locus_tag="BQ2027_MB2805C" + /note="Mb2805c, pepR, len: 438 aa. Equivalent to Rv2782c, + len: 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 438 aa overlap). Probable pepR, + protease/peptidase (EC 3.4.99.-), equivalent to + O32965|YR82_MYCLE|ML0855|MLCB22.26c HYPOTHETICAL ZINC + PROTEASE from Mycobacterium leprae (445 aa), FASTA scores: + opt: 2346, E(): 4.3e-146, (84.3% identity in 421 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + O86835|YA12_STRCO|SC9A10.02 from Streptomyces coelicolor + (459 aa), FASTA scores: opt: 1394, E(): 1.1e-83, (51.9% + identity in 416 aa overlap); Q04805|YMXG_BACSU|YMXG from + Bacillus subtilis (409 aa), FASTA scores: opt: 1014, E(): + 7.9e-59, (37.55% identity in 410 aa overlap); + Q9KA85|BH2405 from Bacillus halodurans (413 aa), FASTA + scores: opt: 967, E(): 9.6e-56, (38.6% identity in 417 aa + overlap); etc. Contains PS00143 Insulinase family, + zinc-binding region signature. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY + M16, ALSO KNOWN AS THE INSULINASE FAMILY. COFACTOR: + REQUIRES DIVALENT CATIONS FOR ACTIVITY. BINDS ZINC. + Protein product from Mb2805c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2805c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ZINC PROTEASE PEPR" + /protein_id="SIU01423.1" + /db_xref="GOA:P0A5S9" + /db_xref="InterPro:IPR001431" + /db_xref="InterPro:IPR007863" + /db_xref="InterPro:IPR011249" + /db_xref="InterPro:IPR011765" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5S9" + /translation="MPRRSPADPAAALAPRRTTLPGGLRVVTEFLPAVHSASVGVWVG + VGSRDEGATVAGAAHFLEHLLFKSTPTRSAVDIAQAMDAVGGELNAFTAKEHTCYYAH + VLGSDLPLAVDLVADVVLNGRCAADDVEVERDVVLEEIAMRDDDPEDALADMFLAALF + GDHPVGRPVIGSAQSVSVMTRAQLQSFHLRRYTPERMVVAAAGNVDHDGLVALVREHF + GSRLVRGRRPVAPRKGTGRVNGSPRLTLVSRDAEQTHVSLGIRTPGRGWEHRWALSVL + HTALGGGLSSRLFQEVRETRGLAYSVYSALDLFADSGALSVYAACLPERFADVMRVTA + DVLESVARDGITEAECGIAKGSLRGGLVLGLEDSSSRMSRLGRSELNYGKHRSIEHTL + RQIEQVTVEEVNAVARHLLSRRYGAAVLGPHGSKRSLPQQLRAMVG" + gene complement(3051300..3053558) + /gene="gpsI" + /locus_tag="BQ2027_MB2806C" + CDS complement(3051300..3053558) + /gene="gpsI" + /locus_tag="BQ2027_MB2806C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2806c, gpsI, len: 752 aa. Equivalent to Rv2783c, + len: 752 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 752 aa overlap). Probable gpsI, + polyribonucleotide nucleotidyltransferase (EC 2.7.7.8; + 2.7.6.-), equivalent to Q9CCF8|GPSI|ML0854 (alias O32966) + PUTATIVE POLYRIBONUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE / GUANOSINE + PENTAPHOSPHATE SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (773 + aa), FASTA scores: opt: 4304, E(): 0, (89.95% identity in + 757 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O86656|GPSI GUANOSINE PENTAPHOSPHATE SYNTHETASE/ + POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE (FRAGMENT) from + Streptomyces coelicolor (716 aa), FASTA scores: opt: 3393, + E(): 5.8e-192, (72.77% identity in 718 aa overlap); + Q53597|GPSI GUANOSINE PENTAPHOSPHATE SYNTHETASE from + Streptomyces antibioticus (740 aa), FASTA scores: opt: + 3314, E(): 2.6e-187, (70.55% identity in 733 aa overlap); + P72659|PNP|SLL1043 POLYRIBONUCLEOTIDE + NUCLEOTIDYLTRANSFERASE from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (718 aa), FASTA scores: opt: 1244, E(): 1.7e-65, + (45.05% identity in 750 aa overlap); etc. Note that S. + antibioticus guanosine pentaphosphate synthetase is a + multifunctional enzyme that also acts as a + polyribonucleotide nucleotidyltransferase. Start site + chosen by homology from several alternatives. Protein + product from Mb2806c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2806c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="BIFUNCTIONAL PROTEIN POLYRIBONUCLEOTIDE + NUCLEOTIDYLTRANSFERASE GPSI: GUANOSINE PENTAPHOSPHATE + SYNTHETASE + POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE + (POLYNUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE) (PNPASE)" + /protein_id="SIU01424.1" + /db_xref="GOA:Q7TXW0" + /db_xref="InterPro:IPR001247" + /db_xref="InterPro:IPR003029" + /db_xref="InterPro:IPR004087" + /db_xref="InterPro:IPR004088" + /db_xref="InterPro:IPR012162" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR014069" + /db_xref="InterPro:IPR015848" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR022967" + /db_xref="InterPro:IPR027408" + /db_xref="InterPro:IPR036345" + /db_xref="InterPro:IPR036456" + /db_xref="InterPro:IPR036612" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXW0" + /translation="MSAAEIDEGVFETTATIDNGSFGTRTIRFETGRLALQAAGAVVA + YLDDDNMLLSATTASKNPKEHFDFFPLTVDVEERMYAAGRIPGSFFRREGRPSTDAIL + TCRLIDRPLRPSFVDGLRNEIQIVVTILSLDPGDLYDVLAINAASASTQLGGLPFSGP + IGGVRVALIDGTWVGFPTVDQIERAVFDMVVAGRIVEGDVAIMMVEAEATENVVELVE + GGAQAPTESVVAAGLEAAKPFIAALCTAQQELADAAGKSGKPTVDFPVFPDYGEDVYY + SVSSVATDELAAALTIGGKAERDQRIDEIKTQVVQRLADTYEGREKEVGAALRALTKK + LVRQRILTDHFRIDGRGITDIRALSAEVAVVPRAHGSALFERGETQILGVTTLDMIKM + AQQIDSLGPETSKRYMHHYNFPPFSTGETGRVGSPKRREIGHGALAERALVPVLPSVE + EFPYAIRQVSEALGSNGSTSMGSVCASTLALLNAGVPLKAPVAGIAMGLVSDDIQVEG + AVDGVVERRFVTLTDILGAEDAFGDMDFKVAGTKDFVTALQLDTKLDGIPSQVLAGAL + EQAKDARLTILEVMAEAIDRPDEMSPYAPRVTTIKVPVDKIGEVIGPKGKVINAITEE + TGAQISIEDDGTVFVGATDGPSAQAAIDKINAIANPQLPTVGERFLGTVVKTTDFGAF + VSLLPGRDGLVHISKLGKGKRIAKVEDVVNVGDKLRVEIADIDKRGKISLILVADEDS + TAAATDAATVTS" + gene complement(3053912..3054427) + /gene="lppU" + /locus_tag="BQ2027_MB2807C" + CDS complement(3053912..3054427) + /gene="lppU" + /locus_tag="BQ2027_MB2807C" + /note="Mb2807c, lppU, len: 171 aa. Equivalent to Rv2784c, + len: 171 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 171 aa overlap). Probable lppU, + lipoprotein, sharing no homology with other proteins. + Contains signal sequence and appropriately positioned + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Protein product from Mb2807c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2807c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPPU" + /protein_id="SIU01425.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y465" + /translation="MRAWLAAATTALFVVATGCSSATNVAELKVGDCVKLAGTPDRPQ + ATKAECGSPASNFKVVAVVQEDHAECPADVDSTYSMRNAFNGSTNTICLDIDWVIGGC + MSVDPTHNTDPFRVDCDDASVPHRQRATQILKDLDSPVSVDQCASGVGYVYTQRRFAV + CVEDVTGGPRS" + gene complement(3054440..3054709) + /gene="rpsO" + /locus_tag="BQ2027_MB2808C" + CDS complement(3054440..3054709) + /gene="rpsO" + /locus_tag="BQ2027_MB2808C" + /note="Mb2808c, rpsO, len: 89 aa. Equivalent to Rv2785c, + len: 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 89 aa overlap). Probable rpsO, 30s + ribosomal protein S15, equivalent to + O32967|RS15_MYCLE|RPSO|ML0853|MLCB22.28c 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S15 from Mycobacterium leprae (89 aa), FASTA + scores: opt: 522, E(): 7.4e-34, (92.15% identity in 89 aa + overlap). Also highly similar to many e.g. + O86655|RS15_STRCO|RPSO|SC3C3.22 from Streptomyces + coelicolor (95 aa), FASTA scores: opt: 408, E(): 6.7e-25, + (62.9% identity in 89 aa overlap); P05766|RS15_BACST|RPSO + from Bacillus stearothermophilus (88 aa), FASTA scores: + opt: 385, E(): 4e-23, (62.5% identity in 88 aa overlap); + P21473|RS15_BACSU|RPSO from Bacillus subtilis (88 aa), + FASTA scores: opt: 351, E(): 1.9e-20, (57.95% identity in + 88 aa overlap); P02371|RS15_ECOLI|RPSO|SEC|B3165 from + Escherichia coli strain K12 (88 aa), FASTA scores: opt: + 295, E(): 4.5e-22, (52.3% identity in 88 aa overlap); etc. + Contains PS00362 Ribosomal protein S15 signature. BELONGS + TO THE S15P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb2808c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2808c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s15 rpso" + /protein_id="SIU01426.1" + /db_xref="GOA:P66430" + /db_xref="InterPro:IPR000589" + /db_xref="InterPro:IPR005290" + /db_xref="InterPro:IPR009068" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66430" + /translation="MALTAEQKKEILRSYGLHETDTGSPEAQIALLTKRIADLTEHLK + VHKHDHHSRRGLLLLVGRRRRLIKYISQIDVERYRSLIERLGLRR" + gene complement(3054866..3055861) + /gene="ribF" + /locus_tag="BQ2027_MB2809C" + CDS complement(3054866..3055861) + /gene="ribF" + /locus_tag="BQ2027_MB2809C" + /note="Mb2809c, ribF, len: 331 aa. Equivalent to Rv2786c, + len: 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 331 aa overlap). Probable ribF, FAD + synthetase/riboflavin biosynthesis protein, bifunctional + enzyme (EC 2.7.1.26; 2.7.7.2), equivalent to + O32968|RIBF|ML0852 RIBOFLAVIN KINASE from Mycobacterium + leprae (331 aa), FASTA scores: opt: 1923, E(): 2.3e-115, + (87.45% identity in 327 aa overlap). Also highly similar + to many e.g. Q59263|RIBF_CORAM from Corynebacterium + ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) (338 aa), FASTA + scores: opt: 899, E(): 5.7e-50, (45.8% identity in 321 aa + overlap); Q9Z530|SC9F2.05c from Streptomyces coelicolor + (318 aa), FASTA scores: opt: 862, E(): 1.3e-47, (52.45% + identity in 324 aa overlap); + P08391|RIBF_ECOLI|B0025|Z0029\ECS0028 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (313 aa), FASTA scores: opt: + 517, E(): 1.3e-25, (36.05% identity in 305 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2809c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2809c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable bifunctional fad synthetase/riboflavin + biosynthesis protein ribf: riboflavin kinase (flavokinase) + + fmn adenylyltransferase (fad pyrophosphorylase) (fad + synthetase)(fad diphosphorylase) (flavin adenine + dinucleotide synthetase)" + /protein_id="SIU01427.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2C3" + /db_xref="InterPro:IPR002606" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR015864" + /db_xref="InterPro:IPR015865" + /db_xref="InterPro:IPR023465" + /db_xref="InterPro:IPR023468" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C3" + /translation="MRRRLAIVQRWRGQDEIPTDWGRCVLTIGVFDGVHRGHAELIAH + AVKAGRARGVPAVLMTFDPHPMEVVYPGSHPAQLTTLTRRAELVQDLGIEVFLVMPFT + TDFMKLTPDRFIHELLVEHLHVVEVVVGENFTFGKKAAGNVDTLRRAGERFGFAVESM + SLVSEHHSNETVTFSSTYIRSCVDAGDMVAAMEALGRPHRVEGVVVRGEGRGAELGFP + TANVAPPMYSAIPADGVYAAWFTVLGHGPVTGTVVPGERYQAAVSVGTNPTFSGRTRT + VEAFVLDTTADLYGQHVALDFVGRIRGQKKFESVRQLVAAMGADTERARDLLSTG" + gene 3056072..3057835 + /locus_tag="BQ2027_MB2810" + CDS 3056072..3057835 + /locus_tag="BQ2027_MB2810" + /note="Mb2810, -, len: 587 aa. Equivalent to Rv2787, len: + 587 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 587 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to Q9CCI1|ML0798 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (592 aa), + FASTA scores: opt: 2994, E(): 6.9e-179, (76.5% identity in + 587 aa overlap); and similar in part to other proteins + from Mycobacterium leprae e.g. O33082|MLCB628.11 + HYPOTHETICAL 52.0 KDA PROTEIN (478 aa), FASTA scores: opt: + 481, E(): 2.3e-22, (30.95% identity in 294 aa overlap). + Also similar in part to O86637|SC3C3.03c HYPOTHETICAL + 112.1 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (1083 aa), + FASTA scores: opt: 488, E(): 1.5e-22, (28.95% identity in + 297 aa overlap). And similar to other hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O06396|Rv0530|MTCY25D10.09 (405 aa), FASTA scores: opt: + 625, E(): 2.2e-31, (34.05% identity in 320 aa overlap); + O69740|Rv3876|MTV027.11 (666 aa), FASTA scores: opt: 453, + E(): 1.6e-20, (29.2% identity in 370 aa overlap); + P96217|Rv3860|MTCY01A6.08c (390 aa), FASTA scores: opt: + 443, E(): 4.7e-20, (29.95% identity in 354 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). Mb2810 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATPases involved in chromosome partitioning" + /protein_id="SIU01428.1" + /db_xref="InterPro:IPR002586" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2M0" + /translation="MSTFRECRSMFDAAVKSYQSGDLANARAAFGRLTVENPDMSDGW + LGLLACGDHHLDTLAGAHQHSEALYSETRRVGLTDGELSAVVMAPMYLGLRVWSRATI + GLAYASALIIADRHDEAAATLDDPVITEDTGAAQYRQFVMATLFHKTRSWSNLLKVTE + ISPPSGATDVRDEVADAVAALASTAAASLGQFQFALELAEQVSTTNPRVTADVTLTRA + WCLRELGDDDAARVALSATTTGDAPRTNTTAEQAGSPQPKFRHPYDDGRDLLVARRRP + PAGDGWRKAVTKMTFGRVNPEPSAKREQTDELIQRICAPLADVHKLAFVSAKGGVGKT + TMTVLVGNAVARLRGDRVMAVDVDADLGDLSARFSERGGPQTNIEHFVSSQHTKRYAD + VRVHTVMNKDRLEMLGAQNDPRSTYKFGPEDYGAAMQILETHCNVILLDCGTPVNGPL + FSNILNDVTGLVVVASEDVRGVEGALVTLDWLGAHGFGRLLQHTVVVLNAIQKTRSLV + DCGAAENQFRKRVPDFFRIPYDPHLATGLAVDFSSLKRRTRNAVLDLAGGLAQHYPAS + RVRPRGEDSWKTWIETMRQVG" + gene 3056724..3058755 + /locus_tag="BQ2027_IS1602" + mobile_element 3056724..3058755 + /locus_tag="BQ2027_IS1602" + /note="IS1602, len: 2032 nt. Equivalent to IS1602, len: + 2032 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 2032 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1602" + gene 3057920..3058606 + /gene="sirR" + /locus_tag="BQ2027_MB2811" + CDS 3057920..3058606 + /gene="sirR" + /locus_tag="BQ2027_MB2811" + /note="Mb2811, sirR, len: 228 aa. Equivalent to Rv2788, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 228 aa overlap). Probable sirR, + transcriptional repressor, highly similar to others e.g. + Q9RRF3|DR2539 PUTATIVE IRON DEPENDENT REPRESSOR from + Deinococcus radiodurans (232 aa), FASTA scores: opt: 518, + E(): 4.5e-26, (41.2% identity in 221 aa overlap); + Q9HRU8|SIRR|VNG0536G from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (233 aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 6.1e-26, (40.45% + identity in 220 aa overlap); Q9KIJ2|SLOR REGULATOR SLOR + from Streptococcus mutans (217 aa), FASTA scores: opt: + 418, E(): 1.2e-19, (36.15% identity in 213 aa overlap); + etc. Also some similarity to + Q50495|IDER_MYCTU|MTCY05A6.32|IDER|DTXR|Rv2711|MT2784|MTCY + 05A6.32 IRON-DEPENDENT REPRESSOR from Mycobacterium + tuberculosis (230 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): + 7.1e-10, (27.6% identity in 221 aa overlap). Contains + helix-turn-helix motif at aa 32-53 (Score 1327, +3.71 SD). + COULD BELONG TO THE CRP/FNR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb2811 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2811 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR SIRR" + /protein_id="SIU01429.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y267" + /db_xref="InterPro:IPR000485" + /db_xref="InterPro:IPR001367" + /db_xref="InterPro:IPR007167" + /db_xref="InterPro:IPR008988" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR022687" + /db_xref="InterPro:IPR022689" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="InterPro:IPR036421" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y267" + /translation="MRADEEPGDLSAVAQDYLKVIWTAQEWSQDKVSTKMLAERIGVS + ASTASESIRKLAEQGLVDHEKYGAVTLTDSGRRAALAMVRRHRLLETFLVNELGYRWD + EVHDEAEVLEHAVSDRLMARIDAKLGFPQRDPHGAPIPGADGQVPTPPARQLWACRDG + DTGTVARISDADPQMLRYFASIGISLDSRLRVLARREFAGMISVAIDSADGATVDLGS + PAAQAIWVVS" + gene complement(3058667..3059899) + /gene="fadE21" + /locus_tag="BQ2027_MB2812C" + CDS complement(3058667..3059899) + /gene="fadE21" + /locus_tag="BQ2027_MB2812C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2812c, fadE21, len: 410 aa. Equivalent to + Rv2789c, len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 410 aa overlap). + Probable fadE21, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. P45857|ACDB_BACSU|MMGC from Bacillus + subtilis (379 aa), FASTA scores: opt: 689, E(): 9.3e-37, + (35.75% identity in 400 aa overlap); Q9K6D1|ACDA|BH3798 + from Bacillus halodurans (380 aa), FASTA scores: opt: 679, + E(): 4.1e-36, (37.3% identity in 405 aa overlap); + Q06319|ACDS_MEGEL from Megasphaera elsdenii (383 aa), + FASTA scores: opt: 650, E(): 3e-34, (37.7% identity in 334 + aa overlap); etc. Contains acyl-CoA dehydrogenases + signature 1 (PS00072). BELONGS TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb2812c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2812c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE21" + /protein_id="SIU01430.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y270" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y270" + /translation="MFEWSDTDLMVRDAVRQFIDKEIRPHQDALETGELSPYPIARKL + FSQFGLDVLLAESVNQMLDGERAKREKRDSSGSFGLADQASMVAVLVSELAGVSIGLL + STVAVSLGLGAATIMSRGTLAQQERWVPTLVTLEKIAAWAITEPDSGSDAFGGMKTHV + TRDGEDYILNGHKTFITNGPYADVLVVYAKLADGEPASDWRNRPVLVFVLDAGMPGLT + QGKPFKKMGMMSSPTGELFFDNVRLTPDRLLCAEGDGRDSARANFAVERLGVALMSLG + IINECHRLCVDYAKTRTLWGRNIGQFQLIQLKLAKMEVARINVQNMVFQAIERLKAGK + QLTLAEASAIKLYSSEAATDVAMEAVQLFGGNGYMAEYRVEQLARDAKSLMIYAGSNE + VQVTHIAKGLLGEPASRA" + gene complement(3059925..3061130) + /gene="ltp1" + /locus_tag="BQ2027_MB2813C" + CDS complement(3059925..3061130) + /gene="ltp1" + /locus_tag="BQ2027_MB2813C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2813c, ltp1, len: 401 aa. Equivalent to Rv2790c, + len: 401 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 401 aa overlap). Probable ltp1, + lipid-transfer protein, highly similar to many eukaryotic + sterol-carrier proteins/lipid-transfer protein precursors + (see first citation below) e.g. O62742|SCP2 STEROL CARRIER + PROTEIN X from Oryctolagus cuniculus (Rabbit) (547 aa), + FASTA scores: opt: 1710, E(): 6e-102, (63.7% identity in + 394 aa overlap); Q9QW19 3-OXOACYL-CoA THIOLASE HOMOLOG + (FRAGMENT) (see citation below) from Rattus sp. (405 aa), + FASTA scores: opt: 1696, E(): 3.8e-101, (63.2% identity in + 394 aa overlap); P11915|NLTP_RAT|SCP2|SCP-2 NONSPECIFIC + LIPID-TRANSFER PROTEIN PRECURSOR from Rattus norvegicus + (Rat) (547 aa), FASTA scores: opt: 1696, E(): 4.8e-101, + (63.2% identity in 394 aa overlap); + P32020|NLTP_MOUSE|SCP2|SCP-2 NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER + PROTEIN PRECURSOR from Mus musculus (Mouse) (547 aa), + FASTA scores: opt: 1681, E(): 4.3e-100, (62.7% identity in + 394 aa overlap); etc. Contains PS00098 Thiolases + acyl-enzyme intermediate signature and PS00737 Thiolases + signature 2. Also similar to other M. tuberculosis + proteins e.g. O06144|Rv1627c|MTCY01B2.19c (402 aa) (35.8% + identity in 413 aa overlap). Protein product from Mb2813c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2813c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPID-TRANSFER PROTEIN LTP1" + /protein_id="SIU01431.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y282" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020615" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y282" + /translation="MPNQGSSNKVYVIGVGMTKFEKPGRREGWDYPDMARESGTKALR + DAGIDYREVEQGYVGYVYGESTSGQRALYELGMTGIPIVNVNNNCSTGSTALYLGAQA + IRGGLADCVLALGFEKMQPGALGGGADDRESPLGRHVKALAEIDEFGFPVAPWMFGAA + GREHMKKYGTTAEHFAKIGYKNHKHSVNNPYAQFQDEYTLDDILASKMISDPLTKLQC + SPTSDGSAAVVLASEDYLANHNLAGRAVEIVGQAMTTDFASTFDGSARNIIGYDMTVQ + AAQRVYQQSGLGPKDFGVIELHDCFSANELLLYEALGLCGPGEAPELIDDNQTTYGGR + WVVNPSGGLISKGHPLGATGLAQCAELTWQLRGTAEARQVDNVTAALQHNIGLGGAAV + VTAYQRAER" + gene 3061136..3063167 + /locus_tag="BQ2027_IS1602" + gene complement(3061163..3062542) + /locus_tag="BQ2027_MB2814C" + CDS complement(3061163..3062542) + /locus_tag="BQ2027_MB2814C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2814c, -, len: 459 aa. Equivalent to Rv2791c, + len: 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 459 aa overlap). Probable IS1602 + transposase for IS1602 element, similar to many e.g. + P95117|Rv2978c|MTCY349.09 from Mycobacterium tuberculosis + (459 aa), FASTA scores: opt: 2718, E(): 6.3e-165, (86.05% + identity in 459 aa overlap). Mb2814c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01432.1" + /db_xref="InterPro:IPR001959" + /db_xref="InterPro:IPR010095" + /db_xref="InterPro:IPR021027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y281" + /translation="MAKFEIPEGWMVQAFRFTLDPTAEQARALARHFGARRKAYNWTV + ATLKADIDAWQATGIQTAKPSLRVLRKRWNTVKNDVCVNIETGVVWWPECSKEAYADG + IDGAVDAYWNWQNSRSGKRDGKRMGFPRFKKKGRDPDRVTFTTGAMRVEPDRRHLTLP + VIGTVRTHENTRRVERLIAKGRSRVLAITVRRNGTRIDASVRVLVQRPQQPKVTDPGS + RVGVDVGVRRLATVATADGAVLERVPNPRPLDAALNELRHVCRARSRCTKGSRRYRER + TTEISRLHRRVNDVRTHHLHCLTTHLAKTHGRIVVEGLDAAGMLRQQGLSGARARRRG + LSDAALGTPRRHLSYKTGWYGSQLVVADRWFPSSKTCHVCGHVQEIGWAEHWQCDSCS + ASHQRDDCAAINLARYEDTSSVVGPVGAAVKRGADRKTRPGRAGGREARKGSSRKAAE + QPRDGVQVA" + gene complement(3062542..3063123) + /locus_tag="BQ2027_MB2815C" + CDS complement(3062542..3063123) + /locus_tag="BQ2027_MB2815C" + /note="Mb2815c, -, len: 193 aa. Equivalent to Rv2792c, + len: 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 193 aa overlap). Possible IS1602 + resolvase, highly similar to many from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O07773|Rv0605|MTCY19H5.17c POSSIBLE + RESOLVASE (202 aa), FASTA scores: opt: 1040, E(): 1.9e-62, + (85.05% identity in 194 aa overlap). Contains PS00397 + Site-specific recombinases active site and possible + helix-turn-helix motif at aa 1-2 (Score 1687, +4.93 SD). + Mb2815c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RESOLVASE" + /protein_id="SIU01433.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y260" + /db_xref="InterPro:IPR006118" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="InterPro:IPR041718" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y260" + /translation="MNLAVWAERNGVARVTVYRWFHAGLLPVPARKAGRLILVDDQPA + DRSRRARTAVYARVSSADQKPDLDRQVARVTAWATAEQIAVDKVVTEVGSALNGHRRK + FLALLRDPSVKRIVVEHRDRFCRFGSEYVEAALAAQGRELVVVDSAEVDDDLVRDMTE + ILTSMCARLYGKRAAQNRAKRALAAAAEESEAA" + gene complement(3063325..3064221) + /gene="truB" + /locus_tag="BQ2027_MB2816C" + CDS complement(3063325..3064221) + /gene="truB" + /locus_tag="BQ2027_MB2816C" + /note="Mb2816c, truB, len: 298 aa. Equivalent to Rv2793c, + len: 298 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 298 aa overlap). Probable truB, tRNA + pseudouridine synthase (EC 4.2.1.70), equivalent to + Q9Z5I4|TRUB_MYCLE|ML1546 OR MLCB596.24 TRNA PSEUDOURIDINE + SYNTHASE B from Mycobacterium leprae (320 aa), FASTA + scores: opt: 1403, E(): 2.9e-83, (74.05% identity in 293 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9Z528|TRUB_STRCO|SC9F2.07c from Streptomyces coelicolor + (301 aa), FASTA scores: opt: 870, E(): 7.6e-49, (50.7% + identity in 296 aa overlap); + P09171|TRUB_ECOLI|P35|B3166|Z4527|ECS4047 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (314 aa), FASTA scores: opt: + 574, E(): 1e-29, (42.5% identity in 214 aa overlap); + Q9PGR1|TRUB_XYLFA|XF0237 from Xylella fastidiosa (302 aa), + FASTA scores: opt: 569, E(): 2.1e-29, (41.05% identity in + 285 aa overlap); etc. BELONGS TO THE TRUB FAMILY OF + PSEUDOURIDINE SYNTHASES. Protein product from Mb2816c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2816c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRNA PSEUDOURIDINE SYNTHASE B TRUB + (TRNA PSEUDOURIDINE 55 SYNTHASE) (PSI55 SYNTHASE) + (PSEUDOURIDYLATE SYNTHASE) (URACIL HYDROLYASE)" + /protein_id="SIU01434.1" + /db_xref="GOA:P62189" + /db_xref="InterPro:IPR002501" + /db_xref="InterPro:IPR014780" + /db_xref="InterPro:IPR015225" + /db_xref="InterPro:IPR015947" + /db_xref="InterPro:IPR020103" + /db_xref="InterPro:IPR032819" + /db_xref="InterPro:IPR036974" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P62189" + /translation="MSATGPGIVVIDKPAGMTSHDVVGRCRRIFATRRVGHAGTLDPM + ATGVLVIGIERATKILGLLTAAPKSYAATIRLGQTTSTEDAEGQVLQSVPAKHLTIEA + IDAAMERLRGEIRQVPSSVSAIKVGGRRAYRLARQGRSVQLEARPIRIDRFELLAARR + RDQLIDIDVEIDCSSGTYIRALARDLGDALGVGGHVTALRRTRVGRFELDQARSLDDL + AERPALSLSLDEACLLMFARRDLTAAEASAAANGRSLPAVGIDGVYAACDADGRVIAL + LRDEGSRTRSVAVLRPATMHPG" + gene complement(3064218..3064901) + /gene="pptt" + /locus_tag="BQ2027_MB2817C" + CDS complement(3064218..3064901) + /gene="pptt" + /locus_tag="BQ2027_MB2817C" + /note="Mb2817c, -, len: 227 aa. Equivalent to Rv2794c, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 227 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9Z5I5|ML1547|MLCB596.23 PUTATIVE + IRON-CHELATING COMPLEX SUBUNIT from Mycobacterium leprae + (227 aa), FASTA scores: opt: 1248, E(): 9.1e-77, (79.75% + identity in 227 aa overlap). Also highly similar to + various proteins e.g. Q9F0Q6|PPTA PHOSPHOPANTETHEINYL + TRANSFERASE from Streptomyces verticillus (246 aa), FASTA + scores: opt: 692, E(): 2.8e-39, (46.65% identity in 225 aa + overlap); O88029|SC5A7.23 HYPOTHETICAL 24.5 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (226 aa), FASTA scores: opt: + 679, E(): 2e-38, (46.9% identity in 226 aa overlap); + O24813 DNA FOR L-PROLINE 3-HYDROXYLASE from Streptomyces + sp. (208 aa), FASTA scores: opt: 631, E(): 3.2e-35, (48.1% + identity in 208 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2817c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2817c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="phosphopantetheinyl transferase pptt + (coa:apo-[acp]pantetheinephosphotransferase) + (coa:apo-[acyl-carrier + protein]pantetheinephosphotransferase)" + /protein_id="SIU01435.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y471" + /db_xref="InterPro:IPR003542" + /db_xref="InterPro:IPR008278" + /db_xref="InterPro:IPR037143" + /db_xref="InterPro:IPR041354" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y471" + /translation="MTVGTLVASVLPATVFEDLAYAELYSDPPGLTPLPEEAPLIARS + VAKRRNEFITVRHCARIALDQLGVPPAPILKGDKGEPCWPDGVVGSLTHCAGYRGAVV + GRRDAVRSVGIDAEPHDVLPNGVLDAISLPAERADMPRTMPAALHWDRILFCAKEATY + KAWFPLTKRWLGFEDAHITFETDSTGWTGRFVSRILIDGSTLSGPPLTTLRGRWSVER + GLVLTAIVL" + gene complement(3064898..3065872) + /locus_tag="BQ2027_MB2818C" + CDS complement(3064898..3065872) + /locus_tag="BQ2027_MB2818C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2818c, -, len: 324 aa. Equivalent to Rv2795c, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 324 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q9Z5I6|ML1548|MLCB596.22 HYPOTHETICAL 37.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (321 aa), FASTA scores: opt: + 2018, E(): 6.3e-128, (87.4% identity in 318 aa overlap). + Also highly similar to O88028|SC5A7.22 HYPOTHETICAL 33.5 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (295 aa), FASTA + scores: opt: 1202, E(): 3.4e-73, (57.2% identity in 285 aa + overlap); and Q9AMH7|SIMX4 SIMX4 PROTEIN from Streptomyces + antibioticus (293 aa), FASTA scores: opt: 1045, E(): + 1.2e-62, (51.4% identity in 286 aa overlap). C-terminus + highly similar to Q9F0Q7 HYPOTHETICAL 9.6 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces verticillus (81 aa), FASTA + scores: opt: 395, E(): 1.8e-19, (68.35% identity in 79 aa + overlap). Also similar to other proteins e.g. Q9FWV7 + HYPOTHETICAL 45.3 KDA PROTEIN from Oryza sativa (Rice) + (402 aa), FASTA scores: opt: 294, E(): 3.6e-12, (26.45% + identity in 340 aa overlap). Protein product from Mb2818c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2818c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metallophosphoesterase, SimX4 hydrolase" + /protein_id="SIU01436.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y311" + /db_xref="InterPro:IPR004843" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y311" + /translation="MTWKGSGQETVGAEPTLWAISDLHTGHLGNKPVAESLYPSSPDD + WLIVAGDVAERTDEIRWSLDLLRRRFAKVIWVPGNHELWTTNRDPMQIFGRARYDYLV + NMCDEMGVVTPEHPFPVWTERGGPATIVPMFLLYDYSFLPEGANSKAEGVAIAKERNV + VATDEFLLSPEPYPTRDAWCHERVAATRARLEQLDWMQPTVLVNHFPLLRQPCDALFY + PEFSLWCGTTKTADWHTRYNAVCSVYGHLHIPRTTWYDGVRFEEVSVGYPREWRRRKP + YSWLRQVLPDPQYAPGYLNDFGGHFVITPEMRTQAAQFRERLRQRQSR" + gene complement(3066017..3066580) + /gene="lppV" + /locus_tag="BQ2027_MB2819C" + CDS complement(3066017..3066580) + /gene="lppV" + /locus_tag="BQ2027_MB2819C" + /note="Mb2819c, lppV, len: 187 aa. Equivalent to Rv2796c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 187 aa overlap). Probable lppV, + conserved lipoprotein, similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + P95009|LPPB|Rv2544|MTCY159.12c PROBABLE CONSERVED + LIPOPROTEIN (220 aa), FASTA scores: opt: 168, E(): + 0.00066, (22.45% identity in 196 aa overlap); and + P95010|LPPA|RV2543|MTCY159.13c PROBABLE CONSERVED + LIPOPROTEIN (219 aa), FASTA scores: opt: 165, E(): 0.001, + (23.1% identity in 199 aa overlap). Protein product from + Mb2819c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2819c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPV" + /protein_id="SIU01437.1" + /db_xref="InterPro:IPR032018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D7" + /translation="MRWPTAWLLALVCVMATGCGPSGHGTRAGEEGPLSPEKVAELEN + PLRAKPPLEDAKDQYRAAVTQLANAITALVPGLTWRTDMDTWTGCGGEYEWTRAKAAY + FMIVFSGPIPDDKWLQAVQIVKDGVEQFGATGFGVMKNKPADHDVYFAGHGGVEFKFS + TQKAAVLTAQSDCRISRTDTPKPSPTP" + gene complement(3066580..3068268) + /locus_tag="BQ2027_MB2820C" + CDS complement(3066580..3068268) + /locus_tag="BQ2027_MB2820C" + /note="Mb2820c, -, len: 562 aa. Equivalent to Rv2797c, + len: 562 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 562 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein. C-terminus highly similar + to several mycobacterial proteins e.g. AAK46927|MT2616 + HYPOTHETICAL 28.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (265 aa), FASTA scores: opt: + 535, E(): 4.6e-22, (42.95% identity in 263 aa overlap); + P95011|Rv2542|MTCY159.14c HYPOTHETICAL 42.4 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (403 aa), FASTA scores: + opt: 537, E(): 5e-22, (40.75% identity in 292 aa overlap) + (similarity in the second half of protein); + P71547|Y963_MYCTU|Rv0963c|MT0992|MTCY10D7.11 HYPOTHETICAL + 28.1 KDA PROTEIN (266 aa), FASTA scores: opt: 314, E(): + 5.7e-10, (39.0% identity in 254 aa overlap); etc. Contains + PS00120 Lipases, serine active site. Mb2820c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="lipid metabolism" + /protein_id="SIU01438.1" + /db_xref="InterPro:IPR010427" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2N0" + /translation="MPLTVADIDRWNAQAVREVFHAASARAEVTFEASRQLAALSIFA + NSGGKTAEAAAHHNAGIRRDLDAHGNEALAVARAADRAADGIVKVQSELAALRHAAAA + AELTIDALINRVVPIPGLRSTEAQWARTLAKQTELQAELDAIMAEANAVDEELASAVN + MADGDAPIPADSGPPVGPEGLTPTQLASDANEERLREERARLQAHLERLQAEYDQLSV + RAARDYHNGILDGDAVGRLAALTDELSAARGRLGELDAVDEALSRAPETYLTQLQIPE + DPNQQVLAAVAVGNPDTAANVSVTVPGVGSTTRGALPGMVTEARDLRSEVIRQLNAAG + KPASVATIAWMGYHPPPNPLDTGSAGDLWQTMTDGQAHAGAADLSRYLQQVRANNPSG + HLTVLGHSYGSLTASLALQDLDAQSAHPVNDVVFYGSPGLELYSPAQLGLDHGHAYVM + QAPHDLITNLVAPLAPLHGWGLDPYLTPGFTELSSQAGFDPGGIWRDGVYAHGDYPRS + FLDAAGQPQLRMSGYNLAAIAAGLPDNTVGPPLLPPILGGGMPAAPGPALRGGR" + gene complement(3068272..3068598) + /locus_tag="BQ2027_MB2821C" + CDS complement(3068272..3068598) + /locus_tag="BQ2027_MB2821C" + /note="Mb2821c, -, len: 108 aa. Equivalent to Rv2798c, + len: 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 108 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, similar to + P71545|Y965_MYCTU|Rv0965c|MT0993|MTCY10D7.09 HYPOTHETICAL + 14.5 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (139 aa), + FASTA scores: opt: 198, E(): 8e-07, (38.9% identity in 90 + aa overlap). Mb2821c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01439.1" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y274" + /translation="MFQISPEQWMHSAAQVTTQGEGLAVGHLSSDYRMQAAQFGWQGA + SAMALNAKMDDWLDASRALLTRIGDHAFGLQEAAIQHAAAEAERAQALAQVGVSADVV + AGPRGV" + gene 3068729..3069361 + /locus_tag="BQ2027_MB2822" + CDS 3068729..3069361 + /locus_tag="BQ2027_MB2822" + /note="Mb2822, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv2799, len: + 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 210 aa overlap). Probable membrane + protein. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a 3 bp insertion (*-ggt) leads to a slightly longer + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (210 aa versus 209 aa). Protein + product from Mb2822 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2822 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01440.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y273" + /db_xref="InterPro:IPR024520" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y273" + /translation="MYTPGKGPPRAGGVVFTRVRLIGGLGALTAAVVVVVGTVGWQGI + PPAPTGGDAVQLRSTAAPMSTTMKSPIVATTDPSPFDPCRDIPFDVIQRLGLAYTPPE + AEEGLRCHFDAGNYQMAVEPIIWRTYAQTLPPDAIETTIAGHRAAQYWVRKPTYHNSF + WYSSCMVTFKTSYGVIQQSLFYSTVYSEPDVDCPSTNLQRANDLVPYYRF" + gene 3069380..3071029 + /locus_tag="BQ2027_MB2823" + CDS 3069380..3071029 + /locus_tag="BQ2027_MB2823" + /note="Mb2823, -, len: 549 aa. Equivalent to Rv2800, len: + 549 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 549 aa overlap). Possible hydrolase + (EC 3.-.-.-), an esterase (EC 3.1.1.-) or an acylase (EC + 3.-.-.-). Similar, but longer in N-terminus, to esterases + or acylases e.g. Q9L9D7|COCE COCAINE ESTERASE from + Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (574 aa), FASTA scores: + opt: 510, E(): 3.1e-23, (33.6% identity in 571 aa + overlap); Q9L3U2|STTE PUTATIVE ACYLASE from Streptomyces + rochei (Streptomyces parvullus) (554 aa), FASTA scores: + opt: 492, E(): 3.7e-22, (34.45% identity in 569 aa + overlap); CAC49652|SMB21424 PUTATIVE ESTERASE OR ACYLASE + PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + plasmid pSymB (578 aa), FASTA scores: opt: 405, E(): + 7.1e-17, (34.45% identity in 569 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2823 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2823 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE" + /protein_id="SIU01441.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y288" + /db_xref="InterPro:IPR000383" + /db_xref="InterPro:IPR005674" + /db_xref="InterPro:IPR008979" + /db_xref="InterPro:IPR013736" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y288" + /translation="MSTTSARPERPKLRALTGRVGGQALGGLLGLPRATTRYTVGHVR + VPMRDGVQLVADHYAPATSQPVGTLLVRGPYGRRFPFSLVFARIYAARGYHVVLQSVR + GTFGSGGVFEPMVNEAADGADTVAWLREQPWFTGRFGTIGLPYLGFTQWALLHDPPPE + LAAAVITVGPHDFRASVWGTGSFTVNDFLGWSDLVSHQEDPGRIRAGIRQLTAPRRVA + RTAATLPLGESARTLLGTGAPWFESWVEHTDRDDPFWDRLRFPAALDRVQVPVLLVGG + WQDIFLRQTLQQYRHLRDRGVHVALTVGPWTHTQMLTKGLATGARESLDWLDAHLGRA + PALRPSPVRVFVTGQGWRHLPDWPPATTERAWYLQPGGRLGESAPASGTPPATFRYHP + ADPTPTTGGPLLSSNGGYRDDSRLATRADVLCFTGAPLTHDLCVHGNPVVELVHSSDN + PYVDVFVRVSEVDAKGRSRNVSDGYRRLGDAPELVRVELDAIAHRFRADSRIRVLIAG + SWFPRYARNLGTPEPILTGRQLKPATHAVHFGRSRLLLPVG" + gene complement(3071131..3071487) + /gene="mazf9" + /locus_tag="BQ2027_MB2824C" + CDS complement(3071131..3071487) + /gene="mazf9" + /locus_tag="BQ2027_MB2824C" + /note="Mb2824c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv2801c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9RWK4|DR0662 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (115 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): 2e-15, + (43.95% identity in 116 aa overlap); and similar to + AAK78474|CAC0494 PEMK FAMILY OF DNA-BINDING PROTEINS from + Clostridium acetobutylicum (122 aa), FASTA scores: opt: + 217, E(): 7.3e-09, (33.35% identity in 117 aa overlap); + P96622|YDCE YDCE PROTEIN from Bacillus subtilis (116 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 3.5e-07, (33.35% identity in + 117 aa overlap); Q9PHH8|XFA0027 PLASMID MAINTENANCE + PROTEIN from Xylella fastidiosa (108 aa), FASTA scores: + opt: 188, E(): 9.1e-07, (40.85% identity in 115 aa + overlap); etc. Also similar to + Q10867|YJ91_MYCTU|Rv1991c|MT2046|MTCY39.28 HYPOTHETICAL + 12.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (114 aa), + FASTA scores: opt: 190, E(): 6.8e-07, (36.75% identity in + 117 aa overlap). Mb2824c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin mazf9" + /protein_id="SIU01442.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y286" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y286" + /translation="MMRRGEIWQVDLDPARGSEANNQRPAVVVSNDRANATATRLGRG + VITVVPVTSNIAKVYPFQVLLSATTTGLQVDCKAQAEQIRSIATERLLRPIGRVSAAE + LAQLDEALKLHLDLWS" + gene complement(3071471..3071701) + /gene="mazE9" + /locus_tag="BQ2027_MB2824A" + CDS complement(3071471..3071701) + /gene="mazE9" + /locus_tag="BQ2027_MB2824A" + /note="Mb2824A, len: 76 aa. Equivalent to Rv2801A len: 76 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 76 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible mazE9, + antitoxin, part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv2801c (See Pandey and Gerdes, 2005; Zhu et al., 2006). + This region is a possible MT-complex-specific genomic + island (See Becq et al.,2007). Mb2824A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin MazE9" + /protein_id="SIU01443.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y280" + /translation="MKLSVSLSDDDVAILDAYVKRAGLPSRSAGLQHAIRVLRYPTLE + DDYANAWQEWSAAGDTDAWEQTVGDGVGDAPR" + gene complement(3071744..3072787) + /locus_tag="BQ2027_MB2825C" + CDS complement(3071744..3072787) + /locus_tag="BQ2027_MB2825C" + /note="Mb2825c, -, len: 347 aa. Equivalent to Rv2802c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Hypothetical unknown + arg-, ala-rich protein. C-terminus shows some similarity + with N-terminal part of hypothetical proteins + Q98K84|MLR1592 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (104 aa), FASTA scores: opt: 138, E(): 0.12, (37.35% + identity in 91 aa overlap); and CAC47718|SMC03294 from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (114 aa), + FASTA scores: opt: 128, E(): 0.53, (31.4% identity in 86 + aa overlap). Equivalent to AAK47191 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (357 aa) but shorter 10 aa. + Protein product from Mb2825c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2825c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL ARGININE AND ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01444.1" + /db_xref="InterPro:IPR018744" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A2" + /translation="MARQPLEQRVARAAQAALARQRFVSAIDVLLGLGWLAPSHVDQW + RQGRVDSLEQVVQANLSKITAVMAALRRWARDRGLNPSETDYVARTRDRRRLRFSVTG + EDAIERAYRTHWVSPELSERAVARQSRRPDLVVIMPVNDWSCASCGGSGDLMFLEDAG + PLCLDCADLGHLVFLPSGDAALTRRAKRASRLSAVVVRWSRARKRYERQGILVEAEAL + ERAENECLADAEVRARRRERDEARRANEDLRLQAEFGAAIRTLFPNCPAGRAEAIARH + AATRGSGRIGRSAAGRALDPEAVRLAVAASVRHIDTSFDELLMSGVDRETARHRVGEH + VEEVLRDWRATSR" + gene 3072786..3073253 + /locus_tag="BQ2027_MB2826" + CDS 3072786..3073253 + /locus_tag="BQ2027_MB2826" + /note="Mb2826, -, len: 155 aa. Equivalent to Rv2803, len: + 155 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 155 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from other organisms, and with some similarity to + C-terminal part of Rv0918|Z95210_12 hypothetical protein + from Mycobacterium tuberculosis (158 aa), FASTA scores: + opt: 204, E(): 9e-07, (42.35% identity in 85 aa overlap). + Replaces original 2803c on other strand. Mb2826 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01445.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y477" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="InterPro:IPR014795" + /db_xref="InterPro:IPR016547" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y477" + /translation="MTCPSLVGLRTEAAELSYSDQPDALGVAMRERREQQNLVRPPRR + NASRRINTDQTSTKYVYITYMPETLTGRLNFRLSPEQEQALRHAAALTGQSLSGFVLS + AAVDHAHDLLARANRIELSEAAFRRFVAALDEPDEAAPELVRLARRKSRIPPH" + gene 3073369..3074775 + /locus_tag="BQ2027_IS1604'" + mobile_element 3073369..3074775 + /locus_tag="BQ2027_IS1604'" + /note="IS1604', len: 1407 nt. Equivalent to IS1604, len: + 1409 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.8% identity in 1409 nt overlap). Possible + defective IS element due to frameshift." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1604" + gene complement(3073429..3074058) + /locus_tag="BQ2027_MB2827C" + CDS complement(3073429..3074058) + /locus_tag="BQ2027_MB2827C" + /note="Mb2827c, -, len: 209 aa. Equivalent to Rv2804c, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 209 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, overlaps neighbouring ORF Rv2805|MTCY16B7.38c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01446.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y322" + /translation="MHDHQVLAARHAHQGPHVLQQRPGFVAEAPRPKATPVDLLGRAR + QPRAGQHLPRRRATHPRGGHHRIQNLAVVPPHHRRQQQRGHSRRSIGSTSPSDDSASY + SQRPRDVADPPVEASTLEGQEAVVTVELGGAVVDGVDDQGAGAVVPGTGHGSDEGIEE + KIATETGALLLPVERQASEDEHWDRVGSGWPRPGRDGTRIRSMLPMASA" + gene 3073831..3074235 + /locus_tag="BQ2027_MB2828" + CDS 3073831..3074235 + /locus_tag="BQ2027_MB2828" + /note="Mb2828, -, len: 134 aa. Equivalent to Rv2805, len: + 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 134 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to N-terminal region of downstream + ORF P71644|Rv2807|MTCY16B7.36c CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (384 aa), FASTA + scores: opt: 525, E(): 6.4e-29, (78.2% identity in 101 aa + overlap). Also highly similar to N-terminus of other + proteins: Q9KK74 HYPOTHETICAL 47.4 KDA PROTEIN from + Brevibacterium linens (418 aa), FASTA scores: opt: 480, + E(): 8.8e-26, (64.15% identity in 106 aa overlap); + AAK40065 Rv3128c-LIKE PROTEIN from Mycobacterium celatum + (423 aa), FASTA scores: opt: 218, E(): 1.2e-07, (46.05% + identity in 89 aa overlap); Q981U5|MLR9230 from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (504 aa), FASTA scores: opt: + 131, E(): 0.15, (29.4% identity in 126 aa overlap). + Overlaps neighbouring ORF Rv2804c|MTCY16B7.39. Mb2828 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mobile element protein" + /protein_id="SIU01447.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E9" + /translation="MGRDNGKILDPVVATTGMGRSTARQMLTGPRLPGPAEQVDGRSL + RPRGFSDEARALLEHVWALMGMPCGKYLVVMHDLWLPLLTAAGDLDKPLVTEASVAEL + KATALPGANRMPHWAAGTLPDGFPARAVRTRT" + gene 3074232..3074423 + /locus_tag="BQ2027_MB2829" + CDS 3074232..3074423 + /locus_tag="BQ2027_MB2829" + /note="Mb2829, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv2806, len: + 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Possible membrane + protein, sharing no homology. Mb2829 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01448.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2P0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2P0" + /translation="MKTNPRYGPAFYSVMTVLFLALFVLNVCTHGSTLGLISTGGLAV + LMGYIGYRGWSGKRHINRQ" + gene 3074622..3075776 + /locus_tag="BQ2027_MB2830" + CDS 3074622..3075776 + /locus_tag="BQ2027_MB2830" + /note="Mb2830, -, len: 384 aa. Equivalent to Rv2807, len: + 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 384 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar, but shorter 35 aa, to Q9KK74 + HYPOTHETICAL 47.4 KDA PROTEIN from Brevibacterium linens + (418 aa), FASTA scores: opt: 1865, E(): 9.4e-116, (69.75% + identity in 380 aa overlap); and with similarity with + other hypothetical proteins or transposases e.g. + Q981U5|MLR9230 PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (504 aa), FASTA scores: opt: 636, (36.05% identity + in 377 aa overlap); CAC47689 PUTATIVE TRANSPOSASE FOR + INSERTION SEQUENCE ISRM18 from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (507 aa), FASTA scores: opt: 553, + E(): 6.6e-29, (33.5% identity in 370 aa overlap); etc. + Also similar to Rv3128c|MTCY164.38c (336 aa) (47.2% + identity in 339 aa overlap); and high similarity at + N-terminal region with Rv2805|MTCY16B7.38c (79.2% identity + in 101 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mobile element protein" + /protein_id="SIU01449.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y284" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y284" + /translation="MVSTTGMGRSTARRMLTGPGLPEPAEQVDGRRLRARGFSDDARA + LLEHVWALMGMPCGKYLVVMLELWLPLVAAAGDLDKPFATEAAVAELKAMSAATVDRY + LKPARERMRIKGISTTKPSPLLRNSITIHTCSDEAPKVPGVIEADTVAHCGPSLIGEF + ARTLTMTDLVTGWTENASIRNNAAKWILEGIKECQQRFPFPMTVFDSDCGGEFINHDV + AGWLQARDIAQTRSRPYQKNDQAHVESKNNHVVRKHAFYWRYDTGEELELLNRLWPLV + SLRCNFFTPTKKPVGYTSTVNGRRKRIYDKPATPWQRLQASGVLDAQQLSTVAARIEG + FNPADLTRQINAIQMQLLDLAKTKTEALATARHIDLQSLQPSINRLAKAK" + gene 3076010..3076267 + /locus_tag="BQ2027_MB2831" + CDS 3076010..3076267 + /locus_tag="BQ2027_MB2831" + /note="Mb2831, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv2808, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb2831 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01450.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y283" + /translation="MSNVLDAISTEHRPVIEQELENRNPALFDELRRTEKPTNEQSDA + VIDVLSDALMKTFGPDWVPNDYGLKIERAIDAYLETWPIYR" + gene 3076372..3076683 + /locus_tag="BQ2027_MB2832" + CDS 3076372..3076683 + /locus_tag="BQ2027_MB2832" + /note="Mb2832, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv2809, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 103 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Questionable ORF. Mb2832 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01451.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A6" + /translation="MTYAARDDTTLPKLLAQMRWVVLVDKRQLAVLLLENEGPVASAT + DPLDTRGDSDYENQPVDAVERLCRRLADQAVRQWGFMQGLKQKLGPGVDVRMKLVEWN + R" + gene complement(3076705..3077103) + /locus_tag="BQ2027_MB2833C" + CDS complement(3076705..3077103) + /locus_tag="BQ2027_MB2833C" + /note="Mb2833c, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv2810c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 132 aa overlap). Probable transposase + for IS1555, similar to C-terminal domain of transposases + for defective IS1555 e.g. Q9LCS0|TNPA TRANSPOSASE from + Arthrobacter sp. TM1 (435 aa), FASTA scores: opt: 294, + E(): 1.8e-13, (55.1% identity in 98 aa overlap); + Q50440|TNPA INSERTION ELEMENT TNPR AND TNPA GENE from + Mycobacterium smegmatis (413 aa), FASTA scores: opt: 274, + E(): 4.7e-12, (56.25% identity in 96 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01452.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y291" + /translation="MRLQAHTGGPPVALRQETTGGPSPTNDLITEPPRHYKQQTRVRQ + APALLTVSAGTGVPVVLEELAKLGRTLWRCRHDVLAYFDHHASNGPTEAINGRLEALC + RNALGFRNLTHYRIRSLLHCGNLAQLIHAL" + gene complement(3076708..3077106) + /locus_tag="BQ2027_IS1555'" + mobile_element complement(3076708..3077106) + /locus_tag="BQ2027_IS1555'" + /note="IS1555', len: 399 nt. Equivalent to IS1555, len: + 399 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 399 nt overlap). Probable + defective IS element." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1555" + gene 3077103..3077711 + /locus_tag="BQ2027_MB2834" + CDS 3077103..3077711 + /locus_tag="BQ2027_MB2834" + /note="Mb2834, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv2811, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. C-terminus equivalent to C-terminus + of AAK47198|MT2878 HYPOTHETICAL 17.7 KDA PROTEIN + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (178 aa), FASTA + scores: opt: 609, E(): 1.5e-32, (61.0% identity in 182 aa + overlap); and C-terminus highly similar to + P72038|Rv3771c|MTCY13D12.05c HYPOTHETICAL 11.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (108 aa), FASTA scores: + opt: 465, E(): 2.8e-23, (73.6% identity in 106 aa + overlap). Also some similarity with + P71962|Rv2665|MTCY441.34 HYPOTHETICAL 10.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (93 aa), FASTA scores: + opt: 153, E(): 0.0057, (39.05% identity in 64 aa overlap); + and Q9A6W6|CC1966 HYPOTHETICAL PROTEIN CC1966 from + Caulobacter crescentus (189 aa), FASTA scores: opt: 115, + E(): 2.6, (39.4% identity in 104 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01453.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y292" + /translation="MVTVEADVDQVERRLAAGELSCPSCGGVLAGWGRARSRQLRGPA + GPVELCPRRSRCTGCGVTHVLLPVSALLRRADTAAVIVSALAAKATSRVGFRRIATDV + ARPAETVRGWLRRFAERVEAVRSVFTVWLCAVDADPVMPDAGGGGFVDAVVAIGALAA + AIGRRFSLPTVSLAETAVAVSGGRLLAPGWPGEWVQHESTLP" + gene 3077781..3079187 + /locus_tag="BQ2027_IS1604'" + gene 3077782..3078462 + /locus_tag="BQ2027_MB2835" + CDS 3077782..3078462 + /locus_tag="BQ2027_MB2835" + /note="Mb2835, -, len: 226 aa. Similar to 5' end of + Rv2812, len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (92.4% identity in 224 aa overlap). Putative + transposase for IS1604, similar to putative transposases + and hypothetical proteins e.g. Q9EZM2|PUTATIVE TRANSPOSASE + from Mycobacterium paratuberculosis (395 aa), FASTA + scores: opt: 329, E(): 3e-13, (27.05% identity in 362 aa + overlap); CAC46499 PUTATIVE TRANSPOSASE PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (390 aa), + FASTA scores: opt: 327, E(): 3.9e-13, (30.5% identity in + 367 aa overlap); etc. Contains possible helix-turn-helix + motif at aa 50-71 (Score 1140, +3.07 SD). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2812 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + deletion (tg-*) splits Rv2812 into 2 parts, Mb2835 and + Mb2836." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01454.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B1" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B1" + /translation="MAVGDDEEKVRAERARAIGLFRYQLIWEAADAAHSTKQRGKMVR + ELASREHTDPFGRRVRISRQTIDRWIRGWRAGGFDALVPNPRQCTPRTPAEVLELAVA + LRRENPQRTAAAIRRILRTQLGWAPDERTLQRNFHRLGLTGATTGSAPAVFGRFEAEH + PNALWTGDVLHGIRIDLRKTYLFAFLDDHSRLVPGYRGPCRGHGAAGRRTAPGAGLPR + RAQRGVCR" + gene 3078476..3079189 + /locus_tag="BQ2027_MB2836" + CDS 3078476..3079189 + /locus_tag="BQ2027_MB2836" + /note="Mb2836, -, len: 265 aa. Equivalent to 3' end of + Rv2812, len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.623% identity in 265 aa overlap). + Putative transposase for IS1604, similar to putative + transposases and hypothetical proteins e.g. + Q9EZM2|PUTATIVE TRANSPOSASE from Mycobacterium + paratuberculosis (395 aa), FASTA scores: opt: 329, E(): + 3e-13, (27.05% identity in 362 aa overlap); CAC46499 + PUTATIVE TRANSPOSASE PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (390 aa), FASTA scores: opt: 327, + E(): 3.9e-13, (30.5% identity in 367 aa overlap); etc. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 50-71 + (Score 1140, +3.07 SD). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv2812 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a 2 bp deletion (tg-*) splits Rv2812 into 2 parts, Mb2835 + and Mb2836." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01455.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y486" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR015378" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y486" + /translation="MDAWLLRACAKLGVRLVHSTPGRPQGRGKIERFFRTVREQFLVE + ITGEPDVVGRHYVADLAELNRLFTAWVETVYHRSVHSETGQTPLARWSAGGPIPLPAP + ETLTEAFLWEEHRRVTKTATVSLHGNRYEIDPALVGRKVELVFDPFDLTRIEVRLAGA + PMGRAIPYHIGRHSHPKAKPETPTAPPKPSGIDYAQLIETAHAAELARGVNYTALTGA + ADQIPGQLDLLTGQEAQPK" + gene 3079186..3079998 + /locus_tag="BQ2027_MB2837" + CDS 3079186..3079998 + /locus_tag="BQ2027_MB2837" + /note="Mb2837, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv2813, len: + 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 270 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to various proteins (notably secreted + proteins) e.g. Q9ZFL2 HYPOTHETICAL 30.4 KDA PROTEIN from + Bacillus stearothermophilus (266 aa), FASTA scores: opt: + 518, E(): 1.4e-26, (33.85% identity in 266 aa overlap); + P45754|GSPA_AERHY|EXEA GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN + from Aeromonas hydrophila (547 aa), FASTA scores: opt: + 386, E(): 1.1e-17, (32.05% identity in 265 aa overlap); + Q9KPC7|VC2445 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN A from + Vibrio cholerae (529 aa), FASTA scores: opt: 366, E(): + 2.2e-16, (31.1% identity in 270 aa overlap); Q56674|VC0403 + MANNOSE-SENSITIVE HEMAGGLUTININ D from Vibrio cholerae + (281 aa), FASTA scores: opt: 317, E(): 2.1e-13, (27.85% + identity in 262 aa overlap); etc. Also highly similar to + AAK40072 Rv2813-LIKE PROTEIN from Mycobacterium celatum + (270 aa), FASTA scores: opt: 1628, E(): 2.8e-99, (90.75% + identity in 270 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Type II secretory pathway, component ExeA" + /protein_id="SIU01456.1" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y331" + /translation="MMHKLISYYGFSRMPFGRDLAPGMLHRHSAHNEAVARIGWCIAD + RRIGVITGEVGAGKTVAVRAALASLDRSRHTVIYLPDPTVGVQGIHHRIVASLGGQPL + THHATLAPQAADALAAEQAERGRTPVVVVEEAHLLGYDQLEALRLLTNHDLDSSSPFA + CLLIGQPTLRRRMKLGVLAALDQRIGLRYAMPPMTDTNTGSYLRHHLKLAGRDDALFS + DDAIGLIHQTSRGYPRAVNNLALQALVAAFAADKAIVDESTTRTAIAEVTAD" + repeat_region complement(3080147..3084550) + /note="4404 bp DR, direct repeat region composed of 42 + repeat_units of 36 bases pairs, one of them has been + interrupted by the insertion of an IS6110 elements." + /rpt_type=DIRECT + repeat_region complement(3080147..3080182) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080218..3080253) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080291..3080326) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080365..3080400) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080444..3080479) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080521..3080556) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080595..3080630) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080669..3080704) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080742..3080777) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080816..3080851) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080887..3080922) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3080960..3080995) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081033..3081068) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081105..3081140) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081177..3081212) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081251..3081286) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081325..3081360) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3081396..3081415) + /note="3' part direct repeat, CCCCGAGAGGGGACGGAAAC, of + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region 3081413..3081415 + /note="3 bp direct repeat, GGG, flanking IS element + IS6110." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(3081416..3082770) + /locus_tag="BQ2027_IS6110" + mobile_element complement(3081416..3082770) + /locus_tag="BQ2027_IS6110" + /note="IS6110, len: 1355 nt. Equivalent to IS6110, len: + 1355 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1355 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS6110" + repeat_region 3081416..3081443 + /note="28 bp perfect inverted repeat, + IRR,TGAACCGCCCCGGCAATGTCCGGAGACTC, flanking IS element + IS6110." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(3081458..3082294) + /locus_tag="BQ2027_MB2838C" + CDS complement(3081458..3082294) + /locus_tag="BQ2027_MB2838C" + /note="Mb2838c, -, len: 278 aa. Equivalent to Rv2814c, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 278 aa overlap). Probable transposase, + highly similar to others e.g. P97137|Rv0796|MTV042.06 + PUTATIVE TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE ELEMENT + IS986/IS6110 from Mycobacterium tuberculosis (328 aa), + FASTA scores: opt: 2103, E(): 6.1e-132, (100.0% identity + in 312 aa overlap); etc. Start unlikely." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01457.1" + /db_xref="GOA:P59800" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR025948" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="InterPro:IPR038965" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59800" + /translation="MPIAPSTYYDHINREPSRRELRDGELKEHISRVHAANYGVYGAR + KVWLTLNREGIEVARCTVERLMTKLGLSGTTRGKARRTTIADPATARPADLVQRRFGP + PAPNRLWVADLTYVSTWAGFAYVAFVTDAYARRILGWRVASTMATSMVLDAIEQAIWT + RQQEGVLDLKDVIHHTDRGSQYTSIRFSERLAEAGIQPSVGAVGSSYDNALAETINGL + YKTELIKPGKPWRSIEDVELATARWVDWFNHRRLYQYCGDVPPVELEAAYYAQRQRPA + AG" + gene complement(3082393..3082719) + /locus_tag="BQ2027_MB2839C" + CDS complement(3082393..3082719) + /locus_tag="BQ2027_MB2839C" + /note="Mb2839c, -, len: 108 aa. Equivalent to Rv2815c, + len: 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 108 aa overlap). Probable transposase, + identical from aa 51 with P19772|YIA2_MYCTU PUTATIVE + TRANSPOSASE (INSERTION ELEMENT IS986) from Mycobacterium + tuberculosis (59 aa), FASTA scores: opt: 365, E(): + 1.1e-19, (96.6% identity in 59 aa overlap); and other + transposases." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01458.1" + /db_xref="GOA:P59801" + /db_xref="InterPro:IPR002514" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59801" + /translation="MSGGSSRRYPPELRERAVRMVAEIRGQHDSEWAAISEVARLLGV + GCAETVRKWVRQAQVDAGARPGTTTEESAELKRLRRDNAELRRANAILKTASAFFAAE + LDRPAR" + repeat_region complement(3082743..3082770) + /locus_tag="BQ2027_IS6110" + /note="28 bp perfect inverted repeat, + IRL,TGAACCGCCCCGGCAATGTCCGGAGACTC, flanking IS element + IS6110." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 3082771..3082773 + /note="3 bp direct repeat, GGG, flanking IS element + IS6110." + /rpt_type=DIRECT + repeat_region complement(3082774..3082789) + /note="5' part direct repeat, GTCGTCAGACCCAAAA, of + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3082830..3082865) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3082905..3082940) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3082978..3083013) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083054..3083089) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083131..3083166) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083203..3083238) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083275..3083310) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083348..3083383) + /note="direct repeat, 32 out of 36 bp identical to + sequence CGGATCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083409..3083444) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083486..3083521) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083558..3083593) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083633..3083668) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083707..3083742) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083781..3083816) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083852..3083887) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3083927..3083962) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084001..3084036) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084076..3084111) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084148..3084183) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084219..3084254) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084292..3084327) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084364..3084399) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084441..3084476) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + repeat_region complement(3084515..3084550) + /note="direct repeat, 36 out of 36 bp identical to + sequence GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC" + gene complement(3084599..3084940) + /gene="cas2" + /locus_tag="BQ2027_MB2840C" + CDS complement(3084599..3084940) + /gene="cas2" + /locus_tag="BQ2027_MB2840C" + /note="Mb2840c, -, len: 113 aa. Equivalent to Rv2816c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 113 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar in part to N-terminus + of several proteins e.g. O28403|AF1876 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus (94 aa), + FASTA scores: opt: 137, E(): 0.0022, (47.55% identity in + 61 aa overlap); Q97Y85|SSO8090 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Sulfolobus solfataricus (88 aa), FASTA scores: opt: 124, + E(): 0.02, (37.3% identity in 59 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein Cas2" + /protein_id="SIU01459.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y289" + /db_xref="InterPro:IPR019199" + /db_xref="InterPro:IPR021127" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y289" + /translation="MPTRSREEYFNLPLKVDESSGTIGKMFVLVIYDISDNRRRASLA + KILAGFGYRVQESAFEAMLTKGQLAKLVARIDRFAIDCDNIRIYKIRGVAAVTFYGRG + RLVSAEEFVFF" + gene complement(3084941..3085957) + /gene="cas1" + /locus_tag="BQ2027_MB2841C" + CDS complement(3084941..3085957) + /gene="cas1" + /locus_tag="BQ2027_MB2841C" + /note="Mb2841c, -, len: 338 aa. Equivalent to Rv2817c, + len: 338 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 338 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with + O30236|AF2435 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Archaeoglobus fulgidus (322 aa), FASTA scores: opt: 397, + E(): 2.4e-19, (28.2% identity in 298 aa overlap); + Q9KFX9|BH0341 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + halodurans (343 aa), FASTA scores: opt: 337, E(): 2.8e-15, + (27.35% identity in 300 aa overlap); Q9X2B7|TM1797 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermotoga maritima + (319 aa), FASTA scores: opt: 321, E(): 3.3e-14, (26.5% + identity in 268 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2841c detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein Cas1" + /protein_id="SIU01460.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y290" + /db_xref="InterPro:IPR002729" + /db_xref="InterPro:IPR042206" + /db_xref="InterPro:IPR042211" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y290" + /translation="MVQLYVSDSVSRISFADGRVIVWSEELGESQYPIETLDGITLFG + RPTMTTPFIVEMLKRERDIQLFTTDGHYQGRISTPDVSYAPRLRQQVHRTDDPAFCLS + LSKRIVSRKILNQQALIRAHTSGQDVAESIRTMKHSLAWVDRSGSLAELNGFEGNAAK + AYFTALGHLVPQEFAFQGRSTRPPLDAFNSMVSLGYSLLYKNIIGAIERHSLNAYIGF + LHQDSRGHATLASDLMEVWRAPIIDDTVLRLIADGVVDTRAFSKNSDTGAVFATREAT + RSIARAFGNRIARTATYIKGDPHRYTFQYALDLQLQSLVRVIEAGHPSRLVDIDITSE + PSGA" + gene complement(3086207..3087118) + /gene="csm6" + /locus_tag="BQ2027_MB2842C" + CDS complement(3086207..3087118) + /gene="csm6" + /locus_tag="BQ2027_MB2842C" + /note="Mb2842c, -, len: 303 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2818c, len: 382 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 303 aa overlap). + Hypothetical unknown protein, equivalent to AAK47210 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (430 aa) but + shorter 48 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base transition (c-t) + introduces a premature stop codon that leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (303 aa versus 382 aa). Protein + product from Mb2842c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2842c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein Csm6" + /protein_id="SIU01461.1" + /db_xref="InterPro:IPR013489" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B3" + /translation="MLFLSAEIAAFENADRRYSAAITRLAPETDVRIVTYTNPSVHRF + DLFVPVFRNHLVELSAEFPDRTILLNTSSGTPAMQAALVAINVFGIPRTTAVQVSTPA + RALSKPGDRESPDAYDLELMWDANDDNQPGAPNRCFEATSAALGALLERANLKQLIVS + YDYSAAVTIAADSRLPDQVSNLIRGAMHRSRLEHLVAPKFFKDTAFTYDPANKVAEYI + SALALLAKREQWAEFARSATPAITIVLRAAVAKHLPEDRYLDDMGRVDRRKLEREPEI + RCALKHPPKSPNAEWYLYTKDWLALLR" + gene complement(3087214..3088341) + /gene="csm5" + /locus_tag="BQ2027_MB2843C" + CDS complement(3087214..3088341) + /gene="csm5" + /locus_tag="BQ2027_MB2843C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2843c, -, len: 375 aa. Equivalent to Rv2819c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 375 aa overlap). Hypothetical unknown + protein (see citations below). Mb2843c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein, Csm5 family" + /protein_id="SIU01462.1" + /db_xref="InterPro:IPR005537" + /db_xref="InterPro:IPR010173" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A4" + /translation="MNTYLKPFELTLRCLGPVFIGSGEKRTSKEYHVEGDRVYFPDME + LLYADIPAHKRKSFEAFVMNTDGAQATAPLKEWVEPNAVKLDPAKHRGYEVKIGSIEP + RRASRGRGGRMTRKKLTLNEIHAFIKDPLGRPYVPGSTVKGMLRSIYLQSLVHKRTAQ + PVRVPGHQTREHRQYGERFERKELRKSGRPNTRPQDAVNDLFQAIRVTDSPALRTSDL + LICQKMDMNVHGKPDGLPLFRECLAPGTSISHRVVVDTSPTARGGWREGERFLETLAE + TAASVNQARYAEYRAMYPGVNAIVGPIVYLGGGAGYRSKTFVTDQDDMAKVLDAQFGK + VVKHVDKTRELRVSPLVLKRTKIDNICYEMGQCELSIRRAE" + gene complement(3088338..3089246) + /gene="csm4" + /locus_tag="BQ2027_MB2844C" + CDS complement(3088338..3089246) + /gene="csm4" + /locus_tag="BQ2027_MB2844C" + /note="Mb2844c, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv2820c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated RAMP protein, Csm4 family" + /protein_id="SIU01463.1" + /db_xref="InterPro:IPR005510" + /db_xref="InterPro:IPR040932" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A0" + /translation="MNSRLFRFDFDRTHFGDHGLESSTISCPADTLYSALCVEALRMG + GQQLLGELVACSTLRLTDLLPYVGPDYLVPKPLHSVRSDGSSMQKKLAKKIGFLPAAQ + LGSFLDGTADLKELAARQTKIGVHAVSAKAAIHNGKKDADPYRVGYFRFELDAGLWLL + ATGSESELGLLTRLLKGISALGGERTSGFGAFNLTESEAPAALTPTVDAASLMTLTTS + LPTDDELEAALAGATYRLVKRSGFVASSTYADMPLRKRDIYKFAAGSVFSRPFQGGIL + DVSLGGNHPVYSYARPLFLALPESAA" + gene complement(3089227..3089937) + /gene="csm3" + /locus_tag="BQ2027_MB2845C" + CDS complement(3089227..3089937) + /gene="csm3" + /locus_tag="BQ2027_MB2845C" + /note="Mb2845c, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv2821c, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + proteins e.g. Q9X2C9|TM1809 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Thermotoga maritima (247 aa), FASTA scores: opt: 318, + E(): 8.2e-15, (39.45% identity in 213 aa overlap); + O27152|MTH1080 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Methanothermobacter thermautotrophicus (245 aa), FASTA + scores: opt: 294, E(): 3.9e-13, (34.8% identity in 224 aa + overlap); BAB59251|TVG0114661 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Thermoplasma volcanium (229 aa), FASTA scores: opt: 252, + E(): 3.3e-10, (33.8% identity in 225 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2845c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated RAMP Csm3" + /protein_id="SIU01464.1" + /db_xref="InterPro:IPR005537" + /db_xref="InterPro:IPR013412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C4" + /translation="MTTSYAKIEITGTLTVLTGLQIGAGDGFSAIGAVDKPVVRDPLS + RLPMIPGTSLKGKVRTLLSRQYGADTETFYRKPNEDHAHIRRLFGDTEEYMTGRLVFR + DTKLTNKDDLEARGAKTLTEVKFENAINRVTAKANLRQMERVIPGSEFAFSLVYEVSF + GTPGEEQKASLPSSDEIIEDFNAIARGLKLLELDYLGGSGTRGYGQVKFSNLKARAAV + GALDGSLLEKLNHELAAV" + gene complement(3089947..3090321) + /gene="csm2" + /locus_tag="BQ2027_MB2846C" + CDS complement(3089947..3090321) + /gene="csm2" + /locus_tag="BQ2027_MB2846C" + /note="Mb2846c, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv2822c, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein, Csm2 family" + /protein_id="SIU01465.1" + /db_xref="InterPro:IPR010149" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y492" + /translation="MSVIQDDYVKQAEVIRGLPKKKNGFELTTTQLRVLLSLTAQLFD + EAQQSANPTLPRQLKEKVQYLRVRFVYQSGREDAVKTFVRNAKLLEALEGIGDSRDGL + LRFCRYMEALAAYKKYLDPKDK" + gene complement(3090318..3092756) + /gene="cas10" + /locus_tag="BQ2027_MB2847C" + CDS complement(3090318..3092756) + /gene="cas10" + /locus_tag="BQ2027_MB2847C" + /note="Mb2847c, -, len: 812 aa. Equivalent to Rv2823c, + len: 809 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 812 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to others e.g. + Q9X2D1|TM1811Thermotoga maritima (717 aa), FASTA scores: + opt: 401, E(): 3.6e-18, (27.15% identity in 773 aa + overlap); O27154|MTH1082 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Methanothermobacter thermautotrophicus (822 aa), + FASTA scores: opt: 306, E(): 6e-12, (25.55% identity in + 872 aa overlap); Q59066|MJ1672 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Methanococcus jannaschii (800 aa), FASTA scores: opt: 302, + E(): 1.1e-11, (24.9% identity in 812 aa overlap); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a 9 + bp insertion (*-cggcgatgt) leads to a longer product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated protein, Csm1 family" + /protein_id="SIU01466.1" + /db_xref="InterPro:IPR000160" + /db_xref="InterPro:IPR003607" + /db_xref="InterPro:IPR013408" + /db_xref="InterPro:IPR041062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y339" + /translation="MNPQLIEAIIGCLLHDIGKPVQRAALGYPGRHSAIGRAFMKKVW + LRDSRNPSQFTDEVDEADIGVSDRRILDAISYHHSSALRTAAENGRLAADAPAYIAYI + ADNIAAGTDRRKADSDDGHGASTWDPDTPLYSMFNRFGSGTANLAFAPEMLDDRKPIN + IPSPRRIEFDKDRYAAIVNKLKAILVDLERSDTYLASLLNVLEATLSFVPSSTDASEV + VDVSLFDHLKLTGALGACIWHYLQATGQSDFKSALFDKQDTFYNEKAFLLTTFDVSGI + QDFIYTIHSSGAAKMLRARSFYLEMLTEHLIDELLARVGLSRANLNYSGGGHAYLLLP + NTESARKSVEQFEREANDWLLENFATRLFIATGSVPLAANDLMRRPNESASQASNRAL + RYSGLYRELSEQLSAKKLARYSADQLRELNSRDHDGQKGDRECSVCHTVNRTVSADDE + PKCSLCQALTAASSQIQSESRRFLLISDGATKGLPLPFGATLTFCSRADADKALQQPQ + TRRRYAKNKFFAGECLGTGLWVGDYVAQMEFGDYVKRASGIARLGVLRLDVDNLGQAF + THGFMEQGNGKFNTISRTAAFSRMLSLFFRQHINYVLARPKLRPITGDDPARPREATI + IYSGGDDVFVVGAWDDVIEFGIELRERFHEFTQGKLTVSAGIGMFPDKYPISVMAREV + GDLEDAAKSLPGKNGVALFDREFTFGWDELLSKVIEEKYRHIADYFSGNEERGMAFIY + KLLELLAERDDRITKARWVYFLTRMRNPTGDTAPFQQFANRLHQWFQDPTDAKQLKTA + LHLYIYRTRKEESE" + gene complement(3092753..3093697) + /gene="cas6" + /locus_tag="BQ2027_MB2848C" + CDS complement(3092753..3093697) + /gene="cas6" + /locus_tag="BQ2027_MB2848C" + /note="Mb2848c, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv2824c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 314 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2848c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2848c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CRISPR-associated endoribonuclease Cas6" + /protein_id="SIU01467.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2H0" + /db_xref="InterPro:IPR010156" + /db_xref="InterPro:IPR019267" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H0" + /translation="MAARRGGIRRTDLLRRSGQPRGRHRASAAESGLTWISPTLILVG + FSHRGDRRMTEPLSRLTLTLEVDAPLERARVATLGPHLHGVLMESIPADYVQTLHTVP + VNPYSQYALARSTTSLEWKISTLTNEARQQIVGPINDAAFAGFRLRASGIATQVTSRS + LEQNPLSQFARIFYARPETRKFRVEFLTPTAFKQSGEYVFWPDPRLVFQSLAQKYGAI + VDGEEPDPGLIAEFGQSVRLSAFRVASAPFAVGAARVPGFTGSATFTVRGVDTFASYI + AALLWFGEFSGCGIKASMGMGAIRVQPLAPREKCVPKP" + gene complement(3093875..3094522) + /locus_tag="BQ2027_MB2849C" + CDS complement(3093875..3094522) + /locus_tag="BQ2027_MB2849C" + /note="Mb2849c, -, len: 215 aa. Equivalent to Rv2825c, + len: 215 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (97.7% identity in 215 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9RY53|DR0097 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (189 aa), FASTA + scores: opt: 261, E(): 8e-11, (33.5% identity in 176 aa + overlap); and shows some similarity with N-terminus of + O27278|MTH1210 MRR RESTRICTION SYSTEM RELATED PROTEIN from + Methanothermobacter thermautotrophicus (340 aa), FASTA + scores: opt: 133, E(): 0.091, (28.55% identity in 112 aa + overlap). Equivalent to AAK47217 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (246 aa) but shorter 31 aa; + and equivalent to upstream ORF P71624|Rv2828c|MTCY16B7.14 + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (alias + AAK47221 from strain CDC1551) (181 aa), FASTA scores: opt: + 1169, E(): 8.5e-74, (98.35% identity in 181 aa overlap). + Mb2849c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01468.1" + /db_xref="InterPro:IPR008307" + /db_xref="InterPro:IPR014923" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Q8" + /translation="MELPGAKRLGDDRRPLGTLRCWRHSDIGPARGIVVTPALKEWSA + AVHALLDGRQTVLLRKGGIGEKRFEVAAHEFLLFPTVAHSHAERVRPEHRDLLGPAAA + DSTDECVLLRAAAKVVAALPVNRPEGLDAIEDLHIWTAESVRADRLDFRPKHKLAVLV + VCAIPLAEPVRLARRPEYGGCTSWVQLPLTPQLAEPVHDEAALAEVAARVREAVG" + gene complement(3094692..3095576) + /locus_tag="BQ2027_MB2850C" + CDS complement(3094692..3095576) + /locus_tag="BQ2027_MB2850C" + /note="Mb2850c, -, len: 294 aa. Equivalent to Rv2826c, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 294 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb2850c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2850c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01469.1" + /db_xref="InterPro:IPR014942" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A1" + /translation="MAGLTRALVARHALGRAEAYDAALLDVAQDHLLYLLSQTVQFGD + NRLVFKGGTSLRKCRLGNVGRFSTDLDFSAPDDEVVLEVCELIDGARVGGFEFGVQST + RGDGRHWQLRVRHTELGEPRIVASVEFARRPLALPSELLAFIQLPIHKAYGFGLPTLP + VVAEAEACAEKLARYRRVALARDLYDLNHFASRTIDEPLVRRLWVLKVWGDVVDDRRG + TRPLRVEDVLAARSEHDFQPDSIGVLTRPVAMAAWEARVRKRFAFLTDLDADEQRWAA + CDERHRREVENALAVLRS" + gene complement(3095579..3096466) + /locus_tag="BQ2027_MB2851C" + CDS complement(3095579..3096466) + /locus_tag="BQ2027_MB2851C" + /note="Mb2851c, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv2827c, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK47219 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (315 aa) but shorter 20 aa. + Protein product from Mb2851c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2851c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01470.1" + /db_xref="InterPro:IPR018547" + /db_xref="InterPro:IPR025159" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y299" + /translation="MVSPAGADRRIPTWASRVVSGLARDRPVVVTKEDLTQRLTEAGC + GRDPDSAIRELRRIGWLVQLPVKGTWAFIPPGEAAISDPYLPLRSWLARDQNAGFMLA + GASAAWHLGYLDRQPDGRIPIWLPPAKRLPDGLASYVSVVRIPWNAADTALLAPRPAL + LVRRRLDLVAWATGLPALGPEALLVQIATRPASFGPWADLVPHLDDLVADCSDERLER + LLSGRPTSAWQRASYLLDSGGEPARGQALLAKRHTEVMPVTRFTTAHSRDRGESVWAP + EYQLVDELVVPLLRVIGKA" + gene complement(3096771..3097316) + /locus_tag="BQ2027_MB2852C" + CDS complement(3096771..3097316) + /locus_tag="BQ2027_MB2852C" + /note="Mb2852c, -, len: 181 aa. Equivalent to Rv2828c, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 181 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9RY53|DR0097 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (189 aa), FASTA + scores: opt: 267, E(): 1.9e-11, (34.1% identity in 176 aa + overlap); and shows some similarity with N-terminus of + O27278|MTH1210 MRR RESTRICTION SYSTEM RELATED PROTEIN from + Methanothermobacter thermautotrophicus (340 aa), FASTA + scores: opt: 133, E(): 0.07, (28.55% identity in 112 aa + overlap). Also equivalent to downstream ORF + P71627|Rv2825c|MTCY16B7.17 from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (alias AAK47217 from strain CDC1551, 246 aa) + (215 aa), FASTA scores: opt: 1173, E(): 8.3e-75, (98.9% + identity in 181 aa overlap). Mb2852c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01471.1" + /db_xref="InterPro:IPR008307" + /db_xref="InterPro:IPR014923" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C7" + /translation="MTPALKEWSAAVHALLDGRQTVLLRKGGIGEKRFEVAAHEFLLF + PTVAHSHAERVRPAHRDLLGPAAADSTDECVLLRAAAKVVAALPVNRPEGLDAIEDLH + IWTAESVRADRLDFRPKHRLAVLVVSAIPLAEPVRLARTPEYGGCTSWVQLPVTPTLA + APVHDEAALAEVAARVREAVG" + gene complement(3097313..3097582) + /locus_tag="BQ2027_MB2852A" + CDS complement(3097313..3097582) + /locus_tag="BQ2027_MB2852A" + /note="Mb2852A, len: 89 aa. Equivalent to Rv2828A len: 89 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 89 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved hypothetical + protein,present in many mycobacteria. Equivalent to + BCG2848c and Mb2852A (100% identity to both in 89 aa + overlap),Mb2852A found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIU01472.1" + /db_xref="InterPro:IPR018735" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B0" + /translation="MCRNITELRGLQPPATPVEIAAAARQYVRKVSGITHPSAATAEA + FEAAVAEVTATTTRLLDALPPRRQPPKTVPPLRRPDVAARLAGSR" + gene complement(3097603..3097995) + /gene="vapc22" + /locus_tag="BQ2027_MB2853C" + CDS complement(3097603..3097995) + /gene="vapc22" + /locus_tag="BQ2027_MB2853C" + /note="Mb2853c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv2829c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Conserved + hypothetical protein similar to AAK65872|SMA2253 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (125 aa), FASTA scores: opt: 171, + E(): 7.7e-05, (34.9% identity in 129 aa overlap); and + shows some similarity with other proteins e.g. Q9AH69 + HYPOTHETICAL 14.7 KDA PROTEIN from Neisseria meningitidis + (128 aa), FASTA scores: opt: 148, E(): 0.0031, (28.1% + identity in 121 aa overlap). Protein product from Mb2853c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2853c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc22" + /protein_id="SIU01473.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2A9" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="InterPro:IPR041705" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2A9" + /translation="MTTVLLDSHVAYWWSAEPQRLSMAASQAIEHADELAVAAISWFE + LAWLAEQERIQLAIPVLSWLQQLAEHVRTVGITPSVAATAVALPSSFPGDPADRLIYA + TAIEHGWRLVTKDRRLRSHRHPRPVTVW" + gene complement(3097992..3098207) + /gene="vapb22" + /locus_tag="BQ2027_MB2854C" + CDS complement(3097992..3098207) + /gene="vapb22" + /locus_tag="BQ2027_MB2854C" + /note="Mb2854c, -, len: 71 aa. Equivalent to Rv2830c, len: + 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.6% identity in 71 aa overlap). Hypothetical protein, + some similarity to Z97182|MTCY19H5.26|Rv0596c Hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (85 aa), FASTA + scores: opt: 88, E(): 1.3, (41.7% identity in 36 aa + overlap); and to PHD_BPP1|Q06253 bacteriophage P1 phd gene + (73 aa), FASTA scores: opt: 79, E(): 3.8, (35.9% identity + in 39 aa overlap). Mb2854c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb22" + /protein_id="SIU01474.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D2" + /translation="MTATEVKAKILSLLDEVAQGEEIEITKHGRTVARLVAATGPHAL + KGRFSGVAMAAVDDDELFTTGVSWNVS" + gene 3098254..3099003 + /gene="echA16" + /locus_tag="BQ2027_MB2855" + CDS 3098254..3099003 + /gene="echA16" + /locus_tag="BQ2027_MB2855" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2855, echA16, len: 249 aa. Equivalent to Rv2831, + len: 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 249 aa overlap). Probable echA16, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to others e.g. + O23468|AT4G16210 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (244 aa), FASTA scores: opt: 491, E(): 7.3e-25, + (42.1% identity in 190 aa overlap); Q98LI4|MLL1009 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (258 aa), FASTA + scores: opt: 491, E(): 7.6e-25, (40.75% identity in 248 aa + overlap); O07137|ECH8_MYCLE|ML2402|MLCB1306.05c from + Mycobacterium leprae (257 aa), FASTA scores: opt: 478, + E(): 5.3e-24, (38.05% identity in 226 aa overlap); + P76082|PAAF_ECOLI|B1393 from scherichia coli strain K12 + (255 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): 1.9e-21, (37.55% + identity in 221 aa overlap); etc. Also similar to + O53418|ECH8_MYCTU|ECHA8|Rv1070c|MT1100|MTV017.23c from + Mycobacterium tuberculosis (257 aa), FASTA scores: opt: + 471, E(): 1.5e-23, (38.05% identity in 226 aa overlap). + Protein product from Mb2855 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2855 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA16 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU01475.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y498" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y498" + /translation="MTDDILLIDTDERVRTLTLNRPQSRNALSAALRDRFFAALADAE + ADDDIDVVILTGADPVFCAGLDLKELAGQTALPDISPRWPAMTKPVIGAINGAAVTGG + LELALYCDILIASEHARFADTHARVGLLPTWGLSVRLPQKVGIGLARRMSLTGDYLSA + TDALRAGLVTEVVAHDQLLPTARRVAASIVGNNQNAVRALLASYHRIDESQTAAGLWL + EACAAKQFCTSGDTIAANREAVLQRGRAQVR" + gene complement(3099082..3100164) + /gene="ugpC" + /locus_tag="BQ2027_MB2856C" + CDS complement(3099082..3100164) + /gene="ugpC" + /locus_tag="BQ2027_MB2856C" + /note="Mb2856c, ugpC, len: 360 aa. Equivalent to Rv2832c, + len: 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 360 aa overlap). Probable ugpC, + Sn-glycerol-3-phosphate transport ATP-binding protein ABC + transporter (see first citation below), similar to others: + CAC48805 PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC TRANSPORTER + ATP-BINDING PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium + meliloti) plasmid pSymB (349 aa), FASTA scores: opt: 1018, + E(): 4.1e-53, (48.6% identity in 356 aa overlap); + Q98G42|MLL3499|UGPC SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (366 aa), FASTA scores: opt: 1016, E(): 5.6e-53, + (48.5% identity in 367 aa overlap). But also highly + similar to many msiK proteins, ABC transporter ATP-binding + proteins possibly involved in transport of cellolbiose and + maltose (see second citation below) e.g. P96483|MSIK MSIK + PROTEIN from Streptomyces reticuli (see citation below) + (377 aa), FASTA scores: opt: 1277, E(): 1.9e-68, (58.05% + identity in 379 aa overlap); Q9L0Q1|MSIK ABC TRANSPORTER + ATP-BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (378 aa), + FASTA scores: opt: 1276, E(): 2.1e-68, (57.65% identity in + 380 aa overlap); Q54333|MSIK from Streptomyces lividans + (314 aa), FASTA scores: opt: 1217, E(): 5.9e-65, (63.7% + identity in 292 aa overlap); and other ABC-TYPE SUGAR + TRANSPORT PROTEINS. Also highly similar to + O53482|Rv2038c|MTV018.25c ABC-TYPE SUGAR TRANSPORT PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (357 aa), FASTA scores: + opt: 1248, E(): 9.4e-67, (56.8% identity in 354 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00211 ABC transporters family signature. + BELONG TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Protein product from Mb2856c detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE Sn-GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER UGPC" + /protein_id="SIU01476.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y349" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008995" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR040582" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y349" + /translation="MANVQYSAVTQRYPGADAPTVDNLDLDIADGEFLVLVGPSGCGK + STTLRVLAGLEPIESGRISIGDVDVTHLPPRARDVAMVFQNYALYPNMTVAANMGFAL + RNAGMSRADTRRRVLEVADMLELTDLLDRKPAKLSGGQRQRVAMGRAIVRRPRVFCMD + EPLSNLDAKLRVSTRSQISGLQRRLGTTTVYVTHDQVEAMTMGDRVAVLKDGVLQQVD + TPRALYDDPVNTFVATFIGAPAMNLIDAAVAHGVVRAPDLAIPVPDPAAERVLVGVRP + ESWDVASIGTPGSLTVHVELVEELGFESFVYATPVDQRGWSSRAPRIVFRTDRRTAVR + VGESLAIVPHSQEVRLFNSRTETRLR" + gene complement(3100157..3101467) + /gene="ugpB" + /locus_tag="BQ2027_MB2857C" + CDS complement(3100157..3101467) + /gene="ugpB" + /locus_tag="BQ2027_MB2857C" + /note="Mb2857c, ugpB, len: 436 aa. Equivalent to Rv2833c, + len: 436 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 436 aa overlap). Probable ugpB, + Sn-glycerol-3-phosphate binding lipoprotein component of + Sn-glycerol-3-phosphate transport system (see citation + below), similar to various transporters substrate-binding + periplasmic proteins e.g. Q9KDY2|BH1079 + GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC TRANSPORTER (GLYCEROL-3-PHOSPHATE + BINDING PROTEIN) from Bacillus halodurans (459 aa), FASTA + scores: opt: 357, E(): 3.1e-14, (23.4% identity in 406 aa + overlap); P72397|MALE PUTATIVE MALTOSE-BINDING PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (423 aa), FASTA scores: opt: + 318, E(): 7e-12, (23.7% identity in 430 aa overlap); + AAK78409|CAC0429 GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC-TRANSPORTER + PERIPLASMIC COMPONENT from Clostridium acetobutylicum (447 + aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 4.5e-11, (27.15% + identity in 438 aa overlap); P10904|UGPB_ECOLI|B3453 + GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN PRECURSOR + from Escherichia coli strain K12 (438 aa); etc. Contains + signal sequence and appropriately positioned prokaryotic + lipoprotein attachment site (PS00013)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE Sn-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING + LIPOPROTEIN UGPB" + /protein_id="SIU01477.1" + /db_xref="InterPro:IPR006059" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H5" + /translation="MDPLNRRQFLALAAAAAGVTAGCAGMGGGGSVKSGSGPIDFWSS + HPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDD + RWWFHFALIGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYN + KAAWQQAGLPDRGLQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFG + GAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSL + PGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPT + NTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGD + RIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLAGHG" + gene complement(3101470..3102297) + /gene="ugpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2858C" + CDS complement(3101470..3102297) + /gene="ugpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2858C" + /note="Mb2858c, ugpE, len: 275 aa. Equivalent to Rv2834c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Probable ugpE, + Sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane + protein ABC transporter (see citation below), similar to + various permeases e.g. Q9KDY3|BH1078 GLYCEROL-3-PHOSPHATE + ABC TRANSPORTER from Bacillus halodurans (270 aa), FASTA + scores: opt: 620, E(): 4.3e-32, (34.7% identity in 268 aa + overlap); Q9X0K6|TM1122 GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC + TRANSPORTER PERMEASE PROTEIN from Thermotoga maritima (276 + aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 3.9e-31, (32.5% identity + in 274 aa overlap); AAG58557|UGPE SN-GLYCEROL 3-PHOSPHATE + TRANSPORT SYSTEM (INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from + Escherichia coli strain O157:H7 and EDL933 (281 aa), FASTA + scores: opt: 574, E(): 3.7e-29, (32.95% identity in 264 aa + overlap); P10906|UGPE_ECOLI|B3451 SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE + TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Escherichia coli + strain K12 (281 aa), FASTA scores: opt: 569, E(): 7.6e-29, + (32.6% identity in 264 aa overlap); etc. Contains PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE Sn-GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER UGPE" + /protein_id="SIU01478.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2R8" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R8" + /translation="MTPDRLRSSVGYAAMLLVVTLIAGPLLFVFFTSFKDQPDIYAQP + TSWWPLRWYPQNYRTATEQIPFWTFLRNSLIITSVLAVVKFTLGVLSAFGLVFVRFPG + RTAVFLVIIAALMVPNQITVISNYALISHLGLRNTFAGIILPLAGVAFGTFLMRNHFL + SLPAEIIEAARMDGARWWQLLLRVVLPMSRPTMVAVGVITVVNEWNEYLWPFLMSDDE + SVAPLPIGLTFLQQAEGVTNWGPVMAVTLLAMLPILLVFIALQRQMIKGLTSGAVKG" + gene complement(3102294..3102836) + /gene="ugpAb" + /locus_tag="BQ2027_MB2859C" + CDS complement(3102294..3102836) + /gene="ugpAb" + /locus_tag="BQ2027_MB2859C" + /note="Mb2859c, ugpAb, len: 180 aa. Equivalent to 3' end + of Rv2835c, len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 180 aa overlap). + Probable ugpA, Sn-glycerol-3-phosphate transport integral + membrane protein ABC transporter (see citation below), + similar to various permeases e.g. Q9RK71|SCF11.19 PROBABLE + SUGAR TRANSPORTER INNER MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (316 aa), FASTA scores: opt: 643, E(): 3.1e-35, + (38.85% identity in 291 aa overlap); Q9KDY4|BH1077 + GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC TRANSPORTER (PERMEASE) from + Bacillus halodurans (315 aa), FASTA scores: opt: 548, E(): + 6.2e-29, (31.5% identity in 295 aa overlap); + AAK78407|CAC0427 GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC-TRANSPORTER, + PERMEASE COMPONENT from Clostridium acetobutylicum (304 + aa), FASTA scores: opt: 538, E(): 2.8e-28, (29.1% identity + in 292 aa overlap); etc. Contains PS00062 Aldo/keto + reductase family signature 2, and PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, ugpA exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base deletion (t-*) splits ugpA into 2 parts, ugpAa + and ugpAb." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE Sn-GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER UGPAB [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU01479.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B5" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B5" + /translation="MISGAAVGLAAQFVFDPHFGLIQDLLRRIGVGVPDFYQDARWAL + FMVTITYVWKNLGYTFVIYLAALQGVRRDLLEAAEIDGASRWAVFRRVLLPQLRPTTF + FLSITVLINSLQVFDVINVMTRGGPEGTGTTTMVYQVYVETFRNFRAGYGATVATIMF + LVLLAVTYYQVRVMDRGQRQ" + gene complement(3102833..3103204) + /gene="ugpAa" + /locus_tag="BQ2027_MB2860C" + CDS complement(3102833..3103204) + /gene="ugpAa" + /locus_tag="BQ2027_MB2860C" + /note="Mb2860c, ugpAa, len: 123 aa. Similar to 5' end of + Rv2835c, len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 85 aa overlap). Probable + ugpA, Sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane + protein ABC transporter (see citation below), similar to + various permeases e.g. Q9RK71|SCF11.19 PROBABLE SUGAR + TRANSPORTER INNER MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (316 aa), FASTA scores: opt: 643, E(): 3.1e-35, + (38.85% identity in 291 aa overlap); Q9KDY4|BH1077 + GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC TRANSPORTER (PERMEASE) from + Bacillus halodurans (315 aa), FASTA scores: opt: 548, E(): + 6.2e-29, (31.5% identity in 295 aa overlap); + AAK78407|CAC0427 GLYCEROL-3-PHOSPHATE ABC-TRANSPORTER, + PERMEASE COMPONENT from Clostridium acetobutylicum (304 + aa), FASTA scores: opt: 538, E(): 2.8e-28, (29.1% identity + in 292 aa overlap); etc. Contains PS00062 Aldo/keto + reductase family signature 2, and PS00402 + Binding-protein-dependent transport systems inner membrane + comp signature. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, ugpA exists as a + single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a + single base deletion (t-*) splits ugpA into 2 parts, ugpAa + and ugpAb. Mb2860c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE Sn-GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER UGPAA [FIRST + PART]" + /protein_id="SIU01480.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2B6" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2B6" + /translation="MAAPQRARLRSSKERVRDYALFVVLVGPNVALLLLFVYRPLADN + IRLSFFDWNVSDPSARFVGLSNYTEWFTRSDTRQIVFNTAVSPVPRWSARWCWGWRWR + CCSIDRCVDETWCAPLFSRRS" + gene complement(3103291..3104610) + /gene="dinF" + /locus_tag="BQ2027_MB2861C" + CDS complement(3103291..3104610) + /gene="dinF" + /locus_tag="BQ2027_MB2861C" + /note="Mb2861c, dinF, len: 439 aa. Equivalent to Rv2836c, + len: 439 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 439 aa overlap). Possible dinF, + DNA-damage-inducible protein F, integral membrane protein, + similar to others e.g. BAB38450|ECS5027|AAG59243 from + Escherichia coli strain O157:H7 (459 aa), FASTA scores: + opt: 501, E(): 2.7e-21, (29.55% identity in 443 aa + overlap); P28303|DINF_ECOLI|B4044 from Escherichia coli + strain K12 (459 aa), FASTA scores: opt: 491, E(): 1e-20, + (29.35% identity in 443 aa overlap); Q98B90|MLR5680 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (471 aa), FASTA + scores: opt: 466, E(): 2.7e-19, (30.7% identity in 433 aa + overlap); etc. But also similar or highly similar to other + hypothetical proteins e.g. Q9X8U6|SCH24.32c HYPOTHETICAL + 46.3 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (448 aa), + FASTA scores: opt: 981, E(): 1.1e-48, (42.35% identity in + 437 aa overlap). Contains PS00213 Lipocalin signature. + Mb2861c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN F DINF" + /protein_id="SIU01481.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2D3" + /db_xref="InterPro:IPR002528" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D3" + /translation="MSQVGHRAGGRQIAQLALPALGVLAAEPLYLLFDIAVVGRLGAI + SLAGLAIGSLVLGLVGSQATFLSYGTTARAARRYGAGNRVAAVTEGVQATWLALGLGA + LVVVVVEATATPLVSAIASGDGITAAALPWLRIAILGTPAILVSLAGNGWLRGVQDTV + RPLRYVVAGFGSSALLCPLLVYGWLGLPRWGLTGSAVANLVGQWLAALLFAGALLAER + VSLRPDRAVLGAQLMMARDLIVRTLAFQVCYVSAAAVAARFGAAALAAHQVVLQLWGL + LALVLDSLAIAAQSLVGAALGAGDAGHAKAVAWRVTAFSLLAAGILAAALGLGSSVLP + GLFTDDRSVLAAIGVLWWFMVVQLPFAGIVFAVDGVLLGAGDAAFMRTATVASALVGF + LPLVWLSLAYGWGLAGIWSGLGTFIVLRLIFVGWRAYSGRWAVTGAA" + gene complement(3104617..3105627) + /gene="nrnA" + /locus_tag="BQ2027_MB2862C" + CDS complement(3104617..3105627) + /gene="nrnA" + /locus_tag="BQ2027_MB2862C" + /note="Mb2862c, -, len: 336 aa. Equivalent to Rv2837c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with other + proteins e.g. O67552|AQ_1630 HYPOTHETICAL 36.2 KDA PROTEIN + from Aquifex aeolicus (325 aa), FASTA scores: opt: 498, + E(): 3.6e-25, (32.8% identity in 314 aa overlap); + Q9X1T1|TM1595 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Thermotoga maritima (333 aa), FASTA scores: opt: 482, E(): + 4.1e-24, (34.85% identity in 304 aa overlap); + Q9RW43|DR0826 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (338 aa), FASTA scores: opt: 444, + E(): 1.3e-21, (33.85% identity in 331 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47229 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (316 aa) but longer 20 aa. Protein product + from Mb2862c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2862c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclic-di-AMP phosphodiesterase MSMEG_2630" + /protein_id="SIU01482.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2C0" + /db_xref="InterPro:IPR001667" + /db_xref="InterPro:IPR003156" + /db_xref="InterPro:IPR038763" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C0" + /translation="MTTIDPRSELVDGRRRAGARVDAVGAAALLSAAARVGVVCHVHP + DADTIGAGLALALVLDGCGKRVEVSFAAPATLPESLRSLPGCHLLVRPEVMRRDVDLV + VTVDIPSVDRLGALGDLTDSGRELLVIDHHASNDLFGTANFIDPSADSTTTMVAEILD + AWGKPIDPRVAHCIYAGLATDTGSFRWASVRGYRLAARLVEIGVDNATVSRTLMDSHP + FTWLPLLSRVLGSAQLVSEAVGGRGLVYVVVDNREWVAARSEEVESIVDIVRTTQQAE + VAAVFKEVEPHRWSVSMRAKTVNLAAVASGFGGGGHRLAAGYTTTGSIDDAVASLRAA + LG" + gene complement(3105602..3106153) + /gene="rbfA" + /locus_tag="BQ2027_MB2863C" + CDS complement(3105602..3106153) + /gene="rbfA" + /locus_tag="BQ2027_MB2863C" + /note="Mb2863c, rbfA, len: 183 aa. Equivalent to Rv2838c, + len: 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Probable rbfA, + ribosome-binding factor A, equivalent to + Q9Z5I8|RBFA_MYCLE|ML1555|MLCB596.15 PROBABLE + RIBOSOME-BINDING FACTOR A from Mycobacterium leprae (164 + aa), FASTA scores: opt: 739, E(): 1.8e-40, (75.6% identity + in 160 aa overlap). Also highly similar or similar to + others e.g. Q9Z527|RBFA_STRCO|SC9F2.08c from Streptomyces + coelicolor (160 aa), FASTA scores: opt: 425, E(): 2.8e-20, + (50.35% identity in 141 aa overlap); P32731|RBFA_BACSU + from Bacillus subtilis (117 aa), FASTA scores: opt: 199, + E(): 7.8e-06, (32.4% identity in 108 aa overlap); + P09170|RBFA_ECOLI|P15B|B3167 from Escherichia coli strain + K12 (132 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): 0.0011, (29.65% + identity in 118 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RBFA + FAMILY. Note that appears to be longer in C-terminus than + other RbfA proteins. Protein product from Mb2863c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2863c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBOSOME-BINDING FACTOR A RBFA (P15B + PROTEIN)" + /protein_id="SIU01483.1" + /db_xref="GOA:P65965" + /db_xref="InterPro:IPR000238" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR020053" + /db_xref="InterPro:IPR023799" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65965" + /translation="MADAARARRLAKRIAAIVASAIEYEIKDPGLAGVTITDAKVTAD + LHDATVYYTVMGRTLHDEPNCAGAAAALERAKGVLRTKVGAGTGVRFTPTLTFTLDTI + SDSVHRMDELLARARAADADLARVRVGAKPAGEADPYRDNGSVAQSPAPGGLGIRTSD + GPEAVEAPLTCGGDTGDDDRPKE" + gene complement(3106153..3108855) + /gene="infB" + /locus_tag="BQ2027_MB2864C" + CDS complement(3106153..3108855) + /gene="infB" + /locus_tag="BQ2027_MB2864C" + /note="Mb2864c, infB, len: 900 aa. Equivalent to Rv2839c, + len: 900 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 900 aa overlap). Probable infB, + translation initiation factor IF-2, highly similar, but in + part, to Q9Z5I9|IF2_MYCLE|ML1556|MLCB596.14 TRANSLATION + INITIATION FACTOR IF-2 from Mycobacterium leprae (924 aa), + FASTA scores: opt: 4548, E(): 2.4e-132, (83.6% identity in + 933 aa overlap). Also similar in part to others e.g. + Q9K3E2|SC5H4.30 from Streptomyces coelicolor (835 aa), + FASTA scores: opt: 2559, E(): 1.3e-71, (59.9% identity in + 833 aa overlap); P17889|IF2_BACSU|INFB from Bacillus + subtilis (716 aa), FASTA scores: opt: 1782, E(): 6.6e-48, + (46.65% identity in 686 aa overlap); + P02995|IF2_ECOLI|INFB|SSYG|B3168|Z4529|ECS4049 from + Escherichia coli strains O157:H7 and K12 (890 aa), FASTA + scores: opt: 1708, E(): 1.3e-45, (46.2% identity in 662 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE IF-2 FAMILY. Protein product + from Mb2864c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2864c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-2 + INFB" + /protein_id="SIU01484.1" + /db_xref="GOA:P65132" + /db_xref="InterPro:IPR000178" + /db_xref="InterPro:IPR000795" + /db_xref="InterPro:IPR005225" + /db_xref="InterPro:IPR006847" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR015760" + /db_xref="InterPro:IPR023115" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036925" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65132" + /translation="MAAGKARVHELAKELGVTSKEVLARLSEQGEFVKSASSTVEAPV + ARRLRESFGGSKPAPAKGTAKSPGKGPDKSLDKALDAAIDMAAGNGKATAAPAKAADS + GGAAIVSPTTPAAPEPPTAVPPSPQAPHPGMAPGARPGPVPKPGIRTPRVGNNPFSSA + QPADRPIPRPPAPRPGTARPGVPRPGASPGSMPPRPGGAVGGARPPRPGAPRPGGRPG + APGAGRSDAGGGNYRGGGVGAAPGTGFRGRPGGGGGGRPGQRGGAAGAFGRPGGAPRR + GRKSKRQKRQEYDSMQAPVVGGVRLPHGNGETIRLARGASLSDFADKIDANPAALVQA + LFNLGEMVTATQSVGDETLELLGSEMNYNVQVVSPEDEDRELLESFDLSYGEDEGGEE + DLQVRPPVVTVMGHVDHGKTRLLDTIRKANVREAEAGGITQHIGAYQVAVDLDGSQRL + ITFIDTPGHEAFTAMRARGAKATDIAILVVAADDGVMPQTVEAINHAQAADVPIVVAV + NKIDKEGADPAKIRGQLTEYGLVPEEFGGDTMFVDISAKQGTNIEALEEAVLLTADAA + LDLRANPDMEAQGVAIEAHLDRGRGPVATVLVQRGTLRVGDSVVAGDAYGRVRRMVDE + HGEDVEVALPSRPVQVIGFTSVPGAGDNFLVVDEDRIARQIADRRSARKRNALAARSR + KRISLEDLDSALKETSQLNLILKGDNAGTVEALEEALMGIQVDDEVVLRVIDRGVGGI + TETNVNLASASDAVIIGFNVRAEGKATELASREGVEIRYYSVIYQAIDEIEQALRGLL + KPIYEENQLGRAEIRALFRSSKVGLIAGCLVTSGVMRRNAKARLLRDNIVVAENLSIA + SLRREKDDVTEVRDGFECGLTLGYADIKEGDVIESYELVQKERA" + gene complement(3108941..3109240) + /locus_tag="BQ2027_MB2865C" + CDS complement(3108941..3109240) + /locus_tag="BQ2027_MB2865C" + /note="Mb2865c, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv2840c, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9Z5J0|ML1557|MLCB596.13 + HYPOTHETICAL 11.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (106 aa), FASTA scores: opt: 501, E(): 2.3e-29, (501% + identity in 96 aa overlap). Also highly similar to other + hypothetical proteins e.g. Q9KYR0|SC5H4.29 from + Streptomyces coelicolor (101 aa), FASTA scores: opt: 256, + E(): 1.4e-11, (50.6% identity in 81 aa overlap); Q9APM9 + from Myxococcus xanthus (111 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 1.3e-05, (42.25% identity in 97 aa overlap); and + similar to to others e.g. N-terminus of CAC41675|SMC02913 + from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (230 aa), + FASTA scores: opt: 172, E(): 3e-05, (42.4% identity in 66 + aa overlap). Protein product from Mb2865c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2865c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="COG2740: Predicted nucleic-acid-binding protein + implicated in transcription termination" + /protein_id="SIU01485.1" + /db_xref="InterPro:IPR007393" + /db_xref="InterPro:IPR035931" + /db_xref="InterPro:IPR037465" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4A8" + /translation="MRTCVGCRKRGLAVELLRVVAVSTGNGNYAVIVDTATSLPGRGA + WLHPLRQCAQQAIRRRAFARALRIAGSPDTSAVVEYLESLGELEPPGNRTGSNRT" + gene complement(3109367..3110410) + /gene="nusA" + /locus_tag="BQ2027_MB2866C" + CDS complement(3109367..3110410) + /gene="nusA" + /locus_tag="BQ2027_MB2866C" + /note="Mb2866c, nusA, len: 347 aa. Equivalent to Rv2841c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Probable nusA, + N-utilization substance protein A, equivalent to + Q9Z5J1|NUSA|ML1558 PROBABLE TRANSCRIPTION + TERMINATION/ANTITERMINATION FACTOR from Mycobacterium + leprae (347 aa), FASTA scores: opt: 2054, E(): 5.4e-120, + (91.95% identity in 347 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. Q9KYR1|SC5H4.28 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + TERMINATION/ANTITERMINATION FACTOR from Streptomyces + coelicolor (340 aa), FASTA scores: opt: 1346, E(): + 4.3e-76, (63.35% identity in 341 aa overlap); + P32727|NUSA_BACSU N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A (371 + aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 4.1e-45, (43.95% + identity in 346 aa overlap); Q9KA74|NUSA|BH2416 + TRANSCRIPTIONAL TERMINATOR from Bacillus halodurans (382 + aa), FASTA scores: opt: 846, E(): 4.8e-45, (43.15% + identity in 373 aa overlap); etc. BELONGS TO THE NUSA + FAMILY. Protein product from Mb2866c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2866c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A NUSA" + /protein_id="SIU01486.1" + /db_xref="GOA:P0A5M3" + /db_xref="InterPro:IPR003029" + /db_xref="InterPro:IPR009019" + /db_xref="InterPro:IPR010213" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR013735" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR022967" + /db_xref="InterPro:IPR025249" + /db_xref="InterPro:IPR030842" + /db_xref="InterPro:IPR036555" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5M3" + /translation="MNIDMAALHAIEVDRGISVNELLETIKSALLTAYRHTQGHQTDA + RIEIDRKTGVVRVIARETDEAGNLISEWDDTPEGFGRIAATTARQVMLQRFRDAENER + TYGEFSTREGEIVAGVIQRDSRANARGLVVVRIGTETKASEGVIPAAEQVPGESYEHG + NRLRCYVVGVTRGAREPLITLSRTHPNLVRKLFSLEVPEIADGSVEIVAVAREAGHRS + KIAVRSNVAGLNAKGACIGPMGQRVRNVMSELSGEKIDIIDYDDDPARFVANALSPAK + VVSVSVIDQTARAARVVVPDFQLSLAIGKEGQNARLAARLTGWRIDIRGDAPPPPPGQ + PEPGVSRGMAHDR" + gene complement(3110407..3110958) + /gene="rimP" + /locus_tag="BQ2027_MB2867C" + CDS complement(3110407..3110958) + /gene="rimP" + /locus_tag="BQ2027_MB2867C" + /note="Mb2867c, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv2842c, + len: 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9Z5J2|MLCB596.11 + HYPOTHETICAL 13.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (122 aa), FASTA scores: opt: 192, E(): 2.1e-12, (50.0% + identity in 128 aa overlap) (N-terminus shorter). Also + similar in part to several hypothetical proteins e.g. + Q9KYR2|SC5H4.27 HYPOTHETICAL 19.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (177 aa), FASTA scores: opt: 288, + E(): 2.1e-12, (37.15% identity in 148 aa overlap); + O66619|Y260_AQUAE|AQ_260 HYPOTHETICAL PROTEIN from Aquifex + aeolicus (158 aa), FASTA scores: opt: 230, E(): 1.7e-08, + (31.35% identity in 153 aa overlap); Q9KU82|VC0641 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Vibrio cholerae (151 aa), FASTA + scores: opt: 198, E(): 2.5e-06, (30.9% identity in 152 aa + overlap); etc. Protein product from Mb2867c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2867c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Bacterial ribosome SSU maturation protein RimP" + /protein_id="SIU01487.1" + /db_xref="GOA:P67215" + /db_xref="InterPro:IPR003728" + /db_xref="InterPro:IPR028989" + /db_xref="InterPro:IPR028998" + /db_xref="InterPro:IPR035956" + /db_xref="InterPro:IPR036847" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67215" + /translation="MTTGLPSQRQVIELLGADFACAGYEIEDVVIDARARPPRIAVIA + DGDAPLDLDTIAALSRRASALLDGLDGANKIRGRYLLEVSSPGVERPLTSEKHFRRAR + GRKVELVLSDGSRLTGRVGEMRAGTVALVIREDRGWAVREIPLAEIVKAVVQVEFSPP + APAELELAQSSEMGLARGTEAGA" + gene 3111153..3111698 + /locus_tag="BQ2027_MB2868" + CDS 3111153..3111698 + /locus_tag="BQ2027_MB2868" + /note="Mb2868, -, len: 181 aa. Equivalent to Rv2843, len: + 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Probable conserved + transmembrane ala-rich protein, equivalent to + Q9Z5J3|ML1560|MLCB596.10c HYPOTHETICAL 17.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (178 aa), FASTA scores: opt: + 707, E(): 1.4e-32, (70.25% identity in 168 aa overlap). + Protein product from Mb2868 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2868 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE ALANINE RICH + PROTEIN" + /protein_id="SIU01488.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2S8" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2S8" + /translation="MLRAAPVINRLTNRPISRRGVLAGGAALAALGVVSACGESAPKA + PAVEELRSPLDQARHDGALAAAAATAIGIPPQVAAALTVVATQRTSHARALATEIARA + AGKLVSATSETSSSSPSPTDPAAPPPAVSDVIDSLRTSAGEASRLVATTSGYRAGLLA + SIAASCTASYTVALVPSGPSI" + gene 3111695..3112183 + /locus_tag="BQ2027_MB2869" + CDS 3111695..3112183 + /locus_tag="BQ2027_MB2869" + /note="Mb2869, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv2844, len: + 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to + Q9Z5J4|ML1561|MLCB596.09c HYPOTHETICAL 17.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (165 aa), FASTA scores: opt: + 771, E(): 4.9e-46, (71.5% identity in 165 aa overlap). + Also similar to Q9KYR4|SC5H4.25c HYPOTHETICAL 16.8 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA + scores: opt: 242, E(): 1.6e-09, (38.9% identity in 144 aa + overlap). Protein product from Mb2869 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb2869 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine rich protein" + /protein_id="SIU01489.1" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012347" + /db_xref="InterPro:IPR029447" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2C8" + /translation="MTSSEPAHGATPKRSPSEGSADNAALCDALAVEHATIYGYGIVS + ALSPPGVNFLVADALKQHRHRRDDVIVMLSARGVTAPIAAAGYQLPMQVSSAADAARL + AVRMENDGATAWRAVVEHAETADDRVFASTALTESAVMATRWNRVLGAWPITAAFPGG + DE" + gene complement(3112184..3113932) + /gene="proS" + /locus_tag="BQ2027_MB2870C" + CDS complement(3112184..3113932) + /gene="proS" + /locus_tag="BQ2027_MB2870C" + /note="Mb2870c, proS, len: 582 aa. Equivalent to Rv2845c, + len: 582 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 582 aa overlap). Probable proS, + prolyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.15), highly similar to + others e.g. Q9KYR6|SYP_STRCO|PROS|SC5H4.23 from + Streptomyces coelicolor (567 aa), FASTA scores: opt: 1161, + E(): 9e-64, (57.15% identity in 574 aa overlap); + P56124|SYP_HELPY|PROS|HP0238 from Helicobacter pylori + (Campylobacter pylori) (577 aa), FASTA scores: opt: 1082, + E(): 6.6e-59, (37.8% identity in 553 aa overlap); + P16659|SYP_ECOLI|PROS|DRPA|B0194 from Escherichia coli + strain K12 (572 aa), FASTA scores: opt: 926, E(): 2.6e-49, + (39.85% identity in 587 aa overlap); etc. Contains PS00179 + Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II signature 1. + BELONGS TO CLASS-II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. + Protein product from Mb2870c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2870c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable prolyl-trna synthetase pros + (proline--trna ligase) (prors) (global rna synthesis + factor) (proline translase)" + /protein_id="SIU01490.1" + /db_xref="GOA:Q7TXQ5" + /db_xref="InterPro:IPR002314" + /db_xref="InterPro:IPR002316" + /db_xref="InterPro:IPR004154" + /db_xref="InterPro:IPR004500" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR007214" + /db_xref="InterPro:IPR023717" + /db_xref="InterPro:IPR033730" + /db_xref="InterPro:IPR036621" + /db_xref="InterPro:IPR036754" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXQ5" + /translation="MITRMSELFLRTLRDDPADAEVASHKLLIRAGYIRPVAPGLYSW + LPLGLRVLRNIERVIRDEMNAIGGQEILFPALLPRAPYETTNRWTQYGDSVFRLKDRR + GNDYLLGPTHEELFTLTVKGEYSSYKDFPLTLYQIQTKYRDEARPRAGILRAREFVMK + DSYSFDIDAAGLKAAYRAHREAYQRIFDRLQVRYVIVSAVSGAMGGSASEEFLAESPS + GEDAFVRCLESGYTANVEAVVTARPDTLPIDGLPEAVVHDTGDTPTIASLVAWANEAD + LGRTVTAADTLKNVLIKVRQPGGDTELLAIGVPGDREVDDKRLGAALEPADYALLDDD + DFAKHPFLVKGYIGPKALRENNVRYLVDPRIVDGTSWITGADQPGRHVVGLVAGRDFT + ADGTIEAAEVREGDPSPDGAGPLVMARGIEIGHIFQLGSKYTDAFTADVLGEDGKPVR + LTMGSYGIGVSRLVAVVAEQHHDELGLRWPSTVAPFDVHLVIANKDAQARAGATALAA + DLDRLGVEVLLDDRQASPGVKFKDAELLGMPWIVVVGRGWADGVVELRDRFSGQTREL + VAGASLATDIAAAVTG" + gene complement(3114021..3115613) + /gene="efpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2871C" + CDS complement(3114021..3115613) + /gene="efpA" + /locus_tag="BQ2027_MB2871C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2871c, efpA, len: 530 aa. Equivalent to Rv2846c, + len: 530 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 530 aa overlap). Possible efpA, + integral membrane efflux protein, member of major + facilitator superfamily (MFS) possibly involved in + transport of drug (see citations below), equivalent to + Q9Z5J5|ML1562|MLCB596.08 PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX + PROTEIN from Mycobacterium leprae (534 aa), FASTA scores: + opt: 2881, E(): 4.1e-160, (86.55% identity in 535 aa + overlap). Also highly similar to several membrane proteins + e.g. O69986|SC4H2.31c TRANSMEMBRANE EFFLUX PROTEIN (515 + aa), FASTA scores: opt: 1063, E(): 2.2e-54, (39.65% + identity in 406 aa overlap); Q9FBQ5|SCD86A.02c PUTATIVE + TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (503 aa), FASTA scores: opt: 918, E(): 5.8e-46, + (33.7% identity in 469 aa overlap); Q9KYU0|SCE22.23c + PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (514 aa), FASTA scores: opt: 888, E(): 3.3e-44, + (32.85% identity in 469 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2871c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2871c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRAL MEMBRANE EFFLUX PROTEIN EFPA" + /protein_id="SIU01491.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2D5" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D5" + /translation="MTALNDTERAVRNWRAGRPHRPAPMRPPRSEETASERPSRYYPT + WLPSRSFIAAVIAIGGMQLLATMDSTVAIVALPKIQNELSLSDAGRSWVITAYVLTFG + GLMLLGGRLGDTIGRKRTFIVGVALFTISSVLCAVAWDEATLVIARLSQGVGSAIASP + TGLALVATTFPKGPARNAATAVFAAMTAIGSVMGLVVGGALTEVSWRWAFLVNVPIGL + VMIYLARTALRETNKERMKLDATGAILATLACTAAVFAFSIGPEKGWMSGITIGSGLV + ALAAAVAFVIVERTAENPVVPFHLFRDRNRLVTFSAILLAGGVMFSLTVCIGLYVQDI + LGYSALRAGVGFIPFVIAMGIGLGVSSQLVSRFSPRVLTIGGGYLLFGAMLYGSFFMH + RGVPYFPNLVMPIVVGGIGIGMAVVPLTLSAIAGVGFDQIGPVSAIALMLQSLGGPLV + LAVIQAVITSRTLYLGGTTGPVKFMNDVQLAALDHAYTYGLLWVAGAAIIVGGMALFI + GYTPQQVAHAQEVKEAIDAGEL" + gene complement(3115636..3116853) + /gene="cysG" + /locus_tag="BQ2027_MB2872C" + CDS complement(3115636..3116853) + /gene="cysG" + /locus_tag="BQ2027_MB2872C" + /note="Mb2872c, cysG, len: 405 aa. Equivalent to Rv2847c, + len: 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 405 aa overlap). Possible cysG, + multifunctional enzyme, siroheme synthase containing + uroporphyrin-iii c-methyltransferase (EC 2.1.1.107), + precorrin-2 oxidase (EC 1.-.-.-) and ferrochelatase (EC + 4.99.1.-). C-terminus highly similar to many + uroporphyrin-iii c-methyltransferases e.g. Q51720|COBA + UROPORPHYRINOGEN III METHYLTRANSFERASE from + Propionibacterium freudenreichii (257 aa), FASTA scores: + opt: 776, E(): 1.5e-39, (48.95% identity in 243 aa + overlap); Q9HMY4|UROM|VNG2331G + S-ADENOSYL-L-METHIONINE:UROPORPHYRINOGEN III + METHYLTRANSFERASE from Halobacterium sp. strain NRC-1 (246 + aa), FASTA scores: opt: 704, E(): 3.1e-35, (49.4% identity + in 245 aa overlap); P42437|NASF_BACSU|NASBE + UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE from Bacillus + subtilis (483 aa), FASTA scores: opt: 610, E(): 2.4e-29, + (42.1% identity in 240 aa overlap); etc. And highly + similar over entire length to other proteins e.g. + Q9L1C9|SCL11.09c UROPORPHYRINOGEN III METHYLTRANSFERASE + from Streptomyces coelicolor (410 aa), FASTA scores: opt: + 1481, E(): 5.6e-82, (58.45% identity in 409 aa overlap); + Q9I0M7|CYSG|PA2611 SIROHEME SYNTHASE from Pseudomonas + aeruginosa (465 aa), FASTA scores: opt: 609, E(): 2.7e-29, + (34.7% identity in 444 aa overlap); + P11098|CYSG_ECOLI|B3368|Z4729|ECS4219 SIROHEME SYNTHASE + from Escherichia coli stains O157:H7 and K12 (457 aa), + FASTA scores: opt: 543, E(): 9.1e-27, (31.3% identity in + 450 aa overlap); etc. BELONGS TO A FAMILY THAT GROUPS + SUMT, CYSG, CBIF/COBM AND CBIL/COBI. Note that previously + known as cysG2. Protein product from Mb2872c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2872c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MULTIFUNCTIONAL ENZYME SIROHEME + SYNTHASE CYSG: UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE + (UROGEN III METHYLASE) (SUMT) (UROPORPHYRINOGEN III + METHYLASE) (UROM) + PRECORRIN-2 OXIDASE + FERROCHELATASE" + /protein_id="SIU01492.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2D0" + /db_xref="InterPro:IPR000878" + /db_xref="InterPro:IPR006366" + /db_xref="InterPro:IPR012409" + /db_xref="InterPro:IPR014776" + /db_xref="InterPro:IPR014777" + /db_xref="InterPro:IPR035996" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2D0" + /translation="MTENPYLVGLRLAGKKVVVVGGGTVAQRRLPLLIASGADVHVIA + PSVTPAVEAMDQITLSVRDYRDGDLDGAWYAIAATDDARVNVAVVAEAERRRIFCVRA + DIAVEGTAVTPASFSYAGLSVGVLAGGEHRRSAAIRSAIREALQQGVITAQSSDVLSG + GVALVGGGPGDPELITVRGRRLLAQADVVVADRLAPPELLAELPPHVEVIDAAKIPYG + RAMAQDAINAVLIERARSGNFVVRLKGGDPFVFARGYEEVLACAHAGIPVTVVPGVTS + AIAVPAMAGVPVTHRAMTHEFVVVSGHLAPGHPESLVNWDALAALTGTIVLLMAVERI + ELFVDVLLKGGRTADTPVLVVQHGTTAAQQTLRATLADTPEKVRAAGIRPPAIIVIGA + VVGLSGVRGLNNS" + gene complement(3117076..3118449) + /gene="cobB" + /locus_tag="BQ2027_MB2873C" + CDS complement(3117076..3118449) + /gene="cobB" + /locus_tag="BQ2027_MB2873C" + /note="Mb2873c, cobB, len: 457 aa. Equivalent to Rv2848c, + len: 457 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 457 aa overlap). Probable cobB, + cobyrinic acid A,C-diamide synthase, highly similar to + others e.g. O27509|COBB_METTH|MTH1460 from + Methanobacterium thermoautotrophicum (447 aa), FASTA + scores: opt: 980, E(): 1.3e-49, (39.65% identity in 454 aa + overlap); Q9KBM8|BH1898 from Bacillus halodurans (465 aa), + FASTA scores: opt: 928, E(): 1.4e-46, (37.0% identity in + 457 aa overlap); O68108|COBB_RHOCA from Rhodobacter + capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (435 aa), FASTA + scores: opt: 921, E(): 3.3e-46, (39.35% identity in 437 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE COBB/COBQ FAMILY, COBB + SUBFAMILY. Protein product from Mb2873c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2873c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COBYRINIC ACID A,C-DIAMIDE SYNTHASE + COBB" + /protein_id="SIU01493.1" + /db_xref="GOA:P63836" + /db_xref="InterPro:IPR002586" + /db_xref="InterPro:IPR004484" + /db_xref="InterPro:IPR011698" + /db_xref="InterPro:IPR017929" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63836" + /translation="MRVSAVAVAAPASGSGKTTIATGLIGALRQAGHTVAPFKVGPDF + IDPGYHALAAGRPGRNLDPVLVGERLIGPLYAHGVAGADIAVIEGVLGLFDGRIGPAG + GAPAAGSTAHVAALLGAPVILVVDARGQSHSVAALLHGFSTFDTATRIAGVILNRVGS + ARHEQVLRQACDQAGVAVLGAIPRTAELELPTRYLGLVTAVEYGRRARLAVQAMTAVV + ARHVDLAAVIACAGSQAAHPPWDPVIAVGNTARQPATVAIAAGRAFTFGYAEHAEMLR + AAGAEVVEFDPLSETLPEGTDAVVLPGGFPEQFTAELSANDTVRRQINELAAAGAPVH + AECAGLLYLVSELDGHPMCGVVAGSARFTQHLKLGYRDAVAVVDSALYSVGERVVGHE + FHRTAVTFADSYQPAWVYQGQDVDDVRDGAVHSGVHASYLHTHPAATPGAVARFVAHA + ACNTPRA" + gene complement(3118449..3119072) + /gene="cobO" + /locus_tag="BQ2027_MB2874C" + CDS complement(3118449..3119072) + /gene="cobO" + /locus_tag="BQ2027_MB2874C" + /note="Mb2874c, cobO, len: 207 aa. Equivalent to Rv2849c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 207 aa overlap). Probable cobO, + cob(I)alamin adenosyltransferase (EC 2.5.1.17), highly + similar to Q9RJ17|COBO from Streptomyces coelicolor (199 + aa), FASTA scores: opt: 918, E(): 1.1e-55, (64.75% + identity in 207 aa overlap); and similar to others e.g. + O30785|COBO from Rhodobacter capsulatus (Rhodopseudomonas + capsulata) (212 aa), FASTA scores: opt: 329, E(): 2.8e-15, + (44.3% identity in 185 aa overlap); P29930|COBO_PSEDE from + Pseudomonas denitrificans (213 aa), FASTA scores: opt: + 280, E(): 6.5e-12, (38.9% identity in 185 aa overlap); + P31570|BTUR_SALTY|COBA from Salmonella typhimurium (196 + aa), FASTA scores: opt: 278, E(): 8.4e-12, (39.8% identity + in 196 aa overlap); etc. COFACTOR: MANGANESE. Note that + previously known as cobA. Protein product from Mb2874c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2874c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE COBO + (CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE) (CORRINOID ADOTRANSFERASE + ACTIVITY)" + /protein_id="SIU01494.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2E7" + /db_xref="InterPro:IPR003724" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E7" + /translation="MPQGNPLAVPNDGLTTRARRNMPILAVHTGEGKGKSTAAFGMAL + RAWNAGLDIAVFQFVKSAKWKVGEEAAFRQLGRLHDQHGIGGAVEWHKMGAGWSWTRT + SRKAGTDVDRAAAAADGCAEIALRLATQRHDFYLLDEFTYPLKWGWLDVDEVVDVLRA + RPGHQHVVITGRDAPQRLVAAADLVTEMTKVKHPMDAGRKGQKGIEW" + gene complement(3119093..3120982) + /locus_tag="BQ2027_MB2875C" + CDS complement(3119093..3120982) + /locus_tag="BQ2027_MB2875C" + /note="Mb2875c, -, len: 629 aa. Equivalent to Rv2850c, + len: 629 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 629 aa overlap). Possible + magnesium-chelatase (EC 4.99.1.-), highly similar (but + with gaps) to magnesium-chelatases from notably + photosynthetic organisms involved in chlorophyll + biosynthesis e.g. Q9RJ18|SCI8.35c PUTATIVE CHELATASE from + Streptomyces coelicolor (672 aa), FASTA scores: opt: 1941, + E(): 2.1e-85, (54.65% identity in 675 aa overlap); + Q9HZQ5|PA2942 PROBABLE MAGNESIUM CHELATASE from + Pseudomonas aeruginosa (338 aa), FASTA scores: opt: 991, + E(): 2.7e-40, (49.45% identity in 368 aa overlap); + O33549|BCHI MG PROTOPORPHYRIN IX CHELATASE SUBUNIT from + Rhodobacter sphaeroides (Rhodopseudomonas sphaeroides) + (334 aa), FASTA scores: opt: 833, E(): 9.4e-33, (50.65% + identity in 318 aa overlap); O30819|BCHI_RHOSH + MAGNESIUM-CHELATASE 38 KDA SUBUNIT from Rhodobacter + sphaeroides (Rhodopseudomonas sphaeroides) (334 aa), FASTA + scores: opt: 828, E(): 1.6e-32, (50.3% identity in 318 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK47242 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (610 aa) but longer 19 aa. + COULB BELONG TO THE MG-CHELATASE SUBUNITS D/I FAMILY. + Protein product from Mb2875c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2875c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MAGNESIUM CHELATASE" + /protein_id="SIU01495.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C6" + /db_xref="InterPro:IPR002035" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011704" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036465" + /db_xref="InterPro:IPR041628" + /db_xref="InterPro:IPR041702" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C6" + /translation="MKPYPFSAIVGHDRLRLALLLCAVRPEIGGALIRGEKGTAKSTA + VRGLAALLSVATGSTETGLVELPLGATEDRVVGSLDLQRVMRDGEHAFSPGLLARAHG + GVLYVDEVNLLHDHLVDILLDAAAMGRVHVERDGISHSHEARFVLIGTMNPEEGELRP + QLLDRFGLTVDVQASRDIDVRVQVIRRRMAYEADPDAFVARYADADAELAHRIAAARA + TVDDVVLGDNELRRIAALCAAFDVDGMRADLVVARTAAAHAAWRGVRTVEEQDIQAAA + ELALPHRRRRDPFDDHGIDRDQLDEALALASVDPEPEPDPPGGGQSANEPASQPNSRS + KSTEPGAPSSMGDDPPRPASPRLRSSPRPSAPPSKIFRTRALRVPGVGTGAPGRRSRA + RNASGSVVAAAEVSDPDAHGLHLFATLLAAGERAFGAGPLRPWPDDVRRAIRESREGN + LVIFVVDASGSMAARDRMAAVSGATLSLLRDAYQRRDKVAVITFRQHEATLLLSPTSS + AHIAGRRLARFSTGGKTPLAEGLLAARALIIREKVRDRARRPLVVVLTDGRATAGPDP + LGRSRTAAAGLVAEGAAAVVVDCETSYVRLGLAAQLARQLGAPVVRLEQLHADYLVHA + VRGVA" + gene complement(3120979..3121449) + /locus_tag="BQ2027_MB2876C" + CDS complement(3120979..3121449) + /locus_tag="BQ2027_MB2876C" + /note="Mb2876c, -, len: 156 aa. Equivalent to Rv2851c, + len: 156 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 156 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to various bacterial + proteins e.g. Q9KP14|VC2565 ELAA PROTEIN from Vibrio + cholerae (149 aa), FASTA scores: opt: 360, E(): 1e-18, + (46.05% identity in 139 aa overlap); Q9I717|PA0115 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (150 aa), + FASTA scores: opt: 341, E(): 2.4e-17, (43.65% identity in + 142 aa overlap); Q9K8M4|BH2982 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus halodurans (155 aa), FASTA scores: opt: 320, E(): + 8e-16, (40.85% identity in 142 aa overlap); + P52077|ELAA_ECOLI|B2267 PROTEIN ELAA from Escherichia coli + strain K12 (153 aa), FASTA scores: opt: 269, E(): 3.8e-12, + (35.7% identity in 140 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2876c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2876c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01496.1" + /db_xref="GOA:P67105" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67105" + /translation="MTEALRRVWAKDLDARALYELLKLRVEVFVVEQACPYPELDGRD + LLAETRHFWLETPDGEVTCTLRLMEEHAGGEKVFRIGRLCTKRDARGQGHSNRLLCAA + LAEVGDYPCRIDAQAYLTAMYAQHGFVRDGDEFLDDGIPHVPMLRPGSGQVERP" + gene complement(3121508..3122989) + /gene="mqo" + /locus_tag="BQ2027_MB2877C" + CDS complement(3121508..3122989) + /gene="mqo" + /locus_tag="BQ2027_MB2877C" + /note="Mb2877c, mqo, len: 493 aa. Equivalent to Rv2852c, + len: 493 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 493 aa overlap). Probable mqo, + malate:quinone oxidoreductase (EC 1.1.99.16), highly + similar to others e.g. O69282|MQO_CORGL from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (499 + aa), FASTA scores: opt: 1701, E(): 1.2e-101, (50.7% + identity in 495 aa overlap); Q9Z9Q7|BH3960 from Bacillus + halodurans (500 aa), FASTA scores: opt: 1632, E(): + 3.3e-97, (48.55% identity in 486 aa overlap); + Q9HYF4|MQOA|PA3452 from Pseudomonas aeruginosa (523 aa), + FASTA scores: opt: 1604, E(): 2.1e-95, (49.1% identity in + 487 aa overlap) (N-terminus longer); + P33940|MQO_ECOLI|B2210 from Escherichia coli strain K12 + (548 aa), FASTA scores: opt: 1525, E(): 2.7e-90, (48.15% + identity in 492 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MQO + FAMILY. COFACTORS: FAD. Protein product from Mb2877c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2877c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MALATE:QUINONE OXIDOREDUCTASE MQO + (MALATE DEHYDROGENASE [ACCEPTOR])" + /protein_id="SIU01497.1" + /db_xref="GOA:P65420" + /db_xref="InterPro:IPR006231" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65420" + /translation="MSDLARTDVVLIGAGIMSATLGVLLRRLEPNWSITLIERLDAVA + AESSGPWNNAGTGHSALCEMNYTPEMPDGSIDITKAVRVNEQFQVTRQFWAYAAENGI + LTDVRSFLNPVPHVSFVHGSRGVEYLRRRQKALAGNPLFAGTEFIESPDEFARRLPFM + AAKRAFSEPVALNWAADGTDVDFGALAKQLIGYCVQNGTTALFGHEVRNLSRQSDGSW + TVTMCNRRTGEKRKLNTKFVFVGAGGDTLPVLQKSGIKEVKGFAGFPIGGRFLRAGNP + ALTASHRAKVYGFPAPGAPPLGALHLDLRFVNGKSWLVFGPYAGWSPKFLKHGQISDL + PRSIRPDNLLSVLGVGLTERRLLNYLISQLRLSEPERVSALREFAPSAIDSDWELTIA + GQRVQVIRRDERNGGVLEFGTTVIGDADGSIAGLLGGSPGASTAVAIMLDVLQKCFAN + RYQSWLPTLKEMVPSLGVQLSNEPALFDEVWSWSTKALKLGAA" + gene 3123196..3125043 + /gene="PE_PGRS48" + /locus_tag="BQ2027_MB2878" + CDS 3123196..3125043 + /gene="PE_PGRS48" + /locus_tag="BQ2027_MB2878" + /note="Mb2878, PE_PGRS48, len: 615 aa. Equivalent to + Rv2853, len: 615 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 615 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to many + e.g. O53884|Rv0872c|MTV043.65c from Mycobacterium + tuberculosis (606 aa), FASTA scores: opt: 1405, E(): + 1.4e-97, (64.6% identity in 619 aa overlap). Equivalent to + AAK47245 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (663 aa) but shorter 48 aa. Mb2878 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs48" + /protein_id="SIU01498.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2T7" + /translation="MLYVVASPDLMTAAATNLAEIGSAISTANGAAALPTVEVVAAAA + DEVSTQIAALFGAHARSYQTLSTQAAAFHSRFVQALTTAAASYASVEAANASPLQVAL + DVINAPAQTLLGRPLIGNGADGSTPGQAGGPGGLLYGNGGNGAAGGPNQAGGAGGNAG + LIGNGGAGGAGGVGAVGGNGGTGGLLFGNGGAGGQGGLGLAGINGGSGGQGGHGGNAI + LFGQGGAGGPGGTGAMGVAGTNPTPIGTAAPGSDGVNQIGNGGNTDLTGGAGGDGNAG + STTVNGGNGGTGGAARNSSGGTGNSFGGAGGAGGDGANGGDGGAGGEALTEGGATAVS + GAGGKGGNAEASGGAGGNGGKGGFAQATTSVTGGNGGNGGNGHDSNAPGGAGGSGGVG + GDGGRGGLLAGNGGTGGAGGNGGTGGAGAPGGAGGAGGKADIANSLGDNATVTGGNGG + TGGDGGSALGTGGAGGAGGLGGHGGAGGLLIGNGGAGGAGGLGGAGGAGGAGGEGGAG + GAGGEAIPGGASTNSAGGDGGAGGTGGNGGDGGAGGAPGLGGAGGAGGWLIGQSGSTG + GGGAGGAGGAGGAGGAGGSGGAGGHGDTTSGKNGSSGTAGFDGNPGQPG" + gene 3125080..3126120 + /locus_tag="BQ2027_MB2879" + CDS 3125080..3126120 + /locus_tag="BQ2027_MB2879" + /EC_number="3.1.1.5" + /note="Mb2879, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv2854, len: + 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, showing similarity with Q9CD03|ML2603 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (279 aa), + FASTA scores: opt: 154, E(): 0.0083, (33.35% identity in + 87 aa overlap). Protein product from Mb2879 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2879 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Lysophospholipase (EC" + /protein_id="SIU01499.1" + /db_xref="InterPro:IPR022742" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E0" + /translation="MTGWVPDVLPGYWQCTIPLGPDPDDEGDIVATLVGRGPQTGKAR + GDTTGAHHTVLAVHGYTDYFFHTELADHFANRGFAFYALDLRKCGRSRAPGQTPHFIT + DLARYDTELEHSLSIINEQNRSAKVLVYGHSAGGLIVSLWLDRLRQRGEITRAGVTGL + VLNSPFLDLQGPAILRLPLTSAFFAAMARMRPKWVARPPKEGGYGCTLHRDYDGEFDY + NLQWKPVGGFPVTFGWIHASRRGHARLHRGIDVGVPNLILCSDHTVREKADPATLHRG + DAVLDVTHITRWAGCIGNRSTVIAVADAKHDVFLSLPQPRQMAYRRLDLWLDDYLGTH + NDTDASASSGKG" + gene 3126133..3127512 + /gene="mtr" + /locus_tag="BQ2027_MB2880" + CDS 3126133..3127512 + /gene="mtr" + /locus_tag="BQ2027_MB2880" + /note="Mb2880, mtr, len: 459 aa. Equivalent to Rv2855, + len: 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 459 aa overlap). Probable mtr, + mycothiol reductase (EC 1.-.-.-), proven enzymatically but + previously described as glutathione reductase homolog + (gene name: gorA) (see citation below). Similar to others + e.g. Q9L7K8|MERA MERCURIC REDUCTASE from Streptomyces sp. + CHR28 (474 aa), FASTA scores: opt: 719, E(): 9e-38, (35.2% + identity in 460 aa overlap); P30341|MERA_STRLI MERCURIC + REDUCTASE (EC 1.16.1.1) from Streptomyces lividans (474 + aa), FASTA scores: opt: 712, E(): 2.5e-37, (34.95% + identity in 455 aa overlap); Q98ED5|MLL4296 FERRIC + LEGHEMOGLOBIN REDUCTASE-2 PRECURSOR, DIHYDROLIPOAMIDE + DEHYDROGENASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (468 aa), FASTA scores: opt: 670, E(): 1.1e-34, (30.8% + identity in 471 aa overlap); etc. BELONGS TO THE PYRIDINE + NUCLEOTIDE-DISULPHIDE OXIDOREDUCTASES CLASS-I. COFACTOR: + FAD. Protein product from Mb2880 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2880 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nadph-dependent mycothiol reductase mtr" + /protein_id="SIU01500.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2E2" + /db_xref="InterPro:IPR001100" + /db_xref="InterPro:IPR004099" + /db_xref="InterPro:IPR012999" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR017817" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E2" + /translation="METYDIAIIGTGSGNSILDERYASKRAAICEQGTFGGTCLNVGC + IPTKMFVYAAEVAKTIRGASRYGIDAHIDRVRWDDVVSRVFGRIDPIALSGEDYRRCA + PNIDVYRTHTRFGPVQADGRYLLRTDAGEEFTAEQVVIAAGSRPVIPPAILASGVDYH + TSDTVMRIAELPEHIVIVGSGFIAAEFAHVFSALGVRVTLVIRGSCLLRHCDDTICER + FTRIASTKWELRTHRNVVDGQQRGSGVALRLDDGCTINADLLLVATGRVSNADLLDAE + QAGVDVEDGRVIVDEYQRTSARGVFALGDVSSPYLLKHVANHEARVVQHNLLCDWEDT + QSMIVTDHRYVPAAVFTDPQIAAVGLTENQAVAKGLDISVKIQDYGDVAYGWAMEDTS + GIVKLITERGSGRLLGAHIMGYQASSLIQPLIQAMSFGLTAAEMARGQYWIHPALPEV + VENALLGLR" + gene 3127612..3128730 + /gene="nicT" + /locus_tag="BQ2027_MB2881" + CDS 3127612..3128730 + /gene="nicT" + /locus_tag="BQ2027_MB2881" + /note="Mb2881, nicT, len: 372 aa. Equivalent to Rv2856, + len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 372 aa overlap). Possible nicT, + nickel-transport integral membrane protein, similar to + transport proteins and hydrogenase cluster proteins e.g. + BAB58860|SAV2698 HYPOTHETICAL 37.9 KDA PROTEIN from + Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (338 aa), FASTA + scores: opt: 1082, E(): 7.1e-60, (48.05% identity in 335 + aa overlap); Q97ZB2|HOXN HIGH-AFFINITY NICKEL-TRANSPORT + PROTEIN from Sulfolobus solfataricus (373 aa), FASTA + scores: opt: 922, E(): 6.6e-50, (42.2% identity in 372 aa + overlap); P23516|HOXN_ALCEU HIGH-AFFINITY NICKEL TRANSPORT + PROTEIN (INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from Alcaligenes + eutrophus (Ralstonia eutropha) (351 aa), FASTA scores: + opt: 904, E(): 8.3e-49, (41.9% identity in 339 aa + overlap); Q45247|HUPN_BRAJA HYDROGENASE NICKEL + INCORPORATION PROTEIN from Bradyrhizobium japonicum (381 + aa), FASTA scores: opt: 853, E(): 1.3e-45, (41.65% + identity in 329 aa overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO THE + HOXN/HUPN/NIXA FAMILY OF NICKEL TRANSPORTERS (NiCoT + FAMILY). Mb2881 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE NICKEL-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN NICT" + /protein_id="SIU01501.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2E6" + /db_xref="InterPro:IPR004688" + /db_xref="InterPro:IPR011541" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E6" + /translation="MASSQLDRQRSRSAKMNRALTAAEWWRLGLMFAVIVALHLVGWL + TVTLLVEPARLSLGGKAFGIGVGLTAYTLGLRHAFDADHIAAIDNTTRKLMSDGHRPL + AVGFFFSLGHSTVVFGLAVMLVTGLKAIVGPVENDSSTLHHYTGLIGTSISGAFLYLI + GILNVIVLVGIVRVFAHLRRGDYDEAELEQQLDNRGLLIRFLGRFTKSLTKSWHMYPV + GFLFGLGFDTATEIALLVLAGTSAAAGLPWYAILCLPVLFAAGMCLLDTIDGSFMNFA + YGWAFSSPVRKIYYNITVTGLSVAVALLIGSVELLGLIANQLGWQGPFWDWLGGLDLN + TVGFVVVAMFALTWAIALLVWHYGRVEERWTPAPDRTT" + gene complement(3129511..3130287) + /locus_tag="BQ2027_MB2882C" + CDS complement(3129511..3130287) + /locus_tag="BQ2027_MB2882C" + /note="Mb2882c, -, len: 258 aa. Equivalent to Rv2857c, + len: 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 258 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + various dehydrogenases e.g. O88068|SCI35.33c PROBABLE + DEHYDROGENASE (SDR FAMILY) from Streptomyces coelicolor + (260 aa), FASTA scores: opt: 1208, E(): 2e-68, (72.35% + identity in 253 aa overlap); Q9I376|PA1649 from + Pseudomonas aeruginosa PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE + (253 aa), FASTA scores: opt: 569, E(): 2.1e-28, (39.2% + identity in 255 aa overlap); Q9EX74|MLHA SDR-LIKE ENZYME + from Rhodococcus erythropolis (246 aa), FASTA scores: opt: + 567, E(): 2.8e-28, (41.15% identity in 248 aa overlap); + etc. Also similar to many Mycobacterium tuberculosis + dehydrogenases e.g. FABG3|Rv2002|MT2058|MTCY39.16c + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE (260 aa), FASTA score: (38.3% + identity in 248 aa overlap). BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb2882c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2882c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU01502.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E1" + /translation="MMDLSQRLAGRVAVITGGGSGIGLAAGRRMRAEGATIVVGDVDV + EAGGAAADELSGLFVPTDVCDEDAVNGLFDGAAETYGRIDIAFNNAGISPPEDNLIEN + TELAAWQRVQDVNLKSVYLCCRAALRHMVLAGKGSIVNTASFVAVMGSATSQISYTAS + KGGVLAMSRELGVQFARQGIRVNALCPGPVNTPLLQELFAKNPERAARRMVHVPLGRF + AEPDEIAAAVAFLASDDASFITASTFLVDGGISSAYVTPL" + gene complement(3130284..3131651) + /gene="aldC" + /locus_tag="BQ2027_MB2883C" + CDS complement(3130284..3131651) + /gene="aldC" + /locus_tag="BQ2027_MB2883C" + /note="Mb2883c, aldC, len: 455 aa. Equivalent to Rv2858c, + len: 455 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 455 aa overlap). Probable aldC, + aldehyde dehydrogenase (EC 1.2.1.3), similar to many e.g. + O88069|SCI35.34c PUTATIVE ALDEHYDE DEHYDROGENASE from + Streptomyces coelicolor (483 aa), FASTA scores: opt: 1872, + E(): 6.4e-109, (64.5% identity in 448 aa overlap); + Q9FAB1|ALDH|BT-ALDH ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Bacillus + thermoleovorans (497 aa), FASTA scores: opt: 1157, E(): + 2.1e-64, (44.3% identity in 458 aa overlap); O33455|CYMC + P-CUMIC ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Pseudomonas putida + (494 aa), FASTA scores: opt: 1149, E(): 6.5e-64, (43.15% + identity in 452 aa overlap); + P40047|DHA5_YEAST|ALD5|ALDH5|ALD3|YER073W ALDEHYDE + DEHYDROGENASE from Saccharomyces cerevisiae (Baker's + yeast) (519 aa), FASTA scores: opt: 1091, E(): 2.7e-60, + (38.55% identity in 459 aa overlap); + P80668|FEAB_ECOLI|PADA|MAOB|B1385 PHENYLACETALDEHYDE + DEHYDROGENASE (EC 1.2.1.39) from Escherichia coli strain + K12 (499 aa), FASTA scores: opt: 1074, E(): 3e-59, (42.2% + identity in 462 aa overlap); etc. Also similar to many M. + tuberculosis dehydrogenases e.g. P71823|Rv0768|MTCY369.13 + (489 aa), FASTA score: (38.1% identity in 467 aa overlap). + Contains PS00687 Aldehyde dehydrogenases glutamic acid + active site and PS00070 Aldehyde dehydrogenases cysteine + active site. BELONGS TO THE ALDEHYDE DEHYDROGENASES + FAMILY. Protein product from Mb2883c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2883c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALDEHYDE DEHYDROGENASE ALDC" + /protein_id="SIU01503.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F3" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016160" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="InterPro:IPR029510" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F3" + /translation="MSTTQLINPATEEVLASVDHTDANAVDDAVQRARAAQRRWARLA + PAQRAAGLRAFAAAVQAHLDELAALEVANSGHPIVSAEWEAGHVRDVLAFYAASPERL + SGRQIPVAGGVDVTFNEPMGVVGVITPWNFPMVIASWAIAPALAAGNAVLVKPAELTP + LTTMRLGELAVEAGLDEDLLQVLPGKGTVVGERFVTHPDIRKIVFTGSTEVGKRVMAG + AAAQVKRVTLELGGKSANIVFHDCDLERAATTAPAGVFDNAGQDCCARSRILVQRSVY + DRFMELLEPAVHSIVVGDPGSRATEMGPLVSRAHRDKVAGYVPDDAPVAFRGTAPAGR + GFWFPPTVLTPKRGDRTVTDEIFGPVVVVLTFDDEADAISLANDTAYGLSGSIWTDDL + SRALRVARAVESGNLSVNSHSSVRFNTPFGGFKQSGVGRELGPDAPLQFTETKNVFIA + VGEEM" + gene complement(3131648..3132574) + /locus_tag="BQ2027_MB2884C" + CDS complement(3131648..3132574) + /locus_tag="BQ2027_MB2884C" + /note="Mb2884c, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv2859c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Possible + amidotransferase (EC 6.3.5.- or 2.-.-.-), equivalent (but + longer 58 aa) to Q9CBU9|ML1573 POSSIBLE AMIDOTRANSFERASE + from Mycobacterium leprae (249 aa), FASTA scores: opt: + 1226, E(): 3e-64, (71.55% identity in 239 aa overlap). + Also similar to other amidotransferases and hypothetical + proteins, but shorter in N-terminus e.g. O88072|SCI35.37 + HYPOTHETICAL 25.3 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (242 aa), FASTA scores: opt: 683, E(): 1.2e-32, (47.65% + identity in 235 aa overlap); AAK79730|Q97I88|CAC1764 + PREDICTED GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE from Clostridium + acetobutylicum (241 aa), FASTA scores: opt: 458, E(): + 1.6e-19, (32.95% identity in 246 aa overlap); + AAK75201|Q97QV9|SP1089 GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE CLASS I + from Streptococcus pneumoniae (229 aa), FASTA scores: opt: + 431, E(): 5.6e-18, (34.75% identity in 236 aa overlap); + etc. Contains three 17 aa repeats at the N-terminus very + similar to those in other Mycobacterium tuberculosis + proteins e.g. Q10699|YY30_MYCTU|Rv2090|MT2151|MTCY49.30 + PUTATIVE 5'-3' EXONUCLEASE RV2090 (EC 3.1.11.-). Protein + product from Mb2884c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2884c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE AMIDOTRANSFERASE" + /protein_id="SIU01504.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F8" + /db_xref="InterPro:IPR011697" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F8" + /translation="MDLSASRSDGGDPLRPASPRLRSPVSDGGDPLRPASPRLRSPVS + DGGDPLRPASPRLRSPLGASRPVVGLTAYLEQVRTGVWDIPAGYLPADYFEGITMAGG + VAVLLPPQPVDPESVGCVLDSLHALVITGGYDLDPAAYGQEPHPATDHPRPGRDAWEF + ALLRGALQRGMPVLGICRGTQVLNVALGGTLHQHLPDILGHSGHRAGNGVFTRLPVHT + ASGTRLAELIGESADVPCYHHQAIDQVGEGLVVSAVDVDGVIEALELPGDTFVLAVQW + HPEKSLDDLRLFKALVDAASGYAGRQSQAEPR" + gene complement(3132555..3133928) + /gene="glnA4" + /locus_tag="BQ2027_MB2885C" + CDS complement(3132555..3133928) + /gene="glnA4" + /locus_tag="BQ2027_MB2885C" + /note="Mb2885c, glnA4, len: 457 aa. Equivalent to Rv2860c, + len: 457 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 457 aa overlap). Probable glnA4, + glutamine synthetase class II (EC 6.3.1.2), similar to + many glutamine synthases e.g. O88070|SCI35.35c from + Streptomyces coelicolor (462 aa), FASTA scores: opt: 1947, + E(): 8.2e-120, (64.15% identity in 452 aa overlap); + Q98H15|MLL3074 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (465 aa), FASTA scores: opt: 1321, E(): 7.8e-79, (46.7% + identity in 452 aa overlap); Q98EM0|MLL4187 from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (456 aa), FASTA scores: opt: + 698, E(): 4.6e-38, (33.5% identity in 454 aa overlap); + Q9CDL9|GLNA from Lactococcus lactis (subsp. lactis) + (Streptococcus lactis) (446 aa), FASTA scores: opt: 633, + E(): 8.2e-34, (32.45% identity in 456 aa overlap); etc. + Also similar to three other potential glutamine synthases + in Mycobacterium tuberculosis: + Q10378|GLN2_MYCTU|GLNA2|Rv2222c|MT2280|MTCY190.33c|MTCY427 + .03c PROBABLE GLUTAMINE SYNTHETASE (446 aa), FASTA score: + (31.1% identity in 453 aa overlap); Rv1878|glnA3 and + Rv2220|glnA1. BELONGS TO THE GLUTAMINE SYNTHETASE FAMILY. + Protein product from Mb2885c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2885c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMINE SYNTHETASE GLNA4 (GLUTAMINE + SYNTHASE) (GS-II)" + /protein_id="SIU01505.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D4" + /db_xref="InterPro:IPR008146" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR036651" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D4" + /translation="MTGPGSPPLAWTELERLVAAGDVDTVIVAFTDMQGRLAGKRISG + RHFVDDIATRGVECCSYLLAVDVDLNTVPGYAMASWDTGYGDMVMTPDLSTLRLIPWL + PGTALVIADLVWADGSEVAVSPRSILRRQLDRLKARGLVADVATELEFIVFDQPYRQA + WASGYRGLTPASDYNIDYAILASSRMEPLLRDIRLGMAGAGLRFEAVKGECNMGQQEI + GFRYDEALVTCDNHAIYKNGAKEIADQHGKSLTFMAKYDEREGNSCHIHVSLRGTDGS + AVFADSNGPHGMSSMFRSFVAGQLATLREFTLCYAPTINSYKRFADSSFAPTALAWGL + DNRTCALRVVGHGQNIRVECRVPGGDVNQYLAVAALIAGGLYGIERGLQLPEPCVGNA + YQGADVERLPVTLADAAVLFEDSALVREAFGEDVVAHYLNNARVELAAFNAAVTDWER + IRGFERL" + gene complement(3134088..3134945) + /gene="mapB" + /locus_tag="BQ2027_MB2886C" + CDS complement(3134088..3134945) + /gene="mapB" + /locus_tag="BQ2027_MB2886C" + /note="Mb2886c, mapB, len: 285 aa. Equivalent to Rv2861c, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 285 aa overlap). Probable mapB + (alternate gene name: map), methionine aminopeptidase (EC + 3.4.11.18), equivalent to Q9CBU7|MAPB|ML1576 METHIONINE + AMINOPEPTIDASE from Mycobacterium leprae (285 aa), FASTA + scores: opt: 1729, E(): 1e-99, (89.75% identity in 283 aa + overlap). Also highly similar to many e.g. Q9RKR2|MAP3 + from Streptomyces coelicolor (285 aa), FASTA scores: opt: + 1385, E(): 2e-78, (70.65% identity in 283 aa overlap); + Q9SW64|C7A10.320|AT4G37040 from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (305 aa), FASTA scores: opt: 914, E(): + 3e-49, (50.35% identity in 286 aa overlap); + P07906|AMPM_ECOLI|MAP|B0168|Z0178|ECS0170 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (264 aa), FASTA scores: opt: + 793, E(): 8.5e-42, (51.0% identity in 245 aa overlap); + etc. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M24A; ALSO KNOWN AS THE + MAP FAMILY 1. COFACTOR: COBALT; BINDS 2 IONS PER SUBUNIT. + Note that this gene has an N-terminal extension present in + the human map, but not in the prokaryotic map's. An + alternative start, with RBS, will give a protein + equivalent to the shorter prokaryotic map's. Protein + product from Mb2886c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2886c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="methionine aminopeptidase mapb (map) (peptidase + m)" + /protein_id="SIU01506.1" + /db_xref="GOA:P0A5J3" + /db_xref="InterPro:IPR000994" + /db_xref="InterPro:IPR001714" + /db_xref="InterPro:IPR002467" + /db_xref="InterPro:IPR036005" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5J3" + /translation="MPSRTALSPGVLSPTRPVPNWIARPEYVGKPAAQEGSEPWVQTP + EVIEKMRVAGRIAAGALAEAGKAVAPGVTTDELDRIAHEYLVDNGAYPSTLGYKGFPK + SCCTSLNEVICHGIPDSTVITDGDIVNIDVTAYIGGVHGDTNATFPAGDVADEHRLLV + DRTREATMRAINTVKPGRALSVIGRVIESYANRFGYNVVRDFTGHGIGTTFHNGLVVL + HYDQPAVETIMQPGMTFTIEPMINLGALDYEIWDDGWTVVTKDRKWTAQFEHTLLVTD + TGVEILTCL" + gene complement(3134987..3135571) + /locus_tag="BQ2027_MB2887C" + CDS complement(3134987..3135571) + /locus_tag="BQ2027_MB2887C" + /note="Mb2887c, -, len: 194 aa. Equivalent to Rv2862c, + len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 194 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing some similarity with others e.g. + Q9X8X5|SCH35.31c HYPOTHETICAL 19.6 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (180 aa), FASTA scores: opt: 266, + E(): 2.2e-11, (34.65% identity in 179 aa overlap); + Q9Z5H1|ML0169|MLCB373.19 HYPOTHETICAL 22.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (200 aa), FASTA scores: opt: + 195, E(): 2.3e-06, (30.15% identity in 189 aa overlap); + etc. Also some similarity to + P71544|Y966_MYCTU|Rv0966c|MT0994|MTCY10D7.08 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (230 + aa), FASTA scores: opt: 209, E(): 2.6e-07, (31.5% identity + in 184 aa overlap). Mb2887c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01507.1" + /db_xref="InterPro:IPR012551" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2K8" + /translation="MTETGGDMVALRVSDADPNGTMRRLHNAVALGLINIDEFEQRSS + RVSFARTRSELDGLVGDLPRPGAIVTSAADRVELRGWAGSLKRHGEWIVPTRLALVRR + LGSIELDLVKARFAGPVVVIELDMMFGSLEVRLPNGASASIDDVEVYVGSASDRRKDA + PAEGTPHVVLTGRMVCGSVVIKGPRRALLRRHRG" + gene 3135729..3135923 + /gene="vapB23" + /locus_tag="BQ2027_MB2887A" + CDS 3135729..3135923 + /gene="vapB23" + /locus_tag="BQ2027_MB2887A" + /note="Mb2887A, len: 64 aa. Equivalent to Rv2862A len: 82 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 64 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB23, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with Rv2863 + (See Pandey and Gerdes, 2005)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB23" + /protein_id="SIU01508.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2U8" + /translation="MSLSNWLRQAGLRQLEAQRQRPLRTAQELREFFASRPDETGAEP + DWQAHLQVMAESRRRGLPAP" + gene 3135920..3136300 + /gene="vapc23" + /locus_tag="BQ2027_MB2888" + CDS 3135920..3136300 + /gene="vapc23" + /locus_tag="BQ2027_MB2888" + /note="Mb2888, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv2863, len: + 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q50595|YI38_MYCTU|Rv1838c|MT1886|MTCY1A11.05|MTCY359.35 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (131 aa), FASTA scores: + opt: 299, E(): 6.5e-15, (39.0% identity in 123 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc23" + /protein_id="SIU01509.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2E4" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E4" + /translation="MIFVDTNVFMYAVGRDHPLRMPAREFLEHSLEHQDRLVTSAEAM + QELLNAYVPVGRNSTLDSALTLVRALTEIWPVEAADVAHARTLHHRHPGLGARDLLHL + ACCQRRGVTRIKTFDHTLASAFRS" + gene complement(3136382..3138193) + /locus_tag="BQ2027_MB2889C" + CDS complement(3136382..3138193) + /locus_tag="BQ2027_MB2889C" + /note="Mb2889c, -, len: 603 aa. Equivalent to Rv2864c, + len: 603 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 603 aa overlap). Possible + penicillin-binding lipoprotein, probably located in + periplasm, equivalent to Q9CBU6|ML1577 PROBABLE PENICILLIN + BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae (608 aa), FASTA + scores: opt: 3352, E(): 2.1e-193, (81.5% identity in 606 + aa overlap). Also shows some similarity to others e.g. + P72405|PCBR from Streptomyces clavuligerus (551 aa), FASTA + scores: opt: 543, E(): 6.1e-25, (28.4% identity in 567 aa + overlap); Q9F2L0|SCH63.18c from Streptomyces coelicolor + (546 aa), FASTA scores: opt: 519, E(): 1.7e-23, (29.3% + identity in 577 aa overlap); Q9RKD1|SCE87.07 from + Streptomyces coelicolor (541 aa), FASTA scores: opt: 472, + E(): 1.1e-20, (34.3% identity in 318 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47258 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (618 aa) but shorter 15 aa. Contains signal + sequence and appropriately positioned PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site, and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb2889c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PENICILLIN-BINDING LIPOPROTEIN" + /protein_id="SIU01510.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F2" + /db_xref="InterPro:IPR001460" + /db_xref="InterPro:IPR007887" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F2" + /translation="MVTKTTLASATSGLLLLAVVAMSGCTPRPQGPGPAAEKFFAALA + IGDTASAAQLSDNPNEAREALNAAWAGLQAAHLDAQVLSAKYAEDTGTVAYRFSWHLP + KDRIWTYDGQLKMARDEGRWHVRWTTSGLHPKLGEHQTFALRADPPRRASVNEVGGTD + VLVPGYLYHYSLDAGQAGRELFGTAHAVVGALHPFDDTLNDPQLLAEQASSSTQPLDL + VTLHADDSNRVAAAIGQLPGVVITPQAELLPTDKHFAPAVLNDVKKAVVDELDGKAGW + RVVSVNQNGVDVSVLHEVAPSPASSVSITLDRVVQNAAQHAVNTRGGKAMIVVIKPST + GEILAIAQNAGADADGPVATTGLYPPGSTFKMITAGAAVERDLATPETLLGCPGEIDI + GHRTIPNYGGFDLGVVPMSRAFASSCNTTFAELSSRLPPRGLTQAARRYGIGLDYQVD + GITTVTGSVPPTVDLAERTEDGFGQGKVLASPFGMALVAATVAAGKTPVPQLIAGRPT + AVEGDATPISQKMIDALRPMMRLVVTNGTAKEIAGCGEVFGKTGEAEFPGGSHSWFAG + YRGDLAFASLIVGGGSSEYAVRMTKVMFESLPPGYLA" + gene 3138465..3138746 + /gene="relf" + /locus_tag="BQ2027_MB2890" + CDS 3138465..3138746 + /gene="relf" + /locus_tag="BQ2027_MB2890" + /note="Mb2890, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv2865, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing weak similarity with + P58235|YR54_SYNY3|SSR2754 HYPOTHETICAL 9.7 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (87 aa), FASTA + scores: opt: 134, E(): 0.007, (30.65% identity in 75 aa + overlap); BAB58570|SAV2408 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (83 aa), + FASTA scores: opt: 124, E(): 0.037, (27.5% identity in 80 + aa overlap). Also similar to Rv1247|MTV006.19c + HYPOTHETICAL 9.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (89 aa), FASTA scores: opt: 249, E(): + 2.6e-11, (44.2% identity in 86 aa overlap). Protein + product from Mb2890 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2890 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antitoxin relf" + /protein_id="SIU01511.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2G0" + /translation="MRILPISTIKGKLNEFVDAVSSTQDQITITKNGAPAAVLVGADE + WESLQETLYWLAQPGIRESIAEADADIASGRTYGEDEIRAEFGVPRRPH" + gene 3138750..3139013 + /gene="relg" + /locus_tag="BQ2027_MB2891" + CDS 3138750..3139013 + /gene="relg" + /locus_tag="BQ2027_MB2891" + /note="Mb2891, -, len: 87 aa. Equivalent to Rv2866, len: + 87 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 87 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to O50461|Rv1246c|MTV006.18c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (97 + aa), FASTA scores: opt: 290, E(): 3.6e-16, (54.1% identity + in 85 aa overlap). Mb2891 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin relg" + /protein_id="SIU01512.1" + /db_xref="InterPro:IPR007712" + /db_xref="InterPro:IPR035093" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2E5" + /translation="MPYTVRFTTTARRDLHKLPPRILAAVVEFAFGDLSREPLRVGKP + LRRELAGTFSARRGTYRLLYRIDDEHTTVVILRVDHRADIYRR" + gene complement(3139386..3140240) + /locus_tag="BQ2027_MB2892C" + CDS complement(3139386..3140240) + /locus_tag="BQ2027_MB2892C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2892c, -, len: 284 aa. Equivalent to Rv2867c, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9KYR8|SC5H4.21 + HYPOTHETICAL 31.3 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (287 aa), FASTA scores: opt: 798, E(): 2.4e-45, (47.95% + identity in 269 aa overlap). Protein product from Mb2892c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2892c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01513.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2G3" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR013653" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="InterPro:IPR016794" + /db_xref="InterPro:IPR025289" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2G3" + /translation="MSAPPISRLVGERQVSVVRDAAAVWRVLDDDPIESCMVAARVAD + HGIDPNAIGGELWTRRGAHESLCFAGANLIPLRGGPIDLNAFADVAMSTPRRCSSLVG + RADLVLPMWQRLEPVWGPARDVRDNQPLMALATHPSCAIDTGVRQVRPEELDSYLVAA + VDMFIGEVGVDPRLGDGGRGYRRRVAGLIAAGRAWARFEHGQVIFKAEVGSQSPAVGQ + IQGVWVHPEWRGIGLGTAGTATLAAVIVGSGRIASLYVNSFNTVARAAYARVGFKEIG + TFATVLLD" + gene complement(3140296..3141459) + /gene="gcpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2893C" + CDS complement(3140296..3141459) + /gene="gcpE" + /locus_tag="BQ2027_MB2893C" + /note="Mb2893c, gcpE, len: 387 aa. Equivalent to Rv2868c, + len: 387 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 387 aa overlap). Probable gcpE protein + (protein e), equivalent to Q9CBU5|GCPE|ML1581 HYPOTHETICAL + PROTEIN GCPE from Mycobacterium leprae (392 aa), FASTA + scores: opt: 2247, E(): 6.8e-134, (87.65% identity in 388 + aa overlap). Highly similar to essential gene of unknown + function from Escherichia coli and other prokaryotes e.g. + Q9X7W2|GCPE_STRCO|SC6A5.16 GCPE PROTEIN HOMOLOG from + Streptomyces coelicolor (384 aa), FASTA scores: opt: 1965, + E(): 3.8e-116, (78.2% identity in 385 aa overlap); + P54482|GCPE_BACSU GCPE PROTEIN HOMOLOG from Bacillus + subtilis (377 aa), FASTA scores: opt: 1157, E(): 2.6e-65, + (49.55% identity in 351 aa overlap); + P27433|GCPE_ECOLI|B2515|Z3778|ECS3377 GCPE PROTEIN + (PROTEIN E) from Escherichia coli strains K12 and O157:H7 + (372 aa), FASTA scores: opt: 984, E(): 2e-54, (44.15% + identity in 360 aa overlap); etc. BELONGS TO THE GCPE + FAMILY. Protein product from Mb2893c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2893c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GCPE PROTEIN" + /protein_id="SIU01514.1" + /db_xref="GOA:Q7TXN6" + /db_xref="InterPro:IPR004588" + /db_xref="InterPro:IPR011005" + /db_xref="InterPro:IPR016425" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXN6" + /translation="MTVGLGMPQPPAPTLAPRRATRQLMVGNVGVGSDHPVSVQSMCT + TKTHDVNSTLQQIAELTAAGCDIVRVACPRQEDADALAEIARHSQIPVVADIHFQPRY + IFAAIDAGCAAVRVNPGNIKEFDGRVGEVAKAAGAAGIPIRIGVNAGSLDKRFMEKYG + KATPEALVESALWEASLFEEHGFGDIKISVKHNDPVVMVAAYELLAARCDYPLHLGVT + EAGPAFQGTIKSAVAFGALLSRGIGDTIRVSLSAPPVEEVKVGNQVLESLNLRPRSLE + IVSCPSCGRAQVDVYTLANEVTAGLDGLDVPLRVAVMGCVVNGPGEAREADLGVASGN + GKGQIFVRGEVIKTVPEAQIVETLIEEAMRLAAEMGEQAPGATPSGSPIVTVS" + gene complement(3141476..3142690) + /gene="rip" + /locus_tag="BQ2027_MB2894C" + CDS complement(3141476..3142690) + /gene="rip" + /locus_tag="BQ2027_MB2894C" + /note="Mb2894c, -, len: 404 aa. Equivalent to Rv2869c, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 404 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CBU4|ML1582 + PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (404 aa), FASTA scores: opt: 2250, E(): 1.1e-128, + (82.2% identity in 404 aa overlap). Also weakly similar to + other membrane proteins or hypothetical proteins e.g. + Q9A710|CC1916 PUTATIVE MEMBRANE-ASSOCIATED ZINC + METALLOPROTEASE from Caulobacter crescentus (398 aa), + FASTA scores: opt: 368, E(): 7.8e-15, (28.1% identity in + 427 aa overlap). Protein product from Mb2894c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2894c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="membrane bound metalloprotease" + /protein_id="SIU01515.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F1" + /db_xref="InterPro:IPR001478" + /db_xref="InterPro:IPR008915" + /db_xref="InterPro:IPR036034" + /db_xref="InterPro:IPR041489" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F1" + /translation="MMFVTGIVLFALAILISVALHECGHMWVARRTGMKVRRYFVGFG + PTLWSTRRGETEYGVKAVPLGGFCDIAGMTPVEELDPDERDRAMYKQATWKRVAVLFA + GPGMNLAICLVLIYAIALVWGLPNLHPPTRAVIGETGCVAQEVSQGKLEQCTGPGPAA + LAGIRSGDVVVKVGDTPVSSFDEMAAAVRKSHGSVPIVVERDGTAIVTYVDIESTQRW + IPNGQGGELQPATVGAIGVGAARVGPVRYGVFSAMPATFAFTGDLTVEVGKALAALPT + KVGALVRAIGGGQRDPQTPISVVGASIIGGDTVDHGLWVAFWFFLAQLNLILAAINLL + PLLPFDGGHIAVAVFERIRNMVRSARGKVAAAPVNYLKLLPATYVVLVLVVGYMLLTV + TADLVNPIRLFQ" + gene complement(3142698..3143939) + /gene="dxr" + /locus_tag="BQ2027_MB2895C" + CDS complement(3142698..3143939) + /gene="dxr" + /locus_tag="BQ2027_MB2895C" + /note="Mb2895c, dxr, len: 413 aa. Equivalent to Rv2870c, + len: 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 413 aa overlap). Probable dxr, + 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (EC + 1.1.1.-), equivalent to Q9CBU3|DXR|ML1583 + 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE from + Mycobacterium leprae (406 aa), FASTA scores: opt: 2145, + E(): 1e-124, (84.05% identity in 395 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9AJD7|DXR from + Kitasatospora griseola (Streptomyces griseolosporeus) (386 + aa), FASTA scores: opt: 1176, E(): 5.2e-65, (56.45% + identity in 388 aa overlap); Q9KYS1|DXR_STRCO|SC5H4.18 + from Streptomyces coelicolor (401 aa), FASTA scores: opt: + 1079, E(): 5.1e-59, (52.25% identity in 396 aa overlap); + P45568|DXR|B0173 from Escherichia coli strain K12 (398 + aa), FASTA scores: opt: 120, E(): 0.032, (52.9% identity + in 34 aa overlap); etc. Contains PS00133 Zinc + carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. + BELONGS TO THE DXR FAMILY. N-terminus shortened since + first submission. Protein product from Mb2895c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2895c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE + REDUCTOISOMERASE DXR (DXP REDUCTOISOMERASE) + (1-DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE)" + /protein_id="SIU01516.1" + /db_xref="GOA:P64013" + /db_xref="InterPro:IPR003821" + /db_xref="InterPro:IPR013512" + /db_xref="InterPro:IPR013644" + /db_xref="InterPro:IPR026877" + /db_xref="InterPro:IPR036169" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64013" + /translation="MTNSTDGRADGRLRVVVLGSTGSIGTQALQVIADNPDRFEVVGL + AAGGAHLDTLLRQRAQTGVTNIAVADEHAAQRVGDIPYHGSDAATRLVEQTEADVVLN + ALVGALGLRPTLAALKTGARLALANKESLVAGGSLVLRAARPGQIVPVDSEHSALAQC + LRGGTPDEVAKLVLTASGGPFRGWSAADLEHVTPEQAGAHPTWSMGPMNTLNSASLVN + KGLEVIETHLLFGIPYDRIDVVVHPQSIIHSMVTFIDGSTIAQASPPDMKLPISLALG + WPRRVSGAAAACDFHTASSWEFEPLDTDVFPAVELARQAGVAGGCMTAVYNAANEEAA + AAFLAGRIGFPAIVGIIADVLHAADQWAVEPATVDDVLDAQRWARERAQRAVSGMASV + AIASTAKPGAAGRHASTLERS" + gene 3144066..3144323 + /gene="vapb43" + /locus_tag="BQ2027_MB2896" + CDS 3144066..3144323 + /gene="vapb43" + /locus_tag="BQ2027_MB2896" + /note="Mb2896, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv2871, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein (see citation below), similar to other CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis + strains H37Rv and CDC1551 e.g. O50456|Rv1241|MTV006.13 (86 + aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 2.9e-05, (37.2% identity + in 86 aa overlap); O53811|Rv0748|MTV041.22 (85 aa), FASTA + scores: opt: 170, E(): 4e-05, (35.3% identity in 85 aa + overlap); etc. Mb2896 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb43" + /protein_id="SIU01517.1" + /db_xref="GOA:P0A5H0" + /db_xref="InterPro:IPR002145" + /db_xref="InterPro:IPR010985" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5H0" + /translation="MRTTIRIDDELYREVKAKAARSGRTVAAVLEDAVRRGLNPPKPQ + AAGRYRVQPSGKGGLRPGVDLSSNAALAEAMNDGVSVDAVR" + gene 3144310..3144753 + /gene="vapc43" + /locus_tag="BQ2027_MB2897" + CDS 3144310..3144753 + /gene="vapc43" + /locus_tag="BQ2027_MB2897" + /note="Mb2897, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv2872, len: + 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Conserved + hypothetical protein (see citation below), similar to + other CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEINS from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O53683|Rv0277c|MTV035.05c (142 aa), FASTA scores: opt: + 357, E(): 1.4e-17, (41.45% identity in 140 aa overlap); + O53812|Rv0749|MTV041.23 (142 aa), FASTA scores: opt: 350, + E(): 4.3e-17, (41.55% identity in 142 aa overlap); etc. + Mb2897 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc43. contains pin domain." + /protein_id="SIU01518.1" + /db_xref="GOA:P65044" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65044" + /translation="MLCVDVNVLVYAHRADLREHADYRGLLERLANDDEPLGLPDSVL + AGFIRVVTNRRVFTEPTSPQDAWQAVDALLAAPAAMRLRPGERHWMAFRQLASDVDAN + GNDIADAHLAAYALENNATWLSADRGFARFRRLRWRHPLDGQTHL" + gene 3144833..3145495 + /gene="mpt83" + /locus_tag="BQ2027_MB2898" + CDS 3144833..3145495 + /gene="mpt83" + /locus_tag="BQ2027_MB2898" + /standard_name="mpt83" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2898, mpb83, len: 220 aa. Equivalent to Rv2873, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). mpt83 (alternate gene + name: mpb83), cell surface lipoprotein (see citations + below). Also similar to upstream ORF + Q50769|MP70_MYCTU|MPT70|MPB70|Rv2875|MT2943|MTCY274.06 + which is also known as MAJOR SECRETED IMMUNOGENIC PROTEIN + MPT70 PRECURSOR from Mycobacterium tuberculosis (193 aa), + FASTA scores: opt: 806, E(): 2.7e-38, (70.25% identity in + 185 aa overlap). BELONGS TO THE MPT70 / MPT83 FAMILY. + ATTACHED TO THE MEMBRANE BY A LIPID ANCHOR. Protein + product from Mb2898 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2898 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cell surface lipoprotein mpt83 (lipoprotein + p23)" + /protein_id="SIU01519.1" + /db_xref="GOA:P0CAX7" + /db_xref="InterPro:IPR000782" + /db_xref="InterPro:IPR036378" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0CAX7" + /translation="MINVQAKPAAAASLAAIAIAFLAGCSSTKPVSQDTSPKPATSPA + APVTTAAMADPAADLIGRGCAQYAAQNPTGPGSVAGMAQDPVATAASNNPMLSTLTSA + LSGKLNPDVNLVDTLNGGEYTVFAPTNAAFDKLPAATIDQLKTDAKLLSSILTYHVIA + GQASPSRIDGTHQTLQGADLTVIGARDDLMVNNAGLVCGGVHTANATVYMIDTVLMPP + AQ" + gene 3145775..3147862 + /gene="dipZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2899" + CDS 3145775..3147862 + /gene="dipZ" + /locus_tag="BQ2027_MB2899" + /note="Mb2899, dipZ, len: 695 aa. Equivalent to Rv2874, + len: 695 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 695 aa overlap). Possible dipZ, + cytochrome c-type biogenesis protein (see citation below), + probable integral membrane protein, similar in part to + others or hypothetical proteins e.g. CAC48606|SMB20213 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (627 aa), FASTA scores: opt: 844, + E(): 7.3e-43, (32.65% identity in 643 aa overlap); + Q9ZMH0|CCDA OR JHP0250 PUTATIVE CYTOCHROME C-TYPE + BIOGENESIS PROTEIN from Helicobacter pylori J99 + (Campylobacter pylori J99) (239 aa), FASTA scores: opt: + 250, E(): 1.4e-07, (27.3% identity in 227 aa overlap); + Q9LA04|CCDA C-TYPE CYTOCHROME BIOGENESIS PROTEIN from + Rhodobacter capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (252 + aa), FASTA scores: opt: 245, E(): 2.9e-07, (27.85% + identity in 244 aa overlap); etc. Also similar to + O06393|CCSA|Rv0527|MTCY25D10.06 CYTOCHROME C-TYPE + BIOGENESIS PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (259 + aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 2.4e-09, (29.3% identity + in 239 aa overlap). Protein product from Mb2899 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2899 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRAL MEMBRANE C-TYPE CYTOCHROME + BIOGENESIS PROTEIN DIPZ" + /protein_id="SIU01520.1" + /db_xref="GOA:P59960" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR003834" + /db_xref="InterPro:IPR008979" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="InterPro:IPR041017" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59960" + /translation="MVESRRAAAAASAYASRCGIAPATSQRSLATPPTISVPSGEGRC + RCHVARGAGRDPRRRLRRRRWCGRCGYHSHLTGGEFDVNRLCQQRSRERSCQLVAVPA + DPRPKRQRITDVLTLALVGFLGGLITGISPCILPVLPVIFFSGAQSVDAAQVAKPEGA + VAVRRKRALSATLRPYRVIGGLVLSFGMVTLLGSALLSVLHLPQDAIRWAALVALVAI + GAGLIFPRFEQLLEKPFSRIPQKQIVTRSNGFGLGLALGVLYVPCAGPILAAIVVAGA + TATIGLGTVVLTATFALGAALPLLFFALAGQRIAERVGAFRRRQREIRIATGSVTILL + AVALVFDLPAALQRAIPDYTASLQQQISTGTEIREQLNLGGIVNAQNAQLSNCSDGAA + QLESCGTAPDLKGITGWLNTPGNKPIDLKSLRGKVVLIDFWAYSCINCQRAIPHVVGW + YQAYKDSGLAVIGVHTPEYAFEKVPGNVAKGAANLGISYPIALDNNYATWTNYRNRYW + PAEYLIDATGTVRHIKFGEGDYNVTETLVRQLLNDAKPGVKLPQPSSTTTPDLTPRAA + LTPETYFGVGKVVNYGGGGAYDEGSAVFDYPPSLAANSFALRGRWALDYQGATSDGND + AAIKLNYHAKDVYIVVGGTGTLTVVRDGKPATLPISGPPTTHQVVAGDRLASETLEVR + PSKGLQVFSFTYG" + gene 3147958..3148539 + /gene="mpt70" + /locus_tag="BQ2027_MB2900" + CDS 3147958..3148539 + /gene="mpt70" + /locus_tag="BQ2027_MB2900" + /standard_name="mpt70" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2900, mpb70, len: 193 aa. Equivalent to Rv2875, + len: 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 193 aa overlap). mpt70 (alternate gene + name: mpb70), major secreted immunogenic protein MPT70 + precursor (see citations below). Also similar to + downstream ORF + Q10790|MP83_MYCTU|MPT83|MPB83|Rv2873|MT2940|MTCY274.04 + CELL SURFACE LIPOPROTEIN MPT83 PRECURSOR (LIPOPROTEIN P23) + (220 aa), FASTA scores: opt: 806, E(): 1.2e-40, (70.25% + identity in 185 aa overlap). BELONGS TO THE MPT70 / MPT83 + FAMILY. GENERALLY FOUND AS A MONOMER; HOMODIMER IN CULTURE + FLUIDS. Protein product from Mb2900 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2900 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="major secreted immunogenic protein mpt70" + /protein_id="SIU01521.1" + /db_xref="GOA:P0A669" + /db_xref="InterPro:IPR000782" + /db_xref="InterPro:IPR036378" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A669" + /translation="MKVKNTIAATSFAAAGLAALAVAVSPPAAAGDLVGPGCAEYAAA + NPTGPASVQGMSQDPVAVAASNNPELTTLTAALSGQLNPQVNLVDTLNSGQYTVFAPT + NAAFSKLPASTIDELKTNSSLLTSILTYHVVAGQTSPANVVGTRQTLQGASVTVTGQG + NSLKVGNADVVCGGVSTANATVYMIDSVLMPPA" + gene 3148591..3148905 + /locus_tag="BQ2027_MB2901" + CDS 3148591..3148905 + /locus_tag="BQ2027_MB2901" + /note="Mb2901, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv2876, len: + 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 104 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent (but longer 16 aa) to + Q9CBU2|ML1584 POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (84 aa), FASTA scores: opt: 444, E(): + 8.3e-26, (73.85% identity in 88 aa overlap). Mb2901 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01522.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2F6" + /db_xref="InterPro:IPR024341" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2F6" + /translation="MFGQWEFDVSPTGGIAVASTEVEHFAGSQHEVDTAEVPSAAWGR + SRIDHRTWHIVGLCIFGFLLAMLRGNHVGHVEDWFLITFAAVVLFVLARDLWGRRRGW + IR" + gene complement(3148936..3149799) + /locus_tag="BQ2027_MB2902C" + CDS complement(3148936..3149799) + /locus_tag="BQ2027_MB2902C" + /note="Mb2902c, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv2877c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 287 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, Mer family possibly involved in + transport of mercury, similar to others, and to the fourth + protein of the mercury resistance operon of Streptomyces + sp (or other organisms), and to putative cytochrome-c + biogenesis proteins e.g. Q9XBD1|CZA382.20C PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORTER from Amycolatopsis + orientalis (298 aa), FASTA scores: opt: 913, E(): 7.6e-46, + (51.55% identity in 293 aa overlap); P30344|MER4_STRLI + MERCURY RESISTANCE PROBABLE HG TRANSPORT PROTEIN from + Streptomyces lividans (319 aa), FASTA scores: opt: 427, + E(): 1.2e-17, (32.85% identity in 289 aa overlap); Q9M5P3 + PUTATIVE CYTOCHROME C BIOGENESIS PROTEIN PRECURSOR from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (354 aa), FASTA + scores: opt: 229, E(): 4e-06, (29.85% identity in 221 aa + overlap); etc. Contains PS00044 Bacterial regulatory + proteins, lysR family signature. Note that previously + known as merT. Mb2902c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01523.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2H3" + /db_xref="InterPro:IPR003834" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H3" + /translation="MNEALIGLAFAAGLVAALNPCGFAMLPAYLLLVVHGQDSAGRTG + PLSAVGRAAAATVGMALGFLTVFGIFGALTISAATAVQRYLPYATVLIGLALIALGGW + LLLGRGLTALTPRSLGVRWAPTVRLGSMYGYGISYAVASLSCTIGPFLAVTGAGLRGG + SVVGSVAIYLAYVAGLTLVVGVLAVAAATASSALADRLRRILPFVNRISGALLVVVGL + YVGYYGLYELRLIAGVGANPQDAVIAAAGRLQGALAGWVNQHGAWPWAVLLVVLVVGA + FAGTWFRRVRR" + gene complement(3149804..3150325) + /gene="mpt53" + /locus_tag="BQ2027_MB2903C" + CDS complement(3149804..3150325) + /gene="mpt53" + /locus_tag="BQ2027_MB2903C" + /standard_name="mpt53" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2903c, mpb53, len: 173 aa. Equivalent to Rv2878c, + len: 173 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 173 aa overlap). mpt53, secreted + protein (contains N-terminal signal sequence) (see + citations below). Shows some similarity with several + disulfide bond interchange proteins e.g. P43787|THIX_HAEIN + THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN HI1115 from Haemophilus + influenzae (167 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): 1.4e-06, + (28.9% identity in 135 aa overlap); P52237|TIPB_PSEFL + THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TIPB PRECURSOR + (CYTOCHROME C BIOGENESIS PROTEIN TIPB) (178 aa), FASTA + scores: opt: 184, E(): 1.8e-05, (26.3% identity in 171 aa + overlap); etc. Also highly similar to + O53924|DSBF|Rv1677|MTV047.12 PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (182 aa), FASTA scores: opt: + 482, E(): 5.7e-26, (52.8% identity in 142 aa overlap). + COULD BE BELONG TO THE THIOREDOXIN FAMILY. Note that also + previously known as dsbE. Protein product from Mb2903c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2903c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="soluble secreted antigen mpt53 precursor" + /protein_id="SIU01524.1" + /db_xref="GOA:P0A619" + /db_xref="InterPro:IPR000866" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A619" + /translation="MSLRLVSPIKAFADGIVAVAIAVVLMFGLANTPRAVAADERLQF + TATTLSGAPFDGASLQGKPAVLWFWTPWCPFCNAEAPSLSQVAAANPAVTFVGIATRA + DVGAMQSFVSKYNLNFTNLNDADGVIWARYNVPWQPAFVFYRADGTSTFVNNPTAAMS + QDELSGRVAALTS" + gene complement(3150511..3151605) + /locus_tag="BQ2027_MB2904C" + CDS complement(3150511..3151605) + /locus_tag="BQ2027_MB2904C" + /note="Mb2904c, -, len: 364 aa. Equivalent to 5' end of + Rv2880c and 3' end of Rv2879c, len: 275 aa and 189 aa, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 177 aa overlap and 100.0% identity in 188 aa + overlap). Rv2880c: Conserved hypothetical protein, highly + similar in N-terminus to others e.g. O86754|SC6A9.22c + HYPOTHETICAL 40.4 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (368 aa), FASTA scores: opt: 663, E(): 2.6e-33, (52.6% + identity in 213 aa overlap); Q55880|Y098_SYNY3|SLL0098 + HYPOTHETICAL 38.9 KDA PROTEIN from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (350 aa), FASTA scores: opt: 362, E(): + 7.3e-15, (38.9% identity in 162 aa overlap); O66732|AQ_416 + HYPOTHETICAL 40.2 KDA PROTEIN from Aquifex aeolicus (348 + aa), FASTA scores: opt: 321, E(): 2.4e-12, (39.75% + identity in 146 aa overlap); etc. Appears to be a frame + shift with respect to preceding ORF but we can detect no + error in the cosmid sequence to account for this. Rv2879c: + Conserved hypothetical protein, similar to others e.g. + C-terminus of Q9RVT6|DR0936 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Deinococcus radiodurans (346 aa), FASTA scores: opt: + 505, E(): 1e-26, (46.5% identity in 185 aa overlap); + O34617|YLON_BACSU HYPOTHETICAL 41.6 KDA PROTEIN from + Bacillus subtilis (363 aa), FASTA scores: opt: 459, E(): + 1.2e-24, (40.5% identity in 185 aa overlap); + YFGB_ECOLI|P36979 hypothetical 43.1 kd protein from + Escherichia coli (384 aa), FASTA scores, opt: 410, E(): + 2.8e-21, (41.7% identity in 187 aa overlap); etc. Appears + to be a frame shift with respect to following ORF but we + can detect no error in the cosmid sequence to account for + this. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv2880c and Rv2879c exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a single base deletion + (g-*) leads to a single product. Protein product from + Mb2904c detected using SWATH mass spectrometry and 0. + Mb2904c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01525.1" + /db_xref="GOA:P0A645" + /db_xref="InterPro:IPR004383" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR027492" + /db_xref="InterPro:IPR040072" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A645" + /translation="MVPELMFDEPRPGRPPRHLADLDAAGRASAVAELGLPAFRAKQL + AHQYYGRLIADPRQMTDLPAAVRDRIAGAMFPNLLTASADITCDAGQTRKTLWRAVDG + TMFESVLMRYPRRNTVCISSQAGCGMACPFCATGQGGLTRNLSTAEILEQVRAGAAAL + RDDFGDRLSNVVFMGMGEPLANYARVLAAVQRITARPPSGFGISARAVTVSTVGLAPA + IRNLADARLGVTLALSLHAPDDGLRDTLVPVNNRWRISEALDAARYYANVTGRRVSIE + YALIRDVNDQPWRADLLGKRLHRVLGPLAHVNLIPLNPTPGSDWDASPKPVEREFVKR + VRAKGVSCTVRDTRGREISAACGQLAAVGG" + gene complement(3151628..3152548) + /gene="cdsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2905C" + CDS complement(3151628..3152548) + /gene="cdsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2905C" + /note="Mb2905c, cdsA, len: 306 aa. Equivalent to Rv2881c, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 306 aa overlap). Probable cdsA, + phosphatidate cytidylyltransferase (EC 2.7.7.41), integral + membrane protein, equivalent to Q9CBU1|CDSA_MYCLE|ML1589 + PHOSPHATIDATE CYTIDYLYLTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (312 aa), FASTA scores: opt: 1470, E(): 1.1e-84, + (70.3% identity in 313 aa overlap). Also similar to others + e.g. Q9KPV7|VC2255 from Vibrio cholerae (280 aa), FASTA + scores: opt: 383, E(): 1.1e-16, (29.3% identity in 280 aa + overlap); Q9CDT2|CDSA from Lactococcus lactis (subsp. + lactis) (Streptococcus lactis) (267 aa), FASTA scores: + opt: 361, E(): 2.6e-15, (29.05% identity in 265 aa + overlap); P06466|CDSA_ECOLI|CDS|B0175|Z0186|ECS0177 from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (249 aa), FASTA + scores: opt: 352, E(): 9.2e-15, (40.4% identity in 156 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE CDS FAMILY. Protein product + from Mb2905c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb2905c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PHOSPHATIDATE + CYTIDYLYLTRANSFERASE CDSA (CDP-DIGLYCERIDE SYNTHETASE) + (CDP-DIGLYCERIDE PYROPHOSPHORYLASE) (CDP-DIACYLGLYCEROL + SYNTHASE) (CDS) (CTP:PHOSPHATIDATE CYTIDYLYLTRANSFERASE) + (CDP-DAG SYNTHASE) (CDP-DG SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU01526.1" + /db_xref="GOA:P63759" + /db_xref="InterPro:IPR000374" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63759" + /translation="MTTNDAGTGNPAEQPARGAKQQPATETSRAGRDLRAAIVVGLSI + GLVLIAVLVFVPRVWVAIVAVATLVATHEVVRRLREAGYLIPVIPLLIGGQAAVWLTW + PFGAVGALAGFGGMVVVCMIWRLFMQDSVTRPTTGGAPSPGNYLSDVSATVFLAVWVP + LFCSFGAMLVYPENGSGWVFCMMIAVIASDVGGYAVGVLFGKHPMVPTISPKKSWEGF + AGSLVCGITATIITATFLVGKTPWIGALLGVLFVLTTALGDLVESQVKRDLGIKDMGR + LLPGHGGLMDRLDGILPSAVAAWIVLTLLP" + gene complement(3152571..3153128) + /gene="frr" + /locus_tag="BQ2027_MB2906C" + CDS complement(3152571..3153128) + /gene="frr" + /locus_tag="BQ2027_MB2906C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2906c, frr, len: 185 aa. Equivalent to Rv2882c, + len: 185 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 185 aa overlap). Probable frr, + ribosome recycling factor, equivalent to + O33046|RRF_MYCLE|FRR|ML1590|MLCB250.76 RIBOSOME RECYCLING + FACTOR from Mycobacterium leprae (185 aa), FASTA scores: + opt: 1063, E(): 2.6e-60, (90.8% identity in 185 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + O86770|RRF_STRCO|FRR|SC6A9.40c from Streptomyces + coelicolor (185 aa), FASTA scores: opt: 783, E(): 1.5e-42, + (63.25% identity in 185 aa overlap); P81101|RRF_BACSU|FRR + from Bacillus subtilis (184 aa), FASTA scores: opt: 640, + E(): 1.7e-33, (51.65% identity in 182 aa overlap); + P16174|RRF_ECOLI|FRR|B0172|Z0183|ECS0174 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (185 aa), FASTA scores: opt: + 473, E(): 1.4e-23, (40.2% identity in 184 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE RRF FAMILY. Protein product from + Mb2906c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2906c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RIBOSOME RECYCLING FACTOR FRR (RIBOSOME + RELEASING FACTOR) (RRF)" + /protein_id="SIU01527.1" + /db_xref="GOA:P66735" + /db_xref="InterPro:IPR002661" + /db_xref="InterPro:IPR023584" + /db_xref="InterPro:IPR036191" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66735" + /translation="MIDEALFDAEEKMEKAVAVARDDLSTIRTGRANPGMFSRITIDY + YGAATPITQLASINVPEARLVVIKPYEANQLRAIETAIRNSDLGVNPTNDGALIRVAV + PQLTEERRRELVKQAKHKGEEAKVSVRNIRRKAMEELHRIRKEGEAGEDEVGRAEKDL + DKTTHQYVTQIDELVKHKEGELLEV" + gene complement(3153300..3154085) + /gene="pyrH" + /locus_tag="BQ2027_MB2907C" + CDS complement(3153300..3154085) + /gene="pyrH" + /locus_tag="BQ2027_MB2907C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2907c, pyrH, len: 261 aa. Equivalent to Rv2883c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable pyrH, + uridylate kinase (EC 2.7.4.-), equivalent to + O33045|PYRH_MYCLE|ML1591|MLCB250.75 URIDYLATE KINASE from + Mycobacterium leprae (279 aa), FASTA scores: opt: 1437, + E(): 3.8e-81, (85.05% identity in 274 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. O69913|PYRH from + Streptomyces coelicolor (253 aa), FASTA scores: opt: 1086, + E(): 1.4e-59, (68.9% identity in 251 aa overlap); + P74457|PYRH_SYNY3|SLL0144 from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (260 aa), FASTA scores: opt: 851, E(): 4.1e-45, + (55.85% identity in 231 aa overlap); + P29464|PYRH_ECOLI|SMBA|B0171|Z0182|ECS0173 from strains + K12 and O157:H7 (240 aa), FASTA scores: opt: 666, E(): + 1.1e-35, (45.7% identity in 232 aa overlap); etc. Protein + product from Mb2907c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2907c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE URIDYLATE KINASE PYRH (UK) (URIDINE + MONOPHOSPHATE KINASE) (UMP KINASE)" + /protein_id="SIU01528.1" + /db_xref="GOA:P65930" + /db_xref="InterPro:IPR001048" + /db_xref="InterPro:IPR011817" + /db_xref="InterPro:IPR015963" + /db_xref="InterPro:IPR036393" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65930" + /translation="MTEPDVAGAPASKPEPASTGAASAAQLSGYSRVLLKLGGEMFGG + GQVGLDPDVVAQVARQIADVVRGGVQIAVVIGGGNFFRGAQLQQLGMERTRSDYMGML + GTVMNSLALQDFLEKEGIVTRVQTAITMGQVAEPYLPLRAVRHLEKGRVVIFGAGMGL + PYFSTDTTAAQRALEIGADVVLMAKAVDGVFAEDPRVNPEAELLTAVSHREVLDRGLR + VADATAFSLCMDNGMPILVFNLLTDGNIARAVRGEKIGTLVTT" + gene 3154320..3155078 + /locus_tag="BQ2027_MB2908" + CDS 3154320..3155078 + /locus_tag="BQ2027_MB2908" + /note="Mb2908, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv2884, len: + 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, highly similar to + others e.g. Q05943|GLNR_STRCO|SCD84.26c TRANSCRIPTIONAL + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (267 aa), + FASTA scores: opt: 609, E(): 2.7e-34, (46.4% identity in + 224 aa overlap); Q55733|SLL0396 REGULATORY COMPONENTS OF + SENSORY TRANSDUCTION SYSTEM from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (224 aa), FASTA scores: opt: 330, E(): 3e-15, + (31.8% identity in 217 aa overlap); Q9A4S3|CC2757 + DNA-BINDING RESPONSE REGULATOR from Caulobacter crescentus + (223 aa), FASTA scores: opt: 311, E(): 6e-14, (30.3% + identity in 221 aa overlap); etc. Also highly similar to + O53830|Rv0818|MTV043.10 PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (255 aa), FASTA scores: opt: + 665, E(): 3.8e-38, (47.6% identity in 227 aa overlap). THE + N-TERMINAL REGION IS SIMILAR TO THAT OF OTHER REGULATORY + COMPONENTS OF SENSORY TRANSDUCTION SYSTEMS. Mb2908 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01529.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2G7" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2G7" + /translation="MPTGPTTGKWHPHEVWRYLLEVLLLTDEADLESALPELESFAQS + VQRAPLDDPGAAKGADADVAIIDARADLAAARRVCRRLTTSAPALAVVAVVAPANFVA + VDGDWIFDDVLLNAAGGAELQARLRLAITRRRSTLAGTLQFGDLVLHPASYTASLGDR + DLGLTLTEFKLMNFLVQHAGRAFTRTRLMREVWGYECHGRIRTVDVHVRRLRAKLGAE + HESMIDTVRGVGYMAVTPPQPRWIISESILNRCK" + gene complement(3155093..3157360) + /locus_tag="BQ2027_IS1539" + mobile_element complement(3155093..3157360) + /locus_tag="BQ2027_IS1539" + /note="IS1539, len: 2268 nt. Equivalent to IS1539, len: + 2267 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 2268 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1539" + gene complement(3155157..3156476) + /locus_tag="BQ2027_MB2909C" + CDS complement(3155157..3156476) + /locus_tag="BQ2027_MB2909C" + /note="Mb2909c, -, len: 439 aa. Equivalent to Rv2885c, + len: 460 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 437 aa overlap). Putative transposase + for IS1539. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a single base insertion (*-c) leads to a truncation + resulting in a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis stain H37Rv (439 aa versus 460 + aa). Mb2909c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase" + /protein_id="SIU01530.1" + /db_xref="InterPro:IPR001959" + /db_xref="InterPro:IPR010095" + /db_xref="InterPro:IPR021027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2H2" + /translation="MMARLKVPEGWCVQAFRFTLNPTQTQAASLARHFGARRKAFNWT + VTALKADIKAWRADGTESAKPSLRVLRKRWNTVKDQVCVNAQTGQVWWPECSKEAYAD + GIAGAVDAYWNWQSCRAGKRAGKTVGVPRFKKKGRDADRVCFTTGAMRVEPDRRHLTL + PVIGTIRTYENTRRVERLIAKGRARVLAITVRRNGTRLDASVRVLVQRPQQRRVALPD + SRVGVDVGVRRLATVADAEGTVLEQVPNPRPLDAALRGLRRVSRARSRCTKGSRRYCE + RTTELSRLHRRVNDVRTHHLHVLTTRLAKTHGRIVVEGLDAAGMLRQKGLPGARARRR + ALSDAALATPRRHLSYKTGWYGSSLVVADRWFPSSKTCHACRHVQDIGWDEIWQCDGC + SITHQRDDNAAINLARYEEPPSVVGPVGAAVKRGADRKTGPGPAGWP" + gene complement(3156473..3157360) + /locus_tag="BQ2027_MB2910C" + CDS complement(3156473..3157360) + /locus_tag="BQ2027_MB2910C" + /note="Mb2910c, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv2886c, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Probable resolvase + for IS1539. Contains PS00213 Lipocalin signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESOLVASE" + /protein_id="SIU01531.1" + /db_xref="GOA:P65046" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65046" + /translation="MSRILTHVPGRTVNRSYALPALVGSAAGRLSGNHSHGREAYIAL + PQWACSRQPSTPPLQTPGRINALWSLRPVLPMPGRGCQLLRLGGRWLSVVCCRNGSMN + LVVWAEGNGVARVIAYRWLRVGRLPVPARRVGRVILVDEPAGQPGRWGRTAVCARLSS + ADQKVDLDRQVVGVTAWATAEQIPVGKVVTEVGSALYGRRRTFLTLLGDPTVRRIVMK + RRDRLGRFGFECVQAVLAADGRELVVVDSADVDDDVVGDITEILTSICARLYGKRAAG + NRAARAVAAAARAGGHEAR" + gene 3157359..3157778 + /locus_tag="BQ2027_MB2911" + CDS 3157359..3157778 + /locus_tag="BQ2027_MB2911" + /note="Mb2911, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv2887, len: + 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, highly similar to + Q9EX59|SC1A4.04 PUTATIVE MARR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (151 aa), FASTA + scores: opt: 354, E(): 6.6e-16, (42.95% identity in 135 aa + overlap); and similar to others e.g. AAF97817|SLYA + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA from Escherichia coli + strain EPEC 2348/69 (146 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): + 0.0001, (27.25% identity in 132 aa overlap); + P55740|SLYA_ECOLI|AAG56631|B1642|Z2657|ECS2351 + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA from Escherichia coli + strains K12 and O157:H7 (146 aa), FASTA scores: opt: 177, + E(): 0.00018, (27.25% identity in 132 aa overlap); etc. + Contains probable helix-turn-helix motif at aa 50-71 + (Score 1182, +3.21 SD). Protein product from Mb2911 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2911 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01532.1" + /db_xref="GOA:P67748" + /db_xref="InterPro:IPR000835" + /db_xref="InterPro:IPR023187" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67748" + /translation="MGLADDAPLGYLLYRVGAVLRPEVSAALSPLGLTLPEFVCLRML + SQSPGLSSAELARHASVTPQAMNTVLRKLEDAGAVARPASVSSGRSLPATLTARGRAL + AKRAEAVVRAADARVLARLTAPQQREFKRMLEKLGSD" + gene complement(3157792..3159213) + /gene="amiC" + /locus_tag="BQ2027_MB2912C" + CDS complement(3157792..3159213) + /gene="amiC" + /locus_tag="BQ2027_MB2912C" + /note="Mb2912c, amiC, len: 473 aa. Equivalent to Rv2888c, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 473 aa overlap). Probable amiC, + amidase (EC 3.5.1.4), equivalent to + O33040|AMI3_MYCLE|AMIC|ML1596|MLCB250.65 PUTATIVE AMIDASE + AMIC from Mycobacterium leprae (468 aa), FASTA scores: + opt: 2361, E(): 4.2e-139, (76.7% identity in 468 aa + overlap). Also similar to others e.g. Q9A8N0|CC1323 + PUTATIVE 6-AMINOHEXANOATE-CYCLIC-DIMER HYDROLASE from + Caulobacter crescentus (521 aa), FASTA scores: opt: 925, + E(): 7.4e-50, (36.55% identity in 465 aa overlap); + O28325|YJ54_ARCFU|AF1954 PUTATIVE AMIDASE (EC 3.5.1.4) + from Archaeoglobus fulgidus (453 aa), FASTA scores: opt: + 659, E(): 2.2e-33, (31.1% identity in 460 aa overlap); + Q55424|AMID_SYNY3|SLL0828 PUTATIVE AMIDASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (506 aa), FASTA scores: + opt: 643, E(): 2.4e-32, (30.7% identity in 466 aa + overlap); etc. Also similar to + O05835|AMI1_MYCTU|AMIA2|Rv2363|MT2432|MTCY27.17c PUTATIVE + AMIDASE AMIA2 (484 aa), FASTA scores: opt: 656, E(): + 3.6e-33, (35.9% identity in 465 aa overlap); and + Q11056|AMI2_MYCTU|AMIB2|Rv1263|MT1301|MTCY50.19c PUTATIVE + AMIDASE from Mycobacterium tuberculosis (462 aa), FASTA + scores: opt: 650, E(): 8.2e-33, (33.45% identity in 472 aa + overlap). Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-poop). BELONGS TO THE AMIDASE FAMILY. Protein product + from Mb2912c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2912c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMIDASE AMIC (AMINOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU01533.1" + /db_xref="GOA:P63495" + /db_xref="InterPro:IPR000120" + /db_xref="InterPro:IPR020556" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63495" + /translation="MSRVHAFVDDALGDLDAVALADAIRSGRVGRADVVEAAIARAEA + VNPALNALAYAAFDVARDAAAMGTGQEAFFSGVPTFIKDNVDVAGQPSMHGTDAWEPY + AAVADSEITRVVLGTGLVSLGKTQLSEFGFSAVAEHPRLGPVRNPWNTDYTAGASSSG + SGALVAAGVVPIAHANDGGGSIRIPAACNGLVGLKPSRGRLPLEPEYRRLPVGIVANG + VLTRTVRDTAAFYREAERLWRNHQLPPVGDVTSPVKQRLRIAVVTRSVLREASPEVRQ + LTLKLAGLLEELGHRVEHVDHPPAPASFVDDFVLYWGFLALAQVRSGRRTFGRTFDPT + RLDELTLGLARHTGRNLHRLPLAIMRLRMLRRRSVRFFGTYDVLLTPTVAEATPQVGY + LAPTDYQTVLDRLSSWVVFTPVQNVTGVPAISLPLAQSADGMPVGMMLSADTGREALL + LELAYELEEARPWARIHAPNIAE" + gene complement(3159220..3160035) + /gene="tsf" + /locus_tag="BQ2027_MB2913C" + CDS complement(3159220..3160035) + /gene="tsf" + /locus_tag="BQ2027_MB2913C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2913c, tsf, len: 271 aa. Equivalent to Rv2889c, + len: 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 271 aa overlap). Probable tsf, + elongation factor, equivalent to + O33039|EFTS_MYCLE|TSF|ML1597|MLCB250.64 ELONGATION FACTOR + from Mycobacterium leprae (276 aa), FASTA scores: opt: + 1430, E(): 1.9e-80, (83.7% identity in 276 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. Q9X5Z9|EFTS_STRRA|TSF + from Streptomyces ramocissimus (278 aa), FASTA scores: + opt: 928, E(): 1.1e-49, (57.05% identity in 277 aa + overlap); O31213|EFTS_STRCO|TSF|SC2E1.42 from Streptomyces + coelicolor (278 aa), FASTA scores: opt: 927, E(): 1.3e-49, + (56.3% identity in 277 aa overlap); P80700|EFTS_BACSU|TSF + from Bacillus subtilis (292 aa), FASTA scores: opt: 650, + E(): 1.3e-32, (43.85% identity in 276 aa overlap); etc. + Contains PS01127 Elongation factor Ts signature 2. BELONGS + TO THE EF-TS FAMILY. Protein product from Mb2913c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2913c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELONGATION FACTOR TSF (EF-TS)" + /protein_id="SIU01534.1" + /db_xref="GOA:Q7TXN0" + /db_xref="InterPro:IPR001816" + /db_xref="InterPro:IPR009060" + /db_xref="InterPro:IPR014039" + /db_xref="InterPro:IPR018101" + /db_xref="InterPro:IPR036402" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXN0" + /translation="MANFTAADVKRLRELTGAGMLACKNALAETDGDFDKAVEALRIK + GAKDVGKRAERATAEGLVAAKDGALIELNCETDFVAKNAEFQTLADQVVAAAAAAKPA + DVDALKGASIGDKTVEQAIAELSAKIGEKLELRRVAIFDGTVEAYLHRRSADLPPAVG + VLVEYRGDDAAAAHAVALQIAALRARYLSRDDVPEDIVASERRIAEETARAEGKPEQA + LPKIVEGRLNGFFKDAVLLEQASVSDNKKTVKALLDVAGVMVTRFVRFEVGQA" + gene complement(3160047..3160910) + /gene="rpsB" + /locus_tag="BQ2027_MB2914C" + CDS complement(3160047..3160910) + /gene="rpsB" + /locus_tag="BQ2027_MB2914C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2914c, rpsB, len: 287 aa. Equivalent to Rv2890c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 287 aa overlap). Probable rpsB, 30s + ribosomal protein s2, equivalent to + O33038|RS2_MYCLE|RPSB|ML1598|MLCB250.63 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S2 from Mycobacterium leprae (277 aa), FASTA + scores: opt: 1593, E(): 2.3e-93, (91.5% identity in 270 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + O31212|RS2_STRCO|RPSB|SC2E1.41 from Streptomyces + coelicolor (310 aa), FASTA scores: opt: 1302, E(): + 6.1e-75, (70.6% identity in 289 aa overlap); + Q9KA63|RPSB|BH2427 from Bacillus halodurans (244 aa), + FASTA scores: opt: 991, E(): 2.3e-55, (59.6% identity in + 255 aa overlap); P21464|RS2_BACSU|RPSB from Bacillus + subtilis (245 aa), FASTA scores: opt: 959, E(): 2.4e-53, + (58.55% identity in 246 aa overlap); etc. Contains PS00962 + Ribosomal protein S2 signature 1. BELONGS TO THE S2P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb2914c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2914c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s2 rpsb" + /protein_id="SIU01535.1" + /db_xref="GOA:P66538" + /db_xref="InterPro:IPR001865" + /db_xref="InterPro:IPR005706" + /db_xref="InterPro:IPR018130" + /db_xref="InterPro:IPR023591" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66538" + /translation="MAVVTMKQLLDSGTHFGHQTRRWNPKMKRFIFTDRNGIYIIDLQ + QTLTFIDKAYEFVKETVAHGGSVLFVGTKKQAQESVAAEATRVGMPYVNQRWLGGMLT + NFSTVHKRLQRLKELEAMEQTGGFEGRTKKEILGLTREKNKLERSLGGIRDMAKVPSA + IWVVDTNKEHIAVGEARKLGIPVIAILDTNCDPDEVDYPIPGNDDAIRSAALLTRVIA + SAVAEGLQARAGLGRADGKPEAEAAEPLAEWEQELLASATASATPSATASTTALTDAP + AGATEPTTDAS" + gene 3161194..3161943 + /locus_tag="BQ2027_MB2915" + CDS 3161194..3161943 + /locus_tag="BQ2027_MB2915" + /note="Mb2915, -, len: 249 aa. Equivalent to Rv2891, len: + 249 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 249 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in N-terminus to + O69910|SC2E1.40c HYPOTHETICAL 22.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (226 aa), FASTA scores: opt: 315, + E(): 3.4e-11, (40.7% identity in 145 aa overlap). + C-terminus overlaps neigbouring ORF." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Membrane proteins related to + metalloendopeptidases" + /protein_id="SIU01536.1" + /db_xref="InterPro:IPR011055" + /db_xref="InterPro:IPR016047" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65048" + /translation="MAKSPARRCTAKVRRVLSRSVLILCWSLLGAAPAHADDSRLGWP + LRPPPAVVRQFDAASPNWNPGHRGVDLAGRPGQPVYAAGSATVVFAGLLAGRPVVSLA + HPGGLRTSYEPVVAQVRVGQPVSAPTVIGALAAGHPGCQAAACLHWGAMWGPASGANY + VDPLGLLKSTPIRLKPLSSEGRTLHYRQAEPVFVNEAAAGALAGAGHRKSPKQGVFRG + AAQGGDIVARQPPGRWVCPSSAGGPIGWHRQ" + gene complement(3161722..3162948) + /gene="PPE45" + /locus_tag="BQ2027_MB2916C" + CDS complement(3161722..3162948) + /gene="PPE45" + /locus_tag="BQ2027_MB2916C" + /note="Mb2916c, PPE45, len: 408 aa. Equivalent to Rv2892c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 408 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. O06386|Rv3621c|MTCY15C10.31|MTCY07H7B.01 from M. + tuberculosis (413 aa), FASTA scores: opt: 957, E(): + 6.2e-46, (44.7% identity in 423 aa overlap). Mb2916c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe45" + /protein_id="SIU01537.1" + /db_xref="GOA:P0A695" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A695" + /translation="MDFGVLPPEINSGRMYAGPGSGPMMAAAAAWDSLAAELGLAAGG + YRLAISELTGAYWAGPAAASMVAAVTPYVAWLSATAGQAEQAGMQARAAAAAYELAFA + MTVPPPVVVANRALLVALVATNFFGQNTPAIAATEAQYAEMWAQDAAAMYAYAGSAAI + ATELTPFTAAPVTTSPAALAGQAAATVSSTVPPLATTAAVPQLLQQLSSTSLIPWYSA + LQQWLAENLLGLTPDNRMTIVRLLGISYFDEGLLQFEASLAQQAIPGTPGGAGDSGSS + VLDSWGPTIFAGPRASPSVAGGGAVGGVQTPQPYWYWALDRESIGGSVSAALGKGSSA + GSLSVPPDWAARARWANPAAWRLPGDDVTALRGTAENALLRGFPMASAGQSTGGGFVH + KYGFRLAVMQRPPFAG" + gene 3163348..3164325 + /locus_tag="BQ2027_MB2917" + CDS 3163348..3164325 + /locus_tag="BQ2027_MB2917" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2917, -, len: 325 aa. Equivalent to Rv2893, len: + 325 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 325 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), showing similarity with + various proteins and/or oxidoreductases e.g. Q9AE05|RIF11 + eleventh protein in the rif biosynthetic gene cluster from + Amycolatopsis mediterranei (Nocardia mediterranei) (294 + aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 4.8e-10, (34.5% identity + in 313 aa overlap); O52567 REDUCTASE from Amycolatopsis + mediterranei (Nocardia mediterranei) (153 aa), FASTA + scores: opt: 251, E(): 5e-09, (42.4% identity in 125 aa + overlap); Q58929|MER|MJ1534 F420-DEPENDENT + METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE (EC 1.5.99.-) + from Methanococcus jannaschii (331 aa), FASTA scores: opt: + 249, E(): 1.2e-08, (29.7% identity in 283 aa overlap); + etc. Also some similarity with others proteins from + Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + P71844|Rv0791c|MTCY369.35c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE (347 + aa), FASTA scores: opt: 264, E(): 1.3e-09, (29.05% + identity in 272 aa overlap); and P96809|Rv0132|MTCI5.06c + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE (360 aa), FASTA scores: opt: 260, + E(): 2.4e-09, (33.05% identity in 239 aa overlap). Protein + product from Mb2917 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01538.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X5" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019923" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X5" + /translation="MTVASTAHHTRRLRFGLAAPLPRAGTQMRAFAQAVEAAGFDVLA + FPDHLVPSVSPFAGATAAAMATQRLHTGTLVLNNDFRHPVDTAREAAGVATLAEGRFE + LGLGAGHRRSEYDAAGITFDSGATRVARLIESAHLIRALLDAEPVDFDGQHYRVHAEA + GSLVAPPKVRVPLLVGGNGTEVLRLGGRIADIVGLAGISHNRDATQVRFTHFDADGLA + DRIAVVRHAAGDRFEAIELNALIQAVVCTNDRNAAAAELAATLGGITPEQVLESPFLL + LGTHEQMAEALAARQRRFGVSYWTVFDEWAGRASAMRDIAEVIALLRYG" + gene complement(3164322..3165218) + /gene="xerC" + /locus_tag="BQ2027_MB2918C" + CDS complement(3164322..3165218) + /gene="xerC" + /locus_tag="BQ2027_MB2918C" + /note="Mb2918c, xerC, len: 298 aa. Equivalent to Rv2894c, + len: 298 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 298 aa overlap). Probable xerC, + integrase/recombinase, equivalent to + Q9CBU0|XERC|ML1600|MLCB250.62 INTEGRASE/RECOMBINASE from + Mycobacterium leprae (297 aa), FASTA scores: opt: 1624, + E(): 2e-97, (85.15% identity in 296 aa overlap). Also + highly similar to others integrases/recombinases + (generally xerC and xerD) e.g. Q9HTS4|SSS|PA5280 + SITE-SPECIFIC RECOMBINASE from Pseudomonas aeruginosa (303 + aa), FASTA scores: opt: 660, E(): 3.2e-35, (41.8% identity + in 299 aa overlap); Q9HXQ6|XERD|PA3738 + INTEGRASE/RECOMBINASE from Pseudomonas aeruginosa (298 + aa), FASTA scores: opt: 656, E(): 5.7e-35, (40.05% + identity in 297 aa overlap); Q9KCP0|BH1529 + INTEGRASE/RECOMBINASE from Bacillus halodurans (299 aa), + FASTA scores: opt: 645, E(): 2.9e-34, (37.35% identity in + 300 aa overlap); etc. Also similar to + O33200|Rv1701|MTCI125.23 INTEGRASE/RECOMBINASE from + Mycobacterium tuberculosis (311 aa), FASTA scores: opt: + 646, E(): 2.6e-34, (43.1% identity in 304 aa overlap). + BELONGS TO THE 'PHAGE' INTEGRASE FAMILY. Protein product + from Mb2918c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb2918c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRASE/RECOMBINASE XERC" + /protein_id="SIU01539.1" + /db_xref="GOA:P67629" + /db_xref="InterPro:IPR002104" + /db_xref="InterPro:IPR004107" + /db_xref="InterPro:IPR010998" + /db_xref="InterPro:IPR011010" + /db_xref="InterPro:IPR013762" + /db_xref="InterPro:IPR023009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67629" + /translation="MQAILDEFDEYLALQCGRSVHTRRAYLGDLRSLFAFLADRGSSL + DALTLSVLRSWLAATAGAGAARTTLARRTSAVKAFTAWAVRRGLLAGDPAARLQVPKA + RRTLPAVLRQDQALRAMAAAESGAEQGDPLALRDRLIVELLYATGIRVSELCGLDVDD + IDTGHRLVRVLGKGNKQRTVPFGQPAADALHAWLVDGRRALVTAESGHALLLGARGRR + LDVRQARTAVHQTVAAVDGAPDMGPHGLRHSAATHLLEGGADLRVVQELLGHSSLATT + QLYTHVAVARLRAVHERAHPRA" + gene complement(3165309..3166160) + /gene="viuB" + /locus_tag="BQ2027_MB2919C" + CDS complement(3165309..3166160) + /gene="viuB" + /locus_tag="BQ2027_MB2919C" + /note="Mb2919c, viuB, len: 283 aa. Equivalent to Rv2895c, + len: 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 283 aa overlap). Possible viuB, + mycobactin utilization protein, highly similar to + Q9RJ78|SCI41.06 HYPOTHETICAL 31.5 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (280 aa), FASTA scores: opt: 639, + E(): 5.1e-32, (46.3% identity in 285 aa overlap); and + similar to other proteins e.g. Q9F641|MXCB protein of the + biosynthetic gene cluster of the myxochelin-type iron + chelator from Stigmatella aurantiaca (270 aa), FASTA + scores: opt: 417, E(): 2.2e-18, (34.2% identity in 263 aa + overlap); Q56646|VIUB_VIBCH|VC2210 VIBRIOBACTIN + UTILIZATION PROTEIN from Vibrio cholerae (271 aa), FASTA + scores: opt: 395, E(): 5.1e-17, (31.0% identity in 274 aa + overlap); Q56743|VIUB_VIBVU VULNIBACTIN UTILIZATION + PROTEIN V from Vibrio vulnificus (271 aa), FASTA scores: + opt: 390, E(): 1e-16, (33.95% identity in 274 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK47289 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (321 aa) but shorter 38 aa. + Protein product from Mb2919c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2919c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MYCOBACTIN UTILIZATION PROTEIN VIUB" + /protein_id="SIU01540.1" + /db_xref="GOA:P65050" + /db_xref="InterPro:IPR007037" + /db_xref="InterPro:IPR013113" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="InterPro:IPR039374" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65050" + /translation="MAGRPLHAFEVVATRHLAPHMVRVVLGGSGFDTFVPSDFTDSYI + KLVFVDDDVDVGRLPRPLTLDSFADLPTAKRPPVRTMTVRHVDAAAREIAVDIVLHGE + HGVAGPWAAGAQRGQPIYLMGPGGAYAPDPAADWHLLAGDESAIPAIAAALEALPPDA + IGRAFIEVAGPDDEIGLTAPDAVEVNWVYRGGRADLVPEDRAGDHAPLIEAVTTTAWL + PGQVHVFIHGEAQAVMHNLRPYVRNERGVDAKWASSISGYWRRGRTEEMFRKWKKELA + EAEAGTH" + gene complement(3166193..3167362) + /gene="dprA" + /locus_tag="BQ2027_MB2920C" + CDS complement(3166193..3167362) + /gene="dprA" + /locus_tag="BQ2027_MB2920C" + /note="Mb2920c, -, len: 389 aa. Equivalent to Rv2896c, + len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 389 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others proteins e.g. Q9ZJ08|FIR2 from + Rhodococcus fascians (293 aa), FASTA scores: opt: 663, + E(): 3.3e-32, (43.7% identity in 286 aa overlap); + O69892|SC2E1.21 HYPOTHETICAL 37.9 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (382 aa), FASTA scores: opt: 600, + E(): 2.2e-28, (46.45% identity in 267 aa overlap); + Q9JWZ4|DPRA|NMA0158 DPRA HOMOLOG from Neisseria + meningitidis (serogroup A) (395 aa), FASTA scores: opt: + 495, E(): 4.1e-22, (34.6% identity in 347 aa overlap); + etc. Mb2920c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rossmann fold nucleotide-binding protein Smf + possibly involved in DNA uptake" + /protein_id="SIU01541.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2I9" + /db_xref="InterPro:IPR003488" + /db_xref="InterPro:IPR041614" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2I9" + /translation="MIDPTARAWAYLSRVAEPPCAQLAALVRCVGPVEAADRVRRGQV + GNELAQHTGARRGIDRAADDLELLMRRGGRLITPDDDEWPVLAFAAFSGAGARARPCG + HSPLVLWALGPARLDEVAPRAAAVVGTRAATAYGEHVAADLAAGLAERDVAVVSGGAY + GIDGAAHRAALDSEGITVAVLAGGFDIPYPAGHSALLHRIAQHGVLFTEYPPGVRPAR + HRFLTRNRLVAAVARAAVVVEAGLRSGAANTAAWARALGRVVAAVPGPVTSSASAGCH + TLLRHGAELVTRADDIVEFVGHIGELAGDEPRPGAALDVLSEAERQVYEALPGRGAAT + IDEIAVGSGLLPAQVLGPLAILEVAGLAECRDGRWRILRAGAGQAAAKGAAARLV" + gene complement(3167359..3168870) + /locus_tag="BQ2027_MB2921C" + CDS complement(3167359..3168870) + /locus_tag="BQ2027_MB2921C" + /note="Mb2921c, -, len: 503 aa. Equivalent to Rv2897c, + len: 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 503 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, possibly Mg-chelatase, highly + similar to hypothetical proteins and chelatases e.g. + Q9RTV0|DR1656 MG(2+) CHELATASE FAMILY PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (519 aa), FASTA scores: opt: 1333, + E(): 3.6e-68, (46.55% identity in 505 aa + overlap);Q55372|SLR0904 HYPOTHETICAL 55.1 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (509 aa), FASTA scores: + opt: 1271, E(): 1.2e-64, (42.65% identity in 504 aa + overlap); Q9HTR4|PA5290 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (497 aa), FASTA scores: opt: 1248, + E(): 2.3e-63, (45.9% identity in 503 aa overlap); + Q9K0Z6|COMM|NMB0405 COMPETENCE PROTEIN (MG-CHELATASE) from + Neisseria meningitidis (serogroup B), FASTA scores: opt: + 1229, E(): 2.8e-62, (43.2% identity in 509 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AAA+ ATPase superfamily protein YifB/ComM, + associated with DNA recombination" + /protein_id="SIU01542.1" + /db_xref="InterPro:IPR000523" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004482" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR025158" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68908" + /translation="MALGRAFSVAVRGLDGEIVEIEADITSGLPGVHLVGLPDAALQE + SRDRVRAAVTNCGNSWPMARLTLALSPATLPKMGSVYDIALAAAVLSAQQKKPWERLE + NTLLLGELSLDGRVRPVRGVLPAVLAAKRDGWPAVVVPADNLPEASLVDGIDVRGVRT + LGQLQSWLRGSTGLAGRITTADTTPESAADLADVVGQSQARFAVEVAAAGAHHLMLTG + PPGVGKTMLAQRLPGLLPSLSGSESLEVTAIHSVAGLLSGDTPLITRPPFVAPHHSSS + VAALVGGGSGMARPGAVSRAHRGVLFLDECAEISLSALEALRTPLEDGEIRLARRDGV + ACYPARFQLVLAANPCPCAPADPQDCICAAATKRRYLGKLSGPLLDRVDLRVQMHRLR + AGAFSAADGESTSQVRQRVALAREAAAQRWRPHGFRTNAEVSGPLLRRKFRPSSAAML + PLRTALDRGLLSIRGVDRTLRVAWSLADLAGRTSPGIDEVAAALSFRQTGARR" + gene complement(3168870..3169256) + /locus_tag="BQ2027_MB2922C" + CDS complement(3168870..3169256) + /locus_tag="BQ2027_MB2922C" + /note="Mb2922c, -, len: 128 aa. Equivalent to Rv2898c, + len: 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to + O33024|YS98_MYCLE|ML1607|MLCB250.49 HYPOTHETICAL 11.0 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (96 aa), FASTA scores: + opt: 318, E(): 2.3e-16, (58.35% identity in 96 aa + overlap). Also similar to other hypothetical proteins e.g. + O69890|YE19_STRCO|SC2E1.19 from Streptomyces coelicolor + (130 aa), FASTA scores: opt: 253, E(): 1.7e-11, (39.65% + identity in 121 aa overlap); Q9HVZ1|PA4424 from + Pseudomonas aeruginosa (125 aa), FASTA scores: opt: 234, + E(): 4.2e-10, (40.85% identity in 115 aa overlap); O86871 + from Streptomyces lividans (85 aa), FASTA scores: opt: + 224, E(): 1.8e-09, (46.45% identity in 84 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK47292 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (141 aa) but shorter 13 aa. + Mb2922c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UPF0102 protein YraN" + /protein_id="SIU01543.1" + /db_xref="GOA:P67231" + /db_xref="InterPro:IPR003509" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR011856" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67231" + /translation="MTTLKTMTRVQLGAMGEALAVDYLTSMGLRILNRNWRCRYGELD + VIACDAATRTVVFVEVKTRTGDGYGGLAHAVTERKVRRLRRLAGLWLADQEERWAAVR + IDVIGVRVGPKNSGRTPELTHLQGIG" + gene complement(3169504..3170334) + /gene="fdhD" + /locus_tag="BQ2027_MB2923C" + CDS complement(3169504..3170334) + /gene="fdhD" + /locus_tag="BQ2027_MB2923C" + /note="Mb2923c, fdhD, len: 276 aa. Equivalent to Rv2899c, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 276 aa overlap). Possible fdhD + protein, highly similar to other bacterial fdhd proteins + e.g. Q9ZBW0|FDHD_STRCO|SC4B5.08c from Streptomyces + coelicolor (282 aa), FASTA scores: opt: 1032, E(): + 3.6e-59, (59.0% identity in 278 aa overlap); + BAB59387|TVG0258796 from Thermoplasma volcanium (279 aa), + FASTA scores: opt: 536, E(): 3.4e-27, (38.65% identity in + 282 aa overlap); Q9HL17|FDHD_THEAC|TA0423 from + Thermoplasma acidophilum (282 aa), FASTA scores: opt: 529, + E(): 9.6e-27, (38.8% identity in 281 aa overlap); + P32177|FDHD_ECOLI FDHD PROTEIN from Escherichia coli + strain K12 (277 aa), FASTA scores: opt: 297, E(): 8.6e-12, + (33.35% identity in 261 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + FDHD FAMILY. Mb2923c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible fdhd protein homolog" + /protein_id="SIU01544.1" + /db_xref="GOA:P64119" + /db_xref="InterPro:IPR003786" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64119" + /translation="MGYATAHRRVRHLSADQVITRPETLAVEEPLEIRVNGTPVTVTM + RTPGSDFELVQGFLLAEGVVAHREDVLTVSYCGRRVEGNATGASTYNVLDVALAPGVK + PPDVDVTRTFYTTSSCGVCGKASLQAVSQVSRFAPGGDPATVAADTLKAMPDQLRRAQ + KVFARTGGLHAAALFGVDGAMLAVREDIGRHNAVDKVIGWAFERDRIPLGASVLLVSG + RASFELTQKALMAGIPVLAAVSAPSSLAVSLADASGITLVAFLRGDSMNVYTRADRIT + " + gene complement(3170334..3172673) + /gene="fdhF" + /locus_tag="BQ2027_MB2924C" + CDS complement(3170334..3172673) + /gene="fdhF" + /locus_tag="BQ2027_MB2924C" + /note="Mb2924c, fdhF, len: 779 aa. Equivalent to Rv2900c, + len: 779 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 779 aa overlap). Possible fdhF, + formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2), highly similar to + others formate dehydrogenases and prokaryotic + molybdopterin-containing oxidoreductases e.g. + Q9S2J9|SC7H2.18 PUTATIVE FORMATE DEHYDROGENASE from + Streptomyces coelicolor (759 aa), FASTA scores: opt: 3038, + E(): 2.7e-180, (59.7% identity in 767 aa overlap); + Q9HU08|PA5181 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from Pseudomonas + aeruginosa (773 aa), FASTA scores: opt: 2560, E(): + 1.1e-150, (53.2% identity in 761 aa overlap); P78160 + FORMATE DEHYDROGENASE A CHAIN (EC 1.2.1.2) (FRAGMENT) from + Escherichia coli strain K12 (740 aa), FASTA scores: opt: + 2002, E(): 3.7e-116, (43.1% identity in 733 aa overlap); + P07658|FDHF_ECOLI|P78137|B4079 FORMATE DEHYDROGENASE from + Escherichia coli strain K12 (715 aa), FASTA scores: opt: + 305, E(): 5.6e-13, (25.5% identity in 748 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE PROKARYOTIC MOLYBDOPTERIN-CONTAINING + OXIDOREDUCTASE FAMILY. Protein product from Mb2924c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2924c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FORMATE DEHYDROGENASE H FDHF + (FORMATE-HYDROGEN-LYASE-LINKED, SELENOCYSTEINE-CONTAINING + POLYPEPTIDE) (FORMATE DEHYDROGENASE-H ALPHA SUBUNIT) + (FDH-H)" + /protein_id="SIU01545.1" + /db_xref="GOA:P65409" + /db_xref="InterPro:IPR006656" + /db_xref="InterPro:IPR006657" + /db_xref="InterPro:IPR009010" + /db_xref="InterPro:IPR010046" + /db_xref="InterPro:IPR037951" + /db_xref="InterPro:IPR041953" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65409" + /translation="MYVEAVRWQRSAASRDVLADYDEQAVTVAPRKREAAGVRAVMVS + LQRGMQQMGALRTAAALARLNQRNGFDCPGCAWPEEPGGRKLAEFCENGAKAVAEEAT + KRTVTAEFFARHSVAELSAKPEYWLSQQGRLAHPMVLRPGDDHYRPISWDAAYQLIAE + QLNGLDSPDRAVFYTSGRTSNEAAFCYQLLVRSFGTNNLPDCSNMCHESSGAALTDSI + GIGKGSVTIGDVEHADLIVIAGQNPGTNHPRMLSVLGKAKANGAKIIAVNPLPEAGLI + RFKDPQKVNGVVGHGIPIADEFVQIRLGGDMALFAGLGRLLLEAEERVPGSVVDRSFV + DNHCAGFDGYRRRTLQVGLDTVMDATGIELAQLQRVAAMLMASQRTVICWAMGLTQHA + HAVATIGEVTNVLLLRGMIGKPGAGVCPVRGHSNVQGDRTMGIWEKMPEQFLAALDRE + FGITSPRAHGFDTVAAIRAMRDGRVSVFMGMGGNFASATPDTAVTEAALRRCALTVQV + STKLNRSHLVHGATALILPTLGRTDRDTRNGRKQLVSVEDSMSMVHLSRGSLHPPSDQ + VRSEVQIICQLARALFGPGHPVPWERFADDYDTIRDAIAAVVPGCDDYNHKVRVPDGF + QLPHPPRDAREFRTSTGKANFAVNPLQWVPVPPGRLVLQTLRSHDQYNTTIYGLDDRY + RGVKGGRRVVFINPADIETFGLTAGDRVDLVSEWTDGQGGLQERRAKDFLVVAYSTPV + GNAAAYYPETNPLVPLDHTAAQSNTPVSKAIIVRLEPTA" + gene complement(3172731..3173036) + /locus_tag="BQ2027_MB2925C" + CDS complement(3172731..3173036) + /locus_tag="BQ2027_MB2925C" + /note="Mb2925c, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv2901c, + len: 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, very equivalent to + O33023|ML1610|MLCB250.41 HYPOTHETICAL 12.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (101 aa), FASTA scores: opt: + 658, E(): 2.6e-43, (99.0% identity in 101 aa overlap). + Also highly similar to O69889|SC2E1.18 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor and Streptomyces + lividans (102 aa), FASTA scores: opt: 515, E(): 2.2e-32, + (75.0% identity in 100 aa overlap). Protein product from + Mb2925c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2925c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein often found in Actinomycetes clustered + with signal peptidase and/or RNaseHII" + /protein_id="SIU01546.1" + /db_xref="InterPro:IPR019592" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65052" + /translation="MSAEDLEKYETEMELSLYREYKDIVGQFSYVVETERRFYLANSV + EMVPRNTDGEVYFELRLADAWVWDMYRPARFVKQVRVVTFKDVNIEEVEKPELRLPE" + gene complement(3173090..3173884) + /gene="rnhB" + /locus_tag="BQ2027_MB2926C" + CDS complement(3173090..3173884) + /gene="rnhB" + /locus_tag="BQ2027_MB2926C" + /note="Mb2926c, rnhB, len: 264 aa. Equivalent to Rv2902c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 264 aa overlap). Probable rnhB, + ribonuclease HII (EC 3.1.26.4), equivalent to + O33022|RNH2_MYCLE|RNHB|ML1611|MLCB250.40 RIBONUCLEASE HII + from Mycobacterium leprae (240 aa), FASTA scores: opt: + 1242, E(): 6.9e-72, (76.75% identity in 245 aa overlap). + Also similar (but longer ~20 aa) to others e.g. + Q9HXY9|RNHB|PA3642 RIBONUCLEASE HII from Pseudomonas + aeruginosa (201 aa), FASTA scores: opt: 572, E(): 3.1e-29, + (52.7% identity in 184 aa overlap); + Q9PEI7|RNH2_XYLFA|RNHB|XF1041 RIBONUCLEASE HII from + Xylella fastidiosa (234 aa), FASTA scores: opt: 556, E(): + 3.6e-28, (50.25% identity in 185 aa overlap); + P10442|RNH2_ECOLI|RNHB|B0183 RIBONUCLEASE HII from + Escherichia coli strain K-12 (213 aa), FASTA scores: opt: + 519, E(): 7.4e-26, (48.65% identity in 183 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE RNASE HII FAMILY. COFACTOR: MANGANESE + (BY SIMILARITY). Protein product from Mb2926c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2926c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBONUCLEASE HII PROTEIN RNHB (RNASE + HII)" + /protein_id="SIU01547.1" + /db_xref="GOA:Q7TXM7" + /db_xref="InterPro:IPR001352" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR022898" + /db_xref="InterPro:IPR024567" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXM7" + /translation="MTKTWPPRTVIRKSGGLRGMRTLESALHRGGLGPVAGVDEVGRG + ACAGPLVVAACVLGPGRIASLAALDDSKKLSEQAREKLFPLICRYAVAYHVVFIPSAE + VDRHGVHVANIEGMRRAVAGLAVRPGYVLSDGFRVPGLPMPSLPVIGGDAAAACIAAA + SVLAKVSRDRVMVALDADHPGYGFAEHKGYSTPAHSRALARLGPCPQHRYSFINVRRV + ASGSNTAEVADGQPDPRDGTAQTGEGRWSKSSHPATMRATGRAQGT" + gene complement(3173898..3174782) + /gene="lepB" + /locus_tag="BQ2027_MB2927C" + CDS complement(3173898..3174782) + /gene="lepB" + /locus_tag="BQ2027_MB2927C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2927c, lepB, len: 294 aa. Equivalent to Rv2903c, + len: 294 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 294 aa overlap). Probable lepB, signal + peptidase I (EC 3.4.21.89) (TYPE II MEMBRANE PROTEIN) (see + first citation below), equivalent to + O33021|LEP_MYCLE|ML1612|MLCB250.39 PROBABLE SIGNAL + PEPTIDASE I from Mycobacterium leprae (289 aa), FASTA + scores: opt: 1335, E(): 1.8e-77, (69.75% identity in 301 + aa overlap). Also similar to many e.g. O86869|SIPX SIGNAL + PEPTIDASE I from Streptomyces lividans (320 aa), FASTA + scores: opt: 474, E(): 1e-22, (43.55% identity in 248 aa + overlap); O69884|SIP1|SIPW PUTATIVE SIGNAL PEPTIDASE I + from Streptomyces coelicolor and Streptomyces lividans + (259 aa), FASTA scores: opt: 226, E(): 5e-07, (36.0% + identity in 214 aa overlap); P42668|LEP_BACLI|SIP SIGNAL + PEPTIDASE I from Bacillus licheniformis (186 aa), FASTA + scores: opt: 218, E(): 1.3e-06, (34.5% identity in 194 aa + overlap); etc. Contains PS00501 Signal peptidases I serine + active site,and PS00761 Signal peptidases I signature 3. + BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S26; ALSO KNOWN AS TYPE I + LEADER PEPTIDASE FAMILY. Protein product from Mb2927c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2927c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SIGNAL PEPTIDASE I LEPB (SPASE I) + (LEADER PEPTIDASE I)." + /protein_id="SIU01548.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y2" + /db_xref="InterPro:IPR000223" + /db_xref="InterPro:IPR015927" + /db_xref="InterPro:IPR019533" + /db_xref="InterPro:IPR019756" + /db_xref="InterPro:IPR019758" + /db_xref="InterPro:IPR036286" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y2" + /translation="MTETTDSPSERQPGPAEPELSSRDPDIAGQVFDAAPFDAAPDAD + SEGDSKAAKTDEPRPAKRSTLREFAVLAVIAVVLYYVMLTFVARPYLIPSESMEPTLH + GCSTCVGDRIMVDKLSYRFGSPQPGDVIVFRGPPSWNVGYKSIRSHNVAVRWVQNALS + FIGFVPPDENDLVKRVIAVGGQTVQCRSDTGLTVNGRPLKEPYLDPATMMADPSIYPC + LGSEFGPVTVPPGRVWVMGDNRTHSADSRAHCPLLCTNDPLPGTVPVANVIGKARLIV + WPPSRWGVVRSVNPQQGR" + gene complement(3174840..3175181) + /gene="rplS" + /locus_tag="BQ2027_MB2928C" + CDS complement(3174840..3175181) + /gene="rplS" + /locus_tag="BQ2027_MB2928C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2928c, rplS, len: 113 aa. Equivalent to Rv2904c, + len: 113 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 113 aa overlap). Probable rplS, 50S + ribosomal protein L19, equivalent to O33020|RL19_MYCLE 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L19 from Mycobacterium leprae (113 aa), + FASTA scores: opt: 702, E(): 1.4e-45, (93.8% identity in + 113 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O69883|RL19_STRCO from Streptomyces coelicolor (116 aa), + FASTA scores: opt: 571, E(): 9.5e-36, (77.25% identity in + 110 aa overlap); O31742|RL19_BACSU from Bacillus subtilis + (115 aa), FASTA scores: opt: 523, E(): 3.8e-32, (72.9% + identity in 107 aa overlap); RL19_BACST|P30529 from + Bacillus stearothermophilus (116 aa), FASTA scores: opt: + 518, E(): 9.1e-32, (71.7% identity in 106 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE L19P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. + Protein product from Mb2928c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2928c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l19 rpls" + /protein_id="SIU01549.1" + /db_xref="GOA:P66081" + /db_xref="InterPro:IPR001857" + /db_xref="InterPro:IPR008991" + /db_xref="InterPro:IPR018257" + /db_xref="InterPro:IPR038657" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66081" + /translation="MNRLDFVDKPSLRDDIPAFNPGDTINVHVKVIEGAKERLQVFKG + VVIRRQGGGIRETFTVRKESYGVGVERTFPVHSPNIDHIEVVTRGDVRRAKLYYLREL + RGKKAKIKEKR" + gene 3175556..3176500 + /gene="lppW" + /locus_tag="BQ2027_MB2929" + CDS 3175556..3176500 + /gene="lppW" + /locus_tag="BQ2027_MB2929" + /note="Mb2929, lppW, len: 314 aa. Equivalent to Rv2905, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Probable lppW, + conserved ala-rich lipoprotein, with slight similarity to + beta-lactamases and hypothetical proteins e.g. + Q9S1P7|SCJ9A.23 HYPOTHETICAL 36.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (336 aa), FASTA scores: opt: 222, + E(): 2.8e-06, (25.5% identity in 298 aa overlap); + O69914|SC3C8.01 PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (302 aa), FASTA scores: opt: 201, + E(): 5.1e-05, (24.9% identity in 257 aa overlap); + P14559|BLAC_STRAL BETA-LACTAMASE PRECURSOR from + Streptomyces albus G (314 aa), FASTA scores: opt: 113, + E(): 3.3, (25.2% identity in 278 aa overlap); etc. Has + signal peptide and appropriately positioned prokaryotic + lipoprotein lipid attachment site: ATTACHED TO THE + MEMBRANE BY A LIPID ANCHOR (POTENTIAL). Protein product + from Mb2929 detected using SWATH mass spectrometry. Mb2929 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ALANINE RICH LIPOPROTEIN + LPPW" + /protein_id="SIU01550.1" + /db_xref="GOA:P65305" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65305" + /translation="MRARPLTLLTALAAVTLVVVAGCEARVEAEAYSAADRISSRPQA + RPQPQPVELLLRAITPPRAPAASPNVGFGELPTRVRQATDEAAAMGATLSVAVLDRAT + GQLVSNGNTQIIATASVAKLFIADDLLLAEAEGKVTLSPEDHHALDVMLQSSDDGAAE + RFWSQDGGNAVVTQVARRYGLRSTAPPSDGRWWNTISSAPDLIRYYDMLLDGSGGLPL + DRAAVIIADLAQSTPTGIDGYPQRFGIPDGLYAEPVAVKQGWMCCIGSSWMHLSTGVI + GPERRYIMVIESLQPADDATARATITQAVRTMFPNGRI" + gene complement(3176593..3177285) + /gene="trmD" + /locus_tag="BQ2027_MB2930C" + CDS complement(3176593..3177285) + /gene="trmD" + /locus_tag="BQ2027_MB2930C" + /note="Mb2930c, trmD, len: 230 aa. Equivalent to Rv2906c, + len: 230 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 230 aa overlap). Probable trmD, tRNA + m1G methyltransferase (EC 2.1.1.31), equivalent to + O33017|TRMD_MYCLE from Mycobacterium leprae (238 aa), + FASTA scores: opt: 1363, E(): 8.1e-86, (87.2% identity in + 227 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O69882|TRMD_STRCO from Streptomyces coelicolor and S. + lividans (277 aa), FASTA scores: opt: 841, E(): 4.5e-50, + (55.55% identity in 234 aa overlap); Q9A0B6 from + Streptococcus pyogenes (243 aa), FASTA scores: opt: 698, + E(): 2.5e-40, (47.6% identity in 227 aa overlap); + P07020|TRMD_ECOLI|TRMD|B2607|Z3901|ECS3470 from + Escherichia coli strain O157:H7 (255 aa), FASTA scores: + opt: 573, E(): 3.8e-33, (42.1% identity in 228 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE RNA METHYLTRANSFERASE TRMD + FAMILY. Protein product from Mb2930c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2930c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRNA (GUANINE-N1)-METHYLTRANSFERASE + TRMD (M1G-METHYLTRANSFERASE) (TRNA [GM37] + METHYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01551.1" + /db_xref="GOA:P66969" + /db_xref="InterPro:IPR002649" + /db_xref="InterPro:IPR016009" + /db_xref="InterPro:IPR023148" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66969" + /translation="MRIDIVTIFPACLDPLRQSLPGKAIESGLVDLNVHDLRRWTHDV + HHSVDDAPYGGGPGMVMKAPVWGEALDEICSSETLLIVPTPAGVLFTQATAQRWTTES + HLVFACGRYEGIDQRVVQDAARRMRVEEVSIGDYVLPGGESAAVVMVEAVLRLLAGVL + GNPASHQDDSHSTGLDGLLEGPSYTRPASWRGLDVPEVLLSGDHARIAAWRREVSLQR + TRERRPDLSHPD" + gene complement(3177289..3177819) + /gene="rimM" + /locus_tag="BQ2027_MB2931C" + CDS complement(3177289..3177819) + /gene="rimM" + /locus_tag="BQ2027_MB2931C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2931c, rimM, len: 176 aa. Equivalent to Rv2907c, + len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Probable rimM, 16S + rRNA processing protein, equivalent to O33016|RIMM_MYCLE + PROBABLE 16S RRNA PROCESSING protein from Mycobacterium + leprae (179 aa), FASTA scores: opt: 797, E(): 2.4e-46, + (73.15% identity in 175 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. O69881|RIMM_STRCO from Streptomyces + coelicolor (188 aa), FASTA scores: opt: 485, E(): 2.3e-25, + (48.85% identity in 176 aa overlap); Q9KA14|RIMM_BACHD + from Bacillus halodurans (173 aa), FASTA scores: opt: 289, + E(): 3.2e-12, (30.65% identity in 173 aa overlap); + P21504|RIMM_ECOLI|RIMM|B2608 from Escherichia coli strain + K12 (182 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): 1e-08, (29.4% + identity in 177 aa overlap). BELONGS TO THE RIMM FAMILY. + Mb2931c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 16S RRNA PROCESSING PROTEIN RIMM" + /protein_id="SIU01552.1" + /db_xref="GOA:P66654" + /db_xref="InterPro:IPR002676" + /db_xref="InterPro:IPR009000" + /db_xref="InterPro:IPR011033" + /db_xref="InterPro:IPR011961" + /db_xref="InterPro:IPR027275" + /db_xref="InterPro:IPR036976" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66654" + /translation="MELVVGRVVKSHGVTGEVVVEIRTDDPADRFAPGTRLRAKGPFD + GGAEGSAVSYVIESVRQHGGRLLVRLAGVADRDAADALRGSLFVIDADDLPPIDEPDT + YYDHQLVGLMVQTATGEGVGVVTEVVHTAAGELLAVKRDSDEVLVPFVRAIVTSVSLD + DGIVEIDPPHGLLNLE" + gene complement(3177833..3178075) + /locus_tag="BQ2027_MB2932C" + CDS complement(3177833..3178075) + /locus_tag="BQ2027_MB2932C" + /note="Mb2932c, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv2908c, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 80 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to O33015|YT08_MYCLE from + Mycobacterium leprae (80 aa), FASTA scores: opt: 492, E(): + 3.1e-29, (93.75% identity in 80 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. O69880|YE09_STRCO from Streptomyces + coelicolor (79 aa), FASTA scores: opt: 356, E(): 3e-19, + (71.6% identity in 74 aa overlap); Q9KA12|BH2482 PROTEIN + from Bacillus halodurans (76 aa), FASTA scores: opt: 220, + E(): 2.9e-09, (48.6% identity in 72 aa overlap); + O31738|YLQC_BACSU HYPOTHETICAL 9.1 KDA PROTEIN from + Bacillus subtilis (81 aa), FASTA scores: opt: 172, E(): + 1e-05, (39.2% identity in 74 aa overlap); etc. BELONGS TO + THE UPF0109 FAMILY. Protein product from Mb2932c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2932c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="KH domain RNA binding protein YlqC" + /protein_id="SIU01553.1" + /db_xref="GOA:P67237" + /db_xref="InterPro:IPR009019" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR020627" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67237" + /translation="MSAVVVDAVEHLVRGIVDNPDDVRVDLITSRRGRTVEVHVHPDD + LGKVIGRGGRTATALRTLVAGIGGRGIRVDVVDTDQ" + gene complement(3178083..3178571) + /gene="rpsP" + /locus_tag="BQ2027_MB2933C" + CDS complement(3178083..3178571) + /gene="rpsP" + /locus_tag="BQ2027_MB2933C" + /note="Mb2933c, rpsP, len: 162 aa. Equivalent to Rv2909c, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Probable rpsP, 30S + ribosomal protein S16, equivalent to O33014|RS16_MYCLE 30S + RIBOSOMAL PROTEIN S16 from Mycobacterium leprae (160 aa), + FASTA scores: opt: 828, E(): 1.6e-39, (82.5% identity in + 160 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O69879|RS16_STRCO 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 from + Streptomyces coelicolor (139 aa), FASTA scores: opt: 486, + E(): 1.9e-20, (56.95% identity in 144 aa overlap); + P80379|RS16_THETH 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 from Thermus + Thermophilus (88 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): + 4.8e-09, (53.25% identity in 77 aa overlap) (C-terminus + shorter); P21474|RS16_BACSU|RPSP 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 + (BS17) from Bacillus subtilis (89 aa,), FASTA scores: opt: + 258, E(): 8.2e-08, (42.85% identity in 91 aa overlap) + (C-terminus shorter); etc. BELONGS TO THE S16P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb2933c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2933c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s16 rpsp" + /protein_id="SIU01554.1" + /db_xref="GOA:P66436" + /db_xref="InterPro:IPR000307" + /db_xref="InterPro:IPR020592" + /db_xref="InterPro:IPR023803" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66436" + /translation="MAVKIKLTRLGKIRNPQYRVAVADARTRRDGRAIEVIGRYHPKE + EPSLIEINSERAQYWLSVGAQPTEPVLKLLKITGDWQKFKGLPGAQGRLKVAAPKPSK + LEVFNAALAAADGGPTTEATKPKKKSPAKKAAKAAEPAPQPEQPDTPALGGEQAELTA + ES" + gene complement(3178755..3179198) + /locus_tag="BQ2027_MB2934C" + CDS complement(3178755..3179198) + /locus_tag="BQ2027_MB2934C" + /note="Mb2934c, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv2910c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity with + hypothetical proteins from other organisms e.g. + Q9JN76|MMYY HYPOTHETICAL 17.4 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (153 aa), FASTA scores: opt: 164, + E(): 0.00026, (35.05% identity in 129 aa overlap); etc. + Also some similarity with protein from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O07237|Rv0310c|MTCY63.15c (163 aa), + FASTA scores: opt: 165, E(): 0.00023, (26.3% identity in + 137 aa overlap); P96815|Rv0138|MTCI5.12 (167 aa), FASTA + scores: opt: 132, E(): 0.048, (30.25% identity in 109 aa + overlap); etc. Mb2934c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01555.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65054" + /translation="MCAVLDRSMLSVAEISDRLEIQQLLVDYSSAIDQRRFDDLDRVF + TPDAYIDYRALGGIDGRYPKIKQWLSQVLGNFPVYAHMLGNFSVRVDGDTASSRVICF + NPMVFAGDRQQVLFCGLWYDDDFVRTPDGWRIIRRVETKCFQKMM" + gene 3179267..3180142 + /gene="dacB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2935" + CDS 3179267..3180142 + /gene="dacB2" + /locus_tag="BQ2027_MB2935" + /note="Mb2935, dacB2, len: 291 aa. Equivalent to Rv2911, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Probable dacB2, + D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding + protein) (EC 3.4.16.4), an ala-rich protein. Highly + similar (except in N-terminus) to Q9CCM2|ML0691 PUTATIVE + D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE from Mycobacterium + leprae (411 aa), FASTA scores: opt: 749, E(): 9.3e-39, + (46.75% identity in 276 aa overlap). Also similar to + penicillin binding proteins / D-alanyl-D-alanine + carboxypeptidases e.g. Q9KCJ8|SC4G1.16c D-ALANYL-D-ALANINE + CARBOXYPEPTIDASE from Streptomyces coelicolor (382 aa), + FASTA scores: opt: 386, E(): 2.1e-16, (31.25% identity in + 285 aa overlap); P35150|DACB_BACSU PENICILLIN-BINDING + PROTEIN 5* PRECURSOR from Bacillus subtilis (382 aa), + FASTA scores: opt: 384, E(): 3.6e-17, (30.7% identity in + 244 aa overlap); Q9K8X5|DACB|BH2877 D-ALANYL-D-ALANINE + CARBOXYPEPTIDASE (PENICILLIN-BINDING PROTEIN 5) from + Bacillus halodurans (395 aa), FASTA scores: opt: 359, E(): + 9.7e-15, (30.3% identity in 241 aa overlap); + P33364|PBP7_ECOLI|PBPG|B2134 penicillin-binding protein 7 + precursor from Escherichia coli strain K12 (313 aa), FASTA + scores: opt: 273, E(): 7.5e-10, (27.8% identity in 263 aa + overlap); etc. Also similar to O53380|Rv3330|MTV016.30 + PENICILLIN-BINDING PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (405 aa), FASTA scores: opt: 746, E(): 1.4e-38, (47.0% + identity in 266 aa overlap). Seems to contain PF00768 + Peptidase_S11 domain PFAM. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY + S11; ALSO KNOWN AS THE D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE + 1 FAMILY. Thought to be a membrane-bound protein. Note + that previously known as dacB. Protein product from Mb2935 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2935 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable penicillin-binding protein dacb2 + (d-alanyl-d-alanine carboxypeptidase) (dd-peptidase) + (dd-carboxypeptidase) (pbp) (dd-transpeptidase) + (serine-type d-ala-d-ala carboxypeptidase) (d-amino acid + hydrolase)" + /protein_id="SIU01556.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3C8" + /db_xref="InterPro:IPR001967" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR018044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C8" + /translation="MRKLMTATAALCACAVTVSAGAAWADADVQPAGSVPIPDGPAQT + WIVADLDSGQVLAGRDQNVAHPPASTIKVLLALVALDELDLNSTVVADVADTQAECNC + VGVKPGRSYTARQLLDGLLLVSGNDAANTLAHMLGGQDVTVAKMNAKAATLGATSTHA + TTPSGLDGPGGSGASTAHDLVVIFRAAMANPVFAQITAEPSAMFPSDNGEQLIVNQDE + LLQRYPGAIGGKTGYTNAARKTFVGAAARGGRRLVIAMMYGLVKEGGPTYWDQAATLF + DWGFALNPQASVGSL" + gene complement(3180202..3180789) + /locus_tag="BQ2027_MB2936C" + CDS complement(3180202..3180789) + /locus_tag="BQ2027_MB2936C" + /note="Mb2936c, -, len: 195 aa. Equivalent to Rv2912c, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 195 aa overlap). Probable + transcription regulatory protein, tetR family, showing + similarity with others e.g. Q9K3V9|SCD10.17 PUTATIVE + TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL from Streptomyces coelicolor + (202 aa), FASTA scores: opt: 185, E(): 4.4e-05, (31.15% + identity in 167 aa overlap); Q9KFQ0 TETR-FAMILY from + Bacillus halodurans (185 aa), FASTA scores: opt: 164, E(): + 0.001, (35.6% identity in 73 aa overlap); + P17446|BETI_ECOLI|BETI|B0313 regulatory protein from + Escherichia coli strain K12 (195 aa), FASTA scores: opt: + 126, E(): 0.024, (24.5% identity in 196 aa overlap); etc. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 33-54 + (+2.71 SD). POSSIBLY BELONGS TO THE TETR/ACRR FAMILY. + Mb2936c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01557.1" + /db_xref="GOA:P67441" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67441" + /translation="MARTQQQRREETVARLLQASIDTIIEVGYARASAAVITKRAGVS + VGALFRHFETMGDFMAATAYEVLRRQLETFTKQVAEIPADRPALPAALTILRDITAGS + TNAVLYELMVAARTDEKLKETLQNVLGQYSAKIHDAARALPGAESFPEETFPVIVALM + TNVFDGAAIVRGVLPQPELEEQRIPMLTALLTAGL" + gene complement(3180791..3182626) + /locus_tag="BQ2027_MB2937C" + CDS complement(3180791..3182626) + /locus_tag="BQ2027_MB2937C" + /note="Mb2937c, -, len: 611 aa. Equivalent to Rv2913c, + len: 611 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 611 aa overlap). Possible D-amino acid + aminohydrolase (EC 3.5.1.-), similar (principally in + N-terminus) to D-amino acid aminohydrolases e.g. + Q9V2D3|NDAD|PAB0090 D-AMINOACYLASE (ASPARTATE, GLUTAMATE + ETC) from Pyrococcus abyssi (526 aa), FASTA scores: opt: + 336, E(): 2.2e-13, (27.55% identity in 581 aa overlap); + P94212|NDDD_ALCXX N-ACYL-D-ASPARTATE DEACYLASE (EC + 3.5.1.83) (N-ACYL-D-ASPARTATE AMIDOHYDROLASE) from + Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (Achromobacter + xylosoxidans) (498 aa), FASTA scores: opt: 221, E(): + 3.4e-06, (25.95% identity in 532 aa overlap); Q9AGH8 + D-AMINOACYLASE (EC 3.5.1.81) from Alcaligenes faecalis + (484 aa), FASTA scores: opt: 218, E(): 5.1e-06, (28.35% + identity in 434 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2937c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2937c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible d-amino acid aminohydrolase (d-amino + acid hydrolase)" + /protein_id="SIU01558.1" + /db_xref="GOA:P65531" + /db_xref="InterPro:IPR011059" + /db_xref="InterPro:IPR013108" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65531" + /translation="MLAWRQLNDLEETVTYDVIIRDGLWFDGTGNAPLTRTLGIRDGV + VATVAAGALDETGCPEVVDAAGKWVVPGFIDVHTHYDAEVLLDPGLRESVRHGVTTVL + LGNCSLSTVYANSEDAADLFSRVEAVPREFVLGALRDNQTWSTPAEYIEAIDALPLGP + NVSSLLGHSDLRTAVLGLDRATDDTVRPTEAELAKMAKLLDEALEAGMLGMSGMDAAI + DKLDGDRFRSRALPSTFATWRERRKLISVLRHRGRILQSAPDVDNPVSALLFFLASSR + IFNRRKGVRMSMLVSADAKSMPLAVHVFGLGTRVLNKLLGSQVRFQHLPVPFELYSDG + IDLPVFEEFGAGTAALHLRDQLQRNELLADRSYRRSFRREFDRIKLGPSLWHRDFHDA + VIVECPDKSLIGKSFGAIADERGLHPLDAFLDVLVDNGERNVRWTTIVANHRPNQLNK + LAAEPSVHMGFSDAGAHLRNMAFYNFGLRLLKRARDADRAGQPFLSIERAVYRLTGEL + AEWFGIGAGTLRQGDRADFAVIDPTHLDESVDGYHEEAVPYYGGLRRMVNRNDATVVA + TGVGGTVVFRGGQFGGQFRDGYGQNVKSGRYLRAGELGAALSRSA" + gene complement(3182695..3184452) + /gene="pknI" + /locus_tag="BQ2027_MB2938C" + CDS complement(3182695..3184452) + /gene="pknI" + /locus_tag="BQ2027_MB2938C" + /note="Mb2938c, pknI, len: 585 aa. Equivalent to Rv2914c, + len: 585 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 585 aa overlap). Probable pknI, + transmembrane serine/threonine-protein kinase (EC 2.7.1.-) + (see citation below), ala-rich protein, highly similar to + many in Mycobacterium tuberculosis and other bacteria e.g. + Q9RLQ7|MBK PUTATIVE SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE from + Mycobacterium bovis BCG (291 aa), FASTA scores: opt: 376, + E(): 1.1e-10, (36.95% identity in 287 aa overlap); + P33973|PKN1_MYXXA serine/threonine-protein kinase from + Myxococcus xanthus (693 aa), FASTA scores: opt: 286, E(): + 5.4e-10, (29.9% identity in 374 aa overlap); + P72003|PKNF_MYCTU|Rv1746|MT1788|MTCY28.09 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE from Mycobacterium + tuberculosis (476 aa), FASTA scores: opt: 675, E(): + 1.7e-24, (39.75% identity in 468 aa overlap); + Q10697|PKNJ_MYCTU|Rv2088|MT2149|MTCY49.28 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE from Mycobacterium + tuberculosis (589 aa), FASTA scores: opt: 574, E(): 1e-19, + (34.85% identity in 479 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47308 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (603 aa) but shorter 18 aa. Contains Hank's kinase + subdomain. BELONGS TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN + KINASES. Protein product from Mb2938c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb2938c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE SERINE/THREONINE-PROTEIN + KINASE I PKNI (PROTEIN KINASE I) (STPK I) (PHOSPHORYLASE B + KINASE KINASE) (HYDROXYALKYL-PROTEIN KINASE)" + /protein_id="SIU01559.1" + /db_xref="GOA:P65731" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65731" + /translation="MALASGVTFAGYTVVRMLGCSAMGEVYLVQHPGFPGWQALKVLS + PAMAADDEFRRRFQRETEVAARLFHPHILEVHDRGEFDGQLWIAMDYVDGIDATQHMA + DRFPAVLPVGEVLAIVTAVAGALDYAHQRGLLHRDVNPANVVLTSQSAGDQRILLADF + GIASQPSYPAPELSAGADVDGRADQYALALTAIHLFAGAPPVDRSHTGPLQPPKLSAF + RPDLARLDGVLSRALATAPADRFGSCREFADAMNEQAGVAIADQSSGGVDASEVTAAA + GEEAYVVDYPAYGWPEAVDCKEPSARAPAPAAPTPQRRGSMLQSAAGVLARRLDNFST + ATKAPASPTRRRPRRILVGAVAVLLLAGLFAVGIVIGRKTNTTATEVARPPTSGSAVP + SAPTTTVAVTAPVPLDGTYRIEIQRSKQTYDYTPTPQPPDVNTWWAFRTSCTPTECLA + AATMLDDNDHTQAKTPPVRPFLMQFGEGQWKSRPETVQFPCVGPNGSPSTQATTQLLA + LRPQPQGDLVGEMVVTVHSNECGQQGAVIRIPAVASRSGDLPPAVTVPDPATIPDTPD + TTSTATLTPPTTTAPGPGR" + gene complement(3184496..3185608) + /locus_tag="BQ2027_MB2939C" + CDS complement(3184496..3185608) + /locus_tag="BQ2027_MB2939C" + /EC_number="3.4.13.9" + /note="Mb2939c, -, len: 370 aa. Equivalent to Rv2915c, + len: 370 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 370 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, posssibly XAA-PRO dipeptidase + (prolidase) (EC 3.4.13.9), highly similar to + CAC38796|SCI39.08c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (363 aa), FASTA scores: opt: 1341, + E(): 5.5e-76, (56.65% identity in 362 aa overlap); and + similar to prolidases (XAA-PRO dipeptidase) e.g. + Q9ABC9|CC0300 PUTATIVE XAA-PRO DIPEPTIDASE from + Caulobacter crescentus (428 aa), FASTA scores: opt: 327, + E(): 7.4e-13, (30.2% identity in 374 aa overlap); Q97XD4 + PROLIDASE from Sulfolobus solfataricus (396 aa), FASTA + scores: opt: 271, E(): 2.1e-09, (30.5% identity in 354 aa + overlap); Q9WX55 PROLIDASE from Microbacterium + esteraromaticum (393 aa), FASTA scores: opt: 256, E(): + 1.8e-08, (27.95% identity in 365 aa overlap); etc. Also + similar to O53619|Rv0074|MTV030.18 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (411 aa), FASTA + scores: opt: 243, E(): 1.2e-07, (27.5% identity in 389 aa + overlap). Protein product from Mb2939c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2939c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Xaa-Pro dipeptidase (EC" + /protein_id="SIU01560.1" + /db_xref="GOA:P68916" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P68916" + /translation="MKRVDTIRPRSRAVRLHVRGLGLPDETAIQLWIVDGRISTEPVA + GADTVFDGGWILPGLVDAHCHVGLGKHGNVELDEAIAQAETERDVGALLLRDCGSPTD + TRGLDDHEDLPRIIRAGRHLARPKRYIAGFAVELEDESQLPAAVAEQARRGDGWVKLV + GDWIDRQIGDLAPLWSDDVLKAAIDTAHAQGARVTAHVFSEDALPGLINAGIDCIEHG + TGLTDDTIALMLEHGTALVPTLINLENFPGIADAAGRYPTYAAHMRDLYARGYGRVAA + AREAGVPVYAGTDAGSTIEHGRIADEVAALQRIGMTAHEALGAACWDARRWLGRPGLD + DRASADLLCYAQDPRQGPGVLQHPDLVILRGRTFGP" + gene complement(3185636..3187213) + /gene="ffh" + /locus_tag="BQ2027_MB2940C" + CDS complement(3185636..3187213) + /gene="ffh" + /locus_tag="BQ2027_MB2940C" + /note="Mb2940c, ffh, len: 525 aa. Equivalent to Rv2916c, + len: 525 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 525 aa overlap). Probable ffh, signal + recognition particle protein (ala-, gly-, leu-rich + protein), equivalent to O33013|SR54_MYCLE SIGNAL + RECOGNITION PARTICLE from Mycobacterium leprae (521 aa), + FASTA scores: opt: 2968, E(): 1.6e-145, (87.85% identity + in 526 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O69874|FFH from Streptomyces coelicolor (550 aa), FASTA + scores: opt: 2025, E(): 6e-97, (63.8% identity in 519 aa + overlap) (N-terminus longer 34 aa); P37105|SR54_BACSU from + Bacillus subtilis (446 aa), FASTA scores: opt: 1451, E(): + 1.9e-67, (51.5% identity in 435 aa overlap); BAB57399|FFH + from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (455 aa), + FASTA scores: opt: 1418, E(): 9.4e-66, (48.65% identity in + 448 aa overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop). BELONGS TO THE SRP FAMILY OF + GTP-BINDING PROTEINS. NOTE THAT SIGNAL RECOGNITION + PARTICLE CONSISTS OF A SMALL CYTOPLASMIC RNA (SC-RNA) + MOLECULE AND PROTEIN FFH. THE PROTEIN HAS A TWO DOMAIN + STRUCTURE: THE G-DOMAIN BINDS GTP; THE M-DOMAIN BINDS THE + RNA AND ALSO BINDS THE SIGNAL SEQUENCE. Protein product + from Mb2940c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2940c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable signal recognition particle protein ffh + (fifty-four homolog) (srp protein)" + /protein_id="SIU01561.1" + /db_xref="GOA:P66845" + /db_xref="InterPro:IPR000897" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004125" + /db_xref="InterPro:IPR004780" + /db_xref="InterPro:IPR013822" + /db_xref="InterPro:IPR022941" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036891" + /db_xref="InterPro:IPR042101" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66845" + /translation="MFESLSDRLTAALQGLRGKGRLTDADIDATTREIRLALLEADVS + LPVVRAFIHRIKERARGAEVSSALNPAQQVVKIVNEELISILGGETRELAFAKTPPTV + VMLAGLQGSGKTTLAGKLAARLRGQGHTPLLVACDLQRPAAVNQLQVVGERAGVPVFA + PHPGASPESGPGDPVAVAAAGLAEARAKHFDVVIVDTAGRLGIDEELMAQAAAIRDAI + NPDEVLFVLDAMIGQDAVTTAAAFGEGVGFTGVALTKLDGDARGGAALSVREVTGVPI + LFASTGEKLEDFDVFHPDRMASRILGMGDVLSLIEQAEQVFDAQQAEEAAAKIGAGEL + TLEDFLEQMLAVRKMGPIGNLLGMLPGAAQMKDALAEVDDKQLDRVQAIIRGMTPQER + ADPKIINASRRLRIANGSGVTVSEVNQLVERFFEARKMMSSMLGGMGIPGIGRKSATR + KSKGAKGKSGKKSKKGTRGPTPPKVKSPFGVPGMPGLAGLPGGLPDLSQMPKGLDELP + PGLADFDLSKLKFPGKK" + gene 3187291..3189171 + /locus_tag="BQ2027_MB2941" + CDS 3187291..3189171 + /locus_tag="BQ2027_MB2941" + /note="Mb2941, -, len: 626 aa. Equivalent to Rv2917, len: + 626 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 626 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, arg-rich protein, highly similar (but longer 34 aa) + to O33011|ML1624|MLCB250.18C HYPOTHETICAL 65.2 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (596 aa), FASTA scores: opt: + 3117, E(): 9e-183, (79.8% identity in 584 aa overlap). + Also highly similar to Q9S2E8|SCE19A.36C HYPOTHETICAL 66.2 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (598 aa), FASTA + scores: opt: 1921, E(): 1.1e-109, (56.08% identity in 567 + aa overlap); and Q9S3Y6|SDRA SDRA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (597 aa), FASTA scores: opt: 1896, + E(): 3.6e-108, (55.75% identity in 567 aa overlap). And + shows some similarity with others proteins from other + organisms. Equivalent to AAK47311 putative RNA helicase + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (602 aa) + but longer 24 aa. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA or RNA helicase of superfamily protein II" + /protein_id="SIU01562.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2J6" + /db_xref="InterPro:IPR006935" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2J6" + /translation="MRVTRLVDAESTRCDVGPAPKSVAMLHFTAATSRFRLGRERANS + VRSDGGWGVLQPVSATFNPPLRGWQRRALVQYLGTQPRDFLAVATPGSGKTSFALRIA + AELLRYHTVEQVTVVVPTEHLKVQWAHAAAAHGLSLDPKFANSNPQTSPEYHGVMVTY + AQVASHPTLHRVRTEARKTLVVFDEIHHGGDAKTWGDAIREAFGDATRRLALTGTPFR + SDDSPIPFVSYQPDADGVLRSQADHTYGYAEALADGVVRPVVFLAYSGQARWRDSAGE + EYEARLGEPLSAEQTARAWRTALDPEGEWMPAVITAADRRLRQLRAHVPDAGGMIIAS + DRTTARAYARLLTTMTAEEPTVVLSDDPGSSARITEFAQGTSRWLVAVRMVSEGVDVP + RLSVGVYATNASTPLFFAQAIGRFVRSRRPGETASIFVPSVPNLLQLASALEVQRNHV + LGRPHRESAHDPLDGDPATRTQTERGGAERGFTALGADAELDQVIFDGSSFGTATPTG + SDEEADYLGIPGLLDAEQMRALLHRRQDEQLRKRAQLQKGATQPATSGASASVHGQLR + DLRRELHTLVSIAHHRTGKPHGWIHDELRRRCGGPPIAAATRAQIKARIDALRQLNSE + RS" + gene complement(3189182..3191608) + /gene="glnD" + /locus_tag="BQ2027_MB2942C" + CDS complement(3189182..3191608) + /gene="glnD" + /locus_tag="BQ2027_MB2942C" + /note="Mb2942c, glnD, len: 808 aa. Equivalent to Rv2918c, + len: 808 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 808 aa overlap). Probable glnD, + uridylyltransferase (ala-rich protein) (EC 2.7.7.59), + similar to other uridylyltransferases e.g. + O69873||SC2E1.02 from Streptomyces coelicolor (835 aa), + FASTA scores: opt: 1473, E(): 2.8e-81, (41.03% identity in + 858 aa overlap); P43919|GLND_HAEIN from Haemophilus + influenzae (863 aa), FASTA scores: opt: 333, E(): 2.5e-12, + (25.4% identity in 819 aa overlap); + P27249|GLND_ECOLI|GLND|B0167 from Escherichia coli strain + K12 (890 aa), FASTA scores: opt: 306, E(): 1.1e-10, + (27.75% identity in 858 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + GLND FAMILY. Mb2942c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE [PROTEIN-PII] URIDYLYLTRANSFERASE GLND + (PII URIDYLYL-TRANSFERASE) (URIDYLYL REMOVING ENZYME) + (UTASE)" + /protein_id="SIU01563.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2L8" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR003607" + /db_xref="InterPro:IPR006674" + /db_xref="InterPro:IPR010043" + /db_xref="InterPro:IPR013546" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2L8" + /translation="MEAESPCAASDLAVARRELLSGNHRELDPVGLRQTWLDLHESWL + IDKADEIGIADASGFAIVGVGGLGRRELLPYSDLDVLLLHDGKPADILRPVADRLWYP + LWDANIRLDHSVRTVSEALTIANSDLMAALGMLEARHIAGDQQLSFALIDGVRRQWRN + GIRSRMGELVEMTYARWRRCGRIAQRAEPDLKLGRGGLRDVQLLDALALAQLIDRHGI + GHTDRPAGSLDGAYRTLLDVRTELHRVSGRGRDHLLAQFADEISAALGFGDRFDLART + LSSAGRTIGYHAEAGLRTAANALPRRGISALVRRPKRRPLDEGVVEYAGEIVLARDAE + PEHDPGLVLRVAAASADTGLPIGAATLSRLAASVPDLPTPWPQEALDDLLVVLSAGPT + TVATIEALDRTGLWGRLLPEWEPIRDLPPRDVAHKWTVDRHVVETAVHAAPLATRVAR + PDLLALGALLHDIGKGRGTDHSVLGAELVIPVCTRLGLSPPDVWTLSKLVRHHLLLPI + TATRRDLNDPKTIEAVSEALGGDPQLLEVLHALSEADSKATGPGVWSDWKASLVDDLV + RRCRMVMAGESLPQAEPTAPHYLSLAADHGVHVEISPRDGERIDAVIVAPDERGLVSK + AAAVLALNSLRVHSASVNVHQGVAITEFVVSPLFGSPPAAELVRQQFVGALNGDVDVL + GMLQKRDSDAASLVSARAGDVQAGVPVTRTAAPPRILWLDTAAPAKLILEVRAMDRAG + LLALLAGALEGAGAGIVWAKVNTFGSTAADVFCVTVPAELDARAAVEQHLLEVLGASV + DVVVDEPVGD" + gene complement(3191666..3192004) + /gene="glnB" + /locus_tag="BQ2027_MB2943C" + CDS complement(3191666..3192004) + /gene="glnB" + /locus_tag="BQ2027_MB2943C" + /note="Mb2943c, glnB, len: 112 aa. Equivalent to Rv2919c, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Probable glnB, + nitrogen regulatory protein, highly similar to others e.g. + Q9X705|GLNB PII PROTEIN from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (112 aa), FASTA scores: opt: 531, + E(): 4.5e-30, (68.75% identity in 112 aa overlap); + P21193|GLNB_AZOBR NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II from + Azospirillum brasilense (112 aa), FASTA scores: opt: 496, + E(): 1.2e-27, (60.7% identity in 112 aa overlap); + P05826|GLNB_ECOLI|B2553|Z3829|ECS3419|STY2808 NITROGEN + REGULATORY PROTEIN P-II from Escherichia coli strains K12 + and O157:H7 (112 aa), FASTA scores: opt: 487, E(): + 5.3e-27, (61.6% identity in 112 aa overlap); etc. Contains + PS00496 P-II protein urydylation site. BELONGS TO THE + P(II) PROTEIN FAMILY. Protein product from Mb2943c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2943c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II GLNB" + /protein_id="SIU01564.1" + /db_xref="GOA:P64250" + /db_xref="InterPro:IPR002187" + /db_xref="InterPro:IPR002332" + /db_xref="InterPro:IPR011322" + /db_xref="InterPro:IPR015867" + /db_xref="InterPro:IPR017918" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64250" + /translation="MKLITAIVKPFTLDDVKTSLEDAGVLGMTVSEIQGYGRQKGHTE + VYRGAEYSVDFVPKVRIEVVVDDSIVDKVVDSIVRAARTGKIGDGKVWVSPVDTIVRV + RTGERGHDAL" + gene complement(3192001..3193434) + /gene="amt" + /locus_tag="BQ2027_MB2944C" + CDS complement(3192001..3193434) + /gene="amt" + /locus_tag="BQ2027_MB2944C" + /note="Mb2944c, amt, len: 477 aa. Equivalent to Rv2920c, + len: 477 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 477 aa overlap). Probable amt, + ammonium-transport integral membrane protein (ala-, gly-, + leu-, val-rich protein), highly similar to others e.g. + Q9ZBP6|SC7A1.27 AMMONIUM TRANSPORTER from Streptomyces + coelicolor (448 aa), FASTA scores: opt: 1246, E(): + 7.3e-67, (54.1% identity in 462 aa overlap); + P54146|AMT_CORGL AMMONIUM TRANSPORT SYSTEM from + Corynebacterium glutamicum (452 aa), FASTA scores: opt: + 953, E(): 2.1e-49, (41.45% identity in 475 aa overlap); + Q07429|NRGA_BACSU PROBABLE AMMONIUM TRANSPORTER (MEMBRANE + PROTEIN NRGA) from Bacillus subtilis (404 aa), FASTA + scores: opt: 721, E(): 0, (44.4% identity in 430 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE AMT1/MEP/NRGA FAMILY OF + AMMONIUM TRANSPORTERS (TC 2.49). Mb2944c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMMONIUM-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN AMT" + /protein_id="SIU01565.1" + /db_xref="GOA:P63520" + /db_xref="InterPro:IPR001905" + /db_xref="InterPro:IPR018047" + /db_xref="InterPro:IPR024041" + /db_xref="InterPro:IPR029020" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63520" + /translation="MDQFPIMGVPDGGDTAWMLVSSALVLLMTPGLAFFYGGMVRSKS + VLNMIMMSISAMGVVTVLWALYGYSIAFGDDVGNIAGNPSQYWGLKGLIGVNAVAADP + STQTAAVNIPLAGTLPATVFVAFQLMFAIITVALISGAVADRLKFGAWLLFAGLWATF + VYFPVAHWVFAFDGFAAEHGGWIANKLHAIDFAGGTAVHINAGVAALMLAIVLGKRRG + WPATLFRPHNLPFVMLGAALLWFGWYGFNAGSATTANGVAGATFVTTTIATAAAMLGW + LLTERVRDGKATTLGAASGIVAGLVAITPSCSSVNVLGALAVGVSAGVLCALAVGLKF + KLGFDDSLDVVGVHLVGGLVGTLLVGLLAAPEAPAINGVAGVSKGLFYGGGFAQLERQ + ALGACSVLVYSGIITLILALILKFTIGLRLDAEQESTGIDEAEHAESGYDFAVASGSV + LPPRVTVEDSRNGIQERIGQKVEAEPK" + gene complement(3193911..3195179) + /gene="ftsY" + /locus_tag="BQ2027_MB2945C" + CDS complement(3193911..3195179) + /gene="ftsY" + /locus_tag="BQ2027_MB2945C" + /note="Mb2945c, ftsY, len: 422 aa. Equivalent to Rv2921c, + len: 422 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 422 aa overlap). Probable ftsY, + membrane-associated cell division protein, equivalent to + O33010|FTSY_MYCLE CELL DIVISION PROTEIN FTSY HOMOLOG from + Mycobacterium leprae (430 aa), FASTA scores: opt: 1760, + E(): 1.1e-108, (81.35% identity in 429 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9I6C1|FTSY|PA0373 SIGNAL + RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY from Pseudomonas + aeruginosa (455 aa), FASTA scores: opt: 882, E(): 5.1e-40, + (42.08% identity in 385 aa overlap); Q9KVJ6|FTSY CELL + DIVISION PROTEIN from Vibrio cholerae (391 aa), FASTA + scores: opt: 837, E(): 1.2e-37, (36.3% identity in 394 aa + overlap); P10121|FTSY_ECOLI|FTSY|B3464 CELL DIVISION + PROTEIN from Escherichia coli strain K12 (497 aa), FASTA + scores: opt: 800, E(): 1.3e-35, (39.75% identity in 327 aa + overlap); etc. Also similar to Q9ZBP9|SC7A1.24 PUTATIVE + PROKARYOTIC DOCKING PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (412 aa), FASTA scores: opt: 1461, E(): 4.3e-71, (60.3% + identity in 423 aa overlap). Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), and PS00300 + SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. BELONGS + TO THE SRP FAMILY OF GTP-BINDING PROTEINS. Protein product + from Mb2945c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2945c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cell division protein ftsy (srp + receptor) (signal recognition particle receptor)" + /protein_id="SIU01566.1" + /db_xref="GOA:P66843" + /db_xref="InterPro:IPR000897" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004390" + /db_xref="InterPro:IPR013822" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036225" + /db_xref="InterPro:IPR042101" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66843" + /translation="MWEGLWIATAVIAALVVIAALTLGLVLYRRRRISLSPRPERGVV + DRSGGYTASSGITFSQTPTTQPAERIDTSGLPAVGDDATVPRDAPKRTIADVHLPEFE + PEPQAPEVPEADAIAPPEGRLERLRGRLARSQNALGRGLLGLIGGGDLDEDSWQDVED + TLLVADLGPAATASVVSQLRSRLASGNVRTEADARAVLRDVLINELQPGMDRSIRALP + HAGHPSVLLVVGVNGTGKTTTVGKLARVLVADGRRVVLGAADTFRAAAADQLQTWAAR + VGAAVVRGPEGADPASVAFDAVDKGIAAGADVVLIDTAGRLHTKVGLMDELDKVKRVV + TRRASVDEVLLVLDATIGQNGLAQARVFAEVVDISGAVLTKLDGTAKGGIVFRVQQEL + GVPVKLVGLGEGPDDLAPFEPAAFVDALLG" + gene complement(3195229..3198846) + /gene="smc" + /locus_tag="BQ2027_MB2946C" + CDS complement(3195229..3198846) + /gene="smc" + /locus_tag="BQ2027_MB2946C" + /note="Mb2946c, smc, len: 1205 aa. Equivalent to Rv2922c, + len: 1205 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1205 aa overlap). Probable smc, + chromosome partition protein (ala-, arg-, leu-, glu-rich + protein, possibly coiled-coil protein) (see * below), + equivalent (but longer 84 aa) to + Q9CBT5|SMC|ML1629|MLCB250.01 POSSIBLE CELL DIVISION + PROTEIN from Mycobacterium leprae (1203 aa), FASTA scores: + opt: 5957, E(): 0, (79.15% identity in 1205 aa overlap). + Also highly similar to other chromosome segregation + proteins e.g. Q9ZBQ2|SC7A1.21 PUTATIVE CHROMOSOME + ASSOCIATED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (1186 aa), + FASTA scores: opt: 2633, E(): 4.1e-120, (53.03% identity + in 1205 aa overlap); P51834|SMC_BACSU CHROMOSOME PARTITION + PROTEIN from Bacillus subtilis (1186 aa), FASTA scores: + opt: 1009, E(): 2.1e-41, (30.75% identity in 1205 aa + overlap); Q9CHC9|SMC CHROMOSOME SEGREGATION PROTEIN from + Lactococcus lactis (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) + (924 aa), FASTA scores: opt: 996, E(): 7.5e-41, (29.75% + identity in 874 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47317 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1205 aa) + but longer 84 aa. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). BELONGS TO THE SMC FAMILY. N-terminus + shortened since first submission. [*Note: Cobbe N., Heck + M.M.S.- Phylogenetic analysis of SMC proteins (OCT-2001)]. + Protein product from Mb2946c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2946c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHROMOSOME PARTITION PROTEIN SMC" + /protein_id="SIU01567.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2R1" + /db_xref="InterPro:IPR003395" + /db_xref="InterPro:IPR010935" + /db_xref="InterPro:IPR011890" + /db_xref="InterPro:IPR024704" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036277" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R1" + /translation="MYLKSLTLKGFKSFAAPTTLRFEPGITAVVGPNGSGKSNVVDAL + AWVMGEQGAKTLRGGKMEDVIFAGTSSRAPLGRAEVTVSIDNSDNALPIEYTEVSITR + RMFRDGASEYEINGSSCRLMDVQELLSDSGIGREMHVIVGQGKLEEILQSRPEDRRAF + IEEAAGVLKHRKRKEKALRKLDTMAANLARLTDLTTELRRQLKPLGRQAEAAQRAAAI + QADLRDARLRLAADDLVSRRAEREAVFQAEAAMRREHDEAAARLAVASEELAAHESAV + AELSTRAESIQHTWFGLSALAERVDATVRIASERAHHLDIEPVAVSDTDPRKPEELEA + EAQQVAVAEQQLLAELDAARARLDAARAERADRERRAAEADRAHLAAVREEADRREGL + ARLAGQVETMRARVESIDESVARLSERIEDAAMRAQQTRAEFETVQGRIGELDQGEVG + LDEHHERTVAALRLADERVAELQSAERAAERQVASLRARIDALAVGLQRKDGAAWLAH + NRSGAGLFGSIAQLVKVRSGYEAALAAALGPAADALAVDGLTAAGSAVSALKQADGGR + AVLVLSDWPAPQAPQSASGEMLPSGAQWALDLVESPPQLVGAMIAMLSGVAVVNDLTE + AMGLVEIRPELRAVTVDGDLVGAGWVSGGSDRKLSTLEVTSEIDKARSELAAAEALAA + QLNAALAGALTEQSAGQDAAEQALAALNESDTAISAMYEQLGRLGQEARAAEEEWNRL + LQQRTEQEAVRTQTLDDVIQLETQLRKAQETQRVQVAQPIDRQAISAAADRARGVEVE + ARLAVRTAEERANAVRGRADSLRRAAAAEREARVRAQQARAARLHAAAVAAAVADCGR + LLAGRLHRAVDGASQLRDASAAQRQQRLAAMAAVRDEVNTLSARVGELTDSLHRDELA + NAQAALRIEQLEQMVLEQFGMAPADLITEYGPHVALPPTELEMAEFEQARERGEQVIA + PAPMPFDRVTQERRAKRAERALAELGRVNPLALEEFAALEERYNFLSTQLEDVKAARK + DLLGVVADVDARILQVFNDAFVDVEREFRGVFTALFPGGEGRLRLTEPDDMLTTGIEV + EARPPGKKITRLSLLSGGEKALTAVAMLVAIFRARPSPFYIMDEVEAALDDVNLRRLL + SLFEQLREQSQIIIITHQKPTMEVADALYGVTMQNDGITAVISQRMRGQQVDQLVTNS + S" + gene complement(3198858..3199139) + /gene="acyP" + /locus_tag="BQ2027_MB2947C" + CDS complement(3198858..3199139) + /gene="acyP" + /locus_tag="BQ2027_MB2947C" + /note="Mb2947c, acyP, len: 93 aa. Equivalent to Rv2922A, + len: 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Probable acyP, + acylphosphatase (acylphosphate phosphohydrolase) (EC + 3.6.1.7), highly similar to others e.g. Q9ZBQ3|SC7A1.20 + PUTATIVE ACYLPHOSPHATASE from Streptomyces coelicolor (93 + aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 9.5e-19, (58.9% identity + in 90 aa overlap); + P75877|ACYP_ECOLI|YCCX|B0968|Z1320|ECS1052 PUTATIVE + ACYLPHOSPHATASE from Escherichia coli strains K12 and + O157:H7 (92 aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 2e-09, + (44.95% identity in 89 aa overlap); Q9RVU3|DR0929 PUTATIVE + ACYLPHOSPHATASE from Deinococcus radiodurans (87 aa), + FASTA scores: opt: 193, E(): 2.1e-07, (44.3% identity in + 79 aa overlap); etc. BELONGS TO THE ACYLPHOSPHATASE + FAMILY. Protein product from Mb2947c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2947c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYLPHOSPHATASE ACYP (ACYLPHOSPHATE + PHOSPHOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU01568.1" + /db_xref="GOA:P69418" + /db_xref="InterPro:IPR001792" + /db_xref="InterPro:IPR017968" + /db_xref="InterPro:IPR020456" + /db_xref="InterPro:IPR036046" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69418" + /translation="MSAPDVRLTAWVHGWVQGVGFRWWTRCRALELGLTGYAANHADG + RVLVVAQGPRAACQKLLQLLQGDTTPGRVAKVVADWSQSTEQITGFSER" + gene complement(3199126..3199539) + /locus_tag="BQ2027_MB2948C" + CDS complement(3199126..3199539) + /locus_tag="BQ2027_MB2948C" + /note="Mb2948c, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv2923c, + len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with other + hypothetical proteins e.g. + P24246|YHFA_ECOLI|B3356|Z4717|ECS4207 from Escherichia + coli strains K12 and O157:H7 (134 aa), FASTA scores: opt: + 110, E(): 1.9, (25.9% identity in 135 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2948c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2948c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted redox protein, regulator of disulfide + bond formation" + /protein_id="SIU01569.1" + /db_xref="InterPro:IPR003718" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR036102" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65056" + /translation="MTQLWVERTGTRRYIGRSTRGAQVLVGSEDVDGVFTPGELLKIA + LAACSGMASDQPLARRLGDDYQAVVKVSGAADRDQERYPLIEETMELDLSGLTEDEKE + RLLVVINRAVELACTVGRTLKSGTTVNLEVVDVGA" + gene complement(3199641..3200510) + /gene="fpg" + /locus_tag="BQ2027_MB2949C" + CDS complement(3199641..3200510) + /gene="fpg" + /locus_tag="BQ2027_MB2949C" + /note="Mb2949c, fpg, len: 289 aa. Equivalent to Rv2924c, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Probable fpg + (alternate gene name: mutM), formamidopyrimidine-DNA + glycosylase (EC 3.2.2.23), equivalent to O69470|FPG_MYCLE + FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE from Mycobacterium + leprae (282 aa), FASTA scores: opt: 1563, E(): 1.3e-96, + (80.6% identity in 289 aa overlap). Also highly similar to + other formamidopyrimidine-DNA glycosylases e.g. + Q9ZBQ6|FPG_STRCO from Streptomyces coelicolor (286 aa), + FASTA scores: opt: 1047, E(): 2.9e-62, (57.55% identity in + 292 aa overlap); P95744|FPG_SYNEN from Synechococcus + elongatus naegeli (284 aa), FASTA scores: opt: 569, E(): + 1.9e-30, (37.95% identity in 290 aa overlap); + P05523|FPG_ECOLI|MUTM|FPG|B3635 from Escherichia coli + strain K12 (269 aa), FASTA scores: opt: 424, E(): 8.2e-21, + (33.9% identity in 289 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + FPG FAMILY. COFACTOR: BINDS 1 ZINC ION. Mb2949c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FORMAMIDOPYRIMIDINE-DNA GLYCOSYLASE FPG + (FAPY-DNA GLYCOSYLASE)" + /protein_id="SIU01570.1" + /db_xref="GOA:P64151" + /db_xref="InterPro:IPR000214" + /db_xref="InterPro:IPR010663" + /db_xref="InterPro:IPR010979" + /db_xref="InterPro:IPR012319" + /db_xref="InterPro:IPR015886" + /db_xref="InterPro:IPR015887" + /db_xref="InterPro:IPR020629" + /db_xref="InterPro:IPR035937" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64151" + /translation="MPELPEVEVVRRGLQAHVTGRTITEVRVHHPRAVRRHDAGPADL + TARLRGARINGTDRRGKYLWLTLNTAGVHRPTDTALVVHLGMSGQMLLGAVPCAAHVR + ISALLDDGTVLSFADQRTFGGWLLADLVTVDGSVVPVPVAHLARDPLDPRFDCDAVVK + VLRRKHSELKRQLLDQRVVSGIGNIYADEALWRAKVNGAHVAATLRCRRLGAVLHAAA + DVMREALAKGGTSFDSLYVNVNGESGYFERSLDAYGREGENCRRCGAVIRRERFMNRS + SFYCPRCQPRPRK" + gene complement(3200814..3201536) + /gene="rnc" + /locus_tag="BQ2027_MB2950C" + CDS complement(3200814..3201536) + /gene="rnc" + /locus_tag="BQ2027_MB2950C" + /note="Mb2950c, rnc, len: 240 aa. Equivalent to Rv2925c, + len: 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 240 aa overlap). Probable rnc, + ribonuclease III (RNase III) (EC 3.1.26.3), equivalent to + O69469|RNC_MYCLE RIBONUCLEASE III from Mycobacterium + leprae (238 aa). Also highly similar to other + ribonucleases III e.g. Q9ZBQ7|RNC_STRCO from Streptomyces + coelicolor (272 aa), FASTA scores: opt: 889, E(): 5.4e-51, + (62.2% identity in 225 aa overlap) (N-terminus longer 21 + aa); P51833|RNC_BACSU from Bacillus subtilis (249 aa), + FASTA scores: opt: 493, E(): 5e-25, (43.25% identity in + 215 aa overlap); P05797|RNC_ECOLI|RNC|B2567|Z3848|ECS3433 + from Escherichia coli strain O157:H7 and K12 (226 aa), + FASTA scores: opt: 459, E(): 7.9e-23, (41.8% identity in + 213 aa overlap); etc. Contains PS00517 Ribonuclease III + family signature. Protein product from Mb2950c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2950c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RIBONUCLEASE III RNC (RNASE III)" + /protein_id="SIU01571.1" + /db_xref="GOA:P66667" + /db_xref="InterPro:IPR000999" + /db_xref="InterPro:IPR011907" + /db_xref="InterPro:IPR014720" + /db_xref="InterPro:IPR036389" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66667" + /translation="MIRSRQPLLDALGVDLPDELLSLALTHRSYAYENGGLPTNERLE + FLGDAVLGLTITDALFHRHPDRSEGDLAKLRASVVNTQALADVARRLCAEGLGVHVLL + GRGEANTGGADKSSILADGMESLLGAIYLQHGMEKAREVILRLFGPLLDAAPTLGAGL + DWKTSLQELTAARGLGAPSYLVTSTGPDHDKEFTAVVVVMDSEYGSGVGRSKKEAEQK + AAAAAWKALEVLDNAMPGKTSA" + gene complement(3201533..3202156) + /locus_tag="BQ2027_MB2951C" + CDS complement(3201533..3202156) + /locus_tag="BQ2027_MB2951C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2951c, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv2926c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O69468|ML1660|MLCB1243.14 HYPOTHETICAL 23.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (217 aa), FASTA scores: opt: + 866, E(): 1.4e-48, (67.2% identity in 192 aa overlap). + Also similar in part to other hypothetical proteins e.g. + Q9WXZ8 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermotoga + maritima (182 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): 3.4e-09, + (31.45% identity in 143 aa overlap); Q9ZBQ9|SC7A1.14 + HYPOTHETICAL 23.5 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (217 aa), FASTA scores: opt: 244, E(): 1.7e-08, (45.5% + identity in 189 aa overlap); O65982 HYPOTHETICAL 26.2 KDA + PROTEIN from Clostridium thermosaccharolyticum + (Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum) (228 aa), + FASTA scores: opt: 220, E(): 6.1e-07, (32.45% identity in + 148 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47323 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (195 aa) but + longer 12 aa. Protein product from Mb2951c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2951c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG01269488: protein, clustered with ribosomal + protein L32p" + /protein_id="SIU01572.1" + /db_xref="InterPro:IPR003772" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65058" + /translation="MDLGGVRRRISLMARQHGPTAQRHVASPMTVDIARLGRRPGAMF + ELHDTVHSPARIGLELIAIDQGALLDLDLRVESVSEGVLVTGTVAAPTVGECARCLSP + VRGRVQVALTELFAYPDSATDETTEEDEVGRVVDETIDLEQPIIDAVGLELPFSPVCR + PDCPGLCPQCGVPLASEPGHRHEQIDPRWAKLVEMLGPESDTLRGER" + gene complement(3202207..3202944) + /locus_tag="BQ2027_MB2952C" + CDS complement(3202207..3202944) + /locus_tag="BQ2027_MB2952C" + /note="Mb2952c, -, len: 245 aa. Equivalent to Rv2927c, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 245 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q9CBS6|ML1661|MLCB1243.13 (alias O69467) HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (247 aa), FASTA scores: + opt: 1440, E(): 4.9e-76, (90.6% identity in 245 aa + overlap). Also similar to many hypothetical proteins from + other organisms e.g. Q9ZBR0|SC7A1.13 HYPOTHETICAL 41.0 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (379 aa), FASTA + scores: opt: 266, E(): 3.4e-08, (29.9% identity in 234 aa + overlap); etc. Also some similarity with + P46815|AG84_MYCLE|ML0922 ANTIGEN 84 from Mycobacterium + leprae (266 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 0.00043, + (28.7% identity in 136 aa overlap) (see citation below); + and P46816|AG84_MYCTU|WAG31|Rv2145c|MT2204|MTCY270.23 + ANTIGEN 84 from Mycobacterium tuberculosis (260 aa), FASTA + scores: opt: 178, E(): 0.0031, (34.35% identity in 131 aa + overlap) (see citation below). Contains potential + coiled-coil region. Protein product from Mb2952c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2952c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00814129: Possible chaperone" + /protein_id="SIU01573.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65060" + /translation="MYRVFEALDELSAIVEEARGVPMTAGCVVPRGDVLELIDDIKDA + IPGELDDAQDVLDARDSMLQDAKTHADSMVSSATTEAESILNHARTEADRILSDAKAQ + ADRMVSEARQHSERMVADAREEAIRIATAAKREYEASVSRAQAECDRLIENGNISYEK + AVQEGIKEQQRLVSQNEVVAAANAESTRLVDTAHAEADRLRGECDIYVDNKLAEFEEF + LNGTLRSVGRGRHQLRTAAGTHDYAVR" + gene 3203183..3203968 + /gene="tesA" + /locus_tag="BQ2027_MB2953" + CDS 3203183..3203968 + /gene="tesA" + /locus_tag="BQ2027_MB2953" + /note="Mb2953, tesA, len: 261 aa. Equivalent to Rv2928, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable tesA, + thioesterase (EC 3.1.2.-), equivalent to + Q9Z5K4|ML2359|MLCB12.04c PUTATIVE THIOESTERASE from + Mycobacterium leprae (261 aa), FASTA scores: opt: 1326, + E(): 3.7e-80, (73.2% identity in 261 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9ZGI1 THIOESTERASE II PIKAV from + Streptomyces venezuelae (281 aa), FASTA scores: opt: 535, + E(): 6.6e-28, (38.05% identity in 234 aa overlap); + Q9L4W2|NYSE thioesterase involved in synthesis of the + polyene antifungal antibiotic nystatin from Streptomyces + noursei (see citation below) (251 aa), FASTA scores: opt: + 523, E(): 3.8e-27, (34.53% identity in 223 aa overlap); + Q54145 THIOESTERASE from Streptomyces fradiae (253 aa), + FASTA scores: opt: 495, E(): 2.7e-25, (37.85% identity in + 230 aa overlap); etc. Protein product from Mb2953 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2953 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOESTERASE TESA" + /protein_id="SIU01574.1" + /db_xref="GOA:P63461" + /db_xref="InterPro:IPR001031" + /db_xref="InterPro:IPR012223" + /db_xref="InterPro:IPR020802" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63461" + /translation="MLARHGPRYGGSVNGHSDDSSGDAKQAAPTLYIFPHAGGTAKDY + VAFSREFSADVKRIAVQYPGQHDRSGLPPLESIPTLADEIFAMMKPSARIDDPVAFFG + HSMGGMLAFEVALRYQSAGHRVLAFFVSACSAPGHIRYKQLQDLSDREMLDLFTRMTG + MNPDFFTDDEFFVGALPTLRAVRAIAGYSCPPETKLSCPIYAFIGDKDWIATQDDMDP + WRDRTTEEFSIRVFPGDHFYLNDNLPELVSDIEDKTLQWHDRA" + gene 3203955..3204266 + /locus_tag="BQ2027_MB2954" + CDS 3203955..3204266 + /locus_tag="BQ2027_MB2954" + /note="Mb2954, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv2929, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Hypothetical unknown + protein; unlikely ORF but some weak similarity to + C-terminal half of P18319|UREG_KLEAE urease accessory + protein from klebsiella aerogenes (205 aa), FASTA scores: + opt: 99, E(): 1.1, (38.6% identity in 57 aa overlap). + Mb2954 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01575.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65062" + /translation="MIELSYAPDVAGRRSNWPKGSGVNTWTAIRWTFAEDSPYVGTGL + ERMASDTHGGGGGRPVTPPPPGMHHLGCSRGVLLISSQRDAGHKTCDPAAGGTLTSVL + T" + gene 3204682..3206433 + /gene="fadD26" + /locus_tag="BQ2027_MB2955" + CDS 3204682..3206433 + /gene="fadD26" + /locus_tag="BQ2027_MB2955" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2955, fadD26, len: 583 aa. Equivalent to Rv2930, + len: 583 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 583 aa overlap). fadD26, fatty-acid-CoA + synthetase (EC 6.2.1.-) (see first and third citations + below), equivalent to Q9Z5K5|FADD26|ML2358|MLCB12.03c + PROBABLE ACYL-CoA SYNTHASE from Mycobacterium leprae (583 + aa), FASTA scores: opt: 3026, E(): 9.2e-180, (76.85% + identity in 583 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9CD84|ML0132 PUTATIVE ACYL-CoA SYNTHETASE from + Mycobacterium leprae (680 aa), FASTA scores: opt: 2324, + E(): 3.2e-136, (61.35% identity in 572 aa overlap); P71495 + ACYL-CoA SYNTHASE from Mycobacterium bovis (582 aa), FASTA + scores: opt: 2304, E(): 5e-135, (59.85% identity in 583 aa + overlap); etc. Also highly similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q50586|FD25_MYCTU|RV1521|MTCY19G5.07 PUTATIVE + FATTY-ACID--CoA LIGASE (583 aa), FASTA scores: opt: 2188, + E(): 7.6e-128, (57.55% identity in 584 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. + N-terminus shortened since first submission. Note that + Rv2930|fadD26 belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2955 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2955 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-amp ligase fadd26 (fatty-acid-amp + synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU01576.1" + /db_xref="GOA:Q7TXM1" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXM1" + /translation="MPVTDRSVPSLLQERADQQPDSTAYTYIDYGSDPKGFADSLTWS + QVYSRACIIAEELKLCGLPGDRVAVLAPQGLEYVLAFLGALQAGFIAVPLSTPQYGIH + DDRVSAVLQDSKPVAILTTSSVVGDVTKYAASHDGQPAPVVVEVDLLDLDSPRQMPAF + SRQHTGAAYLQYTSGSTRTPAGVIVSHTNVIANVTQSMYGYFGDPAKIPTGTVVSWLP + LYHDMGLILGICAPLVARRRAVLMSPMSFLRRPARWMQLLATSGRCFSAAPNFAFELA + VRRTSDQDMAGLDLRDVVGIVSGSERIHVATVRRFIERFAPYNLSPTAIRPSYGLAEA + TLYVAAPEAGAAPKTVRFDYEQLTAGQARPCGTDGSVGTELISYGSPDPSSVRIVNPE + TMVENPPGVVGEIWVHGDHVTMGYWQKPKQTAQVFDAKLVDPAPAAPEGPWLRTGDLG + VISDGELFIMGRIKDLLIVDGRNHYPDDIEATIQEITGGRAAAIAVPDDITEQLVAII + EFKRRGSTAEEVMLKLRSVKREVTSAISKSHSLRVADLVLVSPGSIPITTSGKIRRSA + CVERYRSDGFKRLDVAV" + gene 3206430..3212060 + /gene="ppsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2956" + CDS 3206430..3212060 + /gene="ppsA" + /locus_tag="BQ2027_MB2956" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2956, ppsA, len: 1876 aa. Equivalent to Rv2931, + len: 1876 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.6% identity in 1876 aa overlap). ppsA, type-I + polyketide synthase (see citations below), highly similar + to others from Mycobacterium leprae e.g. + Q9Z5K6|ML2357|MLCB12.02c PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (1871 aa), FASTA scores: opt: 7566, + E(): 0, (76.1% identity in 1888 aa overlap); + Q9S384|ML2356|MLCB12.01c PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (1540 aa), FASTA scores: opt: 4026, + E(): 9.8e-212, (45.7% identity in 1811 aa overlap); + Q49932|PKSC|L518_F1_2 PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE (1446 + aa), FASTA scores: opt: 4026, E(): 9.4e-212, (70.6% + identity in 885 aa overlap). Also similar to polyketide + synthases from other bacteria e.g. C-terminus of + Q9L8C7|EPOC POLYKETIDE SYNTHASE from Polyangium cellulosum + (7257 aa), FASTA scores: opt: 2592, E(): 5.2e-133, (32.55% + identity in 2245 aa overlap); P22367|MSAS_PENPA + 6-methylsalicylic acid synthase from Penicillium patulum + (Penicillium griseofulvum) (1774 aa), FASTA scores: opt: + 2391, E(): 0, (34.2% identity in 1815 aa overlap); etc. + And also highly similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. Q10978|PPSB_MYCTU|RV2932 + PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS POLYKETIDE SYNTHASE (1538 aa), + FASTA scores: opt: 4227, E(): 0, (46.8% identity in 1810 + aa overlap) (gap in middle); etc. Contains PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site, and PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. Note that Rv2931|ppsA + belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2956 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2956 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS TYPE-I POLYKETIDE + SYNTHASE PPSA" + /protein_id="SIU01577.1" + /db_xref="GOA:Q7TXM0" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXM0" + /translation="MTGSISGEADLRHWLIDYLVTNIGCTPDEVDPDLSLADLGVSSR + DAVVLSGELSELLGRTVSPIDFWEHPTINALAAYLAAPEPSPDSDAAVKRGARNSLDE + PIAVVGMGCRFPGGISCPEALWDFLCERRSSISQVPPQRWQPFEGGPPEVAAALARTT + RWGSFLPDIDAFDAEFFEISPSEADKMDPQQRLLLEVAWEALEHAGIPPGTLRRSATG + VFAGACLSEYGAMASADLSQVDGWSNSGGAMSIIANRLSYFLDLRGPSVAVDTACSSS + LVAIHLACQSLRTQDCHLAIAAGVNLLLSPAVFRGFDQVGALSPTGQCRAFDATADGF + VRGEGAGVVVLKRLTDAQRDGDRVLAVICGSAVTQDGRSNGLMAPNPAAQMAVLRAAY + TNAGMQPSEVDYVEAHGTGTLLGDPIEARALGTVLGRGRPEDSPLLIGSVKTNLGHTE + AAAGIAGFIKTVLAVQHGQIPPNQHFETANPHIPFTDLRMKVVDTQTEWPATGHPRRA + GVSSFGFGGTNAHVVIEQGQEVRPAPGQGLSPAVSTLVVAGKTMQRVSATAGMLADWM + EGPGADVALADVAHTLNHHRSRQPKFGTVVARDRTQAIAGLRALAAGQHAPGVVNPAE + GSPGPGTVFVYSGRGSQWAGMGRQLLADEPAFAAAVAELEPVFVEQAGFSLHDVLANG + EELVGIEQIQLGLIGMQLALTELWCSYGVQPDLVIGHSMGEVAAAVVAGALTPAEGLR + VTATRSRLMAPLSGQGGMALLELDAPTTEALIADFPQVTLGIYNSPRQTVIAGPTEQI + DELITRVRARDRFASRVNIEVAPHNPAMDALQPAMRSELADLTPRTPTIGIISTTYAD + LHTQPVFDAEHWATNMRNPVHFQQAIASAGSGADGAYHTFIEISAHPLLTQAIIDTLH + SAQPGARYTSLGTLQRDTDDVVTFRTNLNKAHTIHPPHTPHPPEPHPPIPTTPWQHTR + HWITTKYPAGSVGSAPRAGTLLGQHTTVATVSASPPSHLWQARLAPDAKPYQGGHRFH + QVEVVPASVVLHTILSAATELGYSALSEVRFEQPIFADRPRLIQVVADNRAISLASSP + AAGTPSDRWTRHVTAQLSSSPSDSASSLNEHHRANGQPPERAHRDLIPDLAELLAMRG + IDGLPFSWTVASWTQHSSNLTVAIDLPEALPEGSTGPLLDAAVHLAALSDVADSRLYV + PASIEQISLGDVVTGPRSSVTLNRTAHDDDGITVDVTVAAHGEVPSLSMRSLRYRALD + FGLDVGRAQPPASTGPVEAYCDATNFVHTIDWQPQTVPDATHPGAEQVTHPGPVAIIG + DDGAALCETLEGAGYQPAVMSDGVSQARYVVYVADSDPAGADETDVDFAVRICTEITG + LVRTLAERDADKPAALWILTRGVHESVAPSALRQSFLWGLAGVIAAEHPELWGGLVDL + AINDDLGEFGPALAELLAKPSKSILVRRDGVVLAPALAPVRGEPARKSLQCRPDAAYL + ITGGLGALGLLMADWLADRGAHRLVLTGRTPLPPRRDWQLDTLDTELRRRIDAIRALE + MRGVTVEAVAADVGCREDVQALLAARDRDGAAPIRGIIHAAGITNDQLVTSMTGDAVR + QVMWPKIGGSQVLHDAFPPGSVDFFYLTASAAGIFGIPGQGSYAAANSYLDALARARR + QQGCHTMSLDWVAWRGLGLAADAQLVSEELARMGSRDITPSEAFTAWEFVDGYDVAQA + VVVPMPAPAGADGSGANAYLLPARNWSVMAATEVRSELEQGLRRIIAAELRVPEKELD + TDRPFAELGLNSLMAMAIRREAEQFVGIELSATMLFNHPTVKSLASYLAKRVAPHDVS + QDNQISALSSSAGSVLDSLFDRIESAPPEAERSV" + gene 3212057..3216673 + /gene="ppsB" + /locus_tag="BQ2027_MB2957" + CDS 3212057..3216673 + /gene="ppsB" + /locus_tag="BQ2027_MB2957" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2957, ppsB, len: 1538 aa. Equivalent to Rv2932, + len: 1538 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1538 aa overlap). ppsB, type-I + polyketide synthase (see citations below), highly similar + to others from Mycobacterium leprae e.g. + Q9S384|ML2356|MLCB12.01c PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE + (1540 aa), FASTA scores: opt: 7284, E(): 0, (76.3% + identity in 1561 aa overlap); Q49932|PKSC|L518_F1_2 + PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE (1446 aa), FASTA scores: opt: + 6811, E(): 0, (76.2% identity in 1462 aa overlap); etc. + Also similar to polyketide synthases from other bacteria + e.g. Q9KIZ6|EPOE EPOE PROTEIN from Polyangium cellulosum + (3798 aa), FASTA scores: opt: 3052, E(): 3.3e-165, (38.35% + identity in 1538 aa overlap); etc. And also highly similar + to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q10977|PPSA_MYCTU|RV2931 PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS + POLYKETIDE SYNTHASE (1876 aa), FASTA scores: opt: 4227, + E(): 0, (46.9% identity in 1810 aa overlap); + P96203|PPSD|Rv2934|MTCY19H9.02 PKSE PROTEIN (1827 aa), + FASTA scores: opt: 3756, E(): 1.8e-205, (42.9% identity in + 1808 aa overlap); etc. Overlaps and extends CDS from + neighbouring cosmid MTCY338.21. Contains PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site. Note that Rv2932|ppsB + belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2957 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2957 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS TYPE-I POLYKETIDE + SYNTHASE PPSB" + /protein_id="SIU01578.1" + /db_xref="GOA:Q7TXL9" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXL9" + /translation="MMRTAFSRISGMTAQQRTSLADEFDRVSRIAVAEPVAVVGIGCR + FPGDVDGPESFWDFLVAGRNAISTVPADRWDAEAFYHPDPLTPGRMTTKWGGFVPDVA + GFDAEFFGITPREAAAMDPQQRMLLEVAWEALEHAGIPPDSLGGTRTAVMMGVYFNEY + QSMLAASPQNVDAYSGTGNAHSITVGRISYLLGLRGPAVAVDTACSSSLVAVHLACQS + LRLRETDLALAGGVSITLRPETQIAISAWGLLSPQGRCAAFDAAADGFVRGEGAGVVV + LKRLTDAVRDGDQVLAVVRGSAVNQDGRSNGVTAPNTAAQCDVIADALRSGDVAPDSV + NYVEAHGTGTVLGDPIEFEALAATYGHGGDACALGAVKTNIGHLEAAAGIAGFIKATL + AVQRATIPPNLHFSQWNPAIDAASTRFFVPTQNSPWPTAEGPRRAAVSSFGLGGTNAH + VIIEQGSELAPVSEGGEDTGVSTLVVTGKTAQRMAATAQVLADWMEGPGAEVAVADVA + HTVNHHRARQATFGTVVARDRAQAIAGLRALAAGQHAPGVVSHQDGSPGPGTVFVYSG + RGSQWAGMGRQLLADEPAFAAAVAELEPVFVEQAGFSLRDVIATGKELVGIEQIQLGL + IGMQLTLTELWRSYGVQPDLVIGHSMGEVAAAVVAGALTPAEGLRVTATRARLMAPLS + GQGGMALLGLDAAATEALIADYPQVTVGIYNSPRQTVIAGPTEQIDELIARVRAQNRF + ASRVNIEVAPHNPAMDALQPAMRSELADLTPRTPTIGIISTTYADLHTQPIFDAEHWA + TNMRNPVRFQQAIASAGSGADGAYHTFIEISAHPLLTQAIADTLEDAHRPTKSAAKYL + SIGTLQRDADDTVTFRTNLYTADIAHPPHTCHPPEPHPTIPTTPWQHTHHWIATTHPS + TAAPEDPGSNKVVVNGQSTSESRALEDWCHQLAWPIRPAVSADPPSTAAWLVVADNEL + CHELARAADSRVDSLSPPALAAGSDPAALLDALRGVDNVLYAPPVPGELLDIESAYQV + FHATRRLAAAMVASSATAISPPKLFIMTRNAQPISEGDRANPGHAVLWGLGRSLALEH + PEIWGGIIDLDDSMPAELAVRHVLTAAHGTDGEDQVVYRSGARHVPRLQRRTLPGKPV + TLNADASQLVIGATGNIGPHLIRQLARMGAKTIVAMARKPGALDELTQCLAATGTDLI + AVAADATDPAAMQTLFDRFGTELPPLEGIYLAAFAGRPALLSEMTDDDVTTMFRPKLD + ALALLHRLSLKSPVRHFVLFSSVSGLLGSRWLAHYTATSAFLDSFAGARRTMGLPATV + VDWGLWKSLADVQKDATQISAESGLQPMADEVAIGALPLVMNPDAAVATVVVAADWPL + LAAAYRTRGALRIVDDLLPAPEDVGKGESEFRTSLRSCPAEKRRDMLFDHVGALAATV + MGMPPTEPLDPSAGFFQLGMDSLMSVTLQRALSESLGEFLPASVVFDYPTVYSLTDYL + ATVLPELLEIGATAVATQQATDSYHELTEAELLEQLSERLRGTQ" + gene 3216670..3223236 + /gene="ppsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2958" + CDS 3216670..3223236 + /gene="ppsC" + /locus_tag="BQ2027_MB2958" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2958, ppsC, len: 2188 aa. Equivalent to Rv2933, + len: 2188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 2188 aa overlap). ppsC, type-I + polyketide synthase (see citations below), highly similar + to others from Mycobacterium leprae e.g. + Q49933|PKSD|ML2355|L518_F1_3 PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE + (2201 aa), FASTA scores: opt: 6973, E(): 0, (82.32% + identity in 2217 aa overlap); + Q49624|PKS3|MASA|ML1229|B1170_C2_209 PROBABLE MYCOCEROSIC + ACID SYNTHASE (2118 aa), FASTA scores: opt: 4015, E(): + 2.9e-208, (36.6% identity in 2184 aa overlap); etc. Also + similar to polyketide synthases from other bacteria e.g. + C-terminus of Q9L8C7 POLYKETIDE SYNTHASE from Polyangium + cellulosum (7257 aa), FASTA scores: opt: 3909, E(): + 3.6e-202, (40.15% identity in 2220 aa overlap); + Q9KIZ7|EPOD EPOD PROTEIN from Polyangium cellulosum (7257 + aa), FASTA scores: opt: 3886, E(): 6.2e-201, (40.05% + identity in 2220 aa overlap); etc. And also highly similar + to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96291|Rv2940c (2111 aa), FASTA scores: opt: 4204, E(): 0, + (39.1% identity in 2176 aa overlap); + Q10977|PPSA_MYCTU|RV2931 PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS + POLYKETIDE SYNTHASE (1876 aa), FASTA scores: opt: 3793, + E(): 2.4e-196, (46.65% identity in 1612 aa overlap); etc. + Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site, and + PS00012 Phosphopantetheine attachment site. Note that + Rv2933|ppsC belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2958 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2958 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS TYPE-I POLYKETIDE + SYNTHASE PPSC" + /protein_id="SIU01579.1" + /db_xref="GOA:Q7TXL8" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="PDB:5NJI" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXL8" + /translation="MTAATPDRRAIITEALHKIDDLTARLEIAEKSSSEPIAVIGMGC + RFPGGVNNPEQFWDLLCAGRSGIVRVPAQRWDADAYYCDDHTVPGTICSTEGGFLTSW + QPDEFDAEFFSISPREAAAMDPQQRLLIEVAWEALEDAGVPQHTIRGTQTSVFVGVTA + YDYMLTLAGRLRPVDLDAYIPTGNSANFAAGRLAYILGARGPAVVIDTACSSSLVAVH + LACQSLRGRESDMALVGGTNLLLSPGPSIACSRWGMLSPEGRCKTFDASADGYVRGEG + AAVVVLKRLDDAVRDGNRILAVVRGSAVNQDGASSGVTVPNGPAQQALLAKALTSSKL + TAADIDYVEAHGTGTPLGDPIELDSLSKVFSDRAGSDQLVIGSVKTNLGHLEAAAGVA + GLMKAVLAVHNGYIPRHLNFHQLTPHASEAASRLRIAADGIDWPTTGRPRRAGVSSFG + VSGTNAHVVIEQAPDPMAAAGTEPQRGPVPAVSTLVVFGKTAPRVAATASVLADWLDG + PGAAVPLADVAHTLNHHRARQTRFGTVAAVDRRQAVIGLRALAAGQSAPGVVAPREGS + IGGGTVFVYSGRGSQWAGMGRQLLADEPAFAAAIAELEPEFVAQGGFSLRDVIAGGKE + LVGIEQIQLGLIGMQLALTALWRSYGVTPDAVIGHSMGEVAAAVVAGALTPAQGLRVT + AVRSRLMAPLSGQGTMALLELDAEATEALIADYPEVSLGIYASPRQTVISGPPLLIDE + LIDKVRQQNGFATRVNIEVAPHNPAMDALQPAMRSELADLTPQPPTIPIISTTYADLG + ISLGSGPRFDAEHWATNMRNPVRFHQAIAHAGADHHTFIEISAHPLLTHSISDTLRAS + YDVDNYLSIGTLQRDAHDTLEFHTNLNTTHTTHPPQTPHPPEPHPVLPTTPWQHTQHW + ITATSAAYHRPDTHPLLGVGVTDPTNGTRVWESELDPDLLWLADHVIDDLVVLPGAAY + AEIALAAATDTFAVEQDQPWMISELDLRQMLHVTPGTVLVTTLTGDEQRCQVEIRTRS + GSSGWTTHATATVARAEPLAPLDHEGQRREVTTADLEDQLDPDDLYQRLRGAGQQHGP + AFQGIVGLAVTQAGVARAQVRLPASARTGSREFMLHPVMMDIALQTLGATRTATDLAG + GQDARQGPSSNSALVVPVRFAGVHVYGDITRGVRAVGSLAAAGDRLVGEVVLTDANGQ + PLLVVDEVEMAVLGSGSGATELTNRLFMLEWEPAPLEKTAEATGALLLIGDPAAGDPL + LPALQSSLRDRITDLELASAADEATLRAAISRTSWDGIVVVCPPRANDESMPDEAQLE + LARTRTLLVASVVETVTRMGARKSPRLWIVTRGAAQFDAGESVTLAQTGLRGIARVLT + FEHSELNTTLVDIEPDGTGSLAALAEELLAGSEADEVALRDGQRYVNRLVPAPTTTSG + DLAAEARHQVVNLDSSGASRAAVRLQIDQPGRLDALNVHEVKRGRPQGDQVEVRVVAA + GLNFSDVLKAMGVYPGLDGAAPVIGGECVGYVTAIGDEVDGVEVGQRVIAFGPGTFGT + HLGTIADLVVPIPDTLADNEAATFGVAYLTAWHSLCEVGRLSPGERVLIHSATGGVGM + AAVSIAKMIGARIYTTAGSDAKREMLSRLGVEYVGDSRSVDFADEILELTDGYGVDVV + LNSLAGEAIQRGVQILAPGGRFIELGKKDVYADASLGLAALAKSASFSVVDLDLNLKL + QPARYRQLLQHILQHVADGKLEVLPVTAFSLHDAADAFRLMASGKHTGKIVISIPQHG + SIEAIAAPPPLPLVSRDGGYLIVGGMGGLGFVVARWLAEQGAGLIVLNGRSAPSDEVA + AAIAELNASGSRIEVITGDITEPDTAERLVRAVEDAGFRLAGVVHSAMVLADEIVLNM + TDSAARRVFAPKVTGSWRLHVATAARDVDWWLTFSSAAALLGTPGQGAYAAANSWVDG + LVAHRRSAGLPAVGINWGPWADVGRAQFFKDLGVEMINAEQGLAAMQAVLTADRGRTG + VFSLDARQWFQSFPAVAGSSLFAKLHDSAARKSGQRRGGGAIRAQLDALDAAERPGHL + ASAIADEIRAVLRSGDPIDHHRPLETLGLDSLMGLELRNRLEASLGITLPVALVWAYP + TISDLATALCERMDYATPAAAQEISDTEPELSDEEMDLLADLVDASELEAATRGES" + gene 3223233..3228716 + /gene="ppsD" + /locus_tag="BQ2027_MB2959" + CDS 3223233..3228716 + /gene="ppsD" + /locus_tag="BQ2027_MB2959" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2959, ppsD, len: 1827 aa. Equivalent to Rv2934, + len: 1827 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1827 aa overlap). ppsD, type-I + polyketide synthase (see citations below), highly similar + to others from Mycobacterium leprae e.g. Q9CB70|ML2354 + POLYKETIDE SYNTHASE (1822 aa), FASTA scores: opt: 9779, + E(): 0, (80.35% identity in 1836 aa overlap); + Q49940|L518_F3_67|PFSE (1815 aa), FASTA scores: opt: 9658, + E(): 0, (79.85% identity in 1831 aa overlap); etc. Also + similar to polyketide synthases from other bacteria e.g. + C-terminus of Q9RNB2|MCYD|Q9FDU1 POLYKETIDE SYNTHASE (MCYD + PROTEIN) from Microcystis aeruginosa (3906 aa), FASTA + scores: opt: 2961, E(): 6e-159, (32.15% identity in 1827 + aa overlap); etc. And also highly similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Q10978|PPSB_MYCTU|RV2932 + PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS POLYKETIDE SYNTHASE (1538 aa), + FASTA scores: opt: 3756, E(): 3.8e-204, (42.85% identity + in 1808 aa overlap) (gaps in middle); P96202|PPSC|RV2933 + POLYKETIDE SYNTHASE (2188 aa), FASTA scores: opt: 3463, + E(): 1.7e-187, (39.2% identity in 2165 aa overlap); etc. + Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site, + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, PS00013 Prokaryotic + membrane lipoprotein lipid attachment site, and PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. Note that Rv2934|ppsD + belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2959 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2959 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS TYPE-I POLYKETIDE + SYNTHASE PPSD" + /protein_id="SIU01580.1" + /db_xref="GOA:Q7TXL7" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXL7" + /translation="MTSLAERAAQLSPNARAALARELVRAGTTFPTDICEPVAVVGIG + CRFPGNVTGPESFWQLLADGVDTIEQVPPDRWDADAFYDPDPSASGRMTTKWGGFVSD + VDAFDADFFGITPREAVAMDPQHRILLEVAWEALEHAGIPPDSLSGTRTGVMMGLSSW + DYTIVNIERRADIDAYLSTGTPHCAAVGRIAYLLGLRGPAVAVDTACSSSLVAIHLAC + QSLRLRETDVALAGGVQLTLSPFTAIALSKWSALSPTGRCNSFDANADGFVRGEGCGV + VVLKRLADAVRDQDRVLAVVRGSATNSDGRSNGMTAPNALAQRDVITSALKLADVTPD + SVNYVETHGTGTVLGDPIEFESLAATYGLGKGQGESPCALGSVKTNIGHLEAAAGVAG + FIKAVLAVQRGHIPRNLHFTRWNPAIDASATRLFVPTESAPWPAAAGPRRAAVSSFGL + SGTNAHVVVEQAPDTAVAAAGGMPYVSALNVSGKTAARVASAAAVLADWMSGPGAAAP + LADVAHTLNRHRARHAKFATVIARDRAEAIAGLRALAAGQPRVGVVDCDQHAGGPGRV + FVYSGQGSQWASMGQQLLANEPAFAKAVAELDPIFVDQVGFSLQQTLIDGDEVVGIDR + IQPVLVGMQLALTELWRSYGVIPDAVIGHSMGEVSAAVVAGALTPEQGLRVITTRSRL + MARLSGQGAMALLELDADAAEALIAGYPQVTLAVHASPRQTVIAGPPEQVDTVIAAVA + TQNRLARRVEVDVASHHPIIDPILPELRSALADLTPQPPSIPIISTTYESAQPVADAD + YWSANLRNPVRFHQAVTAAGVDHNTFIEISPHPVLTHALTDTLDPDGSHTVMSTMNRE + LDQTLYFHAQLAAVGVAASEHTTGRLVDLPPTPWHHQRFWVTDRSAMSELAATHPLLG + AHIEMPRNGDHVWQTDVGTEVCPWLADHKVFGQPIMPAAGFAEIALAAASEALGTAAD + AVAPNIVINQFEVEQMLPLDGHTPLTTQLIRGGDSQIRVEIYSRTRGGEFCRHATAKV + EQSPRECAHAHPEAQGPATGTTVSPADFYALLRQTGQHHGPAFAALSRIVRLADGSAE + TEISIPDEAPRHPGYRLHPVVLDAALQSVGAAIPDGEIAGSAEASYLPVSFETIRVYR + DIGRHVRCRAHLTNLDGGTGKMGRIVLINDAGHIAAEVDGIYLRRVERRAVPLPLEQK + IFDAEWTESPIAAVPAPEPAAETTRGSWLVLADATVDAPGKAQAKSMADDFVQQWRSP + MRRVHTADIHDESAVLAAFAETAGDPEHPPVGVVVFVGGASSRLDDELAAARDTVWSI + TTVVRAVVGTWHGRSPRLWLVTGGGLSVADDEPGTPAAASLKGLVRVLAFEHPDMRTT + LVDLDITQDPLTALSAELRNAGSGSRHDDVIAWRGERRFVERLSRATIDVSKGHPVVR + QGASYVVTGGLGGLGLVVARWLVDRGAGRVVLGGRSDPTDEQCNVLAELQTRAEIVVV + RGDVASPGVAEKLIETARQSGGQLRGVVHAAAVIEDSLVFSMSRDNLERVWAPKATGA + LRMHEATADCELDWWLGFSSAASLLGSPGQAAYACASAWLDALVGWRRASGLPAAVIN + WGPWSEVGVAQALVGSVLDTISVAEGIEALDSLLAADRIRTGVARLRADRALVAFPEI + RSISYFTQVVEELDSAGDLGDWGGPDALADLDPGEARRAVTERMCARIAAVMGYTDQS + TVEPAVPLDKPLTELGLDSLMAVRIRNGARADFGVEPPVALILQGASLHDLTADLMRQ + LGLNDPDPALNNADTIRDRARQRAAARHGAAMRRRPKPAVQGG" + gene 3228722..3233188 + /gene="ppsE" + /locus_tag="BQ2027_MB2960" + CDS 3228722..3233188 + /gene="ppsE" + /locus_tag="BQ2027_MB2960" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2960, ppsE, len: 1488 aa. Equivalent to Rv2935, + len: 1488 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1488 aa overlap). ppsE, type-I + polyketide synthase (see citations below), equivalent to + Q49934|PKSF|ML2353|L518_F1_8 PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE + from Mycobacterium leprae (1489 aa), FASTA scores: opt: + 8156, E(): 0, (82.05% identity in 1493 aa overlap). Also + similar to polyketide synthases from other bacteria e.g. + Q9RAH3|NOSB NOSB PROTEIN from Nostoc sp. GSV224 (1244 aa), + FASTA scores: opt: 2438, E(): 8.8e-137, (43.75% identity + in 969 aa overlap); Q9KIZ8|EPOC EPOC PROTEIN from + Polyangium cellulosum (1832 aa), FASTA scores: opt: 2272, + E(): 8.6e-127, (39.95% identity in 1061 aa overlap); + O54155|SC3F7.12 POLYKETIDE SYNTHASE from Streptomyces + coelicolor (2297 aa), FASTA scores: opt: 1522, E(): + 3.6e-82, (36.35% identity in 1057 aa overlap); etc. + Contains PS00606 Beta-ketoacyl synthases active site. Note + that Rv2935|ppsE belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2960 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2960 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS TYPE-I POLYKETIDE + SYNTHASE PPSE" + /protein_id="SIU01581.1" + /db_xref="GOA:Q7TXL6" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXL6" + /translation="MSIPENAIAVVGMAGRFPGAKDVSAFWSNLRRGKESIVTLSEQE + LRDAGVSDKTLADPAYVRRAPLLDGIDEFDAGFFGFPPLAAQVLDPQHRLFLQCAWHA + LEDAGADPARFDGSIGVYGTSSPSGYLLHNLLSHRDPNAVLAEGLNFDQFSLFLQNDK + DFLATRISHAFNLRGPSIAVQTACSSSLVAVHLACLSLLSGECDMALAGGSSLCIPHR + VGYFTSPGSMVSAVGHCRPFDVRADGTVFGSGVGLVVLKPLAAAIDAGDRIHAVIRGS + AINNDGSAKMGYAAPNPAAQADVIAEAHAVSGIDSSTVSYVECHGTGTPLGDPIEIQG + LRAAFEVSQTSRSAPCVLGSVKSNIGHLEVAAGIAGLIKTILCLKNKALPATLHYTSP + NPELRLDQSPFVVQSKYGPWECDGVRRAGVSSFGVGGTNAHVVLEEAPAEASEVSAHA + EPAGPQVILLSAQTAAALGESRTALAAALETQDGPRLSDVAYTLARRRKHNVTMAAVV + HDREHAATVLRAAEHDNVFVGEAAHDGEHGDRADAAPTSDRVVFLFPGQGAQHVGMAK + GLYDTEPVFAQHFDTCAAGFRDETGIDLHAEVFDGTATDLERIDRSQPALFTVEYALA + KLVDTFGVRAGAYIGYSTGEYIAATLAGVFDLQTAIKTVSLRARLMHESPPGAMVAVA + LGPDDVTQYLPPEVELSAVNDPGNCVVAGPKDQIRALRQRLTEAGIPVRRVRATHAFH + TSAMDPMLGQFQEFLSRQQLRPPRTPLLSNLTGSWMSDQQVVDPASWTRQISSPIRFA + DELDVVLAAPSRILVEVGPGGSLTGSAMRHPKWSTTHRTVRLMRHPLQDVDDRDTFLR + ALGELWSAGVEVDWTPRRPAVPHLVSLPGYPFARQRHWVEPNHTVWAQAPGANNGSPA + GTADGSTAATVDAARNGESQTEVTLQRIWSQCLGVSSVDRNANFFDLGGDSLMAISIA + MAAANEGLTITPQDLYEYPTLASLTAAVDASFASSGLAKPPEAQANPAVPPNVTYFLD + RGLRDTGRCRVPLILRLDPKIGLPDIRAVLTAVVNHHDALRLHLVGNDGIWEQHIAAP + AEFTGLSNRSVPDGVAAGSPEERAAVLGILAELLEDQTDPNAPLAAVHIAAAHGGPHY + LCLAIHAMVTDDSSRQILATDIVTAFGQRLAGEEITLEPVSTGWREWSLRCAALATHP + AALDTRSYWIENSTKATLWLADALPNAHTAHPPRADELTKLSSTLSVEQTSELDDGRR + RFRRSIQTILLAALGRTIAQTVGEGVVAVELEGEGRSVLRPDVDLRRTVGWFTTYYPV + PLACATGLGALAQLDAVHNTLKSVPHYGIGYGLLRYVYAPTGRVLGAQRTPDIHFRYA + GVIPELPSGDAPVQFDSDMTLPVREPIPGMGHAIELRVYRFGGSLHLDWWYDTRRIPA + ATAEALERTFPLALSALIQEAIAAEHTEHDDSEIVGEPEAGALVDLSSMDAG" + gene 3233199..3234194 + /gene="drrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2961" + CDS 3233199..3234194 + /gene="drrA" + /locus_tag="BQ2027_MB2961" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2961, drrA, len: 331 aa. Equivalent to Rv2936, + len: 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 331 aa overlap). Probable drrA, + daunorubicin-DIM-transport resistance ATP-binding protein + ABC transporter, probably involved in daunorubicin + resistance and phthiocerol dimycocerosate transport (see + citations below), equivalent to + Q49938|DRRA|ML2352|L518_F2_43|DRRA PROBABLE DAUNORUBICIN + RESISTANCE ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae + (331 aa), FASTA scores: opt: 1842, E(): 4.2e-103, (85.2% + identity in 331 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9XCF7 DRRA from Mycobacterium avium (315 aa), FASTA + scores: opt: 1040, E(): 4.7e-55, (54.35% identity in 309 + aa overlap); Q9X5J8 DAUNORUBICIN RESISTANCE PROTEIN A from + Mycobacterium avium (315 aa), FASTA scores: opt: 1030, + E(): 1.9e-54, (53.7% identity in 309 aa overlap); + P32010|DRRA_STRPE DAUNORUBICIN RESISTANCE ATP-BINDING + PROTEIN from Streptomyces peucetius (330 aa), FASTA + scores: opt: 852, E(): 9e-44, (47.15% identity in 318 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop), and PS00211 ABC transporters family signature. + BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Note that Rv2936|drrA belongs to the + transcriptional unit Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven + experimentaly). Protein product from Mb2961 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2961 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="daunorubicin-dim-transport atp-binding protein + abc transporter drra" + /protein_id="SIU01582.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2L1" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005894" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2L1" + /translation="MRNDDMAVVVNGVRKTYGKGKIVALDDVSFKVRRGEVIGLLGPN + GAGKTTMVDILSTLTRPDAGSAIIAGYDVVSEPAGVRRSIMVTGQQVAVDDALSGEQN + LVLFGRLWGLSKSAARKRAAELLEQFSLVHAGKRRVGTYSGGMRRRIDIACGLVVQPQ + VAFLDEPTTGLDPRSRQAIWDLVASFKKLGIATLLTTQYLEEADALSDRIILIDHGII + IAEGTANELKHRAGDTFCEIVPRDLKDLDAIVAALGSLLPEHHRAMLTPDSDRITMPA + PDGIRMLVEAARRIDEARIELADIALRRPSLDDVFLAMTTDPTESLTHLVSGSAR" + gene 3234191..3235060 + /gene="drrB" + /locus_tag="BQ2027_MB2962" + CDS 3234191..3235060 + /gene="drrB" + /locus_tag="BQ2027_MB2962" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2962, drrB, len: 289 aa. Equivalent to Rv2937, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Probable drrB, + daunorubicin-DIM-transport integral membrane protein ABC + transporter, probably involved in daunorubicin resistance + and phthiocerol dimycocerosate transport (see citations + below), equivalent to Q49935|DRRB|ML2351|L518_F1_9 + DAUNORUBICIN RESISTANCE TRANSMEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (288 aa), FASTA scores: opt: 1252, + E(): 5.3e-72, (64.0% identity in 289 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9XCF8 DRRB PROTEIN from + Mycobacterium avium (246 aa), FASTA scores: opt: 423, E(): + 1.5e-19, (30.85% identity in 243 aa overlap); Q9S6H4 + DAUNORUBICIN RESISTANCE PROTEIN B from Mycobacterium avium + (246 aa), FASTA scores: opt: 420, E(): 2.3e-19, (30.85% + identity in 243 aa overlap); P32011|DRRB_STRPE + DAUNORUBICIN RESISTANCE TRANSMEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces peucetius (283 aa), FASTA scores: opt: 242, + E(): 4.7e-08, (27.85% identity in 219 aa overlap); etc. + Note that Rv293|drrB belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2962 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2962 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="daunorubicin-dim-transport integral membrane + protein abc transporter drrb" + /protein_id="SIU01583.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2N5" + /db_xref="InterPro:IPR000412" + /db_xref="InterPro:IPR004377" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2N5" + /translation="MSGPAIDASPALTFNQSSASIQQRRLSTGRQMWVLYRRFAAPSL + LNGEVLTTVGAPIIFMVGFYIPFAIPWNQFVGGASSGVASNLGQYITPLVTLQAVSFA + AIGSGFRAATDSLLGVNRRFQSMPMAPLTPLLARVWVAVDRCFTGLVISLVCGYVIGF + RFHRGALYIVGFCLLVIAIGAVLSFAADLVGTVTRNPDAMLPLLSLPILIFGLLSIGL + MPLKLFPHWIHPFVRNQPISQFVAALRALAGDTTKTASQVSWPVMAPTLTWLFAFVVI + LALSSTIVLARRP" + gene 3235057..3235887 + /gene="drrC" + /locus_tag="BQ2027_MB2963" + CDS 3235057..3235887 + /gene="drrC" + /locus_tag="BQ2027_MB2963" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2963, drrC, len: 276 aa. Equivalent to Rv2938, + len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 276 aa overlap). Probable drrC, + daunorubicin-DIM-transport integral membrane protein ABC + transporter, probably involved in daunorubicin resistance + and phthiocerol dimycocerosate transport (see citations + below), equivalent to Q9CB71|ML2350 PROBABLE ANTIBIOTIC + RESISTANCE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (276 + aa), FASTA scores: opt: 1434, E(): 1.2e-81, (79.0% + identity in 276 aa overlap); and Q49941|DRRC|L518_F3_76 + PUTATIVE DAUNORUBICIN RESISTANCE TRANSMEMBRANE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (244 aa), FASTA scores: opt: + 1194, E(): 8.3e-67, (76.85% identity in 242 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q9XCF9 DRRC PROTEIN from + Mycobacterium avium (263 aa), FASTA scores: opt: 538, E(): + 3.7e-26, (32.65% identity in 251 aa overlap); Q9S6H3 + DAUNORUBICIN RESISTANCE PROTEIN C from Mycobacterium avium + (263 aa), FASTA scores: opt: 533, E(): 7.6e-26, (32.25% + identity in 251 aa overlap); P32011|DRRB_STRPE + DAUNORUBICIN RESISTANCE TRANSMEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces peucetius (283 aa), FASTA scores: opt: 276, + E(): 6.6e-10, (21.07% identity in 261 aa overlap); etc. + Note that Rv2938|drrC belongs to the transcriptional unit + Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven experimentaly). Protein + product from Mb2963 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2963 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DAUNORUBICIN-DIM-TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER DRRC" + /protein_id="SIU01584.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2N4" + /db_xref="InterPro:IPR000412" + /db_xref="InterPro:IPR004377" + /db_xref="InterPro:IPR005943" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2N4" + /translation="MITTTSQEIELAPTRLPGSQNAARLFVAQTLLQTNRLLTRWARD + YITVIGAIVLPILFMVVLNIVLGNLAYVVTHDSGLYSIVPLIALGAAITGSTFVAIDL + MRERSFGLLARLWVLPVHRASGLISRILANAIRTLVTTLVMLGTGVVLGFRFRQGLIP + SLMWISVPVILGIAIAAMVTTVALYTAQTVVVEGVELVQAIAIFFSTGLVPLNSYPGW + IQPFVAHQPVSYAIAAMRGFAMGGPVLSPMIGMLVWTAGICVVCAVPLAIGYRRASTH + " + gene 3235934..3237202 + /gene="papA5" + /locus_tag="BQ2027_MB2964" + CDS 3235934..3237202 + /gene="papA5" + /locus_tag="BQ2027_MB2964" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2964, papA5, len: 422 aa. Equivalent to Rv2939, + len: 422 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 422 aa overlap). Possible papA5, + conserved polyketide synthase (PKS) associated protein + (see first citation below), equivalent to Q49939 + HYPOTHETICAL 45.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (423 aa), FASTA scores: opt: 2398, E(): 4.5e-144, (84.05% + identity in 426 aa overlap); and Q02279|YMA3_MYCBO + HYPOTHETICAL 38.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium bovis + (354 aa), FASTA scores: opt: 2193, E(): 3.6e-131, (97.4% + identity in 343 aa overlap). And C-terminus highly similar + to to Q9S381 HYPOTHETICAL 5.0 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium leprae (44 aa), FASTA scores: opt: 275, E(): + 1.4e-10, (88.65% identity in 44 aa overlap). Also similar + in part to various synthetases e.g. Q9AE01|RIF20 RIF20 + PROTEIN from Amycolatopsis mediterranei (Nocardia + mediterranei) (403 aa), FASTA scores: opt: 282, E(): + 2.7e-10, (30.3% identity in 393 aa overlap); middle part + of Q00869|ESYN1 ENNIATIN SYNTHETASE (FRAGMENT) (N-methyl + peptide synthetase) from Fusarium equiseti (3131 aa), + FASTA scores: opt: 180, E(): 0.0036, (26.85% identity in + 242 aa overlap); N-terminus of Q9FB18 PEPTIDE SYNTHETASE + NRPS2-1 from Streptomyces verticillus (2626 aa), FASTA + scores: opt: 159, E(): 0.068, (23.65% identity in 351 aa + overlap); etc. Note that Rv2939|papA5 belongs to the + transcriptional unit Rv2930|fadD26-Rv2939|papA5 (proven + experimentaly). Protein product from Mb2964 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2964 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED POLYKETIDE SYNTHASE + ASSOCIATED PROTEIN PAPA5" + /protein_id="SIU01585.1" + /db_xref="GOA:Q02279" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="InterPro:IPR031641" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q02279" + /translation="MFPGSVIRKLSHSEEVFAQYEVFTSMTIQLRGVIDVDALSDAFD + ALLETHPVLASHLEQSSDGGWNLVADDLLHSGICVIDGTAATNGSPSGNAELRLDQSV + SLLHLQLILREGGAELTLYLHHCMADGHHGAVLVDELFSRYTDAVTTGDPGPITPQPT + PLSMEAVLAQRGIRKQGLSGAERFMSVMYAYEIPATETPAVLAHPGLPQAVPVTRLWL + SKQQTSDLMAFGREHRLSLNAVVAAAILLTEWQLRNTPHVPIPYVYPVDLRFVLAPPV + APTEATNLLGAASYLAEIGPNTDIVDLASDIVATLRADLANGVIQQSGLHFGTAFEGT + PPGLPPLVFCTDATSFPTMRTPPGLEIEDIKGQFYCSISVPLDLYSCAVYAGQLIIEH + HGHIAEPGKSLEAIRSLLCTVPSEYGWIME" + gene complement(3237365..3243700) + /gene="mas" + /locus_tag="BQ2027_MB2965C" + CDS complement(3237365..3243700) + /gene="mas" + /locus_tag="BQ2027_MB2965C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2965c, mas, len: 2111 aa. Equivalent to Rv2940c, + len: 2111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 2111 aa overlap). Probable mas, + mycocerosic acid synthase membrane associated, + multifunctional enzyme (see citations below), almost + identical to Q02251|MCAS_MYCBO|MAS MYCOCEROSIC ACID + SYNTHASE from Mycobacterium bovis (2110 aa), FASTA scores: + opt: 13226, E(): 0, (95.8% identity in 2115 aa overlap) + (see first citation below); and equivalent to + Q9CD78|MAS|ML0139 PUTATIVE MYCOCEROSIC SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (2116 aa), FASTA scores: opt: 12142, + E(): 0, (87.95% identity in 2119 aa overlap); and + Q49624|PKS3|MASA|ML1229|B1170_C2_209 PROBABLE MYCOCEROSIC + ACID SYNTHASE from Mycobacterium leprae (2118 aa), FASTA + scores: opt: 8421, E(): 0, (60.8% identity in 2127 aa + overlap). Also similar to other synthases e.g. C-terminus + of Q9L8C7|EPOC POLYKETIDE SYNTHASE from Polyangium + cellulosum (7257 aa), FASTA scores: opt: 4332, E(): 0, + (40.85% identity in 2149 aa overlap); etc. Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53901|PKS5|Rv1527c|MTV045.01c|MTCY19G5.01 POLYKETIDE + SYNTHASE (2108 aa), FASTA scores: opt: 5059, E(): 0, + (65.9% identity in 2121 aa overlap); etc. Contains several + domains, organized in the following order: beta-ketoacyl + synthase (PS00606), acyl transferase, dehydratase-enoyl + reductase, beta-ketoreductase, acyl carrier protein. + Contains PS00012 Phosphopantetheine attachment site. + Protein product from Mb2965c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2965c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MULTIFUNCTIONAL MYCOCEROSIC ACID + SYNTHASE MEMBRANE-ASSOCIATED MAS" + /protein_id="SIU01586.1" + /db_xref="GOA:Q02251" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q02251" + /translation="MESRVTPVAVIGMGCRLPGGINSPDKLWESLLRGDDLVTEIPPD + RWDADDYYDPEPGVPGRSVSRWGGFLDDVAGFDAEFFGISEREATSIDPQQRLLLETS + WEAIEHAGLDPASLAGSSTAVFTGLTHEDYLVLTTTAGGLASPYVVTGLNNSVASGRI + AHTLGLHGPAMTFDTACSSGLMAVHLACRSLHDGEADLALAGGCAVLLEPHACVAASA + QGMLSSTGRCHSFDADADGFVRSEGCAMVLLKRLPDALRDGNRIFAVVRGTATNQDGR + TETLTMPSEDAQVAVYRAALAAAGVQPETVGVVEAHGTGTPIGDPIEYRSLARVYGAG + TPCALGSAKSNMGHSTASAGTVGLIKAILSLRHGVVPPLLHFNRLPDELSDVETGLFV + PQAVTPWPNGNDHTPKRVAVSSFGMSGTNVHAIVEEAPAEASAPESSPGDAEVGPRLF + MLSSTSSDALRQTARQLATWVEEHQDCVAASDLAYTLARGRAHRPVRTAVVAANLPEL + VEGLREVADGDALYDAAVGHGDRGPVWVFSGQGSQWAAMGTQLLASEPVFAATIAKLE + PVIAAESGFSVTEAITAQQTVTGIDKVQPAVFAVQVALAATMEQTYGVRPGAVVGHSM + GESAAAVVAGALSLEDAARVICRRSKLMTRIAGAGAMGSVELPAKQVNSELMARGIDD + VVVSVVASPQSTVIGGTSDTVRDLIARWEQRDVMAREVAVDVASHSPQVDPILDDLAA + ALADIAPMTPKVPYYSATLFDPREQPVCDGAYWVDNLRNTVQFAAAVQAAMEDGYRVF + AELSPHPLLTHAVEQTGRSLDMSVAALAGMRREQPLPHGLRGLLTELHRAGAALDYSA + LYPAGRLVDAPLPAWTHARLFIDDDGQEQRAQGACTITVHPLLGSHVRLTEEPERHVW + QGDVGTSVLSWLSDHQVHNVAALPGAAYCEMALAAAAEVFGEAAEVRDITFEQMLLLD + EQTPIDAVASIDAPGVVNFTVETNRDGETTRHATAALRAAEDDCPPPGYDITALLQAH + PHAVNGTAMRESFAERGVTLGAAFGGLTTAHTAEAGAATVLAEVALPASIRFQQGAYR + IHPALLDACFQSVGAGVQAGTATGGLLLPLGVRSLRAYGPTRNARYCYTRLTKAFNDG + TRGGEADLDVLDEHGTVLLAVRGLRMGTGTSERDERDRLVSERLLTLGWQQRALPEVG + DGEAGSWLLIDTSNAVDTPDMLASTLTDALKSHGPQGTECASLSWSVQDTPPNDQAGL + EKLGSQLRGRDGVVIVYGPRVGDPDEHSLLAGREQVRHLVRITRELAEFEGELPRLFV + VTRQAQIVKPHDSGERANLEQAGLRGLLRVISSEHPMLRTTLIDVDEHTDVERVAQQL + LSGSEEDETAWRNGDWYVARLTPSPLGHEERRTAVLDPDHDGMRVQVRRPGDLQTLEF + VASDRVPPGPGQIEVAVSMSSINFADVLIAFGRFPIIDDREPQLGMDFVGVVTAVGEG + VTGHQVGDRVGGFSEGGCWRTFLTCDANLAVTLPPGLTDEQAITAATAHATAWYGLND + LAQIKAGDKVLIHSATGGVGQAAISIARAKGAEIFATAGNPAKRAMLRDMGVEHVYDS + RSVEFAEQIRRDTDGYGVDIVLNSLTGAAQRAGLELLAFGGRFVEIGKADVYGNTRLG + LFPFRRGLTFYYLDLALMSVTQPDRVRELLATVFKLTADGVLTAPQCTHYPLAEAADA + IRAMSNAEHTGKLVLDVPRSGRRSVAVTPEQAPLYRRDGSYIITGGLGGLGLFFASKL + AAAGCGRIVLTARSQPNPKARQTIEGLRAAGADIVVECGNIAEPDTADRLVSAATATG + LPLRGVLHSAAVVEDATLTNITDELIDRDWSPKVFGSWNLHRATLGQPLDWFCLFSSG + AALLGSPGQGAYAAANSWVDVFAHWRRAQGLPVSAIAWGAWGEVGRATFLAEGGEIMI + TPEEGAYAFETLVRHDRAYSGYIPILGAPWLADLVRRSPWGEMFASTGQRSRGPSKFR + MELLSLPQDEWAGRLRRLLVEQASVILRRTIDADRSFIEYGLDSLGMLEMRTHVETET + GIRLTPKVIATNNTARALAQYLADTLAEEQAAAPAAS" + gene 3244320..3246062 + /gene="fadD28" + /locus_tag="BQ2027_MB2966" + CDS 3244320..3246062 + /gene="fadD28" + /locus_tag="BQ2027_MB2966" + /standard_name="acoas" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2966, fadD28, len: 580 aa. Equivalent to Rv2941, + len: 580 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 580 aa overlap). fadD28 (alternate gene + name: acoas), fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-) (see + citations below), almost identical to P71495 ACYL-COA + SYNTHASE from Mycobacterium bovis (582 aa), FASTA scores: + opt: 3828, E(): 0, (99.15% identity in 580 aa overlap); + and equivalent to Q9CD79|FADD28|ML0138 ACYL-COA SYNTHETASE + from Mycobacterium leprae (579 aa), FASTA scores: opt: + 3183, E(): 8.8e-186, (81.9% identity in 580 aa overlap). + And also highly similar to others Mycobacteria proteins + e.g. O07797|FADD23|Rv3826|MTCY409.04c PUTATIVE + FATTY-ACID-COA SYNTHETASE from Mycobacterium tuberculosis + (584 aa); etc. Contains PS00018 EF-hand calcium-binding + domain. Note that Rv2941|fadD28 and Rv2942|mmpL7 are + transcriptionally coupled (proven experimentaly). Protein + product from Mb2966 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2966 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-amp ligase fadd28 (fatty-acid-amp + synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU01587.1" + /db_xref="GOA:Q02278" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q02278" + /translation="MIVRSLPAALRACARLQPHDPAFTFMDYEQDWDGVAITLTWSQL + YRRTLNVARELSRCGSTGDRVVISAPQGLEYVVAFLGALQAGRIAVPLSVPQGGVTDE + RSDSVLSDSSPVAILTTSSAVDDVVQHVARRPGESPPSIIEVDLLDLDAPNGYTFKED + EYPSTAYLQYTSGSTRTPAGVVMSHQNVRVNFEQLMSGYFADTDGIPPPNSALVSWLP + FYHDMGLVIGICAPILGGYPAVLTSPVSFLQRPARWMHLMASDFHAFSAAPNFAFELA + ARRTTDDDMAGRDLGNILTILSGSERVQAATIKRFADRFARFNLQERVIRPSYGLAEA + TVYVATSKPGQPPETVDFDTESLSAGHAKPCAGGGATSLISYMLPRSPIVRIVDSDTC + IECPDGTVGEIWVHGDNVANGYWQKPDESERTFGGKIVTPSPGTPEGPWLRTGDSGFV + TDGKMFIIGRIKDLLIVYGRNHSPDDIEATIQEITRGRCAAISVPGDRSTEKLVAIIE + LKKRGDSDQDAMARLGAIKREVTSALSSSHGLSVADLVLVAPGSIPITTSGKVRRGAC + VEQYRQDQFARLDA" + gene 3244939..3247151 + /locus_tag="BQ2027_IS1533" + mobile_element 3244939..3247151 + /locus_tag="BQ2027_IS1533" + /note="IS1533, len: 2213 nt. Equivalent to IS1533, len: + 2042 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 2042 nt overlap). Minimum region + corresponding to IS1533" + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1533" + gene 3246055..3248817 + /gene="mmpL7" + /locus_tag="BQ2027_MB2967" + CDS 3246055..3248817 + /gene="mmpL7" + /locus_tag="BQ2027_MB2967" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2967, mmpL7, len: 920 aa. Equivalent to Rv2942, + len: 920 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 920 aa overlap). mmpL7, conserved + transmembrane transport protein (see citations below), + member of RND superfamily, highly similar to Q9XB10 + HYPOTHETICAL 99.5 KDA PROTEIN from Mycobacterium bovis BCG + (945 aa), FASTA scores: opt: 488, E(): 4.9e-20, (29.5% + identity in 918 aa overlap); and to others from + Mycobacteria e.g. O53735|MML4_MYCTU from Mycobacterium + tuberculosis (945 aa), FASTA scores: opt: 481, E(): + 1.2e-19, (25.9% identity in 922 aa overlap); etc. Also + similar to other membrane proteins e.g. + O54101|MMLB_STRCO|SC10A5.10c PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (847 aa), FASTA scores: opt: + 256, E(): 7.2e-07, (25.15% identity in 545 aa overlap); + etc. Contains PS00639 Eukaryotic thiol (cysteine) + proteases histidine active site, PS00079 Multicopper + oxidases signature 1, and PS00044 Bacterial regulatory + proteins, lysR family signature. BELONGS TO THE MMPL + FAMILY. Note that Rv2941|fadD28 and Rv2942|mmpL7 are + transcriptionally coupled (proven experimentaly). Protein + product from Mb2967 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2967 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN MMPL7" + /protein_id="SIU01588.1" + /db_xref="GOA:P65371" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65371" + /translation="MPSPAGRLHRIRYIRLKKSSPDCRATITSGSADGQRRSPRLTNL + LVVAAWVAAAVIANLLLTFTQAEPHDTSPALLPQDAKTAAATSRIAQAFPGTGSNAIA + YLVVEGGSTLEPQDQPYYDAAVGALRADTRHVGSVLDWWSDPVTAPLGTSPDGRSATA + MVWLRGEAGTTQAAESLDAVRSVLRQLPPSEGLRASIVVPAITNDMPMQITAWQSATI + VTVAAVIAVLLLLRARLSVRAAAIVLLTADLSLAVAWPLAAVVRGHDWGTDSVFSWTL + AAVLTIGTITAATMLAARLGSDAGHSAAPTYRDSLPAFALPGACVAIFTGPLLLARTP + ALHGVGTAGLGVFVALAASLTVLPALIALAGASRQLPAPTTGAGWTGRLSLPVSSASA + LGTAAVLAICMLPIIGMRWGVAENPTRQGGAQVLPGNALPDVVVIKSARDLRDPAALI + AINQVSHRLVEVPGVRKVESAAWPAGVPWTDASLSSAAGRLADQLGQQAGSFVPAVTA + IKSMKSIIEQMSGAVDQLDSTVNVTLAGARQAQQYLDPMLAAARNLKNKTTELSEYLE + TIHTWIVGFTNCPDDVLCTAMRKVIEPYDIVVTGMNELSTGADRISAISTQTMSALSS + APRMVAQMRSALAQVRSFVPKLETTIQDAMPQIAQASAMLKNLSADFADTGEGGFHLS + RKDLADPSYRHVRESMFSSDGTATRLFLYSDGQLDLAAAARAQQLEIAAGKAMKYGSL + VDSQVTVGGAAQIAAAVRDALIHDAVLLAVILLTVVALASMWRGAVHGAAVGVGVLAS + YLAALGVSIALWQHLLDRELNALVPLVSFAVLASCGVPYLVAGIKAGRIADEATGARS + KGAVSGRGAVAPLAALGGVFGAGLVLVSGGSFSVLSQIGTVVVLGLGVLITVQRAWLP + TTPGRR" + repeat_region 3249346..3249350 + /note="5 bp direct repeat, CCGTT, flanking IS element + IS1533." + /rpt_type=DIRECT + gene 3249351..3251563 + /locus_tag="BQ2027_IS1533" + repeat_region 3249351..3249404 + /locus_tag="BQ2027_IS1533" + /note="54 bp imperfect inverted repeat, IRL, + TGTCGACGGCACGTGAAAACTGACCCCGGCGCGGCACCCGAATTTTGACCCCCT, + flanking IS element IS1533." + /rpt_type=INVERTED + gene 3249449..3250690 + /locus_tag="BQ2027_MB2968" + CDS 3249449..3250690 + /locus_tag="BQ2027_MB2968" + /note="Mb2968, -, len: 413 aa. Equivalent to Rv2943, len: + 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 413 aa overlap). Probable transposase + for insertion sequence IS1533, similar to other + transposases e.g. P15025|ISTA_ECOLI ista protein + (insertion sequence IS21) from Escherichia coli (390 aa), + FASTA scores: opt: 268, E(): 5.1e-11, (24.1% identity in + 378 aa overlap). Contains potential helix-turn-helix motif + at aa 19-40 (Score 1611, +4.67 SD). Mb2968 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE + ELEMENT IS1533" + /protein_id="SIU01589.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2M3" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2M3" + /translation="MLTVEDWAEIRRLHRAEGLPIKMIARVLGISKNTVKSALESNQQ + PKYERAPQGSIVDAVEPRIRELLQAYPTMPATVIAERIGWERSIRVLSARVAELRPVY + LPPDPASRTTYVAGEIAQCDFWFPPIELPVGFGQTRTAKQLPVLTMVCAYSRWLLAML + LPSRCAEDLFAGWWRLIEALGAVPRVLVWDGEGAIGRWRGGRSELTTECQAFRGTLAA + KVLICRPADPEAKGLIERAHDYLERSFLPGRVFASPADFNAQLGAWLALVNTRTRRAL + GCAPTDRIGADRAAMLSLPPVAPATGWCTSLRLPRDHYVRCDSNDYSVHPGVIGHRVL + VRADLERVHVFCDGELVADHERIWAVHQTVSDPAHVEAAKVLRRRHFSAASPVVEPQV + QVRSLSDYDDALGVDIDGGVA" + gene 3250690..3251220 + /locus_tag="BQ2027_MB2969" + CDS 3250690..3251220 + /locus_tag="BQ2027_MB2969" + /note="Mb2969, -, len: 176 aa. Equivalent to Rv2943A, len: + 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Possible transposase, + similar to many e.g. AJ238712|MBO238712_2 PUTATIVE + TRANSPOSASE (IS21-l) from Mycobacterium bovis BCG (266 + aa), FASTA scores: opt: 762, E(): 0, (100.0% identity in + 118 aa overlap). Possible frameshift after codon 118 i.e. + near position 3290056, to fuse with Rv2944. Mb2969 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01590.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2N8" + /db_xref="InterPro:IPR002611" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2N8" + /translation="MPTTKATQRRDVSTEIAYLTRALKAPTLRESVSRLADRARAENW + SHEEYLAACLQREVSARESHGGEGRIRAARFPARKSLEEFDFEHARGLKRDTIAHLGT + LDFITARDNVVFLGPAWHREDSSCGRPGDTRVSGRSSGAVRHRRRMGSTARRGSPRRA + HLRRTHPALPLSAPGG" + repeat_region complement(3251510..3251563) + /note="54 bp imperfect inverted repeat, IRR, + TGTCAACGGCACCCGAAAACTGACCCCCTGACGGCATCTGAAAATTGACCCCCT, + flanking IS element IS1533." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 3251564..3251568 + /note="5 bp direct repeat, CCGTT, flanking IS element + IS1533." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(3251609..3252310) + /gene="lppX" + /locus_tag="BQ2027_MB2970C" + CDS complement(3251609..3252310) + /gene="lppX" + /locus_tag="BQ2027_MB2970C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2970c, lppX, len: 233 aa. Equivalent to Rv2945c, + len: 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 233 aa overlap). Probable lppX, + conserved lipoprotein, equivalent to Q9CD80 PUTATIVE + LIPOPROTEIN from Mycobacterium leprae (233 aa), FASTA + scores: opt: 1165, E(): 2.1e-65, (76.4% identity in 233 aa + overlap); and similar to Q9CCP6|ML0557 from Mycobacterium + leprae (238 aa), FASTA scores: opt: 338, E(): 7.4e-14, + (30.75% identity in 231 aa overlap). Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71679|LPRG_MYCTU LIPOPROTEIN (236 aa), FASTA scores: opt: + 342, E(): 4.1e-14, (32.05% identity in 231 aa overlap); + etc. Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein + lipid attachment site, and has in its N-terminal a signal + peptide. BELONGS TO THE LPPX/LPRAFG FAMILY OF + LIPOPROTEINS. Protein product from Mb2970c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2970c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPX" + /protein_id="SIU01591.1" + /db_xref="GOA:P65307" + /db_xref="InterPro:IPR009830" + /db_xref="InterPro:IPR029046" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65307" + /translation="MNDGKRAVTSAVLVVLGACLALWLSGCSSPKPDAEEQGVPVSPT + ASDPALLAEIRQSLDATKGLTSVHVAVRTTGKVDSLLGITSADVDVRANPLAAKGVCT + YNDEQGVPFRVQGDNISVKLFDDWSNLGSISELSTSRVLDPAAGVTQLLSGVTNLQAQ + GTEVIDGISTTKITGTIPASSVKMLDPGAKSARPATVWIAQDGSHHLVRASIDLGSGS + IQLTQSKWNEPVNVD" + gene complement(3252332..3252553) + /locus_tag="BQ2027_MB2970CA" + CDS complement(3252332..3252553) + /locus_tag="BQ2027_MB2970CA" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb2970cA, len: 73 aa. Identified by de novo proteomics of + Mycobacterium bovis AF2122/97 under exponential + conditions. Mb2970cA transcript and transcriptional start + site identified in Mycobacterium bovis strain AF2122/97 + grown under exponential conditions, also found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01592.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2M2" + /translation="MAGPGDGERRNGASEEAGNLAGPGDGERRNGASEEAGNLAGPGD + GERRNGASEEAGSHAQRDPINLHSACGPI" + gene complement(3252602..3258940) + /gene="pks1" + /locus_tag="BQ2027_MB2971C" + CDS complement(3252602..3258940) + /gene="pks1" + /locus_tag="BQ2027_MB2971C" + /note="Mb2971c, pks1, len: 2112 aa. Equivalent to Rv2947c + and Rv2946c, len: 496 aa and 1616 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.6% identity in 488 aa + overlap and 99.9% identity in 1616 aa overlap). Rv2947c: + Probable pks15, polyketide synthase. Almost identical to + G560508|Q50469 PKS002B protein from Mycobacterium + tuberculosis (495 aa), FASTA scores: opt: 3270, E(): 0, + (99.6% identity in 496 a a overlap). Similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins + MTCY338.20|RV2931|PPSA_MYCTU ppsA phenolpthiocerol + synthesis (1876 aa) (49.9% identity in 465 aa overlap); + MTCY24G1.09|RV2940C|P96291 Putative mas, mycocerosic acid + synthase (2111 aa) (50.2% identity in 454 aa overlap); and + MTCY22H8.03|RV2382C|P71718 hypothetical protein (444 aa) + (47.6% identity in 437 aa overlap). Contains PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site. Rv2946c: Probable + pks1, polyketide synthase, similar to many e.g. + ML035|AL583917|Q9CD81 putative polyketide synthase from + Mycobacterium leprae (2103 aa), Fasta scores: opt: 8761, + E(): 0, (82.6% identity in 1620 aa overlap); etc. Almost + identical in part to G560507|Q50470 PKS002C protein from + Mycobacterium tuberculosis (fragment) (950 aa), Fasta + scores: opt: 5685, E(): 0, (95.3% identity in 927 aa + overlap). Also similar to Mycobacterium tuberculosis + polyketide synthases pks7|Rv1661|P94996 (2126 aa) (54.6% + identity in 1632 aa); pks12|Rv2048c|O53490 (4151 aa) + (58.0% identity in 1606 aa); pks8|rv1662|O65933 (1602 aa) + (59.7% identity in 1144 aa). Contains a PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, pks1 and pks15 exist as 2 genes. In + Mycobacterium bovis, a single base insertion (*-g) results + in a single product that is more similar to pks1. Protein + product from Mb2971c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2971c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable polyketide synthase pks15" + /protein_id="SIU01593.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK8" + /db_xref="InterPro:IPR001227" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR015083" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036299" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK8" + /translation="MIEEQRTMSVEGADQQSEKLFHYLKKVAVELDETRARLREYEQR + ATEPVAVVGIGCRFPGGVDGPDGLWDVVSAGRDVVSEFPTDRGWDVEGLYDPDPDAEG + KTYTRWGAFLDDATGFDAGFFGIAPSEVLAMDPQQRLMLEVSWEALEHAGIDPLSLRG + SATGVYTGIFAASYGNRDTGGLQGYGLTGTSISVASGRVSYVLGLQGPAVSVDTACSS + SLVAIHWAMSSLRSGECDLALAGGVTVMGLPSIFVGFSRQRGLAADGRCKAFAAAADG + TGWGEGAGVVVLERLSDARRLGHSVLAVVRGSAVNQDGASNGLTAPNGLAQQRVIQAA + LANAGLSAADVDVVEAHGTATTLGDPIEAQALLSTYGQGRPAEQPLWVGSIKSNMGHT + QAAAGVAGVIKMVQAMRHGVMPATLHVDEPSPRVDWTSGAVSVLTEAREWSVDGRPRR + AAVSSFGISGTNAHLILEEAPVPAPAEAPVEASESTGGPRPSMVPWVISARSAEALTA + QAGRLMAHVQANPGLDPIDVGCSLASRSVFEHRAVVVGASREQLIAGLAGLAAGEPGA + GVAVGQPGSVGKTVVVFPGQGAQRIGMGRELYGELPVFAQAFDAVADELDRHLRLPLR + DVIWGADADLLDSTEFAQPALFAVEVASFAVLRDWGVLPDFVMGHSVGELAAAHAAGV + LTLADAAMLVVARGRLMQALPAGGAMVAVAASEDEVEPLLGEGVGIAAINAPESVVIS + GAQAAANAIADRFAAQGRRVHQLAVSHAFHSPLMEPMLEEFARVAARVQAREPQLGLV + SNVTGELAGPDFGSAQYWVDHVRRPVRFADSARHLQTLGATHFIEAGPGSGLTGSIEQ + SLAPAEAMVVSMLGKDRPELASALGAAGQVFTTGVPVQWSAVFAGSGGRRVQLPTYAF + QRRRFWETPGADGPADAAGLGLGATEHALLGAVVERPDSDEVVLTGRLSLADQPWLAD + HVVNGVVLFPGAGFVELVIRAGDEVGCALIEELVLAAPLVMHPGVGVQVQVVVGAADE + SGHRAVSVYSRGDQSQGWLLNAEGMLGVAAAETPMDLSVWPPEGAESVDISDGYAQLA + ERGYAYGPAFQGLVAIWRRGSELFAEVVAPGEAGVAVDRMGMHPAVLDAVLHALGLAV + EKTQASTETRLPFCWRGVSLHAGGAGRVRARFASAGADAISVDVCDATGLPVLTVRSL + VTRPITAEQLRAAVTAAGGASDQGPLEVVWSPISVVSGGANGSAPPAPVSWADFCAGS + DGDASVVVWELESAGGQASSVVGSVYAATHTALEVLQSWLGADRAATLVVLTHGGVGL + AGEDISDLAAAAVWGMARSAQAENPGRIVLIDTDAAVDASVLAGVGEPQLLVRGGTVH + APRLSPAPALLALPAAESAWRLAAGGGGTLEDLVIQPCPEVQAPLQAGQVRVAVAAVG + VNFRDVVAALGMYPGQAPPLGAEGAGVVLETGPEVTDLAVGDAVMGFLGGAGPLAVVD + QQLVTRVPQGWSFAQAAAVPVVFLTAWYGLADLAEIKAGESVLIHAGTGGVGMAAVQL + ARQWGVEVFVTASRGKWDTLRAMGFDDDHIGDSRTCEFEEKFLAVTEGRGVDVVLDSL + AGEFVDASLRLLVRGGRFLEMGKTDIRDAQEIAANYPGVQYRAFDLSEAGPARMQEML + AEVRELFDTRELHRLPVTTWDVRCAPAAFRFMSQARHIGKVVLTMPSALADRLADGTV + VITGATGAVGGVLARHLVGAYGVRHLVLASRRGDRAEGAAELAADLTEAGAKGQVVAC + DVADRAAVAGLFAQLSREYPPVRGVIHAAGVLDDAVITSLTPDRIDTVLRAKVDAAWN + LHQATSDLDLSMFVLCSSIAATVGSPGQGNYSAANAFLDGLAAHRQAAGLAGISLAWG + LWEQPGGMTAHLSSRDLARMSRSGLAPMSPAEAVELFDAALAIDHPLAVATLLDRAAL + DARAQAGALPALFSGLARRPRRRQIDDTGDATSSKSALAQRLHGLAADEQLELLVGLV + CLQAAAVLGRPSAEDVDPDTEFGDLGFDSLTAVELRNRLKTATGLTLPPTVIFDHPTP + TAVAEYVAQQMSGSRPTESGDPTSQVVEPAAAEVSVHA" + gene complement(3258937..3261054) + /gene="fadD22" + /locus_tag="BQ2027_MB2972C" + CDS complement(3258937..3261054) + /gene="fadD22" + /locus_tag="BQ2027_MB2972C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2972c, fadD22, len: 705 aa. Equivalent to + Rv2948c, len: 705 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 705 aa overlap). + Probable fadD22, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-). + Highly similar to many e.g. Q9CD82|ML0134 putative + acyl-CoA synthetase from Mycobacterium leprae (707 aa), + fasta scores: opt: 3554, E(): 6.4e-209, (75.9% identity in + 705 aa overlap). Almost identical to G560509|Q50468 + PKS002A protein from Mycobacterium tuberculosis (705 aa), + fasta scores: opt: 4647, E(): 0, (99.7% identity in 705 aa + overlap). Protein product from Mb2972c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb2972c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="p-hydroxybenzoyl-amp ligase fadd22" + /protein_id="SIU01594.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK7" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK7" + /translation="MRNGNLAGLLAEQASEAGWYDRPAFYAADVVTHGQIHDGAARLG + EVLRNRGLSSGDRVLLCLPDSPDLVQLLLACLARGVMAFLANPELHRDDHALAARNTE + PALVVTSDALRDRFQPSRVAEAAELMSEAARVAPGGYEPMGGDALAYATYTSGTTGPP + KAAIHRHADPLTFVDAMCRKALRLTPEDTGLCSARMYFAYGLGNSVWFPLATGGSAVI + NSAPVTPEAAAILSARFGPSVLYGVPNFFARVIDSCSPDSFRSLRCVVSAGEALELGL + AERLMEFFGGIPILDGIGSTEVGQTFVSNRVDEWRLGTLGRVLPPYEIRVVAPDGTTA + GPGVEGDLWVRGPAIAKGYWNRPDSPVANEGWLDTRDRVCIDSDGWVTYRCRADDTEV + IGGVNVDPREVERLIIEDEAVAEAAVVAVRESTGASTLQAFLVATSGATIDGSVMRDL + HRGLLNRLSAFKVPHRFAVVDRLPRTPNGKLVRGALRKQSPTKPIWELSLTEPGSGVR + AQRDDLSASNMTIAGGNDGGATLRERLVALRQERQRLVVDAVCAEAAKMLGEPDPWSV + DQDLAFSELGFDSQMTVTLCKRLAAVTGLRLPETVGWDYGSISGLAQYLEAELAGGHG + RLKSAGPVNSGATGLWAIEEQLNKVEELVAVIADGEKQRVADRLRALLGTIAGSEAGL + GKLIQAASTPDEIFQLIDSELGK" + gene complement(3261071..3261670) + /locus_tag="BQ2027_MB2973C" + CDS complement(3261071..3261670) + /locus_tag="BQ2027_MB2973C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2973c, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv2949c, + len: 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CD83|ML0133 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (210 aa), + FASTA scores: opt: 797, E(): 7.4e-47, (62.55% identity in + 195 aa overlap). Equivalent to AAK47348 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (212 aa) but shorter 13 aa. + Protein product from Mb2973c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2973c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="chorismate pyruvate lyase" + /protein_id="SIU01595.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK6" + /db_xref="InterPro:IPR002800" + /db_xref="InterPro:IPR028978" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK6" + /translation="MTECFLSDQEIRKLNRDLRILIAANGTLTRVLNIVADDEVIVQI + VKQRIHDVSPKLSEFEQLGQVGVGRVLQRYIILKGRNSEHLFVAAESLIAIDRLPAAI + ITRLTQTNDPLGEVMAASHIETFKEEAKVWVGDLPGWLALHGYQNSRKRAVARRYRVI + SGGQPIMVVTEHFLRSVFRDAPHEEPDRWQFSNAITLAR" + gene complement(3261696..3263555) + /gene="fadD29" + /locus_tag="BQ2027_MB2974C" + CDS complement(3261696..3263555) + /gene="fadD29" + /locus_tag="BQ2027_MB2974C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2974c, fadD29, len: 619 aa. Equivalent to + Rv2950c, len: 619 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 619 aa overlap). Probable + fadD29, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to + various mycobacterial enzymes believed to be involved in + polyketide or fatty acid synthesis. Equivalent (but + shorter 61 aa) to Q9CD84 from Mycobacterium leprae (680 + aa), FASTA scores: opt: 3280, E(): 2.2e-192, (80.15% + identity in 620 aa overlap); and highly similar to others + from Mycobacterium leprae e.g. Q9Z5K5 PROBABLE ACYL-COA + SYNTHASE (583 aa), FASTA scores: opt: 2358, E(): 3.4e-136, + (62.35% identity in 579 aa overlap). Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q10976|FD26_MYCTU PUTATIVE FATTY-ACID--CoA LIGASE (583 + aa), FASTA scores: opt: 2416, E(): 1e-139, (63.15% + identity in 581 aa overlap) (N-terminus shorter); etc. + Equivalent to AAK47349 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (582 aa) but longer 37 aa. Protein product + from Mb2974c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2974c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-amp ligase fadd29 (fatty-acid-amp + synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU01596.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK5" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK5" + /translation="MKTNSSFHAAGEVATQPAWGTGEQAAQPLNGSTSRFAMSESSLA + DLLQKAASQYPNRAAYKFIDYDTDPAGFTETVTWWQVHRRAMIVAEELWIYASSGDRV + AILAPQGLEYIIAFMGVLQAGLIAVPLPVPQFGIHDERISSALRDSAPSIILTTSSVI + DEVTTYAPHACAAQGQSAPIVVAVDALDLSSSRALDPTRFERPSTAYLQYTSGSTRAP + AGVVLSHKNVITNCVQLMSDYIGDSEKVPSTPVSWLPFYHDMGLMLGIILPMINQDTA + VLMSPMAFLQRPARWMQLLAKHRAQISSAPNFGFELAVRRTSDDDMAGLDLGHVRTIV + TGAERVNVATLRRFTERFAPFNLSETAIRPSYGLAEATVYVATAGPGRAPKSVCFDYQ + QLSVGQAKRTENGSEGANLVSYGAPRASTVRIVDPETRMENPAGTVGEIWVQGDNVGL + GYWRNPQQTEATFRARLVTPSPGTSEGPWLRTGDLGVIFEGELFITGRIKELLVVDGA + NHYPEDIEATIQEITGGRVVAIAVPDDRTEKLVTIIELMKRGRTDEEEKNRLRTVKRE + VASAISRSHRLRVADVVMVAPGSIPVTTSGKVRRSASVERYLHHEFSRLDAMA" + gene complement(3264203..3265348) + /locus_tag="BQ2027_MB2975C" + CDS complement(3264203..3265348) + /locus_tag="BQ2027_MB2975C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2975c, -, len: 381 aa. Equivalent to Rv2951c, + len: 381 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 381 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to Q9CD85 PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium leprae (382 aa), FASTA + scores: opt: 2225, E(): 7.6e-134, (84.8% identity in 382 + aa overlap); and similar to O30260 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (363 aa), FASTA scores: + opt: 652, E(): 6.1e-34, (32.55% identity in 344 aa + overlap). Also similar to various oxidoreductases e.g. + O29071|AF1196 N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN + REDUCTASE from Archaeoglobus fulgidus (348 aa), FASTA + scores: opt: 381, E(): 9.7e-17, (27.7% identity in 354 aa + overlap); Q58929|MER|MJ1534 F420-DEPENDENT + METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE (EC 1.5.99.-) + from Methanococcus jannaschii (331 aa), FASTA scores: opt: + 372, E(): 3.5e-16, (30.85% identity in 295 aa overlap); + Q9UXP0 PUTATIVE F420-DEPENDENT + N5,N10-METHYLENE-TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE from + Methanolobus tindarius (326 aa), FASTA scores: opt: 343, + E(): 2.4e-14, (27.4% identity in 314 aa overlap); etc. + Protein product from Mb2975c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2975c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01597.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK4" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK4" + /translation="MGGLRFGFVDALVHSRLPPTLPARSSMAAATVMGADSYWVGDHL + NALVPRSIATSEYLGIAAKFVPKIDANYEPWTMLGNLAFGLPSRLRLGVCVTDAGRRN + PAVTAQAAATLHLLTRGRAILGIGVGEREGNEPYGVEWTKPVARFEEALATIRALWNS + NGELISRESPYFPLHNALFDLPPYRGKWPEIWVAAHGPRMLRATGRYADAWIPIVVVR + PSDYSRALEAVRSAASDAGRDPMSITPAAVRGIITGRNRDDVEEALESVVVKMTALGV + PGEAWARHGVEHPMGADFSGVQDIIPQTMDKQTVLSYAAKVPAALMKEVVFSGTPDEV + IDQVAEWRDHGLRYVVLINGSLVNPSLRKTVTAVLPHAKVLRGLKKL" + gene 3265541..3266353 + /locus_tag="BQ2027_MB2976" + CDS 3265541..3266353 + /locus_tag="BQ2027_MB2976" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2976, -, len: 270 aa. Equivalent to Rv2952, len: + 270 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 270 aa overlap). Probable + methyltransferase (EC 2.1.1.-), equivalent to + Q9CD86|ML0130 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (270 aa), FASTA scores: opt: 1584, E(): 6.1e-99, + (83.7% identity in 270 aa overlap). Also highly similar to + Q9RMN9|MTF2 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from Mycobacterium + smegmatis (274 aa), FASTA scores: opt: 902, E(): 3.8e-53, + (56.35% identity in 252 aa overlap). Also similar to other + methyltransferases e.g. Q9ADL4|SORM O-METHYLTRANSFERASE + from Polyangium cellulosum (346 aa), FASTA scores: opt: + 390, E(): 1.1e-18, (36.25% identity in 251 aa overlap); + Q54303|RAPM METHYLTRANSFERASE from Streptomyces + hygroscopicus (317 aa), FASTA scores: opt: 315, E(): + 1.1e-13, (40.75% identity in 135 aa overlap); etc. Very + similar to C-terminal part of Q50584|Rv1523|MTCY19G5.05c + HYPOTHETICAL 37.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (358 aa), FASTA score: opt: 965, E(): + 2.7e-57, (60.3% identity in 247 aa overlap). Protein + product from Mb2976 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2976 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="SIU01598.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK3" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK3" + /translation="MAFSRTHSLLARAGSTSTYKRVWRYWYPLMTRGLGNDEIVFINW + AYEEDPPMDLPLEASDEPNRAHINLYHRTATQVDLGGKQVLEVSCGHGGGASYLTRTL + HPASYTGLDLNQAGIKLCKKRHRLPGLDFVRGDAENLPFDDESFDVVLNVEASHCYPH + FRRFLAEVVRVLRPGGYFPYADLRPNNEIAAWEADLAATPLRQLSQRQINAEVLRGIG + NNSQKSRDLVDRHLPAFLRFAGREFIGVQGTQLSRYLEGGELSYRMYCFTKD" + gene 3266379..3267635 + /locus_tag="BQ2027_MB2977" + CDS 3266379..3267635 + /locus_tag="BQ2027_MB2977" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2977, -, len: 418 aa. Equivalent to Rv2953, len: + 418 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 418 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CD87|ML0129 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (418 aa), + FASTA scores: opt: 2357, E(): 2.7e-143, (86.6% identity in + 418 aa overlap). Also highly similar to Q9X7N5|SC5F2A.12c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (396 aa), FASTA scores: opt: 491, E(): 7e-24, + (38.35% identity in 417 aa overlap); and similar to other + hypothetical proteins e.g. Q9VG81 CG5167 PROTEIN from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (431 aa), FASTA + scores: opt: 393, E(): 1.4e-17, (26.55% identity in 433 aa + overlap); Q9GZE9|F22F7.1 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Caenorhabditis elegans (426 aa), FASTA scores: opt: 338, + E(): 4.6e-14, (27.05% identity in 425 aa overlap); + P73855|SLL1601 HYPOTHETICAL 44.8 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. (strain PCC 6803) (414 aa), FASTA + scores: opt: 565, E(): 1.3e-28, (35.7% identity in 409 aa + overlap); etc. Also highly similar to other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. RV2449C|O53176|MTV008.05C + HYPOTHETICAL 44.4 KDA PROTEIN (419 aa), FASTA scores: opt: + 1835, E(): 7e-110, (67.55% identity in 419 aa overlap); + etc. Protein product from Mb2977 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2977 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="enoyl reductase" + /protein_id="SIU01599.1" + /db_xref="GOA:Q7TXK2" + /db_xref="InterPro:IPR005097" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXK2" + /translation="MSPAEREFDIVLYGATGFSGKLTAEHLAHSGSTARIALAGRSSE + RLRGVRMMLGPNAADWPLILADASQPLTLEAMAARAQVVLTTVGPYTRYGLPLVAACA + KAGTDYADLTGELMFCRNSIDLYHKQAADTGARIILACGFDSIPSDLNVYQLYRRSVE + DGTGELCDTDLVLRSFSQRWVSGGSVATYSEAMRTASSDPEARRLVTDPYTLTTDRGA + EPELGAQPDFLRRPGRDLAPELAGFWTGGFVQAPFNTRIVRRSNALQEWAYGRRFRYS + ETMSLGKSMAAPILAAAVTGTVAGTIGLGNKYFDRLPRRLVERVTPKPGTGPSRKTQE + RGHYTFETYTTTTTGARYRATFAHNVDAYKSTAVLLAQSGLALALDRDRLAELRGVLT + PAAAMGDALLARLPGAGVVMGTTRLS" + gene complement(3267766..3268491) + /locus_tag="BQ2027_MB2978C" + CDS complement(3267766..3268491) + /locus_tag="BQ2027_MB2978C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2978c, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv2954c, + len: 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK47354 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (199 aa) but longer 42 aa. + Protein product from Mb2978c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2978c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferases" + /protein_id="SIU01600.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Q0" + /translation="MRLPGMLRPTAERHFHSIFYLRHNARRQEHLATLGLDLGNKSVL + EVGAGIGDHTQFFLDRGCKVLCTEPRGENLDVIRQRFGSNPNVTVDHLDLDGDLPAEA + HQYDVVYCYGVLYHLSRPAEALAWMCDRAVDLLLLETCVSYSGEDEPFLVSERASSPS + QAITGTGCRPSRVWVMNRLREKMPHVYVTATQPRHRQFPLDWRANGPIASTGLARAVF + VASRAPLNLPTLVEELPMVQRRC" + gene complement(3268680..3269645) + /locus_tag="BQ2027_MB2979C" + CDS complement(3268680..3269645) + /locus_tag="BQ2027_MB2979C" + /note="Mb2979c, -, len: 321 aa. Equivalent to Rv2955c, + len: 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 321 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others e.g. Q98NV5|MLL9724 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (284 aa), FASTA scores: opt: 231, E(): 6.5e-08, + (34.6% identity in 182 aa overlap); Q9AGG2|NLPE1 NLPE1 + from Rhizobium etli (249 aa), FASTA scores: opt: 212, E(): + 1.1e-06, (27.85% identity in 255 aa overlap); Q9KXY2 + HYPOTHETICAL 31.3 KDA PROTEIN from Streptomyces + coelicolor(291 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): 1.4e-06, + (30.9% identity in 249 aa overlap); etc. Protein product + from Mb2979c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb2979c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="methyltransferase, FkbM family domain protein" + /protein_id="SIU01601.1" + /db_xref="InterPro:IPR006342" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2P3" + /translation="MQFQDVRLMRVVVCRRLGPAKGQRRWHPLDLGTTGCFENLGAQR + PTYRMRAIRMLECAMPNRLVRSLQRWRPFGLPPHRWRLAPWYWRGLQVTLEPGSAIAW + IVRLTGGFEETEIDIAAALYSALYPDRCILDVGANVGIHSLAWARLAPVVALEPAPGT + HSRLEANVAANGLQDRIRTLRTAAGDAVGEVDFFVAADSAFSSLNDTGRIRIRERTRV + PCTTLDALAAELPLPVGLLKIDVEGLERAVIAGAAELLRRDRPVLLVEIYGGAASNPD + PERTIADIRAYGYEPFVYADDAGLQPYQRHRDDRYCYFFIPSRKG" + gene 3269768..3270499 + /locus_tag="BQ2027_MB2980" + CDS 3269768..3270499 + /locus_tag="BQ2027_MB2980" + /note="Mb2980, -, len: 243 aa. Equivalent to Rv2956, len: + 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 243 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to O86299|GSC GSC PROTEIN from + Mycobacterium avium subsp. silvaticum Mycobacterium avium + (240 aa), FASTA scores: opt: 1070, E(): 3.5e-63, (67.5% + identity in 240 aa overlap); and O86294|GSC GSC PROTEIN + from Mycobacterium paratuberculosis (240 aa), FASTA + scores: opt: 1070, E(): 3.5e-63, (67.5% identity in 240 aa + overlap). Also some similarity with other proteins from + other organisms e.g. Q9L727 NODULATION PROTEIN NOEI from + Rhizobium fredii (Sinorhizobium fredii) (241 aa), FASTA + scores: opt: 205, E(): 3.5e-06, (27.25% identity in 198 aa + overlap); Q9AGG1|LPEA LPEA PROTEIN from Rhizobium etli + (286 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): 7.2e-06, (28.85% + identity in 208 aa overlap); P74191|SLL1173 HYPOTHETICAL + 28.0 KDA PROTEIN Synechocystis sp. (strain PCC 6803) (244 + aa), FASTA scores: opt: 274, E(): 1e-10, (30.65% identity + in 225 aa overlap); etc. Also highly similar to others + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71792|RV1513|MTCY277.35 HYPOTHETICAL 26.7 KDA PROTEIN + (243 aa), FASTA scores: opt: 1105, E(): 1.7e-65, (70.05% + identity in 237 aa overlap); etc. Protein product from + Mb2980 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2980 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferases" + /protein_id="SIU01602.1" + /db_xref="InterPro:IPR006342" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2N6" + /translation="MKSLKLARFIARSAAFEVSRRYSERDLKHQFVKQLKSRRVDVVF + DVGANSGQYAAGLRRAAYKGRIVSFEPLSGPFTILESKASTDPLWDCRQHALGDSDGT + VTINIAGNAGQSSSVLPMLKSHQNAFPPANYVGTQEASIHRLDSVAPEFLGMNGVAFL + KVDVQGFEKQVLAGGKSTIDDHCVGMQLELSFLPLYEGGMLIPEALDLVYSLGFTLTG + LLPCFIDANNGRMLQADGTFFREDD" + gene 3270570..3271397 + /locus_tag="BQ2027_MB2981" + CDS 3270570..3271397 + /locus_tag="BQ2027_MB2981" + /note="Mb2981, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv2957, len: + 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Possible glycosyl + transferase (EC 2.4.1.-); possibly secreted protein. + Highly similar to O88109|GSD|GTFD GSD PROTEIN from + Mycobacterium avium subsp. silvaticum, Mycobacterium + paratuberculosis, and Mycobacterium avium (266 aa), FASTA + scores: opt: 1010, E(): 2.5e-62, (68.8% identity in 221 aa + overlap). Also some similarity with other proteins and + especially glycosyl transferases e.g. Q9AEE4 HYPOTHETICAL + 31.4 KDA PROTEIN from Leptospira interrogans (265 aa), + FASTA scores: opt: 371, E(): 3.3e-18, (34.43% identity in + 212 aa overlap); Q9EXY4 PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE from + Escherichia coli (248 aa), FASTA scores: opt: 339, E(): + 5e-16, (32.4% identity in 210 aa overlap); Q9RCC4 + GLYCOSYLTRANSFERASE-LIKE PROTEIN from Yersinia pestis (247 + aa), FASTA scores: opt: 333, E(): 1.3e-15, (31.8% identity + in 217 aa overlap); Q9EXY1 PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE + from Escherichia coli (248 aa), FASTA scores: opt: 328, + E(): 2.9e-15, (31.9% identity in 210 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47357 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (256 aa) but longer 19 aa. Protein product + from Mb2981 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2981 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYCOSYL TRANSFERASE" + /protein_id="SIU01603.1" + /db_xref="GOA:P0A5A0" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5A0" + /translation="MVQTKRYAGLTAANTKKVAMAAPMFSIIIPTLNVAAVLPACLDS + IARQTCGDFELVLVDGGSTDETLDIANIFAPNLGERLIIHRDTDQGVYDAMNRGVDLA + TGTWLLFLGADDSLYEADTLARVAAFIGEHEPSDLVYGDVIMRSTNFRWGGAFDLDRL + LFKRNICHQAIFYRRGLFGTIGPYNLRYRVLADWDFNIRCFSNPALVTRYMHVVVASY + NEFGGLSNTIVDKEFLKRLPMSTRLGIRLVIVLVRRWPKVISRAMVMRTVISWRRRR" + gene complement(3271814..3271948) + /gene="Mb2982cA" + CDS complement(3271814..3271948) + /gene="Mb2982cA" + /note="Mb2982cA, -, len: 44 aa. Similar to 3' end of + Rv2958c, len: 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Possible glycosyl transferase (EC 2.4.1.-) + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift in due to a single base insertion (*-g) results + in Rv2958c being split into two genes Mb2982c and + Mb2982cA" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible glycosyl transferase" + /protein_id="SIU01604.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Q5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Q5" + /translation="MAAAVKQVLSGAEFRQAARRLAEAFGPDFAGFPQHIESALRLVC + " + gene complement(3272001..3273101) + /locus_tag="BQ2027_MB2982C" + CDS complement(3272001..3273101) + /locus_tag="BQ2027_MB2982C" + /note="Mb2982c, -, len: 366 aa. Similar to 5' end of + Rv2958c, len: 428 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (83.3% identity in 371 aa overlap). Possible + glycosyl transferase (EC 2.4.1.-), highly similar to + Q9CD88|ML0128 PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (435 aa), FASTA scores: opt: 2116, + E(): 5.8e-126, (75.05% identity in 417 aa overlap); and + Q9CD91|ML0125 PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (438 aa), FASTA scores: opt: 2104, + E(): 3.3e-125, (74.65% identity in 418 aa overlap). Also + shows some similarity to variety of glycosyl transferases + e.g. Q9RYI3 PUTATIVE GLYCOSYLTRANSFERASE from Deinococcus + radiodurans (418 aa), FASTA scores: opt: 317, E(): + 1.9e-12, (31.0% identity in 297 aa overlap); Q9S1V2 + PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE from Streptomyces coelicolor + (407 aa), FASTA scores: opt: 264, E(): 4.1e-09, (27.2% + identity in 342 aa overlap); P72650|CRTX|SLR1125 + ZEAXANTHIN GLUCOSYL TRANSFERASE from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (419 aa), FASTA scores: opt: 251, E(): + 2.8e-08, (26.8% identity in 295 aa overlap); etc. Very + similar to P95130|MTCY349.25 from Mycobacterium + tuberculosis (449 aa), FASTA score: opt: 2215, E(): + 3.3e-132, (77.25% identity in 422 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base insertion (*-g) leads to a + shorter product with a different COOH part compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Protein product from Mb2982c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb2982c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible glycosyl transferase" + /protein_id="SIU01605.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXJ8" + /translation="MEETSVAGDPGPDAGTSTAPNAAPEPVARRQRILFVGEAATLAH + VVRPFVLARSLDPSRYEVHFACDPRFNKLLGPLPFPHHPIHTVPSEEVLLKIAQGRLF + YNTRTLRKYIAADRKILNEIAPDVVVGDNRLSLSVSARLAGIPYIAIANAYWSPQARR + RFPLPDVPWTRFFGVRPVSILYRLYRPLIFALYCLPLNWLRRKHGLSSLGWDLCRIFT + DGDYTLYADVPELVPTYNLPANHRYLGPVLWSPDVKPPTWWHSLPTDRPIIYATLGSS + GGKNLLQVVLNALGRFTRDGDRGHRWPEPPEERAGQRLRRGLPAGRSGCSALRRGALQ + RRQPDDAAGVGGRGAGDRAPQQHGPALEHGGP" + gene complement(3273202..3273939) + /locus_tag="BQ2027_MB2983C" + CDS complement(3273202..3273939) + /locus_tag="BQ2027_MB2983C" + /note="Mb2983c, -, len: 245 aa. Equivalent to Rv2959c, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 245 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), highly similar to + Q9CD89|ML0127 from Mycobacterium leprae (229 aa), FASTA + scores: opt: 1183, E(): 3.9e-69, (76.1% identity in 226 aa + overlap). Also some similarity with other + methyltransferases and other proteins e.g. Q51079 PUTATIVE + METHYL TRANSFERASE from Nocardia lactamdurans (236 aa), + FASTA scores: opt: 156, E(): 0.0086, (23.25% identity in + 159 aa overlap); Q98ID5 CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (217 aa), FASTA + scores: opt: 275, E(): 1.7e-10, (29.65% identity in 199 aa + overlap); etc. And also similar to P72897 HYPOTHETICAL + 27.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (249 aa), + FASTA scores: opt: 292, E(): 1.5e-11, (31.25% identity in + 208 aa overlap). Protein product from Mb2983c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2983c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="SIU01606.1" + /db_xref="GOA:Q7TXJ7" + /db_xref="InterPro:IPR007072" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXJ7" + /translation="MGLVWRSRTSLVGQLIGLVRLVASFAAQLFYRPSDAVAEEYHKW + YYGNLVWTKTTYMGINCWKSVSDMWNYQEILSELQPSLVIEFGTRYGGSAVYFANIMR + QIGQPFKVLTVDNSHKALDPRARREPDVLFVESSSTDPAIAEQIQRLKNEYPGKIFAI + LDSDHSMNHVLAEMKLLRPLLSAGDYLVVEDSNINGHPVLPGFGPGPYEAIEAYEDEF + PNDYKHDAERENKFGWTSAPNGFLIRN" + gene complement(3274054..3274302) + /locus_tag="BQ2027_MB2984C" + CDS complement(3274054..3274302) + /locus_tag="BQ2027_MB2984C" + /note="Mb2984c, -, len: 82 aa. Equivalent to Rv2960c, len: + 82 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 82 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, equivalent to AAK47362 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (116 aa) but shorter 34 aa. + Shortened version of MTCY349.28 avoiding overlap. Mb2984c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01607.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2V7" + /translation="MGRNATAVVSLPVVALSPRAGQAGYLWQSITRGLRVTPICCYHP + PCGGGVQKMLSRKLGRVCPAPSPKDAARGAHNVGANAV" + gene 3274384..3274773 + /locus_tag="BQ2027_MB2985" + CDS 3274384..3274773 + /locus_tag="BQ2027_MB2985" + /note="Mb2985, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv2961, len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Probable transposase, + highly similar to C-terminus of O50414|Rv3387|MTV004.45 + PUTATIVE TRANSPOSASE from Mycobacterium tuberculosis (225 + aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 7.2e-34, (66.65% + identity in 129 aa overlap); and similar to others e.g. + CAC47401 PUTATIVE PARTIAL TRANSPOSASE FOR ISRM17 PROTEIN + from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (174 aa), + FASTA scores: opt: 183, E(): 2.6e-05, (30.25% identity in + 129 aa overlap); etc. Mb2985 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01608.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y340" + /db_xref="InterPro:IPR002559" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y340" + /translation="MEHGNPHDAPQLAPAVERITTRAGRPPGTVTADRGYGEKRVEDD + LHDLGVRTVAIPRKGRPSQARRAEEQRPSFRRTVKWRTGSEGRISTLKRNYGWNRSCI + DGTEGTRIWTRHGILTHNLIKISSLAA" + gene complement(3274874..3276223) + /locus_tag="BQ2027_MB2986C" + CDS complement(3274874..3276223) + /locus_tag="BQ2027_MB2986C" + /note="Mb2986c, -, len: 449 aa. Equivalent to Rv2962c, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Possible glycosyl + transferase (EC 2.4.1.-), highly similar or identical to + Mycobacterium tuberculosis proteins G560522 U0002JA, + G560521 U0002H, G560522 U0002JA, G560519 U0002KA. + Equivalent (but longer 21 aa) to Q9CD91 PUTATIVE GLYCOSYL + TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (438 aa), FASTA + scores: opt: 2229, E(): 1.3e-133, (77.45% identity in 426 + aa overlap); and highly similar to Q9CD88 PUTATIVE + GLYCOSYL TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (435 aa), + FASTA scores: opt: 2129, E(): 2.7e-127, (74.35% identity + in 425 aa overlap); and others from Mycobacterium leprae. + Also shows some similarity to variety of glycosyl + transferases e.g. Q9RYI3|DRA0329 PUTATIVE GLYCOSYL + TRANSFERASE from Deinococcus radiodurans (418 aa), FASTA + scores: opt: 340, E(): 5.5e-14, (31.2% identity in 330 aa + overlap); P72650 ZEAXANTHIN GLUCOSYL TRANSFERASE from + Synechocystis sp. (strain PCC 6803) (419 aa), FASTA + scores: opt: 244, E(): 6.6e-08, (26.2% identity in 294 aa + overlap); etc. Also highly similar to P95134 HYPOTHETICAL + 46.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (428 aa), + FASTA scores: opt: 2215, E(): 9.6e-133, (77.25% identity + in 422 aa overlap). Protein product from Mb2986c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2986c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLYCOSYL TRANSFERASE" + /protein_id="SIU01609.1" + /db_xref="GOA:Q7TXJ4" + /db_xref="InterPro:IPR002213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXJ4" + /translation="MRVSCVYATASRWGGPPVASEVRGDAAISTTPDAAPGLAARRRR + ILFVAEAVTLAHVVRPFALAQSLDPSRYEVHFACDPRYNQLLGPLPFRHHAIHTIPSE + RFFGNLTQGRFYAMRTLRKYVEADLRVLDEIAPDLVVGDLRISLSVSARLAGIPYIAI + ANAYWSPYAQRRFPLPDVIWTRLFGVRLVKLLYRLERPLLFALQCMPLNWVRRRHGLS + SLGWNLCRIFTDGDHTLYADVPELMPTYDLPANHEYLGPVLWSPAGKPPTWWDSLPTD + RPIVYATLGTSGGRNLLQLVLNALAELPVTVIAATAGRSDLKTVPANAFVADYLPGEA + AAARSAVVVCNGGSLTTQQALVAGVPVIGVAGNLDQHLNMEAVERAGAGVLLRTERLK + SQRVAGAVMQVISRSEYRQAAARLADAFGRDRVGFPQHVENALRLMPENRPRTWLAS" + gene 3276337..3277557 + /locus_tag="BQ2027_MB2987" + CDS 3276337..3277557 + /locus_tag="BQ2027_MB2987" + /note="Mb2987, -, len: 406 aa. Equivalent to Rv2963, len: + 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Probable integral + membrane protein. Protein product from Mb2987 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb2987 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01610.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2R0" + /db_xref="InterPro:IPR005524" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R0" + /translation="MTSTKVEDRVTAAVLGAIGHALALTASMTWEILWALILGFALSA + VVQAVVRRSTIVTLLGDDRPRTLVIATGLGAASSSCSYAAVALARSLFRKGANFTAAM + AFEIGSTNLVVELGIILALLMGWQFTAAEFVGGPIMILVLAVLFRLFVGARLIDAARE + QAERGLAGSMEGHAAMDMSIKREGSFWRRLLSPPGFTSIAHVFVMEWLAILRDLILGL + LIAGAIAAWVPESFWQSFFLANHPAWSAVWGPIIGPIVAIVSFVCSIGNVPLAAVLWN + GGISFGGVIAFIFADLLILPILNIYRKYYGARMMLVLLGTFYASMVVAGYLIELLFGT + TNLIPSQRSATVMTAEISWNYTTWLNVIFLVIAAALVVRFITSGGLPMLRMMGGSPDA + PHDHHDRHDDHLGH" + gene 3277630..3278562 + /gene="purU" + /locus_tag="BQ2027_MB2988" + CDS 3277630..3278562 + /gene="purU" + /locus_tag="BQ2027_MB2988" + /note="Mb2988, purU, len: 310 aa. Equivalent to Rv2964, + len: 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Probable purU, + formyltetrahydrofolate deformylase (EC 3.5.1.10), highly + similar to others e.g. Q9RWT1|DR0584 + FORMYLTETRAHYDROFOLATE DEFORMYLASE from Deinococcus + radiodurans (298 aa), FASTA scores: opt: 1005, E(): + 4.9e-52, (52.25% identity in 297 aa overlap); Q9K7U4 + FORMYLTETRAHYDROFOLATE DEFORMYLASE from Bacillus + halodurans (289 aa), FASTA scores: opt: 982, E(): 1.1e-50, + (51.8% identity in 280 aa overlap); + Q55135|PURU_SYNY3|SLL0070 FORMYLTETRAHYDROFOLATE + DEFORMYLASE from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (284 + aa), FASTA scores: opt: 839, E(): 2.9e-42, (48.2% identity + in 280 aa overlap); etc. Protein product from Mb2988 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb2988 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FORMYLTETRAHYDROFOLATE DEFORMYLASE PURU + (FORMYL-FH(4) HYDROLASE)" + /protein_id="SIU01611.1" + /db_xref="GOA:P0A5T7" + /db_xref="InterPro:IPR002376" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR004810" + /db_xref="InterPro:IPR036477" + /db_xref="InterPro:IPR041729" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5T7" + /translation="MGKGSMTAHATPNEPDYPPPPGGPPPPADIGRLLLRCHDRPGII + AAVSTFLARAGANIISLDQHSTAPEGGTFLQRAIFHLPGLTAAVDELQRDFGSTVADK + FGIDYRFAEAAKPKRVAIMASTEDHCLLDLLWRNRRGELEMSVVMVIANHPDLAAHVR + PFGVPFIHIPATRDTRTEAEQRQLQLLSGNVDLVVLARYMQILSPGFLEAIGCPLINI + HHSFLPAFTGAAPYQRARERGVKLIGATAHYVTEVLDEGPIIEQDVVRVDHTHTVDDL + VRVGADVERAVLSRAVLWHCQDRVIVHHNQTIVF" + gene complement(3279431..3279916) + /gene="kdtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2989C" + CDS complement(3279431..3279916) + /gene="kdtB" + /locus_tag="BQ2027_MB2989C" + /standard_name="coaD" + /note="Mb2989c, kdtB, len: 161 aa. Equivalent to Rv2965c, + len: 161 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Probable kdtB + (alternate gene name: coaD), phosphopantetheine + adenylyltransferase (EC 2.7.7.3), equivalent to + O69466|COAD_MYCLE PHOSPHOPANTETHEINE ADENYLYLTRANSFERASE + from Mycobacterium leprae (160 aa), FASTA scores: opt: + 881, E(): 2.5e-54, (84.1% identity in 157 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. Q9ZBR1|COAD_STRCO from + Streptomyces coelicolor (159 aa), FASTA scores: opt: 575, + E(): 5.8e-33, (54.1% identity in 159 aa overlap); + Q9WZK0|COAD_THEMA from Thermotoga maritima (161 aa), FASTA + scores: opt: 509, E(): 2.4e-28, (50.0% identity in 154 aa + overlap); P23875|COAD_ECOLICOAD|KDTB|B3634|Z5058|ECS4509 + from Escherichia coli strain O157:H7 and K12 (159 aa), + FASTA scores: opt: 459, E(): 7.3e-25, (45.15% identity in + 155 aa overlap); etc. BELONGS TO THE COAD FAMILY. Protein + product from Mb2989c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2989c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOPANTETHEINE ADENYLYLTRANSFERASE + KDTB (PANTETHEINE-PHOSPHATE ADENYLYLTRANSFERASE) (PPAT) + (DEPHOSPHO-COA PYROPHOSPHORYLASE)" + /protein_id="SIU01612.1" + /db_xref="GOA:P0A531" + /db_xref="InterPro:IPR001980" + /db_xref="InterPro:IPR004821" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A531" + /translation="MTGAVCPGSFDPVTLGHVDIFERAAAQFDEVVVAILVNPAKTGM + FDLDERIAMVKESTTHLPNLRVQVGHGLVVDFVRSCGMTAIVKGLRTGTDFEYELQMA + QMNKHIAGVDTFFVATAPRYSFVSSSLAKEVAMLGGDVSELLPEPVNRRLRDRLNTER + T" + gene complement(3280002..3280568) + /locus_tag="BQ2027_MB2990C" + CDS complement(3280002..3280568) + /locus_tag="BQ2027_MB2990C" + /note="Mb2990c, -, len: 188 aa. Equivalent to Rv2966c, + len: 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 188 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), equivalent (but shorter 36 + aa) to O69465|MLCB1243.09 HYPOTHETICAL 23.0 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (220 aa), FASTA scores: opt: + 872, E(): 9.1e-50, (74.2% identity in 182 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q9ZBR2|SC7A1.11 PUTATIVE + METHYLASE from Streptomyces coelicolor (195 aa), FASTA + scores: opt: 510, E(): 3.7e-26, (47.5% identity in 179 aa + overlap); Q9F842 HYPOTHETICAL METHYLTRANSFERASE (FRAGMENT) + from Mycobacterium smegmatis (80 aa), FASTA scores: opt: + 386, E(): 2.5e-18, (75.0% identity in 80 aa overlap); + P10120|YHHF_ECOLI|YHHFZ|B3465 PUTATIVE METHYLASE from + Escherichia colistrain K12 (198 aa), FASTA scores: opt: + 319, E(): 1.1e-13, (35.5% identity in 183 aa overlap); + etc. Contains PS00092 N-6 Adenine-specific DNA methylases + signature. Protein product from Mb2990c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb2990c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="SIU01613.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2R5" + /db_xref="InterPro:IPR002052" + /db_xref="InterPro:IPR004398" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R5" + /translation="MTRIIGGVAGGRRIAVPPRGTRPTTDRVRESLFNIVTARRDLTG + LAVLDLYAGSGALGLEALSRGAASVLFVESDQRSAAVIARNIEALGLSGATLRRGAVA + AVVAAGTTSPVDLVLADPPYNVDSADVDAILAALGTNGWTREGTVAVVERATTCAPLT + WPEGWRRWPQRVYGDTRLELAERLFANV" + gene complement(3280764..3284147) + /gene="pca" + /locus_tag="BQ2027_MB2991C" + CDS complement(3280764..3284147) + /gene="pca" + /locus_tag="BQ2027_MB2991C" + /note="Mb2991c, pca, len: 1127 aa. Equivalent to Rv2967c, + len: 1127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1127 aa overlap). Probable pca, + pyruvate carboxylase (ala-rich protein) (EC 6.4.1.1), + equivalent to Q9F843|PYC PYRUVATE CARBOXYLASE from + Mycobacterium smegmatis (1127 aa), FASTA scores: opt: + 6232, E(): 0, (83.3% identity in 1127 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9RK64|SCF11.26c PYRUVATE + CARBOXYLASE from Streptomyces coelicolor (1124 aa), FASTA + scores: opt: 5526, E(): 0, (74.65% identity in 1125 aa + overlap); O54587|PYC PYRUVATE CARBOXYLASE from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (1140 + aa), FASTA scores: opt: 4811, E(): 0, (64.5% identity in + 1132 aa overlap); Q9DDT1 PYRUVATE CARBOXYLASE from + Brachydanio rerio (Zebrafish) (1180 aa), FASTA scores: + opt: 3133, E(): 1.1e-171, (47.8% identity in 1142 aa + overlap); etc. Contains PS00867 Carbamoyl-phosphate + synthase subdomain signature 2, PS00165 Serine/threonine + dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site, and + PS00188 Biotin-requiring enzymes attachment site. Protein + product from Mb2991c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2991c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRUVATE CARBOXYLASE PCA (PYRUVIC + CARBOXYLASE)" + /protein_id="SIU01614.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2R6" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR000891" + /db_xref="InterPro:IPR001882" + /db_xref="InterPro:IPR003379" + /db_xref="InterPro:IPR005479" + /db_xref="InterPro:IPR005481" + /db_xref="InterPro:IPR005482" + /db_xref="InterPro:IPR005930" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR011764" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R6" + /translation="MFSKVLVANRGEIAIRAFRAAYELGVGTVAVYPYEDRNSQHRLK + ADESYQIGDIGHPVHAYLSVDEIVATARRAGADAIYPGYGFLSENPDLAAACAAAGIS + FVGPSAEVLELAGNKSRAIAAAREAGLPVLMSSAPSASVDELLSVAAGMPFPLFVKAV + AGGGGRGMRRVGDIAALPEAIEAASREAESAFGDPTVYLEQAVINPRHIEVQILADNL + GDVIHLYERDCSVQRRHQKVIELAPAPHLDAELRYKMCVDAVAFARHIGYSCAGTVEF + LLDERGEYVFIEMNPRVQVEHTVTEEITDVDLVASQLRIAAGETLEQLGLRQEDIAPH + GAALQCRITTEDPANGFRPDTGRISALRTAGGAGVRLDGSTNLGAEISPYFDSMLVKL + TCRGRDLPTAVSRARRAIAEFRIRGVSTNIPFLQAVLDDPDFRAGRVTTSFIDERPQL + LTARASADRGTKILNFLADVTVNNPYGSRPSTIYPDDKLPDLDLRAAPPAGSKQRLVK + LGPEGFARWLRESAAVGVTDTTFRDAHQSLLATRVRTSGLSRVAPYLARTMPQLLSVE + CWGGATYDVALRFLKEDPWERLATLRAAMPNICLQMLLRGRNTVGYTPYPEIVTSAFV + QEATATGIDIFRIFDALNNIESMRPAIDAVRETGSAIAEVAMCYTGDLTDPGEQLYTL + DYYLKLAEQIVDAGAHVLAIKDMAGLLRPPAAQRLVSALRSRFDLPVHLHTHDTPGGQ + LASYVAAWHAGADAVDGAAAPLAGTTSQPALSSIVAAAAHTEYDTGLSLSAVCALEPY + WEALRKVYAPFESGLPGPTGRVYHHEIPGGQLSNLRQQAIALGLGDRFEEIEEAYAGA + DRVLGRLVKVTPTSKVVGDLALALVGAGVSADEFASDPARFGIPESVLGFLRGELGDP + PGGWPEPLRTAALAGRGAARPTAQLAADDEIALSSVGAKRQATLNRLLFPSPTKEFNE + HREAYGDTSQLSANQFFYGLRQGEEHRVKLERGVELLIGLEAISEPDERGMRTVMCIL + NGQLRPVLVRDRSIASAVPAAEKADRGNPGHIAAPFAGVVTVGVCVGERVGAGQTIAT + IEAMKMEAPITAPVAGTVERVAVSDTAQVEGGDLLVVVS" + gene complement(3284172..3284804) + /locus_tag="BQ2027_MB2992C" + CDS complement(3284172..3284804) + /locus_tag="BQ2027_MB2992C" + /note="Mb2992c, -, len: 210 aa. Equivalent to Rv2968c, + len: 210 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 210 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent to O69464 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (214 + aa), FASTA scores: opt: 1060, E(): 1.4e-58, (71.95% + identity in 214 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9F844 HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium smegmatis (187 aa), FASTA scores: opt: 883, + E(): 1.2e-47, (62.8% identity in 190 aa overlap); Q9KXP3 + PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (240 aa), FASTA scores: opt: 503, E(): 4.6e-24, + (38.0% identity in 192 aa overlap); etc. Mb2992c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01615.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P3" + /db_xref="InterPro:IPR012932" + /db_xref="InterPro:IPR038354" + /db_xref="InterPro:IPR041714" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P3" + /translation="MVAARPAERSGDPAAVRVPVPSAWWVLIGGVIGLFASMTLTVEK + VRILLDPIYVPSCNVNPIVSCGSVMTTPQASLLGFPNPLLGIAGFTVVVVTGVLAVAK + VPLPRWYWIGLAVGILVGVAFVHWLIFQSLYRIGALCPYCMVVWAVIATLLVVVASIV + FGPMRENRGSQERVGARLLYQWRWSLATLWFTTVFLLIMVRFWDYWSTLI" + gene complement(3284810..3285577) + /locus_tag="BQ2027_MB2993C" + CDS complement(3284810..3285577) + /locus_tag="BQ2027_MB2993C" + /note="Mb2993c, -, len: 255 aa. Equivalent to Rv2969c, + len: 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Possible conserved + membrane or exported protein, equivalent to Q9CBS4|ML1667 + POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (264 aa), FASTA scores: opt: 1101, E(): 9.9e-68, + (65.9% identity in 258 aa overlap); and highly similar to + O69463 PUTATIVE TRANSMEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (258 aa), FASTA scores: opt: 1097, E(): 1.8e-67, + (65.5% identity in 258 aa overlap). C-terminus also highly + similar to Q9KK65|996A160 EXPORTED PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium avium (85 aa), FASTA scores: opt: 418, E(): + 2e-21, (72.95% identity in 85 aa overlap). Also weakly + similar to membrane or exported proteins e.g. + Q9S2U7|SC4G6.04c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (275 aa), FASTA scores: opt: 312, + E(): 7.6e-14, (28.25% identity in 230 aa overlap); + Q9XAB6|SCC22.22C PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (255 aa), FASTA scores: opt: 181, + E(): 6.4e-05, (27.0% identity in 226 aa overlap); etc. + Also some similarity with P72001|PKNE_MYCTU from + Mycobacterium tuberculosis (566 aa), FASTA scores: opt: + 264, E(): 2.3e-10, (30.5% identity in 177 aa overlap). + Protein product from Mb2993c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb2993c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE OR SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIU01616.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I9" + /db_xref="InterPro:IPR012336" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I9" + /translation="MADKSKRPPRFDLKSADGSFGRLVQIGGTTIVVVFAVVLVFYIV + TSRDDKKDGVAGPGDAVRVTSSKLVTQPGTSNPKAVVSFYEDFLCPACGIFERGFGPT + VSKLVDIGAVAADYTMVAILDSASNQHYSSRAAAAAYCVADESIEAFRRFHAALFSKD + IQPAELGKDFPDNARLIELAREAGVVGKVPDCINSGKYIEKVDGLAAAVNVHATPTVR + VNGTEYEWSTPAALVAKIKEIVGDVPGIDSAAATATS" + gene complement(3285674..3286804) + /gene="lipN" + /locus_tag="BQ2027_MB2994C" + CDS complement(3285674..3286804) + /gene="lipN" + /locus_tag="BQ2027_MB2994C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2994c, lipN, len: 376 aa. Equivalent to Rv2970c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Probable lipN, + lipase/esterase (EC 3.1.1.-), similar to others e.g. + Q9AA37|CC0771 PUTATIVE ESTERASE from Caulobacter + crescentus (380 aa), FASTA scores: opt: 822, E(): 8e-46, + (42.15% identity in 318 aa overlap); Q9XDR4 ESTERASE HDE + from petroleum-degrading bacterium HD-1 (317 aa), FASTA + scores: opt: 738, E(): 2e-40, (48.85% identity in 262 aa + overlap); O52270 LIPASE from Pseudomonas sp. (strain + B11-1) (308 aa), FASTA scores: opt: 683, E(): 7.3e-37, + (41.3% identity in 288 aa overlap); etc. Also similar to + P71668 HYPOTHETICAL 34.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (320 aa), FASTA scores: opt: 715, E(): + 6.3e-39, (42.3% identity in 298 aa overlap). Equivalent to + AAK47374 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (309 aa) but longer 67 aa. Protein product from Mb2994c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb2994c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPASE/ESTERASE LIPN" + /protein_id="SIU01617.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2W7" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2W7" + /translation="MTKSLPGVADLRLGANHPRMWTRRVQGTVVNVGVKVLPWIPTPA + KRILSAGRSVIIDGNTLDPTLQLMLSTSRIFGVDGLAVDDDIVASRAHMRAICEAMPG + PQIHVDVTDLSIPGPAGEIPARHYRPSGGGATPLLVFYHGGGWTLGDLDTHDALCRLT + CRDADIQVLSIDYRLAPEHPAPAAVEDAYAAFVWAHEHASDEFGALPGRVAVGGDSAG + GNLSAVVCQLARDKARYEGGPTPVLQWLLYPRTDFTAQTRSMGLFGNGFLLTKRDIDW + FHTQYLRDSDVDPADPRLSPLLAESLSGLAPALIAVAGFDPLRDEGESYAKALRAAGT + AVDLRYLGSLTHGFLNLFQLGGGSAAGTNELISALRAHLSRV" + gene 3287035..3287205 + /locus_tag="BQ2027_MB2995" + CDS 3287035..3287205 + /locus_tag="BQ2027_MB2995" + /note="Mb2995, -, len: 56 aa. Equivalent to Rv2970A, len: + 56 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 56 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to C-terminal part of several + oxidoreductases e.g. Rv2971|Z83018|MTCY349_22 from + Mycobacterium tuberculosis (282 aa), FASTA scores: opt: + 158, E(): 3.6e-06, (45.0% identity in 60 aa overlap). May + represent a gene fragment. Mb2995 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01618.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y350" + /db_xref="InterPro:IPR018170" + /db_xref="InterPro:IPR036812" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y350" + /translation="MLIRWHIQLGNIVIPKSVNPMRIASNFDAFDFPRSMTEPGLVRI + RKPSISQAGEMT" + gene 3287202..3288050 + /locus_tag="BQ2027_MB2996" + CDS 3287202..3288050 + /locus_tag="BQ2027_MB2996" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb2996, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv2971, len: + 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 282 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), possibly aldo/keto reductase, + equivalent to O69462 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Mycobacterium leprae (282 aa), FASTA scores: opt: 1495, + E(): 4.9e-93, (82.35% identity in 272 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9KYM9|SC9H11.10C OXIDOREDUCTASE + from Streptomyces coelicolor (276 aa), FASTA scores: opt: + 849, E(): 1.2e-49, (51.7% identity in 267 aa overlap); + Q9ZBW7|SC4B5.01C PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Streptomyces + coelicolor (277 aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 1.7e-49, + (49.1% identity in 271 aa overlap); + Q46857|YQHE_ECOLI|YQHE|B3012 HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE + from Escherichia coli strain K12 (275 aa), FASTA scores: + opt: 827, E(): 3.7e-48, (47.45% identity in 276 aa + overlap); etc. Contains PS00063 Aldo /keto reductase + family putative active site signature; and PS00062 + Aldo/keto reductase family signature 2. Protein product + from Mb2996 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb2996 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01619.1" + /db_xref="GOA:Q7TXI6" + /db_xref="InterPro:IPR018170" + /db_xref="InterPro:IPR020471" + /db_xref="InterPro:IPR023210" + /db_xref="InterPro:IPR036812" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXI6" + /translation="MTGESGAAAAPSITLNDEHTMPVLGLGVAELSDDETERAVSAAL + EIGCRLIDTAYAYGNEAAVGRAIAASGVAREELFVTTKLATPDQGFTRSQEACRASLD + RLGLDYVDLYLIHWPAPPVGKYVDAWGGMIQSRGEGHARSIGVSNFTAEHIENLIDLT + FVTPAVNQIELHPLLNQDELRKANAQHTVVTQSYCPLALGRLLDNPTVTSIASEYVKT + PAQVLLRWNLQLGNAVVVRSARPERIASNFDVFDFELAAEHMDALGGLNDGTRVREDP + LTYAGT" + gene complement(3288124..3288837) + /locus_tag="BQ2027_MB2997C" + CDS complement(3288124..3288837) + /locus_tag="BQ2027_MB2997C" + /note="Mb2997c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv2972c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 237 aa overlap). Possible conserved + membrane or exported protein, equivalent (but longer 52 + aa) to O69461|MLCB1243.02 HYPOTHETICAL 20.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (180 aa), FASTA scores: opt: + 581, E(): 8.2e-32, (55.75% identity in 174 aa overlap). + Also similar to membrane or exported proteins e.g. + Q9F2P3|SCE41.16C PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces + coelicolor (258 aa), FASTA scores: opt: 498, E(): 4.1e-26, + (44.08% identity in 186 aa overlap); Q99QB5|SCP1.323C + PUTATIVE SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (219 aa), FASTA scores: opt: 329, E(): 8.5e-15, (36.35% + identity in 176 aa overlap); Q9ACQ1|SCP1.267 PUTATIVE + SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (219 aa), + FASTA scores: opt: 286, E(): 6.6e-12, (32.03% identity in + 231 aa overlap); etc. Mb2997c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE OR EXPORTED PROTEIN" + /protein_id="SIU01620.1" + /db_xref="InterPro:IPR011089" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2R9" + /translation="MNRRTLLWLSAIAALALVVAYQTLGSSAGRHADEFAARAGVPTV + QPGADVLAGIAVLPKRIHRYDYRRSAFGHPWDDRNDAPGGHNGCDTRDDILDRDLVDK + TYVSIKRCPNAVATGTLRDPYTNTTVAFQRGASVGQSVQIDHIVPLSYAWDMGAYRWP + NSERMRFANDPANLLAVQGQANQDKGDSPPAQWMPPNKAFACQYAMQFIAVLRGYSLP + VDQPSSDVLRQAAATCPTG" + gene complement(3288834..3291047) + /gene="recG" + /locus_tag="BQ2027_MB2998C" + CDS complement(3288834..3291047) + /gene="recG" + /locus_tag="BQ2027_MB2998C" + /note="Mb2998c, recG, len: 737 aa. Equivalent to Rv2973c, + len: 737 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 737 aa overlap). Probable recG, + ATP-dependent DNA helicase (EC 3.6.1.-), equivalent to + O69460|RECG_MYCLE ATP-DEPENDENT DNA HELICASE from + Mycobacterium leprae (743 aa), FASTA scores: opt: 3846, + E(): 0, (79.3% identity in 744 aa overlap). Also highly + similar to others e.g. Q9ZBR3|SC7A1.10 PUTATIVE + ATP-DEPENDENT DNA HELICASE from Streptomyces coelicolor + (742 aa), FASTA scores: opt: 1249, E(): 1.1e-67, (46.2% + identity in 758 aa overlap); Q9PGE8 ATP-DEPENDENT DNA + HELICASE from Xylella fastidiosa (718 aa), FASTA scores: + opt: 1174, E(): 3.5e-63, (42.1% identity in 539 aa + overlap); P24230|RECG_ECOLI|RECG|B3652 from Escherichia + coli strain K12 (693 aa), FASTA scores: opt: 457, E(): + 7.3e-22, (35.2% identity in 733 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO + THE HELICASE FAMILY, RECG SUBFAMILY. Protein product from + Mb2998c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb2998c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT DNA HELICASE RECG" + /protein_id="SIU01621.1" + /db_xref="GOA:P64323" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR004609" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR033454" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64323" + /translation="MASLSDRLDRVLGATAADALDEQFGMRTVDDLLRHYPRSYVEGA + ARVGIGDARPEAGEHITIVDVITDTYSFPMKKKPNRKCLRITVGGGRNKVTATFFNAD + YIMRDLTKHTKVMLSGEVGYYKGAMQLTHPAFLILDSPDGKNHGTRSLKSIADASKAI + SGELVVEEFERRFFPIYPASTKVQSWDIFKCVRQVLDVLDRVDDPLPAELRAKHGLIP + EDEALRAIHLAESQSLRERARERLTFDEAVGLQWALVARRHGELSESGPSAAWKSNGL + AAELLRRLPFELTAGQREVLDVLSDGLAANRPLNRLLQGEVGSGKTIVAVLAMLQMVD + AGYQCALLAPTEVLAAQHLRSIRDVLGPLAMGGQLGGAENATRVALLTGSMTAGQKKQ + VRAEIASGQVGIVIGTHALLQEAVDFHNLGMVVVDEQHRFGVEQRDQLRAKAPAGITP + HLLVMTATPIPRTVALTVYGDLETSTLRELPLGRQPIATNVIFVKDKPAWLDRAWRRI + IEEAAAGRQAYVVAPRIDESDDTDVQGGVRPSATAEGLFSRLRSAELAELRLALMHGR + LSADDKDAAMAAFRAGEVDVLVCTTVIEVGVDVPNATVMLVMDADRFGISQLHQLRGR + IGRGEHPSVCLLASWVPPDTPAGQRLRAVAGTMDGFALADLDLKERKEGDVLGRNQSG + KAITLRLLSLAEHEEYIVAARDFCIEAYKNPTDPALALMAARFTSTDRIEYLDKS" + gene complement(3291050..3292711) + /locus_tag="BQ2027_MB2999C" + CDS complement(3291050..3292711) + /locus_tag="BQ2027_MB2999C" + /note="Mb2999c, -, len: 553 aa. Equivalent to Rv2975c and + Rv2974c, len: 84 aa and 470 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 83 aa + overlap and 100.0% identity in 470 aa overlap). Rv2975c: + Conserved hypothetical protein, similar to N-terminus of + others e.g. Q9ZBR4|SC7A1.09 HYPOTHETICAL 59.5 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (589 aa), FASTA scores: opt: + 141, E(): 0.0019, (41.25% identity in 80 aa overlap); + Q98R49|MYPU_1610 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycoplasma + pulmonis (545 aa), FASTA scores: opt: 127, E(): 0.023, + (48.0% identity in 50 aa overlap); Q9K9Z6|BH2498 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (557 aa), + FASTA scores: opt: 126, E(): 0.028, (34.55% identity in 81 + aa overlap); etc. Also some similarity with N-terminus of + P47609|Y369_MYCGE|MG369 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycoplasma genitalium (557 aa), FASTA scores: opt: 108, + E(): 0.7, (36.75% identity in 49 aa overlap); this, and + preceding ORF, are similar to Y369_MYCGE and YLOV PROTEIN + but no cosmid sequence error was identified. Rv2974c: + Conserved hypothetical ala-rich protein, highly similar to + others e.g. C-terminus of Q9ZBR4|SC7A1.09 HYPOTHETICAL + 59.5 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (589 aa), + FASTA scores: opt: 774, E(): 1.3e-36, (41.0% identity in + 495 aa overlap); Q9K9Z6|BH2498 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Bacillus halodurans (557 aa), FASTA scores: opt: 268, E(): + 8e-08, (27.7% identity in 502 aa overlap) (N-terminus + longer 76 aa); Q9X293 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Thermotoga maritima (497 aa), FASTA scores: opt: 265, E(): + 1.1e-07, (24.9% identity in 470 aa overlap) (N-terminus + longer 43 aa); etc. Also some similarity with + P47609|Y369_MYCGE|MG369 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycoplasma genitalium (557 aa), FASTA scores: opt: 154, + E(): 0.25, (20.25% identity in 489 aa overlap); this, and + following ORF, are similar to Y369_MYCGE but no cosmid + sequence error was identified. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, Rv2975c and Rv2974c exist as 2 genes. + In Mycobacterium bovis, a 2 bp deletion (cg-*) results in + a single product that is more similar to Rv2974c. Protein + product from Mb2999c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb2999c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Dihydroxyacetone kinase-like protein, + phosphatase domain / Dihydroxyacetone kinase-like protein, + kinase domain" + /protein_id="SIU01622.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Q2" + /db_xref="InterPro:IPR004007" + /db_xref="InterPro:IPR019986" + /db_xref="InterPro:IPR033470" + /db_xref="InterPro:IPR036117" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Q2" + /translation="MGTADRPLDASALRDWAHAVVSDLILHIDEINRLNVFPVADSDT + GVNMLFTMRAAVVEADLHANSQADAEDVARVAAALAAGALNGARGNSGVILSQILRGI + AEVTATAAAASGAVLRAVDANALGAALWRGVELVVASMGGVEVPGTIVSVLRAAAGAV + DQCAHEGLAGAVTAAGDAAVIALEKTPEQLDVLADAGAVDAGGRGLLVLLDALRSTIC + GQAPARAVYEPSPRALPTDTATQRPAPQFEVMYLLAVCDAAAADQLRDRLKELGESVA + IAAAPPDSYSVHVHTDDAGAAVEAGLAVGRVSRIVISALGSGTSGLPAGGWTRGRAVL + AVVDGDGAAELFAGEGACVLRPGPDAVTPAADISAHQLVRAVVDTGAAHVMVLPNGYV + AAEELVAGCTAAIGWGVDVVPVPTGSMVQGLAALAVHDAARQAVDDGYSMARAAGASR + HGSVRIATQKALTWAGTCKPGDGLGIAGDEVLIVADDVAAAAIGLVDLLLASGGDLVT + VLIGAGVTEDVAVVLERHVHDHHPGTELVSYRTGHRGDALLIGVE" + gene complement(3292711..3292917) + /gene="Mb2999cA" + /locus_tag="BQ2027_MB2999CA" + CDS complement(3292711..3292917) + /gene="Mb2999cA" + /locus_tag="BQ2027_MB2999CA" + /note="Mb2999cA, len: 68 aa. Identified by de novo + proteomics of Mycobacterium bovis AF2122/97 under + exponential conditions. Mb2999cA transcript and + transcriptional start site identified in Mycobacterium + bovis strain AF2122/97 grown under exponential + conditions,Mb2999cA found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01623.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2S4" + /translation="MAGTPTCSPRLAQDSHCCAVAPKRSALRGHVSTRLGRESGVVTV + LSPRLVRLGARAGAEEVCCGGGVL" + gene complement(3293170..3293853) + /gene="ung" + /locus_tag="BQ2027_MB3000C" + CDS complement(3293170..3293853) + /gene="ung" + /locus_tag="BQ2027_MB3000C" + /note="Mb3000c, ung, len: 227 aa. Equivalent to Rv2976c, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 227 aa overlap). Probable ung, + uracil-DNA glycosylase (EC 3.2.2.-), equivalent to Q9CBS3 + URACIL-DNA GLYCOSYLASE from Mycobacterium leprae (227 aa), + FASTA scores: opt: 1394, E(): 8.8e-85, (88.1% identity in + 227 aa overlap). Also highly similar to others e.g. Q9EX12 + from Streptomyces coelicolor (225 aa), FASTA scores: opt: + 1134, E(): 1.3e-67, (72.75% identity in 224 aa overlap); + Q9K682|UNG_BACHD from Bacillus halodurans (224 aa), FASTA + scores: opt: 652, E(): 8.9e-36, (45.5% identity in 222 aa + overlap); P39615|UNG_BACSU from Bacillus subtilis (225 + aa), FASTA scores: opt: 625, E(): 5.4e-34, (45.5% identity + in 222 aa overlap); etc. BELONGS TO THE URACIL-DNA + GLYCOSYLASE FAMILY. Protein product from Mb3000c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3000c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE URACIL-DNA GLYCOSYLASE UNG (UDG)" + /protein_id="SIU01624.1" + /db_xref="GOA:P67072" + /db_xref="InterPro:IPR002043" + /db_xref="InterPro:IPR005122" + /db_xref="InterPro:IPR018085" + /db_xref="InterPro:IPR036895" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67072" + /translation="MTARPLSELVERGWAAALEPVADQVAHMGQFLRAEIAAGRRYLP + AGSNVLRAFTFPFDNVRVLIVGQDPYPTPGHAVGLSFSVAPDVRPWPRSLANIFDEYT + ADLGYPLPSNGDLTPWAQRGVLLLNRVLTVRPSNPASHRGKGWEAVTECAIRALAARA + APLVAILWGRDASTLKPMLAAGNCVAIESPHPSPLSASRGFFGSRPFSRANELLVGMG + AEPIDWRLP" + gene complement(3293886..3294887) + /gene="thiL" + /locus_tag="BQ2027_MB3001C" + CDS complement(3293886..3294887) + /gene="thiL" + /locus_tag="BQ2027_MB3001C" + /note="Mb3001c, thiL, len: 333 aa. Equivalent to Rv2977c, + len: 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 333 aa overlap). Possible thiL, + thiamin-monophosphate kinase (EC), equivalent to Q9CBS2 + PROBABLE THIAMINE-MONOPHOSPHATE KINASE from Mycobacterium + leprae (325 aa), FASTA scores: opt: 1738, E(): 4.5e-98, + (80.9% identity in 314 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. Q9ZBR7|SC7A1.06 PUTATIVE THIAMINE MONPHOSPHATE + KINASE from Streptomyces coelicolor (322 aa), FASTA + scores: opt: 959, E(): 7.8e-51, (51.1% identity in 319 aa + overlap); O05514|THIL_BACSU THIAMINE-MONOPHOSPHATE KINASE + from Bacillus subtilis (325 aa), FASTA scores: opt: 476, + E(): 1.5e-21, (35.15% identity in 273 aa overlap); + P77785|THIL_ECOLI|THIL|B0417 THIAMINE-MONOPHOSPHATE KINASE + from Escherichia coli strain K12 (325 aa), FASTA scores: + opt: 418, E(): 5e-18, (36.9% identity in 282 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE THIAMINE-MONOPHOSPHATE KINASE FAMILY. + Note that the start, as given, is in IS1538. Protein + product from Mb3001c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3001c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIAMINE-MONOPHOSPHATE KINASE THIL + (THIAMINE-PHOSPHATE KINASE)" + /protein_id="SIU01625.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P8" + /db_xref="InterPro:IPR006283" + /db_xref="InterPro:IPR010918" + /db_xref="InterPro:IPR016188" + /db_xref="InterPro:IPR036676" + /db_xref="InterPro:IPR036921" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P8" + /translation="MTTKDHSLATESPTLQQLGEFAVIDRLVRGRRQPATVLLGPGDD + AALVSAGDGRTVVSTDMLVQDSHFRLDWSTPQDVGRKAIAQNAADIEAMGARATAFVV + GFGAPAETPAAQASALVDGMWEEAGRIGAGIVGGDLVSCRQWVVSVTAIGDLDGRAPV + LRSGAKAGSVLAVVGELGRSAAGYALWCNGIEDFAELRRRHLVPQPPYGHGAAAAAVG + AQAMIDVSDGLLADLRHIAEASGVRIDLSAAALAADRDALTAAATALGTDPWPWVLSG + GEDHALVACFVGPVPAGWRTIGRVLDGPARVLVDGEEWTGYAGWQSFGEPDNQGSLG" + gene complement(3294867..3296891) + /locus_tag="BQ2027_IS1538" + mobile_element complement(3294867..3296891) + /locus_tag="BQ2027_IS1538" + /note="IS1538, len: 2025 nt. Equivalent to IS1538, len: + 2025 nt, from Mycobacetrium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 2025 nt overlap). Similar to + other IS elements in Mycobacterium tuberculosis e.g. + IS1535,IS1536, IS1537, & IS1539 (EM_NEW:MTCY274 Z74024 + Mycobacterium tuberculosis cosmid Y274)" + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1538" + repeat_region 3294867..3294872 + /note="6 bp perfect inverted repeat, IRR, TGAGTG, flanking + IS element IS1538." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(3294884..3296263) + /locus_tag="BQ2027_MB3002C" + CDS complement(3294884..3296263) + /locus_tag="BQ2027_MB3002C" + /note="Mb3002c, -, len: 459 aa. Equivalent to Rv2978c, + len: 459 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 459 aa overlap). Probable resolvase + for IS1538, with low level matches to transposon + resolvases; highly similar from aa 101 to + YX1C_MYCTU|Q10831 from Mycobacterium tuberculosis (295 + aa), FASTA scores: opt: 809, E(): 0, (69.1% identity in + 194 aa overlap). Contains PS00397 Site-specific + recombinases active site, and possible helix-turn-helix + motiv at aa 2-23. Mb3002c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase" + /protein_id="SIU01626.1" + /db_xref="InterPro:IPR001959" + /db_xref="InterPro:IPR010095" + /db_xref="InterPro:IPR021027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K4" + /translation="MPKFEVPDGWTVQAFRFTLDPTEDQAKALARHFGARRKAYNWTV + ATLKADIQAWHASGTVTAKPSLRVLRKRWNTVKDDVCVNTETGVAWWPECSKEAYADG + IAGAVEAYWNWQTSRAGKRAGKRVGFPRFKRKGRDQDRVSFTTGAMRVEPDRRHLTLP + VIGTVRTHENTRRIERLIKAGRARVLAISVRRNGTRLDASVRVLVQRPQQPKVVHPGS + RVGVDVGVRRLATVATADGTAIEQVENPRPLGAALRELRHVCRARSRCTKGSRRYRER + TTQISRLHRRVNDVRTHHLHVLTTRLAQTHGRIVVEGLDATEMLRQKGLPGARARRRG + LSDAALGTPRRHLSYKTVWYGSALVVADRWFPSSKTCHACRHVQDIGWDEQWQCDRCS + VVHQRDDCAAINLARYEETSSIVGPVGAAVKRGADRKTGPRPAGGCEARKGSSPKAAE + QPRDGVQVA" + gene complement(3296263..3296847) + /locus_tag="BQ2027_MB3003C" + CDS complement(3296263..3296847) + /locus_tag="BQ2027_MB3003C" + /note="Mb3003c, -, len: 194 aa. Equivalent to Rv2979c, + len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.5% identity in 194 aa overlap). Probable resolvase for + IS1538, with low level matches to transposon resolvases; + highly similar from aa 101 to YX1C_MYCTU|Q10831 from + Mycobacterium tuberculosis (295 aa), FASTA scores: opt: + 809, E(): 0, (69.1% identity in 194 aa overlap). Contains + PS00397 Site-specific recombinases active site, and + possible helix-turn-helix motiv at aa 2-23. Mb3003c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESOLVASE" + /protein_id="SIU01627.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X7" + /db_xref="InterPro:IPR006118" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="InterPro:IPR041718" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X7" + /translation="MNLATWAERNGVARGTAYRWFRAGLLSVMARRVGRLILVDEPAG + DAGMRSPTAVYARVSSADQKADLDRQVARVTAWAAAQQMPVDKVVTEVGSAFNEHRRK + FLSLLRDPSVHRIVVEHRDRFCRLGSKYVQAAFAAQGRELVVVDSAEVGDDLVRDMTE + ILTSMCARLYGKRAAENRTKRALAAAAGEDHEAA" + repeat_region complement(3296886..3296891) + /locus_tag="BQ2027_IS1538" + /note="6 bp perfect inverted repeat, IRL, TGAGTG, flanking + IS element IS1538." + /rpt_type=INVERTED + gene 3297059..3297604 + /locus_tag="BQ2027_MB3004" + CDS 3297059..3297604 + /locus_tag="BQ2027_MB3004" + /note="Mb3004, -, len: 181 aa. Equivalent to Rv2980, len: + 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Possible conserved + secreted protein, equivalent to Q9CBS1 POSSIBLE SECRETED + PROTEIN from Mycobacterium leprae (191 aa), FASTA scores: + opt: 794, E(): 2.3e-40, (67.25% identity in 177 aa + overlap). Also some weak similarity with other + hypothetical proteins or secreted proteins e.g. C-terminus + of Q98F98|MLL3872 MLL3872 PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (575 aa), FASTA scores: opt: 148, + E(): 0.16, (28.35% identity in 194 aa overlap); + Q9L0W9|SCH22A.13C PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA scores: opt: 114, + E(): 7.5, (40.0% identity in 80 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47385 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (214 aa) but shorter 33 aa. Has hydrophobic + stretch near N-terminus. Protein product from Mb3004 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3004 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIU01628.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y358" + /db_xref="InterPro:IPR021903" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y358" + /translation="MTGESDGPPRAVLIAAAALAAAVIGVILVVAANRQPPERPVVIP + AVPAPQATGPGCKALLAALPQRLGEYRRAPVAEPTTAGATAWRTGPNSTPVILRCGLD + RPAEFVVGSAIQVVDRVQWFQVAAQNPDEPGRSTWYTVDRPVYVALTLPSGSGPTAIQ + ELSDVIDHTIPAVPIDPAPAR" + gene complement(3297777..3298889) + /gene="ddlA" + /locus_tag="BQ2027_MB3005C" + CDS complement(3297777..3298889) + /gene="ddlA" + /locus_tag="BQ2027_MB3005C" + /standard_name="ddl" + /note="Mb3005c, ddlA, len: 370 aa. Equivalent to Rv2981c, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 373 aa overlap). Probable ddlA + (alternate gene name: ddl), D-alanine--D-alanine ligase A + (EC 6.3.2.4), equivalent to Q9CBS0|Q9CBS0 + D-ALANINE-D-ALANINE LIGASE A from Mycobacterium leprae + (384 aa), FASTA scores: opt: 2001, E(): 2.4e-115, (81.75% + identity in 367 aa overlap); and Q9ZGN0|DDL_MYCSM + D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE from Mycobacterium smegmatis + (373 aa), FASTA scores: opt: 1934, E(): 3.1e-111, (77.95% + identity in 372 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9ZBR9|DDL_STRCO from Streptomyces coelicolor (389 + aa), FASTA scores: opt: 1187, E(): 2.2e-65, (52.0% + identity in 379 aa overlap); P15051|DDLA_SALTY from + Salmonella typhimurium and Salmonella typhi (363 aa), + FASTA scores: opt: 946, E(): 1.3e-50, (44.5% identity in + 364 aa overlap); + P23844|DDLA_ECOLI|DDLA|B0381|Z0477|ECS0431 from + Escherichia coli strain O157:H7 and K12 (364 aa), FASTA + scores: opt: 938, E(): 3.9e-50, (43.55% identity in 363 aa + overlap); etc. Contains PS00843 D-alanine--D-alanine + ligase signature 1. BELONGS TO THE D-ALANINE--D-ALANINE + LIGASE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 9 bp deletion (acgccggtc-*) leads + to a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (370 aa versus 373 + aa). Protein product from Mb3005c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3005c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE DDLA + (D-ALANYLALANINE SYNTHETASE) (D-ALA-D-ALA LIGASE)" + /protein_id="SIU01629.1" + /db_xref="GOA:Q7TXH9" + /db_xref="InterPro:IPR000291" + /db_xref="InterPro:IPR005905" + /db_xref="InterPro:IPR011095" + /db_xref="InterPro:IPR011127" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR013815" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXH9" + /translation="MSANDRRVRVAVVFGGRSNEHAISCVSAGSILRNLDSRRFDVIA + VGITPAGSWVLTDANPDALTITNRELPQVKSGSGTELALPADPRRGGQLVSLPPGAGE + VLESVDVVFPVLHGPYGEDGTIQGLLELAGVPYVGAGVLASAVGMDKEFTKKLLAADG + LPVGAYAVLRPPRSTLHRQECERLGLPVFVKPARGGSSIGVSRVSSWDQLPAAVARAR + RHDPKVIVEAAISGRELECGVLEMPDGTLEASTLGEIRVAGVRGREDSFYDFATKYLD + DAAELDVPAKVDDQVAEAIRQLAIRAFAAIDCRGLARVDFFLTDDGPVINEINTMPGF + TTISMYPRMWAASGVDYPTLLATMIETALARGVGLH" + gene complement(3298967..3299971) + /gene="gpdA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3006C" + CDS complement(3298967..3299971) + /gene="gpdA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3006C" + /standard_name="gpsA" + /note="Mb3006c, gpdA2, len: 334 aa. Equivalent to Rv2982c, + len: 334 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 334 aa overlap). Probable gpdA2 + (alternate gene name: gpsA), glycerol-3-phosphate + dehydrogenase [NAD(P)+] (EC 1.1.1.94), equivalent to + Q9CBR9|GPDA_MYCLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + [NAD(P)+] from Mycobacterium leprae (349 aa), FASTA + scores: opt: 1686, E(): 1.7e-95, (77.95% identity in 349 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9ZBS0|GPDA_STRCO from Streptomyces coelicolor (336 aa), + FASTA scores: opt: 1165, E(): 9.8e-64, (56.25% identity in + 327 aa overlap); P46919|GPDA_BACSU from Bacillus subtilis + (345 aa), FASTA scores: opt: 872, E(): 7.5e-46, (44.9% + identity in 325 aa overlap); + P37606|GPDA_ECOLI|GPSA|B3608|Z5035|ECS4486. from + Escherichia coli strain O157:H7 and K12 (339 aa), FASTA + scores: opt: 799, E(): 2.1e-41, (42.9% identity in 331 aa + overlap); etc. Also highly similar to O53761|GPD2_MYCTU + PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE from + Mycobacterium tuberculosis (341 aa), FASTA scores: opt: + 740, E(): 8.4e-38, (40.35% identity in 322 aa overlap). + BELONGS TO THE NAD-DEPENDENT GLYCEROL-3-PHOSPHATE + DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product from Mb3006c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3006c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + [NAD(P)+] GPDA2 (NAD(P)H-DEPENDENT GLYCEROL-3-PHOSPHATE + DEHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01630.1" + /db_xref="GOA:P59961" + /db_xref="InterPro:IPR006109" + /db_xref="InterPro:IPR006168" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR011128" + /db_xref="InterPro:IPR013328" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59961" + /translation="MAGIASTVAVMGAGAWGTALAKVLADAGGEVTLWARRAEVADQI + NTTRYNPDYLPGALLPPSIHATADAEEALGGASTVLLGVPAQTMRANLERWAPLLPEG + ATLVSLAKGIELGTLMRMSQVIISVTGAEPAQVAVISGPNLASEIAECQPAATVVACS + DSGRAVALQRALNSGYFRPYTNADVVGTEIGGACKNIIALACGMAVGIGLGENTAAAI + ITRGLAEIIRLGTALGANGATLAGLAGVGDLVATCTSPRSRNRSFGERLGRGETLQSA + GKACHVVEGVTSCESVLALASSYDVEMPLTDAVHRVCHKGLSVDEAITLLLGRRTKPE + " + gene 3300090..3300734 + /gene="cofC" + /locus_tag="BQ2027_MB3007" + CDS 3300090..3300734 + /gene="cofC" + /locus_tag="BQ2027_MB3007" + /EC_number="2.7.7.68" + /note="Mb3007, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv2983, len: + 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-rich protein, equivalent to + O33128|ML1680|MLCB637.37c HYPOTHETICAL 22.0 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (216 aa), FASTA scores: opt: + 1080, E(): 9e-61, (79.05% identity in 215 aa overlap). + Also similar to other hypothetical proteins e.g. + Q9ZBS2|SC7A1.01C from Streptomyces coelicolor (212 aa), + FASTA scores: opt: 420, E(): 2.9e-19, (43.5% identity in + 207 aa overlap); O26710|MTH613 from Methanothermobacter + thermautotrophicus (223 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): + 5.8e-05, (30.0% identity in 190 aa overlap); + Q9RKG8|SCE46.21 from Streptomyces coelicolor (210 aa), + FASTA scores: opt: 139, E(): 0.14, (27.65% identity in 206 + aa overlap); etc. Protein product from Mb3007 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3007 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="2-phospho-L-lactate guanylyltransferase (EC" + /protein_id="SIU01631.1" + /db_xref="GOA:Q7TXH8" + /db_xref="InterPro:IPR002835" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXH8" + /translation="MSGTPDDGDIGLIIAVKRLAAAKTRLAPVFSAQTRENVVLAMLV + DTLTAAAGVGSLRSITVITPDEAAAAAAAGLGADVLADPTPEDDPDPLNTAITAAERV + VAEGASNIVVLQGDLPALQTQELAEAISAARHHRRSFVADRLGTGTAVLCAFGTALHP + RFGPDSSARHRRSGAVELTGAWPGLRCDVDTPADLTAARQLGVGPATARAVAHR" + gene 3300826..3303054 + /gene="ppk" + /locus_tag="BQ2027_MB3008" + CDS 3300826..3303054 + /gene="ppk" + /locus_tag="BQ2027_MB3008" + /note="Mb3008, ppk, len: 742 aa. Equivalent to Rv2984, + len: 742 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 742 aa overlap). Probable ppk, + polyphosphate kinase (EC 2.7.4.1), equivalent to + O33127|PPK_MYCLE POLYPHOSPHATE KINASE from Mycobacterium + leprae (739 aa), FASTA scores: opt: 4264, E(): 0, (87.85% + identity in 742 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9KZV6|PPK_STRCO from Streptomyces coelicolor (746 + aa), FASTA scores: opt: 1979, E(): 2.6e-117, (59.9% + identity in 701 aa overlap); Q9KD27|PPK_BACHD from + Bacillus halodurans (705 aa), FASTA scores: opt: 1319, + E(): 1.4e-75, (45.55% identity in 674 aa overlap); + Q9PAC7|PPK_XYLFA from Xylella fastidiosa (698 aa), FASTA + scores: opt: 1300, E(): 2.2e-74, (43.3% identity in 693 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE POLYPHOSPHATE KINASE FAMILY. + Protein product from Mb3008 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3008 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="polyphosphate kinase ppk (polyphosphoric acid + kinase) (atp-polyphosphate phosphotransferase)" + /protein_id="SIU01632.1" + /db_xref="GOA:P65769" + /db_xref="InterPro:IPR003414" + /db_xref="InterPro:IPR024953" + /db_xref="InterPro:IPR025198" + /db_xref="InterPro:IPR025200" + /db_xref="InterPro:IPR036830" + /db_xref="InterPro:IPR036832" + /db_xref="InterPro:IPR041108" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65769" + /translation="MMSNDRKVTEIENSPVTEVRPEEHAWYPDDSALAAPPAATPAAI + SDQLPSDRYLNRELSWLDFNARVLALAADKSMPLLERAKFLAIFASNLDEFYMVRVAG + LKRRDEMGLSVRSADGLTPREQLGRIGEQTQQLASRHARVFLDSVLPALGEEGIYIVT + WADLDQAERDRLSTYFNEQVFPVLTPLAVDPAHPFPFVSGLSLNLAVTVRQPEDGTQH + FARVKVPDNVDRFVELAAREASEEAAGTEGRTALRFLPMEELIAAFLPVLFPGMEIVE + HHAFRITRNADFEVEEDRDEDLLQALERELARRRFGSPVRLEIADDMTESMLELLLRE + LDVHPGDVIEVPGLLDLSSLWQIYAVDRPTLKDRTFVPATHPAFAERETPKSIFATLR + EGDVLVHHPYDSFSTSVQRFIEQAAADPNVLAIKQTLYRTSGDSPIVRALIDAAEAGK + QVVALVEIKARFDEQANIAWARALEQAGVHVAYGLVGLKTHCKTALVVRREGPTIRRY + CHVGTGNYNSKTARLYEDVGLLTAAPDIGADLTDLFNSLTGYSRKLSYRNLLVAPHGI + RAGIIDRVEREVAAHRAEGAHNGKGRIRLKMNALVDEQVIDALYRASRAGVRIEVVVR + GICALRPGAQGISENIIVRSILGRFLEHSRILHFRAIDEFWIGSADMMHRNLDRRVEV + MAQVKNPRLTAQLDELFESALDPCTRCWELGPDGQWTASPQEGHSVRDHQESLMERHR + SP" + gene 3303137..3304090 + /gene="mutT1" + /locus_tag="BQ2027_MB3009" + CDS 3303137..3304090 + /gene="mutT1" + /locus_tag="BQ2027_MB3009" + /note="Mb3009, mutT1, len: 317 aa. Equivalent to Rv2985, + len: 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 317 aa overlap). Possible mutT1, long + mutt protein (hydrolase) (EC 3.-.-.-), highly similar to + O33126|MLCB637.35 HYPOTHETICAL 34.5 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (312 aa), FASTA scores: opt: 1514, + E(): 5.1e-91, (71.85% identity in 316 aa overlap); and + Q9CBR8|ML1682 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (311 aa), FASTA scores: opt: 1510, E(): 9.2e-91, + (71.5% identity in 316 aa overlap). Also similar to + Q50195|L222-ORF6|ML2698 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA scores: opt: 231, + E(): 1.1e-07, (36.7% identity in 128 aa overlap). Also + similar to shorter mutt proteins and related hypothetical + protein e.g. Q9EUS6 HYPOTHETICAL 16.6 KDA PROTEIN from + Streptomyces griseus subsp. griseus (152 aa), FASTA + scores: opt: 380, E(): 1.7e-17, (50.75% identity in 130 aa + overlap); Q9KZV8|SCD84.10C PUTATIVE MUTT-LIKE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (142 aa), FASTA scores: opt: 376, + E(): 2.9e-17, (46.1% identity in 128 aa overlap); + P96590|MUTT MUTT PROTEIN from Bacillus subtilis (149 aa), + FASTA scores: opt: 180, E(): 0.00017, (35.25% identity in + 122 aa overlap); etc. Also similar to O05437 HYPOTHETICAL + 27.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (248 aa), + FASTA scores: opt: 224, E(): 3.2e-07, (34.03% identity in + 144 aa overlap). Contains PS00893 mutT domain signature. + SEEMS TO BELONG TO THE MUTT/NUDIX FAMILY PROTEIN. Protein + product from Mb3009 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3009 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE MUTT1" + /protein_id="SIU01633.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2T2" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="InterPro:IPR020476" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2T2" + /translation="MSIQNSSARRRSAGRIVYAAGAVLWRPGSADSEGPVEIAVIHRP + RYDDWSLPKGKVDPGETAPVGAVREILEETGHRANLGRRLLTVTYPTDSPFRGVKKVH + YWAARSTGGEFTPGSEVDELIWLPVPDAMNKLDYAQDRKVLCRFAKHPADTQTVLVVR + HGTAGSKAHFSGDDSKRPLDKRGRAQAEALVPQLLAFGATDVYAADRVRCHQTMEPLA + AELNVTIHNEPTLTEESYANNPKRGRHRVLQIVEQVGTPVICTQGKVIPDLITWWCER + DGVHPDKSRNRKGSTWVLSLSAGRLVTADHIGGALAANVRA" + gene complement(3304148..3304792) + /gene="hupB" + /locus_tag="BQ2027_MB3010C" + CDS complement(3304148..3304792) + /gene="hupB" + /locus_tag="BQ2027_MB3010C" + /standard_name="hup; hlp; lbp21" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3010c, hupB, len: 214 aa. Equivalent to Rv2986c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Probable hupB + (alternate gene names: hup, hlp, lbp21), DNA-binding + protein HU homolog (resembles fusion between HU and + histone) (see first citation below), equivalent to others + from Mycobacteria e.g. Q9XB18|DBH_MYCBO from Mycobacterium + bovis (205 aa), FASTA scores: opt: 1050, E(): 5.6e-45, + (95.35% identity in 214 aa overlap); Q9ZHC5|DBH_MYCSM from + Mycobacterium smegmatis (208 aa), FASTA scores: opt: 1035, + E(): 3.1e-44, (80.2% identity in 217 aa overlap); and + O33125|DBH_MYCLE from Mycobacterium leprae (200 aa), FASTA + scores: opt: 914, E(): 2.7e-38, (80.1% identity in 216 aa + overlap). Also highly similar to others from other + organisms e.g. O86537|DBH2_STRCO from Streptomyces + coelicolor (218 aa), FASTA scores: opt: 569, E(): 2.6e-21, + (51.35% identity in 220 aa overlap); P08821|DBH1_BACSU + from Bacillus subtilis (92 aa), FASTA scores: opt: 280, + E(): 2.5e-07, (45.05% identity in 91 aa overlap) + (C-terminus shorter); etc. Contains PS00045 Bacterial + histone-like DNA-binding proteins signature. BELONGS TO + THE BACTERIAL HISTONE-LIKE PROTEIN FAMILY. Note that its + C-terminal domain is very rich in lysine and alanine. + Protein product from Mb3010c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3010c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dna-binding protein hu homolog hupb + (histone-like protein) (hlp) (21-kda laminin-2-binding + protein)" + /protein_id="SIU01634.1" + /db_xref="GOA:Q9XB18" + /db_xref="InterPro:IPR000119" + /db_xref="InterPro:IPR010992" + /db_xref="InterPro:IPR020816" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q9XB18" + /translation="MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTI + TGFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRLPAEGPAV + KRGVGASAAKKVAKKAPAKKATKAAKKAATKAPARKAATKAPAKKAATKAPAKKAVKA + TKSPAKKVTKAVKKTAVKASVRKAATKAPAKKAAAKRPATKAPAKKATARRGRK" + gene complement(3305005..3305601) + /gene="leuD" + /locus_tag="BQ2027_MB3011C" + CDS complement(3305005..3305601) + /gene="leuD" + /locus_tag="BQ2027_MB3011C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3011c, leuD, len: 198 aa. Equivalent to Rv2987c, + len: 198 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 198 aa overlap). Probable leuD, + 3-isopropylmalate dehydratase, small subunit (EC + 4.2.1.33), equivalent to O33124|LEUD_MYCLE + 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE SMALL SUBUNIT from + Mycobacterium leprae (198 aa), FASTA scores: opt: 1155, + E(): 4.2e-72, (87.75% identity in 196 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. O86535|LEUD_STRCO from + Streptomyces coelicolor (197 aa), FASTA scores: opt: 765, + E(): 2.6e-45, (59.0% identity in 195 aa overlap); + P04787|LEUD_SALTY from Salmonella typhimurium (201 aa), + FASTA scores: opt: 528, E(): 5.2e-29, (45.05% identity in + 191 aa overlap); P30126|LEUD_ECOLI|LEUD|B0071 from + Escherichia coli strain K12 (201 aa), FASTA scores: opt: + 498, E(): 6e-27, (43.45% identity in 191 aa overlap); etc. + TBparse score is 0.939. Protein product from Mb3011c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3011c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE (SMALL + SUBUNIT) LEUD (ISOPROPYLMALATE ISOMERASE) (ALPHA-IPM + ISOMERASE) (IPMI)" + /protein_id="SIU01635.1" + /db_xref="GOA:P65278" + /db_xref="InterPro:IPR000573" + /db_xref="InterPro:IPR004431" + /db_xref="InterPro:IPR015928" + /db_xref="InterPro:IPR033940" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65278" + /translation="MEAFHTHSGIGVPLRRSNVDTDQIIPAVFLKRVTRTGFEDGLFA + GWRSDPAFVLNLSPFDRGSVLVAGPDFGTGSSREHAVWALMDYGFRVVISSRFGDIFR + GNAGKAGLLAAEVAQDDVELLWKLIEQSPGLEITANLQDRIITAATVVLPFKIDDHSA + WRLLEGLDDIALTLRKLDEIEAFEGACAYWKPRTLPAP" + gene complement(3305626..3307047) + /gene="leuC" + /locus_tag="BQ2027_MB3012C" + CDS complement(3305626..3307047) + /gene="leuC" + /locus_tag="BQ2027_MB3012C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3012c, leuC, len: 473 aa. Equivalent to Rv2988c, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 473 aa overlap). Probable leuC, + 3-isopropylmalate dehydratase, large subunit (EC + 4.2.1.33), equivalent to O33123|LEU2_MYCLE + 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE SMALL SUBUNIT from + Mycobacterium leprae (476 aa), FASTA scores: opt: 2818, + E(): 1.3e-171, (88.75% identity in 471 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. Q44427|LEU2_ACTTI from + Actinoplanes teichomyceticus (485 aa), FASTA scores: opt: + 1958, E(): 6.5e-117, (71.0% identity in 479 aa overlap); + P55251|LEU2_RHIPU from Rhizomucor pusillus (755 aa), FASTA + scores: opt: 1937, E(): 1.9e-115, (61.25% identity in 467 + aa overlap) (C-terminus longer); + P30127|LEU2_ECOLI|LEUC|B0072 from Escherichia coli strain + K12 (465 aa), FASTA scores: opt: 1896, E(): 5.5e-113, + (61.6% identity in 456 aa overlap); etc. Contains PS00450 + Aconitase family signature. BELONGS TO THE ACONITASE/IPM + ISOMERASE FAMILY. TBparse score is 0.895. Protein product + from Mb3012c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3012c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE (LARGE + SUBUNIT) LEUC (ISOPROPYLMALATE ISOMERASE) (ALPHA-IPM + ISOMERASE) (IPMI)" + /protein_id="SIU01636.1" + /db_xref="GOA:Q7TXH6" + /db_xref="InterPro:IPR001030" + /db_xref="InterPro:IPR004430" + /db_xref="InterPro:IPR015931" + /db_xref="InterPro:IPR018136" + /db_xref="InterPro:IPR033941" + /db_xref="InterPro:IPR036008" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXH6" + /translation="MALQTGEPRTLAEKIWDDHIVVSGGGCAPDLIYIDLHLVHEVTS + PQAFDGLRLAGRRVRRPELTLATEDHNVPTVDIDQPIADPVSRTQVETLRRNCAEFGI + RLHSMGDIEQGIVHVVGPQLGLTQPGMTIVCGDSHTSTHGAFGALAMGIGTSEVEHVL + ATQTLPLRPFKTMAVNVDGRLPDGVSAKDIILALIAKIGTGGGQGHVIEYRGSAIESL + SMEGRMTICNMSIEAGARAGMVAPDETTYAFLRGRPHAPTGAQWDTALVYWQRLRTDV + GAVFDTEVYLDAASLSPFVTWGTNPGQGVPLAAAVPDPQLMTDDAERQAAEKALAYMD + LRPGTAMREIAVDAVFVGSCTNGRIEDLRVVAEVLRGRKVADGVRMLIVPGSMRVRAQ + AEAEGLGEIFTDAGAQWRQAGCSMCLGMNPDQLASGERCAATSNRNFEGRQGAGGRTH + LVSPAVAAATAVRGTLSSPADLN" + gene 3307119..3307820 + /locus_tag="BQ2027_MB3013" + CDS 3307119..3307820 + /locus_tag="BQ2027_MB3013" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3013, -, len: 233 aa. Equivalent to Rv2989, len: + 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 233 aa overlap). Probable + transcriptional regulator (ala-rich protein), highly + similar to O86533|SC1C2.33c PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (238 aa), FASTA + scores: opt: 711, E(): 2.3e-38, (53.05% identity in 230 aa + overlap); and similar to others e.g. Q9KND6 PUTATIVE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Vibrio cholerae (244 aa), + FASTA scores: opt: 232, E(): 1.2e-07, (29.75% identity in + 232 aa overlap); Q9R9U0|SRPS EFFLUX PUMP REGULATOR from + Pseudomonas putida (259 aa), FASTA scores: opt: 224, E(): + 4.1e-07, (28.35% identity in 247 aa overlap); etc. Also + similar to proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O06806|Rv1773c|MTCY28.39 HYPOTHETICAL 26.6 KDA PROTEIN + (248 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 4.4e-08, (29.85% + identity in 231 aa overlap); P71977|RV1719|MTCY04C12.04 + HYPOTHETICAL 27.9 KDA PROTEIN (259 aa), FASTA scores: opt: + 215, E(): 1.6e-06, (31.85% identity in 223 aa overlap); + etc. Equivalent to AAK47396 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (267 aa) but shorter 34 aa. + Contains possible helix-turn-helix motif at aa 25-46 + (Score 1005, +2.61 SD). Protein product from Mb3013 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb3013 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01637.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y6" + /db_xref="InterPro:IPR005471" + /db_xref="InterPro:IPR014757" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y6" + /translation="MRQHSGIGVLDKAVGVLHAVAESPCGLAELCDRTDLPRATAYRL + AAALEVHRLLGRGQDGHWRLGPAITELATHVDDPLLVACAAVLPQLRDATGESVQVYR + REGTSRVCVAALEPAAGLRDTVPVGARLPMTAGSGAKVLLAHTDAATQAAVLPKAVFS + ARALAEVCRRGWAQSVAEREPGVASVSAPVRDGRGVVIAAISVSGPIDRMGRRPGVRW + AADLLSAADALTRRL" + gene complement(3307831..3308691) + /locus_tag="BQ2027_MB3014C" + CDS complement(3307831..3308691) + /locus_tag="BQ2027_MB3014C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3014c, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv2990c, + len: 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 286 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3014c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3014c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01638.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y369" + /translation="MCVTWAEMPKIAALIRHIEDLHARHGRSYILRAGISSLFRYIEG + VHGERPWGTVLDAGTGVKSLQWIQTLPTERWTAVTAARSLADKTRAALGSAMRPQDRL + LVGNWVDDSLLAGETFDTILVDYLVGAIEGFAPYWQDRVFERLRPHLADHGRLYLVGL + EPYVQFEPETESGKIIWEIGRVRDACLLLAGERPYREFPLDWMLGRLGLAGFRILEER + RFPIRYRARYVNGQLNMCLARIERFSSNGLGMAMRAYVEELRARALQLNERQDGLWHG + NDYVIAVEPM" + gene 3308954..3309445 + /locus_tag="BQ2027_MB3015" + CDS 3308954..3309445 + /locus_tag="BQ2027_MB3015" + /note="Mb3015, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv2991, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 163 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to others e.g. Q9K3X7|2SCG61.39. + HYPOTHETICAL 17.6 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (153 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 2.1e-11, (34.85% + identity in 155 aa overlap); Q9CNX3|PM0299 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Pasteurella multocida (171 aa), FASTA scores: + opt: 175, E(): 5.1e-05, (31.3% identity in 131 aa + overlap); Q9KZI9|SCG8A.10 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (142 aa), FASTA scores: opt: + 163, E(): 0.00031, (32.4% identity in 108 aa overlap); + etc. Also some similarity to O06553|MTCI65.22|Rv1155 + hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis (147 + aa), FASTA scores: opt: 127, E(): 0.1, (32.9% identity in + 73 aa overlap); and to several proteins of similar size + that confer resistance to 5-Nitroimidazole antibiotics in + Bacteroides. Protein product from Mb3015 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3015 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pyridoxamine 5-phosphate oxidase" + /protein_id="SIU01639.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2S5" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019920" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2S5" + /translation="MGTKQRADIVMSEAEIADFVNSSRTGTLATIGPDGQPHLTAMWY + AVIDGEIWLETKAKSQKAVNLRRDPRVSFLLEDGDTYDTLRGVSFEGVTEIVEEPEAL + HRVGVSVWERYTGPYTDECKPMVDQMMNKRVGVRIVARRTRSWDHRKLGLPHMSVGGS + TAP" + gene complement(3309518..3309590) + /locus_tag="BQ2027_GLUU" + tRNA complement(3309518..3309590) + /locus_tag="BQ2027_GLUU" + /product="tRNA-Glu" + /note="gluU, len: 73 nt. Equivalent to gluU, len: 73 nt, + from Mycobacterrium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Glu; anticodon ctc." + gene complement(3309630..3309701) + /locus_tag="BQ2027_GLNU" + tRNA complement(3309630..3309701) + /locus_tag="BQ2027_GLNU" + /product="tRNA-Gln" + /note="glnU, len: 72 nt. Equivalent to glnU, len: 72 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 72 nt overlap). tRNA-Gln; anticodon ctg." + gene complement(3309777..3311249) + /gene="gltS" + /locus_tag="BQ2027_MB3016C" + CDS complement(3309777..3311249) + /gene="gltS" + /locus_tag="BQ2027_MB3016C" + /standard_name="gltX" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3016c, gltS, len: 490 aa. Equivalent to Rv2992c, + len: 490 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 490 aa overlap). Probable gltS + (alternate gene name: gltX), glutamyl-tRNA synthase (EC + 6.1.1.17), equivalent to O33120|SYE_MYCLE GLUTAMYL-TRNA + SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (502 aa), FASTA + scores: opt: 2660, E(): 2.3e-163, (81.35% identity in 488 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O86528|SYE_STRCO from Streptomyces coelicolor (494 aa), + FASTA scores: opt: 1777, E(): 1.4e-106, (57.45% identity + in 484 aa overlap); P22250|SYE_BACSU from Bacillus + subtilis (483 aa), FASTA scores: opt: 1099, E(): 5.4e-63, + (38.45% identity in 489 aa overlap); + O51345|SYE_BORBU|GLTX|BB0372 from Borrelia burgdorferi + (Lyme disease spirochete) (490 aa), FASTA scores: opt: + 1009, E(): 3.3e-57, (34.85% identity in 491 aa overlap); + etc. BELONGS TO CLASS-I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. + TBparse score is 0.891. Protein product from Mb3016c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3016c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="glutamyl-trna synthetase glts (glutamate--trna + ligase) (glutamyl-trna synthase) (glurs)" + /protein_id="SIU01640.1" + /db_xref="GOA:P0A637" + /db_xref="InterPro:IPR000924" + /db_xref="InterPro:IPR004527" + /db_xref="InterPro:IPR008925" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR020058" + /db_xref="InterPro:IPR020061" + /db_xref="InterPro:IPR020751" + /db_xref="InterPro:IPR020752" + /db_xref="InterPro:IPR033910" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A637" + /translation="MTATETVRVRFCPSPTGTPHVGLVRTALFNWAYARHTGGTFVFR + IEDTDAQRDSEESYLALLDALRWLGLDWDEGPEVGGPYGPYRQSQRAEIYRDVLARLL + AAGEAYHAFSTPEEVEARHVAAGRNPKLGYDNFDRHLTDAQRAAYLAEGRQPVVRLRM + PDDDLAWNDLVRGPVTFAAGSVPDFALTRASGDPLYTLVNPCDDALMKITHVLRGEDL + LPSTPRQLALHQALIRIGVAERIPKFAHLPTVLGEGTKKLSKRDPQSNLFAHRDRGFI + PEGLLNYLALLGWSIADDHDLFGLDEMVAAFDVADVNSSPARFDQKKADALNAEHIRM + LDVGDFTVRLRDHLDTHGHHIALDEAAFAAAAELVQTRIVVLGDAWELLKFFNDDQYV + IDPKAAAKELGPDGAAVLDAALAALTSVTDWTAPLIEAALKDALIEGLALKPRKAFSP + IRVAATGTTVSPPLFESLELLGRDRSMQRLRAARQLVGHA" + gene complement(3311246..3311965) + /locus_tag="BQ2027_MB3017C" + CDS complement(3311246..3311965) + /locus_tag="BQ2027_MB3017C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3017c, -, len: 239 aa. Equivalent to Rv2993c, + len: 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 239 aa overlap). Possible + 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase (EC + 5.3.3.-), equivalent to O33119|ML1689|MLCB637.28 POSSIBLE + 2-HYDROXYHEPTA-2,4-DIENE- 1,7-DIOATE ISOMERASE from + Mycobacterium leprae (242 aa), FASTA scores: opt: 1427, + E(): 4.4e-86, (85.9% identity in 241 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9LBE3|DR1609 from Deinococcus + radiodurans (250 aa), FASTA scores: opt: 723, E(): + 5.5e-40, (49.05% identity in 216 aa overlap); + O27551|MTH1507 from Methanothermobacter thermautotrophicus + (260 aa), FASTA scores: opt: 708, E(): 5.4e-39, (52.1% + identity in 213 aa overlap); Q9HQR6|VNG1037G|HPCE from + Halobacterium sp. (strain NRC-1) (244 aa), FASTA scores: + opt: 590, E(): 2.7e-31, (43.65% identity in 220 aa + overlap); etc. Start chosen by homology, but ORF could + continue upstream. TBparse score is 0.896. Protein product + from Mb3017c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3017c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE 2-HYDROXYHEPTA-2,4-DIENE-1,7-DIOATE + ISOMERASE (HHDD ISOMERASE)" + /protein_id="SIU01641.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2T1" + /db_xref="InterPro:IPR011234" + /db_xref="InterPro:IPR018833" + /db_xref="InterPro:IPR036663" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2T1" + /translation="MTAREIAEHPFGTPTFTGRSWPLADVRLLAPILASKVVCVGKNY + ADHIAEMGGRPPADPVIFLKPNTAIIGPNTPIRLPANASPVHFEGELAIVIGRACKDV + PAAQAVDNILGYTIGNDVSARDQQQSDGQWTRAKGHDTFCPVGPWIVTDLAPFDPADL + ELRTVVNGDVKQHARTSLMIHDIGAIVEWISAIMTLLPGDLILTGTPAGVGPIEDGDT + VSITIEGIGTLTNPVVRKGKP" + gene 3312297..3313634 + /locus_tag="BQ2027_MB3018" + CDS 3312297..3313634 + /locus_tag="BQ2027_MB3018" + /note="Mb3018, -, len: 445 aa. Equivalent to Rv2994, len: + 445 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 445 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, member of major facilitator + superfamily (MFS) possibly involved in transport of drug. + C-terminal part highly similar to O33118|MLCB637.27c + HYPOTHETICAL 14.7 KDA PROTEIN (probable pseudogene + product) from Mycobacterium leprae (134 aa), FASTA scores: + opt: 483, E(): 2.7e-21, (60.9% identity in 138 aa + overlap). Also similar to various transporters e.g. + Q9I5C8|PA0811 PROBABLE MFS TRANSPORTER from Pseudomonas + aeruginosa (415 aa), FASTA scores: opt: 289, E(): 1.3e-09, + (26.05% identity in 399 aa overlap); O30210|AF0025 CYANATE + TRANSPORT PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus (393 aa), + FASTA scores: opt: 281, E(): 3.7e-09, (24.05% identity in + 399 aa overlap); Q9RI35|SCJ12.25C PUTATIVE NITRATE/NITRITE + TRANSPORTER from Streptomyces coelicolor (412 aa), FASTA + scores: opt: 264, E(): 3.8e-08, (24.95% identity in 409 aa + overlap); Q9A5N5|CC2412 MAJOR FACILITATOR FAMILY + TRANSPORTER from Caulobacter crescentus (405 aa), FASTA + scores: opt: 263, E(): 4.3e-08, (27.55% identity in 399 aa + overlap); etc. First start taken; similarity to + P21191|NORA_STAAU QUINOLONE RESISTANCE PROTEIN from + Staphylococcus aureus (388 aa) suggests alternative start + at 7319 but then no positively charged aa before first + transmembrane segment. Protein product from Mb3018 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3018 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01642.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2S6" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2S6" + /translation="MSRDPTGVGARWAIMIVSLGVTASSFLFINGVAFLIPRLENARG + TPLSHAGLLASMPSWGLVVTMFAWGYLLDHVGERMVMAVGSALTAAAAYAAASVHSLL + WIGVFLFLGGMAAGGCNSAGGRLVSGWFPPQQRGLAMGIRQTAQPLGIASGALVIPEL + AERGVHAGLMFPAVVCTLAAVASVLGIVDPPRKSRTKASEQELASPYRGSSILWRIHA + ASALLMMPQTVTVTFMLVWLINHHGWSVAQAGVLVTISQLLGALGRVAVGRWSDHVGS + RMRPVRLIAAAAAATLFLLAAVDNEGSRYDVLLMIAISVIAVLDNGLEATAITEYAGP + YWSGRALGIQNTTQRLMAAAGPPLFGSLITTAAYPTAWALCGVFPLAAVPLVPVRLLP + PGLETRARRQSVRRHRWWQAVRCHAWPNGPRRPGPPGQPRRVRQGGTAITPPT" + gene complement(3313486..3314496) + /gene="leuB" + /locus_tag="BQ2027_MB3019C" + CDS complement(3313486..3314496) + /gene="leuB" + /locus_tag="BQ2027_MB3019C" + /note="Mb3019c, leuB, len: 336 aa. Equivalent to Rv2995c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 336 aa overlap). leuB, + 3-isopropylmalate dehydrogenase (EC 1.1.1.85) (see + citation below), identical except one bp to + P94929|LEU3_MYCBO 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE from + Mycobacterium bovis (336 aa), FASTA scores: opt: 2168, + E(): 5.1e-132, (99.7% identity in 336 aa overlap); and + equivalent to O33117|LEU3_MYCLE 3-ISOPROPYLMALATE + DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (336 aa), FASTA + scores: opt: 1864, E(): 1.8e-112, (83.95% identity in 336 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + P94631|LEU3_CORGL from Corynebacterium glutamicum (340 + aa), FASTA scores: opt: 1526, E(): 1e-90, (69.9% identity + in 339 aa overlap); O86504 from Streptomyces coelicolor + (347 aa), FASTA scores: opt: 1470, E(): 4.2e-87, (67.85% + identity in 339 aa overlap); Q9UZ05|PAB2424 from + Pyrococcus abyssi (354 aa), FASTA scores: opt: 998, E(): + 1e-56, (50.0% identity in 322 aa overlap); etc. Note that + also shows high similarity with many tartrate + dehydrogenases (EC 1.1.1.93). BELONGS TO THE ISOCITRATE + AND ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product + from Mb3019c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3019c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3-isopropylmalate dehydrogenase leub + (beta-ipm dehydrogenase) (imdh) (3-ipm-dh)" + /protein_id="SIU01643.1" + /db_xref="GOA:P94929" + /db_xref="InterPro:IPR019818" + /db_xref="InterPro:IPR023698" + /db_xref="InterPro:IPR024084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P94929" + /translation="MKLAIIAGDGIGPEVTAEAVKVLDAVVPGVQKTSYDLGARRFHA + TGEVLPDSVVAELRNHDAILLGAIGDPSVPSGVLERGLLLRLRFELDHHINLRPARLY + PGVASPLSGNPGIDFVVVREGTEGPYTGNGGAIRVGTPNEVATEVSVNTAFGVRRVVA + DAFERARRRRKHLTLVHKTNVLTLAGGLWLRTVDEVGECYPDVEVAYQHVDAATIHMI + TDPGRFDVIVTDNLFGDIITDLAAAVCGGIGLAASGNIDATRANPSMFEPVHGSAPDI + AGQGIADPTAAIMSVALLLSHLGEHDAAARVDRAVEAHLATRGSERLATSDVGERIAA + AL" + gene complement(3314511..3316097) + /gene="serA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3020C" + CDS complement(3314511..3316097) + /gene="serA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3020C" + /standard_name="serA" + /note="Mb3020c, serA1, len: 528 aa. Equivalent to Rv2996c, + len: 528 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 528 aa overlap). Probable serA1, + D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (EC 1.1.1.95), + equivalent to SERA_MYCLE D-3-PHOSPHOGLYCERATE + DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (528 aa), FASTA + scores: opt: 2974, E(): 1.9e-166, (89.6% identity in 528 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. Q9Z564 from + Streptomyces coelicolor (529 aa), FASTA scores: opt: 1879, + E(): 2.1e-102, (57.6% identity in 526 aa overlap); + O29445|SERA_ARCFU from Archaeoglobus fulgidus (527 aa), + FASTA scores: opt: 1252, E(): 9.6e-66, (41.3% identity in + 530 aa overlap); P35136|SERA_BACSU from Bacillus subtilis + (525 aa), FASTA scores: opt: 1172, E(): 4.5e-61, (37.9% + identity in 528 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), PS00065 D-isomer + specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding + signature, and PS00670 D-isomer specific 2-hydroxyacid + dehydrogenases signature 2. BELONGS TO THE D-ISOMER + SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASES FAMILY. Note that + previously known as serA. Protein product from Mb3020c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3020c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE D-3-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE + SERA1 (PGDH)" + /protein_id="SIU01644.1" + /db_xref="GOA:P0A545" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR006139" + /db_xref="InterPro:IPR006140" + /db_xref="InterPro:IPR006236" + /db_xref="InterPro:IPR029009" + /db_xref="InterPro:IPR029752" + /db_xref="InterPro:IPR029753" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A545" + /translation="MSLPVVLIADKLAPSTVAALGDQVEVRWVDGPDRDKLLAAVPEA + DALLVRSATTVDAEVLAAAPKLKIVARAGVGLDNVDVDAATARGVLVVNAPTSNIHSA + AEHALALLLAASRQIPAADASLREHTWKRSSFSGTEIFGKTVGVVGLGRIGQLVAQRI + AAFGAYVVAYDPYVSPARAAQLGIELLSLDDLLARADFISVHLPKTPETAGLIDKEAL + AKTKPGVIIVNAARGGLVDEAALADAITGGHVRAAGLDVFATEPCTDSPLFELAQVVV + TPHLGASTAEAQDRAGTDVAESVRLALAGEFVPDAVNVGGGVVNEEVAPWLDLVRKLG + VLAGVLSDELPVSLSVQVRGELAAEEVEVLRLSALRGLFSAVIEDAVTFVNAPALAAE + RGVTAEICKASESPNHRSVVDVRAVGADGSVVTVSGTLYGPQLSQKIVQINGRHFDLR + AQGINLIIHYVDRPGALGKIGTLLGTAGVNIQAAQLSEDAEGPGATILLRLDQDVPDD + VRTAIAAAVDAYKLEVVDLS" + gene 3316127..3317569 + /locus_tag="BQ2027_MB3021" + CDS 3316127..3317569 + /locus_tag="BQ2027_MB3021" + /note="Mb3021, -, len: 480 aa. Equivalent to Rv2997, len: + 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 480 aa overlap). Possible ala-rich + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), similar to others + dehydrogenases and hypothetical proteins e.g. Q9EYI5 + PUTATIVE DEHYDROGENASE from Streptomyces nogalater (472 + aa), FASTA scores: opt: 1131, E(): 1.7e-61, (41.0% + identity in 471 aa overlap); Q9ZBG4|SC9B5.16 PUTATIVE + DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor (472 aa), FASTA + scores: opt: 1064, E(): 2e-57, (39.05% identity in 471 aa + overlap); Q98BS8 PROBABLE DEHYDROGENASE from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (524 aa), FASTA scores: opt: + 196, E(): 0.00021, (25.1% identity in 526 aa overlap); + etc. Shows strong simlarity throughout its length to + O06826|MTCY493.22c|Rv1432 HYPOTHETICAL 50.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (473 aa), FASTA scores: + opt: 1220, E(): 6.1e-67, (42.35% identity in 465 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALANINE RICH DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU01645.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R1" + /translation="MDVTVVGSGPNGLATAVICARAGLNVQVVEAQATFGGGARSAAD + FEFPEVLHDVCSAVHPLALASPFFAEFDLPARGVTLTVPDIAYANPLPGRPAAIAYHD + LAHTSAKLDDGASWRRLLGPLVAHSETVVEFMLSDKRSLPTALGSVLRLGLRMLAQGT + PAWRSLAGEDARALFTGVAAHAISPLPSLVSAGAGLMLATLAHSVGWPIPVGGTQAIA + DALIADLRAHGGRLAAGVEITEPQRSVVVFDTAPTALLRVYRDKLPHRYAKALRRYRF + RAGIAKVDFVLSDEIPWSDPRLRRAATLHLGGTRDQMARAEADVAAGRHADWPMVLAA + CPHVADPGRIDETGRRPFWTYAHVPSGSTLDATETVTSVLERFAPGFRDIVVAARAVP + AARMADHNANYVGGDITVGANSTWRAIAGPTPRLNPWRTPIPKVYLCSAATPPGAGVH + GMCGWYAARTLLRTEFGITRMPPLGHELRP" + gene 3317842..3318303 + /locus_tag="BQ2027_MB3022" + CDS 3317842..3318303 + /locus_tag="BQ2027_MB3022" + /note="Mb3022, -, len: 153 aa. Equivalent to Rv2998, len: + 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 153 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Note that equivalent to AAK47405 Hypothetical + 19.4 kDa protein from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (186 aa) but sequence differs in N-terminus. + Mb3022 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01646.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L8" + /translation="MDVIWSATIATTVATGMRKPRMHGMPPITSGSMVTRVTRMSIRL + AGDSTLGRFSTSRLGLSSAKSKPEGDFGTACGAVSGGDAGVVALAEGVDDGQSKPGAA + GGARGVGGFRESRADCGEQFGVASWTPQGEFEFGGQEAKGVRSSWPASLTN" + gene complement(3318252..3318455) + /locus_tag="BQ2027_MB3023C" + CDS complement(3318252..3318455) + /locus_tag="BQ2027_MB3023C" + /note="Mb3023c, -, len: 67 aa. Equivalent to Rv2998A, len: + 67 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 67 aa overlap). Probable conserved + hypothetical protein, (possibly gene fragment), highly + similar to central part of two-component sensor proteins + e.g. O07777|Rv0601c|MTCY19H5.21 TWO COMPONENT SENSOR + (FRAGMENT) from Mycobacterium tuberculosis (156 aa), FASTA + scores: opt: 212, E(): 3.7e-09, (58.2% identity in 67 aa + overlap); Q9L2B6|SC8F4.08 PROBABLE TWO-COMPONENT SENSOR + KINASE from Streptomyces coelicolor (478 aa), FASTA + scores: opt: 193, E(): 2.6e-07, (47.05% identity in 68 aa + overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Signal transduction histidine kinase" + /protein_id="SIU01647.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Z6" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z6" + /translation="MERMRIRAAGISATDPHARLPLPLARDEIRYLGTTFNDLLQRLQ + DALERERQFVSDAGHELRTPLAS" + gene 3318629..3319594 + /gene="lppY" + /locus_tag="BQ2027_MB3024" + CDS 3318629..3319594 + /gene="lppY" + /locus_tag="BQ2027_MB3024" + /note="Mb3024, lppY, len: 321 aa. Equivalent to Rv2999, + len: 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 321 aa overlap). Probable lppY, + conserved lipoprotein, highly similar to + O07774|LPQO|Rv0604|MTCY19H5.18c PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (316 aa), FASTA scores: opt: + 1153, E(): 5e-62, (53.2% identity in 312 aa overlap); and + showing similarity with AAK80743|CAC2799 UNCHARACTERIZED + CONSERVED PROTEIN SIMILAR TO LPPY/LPQO OF Mycobacterium + tuberculosis from Clostridium acetobutylicum (152 aa), + FASTA scores: opt: 165, E(): 0.0077, (26.08% identity in + 138 aa overlap); and Q9F2T1|SCD65.01c PUTATIVE LIPOPROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (146 aa), FASTA + scores: opt: 126, E(): 1.6, (% identity in aa overlap). + Equivalent to AAK47407 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (329 aa) but shorter 8 aa. Contains + probable N-terminal signal sequence and PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb3024 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3024 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPY" + /protein_id="SIU01648.1" + /db_xref="InterPro:IPR011094" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y379" + /translation="MAGAKHAGRIVAITTAAAVILAACSSGSKGGAGSGHAGKARSAV + TTTDADWKPVADALGRSGKLGDNNTAYRINLPRNDLHITSYGVDIKPGLSLGGYAAFA + RYDNNETLLMGDLVITEEELPKVTDALQAHGIAQTALHKHLLQQDPPVWWTHIHGMGD + AARLAQGLKAALDATTIGPPTPPPARQPPVDIDVAGVDQALGRKGTQDGGLLKYSIPR + KDTIIEDGHVLPAVSLNLTTVINFQPVGRGRAAINGDFILIAPEVQEVIRAMRAGNIT + IVELHNHGLTEEPRLFYMHYWAVDDAVTLARALRPAMDATNLQSS" + gene 3319639..3320298 + /locus_tag="BQ2027_MB3025" + CDS 3319639..3320298 + /locus_tag="BQ2027_MB3025" + /note="Mb3025, -, len: 219 aa. Equivalent to Rv3000, len: + 219 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 219 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, similar to various membrane + proteins e.g. P77307|YBBM_ECOLI|B0491 HYPOTHETICAL 28.2 + KDA PROTEIN (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from + Escherichia coli strain K12 (259 aa), FASTA scores: opt: + 292, E(): 3.1e-11, (30.25% identity in 218 aa overlap); + N-terminus of Q9BJF3 PUTATIVE ABC TRANSPORTER (FRAGMENT) + from Sterkiella histriomuscorum (1319 aa), FASTA scores: + opt: 274, E(): 1.3e-09, (39.6% identity in 101 aa + overlap); Q9C9W0|T23K23.21 PUTATIVE ABC TRANSPORTER from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (263 aa), FASTA + scores: opt: 258, E(): 4.4e-09, (30.1% identity in 196 aa + overlap); P74369|YG47_SYNY3|SLR1647 HYPOTHETICAL 28.1 KDA + PROTEIN (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (259 aa), FASTA scores: + opt: 257, E(): 5.1e-09, (37.75% identity in 98 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). Mb3025 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01649.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2T4" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR005226" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2T4" + /translation="MAVHGFLLERVSVVRDEATVLRQVSAHFPAGRCSAVRGASGSGK + TTLLRLLNRLIDPTSGKVWLDGVPLTDLDVLVLRRRVGLVAQAPVVLTDAVLNEVRVG + RPDLPEGRVTELLARLCLGQSAREAFLPHQRSALRTALIPAIDSTKVVGLISLPGAMS + GLILAGVDPLTAIRYQIVVMYLLLAATAVAALTCARLAERALFDRAHRLVSLPAATRR + A" + gene complement(3320612..3321613) + /gene="ilvC" + /locus_tag="BQ2027_MB3026C" + CDS complement(3320612..3321613) + /gene="ilvC" + /locus_tag="BQ2027_MB3026C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3026c, ilvC, len: 333 aa. Equivalent to Rv3001c, + len: 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 333 aa overlap). Probable ilvC, + ketol-acid reductoisomerase (EC 1.1.1.86), equivalent or + highly similar to others e.g. Q59500|ILVC_MYCAV from + Mycobacterium avium (333 aa), FASTA scores: opt: 1977, + E(): 3.2e-113, (87.7% identity in 333 aa overlap); + O33114|ILVC_MYCLE from Mycobacterium leprae (333 aa), + FASTA scores: opt: 1924, E(): 5.3e-110, (86.5% identity in + 333 aa overlap); Q9Z565|ILVC_STRCO|SC8D9.26 from + Streptomyces coelicolor (332 aa), FASTA scores: opt: 1494, + E(): 8.3e-84, (67.5% identity in 326 aa overlap); + Q59818|ILVC_STRAW from Streptomyces avermitilis (333 aa) + FASTA scores: opt: 1487, E(): 2.2e-83, (66.8% identity in + 326 aa overlap); etc. BELONGS TO THE KETOL-ACID + REDUCTOISOMERASES FAMILY. Protein product from Mb3026c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3026c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE ILVC + (Acetohydroxy-acid isomeroreductase) + (Alpha-keto-beta-hydroxylacil reductoisomerase)" + /protein_id="SIU01650.1" + /db_xref="GOA:P65150" + /db_xref="InterPro:IPR000506" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR013023" + /db_xref="InterPro:IPR013116" + /db_xref="InterPro:IPR014359" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65150" + /translation="MFYDDDADLSIIQGRKVGVIGYGSQGHAHSLSLRDSGVQVRVGL + KQGSRSRPKVEEQGLDVDTPAEVAKWADVVMVLAPDTAQAEIFAGDIEPNLKPGDALF + FGHGLNVHFGLIKPPADVAVAMVAPKGPGHLVRRQFVDGKGVPCLVAVEQDPRGDGLA + LALSYAKAIGGTRAGVIKTTFKDETETDLFGEQTVLCGGTEELVKAGFEVMVEAGYPA + ELAYFEVLHELKLIVDLMYEGGLARMYYSVSDTAEFGGYLSGPRVIDAGTKERMRDIL + REIQDGSFVHKLVADVEGGNKQLEELRRQNAEHPIEVVGKKLRDLMSWVDRPITETA" + gene complement(3321651..3322157) + /gene="ilvN" + /locus_tag="BQ2027_MB3027C" + CDS complement(3321651..3322157) + /gene="ilvN" + /locus_tag="BQ2027_MB3027C" + /standard_name="ilvH" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3027c, ilvN, len: 168 aa. Equivalent to Rv3002c, + len: 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). Probable ilvN + (alternate gene name: ilvH), acetolactate synthase, small + subunit (EC 4.1.3.18), equivalent or highly similar to + others e.g. O33113|ILVH_MYCLE|MLCB637.21 from + Mycobacterium leprae (169 aa), FASTA scores: opt: 843, + E(): 5.1e-47, (83.5% identity in 164 aa overlap); + Q59499|ILVH_MYCAV|ILVN from Mycobacterium avium (167 aa), + FASTA scores: opt: 798, E(): 3.7e-44, (81.05% identity in + 169 aa overlap); Q9Z566|ILVN from Streptomyces coelicolor + (174 aa), FASTA scores: opt: 678, E(): 1.7e-36, (64.8% + identity in 159 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + ACETOLACTATE SYNTHASE SMALL SUBUNIT FAMILY. Protein + product from Mb3027c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3027c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETOLACTATE SYNTHASE (SMALL SUBUNIT) + ILVN (ACETOHYDROXY-ACID SYNTHASE) (AHAS) (ALS)" + /protein_id="SIU01651.1" + /db_xref="GOA:P65162" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR004789" + /db_xref="InterPro:IPR019455" + /db_xref="InterPro:IPR027271" + /db_xref="InterPro:IPR039557" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65162" + /translation="MSPKTHTLSVLVEDKPGVLARVAALFSRRGFNIESLAVGATECK + DRSRMTIVVSAEDTPLEQITKQLNKLINVIKIVEQDDEHSVSRELALIKVQADAGSRS + QVIEAVNLFRANVIDVSPESLTVEATGNRGKLEALLRVLEPFGIREIAQSGMVSLSRG + PRGIGTAK" + gene complement(3322157..3324013) + /gene="ilvB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3028C" + CDS complement(3322157..3324013) + /gene="ilvB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3028C" + /standard_name="ilvB" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3028c, ilvB1, len: 618 aa. Equivalent to Rv3003c, + len: 618 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 618 aa overlap). Probable ilvB1, + acetolactate synthase, large subunit (EC 4.1.3.18), + equivalent or highly similar to others e.g. + O33112|ILVB_MYCLE|MLCB637.20|ML1696 from Mycobacterium + leprae (625 aa), FASTA scores: opt: 3653, E(): 5.4e-208, + (87.1% identity in 627 aa overlap); Q59498|ILVB_MYCAV from + Mycobacterium avium (621 aa), FASTA scores: opt: 3473, + E(): 2.3e-197, (84.7% identity in 614 aa overlap); + P42463|ILVB_CORGL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (626 aa), FASTA scores: opt: 2754, + E(): 5.9e-155, (65.8% identity in 589 aa overlap); etc. + Contains PS00187 Thiamine pyrophosphate enzymes signature. + COFACTOR: THIAMINE PYROPHOSPHATE, AND MAGNESIUM (BY + SIMILARITY). Note that previously known as ilvB. Protein + product from Mb3028c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3028c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acetolactate synthase (large subunit) ilvb1 + (acetohydroxy-acid synthase)" + /protein_id="SIU01652.1" + /db_xref="GOA:P0A623" + /db_xref="InterPro:IPR000399" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR012000" + /db_xref="InterPro:IPR012001" + /db_xref="InterPro:IPR012846" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR039368" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A623" + /translation="MSAPTKPHSPTFKPEPHSAANEPKHPAARPKHVALQQLTGAQAV + IRSLEELGVDVIFGIPGGAVLPVYDPLFDSKKLRHVLVRHEQGAGHAASGYAHVTGRV + GVCMATSGPGATNLVTPLADAQMDSIPVVAITGQVGRGLIGTDAFQEADISGITMPIT + KHNFLVRSGDDIPRVLAEAFHIAASGRPGAVLVDIPKDVLQGQCTFSWPPRMELPGYK + PNTKPHSRQVREAAKLIAAARKPVLYVGGGVIRGEATEQLRELAELTGIPVVTTLMAR + GAFPDSHRQNLGMPGMHGTVAAVAALQRSDLLIALGTRFDDRVTGKLDSFAPEAKVIH + ADIDPAEIGKNRHADVPIVGDVKAVITELIAMLRHHHIPGTIEMADWWAYLNGVRKTY + PLSYGPQSDGSLSPEYVIEKLGEIAGPDAVFVAGVGQHQMWAAQFIRYEKPRSWLNSG + GLGTMGFAIPAAMGAKIALPGTEVWAIDGDGCFQMTNQELATCAVEGIPVKVALINNG + NLGMVRQWQSLFYAERYSQTDLATHSHRIPDFVKLAEALGCVGLRCEREEDVVDVINQ + ARAINDCPVVIDFIVGADAQVWPMVAAGTSNDEIQAARGIRPLFDDITEGHA" + gene 3324375..3324713 + /gene="cfp6" + /locus_tag="BQ2027_MB3029" + CDS 3324375..3324713 + /gene="cfp6" + /locus_tag="BQ2027_MB3029" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3029, cfp6, len: 112 aa. Equivalent to Rv3004, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). cfp6, low molecular + weight protein antigen 6 (CFP-6) (cf note * below). Weak + homology with Q9RKZ5|SC6D7.02 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (156 aa), FASTA scores: opt: + 109, E(): 0.78, (39.4% identity in 122 aa overlap). + CAUTION: THE INITIATOR METHIONINE MAY BE FURTHER UPSTREAM + MAKING THE SEQUENCE A PRECURSOR. [* Note: Bhaskar S., + Mukherjee R.: Isolation, purification and immunological + characterization of low molecular weight protein antigens + from culture filtrate of Mycobacterium tuberculosis H37Rv. + Unpublished. Submitted (NOV-1998) to the SWISS-PROT data + bank]. Protein product from Mb3029 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3029 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN ANTIGEN 6 (CFP-6)" + /protein_id="SIU01653.1" + /db_xref="GOA:P0A5P3" + /db_xref="InterPro:IPR019692" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5P3" + /translation="MAHFAVGFLTLGLLVPVLTWPVSAPLLVIPVALSASIIRLRTLA + DERGVTVRTLVGSRAVRWDDIDGLRFHRGSWARATLKDGTELRLPAVTFATLPHLTEA + SSGRVPNPYR" + gene complement(3324720..3325559) + /locus_tag="BQ2027_MB3030C" + CDS complement(3324720..3325559) + /locus_tag="BQ2027_MB3030C" + /note="Mb3030c, -, len: 279 aa. Equivalent to Rv3005c, + len: 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 279 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O33110|MLCB637.18|ML1698 HYPOTHETICAL 29.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (277 aa), FASTA scores: opt: + 1245, E(): 1.2e-65, (70.5% identity in 278 aa overlap). + Also similar, but longer 100 aa in N-terminus, to other + hypothetical proteins, few membrane proteins, e.g. + Q9RKN9|SCC75A.35 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (180 aa), FASTA scores: opt: 326, + E(): 3.9e-12, (44.2% identity in 138 aa overlap); + P96694|YDFP|AB001488 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + subtilis (129 aa), FASTA scores: opt:273, E(): 3.7e-09, + (33.1% identity in 130 aa overlap); Q9KKT1|VCA1019 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Vibrio cholerae (148 aa), FASTA + scores: opt: 258, E(): 3.1e-08, (34.9% identity in 126 aa + overlap); etc. Mb3030c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Membrane protein 2, distant similarity to + thiosulphate:quinone oxidoreductase DoxD" + /protein_id="SIU01654.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2V3" + /db_xref="InterPro:IPR032808" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2V3" + /translation="MTSSNDSHWQRPDDSPGPMPGRPVSASLVDPEDDLTPARYAGDF + GSGTTTVIPPYDAASSGVGNSGYSLIEAAEPLPYVQPQPGRQVPAGSAGIDMDDDERV + RAAGRRGTQNLGLLILRVGLGAVLIAHGLQKLFGWWDGQGLAGFQNSLSDIGYQHAEI + LAYVSAGGEIVAGVLLVLGLFTPLAAAGALAFLINGLLAGISAQHSRPVAYFLQDGHE + YQITLVVMAVAVILSGPGRYGLDAARGWAHRPFIGSFVALLGGIAAGIAVWVLLNGAN + PLA" + gene 3325736..3326857 + /gene="lppZ" + /locus_tag="BQ2027_MB3031" + CDS 3325736..3326857 + /gene="lppZ" + /locus_tag="BQ2027_MB3031" + /note="Mb3031, lppZ, len: 373 aa. Equivalent to Rv3006, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 373 aa overlap). Probable lppZ, + conserved lipoprotein, equivalent to + O33109|MLCB637.17C|ML1699 putative lipoprotein from M. + leprae (372 aa), FASTA scores: opt: 2211, E(): 4.3e-100, + (87.1% identity in 373 aa overlap). Shows also similarity + (in part) with Q9Z571|SC8D9.20c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE + from Streptomyces coelicolor (447 aa), FASTA scores: opt: + 185, E(): 0.051, (31.6% identity in 300 aa overlap); + Q9Z9R3|BH2090 GLUCOSE DEHYDROGENASE-B from Bacillus + halodurans (371 aa), FASTA scores: opt: 206, E(): 0.0043, + (28.3% identity in 205 aa overlap); and other GLUCOSE + DEHYDROGENASES B. Contains signal sequence and + appropriately positioned PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site, followed by a + proline-rich domain. Protein product from Mb3031 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3031 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPZ" + /protein_id="SIU01655.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4S0" + /db_xref="InterPro:IPR011041" + /db_xref="InterPro:IPR011042" + /db_xref="InterPro:IPR012938" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S0" + /translation="MWTTRLVRSGLAALCAAVLVSSGCARFNDAQSQPFTTEPELRPQ + PSSTPPPPPPLPPVPFPKECPAPGVMQGCLESTSGLIMGIDSKTALVAERITGAVEEI + SISAEPKVKTVIPVDPAGDGGLMDIVLSPTYSQDRLMYAYISTPTDNRVVRVADGDIP + KDILTGIPKGAAGNTGALIFTSPTTLVVMTGDAGDPALAADPQSLAGKVLRIEQPTTI + DQTPPTTALSGIGSGGGLCIDPVDGSLYVADRTPTADRLQRITKNSEVSTVWTWPDKP + GVAGCAAMDGTVLVNLINTKLTVAVRLAPSTGAVTGEPDVVRKDTHAHAWALRMSPDG + NVWGATVNKTAGDAEKLDDVVFPLFPQGGGFPRNNDDKT" + gene complement(3326863..3327477) + /locus_tag="BQ2027_MB3032C" + CDS complement(3326863..3327477) + /locus_tag="BQ2027_MB3032C" + /note="Mb3032c, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv3007c, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to Q9EWU5|3SC5B7.04c + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor (162 + aa), FASTA scores: opt: 376, E(): 1.5e-18, (41.35% + identity in 150 aa overlap); Q9K416|SCG22.29c PUTATIVE + FLAVIN-DEPENDENT REDUCTASE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (169 aa), FASTA scores: opt: 246, E(): 1e-09, + (34.1% identity in 135 aa overlap); and some similarity to + coupling proteins of 4-hydroxyphenylacetic + hydroxylase/monooxygenase e.g. Q9HWT6|HPAC|PA4092 + Pseudomonas aeruginosa (170 aa), FASTA score: opt: 214; + O68232|HPAC Photorhabdus luminescens (Xenorhabdus + luminescens) (172 aa), FASTA score: opt: 198; Q9RPU2|HPAC + Salmonella dublin (170 aa), FASTA score: opt: 197; etc. + Equivalent to AAK47416 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (236 aa) but shorter 32 aa. Start chosen by + similarity. Mb3032c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01656.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M9" + /db_xref="InterPro:IPR002563" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M9" + /translation="MSEDVARIHDGDVIDESFDELMGMLDHPVFVVTTQADGHPAGCL + VSFATQTSVQPPSFMVGLPRSTGTSEVASRSEHLAVHVLSQRQHVLAELFGSQTEEEV + NKFARCSWRAGPCGMPILDDAAAWFIGRTASRSDVGDYVAYLLEPVSVWAPECSEDLL + YLSDLDFDVDDIDPGKEASPRFYERERGDETRRYGVVRFTLDVP" + gene 3327671..3328294 + /locus_tag="BQ2027_MB3033" + CDS 3327671..3328294 + /locus_tag="BQ2027_MB3033" + /note="Mb3033, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv3008, len: + 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Start uncertain. Protein product from Mb3033 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3033 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01657.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y305" + /translation="MLTVVAVIGILECGLVLHMPDNDLWYCGPWTLWVMAGRGVASGA + GVWRGDRVATPLAVAITAAGLVSGARIGPGAAAKRDPQLAQWNEIRSHYQEIAEWIDH + DTATAHPAVAATQISAAGSFGRANMVDYLGLLDSRADETVRRDEFSRWLSAKPDYLVT + TEQSVDAATIALPEFRHAYDRAATIGTLNVYRRNSPDGDEPLPADGN" + gene complement(3328291..3329820) + /gene="gatB" + /locus_tag="BQ2027_MB3034C" + CDS complement(3328291..3329820) + /gene="gatB" + /locus_tag="BQ2027_MB3034C" + /note="Mb3034c, gatB, len: 509 aa. Equivalent to Rv3009c, + len: 509 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 509 aa overlap). Probable gatB, + Glu-tRNA-Gln amidotransferase, subunit B (EC 6.3.5.-), + equivalent to O33107|GATB_MYCLE|MLCB637_15 + GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (509 aa), FASTA scores: opt: 2973, E(): 2.9e-173, + (88.4% identity in 509 aa overlap). Also highly similar to + other Glu- tRNA-Gln amidotransferases e.g. + Q9Z578|GATB|SC8D9.13 from Streptomyces coelicolor (504 + aa), FASTA scores: opt: 2264, E(): 3.6e-130, (66.0% + identity in 495 aa overlap); P74215|GATB_SYNY3|SLL1435 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (519 aa), FASTA + scores: opt: 1289, E(): 6.7e-71, (42.0% identity in 485 aa + overlap); Q9X100|GATB_THEMA|TM1273 GLUTAMYL-TRNA(GLN) + AMIDOTRANSFERASE from Thermotoga maritima (482 aa), FASTA + scores: opt: 1165, E(): 2.2e-63, (40.05% identity in 487 + aa overlap); etc. For more information about function, see + citation below. Similar to many members of the pet112 + family. BELONGS TO THE GATB FAMILY. Protein product from + Mb3034c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3034c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE + (SUBUNIT B) GATB (Glu-ADT SUBUNIT B)" + /protein_id="SIU01658.1" + /db_xref="GOA:P64200" + /db_xref="InterPro:IPR003789" + /db_xref="InterPro:IPR004413" + /db_xref="InterPro:IPR006075" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR017958" + /db_xref="InterPro:IPR017959" + /db_xref="InterPro:IPR018027" + /db_xref="InterPro:IPR023168" + /db_xref="InterPro:IPR042114" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64200" + /translation="MTVAAGAAKAAGAELLDYDEVVARFQPVLGLEVHVELSTATKMF + CGCTTTFGGEPNTQVCPVCLGLPGSLPVLNRAAVESAIRIGLALNCEIVPWCRFARKN + YFYPDMPKNYQISQYDEPIAINGYLDAPLEDGTTWRVEIERAHMEEDTGKLTHIGSET + GRIHGATGSLIDYNRAGVPLIEIVTKPIVGAGARAPQIARSYVTALRDLLRALDVSDV + RMDQGSMRCDANVSLKPAGTTEFGTRTETKNVNSLKSVEVAVRYEMQRQGAILASGGR + ITQETRHFHEAGYTSAGRTKETAEDYRYFPEPDLEPVAPSRELVERLRQTIPELPWLS + RRRIQQEWGVSDEVMRDLVNAGAVELVAATVEHGASSEAARAWWGNFLAQKANEAGIG + LDELAITPAQVAAVVALVDEGKLSNSLARQVVEGVLAGEGEPEQVMTARGLALVRDDS + LTQAAVDEALAANPDVADKIRGGKVAAAGAIVGAVMKATRGQADAARVRELVLEACGQ + G" + gene complement(3329850..3330881) + /gene="pfkA" + /locus_tag="BQ2027_MB3035C" + CDS complement(3329850..3330881) + /gene="pfkA" + /locus_tag="BQ2027_MB3035C" + /note="Mb3035c, pfkA, len: 343 aa. Equivalent to Rv3010c, + len: 343 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 343 aa overlap). Probable pfkA, + phosphofructokinase (EC 2.7.1.11), equivalent to + O33106|K6PF_MYCLE|MLCB637.14 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE from + Mycobacterium leprae (343 aa), FASTA scores: opt: 2099, + E(): 4.1e-122, (90.4% identity in 343 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9FC99|K6P3_STRCO from + Streptomyces coelicolor (341 aa), FASTA scores: opt: 1329, + E(): 1.1e-74, (58.9% identity in 338 aa overlap); + Q9L1L8|K6P2_STRCO|PFKA2|PFK2|SC6A11.02 + 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE 2 from Streptomyces coelicolor (341 + aa), FASTA scores: opt: 1303, E(): 4.5e-73, (56.7% + identity in 342 aa overlap); Q9KH71|PFP PPI-DEPENDENT + PHOSPHOFRUCTOKINASE from Dictyoglomus thermophilum (346 + aa), FASTA scores: opt: 893, E(): 8.4e-48, (41.85% + identity in 344 aa overlap); etc. Contains PS00433 + Phosphofructokinase signature. BELONGS TO THE + PHOSPHOFRUCTOKINASE FAMILY. Protein product from Mb3035c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3035c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE PFKA + (PHOSPHOHEXOKINASE) (PHOSPHOFRUCTOKINASE)" + /protein_id="SIU01659.1" + /db_xref="GOA:P65691" + /db_xref="InterPro:IPR000023" + /db_xref="InterPro:IPR012003" + /db_xref="InterPro:IPR012829" + /db_xref="InterPro:IPR015912" + /db_xref="InterPro:IPR022953" + /db_xref="InterPro:IPR035966" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65691" + /translation="MRIGVLTGGGDCPGLNAVIRAVVRTCHARYGSSVVGFQNGFRGL + LENRRVQLHNDDRNDRLLAKGGTMLGTARVHPDKLRAGLPQIMQTLDDNGIDVLIPIG + GEGTLTAASWLSEENVPVVGVPKTIDNDIDCTDVTFGHDTALTVATEAIDRLHSTAES + HERVMLVEVMGRHAGWIALNAGLASGAHMTLIPEQPFDIEEVCRLVKGRFQRGDSHFI + CVVAEGAKPAPGTIMLREGGLDEFGHERFTGVAAQLAVEVEKRINKDVRVTVLGHIQR + GGTPTAYDRVLATRFGVNAADAAHAGEYGQMVTLRGQDIGRVPLADAVRKLKLVPQSR + YDDAAAFFG" + gene complement(3330977..3332461) + /gene="gatA" + /locus_tag="BQ2027_MB3036C" + CDS complement(3330977..3332461) + /gene="gatA" + /locus_tag="BQ2027_MB3036C" + /note="Mb3036c, gatA, len: 494 aa. Equivalent to Rv3011c, + len: 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 494 aa overlap). Probable gatA, + Glu-tRNA-Gln amidotransferase, subunit A (EC 6.3.5.-), + equivalent to O33105|GATA|ML1702|MLCB637.13 + GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (497 aa), FASTA scores: opt: 2839, E(): 3.5e-161, + (88.8% identity in 492 aa overlap). Also highly similar to + other Glu-tRNA-Gln amidotransferases e.g. + Q9Z580|GATA_STRCO from Streptomyces coelicolor (497 aa), + FASTA scores: opt: 2231, E(): 4.5e-125, (70.3% identity in + 486 aa overlap); P73558|GATA_SYNY3|SLR0877 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (483 aa), FASTA scores: + opt: 1593, E(): 3.3e-87, (55.85% identity in 487 aa + overlap); O06491|GATA_BACSU GLUTAMYL-TRNA(GLN) + AMIDOTRANSFERASE from Bacillus subtilis (485 aa), FASTA + scores: opt: 1389, E(): 4.3e-75, (51.7% identity in 468 aa + overlap); etc. For more information about function, see + citation below. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). BELONGS TO THE AMIDASE FAMILY. Protein + product from Mb3036c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3036c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE + (SUBUNIT A) GATA (Glu-ADT SUBUNIT A)" + /protein_id="SIU01660.1" + /db_xref="GOA:Q7TXG2" + /db_xref="InterPro:IPR000120" + /db_xref="InterPro:IPR004412" + /db_xref="InterPro:IPR020556" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXG2" + /translation="MTDIIRSDAATLAAKIAIKEVSSTEITRACLDQIEATDETYHAF + LHVAADEALAAAAAVDKQVAAGEPLPSALAGVPLALKDVFTTSDMPTTCGSKILEGWR + SPYDATLTARLRAAGIPILGKTNMDEFAMGSSTENSAYGPTRNPWNLDRVPGGSGGGS + AAALAAFQAPLAIGSDTGGSIRQPAALTATVGVKPTYGTVSRYGLVACASSLDQGGPC + ARTVLDTALLHQVIAGHDPRDSTSVDAEVPDVVGAARAGAVGDLRGVRVGVVRQLHGG + EGYQPGVLASFEAAVEQLTALGAEVSEVDCPHFDHALAAYYLILPSEVSSNLARFDAM + RYGLRVGDDGTRSAEEVMAMTRAAGFGPEVKRRIMIGTYALSAGYYDAYYNQAQKVRT + LIARDLDAAYRSVDVLVSPTTPTTAFRLGEKVDDPLAMYLFDLCTLPLNLAGHCGMSV + PSGLSPDDGLPVGLQIMAPALADDRLYRVGAAYEAARGPLLSAI" + gene complement(3332458..3332757) + /gene="gatC" + /locus_tag="BQ2027_MB3037C" + CDS complement(3332458..3332757) + /gene="gatC" + /locus_tag="BQ2027_MB3037C" + /note="Mb3037c, gatC, len: 99 aa. Equivalent to Rv3012c, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Probable gatC, + Glu-tRNA-Gln amidotransferase, subunit C (EC 6.3.5.-), + equivalent to O33104|GATC_MYCLE|MLCB637.12 + GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (99 aa), FASTA scores: opt: 483, E(): 3.1e-25, + (74.75% identity in 99 aa overlap). Also highly similar to + other Glu-tRNA-Gln amidotransferases e.g. + Q9Z581|GATC_STRCO|SC8D9.10 from Streptomyces coelicolor + (98 aa), FASTA scores: opt: 298, E(): 4e-13, (53.7% + identity in 95 aa overlap); O06492|GATC_BACSU from B. + subtilis (96 aa), FASTA scores: opt: 222, E(): 3.7e-08, + (43.15% identity in 95 aa overlap); Q9KF29|BH0665 from + Bacillus halodurans (96 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): + 1.9e-07, (41.05% identity in 95 aa overlap); etc. For more + information about function, see citation below. BELONGS TO + THE GATC FAMILY. Protein product from Mb3037c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3037c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE + (SUBUNIT C) GATC (Glu-ADT SUBUNIT C)" + /protein_id="SIU01661.1" + /db_xref="GOA:P64206" + /db_xref="InterPro:IPR003837" + /db_xref="InterPro:IPR036113" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64206" + /translation="MSQISRDEVAHLARLARLALTETELDSFAGQLDAILTHVSQIQA + VDVTGVQATDNPLKDVNVTRPDETVPCLTQRQVLDQAPDAVDGRFAVPQILGDEQ" + gene 3332842..3333498 + /locus_tag="BQ2027_MB3038" + CDS 3332842..3333498 + /locus_tag="BQ2027_MB3038" + /note="Mb3038, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv3013, len: + 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O33103|MLCB637_11c + HYPOTHETICAL 24.4 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (230 aa), FASTA scores: opt: 1188, E(): 2.6e-67, (83.95% + identity in 218 aa overlap). Equivalent to AAK47422 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (240 aa) but + shorter 22 aa. Protein product from Mb3038 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Amino acid-binding ACT protein" + /protein_id="SIU01662.1" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2U5" + /translation="MRSYLLRIELADRPGSLGSLAVALGSVGADILSLDVVERGNGYA + IDDLVVELPPGAMPDTLITAAEALNGVRVDSVRPHTGLLEAHRELELLDHVAAAEGAT + ARLQVLVNEAPRVLRVSWCTVLRSSGGELHRLAGSPGAPETRANSAPWLPIERAAALD + GGADWVPQAWRDMDTTMVAAPLGDTHTAVVLGRPGPEFRPSEVARLGYLAGIVATMLR + " + gene complement(3333572..3335647) + /gene="ligA" + /locus_tag="BQ2027_MB3039C" + CDS complement(3333572..3335647) + /gene="ligA" + /locus_tag="BQ2027_MB3039C" + /standard_name="lig" + /note="Mb3039c, ligA, len: 691 aa. Equivalent to Rv3014c, + len: 691 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 691 aa overlap). Probable ligA + (alternate gene name: lig), DNA ligase NAD-dependent (EC + 6.5.1.2), equivalent to + O33102|DNLJ_MYCLE|LIGA|LIG|ML1705|MLCB637.10 DNA LIGASE + from Mycobacterium leprae (694 aa), FASTA scores: opt: + 3844, E(): 0, (84.7% identity in 687 aa overlap). Also + highly similar to many prokaryotic and eukaryotic ligases + e.g. Q9Z585|LIGA|SC8D9.06 from Streptomyces coelicolor + (735 aa), FASTA scores: opt: 2002, E(): 4e-113, (59.4% + identity in 714 aa overlap); P49421|DNLJ_RHOMR|LIGA|LIG + from Rhodothermus marinus (712 aa), FASTA scores: opt: + 1835, E(): 4.6e-103, (45.55% identity in 685 aa overlap); + P15042|DNLJ_ECOLI|LIGA|LIG|DNAL|PDEC|LOP|B2411 from + Escherichia coli strain K12 (671 aa), FASTA scores: opt: + 1696, E(): 1.1e-94, (43.8% identity in 680 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE NAD-DEPENDENT DNA LIGASE FAMILY. + Protein product from Mb3039c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3039c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dna ligase [nad dependent] liga + (polydeoxyribonucleotide synthase [nad+])" + /protein_id="SIU01663.1" + /db_xref="GOA:P63974" + /db_xref="InterPro:IPR001357" + /db_xref="InterPro:IPR001679" + /db_xref="InterPro:IPR004149" + /db_xref="InterPro:IPR004150" + /db_xref="InterPro:IPR010994" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR013839" + /db_xref="InterPro:IPR013840" + /db_xref="InterPro:IPR018239" + /db_xref="InterPro:IPR033136" + /db_xref="InterPro:IPR036420" + /db_xref="InterPro:IPR041663" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63974" + /translation="MSSPDADQTAPEVLRQWQALAEEVREHQFRYYVRDAPIISDAEF + DELLRRLEALEEQHPELRTPDSPTQLVGGAGFATDFEPVDHLERMLSLDNAFTADELA + AWAGRIHAEVGDAAHYLCELKIDGVALSLVYREGRLTRASTRGDGRTGEDVTLNARTI + ADVPERLTPGDDYPVPEVLEVRGEVFFRLDDFQALNASLVEEGKAPFANPRNSAAGSL + RQKDPAVTARRRLRMICHGLGHVEGFRPATLHQAYLALRAWGLPVSEHTTLATDLAGV + RERIDYWGEHRHEVDHEIDGVVVKVDEVALQRRLGSTSRAPRWAIAYKYPPEEAQTKL + LDIRVNVGRTGRITPFAFMTPVKVAGSTVGQATLHNASEIKRKGVLIGDTVVIRKAGD + VIPEVLGPVVELRDGSEREFIMPTTCPECGSPLAPEKEGDADIRCPNARGCPGQLRER + VFHVASRNGLDIEVLGYEAGVALLQAKVIADEGELFALTERDLLRTDLFRTKAGELSA + NGKRLLVNLDKAKAAPLWRVLVALSIRHVGPTAARALATEFGSLDAIAAASTDQLAAV + EGVGPTIAAAVTEWFAVDWHREIVDKWRAAGVRMVDERDESVPRTLAGLTIVVTGSLT + GFSRDDAKEAIVARGGKAAGSVSKKTNYVVAGDSPGSKYDKAVELGVPILDEDGFRRL + LADGPASRT" + gene complement(3335678..3336691) + /locus_tag="BQ2027_MB3040C" + CDS complement(3335678..3336691) + /locus_tag="BQ2027_MB3040C" + /note="Mb3040c, -, len: 337 aa. Equivalent to Rv3015c, + len: 337 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 337 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBR6|ML1706 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (337 aa), + FASTA scores: opt: 1703, E(): 3.1e-92, (78.05% identity in + 337 aa overlap); and (but longer 47 aa) O33101|MLCB637.09 + HYPOTHETICAL 30.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (290 aa), FASTA scores: opt: 1564, E(): 2.4e-78, (78.6% + identity in 290 aa overlap). Also similar to + Q9Z586|SC8D9.05 HYPOTHETICAL 35.0 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (331 aa), FASTA scores: opt: 774, + E(): 4.7e-38, (43.4% identity in 334 aa overlap); and + showing similarity with other proteins e.g. + Q39586|METE_CHLRE + 5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE--HOMOCYSTEINE + METHYLTRANSFERASE from Chlamydomonas reinhardtii (814 aa), + FASTA scores: opt: 162, E(): 0.048, (27.05% identity in + 355 aa overlap). Protein product from Mb3040c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3040c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methionine synthase, vitamin-B12 independent, + putative" + /protein_id="SIU01664.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2W5" + /db_xref="InterPro:IPR002629" + /db_xref="InterPro:IPR038071" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2W5" + /translation="MSVFATATGIGSWPGTAAREAAQVVVGELAGALAYLTELPARGV + GADMLGRAGGLLVDVAIDTVPRGYRIAARPGAVTRRAASLLDEDMDALEEAWETAGLR + GCGRAVKVQAPGPVTLVAGLELANGHRAITDPGAVRDLAASLAEGVAAHRAALARRLD + TPVVVQFDEPSLPAALGGRLTGVTALSPVAPLDETVAEALLDTCIAAVDADVALHSCS + PDLPWDLLQRSRISAVSVDASTLQAADLDAVAAFVESGRTVVLGLVPVTAPERAPSME + EVAAAAVAVTDRLGVPRSALRDRLGVSPACGLANATGQWARTAVGLARDVAEAFARDP + EAI" + gene 3336785..3337414 + /gene="lpqA" + /locus_tag="BQ2027_MB3041" + CDS 3336785..3337414 + /gene="lpqA" + /locus_tag="BQ2027_MB3041" + /note="Mb3041, lpqA, len: 209 aa. Equivalent to Rv3016, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Probable lpqA, + lipoprotein. Contains signal sequence and appropriately + positioned PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Mb3041 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LIPOPROTEIN LPQA" + /protein_id="SIU01665.1" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S9" + /translation="MVGLTRPLLLCGATLLIAACTRVVGGTASATFGGDRQGMLDVAT + ILLDQSRMQAITGSGDDLTIIPTMDTTYPVDVDDFAQPIPRECRFIYAETAVFGSEIE + AFHKTTFQDRPDGSLISEAAAAYRDAGTARRAFDTLAVTVHDCAASPAGWLFVSRWTA + GGNSLHIRAGDCGRDYRVLSAALLEVTFCGFPESVSDIVMTNIAANVPG" + gene complement(3337517..3337879) + /gene="esxQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3042C" + CDS complement(3337517..3337879) + /gene="esxQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3042C" + /standard_name="ES6_8; TB12.9" + /note="Mb3042c, esxQ, len: 120 aa. Equivalent to Rv3017c, + len: 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 120 aa overlap). esxQ, putative ESAT-6 + like protein 8, possibly secreted protein, very similar to + AAK47433|MT3104 PUTATIVE SECRETED ESAT-6 LIKE PROTEIN 9 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (96 aa), + FASTA scores: opt: 315, E(): 1.2e-14, (65.7% identity in + 70 aa overlap); Rv3019c|O53266|MTV012.33c PUTATIVE + SECRETED ESAT-6 LIKE PROTEIN 9 from Mycobacterium + tuberculosis (96 aa), FASTA scores: opt: 315, E(): + 1.2e-14, (65.7% identity in 70 aa overlap) and + Rv0288|O53693|CFP7|MT0301|MTV035.16 10 KDA ANTIGEN CFP7 + (LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN ANTIGEN 7) (CFP-7) from + Mycobacterium tuberculosis (95 aa), FASTA scores: opt: + 303, E(): 7.4e-14, (66.2% identity in 68 aa overlap). + BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxq (tb12.9) (esat-6 like + protein 8)" + /protein_id="SIU01666.1" + /db_xref="GOA:P64092" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64092" + /translation="MSQSMYSYPAMTANVGDMAGYTGTTQSLGADIASERTAPSRACQ + GDLGMSHQDWQAQWNQAMEALARAYRRCRRALRQIGVLERPVGDSSDCGTIRVGSFRG + RWLDPRHAGPATAADAGD" + gene complement(3337966..3339279) + /gene="PPE46" + /locus_tag="BQ2027_MB3043C" + CDS complement(3337966..3339279) + /gene="PPE46" + /locus_tag="BQ2027_MB3043C" + /note="Mb3043c, PPE46, len: 437 aa. Equivalent to Rv3018c, + len: 434 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 431 aa overlap). Member of PPE family + but lacks Gly, Ala rich repeats at C-terminal domain, + closest to MTCY261.19. Also very similar to following ORF + MTV012.35c. Nearly identical in parts to Mycobacterium + tuberculosis protein erroneously described as + DIHYDROFOLATE REDUCTASE (X59271|MTFOLA_1) P31500|DYR_MYCTU + (214 aa), FASTA scores: opt: 972, E(): 4.4e-42, (80.0% + identity in 195 aa overlap); and Z97559|MTCY261_19 from M. + tuberculosis cosmid (473 aa), FASTA scores: opt: 806, E(): + 0; (38.8% identity in 479 aa overlap); and + O53268|MTV012.35c from Mycobacterium tuberculosis (358 + aa), FASTA scores: opt: 1714, E(): 3.3e-79, (78.3% + identity in 355 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 56 bp deletion leads to a product slightly different at + the Nh2-terminus part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (434 aa versus 437 + aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe46" + /protein_id="SIU01667.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y315" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y315" + /translation="MSSHRTPVWLASPPEVHSALLSAGPGPGSLQAAAAGWSALSAEY + AAVAQELSAVVAAVGAGVWQGPSAELFVAAYVPYVAWLVQASADSAAAAGEHEAAAAG + YVCALAEMPTLPELAANHLTHAVLVATNFFGINTIPIALNEADYVRMWVQAATVMSAY + EAVVGAALVATPHTGPAPVIVKPGANEASNAVAAATITPFPWHEIVQFLEETFAAYDQ + YLSALLSELPAVAWVWFQLFVDILGFNIIGFIITLASNAQLLTEFAINASYVAVGLLY + AIAGVIDIVVEWVIGNLFGVVPLLGGPLLGALAAAVVPGVAGLAGVAGLAAVPAVGAA + AGAPAALVGSVAPVSGGVVSPQARLVSAVEPAPASTSVSVLASDRGAGALGFVGTAGK + ESVGQPAGLTVLADEFGDGAPVPMLPGSWGPDLVGVAGDGGLVSV" + gene complement(3339300..3339386) + /gene="PE27A" + /locus_tag="BQ2027_MB3044C" + CDS complement(3339300..3339386) + /gene="PE27A" + /locus_tag="BQ2027_MB3044C" + /note="Mb3044c, PE27A, len: 28 aa. Equivalent to Rv3018A, + len: 28 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 28 aa overlap). Member of M. + tuberculosis PE family, most similar to Rv0285 (102 aa), + FASTA scores: opt: 147, E(): 3.5e-05, (92.85% identity in + 28 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe27a" + /protein_id="SIU01668.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y399" + /translation="MTLSVVPEGLAAASAAVEALTARLAAAH" + gene complement(3339682..3339972) + /gene="esxR" + /locus_tag="BQ2027_MB3045C" + CDS complement(3339682..3339972) + /gene="esxR" + /locus_tag="BQ2027_MB3045C" + /standard_name="ES6_9; TB10.3" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3045c, esxR, len: 96 aa. Equivalent to Rv3019c, + len: 96 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 96 aa overlap). esxR, putative + secreted ESAT-6 like protein 9 (see citations below), most + similar to O53693|AAK44525|Rv0288|CFP7|MT0301|MTV035.16 10 + KDA ANTIGEN CFP7 (LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN ANTIGEN 7) + (CFP-7) from Mycobacterium tuberculosis (95 aa), FASTA + scores: opt: 566, E(): 5.1e-31, (84.3% identity in 95 aa + overlap). Also similar to Q9CD33|ML2531 POSSIBLE CELL + SURFACE PROTEIN from Mycobacterium leprae (96 aa), FASTA + scores: opt: 472, E(): 8.3e-25, (66.6% identity in 96 aa + overlap); O53264|Rv3017c|MTV012.31c PUTATIVE SECRETED + ANTIGEN from Mycobacterium tuberculosis (120 aa), FASTA + scores: opt: 321, E(): 9.6e-15, (67.15% identity in 70 aa + overlap); + Q57165|AAK48357|O84901|X79562|ESAT6|Rv3875|MT3989|MTV027.1 + 0esat6 gene from Mycobacterium tuberculosis strain Erdman + (94 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 0.028, (26.1% + identity in 88 aa overlap). BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY. + TBparse score is 0.906." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secreted esat-6 like protein esxr (tb10.3) + (esat-6 like protein 9)" + /protein_id="SIU01669.1" + /db_xref="GOA:P64094" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64094" + /translation="MSQIMYNYPAMMAHAGDMAGYAGTLQSLGADIASEQAVLSSAWQ + GDTGITYQGWQTQWNQALEDLVRAYQSMSGTHESNTMAMLARDGAEAAKWGG" + gene complement(3340007..3340300) + /gene="esxS" + /locus_tag="BQ2027_MB3046C" + CDS complement(3340007..3340300) + /gene="esxS" + /locus_tag="BQ2027_MB3046C" + /standard_name="PE28" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3046c, esxS, len: 97 aa. Equivalent to Rv3020c, + len: 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Member of + Mycobacterium tuberculosis PE family (see first citation + below), similar to others e.g. AAK44524|MT0300 PE FAMILY + PROTEIN from M. tuberculosis strain CDC1551 (97 aa), FASTA + scores: opt: 564, E(): 5.9e-30, (91.75% identity in 97 aa + overlap). Has potential helix-turn-helix motif at + positions 14-35. TBparse score is 0.912. SEEMS TO BELONG + TO THE ESAT6 FAMILY (see second citation below)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxs" + /protein_id="SIU01670.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X0" + /translation="MSLLDAHIPQLIASHTAFAAKAGLMRHTIGQAEQQAMSAQAFHQ + GESAAAFQGAHARFVAAAAKVNTLLDIAQANLGEAAGTYVAADAAAASSYTGF" + gene complement(3340347..3341654) + /gene="PPE47" + /locus_tag="BQ2027_MB3047C" + CDS complement(3340347..3341654) + /gene="PPE47" + /locus_tag="BQ2027_MB3047C" + /note="Mb3047c, PPE47, len: 435 aa. Equivalent to Rv3022c + (PPE48) and Rv3021c (PPE47), len: 81 aa and 358 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (98.8% identity + in 81 aa overlap and 98.6% identity in 354 aa overlap). + Member of Mycobacterium tuberculosis PPE family. Should be + continuation of upstream ORF MTV012.36c but is + frameshifted due to missing base at 36448 in v012. + Sequence has been checked but no error apparent. Very + similar to neighbouring ORF O53265|MTV012.32c|Rv3018c from + Mycobacterium tuberculosis (434 aa), FASTA scores: opt: + 1714, E(): 6.6e-770, (78.3% identity in 355 aa overlap) + and AAK47430|MT3101 (strongly in the N-terminal part) (310 + aa), FASTA scores: opt: 897, E(): 4.5e-37, (66.95% + identity in 227 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, PPE47 and PPE48 exist as 2 separate + genes. In Mycobacterium bovis, a single base insertion + (*-g) leads to a single product." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe47" + /protein_id="SIU01671.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2W1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2W1" + /translation="MTAPVWLASPPEVHSALLSAGPGPGSLQAAAAGWSALSAEYAAV + AQELSAVVAAVGAGVWQGPSAELFVAAYVPYVAWLVQASADSAAAAGEHEAAAAGYVC + ALAEMPTLPELAANHLTHAVLVATNFFGINTIPIALNEADYVRMWVQAATVMSAYEAV + VGAALVATPHTGPAPVIVKPGANEASNAVAAATITPFPFGELAKFLEMAAQAFTEVGE + LIMKSAEAWAVGFVELITGLVNFEPWLVLTGMIDMFFATVGFALGVFVLVPLLEFAVV + LELAILSIGWIISNIFGAIPVLAGPLLGALAAAVVPGVAGVTGLAGLAAVPAVGAAAG + APAALVGSVAPVSGGVVSPQARLVSAVEPAPASTSVSVLASDRGAGALGFVGTAGKES + VGQPAGLTVLADEFGDGAPVPMLPGSWGPDLVGVAGDGGLVSV" + gene complement(3341651..3341965) + /gene="PE29" + /locus_tag="BQ2027_MB3048C" + CDS complement(3341651..3341965) + /gene="PE29" + /locus_tag="BQ2027_MB3048C" + /note="Mb3048c, PE29, len: 104 aa. Equivalent to Rv3022A, + len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, similar to many + others e.g. Rv0285|AL021930_12 from Mycobacterium + tuberculosis (102 aa), FASTA scores: opt: 497, E(): 3e-21, + (80.39% identity in 102 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe29" + /protein_id="SIU01672.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2V9" + /translation="MTLRVVPEGLAAASAAVEALTARLAAAHAGAAPAITAVVAPAAD + PVSLQSAVGFSALGSEHAAIAGEGVEELGRSGVAVGESGIGYAAGDAVAAATYLVSGG + SL" + repeat_region 3342277..3342284 + /note="8 bp direct repeat, CCAGTCGC, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(3342285..3343719) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-5" + mobile_element complement(3342285..3343719) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-5" + /note="IS1081-5, len: 1435 nt. Equivalent to IS1081, len: + 1450 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1435 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + repeat_region 3342323..3342337 + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(3342347..3343594) + /locus_tag="BQ2027_MB3049C" + CDS complement(3342347..3343594) + /locus_tag="BQ2027_MB3049C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3049c, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv3023c, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 415 aa overlap). Probable IS1081 + transposase. Contains PS01007 Transposases, Mutator + family, signature. Similars to + P35882|TRA1_MYCTU|Rv1199c|MTCI364.11c and + Rv2512c|MTCY07A7.18c TRANSPOSASES FOR INSERTION SEQUENCE + ELEMENT IS1081 (415 aa), FASTA scores: opt: 2675, E(): + 1.8e-162, (100.0% identity in 415 aa overlap). TBparse + score is 0.894. BELONGS TO THE MUTATOR FAMILY OF + TRANSPOSASE." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01673.1" + /db_xref="GOA:P60231" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60231" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANLMAATPKPSWPWVRT + LLHSIYDQPDAESVVAQYDRVLDALTDKLPAVAEHLDTARTDLLAFTAFPKQIWRQIW + SNNPQERLNREVRRRTDVVGIFPDRASIIRLVGAVLAEQHDEWIEGRRYLGLEVLTRA + RAALTSTEEPAKQQTTNTPALTT" + repeat_region complement(3343632..3343646) + /locus_tag="BQ2027_IS1081-5" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 3343720..3343727 + /note="8 bp direct repeat, CCAGTCGC, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene complement(3343757..3344860) + /gene="trmU" + /locus_tag="BQ2027_MB3050C" + CDS complement(3343757..3344860) + /gene="trmU" + /locus_tag="BQ2027_MB3050C" + /note="Mb3050c, trmU, len: 367 aa. Equivalent to Rv3024c, + len: 367 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 367 aa overlap). Probable trmU, tRNA + (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase + (EC 2.1.1.61), equivalent to + O33099|TRMU_MYCLE|ML1707|MLCB637.07 PROBABLE tRNA + (5-METHYLAMINOMETHYL-2-THIOURIDYLATE)-METHYLTRANSFERASE + from Mycobacterium leprae (358 aa), FASTA scores: opt: + 2033, E(): 5.5e-116, (85.45% identity in 357 aa overlap). + Also highly similar to others e.g. + O86583|TRMU_STRCO|SC2A11.22 from Streptomyces coelicolor + (376 aa), FASTA scores: opt: 1336, E(): 1e-73, (56.9% + identity in 369 aa overlap); BAB49856|MLR2824 from + Rhizobium loti (378 aa), FASTA scores: opt: 826, E(): + 8.3e-43, (42.35% identity in 359 aa overlap); + Q9ZDM1|TRMU_RICPR|RP306 from Rickettsia prowazekii (358 + aa), FASTA scores: opt: 800, E(): 3e-41, (40.1% identity + in 359 aa overlap); etc. BELONGS TO THE TRMU FAMILY. + Protein product from Mb3050c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3050c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE tRNA + (5-METHYLAMINOMETHYL-2-THIOURIDYLATE)-METHYLTRANSFERASE + TRMU" + /protein_id="SIU01674.1" + /db_xref="GOA:P66977" + /db_xref="InterPro:IPR004506" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR023382" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66977" + /translation="MKVLAAMSGGVDSSVAAARMVDAGHEVVGVHMALSTAPGTLRTG + SRGCCSKEDAADARRVADVLGIPFYVWDFAEKFKEDVINDFVSSYARGETPNPCVRCN + QQIKFAALSARAVALGFDTVATGHYARLSGGRLRRAVDRDKDQSYVLAVLTAQQLRHA + AFPIGDTPKRQIRAEAARRGLAVANKPDSHDICFIPSGNTKAFLGERIGVRRGVVVDA + DGVVLASHDGVHGFTIGQRRGLGIAGPGPNGRPRYVTAIDADTATVHVGDVTDLDVQT + LTGRAPVFTAGAAPSGPVDCVVQVRAHGETVSAVAELIGDALFVQLHAPLRGVARGQT + LVLYRPDPAGDEVLGSATIAGASGLSTGGNPGA" + gene complement(3344857..3346038) + /gene="iscS" + /locus_tag="BQ2027_MB3051C" + CDS complement(3344857..3346038) + /gene="iscS" + /locus_tag="BQ2027_MB3051C" + /standard_name="nifS" + /note="Mb3051c, iscS, len: 393 aa. Equivalent to Rv3025c, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 393 aa overlap). Probable iscS + (alternate gene name: nifS), cysteine desulfurase + (NifS-like protein) (EC 4.4.1.-), equivalent to + MLCB637.06|O33098 NIFS-LIKE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (396 aa), FASTA scores: opt: 2186, E(): 2.7e-122, + (84.9% identity in 391 aa overlap). Also highly similar to + many e.g. O86581|SC2A11.20 PUTATIVE + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (389 aa), FASTA scores: opt: 1568, + E(): 1.1e-85, (61.7% identity in 389 aa overlap); + P57795|ISCS|NIFS CYSTEINE DESULFURASE (NIFS PROTEIN + HOMOLOG) from Methanosarcina thermophila (404 aa), FASTA + scores: opt: 1059, E(): 1.6e-55, (46.2% identity in 381 aa + overlap); O54055|ISCS_RUMFL|ISCS|NIFS CYSTEINE DESULFURASE + from Ruminococcus flavefaciens (396 aa), FASTA scores: + opt: 973, E(): 2e-50, (43.3% identity in 381 aa overlap); + P57794|NIFS_ACEDI CYSTEINE DESULFURASE from Acetobacter + diazotrophicus (400 aa), FASTA scores: opt: 958, E(): + 1.6e-49, (41.1% identity in 392 aa overlap); etc. Also + similar to Rv1464|MTV007.11 from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00595 Aminotransferases class-V + pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO CLASS-V OF + PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES, NIFS/ISCS + SUBFAMILY. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE (BY SIMILARITY). + Protein product from Mb3051c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3051c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cysteine desulfurase iscs (nifs protein homolog) + (nitrogenase metalloclusters biosynthesis protein nifs)" + /protein_id="SIU01675.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4T3" + /db_xref="InterPro:IPR000192" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR016454" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T3" + /translation="MAYLDHAATTPMHPAAIEAMAAVQRTIGNASSLHTSGRSARRRI + EEARELIADKLGARPSEVIFTAGGTESDNLAVKGIYWARRDAEPHRRRIVTTEVEHHA + VLDSVNWLVEHEGAHVTWLPTAADGSVSATALREALQSHDDVALVSVMWANNEVGTIL + PIAEMSVVAMEFGVPMHSDAIQAVGQLPLDFGASGLSAMSVAGHKFGGPPGVGALLLR + RDVTCVPLMHGGGQERDIRSGTPDVASAVGMATAAQIAVDGLEENSARLRLLRDRLVE + GVLAEIDDVCLNGADDPMRLAGNAHFTFRGCEGDALLMLLDANGIECSTGSACTAGVA + QPSHVLIAMGVDAASARGSLRLSLGHTSVEADVDAALEVLPGAVARARRAALAAAGAS + R" + gene complement(3346135..3347049) + /locus_tag="BQ2027_MB3052C" + CDS complement(3346135..3347049) + /locus_tag="BQ2027_MB3052C" + /EC_number="2.3.1.51" + /note="Mb3052c, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv3026c, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 304 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9RCZ0|SCM10.08C PUTATIVE + ACYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (275 aa), + FASTA scores: opt: 393, E(): 2.2e-17, (41.4% identity in + 299 aa overlap). Similar in part to other hypothetical + proteins and acyltransferases e.g. BAB51968|MLR5533 from + Rhizobium loti (266 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): + 2.4e-10, (29.45% identity in 258 aa overlap); Q9KIH9 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE (PUTATIVE ACYLTRANSFERASE + TRANSMEMBRANE PROTEIN) (EC 2.3.1.) from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (292 aa), FASTA scores: opt: 252, + E(): 1.4e-08, (30.5% identity in 210 aa overlap); + O69114|PLSC PUTATIVE 1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE + ACYLTRANSFERASE from Burkholderia pseudomallei + (Pseudomonas pseudomallei) (289 aa), FASTA scores: opt: + 216, E(): 2.4e-06, (30.85% identity in 269 aa overlap); + etc. So may be a member of acyltransferase family protein. + Protein product from Mb3052c detected using shotgun mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acyl-CoA:1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate + acyltransferase (EC" + /protein_id="SIU01676.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3N4" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3N4" + /translation="MSAPAVTEHSWLPRATCGVSCVSVGDAAQVRRPLVVLRVALRVM + LALLLVPGVPLVVMPLPGRTRVQRIYCRLVLRLFGVRITVSGSPVRNLRGVLVVSGHV + SWLDVFCIGSVLPGSFVARADMFTGRTIGIVARILKIIPIERASLRRLPGVVDTIARR + LRAGQTVVAFPEGTTWCGRPGDDAGRPAARAGAGCSHRGCGAFYPAMFQAAIDAGRPV + QPLRLTYHHVDGTVSTAPAFVGDDTLVRSVCRLLTVRRTLAWVRVESLQLPGTDRRNL + ARRCQSAVLAGALGQSGQRPGRRHVPAT" + gene complement(3347046..3347786) + /locus_tag="BQ2027_MB3053C" + CDS complement(3347046..3347786) + /locus_tag="BQ2027_MB3053C" + /note="Mb3053c, -, len: 246 aa. Equivalent to Rv3027c, + len: 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 246 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar, but shorter 30 aa in + N-terminus, to others e.g. Q9RCY9|SCM10.09c from + Streptomyces coelicolor (256 aa), FASTA scores: opt: 498, + E(): 7.8e-24, (47.7% identity in 237 aa overlap); + BAB50158|MLR3216 from Rhizobium loti (291 aa), FASTA + scores: opt: 359, E(): 3.7e-15, (33.35% identity in 246 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK47441 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (281 aa) but shorter 35 aa. + Mb3053c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase" + /protein_id="SIU01677.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y325" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y325" + /translation="MVEAAQRLRYDVFSTTPGFALPAAADTRRDGDRFDEYCDHLLVR + DDDTGELVGCYRMLAPAGAIAAGGLYTATEFDVCAFDPLRPSLVEMGRAVVREGHRNG + GVVLLMWAGILAYLDRYGYDYVTGCVSVPIGGDGETPGSRLRGVRDFILNRHAAPPQC + QVYPYRPVRVDGRSLDDILPPPRPAVPPLMRGYLRLGARACGEPAHDPDFGVGDFCLL + LDKDHADTRYLRRLRSVAAASEMVNDAR" + gene complement(3348047..3349003) + /gene="fixB" + /locus_tag="BQ2027_MB3054C" + CDS complement(3348047..3349003) + /gene="fixB" + /locus_tag="BQ2027_MB3054C" + /standard_name="etfA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3054c, fixB, len: 318 aa. Equivalent to Rv3028c, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 318 aa overlap). Probable fixB + (alternate gene name: etfA), electron transfer + flavoprotein (alpha subunit) for various dehydrogenases. + Equivalent to O33096|ETFA_MYCLE|FIXB|ML1711|MLCB637.04 + ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN from Mycobacterium leprae + (318 aa), FASTA scores: opt: 1788, E(): 1.1e-87, (89.3% + identity in 318 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9K418|SCG22.27c from Streptomyces coelicolor (320 + aa), FASTA scores: opt: 1161, E(): 1.6e-54, (59.45% + identity in 323 aa overlap); AAK08137|etfa from + Rhodobacter sphaeroides (308 aa), FASTA scores: opt: 792, + E(): 5.1e-35, (45.95% identity in 309 aa overlap); + P38974|ETFA_PARDE ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN from + Paracoccus denitrificans (307 aa), FASTA scores: opt: 789, + E(): 7.4e-35, (45.95% identity in 309 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE ETF ALPHA-SUBUNIT / FIXB FAMILY. Protein + product from Mb3054c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3054c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN + (ALPHA-SUBUNIT) FIXB (ALPHA-ETF) (ELECTRON TRANSFER + FLAVOPROTEIN LARGE SUBUNIT) (ETFLS)" + /protein_id="SIU01678.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3A9" + /db_xref="InterPro:IPR001308" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR014730" + /db_xref="InterPro:IPR014731" + /db_xref="InterPro:IPR018206" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="InterPro:IPR033947" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3A9" + /translation="MAEVLVLVEHAEGALKKVSAELITAARALGEPAAVVVGVPGTAA + PLVDGLKAAGAAKIYVAESDLVDKYLITPAVDVLAGLAESSAPAGVLIAATADGKEIA + GRLAARIGSGLLVDVVDVREGGVGVHSIFGGAFTVEAQANGDTPVITVRAGAVEAEPA + AGAGEQVSVEVPAAAENAARITAREPAVAGDRPELTEATIVVAGGRGVGSAENFSVVE + ALADSLGAAVGASRAAVDSGYYPGQFQVGQTGKTVSPQLYIALGISGAIQHRAGMQTS + KTIVAVNKDEEAPIFEIADYGVVGDLFKVAPQLTEVIKARKG" + gene complement(3349042..3349842) + /gene="fixA" + /locus_tag="BQ2027_MB3055C" + CDS complement(3349042..3349842) + /gene="fixA" + /locus_tag="BQ2027_MB3055C" + /standard_name="etfB" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3055c, fixA, len: 266 aa. Equivalent to Rv3029c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 266 aa overlap). Probable fixA + (alternate gene name: etfB), electron transfer + flavoprotein (beta-subunit). Equivalent of + O33095|ETFB_MYCLE|FixA|MLCB637.03 ELECTRON TRANSFER + FLAVOPROTEIN from Mycobacterium leprae (266 aa), FASTA + scores: opt: 1603, E(): 7.6e-87, (95.1% identity in 266 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9K417|SCG22.28c from Streptomyces coelicolor (262 aa), + FASTA scores: opt: 860, E(): 2.3e-43, (52.4% identity in + 263 aa overlap); O85691|ETFB_MEGEL from Megasphaera + elsdenii (270 aa), FASTA scores: opt: 548, E(): 4.2e-25, + (35.15% identity in 273 aa overlap); etc. Also highly + similar in particular to Q9KHD0|NONH FLAVOPROTEIN + REDUCTASE from Streptomyces griseus subsp. griseus (this + one is required for macrotetrolide biosynthesis in + Streptomyces griseus) (261 aa), FASTA scores: opt: 867, + E(): 8.8e-44, (54.0% identity in 263 aa overlap). BELONGS + TO THE ETF BETA-SUBUNIT / FIXA FAMILY. Protein product + from Mb3055c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3055c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN + (BETA-SUBUNIT) FIXA (BETA-ETF) (ELECTRON TRANSFER + FLAVOPROTEIN SMALL SUBUNIT) (ETFSS)" + /protein_id="SIU01679.1" + /db_xref="GOA:P64098" + /db_xref="InterPro:IPR000049" + /db_xref="InterPro:IPR012255" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR014730" + /db_xref="InterPro:IPR033948" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64098" + /translation="MTNIVVLIKQVPDTWSERKLTDGDFTLDREAADAVLDEINERAV + EEALQIREKEAADGIEGSVTVLTAGPERATEAIRKALSMGADKAVHLKDDGMHGSDVI + QTGWALARALGTIEGTELVIAGNESTDGVGGAVPAIIAEYLGLPQLTHLRKVSIEGGK + ITGERETDEGVFTLEATLPAVISVNEKINEPRFPSFKGIMAAKKKEVTVLTLAEIGVE + SDEVGLANAGSTVLASTPKPAKTAGEKVTDEGEGGNQIVQYLVAQKII" + gene 3350073..3350897 + /locus_tag="BQ2027_MB3056" + CDS 3350073..3350897 + /locus_tag="BQ2027_MB3056" + /note="Mb3056, -, len: 274 aa. Equivalent to Rv3030, len: + 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 274 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O33094|MLCB637.02c|ML1713 hypothetical 30.8 KDa protein + from Mycobacterium leprae (280 aa), FASTA scores: opt: + 1388, E(): 5.5e-83, (78.2% identity in 280 aa overlap). + N-terminus has similarity to hypothetical proteins from a + number of organisms and to Q54303|EMBL:X86780|RAPM + methyltransferase from Streptomyces hygroscopicus (317 + aa), FASTA scores: opt: 191, E(): 3.6e-05, (35.65% + identity in 101 aa overlap). Protein product from Mb3056 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3056 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU01680.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y0" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y0" + /translation="MCAFVPHVPRHSRGDNPPSASTASPAVLTLTGERTIPDLDIENY + WFRRHQVVYQRLAPRCTARDVLEAGCGEGYGADLIACVARQVIAVDYDETAVAHVRSR + YPRVEVMQANLAELPLPDASVDVVVNFQVIEHLWDQARFVRECARVLRGSGLLMVSTP + NRITFSPGRDTPINPFHTRELNADELTSLLIDAGFVDVAMCGLFHGPRLRDMDARHGG + SIIDAQIMRAVAGAPWPPELAADVAAVTTADFEMVAAGHDRDIDDSLDLIAIAVRP" + gene 3350894..3352474 + /locus_tag="BQ2027_MB3057" + CDS 3350894..3352474 + /locus_tag="BQ2027_MB3057" + /EC_number="2.4.1.18" + /note="Mb3057, -, len: 526 aa. Equivalent to Rv3031, len: + 526 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 526 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBR4|ML1714 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (522 aa), + FASTA scores: opt: 3167, E(): 4.4e-190, (86.15% identity + in 526 aa overlap); and highly similar to truncated + O33093|MLCB637.01c HYPOTHETICAL 37.2 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Mycobacterium leprae (338 aa), FASTA + scores: opt: 2041, E(): 5.7e-120, (84.8% identity in 342 + aa overlap). Also some similarity to hypothetical proteins + Q9V0M7|PAB1857 from Pyrococcus abyssi (602 aa), FASTA + scores: opt: 477, E(): 3.5e-22, (31.2% identity in 556 aa + overlap); and Synechocystis P74630|D90916|SLL0735 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (529 aa), FASTA scores: + opt: 282, E(): 4.7e-10, (28.6% identity in 560 aa + overlap). Protein product from Mb3057 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3057 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glycogen branching enzyme, GH-57-type, archaeal + (EC" + /protein_id="SIU01681.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X1" + /db_xref="InterPro:IPR004300" + /db_xref="InterPro:IPR011330" + /db_xref="InterPro:IPR015293" + /db_xref="InterPro:IPR027291" + /db_xref="InterPro:IPR028995" + /db_xref="InterPro:IPR037090" + /db_xref="InterPro:IPR040042" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X1" + /translation="MNTSASPVPGLFTLVLHTHLPWLAHHGRWPVGEEWLYQSWAAAY + LPLLQVLAALADENRHRLITLGMTPVVNAQLDDPYCLNGVHHWLANWQLRAEEAASVR + YARQSKSADYPSCTPEALRAFGIRECADAARALDNFATRWRHGGSPLLRGLIDAGTVE + LLGGPLAHPFQPLLAPRLREFALREGLADAQLRLAHRPKGIWAPECAYAPGMEVDYAT + AGVSHFMVDGPSLHGDTALGRPVGKTDVVAFGRDLQVSYRVWSPKSGYPGHAAYRDFH + TYDHLTGLKPARVTGRNVPSEQKAPYDPERADRAVDVHVADFVDVVRNRLLSESERIG + RPAHVIAAFDTELFGHWWYEGPTWLQRVLRALPAAGVRVGTLSDAIADGFVGDPVELP + PSSWGSGKDWQVWSGAKVADLVQLNSEVVDTALTTIDKALAQTASLDGPLPRDHVADQ + ILRETLLTVSSDWPFMVSKDSAADYARYRAHLHAHATREIAGALAAGRRDTARRLAEG + WNRADGLFGALDARRLPK" + gene 3352506..3353750 + /locus_tag="BQ2027_MB3058" + CDS 3352506..3353750 + /locus_tag="BQ2027_MB3058" + /note="Mb3058, -, len: 414 aa. Equivalent to Rv3032, len: + 414 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 414 aa overlap). Possible transferase + (EC 2.-.-.-), equivalent to Q9CBR3|ML1715 PUTATIVE + TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (438 aa), FASTA + scores: opt: 2456, E(): 7.3e-145, (87.9% identity in 414 + aa overlap). Also similar to hypothetical proteins and + various transferases e.g. P73369|SLL1971 HYPOTHETICAL 46.2 + KDA PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (404 + aa), FASTA scores: opt: 584, E(): 7.3e-29, (34.5% identity + in 400 aa overlap); Q9Z5B7|SC2G5.06 PUTATIVE TRANSFERASE + from Streptomyces coelicolor (406 aa), FASTA scores: opt: + 509, E(): 3.3e-24, (35.9% identity in 413 aa overlap); + Q9UZA1|PAB0827 GALACTOSYLTRANSFERASE (LPS BIOSYNTHESIS + RFBU RELATED PROTEIN) from Pyrococcus abyssi (371 aa), + FASTA scores: opt: 381, E(): 2.6e-16, (26.75% identity in + 404 aa overlap); etc. Protein product from Mb3058 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3058 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alpha (1->4) glucosyltransferase" + /protein_id="SIU01682.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2W8" + /db_xref="InterPro:IPR001296" + /db_xref="InterPro:IPR028098" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2W8" + /translation="MRILMVSWEYPPVVIGGLGRHVHHLSTALAAAGHDVVVLSRCPS + GTDPSTHPSSDEVTEGVRVIAAAQDPHEFTFGNDMMAWTLAMGHAMIRAGLRLKKLGT + DRSWRPDVVHAHDWLVAHPAIALAQFYDVPMVSTIHATEAGRHSGWVSGALSRQVHAV + ESWLVRESDSLITCSASMNDEITELFGPGLAEITVIRNGIDAARWPFAARRPRTGPAE + LLYVGRLEYEKGVHDAIAALPRLRRTHPGTTLTIAGEGTQQDWLIDQARKHRVLRATR + FVGHLDHTELLALLHRADAAVLPSHYEPFGLVALEAAAAGTPLVTSNIGGLGEAVING + QTGVSCAPRDVAGLAAAVRSVLDDPAAAQRRARAARQRLTSDFDWQTVATATAQVYLA + AKRGERQPQPRLPIVEHALPDR" + gene 3353784..3354173 + /locus_tag="BQ2027_MB3058A" + CDS 3353784..3354173 + /locus_tag="BQ2027_MB3058A" + /note="Mb3058A, len: 129 aa. Equivalent to Rv3032A len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved + protein. Protein product from Mb3058A detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3058A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU01683.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X8" + /translation="MKPQDQGLHFPYRYDLRLAPMWLPFRWPGSQGVTVTEDGRFVAR + YGPFRVEAPLSSVRDAHITGPYRWWTAVGPRLSMVDDGLTFGTNAAAGVCIHFEPRIH + RVIGLRDHSALTVTVADPEGLVAALSS" + gene 3354352..3354900 + /locus_tag="BQ2027_MB3059" + CDS 3354352..3354900 + /locus_tag="BQ2027_MB3059" + /note="Mb3059, -, len: 182 aa. Equivalent to Rv3033, len: + 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3059 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3059 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU01684.1" + /db_xref="InterPro:IPR025637" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y5" + /translation="MAHSIVRTLLASGAATALIAIPTACSFSIGTSHSHSVSKAEVAR + QITAKMTDAAGNKPESVTCPSDLPAEVGAELNCEMKIKDRTFNVNVTVTSVDGSDVKF + DMVETVDKNQVANIISDKLFQRVGARPDSVTCPDNLKGVEGAKLRCRLTDGSKTYGIS + VIVTSVDAGDVNFDFKVDDHPE" + gene complement(3354991..3355893) + /locus_tag="BQ2027_MB3060C" + CDS complement(3354991..3355893) + /locus_tag="BQ2027_MB3060C" + /note="Mb3060c, -, len: 300 aa. Equivalent to Rv3034c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 300 aa overlap). Possible transferase + (2.-.-.-), equivalent to AAK47449|MT3119 Hexapeptide + transferase family protein from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 but N-terminus shorter 39 residues (262 + aa), FASTA scores: opt: 1773, E(): 4.7e-105, (100.0% + identity in 262 aa overlap). Similar to Q9CBR1|ML1719 from + Mycobacterium leprae but also shorter in N-terminus (245 + aa), FASTA scores: opt: 1549, E(): 6.6e-91, (90.6% + identity in 244 aa overlap). Some weakly similarity with + other transferases (C-terminal part shows some similarity + to acetyltransferase from Methanococcus jannaschii (214 + aa)). Alternative start possible at 3395077 but codon + usage not as good. Protein product from Mb3060c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3060c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSFERASE" + /protein_id="SIU01685.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4U7" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U7" + /translation="MNVLSLGSSSGVVWGRVPITAPAGAATGVTSRADAHSQMRRYAQ + TGPTAKLSSAPMTTMWGAPLHRRWRGSRLRDPRQAKFLTLASLKWVLANRAYTPWYLV + RYWRLLRFKLANPHIITRGMVFLGKGVEIHATPELAQLEIGRWVHIGDKNTIRAHEGS + LRFGDKVVLGRDNVINTYLDIEIGDSVLMADWCYICDFDHRMDDITLPIKDQGIIKSP + VRIGPDTWIGVKVSVLRGTTIGRGCVLGSHAVVRGAIPDYSIAVGAPAKVVKNRQLSW + EASAAQRAELAAALADIERKKAAR" + gene 3356351..3357433 + /locus_tag="BQ2027_MB3061" + CDS 3356351..3357433 + /locus_tag="BQ2027_MB3061" + /note="Mb3061, -, len: 360 aa. Equivalent to Rv3035, len: + 360 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 360 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBR0|ML1720 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (364 aa), + FASTA scores: opt: 1963, E(): 1.4e-108, (75.8% identity in + 363 aa overlap). Protein product from Mb3061 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3061 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FOG- WD40-like repeat" + /protein_id="SIU01686.1" + /db_xref="InterPro:IPR002372" + /db_xref="InterPro:IPR011047" + /db_xref="InterPro:IPR015943" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P0" + /translation="MAAGPALSARGYLALNGQTPAGCSLMEWQNDNNGRQRWCVRLVQ + GGGFAGPLFDGFDNLYVGQPGAIISFPPTQWTRWRQPVIGMPSTPRFLGHGRLLVSTH + LGQLLVFDTRRGMVVGSPVDLVDGIDPTDATRGLADCAPARPGCPVAAAPAFSSVNGT + VVVSVWQPGEPAAKLVGLKYHAEQLVREWTSDAVSAGVLASPVLSADGSTVYVNGRDH + RLWALNAADGKAKWSAPLGFLAQTPPALTPHGLIVSGGGPDTALAAFRDAGDHAEGAW + RRDDVTALSTASLAGTGVGYTVISGPNHDGTPGLSLLVFDPANGHTVNSYPLPGATGY + PVGVSVGNDRRVVTATSDGQVYSFAP" + gene complement(3357430..3358113) + /gene="TB22.2" + /locus_tag="BQ2027_MB3062C" + CDS complement(3357430..3358113) + /gene="TB22.2" + /locus_tag="BQ2027_MB3062C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3062c, TB22.2, len: 227 aa. Equivalent to + Rv3036c, len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.6% identity in 227 aa overlap). Probable + TB22.2, conserved secreted protein, with putative + N-terminal signal peptide, highly similar to secreted + immunogenic protein MPT64/MPB64 P19996|Rv1980c|MTCY39.39 + from Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium bovis + (228 aa), FASTA scores: opt: 681, E(): 2.5e-35, (45.8% + identity in 227 aa overlap). Protein product from Mb3062c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb3062c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED SECRETED PROTEIN TB22.2" + /protein_id="SIU01687.1" + /db_xref="InterPro:IPR021729" + /db_xref="InterPro:IPR037126" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y336" + /translation="MRYLIATAVLVAVVLVGWPAAGAPPSCAGLGGTVQAGQICHVHA + SGPKYMLDMTFPVDYPDQRALTDYITQNRDGFVNVAQGSPLRDQPYQMDATSEQHSSG + QPPQATRSVVLKFFQDLGGAHPSTWYKAFNYNLATSQPITFDTLFVPGTTPLDSIYPI + VQRELARQTGFGAAILPSTGLDPAHYQNFAITDDSLIFYFAQGELLPSFVGACQAQVP + RSAIPPLAI" + gene complement(3358186..3359262) + /locus_tag="BQ2027_MB3063C" + CDS complement(3358186..3359262) + /locus_tag="BQ2027_MB3063C" + /note="Mb3063c, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv3037c, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 358 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to others e.g. O86799|SC6G4.36c + from Streptomyces coelicolor (426 aa), FASTA scores: opt: + 545, E(): 5.5e-27, (36.15% identity in 354 aa overlap); + Q9UZW6|PAB0687 from Pyrococcus abyssi (386 aa), FASTA + scores: opt: 262, E(): 3.5e-09, (31.0% identity in 200 aa + overlap). Mb3063c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU01688.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041497" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B9" + /translation="MRARFGARAPWLVETTLLRRRAAGKLGELCPNVGVSQWLFTDEA + LQQATAAPVARHRARRLAGRVVHDATCSIGTELAALRELAVRAVGSDIDPVRLAMARH + NLAALGMEADLCRADVLHPVTRDAVVVIDPARRSNGRRRFHLADYQPGLGPLLDRYRG + RDVVVKCAPGIDFEEVGRLGFEGEIEVISYRGGVREACLWSAGLAGSGIRRRASILDS + GEQIGDDEPDDCGVRPAGKWIVDPDGAVVRAGLVRNYGARHGLWQLDPQIAYLSGDRL + PPALRGFEVLEQLAFDERRLRQVLSALDCGAAEILVRGVAIDPDALRRRLRLRGSRPL + AVVITRIGAGSLSHVTAYVCRPSR" + gene complement(3359397..3360380) + /locus_tag="BQ2027_MB3064C" + CDS complement(3359397..3360380) + /locus_tag="BQ2027_MB3064C" + /note="Mb3064c, -, len: 327 aa. Equivalent to Rv3038c, + len: 327 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 327 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CBQ9|ML1723 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (327 aa), + FASTA scores: opt: 1843, E(): 6.1e-108, (80.75% identity + in 327 aa overlap). Weak similarity with e.g. + Q9KZI3|SCG8A.16 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (199 aa), FASTA scores: opt: 227, + E(): 3.9e-07, (31.95% identity in 191 aa overlap) and + O52570 METHYLTRANSFERASE from Amycolatopsis mediterranei + (272 aa), FASTA scores: opt: 228, E(): 4.3e-07, (31.7% + identity in 164 aa overlap). Contains PS00044 Bacterial + regulatory proteins, lysR family signature but shows no + similarity to known LysR family members. Protein product + from Mb3064c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3064c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Methyltransferase Rv3038c, type 11" + /protein_id="SIU01689.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X3" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X3" + /translation="MTRSSNIPADATPNPHATAEQVAAARHDSKLAQVLYHDWEAENY + DEKWSISYDQRCVDYARGRFDAIVPDEVIAQLPYDRALELGCGTGFFLLNLIQAGVAR + RGSVTDLSPGMVKVATRNGQALGLDIDGRVADAEGIPYDDDAFDLVVGHAVLHHIPDV + ELSLREVVRVLKPGGRFVFAGEPTTVGDGYARTLSTLTWRVVTNATKLPGLRGWRRPQ + GELDESSRAAALEALVDLHTFTPQDLQRIAHNAGAVEVQTATEEFTAAMLGWPLRTFE + CTVPPGRLGWGWARFAFTSWKTLGWVDANVWRHVVPKGWFYNVMITGVKPS" + gene complement(3360391..3361155) + /gene="echA17" + /locus_tag="BQ2027_MB3065C" + CDS complement(3360391..3361155) + /gene="echA17" + /locus_tag="BQ2027_MB3065C" + /note="Mb3065c, echA17, len: 254 aa. Equivalent to + Rv3039c, len: 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 254 aa overlap). + Probable echA17, Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Superfamily + member (crotonase) (EC 4.2.1.17). Similar to many e.g. + Q9L1E6|SC3D11.16 PUTATIVE ENOYL-COA HYDRATASE from + Streptomyces coelicolor (255 aa), FASTA scores: opt: 625, + E(): 1.5e-30, (45.55% identity in 224 aa overlap); + O07137||ECH8_MYCLE|ML2402|MLCB1306.05c PROBABLE ENOYL-COA + HYDRATASE ECHA8 from Mycobacterium leprae (257 aa), FASTA + scores: opt: 448, E(): 6.4e-20, (35.3% identity in 235 aa + overlap), P97087|CRT CROTONASE / ENOYL-COA HYDRATASE from + Clostridium thermosaccharolyticum (Thermoanaerobacterium + thermosaccharolyticum) (259 aa), FASTA scores: opt: 420, + E(): 3.1e-18, (31.2% identity in 234 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis + AAK45356|O53418|Rv1070c|ECHA8|MT1100|MTV017.23c PROBABLE + ENOYL-COA HYDRATASE ECHA8 (257 aa), FASTA scores: opt: + 450, E(): 4.9e-20, (36.4% identity in 226 aa overlap). + BELONGS TO THE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. + Protein product from Mb3065c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3065c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA17 (CROTONASE) + (UNSATURED ACYL-CoA HYDRATASE) (ENOYL HYDRASE)" + /protein_id="SIU01690.1" + /db_xref="GOA:Q7TXE1" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXE1" + /translation="MPEFVNVVVSDGSQDAGLAMLLLSRPPTNAMTRQVYREVVAAAN + ELGRRDDVAAVILYGGHEIFSAGDDMPELRTLSAQEADTAARIRQQAVDAVAAIPKPT + VAAITGYALGAGLTLALAADWRVSGDNVKFGATEILAGLIPSGDGMARLTRAAGPSRA + KELVFSGRFFDAEEALALGLIDDMVAPDDVYDAAAAWARRFLDGPPHALAAAKAGISD + VYELAPAERIAAERRRYVEVFAAGQGGGSKGDRGGR" + gene complement(3361164..3362030) + /locus_tag="BQ2027_MB3066C" + CDS complement(3361164..3362030) + /locus_tag="BQ2027_MB3066C" + /note="Mb3066c, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv3040c, + len: 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 288 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9XA40|SCH17.07c + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (312 + aa), FASTA scores: opt: 648, E(): 5.2e-34, (50.0% identity + in 260 aa overlap). Also similar to Q9F7R7 PREDICTED MUTT + SUPERFAMILY HYDROLASE from uncultured proteobacterium + EBAC31A08 (264 aa), FASTA scores: opt: 295, E(): 1.3e-11, + (27.2% identity in 257 aa overlap); AAK24293|CC2322 + hypothetical protein from Caulobacter crescentus (254 aa), + BLAST scores: 185 (32% identity) AND 131 (37% identity), + etc. Protein product from Mb3066c detected using shotgun + mass spectrometry. Mb3066c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NUDIX hydrolase-like protein SCO3573" + /protein_id="SIU01691.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y1" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR039121" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y1" + /translation="MNSPREPLVPPPTPRPAATVMLVRDPDAGSASGLAVFLMRRHAA + MDFAAGVMVFPGGGVDDRDRDADLGRLGAWAGPPPQWWAQRFGIEPDLAEALVCAAAR + ETFEESGVLFAGPVDQDHSAPNSIVSDASVYGDARRALADRTLSFADFLQREKLVLRS + DLLRPWANWVTPEAELTRRYDTYFFVGALPEGQRADGENTESDRAGWVLPADAIADFA + AGRNFLLPPTWTQLDSLAGHTVADVLAVERQIVPVQPQLARNGDNWEIEFFDSDRYNQ + ARRSGGSTGWPL" + gene complement(3362027..3362890) + /locus_tag="BQ2027_MB3067C" + CDS complement(3362027..3362890) + /locus_tag="BQ2027_MB3067C" + /note="Mb3067c, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv3041c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 287 aa overlap). Probable conserved + ATP-binding protein ABC transporter (see citation below), + equivalent to Q9CBQ7|ML1726 PUTATIVE ABC TRANSPORTER + PROTEIN ATP-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae (305 + aa), FASTA scores: opt: 1576, E(): 8.6e-85, (83.4% + identity in 289 aa overlap). Also similar to other + putative ATP-binding proteins ABC transporters e.g. + Q9X9Z4|SCI5.06C from Streptomyces coelicolor (265 aa), + FASTA scores: opt: 893, E(): 4.8e-45, (53.3% identity in + 257 aa overlap); Q9L156|SC5C11.16c from Streptomyces + coelicolor (279 aa), FASTA scores: opt: 680, E(): 1.3e-32, + (45.4% identity in 271 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE + ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). + Protein product from Mb3067c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3067c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER" + /protein_id="SIU01692.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2X9" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2X9" + /translation="MRHDSRVLDNGGPDAADPDLLIDFRNVSLRRNGRTLVGPLDWAV + ELDERWVIVGPNGAGKTSLLRIAAAAEHPSSGVAFVLGERLGRVDVSELRARVGLSSS + ALAERVPGDERVRDLVVSAGYAVLGRWRERYEAVDYHRAIDMLESLGAEHLANRTYGT + LSEGERKRVLIARALMTDPELLLLDEPAAGLDLGGREELVARLADLAADPDAPALVLV + THHVEEIPPGFSHCLLLSEARVVAAGLLPDALTAENLSTAFGQEITLEVADGRYFARR + RRSRAAHRRQS" + gene complement(3362905..3364134) + /gene="serB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3068C" + CDS complement(3362905..3364134) + /gene="serB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3068C" + /note="Mb3068c, serB2, len: 409 aa. Equivalent to Rv3042c, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 409 aa overlap). Probable serB2, + Phosphoserine phosphatase (EC 3.1.3.3), equivalent to + Q9CBQ6|ML1727 PUTATIVE PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE from + Mycobacterium leprae (411 aa), FASTA scores: opt: 2173, + E(): 1.3e-117, (86.3% identity in 408 aa overlap). Also + similar to other e.g. Q9S281|SCI28.02 from Streptomyces + coelicolor (410 aa), FASTA scores: opt: 1209, E(): 3e-62, + (51.75% identity in 400 aa overlap); Q9HUK|PA4960 from + Pseudomonas aeruginosa (429 aa), FASTA scores: opt: 704, + E(): 3.1e-33, (40.95% identity in 393 aa overlap); + O28142|SERB_ARCTU|AF2138 from Archaeoglobus fulgidus (344 + aa), FASTA scores: opt: 671, E(): 2e-31, (37.25% identity + in 325 aa overlap); and P06862|SERB_ECOLI (322 aa), FASTA + scores: opt: 628, E(): 5.7e-29, (46.8% identity in 235 aa + overlap). BELONGS TO THE SERB FAMILY. Protein product from + Mb3068c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3068c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE SERB2 (PSP) + (O-PHOSPHOSERINE PHOSPHOHYDROLASE) (PSPASE)" + /protein_id="SIU01693.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y9" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR023190" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y9" + /translation="MPAKVSVLITVTGMDQPGVTSALFEVLAQHGVELLNVEQVVIRG + RLTLGVLVSCPLDVADGTALRDDVASAIHGVGLDVAIERSDDLPIIRQPSTHTIFVLG + RPITAGAFSAVAREVAALGVNIDFIRGISDYPVTGLELRVSVPPGCVGPLQIALTKVA + AEEHVDVAVEDYGLAWRTKRLIVFDVDSTLVQGEVIEMLAARAGAQGQVAAITEAAMR + GELDFAESLQRRVATLAGLPATVIDDVAEQLELMPGARTTIRTLRRLGFRCGVVSGGF + RRIIEPLARELMLDFVASNELEIVDGILTGRVVGPIVDRPGKAKALRDFASQYGVPME + QTVAVGDGANDIDMLGAAGLGIAFNAKPALREVADASLSHPYLDTVLFLLGVTRGEIE + AADAGDCGVRRVEIPAD" + gene complement(3364172..3365893) + /gene="ctaD" + /locus_tag="BQ2027_MB3069C" + CDS complement(3364172..3365893) + /gene="ctaD" + /locus_tag="BQ2027_MB3069C" + /note="Mb3069c, ctaD, len: 573 aa. Equivalent to Rv3043c, + len: 573 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 573 aa overlap). Probable ctaD, + integral membrane cytochrome C oxidase polypeptide I (EC + 1.9.3.1), equivalent to Q9CBQ5|ML1728 from Mycobacterium + leprae (574 aa), FASTA scores: opt: 3738, E(): 3.8e-216, + (95.4% identity in 566 aa overlap). Also similar to other + CYTOCHROME C OXIDASES POLYPEPTIDE I e.g. Q9AEL9|CTAD from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (584 + aa), FASTA scores: opt: 3065, E(): 6.8e-176, (72.65% + identity in 567 aa overlap); Q9X813|SC6G10.28c from + Streptomyces coelicolor (578 aa), FASTA scores: opt: 2888, + E(): 2.6e-165, (71.7% identity in 544 aa overlap); + Q9K451|CTAD from Streptomyces coelicolor (573 aa), FASTA + scores: opt: 2757, E(): 1.8e-157, (70.2% identity in 537 + aa overlap). Contains PS00077 Cytochrome c oxidase subunit + I, copper B binding region signature. BELONGS TO THE + HEME-COPPER RESPIRATORY OXIDASE FAMILY. Protein product + from Mb3069c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3069c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I CTAD + (CYTOCHROME AA3 SUBUNIT 1)" + /protein_id="SIU01694.1" + /db_xref="GOA:P63853" + /db_xref="InterPro:IPR000883" + /db_xref="InterPro:IPR014241" + /db_xref="InterPro:IPR023615" + /db_xref="InterPro:IPR023616" + /db_xref="InterPro:IPR036927" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63853" + /translation="MTAEAPPLGELEAIRPYPARTGPKGSLVYKLITTTDHKMIGIMY + CVACISFFFIGGLLALLMRTELAAPGLQFLSNEQFNQLFTMHGTIMLLFYATPIVFGF + ANLVLPLQIGAPDVAFPRLNAFSFWLFVFGATIGAAGFITPGGAADFGWTAYTPLTDA + IHSPGAGGDLWIMGLIVAGLGTILGAVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNIMVTSI + LILIAFPLLTAALFGLAADRHLGAHIYDAANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFG + IVSEIFPVFSRKPIFGYTTLVYATLSIAALSVAVWAHHMFATGAVLLPFFSFMTYLIA + VPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFMVTFLLGGLTGVLLASPPLDFHVTDSY + FVVAHFHYVLFGTIVFATFAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQH + WLGDEGMPRRYADYLPTDGFQGLNVVSTIGAFILGASMFPFVWNVFKSWRYGEVVTVD + DPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERLRAEAHVGRHHDE + PAMVTSS" + gene 3366108..3367187 + /gene="fecB" + /locus_tag="BQ2027_MB3070" + CDS 3366108..3367187 + /gene="fecB" + /locus_tag="BQ2027_MB3070" + /note="Mb3070, fecB, len: 359 aa. Equivalent to Rv3044, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable fecB, FeIII + dicitrate-binding periplasmic lipoprotein (see citation + below), equivalent to Q9CBQ4|FECB|ML1729 PUTATIVE + FEIII-DICITRATE TRANSPORTER LIPOPROTEIN from Mycobacterium + leprae (364 aa), FASTA scores: opt: 1816, E(): 1.1e-96, + (75.65% identity in 357 aa overlap); and Q9LA57|FECB from + M. avium (364 aa), FASTA scores: opt: 1769, E(): 5.1e-94. + Similar to many periplasmic FeIII-dicitrate transporters + e.g. P72593|FECB|SLR1319 from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (315 aa), FASTA scores: opt: 459, E(): 3.6e-19, + (31.35% identity in 303 aa overlap); and + P72611|FECB|SLR1492 from Synechocystis sp. strain PCC + 6803. N-terminus longer (approximatively 30 aa) to + AAK47459 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (327 aa). Has signal peptide and appropriately positioned + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Protein product from Mb3070 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3070 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FEIII-DICITRATE-BINDING PERIPLASMIC + LIPOPROTEIN FECB" + /protein_id="SIU01695.1" + /db_xref="InterPro:IPR002491" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V9" + /translation="MRSTVAVAVAAAVIAASSGCGSDQPAHKASQSMITPTTQIAGAG + VLGNDRKPDESCARAAAAADPGPPTRPAHNAAGVSPEMVQVPAEAQRIVVLSGDQLDA + LCALGLQSRIVAAALPNSSSSQPSYLGTTVHDLPGVGTRSAPDLRAIAAAHPDLILGS + QGLTPQLYPQLAAIAPTVFTAAPGADWENNLRGVGAATARIAAVDALITGFAEHATQV + GTKHDATHFQASIVQLTANTMRVYGANNFPASVLSAVGVDRPPSQRFTDKAYIEIGTT + AADLAKSPDFSAADADIVYLSCASEAAAERAAVILDSDPWRKLSANRDNRVFVVNDQV + WQTGEGMVAARGIVDDLRWVDAPIN" + gene 3367257..3368297 + /gene="adhC" + /locus_tag="BQ2027_MB3071" + CDS 3367257..3368297 + /gene="adhC" + /locus_tag="BQ2027_MB3071" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3071, adhC, len: 346 aa. Equivalent to Rv3045, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Probable adhC, + NADP-dependent alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.2), + equivalent to Q9CBQ3|ADHA|ML1730 ALCOHOL DEHYDROGENASES + from Mycobacterium leprae (362 aa), FASTA scores: opt: + 1982, E(): 1.3e-111, (85.85% identity in 346 aa overlap); + Q9AE96|ADHC from Mycobacterium smegmatis (348 aa), FASTA + scores: opt: 1808, E(): 3.4e-101, (78.95% identity in 347 + aa overlap); Q9EWF1|SCK13.33c PUTATIVE DEHYDROGENASE from + Streptomyces coelicolor (346 aa), FASTA scores: opt: 1508, + E(): 3.3e-83, (64.45% identity in 346 aa overlap); + O06007|ADHA from Bacillus subtilis (349 aa), FASTA scores: + opt: 1412, E(): 1.9e-77, (61.8% identity in 335 aa + overlap); etc. Contains PS00059 Zinc-containing alcohol + dehydrogenases signature. BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING + ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY. HIGH SIMILARITY WITH OTHER + BACTERIAL ADH'S. Protein product from Mb3071 detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3071 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE + ADHC" + /protein_id="SIU01696.1" + /db_xref="GOA:P0A4X1" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4X1" + /translation="MSTVAAYAAMSATEPLTKTTITRRDPGPHDVAIDIKFAGICHSD + IHTVKAEWGQPNYPVVPGHEIAGVVTAVGSEVTKYRQGDRVGVGCFVDSCRECNSCTR + GIEQYCKPGANFTYNSIGKDGQPTQGGYSEAIVVDENYVLRIPDVLPLDVAAPLLCAG + ITLYSPLRHWNAGANTRVAIIGLGGLGHMGVKLGAAMGADVTVLSQSLKKMEDGLRLG + AKSYYATADPDTFRKLRGGFDLILNTVSANLDLGQYLNLLDVDGTLVELGIPEHPMAV + PAFALALMRRSLAGSNIGGIAETQEMLNFCAEHGVTPEIELIEPDYINDAYERVLASD + VRYRFVIDISAL" + gene complement(3368286..3368660) + /locus_tag="BQ2027_MB3072C" + CDS complement(3368286..3368660) + /locus_tag="BQ2027_MB3072C" + /note="Mb3072c, -, len: 124 aa. Equivalent to Rv3046c, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + mycobacterial proteins e.g. Q50171|ML2258 U296W + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (100 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 7.6e-06, (35.9% identity in + 103 aa overlap); and O06409|Rv0543c|MTCY25D10.22c from + Mycobacterium tuberculosis (100 aa), FASTA scores: opt: + 192, E(): 1e-05, (34.7% identity in 98 aa overlap). + Protein product from Mb3072c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3072c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01697.1" + /db_xref="InterPro:IPR021784" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y345" + /translation="MTKTFSHPHFFRSVLRWLQVGYPEGVPGPDRVALLSLLRSTPLT + EEQIGEVVRHFTENGSPAVADRVIDRDEIAEFISEVTHHDAGPENIQRVAGILAAAGW + PLAGVDVGESESGSDRAPASQG" + gene complement(3368994..3369278) + /locus_tag="BQ2027_MB3073C" + CDS complement(3368994..3369278) + /locus_tag="BQ2027_MB3073C" + /note="Mb3073c, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv3047c, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3073c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01698.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C6" + /translation="MGGPFDADAEAHFDEVAEAFAKLTNVDRDVGVDLEKELCMTVEA + DDRSDALVTRRLLPRVPRCIPLAARLAPGTIGCPSFWNPIATGGASRQAL" + gene complement(3369376..3370350) + /gene="nrdF2" + /locus_tag="BQ2027_MB3074C" + CDS complement(3369376..3370350) + /gene="nrdF2" + /locus_tag="BQ2027_MB3074C" + /standard_name="nrdG" + /note="Mb3074c, nrdF2, len: 324 aa. Equivalent to Rv3048c, + len: 324 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 324 aa overlap). nrdF2, + ribonucleoside-diphosphate reductase, beta chain (EC + 1.17.4.1) (see citation below), equivalent to + Q9CBQ2|RIR2_MYCL|NRDF|ML1731 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE + REDUCTASE BETA CHAIN from Mycobacterium leprae (325 aa), + FASTA scores: opt: 2009, E(): 1.3e-123, (93.5% identity in + 324 aa overlap). Also similar to other + ribonucleoside-diphosphate reductases e.g. Q9XD62|NRDF + from Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) + (334 aa), FASTA scores: opt: 1648, E(): 4.2e-100, (78.35% + identity in 314 aa overlap); O69274|NRDF from + Corynebacterium ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) + (329 aa), FASTA scores: opt: 1626, E(): 1.1e-98, (75.3% + identity in 320 aa overlap); P37146|NRDF|B2676 from + Escherichia coli (319 aa), FASTA scores: opt: 1569, E(): + 5.7e-95, (71.3% identity in 317 aa overlap). Contains + PS00368 Ribonucleotide reductase small subunit signature. + BELONGS TO THE RIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE REDUCTASE SMALL + CHAIN FAMILY. COFACTOR: BINDS 2 IRON IONS (BY SIMILARITY). + Note that previously known as nrdG. Protein product from + Mb3074c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3074c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE (BETA + CHAIN) NRDF2 (RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL SUBUNIT) (R2F + PROTEIN)" + /protein_id="SIU01699.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Y4" + /db_xref="InterPro:IPR000358" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012348" + /db_xref="InterPro:IPR026494" + /db_xref="InterPro:IPR030475" + /db_xref="InterPro:IPR033909" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Y4" + /translation="MTGNAKLIDRVSAINWNRLQDEKDAEVWDRLTGNFWLPEKVPVS + NDIPSWGTLTAGEKQLTMRVFTGLTMLDTIQGTVGAVSLIPDALTPHEEAVLTNIAFM + ESVHAKSYSQIFSTLCSTAEIDDAFRWSEENRNLQRKAEIVLQYYRGDEPLKRKVAST + LLESFLFYSGFYLPMYWSSRAKLTNTADMIRLIIRDEAVHGYYIGYKFQRGLALVDDV + TRAELKDYTYELLFELYDNEVEYTQDLYDEVGLTEDVKKFLRYNANKALMNLGYEALF + PRDETDVNPAILSALSPNADENHDFFSGSGSSYVIGKAVVTEDDDWDF" + gene complement(3370481..3372055) + /locus_tag="BQ2027_MB3075C" + CDS complement(3370481..3372055) + /locus_tag="BQ2027_MB3075C" + /note="Mb3075c, -, len: 524 aa. Equivalent to Rv3049c, + len: 524 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 524 aa overlap). Probable + monooxygenase (EC 1.-.-.-), similar to several + monooxygenases e.g. Q9I3H5|PA1538 PROBABLE + FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE from Pseudomonas + aeruginosa (527 aa), FASTA scores: opt: 1577, E(): + 3.9e-90, (47.3% identity in 501 aa overlap); + Q9RKB5|SCE87.23c MONOOXYGENASE from Streptomyces + coelicolor (519 aa), FASTA scores: opt: 1522, E(): + 9.8e-87, (47.4% identity in 485 aa overlap); Q9I218|PA2097 + PROBABLE FLAVIN-BINDING MONOOXYGENASE from Pseudomonas + aeruginosa (491 aa), FASTA scores: opt: 1366, E(): + 4.2e-77, (43.75% identity in 489 aa overlap); etc. Also + similar to Q10532|Rv0892|Y892_MYCTU|MT0916|MTCY31.20 + PROBABLE MONOOXYGENASE (EC 1.14.13.-) from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (495 aa), FASTA scores: opt: + 1147, E(): 1.5e-63, (38.0% identity in 479 aa overlap). + Protein product from Mb3075c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3075c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE" + /protein_id="SIU01700.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y300" + /db_xref="InterPro:IPR020946" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y300" + /translation="MSIADTAAKPSTPSPANQPPVRTRAVIIGTGFSGLGMAIALQKQ + GVDFVILEKADDVGGTWRDNTYPGCACDIPSHLYSFSFEPKADWKHLFSYWDEILGYL + KGVTDKYGLRRYIEFNSLVDRGYWDDDECRWHVFTADGREYVAQFLISGAGALHIPSF + PEIAGRDEFAGPAFHSAQWDHSIDLTGKRVAIVGTGASAIQIVPEIVGQVAELQLYQR + TPPWVVPRTNEELPVSLRRALRTVPGLRALLRLGIYWAQEALAYGMTKRPNTLKIIEA + YAKYNIRRSVKDRELRRKLTPRYRIGCKRILNSSTYYPAVADPKTELITDRIDRITHD + GIVTADGTGREVFREADVIVYATGFHVTDSYTYVQIKGRHGEDLVDRWNREGIGAHRG + ITVANMPNLFFLLGPNTGLGHNSVVFMIESQIHYVADAIAKCDRMGVQALAPTREAQD + RFNQELQRRLAGSVWNSGGCRSWYLDEHGKNTVLWCGYTWQYWLTTRSVNPAEYRFFG + IGNGLSSDRATVAAAN" + gene complement(3372189..3372929) + /locus_tag="BQ2027_MB3076C" + CDS complement(3372189..3372929) + /locus_tag="BQ2027_MB3076C" + /note="Mb3076c, -, len: 246 aa. Equivalent to Rv3050c, + len: 246 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 246 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein tetR-family, equivalent + but shorter to Q9CBQ1|ML1733 from Mycobacterium leprae + (275 aa), FASTA scores: opt: 1381,(E): 2.7e-79, (86.25% + identity in 240 aa overlap); AAK44712|MT0489 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (256 aa), FASTA + scores: opt: 328,(E): 1.8e-13, (30.75% identity in 234 aa + overlap); etc. Also some similarity to + O53757|Rv0472c|MTV038.16c. Alternative starts possible at + 68052 or 67923. Has potential helix-turn-helix motif at + positons 51-72. Protein product from Mb3076c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3076c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY ASNC-FAMILY)" + /protein_id="SIU01701.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Z4" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z4" + /translation="MVRIPRPHPSAKPGVKVDARSERWREHRKKVRNEIVDAAFRAID + RLGPELSVRQIAEEAGTAKPKIYRHFTDKSDLLEAIGMRLRDMLWAAIFPSLDLATDS + AREVIRRSVEEYVNLVDQHPNVLRVFIQGRSAKQSEATVRTLNEGREITLAMAEMFNN + ELREMELNRAALELAAFAAFGSAASATEWWLGPEPDSPRRMPREQFVAHLTTIMMGVI + VGTAEALGIAVDPDQPIHDAVPNNPAVR" + gene complement(3373057..3375138) + /gene="nrdE" + /locus_tag="BQ2027_MB3077C" + CDS complement(3373057..3375138) + /gene="nrdE" + /locus_tag="BQ2027_MB3077C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3077c, nrdE, len: 693 aa. Equivalent to Rv3051c, + len: 693 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 693 aa overlap). nrdE, + ribonucleotide-diphosphate reductase, alpha chain (EC + 1.17.4.1) (see citations below), equivalent to + Q9CBQ0|NRDE|ML1734 from Mycobacterium leprae (693 aa), + FASTA scores: opt: 4259,E(): 0, (93.2% identity in 693 aa + overlap). Similar to other Ribonucleoside-diphosphate + reductases e.g. Q9XD63|NRDE from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (707 aa), FASTA scores: + opt: 3683,E(): 0, (79.35% identity in 693 aa overlap); + O69273|NRDE from Corynebacterium ammoniagenes + (Brevibacterium ammoniagenes) (720 aa), FASTA scores: opt: + 3555, E(): 1.7e-214, (76.1% identity in 694 aa overlap); + P39452|NRDE|B2675 from Escherichia coli (713 aa), FASTA + scores: opt: 3430, E(): 1.1e-206, (73.6% identity in 693 + aa overlap); etc. Equivalent to AAK47468|MT3137 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (725 aa) but + shorter in N-terminus. Contains PS00089 Ribonucleotide + reductase large subunit signature. BELONGS TO THE + RIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE REDUCTASE LARGE CHAIN FAMILY. + Protein product from Mb3077c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3077c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ribonucleoside-diphosphate reductase (alpha + chain) nrde (ribonucleotide reductase small subunit) (r1f + protein)" + /protein_id="SIU01702.1" + /db_xref="GOA:P0A5W9" + /db_xref="InterPro:IPR000788" + /db_xref="InterPro:IPR008926" + /db_xref="InterPro:IPR013346" + /db_xref="InterPro:IPR013509" + /db_xref="InterPro:IPR013554" + /db_xref="InterPro:IPR026459" + /db_xref="InterPro:IPR039718" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5W9" + /translation="MLNLYDADGKIQFDKDREAAHQYFLQHVNQNTVFFHNQDEKLDY + LIRENYYEREVLDQYSRNFVKTLLDRAYAKKFRFPTFLGAFKYYTSYTLKTFDGKRYL + ERFEDRVVMVALTLAAGDTALAELLVDEIIDGRFQPATPTFLNSGKKQRGEPVSCFLL + RVEDNMESIGRSINSALQLSKRGGGVALLLTNIREHGAPIKNIENQSSGVIPIMKLLE + DAFSYANQLGARQGAGAVYLHAHHPDIYRFLDTKRENADEKIRIKTLSLGVVIPDITF + ELAKRNDDMYLFSPYDVERVYGVPFADISVTEKYYEMVDDARIRKTKIKAREFFQTLA + ELQFESGYPYIMFEDTVNRANPIDGKITHSNLCSEILQVSTPSLFNEDLSYAKVGKDI + SCNLGSLNIAKTMDSPDFAQTIEVAIRALTAVSDQTHIKSVPSIEQGNNDSHAIGLGQ + MNLHGYLARERIFYGSDEGIDFTNIYFYTVLYHALRASNRIAIERGTHFKGFERSKYA + SGEFFDKYTDQIWEPKTQKVRQLFADAGIRIPTQDDWRRLKESVQAHGIYNQNLQAVP + PTGSISYINHSTSSIHPIVSKVEIRKEGKIGRVYYPAPYMTNDNLEYYEDAYEIGYEK + IIDTYAAATQHVDQGLSLTLFFKDTATTRDVNKAQIYAWRKGIKTLYYIRLRQMALEG + TEVEGCVSCML" + gene complement(3375204..3375656) + /gene="nrdI" + /locus_tag="BQ2027_MB3078C" + CDS complement(3375204..3375656) + /gene="nrdI" + /locus_tag="BQ2027_MB3078C" + /note="Mb3078c, nrdI, len: 150 aa. Equivalent to Rv3052c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 150 aa overlap). Probable nrdI, + equivalent to Q9CBP9|NRDI|ML1735 from Mycobacterium leprae + (138 aa), FASTA scores: opt: 765, E(): 3.8e-44, (79.7% + identity in 138 aa overlap), and similar to many NRDI + PROTEINS e.g. Q47415|NRDI_ECOLI|B2674 from Escherichia + coli (136 aa), FASTA scores: opt: 574, E(): 1.9e-31, + (62.2% identity in 135 aa overlap). BELONGS TO THE NRDI + FAMILY. Protein product from Mb3078c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3078c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NRDI PROTEIN" + /protein_id="SIU01703.1" + /db_xref="GOA:P65549" + /db_xref="InterPro:IPR004465" + /db_xref="InterPro:IPR020852" + /db_xref="InterPro:IPR029039" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65549" + /translation="MDIAGRSLVYFSSVSENTHRFVQKLGIPATRIPLHGRIEVDEPY + VLILPTYGGGRANPGLDAGGYVPKQVIAFLNNDHNRAQLRGVIAAGNTNFGAEFCYAG + DVVSRKCSVPYLYRFELMGTEDDVAAVRTGLAEFWKEQTCHQPSLQSL" + gene complement(3375691..3375930) + /gene="nrdH" + /locus_tag="BQ2027_MB3079C" + CDS complement(3375691..3375930) + /gene="nrdH" + /locus_tag="BQ2027_MB3079C" + /note="Mb3079c, nrdH, len: 79 aa. Equivalent to Rv3053c, + len: 79 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 79 aa overlap). Probable nrdH, + glutaredoxin-like protein, equivalent to + Q9CBP8|NRDH|ML1736 from Mycobacterium leprae (80 aa), + FASTA scores: opt: 478, E(): 2.7e-27, (91.15% identity in + 79 aa overlap), and similar to many glutaredoxin-like + proteins e.g. Q9XD65|NRDH from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (77 aa), FASTA scores: opt: 382, + E(): 1.5e-20, (72.35% identity in 76 aa overlap); and + Q56108|NRDH_SALTY from Salmonella typhimurium (81 aa), + FASTA scores: opt: 243, E(): 9.9e-11, (45.85% identity in + 72 aa overlap). BELONGS TO THE GLUTAREDOXIN FAMILY. + Protein product from Mb3079c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3079c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAREDOXIN ELECTRON TRANSPORT + COMPONENT OF NRDEF (GLUTAREDOXIN-LIKE PROTEIN) NRDH" + /protein_id="SIU01704.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y306" + /db_xref="InterPro:IPR002109" + /db_xref="InterPro:IPR011909" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y306" + /translation="MTVTVYTKPACVQCSATSKALDKQGIAYQKVDISLDSEARDYVM + ALGYLQAPVVVAGNDHWSGFRPDRIKALAGAALTA" + gene complement(3376393..3376947) + /locus_tag="BQ2027_MB3080C" + CDS complement(3376393..3376947) + /locus_tag="BQ2027_MB3080C" + /note="Mb3080c, -, len: 184 aa. Equivalent to Rv3054c, + len: 184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 184 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9RD22|SCM1.21 PUTATIVE + SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (187 aa), + FASTA scores: opt: 651, E(): 1.5e-33, (56.8% identity in + 175 aa overlap). Also shares similarity with other + hypothetical proteins and Chromate reductases e.g. + AAK56853|CHRR from Pseudomonas putida (186 aa), FASTA + scores: opt: 339, E(): 3.3e-14, (38.75% identity in 160 aa + overlap). Contains aminotransferases class-II + pyridoxal-phosphate attachment site (PS00599) near + C-terminus. Protein product from Mb3080c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NADPH:quinone oxidoreductase" + /protein_id="SIU01705.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W7" + /db_xref="InterPro:IPR005025" + /db_xref="InterPro:IPR029039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W7" + /translation="MSDTKSDIKILALVGSLRAASFNRQIAELAAKVAPDGVTVTMFE + GLGDLPFYNEDIDTATEVPAPVSALREAASDAHAALVVTPEYNGSIPAVIKNAIDWLS + RPFGDGALKDKPLAVIGGSMGRYGGVWAHDETRKSFSIAGTRVVDAIKLSVPFQTLGK + SVADDAGLAANVRDAVGNLAAEVG" + gene 3377039..3377653 + /locus_tag="BQ2027_MB3081" + CDS 3377039..3377653 + /locus_tag="BQ2027_MB3081" + /note="Mb3081, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv3055, len: + 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, similar to + Q9RD23|SCM1.20c PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (234 aa), FASTA + scores: opt: 471, E(): 4.6e-23, (44.9% identity in 187 aa + overlap); and with low similarity to other e.g. + Q9ADK8|2SCK31.12 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (198 aa), FASTA + scores: opt: 208, 2.5e-06, (32.9% identity in 155 aa + overlap); Q9ADD9|SCBAC20F6.11c PUTATIVE TETR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL from Streptomyces coelicolor (199 aa), + FASTA scores: opt: 182, E(): 0.00012, (31.0% identity in + 184 aa overlap). Contains potential helix-turn-helix motif + from aa 48 to 69 (+3.42 SD). SO MAY BELONG TO THE + TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb3081 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3081 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01706.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Q9" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q9" + /translation="MSGAERLGDLPVFARQEPVPERGDAARNRALLLEAARRLIARSG + ADAITMDDVAAAAGVGKGTLFRRFGSRAGLMMVLLDEDERASQQAFLFGPPPLGPDAP + PLDRLIAFGRERMRFVHAHHQLLSEANRDPQTRHSAALSVLRTHLRVLLASAPTTGDL + DAQTDALLALLDVDYVEHQLNAGGHTLQTLGDAWESLARKLCGR" + gene 3377663..3378703 + /gene="dinP" + /locus_tag="BQ2027_MB3082" + CDS 3377663..3378703 + /gene="dinP" + /locus_tag="BQ2027_MB3082" + /note="Mb3082, dinP, len: 346 aa. Equivalent to Rv3056, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Possible dinP, + DNA-damage-inducible protein, similar to other e.g. + AAK45855|MT1589 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (485 aa), FASTA scores: opt: 620, E(): 6.1e-32, + (37.2% identity in 344 aa overlap); BAB49140|MLR1877 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (415 aa), FASTA + scores: opt: 533, E(): 1.8e-26, (34.35% identity in 358 aa + overlap); and BAB54888|MLL9709 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (361 aa), FASTA scores: opt: 532, + E(): 1.8e-26, (35.35% identity in 348 aa overlap). + Extensive similarity to proteins induced by DNA damage + such as dinP, mucB, umuC. Mb3082 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dna-damage-inducible protein p dinp + (dna polymerase v) (pol iv 2) (dna nucleotidyltransferase + (dna-directed))" + /protein_id="SIU01707.1" + /db_xref="GOA:P63988" + /db_xref="InterPro:IPR001126" + /db_xref="InterPro:IPR017961" + /db_xref="InterPro:IPR022880" + /db_xref="InterPro:IPR036775" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63988" + /translation="MPTAAPRWILHVDLDQFLASVELLRHPELAGLPVIVGGNGDPTE + PRKVVTCASYEARAYGVRAGMPLRTAARRCPEATFLPSNPAAYNAASEEVVALLRDLG + YPVEVWGWDEAYLAVAPGTPDDPIEVAEEIRKVILSQTGLSCSIGISDNKQRAKIATG + LAKPAGIYQLTDANWMAIMGDRTVEALWGVGPKTTKRLAKLGINTVYQLAHTDSGLLM + STFGPRTALWLLLAKGGGDTEVSAQAWVPRSRSHAVTFPRDLTCRSEMESAVTELAQR + TLNEVVASSRTVTRVAVTVRTATFYTRTKIRKLQAPSTDPDVITAAARHVLDLFELDR + PVRLLGVRLELA" + gene complement(3378757..3379620) + /locus_tag="BQ2027_MB3083C" + CDS complement(3378757..3379620) + /locus_tag="BQ2027_MB3083C" + /note="Mb3083c, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv3057c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 287 aa overlap). Probable + oxidoreductase, probably short-chain alcohol + dehydrogenase/reductase (EC 1.1.-.-). Equivalent to + Q9CBP7|ML1740 POSSIBLE SHORT CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASE from Mycobacterium leprae (312 + aa), FASTA scores: opt: 1563, E(): 6e-89, (81.8% identity + in 280 aa overlap). Also similar to many oxidoreductases + e.g. Q9ZBX8|SCD78.21c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (585 aa), FASTA scores: opt: 541, + E(): 6.7e-26, (37.25% identity in 263 aa overlap); + AAK47506|MT3170 OXIDOREDUCTASE, SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (276 aa), FASTA scores: opt: + 521, E(): 6.1e-25, (36.25% identity in 276 aa overlap); + AAK45541|MT1283 OXIDOREDUCTASE, SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (276 aa), FASTA scores: opt: + 471, E(): 7.2e-22, (32.4% identity in 281 aa overlap). + Also similar to O50460|Rv1245c|MTV006.17C DEHYDROGENASE + (276 aa). Contains short-chain alcohol dehydrogenase + family signature (PS00061). MAY BELONG TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb3083c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3083c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT CHAIN ALCOHOL + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU01708.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D4" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D4" + /translation="MLQRGAGQYFAGKRCFVTGAASGIGRATALRLAAQGAELYLTDR + DRDGLAQTVCDARALGAQVPEHRVLDVSDYQDVAAFAADIHARHPSMDVVLNIAGVSA + WGTVDQLTHDQWSRMVAINLMGPIHVIETLVPPMVAAGRGGHLVNVSSAAGLVGLPWH + AAYSASKYGLRGLSEVLRFDLARHGIGVSVVVPGAVKTPLVNTVEIAGVDRDDPRVNR + WVERFSGHAVTPEKAADKILAGVTRNRYLVYTSADIRALYAFKRYAWWPYTLVMRRVN + VFFTRALRPGP" + gene complement(3379684..3380334) + /locus_tag="BQ2027_MB3084C" + CDS complement(3379684..3380334) + /locus_tag="BQ2027_MB3084C" + /note="Mb3084c, -, len: 216 aa. Equivalent to Rv3058c, + len: 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, tetR-family, showing + reasonable similarity to others e.g. AAK48337|MT3970 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (216 aa), FASTA + scores: opt: 261, E(): 2.8e-10, (31.7% identity in 221 aa + overlap); Q49962|ML1070|U1756B from Mycobacterium leprae + (217 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 1.8e-08, (27.2% + identity in 195 aa overlap); Q9CDD3|ML0064 from + Mycobacterium leprae (214 aa), FASTA scores: opt: 199, + E(): 3.6e-06, (25.65% identity in 195 aa overlap); + O66121|CPRS from Streptomyces coelicolor (215 aa), FASTA + scores: opt: 183, E(): 4.2e-05, (26.0% identity in 196 aa + overlap). Equivalent to AAK47476|MT3144 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (237 aa) but N-terminus + shorter 21 residues. Start was predicted by TBparse but + alternatives (ATG) are possible. COULD BELONG TO THE + TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb3084c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3084c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01709.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Z1" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z1" + /translation="MTSHAADEKQAAPPMRRRGDRHRQAILRAARELLEETPFAELSV + RAISLRAGVARSGFYFYFDSKYSVLAQILAEATEELEEASQHFSARQPGESPEQFVNR + MIGSVAAVYANNDPVLRACNAARQSDMEIRDILERQFQVLLRETIGVFEAEVKAGTAH + PISEDLPTLVRTLAATTALMLTGDALLVGPDSDAARRVRVLEQMWLNALWGGGKAP" + gene 3380450..3381928 + /gene="cyp136" + /locus_tag="BQ2027_MB3085" + CDS 3380450..3381928 + /gene="cyp136" + /locus_tag="BQ2027_MB3085" + /note="Mb3085, cyp136, len: 492 aa. Equivalent to Rv3059, + len: 492 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 492 aa overlap). Probable cyp136, + cytochrome P450 136 (EC 1.14.-.-), similar to other + cytochrome P450-dependent oxidases e.g. + Q59990|CYP120|CYP|SLR0574 PUTATIVE CYTOCHROME P450 120 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (444 aa), FASTA + scores: opt: 579, E(): 1.5e-29, (27.3% identity in 443 aa + overlap); Q64654|CYP51|CP51_RAT CYTOCHROME P450 51 (EC + 1.14.14.-) (LANOSTEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE) from Rattus + norvegicus (Rat) (503 aa), FASTA scores: opt: 549, E(): + 1.4e-27, (26.2% identity in 458 aa overlap); Q9JIY3|CYP51 + LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE from Mus musculus (Mouse) + (486 aa), FASTA scores: opt: 546, E(): 2.1e-27, (25.75% + identity in 458 aa overlap). Contains cytochrome P450 + cysteine heme-iron ligand signature (PS00086). BELONGS TO + THE CYTOCHROME P450 FAMILY. Protein product from Mb3085 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3085 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 136 CYP136" + /protein_id="SIU01710.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y314" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002403" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y314" + /translation="MATIHPPAYLLDQAKRRFTPSFNNFPGMSLVEHMLLNTKFPEKK + LAEPPPGSGLKPVVGDAGLPILGHMIEMLRGGPDYLMFLYKTKGPVVFGDSAVLPGVA + ALGPDAAQVIYSNRNKDYSQQGWVPVIGPFFHRGLMLLDFEEHMFHRRIMQEAFVRSR + LAGYLEQMDRVVSRVVADDWVVNDARFLVYPAMKALTLDIASMVFMGHEPGTDHELVT + KVNKAFTITTRAGNAVIRTSVPPFTWWRGLRARELLENYFTARVKERREASGNDLLTV + LCQTEDDDGNRFSDADIVNHMIFLMMAAHDTSTSTATTMAYQLAAHPEWQQRCRDESD + RHGDGPLDIESLEQLESLDLVMNESIRLVTPVQWAMRQTVRDTELLGYYLPKGTNVIA + YPGMNHRLPEIWTDPLTFDPERFTEPRNEHKRHRYAFTPFGGGVHKCIGMVFGQLEIK + TILHRLLRRYRLELSRPDYQPRWDYSAMPIPMDGMPIVLRPR" + gene complement(3382699..3384171) + /locus_tag="BQ2027_MB3086C" + CDS complement(3382699..3384171) + /locus_tag="BQ2027_MB3086C" + /note="Mb3086c, -, len: 490 aa. Equivalent to Rv3060c, + len: 490 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 490 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, showing reasonable + similarity to several members of the GntR family e.g. + BAB54431|MLL8575 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (247 aa), FASTA scores: opt: 274, E(): 3.5e-10, (30.35% + identity in 224 aa overlap); P96570|ESMR from Burkholderia + cepacia (Pseudomonas cepacia) (277 aa), FASTA scores: opt: + 229, E(): 2.8e-07, (25.85% identity in 240 aa overlap); + Q9S276|SCI28.07 from Streptomyces coelicolor (230 aa), + FASTA scores: opt: 211, E(): 3.4e-06, (27.25% identity in + 220 aa overlap); etc. Seems to have two domains: residues + 1-260 resemble UxuR, and 260-490 resemble PdhR, ExuR, etc. + Contains bacterial regulatory proteins, GntR family + signature (PS00043). Helix-turn-helix motif (+3.13 SD) at + aa 38-59. SEEMS TO BELONG TO THE GNTR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb3086c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY GNTR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01711.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y304" + /db_xref="InterPro:IPR000524" + /db_xref="InterPro:IPR008920" + /db_xref="InterPro:IPR011711" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y304" + /translation="MSTEPDAVWTDKRASKIARRIEADIVRRGWPIGASLGSESALQQ + RFCVSRSVLREAVRLVEHHQVARMRRGPNGGLFICEPNAGPATRAVVIYLEYLGTTIG + DLLGARLVLEPLAASLAAEHIDEPGIERLRAVLRAEERWRPGLPPPPEQFYRVLAEQS + KNPVLQLFIDILMRLTKRYVQKSGTQSAGEAVEAAGQVHNEHSDIVAAVTAGDSAWAK + TLSERHVEAVAGWLQQHQRGNDAAVRNGGRAREPRRAQQLILGAPRGKLAEVLAATIG + DDIAASGWQVGSVFGTETALLERYQVSRAVLREAVRLLEYHAIAHMRRGPGGGLVVTT + PQPQASIDTIALYLQYRKPSREDLRCVRDAIEIDNVAKVVKRRSEPEVASFLDTLGRP + RLDNPTDDVRAAAVEEFRFHVGLARAAGNTMLDLFLLILVELFRRHLSSTEQALPTWS + DVVAVGHAHVRILEAIGSGDDSLARCRTRRHLDAAASWWL" + gene complement(3384220..3386022) + /gene="fadE22b" + /locus_tag="BQ2027_MB3087C" + CDS complement(3384220..3386022) + /gene="fadE22b" + /locus_tag="BQ2027_MB3087C" + /note="Mb3087c, fadE22b, len: 600 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3061c, len: 721 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 600 aa overlap). + Probable fadE22, Acyl-CoA Dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. AAK44503|MT0284 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (731 aa), FASTA scores: opt: + 1804, E(): 1.1e-101, (43.45% identity in 743 aa overlap); + AAK48037|MT3678 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (711 aa), FASTA scores: opt: 1630, E(): 3.9e-91, + (42.55% identity in 733 aa overlap); and extensive + similarity in C-terminal part to many acyl-CoA + dehydrogenases e.g. Q9A5G9|CC2478 from Caulobacter + crescentus (407 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 4.8e-39, + (36.7% identity in 376 aa overlap). Also similar to many + hypothetical proteins. COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, fadE22 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-c) splits fadE22 into 2 parts, + fadE22a and fadE22b. Protein product from Mb3087c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3087c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE22b [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU01712.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y2Z8" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y2Z8" + /translation="MGLDSQVQVTDGVADGEAGIVLGAGLAELLLVAAGDDVLVLERG + RKGVSVDVPENFDPTRRSGRVRLDNVRVTTDDILLGAYESALARARTLLAAEAVGGAA + DCVDSAVAYAKVRQQFGRTIATFQAVKHHCANMLVAAESAIAAVWDAARAAAEDEEQF + RLAAAVAAALAFPAYARNAELNIQVHGGIGFTWEHDAHLHLRRALVTVGLFGGDAPVR + DVFERTAAGVTRAISLDLPAQAEELRARIRSDAAEIAALEKDAQRDKLIETGYVMPHW + PRPWGRAAGAVEQLVIEEEFSAAGIERPDYSITGWVILTLIQHGTPWQIERFVEKALR + QQEIWCQLFSEPDAGSDAASVKTRATRVEGGWKINGQKVWTSGAQYCARGLATVRTDP + DAPKHAGITTVIIDMLAPGVEVRPLRQITGDSEFNEVFFNDVFVPDEDVVGAPNSGWT + VARATLGNERVSIGGSGSYYEAMAAKLVQLVQRRSDAFAGAPIRVGAFLAEDHALRLL + NLRRAARSVEGAGPGPEGNITKLKVAEHMIEGAAIAAALWGPEIALLDGPGRVIGRTV + MGARGMAIAGGTSEVTRNQIAERILGMPRDPLIS" + gene complement(3386042..3386386) + /gene="fadE22a" + /locus_tag="BQ2027_MB3088C" + CDS complement(3386042..3386386) + /gene="fadE22a" + /locus_tag="BQ2027_MB3088C" + /note="Mb3088c, fadE22a, len: 114 aa. Equivalent to 5' end + of Rv3061c, len: 721 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 111 aa overlap). + Probable fadE22, Acyl-CoA Dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. AAK44503|MT0284 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (731 aa), FASTA scores: opt: + 1804, E(): 1.1e-101, (43.45% identity in 743 aa overlap); + AAK48037|MT3678 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (711 aa), FASTA scores: opt: 1630, E(): 3.9e-91, + (42.55% identity in 733 aa overlap); and extensive + similarity in C-terminal part to many acyl-CoA + dehydrogenases e.g. Q9A5G9|CC2478 from Caulobacter + crescentus (407 aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 4.8e-39, + (36.7% identity in 376 aa overlap). Also similar to many + hypothetical proteins. COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, fadE22 exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-c) splits fadE22 into 2 parts, + fadE22a and fadE22b. Mb3088c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE22a [FIRST + PART]" + /protein_id="SIU01713.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y307" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y307" + /translation="MGIALTDDHRELSGVARAFLTSQKVRWAARASLDAAGDARPPFW + QNLAELGWLGLHIDERHGGSGYGLSELVVVIEELGRAVAPGLFVPTVIASAVVAKEGT + DDQRARLLPGAD" + gene 3386543..3388066 + /gene="ligB" + /locus_tag="BQ2027_MB3089" + CDS 3386543..3388066 + /gene="ligB" + /locus_tag="BQ2027_MB3089" + /note="Mb3089, ligB, len: 507 aa. Equivalent to Rv3062, + len: 507 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 507 aa overlap). Probable ligB, DNA + ligase ATP-dependent (EC 6.5.1.1), highly similar to + numerous archaebacterial and eukaryotic polynucleotide DNA + ligases, e.g. Q9FCB1|DNLI_STRCO|LIG|2SCG58.02 from + Streptomyces coelicolor (512 aa), FASTA scores: opt: 1677, + E(): 2.5e-90, (55.65% identity in 512 aa overlap); + Q9HR35|DNLI_HALN1|LIG|VNG0881G from Halobacterium sp. + strain NRC-1 (561 aa), FASTA scores: opt: 985, E(): + 5.6e-50, (42.25% identity in 440 aa overlap); + Q9V185|DNLI_PYRAB|LIG|PAB2002 from Pyrococcus abyssi (559 + aa), FASTA scores: opt: 978, E(): 1.4e-49, (39.05% + identity in 443 aa overlap); etc. Also similar to + Rv3731|MTV025.079|LIGC POSSIBLE DNA LIGASE from M. + tuberculosis (358 aa). Similarity at N-terminus is poor so + first start codon was taken. Contains (PS00697) + ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site signature, and + (PS00017) ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS + TO THE ATP-DEPENDENT DNA LIGASE FAMILY. Protein product + from Mb3089 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3089 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable atp-dependent dna ligase ligb + (polydeoxyribonucleotide synthase [atp]) (polynucleotide + ligase [atp]) (sealase) (dna repair protein) (dna + joinase)" + /protein_id="SIU01714.1" + /db_xref="GOA:Q7TTR7" + /db_xref="InterPro:IPR000977" + /db_xref="InterPro:IPR012308" + /db_xref="InterPro:IPR012309" + /db_xref="InterPro:IPR012310" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR016059" + /db_xref="InterPro:IPR022865" + /db_xref="InterPro:IPR036599" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TTR7" + /translation="MLLHDVAITSMDVAATSSRLTKVARIAALLHRAAPDTQLVTIIV + SWLSGELPQRHIGVGWAALRSLPPPAPQPALTVTGVDATLSKIGTLSGKGSQAQRAAL + VAELFSAATEAEQTFLLRLLGGELRQGAKGGIMADAVAQAAGLPAATVQRAAMLGGDL + AAAAAAGLSGAALDTFTLRVGRPIGPMLAQTATSVHDALERHGGTTIFEAKLDGARVQ + IHRANDQVRIYTRSLDDVTARLPEVVEATLALPVRDLVADGEAIALCPDNRPQRFQVT + ASRFGRSVDVAAARATQPLSVFFFDILHRDGTDLLEAPTTERLAALDALVPARHRVDR + LITSDPTDAANFLDATLAAGHEGVMAKAPAARYLAGRRGAGWLKVKPVHTLDLVVLAV + EWGSGRRRGKLSNIHLGARDPATGGFVMVGKTFKGMTDAMLDWQTTRFHEIAVGPTDG + YVVQLRPEQVVEVALDGVQRSSRYPGGLALRFARVVRYRADKDPAEADTIDAVRALY" + gene 3388202..3390478 + /gene="cstA" + /locus_tag="BQ2027_MB3090" + CDS 3388202..3390478 + /gene="cstA" + /locus_tag="BQ2027_MB3090" + /note="Mb3090, cstA, len: 758 aa. Equivalent to Rv3063, + len: 758 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 758 aa overlap). Probable cstA, + integral membrane starvation-induced stress response + protein, similar to other e.g. P15078|CSTA_ECOLI|B0598 + from Escherichia coli strain K12 (701 aa), FASTA scores: + opt: 2357, E(): 9.5e-137, (51.25% identity in 712 aa + overlap); AAG54933|CSTA from Escherichia coli strain + O157:H7 EDL933 (701 aa), FASTA scores: opt: 2356, E(): + 1.1e-136, (51.1% identity in 712 aa overlap); etc. + Predicted to be membrane associated. Similarity suggests + start at GTG at 16801 in Y22D7 but no RBS obvious so + TBparse-predicted start at 16881 taken. BELONGS TO THE + CSTA FAMILY. Mb3090 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CARBON STARVATION PROTEIN A HOMOLOG + CSTA" + /protein_id="SIU01715.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W9" + /db_xref="InterPro:IPR003706" + /db_xref="InterPro:IPR025299" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W9" + /translation="MAAPTPSNRIEERSGHASCVRADADLPPVAILGRSPITLRHKIF + FVAVAVIGALAWTVVAFFRNEPVNAVWIVVAAGCTYIIGFRFYARLIEMKVVRPRDDH + ATPAEILDDGTDYVPTDRRVVFGHHFAAIAGAGPLVGPVLATQMGYLPSSIWIVVGAV + LAGCVQDYLVLWISVRRRGRSLGQMVRDELGATAGVAALVGIPVIITIVIAVLALVVV + RALAKSPWGVFSIAMTIPIAIFMGCYLRFLRPGRVSEVSLIGIGLLLLAVVSGDWVAH + TSWGAAWFSLSPVTLCWLLISYGFAASVLPVWLLLAPRDYLSTFMKVGTIALLAIGVC + AAHPIIEAPAVSKFAGSGNGPVFAGSLFPFLFITIACGALSGFHALICSGTTPKMLEK + EGQMRVIGYCGMMTESFVAVIALLTAAILDQHLYFTLNAPSLHTHDSAATAAKYVNGL + GLTGSPVTPDHISQAAASVGEQTIVSRTGGAPTLAFGMAEMLHRVVGGVGLKAFWYHF + AIMFEALFILTTVDAGTRAARFMISDALGNFGGVLRKLQNPSWRPGAWACSLVVVAAW + GSILLLGVTDPLGGINTLFPLFGIANQLLAGIAPTVITVVVIKKGRLKWAWIPGIPLL + WDLAVTLTASWQKIFSADPSVGYWTQHAHYAAAQHAGETAFGSATNADEINDVVRNTF + VQGTLSIVFVVVVVLVVVAGVIVALKTIRGRGIPLAEDDPAPSTLFAPAGLIPTAAER + KLQRRLGAPASASVAAPD" + gene complement(3390784..3391209) + /locus_tag="BQ2027_MB3091C" + CDS complement(3390784..3391209) + /locus_tag="BQ2027_MB3091C" + /note="Mb3091c, -, len: 141 aa. Equivalent to Rv3064c, + len: 141 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 141 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to many e.g. + Q9KY40|SCC8A.08 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (153 aa), FASTA scores: opt: 391, + E(): 2.4e-18, (48.45% identity in 130 aa overlap); + Q9K461|SC2H12.23c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (151 aa), FASTA scores: opt: 339, + E(): 5.1e-15, (46.7% identity in 124 aa overlap); + BAB48975|MLR1652 hypothetical protein from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (130 aa), FASTA scores: opt: 319, + E(): 8.7e-14, (41.45% identity in 123 aa overlap); + Q9JR31|NMA2196|NMB0291 CONSERVED HYPOTHETICAL INNER + MEMBRANE PROTEIN from Neisseria meningitidis serogroup A + and B (132 aa), FASTA scores: opt: 303, E(): 9.4e-13, + (43.65% identity in 126 aa overlap); etc. Mb3091c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01716.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R9" + /db_xref="InterPro:IPR032808" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R9" + /translation="MVKDLDRRLAGCLPAVLSLFRLVYGLLFAGYGSMILFGWPVTSA + QPVEFGSWPGWYAGVIELVAGLLIATGLFTRAVAFVASGEMAVAYFWMHQPYALWPIG + GPPDGNGGTPAILFCFGFFLLVFTGGGIYSIDARRTVTA" + gene 3391346..3391669 + /gene="mmr" + /locus_tag="BQ2027_MB3092" + CDS 3391346..3391669 + /gene="mmr" + /locus_tag="BQ2027_MB3092" + /standard_name="emrE" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3092, mmr, len: 107 aa. Equivalent to Rv3065, + len: 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 107 aa overlap). mmr, integral + membrane multidrugs resistance transporter (see citation + below), equivalent to Q9CBP1|ML1756 PROBABLE MULTIDRUG + RESISTANCE PROTEIN from Mycobacterium leprae (107 aa), + FASTA scores: opt: 534, E(): 3.3e-28, (77.55% identity in + 107 aa overlap). Also highly similar to bacterial proteins + involved in resistance to ethidium bromide or methyl + viologen e.g. O87866|QACG_STASP QUATERNARY AMMONIUM + COMPOUND-RESISTANCE PROTEIN QACG (QUARTERNARY AMMONIUM + DETERMINANT G) from Staphylococcus sp. strain ST94 (107 + aa), FASTA scores: opt: 307, E(): 1.8e-13, (39.8% identity + in 103 aa overlap); P96460|QAC QUATERNARY AMMONIUM + COMPOUNDS RESISTANCE PROTEIN QAC from Staphylococcus + aureus (107 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): 2.8e-13, + (40.4% identity in 104 aa overlap); Q57225|QACE_ECOLI + QUATERNARY AMMONIUM COMPOUND-RESISTANCE PROTEIN QACE + (QUARTERNARY AMMONIUM DETERMINANT E) from Escherichia coli + (110 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 5.2e-13, (48.15% + identity in 108 aa overlap); AAG55967|Z1870 METHYLVIOLOGEN + RESISTANCE PROTEIN ENCODED WITHIN PROPHAGE CP-933X from + Escherichia coli strain O157:H7 EDL933 (110 aa); + P23895|EMRE|MVRC|EB|B0543 EMRE PROTEIN from Escherichia + coli (110 aa), FASTA scores: opt: 290, E(): 2.3e-12, + (43.55% identity in 101 aa overlap); etc. Also similar to + the SugE protein of enteric bacteria. BELONGS TO THE SMALL + MULTIDRUG RESISTANCE (SMR) PROTEIN FAMILY. Note that + previously known as emrE. Mb3092 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MULTIDRUGS-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + MMR" + /protein_id="SIU01717.1" + /db_xref="GOA:P69927" + /db_xref="InterPro:IPR000390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P69927" + /translation="MIYLYLLCAIFAEVVATSLLKSTEGFTRLWPTVGCLVGYGIAFA + LLALSISHGMQTDVAYALWSAIGTAAIVLVAVLFLGSPISVMKVVGVGLIVVGVVTLN + LAGAH" + gene 3391666..3392274 + /locus_tag="BQ2027_MB3093" + CDS 3391666..3392274 + /locus_tag="BQ2027_MB3093" + /note="Mb3093, -, len: 202 aa. Equivalent to Rv3066, len: + 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein deoR-family, with some + similarity to transcriptional regulators and hypothetical + proteins, e.g. Q9X9V5|SCI7.35c HYPOTHETICAL 21.1 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (197 aa), FASTA + scores: opt: 398, E(): 5.7e-19, (40.3% identity in 191 aa + overlap); AAG55222|Z1073 PUTATIVE DEOR-TYPE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Escherichia coli strain + O157:H7 EDL933 (178 aa), FASTA scores: opt: 257, E(): + 7.9e-10, (28.4% identity in 176 aa overlap); Q9HXU1|PA3699 + PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (TETR/ACRR FAMILY) from + Pseudomonas aeruginosa (237 aa), FASTA scores: opt: 229, + E(): 6.7e-08, (32.1% identity in 187 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3093 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3093 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY DEOR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01718.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3E4" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E4" + /translation="MTAGSDRRPRDPAGRRQAIVEAAERVIARQGLGGLSHRRVAAEA + NVPVGSTTYYFNDLDALREAALAHAANASADLLAQWRSDLDKDRDLAATLARLTTVYL + ADQDRYRTLNELYMAAAHRPELQRLARLWPDGLLALLEPRIGRRAANAVTVFFDGATL + HALITGTPLSTDELTDAIARLVADGPEQREVGQSAHAGRTPD" + gene 3392387..3392797 + /locus_tag="BQ2027_MB3094" + CDS 3392387..3392797 + /locus_tag="BQ2027_MB3094" + /note="Mb3094, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv3067, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weakly similar to other + mycobacterium proteins e.g. O53953|Rv1804c|MTV049.26c (108 + aa), FASTA scores: opt: 183, E(): 0.00053, (36.6% identity + in 82 aa overlap); O07222|Rv1810|MTCY16F9.04c (118 aa), + FASTA scores: opt: 149, E(): 0.05, (30.95% identity in 84 + aa overlap). Has hydrophobic stretch at N-terminus. Start + chosen on basis of codon usage but upstream ATG also + possible. Mb3094 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01719.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y301" + /translation="MLTVGVGIGAAILLGWFTLAHRHPDQPGAAATPPPAGLTTRSAP + TAAPPSTLQSPDLDSVFLGNLHDRGISFTNPDAAVYNGKMVCTNLGGGMTVQQVVEAL + QSSSPALGDRTTAYVAVSIRTYCPKYDAVLPPGS" + gene complement(3392798..3392870) + /locus_tag="BQ2027_ALAU" + tRNA complement(3392798..3392870) + /locus_tag="BQ2027_ALAU" + /product="tRNA-Ala" + /note="alaU, len: 73 nt. Equivalent to alaU, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Ala, anticodon ggc." + gene complement(3392938..3394581) + /gene="pgmA" + /locus_tag="BQ2027_MB3095C" + CDS complement(3392938..3394581) + /gene="pgmA" + /locus_tag="BQ2027_MB3095C" + /note="Mb3095c, pgmA, len: 547 aa. Equivalent to Rv3068c, + len: 547 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 547 aa overlap). Probable pgmA, + phosphoglucomutase (EC 5.4.2.2), highly similar to other + phosphoglucomutases e.g. Q9L117|PGM from Streptomyces + coelicolor (546 aa), FASTA scores: opt: 2569, E(): + 2.8e-149, (71.4% identity in 545 aa overlap); + Q9ABY5|CC0085 from Caulobacter crescentus (545 aa), FASTA + scores: opt: 2465, E(): 6.2e-143, (70.4% identity in 541 + aa overlap); P38569|PGMU_ACEXY|CELB from Acetobacter + xylinum (555 aa), FASTA scores: opt: 2206, E(): 4e-127, + (62.25% identity in 543 aa overlap); P74643|PGM|SLL0726 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (567 aa), FASTA + scores: opt: 2168, E(): 8.5e-125, (60.0% identity in 550 + aa overlap); P36938|PGMU_ECOLI|PGM|B0688 from Escherichia + coli (546 aa), FASTA scores: opt: 2111, E(): 2.5e-121, + (58.2% identity in 550 aa overlap). Also similar to other + phosphomannomutases. Has phosphoglucomutase and + phosphomannomutase signature (PS00710) and ATP/GTP-binding + site motif A (P-loop) (PS00017). BELONGS TO THE + PHOSPHOHEXOSE MUTASES FAMILY. Protein product from Mb3095c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3095c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOGLUCOMUTASE PGMA (GLUCOSE + PHOSPHOMUTASE) (PGM)" + /protein_id="SIU01720.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y324" + /db_xref="InterPro:IPR005843" + /db_xref="InterPro:IPR005844" + /db_xref="InterPro:IPR005845" + /db_xref="InterPro:IPR005846" + /db_xref="InterPro:IPR005852" + /db_xref="InterPro:IPR016055" + /db_xref="InterPro:IPR016066" + /db_xref="InterPro:IPR036900" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y324" + /translation="MVANPRAGQPAQPEDLVDLPHLVTAYYSIEPDPDDLAQQVAFGT + SGHRGSALTGTFNELHILAITQAIVEYRAAQGTTGPLFIGRDTHGLSEPAWVSALEVL + AANQVVAVVDSRDRYTPTPAISHAILTYNRGRTEALADGIVVTPSHNPPSDGGIKYNP + PNGGPADTAATTAIAKRANEILLARSMVKRLPLARALRTAQRHDYLGHYVDDLPNVVD + IAAIREAGVRIGADPLGGASVDYWGEIAHRHGLDLTVVNPLVDATWRFMTLDTDGKIR + MDCSSPDAMAGLIRTMFGNRERYQIATGNDADADRHGIVTPDEGLLNPNHYLAVAIEY + LYTHRPSWPAGIAVGKTVVSSSIIDRVVAGIGRQLVEVPVGFKWFVDGLIGATLGFGG + EESAGASFLRRDGSVWTTDKDGIIMALLAAEILAVTGATPSQRYHALAGEYGGPCYAR + IDAPADREQKARLARLSADQVSATELAGEPITAKLTTAPGNGAALGGLKVTTANAWFA + ARPSGTEDVYKIYAESFRGPQHLVEVQQTAREVVDRVIG" + gene 3394651..3395049 + /locus_tag="BQ2027_MB3096" + CDS 3394651..3395049 + /locus_tag="BQ2027_MB3096" + /note="Mb3096, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv3069, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 132 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to several hypothetical and + CRCB bacterial proteins e.g. Q9A6V2|CC1981 CRCB PROTEIN + (see citation below; seems to be involved in camphor + resistance and chromosome condensation, promoting or + protecting chromosome folding) from Caulobacter crescentus + (127 aa), FASTA scores: opt: 275, E(): 1.6e-11, (41.1% + identity in 124 aa overlap); Q9FC39|SC4G1.10 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (154 aa), FASTA scores: opt: 258, E(): 2.5e-10, (42.15% + identity in 121 aa overlap); Q9V0X2|PAB1925 CRCB PROTEIN + (see citation below) from Pyrococcus abyssi (123 aa), + FASTA scores: opt: 256, E(): 2.8e-10, (39.8% identity in + 113 aa overlap); O59171|PH1502 HYPOTHETICAL 13.6 KDA + PROTEIN from Pyrococcus horikoshii (123 aa), FASTA scores: + opt: 249, E(): 8.2e-10, (38.65% identity in 119 aa + overlap); etc. Mb3096 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01721.1" + /db_xref="GOA:P63863" + /db_xref="InterPro:IPR003691" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63863" + /translation="MPNHDYRELAAVFAGGALGALARAALSALAIPDPARWPWPTFTV + NVVGAFLVGYFTTRLLERLPLSSYRRPLLGTGLCGGLTTFSTMQVETISMIEHGHWGL + AAAYSVVSITLGLLAVHLATVLVRRVRIRR" + gene 3395046..3395426 + /locus_tag="BQ2027_MB3097" + CDS 3395046..3395426 + /locus_tag="BQ2027_MB3097" + /note="Mb3097, -, len: 126 aa. Equivalent to Rv3070, len: + 126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 126 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to several hypothetical + and CRCB bacterial proteins e.g. Q9FC37|SC4G1.12 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (124 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): 3.1e-11, (45.3% + identity in 117 aa overlap); O25823|HP1225 CONSERVED + HYPOTHETICAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Helicobacter + pylori (Campylobacter pylori) (130 aa), FASTA scores: opt: + 225, E(): 1e-07, (33.35% identity in 123 aa overlap); + O07590|YHDU HYPOTHETICAL 12.4 KDA PROTEIN from Bacillus + subtilis (118 aa), FASTA scores: opt: 224, E(): 1.1e-07, + (37.85% identity in 111 aa overlap); Q9KVS9|VC0060 CRCB + PROTEIN (see citation below; seems involved in camphor + resistance and chromosome condensation, promoting or + protecting chromosome folding) from Vibrio cholera (126 + aa), FASTA scores: opt: 221, E(): 1.8e-07, (33.35% + identity in 126 aa overlap); etc. Mb3097 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01722.1" + /db_xref="GOA:P63865" + /db_xref="InterPro:IPR003691" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63865" + /translation="MTASTALTVAIWIGVMLIGGIGSVLRFLVDRSVARRLARTFPYG + TLTVNITGAALLGFLAGLALPKDAALLAGTGFVGAYTTFSTWMLETQRLGEDRQMVSA + LANIVVSVVLGLAAALLGQWIAQI" + gene 3395423..3396532 + /locus_tag="BQ2027_MB3098" + CDS 3395423..3396532 + /locus_tag="BQ2027_MB3098" + /note="Mb3098, -, len: 369 aa. Equivalent to Rv3071, len: + 369 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 369 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weakly similar in N-terminus of + Q9A4V0|CC2725 HYPOTHETICAL PROTEIN CC2725 from Caulobacter + crescentus (113 aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.031, + (27.6% identity in 105 aa overlap). C-terminal region also + weakly similar to other hypothetical proteins e.g. + Q9FC38|YG11_STRCO from Streptomyces coelicolor (114 aa), + FASTA scores: opt: 151, E(): 0.007, (31.65% identity in 98 + aa overlap). Protein product from Mb3098 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3098 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01723.1" + /db_xref="InterPro:IPR003793" + /db_xref="InterPro:IPR011322" + /db_xref="InterPro:IPR015867" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y317" + /translation="MNEQCLKLTAYFGERQRAVGGAGRFLADAMLDLFGSHNVATSVM + LRGTTSFGPKHEFRCDQSLSLSEDPPVTVAAVDIESKIRSLVDDVTAMTDRGLVTLER + ARLVTRHSGAEEFGDIDSRNGDAAKLTIYAGRQVRVAGAPAYYTICELLHRHGFAGAT + VLLGVDGTAHGRRRRARFFGRNVNVPLMIIAVGTPAQVAVAAMELTAALPNPLLTIER + VRLCKRDGELFARPQQLPQTDDQGRTLWQKLMVHTAEATHHEGLPIHRALVHRLMQSE + TARGATALRGIWGFYGDHKPHGDKLFQLVRRVPVTTIIVDTPQAIARSFDIVDELTNW + HGLVTSEMVPAAVSLTGSRDGTQKTGETPLARYDY" + gene complement(3396757..3397281) + /locus_tag="BQ2027_MB3099C" + CDS complement(3396757..3397281) + /locus_tag="BQ2027_MB3099C" + /note="Mb3099c, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv3072c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Hypothetical protein, + similar in part to O87779 HYPOTHETICAL 18.1 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) from Mycobacterium paratuberculosis (166 aa), + FASTA scores: opt: 238, E(): 2.5e-08, (42.6% identity in + 108 aa overlap); Q9AH10 PUTATIVE F420-DEPENDENT + DEHYDROGENASE from Rhodococcus erythropolis (295 aa), + FASTA scores: opt: 228, E(): 1.7e-07, (34.25% identity in + 111 aa overlap); P71557|Y953_MYCTU|Rv0953c|MTCY10D7.21 + POSSIBLE OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (304 aa), FASTA scores: opt: 208, E(): + 3.2e-06, (38.9% identity in 108 aa overlap); etc. + N-terminal region similar to several proteins from M. + tuberculosis (see MAST results on the web site http: + //www.genolist.pasteur.fr/TubercuList/mast/P18.1.html). + Mb3099c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable F420-dependent oxidoreductase family + protein" + /protein_id="SIU01724.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y328" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y328" + /translation="MACVRRSCDVTGTARAGIGAGADPAVVDAVAVAADDCGFATLWV + GEHVVMVDRPASRYPYSRDGVIAVPAQADWLDPMIALSFAAAASSRVDVATGVLLLPE + HNPVIVAKEAASLDRLSGRRLTLGVASDGPRRSSTRSECHSSGAQSAPPNTSLQCAHY + GATTSHRSTATVGS" + gene complement(3397288..3397644) + /locus_tag="BQ2027_MB3100C" + CDS complement(3397288..3397644) + /locus_tag="BQ2027_MB3100C" + /note="Mb3100c, -, len: 118 aa. Equivalent to Rv3073c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other e.g. + Q9F3D7|SC2H2.18 from Streptomyces coelicolor (119 aa), + FASTA scores: opt: 399, E(): 2.5e-20, (53.05% identity in + 115 aa overlap); Q9K4K9|SC5F8.15c from Streptomyces + coelicolor (117 aa), FASTA scores: opt: 334, E(): 6e-16, + (49.1% identity in 112 aa overlap); Q9HKD5|TA0666 from + Thermoplasma acidophilum (134 aa), FASTA scores: opt: 334, + E(): 6.7e-16, (42.35% identity in 111 aa overlap); + BAB53507|MLL7394 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (120 aa), FASTA scores: opt: 309, E(): 3e-14, (43.65% + identity in 110 aa overlap); etc. Mb3100c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DUF488 family protein SAV0238" + /protein_id="SIU01725.1" + /db_xref="InterPro:IPR007438" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65064" + /translation="MVRETRVRVARVYEDIDPDDGQRVLVDRIWPHGIRKDDQRVGIW + CKDVAPSKELREWYHHQPERFDEFASRYQEELHDSAALAELRKLTGRSVVTPVTATRH + VARSHAAVLAQLLNGR" + gene 3397738..3399012 + /locus_tag="BQ2027_MB3101" + CDS 3397738..3399012 + /locus_tag="BQ2027_MB3101" + /note="Mb3101, -, len: 424 aa. Equivalent to Rv3074, len: + 424 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 424 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar but shorter (46 aa) + to P71806|Rv1378c|MTCY02B12.12c HYPOTHETICAL 51.3 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (475 aa), FASTA + scores: opt: 2009, E(): 5.8e-113, (72.95% identity in 429 + aa overlap); and also similar to other hypothetical + mycobacterium proteins e.g. O33266|Rv0336|MTCY279.03 (503 + aa), FASTA scores: opt: 337, E(): 7.5e-13, (28.6% identity + in 381 aa overlap); O33360|Rv0515|MTCY20G10.05 (503 aa), + FASTA scores: opt: 337, E(): 7.5e-13, (28.6% identity in + 381 aa overlap); etc. Mb3101 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED 13E12 REPEAT FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU01726.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T4" + /translation="MFETLTAIDPDAEEAALIERIAELERLKSAAAAGQARAAAAVDA + ARRAAEGAAGVPAARRGRGLASEIALARRDSPARGSRHLGFAKALVYEMPHTLAALDC + GALSEWRATLIVRESACLDVADRRALDAELCGDPGDLEGMGDARVVAAARAIAYRLDP + QAVVDRAANAENDRTVTIRPAPDTMTYLTALLPVAQGVSVYAALTRAADTRCDGRSRG + QVMADTLVERVTGRDAAVPTPIAVNLVMSDETLLGAANTPAQLCGYGPIPAAVARTMV + ASAVTDQRSRATLRRLYAHPQAGALVSMESRARLFPRGLAAFIELRDQRCRTPYCDAP + IRHRDHAHPWADGGPTSAHNGLGTCERCNYAKQAPGWRVSTSVDENHTHTAEFITPTG + SRHRSGAPPHLPAVTVSELEVRIGIALARYAA" + gene complement(3399009..3399932) + /locus_tag="BQ2027_MB3102C" + CDS complement(3399009..3399932) + /locus_tag="BQ2027_MB3102C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3102c, -, len: 307 aa. Equivalent to Rv3075c, + len: 307 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 307 aa overlap). Conserved + hypopthetical protein, with some similarity to + Q9I562|PA0883 PROBABLE ACYL-COA LYASE BETA CHAIN from + Pseudomonas aeruginosa (275 aa), FASTA scores: opt: 408, + E(): 9.2e-19, (35.15% identity in 273 aa overlap); + Q9S2U9|SC4G6.02 PUTATIVE CITRATE LYASE BETA CHAIN from + Streptomyces coelicolor (274 aa), FASTA scores: opt: 384, + E(): 3.1e-17, (34.7% identity in 265 aa overlap); + O06162|CITE|Rv2498c|MTCY07A7.04c from Mycobacterium + tuberculosis (273 aa), FASTA scores: opt: 349, E(): + 5.1e-15, (35.2% identity in 264 aa overlap); etc. Several + initiation codons possible, first one chosen. Protein + product from Mb3102c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3102c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Similar to citrate lyase beta chain, 3" + /protein_id="SIU01727.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y375" + /db_xref="InterPro:IPR005000" + /db_xref="InterPro:IPR011206" + /db_xref="InterPro:IPR015813" + /db_xref="InterPro:IPR040442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y375" + /translation="MTSMYEQVDTNTADPVAGSRIDPVLARSWLLVNGAHGDRFESAA + HSRADIVVLDIEDAVAPKDKHAARDNAVRWFGDGNADWVRINGFGTPWWADDLAMLAD + SPVGGVMLAMVESVDHVTETAKRLPNVPIVALVETARGLERINEIAAAKGTFRLAFGI + GDFRRDTGFGEDPATLAYARSRFTIAARAAGLPSAIDGPTIGSNALKLIEATAVSAEF + GMTGKICLSPDQCPVVNEGLSPSQDEIVWAKEFFAEFARDGGEIRNGSDLPRIARATK + ILDLARAYGIEVSDFEDEPVHMPAPTDTYHY" + gene 3400031..3400507 + /locus_tag="BQ2027_MB3103" + CDS 3400031..3400507 + /locus_tag="BQ2027_MB3103" + /note="Mb3103, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv3076, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weakly similar to Q9AK12|SC8D11.07 + HYPOTHETICAL 17.0 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (151 aa), FASTA scores: opt: 110, E(): 1.5, (25.5% + identity in 145 aa overlap). Protein product from Mb3103 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3103 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cyclase/Dehydrase" + /protein_id="SIU01728.1" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F1" + /translation="MVLDGVVSDTRRSRTIAARQQTIWDVLADFGSLSSWVEGVDHSC + VLNHGPDGGALGSTRRVQVGRNTLVERVIEFDPPTTLAYRIEGLPARLRKVTNRWTLR + PADPVGAVTVVTLTSTIEIGGNPLARLAELVVGRAMAKRSNTMLAGLAQRLEDKHG" + gene 3400500..3402311 + /locus_tag="BQ2027_MB3104" + CDS 3400500..3402311 + /locus_tag="BQ2027_MB3104" + /note="Mb3104, -, len: 603 aa. Equivalent to Rv3077, len: + 603 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 603 aa overlap). Possible hydrolase (EC + 3.1.-.-), with some similarity to variety of hydrolases + (aryl- and steryl sulfatases principaly) e.g. Q45087|PEHA + PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE from Burkholderia + caryophylli (514 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): + 7.2e-07, (23.95% identity in 413 aa overlap); + Q9I1E5|PA2333 PROBABLE SULFATASE from Pseudomonas + aeruginosa (538 aa), FASTA scores: opt: 231, E(): 2.3e-06, + (28.1% identity in 516 aa overlap); + P31447|YIDJ_ECOLI|B3678 PUTATIVE SULFATASE (EC 3.1.6.-) + from Escherichia coli (497 aa), FASTA scores: opt: 222, + E(): 7.4e-06, (27.7% identity in 390 aa overlap); etc. + Note that previously known as atsF. Protein product from + Mb3104 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3104 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HYDROLASE" + /protein_id="SIU01729.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y312" + /db_xref="InterPro:IPR000917" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y312" + /translation="MANRPDIIIVMTDEERAVPPYESAEVLAWRQRSLTGRRWFDEHG + ISFTRHYTGSLACVPSRPTIFTGQYPDLHGVTQTDGIGKRFDDSRLRWLRAGEVPTLG + NWFRAAGYDTHYDGKWHISHADLEDPATGAPLATNDNEGVVDSAAVRRYLDADPLGPY + GFSGWVGPEPHGAGLANSGFRRDPLVADRVVAWLTERYARRRAGDTAAMRPFLLVASF + VNPHDIVLFPAWVWRSPLKPSPLDPPHVPAAPTADEDLSTKPAAQVAYREAYYSGYGL + TRMVSRNYARNAQRYRDLYYRLHAEVDGPIDRVRRAVTEGGSEDAMLVRTSDHGDLLG + AHGGLHQKWFNLYDEATRVPFVIARIGEKATQPRTVSAPTSHVDLVPTLLSAAGVDVD + VVAAALAESFSEVHPLPGRDLMPVVDGASADEGRAIYLMTRDNVLEGDTGASLLSRQL + GRIVNPPAPLRIKVPAHVAANFEGLVVRVDDTDAAGGAGHLWKLVRTFDDPATWTEPG + VRHLATNGMGGDAYRTDPLDDQWELYDLTADPIEAYNRWTDPQLHELRQHLRMLLKQQ + RAVSVPERNQPWPYAHRLPPSGASNGLVRRVLGRFVR" + gene 3402312..3402713 + /gene="hab" + /locus_tag="BQ2027_MB3105" + CDS 3402312..3402713 + /gene="hab" + /locus_tag="BQ2027_MB3105" + /note="Mb3105, hab, len: 133 aa. Equivalent to Rv3078, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Probable hab, + hydroxylaminobenzene mutase (5.-.-.-) (see experiments in + first citation), highly similar to two + hydroxylaminobenzene mutases from Pseudomonas + pseudoalcaligenes O52214|HABA (135 aa), FASTA scores: opt: + 495, E(): 6.8e-25, (51.1% identity in 133 aa overlap); and + O52216|HABB (164 aa), FASTA scores: opt: 479, E(): + 8.2e-24, (51.9% identity in 133 aa overlap) (see first + citation); and to Q9AH35|NBZB HYDROXYLAMINOBENZENE MUTASE + from Pseudomonas putida (164 aa), FASTA scores: opt: 476, + E(): 1.3e-23, (51.8% identity in 133 aa overlap) (see + second citation). Gene name according to Pseudomonas + pseudoalcaligenes nomenclature. Also similarity with + putative different membrane proteins involved in transport + (protein predicted to be a transmembrane protein). Mb3105 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HYDROXYLAMINOBENZENE MUTASE HAB" + /protein_id="SIU01730.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y334" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y334" + /translation="MQKLLFTIGLALFLIGLLTGLVIPALKNPRMALSSHLEGVLNGM + FLVVLGLLWPHIDLPEAWQVIAVALIVYSAYANWLATLLAAAWGAGRKFAPIATGDHK + APAAKEGFVSFLLLSLSVAIVIGVVIVIIGL" + gene complement(3402729..3403556) + /locus_tag="BQ2027_MB3106C" + CDS complement(3402729..3403556) + /locus_tag="BQ2027_MB3106C" + /note="Mb3106c, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv3079c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + mycobacterium proteins e.g. + P71557|Y953_MYCTU|Rv0953c|MTCY10D7.21 POSSIBLE + OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv (282 aa), FASTA scores: opt: 668, E(): 2.4e-34, + (40.55% identity in 281 aa overlap); + O06216|Rv2161c|MTCY270.07 from M. tuberculosis strain + H37Rv (288 aa), FASTA scores: opt: 595, E(): 8.5e-30, + (40.9% identity in 274 aa overlap); O87779 from + Mycobacterium paratuberculosis (166 aa), FASTA scores: + opt: 464, E(): 7.2e-22, (41.55% identity in 166 aa + overlap); etc. Also some similarity to other proteins e.g. + Q9AH10 PUTATIVE F420-DEPENDENT DEHYDROGENASE from + Rhodococcus erythropolis (295 aa), FASTA scores: opt: 401, + E(): 9.6e-18, (30.2% identity in 288 aa overlap); + Q9AE04|RIF17 RIF17 PROTEIN from Amycolatopsis mediterranei + (356 aa), FASTA scores: opt: 298, E(): 2.8e-11, (35.0% + identity in 203 aa overlap); AAK48081|MT3720 + LUCIFERASE-RELATED PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (395 aa), FASTA scores: opt: 223, E(): + 1.4e-06, (29.4% identity in 211 aa overlap). Protein + product from Mb3106c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Probable F420-dependent oxidoreductase family + protein" + /protein_id="SIU01731.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y323" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019921" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y323" + /translation="MQFGVLTFVTDEGIGPAELGAALEHRGFESLFLAEHTHIPVNTQ + SPYPGGGPIPEKYYRTLDPFVALAAAAATTQSLVLGTGIALIPERDPIVTAKEVASLD + LVSQGRFRFGVGVGWLREEVANHGVDPAVRGRVIDERLRAIIEIWTQEQAEFHGTYVD + FDPIYCWPKPVTKPYPPLYVGGGPANFPRIARLNAGWIAISPSPQRLSGPLQRLRAMA + GGDVPVTVCQWGEAAAKDLEGYRHLGVERVLLELPTEPRDPTLRYLDKLQAELARLA" + gene complement(3403615..3406947) + /gene="pknK" + /locus_tag="BQ2027_MB3107C" + CDS complement(3403615..3406947) + /gene="pknK" + /locus_tag="BQ2027_MB3107C" + /note="Mb3107c, pknK, len: 1110 aa. Equivalent to Rv3080c, + len: 1110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1110 aa overlap). Probable pknK, + serine/threonine protein kinase involved in + transcriptional regulatory function (EC 2.7.1.-) (see + citation below). Similar but shorter in N-terminus + (approximatively 300 residues) to others e.g. Q48411|ACOK + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN OF aco ABCD operon from + Klebsiella pneumoniae (921 aa), FASTA scores: opt: 886, + E(): 7.6e-37, (27.75% identity in 829 aa overlap); + Q9HX92|PA3921 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Pseudomonas aeruginosa (BELONGS TO THE LUXR/UHPA FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS) (906 aa), FASTA scores: opt: + 760, E(): 1.5e-30, (29.55% identity in 822 aa overlap); + Q9I2X9|PA1760 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Pseudomonas aeruginosa (BELONGS TO THE LUXR/UHPA FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS) (907 aa), FASTA scores: opt: + 696, E(): 2.3e-27, (25.85% identity in 685 aa overlap); + P06993|MALT (alias BAB37683|ECS4260 and AAG58520|MALT) + POSITIVE REGULATOR OF MAL REGULON from Escherichia coli + strain O157:H7 (901 aa), FASTA scores: opt: 660, E(): + 1.4e-25, (29.25% identity in 530 aa overlap); + Q9KNF3|VCA0011 MALT REGULATORY PROTEIN from Vibrio + cholerae (BELONGS TO THE LUXR/UHPA FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS) (921 aa), FASTA scores: opt: + 626, E(): 7.2e-24, (25.8% identity in 659 aa overlap); + etc. N-terminal region similar to N-terminus of + serine/threonine kinases e.g. Q9KK90|PKMA SERINE/THREONINE + KINASE (SIMILAR TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN KINASES) + from Amycolatopsis mediterranei (589 aa), FASTA scores: + opt: 545, E(): 5.7e-20, (34.45% identity in 334 aa + overlap); Q9RPT5|AMK SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE + HOMOLOG (SIMILAR TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN KINASES) + from Amycolatopsis mediterranei (606 aa), FASTA scores: + opt: 537, E(): 1.5e-19, (35.55% identity in 346 aa + overlap); Q9L0I0|PKAD PROTEIN SERINE/THREONINE KINASE from + Streptomyces coelicolor (599 aa), FASTA scores: opt: 520, + E(): 1e-18, (36.1% identity in 324 aa overlap); etc. + N-terminal part also similar to + O53510|PKNL_MYCTU|Rv2176|MT2232|MTV021.09 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (399 aa), FASTA scores: opt: + 511, E(): 2.1e-18, (35.15% identity in 313 aa overlap). + Contains PS00107 Protein kinases ATP-binding region + signature and PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). Contains Hank's kinase subdomain. FIRST PART OF + THE PROTEIN SEEMS BELONG TO THE SER/THR FAMILY OF PROTEIN + KINASES, AND SECOND PARTS SEEMS BELONGS TO THE LUXR/UHPA + FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from + Mb3107c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3107c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="serine/threonine-protein kinase transcriptional + regulatory protein pknk (protein kinase k) (stpk k)" + /protein_id="SIU01732.1" + /db_xref="GOA:Q7TXA9" + /db_xref="InterPro:IPR000719" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016236" + /db_xref="InterPro:IPR017441" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041664" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TXA9" + /translation="MTDVDPHATRRDLVPNIPAELLEAGFDNVEEIGRGGFGVVYRCV + QPSLDRAVAVKVLSTDLDRDNLERFLREQRAMGRLSGHPHIVTVLQVGVLAGGRPFIV + MPYHAKNSLETLIRRHGPLDWRETLSIGVKLAGALEAAHRVGTLHRDVKPGNILLTDY + GEPQLTDFGIARIAGGFETATGVIAGSPAFTAPEVLEGASPTPASDVYSLGATLFCVL + TGHAAYERRSGERVIAQFLRITSQPIPDLRKQGLPADVAAAIERAMARHPADRPATAA + DVGEELRDVQRRNGVSVDEMPLPVELGVERRRSPEAHAAHRHTGGGTPTVPTPPTPAT + KYRPSVPTGSLVTRSRLTDILRAGGRRRLILIHAPSGFGKSTLAAQWREELSRDGAAV + AWLTIDNDDNNEVWFLSHLLESIRRVRPTLAESLGHVLEEHGDDAGRYVLTSLIDEIH + ENDDRIAVVIDDWHRVSDSRTQAALGFLLDNGCHHLQLIVTSWSRAGLPVGRLRIGDE + LAEIDSAALRFDTDEAAALLNDAGGLRLPRADVQALTTSTDGWAAALRLAALSLRGGG + DATQLLRGLSGASDVIHEFLSENVLDTLEPELREFLLVASVTERTCGGLASALAGITN + GRAMLEEAEHRGLFLQRTEDDPNWFRFHQMFADFLHRRLERGGSHRVAELHRRASAWF + AENGYLHEAVDHALAAGDPARAVDLVEQDETNLPEQSKMTTLLAIVQKLPTSMVVSRA + RLQLAIAWANILLQRPAPATGALNRFETALGRAELPEATQADLRAEADVLRAVAEVFA + DRVERVDDLLAEAMSRPDTLPPRVPGTAGNTAALAAICRFEFAEVYPLLDWAAPYQEM + MGPFGTVYAQCLRGMAARNRLDIVAALQNFRTAFEVGTAVGAHSHAARLAGSLLAELL + YETGDLAGAGRLMDESYLLGSEGGAVDYLAARYVIGARVKAAQGDHEGAADRLSTGGD + TAVQLGLPRLAARINNERIRLGIALPAAVAADLLAPRTIPRDNGIATMTAELDEDSAV + RLLSAGDSADRDQACQRAGALAAAIDGTRRPLAALQAQILHIETLAATGRESDARNEL + APVATKCAELGLSRLLVDAGLA" + gene 3406999..3408237 + /locus_tag="BQ2027_MB3108" + CDS 3406999..3408237 + /locus_tag="BQ2027_MB3108" + /note="Mb3108, -, len: 412 aa. Equivalent to Rv3081, len: + 412 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 412 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Second part of the protein + (approximatively residues 250-412) shares weak similarity + with other hypothetical proteins e.g. Q9YEU3|APE0488 from + Aeropyrum pernix (188 aa), FASTA scores: opt: 149, E(): + 0.019, E(): 0.019, (29.5% identity in 173 aa overlap); and + first part shares weak similarity with C-terminal part of + Q9RVT9|DR0933 ALPHA-AMLYASE from Deinococcus radiodurans + (644 aa), FASTA scores: opt: 127, E(): 1.4, (27.25% + identity in 198 aa overlap). Equivalent to AAK47502|MT3166 + HYPOTHETICAL 48.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (436 aa) but shorter 24 aa in + N-terminus. Contains PS00850 Glycine radical signature and + possible helix-turn-helix motif at aa 53-74. Protein + product from Mb3108 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3108 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01733.1" + /db_xref="InterPro:IPR018700" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y327" + /translation="MTPHYRQAAASRLDTHRTQKLRSQTNGGKDRHQLTYEQFARMLT + LMGPSDLWTVERAARHWGVSASRARAILSSRHIHRVSGYPAQAIKAVTLRQGARTDLK + TANHLVPAAQAFTMAETGAAIGETEDERARLRIFFEFLRGADETGTSALDLIVDEPAL + IGEHRFDALLAAAAEYISARWGRPGPLWSVSIERFLDTAWWVSDLPSARAFAAVWTPA + PFRRRGIYLDRHDLTSDGVCVMPEPVFNRTELQRAFTALAAKLERRGVVGQVHVVGGA + AMLLAYNSRVTTRDIDALFSTDGPMLEAIREVADEMGWPRTWLNNQASGYVSRTPGEG + APVFDHPFLHVVATPAQHLLAMKVVAARGVRDGEDIRLLLDRLRITSAAGVWEIVARY + FPAETITDRSRLLVEDLLNQ" + gene complement(3408363..3409385) + /gene="virS" + /locus_tag="BQ2027_MB3109C" + CDS complement(3408363..3409385) + /gene="virS" + /locus_tag="BQ2027_MB3109C" + /note="Mb3109c, virS, len: 340 aa. Equivalent to Rv3082c, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 340 aa overlap). virS, transcriptional + regulatory protein araC/xylS family, probably involved in + virulence (see citation below). Similar to many + transcriptional regulators araC/xylS family e.g. + Q9HZ25|PA3215 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + (ARAC/XYLS FAMILY) from Pseudomonas aeruginosa (337 aa), + FASTA scores: opt: 379, E(): 3e-17, (30.4% identity in 306 + aa overlap); Q9Z3Y6|PHBR POLYHYDROXYBUTYRATE + TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR from Pseudomonas sp. 61-3 (379 + aa), FASTA scores: opt: 336, E(): 2e-14, (26.35% identity + in 334 aa overlap); P72171|ORUR|PA0831 ORNITHINE + UTILIZATION TRANSCRIPTIONAL REGULATOR oruR from + Pseudomonas aeruginosa (339 aa), FASTA scores: opt: 274, + E(): 1.9e-10, (23.7% identity in 321 aa overlap); Q9ZFW7 + VIRULENCE REGULATING HOMOLOG from Pseudomonas alcaligenes + (346 aa), FASTA scores: opt: 262, E(): 1.2e-09, (24.5% + identity in 339 aa overlap); etc. Also similar to + O69703|Rv3736|MTV025.084 PUTATIVE REGULATORY PROTEIN + (ARAC/XYLS FAMILY) from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv (353 aa), FASTA scores: opt: 656, E(): 3.5e-35, + (36.95% identity in 333 aa overlap). Has potential + helix-turn-helix motif at positions 252-273. BELONGS TO + THE ARAC/XYLS FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. + Protein product from Mb3109c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3109c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="VIRULENCE-REGULATING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + VIRS (ARAC/XYLS FAMILY)" + /protein_id="SIU01734.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y337" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="InterPro:IPR032687" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y337" + /translation="MELGSLIRATNLWGYTDLMRELGADPLPFLRRFDIPPGIEHQED + AFMSLAGFVRMLEASAAELDCPDFGLRLARWQGLGILGPVAVIARNAATLFGGLEAIG + RYLYVHSPALTLTVSSTTARSNVRFGYEVTEPGIPYPLQGYELSMANAARMIRLLGGP + QARARVFSFRHAQLGTDAAYREALGCTVRFGRTWCGFEVDHRLAGRPIDHADPETKRI + ATKYLESQYLPSDATLSERVVGLARRLLPTGQCSAEAIADQLDMHPRTLQRRLAAEGL + RCHDLIERERRAQAARYLAQPGLYLSQIAVLLGYSEQSALNRSCRCWFGMTPRQYRAY + GGVSGR" + gene 3409463..3410950 + /locus_tag="BQ2027_MB3110" + CDS 3409463..3410950 + /locus_tag="BQ2027_MB3110" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3110, -, len: 495 aa. Equivalent to Rv3083, len: + 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 495 aa overlap). Probable monooxygenase + (EC 1.-.-.-), highly similar to other putative + monooxygenases flavin-binding family e.g. AAK48336|MT3969 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (489 aa), + FASTA scores: opt: 1692, E(): 4.9e-98, (49.7% identity in + 489 aa overlap); Q9A588|CC2569 from Caulobacter crescentus + (498 aa), FASTA scores: opt: 1684, E(): 1.6e-97, (52.25% + identity in 484 aa overlap); Q9APW3 from Pseudomonas + aeruginosa (508 aa), FASTA scores: opt: 1603, E(): + 1.8e-92, (49.8% identity in 484 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOOXYGENASE (HYDROXYLASE)" + /protein_id="SIU01735.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y2" + /db_xref="InterPro:IPR020946" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y2" + /translation="MNQHFDVLIIGAGLSGIGTACHVTAEFPDKTIALLERRERLGGT + WDLFRYPGVRSDSDMFTFGYKFRPWRDVKVLADGASIRQYIADTATEFGIDEKIHYGL + KVNTAEWSSRQCRWTVAGVHEATGETRTYTCDYLISCTGYYNYDAGYLPDFPGVHRFG + GRCVHPQHWPEDLDYSGKKVVVIGSGATAVTLVPAMAGSNPGSAAHVTMLQRSPSYIF + SLPAVDKISEVLGRFLPDRWVYEFGRRRNIAIQRKLYQACRRWPKLMRRLLLWEVRRR + LGRSVDMSNFTPNYLPWDERLCAVPNGDLFKTLASGAASVVTDQIETFTEKGILCKSG + REIEADIIVTATGLNIQMLGGMRLIVDGAEYQLPEKMTYKGVLLENAPNLAWIIGYTN + ASWTLKSDIAGAYLCRLLRHMADNGYTVATPRDAQDCALDVGMFDQLNSGYVKRGQDI + MPRQGSKHPWRVLMHYEKDAKILLEDPIDDGVLHFAAAAQDHAAA" + gene 3410956..3411882 + /gene="lipR" + /locus_tag="BQ2027_MB3111" + CDS 3410956..3411882 + /gene="lipR" + /locus_tag="BQ2027_MB3111" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3111, lipR, len: 308 aa. Equivalent to Rv3084, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Probable lipR, + N-Acetyl-hydrolase/esterase (EC 3.1.1.-), similar to other + e.g. Q01109|BAH_STRH from Streptomyces hygroscopicus (299 + aa), FASTA scores: opt: 558, E(): 4.1e-26, (40.25% + identity in 246 aa overlap); Q9X8J4|SCE9.22 from + Streptomyces coelicolor (266 aa), FASTA scores: opt: 544, + E(): 2.5e-25, (36.95% identity in 257 aa overlap); + Q56171|DEA from Streptomyces viridochromogenes (299 aa), + FASTA scores: opt: 532, E(): 1.4e-24, (38.6% identity in + 254 aa overlap); etc. Also similar to + O06350|LIPF|Rv3487c|MTCY13E12.41c (277 aa), FASTA score: + opt: 291, E(): 8.5e-10, (28.5% identity in 239 aa + overlap). MAY BE BELONG TO THE 'GDXG' FAMILY OF LIPOLYTIC + ENZYMES. Protein product from Mb3111 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-HYDROLASE/ESTERASE LIPR" + /protein_id="SIU01736.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3T8" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T8" + /translation="MNLRKNVIRSVLRGARPLFASRRLGIAGRRVLLATLTAGARAPK + GTRFQRVSIAGVPVQRVQPPHAATSGTLIYLHGGAYALGSARGYRGLAAQLAAAAGMT + ALVPDYTRAPHAHYPVALEEMAAVYTRLLDDGLDPKTTVIAGDSAGGGLTLALAMALR + DRGIQAPAALGLICPWADLAVDIEATRPALRDPLILPSMCTEWAPRYVGSSDPRLPGI + SPVYGDMSGLPPIVMQTAGDDPICVDADKIETACAASKTSIEHRRFAGMWHDFHLQVS + LLPEARDAIADLGARLRGHLHQSQGQPRGVVK" + gene 3411879..3412709 + /locus_tag="BQ2027_MB3112" + CDS 3411879..3412709 + /locus_tag="BQ2027_MB3112" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3112, -, len: 276 aa. Equivalent to Rv3085, len: + 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 276 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases in the short chain + dehydrogenases/reductases family e.g. Q9CC98|ML1094 SHORT + CHAIN ALCOHOL DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (277 + aa), FASTA scores: opt: 1059, E(): 4.8e-56, (61.65% + identity in 266 aa overlap); Q9I3H6|PA1537 PROBABLE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from Pseudomonas aeruginos (295 + aa), FASTA scores: opt: 858, E(): 4.7e-44, (48.4% identity + in 285 aa overlap); Q9CBP7|ML1740 POSSIBLE SHORT CHAIN + REDUCTASE from Mycobacterium leprae (312 aa), FASTA + scores: opt: 500, E(): 1e-22, (36.6% identity in 257 aa + overlap); etc. Also similar to mycobacterium proteins + O50460|Rv1245c|MTV006.17c DEHYDROGENASE SIMILAR TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES FAMILY (276 aa), + FASTA scores: opt: 1200, E(): 1.9e-64, (65.2% identity in + 273 aa overlap); and P95101|Rv3057c|MTCY22D7.24 + HYPOTHETICAL DEHYDROGENASE (287 aa). Contains PS00061 + Short-chain alcohol dehydrogenase family signature. + BELONGS TO THE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) + FAMILY. Protein product from Mb3112 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU01737.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y383" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y383" + /translation="MSSFEGKVAVITGAGSGIGRALALNLSEKRAKLALSDVDTDGLA + KTVRLAQALGAQVKSDRLDVAEREAVLAHADAVVAHFGTVHQVYNNAGIAYNGNVDKS + EFKDIERIIDVDFWGVVNGTKAFLPHVIASGDGHIVNISSLFGLIAVPGQSAYNAAKF + AVRGFTEALRQEMLVARHPVKVTCVHPGGIKTAVARNATVADGEDQQTFAEFFDRRLA + LHSPEMAAKTIVNGVAKGQARVVVGLEAKAVDVLARIMGSSYQRLVAAGVAKFFPWAK + " + gene 3412740..3413846 + /gene="adhD" + /locus_tag="BQ2027_MB3113" + CDS 3412740..3413846 + /gene="adhD" + /locus_tag="BQ2027_MB3113" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3113, adhD, len: 368 aa. Equivalent to Rv3086, + len: 368 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 368 aa overlap). Probable adhD, + zinc-type alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.-), highly + similar to many e.g. O69045 HYPOTHETICAL ALCOHOL + DEHYDROGENASE from Rhodococcus rhodochrous (370 aa), FASTA + scores: opt: 1255, E(): 8.7e-68, (50.4% identity in 367 aa + overlap); P25406|ADHB_UROHA ALCOHOL DEHYDROGENASE I-B from + Uromastyx hardwickii (Indian spiny-tailed lizard) (375 + aa), FASTA scores: opt: 787, E(): 8.2e-40, (35.9% identity + in 373 aa overlap); P72324||ADHI_RHOSH ALCOHOL + DEHYDROGENASE CLASS III from Rhodobacter sphaeroides + (Rhodopseudomonas sphaeroides) (376 aa), FASTA scores: + opt: 787, E(): 8.3e-40, (35.1% identity in 379 aa + overlap). Also highly similar to + P71818|Rv0761c|MTCY369.06c HYPOTHETICAL ZINC-TYPE ALCOHOL + DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (375 aa), FASTA scores: opt: 1186, E(): + 1.2e-63, (47.3% identity in 368 aa overlap). Contains + PS00059 Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. + BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE. + POSSIBLY REQUIRES ZINC FOR ITS ACTIVITY. Protein product + from Mb3113 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3113 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE ADHD + (ALDEHYDE REDUCTASE)" + /protein_id="SIU01738.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3F2" + /db_xref="InterPro:IPR002328" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR023921" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F2" + /translation="MKTTAAVLFEAGKPFELMELDLDGPGPGEVLVKYTAAGLCHSDL + HLTDGDLPPRFPIVGGHEGSGVIEEVGAGVTRVKPGDHVVCSFIPNCGTCRYCCTGRQ + NLCDMGATILEGCMPDGSFRFHSQGTDFGAMCMLGTFAERATVSQHSVVKVDDWLPLE + TAVLVGCGVPSGWGTAVNAGNLRAGDTAVIYGVGGLGINAVQGATAAGCKYVVVVDPV + AFKRETALKFGATHAFADAASAAAKVDELTWGQGADAALILVGTVDDEVVSAATAVIG + KGGTVVITGLADPAKLTVHVSGTDLTLHEKTIKGSLFGSCNPQYDIVRLLRLYDAGQL + MLDELVTTTYNLEQVNQGYQDLRDGKNIRGVIVH" + gene 3413884..3415302 + /locus_tag="BQ2027_MB3114" + CDS 3413884..3415302 + /locus_tag="BQ2027_MB3114" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3114, -, len: 472 aa. Equivalent to Rv3087, len: + 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 472 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to several Mycobacterium tuberculosis proteins + e.g. MTCY08D5.16, MTCY28.26, MTCY493.29c. Also similar to + Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (491 aa). Protein product from Mb3114 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3114 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU01739.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y321" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y321" + /translation="MRRLNGVDALMLYLDGGSAYNHTLKISVLDPSTDPDGWSWPKAR + QMFEERAHLLPVFRLRYLPTPLGLHHPIWVEDPEFDLDAHVRRVVCPAPGGMAEFCAL + VEQIYAHPLDRDRPLWQTWVVEGLDGGRVALVTLLHHAYSDGVGVLDMLAAFYNDAPD + EAPVVAPPWEPPPLPSTRQRLGWALRDLPSRLGKIAPTVRAVRDRVRIEREFAKDGDR + RVPPTFDRSAPPGPFQRGLSRSRRFSCESFPLAEVREVSKTLGVTINDVFLACVAGAV + RRYLERCGSPPTDAMVATMPLAVTPAAERAHPGNYSSVDYVWLRADIADPLERLHATH + LAAEATKQHFAQTKDADVGAVVELLPERLISGLARANARTKGRFDTFKNVVVSNVPGP + REPRYLGRWRVDQWFSTGQISHGATLNMTVWSYCDQFNLCVMADAVAVRNTWELVGGF + RASHEELLAAARAQATPKEMAT" + gene 3415299..3416723 + /gene="tgs4" + /locus_tag="BQ2027_MB3115" + CDS 3415299..3416723 + /gene="tgs4" + /locus_tag="BQ2027_MB3115" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3115, -, len: 474 aa. Equivalent to Rv3088, len: + 474 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 474 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to several Mycobacterium tuberculosis proteins + e.g. MTCY31.23 (505 aa), MTCY13E12.34c (497 aa) and + MTCY493.29c (459 aa). Also similar to + Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (491 aa). Protein product from Mb3115 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3115 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase) tgs4" + /protein_id="SIU01740.1" + /db_xref="GOA:P67209" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67209" + /translation="MTRINPIDLSFLLLERANRPNHMAAYTIFEKPKGQKSSFGPRLF + DAYRHSQAAKPFNHKLKWLGTDVAAWETVEPDMGYHIRHLALPAPGSMQQFHETVSFL + NTGLLDRGHPMWECYIIDGIERGRIAILLKVHHALIDGEGGLRAMRNFLSDSPDDTTL + AGPWMSAQGADRPRRTPATVSRRAQLQGQLQGMIKGLTKLPSGLFGVSADAADLGAQA + LSLKARKASLPFTARRTLFNNTAKSAARAYGNVELPLADVKALAKATGTSVNDVVMTV + IDDALHHYLAEHQASTDRPLVAFMPMSLREKSGEGGGNRVSAELVPMGAPKASPVERL + KEINAATTRAKDKGRGMQTTSRQAYALLLLGSLTVADALPLLGKLPSANVVISNMKGP + TEQLYLAGAPLVAFSGLPIVPPGAGLNVTFASINTALCIAIGAAPEAVHEPSRLAELM + QRAFTELQTEAGTTSPTTSKSRTP" + gene 3416720..3418231 + /gene="fadD13" + /locus_tag="BQ2027_MB3116" + CDS 3416720..3418231 + /gene="fadD13" + /locus_tag="BQ2027_MB3116" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3116, fadD13, len: 503 aa. Equivalent to Rv3089, + len: 503 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 503 aa overlap). Probable fadD13, + Acyl-CoA Synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many e.g. + MTCI28.06, MTCY08D5.09, MTCY06G11.08 from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv; and to Q9F7P5 PREDICTED + ACID--CoA LIGASE FADD13 from uncultured proteobacterium + EBAC31A08 (504 aa), FASTA scores: opt: 1126, E(): 2.4e-62, + (38.85% identity in 502 aa overlap); Q9EY88|FCS + FERULOYL-CoA SYNTHETASE from Amycolatopsis sp. strain + HR167 (491 aa), FASTA scores: opt: 1073, E(): 4.5e-59, + (38.5% identity in 504 aa overlap); BAB49118|MLR1843 + PROBABLE ACID-CoA LIGASE from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (495 aa), FASTA scores: opt: 937, + E(): 1.2e-50, (36.2% identity in 503 aa overlap); + Q9KZC1|SC6F7.21 PROBABLE LONG-CHAIN-FATTY-ACID-CoA LIGASE + from Streptomyces coelicolor (511 aa), FASTA scores: opt: + 899, E(): 2.8e-48, (36.1% identity in 510 aa overlap); + Q9A5P7|CC2400 PUTATIVE ACID-CoA LIGASE from Caulobacter + crescentus (496 aa), FASTA scores: opt: 874, E(): 9.8e-47, + (35.1% identity in 507 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature and PS00061 + Short-chain alcohol dehydrogenase family signature. + TBparse score is 0.877. Protein product from Mb3116 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3116 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHAIN-FATTY-ACID-CoA LIGASE FADD13 + (FATTY-ACYL-CoA SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU01741.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y332" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y332" + /translation="MKNIGWMLRQRATVSPRLQAYVEPSTDVRMTYAQMNALANRCAD + VLTALGIAKGDRVALLMPNSVEFCCLFYGAAKLGAVAVPINTRLAAPEVSFILSDSGS + KVVIYGAPSAPVIDAIRAQADPPGTVTDWIGADSLAERLRSAAADEPAVECGGDDNLF + IMYTSGTTGHPKGVVHTHESVHSAASSWASTIDVRYRDRLLLPLPMFHVAALTTVIFS + AMRGVTLISMPQFDATKVWSLIVEERVCIGGAVPAILNFMRQVPEFAELDAPDFRYFI + TGGAPMPEALIKIYAAKNIEVVQGYALTESCGGGTLLLSEDALRKAGSAGRATMFTDV + AVRGDDGVIREHGEGEVVIKSDILLKEYWNRPEATRDAFDNGWFRTGDIGEIDDEGYL + YIKDRLKDMIISGGENVYPAEIESVIIGVPGVSEVAVIGLPDEKWGEIAAAIVVADQN + EVSEQQIVEYCGTRLARYKLPKKVIFAEAIPRNPTGKILKTVLREQYSATVPK" + gene 3419170..3420057 + /locus_tag="BQ2027_MB3117" + CDS 3419170..3420057 + /locus_tag="BQ2027_MB3117" + /note="Mb3117, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv3090, len: + 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Hypothetical unknown + Ala-, Val-rich protein. Hydrophobic stretch at N-terminus. + Protein product from Mb3117 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown alanine and valine rich protein" + /protein_id="SIU01742.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y326" + /db_xref="InterPro:IPR001107" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y326" + /translation="MTWQIVFVVICVIVAGVAALFWRLPSDDTTRSRAKTVTIAAVAA + AAVFFFLGCFTIVGTRQFAIMTTFGRPTGVSLNNGFHGKWPWQMTHPMDGAVQIDKYV + KEGNTDQRITVRLGNQSTALADVSIRWQLKQAAAPELFQQYKTFDNVRVNLIERNLSV + ALNEVFAGFNPLDPRNLDVSPLPSLAKRAADILRQDVGGQVDIFDVNVPTIQYDQSTE + DKINQLNQQRAQTSIALEAQRTAEAQAKANEILSRSISDDPNVVVQNCITAAINKGIS + PLGCWPGSSALPTIAVPGR" + gene 3420075..3421766 + /locus_tag="BQ2027_MB3118" + CDS 3420075..3421766 + /locus_tag="BQ2027_MB3118" + /note="Mb3118, -, len: 563 aa. Equivalent to Rv3091, len: + 563 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 563 aa overlap). Hypothetical protein, + similar in part to O60859 NEUROPATHY TARGET ESTERASE from + Homo sapiens (Human) (1327 aa), FASTA scores: opt: 177, + E(): 0.0062, (30.65% identity in 173 aa overlap); and + Q9I385|PA1640 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (345 aa), FASTA scores: opt: 152, E(): 0.069, + (27.8% identity in 180 aa overlap). Protein product from + Mb3118 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3118 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01743.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y338" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y338" + /translation="MPIPFADGMLSRLGRRGAALDLIEEFEDESGEPPASLSPADLLA + AEPALLLQKMENRLVRHHLANPDVLSGEQLRKLRYILNFARLADFEPGAAGPGGSRGR + GDISVGGQVAPWRSRVVDALYAPLREEPDPVTALEGAKDVLATLVDDQDDQRRVLIER + HGSDFSATELDAEVGYKKLVTVLGGGGGAGFVYIGGMQRLLAAGQVPDYMIGSSFGSI + IGSLVARELPVPIDEYAEWAKTVSYRAILGPERRRSRHGLAGMFTLRFDQFAHTLLSR + ADGERMRMSDLAIPFDVVVAGVRRQPYAALPSRFRHRERSTLTLRSLPFLPIGIGPWV + AARMWQVAAFIDLRVVKPIVISADGATRDVNVVDAASFSSAIPGVLHHETSDPRMLPI + LDELCADQDVAAMVDGGAASNVPVELAWERVRDGRLGTRNACYLAFDCFHPHWDPRHL + WLVPITQAVQLQMVRNLPYADHLVRFEPTLSPVNLAPSAAAIDRACRWGRDSVEPAIA + VTSALLEPTWWEGDRPPAAEPKERTKSAASSMSAVMAAIQAPTGRFRRWRSRHLT" + gene complement(3421773..3422693) + /locus_tag="BQ2027_MB3119C" + CDS complement(3421773..3422693) + /locus_tag="BQ2027_MB3119C" + /note="Mb3119c, -, len: 306 aa. Equivalent to Rv3092c, + len: 306 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 306 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, highly similar to Q9RUT5|DR1297 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (311 aa), FASTA scores: opt: 941, E(): + 9.8e-51, (55.65% identity in 309 aa overlap); + Q9A8B8|CC1436 HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter + crescentus (314 aa), FASTA scores: opt: 791, E(): 1.6e-41, + (46.9% identity in 305 aa overlap); and also highly + similar to Q9I2N8|PA1857 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (307 aa), FASTA scores: opt: 373, + E(): 8.1e-16, (40.8% identity in 321 aa overlap); + BAB36119|ECS2696 PUTATIVE METHYL-INDEPENDENT MISMATCH + REPAIR PROTEIN from Escherichia coli strain O157:H7 (305 + aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 1.7e-13, (39.75% + identity in 307 aa overlap). Protein product from Mb3119c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3119c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01744.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y347" + /db_xref="InterPro:IPR008526" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y347" + /translation="MSGGLFGLLDHVAVLARLAAASIDDIGAAAGRATAKAAGVVIDD + TAVTPQYVHRITAERELPIIKRIAIGSVRNKLLLILPGALLLSQLVPWLLTPLLMLGA + TYLCYEGAEKVCGVIGGRGHDAAPQVAERELVAGAIRTDFILSAEIMVIALNEVADQP + FVPRLIVLVIVALVITAAVYGVVAVIVQMDDVGLRLTQTASRFGQRIGGGLVAGMPKL + LSALSAVGMGAMLWVGGHMVLVGSDHLGWHAPYRLVHHLDDHLVGSAGGALTWLVSTA + ACAATGLVIGIVVVALVHLVCFRPPRSRSL" + gene complement(3422719..3423723) + /locus_tag="BQ2027_MB3120C" + CDS complement(3422719..3423723) + /locus_tag="BQ2027_MB3120C" + /note="Mb3120c, -, len: 334 aa. Equivalent to Rv3093c, + len: 334 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 334 aa overlap). Hypothetical + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), with some similarity with + various oxidoreductases e.g. Q58929|MER|MJ1534 + N5,N10-METHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE (EC + 1.5.99.-) from Methanococcus jannaschii (331 aa), FASTA + scores: opt: 300, E(): 1.1e-10, (24.1% identity in 324 aa + overlap); and Q9ZA30|GRA-ORF29 PUTATIVE FMN-DEPENDENT + MONOOXYGENASE from Streptomyces violaceoruber (343 aa), + FASTA scores: opt: 264, E(): 1.5e-08, (30.45% identity in + 335 aa overlap); Q9CCV8|ML0348 POSSIBLE COENZYME + F420-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium leprae + (350 aa), FASTA scores: opt: 220, E(): 6.4e-06, (26.5% + identity in 328 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3120c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3120c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01745.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y502" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR022526" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y502" + /translation="MTDIEVALPFWLDRPDHEATDVALAAADTGFAALWIGEMATYDA + FALATSIGLRTPNMTLKVGPLAVGVRGPVGLALGVSSVASLTGCRVDLALGASSPAIV + AGWHGRPWAHHVPVMRETIECLRSIFTGARVEYSGRHVNSRGFRLRGAAPDTRIALGA + FGPGMIRLAAQHADEVVLNLASPFRVGRVRAAIDSAAAAAGRAAPRLTVWVPVAVNPG + AAAHSQLAAQLAVYLAPPGYGEMFSALGFDGLVRSARSRATRRELAVAVPSELLDRVC + ALGSPDRVAARLRAYADAGADCVAVVPATAEDPGGRVALRALRPGGLYGTAGDNDGRR + " + gene complement(3423720..3424850) + /locus_tag="BQ2027_MB3121C" + CDS complement(3423720..3424850) + /locus_tag="BQ2027_MB3121C" + /note="Mb3121c, -, len: 376 aa. Equivalent to Rv3094c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity with various + proteins e.g. Q9RMR9|NRGC NRGC PROTEIN (corresponding gene + seems regulated by NifA) from Bradyrhizobium japonicum + (388 aa), FASTA scores: opt: 677, E(): 5.8e-35, (34.55% + identity in 353 aa overlap); P26698|PIGM_RHOSO PIGMENT + PROTEIN from Rhodococcus sp. strain ATCC 21145 (387 aa), + FASTA scores: opt: 480, E(): 1.2e-22, (28.7% identity in + 376 aa overlap); Q9F0J3|NCNH HYDROXYLASE from Streptomyces + arenae (405 aa), FASTA scores: opt: 441, E(): 3.3e-20, + (29.25% identity in 352 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47516 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (395 aa) but N-terminus shorter 19 aa. Protein product + from Mb3121c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3121c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase domain protein" + /protein_id="SIU01746.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3U3" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013107" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U3" + /translation="MNQSETEIEILAEKIARWARARSAEIERDRRLPDELVTRLREAG + LLRATMPREVAAPELAPGRALRCAEAVARGDASAGWCVSIAITSALLVAYLPARSREE + MFGGGRGVAAGVWAPRGTARSVDGGVVVSGRWPFCSGINHADIMFAGCFVDDRQVPSV + VALNKDELQVLDTWHTLGLRGTGSHDCVADDVFVPADRVFSVFDGPIVDRPLYRFPVF + GFFALSIGAAALGNARAAIDDLVELAGGKKGLGSTRTLAERSATQAAAATAESALGAA + RALFYEVIEAAWQVSHDAEAVPVTMRNRLRLAATHAVRTSADVVRSMYDLAGGTAIYD + NAPLQRRFRDAFTATAHFQVNEASRELPGRVLLDQPADVSML" + gene 3424932..3425408 + /locus_tag="BQ2027_MB3122" + CDS 3424932..3425408 + /locus_tag="BQ2027_MB3122" + /note="Mb3122, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv3095, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Possible regulatory + protein, because contains possible helix-turn-helix motif + at aa 39-61 (+4.83 SD). Similar to hypothetical proteins + e.g. Q9I0C9|PA2713 from Pseudomonas aeruginosa (159 aa), + FASTA scores: opt: 486, E(): 1.6e-25, (45.95% identity in + 148 aa overlap); Q9AAF6|CC0645 from Caulobacter crescentus + (188 aa), FASTA scores: opt: 479, E(): 5.3e-25, (45.75% + identity in 153 aa overlap); Q9K408|2SCG61.07 from + Streptomyces coelicolor (157 aa), FASTA scores: opt: 407, + E(): 2.8e-20, (43.9% identity in 139 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3122 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3122 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01747.1" + /db_xref="GOA:P0A649" + /db_xref="InterPro:IPR002577" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A649" + /translation="MAVSDLSHRFEGESVGRALELVGERWTLLILREAFFGVRRFGQL + ARNLGIPRPTLSSRLRMLVEVGLFDRVPYSSDPERHEYRLTEAGRDLFAAIVVLMQWG + DEYLPRPEGPPIKLRHHTCGEHADPRLICTHCGEEITARNVTPEPGPGFKAKLASS" + gene 3425506..3426645 + /locus_tag="BQ2027_MB3123" + CDS 3425506..3426645 + /locus_tag="BQ2027_MB3123" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3123, -, len: 379 aa. Equivalent to Rv3096, len: + 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 379 aa overlap). Hypothetical protein, + with slight similarity to several proteins e.g. + Q09671|OYEB_SCHPO|SPAC5H10.10 PUTATIVE NADPH DEHYDROGENASE + C5H10.10 (EC 1.6.99.1) (OLD YELLOW ENZYME HOMOLOG) from + Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (392 aa), FASTA + scores: opt: 125, E(): 1.1, (25.45% identity in 165 aa + overlap); and Q12603|XYNA_DICTH BETA-1,4-XYLANASE (EC + 3.2.1.8) (ENDO-1,4-BETA-XYLANASE) from Dictyoglomus + thermophilum (352 aa), FASTA scores: opt: 124, E(): 1.2, + (25.65% identity in 195 aa overlap); etc. Contains + glycosyl hydrolases family 5 signature (PS00659). TBparse + score is 0.932. Protein product from Mb3123 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3123 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative cellulase family" + /protein_id="SIU01748.1" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G2" + /translation="MHRRTALKLPLLLAAGTVLGQAPRAAAGEPGRWSADRAHRWYQA + HGWLVGANYITSNAINQLEMFQPGTYDPRRIDNELGLARFHGFNTVRVFLHDLLWAQD + APGFQTRLAQFVAIAARYHIKPLFVLFDSCWDPLPRPGRQRAPRAGVHNSGWVQSPGA + ERLDDRRYASTLYNYVTGVLGQFRNDDRVLGWDLWNEPDNPARVYRKVERKDKLERVA + ELLPQVFRWARTVDPVQPLTSGVWQGNWGDPGRRSTISAIQLDNADVITFHSYAAPAE + FEGRIAELAPLQRPILCTEYLARSQGSTVEGILPIAKRHNVGAFNWGLVAGKTQTYLP + WDSWDHPYRAPPKVWFHDLLHPNGRPYRDGEVQTIRKLNGMPSQD" + gene complement(3426737..3428050) + /gene="lipy" + /locus_tag="BQ2027_MB3124C" + CDS complement(3426737..3428050) + /gene="lipy" + /locus_tag="BQ2027_MB3124C" + /note="Mb3124c, PE_PGRS63, len: 437 aa. Equivalent to + Rv3097c, len: 437 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 437 aa overlap). Probable + Triacylglycerol lipase (EC 3.1.1.3), and member of the M. + tuberculosis PE-family PGRS subfamily of gly-rich + proteins; N-terminal part similar to N-terminus of M. + tuberculosis PE-PGRS family members e.g. Q10637|Y03A_MYCTU + hypothetical glycine-rich 49.6 kd protein (603 aa). Other + relatives include MTCY1A11.25c; MTCY21B4.13c; MTCY270.06; + MTCY359.33; MTC1A11.04. Mb3124c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein, triacylglycerol lipase + lipy (esterase/lipase) (triglyceride lipase) + (tributyrase)" + /protein_id="SIU01749.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y333" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y333" + /translation="MVSYVVALPEVMSAAATDVASIGSVVATASQGVAGATTTVLAAA + EDEVSAAIAALFSAHGQDYQALSAQLAVFHERFVQALTGAAKGYAAAELANASLLQSE + FASGIGNGFATIHQEIQRAPTALAAGFTQVPPFAAAQAGIFTGTPSGAAGFDIASLWP + VKPLLSLSALETHFAIPNNPLLALIASDIPPLSWFLGNSPPPLLNSLLGQTVQYTTYD + GMSVVQITPAHPTGEYVVAIHGGAFILPPSIFHWLNYSVTAYQTGATVQVPIYPLVQE + GGTAGTVVPAMAGLISTQIAQHGVSNVSVVGDSAGGNLALAAAQYMVSQGNPVPSSMV + LLSPWLDVGTWQISQAWAGNLAVNDPLVSPLYGSLNGLPPTYVYSGSLDPLAQQAVVL + EHTAVVQGAPFSFVLAPWQIHDWILLTPWGLLSWPQINQQLGIAA" + gene complement(3428169..3428621) + /locus_tag="BQ2027_MB3125C" + CDS complement(3428169..3428621) + /locus_tag="BQ2027_MB3125C" + /note="Mb3125c, -, len: 150 aa. Equivalent to Rv3098c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 150 aa overlap). Hypothetical unknown + protein (shorter version of MTCY164.09c). Mb3125c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01750.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y353" + /translation="MASLRIAEVDPVDRSPNHHASGSVETSSSRSRSASVRACLIHTS + RSSSCSARRMTSLLRSPLRIAALMICSSFSVGRKPMVAVMSTTIADVAQSYSNCSTHS + GTPTPAFAASFLLEAINAPRVIAGRFASESVRFPAAAPHGSVPSRLPV" + gene 3428565..3428885 + /locus_tag="BQ2027_MB3125A" + CDS 3428565..3428885 + /locus_tag="BQ2027_MB3125A" + /note="Mb3125A, len: 106 aa. Equivalent to Rv3098A len: + 106 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 106 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). PemK-like + protein. Protein product from Mb3125A detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3125A found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PemK-like protein" + /protein_id="SIU01751.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y342" + /db_xref="InterPro:IPR003477" + /db_xref="InterPro:IPR011067" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y342" + /translation="MVIRGAVYRVDFGDAKRGHEQRGRRYAVVISPGSMPWSVVTVVP + TSTSAQPAVFRPELEVMGTKTRFLVDQIRTIGIVYVHGDPVDYLDRDQMAKVEHAVAR + YLGL" + gene complement(3428772..3429378) + /gene="ssr" + misc_RNA complement(3428772..3429378) + /gene="ssr" + /product="10Sa RNA" + /note="ssr, len: 607 nt. Equivalent to ssr, len: 607 + nt,from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 607 nt overlap). Match to EM_BA:MT10SARNA + X60301 M.tuberculosis gene for 10Sa RNA." + gene complement(3429372..3430223) + /locus_tag="BQ2027_MB3126C" + CDS complement(3429372..3430223) + /locus_tag="BQ2027_MB3126C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3126c, -, len: 283 aa. Equivalent to Rv3099c, + len: 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 283 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity with hypothetical + proteins e.g. Q9XA69|SCGD3.09 from Streptomyces coelicolor + (274 aa), FASTA scores: opt: 384, E(): 1.8e-17, (32.7% + identity in 269 aa overlap); and P71606|Y036_MYCTU|Rv0036c + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (257 aa), + FASTA scores: opt: 179, E(): 0.00024, (25.85% identity in + 205 aa overlap). Protein product from Mb3126c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3126c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01752.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y335" + /db_xref="InterPro:IPR010872" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR024344" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y335" + /translation="MTTPGRPLTTLDKSDVLAGLFAVWHSLDALLDGLLETDWQATSP + LPGWDVKAVVSHIIGTESFLLGIAAPEPDTDVSALAHVRNPIGVMNECWVRHLGTESG + VGLLERFRAVTSQRRKVLASLSDDEWNAPTTTPSGPDSYGRFMRIRIFDCWMHEQDIR + AAVQRPSSDDELGGPASPLVLDEIAATMGFVVGKLAKAPDGSRVLLELTGPLSRSIRV + SVDGRARVVDDFGGPAPTATIRLDGLQFTRLAGGRPMSPARSQDVELGGDKELAGHIL + ERLNFVI" + gene complement(3430260..3430742) + /gene="smpB" + /locus_tag="BQ2027_MB3127C" + CDS complement(3430260..3430742) + /gene="smpB" + /locus_tag="BQ2027_MB3127C" + /note="Mb3127c, smpB, len: 160 aa. Equivalent to Rv3100c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Probable smpB, small + protein b related to several bacterial small protein b + homologs e.g. O32881|SSRP_MYCLE|ML0671|MLCB1779.19c from + Mycobacterium leprae (160 aa), FASTA scores: opt: 914, + E(): 1.1e-52, (84.9% identity in 159 aa overlap); + Q9L1S9|SMPB from Streptomyces coelicolor (159 aa), FASTA + scores: opt: 568, E(): 3.3e-30, (55.15% identity in 145 aa + overlap); O32230|SSRP_BACSU from Bacillus subtilis (156 + aa), FASTA scores: opt: 511, E(): 1.7e-26, (47.05% + identity in 153 aa overlap); etc. BELONGS TO THE SSRP + FAMILY. Mb3127c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SSRA-BINDING PROTEIN SMPB" + /protein_id="SIU01753.1" + /db_xref="GOA:P0A613" + /db_xref="InterPro:IPR000037" + /db_xref="InterPro:IPR020081" + /db_xref="InterPro:IPR023620" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A613" + /translation="MSKSSRGGRQIVASNRKARHNYSIIEVFEAGVALQGTEVKSLRE + GQASLADSFATIDDGEVWLRNAHIPEYRHGSWTNHEPRRNRKLLLHRRQIDTLVGKIR + EGNFALVPLSLYFAEGKVKVELALARGKQARDKRQDMARRDAQREVLRELGRRAKGMT + " + gene complement(3430745..3431638) + /gene="ftsX" + /locus_tag="BQ2027_MB3128C" + CDS complement(3430745..3431638) + /gene="ftsX" + /locus_tag="BQ2027_MB3128C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3128c, ftsX, len: 297 aa. Equivalent to Rv3101c, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 297 aa overlap). Putative ftsX, cell + division protein, septation component transport integral + membrane protein ABC transporter (see citations below), + equivalent to O32882|FTSX_MYCLE|ML0670|MLCB1779.20c CELL + DIVISION PROTEIN from Mycobacterium leprae (297 aa), FASTA + scores: opt: 1597, E(): 9.2e-93, (80.8% identity in 297 aa + overlap); and similar to others e.g. Q9L1S7|SCE59.27c from + Streptomyces coelicolor (305 aa), FASTA scores: opt: 585, + E(): 1.9e-29, (34.55% identity in 304 aa overlap); + O34876|FTSX_BACSU from Bacillus subtilis (296 aa), FASTA + scores: opt: 318, E(): 9.1e-13, (24.65% identity in 300 aa + overlap); Q9K6X3|FTSX|BH3601 from Bacillus halodurans (298 + aa), FASTA scores: opt: 290, E(): 5.2e-11, (22.75% + identity in 299 aa overlap); etc. BELONGS TO THE FTSX + FAMILY. Protein product from Mb3128c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3128c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE CELL DIVISION PROTEIN FTSX (SEPTATION + COMPONENT-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC + TRANSPORTER)" + /protein_id="SIU01754.1" + /db_xref="GOA:Q7TX91" + /db_xref="InterPro:IPR003838" + /db_xref="InterPro:IPR004513" + /db_xref="InterPro:IPR040690" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX91" + /translation="MRFGFLLNEVLTGFRRNVTMTIAMILTTAISVGLFGGGMLVVRL + ADSSRAIYLDRVESQVFLTEDVSANDSSCDTTACKALREKIETRSDVKAVRFLNRQQA + YDDAIRKFPQFKDVAGKDSFPASFIVKLENPEQHKDFDTAMKGQPGVLDVLNQKELID + RLFAVLDGLSSAAFAVALVQAIGAILLIANMVQVAAYTRRTEIGIMRLVGASRWYTQL + PFLVEAMLAATMGVGIAVAGLMVVRALFLENALNQFYQANLIAKVDYADILFITPWLL + LLGVAMSGLTAYLTLRLYVRR" + gene complement(3431639..3432328) + /gene="ftsE" + /locus_tag="BQ2027_MB3129C" + CDS complement(3431639..3432328) + /gene="ftsE" + /locus_tag="BQ2027_MB3129C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3129c, ftsE, len: 229 aa. Equivalent to Rv3102c, + len: 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Putative ftsE, cell + division protein, septation component transport + ATP-binding protein ABC transporter (see citations below), + equivalent to O32883|FTSE|ML0669 CELL DIVISION ATP-BINDING + PROTEIN from Mycobacterium leprae (229 aa), FASTA scores: + opt: 1384, E(): 2.4e-74, (91.7% identity in 229 aa + overlap); and similar to Q9L1S6|FTSE from Streptomyces + coelicolor (229 aa), FASTA scores: opt: 914, E(): 8.7e-47, + (62.85% identity in 226 aa overlap); Q9A0S4|FTSE|SPY0644 + from Streptococcus pyogenes (230 aa), FASTA scores: opt: + 866, E(): 5.7e-44, (57.9% identity in 228 aa overlap); + Q9CGX0|FTSE from Lactococcus lactis (subsp. lactis) + (Streptococcus lactis) (230 aa), FASTA scores: opt: 792, + E(): 1.3e-39, (52.2% identity in 228 aa overlap); etc. + Other relatives from Mycobacterium tuberculosis include: + MTCY253.24; MTCY16B7.10; MTCY9C4.04c; MTCY50.01; + MTCY05A6.09c; MTCY04C12.31. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and ABC transporters + family signature (PS00211). BELONG TO THE ATP-BINDING + TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein + product from Mb3129c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3129c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE CELL DIVISION ATP-BINDING PROTEIN FTSE + (SEPTATION COMPONENT-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER)" + /protein_id="SIU01755.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y512" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR005286" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y512" + /translation="MITLDHVTKQYKSSARPALDDINVKIDKGEFVFLIGPSGSGKST + FMRLLLAAETPTSGDVRVSKFHVNKLRGRHVPKLRQVIGCVFQDFRLLQQKTVYDNVA + FALEVIGKRTDAINRVVPEVLETVGLSGKANRLPDELSGGEQQRVAIARAFVNRPLVL + LADEPTGNLDPETSRDIMDLLERINRTGTTVLMATHDHHIVDSMRQRVVELSLGRLVR + DEQRGVYGMDR" + gene complement(3432372..3432809) + /locus_tag="BQ2027_MB3130C" + CDS complement(3432372..3432809) + /locus_tag="BQ2027_MB3130C" + /note="Mb3130c, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv3103c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 145 aa overlap). Hypothetical unknown + pro-rich protein, with some similarity to Proline-rich + proteins e.g. Q39789 PROLINE-RICH CELL WALL PROTEIN from + Gossypium hirsutum (Upland cotton) (214 aa), FASTA scores: + opt: 267, E(): 0.00014, (40% identity in 110 aa overlap). + Equivalent to AAK47525 from M. mycobacterium strain + CDC1551 (158 aa) but shorter 13 aa. Mb3130c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROLINE-RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01756.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3U7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U7" + /translation="MKLSNQKRHWPGYLFGRIRTSTLVLIAAFLAVWWIYETYRPQAP + GPGDSPPTQVVPPGFVPDPDYTWVPRTRVQPPTVKATPTTTSSTPPVSPPETTTDSAV + PPPFELPPPFGPGTTTPTPPAPLPQPGPGPTAGTYPKSEPPTR" + gene complement(3432811..3433737) + /locus_tag="BQ2027_MB3131C" + CDS complement(3432811..3433737) + /locus_tag="BQ2027_MB3131C" + /note="Mb3131c, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv3104c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, with some similarity to hypthetical + proteins e.g. Q9L1X9|SC8E4A.26 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (408 aa), FASTA scores: opt: + 514, E(): 4.3e-25, (35.2% identity in 287 aa overlap); + Q9XA89|CF43A.26c HYPOTHETICAL 36.1 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (333 aa), FASTA scores: opt: 482, + E(): 3.7e-23, (34.9% identity in 301 aa overlap); + Q55987|SLR0765 HYPOTHETICAL 68.9 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (617 aa), FASTA scores: + opt: 429, E(): 1.3e-19, (30.6% identity in 278 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3131c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3131c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01757.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3A1" + /db_xref="InterPro:IPR006685" + /db_xref="InterPro:IPR010920" + /db_xref="InterPro:IPR011014" + /db_xref="InterPro:IPR011066" + /db_xref="InterPro:IPR023408" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3A1" + /translation="MTTSGTVLATSIAQHWHNFWRGEIGDWILNRGLRIVMLLIAAVL + AARFVTWLANRVTRRLDLGFTESDALVRSEATKHRQAVASVISWVSIVLIYVVVVYEV + IDVLPVPVGALVGPAAVLGAALGFGAQRLVQDLLAGFFIIVEKQYGFGDLVELSMVGS + PENAAGTVEDVTLRVTKLRSSEGEVFTVPNGNIVKSVNLSKDWARAVVDIPVPTSADL + GRVNEVLHQECEHARHDSLLGELLLDEPTVMGVERIEVDTVTLRLVARTLPGKQFEAG + RQLRVLVIRALTRAGIVTAADARAAVAESPEQ" + gene complement(3433727..3434863) + /gene="prfB" + /locus_tag="BQ2027_MB3132C" + CDS complement(3433727..3434863) + /gene="prfB" + /locus_tag="BQ2027_MB3132C" + /note="Mb3132c, prfB, len: 378 aa. Equivalent to Rv3105c, + len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 378 aa overlap). Probable prfB, + peptide chain release factor 2, equivalent to + O32885|RF2_MYCLE|ML0667|MLCB1779.24c from Mycobacterium + leprae, FASTA scores: opt: 2197, E(): 1.8e-126, (90.05% + identity in 372 aa overlap); and also similar to other + peptide chain release factors e.g. Q9L1S3|PRFB from + Streptomyces coelicolor (368 aa), FASTA scores: opt: 1674, + E(): 1.2e-94, (69.3% identity in 365 aa overlap); + O67695|RF2_AQUAE|PRFB|AQ_1840 from Aquifex aeolicus (373 + aa), FASTA scores: opt: 1082, E(): 1.3e-58, (44.45% + identity in 369 aa overlap); P28367|RF2_BACSU from B. + subtilis (366 aa), FASTA scores: opt: 1030, E(): 1.9e-55, + (44.0% identity in 359 aa overlap); etc. Also related to + Q10605|MTCY373.19|RF1_MYCTU|Rv1299|MT1338 peptide chain + release factor 1 (rf-1) (357 aa), FASTA scores: opt: 646, + E(): 1.1e-34, (38.6% identity in 350 aa overlap). Contains + prokaryotic-type class I peptide chain release factors + signature (PS00745). BELONGS TO THE PROKARYOTIC AND + MITOCHONDRIAL RELEASE FACTORS FAMILY. Protein product from + Mb3132c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3132c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 2 PRFB + (RF-2)" + /protein_id="SIU01758.1" + /db_xref="GOA:P66027" + /db_xref="InterPro:IPR000352" + /db_xref="InterPro:IPR004374" + /db_xref="InterPro:IPR005139" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66027" + /translation="MPVTLAAVDPDRQADIAALDCTLTTVERVLDVEGLRSRIEKLEH + EASDPHLWDDQTRAQRVTSELSHTQGELRRVEELRRRLDDLPVLYELAAEEAGAAAAD + AVAEADAELKSLRADIEATEVRTLLSGEYDEREALVTIRSGAGGVDAADWAEMLMRMY + IRWAEQHKYPVEVFDTSYAEEAGIKSATFAVHAPFAYGTLSVEQGTHRLVRISPFDNQ + SRRQTSFAEVEVLPVVETTDHIDIPEGDVRVDVYRSSGPGGQSVNTTDSAVRLTHIPS + GIVVTCQNEKSQLQNKIAAMRVLQAKLLERKRLEERAELDALKADGGSSWGNQMRSYV + LHPYQMVKDLRTEYEVGNPAAVLDGDLDGFLEAGIRWRNRRNDD" + gene 3434967..3436337 + /gene="fprA" + /locus_tag="BQ2027_MB3133" + CDS 3434967..3436337 + /gene="fprA" + /locus_tag="BQ2027_MB3133" + /note="Mb3133, fprA, len: 456 aa. Equivalent to Rv3106, + len: 456 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 456 aa overlap). Probable fprA, + NADPH:adrenodoxin oxidoreductase (EC 1.18.1.2), equivalent + to O32886|MLCB1779.25|FPRA|ML0666 from Mycobacterium + leprae (456 aa), FASTA scores: opt: 2505, E(): 1.2e-142, + (81,05% identity in 459 aa overlap); also similar to other + NADPH:adrenodoxin oxidoreductases e.g. Q9RX19|DR0496 from + Deinococcus radiodurans (479 aa), FASTA scores: opt: 1331, + E(): 2.6e-72, (48.9% identity in 454 aa overlap); + Q9RK35|SCF15.02 from Streptomyces coelicolor (454 aa), + FASTA scores: opt: 1102, E(): 1.3e-58, (41.35% identity in + 462 aa overlap); P82861 from Salvelinus fontinalis (Brook + trout) (498 aa), FASTA scores: opt: 827, E(): 4e-42, + (41.3% identity in 460 aa overlap); Q9V3T9|ADRO_DROME from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (466 aa), FASTA + scores: opt: 790, E(): 6.3e-40, (39.45% identity in 459 aa + overlap); etc. Also similar to + Q10547|FPRB|Rv0886|MT0909|MTCY31.14 from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (575 aa), FASTA scores: opt: + 894, E(): 4.4e-46, (42.05% identity in 459 aa overlap). + Protein product from Mb3133 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3133 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nadph:adrenodoxin oxidoreductase fpra + (nadph-ferredoxin reductase)" + /protein_id="SIU01759.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y343" + /db_xref="InterPro:IPR021163" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y343" + /translation="MRPYYIAIVGSGPSAFFAAASLLKAADTTEDLDMAVDMLEMLPT + PWGLVRSGVAPDHPKIKSISKQFEKTAEDPRFRFFGNVVVGEHVQPGELSERYDAVIY + AVGAQSDRMLNIPGEDLPGSIAAVDFVGWYNAHPHFEQISPDLSGARAVVIGNGNVAL + DVARILLTDPDVLARTDIADHALESLRPRGIQEVVIVGRRGPLQAAFTTLELRELADL + DGVDVVIDPAELDGITDEDAAAVGKVCKQNIKVLRGYADREPRPGHRRMVFRFLTSPI + EIKGKRKVERIVLGRNELVSDGSGRVAAKDTGEREELPAQLVVRSVGYRGVPTPGLPF + DDQSGTIPNVGGRINGSPNEYVVGWIKRGPTGVIGTNKKDAQDTVDTLIKDLGNAKEG + AECKSFPEDHADQVADWLAARQPKLVTSAHWQVIDAFERAAGEPHGRPRVKLASLAEL + LRIGLG" + gene complement(3436338..3437921) + /gene="agpS" + /locus_tag="BQ2027_MB3134C" + CDS complement(3436338..3437921) + /gene="agpS" + /locus_tag="BQ2027_MB3134C" + /note="Mb3134c, agpS, len: 527 aa. Equivalent to Rv3107c, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 527 aa overlap). Possible agpS, + alkyl-dihydroxyacetonephosphate synthase (EC 2.5.1.26), + similar to others and some various enzymes e.g. + AAK46595|MT2311 PUTATIVE ALKYL-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE + SYNTHASE from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (529 aa), FASTA scores: opt: 1052, E(): 2.1e-58, (37.1% + identity in 542 aa overlap); Q9RJ97|SCF91.28c PUTATIVE + FLAVOPROTEIN from Streptomyces coelicolor (530 aa), FASTA + scores: opt: 972, E(): 2.2e-53, (36.2% identity in 544 aa + overlap); O96759|ADAS_DICDI ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE + SYNTHASE (EC 2.5.1.26) from Dictyostelium discoideum + (Slime mold) (611 aa), FASTA scores: opt: 617, E(): + 4.5e-31, (33.95% identity in 480 aa overlap); + O97157|ADAS_TRYBB ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE + from Trypanosoma brucei (613 aa), FASTA scores: opt: 567, + E(): 6.2e-28, (29.15% identity in 521 aa overlap); etc. + Also similar to O53525|Rv2251|MTV022.01 HYPOTHETICAL 49.8 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (475 aa), FASTA scores: opt: 1019, E(): 2.3e-56, (38.6% + identity in 487 aa overlap). BELONGS TO THE FAD-BINDING + OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE FAMILY 4. COFACTOR: FAD (BY + SIMILARITY). Protein product from Mb3134c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3134c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE + AGPS (ALKYL-DHAP SYNTHASE) (ALKYLGLYCERONE-PHOSPHATE + SYNTHASE)" + /protein_id="SIU01760.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y363" + /db_xref="InterPro:IPR004113" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016164" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y363" + /translation="MRSWWGWGTVEDALSDQETQALQSRVAALVSGHDLSDHPPPDLT + ALGLAAPRVSPPASLAALCSSDLVDRAGHARGKAYRDIARNLQGQLDHLPDLIARPRS + EQDVIDVLDWCAREGIAVIPYGGGSSVVGGVEPRFDEPVVTVDVTAMSAVLEIDRVSR + AARIQAGAFGPSIEHQLRPHDLTLRHFPQSFGFSTLGGWLATRSGGHFATLYTHIDDL + TESLRIVTPVGISESRRLPGSGAGPSPDRLFLGSEGTLGIITEAWMRLQHRPRWQVTV + SVVFDDWAAAVAATRTIAQAGLYPANCRLLDPAEALLNAGTSVGGGLLVLAFESADHP + IDPWLHRAVAITAEHGGTVTAQRSRGTTSDATEHNAAANWRSAFLRMPYQRDALVRRG + VIAETFETACTWDGFDTLHAAVTDAARTAIWKVCGTGVVTCRFTHVYPDGPAPYYGIY + AGGRWGSLDAQWDEIKAAVSEAISASGGTITHHHAVGRDHRAWYDRQRPDPFAAALRA + AKSALDPAGILNPGVLLGR" + gene 3437873..3439307 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-6" + mobile_element 3437873..3439307 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-6" + /note="IS1081-6, len: 1435 nt. Equivalent to IS1081, len: + 1450 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1435 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1081" + gene 3438020..3438460 + /locus_tag="BQ2027_MB3135" + CDS 3438020..3438460 + /locus_tag="BQ2027_MB3135" + /note="Mb3135, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv3108, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 146 aa overlap). Hypothetical unknown + protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01761.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y351" + /translation="MTPNAASTGDSAKNTITGCCLITARALVARTRSISLPGMPFRMP + ADYHNASSDEPTNRHPWPAPARCCRHEWRTMRRTNACDRRRFGLSLTIHEDACRIISV + VPVVLEVRRAEPAHPATPYPEPLARCSRSPGLNESSHMSGRVPP" + gene 3438609..3439688 + /gene="moaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3136" + CDS 3438609..3439688 + /gene="moaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3136" + /standard_name="moaA" + /note="Mb3136, moaA1, len: 359 aa. Equivalent to Rv3109, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 359 aa overlap). Probable moaA1, + molybdenum cofactor biosynthesis protein, highly similar + to others e.g. P39757|MOAA_BACSU|NARA|NARAB from Bacillus + subtilis (341 aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 6.2e-44, + (39.75% identity in 327 aa overlap); + O67929|MOAA_AQUAE|AQ_2183 from Aquifex aeolicus (320 aa), + FASTA scores: opt: 794, E(): 6e-43, (40.55% identity in + 323 aa overlap); Q9ZIM6|MOAA_STACA from Staphylococcus + carnosus (340 aa), FASTA scores: opt: 783, E(): 3.2e-42, + (38.65% identity in 326 aa overlap); etc. Also highly + similar to O53143|MOAA3|MOA3_MYCTU|MT3427 MOLYBDENUM + COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN A 3 from Mycobacterium + tuberculosis strain F4 (378 aa), FASTA scores: opt: 1762, + E(): 4.7e-104, (74.3% identity in 350 aa overlap); and + similar to + O53881|MOA2_MYCTU|MOAA2|Rv0869c|MT0892|MTV043.62 + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN A 2 from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (360 aa), FASTA + scores: opt: 657, E(): 3e-34, (36.55% identity in 309 aa + overlap). BELONGS TO THE MOAA / NIFB / PQQE FAMILY. Note + that previously known as moaA." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN A MOAA1" + /protein_id="SIU01762.1" + /db_xref="GOA:Q7TX84" + /db_xref="InterPro:IPR000385" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR010505" + /db_xref="InterPro:IPR013483" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX84" + /translation="MSTPTLPDMVAPSPRVRVKDRCRRMMGDLRLSVIDQCNLRCRYC + MPEEHYTWLPRQDLLSVKEISAIVDVFLSVGVSKVRITGGEPLIRPDLPEIVRTLSAK + VGEDSGLRDLAITTNGVLLADRVDGLKAAGMKRITVSLDTLQPERFKAISQRNSHDKV + IAGIKAVAAAGFTDTKIDTTVMRGANHDELADLIEFARTVNAEVRFIEYMDVGGATHW + AWEKVFTKANMLESLEKRYGRIEPLPKHDTAPANRYALPDGTTFGIIASTTEPFCATC + DRSRLTADGLWLHCLYAISGINLREPLRAGATHDDLVETVTTGWRRRADRGAEQRLAQ + RERGVFLPLSTLKADPHLEMHTRGG" + gene 3439739..3440134 + /gene="moaB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3137" + CDS 3439739..3440134 + /gene="moaB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3137" + /standard_name="moaB" + /note="Mb3137, moaB1, len: 131 aa. Equivalent to Rv3110, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Probable moaB1, + pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase (EC 4.2.1.96), + similar to others e.g. P73790|SSL2296 from Synechocystis + sp. strain PCC 6803 (96 aa), FASTA scores: opt: 195, E(): + 6.2e-07, (35.4% identity in 96 aa overlap); + Q9PAB4|PHS_XYLFA|XF2604 from Xylella fastidiosa (116 aa), + FASTA scores: opt: 187, E(): 2.6e-06, (36.25% identity in + 102 aa overlap); AAK42360|Q97WM6|PHS_SULSO|SSO2187 from + Sulfolobus solfataricus (114 aa), FASTA scores: opt: 177, + E(): 1.3e-05, (34.6% identity in 78 aa overlap); etc. Also + highly similar to AAK47768|MT3426 + PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from + Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (124 aa), FASTA scores: + opt: 383, E(): 7.7e-20, (50.0% identity in 110 aa + overlap). BELONGS TO THE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE + DEHYDRATASE FAMILY. Note that previously known as moaB." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE + DEHYDRATASE MOAB1 (PHS) (4-ALPHA-HYDROXY-TETRAHYDROPTERIN + DEHYDRATASE) (PTERIN-4-A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) + (PHENYLALANINE HYDROXYLASE-STIMULATING PROTEIN) (PHS) + (PTERIN CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) (PCD)" + /protein_id="SIU01763.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y357" + /db_xref="InterPro:IPR001533" + /db_xref="InterPro:IPR036428" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y357" + /translation="MTVSTPEQHEQRASHDASEGKHNVCQGRLAALADAAVSEKLGAL + PGWQLLDMRLSRAFQCTNFDQSIDFMNRVASIANDINHHPDIAVLDKRSVRVTAWTRK + LGYLTDIDFDLAASVEAMYATEFADRPAR" + gene 3440131..3440643 + /gene="moaC1" + /locus_tag="BQ2027_MB3138" + CDS 3440131..3440643 + /gene="moaC1" + /locus_tag="BQ2027_MB3138" + /standard_name="moaC" + /note="Mb3138, moaC1, len: 170 aa. Equivalent to Rv3111, + len: 170 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 170 aa overlap). Probable moaC1, + molybdopterin cofactor biosynthesis protein, highly + similar to others e.g. Q9HX95|MOAC|PA3918 from Pseudomonas + aeruginosa (160 aa), FASTA scores: opt: 576, E(): 2.2e-29, + (62.1% identity in 153 aa overlap); Q9ZFA6|MOAC from + Rhodobacter sphaeroides (Rhodopseudomonas sphaeroides) + (159 aa), FASTA scores: opt: 541, E(): 3.4e-27, (59.85% + identity in 157 aa overlap); BAB48171|MLR0616 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (160 aa), FASTA + scores: opt: 531, E(): 1.5e-26, (58.75% identity in 160 aa + overlap); P30747|MOAC_ECOLI|CHLA3|B0783 from Escherichia + coli strain K12 (160 aa), FASTA scores: opt: 527, E(): + 2.6e-26, (58.5% identity in 159 aa overlap); etc. Also + highly similar to O53376|MOAC3|Rv3324c|MTV016.24c PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C 3 from + Mycobacterium tuberculosis (177 aa), FASTA scores: opt: + 738, E(): 1.7e-39, (71.5% identity in 165 aa overlap); + AAK47767|MT3425 MOLYBDOPTERIN COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN C from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (184 aa), FASTA scores: opt: 734, E(): 3.1e-39, (71.8% + identity in 163 aa overlap); and Rv0864|MOAC2|MTV043.57 + PUTATIVE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C 2 (167 + aa). Note that previously known as moaC." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN C MOAC1" + /protein_id="SIU01764.1" + /db_xref="GOA:P0A5K5" + /db_xref="InterPro:IPR002820" + /db_xref="InterPro:IPR023045" + /db_xref="InterPro:IPR036522" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5K5" + /translation="MIDHALALTHIDERGAARMVDVSEKPVTLRVAKASGLVIMKPST + LRMISDGAAAKGDVMAAARIAGIAAAKRTGDLIPLCHPLGLDAVSVTITPCEPDRVKI + LATTTTLGRTGVEMEALTAVSVAALTIYDMCKAVDRAMEISQIVLQEKSGGRSGVYRR + SASDLACQSR" + gene 3440660..3440911 + /gene="moaD1" + /locus_tag="BQ2027_MB3139" + CDS 3440660..3440911 + /gene="moaD1" + /locus_tag="BQ2027_MB3139" + /standard_name="moaD" + /note="Mb3139, moaD1, len: 83 aa. Equivalent to Rv3112, + len: 83 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 83 aa overlap). Probable moaD1, + molybdenum cofactor biosynthesis protein (molybdopterin + converting factor (subunit 1)), similar to others e.g. + Q9HJF0|TA1019 from Thermoplasma acidophilum (85 aa), FASTA + scores: opt: 144, E(): 0.0012, (31.7% identity in 82 aa + overlap); BAB59710|TVG0556526 from Thermoplasma volcanium + (90 aa), FASTA scores: opt: 144, E(): 0.0012, (31.7% + identity in 82 aa overlap); + P30748|MOAD_ECOLI|CHLA4|CHLM|B0784 from Escherichia coli + strain K12 (81 aa), FASTA scores: opt: 116, E(): 0.11, + (36.9% identity in 84 aa overlap); etc. N-terminus also + highly similar to to O53375|GPHA|Rv3323c|MTV016.23c + MOAD-MOAE FUSION PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (221 aa), FASTA scores: opt: 333, E(): 2e-16, (65.05% + identity in 83 aa overlap); and some similarity with + Rv0868c|MTV043.61c|MOAD2 PUTATIVE MOLYBDENUM COFACTOR + BIOSYNTHESIS PROTEIN D 2 (92 aa). Note that previously + known as moaD." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN D MOAD1 (MOLYBDOPTERIN CONVERTING FACTOR SMALL + SUBUNIT) (MOLYBDOPTERIN [MPT] CONVERTING FACTOR, SUBUNIT + 1)" + /protein_id="SIU01765.1" + /db_xref="InterPro:IPR003749" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR016155" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y520" + /translation="MIKVNVLYFGAVREACDETPREEVEVQNGTDVGNLVDQLQQKYP + RLRDHCQRVQMAVNQFIAPLSTVLGDGDEVAFIPQVAGG" + gene 3441033..3441701 + /locus_tag="BQ2027_MB3140" + CDS 3441033..3441701 + /locus_tag="BQ2027_MB3140" + /note="Mb3140, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv3113, len: + 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.6% identity in 222 aa overlap). Possible phosphatase + (EC 3.1.3.-), with weak similarity to other phosphatases + e.g. Q9KYY0|SCE33.02c from Streptomyces coelicolor (223 + aa), FASTA scores: opt: 368, E(): 1.2e-16, (32.9% identity + in 222 aa overlap); and Q55039|GPH_SYNP7|CBBZ + PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE from Synechococcus sp. strain + PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) (212 aa), FASTA scores: + opt: 176, E(): 0.00025, (24.7% identity in 182 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PHOSPHATASE" + /protein_id="SIU01766.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V3" + /db_xref="InterPro:IPR006439" + /db_xref="InterPro:IPR023198" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="InterPro:IPR041492" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V3" + /translation="MTSRDGFTIVCDWNGTLCDDRTILLDAVGQTLVNEGFEPLSQQQ + LIQRFARPLRTFFENACGRDLLTSEWERVQSTFRRIYRSREAEVTLVEDAYDVLAQGN + RSAAGQFLLSLAPHDELMHFVQKYGIAKWFNEIRGRTRPDQEKPMMLAELIMQRSLNP + TRVVHIGDSLEDAAAASAVGAISVLVTGASRQPPDRVMLKQLQPFVASSLKQALQYAG + GDGD" + gene 3441718..3442248 + /locus_tag="BQ2027_MB3141" + CDS 3441718..3442248 + /locus_tag="BQ2027_MB3141" + /note="Mb3141, -, len: 176 aa. Equivalent to Rv3114, len: + 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 176 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, with some similarity to Q9F9W7 CYTOSINE DEAMINASE + from Bifidobacterium longum (143 aa), FASTA scores: opt: + 207, E(): 2.2e-07, (37.05% identity in 108 aa overlap); + and Q9RV23|DR1207 CELL CYCLE PROTEIN MESJ, + PUTATIVE/CYTOSINE DEAMINASE-RELATED PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (600 aa), FASTA scores: opt: 212, + E(): 3.5e-07, (33.35% identity in 177 aa overlap). + Equivalent to AAK47536|MT3196 CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE + DEAMINASE FAMILY PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (187 aa) but shorter 11 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cytosine/adenosine deaminases" + /protein_id="SIU01767.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3B1" + /db_xref="InterPro:IPR002125" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B1" + /translation="MVAARLPFGWPADSGVTADIIEAAMELAIDTARHATAPFGAALL + DVTTLRAFSGGNTYFESGDRFAHAETNVLRAAMSTLPELSNHVLISTAEPCPMCAAAS + VLSGVRAIIFGTSIETLIQCGWFQIRISASDVVAASTRPTRPSVYSGFLSHKTDLLYR + NSENRRAMNPWTDPSH" + repeat_region 3442277..3442284 + /note="8 bp direct repeat, AGGAGGAG, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene 3442285..3443719 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-6" + repeat_region 3442358..3442372 + /locus_tag="BQ2027_IS1081-6" + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRL,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + gene 3442410..3443657 + /locus_tag="BQ2027_MB3142" + CDS 3442410..3443657 + /locus_tag="BQ2027_MB3142" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3142, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv3115, len: + 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 415 aa overlap). Probable IS1081 + transposase, similar to others. Has transposases, mutator + family, signature (PS01007). Other copies are + MTCY10G2.02c, MTCY441.35, MTCY77.03c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01768.1" + /db_xref="GOA:P60231" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P60231" + /translation="MTSSHLIDTEQLLADQLAQASPDLLRGLLSTFIAALMGAEADAL + CGAGYRERSDERSNQRNGYRHRDFDTRAATIDVAIPKLRQGSYFPDWLLQRRKRAERA + LTSVVATCYLLGVSTRRMERLVETLGVTKLSKSQVSIMAKELDEAVEAFRTRPLDAGP + YTFLAADALVLKVREAGRVVGVHTLIATGVNAEGYREILGIQVTSAEDGAGWLAFFRD + LVARGLSGVALVTSDAHAGLVAAIGATLPAAAWQRCRTHYAANLMAATPKPSWPWVRT + LLHSIYDQPDAESVVAQYDRVLDALTDKLPAVAEHLDTARTDLLAFTAFPKQIWRQIW + SNNPQERLNREVRRRTDVVGIFPDRASIIRLVGAVLAEQHDEWIEGRRYLGLEVLTRA + RAALTSTEEPAKQQTTNTPALTT" + repeat_region complement(3443667..3443681) + /note="15 bp perfect inverted repeat, IRR,TCGCGTGATCCTTCG, + flanking IS element IS1081." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 3443720..3443727 + /note="8 bp direct repeat, AGGAGGAG, flanking IS element + IS1081." + /rpt_type=DIRECT + gene 3443735..3444904 + /gene="moeB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3143" + CDS 3443735..3444904 + /gene="moeB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3143" + /standard_name="moeB" + /note="Mb3143, moeB2, len: 389 aa. Equivalent to Rv3116, + len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 389 aa overlap). Probable moeB2, + molybdopterin cofactor biosynthesis protein, equivalent to + Q9CCG8|MOEZ|ML0817 PROTEIN PROBABLY INVOLVED IN + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS from Mycobacterium leprae (395 + aa), FASTA scores: opt: 1433, E(): 8e-80, (57.8% identity + in 384 aa overlap). Very similar to members of the + HESA/MOEB/THIF family e.g. Q9FCL0|2SC3B6.02 PUTATIVE + SULFURYLASE from Streptomyces coelicolor (392 aa), FASTA + scores: opt: 1562, E(): 1.1e-87, (58.15% identity in 380 + aa overlap); Q9XC37|PDTORFF MOEB-LIKE PROTEIN (PUTATIVE + SULFURYLASE) from Pseudomonas stutzeri (Pseudomonas + perfectomarina) (391 aa), FASTA scores: opt: 1311, E(): + 2.1e-72, (52.4% identity in 395 aa overlap); + O54307|MPT|MOEB MPT-SYNTHASE SULFURYLASE from + Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) + (391 aa), FASTA scores: opt: 1238, E(): 5.7e-68, (51.4% + identity in 393 aa overlap); P74344|MOEB|SLL1536 + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEIN from Synechocystis + sp. strain PCC 6803 (392 aa), FASTA scores: opt: 1212, + E(): 2.2e-66, (46.5% identity in 398 aa overlap); etc. + Also highly similar to O05860|MTCY07D11.20|MOEB1|Rv3206c + PUTATIVE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (392 aa), FASTA + scores: opt: 1445, E(): 1.5e-80, (56.25% identity in 400 + aa overlap). BELONGS TO THE HesA /MoeB/ThiF FAMILY. Note + that previously known as moeB. Protein product from Mb3143 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3143 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN MOEB2 (MPT-SYNTHASE SULFURYLASE) (MOLYBDOPTERIN + SYNTHASE SULPHURYLASE)" + /protein_id="SIU01769.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y352" + /db_xref="InterPro:IPR000594" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR035985" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y352" + /translation="MTEALIPAPSQISLTRDEVRRYSRHLIIPDIGVNGQQRLKDARV + LCIGAGGLGSPALLYLAAAGVGTIGIIDGDHVDESNLQRQIIHGTSDVGRPKVESAAE + AVAEINPHVRVTQYREMLTHDNALEIFGDHDLIVDGTDNFTTRYLINDAAVLAGKPYV + WGSIYRFNGQTSVFWPGRGPCYRCLHPAPPPPGLVPSCAEGGVLGAICATIASIQVTE + VLKLLTGVGTPLVGRLLMYEALDATYHQIRIAKNPDCAICGDAPTITELVDDSVSCAS + TQSVDPELVISCDELRTKQQSDQNFLLVDVREPAEFDIAHIPGSILIPKGEIGSAAGL + AQLPLDKEIVLYCKSGIRSAQALTTLKAAGLHNVKHLDGGIAEWTRTIDSSLLVY" + gene 3444933..3445895 + /gene="cyp141" + /locus_tag="BQ2027_MB3144" + CDS 3444933..3445895 + /gene="cyp141" + /locus_tag="BQ2027_MB3144" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3144, cysA3, len: 320 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3117 and 3' end of Rv3121, len: 277 aa and 400 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 255 aa overlap and 56.7% identity in 150 aa overlap). + Probable cysA3, thiosulfate sulfurtransferase (EC + 2.8.1.1), equivalent to + Q50036|CYSA|CYSA3|ML2198|THTR_MYCLE PUTATIVE + SULFURTRANSFERASE THIOSULFATE from Mycobacterium leprae + (277 aa). Also highly similar to other putative + thiosulfate sulfurtransferases e.g. P16385|THTR_SACER|CYSA + from Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) + (281 aa), FASTA scores: opt: 1442, E(): 1.7e-84, (75.55% + identity in 274 aa overlap); Q9RXT9DR0217|DR0217 from + Deinococcus radiodurans (286 aa), FASTA scores: opt: 1046, + E(): 2.6e-59, (53.8% identity in 275 aa overlap); + Q9HMT7|TSSA|VNG2393G from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (293 aa), FASTA scores: opt: 1030, E(): 2.7e-58, (56.1% + identity in 278 aa overlap); Q9Y8N8|APE2595 from Aeropyrum + pernix (218 aa), FASTA scores: opt: 808, E(): 2.7e-44, + (53.5% identity in 215 aa overlap); etc. Identical second + copy present as + Rv0815c|AL022004|MTV043.07c|MT0837|O05793|cysA2 (277 aa) + (100.0% identity in 277 aa overlap). Also shows some + similarity to + P96888|THT2_MYCTU|SSEA|Rv3283|MT3382|MTCY71.23 PUTATIVE + THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE from Mycobacterium + tuberculosis (297 aa), FASTA scores: opt: 955, E(): + 1.6e-53, (50.2% identity in 271 aa overlap); and + Q59570|THT3_MYCTU|SSEB|Rv2291|MT2348|MTCY339.19c PUTATIVE + THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE from Mycobacterium + tuberculosis (284 aa), FASTA scores: E(): 1.4e-14, (26.7% + identity in 292 aa overlap). Contains rhodanese active + site and C-terminal signatures (PS00380, PS00683). BELONGS + TO THE RHODANESE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a large deletion of 2775 bp (RD12) + leads to the loss of the COOH part of cysA3, the following + CDSs, sseC1, moaE1, Rv3120 and a large part of cyp141 + except the COOH end, compared to the homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Protein product + from Mb3144 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3144 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cytochrome p450 141 cyp141" + /protein_id="SIU01770.1" + /db_xref="GOA:Q7TX80" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX80" + /translation="MARCDVLVSADWAESNLHAPKVVFVEVDEDTSAYDRDHIAGAIK + LDWRTDLQDPVKRDFVDAQQFSKLLSERGIANEDTVILYGGNNNWFAAYAYWYFKLYG + HEKVKLLDGGRKKWELDGRPLSSDPVSRPVTSYTASPPDNTIRAFRDEVLAAINVKNL + IDVRSPDEFSGKILAPAHLPQEQSQRPGHIPGAINVPWSRAANEDGTFKSDEELAKLY + ADAGLDNSKETIAYCRIGERSSHTWFVLRELLGHQNVNIAFGYGPHACPASAYSRMCL + TTFFTSLTQRFPQLQLARPFEDLERRGKGLHSVGIKELLVTWPT" + gene 3446273..3446743 + /locus_tag="BQ2027_MB3145" + CDS 3446273..3446743 + /locus_tag="BQ2027_MB3145" + /note="Mb3145, -, len: 155 aa. Equivalent to Rv3122, len: + 155 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 155 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3145 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01771.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y361" + /translation="MYSGCWINNQNGETRVGEDSLEDLEQRRARLYDQLAATGDFRRG + SISENYRRCGKPNCVCAQEGHPGHGPRYLWTRTVAGRGTKGRQLSVEEVDKVRAELAN + YHRFAQVSEQIVAVNEAICEARPPNPAATAPPAGTTGHKKGGSATRSRRSSPPS" + gene 3446753..3447247 + /locus_tag="BQ2027_MB3146" + CDS 3446753..3447247 + /locus_tag="BQ2027_MB3146" + /note="Mb3146, -, len: 164 aa. Equivalent to Rv3123, len: + 164 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 164 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, but N-terminus shares weak similarity with + N-terminal part of O93439|CMESO-1 BHLH TRANSCRIPTION + FACTOR from Gallus gallus (Chicken) (287 aa), FASTA + scores: opt: 129, E(): 0.81, (38.75% identity in 80 aa + overlap). Mb3146 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01772.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y355" + /translation="MRSRSVRWDPRCRPGRSGVGDPHCDDPAGLLAAGAAAGRQHRAP + GPAHRLRARALRVVRRLPRQEPRYRAGPGPVAPRLLPLPHLRAWDGAPWIWNLATAIL + PEATPIVDLYHARQHVHDLAGQLAPALGEHHSDWLTARLVDLDSGDIETLVQQPIGQH + TGHT" + gene 3447690..3448559 + /gene="moar1" + /locus_tag="BQ2027_MB3147" + CDS 3447690..3448559 + /gene="moar1" + /locus_tag="BQ2027_MB3147" + /note="Mb3147, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv3124, len: + 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein, similar to many + Streptomyces and Mycobacterium tuberculosis regulatory + proteins e.g. Q11052|YC67_MYCTU|Rv1267c|MT1305|MTCY50.15 + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (388 aa), + FASTA scores: opt: 963, E(): 2e-56, (55.15% identity in + 252 aa overlap); O53145 from Mycobacterium tuberculosis + (381 aa); P71484|EMBR from Mycobacterium avium (384 aa), + FASTA scores: opt: 859, E(): 1.5e-49, (52.2% identity in + 249 aa overlap); Q9XCC3|TYLT from Streptomyces fradiae + (404 aa), FASTA scores: opt: 462, E(): 3.1e-23, (35.05% + identity in 254 aa overlap); Q9XCC4|TYLS from Streptomyces + fradiae (277 aa), FASTA scores: opt: 456, E(): 5.6e-23, + (33.45% identity in 269 aa overlap); etc. Start chosen by + similarity, alternative possible (see AAK47548 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551, longer + N-terminus (311 aa))." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein moar1" + /protein_id="SIU01773.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y367" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR005158" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y367" + /translation="MQFNVLGPLELNLRGTKLPLGTPKQRAVLAMLLLSRNQVVAADA + LVQAIWEKSPPARARRTVHTYICNLRRTLSDAGVDSRNILVSEPPGYRLLIGDRQQCD + LDRFVAAKESGLRASAKGYFSEAIRYLDSALQNWRGPVLGDLRSFMFVQMFSRALTED + ELLVHTKLAEAAIACGRADVVIPKLERLVAMHPYRESLWKQLMLGYYVNEYQSAAIDA + YHRLKSTLAEELGVEPAPTIRALYHKILRQLPMDDLVGRVTRGRVDLRGGNGAKVEEL + TESDKDLLPIGLA" + gene complement(3448660..3449835) + /gene="PPE49" + /locus_tag="BQ2027_MB3148C" + CDS complement(3448660..3449835) + /gene="PPE49" + /locus_tag="BQ2027_MB3148C" + /note="Mb3148c, PPE49, len: 391 aa. Equivalent to Rv3125c, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 391 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family, similar to other e.g. + P95247|Rv2352c|MTCY98.21c (391 aa), FASTA scores: opt: + 1576, E(): 3.8e-72, (62.55% identity in 398 aa overlap), + MTCY98.0029c, MTCY03A2.22c, MTCY10G2.10, MTCY02B10.25c, + MTCI364.08, M TCY21C12.09c, MTCY48.17." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe49" + /protein_id="SIU01774.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y376" + /translation="MVLGFSWLPPEINSARMFAGAGSGPLFAAASAWEGLAVDLWASA + SSFESVLAALTTGPWTGPASMSMAAAASPYVGWLSTVASQAQLAAIQARAAATAFEAA + LAATVHPTAVTANRVSLASLIAANVLGQNTPAIAATEFDYLEMWAQDVAAMVGYHAGA + KSVAATLAPFSLPPVSLAGLAAQVGTQVAGMATTASAAVTPVVEGAMASVPTVMSGMQ + SLVSQLPLQHASMLFLPVRILTSPITTLASMARESATRLGPPAGGLAAANTPNPSGAA + IPAFKPLGGRELGAGMSAGLGQAQLVGSMSVPPTWQGSIPISMASSAMSGLGVPPNPV + ALTQAAGAAGGGMPMMLMPMSISGAGAGMPGGLMDRDGAGWHVTQARLTVIPRTGVG" + gene complement(3449992..3450306) + /locus_tag="BQ2027_MB3149C" + CDS complement(3449992..3450306) + /locus_tag="BQ2027_MB3149C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3149c, -, len: 104 aa. Equivalent to Rv3126c, + len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 104 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Shortened version of MTCY164.36c, avoiding + overlap." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01775.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y521" + /translation="MVIRFDQIGSLVLSMKSLASLSFQRCLRENSSLVAALDRLDAAV + DELSALSFDALTTPERDRARRDRDHHPWSRSRSQLSPRMAHGAVHQCQWPKAVWAVID + NP" + gene 3450331..3451365 + /locus_tag="BQ2027_MB3150" + CDS 3450331..3451365 + /locus_tag="BQ2027_MB3150" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3150, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv3127, len: + 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 344 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to Mycobacterium tuberculosis protein + O53476|Rv2032|MTV018.19 (331 aa), FASTA scores: opt: 1212, + E(): 6e-69, (56.7% identity in 321 aa overlap), and also + similar to P95195|MTCY03A2.27c (332 aa), FASTA scores: + opt: 521, E(): 1.6e-25; (35.0% identity in 326 aa + overlap). Some similarity to C-terminal half of + hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins. Protein + product from Mb3150 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3150 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nitroreductase" + /protein_id="SIU01776.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W2" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W2" + /translation="MLKNAVLLACRAPSVHNSQPWRWVAESGSEHTTVHLFVNRHRTV + PATDHSGRQAIISCGAVLDHLRIAMTAAHWQANITRFPQPNQPDQLATVECSPIDHVT + AGQRNRAQAILQRRTDRLPFDSPMYWHLFEPALRDAVDKDVAMLDVVSDDQRTRLVVA + SQLSEVLRRDDPYYHAELEWWTSPFVLAHGVPPDTLASDAERLRVDLGRDFPVRSYQN + RRAELADDRSKVLVLSTPSDTRADALRCGEVLSTILLECTMAGMATCTLTHLIESSDS + RDIVRGLTRQRGEPQALIRVGIAPPLAAVPAPTPRRPLDSVLQIRQTPEKGRNASDRN + ARETGWFSPP" + gene complement(3451352..3451702) + /locus_tag="BQ2027_MB3151C" + CDS complement(3451352..3451702) + /locus_tag="BQ2027_MB3151C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3151c, -, len: 116 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3128c, len: 337 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100% identity in 116 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other conserved + hypothetical proteins. This ORF corresponds to a fusion of + MTCY164.38 and MTCY164.39c. Has in-frame amber stop codon + but is similar throughout its length to + Rv2807|MTCY16B7.36c|Z81331 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (384 aa), FASTA scores: + opt: 954, E(): 0, (47.2% identity in 339 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3128c exists as a single gene + with an in-frame amber stop codon. In Mycobacterium bovis, + Rv3128c is split into 2, Mb3151c and Mb3152c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01777.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C7" + /translation="MLNRMWKLVNDRLNYLTPTIKPIGYASSADGRRRRLYDAPQTPL + DRPLAARVLSAAQQADLITYRDSLNPAQIGRKIADLQNRLLILAKEKTEQLYLANIPT + ALPDIHKGILIKAG" + gene complement(3451784..3452365) + /locus_tag="BQ2027_MB3152C" + CDS complement(3451784..3452365) + /locus_tag="BQ2027_MB3152C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3152c, -, len: 193 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3128c, len: 337 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 193 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to other conserved + hypothetical proteins. This ORF corresponds to a fusion of + MTCY164.38 and MTCY164.39c. Has in-frame amber stop codon + but is similar throughout its length to + Rv2807|MTCY16B7.36c|Z81331 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (384 aa), FASTA scores: + opt: 954, E(): 0, (47.2% identity in 339 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3128c exists as a single gene + with an in-frame amber stop codon. In Mycobacterium bovis, + Rv3128c is split into 2, Mb3151c and Mb3152c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01778.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I6" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I6" + /translation="MWSASGGQCGKYLAASMVLQLDGLERHGVLEFGRDRYGPEVREE + LLAMSAASIDRYLKTAKAKDQISGVSTTKPSPLLRNSIKVRRAGDEVEAEPGFFEGDT + VAHCGPTLKGEFAHTLNLTDVHIGWVFTRTVRNNARTHILAGLKASVTEIPHGITGLD + FDNGTGFLNKPVISWAGDNGIYFTRFRPYKKNH" + gene 3452844..3453176 + /locus_tag="BQ2027_MB3153" + CDS 3452844..3453176 + /locus_tag="BQ2027_MB3153" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3153, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv3129, len: + 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with some similarity to various + hypothetical proteins from Streptomyces coelicolor e.g. + Q9RI34|SCJ12.26 HYPOTHETICAL 14.5 KDA PROTEIN (137 aa), + FASTA scores: opt: 141, E(): 0.0016, (39.3% identity in 84 + aa overlap); Q9RI49|SCJ12.09c HYPOTHETICAL 15.8 KDA + PROTEIN (146 aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.0017, + (38.05% identity in 92 aa overlap); Q9RJ05|SCJ1.09C + POSSIBLE DNA-BINDING PROTEIN (233 aa), FASTA scores: opt: + 140, E(): 0.0029, (34.85% identity in 89 aa overlap); + Q9XA48|SCGD3.31c PUTATIVE BRANCHED-CHAIN ALPHA KETO ACID + DEHYDROGENASE E1 BETA SUBUNIT (334 aa); etc. Mb3153 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative DNA-binding protein" + /protein_id="SIU01779.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y362" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR024747" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y362" + /translation="MVQGRTVLFRTAEGAKLFSAVAKCAVAFEADDHNVAEGWSVIVK + VRAQVLTTDAGVREAERAQLLPWTATLKRHCVRVIPWEITGRHFRFGPEPDRSQTFAC + EASSHNQR" + gene complement(3453159..3454550) + /gene="tgs1" + /locus_tag="BQ2027_MB3154C" + CDS complement(3453159..3454550) + /gene="tgs1" + /locus_tag="BQ2027_MB3154C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3154c, -, len: 463 aa. Equivalent to Rv3130c, + len: 463 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 463 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several other + hypothetical Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + proteins e.g. O06795|YH60_MYCTU|Rv1760|MTCY28.26 + HYPOTHETICAL 54.1 KDA PROTEIN (502 aa), FASTA scores: opt: + 586, E(): 9.8e-29, (28.95% identity in 463 aa overlap). + Protein product from Mb3154c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3154c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="triacylglycerol synthase (diacylglycerol + acyltransferase) tgs1" + /protein_id="SIU01780.1" + /db_xref="GOA:P0A651" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A651" + /translation="MNHLTTLDAGFLKAEDVDRHVSLAIGALAVIEGPAPDQEAFLSS + LAQRLRPCTRFGQRLRLRPFDLGAPKWVDDPDFDLGRHVWRIALPRPGNEDQLFELIA + DLMARRLDRGRPLWEVWVIEGLADSKWAILTKLHHCMADGIAATHLLAGLSDESMSDS + FASNIHTTMQSQSASVRRGGFRVNPSEALTASTAVMAGIVRAAKGASEIAAGVLSPAA + SSLNGPISDLRRYSAAKVPLADVEQVCRKFDVTINDVALAAITESYRNVLIQRGERPR + FDSLRTLVPVSTRSNSALSKTDNRVSLMLPNLPVDQENPLQRLRIVHSRLTRAKAGGQ + RQFGNTLMAIANRLPFPMTAWAVGLLMRLPQRGVVTVATNVPGPRRPLQIMGRRVLDL + YPVSPIAMQLRTSVAMLSYADDLYFGILADYDVVADAGQLARGIEDAVARLVAISKRR + KVTRRRGALSLVV" + gene 3454735..3455733 + /locus_tag="BQ2027_MB3155" + CDS 3454735..3455733 + /locus_tag="BQ2027_MB3155" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3155, -, len: 332 aa. Equivalent to Rv3131, len: + 332 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 332 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other hypothetical bacterial proteins e.g. + O53476|Rv2032|MTV018.19 (331 aa), FASTA scores: opt: 568, + E(): 2.5e-27, (36.7% identity in 321 aa overlap); + O05800|Rv3127|MTCY164.37 (344 aa), FASTA scores: opt: 521, + E(): 1.9e-24, (34.95% identity in 326 aa overlap); + Q9RI33|SCJ12.27c from Streptomyces coelicolor (335 aa), + FASTA scores: opt: 441, E(): 1.3e-19, (35.75% identity in + 319 aa overlap); Q9RI44|SCJ12.14 from Streptomyces + coelicolor (309 aa), FASTA scores: opt: 328, E(): 9.3e-13, + (27.9% identity in 308 aa overlap); Q9CBP5|ML1751 from + Mycobacterium leprae (721 aa), FASTA scores: opt: 137, + E(): 0.78, (26.15% identity in 298 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47555 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 but shorter 12 aa. Protein product from + Mb3155 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3155 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Dinucleotide-utilizing enzymes involved in + molybdopterin and thiamine biosynthesis family 2" + /protein_id="SIU01781.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y371" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y371" + /translation="MNTHFPDAETVRTVLTLAVRAPSIHNTQPWRWRVCPTSLELFSR + PDMQLRSTDPDGRELILSCGVALHHCVVALASLGWQAKVNRFPDPKDRCHLATIGVQP + LVPDQADVALAAAIPRRRTDRRAYSCWPVPGGDIALMAARAARGGVMLRQVSALDRMK + AIVAQAVLDHVTDEEYLRELTIWSGRYGSVAGVPARNEPPSDPSAPIPGRLFAGPGLS + QPSDVLPADDGAAILALGTETDDRLARLRAGEAASIVLLTATAMGLACCPITEPLEIA + KTRDAVRAEVFGAGGYPQMLLRVGWAPINADPLPPTPRRELSQVVEWPEELLRQRC" + gene complement(3455713..3457449) + /gene="devS" + /locus_tag="BQ2027_MB3156C" + CDS complement(3455713..3457449) + /gene="devS" + /locus_tag="BQ2027_MB3156C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3156c, devS, len: 578 aa. Equivalent to Rv3132c, + len: 578 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 578 aa overlap). devS, membrane-bound + two component sensor histidine kinase (EC 2.7.3.-) (see + citations below; dev for Differentially Expressed in + Virulent strain), similar to others two component sensors + e.g. Q9RI43|SCJ12.15c PUTATIVE TWO-COMPONENT SENSOR from + Streptomyces coelicolor (585 aa), FASTA scores: opt: 1305, + E(): 2.5e-69, (41.35% identity in 573 aa overlap); + Q9ZBY4|SCD78.15 PUTATIVE TWO COMPONENT SENSOR from + Streptomyces coelicolor (560 aa), FASTA scores: opt: 1194, + E(): 8.1e-63, (41.05% identity in 558 aa overlap); + O85371|CPRS TWO COMPONENT REGULATOR from Rhodococcus sp + (563 aa), FASTA scores: opt: 803, E(): 8.3e-40, (38.4% + identity in 552 aa overlap); Q9L094|SCC24.23 PUTATIVE + TWO-COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE from Streptomyces + coelicolor (similarity only in C-terminus for this one); + etc. Also highly similar to mycobacterium + O53473|Rv2027c|MTV018.14c PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN (573 + aa), FASTA scores: opt: 2333, E(): 7.6e-130, (61.45% + identity in 576 aa overlap). Protein product from Mb3156c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3156c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE DEVS" + /protein_id="SIU01782.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y364" + /db_xref="InterPro:IPR003018" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR011712" + /db_xref="InterPro:IPR029016" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y364" + /translation="MTTGGLVDENDGAAMRPLRHTLSQLRLHELLVEVQDRVEQIVEG + RDRLDGLVEAMLVVTAGLDLEATLRAIVHSATSLVDARYGAMEVHDRQHRVLHFVYEG + IDEETVRRIGHLPKGLGVIGLLIEDPKPLRLDDVSAHPASIGFPPYHPPMRTFLGVPV + RVRDESFGTLYLTDKTNGQPFSDDDEVLVQALAAAAGIAVANARLYQQAKARQSWIEA + TRDIATELLSGTEPATVFRLVAAEALKLTAADAALVAVPVDEDMPAADVGELLVIETV + GSAVASTVGRTIPVAGAVLREVFVNGIPRRVDRVDLEGLDELADAGPALLLPLRARGT + VAGVVVVLSQGGPGAFTDEQLEMMAAFADQAALAWQLATSQRRMRELDVLTDRDRIAR + DLHDHVIQRLFAIGLALQGAVPHERNPEVQQRLSDVVDDLQDVIQEIRTTIYDLHGAS + QGITRLRQRIDAAVAQFADSGLRTSVQFVGPLSVVDSALADQAEAVVREAVSNAVRHA + KASTLTVRVKVDDDLCIEVTDNGRGLPDEFTGSGLTNLRQRAEQAGGEFTLASVPGAS + GTVLRWSAPLSQ" + gene complement(3457446..3458099) + /gene="devR" + /locus_tag="BQ2027_MB3157C" + CDS complement(3457446..3458099) + /gene="devR" + /locus_tag="BQ2027_MB3157C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3157c, devR, len: 217 aa. Equivalent to Rv3133c, + len: 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). devR, two component + transcriptional regulator (see first citation below; dev + for Differentially Expressed in Virulent strain), highly + similar to several e.g. O85372|CPRR TWO COMPONENT + REGULATOR from Rhodococcus sp. (212 aa), FASTA scores: + opt: 868, E(): 6.2e-46, (65.05% identity in 206 aa + overlap); Q9RI42|SCJ12.16c PUTATIVE LUXR FAMILY + TWO-COMPONENT RESPONSE REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (233 aa), FASTA scores: opt: 849, E(): 9.7e-45, + (60.55% identity in 218 aa overlap); Q9XA59|SCGD3.19 + PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEM RESPONSE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (218 aa), FASTA + scores: opt: 835, E(): 6.5e-44, (61.55% identity in 208 aa + overlap); and similar to others. Contains bacterial + regulatory proteins, LuxR family signature (PS00622) near + C-terminus as seen in bvgA, comA, dctR, degU, evgA, fimZ, + fixJ, gacA, glpR, narL, narP, nodW, rcsB and uhpA. + Helix-turn-helix motif at 166-187 (+3.15 SD). BELONGS TO + THE LUXR/UHPA FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. THE + N-TERMINAL REGION IS SIMILAR TO THAT OF OTHER REGULATORY + COMPONENTS OF SENSORY TRANSDUCTION SYSTEMS. Protein + product from Mb3157c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3157c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + DEVR (PROBABLY LUXR/UHPA-FAMILY)" + /protein_id="SIU01783.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y377" + /db_xref="InterPro:IPR000792" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y377" + /translation="MVKVFLVDDHEVVRRGLVDLLGADPELDVVGEAGSVAEAMARVP + AARPDVAVLDVRLPDGNGIELCRDLLSRMPDLRCLILTSYTSDEAMLDAILAGASGYV + VKDIKGMELARAVKDVGAGRSLLDNRAAAALMAKLRGAAEKQDPLSGLTDQERTLLGL + LSEGLTNKQIADRMFLAEKTVKNYVSRLLAKLGMERRTQAAVFATELKRSRPPGDGP" + gene complement(3458127..3458933) + /locus_tag="BQ2027_MB3158C" + CDS complement(3458127..3458933) + /locus_tag="BQ2027_MB3158C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3158c, -, len: 268 aa. Equivalent to Rv3134c, + len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 268 aa overlap). Conserved Ala-, + Val-rich protein (see citations below), related to other + hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. + O53474|Rv2028c|MTV018.15c (279 aa), FASTA scores: opt: + 562, E(): 3.2e-28, (40.65% identity in 273 aa overlap); + O06188|Rv2624c|MTCY01A10.08 (272 aa), FASTA scores: opt: + 458, E(): 1.1e-21, (36.55% identity in 271 aa overlap); + O53472|R2026c|MTV018.13c (294 aa), FASTA scores: opt: 232, + E(): 1.9e-07, (30.45% identity in 276 aa overlap); etc. + Shares some similarity with other hypothetical proteins + from Streptomyces coelicolor e.g. Q9RIZ8|SCJ1.16c (294 + aa), FASTA scores: opt: 207, E(): 6.9e-06, (28.9% identity + in 263 aa overlap); Q9K4L5|SC5F8.09 PUTATIVE + STRESS-INDUCIBLE PROTEIN (312 aa), FASTA scores: opt: 204, + E(): 1.1e-05, (28.4% identity in 271 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47558|MT3220 Universal stress protein + family from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (268 + aa). Rv3134c seems cotranscribed with devR-devS (see + second citation below). Protein product from Mb3158c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3158c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="universal stress protein family protein" + /protein_id="SIU01784.1" + /db_xref="InterPro:IPR006015" + /db_xref="InterPro:IPR006016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y386" + /translation="MSDPRPARAVVVGIDGSRAATHAALWAVDEAVNRDIPLRLVYVI + DPSQLSAAGEGGGQSAARAALHDASRKVEATGQPVKIETEVLCGRPLTKLMQESRSAA + MLCVGSVGLDHVRGRRGSVAATLAGSALCPVAVIHPSPAEPATTSQVSAVVAEVDNGV + VLRHAFEEARLRGVPLRAVAVHAAETPDDVEQGSRLAHVHLSRRLAHWTRLYPEVRVD + RAIAGGSACRHLAANAKPGQLFVADSHSAHELCGAYQPGCAVLTVRSANL" + gene 3459518..3460663 + /gene="PPE50" + /locus_tag="BQ2027_MB3159" + CDS 3459518..3460663 + /gene="PPE50" + /locus_tag="BQ2027_MB3159" + /note="Mb3159, PPE50, len: 381 aa. Similar to 5' end of + Rv3135, len: 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (88.5% identity in 131 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis Ala-, Gly-rich PPE + family, similar to P95190|Rv3136|MTCY03A2.22c (380 aa), + FASTA scores: opt: 494, E(): 6.7e-25, (57.25% identity in + 131 aa overlap) (next ORF downstream), MTY21C12_9, + MTCY3C7_24, MTCI125_27, MTV049_12, MTV049_9, MTV049_11, + MTCY274_24 etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a large 1337 bp insertion leads to a + longer product with a different COOH part compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (381 aa + versus 132 aa). Protein product from Mb3159 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3159 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe50" + /protein_id="SIU01785.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y534" + /translation="MDYAFLPPEINSARMYSGPGPNSMLVAAASWDALAAELASAAEN + YGSVIARLTGMHWWGPASTSMLAMSAPYVEWLERTAAQTKQTATQARAAAAAFEQAHA + MTVPPALVTANRAELKALIASNLLGQNTAAIAAIEAQYAEMWAQDAAAMYGYATTSAA + ARQLTPFSSPQQTTNPAGLAAQNAAVTQAATNSAGNTPTALSQLSSFLSQAVEAPTGW + PNILPDDFTILDGILAAYATVGVTQDIESICAGIIGAENNLGLLGAASENPAELAPGA + FGIDAALSSAEKGAAASMHDAVLASAGRAGSIGPMSVPPSWATPSSTPVSALSGAGLT + TLDGTDVAEHGTPGLPGVPAGTDKRASGVIPRYGVRLTVMSRPPAAG" + gene 3461315..3462457 + /gene="PPE51" + /locus_tag="BQ2027_MB3160" + CDS 3461315..3462457 + /gene="PPE51" + /locus_tag="BQ2027_MB3160" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3160, PPE51, len: 380 aa. Equivalent to Rv3136, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 380 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis Ala-, Gly-rich PPE family, + similar to Q9AGF0|Ov2770c Rv2770c-LIKE PROTEIN from M. + microti (397 aa), FASTA scores: opt: 917, E(): 9e-41, + (46.15% identity in 388 aa overlap); + O33312|Rv2770c|MTV002.35c, MTV002_36, MTCI125_26, + MTCY10G2_10, MTCI364_8, MTV049_28, MTV049_29, etc. TBparse + score is 0.923. Protein product from Mb3160 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3160 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe51" + /protein_id="SIU01786.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W9" + /translation="MDFALLPPEVNSARMYTGPGAGSLLAAAGGWDSLAAELATTAEA + YGSVLSGLAALHWRGPAAESMAVTAAPYIGWLYTTAEKTQQTAIQARAAALAFEQAYA + MTLPPPVVAANRIQLLALIATNFFGQNTAAIAATEAQYAEMWAQDAAAMYGYATASAA + AALLTPFSPPRQTTNPAGLTAQAAAVSQATDPLSLLIETVTQALQALTIPSFIPEDFT + FLDAIFAGYATVGVTQDVESFVAGTIGAESNLGLLNVGDENPAEVTPGDFGIGELVSA + TSPGGGVSASGAGGAASVGNTVLASVGRANSIGQLSVPPSWAAPSTRPVSALSPAGLT + TLPGTDVAEHGMPGVPGVPVAAGRASGVLPRYGVRLTVMAHPPAAG" + gene complement(3462466..3462798) + /locus_tag="BQ2027_MB3160A" + CDS complement(3462466..3462798) + /locus_tag="BQ2027_MB3160A" + /note="Mb3160A, len: 110 aa. Equivalent to Rv3136A len: + 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Transferred from + H37Rv annotation using Rapid Annotation Transfer Tool + (Nucleic Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved + protein. Mb3160A found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU01787.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3E3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E3" + /translation="MGWEFGVLLILIAVLAVFLAPRLIPRGPRGDLASGTLLVTGVSP + RPDAGGQQYVTIAGIITGPTVNEYAVYQRMAVDVDQWPTVGQILPVVYSPKNPDNWTF + TPNGPPVG" + gene 3462914..3463696 + /locus_tag="BQ2027_MB3161" + CDS 3462914..3463696 + /locus_tag="BQ2027_MB3161" + /note="Mb3161, -, len: 260 aa. Equivalent to Rv3137, len: + 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 260 aa overlap). Probable + monophosphatase (EC 3.1.3.-), equivalent to + O32889|MLCB1779_19|ML0662 PUTATIVE MONOPHOSPHATASE from + Mycobacterium leprae (255 aa), FASTA scores: opt: 1403, + E(): 1.2e-81, (81.8% identity in 253 aa overlap). Also + similar to Q9K4B1|SC7E4.05c from Streptomyces coelicolor + (266 aa), FASTA scores: opt: 969, E(): 3.5e-54, (57.9% + identity in 259 aa overlap); Q53743|PUR3 MONO-PHOSPHATASE + from Streptomyces lipmanii (Streptomyces alboniger) (273 + aa), FASTA scores: opt: 862, E(): 2.1e-47, (55.25% + identity in 257 aa overlap); BAB50023|MLL3039 + MONO-PHOSPHATASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (262 aa), FASTA scores: opt: 448, E(): 3.2e-21, (31.37% + identity in 255 aa overlap); etc. Contains inositol + monophosphatase family signature 1 (PS00629). Protein + product from Mb3161 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MONOPHOSPHATASE" + /protein_id="SIU01788.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K2" + /db_xref="InterPro:IPR000760" + /db_xref="InterPro:IPR011809" + /db_xref="InterPro:IPR020583" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K2" + /translation="MSHDDLMLALALADRADELTRVRFGALDLRIDTKPDLTPVTDAD + RAVESDVRQTLGRDRPGDGVLGEEFGGSTTFTGRQWIVDPIDGTKNFVRGVPVWASLI + ALLEDGVPSVGVVSAPALQRRWWAARGRGAFASVDGARPHRLSVSSVAELHSASLSFS + SLSGWARLGLRERFIGLTDTVWRVRAYGDFLSYCLVAEGAVDIAAEPQVSVWDLAALD + IVVREAGGRLTSLDGVAGPHGGSAVATNGLLHDEVLTRLNAG" + gene 3463716..3464804 + /gene="pflA" + /locus_tag="BQ2027_MB3162" + CDS 3463716..3464804 + /gene="pflA" + /locus_tag="BQ2027_MB3162" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3162, pflA, len: 362 aa. Equivalent to Rv3138, + len: 362 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 362 aa overlap). Probable pflA, + pyruvate formate lyase activating protein (EC 1.97.1.4), + similar to other e.g. Q9V0N1|PAB1859 from Pyrococcus + abyssi (348 aa), FASTA scores: opt: 926, E(): 1.1e-52, + (39.95% identity in 343 aa overlap); O27446|MTH1395 from + Methanobacterium thermoautotrophicum (335 aa), FASTA + scores: opt: 909, E(): 1.3e-51, (42.2% identity in 327 aa + overlap); O28939|AF1330 from Archaeoglobus fulgidus (336 + aa), FASTA scores: opt: 884, E(): 5.6e-50, (42.0% identity + in 319 aa overlap); etc. Also similar to O50099|PH1391 + HYPOTHETICAL 40.2 KDA PROTEIN from Pyrococcus horikoshii + (348 aa), FASTA scores: opt: 934, E(): 3.3e-53, (40.5% + identity in 343 aa overlap); and other hypothetical + proteins. TBparse score is 0.881. Mb3162 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PYRUVATE FORMATE LYASE ACTIVATING + PROTEIN PFLA (FORMATE ACETYLTRANSFERASE ACTIVATING ENZYME) + ([PYRUVATE FORMATE-LYASE] ACTIVATING ENZYME)" + /protein_id="SIU01789.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y372" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR016431" + /db_xref="InterPro:IPR027596" + /db_xref="InterPro:IPR034457" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y372" + /translation="MSDPFTIATKHWHRLHDSRIQCDVCPRACKLHEGQRGLCFVRGR + FDDQVKLTSYGRSSGFCVDPIEKKPLNHFLPGSATLSFGTAGCNLACKFCQNWDISKS + REIDVLANRAAPADIARTAHELGCRSVAFTYNDPTIFWEYAADVADACHDQGIKAVAV + TAGYMCPEPRAEFYRRVDAANVDLKAFTEDFYRKVCVSHLRNVLDTLAYLRHQTNVWL + EITTLLIPGRNDSDAEVAAECRWIRENLGVDVPVHFTASHPDYKMMDTPATLPATLTR + AREIGIGEGLRFVYTGNVHDAVGGSTSCPGCRATVIVRDWYSIRHYALTEDGRCQACG + YQMPGVYDGPAGHWGQRRLPLLTSLSRM" + gene 3464884..3466290 + /gene="fadE24" + /locus_tag="BQ2027_MB3163" + CDS 3464884..3466290 + /gene="fadE24" + /locus_tag="BQ2027_MB3163" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3163, fadE24, len: 468 aa. Equivalent to Rv3139, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 468 aa overlap). Probable fadE24, + acyl-CoA dehydrogenase (1.3.99.-), equivalent to + O32890|MLCB1779.30|FADE24|ML0661 PUTATIVE ACYL-CoA + DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (465 aa), FASTA + scores: opt: 2587, E(): 4e-153, (83.6% identity in 464 aa + overlap). Similar to other e.g. Q9HUH0|PA4995 from + Pseudomonas aeruginosa (429 aa), FASTA scores: opt: 1139, + E(): 2.8e-63, (45.3% identity in 426 aa overlap); + Q9K6D0|MMGC|BH3799 from Bacillus halodurans (379 aa), + FASTA scores: opt: 603, E(): 4.7e-30, (30.3% identity in + 366 aa overlap); Q9K6D1|ACDA|BH3798 from Bacillus + halodurans (380 aa), FASTA scores: opt: 601, E(): 6.3e-30, + (32.25% identity in 363 aa overlap); etc. Contains + acyl-CoA dehydrogenases signature 2 (PS00073) near + C-terminus. BELONGS TO THE ACYL-CoA DEHYDROGENASES FAMILY. + TBparse score is 0.881. Protein product from Mb3163 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3163 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE24" + /protein_id="SIU01790.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y393" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y393" + /translation="MTNTTSAANAAKPSGARTDRRGRTTGVGLAPHKRTGIDVALALL + TPIVGQEFLDKYRLRDPLNRSLRYGVKTMFATAGAATRQFQRVQGLRGGPTRLKSSGR + DYFDLTPDDDQKLIIETVDEFAEEVLRPAAHDADDAATYPSDLTAKAAELGITAINIP + EDFDGIAEHRSSVTNVLVAEALAYGDMGLALPILAPGGVASALTHWGSADQQATYLKE + FAGENVPQACVAITEPQPLFDPTRLKTTAVRTPSGYRLDGVKSLIPAAADAELFIVGA + QLGGKPALFIVESAASGLTVKADPSMGIRGAALGQVELCGVSVPLNARLGEDEASDND + YSEALALARLGWAALAVGTSHAVLDYVVPYVKQRQAFGEPIAHRQAVAFMCANIAIEL + DGLRLITWRGASRAEQGLPFAREAALAKRLGSDKGMQIGLDGVQLLGGHGYTKEHPVE + RWYRDLRAIGVAEGVVVI" + gene 3466311..3467516 + /gene="fadE23" + /locus_tag="BQ2027_MB3164" + CDS 3466311..3467516 + /gene="fadE23" + /locus_tag="BQ2027_MB3164" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3164, fadE23, len: 401 aa. Equivalent to Rv3140, + len: 401 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 401 aa overlap). Probable fadE23, + acyl-CoA dehydrogenase (1.3.99.-) (see citation below), + equivalent to O32891|MLCB1779.31|FADE23|ML0660 PUTATIVE + ACYL-CoA DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (400 aa), + FASTA scores: opt: 2307, E(): 3e-136, (89.5% identity in + 401 aa overlap). Also similar to others e.g. Q9HUH1|PA4994 + from Pseudomonas aeruginosa (402 aa), FASTA scores: opt: + 1558, E(): 1.2e-89, (61.0% identity in 400 aa overlap); + O31251 from Acinetobacter sp. ADP1 (401 aa), FASTA scores: + opt: 1509, E(): 1.3e-86, (58.2% identity in 402 aa + overlap); Q9K6D1|ACDA OR BH3798 from Bacillus halodurans + (380 aa), FASTA scores: opt: 612, E(): 8.4e-31, (38.2% + identity in 293 aa overlap); Q9AHX9|FADFX from Pseudomonas + putida (375 aa), FASTA scores: opt: 584, E(): 4.6e-29, + (32.7% identity in 379 aa overlap); etc. COULD BELONG TO + THE ACYL-CoA DEHYDROGENASES FAMILY. TBparse score is + 0.890. Protein product from Mb3164 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3164 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-CoA DEHYDROGENASE FADE23" + /protein_id="SIU01791.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y382" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y382" + /translation="MAINLELPRKLQAIIVKTHQGAAEMMRPIARKYDLKEHAYPVEL + DTLINLFEGAAESFNFAGAHSLRDEDEGKDENHNGANMAAVVQTMEASWGDVAMMLSL + PYQGLGNAAISAVATDEQLERLGKVWAAMAITEPEFGSDSAAVSTTATLDGDEYVING + EKIFVTAGSRATHIVVWATLDKSLGRPAIKSFIVPREHPGVTVERLEHKLGIKGSDTA + VIRFDNARIPKGNLLGNPEIEVGKGFAGVMETFDNTRPIVAAMAVGIGRAALEEIRSV + LTGAGVEISYDKPSHTQSAAAAEFLRMEADWEASYLLSLRAAWQADNNIPNSKEASMS + KAKAGRMASDVTCKTVELAGTTGYSEQSLLEKWARDSKILDIFEGTQQIQQLVVARRL + LGLSSSELK" + gene 3467616..3468587 + /gene="fadB4" + /locus_tag="BQ2027_MB3165" + CDS 3467616..3468587 + /gene="fadB4" + /locus_tag="BQ2027_MB3165" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3165, fadB4, len: 323 aa. Equivalent to Rv3141, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). Probable fadB4, + quinone oxidoreductase (EC 1.6.5.5), showing strong + similarity to variety of quinone oxidoreductases and + domains in polyketide and fatty acid synthases e.g. + Q9HTV6|PA5234 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from Pseudomonas + aeruginosa (325 aa), FASTA scores: opt: 737, E(): 1.4e-35, + (39.65% identity in 328 aa overlap); Q9RYQ7|DRA0251 + PUTATIVE NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE from Deinococcus + radiodurans (336 aa), FASTA scores: opt: 688, E(): 1e-32, + (40.6% identity in 325 aa overlap); Q9RVG8|DR1061 PUTATIVE + NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE from Deinococcus radiodurans + (388 aa), FASTA scores: opt: 559, E(): 3.3e-25, (36.3% + identity in 325 aa overlap); BAB49685|MLL2594 PROBABLE + QUINONE OXIDOREDUCTASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (326 aa), FASTA scores: opt: 519, E(): 5.9e-23, + (34.25% identity in 330 aa overlap); Q9LXZ4|T5P19_110 + QUINONE REDUCTASE-LIKE PROTEIN from Arabidopsis thaliana + (348 aa), FASTA scores: opt: 517, E(): 8.1e-23, (33.55% + identity in 322 aa overlap); etc. Also similar to + Q9AA38|CC0770 ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE from + Caulobacter crescentus (325 aa), FASTA scores: opt: 673, + E(): 7.2e-32, (40.2% identity in 326 aa overlap); and + Q9ABX4|CC0096 ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE from + Caulobacter crescentus (332 aa), FASTA scores: opt: 623, + E(): 5.7e-29, (40.7% identity in 334 aa overlap). Also + resembles Mycobacterium tuberculosis proteins + P96826|Rv0149|MTCI5_23, MTCY13D12.11, MTCY24G1.03, + MTCY19H9.01. BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING ALCOHOL + DEHYDROGENASE FAMILY, QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBFAMILY. + TBparse score is 0.904. Thought to be differentially + expressed within host cells (see first citation below). + Protein product from Mb3165 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3165 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE FADB4 + (NADPH:QUINONE REDUCTASE) (ZETA-CRYSTALLIN)" + /protein_id="SIU01792.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y374" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y374" + /translation="MRAVRVTRLEGPDAVEVAEVEEPTSAGVVIEVHAAGVAFPDALL + TRGRYQYRPEPPFVLGAEIAGVVRSAPDNSQVRSGDRVVGLTMLTGGMAEVAVLSPER + VFKLPDNMTFEAGAGVLFNDLTVYFALAVRGRLQAGETVLVHGAAGGIGTSTLRLAPA + LGASRTVAVVSTQEKAELATVAGATDVVLAEGFKDAVQELTNGRGVDIVVDPVGGDRF + TDSLRSLAAGGRLLVIGFTGGEIPTVKVNRLLLNNIDVVGVGWGAWSLTHPDALAQQW + SQLERLLRSGKLPPPEPVVYPLDQAAAAIASLENRTAKGKVVLRVRD" + gene complement(3468639..3469067) + /locus_tag="BQ2027_MB3166C" + CDS complement(3468639..3469067) + /locus_tag="BQ2027_MB3166C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3166c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv3142c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 142 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Equivalent to AAK47569 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but shorter 33 aa. Protein + product from Mb3166c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3166c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01793.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y388" + /translation="MTEQEMTEQWLEGCAVQRIMFRDGLVLNFDDYNELVISVPLQLT + LPAIETSPAEVVAIDPNDPADHERPLFDFAGATCTAFVWYDTGDLHLEFSDGHQIDVH + PDDRVTAWELYGKYHGYAACLAPGKLRVVRQDVADANGDQ" + gene 3469175..3469576 + /locus_tag="BQ2027_MB3167" + CDS 3469175..3469576 + /locus_tag="BQ2027_MB3167" + /note="Mb3167, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv3143, len: + 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Probable response + regulator, similar to other sensory transduction + regulatory proteins e.g. Q9X810|SC6G10.25 from + Streptomyces coelicolor (133 aa), FASTA scores: opt: 474, + E(): 2.8e-24, (54.15% identity in 120 aa overlap); + Q9KZ82|SCE25.04c from Streptomyces coelicolor (225 aa), + FASTA scores: opt: 144, E(): 0.016, (32.3% identity in 127 + aa overlap); Q9RZT4|DRB0029 from Deinococcus radiodurans + (416 aa), FASTA scores: opt: 145, E(): 0.024, (30.65% + identity in 124 aa overlap). SIMILAR TO OTHER REGULATORY + COMPONENTS OF SENSORY TRANSDUCTION SYSTEMS. Protein + product from Mb3167 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3167 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RESPONSE REGULATOR" + /protein_id="SIU01794.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y395" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y395" + /translation="MPDSSTALRILVYSDNVQTRERVMRALGKRLHPDLPDLTYVEVA + TGPMVIRQMDRGGIDLAILDGEATPTGGMGIAKQLKDELASCPPILVLTGRPDDTWLA + SWSRAEAAVPHPVDPIVLGRTVLSLLRAPAH" + gene complement(3469609..3470838) + /gene="PPE52" + /locus_tag="BQ2027_MB3168C" + CDS complement(3469609..3470838) + /gene="PPE52" + /locus_tag="BQ2027_MB3168C" + /note="Mb3168c, PPE52, len: 409 aa. Equivalent to Rv3144c, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 409 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PPE family, Gly-, Ala-rich, similar to others + e.g. P71868|Rv3533c|MTCY03C7.23 (582 aa), FASTA scores: + opt: 1007, E(): 5.2e-35, (56.2% identity in 306 aa + overlap); and MTV014_3, MTCY6G11_5, MTCY98.0034c, + MTCY31.06c, MTCY48.17, MTCY98.0029c, MTCY03C7.17c, etc. + Protein product from Mb3168c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3168c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe52" + /protein_id="SIU01795.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y535" + /translation="MSFVVLPPEINSLRMFIGAGTAPMLAAAAAWDGLAEELGTAAQS + FASVTAGLAGQAWQGPAALAMAAAAAPYAGWLTAAAAQSAGAAGQARAVASIFEAAQA + ATVLPAAVAANRDAFVQLVMTNLFGQNAPLIAAAEGVYEEMWAADVAAMSGYYSGASA + IAAQVVPWASLLQRFPGLGAGATGATGGESVGTGATGGESVGTGGGESVGTGGATASG + GGVGYVGGGVASAGLAAGDPAHGSVGQGNFGGGDVGAGDVVASSATSAHAGVVSPGFI + GAPLALAALGQMARGGTNSAPGTATESARAPEPAASAPPEAVVEVPELEVPAMGVLPT + VDPKVAAKAAPLSTTRVGQSAGSGIPESTLRTAQGQQASETSAAEETAPSLRPEAAAG + QLRPRVRQDPKIQMRGG" + gene 3471203..3471589 + /gene="nuoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3169" + CDS 3471203..3471589 + /gene="nuoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3169" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3169, nuoA, len: 128 aa. Equivalent to Rv3145, + len: 128 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 128 aa overlap). Probable nuoA, + integral membrane NADH dehydrogenase, chain A (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAQ4|NUOA from + Streptomyces coelicolor (119 aa), FASTA scores: opt: 405, + E(): 5.4e-20, (68.75% identity in 128 aa overlap); + Q9RU86|DR1506 from Deinococcus radiodurans (160 aa), FASTA + scores: opt: 327, E(): 9e-15, (40.3% identity in 124 aa + overlap); BAB47039|NDHC from Triticum aestivum (Wheat), + FASTA scores: opt: 273, E(): 2.6e-11, (38.1% identity in + 126 aa overlap); etc. Also similar to a NADH-PLASTOQUINONE + OXIDOREDUCTASES e.g. P26303|NU3C_WHEAT|NDHC from Triticum + aestivum (Wheat) (120 aa), FASTA scores: opt: 273, E(): + 2.6e-1, (38.1% identity in 126 aa overlap). BELONGS TO THE + COMPLEX I SUBUNIT 3 FAMILY. TBparse score is 0.895. + Protein product from Mb3169 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3169 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN A) NUOA + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN A)" + /protein_id="SIU01796.1" + /db_xref="GOA:P65564" + /db_xref="InterPro:IPR000440" + /db_xref="InterPro:IPR023043" + /db_xref="InterPro:IPR038430" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65564" + /translation="MNVYIPILVLAALAAAFAVVSVVIASLVGPSRFNRSKQAAYECG + IEPASTGARTSIGPGAASGQRFPIKYYLTAMLFIVFDIEIVFLYPWAVSYDSLGTFAL + VEMAIFMLTVFVAYAYVWRRGGLTWD" + gene 3471598..3472152 + /gene="nuoB" + /locus_tag="BQ2027_MB3170" + CDS 3471598..3472152 + /gene="nuoB" + /locus_tag="BQ2027_MB3170" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3170, nuoB, len: 184 aa. Equivalent to Rv3146, + len: 184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 184 aa overlap). Probable nuoB, NADH + dehydrogenase, chain B (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAQ5|NUOB from Streptomyces coelicolor (184 aa), + FASTA scores: opt: 989, E(): 1.4e-56, (78.25% identity in + 184 aa overlap); Q56218|NQO6_THETH|NQO6 from Thermus + aquaticus (subsp. thermophilus) (181 aa), FASTA scores: + opt: 720, E(): 2.6e-39, (64.45% identity in 152 aa + overlap); Q9RU87|DR1505 from Deinococcus radiodurans (181 + aa), FASTA scores: opt: 719, E(): 3e-39, (62.6% identity + in 155 aa overlap); etc. BELONGS TO THE COMPLEX I 20 KDA + SUBUNIT FAMILY. MAY CONTAIN AN IRON-SULFUR 4FE-4S CLUSTER. + TBparse score is 0.912. Protein product from Mb3170 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3170 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN B) NUOB + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN B)" + /protein_id="SIU01797.1" + /db_xref="GOA:P65576" + /db_xref="InterPro:IPR006137" + /db_xref="InterPro:IPR006138" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65576" + /translation="MGLEEQLPGGILLSTVEKVAGYVRKNSLWPATFGLACCAIEMMA + TAGPRFDIARFGMERFSATPRQADLMIVAGRVSQKMAPVLRQIYDQMAEPKWVLAMGV + CASSGGMFNNYAIVQGVDHVVPVDIYLPGCPPRPEMLLHAILKLHEKIQQMPLGINRE + RAIAEAEEAALLARPTIEMRGLLR" + gene 3472149..3472859 + /gene="nuoC" + /locus_tag="BQ2027_MB3171" + CDS 3472149..3472859 + /gene="nuoC" + /locus_tag="BQ2027_MB3171" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3171, nuoC, len: 236 aa. Equivalent to Rv3147, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Probable nuoC, NADH + dehydrogenase, chain C (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAQ6|NUOC from Streptomyces coelicolor (251 aa), + FASTA scores: opt: 1113, E(): 2.6e-64, (67.35% identity in + 236 aa overlap); Q9A6X2|CC1954 from Caulobacter crescentus + (197 aa), FASTA scores: opt: 351, E(): 1.6e-15, (41.65% + identity in 132 aa overlap); BAB48757|MLL1369 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (201 aa), FASTA + scores: opt: 347, E(): 3e-15, (42.4% identity in 132 aa + overlap); etc. Also similar to Q9UUU0|NUGM NUGM PROTEIN + PRECURSOR (EC 1.6.99.3) from Yarrowia lipolytica (Candida + lipolytica) (281 aa), FASTA scores: opt: 356, E(): + 1.1e-15, (34.55% identity in 162 aa overlap). Also similar + to MTCY251.05, FASTA score: E():4.9e-05. Equivalent to + AAK47574 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + but longer 26 aa. BELONGS TO THE COMPLEX I 30 KDA SUBUNIT + FAMILY. TBparse score is 0.893. Protein product from + Mb3171 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3171 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN C) NUOC + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN C)" + /protein_id="SIU01798.1" + /db_xref="GOA:P65572" + /db_xref="InterPro:IPR001268" + /db_xref="InterPro:IPR010218" + /db_xref="InterPro:IPR037232" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65572" + /translation="MSPPNQDAQEGRPDSPTAEVVDVRRGMFGVSGTGDTSGYGRLVR + QVVLPGSSPRPYGGYFDDIVDRLAEALRHERVEFEDAVEKVVVYRDELTLHVRRDLLP + RVAQRLRDEPELRFELCLGVSGVHYPHETGRELHAVYPLQSITHNRRLRLEVSAPDSD + PHIPSLFAIYPTNDWHERETYDFFGIIFDGHPALTRIEMPDDWQGHPQRKDYPLGGIP + VEYKGAQIPPPDERRGYN" + gene 3472859..3474181 + /gene="nuoD" + /locus_tag="BQ2027_MB3172" + CDS 3472859..3474181 + /gene="nuoD" + /locus_tag="BQ2027_MB3172" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3172, nuoD, len: 440 aa. Equivalent to Rv3148, + len: 440 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 440 aa overlap). Probable nuoD, NADH + dehydrogenase, chain B (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAQ7|NUOD from Streptomyces coelicolor (440 aa), + FASTA scores: opt: 2198, E(): 1e-131, (73.9% identity in + 429 aa overlap); P15689|NUCM_PARTE from Paramecium + tetraurelia (400 aa), FASTA scores: opt: 922, E(): + 5.8e-51, (38.5% identity in 408 aa overlap); + Q9RU89|NUOD_DEIRA|DR1503 from Deinococcus radiodurans (401 + aa), FASTA scores: opt: 922, E(): 5.8e-51, (47.75% + identity in 404 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47575 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 but longer + 42 aa. Contains helix-turn-helix motif at aa 340-361. + BELONGS TO THE COMPLEX I 49 KDA SUBUNIT FAMILY. Protein + product from Mb3172 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3172 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN D) NUOD + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN D)" + /protein_id="SIU01799.1" + /db_xref="GOA:P65570" + /db_xref="InterPro:IPR001135" + /db_xref="InterPro:IPR014029" + /db_xref="InterPro:IPR022885" + /db_xref="InterPro:IPR029014" + /db_xref="InterPro:IPR038290" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65570" + /translation="MTAIADSAGGAGETVLVAGGQDWQQVVDAARSADPGERIVVNMG + PQHPSTHGVLRLILEIEGETVVEARCGIGYLHTGIEKNLEYRYWTQGVTFVTRMDYLS + PFFNETAYCLGVEKLLGITDEIPERVNVIRVLMMELNRISSHLVALATGGMELGAMTP + MFVGFRAREIVLTLFEKITGLRMNSAYIRPGGVAQDLPPNAATEIAEALKQLRQPLRE + MGELLNENAIWKARTQGVGYLDLTGCMALGITGPILRSTGLPHDLRKSEPYCGYQHYE + FDVITDDSCDAYGRYMIRVKEMWESMKIVEQCLDKLRPGPTMISDRKLAWPADLQVGP + DGLGNSPKHIAKIMGSSMEALIHHFKLVTEGIRVPAGQVYVAVESPRGELGVHMVSDG + GTRPYRVHYRDPSFTNLQSVAAMCEGGMVADLIAAVASIDPVMGGVDR" + gene 3474178..3474936 + /gene="nuoE" + /locus_tag="BQ2027_MB3173" + CDS 3474178..3474936 + /gene="nuoE" + /locus_tag="BQ2027_MB3173" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3173, nuoE, len: 252 aa. Equivalent to Rv3149, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Probable nuoE, NADH + dehydrogenase, chain E (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAQ8|NUOE from Streptomyces coelicolor (290 aa), + FASTA scores: opt: 1002, E(): 5.7e-55, (69.5% identity in + 213 aa overlap); P40915|NUHM_NEUCR|NUO-24 from Neurospora + crassa (263 aa), FASTA scores: opt: 412, E(): 1.9e-18, + (38055% identity in 192 aa overlap); P19234|NUHM_RAT from + Rattus norvegicus (Rat) (241 aa), FASTA scores: opt: 410, + E(): 2.4e-18, (23.9% identity in 237 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE COMPLEX I 24 KDA SUBUNIT FAMILY. BINDS A + 2FE-2S CLUSTER (POTENTIAL). Protein product from Mb3173 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3173 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN E) NUOE + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN E)" + /protein_id="SIU01800.1" + /db_xref="GOA:P65574" + /db_xref="InterPro:IPR002023" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="InterPro:IPR041921" + /db_xref="InterPro:IPR042128" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65574" + /translation="MTQPPGQPVFIRLGPPPDEPNQFVVEGAPRSYPPDVLARLEVDA + KEIIGRYPDRRSALLPLLHLVQGEDSYLTPAGLRFCADQLGLTGAEVSAVASFYTMYR + RRPTGEYLVGVCTNTLCAVMGGDAIFDRLKEHLGVGHDETTSDGVVTLQHIECNAACD + YAPVVMVNWEFFDNQTPESARELVDSLRSDTPKAPTRGAPLCGFRQTSRILAGLPDQR + PDEGQGGPGAPTLAGLQVARKNDMQAPPTPGADE" + gene 3474933..3476270 + /gene="nuoF" + /locus_tag="BQ2027_MB3174" + CDS 3474933..3476270 + /gene="nuoF" + /locus_tag="BQ2027_MB3174" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3174, nuoF, len: 445 aa. Equivalent to Rv3150, + len: 445 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 445 aa overlap). Probable nuoF, NADH + dehydrogenase, chain F (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAQ9|NUOF_STRCO from Streptomyces coelicolor (449 + aa), FASTA scores: opt: 2314, E(): 3.5e-139, (76.25% + identity in 434 aa overlap); NUF2_RHIME from Rhizobium + meliloti (421 aa), FASTA scores: opt: 1545, E(): 1.8e-90, + (53.1% identity in 424 aa overlap); Q9RU92|DR1500 from + Deinococcus radiodurans (444 aa), FASTA scores: opt: 1445, + E(): 4.1e-84, (52.9% identity in 427 aa overlap); etc. + Contains respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd + subunit signature 2 (PS00645). BELONGS TO THE COMPLEX I 51 + KDA SUBUNIT FAMILY. COFACTOR: FMN AND ONE 4FE-4S CLUSTER + (PROBABLE). Protein product from Mb3174 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3174 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN F) NUOF + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN F)" + /protein_id="SIU01801.1" + /db_xref="GOA:P65568" + /db_xref="InterPro:IPR001949" + /db_xref="InterPro:IPR011537" + /db_xref="InterPro:IPR011538" + /db_xref="InterPro:IPR019554" + /db_xref="InterPro:IPR019575" + /db_xref="InterPro:IPR037207" + /db_xref="InterPro:IPR037225" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65568" + /translation="MTTQATPLTPVISRHWDDPESWTLATYQRHDRYRGYQALQKALT + MPPDDVISIVKDSGLRGRGGAGFATGTKWSFIPQGDTGAAAKPHYLVVNADESEPGTC + KDIPLMLATPHVLIEGVIIAAYAIRAHHAFVYVRGEVVPVLRRLHNAVAEAYAAGFLG + RNIGGSGFDLELVVHAGAGAYICGEETALLDSLEGRRGQPRLRPPFPAVAGLYGCPTV + INNVETIASVPSIILGGIDWFRSMGSEKSPGFTLYSLSGHVTRPGQYEAPLGITLREL + LDYAGGVRAGHRLKFWTPGGSSTPLLTDEHLDVPLDYEGVGAAGSMLGTKALEIFDET + TCVVRAVRRWTEFYKHESCGKCTPCREGTFWLDKIYERLETGRGSHEDIDKLLDISDS + ILGKSFCALGDGAASPVMSSIKHFRDEYLAHVEGGGCPFDPRDSMLVANGVDA" + gene 3476267..3478687 + /gene="nuoG" + /locus_tag="BQ2027_MB3175" + CDS 3476267..3478687 + /gene="nuoG" + /locus_tag="BQ2027_MB3175" + /note="Mb3175, nuoG, len: 806 aa. Equivalent to Rv3151, + len: 806 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 806 aa overlap). Probable nuoG, NADH + dehydrogenase I, chain G (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAR0|NUOG_STRCO from Streptomyces coelicolor (843 + aa), FASTA scores: opt: 1968, E(): 5.2e-107, (62.45% + identity in 818 aa overlap); P56914|NUG2_RHIME from + Rhizobium meliloti (853 aa), FASTA scores: opt: 964, E(): + 1.6e-48, (30.6% identity in 840 aa overlap); etc. But also + similarity with other proteins e.g. P77908|FDHA FORMATE + DEHYDROGENASE, ALPHA SUBUNIT (EC 1.2.1.43) (FORMATE + DEHYDROGENASE [NADP+]) from Moorella thermoacetica + (Clostridium thermoaceticum) (893 aa), FASTA scores: opt: + 928, E(): 2e-46, (28.65% identity in 865 aa overlap); and + Q9UUU3|NUAM NUAM PROTEIN PRECURSOR (EC 1.6.99.3) from + Yarrowia lipolytica (Candida lipolytica) (728 aa), FASTA + scores: opt: 894, E(): 1.7e-44, (31.95% identity in 676 aa + overlap). Equivalent to AAK47578 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but longer 15 aa. Contains + respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 kDa subunit + signature 2 (PS00642). BELONGS TO THE COMPLEX I 75 KDA + SUBUNIT FAMILY. COFACTOR: MAY BIND TWO 4FE-4S CLUSTER AND + ONE 2FE-2S CLUSTER. TBparse score is 0.887. Protein + product from Mb3175 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3175 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN G) NUOG + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN G)" + /protein_id="SIU01802.1" + /db_xref="GOA:P59962" + /db_xref="InterPro:IPR000283" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR006656" + /db_xref="InterPro:IPR006657" + /db_xref="InterPro:IPR006963" + /db_xref="InterPro:IPR009010" + /db_xref="InterPro:IPR010228" + /db_xref="InterPro:IPR019574" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59962" + /translation="MTQAADTDIRVGQPEMVTLTIDGVEISVPKGTLVIRAAELMGIQ + IPRFCDHPLLEPVGACRQCLVEVEGQRKPLASCTTVATDDMVVRTQLTSEIADKAQHG + VMELLLINHPLDCPMCDKGGECPLQNQAMSNGRTDSRFTEAKRTFAKPINISAQVLLD + RERCILCARCTRFSDQIAGDPFIDMQERGALQQVGIYADEPFESYFSGNTVQICPVGA + LTGTAYRFRARPFDLVSSPSVCEHCASGCAQRTDHRRGKVLRRLAGDDPEVNEEWNCD + KGRWAFTYATQPDVITTPLIRDGGDPKGALVPTSWSHAMAVAAQGLAAARGRTGVLVG + GRVTWEDAYAYAKFARITLGTNDIDFRARPHSAEEADFLAARIAGRHMAVSYADLESA + PVVLLVGFEPEDESPIVFLRLRKAARRHRVPVYTIAPFATGGLHKMSGRLIKTVPGGE + PAALDDLATGAVGDLLATPGAVIMVGERLATVPGGLSAAARLADTTGARLAWVPRRAG + ERGALEAGALPTLLPGGRPLADEVARAQVCAAWHIAELPAAAGRDADGILAAAADETL + AALLVGGIEPADFADPDAVLAALDATGFVVSLELRHSAVTERADVVFPVAPTTQKAGA + FVNWEGRYRTFEPALRGSTLQAGQSDHRVLDALADDMGVHLGVPTVEAAREELAALGI + WDGKHAAGPHIAATGPTQPEAGEAILTGWRMLLDEGRLQDGEPYLAGTARTPVVRLSP + DTAAEIGAADGEAVTVSTSRGSITLPCSVTDMPDRVVWLPLNSAGSTVHRQLRVTIGS + IVKIGAGS" + gene 3478803..3480035 + /gene="nuoH" + /locus_tag="BQ2027_MB3176" + CDS 3478803..3480035 + /gene="nuoH" + /locus_tag="BQ2027_MB3176" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3176, nuoH, len: 410 aa. Equivalent to Rv3152, + len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 410 aa overlap). Probable nuoH, + integral membrane NADH dehydrogenase I, chain H (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAR1 Q9XAR1|NUOH from + Streptomyces coelicolor (467 aa), FASTA scores: opt: 1630, + E(): 3.4e-90, (58.35% identity in 413 aa overlap); + Q9RU94|DR1498 from Deinococcus radiodurans (397 aa), FASTA + scores: opt: 1081, E(): 2e-57, (45.5% identity in 391 aa + overlap); Q9ZCF7|NUOH_RICPR|RP796 from Rickettsia + prowazekii (339 aa), FASTA scores: opt: 976, E(): 3.4e-51, + (46.2% identity in 329 aa overlap); etc. Contains + respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2 + (PS00668). Some similarity to MTCY251.02 (FASTA score: + E(): 1.2e-07). BELONGS TO THE COMPLEX I SUBUNIT 1 FAMILY. + Protein product from Mb3176 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3176 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN H) NUOH + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN H)" + /protein_id="SIU01803.1" + /db_xref="GOA:P65562" + /db_xref="InterPro:IPR001694" + /db_xref="InterPro:IPR018086" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65562" + /translation="MTTFGHDTWWLVAAKAIAVFVFLMLTVLVAILAERKLLGRMQLR + PGPNRVGPKGALQSLADGIKLALKESITPGGIDRFVYFVAPIISVIPAFTAFAFIPFG + PEVSVFGHRTPLQITDLPVAVLFILGLSAIGVYGIVLGGWASGSTYPLLGGVRSTAQV + ISYEVAMGLSFATVFLMAGTMSTSQIVAAQDGVWYAFLLLPSFVIYLISMVGETNRAP + FDLPEAEGELVAGFHTEYSSLKFAMFMLAEYVNMTTVSALAATLFFGGWHAPWPLNMW + ASANTGWWPLIWFTAKVWGFLFIYFWLRATLPRLRYDQFMALGWKLLIPVSLVWVMVA + AIIRSLRNQGYQYWTPTLVFSSIVVAAAMVLLLRKPLSAPGARASARQRGDEGTSPEP + AFPTPPLLAGATKENAGG" + gene 3480028..3480663 + /gene="nuoI" + /locus_tag="BQ2027_MB3177" + CDS 3480028..3480663 + /gene="nuoI" + /locus_tag="BQ2027_MB3177" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3177, nuoI, len: 211 aa. Equivalent to Rv3153, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 211 aa overlap). Probable nuoI, NADH + dehydrogenase I, chain I (EC 1.6.5.3), similar to others + e.g. Q9XAR2|NUOI from Streptomyces coelicolor (211 aa), + FASTA scores: opt: 825, E(): 9.3e-44, (70.1% identity in + 164 aa overlap); Q56224|NQO9_THETH from Thermus aquaticus + (subsp. thermophilus) (182 aa), FASTA scores: opt: 543, + E(): 1.8e-26, (50.9% identity in 163 aa overlap); + Q9RU95|DR1497 from Deinococcus radiodurans (178 aa), FASTA + scores: opt: 527, E(): 1.7e-25, (48.75% identity in 162 aa + overlap); etc. Contains two 4Fe-4S ferredoxins, + iron-sulfur binding region signatures (PS00198). BELONGS + TO THE COMPLEX I 23 KDA SUBUNIT FAMILY. THE IRON-SULFUR + CENTERS ARE SIMILAR TO THOSE OF 'BACTERIAL-TYPE' 4FE-4S + FERREDOXINS. COFACTOR: BINDS TWO 4FE-4S CLUSTERS. Protein + product from Mb3177 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3177 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN I) NUOI + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN I)" + /protein_id="SIU01804.1" + /db_xref="GOA:Q7TX57" + /db_xref="InterPro:IPR010226" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR017900" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX57" + /translation="MANTDRPALPHKRAVPPSRADSGPRRRRTKLLDAVAGFGVTLGS + MFKKTVTEEYPERPGPVAARYHGRHQLNRYPDGLEKCIGCELCAWACPADAIYVEGAD + NTEEERFSPGERYGRVYQINYLRCIGCGLCIEACPTRALTMTYDYELADDNRADLIYE + KDRLLAPLLPEMAAPPHPRAPGATDKDYYLGNVTAEGLRGVRESQTTGDSR" + gene 3480660..3481448 + /gene="nuoJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3178" + CDS 3480660..3481448 + /gene="nuoJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3178" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3178, nuoJ, len: 262 aa. Equivalent to Rv3154, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Probable nuoJ, + transmembrane NADH dehydrogenase I, chain J (EC 1.6.5.3), + similar to others e.g. Q9XAR3|NUOJ from Streptomyces + coelicolor (285 aa), FASTA scores: opt: 991, E(): 3.2e-52, + (63.7% identity in 243 aa overlap); Q9JX90|NUOJ|NMA0006 + from Neisseria meningitidis (serogroup A) (223 aa), FASTA + scores: opt: 329, E(): 9.6e-13, (34.85% identity in 175 aa + overlap); Q9K1B2|NMB0253 from Neisseria meningitidis + (serogroup B) (223 aa), FASTA scores: opt: 326, E(): + 1.5e-12, (34.85% identity in 175 aa overlap); etc. But + also similarity with Q00243|NU6C_PLEBO|NDH6 + NADH-PLASTOQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN 6 HOMOLOG (EC + 1.6.5.3) (CATALYTIC ACTIVITY: NADH + PLASTOQUINONE = + NAD(+) + PLASTOQUINOL) from Plectonema boryanum (199 aa), + FASTA scores: opt: 287, E(): 2.8e-10, (34.35% identity in + 195 aa overlap). SIMILAR TO POLYPEPTIDE 6 OF THE + NADH-UBIQUINOL OXIDOREDUCTASE OF CHLOROPLASTS OR + MITOCHONDRIA. Protein product from Mb3178 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3178 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN J) NUOJ + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN J)" + /protein_id="SIU01805.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y544" + /db_xref="InterPro:IPR001457" + /db_xref="InterPro:IPR042106" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y544" + /translation="MTAVLASDVIVRTSTGEAVMFWVLSALALLGAVGVVLAVNAVYS + AMFLAMTMIILAVFYMAQDALFLGVVQVVVYTGAVMMLFLFVLMLIGVDSAESLKETL + RGQRVAAVLTGVGFGVLLISTIGQVATRGFAGLTVANANGNVEGLAALIFSRYLWAFE + LTSALLITAAVGAMVLAHRERFERRKTQRELSQERFRPGGHPTPLPNPGVYARHNAVD + VAALLPDGSYSELSVPRMLRTRGADGLQTPSPGAVSGSLEGGAS" + gene 3481445..3481744 + /gene="nuoK" + /locus_tag="BQ2027_MB3179" + CDS 3481445..3481744 + /gene="nuoK" + /locus_tag="BQ2027_MB3179" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3179, nuoK, len: 99 aa. Equivalent to Rv3155, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Probable nuoK, + integral membrane NADH dehydrogenase I, chain K (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAR4|NUOK from + Streptomyces coelicolor (99 aa), FASTA scores: opt: 509, + E(): 2.7e-31, (78.55% identity in 98 aa overlap); + Q56226|NQOB_THETH|NQO11 from Thermus aquaticus (subsp. + thermophilus) (95 aa), BLAST scores: initn: 298, init1: + 180, bits: 85.7, FASTA scores: opt: 313, E(): 9.4e-17, + (53.7% identity in 95 aa overlap); Q9RU97|DR1495 from + Deinococcus radiodurans (103 aa), FASTA scores: opt: 309, + E(): 2e-16, (52.0% identity in 100 aa overlap); etc. But + also similarity with NADH-PLASTOQUINONE OXIDOREDUCTASES + CHAIN 4L e.g. Q9MUL4|NULC_MESVI|NDHE from Mesostigma + viride (EC 1.6.5.3) (CATALYTIC ACTIVITY: NADH + + PLASTOQUINONE = NAD(+) + PLASTOQUINOL) (101 aa), FASTA + scores: opt: 280, E(): 2.8e-14, (40.6% identity in 101 aa + overlap); and P06261|NULC_TOBAC|NDHE|NDH4L from Nicotiana + tabacum (Common tobacco) (101 aa), FASTA scores: opt: 259, + E(): 1e-12, (43.0% identity in 93 aa overlap). SIMILAR TO + POLYPEPTIDE 4L OF THE NADH-UBIQUINOL OXIDOREDUCTASE OF + CHLOROPLASTS OR MITOCHONDRIA. Protein product from Mb3179 + detected using shotgun mass spectrometry. Mb3179 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN K) NUOK + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN K)" + /protein_id="SIU01806.1" + /db_xref="GOA:P65566" + /db_xref="InterPro:IPR001133" + /db_xref="InterPro:IPR039428" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65566" + /translation="MNPANYLYLSVLLFTIGASGVLLRRNAIVMFMCVELMLNAVNLA + FVTFARMHGHLDAQMIAFFTMVVAACEVVVGLAIIMTIFRTRKSASVDDANLLKG" + gene 3481755..3483656 + /gene="nuoL" + /locus_tag="BQ2027_MB3180" + CDS 3481755..3483656 + /gene="nuoL" + /locus_tag="BQ2027_MB3180" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3180, nuoL, len: 633 aa. Equivalent to Rv3156, + len: 633 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 633 aa overlap). Probable nuoL, + integral membrane NADH dehydrogenase I, chain L (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAR5|NUOL_STRCO from + Streptomyces coelicolor (654 aa), FASTA scores: opt: 2074, + E(): 1.1e-111, (61.1% identity in 648 aa overlap); + Q56227|NQOC_THETH|NQO12 from Thermus aquaticus (subsp. + thermophilus) (606 aa), FASTA scores: opt: 1420, E(): + 3.8e-74, (43.35% identity in 630 aa overlap); + Q9ZJV6|NUOL|JHP1192 from Helicobacter pylori J99 + (Campylobacter pylori J99) (612 aa), FASTA scores: opt: + 1279, E(): 4.7e-66, (41.65% identity in 516 aa overlap); + etc. Also similar to MTCY251.04 (FASTA score: E(): + 1.3e-11) and MTCY03A2.01c (FASTA score: E(): 2.3e-10). + SIMILAR TO POLYPEPTIDE 5 OF THE NADH-UBIQUINOL + OXIDOREDUCTASE OF CHLOROPLASTS OR MITOCHONDRIAL. Protein + product from Mb3180 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3180 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN L) NUOL + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN L)" + /protein_id="SIU01807.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I0" + /db_xref="InterPro:IPR001516" + /db_xref="InterPro:IPR001750" + /db_xref="InterPro:IPR003945" + /db_xref="InterPro:IPR018393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I0" + /translation="MTTSLGTHYTWLLVALPLAGAAILLFGGRRTDAWGHLLGCAAAL + AAFGVGAMLLADMLGRDGLERAIHQQVFTWIPAGGLQVDFGLQIDQLSMCFVLLISGV + GSLIHIYSVGYMAEDPDRRRFFGYLNLFLASMLLLVVADNYVLLYVGWEGVGLASYLL + IGFWYHKPSAATAAKKAFVMNRVGDAGLAVGMFLTFSTFGTLSYAGVFAGVPAASRAV + LTAIGLLMLLGACAKSAQVPLQAWLGDAMEGPTPVSALIHAATMVTAGVYLIVRSGPL + YNLAPTAQLAVVIVGAVTLLYGAIIGCAKDDIKRALAASTISQIGYMVLAAGLGPAGY + AFAIMHLLTHGFFKAGLFLGSGAVIHAMHEEQDMRRYGGLRAALPVTFATFGLAYLAI + IGVPPFAGFFSKDAIIEAALGAGGIRGSLLGGAALLGAGVTAFYMTRVMLMTFFGEKR + WTPGAHPHEAPAVMTWPMILLAVGSVFSGGLLAVGGTLRHWLQPVVGSHEEATHALPT + WVATTLALGVVAVGIAVAYRMYGTAPIPRVAPVRVSALTAAARADLYGDAFNEEVFMR + PGAQLTNAVVAVDDAGVDGSVNALATLVSQTSNRLRQMQTGFARNYALSMLVGAVLVA + AALLVVQLW" + gene 3483653..3485314 + /gene="nuoM" + /locus_tag="BQ2027_MB3181" + CDS 3483653..3485314 + /gene="nuoM" + /locus_tag="BQ2027_MB3181" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3181, nuoM, len: 553 aa. Equivalent to Rv3157, + len: 553 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 553 aa overlap). Probable nuoM, + integral membrane NADH dehydrogenase I, chain M (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAR6|NUOM from + Streptomyces coelicolor (523 aa), FASTA scores: opt: 1621, + E(): 4.2e-89, (56.55% identity in 541 aa overlap); + P50974|NUOM_RHOCA|NUOM from Rhodobacter capsulatus + (Rhodopseudomonas capsulata) (512 aa), FASTA scores: opt: + 996, E(): 6.5e-52, (38.2% identity in 521 aa overlap); + P29925|NQOD_PARDE|NQO13 from Paracoccus denitrificans (513 + aa), FASTA scores: opt: 987, E(): 2.2e-51, (37.05% + identity in 540 aa overlap); etc. Also similar to + MTCY251.04 (FASTA score: E(): 3.3e-16) and MTCY03A2.02c + (FASTA score: E(): 9.6e-13). SIMILAR TO POLYPEPTIDE 4 OF + THE NADH-UBIQUINOL OXIDOREDUCTASE OF CHLOROPLASTS OR + MITOCHONDRIAL. Protein product from Mb3181 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3181 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN M) NUOK + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN M)" + /protein_id="SIU01808.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M4" + /db_xref="InterPro:IPR001750" + /db_xref="InterPro:IPR003918" + /db_xref="InterPro:IPR010227" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M4" + /translation="MNNVPWLSVLWLVPLAGAVLIILLPPGRRRLAKWAGMVVSVLTL + AVSIVVAAEFKPSAEPYQFVEKHSWIPAFGAGYTLGVDGIAVVLVLLTTVLIPLLLVA + GWNDATDADDLSPASGRYPQRPAPPRLRSSGGERTRGVHAYVALTLAIESMVLMSVIA + LDVLLFYVFFEAMLIPMYFLIGGFGQGAGRSRAAVKFLLYNLFGGLIMLAAVIGLYVV + TAQYDSGTFDFREIVAGVAAGRYGADPAVFKALFLGFMFAFAIKAPLWPFHRWLPDAA + VESTPATAVLMMAVMDKVGTFGMLRYCLQLFPDPSTYFRPLIVTLAIIGVIYGAIVAI + GQTDMMRLIAYTSISHFGFIIAGIFVMTTQGQSGSTLYMLNHGLSTAAVFLIAGFLIA + RRDSRSIADYGGVQKVAPILAGTFMVSAMATVSLPGLAPFISEFLVLLGTFSRYWLAA + AFGVTALVLSAVYMLWLYQRVMTGPIAEGNERIGDLVGREMIVVAPLIALLLVLGVYP + KPVLDIINPAVENTMTTIGQHDPAPSVAHPVPAVGASRTAEGPHP" + gene 3485311..3486906 + /gene="nuoN" + /locus_tag="BQ2027_MB3182" + CDS 3485311..3486906 + /gene="nuoN" + /locus_tag="BQ2027_MB3182" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3182, nuoN, len: 531 aa. Equivalent to Rv3158, + len: 531 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 531 aa overlap). Probable nuoN, + integral membrane NADH dehydrogenase I, chain N (EC + 1.6.5.3), similar to others e.g. Q9XAR7|SC10A7.08c from + Streptomyces coelicolor (552 aa), FASTA scores: opt: 1493, + E(): 1.1e-81, (56.7% identity in 543 aa overlap); + Q9PGI2|XF0318 from Xylella fastidiosa (485 aa), FASTA + scores: opt: 942, E(): 7.4e-49, (39.6% identity in 379 aa + overlap); CAB51628|NUON2 from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (479 aa), FASTA scores: opt: 934, + E(): 2.2e-48, (35.5% identity in 479 aa overlap); etc. But + also similarity with NADH-PLASTOQUINONE OXIDOREDUCTASES + CHAIN 4L (EC 1.6.5.3) (CATALYTIC ACTIVITY: NADH + + PLASTOQUINONE = NAD(+) + PLASTOQUINOL) e.g. + P29801|NU2C_SYNP7|NDHB from Synechococcus sp. strain PCC + 7942 (Anacystis nidulans R2) (521 aa), FASTA scores: opt: + 921, E(): 1.4e-47, (40.25% identity in 395 aa overlap). + BELONGS TO THE COMPLEX I SUBUNIT 2 FAMILY. Protein product + from Mb3182 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3182 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH DEHYDROGENASE I (CHAIN N) NUON + (NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CHAIN N)" + /protein_id="SIU01809.1" + /db_xref="GOA:P0A5M1" + /db_xref="InterPro:IPR001750" + /db_xref="InterPro:IPR010096" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5M1" + /translation="MILPAPHVEYFLLAPMLIVFSVAVAGVLAEAFLPRRWRYGAQVT + LALGGSAVALIAVIVVARSIHGSGHAAVLGAIAVDRATLFLQGTVLLVTIMAVVFMAE + RSARVSPQRQNTLAVARLPGLDSFTPQASAVPGSDAERQAERAGATQTELFPLAMLSV + GGMMVFPASNDLLTMFVALEVLSLPLYLMCGLARNRRLLSQEAAMKYFLLGAFSSAFF + LYGVALLYGATGTLTLPGIRDALAARTDDSMALAGVALLAVGLLFKVGAVPFHSWIPD + VYQGAPTPITGFMAAATKVAAFGALLRVVYVALPPLHDQWRPVLWAIAILTMTVGTVT + AVNQTNVKRMLAYSSVAHVGFILTGVIADNPAGLSATLFYLVAYSFSTMGAFAIVGLV + RGADGSAGSEDADLSHWAGLGQRSPIVGVMLSMFLLAFAGIPLTSGFVSKFAVFRAAA + SAGAVPLVIVGVISSGVAAYFYVRVIVSMFFTEESGDTPHVAAPGVLSKAAIAVCTVV + TVVLGIAPQPVLDLADQAAQLLR" + gene complement(3486912..3488681) + /gene="PPE53" + /locus_tag="BQ2027_MB3183C" + CDS complement(3486912..3488681) + /gene="PPE53" + /locus_tag="BQ2027_MB3183C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3183c, PPE53, len: 589 aa. Equivalent to Rv3159c, + len: 590 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 590 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE_family of Gly-, Asn-rich + proteins. Highly similar to P71868|Rv3533c|MTCY03C7.23 + (582 aa), FASTA scores: opt: 2289, E(): 3.2e-98, (63.5% + identity in 600 aa overlap); and also similar to + MTCY48_17, MTV041_29, MTCY6G11_5, MTCY98_24, etc. TBparse + score is 0.921. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, albeit a 2143 bp insertion occurs + overlapping the NH2-terminal part, this leads to an + equivalent product, compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb3183c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe53" + /protein_id="SIU01810.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B2" + /translation="MNYSVLPPEINSLRMFTGAGSAPMLAASVAWDRLAAELAVAASS + FGSVTSGLAGQSWQGAAAAMAAAAAPYAGWLAAAAARAAGASAQAKAVASAFEAARAA + TVHPMLVAANRNAFVQLVLSNLFGQNAPAIAAAEAMYEQMWAADVAAMVGYHGGASAA + AAQLSSWSIGLQQALPAAPSALAAAIGLGNIGVGNLGGGNTGEYNLGSGNSGNANVGS + GNSGNANVGSGNDGATNLGSGNIGNTNLGSGNVGNVNLGSGNRGFGNLGNGNFGSGNL + GSGNTGSTNFGGGNLGSFNLGSGNIGSSNIGFGNNGDNNLGLGNNGNNNIGFGLTGDN + LVGIGALNSGIGNLGFGNSGNNNIGFFNSGNNNVGFFNSGNNNFGFGNAGDINTGFGN + AGDTNTGFGNAGFFNMGIGNAGNEDMGVGNGGSFNVGVGNAGNQSVGFGNAGTLNVGF + ANAGSINTGFANSGSINTGGFDSGDRNTGFGSSVDQSVSSSGFGNTGMNSSGFFNTGN + VSAGYGNNGDVQSGINNTNSGGFNVGFYNSGAGTVGIANSGLQTTGIANSGTLNTGVA + NTGDHSSGGFNQGSDQSGFFGQP" + gene complement(3488929..3490827) + /gene="PPE70" + /locus_tag="BQ2027_MB3184C" + CDS complement(3488929..3490827) + /gene="PPE70" + /locus_tag="BQ2027_MB3184C" + /note="Mb3184c, PPE70, len: 685 aa. Equivalent to MT3248, + len: 686 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551, (99.708% identity in 686 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, an + insertion of 2143 bp exists between PPE53 and Rv3160c + compared to Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. This + leads to a additional gene, PPE70 equivalent to MT3248 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551. Mb3184c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN" + /protein_id="SIU01811.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3A8" + /translation="MNYSVLPPEINSLRMFTGAGSAPMLAASVAWDGLAAELAVAASS + FGSVTSGLAGQSWQGAAAAMAAAAAPYAGWLAAAAARAAGASAQAKAVASAFEAARAA + TVHPMLVAANRNAFVQLVLSNLFGQNAPAIAAAEAMYEQMWAADVAAMVGYHGGASAA + AAALPSWQQALRGLPGLGQVASAISGGAASMFAAPAAATAAVTPPALNTGLGNIGSWN + LGGGNVGLLNLGSGNFGSLNLGGGNTGNANLGGGNWGFANLGSGNIGNTNFGNGNQGN + LNFGSGNLLGNGNFGFGNAFGDGNLGSGNVGSTNLGSGNFGSFNVGSGNMGMSNIGFG + NLGNNNLGFGNNGNNNIGFGLTGDNLVGIGALNSGIGNMGFGNSGNNNIGFFNSGNGN + VGFFNSGDGNTGFGNAGDVNTGFWNGGPFNTGFGNGGNTNFGFGNAGFQNMGHGNAGG + VNVGSGNAGLANTGDFNSGGVVSGIGGNTGSFNSGNLNTGFGNAGDLNTGLFNSGDVN + TGIGSTVDQPGSVSGFGNTGTSVSGFNNSGNLTSGFGNMNSNVFDSTSGFQNIGDANV + GFFNSGNSNEGFFNTGMFNNGIYNSGVASTGIANSGNASSGVANSGDNSSGAFNQGDN + QAGFFGQP" + gene complement(3491002..3491643) + /locus_tag="BQ2027_MB3185C" + CDS complement(3491002..3491643) + /locus_tag="BQ2027_MB3185C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3185c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv3160c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, with some similarity to others + e.g. Q9S3L4|AMTR AMTR PROTEIN (global repressor in the + nitrogen regulation system; see first citation below for + more information) (222 aa), FASTA scores: opt: 182, E(): + 7.3e-05, (27.9% identity in 208 aa overlap); + Q9X7X9|SC6A5.33c PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (223 aa), FASTA scores: opt: 176, + E(): 0.00018, (26.5% identity in 185 aa overlap); + Q9XA31|SCH69.03c PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Streptomyces coelicolor (209 aa), FASTA scores: opt: 173, + E(): 0.00027, (27.25% identity in 176 aa overlap); + BAB54133|MLL7734 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (213 aa), FASTA scores: opt: + 172, E(): 0.00031, (23.55% identity in 204 aa overlap); + etc. Also similar to hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv e.g. + P96839|Rv3557v|MTCY06G11.04c (200 aa), FASTA scores: opt: + 169, E(): 0.00046, (26.75% identity in 157 aa overlap). + Contains probable helix-turn-helix motif from aa 31 to 52 + (Score 1857, +5.51 SD). SIMILAR TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. TBparse score is 0.901. + Protein product from Mb3185c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3185c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01812.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y394" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y394" + /translation="MPRQAGRWSPTALRILGAAAELIALRGYSSTSTRDIAAAVGVEQ + PAIYKHFSAKRDILAALVRLAVEWPLELFGHITAMPVPAVVKLHRWLTESLDHLHASP + YVLVSILITPDLHQESFVAERELVAEMERALVGLIETGQGEGDVRAMHPLSAARLVQA + LFDALALPEFAVSPDEIVEFAMTALLSDPDRLAEIRAAADALEIQTAPPDRGL" + gene complement(3491654..3492715) + /locus_tag="BQ2027_MB3186C" + CDS complement(3491654..3492715) + /locus_tag="BQ2027_MB3186C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3186c, -, len: 382 aa. Equivalent to Rv3161c, + len: 382 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 382 aa overlap). Possible dioxygenase + (EC 1.-.-.-), similar to subunit of several dioxygenases + and related proteins e.g. BAB50510|MLR3662 DIOXYGENASE, + ALPHA SUBUNIT from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (400 aa), FASTA scores: opt: 413, E(): 6.2e-20, (28.4% + identity in 331 aa overlap); Q9A3T0|CC3122 RIESKE 2FE-2S + FAMILY PROTEIN from Caulobacter crescentus (404 aa), FASTA + scores: opt: 405, E(): 2.1e-19, (27.95% identity in 372 aa + overlap); Q9HTF4|PA5410 PROBABLE RING HYDROXYLATING + DIOXYGENASE, ALPHA-SUBUNIT from Pseudomonas aeruginosa + (429 aa), FASTA scores: opt: 392, E(): 1.6e-18, (25.8% + identity in 399 aa overlap); Q9AGK6|PHTAA PHTHALATE + DIOXYGENASE LARGE SUBUNIT from Arthrobacter keyseri (473 + aa), FASTA scores: opt: 385, E(): 5.2e-18, (34.0% identity + in 206 aa overlap); P76253|YEAW_ECOLI PUTATIVE + DIOXYGENASE, ALPHA SUBUNIT from Escherichia coli (374 aa), + FASTA scores: opt: 376, E(): 1.7e-17, (27.05% identity in + 344 aa overlap); etc. TBparse score is 0.932. Protein + product from Mb3186c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3186c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DIOXYGENASE" + /protein_id="SIU01813.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3A6" + /db_xref="InterPro:IPR001663" + /db_xref="InterPro:IPR015879" + /db_xref="InterPro:IPR017941" + /db_xref="InterPro:IPR036922" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3A6" + /translation="MPPAAYTSSELWQLERERIFNRSWMLVAHVDQLAKTGDYVTVSV + AGEPVMVVRDVDGQLHALSPICRHRLMLMVEPGAGRIDTLTCQYHLWRYGLDGRLRGA + PHMAANLDFNRRECRLPQFAVATWNGLVWINLDADAEPIAAHLDLTDDEFAGYRLGEM + VQVESWSHEWRANWKVAAENGHENYHVLGLHRQTLEPFVPGGGDLDVRQYSRWALRLR + VPFTVPVEAKSLQLNEVQKSNLVVLWTFPNSALAIAGERVVWFGFIPQSIDRVQVLGG + VLTTPELAADAAATAQTSQFVMAMINDEDRLGLEAVQVGAGSRFAERGHLSSKEWPGM + LAFYRNLAMALVGDHPGAS" + gene complement(3492718..3493308) + /locus_tag="BQ2027_MB3187C" + CDS complement(3492718..3493308) + /locus_tag="BQ2027_MB3187C" + /note="Mb3187c, -, len: 196 aa. Similar to 5' end of + Rv3162c, len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (86.7% identity in 98 aa overlap). Possible + integral membrane protein, with some similarity to + C-terminal part of Q10803|Rv2877c|MTCY274.08c hypothetical + protein from Mycobacterium tuberculosis (287 aa), FASTA + scores: opt: 112, E(): 6.9, (29.65% identity in 135 aa + overlap); and other hypothetical proteins from other + organisms. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a frameshift due to a single base deletion (t-*), + leads to a longer product with different COOH part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Mb3187c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01814.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3B5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B5" + /translation="MTSFAHPGTRGLSTVFGLMMVGSAAVGSHGLAVVVGLAAVIAVG + VAAVFRLAATLAVVLSVVMIVVSGPTHVLAALSGFAPPSTWCADTGPVLSPGAGRRPL + PPLVSRSLGWLRRRSRCKCHGCRWRHRWPCWLPTCWPPVRSRGEPPAGRSGRCALLTI + GYQSITWRVCYQLITEPSSETSLPTSGITSTTIHRR" + gene complement(3493305..3494576) + /locus_tag="BQ2027_MB3188C" + CDS complement(3493305..3494576) + /locus_tag="BQ2027_MB3188C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3188c, -, len: 423 aa. Equivalent to Rv3163c, + len: 423 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 423 aa overlap). Possible conserved + secreted protein, with some similarity to other + hypothetical bacterial proteins e.g. Q9Z539|SC9B2.20c from + Streptomyces coelicolor (460 aa), FASTA scores: opt: 666, + E(): 1.5e-33, (33.55% identity in 417 aa overlap); + O58486|PH0774 from Pyrococcus horikoshii (410 aa), FASTA + scores: opt: 329, E(): 6.9e-13, (23.8% identity in 424 aa + overlap); Q9UZ66|PAB0849 from Pyrococcus abyssi (410 aa), + FASTA scores: opt: 322, E(): 1.9e-12, (24.15% identity in + 389 aa overlap); etc. Also some similarity with + P71761|Rv1480|MTV007.27|MTCY277.01 from Mycobacterium + tuberculosis (317 aa), FASTA scores: opt: 198, E(): + 6.3e-05, (26.75% identity in 269 aa overlap). Contains + PS00402 Binding-protein-dependent transport systems inner + membrane comp signature. Mb3188c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIU01815.1" + /db_xref="InterPro:IPR002881" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y546" + /translation="MIQTCEVELRWRASQLTLAIATCAGVALAAAVVAGRWQLIAFAA + PLLGVLCSISWQRPVPVIQVHGDPDSQRCFENEHVRVTVWVTTESVDAAVELTVSALA + GMQFEALESVSRRTTTVSAVAQRWGRYPIRARVAVVARGGLLMGAGTVDAAEIVVFPL + TPPQSTPLPQTELLDRLGAHLTRHVGPGVEYADIRPYVPGDQLRAVNWVVSARRGRLH + VTRRLTDRAADVVVLIDMYRQPAGPATEATERVVRGAAQVVQTALRNGDRAGIVALGG + NRPRWLGADIGQRQFYRVLDTVLGAGEGFENTTGTLAPRAAVPAGAVVIAFSTLLDTE + FALALIELRKRGHVVVAVDVLDSCPLQDQLDPLVVRMWALQRSAMYRDMATIGVDVLS + WPADHSLQQSMGALPNRRRRGRGRASRARLP" + gene complement(3494606..3495568) + /gene="moxR3" + /locus_tag="BQ2027_MB3189C" + CDS complement(3494606..3495568) + /gene="moxR3" + /locus_tag="BQ2027_MB3189C" + /note="Mb3189c, moxR3, len: 320 aa. Equivalent to Rv3164c, + len: 320 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 320 aa overlap). Probable moxR3, + methanol dehydrogenase regulatory protein, highly similar + to Q9Z538|SC9B2.21c PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (332 aa), FASTA scores: opt: 1227, + E(): 1.7e-67, (60.25% identity in 302 aa overlap); + Q9UZ67|MOXR-3|PAB0848 METHANOL DEHYDROGENASE REGULATORY + PROTEIN from Pyrococcus abyssi (314 aa), FASTA scores: + opt: 1126, E(): 2.3e-61, (54.1% identity in 305 aa + overlap); Q9HSH7|MOXR|VNG0223G METHANOL DEHYDROGENASE + REGULATORY PROTEIN from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (318 aa), FASTA scores: opt: 1072, E(): 4.5e-58, (51.45% + identity in 315 aa overlap); Q9RVV4|DR0918 MOXR-RELATED + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (354 aa), FASTA + scores: opt: 1000, E(): 1.2e-53, (50.95% identity in 318 + aa overlap); etc. Also high similarity with several + hypothetical bacterial proteins. Protein product from + Mb3189c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3189c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METHANOL DEHYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL + REGULATORY PROTEIN MOXR3" + /protein_id="SIU01816.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Z2" + /db_xref="InterPro:IPR011703" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041628" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z2" + /translation="MIMPAATTTAHCEAVLDEIGRVVVGKRSALTLILTAVLARGHVL + IEDLPGLGKTLIARSFAAALGLDFTRVQFTPDLLPADLLGSTIYDMQSGRFEFRAGPI + FTNLLLADEINRTPPKTQAALLEAMAEGQVSIDGQTHKLAMPFIVLATDNPIEYEGTY + PLPEAQLDRFAIRLELRYLSERDETSMLRRRLERGSADPTVNQVVDCHDLLAMRESVE + QVTVHEDVLHYVVSLANATRHHPQVAVGASPRAELDLVQLSRARALLLGRDYVIPEDV + KELATAAVAHRITLRPEMWVRKIAGADVVSELLRRLPVPRISGT" + gene complement(3495576..3496058) + /locus_tag="BQ2027_MB3190C" + CDS complement(3495576..3496058) + /locus_tag="BQ2027_MB3190C" + /note="Mb3190c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv3165c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3190c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU01817.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I7" + /translation="MKRLIALGIFLIVGIELLALILHDRRLVLAGSGLALALVLLNVR + RMLGNRDELTAAPDSDDLGEGLRRWLSNTETTIRWSESTRADWDRHLRPMLARRFEIA + TGHRQAKDPVAFAATGRMLFGDELWEWVNPNNVTHTGDRQPGPGRAALEEILQKLEQV + " + gene complement(3496055..3497014) + /locus_tag="BQ2027_MB3191C" + CDS complement(3496055..3497014) + /locus_tag="BQ2027_MB3191C" + /note="Mb3191c, -, len: 319 aa. Equivalent to Rv3166c, + len: 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 319 aa overlap). Probable + transmembrane protein, similar but longer (52 aa) to + O32895|MLCB1779.35c hypothetical protein from + Mycobacterium leprae (119 aa), FASTA scores: opt: 289, + E(): 3.7e-10, (44.25% identity in 122 aa overlap). Also + some similarity to Q9Z536|SC9B2.23c PUTATIVE TRANSMEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (339 aa), FASTA + scores: opt: 247, E(): 2.5e-07, (28.2% identity in 326 aa + overlap); and in N-terminus to Q9RS20|DR2307 PUTATIVE + MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER from Deinococcus radiodurans + (410 aa), FASTA scores: opt: 135,E(): 1, (32.35% identity + in 136 aa overlap). Mb3191c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01818.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3N5" + /db_xref="InterPro:IPR025403" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3N5" + /translation="MPGTKPGSDKPTGRVVVVIVLLMLAGAALRGHLPADDGAPLAAA + GGSRAALMFIVAALAATLALIALAIITRLRHPLPVAPSAGELSAMLGGAAGRPNWRVL + LLGLGTILAWLLIAILLARLFVPDDVGPAAPIPDSTATPDASSTTPSRPQPPQDNNDD + VLGILFASTIGLFLMVVAGSLITSRRQRKSAPARISGDRIESPAPSARSESLARAAEI + GLAEMADLRREPREAIIACYVAMERELSHVPGVAPQDFDTPTEVLARAVEHRALHGAS + AAALVSLFAEARFSPHVMNEEHREVAMRLLRLVLDELSTRTAI" + gene complement(3497094..3497720) + /locus_tag="BQ2027_MB3192C" + CDS complement(3497094..3497720) + /locus_tag="BQ2027_MB3192C" + /note="Mb3192c, -, len: 208 aa. Equivalent to Rv3167c, + len: 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 208 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, tetR family, similar to several + transcriptional regulators e.g. Q9L2A4|SC8F4.22c + (TETR/ACRR FAMILY) from Streptomyces coelicolor (234 aa), + FASTA scores: opt: 317, E(): 7.5e-13, (33.35% identity in + 210 aa overlap); Q9RK47|SCF12.11 (TETR/ACRR FAMILY) from + Streptomyces coelicolor (206 aa), FASTA scores: opt: 293, + E(): 2.1e-11, (32.65% identity in 199 aa overlap); Q54288 + REGULATOR OF ANTIBIOTIC TRANSPORT COMPLEXES (TETR/ACRR + FAMILY) (204 aa), FASTA scores: opt: 260, E(): 2.4e-09, + (30.75% identity in 205 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47595 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + but shorter 21 aa. Contains probable helix-turn-helix + motif from aa 42 to 63 (Score 1727, +5.07 SD). MAY BE + BELONG TO THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01819.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3A3" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR011075" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3A3" + /translation="MKADLPSLDKAPGAGRPRDPRIDSAILSATAELLVQIGYSNLSL + AAVAERAGTTKSALYRRWSSKAELVHEAAFPAAPTALQAAAGDIAADIRMMIAATRDV + FTTPVVRAALPGLVADMTADAELNARVLARFADLFAAVRMRLREAVDRGEAHPDVDPD + RLIELIGGATMLRMLLYPDDMLDDAWVDQTTAIVVRGVHRAAPGGSVV" + gene 3497765..3498901 + /locus_tag="BQ2027_MB3193" + CDS 3497765..3498901 + /locus_tag="BQ2027_MB3193" + /note="Mb3193, -, len: 378 aa. Equivalent to Rv3168, len: + 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 378 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to other hypothetical proteins e.g. + Q9M7Y6|F3E22.6 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) + (314 aa), FASTA scores: opt: 236, E(): 1.1e-07, (27.35% + identity in 234 aa overlap); Q9RYW2|DRA0194 from + Deinococcus radiodurans (386 aa), FASTA scores: opt: 207, + E(): 9.1e-06, (23.45% identity in 320 aa overlap); etc. + Also some similarity with O69727|Rc3761c|MTV025.109c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (351 + aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 6.4e-05, (29.4% identity + in 242 aa overlap). Protein product from Mb3193 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative aminoglycoside phosphotransferase" + /protein_id="SIU01820.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3C4" + /db_xref="InterPro:IPR002575" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR041726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C4" + /translation="MANEPAIGAIDRLQRSSRDVTTLPAVISRWLSSVLPGGAAPEVT + VESGVDSTGMSSETIILTARRQQDGRSIQQKLVARVAPAAEDVPVFPTYRLDHQFEVI + RLVGELTDVPVPRVRWIETTGDVLGTPFFLMDYVEGVVPPDVMPYTFGDNWFADAPAE + RQRQLQDATVAALATLHSIPNAQNTFSFLTQGRTSDTTLHRHFNWVRSWYDFAVEGIG + RSPLLERTFEWLQSHWPDDAAAREPVLLWGDARVGNVLYRDFQPVAVLDWEMVALGPR + ELDVAWMIFAHRVFQELAGLATLPGLPEVMREDDVRATYQALTGVELGDLHWFYVYSG + VMWACVFMRTGARRVHFGEIEKPDDVESLFYHAGLMKHLLGEEH" + gene 3498901..3500025 + /locus_tag="BQ2027_MB3194" + CDS 3498901..3500025 + /locus_tag="BQ2027_MB3194" + /note="Mb3194, -, len: 374 aa. Equivalent to Rv3169, len: + 374 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 374 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with similarity to other + hypothetical proteins: Q9A8W6|CC1232 from Caulobacter + crescentus (368 aa), FASTA scores: opt: 669, E(): 3.3e-34, + (34.05% identity in 376 aa overlap); and + O32901|MLCB1779.41 from Mycobacterium leprae (127 aa), + FASTA scores: opt: 179, E(): 0.00034, (29.0% identity in + 131 aa overlap). Also weak similarity with + P95149|Rv1866|MTCY359.07c (804 aa), FASTA scores: opt: + 121, E(): 6.4, (37.0% identity in 119 aa overlap). + Equivalent to AAK47597 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 but shorter 43 aa. Protein product from + Mb3194 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3194 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01821.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B6" + /translation="MPQMLGPLDEYPLHQLPQPIAWPGSSDRNFYDRSYFNAHDRTGN + IFLITGIGYYPNLGVKDAFVLIRRADIQTAVHLSDAIDSDRLHQHVNGYRVEVVEPLR + KLRIVLDETEGVAADLTWEGLFDVVQEQPHVLRSGNRVTLDAQRFAQLGTWSGRIVVD + GERIAVDPATWLGSRDRSWGIRPVGEPEPAGRPADPPFEGMWWLYVPLAFDDFAVVLI + IQEEPDGFRSLNDCTRIWRDGHVEQLGWPRVRIHYRSGTRIPTGATIEASTPDGAPVH + FDVESKLAVPTHVGGGYGGDSDWSHGMWKGEKFVERRTYDMTDPTIIARAGFGVIDHV + GRALCRDGDGNPVQGWGLFEHGALGRHDPSGFADWSTLAP" + gene 3500168..3501514 + /gene="aofH" + /locus_tag="BQ2027_MB3195" + CDS 3500168..3501514 + /gene="aofH" + /locus_tag="BQ2027_MB3195" + /note="Mb3195, aofH, len: 448 aa. Equivalent to Rv3170, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 448 aa overlap). Probable aofH, + flavin-containing (mono)amine oxidase (EC 1.4.3.4), + similar to many eukaryotic monoamine oxidases e.g. + P49253|AOF_ONCMY from Oncorhynchus mykiss (Rainbow trout) + (Salmo gairdneri) (522 aa), FASTA scores: opt: 869, E(): + 5.3e-44, (37.7% identity in 448 aa overlap); + P21396|AOFA_RAT|MAOA from Rattus norvegicus (Rat) (526 + aa), FASTA scores: opt: 839, E(): 3.2e-42, (37.45% + identity in 446 aa overlap); Q99NA8|MAO-A from Cavia + porcellus (Guinea pig) (506 aa), FASTA scores: opt: 836, + E(): 4.6e-42, (37.0% identity in 446 aa overlap); + P21398|AOFA_BOVIN from Bos taurus (Bovine) (527 aa), FASTA + scores: opt: 806, E(): 2.8e-40, (37.0% identity in 446 aa + overlap); P21397|AOFA_HUMAN (527 aa), FASTA scores: opt: + 801, E(): 5.6e-40, (37.2% identity in 446 aa overlap); + etc. Alternative start possible at position 3538487. + BELONGS TO THE FLAVIN MONOAMINE OXIDASE FAMILY. COFACTOR: + FAD (POTENTIAL). Protein product from Mb3195 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3195 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FLAVIN-CONTAINING MONOAMINE OXIDASE + AOFH (AMINE OXIDASE) (MAO)" + /protein_id="SIU01822.1" + /db_xref="GOA:P63534" + /db_xref="InterPro:IPR001613" + /db_xref="InterPro:IPR002937" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63534" + /translation="MTNPPWTVDVVVVGAGFAGLAAARELTRQGHEVLVFEGRDRVGG + RSLTGRVAGVPADMGGSFIGPTQDAVLALATELGIPTTPTHRDGRNVIQWRGSARSYR + GTIPKLSLTGLIDIGRLRWQFERIARGVPVAAPWDARRARELDDVSLGEWLRLVRATS + SSRNLMAIMTRVTWGCEPDDVSMLHAARYVRAAGGLDRLLDVKNGAQQDRVPGGTQQI + AQAAAAQLGARVLLNAAVRRIDRHGAGVTVTSDQGQAEAGFVIVAIPPAHRVAIEFDP + PLPPEYQQLAHHWPQGRLSKAYAAYSTPFWRASGYSGQALSDEAPVFITFDVSPHADG + PGILMGFVDARGFDSLPIEERRRDALRCFASLFGDEALDPLDYVDYRWGTEEFAPGGP + TAAVPPGSWTKYGHWLREPVGPIHWASTETADEWTGYFDGAVRSGQRAAAEVAALL" + gene complement(3501509..3502408) + /gene="hpx" + /locus_tag="BQ2027_MB3196C" + CDS complement(3501509..3502408) + /gene="hpx" + /locus_tag="BQ2027_MB3196C" + /note="Mb3196c, hpx, len: 299 aa. Equivalent to Rv3171c, + len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 299 aa overlap). Possible hpx, non-heme + haloperoxidase (EC 1.11.1.-), similar to other hydrolases + (principaly epoxide hydrolases) and non-heme + chloroperoxidases e.g. Q9RKB6|SCE87.22c PUTATIVE HYDROLASE + from Streptomyces coelicolor (314 aa), FASTA scores: opt: + 431, E(): 6e-20, (38.05% identity in 297 aa overlap); + Q9HZ14|PA3226 PROBABLE HYDROLASE (SIMILAR TO ALPHA/BETA + HYDROLASE FOLD) from Pseudomonas aeruginosa (275 aa), + FASTA scores: opt: 236, E(): 1e-07, (29.6% identity in 277 + aa overlap); Q9DBL9|1300003 D03RIK PROTEIN SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD from Mus musculus (Mouse) (351 + aa), FASTA scores: opt: 223, E(): 8.3e-07, (24.35% + identity in 304 aa overlap); AAK46260|MT1988 EPOXIDE + HYDROLASE from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (356 aa), FASTA scores: opt: 223, E(): 8.4e-07, (40.7% + identity in 113 aa overlap); P49323|PRXC_STRLI|CPO|CPOL + NON-HEME CHLOROPEROXIDASE (EC 1.11.1.10) (CHLORIDE + PEROXIDASE) from Streptomyces lividans (275 aa), FASTA + scores: opt: 220, E(): 1e-06, (29.5% identity in 305 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK47599 Hydrolase, + alpha/beta hydrolase family from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but shorter 24 aa. Start + chosen by similarity, alternative with good RBS possible. + Protein product from Mb3196c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3196c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE NON-HEME HALOPEROXIDASE HPX" + /protein_id="SIU01823.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3B7" + /db_xref="InterPro:IPR022742" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B7" + /translation="MTVRAADGTPLHTQVFGPPHGYPIVLTHGFVCAIRAWAYQIADL + AGDYRVIAFDHRGHGRSGVPRRGAYSLNHLAADLDSVLDATLAPRERAVVAGHSMGGI + TIAAWSDRYRHKVRRRTDAVALINTTTGDLVRKVKLLSVPRELSPVRVLAGRSLVNTF + GGFPLPGAARALSRHVISTLAVAADADPSATRLVYELFTQMSAAGRGGCAKMLVEEVG + SAHLNLDGLTVPTLVIGGVRDRLTPISQSRRIARTAPNVVGLVELPGGHCSMLERHQE + VNSHLRALAESVTRHVRDRRISS" + gene complement(3502545..3503027) + /locus_tag="BQ2027_MB3197C" + CDS complement(3502545..3503027) + /locus_tag="BQ2027_MB3197C" + /note="Mb3197c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv3172c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3197c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01824.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C1" + /translation="MSVALLREMFDRMVVAKNAELIEHYYDPDFLMYSDGLSQSFAKF + RDSHRKLYATAISYAVEYDEHAWVEAQTRLPGGCGSPRRDLARSRPASRWYSLPPTAT + AEFTGSGRRRGRVGATWPPSTITETTTDRLAMRNQLRAGAATLLFCDPMLQRFPATRK + " + gene complement(3503106..3503708) + /locus_tag="BQ2027_MB3198C" + CDS complement(3503106..3503708) + /locus_tag="BQ2027_MB3198C" + /note="Mb3198c, -, len: 200 aa. Equivalent to Rv3173c, + len: 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 200 aa overlap). Probable + transcriptional regulatory protein tetR family, similar to + several bacterial putative regulatory proteins e.g. + Q9EWI2|SC7H9.14 from Streptomyces coelicolor (195 aa), + FASTA scores: opt: 319, E(): 1.7e-13, (34.55% identity in + 195 aa overlap); O85695|3SCF60.04 from Streptomyces + lividans and Streptomyces coelicolor (192 aa), FASTA + scores: opt: 297, E(): 4.3e-12, (37.45% identity in 187 aa + overlap); BAB50853|MLR4117 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (205 aa), FASTA scores: opt: 280, + E(): 5.5e-11, (31.45% identity in 194 aa overlap); + BAB53760|MLL8133 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (194 aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 2.3e-10, (34.05% + identity in 185 aa overlap); etc. Also similar to other + regulators from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96839|Rv3557c|MTCY06G11.04c (200 aa), FASTA scores: opt: + 154, E(): 0.0013, (38.8% identity in 80 aa overlap). + Contains probable helix-turn-helix motif from aa 39 to 60 + (Score 1251, +3.45 SD). SIMILAR TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb3198c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3198c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR/ACRR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01825.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y553" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y553" + /translation="MPPVTRTTEPPRRGGRGARQRILKAAAELFYCEGINATGVELIA + NKASVSKRTLYQHFPSKSALVEEYLRGLRQAAGEADKMPKASNATPRERLLALFDRPN + RGDGRMRGCPFHNAAVEAAGEMPGVERIVHSHKRDYIKGLARLAREAGAAHPRSLGNQ + LAVLFEGAAALSTSLDDAGPWAHARAAAEVLIDQATARPV" + gene 3503801..3504508 + /locus_tag="BQ2027_MB3199" + CDS 3503801..3504508 + /locus_tag="BQ2027_MB3199" + /note="Mb3199, -, len: 235 aa. Equivalent to Rv3174, len: + 235 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 235 aa overlap). Probable + oxidoreductase short-chain dehyrogenase/reductase (EC + 1.-.-.-), similar to others e.g. Q9RPT7|SITS from + Streptomyces albus (223 aa), FASTA scores: opt: 654, E(): + 6.1e-32, (49.3% identity in 215 aa overlap); + Q9RI61|SCJ11.46 from Streptomyces coelicolor (230 aa), + FASTA scores: opt: 626, E(): 2.9e-30, (50.9% identity in + 224 aa overlap); Q9A5Z1|CC2306 from Caulobacter crescentus + (252 aa), FASTA scores: opt: 430, E(): 1.3e-18, (39.45% + identity in 228 aa overlap); Q51641 INSECT-TYPE + DEHYDROGENASE (249 aa), FASTA scores: opt: 301, E(): + 5.7e-11, (38.3% identity in 188 aa overlap); Q9HXC9|PA3883 + from Pseudomonas aeruginosa (276 aa), FASTA scores: opt: + 296, E(): 1.2e-10, (29.55% identity in 247 aa overlap); + etc. MAY BE BELONG TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Mb3199 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU01826.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z4" + /translation="MTSLAERTALVTGANRGMGREYVAQLLGRKVAKVYAATRNPLAI + DVSDPRVIPLQLDVTDAVSVAEAADLATDVGILINNAGISRASSVLDKDTSALRGELE + TNLFGPLALASAFADRIAERSGAIVNVSSVLAWLPLGMSYGVSKAAMWSATESMRIEL + APRGVQVVGVYVGLVDTDMGRFADAPKSDPADVVRQVLDGIEAGKEDVLADEMSRQVR + ASLNVPARERIARLMGN" + gene 3504523..3506010 + /locus_tag="BQ2027_MB3200" + CDS 3504523..3506010 + /locus_tag="BQ2027_MB3200" + /note="Mb3200, -, len: 495 aa. Equivalent to Rv3175, len: + 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 495 aa overlap). Possible amidase (EC + 3.5.1.-), similar to others e.g. Q9F6D0|ZHUL ENANTIOMER + SELECTIVE AMIDASE from Streptomyces sp. R1128 (507 aa), + FASTA scores: opt: 1328, E(): 7.5e-69, (44.5% identity in + 492 aa overlap); BAB51815|MLR5350 PROBABLE AMIDASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (457 aa), FASTA + scores: opt: 7487, E(): 1.3e-35, (35.9% identity in 482 aa + overlap); O28325|YJ54_ARCFU|AF1954 PUTATIVE AMIDASE (EC + 3.5.1.4) from Archaeoglobus fulgidus (453 aa), FASTA + scores: opt: 532, E(): 3.2e-23, (32.05% identity in 471 aa + overlap); etc. But also similar to glutamyl-tRNA + amidotransferases who belong to amidase family e.g. + Q9RTA9|DR1856 GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE, SUBUNIT + A from Deinococcus radiodurans (482 aa), FASTA scores: + opt: 560, E(): 8.2e-25, (30.6% identity in 513 aa + overlap); Q9LCX3|GATA GLU/ASP-TRNA AMIDOTRANSFERASE + SUBUNIT A from Thermus aquaticus (subsp. thermophilus) + (471 aa), FASTA scores: opt: 558, E(): 1.1e-24, (30.85% + identity in 486 aa overlap); Q49091|GATA_MORCA + GLUTAMYL-TRNA(GLN) AMIDOTRANSFERASE SUBUNIT A (EC 6.3.5.-) + from Moraxella catarrhalis (492 aa), FASTA scores: opt: + 526, E(): 7.5e-23, (30.45% identity in 473 aa overlap); + etc. SEEMS TO BELONG TO THE AMIDASE FAMILY. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE AMIDASE (AMINOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU01827.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3J8" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J8" + /translation="MAMSAKASDDIAWLPATAQLAVLAAKKVSSAELVELYLSRIDTY + NASLNAIVTVDPDAARRVAKRSDAARARGDELGPLHGLPITVKDSYETAGMRTTCGRR + DLADYVPTQDAEAVARLRRAGAIIMGKTNMPTGNQDVQASNPVFGRTNNPWDAARTSG + GSAGGGAAATAAGLTSFDYGSEIGGSTRIPAHYCGLYGHKSTWRSVPLVGHIPSAPGN + PGRWGQADMACAGVQVRGARDIIPALEATVGPMRADGGFSYALAPPRAGALKDFRVAV + WAEDPHCPIDADVRRAMDDAVAALRAAGAHVVEQPATIPVDMAVSHNIFQSLVFGAFA + VDRSTLSPASAAALGLRAVRHPRGEAANALGATLQSHRAWLFADAARHEMRDRWAGFF + NEFDVLLLPVTPTPAPLHHNKDHDRLGRTIDVDGVSRSYWDQLKWNALANIAGTPATT + MPITTTATGLPIGIQAMGPAGGDRTTVEFAALLTEVLGGFRVPPL" + gene complement(3506007..3506324) + /gene="mesTb" + /locus_tag="BQ2027_MB3201C" + CDS complement(3506007..3506324) + /gene="mesTb" + /locus_tag="BQ2027_MB3201C" + /standard_name="lipS" + /note="Mb3201c, mesTb, len: 105 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3176c, len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.000% identity in 105 aa overlap). + Probable mesT,epoxide hydrolase (EC3.3.2.3), similar to + others e.g. O15007|PEG1|MEST|Q92571|O14973 MEST PROTEIN + (MESODERM SPECIFIC TRANSCRIPT (MOUSE) HOMOLOG) (SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) from Homo sapiens (Human) (335 + aa), FASTA scores: opt: 348, E(): 6e-15, (32.15% identity + in 280 aa overlap); AAH06639|Q07646 MEST PROTEIN from Mus + musculus (Mouse) (335 aa), FASTA scores: opt: 342, E(): + 1.4e-14, (31.45% identity in 280 aa overlap); Q9I8E7|MEST + EPOXIDE HYDROLASE (EC 3.3.2.3) from Fugu rubripes + (Japanese pufferfish) (Takifugu rubripes) (326 aa), FASTA + scores: opt: 322, E(): 2.7e-13, (29.55% identity in 301 aa + overlap); Q9PUC9|PEG1|MEST EPOXIDE HYDROLASE from + Brachydanio rerio (Zebrafish) (Zebra danio) (344 aa), + FASTA scores: opt: 322, E(): 2.8e-13, (32.35% identity in + 207 aa overlap); Q9HYH6|PA3429 PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE + from Pseudomonas aeruginosa (298 aa), FASTA scores: opt: + 258, E(): 3e-09, (29.85% identity in 288 aa overlap); + O31243|ECHA EPOXIDE HYDROLASE from Agrobacterium + radiobacter (294 aa), FASTA scores: opt: 202, E(): + 1.1e-05, (27.0% identity in 278 aa overlap); etc. Also + similar to Q50599|Rv1834|MT1882|MTCY1A11.09c HYPOTHETICAL + 31.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (288 aa), + FASTA scores: opt: 294, E(): 1.5e-11, (29.95% identity in + 287 aa overlap). Equivalent to AAK47604 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (339 aa) but shorter 21 aa. + SIMILAR TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD. MAY BE BELONG TO + PEPTIDASE FAMILY S33. Note that previously known as lipS. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mesT exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits mesT into 2 parts, mesTa and mesTb." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE MESTB [SECOND PART] + (EPOXIDE HYDRATASE) (ARENE-OXIDE HYDRATASE)" + /protein_id="SIU01828.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3P5" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P5" + /translation="MKELHDAISRRDGVRVLPATAGFVDEHREHAARWDLARIISALG + DEVAFGVVGSAEDPFEGEQLRLARERLADSVEITELAGGHLTTAEQPDRLAEVIAALP + ERS" + gene complement(3506336..3506962) + /gene="mesTa" + /locus_tag="BQ2027_MB3202C" + CDS complement(3506336..3506962) + /gene="mesTa" + /locus_tag="BQ2027_MB3202C" + /standard_name="lipS" + /note="Mb3202c, mesTa, len: 208 aa. Equivalent to 5' end + of Rv3176c, len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 201 aa overlap). + Probable mesT, epoxide hydrolase (EC 3.3.2.3), similar to + others e.g. O15007|PEG1|MEST|Q92571|O14973 MEST PROTEIN + (MESODERM SPECIFIC TRANSCRIPT (MOUSE) HOMOLOG) (SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) from Homo sapiens (Human) (335 + aa), FASTA scores: opt: 348, E(): 6e-15, (32.15% identity + in 280 aa overlap); AAH06639|Q07646 MEST PROTEIN from Mus + musculus (Mouse) (335 aa), FASTA scores: opt: 342, E(): + 1.4e-14, (31.45% identity in 280 aa overlap); Q9I8E7|MEST + EPOXIDE HYDROLASE (EC 3.3.2.3) from Fugu rubripes + (Japanese pufferfish) (Takifugu rubripes) (326 aa), FASTA + scores: opt: 322, E(): 2.7e-13, (29.55% identity in 301 aa + overlap); Q9PUC9|PEG1|MEST EPOXIDE HYDROLASE from + Brachydanio rerio (Zebrafish) (Zebra danio) (344 aa), + FASTA scores: opt: 322, E(): 2.8e-13, (32.35% identity in + 207 aa overlap); Q9HYH6|PA3429 PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE + from Pseudomonas aeruginosa (298 aa), FASTA scores: opt: + 258, E(): 3e-09, (29.85% identity in 288 aa overlap); + O31243|ECHA EPOXIDE HYDROLASE from Agrobacterium + radiobacter (294 aa), FASTA scores: opt: 202, E(): + 1.1e-05, (27.0% identity in 278 aa overlap); etc. Also + similar to Q50599|Rv1834|MT1882|MTCY1A11.09c HYPOTHETICAL + 31.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (288 aa), + FASTA scores: opt: 294, E(): 1.5e-11, (29.95% identity in + 287 aa overlap). Equivalent to AAK47604 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (339 aa) but shorter 21 aa. + SIMILAR TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD. MAY BE BELONG TO + PEPTIDASE FAMILY S33. Note that previously known as lipS. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, mesT exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits mesT into 2 parts, mesTa and mesTb. + Mb3202c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE MESTA [FIRST PART] + (EPOXIDE HYDRATASE) (ARENE-OXIDE HYDRATASE)" + /protein_id="SIU01829.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3B3" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B3" + /translation="MTHRASALISAQEWFSAGERVGYDAERPGINPRSPLRAFIRRAA + GTGVTRTFLPGWPDGSYGWAKVEAFLSSRFHFPRIYLDYIGHGDSDKPRDYPYSTFER + ADLVEALWHAEGIAQTVVVAFDYSCIVSLELLARRIDRERAGNDQRTRITACLLANGG + IFADGHTHAWYTTPLLTSPLGAAITPIGQRSWRMFAPFLRPSSRADTH" + gene 3507109..3507969 + /locus_tag="BQ2027_MB3203" + CDS 3507109..3507969 + /locus_tag="BQ2027_MB3203" + /note="Mb3203, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv3177, len: + 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Possible peroxidase + (non-haem peroxidase) (EC 1.11.1.-), highly similar to + Q9KJF9|W78 CULTIVAR SPECIFICITY PROTEIN (SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) W78 from Rhizobium + leguminosarum (287 aa), FASTA scores: opt: 1059, E(): + 2.3e-59, (61.4% identity in 272 aa overlap); + BAB48728|MLL1328 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (286 aa), FASTA scores: opt: 746, + E(): 1.1e-39, (43.25% identity in 282 aa overlap). Similar + to nonheme chloroperoxidases and related esterases e.g. + O73957|SAL LIPOLYTIC ENZYME from Sulfolobus acidocaldarius + (314 aa), FASTA scores: opt: 408, E(): 1.9e-18, (32.4% + identity in 287 aa overlap); Q9AJM9|BIOH PROTEIN INVOLVED + IN BIOTIN SYNTHESIS from Kurthia sp. 538-KA26 (267 aa), + FASTA scores: opt: 324, E(): 3.2e-13, (30.0% identity in + 250 aa overlap); Q9CBB1|ML2269 PUTATIVE HYDROLASE (SIMILAR + TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) from Mycobacterium leprae + (265 aa); O05691|THCF_RHOER NON-HEME HALOPEROXIDASE (EC + 1.11.1.-) from Rhodococcus erythropolis (SIMILAR TO OTHER + BACTERIAL NON-HEME BROMO-AND CHLORO-PEROXIDASES) (274 aa), + FASTA scores: opt: 279, E(): 2.2e-10, (29.0% identity in + 276 aa overlap); Q53540|EST ESTERASE (SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) from Pseudomonas putida (276 + aa), FASTA scores: opt: 271, E(): 7.1e-10, (29.65% + identity in 280 aa overlap); etc. Also similar to + O06420|BPOC|Rv0554|MTCY25D10.33 HYPOTHETICAL 28.3 KDA + PROTEIN (SIMILAR TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD) from M. + tuberculosis (262 aa), FASTA scores: opt: 280, E(): + 1.8e-10, (28.0% identity in 257 aa overlap). Equivalent to + AAK47605 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (300 aa) but shorter 14 aa. SIMILAR TO ALPHA/BETA + HYDROLASE FOLD." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PEROXIDASE (NON-HAEM PEROXIDASE)" + /protein_id="SIU01830.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D2" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D2" + /translation="MPQRQAGDIGATYQDAPTKSINVGGTRFVYRRLGADAGVPVIFL + HHLGAVLDNWDPRVVDGIAAKHPVVTFDNRGVGASEGQTPDTVTTMADDAIAFVRALG + FDQVDLLGFSLGGFVAQVIAQQEPQLVRKIILAGTGPAGGVGIGKVTFGTIRESIKAT + LTFRDPKELRFFTRTDSGKSAARQFVKRLKERKDNRDKSITVRAFRSQLKAIHAWGTQ + KPSDLTSIGHPVLIANGDDDTMVPTSNSLDLADRLPDATLRIYPDAGHGGIFQHHAQF + VDDALQFLES" + gene 3508100..3508459 + /locus_tag="BQ2027_MB3204" + CDS 3508100..3508459 + /locus_tag="BQ2027_MB3204" + /EC_number="1.1.98.-" + /note="Mb3204, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv3178, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to other hypothetical bacterial + proteins (principaly mycobacterium and streptomyces + proteins) e.g. P71854|Rv3547|MTCY03C7.09c from M. + tuberculosis strain H37Rv (151 aa), FASTA scores: opt: + 310, E(): 2e-14, (40.5% identity in 116 aa overlap); + Q9ZH81 from M. paratuberculosis (144 aa), FASTA scores: + opt: 274, E(): 5.6e-12, (38.9% identity in 108 aa + overlap); O85698|3SCF60.07 from Streptomyces lividans and + Streptomyces coelicolor (149 aa), FASTA scores: opt: 235, + E(): 2.7e-09, (35.2% identity in 108 aa overlap); + Q10772|YF58_MYCTU|Rv1558|MT1609|MTCY48.07c (148 aa); + Q9WX21|SCE68.11 from Streptomyces coelicolor (305 aa); + etc. Equivalent to AAK47606 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (171 aa) but shorter 52 aa. + Protein product from Mb3204 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative F420H(2)-dependent quinone reductase + Rv3178 (Fqr) (EC" + /protein_id="SIU01831.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3C2" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C2" + /translation="MRLGAGFRKPVPTLLLEHRSRKSGKNFVAPLLYITDRNNVIVVA + SALGQAENPQWYRNLPPNPDTHIQIGSDRRPVRAVVASSDERARLWPRPVDAYADFDS + CQSWTERGIPVIILRPR" + gene 3509280..3510569 + /locus_tag="BQ2027_MB3205" + CDS 3509280..3510569 + /locus_tag="BQ2027_MB3205" + /note="Mb3205, -, len: 429 aa. Equivalent to Rv3179, len: + 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 429 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9KH61 PUTATIVE + ATP/GTP BINDING PROTEIN from Mycobacterium smegmatis (428 + aa), FASTA scores: opt: 2466, E(): 1.5e-148, (89.7% + identity in 428 aa overlap) (no article found on the NCBI + web site (July 2001)); and to other hypothetical bacterial + proteins e.g. O07781|Rv0597c|MTCY19H5.25 from M. + tuberculosis (411 aa), FASTA scores: opt: 1031, E(): + 8e-58, (41.5% identity in 417 aa overlap); + BAB54715|MLR9349 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (435 aa), FASTA scores: opt: 365, E(): 1.1e-15, (31.75% + identity in 416 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47609 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (454 aa) + but shorter 25 aa. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). Protein product from Mb3205 detected + using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATPase" + /protein_id="SIU01832.1" + /db_xref="InterPro:IPR025420" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041682" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3B8" + /translation="MVHDEAGHELIERHMLEQLREVAEYTRVVLINGPRQAGKTTLLQ + QLHAELGGWLRSLDVDVERASARADPEGYIMSAPRPTFLDEVQCAGDPLILAIKTATD + RDRRPRQFFLSGSTRFLTVPTLSESLAGRVAILDLWPLSVAERSGVRPEIIAQLFTEP + QVVLGTEPAPVTRHEYLQLACAGGFPEVVQRPAGRARSRWFSDYLRTVTQRDVRELKR + IEQTDRLPRFMRYLAAITAQELNVAEAARVIGVDAGTIRSDLALFETVYLVHRLPAWS + RNLTAKIKKRSKIHVVDSGFAAWLRGQSADSLARPTAEGAGPIMETFVINELMKLRAA + TELEVDLYHFRDRDGREIDCILQTPDSRVVGVEVKASATVNVHDFRHLSFARDRLGDE + FITGVLFYTGARALPFGDRLMALPINLLWNGQSVSSL" + gene complement(3510916..3511350) + /gene="vapC49" + /locus_tag="BQ2027_MB3206C" + CDS complement(3510916..3511350) + /gene="vapC49" + /locus_tag="BQ2027_MB3206C" + /note="Mb3206c, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv3180c, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein. Contains probable coiled-coil domain + from aa 40 to 70. Protein product from Mb3206c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3206c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted nucleic acid-binding protein, contains + PIN domain" + /protein_id="SIU01833.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3C5" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C5" + /translation="MPLVYFDASAFVKLLTTETGSSLASALWDGCDAALSSRLAYPEV + RAALAAAARNHDLTESELADAERDWEDFWAATRPVELTATVEQHAGHLARAHALRGAD + AVHLASALAVGDPGLVVAVWDRRLHTGAHAAGCRVAPAQLDP" + gene complement(3511353..3511805) + /gene="vapB49" + /locus_tag="BQ2027_MB3207C" + CDS complement(3511353..3511805) + /gene="vapB49" + /locus_tag="BQ2027_MB3207C" + /note="Mb3207c, -, len: 150 aa. Equivalent to Rv3181c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 150 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to other mycobacterium proteins e.g. + Q50718|YY07_MYCTU|Rv3407|MT3515|MTCY78.21c (99 aa), FASTA + scores: opt: 123, E(): 0.25, (33.7% identity in 89 aa + overlap); and O50412|Rv3385c|MTV004.43c (102 aa), FASTA + scores: opt: 123, E(): 0.26, (39.7% identity in 68 aa + overlap). Protein product from Mb3207c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3207c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antitoxin of toxin-antitoxin stability system" + /protein_id="SIU01834.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D1" + /translation="MQLGRKVTSHHDIDRFGVASTADESVYRPLPPRLRLAQVNLSRR + RCRTQSDMYKSRFSECTVQSVDVSVTELRAHLSDWLDRARAGGEVVITERGIPIARLA + ALDSTDTLERLTAEGVIGKATAQRPVAAGRPRPRPQRPVSDRVSDQRR" + gene 3512036..3512380 + /gene="higB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3208" + CDS 3512036..3512380 + /gene="higB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3208" + /note="Mb3208, -, len: 114 aa. Equivalent to Rv3182, len: + 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to other hypothetical bacterial + proteins e.g. O53468|Rv2022c|MTV018.09c from M. + tuberculosis (201 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): + 3.6e-16, (51.9% identity in 104 aa overlap); and + Q9L3R6|ORF119 from Anabaena sp. strain PCC 7120 (119 aa), + FASTA scores: opt: 250, E(): 1.6e-10, (42.1% identity in + 95 aa overlap). Equivalent to AAK47614 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (94 aa) but longer 20 aa. + Mb3208 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Toxin HigB" + /protein_id="SIU01835.1" + /db_xref="InterPro:IPR009241" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y560" + /translation="MAVILLPQVERWFFALNRDAMASVTGAIDLLEMEGPTLGRPVVD + KVNDSTFHNMKELRPAGTSIRILFAFDPARQAILLLGGDKAGNWKRWYDNNIPIADQR + SENWLASEHGGG" + gene 3512377..3512706 + /locus_tag="BQ2027_MB3209" + CDS 3512377..3512706 + /locus_tag="BQ2027_MB3209" + /note="Mb3209, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv3183, len: + 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, similar to others e.g. + Q9S1D9|YPPCP1.08c from Yersinia pestis (99 aa), FASTA + scores: opt: 119, E(): 0.47, (40.55% identity in 74 aa + overlap); Q9X153|TM1330 from Thermotoga maritima (111 aa), + FASTA scores: opt: 115, E(): 0.91, (40.35% identity in 57 + aa overlap); P95258|Rv1956|MTCY09F9.08c (alias AAK46277 + putative DNA-binding protein from strain CDC1551) (149 + aa), FASTA scores: opt: 116, E(): 1, (42.25% identity in + 71 aa overlap). Also similar to O53467|Rv2021c|MTV018.08c + from Mycobacterium tuberculosis (101 aa), FASTA scores: + opt: 214, E(): 5.8e-07, (43.0% identity in 107 aa + overlap). Contains probable helix-turn-helix motif from aa + 51 to 72 (Score 1803, +5.33 SD). Mb3209 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU01836.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y409" + /db_xref="InterPro:IPR001387" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="InterPro:IPR039554" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y409" + /translation="MTMARNWRDIRADAVAQGRVDLQRAAVAREEMRDAVLAHRLAEI + RKALGHARQADVAALMGVSQARVSKLESGDLSHTELGTLQAYVAALGGHLRIVAEFGE + NTVELTA" + gene 3513244..3513591 + /locus_tag="BQ2027_MB3210" + CDS 3513244..3513591 + /locus_tag="BQ2027_MB3210" + /note="Mb3210, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv3188, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with similarity to other proteins + from Mycobacterium tuberculosis: + Q10868|YJ90_MYCTU|Rv1990c|MT2044|MTCY39.29 HYPOTHETICAL + PROTEIN (113 aa), FASTA scores: opt: 184, E(): 8.1e-06, + (28.45% identity in 109 aa overlap); and + O06299|Rv0348|MTCY13E10.08 HYPOTHETICAL PROTEIN (217 aa), + FASTA scores: opt: 129, E(): 0.074, (30.0% identity in 100 + aa overlap). Also some similarity with C-terminus of + Q9XA59|SCGD3.19 PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEM RESPONSE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (218 aa), FASTA scores: opt: 114, E(): 0.76, (30.0% + identity in 110 aa overlap) (for this one, no similarity + exists in the N-terminal region with the N-terminus of + other regulatory components of sensory transduction + systems). Protein product from Mb3210 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3210 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01837.1" + /db_xref="InterPro:IPR024467" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K0" + /translation="MAVTLDRAVEASEIVDALKPFGVTQVDVAAVIQVSDRAVRGWRT + GDIRPERYDRLAQLRDLVLLLSDSLTPRGVGQWLHAKNRLLDGQRPVDLLAKDRYEDV + RSAAESFIDGAYV" + gene 3513588..3514208 + /locus_tag="BQ2027_MB3211" + CDS 3513588..3514208 + /locus_tag="BQ2027_MB3211" + /note="Mb3211, -, len: 206 aa. Equivalent to Rv3189, len: + 206 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 206 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, weakly similar to other proteins + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O86329|MBTE|Rv2380c|MTCY22H8.05 (1682 aa), FASTA scores: + opt: 135, E(): 0.79, (27.8% identity in 187 aa overlap); + and Q10869|YJ89_MYCTU|Rv1989c|MT2043MTCY39.30 (186 aa), + FASTA scores: opt: 122, E(): 0.85, (32.25% identity in 93 + aa overlap). Protein product from Mb3211 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3211 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01838.1" + /db_xref="InterPro:IPR014914" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q0" + /translation="MKLADAIATAPRRTLKGTYWHQGPTRHPVTSCADPARGPGRYHR + TGEPGVWYASNKEQGAWAELFRHFVDDGVDPFEVRRRVGRVAVTLQVLDLTDERTRSH + LGVDETDLLSDDYTTTQAIAAARDANFDAVLAPAAALPGCQTLAVFVHALPNIEPERS + EVRQPPPRLANLLPLIRPHEHMPDSVRRLLATLTRAGAEAIRRRRR" + gene complement(3514368..3515633) + /locus_tag="BQ2027_MB3212C" + CDS complement(3514368..3515633) + /locus_tag="BQ2027_MB3212C" + /note="Mb3212c, -, len: 421 aa. Equivalent to Rv3190c, + len: 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 421 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3212c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3212c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01839.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3C3" + /translation="MEYVQLFSKGRLNDLAGSLAGFLGKASQATAQRLQSWDADDLLN + TPVDDVVEQLVELGSVECPDLRVDDAFMLPATEVDQQYRDWGEQRTRRVTRLVLVVPF + EGHKDIFNLRPDQFTTMPPQVLRLQGHEIHLAIDNPSNDAAAINAAFHKQIANIEKYL + GWSRRQIDLHNQGLRNELPGMVARRREQLLATRNLQAEIGFPVRRRKDADTYAAPISR + KSVRPRPHRPAGARAAFKPEPAMQDEDYQSALRVLRNQRNALERTPSVAAKLDGEEIR + DMLLVGLNAQFEGDAGGELFNGAGKTDILIRVDDRNIFIGECKVWSGPRTMDDALKQL + FGYLVWRDTKAAILLFIRNKDVTAVIDNAIAKIKEHPNHKRCPAHRAGADQYEFTMHA + DGDPEREIHLTLIPFALRPTAEVPTTTIP" + gene 3515801..3516010 + /locus_tag="BQ2027_MB3212A" + CDS 3515801..3516010 + /locus_tag="BQ2027_MB3212A" + /note="Mb3212A, len: 69 aa. Equivalent to Rv3190A len: 69 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 69 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Conserved protein. + Mb3212A found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved protein" + /protein_id="SIU01840.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E0" + /translation="MITVLDMNGFKDARPDRLPLSASVWDIAQRYNKGGPTVTEALYE + ALKELEAQVIALQRSEGKGLLSRLS" + gene complement(3516208..3517597) + /locus_tag="BQ2027_IS1603" + mobile_element complement(3516208..3517597) + /locus_tag="BQ2027_IS1603" + /note="IS1603, len: 1390 nt. Equivalent to IS1603, len: + 1032 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1032 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1603" + repeat_region 3516208..3516270 + /note="63 bp imperfect inverted repeat, IRR, + TGTCAGCGGCAACCGAAAACTGATCAGGTGTCGGCAAGGTGGTTTCTAGGCGGTGTCG + C AACA, flanking IS element IS1603." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(3516257..3517291) + /locus_tag="BQ2027_MB3213C" + CDS complement(3516257..3517291) + /locus_tag="BQ2027_MB3213C" + /note="Mb3213c, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv3191c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Probable transposase, + similar to many especially Q9K2N8 PUTATIVE TRANSPOSASE + from Pseudomonas aeruginosa (338 aa), FASTA scores: opt: + 837, E(): 1.3e-43, (42.55% identity in 336 aa overlap); + Q9RBF4 INSERTION SEQUENCE IS1088 from Alcaligenes + eutrophus (Ralstonia eutropha) (342 aa), FASTA scores: + opt: 823, E(): 9.2e-43, (43.05% identity in 337 aa + overlap); and Q51379 PUTATIVE TRANSPOSASE from Pseudomonas + alcaligenes (338 aa), FASTA scores: opt: 818, E(): + 1.8e-42, (42.35% identity in 333 aa overlap). Contains + probable helix-turn-helix motif from aa 25 to 46 (Score + 1968, +5.89 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU01841.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D3" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR025246" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D3" + /translation="MRQISSRYLSEEERINIADLRRSGLSIRKIADQLGRAPSTVSRE + LRRNSRRDGQYRPFEAHRWAVQRRVRRHRRRIDKNPDLCELIAELLAQRWSPQQIARH + LRRKYPDDRSMWLCHESIYQAVYQPQSRLIRPPQVKSPHRGPLRTGRTHRRAHLRPGR + RRPRFAQPMLSIHQRPFDPADRSEPGHWEGDLIVGKNQGSAIGTLVERQTRLIRLLHL + PTHDAYCLRIAITETMSDLPVTLVRSITWDQGIEMARHIDITADLGAPVYFCDSRSPW + QRASNENSNGLLRQYFPKGTSLSTYTPDHLRAVEYEINNRPRQVLGHRSPAELFTALL + TSPDHQLLRR" + repeat_region complement(3517535..3517597) + /locus_tag="BQ2027_IS1603" + /note="63 bp imperfect inverted repeat, IRL, + TGTCGGCGGCAACTGAATACTGACCAGAGCGCGGCAAGGTGGGTTCTAGTCAACGTCG + C AACA, flanking IS element IS1603." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(3518316..3518389) + /locus_tag="BQ2027_METU" + tRNA complement(3518316..3518389) + /locus_tag="BQ2027_METU" + /product="tRNA-Met" + /note="metU, len: 74 nt. Equivalent to metU, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-f-Met, anticodon cat. + Described in EM_BA: MTMETA Y08623 M.tuberculosis as metA + gene. Name changed to metU as metA encodes homoserine + transsuccinylase.; fMet" + gene 3518509..3518970 + /locus_tag="BQ2027_MB3214" + CDS 3518509..3518970 + /locus_tag="BQ2027_MB3214" + /note="Mb3214, -, len: 153 aa. Equivalent to Rv3192, len: + 153 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 153 aa overlap). Conserved + hypothetical ala- and pro-rich protein, with weak + similarity to N-terminal half of several proteins e.g. + Q11030|YD60_MYCTU|Rv1360|MT1405|MTCY02B10.24 HYPOTHETICAL + 37.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (340 aa), + FASTA scores: opt: 245, E(): 3.7e-08, (33.1% identity in + 157 aa overlap); O30260|AF2411 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus (363 aa), FASTA + scores: opt: 144, E(): 0.072, (32.6% identity in 92 aa + overlap); Q9ZA30|GRA-ORF29 PUTATIVE FMN-DEPENDENT + MONOOXYGENASE from Streptomyces violaceoruber (343 aa), + FASTA scores: opt: 133, E(): 0.33, (25.15% identity in 159 + aa overlap). Protein product from Mb3214 detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Coenzyme F420-dependent N5,N10-methylene + tetrahydromethanopterin reductase and related + flavin-dependent oxidoreductases" + /protein_id="SIU01842.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D0" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D0" + /translation="MIPQPLSQLGDLARRPGRRVLCSPKTAAPSISNATVASPAAPGL + ELSTGIALAFPRGPFVPAAAAWELQEATSGKFQLGLGTQVRKNVVHRYGMAFHRPGPR + LRYLLAVKACFAVFQTGTPDHHGEFDNPDFITAQWSPARIDPPGPSPAGPR" + gene complement(3519140..3522118) + /locus_tag="BQ2027_MB3215C" + CDS complement(3519140..3522118) + /locus_tag="BQ2027_MB3215C" + /note="Mb3215c, -, len: 992 aa. Equivalent to Rv3193c, + len: 992 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 992 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with hydrophobic N-terminal domain + (~1-340 aa), highly similar to Q9CCM6|ML0644 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (983 + aa), FASTA scores: opt: 5421, E(): 0, (86.15% identity in + 989 aa overlap); and O53609|Rv0064|MTV030.07 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv (979 aa), FASTA scores: opt: 3204, E(): 2.1e-142, + (50.25% identity in 985 aa overlap). C-terminal part + (709-990 aa) highly similar to O32904|MLCB1779.46 + HYPOTHETICAL 29.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (277 aa), FASTA scores: opt: 1521, E(): 3.4e-64, (82.6% + identity in 282 aa overlap). Also some similarity to + hypothetical proteins generally transmembrane e.g. + Q9FCI4|2SC3B6.28 from Streptomyces coelicolor (815 aa), + FASTA scores: opt: 951, E(): 3.4e-37, (39.2% identity in + 826 aa overlap); P72637|SLL1060 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (1032 aa), FASTA scores: opt: 938, E(): + 1.6e-36, (29.95% identity in 855 aa overlap); + O28851|AF1421 from Archaeoglobus fulgidus (880 aa), FASTA + scores: opt: 526, E(): 2.6e-17, (28.05% identity in 970 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3215c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3215c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01843.1" + /db_xref="GOA:Q7TX22" + /db_xref="InterPro:IPR005372" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX22" + /translation="MGMRSAARMPKLTRRSRILIMIALGVIVLLLAGPRLIDAYVDWL + WFGELGYRSVFTTMLATRIVVCLVAGVVVGGIVFGGLALAYRTRPVFVPDADNDPVAR + YRAVVLARLRLVGIGIPAAIGLLAGIVAQSYWARIQLFLHGGDFGVRDPQFGRDLGFY + AFELPFYRLMLSYMLVSVFLAFVANLVAHYIFGGIRLSGRTGALSRSARVQLVSLVGV + LVLLKAVAYWLDRYELLSHTRGGKPFTGAGYTDINAVLPAKLILMAIALICAAAVFSA + IALRDLRIPAIGLVLLLLSSLIVGAGWPLIVEQISVKPNAAQKESEYISRSITATRQA + YGLTSDVVTYRNYSGDSPATAQQVAADRATTSNIRLLDPTIVSPAFTQFQQGKNFYYF + PDQLSIDRYLDRNGNLRDYVVAARELNPDRLIDNQRDWINRHTVYTHGNGFIASPANT + VRGIANDPNQNGGYPEFLVNVVGANGTVVSDGPAPLDQPRIYFGPVISNTSADYAIVG + RNGDDREYDYETNIDTKRYTYTGSGGVPLGGWLARSVFAAKFAERNFLFSNVIGSNSK + ILFNRDPAQRVEAVAPWLTTDSAVYPAIVNKRLVWIVDGYTTLDNYPYSELTSLSSAT + ADSNEVAFNRLVPDKKVSYIRNSVKATVDAYDGTVTLYQQDEKDPVLKAWMQVFPGTV + KPKSDIAPELAEHLRYPEDLFKVQRMLLAKYHVNDPVTFFSTSDFWDVPLDPNPTASS + YQPPYYIVAKNIAKDDNSASYQLISAMNRFKRDYLAAYISASSDPATYGNLTVLTIPG + QVNGPKLANNAITTDPAVSQDLGVIGRDNQNRIRWGNLLTLPVAQGGLLYVEPVYASP + GASDAASSYPRLIRVAMMYNDKVGYGPTVRDALTGLFGPGAGATATGIAPTEAAVPPS + PAANPPPPASGPQPPPVTAAPPVPVGAVTLSPAKVAALQEIQAAIGAARDAQKKGDFA + AYGSALQRLDEAITKFNDAG" + gene complement(3522210..3523232) + /locus_tag="BQ2027_MB3216C" + CDS complement(3522210..3523232) + /locus_tag="BQ2027_MB3216C" + /note="Mb3216c, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv3194c, + len: 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 340 aa overlap). Possible conserved + secreted protein (N-terminal stretch hydrophobic), + equivalent to Q9CCM7|ML0643 PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Mycobacterium leprae (340 aa), FASTA scores: opt: 1822, + E(): 1.6e-102, (80.3% identity in 340 aa overlap). Also + similar to other proteins e.g. Q9FCI6|2SC3B6.26 PUTATIVE + SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (364 aa), + FASTA scores: opt: 430, E(): 1.1e-18, (40.95% identity in + 359 aa overlap); Q9S3Y5|SDRC SDRC PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (241 aa), FASTA scores: opt: 396, + E(): 8.9e-17, (35.2% identity in 318 aa overlap) + (similarity in part for this one); O34470|YLBL YLBL + PROTEIN from Bacillus subtilis (350 aa), FASTA scores: + opt: 385, E(): 5.6e-16, (27.7% identity in 350 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3216c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3216c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIU01844.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D6" + /db_xref="InterPro:IPR001478" + /db_xref="InterPro:IPR008269" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR027065" + /db_xref="InterPro:IPR036034" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D6" + /translation="MNRRILTLMVALVPIVVFGVLLAVVTVPFVALGPGPTFDTLGEI + DGKQVVQIVGTQTYPTSGHLNMTTVSQRDGLTLGEALALWLSGQEQLMPRDLVYPPGK + SREEIENDNAADFKRSEAAAEYAALGYLKYPKAVTVASVMDPGPSVDKLQAGDAIDAV + DGTPVGNLDQFTALLKNTKPGQEVTIDFRRKNEPPGIAQITLGKNKDRDQGVLGIEVV + DAPWAPFAVDFHLANVGGPSAGLMFSLAVVDKLTSGHLVGSTFVAGTGTIAVDGKVGQ + IGGITHKMAAARAAGATVFLVPAKNCYEASSDSPPGLKLVKVETLSQAVDALHAMTSG + SPTPSC" + gene 3523310..3524728 + /locus_tag="BQ2027_MB3217" + CDS 3523310..3524728 + /locus_tag="BQ2027_MB3217" + /note="Mb3217, -, len: 472 aa. Equivalent to Rv3195, len: + 472 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 472 aa overlap). Hypothetical protein, + equivalent to Q49746|ML0642|B1937_C3_231 HYPOTHETICAL 50.3 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (479 aa), FASTA + scores: opt: 2503, E(): 1e-138, (79.35% identity in 475 aa + overlap). Similar in part to Q9FCI9|2SC3B6.23c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (487 + aa), FASTA scores: opt: 1382, E(): 2.7e-73, (46.4% + identity in 489 aa overlap); Q9X8I7|SCE9.14 HYPOTHETICAL + 41.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (375 aa), + FASTA scores: opt: 319, E(): 2.4e-11, (25.6% identity in + 383 aa overlap); etc. Mb3217 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secretion" + /protein_id="SIU01845.1" + /db_xref="InterPro:IPR018766" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y569" + /translation="MSTGEVMGDLPFGFSSGDDPPEDPSGRDKRGKDGADSGSGANPL + GAFGIGGEFNMADLGQIFTRLGEMFGGVGTAMAAGKTSGPVNYDLARQVASSSIGFIA + PIPAATNSAIADAVHLADTWLDGATSLPAGATKAVGWSPTDWVDNTLATWKRLCDPMA + QQISTVWASSLPEEAKSMAGPLLSIMSQMGGIAFGSQLGQALGRLSREVLTSTDIGLP + LGPKGVAAILPGAVESFAAGLEQPRSEILTFLATREAAHHRLFSHVPWLASQLLGAVE + AYAMGMKIDMTGIEELARDINPTSLADPAAMEQLLSQGVFEPKATPAQTQALERLETL + LALIEGWVQTVVTAALGERIPGEAALSETLRRRRASGGPAEQTFATLVGLELRPRKLR + EAGALWERLTRAVGMDARDAVWQHPDLLPATDDLDDPAAFIDRVIGGDTSGIDEAIAE + LERDQQARGADDSGHDGGPVDN" + gene 3524734..3525633 + /locus_tag="BQ2027_MB3218" + CDS 3524734..3525633 + /locus_tag="BQ2027_MB3218" + /note="Mb3218, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv3196, len: + 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to other hypothetical proteins e.g. + Q9FCJ5|2SC3B6.17c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (442 aa), FASTA scores: opt: 233, + E(): 3.5e-07, (29.9% identity in 261 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secretion" + /protein_id="SIU01846.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y416" + /translation="MSARSVAPSQVMRRAASALYSLNPAMPVLLRPDGAVQVGWDPRR + AVLVRPPRGLTATGLAALLRSMRSPIPITELQRQAAERGLVDGDAMANLVAQLVGAGV + ATPLANPGNLDSRRRAASIRVHGRGPLSDLLVQALRCSGARIRHSSQPHAAVTPAGVD + LVVLSDYLVADPHMVRDLHTERVPHLPVRVRDGTGMVGPLVVPGVTSCLGCADLHRSD + RDAAWPAIAAQLRDTVGVADRATLLATAALALSQVNRVIAAVRGQEATPEPPSALNTT + LEFDLNAGSIVARQWTRHPRCFC" + gene complement(3525642..3525842) + /locus_tag="BQ2027_MB3219C" + CDS complement(3525642..3525842) + /locus_tag="BQ2027_MB3219C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3219c, -, len: 66 aa. Equivalent to Rv3196A, len: + 66 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 66 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3219c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3219c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU01847.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L2" + /translation="MQEGGPQETMSARSTQHDAADALFRAIIETLDKHRNERTLTEDV + LDTLARAYASISTNVPEQGRLG" + gene 3525980..3527323 + /locus_tag="BQ2027_MB3220" + CDS 3525980..3527323 + /locus_tag="BQ2027_MB3220" + /note="Mb3220, -, len: 447 aa. Equivalent to Rv3197, len: + 447 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 447 aa overlap). Probable conserved + ATP-binding protein ABC transporter, highly similar to + Mycobacterium leprae proteins: Q9CCM8|ML0640 HYPOTHETICAL + PROTEIN (473 aa), FASTA scores: opt: 2512, E(): 2.1e-140, + (83.0% identity in 447 aa overlap). Interestingly, the + N-terminal half (1-219 aa) corresponds to + Q49747|ABC1|B1937_C3_233 ABC1 PROTEIN from Mycobacterium + leprae (267 aa), FASTA scores: opt: 1276, E(): 6.3e-68, + (88.6% identity in 219 aa overlap); and the C-terminal + half (239-447 aa) corresponds to Q49745|B1937_C2_179 + HYPOTHETICAL 23.1 KDA PROTEIN (206 aa), FASTA scores: opt: + 1138, E(): 6.5e-60, (77.05% identity in 209 aa overlap); + two adjacent orfs from Mycobacterium leprae. Also highly + similar to other proteins (generally ABC transporters) + e.g. Q9FCJ6|2SC3B6.16c HYPOTHETICAL 51.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (469 aa), FASTA scores: opt: 1340, + E(): 1.8e-71, (45.9% identity in 449 aa overlap); + O65576|ABC1AT ABC1 PROTEIN (alias + Q9SBB2|T15B16.14|AT4G01660 PUTATIVE ABC TRANSPORTER) from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (623 aa), FASTA + scores: opt: 543, E(): 1.7e-24, (28.4% identity in 405 aa + overlap); O27682|MTH1645 ABC TRANSPORTER from + Methanobacterium thermoautotrophicum (623 aa), FASTA + scores: opt: 497, E(): 7.8e-22, (33.0% identity in 309 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb3220 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3220 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED ATP-BINDING PROTEIN ABC + TRANSPORTER" + /protein_id="SIU01848.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R3" + /db_xref="InterPro:IPR002575" + /db_xref="InterPro:IPR004147" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR034646" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R3" + /translation="MDDGSVSDIKRGRAARNAKLASIPVGFAGRAALGLGKRLTGKSK + DEVTAELMEKAANQLFTVLGELKGGAMKVGQALSVMEAAIPDEFGEPYREALTKLQKD + APPLPASKVHRVLDGQLGTKWRERFSSFNDTPVASASIGQVHKAIWSDGREVAVKIQY + PGADEALRADLKTMQRMVGVLKQLSPGADVQGVVDELVERTEMELDYRLEAANQRAFA + KAYHDHPRFQVPHVVASAPKVVIQEWIEGVPMAEIIRHGTTEQRDLIGTLLAELTFDA + PRRLGLMHGDAHPGNFMLLPDGRMGIIDFGAVAPMPGGFPIELGMTIRLAREKNYDLL + LPTMEKAGLIQRGRQVSVREIDEMLRQYVEPIQVEVFHYTRKWLQKMTVSQIDRSVAQ + IRTARQMDLPAKLAIPMRVIASVGAILCQLDAHVPIKALSEELIPGFAEPDAIVV" + gene complement(3527357..3527635) + /gene="whiB7" + /locus_tag="BQ2027_MB3221C" + CDS complement(3527357..3527635) + /gene="whiB7" + /locus_tag="BQ2027_MB3221C" + /note="Mb3221c, whiB7, len: 92 aa. Equivalent to Rv3197A, + len: 92 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 92 aa overlap). Probable whiB7, + WhiB-like regulatory protein (see citation below), similar + to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor, wblE gene + product (85 aa). Equivalent to + Q49765|WHIB7|ML0639|B1937_F2_68 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR WHIB7 from Mycobacterium leprae (89 aa), FASTA + scores: opt: 441, E(): 6.3e-24, (69.3% identity in 88 aa + overlap). Similar to Q9FCJ8|2SC3B6.14 PUTATIVE DNA-BINDING + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (122 aa), FASTA + scores: opt: 348, E(): 2.2e-17, (57.7% identity in 78 aa + overlap); Q9AD55|SCP1.95 PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (102 aa), FASTA scores: opt: 166, + E(): 7.1e-05, (39.4% identity in 76 aa overlap); etc. + Mb3221c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + WHIB-LIKE WHIB7" + /protein_id="SIU01849.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3E1" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR017956" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E1" + /translation="MSVLTVPRQTPRQRLPVLPCHVGDPDLWFADTPAGLEVAKTLCV + SCPIRRQCLAAALQRAEPWGVWGGEIFDQGSIVSHKRPRGRPRKDAVA" + gene complement(3528065..3530167) + /gene="uvrD2" + /locus_tag="BQ2027_MB3222C" + CDS complement(3528065..3530167) + /gene="uvrD2" + /locus_tag="BQ2027_MB3222C" + /note="Mb3222c, UvrD2, len: 700 aa. Equivalent to Rv3198c, + len: 700 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 700 aa overlap). Probable UvrD2, DNA + helicase II homolog (EC 3.6.1.-), equivalent to + P53528|UVRD_MYCLE|VRD|UVRD2|ML0637|B1937_F1_27 PROBABLE + DNA HELICASE II HOMOLOG from Mycobacterium leprae (714 + aa), FASTA scores: opt: 3749, E(): 0, (82.85% identity in + 706 aa overlap); and C-terminal half (466-700 aa) + corresponds to Q49764|RECQ|B1937_F2_66 PUTATIVE DNA + HELICASE RECQ (EC 3.6.1.-) (242 aa), FASTA scores: opt: + 1267, E(): 1.4e-69, (82.5% identity in 234 aa overlap); + products of two adjacent ORFS in Mycobacterium leprae. + Also similar to other DNA helicases e.g. Q9FCK0|2SC3B6.12 + from Streptomyces coelicolor (785 aa), FASTA scores: opt: + 1687, E(): 1.2e-94, (52.05% identity in 728 aa overlap); + P71561|CRA|IVRD|Rv0949|MT0976|MTCY10D7.25c ATP-DEPENDENT + DNA HELICASE PCRA from Mycobacterium tuberculosis (771 + aa), FASTA scores: opt: 715, E(): 1e-35, (34.1% identity + in 710 aa overlap); Q9CD72|PCRA_MYCLE|UVRD|ML0153 + ATP-DEPENDENT DNA HELICASE PCRA from Mycobacterium leprae + (778 aa), FASTA scores: opt: 687, E(): 5.1e-34, (32.0% + identity in 719 aa overlap); O83991|TP1028 DNA HELICASE II + (UVRD) from Treponema pallidum (670 aa), FASTA scores: + opt: 652, E(): 6e-32, (30.25% identity in 671 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop). BELONGS TO THE UVRD SUBFAMILY OF HELICASES. + Protein product from Mb3222c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3222c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable atp-dependent dna helicase ii uvrd2" + /protein_id="SIU01850.1" + /db_xref="GOA:P64321" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR002121" + /db_xref="InterPro:IPR010997" + /db_xref="InterPro:IPR013986" + /db_xref="InterPro:IPR014016" + /db_xref="InterPro:IPR014017" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR034739" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64321" + /translation="MSIASDPLIAGLDDQQREAVLAPRGPVCVLAGAGTGKTRTITHR + IASLVASGHVAAGQVLAVTFTQRAAGEMRSRLRALDAAARTGSGVGAVQALTFHAAAY + RQLRYFWSRVIADTGWQLLDSKFAVVARAASRTRLHASTDDVRDLAGEIEWAKASLIG + PEEYVTAVAAARRDPPLDAAQIAAVYSEYEALKARGDGVTLLDFDDLLLHTAAAIEND + AAVAEEFQDRYRCFVVDEYQDVTPLQQRVLSAWLGDRDDLTVVGDANQTIYSFTGASP + RFLLDFSRRFPDAAVVRLERDYRSTPQVVSLANRVIAAARGRVAGSKLRLSGQREPGP + VPSFHEHSDEPAEAATVAASIARLIASGTPPSEVAILYRVNAQSEVYEEALTQAGIAY + QVRGGEGFFNRQEIKQALLALQRVSERDTDAALSDVVRAVLAPLGLTAQPPVGTRARE + RWEALTALAELVDDELAQRPALQLPGLLAELRRRAEARHPPVVQGVTLASLHAAKGLE + WDAVFLVGLADGTLPISHALAHGPNSEPVEEERRLLYVGITRARVHLALSWALSRSPG + GRQSRKPSRFLNGIAPQTRADPVPGTSRRNRGAAARCRICNNELNTSAAVMLRRCETC + AADVDEELLLQLKSWRLSTAKEQNVPAYVVFTDNTLIAIAELLPTDDAALIAIPGIGA + RKLEQYGSDVLQLVRGRT" + gene 3530291..3530545 + /locus_tag="BQ2027_MB3223" + CDS 3530291..3530545 + /locus_tag="BQ2027_MB3223" + /note="Mb3223, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv3198A, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Possible glutaredoxin + protein (EC 1.-.-.-), highly similar to Q9FCK1|2SC3B6.11c + PUTATIVE GLUTAREDOXIN-LIKE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (80 aa), FASTA scores: opt: 293, E(): 2.2e-14, + (55.15% identity in 78 aa overlap); and Q9RSN9|DR2085 + PUTATIVE GLUTAREDOXIN from Deinococcus radiodurans (81 + aa), FASTA scores: opt: 198, E(): 1.2e-07, (53.55% + identity in 56 aa overlap). Also similar to several + hypothetical bacterial proteins e.g. Q9X8C2|SCE36.09 + HYPOTHETICAL 13.0 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (114 aa), FASTA scores: opt: 181, E(): 2.6e-06, (44.45% + identity in 72 aa overlap). Protein product from Mb3223 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3223 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE GLUTAREDOXIN PROTEIN" + /protein_id="SIU01851.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3D8" + /db_xref="InterPro:IPR002109" + /db_xref="InterPro:IPR011915" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3D8" + /translation="MITAALTIYTTSWCGYCLRLKTALTANRIAYDEVDIEHNRAAAE + FVGSVNGGNRTVPTVKFADGSTLTNPSADEVKAKLVKIAG" + gene complement(3530558..3531499) + /gene="nudC" + /locus_tag="BQ2027_MB3224C" + CDS complement(3530558..3531499) + /gene="nudC" + /locus_tag="BQ2027_MB3224C" + /note="Mb3224c, nudC, len: 313 aa. Equivalent to Rv3199c, + len: 313 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 313 aa overlap). Probable nudC, NADH + pyrophosphatase (EC 3.6.1.22), similar in particular to + Q9CXN4|4933433B15RIK from Mus musculus (Mouse) (356 aa), + FASTA scores: opt: 493, E(): 7.4e-24, (39.65% identity in + 232 aa overlap); Q9ABG1|CC0266 MUTT/NUDIX FAMILY PROTEIN + from Caulobacter crescentus (313 aa), FASTA scores: opt: + 479, E(): 5.1e-23, (38.3% identity in 222 aa overlap); + O86062|NUDC_PSEAE|NUDC|PA1823 NADH PYROPHOSPHATASE from + Pseudomonas aeruginosa (278 aa), FASTA scores: opt: 371,2 + E(): 3e-16, (43.15% identity in 153 aa overlap); + Q9RV62|NUDC_DEIRA|NUDC|DR1168 NADH PYROPHOSPHATASE from + Deinococcus radiodurans (280 aa), FASTA scores: opt: 363, + E(): 9.6e-16, (34.45% identity in 270 aa overlap); etc. + Caution: equivalent to AAK47636 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (386 aa) but shorter 72 aa. + Contains PS00893 mutT domain signature. BELONGS TO THE + NUDIX HYDROLASE FAMILY, NUDC SUBFAMILY. COFACTOR: REQUIRES + DIVALENT IONS: MANGANESE OR MAGNESIUM. Protein product + from Mb3224c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3224c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NADH PYROPHOSPHATASE NUDC (NAD+ + DIPHOSPHATASE) (NAD+ PYROPHOSPHATASE) (NADP + PYROPHOSPHATASE)" + /protein_id="SIU01852.1" + /db_xref="GOA:Q7TX14" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015375" + /db_xref="InterPro:IPR015376" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="InterPro:IPR022925" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TX14" + /translation="MTNVSGVDFQLRSVPLLSRVGADRADRLRTDMEAAAAGWPGAAL + LRVDSRNRVLVANGRVLLGAAIELADKPPPEAVFLGRVEGGRHVWAVRAALQPIADPD + IPAEAVDLRGLGRIMDDTSSQLVSSASALLNWHDNARFSALDGAPTKPARAGWSRVNP + ITGHEEFPRIDPAVICLVHDGADRAVLARQAAWPERMFSLLAGFVEAGESFEVCVARE + IREEIGLTVRDVRYLGSQPWPFPRSLMVGFHALGDPDEEFSFSDGEIAEAAWFTRDEV + RAALAAGDWSSASESKLLLPGSISIARVIIESWAACE" + gene complement(3531558..3532625) + /locus_tag="BQ2027_MB3225C" + CDS complement(3531558..3532625) + /locus_tag="BQ2027_MB3225C" + /note="Mb3225c, -, len: 355 aa. Equivalent to Rv3200c, + len: 355 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 355 aa overlap). Possible transmembrane + cation transporter, similar to many transmembrane proteins + and putative potassium channels e.g. Q9XA52|SCGD3.27C + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (365 aa), FASTA scores: opt: 1022, E(): 2.6e-53, (49.85% + identity in 325 aa overlap); Q9RRZ3|DR2336 PUTATIVE + POTASSIUM CHANNEL from Deinococcus radiodurans (320 aa), + FASTA scores: opt: 436, E(): 1e-18, (30.9% identity in 304 + aa overlap); O28600|AF1673 PUTATIVE POTASSIUM CHANNEL from + Archaeoglobus fulgidus (314 aa), FASTA scores: opt: 363, + E(): 2.1e-14, (27.2% identity in 309 aa overlap); + Q57604|Y13B_METJAMJ0138.1|MJ0138.1 PUTATIVE POTASSIUM + CHANNEL from Methanococcus jannaschii (333 aa), FASTA + scores: opt: 356, E(): 5.7e-14, (26.0% identity in 281 aa + overlap); P73132|SLL0993 POTASSIUM CHANNEL from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (365 aa), FASTA scores: + opt: 330, E(): 2.1e-12, (27.8% identity in 324 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). Protein product from Mb3225c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3225c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE CATION TRANSPORTER" + /protein_id="SIU01853.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3F6" + /db_xref="InterPro:IPR003148" + /db_xref="InterPro:IPR013099" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F6" + /translation="MAGSWRRLRGLDEKLTAQPGYALVGVLRIPQRRASPARVISRRV + VVAVVALLLTAGIVYVDRDGYLDAQGDRLTFLDCLYYAAVTLSTTGYGDITPISEFAR + AINIFVITPLRIAFLILLVGTTLEVLTETSRQAYKIQRWRSRVRNHTVVIGYGTKGKT + AVAAMVSDELVPGEIVVVDTDSGVLERAAAAGLVTVHGDATKSDVLRLAGTQHASSII + VATSRDDTAVLVTLTAREIAPKAKIVASIREAENQHLLRQSGADTVVVSSETAGRLLG + IATTTPSVVEMIEDLLTPEAGLAVAEREVEQAEVGGSPRHLRDIVLGVVRDGQLLRIG + APEVDAIEASDRLLYIRQVGR" + gene complement(3532687..3535992) + /locus_tag="BQ2027_MB3226C" + CDS complement(3532687..3535992) + /locus_tag="BQ2027_MB3226C" + /note="Mb3226c, -, len: 1101 aa. Equivalent to Rv3201c, + len: 1101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 1101 aa overlap). Probable + ATP-dependent DNA helicase (EC 3.6.1.-), similar to others + e.g. Q9FCK4|2SC3B6.08 from Streptomyces coelicolor (1222 + aa), FASTA scores: opt: 1209, E(): 5.4e-63, (38.45% + identity in 1199 aa overlap); + P71561|PCRA_MYCTU|CRA|IVRD|Rv0949|MT0976|MTCY10D7.25c from + Mycobacterium tuberculosis (771 aa), FASTA scores: opt: + 403, E(): 6.5e-16, (28.15% identity in 717 aa overlap); + Q9FCK5|2SC3B6.07 from Streptomyces coelicolor (1159 aa), + FASTA scores: opt: 349, E(): 1.3e-12, (29.2% identity in + 1144 aa overlap); Q9L3M1|UVRD from Prochlorococcus sp. + (512 aa; fragment), FASTA scores: opt: 290, E(): 2e-09, + (27.95% identity in 479 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT DNA HELICASE" + /protein_id="SIU01854.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3E6" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="InterPro:IPR014016" + /db_xref="InterPro:IPR014017" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR034739" + /db_xref="InterPro:IPR038726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E6" + /translation="MTQTAAPARYSPAELACALGLFPPTAEQAAVIAAPPGPLVVIAG + AGAGKTETMAARVVWLVANGYAEPGQVLGLTFTRKAAGQLLRRVRSRLARLAGIGLGC + GDPAACAPVVSTYHAFAGSLLRDYGLLLPLEPDTRLLSETELWQLAFDVVSGYDGVLC + TDKSPAAVTSIVVRLWGQLGEHLVDTRALRDTHVELERLVHALPAGRYQRDRGPSQWL + LRMLATQTQRAELVPLLDALGERMHAGKVMDFAMQMASAARLAATSPQVGQDLRRRYR + VVLLDEYQDTGHAQRVVLSSLFGGGVDDGLALTAVGDPIQSIYGWRGASATNLPRFTT + DFPLSDGTPAPVLELLTSWRNPPQALRVANGISAEARRRSVAVRALRPRPDAPPGAVR + CALLPDVQAEREWIADHLRMRYQRAEADGVKPPTAAVLVRRNADAAAIADTLRARGIP + AEVVGLAGLLSIPEVAEVVAMLRLVADPTAGAAAMRVLTGPRWRLGARDLAALWRRAL + TLSGESPSTASPESIAMAASADADNPCLADAISDPGSAEGYSVAGYGRIGALAGELSA + LRGRLGHSLPDLVAEVRRVLGVDCEVRASAPVSGGWAGPEHLDAFADVVAGYAERASA + RSSEASVAGLLAYLDVAEVVENGLPPAELTVACDRVQVLTVHAAKGLEWQVVAVAHLS + RGVFPSTVSRSSWLTDPAELPPLLRGDRASAGAHGIPVLDTSAVADRKQLSDKISEHR + RLLDRRRVDEERRLLYVAVTRAEDTLLVSGHHWGPTGTKPRGPSEFLCELKDIIDRSA + AAGDPCGVVEQWASAPAGDERNPLCDNAIEAVWPADPLAARRGDVERGAALVAAAMSA + DLPGSTTDIDHPPRPGDAPWSTDVDALLAERAHAARGAPARGLPNHLSVSSLVELVGD + PVGARQRLMCRLPKRPDPHAWLGDAFHAWVQQFYGAELLFDLGDLPGAADREVGDPEE + LAALQRAFTASSWAARTPAAVEVPFEMPIGDTVVRGRIDAVFVDPDGGATVVDWKTGK + PPHGPAAMRQAAVQLAVYRLAWAALRGCPTSSVRTAFYYVRSGITVVPDELPAPGELA + MLLTDCAGRRSDT" + gene complement(3535989..3539156) + /locus_tag="BQ2027_MB3227C" + CDS complement(3535989..3539156) + /locus_tag="BQ2027_MB3227C" + /note="Mb3227c, -, len: 1055 aa. Equivalent to Rv3202c, + len: 1055 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1055 aa overlap). Possible + ATP-dependent DNA helicase (EC 3.6.1.-), showing some + similarity to UvrD proteins e.g. Q9FCK5|2SC3B6.07 PUTATIVE + ATP-DEPENDENT DNA HELICASE from Streptomyces coelicolor + (1159 aa), FASTA scores: opt: 666, E(): 1e-29, (34.5% + identity in 1154 aa overlap); Q9L7T3|UVRD|PA5443 MISMATCH + REPAIR PROTEIN MUTU (DNA HELICASE II) from Pseudomonas + aeruginosa (728 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 7.3e-06, + (23.8% identity in 677 aa overlap) (no similarity in + C-terminal part for this one); etc. C-terminal region + similar to Q9FDU2|ORF3 ORF3 PROTEIN (FRAGMENT) from + Streptomyces griseus (551 aa), FASTA scores: opt: 800, + E(): 1.7e-37, (36.2% identity in 525 aa overlap); and + Q9ZG15 HYPOTHETICAL 35.5 KDA PROTEIN from Rhodococcus + erythropolis (323 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): + 9.7e-06, (28.55% identity in 266 aa overlap). Mb3227c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ATP-DEPENDENT DNA HELICASE" + /protein_id="SIU01855.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y579" + /db_xref="InterPro:IPR000212" + /db_xref="InterPro:IPR013986" + /db_xref="InterPro:IPR014016" + /db_xref="InterPro:IPR014017" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR034739" + /db_xref="InterPro:IPR038726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y579" + /translation="MSHIWGVEAGAALAPGLRGPVLVLGGPGTGKSTLLVEAAVAHIG + AGTDPESVLLLTGSGRMGMRARSALTTALLRSRTNGPCRAAIREPVVRTVHSYAYAVL + RKAAQRAGDALPRLLTSAEQDAIIRELLAGDAEDGPAATTTWPAHLRPALTTAGFATE + LRNLLARCAERGLDPLELQQLGRRRGRPEWIAAGQFAQRYEQVMLLRGAVGLAAPQAT + APALSAAELVGAALEAFAVDPELLAAERARVRTLLVDDAQQLDPQAARLVRMLAAGTE + LALIAGDPNQAVFGFRGGEPTGLLADDPPPAGGAPIPSVTLTVSHRCAPAVARAVTGI + ARRLPGRSVGRRIEGTGTEVGSVTVRLAGSAHAEAAMIADALRRAHLIDGVPWSQMAV + IVRSVPRAVRLPRALAAAGVPVAPPAVGGPLSAEPAVRALLTVLEATADGLDGDQALL + LLTGPIGGVDPVSLRQLRRTLQRARPGQTSRKFGDLLVEVLGGDAPPSGPGSRALRRV + RAVLTAAARCHRSGSLGGQDPRHTLWAAWQRSGLQRRWLAASEHGGAAAVQATRDLET + VTALFDITDHYVSRTSGASLRGLVEHVTALQLPVVRPEPAAPTEQVMVLSAHAALGHE + WDLVVIAGLQDGLWPNTVPRGGVLGTQRLLDELDGVTKDASMRAPLLAEERRLLVTAM + GRARRRLLVTAVDSDAGGGGHEAVLPSAFFFEIAQWADGDGEPVAMQPVSAPRVLSAA + AVVGRLRAVVCAPACAVDDADRDCAATQLARLAKAGVPGADPSEWHGLAPVSTSDPLC + DSDDLVTLTPSTLQALNDCPLRWLAERHGGTNTRELPSAVGSVLHALFAEPGRSESQL + LAELDRVWGHLPFGAQWYSANELARHRAMIQAFVQWRAQSRSELTEVGVEVDIDGALE + DGSGQARKIRLRGRADRLERDPAGRLVIVDIKTGKTPVSKDDAQQHAQLAMYQLAVAE + GLVRAGDEPGGARLVYVGKSGAAGVAERKQDPLTPAARDEWRNLVRQLAAATAGPQFI + ARRNDGCTHCPLRPGCPAHVRGSAP" + gene 3539233..3539451 + /locus_tag="BQ2027_MB3227A" + CDS 3539233..3539451 + /locus_tag="BQ2027_MB3227A" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb3227A, len: 72 aa. Identified by de novo proteomics of + Mycobacterium bovis AF2122/97 under exponential + conditions. Mb3227A transcript and transcriptional start + site identified in Mycobacterium bovis strain AF2122/97 + grown under exponential conditions,Mb3227A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU01856.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y427" + /translation="MATMAAVVGGGPQDEIPEADAVEQGRAVDFDDEAGLDTAYLSGG + AGDRDASEADVVDQAFVVPVADDEEIDR" + gene 3539482..3540267 + /gene="lipV" + /locus_tag="BQ2027_MB3228" + CDS 3539482..3540267 + /gene="lipV" + /locus_tag="BQ2027_MB3228" + /note="Mb3228, lipV, len: 224 aa. Equivalent to Rv3203, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Possible lipV, + hydrolase lipase (EC 3.1.-.-), showing some similarity to + other lipases e.g. Q9JSN0|NMA2216 PUTATIVE HYDROLASE from + Neisseria meningitidis (serogroup A) (312 aa), FASTA + scores: opt: 192, E(): 0.00016, (45.2% identity in 73 aa + overlap); Q9RK95|SCF1.09 PUTATIVE HYDROLASE from + Streptomyces coelicolor (258 aa), FASTA scores: opt: 188, + E(): 0.00024, (30.1% identity in 226 aa overlap); + Q9KZC3|SC6F7.19c PUTATIVE LIPASE from Streptomyces + coelicolor (269 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): 0.00086, + (36.35% identity in 121 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47641 Hydrolase, alpha/beta hydrolase family from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (261 aa) but + shorter 37 aa. Contains serine active site signature of + lipases (PS00120). Protein product from Mb3228 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3228 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIPASE LIPV" + /protein_id="SIU01857.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3L7" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L7" + /translation="MIIDLHVQRYGPSGPARVLTIHGVTEHGRIWHRLAHHLPEIPIA + APDLLGHGRSPWAAPWTIDANVSALAALLDNQGDGPVVVVGHSFGGAVAMHLAAARPD + QVAALVLLDPAVALDGSRVREVVDAMLASPDYLDPAEARAEKATGAWADVDPPVLDAE + LDEHLVALPNGRYGWRISLPAMVCYWSELARDIVLPPVGTATTLVRAVRASPAYVSDQ + LLAALDKRLGADFELLDFDCGHMVPQAKPTEVAAVIRSRLGPR" + gene 3540270..3540575 + /locus_tag="BQ2027_MB3229" + CDS 3540270..3540575 + /locus_tag="BQ2027_MB3229" + /note="Mb3229, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv3204, len: + 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 101 aa overlap). Possible DNA + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to many + hypothetical bacteriel proteins and methyltransferases + e.g. Q9KT40|VC1065 METHYLATED-DNA--PROTEIN-CYSTEINE + METHYLTRANSFERASE-RELATED PROTEIN from Vibrio cholerae + (100 aa), FASTA scores: opt: 170, E(): 2.8e-05, (34.35% + identity in 99 aa overlap); Q9UTN9|SPAC1250.04c PUTATIVE + METHYLTRANSFERASE from Schizosaccharomyces pombe (Fission + yeast) (108 aa), FASTA scores: opt: 161, E(): 0.00013, + (36.65% identity in 101 aa overlap); Q9YDF4|APE0959 175 AA + LONG HYPOTHETICAL METHYLATED-DNA--PROTEIN-CYSTEINE + METHYLTRANSFERASE from Aeropyrum pernix (175 aa), FASTA + scores: opt: 144, E(): 0.003, (37.95% identity in 87 aa + overlap); Q50855 PUTATIVE METHYLGUANINE-DNA + METHYLTRANSFERASE from Myxococcus xanthus (147 aa), FASTA + scores: opt: 141, E(): 0.0041, (37.65% identity in 93 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3229 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3229 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE DNA-METHYLTRANSFERASE (MODIFICATION + METHYLASE)" + /protein_id="SIU01858.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S1" + /db_xref="InterPro:IPR014048" + /db_xref="InterPro:IPR036217" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S1" + /translation="MAPVTDEQVELVRSLVAAIPLGRVSTYGDIAALAGLSSPRIVGW + IMRTDSSDLPWHRVIRASGRPAQHLATRQLELLRAEGVLSVDGRVALSEIRYEFPPG" + gene complement(3540582..3541460) + /locus_tag="BQ2027_MB3230C" + CDS complement(3540582..3541460) + /locus_tag="BQ2027_MB3230C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3230c, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv3205c, + len: 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 292 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to Q9CCG7|ML0818 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (297 aa), FASTA scores: opt: 1745, + E(): 9.1e-98, (87.3% identity in 291 aa overlap). Protein + product from Mb3230c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3230c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01859.1" + /db_xref="InterPro:IPR013402" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3E8" + /translation="MGSTRLTGVNVEPPPEHVLVAFGLAGAQPILLGAGWEGGWRCGE + VVLSMVADNARAAWSARVRETLFVDGVRLARPVRSTDGRYVVSGWRADTFVAGAPEPR + HDEVVSAAVRLHEATGKLERPRFLTQGPAAPWAEIDVFVAADRAGWEERPLQSVPPGV + PTAPPAADPQRSIDLINQLAGLRKPTKSPNQLVHGDLYGTVLFAGTAPPGITDITPYW + RPASWAAGVAVVDALSWGAADDGLIERWNALPEWPQMLLRALMFRLAVYALHPRSTAE + AFPGLAHTAALVRLVL" + gene complement(3541487..3542662) + /gene="moeB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3231C" + CDS complement(3541487..3542662) + /gene="moeB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3231C" + /standard_name="moeZ" + /note="Mb3231c, moeB1, len: 391 aa. Equivalent to Rv3206c, + len: 392 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 392 aa overlap). Probable moeB1, + molybdopterin cofactor biosynthesis protein, equivalent to + Q9CCG8|MOEZ|ML0817 PROTEIN PROBABLY INVOLVED IN + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS from Mycobacterium leprae (395 + aa), FASTA scores: opt: 2285, E(): 3.3e-130, (86.45% + identity in 391 aa overlap.) Very similar to members of + the HESA/MOEB/THIF family e.g. Q9FCL0|2SC3B6.02 PUTATIVE + SULFURYLASE from Streptomyces coelicolor (392 aa), FASTA + scores: opt: 1776, E(): 1.4e-99, (65.3% identity in 395 aa + overlap); Q9XC37|PDTORFF MOEB-LIKE PROTEIN (PUTATIVE + SULFURYLASE) from Pseudomonas stutzeri (Pseudomonas + perfectomarina) (391 aa), FASTA scores: opt: 1526, E(): + 1.5e-84, (59.1% identity in 391 aa overlap); + O54307|MPT|MOEB MPT-SYNTHASE SULFURYLASE from + Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) + (391 aa), FASTA scores: opt: 1309, E(): 1.8e-71, (52.95% + identity in 387 aa overlap); P74344|MOEB|SLL1536 + MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEIN from Synechocystis + sp. strain PCC 6803 (392 aa), FASTA scores: opt: 1308, + E(): 2e-71, (50.65% identity in 397 aa overlap); etc. Also + highly similar to O05792|MOEB2|Rv3116|MTCY164.26 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (389 aa), FASTA scores: opt: + 1440, E(): 2.3e-79, (57.25% identity in 386 aa overlap). + Has hydrophobic segment from ~45-71. BELONGS TO THE HesA + /MoeB/ThiF FAMILY. Note that previously known as moeZ. + Protein product from Mb3231c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3231c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN MOEB1 (MPT-SYNTHASE SULFURYLASE) (MOLYBDOPTERIN + SYNTHASE SULPHURYLASE)" + /protein_id="SIU01860.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3H4" + /db_xref="InterPro:IPR000594" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR035985" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H4" + /translation="MSTSLPPLVEPASALSREEVARYSRHLIIPDLGVDGQKRLKNAR + VLVIGAGGLGAPTLLYLAAAGVGTIGIVDFDVVDESNLQRQVIHGVADVGRSKAQSAR + DSIVAINPLIRVRLHELRLAPSNAVDLFKQYDLILDGTDNFATRYLVNDAAVLAGKPY + VWGSIYRFEGQASVFWEDAPDGLGVNYRDLYPEPPPGMVPSCAEGGVLGIICASVASV + MGTEAIKLITGIGETLLGRLLVYDALEMSYRTITIRKDPSTPKITELVDYEQFCGVVA + DDAAQAAKGSTITPRELRDWLDSGRKLALIDVRDPVEWDIVHIDGAQLIPKSLINSGE + GLAKLPQDRTAVLYCKTGVRSAEALAAVKKAGFSDAVHLQGGIVAWAKQMQPDMVMY" + gene complement(3542753..3543610) + /locus_tag="BQ2027_MB3232C" + CDS complement(3542753..3543610) + /locus_tag="BQ2027_MB3232C" + /note="Mb3232c, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv3207c, + len: 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 285 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar but shorter (57 aa) to Q9CCG9|ML0816 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (341 aa), + FASTA scores: opt: 1676, E(): 9.7e-96, (81.0% identity in + 284 aa overlap). Also similar to C-terminus of + Q9FBI6|SCP8.36 HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (559 aa), FASTA scores: opt: 426, E(): 8.4e-19, + (37.35% identity in 281 aa overlap); and similar to other + hypothetical proteins (generally membrane proteins) e.g. + Q9K456|SC2H12.28C PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (314 aa), FASTA scores: opt: 341, + E(): 8.8e-14, (29.75% identity in 296 aa overlap). + Contains neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding + region signature (PS00142). Protein product from Mb3232c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3232c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metallopeptidase" + /protein_id="SIU01861.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3F7" + /db_xref="InterPro:IPR006026" + /db_xref="InterPro:IPR022603" + /db_xref="InterPro:IPR024079" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F7" + /translation="MSTYGWRAYALPVLMVLTTVVVYQTVTGTSTPRPAAAQTVRDSP + AIGVVGTAILDAPPRGLAVFDANLPAGTLPDGGPFTEAGDKTWRVVPGTTPQVGQGTV + KVFRYTVEIENGLDPTMYGGDNAFAQMVDQTLTNPKGWTHNPQFAFVRIDSGKPNFRI + SLVSPTTVRGGCGYEFRLETSCYNPSFGGMDRQSRVFINEARWVRGAVPFEGDVGSYR + QYVINHEVGHAIGYLRHEPCDQQGGLAPVMMQQTFSTSNDDAAKFDPDFVKADGKTCR + FNPWPYPIP" + gene 3543956..3544642 + /locus_tag="BQ2027_MB3233" + CDS 3543956..3544642 + /locus_tag="BQ2027_MB3233" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3233, -, len: 228 aa. Equivalent to Rv3208, len: + 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). Probable + transcriptional regulator tetR family, equivalent to + Q9CCH0|ML0815 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium leprae (228 aa), FASTA + scores: opt: 1248, E(): 1.4e-74, (82.4% identity in 227 aa + overlap). Also highly similar to Q9FBI8|SCP8.33c PUTATIVE + TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (213 aa), FASTA scores: opt: 629, E(): 4e-34, + (45.8% identity in 203 aa overlap); Q9KIL9|F58R F58R + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor A3(2) (149 aa), + FASTA scores: opt: 497, E(): 1.3e-25, (50.35% identity in + 147 aa overlap); Q9K3T5|SCE66.08 PUTATIVE TETR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (225 aa), FASTA scores: opt: 344, E(): 1.8e-15, (31.15% + identity in 212 aa overlap); Q9RYK4|DRA0308 + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, TETR FAMILY from Deinococcus + radiodurans (239 aa), FASTA scores: opt: 290, E(): + 6.5e-12, (30.5% identity in 223 aa overlap); etc. And also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + P96381|Rv1019|MTCY10G2.30c HYPOTHETICAL 21.7 KDA PROTEIN + (197 aa), FASTA scores: opt: 356, E(): 2.7e-16, (34.4% + identity in 189 aa overlap); MTV034_4; MTY07A7A_3; + MTV032_1; MTCY07A7_12; etc. Contains probable + helix-turn-helix motif at aa 60-81 (Score 1517, +4.35 SD). + SIMILAR TO THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb3233 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3233 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01862.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3F4" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F4" + /translation="MSDLAKTAQRRALRSSGSARPDEDVPAPNRRGNRLPRDERRGQL + LVVASDVFVDRGYHAAGMDEIADRAGVSKPVLYQHFSSKLELYLAVLHRHVENLVSGV + HQALSTTTDNRQRLHVAVQAFFDFIEHDSQGYRLIFENDFVTEPEVAAQVRVATESCI + DAVFALISADSGLDPHRARMIAVGLVGMSVDCARYWLDADKPISKSDAVEGTVQFAWG + GLSHVPLTRS" + gene complement(3544629..3544901) + /gene="TB9.4" + /locus_tag="BQ2027_MB3234C" + CDS complement(3544629..3544901) + /gene="TB9.4" + /locus_tag="BQ2027_MB3234C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3234c, TB9.4, len: 90 aa. Equivalent to Rv3208A, + len: 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). TB9.4, conserved + hypothetical protein (see citations below), equivalent to + Q9CCH1|ML0814 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (82 aa), FASTA scores: opt: 411, E(): 1.8e-22, + (81.0% identity in 79 aa overlap). Also similar, but + shorter in N-terminus, to Q9FBI9|SCP8.32c PUTATIVE + ATP-BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (94 aa), + FASTA scores: opt: 246, E(): 8.1e-11, (53.4% identity in + 73 aa overlap); Q9DGP6 (alias Q9DGP4) GLUTAMATE + DECARBOXYLASE 67 KDA ISOFORM (FRAGMENT) from Alepocephalus + bairdii (182 aa), FASTA scores: opt: 100, E(): 2.6, (35.3% + identity in 85 aa overlap). Corresponds to Statens Serum + Institute antigen, CYP10 TB9.4. Has N-terminal sequence, + VEVKIGITDSPRELV. Protein product from Mb3234c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3234c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative ATP-binding protein" + /protein_id="SIU01863.1" + /db_xref="InterPro:IPR021456" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G0" + /translation="MEVKIGITDSPRELVFSSAQTPSEVEELVSNALRDDSGLLTLTD + ERGRRFLIHTARIAYVEIGVADARRVGFGVGVDAAAGSAGKVATSG" + gene 3545226..3545786 + /locus_tag="BQ2027_MB3235" + CDS 3545226..3545786 + /locus_tag="BQ2027_MB3235" + /note="Mb3235, -, len: 186 aa. Equivalent to Rv3209, len: + 186 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 186 aa overlap). Conserved + hypothetical thr-, pro-rich protein, equivalent (but + shorter 36 aa in N-terminus) to Q9CCH2|ML0813 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (195 aa), FASTA + scores: opt: 508, E(): 1.4e-15, (58.4% identity in 185 aa + overlap). Also some similarity with + Q10390|MMS3_MYCTU|MMPS3|Rv2198c|MT2254|MTCY190.09c + PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from M. + tuberculosis (299 aa), FASTA scores: opt: 339, E(): + 3.7e-08, (35.0% identity in 180 aa overlap); and + Q9CCE9|MMPS3|ML0877 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (293 aa), FASTA scores: opt: 272, + E(): 2.8e-05, (36.4% identity in 173 aa overlap). Mb3235 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Proline rich protein similar to MmpS3" + /protein_id="SIU01864.1" + /db_xref="InterPro:IPR008693" + /db_xref="InterPro:IPR038468" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G4" + /translation="MALGAVATAVIINSGDSTSTKAIVGAPAPRTVISTSPRPTAPTS + TSPHPSPSTLRPQLPPETVTTVAPPGTGPTTVPTRTPTAAPPQTAVPPPAPLNPRTVV + YRVTGTKQLFDLVNVVYTDARGFPVTDFNVSLPWTKMVVLNPGVQTESVVATSLYSRL + NCSIVNTGAQTVVASTNNAIIATCTR" + gene complement(3545796..3546491) + /locus_tag="BQ2027_MB3236C" + CDS complement(3545796..3546491) + /locus_tag="BQ2027_MB3236C" + /note="Mb3236c, -, len: 231 aa. Equivalent to Rv3210c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar (but N-terminus shorter) to + Q9FBJ1|SCP8.30 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (260 aa), FASTA scores: opt: 599, + E(): 1.1e-30, (42.5% identity in 233 aa overlap); and some + similarity to Q9RRV1|DR2384 PHENYLACETIC ACID DEGRADATION + PROTEIN PAAC from Deinococcus radiodurans (263 aa), FASTA + scores: opt: 129, E(): 0.43, (27.9% identity in 172 aa + overlap); and Q9F621 FLGK PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (472 aa). Protein product from + Mb3236c detected using shotgun mass spectrometry. Mb3236c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01865.1" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012347" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y586" + /translation="MPSPSSADQVADSPRPRLPADHPGVNELFALLAYGEVAAFYRLT + DEARMAPDLRGRISMASMAAAEMGHYELLRNALERRGVDVVSAMSKYTSALENYHRLT + TPSTWLEALVKTYVADALAADLYLEIADGLPDEVADVVRAALSETGHSQFVVAEVRAA + VTASGKQRSRLALWSRRLLGEAITQAQLVLADHDELVDLVVSGSGGLSQLGAFFDRLQ + QTHDQRMRELGLS" + gene 3546750..3548333 + /gene="rhlE" + /locus_tag="BQ2027_MB3237" + CDS 3546750..3548333 + /gene="rhlE" + /locus_tag="BQ2027_MB3237" + /note="Mb3237, rhlE, len: 527 aa. Equivalent to Rv3211, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 527 aa overlap). Probable rhlE, + ATP-dependent RNA helicase, equivalent (but shorter 22 aa) + to Q9CCH3|RHLE|ML0811 PUTATIVE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE + from Mycobacterium leprae (544 aa), FASTA scores: opt: + 2497, E(): 8.7e-131, (74.75% identity in 531 aa overlap). + Also highly similar to other RNA helicases e.g. + Q9FBJ2|SCP8.29c from Streptomyces coelicolor (879 aa), + FASTA scores: opt: 1458, E(): 3.6e-73, (52.5% identity in + 522 aa overlap); Q9DF36 from Xenopus laevis (African + clawed frog) (800 aa), FASTA scores: opt: 792, E(): + 2.3e-36, (37.15% identity in 385 aa overlap); + Q99Z38|DEAD|SPY1415 from Streptococcus pyogenes (759 aa), + FASTA scores: opt: 779, E(): 1.1e-35, (37.1% identity in + 380 aa overlap); P33906|DEAD|CSDA from Klebsiella + pneumoniae (642 aa), FASTA scores: opt: 768, E(): 4e-35, + (43.4% identity in 387 aa overlap); etc. Contains + ATP/GTP-binding site motif A (PS00017) and DEAD-box + subfamily ATP-dependent helicases signature (PS00039). + SIMILAR TO DEAD/DEAH BOX HELICASE FAMILY AND SIMILAR TO + HELICASE C-TERMINAL DOMAIN. Protein product from Mb3237 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3237 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE RHLE" + /protein_id="SIU01866.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y436" + /db_xref="InterPro:IPR000629" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR014014" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y436" + /translation="MTAVKHTTESTFAKLGARDEIVRALGEEGIKRPFAIQELTLPLA + LDGEDVIGQARTGMGKTFAFGVPLLQRITSGDGTRPLTGAPRALVVVPTRELCLQVTD + DLATAGKYLTAGPDTDDAAAVRRRLSVVSIYGGRPYEPQIEALRAGADVVVGTPGRLL + DLCQQGHLQLGGLSVLVLDEADEMLDLGFLPDIERILRQIPADRQSMLFSATMPDPII + TLARTFMVRPTHIRAEAPHSSAVHDATEQFVYRAHALDKVELVSRVLQARDRGATMIF + TRTKRTAQKVADELTERGFAVGAVHGDLGQLAREKALKAFRTGGIDVLVATDVAARGI + DIDDVTHVINYQCPEDEKMYVHRIGRTGRAGRTGVAVTLVDWDELPRWSMIDQALGLG + SPDPAETYSNSPHLYAELAIPATAGGTVGPARKSQGRRRDTDCDGQKTAQHARNTPRR + RRTRGGKPVTGHPGTNPISSPIVGGDATSEPGSGTASDSGSDVVSGSRSGNGEAARRR + RRRRRRPTHAQDGFAARAN" + gene 3548346..3549569 + /locus_tag="BQ2027_MB3238" + CDS 3548346..3549569 + /locus_tag="BQ2027_MB3238" + /note="Mb3238, -, len: 407 aa. Equivalent to Rv3212, len: + 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 407 aa overlap). Hypothetical ala-, + val-rich protein, equivalent to Q9CCH4|ML0810 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (407 aa), FASTA + scores: opt: 2158, E(): 5.3e-119, (79.85% identity in 407 + aa overlap). Weak similarity to several eukaryotic + transcription factors e.g. P08393|ICP0_HSV11|ICP0|IE110 + TRANS-ACTING TRANSCRIPTIONAL PROTEIN from Herpes simplex + virus (type 1 / strain 17) (775 aa), FASTA scores: opt: + 115, E(): 2, (26.9% identity in 334 aa overlap). Protein + product from Mb3238 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3238 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved alanine valine rich protein" + /protein_id="SIU01867.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M0" + /db_xref="InterPro:IPR011047" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M0" + /translation="MVKPERRTKTDIAAAATIAVVVAVAASLIWWTSDARATISRPAA + VAVPTPAPAREVPTSLKQLWTAASPATRVPVVVGGTVATGDGRQVDGRDPATGESLWS + YARDTDLCGVTWVYHYAVAVYRYDRGCGQVSTIDGSTGRRGAARSGYADPRVRLFSDG + TTVLSAGDTRLELWRSDMVRMLAYGEIDARVKPSNRGLQSGCTLESAAASSAAVSVLE + ACTNQADLRLVLLRPGKEDDEPIQRIVPEPGARPGSGARVLVVSQNNTAVYLPARSGA + QPRVDVIDETGATVSSTLLAKPPSTSAVASRTGNLVTWWTGDALLVFDAGNLTQRYTI + AAGETTAPVGPGVMMAGQLLVPVTGGIGVYDPVSGANNRYIPVTRPPSTSAVIPAVSG + SRVIEQRGDTLVALG" + gene complement(3549645..3550445) + /locus_tag="BQ2027_MB3239C" + CDS complement(3549645..3550445) + /locus_tag="BQ2027_MB3239C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3239c, -, len: 266 aa. Equivalent to Rv3213c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.624% identity in 266 aa overlap). Possible + soj/parA-related protein, very similar in particular to + Soj/ParA proteins (and relatives) from Bacillus subtilis + that inhibit the initiation of sporulation by preventing + phosphorylation of Spo0A (see first citation below for + more information) e.g. Q9S228|SCI51.12c from Streptomyces + coelicolor (340 aa), FASTA scores: opt: 746, E(): 1.6e-40, + (48.2% identity in 249 aa overlap); Q9HT11|SOJ|PA5563 from + Pseudomonas aeruginosa (262 aa), FASTA scores: opt: 649, + E(): 2.1e-34, (42.2% identity in 256 aa overlap); + Q9PB62|XF2282 from Xylella fastidiosa (264 aa), FASTA + scores: opt: 624, E(): 8.3e-33, (42.25% identity in 251 aa + overlap); Q9K5N0|SOJ_BACHD|SOJ|BH4058 from Bacillus + halodurans (253 aa), FASTA scores: opt: 621, E(): 1.2e-32, + (41.55% identity in 248 aa overlap); P37522|SOJ_BACSU (253 + aa), FASTA scores: opt: 620, E(): 1.4e-32, (41.65% + identity in 245; etc. Also similar to various + mycobacterial proteins: U00021_10 from Mycobacterium + leprae, MTCI125_29 from Mycobacterium tuberculosis, + MLCB1351_6 from Mycobacterium leprae, + MTV028_9c|Rv3918c|PARA PROBABLE CHROMOSOME PARTITIONING + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis, MSGDNAB_18 from + Mycobacterium leprae. SEEMS TO BELONG TO THE PARA FAMILY. + Protein product from Mb3239c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3239c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SOJ/PARA-RELATED PROTEIN" + /protein_id="SIU01868.1" + /db_xref="InterPro:IPR025669" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T6" + /translation="MTDTRVLAVANQKGGVAKTTTVASLGAAMVEKGRRVLLVDLDPQ + GCLTFSLGQDPDKLPVSVHEVLLGEVEPNAVLVTTMEGMTLLPANIDLAGAEAMLLMR + AGREYALKRALAKFSDRFDVVIIDCPPSLGVLTLNGLTAADEAIVPLQCEMLAHRGVG + QFLRTVADVQQITNPNLRLLGALPTLYDSRTTHTRDVLLDVADRYDLQVLAPPIPRTV + RFAEASASGSSVMAGRKNKGAVAYRELAQALLKHWKTGRPLPTFTVDL" + gene 3550599..3551210 + /gene="gpm2" + /locus_tag="BQ2027_MB3240" + CDS 3550599..3551210 + /gene="gpm2" + /locus_tag="BQ2027_MB3240" + /note="Mb3240, gpm2, len: 203 aa. Equivalent to Rv3214, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 203 aa overlap). Possible gpm2, + phosphoglycerate mutase (EC 5.4.2.1), similar to many + mutases especially phosphoglycerate mutases e.g. + Q9F3H5|2SCC13.14c PUTATIVE MUTASE from Streptomyces + coelicolor (198 aa), FASTA scores: opt: 487, E(): 4.4e-25, + (42.25% identity in 194 aa overlap); BAB49378|MLL2186 + PROBABLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (193 aa), FASTA scores: opt: 423, + E(): 7e-21, (41.2% identity in 182 aa overlap); + Q9RKV8|SC9G1.08c PUTATIVE PHOSPHATASE from Streptomyces + coelicolor (199 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 1.3e-20, + (41.1% identity in 185 aa overlap); Q9RDL0|SCC123.14c + PUTATIVE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from Streptomyces + coelicolor (223 aa), FASTA scores: opt: 240, E(): 8.8e-09, + (36.9% identity in 168 aa overlap); Q9X194|TM1374 + PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from Thermotoga maritima (201 aa), + FASTA scores: opt: 218, E(): 2.3e-07, (33.15% identity in + 202 aa overlap); etc. But N-terminus also similar to + Q9CCH5|ENTC|ML0808 PUTATIVE ISOCHORISMATE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (577 aa), FASTA scores: opt: 346, + E(): 2.1e-15, (55.05% identity in 109 aa overlap). + N-terminus shows also some similarity with other M. + tuberculosis proteins e.g. MTCY427.09c; MTCY20G9.15; + MTCY428.28. Equivalent to AAK47652 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (228 aa) but shorter 25 aa. + Note that previously known as entD. Protein product from + Mb3240 detected using shotgun mass spectrometry. Mb3240 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE GPM2 + (PHOSPHOGLYCEROMUTASE) (PGAM) (BPG-DEPENDENT PGAM)" + /protein_id="SIU01869.1" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3F8" + /translation="MGVRNHRLLLLRHGETAWSTLGRHTGGTEVELTDTGRTQAELAG + QLLGELELDDPIVICSPRRRTLDTAKLAGLTVNEVTGLLAEWDYGSYEGLTTPQIRES + EPDWLVWTHGCPAGESVAQVNDRADSAVALALEHMSSRDVLFVSHGHFSRAVITRWVQ + LPLAEGSRFAMPTASIGICGFEHGVRQLAVLGLTGHPQPIAAG" + gene 3551207..3552325 + /gene="entC" + /locus_tag="BQ2027_MB3241" + CDS 3551207..3552325 + /gene="entC" + /locus_tag="BQ2027_MB3241" + /note="Mb3241, entC, len: 372 aa. Equivalent to Rv3215, + len: 372 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 372 aa overlap). Probable entC, + isochorismate synthase (EC 5.4.99.6), equivalent to + Q9CCH5|ENTC|ML0808 PUTATIVE ISOCHORISMATE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (577 aa), FASTA scores: opt: 1817, + E(): 5.5e-105, (73.5% identity in 366 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9F639|MXCD PROTEIN INVOLVED IN + MYXOCHELIN-TYPE IRON CHELATOR BIOSYNTHESIS (see citation + below) from Stigmatella aurantiaca (408 aa), FASTA scores: + opt: 893, E(): 6.2e-48, (41.6% identity in 382 aa + overlap); P45744|DHBC_BACSU ISOCHORISMATE SYNTHASE from + Bacillus subtilis (398 aa), FASTA scores: opt: 883, E(): + 2.5e-47, (40.45% identity in 393 aa overlap); Q9KI93|CSBC + ISOCHORISMATE SYNTHASE (FRAGMENT) from Azotobacter + vinelandii (361 aa), FASTA scores: opt: 794, E(): 7.6e-42, + (45.65% identity in 298 aa overlap); and the two + Escherichia coli proteins AAG54928|ENTC (alias + BAB34055|ECS0632) ISOCHORISMATE HYDROXYMUTASE 2 from + Escherichia coli strain O157:H7 (391 aa), FASTA scores: + opt: 744, E(): 1e-38, (38.8% identity in 340 aa overlap); + P10377|ENTC|B0593 ISOCHORISMATE SYNTHASE from Escherichia + coli strain K12 (391 aa), FASTA scores: opt: 744, E(): + 1e-38, (38.8% identity in 340 aa overlap); etc. Stronger + similarity to Escherichia coli entC. Also similar to + MTCY253.35. Protein product from Mb3241 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3241 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ISOCHORISMATE SYNTHASE ENTC + (ISOCHORISMATE HYDROXYMUTASE) (ENTEROCHELIN BIOSYNTHESIS)" + /protein_id="SIU01870.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I2" + /db_xref="InterPro:IPR004561" + /db_xref="InterPro:IPR005801" + /db_xref="InterPro:IPR015890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I2" + /translation="MSAHVATLHPEPPFALCGPRGTLIARGVRTRYCDVRAAQAALRS + GTAPILLGALPFDVSRPAALMVPDGVLRARKLPDWPTGPLPKVRVAAALPPPADYLTR + IGRARDLLAAFDGPLHKVVLARAVQLTADAPLDARVLLRRLVVADPTAYGYLVDLTSA + GNDDTGAALVGASPELLVARSGNRVMCKPFAGSAPRAADPKLDAANAAALASSAKNRH + EHQLVVDTMRVALEPLCEDLTIPAQPQLNRTAAVWHLCTAITGRLRNISTTAIDLALA + LHPTPAVGGVPTKAATELIAELEGDRGFYAGAVGWCDGRGDGHWVVSIRCAQLSADRR + AALAHAGGGIVAESDPDDELEETTTKFATILTALGVEQ" + gene 3552473..3552805 + /locus_tag="BQ2027_MB3242" + CDS 3552473..3552805 + /locus_tag="BQ2027_MB3242" + /note="Mb3242, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv3216, len: + 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Possible + acetyltransferase (2.3.1.-), similar but shorter to many + e.g. Q9AB32|CC0402 ACETYLTRANSFERASE (GNAT FAMILY) from + Caulobacter crescentus (159 aa), FASTA scores: opt: 325, + E(): 3.8e-17, (45.65% identity in 103 aa overlap); + P79081|ATS1 PUTATIVE ACETYLTRANSFERASE ATS1 from + Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (168 aa), FASTA + scores: opt: 313, E(): 3.1e-16, (47.6% identity in 105 aa + overlap); Q9I640|PA0478 PROBABLE N-ACETYLTRANSFERASE from + Pseudomonas aeruginosa (158 aa), FASTA scores: opt: 308, + E(): 6.9e-16, (50.0% identity in 98 aa overlap); Q9KHE3 + PUTATIVE ACETYLTRANSFERASE from Anabaena sp. strain PCC + 7120 (164 aa), FASTA scores: opt: 269, E(): 5.4e-13, + (41.75% identity in 103 aa overlap); etc. Also some + similarity to diamine acetyltransferases (EC 2.3.1.57) + e.g. Q28999|ATDA_PIG|SAT from Sus scrofa (Pig) (171 aa), + FASTA scores: opt: 152, E(): 0.00025, (23.15% identity in + 108 aa overlap). Mb3242 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase, pseudogene" + /protein_id="SIU01871.1" + /translation="MRGHVAEVNGGVAAMALWFLNFSTWDGVAGIYVEDLFVWPRFRR + RGLARGLLSTLARECVDNRYTRLAWSVLNWNSDAIALYDRIGGQPQHEWTIYRLSGPR + LAALAAPR" + gene complement(3552757..3553188) + /locus_tag="BQ2027_MB3243C" + CDS complement(3552757..3553188) + /locus_tag="BQ2027_MB3243C" + /note="Mb3243c, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv3217c, + len: 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent (highly similar but + shorter 30 aa) to Q9CCH6|ML0806 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (173 aa). Also similar to others + e.g. Q9F3L9|2SC7G11.04 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (152 aa), FASTA scores: opt: + 177, E(): 0.00024, (33.8% identity in 136 aa overlap). And + shows similarity to O34238|MVIN|VC0680 VIRULENCE FACTOR + MVIN HOMOLOG from Vibrio (525 aa), FASTA scores: opt: 126, + E(): 0.97, (30.9% identity in 68 aa overlap). First GTG + taken. Mb3243c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01872.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3G1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G1" + /translation="MPVRAPAAVRGAGLIVAVQGGAALVVAAALLVRGLAGADQHIVN + GLGTAGWFVLVGGAVLAAGCRLAVGKLWGRGLAVFAQLLLLPVAWYLIVGSHQPAIGI + PVGIIALGVLVLLFSPPSIRWAAGRDQRGAASAANRGPDSR" + gene 3553477..3554442 + /locus_tag="BQ2027_MB3244" + CDS 3553477..3554442 + /locus_tag="BQ2027_MB3244" + /note="Mb3244, -, len: 321 aa. Equivalent to Rv3218, len: + 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 321 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + bacterial proteins e.g. Q9F3M0|2SC7G11.03c from + Streptomyces coelicolor (322 aa), FASTA scores: opt: 694, + E(): 4.2e-35, (39.95% identity in 328 aa overlap); + Q9A0J4|SPY0752 from Streptomyces pyogenes (340 aa), FASTA + scores: opt: 187, E(): 0.00033, (30.5% identity in 141 aa + overlap); O31502|YERQ from Bacillus subtilis (303 aa), + FASTA scores: opt: 184, E(): 0.00045, (34.15% identity in + 126 aa overlap); etc. Protein product from Mb3244 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3244 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcription regulator [contains diacylglycerol + kinase catalytic domain]" + /protein_id="SIU01873.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3H1" + /db_xref="InterPro:IPR001206" + /db_xref="InterPro:IPR016064" + /db_xref="InterPro:IPR017438" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H1" + /translation="MRAVLIVNPTATATTPAGRDLLAHALESRLQLTVEHTNHRGHGT + ELGQAAVADGVDLVVVHGGDGTVSAVVNGMLGRPGTTPVRPVPAVAVVPGGSANVLAR + ALGISADPIAATNQLIQLLDDYGRHQQWRRIGLIDCGERWAVFNAGMGVDAEVVAAVE + AERDKGGKVTAWRYIRAAVRAVLACTRREPALTLQLPNRDPITGVHFVFVSNSSPWTY + ANNRPVWTNPDCRFESGLGVFATTSMKVVPTLRVVRQMFAKQPKFEFNHVINNDDVAC + LRVTSMGPPIASQFDGDYLGVRETMTFRAVPDALAVVAPPARKRI" + gene 3554722..3554976 + /gene="whiB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3245" + CDS 3554722..3554976 + /gene="whiB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3245" + /note="Mb3245, whiB1, len: 84 aa. Equivalent to Rv3219, + len: 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Probable whiB1, + WhiB-like regulatory protein (see citation below), similar + to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor. Equivalent + to Q9CCH7|WHIB1|ML0804 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + from Mycobacterium leprae (84 aa), FASTA scores: opt: 580, + E(): 3.5e-35, (95.25% identity in 84 aa overlap). Highly + similar to several e.g. Q9X952|WBLE DEVELOPMENTAL + REGULATORY PROTEIN WHIB-PARALOG from Streptomyces + coelicolor (85 aa), FASTA scores: opt: 477, E(): 9.2e-28, + (75.3% identity in 81 aa overlap); Q9AD55|SCP1.95 PUTATIVE + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (102 aa), + FASTA scores: opt: 383, E(): 6.1e-21, (60.75% identity in + 79 aa overlap); Q9K4K8|SC5F8.16c from Streptomyces + coelicolor (83 aa), FASTA scores: opt: 346, E(): 2.5e-18, + (54.75% identity in 84 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3245 detected using shotgun mass spectrometry. + Mb3245 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein whib-like + whib1. contains [4fe-4s]2+ cluster." + /protein_id="SIU01874.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3G7" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3G7" + /translation="MDWRHKAVCRDEDPELFFPVGNSGPALAQIADAKLVCNRCPVTT + ECLSWALNTGQDSGVWGGMSEDERRALKRRNARTKARTGV" + gene complement(3555038..3556543) + /locus_tag="BQ2027_MB3246C" + CDS complement(3555038..3556543) + /locus_tag="BQ2027_MB3246C" + /note="Mb3246c, -, len: 501 aa. Equivalent to Rv3220c, + len: 501 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 501 aa overlap). Probable sensor + (probably histidine kinase), equivalent to Q9CCH8|ML0803 + PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR KINASE from + Mycobacterium leprae (500 aa). Similar to others e.g. + Q9F3M1|2SC7G11.01 PUTATIVE HISTIDINE KINASE (FRAGMENT) + from Streptomyces coelicolor (372 aa), FASTA scores: opt: + 1038, E(): 7.4e-56, (48.95% identity in 380 aa overlap); + Q9A3K5|CC3198 SENSOR HISTIDINE KINASE from Caulobacter + crescentus (327 aa), FASTA scores: opt: 311, E(): 1.2e-11, + (33.35% identity in 201 aa overlap) (similarity only in + C-terminal part for this one); Q9A2T2|CC3474 PUTATIVE + SENSOR HISTIDINE KINASE from Caulobacter crescentus (547 + aa); etc. C-terminal half shows similarity to many sensor + proteins, that respond to various stimuli from + Methanobacterium thermoautotrophicum e.g. O26568|MTH468 + SENSORY TRANSDUCTION HISTIDINE KINASE (554 aa), FASTA + scores: opt: 425, E(): 2.1e-18, (34.0% identity in 244 aa + overlap); O26546|MTH446 SENSORY TRANSDUCTION REGULATORY + PROTEIN (583 aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 1.2e-15, + (37.15% identity in 202 aa overlap); O26913|MTH823 SENSORY + TRANSDUCTION REGULATORY PROTEIN (677 aa), FASTA scores: + opt: 375, E(): 2.7e-15, (35.4% identity in 195 aa + overlap); etc. SEEMS SIMILAR TO OTHER PROKARYOTIC SENSORY + TRANSDUCTION HISTIDINE KINASES. Protein product from + Mb3246c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3246c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TWO COMPONENT SENSOR KINASE" + /protein_id="SIU01875.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y591" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR011495" + /db_xref="InterPro:IPR022066" + /db_xref="InterPro:IPR035965" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="InterPro:IPR038424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y591" + /translation="MSTLGDLLAEHTVLPGSAVDHLHAVVGEWQLLADLSFADYLMWV + RRNDGVLVCVAQCRPNTGPTVVHTDAVGTVVAANSMPLVAATFSGGVPGREGAVGQQN + SCQHDGHSVEVSPVRFGDQVVAVLTRHQPELAARRRSGHLETAYRLCATDLLRMLAEG + TFPDAGDVAMSRSSPRAGDGFIRLDVDGVVSYASPNALSAYHRMGLTTELEGVNLIDA + TRPLISDPFEAHEVDEHVQDLLAGDGKGMRMEVDAGGATVLLRTLPLVVAGRNVGAAI + LIRDVTEVKRRDRALISKDATIREIHHRVKNNLQTVAALLRLQARRTSNAEGREALIE + SVRRVSSIALVHDALSMSVDEQVNLDEVIDRILPIMNDVASVDRPIRINRVGDLGVLD + SDRATALIMVITELVQNAIEHAFDPAAAEGSVTIRAERSARWLDVVVHDDGLGLPQGF + SLEKSDSLGLQIVRTLVSAELDGSLGMRDARERGTDVVLRVPVGRRGRLML" + gene complement(3556560..3556775) + /gene="TB7.3" + /locus_tag="BQ2027_MB3247C" + CDS complement(3556560..3556775) + /gene="TB7.3" + /locus_tag="BQ2027_MB3247C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3247c, TB7.3, len: 71 aa. Equivalent to Rv3221c, + len: 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 71 aa overlap). Biotinylated protein + TB7.3 (see citation below), equivalent (appears to have + one additional residue) to Q9CCH9|ML0802|BTB7_MYCLE + BIOTINYLATED PROTEIN TB7.3 HOMOLOG from Mycobacterium + leprae (70 aa), FASTA scores: opt: 367, E(): 4e-18, (90.0% + identity in 70 aa overlap); Q9XCD6|BTB7_MYCSM BIOTINYLATED + PROTEIN TB7.3 HOMOLOG from Mycobacterium smegmatis (70 + aa), FASTA scores: opt: 341, E(): 2.1e-16, (84.05% + identity in 69 aa overlap). Similar to C-terminal part of + various proteins e.g. Q9HPP8|ACC|VNG1532G BIOTIN + CARBOXYLASE from Halobacterium sp. strain NRC-1 (610 aa), + FASTA scores: opt: 212, E(): 4e-07, (50.0% identity in 68 + aa overlap); Q58628|PYCB_METJA|MJ1231 PYRUVATE CARBOXYLASE + SUBUNIT B from Methanococcus jannaschii (567 aa), FASTA + scores: opt: 192, E(): 7.8e-06, (44.8% identity in 58 aa + overlap); Q9ZAA7|GCDC GLUTACONYL-COA DECARBOXYLASE GAMMA + SUBUNIT from Acidaminococcus fermentans (145 aa), FASTA + scores: opt: 184, E(): 8.9e-06, (39.4% identity in 66 aa + overlap); etc. Mb3247c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="BIOTINYLATED PROTEIN TB7.3" + /protein_id="SIU01876.1" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A511" + /translation="MAEDVRAEIVASVLEVVVNEGDQIDKGDVVVLLESMKMEIPVLA + EAAGTVSKVAVSVGDVIQAGDLIAVIS" + gene complement(3557060..3557365) + /gene="rsha" + /locus_tag="BQ2027_MB3248C" + CDS complement(3557060..3557365) + /gene="rsha" + /locus_tag="BQ2027_MB3248C" + /note="Mb3248c, -, len: 101 aa. Equivalent to Rv3221A, + len: 101 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 101 aa overlap). Possible anti-sigma + factor, similar to Q9XCD7|AAD41811.1 unknown protein from + Mycobacterium smegmatis, linked to sigma factor sigH (see + first citation below) (101 aa), FASTA scores: opt: 422, + E(): 3.4e-22, (64.9% identity in 94 aa overlap); and to + Q9RL96|RsrA anti-sigma factor from Streptomyces coelicolor + (see second citation) (105 aa), FASTA scores: opt: 163, + E(): 0.00016, (32.05% identity in 78 aa overlap). Protein + product from Mb3248c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3248c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-sigma factor rsha" + /protein_id="SIU01877.1" + /db_xref="InterPro:IPR014295" + /db_xref="InterPro:IPR024020" + /db_xref="InterPro:IPR027383" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M6" + /translation="MSENCGPTDAHADHDDSHGGMGCAEVIAEVWTLLDGECTPETRE + RLRRHLEACPGCLRHYGLEERIKALIGTKCRGDRAPEGLRERLRLEIRRTTIIRGGP" + gene complement(3557362..3557913) + /locus_tag="BQ2027_MB3249C" + CDS complement(3557362..3557913) + /locus_tag="BQ2027_MB3249C" + /note="Mb3249c, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv3222c, + len: 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to Q9SZD2|F19B15.50|AT4G29020 + GLYCINE-RICH PROTEIN LIKE from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (158 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): + 0.77, (33.35% identity in 126 aa overlap); Q9S222|SCI51.18 + PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (548 aa), FASTA scores: opt: 133, E(): 1.6, + (36.25% identity in 149 aa overlap); etc. Also some + similarity to other hypothetical Mycobacterium + tuberculosis proteins e.g. O06292|Rv0341|MTCY13E10.01 (479 + aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.5, (31.2% identity in + 170 aa overlap); AAK45760|MT1497.1 PE_PGRS FAMILY PROTEIN + from strain CDC1551 (1408 aa), FASTA scores: opt: 137, + E(): 2, (31.75% identity in 148 aa overlap); etc. Mb3249c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01878.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U1" + /translation="MSSPVSSRRLANLVKESLQGSVLGGVVSDAVLPAVSDDVKPGAG + EDAYRVPVVVAAGSGAVVQVGGLEVGSAAVAGEVADTVAELFVCRPTEPDVGDFVGLA + GGAGDAGQAGQQFGLGVGVRGESFGARRRLALSTVGASGATAGLRKTHDGHHGCQARG + ALTQRRLYIGNPSEITDTRMVHQ" + gene complement(3557910..3558560) + /gene="sigH" + /locus_tag="BQ2027_MB3250C" + CDS complement(3557910..3558560) + /gene="sigH" + /locus_tag="BQ2027_MB3250C" + /standard_name="rpoE" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3250c, sigH, len: 216 aa. Equivalent to Rv3223c, + len: 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). sigH (alternate gene + name: rpoE), alternative RNA polymerase sigma factor (see + citations below), similar to many e.g. Q9XCD8|SIGH from + Mycobacterium smegmatis (215 aa), FASTA scores: opt: 1187, + E(): 8.1e-69, (87.75% identity in 212 aa overlap); + O87834|SIGR from Streptomyces coelicolor (227 aa), FASTA + scores: opt: 913, E(): 2.6e-51, (68.8% identity in 202 aa + overlap); O68520|RPOE1 from Myxococcus xanthus (213 aa), + FASTA scores: opt: 452, E(): 6.7e-22, (42.8% identity in + 187 aa overlap); Q06198|RPSH_PSEAE|ALGU|ALGT|PA0762 from + Pseudomonas aeruginosa (193 aa), FASTA scores: opt: 301, + E(): 2.7e-12, (29.9% identity in 194 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47662 RNA polymerase sigma-70 factor from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (284 aa), but + shorter 68 aa. Has sigma-70 factors ECF subfamily + signature (PS01063). So BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR + FAMILY, ECF SUBFAMILY. Start chosen on basis of + similarity, other potential starts upstream. Protein + product from Mb3250c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3250c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA-E FACTOR + (SIGMA-24) SIGH (RPOE)" + /protein_id="SIU01879.1" + /db_xref="GOA:P66808" + /db_xref="InterPro:IPR000838" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR014293" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66808" + /translation="MADIDGVTGSAGLQPGPSEETDEELTARFERDAIPLLDQLYGGA + LRMTRNPADAEDLLQETMVKAYAGFRSFRHGTNLKAWLYRILTNTYINSYRKKQRQPA + EYPTEQITDWQLASNAEHSSTGLRSAEVEALEALPDTEIKEALQALPEEFRMAVYYAD + VEGFPYKEIAEIMDTPIGTVMSRLHRGRRQLRGLLADVARDRGFARGEQAHEGVSS" + gene 3558860..3559708 + /locus_tag="BQ2027_MB3251" + CDS 3558860..3559708 + /locus_tag="BQ2027_MB3251" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3251, -, len: 282 aa. Equivalent to Rv3224, len: + 282 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 282 aa overlap). Probable + oxidoreductase, possible short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + BAB49551|MLL2413 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (288 aa), FASTA scores: opt: 1053, + E(): 6.4e-59, (57.95% identity in 276 aa overlap); + Q9AB34|CC0400 SHORT CHAIN DEHYDROGENASE FAMILY PROTEIN + from Caulobacter crescentus (285 aa), FASTA scores: opt: + 1051, E(): 8.5e-59, (55.9% identity in 281 aa overlap); + and Q9VB10|CG5590 HYPOTHETICAL PROTEIN (SIMILAR TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY) from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (412 aa), FASTA + scores: opt: 966, E(): 2.5e-53, (52.15% identity in 278 aa + overlap). Similar to various proteins (principaly + oxidoreductases) e.g. Q18639|C45B11.3 HYPOTHETICAL PROTEIN + (SIMILAR TO THE SDR FAMILY) from Caenorhabditis elegans + (293 aa), FASTA scores: opt: 921, E(): 1.2e-50, (51.3% + identity in 271 aa overlap); Q9HZV5|PA2892 PROBABLE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from Pseudomonas aeruginosa (274 + aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 5.1e-46, (49.25% + identity in 274 aa overlap); Q9I6V0|PA0182 PROBABLE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE (SIMILAR TO THE SDR FAMILY) from + Pseudomonas aeruginosa (250 aa), FASTA scores: opt: 333, + E(): 8.3e-14, (29.8% identity in 245 aa overlap); + Q9HY98|PA3511 PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from + Pseudomonas aeruginosa (253 aa), FASTA scores: opt: 330, + E(): 1.3e-13, (31.2% identity in 250 aa overlap); etc. + Related proteins in Mycobacterium tuberculosis include + MTCY02B10.14, MTCY369.14, and MTCY09F9.36. Has + ATP/GTP-binding site motif A, (PS00017) near C-terminus. + MAY BE BELONG TO THE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES + (SDR) FAMILY. Protein product from Mb3251 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3251 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible iron-regulated short-chain + dehydrogenase/reductase" + /protein_id="SIU01880.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J2" + /translation="MSLNGKTMFISGASRGIGLAIAKRAARDGANIALIAKTAEPHPK + LPGTVFTAAKELEEAGGQALPIVGDIRDPDAVASAVATTVEQFGGIDICVNNASAINL + GSITEVPMKRFDLMNGIQVRGTYAVSQACIPHMKGRENPHILTLSPPILLEKKWLRPT + AYMMAKYGMTLCALGIAEEMRADGIASNTLWPRTMVATAAVQNLLGGDEAMARSRKPE + VYADAAYVIVNKPATEYTGKTLLCEDVLVESGVTDLSVYDCVPGATLGVDLWVEDANP + PGYLPA" + gene 3559722..3559832 + /locus_tag="BQ2027_MB3252" + CDS 3559722..3559832 + /locus_tag="BQ2027_MB3252" + /note="Mb3252, -, len: 62 aa. Equivalent to Rv3224A, len: + 62 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 62 aa overlap). Conserved hypothetical + protein (possibly gene fragment), overlaps Rv3224. Similar + to N-terminus of ML0799|AL583919_131 conserved + hypothetical protein from Mycobacterium leprae (135 aa), + FASTA scores: opt: 104, E(): 0.78, (59.37% identity in 32 + aa overlap). Note that upstream ORF Rv3224B is similar to + C-terminus of ML0799. There appears to be no frameshift as + sequence is identical in strain CDC1551 and in + Mycobacterium bovis. Mb3252 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01881.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H9" + /translation="MILELPDERAVAIVPVPSKLSLKAAGGPRGAQSGHG" + gene 3559810..3560028 + /locus_tag="BQ2027_MB3253" + CDS 3559810..3560028 + /locus_tag="BQ2027_MB3253" + /note="Mb3253, -, len: 72 aa. Equivalent to Rv3224B, len: + 72 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 72 aa overlap). Conserved hypothetical + protein (possibly gene fragment), similar to C-terminal + part of ML0799|AL583919_131 conserved hypothetical protein + from Mycobacterium leprae (135 aa), FASTA scores: opt: + 229, E(): 2e-09, (60.00% identity in 70 aa overlap). Note + that downstream ORF Rv3224A is similar to N-terminus of + ML0799. There appears to be no frameshift as sequence is + identical in strain CDC1551 and in Mycobacterium bovis. + Mb3253 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01882.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3H7" + /db_xref="InterPro:IPR007214" + /db_xref="InterPro:IPR036754" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H7" + /translation="MPKAAMAKPAAAEQATGYVVGGISPFGQRKRLRTVVDVSALSWD + RVLRCRQTALGRHGGPAGPDHLDQRDHR" + gene complement(3560025..3561449) + /locus_tag="BQ2027_MB3254C" + CDS complement(3560025..3561449) + /locus_tag="BQ2027_MB3254C" + /note="Mb3254c, -, len: 474 aa. Equivalent to Rv3225c, + len: 474 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 474 aa overlap). Possible transferase + (EC 2.-.-.-). C-terminal part shows some similarity to + various bacterial proteins e.g. BAB49093|MLL1809 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (298 aa), FASTA scores: opt: 557, E(): 2.8e-26, + (34.55% identity in 295 aa overlap); + P14509|KKA8_ECOLI|APHA AMINOGLYCOSIDE + 3'-PHOSPHOTRANSFERASE from Escherichia coli (271 aa), + FASTA scores: opt: 194, E(): 0.00018, (27.75% identity in + 227 aa overlap); Q53826|CPH CAPREOMYCIN PHOSPHOTRANSFERASE + from Streptomyces capreolus (281 aa), FASTA scores: opt: + 178, E(): 0.0017, (30.5% identity in 269 aa overlap); + Q9CDM4|YWIA UNKNOWN PROTEIN from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (213 aa), FASTA + scores: opt: 167, E(): 0.0061, (2705% identity in 149 aa + overlap); Q9X843|SC9B1.24 PUTATIVE TRANSFERASE (FRAGMENT) + from Streptomyces coelicolor (317 aa), FASTA scores: opt: + 165, E(): 0.011, (26.05% identity in 280 aa overlap); etc. + Start uncertain. Protein product from Mb3254c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3254c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gcn5-related n-acetyltransferase, phosphorylase" + /protein_id="SIU01883.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3H8" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR002575" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H8" + /translation="MRFAKLSDGLSDGIVTLSPLCLDDVDAHLAGGDERLVRWLSGMP + STRASVEAYIRHCREQWVTGGPLRSFGIRTVAETIVGTIDLRFDGEGLASGQVNVAYG + LYPSWRGRGLATRAVDLVCQYAAEHGATEAVIKVEPENSASARVALRAGFAFVRRICE + QDGTVFDRYERVLRAKMHADEVDIDEDLVRRLLRAQFPQWADLPIAPVRSAGTDNAMY + RLGEDLAVRIPRIGWAIESLRTEQQWLPRIAAHLGVASPVPVGLGSPAEGFGWPWSVC + RWVAGENPSAAEFVEPNRAVEDLADFITTLRATDPMGGPPAKRGAPLGEQDAEVRAAL + AALDGIIDVHAATAAWESALRVPPYAGPPMWFHGDLSRFNILTAQGRLTGVIDFGLMG + VGDPSVDLIIAWNLLSAPARAQFRVAVGAADDDWMRGRGRALAIALIALPYYQDTNPP + LAASARYAIGEVLADFRYGARPGC" + gene complement(3561573..3562331) + /locus_tag="BQ2027_MB3255C" + CDS complement(3561573..3562331) + /locus_tag="BQ2027_MB3255C" + /note="Mb3255c, -, len: 252 aa. Equivalent to Rv3226c, + len: 252 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 252 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to various hypothetical + bacterial proteins e.g. Q9CCI2|ML0793 PUTATIVE + BACTERIOPHAGE PROTEIN from Mycobacterium leprae (252 aa), + FASTA scores: opt: 1183, E(): 3.8e-68, (70.65% identity in + 252 aa overlap); BAB54183|MLR7795 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (369 aa), FASTA + scores: opt: 417, E(): 2.9e-19, (33.75% identity in 252 aa + overlap); O64131 YOQW PROTEIN from Bacteriophage SPBc2 + (224 aa), FASTA scores: opt: 413, E(): 3.4e-19, (38.5% + identity in 244 aa overlap); O31916 YOQW PROTEIN from + Bacillus subtilis (224 aa), FASTA scores: opt: 413, E(): + 3.4e-19, (38.5% identity in 244 aa overlap); O34906 YOAM + PROTEIN from Bacillus subtilis (227 aa), FASTA scores: + opt: 401, E(): 2e-18, (37.7% identity in 244 aa overlap); + Q9K4A5|SC7E4.11 HYPOTHETICAL 30.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (271 aa), FASTA scores: opt: 383, + E(): 3.3e-17, (39.6% identity in 283 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3255c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3255c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage protein" + /protein_id="SIU01884.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3H5" + /db_xref="InterPro:IPR003738" + /db_xref="InterPro:IPR036590" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3H5" + /translation="MCGRFAVTTDPAQLAEKITAIDEATGCGGGKTSYNVAPTDTIAT + VVSRHSEPDDEPTRRVRLMRWGLIPSWIKAGPGGAPDAKGPPLINARADKVATSPAFR + SAVRSKRCLVPMDGWYEWRVDPDATPGRPNAKTPFFLHRHDGALLFTAGLWSVWKSYR + SAPPLLSCTVITTDAVGELAEIHDRMPLLLAEEDWDDWLNPDAPPDPELLARPPDVRD + IALRQVSTLVNNVRNNGPELLEPARSQPEQIQLL" + gene 3562386..3563738 + /gene="aroA" + /locus_tag="BQ2027_MB3256" + CDS 3562386..3563738 + /gene="aroA" + /locus_tag="BQ2027_MB3256" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3256, aroA, len: 450 aa. Equivalent to Rv3227, + len: 450 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 450 aa overlap). aroA, + 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyl transferase (EC + 2.5.1.19) (see citation below), equivalent (but C-terminus + longer) to Q9CCI3|AROA|ML0792 PUTATIVE 3-PHOSPHOSHIKIMATE + 1-CARBOXYVINYL TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (430 + aa), FASTA scores: opt: 1466, E(): 1.4e-78, (55.05% + identity in 427 aa overlap). Contains PS00885 EPSP + synthase signature 2. BELONGS TO THE EPSP SYNTHASE FAMILY. + Protein product from Mb3256 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3256 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE + AROA (5-ENOLPYRUVYLSHIKIMATE-3-PHOSPHATE SYNTHASE) (EPSP + SYNTHASE) (EPSPS)" + /protein_id="SIU01885.1" + /db_xref="GOA:Q7TWY4" + /db_xref="InterPro:IPR001986" + /db_xref="InterPro:IPR006264" + /db_xref="InterPro:IPR013792" + /db_xref="InterPro:IPR023193" + /db_xref="InterPro:IPR036968" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWY4" + /translation="MKTWPAPTAPTPVRATVTVPGSKSQTNRALVLAALAAAQGRGAS + TISGALRSRDTELMLDALQTLGLRVDGVGSELTVSGRIEPGPGARVDCGLAGTVLRFV + PPLAALGSVPVTFDGDQQARGRPIAPLLDALRELGVAVDGTGLPFRVHGNGSLAGGTV + AIDASASSQFVSGLLLSAASFTDGLTVQHTGSSLPSAPHIAMTAAMLRQAGVDIDDST + PNRWQVRPGPVAARRWDIEPDLTNAVAFLSAAVVSGGTVRITGWPRVSVQPADHILAI + LRQLNAVVIHADSSLEVRGPTGYDGFDVDLRAVGELTPSVAALAALASPGSVSRLSGI + AHLRGHETDRLAALSTEINRLGGTCRETPDGLVITATPLRPGIWRAYADHRMAMAGAI + IGLRVAGVEVDDIAATTKTLPEFPRLWAEMVGPGQGWGYPQPRSGQRARRATGQGSGG + " + gene 3563735..3564727 + /locus_tag="BQ2027_MB3257" + CDS 3563735..3564727 + /locus_tag="BQ2027_MB3257" + /note="Mb3257, -, len: 330 aa. Equivalent to Rv3228, len: + 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCI4|ML0791 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (327 aa), + FASTA scores: opt: 1828, E(): 1e-98, (84.0% identity in + 331 aa overlap). Also similar to several hypothetical + bacterial proteins e.g. Q9K4A8|SC7E4.08c from Streptomyces + coelicolor (337 aa), FASTA scores: opt: 1051, E(): 1e-53, + (52.65% identity in 338 aa overlap); Q9HUL3|PA4952 from + Pseudomonas aeruginosa (339 aa), FASTA scores: opt: 392, + E(): 1.4e-15, (34.85% identity in 281 aa overlap); + Q9PFV1|XF0556 from Xylella fastidiosa (341 aa), FASTA + scores: opt: 367, E(): 4e-14, (36.85% identity in 247 aa + overlap); P45339|YJEQ_HAEIN|HI1714 from Haemophilus + influenzae (346 aa), FASTA scores: opt: 355, E(): 2e-13, + (31.65% identity in 281 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A. Protein product from Mb3257 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3257 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribosome small subunit biogenesis RbfA-release + protein RsgA" + /protein_id="SIU01886.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y447" + /db_xref="InterPro:IPR004881" + /db_xref="InterPro:IPR010914" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR030378" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y447" + /translation="MRPGDYDESDVKVRSGRSSRPRTKTRPEHADAEAAMVVSVDRGR + WGCVLGGRPDRRITAMRARELGRTPIVVGDDVDVVGDLSGRPDTLARIVRRAPRRTVL + RRTADDTDPTERVVVANADQLLIVVALADPPPRTGLVDRALIAAYAGGLTPILCLTKT + DLAPAEPFGKQFADLELTVTAAGVDDPLLAVADLLAGKITVLLGHSGVGKSTLVNRLV + PEADRAVGEVTEIGRGRHTSTRSVALPLGDTLSGSGWVIDTPGIRSFGLAHIQPDNVL + LAFSDLAEATRECPRGCGHMGPPADPECALDTLSGPAARRAAAARRLLAVLSQT" + gene complement(3564760..3566043) + /gene="desa3" + /locus_tag="BQ2027_MB3258C" + CDS complement(3564760..3566043) + /gene="desa3" + /locus_tag="BQ2027_MB3258C" + /note="Mb3258c, -, len: 427 aa. Equivalent to Rv3229c, + len: 427 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 427 aa overlap). Possible + linoleoyl-CoA desaturase (EC 1.14.19.3), showing + similarity with desaturases and other proteins e.g. + Q08871|DES6|SLL0262 LINOLEOYL-COA DESATURASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (359 aa), FASTA scores: + opt: 319, E(): 4e-13, (25.1% identity in 295 aa overlap); + Q54795|DESD DELTA 6 DESATURASE from Spirulina platensis + (368 aa), FASTA scores: opt: 268, E(): 7.7e-10, (25.0% + identity in 300 aa overlap); Q9ZTU8|S276 PROTEIN WITH + SIMILARITY TO CYTOCHROME B5 DOMAIN from Triticum aestivum + (Wheat) (469 aa), FASTA scores: opt: 240, E(): 5.9e-08, + (27.05% identity in 266 aa overlap); etc. Note that + previously known as desA3. Protein product from Mb3258c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3258c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LINOLEOYL-COA DESATURASE + (DELTA(6)-DESATURASE)" + /protein_id="SIU01887.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3P3" + /db_xref="InterPro:IPR005804" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P3" + /translation="MAITDVDVFAHLTDADIENLAAELDAIRRDVEESRGERDARYIR + RTIAAQRALEVSGRLLLAGSSRRLAWWTGALTLGVAKIIENMEIGHNVMHGQWDWMND + PEIHSSTWEWDMSGSSKHWRYTHNFVHHKYTNILGMDDDVGYGMLRVTRDQRWKRYNI + FNVVWNTILAIGFEWGVALQHLEIGKIFKGRADREAAKTRLREFSAKAGRQVFKDYVA + FPALTSLSPGATYRSTLTANVVANVIRNVWSNAVIFCGHFPDGAEKFTKTDMIGEPKG + QWYLRQMLGSANFNAGPALRFMSGNLCHQIEHHLYPDLPSNRLHEISVRVREVCDRYD + LPYTTGSFLVQYGKTWRTLAKLSLPDKYLRDNADDAPETRSERMFAGLGPGFAGADPV + TGRRRGLKTAIAAVRGRRRSKRMAKSVTEPDDLAA" + gene complement(3566121..3567263) + /locus_tag="BQ2027_MB3259C" + CDS complement(3566121..3567263) + /locus_tag="BQ2027_MB3259C" + /note="Mb3259c, -, len: 380 aa. Equivalent to Rv3230c, + len: 380 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 380 aa overlap). Putative + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), with some similarity to + various proteins, especially reductases e.g. Q9HUS4|PA4889 + PROBABLE OXIDOREDUCTASE from Pseudomonas aeruginosa (366 + aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 1.8e-24, (33.8% identity + in 367 aa overlap); P95533|TDNB ELECTRON TRANSFER PROTEIN + from Pseudomonas putida (337 aa), FASTA scores: opt: 380, + E(): 4e-16, (30.7% identity in 277 aa overlap); + BAB34381|ECS0958 NADH OXIDOREDUCTASE FOR THE HCP from + Escherichia coli strain O157:H7 (322 aa), FASTA scores: + opt: 369, E(): 1.8e-15, (28.65% identity in 328 aa + overlap); Q44253|ATDA5 ANILINE DIOXYGENASE REDUCTASE + COMPONENT from Acinetobacter sp. (336 aa), FASTA scores: + opt: 305, E(): 1.6e-11, (27.4% identity in 303 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3259c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3259c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU01888.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3U8" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR001433" + /db_xref="InterPro:IPR001709" + /db_xref="InterPro:IPR008333" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U8" + /translation="MSKKHTTLNASIIDTRRPTVAGADRHPGWHALRKIAARITTPLL + PDDYLHLANPLWSARELRGRILGVRRETEDSATLFIKPGWGFSFDYQPGQYIGIGLLV + DGCWRWRSYSLTSSPAASGSARMVTVTVKAMPEGFLSTHLVAGVKPGTIVRLAAPQGN + FVLPDPAPPLILFLTAGSGITPVMSMLRTLVRRNQITDVVHLHSAPTAADVMFGAELA + ALAADHPGYRLSVRETRAQGRLDLTRIGQQVPDWRERQTWACGPEGVLNQADKVWSSA + GASDRLHLERFAVSKTAPAGAGGTVTFARSGKSVAADAATSLMDAGEGAGVQLPFGCR + MGICQSCVVDLVEGHVRDLRTGQRHEPGTRVQTCVSAASGDCVLDI" + gene complement(3567373..3567882) + /locus_tag="BQ2027_MB3260C" + CDS complement(3567373..3567882) + /locus_tag="BQ2027_MB3260C" + /note="Mb3260c, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv3231c, + len: 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 169 aa overlap). Hypothetical protein, + only similar to Q9KYX9|SCE33.03c HYPOTHETICAL 17.4 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA + scores: opt: 415, E(): 6.6e-19, (49.1% identity in 171 aa + overlap). Protein product from Mb3260c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3260c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to acyltransferase activity" + /protein_id="SIU01889.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J0" + /translation="MTQVYIPATLAMLQRLVADGALWPVNGTAFAVTPTLRESYAEGD + DEELAEVALREAALASLRLLAADIGATADALPPRRAVLAAEVDDATYRPDLDDAVVRL + AGPITIDQVVAAYVDNAGAEPAVMAAIAVIDAADLGDEDAELVVGDAQDHDLAWYANQ + ELPFLLDLL" + gene complement(3567879..3568766) + /gene="ppk2" + /locus_tag="BQ2027_MB3261C" + CDS complement(3567879..3568766) + /gene="ppk2" + /locus_tag="BQ2027_MB3261C" + /note="Mb3261c, pvdS, len: 295 aa. Equivalent to Rv3232c, + len: 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Possible pvdS, an + alternative RNA polymerase sigma factor, highly similar + (but N-terminus longer 25-50 residues approximatively) to + Q9RIZ9|SCJ1.15 PUTATIVE REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (267 aa), FASTA scores: opt: 1189, E(): + 1.4e-70, (65.65% identity in 262 aa overlap); + Q9KU02|VC0728 HYPOTHETICAL PROTEIN from Vibrio cholerae + (258 aa), FASTA scores: opt: 1074, E(): 4.5e-63, (62.6% + identity in 254 aa overlap); P72119|PVDS PAO SUBSTRAIN + OT684 PYOVERDINE GENE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PVDS + (FRAGMENT) from Pseudomonas aeruginosa (see citation + below) (237 aa), FASTA scores: opt: 988, E(): 1.8e-57, + (60.8% identity in 227 aa overlap). Also highly similar to + Q9I154|PA2428 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (304 aa), FASTA scores: opt: 1057, E(): + 6.8e-62, (60.7% identity in 252 aa overlap); Q9I6Z1|PA0141 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (298 aa), + FASTA scores: opt: 990, E(): 1.6e-57, (54.6% identity in + 249 aa overlap); and other hypothetical bacterial + proteins. Could be a member of a subfamily of RNA + polymerase sigma factors which direct the synthesis of + extracellular products by bacteria. Start uncertain. + Protein product from Mb3261c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3261c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="polyphosphate kinase ppk2 (polyphosphoric acid + kinase)" + /protein_id="SIU01890.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K6" + /db_xref="InterPro:IPR016898" + /db_xref="InterPro:IPR022486" + /db_xref="InterPro:IPR022488" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K6" + /translation="MDIPSVDVSTATNDGASSRAKGHRSAAPGRRKISDAVYQAELFR + LQTEFVKLQEWARHSGARLVVIFEGRDGAGKGGAIKRITEYLNPRVARIAALPAPTDR + ERGQWYYQRYIAHLPAKGEIVLFDRSWYNRAGVEKVMGFCTPQEYVLFLRQTPIFEQM + LIDDGILLRKYWFSVSDAEQLRRFKARRNDPVRQWKLSPMDLESVYRWEDYSRAKDEM + MVHTDTPVSPWYVVESDIKKHARLNMMAHLLSTIDYADVEKPKVKLPPRPLVSGNYRR + PPRELSTYVDDYVATLIAR" + gene complement(3568790..3570199) + /gene="tgs3" + /locus_tag="BQ2027_MB3262C" + CDS complement(3568790..3570199) + /gene="tgs3" + /locus_tag="BQ2027_MB3262C" + /note="Mb3262c, -, len: 469 aa. Equivalent to Rv3234c and + Rv3233c, len: 271 aa and 196 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 266 aa + overlap and 100.0% identity in 196 aa overlap). Rv3234c: + Hypothetical protein, similar to C-terminus of + Mycobacterium tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P71694|Rv1425|MTCY21B4.43|MTCY493.29c (459 aa), FASTA + scores: opt: 498, E(): 5.2e-24, (36.8% identity in 261 aa + overlap); MTCY03A2.28; MTCY31.23; MTCY493_29; MTCY28_26; + MTV013_8; MTY13E12_33; etc. Also similar to + Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (491 aa), FASTA scores: opt: 309, + E(): 4.3e-12, (33.35% identity in 189 aa overlap). + Rv3233c: Hypothetical protein, similar to C-terminus of + Q9RIU8|SCM11.13c HYPOTHETICAL 47.1 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA scores: opt: 308, + E(): 1.2e-12, (32.0% identity in 200 aa overlap); and + several hypothetical Mycobacterium tuberculosis proteins + e.g. O06343|YY80_MYCTU|Rv3480c|MTCY13E12.33c (497 aa), + FASTA scores: opt: 248, E(): 9.8e-09, (27.5% identity in + 200 aa overlap); MTCY28_26; MTCY493_29; MTCY31_25; + MTCY31_25. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, Rv3234c and Rv3233c exist as 2 genes. + In Mycobacterium bovis, a single base insertion (*-g) + leads to a single product that is more similar to Rv3234c. + Protein product from Mb3262c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3262c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU01891.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I4" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I4" + /translation="MVTRLSASDASFYQLENTATPMYVGLLLILRRPRAGLSYEALLE + TVEQRLPQIPRYRQKVQEVKLGLARPVWIDDRDFDITYHVRRSALPSPGSDEQLHELI + ARLAARPLDKSRPLWEMYLVEGLEKNRIALYTKSHQALINGVTALAIGHVIADRTRRP + PAFPEDIWVPERDPGTTRLLLRAVGDWLVRPGAQLQAVGSAVAGLVTNSGQLVETGRK + VLDIARTVARGTAPSSPLNATVSRNRRFTVARASLDDYRTVRARYDCDVHDVVLTVIA + GALGNWLMSRGEAVAPTATVRAMAPLSVYADDQLDSTGPGQAISQVTPFLVDLPVGEG + NAVVRLSQIAHATESNPTAASLVDARTIVTLSGLAPATLHAMGVRVATSFSARLFNLL + ITNAPGTQSQMYIAGTKLLETYSVPPLLHNQALAISVTSYNGMLYFGINADRDAMSDV + DLLPGLLSQALDELLEASR" + gene 3570310..3570951 + /locus_tag="BQ2027_MB3263" + CDS 3570310..3570951 + /locus_tag="BQ2027_MB3263" + /note="Mb3263, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv3235, len: + 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, arg-, pro-rich protein. Mb3263 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to acyltransferase activity" + /protein_id="SIU01892.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I3" + /translation="MMASNQTAAQHSSATLQQAPRSIDDAGGCPLTISPIANSPGDTF + AVTPVVEYEPPPRNIPPCGQSSHAARRPHTPQLARRQPIRPSGRAPAAVTSTAKSPRL + RQAGTFADAALRRVLEVIDRRRPVGQLRPLLAPGLVDSVLAVSRTAAGHQQGAAMLRR + IRLTPAGPDTADTAAEVFGTYSRGDRIHAIACRVEQRPAGNETRWLMVALHIG" + gene complement(3570969..3572126) + /locus_tag="BQ2027_MB3264C" + CDS complement(3570969..3572126) + /locus_tag="BQ2027_MB3264C" + /note="Mb3264c, -, len: 385 aa. Equivalent to Rv3236c, + len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 385 aa overlap). Probable conserved + integral membrane transport protein, possibly cation + (Na/H) transporter, equivalent to Q9CCI5|ML0782 putative + transmembrane transport protein from Mycobacterium leprae + (385 aa), FASTA scores: opt: 1975, E(): 2.4e-108, (81.55% + identity in 385 aa overlap). Highly similar to others e.g. + O69958|SC4H2.03c putative transmembrane transport protein + from Streptomyces coelicolor (411 aa), FASTA scores: opt: + 1226, E(): 1.6e-64, (53.5% identity in 372 aa overlap); + Q9XAKO|SC66T3.13c putative transmembrane transport protein + from Streptomyces coelicolor (403 aa), FASTA scores: opt: + 1198, E(): 6.8e-63, (53.25% identity in 370 aa overlap); + Q9RV80|DR1149 putative Na+/H+ antiporter from Deinococcus + radiodurans (383 aa), FASTA scores: opt: 1069, E(): + 2.3e-55, (47.35% identity in 376 aa overlap); + Q9L191|SC10G8.11 putative transmembrane transport protein + from Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA scores: opt: + 695, E(): 1.9e-33, (38.05% identity in 384 aa overlap); + Q9RRW8|DR2367 putative glutathione-regulated + potassium-efflux system protein KEFB from Deinococcus + radiodurans (575 aa), FASTA scores: opt: 414, E(): + 6.2e-17, (30.25% identity in 380 aa overlap); etc. SEEMS + TO BELONG TO THE CPA2 FAMILY. Note that previously known + as kefB. Mb3264c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIU01893.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3I8" + /db_xref="InterPro:IPR006153" + /db_xref="InterPro:IPR038770" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3I8" + /translation="MEVSRALLFELGVLLAVLAVLGAVARRFALSPIPVYLLAGLSLG + NGGILGVAAAGEFIATGAPIGVVLLLLALGLEFSATEFASSLRHHLPSAGVDIVLNAT + PGAVAGWLLGLDGVAILGLAGVTYISSSGVIARLLEDLRRLGNRETPAVLSVLVLEDF + AMAAYLPLFAVLATDGSWLEAVVGMTVAIAALLGAFAASYRWGHHVGRLVTHPDSEQL + LLRVLGITLIVAAVAESLHASAAVGAFLVGLTLTGETADRARMVLTPLRDLFATIFFL + GIGLSVDPGKLVSMLPVALALAAVTAATKVATGMFAARREGVARRGQLRAGTALVARG + EFSLIIIGLAGASIPGVAALATAYVFVMAIVGPILARYTGGGLPAAAVASN" + gene complement(3572131..3572613) + /locus_tag="BQ2027_MB3265C" + CDS complement(3572131..3572613) + /locus_tag="BQ2027_MB3265C" + /note="Mb3265c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv3237c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCI6|ML0781 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (160 aa), + FASTA scores: opt: 828, E(): 1.5e-45, (80.6% identity in + 160 aa overlap); and similar to other hypothetical + bacterial proteins and more weakly to putative potassium + channels e.g. Q9RV81|DR1148 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Deinococcus radiodurans (175 aa), FASTA scores: opt: + 420, E(): 9.5e-20, (37.95% identity in 158 aa overlap); + O69959|SC4H2.04c HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (161 aa), FASTA scores: opt: 315, + E(): 3.8e-13, (40.0% identity in 150 aa overlap); + Q9HNH3|PCHB|VNG2104G POTASSIUM CHANNEL HOMOLOG from + Halobacterium sp. strain NRC-1 (418 aa), FASTA scores: + opt: 158, E(): 0.007, (31.45% identity in 124 aa overlap); + Q58752|YD57_METJA|MJ1357 PUTATIVE POTASSIUM CHANNEL + PROTEIN from Methanococcus jannaschii (343 aa), FASTA + scores: opt: 143, E(): 0.053, (33.8% identity in 68 aa + overlap). Protein product from Mb3265c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3265c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Potassium channel TrkA, possible KefG analog + required for KefB activity" + /protein_id="SIU01894.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3J1" + /db_xref="InterPro:IPR006037" + /db_xref="InterPro:IPR026278" + /db_xref="InterPro:IPR036721" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J1" + /translation="MDVKEVLLPGVGLRYEFTSYRGDRIGIVARRSGGFDVVLYGRDD + PDEARPVLRLTDEEAEAVAQILGAPRIAERFTELTREVPGLKAGQIHIRAGSLFVDRP + LGDTRARTRTGASIVAIVRDEDVLASPGPTDVLRAGDVLIVIGTEDGIAGVEQIVEKG + " + gene complement(3572674..3573408) + /locus_tag="BQ2027_MB3266C" + CDS complement(3572674..3573408) + /locus_tag="BQ2027_MB3266C" + /note="Mb3266c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv3238c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to several hypothetical + proteins and transmembrane proteins e.g. Q9UN92|NRM29 + MULTISPANNING NUCLEAR ENVELOPE MEMBRANE PROTEIN NURIM + (FRAGMENT) from Homo sapiens (Human) (261 aa), FASTA + scores: opt: 281, E(): 3.3e-11, (30.7% identity in 189 aa + overlap); Q9VEG9|CG7655 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (253 aa), FASTA + scores: opt: 242, E(): 1.1e-08, (27.7% identity in 242 aa + overlap); BAB48937|MLR1600 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (222 aa), FASTA + scores: opt: 137, E(): 0.066, (28.1% identity in 185 aa + overlap); BAB57936|SAV1774 AESENICAL PUMP MEMBRANE PROTEIN + HOMOLOG from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (430 + aa), FASTA scores: opt: 125, E(): 0.68, (25.7% identity in + 144 aa overlap); etc. Protein product from Mb3266c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3266c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01895.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B6" + /db_xref="InterPro:IPR009915" + /db_xref="InterPro:IPR033580" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B6" + /translation="MKRYLTIIYGAASYLVFLVAFGYAIGFVGDVVVPRTVDHAIAAP + IGQAVVVNLVLLGVFAVQHSVMARQGFKRWWTRFVPPSIERSTYVLLASVALLLLYWQ + WRTMPAVIWDVRQPAGRVALWALFWLGWATVLTSTFMINHFELFGLRQVYLAWRGKPY + TEIGFQAHLLYRWVRHPIMLGFVVAFWATPMMTAGHLLFAIGATGYILVALQFEERDL + LAALGDQYRDYRREVSMLLPWPHRHT" + gene complement(3573467..3576613) + /locus_tag="BQ2027_MB3267C" + CDS complement(3573467..3576613) + /locus_tag="BQ2027_MB3267C" + /note="Mb3267c, -, len: 1048 aa. Equivalent to Rv3239c, + len: 1048 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1048 aa overlap). Probable + conserved transmembrane protein, organised in two domains. + Domain comprising first ~500 aa residues is similar to + various antibiotic resistance and efflux proteins and + contains sugar transport proteins signature 1 (PS00216); + e.g. Q9RL22|SC5G9.04c PUTATIVE TRANSMEMBRANE EFFLUX + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (489 aa), FASTA + scores: opt: 905, E(): 3.1e-41, (36.95% identity in 482 aa + overlap); and O68912|FRNF PUTATIVE ANTIBIOTIC ANTIPORTER + from Streptomyces roseofulvus (517 aa), FASTA scores: opt: + 866, E(): 4.1e-39, (37.1% identity in 512 aa overlap). + Second part, corresponding to last 550 aa residues, is + very similar to Q50733|Rv2565|MTCY9C4.03c hypothetical + 62.1 kd protein from Mycobacterium tuberculosis (583 aa), + FASTA scores: E(): 2.1e-28, (36.5% identity in 572 aa + overlap). Also equivalent to Rv3728|MTV025.076 PUTATIVE + TWO-DOMAIN MEMBRANE PROTEIN (SIMILAR TO SUGAR TRANSPORTER + FAMILY) from Mycobacterium tuberculosis (1065 aa), FASTA + scores: opt: 4328, E(): 0, (64.15% identity in 1046 aa + overlap); and similar to other Mycobacterium tuberculosis + proteins: MTCY3G12.01, E(): 6.3e-32; MTCY98.02c, E(): + 6.3e-32; MTCY9C4.03c, E(): 1.5e-26; MTCY369.27c, E(): + 2.5e-26. Equivalent to AAK47679 Drug transporter from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (1065 aa) but + shorter 20 aa. Contains cyclic nucleotide-binding domain + signature 2 (PS00889). Probably member of major + facilitator superfamily (MFS). Mb3267c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE TRANSPORT + PROTEIN" + /protein_id="SIU01896.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y472" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR001423" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR004638" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR018488" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y472" + /translation="MHISLHGGKGFANLTRRRRPSSASVLLVAGFGAFLAFLDSTIVN + IAFPDIQRSFPSYDIGSLSWILNGYNIVFAAFMVAAGRLADLLGRRRTFLSGVLVFTI + ASGLCAVAGSVEQLVAFRVLQGIGAAILVPASLALVVEGFDAARRAHAIGLWGAAAAI + AAGLGPPIGGLLVEWAGWRWVLLVNVPLGIVAAIATKRMLVESRASGRRRMPDLRGAL + LLAVTLGLVTLGLVKGPDWGWLSVATVGSFLASVLTSVGFVHSSRSHPAPLVEPALLR + SRSFVAGNLLTLVAAAGFYCYGLTHVLYLNYVWHYSLLKAGFAIAPAAVVAAVVAAAL + GRVAGRHGHRVIVLVGALVWAGSLVWYLQRVGSEPDFLRVWLPGQLLQGIGVGATLPV + LSSAALAEVAKGGSYATSSAVVSTTRQLGAVLGVAVMVILIGKPEHGTAEEALRRGWA + MAAICFIAVAVAAAVLGRTNRNPVQMPAPEPAIAPRLEPPIPQPAAAPIEHWAAGDAD + PLGNLPLFAGLDAATLAQLGEHVEDVELEAGCYLFHEGDPSDSLYVIRTGRVQVLQDS + IVLKELGRGEVLGELGLLIDAPRSATVRALRDTKLVRLTKAQFDEIADHGALAALVKV + LATRLREAPPPATDSTSPEVVVSVIGVSGDAPVPAVAAGLLTALSARLRAVDPGRVDR + DGLDRAERVADKVVLHAAVEDAGWRDFCLRVADRIVLVAGDPNPQAARLPARARGADL + VLAGPAASREHRRQWEELITPRSVHVVHYRRILENVRPLAARIAGRSIGLVLGGGGAR + GFAHLGVLDELERVGVTIDRFAGTSMGAVIAVFGACGMDAATADAYAYEYFIRHNPLS + DYAFPVRGLVHGRRTLTLLEAAFGDRLVEELPKEFRCVSVDLLARRPVVHRRGRLVDV + IGCSLRLPGIYPPQVYNGRLHVDGGVLDNLPVSTRASPDGPLIAVSIGLGGGGPGSAR + QDGSPKVPGIGDTLMRTMTIGSQRGADAALSLAQVVIRPDTGAVGLLEFHQIDAAREA + GRVAAREAMPHIMALLNR" + gene complement(3576692..3579541) + /gene="secA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3268C" + CDS complement(3576692..3579541) + /gene="secA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3268C" + /standard_name="secA" + /note="Mb3268c, secA1, len: 949 aa. Equivalent to Rv3240c, + len: 949 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 949 aa overlap). Probable secA1, + preprotein translocase subunit, component of secretion + apparatus, highly similar to many e.g. P57996|SEA1_MYCLE + from Mycobacterium leprae (940 aa), FASTA scores: opt: + 5044, E(): 0, (87.5% identity in 849 aa overlap); + P95759|SECA_STRGR from Streptomyces griseus (940 aa), + FASTA scores: opt: 2612, E(): 1.9e-134, (61.35% identity + in 960 aa overlap); P28366|SECA_BACSU|DIV+ from Bacillus + subtilis (841 aa), FASTA scores: opt: 1776, E(): 4.9e-89, + (48.05% identity in 837 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + SECA FAMILY. PART OF THE PROKARYOTIC PROTEIN TRANSLOCATION + APPARATUS WHICH COMPRISE SECA, SECD|Rv2587c, SECE|Rv0638, + SECF|Rv2586c, SECG|Rv1440 AND SECY|Rv0732. Note that + previously known as secA. Protein product from Mb3268c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3268c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PREPROTEIN TRANSLOCASE SECA1 1 SUBUNIT" + /protein_id="SIU01897.1" + /db_xref="GOA:P0A5Y9" + /db_xref="InterPro:IPR000185" + /db_xref="InterPro:IPR011115" + /db_xref="InterPro:IPR011116" + /db_xref="InterPro:IPR011130" + /db_xref="InterPro:IPR014018" + /db_xref="InterPro:IPR020937" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036266" + /db_xref="InterPro:IPR036670" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Y9" + /translation="MLSKLLRLGEGRMVKRLKKVADYVGTLSDDVEKLTDAELRAKTD + EFKRRLADQKNPETLDDLLPEAFAVAREAAWRVLDQRPFDVQVMGAAALHLGNVAEMK + TGEGKTLTCVLPAYLNALAGNGVHIVTVNDYLAKRDSEWMGRVHRFLGLQVGVILATM + TPDERRVAYNADITYGTNNEFGFDYLRDNMAHSLDDLVQRGHHYAIVDEVDSILIDEA + RTPLIISGPADGASNWYTEFARLAPLMEKDVHYEVDLRKRTVGVHEKGVEFVEDQLGI + DNLYEAANSPLVSYLNNALKAKELFSRDKDYIVRDGEVLIVDEFTGRVLIGRRYNEGM + HQAIEAKEHVEIKAENQTLATITLQNYFRLYDKLAGMTGTAQTEAAELHEIYKLGVVS + IPTNMPMIREDQSDLIYKTEEAKYIAVVDDVAERYAKGQPVLIGTTSVERSEYLSRQF + TKRRIPHNVLNAKYHEQEATIIAVAGRRGGVTVATNMAGRGTDIVLGGNVDFLTDQRL + RERGLDPVETPEEYEAAWHSELPIVKEEASKEAKEVIEAGGLYVLGTERHESRRIDNQ + LRGRSGRQGDPGESRFYLSLGDELMRRFNGAALETLLTRLNLPDDVPIEAKMVTRAIK + SAQTQVEQQNFEVRKNVLKYDEVMNQQRKVIYAERRRILEGENLKDQALDMVRDVITA + YVDGATGEGYAEDWDLDALWTALKTLYPVGITADSLTRKDHEFERDDLTREELLEALL + KDAERAYAAREAELEEIAGEGAMRQLERNVLLNVIDRKWREHLYEMDYLKEGIGLRAM + AQRDPLVEYQREGYDMFMAMLDGMKEESVGFLFNVTVEAVPAPPVAPAAEPAELAEFA + AAAAAAAQQRSAVDGGARERAPSALRAKGVASESPALTYSGPAEDGSAQVQRNGGGAH + KTPAGVPAGASRRERREAARRQGRGAKPPKSVKKR" + gene complement(3579620..3580264) + /gene="hpf" + /locus_tag="BQ2027_MB3269C" + CDS complement(3579620..3580264) + /gene="hpf" + /locus_tag="BQ2027_MB3269C" + /note="Mb3269c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv3241c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to many hypothetical + proteins and to some putative ribosomal proteins e.g. + Q9CCI7|ML0778 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (229 aa), FASTA scores: opt: 1234, E(): 1.3e-72, + (89.3% identity in 206 aa overlap); Q9KYX2|SCE33.11c + HYPOTHETICAL 27.9 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (254 aa), FASTA scores: opt: 487, E(): 2.2e-24, (47.6% + identity in 210 aa overlap); Q9FLV3 PROTEIN SIMILAR TO + RIBOSOMAL PROTEIN 30S SUBUNIT from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (365 aa), FASTA scores: opt: 264, E(): + 7e-10, (26.4% identity in 212 aa overlap); + P19954|RR30_SPIOL|RPS22 PLASTID-SPECIFIC 30S RIBOSOMAL + PROTEIN 1, chloroplast, from Spinacia oleracea (Spinach) + (302 aa), FASTA scores: opt: 261, E(): 9.3e-10, (26.15% + identity in 214 aa overlap); P47995|YSEA_STACA + HYPOTHETICAL PROTEIN IN SECA 5'REGION (ORF1) (FRAGMENT) + (BELONGS TO THE S30AE FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS) from + Staphylococcus carnosus (165 aa), FASTA scores: opt: 201, + E(): 4.2e-06, (33.35% identity in 147 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3269c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3269c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ribosome hibernation promoting factor Hpf" + /protein_id="SIU01898.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V1" + /db_xref="InterPro:IPR003489" + /db_xref="InterPro:IPR032528" + /db_xref="InterPro:IPR034694" + /db_xref="InterPro:IPR036567" + /db_xref="InterPro:IPR038416" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V1" + /translation="MDSGQVLAEPKSNAEIVFKGRNVEIPDHFRIYVSQKLARLERFD + RTIYLFDVELDHERNRRQRKSCQRVEITARGRGPVVRGEACADSFYAALESAVVKLES + RLRRGKDRRKVHYGDKTPVSLAEATAVVPAPENGFNTRPAEAHDHDGAVVEREPGRIV + RTKEHPAKPMSVDDALYQMELVGHDFFLFYDKDTERPSVVYRRHAYDYGLIRLA" + gene complement(3580580..3581221) + /locus_tag="BQ2027_MB3270C" + CDS complement(3580580..3581221) + /locus_tag="BQ2027_MB3270C" + /note="Mb3270c, -, len: 213 aa. Equivalent to Rv3242c, + len: 213 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 213 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar in N-terminus to + Q9CCI9|ML0776 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (85 aa), FASTA scores: opt: 324, E(): 1.7e-13, + (78.1% identity in 64 aa overlap). Also similar to + Q9RUJ7|DR1389 PUTATIVE COMPETENCE PROTEIN COMF from + Deinococcus radiodurans (219 aa), FASTA scores: opt: 223, + E(): 6.3e-07, (35.8% identity in 215 aa overlap); + BAB50338|MLL3453 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (240 aa), FASTA scores: opt: 218, + E(): 1.4e-06, (28.5% identity in 224 aa overlap); + Q9A9Y1|CC0830 COMPETENCE PROTEIN F from Caulobacter + crescentus (265 aa), FASTA scores: opt: 182, E(): 0.00026, + (30.15% identity in 219 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47682 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (241 aa) but shorter 29 aa. Contains purine/pyrimidine + phosphoribosyl transferases signature (PS00103). SEEMS TO + BELONG TO PURINE/PYRIMIDINE PHOSPHORIBOSYL TRANSFERASE + FAMILY. Mb3270c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Competence protein F homolog, + phosphoribosyltransferase domain; protein YhgH required + for utilization of DNA as sole source of carbon and + energy" + /protein_id="SIU01899.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3J7" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J7" + /translation="MLDLVLPLECGGCGAPATRWCAACAAELSVAAGEPHVVSPRVDP + QVPVFALGRYAGVRRQAILAMKEHGRRDLVAPLACALIVGVDHLLSWGMLENPLTMVP + APTRRWAARRRGGDPVSRMARIAGATLGRHHDVTVVPALRMRALARDSVGLGASARER + NITGRVLLRGQRPRNEVVLVDDIITTGATARESVRVLQAAGVRVGAVLAVAAA" + gene complement(3581259..3582101) + /locus_tag="BQ2027_MB3271C" + CDS complement(3581259..3582101) + /locus_tag="BQ2027_MB3271C" + /note="Mb3271c, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv3243c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3271c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3271c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU01900.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L6" + /translation="MSPRVPRLRWDDPFRALDMLASLWSSTGMSLVSAGAAQAVAAPY + RTLFTTLQQLLIGKEVTVRIGDHDVVLTVTELDSALEPQGLAVGQLGEVRVAARGISW + DQHHLHSAVAVLRNVHIRPGVPPLVIAAPVELSSALPTEIFDDVLRQATPQLRGELSE + SGAARLRWARRPDWGGLEVDVDVAGTTSQTTLWLRPRTVITGQRRWTLPARTPAYRVP + LPELPHGLRITDVSLAADCLQLSALLPEWRTELPLRYLESVITQLSQGALSFVWPPLR + SGAD" + gene complement(3582169..3583920) + /gene="lpqB" + /locus_tag="BQ2027_MB3272C" + CDS complement(3582169..3583920) + /gene="lpqB" + /locus_tag="BQ2027_MB3272C" + /note="Mb3272c, lpqB, len: 583 aa. Equivalent to Rv3244c, + len: 583 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 583 aa overlap). Probable lpqB, + conserved lipoprotein; contains appropriately placed + lipoprotein signature (PS00013). Equivalent to + Q9CCJ0|LPQB|ML0775 PUTATIVE LIPOPROTEIN from Mycobacterium + leprae (589 aa), FASTA scores: opt: 3375, E(): 1.4e-186, + (87.9% identity in 579 aa overlap). Also similar to + various proteins (in particular transferases) e.g. + Q9KYX0|SCE33.13c PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces + coelicolor (615 aa), FASTA scores: opt: 228, E(): 1.3e-05, + (25.5% identity in 624 aa overlap); O87992|BBLPS1.19c + PUTATIVE GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE from Bordetella + bronchiseptica (Alcaligenes bronchisepticus) (628 aa), + FASTA scores: opt: 162, E(): 0.079, (28.05% identity in + 171 aa overlap); Q9L2F4|SC7A8.01 PUTATIVE SUGAR KINASE + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (434 aa), FASTA + scores: opt: 143, E(): 0.72, (27.65% identity in 293 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3272c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3272c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQB" + /protein_id="SIU01901.1" + /db_xref="GOA:Q7TWW9" + /db_xref="InterPro:IPR018910" + /db_xref="InterPro:IPR019606" + /db_xref="InterPro:IPR023959" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWW9" + /translation="MRLTILLFLGAVLAGCASVPSTSAPQAIGTVERPVPSNLPKPSP + GMDPDVLLREFLKATADPANRHLAARQFLTESASNAWDDAGSALLIDHVVFVETRSAE + KVSVTMRADILGSLSDVGVFETAEGQLPDPGPIELVKTSGGWRIDRLPNGVFLDWQQF + QETYKRNTLYFADPTGKTVVPDPRYVAVSDRDQLATELVSKLLAGPRPEMARTVRNLL + APPLRLRGPVTRADGGKSGIGRGYGGARVDMEKLSTTDPHSRQLLAAQIIWTLARADI + RGPYVINADGAPLEDRFAEGWTTSDVAATDPGVADGAAAGLHALVNGSLVAMDAQRVT + PVPGAFGRMPEQTAAAVSRSGRQVASVVTLGRGAPDEAASLWVGDLGGEAVQSADGHS + LLRPSWSLDDAVWVVVDTNVVLRAIQDPASGQPARIPVDSTAVASRFPGAINDLQLSR + DGTRAAMVIGGQVILAGVEQTQAGQFALTYPRRLGFGLGSSVVSLSWRTGDDIVVTRT + DAAHPVSYVNLDGVNSDAPSRGLQTPLTAIAANPSTVYVAGPQGVLMYSASVESRPGW + ADVPGLMVPGAAPVLPG" + gene complement(3583920..3585623) + /gene="mtrB" + /locus_tag="BQ2027_MB3273C" + CDS complement(3583920..3585623) + /gene="mtrB" + /locus_tag="BQ2027_MB3273C" + /note="Mb3273c, mtrB, len: 567 aa. Equivalent to Rv3245c, + len: 567 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 567 aa overlap). mtrB, sensor-like + histidine kinase (EC 2.7.3.-) (see citations below), + equivalent to Q9CCJ1|MTRB OR ML0774 PUTATIVE TWO-COMPONENT + SYSTEM SENSOR KINASE from Mycobacterium leprae (562 aa), + FASTA scores: opt: 3208, E(): 7.4e-173, (88.7% identity in + 566 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9KYW9|SCE33.14c PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEM HISTIDINE + KINASE from Streptomyces coelicolor (688 aa), FASTA + scores: opt: 1355, E(): 1.1e-68, (48.95% identity in 515 + aa overlap); etc. Relatives in Mycobacterium tuberculosis + are: MTCY369.03, E(): 1.5e-22; MTCY20G9.16, E(): 1.9e-17. + SIMILAR TO OTHER PROKARYOTIC SENSORY TRANSDUCTION + HISTIDINE KINASES. Protein product from Mb3273c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3273c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSORY TRANSDUCTION HISTIDINE + KINASE MTRB" + /protein_id="SIU01902.1" + /db_xref="GOA:P59963" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59963" + /translation="MIFGSRRRIRGRRGRSGPMTRGLSALSRAVAVAWRRSLQLRVVA + LTLGLSLAVILALGFVLTSQVTNRVLDIKVRAAIDQIERARTTVSGIVNGEETRSLDS + SLQLARNTLTSKTDPASGAGLAGAFDAVLMVPGDGPRAASTAGPVDQVPNALRGFVKA + GQAAYQYATVQTEGFSGPALIIGTPTLSRVANLELYLIFPLASEQATITLVRGTMATG + GLVLLVLLAGIALLVSRQVVVPVRSASRIAERFAEGHLSERMPVRGEDDMARLAVSFN + DMAESLSRQIAQLEEFGNLQRRFTSDVSHELRTPLTTVRMAADLIYDHSADLDPTLRR + STELMVSELDRFETLLNDLLEISRHDAGVAELSVEAVDLRTTVNNALGNVGHLAEEAG + IELLVDLPAEQVIAEVDARRVERILRNLIANAIDHAEHKPVRIRMAADEDTVAVTVRD + YGVGLRPGEEKLVFSRFWRSDPSRVRRSGGTGLGLAISVEDARLHQGRLEAWGEPGEG + ACFRLTLPLVRGHKVTTSPLPMKPIPQPVLQPVAQPNPQPMPPEYKERQRPREHAEWS + G" + gene complement(3585673..3586359) + /gene="mtrA" + /locus_tag="BQ2027_MB3274C" + CDS complement(3585673..3586359) + /gene="mtrA" + /locus_tag="BQ2027_MB3274C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3274c, mtrA, len: 228 aa. Equivalent to Rv3246c, + len: 228 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 228 aa overlap). mtrA, transcriptional + activator, response regulator (see citations below), + equivalent to Q9CCJ2|MTRA|ML0773 PUTATIVE TWO-COMPONENT + RESPONSE REGULATOR from Mycobacterium leprae (228 aa), + FASTA scores: opt: 1458, E(): 1.4e-85, (98.7% identity in + 228 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9F9J5|SCRA PUTATIVE RESPONSE REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (228 aa), FASTA scores: opt: 1141, E(): + 1.9e-65, (74.9% identity in 227 aa overlap); + Q9KYW8|SCE33.15c PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEM RESPONSE + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (229 aa), FASTA + scores: opt: 1141, E(): 1.9e-65, (74.9% identity in 227 aa + overlap); Q9F868|REGX3 RESPONSE REGULATOR REGX3 from + Mycobacterium smegmatis (228 aa), FASTA scores: opt: 730, + E(): 2.3e-39, (50.90% identity in 222 aa overlap); etc. + Relatives in Mycobacterium tuberculosis are: + U01971|MTU01971_1; Q11156|RGX3_MYCTU; MTCY20G9.17, E(): 0; + MTCY31.31c, E(): 3.4e-29; MTCY369.02, E(): 5.7e-28. + SIMILAR TO BACTERIAL REGULATORY PROTEINS INVOLVED IN + SIGNAL TRANSDUCTION. THE N-TERMINAL REGION IS SIMILAR TO + THAT OF OTHER REGULATORY COMPONENTS OF SENSORY + TRANSDUCTION SYSTEMS. Experiments showed mtrA is + differentially expressed in virulent and avirulent strains + during growth in macrophages. Protein product from Mb3274c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3274c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TWO COMPONENT SENSORY TRANSDUCTION + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN MTRA" + /protein_id="SIU01903.1" + /db_xref="GOA:P0A5Z5" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5Z5" + /translation="MDTMRQRILVVDDDASLAEMLTIVLRGEGFDTAVIGDGTQALTA + VRELRPDLVLLDLMLPGMNGIDVCRVLRADSGVPIVMLTAKTDTVDVVLGLESGADDY + IMKPFKPKELVARVRARLRRNDDEPAEMLSIADVEIDVPAHKVTRNGEQISLTPLEFD + LLVALARKPRQVFTRDVLLEQVWGYRHPADTRLVNVHVQRLRAKVEKDPENPTVVLTV + RGVGYKAGPP" + gene complement(3586429..3587073) + /gene="tmk" + /locus_tag="BQ2027_MB3275C" + CDS complement(3586429..3587073) + /gene="tmk" + /locus_tag="BQ2027_MB3275C" + /note="Mb3275c, tmk, len: 214 aa. Equivalent to Rv3247c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Probable tmk, + thymidylate kinase (EC 2.7.4.9), equivalent to + Q9CCJ3|TMK|ML0772 PUTATIVE THYMIDYLATE KINASE from + Mycobacterium leprae (210 aa), FASTA scores: opt: 1023, + E(): 4.8e-57, (77.3% identity in 207 aa overlap). Also + similar to other thymidylate kinases e.g. + Q9RQJ9|KTHY_CAUCR|TMK|CC1824 from Caulobacter crescentus + (208 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): 0.0003, (31.3% + identity in 214 aa overlap); Q9V1E9|KTHY_PYRAB|TMK|PAB0319 + from Pyrococcus abyssi (205 aa), FASTA scores: opt: 176, + E(): 0.00045, (29.1% identity in 189 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE THYMIDYLATE KINASE FAMILY. Protein product + from Mb3275c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3275c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="thymidylate kinase tmk (dtmp kinase) (thymidylic + acid kinase) (tmpk)" + /protein_id="SIU01904.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3J9" + /db_xref="InterPro:IPR018094" + /db_xref="InterPro:IPR018095" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR039430" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3J9" + /translation="MLIAIEGVDGAGKRTLVEKLSGAFRAAGRSVATLAFPRYGQSVA + ADIAAEALHGEHGDLASSVYAMATLFALDRAGAVHTIQGLCRGYDVVILDRYVASNAA + YSAARLHENAAGKAAAWVQRIEFARLGLPKPDWQVLLAVSAELAGERSRGRAQRDPGR + ARDNYERDAELQQRTGAVYAELAAQGWGGRWLVVGADVDPGRLAATLAPPDVPS" + gene complement(3587170..3588657) + /gene="sahH" + /locus_tag="BQ2027_MB3276C" + CDS complement(3587170..3588657) + /gene="sahH" + /locus_tag="BQ2027_MB3276C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3276c, sahH, len: 495 aa. Equivalent to Rv3248c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 495 aa overlap). Probable sahH, + adenosylhomocysteinase (EC 3.3.1.1), equivalent to + Q9CCJ4|SAHH|ML0771 PUTATIVE S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE + HYDROLASE from Mycobacterium leprae (492 aa), FASTA + scores: opt: 3019, E(): 1.3e-177, (91.4% identity in 489 + aa overlap). Also highly similar to other + adenosylhomocysteinases e.g. Q9KZM1|SAHH from Streptomyces + coelicolor (485 aa), FASTA scores: opt: 2258, E(): + 5.7e-131, (70.0% identity in 483 aa overlap); + P51540|SAHH_TRIVA from Trichomonas vaginalis (486 aa), + FASTA scores: opt: 2005, E(): 1.8e-115, (62.05% identity + in 477 aa overlap); P35007|SAHH_CATRO from Catharanthus + roseus (Rosy periwinkle) (Madagascar periwinkle) (485 aa), + FASTA scores: opt: 1941, E(): 1.5e-111, (60.15% identity + in 492 aa overlap); etc. Has S-adenosyl-L-homocysteine + hydrolase signature (PS00739). BELONGS TO THE + ADENOSYLHOMOCYSTEINASE FAMILY. Protein product from + Mb3276c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3276c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADENOSYLHOMOCYSTEINASE SAHH + (S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE HYDROLASE) (ADOHCYASE)" + /protein_id="SIU01905.1" + /db_xref="GOA:Q7TWW7" + /db_xref="InterPro:IPR000043" + /db_xref="InterPro:IPR015878" + /db_xref="InterPro:IPR020082" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR042172" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWW7" + /translation="MTGNLVTKNSLTPDVRNGIDFKIADLSLADFGRKELRIAEHEMP + GLMSLRREYAEVQPLKGARISGSLHMTVQTAVLIETLTALGAEVRWASCNIFSTQDHA + AAAVVVGPHGTPDEPKGVPVFAWKGETLEEYWWAAEQMLTWPDPDKPANMILDDGGDA + TMLVLRGMQYEKAGVVPPAEEDDPAEWKIFLNLLRTRFETDKDKWTKIAESVKGVTEE + TTTGVLRLYQFAAAGDLAFPAINVNDSVTKSKFDNKYGTRHSLIDGINRGTDALIGGK + KVLICGYGDVGKGCAEAMKGQGARVSVTEIDPINALQAMMEGFDVVTVEEAIGDADIV + VTATGNKDIIMLEHIKAMKDHAILGNIGHFDNEIDMAGLERSGATRVNVKPQVDLWTF + GDTGRSIIVLSEGRLLNLGNATGHPSFVMSNSFANQTIAQIELWTKNDEYDNEVYRLP + KHLDEKVARIHVEALGGHLTKLTKEQAEYLGVDVEGPYKPDHYRY" + gene complement(3588762..3589397) + /locus_tag="BQ2027_MB3277C" + CDS complement(3588762..3589397) + /locus_tag="BQ2027_MB3277C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3277c, -, len: 211 aa. Equivalent to Rv3249c, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Possible + transcriptional regulatory protein, tetR family, with + similarity to several e.g. Q9AE61|ALKB1 PUTATIVE + TETR-REGULATORY from Rhodococcus erythropolis (208 aa), + FASTA scores: opt: 503, E(): 7.7e-26, (40.6% identity in + 192 aa overlap); CAC37620 PUTATIVE TETR-REGULATORY PROTEIN + from Prauserella rugosa (212 aa), FASTA scores: opt: 246, + E(): 4.4e-09, (27.95% identity in 186 aa overlap); + Q9K4B0|SC7E4.06 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL from + Streptomyces coelicolor (203 aa), FASTA scores: opt: 224, + E(): 1.1e-07, (34.5% identity in 197 aa overlap); + Q11063|YC55_MYCTU|Rv1255c|MT1294|MTCY50.27 HYPOTHETICAL + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Mycobacterium tuberculosis + (202 aa), FASTA scores: opt: 191, E(): 1.6e-05, (28.35% + identity in 180 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47689 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (230 aa) + but shorter 19 aa. COULD BELONG TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Possible helix-turn helix + motif at aa 44-65 (+6.66 SD). Protein product from Mb3277c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3277c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01906.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y488" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR040611" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y488" + /translation="MSTPSATVAPVKRIPYAEASRALLRDSVLDAMRDLLLTRDWSAI + TLSDVARAAGISRQTIYNEFGSRQGLAQGYALRLADRLVDNVHASLDANVGNFYEAFL + QGFRSFFAESAADPLVISLLTGVAKPDLLQLITTDSAPIITRASARLAPAFTDTWVAT + TDNDANVLSRAIVRLCLSYVSMPPEADHDVAADLARLITPFAERHGVINVP" + gene complement(3589394..3589576) + /gene="rubB" + /locus_tag="BQ2027_MB3278C" + CDS complement(3589394..3589576) + /gene="rubB" + /locus_tag="BQ2027_MB3278C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3278c, -, len: 60 aa. Equivalent to Rv3250c, len: + 60 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 60 aa overlap). Probable rubB, + rubredoxin, highly similar to other rubredoxins e.g. + Q9AE66|RUBA4 from Rhodococcus erythropolis (60 aa), FASTA + scores: opt: 391, E(): 2.2e-21, (83.05% identity in 59 aa + overlap); Q9AE63|RUBA2 from Rhodococcus erythropolis (63 + aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 1.4e-20, (83.9% identity + in 56 aa overlap); P42453|RUBR_ACICA|RUBA from + Acinetobacter calcoaceticus (54 aa), FASTA scores: opt: + 315, E(): 4.9e-16, (69.8% identity in 53 aa overlap); + Q9HTK7|PA5351 from Pseudomonas aeruginosa (55 aa), FASTA + scores: opt: 298, E(): 8e-15, (64.15% identity in 53 aa + overlap); Q9PGC3|XF0379 from Xylella fastidiosa (57 aa), + FASTA scores: opt: 263, E(): 2.5e-12, (59.25% identity in + 54 aa overlap); etc. Also similar to neighbouring ORF M. + tuberculosis RubA (MTCY20B11.26c). Contains rubredoxin + signature (PS00202). BELONGS TO THE RUBREDOXIN FAMILY. + Mb3278c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RUBREDOXIN RUBB" + /protein_id="SIU01907.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R1" + /db_xref="InterPro:IPR018527" + /db_xref="InterPro:IPR024934" + /db_xref="InterPro:IPR024935" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R1" + /translation="MNDYKLFRCIQCGFEYDEALGWPEDGIAAGTRWDDIPDDWSCPD + CGAAKSDFEMVEVARS" + gene complement(3589581..3589748) + /gene="rubA" + /locus_tag="BQ2027_MB3279C" + CDS complement(3589581..3589748) + /gene="rubA" + /locus_tag="BQ2027_MB3279C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3279c, -, len: 55 aa. Equivalent to Rv3251c, len: + 55 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 55 aa overlap). Probable rubA, + rubredoxin, highly similar to other rubredoxins (but + sometimes shorter) e.g. Q9AE67|RUBA3 from Rhodococcus + erythropolis (61 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 1e-17, + (73.6% identity in 53 aa overlap); P00272|RUB2_PSEOL|ALKG + from Pseudomonas oleovorans (172 aa), FASTA scores: opt: + 278, E(): 2.7e-13, (65.3% identity in 49 aa overlap); + CAC38028|ALKG from Alcanivorax borkumensis (174 aa), FASTA + scores: opt: 271, E(): 8.6e-13, (62.0% identity in 50 aa + overlap); Q9WWW4|ALKG from Pseudomonas putida (175 aa), + FASTA scores: opt: 270, E(): 1e-12, (61.8% identity in 55 + aa overlap); etc. Also highly similar to C-terminus of + Q9XBM1|ALKB ALKANE 1-MONOOXYGENASE (EC 1.14.15.3) from + Prauserella rugosa (490 aa), FASTA scores: opt: 296, E(): + 2.9e-14, (75.5% identity in 49 aa overlap). Also similar + to neighbouring ORF Mycobacterium tuberculosis rubB + (MTCY20B11.25c). Contains rubredoxin signature (PS00202). + BELONGS TO THE RUBREDOXIN FAMILY. Mb3279c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE RUBREDOXIN RUBA" + /protein_id="SIU01908.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V9" + /db_xref="InterPro:IPR018527" + /db_xref="InterPro:IPR024934" + /db_xref="InterPro:IPR024935" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V9" + /translation="MAAYRCPVCDYVYDEANGDAREGFPAGTGWDQIPDDWCCPDCAV + REKVDFEKIGG" + gene complement(3589748..3590998) + /gene="alkB" + /locus_tag="BQ2027_MB3280C" + CDS complement(3589748..3590998) + /gene="alkB" + /locus_tag="BQ2027_MB3280C" + /note="Mb3280c, alkB, len: 416 aa. Equivalent to Rv3252c, + len: 416 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 416 aa overlap). Probable alkB, + transmembrane alkane-1-monooxygenase (EC 1.14.15.3), + highly similar to many e.g. Q9AE68|ALKB2 from Rhodococcus + erythropolis (408 aa), FASTA scores: opt: 2018, E(): + 9.6e-122, (68.6% identity in 415 aa overlap); Q9AFD5|ALKB + from Nocardioides sp. CF8 (483 aa), FASTA scores: opt: + 1485, E(): 1.4e-87, (56.55% identity in 405 aa overlap); + Q9XAU0|ALKB1 from Rhodococcus erythropolis (391 aa), FASTA + scores: opt: 1400, E(): 3.3e-82, (62.6% identity in 396 aa + overlap); Q9XBM1|ALKB from Prauserella rugosa (490 aa), + FASTA scores: opt: 1266, E(): 1.5e-73, (57.55% identity in + 410 aa overlap); CAC40954|ALKB4 from Rhodococcus + erythropolis (386 aa), FASTA scores: opt: 1190, E(): + 9.1e-69, (54.3% identity in 383 aa overlap); etc. Mb3280c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE ALKANE 1-MONOOXYGENASE + ALKB (ALKANE 1-HYDROXYLASE) (LAURIC ACID + OMEGA-HYDROXYLASE) (OMEGA-HYDROXYLASE) (FATTY ACID + OMEGA-HYDROXYLASE) (ALKANE HYDROXYLASE-RUBREDOXIN)" + /protein_id="SIU01909.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K1" + /db_xref="InterPro:IPR005804" + /db_xref="InterPro:IPR033885" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K1" + /translation="MTTQIGSGGPEAPRPPEVEEWRDKKRYLWLMGLIAPTALVVMLP + LIWGMNQLGWHAAAQVPLWIGPILLYVLLPLLDLRFGPDGQNPPDEVTDRLENDKYYR + YCTYIYIPFQYLSVVLGAYLFTAANLSWLGFDGALSWAGKLGVALSVGVLGGVGINTA + HEMGHKKDSLERWLSKITLAQTCYGHFYIEHNRGHHVRVSTPEDPASARFGETLWEFL + PRSVIGGLRSAVHLEAQRLRRLGVSPWNPMTYLRNDVLNAWLMSVVLWGGLIAVFGPA + LIPFVIIQAVFGFSLLEAVNYLEHYGLLRQKSANGRYERCAPVHSWNSDHIVTNLFLY + HLQRHSDHHANPTRRYQTLRSMAGAPNLPSGYASMISLTYFPPLWRKVMDHRVLEHYG + GDITRVNLHPRVREKALARYGASA" + gene complement(3591107..3592594) + /locus_tag="BQ2027_MB3281C" + CDS complement(3591107..3592594) + /locus_tag="BQ2027_MB3281C" + /note="Mb3281c, -, len: 495 aa. Equivalent to Rv3253c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 495 aa overlap). Possible cationic + amino acid transporter, integral membrane protein, similar + to many e.g. O69844|SC1C3.02 PUTATIVE CATIONIC AMINO ACID + TRANSPORTER from Streptomyces coelicolor (503 aa), FASTA + scores: opt: 1649, E(): 5.8e-92, (52.6% identity in 485 aa + overlap); Q9AE69 PUTATIVE TRANSPORTER (FRAGMENT) from + Rhodococcus erythropolis (385 aa), FASTA scores: opt: + 1594, E(): 9.7e-89, (62.0% identity in 387 aa overlap); + Q9PBD7|XF2207 CATIONIC AMINO ACID TRANSPORTER from Xylella + fastidiosa (483 aa), FASTA scores: opt: 1079, E(): + 1.2e-57, (40.55% identity in 493 aa overlap); + Q9SRU9|F20H23.25 PUTATIVE CATIONIC AMINO ACID TRANSPORTER + from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (614 aa), + FASTA scores: opt: 802, E(): 6.7e-41, (36.4% identity in + 445 aa overlap); P30823|CTR1_RAT|SLC7A1|ATRC1 + HIGH-AFFINITY CATIONIC AMINO ACID TRANSPORTER-1 from + Rattus norvegicus (Rat) (624 aa), FASTA scores: opt: 782, + E(): 1.1e-39, (36.1% identity in 432 aa overlap); etc. + Relatives in Mycobacterium tuberculosis include: + MTCY3G12.14, E(): 5.6e-31; MTCY39.19, E(): 1.6e-14. SEEMS + TO BELONG TO THE APC FAMILY. Mb3281c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CATIONIC AMINO ACID TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01910.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3L9" + /db_xref="InterPro:IPR002293" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L9" + /translation="MAGRRRMKSVEQSIADTDEPTTRLRKDLTWWDLVVFGVSVVIGA + GIFTVTASTAGDITGPAIWISFLIAAATCALAALCYAEFASTLPVAGSAYTFSYATFG + EFLAWVIGWNLVLELAMGAAVVAKGWSSYLGTVFGFGNGTGHLGSLQLDWGALVIVTL + VATLIALGTKLSSRFSAVVTAIKVSVVVLVVVVGAFYIRAANYSPFIPEPEVQHHGGG + LDQSVFSLLTGAQGSHYGWYGVLAGASIVFFAFIGFDIVATMAEETKRPQRDVPRGIL + ASLGVVTLLYVAVSVVLSGMVPYTQLRTVPGRGPANLATAFQANGVYWASGIISVGAL + AGLTTVVMVLMLGQCRVLFAMARDGLVPRQLAKTGSRGTPVRVTVLVAVLVATTASVF + PITKLEEMVNVGTLFAFILVSAGVVVLRRTRPDLQRGFTAPWVPLLPIAAVCACLWLM + LNLTALTWIRFGIWLVAGTAIYVGYGRRHSAQGLRQARESATRRC" + gene 3592685..3594073 + /locus_tag="BQ2027_MB3282" + CDS 3592685..3594073 + /locus_tag="BQ2027_MB3282" + /note="Mb3282, -, len: 462 aa. Equivalent to Rv3254, len: + 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 462 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to CAC37877|SC1G7.02 + PUTATIVE SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (440 aa), FASTA scores: opt: 606, E(): 6.2e-31, (31.7% + identity in 445 aa overlap); O86550|SC1F2.13c HYPOTHETICAL + 50.7 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (476 aa), + FASTA scores: opt: 577, E(): 4.5e-29, (32.5% identity in + 400 aa overlap); Q9L0A8|SCC24.09 PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (468 aa), FASTA scores: opt: + 380, E(): 1.3e-16, (30.7% identity in 391 aa overlap); + BAB48792|MLL1411 PROBABLE FAD-DEPENDENT MONOOXYGENASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (421 aa), FASTA + scores: opt: 128, E(): 1.1, (25.2% identity in 397 aa + overlap); Q9L7X9|BENF BENZOATE-SPECIFIC PORIN-LIKE PROTEIN + from Pseudomonas putida (397 aa), FASTA scores: opt: 119, + E(): 4, (24.85% identity in 157 aa overlap); etc. Also + similar to N-terminus of AAK46259|MT1987 PUTATIVE + FERREDOXIN REDUCTASE, ELECTRON TRANSFER COMPONENT from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (839 aa), FASTA + scores: opt: 493, E(): 1.5e-23, (30.65% identity in 382 aa + overlap). Protein product from Mb3282 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3282 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Monooxygenase" + /protein_id="SIU01911.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K5" + /translation="MVIGASIAGLCAARVLSDFYSTVTVFERDELPEAPANRATVPQD + RHLHMLMARGAQEFDSLFPGLLHDMVAAGVPMLENRPDCIYLGAAGHVLGTGHTLRKE + FTAYVPSRPHLEWQLRRRVLQLSNVQIVRRLVTEPQFERRQQRVVGVLLDSPGSGQDR + EREEFIAADLVVDAAGRGTRLPVWLTQWGYRRPAEDTVDIGISYASHQFRIPDGLIAE + KVVVAGASHDQSLGLGMLCYEDGTWVLTTFGVADAKPPPTFDEMRALADKLLPARFTA + ALAQAQPIGCPAFHAFPASRWRRYDKLERFPRGIVPFGDAVASFNPTFGQGMTMTSLQ + AGHLRRALKARNSAMKGDLAAELNRATAKTTYPVWMMNAIGDISFHHATAEPLPRWWR + PAGSLFDQFLGAAETDPVLAEWFLRRFSLLDSLYMVPSVPIIGRAIAHNLRLWLKEQR + ERRQPVTTRRSP" + gene complement(3594051..3595277) + /gene="manA" + /locus_tag="BQ2027_MB3283C" + CDS complement(3594051..3595277) + /gene="manA" + /locus_tag="BQ2027_MB3283C" + /note="Mb3283c, manA, len: 408 aa. Equivalent to Rv3255c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 408 aa overlap). Probable manA, + mannose-6-phosphate isomerase (EC 5.3.1.8), equivalent to + Q9CCJ5|MANA|ML0765 from Mycobacterium leprae (410 aa), + FASTA scores: opt: 2271, E(): 1.6e-133, (84.45% identity + in 411 aa overlap). Also similar to many e.g. Q9KZL9|MANA + from Streptomyces coelicolor (383 aa), FASTA scores: opt: + 946, E(): 2.4e-51, (44.4% identity in 403 aa overlap); + Q9KV87|VC0269 from Vibrio cholerae (399 aa), FASTA scores: + opt: 726, E(): 1.1e-37, (34.15% identity in 404 aa + overlap); Q9CMJ5|PMI|PM0829 from Pasteurella multocida + (400 aa), FASTA scores: opt: 640, E(): 2.4e-32, (32.5% + identity in 391 aa overlap); etc. SIMILAR TO FAMILY 1 OF + MANNOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASES. Protein product from + Mb3283c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3283c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MANNOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASE MANA + (PHOSPHOMANNOSE ISOMERASE) (PHOSPHOMANNOISOMERASE) (PMI) + (PHOSPHOHEXOISOMERASE) (PHOSPHOHEXOMUTASE)" + /protein_id="SIU01912.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K3" + /db_xref="InterPro:IPR001250" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016305" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K3" + /translation="MELLRGALRTYAWGSRTAIAEFTGRPVPAAHPEAELWFGAHPGD + PAWLQTPHGQTSLLEALVADPEGQLGSASRARFGDVLPFLVKVLAADEPLSLQAHPSA + EQAVEGYLREERMGIPVSSPVRNYRDTSHKPELLVALQPFEALAGFREAARTTELLRA + LAVSDLDPFIDLLSEGSDADGLRALFTTWITAPQPDIDVLVPAVLDGAIQYVSSGATE + FGAEAKTVLELGERYPGDAGVLAALLLNRISLAPGEAIFLPAGNLHAYVRGFGVEVMA + NSDNVLRGGLTPKHVDVPELLRVLDFAPTPKARLRPPIRREGLGLVFETPTDEFAATL + LVLDGDHLGHEVDASSGHDGPQILLCTEGSATVHGKCGSLTLQRGTAAWVAADDGPIR + LTAGQPAKLFRATVGL" + gene complement(3595285..3596325) + /locus_tag="BQ2027_MB3284C" + CDS complement(3595285..3596325) + /locus_tag="BQ2027_MB3284C" + /note="Mb3284c, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv3256c, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCJ6|ML0764 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (365 aa), + FASTA scores: opt: 1574, E(): 1.4e-82, (75.35% identity in + 365 aa overlap). Also similar to other hypothetical + bacterial proteins e.g. Q9KZL8|SCE34.07c from Streptomyces + coelicolor (375 aa), FASTA scores: opt: 171, E(): 0.012, + (31.1% identity in 376 aa overlap); P55709|Y4YA_RHISN from + Rhizobium sp. strain NGR234 (457 aa), FASTA scores: opt: + 140, E(): 0.84, (28.75% identity in 233 aa overlap). + Protein product from Mb3284c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3284c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sugar binding protein" + /protein_id="SIU01913.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K7" + /translation="MNVARAIDLEDTEGLIAADRGALLRAASMAGAQVRAIAAAADEG + ELDLLRGSDRPRSVIWVTGRGTAETAGTILASTLGAGAAEPIVLASAAPPWVGPLDVL + IVAGDDPGDPALVGAAAIGVRRGARVVVVAPYEGPLRDSTAGRVAVLEPRLRVPDEFG + LSRYLAAGLAALQTVDPKLRIDLASLADELDAEALRNSAGREVFTNPAKALAARVSGC + QLALAGDNAATLALARHGSSVMLRIANQVVAATRLSDAVVALRAGTPPDALFHDEEID + GPAPQRLRVLALALAGERTVVAARVAGLDDAYLVAAEDVPELLDAPVGSGGAVLAVRL + EMAAVYLRLVRG" + gene complement(3596322..3597719) + /gene="pmma" + /locus_tag="BQ2027_MB3285C" + CDS complement(3596322..3597719) + /gene="pmma" + /locus_tag="BQ2027_MB3285C" + /note="Mb3285c, manB, len: 465 aa. Equivalent to Rv3257c, + len: 465 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 465 aa overlap). Probable manB, + phosphomannomutase (EC 5.4.2.8) (see citation below), + equivalent to Q9CCJ7|PMMA|ML0763 from Mycobacterium leprae + (468 aa), FASTA scores: opt: 2533, E(): 2e-145, (83.1% + identity in 468 aa overlap). Also similar to many e.g. + Q9KZL6|MANB from Streptomyces coelicolor (454 aa), FASTA + scores: opt: 1820, E(): 2e-102, (63.2% identity in 459 aa + overlap); Q9PGN8|XF0260 from Xylella fastidiosa (500 aa), + FASTA scores: opt: 1085, E(): 4.7e-58, (40.7% identity in + 462 aa overlap); Q9EY19|MANB from Salmonella enterica + subsp. arizonae (456 aa), FASTA scores: opt: 988, E(): + 3.1e-52, (38.65% identity in 445 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE PHOSPHOHEXOSE MUTASES FAMILY. Note that previously + known as pmmA. Protein product from Mb3285c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3285c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable phosphomannomutase pmma (pmm) + (phosphomannose mutase)" + /protein_id="SIU01914.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3K8" + /db_xref="InterPro:IPR005841" + /db_xref="InterPro:IPR005843" + /db_xref="InterPro:IPR005844" + /db_xref="InterPro:IPR005845" + /db_xref="InterPro:IPR005846" + /db_xref="InterPro:IPR016055" + /db_xref="InterPro:IPR036900" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3K8" + /translation="MSWPAAAVDRVIKAYDVRGLVGEEIDESLVTDLGAAFARLMRTE + DARPVVIGHDMRDSSPSLADAFAAGVTGQGLDVVRVGLASTDQLYFASGLLDCPGAMF + TASHNPAAYNGIKMCRAAAKPVGADTGLTAIRDDLIAGVARYDGTPGTIADQDVLVDY + GAFLRSLVDTSGLRPLRVAVDAGNGMAGHTAPAVLGVIDSITLLPLYFELDGSFPNHE + ANPLDPANLVDLQAYVRDTGADIGLAFDGDADRCFVVDERGQPVSPSTVTALVAAREL + NREIGATIIHNVITSRAVPELVAERGGTPLRSRVGHSYIKALMAETGAIFGGEHSAHY + YFRDFWGADSGMLAALHVLAALGEQSRPLSELTADYQRYESSGEINFTVVDSSACVEA + VLKSFGNRIVSIDHLDGVTVDLGDDSWFNLRSSNTEPLLRLNVEGRSVGDVDAVVRQV + SAEIAAQSAHAKAGP" + gene complement(3597821..3598312) + /locus_tag="BQ2027_MB3286C" + CDS complement(3597821..3598312) + /locus_tag="BQ2027_MB3286C" + /note="Mb3286c, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv3258c, + len: 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCJ8|ML0762 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (165 aa), + FASTA scores: opt: 840, E(): 9.9e-42, (76.9% identity in + 169 aa overlap). Also similar to Q9KZL4|SCE34.11c + HYPOTHETICAL 15.0 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (140 aa), FASTA scores: opt: 353, E(): 1.1e-13, (48.3% + identity in 147 aa overlap); and shows really weak + similarity to other bacterial proteins. Mb3286c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="sugar metabolism" + /protein_id="SIU01915.1" + /db_xref="InterPro:IPR021888" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E7" + /translation="MRVSGASAALVHDSLSVVNVPRRCCRPGCPHYAVATLTFVYSDS + TAVIGPLATAREPHSWDLCVGHAGRITAPRGWELVRHAGPLPSHPDEDDLVALADAVR + EGGPSAGRRHHPGGNGAPLHGFDDFPAAATGAPTGGGVLAPPEPGAGRRRGHLRVLPD + PAD" + gene 3598435..3598854 + /locus_tag="BQ2027_MB3287" + CDS 3598435..3598854 + /locus_tag="BQ2027_MB3287" + /note="Mb3287, -, len: 139 aa. Equivalent to Rv3259, len: + 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but shorter 29 aa, to + Q9CCJ9|ML0761 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (167 aa), FASTA scores: opt: 846, E(): 2.2e-47, + (89.2% identity in 139 aa overlap). C-terminus highly + similar to Q9S425 HYPOTHETICAL 6.0 KDA PROTEIN (FRAGMENT) + from Mycobacterium smegmatis (54 aa), FASTA scores: opt: + 275, E(): 2.7e-11, (81.15% identity in 53 aa overlap). + Also similar to Q9KZL3|SCE34.12 from Streptomyces + coelicolor (117 aa), FASTA scores: opt: 152, E(): 0.004, + (34.15% identity in 126 aa overlap). Equivalent to + AAK47699 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (175 aa) but shorter 36 aa. Protein product from Mb3287 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3287 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01916.1" + /db_xref="InterPro:IPR010428" + /db_xref="InterPro:IPR038555" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B0" + /translation="MRGPLLPPTVPGWRSRAERFDMAVLEAYEPIERRWQERVSQLDI + AVDEIPRIAAKDPESVQWPPEVIADGPIALARLIPAGVDVRGNATRARIVLFRKPIER + RAKDTEELGELLHEILVAQVAIYLDVDPSVIDPTIDD" + gene complement(3598882..3599151) + /gene="whiB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3288C" + CDS complement(3598882..3599151) + /gene="whiB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3288C" + /note="Mb3288c, whiB2, len: 89 aa. Equivalent to Rv3260c, + len: 89 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 89 aa overlap). Probable whiB2, + WhiB-like regulatory protein (see first citation below), + similar to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor, wblE + gene product (85 aa). Equivalent to Q9CCK0|WHIB2|ML0760 + PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Mycobacterium + leprae (89 aa), FASTA scores: opt: 550, E(): 6.1e-31, + (85.4% identity in 89 aa overlap). Also similar to others + e.g. Q9S426 WHMD REGULATORY PROTEIN (see second citation + below) from Mycobacterium smegmatis (129 aa), FASTA + scores: opt: 488, E(): 1.4e-26, (83.55% identity in 85 aa + overlap); Q06387|WHIB-STV WHIB-STV PROTEIN from + Streptomyces griseocarneus (87 aa), FASTA scores: opt: + 443, E(): 1.2e-23, (74.7% identity in 83 aa overlap); + Q05429|WHIB|WHIB1 TRANSCRIPTION-LIKE FACTOR WHIB from + Streptomyces aureofaciens (87 aa), FASTA scores: opt: 442, + E(): 1.3e-23, (74.7% identity in 83 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47700 WhiB-related protein from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (123 aa) but + shorter 34 aa. Also similar to other Mycobacterium + tuberculosis proteins: MTCY07D11.07c (45.1% identity in 71 + aa overlap) and MTCY78.13c (37.4% identity in 91 aa + overlap). Start chosen by homology but ORF continues to + ATG upstream at 3754. Mb3288c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + WHIB-LIKE WHIB2" + /protein_id="SIU01917.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S0" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S0" + /translation="MVPEAPAPFEEPLPPEATDQWQDRALCAQTDPEAFFPEKGGSTR + EAKKICMGCEVRHECLEYALAHDERFGIWGGLSERERRRLKRGII" + gene 3599553..3600548 + /gene="fbiA" + /locus_tag="BQ2027_MB3289" + CDS 3599553..3600548 + /gene="fbiA" + /locus_tag="BQ2027_MB3289" + /note="Mb3289, fbiA, len: 331 aa. Equivalent to Rv3261, + len: 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 331 aa overlap). Probable fbiA, F420 + biosynthesis protein, equivalent to FBIA F420 biosynthesis + protein fbiA from Mycobacterium bovis BCG (see citations + below). Also equivalent, but shorter 46 aa, to + Q9CCK1|ML0759 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (379 aa), FASTA scores: opt: 1855, E(): 3.9e-110, + (79.3% identity in 333 aa overlap). Also similar to others + e.g. Q9KZK9|SCE34.17 HYPOTHETICAL 33.6 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (319 aa), FASTA scores: opt: 1151, + E(): 1.2e-65, (55.1% identity in 332 aa overlap); + O29345|AF0917 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Archaeoglobus fulgidus (296 aa), FASTA scores: opt: 469, + E(): 1.7e-22, (31.15% identity in 302 aa overlap); + Q58653|MJ1256 HYPOTHETICAL PROTEIN from Methanococcus + jannaschii (311 aa), FASTA scores: opt: 436, E(): 2.2e-20, + (27.35% identity in 274 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3289 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3289 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE F420 BIOSYNTHESIS PROTEIN FBIA" + /protein_id="SIU01918.1" + /db_xref="GOA:Q7TWV4" + /db_xref="InterPro:IPR002882" + /db_xref="InterPro:IPR010115" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWV4" + /translation="MKVTVLAGGVGGARFLLGVQQLLGLGQFAANSAHSDADHQLSAV + VNVGDDAWIHGLRVCPDLDTCMYTLGGGVDPQRGWGQRDETWHAMQELVRYGVQPDWF + ELGDRDLATHLVRTQMLQAGYPLSQITEALCDRWQPGARLLPATDDRCETHVVITDPV + DESRKAIHFQEWWVRYRAQVPTHSFAFVGAEKSSAATEAIAALADADIIMLAPSNPVV + SIGAILAVPGIRAALREATAPIVGYSPIIGEKPLRGMADTCLSVIGVDSTAAAVGRHY + GARCATGILDCWLVHDGDHAEIDGVTVRSVPLLMTDPNATAEMVRAGCDLAGVVA" + gene 3600545..3601891 + /gene="fbiB" + /locus_tag="BQ2027_MB3290" + CDS 3600545..3601891 + /gene="fbiB" + /locus_tag="BQ2027_MB3290" + /note="Mb3290, fbiB, len: 448 aa. Equivalent to Rv3262, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 448 aa overlap). Probable fbiB, F420 + biosynthesis protein, equivalent to FBIB F420 biosynthesis + protein fbiB from Mycobacterium bovis BCG (see citations + below). Also equivalent to Q9CCK2|ML0758 PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium leprae (457 aa), FASTA + scores: opt: 2411, E(): 3.5e-137, (82.25% identity in 445 + aa overlap). Also similar to Q9KZK8|SCE34.18 PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor (443 aa), + FASTA scores: opt: 1180, E(): 2.2e-63, (51.75% identity in + 433 aa overlap); other oxidoreductases in C-terminus; and + several hypothetical bacterial proteins. Protein product + from Mb3290 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3290 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE F420 BIOSYNTHESIS PROTEIN FBIB" + /protein_id="SIU01919.1" + /db_xref="GOA:Q7TWV3" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="InterPro:IPR002847" + /db_xref="InterPro:IPR008225" + /db_xref="InterPro:IPR019943" + /db_xref="InterPro:IPR023661" + /db_xref="InterPro:IPR029479" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWV3" + /translation="MTGPEHGSASTIEILPVIGLPEFRPGDDLSAAVAAAAPWLRDGD + VVVVTSKVVSKCEGRLVPAPEDPEQRDRLRRKLIEDEAVRVLARKDRTLITENRLGLV + QAAAGVDGSNVGRSELALLPVDPDASAATLRAGLRERLGVTVAVVITDTMGRAWRNGQ + TDAAVGAAGLAVLRNYAGVRDPYGNELVVTEVAVADEIAAAADLVKGKLTATPVAVVR + GFGVSDDGSTARQLLRPGANDLFWLGTAEALELGRQQAQLLRRSVRRFSTDPVPGDLV + EAAVAEALTAPAPHHTRPTRFVWLQTPAIRARLLDRMKDKWRSDLTSDGLPADAIERR + VARGQILYDAPEVVIPMLVPDGAHSYPDAARTDAEHTMFTVAVGAAVQALLVALAVRG + LGSCWIGSTIFAADLVRDELDLPVDWEPLGAIAIGYADEPSGLRDPVPAADLLILK" + gene 3602187..3603848 + /locus_tag="BQ2027_MB3291" + CDS 3602187..3603848 + /locus_tag="BQ2027_MB3291" + /note="Mb3291, -, len: 553 aa. Equivalent to Rv3263, len: + 553 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 553 aa overlap). Probable DNA + methylase (EC 2.1.1.-), equivalent to Q9CCK4|ML0756 + PROBABLE DNA METHYLASE from Mycobacterium leprae (555 aa), + FASTA scores: opt: 2980, E(): 2.1e-184, (81.9% identity in + 541 aa overlap). Also similar to others e.g. + P25240|MT57_ECOLI|ECO57IM MODIFICATION METHYLASE from + Escherichia coli (544 aa), FASTA scores: opt: 595, E(): + 1e-30, (30.35% identity in 507 aa overlap); + P25201|MTA1_ACICA|ACCIM MODIFICATION METHYLASE ACCI from + Acinetobacter calcoaceticus (540 aa), FASTA scores: opt: + 366, E(): 5.7e-16, (23.35% identity in 467 aa overlap); + Q56752|M-ACCI ACCI METHYLASE from Bergeyella zoohelcum + (541 aa), FASTA scores: opt: 365, E(): 6.6e-16, (22.95% + identity in 466 aa overlap); etc. Contains PS00092 N-6 + Adenine-specific DNA methylases signature. Alternative + start site at aa 25. Mb3291 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA METHYLASE (MODIFICATION METHYLASE) + (METHYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01920.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M1" + /db_xref="InterPro:IPR002052" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M1" + /translation="MQPSHPTRPGAVIRYVGSSLDTCPMTTFAGKTAASADKVRGGYY + TPPAVARFLAHWVHQAGPKILEPSCGDGRILRELSAITDHAHGVELVAREAKKSRDFA + SVDTENLFTWLHKTQLGSWDGVAGNPPYIRFGNWASEQRDPALELMRRVGLRPTKLTN + AWVPFVVASTTLARDGGRVGLVVPAELLQVTYAAQLREFLLSRYREITLVTFERLVFD + GILQEVVLFCGVVGPGPAHIRTVRLGDANDLNALGDKDFTNESAPALLHEKEKWTKYF + LDPAQIRLLRGLKQSATMIRLGELADVDVGIVTGRNSFFTFTDAKAQALGLRAHCVPL + VSRSAQLSGLIYDEDCRACDVAGNHRTWLLDAADYPTDPALVAHITAGEAAGVHLGYK + CSIRKPWWSTPSLWMPDLFMLRQIHFAPRLTVNAAAATSTDTVHRVRLDPNVDPATLA + AVFHNSATFAFAEIMGRSYGGGILELEPREAEQLPMPPPAYGSAELAQDVDLLLKANE + IDKALDVVDRHVLIDGLGLSPRLVAGCRAAWLTLRDRRTKRGSRR" + gene complement(3603908..3604987) + /gene="manC" + /locus_tag="BQ2027_MB3292C" + CDS complement(3603908..3604987) + /gene="manC" + /locus_tag="BQ2027_MB3292C" + /note="Mb3292c, manC, len: 359 aa. Equivalent to Rv3264c, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable manC, + mannose-1-phosphate guanyltransferase (EC 2.7.7.22), + equivalent to Q9CCK6|RMLA2|ML0753 PUTATIVE SUGAR-PHOSPHATE + NUCLEOTIDYL TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (358 + aa), FASTA scores: opt: 2075, E(): 2.7e-115, (86.9% + identity in 359 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9KZK6|SCE34.20c PUTATIVE NUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE from + Streptomyces coelicolor (360 aa), FASTA scores: opt: 1314, + E(): 2.2e-70, (57.0% identity in 358 aa overlap); + Q9KZP4|SC1A8A.08 PUTATIVE MANNOSE-1-PHOSPHATE + GUANYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (831 aa), + FASTA scores: opt: 699, E(): 8.6e-34, (34.45% identity in + 354 aa overlap) (only similarity in N-terminus for this + one); P74589|SLL1496 MANNOSE-1-PHOSPHATE GUANYLTRANSFERASE + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (843 aa), FASTA + scores: opt: 692, E(): 2.3e-33, (35.1% identity in 342 aa + overlap) (only similarity in N-terminus for this one too); + BAB59222|TVG0079558 MANNOSE-1-PHOSPHATE GUANYLTRANSFERASE + from Thermoplasma volcanium (359 aa), FASTA scores: opt: + 664, E(): 5.2e-32, (34.6% identity in 338 aa overlap); + Q9ZTW5|GMP GDP-MANNOSE PYROPHOSPHORYLASE from Solanum + tuberosum (Potato) (361 aa), FASTA scores: opt: 636, E(): + 2.3e-30, (34.65% identity in 361 aa overlap); etc. BELONGS + TO FAMILY 2 OF MANNOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASES. Note that + previously known as rmlA2. Protein product from Mb3292c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3292c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="d-alpha-d-mannose-1-phosphate + guanylyltransferase manb (d-alpha-d-heptose-1-phosphate + guanylyltransferase)" + /protein_id="SIU01921.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3L4" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR005835" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L4" + /translation="MATHQVDAVVLVGGKGTRLRPLTLSAPKPMLPTAGLPFLTHLLS + RIAAAGIEHVILGTSYKPAVFEAEFGDGSALGLQIEYVTEEHPLGTGGGIANVAGKLR + NDTAMVFNGDVLSGADLAQLLDFHRSNRADVTLQLVRVGDPRAFGCVPTDEEDRVVAF + LEKTEDPPTDQINAGCYVFERNVIDRIPQGREVSVEREVFPALLADGDCKIYGYVDAS + YWRDMGTPEDFVRGSADLVRGIAPSPALRGHRGEQLVHDGAAVSPGALLIGGTVVGRG + AEIGPGTRLDGAVIFDGVRVEAGCVIERSIIGFGARIGPRALIRDGVIGDGADIGARC + ELLSGARVWPGVFLPDGGIRYSSDV" + gene complement(3604989..3605882) + /gene="wbbL1" + /locus_tag="BQ2027_MB3293C" + CDS complement(3604989..3605882) + /gene="wbbL1" + /locus_tag="BQ2027_MB3293C" + /standard_name="wbbL" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3293c, wbbL1, len: 297 aa. Equivalent to Rv3265c, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.7% identity in 301 aa overlap). Probable wbbL1, + dTDP-RHA:A-D-GLCNAC-DIPHOSPHORYL POLYPRENOL + A-3-L-RHAMNOSYL TRANSFERASE (EC 2.-.-.-) (see citation + below), equivalent to Q9CCK7|WBBL|ML0752 PUTATIVE + DTDP-RHAMNOSYL TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (308 + aa), FASTA scores: opt: 1788, E(): 3e-104, (85.05% + identity in 301 aa overlap); and Q9RN50|WBBL|Q9RN49 (see + note * below) DTDP-RHA:A-D-GLCNAC-DIPHOSPHORYL POLYPRENOL, + A-3-L-RHAMNOSYL TRANSFERASE from Mycobacterium smegmatis + (296 aa), FASTA scores: opt: 1494, E(): 6.1e-86, (72.35% + identity in 293 aa overlap). Note that previously known as + wbbL. [* Note: UNPUBLISHED (experimental study on + Mycobacterium smegmatis). Submitted (SEP-1999) to the + EMBL/GenBank/DDBJ databases - The cell wall + arabinogalactan linker formation enzyme, + dTDP-Rha:a-D-GlcNAc-diphosphoryl polyprenol, + a-3-L-rhamnosyl transferase is essential for mycobacterial + viability - Mills J.A., Motichka K., Jucker M., Wu H.P., + Uhlic B.C., Stern R.J., Scherman M.S., Vissa V.D., Yan W., + Pan F., Kimbrel S., Kundu M., McNeil M.]. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, an + in-frame deletion of 12 bp leads to a shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (297 aa versus 301 aa). Protein product from + Mb3293c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3293c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dtdp-rha:a-d-glcnac-diphosphoryl + polyprenol,a-3-l-rhamnosyl transferase wbbl1 + (alpha-l-rhamnose-(1->3)-alpha-d-glcnac(1->p)-p- + decaprenyl)" + /protein_id="SIU01922.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3L3" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3L3" + /translation="MVAVTYSPGPHLERFLASLSLATERPVSVLLADNGSTDGTPQAA + VQRYPNVRLLPTGANLGYGTAVNRTIAQLGEMAGDAGEPWVDDWVIVANPDVQWGPGS + IDALLDAASRWPRAGALGPLIRDPDGSVYPSARQMPSLIRGGMHAVLGPFWPRNPWTT + AYRQERLEPSERPVGWLSGSCLLVRRSAFGQVGGFDERYFMYMEDVDLGDRLGKAGWL + SVYVPSAEVLHHKAHSTGRDPASHLAAHHKSTYIFLADRHSGWWRAPLRWTLRGSLAL + RSHLMVRRSRRRKLKLVEGRH" + gene complement(3605893..3606807) + /gene="rmlD" + /locus_tag="BQ2027_MB3294C" + CDS complement(3605893..3606807) + /gene="rmlD" + /locus_tag="BQ2027_MB3294C" + /note="Mb3294c, rmld, len: 304 aa. Equivalent to Rv3266c, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 304 aa overlap). Possible rmld, + dTDP-rhamnose modification protein, highly similar to + Q9CCK8 putative dTDP-rhamnose modification protein from + Mycobacterium leprae (311 aa), FASTA scores, opt: 1440, + E(): 1.1e-78, (74.7% identity in 312 aa overlap); and + similar to several dtdp-4-dehydrorhamnose reductase (EC + 1.1.1.133) e.g. STRL_STRGR|P29781 from Streptomyces + griseus (304 aa), FASTA scores, opt: 788, E(): 0, (47.4% + identity in 304 aa overlap). Protein product from Mb3294c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3294c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dtdp-6-deoxy-l-lyxo-4-hexulose reductase rmld + (dtdp-rhamnose modification protein) (dtdp-rhamnose + biosynthesis protein) (dtdp-rhamnose synthase)" + /protein_id="SIU01923.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M5" + /db_xref="InterPro:IPR005913" + /db_xref="InterPro:IPR029903" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M5" + /translation="MAGRSERLVITGAGGQLGSHLTAQAAREGRDMLALTSSQWDITD + PAAAERIIRHGDVVINCAAYTDVDGAESNEAVAYAVNATGPQHLARACARVGARLIHV + STDYVFDGDFGGAEPRPYEPTDETAPQGVYARSKLAGEQAVLAAFPEAAVVRTAWVYT + GGTGKDFVAVMRRLAAGHGRVDVVDDQTGSPTYVADLAEALLALADAGVRGRVLHAAN + EGVVSRFGQARAVFEECGADPQRVRPVSSAQFPRPAPRPSYSALSSRQWALAGLTPLR + HWRSALATALAAPANSTSIDRRLPSTRD" + gene 3606883..3608379 + /locus_tag="BQ2027_MB3295" + CDS 3606883..3608379 + /locus_tag="BQ2027_MB3295" + /note="Mb3295, -, len: 498 aa. Equivalent to Rv3267, len: + 498 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 498 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, CPSA-related protein, equivalent to + Q9CCK9|ML0750 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (489 aa), FASTA scores: opt: 2523, E(): 5e-138, + (78.9% identity in 498 aa overlap); and Q50160|CPSA + (HYPOTHETICAL PROTEIN CPSA) from Mycobacterium leprae (516 + aa), FASTA scores: opt: 868, E(): 1.2e-42, (34.7% identity + in 507 aa overlap). Also similar to + O06347|CPSA|Rv3484|MTCY13E12.37 CPSA from Mycobacterium + tuberculosis (512 aa), FASTA scores: opt: 928, E(): + 4.2e-46, (37.35% identity in 498 aa overlap); and + O53834|Rv0822c|MTV043.14c HYPOTHETICAL 72.9 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (684 aa), FASTA scores: + opt: 434, E(): 1.5e-17, (30.9% identity in 541 aa + overlap). Also similar to Q9KZK0|SCE34.26 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (507 + aa), FASTA scores: opt: 437, E(): 8.1e-18, (28.55% + identity in 469 aa overlap); O68907 FRNA PROTEIN from + Streptomyces roseofulvus (770 aa), FASTA scores: opt: 388, + E(): 7.6e-15, (32.6% identity in 267 aa overlap); etc. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. Protein + product from Mb3295 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3295 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cell envelope-associated transcriptional + attenuator LytR-CpsA-Psr, subfamily A1" + /protein_id="SIU01924.1" + /db_xref="InterPro:IPR004474" + /db_xref="InterPro:IPR027381" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M3" + /translation="MMSAQRVVRTVRTARAISTALAVAIVLGTGVAWSSVRSFEDGIF + HMSAPSLGHGGDDGAIDILLVGLDSRTDAHGNPLSAEELATLHAGDEEATNTDTIILI + RVPNNGKSATAISIPRDSYVAAPGLGKTKINGVYGQTRETKRAGLVQAGASPTEAAAA + GTEAGREALIKTVADLTGVTVDHYAEIGLLGFALIADALGGVDVCLKEPVYEPLSGAD + FPAGRQKLNGPQALSFVRQRHDLPRGDLDRVVRQQAVMAALAHRVISGQTLSSPATLK + RLEQAVQRSVVLSSGWDIMDFVRQLQKLAGGNVAFATIPVLDGAGWSDDGMQSVVRVD + PRQVQDWVVGLLHEQDQGKTDELAYTPAKTTANVVNDTDINGLAAAVSKVLSSKGFTT + GSVGNNDGDHVPGSQVRAAKADDLGAQQVAKELGGLPVVADASIAPGSVRVVLANDYS + GPGSGLGGSDPNGVVSPARAFNLGSADDTTPPPSPILTAGSDAPECIN" + gene 3608418..3609107 + /locus_tag="BQ2027_MB3296" + CDS 3608418..3609107 + /locus_tag="BQ2027_MB3296" + /note="Mb3296, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv3268, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9KZK4|SCE34.22 + HYPOTHETICAL 27.1 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (263 aa), FASTA scores: opt: 442, E(): 5.9e-20, (40.1% + identity in 242 aa overlap). Also weak similarity to + N-terminal part (approximatively 1530 to 1740 residues) of + O07944|SNBDE PRISTINAMYCIN I SYNTHASE 3 AND 4 from + Streptomyces pristinaespiralis (4848 aa), FASTA scores: + opt: 159, E(): 0.11, (30.35% identity in 224 aa overlap). + Protein product from Mb3296 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3296 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="regulated by transcription" + /protein_id="SIU01925.1" + /db_xref="InterPro:IPR017523" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G3" + /translation="MLRADPVGPRITYYDDATGERIELSAVTLANWAAKTGNLLRDEL + AAGPASRVAILLPAHWQTAAVLFGVWWIGAQAILDDSPADVALCTADRLAEADAVVNS + AAVAGEVAVLSLDPFGRPATGLPVGVTDYATAVRVHGDQIVPEHNPGPVLAGRSVEQI + LRDCAASAAARGLTAADRVLSTASWAGPDELVDGLLAILAAGASLVQVANPDPAMLQR + RIATEKVTRVL" + gene 3609232..3609513 + /locus_tag="BQ2027_MB3297" + CDS 3609232..3609513 + /locus_tag="BQ2027_MB3297" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3297, -, len: 93 aa. Equivalent to Rv3269, len: + 93 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 93 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to many Mycobacterium proteins and + chaperonins/heat shock proteins e.g. Q9CCL0|ML0748 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (92 aa), + FASTA scores: opt: 427, E(): 6.8e-21, (73.65% identity in + 91 aa overlap); Q10865|Rv1993c|MT2049|MTCY39.26c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (90 + aa), FASTA scores: opt: 313, E(): 1.2e-13, (60.7% identity + in 84 aa overlap); P71542|Y968_MYCTU|Rv0968|MTCY10D7.06c + (98 aa), FASTA scores: opt: 294, E(): 2.2e-12, (55.1% + identity in 98 aa overlap); Q50827|MOPA|GROEL|CH60_MYCVA + CHAPERONIN (PROTEIN CPN60) from Mycobacterium vaccae (120 + aa), FASTA scores: opt: 107, E(): 2.1, (39.5% identity in + 81 aa overlap); Q9AEB3|HSP65 HEAT SHOCK PROTEIN (FRAGMENT) + from Mycobacterium gadium (122 aa), FASTA scores: opt: + 102, E(): 4.4, (38.25% identity in 81 aa overlap); + Q49374|CH60_MYCGN|MOPA|GROEL CHAPERONIN (PROTEIN CPN60) + from Mycobacterium genavense (120 aa), FASTA scores: opt: + 99, E(): 6.8, (40.25% identity in 82 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3297 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3297 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01926.1" + /db_xref="InterPro:IPR009963" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C1" + /translation="MAIQVFLAKATTTVITGLAGVTAYEILKKAAAKAPLRQTAVSAA + ALGLRGTRKAEEAAESARLKVADVMAEARERIGEESPTPAISDLHDHDH" + gene 3609524..3611680 + /gene="ctpC" + /locus_tag="BQ2027_MB3298" + CDS 3609524..3611680 + /gene="ctpC" + /locus_tag="BQ2027_MB3298" + /note="Mb3298, ctpC, len: 718 aa. Equivalent to Rv3270, + len: 718 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 718 aa overlap). Probable ctpC, metal + cation-transport ATPase P-type (EC 3.6.3.-), integral + membrane protein, equivalent to Q9CCL1|CTPC|ML0747 + PUTATIVE CATION TRANSPORT ATPASE from Mycobacterium leprae + (725 aa), FASTA scores: opt: 3908, E(): 0, (85.95% + identity in 713 aa overlap). Also similar to O66027|MTAA + METAL TRANSPORTING ATPASE MTA72 from Mycobacterium + tuberculosis (680 aa), FASTA scores: opt: 3756, E(): + 5.5e-213, (91.45% identity in 679 aa overlap); and to + other ATPases e.g. Q9ZHC7|SILP_SALTY PUTATIVE CATION + TRANSPORTING P-TYPE ATPASE from Salmonella typhimurium + (824 aa), FASTA scores: opt: 1145, E(): 1.3e-59, (36.55% + identity in 643 aa overlap); Q9HX93|PA3920 PROBABLE METAL + TRANSPORTING P-TYPE ATPASE from Pseudomonas aeruginosa + (792 aa), FASTA scores: opt: 1140, E(): 2.4e-59, (35.95% + identity in 745 aa overlap); etc. Contains PS00154 E1-E2 + ATPases phosphorylation site. BELONGS TO THE CATION + TRANSPORT ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES), SUBFAMILY IB. + Protein product from Mb3298 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3298 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE METAL CATION-TRANSPORTING P-TYPE ATPASE + C CTPC" + /protein_id="SIU01927.1" + /db_xref="GOA:P0A503" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR027256" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A503" + /translation="MTLEVVSDAAGRMRVKVDWVRCDSRRAVAVEEAVAKQNGVRVVH + AYPRTGSVVVWYSPRRADRAAVLAAIKGAAHVAAELIPARAPHSAEIRNTDVLRMVIG + GVALALLGVRRYVFARPPLLGTTGRTVATGVTIFTGYPFLRGALRSLRSGKAGTDALV + SAATVASLILRENVVALTVLWLLNIGEYLQDLTLRRTRRAISELLRGNQDTAWVRLTD + PSAGSDAATEIQVPIDTVQIGDEVVVHEHVAIPVDGEVVDGEAIVNQSAITGENLPVS + VVVGTRVHAGSVVVRGRVVVRAHAVGNQTTIGRIISRVEEAQLDRAPIQTVGENFSRR + FVPTSFIVSAIALLITGDVRRAMTMLLIACPCAVGLSTPTAISAAIGNGARRGILIKG + GSHLEQAGRVDAIVFDKTGTLTVGRPVVTNIVAMHKDWEPEQVLAYAASSEIHSRHPL + AEAVIRSTEERRISIPPHEECEVLVGLGMRTWADGRTLLLGSPSLLRAEKVRVSKKAS + EWVDKLRRQAETPLLLAVDGTLVGLISLRDEVRPEAAQVLTKLRANGIRRIVMLTGDH + PEIAQVVADELGIDEWRAEVMPEDKLAAVRELQDDGYVVGMVGDGINDAPALAAADIG + IAMGLAGTDVAVETADVALANDDLHRLLDVGDLGERAVDVIRQNYGMSIAVNAAGLLI + GAGGALSPVLAAILHNASSVAVVANSSRLIRYRLDR" + gene complement(3611677..3612345) + /locus_tag="BQ2027_MB3299C" + CDS complement(3611677..3612345) + /locus_tag="BQ2027_MB3299C" + /note="Mb3299c, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv3271c, + len: 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 222 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, similar to others e.g. + Q9RD35|SCM1.07c from Streptomyces coelicolor (230 aa), + FASTA scores: opt: 360, E(): 4.7e-16, (33.85% identity in + 195 aa overlap); Q9X897|SCE2.02c from Streptomyces + coelicolor (234 aa), FASTA scores: opt: 357, E(): 7.3e-16, + (33.85% identity in 195 aa overlap); Q9D0E0 2610024A01RIK + PROTEIN from Mus musculus (Mouse) (288 aa), FASTA scores: + opt: 191, E(): 3.7e-05, (23.65% identity in 207 aa + overlap). Mb3299c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01928.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3X5" + /db_xref="InterPro:IPR002524" + /db_xref="InterPro:IPR026765" + /db_xref="InterPro:IPR027469" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X5" + /translation="METTTEHRDESTLDSPVSVAREAEWQRNVRWARWLAWVSLAVLL + TEGAVGLWQGIAVGSVALTGWALGGGSEGLASAMVLWRFTGDRTWSATAEHRAQRGVA + VSFWLTAPYLVAESIRHLAGEHRAETSVIGIGLTAIALLLMPVLGWANHRVGERLGSG + ATAGEGTQNYLCAAQAAAVLLGLAITAVWSNGWWIDPAIGLAIAGIAVWQGIRTWRGH + GCGC" + gene 3612446..3613630 + /locus_tag="BQ2027_MB3300" + CDS 3612446..3613630 + /locus_tag="BQ2027_MB3300" + /note="Mb3300, -, len: 394 aa. Equivalent to Rv3272, len: + 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 394 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to various proteins e.g. Q9I672|PA0446 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (407 aa), + FASTA scores: opt: 643, E(): 6.8e-32, (33.15% identity in + 389 aa overlap); Q9RJU8|SCF41.21 PUTATIVE RACEMASE from + Streptomyces coelicolor (403 aa), FASTA scores: opt: 541, + E(): 1.1e-25, (31.95% identity in 385 aa overlap); + O87838|SC8A6.04c PUTATIVE TRANSFERASE from Streptomyces + coelicolor (410 aa), FASTA scores: opt: 539, E(): 1.5e-25, + (29.95% identity in 395 aa overlap); Q9I563|PA0882 from + Pseudomonas aeruginosa (400 aa), FASTA scores: opt: 530, + E(): 5.2e-25, (28.8% identity in 396 aa overlap); + BAB60328|TVG1215416 L-CARNITINE DEHYDRATASE from + Thermoplasma volcanium (399 aa), FASTA scores: opt: 529, + E(): 6e-25, (32.9% identity in 383 aa overlap); etc. + C-terminus is similar to Q49678|U00012_27|B1308_C3_195 + from Mycobacterium leprae (130 aa) (60.0% identity in 115 + aa overlap). Also partially similar to MTCY359_7 from M. + tuberculosis (778 aa) (29.9% identity in 388 aa overlap). + Protein product from Mb3300 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3300 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible + protein F" + /protein_id="SIU01929.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M7" + /db_xref="InterPro:IPR003673" + /db_xref="InterPro:IPR023606" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M7" + /translation="MPTSNPAKPLDGFRVLDFTQNVAGPLAGQVLVDLGAEVIKVEAP + GGEAARQITSVLPGRPPLATYFLPNNRGKKSVTVDLTTEQAKQQMLRLADTADVVLEA + FRPGTMEKLGLGPDDLRSRNPNLIYARLTAYGGNGPHGSRPGIDLVVAAEAGMTTGMP + TPEGKPQIIPFQLVDNASGHVLAQAVLAALLHRERNGVADVVQVAMYDVAVGLQANQL + MMHLNRAASDQPKPEPAPKAKRRKGVGFATQPSDAFRTADGYIVISAYVPKHWQKLCY + LIGRPDLVEDQRFAEQRSRSINYAELTAELELALASKTATEWVQLLQANGLMACLAHT + WKQVVDTPLFAESDLTLEVGRGADTITVIRTPARYASFRAVVTDPPPTAGEHNAVFLA + RP" + gene 3613635..3615929 + /locus_tag="BQ2027_MB3301" + CDS 3613635..3615929 + /locus_tag="BQ2027_MB3301" + /note="Mb3301, -, len: 764 aa. Equivalent to Rv3273, len: + 764 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 764 aa overlap). Probable + transmembrane protein (N-terminal part is hydrophobic) + with probable carbonic anhydrase activity (in C-terminal + part) (EC 4.2.1.1). Possibly involved in transport of + sulfate. Equivalent to Q9CBA3|ML2279 PUTATIVE + TRANSMEMBRANE TRANSPORT PROTEIN from Mycobacterium leprae + (496 aa), FASTA scores: opt: 1637, E(): 1.8e-89, (59.15% + identity in 487 aa overlap). Similar to various proteins + (principally sulfate transporters) e.g. Q9X927|SCH5.25 + PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (830 aa), FASTA scores: opt: 1325, E(): 8e-71, + (40.85% identity in 788 aa overlap); Q9I729|PA0103 + PROBABLE SULFATE TRANSPORTER from Pseudomonas aeruginosa + (523 aa), FASTA scores: opt: 1015, E(): 1.3e-52, (39.95% + identity in 488 aa overlap); Q9KN88|VCA0077 SULFATE + PERMEASE FAMILY PROTEIN from Vibrio cholerae (553 aa), + FASTA scores: opt: 629, E(): 9.6e-30, (30.95% identity in + 423 aa overlap); etc. C-terminal part (aa 550-764) shows + similarity to carbonic anhydrase e.g. P27134|CYNT_SYNP7 + CARBONIC ANHYDRASE (EC 4.2.1.1) (272 aa), FASTA scores: + opt: 350, E(): 8.1e-15, (33.8% identity in 201 aa + overlap). Contains PS00704 Prokaryotic-type carbonic + anhydrases signature 1. SEEMS TO BELONG TO THE SULP + FAMILY. Protein product from Mb3301 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3301 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSMEMBRANE CARBONIC ANHYDRASE + (CARBONATE DEHYDRATASE) (CARBONIC DEHYDRATASE)" + /protein_id="SIU01930.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3N0" + /db_xref="InterPro:IPR001765" + /db_xref="InterPro:IPR001902" + /db_xref="InterPro:IPR011547" + /db_xref="InterPro:IPR015892" + /db_xref="InterPro:IPR036874" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3N0" + /translation="MTIPRSQHMSTAVNSCTEAPASRSQWMLANLRHDVPASLVVFLV + ALPLSLGIAIASGAPIIAGVIAAVVGGIVAGAVGGSPVQVSGPAAGLTVVVAELIDEL + GWPMLCLMTIAAGALQIVFGLSRMARAALAIAPVVVHAMLAGIGITIALQQIHVLLGG + TSHSSAWRNIVALPDGILHHELHEVIVGGTVIAILLMWSKLPAKVRIIPGPLVAIAGA + TVLALLPVLQTERIDLQGNFFDAIGLPKLAEMSPGGQPWSHEISAIALGVLTIALIAS + VESLLSAVGVDKLHHGPRTDFNREMVGQGSANVVSGLLGGLPITGVIVRSSANVAAGA + RTRMSTILHGVWILLFASLFTNLVELIPKAALAGLLIVIGAQLVKLAHIKLAWRTGNF + VIYAITIVCVVFLNLLEGVAIGLVVAIVFLLVRVVRAPVEVKPVGGEQSKRWRVDIDG + TLSFLLLPRLTTVLSKLPEGSEVTLNLNADYIDDSVSEAISDWRRAHETRGGVVAIVE + TSPAKLHHAHARPPKRHFASDPIGLVPWRSARGKDRGSASVLDRIDEYHRNGAAVLHP + HIAGLTDSQDPYELFLTCADSRILPNVITASGPGDLYTVRNLGNLVPTDPDDRSVDAA + LDFAVNQLGVSSVVVCGHSSCAAMTALLEDDPANTTTPMMRWLENAHDSLVVFRNHHP + ARRSAESAGYPEADQLSIVNVAVQVERLTRHPILATAVAAADLQVIGIFFDISTARVY + EVGPNGIICPDEPADRPVDHESAQ" + gene complement(3615918..3617087) + /gene="fadE25" + /locus_tag="BQ2027_MB3302C" + CDS complement(3615918..3617087) + /gene="fadE25" + /locus_tag="BQ2027_MB3302C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3302c, fadE25, len: 389 aa. Equivalent to + Rv3274c, len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 389 aa overlap). + Probable fadE25, Acyl-CoA Dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + equivalent to + P46703|ACDP_MYCLE|FADE25|ACD|ML0737|B1308_F1_34 PROBABLE + ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE25 from Mycobacterium leprae + (389 aa), FASTA scores: opt: 2394, E(): 3.8e-143, (92.05% + identity in 389 aa overlap). Also similar to many e.g. + Q9RIQ5|FADE FATTY ACID ACYL-COA DEHYDROGENASE from + Streptomyces lividans (385 aa), FASTA scores: opt: 1692, + E(): 4.9e-99, (67.35% identity in 383 aa overlap); + P45867|ACDA_BACSU|ACD from Bacillus subtilis (379 aa), + FASTA scores: opt: 1212, E(): 7.2e-69, (51.85% identity in + 376 aa overlap); Q9K6D1|ACDA|BH3798 from Bacillus + halodurans (380 aa), FASTA scores: opt: 1209, E(): + 1.1e-68, (51.7% identity in 377 aa overlap); + P52042|ACDS_CLOAB|BCD from Clostridium acetobutylicum (379 + aa), FASTA scores: opt: 1056, E(): 4.6e-59, (44.6% + identity in 379 aa overlap); etc. Contains PS00072 + Acyl-CoA dehydrogenases signature 1, PS00073 Acyl-CoA + dehydrogenases signature 2. BELONGS TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb3302c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3302c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE25" + /protein_id="SIU01931.1" + /db_xref="GOA:P63428" + /db_xref="InterPro:IPR006089" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63428" + /translation="MVGWAGNPSFDLFKLPEEHDEMRSAIRALAEKEIAPHAAEVDEK + ARFPEEALVALNSSGFNAVHIPEEYGGQGADSVATCIVIEEVARVDASASLIPAVNKL + GTMGLILRGSEELKKQVLPALAAEGAMASYALSEREAGSDAASMRTRAKADGDHWILN + GAKCWITNGGKSTWYTVMAVTDPDRGANGISAFMVHKDDEGFTVGPKERKLGIKGSPT + TELYFENCRIPGDRIIGEPGTGFKTALATLDHTRPTIGAQAVGIAQGALDAAIAYTKD + RKQFGESISTFQAVQFMLADMAMKVEAARLMVYSAAARAERGEPDLGFISAASKCFAS + DVAMEVTTDAVQLFGGAGYTTDFPVERFMRDAKITQIYEGTNQIQRVVMSRALLR" + gene complement(3617112..3617636) + /gene="purE" + /locus_tag="BQ2027_MB3303C" + CDS complement(3617112..3617636) + /gene="purE" + /locus_tag="BQ2027_MB3303C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3303c, purE, len: 174 aa. Equivalent to Rv3275c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 174 aa overlap). Probable purE, + phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit + (EC 4.1.1.21), equivalent to + P46702|PUR6_MYCLE|PURE|ML0736|B1308_F3_98 from + Mycobacterium leprae (171 aa), FASTA scores: opt: 878, + E(): 1.5e-43, (81.55% identity in 168 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9AXD0|AIRC from Nicotiana tabacum + (Common tobacco) (623 aa), FASTA scores: opt: 712, E(): + 1.4e-33, (69.35% identity in 160 aa overlap) (similarity + in C-terminal part for this one); Q44679|PUR6_CORAM from + Corynebacterium ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) + (177 aa), FASTA scores: opt: 651, E(): 1.5e-30, (68.25% + identity in 148 aa overlap); + Q55498|PUR6_SYNY3|PURE|SLL0901 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (176 aa), FASTA scores: opt: 639, E(): + 7.1e-30, (60.5% identity in 167 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3303c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3303c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE + CARBOXYLASE CATALYTIC SUBUNIT PURE (AIR CARBOXYLASE) + (AIRC)" + /protein_id="SIU01932.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3M8" + /db_xref="InterPro:IPR000031" + /db_xref="InterPro:IPR024694" + /db_xref="InterPro:IPR033747" + /db_xref="InterPro:IPR035893" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3M8" + /translation="MTPAGERPRVGVIMGSDSDWPVMADAAAALAEFDIPAEVRVVSA + HRTPEAMFSYARGAAERGLEVIIAGAGGAAHLPGMVAAATPLPVIGVPVPLGRLDGLD + SLLSIVQMPAGVPVATVSIGGARNAGLLAVRMLGAANPQLRARIVAFQDRLADVVAAK + DAELQRLAGKLTRD" + gene complement(3617633..3618922) + /gene="purK" + /locus_tag="BQ2027_MB3304C" + CDS complement(3617633..3618922) + /gene="purK" + /locus_tag="BQ2027_MB3304C" + /note="Mb3304c, purK, len: 429 aa. Equivalent to Rv3276c, + len: 429 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 429 aa overlap). Probable purK, + phosphoribosylaminoimidazole carboxylase ATPase subunit + (EC 4.1.1.21), equivalent to + P46701|PURK_MYCLE|ML0735|B1308_F1_32 + PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE ATPASE SUBUNIT + from Mycobacterium leprae (439 aa), FASTA scores: opt: + 2168, E(): 2.3e-123, (76.15% identity in 444 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q44678|PURK_CORAM from + Corynebacterium ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) + (413 aa), FASTA scores: opt: 1179, E(): 9.1e-64, (48.35% + identity in 389 aa overlap); Q9KZ85|PURK from Streptomyces + coelicolor (368 aa), FASTA scores: opt: 1150, E(): + 4.7e-62, (55.35% identity in 345 aa overlap); + Q54975|PURK_SYNP7 from Synechococcus sp. strain PCC 7942 + (Anacystis nidulans R2) (395 aa), FASTA scores: opt: 772, + E(): 3e-39, (38.1% identity in 383 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE PURK / PURT FAMILY. Protein product from + Mb3304c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3304c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE + CARBOXYLASE ATPASE SUBUNIT PURK (AIR CARBOXYLASE) (AIRC)" + /protein_id="SIU01933.1" + /db_xref="GOA:P65899" + /db_xref="InterPro:IPR003135" + /db_xref="InterPro:IPR005875" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR013815" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="InterPro:IPR040686" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65899" + /translation="MMAVASSRTPAVTSFIAPLVAMVGGGQLARMTHQAAIALGQNLR + VLVTSADDPAAQVTPNVVIGSHTDLAALRRVAAGADVLTFDHEHVPNELLEKLVADGV + NVAPSPQALVHAQDKLVMRQRLAAAGVAVPRYAGIKDPDEIDVFAARVDAPIVVKAVR + GGYDGRGVRMARDVADARDFARECLADGVAVLVEERVDLRRELSALVARSPFGQGAAW + PVVQTVQRDGTCVLVIAPAPALPDDLATAAQRLALQLADELGVVGVLAVELFETTDGA + LLVNELAMRPHNSGHWTIDGARTSQFEQHLRAVLDYPLGDSDAVVPVTVMANVLGAAQ + PPAMSVDERLHHLFARMPDARVHLYGKAERPGRKVGHINFLGSDVAQLCERAELAAHW + LSHGRWTDGWDPHRASDDAVGVPPACGGRSDEEERRL" + gene 3618876..3619694 + /locus_tag="BQ2027_MB3305" + CDS 3618876..3619694 + /locus_tag="BQ2027_MB3305" + /note="Mb3305, -, len: 271 aa. Equivalent to Rv3277, len: + 271 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 271 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but longer 49 aa, to + Q49673|B1308_C1_121|ML0734 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (228 aa), FASTA scores: opt: 1266, + E(): 6.1e-78, (84.2% identity in 228 aa overlap). Also + similar to various proteins (principally unknowns) e.g. + Q9KZ84|SCE25.02 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (190 aa), FASTA scores: opt: 197, + E(): 3.6e-06, (32.0% identity in 150 aa overlap); + BAB50058|MLL3086 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (136 aa), FASTA scores: opt: 176, + E(): 6.9e-05, (34.7% identity in 147 aa overlap); + O29640|AF0615 HYPOTHETICAL PROTEIN from Archaeoglobus + fulgidus (129 aa), FASTA scores: opt: 120, E(): 0.38, + (23.35% identity in 120 aa overlap); Q9KJU8|GTCA TEICHOIC + ACID GLYCOSYLATION PROTEIN from Listeria innocua (145 aa), + FASTA scores: opt: 117, E(): 0.67, (23.85% identity in 151 + aa overlap); etc. Equivalent to AAK47718 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (256 aa) but + longer 16 aa. Contains PS00044 Bacterial regulatory + proteins, lysR family signature. Protein product from + Mb3305 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3305 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01934.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3N7" + /db_xref="InterPro:IPR007267" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3N7" + /translation="MNEVTAGVRELATAIMVSRHLTGVLAGHGSQTVTYHFASILCSS + VHSLVVSFADATIARLPGVVQPYAQRHHELIKFAIVGGTTFIIDTAIFYTLKLTVLEP + KPVTAKVIAGIVAVIASYVLNREWSFRDRGGRERHHEALLFFAFSGVGVLLSMAPLWF + SSYILQLRVPTVSLTMENIADFISAYIIGNLLQMAFRFWAFRRWVFPDEFARNPDKAL + ESALTAGGIAEVFEDVLEGGFEDGNVTLLRAWRNRANRFAQLGDSSEPRVSKTL" + gene complement(3619649..3620167) + /locus_tag="BQ2027_MB3306C" + CDS complement(3619649..3620167) + /locus_tag="BQ2027_MB3306C" + /note="Mb3306c, -, len: 172 aa. Equivalent to Rv3278c, + len: 172 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 172 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CCL2|ML0733 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (172 + aa), FASTA scores: opt: 1024, E(): 6e-61, (83.15% identity + in 172 aa overlap); and Q49672|B1308_F2_67 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (181 aa), FASTA scores: + opt: 1024, E(): 6.3e-61, (83.15% identity in 172 aa + overlap) (this is certainly the same putative protein but + with N-terminus longer). Also some similarity to other + hypothetical proteins (generally membrane proteins) e.g. + O26822|MTH726 HYPOTHETICAL PROTEIN from Methanobacterium + thermoautotrophicum (204 aa), FASTA scores: opt: 147, E(): + 0.0079, (24.6% identity in 187 aa overlap); Q9X8H4|SCE9.01 + HYPOTHETICAL 47.7 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from Streptomyces + coelicolor (436 aa), FASTA scores: opt: 151, E(): 0.0079, + (28.1% identity in 153 aa overlap). Protein product from + Mb3306c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3306c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01935.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H1" + /db_xref="InterPro:IPR005182" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H1" + /translation="MSYPENVLAAGEQVVLHRHPHWNRLIWPVVVLVLLTGLAAFGSG + FVNSTPWQQIAKNVIHAVIWGIWLVIVGWLTLWPFLSWLTTHFVVTNRRVMFRHGVLT + RSGIDIPLARINSVEFRDRIFERIFRTGTLIIESASQDPLEFYNIPRLREVHALLYHK + VFDTLGSDESPS" + gene complement(3620210..3621010) + /gene="birA" + /locus_tag="BQ2027_MB3307C" + CDS complement(3620210..3621010) + /gene="birA" + /locus_tag="BQ2027_MB3307C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3307c, birA, len: 266 aa. Equivalent to Rv3279c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 266 aa overlap). Possible birA, + bifunctional protein: biotin operon repressor and + biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase (EC 6.3.4.15), + equivalent to Q9CCL3|BIRA|ML0732 BIOTIN APO-PROTEIN LIGASE + from Mycobacterium leprae (274 aa), FASTA scores: opt: + 1189, E(): 2.3e-66, (71.2% identity in 271 aa overlap). + But as it lacks a BirA h-t-h domain at N-terminus, may + simply be biotin apo-protein ligase. Also similar to + others e.g. Q9CNX6|BIRA|PM0296 from Pasteurella multocida + (312 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): 2.7e-14, (32.95% + identity in 270 aa overlap); Q9HWC0|BIRA|PA4280 from + Pseudomonas aeruginosa (312 aa), FASTA scores: opt: 335, + E(): 1.5e-13, (34.2% identity in 272 aa overlap); + Q9A6Z0|CC1936 from Caulobacter crescentus (250 aa), FASTA + scores: opt: 332, E(): 1.9e-13, (33.6% identity in 238 aa + overlap); P06709|BIRA_ECOLI (321 aa), FASTA scores: opt: + 314, E(): 3.1e-12, (34.15% identity in 249 aa overlap); + etc. SIMILAR WITH OTHER BACTERIAL BIRA AND WITH EUKARYOTIC + BIOTIN APO-PROTEIN LIGASE. Protein product from Mb3307c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3307c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE BIFUNCTIONAL PROTEIN BIRA: BIOTIN + OPERON REPRESSOR + BIOTIN--[ACETYL-COA-CARBOXYLASE] + SYNTHETASE (BIOTIN--PROTEIN LIGASE)" + /protein_id="SIU01936.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E2" + /db_xref="InterPro:IPR003142" + /db_xref="InterPro:IPR004143" + /db_xref="InterPro:IPR004408" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E2" + /translation="MTDRDRLRPPLDERSLRDQLIGAGSGWRQLDVVAQTGSTNADLL + ARAASGADIDGVVLIAEHQTAGRGRHGRGWAATARAQIILSVGVRVVDVPVQAWGWLS + LAAGLAVLDSVAPLIAVPPAETGLKWPNDVLARGGKLAGILAEVAQPFVVLGVGLNVT + QAPEEVDPDATSLLDLGVAAPDRNRIASRLLRELEARIIQWRNANPQLAANYRARSLT + IGSRVRVELPGGQDVVGIARDIDDQGRLCLDVGGRTVVVSAGDVVHLR" + gene 3621060..3622706 + /gene="accD5" + /locus_tag="BQ2027_MB3308" + CDS 3621060..3622706 + /gene="accD5" + /locus_tag="BQ2027_MB3308" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3308, accD5, len: 548 aa. Equivalent to Rv3280, + len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 548 aa overlap). Probable accD5, + propyonyl-CoA carboxylase beta chain 5 (EC 6.4.1.3), + equivalent to P53002|PCCB_MYCLE|ACCD5|ML0731|B1308_C1_125 + PROBABLE PROPIONYL-COA CARBOXYLASE BETA CHAIN 5 from + Mycobacterium leprae (549 aa), FASTA scores: opt: 3241, + E(): 4e-192, (88.7% identity in 549 aa overlap). Also + similar to many e.g. O87201|DTSR2 DTSR2 PROTEIN INVOLVED + IN GLUTAMATE PRODUCTION from orynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (537 aa), FASTA scores: opt: 2604, + E(): 6.9e-153, (74.1% identity in 529 aa overlap) (see + first citation below); P53003|PCCB_SACER from + Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) (546 + aa), FASTA scores: opt: 2466, E(): 2.2e-144, (70.2% + identity in 530 aa overlap); O88155|DTSR1 DTSR1 PROTEIN + from Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) + (543 aa), FASTA scores: opt: 2375, E(): 8.8e-139, (67.1% + identity in 529 aa overlap (see citation below); + Q9X4K7|PCCB from Streptomyces coelicolor (530 aa), FASTA + scores: opt: 2360, E(): 7.3e-138, (67.9% identity in 533 + aa overlap); O24789|MXPCCB from Myxococcus xanthus (524 + aa), FASTA scores: opt: 1868, E(): 1.5e-107, (56.85% + identity in 524 aa overlap); etc. Also similar with + METHYLMALONYL-COA DECARBOXYLASES e.g. O59018|PH1287 from + Pyrococcus horikoshii (522 aa), FASTA scores: opt: 1841, + E(): 6.7e-106, (54.15% identity in 528 aa overlap). Also + similarity with MTCY427.28 (43.8% identity in 434 aa + overlap). BELONGS TO THE ACCD/PCCB FAMILY. Protein product + from Mb3308 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3308 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROPIONYL-COA CARBOXYLASE BETA CHAIN 5 + ACCD5 (PCCASE) (PROPANOYL-COA:CARBON DIOXIDE LIGASE)" + /protein_id="SIU01937.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3U0" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U0" + /translation="MTSVTDRSAHSAERSTEHTIDIHTTAGKLAELHKRREESLHPVG + EDAVEKVHAKGKLTARERIYALLDEDSFVELDALAKHRSTNFNLGEKRPLGDGVVTGY + GTIDGRDVCIFSQDATVFGGSLGEVYGEKIVKVQELAIKTGRPLIGINDGAGARIQEG + VVSLGLYSRIFRNNILASGVIPQISLIMGAAAGGHVYSPALTDFVIMVDQTSQMFITG + PDVIKTVTGEEVTMEELGGAHTHMAKSGTAHYAASGEQDAFDYVRELLSYLPPNNSTD + APRYQAAAPTGPIEENLTDEDLELDTLIPDSPNQPYDMHEVITRLLDDEFLEIQAGYA + QNIVVGFGRIDGRPVGIVANQPTHFAGCLDINASEKAARFVRTCDCFNIPIVMLVDVP + GFLPGTDQEYNGIIRRGAKLLYAYGEATVPKITVITRKAYGGAYCVMGSKDMGCDANL + AWPTAQIAVMGASGAVGFVYRQQLAEAAANGEDIDKLRLRLQQEYEDTLVNPYVAAER + GYVDAVIPPSHTRGYIGTALRLLERKIAQLPPKKHGNVPL" + gene 3622687..3623157 + /gene="acce5" + /locus_tag="BQ2027_MB3309" + CDS 3622687..3623157 + /gene="acce5" + /locus_tag="BQ2027_MB3309" + /note="Mb3309, -, len: 156 aa. Similar to Rv3281, len: 177 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (88.1% + identity in 177 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent (but longer 14 aa and with a gap + between aa 82-102) to AAK47723|MT3380 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (142 aa), FASTA scores: opt: + 830, E(): 3.1e-40, (86.5% identity in 163 aa overlap). + C-terminus highly similar to Q49671|B1308_C3_211|ML0730 + from Mycobacterium leprae (84 aa), FASTA scores: opt: 393, + E(): 7.6e-16, (68.95% identity in 87 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, an + in-frame deletion of 63 bp leads to a shorter product + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (156 aa versus 177 aa). Protein product from + Mb3309 detected using shotgun mass spectrometry. Mb3309 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable bifunctional protein + acetyl-/propionyl-coenzyme a carboxylase (epsilon chain) + acce5" + /protein_id="SIU01938.1" + /db_xref="InterPro:IPR032716" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y2" + /translation="MGTCPCESSERNEPVSRVSGTNEVSDGNETNNPAEVSDGNETNN + PAEVSDGNETNNPAPVSRVSGTNEVSDGNETNNPAPVTEKPLHPHEPHIEILRGQPTD + QELAALIAVLGSISGSTPPAQPEPTRWGLPVDQLRYPVFSWQRITLQEMTHMRR" + gene 3623154..3623822 + /locus_tag="BQ2027_MB3310" + CDS 3623154..3623822 + /locus_tag="BQ2027_MB3310" + /note="Mb3310, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv3282, len: + 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 222 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q49670|ML0729 1308R (HYPOTHETICAL + PROTEIN ML0729) from Mycobacterium leprae (213 aa), FASTA + scores: opt: 945, E(): 5.5e-54, (68.55% identity in 213 aa + overlap). Also similar to Q9EWV6|2SCK31.18 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (206 + aa), FASTA scores: opt: 459, E(): 1.3e-22, (47.35% + identity in 209 aa overlap); P74331|MAF OR SLL0905 MAF + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (195 aa), + FASTA scores: opt: 401, E(): 6.9e-19, (43.0% identity in + 207 aa overlap); and shows weak similarity with various + proteins e.g. Q9BUL6 ACETYLSEROTONIN + O-METHYLTRANSFERASE-LIKE from Homo sapiens (Human) (621 + aa), FASTA scores: opt: 282, E(): 8.9e-11, (31.6% identity + in 193 aa overlap); O95671|ASMTL ASMTL PROTEIN from Homo + sapiens (Human) (629 aa), FASTA scores: opt: 282, E(): + 9e-11, (31.6% identity in 193 aa overlap); + BAB51136|MLR4491 MAF PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (199 aa), FASTA scores: opt: 269, + E(): 2.3e-10, (29.3% identity in 198 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3310 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3310 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Septum formation protein Maf" + /protein_id="SIU01939.1" + /db_xref="GOA:Q7TWT7" + /db_xref="InterPro:IPR003697" + /db_xref="InterPro:IPR029001" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWT7" + /translation="MTRLVLGSASPGRLKVLRDAGIEPLVIASHVDEDVVIAALGPDA + VPSDVVCVLAAAKAAQVATTLTGTQRIVAADCVVVACDSMLYIEGRLLGKPASIDEAR + EQWRSMAGRAGQLYTGHGVIRLQDNKTVYRSAETAITTVYFGTPSASDLEAYLASGES + LRVAGGFTLDGLGGWFIDGVQGNPSNVIGLSLPLLRSLVQRCGLSVAALWAGNAGGPA + HKQQ" + gene 3623863..3624756 + /gene="sseA" + /locus_tag="BQ2027_MB3311" + CDS 3623863..3624756 + /gene="sseA" + /locus_tag="BQ2027_MB3311" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3311, sseA, len: 297 aa. Equivalent to Rv3283, + len: 297 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 297 aa overlap). Probable sseA, + thiosulfate sulfurtransferase (EC 2.8.1.1), equivalent + P46700|THT2_MYCLE|SSEA|ML0728|B1308_C1_127 PUTATIVE + THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE SSEA from Mycobacterium + leprae (296 aa), FASTA scores: opt: 1742, E(): 5.5e-108, + (83.45% identity in 296 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. Q9RXT9|DR0217 from Deinococcus radiodurans + (286 aa), FASTA scores: opt: 1057, E(): 1.2e-62, (53.86% + identity in 273 aa overlap); P16385|THTR_SACER|CYSA from + Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) (281 + aa), FASTA scores: opt: 1006, E(): 2.7e-59, (51.25% + identity in 277 aa overlap); P71121|THTR_CORGL from + Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) (225 + aa), FASTA scores: opt: 897, E(): 3.6e-52, (59.05% + identity in 215 aa overlap); etc. Also highly similar to + O05793|CYSA1|CYSA|Rv3117|MT3199|MTCY164.27|CYSA2|RV0815c|M + T0837|MTV043.07c|THTR_MYCTU PUTATIVE THIOSULFATE + SULFURTRANSFERASE (EC 2.8.1.1) from Mycobacterium + tuberculosis (277 aa), FASTA scores: opt: 955, E(): + 6.3e-56, (50.2% identity in 271 aa overlap); and + Q50036|THTR_MYCLE|CYSA|CYSA3|ML2198 PUTATIVE THIOSULFATE + SULFURTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (277 aa), + FASTA scores: opt: 931, E(): 2.5e-54, (48.9% identity in + 276 aa overlap). Shows some similarity to MTCY339.19c + (30.3% identity in 254 aa overlap). Contains PS00683 + Rhodanese C-terminal signature. BELONGS TO THE RHODANESE + FAMILY. Protein product from Mb3311 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3311 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE SSEA + (RHODANESE) (THIOSULFATE CYANIDE TRANSSULFURASE) + (THIOSULFATE THIOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01940.1" + /db_xref="GOA:Q7TWT6" + /db_xref="InterPro:IPR001307" + /db_xref="InterPro:IPR001763" + /db_xref="InterPro:IPR036873" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWT6" + /translation="MPLPADPSPTLSAYAHPERLVTADWLSAHMGAPGLAIVESDEDV + LLYDVGHIPGAVKIDWHTDLNDPRVRDYINGEQFAELMDRKGIARDDTVVIYGDKSNW + WAAYALWVFTLFGHADVRLLNGGRDLWLAERRETTLDVPTKTCTGYPVVQRNDAPIRA + FRDDVLAILDAQPLIDVRSPEEYTGKRTHMPDYPEEGALRAGHIPTAVHIPWGKAADE + SGRFRSREELERLYDFINPDDQTVVYCRIGERSSHTWFVLTHLLGKADVRNYDGSWTE + WGNAVRVPIVAGEEPGVVPVV" + gene 3624753..3625184 + /locus_tag="BQ2027_MB3312" + CDS 3624753..3625184 + /locus_tag="BQ2027_MB3312" + /note="Mb3312, -, len: 143 aa. Equivalent to Rv3284, len: + 143 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 143 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with similarity to other bacterial + hypothetical proteins e.g. Q9RXU0|DR0216 from Deinococcus + radiodurans (147 aa), FASTA scores: opt: 425, E(): + 9.1e-21, (46.55% identity in 146 aa overlap); + BAB37094|ECS3671 from Escherichia coli strain O157:H7 (147 + aa), FASTA scores: opt: 187, E(): 2.2e-05, (29.5% identity + in 139 aa overlap); AAG57925|YGDK from Escherichia coli + strain O157:H7 EDL933 (147 aa), FASTA scores: opt: 187, + E(): 2.2e-05, (32.05% identity in 139 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3312 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3312 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfur acceptor protein => iron-sulfur cluster + assembly SufE" + /protein_id="SIU01941.1" + /db_xref="InterPro:IPR003808" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67124" + /translation="MTAPASLPAPLAEVVSDFAEVQGQDKLRLLLEFANELPALPSHL + AESAMEPVPECQSPLFLHVDASDPNRVRLHFSAPAEAPTTRGFASILAAGLDEQPAAD + ILAVPEDFYTELGLAALISPLRLRGMSAMLARIKRRLREAD" + gene 3625292..3627094 + /gene="accA3" + /locus_tag="BQ2027_MB3313" + CDS 3625292..3627094 + /gene="accA3" + /locus_tag="BQ2027_MB3313" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3313, accA3, len: 600 aa. Equivalent to Rv3285, + len: 600 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 600 aa overlap). Probable accA3, + bifunctional protein acetyl-/propionyl-coenzyme A + carboxylase, alpha chain (EC 6.3.4.14) (see citations + below) equivalent to + P46392|BCCA_MYCLE|BCCA|ML0726|B1308_C1_129 + ACETYL-/PROPIONYL-COENZYME A CARBOXYLASE ALPHA CHAIN from + Mycobacterium leprae (598 aa), FASTA scores: opt: 3510, + E(): 1.1e-196, (89.3% identity in 601 aa overlap). Also + highly similar to other proteins e.g. P71122|ACCBC ACYL + COENZYME A CARBOXYLASE from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (591 aa), FASTA scores: opt: 2776, + E(): 5.6e-154, (71.95% identity in 592 aa overlap); + Q54119|BCPA2 BIOTIN CARBOXYLASE AND BIOTIN CARBOXYL + CARRIER PROTEIN from Saccharopolyspora erythraea + (Streptomyces erythraeus) (591 aa), FASTA scores: opt: + 2723, E(): 6.7e-151, (70.5% identity in 590 aa overlap); + Q54105|BCPA BIOTIN CARBOXYLASE AND BIOTIN CARBOXYL CARRIER + PROTEIN from Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces + erythraeus) (597 aa), FASTA scores: opt: 2721, E(): + 8.9e-151, (70.05% identity in 594 aa overlap); + Q9EWV4|2SCK31.20 PUTATIVE ACYL-COA CARBOXYLASE COMPLEX A + SUBUNIT from Streptomyces coelicolor (590 aa), FASTA + scores: opt: 2626, E(): 2.9e-145, (68.25% identity in 595 + aa overlap); etc. Contains PS00867 Carbamoyl-phosphate + synthase subdomain signature 2, PS00188 Biotin-requiring + enzymes attachment site. SIMILAR TO OTHER BIOTIN-DEPENDENT + ENZYMES AND CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHETASES. Protein + product from Mb3313 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3313 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL PROTEIN + ACETYL-/PROPIONYL-COENZYME A CARBOXYLASE (ALPHA CHAIN) + ACCA3: BIOTIN CARBOXYLASE + BIOTIN CARBOXYL CARRIER + PROTEIN (BCCP)" + /protein_id="SIU01942.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3P4" + /db_xref="InterPro:IPR000089" + /db_xref="InterPro:IPR001882" + /db_xref="InterPro:IPR005479" + /db_xref="InterPro:IPR005481" + /db_xref="InterPro:IPR005482" + /db_xref="InterPro:IPR011053" + /db_xref="InterPro:IPR011054" + /db_xref="InterPro:IPR011761" + /db_xref="InterPro:IPR011764" + /db_xref="InterPro:IPR016185" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P4" + /translation="MASHAGSRIARISKVLVANRGEIAVRVIRAARDAGLPSVAVYAE + PDAESPHVRLADEAFALGGQTSAESYLDFAKILDAAAKSGANAIHPGYGFLAENADFA + QAVIDAGLIWIGPSPQSIRDLGDKVTARHIAARAQAPLVPGTPDPVKGADEVVAFAEE + YGLPIAIKAAHGGGGKGMKVARTIDEIPELYESAVREATAAFGRGECYVERYLDKPRH + VEAQVIADQHGNVVVAGTRDCSLQRRYQKLVEEAPAPFLTDFQRKEIHDSAKRICKEA + HYHGAGTVEYLVGQDGLISFLEVNTRLQVEHPVTEETAGIDLVLQQFRIANGEKLDIT + EDPTPRGHAIEFRINGEDAGRNFLPAPGPVTKFHPPSGPGVRVDSGVETGSVIGGQFD + SMLAKLIVHGADRAEALARARRALNEFGVEGLATVIPFHRAVVSDPAFIGDANGFSVH + TRWIETEWNNTIEPFTDGEPLDEDARPRQKVVVEIDGRRVEVSLPADLALSNGGGCDP + VGVIRRKPKPRKRGAHTGAAASGDAVTAPMQGTVVKFAVEEGQEVVAGDLVVVLEAMK + MENPVTAHKDGTITGLAVEAGAAITQGTVLAEIK" + gene complement(3627104..3627889) + /gene="sigF" + /locus_tag="BQ2027_MB3314C" + CDS complement(3627104..3627889) + /gene="sigF" + /locus_tag="BQ2027_MB3314C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3314c, sigF, len: 261 aa. Equivalent to Rv3286c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable sigF, stress + response/stationary phase RNA polymerase sigma factor (see + citations below), similar to several Streptomyces RNA + polymerase sigma factors e.g. Q9RPC8|SIGH from + Streptomyces coelicolor A3(2) (354 aa), FASTA scores: opt: + 869, E(): 1.1e-45, (51.15% identity in 258 aa overlap); + Q9RIT0|SIG1 from Streptomyces coelicolor (361 aa), FASTA + scores: opt: 869, E(): 1.1e-45, (51.15% identity in 258 aa + overlap); Q9ADM4|2SC10A7.38c from Streptomyces coelicolor + (318 aa), FASTA scores: opt: 776, E(): 4.6e-40, (48.75% + identity in 240 aa overlap); + P37971|RPOF_STRCO|SIGF|RPOX|2SCD60.01c from Streptomyces + coelicolor (287 aa), FASTA scores: opt: 717, E(): 1.6e-36, + (44.5% identity in 245 aa overlap); + P37970|RPOF_STRAU|SIGF|RPOX from Streptomyces aureofaciens + (297 aa); etc. Contains possible helix-turn-helix motif at + aa 229-250 (+7.38 SD). SIMILAR TO THE SIGMA-70 FACTOR + FAMILY. Seems expressed in stationary phase and under + stress conditions in vitro (see citations below). Protein + product from Mb3314c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3314c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alternative rna polymerase sigma factor sigf" + /protein_id="SIU01943.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Q3" + /db_xref="InterPro:IPR000943" + /db_xref="InterPro:IPR007624" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR007630" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR014322" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q3" + /translation="MTARAAGGSASRANEYADVPEMFRELVGLPAGSPEFQRHRDKIV + QRCLPLADHIARRFEGRGEPRDDLIQVARVGLVNAAVRFDVKTGSDFVSFAVPTIMGE + VRRHFRDNSWSVKVPRRLKELHLRLGTATADLSQRLGRAPSASELAAELGMDRAEVIE + GLLAGSSYHTLSIDSGGGSDDDARAITDTLGDVDAGLDQIENREVLRPLLEALPERER + TVLVLRFFDSMTQTQIAERVGISQMHVSRLLAKSLARLRDQLE" + gene complement(3627886..3628323) + /gene="rsbW" + /locus_tag="BQ2027_MB3315C" + CDS complement(3627886..3628323) + /gene="rsbW" + /locus_tag="BQ2027_MB3315C" + /standard_name="usfX" + /note="Mb3315c, rsbW, len: 145 aa. Equivalent to Rv3287c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 145 aa overlap). rsbW (alternate gene + name: usfX), anti-sigma factor (see citations below), + similar to Q49667|B1308_F3_89 from Mycobacterium leprae + (75 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): 2.5e-15, (72.2% + identity in 72 aa overlap); Q9R3X8|PRS1|USHX|PRS PRS1 + PROTEIN (ANTI-SIGMA FACTOR) from Streptomyces coelicolor + (137 aa), FASTA scores: opt: 184, E(): 3.7e-06, (36.8% + identity in 106 aa overlap); O50231 PUTATIVE SIGMA-B + REGULATOR from Bacillus licheniformis (160 aa), FASTA + scores: opt: 122, E(): 0.13, (23.9% identity in 92 aa + overlap); and P17904|RSBW_BACSU ANTI-SIGMA B FACTOR + (SIGMA-B NEGATIVE EFFECTOR RSBW) from Bacillus subtilis + (160 aa), FASTA scores: opt: 108, E(): 1.3, (21.25% + identity in 127 aa overlap). Equivalent to AAK47729 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (145 aa) but + longer 99 aa. INDUCTION BY HEAT SHOCK, SALT STRESS, + OXIDATIVE STRESS, GLUCOSE LIMITATION AND OXYGEN + LIMITATION. N-terminus shortened since first submission + (previously 242 aa). Protein product from Mb3315c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3315c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ANTI-SIGMA FACTOR RSBW (SIGMA NEGATIVE + EFFECTOR)" + /protein_id="SIU01944.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P6" + /translation="MADSDLPTKGRQRGVRAVELNVAARLENLALLRTLVGAIGTFED + LDFDAVADLRLAVDEVCTRLIRSALPDATLRLVVDPRKDEVVVEASAACDTHDVVAPG + SFSWHVLTALADDVQTFHDGRQPDVAGSVFGITLTARRAASSR" + gene complement(3628521..3628934) + /gene="usfY" + /locus_tag="BQ2027_MB3316C" + CDS complement(3628521..3628934) + /gene="usfY" + /locus_tag="BQ2027_MB3316C" + /note="Mb3316c, usfY, len: 137 aa. Equivalent to Rv3288c, + len: 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). usfY, putative + protein (see citation below). Has no significant + homologues. May not be contranscribed with the usfX and + sigF proteins. Protein product from Mb3316c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3316c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE PROTEIN USFY" + /protein_id="SIU01945.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H7" + /translation="MGQIPPQPVRRVLPLMVVPGNGQKWRNRTETEEAMGDTYRDPVD + HLRTTRPLAGESLIDVVHWPGYLLIVAGVVGGVGALAAFGTGHHAEGMTFGVVAIVVT + VVGLAWLAFEHRRIRKIADRWYTEHPEVRRQRLAG" + gene complement(3628969..3629346) + /locus_tag="BQ2027_MB3317C" + CDS complement(3628969..3629346) + /locus_tag="BQ2027_MB3317C" + /note="Mb3317c, -, len: 125 aa. Equivalent to Rv3289c, + len: 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). Possible + transmembrane protein, showing slight similarity to other + membrane proteins or glycoproteins. Protein product from + Mb3317c detected using shotgun mass spectrometry. Mb3317c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01946.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E6" + /translation="MHEVGGPSRGDRLGRDDSEVHSAIRFAVVAAVVGVGFLIMGALL + VSTCSGVDTAACGPPQRILLALGGPLILCAAGLWAFLRTYRVWRAEGTWWGWHGAGWF + LLTLMVLTLCIGVPPIAGPVMAP" + gene complement(3629380..3630729) + /gene="lat" + /locus_tag="BQ2027_MB3318C" + CDS complement(3629380..3630729) + /gene="lat" + /locus_tag="BQ2027_MB3318C" + /note="Mb3318c, lat, len: 449 aa. Equivalent to Rv3290c, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Probable lat, + lysine-epsilon aminotransferase (EC 2.6.1.36), similar to + Q05174|LAT_NOCLA from Nocardia lactamdurans (450 aa), + FASTA scores: opt: 1702, E(): 1.1e-99, (60.35% identity in + 439 aa overlap); and Q01767|Q53823|LAT_STRCL from + Streptomyces clavuligerus (457 aa), FASTA scores: opt: + 1676, E(): 4.9e-98, (60.15% identity in 434 aa overlap). + Also some similarity to 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE + PROTEINS (GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASES). BELONGS + TO CLASS-III OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein + product from Mb3318c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3318c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE L-LYSINE-EPSILON AMINOTRANSFERASE LAT + (L-LYSINE AMINOTRANSFERASE) (LYSINE 6-AMINOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU01947.1" + /db_xref="GOA:P63510" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR017657" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63510" + /translation="MAAVVKSVALAGRPTTPDRVHEVLGRSMLVDGLDIVLDLTRSGG + SYLVDAITGRRYLDMFTFVASSALGMNPPALVDDREFHAELMQAALNKPSNSDVYSVA + MARFVETFARVLGDPALPHLFFVEGGALAVENALKAAFDWKSRHNQAHGIDPALGTQV + LHLRGAFHGRSGYTLSLTNTKPTITARFPKFDWPRIDAPYMRPGLDEPAMAALEAEAL + RQARAAFETRPHDIACFVAEPIQGEGGDRHFRPEFFAAMRELCDEFDALLIFDEVQTG + CGLTGTAWAYQQLDVAPDIVAFGKKTQVCGVMAGRRVDEVADNVFAVPSRLNSTWGGN + LTDMVRARRILEVIEAEGLFERAVQHGKYLRARLDELAADFPAVVLDPRGRGLMCAFS + LPTTADRDELIRQLWQRAVIVLPAGADTVRFRPPLTVSTAEIDAAIAAVRSALPVVT" + gene complement(3630780..3631232) + /gene="lrpa" + /locus_tag="BQ2027_MB3319C" + CDS complement(3630780..3631232) + /gene="lrpa" + /locus_tag="BQ2027_MB3319C" + /note="Mb3319c, -, len: 150 aa. Equivalent to Rv3291c, + len: 150 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 150 aa overlap). Probable + transcriptional regulator asnC-family, similar to other + regulatory proteins e.g. Q9RKY4|SC6D7.14 from Streptomyces + coelicolor (165 aa), FASTA scores: opt: 503, E(): 9.1e-26, + (50.35% identity in 143 aa overlap); Q9KYP0|SCD69.13 from + Streptomyces coelicolor (167 aa), FASTA scores: opt: 310, + E(): 2.7e-13, (37.2% identity in 129 aa overlap); + BAB50701|MLL3910 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (152 aa), FASTA scores: opt: 282, E(): 1.6e-11, (39.55% + identity in 129 aa overlap); O87635|LRP_KLEAE from + Klebsiella aerogenes (163 aa), FASTA scores: opt: 279, + E(): 2.5e-11, (38.1% identity in 147 aa overlap); etc. + Contains helix-turn-helix motif at aa 22-43 (+3.94 SD). + COULD BELONG TO THE ASNC FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb3319c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3319c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein lrpa + (lrp/asnc-family)" + /protein_id="SIU01948.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Z0" + /db_xref="InterPro:IPR000485" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="InterPro:IPR019887" + /db_xref="InterPro:IPR019888" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z0" + /translation="MNEALDDIDRILVRELAADGRVTLSELATRAGLSVSAVQSRVRR + LESRGVVQGYSARINPEAVGHLLSAFVAITPLDPSQPDDAPARLEHIEEVESCYSVAG + EESYVLLVRVASARALEDLLQRIRTTANVRTRSTIILNTFYSDRQHIP" + gene 3631263..3632510 + /locus_tag="BQ2027_MB3320" + CDS 3631263..3632510 + /locus_tag="BQ2027_MB3320" + /note="Mb3320, -, len: 415 aa. Equivalent to Rv3292, len: + 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 415 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to P76097|YDCJ_ECOLI|B1423 + HYPOTHETICAL 51.0 KDA PROTEIN from Escherichia coli strain + K12 (447 aa), FASTA scores: opt: 747, E(): 5.6e-39, + (38.55% identity in 449 aa overlap); BAB35451|ECS2028 + HYPOTHETICAL 51.0 KDA PROTEIN from Escherichia coli strain + O157:H7 (447 aa), FASTA scores: opt: 744, E(): 8.6e-39, + (38.3% identity in 449 aa overlap); AAG56352|Z2297 PROTEIN + from Escherichia coli O157:H7 EDL933 (212 aa), FASTA + scores: opt: 454, E(): 4.6e-21, (41.75% identity in 206 aa + overlap); and similar in part with Q49664|B1308_C1_136 + from Mycobacterium leprae (71 aa), FASTA scores: opt: 305, + E(): 3.2e-12, (70.0% identity in 70 aa overlap). Protein + product from Mb3320 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3320 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01949.1" + /db_xref="InterPro:IPR009770" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65066" + /translation="MSRSKRLQTGQLRARFAAGLSAMYAAEVPAYGTLVEVCAQVNSD + YLTRHRRAERLGSLQRVTAERHGAIRVGNPAELAAVADLFAAFGMLPVGYYDLRTAES + PIPVVSTAFRPIDANELAHNPFRVFTSMLAIEDRRYFDADLRTRVQTFLARRQLFDPA + LLAQARAIAADGGCDADDAPAFVAAAVAAFALSREPVEKSWYDELSRVSAVAADIAGV + GSTHINHLTPRVLDIDDLYRRMTERGITMIDTIQGPPRTDGPDVLLRQTSFRALAEPR + MFRDEDGTVTPGILRVRFGEVEARGVALTPRGRERYEAAMAAADPAAVWATHFPSTDA + EMAAQGLAYYRGGDPSAPIVYEDFLPASAAGIFRSNLDRDSQTGDGPDDAGYNVDWLA + GAIGRHIHDPYALYDALAQEERR" + gene 3632537..3634021 + /gene="pcd" + /locus_tag="BQ2027_MB3321" + CDS 3632537..3634021 + /gene="pcd" + /locus_tag="BQ2027_MB3321" + /note="Mb3321, pcd, len: 494 aa. Equivalent to Rv3293, + len: 494 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 494 aa overlap). Probable pcd, + piperideine-6-carboxylic acid dehydrogenase (EC 1.5.-.-), + highly similar to others e.g. O85725|PCD SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE from Streptomyces clavuligerus (512 aa), + FASTA scores: opt: 2214, E(): 6.7e-121, (68.75% identity + in 496 aa overlap) (see first citation below); + Q9I4U7|PA1027 PROBABLE ALDEHYDE DEHYDROGENASE from + Pseudomonas aeruginosa (529 aa), FASTA scores: opt: 1984, + E(): 1.4e-107, (64.5% identity in 493 aa overlap); + BAB49892|MLL2867 ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (504 aa), FASTA scores: opt: + 1964, E(): 2e-106, (62.8% identity in 476 aa overlap); + Q9A8Y1|CC1216 ALDEHYDE DEHYDROGENASE from Caulobacter + crescentus (507 aa), FASTA scores: opt: 1909, E(): + 3.1e-103, (59.95% identity in 497 aa overlap); O54199|PCD + PIPERIDEINE-6-CARBOXILIC ACID DEHYDROGENASE from + Streptomyces clavuligerus (496 aa), FASTA scores: opt: + 1748, E(): 6.4e-94, (60.6% identity in 467 aa overlap); + and Q9F1U8|PCD PIPERIDEINE-6-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE + from 'Flavobacterium' lutescens (510 aa), FASTA scores: + opt: 1656, E(): 1.4e-88, (54.05% identity in 481 aa + overlap) (see second citation below); etc. Contains + PS00687 Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. + Note that ORF Rv3290c seems to encoded the putative lat + enzyme. Previously known as aldB. Protein product from + Mb3321 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3321 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PIPERIDEINE-6-CARBOXILIC ACID + DEHYDROGENASE PCD (PIPERIDEINE-6-CARBOXYLATE + DEHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01950.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Q7" + /db_xref="InterPro:IPR015590" + /db_xref="InterPro:IPR016161" + /db_xref="InterPro:IPR016162" + /db_xref="InterPro:IPR016163" + /db_xref="InterPro:IPR029510" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q7" + /translation="MLEACQAIGVTAALGEPGEHSLPASTPITGDVLFSIAPTTPEQA + DHAIAAAAATFTAWRSTPAPVRGALVARLGELLTAHQQDLATLVTVEVGKITAEARGE + VQEMIDVCQFSVGLSRQLYGRTIASERAGHRLLETWHPLGVVGVITAFNFPVAVWAWN + TAVALVCGDTVVWKPSELTPLTALACQALLSRAAADVGAPAAVGGLLLGGAERGAQLV + DDPRVALLSATGSVRMGQQVGPRVARRFGRVLLELGGNNAAIVAPSADLELAVRCIVF + AAAGTAGQRCTSLRRLIVHRSVADDVVARVVGAYRQLAIGDPSAPDTLVGPLIHEAAY + RDMVAALERARTDGGEVIGGDRREVGSPGAYYVAPAVVRMPSQTAIVATETFAPILYV + LTYDDLDEAIALNNAVPQGLSSSIFTTDLREAEHFLDQSDCGIANVNIGTSGAEIGGA + FGGEKQTGGGRESGSDAWKAYMRRATNTVNYSSELPLAQGVKFG" + gene complement(3634121..3634930) + /locus_tag="BQ2027_MB3322C" + CDS complement(3634121..3634930) + /locus_tag="BQ2027_MB3322C" + /note="Mb3322c, -, len: 269 aa. Equivalent to Rv3294c, + len: 269 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 269 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several conserved + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis: + O07781|Rv0597c (411 aa), FASTA scores: opt: 682, E(): + 3.6e-37, (44.85% identity in 243 aa overlap); + O53329|Rv3179 (454 aa), FASTA scores: opt: 561, E(): + 3.3e-29, (42.20% identity in 218 aa overlap); + Q10849|YK08_MYCTU|Rv2008c (441 aa), FASTA scores: opt: + 194, E(): 3.9e-05, (30.10% identity in 239 aa overlap). + Also some similarity with proteins from other organisms. + Replace previous Rv3294 on opposite strand." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted ATPase (AAA+ superfamily)" + /protein_id="SIU01951.1" + /db_xref="InterPro:IPR025420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3P9" + /translation="MGLPRRPCCDTTGSARYRESVRRYPRIGEDSAAYRRRLCRESAK + ARNVDRVVKRDAADVSNLQRIADLPRLIRLLAARSASELNLSSLATDAEIPVRTLPPY + LDLLETLYLIDRIPAWSTNLSKRVVDRPKVLLLDSGLAARLVNVSPTGAGPHANPNAA + GAIIETFVIAELRRQLGWSQQAPRLFHYRDRDGAEVDLILETADGLIAAIEIKSAATL + RGRDTRSISRLRDKVGARFAGGVILHTGPQAQPFGDRLAAVPIDILWSPSG" + gene 3635001..3635666 + /locus_tag="BQ2027_MB3323" + CDS 3635001..3635666 + /locus_tag="BQ2027_MB3323" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3323, -, len: 221 aa. Equivalent to Rv3295, len: + 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 221 aa overlap). Probable + transcriptional regulator tetR-family, equivalent to + Q9CCL4|ML0717 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium leprae (223 aa), FASTA + scores: opt: 1260, E(): 7.2e-75, (85.45% identity in 220 + aa overlap). Also highly similar to other streptomyces + regulators e.g. Q9RD77|SCF43.11 from Streptomyces + coelicolor (205 aa), FASTA scores: opt: 442, E(): 9.8e-22, + (38.6% identity in 202 aa overlap); Q9RKY8|SC6D7.09 from + Streptomyces coelicolor (220 aa), FASTA scores: opt: 215, + E(): 5.9e-07, (31.85% identity in 135 aa overlap); + Q9L0U5|SCD35.06 from Streptomyces coelicolor (240 aa), + FASTA scores: opt: 214, E(): 7.4e-07, (28.2% identity in + 156 aa overlap); etc. SIMILAR TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Contains potential + helix-turn-helix motif at aa 33-54 (+4.42 SD). Protein + product from Mb3323 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3323 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01952.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Q4" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Q4" + /translation="MATARRRLSPQDRRAELLALGAEVFGKRPYDEVRIDEIAERAGV + SRALMYHYFPDKRAFFAAVVKDEADRLYAATNKAPAPGMTMFEEIRTGVLAYMAYHQQ + NPEAAWAAYVGLGRSDPVLLGIDDEAKNRQMEHIMSRIAEVVSGIDRDNTLDPEVERD + LRVIIHGWLAFTFELCRQRIMDPSTDAERLADACAHALLDAISRLPQIPAELADAMAT + ARM" + gene 3635710..3640251 + /gene="lhr" + /locus_tag="BQ2027_MB3324" + CDS 3635710..3640251 + /gene="lhr" + /locus_tag="BQ2027_MB3324" + /note="Mb3324, lhr, len: 1513 aa. Equivalent to Rv3296, + len: 1512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1512 aa overlap). Probable lhr, + ATP-dependent helicase (EC 3.6.1.-), similar to others + e.g. P30015|LHR_ECOLI|RHLF|B1653 from Escherichia coli + stain K12 (1538 aa), FASTA scores: opt: 2930, E(): + 1.5e-159, (47.55% identity in 1569 aa overlap); + AAG56642|LHR from Escherichia coli stain O157:H7 EDL933 + (1538 aa), FASTA scores: opt: 2930, E(): 1.5e-159, (47.6% + identity in 1561 aa overlap); O86821|SC7C7.16c from + Streptomyces coelicolor (1690 aa), FASTA scores: opt: + 2919, E(): 7e-159, (53.55% identity in 1703 aa overlap); + Q9HYW9|PA3272 from Pseudomonas aeruginosa (1448 aa), FASTA + scores: opt: 907, E(): 6.2e-44, (35.85% identity in 1512 + aa overlap); etc. SIMILAR TO DEAD/DEAH BOX HELICASE FAMILY + AND TO HELICASE C-TERMINAL DOMAIN. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A and possible helix-turn-helix + motif. Protein product from Mb3324 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3324 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP-DEPENDENT HELICASE LHR (LARGE + HELICASE-RELATED PROTEIN)" + /protein_id="SIU01953.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R0" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR013701" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R0" + /translation="MRFAQPSALSRFSALTRDWFTSTFAAPTAAQASAWAAIADGDNT + LVIAPTGSGKTLAAFLWALDSLAGSEPMSERPAATRVLYVSPLKALAVDVERNLRTPL + AGLTRLAERQGLPAPQIRVGVRSGDTPPALRRQLVSQPPDVLITTPESLFLMLTSAAR + QTLTGVQTVIIDEIHAIAATKRGAHLALSLERLDDLSSRRRAQRIGLSATVRPPEELA + RFLSGQSPTTIVAPPAAKTVELSVQVPVPDMANLTDNTIWPDVEARLVDLIESHNSTI + VFANSRRLAERLTARLNEIHAARCGIELAPDTNQQVAGGAPAHIMGSGQTFGAPPVLA + RAHHGSISKEQRAVVEEDLKRGQLKAVVATSSLELGIDMGAVDLVIQVQAPPSVASGL + QRIGRAGHQVGEISRGVLFPKHRTDLLGCAVSVQRMLAGEIETMRVPANPLDILAQHT + VAAAALEPLDADAWFDTVRRAAPFATLPRSLFEATLDLLSGKYPSTEFAELRPRLVYD + RDTGTLTARPGAQRLAVTSGGAIPDRGLFAVYLATERPSRVGELDEEMVYESRPGDVI + SLGATSWRITEITHDRVLVIPAPGQPARLPFWRGDDAGRPAELGAALGALTGELAALD + RTAFGTRCAGLGFDDYATDNLWRLLDDQRTATAVVPTDSTLLVERFRDELGDWRVILH + SPYGLRVHGPLALAVGRRLRDRYGIDEKPTASDNGIMVRLPDTVSAGEDSPPGAELFV + FDADEIDPIVTTEVAGSALFASRFRESAARALLLPRRHPGRRSPLWQQRQRAARLLEV + ARKYPDFPIVLETVRECLQNVYDVPILVELMARIAQRRVRVAEAETAKPSPFAASLLF + GYVGAFMYEGDTPLAERRAAALALDGTLLAELLGRVELRELLDPDVIAATSRQLQHLA + ADRVARDAEGVADLLRLLGPLTEDEIAARAGAPEVSGWLDGLRAAKRALVVSFAGRSW + WVAVEDMGRLRDGVGAAVPVGLPASFTEAVADPLGELLGRYARTHTPFTTAAAAARFG + LGLRVTADVLGRLASDGRLVRGEFVAAAEGSAGGEQWCDAEVLRILRRRSLAALRAQA + EPVSTAAYGRFLPAWQHVSAGNSGIDGLAAVIDQLAGVRIPASAIEPLVLAPRIRDYS + PAMLDELLASGDVTWSGAGSISGSDGWIALHPADSAPMTLAEPAEIDFTDAHRAILAS + LGTGGAYFFRQLTHDGLTEAELKAALWELIWAGRVTGDTFAPVRAVLGGAGTRKRAAP + AHGGHRPPRLSRYRLTHAQARNADPTVAGRWSALPLPEPDSTLRAHYQAELLLNRHGV + LTKDAVAAEGVAGGFATLYKVLSAFEDAGRCQRGYFIESLGGAQFAVASTVDRLRSYL + DGVDPEQPDYHAVVLAAADPANPYGAALPWPASSADGTARPGRKAGALVVLVDGELAW + FLERGGRSLLTFTDDPEANHAAAIGLADLVTAGRVASILVERADGMPVLQPGGRASAA + LTALLAAGFVRTPRGLRRR" + gene 3640255..3641022 + /gene="nei" + /locus_tag="BQ2027_MB3325" + CDS 3640255..3641022 + /gene="nei" + /locus_tag="BQ2027_MB3325" + /note="Mb3325, nei, len: 255 aa. Equivalent to Rv3297, + len: 255 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 255 aa overlap). Probable nei, + endonuclease VIII (EC 3.2.-.-), similar to others e.g. + O86820|END8_STRCO|NEI|SC7C7.15c from Streptomyces + coelicolor (276 aa), FASTA scores: opt: 770, E(): 1.2e-42, + (50.35% identity in 268 aa overlap); + P50465|END8_ECOLI|NEI|B0714 from Escherichia coli strain + K12 (262 aa), FASTA scores: opt: 310, E(): 6.3e-13, (28.1% + identity in 267 aa overlap); AAG55037|NEI from Escherichia + coli strain O157:H7 EDL933 (263 aa), FASTA scores: opt: + 301, E(): 2.4e-12, (27.7% identity in 267 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE FPG FAMILY. Mb3325 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENDONUCLEASE VIII NEI" + /protein_id="SIU01954.1" + /db_xref="GOA:P64157" + /db_xref="InterPro:IPR000214" + /db_xref="InterPro:IPR010979" + /db_xref="InterPro:IPR012319" + /db_xref="InterPro:IPR015886" + /db_xref="InterPro:IPR015887" + /db_xref="InterPro:IPR035937" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64157" + /translation="MPEGDTVWHTAATLRRHLAGRTLTRCDIRVPRFAAVDLTGEVVD + EVISRGKHLFIRTGTASIHSHLQMDGSWRVGNRPVRVDHRARIILEANQQEQAIRVVG + VDLGLLEVIDRHNDGAVVAHLGPDLLADDWDPQRAAANLIVAPDRPIAEALLDQRVLA + GIGNVYCNELCFVSGVLPTAPVSAVADPRRLVTRARDMLWVNRFRWNRCTTGDTRAGR + RLWVYGRAGQGCRRCGTLIAYDTTDERVRYWCPACQR" + gene complement(3641045..3641959) + /gene="lpqC" + /locus_tag="BQ2027_MB3326C" + CDS complement(3641045..3641959) + /gene="lpqC" + /locus_tag="BQ2027_MB3326C" + /note="Mb3326c, lpqC, len: 304 aa. Equivalent to Rv3298c, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 304 aa overlap). Possible lpqC, + esterase lipoprotein (EC 3.1.-.-), equivalent to + Q9CCL5|LPQC|ML0715 PUTATIVE SECRETED HYDROLASE from + Mycobacterium leprae (304 aa), FASTA scores: opt: 1543, + E(): 1.3e-87, (71.6% identity in 303 aa overlap); and + Q49658|B1308_F2_43 TUBULIN FAMILY PROTEIN from + Mycobacterium leprae (302 aa), FASTA scores: opt: 1541, + E(): 1.7e-87, (72.0% identity in 300 aa overlap). Also + similar to Q9I5Z3|PA0543 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (322 aa), FASTA scores: opt: 439, + E(): 8.9e-20, (32.3% identity in 319 aa overlap); + Q9F2K9|SCH63.19c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (348 aa), FASTA scores: opt: 394, + E(): 5.5e-17, (30.25% identity in 334 aa overlap); etc. + And similar to O86367|LPQP|Rv0671|MTCI376.03c from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (280 aa), FASTA + scores: opt: 519, E(): 9.8e-25, (39.25% identity in 275 aa + overlap). Probably lipoprotein, esterase membrane-bound, + with 18 aa signal sequence as it contains appropriately + positioned (PS00013) Prokaryotic membrane lipoprotein + lipid attachment site. Protein product from Mb3326c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3326c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ESTERASE LIPOPROTEIN LPQC" + /protein_id="SIU01955.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5I1" + /db_xref="InterPro:IPR010126" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I1" + /translation="MPWARMLSLIVLMVCLAGCGGDQLLARHASSVATFQFGGLTRSY + RLHVPPAEPSGLVISLHGGGGTGAGQEALTDFDAVADAADLLVVYPDGYDKSWADGRG + ASPADRRHLDDVGFLVALAAKLVHDFDIAPGHVFATGMSNGGFMSNRLACDRADIFAA + VAPVAGTLGVGVTCNPSRPVSVLEAHGTADPLVPFNGGAVRGRGGLSHSISVASLVDR + WRAVDGCQGDPSAAELPDVGDGTMVHLFDSSSCAAGTEVISYQIDNGGHTWPGGRQYL + PKAVIGATTRAFDGSQVIAQFFATHGRD" + gene complement(3641986..3644898) + /gene="atsB" + /locus_tag="BQ2027_MB3327C" + CDS complement(3641986..3644898) + /gene="atsB" + /locus_tag="BQ2027_MB3327C" + /note="Mb3327c, atsB, len: 970 aa. Equivalent to Rv3299c, + len: 970 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 970 aa overlap). Probable atsB, + arylsulfatase (EC 3.1.6.1), similar to + P51691|ARS_PSEAE|ATSA|PA0183 (alias CAA88421|ATSA) from + Pseudomonas aeruginosa (535 aa), FASTA scores: opt: 645, + E(): 5.8e-31, (32.0% identity in 550 aa overlap); + Q9L4Y2|ATSA from Klebsiella pneumoniae (577 aa), FASTA + scores: opt: 504, E(): 1.7e-22, (26.3% identity in 566 aa + overlap); and P20713|ATSA|ARS_KLEAE (precursor) from + Klebsiella pneumoniae (464 aa), FASTA scores: opt: 502, + E(): 1.8e-22, (26.85% identity in 451 aa overlap). Also + similar to Mycobacterium tuberculosis proteins + O06776|MTI376.13c|ATSD|Rv0663 (787 aa) (43.6% identity in + 796 aa overlap) and P95059|MTCY210.30|ATSA|R0711 (787 aa) + (38.4% identity in 797 aa overlap). Equivalent to AAK47741 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (992 aa) + but shorter 22 aa. Contains PS00523 Sulfatases signature 1 + and PS01095 Chitinases family 18 active site signature. + BELONGS TO THE SULFATASE FAMILY. Protein product from + Mb3327c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3327c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ARYLSULFATASE ATSB (ARYL-SULFATE + SULPHOHYDROLASE) (SULFATASE)" + /protein_id="SIU01956.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4G2" + /db_xref="InterPro:IPR000917" + /db_xref="InterPro:IPR009200" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="InterPro:IPR024607" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G2" + /translation="MMSEDNALVLVAGYQDLDSARHDFQTLVDAAKDKSIPLQGAVLI + GKDAEGSPVLVDTGNRLGRRGAAWGAGVGLAIGLFSPALLASAALGAATGALAGTFAH + HRIKTGLADKIGQALAAGRAVVIAVTEAQGRLEAGQALASSPMKSVAELSRSTLRSLG + AALREAMGKFNPDRTRLPLPQRRFGGVVGRTMAESVGDWSIVPSPFPPDDAPNVLIVL + IDDAGFGGPDTFGGAIRTPTLSRLAQNGLIYNRFHVTAVCSPTRAALLTGRNHHRVGF + GSVCEFPGPYPGYSAVRPRSCAALPRILRDNGYVTGAFGKWHLTPDNVQGAAGPFDNW + PLGWGFDHFWGFPSGAAGQYDPIISQDNSVIGIPEGSGEDGRPYYFPDDLTDKAIEWL + HTVRAQNATKPWMLYYATGATHAPHHVFKEWADKYRGEFDDGWDVYRQKTFERQKRLG + IIPPDAELTERPDLFPAWDSMSEAQKRLFARQMEVFAGFSENADWNVGRLLDAIEDLG + ESDNTLVFYIWGDNGASMEGTNTGSFNEMTFLNGLDLDAERQLELIEQYGGIAALGDE + FTAPHFASAWAHASNTPLQWGKQMASHLGGTRDPLVVAWPARIRPDGRVRSQFTHCID + IAPTVLAAIGLPEPTHVDGFEQEPMDGTSFVRTFDDAEAEDRHTVQYFENFGSRAIYK + DGWWACARLDKAPWDLSPETMRRFAPGTYDPDQDVWELYYLPDDFSQAKNLAAEHPDK + VAELTQLWWQEAERNRVLPLLGGLAVMFGDLPPLPTTARFSFKGDVQNIQRGMVPRIC + GRSYAIEARLHIPDGGAQGVIVANADFMGGFALWVDEQRHLHHTYSFLGVETYRQVSS + EPLPTGDVTVRMLFDSHQPVAASGGRVTLWADDRLIGEGELPQTVPLAFTSYAGMDIG + RDNGLVVDRGYEDKAPYAFTGTVTEVIFDLKPVHPEAARALHEHASVQAVGQGAAG" + gene complement(3644918..3645835) + /locus_tag="BQ2027_MB3328C" + CDS complement(3644918..3645835) + /locus_tag="BQ2027_MB3328C" + /EC_number="4.2.1.70" + /note="Mb3328c, -, len: 305 aa. Equivalent to Rv3300c, + len: 305 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 305 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to various proteins (notably pseudoridine + synthase family proteins) e.g. Q9RJ76|SCI41.08 PUTATIVE + RIBOSOMAL PSEUDOURIDINE SYNTHASE from Streptomyces + coelicolor (324 aa), FASTA scores: opt: 876, E(): 4.5e-48, + (52.1% identity in 313 aa overlap); Q9I272|PA2043 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (300 aa), + FASTA scores: opt: 676, E(): 1.8e-35, (42.55% identity in + 268 aa overlap); Q9JZW8|NMB0867 YABO/YCEC/SFHB FAMILY + PROTEIN from Neisseria meningitidis (serogroup B) (307 + aa), FASTA scores: opt: 597, E(): 1.8e-30, (42.9% identity + in 282 aa overlap); Q9JUY2|NMA1085 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Neisseria meningitidis (serogroup A) (307 aa), FASTA + scores: opt: 597, E(): 1.8e-30, (42.9% identity in 282 aa + overlap); Q12362|RIB2_YEAST|RIB2|YOL066C DRAP DEAMINASE + (PSEUDOURIDINE SYNTHASE FAMILY PROTEIN) from Saccharomyces + cerevisiae (Baker's yeast) (591 aa), FASTA scores: opt: + 338, E(): 6.9e-14, (32.95% identity in 246 aa overlap); + Q9RTS2|DR1684 PUTATIVE PSEUDOURIDINE SYNTHASE from + Deinococcus radiodurans (321 aa), FASTA scores: opt: 319, + E(): 6.5e-13, (32.75% identity in 235 aa overlap); etc. + Also similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + protein Q10786|Y04P_MYCTU|MTCY48.25c|Rv1540|MT1592 (308 + aa) (28.8% identity in 299 aa overlap). Mb3328c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pseudouridine synthase (EC, PA2043 type" + /protein_id="SIU01957.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3U6" + /db_xref="InterPro:IPR006145" + /db_xref="InterPro:IPR006224" + /db_xref="InterPro:IPR020103" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U6" + /translation="MALRPEDRLLSVHDVLGPVRVRLLGGSVLAELTARFGVAARAKV + LAGEVVDNDGAVVDSGTVLPPGSVVHLYRDLPDEVPVPFDVPVLHQDADIVVVDKPHF + LATMPRGRHVAQTALVRLRRELGLPELSPAHRLDRLTAGVLLFTTRREVRGSYQTMFA + RGLVRKTYLARAPVAPGLALPRLVRSRIVKRRGHLQAVCEPGVPNAETLVERIARDGL + YRLTPTTGRTHQLRVHMAALGIPIMGDPLYPNVISVAAHDFSTPLQLLAQRIEFDDPL + TGSHREFASTRTLTGATLPTWSAAADCRP" + gene complement(3645847..3646512) + /gene="phoY1" + /locus_tag="BQ2027_MB3329C" + CDS complement(3645847..3646512) + /gene="phoY1" + /locus_tag="BQ2027_MB3329C" + /note="Mb3329c, phoY1, len: 221 aa. Equivalent to Rv3301c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 221 aa overlap). Probable phoY1, + phosphate-transport system regulatory protein, highly + similar to Q50047|phoY|PHOU1|PHOY1|ML2188 PHOSPHATE + TRANSPORT SYSTEM PROTEIN PHOU HOMOLOG 1 from Mycobacterium + leprae (222 aa), FASTA scores: opt: 929, E(): 7.8e-51, + (61.45% identity in 218 aa overlap). Also highly similar + to Q9FCE2|2SCD46.42c PUTATIVE REGULATORY PROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (123 aa), FASTA + scores: opt: 324, E(): 1.8e-13, (43.65% identity in 103 aa + overlap); Q9L0R3|SCD8A.01c PUTATIVE PHOSPHATE TRANSPORT + SYSTEM REGULATORY PROTEIN (FRAGMENT) from Streptomyces + coelicolor (139 aa), FASTA scores: opt: 309, E(): 1.7e-12, + (36.7% identity in 139 aa overlap); Q52989|PHOU_RHIME + PHOSPHATE TRANSPORT SYSTEM PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (237 aa), FASTA scores: opt: 292, + E(): 3.1e-11, (26.3% identity in 213 aa overlap); etc. And + highly similar to Mycobacterium tuberculosis + O53833|PHU2_MYCTU|MTV043_13c|PHOU2|PHOY2|Rv0821c|MT0843 + PHOSPHATE TRANSPORT SYSTEM PROTEIN PHOU HOMOLOG 2 (213 aa) + (63.4% identity in 213 aa overlap). BELONGS TO THE PHOU + FAMILY. Protein product from Mb3329c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3329c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHATE-TRANSPORT SYSTEM + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOU HOMOLOG 1 PHOY1" + /protein_id="SIU01958.1" + /db_xref="GOA:P65719" + /db_xref="InterPro:IPR026022" + /db_xref="InterPro:IPR028366" + /db_xref="InterPro:IPR038078" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65719" + /translation="MRTVYHQRLTELAGRLGEMCSLAGIAMKRATQALLEADIGAAEQ + VIRDHERIVAMRAQVEKEAFALLALQHPVAGELREIFSAVQIIADTERMGALAVHIAK + ITRREYPNQVLPEEVRNCFADMAKVAIALGDSARQVLVNRDPQEAAQLHDRDDAMDDL + HRHLLSVLIDREWRHGVRVGVETALLGRFFERFADHAVEVGRRVIFMVTGVLPTEDEI + STY" + gene complement(3646620..3648377) + /gene="glpD2" + /locus_tag="BQ2027_MB3330C" + CDS complement(3646620..3648377) + /gene="glpD2" + /locus_tag="BQ2027_MB3330C" + /note="Mb3330c, glpD2, len: 585 aa. Equivalent to Rv3302c, + len: 585 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 585 aa overlap). Probable glpd2, + glycerol-3-phosphate dehydrogenase (EC 1.1.99.5), + equivalent to P53435|GLPD_MYCLE|ML0713|L308_C1_179 + GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (EC 1.1.99.5) from + Mycobacterium leprae (585 aa), FASTA scores: opt: 3489, + E(): 2.2e-198, (90.75% identity in 584 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. Q9L0I3|SCD63.06 from + Streptomyces coelicolor (568 aa), FASTA scores: opt: 2203, + E(): 1.6e-122, (59.95% identity in 564 aa overlap); + Q9RVK8|DR1019 from Deinococcus radiodurans (522 aa), FASTA + scores: opt: 949, E(): 1.4e-48, (37.0% identity in 538 aa + overlap); BAB53412|MLR7270 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (505 aa), FASTA scores: opt: 861, + E(): 2.2e-43, (37.3% identity in 488 aa overlap); + P18158|GLPD_BACSU from B. subtilis (555 aa), FASTA scores: + opt: 768, E(): 7.2e-38, (32.85% identity in 484 aa + overlap); etc. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + protein Q10502|GLPD_MYCTU|MTCY427_31c|Rv2249c + GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (516 aa), FASTA scores: + opt: 843, E(): 2.6e-42, (36.5% identity in 515 aa + overlap). Contains PS00978 FAD-dependent + glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature 2. COFACTOR: + FAD (BY SIMILARITY). BELONGS TO THE FAD-DEPENDENT + GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FAMILY. Protein product + from Mb3330c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3330c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE + GLPD2" + /protein_id="SIU01959.1" + /db_xref="GOA:P64185" + /db_xref="InterPro:IPR000447" + /db_xref="InterPro:IPR006076" + /db_xref="InterPro:IPR031656" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR038299" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64185" + /translation="MSNPIQAPDGGQGWPAAALGPAQRAVAWKRLGTEQFDVVVIGGG + VVGSGCALDAATRGLKVALVEARDLASGTSSRSSKMFHGGLRYLEQLEFGLVREALYE + RELSLTTLAPHLVKPLPFLFPLTKRWWERPYIAAGIFLYDRLGGAKSVPAQRHFTRAG + ALRLSPGLKRSSLIGGIRYYDTVVDDARHTMTVARTAAHYGAVVRCSTQVVALLREGD + RVIGVGVRDSENGAVAEVRGHVVVNATGVWTDEIQALSKQRGRFQVRASKGVHVVVPR + DRIVSDVAMILRTEKSVMFVIPWGSHWIIGTTDTDWNLDLAHPAATKADIDYILGTVN + AVLATPLTHADIDGVYAGLRPLLAGESDDTSKLSREHAVAVPAAGLVAIAGGKYTTYR + VMAADAIDAAVQFIPARVAPSITEKVSLLGADGYFALVNQAEHVGALQGLHPYRVRHL + LDRYGSLISDVLAMAASDPSLLSPITEAPGYLKVEAAYAAAAEGALHLEDILARRMRI + SIEYPHRGVDCAREVAEVVAPVLGWTAADIDREVANYMARVEAEVLSQAQPDDVSADM + LRASAPEARAEILEPVPLD" + gene complement(3648458..3649873) + /gene="lpdA" + /locus_tag="BQ2027_MB3331C" + CDS complement(3648458..3649873) + /gene="lpdA" + /locus_tag="BQ2027_MB3331C" + /note="Mb3331c, lpdA, len: 471 aa. Equivalent to Rv3303c, + len: 493 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 471 aa overlap). Probable lpdA, + dihydrolipoamide dehydrogenase (EC 1.8.1.4), similar to + other e.g. Q9EWV3|2SCK31.22c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (475 aa), FASTA scores: opt: 1420, + E(): 2.4e-77, (54.9% identity in 471 aa overlap); + Q9A7J2|CC1731 LIPOAMIDE DEHYDROGENASE (E3 + COMPONENT,PYRUVATE DEHYDROGENASE COMPLEX) from Caulobacter + crescentus (466 aa), FASTA scores: opt: 696, E(): 3.6e-34, + (29.6% identity in 463 aa overlap); Q04829|LPD|DLDH_HALVO + DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE from Halobacterium volcanii + (Haloferax volcanii) (474 aa), FASTA scores: opt: 675, + E(): 6.5e-33, (29.3% identity in 471 aa overlap); + P50970|DLDH_ZYMMO|LPD DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE from + Zymomonas mobilis, FASTA scores: opt: 658, E(): 6.6e-32, + (30.4% identity in 464 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASES CLASS-I. + COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + truncation due to a single base transversion (c-a) results + in a shorter product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis stain H37Rv (471 aa versus 493 + aa). Protein product from Mb3331c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3331c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="nad(p)h quinone reductase lpda" + /protein_id="SIU01960.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R8" + /db_xref="InterPro:IPR001100" + /db_xref="InterPro:IPR004099" + /db_xref="InterPro:IPR016156" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R8" + /translation="MVTRIVILGGGPAGYEAALVAATSHPETAQVTVIDCDGIGGAAV + LDDCVPSKTFIASTGLRTELRRAPHLGFHIDFDDAKISLPQIHARVKTLAAAQSADIT + AQLLSMGVQVIAGRGELIDSTPGLARHRIKATAADGSTSEHEADVVLVATGASPRILP + SAQPDGERILTWRQLYDLDALPDHLIVVGSGVTGAEFVDAYTELGVPVTVVASQDHVL + PYEDADAALVLEESFAERGVRLFKNARAASVTRTGAGVLVTMTDGRTVEGSHALMTIG + SVPNTSGLGLERVGIQLGRGNYLTVDRVSRTSATGIYAAGDCTGLLPLASVAAMQGRI + AMYHALGEGVSPIRLRTVAATVFTRPEIAAVGVPQSVIDAGSVAARTIMLPLRTNARA + KMSEMRHGFVKIFCRRSTGVVIGGVVVAPIASELILPIAVAVQNRITVNELAQTLAVY + PSLSGSITEAARRLMAHDDLD" + gene 3650076..3650555 + /locus_tag="BQ2027_MB3332" + CDS 3650076..3650555 + /locus_tag="BQ2027_MB3332" + /note="Mb3332, -, len: 159 aa. Equivalent to Rv3304, len: + 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). Hypothetical + conserved protein, very similar to Q9CCL6|ML0711 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (159 aa), + FASTA scores: opt: 1041, E(): 6.1e-62, (91.8% identity in + 159 aa overlap); and Q49927|L308_F3_97 from M. leprae (174 + aa), FASTA scores: opt: 974, E(): 1.8e-57, (91.2% identity + in 149 aa overlap) . Also highly similar to + Q9AD81|SCK13.10c CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (145 aa), FASTA scores: opt: 615, + E(): 7.8e-34, (60.55% identity in 147 aa overlap); and + shows some similarity to other various hypotheticals + proteins. ORF continues upstream with possible start at + 2198 (equivalent to AAK47746 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (212 aa) but shorter 53 aa). + Protein product from Mb3332 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3332 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="AIG2-like domain protein" + /protein_id="SIU01961.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R2" + /db_xref="InterPro:IPR013024" + /db_xref="InterPro:IPR017939" + /db_xref="InterPro:IPR036568" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R2" + /translation="MPLYAAYGSNMHPEQMLERAPHSPMAGTGWLPGWRLTFGGEDIG + WEGALATVVEDPDSKVFVVLYDMTPADEKNLDRWEGSEFGIHQKIRCRVERISSDTTT + DPVLAWLYVLDAWEGGLPSARYLGVMADAAEIAGAPSDYVHDLRTRPARNIGPGTIA" + gene complement(3650574..3651743) + /gene="amiA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3333C" + CDS complement(3650574..3651743) + /gene="amiA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3333C" + /standard_name="amiA" + /note="Mb3333c, amiA1, len: 389 aa. Equivalent to Rv3305c, + len: 389 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 389 aa overlap). Possible amiA1, + N-acyl-L-amino acid amidohydrolase (or peptidase) (EC + 3.5.1.-), similar to many proteins e.g. Q9AK43|2SCK8.09 + PUTATIVE PEPTIDASE from Streptomyces coelicolor (410 aa), + FASTA scores: opt: 1015, E(): 3.9e-54, (50.8% identity in + 374 aa overlap); Q9UZ30|PAB0873 AMINO ACID AMIDOHYDROLASE + from Pyrococcus abyssi (383 aa), FASTA scores: opt: 823, + E(): 1.6e-42, (38.2% identity in 369 aa overlap); + O58453|PH0722 LONG HYPOTHETICAL AMINO ACID AMIDOHYDROLASE + from Pyrococcus horikoshii (388 aa), FASTA scores: opt: + 815, E(): 4.8e-42, (38.75% identity in 369 aa overlap); + O34980|YTNL_BACSU HYPOTHETICAL 45.2 KDA PROTEIN from B. + subtilis (416 aa), FASTA scores: opt: 805, E(): 2.1e-41, + (37.85% identity in 367 aa overlap); Q9KCF8|BH1613 + N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE from Bacillus + halodurans (404 aa), FASTA scores: opt: 795, E(): 8.1e-41, + (37.7% identity in 382 aa overlap); BAB50445|MLR3583 + HYPOTHETICAL HIPPURATE HYDROLASE from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (387 aa), FASTA scores: opt: 761, + E(): 8.9e-39, (37.65% identity in 385 aa overlap); + Q9RXH4|DR0339 PUTATIVE N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE + from Deinococcus radiodurans (392 aa), FASTA scores: opt: + 745, E(): 8.4e-38, (36.15% identity in 379 aa overlap); + etc. Contains PS00639 Eukaryotic thiol (cysteine) + proteases histidine active site. Note that previously + known as amiA. Protein product from Mb3333c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3333c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible n-acyl-l-amino acid amidohydrolase + amia1 (n-acyl-l-amino acid aminohydrolase)" + /protein_id="SIU01962.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3R4" + /db_xref="InterPro:IPR002933" + /db_xref="InterPro:IPR017439" + /db_xref="InterPro:IPR036264" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3R4" + /translation="MSLADAAESWLAAHHDDLVGWRRHIHRYPELGRQEYATTQFVAE + RLADAGLNPKVLPGGTGLTCDFGPQHQPRIALRADMDALPMAERTGAPYASTMPNVAH + ACGHDAHTAILLGAALALASVPELPVGVRLIFQAAEELMPGGAIDAIAAGALAGVSRI + FALHCDPRLEVGKVAVRQGPITSAADSIEITLYSPGGHTSRPHLTADLVYGLGTLVTG + LPGVLSRRIDPRNSTVLVWGAVNAGMAANAIPQTGVLSGTVRTASRQTWVDLEELVRQ + AISALLLPLAIEHTLQYRRGVPPVVNEEISTRILAHAIEAIGPGVLADTRQSGGGEDF + SWYLEEVPGAMARLGVWSGDGLQLDLHQPTFDIDERALAIGLRVMVNIIEQAAAH" + gene complement(3651740..3652924) + /gene="amiB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3334C" + CDS complement(3651740..3652924) + /gene="amiB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3334C" + /standard_name="amiB" + /note="Mb3334c, amiB1, len: 394 aa. Equivalent to Rv3306c, + len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 394 aa overlap). Probable amiB1, + aminohydrolase (EC 3.5.1.-), similar to several belonging + to peptidase family M40 (and to hypothetical proteins) + e.g. P54983|AMHX_BACSU AMIDOHYDROLASE AMHX from Bacillus + subtilis (EC 3.5.1.-) (389 aa), FASTA scores: opt: 286, + E(): 9.9e-10, (26.6% identity in 351 aa overlap); + P76052|ABGB_ECOLI Aminobenzoyl-glutamate utilizatio from + Escherichia coli (481 aa), FASTA scores: opt: 383, E(): + 2.1e-15, (30.5% identity in 328 aa overlap); + P44765|YDAJ_HAEIN HYPOTHETICAL PROTEIN HI0584 from + Haemophilus influenzae (423 aa), FASTA scores: opt: 297, + E(): 2.4e-10, (29.6% identity in 274 aa overlap). Note + that previously known as amiB. Protein product from + Mb3334c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3334c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable amidohydrolase amib1 (aminohydrolase)" + /protein_id="SIU01963.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S2" + /db_xref="InterPro:IPR002933" + /db_xref="InterPro:IPR011650" + /db_xref="InterPro:IPR017144" + /db_xref="InterPro:IPR017439" + /db_xref="InterPro:IPR036264" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S2" + /translation="MPAASASDRVEELVRRRGGELVELSHAIHAEPELAFAEHRSCAK + AQALVAERGFEITTAAGGLDTAFRADYGSGPLVVGVCAEYDALPGIGHACGHNIIAAS + AVGTALALAEVADDLGLTVALLGTPAEESGGGKALMLQAGTFDDVAVAVMVHPGPTDI + AGARSLALSEVTVRYRGKESHAAVAPHLGVNAADAVTVAQVAIGVLRQQLAPGQMVHG + IVTDGGQAVNVIPGQARLQYAMRAVESDSLRELQTRMFACFAAGALAAGCEYEIDEAA + PAYAELKPDPWLADVCREEMQRLGREPLLPALEAELPLGSTDMGNVTQVLPGIHPVIG + LDAGAATVHQRAFTVASAGASADRAVVDGAIMLARTVVRLAQTPDERDRVLAAQQRRA + AR" + gene 3652989..3653795 + /gene="deoD" + /locus_tag="BQ2027_MB3335" + CDS 3652989..3653795 + /gene="deoD" + /locus_tag="BQ2027_MB3335" + /standard_name="punA" + /note="Mb3335, deoD, len: 268 aa. Equivalent to Rv3307, + len: 268 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 268 aa overlap). Probable deoD + (alternate gene name: punA), purine nucleoside + phosphorylase (EC 2.4.2.1), similar to others especially + P46862|PUNA_MYCLE|DEOD_MYCLE|ML0707|L308_F2_56 from M. + leprae (268 aa), FASTA scores: opt: 1373, E(): 1.5e-74, + (82.05% identity in 262 aa overlap); Q9EWV2|2SCK31.24 from + Streptomyces coelicolor (274 aa), FASTA scores: opt: 1026, + E(): 6.4e-54, (60.5% identity in 266 aa overlap); + P81989|PUNA_CELSP from Cellulomonas sp (282 aa), FASTA + scores: opt: 963, E(): 3.6e-50, (58.9% identity in 270 aa + overlap); Q9X1T2|TM1596 from Thermotoga maritima (265 aa), + FASTA scores: opt: 584, E(): 1.1e-27, (39.55% identity in + 263 aa overlap); etc. BELONGS TO THE PNP/MTAP FAMILY 2 OF + PHOSPHORYLASES. Protein product from Mb3335 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3335 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE DEOD + (INOSINE PHOSPHORYLASE) (PNP)" + /protein_id="SIU01964.1" + /db_xref="GOA:P0A539" + /db_xref="InterPro:IPR000845" + /db_xref="InterPro:IPR011268" + /db_xref="InterPro:IPR011269" + /db_xref="InterPro:IPR018099" + /db_xref="InterPro:IPR035994" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A539" + /translation="MADPRPDPDELARRAAQVIADRTGIGEHDVAVVLGSGWLPAVAA + LGSPTTVLPQAELPGFVPPTAAGHAGELLSVPIGAHRVLVLAGRIHAYEGHDLRYVVH + PVRAARAAGAQIMVLTNAAGGLRADLQVGQPVLISDHLNLTARSPLVGGEFVDLTDAY + SPRLRELARQSDPQLAEGVYAGLPGPHYETPAEIRMLQTLGADLVGMSTVHETIAARA + AGAEVLGVSLVTNLAAGITGEPLSHAEVLAAGAASATRMGALLADVIARF" + gene 3653799..3655403 + /gene="pmmB" + /locus_tag="BQ2027_MB3336" + CDS 3653799..3655403 + /gene="pmmB" + /locus_tag="BQ2027_MB3336" + /note="Mb3336, pmmB, len: 534 aa. Equivalent to Rv3308, + len: 534 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 534 aa overlap). Probable pmmB, + phosphomannomutase (EC 5.4.2.8), equivalent to + Q9CCL7|PMMB|ML0706 PUTATIVE PHOSPHO-SUGAR MUTASE from + Mycobacterium leprae (538 aa), FASTA scores: opt: 2681, + E(): 1.4e-150, (76.95% identity in 538 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9AD82|SCK13.08c from Streptomyces + coelicolor (549 aa), FASTA scores: opt: 1378, E(): + 8.9e-74, (46.7% identity in 529 aa overlap); Q9ZHL4|PMM + (FRAGMENT so no homology at N-terminus for this one) from + Haemophilus ducreyi (443 aa), FASTA scores: opt: 935, E(): + 9.6e-48, (39.4% identity in 449 aa overlap); + P18159|YHXB_BACSU from Bacillus subtilis (565 aa), FASTA + scores: opt: 776, E(): 2.7e-38, (31.7% identity in 574 aa + overlap); etc. Contains PS00710 Phosphoglucomutase and + phosphomannomutase phosphoserine signature. BELONGS TO THE + PHOSPHOHEXOSE MUTASES FAMILY. Protein product from Mb3336 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3336 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOMANNOMUTASE PMMB (PHOSPHOMANNOSE + MUTASE)" + /protein_id="SIU01965.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J3" + /db_xref="InterPro:IPR005841" + /db_xref="InterPro:IPR005843" + /db_xref="InterPro:IPR005844" + /db_xref="InterPro:IPR005845" + /db_xref="InterPro:IPR005846" + /db_xref="InterPro:IPR016055" + /db_xref="InterPro:IPR016066" + /db_xref="InterPro:IPR036900" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J3" + /translation="MTPENWIAHDPDPQTAAELAACGPDELKARFSRPLAFGTAGLRG + HLRGGPDAMNLAVVLRATWAVARVLTDRGLAGSPVIVGRDARHGSPAFAAAAAEVLAA + AGFSVLLLPDPAPTPVVAFAVRHTGAAAGIQITASHNPATDNGYKVYVDGGLQLLAPT + DRQIEAAMATAPPADQIARKTVNPSENRASDLIDRYIQRAAGVRRCAGSVRVALTPLH + GVGGAMAVETLRRAGFTEVHTVATQFAPNPDFPTVTLPNPEEPGATDALLTLATDVDA + DVAIALDPDADRCAVGIPTVSGWRMLSGDETGWLLGDYILSQTDDRASPPETRVVAST + VVSSRMLAAIAAHHAAVHVETLTGFKWLARADANLPGTLVYAYEEAIGHCVDPTAVRD + KDGISAAVLVCDLVAALKGQGRSVTDALDELARCYGVHEVAALSRPVGGAVETTDLMR + RLREDPPRRLAGFPATVTDIGDTLILTGGDDNMLVRVAVRPSGTEPKLKCYLEIRCAV + TGDLPAARQLVRARIDELSASVRRWW" + gene complement(3655405..3656121) + /gene="upp" + /locus_tag="BQ2027_MB3337C" + CDS complement(3655405..3656121) + /gene="upp" + /locus_tag="BQ2027_MB3337C" + /note="Mb3337c, upp, len: 207 aa. Equivalent to Rv3309c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 207 aa overlap). Probable upp, uracil + phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.9), identical to + P94928|UPP uracil phosphoribosyltransferase from + Mycobacterium bovis (207 aa). Also similar to others e.g. + P36399|UPP_STRSL from Streptococcus salivarius (209 aa), + FASTA scores: opt: 658, E(): 4.7e-35, (48.3% identity in + 207 aa overlap); Q9A194|UPP|SPY0392 from Streptococcus + pyogenes (209 aa), FASTA scores: opt:650, E(): 1.5e-34, + (47.35% identity in 207 aa overlap); Q9RE01|UPP from + Lactobacillus plantarum (209 aa), FASTA scores: opt: 644, + E(): 3.7e-34, (46.4% identity in 207 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE UPRTASE FAMILY. Protein product from + Mb3337c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3337c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE UPP + (UMP PYROPHOSPHORYLASE) (UPRTASE) (UMP DIPHOSPHORYLASE)" + /protein_id="SIU01966.1" + /db_xref="GOA:P0A659" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR005765" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="InterPro:IPR034332" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A659" + /translation="MDGVDRSRGWTHPYQPPFRGPSHDCYIGFNAVQVHVVDHPLAAA + RLTTLRDERTDNAGFRAALRELTLLLIYEATRDAPCEPVPIRTPLAETVGSRLTKPPL + LVPVLRAGLGMVDEAHAALPEAHVGFVGVARDEQTHQPVPYLDSLPDDLTDVPVMVLD + PMVATGGSMTHTLGLLISRGAADITVLCVVAAPEGIAALQKAAPNVRLFTAAIDEGLN + EVAYIVPGLGDAGDRQFGPR" + gene 3656133..3657032 + /gene="sapm" + /locus_tag="BQ2027_MB3338" + CDS 3656133..3657032 + /gene="sapm" + /locus_tag="BQ2027_MB3338" + /note="Mb3338, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv3310, len: + 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 299 aa overlap). Possible acid + phosphatase (EC 3.1.3.2), similar to several fungal or + bacterial acid phosphatases e.g. BAB50846|MLR4110 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (292 aa), FASTA + scores: opt: 460, E(): 4.8e-22, (38.65% identity in 295 aa + overlap); P34724|PHOA_ASPNG from Aspergillus niger (417 + aa), FASTA scores: opt: 172, E(): 0.0013, (29.1% identity + in 306 aa overlap); P08540|PHOX_KLULA from Kluyveromyces + lactis (Yeast) (421 aa), FASTA scores: opt: 170, E(): + 0.0018, (27.8% identity in 266 aa overlap); + P37274|PHOA_PENCH from Penicillium chrysogenum (412 aa), + FASTA scores: opt: 163, E(): 0.0049, (29.05% identity in + 303 aa overlap); etc. Protein product from Mb3338 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3338 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="acid phosphatase (acid phosphomonoesterase) + (phosphomonoesterase) (glycerophosphatase)" + /protein_id="SIU01967.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V0" + /db_xref="InterPro:IPR007312" + /db_xref="InterPro:IPR017850" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V0" + /translation="MLRGIQALSRPLTRVYRALAVIGVLAASLLASWVGAVPQVGLAA + SALPTFAHVVIVVEENRSQAAIIGNKSAPFINSLAANGAMMAQAFAETHPSEPNYLAL + FAGNTFGLTKNTCPVNGGALPNLGSELLSAGYTFMGFAEDLPAVGSTVCSAGKYARKH + VPWVNFSNVPATLSVPFSAFPKPQNYPGLPTVSFVIPNADNDMHDGSIAQGDAWLNRH + LSAYANWAKTNNSLLVVTWDEDDGSSRNQIPTVFYGAHVRPGTYNETISHYNVLSTLE + QIYGLPKTGYATNAPPITDIWGD" + gene 3657056..3658318 + /locus_tag="BQ2027_MB3339" + CDS 3657056..3658318 + /locus_tag="BQ2027_MB3339" + /note="Mb3339, -, len: 420 aa. Equivalent to Rv3311, len: + 420 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 420 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Mycobacterium leprae + hypothetical proteins Q9CCL8|ML0703 (423 aa), FASTA + scores: opt: 2185, E(): 5.5e-120, (77.55% identity in 423 + aa overlap); Q49918|L308_F2_61 (167 aa), FASTA scores: + opt: 929, E(): 3.5e-47, (84.4% identity in 167 aa overlap) + (similarity at C-terminus for this one); and + Q49914|L308_F1_17 (166 aa), FASTA scores: opt: 900, E(): + 1.7e-45, (79.0% identity in 162 aa overlap) (similarity at + N-terminus for this one); Q49923|U0308N (86 aa) FASTA + scores: opt: 149, E(): 0.052, (48.35% identity in 60 aa + overlap); etc. Note that the Rv3311 corresponding protein + in Mycobacterium leprae is similar to products of two + adjacent ORFs. Also some similarity to Q9XI61|F9L1.1 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (523 aa), FASTA scores: opt: 134, E(): 1.8, (25.1% + identity in 203 aa overlap). Equivalent to AAK47753 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (431 aa) but + shorter 12 aa. Protein product from Mb3339 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3339 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU01968.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y410" + /translation="MVADLVPIRLSLSAGDRYTLWAPRWRDAGDEWEAFLGKDDDLYG + FESVSDLVAFVRTDTENDLVDHPAWQDLTGAHAHNLNPAEDNQFDLVVVEELLAEKPT + AESVAALAASLAIVSAIGSVCELAAVSKFFNGNPILGTVSGGLEHFTGKAGNKRWNSI + AEVIGRSWDDVLAAIDEIISTPEVDAELSEKVAEELAEEPEGAEEVAAEVEATQDTQE + AAESDDEEADAPGDSVVLGGDRDFWLQVGIDPIQIMTGTATFYTLRCYLDDRPIFLGR + NGRISVFGSERALARYLADEHDHDLSDLSTYDDIRTAATDGSLAVAVTDDNVYVLSGL + VDDFADGPDAVDREQLDLAVELLRDIGDYSEDSAVDKALETTRPLGQLVAYVLDPHSV + GKPTAPYAAAVREWEKLERFVESRLRRE" + gene complement(3658339..3659265) + /locus_tag="BQ2027_MB3340C" + CDS complement(3658339..3659265) + /locus_tag="BQ2027_MB3340C" + /note="Mb3340c, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv3312c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to various proteins (principally hypothetical + unknowns or hydrolases) e.g. Q9M9P2|T17B22.7 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (326 + aa), FASTA scores: opt: 261, E(): 2.6e-09, (27.55% + identity in 323 aa overlap); Q9FWB6 PUTATIVE ALPHA/BETA + HYDROLASE from Oryza sativa (Rice) (354 aa), FASTA scores: + opt: 241, E(): 4.9e-08, (28.9% identity in 301 aa overlap) + (note that Q9FWB6 correspond to Q9FWB5 PUTATIVE ALPHA/BETA + HYDROLASE (353 aa) but longer 1 aa; and to Q9AUW9 + HYPOTHETICAL PROTEIN (332 aa) but longer 22 aa); + Q9M382|F24B22.200 HYPOTHETICAL PROTEIN from Arabidopsis + thaliana (Mouse-ear cress) (342 aa), FASTA scores: opt: + 222, E(): 8e-07, (27.6% identity in 319 aa overlap); + Q9HWM9|PA4152 PROBABLE HYDROLASE from Pseudomonas + aeruginosa (370 aa), FASTA scores: opt: 176, E(): 0.00071, + (29.2% identity in 209 aa overlap); Q9L3R2 HYDROLASE from + Rhizobium leguminosarum (261 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 0.00071, (28.9% identity in 173 aa overlap); + P49323|PRXC_STRLI|CPO|CPOL NON-HEME CHLOROPEROXIDASE (EC + 1.11.1.10) from Streptomyces lividans (275 aa), FASTA + scores: opt: 172, E(): 0.001, (30.9% identity in 194 aa + overlap) (similarity only at N-terminus for this one); + etc. Some similarity in N-terminal part to non-heme + chloroperoxidases. Also similar to + O05293|Rv1191|MTCI364.03 HYPOTHETICAL PROTEIN from M. + tuberculosis (304 aa), FASTA scores: opt: 417, E(): + 3.1e-19, (32.6% identity in 279 aa overlap) (note that + Rv1191 is equivalent to AAK45485 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but shorter 14 aa, and that + AAK45485 is annoted Hydrolase, alpha/beta hydrolase + family). Mb3340c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hydrolase, alpha/beta fold family" + /protein_id="SIU01969.1" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T5" + /translation="MTGPPPSLPERIRTDEADVLMLPDGRALAYLEWGDSTGYPAFYF + HGTPSSRLEGAFADGAARRTGFRLIAIDRPGYGRSTFQAGRNFRDWPADVCALADAFE + LEEFGVVGHSGAGPHLFACGAVIPRTRLAFVGALGPWGPLATPDIMRSLNAADRCYAR + LARSGPRLFGALFAPLGWCAKYTPGLFSTLLAAAVPAADKHLLSDERFGRHLRAIQLE + AFRQGSRGAAYESFLQFRPWGFDLAEVAVPTHIWLGDRDSFVPRAMGEYLQRAIPHVD + LHWAHGKGHFNIEDWDAILAACALDIGKRRGG" + gene complement(3659640..3659951) + /locus_tag="BQ2027_MB3341C" + CDS complement(3659640..3659951) + /locus_tag="BQ2027_MB3341C" + /note="Mb3341c, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv3312A, + len: 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Secreted protein + antigen, described in Corixa patent as having N-terminal + sequence YYWCPGQPFDPAWGP. Equivalent to AAK47756 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (114 aa) but + shorter 11 aa. Mb3341c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED PROTEIN ANTIGEN" + /protein_id="SIU01970.1" + /db_xref="GOA:Q7TWR6" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWR6" + /translation="MYRFACRTLMLAACILATGVAGLGVGAQSAAQTAPVPDYYWCPG + QPFDPAWGPNWDPYTCHDDFHRDSDGPDHSRDYPGPILEGPVLDDPGAAPPPPAAGGG + A" + gene complement(3660022..3661119) + /gene="add" + /locus_tag="BQ2027_MB3342C" + CDS complement(3660022..3661119) + /gene="add" + /locus_tag="BQ2027_MB3342C" + /note="Mb3342c, add, len: 365 aa. Equivalent to Rv3313c, + len: 365 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 365 aa overlap). Probable add, + adenosine deaminase (EC 3.5.4.4), equivalent to + Q9CCL9|ADD|ML0700 PUTATIVE ADENOSINE DEAMINASE from + Mycobacterium leprae (362 aa), FASTA scores: opt: 2097, + E(): 1.4e-127, (88.2% identity in 356 aa overlap) . Also + similar to many e.g. Q9AK25|2SCK8.27 from Streptomyces + coelicolor (396 aa), FASTA scores: opt: 1578, E(): + 3.7e-94, (66.65% identity in 360 aa overlap); + Q17747|C06G3.5 from Caenorhabditis elegans (349 aa), FASTA + scores: opt: 435, E(): 1.1e-20, (29.6% identity in 348 aa + overlap); P22333|ADD_ECOLI|B1623 from Escherichia coli + strain K12 (333 aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 3.7e-17, + (29.4% identity in 340 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + ADENOSINE AND AMP DEAMINASES FAMILY. Protein product from + Mb3342c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3342c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ADENOSINE DEAMINASE ADD (ADENOSINE + AMINOHYDROLASE)" + /protein_id="SIU01971.1" + /db_xref="GOA:P63908" + /db_xref="InterPro:IPR001365" + /db_xref="InterPro:IPR006330" + /db_xref="InterPro:IPR028893" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63908" + /translation="MTAAPTLQTIRLAPKALLHDHLDGGLRPATVLDIAGQVGYDDLP + ATDVDALASWFRTQSHSGSLERYLEPFSHTVAVMQTPEALYRVAFECAQDLAADSVVY + AEVRFAPELHISCGLSFDDVVDTVLTGFAAGEKACAADGQPITVRCLVTAMRHAAMSR + EIAELAIRFRDKGVVGFDIAGAEAGHPPTRHLDAFEYMRDHNARFTIHAGEAFGLPSI + HEAIAFCGADRLGHGVRIVDDIDVDADGGFQLGRLAAILRDKRIPLELCPSSNVQTGA + VASIAEHPFDLLARARFRVTVNTDNRLMSDTSMSLEMHRLVEAFGYGWSDLARFTVNA + MKSAFIPFDQRLAIIDEVIKPRFAALMGHSE" + gene complement(3661119..3662402) + /gene="deoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3343C" + CDS complement(3661119..3662402) + /gene="deoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3343C" + /note="Mb3343c, deoA, len: 427 aa. Equivalent to Rv3314c, + len: 427 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 427 aa overlap). Probable deoA, + thymidine phosporylase (EC 2.4.2.4), highly similar to + many e.g. Q9AK36|DEOA from Streptomyces coelicolor (427 + aa), FASTA scores: opt: 1668, E(): 3.2e-90, (62.35% + identity in 425 aa overlap); Q9CFM5|PDP from Lactococcus + lactis (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (430 aa), + FASTA scores: opt: 1031, E(): 5.5e-53, (46.45% identity in + 392 aa overlap); P19971|TYPH_HUMAN|ECGF1 from Homo sapiens + (Human) (482 aa), FASTA scores: opt: 957, E(): 1.3e-48, + (44.45% identity in 441 aa overlap); + P07650|TYPH_ECOLI|DEOA|TPP|TTG|B4382 from Escherichia coli + strain K12 (440 aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 3.2e-42, + (41.55% identity in 438 aa overlap); etc. Contains PS00647 + Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases + signature. BELONGS TO THE THYMIDINE/PYRIMIDINE-NUCLEOSIDE + PHOSPHORYLASES FAMILY. Protein product from Mb3343c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3343c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THYMIDINE PHOSPHORYLASE DEOA (TDRPASE) + (PYRIMIDINE PHOSPHORYLASE)" + /protein_id="SIU01972.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S3" + /db_xref="InterPro:IPR000053" + /db_xref="InterPro:IPR000312" + /db_xref="InterPro:IPR013102" + /db_xref="InterPro:IPR017459" + /db_xref="InterPro:IPR017872" + /db_xref="InterPro:IPR018090" + /db_xref="InterPro:IPR035902" + /db_xref="InterPro:IPR036320" + /db_xref="InterPro:IPR036566" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S3" + /translation="MTDFAFDAPTVIRTKRDGGRLSDAAIDWVVKAYTDGRVADEQMS + ALLMAIVWRGMDRGEIARWTAAMLASGARLDFTDLPLATVDKHSTGGVGDKITLPLVP + VVAACGGAVPQASGRGLGHTGGTLDKLESITGFTANLSNQRVREQLCDVGAAIFAAGQ + LAPADAKLYALRDITGTVESLPLIASSIMSKKLAEGAGALVLDVKVGSGAFMRSPVQA + RELAHTMVELGAAHGVPTRALLTEMNCPLGRTVGNALEVAEALEVLAGGGPPDVVELT + LRLAGEMLELAGIHGRDPAQTLRDGTAMDRFRWLVAAQGGDLSKPLPIGSHSETVTAG + ASGTMGDIDAMAVGLAAWRLGAGRSRPGARVQHGAGVRIHRRPGEPVVVGEPLFTLYT + NAPERFGAARAELAGGWSIRDSPPQVRPLIVDRIV" + gene complement(3662399..3662800) + /gene="cdd" + /locus_tag="BQ2027_MB3344C" + CDS complement(3662399..3662800) + /gene="cdd" + /locus_tag="BQ2027_MB3344C" + /note="Mb3344c, cdd, len: 133 aa. Equivalent to Rv3315c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Probable cdd, + cytidine deaminase (EC 3.5.4.5), equivalent to + Q9CBD3|CDD|ML2174 CYTIDINE DEAMINASE from Mycobacterium + leprae (134 aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 5.8e-28, + (56.8% identity in 132 aa overlap). Also highly similar to + many e.g. Q9AK37|2SCK8.15 from Streptomyces coelicolor + (130 aa), FASTA scores: opt: 523, E(): 1.9e-28, (60.0% + identity in 130 aa overlap); Q9KD53|CDD|BH1366 from + Bacillus halodurans (132 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): + 9.2e-14, (41.55% identity in 130 aa overlap); + P56389|CDD_MOUSE|CDA|CDD from Mus musculus (Mouse) (146 + aa), FASTA scores: opt: 287, E(): 1.6e-12, (40.3% identity + in 124 aa overlap); P19079|CDD_BACSU (136 aa), FASTA + scores: opt: 270, E(): 2.1e-11, (28.6% identity in 127 aa + overlap); etc. Contains PS00903 Cytidine and + deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. + BELONGS TO THE CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASES + FAMILY. COFACTOR: ZINC (BY SIMILARITY). Protein product + from Mb3344c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3344c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTIDINE DEAMINASE CDD (CYTIDINE + AMINOHYDROLASE) (CYTIDINE NUCLEOSIDE DEAMINASE)" + /protein_id="SIU01973.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S6" + /db_xref="InterPro:IPR002125" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S6" + /translation="MPDVDWNMLRGNATQAAAGAYVPYSRFAVGAAALVDDGRVVTGC + NVENVSYGLTLCAECAVVCALHSTGGGRLLALACVDGHGSVLMPCGRCRQVLLEHGGS + ELLIDHPVRPRRLGDLLPDAFGLDDLPRERR" + gene 3663037..3663375 + /gene="sdhC" + /locus_tag="BQ2027_MB3345" + CDS 3663037..3663375 + /gene="sdhC" + /locus_tag="BQ2027_MB3345" + /note="Mb3345, sdhC, len: 112 aa. Equivalent to Rv3316, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Probable sdhC, + cytochrome B-556 of succinate dehydrogenase SdhC subunit + (EC 1.3.99.1), transmembrane protein, equivalent (but + shorter 35 aa) to Q9CCM0|SDHC|ML0699 PUTATIVE SUCCINATE + DEHYDROGENASE CYTOCHROME B-556 SUBUNIT from Mycobacterium + leprae (153 aa), FASTA scores: opt: 692, E(): 1.2e-39, + (88.4% identity in 112 aa overlap). Also similar to others + e.g. Q9KZ88|SC5G8.26c from Streptomyces coelicolor (126 + aa), FASTA scores: opt: 484, E(): 8.3e-26, (65.65% + identity in 99 aa overlap); Q9RVR8|DR0954 from Deinococcus + radiodurans (118 aa), FASTA scores: opt: 195, E(): + 1.7e-06, (36.8% identity in 87 aa overlap); + Q9HQ63|DHSD_HALN1|SDHD|SDHC|VNG1310G from Halobacterium + sp. strain NRC-1 (130 aa), FASTA scores: opt: 192, E(): + 2.9e-06, (37.85% identity in 74 aa overlap); + P72109|DHSD_NATPH|SDHD|SDHC from Natronomonas pharaonis + (Natronobacterium pharaonis) (130 aa), FASTA scores: opt: + 183, E(): 1.1e-05, (35.15% identity in 74 aa overlap); + etc. PART OF AN ENZYME COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: A + FLAVOPROTEIN, AN IRON-SULFUR, CYTOCHROME B-556, AND AN + HYDROPHOBIC ANCHOR PROTEIN. BELONGS TO THE CYTOCHROME B560 + FAMILY. Protein product from Mb3345 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3345 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE (CYTOCHROME + B-556 SUBUNIT) SDHC (SUCCINIC DEHYDROGENASE) (FUMARATE + REDUCTASE) (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01974.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S5" + /db_xref="InterPro:IPR000701" + /db_xref="InterPro:IPR014314" + /db_xref="InterPro:IPR034804" + /db_xref="InterPro:IPR039023" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S5" + /translation="MWSWVCHRISGATIFFFLFVHVLDAAMLRVSPQTYNAVLATYKT + PIVGLMEYGLVAAVLFHALNGIRVILIDFWSEGPRYQRLMLWIIGSVFLLLMVPAGVV + VGIHMWEHFR" + gene 3663372..3663806 + /gene="sdhD" + /locus_tag="BQ2027_MB3346" + CDS 3663372..3663806 + /gene="sdhD" + /locus_tag="BQ2027_MB3346" + /note="Mb3346, sdhD, len: 144 aa. Equivalent to Rv3317, + len: 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 144 aa overlap). Probable sdhD, + membrane anchor of succinate dehydrogenase SdhD subunit + (EC 1.3.99.1), equivalent (but shorter 19 aa) to + Q49915|SDHD|ML0698|L308_F1_25 PUTATIVE SUCCINATE + DEHYDROGENASE HYDROPHOBIC MEMBRANE ANCHOR PROTEIN from + Mycobacterium leprae (163 aa), FASTA scores: opt: 878, + E(): 1.9e-51, (85.2% identity in 142 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9KZ89|SC5G8.25c from Streptomyces + coelicolor (160 aa), FASTA scores: opt: 553, E(): 6.6e-30, + (58.85% identity in 141 aa overlap); Q9RVR9|DR0953 from + Deinococcus radiodurans (125 aa), FASTA scores: opt: 251, + E(): 5.5e-10, (37.15% identity in 113 aa overlap); + O29573|DHSD_ARCFU|SDHD|AF0684 from Archaeoglobus fulgidus + (117 aa), FASTA scores: opt: 160, E(): 0.00056, (25.95% + identity in 108 aa overlap); etc. PART OF AN ENZYME + COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN, AN + IRON-SULFUR, CYTOCHROME B-556, AND AN HYDROPHOBIC ANCHOR + PROTEIN. Protein product from Mb3346 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3346 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE (HYDROPHOBIC + MEMBRANE ANCHOR SUBUNIT) SDHD (SUCCINIC DEHYDROGENASE) + (FUMARATE REDUCTASE) (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC + HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01975.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5K3" + /db_xref="InterPro:IPR000701" + /db_xref="InterPro:IPR034804" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K3" + /translation="MSAPVRQRSHDRPASLDNPRSPRRRAGMPNFEKFAWLFMRFSGV + VLVFLAIGHLFIMLMWDNGVYRLDFNFVAQRWASPFWQTWDLLLLWLAQLHGGNGLRT + IIDDYSRKDTTRFWLNSLLVLSMLFTLMLGTYVIVTFDPNIS" + gene 3663935..3665707 + /gene="sdhA" + /locus_tag="BQ2027_MB3347" + CDS 3663935..3665707 + /gene="sdhA" + /locus_tag="BQ2027_MB3347" + /note="Mb3347, sdhA, len: 590 aa. Equivalent to Rv3318, + len: 590 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 590 aa overlap). Probable sdhA, + flavoprotein of succinate dehydrogenase SdhA subunit (EC + 1.3.99.1), equivalent to Q9CCM1|SDHA|ML0697 SUCCINATE + DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT from Mycobacterium + leprae (584 aa), FASTA scores: opt: 3657, E(): 1.2e-217, + (92.55% identity in 590 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. Q9KZ90|DHSA from Streptomyces coelicolor + (584 aa), FASTA scores: opt: 2813, E(): 1.1e-165, (70.5% + identity in 586 aa overlap); Q9RVS0|DR0952 from + Deinococcus radiodurans (583 aa), FASTA scores: opt: 2203, + E(): 4.1e-128, (57.35% identity in 593 aa overlap); + P31038|DHSA_RICPR|SDHA|RP128 from Rickettsia prowazekii + (596 aa), FASTA scores: opt: 1892, E(): 5.8e-109, (50.0% + identity in 588 aa overlap); + P10444|DHSA_ECOLI|SDHA|B0723|Z0877|ECS0748 from + Escherichia coli strains K12 and O157:H7 (588 aa), FASTA + scores: opt: 1844, E(): 5.2e-106, (48.75% identity in 591 + aa overlap); etc. Contains PS00504 Fumarate reductase / + succinate dehydrogenase FAD-binding site. COFACTOR: FAD. + SIMILAR TO THE FLAVOPROTEIN SUBUNITS OF OTHER SPECIES + SUCCINATE DEHYDROGENASE AND OF FUMARATE REDUCTASE. PART OF + AN ENZYME COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: A + FLAVOPROTEIN, AN IRON-SULFUR, CYTOCHROME B-556, AND AN + HYDROPHOBIC ANCHOR PROTEIN. Protein product from Mb3347 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3347 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE (FLAVOPROTEIN + SUBUNIT) SDHA (SUCCINIC DEHYDROGENASE) (FUMARATE + REDUCTASE) (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01976.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4I8" + /db_xref="InterPro:IPR003952" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR011281" + /db_xref="InterPro:IPR014006" + /db_xref="InterPro:IPR015939" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR037099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I8" + /translation="MICQHRYDVVIVGAGGAGMRAAVEAGPRVRTAVLTKLYPTRSHT + GAAQGGMCAALANVEDDNWEWHTFDTVKGGDYLADQDAVEIMCKEAIDAVLDLEKMGM + PFNRTPEGRIDQRRFGGHTRDHGKAPVRRACYAADRTGHMILQTLYQNCVKHDVEFFN + EFYALDLALTQTPSGPVATGVIAYELATGDIHVFHAKAVVIATGGSGRMYKTTSNAHT + LTGDGIGIVFRKGLPLEDMEFHQFHPTGLAGLGILISEAVRGEGGRLLNGEGERFMER + YAPTIVDLAPRDIVARSMVLEVLEGRGAGPLKDYVYIDVRHLGEEVLEAKLPDITEFA + RTYLGVDPVTELVPVYPTCHYLMGGIPTTVTGQVLRDNTSVVPGLYAAGECACVSVHG + ANRLGTNSLLDINVFGRRAGIAAASYAQGHDFVDMPPNPEAMVVGWVSDILSEHGNER + VADIRGALQQSMDNNAAVFRTEETLKQALTDIHALKERYSRITVHDKGKRFNTDLLEA + IELGFLLELAEVTVVGALNRKESRGGHAREDYPNRDDVNYMRHTMAYKEIGADKEGPE + LRSDVRLDFKPVVQTRYEPKERKY" + gene 3665707..3666498 + /gene="sdhB" + /locus_tag="BQ2027_MB3348" + CDS 3665707..3666498 + /gene="sdhB" + /locus_tag="BQ2027_MB3348" + /note="Mb3348, sdhB, len: 263 aa. Equivalent to Rv3319, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 263 aa overlap). Probable sdhB, + iron-sulphur protein succinate dehydrogenase SdhB subunit + (EC 1.3.99.1), equivalent to Q49916|SDHB|ML0696|L308_F1_28 + SUCCINATE DEHYDROGENASE IRON-SULFUR PROTEIN from + Mycobacterium leprae (264 aa), FASTA scores: opt: 1678, + E(): 4.7e-99, (89.8% identity in 264 aa overlap). Also + highly similar to other e.g. Q9KZ91|DHSB from Streptomyces + coelicolor (257 aa), FASTA scores: opt: 1125, E(): + 4.6e-64, (64.1% identity in 262 aa overlap); Q9RVS1|DR0951 + from Deinococcus radiodurans (264 aa), FASTA scores: opt: + 1014, E(): 5e-57, (57.25% identity in 255 aa overlap); + Q9PEF5|XF1073 from Xylella fastidiosa (261 aa), FASTA + scores: opt: 681, E(): 5.8e-36, (45.1% identity in 244 aa + overlap); P07014|DHSB_ECOLI|SDHB|B0724 from Escherichia + coli strain K12 (238 aa), FASTA scores: opt: 657, E(): + 1.8e-34, (43.75% identity in 240 aa overlap); etc. + Contains PS00198 4Fe-4S ferredoxins, iron-sulfur binding + region signature. COFACTOR: BINDS THREE DIFFERENT + IRON-SULFUR CLUSTERS: A 2FE-2S, A 3FE-4S AND A 4FE-4S. THE + IRON-SULFUR CENTERS ARE SIMILAR TO THOSE OF 'PLANT-TYPE' + 2FE-2S AND 'BACTERIAL-TYPE' 4FE-4S FERREDOXINS. PART OF AN + ENZYME COMPLEX CONTAINING FOUR SUBUNITS: A FLAVOPROTEIN, + AN IRON-SULFUR, CYTOCHROME B-556, AND AN HYDROPHOBIC + ANCHOR PROTEIN. Protein product from Mb3348 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3348 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUCCINATE DEHYDROGENASE (IRON-SULPHUR + PROTEIN SUBUNIT) SDHB (SUCCINIC DEHYDROGENASE) (FUMARATE + REDUCTASE) (FUMARATE DEHYDROGENASE) (FUMARIC HYDROGENASE)" + /protein_id="SIU01977.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V7" + /db_xref="InterPro:IPR004489" + /db_xref="InterPro:IPR009051" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017896" + /db_xref="InterPro:IPR017900" + /db_xref="InterPro:IPR025192" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V7" + /translation="MSVEPDVETLDPPLPPVPDGAVMVTVKIARFNPDEPDAFAATGG + WQSFRVPCLPSDRLLNLLIYIKGYLDGTLTFRRSCAHGVCGSDAMRINGVNRLACKVL + MRDLLPKKKGKSLTVTVEPIRGLPVEKDLVVDMEPFFDAYRAIKPYLITSGNPPTRER + IQSPTDRARYDDTTKCILCACCTTSCPVFWHEGSYFGPAAIVNAHRFIFDSRDEAAAE + RLDILNEVDGVWRCRTTFNCTESCPRGIEVTKAIQEVKRALMFTR" + gene complement(3666577..3667005) + /gene="vapc44" + /locus_tag="BQ2027_MB3349C" + CDS complement(3666577..3667005) + /gene="vapc44" + /locus_tag="BQ2027_MB3349C" + /note="Mb3349c, -, len: 142 aa. Equivalent to Rv3320c, + len: 142 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 142 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to several hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv + and CDC1551) e.g. P95023|Rv2530c|MTCY159.26 (139 aa), + FASTA scores: opt: 292, E(): 4.8e-14, (41.5% identity in + 135 aa overlap); O53219|Rv2494|MTV008.50 (141 aa), FASTA + scores: opt: 287, E(): 1.1e-13, (41.6% identity in 125 aa + overlap); O07760|Rv0617|MTCY19H5.04c (133 aa), FASTA + scores: opt: 252, E(): 3.3e-11, (37.8% identity in 127 aa + overlap); etc. Mb3349c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc44. contains pin domain." + /protein_id="SIU01978.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y419" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y419" + /translation="MRALLDVNVLLALLDRDHVDHERARAWITGQIERGWASCAITQN + GFVRVISQPRYPSPISVAHAIDLLARATHTRYHEFWSCTVSILDSKVIDRSRLHSPKQ + VTDAYLLALAVAHDGRFVTFDQSIALTAVPGATKQHLATL" + gene complement(3667009..3667251) + /gene="vapb44" + /locus_tag="BQ2027_MB3350C" + CDS complement(3667009..3667251) + /gene="vapb44" + /locus_tag="BQ2027_MB3350C" + /note="Mb3350c, -, len: 80 aa. Equivalent to Rv3321c, len: + 80 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 80 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar at N-terminal region to several proteins + from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv and + CDC1551) e.g. AAK48167|MT3800 DNA-BINDING PROTEIN (COPG + FAMILY) from strain CDC1551 (74 aa), FASTA scores: opt: + 142, E(): 0.0016, (48.85% identity in 43 aa overlap); + AAK46916|MT2606 HYPOTHETICAL 8.0 KDA PROTEIN from strain + CDC1551 (74 aa), FASTA scores: opt: 139, E(): 0.0026, + (37.2% identity in 78 aa overlap); O50456|Rv1241|MTV006.13 + HYPOTHETICAL 9.9 KDA PROTEIN from strain H37Rv (86 aa), + FASTA scores: opt: 134, E(): 0.0066, (39.0% identity in 82 + aa overlap); etc. Protein product from Mb3350c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3350c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb44" + /protein_id="SIU01979.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3U2" + /translation="MRTTLSIDDDVLLAVKERARREKRTAGEILSDLARQALTNQNPQ + PAASQEDAFHGFEPLPHRGGAVSNALIDRLRDEEAV" + gene complement(3667373..3667987) + /locus_tag="BQ2027_MB3351C" + CDS complement(3667373..3667987) + /locus_tag="BQ2027_MB3351C" + /note="Mb3351c, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv3322c, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 204 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing weak similarity to proteins + including several methyltransferases (EC 2.1.1.-) e.g. + Q9X9V1|ORF8 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from Streptomyces + coelicolor (208 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 1e-05, + (36.35% identity in 132 aa overlap); and Q9XA90|SCF43A.25c + PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor + (215 aa), FASTA scores: opt: 161, E(): 0.0014, (32.05% + identity in 131 aa overlap); P74712|SLR1183 HYPOTHETICAL + 21.3 KDA PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 + (194 aa), FASTA scores: opt: 155, E(): 0.0032, (27.35% + identity in 150 aa overlap); Q9ABW8|CC0102 RRNA + METHYLTRANSFERASE RSMB from Caulobacter crescentus (429 + aa), FASTA scores: opt: 148, E(): 0.018, (31.5% identity + in 162 aa overlap); etc. Also highly similar to + O05796|Rv3120|MTCY164.30 HYPOTHETICAL 21.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (200 aa), FASTA scores: + opt: 691, E(): 1.2e-38, (56.5% identity in 200 aa + overlap); and shows weak similarity to + O69667|Rv3699|MTV025.047 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from + Mycobacterium tuberculosis (233 aa), FASTA scores: opt: + 155, E(): 0.0037, (29.15% identity in 168 aa overlap). + Protein product from Mb3351c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3351c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE" + /protein_id="SIU01980.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S8" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S8" + /translation="MSVQTDPALREHPNRVDWNARYERAGSAHAPFAPVPWLADVLRA + GVPDGPVLELASGRSGTALALAAHGRQVTAIDVSDVALLQLDSEAVRRGVADRLNLVQ + ADLGCWEPGETRFALVLSRLFWDAAIFHRACEAVMPGGVLAWESLALSGAEAGTASAK + RRVKPGEPACLLPADFTVVHEGQGNCDSAPSRIMIARRSPLPGA" + gene complement(3667984..3668649) + /gene="moaX" + /locus_tag="BQ2027_MB3352C" + CDS complement(3667984..3668649) + /gene="moaX" + /locus_tag="BQ2027_MB3352C" + /note="Mb3352c, moaX, len: 221 aa. Equivalent to Rv3323c, + len: 221 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 221 aa overlap). Probable moaX, + MoaD-MoaE fusion protein, similar (whole or partial) to + several MoaD and MoaE proteins e.g. Q9RR88|DR2607 + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN D/E from + Deinococcus radiodurans (229 aa), FASTA scores: opt: 407, + E(): 1.8e-18, (32.75% identity in 223 aa overlap); + Q9K8I7|MOAE|BH3019 MOLYBDOPTERIN CONVERTING FACTOR + (SUBUNIT 2) from Bacillus halodurans (156 aa), FASTA + scores: opt: 375, E(): 1.3e-16, (41.65% identity in 132 aa + overlap); O31705|MOAE MOLYBDOPTERIN CONVERTING FACTOR + (SUBUNIT 2) from Bacillus subtilis (157 aa), FASTA scores: + opt: 368, E(): 3.6e-16, (41.65% identity in 132 aa + overlap); etc. C-terminus highly similar to + O05795|MOAE_MYCTU|Rv3119|MT3201|MTCY164.29|MOAE1 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN E from + Mycobacterium tuberculosis (147 aa), FASTA scores: opt: + 733, E(): 5.4e-39, (76.2% identity in 143 aa overlap); and + N-terminus highly similar to + O05789|MOAD1|Rv3112|MTCY164.22 PUTATIVE MOLYBDENUM + COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN D from Mycobacterium + tuberculosis (83 aa), FASTA scores: opt: 333, E(): + 3.2e-14, (65.05% identity in 83 aa overlap). Protein + product from Mb3352c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3352c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOAD-MOAE FUSION PROTEIN MOAX" + /protein_id="SIU01981.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3S9" + /db_xref="InterPro:IPR003448" + /db_xref="InterPro:IPR003749" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR016155" + /db_xref="InterPro:IPR036563" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3S9" + /translation="MITVNVLYFGAVREACKVAHEKISLESGTTVDGLVDQLQIDYPP + LADFRKRVRMAVNESIAPASTILDDGDTVAFIPQVAGGSDVYCRLTDEPLSVDEVLNA + ISGPSQGGAVIFVGTVRNNNNGHEVTKLYYEAYPAMVHRTLMDIIEECERQADGVRVA + VAHRTGELRIGDAAVVIGASAPHRAAAFDAARMCIERLKQDVPIWKKEFALDGVEWVA + NRP" + gene complement(3668650..3669183) + /gene="moaC3" + /locus_tag="BQ2027_MB3353C" + CDS complement(3668650..3669183) + /gene="moaC3" + /locus_tag="BQ2027_MB3353C" + /note="Mb3353c, moaC3, len: 177 aa. Equivalent to Rv3324c, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 177 aa overlap). Probable moaC3, + molybdopterin cofactor biosynthesis protein, highly + similar to others e.g. Q9HX95|MOAC|PA3918 from Pseudomonas + aeruginosa (160 aa), FASTA scores: opt: 567, E(): 7.5e-30, + (58.35% identity in 156 aa overlap); Q9RKA8|MOAC from + Streptomyces coelicolor (170 aa), FASTA scores: opt: 553, + E(): 6.3e-29, (58.25% identity in 158 aa overlap); + P30747|MOAC_ECOLI|CHLA3|B0783 from Escherichia coli strain + K12 (160 aa), FASTA scores: opt: 516, E(): 1.5e-26, + (55.95% identity in 159 aa overlap); etc. Also highly + similar to O05788|MOAC1|Rv3111|MTCY164.21 PUTATIVE + MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C from + Mycobacterium tuberculosis (170 aa), FASTA scores: opt: + 734, E(): 1.3e-40, (71.8% identity in 163 aa overlap); and + Rv0864|MOAC2|MTV043.57 PUTATIVE MOLYBDENUM COFACTOR + BIOSYNTHESIS PROTEIN (167 aa). Protein product from + Mb3353c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3353c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN C 3 MOAC3" + /protein_id="SIU01982.1" + /db_xref="GOA:P65393" + /db_xref="InterPro:IPR002820" + /db_xref="InterPro:IPR023045" + /db_xref="InterPro:IPR036522" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65393" + /translation="MNDHDGVLTHLDEQGAARMVDVSAKAVTLRRARASGAVLMKPST + LDMICHGTAAKGDVIATARIAGIMAAKRTGELIPLCHPLGIEAVTVTLEPQGADRLSI + AATVTTVARTGVEMEALTAVTVTALTVYDMCKAVDRAMTITDIRLDEKSGGRSGHYRR + HDADVKPSDGGSTEDGC" + gene 3668986..3670071 + /locus_tag="BQ2027_IS1547-2" + mobile_element 3668986..3670071 + /locus_tag="BQ2027_IS1547-2" + /note="IS1547-2, len: 1086 nt. Equivalent to IS1547, len: + 1086 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.8% identity in 1086 nt overlap). Region + corresponding to IS1547, positions 1982 3067 in + EM_NEW:MTY13470." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1547" + gene complement(3669180..3669554) + /gene="moaB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3354C" + CDS complement(3669180..3669554) + /gene="moaB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3354C" + /note="Mb3354c, moaB3, len: 124 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but equivalent to + MT3426, len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (100.000% identity in 124 aa overlap). + Probable moaB3, pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase + (EC 4.2.1.96), similar to others e.g. + MOAB1|Rv3110|MT3193|MTCY164.20 PROBABLE + PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (142 aa), FASTA + scores: opt: 383, E(): 1.2e-21, (50.000% identity in 110 + aa overlap); Q96YL0|STS230 PUTATIVE + PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from Sulfolobus + tokodaii (93 aa), FASTA scores: opt: 208, E(): 1.5e-08, + (37.500% identity in 88 aa overlap); Q8YNL6|ASR4549 + PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from Anabaena sp. + strain PCC 7120 (93 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): + 2.2e-06, (37.363% identity in 91 aa overlap); + P73790|PHS_SYNY3|SSL2296 PUTATIVE + PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (96 aa), FASTA scores: + opt: 175, E(): 4.6e-06, (33.7% identity in 92 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE + DEHYDRATASE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs + to the RvD5 region. Absent in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Mb3354c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PTERIN-4-ALPHA-CARBINOLAMINE + DEHYDRATASE MOAB3 (PHS) (4-ALPHA-HYDROXY-TETRAHYDROPTERIN + DEHYDRATASE) (PTERIN-4-A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) + (PHENYLALANINE HYDROXYLASE-STIMULATING PROTEIN) (PHS) + (PTERIN CARBINOLAMINE DEHYDRATASE) (PCD)" + /protein_id="SIU01983.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3T7" + /db_xref="InterPro:IPR001533" + /db_xref="InterPro:IPR036428" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3T7" + /translation="MAHGNVSRCEESSLHDVCCGRLSALTDRELSERLTALPGWELVD + GKLRHTFGFGSFDQSMKFVAKIAAIADKFNHHPDICVHNKRSVRLTCWTRQMHCLTRV + DFDLAEAFSAVHDEQCSQQVAR" + gene complement(3669651..3670715) + /gene="moaA3" + /locus_tag="BQ2027_MB3355C" + CDS complement(3669651..3670715) + /gene="moaA3" + /locus_tag="BQ2027_MB3355C" + /note="Mb3355c, moaA3, len: 354 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but equivalent to + MT3427|MOAA3, len: 378 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (100.000% identity in 354 aa overlap). + Probable moaA3, molybdenum cofactor biosynthesis protein, + similar to others e.g. + O05786|MOA1_MYCTU|MOAA1|MOAA|Rv3109|MT3192|MTCY164.19 + PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN A from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (359 aa), FASTA + scores: opt: 1762, E(): 3.7e-108, (74.3% identity in 350 + aa overlap); Q99S04|MOAA|SA2063 MOLYBDENUM COFACTOR + BIOSYNTHESIS PROTEIN A from Staphylococcus aureus strain + N315 (340 aa), FASTA scores: opt: 819, E(): 3.2e-46, + (38.25% identity in 324 aa overlap); + O67929|MOAA_AQUAE|AQ_2183 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN A from Aquifex aeolicus (320 aa), FASTA scores: + opt: 815, E(): 5.6e-46, (41.8% identity in 323 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE MOAA/NIFB/PQQE FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD5 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb3355c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN A MOAA1" + /protein_id="SIU01984.1" + /db_xref="GOA:P62588" + /db_xref="InterPro:IPR000385" + /db_xref="InterPro:IPR006638" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR010505" + /db_xref="InterPro:IPR013483" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P62588" + /translation="MSRSGLCINESPIRDRCGRTMGDLRLSVIDQCNLRCRYCMPEAE + YAWLPRADLLSVDEISLIVDAFIAVGVDKIRLTGGEPLIRSDLAAIIEVISAKVGDGS + GLQDLAITTNGVLLADQARKLKSAGMRRITISLDTLRPDRFKAISQRGTHYKVIEGIE + AVAAAGFTDTKLDSVVIRGFNDDELSDLIEFARNVNAEVRFIEYMDVGGATQWSMDKV + FTKAQMLSTLGKKYGPIAALPKYDSAPANRYRLPDGTTFGIIASTTEPFCATCDRSRL + TADGIWLHCLYALSGINLRESVRAGASANDVVQILQRGWRDRANRGAEQRLAQRTRQV + FLPVSRLKRDPHLEMHTRGG" + gene 3670770..3671120 + /locus_tag="BQ2027_MB3356" + CDS 3670770..3671120 + /locus_tag="BQ2027_MB3356" + /note="Mb3356, -, len: 116 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but similar to 5' + end of a hypothetical CDS, len: 237 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain F4, (100.0% identity in 109 aa + overlap). Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD5 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU01985.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L8" + /translation="MKNPSHWIAPPTRPPTAMGDARHPRRDLGHRALSGAGRGDGARE + DHRNTFRVHTGTTCLLLIRALSGVHVHYCSTPASMESQCARRTTGFGGACGSGKATAT + RWPFIHDGDPNSRQ" + gene 3671098..3671484 + /locus_tag="BQ2027_MB3357" + CDS 3671098..3671484 + /locus_tag="BQ2027_MB3357" + /note="Mb3357, -, len: 128 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but similar to 3' + end of a hypothetical CDS, len: 237 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain F4, (100.0% identity in 109 aa + overlap). Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD5 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb3357 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU01986.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J5" + /translation="MTRIPDSDVEKPGSSGSVSSTGPEVAARRHGRRCGCDRNRSPPR + SKSVTLDTRHVGGAGILRIRAFPIRPWRPVNRSSNGPATDEDCDGPKRTPVRYSRTAR + DKRRFPQSTVGHTEATCGLGDADHSS" + gene 3671507..3672505 + /gene="embR2" + /locus_tag="BQ2027_MB3358" + CDS 3671507..3672505 + /gene="embR2" + /locus_tag="BQ2027_MB3358" + /note="Mb3358, embR2, len: 332 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but equivalent to + MT3428, len: 381 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551, (100.000% identity in 381 aa overlap). + Possible embR2, transcriptional regulatory protein, highly + similar to other mycobacteria EmbR proteins e.g. + Q11052|YC67_MYCTU|Rv1267c|MT1305|MTCY50.15|EMBR PROBABLE + TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN EMBR from Mycobacterium + tuberculosis (388 aa), FASTA scores: opt: 1420, E(): + 7.3e-84, (57.3% identity in 370 aa overlap); P71484|EMBR + EMBR PROTEIN from Mycobacterium avium (384 aa) (see + citation below), FASTA scores: opt: 1338, E(): 1.4e-78, + (53.65% identity in 384 aa overlap); and also + O05797|Rv3124|MT3208|MTCY164.34 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL + REGULATORY PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (311 + aa), FASTA scores: opt: 928, E(): 3e-52, (53.75% identity + in 255 aa overlap). Also similar to other transcriptional + regulatory proteins from other organisms e.g. Q9XCC3|TYLT + HYPOTHETICAL PATHWAY SPECIFIC REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces fradiae (404 aa), FASTA scores: opt: 506, + E(): 5.7e-25, (38.153% identity in 249 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE AFSR/DNRI/REDD FAMILY OF REGULATORS. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD5 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb3358 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + EMBR2" + /protein_id="SIU01987.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W7" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR005158" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR016032" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W7" + /translation="MIDAAWEQDRPEGSRATVYTYVSNLRRLVSTTGADSHSILASAP + PGYRLAVADNQYDVARFISQRSAGLRAAAAGSFEQASDHLSAALAEWRGPVLDDLREF + SFVTRLANSLVEDKIIAHTALAEAEIACGRADSVISELEELILEHPYHEALWRQLIAA + YYVSERQSDALDAYRRLKTSLAEDLGVDPGPKVRTLYEQVLRQQALDTRVVVQAAAGD + IIRALEHSPGMTDRSPRAAIRDAAGHRSPLGRLPLRIGRSKSNDMVLPDGKVSPYHAV + IVNTGESFMITDLRSVNGVYVRGRRIATTATLNDGDHIRIGDHELTFEVIPHESGR" + gene complement(3672600..3673244) + /locus_tag="BQ2027_MB3359C" + CDS complement(3672600..3673244) + /locus_tag="BQ2027_MB3359C" + /note="Mb3359c, -, len: 214 aa. No equivalent in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, but similar to 3' + end of MT3429, len: 172 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551, (100% identity in 172 aa + overlap). Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: Belongs to the RvD5 region. + Absent in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. Mb3359c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU01988.1" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y435" + /translation="MSQTPGDPEQTTATRRLSHRHTHLAAHTTPTLRRKGPPFRAEMG + CFCVCSAQVQEVAKNSLRGVPESVVMSYSYFVELPRLEDIEPGAHTDVLIANSRVDQG + RIRAAVEAVFDAHPALGTVFEPRVDTLTSRPGGGGWGWGVEPPGAAVAEVIARHSASF + DMYTGRLFAVSLLPGSPDRLVLTASRLCVDDASWQTVVEDLVRQYDESVLVPAR" + gene 3673399..3674484 + /locus_tag="BQ2027_IS1547-2" + gene 3673411..3675123 + /locus_tag="BQ2027_MB3360" + CDS 3673411..3675123 + /locus_tag="BQ2027_MB3360" + /note="Mb3360, -, len: 570 aa. Equivalent to Rv3327, len: + 570 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 570 aa overlap). Probable fusion + protein. Indeed, N-terminal part corresponds to entire + O07269 transposase of IS1547 (383 aa), and C-terminal part + identical to MTCI249B.03c (210 aa). N-terminal part is + identical to MTV042_7 (188 aa); C-terminal part (aa + 378-570) is similar to hypothetical 20.5 KD protein from + Escherichia coli P76222|YNJA_ECOLI (182 aa), FASTA scores: + opt: 292, E(): 5.3e-11, (32.6% identity in 181 aa + overlap). Protein product from Mb3360 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE FUSION PROTEIN" + /protein_id="SIU01989.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W4" + /db_xref="InterPro:IPR002525" + /db_xref="InterPro:IPR003346" + /db_xref="InterPro:IPR029032" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W4" + /translation="MVVVGTDAHKYSHTFVATDEVGRQLGEKTVKATTAGHATAIMWA + REQFGLELIWGIEDCRNMSARLERDLLAAGQQVVRVPTKLMAQTRKSARSRGKSDPID + ALAVARAVLRETDLPLATHDETSRELKLLTDRRDVLVAQRTSAINRLRWLVHELDPER + APAARSLDAAKHQQALRTWLDTQPGLVAELARAELTDIIRLTGEINTLAQRISARVHQ + VAPALLEIPGCAELTAAKIVGEAAGVTRFKSEAAFACHAAVAPIPVWSGNTAGQMRLS + RSGNRQLNAALHRIALTQIRMTDSRGQAYYQRLQDAGKTKRAALRCLKRRLARTVFQA + LRTVHQPSSEHTQPAAACHRSYCSSHLGEPPRLTDMTQKTRIQPLPPKRAGLLIRALY + RIAKRRFGEVPEPFTVTAHHRRLLIANVVHEALLQRASRKLPPSVRELAVFWTARSIG + CSWCVDFGAMLQRLDGLDVDRLTDIDNYATSSKFSDDERAAIAYAEAMTADPHSVTDE + QVADLRARFGEAGVIELTYQIGVENMRARMNSALGITEQGFNSGDACRVPWAAPDVPS + AESR" + gene complement(3675056..3675994) + /gene="sigJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3361C" + CDS complement(3675056..3675994) + /gene="sigJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3361C" + /note="Mb3361c, sigJ, len: 312 aa. Equivalent to Rv3328c, + len: 312 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 312 aa overlap). Probable sigJ, + alternative RNA polymerase sigma factor (see citation + below), highly similar to many e.g. Q9K3H7|2SCG18.10c from + Streptomyces coelicolor (295 aa), FASTA scores: opt: 642, + E(): 7.3e-31, (42.8% identity in 292 aa overlap); + Q9A3D8|CC3266 from Caulobacter crescentus (291 aa), FASTA + scores: opt: 607, E(): 8.4e-29, (39.8% identity in 294 aa + overlap); Q9RD74|SCF43.14c from Streptomyces coelicolor + (324 aa), FASTA scores: opt: 555, E(): 1.1e-25, (41.1% + identity in 297 aa overlap); etc. Similar also to + U00022_20 from Mycobacterium leprae; and MTCI28_22 and + MSU87307_1. Also similar to + O50445|SIGI|Rv1189|MTV005.25|MTCI364.01 PUTATIVE RNA + POLYMERASE SIGMA FACTOR from Mycobacterium tuberculosis + (290 aa), FASTA scores: opt: 426, E(): 4.2e-18, (32.65% + identity in 294 aa overlap). Equivalent to AAK47774 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (282 aa) but + longer 30 aa. Contains probable helix-turn-helix motif at + aa 129-150 (Score 1126, +3.02 SD). BELONGS TO THE SIGMA-70 + FACTOR FAMILY, ECF SUBFAMILY. Protein product from Mb3361c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3361c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + (FRAGMENT) SIGJ" + /protein_id="SIU01990.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W3" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W3" + /translation="MEVSEFEALRQHLMSVAYRLTGTVADAEDIVQEAWLRWDSQDTV + IADPRAWLTTVVSRLGLDKLRSAAHRRETYTGTWLPEPVVTGLDATDPLAAVVAAEDA + RFAAMVVLERLRPDQRVAFVLHDGFAVPFAEVAEVLGTSEAAARQLASRARKAVTAQP + ALISGDPDPAHNEVVGRLMAAMAAGDLDTVVSLLHPDVTFTGDSNGKAPTAVRAVRGS + DKVVRFILGLVQRYGPGLFGANQLALVNGELGAYTAGLPGVDGYRAMAPRITAITVRD + GKVCALWDIANPDKFTGSPLKERRAQPTGRGRHHRN" + gene 3676054..3677370 + /locus_tag="BQ2027_MB3362" + CDS 3676054..3677370 + /locus_tag="BQ2027_MB3362" + /note="Mb3362, -, len: 438 aa. Equivalent to Rv3329, len: + 438 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 438 aa overlap). Probable + aminotransferase (EC 2.6.1.-), similar to many e.g. + O86744|SC6A9.12 from Streptomyces coelicolor (457 aa), + FASTA scores: opt: 2120, E(): 5.1e-125, (70.1% identity in + 438 aa overlap); Q9I6J2|PA0299 from Pseudomonas aeruginosa + (456 aa), FASTA scores: opt: 983, E(): 5.7e-54, (38.1% + identity in 425 aa overlap); Q53196|Y4UB_RHISN from + Rhizobium sp. strain NGR234 plasmid sym pNGR234a (467 aa), + FASTA scores: opt: 971, E(): 3.3e-53, (39.25% identity in + 438 aa overlap); P33189|YHXA_BACSU from Bacillus subtilis + (450 aa), FASTA scores: opt: 933, E(): 7.5e-51, (40.25% + identity in 435 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47775 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (466 aa) + but shorter 28 aa. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. COULD + BELONG TO CLASS-III OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. Start uncertain. Protein product from + Mb3362 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3362 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMINOTRANSFERASE" + /protein_id="SIU01991.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V6" + /db_xref="InterPro:IPR005814" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V6" + /translation="MHFARHGAGIQHPVIVRGDGVTIFDDRGKSYLDALSGLFVVQVG + YGRAELAEAAARQAGTLGYFPLWGYATPPAIELAERLARYAPGDLNRVFFTSGGTEAV + ETAWKVAKQYFKLTGKPGKHKVISRSIAYHGTTQGALAITGLPLFKAPFEPLTPGGFR + VPNTNFYRAPLHTDLKEFGRWAADRIAEAIEFEGPDTVAAVFLEPVQNAGGCIPAPPG + YFERVREICDRYDVLLVSDEVICAFGRIGSMFACEDLGYVPDMITCAKGLTSGYSPLG + AMIASDRLFEPFNDGETMFAHGYTFGGHPVSAAVGLANLDIFEREGLSDHVKRNSPAL + RATLEKLYDLPIVGDIRGEGYFFGIELVKDQATKQTFTDDERARLLGQVSAALFEAGL + YCRTDDRGDPVVQVAPPLISGQPEFDTIETILRSVLTDTGRKYLHL" + gene 3677439..3678656 + /gene="dacB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3363" + CDS 3677439..3678656 + /gene="dacB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3363" + /note="Mb3363, dacB1, len: 405 aa. Equivalent to Rv3330, + len: 405 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 405 aa overlap). Probable dacB1, + D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding + protein) (EC 3.4.16.4), equivalent to Mycobacterium leprae + proteins Q9CCM2|ML0691 PUTATIVE D-ALANYL-D-ALANINE + CARBOXYPEPTIDASE (411 aa), FASTA scores: opt: 2066, E(): + 2.5e-102, (77.15% identity in 416 aa overlap); + Q49917|L308_F1_36 (228 aa), FASTA scores: opt: 1241, E(): + 7.9e-59, (78.9% identity in 232 aa overlap) (note that + this protein corresponds to C-terminal part of the + putative protein encoded by Rv3330, aa 174-405); and + Q49921|PBPC (182 aa), FASTA scores: opt: 736, E(): + 3.7e-32, (73.95% identity in 169 aa overlap) (note that + this protein corresponds to N-terminal part of the + putative protein encoded by Rv3330, aa 1-158); note + L308_F1_36 (228 aa) and PBPC (182 aa) are two consecutive + Mycobacterium leprae ORFs . Also similar to others e.g. + Q9FC34|SC4G1.16c PUTATIVE D-ALANYL-D-ALANINE + CARBOXYPEPTIDASE from Streptomyces coelicolor (413 aa), + FASTA scores: opt: 572, E(): 3.4e-23, (33.75% identity in + 382 aa overlap); P35150|DACB_BACSU PENICILLIN-BINDING + PROTEIN 5* PRECURSOR (D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE) + from Bacillus subtilis (382 aa), FASTA scores: opt: 422, + E(): 2.8e-15, (31.3% identity in 249 aa overlap); + Q9K8X5|DACB|BH2877 D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE + (PENICILLIN-BINDING PROTEIN) from Bacillus halodurans (395 + aa), FASTA scores: opt: 421, E(): 3.2e-15, (31.95% + identity in 241 aa overlap); etc. Also similar to M. + tuberculosis Q10828|Rv2911|MTCY274.43 PROBABLE + PENICILLIN-BINDING PROTEIN (BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY + S11; ALSO KNOWN AS THE D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE + 1 FAMILY) (291 aa), FASTA scores: opt: 746, E(): 1.6e-32, + (47.0% identity in 266 aa overlap). Has hydrophobic + stretches at both N- and C-termini. Certainly + membrane-bound protein. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S11; + ALSO KNOWN AS THE D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE 1 + FAMILY. Protein product from Mb3363 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3363 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable penicillin-binding protein dacb1 + (d-alanyl-d-alanine carboxypeptidase) (dd-peptidase) + (dd-carboxypeptidase) (pbp) (dd-transpeptidase) + (serine-type d-ala-d-ala carboxypeptidase) (d-amino acid + hydrolase)" + /protein_id="SIU01992.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V5" + /db_xref="InterPro:IPR001967" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR018044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V5" + /translation="MAFLRSVSCLAAAVFAVGTGIGLPTAAGEPNAAPAACPYKVSTP + PAVDSSEVPAAGEPPLPLVVPPTPVGGNALGGCGIITAPGSAPAPGDVSAEAWLVADL + DSGAVIAARDPHGRHRPASVIKVLVAMASINTLTLNKSVAGTADDAAVEGTKVGVNTG + GTYTVNQLLHGLLMHSGNDAAYALARQLGGMPAALEKINLLAAKLGGRDTRVATPSGL + DGPGMSTSAYDIGLFYRYAWQNPVFADIVATRTFDFPGHGDHPGYELENDNQLLYNYP + GALGGKTGYTDDAGQTFVGAANRDGRRLMTVLLHGTRQPIPPWEQAAHLLDYGFNTPA + GTQIGTLIEPDPSLMSTDRNPADRQRVDPQAAARISAADALPVRVGVAVIGALIVFGL + IMVARAMNRRPQH" + gene 3678752..3680260 + /gene="sugI" + /locus_tag="BQ2027_MB3364" + CDS 3678752..3680260 + /gene="sugI" + /locus_tag="BQ2027_MB3364" + /note="Mb3364, sugI, len: 502 aa. Equivalent to Rv3331, + len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 502 aa overlap). Probable sugI, + sugar-transport integral membrane protein, possibly member + of major facilitator superfamily (MFS), similar to several + transporters e.g. P37021|GALP_ECOLI|B2943 GALACTOSE-PROTON + SYMPORTER (GALACTOSE TRANSPORTER) from Escherichia coli + strain K12 (464 aa), FASTA scores: opt: 818, E(): 1.8e-39, + (31.85% identity in 446 aa overlap); P96742|YWTG + METABOLITE-TRANSPORT-RELATED PROTEIN from Bacillus + subtilis (457 aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 5e-39, + (33.2% identity in 428 aa overlap); AAG58074|GALP (alias + BAB37242|ECS3819) GALACTOSE-PROTON SYMPORT OF TRANSPORT + SYSTEM from Escherichia coli strain O157:H7 EDL933 (464 + aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 5.1e-39, (32.2% identity + in 432 aa overlap); P46333|CSBC_BACSU|SS92BR PROBABLE + METABOLITE TRANSPORT PROTEIN from Bacillus subtilis (461 + aa), FASTA scores: opt: 792, E(): 5.4e-38, (33.7% identity + in 442 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47777|MT343 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (500 aa) but + with some divergence between residues 229 and 254. + Contains PS00216 Sugar transport proteins signature 1 and + PS00217 Sugar transport proteins signature 2. BELONGS TO + THE SUGAR TRANSPORTER FAMILY. Mb3364 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SUGAR-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN SUGI" + /protein_id="SIU01993.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3V4" + /db_xref="InterPro:IPR003663" + /db_xref="InterPro:IPR005828" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3V4" + /translation="MTTLWQPHRNDYSPIPGRGVHARRGARRPRPRGGRAERPGTGQL + TRSGRRALLVGLTAASVGVLYGYDLSAIAGALLSLSEEFELTTREQELLTTTAVLGQI + AGALGGGILANAIGRKKSVVLIVAGYAVFALLGATSVSVPMLVVARLLLGVTIGLSVV + VVPVYVAESAPAAVRGSLVTAYQLATLSGIVVGYLVGYLLAGSHGWRAMFGLAAAPAT + LLLPLLWRMPDTARWYLLKGRIADARSALRRIQPEADIDAELADMAAAVDERGGGIGE + MVRRPYLRATLFVIALGFLVQITGINAIIYYSPRLFAAMGFAGYFAMLALPAMVQVAG + LAAVCASLFLVDRLGRRPILLSGIATMITADAVLITVFANDSDGGTGLVLGFAGVLLF + IIGFNFGFGSLVWVYAAESFPSRLRSMGSSLMLTSTLTANAIVAAFSLTMLRVLGGAG + VFAVFGTFAVVAFVVVYRFAPETKGRKLEEIRHFWENGGRWPAERSPAADEP" + gene 3680257..3681408 + /gene="nagA" + /locus_tag="BQ2027_MB3365" + CDS 3680257..3681408 + /gene="nagA" + /locus_tag="BQ2027_MB3365" + /note="Mb3365, nagA, len: 383 aa. Equivalent to Rv3332, + len: 383 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 383 aa overlap). Probable nagA, + N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (EC 3.5.1.25), + similar to many e.g. Q9KXV7|SCD95A.17c PUTATIVE + DEACETYLASE from Streptomyces coelicolor (381 aa), FASTA + scores: opt: 1090, E(): 1.6e-55, (47.8% identity in 385 aa + overlap); Q9PDB4|XF1465 N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE + DEACETYLASE from Xylella fastidiosa (386 aa), FASTA + scores: opt: 667, E(): 3.5e-31, (38.3% identity in 394 aa + overlap); Q9AAZ9|CC0443 N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE + DEACETYLASE from Caulobacter crescentus (378 aa), FASTA + scores: opt: 661, E(): 7.5e-31, (38.9% identity in 383 aa + overlap); O34450||NAGA_BACSU + N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE from Bacillus + subtilis (396 aa), FASTA scores: opt: 571, E(): 1.2e-25, + (32.45% identity in 376 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK47778 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (346 aa) but longer 37 aa. BELONGS TO THE NAGA FAMILY. + Protein product from Mb3365 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3365 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE + DEACETYLASE NAGA (GLCNAC 6-P DEACETYLASE)" + /protein_id="SIU01994.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W5" + /db_xref="InterPro:IPR003764" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR011059" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W5" + /translation="MTVLGADAVVIDGRICRPGWVHTADGRILSGGAGAPPMPADAEF + PDAIVVPGFVDMHVHGGGGASFADGNAADIARAAEFHLRHGTTTTLASLVTAGPAELL + SAVGALAEATRDGVVAGIHLEGPWLSPARCGAHDHTRMRAPDPAEIESVLAAADGAVR + MVTLAPELPGSDAAIRRFRDAEVVVAVGHTDATYTQTRHAIDLGATVGTHLFNAMPPL + DHRAPGPVLALLCDPRVTVEIIADGVHVHPAVVHAVIEAVGPDRVAVVTDAIAAAGCG + DGAFRLGTMPIEVESSVARVAGASTLAGSTTTMDQLFRTVAGLGSKSDSAGDVALAAA + VQVTSATPARALGLTGVGRLAAGYAANLVVLDRDLRVTAVMVNDDWRVG" + gene complement(3681599..3682444) + /locus_tag="BQ2027_MB3366C" + CDS complement(3681599..3682444) + /locus_tag="BQ2027_MB3366C" + /note="Mb3366c, -, len: 281 aa. Equivalent to Rv3333c, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 281 aa overlap). Hypothetical unknown + pro-rich protein. Equivalent to AAK47780 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (265 aa) but longer 16 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROLINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU01995.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M9" + /translation="MFTGIASHAGALGAALVVLIGAAILHDGPAAADPNQDDRFLALL + EKKEIPAVANVPRVIDAAHKVCRKLDGGMPVNDIVDGLRNDAYNIDPVMRLYPVRLTT + TMTRFISAAVEIYCPNHHSKMAFAMANFEPGSNEPTHRVAASTRSAVNSGSDLRASVS + DMTIMSPGWREPTGAMLASVLGAVRAGDPLIPNPPPIPVPPPAAQTLIPPPPIVAPPP + PRPAPPQQPPPPPPEVEPPAGVPQSGGAAGSGGAGSGGGGGGDGPVEPSPARPMPPGF + IRLAP" + gene 3682919..3683359 + /locus_tag="BQ2027_MB3367" + CDS 3682919..3683359 + /locus_tag="BQ2027_MB3367" + /note="Mb3367, -, len: 146 aa. Equivalent to Rv3334, len: + 146 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 146 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, similar to many regulatory + proteins (notably mercury resistance operon regulators) + e.g. Q9HXV1|PA3689 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MERR + FAMILY from Pseudomonas aeruginosa (156 aa), FASTA scores: + opt: 275, E(): 1.6e-11, (35.95% identity in 139 aa + overlap); Q9AKR6|PBRR LEAD RESISTANCE OPERON REGULATOR + from Ralstonia metallidurans strain CH34 (plasmid pMOL30) + (145 aa), FASTA scores: opt: 267, E(): 5.2e-11, (35.8% + identity in 134 aa overlap); P95838|MERR MERCURIC + RESISTANCE OPERON REGULATOR from Synechococcus sp. strain + PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) (144 aa), FASTA scores: + opt: 266, E(): 6e-11, (31.35% identity in 118 aa overlap); + P22853|MERR_BACSR MERCURIC RESISTANCE OPERON REGULATOR + from Bacillus sp. strain RC607 (132 aa), FASTA scores: + opt: 262, E(): 1e-10, (34.6% identity in 130 aa overlap); + etc. Contains probable helix-turn-helix motif at aa 1-22 + (Score 1478, +4.22 SD). SEEMS TO BELONG TO THE MERR FAMILY + OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb3367 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3367 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN + (PROBABLY MERR-FAMILY)" + /protein_id="SIU01996.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4L2" + /db_xref="InterPro:IPR000551" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR015358" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L2" + /translation="MKISEVAALTNTSTKTLRFYENSGLLPPPARTASGYRNYGPEIV + DRLRFIHRGQAAGLALQEVRQILAIHDRGEAPCAHVRQLLSTRIDEVRAQIAELIALE + GHLQTLLDHASYGPPTEHDHSTVCWILESDLDEPTAIEVSDIHA" + gene complement(3683393..3684262) + /locus_tag="BQ2027_MB3368C" + CDS complement(3683393..3684262) + /locus_tag="BQ2027_MB3368C" + /note="Mb3368c, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv3335c, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 289 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent to Q49909|ML0687 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN U0308AA from Mycobacterium + leprae (313 aa), FASTA scores: opt: 1299, E(): 8.9e-75, + (68.75% identity in 288 aa overlap). Also similar to other + hypothetical bacterial proteins e.g. BAB37825|ECS4402 from + Escherichia coli strain O157:H7 (alias + P37642|YHJD_ECOLI|B3522 strain K12) (337 aa), FASTA + scores: opt: 591, E(): 4.2e-30, (35.15% identity in 273 aa + overlap); P45417|YHJD_ERWCH from Erwinia chrysanthemi (328 + aa), FASTA scores: opt: 500, E(): 2.2e-24, (34.9% identity + in 275 aa overlap); Q9KZA0|SC5G8.14 PUTATIVE INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor (321 aa), + FASTA scores: opt: 321, E(): 4.3e-13, (27.3% identity in + 271 aa overlap); etc. Mb3368c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU01997.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3X1" + /db_xref="InterPro:IPR005274" + /db_xref="InterPro:IPR017039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X1" + /translation="MGELAEPGVLDRLRARFGWLDHVVRAFTRFNDRNGSLFAAGLTY + YTIFAIFPLLMVGFGVGGFALSRRPELLTTLEERIRTSVSGAVGQQLVDLMNSAIDAR + ASVGVIGLATAAWVGLGWMWHLREALSQMWAHPVAPAGYLRTKLSDLAAMVGTFVVIV + ATIALTVLGHARPMAAVLRWLEIPQFSVFDEIFRGISVLVSVLVSWVLFTWMIGRLPR + EPVGLVTAARAGLMAAVGFELFKQVGAIYLQIVLRSPAGAVFGPVLGLMVFAFVTAWL + ILFATAWAATASA" + gene complement(3684283..3685293) + /gene="trpS" + /locus_tag="BQ2027_MB3369C" + CDS complement(3684283..3685293) + /gene="trpS" + /locus_tag="BQ2027_MB3369C" + /note="Mb3369c, trpS, len: 336 aa. Equivalent to Rv3336c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Probable trpS, + tryptophanyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.2), equivalent to + Q49901|SYW_MYCLE|TRPS|ML0686|L308_C1_147 TRYPTOPHANYL-TRNA + SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (343 aa), FASTA + scores: opt: 1859, E(): 4.8e-107, (83.75% identity in 339 + aa overlap). Also similar to many e.g. Q9KZA7|TRPS2 from + Streptomyces coelicolor (339 aa), FASTA scores: opt: 1359, + E(): 2.6e-76, (60.3% identity in 335 aa overlap); + Q9EYY6|TRPS from Klebsiella aerogenes (334 aa), FASTA + scores: opt: 1077, E(): 5.5e-59, (52.15% identity in 328 + aa overlap); P00954|SYW_ECOLI|TRPS|B3384 from Escherichia + coli strain K12 (334 aa), FASTA scores: opt: 1074, E(): + 8.3e-59, (51.85% identity in 328 aa overlap); etc. + Contains PS00178 Aminoacyl-transfer RNA synthetases + class-I signature. BELONGS TO CLASS-I AMINOACYL-TRNA + SYNTHETASE FAMILY. Protein product from Mb3369c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3369c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE TRPS + (TRYPTOPHAN--TRNA LIGASE) (TRPRS) (TRYPTOPHAN TRANSLASE)" + /protein_id="SIU01998.1" + /db_xref="GOA:P67591" + /db_xref="InterPro:IPR001412" + /db_xref="InterPro:IPR002305" + /db_xref="InterPro:IPR002306" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR024109" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67591" + /translation="MSTPTGSRRIFSGVQPTSDSLHLGNALGAVAQWVGLQDDHDAFF + CVVDLHAITIPQDPEALRRRTLITAAQYLALGIDPGRATIFVQSQVPAHTQLAWVLGC + FTGFGQASRMTQFKDKSARQGSEATTVGLFTYPVLQAADVLAYDTELVPVGEDQRQHL + ELARDVAQRFNSRFPGTLVVPDVLIPKMTAKIYDLQDPTSKMSKSAGTDAGLINLLDD + PALSAKKIRSAVTDSERDIRYDPDVKPGVSNLLNIQSAVTGTDIDVLVDGYAGHGYGD + LKKDTAEAVVEFVNPIQARVDELTADPAELEAVLAAGAQRAHDVASKTVQRVYDRLGF + LL" + gene 3685318..3686211 + /locus_tag="BQ2027_MB3370" + CDS 3685318..3686211 + /locus_tag="BQ2027_MB3370" + /note="Mb3370, -, len: 297 aa. Equivalent to Rv3337 and + Rv3338, len: 128 aa and 214 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 81 aa + overlap and 100.0% identity in 214 aa overlap). Rv3337: + Conserved hypothetical protein, equivalent to N-terminus + of Q49926|ML0685 TPEA (PUTATIVE HYDROLASE) from + Mycobacterium leprae (303 aa), FASTA scores: *****opt: + 362, E(): 3e-17, (74.3% identity in 70 aa overlap). Also + weak similarity in N-terminus to BAB49078|MLR1789 PROBABLE + EPOXIDE HYDROLASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (300 aa), FASTA scores: opt: 116, E(): 0.74, (38.9% + identity in 54 aa overlap). Homology suggests this ORF + should be in frame with the following ORF MTV016.38 but no + sequence error could be found. Short distance to start of + trpS suggests region may not be protein-coding. C-terminus + extended since first submission (+47 aa). Rv3338: + Hypothetical protein, equivalent to C-termini of + Q49926|ML0685 TPEA (PUTATIVE HYDROLASE) from Mycobacterium + leprae (303 aa), FASTA scores: opt: 984, E(): 2.6e-56, + (65.4% identity in 214 aa overlap); and O32873|MLCB1779.02 + HYPOTHETICAL 31.8 KDA PROTEIN (SIMILAR TO ALPHA/BETA + HYDROLASE FOLD) from Mycobacterium leprae (292 aa), FASTA + scores: opt: 984, E(): 2.5e-56, (65.4% identity in 214 aa + overlap). Also similar to C-termini of several + hypothetical proteins (generally hydrolases) e.g. + Q9K3H6|2SCG18.11 PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (316 aa), FASTA scores: opt: 213, E(): 1.4e-06, + (29.75% identity in 185 aa overlap). Homology suggests + that this ORF should be in frame with the previous ORF + MTV016.37 but no sequence error could be found. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3337 and Rv3338 exist as 2 + genes with an overlap region between them. In + Mycobacterium bovis, a single base insertion (*-t) leads + to a single product. Protein product from Mb3370 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3370 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted hydrolases or acyltransferases + (alpha/beta hydrolase superfamily)" + /protein_id="SIU01999.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Y4" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y4" + /translation="MPSPSTTGHHAACGTGGTGFSVGSMRSPIRVGSGEPVLLLHPFL + MSQTVWEKVAQQLADTGRFEVFAPTMAGHNGGPASGTRFLSSAVLADHVERQLDELGW + ETSHIVGNSLGGWVAFELERRGRARSVTGIAPAGGWTRWSPVKFEVIAKFIAGAPILA + VAHILGQRALRLPFSRLLATLPISATPDGVSERELSGIIDDAAHCPAYFQLLVKALVL + PGLQELEHTAVPSHVVLCEQDRVVPPSRFSRHFTDSLPAGHRLTVLDGVGHVPMFEAP + GRITELITSFIEECCPHVRAS" + gene complement(3686278..3687507) + /gene="icd1" + /locus_tag="BQ2027_MB3371C" + CDS complement(3686278..3687507) + /gene="icd1" + /locus_tag="BQ2027_MB3371C" + /note="Mb3371c, icd1, len: 409 aa. Equivalent to Rv3339c, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 409 aa overlap). Probable icd1, + isocitrate dehydrogenase NADP-dependant (EC 1.1.1.42), + highly similar to many e.g. Q9A5C8|CC2522 from Caulobacter + crescentus (403 aa), FASTA scores: opt: 1972, E(): + 4.6e-115, (72.45% identity in 403 aa overlap); + AAF73472|ICD from Rhizobium meliloti (404 aa), FASTA + scores: opt: 1968, E(): 8.1e-115, (73.2% identity in 403 + aa overlap); P50215|IDH_SPHYA from Sphingomonas yanoikuyae + (406 aa), FASTA scores: opt: 1964, E(): 1.4e-114, (71.45% + identity in 403 aa overlap); etc. Contains PS00470 + Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. + BELONGS TO THE ISOCITRATE AND ISOPROPYLMALATE + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb3371c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3371c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ISOCITRATE DEHYDROGENASE [NADP] ICD1 + (OXALOSUCCINATE DECARBOXYLASE) (IDH) (NADP+-SPECIFIC ICDH) + (IDP)" + /protein_id="SIU02000.1" + /db_xref="GOA:P65098" + /db_xref="InterPro:IPR004790" + /db_xref="InterPro:IPR019818" + /db_xref="InterPro:IPR024084" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65098" + /translation="MSNAPKIKVSGPVVELDGDEMTRVIWKLIKDMLILPYLDIRLDY + YDLGIEHRDATDDQVTIDAAYAIKKHGVGVKCATITPDEARVEEFNLKKMWLSPNGTI + RNILGGTIFREPIVISNVPRLVPGWTKPIVIGRHAFGDQYRATNFKVDQPGTVTLTFT + PADGSAPIVHEMVSIPEDGGVVLGMYNFKESIRDFARASFSYGLNAKWPVYLSTKNTI + LKAYDGMFKDEFERVYEEEFKAQFEAAGLTYEHRLIDDMVAACLKWEGGYVWACKNYD + GDVQSDTVAQGYGSLGLMTSVLMTADGKTVEAEAAHGTVTRHYRQYQAGKPTSTNPIA + SIFAWTRGLQHRGKLDGTPEVIDFAHKLESVVIATVESGKMTKDLAILIGPEQDWLNS + EEFLDAIADNLEKELAN" + gene 3687790..3689139 + /gene="metC" + /locus_tag="BQ2027_MB3372" + CDS 3687790..3689139 + /gene="metC" + /locus_tag="BQ2027_MB3372" + /note="Mb3372, metC, len: 449 aa. Equivalent to Rv3340, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Probable metC, + O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase (EC 4.2.99.10), highly + similar to many e.g. Q9K9P2|BH2603 O-ACETYLHOMOSERINE + SULFHYDRYLASE from Bacillus halodurans (430 aa), FASTA + scores: opt: 1716, E(): 3.3e-97, (60.45% identity in 425 + aa overlap); Q9HUE4|METY|PA5025 HOMOCYSTEINE SYNTHASE from + Pseudomonas aeruginosa (425 aa), FASTA scores: opt: 1517, + E(): 4.4e-85, (56.95% identity in 425 aa overlap); + Q9WZY4|TM0882 O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE from + Thermotoga maritima (430 aa), FASTA scores: opt: 1488, + E(): 2.6e-83, (55.75% identity in 418 aa overlap); + BAB54344|MLR8465 O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (426 aa), FASTA + scores: opt: 1445, E(): 1.1e-80, (53.2% identity in 419 aa + overlap); P50125|CYSD_EMENI O-ACETYLHOMOSERINE + (THIOL)-LYASE from Emericella nidulans (Aspergillus + nidulans) (437 aa), FASTA scores: opt: 1442, E(): 1.7e-80, + (53.7% identity in 430 aa overlap); etc. Contains PS00868 + Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment + site. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. BELONGS TO THE + TRANS-SULFURATION ENZYMES FAMILY. Protein product from + Mb3372 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3372 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE METC + (HOMOCYSTEINE SYNTHASE) (O-ACETYLHOMOSERINE (THIOL)-LYASE) + (OAH SULFHYDRYLASE) (O-ACETYL-L-HOMOSERINE SULFHYDRYLASE)" + /protein_id="SIU02001.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3W1" + /db_xref="InterPro:IPR000277" + /db_xref="InterPro:IPR006235" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3W1" + /translation="MSADSNSTDADPTAHWSFETKQIHAGQHPDPTTNARALPIYATT + SYTFDDTAHAAALFGLEIPGNIYTRIGNPTTDVVEQRIAALEGGVAALFLSSGQAAET + FAILNLAGAGDHIVSSPRLYGGTYNLFHYSLAKLGIEVSFVDDPDDLDTWQAAVRPNT + KAFFAETISNPQIDLLDTPAVSEVAHRNGVPLIVDNTIATPYLIQPLAQGADIVVHSA + TKYLGGHGAAIAGVIVDGGNFDWTQGRFPGFTTPDPSYHGVVFAELGPPAFALKARVQ + LLRDYGSAASPFNAFLVAQGLETLSLRIERHVANAQRVAEFLAARDDVLSVNYAGLPS + SPWHERAKRLAPKGTGAVLSFELAGGIEAGKAFVNALKLHSHVANIGDVRSLVIHPAS + TTHAQLSPAEQLATGVSPGLVRLAVGIEGIDDILADLELGFAAARRFSADPQSVAAF" + gene 3689151..3690290 + /gene="metA" + /locus_tag="BQ2027_MB3373" + CDS 3689151..3690290 + /gene="metA" + /locus_tag="BQ2027_MB3373" + /note="Mb3373, metA, len: 379 aa. Equivalent to Rv3341, + len: 379 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 379 aa overlap). Probable metA, + homoserine o-acetyltransferase (EC 2.3.1.31), equivalent + to O32874|METX_MYCLE|META|ML0682|MLCB1779.11 HOMOSERINE + O-ACETYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (382 aa), + FASTA scores: opt: 2263, E(): 9.2e-129, (85.0% identity in + 380 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + O68640|METX_CORGL|META from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (379 aa), FASTA scores: opt: 1135, + E(): 5.9e-61, (48.5% identity in 371 aa overlap); + Q9AAS1|CC0525 from Caulobacter crescentus (382 aa), FASTA + scores: opt: 860, E(): 2e-44, (40.5% identity in 363 aa + overlap); P94891|METX_LEPME from Leptospira meyeri (379 + aa), FASTA scores: opt: 787, E(): 4.9e-40, (38.2% identity + in 385 aa overlap); etc. BELONGS TO THE AB HYDROLASE + FAMILY, HTA SUBFAMILY. Protein product from Mb3373 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3373 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE META + (HOMOSERINE O-TRANS-ACETYLASE) (HOMOSERINE TRANSACETYLASE) + (HTA)" + /protein_id="SIU02002.1" + /db_xref="GOA:P0A5J9" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR008220" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5J9" + /translation="MTISDVPTQTLPAEGEIGLIDVGSLQLESGAVIDDVCIAVQRWG + KLSPARDNVVVVLHALTGDSHITGPAGPGHPTPGWWDGVAGPGAPIDTTRWCAVATNV + LGGCRGSTGPSSLARDGKPWGSRFPLISIRDQVQADVAALAALGITEVAAVVGGSMGG + ARALEWVVGYPDRVRAGLLLAVGARATADQIGTQTTQIAAIKADPDWQSGDYHETGRA + PDAGLRLARRFAHLTYRGEIELDTRFANHNQGNEDPTAGGRYAVQSYLEHQGDKLLSR + FDAGSYVILTEALNSHDVGRGRGGVSAALRACPVPVVVGGITSDRLYPLRLQQELADL + LPGCAGLRVVESVYGHDGFLVETEAVGELIRQTLGLADREGACRR" + gene 3690287..3691018 + /locus_tag="BQ2027_MB3374" + CDS 3690287..3691018 + /locus_tag="BQ2027_MB3374" + /note="Mb3374, -, len: 243 aa. Equivalent to Rv3342, len: + 243 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 243 aa overlap). Possible + methyltransferase (EC 2.1.1.-), similar to various + proteins e.g. Q9I5X8|PA0558 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (255 aa), FASTA scores: opt: 496, + E(): 4.4e-24, (39.85% identity in 236 aa overlap); + Q9XBC9|CZA382.22c PUTATIVE RRNA METHYLASE from + Amycolatopsis orientalis (259 aa), FASTA scores: opt: 473, + E(): 1.2e-22, (42.45% identity in 245 aa overlap); + Q9UTA8|SPAC25B8.10 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from + Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) (256 aa), FASTA + scores: opt: 470, E(): 1.9e-22, (35.7% identity in 238 aa + overlap); and Q9UTA9|SPAC25B8.09 PUTATIVE + METHYLTRANSFERASE from Schizosaccharomyces pombe (Fission + yeast) (251 aa), FASTA scores: opt: 418, E(): 3.4e-19, + (31.2% identity in 237 aa overlap); etc. Start uncertain. + BELONGS TO THE METHYLTRANSFERASE SUPERFAMILY. Protein + product from Mb3374 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3374 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE METHYLTRANSFERASE (METHYLASE)" + /protein_id="SIU02003.1" + /db_xref="GOA:P65349" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65349" + /translation="MTCSRRDMSLSFGSAVGAYERGRPSYPPEAIDWLLPAAARRVLD + LGAGTGKLTTRLVERGLDVVAVDPIPEMLDVLRAALPQTVALLGTAEEIPLDDNSVDA + VLVAQAWHWVDPARAIPEVARVLRPGGRLGLVWNTRDERLGWVRELGEIIGRDGDPVR + DRVTLPEPFTTVQRHQVEWTNYLTPQALIDLVASRSYCITSPAQVRTKTLDRVRQLLA + THPALANSNGLALPYVTVCVRATLA" + gene complement(3691027..3695043) + /gene="PPE54" + /locus_tag="BQ2027_MB3375C" + CDS complement(3691027..3695043) + /gene="PPE54" + /locus_tag="BQ2027_MB3375C" + /note="Mb3375c, PPE54, len: 1338 aa. Similar to 3' end of + Rv3343c, len: 2523 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.6% identity in 1151 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, MPTR + subgroup of Gly-, Asn-rich proteins. Most similar to + O50379|Rv3350c|MTV004.07c|MTV004_5 from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (3716 aa), FASTA scores: opt: + 4672, E(): 4e-211, (44.2% identity in 3174 aa overlap); + and also similar to MTV004_3, MTCY63_9, MTY13E10_17, + MTY13E10_16, MTCY180_1, MTV050_1, MTCY3C7_23, MTV014_3, + MTCY63_10; etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 3555 bp deletion leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe54" + /protein_id="SIU02004.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X3" + /translation="MSFVVMPPEINSLLIYTGAGPGPLLAAAAAWDELAAELGSAAAA + FGSVTSGLVGGIWQGPSSVAMAAAAAPYAGWLSAAAASAESAAGQARAVVGVFEAALA + ATVDPFVIAANRSRLVSLALSNLFGQNTPAIAAAEFDYELMWAQDVAAMLGYHTGASA + AAEALAPFGSPLASLAAAAEPAKSLAVNLGLANVGLFNAGSGNVGSYNVGAGNVGSYN + VGGGNIGGNNVGLGNVGFGNVGLANSGLTPGLMGLGNIGFGNAGSYNFGLANMGVGNI + GFANTGSGNFGIGLTGDNLTGFGGFNTGSGNVGLFNSGTGNVGFFNSGTGNWGVFNSG + SYNTGIGNSGIASTGLFNAGGFNTGVVNAGSYNTGSFNAGQANTGGFNPGSVNTGWLN + TGDTNTGVANSGDVNTGAFISGNYSNGVLWRGDYQGLLGFSYRPAVLPQTPFLDLTLT + GGLGSVVIPAIDIPAIRPEFSANVAIDSFTVPSIPIPQIDLAATTVSVGLGPITVPHL + DIPRVPVTLNYLFGSQPGGPLKIGPITGLFNTPIGLTPLALSQIVIGASSSQGTITAF + LANLPFSTPVVTIDEIPLLASITGHSEPVDIFPGGLTIPAMNPLSINLSGGTGAVTIP + AITIGEIPFDLVAHSTLGPVHILIDLPAVPGFGNTTGAPSSGFFNSGAGGVSGFGNVG + AMVSGGWNQAPSALLGGGSGVFNAGTLHSGVLNFGSGMSGLFNTSVLGLGAPALVSGL + GSVGQQLSGLLASGTALHQGLVLNFGLADVGLGNVGLGNVGDFNLGAGNVGGFNVGGG + NIGGNNVGLGNVGWGNFGLGNSGLTPGLMGLGNIGFGNAGSYNFGLANMGVGNIGFAN + TGSGNFGIGLTGDNLTGFGGFNTGSGNVGLFNSGTGNVGFFNSGTGNWGVFNSGSYNT + GIGNSGIASTGLFNAGGFNTGVVNAGSYNTGSFNAGQANTGGFNPGSVNTGWLNTGDT + NTGVANSGDVNTGAFISGNYSNGAFWRGDYQGLLGFSYTSTIIPEFTVANIHASGGAG + PIIVPSIQFPAIPLDLSATGHIGGFTIPPVSISPITVRIDPVFDLGPITVQDITIPAL + GLDPATGVTVGPIFSSGSIIDPFSLTLLGFINVNVPAIQTAPSEILPFTVLLSSLGVT + HLTPEITIPGFHIPVDPIHVELPLSVTIGPFVSPEITIPQLPLGLALSGATPAFAFPL + EITIDRIPVVLDVNALLGPINAGLVIPPVPGFGNTTAVPSSGFFNIGGGGGLSGFHNL + GAGMSGVLNAISDPLLGSASGFANFGTQLSGILNRGADISGVYNTGALGLITSALVSG + FGNVGQQLAGLIYTGTGP" + gene complement(3695092..3699105) + /gene="PE_PGRS50b" + /locus_tag="BQ2027_MB3376C" + CDS complement(3695092..3699105) + /gene="PE_PGRS50b" + /locus_tag="BQ2027_MB3376C" + /note="Mb3376c, PE_PGRS50b, len: 1337 aa. Equivalent to + middle part of Rv3345c (PE_PGRS50) and Rv3344c + (PE_PGRS49), len: 1538 aa and 484 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (81.45% identity in 992 aa + overlap and 100.000% identity in 477 aa overlap). Rv3345c: + Member of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins. Similar to AAK47791 from + strain CDC1551 but with some big gaps (after residues 501 + and 1419; and for AAK47791 after residue 991). Similar to + many from Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and + CDC1551 e.g. O53559|Rv3514|MTV023.21 (1489 aa), FASTA + scores: opt: 4508, E(): 7e-161, (52.1% identity in 1529 aa + overlap); MTV004_1, MTV023_21, MTV023_15, MTCY493_4, + MTV039_16, MTV008_46, MTV023_14, MTV023_19, MTV043_26, + MTCY493_2, MTCY441_4; etc. Rv3344c: Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-, ala-rich proteins. Appears to be a gene fragment, + should be in-frame with following ORF, MTV016.45c, + frameshift required around 49595 but could not be found on + checking BAC and cosmid clones. Similar to many from M. + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O53557|Rv3512|MTV023.19 (1079 aa), FASTA scores: opt: + 1595, E(): 1.8e-54, (52.0% identity in 544 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS50 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base deletion (g-*) + splits PE_PGRS50 into 2 parts, PE_PGRS50a and PE_PGRS50b. + Also in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS49 + and PE_PGRS50 exist as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a + single base deletion (c-*) leads to PE_PGRS49 and + PE_PGRS50b existing as a single product." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs49" + /protein_id="SIU02005.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N3" + /translation="MTLAVNQGAGGDGGNGGEVGVGGKGGAGGVSANPALNGSAGANG + TAPTSGGNGGNGGAGATPTVAGENGGAGGNGGHGGSVGNGGAGGAGGNGVAGTGLALN + GGNGGIGGNGGSAAGTGGDGGKGGNGGAGANGQDFSASANGANGGQGGNGGNGGIGGK + GGDAFATFAKAGNGGAGGNGGAAGNGGGGAAGDVTLAINQGAGGAGGNGGNVGVAGQG + GAGGKGAIPAMKGATGADGTAPTSGGDGGNGGNGASPTVAGGNGGDGGKGGSGGNVGN + GGNGGAGGNGAAGQAGTPGPTSGDSGTSGTDGGAGGNGGAGGAGGTLAGHGGNGGKGV + NGGQGGIGGAGERGADGAGPNANGANGENGGSGGNGGDGGAGGNGGAGGKAQAAGYTD + GATGTGGDGGNGGDGGKAGDGGAGANGLNSGAMLPGGGTVGNPGTGGNGGNGGNAGVG + GTGGKAGTGSLTGLDGTDGITPNGGNGGNGGNGGKGGTAGNGSGAAGGNGGNGGSGLN + GGDAGNGGNGGGALNQAGFFGTGGKGGNGGNGGAGMINGGLGGFGGAGGGGAVDVAAT + TGGAGGNGGAGGFASTGLGGPGGAGGPGGAGDFASGVGGVGGAGGDGGAGGVGGFGGQ + GGIGGEGRTGGNGGSGGDGGGGISLGGQGGNGGFGGAGGNGGIGTDAGGAGGAGGAGG + NGGSSKSTTTGNAGSGGAGGNGGTGLNGAGGAGGAGGNAGVAGVSFGNAVGGDGGNGG + NGGHGGDGTTGGAGGKGGNGSSGAASGSGVVNVTAGHGGNGGNGGNSGNSTGVAGLAG + GAAGAGGNGGGTSSAAGHGGSGGNGGSGGSGGSGTTGGAGAAGGNGGAGAGGGSLSTG + QSGGHGGSGGAGGNGGAGSAGNGGAGGAGGNGGAGGNGGGGDAGNAGSGGNGGKGGDG + VGPGSTGGAGGKGGAGANGGSSNGNARGGNAGNGGHGGAGGSGDTGGAGGAGGQGGFG + GTGGSGSGIGGGAGGNGGNGGAGGTGVVLGGKGGDGGNGDHGGPATNPGSGSRGGAGG + SGGNGGAGGNATGSGGKGGAGGNGGDGSFGATSGPASIGVTGAPGGNGGKGGAGGSNP + NGSGGDGGKGGNGGAGGNGGSIGANSGIVGGSGGAGGAGGAGGNGSLSSGEGGKGGDG + GHGGDGVGGNSSVTQGGSGGGGGAGGAGGSGFFGGKGGFGGDGGQGGPNGGGTVGTVA + GGGGNGGVGGRGGDGVFAGAGGQGGLGGQGGNGGGSTGGNGGLGGAGGGGGNAPDGGF + GGNGGKGGQGGIGGGTQSATGLGGDGGDGGDGGNGGNSGAKAGGAGGKGQAGQPNSGT + EPGFGGDGGLGGAGATP" + gene complement(3699102..3700721) + /gene="PE_PGRS50a" + /locus_tag="BQ2027_MB3377C" + CDS complement(3699102..3700721) + /gene="PE_PGRS50a" + /locus_tag="BQ2027_MB3377C" + /note="Mb3377c, PE_PGRS50a, len: 539 aa. Equivalent to 5' + end of Rv3345c, len: 1538 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (88.25% identity in 315 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins. Similar to + AAK47791 from strain CDC1551 but with some big gaps (after + residues 501 and 1419; and for AAK47791 after residue + 991). Similar to many from Mycobacterium tuberculosis + strains H37Rv and CDC1551 e.g. O53559|Rv3514|MTV023.21 + (1489 aa), FASTA scores: opt: 4508, E(): 7e-161, (52.1% + identity in 1529 aa overlap); MTV004_1, MTV023_21, + MTV023_15, MTCY493_4, MTV039_16, MTV008_46, MTV023_14, + MTV023_19, MTV043_26, MTCY493_2, MTCY441_4; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PE_PGRS50 exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a single base deletion (g-*) + splits PE_PGRS50 into 2 parts, PE_PGRS50a and PE_PGRS50b." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PE-PGRS FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02006.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L8" + /translation="MVMSLMVAPELVAAAAADLTGIGQAISAANAAAAGPTTQVLAAA + GDEVSAAIAALFGTHAQEYQALSARVATFHEQFVRSLTAAGSAYATAEAANASPLQAL + EQQVLGAINAPTQLWLGRPLIGDGVHGAPGTGQPGGAGGLLWGNGGNGGSGAAGQVGG + PGGAAGLFGNGGSGGSGGAGAAGGVGGSGGWLNGNGGAGGAGGTGANGGAGGNAWLFG + AGGSGGAGTNGGVGGSGGFVYGNGGAGGIGGIGGIGGNGGDAGLFGNGGAGGPGPRAC + RVPPASTAATAATAATAEPAATAGAAGYWLATAGPAGPAASAATVVRAALAIRVSPST + TVPAVTAVTAATPAWAGPVGPAACWRVRTVPPAPPPPAAATAAMAASAPPPTHPYKPA + GPAVMAVMAGWSATAAPAAPAVPVMRVPPALPVPPYNRRAVTAPMAAPGATAVMAEMA + APSTATAASAARAVPAVAAAPAETDSTPPPWVRPVPMAVWAATAARAVTAVVAAPAAP + RSPAPPARPGTAAPAVTAARPVMAEPVPPVM" + gene complement(3701145..3701402) + /locus_tag="BQ2027_MB3378C" + CDS complement(3701145..3701402) + /locus_tag="BQ2027_MB3378C" + /note="Mb3378c, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv3346c, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to mycobacterium hypothetical + proteins O50384|Rv3355c|MTV004.12c from strain H37Rv (97 + aa), FASTA scores: opt: 413, E(): 4.6e-23, (85.55% + identity in 97 aa overlap); O32878|MLCB1779.16c|ML0675 + from Mycobacterium leprae (91 aa), FASTA scores: opt: 349, + E(): 1.7e-18, (67.35% identity in 95 aa overlap). Mb3378c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved transmembrane protein" + /protein_id="SIU02007.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3X4" + /db_xref="InterPro:IPR021385" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X4" + /translation="MTVRAVLRRTVGAQWPILAGVNFWRRGALLIGIGVGVAAVLRLV + LSEERAGLLVVRSKGIDFVTTVTVAAAMVYIASTIDPLGTG" + gene complement(3701658..3704843) + /gene="PPE55b" + /locus_tag="BQ2027_MB3379C" + CDS complement(3701658..3704843) + /gene="PPE55b" + /locus_tag="BQ2027_MB3379C" + /note="Mb3379c, PPE55b, len: 1061 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3347c, len: 3157 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.812% identity in 1061 aa overlap). + Member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, Gly-, + Ala-, Asn-rich protein. Similar to many from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551, e.g. + O50379|Rv3350c|MTV004.07c (3716 aa), FASTA scores: opt: + 6497, E(): 0, (61.65% identity in 3756 aa overlap); and + other upstream ORFs MTV004_5, MTY13E10_15, MTCY28_16, + MTCY63_9, MTY13E10_17, MTCY180_1; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE55 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (g-*) splits PPE55 into 2 parts, PPE55a and + PPE55b. Mb3379c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02008.1" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y453" + /translation="MNSGAGNIGLFNSGTGNIGFFNSGTGNWGLFNSGSFNTGIGNSG + TGSTGLFNAGGFTTGLANAGSYNTGSFNVGDTNTGGFNPGSINTGWFNTGNANTGIAN + SGNVDTGALMSGNFSNGILWRGNYEGLFSYSYSLDVPRITILDAHFTGAFGPVVVPPI + PVPAINAHLTGNAAMGAFTIPQIDIPALNPNVTGSVGFGPIAVPSVTIPALTAARAVL + DMAASVGATSEIEPFIVWTSSGAIGPTWYSVGRIYNAGDLFVGGNIISGIPTLSTTGP + VHAVFNAASQAFNTPALNIHQIPLGFQVPGSIDAITLFPGGLTFPANSLLNLDVFVGT + PGATIPAITFPEIPANADGELYVIAGNIPLINIPPTPGIGNTTTVPSSGFFNTGAGGG + SGFGNFGANMSGWWNQAHTALAGAGSGIANVGTLHSGVLNLGSGLSGIYNTSTLPLGT + PALVSGLGNVGDHLSGLLASNVGQNPITIVNIGLANVGNGNVGLGNIGNLNLGAANIG + DVNLGFGNIGDVNLGFGNIGGGNVGFGNIGDANFGFGNSGLAAGLAGMGNIGLGNAGS + GNVGWANMGLGNIGFGNTGTNNLGIGLTGDNQSGIGGLNSGTGNIGLFNSGTGNIGFF + NSGTANFGLFNSGSYNTGIGNSGVASTGLVNAGGFNTGVANAGSYNTGSFNAGDTNTG + GFNPGSTNTGWFNTGNANTGVANAGNVNTGALITGNFSNGILWRGNYEGLAGFSFGYP + IPLFPAVGADVTGDIGPATIIPPIHIPSIPLGFAAIGHIGPISIPNIAIPSIHLGIDP + TFDVGPITVDPITLTIPGLSLDAAVSEIRMTSGSSSGFKVRPSFSFFAVGPDGMPGGE + VSILQPFTVAPINLNPTTLHFPGFTIPTGPIHIGLPLSLTIPGFTIPGGTLIPQLPLG + LGLSGGTPPFDLPTVVIDRIPVELHASTTIGPVSLPIFGFGGAPGFGNDTTAPSSGFF + NTGGGGGSGFSNSGSGMSGVLNAISDPLLGSASGFANFGTQLSGILNRGAGISGVYNT + GTLGLVTSAFVSGFMNVGQQLSGLLFAGTGP" + gene complement(3704840..3711130) + /gene="PPE55a" + /locus_tag="BQ2027_MB3380C" + CDS complement(3704840..3711130) + /gene="PPE55a" + /locus_tag="BQ2027_MB3380C" + /note="Mb3380c, PPE55a, len: 2096 aa. Similar to 5' end of + Rv3347c, len: 3157 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 2044 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, Gly-, Ala-, + Asn-rich protein. Similar to many from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551, e.g. + O50379|Rv3350c|MTV004.07c (3716 aa), FASTA scores: opt: + 6497, E(): 0, (61.65% identity in 3756 aa overlap); and + other upstream ORFs MTV004_5, MTY13E10_15, MTCY28_16, + MTCY63_9, MTY13E10_17, MTCY180_1; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE55 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (g-*) splits PPE55 into 2 parts, PPE55a and + PPE55b. Mb3380c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02009.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y7" + /translation="MNFPVLPPEINSVLMYSGAGSSPLLAAAAAWDGLAEELGSAAVS + FGQVTSGLTAGVWQGAAAAAMAAAAAPYAGWLGSVAAQAVAVAGQARAAVAAFEAALA + ATVDPAAVAVNRMAMRALAMSNLLGQNAAAIAAVEAEYELMWAADVAAMAGYHSGASA + AAAALPAFSPPAQALGGGVGAFLNAIFAGPAKMLRLNAGLGNVGNYNVGLGNVGIFNL + GAANVGAQNLGAANAGSGNFGFGNIGNANFGFGNSGLGLPPGMGNIGLGNAGSSNYGL + ANLGVGNIGFANTGSNNIGIGLTGDNLTGIGGLNSGTGNLGLFNSGTGNIGFFNSGTG + NFGVFNSGSYNTGVGNAGTASTGLFNVGGFNTGVANVGSYNTGSFNAGNTNTGGFNPG + NVNTGWLNTGNTNTGIANSGNVNTGAFISGNFSNGVLWRGDYEGLWGLSGGSTIPAIP + IGLELNGGVGPITVLPIQILPTIPLNIHQTFSLGPLVVPDIVIPAFGGGTAIPISVGP + ITISPITLFPAQNFNTTFPVGPFFGLGVVNISGIEIKDLAGNVTLQLGNLNIDTRINQ + SFPVTVNWSTPAVTIFPNGISIPNNPLALLASASIGTLGFTIPGFTIPAAPLPLTIDI + DGQIDGFSTPPITIDRIPLNLGASVTVGPILINGVNIPATPGFGNTTTAPSSGFFNSG + DGGVSGFGNFGAGSSGWWNQAQTEVAGAGSGFANFGSLGSGVLNFGSGVSGLYNTGGL + PPGTPAVVSGIGNVGEQLSGLSSAGTALNQSLIINLGLADVGSVNVGFGNVGDFNLGA + ANIGDLNVGLGNVGGGNVGFGNIGDANFGLGNAGLAAGLAGVGNIGLGNAGSGNVGFG + NMGVGNIGFGNTGTNNLGIGLTGDNQTGIGGLNSGAGNIGLFNSGTGNVGLFNSGTGN + FGLFNSGGYNTGIGNGGTGSTGLFNAGNFNTGVANPGSYNTGSFNVGDTNTGGFNPGS + INTGWFNTGNANTGVANSGTVNTGAFITGNDSNGILWRGNFEGLFGLNVGITIPEFPI + HWTSTGGIGPIIIPDTTILPPIHLGLTGQANYGFAVPDIPIPAIHIDFDGAADAGFTA + SATTLLSALGITGQFRFGPITVSNVQLNPFNVNLKLQFLHDAFPNEFPDPTISVQIQV + AIPLTSATLGGLALPLQQTIDAIELPAISFSQSIPIDIPPIDIPASTINGISMSEVVP + IDVSVDIPAVTITGTRIDPIPLNFDVLSSAGPINISIIDIPALPGFGNSTELPSSGFF + NTGGGGGSGIANFGAGVSGLLNQASSPMVGTLSGLGNAGSLASGVLNSGVDISGMFNV + STLGSAPAVISGFGNLGNHVSGVSIDGLLAMLTSGGSGGSGQPSIIDAAIAELRHLNP + LNIVNLGNVGSYNLGFANVGDVNLGAGNLGNLNLGGGNLGGQNLGLGNLGDGNVGFGN + LGHGNVGFGNSGLGALPGIGNIGLGNAGSNNVGFGNMGLGNIGFGNTGTNNLGIGLTG + DNQTGFGGLNSGAGNLGLFNSGTGNIGFFNTGTGNWGLFNSGSYNTGIGNSGTGSTGL + FNAGSFNTGLANAGSYNTGSLNAGNTNTGGFNPGNVNTGWFNAGHTNTGGFNTGNVNT + AAFNSGSFNNGALWTGDHHGLVGFSYSIEITGSTLVDINETLNLGPVHIDQIDIPGMS + LFDIHELVNIGPFRIEPIDVPAVVLDIHETMVIPPIVFLPSMTIGGQTYTIPLDTPPA + PAPPPFRLPLLFVNALGDNWIVGASNSTGMSGGFVTAPTQGILIHTGPSSATTGSLAL + TLPTVTIPTITTSPIPLKIDVSGGLPAFTLFPGGLNIPQNAIPLTIDASGVLDPITIF + PGGFTIDPLPLSLALNISVPDSSVPIIIVPPTPGFGNATATPSSGFFNSGAGGVSGFG + NFGAGSSGWWNQAHAALAGAGSGVLNVGTLNSGVLNVGSGISGLYNTAIVGLGTPALV + SGAGNVGQQLSGVLAAGTALTQSPIINLGLADVGNYNLGLGNVGDFNLGAANLGDLNL + GLGNIGNANVGFGNIGHGNVGFGNSGLGRRSASAISGWAMRAAPTLAWPTWVWATSGS + PTPAPTTSGLGWPATTRPASAA" + gene order(3706864..3707893,3711277..3712306) + /locus_tag="BQ2027_IS1608'-1" + mobile_element 3706864..3707893 + /locus_tag="BQ2027_IS1608'-1" + /note="IS1608'-1, len: 1030 nt. Equivalent to IS1608',len: + 489 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 489 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1608" + gene 3711710..3712201 + /locus_tag="BQ2027_MB3381" + CDS 3711710..3712201 + /locus_tag="BQ2027_MB3381" + /note="Mb3381, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv3348, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Probable transposase, + partially similar to several insertion elements e.g. + P19834|YI11_STRCL INSERTION ELEMENT IS116 HYPOTHETICAL + 44.8 KDA PROTEIN (SIMILAR TO IS900 OF MYCOBACTERIUM + PARATUBERCULOSIS) from Streptomyces clavuligerus (399 aa), + FASTA scores: opt: 146, E(): 0.016, (29.1% identity in 158 + aa overlap). Mb3381 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02010.1" + /db_xref="GOA:A0A0G2QBZ4" + /db_xref="InterPro:IPR002525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A0G2QBZ4" + /translation="MTAENPGRSRRTLVGIDAAITACHHIAIRDDVGARSIRFSVEPT + LAGLRTLTDKLSGYDDIDATVEPTSMTWLPLTIAVENAGDTMHMAGARHCARLRGAIV + GKSKSDVIDAEVLTRASEVFDLTPLTLPTPAQLALRRSVIRRAGAVIDANRSWRRLMS + LAR" + gene complement(3712238..3712978) + /locus_tag="BQ2027_IS1561'" + gene complement(3712238..3712978) + /locus_tag="BQ2027_MB3382C" + CDS complement(3712238..3712978) + /locus_tag="BQ2027_MB3382C" + /note="Mb3382c, -, len: 246 aa. Equivalent to + Rv3349c,IS1561', len: 246 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 246 aa + overlap). Probable transposase pseudogene fragment, + similar to part of Q50911|U10634 IS204 PUTATIVE + TRANSPOSASE from NOCARDIA ASTEROIDES (377 aa), FASTA + scores: opt: 288, E(): 8.3e-11, (48.5% identity in 97 aa + overlap); and others." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02011.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X9" + /translation="MAIDPAAAYASAIRTPGLLPNAKLVVDHFHVTTLANDALTAVRR + RVTWAFHDRRGRKIDPQWANRRRLLTARERLSDKSFAKMRNRINAVDPRAQILSAWIA + KEELRTLLSTVRTGGDPHLARHHLHRFLPGASTRRSPNCSPWPPPLTSHPRSTPSWSP + ASPTRASVVGEVAEMLGDIDGQCVQVEVPVPERGPAGCGGLDGLGRAGVSATPRVCAA + MTAVNVAGRCAGQQADVGPTPQHRCRGR" + mobile_element complement(3712238..3712978) + /locus_tag="BQ2027_IS1561'" + /note="IS1561', len: 738 nt. Equivalent to IS1561', len: + 738 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 738 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1561" + gene complement(3713892..3717551) + /gene="PPE56d" + /locus_tag="BQ2027_MB3383C" + CDS complement(3713892..3717551) + /gene="PPE56d" + /locus_tag="BQ2027_MB3383C" + /note="Mb3383c, PPE56d, len: 1219 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3350c, len: 3716 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.000% identity in 1219 aa overlap). + Member of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of + Gly-, Ala-, Asn-rich proteins, similar to many + Mycobacterium tuberculosis proteins from strains H37Rv and + CDC1551, e.g. O50378|Rv3347c|MTV004.03c (3157 aa), FASTA + scores: opt: 6497, E(): 0, (61.65% identity in 3756 aa + overlap); MTCY28_16, MTV050_2, MTY13E10_17, MTCY63_10, + MTCY180_1, MTCY63_9, MTV050_1, MTV014_3, MTY13E10_15; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE56 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts due to single base + transversion (c-a) and a single base deletion (g-*) splits + PPE56 into 3 parts, PPE56a, PPE56b and PPE56d. Mb3383c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [THIRD PART]" + /protein_id="SIU02012.1" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3X8" + /translation="MLNVGTLGSGVLNVGSGVSGIYNTSVLPLGTPAVLSGLGNVGHQ + LSGVSAAGTALNQIPILNIGLADVGNFNVGFGNVGDVNLGAANLGAQNLGLGNVGTGN + LGFANVGHGNIGFGNSGLTAGAAGLGNTGFGNAGSANYGFANQGVRNIGLANTGTGNI + GIGLVGDNLTGIGGLNSGAGNIGLFNSGTGNIGFFNSGTGNFGIGNSGSFNTGIGNSG + TGSTGLFNAGSFNTGVANAGSYNTGSFNAGDTNTGGFNPGTINTGWFNTGHTNTGIAN + SGNVGTGAFMSGNFSNGLLWRGDHEGLFSLFYSLDVPRITIVDAHLDGGFGPVVLPPI + PVPAVNAHLTGNVAMGAFTIPQIDIPALTPNITGSAAFRIVVGSVRIPPVSVIVEQII + NASVGAEMRIDPFEMWTQGTNGLGITFYSFGSADGSPYATGPLVFGAGTSDGSHLTIS + ASSGAFTTPQLETGPITLGFQVPGSVNAITLFPGGLTFPATSLLNLDVTAGAGGVDIP + AITWPEIAASADGSVYVLASSIPLINIPPTPGIGNSTITPSSGFFNAGAGGGSGFGNF + GAGTSGWWNQAHTALAGAGSGFANVGTLHSGVLNLGSGVSGIYNTSTLGVGTPALVSG + LGNVGHQLSGLLSGGSAVNPVTVLNIGLANVGSHNAGFGNVGEVNLGAANLGAHNLGF + GNIGAGNLGFGNIGHGNVGVGNSGLTAGVPGLGNVGLGNAGGNNWGLANVGVGNIGLA + NTGTGNIGIGLTGDYQTGIGGLNSGAGNLGLFNSGAGNVGFFNTGTGNFGLFNSGSFN + TGVGNSGTGSTGLFNAGSFNTGVANAGSYNTGSFNVGDTNTGGFNPGSINTGWLNAGN + ANTGVANAGNVNTGAFVTGNFSNGILWRGDYQGLAGFAVGYTLPLFPAVGADVSGGIG + PITVLPPIHIPPIPVGFAAVGGIGPIAIPDISVPSIHLGLDPAVHVGSITVNPITVRT + PPVLVSYSQGAVTSTSGPTSEIWVKPSFFPGIRIAPSSGGGATSTQGAYFVGPISIPS + GTVTFPGFTIPLDPIDIGLPVSLTIPGFTIPGGTLIPTLPLGLALSNGIPPVDIPAIV + LDRILLDLHADTTIGPINVPIAGFGGAPGFGNSTTLPSSGFFNTGAGGGSGFSNTGAG + MSGLLNAMSDPLLGSASGFANFGTQLSGILNRGAGISGVYNTGALGVVTAAVVSGFGN + VGQQLSGLLFTGVGP" + gene complement(3717545..3723679) + /gene="PPE56b" + /locus_tag="BQ2027_MB3384C" + CDS complement(3717545..3723679) + /gene="PPE56b" + /locus_tag="BQ2027_MB3384C" + /note="Mb3384c, PPE56b, len: 2044 aa. Equivalent to middle + part of Rv3350c, len: 3716 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.8% identity in 2018 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PPE + family of Gly-, Ala-, Asn-rich proteins, similar to many + M. tuberculosis proteins from strains H37Rv and CDC1551, + e.g. O50378|Rv3347c|MTV004.03c (3157 aa), FASTA scores: + opt: 6497, E(): 0, (61.65% identity in 3756 aa overlap); + MTCY28_16, MTV050_2, MTY13E10_17, MTCY63_10, MTCY180_1, + MTCY63_9, MTV050_1, MTV014_3, MTY13E10_15; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE56 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts due to single base + transversion (c-a) and a single base deletion (g-*) splits + PPE56 into 3 parts, PPE56a, PPE56b and PPE56d." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02013.1" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y3" + /translation="MLNGDIGPITIQPIPILPTIPLSIHQTVNLGPLVVPDIVIPAFG + GGIGIPINIGPLTITPITLFAQQTFVNQLPFPTFSLGKITIPQIQTFDSNGQLVSFIG + PIVIDTTIPGPTNPQIDLTIRWDTPPITLFPNGISAPDNPLGLLVSVSISNPGFTIPG + FSVPAQPLPLSIDIEGQIDGFSTPPITIDRIPLTVGGGVTIGPITIQGLHIPAAPGVG + NTTTAPSSGFFNSGAGGVSGFGNVGAGSSGWWNQAPSALLGAGSGVGNVGTLGSGVLN + LGSGISGFYNTSVLPFGTPAAVSGIGNLGQQLSGVSAAGTTLRSMLAGNLGLANVGNF + NTGFGNVGDVNLGAANIGGHNLGLGNVGDGNLGLGNIGHGNLGFANLGLTAGAAGVGN + VGFGNAGINNYGLANMGVGNIGFANTGTGNIGIGLVGDHRTGIGGLNSGIGNIGLFNS + GTGDVGFFNSGTGNFGIGNSGRFNTGIGNSGTASTGLFNAGSFSTGIANTGDYNTGSF + NAGDTNTGGFNPGGINTGWFNTGHANTGLANAGTFGTGAFMTGDYSNGLLWRGGYEGL + VGVRVGPTISQFPVTVHAIGGVGPLHVAPVPVPAVHVEITDATVGLGPFTVPPISIPS + LPIASITGSVDLAANTISPIRALDPLAGSIGLFLEPFRLSDPFITIDAFQVVAGVLFL + ENIIVPGLTVSGQILVTPTPIPLTLNLDTTPWTLFPNGFTIPAQTPVTVGMEVANDGF + TFFPGGLTFPRASAGVTGLSVGLDAFTLLPDGFTLDTVPATFDGTILIGDIPIPIIDV + PAVPGFGNTTTAPSSGFFNTGGGGGSGFANVGAGTSGWWNQGHDVLAGAGSGVANAGT + LSSGVLNVGSGISGWYNTSTLGAGTPAVVSGIGNLGQQLSGFLANGTVLNRSPIVNIG + WADVGAFNTGLGNVGDLNWGAANIGAQNLGLGNLGSGNVGFGNIGAGNVGFANSGPAV + GLAGLGNVGLSNAGSNNWGLANLGVGNIGLANTGTGNIGIGLVGDYQTGIGGLNSGSG + NIGLFNSGTGNVGFFNTGTGNFGLFNSGSFNTGIGNSGTGSTGLFNAGNFNTGIANPG + SYNTGSFNVGDTNTGGFNPGDINTGWFNTGIMNTGTRNTGALMSGTDSNGMLWRGDHE + GLFGLSYGITIPQFPIRITTTGGIGPIVIPDTTILPPLHLQITGDADYSFTVPDIPIP + AIHIGINGVVTVGFTAPEATLLSALKNNGSFISFGPITLSNIDIPPMDFTLGLPVLGP + ITGQLGPIHLEPIVVAGIGVPLEIEPIPLDVISLSESIPIRIPVDIPASVIDGISMSE + VVPIDASVDIPAVTITGTTISAIPLGFDIRTSAGPLNIPIIDIPAAPGFGNSTQMPSS + GFFNTGAGGGSGIGNLGAGVSGLLNQAGAGSLVGTLSGLGNAGTLASGVLNSGTAISG + LFNVSTLDATTPAVISGFSNLGDHMSGVSIDGLIAILTFPPAESVFDQIIDAAIAELQ + HLDIGNALALGNVGGVNLGLANVGEFNLGAGNVGNINVGAGNLGGSNLGLGNVGTGNL + GFGNIGAGNFGFGNAGLTAGAGGLGNVGLGNAGSGSWGLANVGVGNIGLANTGTGNIG + IGLTGDYRTGIGGLNSGTGNLGLFNSGTGNIGFFNTGTGNFGLFNSGSYSTGVGNAGT + ASTGLFNAGNFNTGLANAGSYNTGSLNVGSFNTGGVNPGTVNTGWFNTGHTNTGLFNT + GNVNTGAFNSGSFNNGALWTGDYHGLVGFSFSIDIAGSTLLDLNETLNLGPIHIEQID + IPGMSLFDVHEIVEIGPFTIPQVDVPAIPLEIHESIHMDPIVLVPATTIPAQTRTIPL + DIPASPGSTMTLPLISMRFEGEDWILGSTAAIPNFGDPFPAPTQGITIHTGPGPGTTG + ELKISIPGFEIPQIATTRFLLDVNISGGLPAFTLFAGGLTIPTNAIPLTIDASGALDP + ITIFPGGYTIDPLPLHLALNLTVPDSSIPIIDVPPTPGFGNTTATPSSGFFNSGAVGC + RGSETSGRTCRAGGTRRRARWRGRDRGC" + gene complement(3723737..3725041) + /gene="PPE56a" + /locus_tag="BQ2027_MB3385C" + CDS complement(3723737..3725041) + /gene="PPE56a" + /locus_tag="BQ2027_MB3385C" + /note="Mb3385c, PPE56a, len: 434 aa. Equivalent to 5' end + of Rv3350c, len: 3716 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 434 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family of Gly-, + Ala-, Asn-rich proteins, similar to many Mycobacterium + tuberculosis proteins from strains H37Rv and CDC1551, e.g. + O50378|Rv3347c|MTV004.03c (3157 aa), FASTA scores: opt: + 6497, E(): 0, (61.65% identity in 3756 aa overlap); + MTCY28_16, MTV050_2, MTY13E10_17, MTCY63_10, MTCY180_1, + MTCY63_9, MTV050_1, MTV014_3, MTY13E10_15; etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, PPE56 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, 2 frameshifts due to single base + transversion (c-a) and a single base deletion (g-*) splits + PPE56 into 3 parts, PPE56a, PPE56b and PPE56d." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PPE FAMILY PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02014.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y6" + /translation="MEFPVLPPEINSVLMYSGAGSSPLLAAAAAWDGLAEELGSAAVS + FGQVTSGLTAGVWQGAAAAAMAAAAAPYAGWLGSVAAAAEAVAGQARVVVGVFEAALA + ATVDPALVAANRARLVALAVSNLLGQNTPAIAAAEAEYELMWAADVAAMAGYHSGASA + AAAALPAFSPPAQALGGGVGAFLTALFASPAKALSLNAGLGNVGNYNVGLGNVGVFNL + GAGNVGGQNLGFGNAGGTNVGFGNLGNGNVGFGNSGLGAGLAGLGNIGLGNAGSSNYG + FANLGVGNIGFGNTGTNNVGVGLTGNHLTGIGGLNSGTGNIGLFNSGTGNVGFFNSGT + GNFGVFNSGNYNTGVGNAGTASTGLFNAGNFNTGVVNVGSYNTGSFNAGDTNTGGFNP + GGVNTGWLNTGNTNTGIANSGNVNTGAFISGNFNNGVLWVGD" + gene complement(3725285..3726079) + /locus_tag="BQ2027_MB3386C" + CDS complement(3725285..3726079) + /locus_tag="BQ2027_MB3386C" + /note="Mb3386c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv3351c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to C-terminal region (aa 292-479) of + O53608|Rv0063|MTV030.06 OXIDOREDUCTASE from M. + tuberculosis (479 aa), FASTA scores: opt: 699, E(): + 1.7e-36, (54.75% identity in 190 aa overlap). Shows some + similarity to Q9KYD6|SCD72A.20 PUTATIVE LIPOPROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (403 aa), FASTA + scores: opt: 192, E(): 9.1e-05, (27.9% identity in 154 aa + overlap); and P71091|YGAK HYPOTHETICAL 54.4 KDA PROTEIN + from Bacillus subtilis (480 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 0.0014, (26.5% identity in 166 aa overlap). Note that + the two upstream ORFs Rv3352c and Rv3353c also show + similarity to Rv0063 (MTV030_7). Sequence was checked but + no errors found." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative oxidoreductase" + /protein_id="SIU02015.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5N9" + /db_xref="InterPro:IPR012951" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N9" + /translation="MLASCPARSGAAVADAIKSAVGVQPSGVEHKTLRRMDLVRYLAG + GHTTYPPEGFVAGSDVIGTTNPAAAQAIVAAIGTWPPAAGRASALIDSLGGAVGDMDP + EGSAFPWCRQSAVVQWYVNTPSDGQVATANKWLSDAHHAVQHFSVGGYVNYLEANAAA + SQYFGANLSRLTTVRRKYDPDRIMYSGLDFSTRQVAERLLPALGFRVRFGVLVIRCAL + CTDTVKRLGTLPNLTWSRLKVNVAVTQEQAGVMDLPALPVRRTPRR" + gene complement(3726161..3726532) + /locus_tag="BQ2027_MB3387C" + CDS complement(3726161..3726532) + /locus_tag="BQ2027_MB3387C" + /note="Mb3387c, -, len: 123 aa. Equivalent to Rv3352c, + len: 123 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 123 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to part of several + oxidoreductases (and hypothetical proteins) from diverse + organisms e.g. Q9KYD6|SCD72A.20 PUTATIVE LIPOPROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (403 aa), FASTA + scores: opt: 348, E(): 7.9e-15, (51.0% identity in 102 aa + overlap); BAB53081|MLR6875 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (479 aa), FASTA + scores: opt: 262, E(): 2.3e-09, (53.85% identity in 78 aa + overlap); O94206|OX1 OXIDOREDUCTASE from Claviceps + purpurea (Ergot fungus) (483 aa), FASTA scores: opt: 245, + E(): 2.7e-08, (42.6% identity in 115 aa overlap); + Q9KHK2|ENCM PUTATIVE FAD-DEPENDENT OXYGENASE ENCM from + Streptomyces maritimus (464 aa), FASTA scores: opt: 238, + E(): 7.2e-08, (43.95% identity in 91 aa overlap); etc. + Also highly similar to part of O53608|Rv0063|MTV030.06 + OXIDOREDUCTASE (479 aa), FASTA scores: opt: 599, E(): + 1.6e-30, (71.55% identity in 123 aa overlap); and to other + Mycobacterium tuberculosis proteins e.g. Rv3353c and + Rv3351c. All show similarity to a family of + oxidoreductases in M. tuberculosis, suggesting that + frameshift mutations may have occurred. Sequence has been + checked but no errors were found." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02016.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P0" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P0" + /translation="MSAATDLYAVHQALAGESRAIPTGSCPTVGVAGLTLGGGLGADS + RHAGLTCDALKSATVVLPGGDAVSASADDHAELFWALRGGGGGNFGVTTSMTFARFPT + ADCDVVRVDFAPSAAAQVLVG" + gene complement(3726675..3726935) + /locus_tag="BQ2027_MB3388C" + CDS complement(3726675..3726935) + /locus_tag="BQ2027_MB3388C" + /note="Mb3388c, -, len: 86 aa. Equivalent to Rv3353c, len: + 86 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 86 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity to Q9X5Q4|MITR MITR PROTEIN from + Streptomyces lavendulae (514 aa), FASTA scores: opt: 134, + E(): 0.09, (29.5% identity in 78 aa overlap); and weak to + Q49720|B1549_C3_218 from Mycobacterium leprae (222 aa), + FASTA scores: opt: 99, E(): 8.8, (32.9% identity in 76 aa + overlap). But highly similar to N-terminal part of + O53608|Rv0063|MTV030.06 OXIDOREDUCTASE from M. + tuberculosis (479 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): + 4.9e-13, (52.9% identity in 87 aa overlap); and some + similarity can be found with Rv3352c and Rv3351c. All show + similarity to a family of oxidoreductases in M. + tuberculosis, suggesting that frameshift mutations may + have occurred. Sequence has been checked but no errors + were found. Start changed since original submission. + Mb3388c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative oxidoreductase" + /protein_id="SIU02017.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Y5" + /translation="MSRQTFLRGAVGAPATSAVFPTILARATPGDGWASLASSIGGQV + LLPANGRAFTSGKQIFNSNYSGLNPAAVVTVASQADVRKAVS" + gene 3727050..3727439 + /locus_tag="BQ2027_MB3389" + CDS 3727050..3727439 + /locus_tag="BQ2027_MB3389" + /note="Mb3389, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv3354, len: + 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 129 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent (but shorter 29 aa) to Q9CCM4|ML0676 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (158 aa), + FASTA scores: opt: 467, E(): 3.3e-21, (55.9% identity in + 127 aa overlaps). Highly similar to + O33192|LPRJ|Rv1690|MTCI125.12 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (127 aa), FASTA scores: opt: + 329, E(): 4.7e-13, (46.95% identity in 115 aa overlap); + and also similar to other Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. O07222|Rv1810|MTCY16F9.04c (118 + aa), FASTA scores: opt: 195, E(): 4.2e-05, (37.15% + identity in 113 aa overlap); MTCI125_11, MTCY16F9_4, + MTV049_25. Protein product from Mb3389 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3389 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible lipoprotein LprJ" + /protein_id="SIU02018.1" + /db_xref="InterPro:IPR007969" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y459" + /translation="MNLRRHQTLTLRLLAASAGILSAAAFAAPAQANPVDDAFIAALN + NAGVNYGDPVDAKALGQSVCPILAEPGGSFNTAVASVVARAQGMSQDMAQTFTSIAIS + MYCPSVMADAASGNLPALPDMPGLPGS" + gene complement(3727453..3727746) + /locus_tag="BQ2027_MB3390C" + CDS complement(3727453..3727746) + /locus_tag="BQ2027_MB3390C" + /note="Mb3390c, -, len: 97 aa. Equivalent to Rv3355c, len: + 97 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 97 aa overlap). Hypothetical protein, + equivalent to O32878|MLCB1779.16c|ML0675 HYPOTHETICAL 9.6 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (91 aa), FASTA + scores: opt: 439, E(): 3.9e-23, (78.9% identity in 90 aa + overlap). Identical, but with a gap, to + O50377|Rv3346c|MTV004.02c HYPOTHETICAL 8.9 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (85 aa), FASTA scores: + opt: 413, E(): 2.1e-21, (85.55% identity in 97 aa + overlap). Also some similarity to other proteins e.g. + Q9K3J5|SC2A6.10 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (178 aa), FASTA scores: opt: 147, + E(): 0.003, (31.25% identity in 80 aa overlap). Mb3390c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable integral membrane protein" + /protein_id="SIU02019.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Z7" + /db_xref="InterPro:IPR021385" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z7" + /translation="MTVRAVFRRTVGAQWPILLVGSIFAVGFVLAGANFWRRGALLIG + IGVGVAAVLRLVLSEERAGLLVVRSKGIDFVTTVTVAAAMVYIASTIDPLGTG" + gene complement(3727743..3728588) + /gene="folD" + /locus_tag="BQ2027_MB3391C" + CDS complement(3727743..3728588) + /gene="folD" + /locus_tag="BQ2027_MB3391C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3391c, folD, len: 281 aa. Equivalent to Rv3356c, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 281 aa overlap). Probable folD, + bifunctional enzyme include methylenetetrahydrofolate + dehydrogenase (EC 1.5.1.5) and methenyltetrahydrofolate + cyclohydrolase (EC 3.5.4.9), equivalent to + O32879|FOLD|ML0674 METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE + (PUTATIVE METHYLENETETRAHYDROFOLATE + DEHYDROGENASE/METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE) + from Mycobacterium leprae (282 aa), FASTA scores: opt: + 1624, E(): 1.2e-93, (86.45% identity in 281 aa overlap). + Also similar to many others e.g. Q9K3J6|FOLD from + Streptomyces coelicolor (284 aa), FASTA scores: opt: 1223, + E(): 9.5e-69, (66.65% identity in 279 aa overlap); + Q9K966|FOLD from Bacillus halodurans (279 aa), FASTA + scores: opt: 886, E(): 7.7e-48, (47.15% identity in 280 aa + overlap); P54382|FOLD_BACSU from Bacillus subtilis (283 + aa), FASTA scores: opt: 820, E(): 9.7e-44, (45.7% identity + in 280 aa overlap); P51696|FOLD_PHOPO from Photobacterium + phosphoreum (285 aa), FASTA scores: opt: 778, E(): 4e-41, + (44.9% identity in 283 aa overlap); + P24186|FOLD_ECOLI|ADS|B0529 from Escherichia coli (287 + aa), FASTA scores: opt: 741, E(): 0,44.4, (44.4% identity + in 277 aa overlap); etc. Also highly similar to MLCB1779_9 + from Mycobacterium leprae cosmid B1779 (282 aa) (86.5% + identity in 281 aa overlap). SIMILAR TO OTHER + DEHYDROGENASE/CYCLOHYDROLASE ENZYMES OR DOMAINS. Protein + product from Mb3391c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3391c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL PROTEIN FOLD: + METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE + + METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE" + /protein_id="SIU02020.1" + /db_xref="GOA:Q7TWN0" + /db_xref="InterPro:IPR000672" + /db_xref="InterPro:IPR020630" + /db_xref="InterPro:IPR020631" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWN0" + /translation="MGAIMLDGKATRDEIFGDLKPRVAALDAAGRTPGLGTILVGDDP + GSQAYVRGKHADCAKVGITSIRRDLPADISTATLNETIDELNANPDCTGYIVQLPLPK + HLDENAALERVDPAKDADGLHPTNLGRLVLGTPAPLPCTPRGIVHLLRRYDISIAGAH + VVVIGRGVTVGRPLGLLLTRRSENATVTLCHTGTRDLPALTRQADIVVAAVGVAHLLT + ADMVRPGAAVIDVGVSRTDDGLVGDVHPDVWELAGHVSPNPGGVGPLTRAFLLTNVVE + LAERR" + gene 3728712..3728987 + /gene="relj" + /locus_tag="BQ2027_MB3392" + CDS 3728712..3728987 + /gene="relj" + /locus_tag="BQ2027_MB3392" + /note="Mb3392, -, len: 91 aa. Equivalent to Rv3357, len: + 91 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 91 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to other hypothetical proteins + e.g. Q9Z4V7|YU1E_STRCO (alias CAC37261|SCBAC17D6.02) + ORFU1E (BELONGS TO THE PHD/YEFM FAMILY) from Streptomyces + coelicolor (87 aa), FASTA scores: opt: 344, E(): 1.9e-17, + (62.05% identity in 87 aa overlap); + P46147|YEFM_ECOLI|B2017 from Escherichia coli strain K12 + (83 aa), FASTA scores: opt: 215, E(): 1.6e-08, (50.0% + identity in 72 aa overlap); BAB58570|SAV2408 from + Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (83 aa), FASTA + scores: opt: 161, E(): 8.8e-05, (39.95% identity in 77 aa + overlap); Q9Z5W8 PUTATIVE PHD PROTEIN from Francisella + novicid (85 aa), FASTA scores: opt: 143, E(): 0.0016, + (28.9% identity in 83 aa overlap); etc. Also similar to + Rv1247c|MTV006.19c (89 aa) (36.9% identity in 84 aa + overlap). SEEMS TO BELONG TO THE PHD/YEFM FAMILY. Protein + product from Mb3392 detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="antitoxin relj" + /protein_id="SIU02021.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65068" + /translation="MSISASEARQRLFPLIEQVNTDHQPVRITSRAGDAVLMSADDYD + AWQETVYLLRSPENARRLMEAVARDKAGHSAFTKSVDELREMAGGEE" + gene 3728984..3729241 + /gene="relk" + /locus_tag="BQ2027_MB3393" + CDS 3728984..3729241 + /gene="relk" + /locus_tag="BQ2027_MB3393" + /note="Mb3393, -, len: 85 aa. Equivalent to Rv3358, len: + 85 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 85 aa overlap). Conserved hypohetical + protein, highly similar to other hypohetical proteins e.g. + Q9Z4V8|SCBAC17D6.03 from Streptomyces coelicolor (84 aa), + FASTA scores: opt: 393, E(): 1.1e-21, (59.75% identity in + 82 aa overlap); P56605|YOEB_ECOLI from Escherichia coli + (84 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 2.2e-15, (49.35% + identity in 77 aa overlap); Q9Z5W7 PUTATIVE DOC PROTEIN + from Francisella novicida (68 aa), FASTA scores: opt: 253, + E(): 9.6e-12, (51.6% identity in 62 aa overlap); + BAB58569|SAV2407 from Staphylococcus aureus subsp. aureus + Mu50 (88 aa), FASTA scores: opt: 250, E(): 2e-11, (40.5% + identity in 84 aa overlap); etc. Mb3393 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="toxin relk" + /protein_id="SIU02022.1" + /db_xref="GOA:P64529" + /db_xref="InterPro:IPR009614" + /db_xref="InterPro:IPR035093" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64529" + /translation="MRSVNFDPDAWEDFLFWLAADRKTARRITRLIGEIQRDPFSGIG + KPEPLQGELSGYWSRRIDDEHRLVYRAGDDEVTMLKARYHY" + gene 3729283..3730473 + /locus_tag="BQ2027_MB3394" + CDS 3729283..3730473 + /locus_tag="BQ2027_MB3394" + /note="Mb3394, -, len: 396 aa. Equivalent to Rv3359, len: + 396 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 396 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to N-terminal part of + various proteins (hypothetical unknowns or + oxidoreductases) e.g. Q9ZB94 HYPOTHETICAL 69.3 KDA PROTEIN + from Rhodococcus erythropolis (649 aa), FASTA scores: opt: + 509, E(): 3e-24, (30.0% identity in 380 aa overlap); + O29991|AF0248 NADH-DEPENDENT FLAVIN OXIDOREDUCTASE from + Archaeoglobus fulgidus (378 aa), FASTA scores: opt: 478, + E(): 1.6e-22, (32.45% identity in 379 aa overlap); + Q9HUH9|PA4986 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from Pseudomonas + aeruginosa (648 aa), FASTA scores: opt: 412, E(): 3.3e-18, + (30.45% identity in 384 aa overlap); Q9KCT8|BH1481 NADH + OXIDASE from Bacillus halodurans (338 aa), FASTA scores: + opt: 404, E(): 6.1e-18, (30.2% identity in 275 aa + overlap); etc. Some weak similarity to Mycobacterium + leprae MLCB1779_10. Protein product from Mb3394 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3394 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02023.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y3Z9" + /db_xref="InterPro:IPR001155" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z9" + /translation="MAPGSCEAPDVFNPAKLGPLTLRNRVIKAATFEARTPDALVTDD + LIEYHRLPAAGGVAMTTVAYCAVSPGGRTGGNQIWMRPHAVPGLRRLTEAIHAEGAAI + SAQIGHAGPVADARSNQATALAPVRFFNPIAMRFAQKATREDIDDVLAAHAHAARLAV + DAGFDAVEIHLGHNYLASAFLSPLLNRRDDEFGGSLQNRAKVARGLVMAVRRAVRQQV + AVTAKLNMTDGIRGGITVDEALTTARWLQDDGGLDAIELTAGSSLVNPMYLFRGDAPV + KEFAAAFKPPLRWGIRMTGHRFFREYPYRDAYLLREARLFRAELTIPLILLGGITNRT + TMDLAMAEGFEFVAMARALLAEPDLVNRIAAEGSQVRSACTHCNQCMATIYRRTHCVV + TGAP" + gene 3730590..3730958 + /locus_tag="BQ2027_MB3395" + CDS 3730590..3730958 + /locus_tag="BQ2027_MB3395" + /note="Mb3395, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv3360, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to the N-terminus of + O65934|Rv1747|MTCY28.10|MTCY04C12.31 probable + ABC-transporter ATP-binding protein from Mycobacterium + tuberculosis (865 aa), FASTA scores: opt: 480, E(): + 4.7e-25, (61.0% identity in 118 aa overlap); and some + similarity with the N-terminus of + P96214|Rv3863|MTCY01A6.05c HYPOTHETICAL 41.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (392 aa), FASTA scores: + opt: 138, E(): 0.033, (31.95% identity in 97 aa overlap). + Some weak similarity with the N-terminus of other + hypothetical proteins e.g. P73823|CYAA|SLR1991 ADENYLATE + CYCLASE from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (337 aa), + FASTA scores: opt: 127, E(): 0.16, (28.55% identity in 112 + aa overlap). Protein product from Mb3395 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3395 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ABC transporter, ATP-binding protein" + /protein_id="SIU02024.1" + /db_xref="InterPro:IPR000253" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z5" + /translation="MSRPHPPVLTVRSDRSQQCFAAGRDVVVGSDLRADMRVAHPLIA + RAHLLLRFDRGNWIAIDNDSQSGMFVDGQRVSEVDIYDGLTINIGKPTGPWITFEVGH + HQGIIGRLSRTPSSRPGSPI" + gene complement(3730955..3731506) + /gene="mfpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3396C" + CDS complement(3730955..3731506) + /gene="mfpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3396C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3396c, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv3361c, + len: 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, with some similarity to various + proteins e.g. P74221|YB52_SYNY3|SLR1152 HYPOTHETICAL 36.2 + KDA PROTEIN SLR (CONTAINS 5 PENTAPEPTIDE REPEAT DOMAINS) + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (331 aa), FASTA + scores: opt: 252, E(): 3.9e-10, (30.55% identity in 167 aa + overlap); Q9SE95 FH PROTEIN INTERACTING PROTEIN FIP2 from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (298 aa), FASTA + scores: opt: 207, E(): 4.4e-07, (30.35% identity in 168 aa + overlap); Q9A735|CC1891 PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN + from Caulobacter crescentus (250 aa), FASTA scores: opt: + 181, E(): 2.3e-05, (24.05% identity in 187 aa overlap); + etc. Mb3396c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pentapeptide repeat family protein, MfpA => + Quinolone resistance protein MfpA(Mt)" + /protein_id="SIU02025.1" + /db_xref="InterPro:IPR001646" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5P1" + /translation="MQQWVDCEFTGRDFRDEDLSRLHTERAMFSECDFSGVNLAESQH + RGSAFRNCTFERTTLWHSTFAQCSMLGSVFVACRLRPLTLDDVDFTLAVLGGNDLRGL + NLTGCRLRETSLVDTDLRKCVLRGADLSGARTTGARLDDADLRGATVDPVLWRTASLV + GARVDVDQAVAFAAAHGLCLAGG" + gene complement(3731513..3732094) + /locus_tag="BQ2027_MB3397C" + CDS complement(3731513..3732094) + /locus_tag="BQ2027_MB3397C" + /note="Mb3397c, -, len: 193 aa. Equivalent to Rv3362c, + len: 193 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 193 aa overlap). Probable + ATP/GTP-binding protein, similar to others from + Streptomyces coelicolor e.g. O86519|SC1C2.18c (174 aa), + FASTA scores: opt: 731, E(): 9.8e-41, (66.85% identity in + 169 aa overlap); Q9XAE1|SC6G9.41c (191 aa), FASTA scores: + opt: 730, E(): 1.2e-40, (63.55% identity in 173 aa + overlap); Q9L235|SC1A2.06 (184 aa), FASTA scores: opt: + 650, E(): 1.9e-35, (55.95% identity in 177 aa overlap); + Q9RJ74|SCI41.10c (176 aa), FASTA scores: opt: 618, E(): + 2.3e-33, (55.9% identity in 161 aa overlap); etc. Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Mb3397c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ATP/GTP-BINDING PROTEIN" + /protein_id="SIU02026.1" + /db_xref="InterPro:IPR004130" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P7" + /translation="MALKHSEASGTASTKIVIAGGFGSGKTTFVGAVSEIMPLRTEAM + VTDASAGVDMLEATPDKRSTTVAMDFGRITLGEDLVLYLFGTPGQRRFWFMWDDLVRG + AIGAIVLVDCRRLQDSFAAVDFFEHRNLPFLIAINEFDSAPRYPVSAVRDALTLPAHI + PVINVDARNRRSATDALIAVSEYALATLSPAGG" + gene complement(3732075..3732443) + /locus_tag="BQ2027_MB3398C" + CDS complement(3732075..3732443) + /locus_tag="BQ2027_MB3398C" + /note="Mb3398c, -, len: 122 aa. Equivalent to Rv3363c, + len: 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 122 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to others from Streptomyces + coelicolor e.g. O86523|SC1C2.23c (132 aa), FASTA scores: + opt: 236, E(): 9e-09, (38.5% identity in 122 aa overlap); + O86520|SC1C2.19c (190 aa), FASTA scores: opt: 231, E(): + 2.7e-08, (41.0% identity in 122 aa overlap); + Q9X834|SC9B1.14c (119 aa), FASTA scores: opt: 188, E(): + 1.1e-05, (37.5% identity in 120 aa overlap); + Q9ADJ4|SCBAC14E8.05 (113 aa), FASTA scores: opt: 167, E(): + 0.00025, (33.05% identity in 109 aa overlap); etc. Mb3398c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DUF742 protein, component of G-protein-coupled + receptor (GPCR) system" + /protein_id="SIU02027.1" + /db_xref="InterPro:IPR007995" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y400" + /translation="MFNPAGDRPKAGLVRPYTLTAGRTGTDVDLPLQAPVQTLPAGPA + GRWPAYDMRRRILQLCIGSPSVAEISARLDLPVGVARVLVGDLVTSGYLRVHATLTDR + STRDERHELIGRTLRGLKAL" + gene complement(3732421..3732813) + /locus_tag="BQ2027_MB3399C" + CDS complement(3732421..3732813) + /locus_tag="BQ2027_MB3399C" + /note="Mb3399c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv3364c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to others from + Streptomyces coelicolor e.g. O86524|SC1C2.24c (137 aa), + FASTA scores: opt: 466, E(): 1.3e-22, (58.6% identity in + 116 aa overlap); O86521|SC1C2.20c (140 aa), FASTA scores: + opt: 445, E(): 2.7e-21, (56.9% identity in 116 aa + overlap); Q9KZI6|SCG8A.13c (145 aa), FASTA scores: opt: + 341, E(): 9.5e-15, (51.3% identity in 113 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3399c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3399c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Roadblock/LC7 protein, putative + GTPase-activating (GAP) component of G-protein-coupled + receptor (GPCR) system" + /protein_id="SIU02028.1" + /db_xref="InterPro:IPR004942" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y461" + /translation="MKARLPDSPLDWLVSKFAREVPGVAHALLVSVDGLPVAASEHLP + RERADQLAAVTSGLASLAGGAAQLFDGGQVLQSVVEMQNGYLLLMQVGDGSALAALAA + TGCDIGQIGYEMAILVERVGGVVQSCRR" + gene complement(3732810..3735440) + /locus_tag="BQ2027_MB3400C" + CDS complement(3732810..3735440) + /locus_tag="BQ2027_MB3400C" + /note="Mb3400c, -, len: 876 aa. Equivalent to Rv3365c, + len: 876 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 876 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to various proteins from + Streptomyces coelicolor e.g. O86525|SC1C2.25c HYPOTHETICAL + 139.7 KDA PROTEIN (SIMILAR TO OTHER PROKARYOTIC SENSORY + TRANSDUCTION HISTIDINE KINASES) (1329 aa), FASTA scores: + opt: 879, E(): 5.4e-32, (29.9% identity in 924 aa overlap) + (similarity in N-terminal part for this one); + O86522|SC1C2.21c HYPOTHETICAL 119.9 KDA PROTEIN (SIMILAR + TO OTHER PROKARYOTIC SENSORY TRANSDUCTION HISTIDINE + KINASES) (1111 aa), FASTA scores: opt: 855, E(): 5.6e-31, + (28.9% identity in 892 aa overlap) (similarity in + N-terminal part for this one); Q9KZI5|SCG8A.14c PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN (862 aa), FASTA scores: opt: 791, E(): + 3.3e-28, (30.8% identity in 828 aa overlap); + Q9KZN0|SC1A8A.22c (943 aa), FASTA scores: opt: 660, E(): + 2.5e-22, (27.65% identity in 893 aa overlap); etc. Similar + in part to two consecutive Mycobacterium leprae + hypothetical ORFs, probably representing a pseudogene: + O07701|MLCL383.27 (118 aa), FASTA scores: opt: 430, E(): + 1e-12, (58.25% identity in 115 aa overlap); and + O07700|MLCL383.26 (111 aa), FASTA scores: opt: 271, E(): + 1.3e-05, (50.4% identity in 121 aa overlap). Contains + PS00142 Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding + region signature. Protein product from Mb3400c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3400c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative sensor and ATPase, component of + G-protein-coupled receptor (GPCR) system" + /protein_id="SIU02029.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y413" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y413" + /translation="MTMFARPTIPVAAAASDISAPAQPARGKPQQRPPSWSPRNWPVR + WKVFTIALLPLVVAMVLAGLRVEAAMASTSGLRLVAARAEMIPAITKYMSALDVAVLA + SSTGHDVEGAQKNFTARKYELQTRLADTDVIADVRSGVNTLLNGGQALLDKVLADSIG + LRDRVTAYAPLLLTAQNVIDASVRVDSEQIRTQVQGLSRAVGARGQMTMQEILVTRGA + DLAEPQLRSAMVTLAGTEPSTLFGMSAALGAGSPDTKNLQQQMVTRMAIMSDPAVALV + NNPELLHSIQITRDIAEQVITDTTEAVTKSVQSQATDRRDAAIRDAVLVLAAIATAIV + VVLVVARTLVGPMRVLRDGALKVAHTDLDGEIAAVRAGDEPIPEPLAVYTTEEIGQVA + HAVDELHTRALLLAGEETRLRLLVNEMFETMSRRSRSLVDQQLSVIDQLERNEEDPAR + LDSLFRLDHLAARLRRNSANLLVLAGAQITRDHREPVPLSTVISAAVSEVEDYRRVDI + ARVPDCAVVGAAAGGVIHLLAELIDNALRYSSPTTPVRVAAAIGSEGSVLLRISDSGL + GMTDADRRMANMRLRAGGEVTPDSARHMGLFVVGRLAGRHGIRVGLRGPVTGEQGTGT + TAEVYLPLAVLEGTAPAQPPKPRVFAIKPPCPEPAAADPTDVPAAIGPLPPVTLLPRR + TPGSSGIADVPAQPMQQRRRELKTPWWEDRFQQEPKQPPAPEPRPAPPPAKPAPPAGP + VDDDVIYRRMLSEMVGDPHELAHSPDLDWKSVWDHGWSAAAEAADKPVQSRTDYGLPV + REPGARLVPGAAVPEGPDREHPGAALASNGGLHPGRAPRHAAAVRDPDAVRASISSHF + GGVRTGRSHARESSQGPNQQ" + gene 3735676..3736140 + /gene="spoU" + /locus_tag="BQ2027_MB3401" + CDS 3735676..3736140 + /gene="spoU" + /locus_tag="BQ2027_MB3401" + /note="Mb3401, spoU, len: 154 aa. Equivalent to Rv3366, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Probable spoU, + tRNA/rRNA methylase (EC 2.1.1.-), equivalent to + Q9CCU7|ML0419 PUTATIVE tRNA/rRNA METHYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (158 aa), FASTA scores: opt: 861, + E(): 1.2e-50, (83.75% identity in 154 aa overlap); and + O07698|MLCL383.24c rRNA METHYLASE from Mycobacterium + leprae (169 aa), FASTA scores: opt: 861, E(): 1.3e-50, + (83.75% identity in 154 aa overlap). Also highly similar + to many members of the spoU family of rRNA methylases e.g. + Q9K199|NMB0268 RNA METHYLTRANSFERASE (TRMH FAMILY) from + Neisseria meningitidis (serogroup B) (154 aa), FASTA + scores: opt: 534, E(): 7.6e-29, (50.0% identity in 154 aa + overlap); and Q9JSM8|NMA2218 from Neisseria meningitidis + (serogroup A) (154 aa), FASTA scores: opt: 526, E(): + 2.6e-28, (49.35% identity in 154 aa overlap); + Q9HU57|PA5127 from Pseudomonas aeruginosa (153 aa), FASTA + scores: opt: 531, E(): 1.2e-28, (52.95% identity in 151 aa + overlap); P33899|YIBK_ECOLI|B3606 from Escherichia coli + strain K12 (157 aa), FASTA scores: opt: 511, E(): 2.6e-27, + (49.35% identity in 154 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + RNA METHYLTRANSFERASE TRMH FAMILY. Protein product from + Mb3401 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3401 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE tRNA/rRNA METHYLASE SPOU (tRNA/rRNA + METHYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU02030.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y407" + /db_xref="InterPro:IPR001537" + /db_xref="InterPro:IPR016914" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y407" + /translation="MFRLLFVSPRIAPNTGNAIRTCAATGCELHLVEPLGFDLSEPKL + RRAGLDYHDLASVTVHASLAHAWEALSPARVFAFTAQATTLFTNVGYRAGDVLMFGPE + PTGLDEATLADTHITGQVRIPMLAGRRSLNLSNAAAVAVYEAWRQHGFAGAV" + gene 3736507..3738387 + /gene="PE_PGRS51" + /locus_tag="BQ2027_MB3402" + CDS 3736507..3738387 + /gene="PE_PGRS51" + /locus_tag="BQ2027_MB3402" + /note="Mb3402, PE_PGRS51, len: 626 aa. Similar to Rv3367, + len: 588 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (93.75% identity in 626 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins. Similar to many from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O50415|Rv3388|MTV004.46 (731 aa), FASTA scores: opt: 1999, + E(): 7.2e-72, (55.0% identity in 620 aa overlap); and + MTV004_44, MTV043_65, MTV006_15, MTCY63_2, MTCY21B4_13, + MTV023_21, MTV008_43, MTCY24A1_4, MTV023_15; etc. + Equivalent to AAK47814 from M. tuberculosis strain CDC1551 + (628 aa) but shorter 37 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, insertions of 105 bp and of 9 bp + (*-ggcagcggt) lead to longer product compared to the + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (626 aa + versus 588 aa). Mb3402 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs51" + /protein_id="SIU02031.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y3Z3" + /translation="MSFVVAVPEALAAAASDVANIGSALSAANAAAAAGTTGLLAAGA + DEVSAALASLFSGHAVSYQQVAAQATALHDQFVQALTGAGGSYALTEAANVQQNLLNA + INAPTQALLGRPLIGDGAVGTASSPDGQDGGLLFGNGGAGYNSAATPGMAGGNGGNAG + LIGNGGTGGSGGAGAAGGAGGSGGWLYGNGGNGGIGGNAIVAGGAGGNGGAGGAAGLW + GSGGSGGQGGNGLTGNDGVNPAPVTNPALNGAAGDSNIEPQTSVLIGTQGGDGTPGGA + GVNGGNGGAGGDANGNPANTSIANAGAGGNGAAGGDGGANGGAGGAGGQAASAGSSVG + GDGGNGGAGGTGTNGHAGGAGGAGGQAASAGSSVGGDGGNGGAGGTGTNGHAGGAGGA + GGAGGRGGWLVGSGGNGGNGGNGAAGGNGAIGGTGGAGGVPANQGGNSALGTQPVSGD + GGDGGNGGTGGTGGRGGDGGSGGAGGASGWLMGNGGNGGNGGTGGSGGVGGNGGIGGD + GAGGGNATSTSSIPFDAHGGNGGAGGDAGHGGTGGDGGDGGHAGTGGRGGLLAGQHAN + SGNGGGGGTGGAGGTHGTPGSGNAGGTGTGNADSTNGGPGSDGLGGDAFNGSRGTDGN + PG" + gene complement(3738388..3739032) + /locus_tag="BQ2027_MB3403C" + CDS complement(3738388..3739032) + /locus_tag="BQ2027_MB3403C" + /note="Mb3403c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv3368c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + O07697|MLCL383.23|ML0418 HYPOTHETICAL 23.6 KDA PROTEIN + (PUTATIVE OXIDOREDUCTASE) from Mycobacterium leprae (210 + aa), FASTA scores: opt: 1215, E(): 1.5e-74, (81.4% + identity in 210 aa overlap). Also similar to O30106|AF0131 + PUTATIVE NAD(P)H-FLAVIN OXIDOREDUCTASE from Archaeoglobus + fulgidus (194 aa), FASTA scores: opt: 139, E(): 0.028, + (29.0% identity in 207 aa overlap); Q60049|NOX_THETH NADH + DEHYDROGENASE from Thermus aquaticus (subsp. thermophilus) + (205 aa), FASTA scores: opt: 169, E(): 0.00028, (28.3% + identity in 212 aa overlap); and shows some similarity to + other hypothetical proteins (unknowns or oxidoreductases). + Protein product from Mb3403c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3403c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02032.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y406" + /db_xref="InterPro:IPR000415" + /db_xref="InterPro:IPR029479" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y406" + /translation="MTLNLSVDEVLTTTRSVRKRLDFDKPVPRDVLMECLELALQAPT + GSNSQGWQWVFVEDAAKKKAIADVYLANARGYLSGPAPEYPDGDTRGERMGRVRDSAT + YLAEHMHRAPVLLIPCLKGREDESAVGGVSFWASLFPAVWSFCLALRSRGLGSCWTTL + HLLDNGEHKVADVLGIPYDEYSQGGLLPIAYTQGIDFRPAKRLPAESVTHWNGW" + gene 3739031..3739465 + /locus_tag="BQ2027_MB3404" + CDS 3739031..3739465 + /locus_tag="BQ2027_MB3404" + /note="Mb3404, -, len: 144 aa. Equivalent to Rv3369, len: + 144 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 144 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. C-terminus is similar to N-terminus + of O07696|MLCL383.22c HYPOTHETICAL 14.7 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (131 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 6e-05, (67.55% identity in 37 aa overlap). Also some + slight similarity to Q9EWU1|3SC5B7.08c from Streptomyces + coelicolor (153 aa), FASTA scores: opt: 125, E(): 0.13, + (31.05% identity in 116 aa overlap). Protein product from + Mb3404 detected using shotgun mass spectrometry. Mb3404 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FMN binding protein" + /protein_id="SIU02033.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y404" + /db_xref="InterPro:IPR011576" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="InterPro:IPR019966" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y404" + /translation="MWAGYRWAMSVELTQEVSARLTSDLYGWLTTVARSGQPVPRLVW + FYFDGTDLTVYSMPQAAKVAHITAHPQVSLNLDSDGNGAGIIVVGGTAAVVATDVDCR + DDAPYWAKYREDAAKFGLTEAIAAYSTRLKITPTRVWTTPTG" + gene complement(3739554..3742793) + /gene="dnaE2" + /locus_tag="BQ2027_MB3405C" + CDS complement(3739554..3742793) + /gene="dnaE2" + /locus_tag="BQ2027_MB3405C" + /note="Mb3405c, dnaE2, len: 1079 aa. Equivalent to + Rv3370c, len: 1079 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 1079 aa overlap). + Probable dnaE2, DNA polymerase III, alpha chain (EC + 2.7.7.7), similar to many e.g. BAB51086|MLR4428 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (1118 aa), FASTA + scores: opt: 1103, E(): 8.9e-59, (37.65% identity in 1075 + aa overlap); Q9S291|SCI11.28c from Streptomyces coelicolor + (1185 aa), FASTA scores: opt: 937, E(): 1e-48, (33.4% + identity in 1090 aa overlap); + O67125|DP3A_AQUAE|DNAE|AQ_1008 from Aquifex aeolicus (1161 + aa), FASTA scores: opt: 895, E(): 3.4e-46, (29.9% identity + in 1071 aa overlap); O51526|DP3A_BORBU from Borrelia + burgdorferi (Lyme disease spirochete) (1147 aa), FASTA + scores: opt: 835, E(): 1.4e-42, (30.05% identity in 888 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK47817 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (1098 aa) but shorter 19 aa. + Also similar to Mycobacterium tuberculosis + DP3A_MYCTU|MTCY48.18c (29.6% identity in 1110 aa overlap). + BELONGS TO DNA POLYMERASE TYPE-C FAMILY, DNAE SUBFAMILY. + Mb3405c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA POLYMERASE III (ALPHA CHAIN) DNAE2 + (DNA NUCLEOTIDYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU02034.1" + /db_xref="GOA:Q7TWL9" + /db_xref="InterPro:IPR003141" + /db_xref="InterPro:IPR004013" + /db_xref="InterPro:IPR004805" + /db_xref="InterPro:IPR011708" + /db_xref="InterPro:IPR016195" + /db_xref="InterPro:IPR023073" + /db_xref="InterPro:IPR029460" + /db_xref="InterPro:IPR040982" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWL9" + /translation="MERVLNGKPRHAGVPAFDADGDVPRSRKRGAYQPPGRERVGSSV + AYAELHAHSAYSFLDGASTPEELVEEAARLGLCALALTDHDGLYGAVRFAEAAAELDV + RTVFGAELSLGATARTERPDPPGPHLLVLARGPEGYRRLSRQLAAAHLAGGEKGKPRY + DFDALTEAAGGHWHILTGCRKGHVRQALSQGGPAAAQRALADLVDRFTPSRVSIELTH + HGHPLDDERNAALAGLAPRFGVGIVATTGAHFADPSRGRLAMAMAAIRARRSLDSAAG + WLAPLGGAHLRSGEEMARLFAWCPEAVTAAAELGERCAFGLQLIAPRLPPFDVPDGHT + EDSWLRSLVMAGARERYGPPKSAPRAYSQIEHELKVIAQLRFPGYFLVVHDITRFCRD + NDILCQGRGSAANSAVCYALGVTAVDPVANELLFERFLSPARDGPPDIDIDIESDQRE + KVIQYVYHKYGRDYAAQVANVITYRGRSAVRDMARALGFSPGQQDAWSKQVSHWTGQA + DDVDGIPEQVIDLATQIRNLPRHLGIHSGGMVICDRPIADVCPVEWARMANRSVLQWD + KDDCAAIGLVKFDLLGLGMLSALHYAKDLVAEHKGIEVDLARLDLSEPAVYEMLARAD + SVGVFQVESRAQMATLPRLKPRVFYDLVVEVALIRPGPIQGGSVHPYIRRRNGVDPVI + YEHPSMAPALRKTLGVPLFQEQLMQLAVDCAGFSAAEADQLRRAMGSKRSTERMRRLR + GRFYDGMRALHGAPDEVIDRIYEKLEAFANFGFPESHALSFASLVFYSAWFKLHHPAA + FCAALLRAQPMGFYSPQSLVADARRHGVAVHGPCVNASLAHATCENAGTEVRLGLGAV + RYLGAELAEKLVAERTANGPFTSLPDLTSRVQLSVPQVEALATAGALGCFGMSRREAL + WAAGAAATGRPDRLPGVGSSSHIPALPGMSELELAAADVWATGVSPDSYPTQFLRADL + DAMGVLPAERLGSVSDGDRVLIAGAVTHRQRPATAQGVTFINLEDETGMVNVLCTPGV + WARHRKLAHTAPALLIRGQVQNASGAITVVAERMGRLTLAVGARSRDFR" + gene 3742985..3744325 + /locus_tag="BQ2027_MB3406" + CDS 3742985..3744325 + /locus_tag="BQ2027_MB3406" + /note="Mb3406, -, len: 446 aa. Equivalent to Rv3371, len: + 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 446 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to many Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv + and CDC1551) hypothetical proteins e.g. + O07035|YV30_MYCTU|Rv3130c|MTCY03A2.28|MTCY164.41c (463 + aa), FASTA scores: opt: 556, E(): 7.7e-28, (44.95% + identity in 447 aa overlap); MTY20B11_9, MTCY28_26, + MTV013_8, MTCY21B4_43, MTCY493_29; etc. Also similar to + O07692|MLCL383_9|MLCL383.18c HYPOTHETICAL 14.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (129 aa), FASTA scores: opt: + 293, E(): 1.3e-11, (47.85% identity in 117 aa overlap). + Mb3406 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU02035.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5P4" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5P4" + /translation="MAQLTALDAGFLKSRDPERHPGLAIGAVAVVNGAAPSYDQLKTV + LTERIKSIPRCTQVLATEWIDYPGFDLTQHVRRVALPRPGDEAELFRAIALALERPLD + PDRPLWECWIIEGLNGNRWAILIKIHHCMAGAMSAAHLLARLCDDADGSAFANNVDIK + QIPPYGDARSWAETLWRMSVSIAGAVCTAAARAVSWPAVTSPAGPVTTRRRYQAVRVP + RDAVDAVCHKFGVTANDVALAAITEGFRTVLLHRGQQPRADSLRTLEKTDGSSAMLPY + LPVEYDDPVRRLRTVHNRSQQSGRRQPDSLSDYTPLMLCAKMIHALARLPQQGIVTLA + TSAPGPRHQLRLMGQKMDQVLPIPPTALQLSTGVAVLSYGDELVFGITADYDAASEMQ + QLVNGIELGVARLVALSDDSVLLFTKDRRKRSSRALPSAARRGRPSVPTARARH" + gene 3744367..3745542 + /gene="otsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3407" + CDS 3744367..3745542 + /gene="otsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3407" + /note="Mb3407, otsB2, len: 391 aa. Equivalent to Rv3372, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 391 aa overlap). Possible otsB2, + trehalose-6-phosphate phosphatase (EC 3.1.3.12), + equivalent to Q49734|OTSB2|OTSP|B1620_F1_1|MLCL383.17c + PUTATIVE TREHALOSE-PHOSPHATASE from Mycobacterium leprae + (429 aa), FASTA scores: opt: 1675, E(): 2.4e-91, (67.05% + identity in 425 aa overlap). Also weakly similar to + several trehalose phosphatases e.g. Q9C8B3|F10O5.8 from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (366 aa), FASTA + scores: opt: 432, E(): 3.1e-18, (36.65% identity in 281 aa + overlap); O27788|MTH1760 from Methanobacterium + thermoautotrophicum (264 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): + 2.5e-13, (30.75% identity in 221 aa overlap); Q9FWQ2 from + Oryza sativa (Rice) (382 aa), FASTA scores: opt: 338, E(): + 1.1e-12, (32.5% identity in 320 aa overlap); etc. Also + similar to part of Mycobacterium tuberculosis + Q10850|YK06_MYCTU|Rv2006|MT2062|MTCY39.11c (1327 aa), + FASTA scores: opt: 1192, E(): 1.6e-62, (56.65% identity in + 339 aa overlap). Protein product from Mb3407 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3407 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="trehalose 6-phosphate phosphatase otsb2 + (trehalose-phosphatase) (tpp)" + /protein_id="SIU02036.1" + /db_xref="GOA:Q7TWL7" + /db_xref="InterPro:IPR003337" + /db_xref="InterPro:IPR006379" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWL7" + /translation="MRKLGPVTIDPRRHDAVLFDTTLDATQELVRQLQEVGVGTGVFG + SGLDVPIVAAGRLAVRPGRCVVVSAHSAGVTAARESGFALIIGVDRTGCRDALRRDGA + DTVVTDLSEVSVRTGDRRMSQLPDALQALGLADGLVARQPAVFFDFDGTLSDIVEDPD + AAWLAPGALEALQKLAARCPIAVLSGRDLADVTQRVGLPGIWYAGSHGFELTAPDGTH + HQNDAAAAAIPVLKQAAAELRQQLGPFPGVVVEHKRFGVAVHYRNAARDRVGEVAAAV + RTAEQRHALRVTTGREVIELRPDVDWDKGKTLLWVLDHLPHSGSAPLVPIYLGDDITD + EDAFDVVGPHGVPIVVRHTDDGDRATAALFALDSPARVAEFTDRLARQLREAPLRAT" + gene 3745779..3746669 + /gene="echA18" + /locus_tag="BQ2027_MB3408" + CDS 3745779..3746669 + /gene="echA18" + /locus_tag="BQ2027_MB3408" + /note="Mb3408, echA18, len: 296 aa. Equivalent to Rv3373 + and Rv3374, len: 213 aa and 82 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 213 aa + overlap and 100.0% identity in 82 aa overlap). Rv3373: + Probable echA18, enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), + similar to others e.g. P97087|CRT from Clostridium + thermosaccharolyticum (Thermoanaerobacterium + thermosaccharolyticum) (259 aa), FASTA scores: opt: 423, + E(): 3.4e-20, (37.95% identity in 174 aa overlap); + Q9X7Q4|SC5F2A.31c from Streptomyces coelicolor (257 aa), + FASTA scores: opt: 399, E(): 1.2e-18, (45.05% identity in + 171 aa overlap); BAB52005|MLL5584 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (257 aa), FASTA scores: opt: 385, + E(): 9.6e-18, (41.95% identity in 174 aa overlap); etc. + Also some similarity to 3-HYDROXYBUTYRYL-COA DEHYDRATASES + (EC 4.2.1.55) e.g. P52046|CRT_CLOAB from Clostridium + acetobutylicum (261 aa), FASTA scores: opt: 414, E(): + 1.3e-19, (38.3% identity in 175 aa overlap). And similar + to other hydratases from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53418|ECH8_MYCTU|Rv1070c|MT1100|MTV017.23c PROBABLE + ENOYL-COA HYDRATASE (257 aa), FASTA scores: opt: 365, E(): + 1.9e-16, (39.1% identity in 174 aa overlap). BELONGS TO + THE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. Note that this + homology extends across the stop codon and directly into + the next ORF MTV004.29, suggesting a possible readthrough + of the TGA stop codon. Rv3374: Probable echA18', enoyl-CoA + hydratase C-terminus (EC 4.2.1.17), similar to the + C-terminus of several enoyl-CoA hydratases e.g. + Q9I5I4|PA0745 from Pseudomonas aeruginosa (272 aa), FASTA + scores: opt: 123, E(): 0.13, (34.55% identity in 81 aa + overlap); P97087|CRT from Clostridium + thermosaccharolyticum (Thermoanaerobacterium + thermosaccharolyticum) (259 aa), FASTA scores: opt: 115, + E(): 0.45, (32.95% identity in 82 aa overlap); + Q9I002|PA2841 from Pseudomonas aeruginosa (263 aa), FASTA + scores: opt: 108, E(): 1.4, (30.95% identity in 84 aa + overlap); etc. Also some similarity to C-terminus of + O29956|AF0285 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE from + Archaeoglobus fulgidus (658 aa), FASTA scores: opt: 116, + E(): 0.81, (34.15% identity in 82 aa overlap); and other + enzymes. And similar to other hydratases from M. + tuberculosis e.g. + O53418|ECH8_MYCTU|Rv1070c|MT1100|MTV017.23c PROBABLE + ENOYL-COA HYDRATASE (257 aa), FASTA scores: opt: 111, E(): + 0.83, (36.05% identity in 86 aa overlap). This homology + extends across the upstream TGA stop codon into the + upstream ORF MTV004.28, suggesting possible readthrough of + the previous stop codon. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis H37Rv, echA18 and echA18' exist + as 2 genes. In Mycobacterium bovis, a single base + transversion (t-g) leads to a single product. Protein + product from Mb3408 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3408 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable enoyl-coa hydratase (fragment) echa18.1 + (enoyl hydrase) (unsaturated acyl-coa hydratase) + (crotonase)" + /protein_id="SIU02037.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y405" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR018376" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y405" + /translation="MRRRAMTKMDEASNPCGGDIEAEMCQLMREQPPAEGVVDRVALQ + RHRNVALITLSHPQAQNALNLASWRRLKRLLDDLAGESGLRAVVLRGAGDKAFAAGAD + IKEFPNTRMSAADAAEYNESLAVCLRALTTMPIPVIAAVRGLAVGGGCELATACDVCI + ATDDARFGIPLGKLGVTTGFTEADTVARLIGPAALKYLLFSGELIGIEEAARWGLVQK + VVAPQDLAAATAKLVGQVCRQSAVTMRAAKVVANMHGRALTGADTDALIRFGVEAYEG + ADLREGVAAFSQGRPPKFDD" + gene 3746674..3748101 + /gene="amiD" + /locus_tag="BQ2027_MB3409" + CDS 3746674..3748101 + /gene="amiD" + /locus_tag="BQ2027_MB3409" + /note="Mb3409, amiD, len: 475 aa. Equivalent to Rv3375, + len: 475 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 475 aa overlap). Probable amiD, + amidase (EC 3.5.1.4), similar to various amidases e.g. + Q53116|AMDA ENANTIOMERASE-SELECTIVE AMIDASE from + Rhodococcus sp. (462 aa), FASTA scores: opt: 1036, E(): + 1.6e-54, (38.6% identity in 464 aa overlap); Q9ZHK8|PZAA + NICOTINAMIDASE/PYRAZINAMIDASE from Mycobacterium smegmatis + (468 aa), FASTA scores: opt: 930, E(): 3.4e-48, (36.3% + identity in 463 aa overlap); Q9A551|CC2613 + PYRAZINAMIDASE/NICOTINAMIDASE from Caulobacter crescentus + (464 aa), FASTA scores: opt: 841, E(): 7.1e-43, (39.45% + identity in 469 aa overlap); O69768|AMID_PSEPU AMIDASE + from Pseudomonas putida (466 aa), FASTA scores: opt: 800, + E(): 2e-40, (33.6% identity in 467 aa overlap); + O28325|YJ54_ARCFU|AF1954 PUTATIVE AMIDASE from + Archaeoglobus fulgidu (453 aa), FASTA scores: opt: 669, + E(): 1.3e-32, (30.4% identity in 467 aa overlap); etc. + Also some similarity to AMIB2|Rv1263|MT1301|MTCY50.19c + putative amidase from Mycobacterium tuberculosis (462 aa), + (31.5% identity in 466 aa overlap). SEEMS BELONG TO THE + AMIDASE FAMILY. Protein product from Mb3409 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3409 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE AMIDASE AMID (ACYLAMIDASE) (ACYLASE)" + /protein_id="SIU02038.1" + /db_xref="GOA:P63497" + /db_xref="InterPro:IPR000120" + /db_xref="InterPro:IPR020556" + /db_xref="InterPro:IPR023631" + /db_xref="InterPro:IPR036928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63497" + /translation="MTDADSAVPPRLDEDAISKLELTEVADLIRTRQLTSAEVTESTL + RRIERLDPQLKSYAFVMPETALAAARAADADIARGHYEGVLHGVPIGVKDLCYTVDAP + TAAGTTIFRDFRPAYDATVVARLRAAGAVIIGKLAMTEGAYLGYHPSLPTPVNPWDPT + AWAGVSSSGCGVATAAGLCFGSIGSDTGGSIRFPTSMCGVTGIKPTWGRVSRHGVVEL + AASYDHVGPITRSAHDAAVLLSVIAGSDIHDPSCSAEPVPDYAADLALTRIPRVGVDW + SQTTSFDEDTTAMLADVVKTLDDIGWPVIDVKLPALAPMVAAFGKMRAVETAIAHADT + YPARADEYGPIMRAMIDAGHRLAAVEYQTLTERRLEFTRSLRRVFHDVDILLMPSAGI + ASPTLETMRGLGQDPELTARLAMPTAPFNVSGNPAICLPAGTTARGTPLGVQFIGREF + DEHLLVRAGHAFQQVTGYHRRRPPV" + gene 3748209..3748862 + /locus_tag="BQ2027_MB3410" + CDS 3748209..3748862 + /locus_tag="BQ2027_MB3410" + /note="Mb3410, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv3376, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to various bacterial proteins (notably hydrolases) + e.g. Q9RUP0|DR1344 HYDROLASE from Deinococcus radiodurans + (222 aa), FASTA scores: opt: 348, E(): 1.8e-15, (36.75% + identity in 215 aa overlap); Q9RXA1|DR0414 HYDROLASE + (CBBY/CBBZ/GPH/YIEH FAMILY) from Deinococcus radiodurans + (155 aa), FASTA scores: opt: 233, E(): 3.5e-08, (36.4% + identity in 151 aa overlap); Q9X0Q9|TM1177 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermotoga maritima (225 aa), + FASTA scores: opt: 231, E(): 6.6e-08, (27.6% identity in + 221 aa overlap); Q9ABI3|CC0244 HYDROLASE, HALOACID + DEHALOGENASE-LIKE from Caulobacter crescentus (213 aa), + FASTA scores: opt: 213, E(): 9.1e-07, (28.95% identity in + 221 aa overlap); BAB38231|ECS4808 PUTATIVE PHOSPHATASE + from Escherichia coli strain O157:H7 (206 aa), FASTA + scores: opt: 210, E(): 1.4e-06, (26.95% identity in 193 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3410 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3410 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family" + /protein_id="SIU02039.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y426" + /db_xref="InterPro:IPR006439" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y426" + /translation="MSISAVVFDRDGVLTSFDWTRAEEDVRRITGLPLEEIERRWGGW + LNGLTIDDAFVETQPISEFLSSLARELELGSKARDELVRLDYMAFAQGYPDARPALEE + ARRRGLKVGVLTNNSLLVSARSLLQCAALHDLVDVVLSSQMIGAAKPDPRAYQAIAEA + LGVSTTSCLFFDDIADWVEGARCAGMRAYLVDRSGQTRDGVVRDLSSLGAILDGAGP" + gene complement(3748954..3750405) + /locus_tag="BQ2027_MB3411C" + CDS complement(3748954..3750405) + /locus_tag="BQ2027_MB3411C" + /note="Mb3411c, -, len: 483 aa. Similar to the 5' end of + Rv3377c, len: 501 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (89.9% identity in 464 aa overlap). Possible + cyclase; similarity with various proteins, notably + cyclases involved in steroid biosynthesis in plants and + bacteria e.g. BAB52679|MLR6369 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (516 aa), FASTA scores: opt: 533, + E(): 5.6e-27, (30.45% identity in 522 aa overlap); Q9ZTN8 + COPALYL DIPHOSPHATE SYNTHASE 1 from Cucurbita maxima + (Pumpkin) (Winter squash) (823 aa), FASTA scores: opt: + 484, E(): 1.2e-23, (28.35% identity in 388 aa overlap); + Q38710|AC22 ABIETADIENE CYCLASE from Abies grandis (868 + aa), FASTA scores: opt: 382, E(): 5.2e-17, (25.55% + identity in 462 aa overlap); Q41771|AN1 KAURENE SYNTHASE A + from Zea mays (Maize) (823 aa), FASTA scores: opt: 377, + E(): 1.1e-16, (29.75% identity in 390 aa overlap); Q9AJE4 + DITERPENE CYCLASE-1 from Kitasatospora griseola + (Streptomyces griseolosporeus) (499 aa), FASTA scores: + opt: 336, E(): 3.2e-14, (27.5% identity in 513 aa + overlap); Q9SAU6 E-ALPHA-BISABOLENE SYNTHASE (FRAGMENT) + from Abies grandis (782 aa), FASTA scores: opt: 317, E(): + 7.8e-13, (25.25% identity in 479 aa overlap); etc. Note + that this and the upstream ORF MTV004.36c have a + significantly lower GC bias than the rest of the genome. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a 4 bp to 3 bp substitution (caat-aac) + leads to a shorter product with a different COOH part + compared to its homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv. Mb3411c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="halimadienyl diphosphate synthase" + /protein_id="SIU02040.1" + /db_xref="InterPro:IPR008930" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y420" + /translation="METFRTLLAKAALGNGISSTAYDTAWVAKLGQLDDELSDLALNW + LCERQLPDGSWGAEFPFCYEDRLLSTLAAMISLTSNKHRRRRAAQVEKGLLALKNLTS + GAFEGPQLDIKDATVGFELIAPTLMAEAARLGLAICHEESILGELVGVREQKLRKLGG + SKINKHITAAFSVELAGQDGVGMLDVDNLQETNGSVKYSPSASAYFALHVKPGDKRAL + AYISSIIQAGDGGAPAFYQAEIFEIVWSLWNLSRTDIDLSDPEIVRTYLPYLDHVEQH + WVRGRGVGWTGNSTLEDCDTTSVAYDVLSKFGRSPDIGAVLQFEDADWFRTYFHEVGP + SISTNVHVLGALKQAGYDKCHPRVRKVLEFIRSSKEPGRFCWRDKWHRSAYYTTAHLI + CAASNYDDALCSDAVGGFLIRRGPMARGDFSTAKRLRKRQHIAFKLWRIGRGTAAHPC + RRRSVARVGGYRNTANRHTRRCGLPRHFTARRR" + gene complement(3750410..3751300) + /locus_tag="BQ2027_MB3412C" + CDS complement(3750410..3751300) + /locus_tag="BQ2027_MB3412C" + /note="Mb3412c, -, len: 296 aa. Equivalent to Rv3378c, + len: 296 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 296 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Note that this ORF and the downstream ORF + MTV004.35c have a significantly lower GC bias than the + rest of the genome. Mb3412c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="diterpene synthase" + /protein_id="SIU02041.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y403" + /db_xref="InterPro:IPR036424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y403" + /translation="MNLVSEKEFLDLPLVSVAEIVRCRGPKVSVFPFDGTRRWFHLEC + NPQYDDYQQAALRQSIRILKMLFEHGIETVISPIFSDDLLDRGDRYIVQALEGMALLA + NDEEILSFYKEHEVHVLFYGDYKKRLPSTAQGAAVVKSFDDLTISTSSNTEHRLCFGV + FGNDAAESVAQFSISWNETHGKPPTRREIIEGYYGEYVDKADMFIGFGRFSTFDFPLL + SSGKTSLYFTVAPSYYMTETTLRRILYDHIYLRHFRPKPDYSAMSADQLNVLRNRYRA + QPDRVFGVGCVHDGIWFAEG" + gene complement(3751309..3752919) + /gene="dxs2" + /locus_tag="BQ2027_MB3413C" + CDS complement(3751309..3752919) + /gene="dxs2" + /locus_tag="BQ2027_MB3413C" + /note="Mb3413c, dxs2, len: 536 aa. Equivalent to Rv3379c, + len: 536 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 536 aa overlap). Probable dxs2, + 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (EC 2.2.-.-), + similar to many e.g. Q9F1V2|DXS from Kitasatospora + griseola (Streptomyces griseolosporeus) (649 aa), FASTA + scores: opt: 1274, E(): 5.4e-71, (50.9% identity in 570 aa + overlap); Q9X7W3|DXS_STRCO|SC6A5.17 from Streptomyces + coelicolor (656 aa), FASTA scores: opt: 1248, E(): + 2.2e-69, (50.55% identity in 568 aa overlap); + Q9RBN6|DXS_STRC1 from Streptomyces sp. strain CL190 (631 + aa), FASTA scores: opt: 1237, E(): 1e-68, (49.1% identity + in 570 aa overlap); Q50000|DXS_MYCLE|TKTB|ML1038 from M. + leprae (643 aa), FASTA scores: opt: 1215, E(): 2.4e-67, + (46.75% identity in 571 aa overlap); Q9R6S7|DXS_SYNLE from + Synechococcus leopoliensis (636 aa), FASTA scores: opt: + 849, E(): 8.9e-45, (38.55% identity in 550 aa overlap); + etc. Also similar to + O07184|DXS_MYCTU|Rv2682c|MT2756|MTCY05A6.03c from M. + tuberculosis (638 aa), FASTA scores: opt: 1226, E(): + 4.9e-68, (48.9% identity in 558 aa overlap). BELONGS TO + THE TRANSKETOLASE FAMILY, DXS SUBFAMILY. COFACTOR: + THIAMINE PYROPHOSPHATE (BY SIMILARITY). Note that the + N-terminus of this putative protein appears to have been + interrupted by the adjacent IS6110 element. Mb3413c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE SYNTHASE + DXS2 (1-DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE SYNTHASE) (DXP SYNTHASE) + (DXPS)" + /protein_id="SIU02042.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y414" + /db_xref="InterPro:IPR005475" + /db_xref="InterPro:IPR005477" + /db_xref="InterPro:IPR009014" + /db_xref="InterPro:IPR020826" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="InterPro:IPR033248" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y414" + /translation="MFDTGHQTYPHKLLTGRGKDFATLRQADGLSGYPNRHESPHDWV + ENSHASVSLAWVDGIAKALALQGQCDRRVIAVIGDGALTGGVAWEGLNNLGAATRPVI + VVLNDNGRSYDPTAGALAAHLEELRVGTPRGPNLFENMGFTYIGPVDGHNIPDTCAVL + RKAAAAARPVVVHAVTSKGRGYPPAEADERDHMHAYGVVDIATGLASTPSQRSWTDVF + EDEIARIADDRSDVVGLTAAMRLPTGLGALSRRYPHRVFDSGIAEQHLLASAAGLAAA + GTHPVVAVYSTFLHRAFDQLLFDIGLHRLPVTLVLDRAGVTGPDGPSHHGLWDLALLA + CVPGFQIACPRDAPRLRQQLRTAIATAAPTAVRFPKGAPGEPITAEHTIGGLDVLHTP + PPHWRPDVLLVAVGAMSRPCMDAARCLSEEQIGVTVVDPQWVWPISPALTELAGRHRI + TVCVEDAIADVGIGAHLSHHIGRTHPRTRTYTLGLPPAYIPHASRDHILSSHGLTGPA + IRIRCKSLLNALHEVPGPEDHPDSGDSY" + gene 3752270..3753837 + /locus_tag="BQ2027_IS1560-2" + mobile_element 3752270..3753837 + /locus_tag="BQ2027_IS1560-2" + /note="IS1560-2, len: 1568 nt. Equivalent to IS1560, len: + 1568 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 1568 nt overlap). Possible IS + element 1560. Second copy in MTCY10G2 fr om: 11273 to: + 12919." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1560" + gene complement(3753144..3754133) + /gene="lytB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3414C" + CDS complement(3753144..3754133) + /gene="lytB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3414C" + /note="Mb3414c, lytB1, len: 329 aa. Equivalent to Rv3382c, + len: 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 329 aa overlap). Probable lytB1, + lytB-related protein, highly similar to many e.g. + Q9HVM7|LYTB_PSEAE|PA4557 from Pseudomonas aeruginosa (314 + aa), FASTA scores: opt: 1048, E(): 2e-55, (53.2% identity + in 314 aa overlap); Q9JR39|LYTB|NMA0624|NMB1831 from + Neisseria meningitidis (serogroup A and B) (322 aa), FASTA + scores: opt: 1041, E(): 5.4e-55, (52.25% identity in 312 + aa overlap); P22565|LYTB_ECOLI|B0029 from Escherichia coli + strain K12 (316 aa), FASTA scores: opt: 1013, E(): + 2.5e-53, (51.45% identity in 311 aa overlap) (for more + information about lytB protein, see citation below); + Q9X781|LYTB_MYCLE|LYTB2|ML1938|MLCB1222.06c from + Mycobacterium leprae (332 aa), FASTA scores: opt: 979, + E(): 2.8e-51, (51.3% identity in 312 aa overlap); etc. + Also similar to Q9PAS9|XF2416 DRUG TOLERANCE PROTEIN from + Xylella fastidiosa (316 aa), FASTA scores: opt: 1043, E(): + 4.1e-55, (53.65% identity in 315 aa overlap). And similar + to O53458|Rv1110|LYTB2|MTV017.63 from Mycobacterium + tuberculosis (335 aa), FASTA scores: opt: 975, E(): + 4.9e-51, (51.3% identity in 312 aa overlap). BELONGS TO + THE LYTB FAMILY. Mb3414c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LYTB-RELATED PROTEIN LYTB1" + /protein_id="SIU02043.1" + /db_xref="GOA:P0A5I3" + /db_xref="InterPro:IPR003451" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5I3" + /translation="MAEVFVGPVAQGYASGEVTVLLASPRSFCAGVERAIETVKRVLD + VAEGPVYVRKQIVHNTVVVAELRDRGAVFVEDLDEIPDPPPPGAVVVFSAHGVSPAVR + AGADERGLQVVDATCPLVAKVHAEAARFAARGDTVVFIGHAGHEETEGTLGVAPRSTL + LVQTPADVAALNLPEGTQLSYLTQTTLALDETADVIDALRARFPTLGQPPSEDICYAT + TNRQRALQSMVGECDVVLVIGSCNSSNSRRLVELAQRSGTPAYLIDGPDDIEPEWLSS + VSTIGVTAGASAPPRLVGQVIDALRGYASITVVERSIATETVRFGLPKQVRAQ" + gene complement(3754133..3755185) + /gene="idsB" + /locus_tag="BQ2027_MB3415C" + CDS complement(3754133..3755185) + /gene="idsB" + /locus_tag="BQ2027_MB3415C" + /note="Mb3415c, idsB, len: 350 aa. Equivalent to Rv3383c, + len: 350 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 350 aa overlap). Possible idsB, + polyprenyl transferase (polyprenyl diphosphate synthase) + (EC 2.5.1.-), similar to many prenyltransferases involved + in lipid biosynthesis e.g. Q9RGW1|GTR GERANYL TRANSFERASE + from Streptomyces coelicolor (386 aa), FASTA scores: opt: + 908, E(): 3.7e-50, (48.8/% identity in 334 aa overlap); + Q9KWG0|GGDPS GERANYL GERANYL DIPHOSPHATE SYNTHASE from + Kitasatospora griseola (Streptomyces griseolosporeus) (348 + aa), FASTA scores: opt: 801, E(): 2e-43, (41.5% identity + in 347 aa overlap); Q9X7V8|SC6A5.12 PUTATIVE POLYPRENYL + SYNTHETASE from Streptomyces coelicolor (378 aa), FASTA + scores: opt: 779, E(): 5.3e-42, (44.45% identity in 324 aa + overlap); Q9S5E9 FARNESYL, GERANYLGERANYL, + GERANYLFARNESYL, HEXAPRENYL, HEPTAPRENYL DIPHOSPHATE + SYNTHASE (SELF-HEPPS) from Synechococcus elongatus (324 + aa), FASTA scores: opt: 563, E(): 2.3e-28, (39.85% + identity in 241 aa overlap) (see citation below); + O26156|IDSA_METTH|MTH50 BIFUNCTIONAL SHORT CHAIN ISOPRENYL + DIPHOSPHATE SYNTHASE [INCLUDES: FARNESYL PYROPHOSPHATE + SYNTHETASE (EC 2.5.1.1) (FPP SYNTHETASE) + (DIMETHYLALLYLTRANSFERASE) AND GERANYLTRANSTRANSFERASE (EC + 2.5.1.10)] from Methanobacterium thermoautotrophicum (325 + aa), FASTA scores: opt: 540, E(): 6.5e-27, (35.75% + identity in 319 aa overlap); + P95999|GGPP_SULSO|GDS|GDS-1|SSO0061|C05010|C05_049 + GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE (GGPP SYNTHETASE) + (GGPS) [INCLUDES: DIMETHYLALLYLTRANSFERASE (EC 2.5.1.1)AND + GERANYLTRANSTRANSFERASE (EC 2.5.1.10) AND + FARNESYLTRANSTRANSFERASE (EC 2.5.1.29)] from Sulfolobus + solfataricus (332 aa), FASTA scores: opt: 511, E(): + 4.5e-25 (36.9% identity in 244 aa overlap); etc. Also + similar to Q50727|GGPP_MYCTU|Rv3398c|MT3506|MTCY78.30 + PROBABLE MULTIFUNCTIONAL GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE + SYNTHETASE [INCLUDES: DIMETHYLALLYLTRANSFERASE (EC + 2.5.1.1); GERANYLTRANSTRANSFERASE (EC 2.5.1.10); + FARNESYLTRANSTRANSFERASE (EC 2.5.1.29)] from Mycobacterium + tuberculosis (359 aa), FASTA scores: opt: 687, E(): + 3.4e-36, (39.1% identity in 325 aa overlap). Contains + PS00723 Polyprenyl synthetases signature 1. BELONGS TO THE + FPP/GGPP SYNTHETASES FAMILY. Mb3415c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE POLYPRENYL SYNTHETASE IDSB (POLYPRENYL + TRANSFERASE) (POLYPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02044.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y421" + /db_xref="InterPro:IPR000092" + /db_xref="InterPro:IPR008949" + /db_xref="InterPro:IPR033749" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y421" + /translation="MGGVLTLDAAFLGSVPADLGKALLERARADCGPVLHRAIESMRE + PLATMAGYHLGWWNADRSTAAGSSGKYFRAALVYAAAAACGGDVGDATPVSAAVELVH + NFTLLHDDVMDGDATRRGRPTVWSVWGVGGAILLGDALHATAVRILTGLTDECVAVRA + IRRLQMSCLDLCIGQFEDCLLEGQPEVTVDDYLRMAAGKTAALTGCCCALGALVANAD + DATIAALERFGHELGLAFQCVDDLIGIWGDPGVTGKPVGNDLARRKATLPVVAALNSR + SEAATELAALYQAPAAMTASDVERATALVKVAGGGHVAQRCADERIQAAIAALPDAVR + SPDLIALSQLICRREC" + gene complement(3755939..3756331) + /gene="vapc46" + /locus_tag="BQ2027_MB3416C" + CDS complement(3755939..3756331) + /gene="vapc46" + /locus_tag="BQ2027_MB3416C" + /note="Mb3416c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv3384c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins P95252|Rv1962c|MTCY09F9.02 (135 aa), FASTA + scores: opt: 266, E(): 1.6e-10, (43.1% identity in 130 aa + overlap); and Q50717|YY08_MYCTU|Rv3408|MTCY78.20c (136 + aa), FASTA scores: opt: 243, E(): 4.8e-09, (35.1% identity + in 131 aa overlap). Protein product from Mb3416c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3416c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc46. contains pin domain." + /protein_id="SIU02045.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5Q5" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5Q5" + /translation="MAAIYLDSSAIVKLAVREPESDALRRYLRTRHPRVSSALARAEV + MRALLDKGESARKAGRRALAHLDLLRVDKRVLDLAGGLLPFELRTLDAIHLATAQRLG + VDLGRLCTYDDRMRDAAKTLGMAVIAPS" + gene complement(3756331..3756639) + /gene="vapb46" + /locus_tag="BQ2027_MB3417C" + CDS complement(3756331..3756639) + /gene="vapb46" + /locus_tag="BQ2027_MB3417C" + /note="Mb3417c, -, len: 102 aa. Equivalent to Rv3385c, + len: 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other Mycobacterium tuberculosis hypothetical + proteins e.g. Q50718|Y09M_MYCTU|MTCY78.21c|Rv3407|MT3515 + (99 aa), FASTA scores: opt: 155, E(): 0.001, (41.05% + identity in 78 aa overlap); O07782|Rv0596c|MTCY19H5.26 (85 + aa), FASTA scores: opt: 136, E(): 0.016, (39.45% identity + in 71 aa overlap); P96916|Rv0626|MTCY20H10.07 (86 aa), + FASTA scores: opt: 130, E(): 0.04, (51.2% identity in 41 + aa overlap); etc. Also similar to PREVENT HOST DEATH (PHD) + PROTEINS e.g. CAA66834|PHD from Escherichia coli (73 aa), + FASTA scores: opt: 113, E(): 0.45, (39.4% identity in 66 + aa overlap); and Q06253|PHD_BPP1 from Bacteriophage P1 (73 + aa), FASTA scores: opt: 113, E(): 0.45, (39.4% identity in + 66 aa overlap). Protein product from Mb3417c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3417c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb46" + /protein_id="SIU02046.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Q5" + /translation="MTPTACATVSTMTSVGVRALRQRASELLRRVEAGETIEITDRGR + PVALLSPLPQGGPYEQLLASGEIERATLDVVDLPEPLDLDAGVELPSVTLARLREHER + " + repeat_region 3756681..3756682 + /note="2 bp direct repeat, GT, flanking IS element + IS1560." + /rpt_type=DIRECT + gene 3756683..3758250 + /locus_tag="BQ2027_IS1560-2" + repeat_region 3756683..3756707 + /locus_tag="BQ2027_IS1560-2" + /note="25 bp inverted repeat, + IRL,TAATTACTAGGACCTGAAAAAGTCG, flanking IS element + IS1560." + /rpt_type=INVERTED + gene 3756788..3757492 + /locus_tag="BQ2027_MB3418" + CDS 3756788..3757492 + /locus_tag="BQ2027_MB3418" + /note="Mb3418, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv3386, len: + 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Possible transposase, + showing very weak similarity to several IS element + transposases. Highly similar (but shorter) to + P963659|MTCY10G2_13|Rv1036c from Mycobacterium + tuberculosis (112 aa), FASTA scores: opt: 507, E(): + 8.3e-25, (83.9% identity in 87 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02047.1" + /db_xref="InterPro:IPR008490" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y417" + /translation="MFRTVGDQASLWESVLPEELRRLPEELARVDALLDDSAFFCPFV + PFFDPRMGRPSIPMETYLRLMFLKFRYRLGYESLCREVTDSITWRRFCRIPLEGSVPH + PTTLMKLTTRCGEDAVAGLNEALLAKAASEKLLRTNKVRADTTVVEGDVGYPTDTGLL + AKAVGSMARTVARIKAADAGSAPLGGSSGPRDRLQAAVTRRAATRSGAGLRAPDHRGA + SRDRRAGADRGCRGGT" + gene 3757482..3758159 + /locus_tag="BQ2027_MB3419" + CDS 3757482..3758159 + /locus_tag="BQ2027_MB3419" + /note="Mb3419, -, len: 225 aa. Equivalent to Rv3387, len: + 225 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 225 aa overlap). Possible transposase, + showing very weak similarity to other IS element proteins, + and similar to various hypothetical proteins." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02048.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y474" + /db_xref="InterPro:IPR002559" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y474" + /translation="MVRNAQRAVRRASGRRKAWLRQAINHLEKLIGRTERVVDQARSR + LAGVMPDSSSRLVSLHDADARPIRKGRLGKPVEFGYKAQVVDNADGVILDHSVELGNP + ADAPQLAPAIERISRRTGRPPRAVTADRGCGDASVEDDLHQLGVRNVAIPRKSKPSAT + RRAFEHRRAFRDKIKWRTGSEGRINHLKRSYGWNRTELTGITGARTWCGHGVFAHNLV + KISTLAA" + repeat_region complement(3758226..3758250) + /note="25 bp inverted repeat, + IRR,TAATTACTAAGACCTGAAAAAGTCG, flanking IS element + IS1560." + /rpt_type=INVERTED + repeat_region 3758251..3758252 + /note="2 bp direct repeat, GT, flanking IS element + IS1560." + /rpt_type=DIRECT + gene 3758349..3760598 + /gene="PE_PGRS52" + /locus_tag="BQ2027_MB3420" + CDS 3758349..3760598 + /gene="PE_PGRS52" + /locus_tag="BQ2027_MB3420" + /note="Mb3420, PE_PGRS52, len: 749 aa. Similar to Rv3388, + len: 731 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (94.8% identity in 734 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family, PGRS subfamily of gly-rich + proteins, similar to many PE-family proteins from M. + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O53553|YZ08_MYCTU|RV3508|MTV023.15 (1901 aa), FASTA + scores: opt: 2380, E(): 3.6e-87, (53.8% identity in 773 aa + overlap); and MTV023_21, MTV023_18, MTV023_14, MTV039_16, + MTCY441_4. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, insertions of 60 bp and 78 bp, and deletions of 75 + bp and 9 bp (cggcggcgc-*), lead to a longer product + compared to the homolog in Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv (749 aa versus 731 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs52" + /protein_id="SIU02049.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y432" + /translation="MSFVIANPEMLAAAATDLAGIRSAISAATAAAAAPTIQVAAAGA + DEVSLAISALFGQHAQAYQALSAQATIFHDQFVQALTSGGNLYAAAESHTVEQMVLNA + INAPTQTLFGRPLIGDGANGTAENPDGQNGGLLFGNGGNGFTQTTAGVAGGNGGSAGL + IGNGGAGGIGGAGTGTGGHGGAGGAGGRAWLWGTGGAGGAGAAAIGNAVTPGGAGGAG + GAGGDGGWLFGDGGAGGTGGNGGSGFNSLTSSVGGAGGAGGHAGLFGAGGTGGTGGIG + GQNTETGPAASNGGAGGAGGGGGYLVGDGGAGGTGGAGGKNSSGGATLTGGTGGTGGA + GGAAGWLYGSGGAGGAGGLNNAGGATGGTGGTGGAGGSGAWLYGNGGAAGAGGNGGNN + TSAGTGGVGASGGTGGNAGLIGAGGHGGAGGAGGNQTGGVGNGGAGGNGGAGGAGGQL + YGNGGDGGNGGAGGANIAGGNGSDGGAAGHGGAGGSARLIGAGGHGGDGGAGGNTAGR + RADAIAGTGGDGGNGGNGGLLSGNAGAGGHGGAGGSSTATTTTGTPPTGATGGNGGNG + GAGGTAGFTGSGGIGGNGGAGGTGGNAGVALSVGSTGGLGGNGGSGGLGGGGGSLFGN + GGAGGVGATGGNAGSGIGPASVGGNGGKGGVGAAGGLAGQIGNGGSGGSGGAGGNGGT + GDTAGNGGNGGAGAVGGNAQLIGNGGNGGGGGNGGTGATPGTGGAGAAGGTGGTLFGA + PGTTGADGT" + gene complement(3760669..3761541) + /gene="htdy" + /locus_tag="BQ2027_MB3421C" + CDS complement(3760669..3761541) + /gene="htdy" + /locus_tag="BQ2027_MB3421C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3421c, -, len: 290 aa. Equivalent to Rv3389c, + len: 290 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 290 aa overlap). Possible dehydrogenase + (EC 1.-.-.-), similar to parts of several bacterial + dehydrogenases and eukaryotic short-chain dehydrogenases + involved in steroid biosynthesis e.g. Q9UVH9|FOX2 FOX2 + PROTEIN (a multifunctional protein of the peroxisomal + beta-oxidation) (SIMILAR TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY) from Glomus + mosseae (1015 aa), FASTA scores: opt: 649, E(): 7.5e-33, + (40.9% identity in 269 aa overlap); Q9L009|SCC30.12c + PUTATIVE DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor (333 + aa), FASTA scores: opt: 602, E(): 2.7e-30, (40.35% + identity in 305 aa overlap); AAH03098 HYDROXYSTEROID + (17-BETA) DEHYDROGENASE 4 from Homo sapiens (Human) (736 + aa), FASTA scores: opt: 592, E(): 2.1e-29, (41.55% + identity in 272 aa overlap); P51659|DHB4_HUMAN ESTRADIOL + 17 BETA-DEHYDROGENASE 4 from Homo sapiens (Human) (736 + aa), FASTA scores: opt: 592, E(): 2.1e-29, (41.55% + identity in 272 aa overlap); Q19058|E04F6.3 + HYDRATASE-DEHYDROGENASE-EPIMERASE from Caenorhabditis + elegans (298 aa), FASTA scores: opt: 573, E(): 1.6e-28, + (41.0% identity in 266 aa overlap); O42484 + 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE IV from Gallus + gallus (Chicken) (735 aa), FASTA scores: opt: 573, E(): + 3.2e-28, (39.8% identity in 279 aa overlap); etc. And also + similar in part to Q9LBK1|PHAJ2|PA1018 (R)-SPECIFIC + ENOYL-COA HYDRATASE from Pseudomonas aeruginosa (288 aa), + FASTA scores: opt: 601, E(): 2.7e-30, (40.5% identity in + 294 aa overlap). And similar to + P71863|UFAA2|Rv3538|MTCY03C7.18c HYPOTHETICAL 30.2 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (286 aa), FASTA + scores: opt: 609, E(): 8.7e-31, (39.65% identity in 285 aa + overlap). HAS SOME SIMILARITY TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb3421c detected using shotgun mass spectrometry. + Mb3421c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase + htdy" + /protein_id="SIU02050.1" + /db_xref="InterPro:IPR002539" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR039569" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y429" + /translation="MAIDPNSIGAVTEPMLFEWTDRDTLLYAIGVGAGTGDLAFTTEN + SHGIDQQVLPTYAVICCPAFGAAAKVGTFNPAALLHGSQGIRLHAPLPAAGKLSVVTE + VADIQDKGEGKNAIVVLRGRGCDPESGSLVAETLTTLVLRGQGGFGGARGERPAAPEF + PDRHPDARIDMLTREDQALIYRLSGDRNPLHSDPWFATQLAGFPKPILHGLCTYGVAG + RALVAELGGGVAANITSIAARFTKPVFPGETLSTVIWRTEPGRAVFRTEVAGSDGAEA + RVVLDDGAVEYVAG" + gene 3761615..3762325 + /gene="lpqD" + /locus_tag="BQ2027_MB3422" + CDS 3761615..3762325 + /gene="lpqD" + /locus_tag="BQ2027_MB3422" + /note="Mb3422, lpqD, len: 236 aa. Equivalent to Rv3390, + len: 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Probable lpqD, a + conserved lipoprotein with some similarity to various + bacterial proteins e.g. Q9F3Q7|SC10F4.03 PUTATIVE + ISOMERASE from Streptomyces coelicolor (224 aa), FASTA + scores: opt: 416, E(): 2.5e-18, (33.0% identity in 197 aa + overlap); Q9ZAX0|PGM 2,3-PDG DEPENDENT PHOSPHOGLYCERATE + MUTASE from Amycolatopsis methanolica (205 aa), FASTA + scores: opt: 314, E(): 3.7e-12, (28.55% identity in 203 aa + overlap); P73454|SLR1748 HYPOTHETICAL 24.2 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (214 aa), FASTA + scores: opt: 201, E(): 2.8e-05, (23.8% identity in 189 aa + overlap); etc. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. O53817|Rv0754|MTV041.28 + PGRS-FAMILY PROTEIN (584 aa), FASTA scores: opt: 219, E(): + 5.1e-06, (39.8% identity in 226 aa overlap). Contains + signal sequence and appropriately positioned PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb3422 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3422 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQD" + /protein_id="SIU02051.1" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y412" + /translation="MAKRTPVRKACTVLAVLAATLLLGACGGPTQPRSITLTFIRNAQ + SQANADGIIDTDMPGSGLSADGKAEAQQVAHQVSRRDVDSIYSSPMAADQQTAGPLAG + ELGKQVEILPGLQAINAGWFNGKPESMANSTYMLAPADWLAGDVHNTIPGSISGTEFN + SQFSAAVRKIYDSGHNTPVVFSQGVAIMIWTLMNARNSRDSLLTTHPLPNIGRVVITG + NPVTGWRLVEWDGIRNFT" + gene 3762371..3764323 + /gene="acrA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3423" + CDS 3762371..3764323 + /gene="acrA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3423" + /note="Mb3423, acrA1, len: 650 aa. Equivalent to Rv3391, + len: 650 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 650 aa overlap). Possible acrA1, multi + functional protein with fatty acyl-CoA reductase activity + in C-terminal part (EC 1.2.1.-). Indeed C-terminal part + highly similar to P94129|ACR1 FATTY ACYL-COA REDUCTASE + from Acinetobacter calcoaceticus (295 aa), FASTA scores: + opt: 767, E(): 1.4e-36, (45.4% identity in 260 aa + overlap); and similar to other oxidoreductases + dehydrogenases/reductases e.g. Q9Y3A1 CGI-93 PROTEIN + (SIMILARITY WITH SDR FAMILY) from Homo sapiens (Human) + (291 aa), FASTA scores: opt: 363, E(): 1.5e-13, (38.65% + identity in 194 aa overlap); Q9L146|SC6D11.09 PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE (SIMILARITY WITH SDR FAMILY) from + Streptomyces coelicolor (343 aa), FASTA scores: opt: 346, + E(): 1.6e-12, (30.4% identity in 283 aa overlap); + Q9HSR4|YUSZ1|VNG0115G OXIDOREDUCTASE from Halobacterium + sp. strain NRC-1 (260 aa), FASTA scores: opt: 338, E(): + 3.7e-12, (33.85% identity in 248 aa overlap); etc. + C-terminus also similar to Mycobacterium tuberculosis + proteins Q10783|YF43_MYCTU|Rv1543|MTCY48.22c PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE (341 aa), FASTA scores: opt: 787, E(): + 1.2e-37, (39.8% identity in 319 aa overlap); + O06413|Rv0547c|MTCY25D10.26c HYPOTHETICAL 31.8 KDA PROTEIN + (294 aa), FASTA scores: opt: 565, E(): 4.7e-25, (36.8% + identity in 242 aa overlap); O53398|Rv1050|MTV017.03 + OXIDOREDUCTASE (SDR FAMILY) (301 aa), FASTA scores: opt: + 436, E(): 1.1e-17, (32.2% identity in 292 aa overlap). + N-terminus (aa 1-320) is similar to P37693|HETM_ANASP + polyketide synthase hetM from Anabaena sp. (506 aa), FASTA + scores: opt: 188, E(): 1.3e-07, (27.7% identity in 361 aa + overlap); so certainly a multi-domain enzyme. SEEMS TO + BELONG TO THE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) + FAMILY. Note that this ORF corresponds to the gene + ORF2|Q11197 (in citation mentioned below), but longer 266 + aa, due to use of a more upstream start site. Mb3423 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MULTI-FUNCTIONAL ENZYME WITH + ACYL-CoA-REDUCTASE ACTIVITY ACRA1" + /protein_id="SIU02052.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR013120" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y424" + /translation="MRYVVTGGTGFIGRHVVSRLLDGRPEARLWALVRRQSLSRFERL + AGQWGDRVRPLVGDLTELELSERTIAELGDIDHVLHCAAVHDTTWADATRAVIELAAR + LDATFHHVSSIAVAGDFAGHYTEADFDVGQRLPTPYHRMTFEAERLVRSTPGLRYRIY + RPAVVVGDSRTGEMDTIDGPYYLFGVLAKLAVLPSFTPMLLPDIGRTNIVPVDYVADA + LVALMHADGRDGQTFHLTAPTAIGLRGIYRGIAGAAGLPPLLGTLPGFVAAPVLNARG + RAKVLRNMAATQLGIPAEIFDVVGCAPTFTSDTTREALRGTGIHVPEFATYAPGLWRY + WAEHLDPDRARRNDPLLGRHVIITGASSGIGRASAIAVAKRGATVFALARNGNALDEL + VTEIRAHGGQAHAFTCDVTDSASVEHTVKDILGRFDHVDYLVNNAGRSIRRSVVNSTD + RLHDYERVMAVNYFGAVRMVLALLPHWRERRFGHVVNVSSAGVQARNPKYSSYLPTKA + ALDAFADVVASETLSDHITFTNIHMPLVATPMIVPSRRLNPVRAISAERAAAMVIRGL + VEKPARIDTPLGTLAEAGNYVAPRLSRRILHQLYLGYPDSAAAQGISRPDADRPPAPR + RPRRSARAGVPRPLRRLGRLVPGVHW" + gene complement(3764324..3765187) + /gene="cmaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3424C" + CDS complement(3764324..3765187) + /gene="cmaA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3424C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3424c, cmaA1, len: 287 aa. Equivalent to Rv3392c, + len: 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 287 aa overlap). cmaA1, cyclopropane + mycolic acid synthase 1 (EC 2.1.1.79), characterized in + 1995 as CFA1_MYCTU|Q11195|CMAA1|CMA1 + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase 1 (see + citations below). Highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins MTCY20H10.23c (58.7% identity in 286 + aa overlap); MTCY20H10.24c (68.6% identity); MTCY20H10.25c + (73.5% identity); MTCY20H10.26c (57.0% identity); and + MTCY20G9.30c (55.7% identity). Also highly similar to + Q9CBK3|MMAA4|ML1903 METHYL MYCOLIC ACID SYNTHASES from + Mycobacterium leprae (298 aa), FASTA scores: opt: 1098, + E(): 1e-63, (57.0% identity in 286 aa overlap). Equivalent + to AAK44898|MT0672 from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (317 aa) but shorter 30 aa and with some + differences in residues between the proteins. Protein + product from Mb3424c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3424c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1 + CMAA1 (CYCLOPROPANE FATTY ACID SYNTHASE) (CFA SYNTHASE) + (CYCLOPROPANE MYCOLIC ACID SYNTHASE 1)" + /protein_id="SIU02053.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y428" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y428" + /translation="MPDELKPHFANVQAHYDLSDDFFRLFLDPTQTYSCAYFERDDMT + LQEAQIAKIDLALGKLGLQPGMTLLDVGCGWGATMMRAVEKYDVNVVGLTLSKNQANH + VQQLVANSESLRSKRVLLAGWEQFDEPVDRIVSIGAFEHFGHERYDAFFSLAHRLLPA + DGVMLLHTITGLHPKEIHERGLPMSFTFARFLKFIVTEIFPGGRLPSIPMVQECASAN + GFTVTRVQSLQPHYAKTLDLWSAALQANKGQAIALQSEEVYERYMKYLTGCAEMFRIG + YIDVNQFTCQK" + gene 3765211..3766137 + /gene="iunH" + /locus_tag="BQ2027_MB3425" + CDS 3765211..3766137 + /gene="iunH" + /locus_tag="BQ2027_MB3425" + /note="Mb3425, iunH, len: 308 aa. Equivalent to Rv3393, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Probable iunH, + nucleoside hydrolase (EC 3.2.2.-), similar to others e.g. + Q9RXB2|DR0403 from Deinococcus radiodurans (314 aa), FASTA + scores: opt: 497, E(): 6e-24, (34.3% identity in 312 aa + overlap); Q27546|IUNH_CRIFA from Crithidia fasciculata + (314 aa), FASTA scores: opt: 475, E(): 1.4e-22, (31.45% + identity in 318 aa overlap); Q9CK67|IUNH from Pasteurella + multocida (310 aa), FASTA scores: opt: 464, E(): 6.9e-22, + (30.9% identity in 314 aa overlap); Q9A549|CC2615 from + Caulobacter crescentus (323 aa), FASTA scores: opt: 464, + E(): 7.2e-22, (37.85% identity in 280 aa overlap); etc. + Note that also similar to BAB34113|ECS0690 (alias + AAG54985|YBEK) PUTATIVE TRNA SYNTHETASE from Escherichia + coli strain O157:H7 (311 aa), FASTA scores: opt: 483, E(): + 4.5e-23, (33.0% identity in 315 aa overlap). The active + site histidine is conserved. Mb3425 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE NUCLEOSIDE HYDROLASE IUNH (PURINE + NUCLEOSIDASE)" + /protein_id="SIU02054.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y430" + /db_xref="InterPro:IPR001910" + /db_xref="InterPro:IPR023186" + /db_xref="InterPro:IPR036452" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y430" + /translation="MSVVFADVDTGIDDALAVIYLLASPDADLVGIASTGGNIAVGQV + CANNLSLLELCGAADIPVSKGADEPLGGRWPDHPKFHGPKGIGYAELPASNRRLTDYD + ATTAWIAAAHSHAGDLIGLVTGPLTNLALALRAEPALPRLLRRLVIMGGMFDGQPITE + WNIRVDPEAASEVFTAWAGQRQLPIVCGLDLTRRVAMTPDILARLASVCGSSPVMRVI + EDALRFYFESHEARGHGYLAYMHDPLAAAVAMDPELLTTRTATVDVDPTGATVTDWSG + KRNPNARIGMSVDPAVFFDRFVERIGRFARRT" + gene complement(3766192..3767775) + /locus_tag="BQ2027_MB3426C" + CDS complement(3766192..3767775) + /locus_tag="BQ2027_MB3426C" + /note="Mb3426c, -, len: 527 aa. Equivalent to Rv3394c, + len: 527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.810% identity in 527 aa overlap). Hypothetical + protein, with some similarity to various bacterial + proteins e.g. BAB51085|MLR4427 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (545 aa), FASTA + scores: opt: 267, E(): 2.8e-08, (26.5% identity in 509 aa + overlap); BAB48362|MLR0866 DNA DAMAGE INDUCIBLE PROTEIN P + from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (438 aa), FASTA + scores: opt: 245, E(): 4.6e-07, (25.5% identity in 290 aa + overlap); Q9S292|SCI11.27c HYPOTHETICAL PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (322 aa), FASTA scores: opt: 202, + E(): 0.00012, (28.5% identity in 323 aa overlap); etc. + Also similarity with P95102|DINP|RV3056|MTCY22D7.25c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (346 + aa), FASTA scores: opt: 211, E(): 3.9e-05, (26.45% + identity in 306 aa overlap). Equivalent to AAK47838 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (492 aa) but + longer 35 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA polymerase IV-like protein ImuB" + /protein_id="SIU02055.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5R5" + /db_xref="InterPro:IPR001126" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5R5" + /translation="MMASARVLAIWCMDWPAVAAAAAAGLSATAPVAVTLANRVIACS + ATARAAGVRRGLRRREAAARCPQLFIATADADRDARLFEGVIAAVDDLVPRAELLRPG + LLVLPVRGPARFFGSEQMAAERLIDAVAAAGAECQVGIADRLSTAVFAARAGRIVEPG + GDARFLSLLSIRQLATEPSLSGPGRDDLTDLLWRMGIRTIGQFAALSRTDVASRFGAD + AVAAHRFARGEPERAPCGREPPPDLAAELACDPPIDRVDAAAFAGRSLAAELHRALMA + AGVGCTRLAIHAVTANGEERSRVWRCAEPLTEDATADRVRWQLDGWLNNRNARDRPTA + AVTLLRLQAVETVSASEGLQLPLWGGLGEQDRLRARRALVRVQGLLGPEAVRVPVLSG + GHGPAERITLTVLGLVAPEPVPQADPGQPWPGRLPDPSPAVLFDDPVDLLDAQGNPIR + VTSRGMFSADPARLRVRGRDDRLRWWAGPWPDDERWWDPDRASGRTARAQVLLDGDPG + TALLLCYRQRRWYLEGSYE" + gene complement(3767772..3768386) + /locus_tag="BQ2027_MB3427C" + CDS complement(3767772..3768386) + /locus_tag="BQ2027_MB3427C" + /note="Mb3427c, -, len: 204 aa. Equivalent to Rv3395c, + len: 204 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 204 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, with some similarity with RECA PROTEINS + (RECOMBINASES A) e.g. P16238|RECA_THIFE from Thiobacillus + ferrooxidans (346 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 1.1, + (31.45% identity in 140 aa overlap); Q59560|RECA_MYCSM + from M. smegmatis (349 aa), FASTA scores: opt: 121, E(): + 4.4, (30.25% identity in 129 aa overlap); etc. Note that + shortened since first submission to avoid overlap with + Rv3395A. Equivalent to AAK47839 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (227 aa) but shorter 23 aa. + Mb3427c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="damage tolerance" + /protein_id="SIU02056.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R5" + /translation="MTVAFASDQRLENGAEQLESLRRQMALLSEKVSGGPSRSGDLVP + AGPVSLPPGTVGVLSGARSLLLSMVASVTAAGGNAAIVGQPDIGLLAAVEMGADLSRL + AMIPDPGTDPVEVAAVLIDGMDLVVLGLGGRRVTRARARAVVARARQKGCTLLVTDGD + WQGVSTRLAARVCGYEITPALRGVPTPGLGRISGVRLQINGRGR" + gene 3768469..3769095 + /locus_tag="BQ2027_MB3428" + CDS 3768469..3769095 + /locus_tag="BQ2027_MB3428" + /note="Mb3428, -, len: 208 aa. Equivalent to Rv3395A, len: + 208 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 208 aa overlap). Probable membrane + protein, with potential transmembrane stretches from aa + 7..25 and 55..77. Weak similarity to Q9F2P3|SCE41.16C + PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces coelicolor (258 + aa), FASTA scores: opt: 107, E(): 7.4, (34.05% identity in + 94 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02057.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y423" + /translation="MQSRKTTSVLAAALLFCGLLGPGTAPPATGGGPACRPAELFATD + NTTDGFELPAVATIALTGTVVTGSTLVDGVFWSNERQQIGYERSREFHLCVVDAPTLH + NAAEALHRQFNQEAVLTFDYLPQNAPEADAILITVPDIGIARFRDAFASDLAAHHRLR + GGSVTTADHTLILVAGNGDLDVARRLVEEAGGDWNATTIAHGRREFVN" + gene complement(3769251..3770828) + /gene="guaA" + /locus_tag="BQ2027_MB3429C" + CDS complement(3769251..3770828) + /gene="guaA" + /locus_tag="BQ2027_MB3429C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3429c, guaA, len: 525 aa. Equivalent to Rv3396c, + len: 525 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 525 aa overlap). Probable guaA, gmp + synthase (EC 6.3.5.2) (see citation below), equivalent to + P46810|GUAA_MYCLE|ML0395|B1620_C2_205 GMP SYNTHASE + [GLUTAMINE-HYDROLYZING] from Mycobacterium leprae (529 + aa), FASTA scores: opt: 2992, E(): 8.5e-168, (86.85% + identity in 525 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. O52831|GUAA_CORAM from Corynebacterium ammoniagenes + (Brevibacterium ammoniagenes) (524 aa), FASTA scores: opt: + 2636, E(): 5.9e-147, (76.2% identity in 521 aa overlap); + Q9L0H2|GUAA_STRCO from Streptomyces coelicolor (526 aa), + FASTA scores: opt: 2451, E(): 4.1e-136, (71.55% identity + in 513 aa overlap); Q9KF78|GUAA_BACHD from Bacillus + Halodurans (513 aa), FASTA scores: opt: 1819, E(): + 4.1e-99, (52.55% identity in 510 aa overlap); etc. + Contains PS00442 Glutamine amidotransferases class-I + active site. BELONGS TO THE TYPE-1 GLUTAMINE + AMIDOTRANSFERASE FAMILY IN THE N-TERMINAL SECTION. AND + BELONGS TO THE GMP SYNTHASE FAMILY IN THE C-TERMINAL + SECTION. Protein product from Mb3429c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3429c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GMP SYNTHASE [GLUTAMINE-HYDROLYZING] + GUAA (GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE) (GMP SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU02058.1" + /db_xref="GOA:P0A5A2" + /db_xref="InterPro:IPR001674" + /db_xref="InterPro:IPR004739" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR017926" + /db_xref="InterPro:IPR022310" + /db_xref="InterPro:IPR022955" + /db_xref="InterPro:IPR025777" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5A2" + /translation="MVQPADIDVPETPARPVLVVDFGAQYAQLIARRVREARVFSEVI + PHTASIEEIRARQPVALVLSGGPASVYADGAPKLDPALLDLGVPVLGICYGFQAMAQA + LGGIVAHTGTREYGRTELKVLGGKLHSDLPEVQPVWMSHGDAVTAAPDGFDVVASSAG + APVAAFEAFDRRLAGVQYHPEVMHTPHGQQVLSRFLHDFAGLGAQWTPANIANALIEQ + VRTQIGDGHAICGLSGGVDSAVAAALVQRAIGDRLTCVFVDHGLLRAGERAQVQRDFV + AATGANLVTVDAAETFLEALSGVSAPEGKRKIIGRQFIRAFEGAVRDVLDGKTAEFLV + QGTLYPDVVESGGGSGTANIKSHHNVGGLPDDLKFTLVEPLRLLFKDEVRAVGRELGL + PEEIVARQPFPGPGLGIRIVGEVTAKRLDTLRHADSIVREELTAAGLDNQIWQCPVVL + LADVRSVGVQGDGRTYGHPIVLRPVSSEDAMTADWTRVPYEVLERISTRITNEVAEVN + RVVLDITSKPPATIEWE" + gene complement(3770840..3771748) + /gene="phyA" + /locus_tag="BQ2027_MB3430C" + CDS complement(3770840..3771748) + /gene="phyA" + /locus_tag="BQ2027_MB3430C" + /standard_name="crtB" + /note="Mb3430c, phyA, len: 302 aa. Equivalent to Rv3397c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 302 aa overlap). Probable phyA + (alternate gene name: crtB), phytoene synthase (EC + 2.5.1.-), similar to many e.g. Q9X7V5|SC6A5.09 from + Streptomyces coelicolor (312 aa), FASTA scores: opt: 791, + E(): 2.8e-43, (48.25% identity in 286 aa overlap); + Q9RW07|DR0862 from Deinococcus radiodurans (325 aa), FASTA + scores: opt: 482, E(): 1.5e-23, (35.25% identity in 292 aa + overlap); Q9JRU9|NMB1168|NMB1130 from Neisseria + meningitidis (serogroup B) (290 aa), FASTA scores: opt: + 446, E(): 2.8e-21, (34.25% identity in 260 aa overlap); + P37272|PSY_CAPAN from Capsicum annuum (Bell pepper) (419 + aa), FASTA scores: opt: 431, E(): 3.4e-20, (33.0% identity + in 288 aa overlap); etc. Also similar to Q9JUF5|NMA1339 + PUTATIVE POLY-ISOPRENYL TRANSFERASE (EC 2.5.1.) from + Neisseria meningitidis (serogroup A) (290 aa), FASTA + scores: opt: 450, E(): 1.6e-21, (34.6% identity in 260 aa + overlap). Contains PS01045 Squalene and phytoene synthases + signature 2. BELONGS TO THE PHYTOENE/SQUALENE SYNTHETASE + FAMILY. Mb3430c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHYTOENE SYNTHASE PHYA" + /protein_id="SIU02059.1" + /db_xref="GOA:P65861" + /db_xref="InterPro:IPR008949" + /db_xref="InterPro:IPR017828" + /db_xref="InterPro:IPR019845" + /db_xref="InterPro:IPR033904" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65861" + /translation="MTEIEQAYRITESITRTAARNFYYGIRLLPREKRAALSAVYALG + RRIDDVADGELAPETKITELDAIRKSLDNIDDSSDPVLVALADAARRFPVPIAMFAEL + IDGARMEIDWTGCRDFDELIVYCRRGAGTIGKLCLSIFGPVSTATSRYAEQLGIALQQ + TNILRDVREDFLNGRIYLPRDELDRLGVRLRLDDTGALDDPDGRLAALLRFSADRAAD + WYSLGLRLIPHLDRRSAACCAAMSGIYRRQLALIRASPAVVYDRRISLSGLKKAQVAA + AALASSVTCGPAHGPLPADLGSHPSH" + gene complement(3771777..3772856) + /gene="idsA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3431C" + CDS complement(3771777..3772856) + /gene="idsA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3431C" + /standard_name="idsA" + /note="Mb3431c, idsA1, len: 359 aa. Equivalent to Rv3398c, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable idsA1, + geranylgeranyl pyrophosphate synthetase (GGPP synthetase) + including: dimethylallyltransferase (EC 2.5.1.1), + geranyltranstransferase (EC 2.5.1.10), and + farnesyltranstransferase (EC 2.5.1.29). Most similar to + AE000797_3|O26156|Q53479 bifunctional short chain + isoprenyl diphosphate synthase from Methanobacterium + thermoautotrop (325 aa), FASTA scores: opt: 605, E(): 0, + (37.1% identity in 329 aa overlap); homology suggests ATG + at 30121 or TTG at 30145 to be the initiation codon. + Contains PS00444 Polyprenyl synthetases signature 2. + BELONGS TO THE FPP/GGPP SYNTHETASES FAMILY; BELONGS TO A + FAMILY THAT GROUPS TOGETHER FPP SYNTHETASE, GGPP + SYNTHETASE AND HEXAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE. Note + that previously known as idsA." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE MULTIFUNCTIONAL GERANYLGERANYL + PYROPHOSPHATE SYNTHETASE IDSA1 (GGPP SYNTHETASE) + (GGPPSASE) (GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE SYNTHASE): + DIMETHYLALLYLTRANSFERASE (PRENYLTRANSFERASE) + (GERANYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE) + GERANYLTRANSTRANSFERASE + (FARNESYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE) (FARNESYL-PYROPHOSPHATE + SYNTHETASE) (FARNESYL DIPHOSPHATE SYNTHETASE) (FPP + SYNTHETASE) + FARNESYLTRANSTRANSFERASE + (GERANYLGERANYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02060.1" + /db_xref="GOA:P0A5H9" + /db_xref="InterPro:IPR000092" + /db_xref="InterPro:IPR008949" + /db_xref="InterPro:IPR033749" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5H9" + /translation="MRGTDEKYGLPPQPDSDRMTRRTLPVLGLAHELITPTLRQMADR + LDPHMRPVVSYHLGWSDERGRPVNNNCGKAIRPALVFVAAEAAGADPHSAIPGAVSVE + LVHNFSLVHDDLMDRDEHRRHRPTVWALWGDAMALLAGDAMLSLAHEVLLDCDSPHVG + AALRAISEATRELIRGQAADTAFESRTDVALDECLKMAEGKTAALMAASAEVGALLAG + APRSVREALVAYGRHIGLAFQLVDDLLGIWGRPEITGKPVYSDLRSRKKTLPVTWTVA + HGGSAGRRLAAWLVDETGSQTASDDELAAVAELIECGGGRRWASAEARRHVTQGIDMV + ARIGIPDRPAAELQDLAHYIVDRQA" + gene 3772879..3773925 + /locus_tag="BQ2027_MB3432" + CDS 3772879..3773925 + /locus_tag="BQ2027_MB3432" + /note="Mb3432, -, len: 348 aa. Equivalent to Rv3399, len: + 348 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 348 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv + and CDC1551) hypothetical proteins e.g. + P95074|Rv0726c|MTCY210.45c (367 aa), FASTA scores: opt: + 1188, E(): 7.7e-69, (60.05% identity in 308 aa overlap); + MTCY31.21c (38.0% identity in 308 aa overlap), MTV041_5, + MTCY4C12_14, MTY13D12_21, MTV043_22, MTCY210_44, MTCI5_19, + MTCI5_20, MTV035_9, MTCY180_22, MTCY31_23, MTY13D12_1, + MTCY180_29; etc. Protein product from Mb3432 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3432 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIU02061.1" + /db_xref="GOA:P59986" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59986" + /translation="MARPMGKLPSNTRKCAQCAMAEALLEIAGQTINQKDLGRSGRMT + RTDNDTWDLASSVGATATMIATARALASRAENPLINDPFAEPLVRAVGIDLFTRLASG + ELRLEDIGDHATGGRWMIDNIAIRTKFYDDFFGDATTAGIRQVVILAAGLDTRAYRLP + WPPGTVVYEIDQPAVIKFKTRALANLNAEPNAERHAVAVDLRNDWPTALKNAGFDPAR + PTAFSAEGLLSYLPPQGQDRLLDAITALSAPDSRLATQSPLVLDLAEEDEKKMRMKSA + AEAWRERGFDLDLTELIYFDQRNDVADYLAGSGWQVTTSTGKELFAAQGLPPFEDDHI + TRFADRRYISAVLK" + gene 3773989..3774777 + /locus_tag="BQ2027_MB3433" + CDS 3773989..3774777 + /locus_tag="BQ2027_MB3433" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3433, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv3400, len: + 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Probable hydrolase + (EC 3.-.-.-), strongly equivalent to + Q49741|YY00_MYCLE|ML0393|B1620_F3_119 HYPOTHETICAL 28.6 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (261 aa), FASTA + scores: opt: 1293, E(): 2.2e-71, (74.45% identity in 262 + aa overlap). Similar to several various proteins (notably + hydrolases) e.g. Q9L2I7|SCF42.32 PUTATIVE HYDROLASE from + Streptomyces coelicolor (246 aa), FASTA scores: opt: 888, + E(): 7.7e-47, (56.35% identity in 245 aa overlap); + Q9EX06|2SCG38.13 PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (238 aa), FASTA scores: opt: 195, E(): 8.1e-05, + (29.5% identity in 234 aa overlap); Q9I5X4|PA0562 PROBABLE + HYDROLASE from Pseudomonas aeruginosa (224 aa), FASTA + scores: opt: 190, E(): 0.00015, (27.8% identity in 248 aa + overlap); O06995|PGMB_BACSU|YVDM PUTATIVE + BETA-PHOSPHOGLUCOMUTASE from Bacillus subtilis (226 aa), + FASTA scores: opt: 190, E(): 0.00016, (33.9% identity in + 245 aa overlap); etc. Also similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical protein + Q10850|YK06_MYCTU|Rv2006|MT2062|MTCY39.11c (1327 aa), + FASTA scores: opt: 413, E(): 2e-17, (34.9% identity in 238 + aa overlap). Interestingly, note that Rv3400 and Rv3401 + are similar to beginning and end of + Q10850|YK06_MYCTU|Rv2006|MT2062|MTCY39.11c with approx. + 270 aa missing from the middle. Protein product from + Mb3433 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3433 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HYDROLASE" + /protein_id="SIU02062.1" + /db_xref="GOA:P65070" + /db_xref="InterPro:IPR006439" + /db_xref="InterPro:IPR010976" + /db_xref="InterPro:IPR023198" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="InterPro:IPR041492" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65070" + /translation="MANWYRPNYPEVRSRVLGLPEKVRACLFDLDGVLTDTASLHTKA + WKAMFDAYLAERAERTGEKFVPFDPAADYHTYVDGKKREDGVRSFLSSRAIEIPDGSP + DDPGAAETVYGLGNRKNDMLHKLLRDDGAQVFDGSRRYLEAVTAAGLGVAVVSSSANT + RDVLATTGLDRFVQQRVDGVTLREEHIAGKPAPDSFLRAAELLGVTPDAAAVFEDALS + GVAAGRAGNFAVVVGINRTGRAAQAAQLRRHGADVVVTDLAELL" + gene 3774792..3777152 + /locus_tag="BQ2027_MB3434" + CDS 3774792..3777152 + /locus_tag="BQ2027_MB3434" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3434, -, len: 786 aa. Equivalent to Rv3401, len: + 786 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 786 aa overlap). Hypothetical conserved + protein, may be an hydrolase or a transferase, equivalent + to Q49736|ML0392|B1620_F1_30 HYPOTHETICAL 88.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (792 aa), FASTA scores: opt: + 4820, E(): 0, (91.45% identity in 782 aa overlap). Also + highly similar to Q9L2I8|SCF42.31c PUTATIVE GLYCOSYL + TRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (792 aa), FASTA + scores: opt: 3060, E(): 2.9e-179, (59.25% identity in 785 + aa overlap); and similar to others e.g. Q9K109|NMB0390 + MALTOSE PHOSPHORYLASE from Neisseria meningitidis + (serogroup B) (752 aa), FASTA scores: opt: 980, E(): + 3.5e-52, (29.2% identity in 774 aa overlap); + Q9JSW8|MAPA|NMA2098 PUTATIVE MALTOSE PHOSPHORYLASE (EC + 2.4.1.8) from Neisseria meningitidis (serogroup A) (752 + aa), FASTA scores: opt: 956, E(): 1e-50, (28.4% identity + in 764 aa overlap); O06993|YVDK_BACSU HYPOTHETICAL 88.3 + KDA PROTEIN (BELONGS TO FAMILY 65 OF GLYCOSYL HYDROLASES) + from Bacillus subtilis (757 aa), FASTA scores: opt: 926, + E(): 6.9e-49, (28.5% identity in 754 aa overlap); + Q9CF04|MAPA MALTOSEPHOSPHORYLASE from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (751 aa), FASTA + scores: opt: 907, E(): 1e-47, (26.95% identity in 753 aa + overlap); P77154|YCJT_ECOLI|B1316 HYPOTHETICAL 84.9 KDA + PROTEIN (BELONGS TO FAMILY 65 OF GLYCOSYL HYDROLASES) from + Escherichia coli strain K12 (755 aa), FASTA scores: opt: + 392, E(): 2.9e-16, (27.5% identity in 774 aa overlap); + etc. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical protein + Q10850|YK06_MYCTU|Rv2006|MT2062|MTCY39.11c (1327 aa), + (27.2% identity in 802 aa overlap); note that Rv3400 and + Rv3401 are similar to beginning and end of + Q10850|YK06_MYCTU|Rv2006|MT2062|MTCY39.11c with approx. + 270 aa missing from the middle. Protein product from + Mb3434 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3434 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02063.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y442" + /db_xref="InterPro:IPR005194" + /db_xref="InterPro:IPR005195" + /db_xref="InterPro:IPR005196" + /db_xref="InterPro:IPR008928" + /db_xref="InterPro:IPR011013" + /db_xref="InterPro:IPR012341" + /db_xref="InterPro:IPR017045" + /db_xref="InterPro:IPR037018" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y442" + /translation="MITEDAFPVEPWQVRETKLNLNLLAQSESLFALSNGHIGLRGNL + DEGEPFGLPGTYLNSFYEIRPLPYAEAGYGYPEAGQTVVDVTNGKIFRLLVGDEPFDV + RYGELISHERILDLRAGTLTRRAHWRSPAGKQVKVTSTRLVSLAHRSVAAIEYVVEAI + EEFVRVTVQSELVTNEDVPETSADPRVSAILDRPLQAVEHERTERGALLMHRTRASAL + MMAAGMEHEVEVPGRVEITTDARPDLARTTVICGLRPGQKLRIVKYLAYGWSSLRSRP + ALRDQAAGALHGARYSGWQGLLDAQRAYLDDFWDSADVEVEGDPECQQAVRFGLFHLL + QASARAERRAIPSKGLTGTGYDGHAFWDTEGFVLPVLTYTAPHAVADALRWRASTLDL + AKERAAELGLEGAAFPWRTIRGQESSAYWPAGTAAWHINADIAMAFERYRIVTGDGSL + EEECGLAVLIETARLWLSLGHHDRHGVWHLDGVTGPDEYTAVVRDNVFTNLMAAHNLH + TAADACLRHPEAAEAMGVTTEEMAAWRDAADAANIPYDEELGVHQQCEGFTTLAEWDF + EANTTYPLLLHEAYVRLYPAQVIKQADLVLAMQWQSHAFTPEQKARNVDYYERRMVRD + SSLSACTQAVMCAEVGHLELAHDYAYEAALIDLHDLHRNTRDGLHMASLAGAWTALVV + GFGGLRDDEGILSIDPQLPDGISRLRFRLRWRGFRLIVDANHTDVTFILGDGPGTQLT + MRHAGQDLTLHTDTPSTIAVRTRKPLLPPPPQPPGREPVHRRALAR" + gene complement(3777880..3778932) + /locus_tag="BQ2027_MB3436C" + CDS complement(3777880..3778932) + /locus_tag="BQ2027_MB3436C" + /note="Mb3436c, -, len: 350 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3402c, len: 412 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 350 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, probably involved in cell + process, similar to various proteins generally involved in + extracellular compounds (lipopolysaccharide O-antigen) + biosynthesis e.g. O68392|RFBE PEROSAMINE SYNTHETASE from + Brucella melitensis (367 aa), FASTA scores: opt: 420, E(): + 1.2e-19, (26.15% identity in 375 aa overlap); Q9L6C1 + 3,4-DEHYDRATASE-LIKE PROTEIN from Streptomyces + antibioticus (393 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): + 1.5e-19, (30.65% identity in 385 aa overlap); Q9RR26|OLENI + DEHYDRATASE from Streptomyces antibioticus (393 aa), FASTA + scores: opt: 416, E(): 2.3e-19, (30.65% identity in 385 aa + overlap); O33942 ERYCIV PROTEIN from Saccharopolyspora + erythraea (Streptomyces erythraeus) (401 aa), FASTA + scores: opt: 410, E(): 5.6e-19, (31.75% identity in 362 aa + overlap); Q9UZI4|ASPB-LIKE1|PAB0774 ASPARTATE + AMINOTRANSFERASE (ASPB-LIKE1) from Pyrococcus abyssi (366 + aa), FASTA scores: opt: 402, E(): 1.7e-18, (27.05% + identity in 377 aa overlap); O88001|WLBC PUTATIVE + AMINO-SUGAR BIOSYNTHESIS PROTEIN from Bordetella + bronchiseptica (Alcaligenes bronchisepticus) (366 aa), + FASTA scores: opt: 394, E(): 5.6e-18, (26.8% identity in + 347 aa overlap); Q45378|BPLC DNA FOR LIPOPOLYSACCHARIDE + BIOSYNTHESIS from Bordetella pertussis (366 aa), FASTA + scores: opt: 393, E(): 6.5e-18, (26.8% identity in 347 aa + overlap); etc. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base transversion (c-g) + leads to a shorter product. Mb3436c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved hypothetical protein" + /protein_id="SIU02064.1" + /db_xref="GOA:Q7TWJ6" + /db_xref="InterPro:IPR000653" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWJ6" + /translation="MKIRTLSGSVLEPPSAVRATPGTSMLKLEPGGSTIPKIPFIRPS + FPGPAELAEDFVQIAQANWYTNFGPNERRFARALRDYLGPHLHVATLANGTLALLAAL + HVSFGAGTRDRYLLMPSFTFVGVAQAALWTGYRPWFIDIDANTWQPCVHSACAVIERF + RDRIAGILLANVFGVGNPQISVWEELAAEWELPIVLDSAAGFGSTYADGERLGGRGAC + EIFSFHATKPFAVGEGGALVSRDPRLVEHAYKFQNFGLVQTRESIQLGMNGKLSEISA + AIGLRQLVGLDRRLASRRKVLECYRTGMADAGVRFQDNANVASLCFASACCTSADHKA + AVLGSLRRHAIEARDY" + gene complement(3779303..3780904) + /locus_tag="BQ2027_MB3437C" + CDS complement(3779303..3780904) + /locus_tag="BQ2027_MB3437C" + /note="Mb3437c, -, len: 533 aa. Equivalent to Rv3403c, + len: 533 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 533 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, but some weak similarity to Q9KJP2 HYPOTHETICAL + 54.9 KDA PROTEIN from Myxococcus xanthus (504 aa), FASTA + scores: opt: 157, E(): 0.011, (24.1% identity in 548 aa + overlap). Protein product from Mb3437c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3437c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02065.1" + /db_xref="GOA:P65072" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="InterPro:IPR038732" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65072" + /translation="MLAFPYLMTMITPPTFDVAFIGSGAACSMTLLEMADALLSSPSA + SPKLRIAVVERDEQFWCGIPYGQRSSIGSLAIQKLDDFADEPEKAAYRIWLEQNKQRW + LAFFQAEGGAAAARWICDNRDALDGNQWGELYLPRFLFGVFLSEQMIAAIAALGERDL + AEIVTIRAEAMSAHSADGHYRIGLRPSGNGPTAIAAGKVVVAIGSPPTKAILASDSEP + AFTYINDFYSPGGESNVARLRDSLDRVESWEKRNVLVVGSNATSLEALYLMRHDARIR + ARVRSITVISRSGVLPYMICNQPPEFDFPRLRTLLCTEAIAAADLMSAIRDDLATAEE + RSLNLADLYDAVAALFGQALHKMDLVQQEEFFCVHGMNFTKLVRRAGRDCRQASEELA + ADGTLSLLAGEVLRVDACASGQPFATMTYRAAGAEHTHPVPFAAVVNCGGFEELDTCS + SPFLVSAMQNGLCRPNRTNRGLLVNDDFEASPGFCVIGPLVGGNFTPKIRFWHVESAP + RVRSLAKSLAASLLASLQPVALAPC" + gene complement(3780921..3781625) + /locus_tag="BQ2027_MB3438C" + CDS complement(3780921..3781625) + /locus_tag="BQ2027_MB3438C" + /note="Mb3438c, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv3404c, + len: 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, some similarity to several + METHIONYL-TRNA FORMYLTRANSFERASES e.g. BAB51418|MLL4854 + from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (317 aa), FASTA + scores: opt: 210, E(): 1.7e-06, (27.55% identity in 178 aa + overlap); P94463|FMT_BACSU from Bacillus subtilis (317 + aa), FASTA scores: opt: 199, E(): 8.8e-06, (28.25% + identity in 177 aa overlap); O51091||FMT_BORBU|BB0064 from + Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) (312 aa), + FASTA scores: opt: 187, E(): 5.2e-05, (30.2% identity in + 192 aa overlap); etc. Protein product from Mb3438c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3438c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="formyltransferase" + /protein_id="SIU02066.1" + /db_xref="GOA:P65074" + /db_xref="InterPro:IPR002376" + /db_xref="InterPro:IPR036477" + /db_xref="InterPro:IPR040660" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65074" + /translation="MTILILTDNVHAHALAVDLQARHGDMDVYQSPIGQLPGVPRCDV + AERVAEIVERYDLVLSFHCKQRFPAALIDGVRCVNVHPGFNPYNRGWFPQVFSIIDGQ + KVGVTIHEIDDQLDHGPIIAQRECAIESWDSSGSVYARLMDIERELVLEHFDAIRDGS + YTAKSPATEGNLNLKKDFEQLRRLDLNERGTFGHFLNRLRALTHDDFRNAWFVDASGR + KVFVRVVLEPEKPAEA" + gene complement(3781743..3782309) + /locus_tag="BQ2027_MB3439C" + CDS complement(3781743..3782309) + /locus_tag="BQ2027_MB3439C" + /note="Mb3439c, -, len: 188 aa. Equivalent to Rv3405c, + len: 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 188 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, showing weak similarity to + other bacterial regulatory proteins e.g. Q9KE70|BH0987 + from Bacillus halodurans (203 aa), FASTA scores: opt: 168, + E(): 0.0016, (34.8% identity in 92 aa overlap); + Q9A5F7|CC2493 Caulobacter crescentus (204 aa), FASTA + scores: opt: 160, E(): 0.0051, (32.6% identity in 89 aa + overlap); Q9RDR0|SC4A7.02 from Streptomyces coelicolor + (227 aa), FASTA scores: opt: 159, E(): 0.0064, (37.0% + identity in 189 aa overlap); etc. Also some similarity to + hypothetical Mycobacterium tuberculosis regulatory + proteins e.g. O05858|Rv3208|MTCY07D11.18c, MTCI125_6, + MTCY7D11_18, MTCY10G2_30; etc. Contains potential + helix-turn-helix motif from aa 39-60 (+2.97 SD). Protein + product from Mb3439c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3439c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU02067.1" + /db_xref="GOA:P67443" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67443" + /translation="MTTRPATDRRKMPTGREEVAAAILQAATDLFAERGPAATSIRDI + AARSKVNHGLVFRHFGTKDQLVGAVLDHLGTKLTRLLHSEAPADIIERALDRHGRVLA + RALLDGYPVGQLQQRFPNVAELLDAVRPRYDSDLGARLAVAHALALQFGWRLFAPMLR + SATGIDELTGDELRLSVNDAVARILEPH" + gene 3782371..3783258 + /locus_tag="BQ2027_MB3440" + CDS 3782371..3783258 + /locus_tag="BQ2027_MB3440" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3440, -, len: 295 aa. Equivalent to Rv3406, len: + 295 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 295 aa overlap). Probable dioxygenase + (EC 1.-.-.-), highly similar to Q9WWU|ATSK PUTATIVE + ALPHA-KETOGLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE from Pseudomonas + putida (301 aa), FASTA scores: opt: 994, E(): 3.9e-57, + (53.7% identity in 283 aa overlap); Q9I6U1|PA0193 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (300 aa), + FASTA scores: opt: 1024, E(): 4.4e-59, (53.65% identity in + 287 aa overlap); Q9HX81|TAUD|PA3935 TAURINE DIOXYGENASE + from Pseudomonas aeruginosa (277 aa), FASTA scores: opt: + 599, E(): 1.4e-31, (39.35% identity in 277 aa overlap); + and similar to other dioxygenases e.g. AAG54718|TAUD + (alias BAB33845|ECS0422) TAURINE DIOXYGENASE + 2-OXOGLUTARATE-DEPENDENT from Escherichia coli strain + O157:H7 (283 aa), FASTA scores: opt: 595, E(): 2.5e-31, + (38.1% identity in 281 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + TFDA FAMILY OF DIOXYGENASES." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIOXYGENASE" + /protein_id="SIU02068.1" + /db_xref="GOA:P65076" + /db_xref="InterPro:IPR003819" + /db_xref="InterPro:IPR042098" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65076" + /translation="MTDLITVKKLGSRIGAQIDGVRLGGDLDPAAVNEIRAALLAHKV + VFFRGQHQLDDAEQLAFAGLLGTPIGHPAAIALADDAPIITPINSEFGKANRWHTDVT + FAANYPAASVLRAVSLPSYGGSTLWANTAAAYAELPEPLKCLTENLWALHTNRYDYVT + TKPLTAAQRAFRQVFEKPDFRTEHPVVRVHPETGERTLLAGDFVRSFVGLDSHESRVL + FEVLQRRITMPENTIRWNWAPGDVAIWDNRATQHRAIDDYDDQHRLMHRVTLMGDVPV + DVYGQASRVISGAPMEIAG" + gene 3783293..3783592 + /gene="vapb47" + /locus_tag="BQ2027_MB3441" + CDS 3783293..3783592 + /gene="vapb47" + /locus_tag="BQ2027_MB3441" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3441, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv3407, len: + 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other hypothetical proteins from M. + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + AAK46285|MT2013 (90 aa), FASTA scores: opt: 160, E(): + 0.00021, (37.1% identity in 89 aa overlap); + O50412|Rv3385c|MTV004.43c (102 aa), FASTA scores: opt: + 155, E(): 0.00051, (41.05% identity in 78 aa overlap), + MTCY19H5.26, MTCY20H10.07, MTI376.09c, MTCY427.21, etc. + Protein product from Mb3441 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3441 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible antitoxin vapb47" + /protein_id="SIU02069.1" + /db_xref="InterPro:IPR006442" + /db_xref="InterPro:IPR036165" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65078" + /translation="MRATVGLVEAIGIRELRQHASRYLARVEAGEELGVTNKGRLVAR + LIPVQAAERSREALIESGVLIPARRPQNLLDVTAEPARGRKRTLSDVLNEMRDEQ" + gene 3783589..3783999 + /gene="vapc47" + /locus_tag="BQ2027_MB3442" + CDS 3783589..3783999 + /gene="vapc47" + /locus_tag="BQ2027_MB3442" + /note="Mb3442, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv3408, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 136 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other hypothetical proteins from M. + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O50411|Rv3384c|MTV004.42c (130 aa), FASTA scores: opt: + 243, E(): 1.7e-09, (35.1% identity in 131 aa overlap); + P95252|Rv1962c|MTCY09F9.02 (135 aa), FASTA scores: opt: + 191, E(): 5e-06, (35.5% identity in 138 aa overlap), etc. + Protein product from Mb3442 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3442 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc47. contains pin domain." + /protein_id="SIU02070.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y440" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y440" + /translation="MIYMDTSALTKLLISEPETTELRTWLTAQSGQGEDAATSTLGRV + ELMRVVARYGQPGQTERARYLLDGLDILPLTEPVIGLAETIGPATLRSLDAIHLAAAA + QIKRELTAFVTYDHRLLSGCREVGFVTASPGAVR" + gene complement(3784032..3785768) + /gene="choD" + /locus_tag="BQ2027_MB3443C" + CDS complement(3784032..3785768) + /gene="choD" + /locus_tag="BQ2027_MB3443C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3443c, choD, len: 578 aa. Equivalent to Rv3409c, + len: 578 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 578 aa overlap). Probable choD, + cholesterol oxidase precursor (EC 1.1.3.6), equivalent to + Q9CCV1|CHOD|ML0389 (alias Q59530|CHOD|B1620_C3_240) + PUTATIVE CHOLESTEROL OXIDASE from Mycobacterium leprae + (569 aa), FASTA scores: opt: 3510, E(): 3.8e-198, (88.6% + identity in 569 aa overlap). Also highly similar to + Q9L0H6|SCD63.13 PUTATIVE CHOLESTEROL OXIDASE from + Streptomyces coelicolor (602 aa), FASTA scores: opt: 1101, + E(): 5.2e-57, (60.05% identity in 586 aa overlap); and + similar to other oxidoreductases e.g. Q9A7T6|CC1634 + OXIDOREDUCTASE (GMC FAMILY) from Caulobacter crescentus + (579 aa), FASTA scores: opt: 221, E(): 1.8e-05, (25.2% + identity in 583 aa overlap). BELONGS TO THE GMC + OXIDOREDUCTASES FAMILY. COFACTOR: FAD FLAVOPROTEIN. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. Protein + product from Mb3443c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3443c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="cholesterol oxidase chod (cholesterol-o2 + oxidoreductase)" + /protein_id="SIU02071.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y431" + /db_xref="InterPro:IPR007867" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y431" + /translation="MKPDYDVLIIGSGFGGSVTALRLTEKGYRVGVLEAGRRFSDEEF + AKTSWDLRKFLWAPRLGCYGIQRIHPLRNVMILAGAGVGGGSLNYANTLYVPPEPFFA + DQQWSHITDWRGELMPHYQQAQRMLGVVQNPTFTDADRIVKEVADEMGFGDTWVPTPV + GVFFGPDGTKTPGKTVPDPYFGGAGPARTGCLECGCCMTGCRHGAKNTLVKNYLGLAE + SAGAQVIPMTTVKGFERRSDGLWEVRTVRTGSWLRRDRRTFTATQLVLAAGTWGTQHL + LFKMRDRGRLPGLSKRLGVLTRTNSESIVGAATLKVNPDLDLTHGVAITSSIHPTADT + HIEPVRYGKGSNAMGLLQTLMTDGSGPQGTDVPRWRQLLQTASQDPRGTIRMLNPRQW + SERTVIALVMQHLDNSITTFTKRGKLGIRWYSSKQGHGEPNPTWIPIGNQVTRRIAAK + IDGVAGGTWGELFNIPLTAHFLGGAVIGDDPEHGVIDPYHRVYGYPTLYVVDGAAISA + NLGVNPSLSIAAQAERAASLWPNKGETDRRPPQGEPYRRLAPIQPAHPVVPADAPGAL + RWLPIDPVSNAG" + gene complement(3785824..3786951) + /gene="guaB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3444C" + CDS complement(3785824..3786951) + /gene="guaB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3444C" + /note="Mb3444c, guaB3, len: 375 aa. Equivalent to Rv3410c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 375 aa overlap). Probable guaB3, + inosine-5'-monophosphate (IMP) dehydrogenase (EC + 1.1.1.205), equivalent to + Q49721|YY10_MYCLE|ML0388|B1620_C2_193 HYPOTHETICAL 38.9 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (375 aa), FASTA + scores: opt: 2182, E(): 9.5e-122, (90.6% identity in 373 + aa overlap). Highly similar to Q9RHY9 GUAB ORF GENES FOR + IMP DEHYDROGENASE, HYPOTHETICAL PROTEIN from + Corynebacterium ammoniagenes (Brevibacterium ammoniagenes) + (376 aa), FASTA scores: opt: 1490, E(): 7.6e-81, (61.0% + identity in 382 aa overlap); Q9L0I6|SCD63.03 PUTATIVE + INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE from Streptomyces + coelicolor (374 aa), FASTA scores: opt: 1275, E(): + 3.8e-68, (52.95% identity in 372 aa overlap); + P73853|GUAB|SLR1722 IMP DEHYDROGENASE SUBUNIT from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (387 aa), FASTA scores: + opt: 882, E(): 6.7e-45, (41.3% identity in 373 aa + overlap); and similar to other inosine-5'-monophosphate + dehydrogenases e.g. P44334|IMDH_HAEIN|GUAB|HI0221 from + Haemophilus influenzae (488 aa), FASTA scores: opt: 267, + E(): 1.8e-08, (34.25% identity in 216 aa overlap); etc. + Also highly similar to the C-terminus of Q50753|GUAA/B + HOMOLOGY TO Mycobacterium leprae GUAA (FRAGMENT) from + Mycobacterium tuberculosis (130 aa), FASTA scores: opt: + 506, E(): 4.6e-23, (85.05% identity in 87 aa overlap). + SIMILAR TO OTHER EUKARYOTIC AND PROKARYOTIC IMPDH AND TO + GMP REDUCTASE. Protein product from Mb3444c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3444c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE + GUAB3 (IMP DEHYDROGENASE) (INOSINIC ACID DEHYDROGENASE) + (INOSINATE DEHYDROGENASE) (IMP OXIDOREDUCTASE) + (INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE OXIDOREDUCTASE) (IMPDH) (IMPD)" + /protein_id="SIU02072.1" + /db_xref="GOA:P65171" + /db_xref="InterPro:IPR001093" + /db_xref="InterPro:IPR005992" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65171" + /translation="MVEIGMGRTARRTYELSEISIVPSRRTRSSKDVSTAWQLDAYRF + EIPVVAHPTDALVSPEFAIELGRLGGLGVLNGEGLIGRHLDVEAKIAQLLEAAAADPE + PSTAIRLLQELHAAPLNPDLLGAAVARIREAGVTTAVRVSPQNAQWLTPVLVAAGIDL + LVIQGTIVSAERVASDGEPLNLKTFISELDIPVVAGGVLDHRTALHLMRTGAAGVIVG + YGSTQGVTTTDEVLGISVPMATAIADAAAARRDYLDETGGRYVHVLADGDIHTSGELA + KAIACGADAVVLGTPLAESAEALGEGWFWPAAAAHPSLPRGALLQIAVGERPPLARVL + GGPSDDPFGGLNLVGGLRRSMAKAGYCDLKEFQKVGLTVGG" + gene complement(3786971..3788560) + /gene="guaB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3445C" + CDS complement(3786971..3788560) + /gene="guaB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3445C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3445c, guaB2, len: 529 aa. Equivalent to Rv3411c, + len: 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 529 aa overlap). Probable guaB2, + inosine-5'-monophosphate (IMP) dehydrogenase (EC + 1.1.1.205), equivalent to + Q49729|IMDH_MYCLE|GUAB|ML0387|B1620_C3_238 + INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE from Mycobacterium + leprae (529 aa), FASTA scores: opt: 3154, E(): 4.4e-165, + (92.45% identity in 529 aa overlap). Highly similar to + other inosine-5'-monophosphate dehydrogenases e.g. + Q9RHZ0|GUAB from Corynebacterium ammoniagenes + (Brevibacterium ammoniagenes) (506 aa), FASTA scores: opt: + 2284, E(): 1.5e-117, (67.9% identity in 505 aa overlap); + Q9L0I7|SCD63.02 from Streptomyces coelicolor (501 aa), + FASTA scores: opt: 2178, E(): 9e-112, (67.2% identity in + 491 aa overlap); O67820|IMDH_AQUAE|GUAB|AQ_2023 from + Aquifex aeolicus (490 aa), FASTA scores: opt: 1820, E(): + 3.2e-92, (58.1% identity in 487 aa overlap); etc. Also + similar to Q50716|YY10_MYCTU|Rv3410c|MT3518|MTCY78.18 + HYPOTHETICAL 38.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (38.6% identity in 158 aa overlap). Contains + PS00487 IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. + SIMILAR TO OTHER EUKARYOTIC AND PROKARYOTIC IMPDH AND TO + GMP REDUCTASE. Protein product from Mb3445c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3445c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE + GUAB2 (IMP DEHYDROGENASE) (INOSINIC ACID DEHYDROGENASE) + (INOSINATE DEHYDROGENASE) (IMP OXIDOREDUCTASE) + (INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE OXIDOREDUCTASE) (IMPDH) (IMPD)" + /protein_id="SIU02073.1" + /db_xref="GOA:P65168" + /db_xref="InterPro:IPR000644" + /db_xref="InterPro:IPR001093" + /db_xref="InterPro:IPR005990" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR015875" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65168" + /translation="MSRGMSGLEDSSDLVVSPYVRMGGLTTDPVPTGGDDPHKVAMLG + LTFDDVLLLPAASDVVPATADTSSQLTKKIRLKVPLVSSAMDTVTESRMAIAMARAGG + MGVLHRNLPVAEQAGQVEMVKRSEAGMVTDPVTCRPDNTLAQVDALCARFRISGLPVV + DDDGALVGIITNRDMRFEVDQSKQVAEVMTKAPLITAQEGVSASAALGLLRRNKIEKL + PVVDGRGRLTGLITVKDFVKTEQHPLATKDSDGRLLVGAAVGVGGDAWVRAMMLVDAG + VDVLVVDTAHAHNRLVLDMVGKLKSEVGDRVEVVGGNVATRSAAAALVDAGADAVKVG + VGPGSICTTRVVAGVGAPQITAILEAVAACRPAGVPVIADGGLQYSGDIAKALAAGAS + TAMLGSLLAGTAEAPGELIFVNGKQYKSYRGMGSLGAMRGRGGATSYSKDRYFADDAL + SEDKLVPEGIEGRVPFRGPLSSVIHQLTGGLRAAMGYTGSPTIEVLQQAQFVRITPAG + LKESHPHDVAMTVEAPNYYAR" + gene 3788767..3789177 + /locus_tag="BQ2027_MB3446" + CDS 3788767..3789177 + /locus_tag="BQ2027_MB3446" + /note="Mb3446, -, len: 136 aa. Equivalent to Rv3412, len: + 136 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 136 aa overlap). Hypothetical protein, + strongly similar only to + Q49742|YY12_MYCLE|ML0386|B1620_F3_131 HYPOTHETICAL 15.3 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (137 aa), FASTA + scores: opt: 933, E(): 6.3e-52, (93.4% identity in 136 aa + overlap). Protein product from Mb3446 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3446 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02074.1" + /db_xref="InterPro:IPR035165" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65080" + /translation="MRDHLPPGLPPDPFADDPCDPSAALEAVEPGQPLDQQERMAVEA + DLADLAVYEALLAHKGIRGLVVCCDECQQDHYHDWDMLRSNLLQLLIDGTVRPHEPAY + DPEPDSYVTWDYCRGYADASLNEAAPDADRFRRR" + gene complement(3789187..3790086) + /locus_tag="BQ2027_MB3447C" + CDS complement(3789187..3790086) + /locus_tag="BQ2027_MB3447C" + /note="Mb3447c, -, len: 299 aa. Equivalent to Rv3413c, + len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, pro-rich protein. Mb3447c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown alanine and proline rich protein" + /protein_id="SIU02075.1" + /db_xref="GOA:P65082" + /db_xref="InterPro:IPR031928" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65082" + /translation="MREFGNPLGDRPPLDELARTDLLLDALAEREEVDFADPRDDALA + ALLGQWRDDLRWPPASALVSQDEAVAALRAGVAQRRRARRSLAAVGSVAAALLVLSGF + GAVVADARPGDLLYGLHAMMFNRSRVSDDQIVLSAKANLAKVEQMIAQGQWAEAQDEL + AEVSSTVQAVTDGSRRQDLINEVNLLNTKVETRDPNATLRPGSPSNPAAPGSVGNSWT + PLAPVVEPPTPPTPASAAEPSMSAGVSESPMPNSTSTVAASPSTPSSKPEPGSIDPSL + EPADEATNPAGQPAPETPVSPTH" + gene complement(3790079..3790717) + /gene="sigD" + /locus_tag="BQ2027_MB3448C" + CDS complement(3790079..3790717) + /gene="sigD" + /locus_tag="BQ2027_MB3448C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3448c, sigD, len: 212 aa. Equivalent to Rv3414c, + len: 212 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 212 aa overlap). Probable sigD, + alternative RNA polymerase sigma-D factor (see citation + below), similar to others (notably from Streptomyces + coelicolor) e.g. Q9L0I8|SCD63.01 from Streptomyces + coelicolor (195 aa), FASTA scores: opt: 533, E(): 9.6e-28, + (47.25% identity in 182 aa overlap); Q9FDS3|ADSA from + Streptomyces griseus (258 aa), FASTA scores: opt: 223, + E(): 1.8e-07, (28.95% identity in 183 aa overlap); + BAB48649|MLL1224 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (187 aa), FASTA scores: opt: 202, E(): 3.2e-06, (30.4% + identity in 194 aa overlap); + P38133|RPOE_STRCO|SIGE|SCE94.07 from Streptomyces + coelicolor (176 aa), FASTA scores: opt: 200, E(): 4.1e-06, + (35.25% identity in 156 aa overlap); P37978|CNRH_ALCEU + from Alcaligenes eutrophus (Ralstonia eutropha), FASTA + scores: opt: 197, E(): 6.9e-06, (30.35% identity in 191 aa + overlap); etc. C-terminus strongly similar to N-terminal + part of Q49727|S1620B|B1620_C3_233 HYPOTHETICAL 6.2 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (59 aa), FASTA scores: + opt: 217, E(): 1.3e-07, (90.25% identity in 41 aa + overlap). BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR FAMILY. Protein + product from Mb3448c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3448c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA-D + FACTOR SIGD" + /protein_id="SIU02076.1" + /db_xref="GOA:P66812" + /db_xref="InterPro:IPR000838" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66812" + /translation="MVDPGVSPGCVRFVTLEISPSMTMQGERLDAVVAEAVAGDRNAL + REVLETIRPIVVRYCRARVGTVERSGLSADDVAQEVCLATITALPRYRDRGRPFLAFL + YGIAAHKVADAHRAAGRDRAYPAETLPERWSADAGPEQMAIEADSVTRMNELLEILPA + KQREILILRVVVGLSAEETAAAVGSTTGAVRVAQHRALQRLKDEIVAAGDYA" + gene complement(3790735..3791562) + /locus_tag="BQ2027_MB3449C" + CDS complement(3790735..3791562) + /locus_tag="BQ2027_MB3449C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3449c, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv3415c, + len: 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCV3|ML0383 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (281 aa), + FASTA scores: opt: 1278, E(): 4.2e-71, (73.5% identity in + 279 aa overlap); and Q49858|B229_C1_175 HYPOTHETICAL 27.4 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (264 aa), FASTA + scores: opt: 1186, E(): 1.7e-65, (74.05% identity in 258 + aa overlap). And C-terminus highly similar to N-terminal + part of Q49726|B1620_C3_232 HYPOTHETICAL 12.9 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (122 aa), FASTA scores: opt: + 580, E(): 1.1e-28, (74.6% identity in 126 aa overlap). + Also some similarity with + P71677|RIBD_MYCTU|RIBG|Rv1409|MT1453|MTCY21B4.26 + RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN R (339 aa), FASTA scores: + opt: 143, E(): 0.13, (28.25% identity in 184 aa overlap). + Protein product from Mb3449c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3449c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02077.1" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y441" + /translation="MNETPHAPVVEQVLVAAAFGNQPGSWPLPTAITPHHLWLRAVAA + GGQGRYAHAYGDLSVLRRLVPAGPLASLAHSTQGSLLRQLGWHTLARGWDGRALALAG + ADREAGADALIGLAADALGVGRFAAAGALLDRADPLVVSPLVADRLAVRRRWVAAELA + MATGDGATAVRHAEEAVELTQAMAVASARHRVKSDVVLAAALCSAGAVARARAVGEEA + LDATARFGLLPLRWALACLLIDIGTVTFSAQQLRELTKIRNICAGQVRRAGGCWRTA" + gene 3791933..3792241 + /gene="whiB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3450" + CDS 3791933..3792241 + /gene="whiB3" + /locus_tag="BQ2027_MB3450" + /standard_name="whmB" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3450, whiB3, len: 102 aa. Equivalent to Rv3416, + len: 102 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 102 aa overlap). whiB3 (alternate gene + name: whmB), WhiB-like regulatory protein (see citations + below), similar to WhiB paralogue of Streptomyces + coelicolor, wblE gene product (85 aa). Equivalent to + Q49871|WHIB3|WHIB|ML0382|B229_F1_2|B1620_F3_137 PROBABLE + TRANSCRIPTION FACTOR WHIB3 from Mycobacterium leprae (102 + aa), FASTA scores: opt: 657, E(): 7.9e-39, (86.25% + identity in 102 aa overlap). Also highly similar to + Q9Z6E9|WHIB3 from Mycobacterium smegmatis (96 aa), FASTA + scores: opt: 604, E(): 3.5e-35, (80.4% identity in 102 aa + overlap); and O88103|WHID|SC6G4.45c|WBLB from Streptomyces + coelicolor (112 aa), FASTA scores: opt: 437, E(): 1.4e-23, + (62.5% identity in 96 aa overlap). Also similar to + O05847|WHIB1|Rv3219|MTCY07D11.07c from Mycobacterium + tuberculosis (84 aa), FASTA scores: opt: 215, E(): + 2.5e-08, (44.45% identity in 81 aa overlap). Note that + primer extension analysis revealed three transcriptional + start sites and that expression from the three potential + promoters is growth phase-dependent (see third citation). + Mb3450 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein whib-like + whib3. contains [4fe-4s] cluster." + /protein_id="SIU02078.1" + /db_xref="GOA:Q7TWJ2" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWJ2" + /translation="MPQPEQLPGPNADIWNWQLQGLCRGMDSSMFFHPDGERGRARTQ + REQRAKEMCRRCPVIEACRSHALEVGEPYGVWGGLSESERDLLLKGTMGRTRGIRRTA + " + gene complement(3792313..3793932) + /gene="groEL1" + /locus_tag="BQ2027_MB3451C" + CDS complement(3792313..3793932) + /gene="groEL1" + /locus_tag="BQ2027_MB3451C" + /standard_name="cpn60_1" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3451c, groEL1, len: 539 aa. Equivalent to + Rv3417c, len: 539 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 539 aa overlap). groEL1 + (alternate genbe name: cpn60_1), 60 kd chaperonin 1 + (protein cpn60 1) (see citations below), equivalent to + P37578|CH61_MYCLE|B1620_C3_228|GROL1|GROEL1|GROEL- + 1|GROE1|ML0381|B229_ 60 KDA CHAPERONIN 1 from + Mycobacterium leprae (537 aa), FASTA scores: opt: 2846, + E(): 1.5e-154, (82.95% identity in 539 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. + Q00767|CH61_STRAL|GROL1|GROEL1 from Streptomyces albus G + (539 aa), FASTA scores: opt: 2130, E(): 8.1e-114, (61.9% + identity in 541 aa overlap); + P40171|CH61_STRCO|GROL1|GROEL1|SC6G4.40 from Streptomyces + coelicolor (540 aa), FASTA scores: opt: 2119, E(): + 3.4e-113, (61.8% identity in 542 aa overlap); etc. Also + similar to + P06806|CH62_MYCTU|Q48931|Rv0440|MTV037.04|GROL2|GROEL2|GRO + EL-2|HSP65 (62.2% identity in 527 aa overlap). Contains + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A, PS00296 Chaperonins + cpn60 signature. BELONGS TO THE CHAPERONIN (HSP60) FAMILY. + Protein product from Mb3451c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3451c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="60 KDA CHAPERONIN 1 GROEL1 (PROTEIN CPN60-1) + (GROEL PROTEIN 1)" + /protein_id="SIU02079.1" + /db_xref="GOA:P0A519" + /db_xref="InterPro:IPR001844" + /db_xref="InterPro:IPR002423" + /db_xref="InterPro:IPR018370" + /db_xref="InterPro:IPR027409" + /db_xref="InterPro:IPR027410" + /db_xref="InterPro:IPR027413" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A519" + /translation="MSKLIEYDETARRAMEVGMDKLADTVRVTLGPRGRHVVLAKAFG + GPTVTNDGVTVAREIELEDPFEDLGAQLVKSVATKTNDVAGDGTTTATILAQALIKGG + LRLVAAGVNPIALGVGIGKAADAVSEALLASATPVSGKTGIAQVATVSSRDEQIGDLV + GEAMSKVGHDGVVSVEESSTLGTELEFTEGIGFDKGFLSAYFVTDFDNQQAVLEDALI + LLHQDKISSLPDLLPLLEKVAGTGKPLLIVAEDVEGEALATLVVNAIRKTLKAVAVKG + PYFGDRRKAFLEDLAVVTGGQVVNPDAGMVLREVGLEVLGSARRVVVSKDDTVIVDGG + GTAEAVANRAKHLRAEIDKSDSDWDREKLGERLAKLAGGVAVIKVGAATETALKERKE + SVEDAVAAAKAAVEEGIVPGGGASLIHQARKALTELRASLTGDEVLGVDVFSEALAAP + LFWIAANAGLDGSVVVNKVSELPAGHGLNVNTLSYGDLAADGVIDPVKVTRSAVLNAS + SVARMVLTTETVVVDKPAKAEDHDHHHGHAH" + gene complement(3794027..3794329) + /gene="groES" + /locus_tag="BQ2027_MB3452C" + CDS complement(3794027..3794329) + /gene="groES" + /locus_tag="BQ2027_MB3452C" + /standard_name="cpn10; mpt57" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3452c, groES, len: 100 aa. Equivalent to Rv3418c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). groES (alternate gene + names: cpn10, mpt57), 10 kDa chaperonin (protein cpn10) + (see citations below), equivalent to + P24301|CH10_MYCLE|MOPB|GROES|CHPA|ML0380|B1620_C3_227|B229 + _C3_247 from Mycobacterium leprae (99 aa), FASTA scores: + opt: 568, E(): 2.1e-31, (89.9% identity in 99 aa overlap). + And also strongly identical to others e.g. + O86017|CH10_MYCAV|MOPB|GROES from Mycobacterium avium and + Mycobacterium paratuberculosis (99 aa), FASTA scores: opt: + 611, E(): 2.9e-34, (96.95% identity in 99 aa overlap); + P15020|CH10_MYCBO|MOPB|GROES from Mycobacterium bovis (99 + aa), FASTA scores: opt: 596, E(): 2.9e-33, (98.95% + identity in 94 aa overlap); + P40172|CH10_STRCO|GROES|SC6G4.39 from Streptomyces + coelicolor and Streptomyces lividans (102 aa), FASTA + scores: opt: 480, E(): 1.6e-25, (76.75% identity in 99 aa + overlap); etc. Also identical to MSG10KAG_1, MT10KAG_1, + MTBCGA_1. Contains PS00681 Chaperonins cpn10 signature. + BELONGS TO THE GROES CHAPERONIN FAMILY. Protein product + from Mb3452c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3452c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="10 KDA CHAPERONIN GROES (PROTEIN CPN10) (PROTEIN + GROES) (BCG-A HEAT SHOCK PROTEIN) (10 KDA ANTIGEN)" + /protein_id="SIU02080.1" + /db_xref="GOA:P15020" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR018369" + /db_xref="InterPro:IPR020818" + /db_xref="InterPro:IPR037124" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P15020" + /translation="MAKVNIKPLEDKILVQANEAETTTASGLVIPDTAKEKPQEGTVV + AVGPGRWDEDGEKRIPLDVAEGDTVIYSKYGGTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK" + gene complement(3794596..3795630) + /gene="gcp" + /locus_tag="BQ2027_MB3453C" + CDS complement(3794596..3795630) + /gene="gcp" + /locus_tag="BQ2027_MB3453C" + /note="Mb3453c, -, len: 344 aa. Equivalent to Rv3419c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Probable gcp, + glycoprotease (EC 3.4.24.57), equivalent to + P37969|GCP_MYCLE|GCP|ML0379|U229E|U1620c|B229_C3_246|B1620 + _C3_226 PROBABLE GLYCOPROTEASE from Mycobacterium leprae + (351 aa), FASTA scores: opt: 1898, E(): 2.4e-101, (86.1% + identity in 345 aa overlap). Highly similar to others e.g. + O86793|GCP_STRCO|GCP|SC6G4.30 from Streptomyces coelicolor + (374 aa), FASTA scores: opt: 1282, E(): 4.1e-66, (60.45% + identity in 344 aa overlap); Q9WXZ2|TM0145 from Thermotoga + maritima (327 aa), FASTA scores: opt: 867, E(): 1.9e-42, + (45.4% identity in 337 aa overlap); P05852|GCP_ECOLI|B3064 + from Escherichia coli strain K12 (337 aa), FASTA scores: + opt: 838, E(): 9e-41, (46.55% identity in 346 aa overlap); + etc. Shows some similarity to + Q50707|YY21_MYCTU|Rv3421c|MTCY78.08 (33.9% identity in 127 + aa overlap). Contains PS01016 Glycoprotease family + signature. BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY M22; ALSO KNOWN AS + THE GLYCOPROTEASE FAMILY. Protein product from Mb3453c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3453c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE GCP + (GLYCOPROTEASE)" + /protein_id="SIU02081.1" + /db_xref="GOA:P65802" + /db_xref="InterPro:IPR000905" + /db_xref="InterPro:IPR017860" + /db_xref="InterPro:IPR017861" + /db_xref="InterPro:IPR022450" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65802" + /translation="MTTVLGIETSCDETGVGIARLDPDGTVTLLADEVASSVDEHVRF + GGVVPEIASRAHLEALGPAMRRALAAAGLKQPDIVAATIGPGLAGALLVGVAAAKAYS + AAWGVPFYAVNHLGGHLAADVYEHGPLPECVALLVSGGHTHLLHVRSLGEPIIELGST + VDDAAGEAYDKVARLLGLGYPGGKALDDLARTGDRDAIVFPRGMSGPADDRYAFSFSG + LKTAVARYVESHAADPGFRTADIAAGFQEAVADVLTMKAVRAATALGVSTLLIAGGVA + ANSRLRELATQRCGEAGRTLRIPSPRLCTDNGAMIAAFAAQLVAAGAPPSPLDVPSDP + GLPVMQGQVR" + gene complement(3795627..3796103) + /gene="rimI" + /locus_tag="BQ2027_MB3454C" + CDS complement(3795627..3796103) + /gene="rimI" + /locus_tag="BQ2027_MB3454C" + /note="Mb3454c, rimI, len: 158 aa. Equivalent to Rv3420c, + len: 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Probable rimI, + ribosomal-protein-alanine acetyltransferase (EC + 2.3.1.128), equivalent to C-terminal part of + Q49857|YY21_MYCLE|ML0378|B229_C1_170 HYPOTHETICAL 38.0 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (359 aa), FASTA scores: + opt: 772, E(): 2.7e-44, (72.1% identity in 154 aa + overlap). Similar notably to ribosomal-protein-alanine + acetyltransferases e.g. Q9AC11|CC0058 from Caulobacter + crescentus (150 aa), FASTA scores: opt: 223, E(): 4.9e-08, + (37.5% identity in 136 aa overlap); Q9KFD4|BH0547 from + Bacillus halodurans (151 aa), FASTA scores: opt: 222, E(): + 5.8e-08, (35.2% identity in 142 aa overlap); Q9PG61|XF0441 + from Xylella fastidiosa (156 aa), FASTA scores: opt: 207, + E(): 5.9e-07, (32.2% identity in 149 aa overlap); + Q9HVB7|RIMI|PA4678 from Pseudomonas aeruginosa (150 aa), + FASTA scores: opt: 203, E(): 1.1e-06, (32.45% identity in + 151 aa overlap); P09453|RIMI_ECOLI|B4373 from Escherichia + coli strain K12 (148 aa), FASTA scores: opt: 196, E(): + 3.1e-06, (33.55% identity in 149 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE ACETYLTRANSFERASE FAMILY, RIMI SUBFAMILY. Protein + product from Mb3454c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3454c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ribosomal-protein-alanine acetyltransferase rimi + (acetylating enzyme for n-terminal of ribosomal protein + s18)" + /protein_id="SIU02082.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y448" + /db_xref="InterPro:IPR000182" + /db_xref="InterPro:IPR006464" + /db_xref="InterPro:IPR016181" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y448" + /translation="MTADTEPVTIGALTRADAQRCAELEAQLFVGDDPWPPAAFNREL + ASPHNHYVGARSGGTLVGYAGISRLGRTPPFEYEVHTIGVDPAYQGRGIGRRLLRELL + DFARGGVVYLEVRTDNDAALALYRSVGFQRVGLRRRYYRVSGADAYTMRRDSGDPS" + gene complement(3796100..3796735) + /locus_tag="BQ2027_MB3455C" + CDS complement(3796100..3796735) + /locus_tag="BQ2027_MB3455C" + /note="Mb3455c, -, len: 211 aa. Equivalent to Rv3421c, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49857|YY21_MYCLE|ML0378|B229_C1_170 HYPOTHETICAL 38.0 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (359 aa), FASTA scores: + opt: 1000, E(): 1.8e-50, (75.6% identity in 205 aa + overlap). Also similar to other hypothetical bacterial + proteins e.g. O86791|SC6G4.28 from Streptomyces coelicolor + (217 aa), FASTA scores: opt: 453, E(): 3.3e-19, (48.1% + identity in 212 aa overlap); Q9AC10|CC0059 (GLYCOPROTEASE + FAMILY PROTEIN) from Caulobacter crescentus (211 aa), + FASTA scores: opt: 248, E(): 2e-07, (34.3% identity in 210 + aa overlap); Q9KQK9|VC1989 from Vibrio cholerae (237 aa), + FASTA scores: opt: 238, E(): 8.2e-07, (28.85% identity in + 208 aa overlap); BAB51966|Mlr5530 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (225 aa), FASTA scores: opt: 237, + E(): 9e-07, (35.0% identity in 220 aa overlap); etc. Some + similarity to upstream + Q50709|GCP_MYCTU|Rv3419c|MT3528|MTCY78.10 from M. + tuberculosis (344 aa), (33.9% identity in 127 aa overlap). + Mb3455c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis + protein TsaB" + /protein_id="SIU02083.1" + /db_xref="GOA:P65084" + /db_xref="InterPro:IPR000905" + /db_xref="InterPro:IPR022496" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65084" + /translation="MSRVQISTVLAIDTATPAVTAGIVRRHDLVVLGERVTVDARAHA + ERLTPNVLAALADAALTMADLDAVVVGCGPGPFTGLRAGMASAAAYGHALGIPVYGVC + SLDAIGGQTIGDTLVVTDARRREVYWARYCDGIRTVGPAVNAAADVDPGPALAVAGAP + EHAALFALPCVEPSRPSPAGLVAAVNWADKPAPLVPLYLRRPDAKPLAVCT" + gene complement(3796732..3797238) + /gene="tsaE" + /locus_tag="BQ2027_MB3456C" + CDS complement(3796732..3797238) + /gene="tsaE" + /locus_tag="BQ2027_MB3456C" + /note="Mb3456c, -, len: 168 aa. Equivalent to Rv3422c, + len: 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49864|YY22_MYCLE|ML0377|U229F|B229_C2_205 HYPOTHETICAL + 17.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (161 aa), FASTA + scores: opt: 752, E(): 8.3e-38, (77.4% identity in 146 aa + overlap). Also similar to other hypothetical bacterial + proteins e.g. O86788|YJEE_STRCO|SC6G4.25 from Streptomyces + coelicolor (148 aa), FASTA scores: opt: 377, E(): 1.2e-15, + (50.85% identity in 120 aa overlap); Q9X1W7|TM1632 from + Thermotoga maritima (161 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): + 6.2e-08, (39.4% identity in 137 aa overlap); Q9RRY1|DR2351 + from Deinococcus radiodurans (148 aa), FASTA scores: opt: + 236, E(): 2.6e-07, (38.6% identity in 127 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP /GTP-binding site motif A. + Protein product from Mb3456c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3456c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis + protein TsaE" + /protein_id="SIU02084.1" + /db_xref="GOA:P67172" + /db_xref="InterPro:IPR003442" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67172" + /translation="MSREGIRRRPKARAGLTGGGTATLPRVEDTLTLGSRLGEQLCAG + DVVVLSGPLGAGKTVLAKGIAMAMDVEGPITSPTFVLARMHRPRRPGTPAMVHVDVYR + LLDHNSADLLSELDSLDLDTDLEDAVVVVEWGEGLAERLSQRHLDVRLERVSHSDTRI + ATWSWGRS" + gene complement(3797235..3798461) + /gene="alr" + /locus_tag="BQ2027_MB3457C" + CDS complement(3797235..3798461) + /gene="alr" + /locus_tag="BQ2027_MB3457C" + /note="Mb3457c, alr, len: 408 aa. Equivalent to Rv3423c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 408 aa overlap). Probable alr, alanine + racemase (EC 5.1.1.1), equivalent to + P38056|ALR_MYCLE|ML0375|B229_C3_243 ALANINE RACEMASE from + Mycobacterium leprae (388 aa), FASTA scores: opt: 2160, + E(): 2.3e-124, (84.35% identity in 384 aa overlap). Also + highly similar to other alanine racemases e.g. + Q9L888|ALR_MYCAV from Mycobacterium avium (391 aa), FASTA + scores: opt: 2103, E(): 6.8e-121, (83.6% identity in 384 + aa overlap); P94967|ALR_MYCSM from M. smegmatis (389 aa), + FASTA scores: opt: 1721, E(): 1.3e-97, (67.25% identity in + 385 aa overlap); O86786|ALR_STRCO|SC6G4.23 from + Streptomyces coelicolor (391 aa), FASTA scores: opt: 1041, + E(): 3.7e-56, (47.65% identity in 380 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE ALANINE RACEMASE FAMILY. Protein product + from Mb3457c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3457c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alanine racemase alr" + /protein_id="SIU02085.1" + /db_xref="GOA:P0A4X3" + /db_xref="InterPro:IPR000821" + /db_xref="InterPro:IPR001608" + /db_xref="InterPro:IPR009006" + /db_xref="InterPro:IPR011079" + /db_xref="InterPro:IPR020622" + /db_xref="InterPro:IPR029066" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4X3" + /translation="MKRFWENVGKPNDTTDGRGTTSLAMTPISQTPGLLAEAMVDLGA + IEHNVRVLREHAGHAQLMAVVKADGYGHGATRVAQTALGAGAAELGVATVDEALALRA + DGITAPVLAWLHPPGIDFGPALLADVQVAVSSLRQLDELLHAVRRTGRTATVTVKVDT + GLNRNGVGPAQFPAMLTALRQAMAEDAVRLRGLMSHMVYADKPDDSINDVQAQRFTAF + LAQAREQGVRFEVAHLSNSSATMARPDLTFDLVRPGIAVYGLSPVPALGDMGLVPAMT + VKCAVALVKSIRAGEGVSYGHTWIAPRDTNLALLPIGYADGVFRSLGGRLEVLINGRR + CPGVGRICMDQFMVDLGPGPLDVAEGDEAILFGPGIRGEPTAQDWADLVGTIHYEVVT + SPRGRITRTYREAENR" + gene complement(3798755..3799117) + /locus_tag="BQ2027_MB3458C" + CDS complement(3798755..3799117) + /locus_tag="BQ2027_MB3458C" + /note="Mb3458c, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv3424c, + len: 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 120 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3458c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02086.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65086" + /translation="MPNPVTMLYGRKADLVILPHVLAEERPHPYSTPGRKRGAQIALT + TGIDALASFAPQIVNPRHGLSRVVQCLGGCENKRHAYFRSISKTPHIRARGVPSVCAV + RTVGVDGAKRPPKPIPVQ" + gene 3799280..3799816 + /gene="PPE57" + /locus_tag="BQ2027_MB3459" + CDS 3799280..3799816 + /gene="PPE57" + /locus_tag="BQ2027_MB3459" + /note="Mb3459, PPE57, len: 178 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3425, len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (90.9% identity in 176 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, similar to + many e.g. O06246|Rv3429|MTCY77.01 (178 aa), FASTA scores: + opt: 781, E(): 7e-44, (69.9% identity in 176 aa overlap); + and downstream Q50702|YY26_MYCTU|Rv3426|MTCY78.03c (232 + aa), FASTA scores: opt: 517, E(): 1.2e-26, (68.0% identity + in 125 aa overlap); MTV049_11, MTCY428_16, MTV049_22, + MTV049_30, MTCY261_4; etc. Rv3429: Member of the M. + tuberculosis PPE family, similar to many e.g. the upstream + Q50703|YY25_MYCTU|Rv3425|MTCY78.04c (176 aa), FASTA + scores: opt: 781, E(): 1.9e-44, (69.9% identity in 176 aa + overlap); and Q50702|YY26_MYCTU|Rv3426|MTCY78.03c (232 + aa), FASTA scores: opt: 555, E(): 1.7e-29, (72.0% identity + in 125 aa overlap) (but diverges at 3' end)); etc. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + large deletion of 4926 bp (RD6) leads to the loss of the + COOH part of PPE57, and the following CDSs, PPE58, + Rv3427c, Rv3428c and PPE59 compared to Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv. Mb3459 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe57" + /protein_id="SIU02087.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y451" + /translation="MHPMIPAEYISNIIYEGPGADSLFFASGQLRELAYSVETTAESL + EDELDELDENWKGSSSDLLADAVERYLQWLSKHSSQLKHAAWVINGLANAYNDTRRKV + VPPEEIAANREEVHRLIASNVAGVNTPAIAGLDAQYQQYRAQNIAVMNDYQSTARFIL + AYLPRWQEPPQIYGGGGG" + gene complement(3799757..3800920) + /locus_tag="BQ2027_IS1540-2" + gene complement(3799757..3800920) + /locus_tag="BQ2027_MB3460C" + CDS complement(3799757..3800920) + /locus_tag="BQ2027_MB3460C" + /note="Mb3460c, -, len: 387 aa. Equivalent to + Rv3430c,IS1540-2, len: 387 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (99.7% identity in 387 aa + overlap). Possible IS1540 transposase, similar to several + e.g. Q49592 transposase from Mycobacterium intracellulare + (340 aa), FASTA scores: opt: 1377, E(): 1.6e-81, (64.2% + identity in 338 aa overlap); similarity is lost at + C-terminus due to possible frameshift after aa 297." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02088.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B4" + /db_xref="InterPro:IPR001584" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="InterPro:IPR038965" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B4" + /translation="MIDTAIEEMIPLIGVRAACAATGRAPASYYRAHSKRLSAQSDTF + TSTAVTDPSGPRESAQPRALSAAEREHVLAVLNSQRFADMAPAVVYATLLDEGIYLCS + ESTMYRLLRERGQTGDRRRQATHPAAVKPELVAHQPNSVWSWDITKLRGPAKWSYYYL + YVILDIFSRYVVGWMVASRESKVLAERLIAQTLAAQHISADQLTLHADRGSSMSSKPV + ALLLADLGVTKSHSHPHTSNDNPLSEAQFKTLKYRPDFPKRFESIEAARVHCDRFFGW + YNHEHKHSGIGLHTPADVHYGRADQIRRHRATVLDTAYRDHLERIRSQTTRATRATGL + QRDQPTTEGGPADSINPRKSCLRNVDRFRPGLLDLPAPAPVDLRRLLPSGQIR" + mobile_element complement(3799757..3800920) + /locus_tag="BQ2027_IS1540-2" + /note="IS1540-2, len: 1163 nt. Equivalent to IS1540, len: + 1163 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 1163 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1540" + gene complement(3801409..3802254) + /locus_tag="BQ2027_MB3461C" + CDS complement(3801409..3802254) + /locus_tag="BQ2027_MB3461C" + /note="Mb3461c, -, len: 281 aa. Equivalent to Rv3431c, + len: 281 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 281 aa overlap). Possible truncated + transposase for IS1552, similar to, but shorter than other + transposases e.g. P72303 from Rhodococcus opacus (418 aa), + FASTA scores: opt: 1509, E(): 1.2e-91, (80.95% identity in + 278 aa overlap); Q9AKV5 from Mycobacterium + paratuberculosis (395 aa), FASTA scores: opt: 1115, E(): + 7.8e-66, (63.45% identity in 268 aa overlap); etc. Mb3461c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase (fragment)" + /protein_id="SIU02089.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y489" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y489" + /translation="MFAELIRAGLQALIEAEATEAIGAGRYERSDGRIVHRNGHRPKT + VSTTAGDIEVQIPKLRAGSFFPSLLERRRRIDKALHAVIMEAYVHGVSTRSVDDLVAA + MGVQAGVSKSEVSRICAGLDTEIEAFRTRSLTHTEFPYVFCDATFCKVRVGAHVVSQA + LVVATGVSIDGTREVLGTAVGDSESYEFWREFLASLKARGLTGVHLVISDAHAGLKAA + VAQQFSGASWQRCRVHFMRNLYTAVAAKHAPAVTVAVKTIFAHTDPEEVGAQWDRVAD + PLCQP" + gene complement(3801411..3802255) + /locus_tag="BQ2027_IS1552" + mobile_element complement(3801411..3802255) + /locus_tag="BQ2027_IS1552" + /note="IS1552, len: 845 nt. Equivalent to IS1552, len: 845 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 845 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1552" + gene complement(3802487..3803869) + /gene="gadB" + /locus_tag="BQ2027_MB3462C" + CDS complement(3802487..3803869) + /gene="gadB" + /locus_tag="BQ2027_MB3462C" + /note="Mb3462c, gadB, len: 460 aa. Equivalent to Rv3432c, + len: 460 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 460 aa overlap). Probable gadB, + glutamate decarboxylase (EC 4.1.1.15), similar to many + e.g. P73043|GAD|SLL1641 from Synechocystis sp. strain PCC + 6803 (467 aa), FASTA scores: opt: 1684, E(): 6.2e-99, + (55.35% identity in 457 aa overlap); Q9X8J5|SCE9.23 from + Streptomyces coelicolor (475 aa), FASTA scores: opt: 1650, + E(): 8.9e-97, (57.4% identity in 446 aa overlap); + Q9AQU4|GAD from Oryza sativa (Rice) (501 aa), FASTA + scores: opt: 1498, E(): 3.7e-87, (51.6% identity in 432 aa + overlap); Q07346|DCE_PETHY from Petunia hybrida (Petunia) + (500 aa), FASTA scores: opt: 1485, E(): 2.5e-86, (51.15% + identity in 437 aa overlap); etc. BELONGS TO GROUP II + DECARBOXYLASES (DDC, GAD, HDC AND TYRDC). Protein product + from Mb3462c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3462c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUTAMATE DECARBOXYLASE GADB" + /protein_id="SIU02090.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y460" + /db_xref="InterPro:IPR002129" + /db_xref="InterPro:IPR010107" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y460" + /translation="MSRSHPSVPAHSIAPAYTGRMFTAPVPALRMPDESMDPEAAYRF + IHDELMLDGSSRLNLATFVTTWMDPEAEKLMAETFDKNMIDKDEYPATAAIEARCVSM + VADLFHAEGLRDHDPTSATGVSTIGSSEAVMLGGLALKWRWRQRVGSWKGRMPNLVMG + SNVQVVWEKFCRYFDVEPRYLPMERGRYVITPEQVLAAVDENTIGVVAILGTTYTGEL + EPIAEICAALDKLAAGGGVDVPVHVDAASGGFVVPFLHPDLVWDFRLPRVVSINVSGH + KYGLTYPGVGFVVWRGPEHLPEDLVFRVNYLGGDMPTFTLNFSRPGNQVVGQYYNFLR + LGRDGYTKVMQALSHTARWLGDQLREVDHCEVISDGSAIPVVSFRLAGDRGYTEFDVS + HELRTFGWQVPAYTMPDNATDVAVLRIVVREGLSADLARALHDDAVTALAALDKVKPG + GHFDAQHFAH" + gene complement(3803907..3805328) + /gene="nnr" + /locus_tag="BQ2027_MB3463C" + CDS complement(3803907..3805328) + /gene="nnr" + /locus_tag="BQ2027_MB3463C" + /EC_number="4.2.1.136" + /EC_number="5.1.99.6" + /note="Mb3463c, -, len: 473 aa. Equivalent to Rv3433c, + len: 473 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 473 aa overlap). Hypothetical protein, + member of YKL151c/yjeF family, equivalent to + P37391|YY33_MYCLE|ML0373|U229G|B229_C2_201 HYPOTHETICAL + 47.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (473 aa), FASTA + scores: opt: 2650, E(): 5e-136, (84.55% identity in 473 aa + overlap). Also similar to other hypothetical bacterial + proteins e.g. Q9X3W3 from Zymomonas mobilis (484 aa), + FASTA scores: opt: 700, E(): 1.2e-30, (33.7% identity in + 484 aa overlap); O86783|SC6G4.20c from Streptomyces + coelicolor (485 aa), FASTA scores: opt: 563, E(): 3.2e-23, + (48.45% identity in 489 aa overlap); Q9LC81 from + Arthrobacter sp. Q36 (313 aa), FASTA scores: opt: 553, + E(): 7.9e-23, (44.2% identity in 303 aa overlap); etc. + Contains PS01049 Hypothetical YKL151c/yjeF family + signature 1, PS01050 Hypothetical YKL151c/yjeF family + signature 2. Protein product from Mb3463c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3463c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NAD(P)H-hydrate epimerase (EC / ADP-dependent + (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase (EC" + /protein_id="SIU02091.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y479" + /db_xref="InterPro:IPR000631" + /db_xref="InterPro:IPR004443" + /db_xref="InterPro:IPR017953" + /db_xref="InterPro:IPR029056" + /db_xref="InterPro:IPR030677" + /db_xref="InterPro:IPR036652" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y479" + /translation="MRHYYSVDTIRAAEAPLLASLPDGALMRRAAFGLATEIGRELTA + RTGGVVGRRVCAVVGSGDNGGDALWAATFLRRRGAAADAVLLNPDRTHRKALAAFTKS + GGRLVESVSAATDLVIDGVVGISGSGPLRPAAAQVFAAVQAAAIPVVAVDIPSGIDVA + TGAITGPAVHAALTVTFGGLKPVHALADCGRVVLVDIGLDLAHTDVLGFEATDVAARW + PVPGPRDDKYTQGVTGVLAGSSTYPGAAVLCTGAAVAATSGMVRYAGTAHAEVLAHWP + EVIASPTPAAAGRVQAWVVGPGLGTDEAGAAALWFALDTDLPVLVDADGLTMLADHPD + LVAGRNAPTVLTPHAGEFARLAGAPPGDDRVGACRQLADALGATVLLKGNVTVIADPG + GPVYLNPAGQSWAATAGSGDVLSGMIGALLASGLPSGEAAAAAAFVHARAAAAAAADP + GPGDAPTSASRISGHIRAALAAL" + gene complement(3805330..3806043) + /locus_tag="BQ2027_MB3464C" + CDS complement(3805330..3806043) + /locus_tag="BQ2027_MB3464C" + /note="Mb3464c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv3434c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 237 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, showing some similarity with + Q9CGH7|YLDB HYPOTHETICAL PROTEIN from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (258 aa), FASTA + scores: opt: 248, E(): 1.6e-09, (28.8% identity in 198 aa + overlap); and P94983|Rv1648|MTCY06H11.13 from + Mycobacterium tuberculosis (268 aa), FASTA scores: opt: + 205, E(): 1.2e-06, (31.45% identity in 194 aa overlap). + Mb3464c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02092.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y482" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y482" + /translation="MADASVVARLRSWALAVWHFVSNAPLTYAWLVVLVITTIIQNNL + TGSQLHFVLLHRSTNIAELGRDPLEVLFSSLLWIDGRNLEPYLLLFTLFLAPAEHWLG + HLRWLTVGLTAHIGATYLSEGLLYLAIQHRDASERMVHARDIGVSYFLVGVMAVLTYH + IAKPWRWGYLGVLLVIFGFPLIAMDKAELDFTTVGHFASILIGLLFYPMARERDGRLW + NPARIKSLLHRRGTRGRRA" + gene complement(3806054..3806908) + /locus_tag="BQ2027_MB3465C" + CDS complement(3806054..3806908) + /locus_tag="BQ2027_MB3465C" + /note="Mb3465c, -, len: 284 aa. Equivalent to Rv3435c, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, showing some similarity with + P95061|Rv0713|MTCY210.32 HYPOTHETICAL 33.9 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (313 aa), FASTA scores: + opt: 557, E(): 1.3e-26, (35.8% identity in 282 aa + overlap); and O32991|MLCB2492.12 from Mycobacterium leprae + (95 aa), FASTA scores: opt: 150, E(): 0.022, (35.3% + identity in 85 aa overlap). Equivalent to AAK47881 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (312 aa) but + shorter 28 aa. Mb3465c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02093.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y463" + /db_xref="InterPro:IPR027948" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y463" + /translation="MGRILRVVVGLVLVIAAYVTVIALYHSTGLGRPHEVAHGRPTAD + GTTVTLHVEQLQTIKGVLVANLAVSPGTELLDSQTQGLKDDLTVTVTSVVTPTKRTWS + SGSLPGVFPVPLTISGDPANWPFDHYRSGPITVQLYRGAAHAPERVSVTFVDRLPGWN + VDISGVGDANVPAPYRVGLHRSPSSVAFGTVIVGVLIALAGVGLFVAVQTARGRRQFQ + PPMTTWYAAMLFAVIPLRNALPDAPPIGFWIDVTVVLWVVVALVTSMVLYILCWWWHL + KPDVDETM" + gene complement(3807130..3809004) + /gene="glmS" + /locus_tag="BQ2027_MB3466C" + CDS complement(3807130..3809004) + /gene="glmS" + /locus_tag="BQ2027_MB3466C" + /note="Mb3466c, glmS, len: 624 aa. Equivalent to Rv3436c, + len: 624 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 624 aa overlap). Probable glmS, + glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (EC + 2.6.1.16), equivalent to + P40831|GLMS_MYCLE|ML0371|B229_C3_238 + GLUCOSAMINE--FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE + [ISOMERIZING] from Mycobacterium leprae (623 aa), FASTA + scores: opt: 3584, E(): 4.7e-214, (89.3% identity in 627 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O68956|GLMS_MYCSM from Mycobacterium smegmatis (627 aa), + FASTA scores: opt: 3517, E(): 6.5e-210, (87.25% identity + in 627 aa overlap); O86781|GLMS_STRCO|SC6G4.18 from + Streptomyces coelicolor (614 aa), FASTA scores: opt: 2364, + E(): 1.3e-138, (64.95% identity in 625 aa overlap); + Q9K1P9|NMB0031 from Neisseria meningitidis (serogroup B) + and Q9JWN9|GLMS|NMA0276 from Neisseria meningitidis + (serogroup A) (612 aa), FASTA scores: opt: 1445, E(): + 8.4e-82, (43.55% identity in 627 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE TYPE-2 GATASE DOMAIN IN THE N-TERMINAL SECTION. + BELONGS TO THE SIS FAMILY, GLMS SUBFAMILY, IN THE + C-TERMINAL SECTION. Protein product from Mb3466c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3466c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCOSAMINE--FRUCTOSE-6-PHOSPHATE + AMINOTRANSFERASE [ISOMERIZING] GLMS (HEXOSEPHOSPHATE + AMINOTRANSFERASE) (D-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE + AMIDOTRANSFERASE) (GFAT) + (L-GLUTAMINE-D-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE) + (GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02094.1" + /db_xref="GOA:P0A589" + /db_xref="InterPro:IPR001347" + /db_xref="InterPro:IPR005855" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="InterPro:IPR035466" + /db_xref="InterPro:IPR035490" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A589" + /translation="MCGIVGYVGRRPAYVVVMDALRRMEYRGYDSSGIALVDGGTLTV + RRRAGRLANLEEAVAEMPSTALSGTTGLGHTRWATHGRPTDRNAHPHRDAAGKIAVVH + NGIIENFAVLRRELETAGVEFASDTDTEVAAHLVARAYRHGETADDFVGSVLAVLRRL + EGHFTLVFANADDPGTLVAARRSTPLVLGIGDNEMFVGSDVAAFIEHTREAVELGQDQ + AVVITADGYRISDFDGNDGLQAGRDFRPFHIDWDLAAAEKGGYEYFMLKEIAEQPAAV + ADTLLGHFVGGRIVLDEQRLSDQELREIDKVFVVACGTAYHSGLLAKYAIEHWTRLPV + EVELASEFRYRDPVLDRSTLVVAISQSGETADTLEAVRHAKEQKAKVLAICNTNGSQI + PRECDAVLYTRAGPEIGVASTKTFLAQIAANYLLGLALAQARGTKYPDEVEREYHELE + AMPDLVARVIAATGPVAELAHRFAQSSTVLFLGRHVGYPVALEGALKLKELAYMHAEG + FAAGELKHGPIALIEDGLPVIVVMPSPKGSATLHAKLLSNIREIQTRGAVTIVIAEEG + DETVRPYADHLIEIPAVSTLLQPLLSTIPLQVFAASVARARGYDVDKPRNLAKSVTVE + " + gene 3809026..3809502 + /locus_tag="BQ2027_MB3467" + CDS 3809026..3809502 + /locus_tag="BQ2027_MB3467" + /note="Mb3467, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv3437, len: + 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 158 aa overlap). Possible conserved + transmenbrane protein, C-terminus similar to N-terminal + part of O06345|Rv3482c|MTCY13E12.35c HYPOTHETICAL 28.5 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (260 aa), FASTA + scores: opt: 140, E(): 0.1, (58.8% identity in 34 aa + overlap); and Q9XAN5|SC4C6.05c PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces (347 aa), coelicolor FASTA scores: opt: + 112, E(): 6.8, (50.0% identity in 32 aa overlap). + Questionable ORF. Protein product from Mb3467 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3467 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02095.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5V3" + /db_xref="InterPro:IPR018929" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5V3" + /translation="MVGRAVPSPNRRYRRVWPPRTKGQHLSNPYAQHQLKLIRHTGAL + ILWQQRTYVVSGTREQCEAAYKSAQTYNLLVGWWSLVSLPAMNWIALISNFNAIRRVR + AAADGASVPHGPHAIAHPAVPRGPIPAGWYPDPSGAGLRYWDGATWTHWTHPPRHR" + gene 3809512..3810354 + /locus_tag="BQ2027_MB3468" + CDS 3809512..3810354 + /locus_tag="BQ2027_MB3468" + /note="Mb3468, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv3438, len: + 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCV6|ML0370 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (289 aa), + FASTA scores: opt: 1491, E(): 9.2e-81, (79.85% identity in + 283 aa overlap); and highly similar (but shorter 41 aa) to + Q49872|B229_F1_20 HYPOTHETICAL 34.0 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (324 aa), FASTA scores: opt: 1491, + E(): 1e-80, (79.85% identity in 283 aa overlap). Shows + some similarity to Q9KIU3|LIPA LIPASE from plasmid pAH114 + uncultured bacterium (281 aa), FASTA scores: opt: 168, + E(): 0.0081, (29.3% identity in 140 aa overlap). Protein + product from Mb3468 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3468 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02096.1" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V5" + /translation="MPRIRKLVAALHRRGPHRVLRGDLAFAGLPGVVYTPEAGLHLPG + VAFGHDWLTGTSRYSGLLEHLASWGIVAAAPDSERGLAPSVLNLAFDLGVALDIVAGV + RLGPGKISVHPAKLGLVGHGFGGSAAVFAAAGLTGTHVKSVAAIFPTVTNPAAEQPAA + TLDVPGLILTAPGDPKTLTSNALGLSRAWDKATLRIVSKARAGGLVEGRRLTKVLGLP + GPHRRTQRSVRALLTGYLLYTLGGDKTYRRFADPDLQLPKTDPIDPEAPPITPGEKIV + TLLK" + gene complement(3810374..3811777) + /locus_tag="BQ2027_MB3469C" + CDS complement(3810374..3811777) + /locus_tag="BQ2027_MB3469C" + /note="Mb3469c, -, len: 467 aa. Equivalent to Rv3439c, + len: 467 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 467 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-, pro-rich protein, similar in part to + N-terminal part of Q49853|B229_C1_154 HYPOTHETICAL 11.2 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (103 aa), FASTA + scores: opt: 265, E(): 0.0013, (51.1% identity in 90 aa + overlap). Mb3469c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Conserved alanine and proline rich protein" + /protein_id="SIU02097.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y457" + /translation="MADRLNVAERLAEGRPAAEHTQSYVRACHLVGYQHPDLTAYPAQ + IHDWYGSEDGLDLHALDADCAQLRAAASVLMEALRMERSQVAVLAAAWTGSGADAAVH + FVQRHCETGNSVVTEVRAAAQRCESLRDNLWQLVDSKVATAIAIDERALAQRPAWLAA + AEALTTEGADRPTAVEVVRQQIQPYVDDDVRNDWLTTMRSTTAGVAASYDAVTDQLAS + APRAHFEIPDDLGPGRQPSPASVPAQPSATAAITPAAALPPPDPVPAVTSRPVTPSDF + GSAPGDGSATPAGVGSAGGFGDAGGTGGLGGFAGLAGLANRIVDAVDSLLGSVAEQLG + DPLAADNPPGAVDPFAEDAADNADDGDDAHPEEADEAAEPKEATEPDEADEVDDADES + VPAERAQDVAEEATLPPVAEPPPPAAPPVAEPPPPVAAPAPPGAPEPANGPSPEALSE + GATPCEIAADELPQAGP" + gene complement(3811780..3812091) + /locus_tag="BQ2027_MB3470C" + CDS complement(3811780..3812091) + /locus_tag="BQ2027_MB3470C" + /note="Mb3470c, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv3440c, + len: 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3470c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02098.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B8" + /translation="MRPDSVNSAGIDIAAVYAVADRFSAAAELIDDAIGNHLTRLAFG + GACAGRGHASRGDALRCRLDRLAGELSVWSRAAVQIAFALRAGANRYAEADLCAAARI + G" + gene complement(3812139..3813485) + /gene="mrsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3471C" + CDS complement(3812139..3813485) + /gene="mrsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3471C" + /note="Mb3471c, mrsA, len: 448 aa. Equivalent to Rv3441c, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 448 aa overlap). Probable mrsA, + phosphoglucomutase or phosphomannomutase (EC 5.4.2.-), + equivalent to Q49869|URED|B229_C3_234 MRSA PROTEIN HOMOLOG + from Mycobacterium leprae (463 aa), FASTA scores: opt: + 2449, E(): 6.3e-135, (87.65% identity in 445 aa overlap); + and highly similar (but longer 178 aa) to + Q49862|UREC|B229_C2_192 PUTATIVE UREASE OPERON UREC + PROTEIN from Mycobacterium leprae (288 aa), FASTA scores: + opt: 1442, E(): 1.3e-76, (86.5% identity in 267 aa + overlap). Highly similar to phospho-sugar mutases e.g. + Q53876|SC6G4.14 PUTATIVE PHOSPHO-SUGAR MUTASE (SIMILAR TO + PHOSPHOMANNOMUTASES) from Streptomyces coelicolor (452 + aa), FASTA scores: opt: 1710, E(): 5e-92, (60.45% identity + in 450 aa overlap); Q9KG46|BH0267 PHOSPHOGLUCOSAMINE + MUTASE from Bacillus halodurans (447 aa), FASTA scores: + opt: 1351, E(): 3.5e-71, (48.4% identity in 444 aa + overlap); BAB58323|GLMM PHOSPHOGLUCOSAMINE-MUTASE from + Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (451 aa) and + Q99QR5|GLMM(FEMD)|SA1965 PHOSPHOGLUCOSAMINE-MUTASE from + Staphylococcus aureus subsp. aureus N315. (451 aa), FASTA + scores: opt: 1315, E(): 4.3e-69, (48.45% identity in 446 + aa overlap); P95685|FEMD|GLMM PHOSPHOGLUCOSAMINE-MUTASE + (451 aa), FASTA scores: opt: 1310, E(): 8.5e-69, (48.2% + identity in 446 aa overlap); P95575|MRSA_PSESY MRSA + PROTEIN HOMOLOG from Pseudomonas syringae (pv. syringae) + (447 aa), FASTA scores: opt: 1143, E(): 4.2e-59, (42.75% + identity in 447 aa overlap); etc. Contains PS00710 + Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine + signature. BELONGS TO THE PHOSPHOHEXOSE MUTASES FAMILY. + Protein product from Mb3471c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3471c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHO-SUGAR MUTASE / MRSA PROTEIN + HOMOLOG" + /protein_id="SIU02099.1" + /db_xref="GOA:Q7TWH9" + /db_xref="InterPro:IPR005841" + /db_xref="InterPro:IPR005843" + /db_xref="InterPro:IPR005844" + /db_xref="InterPro:IPR005845" + /db_xref="InterPro:IPR005846" + /db_xref="InterPro:IPR006352" + /db_xref="InterPro:IPR016055" + /db_xref="InterPro:IPR016066" + /db_xref="InterPro:IPR036900" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWH9" + /translation="MGRLFGTDGVRGVANRELTAELALALGAAAARRLSRSGAPGRRV + AVLGRDPRASGEMLEAAVIAGLTSEGVDALRVGVLPTPAVAYLTGAYDADFGVMISAS + HNPMPDNGIKIFGPGGHKLDDDTEDQIEDLVLGVSRGPGLRPAGAGIGRVIDAEDATE + RYLRHVAKAATARLDDLAVVVDCAHGAASSAAPRAYRAAGARVIAINAEPNGRNINDG + CGSTHLDPLRAAVLAHRADLGLAHDGDADRCLAVDANGDLVDGDAIMVVLALAMKEAG + ELACNTLVATVMSNLGLHLAMRSAGVTVRTTAVGDRYVLEELRAGDYSLGGEQSGHIV + MPALGSTGDGIVTGLRLMTRMVQTGSSLSDLASAMRTLPQVLINVEVVDKATAAAAPS + VRTAVEQAAAELGDTGRILLRPSGTEPMIRVMVEAADEGVAQRLAATVADAVSTAR" + gene complement(3813610..3814065) + /gene="rpsI" + /locus_tag="BQ2027_MB3472C" + CDS complement(3813610..3814065) + /gene="rpsI" + /locus_tag="BQ2027_MB3472C" + /note="Mb3472c, rpsI, len: 151 aa. Equivalent to Rv3442c, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Probable rpsI, + ribosomal protein S9, equivalent to + P40828|RS9_MYCLE|ML0365|B229_C2_191 30S RIBOSOMAL PROTEIN + S9 (153 aa), FASTA scores: opt: 800, E(): 2.1e-42, (83.85% + identity in 155 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q53875|RS9_STRCO|SC6G4.13 from Streptomyces + coelicolor (170 aa), FASTA scores: opt: 533, E(): 5.7e-26, + (60.75% identity in 135 aa overlap); Q9KGD4|RPSI|BH0169 + (BS10) from Bacillus halodurans (130 aa), FASTA scores: + opt: 469, E(): 3.8e-22, (58.65% identity in 121 aa + overlap); Q9CDG7|RPSI from Lactococcus lactis (subsp. + lactis) (Streptococcus lactis) (130 aa), FASTA scores: + opt: 451, E(): 4.9e-21, (58.65% identity in 121 aa + overlap); P07842|RS9_BACST|RPSI from Bacillus + stearothermophilus (129 aa), FASTA scores: opt: 448, E(): + 7.4e-21, (54.55% identity in 121 aa overlap); etc. + Contains PS00360 Ribosomal protein S9 signature. BELONGS + TO THE S9P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product + from Mb3472c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3472c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s9 rpsi" + /protein_id="SIU02100.1" + /db_xref="GOA:P66640" + /db_xref="InterPro:IPR000754" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR020574" + /db_xref="InterPro:IPR023035" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66640" + /translation="MTETTPAPQTPAAPAGPAQSFVLERPIQTVGRRKEAVVRVRLVP + GTGKFDLNGRSLEDYFPNKVHQQLIKAPLVTVDRVESFDIFAHLGGGGPSGQAGALRL + GIARALILVSPEDRPALKKAGFLTRDPRATERKKYGLKKARKAPQYSKR" + gene complement(3814062..3814505) + /gene="rplM" + /locus_tag="BQ2027_MB3473C" + CDS complement(3814062..3814505) + /gene="rplM" + /locus_tag="BQ2027_MB3473C" + /note="Mb3473c, rplM, len: 147 aa. Equivalent to Rv3443c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Probable rplM, 50S + ribosomal protein L13, equivalent to + P38014|RL13_MYCLE|RPLM|ML0364|B229_C3_232 from + Mycobacterium leprae (147 aa), FASTA scores: opt: 917, + E(): 7.5e-53, (91.15% identity in 147 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. + Q53874|RL13_STRCO|RPLM|SC6G4.12 from Streptomyces + coelicolor (147 aa), FASTA scores: opt: 668, E(): 1.1e-36, + (65.5% identity in 145 aa overlap); + Q9X1G5|RL13_THEMA|RPLM|TM1454 from Thermotoga maritima + (149 aa), FASTA scores: opt: 536, E(): 4.4e-28, (53.65% + identity in 136 aa overlap); + O67722|RL13_AQUAE|RPLM|AQ_1877 from Aquifex aeolicus (144 + aa), FASTA scores: opt: 529, E(): 1.2e-27, (53.2% identity + in 141 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L13P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb3473c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3473c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l13 rplm" + /protein_id="SIU02101.1" + /db_xref="GOA:P66066" + /db_xref="InterPro:IPR005822" + /db_xref="InterPro:IPR005823" + /db_xref="InterPro:IPR023563" + /db_xref="InterPro:IPR036899" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66066" + /translation="MPTYAPKAGDTTRSWYVIDATDVVLGRLAVAAANLLRGKHKPTF + APNVDGGDFVIVINADKVAISGDKLQHKMVYRHSGYPGGLHKRTIGELMQRHPDRVVE + KAILGMLPKNRLSRQIQRKLRVYAGPEHPHSAQQPVPYELKQVAQ" + gene complement(3814738..3815040) + /gene="esxT" + /locus_tag="BQ2027_MB3474C" + CDS complement(3814738..3815040) + /gene="esxT" + /locus_tag="BQ2027_MB3474C" + /note="Mb3474c, esxT, len: 100 aa. Equivalent to Rv3444c, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). esxT, conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CCV7|ML0363 POSSIBLE + SECRETED PROTEIN from Mycobacterium leprae (104 aa), FASTA + scores: opt: 362, E(): 1.1e-18, (71.25% identity in 73 aa + overlap). C-terminal part highly similar to + Q49852|B229_C1_150 HYPOTHETICAL 5.3 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (49 aa), FASTA scores: opt: 227, E(): + 1.4e-09, (68.9% identity in 45 aa overlap). Mb3474c found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative esat-6 like protein esxt" + /protein_id="SIU02102.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y497" + /translation="MNADPVLSYNFDAIEYSVRQEIHTTAARFNAALQELRSQIAPLQ + QLWTREAAAAYHAEQLKWHQAASALNEILIDLGNAVRHGADDVAHADRRAAGAWAR" + gene complement(3815061..3815378) + /gene="esxU" + /locus_tag="BQ2027_MB3475C" + CDS complement(3815061..3815378) + /gene="esxU" + /locus_tag="BQ2027_MB3475C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3475c, len: 105 aa. Equivalent to Rv3445c len: + 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). EsxU, ESAT-6 like + protein (see citations below), showing weak similarity to + O30373|VCD|PA2257 pyoverdine biosynthesis protein from + Pseudomonas aeruginosa (215 aa), FASTA scores: opt: + 103,E(): 5.6, (32.35% identity in 133 aa overlap). Seems + to belong to the ESAT6 family. Start changed since first + submission (-20 aa). Mb3475c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ESAT-6 like protein EsxU" + /protein_id="SIU02103.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y467" + /translation="MSTPNTLNADFDLMRSVAGITDARNEEIRAMLQAFIGRMSGVPP + SVWGGLAAARFQDVVDRWNAESTRLYHVLHAIADTIRHNEAALREAGQIHARHIAAAG + GDL" + gene complement(3815431..3816645) + /locus_tag="BQ2027_MB3476C" + CDS complement(3815431..3816645) + /locus_tag="BQ2027_MB3476C" + /note="Mb3476c, -, len: 404 aa. Equivalent to Rv3446c, + len: 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 404 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, val-rich protein. Protein product from Mb3476c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Membrane protein Rv3446c, component of Type VII + secretion system ESX-4" + /protein_id="SIU02104.1" + /db_xref="InterPro:IPR023840" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y481" + /translation="MSPHRAVIEAGPGAIRRLCCGADVVADTAVSAAALAAIDDQVAL + LDERPVAVDSLWFDALRSVAVDHRDGPVVVHPSWWSAARVEVVTAAARTLTRDVVVHP + RSWLLRQASSGVSAATVVVEIAERLVLVAGAEVAAVARRTDAESVAGQVGSVIARMTR + GITAVVLIDVPSTVAGAAALAAAIAGAVRGTGSSVVEIDGVRLARLARAALPPSDEPA + DPAARPATRSRVPTLARVAAAGVALALLAPAAVVRHGATTLQRPPTTLLVEGRVALTI + PADWSTQRVVSGPGSARVQVTSPADPEVALHVTQSPVPGETLPGTAQRLKRAIDASPA + GVFVDFNPSDIRAGRPAVTYREVRAGHQVRWTILLDGAVRISVGCQSGPGHEDLLREV + CAQAVRSVHAVG" + gene complement(3816642..3820352) + /gene="eccc4" + /locus_tag="BQ2027_MB3477C" + CDS complement(3816642..3820352) + /gene="eccc4" + /locus_tag="BQ2027_MB3477C" + /note="Mb3477c, -, len: 1236 aa. Equivalent to Rv3447c, + len: 1236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1236 aa overlap). Probable + conserved membrane protein, similar to various bacterial + proteins e.g. O86653|SC3C3.20c ATP/GTP BINDING PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (1321 aa), FASTA scores: opt: + 1186, E(): 1.9e-60, (42.9% identity in 1312 aa overlap); + Q9L0T6|SCD35.15c from Streptomyces coelicolor (1525 aa), + FASTA scores: opt: 932, E(): 9.2e-46, (27.2% identity in + 1374 aa overlap); Q9CD30|ML2535 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (1329 aa), FASTA scores: opt: 910, + E(): 1.5e-44, (34.4% identity in 1319 aa overlap); + Q9KE81|BH0975 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + halodurans (1489 aa), FASTA scores: opt: 805, E(): + 1.9e-38, (25.85% identity in 1292 aa overlap); etc. The + C-terminal region is similar to Q9CDD7|ML0052 (alias + O33086|MLCB628.15c) HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (597 aa), FASTA scores: opt: 850, + E(): 2.3e-41, (35.2% identity in 588 aa overlap); and + O6973|Rv3871|MTV027.06 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (591 aa), FASTA scores: opt: + 845, E(): 4.3e-41, (35.3% identity in 586 aa overlap). + N-terminal part shows similarity with HYPOTHETICAL + PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O69735|Rv3870|MTV027.05 (747 aa), FASTA scores: opt: 761, + E(): 3.6e-36, (38.2% identity in 746 aa overlap). + Equivalent to AAK47893 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (1200 aa) but longer 36 aa. Contains three + of PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccc4. esx-4 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU02105.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5W3" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR023836" + /db_xref="InterPro:IPR023837" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5W3" + /translation="MNSGPACATADILVAPPPELRRSEPSSLLIRLLPVVMSVATVGV + MVTVFLPGSPATRHPTFLAFPMMMLVSLVVTAVTGRGRRHVSGIHNDRVDYLGYLSVL + RTSVTQTAAAQHVSLNWTHPDPATLWTLIGGPRMWERRPGAADFCRIRVGVGSAPLAT + RLVVGQLPPAQRADPVTRAALRCFLAAHATIADAPIAIPLRVGGPIAIDGDPTKVRGL + LRAMICQLAVWHSPEELLIAGVVSDRNRAHWDWLKWLPHNQHPNACDALGPAPMVYST + LAEMQNALAATVLAHVVAIVDTAERGNGAITGVITIEVGARRDGAPPVVRCAGEVTAL + ACPDQLEPQDALVCARRLAAHRVGHSGRTFIRGSGWAELVGIGDVAAFDPSTLWRNVN + QHDRLRVPIGVTPDGTAVQLDIKEAAEQGMGPHGLCVGATGSGKSELLRTIALGMMAR + NSPEVLNLLLVDFKGGATFLDLAGAPHVAAVITNLAEEAPLVARMQDALAGEMSRRQQ + LLRMAGHLVSVTAYQRARQTGAQLPCLPILFIVVDEFSELLSQHPEFVDVFLAIGRVG + RSLGMHLLLASQRLDEGRLRGLETHLSYRMCLKTWSASESRNVLGTQDAYQLPNTPGA + GLLQTGTGELIRFQTAFVSGPLRRASPSAVHPVAPPSVRPFTTHAAAPVTAGPVGGTA + EVPTPTVLHAVLDRLVGHGPAAHQVWLPPLDEPPMLGALLRDAEPAQAELAVPIGIVD + RPFEQSRVPLTIDLSGAAGNVAVVGAPQTGKSTALRTLIMALAATHDAGRVQFYCLDF + GGGALAQVDELPHVGAVAGRAQPQLASRMLAELESAVRFREAFFRDHGIDSVARYRQL + RAKSAAESFADIFLVIDGWASLRQEFAALEESIVALAAQGLSFGVHVALSAARWAEIR + PSLRDQIGSRIELRLADPADSELDRRQAQRVPVDRPGRGLSRDGMHMVIALPDLDGVA + LRRRSGDPVAPPIPLLPARVDYDSVVARAGDELGAHILLGLEERRGQPVAVDFGRHPH + LLVLGDNECGKTAALRTLCREIVRTHTAARAQLLIVDFRHTLLDVIESEHMGGYVSSP + AALGAKLSSLVDLLQARMPAPDVSQAQLRARSWWSGPDIYVVVDDYDLVAVSSGNPLM + VLLEYLPHARDLSLHLVVARRSGGAARALFEPVLASLRDLGCRALLMSGRPDEGALFG + SSRPMPLPPGRGILVTGAGDEQLVQVAWSPPP" + gene 3820466..3821869 + /gene="eccd4" + /locus_tag="BQ2027_MB3478" + CDS 3820466..3821869 + /gene="eccd4" + /locus_tag="BQ2027_MB3478" + /note="Mb3478, -, len: 467 aa. Equivalent to Rv3448, len: + 467 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 467 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, showing some similarity with + Q9CD35|ML2529 from Mycobacterium leprae (485 aa), FASTA + scores: opt: 371, E(): 3.6e-14, (27.25% identity in 481 aa + overlap); and two proteins from Mycobacterium tuberculosis + O86362|Rv0290|MTV035.18 (472 aa), FASTA scores: opt: 429, + E(): 1.6e-17, (28.6% identity in 479 aa overlap); and + O05457|Rv3887c|MTCY15F10.25 (509 aa), FASTA scores: opt: + 203, E(): 0.00019, (25.6% identity in 492 aa overlap). + Contains PS00402 Binding-protein-dependent transport + systems inner membrane comp signature." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccd4. esx-4 type vii + secretion system protein. probable integral membrane + protein." + /protein_id="SIU02106.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X5" + /db_xref="InterPro:IPR006707" + /db_xref="InterPro:IPR024962" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X5" + /translation="MPTSDPGLRRVTVHAGAQAVDLTLPAAVPVATLIPSIVDILGDR + GASPATAARYQLSALGAPALPNATTLAQCGIRDGAVLVLHKSSAQPPTPRCDDVAEAV + AAALDTTARPQCQRTTRLSGALAASCITAGGGLMLVRNALGTNVTRYSDATAGVVAAA + GLAALLFAVIACRTYRDPIAGLTLSVIATIFGAVAGLLAVPGVPGVHSVLVAAMAAAA + TSVLAMRITGCGGITLTAVACCAVVVAAATLVGAITAAPVPAIGSLDTLASFGLLEVS + ARMAVLLAGLSPRLPPALNPDDADALPTTDRLTTRANRADAWLTSLLAAFAASATIGA + IGTAVATHGIHRSSMGGIALAAVTGALLLLRARSADTRRSLVFAICGITTVATAFTVA + ADRALEHGPWIAALTAMLAAVAMFLGFVAPALSLSPVTYRTIELLECLALIAMVPLTA + WLCGAYSAVRHLDLTWT" + gene 3821866..3823233 + /gene="mycp4" + /locus_tag="BQ2027_MB3479" + CDS 3821866..3823233 + /gene="mycp4" + /locus_tag="BQ2027_MB3479" + /note="Mb3479, -, len: 455 aa. Equivalent to Rv3449, len: + 455 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 455 aa overlap). Probable secreted + serine protease (EC 3.4.21.-). Similar to hypothetical + unknowns or proteases from Mycobacterium tuberculosis + strains H37Rv and CDC1551 e.g. AAK48366|MT3998 SUBTILASE + FAMILY PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain + CDC1551 (411 aa), FASTA scores: opt: 747, E(): 3.5e-33, + (45.65% identity in 416 aa overlap); + O05461|Rv3883c|MTCY15F10.29 HYPOTHETICAL PROTEIN (446 aa), + FASTA scores: opt: 747, E(): 3.8e-33, (45.45% identity in + 451 aa overlap); O53695|Rv0291|MTV035.19 HYPOTHETICAL + PROTEIN (461 aa), FASTA scores: opt: 660, E(): 1.9e-28, + (44.0% identity in 457 aa overlap); etc. And similar to + hypothetical proteases from Mycobacterium leprae e.g. + O33076|MLCB628.04|ML0041 HYPOTHETICAL 45.7 KDA PROTEIN + (PROBABLE SECRETED PROTEASE) (446 aa), FASTA scores: opt: + 683, E(): 1.1e-29, (43.8% identity in 450 aa overlap); + Q9CD36|ML2528 PUTATIVE PROTEASE (475 aa), FASTA scores: + opt: 608, E(): 1.3e-25, (43.0% identity in 451 aa + overlap); Q9CBV3|ML1538 POSSIBLE PROTEASE (567 aa), FASTA + scores: opt: 389, E(): 9.7e-14, (33.8% identity in 562 aa + overlap); etc. Also some similarity to other proteases + from several organisms e.g. O31788|APRX ALKALINE SERINE + PROTEASE from Bacillus subtilis (442 aa), FASTA scores: + opt: 296, E(): 8.3e-09, (29.4% identity in 313 aa + overlap); O86650|SC3C3.17c PUTATIVE SECRETED SERINE + PROTEASE from Streptomyces coelicolor (450 aa), FASTA + scores: opt: 279, E(): 7e-08, (33.55% identity in 343 aa + overlap); Q9KBJ7|APRX|BH193 INTRACELLULAR ALKALINE SERINE + PROTEASE from Bacillus halodurans (444 aa), FASTA scores: + opt: 257, E(): 1.1e-06, (28.65% identity in 335 aa + overlap); O86642|SC3C3.08 SERINE PROTEASE from + Streptomyces coelicolor (413 aa), FASTA scores: opt: 243, + E(): 5.7e-06, (38.25% identity in 387 aa overlap); etc. + Has putative signal peptide at N-terminus and hydrophobic + stretch at C-terminus. Contains three signatures typical + of subtilase family: aspartic acid active site (PS00136), + histidine active site (PS00137), serine active site + (PS00138)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable membrane-anchored mycosin mycp4 (serine + protease) (subtilisin-like protease) (subtilase-like) + (mycosin-4)" + /protein_id="SIU02107.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y468" + /db_xref="InterPro:IPR000209" + /db_xref="InterPro:IPR015500" + /db_xref="InterPro:IPR022398" + /db_xref="InterPro:IPR023827" + /db_xref="InterPro:IPR023828" + /db_xref="InterPro:IPR023834" + /db_xref="InterPro:IPR036852" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y468" + /translation="MTTSRTLRLLVVSALATLSGLGTPVAHAVSPPPIDERWLPESAL + PAPPRPTVQREVCTEVTAESGRAFGRAERSAQLADLDQVWRLTRGAGQRVAVIDTGVA + RHRRLPKVVAGGDYVFTGDGTADCDAHGTLVAGIIAAAPDAQSDNFSGVAPDVTLISI + RQSSSKFAPVGDPSSTGVGDVDTMAKAVRTAADLGASVINISSIACVPAAAAPDDRAL + GAALAYAVDVKNAVIVAAAGNTGGAAQCPPQAPGVTRDSVTVAVSPAWYDDYVLTVGS + VNAQGEPSAFTLAGPWVDVAATGEAVTSLSPFGDGTVNRLGGQHGSIPISGTSYAAPV + VSGLAALIRARFPTLTARQVMQRIESTAHHPPAGWDPLVGNGTVDALAAVSSDSIPQA + GTATSDPAPVAVPVPRRSTPGPSDRRALHTAFAGAAICLLALMATLATASRRLRPGRN + GIAGD" + gene complement(3823198..3824610) + /gene="eccb4" + /locus_tag="BQ2027_MB3480C" + CDS complement(3823198..3824610) + /gene="eccb4" + /locus_tag="BQ2027_MB3480C" + /note="Mb3480c, -, len: 470 aa. Equivalent to Rv3450c, + len: 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 470 aa overlap). Probable conserved + membrane protein (possible membrane spanning region near + N-terminus). Similar to hypothetical unknowns proteins + from Mycobacterium leprae e.g. O33088|MLCB628.17C|ML0054 + HYPOTHETICAL 51.9 KDA PROTEIN (PUTATIVE MEMBRANE + PROTEIN)(481 aa), FASTA scores: opt: 708, E(): 6.4e-32, + (32.9% identity in 480 aa overlap); Q9CD29|ML2536 (552 + aa), FASTA scores: opt: 394, E(): 1.7e-14, (33.6% identity + in 503 aa overlap); etc. Also similar to other proteins + from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv and + CDC1551) e.g. O69734|Rv3869|MTV027.04 (480 aa), FASTA + scores: opt: 717, E(): 2e-32, (32.55% identity in 479 aa + overlap); O05449|Rv3895c|MTCY15F10.17 (495 aa), FASTA + scores: opt: 670, E(): 8.3e-30, (36.4% identity in 475 aa + overlap); O5368|Rv0283|MTV035.11 (538 aa), FASTA scores: + opt: 467, E(): 1.5e-18, (36.3% identity in 493 aa + overlap); etc. Mb3480c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccb4. esx-4 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU02108.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C4" + /db_xref="InterPro:IPR007795" + /db_xref="InterPro:IPR042485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C4" + /translation="MPSPATTWLHVSGYRFLLRRIECALLFGDVCAATGALRARTTSL + ALGCVLAIVAAMGCAFVALLRPQSALGQAPIVMGRESGALYVRVDDVWHPVLNLASAR + LIAATNANPQPVSESELGHTKRGPLLGIPGAPQLLDQPLAGAESAWAICDSDNGGSTT + VVVGPAEDSSAQVLTAEQMILVATESGSPTYLLYGGRRAVVDLADPAVVWALRLQGRV + PHVVAQSLLNAVPEAPRITAPRIRGGGRASVGLPGFLVGGVVRITRASGDEYYVVLED + GVQRIGQVAADLLRFGDSQGSVNVPTVAPDVIRVAPIVNTLPVSAFPDRPPTPVDGSP + GRAVTTLCVTWTPAQPGAARVAFLAGSGPPVPLGGVPVTLAQADGRGPALDAVYLPPG + RSAYVAARSLSGGGTGTRYLVTDTGVRFAIHDDDVAHDLGLPTAAIPAPWPVLATLPS + GPELSRANASVARDTVAPGP" + gene 3824731..3825519 + /gene="cut3" + /locus_tag="BQ2027_MB3481" + CDS 3824731..3825519 + /gene="cut3" + /locus_tag="BQ2027_MB3481" + /note="Mb3481, cut3, len: 262 aa. Equivalent to Rv3451, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 262 aa overlap). Probable cut3, + cutinase precursor (EC 3.1.1.-), similar to others e.g. + Q9KK87 from Mycobacterium avium (220 aa), FASTA scores: + opt: 540, E(): 3.5e-24, (43.4% identity in 219 aa + overlap); Q00298|CUTI_BOTCI|CUTA from Botrytis cinerea + (Botryotinia fuckeliana) (202 aa), FASTA scores: opt: 214, + E(): 2e-05, (31.45% identity in 210 aa overlap); Q9Y7G8 + from Pyrenopeziza brassicae (203 aa), FASTA scores: opt: + 203, E(): 8.5e-05, (31.05% identity in 190 aa overlap); + P29292|CUTI_ASCRA from Ascochyta rabiei (223 aa), FASTA + scores: opt: 155, E(): 0.054, (31.65% identity in 120 aa + overlap). Similar to other proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. the downstream ORF + O06319|Rv3452|MTCY13E12.05 HYPOTHETICAL 23.1 KDA PROTEIN + (226 aa), FASTA scores: opt: 775, E(): 1e-37, (58.65% + identity in 220 aa overlap); + Q50664|CUT2_MYCTU|Rv2301|MT2358|MTCY339.08c PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (219 aa), FASTA scores: opt: 565, E(): + 1.3e-25, (44.85% identity in 223 aa overlap); + Q10837|CUT1_MYCTU|Rv1984c|MT2037|MTCY39.35 PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (217 aa), FASTA scores: opt: 489, E(): + 3e-21, (47.05% identity in 221 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47897 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (247 aa) but longer 15 aa. Contains + cutinase, serine active site motif (PS00155). BELONGS TO + THE CUTINASE FAMILY. Alternative start possible at 3733. + Start changed since first submission (+15 aa). Mb3481 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CUTINASE PRECURSOR CUT3" + /protein_id="SIU02109.1" + /db_xref="GOA:P0A537" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR011150" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A537" + /translation="MNNRPIRLLTSGRAGLGAGALITAVVLLIALGAVWTPVAFADGC + PDAEVTFARGTGEPPGIGRVGQAFVDSLRQQTGMEIGVYPVNYAASRLQLHGGDGAND + AISHIKSMASSCPNTKLVLGGYSQGATVIDIVAGVPLGSISFGSPLPAAYADNVAAVA + VFGNPSNRAGGSLSSLSPLFGSKAIDLCNPTDPICHVGPGNEFSGHIDGYIPTYTTQA + ASFVVQRLRAGSVPHLPGSVPQLPGSVLQMPGTAAPAPESLHGR" + gene 3825566..3826246 + /gene="cut4" + /locus_tag="BQ2027_MB3482" + CDS 3825566..3826246 + /gene="cut4" + /locus_tag="BQ2027_MB3482" + /note="Mb3482, cut4, len: 226 aa. Equivalent to Rv3452, + len: 226 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 226 aa overlap). Probable cut4, + cutinase precursor (EC 3.1.1.-), similar to other e.g. + Q9KK87 from Mycobacterium avium (220 aa), FASTA scores: + opt: 522, E(): 7.3e-24, (46.6% identity in 221 aa + overlap); P30272|CUTI_MAGGR|CUT1 from Magnaporthe grisea + (Rice blast fungus) (Pyricularia grisea) (228 aa), FASTA + scores: opt: 205, E(): 3.8e-05, (29.25% identity in 164 aa + overlap); Q00298|CUTI_BOTCI|CUTA from Botrytis cinerea + (Botryotinia fuckeliana) (202 aa), FASTA scores: opt: 204, + E(): 3.9e-05, (33.5% identity in 209 aa overlap); etc. + Similar to other proteins from Mycobacterium tuberculosis + e.g. upstream ORF + O06318|CUT3_MYCTU|Rv3451|MT3557|MTCY13E12.04 PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (247 aa), FASTA scores: opt: 773, E(): + 1.3e-38, (59.35% identity in 209 aa overlap); + Q50664|CUT2_MYCTU|Rv2301|MT2358|MTCY339.08c PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (219 aa), FASTA scores: opt: 704, E(): + 1.3e-34, (53.4% identity in 219 aa overlap); etc. Contains + PS00155 Cutinase, serine active site. BELONGS TO THE + CUTINASE FAMILY. Alternative start possible at 4553 in + cSCY13E12 but no RBS. Mb3482 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CUTINASE PRECURSOR CUT4" + /protein_id="SIU02110.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y473" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y473" + /translation="MIPRPQPHSGRWRAGAARRLTSLVAAAFAAATLLLTPALAPPAS + AGCPDAEVVFARGTGEPPGLGRVGQAFVSSLRQQTNKSIGTYGVNYPANGDFLAAADG + ANDASDHIQQMASACRATRLVLGGYSQGAAVIDIVTAAPLPGLGFTQPLPPAADDHIA + AIALFGNPSGRAGGLMSALTPQFGSKTINLCNNGDPICSDGNRWRAHLGYVPGMTNQA + ARFVASRI" + gene 3826518..3828203 + /locus_tag="BQ2027_MB3483" + CDS 3826518..3828203 + /locus_tag="BQ2027_MB3483" + /note="Mb3483, -, len: 561 aa. Equivalent to Rv3453 and + Rv3454, len: 110 aa and 422 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 107 aa + overlap and 99.8% identity in 422 aa overlap). Rv3453: + Possible conserved transmembrane protein, showing weak + similarity with other proteins e.g. Q9F6C3 PUTATIVE ABC + TRANSPORTER from Propionibacterium thoenii (424 aa), FASTA + scores: opt: 104, E(): 6.8, (40.6% identity in 69 aa + overlap). Rv3454: Probable conserved integral membrane + protein, showing some similarity to various proteins + (generally transporters) e.g. Q9I5C8|PA0811 PROBABLE MFS + TRANSPORTER from Pseudomonas aeruginosa (415 aa), FASTA + scores: opt: 145, E(): 0.13, (28.2% identity in 188 aa + overlap); Q01266|YHYC_PSESN HYPOTHETICAL PROTEIN IN HYUC + 3'REGION (ORF 5) (FRAGMENT) from Pseudomonas sp. strain + NS671 (245 aa), FASTA scores: opt: 130, E(): 0.75, (24.65% + identity in 134 aa overlap); Q9I242|PA2073 PROBABLE + TRANSPORTER (MEMBRANE SUBUNIT) from Pseudomonas aeruginosa + (476 aa), FASTA scores: opt: 125, E(): 2.5, (24.6% + identity in 252 aa overlap); etc. Equivalent to AAK47900 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (562 aa) + but shorter 140 aa. Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, Rv3453 and Rv3454 exist as 2 genes. In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (t-*) results + in a single product that is more similar to Rv3454. + Protein product from Mb3483 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3483 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved integral membrane protein" + /protein_id="SIU02111.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y496" + /db_xref="InterPro:IPR030191" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y496" + /translation="MPGVITNSESPTAADHDRITATRETLEDYTLRLAPRSYRRWPPA + VVGISALGGIAYLADFAIGANVGITWGTANALCGIAIFALVVFVTGLPLAYYAARYNI + DLDLITRGSGFGYYGSVVTNVIFATFTFIFFALEGSIMAQGLKLGLHIPLWAGYACST + LIIFPLVVYGMKVLSQLQLWTTPLWLILMAAPFGYLVVSHPDSIGQFFSYAGKDGHGG + LSFGSVLLAAGVCLSLIAQIAEQIDYLRFMPPRTPENANRWWTWTLLAGPGWVAFGAT + KQIIGLFLAVYLMANIPGSSTIANQPVHQFMQIYRTFVPGWLALTLAVILVILSQIKI + NVTNAYSGSLAWTNSFTRLTKHYPGRVVFLGVNLAIALILMEANMFDFLNTILGCYAN + CGMAWVVAVASDIGFNKYLLGLSPKTPEFRRGMLYAINPVGFGSLLLAAGLSIVTFFG + GLGAALQPYSPLVAIVTALVMPPILAAATKGKYYLRRTHDGIDLPMYDEHGNPSAAVL + TCHVCHQDFERPDMLACQTHGAHVCSLCLSTDKQAEHVLPGLARAHIPGDQVP" + gene complement(3828165..3828935) + /gene="truA" + /locus_tag="BQ2027_MB3484C" + CDS complement(3828165..3828935) + /gene="truA" + /locus_tag="BQ2027_MB3484C" + /note="Mb3484c, truA, len: 256 aa. Equivalent to Rv3455c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 256 aa overlap). Probable truA, + pseudouridine synthase A (EC 4.2.1.70), equivalent to + Q9X796|TRUA_MYCLE|ML1955|MLCB1222.25c TRNA PSEUDOURIDINE + SYNTHASE A from Mycobacterium leprae (249 aa), FASTA + scores: opt: 1345, E(): 3.2e-80, (77.25% identity in 246 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O86776|TRUA_STRCO|SC6G4.09 from Streptomyces coelicolor + (284 aa), FASTA scores: opt: 595, E(): 1.7e-31, (49.8% + identity in 259 aa overlap); Q9RS37|DR2290 from + Deinococcus radiodurans (280 aa), FASTA scores: opt: 383, + E(): 1e-17, (41.2% identity in 216 aa overlap); + Q9PJT0|TRUA_CHLMU|TC0748 from Chlamydia muridarum (267 + aa), FASTA scores: opt: 334, E(): 1.5e-14, (37.65% + identity in 231 aa overlap); + P07649|TRUA_ECOLI|HIST|ASUC|LEUK|B2318 from Escherichia + coli strain K12 (270 aa), FASTA scores: opt: 315, E(): + 2.5e-13, (33.35% identity in 240 aa overlap); etc. BELONGS + TO THE TRUA FAMILY OF PSEUDOURIDINE SYNTHASES. Protein + product from Mb3484c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3484c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRNA PSEUDOURIDINE SYNTHASE A TRUA + (PSEUDOURIDYLATE SYNTHASE I) (PSEUDOURIDINE SYNTHASE I) + (URACIL HYDROLYASE)" + /protein_id="SIU02112.1" + /db_xref="GOA:P65847" + /db_xref="InterPro:IPR001406" + /db_xref="InterPro:IPR020095" + /db_xref="InterPro:IPR020097" + /db_xref="InterPro:IPR020103" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65847" + /translation="MGQRTVAGDLDAALTTIFRTPVRLRAAGRTDAGVHASGQVAHVD + VPADALPNAYPRAGHVGDPEFLPLLRRLGRFLPADVRILDITRAPAGFDARFSALRRH + YVYRLSTAPYGVEPQQARYITAWPRELDLDAMTAASRDLMGLHDFAAFCRHREGATTI + RDLQRLDWSRAGTLVTAHVTADAFCWSMVRSLVGALLAVGEHRRATTWCRELLTATGR + SSDFAVAPAHGLTLIQVDYPPDDQLASRNLVTRDVRSG" + gene complement(3829003..3829545) + /gene="rplQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3485C" + CDS complement(3829003..3829545) + /gene="rplQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3485C" + /note="Mb3485c, rplQ, len: 180 aa. Equivalent to Rv3456c, + len: 180 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 180 aa overlap). Probable rplQ, 50S + ribosomal protein L17, equivalent to + Q9X797|RL17_MYCLE|ML1956|MLCB1222.26c 50S RIBOSOMAL + PROTEIN L17 from Mycobacterium leprae (170 aa), FASTA + scores: opt: 874, E(): 9.5e-45, (81.85% identity in 171 aa + overlap). Also highly similar to other e.g. + O86775|RL17_STRCO|SC6G4.08 from Streptomyces coelicolor + (168 aa), FASTA scores: opt: 609, E(): 3.7e-29, (60.0% + identity in 170 aa overlap); BAB47931|MLR0326 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (143 aa), FASTA + scores: opt: 404, E(): 3.7e-17, (49.65% identity in 139 aa + overlap); Q9Z9H5|RL17_THETH|RPLQ from Thermus aquaticus + (subsp. thermophilus) (118 aa), FASTA scores: opt: 366, + E(): 5.5e-15, (53.15% identity in 111 aa overlap); + P02416|RL17_ECOLI|RPLQ|B3294 from Escherichia coli strain + K12 (127 aa), FASTA scores: opt: 347, E(): 7.6e-14, (50.4% + identity in 119 aa overlap); etc. BELONGS TO THE L17P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb3485c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3485c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l17 rplq" + /protein_id="SIU02113.1" + /db_xref="GOA:P0A5V5" + /db_xref="InterPro:IPR000456" + /db_xref="InterPro:IPR036373" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5V5" + /translation="MPKPTKGPRLGGSSSHQKAILANLATSLFEHGRITTTEPKARAL + RPYAEKLITHAKKGALHNRREVLKKLRDKDVVHTLFAEIGPFFADRDGGYTRIIKIEA + RKGDNAPMAVIELVREKTVTSEANRARRVAAAQAKAKKAAAMPTEESEAKPAEEGDVV + GASEPDAKAPEEPPAEAPEN" + gene complement(3829577..3830620) + /gene="rpoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3486C" + CDS complement(3829577..3830620) + /gene="rpoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3486C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3486c, rpoA, len: 347 aa. Equivalent to Rv3457c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Probable rpoA, alpha + chain of RNA polymerase (EC 2.7.7.6), equivalent to + Q9X798|RPOA_MYCLE|ML1957|MLCB1222.27c DNA-DIRECTED RNA + POLYMERASE ALPHA from Mycobacterium leprae (347 aa), FASTA + scores: opt: 2139, E(): 1.3e-123, (95.65% identity in 347 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + P72404|RPOA_STRCO|C6G4.07 from Streptomyces coelicolor + (340 aa), FASTA scores: opt: 1672, E(): 4.7e-95, (75.55% + identity in 348 aa overlap); Q9X4V6|RPOA_STRGT from + Streptomyces granaticolor (340 aa), FASTA scores: opt: + 1671, E(): 5.4e-95, (75.55% identity in 348 aa overlap); + P20429|RPOA_BACSU from Bacillus subtilis (314 aa), FASTA + scores: opt: 939, E(): 3e-50, (48.9% identity in 311 aa + overlap); etc. Contains (PS00017) ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). BELONGS TO THE RNA POLYMERASE ALPHA + CHAIN FAMILY. Protein product from Mb3486c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3486c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (ALPHA + CHAIN) RPOA (TRANSCRIPTASE ALPHA CHAIN) (RNA POLYMERASE + ALPHA SUBUNIT) (DNA-DIRECTED RNA NUCLEOTIDYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU02114.1" + /db_xref="GOA:P66702" + /db_xref="InterPro:IPR011260" + /db_xref="InterPro:IPR011262" + /db_xref="InterPro:IPR011263" + /db_xref="InterPro:IPR011773" + /db_xref="InterPro:IPR036603" + /db_xref="InterPro:IPR036643" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66702" + /translation="MLISQRPTLSEDVLTDNRSQFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLS + SIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTEIILNLKSLVVSSEEDEPVTMYLRKQGP + GEVTAGDIVPPAGVTVHNPGMHIATLNDKGKLEVELVVERGRGYVPAVQNRASGAEIG + RIPVDSIYSPVLKVTYKVDATRVEQRTDFDKLILDVETKNSISPRDALASAGKTLVEL + FGLARELNVEAEGIEIGPSPAEADHIASFALPIDDLDLTVRSYNCLKREGVHTVGELV + ARTESDLLDIRNFGQKSIDEVKIKLHQLGLSLKDSPPSFDPSEVAGYDVATGTWSTEG + AYDEQDYAETEQL" + gene complement(3830768..3831373) + /gene="rpsD" + /locus_tag="BQ2027_MB3487C" + CDS complement(3830768..3831373) + /gene="rpsD" + /locus_tag="BQ2027_MB3487C" + /note="Mb3487c, rpsD, len: 201 aa. Equivalent to Rv3458c, + len: 201 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 201 aa overlap). Probable rpsD, 30S + ribosomal protein S4, equivalent to + Q9X799|RS4_MYCLE|RPSD|ML1958|MLCB1222.28c 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S4 from Mycobacterium leprae (201 aa), FASTA + scores: opt: 1271, E(): 2.2e-73, (93.5% identity in 201 aa + overlap); and P45811|RS4_MYCBO|RPSD from Mycobacterium + bovis (131 aa), FASTA scores: opt: 867, E(): 4.9e-48, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. P81288|RS4_BACST|RPSD from Bacillus + stearothermophilus (198 aa), FASTA scores: opt: 665, E(): + 4e-35, (52.25% identity in 201 aa overlap); + Q9K7Z8|RPSD|BH3209 from Bacillus halodurans (200 aa), + FASTA scores: opt: 626, E(): 1.2e-32, (48.75% identity in + 203 aa overlap); Q9X1I3|RS4_THEMA|RPSD|TM1473 from + Thermotoga maritima (209 aa), FASTA scores: opt: 591, E(): + 2e-30, (45.0% identity in 209 aa overlap); etc. Contains + ribosomal protein S4 signature (PS00632) and ATP/GTP + binding site motif (PS00017). BELONGS TO THE S4P FAMILY OF + RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb3487c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3487c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s4 rpsd" + /protein_id="SIU02115.1" + /db_xref="GOA:P45811" + /db_xref="InterPro:IPR001912" + /db_xref="InterPro:IPR002942" + /db_xref="InterPro:IPR005709" + /db_xref="InterPro:IPR018079" + /db_xref="InterPro:IPR022801" + /db_xref="InterPro:IPR036986" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P45811" + /translation="MARYTGPVTRKSRRLRTDLVGGDQAFEKRPYPPGQHGRARIKES + EYLLQLQEKQKARFTYGVMEKQFRRYYEEAVRQPGKTGEELLKILESRLDNVIYRAGL + ARTRRMARQLVSHGHFNVNGVHVNVPSYRVSQYDIVDVRDKSLNTVPFQIARETAGER + PIPSWLQVVGERQRVLIHQLPERAQIDVPLTEQLIVEYYSK" + gene complement(3831382..3831801) + /gene="rpsK" + /locus_tag="BQ2027_MB3488C" + CDS complement(3831382..3831801) + /gene="rpsK" + /locus_tag="BQ2027_MB3488C" + /note="Mb3488c, rpsK, len: 139 aa. Equivalent to Rv3459c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 139 aa overlap). Probable rpsK, 30S + ribosomal protein S11, equivalent to + Q9X7A0|RS11_MYCLE|RPSK|ML1959|MLCB1222.29c 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S11 from Mycobacterium leprae (138 aa), FASTA + scores: opt: 819, E(): 7.6e-44, (89.95% identity in 139 aa + overlap); and P45812|RS11_MYCBO 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 + from Mycobacterium bovis (139 aa), FASTA scores: opt: 867, + E(): 8.4e-47, (94.25% identity in 139 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. P72403|RS11_STRCO|SC6G4.06 + from Streptomyces coelicolor (134 aa), FASTA scores: opt: + 729, E(): 2.6e-38, (79.85% identity in 139 aa overlap); + O50633|RS11_BACHD|RPSK|BH0161 from Bacillus halodurans + (129 aa), FASTA scores: opt: 618, E(): 1.7e-31, (70.3% + identity in 128 aa overlap); P04969|RS11_BACSU|RPSK from + Bacillus subtilis (131 aa), FASTA scores: opt: 601, E(): + 2e-30, (69.0% identity in 129 aa overlap); etc. Contains + ribosomal protein S11 signature (PS00054). BELONGS TO THE + S11P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from + Mb3488c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3488c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s11 rpsk" + /protein_id="SIU02116.1" + /db_xref="GOA:P45812" + /db_xref="InterPro:IPR001971" + /db_xref="InterPro:IPR018102" + /db_xref="InterPro:IPR019981" + /db_xref="InterPro:IPR036967" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P45812" + /translation="MPPAKKGPATSARKGQKTRRREKKNVPHGAAHIKSTFNNTIVTI + TDPQGNVIAWASSGHVGFKGSRKSTPFAAQLAAENAARKAQDHGVRKVDVFVKGPGSG + RETAIRSLQAAGLEVGAISDVTPQPHNGVRPPNRRRV" + gene complement(3831805..3832179) + /gene="rpsM" + /locus_tag="BQ2027_MB3489C" + CDS complement(3831805..3832179) + /gene="rpsM" + /locus_tag="BQ2027_MB3489C" + /note="Mb3489c, rpsM, len: 124 aa. Equivalent to Rv3460c, + len: 124 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 124 aa overlap). Probable rpsM, 30S + ribosomal protein S13, equivalent to + Q9X7A1|RS13_MYCLE|RPSM|ML1960|MLCB1222.30c 30S RIBOSOMAL + PROTEIN S13 from Mycobacterium leprae (124 aa), FASTA + scores: opt: 762, E(): 1.5e-43, (92.75% identity in 124 aa + overlap); and P45813|RS13_MYCBO|RPSM from Mycobacterium + bovis (123 aa), FASTA scores: opt: 727, E(): 3e-41, + (98.25% identity in 114 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. O86773|RS13_STRCO|SC6G4.05 from + Streptomyces coelicolor (126 aa), FASTA scores: opt: 631, + E(): 6.2e-35, (73.75% identity in 122 aa overlap); + Q9RA65|RPS13 from Thermus aquaticus (subsp. thermophilus) + (126 aa), FASTA scores: opt: 552, E(): 9.8e-30, (62.6% + identity in 123 aa overlap); P20282|RS13_BACSU|RPSM from + Bacillus subtilis (120 aa), FASTA scores: opt: 533, E(): + 1.7e-28, (64245% identity in 121 aa overlap); etc. + Contains ribosomal protein S13 signature (PS00646). + BELONGS TO THE S13P FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein + product from Mb3489c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3489c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="30s ribosomal protein s13 rpsm" + /protein_id="SIU02117.1" + /db_xref="GOA:P45813" + /db_xref="InterPro:IPR001892" + /db_xref="InterPro:IPR010979" + /db_xref="InterPro:IPR018269" + /db_xref="InterPro:IPR019980" + /db_xref="InterPro:IPR027437" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P45813" + /translation="MARLVGVDLPRDKRMEVALTYIFGIGRTRSNEILAATGIDRDLR + TRDLTEEQLIHLRDYIEANLKVEGDLRREVQADIRRKIEIGCYQGLRHRRGMPVRGQR + TKTNARTRKGPKRTIAGKKKAR" + gene complement(3832395..3832508) + /gene="rpmJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3490C" + CDS complement(3832395..3832508) + /gene="rpmJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3490C" + /note="Mb3490c, rpmJ, len: 37 aa. Equivalent to Rv3461c, + len: 37 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 37 aa overlap). Probable rpmJ, 50S + ribosomal protein L36, equivalent to + P45810|RL36_MYCBO|RPMJ from Mycobacterium bovis (37 aa); + and Q9X7A2|RL36_MYCLE|RPMJ|ML1961|MLCB1222.31c 50S + RIBOSOMAL PROTEIN L36 from Mycobacterium leprae (37 aa), + FASTA scores: opt: 241, E(): 9.7e-14, (86.5% identity in + 37 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + O86772|RL36_STRCO|SC6G4.04 from Streptomyces coelicolor + (37 aa), FASTA scores: opt: 233, E(): 4.5e-13, (83.8% + identity in 37 aa overlap); P07841|RL36_BACST|RPMJ from + Bacillus stearothermophilus (37 aa), FASTA scores: opt: + 214, E(): 1.6e-11, (72.95% identity in 37 aa overlap); + P12230|RK36_SPIOL|RPL36 from Spinacia oleracea (Spinach) + (37 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): 2.9e-11, (70.25% + identity in 37 aa overlap); etc. Contains PS00828 + Ribosomal protein L36 signature. BELONGS TO THE L36P + FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS. Protein product from Mb3490c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3490c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50s ribosomal protein l36 rpmj" + /protein_id="SIU02118.1" + /db_xref="GOA:P0A5W7" + /db_xref="InterPro:IPR000473" + /db_xref="InterPro:IPR035977" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5W7" + /translation="MKVNPSVKPICDKCRLIRRHGRVMVICSDPRHKQRQG" + gene complement(3832541..3832762) + /gene="infA" + /locus_tag="BQ2027_MB3491C" + CDS complement(3832541..3832762) + /gene="infA" + /locus_tag="BQ2027_MB3491C" + /note="Mb3491c, infA, len: 73 aa. Equivalent to Rv3462c, + len: 73 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 73 aa overlap). Probable infA, + initiation factor IF-1, equivalent to P45957|ML1962|INFA + TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-1 from Mycobacterium + bovis (72 aa) and Mycobacterium leprae (72 aa), FASTA + scores: opt: 472, E(): 6.6e-28, (100.0% identity in 72 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. + O54209|IF1_STRCO|INFA|SC6G4.03 from Streptomyces + coelicolor (73 aa), FASTA scores: opt: 424, E(): 2e-24, + (84.95% identity in 73 aa overlap); + O50630|IF1_BACHD|INFA|BH0158 from Bacillus halodurans (71 + aa), FASTA scores: opt: 388, E(): 8.1e-22, (77.8% identity + in 72 aa overlap); Q9XD14|IF1_LEPIN|INFA from Leptospira + interrogans (71 aa), FASTA scores: opt: 376, E(): 6e-21, + (80.0% identity in 70 aa overlap); etc. CONTAINS 1 'S1 + MOTIF' DOMAIN. BELONGS TO THE IF-1 FAMILY. Protein product + from Mb3491c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3491c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-1 + INFA" + /protein_id="SIU02119.1" + /db_xref="GOA:P0A5H6" + /db_xref="InterPro:IPR004368" + /db_xref="InterPro:IPR006196" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5H6" + /translation="MAKKDGAIEVEGRVVEPLPNAMFRIELENGHKVLAHISGKMRQH + YIRILPEDRVVVELSPYDLSRGRIVYRYK" + gene 3833016..3833873 + /locus_tag="BQ2027_MB3492" + CDS 3833016..3833873 + /locus_tag="BQ2027_MB3492" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3492, -, len: 285 aa. Equivalent to Rv3463, len: + 285 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 285 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9RDA2|SCE20.23 + HYPOTHETICAL 31.4 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (290 aa), FASTA scores: opt: 770, E(): 2.2e-41, (48.6% + identity in 247 aa overlap); and Q9X7Y1|SC6A5.35 PUTATIVE + OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor (341 aa), (see + BLASTP results), FASTA scores: opt: 119, E(): 2.9, (24.1% + identity in 274 aa overlap). Protein product from Mb3492 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3492 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Coenzyme F420-dependent N5,N10-methylene + tetrahydromethanopterin reductase and related + flavin-dependent oxidoreductases" + /protein_id="SIU02120.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y487" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019922" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y487" + /translation="MTNCAAGKPSSGPNLGRFGSFGRGVTPQQATEIEALGYGAVWVG + GSPPAALSWVEPILQATTTLCVATGIVNIWSAPAQRVAESFHRIEAAYPGRFLLGIGV + GHAEMISEYRKPYNALVEYLDRLDDYGVPANRRVVAALGPRVLGLSARRSAGAHPYLT + TPEHTARARELIGPSAFLAPEHKVVLTTDSARARTVGRQALDMYFNLANYRNNWKRLG + FTDDEVSRPGSDRLVDAVVAYGTPDAIAARLNEHLLAGADHVPIQVLTEDDNLVSALT + ELAKPLRLT" + gene 3833946..3834941 + /gene="rmlB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3493" + CDS 3833946..3834941 + /gene="rmlB1" + /locus_tag="BQ2027_MB3493" + /standard_name="rfbB" + /note="Mb3493, rmlB1, len: 331 aa. Equivalent to Rv3464, + len: 331 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 331 aa overlap). Probable rmlB1 + (alternate gene name: rfbB), DTDP-glucose-4,6-dehydratase + (EC 4.2.1.46), nearly identical to Q50556|RMLB rhamnose + biosynthesis protein (EC 4.2.1.46) from Mycobacterium + tuberculosis (329 aa) (previously rfbB, now known as + rmlB). Equivalent to Q9CBH7|RMLB|ML1964 DTDP-GLUCOSE + 4,6-DEHYDRATASE (alias Q9X7A3|RMLB PUTATIVE DTDP-(GLUCOSE + OR RHAMNOSE)-4,6-DEHYDRATASE (331 aa)) from Mycobacterium + leprae (333 aa), FASTA scores: opt: 1925, E(): 1.9e-112, + (84.0% identity in 331 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. Q9UZH2|RFBB|PAB0785 from Pyrococcus abyssi + (333 aa), FASTA scores: opt: 1115, E(): 4.2e-62, (51.55% + identity in 322 aa overlap); O27817|MTH1789 from + Methanobacterium thermoautotrophicum (336 aa), FASTA + scores: opt: 1104, E(): 2.1e-61, (51.65% identity in 331 + aa overlap); BAB60064|TVG0950610 from Thermoplasma + volcanium (318 aa), FASTA scores: opt: 1102, E(): 2.6e-61, + (49.65% identity in 310 aa overlap); etc. Also related to + P72050|MTCY13D12.18|RV3784 HYPOTHETICAL 36.3 KDA PROTEIN + (SIMILAR TO GALACTOWALDENASES FROM EUKARYOTIC AND + PROKARYOTIC ORIGIN) from Mycobacterium tuberculosis (326 + aa), FASTA scores: E(): 1.4e-26, (33.8% identity in 320 aa + overlap). Protein product from Mb3493 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3493 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dtdp-glucose 4,6-dehydratase rmlb" + /protein_id="SIU02121.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4A5" + /db_xref="InterPro:IPR005888" + /db_xref="InterPro:IPR016040" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4A5" + /translation="MRLLVTGGAGFIGTNFVHSAVREHPDDAVTVLDALTYAGRRESL + ADVEDAIRLVQGDITDAELVSQLVAESDAVVHFAAESHVDNALDNPEPFLHTNVIGTF + TILEAVRRHGVRLHHISTDEVYGDLELDDRARFTESTPYNPSSPYSATKAGADMLVRA + WVRSYGVRATISNCSNNYGPYQHVEKFIPRQITNVLTGRRPKLYGAGANVRDWIHVDD + HNSAVRRILDRGRIGRTYLISSEGERDNLTVLRTLLRLMDRDPDDFDHVTDRVGHDLR + YAIDPSTLYDELCWAPKHTDFEEGLRTTIDWYRDNESWWRPLKDATEARYQERGQ" + gene 3834943..3835551 + /gene="rmlC" + /locus_tag="BQ2027_MB3494" + CDS 3834943..3835551 + /gene="rmlC" + /locus_tag="BQ2027_MB3494" + /standard_name="rfbC" + /note="Mb3494, rmlC, len: 202 aa. Equivalent to Rv3465, + len: 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Probable rmlC + (alternate gene name: rfbC), dtdp-4-dehydrorhamnose + 3,5-epimerase (EC 5.1.3.13), nearly identical to + O33170|RMLC RMLC PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (203 aa), FASTA scores: opt: 1171, E(): 2.6e-71, (89.5% + identity in 200 aa overlap) (previously known as rfbC). + Equivalent to Q9X7A4|RMLC|ML1965 PUTATIVE + DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3,5-EPIMERASE from Mycobacterium + leprae (202 aa), FASTA scores: opt: 1072, E(): 1.1e-64, + (75.4% identity in 199 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. Q9F8S7|CUMY from Streptomyces rishiriensis + (198 aa), FASTA scores: opt: 671, E(): 7e-38, (51.3% + identity in 193 aa overlap); Q9L6C5 from Streptomyces + antibioticus (202 aa), FASTA scores: opt: 665, E(): + 1.8e-37, (49.25% identity in 197 aa overlap); + P29783|STRM_STRGR from Streptomyces griseus (200 aa), + FASTA scores: opt: 608, E(): 1.2e-33, (49.25% identity in + 201 aa overlap); Q54265|STRM from Streptomyces glaucescens + (200 aa), FASTA scores: opt: 603, E(): 2.5e-33, (46.7% + identity in 197 aa overlap); etc. Also highly similar to + Q9S4D4|TYLJ PUTATIVE NDP-HEXOSE 3-EPIMERASE from + Streptomyces fradiae (205 aa), FASTA scores: opt: 625, + E(): 8.6e-35, (45.9% identity in 194 aa overlap). Protein + product from Mb3494 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3494 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dtdp-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase rmlc + (dtdp-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimerase) + (dtdp-l-rhamnose synthetase) (thymidine + diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase)" + /protein_id="SIU02122.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B1" + /db_xref="InterPro:IPR000888" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B1" + /translation="MKARELDVPGAWEITPTIHVDSRGLFFEWLTDHGFRAFAGHSLD + VRQVNCSVSSAGVLRGLHFAQLPPSQAKYVTCVSGSVFDVVVDIREGSPTFGRWDSVL + LDDQDRRTIYVSEGLAHGFLALQDNSTVMYLCSAEYNPQREHTICATDPTLAVDWPLV + DGAAPSLSDRDAAAPSFEDVRASGLLPRWEQTQRFIGEMRGT" + repeat_region 3835634..3837026 + /note="REP-8, len: 1393 nt. Equivalent to REP, len: 1372 + nt, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (98.8% + identity in 1368 nt overlap). REP13E12, 1371 bp + repeat,copies in Mycobacterium tuberculosis cosmids; cY336 + from: 14471 to: 15821 (approx. 100% identity); cY251 from: + 11693 to: 13109 (approx. 100% identity); cI65 from: 14515 + to: 15905 (approx 75% identity); cI125 from: 27240 to: + 28597 (approx. 65% Identity); cY22G8 from: 13352 to 14689 + (approx. 65% identity); and cY9F9 from: 9019 to: 10451 + (approx. 65% identity); also nearly identical to EM_BA + :MB35021 U35021 Mycobacterium bovis BCG DNA flanking + deletion region 3 from: 56 to: 1466." + /rpt_family="REP" + gene 3835634..3836302 + /locus_tag="BQ2027_MB3495" + CDS 3835634..3836302 + /locus_tag="BQ2027_MB3495" + /note="Mb3495, -, len: 222 aa. Equivalent to Rv3466, len: + 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.2% identity in 222 aa overlap). Conserved hypothetical + ORF in REP13E12 repeat, but extending 5' of repeat. Has + segment of identity to other REP13E12 ORF's e.g. + MTCY336.16, MTCI65.15c, MTCY09F9.19, cMTCY251.14c. Mb3495 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02123.1" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y485" + /translation="MGSGSRERIVEVFDALDAELDRLDEVSFEVLTTPERLRSLERLE + CLVRRLPAVGHTLINQLDTQASEEELGGTLCCALANRLRITKPDAALRIADAADLGPR + RALTGEPLAPQLTATATAQRQGLIGEAHIKVIRALFRPPARRGGCVHPPGRRSRPGRQ + SRSISSRRAGPLRPAGHGLATPRRRPHRHRTRPQTRHHPEQPAIRRHVTAKWLPDPPS + AGHL" + gene 3836073..3837026 + /locus_tag="BQ2027_MB3496" + CDS 3836073..3837026 + /locus_tag="BQ2027_MB3496" + /note="Mb3496, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv3467, len: + 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.1% identity in 317 aa overlap). Conserved hypothetical + ORF in REP13E12 repeat, identical to ORF's from other + REP13E12 copies e.g. MTCY251.13c, MTCI65.15c, MTCY09F9.19, + cMTCY336.17. Also identical to Mycobacterium bovis Q50655 + HYPOTHETICAL 34.6 KD PROTEIN (317 aa) in identical + repeat." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="13E12 repeat family protein" + /protein_id="SIU02124.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4A6" + /translation="MSTRQAAEADLAGKAAQYRPDELARYAQRVMDWLHPDGDLTDTE + RARKRGITLSNQQYDGMSRLSGYLTPQARATFEAVLAKLAAPGATNPDDHTPVIDTTP + DAAAIDRDTRSQAQRNHDGLLAGLRALIASGELGQHNGLPVSIVVTTTLTDLQTGAGK + GFTGGGTLLPMADVIRMTSHAHHYSPASGRYPQAIFDHGTPLALYHTKRLASPAQRIM + LFANDRGCTKPGCDAPAYHSQAHHVTGWTSTGRTDITELTLACDPDNRLAEKGWTTRK + NTHGHTEWLPPPHLDHGQPRTNTFHHPERFLHNQDDDDEPD" + gene complement(3837084..3838178) + /gene="rmlB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3497C" + CDS complement(3837084..3838178) + /gene="rmlB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3497C" + /standard_name="rfbB" + /note="Mb3497c, rmlB2, len: 364 aa. Equivalent to Rv3468c, + len: 364 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 364 aa overlap). Possible rmlB2 + (alternate gene name: rfbB), DTDP-glucose-4,6-dehydratase + (EC 4.2.1.46), similar to others e.g. O08246|MTME from + Streptomyces argillaceus (331 aa), FASTA scores: opt: 238, + E(): 1.2e-07, (29.65% identity in 344 aa overlap); + Q9LFG7|F4P12_220 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear + cress) (433 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): 1.8e-07, + (27.25% identity in 308 aa overlap); Q9LZI2|F26K9_260 from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (445 aa), FASTA + scores: opt: 225, E(): 1e-06, (25.95% identity in 335 aa + overlap); etc. Also similar to various enzymes and + hypothetical unknowns proteins e.g. BAB48655|MLL1234 + UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (307 aa), FASTA scores: opt: 757, E(): 4.6e-40, + (43.4% identity in 302 aa overlap). First start taken, + alternative at 17080 in cSCYY13E12 suggested by + similarity. Note that previously known as rmlB3. Mb3497c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dtdp-glucose 4,6-dehydratase" + /protein_id="SIU02125.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5Y1" + /db_xref="InterPro:IPR001509" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5Y1" + /translation="MGTHAATMRVRAGVRSSPLLLHAGTPPTAAAAESGMRTLVTGSS + GHLGEALVRTLRARGADVVSLDSRPSRYTNIVGCVSDRALLRDVMAGVEVVFHAAAHH + KPQLAFLPRQAFLDTNIIGTQTVLDAAVAANVRAFVMTSSTTVFGDALTPPADQPAAW + IDESVTPIPKNIYGVTKASSEDLCQLAHRNDGLACVVLRVARFFVEGDDMPDLYDGRS + QDNIKANEYACRRVALEDAVDAHLNAAQRAPQLGFGRYLVSATTPFTRDDLTQLRTDA + ASVFARRVPLAAAVWTQRGWRFPDRLDRVYVNSRARRDLNWRPRFDLNAVAARLARGQ + SVHTPLSQLVGSKAYAHSSYHRGVFAPARP" + gene complement(3838182..3839192) + /gene="mhpE" + /locus_tag="BQ2027_MB3498C" + CDS complement(3838182..3839192) + /gene="mhpE" + /locus_tag="BQ2027_MB3498C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3498c, mhpE, len: 336 aa. Equivalent to Rv3469c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Probable mhpE, + 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase (EC 4.1.3.-), similar to + others (principally from Pseudomonas species) e.g. + Q99PZ1|SCP1.301|SCP1.53c from Streptomyces coelicolor (338 + aa), FASTA scores: opt: 615, E(): 7.9e-31, (37.65% + identity in 332 aa overlap); Q9X9Q0|NIKB NIKB PROTEIN (see + first citation below) from Streptomyces tendae (357 aa), + FASTA scores: opt: 571, E(): 4.4e-28, (34.5% identity in + 339 aa overlap); P51014|BPHF_PSES1 from Pseudomonas sp. + strain KKS102 (352 aa), FASTA scores: opt: 549, E(): + 9.9e-27, (31.2% identity in 314 aa overlap); + Q51983|CMTG_PSEPU from Pseudomonas putida (350 aa), FASTA + scores: opt: 543, E(): 2.3e-26, (30.7% identity in 319 aa + overlap); P51020|MHPE_ECOLI|MHPF|B0352 from Escherichia + coli strain K12 (337 aa), FASTA scores: opt: 517, E(): + 9.1e-25, (31.75% identity in 312 aa overlap); etc. Also + similar to P71867|MTCY03C7.22|Rv3534c HYPOTHETICAL 36.4 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (346 aa), + FASTA scores: E(): 7.5e-24, (31.9% identity in 310 aa + overlap). Mb3498c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 4-HYDROXY-2-OXOVALERATE ALDOLASE MHPE + (HOA)" + /protein_id="SIU02126.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y7" + /db_xref="InterPro:IPR000891" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y7" + /translation="MLMTATHREPIVLDTTVRDGSYAVNFQYTDDDVRRIVGDLDAAG + IPYIEIGHGVTIGAAAAQGPAAHTDEEYFRAARSVVRNARLGAVIVPALARIETVDLA + GDYLDFLRICVIATEFELVMPFVERAQSKGLEVSIQLVKSHLFEPDVLAAAGKRARDV + GVRIVYVVDTTGTFLPEDARRYVEALRGASDVSVGFHGHNNLAMAVANTLEAFDAGAD + FLDGTLMGFGRGAGNCQIECLVAALQRRGHLAAVDLDRIFDAARSDMLGRSPQSYGID + PWEISFGFHGLDSLQVEHLRAAAQQAGLSVSHVIRQTAKSHAGQWLSPQDIDRVVVGM + RA" + gene complement(3839253..3840911) + /gene="ilvB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3499C" + CDS complement(3839253..3840911) + /gene="ilvB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3499C" + /note="Mb3499c, ilvB2, len: 552 aa. Equivalent to Rv3470c, + len: 552 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 552 aa overlap). Probable ilvB2, + acetolactate synthase large subunit (EC 4.1.3.18), similar + to others e.g. P73913|ILVG|SLR2088 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (621 aa), FASTA scores: opt: 779, E(): + 4.5e-39, (30.7% identity in 567 aa overlap); + O78518|ILVB_GUITH from Guillardia theta (Cryptomonas phi) + (575 aa), FASTA scores: opt: 742, E(): 6.9e-37, (28.8% + identity in 566 aa overlap); Q59950|ILVX from Spirulina + platensis (612 aa), FASTA scores: opt: 715, E(): 3e-35, + (28.45% identity in 569 aa overlap); etc. Contains + thiamine pyrophosphate enzymes signature (PS00187). + Mb3499c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETOLACTATE SYNTHASE (LARGE SUBUNIT) + ILVB2 (AHAS) (ACETOHYDROXY-ACID SYNTHASE LARGE SUBUNIT) + (ALS)" + /protein_id="SIU02127.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y484" + /db_xref="InterPro:IPR000399" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR012000" + /db_xref="InterPro:IPR012001" + /db_xref="InterPro:IPR029035" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y484" + /translation="MTVGDHLVARMRAAGISVVCGLPTSRLDSLLVRLSRDAGFQIVL + ARHEGGAGYLADGFARASGKSAAVFVAGPGATNVISAVANASVNQVPMLILTGEVAVG + EFGLHSQQDTSDDGLGLGATFRRFCRCSVSIESIANARSKIDSAFRALASIPRGPVHI + ALPRDLVDERLPAHQLGTAAAGLGGLRTLAPCGPDVADEVIGRLDRSRAPMLVLGNGC + RLDGIGEQIVAFCEKAGLPFATTPNGRGIVAETHPLSLGVLGIFGDGRADEYLFDTPC + DLLIAVGVSFGGLVTRSFSPRWRGLKADVVHVDPDPSAVGRFVATSLGITTSGRAFVN + ALNCGRPPRFCRRVGVRPPAPAALPGTPQARGESIHPLELMHELDRELAPNATICADV + GTCISWTFRGIPVRRPGRFFATVDFSPMECGIAGAIGVALARPEEHVICIAGDGAFLM + HGTEISTAVAHGIRVTWAVLNDGQMSASAGPVSGRMDPSPVARIGANDLAAMARALGA + EGIRVDTRCELRAGVQKALAATGPCVLDIAIDPEINKPDIGLGR" + gene complement(3840917..3841450) + /locus_tag="BQ2027_MB3500C" + CDS complement(3840917..3841450) + /locus_tag="BQ2027_MB3500C" + /note="Mb3500c, -, len: 177 aa. Equivalent to Rv3471c, + len: 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 177 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q59013|MJ1618 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Methanococcus jannaschii (125 aa), FASTA scores: opt: + 262, E(): 1.2e-09, (39.05% identity in 105 aa overlap); + and O26452|MTH352 CONSERVED PROTEIN from Methanobacterium + thermoautotrophicum (131 aa), FASTA scores: opt: 222, E(): + 3.8e-07, (35.05% identity in 117 aa overlap). Equivalent + to AAK47934 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (184 aa) but shorter 7 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Mannose-6-phosphate isomerase" + /protein_id="SIU02128.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E0" + /db_xref="InterPro:IPR006045" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR013096" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E0" + /translation="MSTRPERERASTSTDAVLQATVALSAGHKPAFRGFVKDPPRARA + HAAAMFVSNAREAEPFVAPDLSEIRVLVDRATVGVASVSLAHATVAAGAETVWHRLQA + TDEIYFVLSGRGLVSVGDESGEVGPGDAVWIPAGVPQKIRALGSVPLTFLCAWGPAYL + PERDQRMGEAAVIGAWP" + gene 3841471..3841977 + /locus_tag="BQ2027_MB3501" + CDS 3841471..3841977 + /locus_tag="BQ2027_MB3501" + /note="Mb3501, -, len: 168 aa. Equivalent to Rv3472, len: + 168 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 168 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to other + proteins e.g. Q9ZAT9|DPSH DAUNORUBICIN BIOSYNTHESIS ENZYME + from Streptomyces peucetius (194 aa), FASTA scores: opt: + 181, E(): 6.8e-05, (30.7% identity in 127 aa overlap); + Q53879 DAUH/E from Streptomyces sp. C5 (151 aa), FASTA + scores: opt: 168, E(): 0.00038, (29.25% identity in 127 aa + overlap); and Q9L4U3|AKNV from Streptomyces galilaeus (144 + aa), FASTA scores: opt: 122, E(): 0.36, (31.25% identity + in 129 aa overlap). Protein product from Mb3501 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3501 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02129.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D1" + /translation="MRPVDEQWIEILRIQALCARYCLTIDTQDGEGWAGCFTEDGAFE + FDGWVIRGRPALREYADAHARVVRGRHLTTDLLYEVDGDVATGRSASVVTLATAAGYK + ILGSGEYQDRLIKQDGQWRIAYRRLRNDRLVSDPSVAVNVADADVAAVVGHLLAAARR + LGTQMSDT" + gene complement(3842057..3842842) + /gene="bpoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3502C" + CDS complement(3842057..3842842) + /gene="bpoA" + /locus_tag="BQ2027_MB3502C" + /note="Mb3502c, bpoA, len: 261 aa. Equivalent to Rv3473c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Possible bpoA, + peroxidase (non-haem peroxidase) (EC 1.11.1.-), similar to + various enzymes or hypothetical unknown proteins e.g. + O85849 HYPOTHETICAL 26.2 KDA PROTEIN from Sphingomonas + aromaticivorans (247 aa), FASTA scores: opt: 684, E(): + 4.9e-34, (43.8% identity in 242 aa overlap); + AAK45412|MT1155 HYDROLASE, ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD + FAMILY from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (311 + aa), FASTA scores: opt: 675, E(): 2e-33, (39.45% identity + in 256 aa overlap); Q9K3V0|SCD10.27 PUTATIVE HYDROLASE + from Streptomyces coelicolor (352 aa), FASTA scores: opt: + 248, E(): 9.7e-08, (26.05% identity in 261 aa overlap); + P29715|BPA2_STRAU|BPOA2 NON-HAEM BROMOPEROXIDASE (EC + 1.11.1.-) (BROMIDE PEROXIDASE) (277 aa), FASTA scores: + opt: 237, E(): 3.6e-07, (29.45% identity in 265 aa + overlap); O31168|PRXC_STRAU|CPO|CPOT NON-HEME + CHLOROPEROXIDASE (EC 1.11.1.10) (278 aa), FASTA scores: + opt: 236, E(): 4.2e-07, (29.45% identity in 265 aa + overlap); AAK62388|T5L19.180 LIPASE-LIKE PROTEIN from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (350 aa), FASTA + scores: opt: 236, E(): 5.1e-07, (26.65% identity in 274 aa + overlap); etc. Also similar to + O06575|BPOB|Rv1123c|MTCY22G8.12c HYPOTHETICAL 32.5 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (302 aa), FASTA + scores: opt: 675, E(): 2e-33, (39.45% identity in 256 aa + overlap). Equivalent to AAK47936 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (294 aa) but shorter 33 aa. + May have been inactivated or truncated by neighbouring + IS6110. Mb3502c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE PEROXIDASE BPOA (NON-HAEM PEROXIDASE)" + /protein_id="SIU02130.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y491" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y491" + /translation="MVFLHGGGQTRRSWGRAAAAVAERGWQAVTIDLRGHGESDWSSE + GDYRLVSFAGDIQEVLRNLPGQPALVGASLGGFAAMLLAGELSPGIASAVVLVDIVPN + MDLAGASRIHAFMAERVESGFGSLDEVADVIANYNPHRPRPSDPDGLVANLRRRGDRW + YWHWDPQFIGGIAAFPPVEVTDVDRMNAAVATILRDEVPVLLVRGQVSDIVRQESADQ + FLSRFPQVEFTDVRGAGHMVAGDRNDAFAGAVLDFLARHVGVR" + gene complement(3843122..3844471) + /gene="kgtP" + /locus_tag="BQ2027_MB3503C" + CDS complement(3843122..3844471) + /gene="kgtP" + /locus_tag="BQ2027_MB3503C" + /note="Mb3503c, kgtP, len: 449 aa. Equivalent to Rv3476c, + len: 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 449 aa overlap). Probable kgtP, + dicarboxylate-transport integral membrane protein, + possibly member of major facilitator superfamily (MFS), + highly similar to others e.g. Q9HT43|PA5530 from + Pseudomonas aeruginosa (435 aa), FASTA scores: opt: 1209, + E(): 2.3e-68, (47.05% identity in 425 aa overlap); + Q9I6Q9|PCAT|PA0229 from Pseudomonas aeruginosa (432 aa), + FASTA scores: opt: 1131, E(): 1.8e-63, (40.4% identity in + 438 aa overlap); Q9WWZ2 from Pseudomonas putida (429 aa), + FASTA scores: opt: 1090, E(): 6.5e-61, (41.2% identity in + 425 aa overlap); P17448|KGTP_ECOLI|WITA|B2587 from + Escherichia coli strain K12 (432 aa), FASTA scores: opt: + 1083, E(): 1.8e-60, (40.05% identity in 422 aa overlap); + etc. Also similar to O05301|MTCI364.12|Rv1200 HYPOTHETICAL + 44.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (425 aa), + FASTA scores: E(): 5.2e-25, (28.5% identity in 382 aa + overlap). Contains sugar transport protein signatures 1 + and 2 (PS00216, PS00217). BELONG TO THE SUGAR TRANSPORTER + FAMILY. Mb3503c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DICARBOXYLIC ACID TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN KGTP (DICARBOXYLATE TRANSPORTER)" + /protein_id="SIU02131.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B6" + /db_xref="InterPro:IPR005828" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B6" + /translation="MTVSIAPPSRPSQAETRRAIWNTIRGSSGNLVEWYDVYVYTVFA + TYFEDQFFDRADRNSTVYVYAIFAVTFVTRPVGSWFFGRFADRRGRRAALTFSVSLMA + ACSLIVALVPSRSSIGVAAPILLILCRLVQGFATGGEYGTSVTYMSEAATRERRGYFS + SFQYVTLVGGHVLAQFTLLVILAVFTREQVHEFGWRIGFAVGGGAAIVVFWLRRTMDE + SLSQERLTAIKAGRDHDSGSLRELATHYWKPLLLCFLVTLGGTVAFYTYSVNAPAIVK + SVYGSQAMTATWINLVGLILLMMLQPIGGMISDKIGRKPLLLWFGVGGLIYTYVLVTY + LPETRSPTMSFLLVAVGYVILTGYCSINALVKSELFPAHVRALGVGVGYALANSVFGG + TAPLIYQALKERDQVPMFIAYVTACIAVSLIVYVFFIKNKADTYLDREQGFAFYGHA" + gene 3844844..3845140 + /gene="PE31" + /locus_tag="BQ2027_MB3504" + CDS 3844844..3845140 + /gene="PE31" + /locus_tag="BQ2027_MB3504" + /note="Mb3504, PE31, len: 98 aa. Equivalent to Rv3477, + len: 98 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.0% identity in 98 aa overlap). Member of the M. + tuberculosis PE family, similar to O53941|Rv1791|MTV049.13 + (99 aa), FASTA scores: opt: 373, E(): 4.3e-18, (64.65% + identity in 99 aa overlap); MTCI364.07; MTCY21C12.10c; + MTCY1A11.25c; MTC1A11.04; MTCY359.33; etc. Protein product + from Mb3504 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3504 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe31" + /protein_id="SIU02132.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D3" + /translation="MSFTAQPEMLAAAAGELRSLGATLKVSNAAAAVPTTGVVPPAAD + EVSLLLATQFRTHAATYQTASAKAAVIHEQFVTTLATSASSYADTEAANAVVTG" + gene 3845177..3846358 + /gene="PPE60" + /locus_tag="BQ2027_MB3505" + CDS 3845177..3846358 + /gene="PPE60" + /locus_tag="BQ2027_MB3505" + /standard_name="mtb39c" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3505, PPE60, len: 393 aa. Equivalent to Rv3478, + len: 393 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 393 aa overlap). PPE60 (alternate gene + name: mtb39c). Member of the M. tuberculosis PPE family, + highly similar to others e.g. + Q11031|YD61_MYCTU|Rv1361c|MT1406|MTCY02B10.25c (396 aa), + FASTA scores: opt: 2165, E(): 1.1e-109, (85.35% identity + in 396 aa overlap); MTCI364.08; MTCY10G2.10; MTCY03A2.22c; + MTCY274.23c; MTCY164.34c; MTCY98.0029c; etc. Note that + expression of Rv3478 was demonstrated in lysates by + immunodetection (see citation below). Protein product from + Mb3505 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3505 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein ppe60" + /protein_id="SIU02133.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y494" + /translation="MVDFGALPPEINSARMYAGPGSASLVAAAKMWDSVASDLFSAAS + AFQSVVWGLTVGSWIGSSAGLMAAAASPYVAWMSVTAGQAQLTAAQVRVAAAAYETAY + RLTVPPPVIAENRTELMTLTATNLLGQNTPAIEANQAAYSQMWGQDAEAMYGYAATAA + TATEALLPFEDAPLITNPGGLLEQAVAVEEAIDTAAANQLMNNVPQALQQLAQPAQGV + VPSSKLGGLWTAVSPHLSPLSNVSSIANNHMSMMGTGVSMTNTLHSMLKGLAPAAAQA + VETAAENGVWAMSSLGSQLGSSLGSSGLGAGVAANLGRAASVGSLSVPPAWAAANQAV + TPAARALPLTSLTSAAQTAPGHMLGGLPLGHSVNAGSGINNALRVPARAYAIPRTPAA + G" + gene 3846571..3847872 + /locus_tag="BQ2027_MB3507" + CDS 3846571..3847872 + /locus_tag="BQ2027_MB3507" + /note="Mb3507, -, len: 433 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3479, len: 1075 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 418 aa overlap). Possible + transmembrane protein, with hydrophobic stretches at + C-terminus. Start changed since first submission (-54 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3479 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a 713 bp deletion splits Rv3479 + into 2 parts, Mb3507 and Mb3508. Mb3507 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02134.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B2" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR019894" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B2" + /translation="MAGVTREINLLAQASQWRRLGGTFPTNSQLTNESAASLRLYAQL + IDLLDMVVDVDILSGTSAGGINAALLASSRVTGSDLGGIRDLWLDLGALTELLRDPRD + KKTPSLLYGDERIFAALAKRLPKLATGPFPPTTFPEAARTPSTTLYITTTLLAGETSR + FTDSFGTLVQDVDRRGLFTFTETDLARPDTAPALALAARSSASFPLAFEPSFLPFTKG + TAKKGEVPARPAMAPFTSLTRPHWVSDGGLLDNRPIGVLFKRIFDRPARRPVRRVLLF + VVPSSGPAPDPMHEPPPDNVDEPLGLIDGLLKGLAAVTTQSIAADLRAIRAHQDCMEA + RTDAKLRLAELAATLRNGTRLLTPSLLTDYRTREATKQAQTLTSALLRRLSTCPPESG + PATESLPKSWSAELTVGGDADKVCRQLASFRCVLQEVMASQ" + gene 3847877..3848923 + /locus_tag="BQ2027_MB3508" + CDS 3847877..3848923 + /locus_tag="BQ2027_MB3508" + /note="Mb3508, -, len: 348 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3479, len: 1075 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 348 aa overlap). Possible + transmembrane protein, with hydrophobic stretches at + C-terminus. Start changed since first submission (-54 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3479 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a 713 bp deletion splits Rv3479 + into 2 parts, Mb3507 and Mb3508. Protein product from + Mb3508 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3508 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL TRANSMEMBRANE PROTEIN [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU02135.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5Y5" + /db_xref="InterPro:IPR024282" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5Y5" + /translation="MWGRLDGAGWLVHVLLDPRRVRWIVGERADTNGPQSGAQWFLGK + LKELGAPDFPSPGYPLPAVGGGPAQHLTEDMLLDELGFLDDPAKPLPASIPWTALWLS + QAWQQRVLEEELDGLANTVLDPQPGKLPDWSPTSSRTWATKVLAAHPGDAKYALLNEN + PIAGETFASDKGSPLMAHTVAKAAATAAGAAGSVRQLPSVLKPPLITLRTLTLSGYRV + VSLTKGIARSTIIAGALLLVLGVAAAIQSVTVFGVTGLIAAGTGGLLVVLGTWQVSGR + LLFALLSFSVVGAVLALATPVVREWLFGTQQQPGWVGTHAYWLGAQWWHPLVVVGLIA + LVAIMIAAANPGRR" + gene complement(3848947..3849771) + /locus_tag="BQ2027_MB3509C" + CDS complement(3848947..3849771) + /locus_tag="BQ2027_MB3509C" + /note="Mb3509c, -, len: 274 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3480c, len: 497 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 274 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to many from + Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O69701|Y1D4_MYCTU|Rv3734c|MT3839|MTV025.082c (454 aa), + FASTA scores: opt: 520, E(): 2e-23, (39.95% identity in + 488 aa overlap); Q10554|Y895_MYCTU|Rv0895|MTCY31.23 (505 + aa), FASTA scores: opt: 434, E(): 2.7e-18, (34.2% identity + in 497 aa overlap); AAK45165|MT0919 (520 aa), FASTA + scores: opt: 434, E(): 2.7e-18, (34.2% identity in 497 aa + overlap); etc. Also similar to Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (491 + aa), FASTA scores: opt: 272, E(): 1e-08, (28.85% identity + in 485 aa overlap); and Q9RIU8|CM11.13c HYPOTHETICAL 47.1 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA + scores: opt: 254, E(): 1.1e-07, (30.4% identity in 497 aa + overlap). SEEMS TO BELONG TO THE UPF0089 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3480c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + deletion (gt-*) splits Rv3480c into 2 parts, Mb3509c and + Mb3510c. Protein product from Mb3509c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3509c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02136.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z3" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z3" + /translation="MAGAGRSTFELTKALVNAQLRSDHEYRNLVGSVQAPHCILNTRI + SRNRRFATQQYPLDRLKAIGAQYDATINDVALAIIGGGLRRFLDELGELPNKSLIVVL + PVNVRPKDDEGGGNAVATILATLGTDVADPVQRLAAVTASTRAAKAQLRSMDKDAILA + YSAALMAPYGVQLASTLSGVKPPWPYTFNLCVSNVPGPEDVLYLRGSRMEASYPVSLV + AHSQALNVTLQSYAGTLNFGFIGCRDTLPHLQRLAVYTGEALDQLAAADGAAGLGS" + gene complement(3849785..3850438) + /locus_tag="BQ2027_MB3510C" + CDS complement(3849785..3850438) + /locus_tag="BQ2027_MB3510C" + /note="Mb3510c, -, len: 217 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3480c, len: 497 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.6% identity in 216 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar to many from + Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O69701|Y1D4_MYCTU|Rv3734c|MT3839|MTV025.082c (454 aa), + FASTA scores: opt: 520, E(): 2e-23, (39.95% identity in + 488 aa overlap); Q10554|Y895_MYCTU|Rv0895|MTCY31.23 (505 + aa), FASTA scores: opt: 434, E(): 2.7e-18, (34.2% identity + in 497 aa overlap); AAK45165|MT0919 (520 aa), FASTA + scores: opt: 434, E(): 2.7e-18, (34.2% identity in 497 aa + overlap); etc. Also similar to Q9X7A8|MLCB1610.05|ML1244 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (491 + aa), FASTA scores: opt: 272, E(): 1e-08, (28.85% identity + in 485 aa overlap); and Q9RIU8|CM11.13c HYPOTHETICAL 47.1 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA + scores: opt: 254, E(): 1.1e-07, (30.4% identity in 497 aa + overlap). SEEMS TO BELONG TO THE UPF0089 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, Rv3480c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2 bp + deletion (gt-*) splits Rv3480c into 2 parts, Mb3509c and + Mb3510c. Mb3510c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02137.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y493" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y493" + /translation="MSQTARRLGPQDMFFLYSESSTTMMHVGALMPFTPPSGAPPDLL + RQLVDESKASEVVEPWSLRLSHPELLYHPTQSWVVDDNFDLDYHVRRSALASPGDERE + LGIPVSRLHSHALDLRRPPWEVHFIEGLEGGRFAIYIKMHHSLIDGYTGQKMLARSLS + TDPHDTTHPLFFNIPTPGRSPADTQDSVGGGLIAGAGNVLDGLGDVVRGLGGRQRGR" + gene complement(3850529..3851218) + /locus_tag="BQ2027_MB3511C" + CDS complement(3850529..3851218) + /locus_tag="BQ2027_MB3511C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3511c, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv3481c, + len: 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Probable integral + membrane protein. No real similarity with others. Mb3511c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02138.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E8" + /db_xref="InterPro:IPR021315" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E8" + /translation="MRGLLPVAGHWVSVLTGLVPLALVIALSPLSVIPAVLVVHSPQP + RPSSLAFLGGWLLGLAVVTAVFVAASGALGGLSTTSPAWASWLRVVLGSALIVFGVLR + WLTRHRHTEMPGWMRAFASFTPARAGLVGAVLVVVRPEVLIICAAAGLAIGSGGHGAA + GSWIYTAFFAMLAASTVAIPILAYVAAGDRLDDSLERLKDWMEKNHAGMVAAILVVIG + LLLLYNGVHAM" + gene complement(3851360..3852142) + /locus_tag="BQ2027_MB3512C" + CDS complement(3851360..3852142) + /locus_tag="BQ2027_MB3512C" + /note="Mb3512c, -, len: 260 aa. Equivalent to Rv3482c, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Probable conserved + membrane protein. N-terminal region shares some similarity + with N-terminus of O88067|SCI35.32c PUTATIVE MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (319 aa), FASTA + scores: opt: 155, E(): 0.023, (54.55% identity in 33 aa + overlap); and with C-terminus of O06254|Rv3437|MTCY77.09 + HYPOTHETICAL 17.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (alias AAK47883|MT3542.1 from + strain CDC1551) (158 aa), FASTA scores: opt: 140, E(): + 0.11, (58.8% identity in 34 aa overlap). Some similarity + to others e.g. Q9XAN5|SC4C6.05c PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (347 aa), FASTA scores: opt: + 131, E(): 0.75, (29.4% identity in 221 aa overlap). First + start taken. Protein product from Mb3512c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3512c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02139.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E1" + /db_xref="InterPro:IPR018929" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E1" + /translation="MEHDVATSPPAGWYTDPDGSAGQRYWDGDRWTRHRRPNPSAPRS + PLALRVDGLRSRWLGMPAGLRLTVPVAAVLTMVGVAVYAWIRPLPDDWSQLPKRLSCQ + LRPGPTPPATITVASVDVSHPRGAVLRLVVRFAEPLPPSPSGSFASGFAGYLLTYTIA + NNGKEFAELGPQQDTDELAIRKPGESRGTEPNMRPDRNTNARRTAPDTVEINLETKRL + GLDQAPVDPQLTFAAQFRTPSTVTVDFGSQFCQGERLAGQRR" + gene complement(3852186..3852848) + /locus_tag="BQ2027_MB3513C" + CDS complement(3852186..3852848) + /locus_tag="BQ2027_MB3513C" + /note="Mb3513c, -, len: 220 aa. Equivalent to Rv3483c, + len: 220 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 220 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9CC94|ML1099 PUTATIVE + LIPOPROTEIN from Mycobacterium leprae (202 aa), FASTA + scores: opt: 276, E(): 1.4e-08, (33.1% identity in 148 aa + overlap). Also showing similarity with Mycobacterium + tuberculosis proteins + Q11065|LPRE_MYCTU|LPRE|Rv1252c|MT1291|MTCY50.30. PUTATIVE + LIPOPROTEIN PRECURSOR (202 aa), FASTA scores: opt: 276, + E(): 1.4e-08, (29.5% identity in 200 aa overlap); + O53445|Rv1097c|MTV017.50c HYPOTHETICAL 29.9 KDA PROTEIN + (293 aa), FASTA scores: opt: 161, E(): 0.047, (25.4% + identity in 118 aa overlap); + P71882|LPPP_MYCTU|Rv2330c|MT2392|MTCY3G12.04 PUTATIVE + LIPOPROTEIN PRECURSOR (175 aa), FASTA scores: opt: 146, + E(): 0.21, (28.25% identity in 184 aa overlap); and + O06170|Rv2507|MTCY07A7.13 HYPOTHETICAL 28.5 KDA PROTEIN + (273 aa), FASTA scores: opt: 148, E(): 0.23, (25.15% + identity in 191 aa overlap). Protein product from Mb3513c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3513c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible exported protein" + /protein_id="SIU02140.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4A7" + /db_xref="InterPro:IPR025971" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4A7" + /translation="MSDEIDPDWPAPAYQPSDDVDTTPPAPGGSWPTAWLVALVVLAC + VAAAVVAYAGMHRVRPGANQAAPATTSAPARPTSPASQVGPCGPDEATAVRAALAQLA + PDSKTGRPWNSTPEDSNYDPCADLSAVLVTVQDATNSSPDQALMFHRGTFVGTATPRA + YPFTNLIGPASTNDIVVLSYRTRQSCDGCQDGILTIVGFAWRGDHVQILDSLPELFDA + PP" + gene 3853114..3854652 + /gene="cpsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3514" + CDS 3853114..3854652 + /gene="cpsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3514" + /note="Mb3514, cpsA, len: 512 aa. Equivalent to Rv3484, + len: 512 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 512 aa overlap). Possible cpsA, + hypothetical protein, equivalent to Q50160|CPSA|ML2247 + HYPOTHETICAL PROTEIN CPSA from Mycobacterium leprae (516 + aa), FASTA scores: opt: 2557, E(): 1.6e-143, (74.9% + identity in 518 aa overlap); and with good similarity to + Q9CCK9|ML0750 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (489 aa), FASTA scores: opt: 855, E(): 4.6e-43, + (34.45% identity in 502 aa overlap). Also similar (or with + similarity) to hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis: P96872|Rv3267|MTCY71.07 (498 aa), FASTA + scores: opt: 928, E(): 2.3e-47, (37.35% identity in 498 aa + overlap); and O53834|Rv0822c|MTV043.14c (684 aa), FASTA + scores: opt: 425, E(): 1.5e-17, (26.15% identity in 524 aa + overlap). Shows also similarity with various bacterial + proteins e.g. Q9KZK0|SCE34.26 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (507 aa), FASTA + scores: opt: 329, E(): 5.3e-12, (28.85% identity in 478 aa + overlap); Q9K4E6|2SC6G5.02 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN, + POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN, from Streptomyces coelicolor + (382 aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 1.1e-10, (29.8% + identity in 386 aa overlap); O69850|SC1C3.08c PUTATIVE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (366 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): 1.2e-10, (29.6% + identity in 395 aa overlap); Q9KZK3|SCE34.23 PUTATIVE + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces coelicolor + (396 aa), FASTA scores: opt: 296, E(): 3.8e-10, (31.25% + identity in 349 aa overlap); AAK43602|CPSA CPSA PROTEIN + from Streptococcus agalactiae (485 aa), FASTA scores: opt: + 250, E(): 2.4e-07, (30.25% identity in 162 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3514 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3514 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cell envelope-associated transcriptional + attenuator LytR-CpsA-Psr, subfamily A1" + /protein_id="SIU02141.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C8" + /db_xref="InterPro:IPR004474" + /db_xref="InterPro:IPR027381" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C8" + /translation="MARSEGNRPRHRAVPQPSRIRKRLSRGVMTLVSVVALLMTGAGY + WVAHGALGGITISQALTPEDPRSSGNNMNILLIGLDSRKDQEGNDLPWSVLKQLHAGD + SDDGGYNTNTLILVHVGADGKVVAFSIPRDDWVPFTGVPGYNHIKIKEAYGLTKQYVA + EQLANQGVSDRKELETRGREAARAATLRAVRSLTGVPIDYFAEINLAGFYDLAQTLGG + VDVCLNHAVYDSYSGADFPAGRQRLNAAQALAFVRQRHGLDNGDLDRTHRQQAFLSSV + MRELQDSGTFTNLDRLDNLMAVARKDVVLSAGWDEDLFRRMGDLAGGNVEFRTLPVVR + YDNIDGQDVNIIDPTAIRAEVAAAFGSAPPTSQTAAAAKPNPSTVVDVVNAGSISGLA + SQVSGALLKRGYTAGQVRDRESGDPFTTAIEYGAGAETDAQNVADLLGIDAPNHPDPA + VAPGHIRVTVDTNFSLPAPDEATAAATSTETSTYPLYGGGTTTDPTPDQGAPIDGGGV + PCVN" + gene complement(3854658..3855602) + /locus_tag="BQ2027_MB3515C" + CDS complement(3854658..3855602) + /locus_tag="BQ2027_MB3515C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3515c, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv3485c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar, but longer + 41 aa, to P71824|Rv0769|MTCY369.14 PUTATIVE SHORT-CHAIN + TYPE DEHYDROGENASE/REDUCTASE CY369.14 from Mycobacterium + tuberculosis (248 aa), FASTA scores: opt: 462, E(): + 1.8e-19, (34.0% identity in 253 aa overlap). Also similar + to various dehydrogenases e.g. + P25529|HDHA_ECOLI|HSDH|B1619 NAD-DEPENDENT 7 + ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE (SDR FAMILY) (EC + 1.1.1.159) from Escherichia coli strain K12 (alias + BAB35750|ECS2327 or AAG56608|HDHA for strain O157:H7) (255 + aa), FASTA scores: opt: 462, E(): 1.8e-19, (34.7% identity + in 248 aa overlap); Q9FD15|RUBG PUTATIVE REDUCTASE (SDR + FAMILY) from Streptomyces collinus (249 aa), FASTA scores: + opt: 446, E(): 1.5e-18, (36.1% identity in 255 aa + overlap); BAB51974|MLL5540 PUTATIVE DEHYDROGENASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (253 aa), FASTA + scores: opt: 442, E(): 2.5e-18, (36.25% identity in 251 aa + overlap); Q08632|SDR1_PICAB SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE (SDR FAMILY) from Picea abies + (Norway spruce) (Picea excelsa) (271 aa), FASTA scores: + opt: 441, E(): 3.1e-18, (32.3% identity in 260 aa + overlap); Q9A326|CC3380 2-DEOXY-D-GLUCONATE + 3-DEHYDROGENASE from Caulobacter crescentus (260 aa), + FASTA scores: opt: 436, E(): 5.7e-18, (32.8% identity in + 253 aa overlap); Q16698|DECR_HUMAN 2,4-DIENOYL-COA + REDUCTASE, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 1.3.1.34) from Homo + sapiens (Human) (335 aa), FASTA scores: opt: 430, E(): + 1.5e-17, (30.4% identity in 306 aa overlap); etc. Contains + short-chain alcohol dehydrogenase family signature + (PS00061). BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES FAMILY (SDR). Protein product + from Mb3515c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3515c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU02142.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D9" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D9" + /translation="MNSRAPRNLAVSSPSAQVTGRMVQNGENLFQFRREGPQVQLSFQ + DRTYLVTGGGSGIGKGVAAGLVAAGAAVMIVGRNPDKLAAAVKDIEALKTGAIGYEPA + DITDEEQTLRVVDAATAWHGRLHGVVHCAGGSQTIGPITQIDSQAWRRTVDLNVNGTM + YVLKHAARELVRGGGGSFVGISSIAASNTHRWFGAYGVTKSAVDHMMKLAADELGPSW + VRVNSIRPGLIRTDLVVPVTESPELSADYRVCTPLPRVGEVEDVANLAMFLLSDAASW + ITGQVINVDGGHMLRRGPDFSPMLEPVFGADGLRGVVG" + gene 3855808..3856257 + /locus_tag="BQ2027_MB3516" + CDS 3855808..3856257 + /locus_tag="BQ2027_MB3516" + /note="Mb3516, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv3486, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 149 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9RC47|YFID|BH3304 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (129 aa), + FASTA scores: opt: 186, E(): 2.1e-05, (40.0% identity in + 95 aa overlap); and Q9KKT1|VCA1019 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Vibrio cholerae (148 aa), FASTA scores: opt: 128, + E(): 0.15, (35.25% identity in 139 aa overlap). Some + similarity to other proteins e.g. P54720|YFID_BACSU + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus subtilis (134 aa), + FASTA scores: opt: 165, E(): 0.00052, (31.75% identity in + 126 aa overlap). Equivalent to AAK47949 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (163 aa) but shorter 14 aa. + Mb3516 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DoxX family protein" + /protein_id="SIU02143.1" + /db_xref="InterPro:IPR032808" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y499" + /translation="MHAEGPPSVICIRLLVGLVFLSEGIQKFMYPDQLGPGRFERIGI + PAATFFADLDGVVEIVCGTLVLLGLLTRVAAVPLLIDMVGAIVLTKLRALQPGGFLGV + EGFWGMAHAARTDLSMLLGLIFLLWSGPGRWSLDRRLSKRATACGAR" + gene complement(3856210..3857340) + /gene="lipF" + /locus_tag="BQ2027_MB3517C" + CDS complement(3856210..3857340) + /gene="lipF" + /locus_tag="BQ2027_MB3517C" + /note="Mb3517c, lipF, len: 277 aa. Equivalent to Rv3487c, + len: 277 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 277 aa overlap). Probable lipF, + esterase/lipase (EC 3.-.-.-), highly similar, but shorter + 50 aa, to O53424|LIPU|Rv1076|MTV017.29 PUTATIVE + ESTERASE/LIPASE from Mycobacterium tuberculosis (297 aa), + FASTA scores: opt: 1229, E(): 3.3e-71, (76.4% identity in + 246 aa overlap); and similar to other putative lipases + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71759|LIPK|RV2385|MTCY253.36c (306 aa), FASTA scores: + opt: 468, E(): 1.2e-22, (36.2% identity in 254 aa + overlap). Equivalent, but shorter 79 aa, to + Q9ZBM4|MLCB1450.08|ML0314 PUTATIVE HYDROLASE (PUTATIVE + ESTERASE) from Mycobacterium leprae (335 aa), FASTA + scores: opt: 1225, E(): 6.6e-71, (73.6% identity in 250 aa + overlap). Also similar to esterases and lipases of around + 300 aa e.g. Q44087|EST ESTERASE PRECURSOR from + Acinetobacter lwoffii (303 aa), FASTA scores: opt: 428, + E(): 4.3e-20, (31.85% identity in 251 aa overlap); + P18773|EST_ACICA ESTERASE (EC 3.1.1.-) from Acinetobacter + calcoaceticus (303 aa), FASTA scores: opt: 420, E(): + 1.4e-19, (31.5% identity in 251 aa overlap); Q9KIU1 + ESTERASE from uncultured bacterium Plasmid pAH116 (308 + aa), FASTA scores: opt: 405, E(): 1.3e-18, (35.1% identity + in 242 aa overlap); Q9X8J4|SCE9.22 PUTATIVE ESTERASE from + Streptomyces coelicolor (266 aa), FASTA scores: opt: 390, + E(): 1e-17, (35.85% identity in 237 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47950 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (327 aa) but shorter 50 aa. Protein product + from Mb3517c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3517c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ESTERASE/LIPASE LIPF" + /protein_id="SIU02144.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B9" + /db_xref="InterPro:IPR013094" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR033140" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B9" + /translation="MLKMSSYYARRPLQSSGCSNSDSCWDGAPIEITESGPSVAGRLA + ALASRMTIKPLMTVGSYLSPLPLPLGFVDFACRVWRPGQGTVRTTINLPNATAQLVRA + PGVRAADGAGRVVLYLHGGAFVMCGPNSHSRIVNALSGFAESPVLIVDYRLIPKHSLG + MALDDCHDAYQWLRARGYRPEQIVLAGDSAGGYLALALAQRLQCDDEKPAAIVAISPL + LQLAKGPKQDHPNIGTDAMFPARAFDALAAWVRAAAAKNMVDGRPEDLYEPLDHIESS + LPPTLIHVSGSEVLLHDAQLGAGKLAAAGVCAEVRVWPGQAHLFQLATPLVPEATRSL + RQIGQFIRDATADSSLSPVHRSRYVAGSPRAASRGAFGQSPI" + gene 3857703..3858026 + /locus_tag="BQ2027_MB3518" + CDS 3857703..3858026 + /locus_tag="BQ2027_MB3518" + /note="Mb3518, -, len: 107 aa. Equivalent to Rv3488, len: + 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 107 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to various bacterial proteins e.g. O28730|AF1542 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Archaeoglobus fulgidus + (101 aa), FASTA scores: opt: 321, E(): 6.4e-15, (50.55% + identity in 87 aa overlap); O50207 SQ1_IV (FRAGMENT) from + Rhodococcus erythropolis (59 aa), FASTA scores: opt: 298, + E(): 1.4e-13, (71.2% identity in 59 aa overlap); + Q9KFB0|BH0575 BH0575 PROTEIN from Bacillus halodurans (102 + aa), FASTA scores: opt: 294, E(): 4.1e-13, (43.15% + identity in 95 aa overlap); etc. Also similar to M. + tuberculosis P71704|Rv0047c|MTCY21D4.10c (180 aa) (37.8% + identity in 82 aa overlap). Protein product from Mb3518 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3518 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Transcriptional regulator, PadR family" + /protein_id="SIU02145.1" + /db_xref="InterPro:IPR005149" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5Z2" + /translation="MREFQRAAVRLHILHHAADNEVHGAWLTQELSRHGYRVSPGTLY + PTLHRLEADGLLVSEQRVVDGRARRVYRATPAGRAALTEDRRALEELAREVLGRQSHT + AGNGT" + gene 3858108..3858272 + /locus_tag="BQ2027_MB3519" + CDS 3858108..3858272 + /locus_tag="BQ2027_MB3519" + /note="Mb3519, -, len: 54 aa. Equivalent to Rv3489, len: + 54 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 54 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. No similarity with other proteins. Protein + product from Mb3519 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3519 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02146.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z9" + /translation="MSTKSDHGEIGDVEPLADSTASQARRVVAAYANDADECRIFLSM + LGIGPAKLES" + gene 3858272..3859774 + /gene="otsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3520" + CDS 3858272..3859774 + /gene="otsA" + /locus_tag="BQ2027_MB3520" + /note="Mb3520, otsA, len: 500 aa. Equivalent to Rv3490, + len: 500 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 500 aa overlap). Probable otsA, alpha, + alpha-trehalose-phosphate synthase (EC 2.4.1.15) (see + citations below), equivalent to Q50167|OTSA|ML2254 + PROBABLE TREHALOSE-PHOSPHATE SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (498 aa), FASTA scores: opt: 2706, E(): 1.6e-166, + (80.3% identity in 497 aa overlap). Also similar to others + e.g. Q92410|TPS1_CANAL from Candida albicans (Yeast) (478 + aa), FASTA scores: opt: 895, E(): 4.9e-50, (37.15% + identity in 479 aa overlap); + Q00764|TPS1_YEASTTPS1|CIF1|BYP1|FDP1|GGS1|GLC6|YBR126c|YBR + 0922 from Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) (495 + aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 6.2e-47, (36.1% identity + in 490 aa overlap); BAB48232|MLL0691 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (520 aa), FASTA scores: opt: 884, + E(): 2.7e-49, (36.2% identity in 478 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47953 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (478 aa) but longer 22 aa. Protein product + from Mb3520 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3520 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="alpha, alpha-trehalose-phosphate synthase + [udp-forming] otsa (trehalose-6-phosphate synthase) + (udp-glucose-glucosephosphate glucosyltransferase) + (trehalosephosphate-udp glucosyltransferase) + (trehalose-6-phosphate synthetase) (trehalose-phosphate + synthase) (trehalose-phosphate synthetase) + (transglucosylase) (trehalosephosphate-udp glucosyl + transferase)" + /protein_id="SIU02147.1" + /db_xref="GOA:Q7TWE1" + /db_xref="InterPro:IPR001830" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWE1" + /translation="MAPSGGQEAQICDSETFGDSDFVVVANRLPVDLERLPDGSTTWK + RSPGGLVTALEPVLRRRRGAWVGWPGVNDDGAEPDLHVLDGPIIQDELELHPVRLSTT + DIAQYYEGFSNATLWPLYHDVIVKPLYHREWWDRYVDVNQRFAEAASRAAAHGATVWV + QDYQLQLVPKMLRMLRPDLTIGFFLHIPFPPVELFMQMPWRTEIIQGLLGADLVGFHL + PGGAQNFLILSRRLVGTDTSRGTVGVRSRFGAAVLGSRTIRVGAFPISVDSGALDHAA + RDRNIRRRAREIRTELGNPRKILLGVDRLDYTKGIDVRLKAFSELLAEGRVKRDDTVL + VQLATPSRERVESYQTLRNDIERQVGHINGEYGEVGHPVVHYLHRPAPRDELIAFFVA + SDVMLVTPLRDGMNLVAKEYVACRSDLGGALVLSEFTGAAAELRHAYLVNPHDLEGVK + DGIEEALNQTEEAGRRRMRSLRRQVLAHDVDRWAQSFLDALAGAHPRGQG" + gene 3859926..3860504 + /locus_tag="BQ2027_MB3521" + CDS 3859926..3860504 + /locus_tag="BQ2027_MB3521" + /note="Mb3521, -, len: 192 aa. Equivalent to Rv3491, len: + 192 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 192 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. No significant homology with other proteins. + Protein product from Mb3521 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3521 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02148.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F8" + /translation="MNIRCGLAAGAVICSAVALGIALHSGDPARALGPPPDGSYSFNQ + AGVSGVTWTITALCDQPSGTRNMNDYSDPIVWAFNCALNVVSTTPQQITRTDRLQNFS + GRARMSSMLWTFQVNQADGVACPDGSTAPSSETYAFSDETLTGTHTTVHGAVCGLQPK + LSKQPFSLQLIGPPPSPVQRYPLYCNNIAMCY" + gene complement(3860501..3860983) + /locus_tag="BQ2027_MB3522C" + CDS complement(3860501..3860983) + /locus_tag="BQ2027_MB3522C" + /note="Mb3522c, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv3492c, + len: 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Conserved + hypothetical Mce-associated protein, showing some + similarity to hypothetical Mycobacterium tuberculosis + proteins e.g. O53974|Rv1973|MTV051.11 (near Mce operon 3) + (160 aa), FASTA scores: opt: 214, E(): 2.6e-07, (25.3% + identity in 154 aa overlap); and + Q11032|YD62_MYCTU|Rv1362c|MT1407|MTCY02B10.26c (220 aa), + FASTA scores: opt: 187, E(): 2e-05, (23.4% identity in 154 + aa overlap). Contains lipocalin signature at C-terminus + (PS00213). Protein product from Mb3522c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3522c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00820195: MCE associated membrane protein" + /protein_id="SIU02149.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E5" + /translation="MRRLISVAYALMVATIVGLSAAGGWFYWDRVQTGGEASARALLP + KLAMQEIPQVFGYDYQTVERSLTAVYPLLTPDYRQEFQKSANAQIIPEAKKREVVVQA + NVVGVGVMDAKRDCASVMVYLNRTVTDKTRQPLYDGSRLRVDFQRIDGKWLIAYITPI + " + gene complement(3860983..3861711) + /locus_tag="BQ2027_MB3523C" + CDS complement(3860983..3861711) + /locus_tag="BQ2027_MB3523C" + /note="Mb3523c, -, len: 242 aa. Equivalent to Rv3493c, + len: 242 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 242 aa overlap). Conserved + hypothetical Mce-associated ala-, val-rich protein, + showing weak similarity to O07422|Z97050|Rv0178|MTCI28.18 + HYPOTHETICAL 25.9 KDA PROTEIN (near Mce operon1) from + Mycobacterium tuberculosis (244 aa), FASTA scores: opt: + 163, E(): 0.046, (24.65% identity in 211 aa overlap). + Protein product from Mb3523c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3523c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG00821219: MCE associated membrane protein" + /protein_id="SIU02150.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B3" + /translation="MAADTGVAGGQQSTTRRARRKASRPAGPAEGESSRPAQGAATVR + AAARTESKPAKAAKPALRPVKPPPRRPAHRVLVGWLSLAAGLLAIAALAWGVTALVMQ + NRDADARQARNQRFVDAATQTVVNMFSYTPDTIDESVNRFVNGTSGPLRGMLNANNNV + DNLKGLFRATNATSEAVVNGAALEGIDEISDNASVLVSVRVTVADIDGVNKPSMPYRL + RVIVHEDENGRMTGYDLKYPDGGN" + gene complement(3861711..3863405) + /gene="mce4F" + /locus_tag="BQ2027_MB3524C" + CDS complement(3861711..3863405) + /gene="mce4F" + /locus_tag="BQ2027_MB3524C" + /note="Mb3524c, mce4F, len: 564 aa. Equivalent to Rv3494c, + len: 564 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 564 aa overlap). mce4F; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins + O07418|Rv0174|MTCI28.14|mce1F (515 aa); + O07784|Rv0594|MTCY19H5.28c|mce2F (516 aa); and + O53972|Rv1971|MTV051.09|mce3F (437 aa). Also similar to + others e.g. Q9CD09|MCE1F|ML2594 PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Mycobacterium leprae (516 aa), FASTA scores: opt: + 1040, E(): 3.6e-31, (35.9% identity in 529 aa overlap); + Q9F361|SC8A2.02c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (433 aa), FASTA scores: opt: 570, + E(): 3.7e-14, (30.8% identity in 458 aa overlap); etc. Has + hydrophobic stretch, possibly a signal peptide at the + N-terminus. Protein product from Mb3524c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3524c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE4F" + /protein_id="SIU02151.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D6" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D6" + /translation="MIDRLAKIQLSIFAVITVITLSVMAIFYLRLPATFGIGTYGVSA + DFVAGGGLYKNANVTYRGVAVGRVESVGLNPNGVTAHMRLNSGTAIPSNVTATVRSVS + AIGEQYIDLVPPENPSSTKLRNGFRIQRQNTRIGQDVADLLRQAETLLGSLGDTRLRE + LLHEAFIATNGAGPELARLIESARLLVDEANANYPQVSQLIDQAGPFLQAQIRAGGDI + KSLADGLARFTWQLRAADPRLRDTLAGAPDAIDEANTAFSGIRPSFPALAASLANLGR + VGVIYHKSIEQLLVVFPALFAAIITSAGGVPQDEGAKLDFKIDLHDPPPCMTGFLPPP + LVRSPADESVREIPRDMYCKTAQNDPSTVRGARNYPCQEFPGKRAPTVQLCRDPRGYV + PVGTNPWRGPPIPYGTEVTDGRNILPPNKFPYIPPGADPDPGVPIVGPPPPGQVAGPG + PAPHQPAQPAPPPNDNGPPPPFTSWMPPGYPPEPPQVPYPATIPPPPPPEGTGPPPGP + APGPQPQASGPAYTIYDQLSGAFADPAGGTGIFAPGMTGASSAENWVDLMRDPRQL" + gene complement(3863416..3864570) + /gene="lprN" + /locus_tag="BQ2027_MB3525C" + CDS complement(3863416..3864570) + /gene="lprN" + /locus_tag="BQ2027_MB3525C" + /standard_name="mce4E" + /note="Mb3525c, lprN, len: 384 aa. Equivalent to Rv3495c, + len: 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 384 aa overlap). Possible lprN + (alternate gene name: mce4E), lipoprotein which belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07417|LPRK|Rv0173|MTCI28.13|mce1E (390 aa); + O07785|LPRL|Rv0593|MTCY19H5.29|mce2E (402 aa); and + O53971|LPRM|Rv1970|MTV051.08|mce3E (377 aa). Also similar + to others e.g. Q9F360|SC8A2.03c PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (413 aa), FASTA scores: opt: + 656, E(): 2.2e-32, (37.55% identity in 317 aa overlap); + Q9CD10|LPRK|ML2593 PUTATIVE LIPOPROTEIN from Mycobacterium + leprae (392 aa), FASTA scores: opt: 616, E(): 5.5e-30, + (28.95% identity in 373 aa overlap); etc. Contains + possible signal sequence and appropriately positioned + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Protein product from Mb3525c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3525c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MCE-FAMILY LIPOPROTEIN LPRN (MCE-FAMILY + LIPOPROTEIN MCE4E)" + /protein_id="SIU02152.1" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E7" + /translation="MNRIWLRAIILTASSALLAGCQFGGLNSLPLPGTAGHGEGAYSV + TVEMADVATLPQNSPVMVDDVTVGSVAGIVAVQRPDGSFYAAVKLDLDKNVLLPANAV + AKVSQTSLLGSLHVELAPPTDRPPTGRLVDGSRITEANTDRFPTTEEVFSALGVVVNK + GNVGALEEIIDETHQAVAGRQAQFVNLVPRLAELTAGLNRQVHDIIDALDGLNRVSAI + LARDKDNLGRALDTLPDAVRVLNQNRDHIVDAFAALKRLTMVTSHVLAETKVDFGEDL + KDLYSIVKALNDDRKDFVTSLQLLLTFPFPNFGIKQAVRGDYLNVFTTFDLTLRRIGE + TFFTTAYFDPNMAHMDEILNPPDFLIGELANLSGQAADPFKIPPGTASGQ" + gene complement(3864567..3865922) + /gene="mce4D" + /locus_tag="BQ2027_MB3526C" + CDS complement(3864567..3865922) + /gene="mce4D" + /locus_tag="BQ2027_MB3526C" + /note="Mb3526c, mce4D, len: 451 aa. Equivalent to Rv3496c, + len: 451 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 451 aa overlap). mce4D; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07416|Rv0172|MTCI28.12|mce1D (530 aa); + O07786|Rv0592|MTCY19H5.30c|mce2D (508 aa); and + O53970|Rv1969|MTV051.07|mce3D (423 aa). Also similar to + others e.g. Q9CD11|MCE1D|ML2592 PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Mycobacterium leprae (531 aa), FASTA scores: opt: + 837, E(): 2.6e-34, (34.55% identity in 446 aa overlap); + Q9F359|SC8A2.04c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (337 aa), FASTA scores: opt: 606, + E(): 4.9e-23, (32.35% identity in 300 aa overlap); etc. + Hydrophobic region at N-terminus. Protein product from + Mb3526c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3526c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE4D" + /protein_id="SIU02153.1" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="InterPro:IPR024516" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4A4" + /translation="MMGRVAMLTGSRGLRYATVIALVAALVGGVYVLSSTGNKRTIVG + YFTSAVGLYPGDQVRVLGVPVGEIDMIEPRSSDVKITMSVSKDVKVPVDVQAVIMSPN + LVAARFIQLTPVYTGGAVLPDNGRIDLDRTAVPVEWDEVKEGLTRLAADLSPAAGELQ + GPLGAAINQAADTLDGNGDSLHNALRELAQVAGRLGDSRGDIFGTVKNLQVLVDALSE + SDEQIVQFAGHVASVSQVLADSSANLDQTLGTLNQALSDIRGFLRENNSTLIETVNQL + NDFAQTLSDQSENIEQVLHVAGPGITNFYNIYDPAQGTLNGLLSIPNFANPVQFICGG + SFDTAAGPSAPDYYRRAEICRERLGPVLRRLTVNYPPIMFHPLNTITAYKGQIIYDTP + ATEAKSETPVPELTWVPAGGGAPVGNPADLQSLLVPPAPGPAPAPPAPGAGPGEHGGG + G" + gene complement(3865919..3866992) + /gene="mce4C" + /locus_tag="BQ2027_MB3527C" + CDS complement(3865919..3866992) + /gene="mce4C" + /locus_tag="BQ2027_MB3527C" + /note="Mb3527c, mce4C, len: 357 aa. Equivalent to Rv3497c, + len: 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 357 aa overlap). mce4C; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07415|R0171|MTCI28.11|mce1C (515 aa); + O07787|Rv0591|MTCY19H5.31|mce2C (481 aa); and + O53969|Rv1968|MTV051.06|mce3C (410 aa). Also similar to + others e.g. Q9F358|SC8A2.05c PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (351 aa), FASTA scores: opt: + 658, E(): 1.1e-30, (33.95% identity in 318 aa overlap); + Q9CD12|MCE1C|ML2591 PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Mycobacterium leprae (519 aa), FASTA scores: opt: 555, + E(): 1.2e-24, (28.35% identity in 328 aa overlap); etc. + Hydrophobic region at N-terminus. Protein product from + Mb3527c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3527c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE4C" + /protein_id="SIU02154.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C5" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C5" + /translation="MLNRKPSSKHERDPLRTGIFGLVLVICVVLIAFGYSGLPFWPQG + KTYDAYFTDAGGITPGNSVYVSGLKVGAVSAVSLAGNSAKVTFSVDRSIVVGDQSLAA + IRTDTILGERSIAVSPAGSGKSTTIPLSRTTTPYTLNGVLQDLGRNANDLNRPQFEQA + LNVFTQALHDATPQVRGAVDGLTSLSRALNRRDEALQGLLAHAKSVTSVLSERAEQVN + KLVEDGNQLFAALDARRAALSALISGIDDVAAQISGFVADNRKEFGPALSKLNLVLAN + LNERRDYITEALKRLPTYATTLGEVVGSGPGFNVNVYSVLPGPLVATVFDLVFQPGKL + PDSLADYLRGFIQERWIIRPKSP" + gene complement(3866982..3868034) + /gene="mce4B" + /locus_tag="BQ2027_MB3528C" + CDS complement(3866982..3868034) + /gene="mce4B" + /locus_tag="BQ2027_MB3528C" + /note="Mb3528c, mce4B, len: 350 aa. Equivalent to Rv3498c, + len: 350 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 350 aa overlap). mce4B; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + O07414|Rv0170|MTCI28.10|mce1B (346 aa); + O07788|Rv0590|MTCY19H5.32c|mce2B (275 aa); and + O53968|Rv1967|MTV051.05|mce3B (342 aa). Also similar to + others e.g. Q9CD13|MCE1B|ML2590 PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Mycobacterium leprae (346 aa), FASTA scores: opt: + 803, E(): 6.1e-41, (41.05% identity in 346 aa overlap); + Q9F357|SC8A2.06c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (354 aa), FASTA scores: opt: 624, + E(): 3.4e-30, (32.55% identity in 338 aa overlap); etc. + Hydrophobic region at N-terminus. Protein product from + Mb3528c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3528c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE4B" + /protein_id="SIU02155.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y606" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y606" + /translation="MAGSGVPSHRSMVIKVSVFAVVMLLVAAGLVVVFGDFRFGPTTV + YHATFTDASRLKAGQKVRIAGVPVGSVKAVKLNPDHSIDVAFAIDRSYTLYSSTRAVI + RYENLVGDRFLEITSGPGELRKLPPGGTINVAHTQPALDLDALLGGLRPVLKGFDADK + INTITSAVIELLQGQGGPLANVLADTGAFSAALGARDQLIGEVITNLNAVLATVDAKS + AQFSASVDQLQQLVSGLAKNRDPIAGAISPLASTTTDLTELLRNSRRPLQGILENARP + LATELDNRKAEVNNDIEQLGEDYLRLSALGSYGAFFNIYFCSVTIKINGPAGSDILLP + IGGQPDPSKGRCAFAK" + gene complement(3868034..3869236) + /gene="mce4A" + /locus_tag="BQ2027_MB3529C" + CDS complement(3868034..3869236) + /gene="mce4A" + /locus_tag="BQ2027_MB3529C" + /standard_name="mce4" + /note="Mb3529c, mce4A, len: 400 aa. Equivalent to Rv3499c, + len: 400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 400 aa overlap). mce4A; belongs to + 24-membered Mycobacterium tuberculosis Mce protein family + (see citations below for more information), highly similar + to Mycobacterium tuberculosis proteins + P72013|MCE1|Rv0169|MTCI28.09|mce1A (454 aa); + O07789|MCE2|Rv0589|MTCY19H5.33c|mce2A (404 aa); and + O53967|MCE3|Rv1966|MTV051.04|mce3A (425 aa). Also similar + to others e.g. Q9F356|SC8A2.07c PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (418 aa), FASTA scores: opt: + 619, E(): 7.8e-30, (32.4% identity in 352 aa overlap); + Q9S4U5|MCE1 MYCOBACTERIAL CELL ENTRY PROTEIN from + Mycobacterium bovis BCG (454 aa), FASTA scores: opt: 529, + E(): 2.1e-24, (30.35% identity in 448 aa overlap); + Q9CD14|MCE1A|ML2589 from Mycobacterium leprae (441 aa), + FASTA scores: opt: 515, E(): 1.4e-23, (28.35% identity in + 430 aa overlap); etc. Contains a possible N-terminal + signal sequence. Note that previously known as mce4. + Protein product from Mb3529c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3529c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MCE-FAMILY PROTEIN MCE4A" + /protein_id="SIU02156.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y500" + /db_xref="InterPro:IPR003399" + /db_xref="InterPro:IPR005693" + /db_xref="InterPro:IPR024516" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y500" + /translation="MSGGGSRRTSVRVAAALLAGLMVGSAVLTYLSYTAAFTSTDTVT + VSSPRAGLVMEKGAKVKYRGIQVGKVTDISYSGNQARLKLAIDSGEMGFIPSNATVRI + AGNTIFGAKSVEFIPPKTPSPKPLSPNAHVAASQVQLEVNTLFQSLIDLLHKIDPLET + NATLSALSEGLRGHGDDLGALLSGLNTLTRQANPKLPALQEDFRKAAVVANVYADAAG + DLNTVFDNLPTINKTIVDQKDNLNDTLLATIGLSNNAYETLAPAEQNFIDAINRLRAP + LKVTSDYSPVFGCLFKGIARGVKEFAPLIGVRKAGLFTSSSFVLGAPSYTYPESLPIV + NASGGPNCRGLPDIPTKQTGGSFYRAPFLVTDNALIPYQPFTELQVDAPSTLQFLFNG + AFAERDDF" + gene complement(3869256..3870098) + /gene="yrbE4B" + /locus_tag="BQ2027_MB3530C" + CDS complement(3869256..3870098) + /gene="yrbE4B" + /locus_tag="BQ2027_MB3530C" + /note="Mb3530c, yrbE4B, len: 280 aa. Equivalent to + Rv3500c, len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 280 aa overlap). yrbE4B, + hypothetical unknown integral membrane protein, part of + mce4 operon and member of YrbE family (see citations below + for more information), highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins O07413|Rv0168|MTCI28.08|yrbE1B (289 + aa); O07790|Rv0588|MTCY19H5.34|yrbE2B (295 aa); and + O53966|Rv1965|MTV051.03|yrbE3B (271 aa). Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of the P45030|YRBE_HAEIN (261 aa) type, e.g. + Q9CD15|YRBE1B|ML2588 from Mycobacterium leprae (289 aa), + FASTA scores: opt: 973, E(): 1.5e-50, (50.2% identity in + 269 aa overlap); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 from Haemophilus + influenzae (261 aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 6e-11, + (25.4% identity in 264 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3530c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3530c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved integral membrane protein yrbe4b. + possible abc transporter." + /protein_id="SIU02157.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4B5" + /db_xref="InterPro:IPR030802" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4B5" + /translation="MSYDVTIRFRRFFSRLQRPVDNFGEQALFYGETMRYVPNAITRY + RKETVRLVAEMTLGAGALVMIGGTVGVAAFLTLASGGVIAVQGYSSLGDIGIEALTGF + LSAFLNVRVVAPVIAGIALAATIGAGATAQLGAMRVSEEIDAVECMAVHSVSYLVSTR + LIAGLVAIIPLYSLSVLAAFFAARFTTVFVNGQSAGLYDHYFNTFLIPSDLLWSFMQA + IAMSIAVMLVHTYYGYNASGGSVGVGVAVGQAVRTSLIVVVVITLFISLAVYGASGNF + NLSG" + gene complement(3870133..3870897) + /gene="yrbE4A" + /locus_tag="BQ2027_MB3531C" + CDS complement(3870133..3870897) + /gene="yrbE4A" + /locus_tag="BQ2027_MB3531C" + /note="Mb3531c, yrbE4A, len: 254 aa. Equivalent to + Rv3501c, len: 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 254 aa overlap). yrbE4A, + hypothetical unknown integral membrane protein, part of + mce4 operon and member of YrbE family (see citations below + for more information), highly similar to Mycobacterium + tuberculosis proteins O07412|Rv0167|MTCI28.07|yrbE1A (265 + aa); O07791|Rv0587|MTCY19H5.35|yrbE2A (265 aa); and + O53965|Rv1964|MTV051.02|yrbE3A (265 aa). Also highly + similar to conserved hypothetical integral membrane + proteins of the P45030|YRBE_HAEIN (261 aa) type, e.g. + Q9CD16|YRBE1A|ML2587 from Mycobacterium leprae (267 aa), + FASTA scores: opt: 1059, E(): 1e-57, (64.75% identity in + 247 aa overlap); P45030|YRBE_HAEIN|HI1086 from Haemophilus + influenzae (261 aa), FASTA scores: opt: 313, E(): 3e-14, + (25.7% identity in 241 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3531c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3531c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved integral membrane protein yrbe4a. + possible abc transporter." + /protein_id="SIU02158.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H4" + /db_xref="InterPro:IPR030802" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H4" + /translation="MIQQLAVPARAVGGFFEMSMDTARAAFRRPFQFREFLDQTWMVA + RVSLVPTLLVSIPFTVLVAFTLNILLREIGAADLSGAGTAFGTITQLGPVVTVLVVAG + AGATAICADLGARTIREEIDAMRVLGIDPIQRLVVPRVLASTLVALLLNGLVCAIGLS + GGYAFSVFLQGVNPGAFINGLTVLTGLRELILAEIKALLFGVMAGLVGCYRGLTVKGG + PKGVGNAVNETVVYAFICLFVINVVMTAIGVRISAQ" + gene complement(3871123..3872076) + /locus_tag="BQ2027_MB3532C" + CDS complement(3871123..3872076) + /locus_tag="BQ2027_MB3532C" + /note="Mb3532c, -, len: 317 aa. Equivalent to Rv3502c, + len: 317 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 317 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to + Mycobacterium tuberculosis proteins + P71853|Rv3548c|MTCY03C7.08 HYPOTHETICAL 31.1 KDA PROTEIN + (304 aa), FASTA scores: opt: 739, E(): 6.2e-35, (45.15% + identity in 310 aa overlap); and + Q11020|YD50_MYCTU|FABG2|Rv1350|MT1393|MTCY02B10.14 + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE (247 aa), FASTA scores: opt: 475, + E(): 5.1e-20, (40.15% identity in 254 aa overlap). Also + similar to various dehydrogenases e.g. Q9I4V1|PA1023 + PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from Pseudomonas + aeruginosa (305 aa), FASTA scores: opt: 535, E(): 2.3e-23, + (37.1% identity in 302 aa overlap); Q9UVH9|FOX2 FOX2 + PROTEIN (SDR FAMILY) (1015 aa), FASTA scores: opt: 487, + E(): 3.2e-20, (38.4% identity in 276 aa overlap); + P22414|FOX2_CANTR PEROXISOMAL HYDRATASE-DEHYDROGENASE, + D-3-HYDROXYACYL CoA DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.-) (SDR + FAMILY) from Candida tropicalis (Yeast) (906 aa) FASTA + scores: opt: 481, E(): 6.4e-20, (38.0% identity in 250 aa + overlap); P50171|DHB8_MOUSE|HSD17B8|HKE6|H2-KE6 ESTRADIOL + 17 BETA-DEHYDROGENASE 8 from Mus musculus (Mouse) (260 aa) + FASTA scores: opt: 459, E(): 4.3e-19, (39.75% identity in + 259 aa overlap); CAC41362|BKR1 3-OXYACYL-[ACYL-CARRIER + PROTEIN] REDUCTASE (EC 1.1.1.100) (FRAGMENT) from Brassica + napus (Rape) (317 aa), FASTA scores: opt: 447, E(): + 2.4e-18, (39.2% identity in 255 aa overlap); etc. Contains + PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases family + signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Start uncertain. + Protein product from Mb3532c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3532c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable short-chain type + dehydrogenase/reductase. possible 17-beta-hydroxysteroid + dehydrogenase." + /protein_id="SIU02159.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F5" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F5" + /translation="MKLTESNRSPRTTNTTDLSGKVAVVTGAAAGLGRAEALGLARLG + ATVVVNDVASALDASDVVDEIGAAAADAGAKAVAVAGDISQRATADELLASAVGLGGL + DIVVNNAGITRDRMLFNMSDEEWDAVIAVHLRGHFLLTRNAAAYWRDKAKDAEGGSVF + GRLVNTSSEAGLVGPVGQANYAAAKAGITALTLSAARALGRYGVCANVICPRARTAMT + ADVFGAAPDVEAGQIDPLSPQHVVSLVQFLASPAAAEVNGQVFIVYGPQVTLVSPPHM + ERRFSADGTSWDPTELTATLRDYFAGRDPEQSFSATDLMRQ" + gene complement(3872101..3872292) + /gene="fdxD" + /locus_tag="BQ2027_MB3533C" + CDS complement(3872101..3872292) + /gene="fdxD" + /locus_tag="BQ2027_MB3533C" + /note="Mb3533c, fdxD, len: 63 aa. Equivalent to Rv3503c, + len: 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Probable fdxD, + ferredoxin, equivalent to Q9R6Z5|B229_C3_226 HYPOTHETICAL + 9.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (83 aa) FASTA + scores: opt: 276, E(): 1.8e-13, (75.9% identity in 54 aa + overlap). Also similar to several e.g. Q9R6Z5|PHDC from + Nocardioides sp. strain KP7 (69 aa), FASTA scores: opt: + 177, E(): 2.1e-06, (43.35% identity in 60 aa overlap); + Q9X4X8|DITA3 DIOXYGENASE DITA FERREDOXIN COMPONENT from + Pseudomonas abietaniphila (78 aa), FASTA scores: opt: 166, + E(): 1.4e-05, (36.2% identity in 58 aa overlap); + P00203|FER_MOOTH from Moorella thermoacetica (Clostridium + thermoaceticum) (63 aa), FASTA scores: opt: 157, E(): + 5.4e-05, (36.65% identity in 60 aa overlap); + P18325|FER2_STRGO|SUBB from Streptomyces griseolus (64 aa) + FASTA scores: opt: 157, E(): 5.5e-05, (39.35% identity in + 61 aa overlap); etc. BELONGS TO THE BACTERIAL TYPE + FERREDOXIN FAMILY. Mb3533c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FERREDOXIN FDXD" + /protein_id="SIU02160.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C2" + /db_xref="InterPro:IPR001080" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C2" + /translation="MRVIVDRDRCEGNAVCLGIAPDIFDLDDEDYAVVKTDPIPVDQE + DLAEQAIAECPRAALSRGE" + gene 3872507..3873709 + /gene="fadE26" + /locus_tag="BQ2027_MB3534" + CDS 3872507..3873709 + /gene="fadE26" + /locus_tag="BQ2027_MB3534" + /note="Mb3534, fadE26, len: 400 aa. Equivalent to Rv3504, + len: 400 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 400 aa overlap). Probable fadE26, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to other + ACYL-COA DEHYDROGENASES from Mycobacterium tuberculosis + e.g. P71858|FADE29|Rv3543c|MTCY03C7.13 (387 aa) FASTA + scores: opt: 1031, E(): 7.5e-59, (46.25% identity in 402 + aa overlap); and P95280|FADE17|Rv1934c|MTCY09F9.30 (409 + aa), FASTA scores: opt: 617, E(): 3.1e-32, (32.6% identity + in 423 aa overlap); etc. Also similar to others e.g. + Q9A6G3|CC2131 from Caulobacter crescentus (403 aa) FASTA + scores: opt: 710, E(): 3.2e-38, (33.4% identity in 413 aa + overlap); Q9I4V2|PA1022 from Pseudomonas aeruginosa (381 + aa), FASTA scores: opt: 522, E(): 3.7e-26, (34.1% identity + in 358 aa overlap); Q9RJX2|SCF37.29c from Streptomyces + coelicolor (393 aa), FASTA scores: opt: 509, E(): 2.6e-25, + (34.45% identity in 363 aa overlap); etc. COULD BELONG TO + THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from + Mb3534 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE26" + /protein_id="SIU02161.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E9" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E9" + /translation="MRISYTPQQEELRRELRSYFATLMTPERREALSSVQGEYGVGNV + YRETIAQMGRDGWLALGWPKEYGGQGRSAMDQLIFTDEAAIAGAPVPFLTINSVAPTI + MAYGTDEQKRFFLPRIAAGDLHFSIGYSEPGAGTDLANLRTTAVRDGDDYVVNGQKMW + TSLIQYADYVWLAVRTNPESSGAKKHRGISVLIVPTTAEGFSWTPVHTMAGPDTSATY + YSDVRVPVANRVGEENAGWKLVTNQLNHERVALVSPAPIFGCLREVREWAQNTKDAGG + TRLIDSEWVQLNLARVHAKAEVLKLINWELASSQSGPKDAGPSPADASAAKVFGTELA + TEAYRLLMEVLGTAATLRQNSPGALLRGRVERMHRACLILTFGGGTNEVQRDIIGMVA + LGLPRANR" + gene 3873734..3874855 + /gene="fadE27" + /locus_tag="BQ2027_MB3535" + CDS 3873734..3874855 + /gene="fadE27" + /locus_tag="BQ2027_MB3535" + /note="Mb3535, fadE27, len: 373 aa. Equivalent to Rv3505, + len: 373 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 373 aa overlap). Probable fadE27, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to other + ACYL-COA DEHYDROGENASES from Mycobacterium tuberculosis + e.g. P71857|FADE28|Rv3544c|MTCY03C7.12 (339 aa) FASTA + scores: opt: 497, E(): 1.8e-22, (30.3% identity in 343 aa + overlap); and P95281|FADE18|Rv1933c|MTCY09F9.31 (363 aa) + FASTA scores: opt: 421, E(): 6.4e-18, (32.35% identity in + 334 aa overlap). Also similar to other e.g. Q9A5G8|CC2479 + from Caulobacter crescentus (344 aa), FASTA scores: opt: + 425, E(): 3.5e-18, (30.75% identity in 351 aa overlap); + Q9RJX3|SCF37.28c from Streptomyces coelicolor (362 aa) + FASTA scores: opt: 317, E(): 1e-11, (32.8% identity in 372 + aa overlap); Q9L8Q3|PDTORFO from Pseudomonas stutzeri + (Pseudomonas perfectomarina) (513 aa), FASTA scores: opt: + 301, E(): 1.2e-10, (25.9% identity in 394 aa overlap); + etc. COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES FAMILY. + Protein product from Mb3535 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3535 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE27" + /protein_id="SIU02162.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F7" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F7" + /translation="MDFTTTEAAQDLGGLVDTIVDAVCTPEHQRELDKLEQRFDRELW + RKLIDAGILSSAAPESLGGDGFGVLEQVAVLVALGHQLAAVPYLESVVLAAGALARFG + SPELQQGWGVSAVSGDRILTVALDGEMGEGPVQAAGTGHGYRLTGTRTQVGYGPVADA + FLVPAETDSGAAVFLVAAGDPGVAVTALATTGLGSVGHLELNGAKVDAARRVGGTDVV + VWLGTLSTLSRTAFQLGVLERGLQMTAEYARTREQFDRPIGSFQAVGQRLADGYIDVK + GLRLTLTQAAWRVAEDSLASRECPQPADIDVATAGFWAAEAGHRVAHTIVHVHGGVGV + DTDHPVHRYFLAAKQTEFALGGATGQLRRIGRELAETPA" + gene 3874926..3876434 + /gene="fadD17" + /locus_tag="BQ2027_MB3536" + CDS 3874926..3876434 + /gene="fadD17" + /locus_tag="BQ2027_MB3536" + /note="Mb3536, fadD17, len: 502 aa. Equivalent to Rv3506, + len: 502 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 502 aa overlap). Possible fadD17, + fatty-acid-CoA synthetase (ligase) (EC 6.2.1.-), similar + to P72007|FADD1|RV1750c|MTCY28.13c|MTCY04C12.34 from + Mycobacterium tuberculosis (532 aa), FASTA scores: opt: + 666, E(): 9.8e-32, (52.05% identity in 488 aa overlap). + Also similar to various ligases/synthetases e.g. + Q9EY88|FCS FERULOYL-COA SYNTHETASE from Amycolatopsis sp. + HR167 (491 aa), FASTA scores: opt: 490, E(): 2.1e-21, + (30.3% identity in 462 aa overlap); BAB33463|ECS0040 + (alias AAG54340|CAIC) PROBABLE + CROTONOBETAINE/CARNITINE-COA LIGASE from Escherichia coli + strain O157:H7 (522 aa), FASTA scores: opt: 478, E(): + 1.1e-20, (28.5% identity in 347 aa overlap); Q9KHL1|ENCH + PUTATIVE ACYL-COA LIGASE from Streptomyces maritimus (535 + aa), FASTA scores: opt: 477, E(): 1.3e-20, (28.7% identity + in 453 aa overlap); Q50017|XCLC|ML1051 ACYL-COA SYNTHASE + from Mycobacterium leprae (476 aa), FASTA scores: opt: + 472, E(): 2.3e-20, (31.35% identity in 469 aa overlap); + P31552|CAIC_ECOLI|B0037 from Escherichia coli strain K12 + (522 aa), FASTA scores: opt: 467, E(): 4.8e-20, (28.75% + identity in 348 aa overlap); Q9KBC2|BH2006 from Bacillus + halodurans LONG-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE (LIGASE) (513 + aa), FASTA scores: opt: 462, E(): 9.4e-20, (27.65% + identity in 463 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. Mb3536 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-coa synthetase fadd17 (fatty-acid-coa + synthase) (fatty-acid-coa ligase)" + /protein_id="SIU02163.1" + /db_xref="GOA:Q7TWC5" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR030310" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWC5" + /translation="MTPTHPTVTELLLPLSEIDDRGVYFEDSFTSWRDHIRHGAAIAA + ALRERLDPARPPHVGVLLQNTPFFSATLVAGALSGIVPVGLNPVRRGAALAGDIAKAD + CQLVLTGSGSAEVPADVEHINVDSPEWTDEVAAHRDTEVRFRSADLADLFMLIFTSGT + SGDPKAVKCSHRKVAIAGVTITQRFSLGRDDVCYVSMPLFHSNAVLVGWAVAAACQGS + MALRRKFSASQFLADVRRYGATYANYVGKPLSYVLATPELPDDADNPLRAVYGNEGVP + GDIDRFGRRFGCVVMDGFGSTEGGVAITRTLDTPAGALGPLPGGIQIVDPDTGEPCPT + GVVGELVNTAGPGGFEGYYNDEAAEAERMAGGVYHSGDLAYRDDAGYAYFAGRLGDWM + RVDGENLGTAPIERVLMRYPDATEVAVYPVPDPVVGDQVMAALVLAPGTKFDADKFRA + FLTEQPDLGHKQWPSYVRVSAGLPRTMTFKVIKRQLSAEGVACADPVWPIRR" + gene 3876605..3880687 + /gene="PE_PGRS53" + /locus_tag="BQ2027_MB3537" + CDS 3876605..3880687 + /gene="PE_PGRS53" + /locus_tag="BQ2027_MB3537" + /note="Mb3537, PE_PGRS53, len: 1360 aa. Similar to Rv3507, + len: 1381 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (93.635% identity in 1414 aa overlap). Member of + the Mycobacterium tuberculosis PE protein family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to others from M. + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + O06810|Rv1450c|MTCY493.04 (1329 aa), FASTA scores: opt: + 2173, E(): 1.4e-135, (51.15% identity in 1412 aa overlap). + Equivalent to AAK47970 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (1384 aa) but with some minor differences + between the proteins. Contains two PS00583 pfkB family of + carbohydrate kinases signatures 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + insertions of 18 bp, 72 bp and 9 bp (*-cggcggcac), and + deletions of 90 bp, 54 bp and 18 bp, leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (1360 aa versus 1381 aa). + Protein product from Mb3537 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3537 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs53" + /protein_id="SIU02164.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D0" + /translation="MSFVLVSPETVAAVATDLKRIGASLAHENASAAASTTAVVSAAA + DEVSTAVAALFSQHAQGYQAAAAQVAAFHSRFVQALTAGAGAYAFAEAANASPLQSAM + GAVSASAQTLLSRPLIGNGANATTPGGNGGDGGWLFGSGGNGAPGAAGQSGGNGGSAG + LWGNGGAGGAGGSGGAAGGNGGNGGWLFGAGGTGGIGGTGAPGAMGGTGGNGGNGALL + IGGGGLGGAGGMGGTGGGTGGTGGNGGNGALLIGAGGVGGAGGIGGQGTGAGGAAGAG + GTGGNGGAGGLFMNGGDGGAGGQGGDGAAGDAAASAGGTGGKGGQGGDGGTGGAGGAG + PVLFGHGGAGGMGGQGGTGGMGGAGGDGTTVIAAGTGGEGGTGGTGGTGGNGADAAAV + VGFGANGDPGFAGGKGGNGGIGGAAVTGGVAGDGGTGGKGGTGGAGGAGNDAGSTGNP + GGKGGDGGIGGAGGAGGAAGTGNGGHAGNTGDGGDGGTGGNGGNGTGGVNGADNTLNP + DTPGGAGEPGGAGGAGGAGGAAGGPGGTGGTGGNGGNAGNNSTNAPVGGEGGAGGDGG + AGGAGGAANGGTAGSQGTGGVGGDGGAGGNGGGGKAGTGNSGNFGVDGEAGFSGGAGG + NGGVGGAAGANGGTGGSGGNGGDGGAGGIGGAGGNGIPGTGTEPAGGTGAKGGDGGDG + GAGGAGGNAGGAGGNGGAGGQGGNAGQGGAGGAGGNAVIPGDGVGKAPHGGAGGSGGD + GGKGGQGGSGGTGGSGAPIGGGAGGTGGSGGHAGKGGAGGIGAQGTTITVPGNGGNAG + DGGNGGGGGAGGTGGDGATGTPAGNGGNGGNAGDGGNGGSGDFGGNTTSGASGSGGNG + GNAGTAGSGGAGGTGGTGLSGGNGGNGGDGGNGAHGTVGAQFVPATSLPTPNGGAGGN + GGTGSNGGAPGPAGAPGPTTGGNAGSQGIGGDGGNGGDGGKGGDGADAVNVVFMPTEP + QAATGTAGSAGDPTGGNGGPGTPGSPMVAPPPPTPITQVQQGGDGGAGGTGSTNANDG + TATGGKGGEGGVGSILGGPGGNGGTGGNASATGTNGVANAGNGGKGGDGGQFGAGGNG + GAGGSVTDGSAGSTAGNGGNGGNATNGTIAGQPAGGNGSAGGKGGDGGNIAAGATGTA + GNGGNGGNGNDGAVNAGTGGSGGNGGNAGGGGANGGDGGAGGAGGAGGRGGKGIDGGF + GGDGGNGGSNNGTGAGGNGGNGGTGGVGSVGAAGGDGGNGGTGGFAGFGGTAGNGGSG + GTGGAGGDGGTGGGGGNGGTGVIAGGGGTGGNGGASGAGGAGGTGGFAGNGNAGGNGG + TGGASEDGDNGNAGSGATGGTGGNGGTGGDGGAAGLGGVA" + gene 3880978..3885360 + /gene="PE_PGRS54" + /locus_tag="BQ2027_MB3538" + CDS 3880978..3885360 + /gene="PE_PGRS54" + /locus_tag="BQ2027_MB3538" + /note="Mb3538, PE_PGRS54, len: 1460 aa. Similar to Rv3508, + len: 1901 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (71.06% identity in 1901 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins, similar to others from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. downstream + O53559|Rv3514|MTV023.21 (1489 aa), FASTA scores: opt: + 6598, E(): 0, (71.05% identity in 1533 aa overlap). + Equivalent to AAK47971 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (1384 aa) but shorter 13 aa and with some + minor differences between the proteins. Contains five + PS00583 pfkB family of carbohydrate kinases signatures 1. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + insertions of 9 bp (*-cggcgcggg), 27 bp and 18 bp, + deletions of 168 bp, 603 bp and 48 bp, and several + substitutions lead to a shorter product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (1460 + aa versus 1901 aa). Mb3538 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs54" + /protein_id="SIU02165.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y615" + /translation="MSFVLIAPEFVTAAAGDLTNLGSSISAANASAASATTQVLAAGA + DEVSARIAALFGGFGLEYQAISAQVAAYHQRFVQALSTGAGAYASAEAAAAEQIVLGV + INAPTQALLGRPLIGDGANATTPGGAGGAGGLLFGNGGAGAAGAPGQAGGPGGPAGLW + GNGGPGGAGGSGGGTGGAGGAGGWLFGVGGAGGVGGAGGGTGGAGGPGGLIWGGGGAG + GVGGAGGGTGGAGGRAELLFGAGGAGGAGGAGTDGGPGATGGTGGHGGVGGDGGWLAP + GGAGGAGGQGGAGGAGSDGGALGGTGGTGGTGGAGGAGGRGALLLGAGGQGGLGGAGG + QGGTGGAGGDGVLGGVGGTGGKGGVGGVAGLGGAGGAAGQLFSAGGAAGAVGVGGTGG + QGGAGGMGGSGADNASGIGADGGAGGTGGNAGAGGAGGAAGTGGTGGVVGAAGKAGIG + GTGGQGGAGGAGSAGTDATATGATGGTGFSGGAGGAGGAGGNTGVGGTNGSGGQGGTG + GAGGAGGAGGVGADNPTGIGGAGGTGGAGGTGGTGGAAGAGGAGGAVGTGGTGGVVGD + VGNAGIGGTGGKGGAGGTGFAGGAGGAGGQGGSSGAGGTNGSGGAGGTGGQGGAGGAG + GAGADNPTGIGGAGGTGGTGGAAGAGGAGGAIGTGGTGGAVGSVGNAGIGGTGGTGGV + GGAGGAGAAAAAGSSATGGAGFAGGAGGEGGAGGNSGVGGTNGSGGAGGAGGKGGTGG + AGGSGADNPTGAGFAGGAGGTGGAAGAGGAGGATGTGGTGGVVGATGSAGIGGAGGRG + GDGGDGASGLGLGLSGFDGGQGGQGGDGGSAGAGGINGAGGAGGDGGDGGDGATGAAG + LGDNGGVGGDGGAGGAAGNGGNAGVGLTAKAGDGGAAGNGGNGGAGGAGGAGDNNFNG + GQGGAGGQGGQGGLGGASTTSINANGGAGGNGGTGGKGGAGGAGTLGVGGSGGTGGDG + GDAGAGGGGGFGGAAGKAGGGGNGGVGGDGGEGASGLGLDLSGFDGGQGGQGGAGGNA + GAGGINGAGGTGGTGGAGGDGAPATLIGGPDGGDGGQGGIGGDGGNAGFGAGVPGDGG + IGGTGGAGGAGGAGGAGDAGADGDPSIDGGQGGAGGHGGQGGKGGLNSTGLASAASGD + GGNGGAGGAGGNGGDGDGFIGGSGGTGGTGGDAGAGGLANTGGTAGNAGIGGAGGRGG + DGGAGDSGALSQDGNGFAGGQGGQGGAGGNAGAGGINGAGGTGGTGGAGGDGAPATLI + GGPDGGDGGQGGGAGFGSGVAGAAGAGGNGGKGGDGGTGGTGGTNFAGGQGGAGGRGG + AGGNGANGVGDNAAGGDGGNGGAGGLGGGGGTGGTNGNGGLGGGGGNGGAGGAGGTPT + GSGTEGTGGDGGDAGAGGNGGSATGVGNGGNGGDGGNGGDGGNGAPGGFGGGAGAGGL + GGSGAGGGTDGDDGNGGSPGTDGS" + gene complement(3885527..3887074) + /gene="ilvX" + /locus_tag="BQ2027_MB3539C" + CDS complement(3885527..3887074) + /gene="ilvX" + /locus_tag="BQ2027_MB3539C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3539c, ilvX, len: 515 aa. Equivalent to Rv3509c, + len: 515 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 515 aa overlap). Probable ilvX, + acetohydroxyacid synthase (EC 4.1.3.18), equivalent to + Mycobacterium leprae protein described as Acetolactate + synthase I, valine sensitive, large subunit (EC 4.1.3.18) + Q49865|ILVX|ILVI1|B229_C3_222 (515 aa), FASTA scores: opt: + 2762, E(): 8.8e-145, (82.9% identity in 515 aa overlap). + Also similar to various enzymes (principally + acetohydroxyacid/acetolactate synthases) e.g. + Q9AB41|CC0393 THIAMINE-PYROPHOSPHATE-REQUIRING ENZYME from + Caulobacter crescentus (512 aa), FASTA scores: opt: 1572, + E(): 2.8e-79, (50.95% identity in 514 aa overlap); + BAB50432|MLL3567 ACETOLACTATE SYNTHASE I from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (517 aa), FASTA scores: opt: + 1440, E(): 5.2e-72, (47.9% identity in 548 aa overlap); + P20906|MDLC_PSEPU BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE (EC + 4.1.1.7) from Pseudomonas putida (528 aa), FASTA scores: + opt: 356, E(): 2.5e-12, (28.1% identity in 530 aa + overlap); Q9L123|SC6D11.33c PUTATIVE DECARBOXYLASE from + Streptomyces coelicolor (526 aa), FASTA scores: opt: 325, + E(): 1.3e-10, (33.2% identity in 530 aa overlap); + Q9RDF9|SCC57A.40c PUTATIVE ACETOLACTATE SYNTHASE from + Streptomyces coelicolor (564 aa), FASTA scores: opt: 304, + E(): 1.9e-09, (28.55% identity in 550 aa overlap); P94783 + VALINE-SENSITIVE ACETOHYDROXY ACID SYNTHASE from + Citrobacter freundii (561 aa), FASTA scores: opt: 278, + E(): 5.1e-08, (25.8% identity in 550 aa overlap); + Q42767|AHAS ACETOHYDROXYACID SYNTHASE (EC 4.1.3.18)from + Gossypium hirsutum (Upland cotton) (659 aa), FASTA scores: + opt: 278, E(): 5.8e-08, (26.15% identity in 558 aa + overlap); etc. Note that other Mycobacterium tuberculosis + proteins, e.g. + O53250|MTV012.17c|ILVB_MYCTU|Rv3003c|MT3083|MTV012.17c, + show better similarity to Acetolactate synthase I. SIMILAR + TO OTHER ENZYMES WHICH REQUIRE TPP. COFACTOR: THIAMIN + PYROPHOSPHATE (BY SIMILARITY). Protein product from + Mb3539c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3539c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETOHYDROXYACID SYNTHASE ILVX + (ACETOLACTATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02166.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y507" + /db_xref="InterPro:IPR011766" + /db_xref="InterPro:IPR012001" + /db_xref="InterPro:IPR029061" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y507" + /translation="MNGAQALINTLVDGGVDVCFANPGTSEMHFVAALDAVPRMRGML + TLFEGVATGAADGYARIAGRPAAVLLHLGPGLGNGLANLHNARRARVPMVVVVGDHAT + YHKKYDAPLESDIDAVAGTVSGWVRRTEAAADVGADAEAAIAASRSGSQIATLILPAD + VCWSDGAHAAAGVPAQAAAAPVDVGPVAGVLRSGEPAMMLIGGDATRGPGLTAAARIV + QATGARWLCETFPTCLERGAGIPAVERLAYFAEGAAAQLDGVKHLVLAGARSPVSFFA + YPGMPSDLVPAGCEVHVLAEPGGAADALAALADEVAPGTVAPVAGASRPQLPTGDLTS + VSAADVVGALLPERAIVVDESNTCGVLLPQATAGAPAHDWLTLTGGAIGYGIPAAVGA + AVAAPDRPVLCLESDGSAMYTISGLWSQARENLDVTTVIYNNGAYDILRIELQRVGAG + SDPGPKALDLLDISRPTMDFVKIAEGMGVPARRVTTCEEFADALRAAFAEPGPHLIDV + VVPSLVG" + gene complement(3887071..3887907) + /locus_tag="BQ2027_MB3540C" + CDS complement(3887071..3887907) + /locus_tag="BQ2027_MB3540C" + /note="Mb3540c, -, len: 278 aa. Equivalent to Rv3510c, + len: 278 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 278 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q50662|Rv2303c|MTCY339.06 + HYPOTHETICAL 34.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (307 aa), FASTA scores: opt: 416, E(): + 1.2e-19, (35.7% identity in 255 aa overlap). Middle of the + putative protein highly similar to N-terminal end of + Q49860|B229_C2_182 HYPOTHETICAL 11.0 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (95 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): + 7.9e-13, (83.65% identity in 55 aa overlap). Also some + similarity with other bacterial proteins e.g. P95886 ORF + C02006 from Sulfolobus solfataricus (269 aa), FASTA + scores: opt: 293, E(): 9.6e-12, (31.3% identity in 198 aa + overlap); Q9XDF3|NONC NONC PROTEIN from Streptomyces + griseus subsp. griseus (317 aa), FASTA scores: opt: 270, + E(): 3.4e-10, (29.95% identity in 227 aa overlap); + Q54229|NONR MACROTETROLIDE ANTIBIOTIC-RESISTANCE PROTEIN + from Streptomyces griseus (347 aa), FASTA scores: opt: + 270, E(): 3.6e-10, (29.95% identity in 227 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3540c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3540c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Amidohydrolase family protein" + /protein_id="SIU02167.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4C3" + /db_xref="InterPro:IPR006680" + /db_xref="InterPro:IPR032465" + /db_xref="InterPro:IPR032466" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C3" + /translation="MTIDVWMQHPTQRFLHGDMFASLRRWTGGSIPETDIPIEATVSS + MDAGGVTLGLLSAWRGPNGQDLISNDAVAEWVRLYPNRFAGLAAVDLDRPMAAVRELR + RRVGEGFVGLRVVPWLWGAPPTDRRYYPLFAECVQSAVPFCTQVGHTGPLRPSETGRP + IPYIDQVALDFPELVIVCGHVGYPWTEEMVAVARKHENVYIDTSAYTIKRLPGKLVRF + MKTDTGQRKVLFGTNYPMIAHTHALTGLDELGLSDEARRDFLHGNAVRVFKLDPRGKV + QT" + gene 3888267..3894083 + /gene="PE_PGRS55" + /locus_tag="BQ2027_MB3541" + CDS 3888267..3894083 + /gene="PE_PGRS55" + /locus_tag="BQ2027_MB3541" + /note="Mb3541, PE_PGRS55, len: 1938 aa. Equivalent to + Rv3511 and Rv3512, len: 714 aa and 1079 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (99.4% identity + in 706 aa overlap and 96.0% identity in 1117 aa overlap). + Rv3511: Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, similar to + others from Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and + CDC1551 e.g. AAK47974|MT3615.3 (1217 aa) FASTA scores: + opt: 2563, E(): 1.5e-94, (59.65% identity in 773 aa + overlap); and upstream O53553|Rv3508|MTV023.15 (1901 aa), + FASTA scores: opt: 2455, E(): 3.9e-90, (60.4% identity in + 737 aa overlap); etc. Contains PS00583 pfkB family of + carbohydrate kinases signature 1. Rv3512: Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins, similar to others from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. + AAK47974|MT3615.3 (1217 aa) FASTA scores: opt: 3688, E(): + 4.5e-130, (53.95% identity in 1136 aa overlap); and + downstream O53559|Rv3514|MTV023.21 (1489 aa), FASTA + scores: opt: 3611, E(): 3.6e-127, (53.15% identity in 1195 + aa overlap); etc. Frameshifted PGRS protein, could be + continuation of upstream MTV023.18, but no error could be + found. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis H37Rv, PE_PGRS55 and PE_PGRS56 exist as 2 + genes. In Mycobacterium bovis, a 344 bp insertion results + in a single product which is more similar to PE_PGRS55. + There are also 3 additional in-frame insertions of 9 bp + each (*-accggcgga, *-cggcaacgg and *-cggcggtac) and 2 + substitutions compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv. Mb3541 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs56" + /protein_id="SIU02168.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H8" + /translation="MSFVLISPEVVSAAAGDLANVGSTISAANKAAAAATTQVLAAGA + DEVSARIAALFGMYGLEYQAISAQVAAYHQQFVQTLRTGAASYMLAEATNVEQNLLNL + INAPTQTLLGRPLIGDGANATTPGGAGGDGGLLFGSGGNGAPGAPGQAGGAGGSAGLL + GNGGSGGAGGTGAPGGNGGNAGWLYGRGGVGGAGGIGGGTGGAGGHAWLFGHGGTGGI + GGGPGGNGGWLLGNGGHGGAGGIGGGSGGAGGNGGWLLGNGGIGGAGGTGGGAGGTGG + NAAWLLGGGGTGGAGGIGGGNGGHGGNGGWLLGNGGNGGLGGDGDGGTGGGHGGNGGN + PGWLLGTAGGGGNGGAGSTGTAGGGSGGTGGDGGTGGRGGLLMGAGAGGHGGTGGAGG + AGVDGGGAGGAGGAGGNGGAGGQAALLFGRGGTGGAGGYGGDGGGGGDGFDGTMAGLG + GTGGSGGTGGDGGAPGNGGAGGAGQLLSHSGVAGASGKGGAGGTGGNGGAGSAGADAP + AGSGAMGSTGFAGGAGGDGGNGGGSGASQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGAGMNSLDPLL + AAQDGGQGGTGGTGGNAGAGGTGFTQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGT + TGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGGQQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGAGMNSLDPLLA + AQDGGQGGTGGTGGNAGAGGTGFTQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGTT + GGAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGGQQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGAGMNSLDPLLAA + QDGGQGGTGGTGGNAGAGGTGFTQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGTTG + GAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGGQQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGDGALAGSSGGAGG + KGGNGGDAGKAGTGSAPGTAGTGGDGGKGGNGGIGAAGTTGPVGTGASGGTGGSGGAG + GTGGDGGAANGGTAGAGGAGGNGGKGGDGGAGVTSSTAGNSGGAGGSGGKGGDAGAGG + AGATPGANGIAGNGGDGGDGAAGAVGISGATGAGDGGHGGTGGAGGNGGTGGAGGSGI + DGVGGGTGGTGGNGGNGAIGGAGGDAGGSGNSGGNGGTGGKGGNAGAGGAAGSNGGTV + GANGTGGDGGNGGAAGAATAGSNGGAGTGSAGGNGGTGGRGGSGGAGGDGIGGVGGGK + GGNGADGEVGGAGGAGGSGPNTSPGGNGGQGGQGGSGGAGGAAGAGGAGGGANGTAGN + GGQGGAGGTGGAGAASSATNGGSGGAGGTGGAGGTGGAGGDGVGGAGGGNGGHGGDAG + DGGNGANGNNRSSGSFLAAGGTGGAAGDGGQGGQGGAGGGAGGQGGAGGAGGTGGNGG + NITGGTAGTAGAAGNGGAAGKGGAGGQGGTGGGTGGQGGAGGDGGAGGTGGDRTVGGG + TVPAGSGGQGGNAGGGGAGGQGGADGGSGGDGGDAGTGGNGGNGGNRNSGNGTGGAGG + NGGGGANGGAGGAGGSGGGTGGNGGAGGDAGDAGNGGNGNGTGNGGNGGNGGIAGMGG + NGGAGTGSGNGGNGGSGGNGGNAGMGGNSGTGSGDGGAGGNGGAAGTGGTGGDGGLTG + TGGTGGSGGTGGDGGNGGNGGNGADNTANMTAQAGGDGGNGGDGGFGGGAGAGGGGLT + AGANGTGGQGGAGGDGGNGAIGGHGPLTDDPGGNGGTGGNGGTGGTGGAGIGSLGGGT + GGDGGNGGTGGNGGTGGEGGEVGGAGGTGGAAGNGGDGGTGGTGGGDGGAGGTGGTGG + TGGLGDPRVGGSGGDGGTGGSGGAAGNGGNGGNAGAGGNGNGGTGGAGGIGGTGGNGG + DAEPGVPPGAGGAGGAGTTGGKGGTGGNGSGTGSGGTGGDGGTGGGGGNGGTGWNGGK + GDTGSGGGAGDGGKAPAGGTGGAGGDGGAGGKGGSGGV" + gene complement(3894212..3894868) + /gene="fadD18" + /locus_tag="BQ2027_MB3542C" + CDS complement(3894212..3894868) + /gene="fadD18" + /locus_tag="BQ2027_MB3542C" + /note="Mb3542c, fadD18, len: 218 aa. Equivalent to + Rv3513c, len: 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 218 aa overlap). + Probable fadD18, fatty-acid-CoA synthetase (C-terminal + fragment) (EC 6.2.1.-), almost identical to C-terminal end + of downstream O53560|FADD19|Rv3515c|MTV023.22c, probably + result of partial gene duplication. Also similar at the + C-terminus to other fatty-acid-CoA synthetases e.g. + Q9EXL2|FADD from Streptomyces griseus (540 aa), FASTA + scores: opt: 586, E(): 1.2e-28, (52.45% identity in 185 aa + overlap); AAB87139|MIG MEDIUM CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE + PRECURSOR from Mycobacterium avium (550 aa), FASTA scores: + opt: 506, E(): 9.5e-24, (50.0% identity in 150 aa + overlap); Q9A7C3|CC1801 PUTATIVE 4-COUMARATE--COA LIGASE + from Caulobacter crescentus (561 aa), FASTA scores: opt: + 430, E(): 4.4e-19, (45.75% identity in 153 aa overlap); + Q9KDT0|BH1131 ACID-COA LIGASE from Bacillus halodurans + (546 aa), FASTA scores: opt: 338, E(): 1.9e-13, (38.05% + identity in 142 aa overlap); Q9RTR4|DR1692 LONG-CHAIN + FATTY ACID--COA LIGASE from Deinococcus radiodurans (584 + aa), FASTA scores: opt: 331, E(): 5.3e-13, (35.15% + identity in 145 aa overlap); etc. Start uncertain." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD18 (FRAGMENT) + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02169.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4G0" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G0" + /translation="MAASLSENLSCHSSNMCRLSGNAATNLERPGEEPPGDRCTRRQA + VRPARTLAKKGNIPVGYYKDEKKTAETFRTINGVRYAIPGDYAQVEEDGTVTMLGRGS + VSINSGGEKVYPEEVEAALKGHPDVFDALVVGVPDPRYGQQVAAVVQARPGCRPSLAE + LDSFVRSEIAGYKVPRSLWFVDEVKRSPAGKPDYRWAKEQTEARPADDVHAGHVTSGS + " + gene 3894914..3897892 + /gene="PE_PGRS57" + /locus_tag="BQ2027_MB3543" + CDS 3894914..3897892 + /gene="PE_PGRS57" + /locus_tag="BQ2027_MB3543" + /note="Mb3543, PE_PGRS57, len: 992 aa. Similar to Rv3514, + len: 1489 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (80.6% identity in 1133 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins, similar to others from Mycobacterium + tuberculosis strains H37Rv and CDC1551 e.g. AAK47971 (1715 + aa) FASTA scores: opt: 6940, E(): 0, (67.0% identity in + 1713 aa overlap); and upstream + O53553|YZ08_MYCTU|Rv3508|MTV023.15 (1901 aa), FASTA + scores: opt: 6598,E(): 0, (71.05% identity in 1533 aa + overlap). Contains two PS00583 pfkB family of carbohydrate + kinases signatures 1. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, insertions of 9 bp (*-gcgggcggc) and + 285 bp, and deletions of 240 bp, 951 bp and 609 bp, lead + to shorter product compared to the homolog in + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (992 aa versus + 1489 aa). Mb3543 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs57" + /protein_id="SIU02170.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C9" + /translation="MSFVLIAPEFVTAAAGDLTNLGSSISAANASAASATTQVLAAGA + DEVSARIAALFGGFGLEYQAISAQVAAYHQRFVQALSTGAGAYASAEAAAAEQIVLGV + INAPTQALLGRPLIGDGANATTPGGAGGAGGLLFGNGGAGAAGAPGQAGGPGGPAGLW + GNGGPGGAGGSGGGTGGAGGAGGWLFGVGGAGGVGGAGGGTGGAGGPGGLIWGGGGAG + GVGGAGGGTGGAGGRAELLFGAGGAGGAGGAGTDGGPGATGGTGGHGGVGGDGGWLAP + GGAGGAGGQGGAGGAGSDGGALGGTGGTGGTGGAGGAGGRGALLLGAGGQGGLGGAGG + QGGMGGAGGAGADNPTGIGGTGGDGGTGGSAGEGGAGGAAGQLFSASGAAGNAGVGGA + GGQGGDGGAGGAGADADQPGATGGTGFAGGAGGAGGAGGSSGAGGTNGSGGAGGTGGQ + GGMGGAGGAGADNPTGIGGTGGDGGTGGAAGAGGAGGAAGTGGTGGMIGTTGNAGVGG + AGGQGGDGGAGGAGADADQPGATGGTGFAGGAGGAGGAGGSSGAGGTNGSGGAGGTGG + QGGAGGAGGAGADNPTGIGGTGGDGGTGGAAGAGGAGGAAGTGGTGGMIGTTGNAGVG + GAGGQGGDGGAGGAGGAGGSSGAGGTNGSGGAGGTGGQGGAGGAGGAGADNPTGIGGT + GGDGGTGGAAGAGGAGGAAGTGGTGGMIGTTGNAGVGGAGGQGGDGGAGGAGADADQP + GATGGTGFAGGAGGAGGAGGSSGAGGTNGSGGAGGTGGQGGAGGAGISFSNGSNGGTG + GTGGVGGTGGDGGNAGTGAGDPGKGGTGGTGGSGGAGGSGGANFNGGTGGTGGTGGTG + GKGGMGGIAGDGGPGGDGGNAGVGGKGGTNGNGGSGGTGGTGGPGGSGGAPTGSGTGG + KGGAGGDGGDGADGGAATGVGDGGDGGNGGNGGNGGTGVGSPGGLGGAGGTGGLGGAG + AGGGADGDDGDDGQPGNNGS" + gene complement(3898453..3900099) + /gene="fadD19" + /locus_tag="BQ2027_MB3544C" + CDS complement(3898453..3900099) + /gene="fadD19" + /locus_tag="BQ2027_MB3544C" + /note="Mb3544c, fadD19, len: 548 aa. Equivalent to + Rv3515c, len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 548 aa overlap). + Probable fadD19, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), + similar (or with similarity) to many e.g. Q9EXL2|FADD FADD + PROTEIN from Streptomyces griseus (540 aa), FASTA scores: + opt: 1449, E(): 1.5e-81, (46.0% identity in 535 aa + overlap); AAB87139|MIG MEDIUM CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE + PRECURSOR from Mycobacterium avium (550 aa), FASTA scores: + opt: 1226, E(): 7.6e-68, (40.7% identity in 543 aa + overlap); Q9A7C3|CC1801 PUTATIVE 4-COUMARATE--COA LIGASE + from Caulobacter crescentus (561 aa), FASTA scores: opt: + 979, E(): 1.2e-52, (34.05% identity in 531 aa overlap); + O28502|AF1772 LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE (FADD-7) + from Archaeoglobus fulgidus (569 aa), FASTA scores: opt: + 560, E(): 6.9e-27, (29.3% identity in 543 aa overlap); + Q9A8N2|CC1321 LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE from + Caulobacter crescentus (583 aa), FASTA scores: opt: 544, + E(): 6.7e-26, (27.2% identity in 518 aa overlap); + P29212|LCFA_ECOLI|FADD|OLDD|B1805 + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE from Escherichia coli + strain K12 (561 aa), FASTA scores: opt: 460, E(): 4e-22, + (26.3% identity in 567 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. Note that upstream + MTV023.20c|Rv3513c|fadD18 is identical to C-terminal part + of FADD19|Rv3515c|MTV023.22c (probably result of partial + gene duplication). Protein product from Mb3544c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-coa ligase fadd19 (fatty-acid-coa + synthetase) (fatty-acid-coa synthase)" + /protein_id="SIU02171.1" + /db_xref="GOA:Q7TWB7" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TWB7" + /translation="MAVALNIADLAEHAIDAVPDRVAVICGDEQLTYAQLEDKANRLA + HHLIDQGVQKDDKVGLYCRNRIEIVIAMLGIVKAGAILVNVNFRYVEGELRYLFDNSD + MVALVHERRYADRVANVLPDTPHVRTILVVEDGSDQDYRRYGGVEFYSAIAAGSPERD + FGERSADAIYLLYTGGTTGFPKGVMWRHEDIYRVLFGGTDFATGEFVKDEYDLAKAAA + ANPPMIRYPIPPMIHGATQSATWMALFSGQTTVLAPEFNADEVWRTIHKHKVNLLFFT + GDAMARPLVDALVKGNDYDLSSLFLLASTAALFSPSIKEKLLELLPNRVITDSIGSSE + TGFGGTSVVAAGQAHGGGPRVRIDHRTVVLDDDGNEVKPGSGMRGVIAKKGNIPVGYY + KDEKKTAETFRTINGVRYAIPGDYAQVEEDGTVTMLGRGSVSINSGGEKVYPEEVEAA + LKGHPDVFDALVVGVPDPRYGQQVAAVVQARPGCRPSLAELDSFVRSEIAGYKVPRSL + WFVDEVKRSPAGKPDYRWAKEQTEARPADDVHAGHVTSGG" + gene 3900173..3900964 + /gene="echA19" + /locus_tag="BQ2027_MB3545" + CDS 3900173..3900964 + /gene="echA19" + /locus_tag="BQ2027_MB3545" + /note="Mb3545, echA19, len: 263 aa. Equivalent to Rv3516, + len: 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 263 aa overlap). Possible echA19, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to other e.g. + Q9ZHG2|ECHA1 from Rhodococcus fascians (275 aa) FASTA + scores: opt: 613, E(): 6.4e-32, (45.15% identity in 259 aa + overlap); P76082|PAAF_ECOLI|B1393 from Escherichia coli + strain K12 (255 aa), FASTA scores: opt: 523, E(): 3.3e-26, + (33.6% identity in 256 aa overlap); Q9I393|PA1629 from + Pseudomonas aeruginosa (261 aa), FASTA scores: opt: 475, + E(): 3.8e-23, (36.85% identity in 247 aa overlap); etc. + Also similar to many carnitine racemases eg + BAB52369|MLL6015 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (257 aa), FASTA scores: opt: 546, E(): 1.1e-27, (36.65% + identity in 251 aa overlap). Similar to several putative + enoyl-CoA hydratases from Mycobacterium tuberculosis, e.g. + P96404|ECHA1|Rv0222|MTCY08D5.17 (262 aa), FASTA scores: + opt: 630, E(): 5.1e-33, (44.5% identity in 254 aa + overlap); and O53783|ECHA5|Rv0675|MTV040.03 (263 aa) FASTA + scores: opt: 499, E(): 1.1e-24, (40.5% identity in 252 aa + overlap). COULD BELONG TO THE ENOYL-COA + HYDRATASE/ISOMERASE FAMILY. Protein product from Mb3545 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3545 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA19 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU02172.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4G3" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G3" + /translation="MESGPDALVERRGHTLIVTMNRPAARNALSTEMMRIMVQAWDRV + DNDPDIRCCILTGAGGYFCAGMDLKAATQKPPGDSFKDGSYDPSRIDALLKGRRLTKP + LIAAVEGPAIAGGTEILQGTDIRVAGESAKFGISEAKWSLYPMGGSAVRLVRQIPYTL + ACDLLLTGRHITAAEAKEMGLIGHVVPDGQALTKALELADAISANGPLAVQAILRSIR + ETECMPENEAFKIDTQIGIKVFLSDDAKEGPRAFAEKRAPNFQNR" + gene 3901060..3901899 + /locus_tag="BQ2027_MB3546" + CDS 3901060..3901899 + /locus_tag="BQ2027_MB3546" + /note="Mb3546, -, len: 279 aa. Equivalent to Rv3517, len: + 279 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 279 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to several hypothetical mycobacterial proteins + e.g. P71763|Rv1482c|MTCY277.03c from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (339 aa) (alias AAK45794|MT1529 + from M. tuberculosis strain CDC1551 (292 aa) but longer) + FASTA scores: opt: 1040, E(): 3.7e-60, (59.0% identity in + 273 aa overlap); O07396|MAV346 from M. avium (346 aa) + FASTA scores: opt: 1018, E(): 1e-58, (57.2% identity in + 278 aa overlap); O53421|Rv1073|MTV017.26 from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (283 aa), FASTA + scores: opt: 903, E(): 2.4e-51, (48.0% identity in 277 aa + overlap); Q50134|U650AG|MLCB57.67c from Mycobacterium + leprae (75 aa) FASTA scores: opt: 158, E(): 0.0015, (41.8% + identity in 55 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02173.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4C7" + /translation="MIEPFLGSEAIASGALTRHRLRSAYATIHPDVYVSPGADLTAWS + RAQAAWLWSRRRGVIAGQSAAAMHGAKWVDARQAAELLYDHRRPPAGIHTWSDRVADD + EIQPISGMNTTTPARTALDLARRYPVGKAVAAIDALARATDLKLADVEMLAERYRGSR + GIRNARIALDLVDPGAESPRETWLRLLLIRAGFPRPQTQIPVYDEYGQLVAVIDMGWA + GIKVGVDYEGDHHRTDRRTFNKDIKRAEALTELGWTDVRVTVEDTEGGIIWRVSAAWQ + RRT" + gene complement(3901954..3902535) + /gene="cyp142b" + /locus_tag="BQ2027_MB3547C" + CDS complement(3901954..3902535) + /gene="cyp142b" + /locus_tag="BQ2027_MB3547C" + /note="Mb3547c, cyp142b, len: 193 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3518c, len: 398 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 193 aa overlap). + Probable cyp142, cytochrome P450 monoxygenase (EC + 1.14.-.-), member of Cytochrome P450 family and similar to + many e.g. Q9L465|CYP162A1|NIKQ from Streptomyces tendae + (396 aa) FASTA scores: opt: 798, E(): 2e-43, (36.7% + identity in 403 aa overlap); P33271|CPXK_SACER|CYP107B1 + from Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) + (405 aa), FASTA scores: opt: 725, E(): 9.1e-39, (37.1% + identity in 407 aa overlap); Q9X8Q3|CYP107P1|SCH10.14c + from Streptomyces coelicolor (411 aa), FASTA scores: opt: + 691, E(): 1.3e-36, (37.2% identity in 317 aa overlap); + etc. Also similar to + Q50696|C124_MYCTU|CYP124|Rv2266|MT2328|MTCY339.44c from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (428 aa) FASTA + scores: opt: 692, E(): 1.2e-36, (36.8% identity in 402 aa + overlap). Equivalent to AAK47979 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (372 aa) but longer 26 aa. + Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand + signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, cyp142 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits cyp142 into 2 parts, cyp142a and + cyp142b. Protein product from Mb3547c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3547c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE 142 + CYP142B [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02174.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F0" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F0" + /translation="MSSEVDGERLSDDELVMETLLILIGGDETTRHTLSGGTEQLLRN + RDQWDLLQRDPSLLPGAIEEMLRWTAPVKNMCRVLTADTEFHGTALCAGEKMMLLFES + ANFDEAVFCEPEKFDVQRNPNSHLAFGFGTHFCLGNQLARLELSLMTERVLRRLPDLR + LVADDSVLPLRPANFVSGLESMPVVFTPSPPLG" + gene complement(3902532..3903149) + /gene="cyp142a" + /locus_tag="BQ2027_MB3548C" + CDS complement(3902532..3903149) + /gene="cyp142a" + /locus_tag="BQ2027_MB3548C" + /note="Mb3548c, cyp142a, len: 205 aa. Equivalent to 5' end + of Rv3518c, len: 398 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 197 aa overlap). + Probable cyp142, cytochrome P450 monoxygenase (EC + 1.14.-.-), member of Cytochrome P450 family and similar to + many e.g. Q9L465|CYP162A1|NIKQ from Streptomyces tendae + (396 aa) FASTA scores: opt: 798, E(): 2e-43, (36.7% + identity in 403 aa overlap); P33271|CPXK_SACER|CYP107B1 + from Saccharopolyspora erythraea (Streptomyces erythraeus) + (405 aa), FASTA scores: opt: 725, E(): 9.1e-39, (37.1% + identity in 407 aa overlap); Q9X8Q3|CYP107P1|SCH10.14c + from Streptomyces coelicolor (411 aa), FASTA scores: opt: + 691, E(): 1.3e-36, (37.2% identity in 317 aa overlap); + etc. Also similar to + Q50696|C124_MYCTU|CYP124|Rv2266|MT2328|MTCY339.44c from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (428 aa) FASTA + scores: opt: 692, E(): 1.2e-36, (36.8% identity in 402 aa + overlap). Equivalent to AAK47979 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (372 aa) but longer 26 aa. + Contains PS00086 Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand + signature. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, cyp142 exists as a single gene. + In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits cyp142 into 2 parts, cyp142a and + cyp142b. Mb3548c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE 142 + CYP142A [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02175.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y628" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y628" + /translation="MTEAPDVDLADGNFYASREARAAYRWMRANQPVFRDRNGLAAAS + TYQAVIDAERQPELFSNAGGIRPDQPALPMMIDMDDPAHLLRRKLVNAGFTRKRVKDK + EASIAALCDTLIDAVCERGECDFVRDLAAPLPMAVIGDMLGVRPEQRDMFLRWSDDLV + TFLSSHVSQEDFQITMDAFAAYNDFTRATIAARRADPPTTWSACW" + gene 3903178..3903888 + /locus_tag="BQ2027_MB3549" + CDS 3903178..3903888 + /locus_tag="BQ2027_MB3549" + /note="Mb3549, -, len: 236 aa. Equivalent to Rv3519, len: + 236 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 236 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. The C-terminal end is highly similar to + N-terminal end of AAK47980|MT3620 HYPOTHETICAL 7.8 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (73 + aa), FASTA scores: opt: 279, E(): 9.4e-12, (95.65% + identity in 46 aa overlap). Start uncertain. Protein + product from Mb3549 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3549 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Carboxy-Lyase" + /protein_id="SIU02176.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y513" + /db_xref="InterPro:IPR010451" + /db_xref="InterPro:IPR023375" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y513" + /translation="MPVSQHTIAGTVLTMPVRIRTANLHSAMFSVPADPAQRLIDYSG + LRVCEYLPGKAIVMQMLVRYVDGDLGRYHEYGTAIMVNPPGTQRRGPRALTRAAAFIH + HLPVDQVFTLEAGRTIWGFPKIMADFNVTDGRRFGFDVSADGRLIAGIEFSTGLPVPT + LGWQMLKTYSHHDGVTREIPWEMKVSGLRARLGGARLRLGDHPYAKELASLGLPKRAL + LSQSAANVEMTFGDGHPI" + gene complement(3903953..3904996) + /locus_tag="BQ2027_MB3550C" + CDS complement(3903953..3904996) + /locus_tag="BQ2027_MB3550C" + /note="Mb3550c, -, len: 347 aa. Equivalent to Rv3520c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Possible coenzyme + F420-dependent oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + Q9CCV8|ML0348 POSSIBLE COENZYME F420-DEPENDENT + OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium leprae (350 aa), FASTA + scores: opt: 2029, E(): 9.1e-120, (86.85% identity in 342 + aa overlap). Similar to many coenzyme F420-dependent + enzymes (and other proteins) e.g. Q9AD98|SCI52.11c + PUTATIVE ATP/GTP-BINDING PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (351 aa), FASTA scores: opt: 859, E(): 1.6e-46, + (41.9% identity in 346 aa overlap); Q9X7Y1|SC6A5.35 + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor (341 + aa), FASTA scores: opt: 800, E(): 7.9e-43, (38.95% + identity in 339 aa overlap); Q9ZA30|GRA-ORF29 PUTATIVE + FMN-DEPENDENT MONOOXYGENASE from Streptomyces + violaceoruber (343 aa), FASTA scores: opt: 354, E(): + 6.7e-15, (34.2% identity in 336 aa overlap); Q49598|MER + COENZYME F420-DEPENDENT + N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE from + Methanopyrus kandleri (349 aa), FASTA scores: opt: 283, + E(): 1.9e-10, (26.75% identity in 329 aa overlap); + Q58929|MER|MJ1534 F420-DEPENDENT + METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE from + Methanococcus jannaschii (331 aa), FASTA scores: opt: 227, + E(): 5.8e-07, (26.35% identity in 334 aa overlap); + O27784|MTH1752 COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENE + TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE from Methanobacterium + thermoautotrophicum (321 aa), FASTA scores: opt: 207, E(): + 1e-05, (27.4% identity in 336 aa overlap); etc. Also + similar to Q11030|YD60_MYCTU|Rv1360|MT1405|MTCY02B10.24 + HYPOTHETICAL 37.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (340 aa), FASTA scores: opt: 313, E(): + 2.5e-12, (28.0% identity in 311 aa overlap). Protein + product from Mb3550c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3550c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE COENZYME F420-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02177.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D5" + /db_xref="InterPro:IPR011251" + /db_xref="InterPro:IPR019951" + /db_xref="InterPro:IPR036661" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D5" + /translation="MEAGMKLGLQLGYWGAQPPQNHAELVAAAEDAGFDTVFTAEAWG + SDAYTPLAWWGSSTQRVRLGTSVIQLSARTPTACAMAALTLDHLSGGRHILGLGVSGP + QVVEGWYGQRFPKPLARTREYIDIVRQVWARESPVTSAGPHYRLPLTGEGTTGLGKAL + KPITHPLRADIPIMLGAEGPKNVALAAEICDGWLPIFYSPRMAGMYNEWLDEGFARPG + ARRSREDFEICATAQVVITDDRAAAFAGIKPFLALYMGGMGAEETNFHADVYRRMGYT + QVVDEVTKLFRSGRKDEAAEIIPDELVDDAVIVGDIDHVRKQMAVWEAAGVTMMVVTA + GSAEQVRDLAALV" + gene 3905149..3906060 + /locus_tag="BQ2027_MB3551" + CDS 3905149..3906060 + /locus_tag="BQ2027_MB3551" + /note="Mb3551, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv3521, len: + 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 303 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to (although longer than) other conserved + hypothetical proteins e.g. O29296|AF0966 from + Archaeoglobus fulgidus (176 aa), FASTA scores: opt: 286, + E(): 5.4e-11, (31.15% identity in 170 aa overlap); + O30036|AF0203 from Archaeoglobus fulgidus (149 aa) FASTA + scores: opt: 259, E(): 2.3e-09, (33.8% identity in 142 aa + overlap); O29297|AF0965 from Archaeoglobus fulgidus (154 + aa), FASTA scores: opt: 241, E(): 3.2e-08, (31.4% identity + in 137 aa overlap); Q9Y995|APE2390 from Aeropyrum pernix + (157 aa), FASTA scores: opt: 204, E(): 6.8e-06, (27.45% + identity in 153 aa overlap); BAB60424|TVG1322512 from + Thermoplasma volcanium (164 aa), FASTA scores: opt: 183, + E(): 0.00015, (29.75% identity in 148 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK47982 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (334 aa) but shorter 31 aa. Protein product + from Mb3551 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3551 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted nucleic-acid-binding protein + containing a Zn-ribbon" + /protein_id="SIU02178.1" + /db_xref="InterPro:IPR002878" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J1" + /translation="MGPTLSRFFTALRARRIVGVRGSDGRVHVPPVEYDPVTYEPLSE + MVPVSSVGTVASWTWQPEPLAGQPLDRPFAWALIKLDGADTLLMHAVDVGTAGPSAIH + TGARVHAHWADQPVGAITDIACFALGETAEPVAAHKTEDARDPVTMIVTPIQLEIQHT + ASHEESAYLRAIAQGKLVGARTGKTGKVYFPPHGADPATGKPTSEFVELPDKGTVTTF + AIVNIPFLGQRIKPPYVAAYVLLDGADIPFLHLVSDVDAHQVRMGMRVEAVWKPRERW + GLGIDNIEYFRPTGEPDADYDTYKHHL" + gene 3906076..3907140 + /gene="ltp4" + /locus_tag="BQ2027_MB3552" + CDS 3906076..3907140 + /gene="ltp4" + /locus_tag="BQ2027_MB3552" + /note="Mb3552, -, len: 354 aa. Equivalent to Rv3522, len: + 354 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 354 aa overlap). Possible lipid carrier + protein or keto acyl-CoA thiolase (EC 2.3.1.16), similar + to several e.g. O30103|AF0134 3-KETOACYL-COA THIOLASE + (ACAB-4) from Archaeoglobus fulgidus (398 aa) FASTA + scores: opt: 352, E(): 5.3e-15, (30.45% identity in 381 aa + overlap); O29295|AF0967 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACAB-9) + from Archaeoglobus fulgidus (400 aa) FASTA scores: opt: + 312, E(): 1.8e-12, (28.05% identity in 367 aa overlap); + O29294|AF0968 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACAB-10) from + Archaeoglobus fulgidus (388 aa), FASTA scores: opt: 293, + E(): 2.9e-11, (25.9% identity in 309 aa overlap); + O58409|PH0676 LONG HYPOTHETICAL NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER + PROTEIN (ACETHYL CoA SYNTHETASE) (EC 6.2.1.-) from + Pyrococcus horikoshii (389 aa), FASTA scores: opt: 292, + E(): 3.3e-11, (25.8% identity in 368 aa overlap); + Q9Y9A3|APE2382 LONG HYPOTHETICAL NON SPECIFIC + LIPID-TRANSFER PROTEIN from Aeropyrum pernix (360 aa) + FASTA scores: opt: 270, E(): 7.8e-10, (27.25% identity in + 363 aa overlap); Q9YDI4|APE0929 LONG HYPOTHETICAL + NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN from Aeropyrum pernix + (400 aa), FASTA scores: opt: 258, E(): 4.9e-09, (26.45% + identity in 306 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb3552 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3552 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible lipid transfer protein or keto acyl-coa + thiolase ltp4" + /protein_id="SIU02179.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H2" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H2" + /translation="MSVRDIAVVGFAHAPHVRRTDGTTNGVEMLMPCFAQLYDELGIT + KADIGFWCSGSSDYLAGRAFSFISAIDSIGAVPPINESHVEMDAAWALYEAYIKLLTG + EVDTALVYGFGKSSAGTLRRVLSRQTDPYTVAPLWPDSVSMAGLQARLGLDSGKWTHE + QMARVAFDSFTNARRVDSVEPPITVGELLARPFFADPLRRHDIAPITDGAAAVVLAAD + NRARELRENPAWITGIEHRIESPALGARDITESPSTKLAAKIATGGHTGDIDVAEIHG + PFTHQHLIVAEAIRIPGKTKVNPSGGPLAANPMFAAGLERIGFAAQHIWDGSARRVLA + HATSGPALQQNLVAVMEGRG" + gene 3907157..3908341 + /gene="ltp3" + /locus_tag="BQ2027_MB3553" + CDS 3907157..3908341 + /gene="ltp3" + /locus_tag="BQ2027_MB3553" + /note="Mb3553, -, len: 394 aa. Equivalent to Rv3523, len: + 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 394 aa overlap). Probable lipid + carrier protein or keto acyl-CoA thiolase (EC 2.3.1.16), + similar to several e.g. O30037|AF0202 3-KETOACYL-COA + THIOLASE (ACAB-6) from Archaeoglobus fulgidus (380 aa) + FASTA scores: opt: 782, E(): 1.7e-40, (38.35% identity in + 386 aa overlap); Q9Y9A1|APE2384 LONG HYPOTHETICAL NON + SPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN (ACETHYL CoA SYNTHETASE) + (EC 6.2.1.-) from Aeropyrum pernix (394 aa), FASTA scores: + opt: 626, E(): 5.9e-31, (35.75% identity in 386 aa + overlap); BAB59210|TVG0067506 LIPID TRANSFER PROTEIN from + Thermoplasma volcanium (390 aa), FASTA scores: opt: 591, + E(): 8.1e-29, (34.35% identity in 384 aa overlap); + Q9YDI4|APE0929 LONG HYPOTHETICAL NONSPECIFIC + LIPID-TRANSFER PROTEIN from Aeropyrum pernix (400 aa) + FASTA scores: opt: 588, E(): 1.3e-28, (31.6% identity in + 408 aa overlap); O30104|AF0133 3-KETOACYL-COA THIOLASE + (ACAB-3) from Archaeoglobus fulgidus (411 aa) FASTA + scores: opt: 583, E(): 2.6e-28, (39.8% identity in 412 aa + overlap); O29811|AF0438 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACAB-8) + from Archaeoglobus fulgidus (387 aa), FASTA scores: opt: + 574, E(): 8.8e-28, (30.95% identity in 388 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3553 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3553 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable lipid carrier protein or keto acyl-coa + thiolase ltp3" + /protein_id="SIU02180.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D8" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D8" + /translation="MAGKLAAVLGTGQTKYVAKRQDVSMNGLVREAIDRALADSGSTF + DDIDAVVVGKAPDFFEGVMMPELFMADAMGATGKPLIRVHTAGSVGGSTGVVAASLVQ + SGKYRRVLALAWEKQSESNAMWALSIPVPFTKPVGAGAGGYFAPHVRAYIRRSGAPAH + IGAMVAVKDRLNGSRNPLAHLQQPDITLEKVMASQMLWDPIRFDETCPSSDGACAVVV + GDEEIADARLAQGHPVAWIHGTALRTEPLAFAGRDQVNPQAGRDAAAALWKAAGITSP + IDEIDAAEIYVPFSWFEPMWLENLGFAREGEGWKLTEAGETAIGGRLPVNPSGGVLSA + NPIGASGLIRFAEAAIQVMGKAEARQVPGARKALGHAYGGGSQYFSMWVVGCEKPKQA + AA" + gene 3908383..3909414 + /locus_tag="BQ2027_MB3554" + CDS 3908383..3909414 + /locus_tag="BQ2027_MB3554" + /note="Mb3554, -, len: 343 aa. Equivalent to Rv3524, len: + 343 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 343 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, showing some similarity to C-terminal + part of putative Mycobacterium tuberculosis proteins + O05871|P95308|PKND_MYCTU|Rv0931c|MT0958|MTCY08C9.08 + serine-threonine protein kinase PknD (EC 2.7.1.-) (664 aa) + FASTA scores: opt: 727, E(): 8.3e-36, (45.3% identity in + 298 aa overlap); O53893|Rv0980c|MTV044.08c PGRS-FAMILY + PROTEIN (457 aa), FASTA scores: opt: 208, E(): 4.4e-05, + (33.75% identity in 166 aa overlap); and + O53891|Rv0978c|MTV044.06c PGRS-FAMILY PROTEIN (331 aa) + FASTA scores: opt: 153, E(): 0.062, (30.75% identity in + 117 aa overlap). Contains PS00237 G-protein coupled + receptors signature. Protein product from Mb3554 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3554 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02181.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4G1" + /db_xref="InterPro:IPR001258" + /db_xref="InterPro:IPR013017" + /db_xref="InterPro:IPR035016" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G1" + /translation="MVKFTPDSQTSVLRAGKCSGTLSPSRSRLQRGSWPVDSERRRYG + WPRNRRTLAITGAAVVVVVTLAAIGYLIFEPKISGSSTSRQAASPTTPSPPSQVVVPI + DLWNPDGVTVDLADAVYVADSGHKRLLKLPAGSNTPTTLPFTDTIGPGGVAVNSNRDV + YVIDEDSHHVLKLAAGIEPPVELPFGSLGDAHGLAVDRSDSVYVVDYDNAKVLKLPPG + ADTPTELPFVGLDHPYDVAVDGAGTVYVTDSGHNRVVALTAGSATPVHLPFADLSFPA + GVTVDRDDSVYVADLNNNRVLKLAAGSNAQSQLPFTGLFSPTDVAVDNDGAVYVIDFY + NRMLKLPTA" + gene complement(3909428..3909952) + /locus_tag="BQ2027_MB3555C" + CDS complement(3909428..3909952) + /locus_tag="BQ2027_MB3555C" + /note="Mb3555c, -, len: 174 aa. Equivalent to Rv3525c, + len: 174 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 174 aa overlap). Possible + siderophore-binding protein, similar to ferripyochelin + binding proteins (and related) e.g. Q9RSN5|DR2089 + FERRIPYOCHELIN-BINDING PROTEIN from Deinococcus + radiodurans (240 aa), FASTA scores: opt: 472, E(): + 3.3e-21, (46.9% identity in 162 aa overlap); O59257|PH1591 + LONG HYPOTHETICAL FERRIPYOCHELIN BINDING PROTEIN from + Pyrococcus horikoshii (173 aa), FASTA scores: opt: 431, + E(): 6.7e-19, (40.0% identity in 170 aa overlap); + Q9V158|FBP|PAB0393 FERRIPYOCHELIN BINDING PROTEIN from + Pyrococcus abyssi (173 aa), FASTA scores: opt: 429, E(): + 8.9e-19, (39.4% identity in 170 aa overlap); + BAB47820|MLR0180 FERRIPYOCHELIN BINDING PROTEIN-LIKE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (175 aa), FASTA + scores: opt: 415, E(): 6.1e-18, (42.55% identity in 141 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3555c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3555c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE SIDEROPHORE-BINDING PROTEIN" + /protein_id="SIU02182.1" + /db_xref="InterPro:IPR001451" + /db_xref="InterPro:IPR011004" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H9" + /translation="MPLFSFEGRSPRIDPTAFVAPTATLIGDVTIEAGASVWFNAVLR + GDYAPVVVREGANVQDGAVLHAPPGIPVDIGPGATVAHLCVIHGVHVGSEALIANHAT + VLDGAVIGARCMIAAGALVVAGTQIPAGMLVTGAPAKVKGPIEGTGAEMWVNVNPQAY + RDLAARHLAGLEPM" + gene 3910067..3911227 + /gene="ksha" + /locus_tag="BQ2027_MB3556" + CDS 3910067..3911227 + /gene="ksha" + /locus_tag="BQ2027_MB3556" + /note="Mb3556, -, len: 386 aa. Equivalent to Rv3526, len: + 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 386 aa overlap). Hypothetical + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar, except in + C-terminus (also longer 69 aa), to O69348|ORF12 PROTEIN + (function unknown) from Rhodococcus erythropolis (316 aa) + FASTA scores: opt: 1137, E(): 6.9e-65, (59.6% identity in + 250 aa overlap). Also some similarity with several + aminopyrrolnitrin oxidases (PRND proteins, involved in the + pathway for pyrrolnitrin biosynthesis, a secondary + metabolite derived from tryptophan which has strong + anti-fungal activity) e.g. Q9RPG0|PRND from Myxococcus + fulvus (379 aa), FASTA scores: opt: 322, E(): 4.4e-13, + (25.85% identity in 352 aa overlap); Q9RPG4|PRND from + Burkholderia cepacia (Pseudomonas cepacia) (373 aa) FASTA + scores: opt: 306, E(): 4.5e-12, (25.2% identity in 373 aa + overlap); P95483|PRND from Pseudomonas fluorescens (363 + aa), FASTA scores: opt: 305, E(): 5.1e-12, (25.0% identity + in 372 aa overlap); etc. And also some similarity to other + putative enzymes like dioxygenases, oxidases, vanillate + O-demethyl oxygenase, etc. Protein product from Mb3556 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3556 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="oxygenase component of + 3-ketosteroid-9-alpha-hydroxylase ksha" + /protein_id="SIU02183.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4D7" + /db_xref="InterPro:IPR017941" + /db_xref="InterPro:IPR036922" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4D7" + /translation="MSTDTSGVGVREIDAGALPTRYARGWHCLGVAKDYLEGKPHGVE + AFGTKLVVFADSHGDLKVLDGYCRHMGGDLSEGTVKGDEVACPFHDWRWGGDGRCKLV + PYARRTPRMARTRSWTTDVRSGLLFVWHDHEGNPPDPAVRIPEIPEAASDEWTDWRWN + RILIEGSNCRDIIDNVTDMAHFFYIHFGLPTYFKNVFEGHIASQYLHNVGRPDVDDLG + TSYGEAHLDSEASYFGPSFMINWLHNRYGNYKSESILINCHYPVTQNSFVLQWGVIVE + KPKGMSEEMTDKLSRVFTEGVSKGFLQDVEIWKHKTRIDNPLLVEEDGAVYQLRRWYE + QFYVDVADIKPEMVERFEIEVDTKRANEFWNAEVEKNLKSREVSDDVPAEQH" + gene 3911233..3911682 + /locus_tag="BQ2027_MB3557" + CDS 3911233..3911682 + /locus_tag="BQ2027_MB3557" + /note="Mb3557, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv3527, len: + 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 149 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3557 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02184.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G4" + /translation="MPDDQPAVPDVDRLARSMLLLHGDHHDHNDSPEQHRTCGSWSKS + RDFADDPQRAAAVREASRAERDRYLTSGLQPVDCRFCHVTVTVKRLGPGHTAVQWNTE + ASRRCAYFTELRARGGDSARTRSCPRLTDSIEHAVAEGYLEHHDPNR" + gene complement(3912107..3912820) + /locus_tag="BQ2027_MB3558C" + CDS complement(3912107..3912820) + /locus_tag="BQ2027_MB3558C" + /note="Mb3558c, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv3528c, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 237 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3558c detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3558c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02185.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y636" + /translation="MMLDRLRQGGYWLVRGKINLIDRAFTSCRIESFADLGAVWGVEG + AYTFRALDKYPVKEAVLVDGRITPTVAARANSYPQLRVIEGNFGDQEIADKVGNVDAL + FLFDVLLHQVSPDWDTILDMYAKNVRCLLIYNQQWIGSTTTVRLLDLGEKHYFRNVPH + SKLNKAYRDLFQKLDKKHPDHDKPWRDIPDIWQWGITDADLESKASELGFKLLYKEDC + RGFGWLPNIQNRAFLFARQ" + gene complement(3913512..3914666) + /locus_tag="BQ2027_MB3559C" + CDS complement(3913512..3914666) + /locus_tag="BQ2027_MB3559C" + /note="Mb3559c, -, len: 384 aa. Equivalent to Rv3529c, + len: 384 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 384 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + Q50695|YM67_MYCTU|Rv2267c|MT2329|MTCY339.43 HYPOTHETICAL + 46.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (388 aa) + FASTA scores: opt: 261, E(): 1.6e-09, (27.25% identity in + 253 aa overlap). Protein product from Mb3559c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3559c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Sulfotransferase" + /protein_id="SIU02186.1" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y526" + /translation="MTRRPDRKDVATVDELHASATKLVGLDDFGTDDDNYREALGVLL + DAYQGEAGLTVLGSKMNRFFLRGALVARLLSQSAWKQYPEHVDVAIKRPIFVTGLVRT + GTTALHRLLGADPAHQGLHMWLAEYPQPRPPRETWESNPLYRQLDAQFTQHHAENPGY + TGLHFMAAYELEECWQLLRQSLHSVSYEALAHVPSYADWLSRQDWTPSYCRHRRNLQL + IGLNDAEKRWVLKNPSHLFALDALMATYPDALVVQTHRPVETIMASMCSLAQHTTEGW + STKFVGAQIGADAMDTWSRGLERFNAARAKYDSAQFYDVDYHDLIADPLGTVADIYRH + FGLTLSDEARQAMTTVHAESQSGARAPKHSYSLADYGLTVEMVKERFAGL" + gene complement(3914666..3915448) + /locus_tag="BQ2027_MB3560C" + CDS complement(3914666..3915448) + /locus_tag="BQ2027_MB3560C" + /note="Mb3560c, -, len: 260 aa. Equivalent to Rv3530c, + len: 260 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 260 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases and hypothetical proteins e.g. + BAB53258|Q987E5|MLL7083 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (258 aa), FASTA + scores: opt: 405, E(): 5.3e-18, (33.45% identity in 263 aa + overlap); Q9VNF3|CG12171 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (257 aa), FASTA + scores: opt: 404, E(): 6.1e-18, (32.8% identity in 256 aa + overlap); Q9A3X5|CC3076 OXIDOREDUCTASE (SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY) from Caulobacter + crescentus (254 aa), FASTA scores: opt: 400, E(): 1.1e-17, + (31.0% identity in 255 aa overlap); BAB50080|MLR3115 + DEHYDROGENASE from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (259 aa), FASTA scores: opt: 393, E(): 3e-17, (31.9% + identity in 254 aa overlap); Q9F5J1|SIM-NJ1|SIMD2 PUTATIVE + 3-KETO-ACYL-REDUCTASE from Streptomyces antibioticus (273 + aa), FASTA scores: opt: 388, E(): 6.3e-17, (31.6% identity + in 250 aa overlap); etc. Protein product from Mb3560c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3560c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02187.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E4" + /translation="MTGMLKRKVIVVSGVGPGLGTTLAHRCARDGADLVLAARSAERL + DDVAKQIIDTGRRAVAVRTDITDDDDVSNLVQATLAAYGKADVLINNAFRVPSMKPLA + GTTFEHIRDAIELSALGTLRLIQAFTPALAQSHGAIVNVNSMVIRHSQPKYGTYKMAK + SVLLAMSHSLATELGEQGIRVNSVAPGYIWGDTLKSYFDHQAGKYGTTVDQIYQATAA + NSDLKRLPTEDEVASAILFLASDLASGITGQTLDVNCGEYHT" + gene complement(3915445..3916572) + /locus_tag="BQ2027_MB3561C" + CDS complement(3915445..3916572) + /locus_tag="BQ2027_MB3561C" + /note="Mb3561c, -, len: 375 aa. Equivalent to Rv3531c, + len: 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 375 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3561c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3561c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to sulfotransferase activity" + /protein_id="SIU02188.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J9" + /translation="MYSDPLREAIAEAEQLVAAAPHIETEADLLEGLQYLAGCIAGCM + HLAFDYERDHPFLQSGTGPFTKMGLDNPDTLYFGTRLQANRDYVVSGRRGTTTDLSFQ + LLGGEYTDYNVPASQAAFDDRELDIAADGSFEWRLRPSAPGQLVIREVYGDWSQQRGT + LAIARLDTVGTAPPPLTRELMEKRYATAGSQLVNRVKTWLQFPQWFYLNIPVNTMVAP + RLTPGGLATQYSSAGHFELRPGQALVITVPVSDAPYLGFQLGSMWYISLDYINHQTSL + NASQAQADPDGKVRIVVAEQNPGVTNWVETLGHRRGFLQFRWQRVSRELTEADGPTVE + LVDFDAIPAALPHYQHNKISEDDWRARIALRQRQIATRMLG" + gene 3916971..3918191 + /gene="PPE61" + /locus_tag="BQ2027_MB3562" + CDS 3916971..3918191 + /gene="PPE61" + /locus_tag="BQ2027_MB3562" + /note="Mb3562, PPE61, len: 406 aa. Equivalent to Rv3532, + len: 406 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE protein family, similar to + many, e.g. O53956|Rv1807|MTV049.29 (403 aa), FASTA scores: + opt: 954, E(): 1.1e-43, (44.1% identity in 417 aa + overlap),Mb3562 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe61" + /protein_id="SIU02189.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR022171" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I7" + /translation="MFMDFAMLPPEVNSTRMYSGPGAGSLWAAAAAWDQVSAELQSAA + ETYRSVIASLTGWQWLGPSSVRMGAAVTPYVEWLTTTAAQARQTATQITAAATGFEQA + FAMTVPPPAIMANRAQVLSLIATNFFGQNTAAIAALETQYAEMWEQDATAMYDYAATS + AAARTLTPFTSPQQDTNSAGLPAQSAEVSRATANAGAADGNWLGNLLEEIGILLLPIA + PELTPFFLEAGEIVNAIPFPSIVGDEFCLLDGLLAWYATIGSINNINSMGTGIIGAEK + NLGILPELGSAAAAAAPPPADIAPAFLAPLTSMAKSLSDGALRGPGEVSAAMRGAGTI + GQMSVPPAWKAPAVTTVRAFDATPMTTLPGGDAPAAGVPGLPGMPASGAGRAGVVPRY + GVRLTVMTRPLSGG" + gene complement(3918333..3920081) + /gene="PPE62" + /locus_tag="BQ2027_MB3563C" + CDS complement(3918333..3920081) + /gene="PPE62" + /locus_tag="BQ2027_MB3563C" + /note="Mb3563c, PPE62, len: 582 aa. Equivalent to Rv3533c, + len: 582 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 582 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE protein family, similar to + many, e.g. O53309|Rv3159c|MTV014.03c (590 aa) FASTA + scores: opt: 2289, E(): 2.3e-95, (63.5% identity in 600 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe62" + /protein_id="SIU02190.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F2" + /translation="MNYAVLPPELNSLRMFTGAGSAPMLAAAVAWDGLAAELGSAASS + FGSVTSDLASQAWQGPAAAAMAAAAAPYAGWLSAAAARAAGAAAQAKAVASAFEAARA + ATVHPLLVAANRNAFAQLVMSNWFGLNAPLIAAVEGAYEQMWAADVAAMVGYHSGASA + AAEQLVPFQQALQQLPNLGIGNIGNANLGGGNTGDLNTGNGNIGNTNLGSGNRGDANL + GSGNIGNSNVGGGNVGNGNFGSGNGRAGLPGSGNVGNGNLGNSNLGSGNTGNSNVGFG + NTGNNNVGTGNAGSGNIGAGNTGSSNWGFGNNGIGNIGFGNTGNGNIGFGLTGNNQVG + IGGLNSGSGNIGLFNSGTNNVGFFNSGNGNLGIGNSSDANVGIGNSGATVGPFVAGHN + TGFGNSGSLNTGMGNAGGVNTGFGNGGAINLGFGNSGQLNAGSFNAGSINTGNFNSGQ + GNTGDFNAGVRNTGWSNSGLTNTGAFNAGSLNTGFGAVGTGSGPNSGFGNAGTNNSGF + FNTGVGSSGFQNGGSNNSGLQNAVGTVIAAGFGNTGAQTVGIANSGVLNSGFFNSGVH + NSGGFNSENQRSGFGN" + gene complement(3920180..3921220) + /gene="hsaf" + /locus_tag="BQ2027_MB3564C" + CDS complement(3920180..3921220) + /gene="hsaf" + /locus_tag="BQ2027_MB3564C" + /note="Mb3564c, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv3534c, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Probable + 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase (EC 4.1.3.-), highly + similar to others e.g. P51015|BPHI_PSESP from Pseudomonas + sp. strain LB400 (346 aa), FASTA scores: opt: 1150, E(): + 2.3e-61, (51.35% identity in 331 aa overlap); Q52040|BPHX3 + from Pseudomonas pseudoalcaligenes (346 aa), FASTA scores: + opt: 1147, E(): 3.5e-61, (51.35% identity in 331 aa + overlap); P51017|NAHM_PSEPU from Pseudomonas putida (346 + aa), FASTA scores: opt: 1145, E(): 4.7e-61, (50.9% + identity in 330 aa overlap) (see citation below); + P51020|MHPE_ECOLI|MHPF|B0352 from Escherichia coli strain + K12 (337 aa), FASTA scores: opt: 1133, E(): 2.4e-60, + (52.0% identity in 327 aa overlap); O24833|ATDG from + Acinetobacter sp (340 aa), FASTA scores: opt: 1132, E(): + 2.7e-60, (50.45% identity in 331 aa overlap); etc. Note + that also highly similar to Q9ZI56|NAHM + 2-OXO-4-HYDROXYPENTANOATE ALDOLASE from Pseudomonas + stutzeri (Pseudomonas perfectomarina) (346 aa) FASTA + scores: opt: 1168, E(): 2e-62, (51.05% identity in 331 aa + overlap) (see citation below). Protein product from + Mb3564c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3564c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 4-HYDROXY-2-OXOVALERATE ALDOLASE (HOA)" + /protein_id="SIU02191.1" + /db_xref="GOA:Q7TW97" + /db_xref="InterPro:IPR000891" + /db_xref="InterPro:IPR012425" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR017629" + /db_xref="InterPro:IPR035685" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TW97" + /translation="MTDMWDVRITDTSLRDGSHHKRHQFTKDEVGAIVAALDAAGVPV + IEVTHGDGLGGSSFNYGFSKTPEQELIKLAAATAKEARIAFLMLPGVGTKDDIKEARD + NGGSICRIATHCTEADVSIQHFGLARELGLETVGFLMMAHTIAPEKLAAQARIMADAG + CQCVYVVDSAGALVLDGVADRVSALVAELGEDAQVGFHGHENLGLGVANSVAAVRAGA + KQIDGSCRRFGAGAGNAPVEALIGVFDKIGVKTGIDFFDIADAAEDVVRPAMPAECLL + DRNALIMGYSGVYSSFLKHAVRQAERYGVPASALLHRAGQRKLIGGQEDQLIDIALEI + KRELDSGAAVTH" + gene complement(3921217..3922128) + /gene="hsag" + /locus_tag="BQ2027_MB3565C" + CDS complement(3921217..3922128) + /gene="hsag" + /locus_tag="BQ2027_MB3565C" + /note="Mb3565c, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv3535c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 303 aa overlap). Probable acetaldehyde + dehydrogenase (EC 1.2.1.10), highly similar to many e.g. + BAB62056|TDNI from Pseudomonas putida (302 aa), FASTA + scores: opt: 1159, E(): 1.5e-62, (60.45% identity in 301 + aa overlap); Q9ZI57|NAHO from Pseudomonas stutzeri + (Pseudomonas perfectomarina) (307 aa) FASTA scores: opt: + 1151, E(): 4.6e-62, (59.55% identity in 299 aa overlap); + Q9F9I4|CDOI from Comamonas sp. JS765 (302 aa) FASTA + scores: opt: 1136, E(): 3.6e-61, (60.15% identity in 301 + aa overlap); Q51962|NAHO from Pseudomonas putida (307 aa), + FASTA scores: opt: 1133, E(): 5.6e-61, (58.55% identity in + 299 aa overlap) (see citation below); + P77580|MHPF_ECOLI|MHPF|MHPE|B0351 from Escherichia coli + strain K12 (316 aa), FASTA scores: opt: 1040, E(): + 2.2e-55, (56.85% identity in 306 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3565c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3565c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE + (ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE [ACETYLATING])" + /protein_id="SIU02192.1" + /db_xref="GOA:Q7TTR4" + /db_xref="InterPro:IPR000534" + /db_xref="InterPro:IPR003361" + /db_xref="InterPro:IPR015426" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TTR4" + /translation="MPSKAKVAIVGSGNISTDLLYKLLRSEWLEPRWMVGIDPESDGL + ARAAKLGLETTHEGVDWLLAQPDKPDLVFEATSAYVHRDAAPKYAEAGIRAIDLTPAA + VGPAVIPPANLREHLDAPNVNMITCGGQATIPIVYAVSRIVEVPYAEIVASVASVSAG + PGTRANIDEFTKTTARGVQTIGGAARGKAIIILNPADPPMIMRDTIFCAIPTDADREA + IAASIHDVVKEVQTYVPGYRLLNEPQFDEPSINSGGQALVTTFVEVEGAGDYLPPYAG + NLDIMTAAATKVGEEIAKETLVVGGAR" + gene complement(3922139..3922924) + /gene="hsae" + /locus_tag="BQ2027_MB3566C" + CDS complement(3922139..3922924) + /gene="hsae" + /locus_tag="BQ2027_MB3566C" + /note="Mb3566c, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv3536c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Probable hydratase, + 2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase (EC 4.2.1.-) or + 2-keto-4-pentenoate hydratase (EC 4.2.1.-). Indeed, highly + similar to many 2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratases + e.g. Q9CKS2|HPAH|PM1534 from Pasteurella multocida (267 + aa) FASTA scores: opt: 743, E(): 1.5e-39, (45.5% identity + in 266 aa overlap) Q9RZ31|DRA0122 from Deinococcus + radiodurans (268 aa), FASTA scores: opt: 709, E(): 2e-37, + (45.5% identity in 266 aa overlap); Q9HWQ4|HPCG|PA4127 + from Pseudomonas aeruginosa (267 aa), FASTA scores: opt: + 703, E(): 4.8e-37, (45.1% identity in 266 aa overlap); + Q46982|HPAH|HPCG from Escherichia colis strain ATCC 11105 + (267 aa), FASTA scores: opt: 679, E(): 1.6e-35, (41.35% + identity in 266 aa overlap); etc. But also highly similar + to many 2-keto-4-pentenoate hydratases + (2-hydroxypentadienoic acidhydratases) e.g. Q9LAF7|PHED + from Bacillus thermoglucosidasius (258 aa), FASTA scores: + opt: 698, E(): 9.7e-37, (42.45% identity in 252 aa + overlap); Q52442|BPHH from Pseudomonas sp (260 aa) FASTA + scores: opt: 675, E(): 2.7e-35, (41.4% identity in 251 aa + overlap); P77608|MHPD_ECOLI|B0350 from Escherichia coli + strain K12 (269 aa), FASTA scores: opt: 674, E(): 3.2e-35, + (42.75% identity in 255 aa overlap); Q52038|BPHX1 from + Pseudomonas pseudoalcaligenes (260 aa), FASTA scores: opt: + 663, E(): 1.5e-34, (40.6% identity in 251 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3566c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3566c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HYDRATASE" + /protein_id="SIU02193.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4E3" + /db_xref="InterPro:IPR011234" + /db_xref="InterPro:IPR036663" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4E3" + /translation="MLRDATRDELAADLAQAERSRDPIGQLTAAHPEIDVVDAYEIQL + INIRQRVAEGARVVGHKVGLSSPIMQQMMGVDEPDYGHLLDDMQVFEDTPVQASRYLS + PRVEVEVGFILAADLPGAGCTEDDVLAATEALVPAIELIDTRIKDWQIKICDTIADNA + SAAGFVLGAARVPPADLDVRAIDAKLTRNGEVVAEGRSDAVLGNPATAVAWLAGKVES + FGVRLRKGDIVLPGSCTFAVEARAGDEFVADFTGLGLVRLSFE" + gene 3922997..3924688 + /gene="kstd" + /locus_tag="BQ2027_MB3567" + CDS 3922997..3924688 + /gene="kstd" + /locus_tag="BQ2027_MB3567" + /note="Mb3567, -, len: 563 aa. Equivalent to Rv3537, len: + 563 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 563 aa overlap). Probable + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), similar to many dehydrogenases + or hypothetical proteins e.g. Q9I1M6|PA2243 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (577 aa), FASTA + scores: opt: 984, E(): 1.2e-48, (34.75% identity in 573 aa + overlap); Q06401|3O1D_COMTE 3-OXOSTEROID 1-DEHYDROGENASE + from Comamonas testosteroni (Pseudomonas testosteroni) + (573 aa), FASTA scores: opt: 955, E(): 5.5e-47, (33.05% + identity in 590 aa overlap); Q9RA02|KSTD1 3-KETOSTEROID + DEHYDROGENASE from Rhodococcus erythropolis (510 aa), + FASTA scores: opt: 631, E(): 1.4e-28, (39.15% identity in + 557 aa overlap); P77815|KSDD 3-KETOSTEROID-1-DEHYDROGENASE + from Nocardioides simplex (Arthrobacter simplex) (515 aa), + FASTA scores: opt: 469, E(): 2.4e-19, (35.45% identity in + 564 aa overlap); etc. Protein product from Mb3567 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3567 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DEHYDROGENASE" + /protein_id="SIU02194.1" + /db_xref="InterPro:IPR003953" + /db_xref="InterPro:IPR027477" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G9" + /translation="MTVQEFDVVVVGSGAAGMVAALVAAHRGLSTVVVEKAPHYGGST + ARSGGGVWIPNNEVLKRRGVRDTPEAARTYLHGIVGEIVEPERIDAYLDRGPEMLSFV + LKHTPLKMCWVPGYSDYYPEAPGGRPGGRSIEPKPFNARKLGADMAGLEPAYGKVPLN + VVVMQQDYVRLNQLKRHPRGVLRSMKVGARTMWAKATGKNLVGMGRALIGPLRIGLQR + AGVPVELNTAFTDLFVENGVVSGVYVRDSHEAESAEPQLIRARRGVILACGGFEHNEQ + MRIKYQRAPITTEWTVGASANTGDGILAAEKLGAALDLMDDAWWGPTVPLVGKPWFAL + SERNSPGSIIVNMSGKRFMNESMPYVEACHHMYGGEHGQGPGPGENIPAWLVFDQRYR + DRYIFAGLQPGQRIPSRWLDSGVIVQADTLAELAGKAGLPADELTATVQRFNAFARSG + VDEDYHRGESAYDRYYGDPSNKPNPNLGEVGHPPYYGAKMVPGDLGTKGGIRTDVNGR + ALRDDGSIIDGLYAAGNVSAPVMGHTYPGPGGTIGPAMTFGYLAALHIADQAGKR" + gene 3924690..3925550 + /locus_tag="BQ2027_MB3568" + CDS 3924690..3925550 + /locus_tag="BQ2027_MB3568" + /note="Mb3568, -, len: 286 aa. Equivalent to Rv3538, len: + 286 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 286 aa overlap). Probable + dehydrogenase (EC 1.-.-.-), similar to Q9L009|SCC30.12c + PUTATIVE DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor (333 + aa), FASTA scores: opt: 842, E(): 3.6e-44, (48.4% identity + in 285 aa overlap); and similar to C-terminal part of + other (principally ESTRADIOL 17 + BETA-DEHYDROGENASES/17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASES) + e.g. P70540 PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE II + (SDR FAMILY) from Rattus norvegicus (Rat) (735 aa) FASTA + scores: opt: 622, E(): 1.9e-30, (37.45% identity in 283 aa + overlap); or P70523|MPF-2 MULTIFUNCTIONAL PROTEIN 2 (SDR + FAMILY) (beta-oxidation protein displaying 2-enoyl-CoA + hydratase and D-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity) + from Rattus norvegicus (Rat) (734 aa), FASTA scores: opt: + 616, E(): 4.3e-30, (37.1% identity in 283 aa overlap); + P51659|DHB4_HUMAN|HSD17B4|EDH17B4 ESTRADIOL 17 + BETA-DEHYDROGENASE (EC 1.1.1.62) from Homo sapiens (Human) + (736 aa), FASTA scores: opt: 614, E(): 5.7e-30, (35.9% + identity in 284 aa overlap); + P97852|DHB4_RAT|HSD17B4|EDH17B4 ESTRADIOL 17 + BETA-DEHYDROGENASE from Rattus norvegicus (Rat) (735 aa) + FASTA scores: opt: 613, E(): 6.6e-30, (37.1% identity in + 283 aa overlap); Q9DBM3|HSD17B4 ESTRADIOL 17 + BETA-DEHYDROGENASE from Mus musculus (Mouse) (735 aa) + FASTA scores: opt: 611, E(): 8.7e-30, (36.5% identity in + 285 aa overlap); etc. Also similar to + Q11198|Rv3389c|MTV004.47c HYPOTHETICAL 30.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (290 aa), FASTA scores: + opt: 609, E(): 5.3e-30, (39.65% identity in 285 aa + overlap). Note that previously known as ufaA2. Protein + product from Mb3568 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3568 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dehydrogenase. possible 2-enoyl + acyl-coa hydratase." + /protein_id="SIU02195.1" + /db_xref="InterPro:IPR002539" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR039569" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y637" + /translation="MPIDLDVALGAQLPPVEFSWTSTDVQLYQLGLGAGSDPMNPREL + SYLADDTPQVLPTFGNVAATFHLTTPPTVQFPGIDIELSKVLHASERVEVPAPLPPSG + SARAVTRFTDIWDKGKAAVICSETTATTPDGLLLWTQKRSIYARGEGGFGGKRGPSGS + DVAPERAPDLQVAMPILPQQALLYRLCGDRNPLHSDPEFAAAAGFPRPILHGLCTYGM + TCKAIVDALLDSDATAVAGYGARFAGVAYPGETLTVNVWKDGRRLVASVVAPTRDNAV + VLSGVELVPA" + gene 3925687..3927126 + /gene="PPE63" + /locus_tag="BQ2027_MB3569" + CDS 3925687..3927126 + /gene="PPE63" + /locus_tag="BQ2027_MB3569" + /note="Mb3569, PPE63, len: 479 aa. Equivalent to Rv3539, + len: 479 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 479 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE protein family, similar to + many e.g. O53949|Rv1800|MTV049.22 (655 aa), FASTA scores: + opt: 914, E(): 7.3e-47, (37.55% identity in 490 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3569 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3569 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe63" + /protein_id="SIU02196.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y532" + /translation="MADFLTLSPEVNSARMYAGGGPGSLSAAAAAWDELAAELWLAAA + SFESVCSGLADRWWQGPSSRMMAAQAARHTGWLAAAATQAEGAASQAQTMALAYEAAF + AATVHPALVAANRALVAWLAGSNVFGQNTPAIAAAEAIYEQMWAQDVVAMLNYHAVAS + AVGARLRPWQQLLHELPRRLGGEHSDSTNTELANPSSTTTRITVPGASPVHAATLLPF + IGRLLAARYAELNTAIGTNWFPGTTPEVVSYPATIGVLSGSLGAVDANQSIAIGQQML + HNEILAATASGQPVTVAGLSMGSMVIDRELAYLAIDPNAPPSSALTFVELAGPERGLA + QTYLPVGTTIPIAGYTVGNAPESQYNTSVVYSQYDIWADPPDRPWNLLAGANALMGAA + YFHDLTAYAAPQQGIEIAAVTSSLGGTTTTYMIPSPTLPLLLPLKQIGVPDWIVGGLN + NVLKPLVDAGYSQYAPTAGPYFSHGNLVW" + gene complement(3927127..3928287) + /gene="ltp2" + /locus_tag="BQ2027_MB3570C" + CDS complement(3927127..3928287) + /gene="ltp2" + /locus_tag="BQ2027_MB3570C" + /note="Mb3570c, ltp2, len: 386 aa. Equivalent to Rv3540c, + len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 386 aa overlap). Probable ltp2, + lipid-transfer protein or keto acyl-CoA thiolase (EC + 2.3.1.16), similar to several e.g. Q9X4X2|DITF DITF + PROTEIN (hypothetical protein, similar to non-specific + lipid-transfer protein and 3-ketoacyl-CoA thiolase) from + Pseudomonas abietaniphila (397 aa), FASTA scores: opt: + 665, E(): 5.3e-34, (33.4% identity in 392 aa overlap); + O30255|AF2416 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACAB-12) from + Archaeoglobus fulgidus (384 aa), FASTA scores: opt: 496, + E(): 1.6e-23, (30.35% identity in 389 aa overlap); + O28978|AF1291 3-KETOACYL-COA THIOLASE (ACAB-11) from + Archaeoglobus fulgidus (392 aa), FASTA scores: opt: 494, + E(): 2.2e-23, (30.6% identity in 379 aa overlap); + O26884|MTH793 LIPID-TRANSFER PROTEIN (STEROL OR + NONSPECIFIC) from Methanobacterium thermoautotrophicum + (383 aa), FASTA scores: opt: 487, E(): 5.9e-23, (30.4% + identity in 388 aa overlap); etc. Mb3570c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable lipid transfer protein or keto acyl-coa + thiolase ltp2" + /protein_id="SIU02197.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F4" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F4" + /translation="MLSGQAAIVGIGATDFSKNSGRSELRLAAEAVLDALADAGLSPT + DVDGLTTFTMDTNTEIAVARAAGIGELTFFSKIHYGGGAACATVQHAAMAVATGVADV + VVAYRAFNERSGMRFGQVQTRLTENADSTGVDNSFSYPHGLSTPAAQVAMIARRYMHL + SGATSRDFGAVSVADRKHAANNPKAYFYGKPITIEDHQNSRWIAEPLRLLDCCQETDG + AVAIVVTSAARARDLKQRPVVIEAAAQGCSPDQYTMVSYYRPELDGLPEMGLVGRQLW + AQSGLTPADVQTAVLYDHFTPFTLIQLEELGFCGKGEAKDFIADGAIEVGGRLPINTH + GGQLGEAYIHGMNGIAEGVRQLRGTSVNPVAGVEHVLVTAGTGVPTSGLILG" + gene complement(3928287..3928676) + /locus_tag="BQ2027_MB3571C" + CDS complement(3928287..3928676) + /locus_tag="BQ2027_MB3571C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3571c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv3541c, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity to Q9CBJ7|ML1909 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (142 aa) FASTA scores: + opt: 110, E(): 1.2, (27.95% identity in 118 aa overlap); + and other (see also BLASTP results) e.g. Q9L0M3|SCD82.08 + HYPOTHETICAL 15.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (142 aa), FASTA scores: opt: 127, E(): 0.086, (27.65% + identity in 123 aa overlap). Contains PS00075 + Dihydrofolate reductase signature. Protein product from + Mb3571c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3571c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Enoyl coenzyme A hydratase IgrE" + /protein_id="SIU02198.1" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K7" + /translation="MTVVGAVLPELKLYGDPTFIVSTALATRDFQDVHHDRDKAVAQG + SKDIFVNILTDTGLVQRYVTDWAGPSALIKSIGLRLGVPWYAYDTVTFSGEVTAVNDG + LITVKVVGRNTLGDHVTATVELSMRDS" + gene complement(3928673..3929608) + /locus_tag="BQ2027_MB3572C" + CDS complement(3928673..3929608) + /locus_tag="BQ2027_MB3572C" + /note="Mb3572c, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv3542c, + len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 311 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity to other e.g. Q58947|MJ1552 from + Methanococcus jannaschii (141 aa) FASTA scores: opt: 177, + E(): 0.00065, (46.65% identity in 60 aa overlap); + BAB59276|TVG0142586 from Thermoplasma volcanium (135 aa), + FASTA scores: opt: 175, E(): 0.00083, (35.65% identity in + 87 aa overlap); Q9HI85|TA1457 from Thermoplasma + acidophilum (135 aa), FASTA scores: opt: 162, E(): 0.0052, + (31.8% identity in 107 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3572c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3572c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Acyl-CoA transferase domain of IgrD / + Nucleic-acid-binding domain of IgrD" + /protein_id="SIU02199.1" + /db_xref="InterPro:IPR002878" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR029069" + /db_xref="InterPro:IPR039375" + /db_xref="InterPro:IPR039569" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J6" + /translation="MTGVSDIQEAVAQIKAAGPSKPRLARDPVNQPMINNWVEAIGDR + NPIYVDDAAARAAGHPGIVAPPAMIQVWTMMGLGGVRPKDDPLGPIIKLFDDAGYIGV + VATNCEQTYHRYLLPGEQVSISAELGDVVGPKQTALGEGWFINQHIVWQVGDEDVAEM + NWRILKFKPAGSPSSVPDDLDPDAMMRPSSSRDTAFFWDGVKAHELRIQRLADGSLRH + PPVPAVWQDKSVPINYVVSSGRGTVFSFVVHHAPKVPGRTVPFVIALVELEEGVRMLG + ELRGADPARVAIGMPVRATYIDFPDWSLYAWEPDE" + gene complement(3929605..3930768) + /gene="fadE29" + /locus_tag="BQ2027_MB3573C" + CDS complement(3929605..3930768) + /gene="fadE29" + /locus_tag="BQ2027_MB3573C" + /note="Mb3573c, fadE29, len: 387 aa. Equivalent to + Rv3543c, len: 387 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 387 aa overlap). + Probable fadE29, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. Q9A8P3|CC1310 from Caulobacter + crescentus (404 aa), FASTA scores: opt: 624, E(): 9.4e-32, + (32.75% identity in 400 aa overlap); Q9I4V2|PA1022 from + Pseudomonas aeruginosa (381 aa), FASTA scores: opt: 550, + E(): 3.9e-27, (33.7% identity in 350 aa overlap); + O28976|AF1293 from Archaeoglobus fulgidus (384 aa), FASTA + scores: opt: 529, E(): 8.1e-26, (30.0% identity in 393 aa + overlap); etc. Also similar to other from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53549|FADE26|Rv3504|MTV023.11 (400 aa), + FASTA scores: opt: 1031, E(): 2.8e-57, (46.0% identity in + 402 aa overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb3573c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3573c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE29" + /protein_id="SIU02200.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F9" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F9" + /translation="MFIDLTPEQRQLQAEIRQYFSNLISPDERTEMEKDRHGPAYRAV + IRRMGRDGRLGVGWPKEFGGLGFGPIEQQIFVNEAHRADVPLPAVTLQTVGPTLQAHG + SELQKKKFLPAILAGEAHFAIGYTEPEAGTDLASLRTTAVRDGDHYIVNGQKVFTTGA + HDADYIWLACRTDPNAAKHKGISILIVDTKDPGYSWTPIILADGAHHTNATYYNDVRV + PVDMLVGKENDGWRLITTQLNNERVMLGPAGRFASIYDRVHAWASVPGGNGVTPIDHD + DVKRALGEIRAIWRINELLNWQVASAGEDINMADAAATKVFGTERVQRAGRLAEEIVG + KYGNPAEPDTAELLRWLDAQTKRNLVITFGGGVNEVMREMIAASGLKVPRVPR" + gene complement(3930753..3931772) + /gene="fadE28" + /locus_tag="BQ2027_MB3574C" + CDS complement(3930753..3931772) + /gene="fadE28" + /locus_tag="BQ2027_MB3574C" + /note="Mb3574c, fadE28, len: 339 aa. Equivalent to + Rv3544c, len: 339 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 339 aa overlap). + Probable fadE28, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. Q9RJX3|SCF37.28c from Streptomyces + coelicolor (362 aa), FASTA scores: opt: 334, E(): 5.1e-13, + (27.65% identity in 329 aa overlap); Q9A5G8|CC2479 from + Caulobacter crescentus (344 aa), FASTA scores: opt: 278, + E(): 1.2e-09, (26.95% identity in 319 aa overlap); + O29813|AF0436 from Archaeoglobus fulgidus (382 aa) FASTA + scores: opt: 205, E(): 3.5e-05, (24.75% identity in 384 aa + overlap); etc. Also similar to other from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53550|FADE27|Rv3505|MTV023.12 (373 aa) + FASTA scores: opt: 497, E(): 7e-23, (30.3% identity in 343 + aa overlap); and to + P46703|ACDP_MYCLE|FADE25|ACD|ML0737|B1308_F1_34 PROBABLE + ACYL-COA DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (389 aa) + FASTA scores: opt: 165, E(): 0.0012, (25.2% identity in + 345 aa overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Mb3574c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE28" + /protein_id="SIU02201.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H3" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H3" + /translation="MDFDPTAEQQAVADVVTSVLERDISWEALVCGGVTALPVPERLG + GDGVGLFEVGALLTEVGRHGAVTPALATLGLGVVPLLELASAEQQDRFLAGVAKGGVL + TAALNEPGAALPDRPATSFVGGRLSGTKVGVGYAEQADWMLVTADNAVVVVSPTADGV + RMVRTPTSNGSDEYVMTMDGVAVADCDILADVAAHRVNQLALAVMGAYADGLVAGALR + LTADYVANRKQFGKPLSTFQTVAAQLAEVYIASRTIDLVAKSVIWRLAEDLDAGDDLG + VLGYWVTSQAPPAMQICHHLHGGMGMDVTYPMHRYYSTIKDLTRLLGGPSHRLELLGA + RCSLT" + gene complement(3931772..3933073) + /gene="cyp125" + /locus_tag="BQ2027_MB3575C" + CDS complement(3931772..3933073) + /gene="cyp125" + /locus_tag="BQ2027_MB3575C" + /note="Mb3575c, cyp125, len: 433 aa. Equivalent to + Rv3545c, len: 433 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 433 aa overlap). + Probable cyp125, cytochrome P-450 (EC 1.14.-.-), similar + to others e.g. Q59723|LINC|CYP111 from Pseudomonas + incognita (406 aa), FASTA scores: opt: 831, E(): 8e-45, + (34.75% identity in 406 aa overlap); + Q9X8Q3|CYP107P1|SCH10.14c from Streptomyces coelicolor + (411 aa), FASTA scores: opt: 694, E(): 3.3e-36, (32.35% + identity in 417 aa overlap); Q9L465|CYP162A1|NIKQ from + Streptomyces tendae (396 aa) FASTA scores: opt: 664, E(): + 2.5e-34, (34.15% identity in 413 aa overlap); + O08469|CPXY_BACSU|CYPA|CYP107J1 from Bacillus subtilis + (410 aa), FASTA scores: opt: 579, E(): 5.6e-29, (30.05% + identity in 366 aa overlap); etc. Also similar to other + from Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q50696|CYP124|Rv2266|MT2328|MTCY339.44c (428 aa) FASTA + scores: opt: 1040, E(): 6.1e-58, (40.75% identity in 432 + aa overlap). BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY. + Protein product from Mb3575c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3575c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 125 CYP125" + /protein_id="SIU02202.1" + /db_xref="GOA:P63710" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002397" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63710" + /translation="MSWNHQSVEIAVRRTTVPSPNLPPGFDFTDPAIYAERLPVAEFA + ELRSAAPIWWNGQDPGKGGGFHDGGFWAITKLNDVKEISRHSDVFSSYENGVIPRFKN + DIAREDIEVQRFVMLNMDAPHHTRLRKIISRGFTPRAVGRLHDELQERAQKIAAEAAA + AGSGDFVEQVSCELPLQAIAGLLGVPQEDRGKLFHWSNEMTGNEDPEYAHIDPKASSA + ELIGYAMKMAEEKAKNPADDIVTQLIQADIDGEKLSDDEFGFFVVMLAVAGNETTRNS + ITQGMMAFAEHPDQWELYKKVRPETAADEIVRWATPVTAFQRTALRDYELSGVQIKKG + QRVVMFYRSANFDEEVFQDPFTFNILRNPNPHVGFGGTGAHYCIGANLARMTINLIFN + AVADHMPDLKPISAPERLRSGWLNGIKHWQVDYTGRCPVAH" + gene 3933185..3934360 + /gene="fadA5" + /locus_tag="BQ2027_MB3576" + CDS 3933185..3934360 + /gene="fadA5" + /locus_tag="BQ2027_MB3576" + /note="Mb3576, fadA5, len: 391 aa. Equivalent to Rv3546, + len: 391 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 391 aa overlap). Probable fadA5, + acetyl-CoA acetyltransferase (EC 2.3.1.9), similar to many + e.g. Q9AA29|CC0779 from Caulobacter crescentus (390 aa), + FASTA scores: opt: 999, E(): 7.1e-54, (43.5% identity in + 400 aa overlap); Q9K783|BH3487 from Bacillus halodurans + (393 aa), FASTA scores: opt: 843, E(): 2.6e-44, (37.45% + identity in 398 aa overlap); Q9RRK9|DR2480 from + Deinococcus radiodurans (399 aa), FASTA scores: opt: 826, + E(): 2.8e-43, (38.15% identity in 396 aa overlap); + P45369|THIL_CHRVI|PHBA from Chromatium vinosum (394 aa) + FASTA scores: opt: 790, E(): 4.5e-41, (39.4% identity in + 401 aa overlap); etc. Contains PS00737 Thiolases signature + 2. BELONGS TO THE THIOLASE FAMILY. Protein product from + Mb3576 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3576 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE FADA5 + (ACETOACETYL-COA THIOLASE)" + /protein_id="SIU02203.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4F3" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4F3" + /translation="MGYPVIVEATRSPIGKRNGWLSGLHATELLGAVQKAVVDKAGIQ + SGLHAGDVEQVIGGCVTQFGEQSNNISRVAWLTAGLPEHVGATTVDCQCGSGQQANHL + IAGLIAAGAIDVGIACGIEAMSRVGLGANAGPDRSLIRAQSWDIDLPNQFEAAERIAK + RRGITREDVDVFGLESQRRAQRAWAEGRFDREISPIQAPVLDEQNQPTGERRLVFRDQ + GLRETTMAGLGELKPVLEGGIHTAGTSSQISDGAAAVLWMDEAVARAHGLTPRARIVA + QALVGAEPYYHLDGPVQSTAKVLEKAGMKIGDIDIVEINEAFASVVLSWARVHEPDMD + RVNVNGGAIALGHPVGCTGSRLITTALHELERTDQSLALITMCAGGALSTGTIIERI" + gene 3934472..3934927 + /gene="ddn" + /locus_tag="BQ2027_MB3577" + CDS 3934472..3934927 + /gene="ddn" + /locus_tag="BQ2027_MB3577" + /note="Mb3577, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv3547, len: + 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins e.g. O85698|3SCF60.07 from Streptomyces lividans + and Streptomyces coelicolor (149 aa), FASTA scores: opt: + 353, E(): 6.3e-17, (42.55% identity in 134 aa overlap); + Q9WX21|SCE68.11 from Streptomyces coelicolor (305 aa) + FASTA scores: opt: 290, E(): 2.1e-12, (38.5% identity in + 122 aa overlap) (similarity in N-terminus for this + protein); BAB52932|Q988L5|MLL6688 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (148 aa), FASTA scores: opt: 105, + E(): 3, (26.75% identity in 86 aa overlap). Also similar + to mycobacterial hypothetical proteins e.g. Q9ZH81 from M. + paratuberculosis (144 aa), FASTA scores: opt: 366, E(): + 8.2e-18, (43.9% identity in 123 aa overlap); and + Q10772|YF58_MYCTU|Rv1558|MT1609|MTCY48.07c from M. + tuberculosis (148 aa), FASTA scores: opt: 330, E(): + 2.2e-15, (39.75% identity in 151 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3577 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3577 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="deazaflavin-dependent nitroreductase ddn" + /protein_id="SIU02204.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4I0" + /db_xref="InterPro:IPR004378" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I0" + /translation="MPKSPPRFLNSPLSDFFIKWMSRINTWMYRRNDGEGLGGTFQKI + PVALLTTTGRKTGQPRVNPLYFLRDGGRVIVAASKGGAEKNPMWYLNLKANPKVQVQI + KKEVLDLTARDATDEERAEYWPQLVTMYPSYQDYQSWTDRTIPIVVCEP" + gene complement(3935010..3935924) + /locus_tag="BQ2027_MB3578C" + CDS complement(3935010..3935924) + /locus_tag="BQ2027_MB3578C" + /note="Mb3578c, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv3548c, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 304 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), highly similar to + various dehydrogenases/reductases (generally belonging to + the SDR FAMILY) e.g. Q9I4V1|PA1023 from Pseudomonas + aeruginosa (305 aa), FASTA scores: opt: 446, E(): 1.7e-17, + (43.75% identity in 256 aa overlap); Q9A6K0|CC2093 from + Caulobacter crescentus (301 aa) FASTA scores: opt: 437, + E(): 5.3e-17, (42.8% identity in 257 aa overlap); + Q9HYH8|PA3427 from Pseudomonas aeruginosa (303 aa), FASTA + scores: opt: 399, E(): 6.5e-15, (45.5% identity in 257 aa + overlap); Q9VXJ0|CG3415 from Drosophila melanogaster + (Fruit fly) (598 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): + 7.5e-15, (40.7% identity in 285 aa overlap); etc. Also + highly similar to O53547|Rv3502c|MTV023.09c PUTATIVE + SHORT-CHAIN TYPE DEHYDROGENASE/REDUCTASE from (317 aa) + FASTA scores: opt: 739, E(): 1.6e-33, (45.15% identity in + 310 aa overlap); and other proteins from Mycobacterium + tuberculosis. Contains PS00061 Short-chain alcohol + dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb3578c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3578c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU02205.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y654" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y654" + /translation="MGLVDGRVVIVTGAGGGIGRAHALAFAAEGARVVVNDIGVGLDG + SPASGGSAAQDVVDEILAAGGQAVADGSDISDWDQAANLIQAAVETYGGVDVLVNNAG + IVRDRMIANTSEEEFDAVIAVHLKGHFATMRHAASHWRGLSKAGKAPKDIDARIINTS + SGAGLQGSVGQGNYSAAKAGIAALTLVGAAEMRRYGVTVNAIAPAARTRMTETVFAEV + MAKPQEGFDAMAPENVSPLVVWLGSAESRDVTGKVFEVEGGIIRVAEGWAHGPQVDKG + VKWDPAELGPVVSDLLAKSRPPVPVYGA" + gene complement(3935947..3936726) + /locus_tag="BQ2027_MB3579C" + CDS complement(3935947..3936726) + /locus_tag="BQ2027_MB3579C" + /note="Mb3579c, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv3549c, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), similar to various + dehydrogenases/reductases (generally belong to the SDR + FAMILY) e.g. Q9UKU3 from Homo sapiens (Human) (270 aa), + FASTA scores: opt: 451, E(): 4.8e-21, (38.05% identity in + 247 aa overlap); Q9S274|SCI28.09c from Streptomyces + coelicolor (234 aa), FASTA scores: opt: 439, E(): 2.4e-20, + (36.8% identity in 231 aa overlap); Q9PFI6|XF0671 from + Xylella fastidiosa (247 aa), FASTA scores: opt: 437, E(): + 3.4e-20, (37.7% identity in 252 aa overlap); etc. Also + highly similar to O33308|FABG5|Rv2766c|MTV002.31c ALCOHOL + DEHYDROGENASE (SDR FAMILY) from Mycobacterium tuberculosis + (260 aa), FASTA scores: opt: 504, E(): 2.3e-24, (38.5% + identity in 244 aa overlap). Contains PS00061 Short-chain + alcohol dehydrogenase family signature. BELONGS TO THE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. + Mb3579c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE SHORT-CHAIN TYPE + DEHYDROGENASE/REDUCTASE" + /protein_id="SIU02206.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y543" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y543" + /translation="MTLAEAADAINFGLAGRVVLVTGGVRGVGAGISSVFAEQGATVI + TCARRAVDGQPYEFHRCDIRDEDSVKRLVGEIGERHGRLDMLVNNAGGSPYALAAEAT + HNFHRKIVELNVLAPLLVSQHANVLMQAQPNGGSIVNICSVSGRRPTPGTAAYGAAKA + GLENLTTTLAVEWAPKVRVNAVVVGMVETERSELFYGDAESIARVAATVPLGRLARPA + DIGWAAAFLASDAASYISGATLEVHGGGEPPPYLGASSANK" + gene 3936781..3937524 + /gene="echA20" + /locus_tag="BQ2027_MB3580" + CDS 3936781..3937524 + /gene="echA20" + /locus_tag="BQ2027_MB3580" + /note="Mb3580, echA20, len: 247 aa. Equivalent to Rv3550, + len: 247 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 247 aa overlap). Probable echA20, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), similar to others e.g. + Q9A7B0|CC1814 from Caulobacter crescentus (275 aa), FASTA + scores: opt: 488, E(): 3.5e-24, (36.4% identity in 239 aa + overlap); O84978|PHAA from Pseudomonas putida (293 aa), + FASTA scores: opt: 383, E(): 2e-17, (33.85% identity in + 254 aa overlap); BAB48479|Q98LI4|MLL1009 from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (258 aa), FASTA scores: opt: + 378, E(): 3.8e-17, (21.45% identity in 231 aa overlap); + etc. COULD BELONG TO THE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE + FAMILY. Protein product from Mb3580 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3580 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENOYL-COA HYDRATASE ECHA20 (ENOYL + HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-COA HYDRATASE) (CROTONASE)" + /protein_id="SIU02207.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H1" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H1" + /translation="MPITSTTPEPGIVAVTVDYPPVNAIPSKAWFDLADAVTAAGANS + DTRAVILRAEGRGFNAGVDIKEMQRTEGFTALIDANRGCFAAFRAVYECAVPVIAAVN + GFCVGGGIGLVGNSDVIVASEDATFGLPEVERGALGAATHLSRLVPQHLMRRLFFTAA + TVDAATLQHFGSVHEVVSRDQLDEAALRVARDIAAKDTRVIRAAKEALNFIDVQRVNA + SYRMEQGFTFELNLAGVADEHRDAFVKKS" + gene 3937524..3938402 + /locus_tag="BQ2027_MB3581" + CDS 3937524..3938402 + /locus_tag="BQ2027_MB3581" + /note="Mb3581, -, len: 292 aa. Equivalent to Rv3551, len: + 292 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 292 aa overlap). Possible + CoA-transferase, alpha subunit (EC 2.8.3.-), similar in + part to other CoA-transferases e.g. Q59111|GCTA_ACIFE|GCTA + GLUTACONATE COA-TRANSFERASE SUBUNIT A (EC 2.8.3.12) (GCT + LARGE SUBUNIT) from Acidaminococcus fermentans (319 aa) + FASTA scores: opt: 247, E(): 6.3e-09, (27.35% identity in + 307 aa overlap); Q9XD83|PCAI from Streptomyces sp. 2065 + (251 aa), FASTA scores: opt: 222, E(): 2.3e-07, (27.55% + identity in 243 aa overlap); BAB50895|MLL4183 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (285 aa), FASTA + scores: opt: 206, E(): 2.8e-06, (27.4% identity in 281 aa + overlap); etc. Also some similarity with + O06167|SCOA_MYCTU|RVv504c|MT2579|MTCY07A7.10c PROBABLE + SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE SUBUNIT A + from Mycobacterium tuberculosis (248 aa), FASTA scores: + opt: 210, E(): 1.4e-06, (25.5% identity in 247 aa + overlap). BELONGS TO THE GLUTACONATE COA-TRANSFERASE + SUBUNIT A FAMILY. Note that this putative protein may + combine with the putative protein encoded by the + downstream ORF Rv3552 to form a CoA-transferase that + comprises two subunits. Protein product from Mb3581 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3581 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE COA-TRANSFERASE (ALPHA SUBUNIT)" + /protein_id="SIU02208.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4L3" + /db_xref="InterPro:IPR004165" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L3" + /translation="MPDKRTSLDDAVAQLRSGMTIGIAGWGSRRKPMAFVRAILRSDV + TDLTVVTYGGPDLGLLCSAGKVKRVYYGFVSLDSPPFYDPWFAHARTSGAIEAREMDE + GMLRCGLQAAAQRLPFLPIRAGLGSSVPQFWAGELQTVTSPYPAPGGGYETLIAMPAL + RLDAAFAHLNLGDSHGNAAYTGIDPYFDDLFLMAAERRFLSVERIVATEELVKSVPPQ + ALLVNRMMVDAIVEAPGGAHFTTAAPDYGRDEQFQRHYAEAASTQVGWQQFVHTYLSG + TEADYQAAVHNFGASR" + gene 3938399..3939151 + /locus_tag="BQ2027_MB3582" + CDS 3938399..3939151 + /locus_tag="BQ2027_MB3582" + /note="Mb3582, -, len: 250 aa. Equivalent to Rv3552, len: + 250 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Possible + CoA-transferase, beta subunit (EC 2.8.3.-), similar in + part to other CoA-transferases e.g. Q9I6R1|PA0227 from + Pseudomonas aeruginosa (260 aa), FASTA scores: opt: 233, + E(): 8.6e-08, (24.8% identity in 238 aa overlap); + BAB50894|MLL4181 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (264 aa), FASTA scores: opt: 210, E(): 2.6e-06, (24.15% + identity in 203 aa overlap); and AAK41345|Q97Z51|GCTB from + Sulfolobus solfataricus (245 aa), FASTA scores: opt: 122, + E(): 1.1, (25.5% identity in 243 aa overlap). POSSIBLY + BELONGS TO THE GLUTACONATE COA-TRANSFERASE SUBUNIT B + FAMILY. Note that this putative protein may combine with + the putative protein encoded by the upstream ORF Rv3551 to + form a CoA-transferase that comprises two subunits. + Protein product from Mb3582 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3582 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE COA-TRANSFERASE (BETA SUBUNIT)" + /protein_id="SIU02209.1" + /db_xref="GOA:P63653" + /db_xref="InterPro:IPR004165" + /db_xref="InterPro:IPR037171" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63653" + /translation="MSTRAEVCAVACAELFRDAGEIMISPMTNMASVGARLARLTFAP + DILLTDGEAQLLADTPALGKTGAPNRIEGWMPFGRVFETLAWGRRHVVMGANQVDRYG + NQNISAFGPLQRPTRQMFGVRGSPGNTINHATSYWVGNHCKRVFVEAVDVVSGIGYDK + VDPDNPAFRFVNVYRVVSNLGVFDFGGPDHSMRAVSLHPGVTPGDVRDATSFEVHDLD + AAEQTRLPTDDELHLIRAVIDPKSLRDREIRS" + gene 3939249..3940316 + /locus_tag="BQ2027_MB3583" + CDS 3939249..3940316 + /locus_tag="BQ2027_MB3583" + /note="Mb3583, -, len: 355 aa. Equivalent to Rv3553, len: + 355 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 355 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), highly similar (except in + C-terminus) to Q9A327|CC3379 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Caulobacter crescentus (321 aa), FASTA scores: opt: 639, + E(): 4.6e-29, (46.35% identity in 248 aa overlap); and + Q9WZQ7|TM0800 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Thermotoga maritima (314 aa), FASTA scores: opt: 622, E(): + 4.1e-28, (37.95% identity in 340 aa overlap). Also similar + to two TRANS-2-ENOYL-ACP REDUCTASES; Q99YD4|FABK|SPY1751 + from Streptococcus pyogenes (323 aa), FASTA scores: opt: + 604, E(): 4.4e-27, (33.25% identity in 346 aa overlap); + and Q9FBC5|FABK from Streptococcus pneumoniae (324 aa), + FASTA scores: opt: 553, E(): 3.3e-24, (32.1% identity in + 346 aa overlap); and similar with several 2-NITROPROPANE + DIOXYGENASES, e.g. Q9F7P8 from uncultured proteobacterium + EBAC31A08 (322 aa), FASTA scores: opt: 505, E(): 1.7e-21, + (33.6% identity in 348 aa overlap); Q9FMG0 (alias + AAK44141) from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (333 + aa), FASTA scores: opt: 489, E(): 1.4e-20, (33.15% + identity in 341 aa overlap); O28109|AF2173 (NCD2) from + Archaeoglobus fulgidus (274 aa), FASTA scores: opt: 456, + E(): 8.9e-19, (36.3% identity in 237 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02210.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H7" + /db_xref="InterPro:IPR004136" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H7" + /translation="MRLRTPLTELIGIEHPVVQTGMGWVAGARLVSATANAGGLGILA + SATMTLDELAAAITKVKAVTDKPFGVNIRADAADAGDRVELMIREGVRVASFALAPKQ + QLIARLKEAGAVVIPSIGAAKHARKVAAWGADAMIVQGGEGGGHTGPVATTLLLPSVL + DAVAGTGIPVIAAGGFFDGRGLAAALCYGAAGVAMGTRFLLTSDSTVPDAVKRRYLQA + GLDGTVVTTRVDGMPHRVLRTELVEKLESGSRARGFAAALRNAGKFRRMSQMTWRSMI + RDGLTMRHGKELTWSQVLMAANTPMLLKAGLVDGNTEAGVLASGQVAGILDDLPSCKE + LIESIVLDAITHLQTASALVE" + gene 3940313..3942370 + /gene="fdxB" + /locus_tag="BQ2027_MB3584" + CDS 3940313..3942370 + /gene="fdxB" + /locus_tag="BQ2027_MB3584" + /note="Mb3584, fdxB, len: 685 aa. Equivalent to Rv3554, + len: 685 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 685 aa overlap). Possible fdxB, + two-domain protein, with ferredoxin reductase electron + transfer component in C-terminal part (EC 1.-.-.-) and + unknown function in N-terminal part. Indeed, N-terminal + end is similar to O85832 HYPOTHETICAL 36.1 KDA PROTEIN + from Sphingomonas aromaticivorans strain F199 (catabolic + plasmid pNL1) (309 aa), FASTA scores: opt: 615, E(): + 2.5e-30, (33.1% identity in 311 aa overlap); and + P73428|SLL1468 HYPOTHETICAL 36.2 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (312 aa), FASTA scores: + opt: 317, E(): 4.5e-12, (30.2% identity in 268 aa + overlap). And C-terminal end is similar to Q9F9U6|PAAE + protein involved in aerobic phenylacetate metabolism from + Azoarcus evansii (360 aa), FASTA scores: opt: 935, E(): + 7e-50, (43.85% identity in 351 aa overlap); + CAC44653|PAAE|SCBAC17A6.08 PUTATIVE PHENYLACETIC ACID + DEGRADATION NADH OXIDOREDUCTASE from Streptomyces + coelicolor (368 aa), FASTA scores: opt: 93, E(): 9.5e-50, + (41.95% identity in 372 aa overlap); Q9FA57|PACI + FERREDOXIN from Azoarcus evansii (360 aa), FASTA scores: + opt: 925, E(): 2.9e-49, (43.3% identity in 351 aa + overlap); P76081|PAAE_ECOLI|B1392 PROBABLE PHENYLACETIC + ACID DEGRADATION NADH OXIDOREDUCTASE from Escherichia coli + strains K12 and W (356 aa), FASTA scores: opt: 910, E(): + 2.4e-48, (43.05% identity in 353 aa overlap); Q9APJ6|PAAE + ELECTRON TRANSFER PROTEIN (FRAGMENT) from Hyphomicrobium + chloromethanicum (241 aa), FASTA scores: opt: 404, E(): + 1.7e-17, (35.45% identity in 234 aa overlap); + BAB51608|MLL5100 FERREDOXIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (365 aa), FASTA scores: opt: 316, + E(): 5.8e-12, (28.95% identity in 349 aa overlap); etc. + C-terminus also similar to P96853|Rv3571|MTCY06G11.18 + PUTATIVE ELECTRON TRANSFER PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (358 aa), FASTA scores: opt: 450, E(): + 3.6e-20, (32.95% identity in 358 aa overlap). Contains + PS00197 2Fe-2S ferredoxins, iron-sulfur binding region + signature. BELONGS TO THE 2FE2S PLANT-TYPE FERREDOXIN + FAMILY. COFACTOR: BINDS A 2FE-2S CLUSTER (BY SIMILARITY). + Protein product from Mb3584 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3584 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ELECTRON TRANSFER PROTEIN FDXB" + /protein_id="SIU02211.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H5" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR001433" + /db_xref="InterPro:IPR005804" + /db_xref="InterPro:IPR006058" + /db_xref="InterPro:IPR008333" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H5" + /translation="MTDACQAEYAIAAMSTVEMDQAAPESAAHHPLPDPGESVPRLAL + PTIGIFLATLTAFVGSTTAYISGWIPFWVTIPVNAAVTFVMFTVVHDASHYAISSIRW + VNGLFGRLAWLFVGPVVAFPAFGYIHIQHHRHSNDDEQDPDTFASHGSLWVLPLRWSM + VEYFYIKYYLPRGRSRPVIEVAETLVMMTLFLTGLIVAIVTGNFWTLAIVFLIPQRIG + LTVLAWWFDWLPHHGLEDTQRSNRYRATRNRVGAEWLFTPVLLSQNYHLVHHLHPSVP + FYRYLRTWRRNEEAYLERNAAISTVFGQQLNPDEYRQWKELNGRLARLLPVRMPARSS + SPHAVLHRIPVASVDPITADATLVTFAVPEALRDAFRFEPGQHVTVRTDLGGQGIRRN + YSICAPATRAQLRIAVKHIPGGAFSTFVANELKAGDVLELMTPTGRFGTPLDPLHRKH + YVGLVAGSGITPVLSILATTLEIETESRFTLIYGNRTKESTMFRAELDRLESRYADRL + EILHVLSSEPLHTPELRGRIDRDKLTRWLTSTLRPAGVDEWFICGPLAMATAVRETLI + EHGVDSERIHLELFYGFDTPPATRPSYAGATVTFTLSGQRAIFDLVPGDSILEGALGL + RSDAPYACMGGACGTCRAKLIEGNVEMDHNFALRKAELDAGYILTCQSHPTTPFVAVD + YDA" + gene complement(3942458..3943327) + /locus_tag="BQ2027_MB3585C" + CDS complement(3942458..3943327) + /locus_tag="BQ2027_MB3585C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3585c, -, len: 289 aa. Equivalent to Rv3555c, + len: 289 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 289 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to others from Mycobacterium tuberculosis + e.g. O53562|AL022022|Rv3517|MTV023.24 (279 aa), FASTA + scores: opt: 874, E(): 8.3e-48, (49.45% identity in 275 aa + overlap); P71763|Rv1482c|MTCY277.03c (339 aa), FASTA + scores: opt: 755, E(): 3e-40, (45.75% identity in 260 aa + overlap); O69681|Rv3714c|MTV025.062c (296 aa), FASTA + scores: opt: 733, E(): 6.4e-39, (44.1% identity in 281 aa + overlap); etc. Also highly similar to other mycobacterial + hypothetical proteins e.g. O07396|MAV346 from M. avium + (346 aa), FASTA scores: opt: 714, E(): 1.1e-37, (44.6% + identity in 260 aa overlap); and Q50134|U650AG|MLCB57.67c + from Mycobacterium leprae (75 aa), FASTA scores: opt: 130, + E(): 0.17, (35.1% identity in 57 aa overlap) (only partial + homology with this protein). Shows some similarity to + P52392|NHSR_STRAS PUTATIVE NOSIHEPTIDE RESISTANCE + REGULATORY PROTEIN (ORF699) from Streptomyces actuosus + (233 aa), FASTA scores: opt: 120, E(): 1.9, (25.25% + identity in 194 aa overlap). Mb3585c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02212.1" + /db_xref="InterPro:IPR007569" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K1" + /translation="MDELPWPVLGSEVLAAKAIPERAMRQLYEPVYPGVYAPAGVELT + ARQRAHAAWLWSRRRAVVAGNSAAALLGAKWVNPALDAELVHANRKPPPRIVVHTDRL + APHETVAVDGVAVTTPARTAFDIGRRTPSRLQAVQRLDALANSTDVKVADVQAVIAEH + TGARGLVRLRAVLPLIDGGAESPQETWTRLVLIDAGLPKPQTQIRVFDDYGDFVARID + LGYEQLRVGVEYDGPQHWTDPAQRARDIERSTALLDLGWTIIRVTSELLRYRRGTFVG + RVDAAMRAAGWRP" + gene complement(3943432..3944592) + /gene="fadA6" + /locus_tag="BQ2027_MB3586C" + CDS complement(3943432..3944592) + /gene="fadA6" + /locus_tag="BQ2027_MB3586C" + /note="Mb3586c, fadA6, len: 386 aa. Equivalent to Rv3556c, + len: 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 386 aa overlap). Probable fadA6, + acetyl-CoA acetyltransferase (EC 2.3.1.9), similar to many + e.g. Q9K409|2SCG61.06c from Streptomyces coelicolor (389 + aa), FASTA scores: opt: 1091, E(): 2.9e-58, (48.1% + identity in 399 aa overlap); Q9AAT4|CC0510 from + Caulobacter crescentus (391 aa), FASTA scores: opt: 902, + E(): 6.6e-47, (40.25% identity in 395 aa overlap); + P45359|THL_CLOAB from Clostridium acetobutylicum (392 aa), + FASTA scores: opt: 872, E(): 4.2e-45, (37.9% identity in + 396 aa overlap); Q9I2A8|ATOB|PA2001 from Pseudomonas + aeruginosa (393 aa), FASTA scores: opt: 872, E(): 4.2e-45, + (41.3% identity in 397 aa overlap); etc. Contains PS00737 + Thiolases signature 2. BELONGS TO THE THIOLASE FAMILY. + Protein product from Mb3586c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3586c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE FADA6 + (ACETOACETYL-COA THIOLASE)" + /protein_id="SIU02213.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4G6" + /db_xref="InterPro:IPR002155" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR020613" + /db_xref="InterPro:IPR020616" + /db_xref="InterPro:IPR020617" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4G6" + /translation="MTEAYVIDAVRTAVGKRGGALAGIHPVDLGALAWRGLLDRTDID + PAAVDDVIAGCVDAIGGQAGNIARLSWLAAGYPEEVPGVTVDRQCGSSQQAISFGAQA + IMSGTADVIVAGGVQNMSQIPISSAMTVGEQFGFTSPTNESKQWLHRYGDQEISQFRG + SELIAEKWNLSREEMERYSLTSHERAFAAIRAGHFENEIITVETESGPFRVDEGPRES + SLEKMAGLQPLVEGGRLTAAMASQISDGASAVLLASERAVKDHGLRPRARIHHISARA + ADPVFMLTGPIPATRYALDKTGLAIDDIDTVEINEAFAPVVMAWLKEIKADPAKVNPN + GGAIALGHPLGATGAKLFTTMLGELERIGGRYGLQTMCEGGGTANVTIIERL" + gene complement(3944657..3945259) + /locus_tag="BQ2027_MB3587C" + CDS complement(3944657..3945259) + /locus_tag="BQ2027_MB3587C" + /note="Mb3587c, -, len: 200 aa. Equivalent to Rv3557c, + len: 200 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 200 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, tetR family, similar to other + e.g. Q9RRV9|DR2376 from Deinococcus radiodurans (197 aa) + FASTA scores: opt: 326, E(): 2.3e-14, (31.2% identity in + 189 aa overlap); Q9HZW2|PA2885 from Pseudomonas aeruginosa + (198 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): 3.5e-13, (31.55% + identity in 187 aa overlap); Q9RFR4 from Pseudomonas + fluorescens (207 aa), FASTA scores: opt: 291, E(): + 4.7e-12, (29.75% identity in 195 aa overlap); + Q9K8P5|BH2958 from Bacillus halodurans (215 aa), FASTA + scores: opt: 271, E(): 9.9e-11, (23.95% identity in 192 aa + overlap); etc. Also similar to proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53641|Rv0158|MTV032.01 (214 aa), FASTA + scores: opt: 232, E(): 3.5e-08, (25.5% identity in 192 aa + overlap); and O06169|Rv2506|MTCY07A7.12 (215 aa), FASTA + scores: opt: 215, E(): 4.5e-07, (35.15% identity in 148 aa + overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO THE TETR/ACRR FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb3587c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3587c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein (probably + tetr-family)" + /protein_id="SIU02214.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4J0" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="InterPro:IPR041490" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J0" + /translation="MDRVAGQVNSRRGELLELAAAMFAERGLRATTVRDIADGAGILS + GSLYHHFASKEEMVDELLRGFLDWLFARYRDIVDSTANPLERLQGLFMASFEAIEHHH + AQVVIYQDEAQRLASQPRFSYIEDRNKQQRKMWVDVLNQGIEEGYFRPDLDVDLVYRF + IRDTTWVSVRWYRPGGPLTAQQVGQQYLAIVLGGITKEGV" + gene 3945608..3947266 + /gene="PPE64" + /locus_tag="BQ2027_MB3588" + CDS 3945608..3947266 + /gene="PPE64" + /locus_tag="BQ2027_MB3588" + /note="Mb3588, PPE64, len: 552 aa. Equivalent to Rv3558, + len: 552 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 552 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of glycine-rich + proteins, similar to many e.g. P71868|Rv3533c|MTCY03C7.23 + (582 aa), FASTA scores: opt: 1908, E(): 1.7e-83, (58.5% + identity in 583 aa overlap). Protein product from Mb3588 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3588 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe64" + /protein_id="SIU02215.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR002989" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y660" + /translation="MAHFSVLPPEINSLRMYLGAGSAPMLQAAAAWDGLAAELGTAAS + SFSSVTTGLTGQAWQGPASAAMAAAAAPYAGFLTTASAQAQLAAGQAKAVASVFEAAK + AAIVPPAAVAANREAFLALIRSNWLGLNAPWIAAVESLYEEYWAADVAAMTGYHAGAS + QAAAQLPLPAGLQQFLNTLPNLGIGNQGNANLGGGNTGSGNIGNGNKGSSNLGGGNIG + NNNIGSGNRGSDNFGAGNVGTGNIGFGNQGPIDVNLLATPGQNNVGLGNIGNNNMGFG + NTGDANTGGGNTGNGNIGGGNTGNNNFGFGNTGNNNIGIGLTGNNQMGINLAGLLNSG + SGNIGIGNSGTNNIGLFNSGSGNIGVFNTGANTLVPGDLNNLGVGNSGNANIGFGNAG + VLNTGFGNASILNTGLGNAGELNTGFGNAGFVNTGFDNSGNVNTGNGNSGNINTGSWN + AGNVNTGFGIITDSGLTNSGFGNTGTDVSGFFNTPTGPLAVDVSGFFNTASGGTVING + QTSGIGNIGVPGTLFGSVRSGLNTGLFNMGTAISGLFNLRQLLG" + gene complement(3947275..3948063) + /locus_tag="BQ2027_MB3589C" + CDS complement(3947275..3948063) + /locus_tag="BQ2027_MB3589C" + /note="Mb3589c, -, len: 262 aa. Equivalent to Rv3559c, + len: 262 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 262 aa overlap). Putative + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases e.g. Q9F5J1|SIM-NJ1|SIMD2 PUTATIVE + 3-KETO-ACYL-REDUCTASE (SDR FAMILY) from Streptomyces + antibioticus (273 aa), FASTA scores: opt: 510, E(): + 2.8e-24, (40.15% identity in 249 aa + overlap);Q9L2C9|SC7A8.29 PUTATIVE DEHYDROGENASE from + Streptomyces coelicolor (255 aa), FASTA scores: opt: 500, + E(): 1.1e-23, (41.4% identity in 239 aa overlap); + Q9HQ41|FABG|VNG1341G 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] + REDUCTASE from Halobacterium sp. strain NRC-1 (255 aa) + FASTA scores: opt: 500, E(): 1.1e-23, (40.0% identity in + 250 aa overlap); etc. Also similar to oxidoreductases from + Mycobacterium tuberculosis eg + Q11020|YD50_MYCTU|FABG2|Rv1350|MT1393|MTCY02B10.14 + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE (247 aa), FASTA scores: opt: 497, + E(): 1.6e-23, (39.2% identity in 245 aa overlap). Protein + product from Mb3589c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable oxidoreductase" + /protein_id="SIU02216.1" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y547" + /translation="MNLSVAPKEIAGHGLLDGKVVVVTAAAGTGIGSATARRALAEGA + DVVISDHHERRLGETAAELSALGLGRVEHVVCDVTSTAQVDALIDSTTARMGRLDVLV + NNAGLGGQTPVADMTDDEWDRVLDVSLTSVFRATRAALRYFRDAPHGGVIVNNASVLG + WRAQHSQSHYAAAKAGVMALTRCSAIEAAEYGVRINAVSPSIARHKFLDKTASAELLD + RLVAGEAFGRAAEPWEVAATIAFLASDYSSYLTGEVISVSCQHP" + gene complement(3948060..3949217) + /gene="fadE30" + /locus_tag="BQ2027_MB3590C" + CDS complement(3948060..3949217) + /gene="fadE30" + /locus_tag="BQ2027_MB3590C" + /note="Mb3590c, fadE30, len: 385 aa. Equivalent to + Rv3560c, len: 385 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 385 aa overlap). + Probable fadE30, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many e.g. Q9I4V2|PA1022 from Pseudomonas + aeruginosa (381 aa), FASTA scores: opt: 845, E(): 1.6e-47, + (39.2% identity in 388 aa overlap); Q9A5G9|CC2478 from + Caulobacter crescentus (407 aa), FASTA scores: opt: 734, + E(): 2.8e-40, (35.5% identity in 386 aa overlap); + Q9RJX2|SCF37.29c from Streptomyces coelicolor (393 aa), + FASTA scores: opt: 656, E(): 3.2e-35, (37.9% identity in + 351 aa overlap); etc. Also similar to acyl-CoA + dehydrogenases from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P95280|FADE17|Rv1934c|MTCY09F9.30 (409 aa), FASTA scores: + opt: 939, E(): 1.4e-53, (43.8% identity in 404 aa + overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES + FAMILY. Protein product from Mb3590c detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE30" + /protein_id="SIU02217.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4H6" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4H6" + /translation="MQDVEEFRAQVRGWLADNLAGEFAALKGLGGPGREHEAFEERRA + WNQRLAAAGLTCLGWPEEHGGRGLSTAHRVAFYEEYARADAPDKVNHFGEELLGPTLI + AFGTPQQQRRFLPRIRDVTELWCQGYSEPGAGSDLASVATTAELDGDQWVINGQKVWT + SLAHLSQWCFVLARTEKGSQRHAGLSYLLVPLDQPGVQIRPIVQITGTAEFNEVFFDD + ARTDADLVVGAPGDGWRVAMATLTFERGVSTLGQQIVYARELSNLVELARRTAAADDP + LIRERLTRAWTGLRAMRSYALATMEGPAVEQPGQDNVSKLLWANWHRNLGELAMDVIG + KPGMTMPDGEFDEWQRLYLFTRADTIYGGSNEIQRNIIAERVLGLPREAKG" + gene 3949265..3950788 + /gene="fadD3" + /locus_tag="BQ2027_MB3591" + CDS 3949265..3950788 + /gene="fadD3" + /locus_tag="BQ2027_MB3591" + /note="Mb3591, fadD3, len: 507 aa. Equivalent to Rv3561, + len: 507 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 507 aa overlap). Probable fadD3, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), similar to many + substrate-CoA symthetases/ligases e.g. Q9KBC2|BH2006 + LONG-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE from Bacillus halodurans + (513 aa), FASTA scores: opt: 821, E(): 1.6e-43, (32.9% + identity in 517 aa overlap); Q9EY88|FCS FERULOYL-COA + SYNTHETASE from Amycolatopsis sp. HR167 (491 aa) FASTA + scores: opt: 767, E(): 3.5e-40, (37.65% identity in 502 aa + overlap); Q9ZIP5|MATB MALONYL CoA SYNTHETASE from + Rhizobium leguminosarum (504 aa), FASTA scores: opt: 758, + E(): 1.3e-39, (33.7% identity in 472 aa overlap); + Q9CD27|FADD2|ML2546 ACYL-COA SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (548 aa), FASTA scores: opt: 700, E(): 5.6e-36, + (31.85% identity in 515 aa overlap); + P29212|LCFA_ECOLI|FADD|OLDD|B1805 + LONG-CHAIN-FATTY-ACID--COA LIGASE from Escherichia coli + strain K12 (561 aa), FASTA scores: opt: 532, E(): 6.3e-28, + (30.0% identity in 533 aa overlap); etc. Also similar to + other from Mycobacterium tuberculosis eg + O53306|FADD13|Rv3089|MTV013.10 (503 aa), FASTA scores: + opt: 819, E(): 2.1e-43, (35.1% identity in 490 aa + overlap). Contains PS00455 Putative AMP-binding domain + signature. Protein product from Mb3591 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3591 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE FATTY-ACID-COA LIGASE FADD3 + (FATTY-ACID-COA SYNTHETASE) (FATTY-ACID-COA SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02218.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4L9" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L9" + /translation="MINDLRTVPAALDRLVRQLPDHTALIAEDRRFTSTELRDAVYGA + AAALIALGVEPADRVAIWSPNTWHWVVACLAIHHAGAAVVPLNTRYTATEATDILDRA + GAPVLFAAGLFLGADRAAGLDRAALPALRHVVRVPVEADDGTWDEFIATGAGALDAVA + ARAAAVAPQDVSDILFTSGTTGRSKGVLCAHRQSLSASASWAANGKITSDDRYLCINP + FFHNFGYKAGILACLQTGATLIPHVTFDPLHALRAIERHRITVLPGPPTIYQSLLDHP + ARKDFDLSSLRFAVTGAATVPVVLVERMQSELDIDIVLTAYGLTEANGMGTMCRPEDD + AVTVATTCGRPFADFELRIADDGEVLLRGPNVMVGYLDDTEATAAAIDADGWLHTGDI + GAVDQAGNLRINDRLKDMYICGGFNVYPAEVEQVLARMDGVADAAVIGVPDQRLGEVG + RAFVVARPGTGLDEASVIAYTREHLANFKTPRSVRFVDVLPRNAAGKVSKPQLRELG" + gene 3950789..3951922 + /gene="fadE31" + /locus_tag="BQ2027_MB3592" + CDS 3950789..3951922 + /gene="fadE31" + /locus_tag="BQ2027_MB3592" + /note="Mb3592, fadE31, len: 377 aa. Equivalent to Rv3562, + len: 377 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 377 aa overlap). Probable fadE31, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + Q9RJX2|SCF37.29c from Streptomyces coelicolor (393 aa), + FASTA scores: opt: 657, E(): 1.7e-34, (36.45% identity in + 351 aa overlap); Q9A5G9|CC2478 from Caulobacter crescentus + (407 aa), FASTA scores: opt: 653, E(): 3.2e-34, (33.95% + identity in 392 aa overlap); Q9EX72|MLHC from Rhodococcus + erythropolis (324 aa) FASTA scores: opt: 631, E(): + 6.5e-33, (36.95% identity in 330 aa overlap); + P45867|ACDA_BACSU|ACD from Bacillus subtilis (379 aa), + FASTA scores: opt: 347, E(): 1e-15, (28.6% identity in 385 + aa overlap); etc. Also similar to other from Mycobacterium + tuberculosis e.g. P96842|FADE30|Rv3560c|MTCY06G11.07c (385 + aa), FASTA scores: opt: 843, E(): 2.3e-46, (38.95% + identity in 380 aa overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb3592 + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE31" + /protein_id="SIU02219.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4M5" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4M5" + /translation="MDLNFDDETLAFQAEVREFLAANAASIPTKSYDNAEGFAQHRYW + DRVLFDAGLSVITWPAKYGGRDAPLLHWIVFEEEYFRAGAPGRASANGTSMLAPTLFA + HGTAEQLDRILPKMASGEQIWAQAWSEPESGSDLASLRSTASKVDGGWLLNGQKIWSS + RAPFADMGFGLFRSDPAVERHRGLTYFMFDLKAKGVTVRPIAQLGGDTGFGEIFLDDV + FVPDRDVIGAPNDGWRAAMSTSSNERGMSLRSPARFLASAERLVQLWKDRGSPPEFAD + RVADAWIKAQAYRLQTFGTVTRLAAGGELGAESSVTKVFWSELDVHLHQTALDLRGAD + GELAGPWTEGLLFALGGPIYAGTNEIQRNIIAERLLGLPREKT" + gene 3951919..3952878 + /gene="fadE32" + /locus_tag="BQ2027_MB3593" + CDS 3951919..3952878 + /gene="fadE32" + /locus_tag="BQ2027_MB3593" + /note="Mb3593, fadE32, len: 319 aa. Equivalent to Rv3563, + len: 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 319 aa overlap). Probable fadE32, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + Q9I4V4|PA1020 from Pseudomonas aeruginosa (370 aa), FASTA + scores: opt: 347, E(): 7.6e-14, (35.15% identity in 333 aa + overlap); Q9RJX3|SCF37.28c from Streptomyces coelicolor + (362 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 5.3e-11, (32.4% + identity in 349 aa overlap); Q9A5G8|CC2479 from + Caulobacter crescentus (344 aa), FASTA scores: opt: 285, + E(): 4.1e-10, (30.4% identity in 329 aa overlap); + P45857|ACDB_BACSU|MMGC from Bacillus subtilis (379 aa), + FASTA scores: opt: 230, E(): 1.1e-07, (25.5% identity in + 357 aa overlap); etc. Also similar to other from + Mycobacterium tuberculosis eg + P96846|FADE33|Rv3564|MTCY06G11.11 (318 aa), FASTA scores: + opt: 478, E(): 7.6e-22, (32.9% identity in 292 aa + overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES + FAMILY. Protein product from Mb3593 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE32" + /protein_id="SIU02220.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4I6" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I6" + /translation="MTMEFALNEQQRDFAASIDAALGAADLPGVVRAWAAGDVAPGRK + VWQQLANLGVTALGVAEKFDGLGASPVDLVVALERLGRWCVPGPVTESIAVAPILLAH + DDRAERSHGLASGELIATVAMPPRVPRAVDADTAGLVLLAGDGSVTEGTPGDCHRSVD + PSRRLYEVAASGQAWRAPKDVVARAYEFGALATAAQLVGAGQALLEAAVNYAKQRTQF + GRAIGSYQAIKHKLADVHIAIELACPLVYGAAVSLEPRDVSAAKAAASEAALLAARSA + LQTHGAIGFTCEHDLSLWLLRVQALHSAWGTPQEHRRRVLEAL" + gene 3952875..3953831 + /gene="fadE33" + /locus_tag="BQ2027_MB3594" + CDS 3952875..3953831 + /gene="fadE33" + /locus_tag="BQ2027_MB3594" + /note="Mb3594, fadE33, len: 318 aa. Equivalent to Rv3564, + len: 318 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 318 aa overlap). Probable fadE33, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to others + e.g. Q9A5G8|CC2479 from Caulobacter crescentus (344 aa), + FASTA scores: opt: 373, E(): 1.9e-15, (34.3% identity in + 338 aa overlap); Q9I4V4|PA1020 from Pseudomonas aeruginosa + (370 aa), FASTA scores: opt: 277, E(): 1.4e-09, (31.95% + identity in 335 aa overlap); Q9X7Y6|SC6A5.40c from + Streptomyces coelicolor (395 aa), FASTA scores: opt: 273, + E(): 2.5e-09, (30.1% identity in 352 aa overlap); + P45857|ACDB_BACSU|MMGC from Bacillus subtilis (379 aa), + FASTA scores: opt: 478, E(): 7.9e-22, (32.9% identity in + 292 aa overlap); etc. Also similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96845|FADE32|Rv3563|MTCY06G11.10 (319 aa), FASTA scores: + opt: 478, E(): 7.9e-22, (32.9% identity in 292 aa + overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES + FAMILY. Protein product from Mb3594 detected using SWATH + mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE33" + /protein_id="SIU02221.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4J2" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J2" + /translation="MTPPEERQMLRETVASLVAKHAGPAAVRAAMASDRGYDESLWRL + LCEQVGAAALVIPEELGGAGGELADAAIVVQELGRALVPSPLLGTTLAELALLAAAKP + DAQALTELAQGSAIGALVLDPDYVVNGDIADIVVAATSGQLTRWTRFSAQPVATMDPT + RRLARLQSEETEPLCPDPGIADTAAILLAAEQIGAAERCLQLTVEYAKSRVQFGRPIG + SFQALKHRMADLYVTIAAARAVVADACHAPTPTNAATARLAASEALSTAAAEGIQLHG + GIAITWEHDMHLYFKRAHGSAQLLESPREVLRRLESEVWESP" + gene 3953828..3954994 + /gene="aspB" + /locus_tag="BQ2027_MB3595" + CDS 3953828..3954994 + /gene="aspB" + /locus_tag="BQ2027_MB3595" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3595, aspB, len: 388 aa. Equivalent to Rv3565, + len: 388 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 388 aa overlap). Possible aspB, + aspartate aminotransferase (EC 2.6.1.1), similar to many + e.g. Q9A5J2|CC2455 AMINOTRANSFERASE CLASS I from + Caulobacter crescentus (381 aa), FASTA scores: opt: 1112, + E(): 1e-61, (45.85% identity in 384 aa overlap); + Q9HV76|PA4722 PROBABLE AMINOTRANSFERASE from Pseudomonas + aeruginosa (390 aa), FASTA scores: opt: 863, E(): 3.1e-46, + (37.2% identity in 390 aa overlap); Q9RWP3|DR0623 + ASPARTATE AMINOTRANSFERASE from Deinococcus radiodurans + (388 aa), FASTA scores: opt: 713, E(): 6.3e-37, (35.5% + identity in 383 aa overlap); Q9HQK2|ASPC2|VNG1121G + ASPARTATE AMINOTRANSFERASE from Halobacterium sp. strain + NRC-1 (391 aa), FASTA scores: opt: 710, E(): 9.8e-37, + (34.45% identity in 380 aa overlap); O33822|AAT_THEAQ|ASPC + ASPARTATE AMINOTRANSFERASE from Thermus aquaticus (383 + aa), FASTA scores: opt: 695, E(): 8.2e-36, (35.1% identity + in 376 aa overlap); etc. Contains PS00105 + Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment + site. BELONGS TO CLASS-I OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT + AMINOTRANSFERASES. COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE (BY + SIMILARITY). Protein product from Mb3595 detected using + SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ASPARTATE AMINOTRANSFERASE ASPB + (TRANSAMINASE A) (ASPAT) (GLUTAMIC--OXALOACETIC + TRANSAMINASE) (GLUTAMIC--ASPARTIC TRANSAMINASE)" + /protein_id="SIU02222.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4K8" + /db_xref="InterPro:IPR004838" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K8" + /translation="MTDRVALRAGVPPFYVMDVWLAAAERQRTHGDLVNLSAGQPSAG + APEPVRAAAAAALHLNQLGYSVALGIPELRDAIAADYQRRHGITVEPDAVVITTGSSG + GFLLAFLACFDAGDRVAMASPGYPCYRNILSALGCEVVEIPCGPQTRFQPTAQMLAEI + DPPLRGVVVASPANPTGTVIPPEELAAIASWCDASDVRLISDEVYHGLVYQGAPQTSC + AWQTSRNAVVVNSFSKYYAMTGWRLGWLLVPTVLRRAVDCLTGNFTICPPVLSQIAAV + SAFTPEATAEADGNLASYAINRSLLLDGLRRIGIDRLAPTDGAFYVYADVSDFTSDSL + AFCSKLLADTGVAIAPGIDFDTARGGSFVRISFAGPSGDIEEALRRIGSWLPSQ" + gene complement(3954959..3955810) + /gene="nat" + /locus_tag="BQ2027_MB3596C" + CDS complement(3954959..3955810) + /gene="nat" + /locus_tag="BQ2027_MB3596C" + /note="Mb3596c, nat, len: 283 aa. Equivalent to Rv3566c, + len: 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis H37Rv, + (100.0% identity in 283 aa overlap). nat (alternate gene + name: nhoA), arylamine N-acetyltransferase (EC 2.3.1.5) + (see citation below), highly similar to O86309|NAT_MYCSM + ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE from Mycobacterium smegmatis + (see citation below) (275 aa), FASTA scores: opt: 1114, + E(): 3e-66, (60.95% identity in 274 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q98D42|BAB51429|MLR4870 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (278 aa), FASTA + scores: opt: 697, E(): 1.1e-38, (44.1% identity in 272 aa + overlap); P77567|NHOA_ECOLI|B1463 from Escherichia coli + strain K12 (281 aa), FASTA scores: opt: 537, E(): 4.4e-28, + (38.85% identity in 273 aa overlap); Q00267|NHOA_SALTY + from Salmonella typhimurium (281 aa), FASTA scores: opt: + 507, E(): 4.3e-26, (34.8% identity in 273 aa overlap); + etc. BELONGS TO THE ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE FAMILY. + Note that previously known as nhoA (332 aa) and that + nucleotide 4007874 has been changed since first submission + (G deleted). Protein product from Mb3596c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3596c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT (ARYLAMINE + ACETYLASE)" + /protein_id="SIU02223.1" + /db_xref="GOA:P0A5L9" + /db_xref="InterPro:IPR001447" + /db_xref="InterPro:IPR038765" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5L9" + /translation="MALDLTAYFDRINYRGATDPTLDVLQDLVTVHSRTIPFENLDPL + LGVPVDDLSPQALADKLVLRRRGGYCFEHNGLMGYVLAELGYRVRRFAARVVWKLAPD + APLPPQTHTLLGVTFPGSGGCYLVDVGFGGQTPTSPLRLETGAVQPTTHEPYRLEDRV + DGFVLQAMVRDTWQTLYEFTTQTRPQIDLKVASWYASTHPASKFVTGLTAAVITDDAR + WNLSGRDLAVHRAGGTEKIRLADAAAVVDTLSERFGINVADIGERGALETRIDELLAR + QPGADAP" + gene complement(3955795..3956061) + /locus_tag="BQ2027_MB3597C" + CDS complement(3955795..3956061) + /locus_tag="BQ2027_MB3597C" + /note="Mb3597c, -, len: 88 aa. Equivalent to Rv3566A, len: + 88 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 88 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3597c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02224.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K0" + /translation="MSGADPPTRRAFGQMARAATGWVSVSGQFAVAADTCRCEGTLFA + VDPETHVANHNRCDIVGRLRDERPNTLRSVRRGDEVRMATWHWI" + gene complement(3956347..3956910) + /gene="hsab" + /locus_tag="BQ2027_MB3598C" + CDS complement(3956347..3956910) + /gene="hsab" + /locus_tag="BQ2027_MB3598C" + /note="Mb3598c, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv3567c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 187 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to various + oxidoreductases and hypothetical proteins e.g. O69360 + ORF61 PROTEIN from Rhodococcus erythropolis (194 aa) FASTA + scores: opt: 974, E(): 3e-59, (77.05% identity in 183 aa + overlap); Q9JN75|MMYF PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Streptomyces coelicolor (174 aa), FASTA scores: opt: 451, + E(): 1e-23, (43.65% identity in 158 aa overlap); + P54990|NTAB_CHEHE|NMOB NITRILOTRIACETATE MONOOXYGENASE + COMPONENT B (EC 1.14.13.-) from Chelatobacter heintzii + (322 aa), FASTA scores: opt: 409, E(): 1.3e-20, (38.3% + identity in 167 aa overlap)Chelatobacter heintzii; + AAK62356 PUTATIVE NADH:FMN OXIDOREDUCTASE from + Burkholderia sp. DBT1 (177 aa), FASTA scores: opt: 360, + E(): 1.6e-17, (36.15% identity in 155 aa overlap). Mb3598c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase. possible + 3-hydroxy-9,10-seconandrost-1,3,5(10)-triene-9,17-dione + hydroxylase." + /protein_id="SIU02225.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y661" + /db_xref="InterPro:IPR002563" + /db_xref="InterPro:IPR012349" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y661" + /translation="MSAQIDPRTFRSVLGQFCTGITVITTVHDDVPVGFACQSFAALS + LEPPLVLFCPTKVSRSWQAIEASGRFCVNVLTEKQKDVSARFGSKEPDKFAGIDWRPS + ELGSPIIEGSLAYIDCTVASVHDGGDHFVVFGAVESLSEVPAVKPRPLLFYRGDYTGI + EPEKTTPAHWRDDLEAFLTTTTQDTWL" + gene complement(3956925..3957827) + /gene="hsac" + /locus_tag="BQ2027_MB3599C" + CDS complement(3956925..3957827) + /gene="hsac" + /locus_tag="BQ2027_MB3599C" + /note="Mb3599c, bphC, len: 300 aa. Equivalent to Rv3568c, + len: 300 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 300 aa overlap). Probable bphC, + 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.39), + highly similar to other e.g. Q9KWQ5|BPHC5 from Rhodococcus + sp. RHA1 (300 aa), FASTA scores: opt: 1715, E(): 3.8e-103, + (82.15% identity in 297 aa overlap); O50479|EDOB from + Rhodococcus rhodochrous (300 aa) FASTA scores: opt: 1714, + E(): 4.4e-103, (82.5% identity in 297 aa overlap); + O69359|BPHC6 from Rhodococcus erythropolis (300 aa), FASTA + scores: opt: 1647, E(): 9.1e-99, (78.25% identity in 299 + aa overlap); Q9RBT2|BPHC1 from Pseudomonas sp. SY5 (301 + aa) Pseudomonas sp. SY5 (298 aa) FASTA scores: opt: 767, + E(): 3.9e-42, (42.8% identity in 299 aa overlap); + P47228|BPHC_BURCE from Burkholderia cepacia (Pseudomonas + cepacia) (297 aa), FASTA scores: opt: 670, E(): 6.8e-36, + (40.55% identity in 296 aa overlap); etc. Contains PS00082 + Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. BELONGS TO + THE EXTRADIOL RING-CLEAVAGE DIOXYGENASE FAMILY. Mb3599c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="3,4-dhsa dioxygenase" + /protein_id="SIU02226.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y552" + /db_xref="InterPro:IPR000486" + /db_xref="InterPro:IPR004360" + /db_xref="InterPro:IPR029068" + /db_xref="InterPro:IPR037523" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y552" + /translation="MSIRSLGYLRIEATDMAAWREYGLKVLGMVEGKGAPEGALYLRM + DDFPARLVVVPGEHDRLLEAGWECANAEGLQEIRNRLDLEGTPYKEATAAELADRRVD + EMIRFADPSGNCLEVFHGTALEHRRVVSPYGHRFVTGEQGMGHVVLSTRDDAEALHFY + RDVLGFRLRDSMRLPPRMVGRPADGPPAWLRFFGCNPRHHSLAFLPMPTSSGIVHLMV + EVEQADDVGLCLDRALRRKVPMSATLGRHVNDLMLSFYMKTPGGFDIEFGCEGRQVDD + RDWIARESTAVSLWGHDFTVGARG" + gene complement(3957824..3958699) + /gene="hsad" + /locus_tag="BQ2027_MB3600C" + CDS complement(3957824..3958699) + /gene="hsad" + /locus_tag="BQ2027_MB3600C" + /note="Mb3600c, bphD, len: 291 aa. Equivalent to Rv3569c, + len: 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Probable bphD, + 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase (EC + 3.7.1.-), highly similar to others e.g. Q9KWQ6|BPHD2 from + Rhodococcus sp. RHA1 (292 aa), FASTA scores: opt: 1468, + E(): 1.3e-85, (75.5% identity in 294 aa overlap); Q52036 + from Pseudomonas putida (286 aa), FASTA scores: opt: 785, + E(): 1.9e-42, (45.1% identity in 295 aa overlap); + Q52011|BPHD from Pseudomonas pseudoalcaligenes (286 aa), + FASTA scores: opt: 774, E(): 9.3e-42, (44.05% identity in + 295 aa overlap); P47229|BPHD_BURCE from Burkholderia + cepacia (Pseudomonas cepacia) (286 aa) FASTA scores: opt: + 772, E(): 1.2e-41, (44.5% identity in 295 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A. + SIMILAR TO ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD. Protein product from + Mb3600c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3600c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="4,9-dhsa hydrolase" + /protein_id="SIU02227.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4I4" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I4" + /translation="MTATEELTFESTSRFAEVDVDGPLKLHYHEAGVGNDQTVVLLHG + GGPGAASWTNFSRNIAVLARHFHVLAVDQPGYGHSDKRAEHGQFNRYAAMALKGLFDQ + LGLGRVPLVGNSLGGGTAVRFALDYPARAGRLVLMGPGGLSINLFAPDPTEGVKRLSK + FSVAPTRENLEAFLRVMVYDKNLITPELVDQRFALASTPESLTATRAMGKSFAGADFE + AGMMWREVYRLRQPVLLIWGREDRVNPLDGALVALKTIPRAQLHVFGQCGHWVQVEKF + DEFNKLTIEFLGGGR" + gene complement(3958714..3959898) + /gene="hsaa" + /locus_tag="BQ2027_MB3601C" + CDS complement(3958714..3959898) + /gene="hsaa" + /locus_tag="BQ2027_MB3601C" + /note="Mb3601c, -, len: 394 aa. Equivalent to Rv3570c, + len: 394 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 394 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), most similar to hydroxylases + and oxygenases (and also some similarity to acyl-coa + dehydrogenases) e.g. O69349 HYDROXYLASE from Rhodococcus + erythropolis (393 aa), FASTA scores: opt: 958, E(): + 1.1e-53, (39.95% identity in 383 aa overlap); + P26698|PIGM_RHOSO PIGMENT PROTEIN from Rhodococcus sp. + strain ATCC 21145 (387 aa), FASTA scores: opt: 665, E(): + 5.4e-35, (32.2% identity in 382 aa overlap); Q9ZGA9|LANZ5 + OXYGENASE HOMOLOG from Streptomyces cyanogenus (397 aa) + FASTA scores: opt: 588, E(): 4.5e-30, (30.55% identity in + 386 aa overlap); Q9F0J3|NCNH HYDROXYLASE from Streptomyces + arenae (405 aa), FASTA scores: opt: 580, E(): 1.5e-29, + (31.25% identity in 336 aa overlap); O69789|BPFA INDOLE + DIOXYGENASE from Rhodococcus opacus (399 aa), FASTA + scores: opt: 558, E(): 3.7e-28, (31.8% identity in 387 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3601c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3601c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase. possible + 3-hydroxy-9,10-seconandrost-1,3,5(10)-triene-9,17-dione + hydroxylase." + /protein_id="SIU02228.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4N0" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013107" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4N0" + /translation="MTSIQQRDAQSVLAAIDDLLPEIRDRAQATEDLRRLPDETVKAL + DDVGFFTLLQPQQWGGLQCDPALFFEATRRLASVCGSTGWVSSIVGVHNWHLALFDQR + AQEEVWGEDPSTRISSSYAPMGAGVVVDGGYLVNGSWNWSSGCDHASWTFVGGPVIKD + GRPVDFGSFLIPRSEYEIKDVWYVVGLRGTGSNTLVVKDVFVPRHRFLSYKAMNDHTA + GGLATNSAPVYKMPWGTMHPTTISAPIVGMAYGAYAAHVEHQGKRVRAAFAGEKAKDD + PFAKVRIAEAASDIDAAWRQLIGNVSDEYALLAAGKEIPFELRARARRDQVRATGRSI + ASIDRLFEASGATALSNEAPIQRFWRDAHAGRVHAANDPERAYVIFGNHEFGLPPGDT + MV" + gene 3960045..3961121 + /gene="kshb" + /locus_tag="BQ2027_MB3602" + CDS 3960045..3961121 + /gene="kshb" + /locus_tag="BQ2027_MB3602" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3602, hmp, len: 358 aa. Equivalent to Rv3571, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 358 aa overlap). Possible hmp, + oxidoreductase, hemoglobine-related protein (see citation + below) (EC 1.-.-.-), similar to several e.g. Q44253|ATDA5 + ANILINE DIOXYGENASE REDUCTASE COMPONENT from Acinetobacter + sp (336 aa) FASTA scores: opt: 748, E(): 1.5e-38, (34.95% + identity in 346 aa overlap); P95533|TDNB ELECTRON TRANSFER + PROTEIN from Pseudomonas putida (337 aa), FASTA scores: + opt: 723, E(): 5.2e-37, (36.35% identity in 341 aa + overlap); AAK65059|SMA0752 POSSIBLE DIOXYGENASE REDUCTASE + SUBUNIT from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + (353 aa) FASTA scores: opt: 495, E(): 4.9e-23, (31.9% + identity in 345 aa overlap); P76081|PAAE_ECOLI|B1392 + PROBABLE PHENYLACETIC ACID DEGRADATION NADH OXIDOREDUCTASE + (356 aa), FASTA scores: opt: 364, E(): 5.1e-15, (34.45% + identity in 357 aa overlap); Q9L131|HMPA FLAVOHEMOPROTEIN + from Streptomyces coelicolor (398 aa), FASTA scores: opt: + 352, E(): 3e-14, (32.8% identity in 247 aa overlap); etc. + Contains PS00197 2Fe-2S ferredoxins, iron-sulfur binding + region signature. Note that it has been shown hmp + transcription increased at early stationary phase and is + lower at late stationary phase and during exponential + growth. Protein product from Mb3602 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3602 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="reductase component of + 3-ketosteroid-9-alpha-hydroxylase kshb" + /protein_id="SIU02229.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P1" + /db_xref="InterPro:IPR001041" + /db_xref="InterPro:IPR001433" + /db_xref="InterPro:IPR001709" + /db_xref="InterPro:IPR006058" + /db_xref="InterPro:IPR008333" + /db_xref="InterPro:IPR012675" + /db_xref="InterPro:IPR017927" + /db_xref="InterPro:IPR017938" + /db_xref="InterPro:IPR036010" + /db_xref="InterPro:IPR039261" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P1" + /translation="MTEAIGDEPLGDHVLELQIAEVVDETDEARSLVFAVPDGSDDPE + IPPRRLRYAPGQFLTLRVPSERTGSVARCYSLCSSPYTDDALAVTVKRTADGYASNWL + CDHAQVGMRIHVLAPSGNFVPTTLDADFLLLAAGSGITPIMSICKSALAEGGGQVTLL + YANRDDRSVIFGDALRELAAKYPDRLTVLHWLESLQGLPSASALAKLVAPYTDRPVFI + CGPGPFMQAARDALAALKVPAQQVHIEVFKSLESDPFAAVKVDDSGDEAPATAVVELD + GQTHTVSWPRTAKLLDVLLAAGLDAPFSCREGHCGACACTLRAGKVNMGVNDVLEQQD + LDEGLILACQSRPESDSVEVTYDE" + gene 3961139..3961669 + /locus_tag="BQ2027_MB3603" + CDS 3961139..3961669 + /locus_tag="BQ2027_MB3603" + /note="Mb3603, -, len: 176 aa. Equivalent to Rv3572, len: + 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3603 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3603 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02230.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J7" + /translation="MTRLIPGCTLVGLMLTLLPAPTSAAGSNTATTLFPVDEVTQLET + HTFLDCHPNGSCDFVAGANLRTPDGPTGFPPGLWARQTTEIRSTNRLAYLDAHATSQF + ERVMKAGGSDVITTVYFGEGPPDKYQTTGVIDSTNWSTGQPMTDVNVIVCTHMQVVYP + GVNLTSPSTCAQANFS" + gene complement(3961705..3963840) + /gene="fadE34" + /locus_tag="BQ2027_MB3604C" + CDS complement(3961705..3963840) + /gene="fadE34" + /locus_tag="BQ2027_MB3604C" + /note="Mb3604c, fadE34, len: 711 aa. Equivalent to + Rv3573c, len: 711 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 711 aa overlap). + Probable fadE34, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to others, especially in C-terminal half, e.g. + Q9RJX2|SCF37.29c from Streptomyces coelicolor (393 aa) + FASTA scores: opt: 780, E(): 2.8e-39, (44.1% identity in + 347 aa overlap); Q9A6N8|CC2049 from Caulobacter crescentus + (401 aa), FASTA scores: opt: 705, E(): 8.7e-35, (41.5% + identity in 342 aa overlap); Q9EX72|MLHC from Rhodococcus + erythropolis (324 aa), FASTA scores: opt: 673, E(): + 6.1e-33, (42.05% identity in 283 aa overlap); + P41367|ACDM_PIG|ACADM from Sus scrofa (Pig)(421 aa) FASTA + scores: opt: 325, E(): 4.9e- 13, (28.5% identity in 368 aa + overlap); etc. Also similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. P95097|FADE22|Rv3061c|MTCY22D7.20 (721 + aa), FASTA scores: opt: 1635, E(): 2.7e-90, (42.65% + identity in 729 aa overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA + DEHYDROGENASES FAMILY. Protein product from Mb3604c + detected using SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE34" + /protein_id="SIU02231.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4J8" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR013786" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR037069" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4J8" + /translation="MVATVTDEQSAARELVRGWARTAASGAAATAAVRDMEYGFEEGN + ADAWRPVFAGLAGLGLFGVAVPEDCGGAGGSIEDLCAMVDEAARALVPGPVATTAVAT + LVVSDPKLRSALASGERFAGVAIDGGVQVDPKTSTASGTVGRVLGGAPGGVVLLPADG + NWLLVDTACDEVVVEPLRATDFSLPLARMVLTSAPVTVLEVSGERVEDLAATVLAAEA + AGVARWTLDTAVAYAKVREQFGKPIGSFQAVKHLCAQMLCRAEQADVAAADAARAAAD + SDGTQLSIAAAVAASIGIDAAKANAKDCIQVLGGIGCTWEHDAHLYLRRAHGIGGFLG + GSGRWLRRVTALTQAGVRRRLGVDLAEVAGLRPEIAAAVAEVAALPEEKRQVALADTG + LLAPHWPAPYGRGASPAEQLLIDQELAAAKVERPDLVIGWWAAPTILEHGTPEQIERF + VPATMRGEFLWCQLFSEPGAGSDLASLRTKAVRADGGWLLTGQKVWTSAAHKARWGVC + LARTDPDAPKHKGITYFLVDMTTPGIEIRPLREITGDSLFNEVFLDNVFVPDEMVVGA + VNDGWRLARTTLANERVAMATGTALGNPMEELLKVLGDMELDVAQQDRLGRLILLAQA + GALLDRRIAELAVGGQDPGAQSSVRKLIGVRYRQALAEYLMEVSDGGGLVENRAVYDF + LNTRCLTIAGGTEQILLTVAAERLLGLPR" + gene 3964112..3964711 + /gene="kstr" + /locus_tag="BQ2027_MB3605" + CDS 3964112..3964711 + /gene="kstr" + /locus_tag="BQ2027_MB3605" + /note="Mb3605, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv3574, len: + 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Probable + transcriptional regulator tetR family, similar to others + e.g. Q9KXK1|SCC53.10 from Streptomyces coelicolor (250 aa) + FASTA scores: opt: 492, E(): 4.8e-25, (44.8% identity in + 183 aa overlap); Q9RA03|KSTR from Rhodococcus erythropolis + (208 aa), FASTA scores: opt: 294, E(): 3.1e-12, (28.9% + identity in 187 aa overlap); BAB54261|MLR7895 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (193 aa), FASTA + scores: opt: 166, E(): 0.00062, (32.05% identity in 78 aa + overlap); P17446|BETI_ECOLI|B0313 from Escherichia coli + strain K12 (195 aa), FASTA scores: opt: 142, E(): 0.0034, + (25. 6% identity in 168 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK48038 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (243 aa) but shorter 44 aa. Contains possible + helix-turn-helix motif from aa 37-58 (+3.70 SD). POSSIBLY + BELONGS TO THE TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb3605 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3605 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein kstr + (probably tetr-family)" + /protein_id="SIU02232.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4L5" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR041642" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L5" + /translation="MAVLAESELGSEAQRERRKRILDATMAIASKGGYEAVQMRAVAD + RADVAVGTLYRYFPSKVHLLVSALGREFSRIDAKTDRSAVAGATPFQRLNFMVGKLNR + AMQRNPLLTEAMTRAYVFADASAASEVDQVEKLIDSMFARAMANGEPTEDQYHIARVI + SDVWLSNLLAWLTRRASATDVSKRLDLAVRLLIGDQDSA" + gene complement(3964717..3965796) + /locus_tag="BQ2027_MB3606C" + CDS complement(3964717..3965796) + /locus_tag="BQ2027_MB3606C" + /note="Mb3606c, -, len: 359 aa. Equivalent to Rv3575c, + len: 359 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 359 aa overlap). Probable + transcriptional regulator belonging to lacI family, + similar to others e.g. BAB53947|MLL8376 from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (358 aa), FASTA scores: opt: + 707, E(): 2.6e-35, (35.5% identity in 355 aa overlap); + Q9RRI9|DR2501 from Deinococcus radiodurans (359 aa) FASTA + scores: opt: 544, E(): 1.6e-25, (40.35% identity in 347 aa + overlap); Q9RL31|SCF51A.34 from Streptomyces coelicolor + (347 aa), FASTA scores: opt: 307, E(): 2.9e-11, (30.0% + identity in 330 aa overlap); O87590|CELR_THEFU from + Thermomonospora fusca (340 aa), FASTA scores: opt: 280, + E(): 1.2e-09, (32.3% identity in 353 aa overlap); + P21867|RAFR_ECOLI from Escherichia coli (335 aa) FASTA + scores: opt: 241, E(): 2.6e-07, (27.15% identity in 269 aa + overlap); etc. Equivalent to AAK48039 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (404 aa) but shorter 45 aa. + Contains possible helix-turn-helix motif, at aa 9-30 + (+5.86 SD). COULD BELONG TO THE LACI FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from Mb3606c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3606c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY + LACI-FAMILY)" + /protein_id="SIU02233.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4I2" + /db_xref="InterPro:IPR000843" + /db_xref="InterPro:IPR010982" + /db_xref="InterPro:IPR028082" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4I2" + /translation="MSPTPRRRATLASLAAELKVSRTTVSNAFNRPDQLSADLRERVL + ATAKRLGYAGPDPVARSLRTRKAGAVGLVMAEPLTYFFSDPAARDFVAGVAQSCEELG + QGLQLVSVGSSRSLADGTAAVLGAGVDGFVVYSVGDDDPYLQVVLQRRLPVVVVDQPK + DLSGVSRVGIDDRAAMRELAGYVLGLGHRELGLLTMRLGRDRRQDLVDAERLRSPTFD + VQRERIVGVWEAMTAAGVDPDSLTVVESYEHLPTSGGTAAKVALQANPRLTALMCTAD + ILALSAMDYLRAHGIYVPGQMTVTGFDGVPEALSRGLTTVAQPSLHKGHRAGELLLKP + PRSGLPVIEVLDTELVRGRTAGPPA" + gene 3965986..3966699 + /gene="lppH" + /locus_tag="BQ2027_MB3607" + CDS 3965986..3966699 + /gene="lppH" + /locus_tag="BQ2027_MB3607" + /note="Mb3607, lppH, len: 237 aa. Equivalent to Rv3576, + len: 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 237 aa overlap). Possible lppH, + conserved lipoprotein, similar in part with proteins from + Mycobacterium tuberculosis; C-terminus of + Q11053|PKNH_MYCTU|PKNH|Rv1266c|MT1304|MTCY50.16 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE (EC 2.7.1.-) (626 aa) + FASTA scores: opt: 396, E(): 6.5e-19, (36.0% identity in + 200 aa overlap); and with P71740|LPPR|Rv2403c|MTCY253.17 + PROBABLE LIPOPROTEIN PROTEIN (251 aa), FASTA scores: opt: + 134, E(): 0.087, (22.7% identity in 207 aa overlap). + Contains PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site. Note that previously known as pknM. + Protein product from Mb3607 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3607 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPH" + /protein_id="SIU02234.1" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L0" + /translation="MGKQLAALAALVGACMLAAGCTNVVDGTAVAADKSGPLHQDPIP + VSALEGLLLDLSQINAALGATSMKVWFNAKAMWDWSKSVADKNCLAIDGPAQEKVYAG + TGWTAMRGQRLDDSINDSKKRDHYAIQAVVGFPTAHDAEEFYSSSVQSWSSCSNRRFV + EVTPGQDDAAWTVADVVNDNGMLSSSQVQEGGDGWTCQRALTARNNVTIDIVTCAYSQ + PDLVAIGIANQIAAKVAKQ" + gene 3966890..3967756 + /locus_tag="BQ2027_MB3608" + CDS 3966890..3967756 + /locus_tag="BQ2027_MB3608" + /note="Mb3608, -, len: 288 aa. Equivalent to Rv3577, len: + 288 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 288 aa overlap), (other start sites + possible upstream; equivalent to AAK48041 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (379 aa) but + shorter 91 aa). Hypothetical protein, showing some + similarity to Q9RI88|SCJ11.16c HYPOTHETICAL 37.9 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (349 aa) FASTA + scores: opt: 285, E(): 1.5e-10, (27.45% identity in 266 aa + overlap). Mb3608 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase + fold" + /protein_id="SIU02235.1" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y662" + /translation="MPTARSDAPLSVTWMGVATLLVDDGSSALMTDGYFSRPGLARVA + AGKVSPSAERVDGCLARANVSRLTAVIPVHTHIDHAMDSALVADRTGAQLVGGESAAN + VGRGYGLPEESLVVAVPGEPIQLGAFDVTLVESHHCPPDRFPGVISAPLTPPVKASAY + RCGEAWSTLVHHRPSGRRLLIQDSAGFVSGALAGYRADAAYLSVGQLGLQPPSYLLEY + WTETVRTVGVRRVILIHWDDFFRPLSKPLRALPYAADDLDLSIRILDELAAQDGVALQ + MPTVWRREDPWM" + gene 3967770..3969011 + /gene="arsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3609" + CDS 3967770..3969011 + /gene="arsB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3609" + /note="Mb3609, arsB2, len: 413 aa. Equivalent to Rv3578, + len: 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 413 aa overlap). Possible arsB2, + arsenical pump integral membrane protein, similar to many + e.g. Q9I1J6|ARSB|PA2278 from Pseudomonas aeruginosa (427 + aa), FASTA scores: opt: 375, E(): 3.1e-15, (32.15% + identity in 429 aa overlap); Q9K8K7|ARSB|BH2999 from + Bacillus halodurans (436 aa), FASTA scores: opt: 360, E(): + 2.5e-14, (28.7% identity in 432 aa overlap); + P52146|ARB2_ECOLI from Escherichia coli (plasmid R46) (429 + aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 2e-13, (29.8% identity + in 426 aa overlap); etc. Also highly similar to + Q9KYM0|SC9H11.21c PROBABLE MEMBRANE EFFLUX PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA scores: opt: 730, + E(): 1.7e-36, (53.95% identity in 443 aa overlap). SEEMS + TO BELONG TO THE ARS FAMILY. Mb3609 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ARSENICAL PUMP INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ARSB2" + /protein_id="SIU02236.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y561" + /db_xref="InterPro:IPR000802" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y561" + /translation="MTLAVALILLAVVLGFAVARPRGWPEAAAAVPAAVILLAIGAIS + PQQAMAQVSGLARVVAFLGAVLVLAKLCDDEGLFEAAGAAMARASAESHRLLRQVFAV + SAAITAALCLDATVVLLTPVVLATVRRLRTPVRPYAYATAHLANAASLLLPVSNLTNL + LAYHGAGISFTKFTLLMALPWLSAVAAVYVVFRWFFARDLRVVPDRQQLKPAPRLPMF + VLVVVALTLGGFAVAESVGLAPTWAALAGAAVLALRSLRRGHTSVLRIARAVNVSFLV + FVLALGVVVHAVMLNGMAARMSAVLPTGSGLPALLGIAALASVLANVVNNLPATLVLV + PLVAAGGPAAVLAVLLGVNIGPNLTYAGSLSNLLWRGVLRRHNVDASVGEYTRLGLCT + VPAALAMAVLALWASAQVLGI" + gene complement(3969053..3970021) + /locus_tag="BQ2027_MB3610C" + CDS complement(3969053..3970021) + /locus_tag="BQ2027_MB3610C" + /note="Mb3610c, -, len: 322 aa. Equivalent to Rv3579c, + len: 322 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99% identity in 322 aa overlap). Putative tRNA/rRNA + methyltransferase (EC 2.1.1.-), equivalent, but longer, to + Q9CCW4|ML0324 PUTATIVE METHYLTRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (278 aa), + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In the original M.bovis + genome, a single base insertion (*-g) led to a longer + product with a different COOH part compared to its homolog + in Mycobacterium strain H37Rv (402 aa versus 322 aa). This + was corrected in the new M.bovis genome update to a 322aa + product Protein product from Mb3610c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3610c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible trna/rrna methyltransferase" + /protein_id="SIU02237.1" + /db_xref="GOA:Q7TW55" + /db_xref="InterPro:IPR001537" + /db_xref="InterPro:IPR004441" + /db_xref="InterPro:IPR013123" + /db_xref="InterPro:IPR029026" + /db_xref="InterPro:IPR029028" + /db_xref="InterPro:IPR029064" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TW55" + /translation="MPGNSRRRGAVRKSGTKKGAGVGSGGQRRRGLEGRGPTPPAHLR + PHHPAAKRARAQPRRPVKRADETETVLGRNPVLECLRAGVPATALYVALGTEADERLT + ECVARAADSGIAIVELLRADLDRMTANHLHQGIALQVPPYNYAHPDDLLAAALDQPPA + LLVALDNLSDPRNLGAIMRSVAAFGGHGVLIPQRRSASVTAVAWRTSAGAAARIPVAR + ATNLTRTLKGWADRGVRVIGLDAGGGTALDDVDGTDSLVVVVGSEGKGLSRLVRQNCD + EVVSIPMAAQAESLNASVAAGVVLAAIARQRRRPREPREQTQNRMI" + gene complement(3970022..3971431) + /gene="cysS1" + /locus_tag="BQ2027_MB3611C" + CDS complement(3970022..3971431) + /gene="cysS1" + /locus_tag="BQ2027_MB3611C" + /note="Mb3611c, cysS1, len: 469 aa. Equivalent to Rv3580c, + len: 469 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 469 aa overlap). Probable cysS1, + cysteinyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.16), equivalent to + P57990|SYC1_MYCLE|CYSS1|CYSS|ML0323 CYSTEINYL-TRNA + SYNTHETASE 1 from Mycobacterium leprae (473 aa) FASTA + scores: opt: 2825, E(): 3.4e-172, (86.5% identity in 467 + aa overlap). Also similar to many e.g. Q9L0Q6|SCD8A.08 + from Streptomyces coelicolor (613 aa), FASTA scores: opt: + 1834, E(): 4.7e-109, (57.5% identity in 461 aa overlap); + Q9I2U7|CYSS|PA1795 from Pseudomonas aeruginosa (460 aa) + FASTA scores: opt: 1197, E(): 1.2e-68, (41.65% identity in + 468 aa overlap); P21888|SYC_ECOLI P21888|CYSS|B0526 from + Escherichia coli strain K12 (461 aa), FASTA scores: opt: + 1189, E(): 4e-68, (43.0% identity in 463 aa overlap); etc. + BELONGS TO CLASS-I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. + STRONGLY SIMILAR TO METHIONYL-TRNA SYNTHETASE. Protein + product from Mb3611c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3611c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE 1 CYSS1 + (CYSTEINE--TRNA LIGASE 1) (CYSRS 1) (CYSTEINE TRANSLASE)" + /protein_id="SIU02238.1" + /db_xref="GOA:P0A635" + /db_xref="InterPro:IPR009080" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR015273" + /db_xref="InterPro:IPR015803" + /db_xref="InterPro:IPR024909" + /db_xref="InterPro:IPR032678" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A635" + /translation="MTDRARLRLHDTAAGVVRDFVPLRPGHVSIYLCGATVQGLPHIG + HVRSGVAFDILRRWLLARGYDVAFIRNVTDIEDKILAKAAAAGRPWWEWAATHERAFT + AAYDALDVLPPSAEPRATGHITQMIEMIERLIQAGHAYTGGGDVYFDVLSYPEYGQLS + GHKIDDVHQGEGVAAGKRDQRDFTLWKGEKPGEPSWPTPWGRGRPGWHLECSAMARSY + LGPEFDIHCGGMDLVFPHHENEIAQSRAAGDGFARYWLHNGWVTMGGEKMSKSLGNVL + SMPAMLQRVRPAELRYYLGSAHYRSMLEFSETAMQDAVKAYVGLEDFLHRVRTRVGAV + CPGDPTPRFAEALDDDLSVPIALAEIHHVRAEGNRALDAGDHDGALRSASAIRAMMGI + LGCDPLDQRWESRDETSAALAAVDVLVQAELQNREKAREQRNWALADEIRGRLKRAGI + EVTDTADGPQWSLLGGDTK" + gene complement(3971496..3971975) + /gene="ispF" + /locus_tag="BQ2027_MB3612C" + CDS complement(3971496..3971975) + /gene="ispF" + /locus_tag="BQ2027_MB3612C" + /note="Mb3612c, ispF, len: 159 aa. Equivalent to Rv3581c, + len: 159 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). Probable ispF, + 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (EC + not defined), equivalent to Q9CCW5|ML0322 PUTATIVE + 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (158 aa), FASTA scores: opt: 830, + E(): 2.9e-47, (79.1% identity in 158 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9L0Q7|ISPF_STRCO|SCD8A.07 + from Streptomyces coelicolor (170 aa), FASTA scores: opt: + 585, E(): 2.9e-31, (56.5% identity in 154 aa overlap); + Q9PDT5|ISPF_XYLFA|XF1294 from Xylella fastidiosa (176 aa), + FASTA scores: opt: 398, E(): 4.6e-19, (44.9% identity in + 156 aa overlap); Q08113|ISDF_RHOCA|ISPDF from Rhodobacter + capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (379 aa), FASTA + scores: opt: 387, E(): 4.5e-18, (42.85% identity in 154 aa + overlap) (only similar with C-terminal end of this + bifunctional protein ISPD and ISPF); Q06756|ISPF_BACSU + from Bacillus subtilis (158 aa), FASTA scores: opt: 367, + E(): 4.5e-17, (41.2% identity in 153 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE ISPF FAMILY. Protein product from Mb3612c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3612c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL + 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE ISPF (MECPS)" + /protein_id="SIU02239.1" + /db_xref="GOA:P65184" + /db_xref="InterPro:IPR003526" + /db_xref="InterPro:IPR020555" + /db_xref="InterPro:IPR036571" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65184" + /translation="MNQLPRVGLGTDVHPIEPGRPCWLVGLLFPSADGCAGHSDGDVA + VHALCDAVLSAAGLGDIGEVFGVDDPRWQGVSGADMLRHVVVLITQHGYRVGNAVVQV + IGNRPKIGWRRLEAQAVLSRLLNAPVSVSATTTDGLGLTGRGEGLAAIATALVVSLR" + gene complement(3971972..3972667) + /gene="ispD" + /locus_tag="BQ2027_MB3613C" + CDS complement(3971972..3972667) + /gene="ispD" + /locus_tag="BQ2027_MB3613C" + /note="Mb3613c, ispD, len: 231 aa. Equivalent to Rv3582c, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 231 aa overlap). Probable ispD, + 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase (EC + 2.7.7.-), equivalent to Q9CCW6|ML0321 PUTATIVE + 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D-ERYTHRITOL SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (241 aa), FASTA scores: opt: 694, + E(): 1.7e-35, (66.95% identity in 236 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9L0Q8|ISPD_STRCO|SCD8A.06 + from Streptomyces coelicolor (270 aa), FASTA scores: opt: + 537, E(): 7.5e-26, (43.4% identity in 242 aa overlap); + P74323|ISPD_SYNY3|SLR0951 from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (230 aa), FASTA scores: opt: 410, E(): 3.8e-18, + (36.15% identity in 224 aa overlap); + Q9KGF8|ISPD_BACHD|BH0107 from Bacillus halodurans (228 aa) + FASTA scores: opt: 367, E(): 1.6e-15, (34.65% identity in + 228 aa overlap); Q08113|ISDF_RHOCA|ISPDF from Rhodobacter + capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata) (379 aa)FASTA + scores: opt: 359, E(): 7.8e-15, (34.1% identity in 223 aa + overlap) (only similar with N-terminus of this + bifunctional protein ISPD and ISPF); + Q46893|ISPD_ECOLI|B2747 from Escherichia coli strain K12 + (235 aa), FASTA scores: opt: 336, E(): 1.3e-13, (33.65% + identity in 223 aa overlap); etc. BELONGS TO THE ISPD + FAMILY. Protein product from Mb3613c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3613c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="4-diphosphocytidyl-2c-methyl-d-erythritol + synthase ispd (mep cytidylyltransferase) (mct)" + /protein_id="SIU02240.1" + /db_xref="GOA:Q7TW54" + /db_xref="InterPro:IPR001228" + /db_xref="InterPro:IPR018294" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="InterPro:IPR034683" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TW54" + /translation="MVREAGEVVAIVPAAGSGERLAVGVPKAFYQLDGQTLIERAVDG + LLDSGVVDTVVVAVPADRTDEARQILGHRAMIVAGGSNRTDTVNLALAVLSGTAEPEF + VLVHDAARALTPPALVARVVEALRDGYAAVVPVLPLSDTIKAVDANGVVLGTPERAGL + RAVQTPQGFTTDLLLRSYQRGSLDLPAAEYTDDASLVEHIGGQVQVVDGDPLAFKITT + KLDLLLAQAIVRG" + gene complement(3972684..3973172) + /locus_tag="BQ2027_MB3614C" + CDS complement(3972684..3973172) + /locus_tag="BQ2027_MB3614C" + /note="Mb3614c, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv3583c, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Possible + transcriptional factor, identical to Q9CCW7|ML0320 + PUTATIVE TRANSCRIPTION FACTOR from Mycobacterium leprae + (165 aa), FASTA scores: opt: 1004, E(): 6.1e-56, (97.55% + identity in 162 aa overlap); and Q9ZBM8|MLCB1450.01c + PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Mycobacterium + leprae (94 aa), FASTA scores: opt: 600, E(): 6e-31, + (97.85% identity in 94 aa overlap). Also highly similar to + others e.g. Q9L0Q9|SCD8A.05 from Streptomyces coelicolor + (160 aa), FASTA scores: opt: 878, E(): 4.3e-48, (85.0% + identity in 160 aa overlap); Q9K600|BH3935 from Bacillus + halodurans (153 aa) FASTA scores: opt: 383, E(): 3.1e-17, + (36.4% identity in 151 aa overlap); Q9KD36|BH1383 from + Bacillus halodurans (164 aa) FASTA scores: opt: 305, E(): + 2.4e-12, (33.55% identity in 164 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3614c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3614c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transcription factor" + /protein_id="SIU02241.1" + /db_xref="InterPro:IPR003711" + /db_xref="InterPro:IPR036101" + /db_xref="InterPro:IPR042215" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L1" + /translation="MIFKVGDTVVYPHHGAALVEAIETRTIKGEQKEYLVLKVAQGDL + TVRVPAENAEYVGVRDVVGQEGLDKVFQVLRAPHTEEPTNWSRRYKANLEKLASGDVN + KVAEVVRDLWRRDQERGLSAGEKRMLAKARQILVGELALAESTDDAKAETILDEVLAA + AS" + gene 3973457..3974005 + /gene="lpqE" + /locus_tag="BQ2027_MB3615" + CDS 3973457..3974005 + /gene="lpqE" + /locus_tag="BQ2027_MB3615" + /note="Mb3615, lpqE, len: 182 aa. Equivalent to Rv3584, + len: 182 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 182 aa overlap). Possible lpqE, + conserved lipoprotein, equivalent to + Q9ZBM7|MLCB1450.02|LPQE|ML0319 PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Mycobacterium leprae (183 aa), FASTA scores: opt: 722, + E(): 6.2e-37, (63.45% identity in 175 aa overlap). Also + similar in part to Q9KK69 EXPORTED PROTEIN 996A010 + (FRAGMENT) from Mycobacterium avium (41 aa), FASTA scores: + opt: 180, E(): 0.00012, (69.25% identity in 39 aa + overlap); and Q9L0R0|SCD8A.04c PUTATIVE LIPOPROTEIN from + Streptomyces coelicolor (241 aa), FASTA scores: opt: 127, + E(): 0.86, (27.15% identity in 173 aa overlap). Equivalent + to AAK48048 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (238 aa) but shorter 56 aa. Contains probable N-terminal + signal sequence and appropriately positioned PS00013 + Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site. + Protein product from Mb3615 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3615 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQE" + /protein_id="SIU02242.1" + /db_xref="GOA:P65309" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65309" + /translation="MNRCNIRLRLAGMTTWVASIALLAAALSGCGAGQISQTANQKPA + VNGNRLTINNVLLRDIRIQAVQTSDFIQPGKAVDLVLVAVNQSPDVSDRLVGITSDIG + SVTVAGDARLPASGMLFVGTPDGQIVAPGPLPSNQAAKATVNLTKPIANGLTYNFTFK + FEKAGQGSVMVPISAGLATPHE" + gene 3974071..3975513 + /gene="radA" + /locus_tag="BQ2027_MB3616" + CDS 3974071..3975513 + /gene="radA" + /locus_tag="BQ2027_MB3616" + /note="Mb3616, radA, len: 480 aa. Equivalent to Rv3585, + len: 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 480 aa overlap). Probable radA, DNA + repair protein, similar to many e.g. Q9X8L5|SCE94.02 from + Streptomyces coelicolor (469 aa), FASTA scores: opt: 1607, + E(): 3.1e-84, (56.15% identity in 454 aa overlap); + Q9JV51|RADA|NMA0992 from Neisseria meningitidis (serogroup + A) (459 aa), FASTA scores: opt: 1275, E(): 2.5e-65, (45.0% + identity in 458 aa overlap); and Q9K040|RADA|NMB0782 from + Neisseria meningitidis (serogroup B) (459 aa), FASTA + scores: opt: 1269, E(): 5.4e-65, (44.5% identity in 456 aa + overlap); P37572|RADA_BACSU|SMS from Bacillus subtilis + (458 aa), FASTA scores: opt: 1204, E(): 2.7e-61, (39.55% + identity in 455 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS TO THE RADA + FAMILY. Protein product from Mb3616 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3616 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA REPAIR PROTEIN RADA (DNA REPAIR PROTEIN + SMS)" + /protein_id="SIU02243.1" + /db_xref="GOA:P65954" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004504" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="InterPro:IPR020588" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041166" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65954" + /translation="MANARSQYRCSECRHVSAKWVGRCLECGRWGTVDEVAVLSAVGG + TRRRSVAPASGAVPISAVDAHRTRPCPTGIDELDRVLGGGIVPGSVTLLAGDPGVGKS + TLLLEVAHRWAQSGRRALYVSGEESAGQIRLRADRIGCGTEVEEIYLAAQSDVHTVLD + QIETVQPALVIVDSVQTMSTSEADGVTGGVTQVRAVTAALTAAAKANEVALILVGHVT + KDGAIAGPRSLEHLVDVVLHFEGDRNGALRMVRGVKNRFGAADEVGCFLLHDNGIDGI + VDPSNLFLDQRPTPVAGTAITVTLDGKRPLVGEVQALLATPCGGSPRRAVSGIHQARA + AMIAAVLEKHARLAIAVNDIYLSTVGGMRLTEPSADLAVAIALASAYANLPLPTTAVM + IGEVGLAGDIRRVNGMARRLSEAARQGFTIALVPPSDDPVPPGMHALRASTIVAALQY + MVDIADHRGTTLATPPSHSGTGHVPLGRGT" + gene 3975518..3976594 + /gene="disA" + /locus_tag="BQ2027_MB3617" + CDS 3975518..3976594 + /gene="disA" + /locus_tag="BQ2027_MB3617" + /note="Mb3617, -, len: 358 aa. Equivalent to Rv3586, len: + 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 358 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q9X8L6|SCE94.03 PUTATIVE + DNA-BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (374 aa), + FASTA scores: opt: 1338, E(): 5e-75, (59.95% identity in + 347 aa overlap); P37573|YACK_BACSU HYPOTHETICAL 40.7 KDA + PROTEIN from Bacillus subtilis (360 aa), FASTA scores: + opt: 875, E(): 1.4e-46, (42.15% identity in 344 aa + overlap); Q9KGG0|BH0105 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + halodurans (357 aa), FASTA scores: opt: 844, E(): 1.1e-44, + (40.3% identity in 350 aa overlap); Q9WY43|TM0200 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Thermotoga maritima + (357 aa), FASTA scores: opt: 735, E(): 5.7e-38, (39.4% + identity in 353 aa overlap). Also some similarity with + other proteins. Contains probable coiled-coil from 144 to + 179. Protein product from Mb3617 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3617 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA integrity scanning protein DisA" + /protein_id="SIU02244.1" + /db_xref="GOA:Q7TW52" + /db_xref="InterPro:IPR003390" + /db_xref="InterPro:IPR010994" + /db_xref="InterPro:IPR018906" + /db_xref="InterPro:IPR023763" + /db_xref="InterPro:IPR036888" + /db_xref="InterPro:IPR038331" + /db_xref="InterPro:IPR041663" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TW52" + /translation="MHAVTRPTLREAVARLAPGTGLRDGLERILRGRTGALIVLGHDE + NVEAICDGGFSLDVRYAATRLRELCKMDGAVVLSTDGSRIVRANVQLVPDPSIPTDES + GTRHRSAERAAIQTGYPVISVSHSMNIVTVYVRGERHVLTDSATILSRANQAIATLER + YKTRLDEVSRQLSRAEIEDFVTLRDVMTVVQRLELVRRIGLVIDYDVVELGTDGRQLR + LQLDELLGGNDTARELIVRDYHANPEPPSTGQINATLDELDALSDGDLLDFTALAKVF + GYPTTTEAQDSALSPRGYRAMAGIPRLQFAHADLLVRAFGTLQGLLAASAGDLQSVDG + IGAMWARHVRDGLSQLAESTISDQ" + gene complement(3976595..3977389) + /locus_tag="BQ2027_MB3618C" + CDS complement(3976595..3977389) + /locus_tag="BQ2027_MB3618C" + /note="Mb3618c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv3587c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to Q9CBJ2|ML1918 HYPOTHETICAL + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (263 aa), FASTA + scores: opt: 1438, E(): 2.4e-57, (77.55% identity in 267 + aa overlap). Contains hydrophobic stretch in N-terminus; + possible signal sequence. Protein product from Mb3618c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3618c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02245.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y682" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y682" + /translation="MLDLEPRGPLPTEIYWRRRGLALGIAVVVVGIAVAIVIAFVDSS + AGAKPVSADKPASAQSHPGSPAPQAPQPAGQTEGNAAAAPPQGQNPETPTPTAAVQPP + PVLKEGDDCPDSTLAVKGLTNAPQYYVGDQPKFTMVVTNIGLVSCKRDVGAAVLAAYV + YSLDNKRLWSNLDCAPSNETLVKTFSPGEQVTTAVTWTGMGSAPRCPLPRPAIGPGTY + NLVVQLGNLRSLPVPFILNQPPPPPGPVPAPGPAQAPPPESPAQGG" + gene complement(3977498..3978121) + /gene="canb" + /locus_tag="BQ2027_MB3619C" + CDS complement(3977498..3978121) + /gene="canb" + /locus_tag="BQ2027_MB3619C" + /note="Mb3619c, -, len: 207 aa. Equivalent to Rv3588c, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 207 aa overlap). Probable carbonic + anhydrase (EC 4.2.1.1), equivalent to Q9CBJ1|ML1919 + PUTATIVE CARBONIC ANHYDRASE from Mycobacterium leprae (213 + aa), FASTA scores: opt: 1160, E(): 3.1e-66, (84.55% + identity in 207 aa overlap). Also similar to many e.g. + Q9X903|SCH35.03 from Streptomyces coelicolor (207 aa), + FASTA scores: opt: 689, E(): 1.6e-36, (53.85% identity in + 195 aa overlap); Q9RS89|DR2238 from Deinococcus + radiodurans (264 aa), FASTA scores: opt: 451, E(): 2e-21, + (39.7% identity in 189 aa overlap); Q39589|BETA-CA1 from + Chlamydomonas reinhardtii (267 aa) FASTA scores: opt: 419, + E(): 2.1e-19, (36.55% identity in 197 aa overlap); etc. + Contains PS00704 and PS00705 Prokaryotic-type carbonic + anhydrases signature 1 and 2. BELONGS TO THE PLANT AND + PROKARYOTIC CARBONIC ANHYDRASE FAMILY. Protein product + from Mb3619c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3619c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="beta-carbonic anhydrase canb" + /protein_id="SIU02246.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y564" + /db_xref="InterPro:IPR001765" + /db_xref="InterPro:IPR015892" + /db_xref="InterPro:IPR036874" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y564" + /translation="MPNTNPVAAWKALKEGNERFVAGRPQHPSQSVDHRAGLAAGQKP + TAVIFGCADSRVAAEIIFDQGLGDMFVVRTAGHVTDSAVLGSIEYAVTVLNVPLIVVL + GHDSCGAVNAALAAINDGTLPGGYVRDVVERVAPSVLLGRRDGLSRVDEFEQRHVHET + VAILMARSSAISERIAGGSLAIVGVTYQLDDGRAVLRDHIGNIGEEV" + gene 3978120..3979034 + /gene="mutY" + /locus_tag="BQ2027_MB3620" + CDS 3978120..3979034 + /gene="mutY" + /locus_tag="BQ2027_MB3620" + /note="Mb3620, mutY, len: 304 aa. Equivalent to Rv3589, + len: 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 304 aa overlap). Probable mutY, + adenine glycosylase (EC 3.2.2.-), equivalent to + Q9CBJ0|MUTY|ML1920 PROBABLE DNA GLYCOSYLASE from + Mycobacterium leprae (297 aa), FASTA scores: opt: 1592, + E(): 2.6e-94, (74.9% identity in 303 aa overlap). Also + similar to many DNA glycosylases (generally adenine + glycosylases) e.g. Q9S6T7|SCE94.06 from Streptomyces + coelicolor (308 aa), FASTA scores: opt: 965, E(): 2.6e-54, + (50.5% identity in 297 aa overlap); Q9S6G1|MUTY from + Streptomyces antibioticus (307 aa), FASTA scores: opt: + 901, E(): 3.1e-50, (48.5% identity in 303 aa overlap); + Q9HPQ6|MUTY|VNG1520G from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (312 aa), FASTA scores: opt: 566, E(): 7.2e-29, (39.85% + identity in 296 aa overlap); BAB53965|MLL7523 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (396 aa), FASTA + scores: opt: 511, E(): 2.8e-25, (39.65% identity in 237 aa + overlap); Q05869|MUTY_SALTY|MUTB from Salmonella + typhimurium (350 aa), FASTA scores: opt: 421, E(): + 3.8e-20, (35.2% identity in 227 aa overlap); etc. COULD + BELONG TO THE NTH/MUTY FAMILY. Mb3620 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable adenine glycosylase muty" + /protein_id="SIU02247.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4K5" + /db_xref="InterPro:IPR000445" + /db_xref="InterPro:IPR003265" + /db_xref="InterPro:IPR003651" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="InterPro:IPR023170" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K5" + /translation="MPHILPEPSVTGPRHISDTNLLAWYQRSHRDLPWREPGVSPWQI + LVSEFMLQQTPAARVLAIWPDWVRRWPTPSATATASTADVLRAWGKLGYPRRAKRLHE + CATVIARDHNDVVPDDIEILVTLPGVGSYTARAVACFAYRQRVPVVDTNVRRVVARAV + HGRADAGAPSVPRDHADVLALLPHRETAPEFSVALMELGATVCTARTPRCGLCPLDWC + AWRHAGYPPSDGPPRRGQAYTGTDRQVRGRLLDVLRAAEFPVTRAELDVAWLTDTAQR + DRALESLLADALVTRTVDGRFALPGEGF" + gene complement(3979031..3980785) + /gene="PE_PGRS58" + /locus_tag="BQ2027_MB3621C" + CDS complement(3979031..3980785) + /gene="PE_PGRS58" + /locus_tag="BQ2027_MB3621C" + /note="Mb3621c, PE_PGRS58, len: 584 aa. Equivalent to + Rv3590c, len: 584 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 584 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, highly similar to e.g. + O53439|Rv1091|MTV017.44 (853 aa), FASTA scores: opt: 2005, + E(): 1.4e-70, (54.95% identity in 646 aa overlap). Mb3621c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs58" + /protein_id="SIU02248.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P4" + /translation="MSFVIVAPEALMSVASEVAGIGSALNAANAAAAAPTTGVLAAAA + DEVSAAMAALFGAHAQEYQRLSAQAAGFHAQFVQALNAGVNSYASAEAANASPLQAVE + QQVLGLINGPAQTLLGRPLIGNGADGAPGTGQPGGPGGLLWGNGGNGGSGVAGVGGPG + GSGGAAGLFGHGGNGGAGGSNAAGAGGVGGAGGAGWLVGNGGAGGFGGVGTTVSGNGG + AGGAAGAFGNGGVGGAGGAAVIGGLPGNGGAGGNAGLIGAGGDGGVGGVGAPGTNGMN + PPPNQTSQAANGSPGANNGAGSGGAGLPGNPGAVPGRAGGAGGLGGSGSDTSEGPVTG + GNGGNGGDGGPGAPGGNGAPGGIGVNTGTGWAYGGNGGNGGDGGAGARGGDGGNGGNG + LALNGGNGIGGNGGAGGRGGTGAAGGNGGIGGGATGTLTFFGSGGDGGPGGAGANTAG + TGGVGGVGGAGGQGGLLFGDGGNGGAGGAGGIGGTGASGGAGGKGGSGLVGGDGGNGG + AGGAGGNGGKGGAGGAGGGAGMFSQPGVHGAGGTGGQGGAGGAGGAGGAAGAGTVVAG + NPGDPGGFGAAGADGLPG" + gene complement(3980896..3981669) + /locus_tag="BQ2027_MB3622C" + CDS complement(3980896..3981669) + /locus_tag="BQ2027_MB3622C" + /note="Mb3622c, -, len: 257 aa. Equivalent to Rv3591c, + len: 257 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 257 aa overlap). Possible hydrolase + (EC 3.-.-.-), equivalent to Q9CBI9|ML1921 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (256 aa) FASTA scores: + opt: 1421, E(): 5.6e-83, (78.5% identity in 251 aa + overlap). Also similar to others e.g. Q9K3V0|SCD10.27 + PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces coelicolor (352 aa), + FASTA scores: opt: 193, E(): 5.2e-05, (33.35% identity in + 270 aa overlap); O33745|STTC THIOESTERASE (EC 3.1.2.-) + from Streptomyces sp (308 aa) FASTA scores: opt: 242, E(): + 3.6e-08, (30.35% identity in 270 aa overlap); + Q9RK95|SCF1.09 PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (258 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 4.9e-08, + (30.75% identity in 247 aa overlap); Q9HZ14|PA3226 + PROBABLE HYDROLASE from Pseudomonas aeruginosa (275 aa), + FASTA scores: opt: 226, E(): 3.4e-07, (26.6% identity in + 252 aa overlap); Q9HPT9|EST|VNG1474G CARBOXYLESTERASE from + Halobacterium sp. strain NRC-1 (274 aa), FASTA scores: + opt: 215, E(): 1.7e-06, (26.95% identity in 256 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3622c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3622c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible hydrolase" + /protein_id="SIU02249.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4R8" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R8" + /translation="MPRMPANLLTHRGGRGEPLVLVHGLMGRGSTWARQLPWLTLLGA + VYTYDAPWHRGRDVADPHPISTERFVADLGDAVSALGAPTRMVGHSMGALHSWCLAAE + RPELVSALVVEDMAPDFRGRTTGPWEPWLRALPVEFDSAEQVFAEFGPVAGRYFLDAF + DRTATGWRLHGRTARWIEIAAEWGTRDYWAQWRAVRSPALLIEAGDGVTPPGQMRAMA + ERDYPTAYLRVPDAGHLVHDEAPQVYRRAVESFLAGLTP" + gene 3981684..3982001 + /gene="mhud" + /locus_tag="BQ2027_MB3623" + CDS 3981684..3982001 + /gene="mhud" + /locus_tag="BQ2027_MB3623" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3623, TB11.2, len: 105 aa. Equivalent to Rv3592, + len: 105 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 105 aa overlap). TB11.2, conserved + hypothetical protein (see citations from 2000 below), + equivalent to Q9CBI8|ML1922 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (105 aa) FASTA scores: opt: 591, E(): + 2.5e-34, (84.6% identity in 104 aa overlap). Shows some + similarity with other bacterial hypothetical proteins e.g. + Q9RXN8|DR0272 from Deinococcus radiodurans (109 aa), FASTA + scores: opt: 178, E(): 1e-05, (34.3% identity in 102 aa + overlap); P38049|YHGC_BACSU from Bacillus subtilis (166 + aa) FASTA scores: opt: 175, E(): 2.4e-05, (40.85% identity + in 71 aa overlap); Q9K649|BH3883 from Bacillus halodurans + (102 aa) FASTA scores: opt: 162, E(): 0.00012, (33.75% + identity in 80 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3623 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3623 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible heme degrading protein mhud" + /protein_id="SIU02250.1" + /db_xref="InterPro:IPR007138" + /db_xref="InterPro:IPR011008" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4L7" + /translation="MPVVKINAIEVPAGAGPELEKRFAHRAHAVENSPGFLGFQLLRP + VKGEERYFVVTHWESDEAFQAWANGPAIAAHAGHRANPVATGASLLEFEVVLDVGGTG + KTA" + gene 3981979..3983337 + /gene="lpqF" + /locus_tag="BQ2027_MB3624" + CDS 3981979..3983337 + /gene="lpqF" + /locus_tag="BQ2027_MB3624" + /note="Mb3624, lpqF, len: 452 aa. Equivalent to Rv3593, + len: 452 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 452 aa overlap). Probable lpqF, + conserved lipoprotein, equivalent to Q9CBI7|MPQF|ML1923 + PROBALE SECRETED PROTEIN from Mycobacterium leprae (454 + aa), FASTA scores: opt: 2465, E(): 5.7e-144, (79.15% + identity in 451 aa overlap). Also similar to Q9KJ91 + HYPOTHETICAL 47.1 KDA PROTEIN from Streptomyces + clavuligerus (430 aa), FASTA scores: opt: 609, E(): + 5.2e-30, (30.3% identity in 350 aa overlap); and some + similarity with putative beta-lactamases e.g. + Q9RYR7|DRA0241 BETA LACTAMASE-RELATED PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (499 aa), FASTA scores: opt: 322, + E(): 2.5e-12, (28.25% identity in 322 aa overlap). + Equivalent to AAK48057 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (438 aa) but longer 14 aa. Contains + N-terminal signal sequence and appropriately positioned + PS00013 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment + site. Mb3624 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQF" + /protein_id="SIU02251.1" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR040846" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4M3" + /translation="MGPARLHNRRAGRRMLALSAAAALIVALASGCSSAPTPSANAAN + HGHRIDTRTPPGLRAQQTMDMLNSDWPIGEIGVGTLAAPGQVDTVKTTMEALWWDRPF + ALAGVDIGASVAALHLISSYGAQQDIRIHTDDDGWVDRFDVETQAPSIASWRDVDAVL + SKTGARYSFQVAKVDNGRCDPVAGTSTGESLPLASIFKLYVLHALAGAVQHNTVSWDD + LLTVTAKSKAVGSSGLELPVGARVSVRTAAEKMIATSDNMATDLLIERLGTRAIEEAL + ASAGHHDPASMTPFPTMYELFSVGWGKPDLRDQWKHATQQVRAQILRQTNSTPYQPDP + TRAHTPASNYGAEWYGSAEDICRVHAALRADAVGPASPVRQIMSAVPGIQLDRSVWPY + IGAKAGGLPGDLTFSWYAVDKTGQPWVVSFQLNWPRDHGPTVTGWMLQVARQVFALIA + PQ" + gene 3983484..3984311 + /locus_tag="BQ2027_MB3625" + CDS 3983484..3984311 + /locus_tag="BQ2027_MB3625" + /note="Mb3625, -, len: 275 aa. Equivalent to Rv3594, len: + 275 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 275 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar in part with Q9ZX49|GP29 from + Mycobacteriophage TM4 (547 aa), FASTA scores: opt: 526, + E(): 1.3e-25, (46.25% identity in 186 aa overlap); and + Q9FZS0|LYSA|GP2 from Mycobacterium phage Ms6 (384 aa) + FASTA scores: opt: 147, E(): 0.064, (33.35% identity in 84 + aa overlap). Mb3625 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phage endolysin" + /protein_id="SIU02252.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4N9" + /db_xref="InterPro:IPR002502" + /db_xref="InterPro:IPR036505" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4N9" + /translation="MGWIGDPIWLEEVLRPALGERLRVLDGWRERGHGDFRDIRGVMW + HHTGNSRETAKSIARGRPDLPGPLANLHIAHSGVVTIVAVGVCWHAGRGSYPWLPTDN + ANWHMIGVECAWPTIRRDGSYDAGERWPDAQIVSMRDVAAALTLKLGYGPERNIGHKE + YAGAAQGKWDPGNLSMDWFRAEVAKDTRGEFDHPLTPPPAVIARPPILPKPRNPRDDR + ILLEEVWDQLRGIEGRGWPVLGDKTIVDYLAELGNKVDALAAKLDAREGLDRPSDTR" + gene complement(3984225..3985703) + /gene="PE_PGRS59" + /locus_tag="BQ2027_MB3626C" + CDS complement(3984225..3985703) + /gene="PE_PGRS59" + /locus_tag="BQ2027_MB3626C" + /note="Mb3626c, PE_PGRS59, len: 492 aa. Equivalent to 5' + end of Rv3595c, len: 439 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 257 aa + overlap). Member of the Mycobacterium tuberculosis PE + family, PGRS subfamily of gly-rich proteins, similar to + many e.g. O53439|Rv1091|MTV017.44 (853 aa), FASTA scores: + opt: 1644, E(): 1.2e-57, (58.75% identity in 492 aa + overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + bovis, a single base deletion (a-*) and a 27 bp insertion + (*-gcgcgccggggccaccgtttccgccgg), lead to a longer product + with a different COOH part compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis (492 aa versus 439 aa). Mb3626c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs59" + /protein_id="SIU02253.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4K4" + /translation="MSFVIAVPEFLSAAATDLANLGSTISAANAAASIPTTGVLAAGA + DDVSAAIAALFGAHAQAYQTISAQAATFHAQFVQTLSAGAGAYANAEAANVQQSLLNA + INAPTQALLGRPLIGDGADGTAPGQNGGAGGLLYGNGGNGAAGVNAGIAGGSGGAAGL + IGNGGSGGAGGAGAAGGSGGQGGLLYGNGGAGGNGGAATIPGGNGGAGGAGGNAWLFG + NGGAGGLGAAGAAGAAGVNPLTVPAGQGSMGNNGEPGGPASQAPSSGKPVAPVALAVL + ACPLAGPAGPAETVAPARPAAPGGPAGPAALAVGVGSWSATAAQVASGAQGAKAASAP + GAAPAVRAEWAAPGNQALGVTLVTGVTAGSAVTAAPAETAARAARAARAACSASPVAP + GWAVPPVAGVMAGAVVSPVWPAPRALGLRAVAATATSASSALKVHPASPASRASPVDI + VAAGPSAPRRLLEQLPSVTGPVEALARVEFCGQGVDLIAELG" + gene complement(3985811..3988357) + /gene="clpC" + /locus_tag="BQ2027_MB3627C" + CDS complement(3985811..3988357) + /gene="clpC" + /locus_tag="BQ2027_MB3627C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3627c, clpC, len: 848 aa. Equivalent to Rv3596c, + len: 848 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 848 aa overlap). Probable clpC, + ATP-dependent clp protease ATP-binding subunit (EC + 3.4.-.-), equivalent to P24428|CLPC_MYCLE PROBABLE + ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT from + Mycobacterium leprae (848 aa), FASTA scores: opt: 5286, + E(): 0, (97.15% identity in 845 aa overlap). Also highly + similar to members of the clpA/clpB family e.g. + Q9S6T8|SCE94.24c from Streptomyces coelicolor (841 aa) + FASTA scores: opt: 4399, E(): 0, (81.0% identity in 848 aa + overlap); Q9KGG2|CLPC|BH0103 from Bacillus halodurans (813 + aa), FASTA scores: opt: 3279, E(): 3.8e-173, (61.9% + identity in 808 aa overlap); Q55662|CLPC|SLL0020 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (821 aa), FASTA scores: + opt: 3201, E(): 7.6e-169, (60.5% identity in 820 aa + overlap); P51332|CLPC_PORPU from Porphyra purpurea (821 + aa), FASTA scores: opt: 3045, E(): 3e-160, (57.65% + identity in 817 aa overlap); P37571|CLPC_BACSU|MECB from + Bacillus subtilis (810 aa), FASTA scores: opt: 2969, E(): + 4.6e-156, (61.15% identity in 811 aa overlap); etc. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + BELONGS TO THE CLPA/CLPB FAMILY, CLPC SUBFAMILY. Protein + product from Mb3627c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3627c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable atp-dependent protease atp-binding + subunit clpc1" + /protein_id="SIU02254.1" + /db_xref="GOA:P0A523" + /db_xref="InterPro:IPR001270" + /db_xref="InterPro:IPR001943" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR004176" + /db_xref="InterPro:IPR018368" + /db_xref="InterPro:IPR019489" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR036628" + /db_xref="InterPro:IPR041546" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A523" + /translation="MFERFTDRARRVVVLAQEEARMLNHNYIGTEHILLGLIHEGEGV + AAKSLESLGISLEGVRSQVEEIIGQGQQAPSGHIPFTPRAKKVLELSLREALQLGHNY + IGTEHILLGLIREGEGVAAQVLVKLGAELTRVRQQVIQLLSGYQGKEAAEAGTGGRGG + ESGSPSTSLVLDQFGRNLTAAAMEGKLDPVIGREKEIERVMQVLSRRTKNNPVLIGEP + GVGKTAVVEGLAQAIVHGEVPETLKDKQLYTLDLGSLVAGSRYRGDFEERLKKVLKEI + NTRGDIILFIDELHTLVGAGAAEGAIDAASILKPKLARGELQTIGATTLDEYRKYIEK + DAALERRFQPVQVGEPTVEHTIEILKGLRDRYEAHHRVSITDAAMVAAATLADRYIND + RFLPDKAIDLIDEAGARMRIRRMTAPPDLREFDEKIAEARREKESAIDAQDFEKAASL + RDREKTLVAQRAEREKQWRSGDLDVVAEVDDEQIAEVLGNWTGIPVFKLTEAETTRLL + RMEEELHKRIIGQEDAVKAVSKAIRRTRAGLKDPKRPSGSFIFAGPSGVGKTELSKAL + ANFLFGDDDALIQIDMGEFHDRFTASRLFGAPPGYVGYEEGGQLTEKVRRKPFSVVLF + DEIEKAHQEIYNSLLQVLEDGRLTDGQGRTVDFKNTVLIFTSNLGTSDISKPVGLGFS + KGGGENDYERMKQKVNDELKKHFRPEFLNRIDDIIVFHQLTREEIIRMVDLMISRVAG + QLKSKDMALVLTDAAKALLAKRGFDPVLGARPLRRTIQREIEDQLSEKILFEEVGPGQ + VVTVDVDNWDGEGPGEDAVFTFTGTRKPPAEPDLAKAGAHSAGGPEPAAR" + gene complement(3988634..3988972) + /gene="lsr2" + /locus_tag="BQ2027_MB3628C" + CDS complement(3988634..3988972) + /gene="lsr2" + /locus_tag="BQ2027_MB3628C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3628c, lsr2, len: 112 aa. Equivalent to Rv3597c, + len: 112 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 112 aa overlap). Probable lsr2, + identical to P24094|LSR2_MYCLE|ML0234 LSR2 PROTEIN + PRECURSOR (15 KDA ANTIGEN) (A15) from Mycobacterium leprae + (112 aa), FASTA scores: opt: 698, E(): 6.7e-37, (92.85% + identity in 112 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. Q9X8N1|SCE94.26c from Streptomyces coelicolor (111 + aa), FASTA scores: opt: 379, E(): 4.4e-17, (58.05% + identity in 112 aa overlap); Q9ETI2|LSR2 from + Corynebacterium equii (Rhodococcus equi) (119 aa), FASTA + scores: opt: 328, E(): 6.9e-14, (47.5% identity in 120 aa + overlap); and Q9RKK8|SCD25.12c from Streptomyces + coelicolor (105 aa), FASTA scores: opt: 293, E(): 9.4e-12, + (47.75% identity in 111 aa overlap). Protein product from + Mb3628c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3628c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="iron-regulated h-ns-like protein lsr2" + /protein_id="SIU02255.1" + /db_xref="GOA:P65649" + /db_xref="InterPro:IPR024412" + /db_xref="InterPro:IPR042254" + /db_xref="InterPro:IPR042261" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65649" + /translation="MAKKVTVTLVDDFDGSGAADETVEFGLDGVTYEIDLSTKNATKL + RGDLKQWVAAGRRVGGRRRGRSGSGRGRGAIDREQSAAIREWARRNGHNVSTRGRIPA + DVIDAYHAAT" + gene complement(3989076..3990593) + /gene="lysS" + /locus_tag="BQ2027_MB3629C" + CDS complement(3989076..3990593) + /gene="lysS" + /locus_tag="BQ2027_MB3629C" + /note="Mb3629c, lysS, len: 505 aa. Equivalent to Rv3598c, + len: 505 aa, from Mycobacterium tuberculosis H37Rv, + (100.0% identity in 505 aa overlap). Probable lysS, + lysyl-tRNA synthetase 1 (EC 6.1.1.6), equivalent to + P46861|SYK_MYCLE|LYSS|ML0233 LYSYL-TRNA SYNTHETASE from + Mycobacterium leprae (507 aa), FASTA scores: opt: 2835, + E(): 4.5e-172, (85.45% identity in 501 aa overlap); and + similar with C-terminal part of Q9CC23|LYSX|ML1393 C-TERM + LYSYL-TRNA SYNTHASE from Mycobacterium leprae (1039 aa) + FASTA scores: opt: 1257, E(): 7.6e-72, (44.55% identity in + 505 aa overlap). Also similar to others e.g. + P37477|SYK_BACSU|LYSS from Bacillus subtilis (499 aa) + FASTA scores: opt: 1294, E(): 1.9e-74, (42.35% identity in + 498 aa overlap); Q9RHV9|SYK_BACST|LYSS from Bacillus + stearothermophilus (494 aa), FASTA scores: opt: 1258, E(): + 3.5e-72, (41.15% identity in 498 aa overlap); + Q9PEB6|SYK_XYLFA|LYSS|XF1112 from Xylella fastidiosa (506 + aa), FASTA scores: opt: 1228, E(): 2.9e-70, (43.05% + identity in 495 aa overlap); etc. Also similar to + P94974|SYK2_MYCTU|LYSS2|LYSX|Rv1640c|MTCY06H11.04c + LYSYL-TRNA SYNTHETASE 2 from Mycobacterium tuberculosis + (1172 aa), FASTA scores: opt: 1295, E(): 3.3e-74, (45.65% + identity in 506 aa overlap). Contains PS00179 + Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II signature 1. + BELONGS TO CLASS-II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE FAMILY. + Protein product from Mb3629c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3629c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="LYSYL-TRNA SYNTHETASE 1 LYSS (LYSINE--TRNA + LIGASE 1) (LYSRS 1) (LYSINE TRANSLASE)" + /protein_id="SIU02256.1" + /db_xref="GOA:P67608" + /db_xref="InterPro:IPR002313" + /db_xref="InterPro:IPR004364" + /db_xref="InterPro:IPR004365" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR018149" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67608" + /translation="MSAADTAEDLPEQFRIRRDKRARLLAQGRDPYPVAVPRTHTLAE + VRAAHPDLPIDTATEDIVGVAGRVIFARNSGKLCFATLQDGDGTQLQVMISLDKVGQA + ALDAWKADVDLGDIVYVHGAVISSRRGELSVLADCWRIAAKSLRPLPVAHKEMSEESR + VRQRYVDLIVRPEARAVARLRIAVVRAIRTALQRRGFLEVETPVLQTLAGGAAARPFA + THSNALDIDLYLRIAPELFLKRCIVGGFDKVFELNRVFRNEGADSTHSPEFSMLETYQ + TYGTYDDSAVVTRELIQEVADEAIGTRQLPLPDGSVYDIDGEWATIQMYPSLSVALGE + EITPQTTVDRLRGIADSLGLEKDPAIHDNRGFGHGKLIEELWERTVGKSLSAPTFVKD + FPVQTTPLTRQHRSIPGVTEKWDLYLRGIELATGYSELSDPVVQRERFADQARAAAAG + DDEAMVLDEDFLAALEYGMPPCTGTGMGIDRLLMSLTGLSIRETVLFPIVRPHSN" + gene complement(3990605..3990688) + /locus_tag="BQ2027_MB3629A" + CDS complement(3990605..3990688) + /locus_tag="BQ2027_MB3629A" + /note="Mb3629A, len: 27 aa. Equivalent to Rv3599c len: 27 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 27 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Hypothetical unknown + protein. Mb3629A found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Hypothetical short protein" + /protein_id="SIU02257.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4M2" + /translation="MPASSLGTGSPAADRLDATHERRREVI" + gene complement(3990694..3991512) + /gene="coaX" + /locus_tag="BQ2027_MB3630C" + CDS complement(3990694..3991512) + /gene="coaX" + /locus_tag="BQ2027_MB3630C" + /EC_number="2.7.1.33" + /note="Mb3630c, -, len: 272 aa. Equivalent to Rv3600c, + len: 272 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 272 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, identical to Q9CD56|ML0232 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (274 aa), + FASTA scores: opt: 1585, E(): 1.3e-92, (90.5% identity in + 274 aa overlap). Also highly similar to others e.g. + Q9X8N6|SCE94.31c from Streptomyces coelicolor (265 aa) + FASTA scores: opt: 878, E(): 3.9e-48, (51.5% identity in + 268 aa overlap); and Q9KGH5|BH0086 from Bacillus + halodurans (254 aa), FASTA scores: opt: 611, E(): 2.4e-31, + (37.5% identity in 264 aa overlap). And similar to various + bacterial proteins e.g. Q9F985 PUTATIVE 32 KDA REPLICATION + PROTEIN from Bacillus stearothermophilus (258 aa), FASTA + scores: opt: 594, E(): 2.8e-30, (37.45% identity in 267 aa + overlap); P37564|YACB_BACSU from Bacillus subtilis (233 + aa), FASTA scores: opt: 522, E(): 8.8e-26, (38.95% + identity in 213 aa overlap); Q9RX54|DR0461 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus radiodurans (262 + aa), FASTA scores: opt: 503, E(): 1.5e-24, (38.45% + identity in 268 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3630c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3630c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pantothenate kinase type III, CoaX-like (EC" + /protein_id="SIU02258.1" + /db_xref="GOA:Q7TW42" + /db_xref="InterPro:IPR004619" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TW42" + /translation="MLLAIDVRNTHTVVGLLSGMKEHAKVVQQWRIRTESEVTADELA + LTIDGLIGEDSERLTGTAALSTVPSVLHEVRIMLDQYWPSVPHVLIEPGVRTGIPLLV + DNPKEVGADRIVNCLAAYDRFRKAAIVVDFGSSICVDVVSAKGEFLGGAIAPGVQVSS + DAAAARSAALRRVELARPRSVVGKNTVECMQAGAVFGFAGLVDGLVGRIREDVSGFSV + DHDVAIVATGHTAPLLLPELHTVDHYDQHLTLQGLRLVFERNLEVQRGRLKTAR" + gene complement(3991515..3991934) + /gene="panD" + /locus_tag="BQ2027_MB3631C" + CDS complement(3991515..3991934) + /gene="panD" + /locus_tag="BQ2027_MB3631C" + /note="Mb3631c, panD, len: 139 aa. Equivalent to Rv3601c, + len: 139 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 139 aa overlap). Probable panD, + aspartate 1-decarboxylase (EC 4.1.1.11), identical to + Q9CD57|PAND|ML0231 PUTATIVE ASPARTATE-1-DECARBOXYLASE from + Mycobacterium leprae (142 aa), FASTA scores: opt: 733, + E(): 5.5e-41, (82.85% identity in 140 aa overlap). Also + highly similar to many e.g. CAC44328|PAND from + Streptomyces coelicolor (139 aa), FASTA scores: opt: 578, + E(): 6.4e-31, (75.0% identity in 120 aa overlap); + Q9X4N0|PAND from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (136 aa), FASTA scores: opt: 506, + E(): 3e-26, (62.2% identity in 135 aa overlap); + P52999|PAND_BACSU from Bacillus subtilis (127 aa) FASTA + scores: opt: 421, E(): 9.6e-21, (54.75% identity in 123 aa + overlap); P31664|PAND_ECOLI|B0131 from Escherichia coli + strain K12 (126 aa), FASTA scores: opt: 388, E(): 1.3e-18, + (50.45% identity in 113 aa overlap); etc. Mb3631c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE PRECURSOR + PAND (ASPARTATE ALPHA-DECARBOXYLASE)" + /protein_id="SIU02259.1" + /db_xref="GOA:P65661" + /db_xref="InterPro:IPR003190" + /db_xref="InterPro:IPR009010" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65661" + /translation="MLRTMLKSKIHRATVTCADLHYVGSVTIDADLMDAADLLEGEQV + TIVDIDNGARLVTYAITGERGSGVIGINGAAAHLVHPGDLVILIAYATMDDARARTYQ + PRIVFVDAYNKPIDMGHDPAFVPENAGELLDPRLGVG" + gene complement(3991934..3992863) + /gene="panC" + /locus_tag="BQ2027_MB3632C" + CDS complement(3991934..3992863) + /gene="panC" + /locus_tag="BQ2027_MB3632C" + /note="Mb3632c, panC, len: 309 aa. Equivalent to Rv3602c, + len: 309 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 309 aa overlap). Probable panC, + pantoate--beta-alanine ligase (EC 6.3.2.1), equivalent to + O69524|PANC_MYCLE|ML0230|MLCB2548.01c + PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE from Mycobacterium leprae + (313 aa), FASTA scores: opt: 1541, E(): 3.4e-84, (82.15% + identity in 297 aa overlap). Also similar to others e.g. + O67891|PANC_AQUAE|AQ_2132 from Aquifex aeolicus (282 aa) + FASTA scores: opt: 774, E(): 8.6e-39, (46.9% identity in + 273 aa overlap); Q9HV69|PANC_PSEAE|PA4730 from Pseudomonas + aeruginosa (283 aa), FASTA scores: opt: 770, E(): 1.5e-38, + (51.45% identity in 276 aa overlap); Q9A6C8|CC2166 from + Caulobacter crescentus (285 aa), FASTA scores: opt: 744, + E(): 5.2e-37, (47.75% identity in 268 aa overlap); + P31663|PANC_ECOLI|B0133 from Escherichia coli strain K12 + (283 aa), FASTA scores: opt: 695, E(): 4.1e-34, (46.1% + identity in 271 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + PANTOTHENATE SYNTHETASE FAMILY. Protein product from + Mb3632c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3632c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pantoate--beta-alanine ligase panc (pantothenate + synthetase) (pantoate activating enzyme)" + /protein_id="SIU02260.1" + /db_xref="GOA:P0A5R1" + /db_xref="InterPro:IPR003721" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR042176" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5R1" + /translation="MTIPAFHPGELNVYSAPGDVADVSRALRLTGRRVMLVPTMGALH + EGHLALVRAAKRVPGSVVVVSIFVNPMQFGAGEDLDAYPRTPDDDLAQLRAEGVEIAF + TPTTAAMYPDGLRTTVQPGPLAAELEGGPRPTHFAGVLTVVLKLLQIVRPDRVFFGEK + DYQQLVLIRQLVADFNLDVAVVGVPTVREADGLAMSSRNRYLDPAQRAAAVALSAALT + AAAHAATAGAQAALDAARAVLDAAPGVAVDYLELRDIGLGPMPLNGSGRLLVAARLGT + TRLLDNIAIEIGTFAGTDRPDGYRAILESHWRN" + gene complement(3992860..3993771) + /locus_tag="BQ2027_MB3633C" + CDS complement(3992860..3993771) + /locus_tag="BQ2027_MB3633C" + /EC_number="1.1.1.169" + /note="Mb3633c, -, len: 303 aa. Equivalent to Rv3603c, + len: 303 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 303 aa overlap). Conserved + hypothetical ala-, leu-rich protein, identical except at + N-terminus (really different) to AAK48066|MT3708 + CHALCONE/STILBENE SYNTHASE FAMILY PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (361 aa) FASTA + scores: opt: 1742, E(): 8.3e-95, (100.0% identity in 275 + aa overlap). Equivalent to O69525|MLCB2548.02c|ML0229 + HYPOTHETICAL 32.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (309 aa), FASTA scores: opt: 947, E(): 2.4e-48, (67.85% + identity in 311 aa overlap). Also highly similar to + Q9X845|SCE126.02c HYPOTHETICAL 42.2 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (420 aa), FASTA scores: opt: 683, + E(): 8.5e-33, (49.3% identity in 284 aa overlap). Protein + product from Mb3633c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3633c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Ketopantoate reductase PanG (EC" + /protein_id="SIU02261.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4M9" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR018931" + /db_xref="InterPro:IPR019665" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR037108" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4M9" + /translation="MERFDGLRPARLKVGIISAGRVGTALGVALQRADHVVVACSAIS + HASRRRAQRRLPDTPVLPPLDVAASAELLLLAVTDSELAGLVSGLAATSAVRPQTIVA + HTSGANGIGILAPLAQQGCIPLAIHPAMTFTGSDEDISRLPDTCFGITAADDVGYAIG + QSLVLEMGGEPFCVREDARILYHAALAHASNHIVTVLADALEALRAALSGGELLGQQT + VDDQPGGIVERIVGPLARAALENTLQRGQAALTGPVARGDAAAVADHLAALADVDAAL + AQAYRINALRTAQRAHAPADVVEVLTA" + gene complement(3993956..3995149) + /locus_tag="BQ2027_MB3634C" + CDS complement(3993956..3995149) + /locus_tag="BQ2027_MB3634C" + /note="Mb3634c, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv3604c, + len: 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 397 aa overlap). Probable conserved + ala-, arg-, pro-rich transmembrane protein, equivalent to + O69526|MLCB2548.03c|ML0228 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (432 aa), FASTA scores: opt: 869, + E(): 2.9e-31, (59.7% identity in 432 aa overlap). Contains + two possible membrane-spanning domains. N-terminus + shortened since first submission (previously 462 aa). + Protein product from Mb3634c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3634c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN RICH IN + ALANINE AND ARGININE AND PROLINE" + /protein_id="SIU02262.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P9" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P9" + /translation="MTVLSRGARVRRGGRRPGWVLLTALLVLAIGASSALVFTDRVEL + LKLAVLLALWAAVAGAFVSVLYRRQSDVDQARVRDLKLVYDLQLDREISARREYELTL + ESQLRRELASELRAPAADEVAALRAELAALRTSLEILFDADLEHRPALGTGEKEARAA + RALDGESPPADWVSSDRVMAVRGGDGASRTDEASIIDVPEVGVPPVSGGPRHYEAPPP + PQPEPLFEPRHRPPPLPPQQERPVWQPVTSHGQWLPAETPGSQWASVEPETTPAAPPP + GRRRRARHASPADQAYNPPAYVELAAQYGESGRRSRHSAEHRDHDIGGSGAGTGERPP + SPPMAPPPPAEPTRRHRTADTPPDDSGGLHARDPLTGGQSVADLMARLQVESTGGGRR + RRRGE" + gene complement(3995358..3995834) + /locus_tag="BQ2027_MB3635C" + CDS complement(3995358..3995834) + /locus_tag="BQ2027_MB3635C" + /note="Mb3635c, -, len: 158 aa. Equivalent to Rv3605c, + len: 158 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 158 aa overlap). Probable conserved + secreted or membrane protein, identical to + O69527|MLCB2548.04c|ML0227 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (158 aa), FASTA scores: opt: 944, + E(): 2.6e-56, (85.45% identity in 158 aa overlap). Also + similar to other proteins e.g. Q9X8I2|SCE9.09 POSSIBLE + SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (162 aa), + FASTA scores: opt: 174, E(): 9.2e-05, (31.25% identity in + 128 aa overlap); etc. Contains possible N-terminal signal + sequence. Protein product from Mb3635c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3635c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED SECRETED PROTEIN" + /protein_id="SIU02263.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4M6" + /db_xref="InterPro:IPR021517" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4M6" + /translation="MGPTRKRDLTAAVVGAAAVGYLLVAVLYRWFPPITVWTGLSLLA + VAVAEALWARYVRVKISDGEIGDGPGWLHPLVVARSLMVAKASAWVGALVTGWWIGVL + AYFLPRRSWLRAAAEDTTGTVVAAGSALALVVAALWLQHCCKSPQDPTEHADGAES" + gene complement(3995834..3996400) + /gene="folK" + /locus_tag="BQ2027_MB3636C" + CDS complement(3995834..3996400) + /gene="folK" + /locus_tag="BQ2027_MB3636C" + /note="Mb3636c, folK, len: 188 aa. Equivalent to Rv3606c, + len: 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 188 aa overlap). Probable folK, + 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropterine + pyrophosphokinase (EC 2.7.6.3), equivalent to + O69528|HPPK_MYCLE|FOLK|ML0226\MLCB2548.05c + 2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINE + PYROPHOSPHOKINASE from Mycobacterium leprae (191 aa) FASTA + scores: opt: 772, E(): 1.2e-44, (63.15% identity in 190 aa + overlap). Also similar to many e.g. + P71512|HPPK_METEX|FOLK|FOLA from Methylobacterium + extorquens (158 aa), FASTA scores: opt: 292, E(): 1.4e-12, + (36.85% identity in 171 aa overlap); + O33726|HPPK_STRPY|FOLK|SPY1100 from Streptococcus pyogenes + (166 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 1.1e-08, (34.3% + identity in 175 aa overlap); Q9X8I1|SCE9.08 from + Streptomyces coelicolor (203 aa), FASTA scores: opt: 232, + E(): 1.7e-08, (43.25% identity in 185 aa overlap); + P26281|HPPK_ECOLI|FOLK|B0142 from Escherichia coli strain + K12 (158 aa), FASTA scores: opt: 198, E(): 2.6e-06, + (32.85% identity in 143 aa overlap); etc. BELONGS TO THE + HPPK FAMILY. Protein product from Mb3636c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3636c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="2-AMINO-4-HYDROXY-6- + HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINEPYROPHOSPHOKINASE FOLK + (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE) + (HPPK) (6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN + PYROPHOSPHOKINASE) (PPPK) + (2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINE + DIPHOSPHOKINASE) + (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHOKINASE) + (6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN DIPHOSPHOKINASE)" + /protein_id="SIU02264.1" + /db_xref="GOA:P64144" + /db_xref="InterPro:IPR000550" + /db_xref="InterPro:IPR035907" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64144" + /translation="MTRVVLSVGSNLGDRLARLRSVADGLGDALIAASPIYEADPWGG + VEQGQFLNAVLIADDPTCEPREWLRRAQEFERAAGRVRGQRWGPRNLDVDLIACYQTS + ATEALVEVTARENHLTLPHPLAHLRAFVLIPWIAVDPTAQLTVAGCPRPVTRLLAELE + PADRDSVRLFRPSFDLNSRHPVSRAPES" + gene complement(3996397..3996798) + /gene="folB" + /locus_tag="BQ2027_MB3637C" + CDS complement(3996397..3996798) + /gene="folB" + /locus_tag="BQ2027_MB3637C" + /note="Mb3637c, folB, len: 133 aa. Equivalent to Rv3607c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Probable folB, + dihydroneopterin aldolase (EC 4.1.2.25), equivalent to + O69529|FOLB_MYCLE|ML0225|MLCB2548.06c PROBABLE + DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE from Mycobacterium leprae (132 + aa), FASTA scores: opt: 673, E(): 5.1e-37, (74.8% identity + in 131 aa overlap). Also similar to many e.g. + Q9X8I0|FOLB_STRCO|SCE9.07 from Streptomyces coelicolor + (119 aa), FASTA scores: opt: 334, E(): 4.5e-15, (46.15% + identity in 117 aa overlap); P74342|FOLB_SYNY3|SLR1626 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (118 aa) FASTA + scores: opt: 287, E(): 5e-12, (38.45% identity in 117 aa + overlap); P28823|FOLB_BACSU|FOLA from Bacillus subtilis + (120 aa), FASTA scores: opt: 283, E(): 9.2e-12, (39.0% + identity in 118 aa overlap); etc. BELONGS TO THE DHNA + FAMILY. Note that previously known as folX. Protein + product from Mb3637c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3637c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE FOLB (DHNA)" + /protein_id="SIU02265.1" + /db_xref="GOA:P0A581" + /db_xref="InterPro:IPR006156" + /db_xref="InterPro:IPR006157" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A581" + /translation="MADRIELRGLTVHGRHGVYDHERVAGQRFVIDVTVWIDLAEAAN + SDDLADTYDYVRLASRAAEIVAGPPRKLIETVGAEIADHVMDDQRVHAVEVAVHKPQA + PIPQTFDDVAVVIRRSRRGGRGWVVPAGGAV" + gene complement(3996791..3997633) + /gene="folP1" + /locus_tag="BQ2027_MB3638C" + CDS complement(3996791..3997633) + /gene="folP1" + /locus_tag="BQ2027_MB3638C" + /note="Mb3638c, folP1, len: 280 aa. Equivalent to Rv3608c, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Probable folP1, + dihydropteroate synthase 1 (EC 2.5.1.15), equivalent to + O69530|FOLP (alias Q9S0T0|FOLP and Q9R2U9|FOLP) + DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE from Mycobacterium leprae (284 + aa), FASTA scores: opt: 1418, E(): 7.2e-77, (76.75% + identity in 284 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9X8H8|SCE9.05 from Streptomyces coelicolor (288 aa), + FASTA scores: opt: 953, E(): 2.4e-49, (56.0% identity in + 266 aa overlap); Q9A3I0|CC3224 from Caulobacter crescentus + (274 aa), FASTA scores: opt: 682, E(): 2.6e-33, (45.5% + identity in 268 aa overlap); + P73248|DHPS_SYNY3|FOLP|SLR2026 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (289 aa), FASTA scores: opt: 665, E(): + 2.7e-32, (44.55% identity in 265 aa overlap); + P26282|DHPS_ECOLI|FOLP|B3177 from Escherichia coli strain + K12 (282 aa), FASTA scores: opt: 642, E(): 6.1e-31, + (41.95% identity in 274 aa overlap); etc. Contains PS00792 + Dihydropteroate synthase signature 1, PS00793 + Dihydropteroate synthase signature 2. SIMILAR TO OTHER + SPECIES DHPS. Protein product from Mb3638c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3638c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DIHYDROPTEROATE SYNTHASE 1 FOLP (DHPS 1) + (DIHYDROPTEROATE PYROPHOSPHORYLASE 1) (DIHYDROPTEROATE + DIPHOSPHORYLASE 1)" + /protein_id="SIU02266.1" + /db_xref="GOA:P0A579" + /db_xref="InterPro:IPR000489" + /db_xref="InterPro:IPR006390" + /db_xref="InterPro:IPR011005" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A579" + /translation="MSPAPVQVMGVLNVTDDSFSDGGCYLDLDDAVKHGLAMAAAGAG + IVDVGGESSRPGATRVDPAVETSRVIPVVKELAAQGITVSIDTMRADVARAALQNGAQ + MVNDVSGGRADPAMGPLLAEADVPWVLMHWRAVSADTPHVPVRYGNVVAEVRADLLAS + VADAVAAGVDPARLVLDPGLGFAKTAQHNWAILHALPELVATGIPVLVGASRKRFLGA + LLAGPDGVMRPTDGRDTATAVISALAALHGAWGVRVHDVRASVDAIKVVEAWMGAERI + ERDG" + gene complement(3997630..3998238) + /gene="folE" + /locus_tag="BQ2027_MB3639C" + CDS complement(3997630..3998238) + /gene="folE" + /locus_tag="BQ2027_MB3639C" + /note="Mb3639c, folE, len: 202 aa. Equivalent to Rv3609c, + len: 202 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 202 aa overlap). Probable folE + (alternate gene name: gchA), GTP cyclohydrolase I (EC + 3.5.4.16), equivalent to + O69531|GCH1_MYCLE|FOLE|ML0223|MLCB2548.08c GTP + CYCLOHYDROLASE I from Mycobacterium leprae (205 aa) FASTA + scores: opt: 1112, E(): 3.8e-63, (81.95% identity in 205 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9X8I3|GCH1_STRCO|FOLE|SCE9.10c from Streptomyces + coelicolor (201 aa), FASTA scores: opt: 873, E(): 4.2e-48, + (67.4% identity in 187 aa overlap); Q9KCC7|MTRA|BH1646 + from Bacillus halodurans (188 aa), FASTA scores: opt: 757, + E(): 8.1e-41, (62.3% identity in 183 aa overlap); + P19465|GCH1_BACSU|FOLE|MTRA from Bacillus subtilis (190 + aa), FASTA scores: opt: 750, E(): 2.3e-40, (58.95% + identity in 190 aa overlap); etc. Contains PS00860 GTP + cyclohydrolase I signature 2. BELONGS TO THE GTP + CYCLOHYDROLASE I FAMILY. Protein product from Mb3639c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3639c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GTP CYCLOHYDROLASE I FOLE (GTP-CH-I)" + /protein_id="SIU02267.1" + /db_xref="GOA:P64208" + /db_xref="InterPro:IPR001474" + /db_xref="InterPro:IPR018234" + /db_xref="InterPro:IPR020602" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64208" + /translation="MSQLDSRSASARIRVFDQQRAEAAVRELLYAIGEDPDRDGLVAT + PSRVARSYREMFAGLYTDPDSVLNTMFDEDHDELVLVKEIPMYSTCEHHLVAFHGVAH + VGYIPGDDGRVTGLSKIARLVDLYAKRPQVQERLTSQIADALMKKLDPRGVIVVIEAE + HLCMAMRGVRKPGSVTTTSAVRGLFKTNAASRAEALDLILRK" + gene complement(3998254..4000536) + /gene="ftsH" + /locus_tag="BQ2027_MB3640C" + CDS complement(3998254..4000536) + /gene="ftsH" + /locus_tag="BQ2027_MB3640C" + /note="Mb3640c, ftsH, len: 760 aa. Equivalent to Rv3610c, + len: 760 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 760 aa overlap). ftsH, membrane-bound + protease (cell division protein) (EC 3.4.24.-) (see + citation below), equivalent to Q9CD58|FTSH_MYCLE|ML0222 + (alias O69532|FTSH) CELL DIVISION PROTEIN FTSH HOMOLOG + from Mycobacterium leprae (787 aa), FASTA scores: opt: + 4388, E(): 9.6e-205, (87.2% identity in 790 aa overlap). + Also highly similar to many FTSH proteins e.g. O52395|FTSH + from Mycobacterium smegmatis (769 aa), FASTA scores: opt: + 3976, E(): 7.6e-185, (82.4% identity in 761 aa overlap); + Q9X8I4|SCE9.11c from Streptomyces coelicolor (668 aa), + FASTA scores: opt: 2417, E(): 1.4e-109, (57.2% identity in + 668 aa overlap); P72991|FTH4_SYNY3|SLR1604 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (616 aa), FASTA scores: + opt: 1926, E(): 7.2e-86, (49.35% identity in 612 aa + overlap); P28691|FTSH_ECOLI|HFLB|MRSC|TOLZ|B3178 from + Escherichia coli strain K12 (644 aa), FASTA scores: opt: + 1859, E(): 1.3e-82, (48.95% identity in 605 aa overlap); + etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A + (P-loop), and PS00674 AAA-protein family signature. + BELONGS TO THE AAA FAMILY OF ATPASES AND PEPTIDASE FAMILY + M41 (ZINC METALLOPROTEASE). COFACTOR: BINDS ONE ZINC ION + (POTENTIAL). Protein product from Mb3640c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3640c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MEMBRANE-BOUND PROTEASE FTSH (CELL DIVISION + PROTEIN)" + /protein_id="SIU02268.1" + /db_xref="GOA:P0A4V9" + /db_xref="InterPro:IPR000642" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR003960" + /db_xref="InterPro:IPR005936" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR037219" + /db_xref="InterPro:IPR041569" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4V9" + /translation="MNRKNVTRTITAIAVVVLLGWSFFYFSDDTRGYKPVDTSVAITQ + INGDNVKSAQIDDREQQLRLILKKGNNETDGSEKVITKYPTGYAVDLFNALSAKNAKV + STVVNQGSILGELLVYVLPLLLLVGLFVMFSRMQGGARMGFGFGKSRAKQLSKDMPKT + TFADVAGVDEAVEELYEIKDFLQNPSRYQALGAKIPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAG + EAGVPFFTISGSDFVEMFVGVGASRVRDLFEQAKQNSPCIIFVDEIDAVGRQRGAGLG + GGHDEREQTLNQLLVEMDGFGDRAGVILIAATNRPDILDPALLRPGRFDRQIPVSNPD + LAGRRAVLRVHSKGKPMAADADLDGLAKRTVGMTGADLANVINEAALLTARENGTVIT + GPALEEAVDRVIGGPRRKGRIISEQEKKITAYHEGGHTLAAWAMPDIEPIYKVTILAR + GRTGGHAVAVPEEDKGLRTRSEMIAQLVFAMGGRAAEELVFREPTTGAVSDIEQATKI + ARSMVTEFGMSSKLGAVKYGSEHGDPFLGRTMGTQPDYSHEVAREIDEEVRKLIEAAH + TEAWEILTEYRDVLDTLAGELLEKETLHRPELESIFADVEKRPRLTMFDDFGGRIPSD + KPPIKTPGELAIERGEPWPQPVPEPAFKAAIAQATQAAEAARSDAGQTGHGANGSPAG + THRSGDRQYGSTQPDYGAPAGWHAPGWPPRSSHRPSYSGEPAPTYPGQPYPTGQADPG + SDESSAEQDDEVSRTKPAHG" + gene 4000603..4001145 + /locus_tag="BQ2027_MB3641" + CDS 4000603..4001145 + /locus_tag="BQ2027_MB3641" + /note="Mb3641, -, len: 180 aa. Equivalent to Rv3611, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 173 aa overlap). Hypothetical unknown + arg-, pro-rich protein. Possible ORF containing several + direct repeats. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a 111 bp deletion leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis (180 aa versus 217 aa). Mb3641 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL ARGININE AND PROLINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU02269.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T1" + /translation="MAIANPAEPGAAGRHHQPRGDRKPRAWRQCGPQNGPRRSQAITP + EPGAAGRHHQPRGDRKPRAWRQCGPQNGPRRSQAITPEPGAAGRHHQPRGDRKPRAWR + QCGPQNGPRRSQAITPEPGAAGRHHQPRGDRKPRAWRQCGPQNGPRRSQAITPEPGAA + GRHWLDQRPVVPDGVGKSDS" + gene complement(4001060..4001389) + /locus_tag="BQ2027_MB3642C" + CDS complement(4001060..4001389) + /locus_tag="BQ2027_MB3642C" + /note="Mb3642c, -, len: 109 aa. Equivalent to Rv3612c, + len: 109 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 109 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. Residues 58 to 81 highly similar to + N-terminal part of AAK46718|MT2424 HYPOTHETICAL 3.9 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (36 + aa), FASTA scores: opt: 108, E(): 0.38, (69.25% identity + in 26 aa overlap). Mb3642c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02270.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4N3" + /translation="MVAVLTYARQLGFCRSTPPTIPHSRNQLVNKTAGQAAVAESWAD + RVSPGAVTHATGAMCPTLGAHQFEPNQVRCTACLTRTLSCRIFRRRRELPVVGLASGD + PLHPALG" + gene complement(4001423..4001584) + /locus_tag="BQ2027_MB3643C" + CDS complement(4001423..4001584) + /locus_tag="BQ2027_MB3643C" + /note="Mb3643c, -, len: 53 aa. Equivalent to Rv3613c, len: + 53 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 53 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3643c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02271.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4N2" + /translation="MCTMPKLWRAFMAGRPLGSTFTPRQPTGAAPNHVRALDDSIDPS + SAPAARAAL" + gene complement(4001684..4002238) + /gene="espd" + /locus_tag="BQ2027_MB3644C" + CDS complement(4001684..4002238) + /gene="espd" + /locus_tag="BQ2027_MB3644C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3644c, -, len: 184 aa. Equivalent to Rv3614c, + len: 184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 184 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49730|ML0407|B1620_C3_264|MLCL383.03 HYPOTHETICAL 24.2 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (216 aa) FASTA + scores: opt: 899, E(): 1.7e-51, (71.3% identity in 188 aa + overlap); and similar to two hypothetical proteins from + Mycobacterium leprae: Q9CDD6|ML0056 (169 aa), FASTA + scores: opt: 285, E(): 1.2e-11, (38.35% identity in 172 aa + overlap); and O33090|MLCB628.19c (338 aa), FASTA scores: + opt: 289, E(): 1.2e-11, (38.95% identity in 172 aa + overlap). Also highly similar to O69732|Rv3867|MTV027.02 + HYPOTHETICAL 19.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (183 aa), FASTA scores: opt: 563, E(): 1e-29, + (54.9% identity in 173 aa overlap). Protein product from + Mb3644c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3644c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espd" + /protein_id="SIU02272.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Q6" + /translation="MDLPGNDFDSNDFDAVDLWGADGAEGWTADPIIGVGSAATPDTG + PDLDNAHGQAETDTEQEIALFTVTNPPRTVSVSTLMDGRIDHVELSARVAWMSESQLA + SEILVIADLARQKAQSAQYAFILDRMSQQVDADEHRVALLRKTVGETWGLPSPEEAAA + AEAEVFATRYSDDCPAPDDESDPW" + gene complement(4002354..4002665) + /gene="espc" + /locus_tag="BQ2027_MB3645C" + CDS complement(4002354..4002665) + /gene="espc" + /locus_tag="BQ2027_MB3645C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3645c, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv3615c, + len: 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q49723|ML0406|B1620_C2_214|MLCL383 HYPOTHETICAL 11.1 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (106 aa), FASTA scores: + opt: 364, E(): 4.1e-18, (60.85% identity in 92 aa + overlap). Also shows similarity to + P96212|Rv3865|MTCY01A6.03 HYPOTHETICAL 10.6 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (103 aa), FASTA scores: + opt: 198, E(): 6.8e-07, (36.25% identity in 102 aa + overlap). Protein product from Mb3645c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3645c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espc" + /protein_id="SIU02273.1" + /db_xref="GOA:P65088" + /db_xref="InterPro:IPR022536" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65088" + /translation="MTENLTVQPERLGVLASHHDNAAVDASSGVEAAAGLGESVAITH + GPYCSQFNDTLNVYLTAHNALGSSLHTAGVDLAKSLRIAAKIYSEADEAWRKAIDGLF + T" + gene complement(4002739..4003917) + /gene="espa" + /locus_tag="BQ2027_MB3646C" + CDS complement(4002739..4003917) + /gene="espa" + /locus_tag="BQ2027_MB3646C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3646c, -, len: 392 aa. Equivalent to Rv3616c, + len: 392 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, + (99.5% identity in 392 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, gly-rich protein, equivalent to + Q49722|ML0405|B1620_C2_213|MLCL383.01 HYPOTHETICAL 40.8 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (394 aa) FASTA + scores: opt: 1620, E(): 5.3e-75, (62.7% identity in 394 aa + overlap). Also similar to P96213|Rv3864|MTCY01A6.04c + HYPOTHETICAL 42.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (402 aa), FASTA scores: opt: 389, E(): + 1.1e-12, (31.75% identity in 400 aa overlap). Protein + product from Mb3646c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3646c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein a, espa" + /protein_id="SIU02274.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Q8" + /translation="MSRAFIIDPTISAIDGLYDLLGIGIPNQGGILYSSLEYFEKALE + ELAAAFPGDGWLGSAADKYAGKNRNHVNFFQELADLDRQLISLIHDQANAVQTTRDIL + EGAKKGLEFVRPVAVDLTYIPVVGHALSAAFQAPFCAGAMAVVGGALAYLAVKTLINA + TQLLKLLAKLAELVAAAIADIISDVADIIKGILGEVWEFITNALNGLKELWDKLTGWV + TGLFSRGWSNLESFFAGVPGLTGATSGLSQVTGLFGAAGLSASSGLAHADSLASSASL + PALAGIGGGSGFGGLPSLAQVHAASTRQALRPRADGPVGAAAEQVGGQSQLVSAQGSQ + GMGGPVGMGGMHPSSGASKGTTTKKYSEGAAAGTEDAERAPVEADAGGGQKVLVRNVV + " + gene 4004383..4004898 + /gene="lpqG" + /locus_tag="BQ2027_MB3647" + CDS 4004383..4004898 + /gene="lpqG" + /locus_tag="BQ2027_MB3647" + /note="Mb3647, lpqG, len: 171 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3623, len: 240 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 171 aa overlap). + Probable lpqG, conserved lipoprotein, showing some + similarity with hypothetical proteins e.g. Q57432 from + Methanosarcina barkeri (251 aa), FASTA scores: opt: 319, + E(): 6.8e-12, (31.2% identity in 218 aa overlap); + Q9PEA5|XF1123 OUTER MEMBRANE PROTEIN from Xylella + fastidiosa (242 aa) FASTA scores: opt: 312, E(): 1.7e-11, + (28.25% identity in 237 aa overlap); BAB49547|MLR2408 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (236 aa), FASTA scores: opt: 304, E(): 5e-11, + (27.05% identity in 244 aa overlap); etc. Has suitable + signal peptide and prokaryotic membrane lipoprotein lipid + attachment site (PS00013). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium bovis, a large 5894 bp deletion leads to + a shorter product with a different NH2 part compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (171 aa versus 240 aa). Protein product from Mb3647 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3647 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPQG" + /protein_id="SIU02275.1" + /db_xref="InterPro:IPR007497" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6A5" + /translation="MNQTNDRQQAVIDALVGAGLDRKDIRTTRVTVAPQYSNPEPAGT + ATITGYRADNDIEVKIHPTDAASRLLALVVSTGGDATRISSVSYSIGDDSQLVKDARA + RAFQDAKNRADQYAQLSGLRLGKVISISEASGAAPTHEAPAPPRGLSAVPLEPGQQTV + GFSVTVVWELT" + gene complement(4004903..4005553) + /gene="hpt" + /locus_tag="BQ2027_MB3648C" + CDS complement(4004903..4005553) + /gene="hpt" + /locus_tag="BQ2027_MB3648C" + /note="Mb3648c, hpt, len: 216 aa. Equivalent to Rv3624c, + len: 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). Probable hpt + (alternate gene name: hprT), hypoxanthine-guanine + phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.8) (but seems to have + a 35 aa extension at N-terminus), equivalent to other + mycobacterial hypoxanthine-guanine + phosphoribosyltransferases e.g. P96794 from Mycobacterium + avium (203 aa), FASTA scores: opt: 1136, E(): 1.2e-65, + (88.5% identity in 200 aa overlap); and O69537|HPT|ML0214 + from Mycobacterium leprae (213 aa), FASTA scores: opt: + 1115, E(): 2.8e-64, (81.6% identity in 212 aa overlap). + Also similar to others e.g. Q9X8I5|SCE9.12c from + Streptomyces coelicolor (187 aa), FASTA scores: opt: 724, + E(): 2.4e-39, (60.55% identity in 180 aa overlap); + P37472|HPRT_BACSU|HPT from Bacillus subtilis (180 aa) + FASTA scores: opt: 574, E(): 9.1e-30, (48.6% identity in + 181 aa overlap); etc. Equivalent to AAK48087 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (202 aa) but + longer 14 aa. Contains PS00103 Purine/pyrimidine + phosphoribosyltransferases signature. BELONGS TO THE + PURINE/PYRIMIDINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE FAMILY. + Protein product from Mb3648c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3648c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE + HPT (HGPRT) (HGPRTase) (HYPOXANTHINE + PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE) (IMP PYROPHOSPHORYLASE) (IMP + DIPHOSPHORYLASE) (TRANSPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE) (GUANINE + PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU02276.1" + /db_xref="GOA:P0A5T1" + /db_xref="InterPro:IPR000836" + /db_xref="InterPro:IPR005904" + /db_xref="InterPro:IPR029057" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5T1" + /translation="MTPALVVGPAAWHAVHVTQSSSAITPGQTAELYPGDIKSVLLTA + EQIQARIAELGEQIGNDYRELSATTGQDLLLITVLKGAVLFVTDLARAIPVPTQFEFM + AVSSYGSSTSSSGVVRILKDLDRDIHGRDVLIVEDVVDSGLTLSWLSRNLTSRNPRSL + RVCTLLRKPDAVHANVEIAYVGFDIPNDFVVGYGLDYDERYRDLSYIGTLDPRVYQ" + gene complement(4005550..4006521) + /gene="mesJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3649C" + CDS complement(4005550..4006521) + /gene="mesJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3649C" + /note="Mb3649c, mesJ, len: 323 aa. Equivalent to Rv3625c, + len: 323 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 323 aa overlap). Possible mesJ, cell + cycle protein, equivalent to + O69538|Y0C5_MYCLE|ML0213|MLCB2548.18c HYPOTHETICAL 34.1 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (323 aa) FASTA + scores: opt: 1592, E(): 9e-92, (78.0% identity in 327 aa + overlap). Similar to bacterial hypothetical proteins + Q9X8I6|SCE9.13c from Streptomyces coelicolor (352 aa) + FASTA scores: opt: 705, E(): 1.4e-36, (47.85% identity in + 305 aa overlap); and Q9HXZ3|PA3638 from Pseudomonas + aeruginosa (442 aa), FASTA scores: opt: 382, E(): 2e-16, + (40.6% identity in 271 aa overlap). But also similar (or + with similarity) to bacterial cell cycle proteins (MESJ) + e.g. Q9KPX0|VC2242 MESJ PROTEIN from Vibrio cholerae (440 + aa), FASTA scores: opt: 363, E(): 3e-15, (34.8% identity + in 253 aa overlap); Q9RV23|DR1207 (600 aa) CELL CYCLE + PROTEIN MESJ (PUTATIVE/CYTOSINE DEAMINASE-RELATED PROTEIN) + from Deinococcus radiodurans (600 aa), FASTA scores: opt: + 310, E(): 7.6e-12, (36.6% identity in 265 aa overlap) + (similar only at the N-terminal end); Q9PFJ8|XF0659 CELL + CYCLE PROTEIN from Xylella fastidiosa (437 aa), FASTA + scores: opt: 301, E(): 2.1e-11, (35.05% identity in 271 aa + overlap); P52097|MESJ_ECOLI|B0188 PUTATIVE CELL CYCLE + PROTEIN MESJ from Escherichia coli strain K12(432 aa) + FASTA scores: opt: 299, E(): 2.8e-11, (34.65% identity in + 277 aa overlap); etc. BELONGS TO THE UPF0072 (MESJ/YCF62) + FAMILY. Protein product from Mb3649c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3649c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CELL CYCLE PROTEIN MESJ" + /protein_id="SIU02277.1" + /db_xref="GOA:P67152" + /db_xref="InterPro:IPR011063" + /db_xref="InterPro:IPR012094" + /db_xref="InterPro:IPR012795" + /db_xref="InterPro:IPR014729" + /db_xref="InterPro:IPR015262" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67152" + /translation="MDRQSAVAQLRAAAEQFARVHLDACDRWSVGLSGGPDSLALTAV + AARLWPTTALIVDHGLQPGSATVAETARIQAISLGCVDARVLCVQVGAAGGREAAARS + ARYSALEEHRDGPVLLAHTLDDQAETVLLGLGRGSGARSIAGMRPYDPPWCRPLLGVR + RSVTHAACRELGLTAWQDPHNTDRRFTRTRLRTEVLPLLEDVLGGGVAEALARTATAL + REDTDLIDTIAAQALPGAAVAGSRGQELSTSALTALPDAVRRRVIRGWLLAGGATGLT + DRQIRGVDRLVTAWRGQGGVAVGSTLRGQRLVAGRRDGVLVLRREPV" + gene complement(4006500..4007552) + /locus_tag="BQ2027_MB3650C" + CDS complement(4006500..4007552) + /locus_tag="BQ2027_MB3650C" + /note="Mb3650c, -, len: 350 aa. Equivalent to Rv3626c, + len: 350 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 350 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9X8I7|SCE9.14c + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (375 aa) + FASTA scores: opt: 720, E(): 2.2e-38, (41.55% identity in + 361 aa overlap); and shows some similarity to + Q9HPS0|VNG1497C HYPOTHETICAL PROTEIN (317 aa) FASTA + scores: opt: 226, E(): 4.5e-07, (29.7% identity in 347 aa + overlap). Contains neutral zinc metallopeptidases, + zinc-binding region signature (PS00142). Protein product + from Mb3650c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3650c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="proteolysis/nucleotide biosynthesis" + /protein_id="SIU02278.1" + /db_xref="InterPro:IPR018766" + /db_xref="InterPro:IPR022454" + /db_xref="InterPro:IPR042271" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S6" + /translation="MTGASELTLGNTVDWEFAASVGERLARPAPPSTEYTRRQVIDEL + TVAAEKAEPPVRDVTGLIADGVVPPARVVDRPAWIRSAAESMRAMTHGSAKPRGFLTG + RITGAQTGAVLAFVASGILGQYDPFGAAGEGCLLLVYPNVIAVERQLRVEPSDFRLWV + CLHEVTHRVQFTANPWLSGYMSQALNLLTFEPVDDIGRVVSRLADFIRSRGHGTDDSE + VNPSGILGLVRAVQSEPQRKALDQLLVLGTLLEGHAEHVMDAVGPMVVPSVATIRRRF + DDRRHHKQPPLQRLVRALLGFDAKLSQYTRGKAFVDHVVDRAGMKLFNTIWSGPETLP + LPAEIENPQRWIDRVL" + gene complement(4007549..4008934) + /locus_tag="BQ2027_MB3651C" + CDS complement(4007549..4008934) + /locus_tag="BQ2027_MB3651C" + /EC_number="3.4.16.4" + /note="Mb3651c, -, len: 461 aa. Equivalent to Rv3627c, + len: 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 461 aa overlap). Hypothetical ala-rich + protein which may have cleavable signal peptide at + N-terminal end. Equivalent to O69539|MLCB2548.20c|ML0211 + HYPOTHETICAL 47.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (461 aa), FASTA scores: opt: 2295, E(): 3.5e-116, (76.2% + identity in 462 aa overlap); and C-terminal end shows + similarity with O05758|MLCB5.28c HYPOTHETICAL 24.1 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (225 aa), FASTA scores: + opt: 268, E(): 1.8e-07, (32.25% identity in 220 aa + overlap). Also similar (or with similarity) to various + proteins (notably penicillin binding proteins) e.g. + Q9X8I8|SCE9.15c HYPOTHETICAL 45.9 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (459 aa) FASTA scores: opt: 707, + E(): 8.3e-31, (35.75% identity in 439 aa overlap); + Q9Z541|SC9B2.18c PUTATIVE CARBOXYPEPTIDASE from + Streptomyces coelicolor (451 aa), FASTA scores: opt: 450, + E(): 5.3e-17, (31.75% identity in 469 aa overlap); + Q9JVV4|NMA0665 PUTATIVE PEPTIDASE from Neisseria + meningitidis (serogroup A) (or Q9JY10|NMB1797 from + serogroup B) (469 aa), FASTA scores: opt: 269, E(): 3e-07, + (26.15% identity in 463 aa overlap); O85665|PBP3 + PENICILLIN BINDING PROTEIN 3 from Neisseria gonorrhoeae + (469 aa), FASTA scores: opt: 265, E(): 4.9e-07, (31.85% + identity in 201 aa overlap); P45161|PBP4_HAEIN|DACB|HI1330 + PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4 PRECURSOR/PEPTIDASE (479 aa) + FASTA scores: opt: 230, E(): 3.8e-05, (27.9% identity in + 394 aa overlap); P24228|PBP4_ECOLI|DACB|B3182 + PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4 PRECURSOR from Escherichia + coli strain K12 (477 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): + 0.1, (28.2% identity in 408 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3651c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3651c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (EC" + /protein_id="SIU02279.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4U0" + /db_xref="InterPro:IPR000667" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U0" + /translation="MGPTRWRKSTHVVVGAAVLAFVAVVVAAAALVTTGGHRAGVRAP + VPPPRPPTVKAGVVPVADTAATPSAAGVTAALAVVAVDPDLGKLAGRITDALTGQELW + QRLDDVPLVPASTNKILTAAAALLTLDRQARISTRVVAGGQNPQGPVVLVGAGDPTLS + AAPPGQDTWYHGAARIGDLVEQIRRSGVTPTAVQVDASAFSGPTMAPGWDPADIDNGD + IAPIEAAMIDAGRIQPTTVNSRRSRTPALDAGRELAKALGLDPAAVTIASAPAGARQL + AVVQSAPLIQRLSQMMNASDNVMAECIGREVAVAINRPQSFSGAVDAVTSRLNTAHID + TAGAALVDSSGLSLDNRLTARTLDATMQAAAGPDQPALRPLLDLLPIAGGSGTLGERF + LDAATDQGPAGWLRAKTGSLTAINSLVGVLTDRSGRVLTFAFISNEAGPNGRNAMDAL + ATKLWFCGCTT" + gene 4009072..4009560 + /gene="ppa" + /locus_tag="BQ2027_MB3652" + CDS 4009072..4009560 + /gene="ppa" + /locus_tag="BQ2027_MB3652" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3652, ppa, len: 162 aa. Equivalent to Rv3628, + len: 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). ppa, inorganic + pyrophosphatase (EC 3.6.1.1) (see first citation), + identical to O69540|IPYR_MYCLEPPA|ML0210|MLCB2548.21 + INORGANIC PYROPHOSPHATASE from Mycobacterium leprae (162 + aa) FASTA scores: opt: 1018, E(): 1.3e-59, (89.5% identity + in 162 aa overlap). Also highly similar to many bacterial + pyrophosphatases e.g. Q9X8I9|IPYR_STRCO|PPA|SCE9.16 from + Streptomyces coelicolor (163 aa), FASTA scores: opt: 773, + E(): 1.3e-43, (67.5% identity in 163 aa overlap); + O05545|IPYR_GLUOX|PPA from Gluconobacter oxydans + (Gluconobacter suboxydans) (176 aa), FASTA scores: opt: + 553, E(): 3.2e-29, (53.8% identity in 145 aa overlap); + P77992|IPYR_THELI|PPA from Thermococcus litoralis (176 aa) + FASTA scores: opt: 537, E(): 3.5e-28, (49.35% identity in + 152 aa overlap); P50308|IPYR_SULAC|PPA from Sulfolobus + acidocaldarius (173 aa), FASTA scores: opt: 518, E(): + 6e-27, (45.3% identity in 159 aa overlap); etc. BELONGS TO + THE PPASE FAMILY. COFACTOR: REQUIRES THE PRESENCE OF + DIVALENT METAL CATION. MAGNESIUM CONFERS THE HIGHEST + ACTIVITY. BINDS 4 DIVALENT CATIONS PER SUBUNIT (BY + SIMILARITY). Protein product from Mb3652 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3652 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="INORGANIC PYROPHOSPHATASE PPA (PYROPHOSPHATE + PHOSPHO-HYDROLASE) (PPASE) (INORGANIC DIPHOSPHATASE) + (DIPHOSPHATE PHOSPHO-HYDROLASE)" + /protein_id="SIU02280.1" + /db_xref="GOA:P65747" + /db_xref="InterPro:IPR008162" + /db_xref="InterPro:IPR036649" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65747" + /translation="MQFDVTIEIPKGQRNKYEVDHETGRVRLDRYLYTPMAYPTDYGF + IEDTLGDDGDPLDALVLLPQPVFPGVLVAARPVGMFRMVDEHGGDDKVLCVPAGDPRW + DHVQDIGDVPAFELDAIKHFFVHYKDLEPGKFVKAADWVDRAEAEAEVQRSVERFKAG + TH" + gene complement(4009606..4010703) + /locus_tag="BQ2027_MB3653C" + CDS complement(4009606..4010703) + /locus_tag="BQ2027_MB3653C" + /note="Mb3653c, -, len: 365 aa. Equivalent to Rv3629c, + len: 365 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 365 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent to + O69543|MLCB2548.26|ML0205 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (356 aa), FASTA scores: opt: 1547, + E(): 3e-89, (66.2% identity in 361 aa overlap). Also + similar to other membrane and hypothetical proteins e.g. + CAC37534|SCIF3.15c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (363 aa), FASTA scores: opt: 819, + E(): 7.7e-44, (51.55% identity in 351 aa overlap); + Q9CGK3|YKJK HYPOTHETICAL PROTEIN from Lactococcus lactis + (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (339 aa) FASTA + scores: opt: 683, E(): 2.2e-35, (48.3% identity in 350 aa + overlap); Q9KY24|SCC8A.24c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (380 aa) FASTA + scores: opt: 528, E(): 1.1e-25, (50.25% identity in 372 aa + overlap); Q9RJH8|SCF73.09 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (370 aa) FASTA + scores: opt: 439, E(): 3.9e-20, (50.2% identity in 384 aa + overlap); Q9PE36|XF1192 INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Xylella fastidiosa (341 aa), FASTA scores: opt: 337, E(): + 8.3e-14, (47.65% identity in 361 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3653c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3653c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02281.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4N4" + /db_xref="InterPro:IPR007427" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4N4" + /translation="MSTFRIFGFSLLMTVVALVTGYLHGGPTALFLLAVLALLEVSLS + FDNAIINAAILQRMSPFWQRMFLTIGILIAVFGMRLVFPLAIIWTTAGLDPVRAMELA + LRPPAHGALEFADGSPSYEKLITAAHPQIAAFGGMFLLMLFLDFVVHDRDIKWLKWIE + VPFARIGRLGQVPVIVASVGLVLAGALLTHSSDQRGTVLIAGLLGMVTYLVVNGISRA + FRPAGLGEATPGVQARQAAGKAGCALFLYLEVLDAAFSFDGVTGAFAITTDPIIIALG + LGVVGAMFVRSITIYLVRQDTLDRYVYLEHGAHWAIGALAIILLLSIDHRFAVPEWVT + ASVGVVFIGAAFTESVRRNRLTVRSPTKFGS" + gene 4010824..4012119 + /locus_tag="BQ2027_MB3654" + CDS 4010824..4012119 + /locus_tag="BQ2027_MB3654" + /note="Mb3654, -, len: 431 aa. Equivalent to Rv3630, len: + 431 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 431 aa overlap). Probable conserved + integral membrane, highly similar to + P71789|YF10_MYCTU|Rv1510|MTCY277.32 HYPOTHETICAL 44.3 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (432 aa) FASTA + scores: opt: 1940, E(): 2.3e-103, (70.75% identity in 424 + aa overlap). Note that N-terminal end is highly similar to + AAK45825|MT1558 HYPOTHETICAL 18.1 KDA PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (172 aa) FASTA + scores: opt: 649, E(): 4.2e-30, (61.65% identity in 167 aa + overlap); and C-terminal end is highly similar to + AAK45826|MT1560 HYPOTHETICAL 25.8 KDA PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (256 aa), FASTA + scores: opt: 1269, E(): 2.6e-65, (76.7% identity in 253 aa + overlap). Contains PS00639 Eukaryotic thiol (cysteine) + proteases histidine active site, so could be a protease. + Mb3654 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02282.1" + /db_xref="GOA:P59985" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59985" + /translation="MAVGAAAVTEVGDTASPVGSSGASGGAIASGSVARVGTATAVTA + LCGYAVIYLAARNLAPNGFSVFGVFWGAFGLVTGAANGLLQETTREVRSLGYLDVSAD + GRRTHPLRVSGMVGLGSLVVIAGSSPLWSGRVFAEARWLSVALLSIGLAGFCLHATLL + GMLAGTNRWTQYGALMVADAVIRVVVAAATFVIGWQLVGFIWATVAGSVAWLIMLMTS + PPTRAAARLMTPGATATFLRGAAHSIIAAGASAILVMGFPVLLKLTSNELGAQGGVVI + LAVTLTRAPLLVPLTAMQGNLIAHFVDERTERIRALIAPAALIGGVGAVGMLAAGVVG + PWIMRVAFGSEYQSSSALLAWLTAAAVAIAMLTLTGAAAVAAALHRAYSLGWVGATVG + SGLLLLLPLSLETRTVVALLCGPLVGIGVHLVALARTDE" + gene 4012163..4012888 + /locus_tag="BQ2027_MB3655" + CDS 4012163..4012888 + /locus_tag="BQ2027_MB3655" + /note="Mb3655, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv3631, len: + 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Possible transferase + (EC 2.-.-.-), more specifically a glycosyltransferase (EC + 2.4.-.-), equivalent to O69542|MLCB2548.24c|ML0207 + PUTATIVE TRANSFERASE (PUTATIVE GLYCOSYLTRANSFERASE) from + Mycobacterium leprae (239 aa) FASTA scores: opt: 1303, + E(): 2.8e-72, (81.2% identity in 239 aa overlap). Also + similar to many dolichyl-phosphate mannose synthases and + hypothetical proteins e.g. O59263|PH1585 HYPOTHETICAL 34.6 + KDA PROTEIN from Pyrococcus horikoshii (313 aa), FASTA + scores: opt: 472, E(): 1.2e-21, (36.65% identity in 232 aa + overlap); Q9V152|PAB1971 DOLICHYL-PHOSPHATE MANNOSE + SYNTHASE from Pyrococcus abyssi (287 aa), FASTA scores: + opt: 467, E(): 2.3e-21, (35.85% identity in 223 aa + overlap); Q58619|YC22_METJA|MJ1222 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Methanococcus jannaschii (243 aa), FASTA scores: opt: + 400, E(): 2.4e-17, (33.35% identity in 228 aa overlap); + O26474|MTH374 DOLICHYL-PHOSPHATE MANNOSE SYNTHASE RELATED + PROTEIN from Methanobacterium thermoautotrophicum (291 aa) + FASTA scores: opt: 354, E(): 1.7e-14, (33.5% identity in + 218 aa overlap); O26239|MTH136 DOLICHYL-PHOSPHATE MANNOSE + SYNTHASE from Methanobacterium thermoautotrophicum (220 + aa), FASTA scores: opt: 345, E(): 4.8e-14, (33.5% identity + in 221 aa overlap); etc. Protein product from Mb3655 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3655 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transferase (possibly + glycosyltransferase)" + /protein_id="SIU02283.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Q7" + /db_xref="InterPro:IPR001173" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Q7" + /translation="MASKMDTETHYSDVWVVIPAFNEAAVIGKVVTDVRSVFDHVVCV + DDGSTDGTGDIARRSGAHLVRHPINLGQGAAIQTGIEYARKQPGAQVFATFDGDGQHR + VKDVAAMVDRLGAGDVDVVIGTRFGRPVGKASASRPPLMKRIVLQTGARLSRRGRRLG + LTDTNNGLRVFNKTVADGLNITMSGMSHATEFIMLIAENHWRVAEEPVEVLYTEYSKS + KGQPLLNGVNIIFDGFLRGRMPR" + gene 4012885..4013229 + /locus_tag="BQ2027_MB3656" + CDS 4012885..4013229 + /locus_tag="BQ2027_MB3656" + /note="Mb3656, -, len: 114 aa. Equivalent to Rv3632, len: + 114 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 114 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to O69541|MLCB2548.23c|ML0208 + HYPOTHETICAL 12.9 KDA PROTEIN (PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN) + from Mycobacterium leprae (113 aa), FASTA scores: opt: + 594, E(): 7.1e-35, (82.0% identity in 111 aa overlap). + Protein product from Mb3656 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3656 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02284.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4R7" + /db_xref="InterPro:IPR019277" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R7" + /translation="MNWIQVLLIASIIGLLFYLLRSRRSARSRAWVKVGYVLFVLAGI + YAVLRPDDTTVVANWFGVRRGTDLMLYALVMAFSFTTLSTYMRFKDLELRYARIARAL + ALEGAQAPEQCR" + gene 4012903..4015020 + /locus_tag="BQ2027_IS1534" + mobile_element 4012903..4015020 + /locus_tag="BQ2027_IS1534" + /note="IS1534, len: 2118 nt. Equivalent to IS1534, len: + 2136 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 2085 nt overlap). Putative IS + element,IS1534, that resembles IS21; possibly defective." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1534" + gene 4013440..4014315 + /locus_tag="BQ2027_MB3657" + CDS 4013440..4014315 + /locus_tag="BQ2027_MB3657" + /note="Mb3657, -, len: 291 aa. Equivalent to Rv3633, len: + 291 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 291 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9X5S6|MMCH from + Streptomyces lavendulae (254 aa), FASTA scores: opt: 368, + E(): 3.2e-16, (35.05% identity in 194 aa overlap); Q9APW1 + HYPOTHETICAL 32.7 KDA PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa + (295 aa), FASTA scores: opt: 359, E(): 1.3e-15, (37.65% + identity in 170 aa overlap); Q9APV4 HYPOTHETICAL 34.1 KDA + PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (309 aa), FASTA + scores: opt: 316, E(): 7.6e-13, (28.65% identity in 262 aa + overlap). And some similarity to Q9HGD7|FUM9 FUM9P from + Gibberella moniliformis (300 aa), FASTA scores: opt: 254, + E(): 6.5e-09, (29.95% identity in 157 aa overlap); and + P47181|YJ9S_YEAST|YJR154W|J2240 HYPOTHETICAL 39.0 KDA + PROTEIN from Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) (346 + aa), FASTA scores: opt: 190, E(): 8.5e-05, (26.75% + identity in 127 aa overlap). Also similar to + P71782|YF01_MYCTU|Rv1501|MT1550|MTCY277.23 from + Mycobacterium tuberculosis (273 aa), FASTA scores: opt: + 286, E(): 5.5e-11, (27.5% identity in 280 aa overlap). + Protein product from Mb3657 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3657 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Protein involved in biosynthesis of mitomycin + antibiotics/polyketide fumonisin" + /protein_id="SIU02285.1" + /db_xref="InterPro:IPR008775" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67773" + /translation="MTQSSSVERLVGEIDEFGYTVVEDVLDADSVAAYLADTRRLERE + LPTVIANSTTVVKGLARPGHVPVDRVDHDWVRIDNLLLHGTRYEALPVHPKLLPVIEG + VLGRDCLLSWCMTSNQLPGAVAQRLHCDDEMYPLPRPHQPLLCNALIALCDFTADNGA + TQVVPGSHRWPERPSPPYPEGKPVEINAGDALIWNGSLWHTAAANRTDAPRPALTINF + CVGFVRQQVNQQLSIPRELVRCFEPRLQELIGYGLYAGKMGRIDWRPPADYLDADRHP + FLDAVADRLQTSVRL" + gene complement(4014316..4015260) + /gene="galE1" + /locus_tag="BQ2027_MB3658C" + CDS complement(4014316..4015260) + /gene="galE1" + /locus_tag="BQ2027_MB3658C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3658c, galE1, len: 314 aa. Equivalent to Rv3634c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). galE1, UDP-glucose + 4-epimerase (EC 5.1.3.2) (see citations below), equivalent + to O69544|ML0204|RMLB2|MLCB2548.27c PUTATIVE SUGAR + DEHYDRATASE (PUTATIVE SUGAR-NUCLEOTIDE DEHYDRATASE) from + Mycobacterium leprae (319 aa), FASTA scores: opt: 1798, + E(): 8.2e-100, (86.4% identity in 309 aa overlap). Also + similar to other UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASES e.g. + Q9WYX9|TM0509 from Thermotoga maritima (309 aa) FASTA + scores: opt: 877, E(): 4.8e-45, (45.8% identity in 308 aa + overlap); Q57664|GALE_METJA|MJ0211 from Methanococcus + jannaschii (305 aa), FASTA scores: opt: 792, E(): 5.4e-40, + (42.05% identity in 309 aa overlap); Q9K6S7|BH3649 from + Bacillus halodurans (311 aa), FASTA scores: opt: 723, E(): + 7e-36, (40.5% identity in 316 aa overlap); + Q9HSV1|GALE2|VNG0063G from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (328 aa), FASTA scores: opt: 597, E(): 2.3e-28, (36.35% + identity in 322 aa overlap); etc. Contains short-chain + alcohol dehydrogenase family signature (PS00061) but this + maynot be significant. BELONGS TO THE SUGAR EPIMERASE + FAMILY. Note that previously known as rmlB2, a + DTDP-glucose 4,6-dehydratase (EC 4.2.1.46) (see third + citation). Protein product from Mb3658c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3658c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE GALE1 (GALACTOWALDENASE) + (UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE) (URIDINE DIPHOSPHATE GALACTOSE + 4-EPIMERASE) (URIDINE DIPHOSPHO-GALACTOSE 4-EPIMERASE)" + /protein_id="SIU02286.1" + /db_xref="InterPro:IPR016040" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y594" + /translation="MRALVTGAAGFIGSTLVDRLLADGHSVVGLDNFATGRATNLEHL + ADNSAHVFVEADIVTADLHAILEQHRPEVVFHLAAQIDVRRSVADPQFDAAVNVIGTV + RLAEAARQTGVRKIVHTSSGGSIYGTPPEYPTPETAPTDPASPYAAGKVAGEIYLNTF + RHLYGLDCSHIAPANVYGPRQDPHGEAGVVAIFAQALLSGKPTRVFGDGTNTRDYVFV + DDVVDAFVRVSADVGGGLRFNIGTGKETSDRQLHSAVAAAVGGPDDPEFHPPRLGDLK + RSCLDIGLAERVLGWRPQIELADGVRRTVEYFRHKHTD" + gene 4015283..4017058 + /locus_tag="BQ2027_MB3659" + CDS 4015283..4017058 + /locus_tag="BQ2027_MB3659" + /note="Mb3659, -, len: 591 aa. Equivalent to Rv3635, len: + 591 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 591 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but longer 25 aa, to + O69545|ML0203|MLCB2548.28 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (569 aa), FASTA scores: opt: 2933, + E(): 4.6e-173, (77.0% identity in 569 aa overlap). Mb3659 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02287.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4S4" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S4" + /translation="MPAPRMPRVALVAVLLITVQLVVRVVLAFGGYFYWDDLILVGRA + GTGGLLSPSYLFDDHDGHVMPGAFLVAGAIIRVAPLVWTGPAISLVVLQLLESLALLR + ALYVISSWRPVLLIPLTFALFTPLAVPGFAWWAAALNSLPMLAALAWVCADAILLVRT + GNHRYAVTGVLVYLGGLLFFEKAAVIPFVSFAVAALQCHVRGDRSALATVWRAGVRLW + TPSLALTVGWVALYLAVVDQRRWSSDLSMTWDLLCRSVTHGIVPALAGGPWDWARWAP + ASPWATPPAVVMVLGWLVLIAVLALSLVRKRRIGPVWLTAAGYAVACQVPIFLMRSSP + FTALELAQTLRYFPDLVVVLALLAAVALQAPNRAGTRWLDASPARAVATVASAVLFLT + SSLYSTATFLASWRDNPTEGYLKNAQASLAAAASGAPLLDQEVDPLVLQRVAWPENLA + SHMFALLRVRPEFATTTTQLRMFTSTGRLVDAKVTWVRTIIAGPVPQCGYFVQPDRPE + RLILDGPLLPGDWTVELNYLANSDGSMALALSDGPERKVPVHPGLNRVYARLPGAGDA + ITVRANTTALSLCIGAAPVGFLAPA" + gene 4017315..4019432 + /locus_tag="BQ2027_IS1534" + repeat_region 4017315..4017363 + /locus_tag="BQ2027_IS1534" + /note="49 bp imperfect inverted repeat, + IRL,CGGCAACTGAATACTGACCAGAGCGCGGCAACTGAAAATTGACCAGCTT, + flanking IS element IS1534." + /rpt_type=INVERTED + gene 4017401..4017748 + /locus_tag="BQ2027_MB3660" + CDS 4017401..4017748 + /locus_tag="BQ2027_MB3660" + /note="Mb3660, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv3636, len: + 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Possible transposase, + weakly similar to others e.g. O69924|SC3C8.12 PUTATIVE + TRANSPOSASE from Streptomyces coelicolor (487 aa) FASTA + scores: opt: 132, E(): 0.12, (33.05% identity in 112 aa + overlap); O96916 TC1-LIKE TRANSPOSASE from Anopheles + gambiae (African malaria mosquito) (332 aa), FASTA scores: + opt: 117, E(): 0.84, (30.75% identity in 91 aa overlap); + Q9R2U5|IS466A|IS466A-ORF|TNPA|IS469|SCP1.276 TRANSPOSASE + (INSERTION ELEMENT IS466S TRANSPOSASE) from Streptomyces + coelicolor (513 aa), FASTA scores: opt: 114, E(): 2, + (30.5% identity in 82 aa overlap); etc. Similar in part to + P96288|Rv2943|MTCY24G1.06c HYPOTHETICAL 45.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (413 aa), FASTA scores: + opt: 533, E(): 1.4e-28, (74.55% identity in 110 aa + overlap). Contains possible helix-turn-helix motif from aa + 19-40 (+4.98 SD). Mb3660 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIU02288.1" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T7" + /translation="MLSVEDWAEIRRLRRSERLPISEIARVLKISRNTVKSALASDGP + PKYQRAAKGSVADEAEPRIRELLAAYPRMPATVIAERIGWWYSIRTLSGRVRELRPLY + LPPDPASRDICGR" + gene 4018133..4018633 + /locus_tag="BQ2027_MB3661" + CDS 4018133..4018633 + /locus_tag="BQ2027_MB3661" + /note="Mb3661, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv3637, len: + 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 166 aa overlap). Possible transposase. + C-terminal end highly similar to Q9RLQ9|ISTA PUTATIVE + TRANSPOSASE A (FRAGMENT) from Mycobacterium bovis (102 + aa), FASTA scores: opt: 397, E(): 1.4e-19, (58.8% identity + in 102 aa overlap). Weakly similar to others e.g. Q9KJ02 + PUTATIVE TRANSPOSASE (FRAGMENT) from Polyangium cellulosum + (329 aa), FASTA scores: opt: 191, E(): 1.6e-05, (32.1% + identity in 134 aa overlap); Q9LCU2|ISTA COINTEGRASE from + Pseudomonas aeruginosa (382 aa) FASTA scores: opt: 144, + E(): 0.024, (26.8% identity in 123 aa overlap); + P15025|ISTA_PSEAE TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE + ELEMENT IS21 from Pseudomonas aeruginosa (390 aa), FASTA + scores: opt: 144, E(): 0.025, (26.85% identity in 123 aa + overlap); etc. Also highly similar to C-terminal end of + P96288|Rv2943|MTCY24G1.06c HYPOTHETICAL 45.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (413 aa) FASTA scores: + opt: 722, E(): 1.5e-40, (63.7% identity in 168 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIU02289.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U8" + /translation="MPGRVFASPADFNTQLQAWLVRANHRQHRVLGCRPADRIEADTA + AMLTLPPVGPSIGWRTSTRLPRDHYVRLDGNDYSVHPVAIGRRIEITADLSRVRVWCG + GTLVADHDRIWAKHQTISDPEHVVAAKLLRRKRFDIVGPPHHVEVEQRLLTTYDTVLG + LDGPVA" + gene 4018633..4019379 + /locus_tag="BQ2027_MB3662" + CDS 4018633..4019379 + /locus_tag="BQ2027_MB3662" + /note="Mb3662, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv3638, len: + 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 248 aa overlap). Possible transposase, + highly similar to Q9RLQ8|ISTB ISTB PROTEIN from + Mycobacterium bovis (266 aa), FASTA scores: opt: 784, E(): + 4e-46, (78.0% identity in 259 aa overlap); and similar to + others e.g. P15026|ISTB_PSEAE INSERTION SEQUENCE IS21 + PUTATIVE ATP-BINDING PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa + (265 aa), FASTA scores: opt: 420, E(): 2.2e-21, (38.8% + identity in 255 aa overlap); Q45619|ISTB_BACST INSERTION + SEQUENCE IS5376 PUTATIVE ATP-BINDING PROTEIN from Bacillus + stearothermophilus (251 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): + 3.6e-20, (34.5% identity in 232 aa overlap); + P15026|ISTB_ECOLI ISTB PROTEIN from Escherichia coli (265 + aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 8e-23, (38.8% identity + in 255 aa overlap); etc. C-terminus highly similar to + C-terminus of P96287|Rv2944|MTCY24G1.05 HYPOTHETICAL 25.5 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (alias AAK47343|MT3016 IS1533, ORFB from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551) (238 aa), FASTA scores: opt: + 784, E(): 3.6e-46, (87.4% identity in 135 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIU02290.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4P5" + /db_xref="InterPro:IPR002611" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR028350" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P5" + /translation="MAAKTATNSRDVAAELAYLTRALKAPTLRGAIEQLADRARTKTW + SYEEFLAACLQREVSARESHGGEGRIRAARFPSRKSLEEFDFDHARGLKRDTIAHLGT + LDFVTLAIGIAIRACQAGHRVLFATASQWVDRLAAAHHSGTLQSELIRLARYPLLVVD + EVGYIPFEPEAANLFFQLVSSRYERASLIVTSNKPFGRWGEVFGDDVVAAAMIDRLVH + HAEVIALKGDSYRIKDRDLGRVPTVTADDQ" + repeat_region complement(4019384..4019432) + /note="49 bp imperfect inverted repeat, + IRR,CGGCAACCGAAAACTGATCAGGTGTCGGCAATCGAAAATTGACCAGCTT, + flanking IS element IS1534." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(4019533..4020099) + /locus_tag="BQ2027_MB3663C" + CDS complement(4019533..4020099) + /locus_tag="BQ2027_MB3663C" + /note="Mb3663c, -, len: 188 aa. Equivalent to Rv3639c, + len: 188 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 188 aa overlap). Hypothetical protein, + with C-terminus highly similar to N-terminus of + P95044|Rv0698|MTCY210.15 HYPOTHETICAL 22.3 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (203 aa), FASTA scores: + opt: 224, E(): 4.5e-07, (54.8% identity in 73 aa + overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02291.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4P6" + /translation="MAGLFTPPASGAATLQRAARDAAPDARWLLAVSDRNGIVSTSAT + TCNYPPAANDSAQDGFRHALAAAIAADIDEALRHGYGDLLELAYPLMSWPRRGVFGGP + TPAPRGLATRQCPPRTVHVDRVRPNGAERALRARFRPILRPQFTLGDGANGLPLAACT + KTGAYVPHLPYSPIAVDPQPSAGQQGPS" + gene complement(4020155..4021447) + /locus_tag="BQ2027_IS1553" + mobile_element complement(4020155..4021447) + /locus_tag="BQ2027_IS1553" + /note="IS1553, len: 1293 nt. Equivalent to IS1553, len: + 1293 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 1293 nt overlap). Putative IS + element,IS1553." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1553" + repeat_region 4020155..4020167 + /note="13 bp imperfect inverted repeat, IRR,GAGTTCGTCGGTG, + flanking IS element IS1553." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(4020169..4021398) + /locus_tag="BQ2027_MB3664C" + CDS complement(4020169..4021398) + /locus_tag="BQ2027_MB3664C" + /note="Mb3664c, -, len: 409 aa. Equivalent to Rv3640c, + len: 409 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 409 aa overlap). Probable transposase, + highly similar to others e.g. Q48882 TRANSPOSASE from + Mycobacterium avium (411 aa) FASTA scores: opt: 1574, E(): + 6.2e-93, (59.75% identity in 400 aa overlap); Q9AKV5 + PUTATIVE TRANSPOSASE (FRAGMENT) from Mycobacterium + paratuberculosis (395 aa), FASTA scores: opt: 1566, E(): + 1.9e-92, (60.0% identity in 395 aa overlap); Q48368 + TRANSPOSASE from Mycobacterium avium (410 aa), FASTA + scores: opt: 1561, E(): 4.1e-92, (59.4% identity in 404 aa + overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transposase" + /protein_id="SIU02292.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4R9" + /db_xref="InterPro:IPR001207" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R9" + /translation="MALPQSALSELLDAFRTGDGVDLIRDAVRLVLQELSELEATERI + GAARYERSDTRVTDRNGARSRVLSTQAGDVELRIPKLRKGSFFPAILEPRRRIDQALY + AVVMEAYVHGISTRAVDDLVEAMGVETGISKSEVSRICAGLDEIVGAFRTRTLGHIEF + PYVYLDATYLNVRNGTGQVVSMAVIVASGIAADGSREILGLDVGDSEDETFWRGFLTS + LKGRGLGGVRLVISDQHAGLVKALKRCFQGAGHQRCRVHFARNLLAHVPKDKADMVAS + MFRMIFSAPDAEAVHATWEEVRDRLAASFPKIGPLMDDARAEVLAFTAFPKAHWQKIW + STNPLERINKEIKRRSRVVGIFPNPAAVIRLVGAVLADMHDEWQASERRYLSEASMAL + LYPDSDNAVVAAISGGQ" + repeat_region complement(4021435..4021447) + /locus_tag="BQ2027_IS1553" + /note="13 bp imperfect inverted repeat, IRL,GAGATCGTCGGTG, + flanking IS element IS1553." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(4021574..4022209) + /gene="fic" + /locus_tag="BQ2027_MB3665C" + CDS complement(4021574..4022209) + /gene="fic" + /locus_tag="BQ2027_MB3665C" + /note="Mb3665c, fic, len: 211 aa. Equivalent to Rv3641c, + len: 211 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 211 aa overlap). Possible fic, cell + filamentation protein, similar to others e.g. + Q9PCU8|XF1657 CELL FILAMENTATION PROTEIN from Xylella + fastidiosa (203 aa), FASTA scores: opt: 324, E(): 2.2e-14, + (32.8% identity in 189 aa overlap); P20605|FIC_ECOLI|B3361 + from Escherichia coli strain K12 (200 aa), FASTA scores: + opt: 323, E(): 2.5e-14, (31.0% identity in 187 aa + overlap); P20751|FIC_SALTY from Salmonella typhimurium + (200 aa), FASTA scores: opt: 322, E(): 2.9e-14, (32.65% + identity in 193 aa overlap); etc. Mb3665c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CELL FILAMENTATION PROTEIN FIC" + /protein_id="SIU02293.1" + /db_xref="InterPro:IPR003812" + /db_xref="InterPro:IPR036597" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S8" + /translation="MPHPWDTGDHERNWQGYFIPAMSVLRNRVGARTHAELRDAENDL + VEARVIELREDPNLLGDRTDLAYLRAIHRQLFQDIYVWAGDLRTVGIEKEDESFCAPG + GISRPMEHVAAEIYQLDRLRAVGEGDLAGQVAYRYDYVNYAHPFREGNGRSTREFFDL + LLSERGSGLDWGKTDLEELHGACHVARANSDLTGLVAMFKGILDAEPTYDF" + gene complement(4022220..4022414) + /locus_tag="BQ2027_MB3666C" + CDS complement(4022220..4022414) + /locus_tag="BQ2027_MB3666C" + /note="Mb3666c, -, len: 64 aa. Equivalent to Rv3642c, len: + 64 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 64 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3666c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02294.1" + /db_xref="InterPro:IPR041535" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S5" + /translation="MFVQATELQKVKRRFRNVRATRRNTELEGTRSTAATRADQNDYA + RGKITAAELGERVRRRYNIQ" + gene 4022809..4023000 + /locus_tag="BQ2027_MB3667" + CDS 4022809..4023000 + /locus_tag="BQ2027_MB3667" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3667, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv3643, len: + 63 aa (questionable ORF), from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 63 aa overlap). + Identical to AAK48106 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (33 aa) but longer 30 aa." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02295.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6C2" + /translation="MERSIGLEAAAQQAGHSGSEITRRHYVERSVTVPDYTAALDEYS + RPIRAFRPLKSNRPGDIPT" + gene complement(4023014..4023087) + /locus_tag="BQ2027_THRU" + tRNA complement(4023014..4023087) + /locus_tag="BQ2027_THRU" + /product="tRNA-Thr" + /note="thrU, len: 73 nt. Equivalent to thrU, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Thr, anticodon cgt." + gene complement(4023165..4024370) + /locus_tag="BQ2027_MB3668C" + CDS complement(4023165..4024370) + /locus_tag="BQ2027_MB3668C" + /note="Mb3668c, -, len: 401 aa. Equivalent to Rv3644c, + len: 401 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 401 aa overlap). Possible DNA + polymerase (EC 2.7.7.-), equivalent to + O69546|MLCB2548.29c|ML0202 HYPOTHETICAL 42.7 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (405 aa), FASTA scores: opt: + 2180, E(): 6.1e-116, (84.4% identity in 404 aa overlap). + Similar (in totality or in first 200 aa) to DNA + polymerases III, delta' or gamma subunit, e.g. + Q9X906|SCH5.03c PUTATIVE DNA POLYMERASE from Streptomyces + coelicolor (401 aa), FASTA scores: opt: 1022, E(): + 1.5e-50, (47.05% identity in 404 aa overlap); + Q9RRS5|DR2410 DNA POLYMERASE III, TAU/GAMMA SUBUNIT from + Deinococcus radiodurans (615 aa), FASTA scores: opt: 370, + E(): 1.3e-13, (29.95% identity in 394 aa overlap); + P28631|HOLB_ECOLI|B1099 DNA POLYMERASE III, DELTA' SUBUNIT + from Escherichia coli strain K12 (334 aa), FASTA scores: + opt: 345, E(): 2.2e-12, (33.45% identity in 239 aa + overlap); Q9JTS1|DNAZX|NMA1656 DNA POLYMERASE III TAU AND + GAMMA CHAINS from Neisseria meningitidis (serogroup A) + (709 aa), FASTA scores: opt: 346, E(): 3.3e-12, (28.55% + identity in 364 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3668c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3668c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dna polymerase" + /protein_id="SIU02296.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y599" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR004622" + /db_xref="InterPro:IPR008921" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y599" + /translation="MSGVFTRLVGQQAVEAELLATAKAARRDSAHSAGGGGTMTHAWL + LTGPPGSGRSVAALCFAAALQCTSGGEPGCGRCRACTTTLAGTHADVRRVIPEGLSIG + VDEMRAIVQIAARRPTTGHWQIVVIEDADRLTEGAANALLKVVEEPPPSTVFLLCAPS + VDPEDIAVTLRSRCRHVALVTPSTHAIAQVLSDGDGLDPDTANWAASVSGGHVGRARR + LATDPQARQRRERALGLARDAATPSRAYAAAEELVAGAEAEALALTAQRIEAETEELR + TALGAGGTGKGTGAALRGATGAMKDLERRQKSRQTRASRDALDRALIDLATYFRDALL + VAAHAGGVRANHPDMADRVAALAAHAPPERLLRCIEAVLACREALAVNVKPKFAVDAM + VATIGQELR" + gene 4024456..4026105 + /locus_tag="BQ2027_MB3669" + CDS 4024456..4026105 + /locus_tag="BQ2027_MB3669" + /note="Mb3669, -, len: 549 aa. Equivalent to Rv3645, len: + 549 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 549 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but longer 20 aa, to + O69547|ML0201|MLCB2548.30 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (530 aa), FASTA scores: opt: 2958, + E(): 1.5e-168, (85.5% identity in 530 aa overlap). Also + closely related to several other hypothetical M. + tuberculosis proteins, e.g. + Q10631|YD18_MYCTU|Rv1318c|MT1359|MTCY130.03c (541 aa) + FASTA scores: opt: 1105, E(): 2.7e-58, (39.35% identity in + 506 aa overlap); + Q10633|YD20_MYCTU|Rv1320c|MT1362|MTCY130.05c (567 aa) + FASTA scores: opt: 1031, E(): 7.1e-54, (38.1% identity in + 509 aa overlap); Q10632|YD19_MYCTU|Rv1319c|MTCY130.04c + (535 aa), FASTA scores: opt: 1016, E(): 5.3e-53, (37.1% + identity in 531 aa overlap); etc. Also similar at + C-terminal end to many adenylate cyclases (EC 4.6.1.1) + e.g. O83498|TP0485 from Treponema pallidum (614 aa) FASTA + scores: opt: 365, E(): 3.2e-14, (31.55% identity in 317 aa + overlap); P94180|CYAA from Anabaena sp. strain PCC 7120 + (735 aa), FASTA scores: opt: 364, E(): 4.2e-14, (32.75% + identity in 229 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3669 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3669 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02297.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4T6" + /db_xref="InterPro:IPR001054" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR029787" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T6" + /translation="MDAEAFVGFRQVPAARYGGLMATTAALPRRIHAFVRWVVRTPWP + LFSLSMLQSDIIGALFVLGFLRYGLPPQDNIQLQDLPPVNLLIFVSTVIILFLAGAVV + NLKLLMPVFRWQRRDNLLTEPDPAATELARSRALRMPLYRTLISLAVWATGGGVFILA + SWSVAKHAAPVVAVATALGATATAIIGYLQSERVLRPVAVAALRSGVPENVNAPGVIL + RLMLAWIPSTGVPLLAIVLAVAADKIALLHATPEALFNPILMMALAALGIGSVSTLLV + AMSIADPLRQLRWALSEVQRGNYNAHMQIYDASELGLLQAGFNDMVRELSERQRLRDL + FGRYVGEDVARRALERGTELGGQERDVAVLFVDLVGSTQLAATRPPAEVVQLLNEFFR + VVVETVARHGGFVNKFQGDAALAIFGAPIEHPDGAGAALSAARELHDELIPVLGSAEF + GIGVSAGRAIAGHIGAQARFEYTVIGDPVNEAARLTELAKLEDGHVLASAIAVSGALD + AEALCWDVGEVVELRGRAAPTQLARPMNLAAPEEVSSEVRG" + gene complement(4026102..4028906) + /gene="topA" + /locus_tag="BQ2027_MB3670C" + CDS complement(4026102..4028906) + /gene="topA" + /locus_tag="BQ2027_MB3670C" + /note="Mb3670c, topA, len: 934 aa. Equivalent to Rv3646c, + len: 934 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 934 aa overlap). topA, DNA + topoisomerase I (EC 5.99.1.2) (see citation below), + equivalent to O69548|TOP1_MYCLE|TOPA|ML0200|MLCB2548.31c + DNA TOPOISOMERASE I from Mycobacterium leprae (947 aa) + FASTA scores: opt: 5150, E(): 0, (84.6% identity in 936 aa + overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9X909|TOP1_STRCO|TOPA|SCH5.06c from Streptomyces + coelicolor (952 aa), FASTA scores: opt: 2754, E(): + 1.3e-153, (61.3% identity in 928 aa overlap); + P73810|TOP1_SYNY3|TOPA|SLR2058 from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (898 aa), FASTA scores: opt: 1442, E(): + 9.1e-77, (47.15% identity in 927 aa overlap); + P47368|TOP1_MYCGE|TOPA|MG122 from Mycoplasma genitalium + (709 aa), FASTA scores: opt: 865, E(): 4.8e-43, (30.3% + identity in 736 aa overlap); + P06612|TOP1_ECOLI|TOPA|SUPX|B1274 from Escherichia coli + strain K12 (865 aa), FASTA scores: opt: 397, E(): 0, + (39.6% identity in 704 aa overlap); etc. BELONGS TO + PROKARYOTIC TYPE I/III TOPOISOMERASE FAMILY. Protein + product from Mb3670c detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3670c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="dna topoisomerase i topa (omega-protein) + (relaxing enzyme) (untwisting enzyme) (swivelase) (type i + dna topoisomerase) (nicking-closing enzyme) (topo i)" + /protein_id="SIU02298.1" + /db_xref="GOA:P0A621" + /db_xref="InterPro:IPR000380" + /db_xref="InterPro:IPR003601" + /db_xref="InterPro:IPR003602" + /db_xref="InterPro:IPR005733" + /db_xref="InterPro:IPR006171" + /db_xref="InterPro:IPR013497" + /db_xref="InterPro:IPR013824" + /db_xref="InterPro:IPR013825" + /db_xref="InterPro:IPR013826" + /db_xref="InterPro:IPR023405" + /db_xref="InterPro:IPR023406" + /db_xref="InterPro:IPR025589" + /db_xref="InterPro:IPR028612" + /db_xref="InterPro:IPR034149" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A621" + /translation="MADPKTKGRGSGGNGSGRRLVIVESPTKARKLASYLGSGYIVES + SRGHIRDLPRAASDVPAKYKSQPWARLGVNVDADFEPLYIISPEKRSTVSELRGLLKD + VDELYLATDGDREGEAIAWHLLETLKPRIPVKRMVFHEITEPAIRAAAEHPRDLDIDL + VDAQETRRILDRLYGYEVSPVLWKKVAPKLSAGRVQSVATRIIVARERDRMAFRSAAY + WDILAKLDASVSDPDAAPPTFSARLTAVAGRRVATGRDFDSLGTLRKGDEVIVLDEGS + ATALAAGLDGTQLTVASAEEKPYARRPYPPFMTSTLQQEASRKLRFSAERTMSIAQRL + YENGYITYMRTDSTTLSESAINAARTQARQLYGDEYVAPAPRQYTRKVKNAQEAHEAI + RPAGETFATPDAVRRELDGPNIDDFRLYELIWQRTVASQMADARGMTLSLRITGMSGH + QEVVFSATGRTLTFPGFLKAYVETVDELVGGEADDAERRLPHLTPGQRLDIVELTPDG + HATNPPARYTEASLVKALEELGIGRPSTYSSIIKTIQDRGYVHKKGSALVPSWVAFAV + TGLLEQHFGRLVDYDFTAAMEDELDEIAAGNERRTNWLNNFYFGGDHGVPDSVARSGG + LKKLVGINLEGIDAREVNSIKLFDDTHGRPIYVRVGKNGPYLERLVAGDTGEPTPQRA + NLSDSITPDELTLQVAEELFATPQQGRTLGLDPETGHEIVAREGRFGPYVTEILPEPA + ADAAAAAQGVKKRQKAAGPKPRTGSLLRSMDLQTVTLEDALRLLSLPRVVGVDPASGE + EITAQNGRYGPYLKRGNDSRSLVTEDQIFTITLDEALKIYAEPKRRGRQSASAPPLRE + LGTDPASGKPMVIKDGRFGPYVTDGETNASLRKGDDVASITDERAAELLADRRARGPA + KRPARKAARKVPAKKAAKRD" + gene complement(4029259..4029837) + /locus_tag="BQ2027_MB3671C" + CDS complement(4029259..4029837) + /locus_tag="BQ2027_MB3671C" + /note="Mb3671c, -, len: 192 aa. Equivalent to Rv3647c, + len: 192 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 192 aa overlap). Hypothetical protein, + equivalent to O69549|MLCB2548.32c|ML0199 HYPOTHETICAL 21.2 + KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae (200 aa), FASTA + scores: opt: 1029, E(): 9e-58, (80.4% identity in 199 aa + overlap). Protein product from Mb3671c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3671c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02299.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V4" + /translation="MSQLSFFAAESVPPAVADLSGVLAGPGQIVLVGCGARLSVVVAE + SWRASALAEMIQEAGLVPEVARTDENTPLVRTAVDPLLCGIAAEWTRGAVKTVPPRWL + PGPRELRAWTLAAGSPEADRYLLGLDPHAPDTHSPLASALMRVGIAPTLIGTRGTRPA + LRISGRRRLSRLVENVGEPPDGAEAWVQWPRT" + gene complement(4029977..4030180) + /gene="cspA" + /locus_tag="BQ2027_MB3672C" + CDS complement(4029977..4030180) + /gene="cspA" + /locus_tag="BQ2027_MB3672C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3672c, cspA, len: 67 aa. Equivalent to Rv3648c, + len: 67 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 67 aa overlap). Probable cspA, cold + shock protein A, identical to O69550|CSPB|CSPA|ML0198 + SMALL COLD-SHOCK PROTEIN from Mycobacterium leprae (67 aa) + FASTA scores: opt: 451, E(): 3.7e-27, (97.0% identity in + 67 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9KGW0|CSPA from Mycobacterium smegmatis (67 aa) FASTA + scores: opt: 439, E(): 2.9e-26, (92.55% identity in 67 aa + overlap); P54584|CSP_ARTGO from Arthrobacter globiformis + (67 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 1.5e-18, (73.45% + identity in 64 aa overlap); O30875|CSPA_MICLU from + Micrococcus luteus (Micrococcus lysodeikticus); + Q9Z5R4|CSPA_BORPE from Bordetella pertussis (67 aa) FASTA + scores: opt: 294, E(): 1.7e-15, (59.7% identity in 67 aa + overlap); etc. Contains 'cold-shock' DNA-binding domain + signature (PS00352) at N-terminal end. BELONGS TO THE + COLD-SHOCK DOMAIN (CSD) FAMILY. Protein product from + Mb3672c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3672c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE COLD SHOCK PROTEIN A CSPA" + /protein_id="SIU02300.1" + /db_xref="GOA:P63849" + /db_xref="InterPro:IPR002059" + /db_xref="InterPro:IPR011129" + /db_xref="InterPro:IPR012156" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="InterPro:IPR019844" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63849" + /translation="MPQGTVKWFNAEKGFGFIAPEDGSADVFVHYTEIQGTGFRTLEE + NQKVEFEIGHSPKGPQATGVRSL" + gene 4030430..4032745 + /locus_tag="BQ2027_MB3673" + CDS 4030430..4032745 + /locus_tag="BQ2027_MB3673" + /note="Mb3673, -, len: 771 aa. Equivalent to Rv3649, len: + 771 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 771 aa overlap). Probable helicase (EC + 3.6.-.-), similar to many (known or hypothetical) + ATP-dependent helicases e.g. Q9X915|SCH5.13 PUTATIVE + HELICASE from Streptomyces coelicolor (815 aa) FASTA + scores: opt: 2550, E(): 9.6e-139, (52.45% identity in 774 + aa overlap); Q05549|YDR291W|D9819.1 PROTEIN SIMILAR TO + SEVERAL DNA HELICASES from Saccharomyces cerevisiae + (Baker's yeast) (1077 aa), FASTA scores: opt: 1161, E(): + 5.9e-59, (31.05% identity in 780 aa overlap); + P50830|YPRA_BACSU HYPOTHETICAL HELICASE from Bacillus + subtilis (749 aa), FASTA scores: opt: 1154, E(): 1.1e-58, + (34.05% identity in 734 aa overlap); Q9KC10|BH1764 + ATP-DEPENDENT RNA HELICASE from Bacillus halodurans (764 + aa), FASTA scores: opt: 1122, E(): 8e-57, (32.3% identity + in 759 aa overlap); etc. SEEMS SIMILAR TO DEAD/DEAH BOX + HELICASE FAMILY, AND TO HELICASE C-TERMINAL DOMAIN." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable helicase" + /protein_id="SIU02301.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Q3" + /db_xref="InterPro:IPR001650" + /db_xref="InterPro:IPR011545" + /db_xref="InterPro:IPR014001" + /db_xref="InterPro:IPR018973" + /db_xref="InterPro:IPR022307" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Q3" + /translation="MASFGSHLLAAAVAGTPPGERPLRHVAELPPQAGRPRGWPEWAE + PDVVDAFADRGISSPWSHQAEAAELAYAGRHVVIGTGPASGKSLAYQLPVLNALATDS + RARALYLSPTKALGHDQLRAAHALAAAVPRLADVAPTAYDGDSPDEVRRFARERSRWL + FSNPEMTHLSVLRNHARWAVLLRNLRFVIVDECHYYRGVFGSNVAMVLRRLLRLCARY + SAHPTVIFASATTASPGATAADLIGQPVVEVTEDGSPRGARTVALWEPALRSDVIGEH + GAPVRRSAGAEAARVMADLIVEGAQTLTFVRSRRAAELTALGARARLVDIAPELSDTV + ASYRAGYLAEDRSALHQALAEGQLRGLATTNALELGVDIAGLDAVVLAGFPGTVASFW + QQAGRSGRRGQGALVVLIARDDPLDTYLVHHPAALLDKPVERVVIDPVNPHLLGPQLL + CAATELPLDDAEVRSWGAVEVAESLVDDGLLRRRNGRYFPAPGVKPHAAVDVRGAIGG + QIVIVEAGTGRLLGSVGVGQAPAAAHPGAVYLHQGETYVVDSLDFQDGIAFVHAEDPG + YATFAREVTDIAVTGTGERLVFGPVALGLVPVTVTNHVVGYLRRQLSGEVLDFVELDM + PEHTLPTTAVMYTITSDALVRSGIEATRIPGSLHAAEHAAIGLLPLVASCDRGDIGGM + STATGPEGLPSVFVYDGYPGGAGFAERGFRRARTWLGATAEAIEACECPSGCPSCVQS + PKCGNGNDPLDKAGAVRVLRLVLAELSEESP" + gene 4032882..4033166 + /gene="PE33" + /locus_tag="BQ2027_MB3674" + CDS 4032882..4033166 + /gene="PE33" + /locus_tag="BQ2027_MB3674" + /note="Mb3674, PE33, len: 94 aa. Equivalent to Rv3650, + len: 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). Short protein, member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, but without + the repetitive gly-rich region, similar to the N-terminal + part of many e.g. O53809|Rv0746|MTV041.20 PGRS-FAMILY + PROTEIN (783 aa), FASTA scores: opt: 363, E(): 2.1e-15, + (76.55% identity in 81 aa overlap). Mb3674 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe33" + /protein_id="SIU02302.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S3" + /translation="MSFVIAAPEALDSAATDLVVLGSTLGAATAAAAAQTTGIVAAAH + DEVSAAIAALFSAHGQAYQAASAQAAAFHTRFIRARSRHPQQETTCRRVR" + gene 4033490..4034527 + /locus_tag="BQ2027_MB3675" + CDS 4033490..4034527 + /locus_tag="BQ2027_MB3675" + /note="Mb3675, -, len: 345 aa. Equivalent to Rv3651, len: + 345 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 345 aa overlap). Hypothetical protein, + with some similarity to Q9ZHK1 HYPOTHETICAL 36.5 KDA + PROTEIN from Rhodococcus sp. X309 (329 aa) FASTA scores: + opt: 332, E(): 3.4e-13, (27.4% identity in 321 aa + overlap). Protein product from Mb3675 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3675 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Triple sensor-domain protein" + /protein_id="SIU02303.1" + /db_xref="InterPro:IPR041439" + /db_xref="InterPro:IPR041458" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T0" + /translation="MTHDWLLVETLGDEPAVVARGRELKKLVPITTFLRRSPYLAAVR + TAIAETLQTGQSLTSITPKHDRVIRTEPVIMTDGRMHGVQVWSGPTDAEPPDRPIPGP + LKWDLTRGVATDTPESLTNSGKNPEVEITYGRAFAEDLPARELNPNETQVLAMAVKAK + PGKTLCSIWDLTDWQGTPIRIGFVARSALEPGPNGRDHLVARAMNWRAETKAPAVPVD + DLAQRILIGLAQAGVHRALVDLKTWTLLKWLDQPCSFYDWRRSAADGPRLHPDDQHVI + DAMTRDLANGSASHVLRLPGHDVDWVPVHVTVNRIELEPDTFAGLVALRLPTDEELAD + AGLPKATDVTT" + gene 4035281..4035595 + /gene="PE_PGRS60" + /locus_tag="BQ2027_MB3676" + CDS 4035281..4035595 + /gene="PE_PGRS60" + /locus_tag="BQ2027_MB3676" + /note="Mb3676, PE_PGRS60, len: 104 aa. Equivalent to + Rv3652, len: 104 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 104 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar at N-terminal end + with many e.g. P56877|Y278_MYCTU|Rv0278c|MTV035.06c (957 + aa) FASTA scores: opt: 242, E(): 3e-09, (77.35% identity + in 53 aa overlap). Originally annotated as the first part + of a PE-PGRS family protein (Rv3653/PE_PGRS61 being the + second part) but more similar to a PE family protein. + Length extended since first submission (+50 aa). Mb3676 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family-related protein pe_pgrs60" + /protein_id="SIU02304.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T4" + /translation="MSYVIAAPEALVAAATDLATLGSTIGAANAAAAGSTTALLTAGA + DEVSAAIAAYSECTARPIRHSVRGRRRSMSGSCRPWPQVGAPMRPPRPPASRRCRARS + IC" + gene 4035589..4036302 + /gene="PE_PGRS61" + /locus_tag="BQ2027_MB3677" + CDS 4035589..4036302 + /gene="PE_PGRS61" + /locus_tag="BQ2027_MB3677" + /note="Mb3677, PE_PGRS61, len: 237 aa. Similar to Rv3653, + len: 195 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (82.2% identity in 237 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS subfamily of + gly-rich proteins, highly similar to the C-termini of + members of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, e.g. MTCY1A11_25, + MTCY28_25, MTCY130_10, MTCY1A10_19, MTCY21B4_13, + MTCI418B_6,MTCY28_34, MTV004_1, MTCY441_4; etc. Originally + annotated as the second part of a PE-PGRS family protein + (Rv3652/PE_PGRS60 being the first part). Start shortened + since first submission (-50 aa). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to an in-frame insertion of 126 bp leads to + a longer product than in Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (237 aa versus 195 aa)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family-related protein pe_pgrs61" + /protein_id="SIU02305.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6C9" + /translation="MLNAPTQALLGRPLVGNGANGAPGTGANGGDGGILFGSGGAGGS + GAAGMAGGNGGAAGLFGNGGAGGAGGSATAGAAGAGGNGGAGGLLFGTAGAGGNGGLS + LGLGVAGGAGGAGGSGGSDTAGHGGTGGAGGLLFGAGGAGGAGGLGGFRGAGGTGGAG + GDGGNAGLFGDGGAGGAGGAGEDGTTPGGNGGAGGVAGLFGDGGNGGNAGVGTPAGNV + GAGGTGGLLLGQDGMTGLT" + gene complement(4036419..4036673) + /locus_tag="BQ2027_MB3678C" + CDS complement(4036419..4036673) + /locus_tag="BQ2027_MB3678C" + /note="Mb3678c, -, len: 84 aa. Equivalent to Rv3654c, len: + 84 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 84 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to C-terminus of Q9X916|SCH5.14c MEMBRANE SPANNING + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (230 aa) FASTA + scores: opt: 176, E(): 2.4e-05, (47.0% identity in 83 aa + overlap). Equivalent to AAK48118 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 but shorter 18 aa. Mb3678c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Apoptosis inhibitor Rv3654c" + /protein_id="SIU02306.1" + /db_xref="InterPro:IPR021202" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5A3" + /translation="MVARHRAQAAADLASLAAAARLPSGLAAACARATLVARAMRVEH + AQCRVVDLDVVVTVEVAVAFAGVATATARAGPAKVPTTPG" + gene complement(4036759..4037058) + /locus_tag="BQ2027_MB3679C" + CDS complement(4036759..4037058) + /locus_tag="BQ2027_MB3679C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3679c, -, len: 99 aa. Equivalent to Rv3655c, len: + 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 99 aa overlap). Hypothetical protein, + with similarity to Q9X917|SCH5.15c HYPOTHETICAL 15.2 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (150 aa) FASTA + scores: opt: 211, E(): 7.7e-07, (39.65% identity in 111 aa + overlap). Equivalent to AAK48119 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (99 aa) but longer 26 aa at + the C-terminus. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base deletion (c-*) + introducing a premature stop codon, leads to a shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (99 aa versus 125 aa). Mb3679c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Apoptosis inhibitor Rv3655c" + /protein_id="SIU02307.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U2" + /translation="MEAALAIATLVLVLVLCLAGVTAVSMQVRCIDAAREAARLAARG + DVRSATDVARSIAPRAALVQVHRDGEFVVATVTAHSNLLPTLDIAARAISVAEPG" + gene complement(4037082..4037288) + /locus_tag="BQ2027_MB3680C" + CDS complement(4037082..4037288) + /locus_tag="BQ2027_MB3680C" + /note="Mb3680c, -, len: 68 aa. Equivalent to Rv3656c, len: + 68 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 68 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q9X918|SCH5.16c SMALL HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (75 aa), FASTA + scores: opt: 129, E(): 0.0039, (40.0% identity in 60 aa + overlap). Equivalent to AAK48120 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (42 aa) but longer 26 aa. + Mb3680c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secretion" + /protein_id="SIU02308.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4V6" + /db_xref="InterPro:IPR025338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V6" + /translation="MLVITMFRVLVARMTALAVDESGMSTVEYAIGTIAAAAFGAILY + TVVTGDSIVSALNRIIGRALSTKV" + gene complement(4037298..4037873) + /locus_tag="BQ2027_MB3681C" + CDS complement(4037298..4037873) + /locus_tag="BQ2027_MB3681C" + /note="Mb3681c, -, len: 191 aa. Equivalent to Rv3657c, + len: 191 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 191 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, rich in ala residues, similar to + Q9X919|SCH5.17c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (267 aa), FASTA scores: opt: 324, + E(): 4.7e-12, (40.9% identity in 154 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED ALANINE RICH MEMBRANE + PROTEIN" + /protein_id="SIU02309.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W1" + /db_xref="InterPro:IPR018076" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W1" + /translation="MALWLGAGPSVVRARAGRPPRAHRPHQGLLLGRTDVADPLAVAA + SLDVLAVCLAAGMAVSTAAAATAAVAPPRLARVLRRAADLLALGADPNIAWSRPPDLP + PGTHDAQTDAVLRLARRSAASGAALADGIVELAVQVRHDAAQAAAAAAERAGVLIAGP + LGLCFLPAFLCVGIVPLVVGLAGDVLQFGLV" + gene complement(4037897..4038697) + /locus_tag="BQ2027_MB3682C" + CDS complement(4037897..4038697) + /locus_tag="BQ2027_MB3682C" + /note="Mb3682c, -, len: 266 aa. Equivalent to Rv3658c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 266 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to Q9X920|SCH5.18c PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (321 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 4.1e-13, (38.05% + identity in 247 aa overlap). Mb3682c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02310.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4R2" + /db_xref="InterPro:IPR018076" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R2" + /translation="MSGIASAALILSLALVVLPGSPRCRLTPDDTGRRVLLVGARRVA + WGVGCVAVGVAALLPLPTVVAVAVLGATLGLRYRRRRRYLRRSREGQALEAALELVVG + ELRAGAHPVRAFSIAADETGGPVAVALRAVAARARLGADVTAGLLAAARSSALPAYWE + RLAVCWQLGSDHGLAIASLMRAAQRDVAERQRFSARVSAGMAGARASAAILAILPLLG + VLLGQLIGARPLSFLLTGRVGGWLLVVGLTLACAGLLWSDRITDRPVL" + gene complement(4038694..4039752) + /locus_tag="BQ2027_MB3683C" + CDS complement(4038694..4039752) + /locus_tag="BQ2027_MB3683C" + /note="Mb3683c, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv3659c, + len: 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar, but always shorter + (various lengths) at N-terminus, to Q9X921|SCH5.19c + PUTATIVE SECRETORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (523 aa), FASTA scores: opt: 1287, E(): 5.3e-66, (59.85% + identity in 351 aa overlap); Q9HW98|PA4302 PROBABLE TYPE + II SECRETION SYSTEM PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa + (421 aa), FASTA scores: opt: 776, E(): 5.4e-37, (42.8% + identity in 320 aa overlap); AAK65510|CPAF2 PROBABLE CPAF2 + PILUS ASSEMBLY PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymA (497 aa) FASTA + scores: opt: 769, E(): 1.5e-36, (40.45% identity in 309 aa + overlap); Q9KY93|SCK15.11 PUTATIVE SECRETORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (445 aa), FASTA scores: opt: 751, + E(): 1.5e-35, (38.15% identity in 333 aa overlap); etc. + Contains PS00017 ATP/GTP binding site motif A (P-loop). + Note that previously known as trbB." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Flp pilus assembly protein, ATPase CpaF" + /protein_id="SIU02311.1" + /db_xref="InterPro:IPR001482" + /db_xref="InterPro:IPR022399" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4R4" + /translation="MLGDTEVLANLRVLQTELTGAGILEPLLSADGTTDVLVTAPDSV + WVDDGNGLRRSQIRFADESAVRRLAQRLALAAGRRLDDAQPWVDGQLTGIGVGGFAVR + LHAVLPPVATQGTCLSLRVLRPATQDLAALAAAGAIDPAAAALVADIVTARLAFLVCG + GTGAGKTTLLAAMLGAVSPDERIVCVEDAAELAPRHPHLVKLVARRANVEGIGEVTVR + QLVRQALRMRPDRIVVGEVRGAEVVDLLAALNTGHEGGAGTVHANNPGEVPARMEALG + ALGGLDRAALHSQLAAAVQVLLHVARDRAGRRRLAEIAVLRQAEGRVQAVTVWHADRG + MSDDAAALHDLLRSRASA" + gene complement(4039854..4040906) + /locus_tag="BQ2027_MB3684C" + CDS complement(4039854..4040906) + /locus_tag="BQ2027_MB3684C" + /note="Mb3684c, -, len: 350 aa. Equivalent to Rv3660c, + len: 350 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 350 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to O33612 PROTEIN CONCERNED IN INHIBITION + OF MORPHOLOGICAL DIFFERENTIATION IN Streptomyces azureus + from Streptomyces cyaneus (Streptomyces curacoi) (370 aa), + FASTA scores: opt: 655, E(): 5.9e-31, (42.2% identity in + 315 aa overlap); Q9X922|SCH5.20c PUTATIVE SEPTUM SITE + DETERMINING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (396 aa), + FASTA scores: opt: 592, E(): 2.9e-27, (43.25% identity in + 275 aa overlap). And shows some similarity to + AAK65513|CPAE2 PROBABLE CPAE2 PILUS ASSEMBLY PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymA + (586 aa) FASTA scores: opt: 212, E(): 5.1e-05, (25.75% + identity in 295 aa overlap); and several cell division + inhibitors or septum site-determining proteins. Equivalent + to AAK48124 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (261 aa) but longer 89 aa. Mb3684c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Septum site-determining protein MinD @ possible + CpaE" + /protein_id="SIU02312.1" + /db_xref="InterPro:IPR022521" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4T2" + /translation="MLTDPGLRDELDRVAAAVGVRVVHLGGRHLVSRKTWSAAAAVVL + DHAAADRCGRLALPRRTHVSVLTGTEAATATWAAAITVGAQHVLRMPEQEGELVRELA + EAAESARDDGICGAVVAVIGGRGGAGASLFAVALAQAAADALLVDLDPWAGGIDLLVG + GETAPGLRWPDLALQGGRLNWSAVRAALPRPRGISVLSGTRRGYELDAGPVDAVIDAG + RRGGVTVVCDLPRRLTDATQAALDAADLVVLVSPCDVRACAAAATMAPVLTAINPNLG + LVVRGPSPGGLRAAEVADVAGVPLLASMRAQPRLAEQLEHGGLRLRRRSVLASAARRV + LGVLPRAGSGRHGRAA" + gene 4041406..4042269 + /locus_tag="BQ2027_MB3685" + CDS 4041406..4042269 + /locus_tag="BQ2027_MB3685" + /EC_number="3.1.3.3" + /note="Mb3685, -, len: 287 aa. Equivalent to Rv3661, len: + 287 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 287 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to O33611|IMD_STRCN from + Streptomyces cyaneus (Streptomyces curacoi) protein + involved in inhibition of morphological differentiation in + Streptomyces azureus (BELONGS TO THE SERB FAMILY) (277 aa) + FASTA scores: opt: 1073, E(): 3.5e-61, (61.45% identity in + 262 aa overlap); and Q9X923|SCH5.21 PUTATIVE MORPHOLOGICAL + DIFFERENTIATION-ASSOCIATED PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (268 aa), FASTA scores: opt: 1057, E(): + 3.6e-60, (61.45% identity in 262 aa overlap). Also similar + to various bacterial proteins (principally serB-related + proteins) e.g. Q49823|ML2424 HYPOTHETICAL SERB PROTEIN + from Mycobacterium leprae (300 aa), FASTA scores: opt: + 452, E(): 1.4e-21, (35.8% identity in 257 aa overlap); + Q9WX12|SCE68.20 HYPOTHETICAL 32.0 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (298 aa), FASTA scores: opt: 415, + E(): 3.1e-19, (33.55% identity in 280 aa overlap); + Q9RIT2|SERB PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE (FRAGMENT) from + Streptomyces coelicolor (266 aa), FASTA scores: opt: 405, + E(): 1.2e-18, (34.1% identity in 261 aa overlap); etc. + Also similar to Q11169|Y505_MYCTU|Rv0505c|MTCY20G9.32c + HYPOTHETICAL 39.5 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (373 aa), FASTA scores: opt: 454, E(): + 1.2e-21, (35.15% identity in 276 aa overlap). BELONGS TO + THE SERB FAMILY. Protein product from Mb3685 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3685 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Phosphoserine phosphatase (EC" + /protein_id="SIU02313.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4U1" + /db_xref="InterPro:IPR006385" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U1" + /translation="MTVSDSPAQRQTPPQTPGGTAPRARTAAFFDLDKTIIAKPSTLA + FSKPFFAQGLLNRRAVLKSSYAQFIFLLSGADHDQMDRMRTHLTNMCAGWDVAQVRSI + VNETLHDIVTPLVFAEAADLIAAHKLCGRDVVVVSASGEEIVGPIARALGATHAMATR + MIVEDGKYTGEVAFYCYGEGKAQAIRELAASEGYPLEHCYAYSDSITDLPMLEAVGHA + SVVNPDRGLRKEASVRGWPVLSFSRPVSLRDRIPAPSAAAIATTAAVGISALAAGAVT + YALLRRFAFQP" + gene complement(4043024..4043794) + /locus_tag="BQ2027_MB3686C" + CDS complement(4043024..4043794) + /locus_tag="BQ2027_MB3686C" + /note="Mb3686c, -, len: 256 aa. Equivalent to Rv3662c, + len: 256 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 256 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9CB99|ML2289 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (256 aa) FASTA scores: opt: + 1255, E(): 3.3e-69, (78.05% identity in 255 aa overlap). + Also similar to Q9X924|SCH5.22c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE + from Streptomyces coelicolor (274 aa), FASTA scores: opt: + 289, E(): 1.8e-10, (39.25% identity in 270 aa overlap). + Protein product from Mb3686c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative oxidoreductase" + /protein_id="SIU02314.1" + /db_xref="InterPro:IPR003812" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U6" + /translation="MTVDPLAPLMELPGVAAASDRVRDALSRVHRHRTNLRGWPVAAA + EASLRAARASSVLDGGPARLHDAGAPTSGKPALSDPVFAGALRVGQALEGGAGPVVGV + WRRAPLQALARLHMLAAADQVDDDRLGRPRSDADVGPRLELLADVVTHPTLASAPVVA + AVAHGELLTLRPFGCADGVVARAVSRLVTIATGLDPHGLGVPEVIWMRQPAEYHDAAR + RFAGGTPDGVAGWLLLCCGAMLDGAREALSIAESLSPG" + gene complement(4043791..4045437) + /gene="dppD" + /locus_tag="BQ2027_MB3687C" + CDS complement(4043791..4045437) + /gene="dppD" + /locus_tag="BQ2027_MB3687C" + /note="Mb3687c, dppD, len: 548 aa. Equivalent to Rv3663c, + len: 548 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 548 aa overlap). Probable dppD, + dipeptide-transport ATP-binding protein ABC-transporter + (see citation below), similar to many ATP-binding proteins + e.g. AAK65441|SMA1434 PROBABLE ABC TRANSPORTER ATP-BINDING + PROTEIN from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) + plasmid pSymA (550 aa), FASTA scores: opt: 1528, E(): + 1e-78, (46.25% identity in 545 aa overlap); O50270|MOAD + MOAD PROTEIN from Agrobacterium radiobacter (588 aa), + FASTA scores: opt: 1354, E(): 6.7e-69, (42.9% identity in + 541 aa overlap); Q9KM01|VCA0588 PUTATIVE PEPTIDE ABC + TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN from Vibrio cholerae (530 + aa), FASTA scores: opt: 951, E(): 3.1e-46, (44.0% identity + in 534 aa overlap); BAB49448|MLR2279 ATP-BINDING PROTEIN + OF PEPTIDE ABC TRANSPORTER from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (604 aa), FASTA scores: opt: 949, + E(): 4.4e-46, (41.55% identity in 544 aa overlap); etc. + Contains 2 PS00211 ABC transporters family signature, and + 2 PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). BELONGS + TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC + TRANSPORTERS). Protein product from Mb3687c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3687c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIPEPTIDE-TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN + ABC TRANSPORTER DPPD" + /protein_id="SIU02315.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6D0" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR013563" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6D0" + /translation="MSVPAAPLLSVEGLEVTFGTDAPAVCGVDLAVRSGQTVAVVGES + GSGKSTTAAAILGLLPAGGRITAGRVVFDGRDITGADAKRLRSIRGREIGYVPQDPMT + NLNPVWKVGFQVTEALRANTDGRAARRRAVELLAEAGLPDPAKQAGRYPHQLSGGMCQ + RALIAIGLAGRPRLLIADEPTSALDVTVQRQVLDHLQGLTDELGTALLLITHDLALAA + QRAEAVVVVRRGVVVESGAAQSILQSPQHEYTRRLVAAAPSLTARSRRPPESRSRATT + QAGDILVVSELTKIYRESRGAPWRRVESRAVDGVSFRLPRASTLAIVGESGSGKSTLA + RMVLGLLQPTSGTVVFDGTYDVGALARDQVLAFRRRVQPVFQNPYSSLDPMYSVFRAI + EEPLRVHHVGDRRQRQRAVRELVDQVALPSSILGRRPRELSGGQRQRVAIARALALRP + EVLVCDEAVSALDVLVQAQILDLLADLQADLGLTYLFISHDLAVIRQIADDVLVMRAG + RVVEHASTEEVFSRPRHEYTRQLLQAIPGAPSAPRKVGNL" + gene complement(4045434..4046234) + /gene="dppC" + /locus_tag="BQ2027_MB3688C" + CDS complement(4045434..4046234) + /gene="dppC" + /locus_tag="BQ2027_MB3688C" + /note="Mb3688c, dppC, len: 266 aa. Equivalent to Rv3664c, + len: 266 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 266 aa overlap). Probable dppC, + dipeptide-transport integral membrane protein + ABC-transporter (see citation below), similar to many + peptide permeases e.g. Q9F351|SC9E12.04 PUTATIVE PEPTIDE + TRANSPORT SYSTEM INTEGRAL MEMBRANE from Streptomyces + coelicolor (305 aa), FASTA scores: opt: 901, E(): 1.1e-47, + (51.15% identity in 262 aa overlap); Q9KFX1|APPC|BH0349 + OLIGOPEPTIDE ABC TRANSPORTER (PERMEASE) from Bacillus + halodurans (305 aa), FASTA scores: opt: 652, E(): 1.5e-32, + (35.55% identity in 270 aa overlap); P94312|DPPC_BACFI + DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Bacillus + firmus (304 aa), FASTA scores: opt: 642, E(): 5.9e-32, + (35.75% identity in 263 aa overlap); + P24139|OPPC_BACSU|SPO0KC OLIGOPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM + PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis (305 aa), FASTA + scores: opt: 637, E(): 1.2e-31, (37.4% identity in 262 aa + overlap); P26904|DPPC_BACSU|DCIAC DIPEPTIDE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis (320 aa), + FASTA scores: opt: 621, E(): 1.2e-30, (39.9% identity in + 263 aa overlap); etc. HAS SIMILARITY WITH INTEGRAL + MEMBRANE COMPONENTS OF OTHER BINDING-PROTEIN-DEPENDENT + TRANSPORT SYSTEMS. BELONGS TO THE OPPBC SUBFAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIPEPTIDE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER DPPC" + /protein_id="SIU02316.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5A6" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5A6" + /translation="MIAAALILLILVVAAFPSLFTAADPTYADPSQSMLAPSAAHWFG + TDLQGHDIYSRTVYGARASVTVGLGATLAVFVVGGALGALAGFYGSWIDAVVSRVTDV + FLGLPLLLAAIVLMQVMHHRTVWTVIAILALFGWPQVARIARGAVLEVRASDYVLAAK + ALGLNRFQILLRHALPNAVGPVIAVATVALGIFIVTEATLSYLGVGLPTSVVSWGGDI + NVAQTRLRSGSPILFYPAGALAITVLAFMMMGDALRDALDPASRAWRA" + gene complement(4046290..4047216) + /gene="dppB" + /locus_tag="BQ2027_MB3689C" + CDS complement(4046290..4047216) + /gene="dppB" + /locus_tag="BQ2027_MB3689C" + /note="Mb3689c, dppB, len: 308 aa. Equivalent to Rv3665c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Probable dppB, + dipeptide-transport integral membrane protein + ABC-transporter (see citation below), similar to many + peptide permeases e.g. Q9F352|SC9E12.03 PUTATIVE PEPTIDE + TRANSPORT SYSTEM INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (307 aa), FASTA scores: opt: 1145, + E(): 1.8e-61, (57.65% identity in 307 aa overlap); + Q53191|Y4TP_RHISN PROBABLE PEPTIDE ABC TRANSPORTER + PERMEASE PROTEIN Rhizobium sp. strain NGR234 (313 aa), + FASTA scores: opt: 653, E(): 5.2e-32, (31.2% identity in + 314 aa overlap); P24138|OPPB_BACSU OLIGOPEPTIDE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE from Bacillus subtilis (311 aa), FASTA + scores: opt: 643, E(): 2.1e-31, (33.45% identity in 305 aa + overlap); etc. BELONGS TO THE OPPBC SUBFAMILY. Mb3689c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE DIPEPTIDE-TRANSPORT INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN ABC TRANSPORTER DPPB" + /protein_id="SIU02317.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4U9" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U9" + /translation="MGWYVARRVAVMVPVFLGATLLIYGMVFLLPGDPVAALAGDRPL + TPAVAAQLRSHYHLDDPFLVQYLRYLGGILHGDLGRAYSGLPVSAVLAHAFPVTIRLA + LIALAVEAVLGIGFGVIAGLRQGGIFDSAVLVTGLVIIAIPIFVLGFLAQFLFGVQLE + IAPVTVGERASVGRLLLPGIVLGAMSFAYVVRLTRSAVAANAHADYVRTATAKGLSRP + RVVTVHILRNSLIPVVTFLGADLGALMGGAIVTEGIFNIHGVGGVLYQAVTRQETPTV + VSIVTVLVLIYLITNLLVDLLYAALDPRIRYG" + gene complement(4047218..4048843) + /gene="dppA" + /locus_tag="BQ2027_MB3690C" + CDS complement(4047218..4048843) + /gene="dppA" + /locus_tag="BQ2027_MB3690C" + /note="Mb3690c, dppA, len: 541 aa. Equivalent to Rv3666c, + len: 541 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 541 aa overlap). Probable dppA, + dipeptide-binding lipoprotein component of dipeptide + transport system (see citation below), similar to many + substrate-binding proteins e.g. Q9F353|SC9E12.02 PUTATIVE + PEPTIDE TRANSPORT SYSTEM SECRETED PEPTIDE-BINDING PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (544 aa), FASTA scores: opt: + 1200, E(): 9e-67, (39.2% identity in 538 aa overlap); + P24141|OPPA_BACSU OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN from + Bacillus subtilis (545 aa), FASTA scores: opt: 523, E(): + 7.9e-25, (26.15% identity in 516 aa overlap); + P23843|OPPA_ECOLI PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN + from Escherichia coli (543 aa), FASTA scores: opt: 452, + E(): 2e-20, (25.9% identity in 529 aa overlap); etc. + Contains probable N-terminal signal sequence. Protein + product from Mb3690c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3690c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PERIPLASMIC DIPEPTIDE-BINDING + LIPOPROTEIN DPPA" + /protein_id="SIU02318.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X4" + /db_xref="InterPro:IPR000914" + /db_xref="InterPro:IPR030678" + /db_xref="InterPro:IPR039424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X4" + /translation="MVRRMRAALAALATGLLVLAPVAGCGGGVLSPDVVLVNGGEPPN + PLIPTGTNDSNGGRIIDRLFAGLMSYDAVGKPSLEVAQSIESADNVNYRITVKPGWKF + TDGSPVTAHSFVDAWNYGALSTNAQLQQHFFSPIEGFDDVAGAPGDKSRTTMSGLRVV + NDLEFTVRLKAPTIDFTLRLGHSSFYPLPDSAFRDMAAFGRNPIGNGPYKLADGPAGP + AWEHNVRIDLVPNPDYHGNRKPRNKGLRFEFYANLDTAYADLLSGNLDVLDTIPPSAL + TVYQRDLGDHATSGPAAINQTLDTPLRLPHFGGEEGRLRRLALSAAINRPQICQQIFA + GTRSPARDFTARSLPGFDPNLPGNEVLDYDPQRARRLWAQADAISPWSGRYAIAYNAD + AGHRDWVDAVANSIKNVLGIDAVAAPQPTFAGFRTQITNRAIDSAFRAGWQGDYPSMI + GFLAPLFTAGAGSNDVGYINPEFDAALAAAEAAPTLTESHELVNDAQRILFHDMPVVP + LWDYISVVGWSSQVSNVTVTWNGLPDYENIVKA" + gene 4049551..4051506 + /gene="acs" + /locus_tag="BQ2027_MB3691" + CDS 4049551..4051506 + /gene="acs" + /locus_tag="BQ2027_MB3691" + /note="Mb3691, acs, len: 651 aa. Equivalent to Rv3667, + len: 651 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 651 aa overlap). Probable acs, + acetyl-coenzyme-A synthetase (EC 6.2.1.1), similar to many + e.g. Q9X928|SCH5.26 from Streptomyces coelicolor (651 aa) + FASTA scores: opt: 2850, E(): 1.9e-164, (66.05% identity + in 639 aa overlap); Q55404|ACSA_SYNY3|ACS|SLL0542 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (653 aa), FASTA scores: + opt: 2342, E(): 8.8e-134, (55.15% identity in 649 aa + overlap); P31638|ACSA_ALCEU|ACOE from Alcaligenes + eutrophus (Ralstonia eutropha) (660 aa), FASTA scores: + opt: 2181, E(): 4.6e-124, (52.05% identity in 665 aa + overlap); P27550|ACSA_ECOLI|ACS|B4069 from Escherichia + coli strain K12 (652 aa), FASTA scores: opt: 1625, E(): 0, + (48.3% identity in 646 aa overlap); etc. Contains PS00455 + Putative AMP-binding domain signature. BELONGS TO THE + ATP-DEPENDENT AMP-BINDING ENZYME FAMILY. Protein product + from Mb3691 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3691 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ACETYL-COENZYME A SYNTHETASE ACS (ACETATE--CoA + LIGASE) (ACETYL-CoA SYNTHETASE) (ACETYL-CoA SYNTHASE) + (ACYL-ACTIVATING ENZYME) (ACETATE THIOKINASE) + (ACETYL-ACTIVATING ENZYME) (ACETATE--COENZYME A LIGASE) + (ACETYL-COENZYME A SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02319.1" + /db_xref="GOA:P59871" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR011904" + /db_xref="InterPro:IPR020845" + /db_xref="InterPro:IPR025110" + /db_xref="InterPro:IPR032387" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59871" + /translation="MSESTPEVSSSYPPPAHFAEHANARAELYREAEEDRLAFWAKQA + NRLSWTTPFTEVLDWSEAPFAKWFVGGELNVAYNCVDRHVEAGHGDRVAIHWEGEPVG + DRRTLTYSDLLAEVSKAANALTDLGLVAGDRVAIYLPLIPEAVIAMLACARLGIMHSV + VFGGFTAAALQARIVDAQAKLLITADGQFRRGKPSPLKAAADEALAAIPDCSVEHVLV + VRRTGIEMAWSEGRDLWWHHVVGSASPAHTPEPFDSEHPLFLLYTSGTTGKPKGIMHT + SGGYLTQCCYTMRTIFDVKPDSDVFWCTADIGWVTGHTYGVYGPLCNGVTEVLYEGTP + DTPDRHRHFQIIEKYGVTIYYTAPTLIRMFMKWGREIPDSHDLSSLRLLGSVGEPINP + EAWRWYRDVIGGGRTPLVDTWWQTETGSAMISPLPGIAAAKPGSAMTPLPGISAKIVD + DHGDPLPPHTEGAQHVTGYLVLDQPWPSMLRGIWGDPARYWHSYWSKFSDKGYYFAGD + GARIDPDGAIWVLGRIDDVMNVSGHRISTAEVESALVAHSGVAEAAVVGVTDETTTQA + ICAFVVLRANYAPHDRTAEELRTEVARVISPIARPRDVHVVPELPKTRSGKIMRRLLR + DVAENRELGDTSTLLDPTVFDAIRAAK" + gene complement(4051542..4052240) + /locus_tag="BQ2027_MB3692C" + CDS complement(4051542..4052240) + /locus_tag="BQ2027_MB3692C" + /note="Mb3692c, -, len: 232 aa. Equivalent to Rv3668c, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 232 aa overlap). Possible protease (EC + 3.4.-.-) (and more specifically a putative alkaline serine + protease (EC 3.4.21.-), equivalent to Q9CB98|ML2295 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (234 aa), + FASTA scores: opt: 1249, E(): 7.4e-66, (77.5% identity in + 231 aa overlap). Also similar at C-terminal end with many + proteases e.g. O86984 ALKALINE SERINE PROTEASE PRECURSOR + from Thermomonospora fusca (368 aa), FASTA scores: opt: + 190, E(): 0.00056, (28.9% identity in 173 aa overlap); + Q55353|SAPII ALKALINE SERINE PROTEASE II from Streptomyces + sp (382 aa), FASTA scores: opt: 160, E(): 0.032, (27.15% + identity in 199 aa overlap); O54109|SC10A5.18 PUTATIVE + SECRETED PROTEASE from Streptomyces coelicolor (411 aa), + FASTA scores: opt: 155, E(): 0.066, (26.4% identity in 163 + aa overlap); Q54392|SAL|SCI11.35C SERINE PROTEASE SAL + PRECURSOR (300 aa), FASTA scores: opt: 153, E(): 0.068, + (28.1% identity in 185 aa overlap); + P00778|PRLA_LYSEN|ALPHA-LP ALPHA-LYTIC PROTEASE PRECURSOR + (397 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.074, (26.75% + identity in 172 aa overlap); etc. Also similar with + Q50618|YI15_MYCTU|Rv1815|MT1863|MTCY1A11.28c HYPOTHETICAL + 22.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (221 aa), + FASTA scores: opt: 134, E(): 0.69, (30.95% identity in 181 + aa overlap). Protein product from Mb3692c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3692c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible protease" + /protein_id="SIU02320.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4S1" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S1" + /translation="MQTAHRRFAAAFAAVLLAVVCLPANTAAADDKLPLGGGAGIVVN + GDTMCTLTTIGHDKNGDLIGFTSAHCGGPGAQIAAEGAENAGPVGIMVAGNDGLDYAV + IKFDPAKVTPVAVFNGFAINGIGPDPSFGQIACKQGRTTGNSCGVTWGPGESPGTLVM + QVCGGPGDSGAPVTVDNLLVGMIHGAFSDNLPSCITKYIPLHTPAVVMSINADLADIN + AKNRPGAGFVPVPA" + gene 4052586..4053104 + /locus_tag="BQ2027_MB3693" + CDS 4052586..4053104 + /locus_tag="BQ2027_MB3693" + /note="Mb3693, -, len: 172 aa. Equivalent to Rv3669, len: + 172 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 172 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CB97|ML2296 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (181 + aa), FASTA scores: opt: 863, E(): 1.4e-47, (77.35% + identity in 181 aa overlap). Also similar to two PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE TRANSPORT PROTEINS from Streptomyces + coelicolor; Q9X930|SCH5.28 (162 aa) FASTA scores: opt: + 265, E(): 6.3e-10, (37.4% identity in 155 aa overlap); and + Q9X9W1|SCI7.29c (165 aa), FASTA scores: opt: 194, E(): + 1.9e-05, (30.6% identity in 134 aa overlap). Contains two + hydrophobic stretches in centre. Protein product from + Mb3693 detected using shotgun mass spectrometry. Mb3693 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02321.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4S2" + /db_xref="InterPro:IPR009937" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4S2" + /translation="MSKIDRKNGVPSTLTTIPLADPHAGPAEPSIGDLIKDATTQMST + LVRAEVELARAEITRDVKKGLTGSVFFISSLVVGFYSTFFFFFFVAELLDTWIWRWVA + FLLVFAIMVVVTAVLALLGFLKVRRIRGPRQTIASVKETRTALTPGHDKTPVTPKPVT + SDRATPVDPSGW" + gene 4053105..4054088 + /gene="ephE" + /locus_tag="BQ2027_MB3694" + CDS 4053105..4054088 + /gene="ephE" + /locus_tag="BQ2027_MB3694" + /note="Mb3694, ephE, len: 327 aa. Equivalent to Rv3670, + len: 327 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 327 aa overlap). Possible ephE, + epoxide hydrolase (EC 3.3.2.3) (see citation below), + equivalent to Q9CB96|ML2297 PUTATIVE HYDROLASE from + Mycobacterium leprae (324 aa), FASTA scores: opt: 1799, + E(): 7.2e-105, (80.55% identity in 324 aa overlap). Also + similar to many hydrolases (epoxide hydrolases) and + hypothetical proteins e.g. Q9X931|SCH5.29 PUTATIVE + HYDROLASE from Streptomyces coelicolor (324 aa), FASTA + scores: opt: 687, E(): 1.4e-35, (40.65% identity in 327 aa + overlap); Q9RRE3|DR2549 EPOXIDE HYDROLASE-RELATED PROTEIN + from Deinococcus radiodurans (278 aa), FASTA scores: opt: + 321, E(): 8.2e-13, (32.15% identity in 311 aa overlap); + Q9K3Q1|2SCG4.13 PUTATIVE HYDROLASE from Streptomyces + coelicolor (292 aa), FASTA scores: opt: 295, E(): 3.5e-11, + (30.18% identity in 275 aa overlap); Q9S7P1 EPOXIDE + HYDROLASE from Oryza sativa (Rice) (322 aa), FASTA scores: + opt: 289, E(): 9.1e-11, (28.7% identity in 338 aa + overlap); O23227|C7A10.830|AT4G36530 EPOXIDE HYDROLASE + from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (378 aa) FASTA + scores: opt: 287, E(): 1.4e-10, (26.1% identity in 272 aa + overlap); Q21147|K02F3.6 EPOXIDE HYDROLASE from + Caenorhabditis elegans (386 aa), FASTA scores: opt: 283, + E(): 2.5e-10, (33.35% identity in 156 aa overlap); etc. + Also similar to P95276|EPHB|Rv1938|MTCY09F9.26c from + Mycobacterium tuberculosis (356 aa), FASTA scores: opt: + 296, E(): 3.6e-11, (29.7% identity in 340 aa overlap). + Contains PS00213 Lipocalin signature. SIMILAR TO + ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD. Protein product from Mb3694 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3694 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE EPOXIDE HYDROLASE EPHE (EPOXIDE + HYDRATASE) (ARENE-OXIDE HYDRATASE)" + /protein_id="SIU02322.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4U4" + /db_xref="InterPro:IPR000073" + /db_xref="InterPro:IPR000639" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U4" + /translation="MAAPDPSMTRIAGPWRHLDVHANGIRFHVVEAVPSGQPEGPDAA + TPPMQPALARPLVILLHGFGSFWWSWRHQLCGLTGARVVAVDLRGYGGSDKPPRGYDG + WTLAGDTAGLIRALGHPSATLVGHADGGLACWTTALLHSRLVRAIALISSPHPAALRR + STLTRRDQRHALLPTLLRYQLPIWPERLLTRNNAAEIERLVRARGCAKWLASEDFSQA + IDHLRQAIQIPAAAHCALEYQRWAVRSQLRSEGRRFIRAMTQQLGMPLLHLRGDADPY + VLADPVERTQRYAPHGRYISIAGAGHFSHEEAPEEVNRHLMRFLEQVHQLS" + gene complement(4054081..4055274) + /locus_tag="BQ2027_MB3695C" + CDS complement(4054081..4055274) + /locus_tag="BQ2027_MB3695C" + /note="Mb3695c, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv3671c, + len: 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 397 aa overlap). Possible serine + protease membrane protein (EC 3.4.21.-), equivalent to + Q9CB95|ML2298 PUTATIVE MEMBRANE-ASSOCIATED SERINE PROTEASE + from Mycobacterium leprae (401 aa), FASTA scores: opt: + 2061, E(): 2.3e-108, (80.9% identity in 398 aa overlap). + Also similar to many serine proteases, but generally with + extended N-terminus, e.g. Q9X932|SCH5.30c PUTATIVE SERINE + PROTEASE (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (385 aa), + FASTA scores: opt: 835, E(): 1.2e-39, (39.9% identity in + 386 aa overlap); Q9Z6T0|DEGP_CHLPN|HTRA|CPN0979|CP0877 + PROBABLE SERINE PROTEASE DO-LIKE PRECURSOR from Chlamydia + pneumoniae (Chlamydophila pneumoniae) (488 aa), FASTA + scores: opt: 285, E(): 1e-08, (29.05% identity in 296 aa + overlap); P73354|HTRA|SLR1204 SERINE PROTEASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (452 aa), FASTA scores: + opt: 284, E(): 1.1e-08, (29.55% identity in 308 aa + overlap); Q9RWC4|DR0745 PERIPLASMIC SERINE PROTEASE, + HTRA/DEGQ/DEGS FAMILY from Deinococcus radiodurans (366 + aa), FASTA scores: opt: 271, E(): 4.9e-08, (35.45% + identity in 206 aa overlap); etc. Also similar, but longer + 114 aa at the N-terminus, to Q9S2P8|SC5F7.13 PUTATIVE + PEPTIDASE from Streptomyces coelicolor (282 aa), FASTA + scores: opt: 594, E(): 3.1e-26, (38.95% identity in 285 aa + overlap). And similar, but longer 146 aa at the + N-terminus, to O07175|PEPA|Rv0125|MTCI418B.07 from + Mycobacterium tuberculosis (355 aa), FASTA scores: opt: + 295, E(): 2.2e-09, (29.55% identity in 254 aa overlap); + and Q9CCY9|ML2659 PROBABLE SECRETED SERINE PROTEASE from + Mycobacterium leprae FASTA scores: opt: 286, E(): 6.9e-09, + (30.6% identity in 255 aa overlap). Contains PS00135 + Serine proteases, trypsin family, serine active site. + Protein product from Mb3695c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3695c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="membrane-associated serine protease" + /protein_id="SIU02323.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4V3" + /db_xref="InterPro:IPR001940" + /db_xref="InterPro:IPR003825" + /db_xref="InterPro:IPR009003" + /db_xref="InterPro:IPR033116" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V3" + /translation="MTPSQWLDIAVLAVAFIAAISGWRAGALGSMLSFGGVLLGATAG + VLLAPHIVSQISAPRAKLFAALFLILALVVVGEVAGVVLGRAVRGAIRNRPIRLIDSV + IGVGVQLVVVLTAAWLLAMPLTQSKEQPELAAAVKGSRVLARVNEAAPTWLKTVPKRL + SALLNTSGLPAVLEPFSRTPVIPVASPDPALVNNPVVAATEPSVVKIRSLAPRCQKVL + EGTGFVISPDRVMTNAHVVAGSNNVTVYAGDKPFEATVVSYDPSVDVAILAVPHLPPP + PLVFAAEPAKTGADVVVLGYPGGGNFTATPARIREAIRLSGPDIYGDPEPVTRDVYTI + RADVEQGDSGGPLIDLNGQVLGVVFGAAVDDAETGFVLTAGEVAGQLAKIGATQPVGT + GACVS" + gene complement(4055280..4056101) + /locus_tag="BQ2027_MB3696C" + CDS complement(4055280..4056101) + /locus_tag="BQ2027_MB3696C" + /note="Mb3696c, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv3672c, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CB94|ML2299 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (266 aa) + FASTA scores: opt: 1358, E(): 5.2e-75, (76.4% identity in + 267 aa overlap). Also similar to others (generally in + C-terminal end) e.g. Q9XA45|SCH17.02c HYPOTHETICAL 26.5 + KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (247 aa) FASTA + scores: opt: 524, E(): 1.3e-24, (42.65% identity in 251 aa + overlap); Q9AB27|CC0407 MUTT/NUDIX FAMILY PROTEIN from + Caulobacter crescentus (216 aa), FASTA scores: opt: 285, + E(): 3.2e-10, (36.2% identity in 174 aa overlap); + BAB49788|MLL2727|Q98HS8 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (204 aa), FASTA + scores: opt: 278, E(): 8.1e-10, (31.45% identity in 151 aa + overlap); P43337|YEAB_ECOLI|B1813 HYPOTHETICAL 21.4 KDA + PROTEIN from Escherichia coli strain K12 (192 aa) FASTA + scores: opt: 252, E(): 2.9e-08, (35.9% identity in 170 aa + overlap); etc. Contains PS01293 Uncharacterized protein + family UPF0036 signature, LLT. Protein product from + Mb3696c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3696c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="NTP pyrophosphohydrolases including oxidative + damage repair enzymes" + /protein_id="SIU02324.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4V2" + /db_xref="InterPro:IPR000059" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V2" + /translation="MSAGGTPLQAGATPTGSRGTVALRPDAGPSWLRPLVDNVGQIPD + AYRRRLPADVLAMVTAAGAVSAMTSSRRDHREAAVLVLFSGPEAGPGDGGVPDDADLL + LTVRASTLRHHAGQAAFPGGVVDPADDGPVATALREANEETGIDPSRLHPLATMERTF + IAPSRFHVVPVLAYSPDPGPVAVVNEAETAIVARVPVRAFINPANRLMVYRRPHTRRW + AGPAFLLNQMLVWGFTGQVISAVLDVAGWAQPWDTGDIRELDAAMVLIDDESDPR" + gene complement(4056233..4056916) + /locus_tag="BQ2027_MB3697C" + CDS complement(4056233..4056916) + /locus_tag="BQ2027_MB3697C" + /note="Mb3697c, -, len: 227 aa. Equivalent to Rv3673c, + len: 227 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 227 aa overlap). Possible membrane + protein, thioredoxin-like protein (thiol-disulfide + interchange protein) (EC 1.-.-.-), equivalent to + Q9CB93|ML2300 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (215 aa), FASTA scores: opt: 978, E(): 2.5e-52, + (71.15% identity in 215 aa overlap). Some similarity with + thioredoxin-related proteins e.g. P35160|RESA_BACSU RESA + PROTEIN from Bacillus subtilis (181 aa), FASTA scores: + opt: 212, E(): 5.7e-06, (30.55% identity in 108 aa + overlap); Q9RXW6|DR0189 THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (185 aa) FASTA + scores: opt: 206, E(): 1.3e-05, (33.8% identity in 139 aa + overlap); Q9I505|PA0953 PROBABLE THIOREDOXIN from + Pseudomonas aeruginosa (154 aa), FASTA scores: opt: 180, + E(): 0.00044, (34.85% identity in 109 aa overlap); + Q9KCP7|BH1522 THIOREDOXIN (THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE + PROTEIN) from Bacillus halodurans (177 aa), FASTA scores: + opt: 178, E(): 0.00064, (31.75% identity in 107 aa + overlap); P43221|TLPA_BRAJA THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE + PROTEIN (CYTOCHROME C BIOGENESIS PROTEIN) from + Bradyrhizobium japonicum (221 aa), FASTA scores: opt: 189, + E(): 0.00017, (26.85% identity in 227 aa overlap); etc. + Also similar to O06392|Rv0526|MTCY25D10.05 HYPOTHETICAL + 23.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (216 aa) + FASTA scores: opt: 160, E(): 0.0093, (27.45% identity in + 142 aa overlap). Contains PS00194 Thioredoxin family + active site. POSSIBLY BELONGS TO THE THIOREDOXIN FAMILY. + Protein product from Mb3697c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3697c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE-ANCHORED THIOREDOXIN-LIKE + PROTEIN (THIOL-DISULFIDE INTERCHANGE RELATED PROTEIN)" + /protein_id="SIU02325.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6F2" + /db_xref="InterPro:IPR013740" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR017937" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6F2" + /translation="MPSLPTTPAETAMTTLTGKTRWTIAILAVVAALMAALVAQLHDY + SASSTISQRPAPREHRDGDTPEALAWSRQRANLPPCPAAGNGPGAAALRGVVVVCAGD + GSAVDVARALAGRRVVINLWAHWCAPCMTELPVMAEYQRRVGPAVLVVTVHQGQNEAA + ALSRLADLGVRLPTLQDDRRRVAAALRVANVMPATVVLRPDGSVAQTLPRAFGSADEI + VAAVGNDAG" + gene complement(4056916..4057653) + /gene="nth" + /locus_tag="BQ2027_MB3698C" + CDS complement(4056916..4057653) + /gene="nth" + /locus_tag="BQ2027_MB3698C" + /note="Mb3698c, nth, len: 245 aa. Equivalent to Rv3674c, + len: 245 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 245 aa overlap). Probable nth, + endonuclease III (EC 4.2.99.18), equivalent to + Q9CB92|NTH|ML2301 PUTATIVE ENDONUCLEASE III from + Mycobacterium leprae (272 aa), FASTA scores: opt: 1363, + E(): 3.6e-81, (89.4% identity in 226 aa overlap). Also + similar to many e.g. Q9XA44|SCH17.03c from Streptomyces + coelicolor (250 aa), FASTA scores: opt: 937, E(): 2.2e-55, + (61.65% identity in 219 aa overlap); P46303|UVEN_MICLU + from Micrococcus luteus (Micrococcus lysodeikticus) (279 + aa), FASTA scores: opt: 899, E(): 8.1e-53, (58.45% + identity in 248 aa overlap); P73715|END3_SYNY3|NTH|SLR1822 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (219 aa), FASTA + scores: opt: 684, E(): 1.7e-38, (52.2% identity in 203 aa + overlap); P39788|END3_BACSU|NTH|JOOB from Bacillus + subtilis (219 aa), FASTA scores: opt: 552, E(): 1.2e-29, + (43.3% identity in 194 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK48142 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (262 aa) but shorter 17 aa. Contains PS00764 Endonuclease + III iron-sulfur binding region signature, and PS01155 + Endonuclease III family signature. BELONGS TO THE NTH/MUTY + FAMILY. COFACTOR: BINDS A 4FE-4S CLUSTER WHICH IS NOT + IMPORTANT FOR THE CATALYTIC ACTIVITY, BUT WHICH IS + PROBABLY INVOLVED IN THE PROPER POSITIONING OF THE ENZYME + ALONG THE DNA STRAND (BY SIMILARITY). N-terminus extended + since first submission (previously 226 aa). Protein + product from Mb3698c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3698c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ENDONUCLEASE III NTH (DNA-(APURINIC OR + APYRIMIDINIC SITE)LYASE) (AP LYASE) (AP ENDONUCLEASE CLASS + I) (ENDODEOXYRIBONUCLEASE (APURINIC OR APYRIMIDINIC)) + (DEOXYRIBONUCLEASE (APURINIC OR APYRIMIDINIC))" + /protein_id="SIU02326.1" + /db_xref="GOA:P63541" + /db_xref="InterPro:IPR000445" + /db_xref="InterPro:IPR003265" + /db_xref="InterPro:IPR003651" + /db_xref="InterPro:IPR004035" + /db_xref="InterPro:IPR004036" + /db_xref="InterPro:IPR005759" + /db_xref="InterPro:IPR011257" + /db_xref="InterPro:IPR023170" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63541" + /translation="MPGRWSAETRLALVRRARRMNRALAQAFPHVYCELDFTTPLELA + VATILSAQSTDKRVNLTTPALFARYRTARDYAQADRTELESLIRPTGFYRNKAASLIG + LGQALVERFGGEVPATMDKLVTLPGVGRKTANVILGNAFGIPGITVDTHFGRLVRRWR + WTTAEDPVKVEQAVGELIERKEWTLLSHRVIFHGRRVCHARRPACGVCVLAKDCPSFG + LGPTEPLLAAPLVQGPETDHLLALAGL" + gene 4057761..4058138 + /locus_tag="BQ2027_MB3699" + CDS 4057761..4058138 + /locus_tag="BQ2027_MB3699" + /note="Mb3699, -, len: 125 aa. Equivalent to Rv3675, len: + 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). Possible membrane + protein, with some similarity to Q9YCZ2|APE1120 + HYPOTHETICAL 11.7 KDA PROTEIN from Aeropyrum pernix (103 + aa), FASTA scores: opt: 100, E(): 9, (40.0% identity in 55 + aa overlap). Mb3699 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02327.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V8" + /translation="MFTLLVSWLLVACVPGLLMLATLGLGRLERFLARDTVTATDVAE + FLEQAEAVDVHTLARNGMPEALDYLHRRQARRITDSPPLGSGAGPRYAGPLFVTDLDS + PVEPPRHGQPNPQFRTARHANHV" + gene 4058237..4058911 + /gene="crp" + /locus_tag="BQ2027_MB3700" + CDS 4058237..4058911 + /gene="crp" + /locus_tag="BQ2027_MB3700" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3700, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv3676, len: + 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Probable + transcriptional regulator belonging to crp/fnr family, + identical to Q9CB91|ML2302 PUTATIVE CRP/FNR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Mycobacterium leprae (224 + aa), FASTA scores: opt: 1408, E(): 8.8e-81, (95.95% + identity in 224 aa overlap). Also highly similar to + transcriptional regulators AAK58838 from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (227 aa), FASTA scores: + opt: 1178, E(): 1.9e-66, (79.9% identity in 224 aa + overlap); and Q9XA42|SCH17.05 from Streptomyces coelicolor + (224 aa), FASTA scores: opt: 869, E(): 3.4e-47, (54.45% + identity in 224 aa overlap); and similar to others e.g. + Q9RRX0|DR2362 from Deinococcus radiodurans (231 aa) FASTA + scores: opt: 344, E(): 1.8e-14, (30.8% identity in 211 aa + overlap); P29281|CRP_HAEIN from Haemophilus influenzae + (224 aa), FASTA scores: opt: 330, E(): 1.3e-13, (32.25% + identity in 189 aa overlap); + P03020|CRP_ECOLI|CAP|CSM|B3357 from Escherichia coli + strain K12 and Shigella flexneri (210 aa), FASTA scores: + opt: 323, E(): 3.5e-13, (32.25% identity in 189 aa + overlap); etc. Contains helix-turn-helix motif at aa + 175-196 (Score 1990, +5.96 SD). BELONGS TO THE CRP/FNR + FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from + Mb3700 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3700 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="transcriptional regulatory protein crp + (crp/fnr-family)" + /protein_id="SIU02328.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y5" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR012318" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y5" + /translation="MDEILARAGIFQGVEPSAIAALTKQLQPVDFPRGHTVFAEGEPG + DRLYIIISGKVKIGRRAPDGRENLLTIMGPSDMFGELSIFDPGPRTSSATTITEVRAV + SMDRDALRSWIADRPEISEQLLRVLARRLRRTNNNLADLIFTDVPGRVAKQLLQLAQR + FGTQEGGALRVTHDLTQEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWIRLEGKSVLISDSER + LARRAR" + gene complement(4059017..4059811) + /locus_tag="BQ2027_MB3701C" + CDS complement(4059017..4059811) + /locus_tag="BQ2027_MB3701C" + /note="Mb3701c, -, len: 264 aa. Equivalent to Rv3677c, + len: 264 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 264 aa overlap). Possible hydrolase + (EC 3.-.-.-), equivalent to Q9CB90|ML2303 PUTATIVE + HYDROLASE from Mycobacterium leprae (262 aa) FASTA scores: + opt: 1400, E(): 8.5e-81, (82.05% identity in 262 aa + overlap). Also similar to other hydrolases and + hypothetical proteins e.g. Q9XA41|SCH17.06c PUTATIVE + HYDROLASE from Streptomyces coelicolor (256 aa) FASTA + scores: opt: 609, E(): 3.9e-31, (54.65% identity in 247 aa + overlap); Q9A9Q1|CC0923 METALLO-BETA-LACTAMASE FAMILY + PROTEIN from Caulobacter crescentus (297 aa), FASTA + scores: opt: 306, E(): 4.7e-12, (35.45% identity in 268 aa + overlap); Q9Y392 CGI-83 PROTEIN from Homo sapiens (Human) + (288 aa), FASTA scores: opt: 281, E(): 1.7e-10, (33.2% + identity in 259 aa overlap); Q9F7R6 PREDICTED METALLOBETA + LACTAMASE FOLD PROTEIN from uncultured proteobacterium + EBAC31A08 (265 aa), FASTA scores: opt: 257, E(): 5.1e-09, + (32.55% identity in 252 aa overlap); Q9PBI4|XF2160 + HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE from Xylella fastidiosa + (258 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 1.9e-07, (30.3% + identity in 165 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3701c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3701c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible hydrolase" + /protein_id="SIU02329.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X3" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="InterPro:IPR041516" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X3" + /translation="MSKTAESLTHPAYGQLRAVTDTASVLLADNPGLLTLDGTNTWVL + RGPLSDELVVVDPGPDDDEHLARVAALGRIALVLISHRHGDHTSGIDKLVALTGAPVR + AADPQFLRRDGETLTDGEVIDVAGLTITVLATPGHTADSLSFVLDDAVLTADTVLGCG + TTVIDKEDGSLADYLESLHRLRGLGRRTVLPGHGPDLLDLEAIASGYLLHRHERLEQI + RAALRDLGDDATVREVVEHVYLDVDEKLWNAAEWSVQAQLDYLRTR" + gene complement(4059818..4060273) + /locus_tag="BQ2027_MB3702C" + CDS complement(4059818..4060273) + /locus_tag="BQ2027_MB3702C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3702c, -, len: 151 aa. Equivalent to Rv3678c, + len: 151 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 151 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent, but shorter 23 aa, to + Q9CB89|ML2304 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (174 aa), FASTA scores: opt: 746, E(): 2.1e-40, + (78.15% identity in 151 aa overlap). Also highly similar + to many hypothetical proteins or transcription regulators + e.g. Q9XA38|SCH17.09c from Streptomyces coelicolor (155 + aa), FASTA scores: opt: 637, E(): 1.5e-33, (69.1% identity + in 152 aa overlap); BAB48205|MLR0658 from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (154 aa), FASTA scores: opt: 500, + E(): 6.8e-25, (55.35% identity in 150 aa overlap); + BAB50615|MLR3802 TRANSCRIPTION REGULATOR from Rhizobium + loti (Mesorhizobium loti) (153 aa), FASTA scores: opt: + 425,E(): 3.8e-20, (44.35% identity in 151 aa overlap); + Q9U0W7|L7276.02 from Leishmania major (163 aa) FASTA + scores: opt: 404, E(): 8.5e-19, (47.7% identity in 151 aa + overlap); Q9UZA3|PAB0825 PUTATIVE TRANSLATION INITIATION + INHIBITOR from Pyrococcus abyssi (127 aa), FASTA scores: + opt: 108, E(): 3.7, (30.75% identity in 130 aa overlap); + etc. Contains PS00044 Bacterial regulatory proteins, lysR + family signature. Protein product from Mb3702c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3702c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RidA/YER057c/UK114 superfamily, group 1" + /protein_id="SIU02330.1" + /db_xref="InterPro:IPR013813" + /db_xref="InterPro:IPR035959" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4U3" + /translation="MSAKARLGQLGVTLPQVAAPLAAYVPAVRTGNLVYTAGQLPLEA + GKLVRTGKLGADVNPEEGKTLARICALNALAAVDSLVDLDAVTRVVKVVGFVASAPGF + HGQPSVINGASDLLAEVFGDSGAHARSAVGVSELPLDAPVEVELIVEVG" + gene complement(4060289..4060450) + /locus_tag="BQ2027_MB3703C" + CDS complement(4060289..4060450) + /locus_tag="BQ2027_MB3703C" + /note="Mb3703c, -, len: 53 aa. Equivalent to Rv3678A, len: + 53 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 53 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to SCH17.10|AL079353_10 conserved + hypothetical protein from Streptomyces coelicolor (53 aa), + FASTA scores: opt: 259, E(): 1.5e-13, (78.0% identity in + 50 aa overlap). Protein product from Mb3703c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3703c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="translation initiation" + /protein_id="SIU02331.1" + /db_xref="InterPro:IPR025234" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V1" + /translation="MTQPTAWEYATVPLLTHATKQILDQWGADGWELVAVLPGPTGEQ + HVAYLKRPK" + gene 4060535..4061557 + /locus_tag="BQ2027_MB3704" + CDS 4060535..4061557 + /locus_tag="BQ2027_MB3704" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3704, -, len: 340 aa. Equivalent to Rv3679, len: + 340 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 340 aa overlap). Probable anion + transporting ATPase (EC 3.6.1.-), equivalent to + Q9CB88|ML2305 PROBABLE ANION TRANSPORTER PROTEIN from + Mycobacterium leprae (341 aa), FASTA scores: opt: 1810, + E(): 2.1e-98, (84.15% identity in 341 aa overlap). Also + highly similar to Q9XA36|SCH17.11 PUTATIVE + ION-TRANSPORTING ATPASE from Streptomyces coelicolor (325 + aa), FASTA scores: opt: 989, E(): 1.4e-50, (52.15% + identity in 328 aa overlap); and similar to many anion + transporting ATPases (principally arsenite transporters) + e.g. O50593|ARSA_ACIMU ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE + (ARSENITE-TRANSLOCATING ATPASE) from Acidiphilium + multivorum (583 aa), FASTA scores: opt: 225, E(): 8.1e-06, + (25.1% identity in 319 aa overlap); AAG43231|ARSA ARSENITE + ACITVATED ATPASE from Salmonella typhimurium plasmid R46 + FASTA scores: opt: 211, E(): 5.3e-05, (26.95% identity in + 267 aa overlap); P52145|ARA2_ECOLI|ARSA ARSENICAL + PUMP-DRIVING ATPASE from Escherichia coli plasmid IncN R46 + (583 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): 5.3e-05, (26.95% + identity in 267 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). SOME SIMILARITY TO + THE ARSA ATPASE FAMILY. Protein product from Mb3704 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3704 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ANION TRANSPORTER ATPASE" + /protein_id="SIU02332.1" + /db_xref="GOA:P65090" + /db_xref="InterPro:IPR016300" + /db_xref="InterPro:IPR025723" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65090" + /translation="MVATTSSGGSSVGWPSRLSGVRLHLVTGKGGTGKSTIAAALALT + LAAGGRKVLLVEVEGRQGIAQLFDVPPLPYQELKIATAERGGQVNALAIDIEAAFLEY + LDMFYNLGIAGRAMRRIGAVEFATTIAPGLRDVLLTGKIKETVVRLDKNKLPVYDAIV + VDAPPTGRIARFLDVTKAVSDLAKGGPVHAQSEGVVKLLHSNQTAIHLVTLLEALPVQ + ETLEAIEELAQMELPIGSVIVNRNIPAHLEPQDLAKAAEGEVDADSVRAGLLTAGVKL + PDADFAGLLTETIQHATRITARAEIAQQLDALQVPRLELPTVSDGVDLGSLYELSESL + AQQGVR" + gene 4061554..4062714 + /locus_tag="BQ2027_MB3705" + CDS 4061554..4062714 + /locus_tag="BQ2027_MB3705" + /note="Mb3705, -, len: 386 aa. Equivalent to Rv3680, len: + 386 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 386 aa overlap). Probable anion + transporting ATPase (EC 3.6.1.-), equivalent to + Q9CB87|ML2306 PROBABLE ANION TRANSPORTER PROTEIN from + Mycobacterium leprae (381 aa), FASTA scores: opt: 2131, + E(): 6.5e-120, (88.1% identity in 370 aa overlap). Also + highly similar, but shorter 29 aa, to Q9XA35|SCH17.12 + PUTATIVE ION-TRANSPORTING ATPASE from Streptomyces + coelicolor (481 aa), FASTA scores: opt: 1190, E(): + 1.1e-63, (51.25% identity in 441 aa overlap); and similar + to many anion transporting ATPases e.g. Q9UZA6|PAB1555 + ANION TRANSPORTING ATPASE from Pyrococcus abyssi (330 aa) + FASTA scores: opt: 242, E(): 3e-07, (24.6% identity in 297 + aa overlap); Q9P7F8|SPAC1142.06 PUTATIVE + ARSENITE-TRANSLOCATING from Schizosaccharomyces pombe + (Fission yeast) (329 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): + 4.5e-07, (27.9% identity in 197 aa overlap); + Q9HS79|ARSA1|VNG0365G ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE from + Halobacterium sp. strain NRC-1 (347 aa), FASTA scores: + opt: 238, E(): 5.4e-07, (29.35% identity in 358 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). Protein product from Mb3705 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3705 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ANION TRANSPORTER ATPASE" + /protein_id="SIU02333.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W6" + /db_xref="InterPro:IPR016300" + /db_xref="InterPro:IPR025723" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W6" + /translation="MSVTPKTLDMGAILADTSNRVVVCCGAGGVGKTTTAAALALRAA + EYGRTVVVLTIDPAKRLAQALGINDLGNTPQRVPLAPEVPGELHAMMLDMRRTFDEMV + MQYSGPERAQSILDNQFYQTVATSLAGTQEYMAMEKLGQLLSQDRWDLIVVDTPPSRN + ALDFLDAPKRLGSFMDSRLWRLLLAPGRGIGRLITGVMGLAMKALSTVLGSQMLADAA + AFVQSLDATFGGFREKADRTYALLKRRGTQFVVVSAAEPDALREASFFVDRLSQESMP + LAGLVFNRTHPMLCALPIERAIDAAETLDAETTDSDATSLAAAVLRIHAERGQTAKRE + IRLLSRFTGANPTVPVVGVPSLPFDVSDLEALRALADQLTTVGNDAGRAAGR" + gene complement(4062957..4063313) + /gene="whiB4" + /locus_tag="BQ2027_MB3706C" + CDS complement(4062957..4063313) + /gene="whiB4" + /locus_tag="BQ2027_MB3706C" + /note="Mb3706c, whiB4, len: 118 aa. Equivalent to Rv3681c, + len: 118 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 118 aa overlap). Probable whiB4, + WhiB-like regulatory protein (see citation below), similar + to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor, wblE gene + product (85 aa). Equivalent to ML2307 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (116 aa). Also highly similar to + Q9S2B9|SCH17.13c PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (112 aa), FASTA scores: opt: 392, + E(): 1e-20, (67.95% identity in 78 aa overlap); + Q9X951|WBLA HYPOTHETICAL 14.3 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (129 aa), FASTA scores: opt: 392, + E(): 1.1e-20, (67.95% identity in 78 aa overlap); + Q9ACZ0|SCP1.161c PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (268 aa), FASTA scores: opt: 273, + E(): 4.4e-12, (50.0% identity in 78 aa overlap); + Q06387|WHIB-STV from Streptomyces griseocarneus (87 aa) + FASTA scores: opt: 231, E(): 1.5e-09, (43.85% identity in + 73 aa overlap); etc. Also similar to several putative + regulator proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + MTCY7D11_7; MTCY78_13; MTCY10H4_23; MTCY1A6_6; and + U00016_29 from M. leprae. N-terminus shortened since first + submission. Mb3706c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable transcriptional regulatory protein + whib-like whib4" + /protein_id="SIU02334.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W3" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W3" + /translation="MSGTRPAARRTNLTAAQNVVRSVDAEERIAWVSKALCRTTDPDE + LFVRGAAQRKAAVICRHCPVMQECAADALDNKVEFGVWGGMTERQRRALLKQHPEVVS + WSDYLEKRKRRTGTAG" + gene 4063675..4066107 + /gene="ponA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3707" + CDS 4063675..4066107 + /gene="ponA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3707" + /note="Mb3707, ponA2, len: 810 aa. Equivalent to Rv3682, + len: 810 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 810 aa overlap). Probable ponA2, + penicillin-binding protein (class A), bienzymatic + membrane-associated protein with transglycosylase (EC + 2.4.2.-) and transpeptidase (EC 3.4.-.-) activities. + Almost identical to Q9CB85|PON1|ML2308 PENICILLIN BINDING + PROTEIN (CLASS A) from Mycobacterium leprae (803 aa) FASTA + scores: opt: 4743, E(): 3.3e-217, (87.7% identity in 806 + aa overlap); or P72351|PON1|PBP1 HIGH-MOLECULAR-MASS CLASS + A PENICILLIN BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae + Cosmid B577 (821 aa), FASTA scores: opt: 4547, E(): + 6.3e-208, (88.05% identity in 769 aa overlap) (see first + citation below). Also similar to others e.g. + Q9XA34|SCH17.14 from Streptomyces coelicolor (428 aa; + fragment), FASTA scores: opt: 727, E(): 2.3e-27, (36.55% + identity in 413 aa overlap); Q9F9V7|PONA from + Mycobacterium smegmatis (715 aa), FASTA scores: opt: 446, + E(): 6.6e-14, (27.65% identity in 771 aa overlap) (see + second citation below); Q9CCY4|PONA|ML2688 from + Mycobacterium leprae (708 aa), FASTA scores: opt: 413, + E(): 2.4e-12, (26.8% identity in 660 aa overlap); + Q9X6W0|PONB|MRCB|PA4700 from Pseudomonas aeruginosa (774 + aa), FASTA scores: opt: 398, E(): 1.3e-11, (27.2% identity + in 666 aa overlap); P45345|PBPB_HAEIN|MRCB|PONB|HI1725 + (781 aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 9.4e-11, (28.6% + identity in 601 aa overlap); etc. Also similar to + P71707|PONA1|Rv0050|MTCY21.13 PROBABLE BIFUNCTIONAL + PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A/1B (PBP1) from M. + tuberculosis (678 aa) FASTA scores: opt: 372, E(): 2e-10, + (28.35% identity in 769 aa overlap). SEEMS TO BELONG TO + THE TRANSGLYCOSYLASE FAMILY IN THE N-TERMINAL SECTION, AND + TO THE TRANSPEPTIDASE FAMILY IN THE C-TERMINAL SECTION. + Protein product from Mb3707 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3707 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE BIFUNCTIONAL MEMBRANE-ASSOCIATED + PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A/1B PONA2 (MUREIN POLYMERASE) + [INCLUDES: PENICILLIN-INSENSITIVE TRANSGLYCOSYLASE + (PEPTIDOGLYCAN TGASE) + PENICILLIN-SENSITIVE + TRANSPEPTIDASE (DD-TRANSPEPTIDASE)]" + /protein_id="SIU02335.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6G6" + /db_xref="InterPro:IPR001264" + /db_xref="InterPro:IPR001460" + /db_xref="InterPro:IPR005543" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="InterPro:IPR036950" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6G6" + /translation="MPERLPAAITVLKLAGCCLLASVVATALTFPFAGGLGLMSNRAS + EVVANGSAQLLEGQVPAVSTMVDAKGNTIAWLYSQRRFEVPSDKIANTMKLAIVSIED + KRFADHSGVDWKGTLTGLAGYASGDLDTRGGSTLEQQYVKNYQLLVTAQTDAEKRAAV + ETTPARKLREIRMALTLDKTFTKSEILTRYLNLVSFGNNSFGVQDAAQTYFGINASDL + NWQQAALLAGMVQSTSTLNPYTNPDGALARRNVVLDTMIENLPGEAEALRAAKAEPLG + VLPQPNELPRGCIAAGDRAFFCDYVQEYLSRAGISKEQVATGGYLIRTTLDPEVQAPV + KAAIDKYASPNLAGISSVMSVIKPGKDAHKVLAMASNRKYGLDLEAGETMRPQPFSLV + GDGAGSIFKIFTTAAALDMGMGINAQLDVPPRFQAKGLGSGGAKGCPKETWCVVNAGN + YRGSMNVTDALATSPNTAFAKLISQVGVGRAVDMAIKLGLRSYANPGTARDYNPDSNE + SLADFVKRQNLGSFTLGPIELNALELSNVAATLASGGVWCPPNPIDQLIDRNGNEVAV + TTETCDQVVPAGLANTLANAMSKDAVGSGTAAGSAGAAGWDLPMSGKTGTTEAHRSAG + FVGFTNRYAAANYIYDDSSSPTDLCSGPLRHCGSGDLYGGNEPSRTWFAAMKPIANNF + GEVQLPPTDPRYVDGAPGSRVPSVAGLDVDAARQRLKDAGFQVADQTNSVNSSAKYGE + VVGTSPSGQTIPGSIVTIQISNGIPPAPPPPPLPEDGGPPPPVGSQVVEIPGLPPITI + PLLAPPPPAPPP" + gene 4066176..4067135 + /locus_tag="BQ2027_MB3708" + CDS 4066176..4067135 + /locus_tag="BQ2027_MB3708" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3708, -, len: 319 aa. Equivalent to Rv3683, len: + 319 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 319 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CB84|ML2309 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (330 aa) + FASTA scores: opt: 1791, E(): 9e-107, (85.45% identity in + 296 aa overlap). Also similar to Q9X935|SCH66.03 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (309 aa) + FASTA scores: opt: 610, E(): 1.4e-31, (51.45% identity in + 307 aa overlap); and Q9RRY7|YN45_DEIRA|DR2345 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Deinococcus radiodurans (305 aa) FASTA + scores: opt: 243, E(): 3.2e-08, (31.1% identity in 315 aa + overlap) and some similarity to other hypothetical + bacterial proteins e.g. Q9CF81|YQED from Lactococcus + lactis (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) (278 aa) + FASTA scores: opt: 200, E(): 1.6e-05, (26.85% identity in + 287 aa overlap). Protein product from Mb3708 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3708 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Predicted phosphohydrolases" + /protein_id="SIU02336.1" + /db_xref="InterPro:IPR024654" + /db_xref="InterPro:IPR029052" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C0" + /translation="MAAVLPTLIRTGAVALGSAIAGIGYAALVERNAFVLREVTMPVL + TPGSTPLRVLHISDLHMLPNQHRKQAWLRELASWEPDLVVNTGDNLAHPKAVPAVVQT + LSDLLSRPGVFVFGSNDYFGPRLKNPMNYLTSPDHRVRGAALPWQDLRAAFTERGWLD + LTHTRREFEVAGLHIAAAGVDDPHIDRDRYDTIAGPASPAANLRLGLTHSPEPRVLDR + FAADGYQLVLAGHTHGGQLCLPLYGALVTNCGLDRSRAKGASHWGANMRLHVSAGIGT + SPFAPVRFCCRPEATLLTLIATPMGGRDSSSNLGRSQPTVSVR" + gene 4067198..4068238 + /locus_tag="BQ2027_MB3709" + CDS 4067198..4068238 + /locus_tag="BQ2027_MB3709" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3709, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv3684, len: + 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Probable lyase (EC + 4.-.-.-), and more specifically a cysteine synthase (EC + 4.2.99.8), highly similar to many lyases e.g. + Q9K3N2|SCG20A.08c PUTATIVE LYASE from Streptomyces + coelicolor (374 aa), FASTA scores: opt: 1469, E(): + 3.7e-85, (63.35% identity in 341 aa overlap) (shorter 31 + aa at N-terminus); Q9KT44|VC1061 CYSTEINE SYNTHASE (EC + 4.2.99.8)/CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE FAMILY PROTEIN from + Vibrio cholerae (355 aa), FASTA scores: opt: 1366, E(): + 1.1e-78, (63.25% identity in 321 aa overlap); + Q9I4R3|PA1061 HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (365 aa), FASTA scores: opt: 1311, E(): + 3.2e-75, (59.8% identity in 341 aa overlap); Q9PH18|XF0128 + CYSTEINE SYNTHASE from Xylella fastidiosa (390 aa), FASTA + scores: opt: 1288, E(): 9.5e-74, (58.55% identity in 333 + aa overlap) (shorter 34 aa at N-terminus); + P55708|Y4XP_RHISN PUTATIVE CYSTEINE SYNTHASE from + Rhizobium sp. strain NGR234 plasmid sym pNGR234a (336 aa), + FASTA scores: opt: 376, E(): 2.1e-16, (29.2% identity in + 315 aa overlap); etc. Equivalent to AAK48153 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (368 aa) but + shorter 22 aa. Protein product from Mb3709 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3709 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE LYASE" + /protein_id="SIU02337.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W2" + /db_xref="InterPro:IPR001926" + /db_xref="InterPro:IPR036052" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W2" + /translation="MIEADARRSADTHLLRYPLPAAWCTDVDVELYLKDETTHITGSL + KHRLARSLFLYALCNGWINENTTVVEASSGSTAVSEAYFAALLGLPFIAVMPAATSAS + KIALIESQGGRCHFVQNSSQVYAEAERVAKETGGHYLDQFTNAERATDWRGNNNIAES + IYVQMREEKHPTPEWIVVGAGTGGTSATIGRYIRYRRHATRLCVVDPENSAFFPAYSE + GRYDIVMPTSSRIEGIGRPRVEPSFLPGVVDRMVAVPDAASIAAARHVSAVLGRRVGP + STGTNLWGAFGLLAEMVKQGRSGSVVTLLADSGDRYADTYFSDEWVSAQGLDPAGPAA + ALVEFERSCRWT" + gene 4068300..4068373 + /locus_tag="BQ2027_PROY" + tRNA 4068300..4068373 + /locus_tag="BQ2027_PROY" + /product="tRNA-Pro" + /note="proY, len: 74 nt. Equivalent to proY, len: 74 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 nt overlap). tRNA-Pro, anticodon cgg." + gene complement(4069054..4070484) + /gene="cyp137" + /locus_tag="BQ2027_MB3710C" + CDS complement(4069054..4070484) + /gene="cyp137" + /locus_tag="BQ2027_MB3710C" + /note="Mb3710c, cyp137, len: 476 aa. Equivalent to + Rv3685c, len: 476 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 476 aa overlap). Probable + cyp137, cytochrome P-450 (EC 1.14.-.-), similar to many + e.g. Q9VXY0|C4S3_DROME|CYP4S3|CG9081 from Drosophila + melanogaster (Fruit fly) (495 aa), FASTA scores: opt: 376, + E(): 1.2e-15, (28.35% identity in 413 aa overlap); + Q59163|CYP110A2 from Anabaena variabilis (459 aa) FASTA + scores: opt: 320, E(): 3.1e-12, (31.4% identity in 411 aa + overlap); O23051|C883_ARATH from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (490 aa), FASTA scores: opt: 313, E(): + 8.8e-12, (28.25% identity in 425 aa overlap); etc. Also + similar to many from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53765|C13B_MYCTU|CYP135B1|Rv0568|MT0594|MTV039.06 (472 + aa), FASTA scores: opt: 920, E(): 4.6e-49, (36.25% + identity in 447 aa overlap); + P96813|C138_MYCTU|CYP138|Rv0136|MT0144|MTCI5.10 (441 aa) + FASTA scores: opt: 886, E(): 5.3e-47, (35.5% identity in + 445 aa overlap); etc. BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 + FAMILY. Protein product from Mb3710c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3710c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CYTOCHROME P450 137 CYP137" + /protein_id="SIU02338.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z7" + /db_xref="InterPro:IPR001128" + /db_xref="InterPro:IPR002401" + /db_xref="InterPro:IPR017972" + /db_xref="InterPro:IPR036396" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z7" + /translation="MVLRSLASPAALTDPKRCASVVGVAAFAVRREHAPDALGGPPGL + PAPRGFRAAFAAAYAVAYLAGGERRMLRLIRRYGPIMTMPILSLGDVAIVSDSALAKE + VFTAPTDVLLGGEGVGPAAAIYGSGSMFVQEEPQHLRRRKLLTPPLHGAALDRYVPII + ENSTRAAMHTWPVDRPFAMLTVARSLMLDVIVKVIFGVDDPEEVRRLGRPFERLLNLG + VSEQLTVRYALRRLGALRVWPARARANTEIDDVVMALIAQRRADPRLGERHDVLSLLV + SARGESGEQLSDSEIRDDLITLVLAGHETTATTLAWAFDLLLHHPDALRRVRAEAVGG + GEAFTTAVINETLRVRPPAPLTARVAAQPLTIGGYRVEAGTRIVVHIIAINRSAEVYE + HPHEFRPERFLGTRPQTYAWVPFGGGVKRCLGANFSMRELITVLHVLLREGEFTAVDD + EPERIVRRSIMLVPRRGTRVRFRPAR" + gene complement(4070510..4070842) + /locus_tag="BQ2027_MB3711C" + CDS complement(4070510..4070842) + /locus_tag="BQ2027_MB3711C" + /note="Mb3711c, -, len: 110 aa. Equivalent to Rv3686c, + len: 110 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 110 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to P96893|Rv3288c|MTCY71.28c HYPOTHETICAL 15.2 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (and Mycobacterium + bovis) (137 aa) FASTA scores: opt: 106, E(): 5.6, (29.1% + identity in 79 aa overlap); and a few hypothetical + proteins e.g. Q9GUV6|L2259.2 from Leishmania major (360 + aa) FASTA scores: opt: 118, E(): 2.1, (28.7% identity in + 101 aa overlap). Equivalent to AAK48155 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (166 aa) but shorter 56 aa. + Mb3711c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02339.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y3" + /translation="MVYTGSDAGDHASAPQPSGSGSVPASVNVPGLVVAAVWAVGLVA + GLVALTIGHLAVAAAALVVAVMAPWCRVAYIAHGQHRVCGETLRGTPAGETASFPTGW + RGLRFSTR" + gene complement(4071082..4071327) + /gene="rsfb" + /locus_tag="BQ2027_MB3712C" + CDS complement(4071082..4071327) + /gene="rsfb" + /locus_tag="BQ2027_MB3712C" + /note="Mb3712c, -, len: 81 aa. Equivalent to Rv3687c, len: + 122 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 81 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity to sporulation proteins and + sigma-factor genes e.g. Q9WVX8|RSBV_STRCO|BLDG|SCH5.12c + ANTI-SIGMA B FACTOR ANTAGONIST from Streptomyces + coelicolor (113 aa) FASTA scores: opt: 163, E(): 0.0007, + (31.15% identity in 106 aa overlap); Q9F3A2|SC5F1.27c + PUTATIVE ANTI-SIGMA FACTOR ANTAGONIST from Streptomyces + coelicolor (114 aa) FASTA scores: opt: 159, E(): 0.0013, + (29.8% identity in 104 aa overlap); P73609|SLR1859 + HYPOTHETICAL 12.0 KDA PROTEIN from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (108 aa) FASTA scores: opt: 152, E(): + 0.0034, (32.2% identity in 90 aa overlap); + L47358|BACSPOI_1 spoIIA A from Paenibacillus polymyxa (117 + aa), FASTA scores: opt: 107, E(): 0.23, (24.8% identity in + 113 aa overlap); SQSIGB_4 rsbU, rsbV, rsbW & sigB genes + from Steptomyces aureus (108 aa) (28.3% identity in 60 aa + overlap); etc. Also similar to hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. MTCY180_14 and MTCY441 _8. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, + truncation at the 5' start due to a single base + transversion (g-t) leads to a shorter product compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (81 + aa versus 122 aa). Protein product from Mb3712c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3712c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="anti-anti-sigma factor rsfb (anti-sigma factor + antagonist) (regulator of sigma f b)" + /protein_id="SIU02340.1" + /db_xref="InterPro:IPR002645" + /db_xref="InterPro:IPR036513" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V0" + /translation="MADNPTALVIDLSAVEFLGSVGLKILAATSEKIGQSVKFGVVAR + GSVTRRPIHLMGLDKTFRLFSTLHDALTGVRGGRIDR" + gene complement(4071652..4072116) + /locus_tag="BQ2027_MB3713C" + CDS complement(4071652..4072116) + /locus_tag="BQ2027_MB3713C" + /note="Mb3713c, -, len: 154 aa. Equivalent to Rv3688c, + len: 154 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 154 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to other bacterial hypothetical proteins e.g. + Q9X934|SCH66.02c from Streptomyces coelicolor (154 aa), + FASTA scores: opt: 425, E(): 3.4e-19, (46.1% identity in + 154 aa overlap); Q9WZF4|TM0690 from Thermotoga maritima + (149 aa), FASTA scores: opt: 326, E(): 3.4e-13, (40.4% + identity in 151 aa overlap); Q9PHU3|CJ0573 from + Campylobacter jejuni (147 aa), FASTA scores: opt:290, E(): + 5.1e-11, (36.4% identity in 151 aa overlap); etc. Also + some similarity to upstream O69654|Rv3686c|MTV025.034c + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis. Protein product from Mb3713c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3713c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GatB/Yqey domain-containing protein" + /protein_id="SIU02341.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4W4" + /db_xref="InterPro:IPR003789" + /db_xref="InterPro:IPR019004" + /db_xref="InterPro:IPR023168" + /db_xref="InterPro:IPR042184" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W4" + /translation="MAELKSQLRSDLTQAMKTQDKLRTATIRMLLAAIQTEEVSGKQA + RELSDDEVIKVLARESRKRGEAAEIYTQNGRGELAATEHAEARIIDEYLPTPLTEGEL + ADVADTAIAEVAEELGHRPSMKQMGLVMKAATVIAAGKADGARLSAAVKERL" + gene 4072116..4073471 + /locus_tag="BQ2027_MB3714" + CDS 4072116..4073471 + /locus_tag="BQ2027_MB3714" + /note="Mb3714, -, len: 451 aa. Equivalent to Rv3689, len: + 451 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 451 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with Proline rich N-terminus, + similar to Q9KYW6|SCE33.17 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (462 aa) FASTA + scores: opt: 730, E(): 2.7e-21, (38.1% identity in 412 aa + overlap). Mb3714 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02342.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X6" + /translation="MHKRYAPQRPKPDTETYIEKCTDRRQDGGHDERRQLLRPVSMLP + PGYPVEPPPVAPGYAPAGYPPYPATPPGYGPPGYGAPPSYGPPPGYGPPLGYPAAPPG + CGPPPGYGPPLGYGPPLAPGAVKPGIIPLRPLTLSDIFNGAVGYIRANPKATLGLTAM + VVVTLQIISLVALFGPMTAFGDIVTGEPDELTGAVVGGWSASFGASLLVSWLAGVLLS + GMLTVIVGRAVFGSPITVGEAWAKVRGRLLALFGLALLEAAGVVAVLGLAVVILSGVA + AAANEAAAALLGFPLLLVVGVSLAYLYVVLLFAPVLIVLERLPIVEAITRSFALVRHG + FWRVLGIRLLTVLVVGVVGNAIAAPFMIVGEIVTAVTASDGSVTMRLVGATLSAIGVT + IGQIVTAPFSAGVVVLLYTDRRIRAEAFDLVLQTGLEAGPAGGPAPVESTDNLWLTRP + F" + gene 4073498..4074151 + /locus_tag="BQ2027_MB3715" + CDS 4073498..4074151 + /locus_tag="BQ2027_MB3715" + /note="Mb3715, -, len: 217 aa. Equivalent to Rv3690, len: + 217 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 217 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, similar to Q9KYW5|SCE33.18 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (231 aa), FASTA scores: opt: 419, E(): 1.5e-19, (36.0% + identity in 211 aa overlap). Equivalent to AAK48159 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (233 aa) but + shorter 16 aa. Protein product from Mb3715 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3715 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02343.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X0" + /db_xref="InterPro:IPR025403" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X0" + /translation="MPSIDIDREAAHQAAQRELDKPIYPKDSLTKELTDWIDEQLYRI + LEKGSSIPGGWFTITVLLILLMIAVTAAVQIARRTMRTNRGGDYQLFDAGQLTAAQHR + STAESYAAEGNWAAAIRHRLQAVARELEETGMLNPAAGRTANELASDAGEVLPHLAGE + LTQAATAFNDVTYGERPGTQGAYQMIADLDDHLRSRSPAVVSAVQHPAVFDSWAQVR" + gene 4074277..4075278 + /locus_tag="BQ2027_MB3716" + CDS 4074277..4075278 + /locus_tag="BQ2027_MB3716" + /note="Mb3716, -, len: 333 aa. Equivalent to Rv3691, len: + 333 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 333 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to Q9KYW4|SCE33.19 PUTATIVE + SECRETED PROTEIN from Streptomyces coelicolor (387 aa) + FASTA scores: opt: 481, E(): 6e-23, (36.6% identity in 358 + aa overlap). Equivalent to AAK48160 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (381 aa) but shorter 48 aa. + Protein product from Mb3716 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3716 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative secreted protein" + /protein_id="SIU02344.1" + /db_xref="InterPro:IPR025646" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X1" + /translation="MAPASTSSTGGHALATLLGNHGVEVVVADSIADVEAAARPDSLL + LVAQTQYLVDNALLDRLAKAPGDLLLVAPTSRTRTALTPQLRIAAASPFNSQPNCTLR + EANRAGSVQWGPSDTYQATGDLVLTSCYGGALVRFRAEGRTITVVGSSNFMTNGGLLP + AGNAALAMNLAGNRPRLVWYAPDHIEGEMSSPSSLSDLIPENVHWTIWQLWLVVLLVA + LWKGRRIGPLVAEELPVVIRASETVEGRGRLYRSRRARDRAADALRTATLQRLRPRLG + VGAGAPAPAVVTTIAQRSKADPPFVAYHLFGPAPATDNDLLQLARALDDIERQVTHS" + gene 4075275..4076351 + /gene="moxR2" + /locus_tag="BQ2027_MB3717" + CDS 4075275..4076351 + /gene="moxR2" + /locus_tag="BQ2027_MB3717" + /note="Mb3717, moxR2, len: 358 aa. Equivalent to Rv3692, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 358 aa overlap). Probable moxR2, + methanol dehydrogenase regulatory protein, highly similar + (generally longer at N-terminus) to Q9KYW3|SCE33.20 + PUTATIVE REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (329 aa), FASTA scores: opt: 1523, E(): 4.2e-74, (70.9% + identity in 330 aa overlap); Q9Z538|SC9B2.21c PUTATIVE + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (332 aa) + FASTA scores: opt: 1008, E(): 1.1e-46, (50.8% identity in + 313 aa overlap); Q9UZ67|MOXR-3|PAB0848 METHANOL + DEHYDROGENASE REGULATORY PROTEIN from Pyrococcus abyssi + (314 aa), FASTA scores: opt: 989, E(): 1.1e-45, (50.65% + identity in 302 aa overlap); Q9AAN1|CC0566 MOXR PROTEIN + from Caulobacter crescentus (323 aa), FASTA scores: opt: + 988, E(): 1.3e-45, (52.3% identity in 306 aa overlap); + etc. Also similar to O53170|MTV007.26|MOXR|Rv1479 from + Mycobacterium tuberculosis (377 aa); and + O07392|AF002133_6|MOXR from Mycobacterium avium (309 aa). + Also high similarity with several hypothetical bacterial + proteins. Protein product from Mb3717 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3717 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable methanol dehydrogenase transcriptional + regulatory protein moxr2" + /protein_id="SIU02345.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6H5" + /db_xref="InterPro:IPR011703" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041628" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6H5" + /translation="MTQSASNPQAPPTQTPGAELPGYPPQAGGAPTAAPSGPHPHRAE + AESARDALLALRAEVAKAVVGQDGVISGLVIALLCRGHVLLEGVPGVAKTLIVRAMSA + ALQLEFKRVQFTPDLMPGDVTGSLVYDARTAEFVFRPGPVFTNLLLADEINRTPPKTQ + AALLEAMEERQVSVEGEPKPLPNPFIVAATQNPIEYEGTYQLPEAQLDRFLLKLNVTL + PARDSEIAILDRHAHGFDPRDLSAINPVAGPAELAAGREAVRHVLVANEVLGYIVDIV + GATRSSPALQLGVSPRGATALLGTARSWAWLSGRDYVTPDDVKAMARPTLRHRVMLRP + EAELEGATPDGVLDGILASVPVPR" + gene 4076485..4077807 + /locus_tag="BQ2027_MB3718" + CDS 4076485..4077807 + /locus_tag="BQ2027_MB3718" + /note="Mb3718, -, len: 440 aa. Equivalent to Rv3693, len: + 440 aa (alternative start at 41910), from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 440 aa + overlap). Possible conserved membrane protein, similar to + Q9KYW2|SCE33.21 PUTATIVE LIPOPROTEIN from Streptomyces + coelicolor (436 aa), FASTA scores: opt: 875, E(): 3.3e-46, + (56.25% identity in 448 aa overlap); Q9AAN0|CC0567 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter crescentus (437 aa), + FASTA scores: opt: 355, E(): 2.3e-14, (30.9% identity in + 450 aa overlap); P73233|SLR2013 HYPOTHETICAL 48.5 KDA + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (435 aa), + FASTA scores: opt: 340, E(): 1.9e-13, (29.7% identity in + 438 aa overlap); etc. Equivalent to AAK48162 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (475 aa) but + shorter 35 aa. Also similar to other hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis; MTV014_7; MTV007_27; and + MTCY71_36 M. Protein product from Mb3718 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3718 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02346.1" + /db_xref="InterPro:IPR002881" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C2" + /translation="MILTGRTGLLALICVLPIALSPWPARAFVMLLVALAVAVTVDTL + LAASTRKLRFTRSPYTSARLGQPVDASLLLCNGGRRRFRGQVRDAWPPSARAQPHTHD + VDVAAGQRQQVHTALRPVRRGDQRAAMVTARSIGPLGLAGRQSSQSVPGLVRVLPPFL + SRKHLPSRLAKLREIDGLLPTLIRGQGTEFDSLREYVVGDDVRSIDWRASARRADVMV + RTWRPERDRRVVIVLDTGRMAAGRVGVDPTAADPAGWPRLDWSMDAALLLAALASRAG + DHVDFLAHDRISRAGVFGASRSELLAQLVDAMAPLRPALIESDWHAMIATILRRTRRR + SLVVLLTDLNATALDEGLLPVLPQLSARHHVLVAAVADPRVDQLAAGRSDAAAVYDAA + AAERARNDRRAIASQLRRGGVDVIDAPPAEIAPGLADRYLAMKATGRL" + gene complement(4077881..4078873) + /locus_tag="BQ2027_MB3719C" + CDS complement(4077881..4078873) + /locus_tag="BQ2027_MB3719C" + /note="Mb3719c, -, len: 330 aa. Equivalent to Rv3694c, + len: 330 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 330 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, highly similar to Q9KZM4|SCE34.01c + PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (335 aa), FASTA scores: opt: 1113, E(): + 2.5e-60, (51.5% identity in 334 aa overlap); and similar + to Q9KEW6|BH0733 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + halodurans (355 aa), FASTA scores: opt: 381, E(): 6.1e-16, + (24.15% identity in 331 aa overlap); Q9AAM9|CC0568 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Caulobacter crescentus (332 aa), + FASTA scores: opt: 352, E(): 3.3e-14, (30.3% identity in + 310 aa overlap); P74166|SLR1478 HYPOTHETICAL 35.4 KDA + PROTEIN from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (317 aa), + FASTA scores: opt: 330, E(): 6.8e-13, (25.65% identity in + 308 aa overlap); etc. C-terminal end shows similarity to + O29631|AF0624|AE001061_10 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + (putative nifU protein) from Archaeoglobus fulgidus (185 + aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.021, (29.0% identity + in 131 aa overlap). Equivalent to AAK48163 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (395 aa) but + shorter 65 aa. Also some similarity to MTCY428_20 + HYPOTHETICAL 43.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis. Protein product from Mb3719c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3719c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02347.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X7" + /db_xref="InterPro:IPR002798" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X7" + /translation="MDVDAFLLTNRGTWDRLDHLIKKRHSLSGAEIDELVELYQRVST + HLSMLRSASSDQLMTGRLSSLVARARSAVTGAHAPLTRTFIRFWTVSFPVVAYRTWRW + WLATAVAFFAVVVLIGFWVAGSHEVQSAIGTPTEIDELVSHDVQSYYSEHPAASFALQ + VWVNNSWVATTCIAMSVVLGLPIPLVLFDNAANVGLIAGLMFQAGKGDFLLGLLLPHG + LLELTAVFLAAAIGMRLGWSVISAGNRPRGQVLAEQGRGVVSVAVGLVGVFLVAGLIE + AVVTPSPLPTFVRIAVGIIAEAVFLSYIGYFGRRAAQAGETGDMEDAPDVVPTG" + gene 4078965..4079897 + /locus_tag="BQ2027_MB3720" + CDS 4078965..4079897 + /locus_tag="BQ2027_MB3720" + /note="Mb3720, -, len: 310 aa. Equivalent to Rv3695, len: + 310 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 310 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent, but longer 88 aa, to + Q9CB83|ML2312 POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (196 aa), FASTA scores: opt: 898, E(): 5.2e-36, + (71.05% identity in 190 aa overlap). Also highly similar + to Q9KZM3|SCE34.02 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (318 aa), FASTA scores: opt: + 740,E(): 2.4e-28, (43.25% identity in 319 aa overlap); and + similar to P72718|SLR0254 HYPOTHETICAL 30.4 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (266 aa), FASTA + scores: opt: 287, E(): 6.1e-07, (29.6% identity in 260 aa + overlap); Q9HW83|PA4318 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pseudomonas aeruginosa (265 aa), FASTA scores: opt: 250, + E(): 3.5e-05, (32.0% identity in 203 aa overlap); + Q9KEW5|BH0734 HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus + halodurans (266 aa), FASTA scores: opt: 168, E(): 0.0047, + (25.95% identity in 231 aa overlap); etc. C-terminal end + shows some similarity to proline-rich proteins e.g. Q62106 + PROLINE-RICH SALIVARY PROTEIN (FRAGMENT) from Mus musculus + (Mouse) (188 aa) (36.1% identity in 97 aa overlap). + Equivalent to AAK48164 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (269 aa) but longer 41 aa. Protein product + from Mb3720 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3720 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02348.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y501" + /db_xref="InterPro:IPR010432" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y501" + /translation="MSEVVTGDAVVLDVQIAQLPVRAVSAVIDITIIFIGYILGLMLW + ATALTQFDEALTTAFLIIFTVLALVGYPLVWETATRGRSVGKIVMGLRVVSDDGGPER + FRQALFRALASVVEIWMLLGSPAVICSMLSPKAKRVGDVFAGTVVVSERGPRLGPPPV + MPPSLAWWASSLQLSGLTAGQAEVARQFLVRAPQLDPALREQMAYRIAGDVVARIAPP + PPPGVPPQLVLAAVLAERHRRELLRLRPTLPPAGQAPWAQMAPHRGWPPGLSGATPWS + PQQPVIPWPEPDPPPQAAPWPQQAPDGPGFSPPG" + gene complement(4079961..4080758) + /gene="glpKb" + /locus_tag="BQ2027_MB3721C" + CDS complement(4079961..4080758) + /gene="glpKb" + /locus_tag="BQ2027_MB3721C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3721c, glpKb, len: 265 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3696c, len: 517 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.4% identity in 326 aa overlap). Probable + glpK, glycerol kinase (EC 2.7.1.30), equivalent to + Q9CB81|GLPK_MYCLE|ML2314 GLYCEROL KINASE from + Mycobacterium leprae (508 aa), FASTA scores: opt: 3120, + E(): 4.7e-189, (91.35% identity in 508 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9RJM2|GLPK from + Streptomyces coelicolor (507 aa), FASTA scores: opt: 2606, + E(): 1.1e-156, (75.35% identity in 503 aa overlap); + Q9ADA7|GLPK from Streptomyces coelicolor (512 aa) FASTA + scores: opt: 2002, E(): 1.3e-118, (59.05% identity in 503 + aa overlap); Q9X1E4|GLK2_THEMA|TM1430 from Thermotoga + maritima (496 aa), FASTA scores: opt: 1838, E(): 2.7e-108, + (54.8% identity in 498 aa overlap); + P08859|GLPK_ECOLI|B3926 from Escherichia coli strain K12 + (501 aa), FASTA scores: opt: 1740, E(): 4.1e-102, (52.3% + identity in 499 aa overlap); etc. Contains PS00933 FGGY + family of carbohydrate kinases signature 1, PS00070 + Aldehyde dehydrogenases cysteine active site, PS00445 FGGY + family of carbohydrate kinases signature 2. BELONGS TO THE + FUCOKINASE / GLUCONOKINASE / GLYCEROKINASE / XYLULOKINASE + FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, glpK exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-g), splits glpK into 2 parts, glpKa and glpKb + and removes activity. Protein product from Mb3721c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3721c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL KINASE GLPKB [SECOND PART] + (ATP:GLYCEROL 3-PHOSPHOTRANSFERASE)(GLYCEROKINASE) (GK)" + /protein_id="SIU02349.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z5" + /db_xref="InterPro:IPR018483" + /db_xref="InterPro:IPR018485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z5" + /translation="MPITGVLADQHAAMVGQVCLAPGEAKNTYGTGNFLLLNTGETIV + RSNNGLLTTVCYQFGNAKPVYALEGSIAVTGSAVQWLRDQLGIISGAAQSEALARQVP + DNGGMYFVPAFSGLFAPYWRSDARGAIVGLSRFNTNAHLARATLEAICYQSRDVVDAM + EADSGVRLQVLKVDGGITGNDLCMQIQADVLGVDVVRPVVAETTALGAAYAAGLAVGF + WAAPSDLRANWREDKRWTPTWDDDERAAGYAGWRKAVQRTLDWVDVS" + gene complement(4080760..4081515) + /gene="glpKa" + /locus_tag="BQ2027_MB3722C" + CDS complement(4080760..4081515) + /gene="glpKa" + /locus_tag="BQ2027_MB3722C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3722c, glpKa, len: 251 aa. Equivalent to 5' end + of Rv3696c, len: 517 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 191 aa overlap). + Probable glpK, glycerol kinase (EC 2.7.1.30), equivalent + to Q9CB81|GLPK_MYCLE|ML2314 GLYCEROL KINASE from + Mycobacterium leprae (508 aa), FASTA scores: opt: 3120, + E(): 4.7e-189, (91.35% identity in 508 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9RJM2|GLPK from + Streptomyces coelicolor (507 aa), FASTA scores: opt: 2606, + E(): 1.1e-156, (75.35% identity in 503 aa overlap); + Q9ADA7|GLPK from Streptomyces coelicolor (512 aa) FASTA + scores: opt: 2002, E(): 1.3e-118, (59.05% identity in 503 + aa overlap); Q9X1E4|GLK2_THEMA|TM1430 from Thermotoga + maritima (496 aa), FASTA scores: opt: 1838, E(): 2.7e-108, + (54.8% identity in 498 aa overlap); + P08859|GLPK_ECOLI|B3926 from Escherichia coli strain K12 + (501 aa), FASTA scores: opt: 1740, E(): 4.1e-102, (52.3% + identity in 499 aa overlap); etc. Contains PS00933 FGGY + family of carbohydrate kinases signature 1, PS00070 + Aldehyde dehydrogenases cysteine active site, PS00445 FGGY + family of carbohydrate kinases signature 2. BELONGS TO THE + FUCOKINASE / GLUCONOKINASE / GLYCEROKINASE / XYLULOKINASE + FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, glpK exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-g), splits glpK into 2 parts, glpKa and glpKb + and removes activity. Mb3722c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROL KINASE GLPKA [FIRST PART] + (ATP:GLYCEROL 3-PHOSPHOTRANSFERASE)(GLYCEROKINASE) (GK)" + /protein_id="SIU02350.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4V7" + /db_xref="InterPro:IPR018483" + /db_xref="InterPro:IPR018484" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4V7" + /translation="MSDAILGEQLAESSDFIAAIDQGTTSTRCMIFDHHGAEVARHQL + EHEQILPRAGWVEHNPVEIWERTASVLISVLNATNLSPKDIAALGITNQRETTLVWNR + HTGRPYYNAIVWQDTRTDRIASALDRDGRGNLIRRKAGLPPATYFSGGKLQWILENVD + GVRAAAENGDALFGTPDTWVLWNLTGGPRGGCACHRCNQRQPDHVDGSRDAGLGRRAV + VVVFDTSGHAARDRIVGAVGALRCHAGDRACRR" + gene complement(4081565..4082002) + /gene="vapc48" + /locus_tag="BQ2027_MB3723C" + CDS complement(4081565..4082002) + /gene="vapc48" + /locus_tag="BQ2027_MB3723C" + /note="Mb3723c, -, len: 145 aa. Equivalent to Rv3697c, + len: 145 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 145 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, similar to many proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + Q10800|YS72_MYCTU|Rv2872|MT2939|MTCY274.03 (147 aa) FASTA + scores: opt: 223, E(): 7.3e-08, (32.6% identity in 141 aa + overlap); O53501|Rv2103c|MTV020.03 (144 aa), FASTA scores: + opt: 215, E(): 2.4e-07, (31.4% identity in 137 aa + overlap); O53812|Rv0749|MTV041.23 (142 aa), FASTA scores: + opt: 192, E(): 7.6e-06, (31.25% identity in 144 aa + overlap); etc. Mb3723c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible toxin vapc48. contains pin domain." + /protein_id="SIU02351.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X2" + /db_xref="InterPro:IPR002716" + /db_xref="InterPro:IPR006226" + /db_xref="InterPro:IPR022907" + /db_xref="InterPro:IPR029060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X2" + /translation="MSETFDVDVLVHATHRASPFHDKAKTLVERFLARPGLVYLLWPV + ALGYLRVVTHPTLLGAPLAPEVAVENIEQFTSRPHVRQVGEANGFWPVYRRVADPVKP + RGNLVPDAHLVALMRHHGIATIWSHDRDFRKFEGIRIRDPFSG" + gene complement(4081999..4082223) + /gene="vapB48" + /locus_tag="BQ2027_MB3723A" + CDS complement(4081999..4082223) + /gene="vapB48" + /locus_tag="BQ2027_MB3723A" + /note="Mb3723A, len: 74 aa. Equivalent to Rv3697A len: 74 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 74 aa overlap). Transferred from H37Rv + annotation using Rapid Annotation Transfer Tool (Nucleic + Acids Res. 2011 May; 39(9): e57). Possible vapB48, + antitoxin,part of toxin-antitoxin (TA) operon with + Rv3697c, see Arcus et al. 2005. Similar to others in M. + tuberculosis e.g. Rv3321c, Rv0748,Mb3723A found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Possible antitoxin VapB48" + /protein_id="SIU02352.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y9" + /translation="MRTTIDLDDDILRALKRRQREERKTLGQLASELLAQALAAEPPP + NVDIRWSTADLRPRVDLDDKDAVWAILDRG" + gene 4082253..4083782 + /locus_tag="BQ2027_MB3724" + CDS 4082253..4083782 + /locus_tag="BQ2027_MB3724" + /note="Mb3724, -, len: 509 aa. Equivalent to Rv3698, len: + 509 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 509 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q9AK89|SC10A9.15c CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (505 + aa), FASTA scores: opt: 1720, E(): 9e-103, (53.65% + identity in 494 aa overlap). N-terminal end highly similar + to CAC42136|SCBAC25F8.01 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + (FRAGMENT) from Streptomyces coelicolor (291 aa), FASTA + scores: opt: 1078, E(): 8.7e-62, (52.6% identity in 291 aa + overlap); and C-terminus highly similar to + CAC44687|SCBAC17A6.42c (235 aa), FASTA scores: opt: 911, + E(): 3.8e-51, (57.25% identity in 234 aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Glutamate-Cysteine ligase" + /protein_id="SIU02353.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y8" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR016602" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y8" + /translation="MRTISPFLRCRHETCCISNVGEEVTRTTYSREHQREYRRKVRLC + LDVFETMLAQTRFEADRPLTGIEIECNLVDADYQPAMSNRYVLDAIADPAYQTELGAY + NIEFNVPPRPLPGRTCLELEDEVRASLNDAETKASCSGAHIVMIGILPTLMPEHLTDG + WMSASARYAALNESIFKARGEDIPINIAGPEPLSCHAGSIAPESACTSVQLHLQLAPA + DFPANWNAAQVLAGRQLALGANSPYFFGHQLWSETRIELFTQSTDARPEELKSRGVRP + RVWFGERWITSVLDLFQENIRYFPTLLPEVSDEDPLAELSAGRIPHLSELRLHNGTVY + RWNRPVYDVVDGRPHLRLENRVLPAGPTVVDMLANHAFYYGALRGLSEADPPLWTQMN + FAAAQANFLAAARYGMDAQLDWPGLGEVTTRELVLGTLLPMAHEGLRRWGVDAEVRDR + FLGVIGGRAQTGRNGARWQVATVAALQDGGLTRPAALAEMLRRYCEHMHSNEPVHTWD + T" + gene 4083804..4084505 + /locus_tag="BQ2027_MB3725" + CDS 4083804..4084505 + /locus_tag="BQ2027_MB3725" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3725, -, len: 233 aa. Equivalent to Rv3699, len: + 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 233 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing similarity with hypothetical + proteins e.g. Q9P3V6|SPAC1348.04 (alias Q9P3E7|SPAC750.03c + or Q9P7U5|SPAC977.03) from Schizosaccharomyces pombe + (Fission yeast) (145 aa), FASTA scores: opt: 188, E(): + 7.5e-05, (31.65% identity in 120 aa overlap); and + Q9KB70|BH2058 from Bacillus halodurans (241 aa) FASTA + scores: opt: 185, E(): 0.00018, (27.8% identity in 162 aa + overlap); Q9XA90|SCF43A.25c PUTATIVE METHYLTRANSFERASE + from Streptomyces coelicolor (215 aa), FASTA scores: opt: + 166, E(): 0.0025, (29.95% identity in 147 aa overlap); + etc. Also highly similar to O06426|Rv0560c|MTCY25D10.39c + HYPOTHETICAL 25.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (241 aa), FASTA scores: opt: 690, E(): + 6.5e-36, (53.4% identity in 234 aa overlap); and similar + to other hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. P71805|Rv1377c|MTCY02B12.11c (212 aa) + FASTA scores: opt: 378, E(): 1.5e-16, (35.4% identity in + 192 aa overlap); P71972|Rv2675c|MTCY441.44c (250 aa) FASTA + scores: opt: 297, E(): 2e-11, (31.1% identity in 193 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3725 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3725 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferase" + /protein_id="SIU02354.1" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR041698" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y6" + /translation="MTDEVMDWDSAYREQGAFEGPPPWNIGEPQPELATLIAAGKVRS + DVLDAGCGYAELSLALAADGYTVVGIDLTPTAVAAATKAAEERGLTTASFVQADITEF + AAYPAGSAGRFSTVIDSTLFHSLPVDSRDRYLSSVHRAAAPGASYYVLVFAKGAFPAE + LEVKPNEVDEDELRAAVSKYWKIDEIRPAFIHVNPVTIPPQLAGAPVEFPPYDHDEKG + RVKFPAYLLTAHKAG" + gene complement(4084508..4085680) + /gene="egtE" + /locus_tag="BQ2027_MB3726C" + CDS complement(4084508..4085680) + /gene="egtE" + /locus_tag="BQ2027_MB3726C" + /note="Mb3726c, -, len: 390 aa. Equivalent to Rv3700c, + len: 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 390 aa overlap). Conserved + hypothetical protein; could be a transferase (EC 2.-.-.-) + or a lyase (EC 4.-.-.-). Indeed, similar to various + enzymes e.g. Q53824|CAC CAPREOMYCIN ACETYLTRANSFERASE from + Streptomyces capreolus (359 aa), FASTA scores: opt: 338, + E(): 1.1e-12, (33.35% identity in 363 aa overlap); + Q9HXX3|CSD_PSEAE|PA3667 PROBABLE CYSTEINE DESULFURASE (EC + 4.4.1.-) from Pseudomonas aeruginosa (401 aa) FASTA + scores: opt: 260, E(): 4.8e-08, (30.2% identity in 404 aa + overlap); Q9X815|SC6G10.30 PUTATIVE AMINOTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (460 aa), FASTA scores: opt: 243, + E(): 5.4e-07, (29.15% identity in 374 aa overlap); + Q9A761|CC1865 AMINOTRANSFERASE CLASS V from Caulobacter + crescentus (379 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 1.6e-06, + (27.95% identity in 383 aa overlap); + O74351|NFS1_SCHPO|SPBC21D10.11c PROBABLE CYSTEINE + DESULFURASE from Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) + (498 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): 2.5e-06, (29.1% + identity in 285 aa overlap); Q9RME8|NIFS NIFS PROTEIN + (CYSTEINE DESULFURASE, TRNA SPLICING PROTEIN) from + Zymomonas mobilis (370 aa), FASTA scores: opt: 230, E(): + 2.6e-06, (32.85% identity in 201 aa overlap); etc. + Contains PS00626 Regulator of chromosome condensation + (RCC1) signature 2. Protein product from Mb3726c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3726c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Pyridoxal-phosphate-dependent protein EgtE + (ergothioneine synthase)" + /protein_id="SIU02355.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6I0" + /db_xref="InterPro:IPR000192" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR027563" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6I0" + /translation="MRRSGANSPAGDSLADRWRAARPPVAGLHLDSAACSRQSFAALD + AAAQHARHEAEVGGYVAAEAAAAVLDAGRAAVAALSGLPDAEVVFTTGSLHALDLLLG + SWPGENRTLACLPGEYGPNLAVMAAHGFDVRPLPTLQDGRVALDDAAFMLADDPPDLV + HLTVVASHRGVAQPLAMVAQLCTELKLPLVVDAAQGLGHVDCAVGADVTYASSRKWIA + GPRGVGVLAVRPELMERLRARLPAPDWMPPLTVAQQLGFGEANVAARVGFSVALGEHL + ACGPQAIRARLAELGDIARTVLADVSGWRVVEAVDEPSAITTLAPIDGADPAAVRAWL + LSQRRIVTTYAGVERAPLELPAPVLRISPHVDNTADDLDAFAEALVAATAATSGER" + gene complement(4085711..4086676) + /gene="egtD" + /locus_tag="BQ2027_MB3727C" + CDS complement(4085711..4086676) + /gene="egtD" + /locus_tag="BQ2027_MB3727C" + /EC_number="2.1.1.44" + /note="Mb3727c, -, len: 321 aa. Equivalent to Rv3701c, + len: 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 321 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other hypothetical + proteins e.g. Q9RCZ8|SCM1.46 from Streptomyces coelicolor + (251 aa), FASTA scores: opt: 897, E(): 1.1e-50, (59.9% + identity in 242 aa overlap); P73759|SLR0865 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (337 aa), FASTA scores: + opt: 779, E(): 5.7e-43, (40.35% identity in 327 aa + overlap); Q9GWA1|LM12.997 from Leishmania major (383 aa) + FASTA scores: opt: 616, E(): 2.1e-32, (39.05% identity in + 297 aa overlap); etc. Protein product from Mb3727c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3727c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="L-histidine N(alpha)-methyltransferase (EC" + /protein_id="SIU02356.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5C8" + /db_xref="InterPro:IPR017804" + /db_xref="InterPro:IPR019257" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR032888" + /db_xref="InterPro:IPR035094" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C8" + /translation="MRVSVANHLGEDAGHLALRRDVYSGLQKTPKSLPPKWFYDTVGS + ELFDQITRLPEYYPTRAEAEILRARSAEVASACRADTLVELGSGTSEKTRMLLDALRH + RGSLRRFVPFDVDASVLSATATAIQREYSGVEINAVCGDFEEHLTEIPRGGRRLFVFL + GSTIGNLTPGPRAQFLTALAGVMRPGDSLLLGTDLVKDAARLVRAYDDPGGVTAQFNR + NVLAVINRELEADFDVDAFQHVARWNSAEERIEMWLRADGRQRVRVGALDLTVDFDAG + EEMLTEVSCKFRPQAVGAELAAAGLHRIRWWTDEAGDFGLSLAAK" + gene complement(4086673..4087374) + /gene="egtC" + /locus_tag="BQ2027_MB3728C" + CDS complement(4086673..4087374) + /gene="egtC" + /locus_tag="BQ2027_MB3728C" + /note="Mb3728c, -, len: 233 aa. Equivalent to Rv3702c, + len: 233 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 233 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to other hypothetical + proteins Q9RCZ9|SCM1.45 from Streptomyces coelicolor (271 + aa), FASTA scores: opt: 383, E(): 2.3e-17, (44.85% + identity in 252 aa overlap); and P54004|Y199_SYNY3|SLR0199 + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (304 aa), FASTA + scores: opt: 292, E(): 1.7e-11, (30.05% identity in 263 aa + overlap); and similar to others e.g. Q9KMU4|VCA0225 from + Vibrio cholerae (254 aa), FASTA scores: opt: 260, E(): + 1.6e-09, (29.8% identity in 245 aa overlap). Equivalent to + AAK48172 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (194 aa) but longer 39 aa. Protein product from Mb3728c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3728c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Amidohydrolase EgtC (hercynylcysteine sulfoxide + synthase)" + /protein_id="SIU02357.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4X8" + /db_xref="InterPro:IPR017808" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="InterPro:IPR032889" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4X8" + /translation="MCRHLGWLGAQVAVSSLVLDPPQGLRVQSYAPRRQKHGLMNADG + WGVGFFDGAIPRRWRSPAPLWGDTSFHSVAPALRSHCILAAVRSATVGMPIEVSATPP + FTDGHWLLAHNGVVDRAVLPAGPAAESVCDSAILAATIFAHGLDALGDTIVKVGAADP + NARLNILAANGSRLIATTWGDTLSILRRADGVVLASEPYDDDSGWGDVPDRHLVEVTQ + KGVTLTALDRAKGPR" + gene complement(4087374..4088651) + /gene="egtB" + /locus_tag="BQ2027_MB3729C" + CDS complement(4087374..4088651) + /gene="egtB" + /locus_tag="BQ2027_MB3729C" + /note="Mb3729c, -, len: 425 aa. Equivalent to Rv3703c, + len: 425 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 425 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other hypothetical + proteins e.g. Q9RD00|SCM1.44 from Streptomyces coelicolor + (446 aa), FASTA scores: opt: 1480, E(): 1.4e-85, (53.9% + identity in 421 aa overlap); P72841|SLR1303 from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (410 aa), FASTA scores: + opt: 533, E(): 4.5e-26, (36.6% identity in 429 aa + overlap); Q9KYH7|SCC61A.16 from Streptomyces coelicolor + (256 aa), FASTA scores: opt: 266, E(): 1.9e-09, (32.25% + identity in 248 aa overlap); etc. Also similar to + P95060|Rv0712|MTCY210.31 HYPOTHETICAL 32.7 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (299 aa), FASTA scores: + opt: 243, E(): 5.9e-08, (30.6% identity in 304 aa + overlap). Protein product from Mb3729c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3729c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Iron(II)-dependent oxidoreductase EgtB + (hercynine sythase)" + /protein_id="SIU02358.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y510" + /db_xref="InterPro:IPR005532" + /db_xref="InterPro:IPR016187" + /db_xref="InterPro:IPR017806" + /db_xref="InterPro:IPR024775" + /db_xref="InterPro:IPR032890" + /db_xref="InterPro:IPR034660" + /db_xref="InterPro:IPR042095" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y510" + /translation="MTSPEQLACHLARARARTLRLVDFDDAELCCQYDPLMSPLVWDL + AHIGQQEELWLLRGGDPGQPGLLPPAVEGLYDAFEHSRASRVELPLLSPARARSYCAT + VRSAALDALAALPEDGDSFVFAMVISHENQHDETMLQALNLRTGSPLLAATSALPAGR + PRMAGTSVLVAGGPFVLGVDAADEPCSLDNERPAHVVDVPAFRIGRVPVTNGEWQDFI + DDGGYTQSRWWSERGWQHRQRAGLTAPQFWRSGGRTRTRFGHVEDIPADEPVQHVSYF + EAEAYAAWAGARLPTEVEWEKACAWDPATGSRRRYPWGTEEPTDTYANLGGQTLRPAP + VGAYPAGASACGAEQMLGDVWEWTTSPLRPWPGFVPMVYERYSQPFFGGDYRVLRGGS + WAVEPAILRPSFRNWDHPYRRQIFAGVRLAWDI" + gene complement(4088648..4089946) + /gene="gshA" + /locus_tag="BQ2027_MB3730C" + CDS complement(4088648..4089946) + /gene="gshA" + /locus_tag="BQ2027_MB3730C" + /note="Mb3730c, gshA, len: 432 aa. Equivalent to Rv3704c, + len: 432 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 432 aa overlap). Possible gshA, + glutamate--cysteine ligase (EC 6.3.2.2), similar to many + e.g. Q9A2Z2|CC3414 GLUTAMATE--CYSTEINE LIGASE from + Caulobacter crescentus (453 aa), FASTA scores: opt: 404, + E(): 5.9e-17, (30.45% identity in 312 aa overlap); + Q9SEH0|GSH1 GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINYL SYNTHETASE PRECURSOR + from Pisum sativum (Garden pea) (499 aa), FASTA scores: + opt: 400, E(): 1.1e-16, (26.4% identity in 439 aa + overlap); Q9RH09|GSH GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE SYNTHETASE + from Zymomonas mobilis (462 aa), FASTA scores: opt: 397, + E(): 1.6e-16, (28.95% identity in 304 aa overlap); + P46309|GSH1_ARATH|GSH1|AT4G23100|F7H19.290 + GLUTAMATE--CYSTEINE LIGASE from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (522 aa), FASTA scores: opt: 395, E(): + 2.3e-16, (27.25% identity in 385 aa overlap); etc. But + note that this putative protein is also similar to + Q9JMV4|GSHA PUTATIVE GLUTATHIONE SYNTHETASE (FRAGMENT) + from Bradyrhizobium japonicum (460 aa), FASTA scores: opt: + 498, E(): 1.3e-22, (33.35% identity in 333 aa overlap) (no + significant publications found (August 2001). Mb3730c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="GLUTAMATE--CYSTEINE LIGASE GSHA + (GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE SYNTHETASE) (GAMMA-ECS) (GCS) + (GAMMA-GLUTAMYL-L-CYSTEINE SYNTHETASE)" + /protein_id="SIU02359.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y503" + /db_xref="InterPro:IPR006336" + /db_xref="InterPro:IPR014746" + /db_xref="InterPro:IPR017809" + /db_xref="InterPro:IPR035434" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y503" + /translation="MTLAAMTAAASQLDNAAPDDVEITDSSAAAEYIADGCLVDGPLG + RVGLEMEAHCFDPADPFRRPSWEEITEVLEWLSPLPGGSVVSVEPGGAVELSGPPADG + VLAAIGAMTRDQAVLRSALANAGLGLVFLGADPLRSPVRVNPGARYRAMEQFFAASHS + GVPGAAMMTSTAAIQVNLDAGPQEGWAERVRLAHALGPTMIAIAANSPMLGGRFSGWQ + STRQRVWGQMDSARCGPILGASGDHPGIDWAKYALKAPVMMVRSPDTQDTRAVTDYVP + FTDWVDGRVLLDGRRATVADLVYHLTTLFPPVRPRQWLEIRYLDSVPDEVWPAVVFTL + VTLLDDPVAADLAVDAVEPVATAWDTAARIGLADRRLYLAANRCLAIAARRVPTELIG + AMQRLVDHVDRGVCPADDFSDRVIAGGIASAVTGMMHGAS" + gene complement(4090078..4090722) + /locus_tag="BQ2027_MB3731C" + CDS complement(4090078..4090722) + /locus_tag="BQ2027_MB3731C" + /note="Mb3731c, -, len: 214 aa. Equivalent to Rv3705c, + len: 214 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 214 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CB80|ML2320 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (215 aa) + FASTA scores: opt: 1145, E(): 5.9e-68, (79.45% identity in + 214 aa overlap). Some similarity to the C-terminal end of + Q11053|PKNH_MYCTU|Rv1266c|MT1304|MTCY50.16 PROBABLE + SERINE/THREONINE-PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis + (626 aa), FASTA scores: opt: 175, E(): 0.0005, (24.9% + identity in 201 aa overlap); and to the N-terminal end of + P23903|E13B_BACCI|GLCA GLUCAN ENDO-1,3-BETA-GLUCOSIDASE A1 + PRECURSOR from Bacillus circulans (682 aa), FASTA scores: + opt: 122, E(): 1.6, (25.6% identity in 164 aa overlap). + Protein product from Mb3731c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3731c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02360.1" + /db_xref="InterPro:IPR026954" + /db_xref="InterPro:IPR038232" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4W8" + /translation="MRIAAAVVSIGLAVIAGFAVPVADAHPSEPGVVSYAVLGKGSVG + NIVGAPMGWEAVFTRPFQAFWVELPACNNWVDIGLPEVYDDPDLASFNGATTQTSATD + QTHLVKQAVGVFASNDAADRAFHRVVDRTVGCSGQTTAIHLDDGTTQVWSFAGGPSTG + TDEAWTKQEAGTDRRCFVQTRLRENVLLQAKVCQSGNAGPAVNVLAGAMQNTLG" + gene complement(4090851..4091240) + /locus_tag="BQ2027_MB3732C" + CDS complement(4090851..4091240) + /locus_tag="BQ2027_MB3732C" + /note="Mb3732c, -, len: 129 aa. Equivalent to Rv3705A, + len: 129 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 129 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to downstream ORF + O69674|Rv3706c|MTV025.054c CONSERVED HYPOTHETICAL PROLINE + RICH PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (106 aa), + FASTA scores: opt: 245, E(): 0.00013, (40.7% identity in + 113 aa overlap). Mb3732c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROLINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU02361.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z0" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z0" + /translation="MTETPQPAAPPPSAATTSPPPSPQQEKPPRLYRAAAWVVIVAGI + VFTVAVIFFSGALVLGQGKCPYHRYYHHGMFRPVGPVAPGPGMGWVFGFPGGPPPPGM + GPGFPGGPGGPAVGPTGPGPTTAPARP" + gene complement(4091351..4091671) + /locus_tag="BQ2027_MB3733C" + CDS complement(4091351..4091671) + /locus_tag="BQ2027_MB3733C" + /note="Mb3733c, -, len: 106 aa. Equivalent to Rv3706c, + len: 106 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 106 aa overlap). Conserved ypothetical + pro-rich protein, only similar to upstream ORF Rv3705A + (129 aa), and AAK48176|MT3808.1 HYPOTHETICAL 13.0 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (129 aa), FASTA scores: opt: 245, E(): 4.4e-06, (40.7% + identity in 113 aa overlap). Protein product from Mb3733c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb3733c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROLINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU02362.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z6" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z6" + /translation="MRHMSETSETPTPPPHQTPKVFKAAAWVAIAAGTVFIVAVIFFT + GYILGKHAGHGGFHHRQHHQHPAMMLRPGSPHGGPAAVRPGPGPGGPGQVPSSVSPPA + TPAP" + gene complement(4091790..4092800) + /locus_tag="BQ2027_MB3734C" + CDS complement(4091790..4092800) + /locus_tag="BQ2027_MB3734C" + /note="Mb3734c, -, len: 336 aa. Equivalent to Rv3707c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Equivalent to + Q9CB79|ML2321 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (336 aa), FASTA scores: opt: 1948, E(): 6.7e-110, + (81.95% identity in 332 aa overlap); and P41402|YASD_MYCSM + HYPOTHETICAL 35.9 KDA PROTEIN IN THE ASPARTOKINASE GENE + CLUSTER from Mycobacterium smegmatis (333 aa), FASTA + scores: opt: 1731, E(): 7.4e-97, (70.85% identity in 333 + aa overlap). Protein product from Mb3734c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3734c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02363.1" + /db_xref="InterPro:IPR025442" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z1" + /translation="MLRIGPTAGTGTPTGDYGIGATDLCEFVEFPSQLLQVCGDSFAG + QGVGFGGWYAPVALHVDTESIDDPAGVRYTGVTGVGTPLLADPTPPGDSQLPAGVVQI + NRRNYLMVTTTKDLQPQNSRLVRAEAARGGWQTVSGSRRNAAYQDGRQTQISGYYDPV + PTPDSPTGWVYIVADSFTRGEPAVLYRATPESFTDRSRWQGWAGGPDGGWNKPPTPLW + PDQLGEMSIRQIDGQTVLSYFNASTGNMEVRVAHHPTSLGAAPVTTVVRHDEWPEPAE + SLPPPYDNRLAQPYGGYISPGSTIDELRIFVSQWDTRARQNGPYRVIQFAVNPFKPWS + DP" + gene complement(4092940..4093977) + /gene="asd" + /locus_tag="BQ2027_MB3735C" + CDS complement(4092940..4093977) + /gene="asd" + /locus_tag="BQ2027_MB3735C" + /note="Mb3735c, asd, len: 345 aa. Equivalent to Rv3708c, + len: 345 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 345 aa overlap). asd, + aspartate-semialdehyde dehydrogenase (EC 1.2.1.11) (see + citation below), equivalent to many e.g. + P47730|DHAS_MYCBO|ASD from Mycobacterium bovis (345 aa) + FASTA scores: opt: 2150, E(): 1.6e-124, (97.7% identity in + 345 aa overlap); or Q9JN40|ASD from Mycobacterium bovis + (323 aa), FASTA scores: opt: 2021, E(): 1.2e-116, (97.5% + identity in 323 aa overlap); Q9CB78|ASD|ML2322 from + Mycobacterium leprae (351 aa), FASTA scores: opt: 1889, + E(): 1.6e-108, (84.45% identity in 347 aa overlap); + P41404|DHAS_MYCSM|ASD from Mycobacterium smegmatis (346 + aa), FASTA scores: opt: 1801, E(): 3.9e-103, (80.3% + identity in 345 aa overlap); etc. Contains PS01103 + Aspartate-semialdehyde dehydrogenase signature. BELONGS TO + THE ASPARTATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY. Protein + product from Mb3735c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3735c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ASPARTATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE ASD (ASA + DEHYDROGENASE) (ASADH) (ASPARTIC SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE) (L-ASPARTATE-BETA-SEMIALDEHYDE + DEHYDROGENASE)" + /protein_id="SIU02364.1" + /db_xref="GOA:P0A543" + /db_xref="InterPro:IPR000319" + /db_xref="InterPro:IPR000534" + /db_xref="InterPro:IPR005986" + /db_xref="InterPro:IPR012080" + /db_xref="InterPro:IPR012280" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A543" + /translation="MGLSIGIVGATGQVGQVMRTLLDERDFPASAVRFFASARSQGRK + LAFRGQEIEVEDAETADPSGLDIALFSAGSAMSKVQAPRFAAAGVTVIDNSSAWRKDP + DVPLVVSEVNFERDAHRRPKGIIANPNCTTMAAMPVLKVLHDEARLVRLVVSSYQAVS + GSGLAGVAELAEQARAVIGGAEQLVYDGGALEFPPPNTYVAPIAFNVVPLAGSLVDDG + SGETDEDQKLRFESRKILGIPDLLVSGTCVRVPVFTGHSLSINAEFAQPLSPERAREL + LDGATGVQLVDVPTPLAAAGVDESLVGRIRRDPGVPDGRGLALFVSGDNLRKGAALNT + IQIAELLTADL" + gene complement(4093978..4095243) + /gene="ask" + /locus_tag="BQ2027_MB3736C" + CDS complement(4093978..4095243) + /gene="ask" + /locus_tag="BQ2027_MB3736C" + /note="Mb3736c, ask, len: 421 aa. Equivalent to Rv3709c, + len: 421 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 421 aa overlap). ask, aspartokinase + (EC 2.7.2.4) (see citation below), equivalent to + Q9CB77|ASK|ML2323 from Mycobacterium leprae (421 aa), + FASTA scores: opt: 2531, E(): 2e-140, (92.65% identity in + 421 aa overlap); and P41403|AK_MYCSM|ASK from + Mycobacterium smegmatis (421 aa), FASTA scores: opt: 2423, + E(): 4e-134, (88.1% identity in 421 aa overlap); and to + several other organisms e.g. Q9RQ25|ASKA from + Amycolatopsis mediterranei (421 aa), FASTA scores: opt: + 2026, E(): 5.8e-111, (72.2% identity in 421 aa overlap). + Contains PS00324 Aspartokinase signature. BELONGS TO THE + ASPARTOKINASE FAMILY. ALTERNATIVE PRODUCTS: THE ALPHA AND + BETA SUBUNITS OF ASPARTOKINASE ARE PRODUCED BY THE USE OF + ALTERNATIVE INITIATION SITES (BY SIMILARITY). Protein + product from Mb3736c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3736c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ASPARTOKINASE ASK (ASPARTATE KINASE) [CONTAINS: + ASPARTOKINASE ALPHA SUBUNIT (ASK-ALPHA); AND ASPARTOKINASE + BETA SUBUNIT (ASK-BETA)]" + /protein_id="SIU02365.1" + /db_xref="GOA:P0A4Z9" + /db_xref="InterPro:IPR001048" + /db_xref="InterPro:IPR001341" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR005260" + /db_xref="InterPro:IPR018042" + /db_xref="InterPro:IPR027795" + /db_xref="InterPro:IPR036393" + /db_xref="InterPro:IPR041740" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4Z9" + /translation="MALVVQKYGGSSVADAERIRRVAERIVATKKQGNDVVVVVSAMG + DTTDDLLDLAQQVCPAPPPRELDMLLTAGERISNALVAMAIESLGAHARSFTGSQAGV + ITTGTHGNAKIIDVTPGRLQTALEEGRVVLVAGFQGVSQDTKDVTTLGRGGSDTTAVA + MAAALGADVCEIYTDVDGIFSADPRIVRNARKLDTVTFEEMLEMAACGAKVLMLRCVE + YARRHNIPVHVRSSYSDRPGTVVVGSIKDVPMEDPILTGVAHDRSEAKVTIVGLPDIP + GYAAKVFRAVADADVNIDMVLQNVSKVEDGKTDITFTCSRDVGPAAVEKLDSLRNEIG + FSQLLYDDHIGKVSLIGAGMRSHPGVTATFCEALAAVGVNIELISTSEIRISVLCRDT + ELDKAVVALHEAFGLGGDEEATVYAGTGR" + gene 4095500..4097605 + /gene="leuA" + /locus_tag="BQ2027_MB3737" + CDS 4095500..4097605 + /gene="leuA" + /locus_tag="BQ2027_MB3737" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3737, leuA, len: 701 aa. Similar to Rv3710, len: + 644 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (91.7% identity in 701 aa overlap). leuA, + alpha-isopropylmalate synthase (EC 4.1.3.12) (see + citations below), equivalent to Q9CB76|LEUA|ML2324 + 2-ISOPROPYLMALATE SYNTHASE from Mycobacterium leprae (607 + aa), FASTA scores: opt: 3291, E(): 3.7e-192, (80.7% + identity in 642 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. P42455|LEU1_CORGL|LEUA from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (616 aa), FASTA scores: + opt: 2547, E(): 5.3e-147, (63.25% identity in 645 aa + overlap); O31046|LEU1_STRCO|LEUA from Streptomyces + coelicolor (573 aa), FASTA scores: opt: 2226, E(): + 1.5e-127, (57.8% identity in 616 aa overlap); + BAB49833|Q98HN3|MLR2792 from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (588 aa), FASTA scores: opt: 1849, E(): 1.1e-104, + (58.0% identity in 536 aa overlap); etc. Equivalent to + AAK48181 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (659 aa) but shorter 15 aa. Contains PS00815 and PS00816 + Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signatures + 1 and 2. BELONGS TO THE ALPHA-IPM SYNTHETASE / HOMOCITRATE + SYNTHASE FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, an in-frame insertion of 171 bp leads + to a longer product compared to its homolog in + Mycobacterium tuberculosis (701 aa versus 644 aa). Protein + product from Mb3737 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3737 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="2-isopropylmalate synthase leua + (alpha-isopropylmalate synthase) (alpha-ipm synthetase) + (ipms)" + /protein_id="SIU02366.1" + /db_xref="GOA:Q7TVV6" + /db_xref="InterPro:IPR000891" + /db_xref="InterPro:IPR002034" + /db_xref="InterPro:IPR005668" + /db_xref="InterPro:IPR013709" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR036230" + /db_xref="InterPro:IPR039371" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVV6" + /translation="MTTSESPDAYTESFGAHTIVKPAGPPRVGQPSWNPQRASSMPVN + RYRPFAEEVEPIRLRNRTWPDRVIDRAPLWCAVDLRDGNQALIDPMSPARKRRMFDLL + VRMGYKEIEVGFPSASQTDFDFVREIIEQGAIPDDVTIQVLTQCRPELIERTFQACSG + AHRAIVHFYNSTSILQRRVVFRANRAEVQAIATDGARKCVEQAAKYPGTQWRFEYSPE + SYTGTELEYAKQVCDAVGEVIAPTPERPIIFNLPATVEMTTPNVYADSIEWMSRNLAN + RESVILSLHPHNDRGTAVAAAELGFAAGADRIEGCLFGNGERTGNVCLVTLGLNLFSR + GVDPQIDFSNIDEIRRTVEYCNQLPVHERHPYGGDLVYTAFSGSHQDAINKGLDAMKL + DADAADCDVDDMLWQVPYLPIDPRDVGRTYEAVIRVNSQSGKGGVAYIMKTDHGLSLP + RRLQIEFSQVIQKIAEGTAGEGGEVSPKEMWDAFAEEYLAPVRPLERIRQHVDAADDD + GGTTSITATVKINGVETEISGSGNGPLAAFVHALADVGFDVAVLDYYEHAMSAGDDAQ + AAAYVEASVTIASPAQPGEAGRHASDPVTIASPAQPGEAGRHASDPVTIASPAQPGEA + GRHASDPVTIASPAQPGEAGRHASDPVTIASPAQPGEAGRHASDPVTSKTVWGVGIAP + SITTASLRAVVSAVNRAAR" + gene complement(4097671..4098660) + /gene="dnaQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3738C" + CDS complement(4097671..4098660) + /gene="dnaQ" + /locus_tag="BQ2027_MB3738C" + /note="Mb3738c, dnaQ, len: 329 aa. Equivalent to Rv3711c, + len: 329 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 329 aa overlap). Probable dnaQ, DNA + polymerase III, epsilon subunit (EC 2.7.7.7), similar to + many e.g. Q9RJ41|SCI8.12 from Streptomyces coelicolor (328 + aa), FASTA scores: opt: 509, E(): 4.2e-25, (41.6% identity + in 315 aa overlap); Q9JYS6|NMB1451 from Neisseria + meningitidis (serogroup B) (and Q9JTR5|MA1665 from + serogroup A) (470 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): + 2.6e-08, (33.15% identity in 172 aa overlap); + O83649|DP3E_TREPA|DNAQ|TP0643 from Treponema pallidum (215 + aa), FASTA scores: opt: 240, E(): 3.7e-08, (29.65% + identity in 162 aa overlap); P03007|DP3E_ECOLI|MUTD|B0215 + from Escherichia coli strain K12 (243 aa), FASTA scores: + opt: 208, E(): 4.5e-06, (28.4% identity in 169 aa + overlap); etc. Also similar to + Q10384|YL91_MYCTU|Rv2191|MTCY190.02 from Mycobacterium + tuberculosis (645 aa), FASTA scores: opt: 260, E(): 5e-09, + (28.55% identity in 301 aa overlap). Mb3738c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dna polymerase iii (epsilon subunit) + dnaq" + /protein_id="SIU02367.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Y4" + /db_xref="InterPro:IPR006054" + /db_xref="InterPro:IPR012337" + /db_xref="InterPro:IPR013520" + /db_xref="InterPro:IPR036397" + /db_xref="InterPro:IPR036420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y4" + /translation="MSHTWGRPASHQDRGWAVIDVETSGFRPGQARIISLAVLGLDAA + GRLEQSVVSLLNPKVDPGPTHVHGLTAAMLDDQPQFADIAGEVVDVLRGRTLVAHNVA + FDYAFLAAEAEIAEAELPVDFVMCTVELARRLQLGVDNLRLETLAAHWGVPQQRPHDA + FDDARVLTGILAAALESARELDVWLPVHPVTRRRWPNGRVTHDELRPLKALAARMACP + YLNPGRYVQGRPLVQGMRVGLAAEVKRTHEELVERILHAGLAYSDVVDRDTSLVVCNA + TAPEHGKGYHALQLGVPVMPEARFMECIGAVVGGASVEDFTDVAPVEKQLALF" + gene 4098853..4100094 + /locus_tag="BQ2027_MB3739" + CDS 4098853..4100094 + /locus_tag="BQ2027_MB3739" + /note="Mb3739, -, len: 413 aa. Equivalent to Rv3712, len: + 413 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 413 aa overlap). Possible ligase (EC + 6.-.-.-), equivalent to O69522|ML2326|MLCB2407.24c + HYPOTHETICAL 43.8 KDA PROTEIN (POSSIBLE LIGASE) from + Mycobacterium leprae (411 aa), FASTA scores: opt: 2265, + E(): 8e-129, (84.25% identity in 413 aa overlap). Also + similar to ligases or hypothetical proteins e.g. + Q9FCA1|2SCG58.12 PUTATIVE LIGASE from Streptomyces + coelicolor (412 aa), FASTA scores: opt: 1168, E(): + 6.7e-63, (45.8% identity in 406 aa overlap); + P74303|SLR0938 HYPOTHETICAL 50.2 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (459 aa), FASTA scores: + opt: 392, E(): 3.1e-16, (28.45% identity in 397 aa + overlap); Q99ZX1|SPY1035 PUTATIVE UDP-N-ACETYLMURAMYL + TRIPEPTIDE SYNTHETASE (EC 6.3.2.13) from Streptococcus + pyogenes (445 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 8.1e-13, + (29.2% identity in 438 aa overlap); Q9CGJ0|YLBD + HYPOTHETICAL PROTEIN from Lactococcus lactis (subsp. + lactis) (Streptococcus lactis) (449 aa), FASTA scores: + opt: 324, E(): 3.8e-12, (28.75% identity in 445 aa + overlap); Q9ZGG7|MURC UDP-N-ACETYLMURAMYL TRIPEPTIDE + SYNTHETASE from Heliobacillus mobilis (455 aa), FASTA + scores: opt: 292, E(): 3.2e-10, (30.75% identity in 449 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3739 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3739 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE LIGASE" + /protein_id="SIU02368.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y514" + /db_xref="InterPro:IPR013221" + /db_xref="InterPro:IPR013564" + /db_xref="InterPro:IPR036565" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y514" + /translation="MVTTRARLALAAGAGARWASRVTGRGAGAMIGGLVAMTLDRSIL + RQLGMGRRTVVVTGTNGKSTTTRMTAAALGTLGAVATNAEGANMDAGLVAALAAHRDA + ELAVLEVDEMHVPHISDAVDPAVVVLLNLSRDQLDRVGEINVIERTLRAGLARHPDAV + VVANCDDVLMTSAAYDSPNVVWVAAGGAWSNDSVSCPRSSEVIVRKAPSQEDHWYSTG + ADFKRPAPHWWFDDATLYGPDGLALPMRLALPGSVNRGNAAQAVAAAVALGADPAVAV + AAVCQVDEVAGRYRTVRIGAHQARILLAKNPAGWQEALAMVDKHADGVVIAVNGRVPD + GEDLSWLWDVRFEHFETTRVVAAGERGTDLAVRLGYAGVEHTLVHDTVAAIASCPPGR + VEVVANYTAFLQLQRALARRG" + gene 4100099..4100794 + /gene="cobQ2" + /locus_tag="BQ2027_MB3740" + CDS 4100099..4100794 + /gene="cobQ2" + /locus_tag="BQ2027_MB3740" + /note="Mb3740, cobQ2, len: 231 aa. Equivalent to Rv3713, + len: 231 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 231 aa overlap). Possible cobQ2, + cobyric acid synthase (EC undetermined), equivalent to + O69521|ML2327|MLCB2407.23c HYPOTHETICAL 24.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (230 aa), FASTA scores: opt: + 1313, E(): 4.7e-73, (86.1% identity in 230 aa overlap). + Also partially similar to several cobyric acid synthases + and hypothetical proteins e.g. Q9FCA0|2SCG58.13 + HYPOTHETICAL 26.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (242 aa), FASTA scores: opt: 639, E(): 6.2e-32, (46.6% + identity in 234 aa overlap); Q9ZGG8|COBQ COBYRIC ACID + SYNTHASE from Heliobacillus mobilis (252 aa), FASTA + scores: opt: 501, E(): 1.7e-23, (40.75% identity in 206 aa + overlap); BAB58053|SAV1891 HYPOTHETICAL 27.4 KDA PROTEIN + from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (243 aa), + FASTA scores: opt: 400, E(): 2.3e-17, (35.95% identity in + 217 aa overlap); Q9CGJ1|COBQ COBYRIC ACID SYNTHASE from + Lactococcus lactis (subsp. lactis) (Streptococcus lactis) + (261 aa), FASTA scores: opt: 353, E(): 1.8e-14, (35.3% + identity in 201 aa overlap); O26880|COBQ_METTH|MTH787 + PROBABLE COBYRIC ACID SYNTHASE from Methanobacterium + thermoautotrophicum (504 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): + 5.6e-05, (33.35% identity in 171 aa overlap); etc. Also + similar to hypothetical mycobacterial proteins + O05811|COBB_MYCTU|Rv2848c|MT2914|MTCY24A1.09 (457 aa) and + P71842|Rv0789c|MTCY369.33c (199 aa). SEEMS TO BELONG TO + THE COBB/COBQ FAMILY, COBQ SUBFAMILY. Protein product from + Mb3740 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3740 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE COBYRIC ACID SYNTHASE COBQ2" + /protein_id="SIU02369.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y524" + /db_xref="InterPro:IPR011698" + /db_xref="InterPro:IPR017929" + /db_xref="InterPro:IPR029062" + /db_xref="InterPro:IPR033949" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y524" + /translation="MVRIGLVLPDVMGTYGDGGNAVVLRQRLLLRGIAAEIVEITLAD + PVPDSLDLYTLGGAEDYAQRLATRHLRRYPGLQRAAGRGAPVLAICAAIQVLGHWYET + SSGDRVDGVGLLDVTTSPQDARTIGELVSKPLLAGLTQPLTGFENHRGGTVLGPGTSP + LGAVVKGAGNRAGDGFDGAVAGSVVATYMHGPCLARNPELADLLLSKVVGELAPLDLP + EVDLLRRERLSAR" + gene complement(4100803..4101693) + /locus_tag="BQ2027_MB3741C" + CDS complement(4100803..4101693) + /locus_tag="BQ2027_MB3741C" + /note="Mb3741c, -, len: 296 aa. Equivalent to Rv3714c, + len: 296 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 296 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to O07396|MAV346 + MAV346 PROTEIN from Mycobacterium avium (346 aa) FASTA + scores: opt: 834, E(): 2.2e-46, (50.0% identity in 286 aa + overlap); and also highly similar to several proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. O53421|Rv1073|MTV017.26 + (283 aa), FASTA scores: opt: 869, E(): 1e-48, (51.1% + identity in 270 aa overlap); P71763|Rv1482c|MTCY277.03c + (339 aa), FASTA scores: opt: 775, E(): 1.3e-42, (46.35% + identity in 289 aa overlap); P96837|Rv3555c|MTCY06G11.02c + (289 aa), FASTA scores: opt: 733, E(): 5.9e-40, (44.15% + identity in 281 aa overlap); etc. Partially similar to + Q9Z512|UVRC_STRCO|SCC54.13c EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT C + from Streptomyces coelicolor (728 aa), FASTA scores: opt: + 122, E(): 2.5, (27.0% identity in 174 aa overlap). + Equivalent to AAK48186 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (341 aa) but shorter 45 aa. Protein product + from Mb3741c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3741c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02370.1" + /db_xref="InterPro:IPR011335" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Y1" + /translation="MLISRMSVRSASMSVMGDVFIGSEAITAGRLTRHELQRWYQPMF + RGVYVSRRSVPTLWDRTVGAWLATRRHGVIAGNAASALHGAQWVDVDVAIELISPTTR + PQHGLVIRRETLCDDEITRVVGLPVTTLARTAYDLGRHLSRGEAVARLDALMRATPFS + RDDVLLLAKRHAGARGVRRLRDVLPLVDGGAASPKETWLRLLLIDAGLPVPTTQIPVV + HRWRNVGVLDMGWEKYMVAAEYDGDQHRSDRGRYVKDQRRLRKLAELGWIVIRVIAED + NPDDVVNRVRAALLARGWRP" + gene complement(4101761..4102372) + /gene="recR" + /locus_tag="BQ2027_MB3742C" + CDS complement(4101761..4102372) + /gene="recR" + /locus_tag="BQ2027_MB3742C" + /note="Mb3742c, recR, len: 203 aa. Equivalent to Rv3715c, + len: 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 203 aa overlap). Probable recR, + recombination protein, equivalent to + O69520|RECR_MYCLE|ML2329|MLCB2407.21 RECOMBINATION PROTEIN + from Mycobacterium leprae (203 aa), FASTA scores: opt: + 1246, E(): 9.2e-71, (91.6% identity in 202 aa overlap). + Also highly similar to many e.g. + Q9XAI4|RECR_STRCO|SC66T3.29c from Streptomyces coelicolor + (199 aa), FASTA scores: opt: 952, E(): 1.9e-52, (68.3% + identity in 202 aa overlap); P24277|RECR_BACSU|RECM|RECD + from Bacillus subtilis (198 aa), FASTA scores: opt: 696, + E(): 1.8e-36, (50.5% identity in 198 aa overlap); + Q9ZNA2|RECR_DEIRA|DR0198 from Deinococcus radiodurans (220 + aa), FASTA scores: opt: 673, E(): 5.2e-35, (49.75% + identity in 195 aa overlap); etc. BELONGS TO THE RECR + FAMILY. Protein product from Mb3742c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3742c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable recombination protein recr" + /protein_id="SIU02371.1" + /db_xref="GOA:P65991" + /db_xref="InterPro:IPR000093" + /db_xref="InterPro:IPR003583" + /db_xref="InterPro:IPR006171" + /db_xref="InterPro:IPR015967" + /db_xref="InterPro:IPR023627" + /db_xref="InterPro:IPR023628" + /db_xref="InterPro:IPR034137" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65991" + /translation="MFEGPVQDLIDELGKLPGIGPKSAQRIAFHLLSVEPSDIDRLTG + VLAKVRDGVRFCAVCGNVSDNERCRICSDIRRDASVVCIVEEPKDIQAVERTREFRGR + YHVLGGALDPLSGIGPDQLRIRELLSRIGERVDDVDVTEVIIATDPNTEGEATATYLV + RMLRDIPGLTVTRIASGLPMGGDLEFADELTLGRALAGRRVLA" + gene complement(4102384..4102785) + /locus_tag="BQ2027_MB3743C" + CDS complement(4102384..4102785) + /locus_tag="BQ2027_MB3743C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3743c, -, len: 133 aa. Equivalent to Rv3716c, + len: 133 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 133 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O69519|Y1B6_MYCLE|ML2330|MLCB2407.20 HYPOTHETICAL 11.9 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (116 aa), FASTA scores: + opt: 616, E(): 2.6e-21, (84.55% identity in 110 aa + overlap). Also highly similar to hypothetical ~12 kDa + proteins in the vicinity of recR from other bacteria e.g. + Q9XAI3|YT3D_STRCO|SC66T3.30c HYPOTHETICAL 11.7 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (115 aa), FASTA scores: opt: + 379, E(): 9.5e-11, (50.8% identity in 122 aa overlap); + BAB56641|SAV0479 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (105 aa) FASTA + scores: opt: 295, E(): 4.9e-07, (41.75% identity in 103 aa + overlap); Q99WC4P24281|YAAK_BACSU HYPOTHETICAL 11.8 KDA + PROTEIN IN DNAZ-RECR INTERGENIC REGION from Bacillus + subtilis (107 aa), FASTA scores: opt: 272, E(): 5.3e-06, + (39.4% identity in 104 aa overlap); + P17577|YBAB_ECOLI|B0471|Z0588|ECS0524 from Escherichia + coli strain K and O157:H7 (109 aa), FASTA scores: opt: + 256, E(): 2.8e-05, (38.0% identity in 100 aa overlap); + etc. Contains probable coiled-coil domain from aa 1-40. + SEEMS TO BELONG TO THE UPF0133 FAMILY. Protein product + from Mb3743c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3743c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nucleoid-associated protein YaaK" + /protein_id="SIU02372.1" + /db_xref="GOA:P0A655" + /db_xref="InterPro:IPR004401" + /db_xref="InterPro:IPR036894" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A655" + /translation="MQPGGDMSALLAQAQQMQQKLLEAQQQLANSEVHGQAGGGLVKV + VVKGSGEVIGVTIDPKVVDPDDIETLQDLIVGAMRDASQQVTKMAQERLGALAGAMRP + PAPPAAPPGAPGMPGMPGMPGAPGAPPVPGI" + gene 4102920..4103645 + /locus_tag="BQ2027_MB3744" + CDS 4102920..4103645 + /locus_tag="BQ2027_MB3744" + /EC_number="3.5.1.28" + /note="Mb3744, -, len: 241 aa. Equivalent to Rv3717, len: + 241 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 241 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O69518|MLCB2407.19c + (alias Q9CB75|ML2331 256 aa) HYPOTHETICAL 25.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (244 aa), FASTA scores: opt: + 1325, E(): 5.7e-74, (81.95% identity in 244 aa overlap). + Also similar to Q9KXK7|SCC53.04 PUTATIVE SECRETED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (336 aa), FASTA scores: opt: + 536, E(): 1.2e-25, (41.2% identity in 233 aa overlap); and + shows similarity with C-terminal end of other proteins + e.g. Q9RMZ0|PXO2-42 PXO2-42 PROTEIN from Bacillus + anthracis (531 aa), FASTA scores: opt: 191, E(): 0.00022, + (26.6% identity in 222 aa overlap); Q9RTX0 PUTATIVE + N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE (603 aa); Q9LCR4|CWLU + CWLU PROTEIN from Paenibacillus polymyxa (Bacillus + polymyxa) (524 aa), FASTA scores: opt: 141, E(): 0.24, + (29.2% identity in 219 aa overlap); etc. Shows similarity + with C-terminal end of O53593|CWLM|Rv3915|MTV028.06 + PUTATIVE HYDROLASE from Mycobacterium tuberculosis (406 + aa), FASTA scores: opt: 176, E(): 0.0014, (25.7% identity + in 218 aa overlap). Protein product from Mb3744 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3744 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (EC" + /protein_id="SIU02373.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z8" + /db_xref="InterPro:IPR002508" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z8" + /translation="MIVGVLVAAATPIISSASATPANIAGMVVFIDPGHNGANDASIG + RQVPTGRGGTKNCQASGTSTNSGYPEHTFTWETGLRLRAALNALGVRTALSRGNDNAL + GPCVDERANMANALRPNAIVSLHADGGPASGRGFHVNYSAPPLNAIQAGPSVQFARIM + RDQLQASGIPKANYIGQDGLYGRSDLAGLNLAQYPSILVELGNMKNPADSALMESAEG + RQKYANALVRGVAGFLATQGQAR" + gene complement(4103687..4104130) + /locus_tag="BQ2027_MB3745C" + CDS complement(4103687..4104130) + /locus_tag="BQ2027_MB3745C" + /note="Mb3745c, -, len: 147 aa. Equivalent to Rv3718c, + len: 147 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 147 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O69517|ML2332|MLCB2407.18 HYPOTHETICAL 15.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (145 aa), FASTA scores: opt: + 780, E(): 1.4e-44, (81.95% identity in 144 aa overlap). + Also highly similar to Q9ZBJ2|SC9C7.18 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (147 aa) + FASTA scores: opt: 475, E(): 1.7e-24, (52.05% identity in + 146 aa overlap); and showing some similarity to various + proteins e.g. P27538|PR2_PETCR PATHOGENESIS-RELATED + PROTEIN 2 from Petroselinum crispum (Parsley) + (Petroselinum hortense) (158 aa); P92918|ALL2_APIGR MAJOR + ALLERGEN API G 2 from Apium graveolens (Celery) (159 aa); + etc. Protein product from Mb3745c detected using shotgun + mass spectrometry. Mb3745c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02374.1" + /db_xref="InterPro:IPR014488" + /db_xref="InterPro:IPR019587" + /db_xref="InterPro:IPR023393" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y509" + /translation="MGQVSAASTILINAEPTATLDALADYETVRPKILSPHYSEYQVL + EGGKGRGTVAKWRLQATQSRVRDVQVNVDVAGHTVIEKDMNSSMVTNWTVAPAGPGSS + VTVKTTWTGAGGVKGFFEKTFAPLGLKKIQAEVLSNLKTELEGDA" + gene 4104178..4105590 + /locus_tag="BQ2027_MB3746" + CDS 4104178..4105590 + /locus_tag="BQ2027_MB3746" + /note="Mb3746, -, len: 470 aa. Equivalent to Rv3719, len: + 470 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 470 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to O69516|ML2333|MLCB2407.17c + HYPOTHETICAL 51.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (459 aa), FASTA scores: opt: 2593, E(): 7.8e-161, (82.75% + identity in 458 aa overlap). Also some similarity to + Q9CU63|5830417J06RIK HYPOTHETICAL PROTEIN (FRAGMENT) from + Mus musculus (Mouse) (479 aa) FASTA scores: opt: 454, E(): + 6.1e-22, (27.1% identity in 413 aa overlap); Q9HBA8 + SELADIN-1 (UNKNOWN) from Homo sapiens (Human) (516 aa), + FASTA scores: opt: 444, E(): 2.9e-21, (26.7% identity in + 412 aa overlap); O17397|DIMH_CAEEL|F52H2.6 DIMINUTO-LIKE + PROTEIN from Caenorhabditis elegans (525 aa), FASTA + scores: opt: 419, E(): 1.2e-19, (24.4% identity in 434 aa + overlap); Q39085|DIM_ARATH|DWF1 CELL ELONGATION PROTEIN + DIMINUTO from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (561 + aa) FASTA scores: opt: 318, E(): 4.8e-13, (24.6% identity + in 455 aa overlap); etc. Also some similarity to M. + tuberculosis hypothetical proteins + P72056|Rv3790|MTCY13D12.24 (461 aa) FASTA scores: opt: + 174, E(): 0.00016; (25.1% identity in 426 aa overlap); and + Q50685|Rv2280|MTCY339_30c (459 aa). Protein product from + Mb3746 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3746 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FAD/FMN-containing dehydrogenase Mvan_5531" + /protein_id="SIU02375.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6K4" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR016164" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="InterPro:IPR040165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6K4" + /translation="MQGQLSRTRVYAVPVPGSAQSAYACGVERLLASYRSIPATASIR + LAKPTSNLFRARVKHDARGLDASGLTGVIGIDPEARTADVAGMCTYEDLIAATLHYGL + SPLVVPQLRTITLGGAVTGLGIESASFRNGLPHESVLEMDILTGAGELLTVSPGQHSD + LYRAFPNSYGTLGYSTRLRIQLEPVRPFVALRHIRFSSLTAMVAAMERIIDTGGLDGE + SVDYLDGVVFSADESYLCIGMQTSVPGPVSDYTGQDIYYRSIQHEAGIKEDRLTIHDY + FWRWDTDWFWCSRSFGAQNPRLRRWWPRRYRRSSVYWRLMALDQRFGIADRFENSRGR + PARERVVQDIEVPIERTCEFLEWFGENVPISPIWLCPLRLRDHAGWPLYPIRPDRSYV + NIGFWSSVPVGATEGATNRKIENKVSALDGHKSLYSDSFYTREEFDELYGGETYNTVK + KAYDPDSRLLDLYAKAVQRR" + gene 4105608..4106870 + /locus_tag="BQ2027_MB3747" + CDS 4105608..4106870 + /locus_tag="BQ2027_MB3747" + /note="Mb3747, -, len: 420 aa. Equivalent to Rv3720, len: + 420 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 420 aa overlap). Possible + fatty-acyl-phospholipid synthase (EC 2.1.1.-), equivalent + to Q9CB74|ML2334 (alias O69515|MLCB2407.16c, 439 aa) + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (420 aa) + FASTA scores: opt: 2508, E(): 4.7e-153, (86.45% identity + in 420 aa overlap). Also similar (especially at the + C-terminus) to various fatty-acid synthases (principally + cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthases (EC + 2.1.1.79)) and hypothetical proteins e.g. Q9KZ58|SCE25.32c + PUTATIVE FATTY ACID SYNTHASE from Streptomyces coelicolor + (438 aa), FASTA scores: opt: 1101, E(): 5.5e-63, (46.1% + identity in 425 aa overlap); P31049|YLP3_PSEPU + HYPOTHETICAL 44.7 KDA PROTEIN from Pseudomonas putida (394 + aa), FASTA scores: opt: 810, E(): 2.1e-44, (46.4% identity + in 293 aa overlap); Q9HT28|PA5546 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Pseudomonas aeruginosa (394 aa), FASTA scores: opt: + 804, E(): 5.2e-44, (40.7% identity in 371 aa overlap); + Q9RSD7|DR2187 PUTATIVE + CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE from + Deinococcus radiodurans (462 aa), FASTA scores: opt: 747, + E(): 2.6e-40, (35.95% identity in 409 aa overlap); + BAB50831|Q98ET6|MLL4091 + CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (422 aa), FASTA + scores: opt: 674, E(): 1.1e-35, (39.1% identity in 284 aa + overlap); P30010|CFA_ECOLI|CDFA|B1661 + CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIP SYNTHASE from + Escherichia coli strain K12 (381 aa), FASTA scores: opt: + 530, E(): 1.7e-26, (33.65% identity in 312 aa overlap); + etc. Also similar to other proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. CMA2|Rv0503c|MTCY20G9.30c (302 aa); + P96911|Rv0621|MTCY20H10 (354 aa); + O50416|LPQD|Rv3390|MTV004.48 (236 aa); etc. Protein + product from Mb3747 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3747 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE FATTY ACID SYNTHASE" + /protein_id="SIU02376.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5D8" + /db_xref="InterPro:IPR003333" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D8" + /translation="MAEILEIFTATGQHPLKFTAYDGSTAGQDDATLGLDLRTPRGAT + YLATAPGELGLARAYVSGDLQAHGVHPGDPYELLKTLTERVDFKRPSARVLANVVRSI + GVEHILPIAPPPQEARPRWRRMANGLLHSKTRDAEAIHHHYDVSNNFYEWVLGPSMTY + TCAVFPNAEASLEQAQENKYRLIFEKLRLEPGDRLLDVGCGWGGMVRYAARRGVRVIG + ATLSAEQAKWGQKAVEDEGLSDLAQVRHSDYRDVAETGFDAVSSIGLTEHIGVKNYPF + YFGFLKSKLRTGGLLLNHCITRHDNRSTSFAGGFTDRYVFPDGELTGSGRITTEIQQV + GLEVLHEENFRHHYAMTLRDWCGNLVEHWDDAVAEVGLPTAKVWGLYMAASRVAFERN + NLQLHHVLATKVDPRGDDSLPLRPWWQP" + gene complement(4106867..4108603) + /gene="dnaZX" + /locus_tag="BQ2027_MB3748C" + CDS complement(4106867..4108603) + /gene="dnaZX" + /locus_tag="BQ2027_MB3748C" + /note="Mb3748c, dnaZX, len: 578 aa. Equivalent to Rv3721c, + len: 578 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 578 aa overlap). Probable dnaZX, DNA + polymerase III gamma (dnaZ) and tau (dnaX) (EC 2.7.7.7), + equivalent to O69514|DNAZX|ML2335 DNA POLYMERASE III + SUBUNIT GAMMA/TAU from Mycobacterium leprae (611 aa) FASTA + scores: opt: 2344, E(): 4.7e-118, (78.75% identity in 602 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. Q9RKL5|DNAZ + from Streptomyces coelicolor (784 aa) FASTA scores: opt: + 1755, E(): 1.8e-86, (59.55% identity in 435 aa overlap); + Q9KGM4|DNAX|BH0034 from Bacillus halodurans (564 aa), + FASTA scores: opt: 946, E(): 2.5e-43, (37.4% identity in + 460 aa overlap); P09122|DP3X_BACSU|DNAX|DNAH from Bacillus + subtilis (563 aa), FASTA scores: opt: 841, E(): 1e-37, + (30.8% identity in 510 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb3748c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3748c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA POLYMERASE III (SUBUNIT GAMMA/TAU) DNAZ/X" + /protein_id="SIU02377.1" + /db_xref="GOA:P63976" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR008921" + /db_xref="InterPro:IPR012763" + /db_xref="InterPro:IPR022754" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P63976" + /translation="MALYRKYRPASFAEVVGQEHVTAPLSVALDAGRINHAYLFSGPR + GCGKTSSARILARSLNCAQGPTANPCGVCESCVSLAPNAPGSIDVVELDAASHGGVDD + TRELRDRAFYAPVQSRYRVFIVDEAHMVTTAGFNALLKIVEEPPEHLIFIFATTEPEK + VLPTIRSRTHHYPFRLLPPRTMRALLARICEQEGVVVDDAVYPLVIRAGGGSPRDTLS + VLDQLLAGAADTHVTYTRALGLLGVTDVALIDDAVDALAACDAAALFGAIESVIDGGH + DPRRFATDLLERFRDLIVLQSVPDAASRGVVDAPEDALDRMREQAARIGRATLTRYAE + VVQAGLGEMRGATAPRLLLEVVCARLLLPSASDAESALLQRVERIETRLDMSIPAPQA + VPRPSAAAAEPKHQPAREPRPVLAPTPASSEPTVAAVRSMWPTVRDKVRLRSRTTEVM + LAGATVRALEDNTLVLTHESAPLARRLSEQRNADVLAEALKDALGVNWRVRCETGEPA + AAASPVGGGANVATAKAVNPAPTANSTQRDEEEHMLAEAGRGDPSPRRDPEEVALELL + QNELGARRIDNA" + gene complement(4108693..4110000) + /locus_tag="BQ2027_MB3749C" + CDS complement(4108693..4110000) + /locus_tag="BQ2027_MB3749C" + /EC_number="2.6.1.1" + /note="Mb3749c, -, len: 435 aa. Equivalent to Rv3722c, + len: 435 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 435 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to O69513|MLCB2407.14 + (alias Q9CB73|ML2336, 463 aa) HYPOTHETICAL 46.8 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (426 aa), FASTA scores: + opt: 2505, E(): 8.3e-154, (87.25% identity in 424 aa + overlap). Also highly similar to Q9RU17|DR1579 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Deinococcus radiodurans (452 + aa), FASTA scores: opt: 1162, E(): 3.1e-67, (44.8% + identity in 422 aa overlap); and partially similar to + Q9I371|PA1654 PROBABLE AMINOTRANSFERASE from Pseudomonas + aeruginosa (388 aa) FASTA scores: opt: 162, E(): 0.0078, + (25.85% identity in 348 aa overlap) and other + aminotransferases. N-terminus extended since first + submission (previously 408 aa). Protein product from + Mb3749c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3749c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Aspartate transaminase (EC" + /protein_id="SIU02378.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y516" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR024551" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y516" + /translation="MSFDSLSPQELAALHARHQQDYAALQGMKLALDLTRGKPSAEQL + DLSNQLLSLPGDDYRDPEGTDTRNYGGQHGLPGLRAIFAELLGIAVPNLIAGNNSSLE + LMHDIVAFSMLYGGVDSPRPWIQEQDGIKFLCPVPGYDRHFAITETMGIEMIPIPMLQ + DGPDVDLIEELVAVDPAIKGMWTVPVFGNPSGVTYSWETVRRLVQMRTAAPDFRLFWD + NAYAVHTLTLDFPRQVDVLGLAAKAGNPNRPYVFASTSKITFAGGGVSFFGGSLGNIA + WYLQYAGKKSIGPDKVNQLRHLRFFGDADGVRLHMLRHQQILAPKFALVAEVLDQRLS + ESKIASWTEPKGGYFISLDVLPGTARRTVALAKDVGIAVTEAGASFPYRKDPDDKNIR + IAPSFPSVPDLRNAVDGLATCALLAATETLLNQGLASSAPNVR" + gene 4110217..4110302 + /locus_tag="BQ2027_SERV" + tRNA 4110217..4110302 + /locus_tag="BQ2027_SERV" + /product="tRNA-Ser" + /note="serV, len: 86 nt. Equivalent to serV, len: 86 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37RV, (100.0% + identity in 86 nt overlap). tRNA-Ser, anticodon gga." + gene 4110408..4111172 + /locus_tag="BQ2027_MB3750" + CDS 4110408..4111172 + /locus_tag="BQ2027_MB3750" + /note="Mb3750, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv3723, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 254 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, with hydrophobic stretches at the + N-terminus, and equivalent to O69512|ML2337|MLCB2407.13c + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (250 + aa), FASTA scores: opt: 1029, E(): 1.2e-44, (64.45% + identity in 253 aa overlap). Protein product from Mb3750 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3750 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02379.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y537" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y537" + /translation="MGRKVAVLWHASFSIGAGVLYFYFVLPRWPELMGDTGHSLGTGL + RIATGALVGLAALPVVFTLLRTRKPELGTPQLALSMRIWSIMAHVLAGALIVGTAISE + VWLSLDAAGQWLFGIYGAAAAIAVLGFFGFYLSFVAELPPPPPKPLKPKKPKQRRLRR + KKTAKGDEAEPEAAEEAENTELAAQEDEEAVEAPPESIESPGGEPESATREAPAAETA + TAEEPRGGLRNRRPTGKTSHRRRRTRSGVQVAKVDE" + gene 4111339..4112040 + /gene="cut5" + /locus_tag="BQ2027_MB3751" + CDS 4111339..4112040 + /gene="cut5" + /locus_tag="BQ2027_MB3751" + /note="Mb3751, cut5, len: 233 aa. Equivalent to Rv3724A + (cut5a) and Rv3724B (cut5b), len: 80 aa and 187 aa, from + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity + in 67 aa overlap and 100.0% identity in 166 aa overlap). + Probable cut5a, truncated cutinase precursor (EC 3.1.1.-), + similar to N-terminal end of others e.g. Q9KK87 SERINE + ESTERASE CUTINASE from Mycobacterium avium (220 aa), FASTA + scores: opt: 202, E(): 1.5e-06, (56.45% identity in 62 aa + overlap); Q9XB09|RVD2-RV1758 PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium bovis BCG (143 aa), FASTA scores: opt: 200, + E(): 1.5e-06, (61.4% identity in 57 aa overlap); and + Q00298|CUTI_BOTCI|CUTA CUTINASE PRECURSOR from Botrytis + cinerea (Botryotinia fuckeliana) (202 aa), FASTA scores: + opt: 108, E(): 2.2, (40.4% identity in 52 aa overlap). + Also highly similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. + O06318|CUT3_MYCTU|Rv3451|MT3557|MTCY13E12.04 PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (247 aa), FASTA scores: opt: 189, E(): + 1.2e-05, (58.0% identity in 50 aa overlap); + Q50664|CUT2_MYCTU|Rv2301|MT2358|MTCY339.08c PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (219 aa), FASTA scores: opt: 172, E(): + 0.00015, (59.2% identity in 49 aa overlap); + O06793|Rv1758|MTCY28.24|Z95890 HYPOTHETICAL 17.9 KDA + PROTEIN (174 aa), FASTA scores: opt: 641, E(): 2.7e-29, + (57.2% identity in 166 aa overlap); + O06319|Rv3452|MTY13E12.05; and U00015_11 from Mycobaterium + leprae. BELONGS TO THE CUTINASE FAMILY. Rest of cutinase + ORF continues as Rv3724B|CUT5B, frameshifting could occur + near position 4169668. Sequence has been checked but no + errors found. Probable cut5b, truncated cutinase (EC + 3.1.1.-), similar to C-terminal end of others e.g. + Q9XB09|RVD2-RV1758 PROTEIN (FRAGMENT) from Mycobacterium + bovis BCG (143 aa) FASTA scores: opt: 335, E(): 3.4e-12, + (53.25% identity in 92 aa overlap); Q9KK87 SERINE ESTERASE + CUTINASE from Mycobacterium avium (220 aa), FASTA scores: + opt: 251, E(): 2.5e-07, (44.05% identity in 168 aa + overlap). Also similar to proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O06793|Rv1758|MTCY28.24 HYPOTHETICAL + 17.9 KDA PROTEIN (174 aa), FASTA scores: opt: 641, E(): + 2.5e-29, (57.25% identity in 166 aa overlap); + O06319|Rv3452|MTCY13E12.05 HYPOTHETICAL 23.1 KDA PROTEIN + (226 aa), FASTA scores: opt: 385, E(): 7.5e-15, (46.65% + identity in 165 aa overlap); + O06318|CUT3_MYCTU|Rv3451|MT3557|MTCY13E12.04 PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (247 aa), FASTA scores: opt: 307, E(): + 1.9e-10, (40.7% identity in 167 aa overlap); + Q10837|CUT1_MYCTU|Rv1984c|MT2037|MTCY39.35 PROBABLE + CUTINASE PRECURSOR (217 aa), FASTA scores: opt: 261, E(): + 6.7e-08, (50.9% identity in 169 aa overlap); etc; and + U00015_11 from Mycobacterium lepra. 5'-end of gene is + Rv3724A|CUT5A; frameshifting may occur near position + 4169668. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, Rv3724A and Rv3724B exist as 2 genes with an + overlap region between them. In Mycobacterium bovis, a + single base deletion (t-*) leads to a single product. + Protein product from Mb3751 detected using SWATH mass + spectrometry and 0. Mb3751 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cutinase [second part] cut5b" + /protein_id="SIU02380.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y4Z4" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y4Z4" + /translation="MDVIRWARRLAVVAGTAAAVTTPGLLSAHVPMVSAEPCPDVEVV + FARGTGEPPGIGSVGGLFVDALRSQVGAKSLGVYAVNYPASNDFASSDFPKTVIDGIR + DAGSHIQSMAMSCPQTRQVLGGYSQGAAVAGYVTSAVVPPAVPVQAVPAPMAPEVANH + VAAVTLFGAPSAQFLGQYGAPPIAIGPLYQPKTLQLCADGDSICGDGNSPVAHGLYAV + NGMVGQGANFAASRL" + gene 4112085..4113086 + /locus_tag="BQ2027_MB3752" + CDS 4112085..4113086 + /locus_tag="BQ2027_MB3752" + /note="Mb3752, -, len: 333 aa. Equivalent to Rv3725, len: + 309 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 250 aa overlap). Possible reductase + (EC 1.-.-.-), similar to various oxidoreductases and + hypothetical proteins e.g. O34285|HPNA HPNA PROTEIN from + Zymomonas mobilis (337 aa), FASTA scores: opt: 317, E(): + 6.1e-11, (30.5% identity in 272 aa overlap); + Q9SZB3|F17M5.120|AT4G33360|AAK49584 HYPOTHETICAL 37.9 KDA + PROTEIN from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (344 + aa), FASTA scores: opt: 314, E(): 9.1e-11, (30.35% + identity in 267 aa overlap); AAK59445|AT4G33360 PUTATIVE + DIHYDROKAEMPFEROL 4-REDUCTASE from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (332 aa), FASTA scores: opt: 313, E(): + 1e-10, (30.8% identity in 263 aa overlap); Q9FSC6|CCR + CINNAMOYL-COA REDUCTASE (EC 1.2.1.44) from Populus + trichocarpa (Western balsam poplar) (338 aa), FASTA + scores: opt: 305, E(): 2.9e-10, (30.3% identity in 274 aa + overlap); Q9M631 CINNAMOYL CoA REDUCTASE from Populus + tremuloides (Quaking aspen) (337 aa), FASTA scores: opt: + 291, E(): 1.8e-09, (30.15% identity in 272 aa overlap); + P73212|DFRA_SYNY3|LR1706 PUTATIVE + DIHYDROFLAVONOL-4-REDUCTASE (EC 1.1.1.219) + (DIHYDROKAEMPFEROL 4-REDUCTASE) from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (343 aa), FASTA scores: opt: 278, E(): + 1e-08, (29.35% identity in 259 aa overlap); etc. Also some + similarity to proteins from Mycobacterium tuberculosis + e.g. P96816|Rv0139|MTCI5.13 HYPOTHETICAL PROTEIN (340 aa) + FASTA scores: opt: 234, E(): 3.2e-06, (28.25% identity in + 269 aa overlap); and O06373|galE1|Rv3634c|MTCY15C10.18 + PROBABLE UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE (314 aa) (27.3% identity + in 194 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base insertion (*-a) leads + to a longer product with a different COOH part compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis (333 aa versus + 309 aa). Protein product from Mb3752 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3752 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible oxidoreductase" + /protein_id="SIU02381.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y527" + /db_xref="InterPro:IPR001509" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y527" + /translation="MQNATMRVLVTGGTGFVGGWTAKAIADAGHSVRFLVRNPARLKT + SVAKLGVDVSDFAVADISDRDSVREALNGCDAVVHSAALVATDPRETSRMLSTNMAGA + QNVLGQAVELGMDPIVHVSSFTALFRPNLATLSADLPVAGGTDGYGQSKAQIEIYARG + LQDAGAPVNITYPGMVLGPPVGDQFGEAGEGVRSALWMHVIPGRGAAWLIVDVRDVAA + LHAALLESGRGPRRYTAGGHRIPVPELAKILGEVAGTTMLAVPVPDSALRVAGSVLDQ + AGPYLPFNTPFTAAGMQYYTQMPEPDDSPSEKELGITYRDPRDTVADTVTALRGLGS" + gene 4113293..4114486 + /locus_tag="BQ2027_MB3753" + CDS 4113293..4114486 + /locus_tag="BQ2027_MB3753" + /note="Mb3753, -, len: 397 aa. Equivalent to Rv3726, len: + 397 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 397 aa overlap). Possible dehydrogenase + (EC 1.-.-.-), similar to many e.g. O34788|YDJL + DEHYDROGENASE from Bacillus subtilis (346 aa) FASTA + scores: opt: 401, E(): 3.4e-17, (29.6% identity in 395 aa + overlap); Q59696|ADH 2,3-BUTANEDIOL DEHYDROGENASE (EC + 1.1.1.4) from seudomonas putida (362 aa), FASTA scores: + opt: 326, E(): 1.3e-12, (29.45% identity in 387 aa + overlap); AAG59541|YJJN PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from + Escherichia coli strain EDL933 (345 aa), FASTA scores: + opt: 325, E(): 1.5e-12, (30.85% identity in 256 aa + overlap); Q9HWM8|PA4153 2,3-BUTANEDIOL DEHYDROGENASE from + Pseudomonas aeruginosa (363 aa), FASTA scores: opt: 324, + E(): 1.8e-12, (30.5% identity in 387 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3753 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3753 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dehydrogenase" + /protein_id="SIU02382.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y528" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y528" + /translation="MKAVTCTNAKLEVVDRPSPAPAKGQLLLDVLRCGICGSDLHARL + HCDELADVMAESGYHAFMRSNQQVVFGHEFCGEVVDYGPGTRRTPRRGTPVVAMPLLR + RGNKEVHGIGLSTMAPGAYAERLVVEQSLTFPVPNGLAPEIAALTEPMAVGWHAVRRG + EVGKGDVAIVIGCGPIGLAVICMLKSRGVHTVIASDFSPGRRALATACGADSVVDPVQ + DSPYAVAAGLGQGNRHLQSILDAFDLAVGTVESLQRLRLPWWHLWRAAEAAGAATPKR + PVIFECVGVPGIIDGIIASAPLFSRVVVVGVCMGSDHIRPAMAINKEINLRFVLGYTP + LEFRDTLHMLADGKVNAAPLITGTVGLPGVAAAFDALGDPEAHAKIMIDPKSNAASPQ + PFRVE" + gene 4114827..4116635 + /locus_tag="BQ2027_MB3754" + CDS 4114827..4116635 + /locus_tag="BQ2027_MB3754" + /note="Mb3754, -, len: 602 aa. Equivalent to Rv3727, len: + 602 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 602 aa overlap). Possible + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), similar to several plants + phytoene dehydrogenases/desaturases (EC 1.3.-.-) e.g. + Q9HSE1|CRTI3|VNG0277G PHYTOENE DEHYDROGENASE from + Halobacterium sp. strain NRC-1 (541 aa), FASTA scores: + opt: 299, E(): 1.1e-10, (29.85% identity in 576 aa + overlap); Q9FZL6|CITPDS1 PHYTOENE DESATURASE from Citrus + unshiu (Satsuma orange) (553 aa), FASTA scores: opt: 164, + E(): 0.018, (24.2% identity in 434 aa overlap); + Q07356|CRTI_ARATH|PDS|AT4G14210|DL3145c PHYTOENE + DEHYDROGENASE PRECURSOR from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (566 aa), FASTA scores: opt: 163, E(): + 0.021, (23.95% identity in 434 aa overlap); etc. + N-terminal end similar to O69871|SC1C3.29 PUTATIVE + PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE (FRAGMENT) from Streptomyces + coelicolor (61 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.012, + (60.45% identity in 43 aa overlap). The region between aa + 155-310 is highly similar to Q49778|B2126_C1_169 from + Mycobacterium leprae (159 aa), FASTA scores: opt: 437, + E(): 1.5e-19, (46.6% identity in 161 aa overlap). And the + region between aa 462-546 is highly similar to the + N-terminal end of Q50003|U1764T from Mycobacterium leprae + (155 aa), FASTA scores: opt: 277, E(): 8.3e-10, (57.65% + identity in 85 aa overlap). Mb3754 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02383.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y506" + /db_xref="InterPro:IPR002937" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y506" + /translation="MKPSPADTHVVIAGAGIAGLAAAMILAEAGVRVTLCEAASEAGG + KAKSLRLADGHPTEHSLRVYTDTYQTLLTLFSRIPTEHDRTMLDNLVGVSMVSATAQG + VIGRIAAPVALQRRRPTFARIIGKVVEPPRQLVRILLRGPMVIVGLAQRGVPATDVLH + YLYAHLRLLWMCRERLLAELGDISYADYLQLGCKSAQAQEFFSAVPRIYVAARTSAEA + AAIAPIVLKGLFRLKSNCPSALNDAKLPAIMMMDGPTSERMVDPWIRHLTRLGVDIHF + NTRVGDLEFDDGRVTALISSDGRRFACDYALLAVPYLTLRELAKSAHVKRYLPQLTQQ + HALALEASNGIQCFLRDLPATWPPFIRPGVVTTHLQSQWSLVCVLQGEGFWKNVRLPE + GTRYVLSITWSDVETPGPVFDRPLSECTPDEILTECLTQCGLDKSNVLGWRIDHELKH + LDEAEYEKVASELPPHLVSAPARGQRMVNFSPLTVLMPGARHRSPGICTSVPNLLLAG + EVIYSPDLTLFVPTMEKAACSGYLAARQIMNMVASHAAPLRIDFRDPAPFAVLRRVDR + WFWSRRRRPPDRSTFATPPTAMPAPSHLTDVDRSAS" + gene 4116745..4119942 + /locus_tag="BQ2027_MB3755" + CDS 4116745..4119942 + /locus_tag="BQ2027_MB3755" + /note="Mb3755, -, len: 1065 aa. Equivalent to Rv3728, len: + 1065 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 1065 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein organised into two domains. Domain + comprising the first ~510 aa residues is similar to + various multidrug resistance and efflux proteins and + contains sugar transport protein signature 1 (PS00216). + Domain corresponding to the last 550 aa residues contains + cyclic nucleotide-binding domain signature 2 (PS00889) and + is very similar to + Q50733|YP65_MYCTU|Rv2565|MT2641|MTCY9C4.03c hypothetical + 62.1 kDa protein from Mycobacterium tuberculosis (31.0% + identity in 546 aa overlap). Highly similar to + O05884|Rv3239c|MTCY20B11.14c PROBABLE TRANSMEMBRANE + TRANSPORT PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (1048 + aa) FASTA scores: opt: 4328, E(): 5e-201, (64.15% identity + in 1046 aa overlap). N-terminal end similar to + P71879|Rv2333c|MTCY3G12.01|MTCY98.02c (537 aa); + P71836|Rv0783c|MTCY369.27c (540 aa); and + O07753|Rv1877|MTCY180.41c (687 aa). SEEMS BELONG TO THE + SUGAR TRANSPORTER FAMILY. Possibly member of major + facilitator superfamily (MFS). Mb3755 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TWO-DOMAIN MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02384.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y515" + /db_xref="InterPro:IPR000595" + /db_xref="InterPro:IPR002641" + /db_xref="InterPro:IPR004638" + /db_xref="InterPro:IPR005829" + /db_xref="InterPro:IPR011701" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR018488" + /db_xref="InterPro:IPR018490" + /db_xref="InterPro:IPR020846" + /db_xref="InterPro:IPR036259" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y515" + /translation="MHTVATNNAAPVIAAGPVGPSRRRRRVHAPLTRRRQPSSSAVLL + VAAFGAFLAFLDSTIVNVAFPDIQRHFHSDISDLSWMLNAYNIVFAAFLVAAGRLADL + MGRKRVFILGVALFTVASGLCAIAESVGELVAFRVLQGIGAAVLVPASLGLVVEAFPA + ERRAHGVNLWGAAGAIAAGLGPPIGGALIEADGWRWVFLVNLPLGVFAVLAARRALVE + NRAAGRRRVPDVRGAVLLAFALGLLTLGLIKGPDWGWASLPTSGSLLAAAVAMVGFVM + SSRHHPAPMVEPTLLRIQSFVAGTGLTAVASAGFYAYLLTHVLFLNYVWGYTLLEAGM + AVAPAALVAAVVAAVLGRVADRHGYRFIVGIGALIWAASLLWYLKVVGSQPDFLGEWL + PGQILQGIGVGATFPLLGSAALARLAKGGSYATASAVTGTIRQVGAVIGVAVLVILVG + TPAPGAAEEALRHRWALAAICFVAVGIGALSLGRIRPVPAAVEPPPGPPVAPLGARRP + PRPAPVASPAAAVAPTPKTSREVNLLEALRFARPDTQQIELQAGSYLFHAGDVSDALY + VVRSGRLQVLAGDGAKDEVVAELGRGQVVGELGVLLDAPRSASVRAVRDSSLMRVTKA + EFAKIADAGVLGALAGVLAKRQHQTRVASQRTTPEVVVAVVGVDANAPVAMVATELCR + ALSTRLRAVAPGRVDCDGLERAEQTADRVVLHAAVGDARWREFCLRVADRVVLVASNP + AVPVAPLPTRATGADLVLAGRPAGREHRRAWEQLITPRSMHVVRREFVADDLRVLATR + IAGRSVGLVLSGGAARACAHLGVLEELEAAGVTVDRFAGTSMGAIIAALAASGLDAAG + VDAQIYEHFVRKSHGDYTLPSKGLIRGKRTQSTLRTIFGDHLVEELPKHFRCVSVDLL + ARRPVVHRQGPLADVVGCSMRLPFLYAPLPYGGTLHVDGGVLDNVPVTTLVGKDGPLI + AVNVASGGNPSPASGGHRRGKPRVPGLTDTLLRTMTISSAMASEKVLAQADLVIKPNP + IGVGLMEYHQIDRAREAGRIAAREALPQIMELVHG" + gene 4120157..4122487 + /locus_tag="BQ2027_MB3756" + CDS 4120157..4122487 + /locus_tag="BQ2027_MB3756" + /note="Mb3756, -, len: 776 aa. Equivalent to Rv3729, len: + 776 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 776 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, possible transferase (EC 2.-.-.-), similar to + several hypothetical proteins and various transferases + e.g. O26919|MTH831 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS MOAA + HOMOLOG from Methanobacterium thermoautotrophicum (497 + aa), FASTA scores: opt: 697, E(): 4.8e-34, (30.7% identity + in 492 aa overlap); Q58036|Y619_METJA|MJ0619 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Methanococcus jannaschii (506 aa), FASTA + scores: opt: 670, E(): 2e-32, (30.6% identity in 497 aa + overlap); O27968|AF2316 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN + from Archaeoglobus fulgidus (518 aa), FASTA scores: opt: + 477, E(): 6.4e-21, (29.4% identity in 500 aa overlap); + BAB60102|TVG0985801 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS + PROTEIN from Thermoplasma volcanium (606 aa), FASTA + scores: opt: 402, E(): 2.1e-16, (28.1% identity in 509 aa + overlap); etc. C-terminus similar to methyltransferases + e.g. Q9S0N6|AVED C5-O-METHYLTRANSFERASE from Streptomyces + avermitilis (283 aa), FASTA scores: opt: 298, E(): + 1.9e-10, (31.5% identity in 292 aa overlap). Also similar + to the Mycobacterium tuberculosis proteins + P71673|YE05_MYCTU|Rv1405c|MT1449|MTCY21B4.22c (274 aa); + and Q50584|Rv1523|MTCY19G5.05c. Protein product from + Mb3756 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3756 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSFERASE" + /protein_id="SIU02385.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6L4" + /db_xref="InterPro:IPR007197" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="InterPro:IPR034474" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6L4" + /translation="MFVEYTKSICPVCKVVVDAQVNIRHDKVYLRKRCREHGSFEALV + YGDAQMYLESARFNKPGTFPLRFQTEVRDGCPSDCGLCPDHKQHACLGLIEVNTHCNL + DCPICFADSGHQPDGYAITAAQCERMLDTLVAAEGEPEVVMFSGGEPTIHKQLLEFVD + AAQARPVKTIIINTNGIRLASDRRFVDQLATRNRPGHPVHIYLQFDGLDEATHRRIRG + HDLRDVKQRALDNCAAAGLTVSLVAAVERGLNEHELGAVIRHGMAQPGVQSVVFQPVT + HAGRHVQFDPLTRLTNSDIIACITAQLPEWFRPGDFFPVPCCFPSCRSITYLLTDGEH + VVPIPRLLNVEDYLDYVSNRVIPDLAIREALENLWSASAVPGTDTMTAQLQRATAALN + CAEGCGINLPEALTHLTDRVFAIVIQDFQDPYTLNVKQLMKCCVQQITPDGRLIPFCA + YNSVGYREQVREQLTGVPVPDIVPNAIPLAGLLADAPHGSKQANTGGSIARLAGPTRG + APMALPPQQIKACCADAYSRDIVALLLGDSFHPGGATLTRRLADQLGLRSTGDPRRVA + DIAAGPGASARLLASDYGVAVDGVDISEINVKRAQAAVAQTGLTERVRFHLGDAESVP + LPDDTFDALVCECAFCTFPDKNAAAQQFARILRPGGLAGITDVTVGDGGLPAELTPLA + AWVACIADARTVTDYTDILEGAGLRTRHIESHDESLLDMIDRIDARITALHVAAPEIL + ADNGIRHDSVRDFTALARAAVQTGRIGYTLMIAEKP" + gene complement(4122552..4123592) + /locus_tag="BQ2027_MB3757C" + CDS complement(4122552..4123592) + /locus_tag="BQ2027_MB3757C" + /EC_number="6.5.1.1" + /note="Mb3757c, -, len: 346 aa. Equivalent to Rv3730c, + len: 346 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 346 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9XAM1|SC4C6.19 + HYPOTHETICAL 38.5 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (341 aa), FASTA scores: opt: 1313, E(): 2.2e-75, (59.25% + identity in 336 aa overlap); and similar to C-terminal end + of PUTATIVE ATP-DEPENDENT DNA LIGASES e.g. + BAB49297|MLL2077 from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + (833 aa), FASTA scores: opt: 550, E(): 5.3e-27, (31.3% + identity in 294 aa overlap); and BAB54816|MLL9625 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) plasmid pMLb (883 aa) + FASTA scores: opt: 492, E(): 2.5e-23, (33.7% identity in + 291 aa overlap); etc. Also similar to the hypothetical + proteins e.g. Q9ZC15|SC1E6.07 HYPOTHETICAL 34.9 KDA + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (319 aa) FASTA + scores: opt: 537, E(): 1.5e-26, (34.95% identity in 292 aa + overlap); Q9XAF7|SC6G9.25 HYPOTHETICAL 32.1 KDA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (293 aa), FASTA scores: opt: + 474, E(): 1.3e-22, (33.75% identity in 302 aa overlap); + etc. Also highly similar to P95226|Rv0269c|MTCY06A4.13c + HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (397 aa), FASTA scores: opt: 940, E(): + 7.7e-52, (50.3% identity in 312 aa overlap). Protein + product from Mb3757c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3757c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ATP-dependent DNA ligase (EC" + /protein_id="SIU02386.1" + /db_xref="InterPro:IPR014145" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E6" + /translation="MAAAAEELDVDGIAVRLTSPDRMYFPKLGSHGTKRRLVEYYFAV + AGGPMLTALRDRPTHLQRFPDGVDGEQIYQKRIPRHRPDYLQTCRVTFPSGRMADALK + VTHPAAIVWAAQMGTITLHPWQVRCPDTEHPDELRIDLDPQPGTGFVEARTVAVDVLR + SVLDDLGLVGYPKTSGGRGIHVFLRIATDWDFVEVRRAGIALAREVERRAPDAVTTSW + WKEERGARIFIDFNQNARDRTMASAYSVRPTPIATVSMPLTWEELAGADPDDYTMTTV + PELVKIRDDPWAGMDDVAQSIAPLLDLAAADEERGLGDMPYPPNYPKMPGEPKRVQPS + RDTDLKGGNTSK" + gene 4123630..4124706 + /gene="ligC" + /locus_tag="BQ2027_MB3758" + CDS 4123630..4124706 + /gene="ligC" + /locus_tag="BQ2027_MB3758" + /note="Mb3758, ligC, len: 358 aa. Equivalent to Rv3731, + len: 358 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 358 aa overlap). Possible ligC, DNA + ligase ATP-dependent (EC 6.5.1.1), similar to numerous + archaebacterial and eukaryotic polynucleotide DNA ligases + e.g. Q9XAM3|SC4C6.17c from Streptomyces coelicolor (355 + aa), FASTA scores: opt: 1429, E(): 1.7e-82, (60.4% + identity in 361 aa overlap); BAB54870|MLL9685 from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) plasmid pMLb (337 aa), + FASTA scores: opt: 667, E(): 1.2e-34, (40.35% identity in + 347 aa overlap); Q9HH07|DNLI_THEFM|LIG from Thermococcus + fumicolans (559 aa), FASTA scores: opt: 335, E(): 1.4e-13, + (27.25% identity in 330 aa overlap); O59288|DNLI_PYRHO + from Pyrococcus horikoshii (559 aa), FASTA scores: opt: + 307, E(): 8e-12, (26.85% identity in 272 aa overlap); etc. + Also similar to Rv3062|MTCY22D7_19c|LIGB PROBABLE DNA + LIGASE from Mycobacterium tuberculosis (507 aa), FASTA + score: (30.3% identity in 356 aa overlap). SEEMS TO BELONG + TO THE ATP-DEPENDENT DNA LIGASE FAMILY. Protein product + from Mb3758 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3758 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible atp-dependent dna ligase ligc + (polydeoxyribonucleotide synthase [atp]) (polynucleotide + ligase [atp]) (sealase) (dna repair protein) (dna + joinase)" + /protein_id="SIU02387.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y525" + /db_xref="InterPro:IPR012309" + /db_xref="InterPro:IPR012310" + /db_xref="InterPro:IPR012340" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y525" + /translation="MQLPVMPPVSPMLAKSVTAIPPDASYEPKWDGFRSICFRDGDQV + ELGSRNERPMTRYFPELVAAIRAELPHRCVIDGEIIIATDHGLDFEALQQRIHPAESR + VRMLADRTPASFIAFDLLALGDDDYTGRPFSERRAALVDAVTGSGADADLSIHVTPAT + TDMATAQRWFSEFEGAGLDGVIAKPPHITYQPDKRVMFKIKHLRTADCVVAGYRVHKS + GSDAIGSLLLGLYQEDGQLASVGVIGAFPMAERRRLLTELQPLVTSFDDHPWNWAAHV + AGQRTPRKNEFSRWNVGKDLSFVPLRPERVVEVRYDHMEGARFRHTAQFNRWRPDRDP + RSCSYAQLERPLTVSLSDIVPGLR" + gene 4124806..4125864 + /locus_tag="BQ2027_MB3759" + CDS 4124806..4125864 + /locus_tag="BQ2027_MB3759" + /note="Mb3759, -, len: 352 aa. Equivalent to Rv3732, len: + 352 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 352 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. The region between aa 175-352 is + highly similar to the region between aa 72-257 of Q9KH39 + HYPOTHETICAL 55.5 KDA PROTEIN from Mycobacterium smegmatis + (511 aa), FASTA scores: opt: 1122, E(): 7.3e-63, (98.85% + identity in 176 aa overlap). Also shows some similarity + with Q55304 HYPOTHETICALK PROTEIN from Synechocystis sp. + strain PCC 6803 (387 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): + 2.7e-05, (27.1% identity in 251 aa overlap); and + P74254|SLR1173 HYPOTHETICAL 52.5 KDA PROTEIN from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (463 aa), FASTA scores: + opt: 201, E(): 3.1e-05, (27.1% identity in 251 aa + overlap). Also slightly similar to MTCY01B2_21 and + DPO1_MYCTU DNA POLYMERASE I. Protein product from Mb3759 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3759 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02388.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y522" + /db_xref="InterPro:IPR019283" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y522" + /translation="MAVLPACRLGLVVCVATAVITATMVLATPSYACACGAAVTAHGS + QATLNHEVALLHWDGTTETIVMQLAMNADTDNVALVVPTPTPAIVTTADQSTFGELDT + LSAPLIEHQRHWSLRRGVGASGPQEAAARAPHVLNQVRLGPLEATTLTGGDLSGLQTW + LSDNGYAIRPAVSAALDPYVRDGWAFVAIRLTSTDLIVGGLDPVRMTFRSSRLVYPMR + LSVAAQEPQHVTIFTLSDHRQQRTDADAATQTTHVRFAGDMSTAVRDPLLRELIGNHG + SYLTKVEVDIYQTSRISSDFTFGNAPNDDPYRQVVTVYDDVALPPLLLVVVSAIAVGA + AGGAVVVVLRRRRRAHTG" + gene complement(4125884..4126384) + /locus_tag="BQ2027_MB3760C" + CDS complement(4125884..4126384) + /locus_tag="BQ2027_MB3760C" + /note="Mb3760c, -, len: 166 aa. Equivalent to Rv3733c, + len: 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 166 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to Q9FCB0|2SCG58.03 + PUTATIVE MUTT-LIKE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (153 aa), FASTA scores: opt: 541, E(): 7.2e-29, (52.7% + identity in 148 aa overlap); and BAB49143|MLR1881 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (156 aa), FASTA scores: opt: 526, E(): 7.2e-28, + (52.65% identity in 150 aa overlap). Mb3760c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MutT/Nudix family protein" + /protein_id="SIU02389.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y548" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y548" + /translation="MPKLSAGVLLYRARAGVVDVLLAHPGGPFWAGKDDGAWSIPKGE + YTGGEDPWLAARREFSEEIGLCVPDGPRIDFGSLKQSGGKVVTVFGVRADLDITDARS + STFELDWPKGSGKMRKFPEVDRVSWFPVARARTKLLKGQRGFLDRLMAHPAVAGLSEG + PESLPR" + gene complement(4126398..4127762) + /gene="tgs2" + /locus_tag="BQ2027_MB3761C" + CDS complement(4126398..4127762) + /gene="tgs2" + /locus_tag="BQ2027_MB3761C" + /note="Mb3761c, -, len: 454 aa. Equivalent to Rv3734c, + len: 454 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 454 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to + O69707|Y1E0_MYCTU|Rv3740c|MT3848|MTV025.088c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (448 aa), FASTA + scores: opt: 1917, E(): 1.3e-111, (61.4% identity in 451 + aa overlap); and similar to many other proteins from + Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv and CDC1551) + e.g. + P71694|YE43_MYCTU|Rv1425|MT1468|MTCY21B4.43|MTCY493.29c + (459 aa), FASTA scores: opt: 824, E(): 1.1e-43, (36.5% + identity in 460 aa overlap); + Q50680|YM85_MYCTU|Rv2285|MT2343|MTCY339.25c (445 aa) FASTA + scores: opt: 766, E(): 4.1e-40, (36.4% identity in 453 aa + overlap); etc. Also similar to Q9RIU8|SCM11.13c + HYPOTHETICAL 47.1 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (446 aa), FASTA scores: opt: 331, E(): 4.3e-13, (32.9% + identity in 468 aa overlap); and Q9X7A8|ML1244|MLCB1610.05 + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (491 + aa), FASTA scores: opt: 296, E(): 7e-11, (28.35% identity + in 413 aa overlap). Contains PS00339 Aminoacyl-transfer + RNA synthetases class-II signature 2. Start site chosen by + homology, but may extend further upstream. Protein product + from Mb3761c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3761c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase) tgs2" + /protein_id="SIU02390.1" + /db_xref="GOA:P67211" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67211" + /translation="MDLMMPNDSMFLFIESREHPMHVGGLSLFEPPQGAGPEFVREFT + ERLVANDEFQPMFRKHPATIGGGIARVAWAYDDDIDIDYHVRRSALPSPGRVRDLLEL + TSRLHTSLLDRHRPLWELHVVEGLNDGRFAMYTKMHHALIDGVSAMKLAQRTLSADPD + DAEVRAIWNLPPRPRTRPPSDGSSLLDALFKMAGSVVGLAPSTLKLARAALLEQQLTL + PFAAPHSMFNVKVGGARRCAAQSWSLDRIKSVKQAAGVTVNDAVLAMCAGALRYYLIE + RNALPDRPLIAMVPVSLRSKEDADAGGNLVGSVLCNLATHVDDPAQRIQTISASMDGN + KKVLSELPQLQVLALSALNMAPLTLAGVPGFLSAVPPPFNIVISNVPGPVDPLYYGTA + RLDGSYPLSNIPDGQALNITLVNNAGNLDFGLVGCRRSVPHLQRLLAHLESSLKDLEQ + AVGI" + gene 4127961..4128449 + /locus_tag="BQ2027_MB3762" + CDS 4127961..4128449 + /locus_tag="BQ2027_MB3762" + /note="Mb3762, -, len: 162 aa. Equivalent to Rv3735, len: + 162 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 162 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to several bacterial + hypothetical proteins e.g. + Q9UX41|ORF-C09_016|SSO0651|AAK40956 from Sulfolobus + solfataricus (163 aa), FASTA scores: opt: 627, E(): + 1.2e-34, (55.9% identity in 161 aa overlap); O26795|MTH699 + from Methanobacterium thermoautotrophicum (168 aa), FASTA + scores: opt: 616, E(): 6.7e-34, (56.1% identity in 155 aa + overlap); |Q9Y9J9|APE2289 from Aeropyrum pernix (191 aa), + FASTA scores: opt: 591, E(): 3.4e-32, (54.65% identity in + 161 aa overlap); etc. Contains PS00435 Peroxidases + proximal heme-ligand signature. Protein product from + Mb3762 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3762 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02391.1" + /db_xref="InterPro:IPR007153" + /db_xref="InterPro:IPR036902" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y531" + /translation="MSLAWDVVSVDKPDDVNVVIGQAHFIKAVEDLHEAMVGVSPSLR + FGLAFCEASGPRLVRHTGNDGDLVELATRTALAIAAGHSFVIFLREGFPINILNPVQA + VPEVCTIYCATANPVDVVVAVTPHGRGIVGVVDGQTPLGVETDRDIAQRRDLLRAIGY + KL" + gene 4128506..4129567 + /locus_tag="BQ2027_MB3763" + CDS 4128506..4129567 + /locus_tag="BQ2027_MB3763" + /note="Mb3763, -, len: 353 aa. Equivalent to Rv3736, len: + 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 353 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, araC/xylS family, similar to + many transcriptional regulators and hypothetical proteins + e.g. CAC38740 HYPOTHETICAL 35.4 KDA PROTEIN from + Bradyrhizobium japonicum (318 aa), FASTA scores: opt: 438, + E(): 2e-20, (29.4% identity in 306 aa overlap); + Q9HZ25|PA3215 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Pseudomonas aeruginosa (337 aa), FASTA scores: opt: 395, + E(): 1.1e-17, (30.3% identity in 320 aa overlap); + Q9HTN1|PA5324 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from + Pseudomonas aeruginosa (356 aa), FASTA scores: opt: 313, + E(): 1.8e-12, (25.85% identity in 329 aa overlap); + Q9Z3Y6|PHBR TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PHBR from + Pseudomonas sp. 61-3 (379 aa), FASTA scores: opt: 271, + E(): 8.3e-10, (22.95% identity in 357 aa overlap); etc. + Also highly similar to + Q06861|VIRS_MYCTU|Rv3082c|MTV013.03c POSSIBLE + VIRULENCE-REGULATING PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (340 aa), FASTA scores: opt: 656, E(): + 3.7e-34, (36.95% identity in 333 aa overlap); and similar + to other hypothetical mycobacterial proteins e.g. + P71663|YD95_MYCTU|Rv1395|MT1440|MTCY21B4.12 (344 aa). + Contains helix-turn-helix motif at aa 245-266 (Score 1140, + +3.07 SD). SEEMS BELONG TO THE ARAC/XYLS FAMILY OF + TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb3763 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY + ARAC/XYLS-FAMILY)" + /protein_id="SIU02392.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y533" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="InterPro:IPR032687" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y533" + /translation="MSVVRGTALANYPSLVAGLGGDPATLLRAAGVRDQDVGNYDAFI + SIRAAIRAIESAAAVTATMDFGRRLAQRQGIEILGPVGVAARTAATVGDALAIFNTFM + AAYSPVIAIRITPLAGQRSFIALEFLLDEPASYPQTMELALGVALGVIRLLLGADYAP + LAVHLPHDPLTPEAFYLQYFGCRPYFAERVGGFTMRTADLSRPLNRDDVAHRVVVDYL + SSITPLGEGIVESVRTIVRQLLPTGAATLNVVAEQFHLHPKTLQRRLAEENTTFVILV + DRVRKDVADRYLRTTGIGLTHLARELGYAEQSVLTRSCKRWFGTGPAAYRNQARLQTT + VSAPGSGRGPNPGNVSVSC" + gene 4129571..4131160 + /locus_tag="BQ2027_MB3764" + CDS 4129571..4131160 + /locus_tag="BQ2027_MB3764" + /note="Mb3764, -, len: 529 aa. Equivalent to Rv3737, len: + 529 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 529 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to others and also some + hypothetical proteins e.g. AAK61331|THRE THREONINE EXPORT + CARRIER from Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium + flavum) (489 aa), FASTA scores: opt: 773, E(): 1.8e-36, + (37.25% identity in 424 aa overlap); Q9X8J0|SCE9.17 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (578 aa), FASTA scores: opt: 642, E(): 5.4e-29, (31.6% + identity in 481 aa overlap) (shorter 119 aa at + N-terminus); Q9CJU6|PM1895 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Pasteurella multocida (262 aa), FASTA scores: opt: 233, + E(): 4.1e-06, (25.0% identity in 256 aa overlap); + Q9S267|SCI30A.06 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (297 aa), FASTA scores: opt: 163, + E(): 0.042, (29.65% identity in 263 aa overlap); etc. Also + partially similar to O05435|Rv3910|MTCY15F10.01c|MTV028.01 + HYPOTHETICAL 123.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (1184 aa) (34.4% identity in 125 aa overlap). + Mb3764 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02393.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y517" + /db_xref="InterPro:IPR010619" + /db_xref="InterPro:IPR024528" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y517" + /translation="MDQDRSDNTALRRGLRIALRGRRDPLPVAGRRSRTSGGIGDLHT + RKVLDLTIRLAEVMLSSGSGTADVVATAQDVAQAYQLTDCVVDITVTTIIVSALATTD + TPPVTIMRSVRTRSTDYSRLAELDRLVQRITSGGVAVDQAHEAMDELTERPHPYPRWL + ATAGAAGFALGVAMLLGGTWLTCVLAAVTSGVIDRLGRLLNRIGTPLFFQRVFGAGIA + TLVAVAAYLIAGQDPTALVATGIVVLLSGMTLVGSMQDAVTGYMLTALARLGDALFLT + AGIVVGILISLRGVTNAGIQIELHVDATTTLATPGMPLPILVAVSGAALSGVCLTIAS + YAPLRSVATAGLSAGLAELVLIGLGAAGFGRVVATWTAAIGVGFLATLISIRRQAPAL + VTATAGIMPMLPGLAVFRAVFAFAVNDTPDGGLTQLLEAAATALALGSGVVLGEFLAS + PLRYGAGRIGDLFRIEGPPGLRRAVGRVVRLQPAKSQQPTGTGGQRWRSVALEPTTAD + DVDAGYRGDWPATCTSATEVR" + gene complement(4131157..4131513) + /gene="PPE66" + /locus_tag="BQ2027_MB3765C" + CDS complement(4131157..4131513) + /gene="PPE66" + /locus_tag="BQ2027_MB3765C" + /note="Mb3765c, PPE66, len: 118 aa. Equivalent to 3' end + of Rv3738c, len: 315 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (98.1% identity in 105 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly + similar to many e.g. O53265|Rv3018c|MTV012.32c (434 aa), + FASTA scores: opt: 464, E(): 2.2e-17, (47.05% identity in + 338 aa overlap). Probably a continuation of the upstream + ORF MTV025.87c. At position 97470-72 a stop codon is + present which interrupts a possibly longer ORF, observed + in related ORFs MTV012_32 or MTCY21B4_4. The sequence has + been checked and no errors were detected. A similar + situation, but with a frameshift separating the ORFs is + found in MTV012_36/MTV012_35. Sequence similarity is also + seen with MTCY251_15; MTCY261_19; MLCB2492_30 from + Mycobacterium leprae; MTCY10G2_10; MTY21C12_9; MTCI125_26; + MTCY164_36; MTCY6A4_1. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a deletion of 1166 bp leads to the + loss of the NH2 part of PPE66 and of Rv3739c compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv. + Mb3765c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe66" + /protein_id="SIU02394.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y518" + /translation="MTKASPVYLPGVKGRITADVAPVAVRPAAAPPLRESAAVRPEAR + LVSAVAPAPAGTSASVLASDRGAGVLGFAGTAGKESVGRPAGLTTLAGGEFGGSPSVP + MVPASWEQLVGAGEAG" + gene complement(4131539..4132885) + /locus_tag="BQ2027_MB3766C" + CDS complement(4131539..4132885) + /locus_tag="BQ2027_MB3766C" + /note="Mb3766c, -, len: 448 aa. Equivalent to Rv3740c, + len: 448 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 448 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to several other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + O69701|Y1D4_MYCTU|Rv3734c|MT3839|MTV025.082c (454 aa) + FASTA scores: opt: 1917, E(): 2.3e-112, (61.4% identity in + 451 aa overlap); + Q50680|YM85_MYCTU|Rv2285|MT2343|MTCY339.25c (445 aa) FASTA + scores: opt: 858, E(): 3.4e-46, (37.4% identity in 460 aa + overlap); Q10554|Y895_MYCTU|Rv0895|MT0919|MTCY31.23 (505 + aa), FASTA scores: opt: 767, E(): 1.9e-40, (44.3% identity + in 467 aa overlap); MTCY31_25; MTCY28_26; MTCY493_29; + MTCY21B4_43; MTCY8D5_16; MTCY3A2_28; MTV013_8; + MTY13E12_33; MTV013_9; MTY20B11_9; etc. Also similar to + Q9RIU8|SCM11.13c HYPOTHETICAL 47.1 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (446 aa), FASTA scores: opt: 319, + E(): 1.7e-12, (30.9% identity in 453 aa overlap). Mb3766c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible triacylglycerol synthase + (diacylglycerol acyltransferase)" + /protein_id="SIU02395.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6M1" + /db_xref="InterPro:IPR004255" + /db_xref="InterPro:IPR009721" + /db_xref="InterPro:IPR014292" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6M1" + /translation="MSPIDALFLSAESREHPLHVGALQLFEPPAGAGRGFVRETYQAM + LQCREIAPLFRKRPTSLHGALINLGWSTDADVDLGYHARRSALPAPGRVRELLELTSR + LHSNLLDRHRPLWETHVIEGLRDGRFAIYSKMHHALVDGVSGLTLMRQPMTTDPIEGK + LRTAWSPATQHTAIKRRRGRLQQLGGMLGSVAGLAPSTLRLARSALIEQQLTLPFGAP + HTMLNVAVGGARRCAAQSWPLDRVKAVKDAAGVSLNDVVLAMCAGALREYLDDNDALP + DTPLVAMVPVSLRTDRDSVGGNMVGAVLCNLATHLDDPADRLNAIHASMRGNKNVLSQ + LPRAQALAVSLLLLSPAALNTLPGLAKATPPPFNVCISNVPGAREPLYFNGARMVGNY + PMSLVLDGQALNITLTSTADSLDFGVVGCCRSVPHVQRVLSHLETSLKELERAVGL" + gene complement(4132885..4133559) + /locus_tag="BQ2027_MB3767C" + CDS complement(4132885..4133559) + /locus_tag="BQ2027_MB3767C" + /note="Mb3767c, -, len: 224 aa. Equivalent to Rv3741c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 224 aa overlap). Possible + oxidoreductase, probably combines with product of upstream + ORF MTV025.090c to form a functional monooxygenase (EC + 1.-.-.-), highly similar to C-terminal end of various + oxidoreductases e.g. Q9APW3 AROMATIC-RING HYROXYLASE from + Pseudomonas aeruginosa (508 aa), FASTA scores: opt: 549, + E(): 5.9e-28, (56.1% identity in 155 aa overlap); + Q9A588|CC2569 MONOOXYGENASE (FLAVIN-BINDING FAMILY) from + Caulobacter crescentus (498 aa), FASTA scores: opt: 487, + E(): 5.6e-24, (39.55% identity in 225 aa overlap); + Q9RZT0|DRB0033 ARYLESTERASE/MONOXYGENASE from Deinococcus + radiodurans (833 aa), FASTA scores: opt: 460, E(): + 4.7e-22, (38.5% identity in 226 aa overlap); etc. Also + similar to C-terminal end of Mycobacterium tuberculosis + proteins (generally monooxygenases) e.g. + P96223|Rv3854c|MTCY01A6.14 HYPOTHETICAL 55.3 KDA PROTEIN + (489 aa), FASTA scores: opt: 542, E(): 1.6e-27, (50.0% + identity in 162 aa overlap); O53762|Rv0565c|MTV039.03c + PUTATIVE MONOXYGENASE (486 aa), FASTA scores: opt: 462, + E(): 2.2e-22, (37.15% identity in 226 aa overlap); + O53300|Rv3083|MTV013.04 MONOXYGENASE (495 aa), FASTA + scores: opt: 462, E(): 2.2e-22, (45.65% identity in 173 aa + overlap); etc. Note similarity to MTCY01A6.14 and + MTV013.04 continue in upstream ORF (MTV025.090c) after a + gap of ~100 aa. Mb3767c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02396.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F4" + /translation="MIGRDRAYAVTRRKDIAKQRLVWRLCQRYPRAARRLIRHLNAKQ + LAAGYPADEHFKPVYNPWDQRLCAVPDADMFKAIRDGRASVVTEAIDTFTENGIRLQS + GRELAADISITATGLNLLAFGGINLSVDGVAVDVAEKVAFKGFLLSDVSNFAGPHGRT + RAHHLLSAAARSHADPAAAGRRSPLADLKVLREGPVDDDHLRFTTSASASRLTVKRIT + RSTPWN" + gene complement(4133556..4133951) + /locus_tag="BQ2027_MB3768C" + CDS complement(4133556..4133951) + /locus_tag="BQ2027_MB3768C" + /note="Mb3768c, -, len: 131 aa. Equivalent to Rv3742c, + len: 131 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 131 aa overlap). Possible + oxidoreductase, probably combines with product of + downstream ORF MTV025.090c to form a functional + monooxygenase (EC 1.-.-.-), highly similar to N-terminal + end of various oxidoreductases e.g. Q9A588|CC2569 + MONOOXYGENASE (FLAVIN-BINDING FAMILY) from Caulobacter + crescentus (498 aa), FASTA scores: opt: 170, E(): 0.00048, + (47.55% identity in 103 aa overlap); Q9APW3 AROMATIC-RING + HYROXYLASE from Pseudomonas aeruginosa (508 aa) FASTA + scores: opt: 160, E(): 0.0022, (50.55% identity in 87 aa + overlap); Q9RZT0|DRB0033 ARYLESTERASE/MONOXYGENASE from + Deinococcus radiodurans (833 aa), FASTA scores: opt: 153, + E(): 0.0097, (45.45% identity in 88 aa overlap); etc. Also + similar to C-terminal end of Mycobacterium tuberculosis + proteins (generally monooxygenases) e.g. + P96223|Rv3854c|MTCY01A6.14 HYPOTHETICAL 55.3 KDA PROTEIN + (489 aa), FASTA scores: opt: 140, E(): 0.044, (37.1% + identity in 132 aa overlap); O53300|Rv3083|MTV013.04 + MONOXYGENASE (495 aa) FASTA scores: opt: 133, E(): 0.13, + (43.05% identity in 79 aa overlap); + O53762|Rv0565c|MTV039.03c PUTATIVE MONOXYGENASE (486 aa), + FASTA scores: opt: 110, E(): 4.1, (42.85% identity in 77 + aa overlap); etc. Note similarity to MTCY01A6.14 and + MTV013.04 continue in downstream ORF (MTV025.089c) after a + gap of ~100 aa. Mb3768c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OXIDOREDUCTASE" + /protein_id="SIU02397.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y538" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y538" + /translation="MHSEQSASIEHVDVLIVGAGISGTGAAYYLKTMQPAKTFAIVEA + RYPAIRSDSDLHTFSYEFKPWQHEKATASADAIMVHRGRSLAGGDRTLRHRRTRHHEL + RMVIIGSGATAVTLVPAMAQTAGAVTMPK" + gene complement(4134097..4136079) + /gene="ctpJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3769C" + CDS complement(4134097..4136079) + /gene="ctpJ" + /locus_tag="BQ2027_MB3769C" + /note="Mb3769c, ctpJ, len: 660 aa. Equivalent to Rv3743c, + len: 660 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 660 aa overlap). Probable ctpJ, + cation-transporting P-type ATPase (EC 3.6.1.-), + transmembrane protein highly similar to others e.g. + Q9ZBF3|SC9B5.27 PUTATIVE CATION-TRANSPORTING ATPASE from + Streptomyces coelicolor (638 aa), FASTA scores: opt: 1635, + E(): 2.5e-86, (62.25% identity in 63.95 aa overlap); + Q59997|CADA|SLR0797 CADMIUM-TRANSPORTING ATPASE from + Synechocystis sp. strain PCC 6803 (642 aa), FASTA scores: + opt: 1474, E(): 4.3e-77, (42.4% identity in 604 aa + overlap); P30336|CADA_BACFI PROBABLE CADMIUM-TRANSPORTING + ATPASE from Bacillus firmus (723 aa), FASTA scores: opt: + 1327, E(): 1.3e-68, (36.6% identity in 626 aa overlap); + etc. Also highly similar to + O53160|CTPD_MYCTU|Rv1469|MT1515|MTV007.16 PROBABLE + CATION-TRANSPORTING P-TYPE ATPASE D from Mycobacterium + tuberculosis (657 aa), FASTA scores: opt: 1845, E(): + 2.3e-98, (55.85% identity in 650 aa overlap). Contains + PS00154 E1-E2 ATPases phosphorylation site and PS01229 + Hypothetical family signature 2. BELONGS TO THE CATION + TRANSPORT ATPASES FAMILY (E1-E2 ATPASES)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable cation transporter p-type atpase ctpj" + /protein_id="SIU02398.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y539" + /db_xref="InterPro:IPR001757" + /db_xref="InterPro:IPR008250" + /db_xref="InterPro:IPR018303" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR023298" + /db_xref="InterPro:IPR023299" + /db_xref="InterPro:IPR027256" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y539" + /translation="MAVRELSPARCTSASPLVLARRTKLFALSEMRWAALALGLFSAG + LLTQLCGAPQWVRWALFLACYATGGWEPGLAGLQALQRRTLDVDLLMVVAAIGAAAIG + QIAEGALLIVIFATSGALEALVTARTADSVRGLMGLAPGTATRVGAGGGEETVNAADL + RIGDIVLVRPGERISADATVLAGGSEVDQATVTGEPLPVDKSIGDQVFAGTVNGTGAL + RIRVDRLARDSVVARIATLVEQASQTKARTQLFIEKVEQRYSIGMVAVTLAVFAVPPL + WGETLQRALLRAMTFMIVASPCAVVLATMPPLLAAIANAGRHGVLAKSAIVMEQLGTT + TRIAFDKTGTLTRGTPELAGIWVYERRFTDDELLRLAAAAEYPSEHPLGAAIVKAAQS + RRIRLPTVGEFTAHPGCRVTARVDGHVIAVGSATALLGTAGAAALEASMITAVDFLQG + EGYTVVVVVCDSHPVGLLAITDQLRPEAAAAISAATKLTGAKPVLLTGDNRATADRLG + VQVGIDDVRAGLLPDDKVAAVRQLQAGGARLTVVGDGINDAPALAAAHVGIAMGSARS + ELTLQTADAVVVRDDLTTIPTVIAMSRRARRIVVANLIVAVTFIAGLVVWDLAFTLPL + PLGVARHEGSTIIVGLNGLRLLRHTAWRRAAGTAHR" + gene 4136146..4136508 + /gene="nmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB3770" + CDS 4136146..4136508 + /gene="nmtr" + /locus_tag="BQ2027_MB3770" + /note="Mb3770, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv3744, len: + 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 120 aa overlap). Probable + transcriptional regulator, possible arsR family, highly + similar to many e.g. Q9ZBF4|SC9B5.26c from Streptomyces + coelicolor (120 aa), FASTA scores: opt: 480, E(): 2.4e-24, + (63.25% identity in 117 aa overlap); O31844|YOZA YOZA + REGULATOR from Bacillus subtilis (107 aa), FASTA scores: + opt: 249, E(): 1.6e-09, (44.8% identity in 96 aa overlap); + P30340|SMTB_SYNP7|SMTB from Synechococcus sp. strain PCC + 7942 (Anacystis nidulans R2) (122 aa), FASTA scores: opt: + 230, E(): 2.9e-08, (46.0% identity in 87 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK48216 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (135 aa) but shorter 15 aa. Also similar to + MTCY27_22; MTCY39_25; and MTCY441_12. Contains + helix-turn-helix motif at aa 47-68 (Score 1815, +5.37 SD). + SEEMS TO BELONG TO THE ARSR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS. Protein product from Mb3770 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3770 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="metal sensor transcriptional regulator + (arsr-smtb family)" + /protein_id="SIU02399.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y562" + /db_xref="InterPro:IPR001845" + /db_xref="InterPro:IPR011991" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR036390" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y562" + /translation="MGHGVEGRNRPSAPLDSQAAAQVASTLQALATPSRLMILTQLRN + GPLPVTDLAEAIGMEQSAVSHQLRVLRNLGLVVGDRAGRSIVYSLYDTHVAQLLDEAI + YHSEHLHLGLSDRHPSAG" + gene complement(4136592..4136804) + /locus_tag="BQ2027_MB3771C" + CDS complement(4136592..4136804) + /locus_tag="BQ2027_MB3771C" + /note="Mb3771c, -, len: 70 aa. Equivalent to Rv3745c, len: + 70 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 70 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to others e.g. N-terminus of + Q9X4E6 HYPOTHETICAL 13.4 KDA PROTEIN from Rhodobacter + sphaeroides (Rhodopseudomonas sphaeroides) (124 aa), FASTA + scores: opt: 279, E(): 4.4e-14, (59.4% identity in 69 aa + overlap); N-terminus of Q9A2A6|CC3660 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Caulobacter crescentus (172 aa) FASTA scores: opt: + 272, E(): 1.9e-13, (63.35% identity in 60 aa overlap); + N-terminus of P74345|SLR1628 HYPOTHETICAL 14.5 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (134 aa), FASTA + scores: opt: 233, E(): 1.3e-10, (54.85% identity in 62 aa + overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02400.1" + /db_xref="InterPro:IPR018714" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y523" + /translation="MSDCNVLGGALEQGGTDPLTGFYRDGCCATGPEDLGWHTICAVM + TTEFLAHQRSVGNDLSIARPPRWLRP" + gene complement(4136877..4137212) + /gene="PE34" + /locus_tag="BQ2027_MB3772C" + CDS complement(4136877..4137212) + /gene="PE34" + /locus_tag="BQ2027_MB3772C" + /note="Mb3772c, PE34, len: 111 aa. Equivalent to Rv3746c, + len: 111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 111 aa overlap). Probable member of + the Mycobacterium tuberculosis PE family, but without the + glycine-rich C-terminal part, similar to N-termini of many + e.g. O69737|Rv3872|MTV027.07 (99 aa) FASTA scores: opt: + 306, E(): 1e-13, (50.5% identity in 99 aa overlap); + O53215|Rv2490c|MTV008.46 (1660 aa) FASTA scores: opt: 125, + E(): 0.99, (34.25% identity in 111 aa overlap). Also + weakly similar to MTV008_46; MTCI418B_6; MTCY130_1; + MTY25D10_11; MTCY1A11_25; MTCY21B4_13; MTCY21B4_27; + MTCY493_2; MTCY28_25; etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable pe family protein pe34 (pe + family-related protein)" + /protein_id="SIU02401.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y541" + /translation="MQSMSFDPAVADIGSQVVNNAFQGLQAGAVAWVSLSSLLPAGAE + EVSAWAVTAFTTAATGLLALNQAAQEELRKAGEVFTAIARMYSDADVRAAACLLEAIP + RPGQTLARE" + gene 4137430..4137813 + /locus_tag="BQ2027_MB3773" + CDS 4137430..4137813 + /locus_tag="BQ2027_MB3773" + /note="Mb3773, -, len: 127 aa. Equivalent to Rv3747, len: + 127 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 127 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to downstream ORF O69715|Rv3748|MTV025.096 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (119 aa), FASTA scores: + opt: 494, E(): 6e-27, (64.4% identity in 118 aa overlap). + Protein product from Mb3773 detected using shotgun mass + spectrometry. Mb3773 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="link to PE family" + /protein_id="SIU02402.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y536" + /translation="MILTGAFLADAAAAVDNKLNVQGGVLSRFAVGPDRLARFVLVVL + TQAEPDSSDRDITVEMRPPTDDEPIRLNFEAPEAAVAEFPGFAFFEIQLRLPVNGRWV + LVVTGGTGAISLPVLVSDMPATIGF" + gene 4137943..4138302 + /locus_tag="BQ2027_MB3774" + CDS 4137943..4138302 + /locus_tag="BQ2027_MB3774" + /note="Mb3774, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv3748, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 119 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to upstream ORF O69714|Rv3747|MTV025.095 + CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN (127 aa), FASTA scores: + opt: 496, E(): 2.5e-28, (64.4% identity in 118 aa + overlap). Protein product from Mb3774 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3774 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02403.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y519" + /translation="MIVGAFLAEAASVVDNKLNVSGGVLYRFAVDPDRSAQFLLVVLT + QAETDDPDRRVDVEVWPPTGDDAHHIEFELPEAAVAAEVGFAIFRIEVNLPVDGRWVL + VVTGDAGTISLPLIVTG" + gene complement(4138335..4138844) + /gene="vapC50" + /locus_tag="BQ2027_MB3775C" + CDS complement(4138335..4138844) + /gene="vapC50" + /locus_tag="BQ2027_MB3775C" + /EC_number="3.1.-.-" + /note="Mb3775c, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv3749c, + len: 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 169 aa overlap). Hypothetical protein, + showing some similarity with O85864 HYPOTHETICAL 21.4 KDA + PROTEIN from Sphingomonas aromaticivorans plasmid pNL1 + (196 aa), FASTA scores: opt: 148, E(): 0.011, (32.7% + identity in 104 aa overlap); Q9LCU6 HYPOTHETICAL 21.2 KDA + PROTEIN from Arthrobacter sp. TM1 (192 aa), FASTA scores: + opt: 125, E(): 0.35, (31.5% identity in 92 aa overlap); + Q9L631|SPCB MYO-INOSITOL-2-DEHYDROGENASE from Streptomyces + spectabilis (374 aa); Q9WJP8|PRE-S1 PRE-S1 PROTEIN + (FRAGMENT) from Hepatitis B virus (88 aa); etc. Contains + PS00092 N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. + Mb3775c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Putative ribonuclease VapC50 (RNase VapC50) (EC + (Toxin VapC50)" + /protein_id="SIU02404.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y529" + /translation="MPCCGSLTRAPIGLCGRRTSWPRLGEPWSTASTSAPNGLTTAFA + FGYNDLIAAMNNHYKDRHVLAAAVRERAEVIVTTNLKHFPDDALKPYQIKALHPDDFL + LDQLDLYEEATKAVILGMVDAYIDPPFTPHSLLDALGEQVPQFAAKARRLFPSGSPFG + LGVLLPFDQ" + gene complement(4138912..4139304) + /locus_tag="BQ2027_MB3776C" + CDS complement(4138912..4139304) + /locus_tag="BQ2027_MB3776C" + /note="Mb3776c, -, len: 130 aa. Equivalent to Rv3750c, + len: 130 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 130 aa overlap). Possible excisionase, + similar to others e.g. Q9LCU5 PUTATIVE EXCISIONASE from + Arthrobacter sp. TM1 (174 aa) FASTA scores: opt: 297, E(): + 1.2e-12, (40.35% identity in 114 aa overlap); O85865 + PUTATIVE EXCISIONASE from Sphingomonas aromaticivorans + plasmid pNL1 (152 aa), FASTA scores: opt: 223, E(): + 7.3e-08, (39.15% identity in 97 aa overlap); Q9XBH1|XIS + EXCISIONASE from Bacteroides fragilis (124 aa) FASTA + scores: opt: 128, E(): 0.1, (30.7% identity in 88 aa + overlap); etc. Also some similarity to transcriptional + regulators. Also similar to Mycobacterium tuberculosis + hypothetical proteins e.g. + P71902|YN10_MYCTU|Rv2310|MT2372|MTCY3G12.24c (114 aa) + FASTA scores: opt: 224, E(): 4.9e-08, (42.7% identity in + 82 aa overlap). Contains helix-turn-helix motif at aa + 55-76 (Score 1925,+5.74 SD). Mb3776c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible excisionase" + /protein_id="SIU02405.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6N1" + /db_xref="InterPro:IPR009061" + /db_xref="InterPro:IPR010093" + /db_xref="InterPro:IPR041657" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6N1" + /translation="MTSLLEVLGAPEVSVCGNAGQPMTLPEPVRDALYNVVLALSQGK + GISLVPRHLKLTTQEAADLLNISRPTLVRLLEDGRIPFEKPGRHRRVSLDALLEYQQE + TRSNRRAALGELSRDALGELQAALAEKK" + gene 4139580..4139795 + /locus_tag="BQ2027_MB3777" + CDS 4139580..4139795 + /locus_tag="BQ2027_MB3777" + /note="Mb3777, -, len: 71 aa. Equivalent to Rv3751, len: + 71 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 71 aa overlap). Probable integrase + (fragment), similar to part of many e.g. Q48908 INTEGRASE + (FRAGMENT) from Mycobacterium paratuberculosis (191 aa), + FASTA scores: opt: 206, E(): 5.5e-08, (57.65% identity in + 59 aa overlap); Q9ZWV7|INT INTEGRASE from Corynephage 304L + (395 aa), FASTA scores: opt: 156, E(): 0.00036, (45.75% + identity in 59 aa overlap); Q9K722|BH3551 INTEGRASE + (PHAGE-RELATED PROTEIN) from Bacillus halodurans (378 aa), + FASTA scores: opt: 151, E(): 0.00079, (46.15% identity in + 52 aa overlap); etc. Also similarity with various + conjugative transposons. Also similar to Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P71903|Rv2309c|MTCY3G12.25 (151 aa), FASTA scores: opt: + 193, E(): 3.8e-07, (50.85% identity in 59 aa overlap); + O53403|Rv1055|MTV017.08 (78 aa), FASTA scores: opt: 171, + E(): 7.8e-06, (54.15% identity in 48 aa overlap); etc." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable integrase (fragment)" + /protein_id="SIU02406.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5G1" + /db_xref="InterPro:IPR002104" + /db_xref="InterPro:IPR011010" + /db_xref="InterPro:IPR013762" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G1" + /translation="MKRAKVQQITPHDLRHTAASLAVSAGVNVLALQRILGHKSAKVT + LDTYADLFDADLDAVAVTLGKDADQQT" + gene complement(4139837..4139923) + /locus_tag="BQ2027_SERX" + tRNA complement(4139837..4139923) + /locus_tag="BQ2027_SERX" + /product="tRNA-Ser" + /note="serX, len: 87 nt. Equivalent to serX, len: 87 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 87 nt overlap). tRNA-Ser, anticodon cga." + gene complement(4139953..4140411) + /locus_tag="BQ2027_MB3778C" + CDS complement(4139953..4140411) + /locus_tag="BQ2027_MB3778C" + /note="Mb3778c, -, len: 152 aa. Equivalent to Rv3752c, + len: 152 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 152 aa overlap). Probable + cytidine/deoxycytidylate deaminase (EC 3.5.4.-), + equivalent to Q9CB32|ML2474 POSSIBLE + CYTIDINE/DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE from Mycobacterium + leprae (171 aa), FASTA scores: opt: 890, E(): 1.6e-50, + (88.1% identity in 151 aa overlap). Also highly similar to + other deaminases and hypothetical proteins e.g. + Q9AK79|2SCD60.04c PUTATIVE DEAMINASE from Streptomyces + coelicolor (143 aa), FASTA scores: opt: 559, E(): 2.9e-29, + (66.45% identity in 146 aa overlap); Q9F9W7 CYTOSINE + DEAMINASE from Bifidobacterium longum (143 aa) FASTA + scores: opt: 512, E(): 3.1e-26, (54.85% identity in 144 aa + overlap); P21335|YAAJ_BACSU HYPOTHETICAL 17.8 KDA PROTEIN + from Bacillus subtilis (161 aa), FASTA scores: opt: 425, + E(): 1.4e-20, (47.7% identity in 151 aa overlap); + AAK74212|SP0020 CYTIDINE/DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE FAMILY + PROTEIN from Streptococcus pneumoniae (155 aa), FASTA + scores: opt: 401, E(): 4.7e-19, (46.25% identity in 147 aa + overlap); P30134|YFHC_ECOLI|B2559 HYPOTHETICAL 20.0 KDA + PROTEIN from Escherichia coli strain K12 (178 aa), FASTA + scores: opt: 397, E(): 9.5e-19, (47.0% identity in 149 aa + overlap); etc. Contains PS00903 Cytidine and + deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. + BELONGS TO THE CYTIDINE AND DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASES + FAMILY. Mb3778c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CYTIDINE/DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE" + /protein_id="SIU02407.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y550" + /db_xref="InterPro:IPR002125" + /db_xref="InterPro:IPR016192" + /db_xref="InterPro:IPR016193" + /db_xref="InterPro:IPR028883" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y550" + /translation="MTTDEDLIRAALAVAATAGPRDVPVGAVVVGADGTELARAVNAR + EALGDPTAHAEILAMRLAAGVLGDGWRLEGTTLAVTVEPCTMCAGALVLARVARLVFG + AWEPKTGAVGSLWDVVRDRRLNHRPEVRGGVLARECAAPLEAFFARQRLG" + gene complement(4140427..4140948) + /locus_tag="BQ2027_MB3779C" + CDS complement(4140427..4140948) + /locus_tag="BQ2027_MB3779C" + /note="Mb3779c, -, len: 173 aa. Equivalent to Rv3753c, + len: 166 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, only equivalent to Q9CB33|ML2473 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (159 aa) + FASTA scores: opt: 920 E(): 1.4e-52, (88.6% identity in + 158 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a single base transition (t-c) leads + to a longer product with a different 5' start compared to + its homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv + (173 aa versus 166 aa). Protein product from Mb3779c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3779c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02408.1" + /db_xref="InterPro:IPR023869" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y545" + /translation="MGAQRASTQRPAADTPDGFGVAVVREEGRWRCSPMGPKALTSLR + AAETELRELRSAGAVFGLLDVDDEFFVIVRPAPSGTRLLLSDATAALDYDIAAEVLDN + LDAEIDPEDLEDADPFEEGDLGLLSDIGLPEAVLGVILDETDLYADEQLGRIAREMGF + ADQLSAVIDRLGR" + gene 4141127..4142032 + /gene="tyrA" + /locus_tag="BQ2027_MB3780" + CDS 4141127..4142032 + /gene="tyrA" + /locus_tag="BQ2027_MB3780" + /note="Mb3780, tyrA, len: 301 aa. Equivalent to Rv3754, + len: 301 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 301 aa overlap). Probable tyrA, + prephenate dehydrogenase (EC 1.3.1.12), equivalent, but + shorter 27 aa, to Q9CB34|ML2472 POSSIBLE PREPHENATE + DEHYDROGENASE from Mycobacterium leprae (327 aa) FASTA + scores: opt: 1600, E(): 1.6e-89, (80.0% identity in 300 aa + overlap). Also similar to many pephenate dehydrogenases + e.g. Q9RND8|TYRA from Bordetella bronchiseptica + (Alcaligenes bronchisepticus) (299 aa), FASTA scores: opt: + 345, E(): 9.7e-14, (32.85% identity in 271 aa overlap); + Q9RVA7|DR1122 from Deinococcus radiodurans (372 aa) FASTA + scores: opt: 341, E(): 2e-13, (35.65% identity in 216 aa + overlap); P20692|TYRA_BACSU from Bacillus subtilis (372 + aa), FASTA scores: opt: 314, E(): 8.6e-12, (27.75% + identity in 263 aa overlap); etc. Also similar to + Q04983|TYRC_ZYMMO TYRC PROTEIN [INCLUDES: CYCLOHEXADIENYL + DEHYDROGENASE AND PREPHENATE DEHYDROGENASE ACTIVITIES] + from Zymomonas mobilis (293 aa), FASTA scores: opt: 290, + E(): 2e-10, (30.15% identity in 239 aa overlap). + Equivalent to AAK48225 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (323 aa) but shorter 22 aa. Protein product + from Mb3780 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3780 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PREPHENATE DEHYDROGENASE TYRA (PDH) + (HYDROXYPHENYLPYRUVATE SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02409.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y570" + /db_xref="InterPro:IPR003099" + /db_xref="InterPro:IPR008927" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y570" + /translation="MRAAAAAGREVFGYNRSVEGAHGARSDGFDAITDLNQTLTRAAA + TEALIVLAVPMPALPGMLAHIRKSAPGCPLTDVTSVKCAVLDEVTAAGLQARYVGGHP + MTGTAHSGWTAGHGGLFNRAPWVVSVDDHVDPTVWSMVMTLALDCGAMVVPAKSDEHD + AAAAAVSHLPHLLAEALAVTAAEVPLAFALAAGSFRDATRVAATAPDLVRAMCEANTG + QLAPAADRIIDLLSRARDSLQSHGSIADLADAGHAARTRYDSFPRSDIVTVVIGADKW + REQLAAAGRAGGVITSALPSLDSPQ" + gene complement(4141995..4142594) + /locus_tag="BQ2027_MB3781C" + CDS complement(4141995..4142594) + /locus_tag="BQ2027_MB3781C" + /note="Mb3781c, -, len: 199 aa. Equivalent to Rv3755c, + len: 199 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 199 aa overlap). Conserved + hypothetical protein showing similarity to + CAC47343|SMC03980 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) (196 aa) FASTA + scores: opt: 244, E(): 4.1e-09, (30.9% identity in 191 aa + overlap); Q9I2B5|PA1994 from Pseudomonas aeruginosa (187 + aa), FASTA scores: opt: 226, E(): 6e-08, (29.9% identity + in 194 aa overlap); and Q98N73|MLR0268 HYPOTHETICAL + PROTEIN (183 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 1.8e-08, + (27.05% identity in 185 aa overlap). Protein product from + Mb3781c detected using shotgun mass spectrometry. Mb3781c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02410.1" + /db_xref="InterPro:IPR009467" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y540" + /translation="MNAVPSDLTPRVWPAMLTWRAQDISRMESVRVQLSGKRIRANGR + IVAAATANNPAFGAHYDLQTDETGATKRFGLTVTLAERERQLAIARDEENMWLVTDHQ + GERRAAYNGALDIDLVFSPFFNALPIRRLGLHERAESIALPVVYVNVPEMSVDAATVS + YTSEGRLDGIKLRSPVADTTVTVDSDGFIVDYPGLAERM" + gene complement(4142600..4143319) + /gene="proZ" + /locus_tag="BQ2027_MB3782C" + CDS complement(4142600..4143319) + /gene="proZ" + /locus_tag="BQ2027_MB3782C" + /note="Mb3782c, proZ, len: 239 aa. Equivalent to Rv3756c, + len: 239 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 239 aa overlap). Possible proZ, + osmoprotectant transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), similar to + osmoprotection proteins (proW, proZ) involved in glycine + betaine/L-proline/choline transport, e.g. + BAB58609|Q99RI4|OPUCB|SA2236|SAV2447 OPUCB PROTEIN + (PROBABLE GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE ABC + TRANSPORTER) from Staphylococcus aureus (211 aa) FASTA + scores: opt: 434, E(): 2.5e-18, (36.6% identity in 194 aa + overlap); Q45461|OPBB_BACSU|OPUBB|PROW CHOLINE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE PROTEIN (mediate the uptake of choline for + synthesis of the osmoprotectant glycine betaine) from + Bacillus subtilis (217 aa), FASTA scores: opt: 402, E(): + 1.9e-16, (32.0% identity in 203 aa overlap); + O34878|OPCB_BACSU|OPUCB GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE + TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis + (217 aa), FASTA scores: opt: 385, E(): 1.8e-15, (30.2% + identity in 222 aa overlap); + P39775|O34657|OPUBD|PROZ|OPBD_BACSU CHOLINE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis (226 aa) + FASTA scores: opt: 350, E(): 2e-13, (31.75% identity in + 208 aa overlap); etc. COULD BELONG TO THE CYSTW SUBFAMILY. + Mb3782c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OSMOPROTECTANT (GLYCINE + BETAINE/CARNITINE/CHOLINE/L-PROLINE) TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER PROZ" + /protein_id="SIU02411.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y551" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y551" + /translation="MNFLQQALSYLLTASNWTGPVGLAVRTCEHLEYTAVAVAASALI + AVPVGLLIGHTGRGTLLVVGAVNGLRALPTLGVLLLGVLLFGLGLGPPLVALMLLGIP + SLLASTYAGIASVDPLVVDAARAMGMTESQVLLRVEVPNALPLMLGGLRSATLQVVAT + ATVAAYASLGGLGGYLIDGIKERRFHIALVGAMMVAALALTLDGLLALAGWVSVPGTG + RMRKLAAVVDKPAAGGGHALR" + gene complement(4143316..4144005) + /gene="proW" + /locus_tag="BQ2027_MB3783C" + CDS complement(4143316..4144005) + /gene="proW" + /locus_tag="BQ2027_MB3783C" + /note="Mb3783c, proW, len: 229 aa. Equivalent to Rv3757c, + len: 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Possible proW, + osmoprotectant transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), similar to + osmoprotection proteins (proW, proZ) involved in glycine + betaine/L-proline/choline transport, e.g. + BAB58607|Q99RI6|OPUCD|SA2234|SAV2445 OPUCD PROTEIN + (PROBABLE GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE ABC + TRANSPORTER) from Staphylococcus aureus (231 aa) FASTA + scores: opt: 364, E(): 7.1e-15, (30.0% identity in 220 aa + overlap); Q45461|OPBB_BACSU|OPUBB|PROW CHOLINE TRANSPORT + SYSTEM PERMEASE PROTEIN (mediate the uptake of choline for + synthesis of the osmoprotectant glycine betaine) from + Bacillus subtilis (217 aa), FASTA scores: opt: 348, E(): + 6.2e-14, (31.05% identity in 206 aa overlap); + O34878|OPCB_BACSU|OPUCB GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE + TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis + (217 aa), FASTA scores: opt: 343, E(): 1.2e-13, (30.1% + identity in 206 aa overlap); O34742|OPCD_BACSU|OPUCD + GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE TRANSPORT SYSTEM + PERMEASE PROTEIN from Bacillus subtilis (229 aa) FASTA + scores: opt: 337, E(): 2.9e-13, (31.1% identity in 193 aa + overlap); etc. COULD BELONG TO THE CYSTW SUBFAMILY. + Mb3783c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OSMOPROTECTANT (GLYCINE + BETAINE/CARNITINE/CHOLINE/L-PROLINE) TRANSPORT INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER PROW" + /protein_id="SIU02412.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y549" + /db_xref="InterPro:IPR000515" + /db_xref="InterPro:IPR035906" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y549" + /translation="MHYLMTHPGAAWALTVVHLRLSLLPVLIGLMSAVPLGLLVQRAP + LLRRLTTATASVIFTIPSLALFVVLPLIIGTRILDEANVIVALAAYTTALLVRAVLEA + LDAVPAQVHDAATAIGYSRIAQMLKVELPLSIPVLVAGLRVVAVTNIAMVSVGSVIGI + GGLGTWFTAGYQTNKSDQIVAGVVAMFLLAIVVDVVINLAGRLATPWERAPRAARRRR + QVAAPITGGAR" + gene complement(4143993..4145123) + /gene="proV" + /locus_tag="BQ2027_MB3784C" + CDS complement(4143993..4145123) + /gene="proV" + /locus_tag="BQ2027_MB3784C" + /note="Mb3784c, proV, len: 376 aa. Equivalent to Rv3758c, + len: 376 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 376 aa overlap). Possible proV, + osmoprotectant transport ATP-binding protein ABC + transporter (see citation below), highly similar to + osmoprotection proteins (proV) involved in glycine + betaine/L-proline/choline transport, e.g. + BAB58610|Q99RI3|OPUCA|SA2237|SAV2448 GLYCINE + BETAINE/CARNITINE/CHOLINE ABC TRANSPORTER (ATP-BINDING) + from Staphylococcus aureus (410 aa), FASTA scores: opt: + 816, E(): 8.4e-39, (39.5% identity in 362 aa overlap); + O34992|OPCA_BACSU|OPUCA GLYCINE BETAINE/CARNITINE/CHOLINE + TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN from Bacillus subtilis (380 + aa), FASTA scores: opt: 807, E(): 2.5e-38, (40.55% + identity in 333 aa overlap); Q45460|OPBA_BACSU|OPUBA|PROV + CHOLINE TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN from Bacillus + subtilis (381 aa), FASTA scores: opt: 801, E(): 5.6e-38, + (40.65% identity in 337 aa overlap); etc. Contains PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) and PS00211 ABC + transporter family signature. BELONGS TO THE ATP-BINDING + TRANSPORT PROTEIN FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein + product from Mb3784c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3784c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OSMOPROTECTANT (GLYCINE + BETAINE/CARNITINE/CHOLINE/L-PROLINE) TRANSPORT ATP-BINDING + PROTEIN ABC TRANSPORTER PROV" + /protein_id="SIU02413.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y530" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR017871" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y530" + /translation="MICFDDVSKVYAHGATAVDRLTLEVPNGMLTVFVGPSGCGKTTA + LRMINRMVDPTSGTITVDGTDVSTVNAVKLRLGIGYVIQNAGLMPHQRVIDNVATVPV + LKGQPRRAARKAGYEVLERVGLDPKVATRYPAQLSGGEQQRVGVARALAADPPILLMD + EPFSAVDPVVRHELQNEILRLQAELHKTIVFVTHDIDEALKLADLVAVFAPGGALAQY + DETARLLSSPANDFVSKFIGLGRGYRWLQLFDAAGLPVRDIEQVSVNGLSDARDRQVR + DGWVLVVDGAGAPLGWIDADGRRRHRGGAALSDAMTVGGSVFRPNGNLSQALDAALSS + PSGVGVAVDGGGKVIGGILAADVLAEFQKGKKAGGGAKPCTT" + gene complement(4145132..4146079) + /gene="proX" + /locus_tag="BQ2027_MB3785C" + CDS complement(4145132..4146079) + /gene="proX" + /locus_tag="BQ2027_MB3785C" + /note="Mb3785c, proX, len: 315 aa. Equivalent to Rv3759c, + len: 315 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 315 aa overlap). Possible proX, + osmoprotectant-binding lipoprotein component of + osmoprotectant transport system (see citation below), + similar to osmoprotection proteins (proX) involved in + glycine betaine/L-proline/choline transport, e.g. + AAK79442|CAC1474 PROLINE/GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORT + SYSTEM PERIPLASMIC COMPONENT from Clostridium + acetobutylicum (303 aa), FASTA scores: opt: 308, E(): + 1.2e-11, (27.4% identity in 314 aa overlap); + Q9X4J2|PROXL|SCE19A.33 PROXL PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (322 aa), FASTA scores: opt: 302, E(): 3e-11, + (27.2% identity in 327 aa overlap); O29280|AF0982 + OSMOPROTECTION PROTEIN (PROX) from Archaeoglobus fulgidus + (292 aa), FASTA scores: opt: 235, E(): 3.4e-07, (23.15% + identity in 285 aa overlap); etc. Also similar to + MTV006_16 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis, and MLU15180_43 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae. Equivalent to AAK48230 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (343 aa) but + shorter 28 aa. Contains probable N-terminal signal + sequence. Protein product from Mb3785c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3785c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE OSMOPROTECTANT (GLYCINE + BETAINE/CARNITINE/CHOLINE/L-PROLINE) BINDING LIPOPROTEIN + PROX" + /protein_id="SIU02414.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y542" + /db_xref="InterPro:IPR007210" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y542" + /translation="MRMLRRLRRATVAAAVWLATVCLVASCANADPLGSATGSVKSIV + VGSGDFPESQVIAEIYAQVLQANGFDVGRRLGIGSRETYIPALKDHSIDLVPEYIGNL + LLYFQPDATVTMLDAVELELYKRLPGDLSILTPSPASDTDTVTVTAATAARWNLKTIA + DLAPHSADVKFAAPSVFQTRPSGLPGLRHKYSLDIAPGNFVTINDGGGAVTVRALVEG + TATAANLFSTSAAIPQNHLVVLEDPEHNFLAGNIVPLVNSRKKSDHLKDVLDAVSAKL + TTAGLAELNAAVSGNSGVDPDQAARKWVRDNGFDHPVRQ" + gene 4146244..4146546 + /locus_tag="BQ2027_MB3786" + CDS 4146244..4146546 + /locus_tag="BQ2027_MB3786" + /note="Mb3786, -, len: 100 aa. Equivalent to Rv3760, len: + 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to Q50094|ML2366|MLCB12.11c + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (113 + aa), FASTA scores: opt: 423, E(): 1.2e-20, (67.7% identity + in 99 aa overlap). Also similar with Q9JST1|NMA2149 + PUTATIVE INNER MEMBRANE HYPOTHETICAL PROTEIN from + Neisseria meningitidis (serogroup A) (104 aa), FASTA + scores: opt: 113, E(): 0.95, (33.85% identity in 62 aa + overlap); and showing similarity with Q9ZAX7 ABC + TRANSPORTER MEMBRANE PROTEIN SUBUNIT from Streptococcus + mutans (498 aa), FASTA scores: opt: 108, E(): 6.7, (42.35% + identity in 85 aa overlap) (similarity at C-terminus); and + P33108|SECY_MICLU PREPROTEIN TRANSLOCASE SECY SUBUNIT from + Micrococcus luteus (Micrococcus lysodeikticus) (436 aa), + FASTA scores: opt: 106, E(): 8.2, (29.05% identity in 86 + aa overlap). Equivalent to AAK48231 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (117 aa) but shorter 17 aa. + Protein product from Mb3786 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3786 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02415.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6N8" + /db_xref="InterPro:IPR010445" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6N8" + /translation="MPGSVPGKAPEEPPVKFTRAAAVWSALIVGFLILILLLIFIAQN + TASAQFAFFGWRWSLPLGVAILLAAVGGGLITVFAGTARILQLRRAAKKTHAAALR" + gene complement(4146568..4147623) + /gene="fadE36" + /locus_tag="BQ2027_MB3787C" + CDS complement(4146568..4147623) + /gene="fadE36" + /locus_tag="BQ2027_MB3787C" + /note="Mb3787c, fadE36, len: 351 aa. Equivalent to + Rv3761c, len: 351 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 351 aa overlap). + Possible fadE36, acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), + similar to many conserved hypothetical proteins and + showing some similarity with few acyl-CoA dehydrogenases, + e.g. Q9APX7|FADE36 FADE36 PROTEIN from Pseudomonas + aeruginosa (360 aa), FASTA scores: opt: 147, E(): 0.046, + (26.15% identity in 214 aa overlap); part of + AAB52261.2|U97002 protein similar to acyl-CoA + dehydrogenases and epoxide hydrolases from Caenorhabditis + elegans (985 aa), FASTA score: (31.2% identity in 324 aa + overlap). C-terminal part is highly similar to + Q50095|U1740AK|MLU15183_45 hypothetical protein from + Mycobacterium leprae cosmid B174 (122 aa), FASTA scores: + opt: 341, E(): 7.3e-15, (57.6% identity in 99 aa overlap). + Contains PS00339 Aminoacyl-transfer RNA synthetases + class-II signature 2. Protein product from Mb3787c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3787c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE36" + /protein_id="SIU02416.1" + /db_xref="InterPro:IPR002575" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR041726" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G9" + /translation="MTSVDRLDGLDLGALDRYLRSLGIGRDGELRGELISGGRSNLTF + RVYDDASSWLVRRPPLHGLTPSAHDMAREYRVVAALGDTPVPVARTISLCQDDSVLGA + PFQVVEFVAGQVVRRRAELEALGSRSVIEGCVDALIRVLVDLHSIDPKAVGLSDFGKP + DGYLERQVRRWGSQWELVRLPDDHRDADISRLHLALQQAIPQQSRTSIVHGDYRIDNT + ILDTDDPCHVRAVVDWELSTLGDPLSDAALMCVYRDPALDLIVHAQAAWTSPLLPAAD + ELADRYSLVSGQPLGHWEFYMALAYFKLAIIAAGIDYRRRMSEQAEGKDTAAESVPDV + VAPLIARGLAEIAKKSG" + gene complement(4147702..4149582) + /locus_tag="BQ2027_MB3788C" + CDS complement(4147702..4149582) + /locus_tag="BQ2027_MB3788C" + /note="Mb3788c, -, len: 626 aa. Equivalent to Rv3762c, + len: 626 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 626 aa overlap). Possible hydrolase (EC + 3.-.-.-), highly similar to hypothetical proteins and + beta-lactamases (EC 3.5.2.6) e.g. Q9RL04|SC5G9.23 + HYPOTHETICAL 70.3 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (648 aa), FASTA scores: opt: 2088, E(): 3.7e-124, (52.9% + identity in 624 aa overlap); P32717|YJCS_ECOLI|B4083 + HYPOTHETICAL 73.2 KDA PROTEIN from Escherichia coli strain + K12 (661 aa), FASTA scores: opt: 1911, E(): 5.7e-113, + (46.9% identity in 631 aa overlap); Q9A824|CC1540 + METALLO-BETA-LACTAMASE FAMILY PROTEIN from Caulobacter + crescentus (647 aa), FASTA scores: opt: 1891, E(): 1e-111, + (48.55% identity in 628 aa overlap); Q08347|YOL164W + CHROMOSOME XV READING FRAME ORF from Saccharomyces + cerevisiae (Baker's yeast) (646 aa) FASTA scores: opt: + 1829, E(): 8.4e-108, (45.7% identity in 615 aa overlap); + Q9I5I9|PA0740 PROBABLE BETA-LACTAMASE from Pseudomonas + aeruginosa (658 aa), FASTA scores: opt: 1699, E(): + 1.4e-99, (43.15% identity in 630 aa overlap); Q52556|SDSA + ALKYL SULFATASE (protein involved in the degradation of + sulfate esters of long-chain primaryal cohols e.g. SDS + sodium dodecyl sulfate) from Pseudomonas sp (528 aa), + FASTA scores: opt: 841, E(): 1.7e-45, (33.7% identity in + 534 aa overlap); etc. N-terminual end also highly similar + to Q48790|SEPA SEPA PROTEIN (protein implicated in cell + separation) from Listeria monocytogenes (391 aa), FASTA + scores: opt: 1256, E(): 8.3e-72, (49.6% identity in 363 aa + overlap). Also slight similarity to + P96253|Rv0407|MTCY22G10.03 HYPOTHETICAL 37.0 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (336 aa). Protein product + from Mb3788c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3788c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible hydrolase" + /protein_id="SIU02417.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y554" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR029228" + /db_xref="InterPro:IPR029229" + /db_xref="InterPro:IPR036527" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="InterPro:IPR038536" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y554" + /translation="MPMEHKPPTAVIQAAHGEHSLPLHDTTDFDDADRGFIAALSPCV + IKAADGRVVWDNDAYSFLDGAAPTSVHPSLWRQSQLTAKQGLYQVVPGIYQVRGFDIS + NISFVEGDTGLIVIDPLVSTEVAAAALDLYRAHRGADRPVVAVIYTHSHVDHFGGVLG + GTTQADVDAGKVAVLAPEGFTAHAVQENIYAGSAMMRRAGYMYGTVLARGLRGHVGCG + LGQTLSTGEVSLVVPTVDITETGETHTIDGVEIEFQMAPGTEAPAEMHFYFPRFRALC + MAENATHNLHNLLTLRGALVRDPRAWSGYLTEAIDTFADRTDVVFASHHWPTWGREKI + VEFLSQQRDMHSYLHDQTLRLLNQGYTGVEIAEMFQLPPALQRAWHTHGYYGSVSHNV + KAIYQRYMGWFDGNPGWLWPHPPEALAPRYVDALGGIDRVLELAREAFDAGDFRWAAT + LLDHAVFADSEHAAARGLYADTLEQLAYGAECATWRNFFLTGAAELRDGNPGSSGQVP + APTFFAQLTPDQIFDVLAISINGPRAWDLDLAIDFTFTEPDVNYRLTLRNGVLIHRKL + PADPATANATVTVGDKVRLVAAALGDISSPGFEVFGDRTVLQTFLSVLDRPDSAFNIV + TP" + gene 4149753..4150232 + /gene="lpqH" + /locus_tag="BQ2027_MB3789" + CDS 4149753..4150232 + /gene="lpqH" + /locus_tag="BQ2027_MB3789" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3789, lpqH, len: 159 aa. Equivalent to Rv3763, + len: 159 aa, from Mycobacetrium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 159 aa overlap). lpqH, conserved 19 + KDa lipoprotein antigen precursor (see citations below), + equivalent to P31502|19KD_MYCIT|MI22 19 KDA LIPOPROTEIN + ANTIGEN PRECURSOR (MI22 ANTIGEN) from Mycobacterium + intracellulare (162 aa), FASTA scores: opt: 773, E(): + 6.2e-35, 75.95(% identity in 162 aa overlap); + P46733|19KD_MYCAV 19 KDA LIPOPROTEIN ANTIGEN PRECURSOR + from M. avium (161 aa), FASTA scores: opt: 743, E(): + 2.5e-33, (72.5% identity in 160 aa overlap); and + Q9X7A5|LPQH|ML1966 POSSIBLE LIPOPROTEIN from Mycobacterium + leprae FASTA scores: opt: 371, E(): 2.2e-13, (42.6% + identity in 162 aa overlap). POSSIBLY ATTACHED TO THE + MEMBRANE BY A LIPID ANCHOR. SIMILAR TO OTHER MYCOBACTERIUM + 19 KDA ANTIGEN. Contains PS00013 Prokaryotic membrane + lipoprotein lipid attachment site. Protein product from + Mb3789 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3789 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="19 KDA LIPOPROTEIN ANTIGEN PRECURSOR LPQH" + /protein_id="SIU02418.1" + /db_xref="GOA:P0A5J1" + /db_xref="InterPro:IPR008691" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5J1" + /translation="MKRGLTVAVAGAAILVAGLSGCSSNKSTTGSGETTTAAGTTASP + GAASGPKVVIDGKDQNVTGSVVCTTAAGNVNIAIGGAATGIAAVLTDGNPPEVKSVGL + GNVNGVTLGYTSGTGQGNASATKDGSHYKITGTATGVDMANPMSPVNKSFEIEVTCS" + gene complement(4150288..4151715) + /gene="tcry" + /locus_tag="BQ2027_MB3790C" + CDS complement(4150288..4151715) + /gene="tcry" + /locus_tag="BQ2027_MB3790C" + /note="Mb3790c, -, len: 475 aa. Equivalent to Rv3764c, + len: 475 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 475 aa overlap). Possible histidine + protein kinase (EC 2.7.3.-), part of a two-component + regulatory system, similar to others e.g. + Q9ADN6|2SC10A7.25 PUTATIVE TWO COMPONENT SYSTEM HISTIDINE + KINASE from Streptomyces coelicolor (524 aa), FASTA + scores: opt: 1332, E(): 5.4e-70, (49.9% identity in 477 aa + overlap); Q9L3C1|KB|CAC42479 PUTATIVE HISTIDINE KINASE + from Amycolatopsis mediterranei (469 aa), FASTA scores: + opt: 515, E(): 1.4e-22, (36.1% identity in 313 aa + overlap); P72560 HISTIDINE PROTEIN KINASE from + Synechococcus sp. strain PCC 7942 (Anacystis nidulans R2) + (438 aa), FASTA scores: opt: 480, E(): 1.4e-20, (40.1% + identity in 232 aa overlap); + P30847|P76401|BAES_ECOLI|B2078 SENSOR PROTEIN from + Escherichia coli strain K12 (467 aa); etc. Also similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96368|Rv1032c|MTCY10G2.17 (509 aa), FASTA scores: opt: + 1007, E(): 4e-51, (43.5% identity in 416 aa overlap); and + P71815|Rv0758|MTCY369.03 (485 aa), FASTA scores: opt: 738, + E(): 1.6e-35, (28.6% identity in 438 aa overlap). + Equivalent to AAK48235 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (506 aa) but shorter 31 aa. Protein product + from Mb3790c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3790c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible two component sensor kinase tcry" + /protein_id="SIU02419.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y574" + /db_xref="InterPro:IPR003594" + /db_xref="InterPro:IPR003660" + /db_xref="InterPro:IPR003661" + /db_xref="InterPro:IPR004358" + /db_xref="InterPro:IPR005467" + /db_xref="InterPro:IPR036097" + /db_xref="InterPro:IPR036890" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y574" + /translation="MGITAATEMALRRHLVAQLDNQLGGTSYRSVLMYPEKMPRPPWR + RETHNYIRSGPGPRFLDAPGQPAGMVAAVVSDGTTVAAGYLTGSGSRAALTSTGRSQL + ERIAGSRTPLTLDLDGLGRYRVLAAPSRNGHDVIVTGLSMGNVDATMLQMLIIFGIVT + VIALVAATTAGIVIIKRALAPLRRVAQTASEVVDLPLDRGEVKLPVRVPEPDANPSTE + VGQLGSALNRMLDHIAAALSARQASETRVRQFVADASHELRTPLAAIRGYTELTQRIG + DDPEAVAHAMSRVASETERITRLVEDLLLLARLDSGRPLERGPVDMSRLAVDAVSDAH + VAGPDHQWALDLPPEPVVIPGDAARLHQVVTNLLANARVHTGPGTIVTTRLSTGPTHV + VLQVIDNGPGIPAALQSEVFERFARGDTSRSRQAGSTGLGLAIVSAVVKAHNGTITVS + SSPGYTEFAVRLPLDGWQPLESSPR" + gene complement(4151786..4152490) + /gene="tcrx" + /locus_tag="BQ2027_MB3791C" + CDS complement(4151786..4152490) + /gene="tcrx" + /locus_tag="BQ2027_MB3791C" + /note="Mb3791c, -, len: 234 aa. Equivalent to Rv3765c, + len: 234 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 234 aa overlap). Probable response + regulator of a two-component regulatory system, highly + similar to others e.g. Q9ADN7|2SC10A7.24 PUTATIVE TWO + COMPONENT SYSTEM RESPONSE REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (271 aa), FASTA scores: opt: 1111, E(): + 4.8e-63, (72.3% identity in 231 aa overlap); Q9F161 + RESPONSE REGULATOR from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (232 aa), FASTA scores: opt: 692, + E(): 1.2e-36, (46.0% identity in 226 aa overlap); + Q9KZU5|SCD84.23c PUTATIVE TWO-COMPONENT SYSTEN RESPONSE + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (248 aa), FASTA + scores: opt: 674, E(): 1.7e-35, (44.05% identity in 236 aa + overlap); etc. Also highly similar to others from + Mycobacterium tuberculosis e.g. Q50806|Rv1033c|MTCY10G2.16 + RESPONSE REGULATOR HOMOLOG (257 aa), FASTA scores: opt: + 947, E(): 1e-52, (59.5% identity in 232 aa overlap); + P71814|Rv0757|MTCY369.02 PHOP-LIKE PROTEIN (247 aa) FASTA + scores: opt: 829, E(): 2.8e-45, (54.65% identity in 225 aa + overlap); O53894|Rv0981|MTV044.09 (230 aa), FASTA scores: + opt: 662, E(): 9e-35, (44.65% identity in 224 aa overlap); + and also similar to MTCY31_34; MTCY19H5_20; MTY13628_5; + MTCY20G9_17; and to MLCB57_27 from Mycobacterium leprae; + and MBY13627_3 from Mycobacterium bovis BCG. Equivalent to + AAK48236 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (286 aa) but shorter 52 aa. THE N-TERMINAL REGION IS + SIMILAR TO THAT OF OTHER REGULATORY COMPONENTS OF SENSORY + TRANSDUCTION SYSTEMS. SIMILAR TO BACTERIAL REGULATORY + PROTEINS INVOLVED IN SIGNAL TRANSDUCTION. Protein product + from Mb3791c detected using SWATH mass spectrometry. + Mb3791c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable two component transcriptional + regulatory protein tcrx" + /protein_id="SIU02420.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y557" + /db_xref="InterPro:IPR001789" + /db_xref="InterPro:IPR001867" + /db_xref="InterPro:IPR011006" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039420" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y557" + /translation="MRRADGQPVTVLVVDDEPVLAEMVSMALRYEGWNITTAGDGSSA + IAAARRQRPDVVVLDVMLPDMSGLDVLHKLRSENPGLPVLLLTAKDAVEDRIAGLTAG + GDDYVTKPFSIEEVVLRLRALLRRTGVTTVDSGAQLVVGDLVLDEDSHEVMRAGEPVS + LTSTEFELLRFMMHNSKRVLSKAQILDRVWSYDFGGRSNIVELYISYLRKKIDNGREP + MIHTLRGAGYVLKPAR" + gene 4152999..4153688 + /locus_tag="BQ2027_MB3792" + CDS 4152999..4153688 + /locus_tag="BQ2027_MB3792" + /note="Mb3792, -, len: 229 aa. Equivalent to Rv3766, len: + 229 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 229 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Segment 183 to 229 highly similar to C-terminal + part of O06288|Rv3594|MTCY07H7B.28c CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (275 aa), FASTA + scores: opt: 128, E(): 0.92, (46.8% identity in 47 aa + overlap). Protein product from Mb3792 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3792 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02421.1" + /db_xref="InterPro:IPR017853" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y559" + /translation="MRSAFDSGRLTFGIVYTYARPNWWANANTVRSMIDAAGGLHPRV + ALMLDVESGGNPPGDGSSWINRLYWNLADYAGSPVRIIGYANAYDFFNMWRVRPAGLR + VIGAGYGSNPNLPGQVAHQYTDGSGYSPNLPQGAPPFGRCDMNSANGLTPQQFAAACG + VTTTGGPLMALTDEEQTELLTKVREIWDQLRGPNGAGWPQLGQNEQGQDLTPVDAIAV + IKNDVAAMLAE" + gene complement(4153702..4154646) + /locus_tag="BQ2027_MB3793C" + CDS complement(4153702..4154646) + /locus_tag="BQ2027_MB3793C" + /note="Mb3793c, -, len: 314 aa. Equivalent to Rv3767c, + len: 314 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 314 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar to other Mycobacterium + tuberculosis hypothetical proteins e.g. + P96823|Rv0146|MTCI5.20 HYPOTHETICAL 34.0 KDA PROTEIN (310 + aa), FASTA scores: opt: 909, E(): 5.3e-50, (48.1% identity + in 316 aa overlap); O53686|Rv0281|MTV035.09 (302 aa), + FASTA scores: opt: 802, E(): 2.8e-43, (45.2% identity in + 314 aa overlap); + Q50726|YX99_MYCTU|Rv3399|MT3507|MTCY78.29c (348 aa), FASTA + scores: opt: 796, E(): 7.6e-43, (45.35% identity in 302 aa + overlap); MTCY78_30; MTCY31_23; MTCY210_45; MTCY4C12_14; + MTY13D12_21, MTCI5_19; MTCY180_22; etc. Contains probable + N-terminal signal sequence Protein product from Mb3793c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3793c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible s-adenosylmethionine-dependent + methyltransferase" + /protein_id="SIU02422.1" + /db_xref="GOA:Q7TVQ7" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVQ7" + /translation="MPRTDNDSWAITESVGATALGVAAARAAETESDNPLINDPFARI + FVDAAGDGIWSMYTNRTLLAGATDLDPDLRAPIQQMIDFMAARTAFFDEYFLATADAG + VRQVVILASGLDSRAWRLPWPDGTVVYELDQPKVLEFKSATLRQHGAQPASQLVNVPI + DLRQDWPKALQKAGFDPSKPCAWLAEGLVRYLPARAQDLLFERIDALSRPGSWLASNV + PGAGFLDPERMRRQRADMRRMRAAAAKLVETEISDVDDLWYAEQRTAVAEWLRERGWD + VSTATLPELLARYGRSIPHSGEDSIPPNLFVSAQRATS" + gene 4154776..4155135 + /locus_tag="BQ2027_MB3794" + CDS 4154776..4155135 + /locus_tag="BQ2027_MB3794" + /note="Mb3794, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv3768, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3794 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3794 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02423.1" + /db_xref="InterPro:IPR032710" + /db_xref="InterPro:IPR037401" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y555" + /translation="MGSTPPRTPQEVFAHHGQALAAGDLDEIVADYADDSFVITPAGI + ARGKEGIRQLFVKLLDDIPNALWDLKTQIFEGDILFLEWTANSAVSRVDDGVDTFVFR + DGTIWAHTVRYTPHPKT" + gene 4155321..4155593 + /locus_tag="BQ2027_MB3795" + CDS 4155321..4155593 + /locus_tag="BQ2027_MB3795" + /note="Mb3795, -, len: 90 aa. Equivalent to Rv3769, len: + 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 90 aa overlap). Hypothetical unknown + protein, possible coiled-coil protein. Protein product + from Mb3795 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3795 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02424.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y558" + /translation="MTTLKELGARVAALEANQADYRAVLAAVNPPGANQREIATTVRE + HTGRLDRVTTKVGQLAAKSDDTNARVRSLEEGQAEIKDLLLRALDK" + gene complement(4155906..4156481) + /locus_tag="BQ2027_MB3796C" + CDS complement(4155906..4156481) + /locus_tag="BQ2027_MB3796C" + /note="Mb3796c, -, len: 191 aa. Equivalent to Rv3770c, + len: 191 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 191 aa overlap). Hypothetical unknown + leu-rich protein. Protein product from Mb3796c detected + using shotgun mass spectrometry. Mb3796c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL LEUCINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU02425.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6P7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6P7" + /translation="MLSGIQQNTLMDNDPLAHGYYVADLLVALAVVVLMLRARRTRPE + LARMLLLGTLIGLVWELPVFGLSAWTNTPIIEWATPLPLPTVVFLLAHSVWDGALLTM + GWLLARALTGEPAGALGLTVQVLWGQLTALAVELSAILAGTWSYVDDLWFNPVMFWFR + GHPVTAAMQLTWLLAPLCFAALVRRLALTAR" + gene complement(4156587..4156769) + /locus_tag="BQ2027_MB3797C" + CDS complement(4156587..4156769) + /locus_tag="BQ2027_MB3797C" + /note="Mb3797c, -, len: 60 aa. Equivalent to Rv3770A, len: + 60 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 60 aa overlap). Probable remnant of a + transposase, similar to many e.g. + Rv2812|MTCY16B7.31c|Z81331_17 IS1604 putative transposase + from Mycobacterium tuberculosis (469 aa), FASTA scores: + opt: 204, E(): 1e-07, (80.5% identity in 41 aa overlap). + Continuation of Rv3770B." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE REMNANT OF A TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02426.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I5" + /translation="MGSTPWCPNPCQCTLRTPVEVLELAVALRPENPDRTAGAIQRIL + RAQLAGDRIALRGRGS" + gene complement(4156784..4156975) + /locus_tag="BQ2027_MB3798C" + CDS complement(4156784..4156975) + /locus_tag="BQ2027_MB3798C" + /note="Mb3798c, -, len: 63 aa. Equivalent to Rv3770B, len: + 63 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 63 aa overlap). Probable remnant of a + transposase, similar to many e.g. + Rv2812|MTCY16B7.31c|Z81331_17 IS1604 putative transposase + from Mycobacterium tuberculosis (469 aa), FASTA scores: + opt: 379, E(): 1.6e-21, (93.55% identity in 62 aa + overlap). Continues as Rv3770A. Mb3798c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE REMNANT OF A TRANSPOSASE" + /protein_id="SIU02427.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y578" + /translation="MRAERARAIGLFRYQLIREAADAAHSTKERGKMVRELASREHTD + PFGRKVRISRHTIDRWIRN" + gene complement(4157110..4157436) + /locus_tag="BQ2027_MB3799C" + CDS complement(4157110..4157436) + /locus_tag="BQ2027_MB3799C" + /note="Mb3799c, -, len: 108 aa. Equivalent to Rv3771c, + len: 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 108 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar, but shorter 81 aa, to + P71640|Rv2811|MTCY16B7.32c HYPOTHETICAL 21.1 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (202 aa), FASTA scores: + opt: 469, E(): 2.7e-25, (73.15% identity in 108 aa + overlap),Mb3799c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02428.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y575" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y575" + /translation="MPAPAEKALSQVGFRRIAADLARPAETVRGWLRRFAERAEAVRS + VFTVMLRAVDPDPVMPDAAVGVFAYAVTVIAAVVTVIECQFALSTVSLAETAVAVSGG + RLVAPG" + gene complement(4157571..4157643) + /locus_tag="BQ2027_ARGU" + tRNA complement(4157571..4157643) + /locus_tag="BQ2027_ARGU" + /product="tRNA-Arg" + /note="argU, len: 73 nt. Equivalent to argU, len: 73 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 73 nt overlap). tRNA-Arg, anticodon acg." + gene complement(4157674..4157762) + /locus_tag="BQ2027_SERT" + tRNA complement(4157674..4157762) + /locus_tag="BQ2027_SERT" + /product="tRNA-Ser" + /note="serT, len: 89 nt. Equivalent to serT, len: 89 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 89 nt overlap). tRNA-Ser, anticodon gct." + gene 4157840..4158901 + /gene="hisC2" + /locus_tag="BQ2027_MB3800" + CDS 4157840..4158901 + /gene="hisC2" + /locus_tag="BQ2027_MB3800" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3800, hisC2, len: 353 aa. Equivalent to Rv3772, + len: 353 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 353 aa overlap). Probable hisC2, + histidinol-phosphate aminotransferase (EC 2.6.1.9), highly + similar to Q9ZBY8|SCD78.11 PUTATIVE HISTIDINOL-PHOPHATE + AMINOTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (359 aa), + FASTA scores: opt: 1165, E(): 7.1e-64, (52.55% identity in + 356 aa overlap); and similar to many e.g. Q9EYX2 from + Gardnerella vaginalis (317 aa) FASTA scores: opt: 814, + E(): 1.7e-42, (45.15% identity in 308 aa overlap); + Q9CMI7|HISH_1PM0838|HISH from Pasteurella multocida (365 + aa), FASTA scores: opt: 701, E(): 1.5e-35, (35.05% + identity in 351 aa overlap); O07131|HIS8_METFL|HISC|HISH + from Methylobacillus flagellatum (368 aa), FASTA scores: + opt: 645, E(): 4e-32, (34.5% identity in 345 aa overlap); + etc. Contains PS00599 Aminotransferases class-II + pyridoxal-phosphate attachment site. BELONGS TO CLASS-II + OF PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. + COFACTOR: PYRIDOXAL PHOSPHATE. Protein product from Mb3800 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3800 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE + HISC2 (IMIDAZOLE ACETOL-PHOSPHATE TRANSAMINASE) + (IMIDAZOLYLACETOLPHOSPHATE AMINOTRANSFERASE)" + /protein_id="SIU02429.1" + /db_xref="GOA:Q7TVQ0" + /db_xref="InterPro:IPR001917" + /db_xref="InterPro:IPR004839" + /db_xref="InterPro:IPR005861" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="InterPro:IPR024892" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVQ0" + /translation="MTARLRPELAGLPVYVPGKTVPGAIKLASNETVFGPLPSVRAAI + DRATDTVNRYPDNGCVQLKAALARHLGPDFAPEHVAVGCGSVSLCQQLVQVTASVGDE + VVFGWRSFELYPPQVRVAGAIPIQVPLTDHTFDLYAMLAAVTDRTRLIFVCNPNNPTS + TVVGPDALARFVEAVPAHILIAIDEAYVEYIRDGMRPDSLGLVRAHNNVVVLRTFSKA + YGLAGLRIGYAIGHPDVITALDKVYVPFTVSSIGQAAAIASLDAADELLARTDTVVAE + RARVSAELRAAGFTLPPSQANFVWLPLGSRTQDFVEQAADARIVVRPYGTDGVRVTVA + APEENDAFLRFARRWRSDQ" + gene complement(4158947..4159291) + /locus_tag="BQ2027_MB3801C" + CDS complement(4158947..4159291) + /locus_tag="BQ2027_MB3801C" + /note="Mb3801c, -, len: 114 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3773c, len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 114 aa overlap). + Hypothetical protein, highly similar to C-terminal end of + O53773|Rv0576|MTV039.14 POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + from Mycobacterium tuberculosis (434 aa), FASTA scores: + opt: 575, E(): 8.3e-30, (47.4% identity in 192 aa + overlap); and some similarity with other proteins from + Mycobacterium tuberculosis e.g. P71985|Rv1727|MTCY04C12.12 + (189 aa) FASTA scores: opt: 176, E(): 0.00022, (31.1% + identity in 180 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis Rv3773c exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-a) splits Rv3773c in two parts, Mb3802c and + Mb3801c. Protein product from Mb3801c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3801c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02430.1" + /db_xref="InterPro:IPR017517" + /db_xref="InterPro:IPR017520" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y567" + /translation="MERLVSGAARSALDAWHRHGLEGDVSLGPGSMSAKVAVSVFSVE + FLVHAWDYAVAVGSELKAADSLAEYVLELARKLIKPEERSVAGFNEPVDVPEDGGALE + RLIAFTGRNPAR" + gene complement(4159296..4159532) + /locus_tag="BQ2027_MB3802C" + CDS complement(4159296..4159532) + /locus_tag="BQ2027_MB3802C" + /note="Mb3802c, -, len: 78 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3773c, len: 194 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 52 aa overlap). + Hypothetical protein, highly similar to C-terminal end of + O53773|Rv0576|MTV039.14 POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR + from Mycobacterium tuberculosis (434 aa), FASTA scores: + opt: 575, E(): 8.3e-30, (47.4% identity in 192 aa + overlap); and some similarity with other proteins from M. + tuberculosis e.g. P71985|Rv1727|MTCY04C12.12 (189 aa) + FASTA scores: opt: 176, E(): 0.00022, (31.1% identity in + 180 aa overlap). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv3773c exists as + a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to + a single base insertion (*-a) splits Rv3773c into 2 parts, + Mb3801c and Mb3802c. Mb3802c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02431.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y571" + /translation="MPPESRPGPDSPPTDELACAEAALQVLQQVLHTIGRQDKAKQTP + CPGYDVKKTNRAFAQLNHGPRRHGRRGILTACGH" + gene 4159556..4160380 + /gene="echA21" + /locus_tag="BQ2027_MB3803" + CDS 4159556..4160380 + /gene="echA21" + /locus_tag="BQ2027_MB3803" + /note="Mb3803, echA21, len: 274 aa. Equivalent to Rv3774, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 274 aa overlap). Possible echA21, + enoyl-CoA hydratase (EC 4.2.1.17), equivalent to + Q9CD94|ECHA1|ML0120 PUTATIVE ENOYL-COA HYDRATASE from + Mycobacterium leprae (278 aa), FASTA scores: opt: 1593, + E(): 2.2e-92, (88.3% identity in 274 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9I2S4|PA1821 from Pseudomonas + aeruginosa (270 aa), FASTA scores: opt: 761, E(): 2e-40, + (42.3% identity in 267 aa overlap); Q9FHR8 from + Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (278 aa) FASTA + scores: opt: 638, E(): 9.9e-33, (39.4% identity in 269 aa + overlap); Q9AB78|CC0353 from Caulobacter crescentus (286 + aa), FASTA scores: opt: 601, E(): 2.1e-31, (39.25% + identity in 266 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3803 detected using shotgun mass spectrometry. Mb3803 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible enoyl-coa hydratase echa21 (enoyl + hydrase) (unsaturated acyl-coa hydratase) (crotonase)" + /protein_id="SIU02432.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y566" + /db_xref="InterPro:IPR001753" + /db_xref="InterPro:IPR014748" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y566" + /translation="MGETYESVTVETKDQVAQVTLIGPGKGNAMGPAFWSEMPEVFHA + LDADREVRAIVITGSGKNFSYGLDVPAMGGMFAPLIADGALARPRTDFHTEILRMQKA + INAVADCRTPTIAAVQGWCIGGAVDLISAVDIRYASADAKFSVREVKLAIVADMGSLA + RLPLILSDGHLRELALTGKNIDAARAEKIGLVNDVYDDADQTLAAAHATAAEIAANPP + LAVYGIKDVLDQQRTSAVSENLRYVAAWNAAFLPSKDLTEGISATFAKRPPQFTGE" + gene 4160392..4161639 + /gene="lipE" + /locus_tag="BQ2027_MB3804" + CDS 4160392..4161639 + /gene="lipE" + /locus_tag="BQ2027_MB3804" + /note="Mb3804, lipE, len: 415 aa. Equivalent to Rv3775, + len: 415 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 415 aa overlap). Probable lipE, + hydrolase lipase (EC 3.1.-.-), equivalent to + Q9CD95|LIPE|ML0119 PROBABLE HYDROLASE from Mycobacterium + leprae (411 aa), FASTA scores: opt: 2418, E(): 6.4e-144, + (84.75% identity in 406 aa overlap). Also similar to other + esterases e.g. Q9ABH2|CC0255 ESTERASE A from Caulobacter + crescentus (374 aa), FASTA scores: opt: 427, E(): 2.4e-19, + (28.9% identity in 391 aa overlap); O87861|ESTA ESTERASE A + from Streptomyces chrysomallus (389 aa), FASTA scores: + opt: 417, E(): 1e-18, (31.0% identity in 361 aa overlap); + Q9RK50|SCF12.08 PUTATIVE ESTERASE from Streptomyces + coelicolor (376 aa), FASTA scores: opt: 385, E(): 1e-16, + (31.35% identity in 373 aa overlap); etc. Also similar to + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P71778|Rv1497|MTCY277.19 HYPOTHETICAL 45.8 KDA PROTEIN + (429 aa), FASTA scores: opt: 457, E(): 3.5e-21, (30.4% + identity in 395 aa overlap). Protein product from Mb3804 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3804 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable lipase lipe" + /protein_id="SIU02433.1" + /db_xref="InterPro:IPR001466" + /db_xref="InterPro:IPR012338" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y568" + /translation="MRAGDGKIRVPADLDAVTATGEEDHSEIDGAAVDRIWRAARHWY + RAGMHPAIQLCIRHHGRVVLNRAIGHGWGNAPTDEADAEKIPVTTDTPFCVYSAAKAI + TATVVHMLVERGHFALDDRVCEYLPSYTSHGKHRTTIRHVLTHSAGVPFPTGPRPDVR + RADDHEYAVERLGELRPLYRPGLVHIYHALTWGPLMREIVYAATGKEIREILATEILD + PLGFRWTNFGVAERDVPLVAPSHATGRQLPPVIAAVFRKAIGGTVHEIIPYTNTPFFL + STILPSSNTVSTANELSRFMEILRRGGELDGVRVLSPETLRGAVTECRRLRPDFATGL + MPLRWGTGFMLGSAKYGPFGRNAPAAFGHLGLVNIAVWADPERALSGGLISSGKPGRD + PEAGRYGALLNAITAEIPRASSG" + gene 4161796..4163355 + /locus_tag="BQ2027_MB3805" + CDS 4161796..4163355 + /locus_tag="BQ2027_MB3805" + /note="Mb3805, -, len: 519 aa. Equivalent to Rv3776, len: + 519 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 519 aa overlap). Hypothetical protein, + highly similar to Q10709|YL00_MYCTU|Rv2100|MTCY49.40 + HYPOTHETICAL 58.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (550 aa) FASTA scores: opt: 1646, E(): + 1.2e-83, (77.85% identity in 510 aa overlap) (homology + from potential start at 7744); and similar to other + proteins from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv + and CDC1551) e.g. O33266|Rv0336|MTCY279.03 (503 aa) FASTA + scores: opt: 682, E(): 2.2e-30, (41.65% identity in 497 aa + overlap). Protein product from Mb3805 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3805 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02434.1" + /db_xref="InterPro:IPR003615" + /db_xref="InterPro:IPR003870" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y565" + /translation="MFEISLSDPVELRDADDAALLAAIEDCARAEVAAGARRLSAIAE + LTSRRTGNDQRADWACDGWDCAAAEVAAALTVSHRKASGQMHLSLTLNRLPQVAALFL + AGQLSARLVSIIAWRTYLVRDPEALSLLDAALAKHATAWGPLSAPKLEKAIDSWIDRY + DPAALRRTRISARSRDLCIGDPDEDAGTAALWGRLFATDAAMLDKRLTQLAHGVCDDD + PRTIAQRRADALGALAAGADRLTCGCGNSDCPSSAGNHRQATGVVIHVVADAAALGAA + PDPRLSGPEPALAPEAPATPAVKPPAALISGGGVVPAPLLAELIRGGAALSRVRHPGD + LRSEPHYRPSAKLAEFVRIRDMTCRFPGCDQPTEFCDIDHTLPYPLGPTHPSNLKCLC + RKHHLLKTFWTGWRDVQLPDGTIIWTAPNGHTYTTHPDSRIFLPSWHTTTAALPPAPS + PPAIGPTHTLLMPRRRRTRAAELAHRIKRERAHVTQRNKPPPSGGDTAVAEGFEPPDG + VSRLSLSRRVH" + gene complement(4163288..4163374) + /locus_tag="BQ2027_SERU" + tRNA complement(4163288..4163374) + /locus_tag="BQ2027_SERU" + /product="tRNA-Ser" + /note="serU, len: 87 nt. Equivalent to serU, len: 87 nt, + from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 87 nt overlap). tRNA-Ser, anticodon tga." + gene 4163401..4164387 + /locus_tag="BQ2027_MB3806" + CDS 4163401..4164387 + /locus_tag="BQ2027_MB3806" + /note="Mb3806, -, len: 328 aa. Equivalent to Rv3777, len: + 328 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H7Rv, + (99.7% identity in 328 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to Q9CD96|ML0118 + PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium leprae (336 aa) + FASTA scores: opt: 1661, E(): 1.1e-87, (76.0% identity in + 325 aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9XA55|SCGD3.24c PUTATIVE QUINONE OXIDOREDUCTASE (EC + 1.6.5.5) from Streptomyces coelicolor (326 aa) FASTA + scores: opt: 1118, E(): 1.3e-64, (59.6% identity in 312 aa + overlap); O65423|F18E5.200|F17L22.40|AT4G21580 PUTATIVE + NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE from Arabidopsis thaliana + (Mouse-ear cress) (325 aa), FASTA scores: opt: 1110, E(): + 3e-56, (52.15% identity in 326 aa overlap); Q98FI0|MLL3767 + NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (326 aa), FASTA scores: opt: 980, + E(): 7.9e-49, (47.85% identity in 324 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3806 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3806 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable oxidoreductase" + /protein_id="SIU02435.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6Q7" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR014189" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Q7" + /translation="MTIMRAVVAESSDRLVWQEVPDVSAGPGEVLIKVAASGVNRADV + LQAAGKYPPPPGVSDIIGLEVSGIVAAVGPGVTEWSAGQEVCALLAGGGYAEYVAVPA + DQVLPIPPSVNLVDSAALPEVACTVWSNLVMTAHLRPGQLVLIHGGASGIGSHAIQVA + RALAARVAITAGSPEKLELCRDLGAQITINYRDEDFVARLKQETDGSGADIILDIMGA + SYLDRNIDALATDGQLIVIGMQGGVKAELNLGKLLTKRARVIGTTLRARPVSGPHGKA + AIAQAVAASVWPMIAANRVRPVIGTRLPIQQAAQAHELMLSGKTFGKILLTV" + gene complement(4164406..4165602) + /locus_tag="BQ2027_MB3807C" + CDS complement(4164406..4165602) + /locus_tag="BQ2027_MB3807C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3807c, -, len: 398 aa. Equivalent to Rv3778c, + len: 398 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 398 aa overlap). Possible + aminotransferase (EC 2.6.1.-), equivalent to Q9CD97|ML0117 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (398 aa) + FASTA scores: opt: 2141, E(): 1.2e-123, (83.4% identity in + 398 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9K3K6|SCG20A.34 PUTATIVE AMINOTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (400 aa), FASTA scores: opt: 723, + E(): 6.5e-37, (36.3% identity in 402 aa overlap); + Q9KSS2|VC1184 NIFS-RELATED PROTEIN + (AMINOTRANSFERASE-RELATED) from Vibrio cholerae (416 aa) + FASTA scores: opt: 595, E(): 4.5e-29, (31.35% identity in + 405 aa overlap); Q98NK4|MLR0102 AMINOTRANSFERASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (425 aa), FASTA + scores: opt: 563, E(): 4.2e-27, (29.4% identity in 408 aa + overlap); Q9RY03|DR0151 NIFS-RELATED PROTEIN from + Deinococcus radiodurans (401 aa), FASTA scores: opt: 484, + E(): 2.7e-22, (32.35% identity in 399 aa overlap); + Q9A766|CC1860 AMINOTRANSFERASE CLASS V from Caulobacter + crescentus (408 aa), FASTA scores: opt: 390, E(): 1.5e-16, + (27.85% identity in 413 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3807c detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3807c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE AMINOTRANSFERASE" + /protein_id="SIU02436.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J0" + /db_xref="InterPro:IPR000192" + /db_xref="InterPro:IPR011340" + /db_xref="InterPro:IPR015421" + /db_xref="InterPro:IPR015422" + /db_xref="InterPro:IPR015424" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J0" + /translation="MAYDVARVRGLHPSLGDGWVHFDAPAGMLIPDSVATTVSTAFRR + SGASTVGAHPSARRSAAVLDAAREAVADLVNADPGGVVLGADRAVLLSLLAEASSSRA + GLGYEVIVSRLDDEANIAPWLRAAHRYGAKVKWAEVDIETGELPTWQWESLISKSTRL + VAVNSASGTLGGVTDLRAMTKLVHDVGALVVVDHSAAAPYRLLDIRETDADVVTVNAH + AWGGPPIGAMVFRDPSVMNSFGSVSTNPYATGPARLEIGVHQFGLLAGVVASIEYLAA + LDESARGSRRERLAVSMQSADAYLNRVFDYLMVSLRSLPLVMLIGRPEAQIPVVSFAV + HKVPADRVVQRLADNGILAIANTGSRVLDVLGVNDVGGAVTVGLAHYSTMAEVDQLVR + ALASLG" + gene 4165692..4167692 + /locus_tag="BQ2027_MB3808" + CDS 4165692..4167692 + /locus_tag="BQ2027_MB3808" + /note="Mb3808, -, len: 666 aa. Equivalent to Rv3779, len: + 666 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 666 aa overlap). Probable conserved + transmembrane ala-, leu-rich protein, equivalent to + Q9CD98|ML0116 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (654 aa), FASTA scores: opt: 1991, E(): 2e-112, + (66.5% identity in 666 aa overlap). Shows some similarity + with Q9RRU0|DR2395 PUTATIVE NA+/H+ ANTIPORTER from + Deinococcus radiodurans (458 aa), FASTA scores: opt: 138, + E(): 0.69, (31.9% identity in 138 aa overlap). Protein + product from Mb3808 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3808 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN ALANINE + AND LEUCINE RICH" + /protein_id="SIU02437.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y597" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y597" + /translation="MGLWFGTLIALILLIAPGAMVARIAQLRWPVAIAVGPALTYGVV + ALAIIPYGALGIPWNGWTALAALAVTCAVATGLQLLLARFRDLDAEALAVSRWPAVTV + AAGVLLGALLIGWAAYRGIPHWQSIPSTWDAVWHANTVRFILDTGQASSTHMGELRNV + ETHAPLYYPSVFHGLVAVFCQLTGAAPTTGYTLSSLAASVWLFPVSAAVLTWRAVRSH + PGALWSASCASAEWRAAGAAGTAAALSASFTAVPYVEFDTAAMPNLAAYGIAVPTMVL + ITSTLRHRDRIPVAVLALVGVFSLHITGGIVVALLVSAWWLFEALRHPVRSRLADLLT + LAGVAAMAGLVMLPQFLSVRQQEDIIAGHAFPTYLSKKRGLFDAVFQHSRHLNDFPVQ + YALIVLAAIGGLILLVKKIWWPLAVWLLLIVMNVDAGTPLGGPIGGVAGALGEFFYHD + PRRIAAATTLLLMLMAGVALFATVMLLVAAAKRLTDRFRPQPVSVWASATATLLIGAT + LVSAWHYFPRHRFLFGDKYDSVMIDQKDLDAMAYLASLPGARDTLIGNANTDGTAWMY + AVAGLHPLWTHYDYPLQQGPGYHRFIFWAYGRNGESDPRVLEAIQVLRIRYILTSTPT + VRGFAVPDGLVSLETSRSWAKIYDNGEARIYEWRGTAAATHS" + gene 4167696..4168232 + /gene="bpa" + /locus_tag="BQ2027_MB3809" + CDS 4167696..4168232 + /gene="bpa" + /locus_tag="BQ2027_MB3809" + /note="Mb3809, -, len: 178 aa. Equivalent to Rv3780, len: + 178 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 178 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CD99|ML0115 + HYPOTHETICAL 19.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (174 aa), FASTA scores: opt: 903, E(): 2.3e-48, (82.95% + identity in 170 aa overlap). Also highly similar to + Q9XA56|SCGD3.23c HYPOTHETICAL 19.5 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (179 aa), FASTA scores: opt: 692, + E(): 1.8e-35, (65.9% identity in 170 aa overlap). Note + that this putative protein is 4 aa longer at the + N-terminus compared to previous annotation (in Nature 393: + 537-544 (1998)). Protein product from Mb3809 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3809 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Bacterial proteasome activator" + /protein_id="SIU02438.1" + /db_xref="GOA:P65092" + /db_xref="InterPro:IPR019695" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65092" + /translation="MRKRMVIGLSTGSDDDDVEVIGGVDPRLIAVQENDSDESSLTDL + VEQPAKVMRIGTMIKQLLEEVRAAPLDEASRNRLRDIHATSIRELEDGLAPELREELD + RLTLPFNEDAVPSDAELRIAQAQLVGWLEGLFHGIQTALFAQQMAARAQLQQMRQGAL + PPGVGKSGQHGHGTGQYL" + gene 4168236..4169057 + /gene="rfbE" + /locus_tag="BQ2027_MB3810" + CDS 4168236..4169057 + /gene="rfbE" + /locus_tag="BQ2027_MB3810" + /note="Mb3810, rbfE, len: 273 aa. Equivalent to Rv3781, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 273 aa overlap). Probable rfbE, + polysaccharide-transport ATP-binding protein ABC + transporter (see citation below), involved in + O-antigen/lipopolysaccharides (LPS) transport, equivalent + to Q9CDA0|ML0114 PUTATIVE ABC TRANSPORTER ATP-BINDING + COMPONENT from Mycobacterium leprae (272 aa), FASTA + scores: opt: 1581, E(): 3e-83, (91.4% identity in 267 aa + overlap). Also highly similar to AAK71283 LPS/O-ANTIGEN + EXPORT PERMEASE from Coxiella burnetii (258 aa), FASTA + scores: opt: 793, E(): 2.5e-38, (45.45% identity in 253 aa + overlap); Q9PAF0|XF2568 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING + PROTEIN from Xylella fastidiosa (246 aa), FASTA scores: + opt: 758, E(): 2.4e-36, (47.75% identity in 243 aa + overlap); Q56903|RFBE_YEREN O-ANTIGEN EXPORT SYSTEM + ATP-BINDING PROTEIN from Yersinia enterocolitica (239 aa), + FASTA scores: opt: 697, E(): 7e-33, (48.65% identity in + 224 aa overlap); Q50863|RFBB_MYXXA O-ANTIGEN EXPORT SYSTEM + ATP-BINDING from Myxococcus xanthus (437 aa), FASTA + scores: opt: 605, E(): 2e-27, (42.05% identity in 207 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). BELONGS TO THE ATP-BINDING TRANSPORT PROTEIN + FAMILY (ABC TRANSPORTERS). Protein product from Mb3810 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3810 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-ANTIGEN/LIPOPOLYSACCHARIDE TRANSPORT + ATP-BINDING PROTEIN ABC TRANSPORTER RFBE" + /protein_id="SIU02439.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y583" + /db_xref="InterPro:IPR003439" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y583" + /translation="MSDPHHPHIQTHNAWVEFPIFDAKSRSLKKAVLGKAGGTIGRNN + SNVVVIEALRDITMELNLGDRVGLVGHNGAGKSTLLRLLSGIYEPTRGWAKVTGRVAP + VFDLGIGMDPEISGYENIIIRGLFLGQTRKQMQAKVDEIAEFTELGEYLSMPLRTYST + GMRVRLAMGVVTSIDPEILLLDEGIGAVDADFLRKAQSRLQNLVERSGILVFASHSNE + FLARLCKTAIWIDHGVIRLAGGIEEVVRAYEGEDAARHVREVLAETQADRQNVQG" + gene 4169054..4169968 + /gene="glft1" + /locus_tag="BQ2027_MB3811" + CDS 4169054..4169968 + /gene="glft1" + /locus_tag="BQ2027_MB3811" + /note="Mb3811, -, len: 304 aa. Equivalent to Rv3782, len: + 304 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 304 aa overlap). Possible + L-rhamnosyltransferase (EC 2.4.1.-), equivalent to + Q9CDA1|RFBE|ML0113 PUTATIVE GLYCOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (283 aa), FASTA scores: opt: 1583, + E(): 9.3e-96, (81.6% identity in 277 aa overlap). Also + some similarity with AAK68916|WCFN PUTATIVE + GLYCOSYLTRANSFERASE from Bacteroides fragilis (291 aa) + FASTA scores: opt: 241, E(): 2.1e-08, (30.75% identity in + 195 aa overlap); O58161|PH0424 HYPOTHETICAL 40.5 KDA + PROTEIN from Pyrococcus horikoshii (348 aa), FASTA scores: + opt: 194, E(): 2.8e-05, (23.85% identity in 302 aa + overlap); O26448|MTH348 RHAMNOSYL TRANSFERASE from + Methanothermobacter thermautotrophicus (313 aa) FASTA + scores: opt: 177, E(): 0.00033, (28.2% identity in 333 aa + overlap); O07868|CPS19BQ PUTATIVE RHAMNOSYL TRANSFERASE + FASTA (300 aa) scores: opt: 156, E(): 0.0074, (25.45% + identity in 232 aa overlap); and other putative + transferases. Note that C-terminal end shows some + similarity with part of Q05161|RFB O-ANTIGEN BIOSYNTHESIS + PROTEIN B from Escherichia coli strain 0101. Note that + previously known as rfbE. Protein product from Mb3811 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3811 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="udp-galactofuranosyl transferase glft1" + /protein_id="SIU02440.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y572" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y572" + /translation="MTESVFAVVVTHRRPDELAKSLDVLTAQTRLPDHLIVVDNDGCG + DSPVRELVAGQPIATTYLGSRRNLGGAGGFALGMLHALAQGADWVWLADDDGHAQDAR + VLATLLACAEKYSLAEVSPMVCNIDDPTRLAFPLRRGLVWRRRASELRTEAGQELLPG + IASLFNGALFRASTLAAIGVPDLRLFIRGDEVEMHRRLIRSGLPFGTCLDAAYLHPCG + SDEFKPILCGRMHAQYPDDPGKRFFTYRNRGYVLSQPGLRKLLAQEWLRFGWFFLVTR + RDPKGLWEWIRLRRLGRREKFGKPGGSA" + gene 4169965..4170807 + /gene="rfbD" + /locus_tag="BQ2027_MB3812" + CDS 4169965..4170807 + /gene="rfbD" + /locus_tag="BQ2027_MB3812" + /note="Mb3812, rfbD, len: 280 aa. Equivalent to Rv3783, + len: 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 280 aa overlap). Possible rfbD, + polysaccharide-transport integral membrane protein ABC + transporter (see citation below), involved in + O-antigen/lipopolysaccharides (LPS) transport, equivalent + to Q9CDA2|ML0112 PUTATIVE ABC TRANSPORTER COMPONENT from + Mycobacterium leprae (276 aa), FASTA scores: opt: 1646, + E(): 4e-102, (84.3% identity in 280 aa overlap). Also + highly similar to Q9PAF1|XF2567 ABC TRANSPORTER PERMEASE + PROTEIN from Xylella fastidiosa (267 aa), FASTA scores: + opt: 723, E(): 7.6e-41, (41.3% identity in 259 aa + overlap); and similar to others e.g. Q56902|RFBD_YEREN + O-ANTIGEN EXPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN from Yersinia + enterocolitica (259 aa), FASTA scores: opt: 566, E(): + 2e-30, (28.05% identity in 264 aa overlap); Q06955|RFBH + RFBH PROTEIN (involved in the export of + lipopolysaccharide) (alias Q9KVA3|VC0246) + LIPOPOLYSACCHARIDE/O-ANTIGEN TRANSPORT PROTEIN from Vibrio + cholerae (257 aa), FASTA scores: opt: 358, E(): 1.3e-16, + (24.4% identity in 258 aa overlap); Q9HTB8|WZM|PA5451 + MEMBRANE SUBUNIT OF A-BAND LPS EFFLUX TRANSPORTER from + Pseudomonas aeruginosa (265 aa), FASTA scores: opt: 263, + E(): 2.7e-10, (25.45% identity in 263 aa overlap); etc. + BELONGS TO THE ABC-2 SUBFAMILY OF INTEGRAL MEMBRANE + PROTEINS. Protein product from Mb3812 detected using + shotgun mass spectrometry. Mb3812 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE O-ANTIGEN/LIPOPOLYSACCHARIDE TRANSPORT + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ABC TRANSPORTER RFBD" + /protein_id="SIU02441.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y577" + /db_xref="InterPro:IPR013525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y577" + /translation="MTFMDAQASFQTQSRTLARVRGDLVDGFRRHELWLHLGWQDIKQ + RYRRSVLGPFWITIATGTTAVAMGGLYSKLFRLELSEHLPYVTLGLIVWNLINAAILD + GAEVFVANEGLIKQLPAPLSVHVYRLVWRQMIFFAHNIVIYFVIAIIFPKPWSWADLS + FLPALALIFLNCVWVSLCFGILATRYRDIGPLLFSVVQLLFFMTPIIWNDETLRRQGA + GRWSSIVELNPLLHYLDIVRAPLLGAHQELRHWLVVLVLTVVGWMLAAFAMRQYRARV + PYWV" + gene 4170963..4171943 + /gene="rfbB" + /locus_tag="BQ2027_MB3813" + CDS 4170963..4171943 + /gene="rfbB" + /locus_tag="BQ2027_MB3813" + /note="Mb3813, rfbB, len: 326 aa. Equivalent to Rv3784, + len: 326 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 326 aa overlap). Possible rfbB, + dTDP-glucose 4,6-dehydratase (EC 4.2.1.46), similar to + others e.g. Q9YCT1|APE1180 LONG HYPOTHETICAL DTDP-GLUCOSE + 4,6-DEHYDRATASE from Aeropyrum pernix (330 aa) FASTA + scores: opt: 598, E(): 3.7e-30, (34.9% identity in 315 aa + overlap); O27817|MTH1789 DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE from + Methanothermobacter thermautotrophicus (336 aa) FASTA + scores: opt: 587, E(): 1.8e-29, (34.9% identity in 315 aa + overlap); Q9X5W0|GRSE TDP-GLUCOSE-4,6-DEHYDRATASE HOMOLOG + from Streptomyces griseus (324 aa), FASTA scores: opt: + 583, E(): 3.2e-29, (35.7% identity in 325 aa overlap); + Q9K7J7|SPSJ|BH3364 SPORE COAT POLYSACCHARIDE SYNTHESIS + (DTDP GLUCOSE 4, 6-DEHYDRATASE) from Bacillus halodurans + (321 aa), FASTA scores: opt: 562, E(): 6.5e-28, (33.0% + identity in 318 aa overlap); Q9UZH2|RFBB|PAB0785 + DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE from Pyrococcus abyssi (333 + aa), FASTA scores: opt: 552, E(): 2.8e-27, (33.95% + identity in 318 aa overlap); P27830|RFFG_ECOLI|B3788 + DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE from Escherichia coli strain + K12 (355 aa), FASTA scores: opt: 401, E(): 7.5e-28, (31.3% + identity in 348 aa overlap); etc. But also similar to + several UDP-glucose 4-epimerases (EC 5.1.3.2) and other + proteins e.g. O59375|PH1742 LONG HYPOTHETICAL UDP-GLUCOSE + 4-EPIMERASE from Pyrococcus horikoshii (306 aa) FASTA + scores: opt: 600, E(): 2.6e-30, (34.5% identity in 313 aa + overlap); Q9ZGC7|LANH14 NDP-HEXOSE 4,6-DEHYDRATASE + HOMOLOGfrom Streptomyces cyanogenus (326 aa), FASTA + scores: opt: 593, E(): 7.6e-30, (36.45% identity in 321 aa + overlap); Q57664|GALE_METJA|MJ0211 PUTATIVE UDP-GLUCOSE + 4-EPIMERASE from Methanococcus jannaschii (305 aa) FASTA + scores: opt: 575, E(): 9.6e-29, (32.6% identity in 313 aa + overlap); etc. SEEMS TO BELONG TO THE SUGAR EPIMERASE + FAMILY, DTDP-GLUCOSE DEHYDRATASE SUBFAMILY. Note that + previously known as epiB. Protein product from Mb3813 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3813 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible dtdp-glucose 4,6-dehydratase" + /protein_id="SIU02442.1" + /db_xref="InterPro:IPR016040" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y576" + /translation="MEILVTGGAGFQGSHLTESLLANGHWVTVLDKSSRNAVRNMQGF + RSHDRAAFISGSVTDGQTIDRAVRDHHVVFHLAAHVNVDQSLGDPESFLETNVMGTYR + VLEAVRRYRNRLIYVSTCEVYGDGHNLKEGERLDEHAELKPNSPYGASKAAADRLCYS + YFRSYGLDVTIVRPFNIFGVRQKAGRFGALIPRLVRQGINGEGLTIFGAGSATRDYLY + VSDIVGAYNLVLRTPTLRGQAINFASGKDTRVRDIVEYVADKFGARIEHRDARPGEVQ + RFPADISLAKSIGFQPQVEIWDGIDRYINWAKDQPQYPYEQDGFSGSSVL" + gene 4172027..4173100 + /locus_tag="BQ2027_MB3814" + CDS 4172027..4173100 + /locus_tag="BQ2027_MB3814" + /note="Mb3814, -, len: 357 aa. Equivalent to Rv3785, len: + 357 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 357 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Note that this putative protein is equivalent to + AAK48258|MT3893 NAD-DEPENDENT EPIMERASE/DEHYDRATASE FAMILY + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (712 aa), but shorter 355 aa. Mb3814 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nucleoside-diphosphate-sugar epimerases" + /protein_id="SIU02443.1" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65094" + /translation="MVTVARRPVCPVTLTPGDPALASVRDLVDAWSAHDALAELVTMF + GGAFPQTDHLEARLASLDKFSTAWDYRARARAARALHGEPVRCQDSGGGARWLIPRLD + LPAKKRDAIVGLAQQLGLTLESTPQGTTFDHVLVIGTGRHSNLIRARWARELAKGRQV + GHIVLAAASRRLLPSEDDAVAVCAPGARTEFELLAAAARDAFGLDVHPAVRYVRQRDD + NPHRDSMVWRFAADTNDLGVPITLLEAPSPEPDSSRATSADTFTFTAHTLGMQDSTCL + LVTGQPFVPYQNFDALRTLALPFGIQVETVGFGIDRYDGLGELDQQHPAKLLQEVRST + IRAARALLERIEAGERMATDPRR" + gene complement(4173081..4174304) + /locus_tag="BQ2027_MB3815C" + CDS complement(4173081..4174304) + /locus_tag="BQ2027_MB3815C" + /note="Mb3815c, -, len: 407 aa. Equivalent to Rv3786c, + len: 407 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 407 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Segment between aa 265-300 (approximatively) is + highly similar to part of O03937|RORF1608 MINOR CAPSID + PROTEIN from Bacteriophage phig1e (1608 aa), FASTA scores: + opt: 242, E(): 8.4e-07, (26.85% identity in 272 aa + overlap); Q9ETT9|ORF36 PUTATIVE PEPTIDASE from + Corynebacterium equii (Rhodococcus equi) plasmid pREAT701 + (p33701) and Plasmid virulence (546 aa), FASTA scores: + opt: 231, E(): 1.6e-06, (34.15% identity in 167 aa + overlap); O69910|SC2E1.40c HYPOTHETICAL 22.8 KDA PROTEIN. + from Streptomyces coelicolor (226 aa) FASTA scores: opt: + 218, E(): 4.6e-06, (34.15% identity in 164 aa overlap); + and others. Protein product from Mb3815c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3815c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Membrane proteins related to + metalloendopeptidases" + /protein_id="SIU02444.1" + /db_xref="InterPro:IPR011055" + /db_xref="InterPro:IPR016047" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5H2" + /translation="MRILAMTRAHNAGRTLAATLDSLAVFSDDIYVIDDRSTDDTAEI + LANHPAVTNVVRARPDLPPTPWLIPESAGLELLYRMADFCRPDWVMMVDADWLVETDI + DLRAVLARTPDDIVALMCPMVSRWDDPEYPDLIPVMGTAEALRGPLWRWYPGLRAGGK + LMHNPHWPANITDHGRIGQLPGVRLVHSGWSTLAERILRVEHYLRLDPDYRFNFGVAY + DRSLLFGYALDEVDLLKADYRRRIRGDFDPLEPGGRLPIDREPRAIGRGYGPHAGGFH + PGVDFATDPGTPVYAVASGAVSAIDEVDGLVSLTIARCELDVVYVFRPGDEGRLVLGD + RIAAGAQLGTIGAQGESADGYLHFEVRTQDGHVNPVRYLANMGLRPWPPPGRLRAVSG + SYPPATPCTITAEDR" + gene complement(4174317..4175243) + /locus_tag="BQ2027_MB3816C" + CDS complement(4174317..4175243) + /locus_tag="BQ2027_MB3816C" + /note="Mb3816c, -, len: 308 aa. Equivalent to Rv3787c, + len: 308 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 308 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to several + mycobacterial hypothetical proteins e.g. + P95074|Rv0726c|MTCY210.45c from Mycobacterium tuberculosis + (367 aa), FASTA scores: opt: 1038, E(): 1.6e-58, (55.85% + identity in 283 aa overlap); + O53795|MBE50c|Rv0731c|MTV041.05c from Mycobacterium + tuberculosis (318 aa), FASTA scores: opt: 1030, + E()|Rv0731c|MTV041.05c from Mycobacterium tuberculosis + (318 aa), FASTA scores: opt: 1030, E(): 4.5e-58, (56.15% + identity in 292 aa overlap); Q9CCZ4|ML2640 from + Mycobacterium leprae (310 aa) FASTA scores: opt: 709, E(): + 9.9e-38, (43.75% identity in 279 aa overlap). Mb3816c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="O-methyltransferase" + /protein_id="SIU02445.1" + /db_xref="GOA:Q7TVN7" + /db_xref="InterPro:IPR007213" + /db_xref="InterPro:IPR011610" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVN7" + /translation="MARTDDDSWDLATGVGATATLVAAGRARAARAAQPLIDDPFAEP + LVRAVGVEFLTRWATGELDAADVDDPDAAWGLQRMTTELVVRTRYFDQFFLDAAAAGV + RQAVILASGLDARGYRLPWPADTTVFEVDQPRVLEFKAQTLAGLGAQPTADLRMVPAD + LRHDWPDALRRGGFDAAEPAAWIAEGLFGYLPPDAQNRLLDHVTDLSAPGSRLALEAF + LGSADRDSARVEEMIRTATRGWREHGFHLDIWALNYAGPRHEVSGYLDNHGWRSVGTT + TAQLLAAHDLPAAPALPAGLADRPNYWTCVLG" + gene 4175487..4175972 + /locus_tag="BQ2027_MB3817" + CDS 4175487..4175972 + /locus_tag="BQ2027_MB3817" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3817, -, len: 161 aa. Equivalent to Rv3788, len: + 161 aa, from Mycobacetrium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 161 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3817 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3817 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Nucleoside diphosphate kinase regulator" + /protein_id="SIU02446.1" + /db_xref="GOA:P65096" + /db_xref="InterPro:IPR001437" + /db_xref="InterPro:IPR023459" + /db_xref="InterPro:IPR036953" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65096" + /translation="MSEKVESKGLADAARDHLAAELARLRQRRDRLEVEVKNDRGMIG + DHGDAAEAIQRADELAILGDRINELDRRLRTGPTPWSGSETLPGGTEVTLRFPDGEVV + TMHVISVVEETPVGREAETLTARSPLGQALAGHQPGDTVTYSTPQGPNQVQLLAVKLP + S" + gene 4176081..4176446 + /locus_tag="BQ2027_MB3818" + CDS 4176081..4176446 + /locus_tag="BQ2027_MB3818" + /note="Mb3818, -, len: 121 aa. Equivalent to Rv3789, len: + 121 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 121 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDA3|ML0110 + HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (123 aa) FASTA scores: opt: 587, E(): 7.3e-34, (72.95% + identity in 122 aa overlap). Equivalent to AAK48262 from + Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (142 aa) but + shorter 21 aa. Mb3818 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="gtra family protein" + /protein_id="SIU02447.1" + /db_xref="GOA:P64293" + /db_xref="InterPro:IPR007267" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P64293" + /translation="MRFVVTGGLAGIVDFGLYVVLYKVAGLQVDLSKAISFIVGTITA + YLINRRWTFQAEPSTARFVAVMLLYGITFAVQVGLNHLCLALLHYRAWAIPVAFVIAQ + GTATVINFIVQRAVIFRIR" + gene 4176486..4177871 + /gene="dpre1" + /locus_tag="BQ2027_MB3819" + CDS 4176486..4177871 + /gene="dpre1" + /locus_tag="BQ2027_MB3819" + /note="Mb3819, -, len: 461 aa. Equivalent to Rv3790, len: + 461 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 461 aa overlap). Probable + oxidoreductase (EC 1.-.-.-), equivalent to Q9CDA4|ML0109 + PUTATIVE FAD-LINKED OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium + leprae (460 aa), FASTA scores: opt: 2722, E(): 1.4e-161, + (86.55% identity in 461 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. Q9KZA4|SC5G8.10c PUTATIVE OXIDOREDUCTASE + from Streptomyces coelicolor (457 aa), FASTA scores: opt: + 1336, E(): 1.7e-75, (47.1% identity in 452 aa overlap); + Q98KY4|MLL1265 PROBABLE OXIDOREDUCTASE from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (449 aa), FASTA scores: opt: 636, + E(): 4.9e-32, (36.0% identity in 439 aa overlap); + Q9HDX8|SPAPB1A10.12c PUTATIVE D-ARABINONO-1,4-LACTONE + OXIDASE from Schizosaccharomyces pombe (Fission yeast) + (461 aa), FASTA scores: opt: 297, E(): 5.6e-11, (23.55% + identity in 467 aa overlap); etc. C-terminal end has a + high similarity to Q9AQD0 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE + (FRAGMENT) from Mycobacterium smegmatis (149 aa) FASTA + scores: opt: 901, E(): 6.5e-49, (86.6% identity in 149 aa + overlap). Protein product from Mb3819 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3819 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="decaprenylphosphoryl-beta-d-ribose 2'-oxidase" + /protein_id="SIU02448.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y598" + /db_xref="InterPro:IPR006094" + /db_xref="InterPro:IPR007173" + /db_xref="InterPro:IPR016166" + /db_xref="InterPro:IPR016169" + /db_xref="InterPro:IPR036318" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y598" + /translation="MLSVGATTTATRLTGWGRTAPSVANVLRTPDAEMIVKAVARVAE + SGGGRGAIARGLGRSYGDNAQNGGGLVIDMTPLNTIHSIDADTKLVDIDAGVNLDQLM + KAALPFGLWVPVLPGTRQVTVGGAIACDIHGKNHHSAGSFGNHVRSMDLLTADGEIRH + LTPTGEDAELFWATVGGNGLTGIIMRATIEMTPTSTAYFIADGDVTASLDETIALHSD + GSEARYTYSSAWFDAISAPPKLGRAAVSRGRLATVEQLPAKLRSEPLKFDAPQLLTLP + DVFPNGLANKYTFGPIGELWYRKSGTYRGKVQNLTQFYHPLDMFGEWNRAYGPAGFLQ + YQFVIPTEAVDEFKKIIGVIQASGHYSFLNVFKLFGPRNQAPLSFPIPGWNICVDFPI + KDGLGKFVSELDRRVLEFGGRLYTAKDSRTTAETFHAMYPRVDEWISVRRKVDPLRVF + ASDMARRLELL" + gene 4177872..4178636 + /gene="dpre2" + /locus_tag="BQ2027_MB3820" + CDS 4177872..4178636 + /gene="dpre2" + /locus_tag="BQ2027_MB3820" + /note="Mb3820, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv3791, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 254 aa overlap). Probable short-chain + dehydrogenase/reductase (EC 1.-.-.-), equivalent to + Q9CDA5|ML0108 PUTATIVE OXIDOREDUCTASE from Mycobacterium + leprae (254 aa), FASTA scores: opt: 1458, E(): 1.6e-83, + (89.0% identity in 254 aa overlap); and O05764 PUTATIVE + PROTEIN BELONGING TO THE SHORT-CHAIN ALCOHOL DEHYDROGENASE + from Mycobacterium smegmatis (254 aa), FASTA scores: opt: + 1412, E(): 1.2e-80, (85.05% identity in 254 aa overlap). + Also highly similar to Q9KZA5|SC5G8.09c PUTATIVE + SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE from Streptomyces coelicolor + (256 aa), FASTA scores: opt: 733, E(): 1.8e-38, (45.3% + identity in 254 aa overlap); and P43168|YMP3_STRCO + HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE from Streptomyces coelicolor + (251 aa), FASTA scores: opt: 623, E(): 1.2e-31, (42.15% + identity in 254 aa overlap); and similar to various + oxidoreductases (principally acetoacetyl-CoA reductases) + e.g. P14697|PHBB_ALCEU ACETOACETYL-COA REDUCTASE (EC + 1.1.1.36) (246 aa) from Alcaligenes eutrophus (Ralstonia + eutropha) (246 aa) FASTA scores: opt: 264, E(): 2.3e-09, + (29.9% identity in 204 aa overlap); P45375|PHBB_CHRVI + ACETOACETYL-COA REDUCTASE from Chromatium vinosum (246 + aa), FASTA scores: opt: 261, E(): 3.5e-09, (27.45% + identity in 226 aa overlap); Q9RT30|DR1938 OXIDOREDUCTASE + (SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY) from + Deinococcus radiodurans (283 aa), FASTA scores: opt: 251, + E(): 1.7e-08, (27.55% identity in 236 aa overlap); etc. + Also similar to Q10681|YK73_MYCTU|Rv2073c|MT2133|MTCY49.12 + PUTATIVE SHORT-CHAIN TYPE DEHYDROGENASE/REDUCTASE from + Mycobacterium tuberculosis (249 aa), FASTA scores: opt: + 589, E(): 1.5e-29, (41.25% identity in 252 aa overlap). + Contains PS00061 Short-chain dehydrogenases/reductases + family signature. BELONGS TO THE SHORT-CHAIN + DEHYDROGENASES/REDUCTASES (SDR) FAMILY. Protein product + from Mb3820 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3820 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="decaprenylphosphoryl-d-2-keto erythro pentose + reductase" + /protein_id="SIU02449.1" + /db_xref="GOA:P66784" + /db_xref="InterPro:IPR002347" + /db_xref="InterPro:IPR020904" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P66784" + /translation="MVLDAVGNPQTVLLLGGTSEIGLAICERYLHNSAARIVLACLPD + DPRREDAAAAMKQAGARSVELIDFDALDTDSHPKMIEAAFSGGDVDVAIVAFGLLGDA + EELWQNQRKAVQIAEINYTAAVSVGVLLAEKMRAQGFGQIIAMSSAAGERVRRANFVY + GSTKAGLDGFYLGLSEALREYGVRVLVIRPGQVRTRMSAHLKEAPLTVDKEYVANLAV + TASAKGKELVWAPAAFRYVMMVLRHIPRSIFRKLPI" + gene 4178639..4180570 + /gene="afta" + /locus_tag="BQ2027_MB3821" + CDS 4178639..4180570 + /gene="afta" + /locus_tag="BQ2027_MB3821" + /note="Mb3821, -, len: 643 aa. Equivalent to Rv3792, len: + 643 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 643 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but longer 21 aa, to + Q9CDA6|ML0107 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (632 aa), FASTA scores: opt: 1981, E(): 2.1e-110, + (77.5% identity in 631 aa overlap). C-terminal end highly + similar to C-terminus of O05765 PUTATIVE PRODUCT ORF 3 + from Mycobacterium smegmatis (603 aa), FASTA scores: opt: + 1261, E(): 1.4e-67, (70.7% identity in 266 aa overlap). + Protein product from Mb3821 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3821 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="arabinofuranosyltransferase afta" + /protein_id="SIU02450.1" + /db_xref="GOA:Q7TVN5" + /db_xref="InterPro:IPR020959" + /db_xref="InterPro:IPR020963" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVN5" + /translation="MPSRRKSPQFGHEMGAFTSARAREVLVALGQLAAAVVVAVGVAV + VSLLAIARVEWPAFPSSNQLHALTTVGQVGCLAGLVGIGWLWRHGRFRRLARLGGLVL + VSAFTVVTLGMPLGATKLYLFGISVDQQFRTEYLTRLTDTAALRDMTYIGLPPFYPPG + WFWIGGRAAALTGTPAWEMFKPWAITSMAIAVAVALVLWWRMIRFEYALLVTVATAAV + MLAYSSPEPYAAMITVLLPPMLVLTWSGLGARDRQGWAAVVGAGVFLGFAATWYTLLV + AYGAFTVVLMALLLAGSRLQSGIKAAVDPLCRLAVVGAIAAAIGSTTWLPYLLRAARD + PVSDTGSAQHYLPADGAALTFPMLQFSLLGAICLLGTLWLVMRARSSAPAGALAIGVL + AVYLWSLLSMLATLARTTLLSFRLQPTLSVLLVAAGAFGFVEAVQALGKRGRGVIPMA + AAIGLAGAIAFSQDIPDVLRPDLTIAYTDTDGYGQRGDRRPPGSEKYYPAIDAAIRRV + TGKRRDRTVVLTADYSFLSYYPYWGFQGLTPHYANPLAQFDKRATQIDSWSGLSTADE + FIAALDKLPWQPPTVFLMRHGAHNSYTLRLAQDVYPNQPNVRRYTVDLRTALFADPRF + VVEDIGPFVLAIRKPQESA" + gene 4180570..4183854 + /gene="embC" + /locus_tag="BQ2027_MB3822" + CDS 4180570..4183854 + /gene="embC" + /locus_tag="BQ2027_MB3822" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3822, embC, len: 1094 aa. Equivalent to Rv3793, + len: 1094 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1094 aa overlap). embC, integral + membrane protein, indolylacetylinositol + arabinosyltransferase (EC 2.4.2.34) (see citations below), + equivalent to Q9CDA7|EMBC|ML0106 PUTATIVE ARABINOSYL + TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (1070 aa) FASTA + scores: opt: 6078,E(): 0, (82.95% identity in 1072 aa + overlap); Q50393|EMBC PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium smegmatis (1074 aa), FASTA scores: opt: + 5523, E(): 0, (75.35% identity in 1072 aa overlap). Also + similar to Q9CDA9|EMBB| ML0104 PUTATIVE ARABINOSYL + TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (1083 aa), FASTA + scores: opt: 2789, E(): 1.9e-156, (44.0% identity in 1095 + aa overlap); O30406|EMBB PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE + from Mycobacterium smegmatis (1082 aa), FASTA scores: opt: + 2746, E(): 6.4e-154, (44.6% identity in 1096 aa overlap); + etc. Also similar to to P72030|EMBB|Rv3795|MTCY13D12.29 + INDOLYLACETYLINOSITOL ARABINOSYLTRANSFERASE from + Mycobacterium tuberculosis (1098 aa), FASTA scores: opt: + 2276, E(): 3.1e-126, (44.45% identity in 1118 aa overlap); + and P72060|EMBA|Rv3794|MTCY13D12.28 INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (1094 aa), FASTA scores: opt: 1974, E(): 1.9e-108, (41.0% + identity in 1110 aa overlap). Contains PS00044 Bacterial + regulatory proteins, lysR family signature; and PS00017 + ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). Protein product + from Mb3822 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3822 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="INTEGRAL MEMBRANE INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE EMBC + (ARABINOSYLINDOLYLACETYLINOSITOL SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02451.1" + /db_xref="GOA:Q7TVN4" + /db_xref="InterPro:IPR007680" + /db_xref="InterPro:IPR027451" + /db_xref="InterPro:IPR032731" + /db_xref="InterPro:IPR040920" + /db_xref="InterPro:IPR042486" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVN4" + /translation="MATEAAPPRIAVRLPSTSVRDAGANYRIARYVAVVAGLLGAVLA + IATPLLPVNQTTAQLNWPQNGTFASVEAPLIGYVATDLNITVPCQAAAGLAGSQNTGK + TVLLSTVPKQAPKAVDRGLLLQRANDDLVLVVRNVPLVTAPLSQVLGPTCQRLTFTAH + ADRVAAEFVGLVQGPNAEHPGAPLRGERSGYDFRPQIVGVFTDLAGPAPPGLSFSASV + DTRYSSSPTPLKMAAMILGVALTGAALVALHILDTADGMRHRRFLPARWWSIGGLDTL + VIAVLVWWHFVGANTSDDGYILTMARVSEHAGYMANYYRWFGTPEAPFGWYYDLLALW + AHVSTASIWMRLPTLAMALTCWWVISREVIPRLGHAVKTSRAAAWTAAGMFLAVWLPL + DNGLRPEPIIALGILLTWCSVERAVATSRLLPVAIACIIGALTLFSGPTGIASIGALL + VAIGPLRTILHRRSRRFGVLPLVAPILAAATVTAIPIFRDQTFAGEIQANLLKRAVGP + SLKWFDEHIRYERLFMASPDGSIARRFAVLALVLALAVSVAMSLRKGRIPGTAAGPSR + RIIGITIISFLAMMFTPTKWTHHFGVFAGLAGSLGALAAVAVTGAAMRSRRNRTVFAA + VVVFVLALSFASVNGWWYVSNFGVPWSNSFPKWRWSLTTALLELTVLVLLLAAWFHFV + ANGDGRRTARPTRFRARLAGIVQSPLAIATWLLVLFEVVSLTQAMISQYPAWSVGRSN + LQALAGKTCGLAEDVLVELDPNAGMLAPVTAPLADALGAGLSEAFTPNGIPADVTADP + VMERPGDRSFLNDDGLITGSEPGTEGGTTAAPGINGSRARLPYNLDPARTPVLGSWRA + GVQVPAMLRSGWYRLPTNEQRDRAPLLVVTAAGRFDSREVRLQWATDEQAAAGHHGGS + MEFADVGAAPAWRNLRAPLSAIPSTATQVRLVADDQDLAPQHWIALTPPRIPRVRTLQ + NVVGAADPVFLDWLVGLAFPCQRPFGHQYGVDETPKWRILPDRFGAEANSPVMDHNGG + GPLGITELLMRATTVASYLKDDWFRDWGALQRLTPYYPDAQPADLNLGTVTRSGLWSP + APLRRG" + gene 4183940..4187224 + /gene="embA" + /locus_tag="BQ2027_MB3823" + CDS 4183940..4187224 + /gene="embA" + /locus_tag="BQ2027_MB3823" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3823, embA, len: 1094 aa. Equivalent to Rv3794, + len: 1094 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1094 aa overlap). embA, integral + membrane protein, indolylacetylinositol + arabinosyltransferase (EC 2.4.2.34) (see citations below), + equivalent to P71485|EMBA ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium avium (1108 aa), FASTA scores: opt: 5024, + E(): 0, (81.9% identity in 1109 aa overlap); + Q9CDA8|EMBA|ML0105 PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (1111 aa), FASTA scores: opt: 4782, + E(): 0, (78.6% identity in 1111 aa overlap); Q50394|EMBA + PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from Mycobacterium + smegmatis (1092 aa), FASTA scores: opt: 4100, E(): 0, + (67.4% identity in 1092 aa overlap). Also similar to + Q9CDA7|EMBC|ML0106 PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (1070 aa), FASTA scores: opt: 1933, + E(): 1.5e-100, (40.6% identity in 1108 aa overlap); + Q50393|EMBC PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium smegmatis (1074 aa), FASTA scores: opt: + 1870, E(): 5.1e-97, (41.4% identity in 1113 aa overlap); + etc. Also similar to P72059|EMBC|Rv3793|MTCY13D12.27 + INDOLYLACETYLINOSITOL ARABINOSYLTRANSFERASE from + Mycobacterium tuberculosis (1094 aa), FASTA scores: opt: + 1974, E(): 7.7e-103, (40.9% identity in 1110 aa overlap); + and P72030|EMBB|Rv3795|MTCY13D12.29 INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (1098 aa), FASTA scores: opt: 1288, E(): 2.1e-64, (42.5% + identity in 1114 aa overlap). Supposed regulated by + embR|Rv1267c. Protein product from Mb3823 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3823 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="INTEGRAL MEMBRANE INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE EMBA + (ARABINOSYLINDOLYLACETYLINOSITOL SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02452.1" + /db_xref="GOA:P0A561" + /db_xref="InterPro:IPR007680" + /db_xref="InterPro:IPR027451" + /db_xref="InterPro:IPR032731" + /db_xref="InterPro:IPR040920" + /db_xref="InterPro:IPR042486" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A561" + /translation="MPHDGNERSHRIARLAAVVSGIAGLLLCGIVPLLPVNQTTATIF + WPQGSTADGNITQITAPLVSGAPRALDISIPCSAIATLPANGGLVLSTLPAGGVDTGK + AGLFVRANQDTVVVAFRDSVAAVAARSTIAAGGCSALHIWADTGGAGADFMGIPGGAG + TLPPEKKPQVGGIFTDLKVGAQPGLSARVDIDTRFITTPGALKKAVMLLGVLAVLVAM + VGLAALDRLSRGRTLRDWLTRYRPRVRVGFASRLADAAVIATLLLWHVIGATSSDDGY + LLTVARVAPKAGYVANYYRYFGTTEAPFDWYTSVLAQLAAVSTAGVWMRLPATLAGIA + CWLIVSRFVLRRLGPGPGGLASNRVAVFTAGAVFLSAWLPFNNGLRPEPLIALGVLVT + WVLVERSIALGRLAPAAVAIIVATLTATLAPQGLIALAPLLTGARAIAQRIRRRRATD + GLLAPLAVLAAALSLITVVVFRDQTLATVAESARIKYKVGPTIAWYQDFLRYYFLTVE + SNVEGSMSRRFAVLVLLFCLFGVLFVLLRRGRVAGLASGPAWRLIGTTAVGLLLLTFT + PTKWAVQFGAFAGLAGVLGAVTAFTFARIGLHSRRNLTLYVTALLFVLAWATSGINGW + FYVGNYGVPWYDIQPVIASHPVTSMFLTLSILTGLLAAWYHFRMDYAGHTEVKDNRRN + RILASTPLLVVAVIMVAGEVGSMAKAAVFRYPLYTTAKANLTALSTGLSSCAMADDVL + AEPDPNAGMLQPVPGQAFGPDGPLGGISPVGFKPEGVGEDLKSDPVVSKPGLVNSDAS + PNKPNAAITDSAGTAGGKGPVGINGSHAALPFGLDPARTPVMGSYGENNLAATATSAW + YQLPPRSPDRPLVVVSAAGAIWSYKEDGDFIYGQSLKLQWGVTGPDGRIQPLGQVFPI + DIGPQPAWRNLRFPLAWAPPEADVARIVAYDPNLSPEQWFAFTPPRVPVLESLQRLIG + SATPVLMDIATAANFPCQRPFSEHLGIAELPQYRILPDHKQTAASSNLWQSSSTGGPF + LFTQALLRTSTIATYLRGDWYRDWGSVEQYHRLVPADQAPDAVVEEGVITVPGWGRPG + PIRALP" + gene 4187221..4190517 + /gene="embB" + /locus_tag="BQ2027_MB3824" + CDS 4187221..4190517 + /gene="embB" + /locus_tag="BQ2027_MB3824" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3824, embB, len: 1098 aa. Equivalent to Rv3795, + len: 1098 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.8% identity in 1098 aa overlap). embB, integral + membrane protein, indolylacetylinositol + arabinosyltransferase (EC 2.4.2.34) (see citations below), + equivalent to P71486|EMBB ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium avium (1065 aa), FASTA scores: opt: 4998, + E(): 0, (83.25% identity in 1076 aa overlap); + Q9CDA9|EMBB|ML0104 PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium leprae (1083 aa), FASTA scores: opt: 4706, + E(): 0, (78.0% identity in 1101 aa overlap); O30406|EMBB + (alias Q50395) PUTATIVE ARABINOSYL TRANSFERASE from + Mycobacterium smegmatis (1082 aa), FASTA scores: opt: + 4163, E(): 0, (68.4% identity in 1091 aa overlap); etc. + Also similar to Q50393|EMBC PUTATIVE ARABINOSYL + TRANSFERASE from Mycobacterium smegmatis (1074 aa), FASTA + scores: opt: 2482, E(): 5e-135, (44.7% identity in 1101 aa + overlap); Q9CDA7|EMBC|ML0106 PUTATIVE ARABINOSYL + TRANSFERASE from Mycobacterium leprae (1070 aa), FASTA + scores: opt: 2259, E(): 3.4e-122, (43.4% identity in 1104 + aa overlap); etc. Also similar to + P72059|EMBC|Rv3793|MTCY13D12.27 INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (1094 aa), FASTA scores: opt: 2276, E(): 3.6e-123, (44.45% + identity in 1118 aa overlap); and + P72060|EMBA|Rv3794|MTCY13D12.28 INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (1094 aa), FASTA scores: opt: 1288, E(): 2.5e-66, (42.35% + identity in 1114 aa overlap). Supposed regulated by + embR|Rv1267c. Protein product from Mb3824 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3824 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="INTEGRAL MEMBRANE INDOLYLACETYLINOSITOL + ARABINOSYLTRANSFERASE EMBB + (ARABINOSYLINDOLYLACETYLINOSITOL SYNTHASE)" + /protein_id="SIU02453.1" + /db_xref="GOA:Q7TVN3" + /db_xref="InterPro:IPR007680" + /db_xref="InterPro:IPR027451" + /db_xref="InterPro:IPR032731" + /db_xref="InterPro:IPR040920" + /db_xref="InterPro:IPR042486" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVN3" + /translation="MTQCASRRKSTPSRAILGAFASARGTRWVATIAGLIGFVLSVAT + PLLPVVQTTAMLDWPQRGQLGSVTAPLISLTPVDFTATVPCDVVRAMPPAGGVVLGTA + PKQGKDANLQALFVVVSAQRVDVTDRNVVILSVPREQVTSPQCQRIEVTSTHAGTFAN + FVGLKDPSGAPLRSGFPDPNLRPQIVGVFTDLTGPAPPGLAVSATIDTRFSTRPTTLK + LLAIIGAIVATVVALIALWRLDQLDGRGSIAQLLLRPFRPASSPGGMRRLIPASWRTF + TLTDAVVIFGFLLWHVIGANSSDDGYILGMARVADHAGYMSNYFRWFGSPEDPFGWYY + NLLALMTHVSDASLWMRLPDLAAGLVCWLLLSREVLPRLGPAVAASKPAYWAAAMVLL + TAWMPFNNGLRPEGIIALGSLVTYVLIERSMRYSRLTPAALAVVTAAFTLGVQPTGLI + AVAALVAGGRPMLRILVRRHRLVGTLPLVSPMLAAGTVILTVVFADQTLSTVLEATRV + RAKIGPSQAWYTENLRYYYLILPTVDGSLSRRFGFLITALCLFTAVFIMLRRKRIPSV + ARGPAWRLMGVIFGTMFFLMFTPTKWVHHFGLFAAVGAAMAALTTVLVSPSVLRWSRN + RMAFLAALFFLLALCWATTNGWWYVSSYGVPFNSAMPKIDGITVSTIFFALFAIAAGY + AAWLHFAPRGAGEGRLIRALTTAPVPIVAGFMAAVFVASMVAGIVRQYPTYSNGWSNV + RAFVGGCGLADDVLVEPDTNAGFMKPLDGDSGSWGPLGPLGGVNPVGFTPNGVPEHTV + AEAIVMKPNQPGTDYDWDAPTKLTSPGINGSTVPLPYGLDPARVPLAGTYTTGAQQQS + TLVSAWYLLPKPDDGHPLVVVTAAGKIAGNSVLHGYTPGQTVVLEYAMPGPGALVPAG + RMVPDDLYGEQPKAWRNLRFARAKMPADAVAVRVVAEDLSLTPEDWIAVTPPRVPDLR + SLQEYVGSTQPVLLDWAVGLAFPCQQPMLHANGIAEIPKFRITPDYSAKKLDTDTWED + GTNGGLLGITDLLLRAHVMATYLSRDWARDWGSLRKFDTLVDAPPAQLELGTATRSGL + WSPGKIRIGP" + gene 4189149..4190642 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-3" + mobile_element 4189149..4190642 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-3" + /note="IS1557'-3, len: 1494 nt. Equivalent to IS1557, len: + 1509 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37RV,(99.2% identity in 785 nt overlap). IS1557-3rd + copy." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1557" + gene 4190585..4191712 + /locus_tag="BQ2027_MB3825" + CDS 4190585..4191712 + /locus_tag="BQ2027_MB3825" + /note="Mb3825, -, len: 375 aa. Equivalent to Rv3796, len: + 375 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 375 aa overlap). Conserved hypothetical + protein. C-terminal end similar in part to Q983J3|MLR8305 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti (Mesorhizobium + loti) (227 aa), FASTA scores: opt: 288, E(): 4e-09, + (38.95% identity in 154 aa overlap). Similar to + P54548|YQJK_BACSU HYPOTHETICAL PROTEIN (BELONGS TO THE + ATSA/ELAC FAMILY) from Bacillus subtilis (307 aa) FASTA + scores: opt: 263, E(): 1.3e-07, (26.1% identity in 295 aa + overlap); and some similarity to other proteins e.g. + AAK46775|MT2479 PUTATIVE ARYLSULFATASE from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (224 aa), FASTA scores: opt: + 194, E(): 0.00072, (25.85% identity in 259 aa overlap). + Equivalent to AAK48269 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (338 aa) but longer 37 aa. SOME SIMILARITY + TO THE A. CARRAGEENOVORA ATSA / E. COLI ELAC FAMILY. Note + that previously known as atsH. Protein product from Mb3825 + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3825 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Metal-dependent hydrolases of the beta-lactamase + superfamily III" + /protein_id="SIU02454.1" + /db_xref="InterPro:IPR001279" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5A9" + /translation="MLLGMHQAGHVGTHERRAAATRRSALTAAGLAVVGAGVLGASAC + SPQKSPQPSSPRLPDNALITLGVAAGPPPTPSRVGISSVLKIGRDLYVIDCGLGSLNA + FTNAGLQFDDLKAMFITHLHTDHIVDYYNFFLSGGFLAPPGRAPVLVYGPGPAGGLPP + SEVGNPNPATVNPANPTPGLAAATEALHRAFAYTSNIFIRDYGIDNVADLVKVTEIGL + PPGSDYRNRAPKMSPFSVASDDNVSVTATLVSHYDVYPAFGFRFDLKKSGVSVTFSGD + TTKSDNLITLAQGTDILVHEAVFSLDTAYFGNAFPPNYLVNSHISAEQVGEVAAAAKP + KQLILSHYAPDDLPDSQWLDKIKKNYSGMTTIARDGQVFAL" + gene 4191792..4193573 + /gene="fadE35" + /locus_tag="BQ2027_MB3826" + CDS 4191792..4193573 + /gene="fadE35" + /locus_tag="BQ2027_MB3826" + /note="Mb3826, fadE35, len: 593 aa. Equivalent to Rv3797, + len: 593 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 593 aa overlap). Probable fadE35, + acyl-CoA dehydrogenase (EC 1.3.99.-), similar to many e.g. + Q9HY33|PA3593 from Pseudomonas aeruginosa (575 aa) FASTA + scores: opt: 838, E(): 2.1e-46, (35.3% identity in 569 aa + overlap); Q9ANZ8|AIDB from Burkholderia pseudomallei + (Pseudomonas pseudomallei) (554 aa), FASTA scores: opt: + 633, E(): 3.4e-33, (33.1% identity in 480 aa overlap); + Q9HX44|PA3972 from Pseudomonas aeruginosa (549 aa) FASTA + scores: opt: 560, E(): 1.7e-28, (29.9% identity in 569 aa + overlap); P33224|AIDB_ECOLI|B4187 from Escherichia coli + strain K12 (541 aa), FASTA scores: opt: 455, E(): 1e-21, + (31.15% identity in 514 aa overlap); etc. Also similar to + O86368|FADE8|Rv0672|MTCI376.02c ACYL-COA DEHYDROGENASE + from Mycobacterium tuberculosis (542 aa), FASTA scores: + opt: 479, E(): 2.9e-23, (32.2% identity in 460 aa + overlap). COULD BELONG TO THE ACYL-COA DEHYDROGENASES + FAMILY. Protein product from Mb3826 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3826 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE ACYL-COA DEHYDROGENASE FADE35" + /protein_id="SIU02455.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6S9" + /db_xref="InterPro:IPR006091" + /db_xref="InterPro:IPR009075" + /db_xref="InterPro:IPR009100" + /db_xref="InterPro:IPR034184" + /db_xref="InterPro:IPR036250" + /db_xref="InterPro:IPR041504" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6S9" + /translation="MPEYDLEAVDKLPFSTPEKAQRYQTENYRGAMGLNWYLTDPTLQ + FIMAYYLRPDELAFAEPHLTRIGELTGGPVTRWAEETDRNPPRLERYDRWGHDISRVV + LPESFIQSKRAVIEARQAVRDDAARAGVKPSLALFAADYLLNQADIGMACALATGGNM + VRSLVTAYAPPDVREFVLGKLNSGEWDGEAAQLLTERAGGSDLGALETTATRSGDVWL + LNGFKWFASNCAGEAFVVLAKPEGAPDSTRGVATFLVLRTRRDGSRNGVRIRRLKDKL + GTRSVASGEIEFVDAEAFLLSGEPSADAGPSDGKGLTRMMELTNRLRLGTASFALGNA + RRALVESLCYAGQRRAFGGALIDKPLMRRKLAEMVVDVEAALAMVFDGFGAANHRQPR + CLPQRIAVPVTKLKTCRLGITVASDAIEIHGGNGYIETWPVARLLRDAQVNTIWEGPD + NILCLDVRRGIEQTRAHETLLARLRDAVSVSDDDDTTRLVSRRIEDLDAAITAWTKLD + RQLAEARLFPLAQFMGDVYAGALLTEQAAWERATRGTDRKALVARLYARRYLADQGPL + RGIDADCDEALQRFDELVAGAFTAEQT" + gene 4193561..4195054 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-3" + repeat_region 4193561..4193587 + /locus_tag="BQ2027_IS1557'-3" + /note="27 bp imperfect inverted repeat, + IRL,CGAGCAGACGTAAAAGCCCCCAATTCG, flanking IS element + IS1557'." + /rpt_type=INVERTED + gene 4193700..4194317 + /locus_tag="BQ2027_MB3827" + CDS 4193700..4194317 + /locus_tag="BQ2027_MB3827" + /note="Mb3827, -, len: 205 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3798, len: 444 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.5% identity in 195 aa overlap). Putative + transposase for insertion sequence element IS1557, highly + similar to Q60255 SIMILAR TO TRANSPOSASE OF ISAE1 FROM + ALCALIGENES EUTROPHUS H1-4 (FRAGMENT) from + dibenzofuran-degrading bacterium DPO360 (163 aa) FASTA + scores: opt: 767, E(): 3.2e-42, (67.25% identity in 168 aa + overlap); and similar to P74920 TRANSPOSASE from + Thiobacillus ferrooxidans (404 aa), FASTA scores: opt: + 375, E(): 1.1e-16, (27.55% identity in 439 aa overlap); + Q48349 TRANSPOSASE from Alcaligenes eutrophus (Ralstonia + eutropha) (408 aa), FASTA scores: opt: 324, E(): 2e-13, + (3.9% identity in 369 aa overlap); Q9FDC1|TNP TRANSPOSASE + from Burkholderia mallei (Pseudomonas mallei) (386 aa) + FASTA scores: opt: 282, E(): 9.8e-11, (25.85% identity in + 391 aa overlap); etc. C-terminal end identical to + O53804|Rv0741|MTV041.15 TRANSPOSASE from Mycobacterium + tuberculosis (104 aa), FASTA scores: opt: 582, E(): + 1.8e-30, (85.6% identity in 104 aa overlap). BELONGS TO + THE TRANSPOSASE FAMILY 12. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv3798 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 11 bp deletion splits Rv3798 into 2 parts, Mb3827 and + Mb3828. Mb3827 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02456.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="InterPro:IPR029261" + /db_xref="InterPro:IPR032877" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A0G2QBZ2" + /translation="MRNVRLFRALLGVDKRTVIEDIEFEEDDAGDGARVIARVRPRSA + VLRRCGRCGRKASWYDRGAGLRQWRSLDWGTVEVFLEAEAPRVNCPTHGPTVVAVPWA + RHHAGHTYAFDDTVAWLAVACSKTAVCELMRIAWRTVGAIVARVWADTEKRIDRFANL + RRIGIDEISYKRHHRYLTVVVDHDSGRLVWAAPSHPGLVLRCPGR" + gene 4194292..4195023 + /locus_tag="BQ2027_MB3828" + CDS 4194292..4195023 + /locus_tag="BQ2027_MB3828" + /note="Mb3828, -, len: 243 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3798, len: 444 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 243 aa overlap). + Putative transposase for insertion sequence element + IS1557, highly similar to Q60255 SIMILAR TO TRANSPOSASE OF + ISAE1 FROM ALCALIGENES EUTROPHUS H1-4 (FRAGMENT) from + dibenzofuran-degrading bacterium DPO360 (163 aa) FASTA + scores: opt: 767, E(): 3.2e-42, (67.25% identity in 168 aa + overlap); and similar to P74920 TRANSPOSASE from + Thiobacillus ferrooxidans (404 aa), FASTA scores: opt: + 375, E(): 1.1e-16, (27.55% identity in 439 aa overlap); + Q48349 TRANSPOSASE from Alcaligenes eutrophus (Ralstonia + eutropha) (408 aa), FASTA scores: opt: 324, E(): 2e-13, + (3.9% identity in 369 aa overlap); Q9FDC1|TNP TRANSPOSASE + from Burkholderia mallei (Pseudomonas mallei) (386 aa) + FASTA scores: opt: 282, E(): 9.8e-11, (25.85% identity in + 391 aa overlap); etc. C-terminal end identical to + O53804|Rv0741|MTV041.15 TRANSPOSASE from Mycobacterium + tuberculosis (104 aa), FASTA scores: opt: 582, E(): + 1.8e-30, (85.6% identity in 104 aa overlap). BELONGS TO + THE TRANSPOSASE FAMILY 12. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: + In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, Rv3798 exists + as a single gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due + to a 11 bp deletion splits Rv3798 into 2 parts, Mb3827 and + Mb3828." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PUTATIVE TRANSPOSASE [SECOND PART]" + /protein_id="SIU02457.1" + /db_xref="InterPro:IPR002560" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A0G2QBZ3" + /translation="MFFDALGAERAAQITHVSADAADWIADVVTERCPDAIQCADPFH + VVAWATEALDVERRRAWNDARAIARTEPKWGRGRPGKNAAPRPGRERARRLKGARYAL + WKNPEDLTERQSAKLAWIAKTDPRLYRAYLLKESLRHVFSVKGEEGKQALDRWISWAQ + RCRIPVFVELAARIKRHRVAIDAALDHGLSQGLIESTNTKIRLLTRIAFGFRSPQALI + ALAMLTLAGHRPTLPGRHNHPQISQ" + repeat_region complement(4195028..4195054) + /note="27 bp imperfect inverted repeat, + IRR,CGAGCAGACGTAAAAGCCCCCATTTCG, flanking IS element + IS1557'." + /rpt_type=INVERTED + gene complement(4195065..4196633) + /gene="accD4" + /locus_tag="BQ2027_MB3829C" + CDS complement(4195065..4196633) + /gene="accD4" + /locus_tag="BQ2027_MB3829C" + /note="Mb3829c, accD4, len: 522 aa. Equivalent to Rv3799c, + len: 522 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 522 aa overlap). Probable accD4, + propyonyl-CoA carboxylase beta chain 4 (EC 6.4.1.3), + equivalent to Q9CDB0|ACCD4|ML0102 PUTATIVE ACYL COA + CARBOXYLASE from Mycobacterium leprae (517 aa) FASTA + scores: opt: 3154, E(): 8e-187, (91.2% identity in 511 aa + overlap) . Also similar to many e.g. Q9X4K7|PCCB from + Streptomyces coelicolor (530 aa), FASTA scores: opt: 1714, + E(): 4.4e-98, (50.0% identity in 510 aa overlap); + P53003|PCCB_SACER from Saccharopolyspora erythraea + (Streptomyces erythraeus) (546 aa), FASTA scores: opt: + 1549, E(): 6.6e-88, (50.65% identity in 519 aa overlap); + Q9WZH5|TM0716 from Thermotoga maritima (515 aa) FASTA + scores: opt: 1529, E(): 1.1e-86, (46.7% identity in 512 aa + overlap); etc. Also similar to + P53002|PCCB_MYCLE|ACCD5|PCCB|ML0731|B1308_C1_125 PROBABLE + PROPIONYL-COA CARBOXYLASE BETA CHAIN 5 from Mycobacterium + leprae (549 aa), FASTA scores: opt: 1493, E(): 1.9e-84, + (49.8% identity in 514 aa overlap); and + P96885|PCC5_MYCTU|ACCD5|PCCB|Rv3280|MT3379.1|MTCY71.20 + PROBABLE PROPIONYL-COA CARBOXYLASE BETA CHAIN 5 from + Mycobacterium tuberculosis (548 aa), FASTA scores: opt: + 1471, E(): 4.2e-83, (49.15% identity in 515 aa overlap). + BELONGS TO THE ACCD/PCCB FAMILY. Protein product from + Mb3829c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3829c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PROPIONYL-COA CARBOXYLASE BETA CHAIN 4 + ACCD4 (PCCASE) (PROPANOYL-COA:CARBON DIOXIDE LIGASE)" + /protein_id="SIU02458.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B0" + /db_xref="InterPro:IPR011762" + /db_xref="InterPro:IPR011763" + /db_xref="InterPro:IPR029045" + /db_xref="InterPro:IPR034733" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B0" + /translation="MTVTEPVLHTTAEKLAELRERLELAKEPGGEKAAAKRDKKGIPS + ARARIYELVDPGSFMEIGALCRTPGDPNALYGDGVVTGHGLINGRPVGVFSHDQTVFG + GTVGEMFGRKVARLMEWCAMVGCPIVGINDSGGARIQDAVTSLAWYAELGRRHELLSG + LVPQISIILGKCAGGAVYSPIQTDLVVAVRDQGYMFVTGPDVIKDVTGEDVSLDELGG + ADHQASYGNIHQVVESEAAAYQYVRDFLSFLPSNCFDKPPVVNPGLEPEITGHDLELD + SIVPDSDNMAYDMHEVLLRIFDDGDFLDVAAQAGQAIITGYARVDGRTVGVVANQPMH + MSGAIDNEASDKAARFIRFSDAFDIPLVFVVDTPGFLPGVEQEKNGIIKRGGRFLYAV + VEADVPKVTITIRKSYGGAYAVMGSKQLTADLNFAWPTARIAVIGADGAAQLLMKRFP + DPNAPEAQAIRKSFVENYNLNMAIPWIAAERGFIDAVIDPHETRLLLRKSMHLLRDKQ + LWWRVGRKHGLIPV" + gene complement(4196630..4201831) + /gene="pks13" + /locus_tag="BQ2027_MB3830C" + CDS complement(4196630..4201831) + /gene="pks13" + /locus_tag="BQ2027_MB3830C" + /note="Mb3830c, pks13, len: 1733 aa. Equivalent to + Rv3800c, len: 1733 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 1733 aa overlap). + Probable pks13, polyketide synthase (EC undetermined), + equivalent to Q9CDB1|PKS13|ML0101 POLYKETIDE SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (1784 aa), FASTA scores: opt: 7454, + E(): 0, (83.6% identity in 1748 aa overlap); and similar + to Q9Z5K6|ML2357|MLCB12.02c PUTATIVE POLYKETIDE SYNTHASE + from Mycobacterium leprae (1871 aa), FASTA scores: opt: + 1682, E(): 1.2e-85, (38.3% identity in 1096 aa overlap). + Also similar in part to many e.g. Q9ADL6|SORA SORAPHEN + POLYKETIDE SYNTHASE A from Polyangium cellulosum (6315 aa) + FASTA scores: opt: 1422, E(): 1e-70, (31.45% identity in + 1616 aa overlap); AAK73501|AMPHI AMPHI PROTEIN (involved + in amphotericin biosynthesis) from Streptomyces nodosus + (9510 aa), FASTA scores: opt: 1441, E(): 1.2e-71, (30.45% + identity in 1662 aa overlap); Q9RFL0|MTAB MTAB PROTEIN + (involved in myxothiazol biosynthesis) from Stigmatella + aurantiaca (4003 aa), FASTA scores: opt: 1429, E(): + 2.8e-71, (33.8% identity in 1089 aa overlap); Q9L4X2|NYSJ + from Streptomyces noursei (5435 aa), FASTA scores: opt: + 1407, E(): 6.1e-70, (30.5% identity in 1764 aa overlap); + CAC37876|SC1G7.01c from Streptomyces coelicolor (3489 aa) + FASTA scores: opt: 1382, E(): 1e-68, (31.05% identity in + 1489 aa overlap); etc. Also highly similar to + Q10977|PPSA_MYCTU|Rv2931|MT3000|MTCY338.20 + PHENOLPTHIOCEROL SYNTHESIS POLYKETIDE SYNTHASE from + Mycobacterium tuberculosis (1876 aa), FASTA scores: opt: + 1728, E(): 3.4e-88, (36.95% identity in 1269 aa overlap); + and P96203|PPSD|Rv2934|MTCY19H9.02. Contains PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site. Protein product from + Mb3830c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3830c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POLYKETIDE SYNTHASE PKS13" + /protein_id="SIU02459.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y596" + /db_xref="InterPro:IPR001031" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y596" + /translation="MADVAESQENAPAERAELTVPEMRQWLRNWVGKAVGKAPDSIDE + SVPMVELGLSSRDAVAMAADIEDLTGVTLSVAVAFAHPTIESLATRIIEGEPETDLAG + DDAEDWSRTGPAERVDIAIVGLSTRFPGEMNTPEQTWQALLEGRDGITDLPDGRWSEF + LEEPRLAARVAGARTRGGYLKDIKGFDSEFFAVAKTEADNIDPQQRMALELTWEALEH + ARIPASSLRGQAVGVYIGSSTNDYSFLAVSDPTVAHPYAITGTSSSIIANRVSYFYDF + HGPSVTIDTACSSSLVAIHQGVQALRNGEADVVVAGGVNALITPMVTLGFDEIGAVLA + PDGRIKSFSADADGYTRSEGGGMLVLKRVDDARRDGDAILAVIAGSAVNHDGRSNGLI + APNQDAQADVLRRAYKDAGIDPRTVDYIEAHGTGTILGDPIEAEALGRVVGRGRPADR + PALLGAVKTNVGHLESAAGAASMAKVVLALQHDKLPPSINFAGPSPYIDFDAMRLKMI + TTPTDWPRYGGYALGGVSSFGFGGANAHVVVREVLPRDVVEKEPEPEPEPKAAAEPAE + APTLAGHALRFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPL + VPLAVSAFLTSRKKAAAAELADWMQSPEGQASSLESIGRSLSRRNHGRSRAVVLAHDH + DEAIKGLRAVAAGKQAPNVFSVDGPVTTGPVWVLAGFGAQHRKMGKSLYLRNEVFAAW + IEKVDALVQDELGYSVLELILDDAQDYGIETTQVTIFAIQIALGELLRHHGAKPAAVI + GQSLGEAASAYFAGGLSLRDATRAICSRSHLMGEGEAMLFGEYIRLMALVEYSADEIR + EVFSDFPDLEVCVYAAPTQTVIGGPPEQVDAILARAEAEGKFARKFATKGASHTSQMD + PLLGELTAELQGIKPTSPTCGIFSTVHEGRYIKPGGEPIHDVEYWKKGLRHSVYFTHG + IRNAVDSGHTTFLELAPNPVALMQVALTTADAGLHDAQLIPTLARKQDEVSSMVSTMA + QLYVYGHDLDIRTLFSRASGPQDYANIPPTRFKRKEHWLPAHFSGDGSTYMPGTHVAL + PDGRHVWEYAPRDGNVDLAALVRAAAAHVLPDAQLTAAEQRAVPGDGARLVTTMTRHP + GGASVQVHARIDESFTLVYDALVSRAGSESVLPTAVGAATAIAVADGAPVAPETPAED + ADAETLSDSLTTRYMPSGMTRWSPDSGETIAERLGLIVGSAMGYEPEDLPWEVPLIEL + GLDSLMAVRIKNRVEYDFDLPPIQLTAVRDANLYNVEKLIEYAVEHRDEVQQLHEHQK + TQTAEEIARAQAELLHGKVGKTEPVDSEAGVALPSPQNGEQPNPTGPALNVDVPPRDA + AERVTFATWAIVTGKSPGGIFNELPRLDDEAAAKIAQRLSERAEGPITAEDVLTSSNI + EALADKVRTYLEAGQIDGFVRTLRARPEAGGKVPVFVFHPAGGSTVVYEPLLGRLPAD + TPMYGFERVEGSIEERAQQYVPKLIEMQGDGPYVLVGWSLGGVLAYACAIGLRRLGKD + VRFVGLIDAVRAGEEIPQTKEEIRKRWDRYAAFAEKTFNVTIPAIPYEQLEELDDEGQ + VRFVLDAVSQSGVQIPAGIIEHQRTSYLDNRAIDTAQIQPYDGHVTLYMADRYHDDAI + MFEPRYAVRQPDGGWGEYVSDLEVVPIGGEHIQAIDEPIIAKVGEHMSRALGQIEADR + TSEVGKQ" + gene complement(4201838..4203751) + /gene="fadD32" + /locus_tag="BQ2027_MB3831C" + CDS complement(4201838..4203751) + /gene="fadD32" + /locus_tag="BQ2027_MB3831C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3831c, fadD32, len: 637 aa. Equivalent to + Rv3801c, len: 637 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 637 aa overlap). Probable + fadD32, fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), equivalent + to Q9CDB2|FADD32|ML0100 PUTATIVE ACYL-COA SYNTHETASE from + Mycobacterium leprae (635 aa), FASTA scores: opt: 3892, + E(): 0, (93.05% identity in 632 aa overlap); and highly + similar to others from Mycobacterium leprae. Also similar + to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P95288|FADD31|Rv1925|MTCY09F9.39c (620 aa), FASTA scores: + opt: 1567, E(): 1.7e-88, (47.05% identity in 612 aa + overlap); MTCY338_18, MTCY349_40, MTV005_21, MTCY24G1_8, + MTCY19G5_7, MTCY4D9_17; and MBU75685_1 ACYL-COA LIGASE + from Mycobacterium bovis. Protein product from Mb3831c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3831c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="fatty-acid-amp ligase fadd32 (fatty-acid-amp + synthetase) (fatty-acid-amp synthase). also shown to have + acyl-acp ligase activity." + /protein_id="SIU02460.1" + /db_xref="GOA:Q7TTR2" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TTR2" + /translation="MFVTGESGMAYHNPFIVNGKIRFPANTNLVRHVEKWAKVRGDKL + AYRFLDFSTERDGVARDILWSDFSARNRAVGARLQQVTQPGDRVAILCPQNLDYLISF + FGALYSGRIAVPLFDPAEPGHVGRLHAVLDDCAPSTILTTTDSAEGVRKFIRARSAKE + RPRVIAVDAVPTEVAATWQQPEANEETVAYLQYTSGSTRIPSGVQITHLNLPTNVVQV + LNALEGQEGDRGVSWLPFFHDMGLITVLLASVLGHSFTFMTPAAFVRRPGRWIRELAR + KPGETGGTFSAAPNFAFEHAAVRGVPRDDEPPLDLSNVKGILNGSEPVSPASMRKFFE + AFAPYGLKQTAVKPSYGLAEATLFVSTTPMDEVPTVIHVDRDELNNQRFVEVAADAPN + AVAQVSAGKVGVSEWAVIVDADTASELPDGQIGEIWLHGNNLGTGYWGKEEESAQTFK + NILKSRISESRAEGAPDDALWVRTGDYGTYFKDHLYIAGRIKDLVIIDGRNHYPQDLE + CTAQESTKALRVGYVAAFSVPANQLPQTVFDDSHAGLKFDPEDTSEQLVIVGERAAGT + HKLDHQPIVDDIRAAIAVGHGVTVRDVLLVSAGTIPRTSSGKIGRRACRAAYLDGSLR + SGVGSPTVFATSD" + gene complement(4204040..4205050) + /locus_tag="BQ2027_MB3832C" + CDS complement(4204040..4205050) + /locus_tag="BQ2027_MB3832C" + /note="Mb3832c, -, len: 336 aa. Equivalent to Rv3802c, + len: 336 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 336 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDB3|ML0099 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (336 aa) + FASTA scores: opt: 1759, E(): 1.1e-85, (75.5% identity in + 335 aa overlap). Contains probable N-terminal signal + sequence followed by Pro-rich region. Protein product from + Mb3832c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3832c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable conserved membrane protein" + /protein_id="SIU02461.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B4" + /db_xref="InterPro:IPR000675" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B4" + /translation="MAKNSRRKRHRILAWIAAGAMASVVALVIVAVVIMLRGAESPPS + AVPPGVLPPGPTPAHPHKPRPAFQDASCPDVQMISVPGTWESSPQQNPLNPVQFPKAL + LLKVTGPIAQQFAPARVQTYTVAYTAQFHNPLTTDNQMSYNDSRAEGTRAMVAAMTDM + NNRCPLTSYVLIGFSQGAVIAGDVASDIGNGRGPVDEDLVLGVTLIADGRRQQGVGNQ + VPPSPRGEGAEITLHEVPVLSGLGLTMTGPRPGGFGALDGRTNEICAQGDLICAAPAQ + AFSPANLPTTLNTLAGGAGQPVHAMYATPEFWNSDGEPATEWTLNWAHQLIENAPHPK + HR" + gene complement(4205248..4206147) + /gene="fbpD" + /locus_tag="BQ2027_MB3833C" + CDS complement(4205248..4206147) + /gene="fbpD" + /locus_tag="BQ2027_MB3833C" + /standard_name="mpt51; mpb51; fbpC1" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3833c, fbpD, len: 299 aa. Equivalent to Rv3803c, + len: 299 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 299 aa overlap). fbpD (alternate gene + names: mpt51, mpb51, fbpC1), secreted MPB51/MPT51 antigen + protein (fibronectin-binding protein C) (mycolyl + transferase 85C) (EC 2.3.1.-) (see citations below), + identical to Q48923|MPT51|MPB51 ANTIGEN PRECURSOR from + Mycobacterium bovis (299 aa), FASTA scores: opt: 2093, + E(): 1.5e-112, (100.0% identity in 299 aa overlap) (see + second citation below); and highly similar to other + Mycobacterial antigen precursors e.g. + Q05868|MPT5_MYCLE|MPT51|ML0098 MPT51 ANTIGEN PRECURSOR + from Mycobacterium leprae (301 aa), FASTA scores: opt: + 1624, E(): 9.8e-86, (77.8% identity in 302 aa overlap); + O52972|A85C_MYCAV|FBPC ANTIGEN 85-C PRECURSOR + (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN C) from Mycobacterium avium + (352 aa), FASTA scores: opt: 753, E(): 6.6e-36, (41.5% + identity in 315 aa overlap); P21160|A85B_MYCKA ANTIGEN + 85-B PRECURSOR (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN B) from + Mycobacterium kansasii (325 aa), FASTA scores: opt: 574, + E(): 1.1e-25, (37.55% identity in 309 aa overlap); + P12942|A85B_MYCBO ANTIGEN 85-B PRECURSOR from + Mycobacterium bovis (323 aa), FASTA scores: opt: 572, E(): + 1.4e-25, (39.85% identity in 291 aa overlap); etc. Also + similar to + P31953|A85C_MYCTU|FBPC|MPT45|Rv0129c|MTCI5.03c|FBPC2 + SECRETED ANTIGEN 85-C (MYCOLYL TRANSFERASE 85C) + (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN C) from Mycobacterium + tuberculosis (340 aa), FASTA scores: opt: 751, E(): + 8.4e-36, (40.65% identity in 310 aa overlap); + P17944|A85A_MYCTU|FBPA|MPT44|Rv3804c|MT3911|MTV026.09c + SECRETED ANTIGEN 85-A (MYCOLYL TRANSFERASE 85A) + (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A) from Mycobacterium + tuberculosis (338 aa), FASTA scores: opt: 592, E(): 1e-26, + (39.05% identity in 302 aa overlap); etc. Contains PS00178 + Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. Note + that the secreted protein MPB51 is one of the major + proteins in the culture filtrate of Mycobacterium bovis + BCG. Protein product from Mb3833c detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3833c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED MPT51/MPB51 ANTIGEN PROTEIN FBPD + (MPT51/MPB51 ANTIGEN 85 COMPLEX C) (AG58C) (MYCOLYL + TRANSFERASE 85C) (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN C) (85C)" + /protein_id="SIU02462.1" + /db_xref="GOA:P0A4V7" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A4V7" + /translation="MKGRSALLRALWIAALSFGLGGVAVAAEPTAKAAPYENLMVPSP + SMGRDIPVAFLAGGPHAVYLLDAFNAGPDVSNWVTAGNAMNTLAGKGISVVAPAGGAY + SMYTNWEQDGSKQWDTFLSAELPDWLAANRGLAPGGHAAVGAAQGGYGAMALAAFHPD + RFGFAGSMSGFLYPSNTTTNGAIAAGMQQFGGVDTNGMWGAPQLGRWKWHDPWVHASL + LAQNNTRVWVWSPTNPGASDPAAMIGQAAEAMGNSRMFYNQYRSVGGHNGHFDFPASG + DNGWGSWAPQLGAMSGDIVGAIR" + gene complement(4206327..4207343) + /gene="fbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3834C" + CDS complement(4206327..4207343) + /gene="fbpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3834C" + /standard_name="mpt44; 85A" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3834c, fbpA, len: 338 aa. Equivalent to Rv3804c, + len: 338 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 338 aa overlap). fbpA (alternate gene + names: mpt44, 85A), precursor of the 85-A antigen + (fibronectin-binding protein A) (mycolyl transferase 85A) + (EC 2.3.1.-) (see citations below), identical to + P17944|P17996|FBPA|MPT44 ANTIGEN 85-A PRECURSOR from + Mycobacterium bovis (338 aa), FASTA scores: opt: 2341, + E(): 1.2e-132, (100.0% identity in 338 aa overlap); and + highly similar to other Mycobacterial antigen precursors + e.g. O52956|A85A_MYCAV|FBPA ANTIGEN 85-A PRECURSOR (85A) + from Mycobacterium avium (347 aa), FASTA scores: opt: + 1987, E(): 1.7e-111, (82.55% identity in 338 aa overlap); + Q05861|A85A_MYCLE|FBPA|ML0097 ANTIGEN 85-A PRECURSOR (85A) + from Mycobacterium leprae (330 aa), FASTA scores: opt: + 1936, E(): 1.9e-108, (83.0% identity in 329 aa overlap); + O06052|A85A_MYCGO|FBPA ANTIGEN 85-A PRECURSOR (85A) from + Mycobacterium gordonae (339 aa), FASTA scores: opt: 1932, + E(): 3.3e-108, (80.45% identity in 338 aa overlap); etc. + Also highly similar to + P31952|A85B_MYCTU|FBPB|Rv1886c|MT1934|MTCY180.32 SECRETED + ANTIGEN 85-B from Mycobacterium tuberculosis (325 aa), + FASTA scores: opt: 1830, E(): 3.9e-102, (78.85% identity + in 317 aa overlap); + P31953|A85C_MYCTU|FBPC|MPT45|Rv0129c|MTCI5.03c|FBPC2 + SECRETED ANTIGEN 85-C from Mycobacterium tuberculosis (340 + aa), FASTA scores: opt: 1597, E(): 3.4e-88, (67.25% + identity in 336 aa overlap). Protein product from Mb3834c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3834c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SECRETED ANTIGEN 85-A FBPA (MYCOLYL TRANSFERASE + 85A) (FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A) (ANTIGEN 85 COMPLEX + A)" + /protein_id="SIU02463.1" + /db_xref="GOA:P0C2T1" + /db_xref="InterPro:IPR000801" + /db_xref="InterPro:IPR006311" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0C2T1" + /translation="MQLVDRVRGAVTGMSRRLVVGAVGAALVSGLVGAVGGTATAGAF + SRPGLPVEYLQVPSPSMGRDIKVQFQSGGANSPALYLLDGLRAQDDFSGWDINTPAFE + WYDQSGLSVVMPVGGQSSFYSDWYQPACGKAGCQTYKWETFLTSELPGWLQANRHVKP + TGSAVVGLSMAASSALTLAIYHPQQFVYAGAMSGLLDPSQAMGPTLIGLAMGDAGGYK + ASDMWGPKEDPAWQRNDPLLNVGKLIANNTRVWVYCGNGKPSDLGGNNLPAKFLEGFV + RTSNIKFQDAYNAGGGHNGVFDFPDSGTHSWEYWGAQLNAMKPDLQRALGATPNTGPA + PQGA" + gene complement(4207638..4209521) + /gene="aftb" + /locus_tag="BQ2027_MB3835C" + CDS complement(4207638..4209521) + /gene="aftb" + /locus_tag="BQ2027_MB3835C" + /note="Mb3835c, -, len: 627 aa. Equivalent to Rv3805c, + len: 627 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 627 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent, but shorter 19 aa, to + Q9CDB4|ML0096 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (649 aa), FASTA scores: opt: 3511, E(): 1.1e-204, + (80.9% identity in 629 aa overlap). Equivalent to AAK48278 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (641 aa) + but shorter 14 aa. Protein product from Mb3835c detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3835c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible arabinofuranosyltransferase aftb" + /protein_id="SIU02464.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B7" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B7" + /translation="MVRVSLWLSVTAVAVLFGWGSWQRRWIADDGLIVLRTVRNLLAG + NGPVFNQGERVEANTSTAWTYLLYVGGWVGGPMRLEYVALALAMVLSLLGMVLLMLGT + GRLYAPSLRGRRAIMLPAGALVYIAVPPARDFATSGLESGLVLAYLGLLWWMMVCWSQ + PLRARPDSQMFLGALAFVAGCSVLVRPEFALIGGLALIMMLIAARTWRRRVLIVLAGG + FLPVAYQIFRMGYYGLLVPSTALAKDAAGDKWSQGMIYVSNFNRPYALWVPLVLSVPL + GLLLMTARRRPSFLRPVLAPDYGRVARAVQSPPAVVAFIVGSGVLQALYWVRQGGDFM + HGRVLLAPLFCLLAPVGVIPILLPDGKDFSRETGRWLVGALSGLWLGIAGWSLWAANS + PGMGDDATRVTYSGIVDERRFYAQATGHAHPLTAADYLDYPRMAAVLTALNNTPEGAL + LLPSGNYNQWDLVPMIRPSSGTAPGGKPAPKPQHAVFFTNMGMLGMNVGLDVRVIDQI + GLVNPLAAHTERLKHARIGHDKNLFPDWVIADGPWVKWYPGIPGYIDQQWVTQAEAAL + QCPATRAVLNSVRAPITLHRFLSNVLHSYEFTRYRIDRVPRYELVRCGLDVPDGPGPP + PRE" + gene complement(4209610..4210518) + /gene="ubia" + /locus_tag="BQ2027_MB3836C" + CDS complement(4209610..4210518) + /gene="ubia" + /locus_tag="BQ2027_MB3836C" + /note="Mb3836c, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv3806c, + len: 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Possible conserved + integral membrane protein, equivalent to Q9CDB5|ML0095 + PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium + leprae (302 aa), FASTA scores: opt: 1677, E(): 3.9e-103, + (83.75% identity in 302 aa overlap). Also highly similar + to others e.g. Q9KZA2|SC5G8.12 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (322 aa), FASTA + scores: opt: 937, E(): 2e-54, (51.4% identity in 292 aa + overlap); AAK79783|CAC1818 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN, + POSSIBLE 4-HYDROXYBENZOATE from Clostridium acetobutylicum + (290 aa), FASTA scores: opt: 467, E(): 1.5e-23, (26.9% + identity in 290 aa overlap); Q98KY3|MLL1266 NODULATION + PROTEIN NOEC (POTENTIAL INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN) from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (297 aa), FASTA + scores: opt: 331, E(): 1.4e-14, (27.4% identity in 299 aa + overlap); etc. And highly similar to C-terminal part of + Q981F8|MLR9393 NODULATION PROTEIN NOEC (POTENTIAL INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN) from Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) + plasmid pMLa (541 aa), FASTA scores: opt: 388, E(): 4e-18, + (30.9% identity in 301 aa overlap); and P55585|Y4NM_RHISN + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN (POSSIBLE PERMEASE/TRANSPORTER) + from Rhizobium sp. strain NGR234 plasmid sym pNGR234a (516 + aa), FASTA scores: opt: 380, E(): 1.3e-17, (31.85% + identity in 295 aa overlap). Contains PS00225 Crystallins + beta and gamma 'Greek key' motif signature. Protein + product from Mb3836c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3836c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="decaprenylphosphoryl-5-phosphoribose (dppr) + synthase (decaprenyl-phosphate + 5-phosphoribosyltransferase)" + /protein_id="SIU02465.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6T2" + /db_xref="InterPro:IPR000537" + /db_xref="InterPro:IPR039653" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6T2" + /translation="MSEDVVTQPPANLVAGVVKAIRPRQWVKNVLVLAAPLAALGGGV + RYDYVEVLSKVSMAFVVFSLAASAVYLVNDVRDVEADREHPTKRFRPIAAGVVPEWLA + YTVAVVLGVTSLAGAWMLTPNLALVMVVYLAMQLAYCFGLKHQAVVDICVVSSAYLIR + AIAGGVATKIPLSKWFLLIMAFGSLFMVAGKRYAELHLAERTGAAIRKSLESYTSTYL + RFVWTLSATAVVLCYGLWAFERDGYSGSWFAVSMIPFTIAILRYAVDVDGGLAGEPED + IALRDRVLQLLALAWIATVGAAVAFG" + gene complement(4210525..4211022) + /locus_tag="BQ2027_MB3837C" + CDS complement(4210525..4211022) + /locus_tag="BQ2027_MB3837C" + /note="Mb3837c, -, len: 165 aa. Equivalent to Rv3807c, + len: 165 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 165 aa overlap). Possible conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CDB6|ML0094 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (192 + aa), FASTA scores: opt: 714, E(): 2.4e-38, (72.85% + identity in 151 aa overlap). Also highly similar to + Q9KZA3|SC5G8.11 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (169 aa), FASTA scores: opt: 324, + E(): 1.1e-13, (41.5% identity in 159 aa overlap); and + similar in part to others e.g. Q9K3L3|SCG20A.27 PUTATIVE + INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (230 aa), FASTA scores: opt: 277, E(): 1.3e-10, (41.65% + identity in 168 aa overlap); P72269|ORF8 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Rhodococcus erythropolis (487 aa) FASTA + scores: opt: 229, E(): 2.7e-07, (36.25% identity in 149 aa + overlap); O86625|SC3A7.24c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (201 aa) FASTA + scores: opt: 200, E(): 9.1e-06, (34.95% identity in 146 aa + overlap); Q9KYD7|SCD72A.19 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (238 aa) FASTA + scores: opt: 178, E(): 0.00026, (35.7% identity in 112 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3837c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3837c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02466.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5L1" + /db_xref="InterPro:IPR000326" + /db_xref="InterPro:IPR036938" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L1" + /translation="MVAVQSALVDRPGMLATARGLSHFGEHCIGWLILALLGAIALPR + RRREWLVAGAGAFVAHAIAVLIKRLVRRQRPDHPAIAVNVDTPSQLSFPSAHATSTTA + AALLMGRATGLPLPVVLVPPMALSRILLGVHYPSDVAVGVALGATVGAIVDSVGGGRQ + RARKR" + gene complement(4211051..4212964) + /gene="glft2" + /locus_tag="BQ2027_MB3838C" + CDS complement(4211051..4212964) + /gene="glft2" + /locus_tag="BQ2027_MB3838C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3838c, -, len: 637 aa. Equivalent to Rv3808c, + len: 637 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 637 aa overlap). Galactofuranosyl + transferase (EC 2.-.-.-) (see citations below), equivalent + to Q9CDB7|ML0093 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (643 aa) FASTA scores: opt: 3751, E(): 0, (85.4% + identity in 643 aa overlap). Contains a + beta-glycosyltransferase domain A. Protein product from + Mb3838c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3838c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="bifunctional udp-galactofuranosyl transferase + glft2" + /protein_id="SIU02467.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B2" + /db_xref="InterPro:IPR029044" + /db_xref="InterPro:IPR040492" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B2" + /translation="MSELAASLLSRVILPRPGEPLDVRKLYLEESTTNARRAHAPTRT + SLQIGAESEVSFATYFNAFPASYWRRWTTCKSVVLRVQVTGAGRVDVYRTKATGARIF + VEGHDFTGTEDQPAAVETEVVLQPFEDGGWVWFDITTDTAVTLHSGGWYATSPAPGTA + NIAVGIPTFNRPADCVNALRELTADPLVDQVIGAVIVPDQGERKVRDHPDFPAAAARL + GSRLSIHDQPNLGGSGGYSRVMYEALKNTDCQQILFMDDDIRLEPDSILRVLAMHRFA + KAPMLVGGQMLNLQEPSHLHIMGEVVDRSIFMWTAAPHAEYDHDFAEYPLNDNNSRSK + LLHRRIDVDYNGWWTCMIPRQVAEELGQPLPLFIKWDDADYGLRAAEHGYPTVTLPGA + AIWHMAWSDKDDAIDWQAYFHLRNRLVVAAMHWDGPKAQVIGLVRSHLKATLKHLACL + EYSTVAIQNKAIDDFLAGPEHIFSILESALPQVHRIRKSYPDAVVLPAASELPPPLHK + NKAMKPPVNPLVIGYRLARGIMHNLTAANPQHHRRPEFNVPTQDARWFLLCTVDGATV + TTADGCGVVYRQRDRAKMFALLWQSLRRQRQLLKRFEEMRRIYRDALPTLSSKQKWET + ALLPAANQEPEHG" + gene complement(4212961..4214160) + /gene="glf" + /locus_tag="BQ2027_MB3839C" + CDS complement(4212961..4214160) + /gene="glf" + /locus_tag="BQ2027_MB3839C" + /standard_name="ceoA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3839c, glf, len: 399 aa. Equivalent to Rv3809c, + len: 399 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 399 aa overlap). glf (alternate gene + name: ceoA), UDP-galactopyranose mutase (EC 5.4.99.9) (see + citations below), identical to previously sequenced gene, + and equivalent to Q9CDB8|GLF|ML0092 PUTATIVE + UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE from Mycobacterium leprae (413 + aa), FASTA scores: opt: 2347, E(): 1.3e-140, (86.6% + identity in 396 aa overlap). Also highly similar to others + e.g. AAK61905|EPSJ UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE (PROTEIN + INVOLVED IN EXOPOLYSACCHARIDES BIOSYNTHESIS) from + Streptococcus thermophilus (365 aa), FASTA scores: opt: + 972, E(): 5.9e-54, (45.85% identity in 375 aa overlap); + P37747|GLF_ECOLI|B2036 UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE from + Escherichia coli strain K12 (367 aa), FASTA scores: opt: + 958, E(): 4.5e-53, (43.55% identity in 379 aa overlap); + O86897|CAP33FN from Streptococcus pneumoniae (369 aa) + FASTA scores: opt: 954, E(): 8.1e-53, (44.8% identity in + 375 aa overlap); etc. COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). + N-TERMINAL SHOWS SIMILARITY TO FAD OR NAD CONTAINING + PROTEINS. Protein product from Mb3839c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3839c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE GLF (UDP-GALP MUTASE) + (NAD+-FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE-REQUIRING ENZYME)" + /protein_id="SIU02468.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B9" + /db_xref="InterPro:IPR004379" + /db_xref="InterPro:IPR015899" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B9" + /translation="MQPMTARFDLFVVGSGFFGLTIAERVATQLDKRVLVLERRPHIG + GNAYSEAEPQTGIEVHKYGAHLFHTSNKRVWDYVRQFTDFTDYRHRVFAMHNGQAYQF + PMGLGLVSQFFGKYFTPEQARQLIAEQAAEIDTADAQNLEEKAISLIGRPLYEAFVKG + YTAKQWQTDPKELPAANITRLPVRYTFDNRYFSDTYEGLPTDGYTAWLQNMAADHRIE + VRLNTDWFDVRGQLRPGSPAAPVVYTGPLDRYFDYAEGRLGWRTLDFEVEVLPIGDFQ + GTAVMNYNDLDVPYTRIHEFRHFHPERDYPTDKTVIMREYSRFAEDDDEPYYPINTEA + DRALLATYRARAKSETASSKVLFGGRLGTYQYLDMHMAIASALNMYDNVLAPHLRDGV + PLLQDGA" + gene 4214424..4215278 + /gene="pirG" + /locus_tag="BQ2027_MB3840" + CDS 4214424..4215278 + /gene="pirG" + /locus_tag="BQ2027_MB3840" + /standard_name="erp; P36" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3840, pirG, len: 284 aa. Equivalent to Rv3810, + len: 284 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 284 aa overlap). pirG (alternate gene + names: P36 or erp for Exported Repeated Protein), cell + surface protein precursor (see citations below), + equivalent to P19361|28KD_MYCLE|ML0091 28 KDA ANTIGEN + PRECURSOR from Mycobacterium leprae (236 aa), FASTA + scores: opt: 555, E(): 9.8e-18, (52.65% identity in 281 aa + overlap). Mb3840 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="EXPORTED REPETITIVE PROTEIN PRECURSOR PIRG (CELL + SURFACE PROTEIN) (EXP53)" + /protein_id="SIU02469.1" + /db_xref="GOA:P0A5P5" + /db_xref="InterPro:IPR008164" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5P5" + /translation="MPNRRRRKLSTAMSAVAALAVASPCAYFLVYESTETTERPEHHE + FKQAAVLTDLPGELMSALSQGLSQFGINIPPVPSLTGSGDASTGLTGPGLTSPGLTSP + GLTSPGLTDPALTSPGLTPTLPGSLAAPGTTLAPTPGVGANPALTNPALTSPTGATPG + LTSPTGLDPALGGANEIPITTPVGLDPGADGTYPILGDPTLGTIPSSPATTSTGGGGL + VNDVMQVANELGASQAIDLLKGVLMPSIMQAVQNGGAAAPAASPPVPPIPAAAAVPPT + DPITVPVA" + gene 4215483..4217102 + /locus_tag="BQ2027_MB3841" + CDS 4215483..4217102 + /locus_tag="BQ2027_MB3841" + /note="Mb3841, -, len: 539 aa. Equivalent to Rv3811, len: + 539 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 539 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + Q9KZK5|SCE34.21c PUTATIVE SECRETED PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (416 aa), FASTA scores: opt: 603, + E(): 8.1e-26, (34.4% identity in 404 aa overlap); + Q9S2P9|SC5F7.14c HYPOTHETICAL 31.9 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (308 aa), FASTA scores: opt: 472, + E(): 9.5e-19, (37.5% identity in 208 aa overlap). Middle + section (approximatively aa 185-350/390) shows some + similarity with Q9GK12 PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN + PRECURSOR from Camelus dromedarius (Dromedary) (Arabian + camel) (193 aa) FASTA scores: opt: 274, E(): 4.6e-08, + (32.2% identity in 177 aa overlap); O75594|PGLYRP|PGRP + from Homo sapiens (Human) (196 aa), FASTA scores: opt: + 272, E(): 6e-08, (30.9% identity in 220 aa overlap); + Q9JLN4|PGRP PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN from Rattus + norvegicus (Rat) (182 aa), FASTA scores: opt: 253, E(): + 6.2e-07, (32.15% identity in 171 aa overlap); etc. + C-terminal end shows similarity with Q01377|CSP1_CORGL PS1 + PROTEIN PRECURSOR (ONE OF THE TWO MAJOR SECRETED PROTEINS) + from Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum) + (657 aa), FASTA scores: opt: 250, E(): 2.7e-06, (39.45% + identity in 109 aa overlap). Contains PS00687 + Aldehydedehydrogenases glutamic acid active site. Note + that previously known as csp. Mb3841 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02470.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y590" + /db_xref="InterPro:IPR002502" + /db_xref="InterPro:IPR006619" + /db_xref="InterPro:IPR013207" + /db_xref="InterPro:IPR015510" + /db_xref="InterPro:IPR036505" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y590" + /translation="MAATVVIVAWIANRPPASSHEPSPTPNTQLAEQPLIGLGGGVTV + RELTQDTPFSLVALTGDLAGTSARVRAKRPDGDWGPWYQTEYETEPRDPAGTDGSVEL + GGLNPGPRSTDPVFVGTTTTVQVAVTRPIDAPITQPPAGRPPNDLLDSGLGYRPATKE + QPFGQNISAILISPPQAPPGTQWTPPTAVTMAGQPPAIISRAEWGADESLRCETPEYD + RGVRAAVVHHTAGSNDYSPLESAGIVKAIYTYHSKTLGWCDIAYNALVDKYGQVFEGS + AGGLTKPVEGFHTGGFNRNTWGVAMIGNFDDVAPTPIQIRTVGRLLGWRLGMDDVDPR + SMVDLQSAGSSYTTFPGGAIARLPAIFTHRDVGNTDCPGNAAYAVMDEIRDIAAHFND + PPEELIKALEGGAIYQRWQALGGMNSALGAPTSPEADAADGARYATFAKGAMYWSPVT + DAQPITGAIYEAWASQSYERGPLGLPTSAEIQEPLQITQNFQHGTLNFERLTGNVTEV + VDGITTPLATRPPSGPTVPPEHFTLPTHPIT" + gene 4217256..4218770 + /gene="PE_PGRS62" + /locus_tag="BQ2027_MB3842" + CDS 4217256..4218770 + /gene="PE_PGRS62" + /locus_tag="BQ2027_MB3842" + /note="Mb3842, PE_PGRS62, len: 504 aa. Equivalent to + Rv3812, len: 504 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 504 aa overlap). Member + of the Mycobacterium tuberculosis PE family, PGRS + subfamily of gly-rich proteins, similar to many e.g. + P96828|Rv0151c|MTCI5.25c (588 aa), FASTA scores: opt: 389, + E(): 6.2e-14, (29.2% identity in 473 aa overlap); + MTCY7H7B_27; MTCY493_24; MTCY441_4; MTCY39_36; MTCY1A11_4; + MTCY359_33; MTCY130_10; MTCY98_9; etc. Mb3842 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe-pgrs family protein pe_pgrs62" + /protein_id="SIU02471.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C4" + /translation="MSFVVTVPEAVAAAAGDLAAIGSTLREATAAAAGPTTGLAAAAA + DDVSIAVSQLFGRYGQEFQTVSNQLAAFHTEFVRTLNRGAAAYLNTESANGGQLFGQI + EAGQRAVSAAAAAAPGGAYGQLVANTATNLESLYGAWSANPFPFLRQIIANQQVYWQQ + IAAALANAVQNFPALVANLPAAIDAAVQQFLAFNAAYYIQQIISSQIGFAQLFATTVG + QGVTSVIAGWPNLAAELQLAFQQLLVGDYNAAVANLGKAMTNLLVTGFDTSDVTIGTM + GTTISVTAKPKLLGPLGDLFTIMTIPAQEAQYFTNLMPPSILRDMSQNFTNVLTTLSN + PNIQAVASFDIATTAGTLSTFFGVPLVLTYATLGAPFASLNAIATSAETIEQALLAGN + YLGAVGALIDAPAHALDGFLNSATVLDTPILVPTGLPSPLPPTVGITLHLPFDGILVP + PHPVTATISFPGAPVPIPGFPTTVTVFGTPFMGMAPLLINYIPQQLALAIKPAA" + gene complement(4219079..4219900) + /locus_tag="BQ2027_MB3843C" + CDS complement(4219079..4219900) + /locus_tag="BQ2027_MB3843C" + /note="Mb3843c, -, len: 273 aa. Equivalent to Rv3813c, + len: 273 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 273 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9CDB9|ML0089 HYPOTHETICAL PROTEIN + from Mycobacterium leprae (281 aa) FASTA scores: opt: + 1479, E(): 9.6e-81, (80.45% identity in 271 aa overlap); + and similar to Q98LI0|MLL1014 from (280 aa) . Also similar + to many hypothetical proteins from several organisms e.g. + Q9ZBX2|SCD78.27c from Streptomyces coelicolor (280 aa), + FASTA scores: opt: 597, E(): 2.2e-28, (43.25% identity in + 266 aa overlap); Q9RXR7|DR0240 from Deinococcus + radiodurans (284 aa), FASTA scores: opt: 543, E(): + 3.5e-25, (38.65% identity in 264 aa overlap); + Q99YH5|SPY1700 from Streptococcus pyogenes (274 aa) FASTA + scores: opt: 373, E(): 4.3e-15, (30.75% identity in 270 aa + overlap); P70947|YITU from Bacillus subtilis (270 aa) + FASTA scores: opt: 353, E(): 6.5e-14, (30.0% identity in + 280 aa overlap); etc. Protein product from Mb3843c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3843c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Cof family hydrolase" + /protein_id="SIU02472.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5B8" + /db_xref="InterPro:IPR000150" + /db_xref="InterPro:IPR006379" + /db_xref="InterPro:IPR023214" + /db_xref="InterPro:IPR036412" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5B8" + /translation="MKPTVPALVACDVDGTLLDDGETVTKRTRDAVHAAVDAGTHFIL + ATGRPPRWVRPIVDALGFAPMAVCANGAVIYDPGTDRVTSVRTLPVDALATLAEVATR + VIPGAGLAVERIGERAHDTATPQFVSSPGYEHAWLNPDNTEVSIDHLLSAPAIKLLIR + KAGAASADMAAELAKHVGFEGDITYSTNNGLVEIVPLGISKATGVDEIARPLGISDAE + VVAFGDMPNDVPMLLRAGLGVAMGNAHPDALAVADEVTAPNSEDGVARVLERWWS" + gene complement(4219915..4220700) + /locus_tag="BQ2027_MB3844C" + CDS complement(4219915..4220700) + /locus_tag="BQ2027_MB3844C" + /note="Mb3844c, -, len: 261 aa. Equivalent to Rv3814c, + len: 261 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 261 aa overlap). Possible + acyltransferase (EC 2.3.1.-), highly similar to + Q9CDC0|ML0087 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (257 aa), FASTA scores: opt: 753, E(): 7.7e-42, + (46.75% identity in 246 aa overlap). Also highly similar + to many acyltransferases and hypothetical proteins e.g. + Q9K3R3|2SCG4.01 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Streptomyces + coelicolor (242 aa), FASTA scores: opt: 587, E(): 4.6e-31, + (41.95% identity in 243 aa overlap); Q9ZBS1|SC7A1.02 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (264 + aa), FASTA scores: opt: 293, E(): 6.6e-12, (29.2% identity + in 267 aa overlap); Q9PNZ5|AAS|CJ0938 PUTATIVE + 2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE / + ACYL-ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHETASE from Campylobacter + jejuni (1170 aa), FASTA scores: opt: 274, E(): 3.9e-10, + (29.1% identity in 219 aa overlap) (similarity only with + middle section); Q9EY25 PUTATIVE ACETYL TRANSFERASE from + Xanthomonas oryzae pv. oryzae (249 aa), FASTA scores: opt: + 238, E(): 2.4e-08, (29.2% identity in 209 aa overlap); + etc. Also highly similar to downstream ORFs + O07808|Rv3815c|MTCY409.15 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Mycobacterium tuberculosis (251 aa), FASTA scores: opt: + 1069, E(): 2.1e-62, (60.4% identity in 245 aa overlap); + and O07807|Rv3816c|MTCY409.14 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE + from Mycobacterium tuberculosis (259 aa), FASTA scores: + opt: 776, E(): 2.5e-43, (50.9% identity in 228 aa + overlap). And similar to O53516|Rv2182c|MTV021.15c + HYPOTHETICAL 27.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (247 aa), FASTA scores: opt: 239, E(): 2e-08, + (30.6% identity in 232 aa overlap). Protein product from + Mb3844c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3844c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible acyltransferase" + /protein_id="SIU02473.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5D0" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D0" + /translation="MAEPFFRMMEILVPSIVAANGNKITFEGLENIPERGGALIALNH + TSYVDWVPASIAAHHRRRRLRFMIKAEMQDVRAVNYVIKHAQLIPVDRSVGADAYAVA + VQRLRAGELVGLHPEATISRSLELREFKTGAARMALEAQVPIIPMIVWGAHRIWPKDH + PKNLFRNKIPIVAAIGSPVRPEGNAEQLNAVLRQAMNAILYRVQEEYPHPKGEHWVPR + RLGGGAPTVEESRQLRIAELAKRRQKRGYDGVTSSRRSQVGPH" + gene complement(4220718..4221473) + /locus_tag="BQ2027_MB3845C" + CDS complement(4220718..4221473) + /locus_tag="BQ2027_MB3845C" + /note="Mb3845c, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv3815c, + len: 251 a, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Possible + acyltransferase (EC 2.3.1.-), highly similar to + Q9CDC0|ML0087 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium + leprae (257 aa), FASTA scores: opt: 845, E(): 2.7e-47, + (53.25% identity in 246 aa overlap). Also highly similar + to Q9K3R3|2SCG4.01 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (242 aa), FASTA scores: opt: 656, + E(): 3.7e-35, (47.85% identity in 234 aa overlap); and + similar to many putative acyltransferases and hypothetical + proteins e.g. P74498|SLL1848 HYPOTHETICAL 24.3 KDA PROTEIN + from Synechocystis sp. strain PCC 6803 (225 aa) FASTA + scores: opt: 275, E(): 1.2e-10, (34.8% identity in 181 aa + overlap); Q9ZBS1|SC7A1.02 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (264 aa), FASTA scores: opt: 266, + E(): 5.2e-10, (29.7% identity in 229 aa overlap); + Q9PNZ5|AAS|CJ0938 PUTATIVE + 2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE/ + ACYL-ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHETASE from Campylobacter + jejuni (1170 aa), FASTA scores: opt: 264, E(): 2.3e-09, + (23.55% identity in 221 aa overlap) (similarity only with + middle section); etc. Also highly similar to upstream ORF + O07809|Rv3814c|MTCY409.16 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from + Mycobacterium tuberculosis (261 aa), FASTA scores: opt: + 1069, E(): 1e-61, (60.4% identity in 245 aa overlap); and + downstream ORF O07807|Rv3816c|MTCY409.14 PUTATIVE + ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis (259 aa) + FASTA scores: opt: 847, E(): 2e-47, (55.7% identity in 246 + aa overlap). And similar to O53516|Rv2182c|MTV021.15c + HYPOTHETICAL 27.0 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (247 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): + 3.6e-08, (30.9% identity in 233 aa overlap). Protein + product from Mb3845c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3845c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible acyltransferase" + /protein_id="SIU02474.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5C3" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C3" + /translation="MAEPTYRVLEILAQLLVLATGTRITYVGEENVPDQGGAVVAINH + TSYVDWLPAALAMHRRRRRMRFMIKAEMQRVRLVNFLIRHTRTIPVDRGAGGSAYAVA + VQRLREGELVGVYPEATISRSFELKGFKTGAARMAAEADVPIVPVVVWGAQRIWTKDH + PRQIGRAKVPVTVQVGRPLRAAAGIEQTNAALRESMTALLWQAQERYPHPAGAYWVPR + RLGGGAPTLAEAARMEADEAAARAASRTPHESR" + gene complement(4221477..4222256) + /locus_tag="BQ2027_MB3846C" + CDS complement(4221477..4222256) + /locus_tag="BQ2027_MB3846C" + /note="Mb3846c, -, len: 259 aa. Equivalent to Rv3816c, + len: 259 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 259 aa overlap). Possible + acyltransferase (EC 2.3.1.-), equivalent to Q9CDC0|ML0087 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (257 + aa) FASTA scores: opt: 1401, E(): 1.5e-80, (81.9% identity + in 254 aa overlap). Also highly similar to many putative + acyltransferases and hypothetical proteins e.g. + Q9K3R3|2SCG4.01 PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Streptomyces + coelicolor (242 aa), FASTA scores: opt: 758, E(): 2.4e-40, + (51.7% identity in 234 aa overlap); Q9ZBS1|SC7A1.02 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Streptomyces coelicolor (264 + aa), FASTA scores: opt: 312, E(): 2e-12, (29.55% identity + in 237 aa overlap); O67841|AAS|AQ_2058 + 2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE from + Aquifex aeolicus (211 aa), FASTA scores: opt: 281, E(): + 1.5e-10, (32.7% identity in 162 aa overlap); etc. Also + highly similar to upstream ORFs O07808|Rv3815c|MTCY409.15 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (251 aa), FASTA scores: opt: 847, E(): 6.7e-46, (55.7% + identity in 246 aa overlap); and O07809|Rv3814c|MTCY409.16 + PUTATIVE ACYLTRANSFERASE from Mycobacterium tuberculosis + (261 aa), FASTA scores: opt: 776, E(): 1.9e-41, (50.9% + identity in 228 aa overlap). Protein product from Mb3846c + detected using shotgun mass spectrometry. Mb3846c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible acyltransferase" + /protein_id="SIU02475.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6U4" + /db_xref="InterPro:IPR002123" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6U4" + /translation="MEPVYGTVIRLARLSWRIQGLKITVTGVDNLPTSGGAVVAINHT + SYLDFTFAGLPAYQQGLGRKVRFMAKQEVFDHKITGPIMRSLRHIPVDRQDGSASYDA + AVRMLKAGELVGVYPEATISRSFEIKEFKTGAARMAIEAGVPIVPHIVWGAQRIWTKD + RPKKLFRPKVPVTIVVGERIEPTLPTAELNGLLHSRMQHLLERAQELYGPHPAGEFWV + PHRLGGGAPSLAEAARLDAQEAAVRAARRAQRAHPAGAPEQ" + gene 4222332..4223087 + /locus_tag="BQ2027_MB3847" + CDS 4222332..4223087 + /locus_tag="BQ2027_MB3847" + /note="Mb3847, -, len: 251 aa. Equivalent to Rv3817, len: + 251 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 251 aa overlap). Possible + phosphotransferase (EC 2.7.-.-), similar to many + phosphotransferases e.g. O53023 KANAMYCIN MARKER from + Escherichia coli (264 aa), FASTA scores: opt: 232, E(): + 7.5e-08, (32.4% identity in 247 aa overlap); BAA78209|NEO + NEOMYCINE PHOSPHOTRANSFERASE from Drosophila melanogaster + (Fruit fly) (264 aa), FASTA scores: opt: 227, E(): + 1.6e-07, (32.0% identity in 247 aa overlap); AAG09774 + AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE from Vibrio cholerae + (264 aa), FASTA scores: opt: 227, E(): 1.6e-07, (32.0% + identity in 247 aa overlap); P00552|KKA2_KLEPN|NEO|KAN + AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE from Klebsiella + pneumoniae (264 aa), FASTA scores: opt: 227, E(): 1.6e-07, + (32.0% identity in 247 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3847 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3847 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible phosphotransferase" + /protein_id="SIU02476.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5L2" + /db_xref="InterPro:IPR002575" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="InterPro:IPR024165" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L2" + /translation="MSFPSSPPALPAIVARFAVGRPVRAVWVNELGGVTFRVDSGMGA + GCEFIKVARRGTADFANEARRLRWAAPYLAVPRVLGVGVDGDWAWLHTDALPGLSAVH + PRWRASPQVAVPALGAGLRTLHDSLPVHSCPFDWSTASRLAKLAPARRAELGDSPPVD + RLVVCHGDACSPNTILDDTGRCCGHVDFGNLGVADRWADLAVATLSLQWNFPDYPGQV + RDDEFFAAYGVAPDPARIDYYRRLWQAEDDSSR" + gene 4223134..4224684 + /locus_tag="BQ2027_MB3848" + CDS 4223134..4224684 + /locus_tag="BQ2027_MB3848" + /note="Mb3848, -, len: 516 aa. Equivalent to Rv3818, len: + 516 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 516 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3848 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3848 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Rieske (2Fe-2S) domain protein" + /protein_id="SIU02477.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5C1" + /db_xref="InterPro:IPR017941" + /db_xref="InterPro:IPR036866" + /db_xref="InterPro:IPR036922" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C1" + /translation="MQVTSVGHAGFLIQTQAGSILCDPWVNPAYFASWFPFPDNSGLD + WGALGECDYLYVSHLHKDHFDAENLRAHVNKDAVVLLPDFPVPDLRNELQKLGFHRFF + ETTDSVKHRLRGPNGDLDVMIIALRAPADGPIGDSALVVADGETTAFNMNDARPVDLD + VLASEFGHIDVHMLQYSGAIWYPMVYDMPARAKDAFGAQKRQRQMDRARQYIAQVGAT + WVVPSAGPPCFLAPELRHLNDDGSDPANIFPDQMVFLDQMRAHGQDGGLLMIPGSTAD + FTGTTLNSLRHPLPAEQVEAIFTTDKAAYIADYADRMAPVLAAQKAGWAAAAGEPLLQ + PLRTLFEPIMLQSNEICDGIGYPVELAIGPETIVLDFPKRAVREPIPDERFRYGFAIA + PELVRTVLRDNEPDWVNTIFLSTRFRAWRVGGYNEYLYTFFKCLTDERIAYADGWFAE + AHDDSSSITLNGWEIQRRCPHLKADLSKFGVVEGNTLTCNLHGWQWRLDDGRCLTARG + HQLRSSRP" + gene 4224681..4225016 + /locus_tag="BQ2027_MB3849" + CDS 4224681..4225016 + /locus_tag="BQ2027_MB3849" + /note="Mb3849, -, len: 111 aa. Equivalent to Rv3819, len: + 111 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 111 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Contains PS00012 Phosphopantetheine attachment + site. Protein product from Mb3849 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3849 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown protein" + /protein_id="SIU02478.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D1" + /translation="MMQFYDDGVVQLDRAALTLRRYHFPSGTAKVIPLDQIRGYQAES + LGFLMARFNIWGRPDLRRWLPLDVYRPLKSTLVTLDVPGMRPKPACTPTRPKEFIALL + DELLALHRT" + gene complement(4225104..4226510) + /gene="papA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3850C" + CDS complement(4225104..4226510) + /gene="papA2" + /locus_tag="BQ2027_MB3850C" + /note="Mb3850c, papA2, len: 468 aa. Equivalent to Rv3820c, + len: 468 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 468 aa overlap). Possible papA2, + conserved polyketide synthase (PKS) associated protein, + highly similar to Q49618|PAPA3|ML1230|B1170_C1_180 + PKS-ASSOCIATED PROTEIN A3 from Mycobacterium leprae (471 + aa), FASTA scores: opt: 1660, E(): 2.7e-102, (53.95% + identity in 456 aa overlap). Also similar to + Q9F2R3|SCD65.19c HYPOTHETICAL 52.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (473 aa), FASTA scores: opt: 575, + E(): 1.8e-30, (27.8% identity in 464 aa overlap); and + weakly similar to part of other proteins. Also high + similarity with other PKS-ASSOCIATED PROTEINS from + Mycobacterium tuberculosis; O50438|PAPA3|Rv1182|MTV005.18 + (472 aa), FASTA scores: opt: 1694, E(): 1.5e-104, (53.8% + identity in 461 aa overlap); and + O07799|PAPA1|Rv3824c|MTCY409.06 (511 aa), FASTA scores: + opt: 1664, E(): 1.6e-102, (53.9% identity in 462 aa + overlap); and similar to C-terminal end of + O53902|PAPA4|Rv1528c|MTV045.02 (165 aa), FASTA scores: + opt: 186, E(): 4.1e-05, (37.9% identity in 66 aa overlap). + Protein product from Mb3850c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED POLYKETIDE SYNTHASE + ASSOCIATED PROTEIN PAPA2" + /protein_id="SIU02479.1" + /db_xref="GOA:Q7TVL3" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVL3" + /translation="MFSITTLRDWTPDPGSIICWHASPTAKAKARQAPISEVPPSYQQ + AQHLRRYRDHVARGLDMSRLMIFTWDLPGRCNIRAMNYAINAHLRRHDTYHSWFEFDN + AEHIVRHTIADPADIEVVQAEHQNMTSAELRHHIATPQPLQWDCFLFGIIQSDDHFTF + YASIAHLCVDPMIVGVLFIEIHMMYSALVGGDPPIELPPAGRYDDHCVRQYADTAALT + LDSARVRRWVEFAANNDGTLPHFPLPLGDLSVPHTGKLLTETLMDEQQGERFEAACVA + AGARFSGGVFACAALAERELTNCETFDVVTTTDTRRTPTELRTTGWFTGLVPITVPVA + SGLFDSAARVAQISFDSGKDLATVPFDRVLELARPETGLRPPRPGNFVMSFLDASIAP + LSTVANSDLNFRIYDEGRVSHQVSMWVNRYQHQTTVTVLFPDNPIASESVANYIAAMK + SIYIRTADGTLAILKPGT" + gene 4226658..4227371 + /locus_tag="BQ2027_MB3851" + CDS 4226658..4227371 + /locus_tag="BQ2027_MB3851" + /note="Mb3851, -, len: 237 aa. Equivalent to Rv3821, len: + 237 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.2% identity in 237 aa overlap). Probable conserved + integral membrane protein, equivalent to + Q49630|ML1233|B1170_F2_64 HYPOTHETICAL 24.4 KDA PROTEIN + /INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN (POTENTIAL) from Mycobacterium + leprae (230 aa), FASTA scores: opt: 619, E(): 2.4e-32, + (46.65% identity in 240 aa overlap). Shows some similarity + to P29466|I1BC_HUMAN|CASP1|IL1BC|IL1BCE (404 aa), FASTA + scores: opt: 126, E(): 0.88, (29.05% identity in 155 aa + overlap). Also highly similar to P71796|Rv1517|MTCY277.39 + HYPOTHETICAL 26.9 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (254 aa), FASTA scores: opt: 284, E(): + 5.4e-11, (36.35% identity in 256 aa overlap). Start site + chosen on basis of similarity to LEPB1170_F2_64 and + MTCY277.39, but may extend further upstream. Mb3851 found + to be expressed during exponential growth in Sauton's + minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02480.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5A0" + /db_xref="InterPro:IPR021315" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5A0" + /translation="MWSTVLVLALSVICEPVRIGLVVLMLNRRRPLLHLLTFLCGGYT + MAGGVAMVTLVVLGATPLAGHFSVAEVQIGTGLIALLIAFALTTNVIGKHVRRATHAR + VGDNGGRVLRESVPPSGTHKLAVRARCFLQGDSLYVAGVSGLGAALPSANYMGAMAAI + LASGATPATQALAVVTFNVVAFTVAEVPLVSYLAAPRKTRAFMAALQSWLRSRSRRDA + ALLVAAGGCLMLTLGLSNL" + gene 4227406..4228620 + /gene="chp1" + /locus_tag="BQ2027_MB3852" + CDS 4227406..4228620 + /gene="chp1" + /locus_tag="BQ2027_MB3852" + /note="Mb3852, -, len: 404 aa. Equivalent to Rv3822, len: + 404 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 404 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to hypothetical proteins from + Mycobacterium leprae: Q9CC62|ML1232 (358 aa) FASTA scores: + opt: 601, E(): 1.1e-25, (36.7% identity in 335 aa + overlap); and Q49633|B1170_F3_112 (391 aa) FASTA scores: + opt: 601, E(): 1.2e-25, (36.25% identity in 347 aa + overlap). Also similar to P71862|Rv3539|MTCY03C7.17c PPE + FAMILY PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (479 aa), + FASTA scores: opt: 547, E(): 1.3e-22, (38.1% identity in + 281 aa overlap); O50440|Rv1184c|MTV005.20c (359 aa); + O06828|Rv1430|MTCY493.24c (528 aa); + O53642|Rv0159c|MTV032.02c (468 aa); etc. Mb3852 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG01386146: Possible exported protein, Rv1184c" + /protein_id="SIU02481.1" + /db_xref="InterPro:IPR013228" + /db_xref="InterPro:IPR029058" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D5" + /translation="MKCPGVSDCVATVRHDNVFAIAAGLRWSAAVPPLHKGDAVTKLL + VGAIAGGMLAYAAILGDGIASADTALIVPGTAPSPYGPLRSLYHFNPAMQPQIGANYY + TPTATRHVVSYPGSFWPVTGLNSPTVGSSVSAGTNNLDAAIRSTDGPIFVAGLSQGTL + VLDREQARLANDPTAPPPGQLTFIKAGDPNNLLWRAFRPGTHVPIIDYTVPAPVESQY + DTINIVGQYDIFSDPPNRPGNLLADLNAIAAGGYYGHSATAFSDPARVAPRDITTTTN + SLGATTTTYFIRTDQLPLVRALVDMAGLPPQAAGTVDAALRPIIDRAYQPGPAPAVNP + RDLVQGIRGIPAIAPAIAIPIGSTTGASAATSTAAATAAATNALRGANVGPGANKALS + MVRGLLPKGKKH" + gene complement(4228945..4232214) + /gene="mmpL8" + /locus_tag="BQ2027_MB3853C" + CDS complement(4228945..4232214) + /gene="mmpL8" + /locus_tag="BQ2027_MB3853C" + /note="Mb3853c, mmpL8, len: 1089 aa. Equivalent to + Rv3823c, len: 1089 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.8% identity in 1089 aa overlap). + Probable mmpL8, conserved integral membrane transport + protein (see citation below), member of RND superfamily, + equivalent to + Q49619|MMLA_MYCLE|MMPL10|TP1|ML1231|B1170_C1_181 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (1008 aa), + FASTA scores: opt: 2718, E(): 7.3e-149, (56.25% identity + in 1028 aa overlap). Also similar to others e.g. + Q9XCF6|TMTPC from Mycobacterium avium (974 aa), FASTA + scores: opt: 660, E(): 2.7e-30, (28.2% identity in 1050 aa + overlap); Q9XCF5|TMTPB from Mycobacterium avium (963 aa), + FASTA scores: opt: 653, E(): 6.7e-30, (27.0% identity in + 1014 aa overlap); Q9KH53|TMTPC from Mycobacterium + smegmatis (994 aa), FASTA scores: opt: 648, E(): 1.3e-29, + (28.45% identity in 1013 aa overlap); etc. Also highly + similar to other mmpL proteins from Mycobacterium + tuberculosis; + O50439|MMLA_MYCTU|MMPL10|RV1183|MT1220|MTV005.19 (1002 + aa), FASTA scores: opt: 2777, E(): 2.9e-152, (58.25% + identity in 996 aa overlap); + Q50585|MMLC_MYCTU|MMPL12|Rv1522c|MT1573|MTCY19G5.06 (1146 + aa), FASTA scores: opt: 2433, E(): 2.1e-132, (49.9% + identity in 1050 aa overlap); and similar to others e.g. + P95235|MML9_MYCTU|MMPL9|Rv2339|MT2402|MTCY98.08 (962 aa), + FASTA scores: opt: 651, E(): 8.8e-30, (28.6% identity in + 1038 aa overlap); etc. BELONGS TO THE MMPL FAMILY. Mb3853c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved integral membrane transport protein + mmpl8" + /protein_id="SIU02482.1" + /db_xref="GOA:Q7TVL0" + /db_xref="InterPro:IPR000731" + /db_xref="InterPro:IPR004707" + /db_xref="InterPro:IPR004869" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVL0" + /translation="MCDVLMQPVRTPRPSTNLRSKPLRPTGDGGVFPRLGRLIVRRPW + VVIAFWVALAGLLAPTVPSLDAISQRHPVAILPSDAPVLVSTRQMTAAFREAGLQSVA + VVVLSDAKGLGAADERSYKELVDALRRDTRDVVMLQDFVTTPPLRELMTSKDNQAWIL + PVGLPGDLGSTQSKQAYARVADIVEHQVAGSTLTANLTGPAATVADLNLTGQRDRSRI + EFAITILLLVILLIIYRNPITMVLPLITIGMSVVVAQRLVAIAGLAGLGIANQSIIFM + SGMMVGAGTDYAVFLISRYHDYLRQGADSDQAVKKALTSIGKVIAASAATVAITFLGM + VFTQLGILKTVGPMLGISVAVVFFAAVTLLPALMVLTGRRGWIAPRRDLTRRFWRSSG + VHIVRRPKTHLLASALVLVILAGCAGLARYNYDDRKTLPASVESSIGYAALDKHFPSN + LIIPEYLFIQSSTDLRTPKALADLEQMVQRVSQVPGVAMVRGITRPAGRSLEQARTSW + QAGEVGSKLDEGSKQIAAHTGDIDKLAGGANLMASKLGDVRAQVNRAISTVGGLIDAL + AYLQDLLGGNRVLGELEGAEKLIGSMRALGDTIDADASFVANNTEWASPVLGALDSSP + MCTADPACASARTELQRLVTARDDGTLAKISELARQLQATRAVQTLAATVSGLRGALA + TVIRAMGSLGMSSPGGVRSKINLVNKGVNDLADGSRQLAEGVQLLVDQVKKMGFGLGE + ASAFLLAMKDTATTPAMAGFYIPPELLSYATGESVKAETMPSEYRDLLGGLNVDQLKK + VAAAFISPDGHSIRYLIQTDLNPFSTAAMDQIDAITAAARGAQPNTALADAKVSVVGL + PVVLKDTRDYSDHDLRLIIAMTVCIVLLILIVLLRAIVAPLYLIGSVIVSYLAALGIG + VIVFQFLLGQEMHWSIPGLTFVILVAVGADYNMLLISRLREEAVLGVRSGVIRTVAST + GGVITAAGLIMAASMYGLVFASLGSVVQGAFVLGTGLLLDTFLVRTVTVPAIAVLVGQ + ANWWLPSSWRPATWWPLGRRRGRAQRTKRKPLLPKEEEEQSPPDDDDLIGLWLHDGLR + L" + gene complement(4232324..4233859) + /gene="papA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3854C" + CDS complement(4232324..4233859) + /gene="papA1" + /locus_tag="BQ2027_MB3854C" + /note="Mb3854c, papA1, len: 511 aa. Equivalent to Rv3824c, + len: 511 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 511 aa overlap). Possible papA1, + conserved polyketide synthase (PKS) associated protein, + highly similar to Q49618|PAPA3|ML1230|B1170_C1_180 + PKS-ASSOCIATED PROTEIN A3 from Mycobacterium leprae (471 + aa), FASTA scores: opt: 1879, E(): 7.1e-111, (55.5% + identity in 465 aa overlap). Also similar to + Q9F2R3|SCD65.19c HYPOTHETICAL 52.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (473 aa), FASTA scores: opt: 476, + E(): 1.7e-22, (26.7% identity in 464 aa overlap); and + similar in part to Q09164|SIMA|CYSYN CYCLOSPORIN + SYNTHETASE from Tolypocladium inflatum (15281 aa) FASTA + scores: opt: 238, E(): 2.8e-06, (22.35% identity in 371 aa + overlap). Also highly similar to other PKS-ASSOCIATED + PROTEINS from Mycobacterium tuberculosis; + O50438|PAPA3|Rv1182|MTV005.18 (472 aa), FASTA scores: opt: + 1862, E(): 8.4e-110, (55.95% identity in 470 aa overlap); + and upstream ORF O07803|PAPA2|Rv3820c|MTCY409.10 (468 aa) + FASTA scores: opt: 1664, E(): 2.5e-97, (53.9% identity in + 462 aa overlap). Contains PS00453 FKBP-type + peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature 1. Protein + product from Mb3854c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3854c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved polyketide synthase associated protein + papa1" + /protein_id="SIU02483.1" + /db_xref="GOA:Q7TVK9" + /db_xref="InterPro:IPR001242" + /db_xref="InterPro:IPR023213" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVK9" + /translation="MRIGPVELSAVKDWDPAPGVLVSWHPTPASCAKALAAPVSAVPP + SYVQARQIRSFSEQAARGLDHSRLLIASVEVFGHCDLRAMTYVINAHLRRHDTYRSWF + ELRDTDHIVRHSIADPADIEFVPTTHGEMTSADLRQHIVATPDSLHWDCFSFGVIQRA + DSFTFYASIDHLHADGQFVGVGLMEFQSMYTALIMGEPPIGLSEAGSYVDFCVRQHEY + TSALTVDSPEVRAWIDFAEINNGTFPEFPLPLGDPSVRCGGDLLSMMLMDEQQTQRFE + SACMAANARFIGGMLACIAIAIHELTGADTYFGITPKDIRTPADLMTQGWFTGQIPVT + VPVAGLSFNEIARIAQTSFDTGADLAKVPFERVVELSPSLRRPQPLFSLVNFFDAQVG + PLSAVTKLFEGLNVGTYSDGRVTYPLSTMVGRFDETAASVLFPDNPVARESVTAYLRA + IRSVCMRIANGGTAERVGNVVALSPGRRNNIERMTWRSCRAGDFIDICNLKVANVTVD + REA" + gene complement(4233910..4240290) + /gene="pks2" + /locus_tag="BQ2027_MB3855C" + CDS complement(4233910..4240290) + /gene="pks2" + /locus_tag="BQ2027_MB3855C" + /note="Mb3855c, pks2, len: 2126 aa. Equivalent to Rv3825c, + len: 2126 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (100.0% identity in 2126 aa overlap). Probable + pks2, polyketide synthase (EC undetermined), equivalent to + Q9CD78|MAS|ML0139 PUTATIVE MYCOCEROSIC SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (2116 aa), FASTA scores: opt: 6828, + E(): 0, (63.3% identity in 2128 aa overlap); and + Q49624|PKS3|MASA|ML1229|B1170_C2_209 PROBABLE MYCOCEROSIC + ACID SYNTHASE from Mycobacterium leprae (2118 aa) FASTA + scores: opt: 5220, E(): 0, (62.4% identity in 2130 aa + overlap); or similar in part to others from Mycobacterium + leprae e.g. Q9CB70|ML2354 POLYKETIDE SYNTHASE (1822 aa) + FASTA scores: opt: 2787, E(): 2.1e-145, (34.7% identity in + 2135 aa overlap). Also highly similar to + Q02251|MCAS_MYCBO|MAS MYCOCEROSIC ACID SYNTHASE from + Mycobacterium bovis (2110 aa), FASTA scores: opt: 3495, + E(): 2.6e-184, (61.65% identity in 2130 aa overlap). Also + highly similar to other polyketide synthases from + Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53901|PKS5|Rv1527c|MTV045.01c|MTCY19G5.01 (2108 aa) FASTA + scores: opt: 9576, E(): 0, (69.8% identity in 2124 aa + overlap); P96291|MAS|Rv2940c|MTCY24G1.09|MTCY19H9.08c + (2111 aa), FASTA scores: opt: 3518, E(): 1.4e-185, (64.05% + identity in 2126 aa overlap); O50437|PKS4|Rv1181|MTV005.17 + (1582 aa), FASTA scores: opt: 3461, E(): 1.6e-182, (64.55% + identity in 1609 aa overlap); etc. Contains PS00606 + Beta-ketoacyl synthases active site and PS00012 + Phosphopantetheine attachment site. Protein product from + Mb3855c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3855c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POLYKETIDE SYNTHASE PKS2" + /protein_id="SIU02484.1" + /db_xref="GOA:Q7TVK8" + /db_xref="InterPro:IPR006162" + /db_xref="InterPro:IPR009081" + /db_xref="InterPro:IPR011032" + /db_xref="InterPro:IPR013149" + /db_xref="InterPro:IPR013154" + /db_xref="InterPro:IPR013968" + /db_xref="InterPro:IPR014030" + /db_xref="InterPro:IPR014031" + /db_xref="InterPro:IPR014043" + /db_xref="InterPro:IPR016035" + /db_xref="InterPro:IPR016036" + /db_xref="InterPro:IPR016039" + /db_xref="InterPro:IPR018201" + /db_xref="InterPro:IPR020801" + /db_xref="InterPro:IPR020806" + /db_xref="InterPro:IPR020807" + /db_xref="InterPro:IPR020841" + /db_xref="InterPro:IPR020843" + /db_xref="InterPro:IPR032821" + /db_xref="InterPro:IPR036291" + /db_xref="InterPro:IPR036736" + /db_xref="InterPro:IPR042104" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVK8" + /translation="MGLGSAASGTGADRGAWTLAEPRVTPVAVIGMACRLPGGIDSPE + LLWKALLRGDDLITEVPPDRWDCDEFYDPQPGVPGRTVCKWGGFLDNPADFDCEFFGI + GEREAIAIDPQQRLLLETSWEAMEHAGLTQQTLAGSATGVFAGVTHGDYTMVAADAKQ + LEEPYGYLGNSFSMASGRVAYAMRLHGPAITVDTACSSGLTAVHMACRSLHEGESDVA + LAGGVALMLEPRKAAAGSALGMLSPTGRCRAFDVAADGFVSGEGCAVVVLKRLPDALA + DGDRILAVIRGTSANQDGHTVNIATPSQPAQVAAYRAALAAGGVDAATVGMVEAHGPG + TPIGDPIEYASVSEVYGVDGPCALASVKTNFGHTQSTAGVLGLIKVVLALKHGVVPRN + LHFTRLPDEIAGITTNLFVPEVTTPWPTNGRQVPRRAAVSSYGFSGTNVHAVVEQAPQ + TEAQPHAASTPPTGTPALFTLSASSADALRQTAQRLTDWIQQHADSLVLSDLAYTLAR + RRTHRSVRTAVIASSVDELIAGLGEVADGDTVYQPAVGQDDRGPVWLFSGQGSQWAAM + GADLLTNESVFAATVAELEPLIAAESGFSVTEAMTAPETVTGIDRVQPTIFAMQVALA + ATMAAYGVRPGAVIGHSMGESAAAVVAGVLSAEDGVRVICRRSKLMATIAGSAAMASV + ELPALAVQSELTALGIDDVVVAVVTAPQSTVIAGGTESVRKLVDIWERRDVLARAVAV + DVASHSPQVDPILDELIAALADLNPKAPEIPYYSATLFDPREAPACDARYWADNLRHT + VRFSAAVRSALDDGYRVFAELSPHPLLTHAVDQIAGSVGMPVAALAGMRREQPLPLGL + RRLLTDLHNAGAAVDFSVLCPQGRLVDAPLPAWSHRFLFYDREGVDNRSPGGSTVAVH + PLLGAHVRLPEEPERHAWQADVGTATLPWLGDHRIHNVAALPGAAYCEMALSAARAVL + GEQSEVRDMRFEAMLLLDDQTPVSTVATVTSPGVVDFAVEALQEGVGHHLRRASAVLQ + QVSGECEPPAYDMASLLEAHPCRVDGEDLRRQFDKHGVQYGPAFTGLAVAYVAEDATA + TMLAEVALPGSIRSQQGLYAIHPALLDACFQSVGAHPDSQSVGSGLLVPLGVRRVRAY + APVRTARYCYTRVTKVELVGVEADIDVLDAHGTVLLAVCGLRIGTGVSERDKHNRVLN + ERLLTIEWHQRELPEMDPSGAGKWLLISDCAASDVTATRLADAFREHSAACTTMRWPL + HDDQLAAADQLRDQVGSDEFSGVVVLTGSNTGTPHQGSADRGAEYVRRLVGIARELSD + LPGAVPRMYVVTRGAQRVLADDCVNLEQGGLRGLLRTIGAEHPHLRATQIDVDEQTGV + EQLARQLLATSEEDETAWRDNEWYVARLCPTPLRPQERRTIVADHQQSGMRLQIRTPG + DMQTIELAAFHRVPPGPGQIEVAVRASSVNFADVLIAFGRYPSFEGHLPQLGTDFAGV + VTAVGPGVTDHKVGDHVGGMSPNGCWGTFVTCDARLAATLPPGLGDAQAAAVTTAHAT + AWYGLHELARIRAGDTVLIHSGTGGVGQAAIAIARAAGAEIFATAGTPQRRELLRNMG + IEHVYDSRSIEFAEQIRRDTNGRGVDVVLNSVTGAAQLAGLKLLAFRGRFVEIGKRDI + YGDTKLGLFPFRRNLSFYAVDLGLLSATHPEELRDLLGTVYRLTAAGELPMPQSTHYP + LVEAATAIRVMGNAEHTGKLVLHIPQTGKSLVTLPPEQAQVFRPDGSYIITGGLGGLG + LFLAEKMAAAGCGRIVLNSRTQPTQKMRETIEAIAAMGSEVVVECGDIAQPGTAERLV + ATAVATGLPVRGVLHAAAVVEDATLANITDELLARDWAPKVHGAWELHEATSGQPLDW + FCLFSSAAALTGSPGQSAYSAANSWLDAFAHWRQAQGLPATAIAWGAWSDIGQLGWWS + ASPARASALEESNYTAITPDEGAYAFEALLRHNRVYTGYAPVIGAPWLVAFAERSRFF + EVFSSSNGSGTSKFRVELNELPRDEWPARLRQLVAEQVSLILRRTVDPDRPLPEYGLD + SLGALELRTRIETETGIRLAPKNVSATVRGLADHLYEQLAPDDAPAAALSSQ" + gene 4240497..4242251 + /gene="fadD23" + /locus_tag="BQ2027_MB3856" + CDS 4240497..4242251 + /gene="fadD23" + /locus_tag="BQ2027_MB3856" + /note="Mb3856, fadD23, len: 584 aa. Equivalent to Rv3826, + len: 584 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 584 aa overlap). Probable fadD23, + fatty-acid-CoA synthetase (EC 6.2.1.-), highly similar to + P71495 ACYL-COA SYNTHASE from Mycobacterium bovis (582 + aa), FASTA scores: opt: 2571, E(): 4.4e-146, (66.15% + identity in 576 aa overlap); Q9CD79|FADD28|ML0138 ACYL-COA + SYNTHETASE from Mycobacterium leprae (579 aa) FASTA + scores: opt: 2520, E(): 4.9e-143, (65.2% identity in 575 + aa overlap); P54200|FD21_MYCLE PUTATIVE FATTY-ACID--COA + LIGASE (ACYL-COA SYNTHETASE) from Mycobacterium leprae + (579 aa), FASTA scores: opt: 2330, E(): 1.1e-131, (60.2% + identity in 578 aa overlap); etc. Also highly similar to + others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + P96290|FADD28|Rv2941|MTCY24G1.08c (580 aa), FASTA scores: + opt: 2587, E(): 4.9e-147, (66.5% identity in 576 aa + overlap); O53903|FADD24|Rv1529|MTV045.03 (584 aa), FASTA + scores: opt: 2457, E(): 2.9e-139, (63.35% identity in 584 + aa overlap); Q50586|FADD25|Rv1521|MT1572|MTCY19G5.07 (583 + aa) FASTA scores: opt: 2389, E(): 3.3e-135, (61.45% + identity in 581 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3856 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3856 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable fatty-acid-amp ligase fadd23 + (fatty-acid-amp synthetase) (fatty-acid-amp synthase)" + /protein_id="SIU02485.1" + /db_xref="GOA:Q7TVK7" + /db_xref="InterPro:IPR000873" + /db_xref="InterPro:IPR040097" + /db_xref="InterPro:IPR042099" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVK7" + /translation="MVSLSIPSMLRQCVNLHPDGTAFTYIDYERDSEGISESLTWSQV + YRRTLNVAAEVRRHAAIGDRAVILAPQGLDYIVAFLGALQAGLIAVPLSAPLGGASDE + RVDAVVRDAKPNVVLTTSAIMGDVVPRVTPPPGIASPPTVAVDQLDLDSPIRSNIVDD + SLQTTAYLQYTSGSTRTPAGVMITYKNILANFQQMISAYFADTGAVPPLDLFIMSWLP + FYHDMGLVLGVCAPIIVGCGAVLTSPVAFLQRPARWLQLMAREGQAFSAAPNFAFELT + AAKAIDDDLAGLDLGRIKTILCGSERVHPATLKRFVDRFSRFNLREFAIRPAYGLAEA + TVYVATSQAGQPPEIRYFEPHELSAGQAKPCATGAGTALVSYPLPQSPIVRIVDPNTN + TECPPGTIGEIWVHGDNVAGGYWEKPDETERTFGGALVAPSAGTPVGPWLRTGDSGFV + SEDKFFIIGRIKDLLIVYGRNHSPDDIEATIQEITRGRCAAIAVPSNGVEKLVAIVEL + NNRGNLDTERLSFVTREVTSAISTSHGLSVSDLVLVAPGSIPITTSGKVRRAECVKLY + RHNEFTRLDAKPLQASDL" + gene complement(4242228..4244100) + /locus_tag="BQ2027_IS1537" + mobile_element complement(4242228..4244100) + /locus_tag="BQ2027_IS1537" + /note="IS1537, len: 1873 nt. Equivalent to IS1537, len: + 1873 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(99.9% identity in 1873 nt overlap)." + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1537" + gene complement(4242248..4243474) + /locus_tag="BQ2027_MB3857C" + CDS complement(4242248..4243474) + /locus_tag="BQ2027_MB3857C" + /note="Mb3857c, -, len: 408 aa. Equivalent to Rv3827c, + len: 408 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 408 aa overlap). Possible transposase + within IS1537 element, similar to several transposases + e.g. O83029|TNPC|DR2324|DR0666|DR0978|DR1381|DR1651|DR1933 + TRANSPOSASE from Deinococcus radiodurans(408 aa) FASTA + scores: opt: 302, E(): 3.9e-12, (30.75% identity in 358 aa + overlap); Q9RXX7|DR0178 PUTATIVE TRANSPOSASE from + Deinococcus radiodurans (409 aa), FASTA scores: opt: 297, + E(): 8.2e-12, (31.1% identity in 360 aa overlap); + P73816|SLR2062 TRANSPOSASE from Synechocystis sp. strain + PCC 6803 (400 aa), FASTA scores: opt: 296, E(): 9.3e-12, + (30.05% identity in 353 aa overlap); etc. Highly similar + to proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O33333|Rv2791c|MTV002.56c TRANSPOSASE (459 aa) FASTA + scores: opt: 2211, E(): 9.4e-136, (87.75% identity in 367 + aa overlap); P95117|Rv2978c|MTCY349.09 HYPOTHETICAL 51.4 + KDA PROTEIN (459 aa), FASTA scores: opt: 2165, E(): + 9e-133, (85.85% identity in 367 aa overlap); + Q10809|YS85_MYCTU|Rv2885c|MT2953|MTCY274.16c HYPOTHETICAL + 51.3 KDA PROTEIN (460 aa), FASTA scores: opt: 2127, E(): + 2.6e-130, (83.95% identity in 368 aa overlap); + O0777|Rv0606|MTCY19H5.16c PROBABLE TRANSPOSASE (FRAGMENT) + (247 aa), FASTA scores: opt: 1405, E(): 9.3e-84, (85.3% + identity in 238 aa overlap); etc. Mb3857c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIU02486.1" + /db_xref="InterPro:IPR001959" + /db_xref="InterPro:IPR021027" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M6" + /translation="MMARFEVPEGWCVQAFRFTLDPTEDQARALARHFGARRKAYNWA + VATLKADIEAWRVTGIGTVKPSLRVLRKRWNTVKDEVCVNAETGAVWWPECSKEAYAD + GIGGAVDAYWNWQNSRSGKREGKTMGFPRFKKKGRDQDRVTFTTGAMRVEPDRRHLTL + PVVGTVRTHENTRRIERLIATGRARVLAISVRRNGTRLDASVRVLVQRPQQPNVAQPG + SRVGVDVGVRRLATVANEAGAVLEEVPNPRPLDAALKELRYASRARSRCTKGSRRYRE + RTTEISRLHRRVNDVRTHHLHVLTTRLAQTHGHIVVEGLDAAGMLRQKGLPGARARRR + GLSDSALGTPRRHLSYKTGWYGSALVVADRWFPSLSVEPTVRPGLARLVAVKRGREAA + AWLPNNPETGCKSRDH" + gene complement(4243471..4244082) + /locus_tag="BQ2027_MB3858C" + CDS complement(4243471..4244082) + /locus_tag="BQ2027_MB3858C" + /note="Mb3858c, -, len: 203 aa. Equivalent to Rv3828c, len + 203 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 203 aa overlap). Possible resolvase + within IS1537 element, similar to others e.g. + Q97X40|SSO1915 FIRST ORF IN TRANSPOSON ISC1913 from + Sulfolobus solfataricus (213 aa), FASTA scores: opt: 275, + E(): 1.6e-11, (30.6% identity in 196 aa overlap); + Q9V1M0|PAB2076 RESOLVASE RELATED PROTEIN from Pyrococcus + abyssi (212 aa), FASTA scores: opt: 254, E(): 4.2e-10, + (29.95% identity in 197 aa overlap); Q9RMU7|ORFA PUTATIVE + TRANSPOSASE (BELONGS TO THE MERR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL + REGULATORS) from elicobacter pylori (Campylobacter pylori) + (217 aa), FASTA scores: opt: 243, E(): 2.3e-09, (31.8% + identity in 154 aa overlap); etc. Also highly similar to + proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O33334|Rv2792c|MTV002.57c RESOLVASE (193 aa), FASTA + scores: opt: 970, E(): 1.5e-58, (79.25% identity in 193 aa + overlap); O07773|Rv0605|MTCY19H5.17c PUTATIVE RESOLVASE + (202 aa), FASTA scores: opt: 964, E(): 4e-58, (76.25% + identity in 202 aa overlap); P95116|Rv2979c|MTCY349.08 + HYPOTHETICAL 21.4 KDA PROTEIN (194 aa), FASTA scores: opt: + 895, E(): 1.8e-53, (74.75% identity in 194 aa overlap); + Q10831|YS86_MYCTU|Rv2886c|MT2954|MTCY274.17c HYPOTHETICAL + 31.9 KDA PROTEIN (295 aa), FASTA scores: opt: 826, E(): + 1.1e-48, (66.2% identity in 204 aa overlap) (similarity + only at C-terminus); etc. Contains PS00397 Site-specific + recombinases active site. Possible helix-turn-helix motif + from aa 11-32, Score 1305 (+3.63 SD)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE RESOLVASE" + /protein_id="SIU02487.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5C9" + /db_xref="InterPro:IPR006118" + /db_xref="InterPro:IPR006119" + /db_xref="InterPro:IPR036162" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C9" + /translation="MSVVCCRNRWMNLAVWAERNGVAWVIAYRWFRAGLLPVPAQRVG + RLILVNDPAVEESGRGRTLVYARVSSADQRSDLDRRVARVTAWATSQHLSVDKVVAEG + GWALNGHRRKFFALLGDPVVTRIVVEHRDRFCWFGSEYVEAALVAQGRELVVVDLAEV + DDDLVGDMTEILTSMCARLYGERAAQNGAKRALAAAVGDAEAA" + gene complement(4244083..4245693) + /locus_tag="BQ2027_MB3859C" + CDS complement(4244083..4245693) + /locus_tag="BQ2027_MB3859C" + /note="Mb3859c, -, len: 536 aa. Equivalent to Rv3829c, len + 536 aa, from Mycobacetrium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 536 aa overlap). Probable + oxidoreductase dehydrogenase (EC 1.-.-.-), similar to + others e.g. Q9A3T1|CC3121 PHYTOENE DEHYDROGENASE-RELATED + PROTEIN from Caulobacter crescentus (543 aa), FASTA + scores: opt: 607, E(): 9.2e-28, (28.25% identity in 552 aa + overlap); Q98FP6|MLR3676 PHYTOENE DEHYDROGENASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (521 aa), FASTA + scores: opt: 605, E(): 1.2e-27, (28.2% identity in 546 aa + overlap); Q97W24|SSO2422 PHYTOENE DEHYDROGENASE RELATED + PROTEIN from Sulfolobus solfataricus (518 aa), FASTA + scores: opt: 388, E(): 4.4e-15, (27.35% identity in 530 aa + overlap); Q98BS8|MLL5443 PROBABLE DEHYDROGENASE from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (524 aa), FASTA + scores: opt: 374, E(): 2.9e-14, (24.35% identity in aa + overlap); etc. Also similar to + MTCY493.22c|Rv1432|MTCY493.22c HYPOTHETICAL 50.5 KDA + PROTEIN (probable dehydrogenase) from Mycobacterium + tuberculosis (25.1% identity in 295 aa overlap). Mb3859c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable dehydrogenase" + /protein_id="SIU02488.1" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D4" + /translation="MTGYDAIVIGAGHNGLTAAVLLQRAGLRTACLDAKRYAGGMAST + VELFDGYRFDIAGSVQFPTSSAVSSELGLDSLPTVDLEVMSVALRGVGDDPVVQFTDP + TKMLTHLHRVHGADAVTGMAGLLAWSQAPTRALGRFEAGTLPKSFDEMYACATNEFER + SAIDDMLFGSVTDVLDRHFPDREKHGALRGSMTVLAVNTLYRGPATPGSAAALAFGLG + VPEGDFVRWKKLRGGIGALTTHLSQLLERTGGEVRLRSKVTEIVVDNSRSSARVRGVR + TAAGDTLTSPIVVSAIAPDVTINELIDPAVLPSEIRDRYLRIDHRGSYLQMHFALAQP + PAFAAPYQALNDPSMQASMGIFCTPEQVQQQWEDCRRGIVPADPTVVLQIPSLHDPSL + APAGKQAASAFAMWFPIEGGSKYGGYGRAKVEMGQNVIDKITRLAPNFKGSILRYTTF + TPKHMGVMFGAPGGDYCHALLHSDQIGPNRPGPKGFIGQPIPIAGLYLGSAGCHGGPG + ITFIPGYNAARQALADRRAANCCVLSGR" + gene complement(4245741..4246370) + /locus_tag="BQ2027_MB3860C" + CDS complement(4245741..4246370) + /locus_tag="BQ2027_MB3860C" + /note="Mb3860c, -, len: 209 aa. Equivalent to Rv3830c, + len: 209 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 209 aa overlap). Probable + transcriptional regulator tetR family, similar to others + e.g. P39885|TCMR_STRGA TETRACENOMYCIN C TRANSCRIPTIONAL + REPRESSOR from Streptomyces glaucescens (226 aa) FASTA + scores: opt: 255, E(): 6.1e-10, (33.65% identity in 202 aa + overlap); Q9RDR0|SC4A7.02 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (227 aa) FASTA + scores: opt: 230, E(): 2.8e-08, (30.05% identity in 213 aa + overlap); Q9EWU3|3SC5B7.06 PUTATIVE REGULATORY PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (244 aa), FASTA scores: opt: + 221, E(): 1.2e-07, (32.05% identity in 181 aa overlap); + Q9AJ68|BUTR PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR from + Streptomyces cinnamonensis (268 aa), FASTA scores: opt: + 216, E(): 2.7e-07, (37.8% identity in 119 aa overlap); + etc. Contains possible helix-turn-helix motif from aa + 33-54, Score 1699 (+4.97 SD). SEEMS TO BELONG TO THE + TETR/ACRR FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein + product from Mb3860c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3860c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY + TETR-FAMILY)" + /protein_id="SIU02489.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5C7" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR023772" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5C7" + /translation="MVRPPQTARSERTREALRQAALVRFLAQGVEATSAEQIAEDAGV + SLRTFYRHFRSKHDLLFADYDAGLHWFRAALDARPADESIIDSVQAAIFSFPYDVDAV + TKIASLRRGELEPSRIVRHMREVEADFADAIQAQLRRRNCDIAGAPDARLHIAVTARC + VAAAVFGAMEAWMLGSDRSLGELARVCHVALESLRVGISDTWTTLTVSS" + gene 4246442..4246924 + /locus_tag="BQ2027_MB3861" + CDS 4246442..4246924 + /locus_tag="BQ2027_MB3861" + /note="Mb3861, -, len: 160 aa. Equivalent to Rv3831, len: + 160 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 160 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3861 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02490.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5D2" + /db_xref="InterPro:IPR021362" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D2" + /translation="MVSLLVHAALGVVVIGWIVSSNPKVFTRPAGGSWFSLPECVYYV + VGIASIALGWYFNIRFVQQYAHGAANPLWGPGSWAEYVRLMFTNPAASSAGQDYTIAN + VILLPLFSTTDGYRRGLRRPWLYFVSSLFTSFAFAFAFYFATIERQHRHERSRATVGA + " + gene complement(4246921..4247496) + /locus_tag="BQ2027_MB3862C" + CDS complement(4246921..4247496) + /locus_tag="BQ2027_MB3862C" + /note="Mb3862c, -, len: 191 aa. Equivalent to Rv3832c, + len: 191 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 191 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, similar in part to various proteins + e.g. Q9XBC9|CZA382.22c PUTATIVE RRNA METHYLASE from + Amycolatopsis orientalis (259 aa), FASTA scores: opt: 196, + E(): 1.3e-05, (38.2% identity in 110 aa overlap); + CAC48459|SMB20059 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN from + Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymB + (259 aa), FASTA scores: opt: 188, E(): 4.3e-05, (33.8% + identity in 136 aa overlap); Q98FP8|MLL3672 METHYL + TRANSFERASE-LIKE PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (264 aa), FASTA scores: opt: 180, + E(): 0.00014, (32.05% identity in 156 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3862c detected using SWATH mass + spectrometry." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SAM-dependent methyltransferases" + /protein_id="SIU02491.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5D9" + /db_xref="InterPro:IPR013216" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D9" + /translation="MAMNLLHRRHCSSAGWEKAVANQLLPWALQHVELGPRTLEIGPG + YGATLQALLGLTASLTAVEVDNSMVERLNRRYGQRARIIRGDGTQTGLPDDHFTSVVC + FTMLHHVASAQLQDQLFAEAYRVLQPGGVFAGSDGVPSLPFRLIHIADTYTPIAPADL + PGRLRAVGFTDIHVDVAGARLRWRATKPVAA" + gene 4247552..4248343 + /locus_tag="BQ2027_MB3863" + CDS 4247552..4248343 + /locus_tag="BQ2027_MB3863" + /note="Mb3863, -, len: 263 aa. Equivalent to Rv3833, len: + 263 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 263 aa overlap). Probable + transcriptional regulator belonging to araC family, + similar to others e.g. Q9KYN4|SC9H11.05 PUTATIVE + ARAC-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Streptomyces + coelicolor (289 aa), FASTA scores: opt: 754, E(): 1.2e-42, + (50.45% identity in 232 aa overlap); Q9HXH2|PA3830 + PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Pseudomonas + aeruginosa (270 aa), FASTA scores: opt: 501, E(): 6.2e-26, + (34.85% identity in 238 aa overlap); Q9HX87|PA3927 + PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR from Pseudomonas + aeruginosa (262 aa), FASTA scores: opt: 496, E(): 1.3e-25, + (36.45% identity in 266 aa overlap); + P76241|YEAM_ECOLI|B1790 HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Escherichia coli strain K12 (273 aa) FASTA + scores: opt: 388, E(): 1.9e-18, (30.5% identity in 223 aa + overlap); etc. Contains probable helix-turn-helix motif + from aa 164-185, Score 2014 (+6.05 SD). SEEMS TO BELONG TO + THE ARAC/XYLS FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Mb3863 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY + ARAC-FAMILY)" + /protein_id="SIU02492.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5E1" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR011051" + /db_xref="InterPro:IPR013096" + /db_xref="InterPro:IPR014710" + /db_xref="InterPro:IPR018060" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E1" + /translation="MSENSHHRLATTSLTLPPGARIERHRHPSHQIVYPSAGAVSVTT + HAGTWITPVNRAIWIPAGCWHQHKFHGHTQFHGVALDPQRYRGGPATPTVLAVNPLMR + ELIIACSQADRTDTDEHHRMLAVLQDQLPTTSIREPLWVPSPTDRRLRHACALIADNL + TQPLTLQQIGGRIGVSQRTLSRLFSDELGMTFPQWRTQLRLQHALVLLAERHDVTSVA + SECGWATPSAFIDTYRQAFGHTPGQAAKPMAATRLTRLRRARDRR" + gene complement(4248340..4249599) + /gene="serS" + /locus_tag="BQ2027_MB3864C" + CDS complement(4248340..4249599) + /gene="serS" + /locus_tag="BQ2027_MB3864C" + /note="Mb3864c, serS, len: 419 aa. Equivalent to Rv3834c, + len: 419 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 419 aa overlap). Probable serS, + seryl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.11), equivalent to + Q9CDC1|SERS|ML0082 PUTATIVE SERYL-TRNA SYNTHASE from + Mycobacterium leprae (417 aa), FASTA scores: opt: 2361, + E(): 8.5e-138, (85.8% identity in 416 aa overlap). Also + highly similar many e.g. Q9ZBX1|SYS_STRCO|SERS|SCD78.28c + from Streptomyces coelicolor (425 aa), FASTA scores: opt: + 1594, E(): 1.2e-90, (59.75% identity in 425 aa overlap); + Q9X199|SYS_THEMA|SERS|TM1379 from Thermotoga maritima (425 + aa), FASTA scores: opt: 1083, E(): 3.3e-59, (43.3% + identity in 425 aa overlap); P37464|SYS_BACSU|SERS from + Bacillus subtilis (425 aa), FASTA scores: opt: 1015, E(): + 5e-55, (39.3% identity in 425 aa overlap); etc. Contains + PS00179 Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II + signature 1. BELONGS TO CLASS-II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE + FAMILY. Protein product from Mb3864c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3864c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SERYL-TRNA SYNTHETASE SERS (SERINE--TRNA LIGASE) + (SERRS) (SERINE TRANSLASE)" + /protein_id="SIU02493.1" + /db_xref="GOA:P67562" + /db_xref="InterPro:IPR002314" + /db_xref="InterPro:IPR002317" + /db_xref="InterPro:IPR006195" + /db_xref="InterPro:IPR010978" + /db_xref="InterPro:IPR015866" + /db_xref="InterPro:IPR033729" + /db_xref="InterPro:IPR042103" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67562" + /translation="MIDLKLLRENPDAVRRSQLSRGEDPALVDALLTADAARRAVIST + ADSLRAEQKAASKSVGGASPEERPPLLRRAKELAEQVKAAEADEVEAEAAFTAAHLAI + SNVIVDGVPAGGEDDYAVLDVVGEPSYLENPKDHLELGESLGLIDMQRGAKVSGSRFY + FLTGRGALLQLGLLQLALKLAVDNGFVPTIPPVLVRPEVMVGTGFLGAHAEEVYRVEG + DGLYLVGTSEVPLAGYHSGEILDLSRGPLRYAGWSSCFRREAGSHGKDTRGIIRVHQF + DKVEGFVYCTPADAEHEHERLLGWQRQMLARIEVPYRVIDVAAGDLGSSAARKFDCEA + WIPTQGAYRELTSTSNCTTFQARRLATRYRDASGKPQIAATLNGTLATTRWLVAILEN + HQRPDGSVRVPDALVPFVGVEVLEPVA" + gene 4249732..4251081 + /locus_tag="BQ2027_MB3865" + CDS 4249732..4251081 + /locus_tag="BQ2027_MB3865" + /note="Mb3865, -, len: 449 aa. Equivalent to Rv3835, len: + 449 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 449 aa overlap). Probable conserved + membrane protein, equivalent to Q9CDC2|ML0081 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (450 aa), FASTA + scores: opt: 2079, E(): 1.8e-74, (69.35% identity in 457 + aa overlap). Protein product from Mb3865 detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3865 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved membrane protein" + /protein_id="SIU02494.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5E8" + /db_xref="InterPro:IPR026004" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E8" + /translation="MLDAPEQDPVDPGDPASPPHGEAEQPLPGPRWPRALRASATRRA + LLLTALGGLLIAGLVTAIPAVGRAPERLAGYIASNPVPSTGAKINASFNRVASGDCLM + WPDGTPESAAIVSCADEHRFEVAESIDMRTFPGMEYGQNAAPPSPARIQQISEEQCEA + AVRRYLGTKFDPNSKFTISMLWPGDRAWRQAGERRMLCGLQSPGPNNQQLAFKGKVAD + IDQSKVWPAGTCLGIDATTNQPIDVPVDCAAPHAMEVSGTVNLAERFPDALPSEPEQD + GFIKDACTRMTDAYLAPLKLRTTTLTLIYPTLTLPSWSAGSRVVACSIGATLGNGGWA + TLVNSAKGALLINGQPPVPPPDIPEERLNLPPIPLQLPTPRPAPPAQQLPSTPPGTQH + LPAQQPVVTPTRPPESHAPASAAPAETQPPPPDAGAPPATQSPEATPPGPAEPAPAG" + gene 4251086..4251436 + /locus_tag="BQ2027_MB3866" + CDS 4251086..4251436 + /locus_tag="BQ2027_MB3866" + /note="Mb3866, -, len: 116 aa. Similar to Rv3836, len: 137 + aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, (100.0% + identity in 115 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, highly similar to Q9RKJ2|SCD25.30 HYPOTHETICAL + 13.1 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (116 aa), + FASTA scores: opt: 395, E(): 3.3e-19, (54.4% identity in + 114 aa overlap); and similar to CAC47753|SMC0379 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium meliloti + (Sinorhizobium meliloti) (144 aa) FASTA scores: opt: 194, + E(): 6e-06, (33.05% identity in 109 aa overlap); and + Q98E37|MLL4425 HYPOTHETICAL PROTEIN from Rhizobium loti + (Mesorhizobium loti) (201 aa), FASTA scores: opt: 184, + E(): 3.7e-05, (29.75% identity in 121 aa overlap). + Contains PS00142 Neutral zinc metallopeptidases, + zinc-binding region signature. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base insertion (*-g) introducing a premature stop + codon, leads to a shorter product compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (116 aa versus + 137 aa). Protein product from Mb3866 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3866 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02495.1" + /db_xref="InterPro:IPR010428" + /db_xref="InterPro:IPR038555" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6V4" + /translation="MTVRMDPQRFDELVSDALDLIPPELADAMDNVVVLVANRHPQHE + NLLGQYEGVALTERGSDYAGSLPDAITIYREALLDACDSEDEVVDQVAITVIHEVAHH + FGIDDERLDQLGWA" + gene complement(4251695..4252393) + /locus_tag="BQ2027_MB3867C" + CDS complement(4251695..4252393) + /locus_tag="BQ2027_MB3867C" + /note="Mb3867c, -, len: 232 aa. Equivalent to Rv3837c, + len: 232 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 232 aa overlap). Probable + phosphoglycerate mutase (EC 5.4.2.-), equivalent to + Q9CDC3|ML0079 PUTATIVE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from + Mycobacterium leprae (231 aa), FASTA scores: opt: 1116, + E(): 7.3e-66, (71.55% identity in 232 aa overlap). Also + similar to others e.g. Q9ZAX0|PGM 2,3-PDG DEPENDENT + PHOSPHOGLYCERATE MUTASE from Amycolatopsis methanolica + (205 aa), FASTA scores: opt: 474, E(): 6.4e-24, (41.85% + identity in 203 aa overlap); Q9F3Q7|SC10F4.03 PUTATIVE + ISOMERASE from Streptomyces coelicolor (224 aa) FASTA + scores: opt: 349, E(): 1e-15, (33.2% identity in 223 aa + overlap); Q9RDL0|SCC123.14c PUTATIVE PHOSPHOGLYCERATE + MUTASE from Streptomyces coelicolor (223 aa), FASTA + scores: opt: 256, E(): 1.2e-09, (34.0% identity in 203 aa + overlap); Q9RVD2|DR1097 PUTATIVE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE + from Deinococcus radiodurans (232 aa), FASTA scores: opt: + 201, E(): 5.1e-06, (31.45% identity in 175 aa overlap); + etc. Also similar to P71724|Rv2419c|MTCY428.28|MTCY253.01 + HYPOTHETICAL 24.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (223 aa), FASTA scores: opt: 210, E(): + 1.3e-06, (32.0% identity in 172 aa overlap). Contains + PS00175 Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine + signature. Protein product from Mb3867c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3867c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE + (PHOSPHOGLYCEROMUTASE) (PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHOMUTASE)" + /protein_id="SIU02496.1" + /db_xref="InterPro:IPR013078" + /db_xref="InterPro:IPR029033" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N0" + /translation="MSGRLVLLRHGQSYGNVERRLDTLPPGTALTPLGRDQARAFARS + GCRRPALLAHSVAIRAYQTAAVVAAELDMVAHEVAGIHEVQVGELENRNDDEAVAEFN + ATYSRWHRGELDVPLPGGETANDVLDRYLPVLADLRMRYLDDGDWDGDIVVVSHSAAI + RLAAAVLAGVDGNFVLDNHLENVESVVLAPITDGRWSCVQWGLRKPPFCPDPAEAAAS + PVTHAVTSSTDPMG" + gene complement(4252390..4253355) + /gene="pheA" + /locus_tag="BQ2027_MB3868C" + CDS complement(4252390..4253355) + /gene="pheA" + /locus_tag="BQ2027_MB3868C" + /note="Mb3868c, pheA, len: 321 aa. Equivalent to Rv3838c, + len: 321 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 321 aa overlap). Possible pheA, + prephenate dehydratase (EC 4.2.1.51) (see citation below), + equivalent to Q9CDC4|PHEA|ML0078 PUTATIVE PREPHENATE + DEHYDRATASE from Mycobacterium leprae (322 aa), FASTA + scores: opt: 1690, E(): 1.3e-93, (84.25% identity in 311 + aa overlap). Also highly similar to others e.g. + P10341|PHEA_CORGL from Corynebacterium glutamicum + (Brevibacterium flavum) (315 aa), FASTA scores: opt: 843, + E(): 4e-43, (45.8% identity in 308 aa overlap); + Q9ZBX0|SCD78.29c from Streptomyces coelicolor (310 aa), + FASTA scores: opt: 820, E(): 9.2e-42, (46.45% identity in + 312 aa overlap); Q44104|PHEA_AMYME|PDT from Amycolatopsis + methanolica (304 aa), FASTA scores: opt: 707, E(): + 4.9e-35, (45.7% identity in 313 aa overlap); etc. Contains + PS00858 Prephenate dehydratase signature 2. Protein + product from Mb3868c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3868c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="prephenate dehydratase phea" + /protein_id="SIU02497.1" + /db_xref="GOA:Q7TVJ6" + /db_xref="InterPro:IPR001086" + /db_xref="InterPro:IPR002912" + /db_xref="InterPro:IPR008242" + /db_xref="InterPro:IPR018528" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVJ6" + /translation="MVRIAYLGPEGTFTEAALVRMVAAGLVPETGPDALQRMPVESAP + AALAAVRDGGADYACVPIENSIDGSVLPTLDSLAIGVRLQVFAETTLDVTFSIVVKPG + RNAADVRTLAAFPVAAAQVRQWLAAHLPAADLRPAYSNADAARQVADGLVDAAVTSPL + AAARWGLAALADGVVDESNARTRFVLVGRPGPPPARTGADRTSAVLRIDNQPGALVAA + LAEFGIRGIDLTRIESRPTRTELGTYLFFVDCVGHIDDEAVAEALKAVHRRCADVRYL + GSWPTGPAAGAQPPLVDEASRWLARLRAGKPEQTLVRPDDQGAQA" + gene 4253451..4254227 + /locus_tag="BQ2027_MB3869" + CDS 4253451..4254227 + /locus_tag="BQ2027_MB3869" + /note="Mb3869, -, len: 258 aa. Equivalent to Rv3839, len: + 258 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 258 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar in part to Q9RD78|SCF43.10cfrom + HYPOTHETICAL 25.8 KDA PROTEIN Streptomyces coelicolor (241 + aa), FASTA scores: opt: 270, E(): 3.2e-10, (33.45% + identity in 272 aa overlap); and O00320|F25451_2 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Homo sapiens (Human) (339 aa), + FASTA scores: opt: 126, E(): 0.77, (28.75% identity in 240 + aa overlap)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02498.1" + /db_xref="InterPro:IPR037119" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F0" + /translation="MPPLTSLAPTTAERIRSACARAGGALLVVEREDPVPVPIHHLLY + DGSFAVAVPVDRGEVSGSQALLELTDYAPLPVREPVRSLVWIRGCLHQIPPAELVETL + DLIATDNPNPALLQVETPRSGPADAAETRYTMQRLEIESVVVTDATGAEPVTVADLLA + ARPDPFCEIESTLLWHLATAHDDVVARLVSRLPAPLRRGQIRPLGLDRYGVRFRIEAR + DGDRDIRLPFHKPVDDMTGLSQAIRVLMGCPFRNGLRARR" + gene 4254253..4254666 + /locus_tag="BQ2027_MB3870" + CDS 4254253..4254666 + /locus_tag="BQ2027_MB3870" + /note="Mb3870, -, len: 137 aa. Equivalent to Rv3840, len: + 137 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 137 aa overlap). Possible + transcriptional regulator, highly similar in part to PSR + PROTEINS (PENICILLIN BINDING PROTEIN REPRESSORS) e.g. + Q47828|PSR PSR PROTEIN from Enterococcus hirae (293 aa) + FASTA scores: opt: 221, E(): 2.2e-07, (41.65% identity in + 108 aa overlap); O86213|PSRFM PSRFM PROTEIN (FRAGMENT) + from Enterococcus hirae (171 aa), FASTA scores: opt: 202, + E(): 2.4e-06, (40.75% identity in 108 aa overlap); + Q47865|PSR PENICILLIN BINDING PROTEIN REPRESSOR from + Enterococcus hirae (148 aa), FASTA scores: opt: 201, E(): + 2.5e-06, (51.65% identity in 60 aa overlap); etc. Also + highly similar in part to other transcriptional regulators + e.g. BAB57524|MSRR PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE + REGULATOR from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 + (327 aa), FASTA scores: opt: 195, E(): 1.2e-05, (36.7% + identity in 109 aa overlap); Q99Q02|MSRR|SA1195 PEPTIDE + METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE REGULATOR from + Staphylococcus aureus subsp. aureus N315, and + Staphylococcus aureus (327 aa), FASTA scores: opt: 192, + E(): 1.9e-05, (36.7% identity in 109 aa overlap); + Q9K6Q8|LYTR|BH3670 ATTENUATOR FOR LYTABC AND LYTR + EXPRESSION from Bacillus halodurans (304 aa), FASTA + scores: opt: 171, E(): 0.00041, (34.5% identity in 113 aa + overlap); etc. Mb3870 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN" + /protein_id="SIU02499.1" + /db_xref="InterPro:IPR004474" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5D3" + /translation="MAGCIQRFSHVRCLGPGLASDNPTTLISIPRDSYVPIPGHGRDK + INAAFALGGGRLLTQTVELATGLHLDHYAEVGFSEFADLVDAFDPLAGVDLPAGCQTL + DGRAALGYVRTRATPRADLEGSDVPVPAAAFETQP" + gene 4254615..4255644 + /locus_tag="BQ2027_IS1608'-2" + mobile_element 4254615..4255644 + /locus_tag="BQ2027_IS1608'-2" + /note="IS1608'-2, len: 1030 nt. Equivalent to IS1608',len: + 489 nt, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv,(100.0% identity in 489 nt overlap). At a different + location in from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv" + /mobile_element_type="insertion sequence:IS1608" + gene 4254864..4255409 + /gene="bfrB" + /locus_tag="BQ2027_MB3871" + CDS 4254864..4255409 + /gene="bfrB" + /locus_tag="BQ2027_MB3871" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3871, bfrB, len: 181 aa. Equivalent to Rv3841, + len: 181 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 181 aa overlap). Possible bfrB, + bacterioferritin, similar to other ferritin or + hypothetical proteins e.g. O26261|MTH158|RSGA FERRITIN + LIKE PROTEIN from Methanothermobacter thermautotrophicus + (171 aa), FASTA scores: opt: 277, E(): 6.6e-11, (30.1% + identity in 166 aa overlap); Q99SZ3|SA1709 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (166 + aa), FASTA scores: opt: 275, E(): 8.7e-11, (33.35% + identity in 156 aa overlap); Q9X0L2|TM1128 FERRITIN from + Thermotoga maritima (164 aa), FASTA scores: opt: 247, E(): + 5.3e-09, (25.65% identity in 156 aa overlap); + Q9KDT7|BH1124 FERRITIN from Bacillus halodurans (169 aa), + FASTA scores: opt: 246, E(): 6.3e-09, (28.95% identity in + 152 aa overlap); O29424|AF0834 PUTATIVE FERRITIN from + Archaeoglobus fulgidu (169 aa), FASTA scores: opt: 246, + E(): 6.3e-09, (28.95% identity in 152 aa overlap); etc. + Also shows similarity with Rv1876|MTCY180.42|BFRA PROBABLE + BACTERIOFERRITIN from Mycobacterium tuberculosis (159 aa). + SEEMS BELONG TO THE BACTERIOFERRITIN FAMILY. Protein + product from Mb3871 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3871 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="bacterioferritin bfrb" + /protein_id="SIU02500.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5E2" + /db_xref="InterPro:IPR001519" + /db_xref="InterPro:IPR008331" + /db_xref="InterPro:IPR009040" + /db_xref="InterPro:IPR009078" + /db_xref="InterPro:IPR012347" + /db_xref="InterPro:IPR041719" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E2" + /translation="MTEYEGPKTKFHALMQEQIHNEFTAAQQYVAIAVYFDSEDLPQL + AKHFYSQAVEERNHAMMLVQHLLDRDLRVEIPGVDTVRNQFDRPREALALALDQERTV + TDQVGRLTAVARDEGDFLGEQFMQWFLQEQIEEVALMATLVRVADRAGANLFELENFV + AREVDVAPAASGAPHAAGGRL" + gene complement(4255424..4256248) + /gene="glpQ1" + /locus_tag="BQ2027_MB3872C" + CDS complement(4255424..4256248) + /gene="glpQ1" + /locus_tag="BQ2027_MB3872C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3872c, glpQ1, len: 274 aa. Equivalent to Rv3842c, + len: 274 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 274 aa overlap). Probable glpQ1, + glycerophosphoryl diester phosphodiesterase (EC 3.1.4.46), + equivalent to Q9CDC5|GLPQ|ML0074 PUTATIVE + GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER PHOSPHODIESTERASE from + Mycobacterium leprae (271 aa), FASTA scores: opt: 1635, + E(): 1.9e-100, (88.85% identity in 269 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. CAC44700|SCBAC25E3.13c + PUTATIVE PHOSPHODIESTERASE from Streptomyces coelicolor + (275 aa), FASTA scores: opt: 413, E(): 5.7e-20, (48.05% + identity in 258 aa overlap); P37965|GLPQ_BACSU + GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER PHOSPHODIESTERASE from Bacillus + subtilis (293 aa), FASTA scores: opt: 405, E(): 2e-19, + (31.3% identity in 249 aa overlap); Q99VC9|GLPQ|SA0820 + GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER PHOSPHODIESTERASE from + Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (309 aa) FASTA + scores: opt: 341, E(): 3.5e-15, (29.3% identity in 273 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3872c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3872c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER + PHOSPHODIESTERASE GLPQ1 (GLYCEROPHOSPHODIESTER + PHOSPHODIESTERASE)" + /protein_id="SIU02501.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5F5" + /db_xref="InterPro:IPR017946" + /db_xref="InterPro:IPR030395" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F5" + /translation="MTWADEVLAGHPFVVAHRGASAARPEHTLAAYDLALKEGADGVE + CDVRLTRDGHLVCVHDRRLDRTSTGAGLVSTMTLAQLRELEYGAWHDSWRPDGSHGDT + SLLTLDALVSLVLDWHRPVKIFVETKHPVRYGSLVENKLLALLHRFGIAAPASADRSR + AVVMSFSAAAVWRIRRAAPLLPTVLLGKTPRYLTSSAATAVGATAVGPSLPALKEYPQ + LVDRSAAQGRAVYCWNVDEYEDIDFCREVGVAWIGTHHPGRTKAWLEDGRANGTTR" + gene complement(4256254..4257282) + /locus_tag="BQ2027_MB3873C" + CDS complement(4256254..4257282) + /locus_tag="BQ2027_MB3873C" + /note="Mb3873c, -, len: 342 aa. Equivalent to Rv3843c, + len: 342 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.4% identity in 342 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CDC6|ML0073 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (344 + aa), FASTA scores: opt: 1420, E(): 2.6e-68, (63.05% + identity in 349 aa overlap). Protein product from Mb3873c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3873c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02502.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5E4" + /db_xref="InterPro:IPR025565" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E4" + /translation="MIQVCSQCGTRWNVRERQRVWCPRCRGMLLAPLADMPAEARWRT + PARPQVPTASDTRRTPPRLPPGFRWIAVRPGAAPPPRHGPRLRGPTPHYAGIPRWGLT + DHVDQAPVPASAKAGPSPAAVRTTLLVSLLVFSIAVVVFVVRYVLLVINRNTLLNSVV + ASASVWLGVLVSLAAIAAAGTTIVLLVRWLVARRAAAFMHQGLPERRSARELWAGCLL + PMVNLLWAPLYVIELALVEDRYTRLRRPIVVWWIVWIVSNAISMFAFATSWVTDAQGI + ANNTTMMVLAYLCAAAAVAAAARVFEGFEQKPVERPAHRWVVVNTDGRSAPASSVAVE + LDGQEPAA" + gene 4259027..4260056 + /locus_tag="BQ2027_IS1608'-2" + gene 4259460..4259951 + /locus_tag="BQ2027_MB3874" + CDS 4259460..4259951 + /locus_tag="BQ2027_MB3874" + /note="Mb3874, -, len: 163 aa. Equivalent to Rv3844, len: + 163 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 163 aa overlap). Possible transposase, + identical to P96234|Rv3348|MTV004.04 PUTATIVE TRANSPOSASE + from Mycobacterium tuberculosis. Also some similarity with + others e.g. N-terminal part of P19834|YI11_STRCL INSERTION + ELEMENT IS116 HYPOTHETICAL 44.8 KDA PROTEIN from + Streptomyces clavuligerus (399 aa) FASTA scores: opt: 146, + E(): 0.017, (29.1% identity in 158 aa overlap). Mb3874 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transposase" + /protein_id="SIU02503.1" + /db_xref="GOA:A0A0G2QBZ4" + /db_xref="InterPro:IPR002525" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A0G2QBZ4" + /translation="MTAENPGRSRRTLVGIDAAITACHHIAIRDDVGARSIRFSVEPT + LAGLRTLTDKLSGYDDIDATVEPTSMTWLPLTIAVENAGDTMHMAGARHCARLRGAIV + GKSKSDVIDAEVLTRASEVFDLTPLTLPTPAQLALRRSVIRRAGAVIDANRSWRRLMS + LAR" + gene 4259966..4260325 + /locus_tag="BQ2027_MB3875" + CDS 4259966..4260325 + /locus_tag="BQ2027_MB3875" + /note="Mb3875, -, len: 119 aa. Equivalent to Rv3845, len: + 119 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 119 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Contains PS01137 Hypothetical YBL055c/yjjV family + signature 1. Mb3875 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02504.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F9" + /translation="MDRVRRVVTDRDSGAGALARHPLAGRRTDPQLAAFYHRLMTTQR + HCHTQATIAVARKLAERTRVTITTGRPYQLRDTNGDPVTARGAKELIDAHYHVDTRTH + PHNRAHTDTMQNSKPAR" + gene 4260510..4260725 + /locus_tag="BQ2027_MB3875A" + CDS 4260510..4260725 + /locus_tag="BQ2027_MB3875A" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb3875A, 71 aa long, hypothetical conserved protein. + Equivalent to hypothetical protein MT395B from M. + tuberculosis CDC1551 (100% identity in 71 aa overlap)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU02505.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6W1" + /translation="MVFDKPTVSCLSVSHFQRLFRVAQHNPMPVEIRRDYTHTQHLDH + RDSGRRRLTSSFAPPAPAATTQRHGSS" + gene complement(4260850..4260942) + /locus_tag="BQ2027_MB3875CB" + CDS complement(4260850..4260942) + /locus_tag="BQ2027_MB3875CB" + /note="unnamed protein product; unnamed protein product; + Mb3875cB, 30 aa long, newly annotated transposase. + Equivalent to transposases across multiple M. tuberculosis + and M. bovis species (pfam01610: DDE_Tnp_ISL3)(100% + identity in 29 aa overlap) including M. tuberculosis + H37Rv; TMC 102(Direct submission, 22-09-2014. Isolated + from a human lung in New York in 1905. Annotated using + automated computational analysis unsing gene predction + methods. Hazbon,M.H., Riojas,M.A., Damon,A.M., + Alalade,R.O., Cantwell,B.J.,Monaco,A., King,S. and + Sohrabi,A.) However this transposase CDS is currently + unannotated in H37Rv (May 2015). Mb3875cB found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)" + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU02506.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N1" + /translation="MTTVNPPTEAISGRVEHLRGSTLGFRNLTN" + gene complement(4261048..4261356) + /gene="Mb3875cC" + /locus_tag="BQ2027_MB3875CC" + CDS complement(4261048..4261356) + /gene="Mb3875cC" + /locus_tag="BQ2027_MB3875CC" + /note="Uncharacterized protein Mb3875cC, 102aa. Similar to + ERS007672_00638 from M. tuberculosis COU91265, submitted + to NCBI 10-03-2015 (100% identity in 79aa overlap). M. + tuberculosis COU91265 annotated by ab initio + prediction:Prodigal:2.60. Mb3875cC found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /protein_id="SIU02507.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F8" + /translation="MFLFARVPPTRWAGSSLTSQPCSMTARVATTTLGSMPQGGRHRL + PGRPQADTTSMGAFLVAEVPVGGPSSDRCWVDGRRCVAKVYGVGGQEEVDGWAVGGDG + " + gene 4261389..4262012 + /gene="sodA" + /locus_tag="BQ2027_MB3876" + CDS 4261389..4262012 + /gene="sodA" + /locus_tag="BQ2027_MB3876" + /standard_name="sodB; sod" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3876, sodA, len: 207 aa. Equivalent to Rv3846, + len: 207 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 207 aa overlap). sodA (alternate gene + names: sodB, sod), superoxyde dismutase (EC 1.15.1.1) (see + citations below), equivalent to many e.g. + P47201|SODM_MYCAV|SODA|SOD from Mycobacterium avium (206 + aa), FASTA scores: opt: 1210, E(): 1.8e-73, (82.5% + identity in 206 aa overlap); Q9F9R1|SOD from Mycobacterium + paratuberculosis (207 aa), FASTA scores: opt: 1207, E(): + 2.9e-73, (81.65% identity in 207 aa overlap); + O86165|SODM_MYCLP|SODA|SOD from Mycobacterium lepraemurium + (206 aa), FASTA scores: opt: 1204, E(): 4.5e-73, (82.05% + identity in 206 aa overlap); P13367|SODM_MYCLE|SODA|ML0072 + from Mycobacterium leprae (206 aa), FASTA scores: opt: + 1169, E(): 9.6e-71, (80.5% identity in 205 aa overlap); + etc. Contains PS00088 Manganese and iron superoxide + dismutases signature. BELONGS TO THE IRON/MANGANESE + SUPEROXIDE DISMUTASE FAMILY. ALTHOUGH FOUND + EXTRACELLULARLY, NO SIGNAL SEQUENCE IS PRESENT. AN + ALTERNATIVE SECRETORY PATHWAY MAY BE USED. Protein product + from Mb3876 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3876 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="SUPEROXIDE DISMUTASE [FE] SODA" + /protein_id="SIU02508.1" + /db_xref="GOA:Q7TVI9" + /db_xref="InterPro:IPR001189" + /db_xref="InterPro:IPR019831" + /db_xref="InterPro:IPR019832" + /db_xref="InterPro:IPR019833" + /db_xref="InterPro:IPR036314" + /db_xref="InterPro:IPR036324" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVI9" + /translation="MAEYTLPDLDWDYGALEPHISGQINELHHSKHHATYVKGANDAV + AKLEEARAKEDHSAILLNEKNLAFNLAGHVNHTIWWKNLSPNGGDKPTGELAAAIADA + FGSFDKFRAQFHAAATTVQGSGWAALGWDTLGNKLLIFQVYDHQTNFPLGIVPLLLLD + MWEHAFYLQYKNVKVDFAKAFWNVVNWADVQSRYAAATSQTKGLTFG" + gene 4262223..4262756 + /locus_tag="BQ2027_MB3877" + CDS 4262223..4262756 + /locus_tag="BQ2027_MB3877" + /note="Mb3877, -, len: 177 aa. Equivalent to Rv3847, len: + 177 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 177 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDC7|ML0071 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (177 aa) + FASTA scores: opt: 1149, E(): 1.6e-64, (96.6% identity in + 177 aa overlap); and Q9F9R0 HYPOTHETICAL 18.5 KDA PROTEIN + from Mycobacterium paratuberculosis (177 aa), FASTA + scores: opt: 1139, E(): 6.8e-64, (96.6% identity in 177 aa + overlap). Mb3877 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02509.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5E9" + /translation="MGTGSGGPIGVSPFHSRGALKGFVISGRWPDSTKEWAQLLMVAV + RVASLPGLLSTTTVFGAREELPDEPEPGTVGLVLAEGTVFGESAIQPGYFADHQPPAL + LMLHPPSETTPSLPECTGAASGCVLLPGLPYLGLEHRAAWVEAEADGTITSMVSRVGV + DPISHPDTAILAMLLAA" + gene 4263011..4263919 + /locus_tag="BQ2027_MB3878" + CDS 4263011..4263919 + /locus_tag="BQ2027_MB3878" + /note="Mb3878, -, len: 302 aa. Equivalent to Rv3848, len: + 302 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 302 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, similar to hypothetical + (transmembrane) proteins e.g. Q9HVG2|PA4629 HYPOTHETICAL + PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (192 aa), FASTA + scores: opt: 304, E(): 5.3e-11, (35.05% identity in 174 aa + overlap); Q9A5S7|CC2370 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Caulobacter crescentus (207 aa), FASTA scores: opt: 285, + E(): 7.4e-10, (29.9% identity in 184 aa overlap); + Q9KY43|SCC8A.05c PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (193 aa), FASTA scores: opt: 245, + E(): 1.6e-07, (32.8% identity in 195 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3878 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3878 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02510.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5F1" + /db_xref="InterPro:IPR001727" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F1" + /translation="MLAATLLSLGAVFLAELGDRSQLITMTYTLRYRWWVVLTGVAIA + AFTVHGVAVAIGHFLGSTVPARPAACVSAIAFLIFAVWVWREDTASDSETSPTAAEPR + LALFTVVSSFALAELGDKTTLATVTLASDHHWAGVWIGTTLGMILADGLAIGAGLLLH + RRLPERLLQVLTGLLFLLFGLWLLFDDALGFRSIAIAVTAAVVLAAATTAVSVRVAQT + RRRRPTAAATPEDDSTRPERSSVAPGHPGSILLPLPEVSLRGRRPPSGSPDERCADPG + SKGGSRRISVGCWLPGVGRIRPTRSS" + gene 4264184..4264582 + /gene="espr" + /locus_tag="BQ2027_MB3879" + CDS 4264184..4264582 + /gene="espr" + /locus_tag="BQ2027_MB3879" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3879, -, len: 132 aa. Equivalent to Rv3849, len: + 132 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 132 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDC9|ML0069 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (132 aa) + FASTA scores: opt: 724, E(): 8.7e-41, (83.95% identity in + 131 aa overlap). Protein product from Mb3879 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3879 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 transcriptional regulatory protein espr" + /protein_id="SIU02511.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I6" + /translation="MSTTFAARLNRLFDTVYPPGRGPHTSAEVIAALKAEGITMSAPY + LSQLRSGNRTNPSGATMAALANFFRIKAAYFTDDEYYEKLDKELQWLCTMRDDGVRRI + AQRAHGLPSAAQQKVLDRIDELRRAEGIDA" + gene 4264700..4265356 + /locus_tag="BQ2027_MB3880" + CDS 4264700..4265356 + /locus_tag="BQ2027_MB3880" + /note="Mb3880, -, len: 218 aa. Equivalent to Rv3850, len: + 218 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 218 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDD0|ML0068 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (238 aa) + FASTA scores: opt: 1071, E(): 7.2e-55, (78.35% identity in + 217 aa overlap). Protein product from Mb3880 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3880 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="conserved protein" + /protein_id="SIU02512.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F3" + /translation="MGLFGKRKSRATRRAEARAIKARAKLEAKLSAKNEARRIKAAQR + AESKALKAQLKARRDSDRAALKVAEAELKVAREGKLLSPTRIRRLLTVSRLLAPILTP + VIYRAAMAARGLIDQRRADQLGVPLAQIGRFSGHGARLSARVGGAERSLRMVQEKKPK + DVETKQFVSAVTNRLTDLSAAVAAAEHMPAKRRRTAHSAISSQLDGIEADLMARLGLT + " + gene 4265368..4265652 + /locus_tag="BQ2027_MB3881" + CDS 4265368..4265652 + /locus_tag="BQ2027_MB3881" + /note="Mb3881, -, len: 94 aa. Equivalent to Rv3851, len: + 94 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 94 aa overlap). Possible membrane + protein. Mb3881 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02513.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5G2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G2" + /translation="MTAIGMSHPPRVHRRVGGQRTALTAGIGLLLAALVLTTIANPPA + AFAHTAQLSTATPAPAVAATDANDVPTWPFVVGTVAAVAVAALWAVRRGR" + gene 4265759..4266163 + /gene="hns" + /locus_tag="BQ2027_MB3882" + CDS 4265759..4266163 + /gene="hns" + /locus_tag="BQ2027_MB3882" + /note="Mb3882, hns, len: 134 aa. Equivalent to Rv3852, + len: 134 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 134 aa overlap). Possible hns, + histone-like protein, equivalent to Q9CDD1|HNS|ML0067 + HISTONE-LIKE PROTEIN from Mycobacterium leprae (121 aa), + FASTA scores: opt: 341, E(): 4.3e-09, (51.5% identity in + 134 aa overlap). Shows some similarity with other + histone-like proteins e.g. O65795|HIS1 HISTONE H1 from + Triticum aestivum (Wheat) (288 aa), FASTA scores: opt: + 183, E(): 0.091, (34.85% identity in 109 aa overlap); etc. + Protein product from Mb3882 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3882 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HISTONE-LIKE PROTEIN HNS" + /protein_id="SIU02514.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5G5" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G5" + /translation="MPDPQDRPDSEPSDASTPPAKKLPAKKAAKKAPARKTPAKKAPA + KKTPAKGAKSAPPKPAEAPVSLQQRIETNGQLAAAAKDAAAQAKSTVEGANDALARNA + SVPAPSHSPVPLIVAVTLSLLALLLIRQLRRR" + gene 4266180..4266653 + /gene="rraa" + /locus_tag="BQ2027_MB3883" + CDS 4266180..4266653 + /gene="rraa" + /locus_tag="BQ2027_MB3883" + /note="Mb3883, menG, len: 157 aa. Equivalent to Rv3853, + len: 157 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 157 aa overlap). Probable menG, + S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone + methyltransferase (EC 2.1.-.-), equivalent to + Q9CDD2|MENG|ML0066 PUTATIVE + S-ADENOSYLMETHIONINE:2-DEMETHYLMENAQUINONE + METHYLTRANSFERASE from Mycobacterium leprae (157 aa) FASTA + scores: opt: 896, E(): 1.3e-49, (87.1% identity in 155 aa + overlap). Also highly similar to others e.g. Q9S4U0|MENG + from Pseudomonas fluorescens (163 aa), FASTA scores: opt: + 481, E(): 1.7e-23, (47.0% identity in 149 aa overlap); + Q9RW10|DR0859 from Deinococcus radiodurans (160 aa) FASTA + scores: opt: 456, E(): 6.3e-22, (45.75% identity in 153 aa + overlap); P32165|MENG_ECOLI|B3929|Z5476|ECS4856 from + Escherichia coli strain K12 (161 aa), FASTA scores: opt: + 428, E(): 3.7e-20, (45.65% identity in 149 aa overlap); + etc. Protein product from Mb3883 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3883 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="regulator of rnase e activity a rraa" + /protein_id="SIU02515.1" + /db_xref="GOA:P0A667" + /db_xref="InterPro:IPR005493" + /db_xref="InterPro:IPR010203" + /db_xref="InterPro:IPR036704" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A667" + /translation="MAISFRPTADLVDDIGPDVRSCDLQFRQFGGRSQFAGPISTVRC + FQDNALLKSVLSQPSAGGVLVIDGAGSLHTALVGDVIAELARSTGWTGLIVHGAVRDA + AALRGIDIGIKALGTNPRKSTKTGAGERDVEITLGGVTFVPGDIAYSDDDGIIVV" + gene complement(4266689..4268158) + /gene="ethA" + /locus_tag="BQ2027_MB3884C" + CDS complement(4266689..4268158) + /gene="ethA" + /locus_tag="BQ2027_MB3884C" + /note="Mb3884c, ethA, len: 489 aa. Equivalent to Rv3854c, + len: 489 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 489 aa overlap). ethA (alternate gene + names: aka or etaA), monooxygenase required for activation + of the pro-drug ethionamide (EC 1.-.-.-) (see citations + below), highly similar to other monooxygenases e.g. + Q9A588|CC2569 MONOOXYGENASE (FLAVIN-BINDING FAMILY) from + Caulobacter crescentus (498 aa), FASTA scores: opt: 1959, + E(): 2.9e-114, (57.6% identity in 481 aa overlap); + Q9RZT0|DRB0033 ARYLESTERASE/MONOXYGENASE from Deinococcus + radiodurans (833 aa), FASTA scores: opt: 1771, E(): + 2.2e-102, (53.75% identity in 480 aa overlap); + Q9A8K5|CC1348 MONOOXYGENASE (FLAVIN-BINDING FAMILY) from + Caulobacter crescentus (499 aa), FASTA scores: opt: 1385, + E(): 1.4e-78, (43.2% identity in 486 aa overlap); etc. + Also highly similar to others from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53300|Rv3083|MTV013.04 MONOXYGENASE + (495 aa) FASTA scores: opt: 1692, E(): 1.1e-97, (49.7% + identity in 489 aa overlap); O53762|Rv0565c|MTV039.03c + PUTATIVE MONOXYGENASE (486 aa), FASTA scores: opt: 1571, + E(): 3.7e-90, (49.05% identity in 471 aa overlap); + O69708|Rv3741c|MTV025.089c POSSIBLE OXIDOREDUCTASE + (probably second part of a two component monooxygenase) + (224 aa), FASTA scores: opt: 542, E(): 1.7e-26, (50.0% + identity in 162 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3884c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3884c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="MONOOXYGENASE ETHA" + /protein_id="SIU02516.1" + /db_xref="GOA:Q7TVI2" + /db_xref="InterPro:IPR020946" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVI2" + /translation="MTEHLDVVIVGAGISGVSAAWHLQDRCPTKSYAILEKRESMGGT + WDLFRYPGIRSDSDMYTLGFRFRPWTGRQAIADGKPILEYVKSTAAMYGIDRHIRFHH + KVISADWSTAENRWTVHIQSHGTLSALTCEFLFLCSGYYNYDEGYSPRFAGSEDFVGP + IIHPQHWPEDLDYDAKNIVVIGSGATAVTLVPALADSGAKHVTMLQRSPTYIVSQPDR + DGIAEKLNRWLPETMAYTAVRWKNVLRQAAVYSACQKWPRRMRKMFLSLIQRQLPEGY + DVRKHFGPHYNPWDQRLCLVPNGDLFRAIRHGKVEVVTDTIERFTATGIRLNSGRELP + ADIIITATGLNLQLFGGATATIDGQQVDITTTMAYKGMMLSGIPNMAYTVGYTNASWT + LKADLVSEFVCRLLNYMDDNGFDTVVVERPGSDVEERPFMEFTPGYVLRSLDELPKQG + SRTPWRLNQNYLRDIRLIRRGKIDDEGLRFAKRPAPVGV" + gene 4268234..4268884 + /gene="ethR" + /locus_tag="BQ2027_MB3885" + CDS 4268234..4268884 + /gene="ethR" + /locus_tag="BQ2027_MB3885" + /note="Mb3885, ethR, len: 216 aa. Equivalent to Rv3855, + len: 216 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 216 aa overlap). ethR (alternate gene + names: aka or etaR), regulatory protein tetR family, + involved in ethionamide sensitivity/resistance, negatively + controls neighbouring ethA (Rv3854c, MTCY01A6.14; + alternate gene names: aka etaA) (see citations below). + Equivalent to Q9CDD3|ML0064 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Mycobacterium leprae (214 aa), FASTA + scores: opt: 1017, E(): 7e-62, (77.0% identity in 213 aa + overlap). Also similar to other transcriptional regulator + e.g. Q9S1R1|SCJ9A.09 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR from Streptomyces coelicolor (204 aa), FASTA + scores: opt: 305, E(): 1.2e-13, (34.5% identity in 200 aa + overlap); Q9KYT9|SCE22.24 PUTATIVE TETR-FAMILY + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (FRAGMENT) from Streptomyces + coelicolor (244 aa), FASTA scores: opt: 179, E(): 4.9e-05, + (35.5% identity in 93 aa overlap); Q9RUK2|DR1384 + TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (TETR FAMILY) from Deinococcus + radiodurans (196 aa), FASTA scores: opt: 167, E(): + 0.00026, (41.75% identity in 79 aa overlap); etc. Also + similar to P95100|Rv3058c|MTCY22D7.23 HYPOTHETICAL 23.8 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (216 aa) FASTA + scores: opt: 261, E(): 1.2e-10, (31.65% identity in 221 aa + overlap); and O08377|Rv1534|MTCY07A7A.03 HYPOTHETICAL 24.5 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (225 aa), + FASTA scores: opt: 164, E(): 0.00047, (25.5% identity in + 248 aa overlap). Contains helix-turn-helix motif at aa + 45-66, Score 1320 (+3.68 SD). BELONGS TO THE TETR/ACRR + FAMILY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORS. Protein product from + Mb3885 detected using SWATH mass spectrometry. Mb3885 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="TRANSCRIPTIONAL REGULATORY REPRESSOR PROTEIN + (TETR-FAMILY) ETHR" + /protein_id="SIU02517.1" + /db_xref="GOA:Q7TVI1" + /db_xref="InterPro:IPR001647" + /db_xref="InterPro:IPR009057" + /db_xref="InterPro:IPR036271" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q7TVI1" + /translation="MTTSAASQASLPRGRRTARPSGDDRELAILATAENLLEDRPLAD + ISVDDLAKGAGISRPTFYFYFPSKEAVLLTLLDRVVNQADMALQTLAENPADTDRENM + WRTGINVFFETFGSHKAVTRAGQAARATSVEVAELWSTFMQKWIAYTAAVIDAERDRG + AAPRTLPAHELATALNLMNERTLFASFAGEQPSVPEARVLDTLVHIWVTSIYGENR" + gene complement(4269086..4270093) + /locus_tag="BQ2027_MB3886C" + CDS complement(4269086..4270093) + /locus_tag="BQ2027_MB3886C" + /note="Mb3886c, -, len: 335 aa. Equivalent to Rv3856c, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 335 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to various proteins + from diverse organisms e.g. Q9EWR3|3SCF60.21 CONSERVED + HYPOTHETICAL PROTEIN from Streptomyces coelicolor (372 aa) + FASTA scores: opt: 1286, E(): 2.4e-73, (64.0% identity in + 336 aa overlap); P72464|ORF1 from Streptomyces lividans + (343 aa), FASTA scores: opt: 1275, E(): 1.1e-72, (60.1% + identity in 336 aa overlap); Q9K899|BH3107 DNA-DEPENDENT + DNA POLYMERASE BETA CHAIN from Bacillus halodurans (571 + aa), FASTA scores: opt: 592, E(): 1.2e-29, (39.15% + identity in 240 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3886c detected using SWATH mass spectrometry. Mb3886c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="DNA-dependent DNA polymerase beta chain" + /protein_id="SIU02518.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5G8" + /db_xref="InterPro:IPR003141" + /db_xref="InterPro:IPR004013" + /db_xref="InterPro:IPR010996" + /db_xref="InterPro:IPR016195" + /db_xref="InterPro:IPR017078" + /db_xref="InterPro:IPR027421" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G8" + /translation="MDPVTALRQIAYYKDRNRHDPRRVMAYRNAADIIEGLDDAARQR + HGQANSWQSLAGIGPKTAKVIAQAWSGREPDLLAELRADAEDLGGGAIRAALRGDLHL + HSNWSDGSAPIEEMMATAAALGHQYCALTDHSPRLTIANGLSPDRLRKQLDVIDELRE + KFAPLRILTGIEVDILEDGSLDQEPEMLDRLDIVVASVHSKLSMDSAAMTRRMVRAVA + NGHTDVLGHCTGRLIAGNRGIRPESKFDAEAVFTACREHGTAVEINSRPERRDPPTRL + LHLARDIGCVFSIDTDAHAPGQLDFLGYGAQRALDAEVPADRIVNTWPADTLLAWTGS + H" + gene complement(4270102..4270299) + /locus_tag="BQ2027_MB3887C" + CDS complement(4270102..4270299) + /locus_tag="BQ2027_MB3887C" + /note="Mb3887c, -, len: 65 aa. Equivalent to Rv3857c, len: + 65 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 65 aa overlap). Possible membrane + protein. Mb3887c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02519.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5F2" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5F2" + /translation="MNCALGFDTKPILLASYVTHGARRATANQFERPAKGAGVLMALL + ILGEMAGFAVVVTGVVFGQLV" + gene complement(4270724..4272190) + /gene="gltD" + /locus_tag="BQ2027_MB3888C" + CDS complement(4270724..4272190) + /gene="gltD" + /locus_tag="BQ2027_MB3888C" + /note="Mb3888c, gltD, len: 488 aa. Equivalent to Rv3858c, + len: 488 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 488 aa overlap). Probable gltD, small + subunit of NADH-dependent glutamate synthase (EC + 1.4.1.13), equivalent to Q9CDD4|GLTD|ML0062 NADH-DEPENDENT + GLUTAMATE SYNTHASE SMALL SUBUNIT from Mycobacterium leprae + (488 aa), FASTA scores: opt: 2997, E(): 1e-166, (87.7% + identity in 488 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9S2Z0|SC3A3.03s from Streptomyces coelicolor (487 + aa), FASTA scores: opt: 2152, E(): 1.2e-117, (63.85% + identity in 487 aa overlap); Q9KPJ3|VC2374 from Vibrio + cholerae (489 aa), FASTA scores: opt: 1699, E(): 2.5e-91, + (51.75% identity in 487 aa overlap); Q03460|GLSN_MEDSA + from Medicago sativa (Alfalfa) (2194 aa), FASTA scores: + opt: 1322, E(): 6.2e-69, (54.45% identity in 485 aa + overlap); P09832|GLTD_ECOLI from strain (471 aa) FASTA + scores: opt: 889, E() : 0, (37.4% identity in 473 aa + overlap); etc. SIMILAR TO OTHER GLUTAMATE SYNTHASES. + COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). Protein product from + Mb3888c detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3888c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable nadh-dependent glutamate synthase + (small subunit) gltd (l-glutamate synthase) (l-glutamate + synthetase) (nadh-glutamate synthase) (glutamate synthase + (nadh)) (glts beta chain) (nadph-gogat)" + /protein_id="SIU02520.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5G4" + /db_xref="InterPro:IPR006005" + /db_xref="InterPro:IPR009051" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR028261" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G4" + /translation="MADPGGFLKYTHRKLPKRRPVPLRLRDWREVYEEFDNESLRQQA + TRCMDCGIPFCHNGCPLGNLIPEWNDLVRRGRWRDAIERLHATNNFPDFTGRLCPAPC + EPACVLGINQDPVTIKQIELEIIDKAFDEGWVQPRPPRKLTGQTVAVVGSGPAGLAAA + QQLTRAGHTVTVFEREDRIGGLLRYGIPEFKMEKRHLDRRLDQMRSEGTEFRPGVNVG + VDISAEKLRADFDAVVLAGGATAWRELPIPGRELEGVHQAMEFLPWANRVQEGDDVLD + EDGQPPITAKGKKVVIIGGGDTGADCLGTVHRQGAIAVHQFEIMPRPPDARAESTPWP + TYPLMYRVSAAHEEGGERVFSVNTEAFVGTDGRVSALRAHEVTMLDGKFVKVEGSDFE + LEADLVLLAMGFVGPERAGLLTDLGVKFTEHGNVARGDDFDTSVPGVFVAGDMGRGQS + LIVWAIAEGRAAAAAVDRYLMGSSALPAPVKPTAAPLQ" + gene complement(4272183..4276766) + /gene="gltB" + /locus_tag="BQ2027_MB3889C" + CDS complement(4272183..4276766) + /gene="gltB" + /locus_tag="BQ2027_MB3889C" + /note="Mb3889c, gltB, len: 1527 aa. Equivalent to Rv3859c, + len: 1527 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv, (99.9% identity in 1527 aa overlap). Probable gltB, + ferredoxin-dependent glutamate synthase large subunit (EC + 1.4.1.13), equivalent to Q9CDD5|GLTB|ML0061 PUTATIVE + FERREDOXIN-DEPENDENT GLUTAMATE SYNTHASE from Mycobacterium + leprae (1527 aa), FASTA scores: opt: 9277, E(): 0, (90.25% + identity in 1527 aa overlap). Also highly similar to many + e.g. Q9S2Y9|SC3A3.04c from Streptomyces coelicolor (1514 + aa), FASTA scores: opt: 5939, E(): 0, (64.3% identity in + 1544 aa overlap); Q9Z465|GLTB from Corynebacterium + glutamicum (Brevibacterium flavum) (1510 aa), FASTA + scores: opt: 5790, E(): 0, (63.25% identity in 1534 aa + overlap); P39812|GLTB_BACSU|GLTA from Bacillus subtilis + (1520 aa), FASTA scores: opt: 3445, E(): 2.8e-196, (52.25% + identity in 1531 aa overlap); etc. SIMILAR TO OTHER + GLUTAMATE SYNTHASES. Protein product from Mb3889c detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3889c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable ferredoxin-dependent glutamate synthase + [nadph] (large subunit) gltb (l-glutamate synthase) + (l-glutamate synthetase) (nadh-glutamate synthase) + (glutamate synthase (nadh))(nadph-gogat)" + /protein_id="SIU02521.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J1" + /db_xref="InterPro:IPR002489" + /db_xref="InterPro:IPR002932" + /db_xref="InterPro:IPR006982" + /db_xref="InterPro:IPR013785" + /db_xref="InterPro:IPR017932" + /db_xref="InterPro:IPR029055" + /db_xref="InterPro:IPR036485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J1" + /translation="MTPKRVGLYNPAFEHDSCGVAMVVDMHGRRSRDIVDKAITALLN + LEHRGAQGAEPRSGDGAGILIQVPDEFLREAVDFELPAPGSYATGIAFLPQSSKDAAA + ACAAVQKIAEAEGLQVLGWRSVPTDDSSLGALSRDAMPTFRQVFLAGASGMALERRCY + VVRKRAEHELGTKGPGQDGPGRETVYFPSLSGQTLVYKGMLTTPQLKAFYLDLQDERL + TSALGIVHSRFSTNTFPSWPLAHPFRRIAHNGEINTVTGNENWMRAREALIKTDIFGS + AADVEKLFPICTPGASDTARFDEVLELLHLGGRSLAHAVLMMIPEAWERHESMDPARR + AFYQYHASLMEPWDGPASMTFTDGTVVGAVLDRNGLRPSRIWVTDDGLVVMASEAGVL + DLHPSTVVRRMRLQPGRMFLVDTAQGRIVSDEEIKADLAAEHPYQEWLDNGLVPLDEL + PEGKDVRMPHHRIVMRQLAFGYTYEELNLLVAPMARLGAEPIGSMGTDTPVAVLSQRP + RMLYDYFHQLFAQVTNPPLDAIREEVVTSLQGTTGGERDLLNPDENSCHQIVLPQPIL + RNHELAKLVSLDPNDKVNGRPHGLRSKVIRCLYRVSEGGAGLAAALEEVRGAAAAAIA + DGARIIILSDRESDEEMAPIPSLLAVAGVHHHLVRERTRTQVGLVVESGDAREVHHMA + ALVGFGAAAINPYLVFESIEDMLDRGVIEGIDRTAALNNYIKAAGKGVLKVMSKMGIS + TLASYTGAQLFQAVGISEQVLDEYFTGLTCPTGGITLDDIAADVAARHRLAYLDRPDE + RAHRELEVGGEYQWRREGEYHLFNPETVFKLQHSTRTGQYKIFKEYTRLVDDQSERMA + SLRGLLKFRTGVRPPVPLDEVEPASEIVKRFSTGAMSYGSISAEAHETLAIAMNRLGA + RSNCGEGGEDVKRFDRDPNGDWRRSAIKQVASARFGVTSHYLTNCTDLQIKMAQGAKP + GEGGQLPGHKVYPWVAEVRHSTPGVGLISPPPHHDIYSIEDLAQLIHDLKNANPSARV + HVKLVSENGVGTVAAGVSKAHADVVLISGHDGGTGATPLTSMKHAGAPWELGLAETQQ + TLLLNGLRDRIVVQVDGQLKTGRDVMIATLLGAEEFGFATAPLVVAGCIMMRVCHLDT + CPVGVATQNPLLRERFTGKPEFVENFFMFIAEEVREYLAQLGFRTVNEAVGQAGALDT + TLARAHWKAHKLDLAPVLHEPESAFMNQDLYCSSRQDHGLDKALDQQLIVMSREALDS + GKPVRFSTTIGNVNRTVGTMLGHELTKAYGGQGLPDGTIDITFDGSAGNSFGAFVPKG + ITLRVYGDANDYVGKGLSGGRIVVRPSDDAPQDYVAEDNIIGGNVILFGATSGEVYLR + GVVGERFAVRNSGAHAVVEGVGDHGCEYMTGGRVVILGRTGRNFAAGMSGGVAYVYDP + DGELPANLNSEMVELETLDEDDADWLHGTIQVHVDATDSAVGQRILSDWSGQQRHFVK + VMPRDYKRVLQAIALAERDGVDVDKAIMAAAHG" + gene 4277462..4278634 + /locus_tag="BQ2027_MB3890" + CDS 4277462..4278634 + /locus_tag="BQ2027_MB3890" + /note="Mb3890, -, len: 390 aa. Equivalent to Rv3860, len: + 390 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 390 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, showing similarity with hypothetical proteins + from Mycobacterium leprae e.g. Q9CDD8|ML0048 (586 aa), + FASTA scores: opt: 484, E(): 5.5e-14, (29.95% identity in + 407 aa overlap); O33082|MLCB628.11c (478 aa) FASTA scores: + opt: 484, E(): 4.8e-14, (29.95% identity in 407 aa + overlap); etc. Also some similarity with O86637|SC3C3.03c + HYPOTHETICAL 112.1 KDA PROTEIN from Streptomyces + coelicolor(1083 aa), FASTA scores: opt: 483, E(): 9.6e-14, + (30.45% identity in 404 aa overlap). And some similarity + with other proteins from Mycobacterium tuberculosis + (strains H37Rv and CDC1551) e.g. + O05456|Rv3888c|MTCY15F10.24 HYPOTHETICAL 37.7 KDA PROTEIN + (341 aa), FASTA scores: opt: 603, E(): 2.8e-19, (35.2% + identity in 284 aa overlap); O06396|Rv0530|MTCY25D10.09 + HYPOTHETICAL 43.0 KDA PROTEIN (405 aa), FASTA scores: opt: + 538, E(): 2e-16, (31.0% identity in 371 aa overlap); + O69740|Rv3876|MTV027.11 (666 aa), FASTA scores: opt: 475, + E(): 1.5e-13, (30.2% identity in 391 aa overlap); etc. + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb3890 detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3890 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Antiactivator of flagellar biosynthesis FleN, an + ATPase" + /protein_id="SIU02522.1" + /db_xref="InterPro:IPR002586" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G0" + /translation="MYERDEFLRDRIRPHQPGTPRGYSPRPPSGDRCPAPPPGRHAAA + ATPPGPPRLPSAPLRPLPDPAWPRQPEAPPPSTWADPALAPIRSRTRPGERGWRRMVR + LVTFGLVGLGRSGMQRQEAQFEATIRTVLHGNHKVAVLGKGGVGKTSVAACVGSILAE + LRQQDRIVGIDADTAFGRLSSRIDPRAAGSFWELTTDTNLRSFTDITARLGRNSAGLY + VLAGQPASGPRRALDPAIYREAALRLDHHFAISVIDCGSSMEAAVTQEVLRDVDALIV + VSSPWADGASAAANTIEWLSDYGLTGLLRRSIVVLNDSDGHADKRTKSLLAQEFIDHG + QPVVEVPFDPHLRPGGVIDMSHEMAPTTRLKILQVAATVTAYFASRPADAHGSPPR" + gene 4278631..4278957 + /locus_tag="BQ2027_MB3891" + CDS 4278631..4278957 + /locus_tag="BQ2027_MB3891" + /note="Mb3891, -, len: 108 aa. Equivalent to Rv3861, len: + 108 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 108 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Mb3891 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02523.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H2" + /translation="MTWLADPVGNSRIARAQACKTSISAPIVESWRAQRGAQCGQREK + SCRCSRAVHIQGISPPLFRRPLEPAVQAAVASCRLGRHPVVAHRVTVALGQGSQLAQR + ECPRPA" + gene complement(4278856..4279206) + /gene="whiB6" + /locus_tag="BQ2027_MB3892C" + CDS complement(4278856..4279206) + /gene="whiB6" + /locus_tag="BQ2027_MB3892C" + /note="Mb3892c, whiB6, len: 116 aa. Equivalent to Rv3862c, + len: 116 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 116 aa overlap). Possible whiB6, + WhiB-like regulatory protein (see citation below), similar + to WhiB paralogue of Streptomyces coelicolor, wblE gene + product (85 aa). Shows similarity with + Q49765|WHIB7|ML0639|B1937_F2_68 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL + REGULATOR WHIB7 from Mycobacterium leprae (89 aa) FASTA + scores: opt: 112, E(): 0.49, (41.2% identity in 51 aa + overlap). Some similarity to Q9AD55|SCP1.95 PUTATIVE + REGULATORY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (102 aa) + FASTA scores: opt: 129, E(): 0.038, (32.95% identity in 85 + aa overlap); AAK47632|MT3290.1 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (96 + aa), FASTA scores: opt: 126, E(): 0.058, (33.35% identity + in 84 aa overlap); Q9FC80|SC4B10.07 CONSERVED HYPOTHETICAL + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (88 aa), FASTA + scores: opt: 119, E(): 0.16, (44.65% identity in 70 aa + overlap); Q9K4K8|SC5F8.16c REGULATORY PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (83 aa), FASTA scores: opt: 114, + E(): 0.34, (37.05% identity in 54 aa overlap); etc. + Mb3892c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible transcriptional regulatory protein + whib-like whib6" + /protein_id="SIU02524.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5I2" + /db_xref="InterPro:IPR003482" + /db_xref="InterPro:IPR034768" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I2" + /translation="MRYAFAAEATTCNAFWRNVDMTVTALYEVPLGVCTQDPDRWTTT + PDDEAKTLCRACPRRWLCARDAVESAGAEGLWAGVVIPESGRARAFALGQLRSLAERN + GYPVRDHRVSAQSA" + gene 4279533..4280711 + /locus_tag="BQ2027_MB3893" + CDS 4279533..4280711 + /locus_tag="BQ2027_MB3893" + /note="Mb3893, -, len: 392 aa. Equivalent to Rv3863, len: + 392 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 392 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein. Protein product from Mb3893 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3893 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="unknown alanine rich protein" + /protein_id="SIU02525.1" + /db_xref="InterPro:IPR008984" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6X7" + /translation="MAGERKVCPPSRLVPANKGSTQMSKAGSTVGPAPLVACSGGTSD + VIEPRRGVAIIGHSCRVGTQIDDSRISQTHLRAVSDDGRWRIVGNIPRGMFVGGRRGS + SVTVSDKTLIRFGDPPGGKALTFEVVRPSDSAAQHGRVQPSADLSDDPAHNAAPVAPD + PGVVRAGAAAAARRRELDISQRSLAADGIINAGALIAFEKGRSWPRERTRAKLEEVLQ + WPAGTIARIRRGEPTEPATNPDASPGLRPADGPASLIAQAVTAAVDGCSLAIAALPAT + EDPEFTERAAPILADLRQLEAIAVQATRISRITPELIKALGAVRRHHDELMRLGATAP + GATLAQRLYAARRRANLSTLETAQAAGVAEEMIVGAEAEEELPAEATEAIEALIRQIN + " + gene 4280954..4282210 + /gene="espe" + /locus_tag="BQ2027_MB3894" + CDS 4280954..4282210 + /gene="espe" + /locus_tag="BQ2027_MB3894" + /note="Mb3894, -, len: 418 aa. Equivalent to Rv3864, len: + 402 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (96.2% identity in 418 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, similar to Q49722|ML0405|B1620_C2_213|MLCL383.01 + HYPOTHETICAL 40.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (394 aa) FASTA scores: opt: 397, E(): 1.2e-12, (31.0% + identity in 410 aa overlap). Also similar to various + proteins from several organisms e.g. Q9VYF9|CG12723 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Drosophila melanogaster (Fruit + fly) (450 aa), FASTA scores: opt: 291, E(): 2.3e-07, + (34.6% identity in 130 aa overlap); Q98UE3 PROCOLLAGEN + ALPHA1(III) (FRAGMENT) from Xenopus laevis (African clawed + frog) (117 aa) FASTA scores: opt: 257, E(): 3.6e-06, + (41.75% identity in 103 aa overlap); P27393|CA24_ASCSU + COLLAGEN ALPHA 2(IV) CHAIN PRECURSOR from Ascaris suum + (Pig roundworm) (Ascaris lumbricoides) (1763 aa), FASTA + scores: opt: 273, E(): 5.7e-06, (32.1% identity in 240 aa + overlap); etc. Also similar to O06267|Rv3616c|MTCY07H7B.06 + (392 aa) FASTA scores: opt: 389, E(): 3e-12, (31.6% + identity in 399 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + 36 bp insertion leads to a longer product compared to its + homolog in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (418 aa + versus 402 aa). Protein product from Mb3894 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3894 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espe" + /protein_id="SIU02526.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5Q3" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5Q3" + /translation="MASGSGLCKTTSNFIWGQLLLLGEGIPDPGDIFNTGSSLFKQIS + DKMGLAIPGTNWIGQAAEAYLNQNIAQQLRAQVMGDLDKLTGNMISNQAKYVSDTRDV + LRAMKKMIDGVYKVCKGLEKIPLLGHLWSWELAIPMSGIAMAVVGGALLYLTIMTLMN + ATNLRGILGRLIEMLTTLPKFPGLPGLPSLPDIIDGLWPPKLPDIPIPGLPDIPGLPD + FKWPPTPGSPLFPDLPSFPGFPGFPSLPGFPGLPGFPEFPAIPGFPALPGLPSIPNLF + PGLPGLGDLLPGVGDLGKLPTWTELAALPDFLGGFAGLPSLGFGNLLSFASLPTVGQV + TATMGQLQQLVAAGGGPSQLASMGSQQAQLISSQAQQGGQQHATLVSDKKEDEEGAAA + GVAEAERAPIDAGTAASQRGQEGTVL" + gene 4282298..4282609 + /gene="espf" + /locus_tag="BQ2027_MB3895" + CDS 4282298..4282609 + /gene="espf" + /locus_tag="BQ2027_MB3895" + /note="Mb3895, -, len: 103 aa. Equivalent to Rv3865, len: + 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 103 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, showing some similarity to + O06268|Rv3615c|MTCY07H7B.07 HYPOTHETICAL 10.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (103 aa), FASTA scores: + opt: 198, E(): 7.5e-07, (36.25% identity in 102 aa + overlap); Q49723|ML0406|B1620_C2_214|MLCL383.02 + HYPOTHETICAL 11.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (106 aa), FASTA scores: opt: 154, E(): 0.00071, (31.05% + identity in 103 aa overlap). Protein product from Mb3895 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3895 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espf" + /protein_id="SIU02527.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H6" + /db_xref="InterPro:IPR022536" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H6" + /translation="MTGFLGVVPSFLKVLAGMHNEIVGDIKRATDTVAGISGRVQLTH + GSFTSKFNDTLQEFETTRSSTGTGLQGVTSGLANNLLAAAGAYLKADDGLAGVIDKIF + G" + gene 4282612..4283463 + /gene="espg1" + /locus_tag="BQ2027_MB3896" + CDS 4282612..4283463 + /gene="espg1" + /locus_tag="BQ2027_MB3896" + /note="Mb3896, -, len: 283 aa. Equivalent to Rv3866, len: + 283 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 283 aa overlap). Conserved + hypothetical protein. N-terminal end highly similar to + O33091|MLCB628.20c HYPOTHETICAL 13.1 KDA PROTEIN from + Mycobacterium leprae (122 aa), FASTA scores: opt: 260, + E(): 2.1e-09, (43.6% identity in 117 aa overlap); and + C-terminal end highly similar to O33090|MLCB628.19c + HYPOTHETICAL 36.7 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (338 aa), FASTA scores: opt: 540, E(): 1.4e-26, (54.5% + identity in 156 aa overlap). Also similar to Q9CD34|ML2530 + POSSIBLE DNA-BINDING PROTEIN from Mycobacterium leprae + (289 aa), FASTA scores: opt: 146, E(): 0.058, (28.25% + identity in 269 aa overlap) and O53694|Rv0289|MTV035.17 + HYPOTHETICAL 31.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (295 aa), FASTA scores: opt: 133, E(): 0.39, + (28.15% identity in 277 aa overlap). Protein product from + Mb3896 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3896 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espg1" + /protein_id="SIU02528.1" + /db_xref="InterPro:IPR025734" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H0" + /translation="MTGPSAAGRAGTADNVVGVEVTIDGMLVIADRLHLVDFPVTLGI + RPNIPQEDLRDIVWEQVQRDLTAQGVLDLHGEPQPTVAEMVETLGRPDRTLEGRWWRR + DIGGVMVRFVVCRRGDRHVIAARDGDMLVLQLVAPQVGLAGMVTAVLGPAEPANVEPL + TGVATELAECTTASQLTQYGIAPASARVYAEIVGNPTGWVEIVASQRHPGGTTTQTDA + AAGVLDSKLGRLVSLPRRVGGDLYGSFLPGTQQNLERALDGLLELLPAGAWLDHTSDH + AQASSRG" + gene 4283502..4284053 + /gene="esph" + /locus_tag="BQ2027_MB3897" + CDS 4283502..4284053 + /gene="esph" + /locus_tag="BQ2027_MB3897" + /note="Mb3897, -, len: 183 aa. Equivalent to Rv3867, len: + 183 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 183 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, highly similar to the hypothetical + proteins from Mycobacterium leprae Q9CDD6|ML0056 (169 aa) + FASTA scores: opt: 403, E(): 1.8e-18, (48.2% identity in + 166 aa overlap); Q49730|ML0407|B1620_C3_264|MLCL383.03 + (216 aa), FASTA scores: opt: 517, E(): 1.7e-25, (51.45% + identity in 175 aa overlap); and O33090|MLCB628.19c (338 + aa), FASTA scores: opt: 403, E(): 3.4e-18, (48.2% identity + in 166 aa overlap). Also highly similar to + O06269|Rv3614c|MTCY07H7B.08 HYPOTHETICAL 19.8 KDA PROTEIN + from Mycobacterium tuberculosis (184 aa), FASTA scores: + opt: 559, E(): 3.4e-28, (54.35% identity in 173 aa + overlap). Protein product from Mb3897 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3897 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein esph" + /protein_id="SIU02529.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5G7" + /translation="MVDPPGNDDDHGDLDALDFSAAHTNEASPLDALDDYAPVQTDDA + EGDLDALHALTERDEEPELELFTVTNPQGSVSVSTLMDGRIQHVELTDKATSMSEAQL + ADEIFVIADLARQKARASQYTFMVENIGELTDEDAEGSALLREFVGMTLNLPTPEEAA + AAEAEVFATRYDVDYTSRYKADD" + gene 4284046..4285767 + /gene="ecca1" + /locus_tag="BQ2027_MB3898" + CDS 4284046..4285767 + /gene="ecca1" + /locus_tag="BQ2027_MB3898" + /note="Mb3898, -, len: 573 aa. Equivalent to Rv3868, len: + 573 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 573 aa overlap). Member of the + CBXX/CFQX family of hypothetical proteins; C-terminal end + is highly similar to many e.g. + P40118|CBXC_ALCEU|CBXXC|CFXXC CBXX PROTEIN (317 aa) FASTA + scores: opt: 572, E(): 3e-24, (42.7% identity in 294 aa + overlap); CAC48589 PROBABLE CBBX PROTEIN from Rhizobium + meliloti (Sinorhizobium meliloti) plasmid pSymB (311 aa) + FASTA scores: opt: 569, E(): 4.3e-24, (40.05% identity in + 292 aa overlap); P95648|CBBX_RHOSH CBBX PROTEIN from + Rhodobacter sphaeroides (Rhodopseudomonas sphaeroides) + (309 aa), FASTA scores: opt: 559, E(): 1.5e-23, (41.4% + identity in 290 aa overlap); etc. Equivalent to + O33089|Y2G8_MYCLE|ML0055|MLCB628.18c HYPOTHETICAL 62.3 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (573 aa), FASTA scores: + opt: 3330, E(): 3.9e-175, (89.2% identity in 573 aa + overlap); and similar to Q9CD28|Y282_MYCLE|ML2537 + HYPOTHETICAL 69.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (640 aa), FASTA scores: opt: 943, E(): 2.4e-44, (37.5% + identity in 571 aa overlap). Also similar to many proteins + from Mycobacterium tuberculosis (strains H37Rv and + CDC1551) e.g. O53687|Y282_MYCTU|Rv0282|MT0295|MTV035.10 + HYPOTHETICAL 68.1 KDA PROTEIN (631 aa), FASTA scores: opt: + 936, E(): 5.8e-44, (39.05% identity in 568 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Protein product from Mb3898 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3898 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecca1. esx-1 type vii + secretion system protein." + /protein_id="SIU02530.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H4" + /db_xref="InterPro:IPR000641" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR023835" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041627" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H4" + /translation="MTDRLASLFESAVSMLPMSEARSLDLFTEITNYDESACDAWIGR + IRCGDTDRVTLFRAWYSRRNFGQLSGSVQISMSTLNARIAIGGLYGDITYPVTSPLAI + TMGFAACEAAQGNYADAMEALEAAPVAGSEHLVAWMKAVVYGAAERWTDVIDQVKSAG + KWPDKFLAGAAGVAHGVAAANLALFTEAERRLTEANDSPAGEACARAIAWYLAMARRS + QGNESAAVALLEWLQTTHPEPKVAVALKDPSYRLKTTTAEQIASRADPWDPGSVVTDN + SGRERLLAEAQAELDRQIGLTRVKNQIERYRAATLMARVRAAKGMKVAQPSKHMIFTG + PPGTGKTTIARVVANILAGLGVIAEPKLVETSRKDFVAEYEGQSAVKTAKTIDQALGG + VLFIDEAYALVQERDGRTDPFGQEALDTLLARMENDRDRLVVIIAGYSSDIDRLLETN + EGLRSRFATRIEFDTYSPEELLEIANVIAAADDSALTAEAAENFLQAAKQLEQRMLRG + RRALDVAGNGRYARQLVEASEQCRDMRLAQVLDIDTLDEDRLREINGSDMAEAIAAVH + AHLNMRE" + gene 4285771..4287213 + /gene="eccb1" + /locus_tag="BQ2027_MB3899" + CDS 4285771..4287213 + /gene="eccb1" + /locus_tag="BQ2027_MB3899" + /note="Mb3899, -, len: 480 aa. Equivalent to Rv3869, len: + 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 480 aa overlap). Possible conserved + membrane protein (has hydrophobic stretch near + N-terminus), equivalent to O33088|ML0054|MLCB628.17c + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (481 + aa), FASTA scores: opt: 2489, E(): 8.3e-136, (75.75% + identity in 478 aa overlap); and similar to others e.g. + Q9Z5I3|ML1544|MLCB596.27 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (506 aa), FASTA scores: opt: 739, + E(): 3.9e-35, (33.65% identity in 490 aa overlap). Also + similar to hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O05449|Rv3895c|MTCY15F10.17 (495 aa), + FASTA scores: opt: 795, E(): 2.3e-38, (35.8% identity in + 486 aa overlap); O53933|Rv1782|MTV049.04 (506 aa), FASTA + scores: opt: 763, E(): 1.6e-36, (34.7% identity in 490 aa + overlap); O06317|Rv3450c|MTCY13E12.03c (470 aa) FASTA + scores: opt: 717, E(): 6.7e-34, (32.55% identity in 479 aa + overlap); etc. Protein product from Mb3899 detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3899 found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccb1. esx-1 type vii + secretion system protein. possible membrane protein." + /protein_id="SIU02531.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5K0" + /db_xref="InterPro:IPR007795" + /db_xref="InterPro:IPR042485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K0" + /translation="MGLRLTTKVQVSGWRFLLRRLEHAIVRRDTRMFDDPLQFYSRSI + ALGIVVAVLILAGAALLAYFKPQGKLGGTSLFTDRATNQLYVLLSGQLHPVYNLTSAR + LVLGNPANPATVKSSELSKLPMGQTVGIPGAPYATPVSAGSTSIWTLCDTVARADSTS + PVVQTAVIAMPLEIDASIDPLQSHEAVLVSYQGETWIVTTKGRHAIDLTDRALTSSMG + IPVTARPTPISEGMFNALPDMGPWQLPPIPAAGAPNSLGLPDDLVIGSVFQIHTDKGP + QYYVVLPDGIAQVNATTAAALRATQAHGLVAPPAMVPSLVVRIAERVYPSPLPDEPLK + IVSRPQDPALCWSWQRSAGDQSPQSTVLSGRHLPISPSAMNMGIKQIHGTATVYLDGG + KFVALQSPDPRYTESMYYIDPQGVRYGVPNAETAKSLGLSSPQNAPWEIVRLLVDGPV + LSKDAALLEHDTLPADPSPRKVPAGASGAP" + gene 4287213..4289456 + /gene="eccca1" + /locus_tag="BQ2027_MB3900" + CDS 4287213..4289456 + /gene="eccca1" + /locus_tag="BQ2027_MB3900" + /note="Mb3900, -, len: 747 aa. Equivalent to Rv3870, len: + 747 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 747 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to O33087|ML0053|MLCB628.16c + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (744 + aa), FASTA scores: opt: 4333, E(): 0, (85.4% identity in + 746 aa overlap); and similar to N-terminal end of others + e.g. Q9CD30|ML2535 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (1329 aa), FASTA scores: opt: 1003, E(): 1e-52, + (33.65% identity in 725 aa overlap); O86653|SC3C3.20c + ATP/GTP BINDING PROTEIN from Streptomyces coelicolor (1321 + aa), FASTA scores: opt: 1078, E(): 3e-57, (35.4% identity + in 774 aa overlap); P71068|YUKA YUKA PROTEIN from Bacillus + subtilis (1207 aa) FASTA scores: opt: 529, E(): 4.3e-24, + (26.1% identity in 636 aa overlap); Q9KE81|BH0975 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (1489 aa), + FASTA scores: opt: 455, E(): 1.5e-19, (27.1% identity in + 734 aa overlap); etc. Also similar to N-terminal end of + hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53689|Rv0284|MTV035.12 (1330 aa), FASTA scores: opt: 982, + E(): 1.9e-51, (33.8% identity in 719 aa overlap); + O06264|Rv3447c|MTCY77.19c (1236 aa), FASTA scores: opt: + 761, E(): 4.1e-38, (38.2% identity in 746 aa overlap); + O53935|Rv1784|MTV049.06 (932 aa), FASTA scores: opt: 547, + E(): 2.8e-25, (36.25% identity in 276 aa overlap). + Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop). + Note some similarity (with hypothetical proteins from + Mycobacterium tuberculosis and P71068|YUKA) continues in + downstream ORF MTV027.06. Protein product from Mb3900 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3900 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccca1. esx-1 type vii + secretion system protein. possible transmembrane protein." + /protein_id="SIU02532.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H3" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR023836" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H3" + /translation="MTTKKFTPTITRGPRLTPGEISLTPPDDLGIDIPPSGVQKILPY + VMGGAMLGMIAIMVAGGTRQLSPYMLMMPLMMIVMMVGGLAGSTGGGGKKVPEINADR + KEYLRYLAGLRTRVTSSATSQVAFFSYHAPHPEDLLSIVGTQRQWSRPANADFYAATR + IGIGDQPAVDRLLKPAVGGELAAASAAPQPFLEPVSHMWVVKFLRTHGLIHDCPKLLQ + LRTFPTIAIGGDLAGAAGLMTAMICHLAVFHPPDLLQIRVLTEEPDDPDWSWLKWLPH + VQHQTETDAAGSTRLIFTRQEGLSDLAARGPHAPDSLPGGPYVVVVDLTGGKAGFPPD + GRAGVTVITLGNHRGSAYRIRVHEDGTADDRLPNQSFRQVTSVTDRMSPQQASRIARK + LAGWSITGTILDKTSRVQKKVATDWHQLVGAQSVEEITPSRWRMYTDTDRDRLKIPFG + HELKTGNVMYLDIKEGAEFGAGPHGMLIGTTGSGKSEFLRTLILSLVAMTHPDQVNLL + LTDFKGGSTFLGMEKLPHTAAVVTNMAEEAELVSRMGEVLTGELDRRQSILRQAGMKV + GAAGALSGVAEYEKYRERGADLPPLPTLFVVVDEFAELLQSHPDFIGLFDRICRVGRS + LRVHLLLATQSLQTGGVRIDKLEPNLTYRIALRTTSSHESKAVIGTPEAQYITNKESG + VGFLRVGMEDPVKFSTFYISGPYMPPAAGVETNGEAGGPGQQTTRQAARIHRFTAAPV + LEEAPTP" + gene 4289559..4291334 + /gene="ecccb1" + /locus_tag="BQ2027_MB3901" + CDS 4289559..4291334 + /gene="ecccb1" + /locus_tag="BQ2027_MB3901" + /note="Mb3901, -, len: 591 aa. Equivalent to Rv3871, len: + 591 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 591 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9CDD7|ML0052 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (597 aa) + FASTA scores: opt: 3341, E(): 9.8e-192, (80.85% identity + in 596 aa overlap); and O33086|MLCB628.15c HYPOTHETICAL + PROTEIN from Mycobacterium leprae (597 aa), FASTA scores: + opt: 3329, E(): 5.1e-191, (80.55% identity in 596 aa + overlap). And similar to C-terminal end of others e.g. + Q9Z5I2|ML1543|MLCB596.28 POSSIBLE SPOIIIE-FAMILY MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (1345 aa), FASTA scores: + opt: 601, E(): 5.6e-28, (32.3% identity in 613 aa + overlap); O86653|SC3C3.20c ATP/GTP BINDING PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (1321 aa), FASTA scores: opt: 977, + E(): 2.1e-50, (35.15% identity in 583 aa overlap); + Q9L0T6|SCD35.15c PUTATIVE CELL DIVISION-RELATED PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (1525 aa), FASTA scores: opt: + 414, E(): 9e-17, (27.6% identity in 424 aa + overlap);P71068|YUKA YUKA PROTEIN from Bacillus subtilis + (1207 aa), FASTA scores: opt: 343, E(): 1.3e-12, (25.8% + identity in 395 aa overlap); etc. And similar to to + C-terminal end of hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O06264|Rv3447c|MTCY77.19c (1236 aa) + FASTA scores: opt: 845, E(): 1.5e-42, (35.3% identity in + 586 aa overlap); O53689|Rv0284|MTV035.12 (1330 aa) FASTA + scores: opt: 646, E(): 1.2e-30, (33.35% identity in 606 aa + overlap); O53935|Rv1784|MTV049.06 (932 aa) FASTA scores: + opt: 589, E(): 2.1e-27, (33.1% identity in 619 aa + overlap); etc. Contains 2 X PS00017 ATP/GTP-binding site + motif A (P-loop). Note some similarity (with hypothetical + proteins from Mycobacterium tuberculosis and P71068|YUKA) + continues in upstream ORF MTV027.05. Protein product from + Mb3901 detected using shotgun mass spectrometry and SWATH + mass spectrometry. Mb3901 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecccb1. esx-1 type vii + secretion system protein." + /protein_id="SIU02533.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5I0" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR023837" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I0" + /translation="MTAEPEVRTLREVVLDQLGTAESRAYKMWLPPLTNPVPLNELIA + RDRRQPLRFALGIMDEPRRHLQDVWGVDVSGAGGNIGIGGAPQTGKSTLLQTMVMSAA + ATHSPRNVQFYCIDLGGGGLIYLENLPHVGGVANRSEPDKVNRVVAEMQAVMRQRETT + FKEHRVGSIGMYRQLRDDPSQPVASDPYGDVFLIIDGWPGFVGEFPDLEGQVQDLAAQ + GLAFGVHVIISTPRWTELKSRVRDYLGTKIEFRLGDVNETQIDRITREIPANRPGRAV + SMEKHHLMIGVPRFDGVHSADNLVEAITAGVTQIASQHTEQAPPVRVLPERIHLHELD + PNPPGPESDYRTRWEIPIGLRETDLTPAHCHMHTNPHLLIFGAAKSGKTTIAHAIARA + ICARNSPQQVRFMLADYRSGLLDAVPDTHLLGAGAINRNSASLDEAVQALAVNLKKRL + PPTDLTTAQLRSRSWWSGFDVVLLVDDWHMIVGAAGGMPPMAPLAPLLPAAADIGLHI + IVTCQMSQAYKATMDKFVGAAFGSGAPTMFLSGEKQEFPSSEFKVKRRPPGQAFLVSP + DGKEVIQAPYIEPPEEVFAAPPSAG" + gene 4291477..4291773 + /gene="PE35" + /locus_tag="BQ2027_MB3902" + CDS 4291477..4291773 + /gene="PE35" + /locus_tag="BQ2027_MB3902" + /note="Mb3902, PE35, len: 98 aa. Equivalent to Rv3872, + len: 99 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 98 aa overlap). Some similarity to + Mycobacterium tuberculosis conserved PE family proteins, + e.g. O69713|Rv3746c|MTV025.094c (111 aa), FASTA scores: + opt: 306, E(): 5.5e-13, (50.5% identity in 99 aa overlap). + Equivalent to AAK48354 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (112 aa) but shorter 14 aa. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transversion (g-t) leads to a slightly shorter + product compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (98 aa versus 99 aa). Protein + product from Mb3902 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3902 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family-related protein pe35" + /protein_id="SIU02534.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I3" + /translation="MEKMSHDPIAADIGTQVSDNALHGVTAGSTALTSVTGLVPAGAD + EVSAQAATAFTSEGIQLLASNASAQDQLHRAGEAVQDVARTYSQIDDGAAGVFA" + gene 4291807..4292913 + /gene="PPE68" + /locus_tag="BQ2027_MB3903" + CDS 4291807..4292913 + /gene="PPE68" + /locus_tag="BQ2027_MB3903" + /note="Mb3903, PPE68, len: 368 aa. Equivalent to Rv3873, + len: 368 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 368 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family, highly similar to + many e.g. O33085|ML0051|MLCB628.14c from Mycobacterium + leprae (302 aa), FASTA scores: opt: 656, E(): 2.8e-24, + (46.2% identity in 288 aa overlap); and + O53691|Rv0286|MTV035.14 (513 aa), FASTA scores: opt: 566, + E(): 7.8e-20, (35.25% identity in 363 aa overlap). Protein + product from Mb3903 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3903 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe68" + /protein_id="SIU02535.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Y1" + /translation="MLWHAMPPELNTARLMAGAGPAPMLAAAAGWQTLSAALDAQAVE + LTARLNSLGEAWTGGGSDKALAAATPMVVWLQTASTQAKTRAMQATAQAAAYTQAMAT + TPSLPEIAANHITQAVLTATNFFGINTIPIALTEMDYFIRMWNQAALAMEVYQAETAV + NTLFEKLEPMASILDPGASQSTTNPIFGMPSPGSSTPVGQLPPAATQTLGQLGEMSGP + MQQLTQPLQQVTSLFSQVGGTGGGNPADEEAAQMGLLGTSPLSNHPLAGGSGPSAGAG + LLRAESLPGAGGSLTRTPLMSQLIEKPVAPSVMPAAAAGSSATGGAAPVGAGAMGQGA + QSGGSTRPGLVAPAPLAQEREEDDEDDWDEEDDW" + gene 4293006..4293308 + /gene="esxB" + /locus_tag="BQ2027_MB3904" + CDS 4293006..4293308 + /gene="esxB" + /locus_tag="BQ2027_MB3904" + /standard_name="lhp; cfp10" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3904, esxB, len: 100 aa. Equivalent to Rv3874, + len: 100 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 100 aa overlap). esxB (alternate gene + name: cfp10), 10 KDA culture filtrate antigen (see + citations below, especially first), highly similar to + O33084|CF10_MYCLE|ML0050|MLCB628.13c 10 KDA CULTURE + FILTRATE ANTIGEN CFP10 HOMOLOG from Mycobacterium leprae + (99 aa), FASTA scores: opt: 237, E(): 2.4e-08, (39.4% + identity in 99 aa overlap). Also similar to + O05440|ES6D_MYCTU|Rv3905c|MT4024|MTCY15F10.06 PUTATIVE + ESAT-6 LIKE PROTEIN 13 from Mycobacterium tuberculosis + (103 aa) FASTA scores: opt: 126, E(): 0.18, (23.1% + identity in 91 aa overlap); and shows some similarity with + other proteins from Mycobacterium tuberculosis. Contains + probable coiled-coil from aa 49-93. BELONGS TO THE ESAT6 + FAMILY. Protein product from Mb3904 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3904 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="10 kda culture filtrate antigen esxb (lhp) + (cfp10)" + /protein_id="SIU02536.1" + /db_xref="GOA:P0A567" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A567" + /translation="MAEMKTDAATLAQEAGNFERISGDLKTQIDQVESTAGSLQGQWR + GAAGTAAQAAVVRFQEAANKQKQELDEISTNIRQAGVQYSRADEEQQQALSSQMGF" + gene 4293341..4293628 + /gene="esxA" + /locus_tag="BQ2027_MB3905" + CDS 4293341..4293628 + /gene="esxA" + /locus_tag="BQ2027_MB3905" + /standard_name="esat-6" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3905, esxA, len: 95 aa. Equivalent to Rv3875, + len: 95 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 95 aa overlap). esxA, Early Secretory + Antigenic Target (see citations below), identical to + Q57165|O84901|ESAT6 EARLY SECRETORY ANTIGENIC TARGET from + Mycobacterium bovis (94 aa), FASTA scores: opt: 596, E(): + 4.6e-33, (100.0% identity in 94 aa overlap). Also similar + to Q50206|ESA6_MYCLE|ESAT6|ESX|L45|ML0049|MLCB628.12c 6 + KDA EARLY SECRETORY ANTIGENIC TARGET HOMOLOG (ESAT-6-LIKE + PROTEIN) (L-ESAT) from Mycobacterium leprae (95 aa), FASTA + scores: opt: 236, E(): 3.3e-09, (36.25% identity in 91 aa + overlap); and weak similarity with others proteins + ESAT-like from Mycobacterium leprae. Also some similarity + with O53266|ES69_MYCTU|Rv3019c|MT3104|MTV012.33c PUTATIVE + SECRETED ESAT-6 LIKE PROTEIN 9 from Mycobacterium + tuberculosis (96 aa), FASTA scores: opt: 131, E(): 0.03, + (26.15% identity in 88 aa overlap); and other ESAT-like + protein. Contains probable coiled-coil from 56 to 92 aa. + BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY. Protein product from Mb3905 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3905 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="6 kda early secretory antigenic target esxa + (esat-6)" + /protein_id="SIU02537.1" + /db_xref="GOA:P0A565" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A565" + /translation="MTEQQWNFAGIEAAASAIQGNVTSIHSLLDEGKQSLTKLAAAWG + GSGSEAYQGVQQKWDATATELNNALQNLARTISEAGQAMASTEGNVTGMFA" + gene 4293742..4295742 + /gene="espi" + /locus_tag="BQ2027_MB3906" + CDS 4293742..4295742 + /gene="espi" + /locus_tag="BQ2027_MB3906" + /note="Mb3906, -, len: 666 aa. Equivalent to Rv3876, len: + 666 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 666 aa overlap). Conserved + hypothetical pro-, ala-rich protein, similar to several + proteins from Mycobacterium leprae e.g. Q9CDD8|ML0048 + HYPOTHETICAL PROTEIN (586 aa), FASTA scores: opt: 1682, + E(): 2.1e-45, (50.75% identity in 672 aa overlap); + O33082|MLCB628.11c HYPOTHETICAL 52.0 KDA PROTEIN (478 aa), + FASTA scores: opt: 1588, E(): 1.5e-42, (53.5% identity in + 542 aa overlap) (also has a proline rich N-terminus); etc. + Also similar to other proteins from Mycobacterium + tuberculosis, especially in C-terminus, e.g. + O06396|Rv0530|MTCY25D10.09 (405 aa), FASTA scores: opt: + 670, E(): 2.5e-14, (34.85% identity in 396 aa overlap) + (also has Pro-rich N-terminus); etc. Note that N-terminus + is repetitive and highly Proline rich. Protein product + from Mb3906 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3906 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espi. + conserved proline and alanine rich protein." + /protein_id="SIU02538.1" + /db_xref="InterPro:IPR002586" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I8" + /translation="MAADYDKLFRPHEGMEAPDDMAAQPFFDPSASFPPAPASANLPK + PNGQTPPPTSDDLSERFVSAPPPPPPPPPPPPPTPMPIAAGEPPSPEPAASKPPTPPM + PIAGPEPAPPKPPTPPMPIAGPEPAPPKPPTPPMPIAGPAPTPTESQLAPPRPPTPQT + PTGAPQQPESPAPHVPSHGPHQPRRTAPAPPWAKMPIGEPPPAPSRPSASPAEPPTRP + APQHSRRARRGHRYRTDTERNVGKVATGPSIQARLRAEEASGAQLAPGTEPSPAPLGQ + PRSYLAPPTRPAPTEPPPSPSPQRNSGRRAERRVHPDLAAQHAAAQPDSITAATTGGR + RRKRAAPDLDATQKSLRPAAKGPKVKKVKPQKPKATKPPKVVSQRGWRHWVHALTRIN + LGLSPDEKYELDLHARVRRNPRGSYQIAVVGLKGGAGKTTLTAALGSTLAQVRADRIL + ALDADPGAGNLADRVGRQSGATIADVLAEKELSHYNDIRAHTSVNAVNLEVLPAPEYS + SAQRALSDADWHFIADPASRFYNLVLADCGAGFFDPLTRGVLSTVSGVVVVASVSIDG + AQQASVALDWLRNNGYQDLASRACVVINHIMPGEPNVAVKDLVRHFEQQVQPGRVVVM + PWDRHIAAGTEISLDLLDPIYKRKVLELAAALSDDFERAGRR" + gene 4295739..4297274 + /gene="eccd1" + /locus_tag="BQ2027_MB3907" + CDS 4295739..4297274 + /gene="eccd1" + /locus_tag="BQ2027_MB3907" + /note="Mb3907, -, len: 511 aa. Equivalent to Rv3877, len: + 511 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 511 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9CDD9|ML0047 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (512 + aa), FASTA scores: opt: 2496, E(): 2.8e-140, (74.0% + identity in 512 aa overlap); and highly similar, but + longer 32 aa, to O33081|MLCB628.10c HYPOTHETICAL 51.4 KDA + PROTEIN from Mycobacterium leprae (480 aa), FASTA scores: + opt: 2346, E(): 2e-131, (74.15% identity in 480 aa + overlap). Shows also similarity with other membrane + proteins from Mycobacterium leprae e.g. Q9CBV2|ML1539 + PROBABLE MEMBRANE PROTEIN (503 aa), FASTA scores: opt: + 318, E(): 2e-11, (22.7% identity in 520 aa overlap). Also + similar to various proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53944|Rv1795|MTV049.17 PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN (503 aa), FASTA scores: opt: 391, E(): + 9.4e-16, (24.45% identity in 523 aa overlap); + O86362|Rv0290|MTV035.18 HYPOTHETICAL 47.9 KDA PROTEIN (472 + aa), FASTA scores: opt: 332, E(): 2.8e-12, (28.1% identity + in 509 aa overlap); O05457|Rv3887c|MTCY15F10.25 + HYPOTHETICAL 53.2 KDA PROTEIN (509 aa), FASTA scores: opt: + 167, E(): 0.017, (24.0% identity in 517 aa overlap); etc. + Equivalent to AAK48359 from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (479 aa) but longer 32 aa. Protein product + from Mb3907 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3907 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccd1. esx-1 type vii + secretion system protein. probable transmembrane protein." + /protein_id="SIU02539.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5H5" + /db_xref="InterPro:IPR006707" + /db_xref="InterPro:IPR024962" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H5" + /translation="MSAPAVAAGPTAAGATAARPATTRVTILTGRRMTDLVLPAAVPM + ETYIDDTVAVLSEVLEDTPADVLGGFDFTAQGVWAFARPGSPPLKLDQSLDDAGVVDG + SLLTLVSVSRTERYRPLVEDVIDAIAVLDESPEFDRTALNRFVGAAIPLLTAPVIGMA + MRAWWETGRSLWWPLAIGILGIAVLVGSFVANRFYQSGHLAECLLVTTYLLIATAAAL + AVPLPRGVNSLGAPQVAGAATAVLFLTLMTRGGPRKRHELASFAVITAIAVIAAAAAF + GYGYQDWVPAGGIAFGLFIVTNAAKLTVAVARIALPPIPVPGETVDNEELLDPVATPE + ATSEETPTWQAIIASVPASAVRLTERSKLAKQLLIGYVTSGTLILAAGAIAVVVRGHF + FVHSLVVAGLITTVCGFRSRLYAERWCAWALLAATVAIPTGLTAKLIIWYPHYAWLLL + SVYLTVALVALVVVGSMAHVRRVSPVVKRTLELIDGAMIAAIIPMLLWITGVYDTVRN + IRF" + gene 4297425..4298267 + /gene="espj" + /locus_tag="BQ2027_MB3908" + CDS 4297425..4298267 + /gene="espj" + /locus_tag="BQ2027_MB3908" + /note="Mb3908, -, len: 280 aa. Equivalent to Rv3878, len: + 280 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 280 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein. Protein product from Mb3908 detected + using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3908 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espj. + conserved alanine rich protein." + /protein_id="SIU02540.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5H9" + /translation="MAEPLAVDPTGLSAAAAKLAGLVFPQPPAPIAVSGTDSVVAAIN + KTMPSIESLVSDGLPGVKAALTRTASNMNAAADVYAKTDQSLGTSLSQYAFGSSGEGL + AGVASVGGQPSQATQLLSTPVSQVTTQLGETAAELAPRVVATVPQLVQLAPHAVQMSQ + NASPIAQTISQTAQQAAQSAQGGSGPMPAQLASAEKPATEQAEPVHEVTNDDQGDQGD + VQPAEVVAAARDEGAGASPGQQPGGGVPAQAMDTGAGARPAASPLAAPVDPSTPAPST + TTTL" + gene complement(4298325..4300559) + /gene="espk" + /locus_tag="BQ2027_MB3909C" + CDS complement(4298325..4300559) + /gene="espk" + /locus_tag="BQ2027_MB3909C" + /note="Mb3909c, -, len: 744 aa. Equivalent to Rv3879c, + len: 729 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.0% identity in 743 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, pro-rich protein (N-terminal end is repetitive and + highly Proline-rich). REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, insertions of 27 bp and 18 bp lead to + a longer product compared to the homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (744 aa versus 729 aa). Protein + product from Mb3909c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3909c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espk. alanine + and proline rich protein." + /protein_id="SIU02541.1" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K9" + /translation="MSITRPTGSYARQMLDPGGWVEADEDTFYDRAQEYSQVLQRVTD + VLDTCRQQKGHVFEGGLWSGGAANAANGALGANINQLMTLQDYLATVITWHRHIAGLI + EQAKSDIGNNVDGAQREIDILENDPSLDADERHTAINSLVTATHGANVSLVAETAERV + LESKNWKPPKNALEDLLQQKSPPPPDVPTLVVPSPGTPGTPGTPGTPITPGTPITPGT + PITPGTPITPGTPITPIPGAPVTPITPTPGTPVTPVTPGKPVTPVTPVKPGTPGEPTP + ITPVTPPVAPATPATPATPVTPAPAPHPQPAPAPAPSPGPQPVTPATPGPSGPATPGT + PGGEPAPHVKPAALAEQPGVPGQHAGGGTQSGPAHADESAASVTPAAASGVPGARAAA + AAPSGTAVGAGARSSVGTAAASGAGSHAATGRAPVATSDKAAAPSTRAASARTAPPAR + PPSTDHIDKPDRSESADDGTPVSMIPVSAARAARDAATAAASARQRGRGDALRLARRI + AAALNASDNNAGDYGFFWITAVTTDGSIVVANSYGLAYIPDGMELPNKVYLASADHAI + PVDEIARCATYPVLAVQAWAAFHDMTLRAVIGTAEQLASSDPGVAKIVLEPDDIPESG + KMTGRSRLEVVDPSAAAQLADTTDQRLLDLLPPAPVDVNPPGDERHMLWFELMKPMTS + TATGREAAHLRAFRAYAAHSQEIALHQAHTATDAAVQRVAVADWLYWQYVTGLLDRAL + AAAS" + gene complement(4300976..4301323) + /gene="espl" + /locus_tag="BQ2027_MB3910C" + CDS complement(4300976..4301323) + /gene="espl" + /locus_tag="BQ2027_MB3910C" + /note="Mb3910c, -, len: 115 aa. Equivalent to Rv3880c, + len: 115 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 115 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + O33080|ML0044|MLCB628.09 HYPOTHETICAL 12.2 KDA PROTEIN + from Mycobacterium leprae (113 aa), FASTA scores: opt: + 397, E(): 2e-19, (56.35% identity in 110 aa overlap). + Protein product from Mb3910c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3910c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-1 secretion-associated protein espl" + /protein_id="SIU02542.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5I7" + /db_xref="InterPro:IPR004401" + /db_xref="InterPro:IPR036894" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I7" + /translation="MSMDELDPHVARALTLAARFQSALDGTLNQMNNGSFRATDEAET + VEVTINGHQWLTGLRIEDGLLKKLGAEAVAQRVNEALHNAQAAASAYNDAAGEQLTAA + LSAMSRAMNEGMA" + gene complement(4301320..4302702) + /gene="espb" + /locus_tag="BQ2027_MB3911C" + CDS complement(4301320..4302702) + /gene="espb" + /locus_tag="BQ2027_MB3911C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3911c, -, len: 460 aa. Equivalent to Rv3881c, + len: 460 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.7% identity in 460 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-, gly-rich protein. C-terminal end highly similar to + O06126 HYPOTHETICAL 9.5 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from + Mycobacterium tuberculosis strain NTI 64719 (90 aa) FASTA + scores: opt: 333, E(): 6.3e-07, (69.75% identity in 86 aa + overlap) but sequence difference causes frameshift in NTI + 64719. Also similar to part of small Mycobacterium leprae + ORF O33078|MLCB628.06 (EMBL:Y14967) (101 aa), FASTA + scores: opt: 194, E(): 0.04, (59.3% identity in 54 aa + overlap), suggesting this is represented by a pseudogene + in M. leprae. Protein product from Mb3911c detected using + shotgun mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. + Mb3911c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="secreted esx-1 substrate protein b, espb. + conserved alanine and glycine rich protein" + /protein_id="SIU02543.1" + /db_xref="InterPro:IPR041275" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I4" + /translation="MTQSQTVTVDQQEILNRANEVEAPMADPPTDVPITPCELTAAKN + AAQQLVLSADNMREYLAAGAKERQRLATSLRNAAKAYGEVDEEAATALDNDGEGTVQA + ESAGAVGGDSSAELTDTPRVATAGEPNFMDLKEAARKLETGDQGASLAHFADGWNTFN + LTLQGDVKRFRGFDNWEGDAATACEASLDQQRQWILHMAKLSAAMAKQAQYVAQLHVW + ARREHPTYEDIVGLERLYAENPSARDQILPVYAEYQQRSEKVLTEYNNKAALEPVNPP + KPPPRHQDRPAPPPQEQGLIPGFLMPPSDGSGVTPGTGMPAAPMVPPTGSPGGGLPAD + TAAQLTSAGREAAALSGDVAVKAASLGGGGGGGVPSAPLGSAIGGAESVRPAGAGDIA + GLGQGRAGGGAALGGGGMGMPMGAAHQGQGGAKSKGSQQEDEALYTEDRAWTEAVIGN + RRRQDSKESK" + gene complement(4302809..4304197) + /gene="ecce1" + /locus_tag="BQ2027_MB3912C" + CDS complement(4302809..4304197) + /gene="ecce1" + /locus_tag="BQ2027_MB3912C" + /note="Mb3912c, -, len: 462 aa. Equivalent to Rv3882c, + len: 462 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 462 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, equivalent to O33077|ML0042|MLCB628.05 + PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (467 + aa), FASTA scores: opt: 2346, E(): 1.1e-140, (72.1% + identity in 462 aa overlap). Also similar to + O05459|Rv3885c|MTCY15F10.27 POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium tuberculosis (537 aa) FASTA scores: opt: + 283, E(): 2.5e-10, (26.8% identity in 414 aa overlap); and + C-terminal end shows similarity with AAK48368|MT4000 + HYPOTHETICAL 45.6 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (422 aa) FASTA scores: opt: + 215, E(): 4.1e-06, (26.85% identity in 320 aa overlap). + Protein product from Mb3912c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3912c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecce1. esx-1 type vii + secretion system protein. possible membrane protein." + /protein_id="SIU02544.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J6" + /db_xref="InterPro:IPR021368" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J6" + /translation="MRNPLGLRFSTGHALLASALAPPCIIAFLETRYWWAGIALASLG + VIVATVTFYGRRITGWVAAVYAWLRRRRRPPDSSSEPVVGATVKPGDHVAVRWQGEFL + VAVIELIPRPFTPTVIVDGQAHTDDMLDTGLVEELLSVHCPDLEADIVSAGYRVGNTA + APDVVSLYQQVIGTDPAPANRRTWIVLRADPERTRKSAQRRDEGVAGLARYLVASATR + IADRLASHGVDAVCGRSFDDYDHATDIGFVREKWSMIKGRDAYTAAYAAPGGPDVWWS + ARADHTITRVRVAPGMAPQSTVLLTTADKPKTPRGFARLFGGQRPALQGQHLVANRHC + QLPIGSAGVLVGETVNRCPVYMPFDDVDIALNLGDAQTFTQFVVRAAAAGAMVTVGPQ + FEEFARLIGAHIGQEVKVAWPNATTYLGPHPGIDRVILRHNVIGTPRHRQLPIRRVSP + PEESRYQMALPK" + gene complement(4304194..4305534) + /gene="mycp1" + /locus_tag="BQ2027_MB3913C" + CDS complement(4304194..4305534) + /gene="mycp1" + /locus_tag="BQ2027_MB3913C" + /note="Mb3913c, -, len: 446 aa. Equivalent to Rv3883c, + len: 446 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 446 aa overlap). Possible secreted + protease (EC 3.4.-.-), equivalent to + O33076|ML0041|MLCB628.04 PROBABLE SECRETED PROTEASE from + Mycobacterium leprae (446 aa), FASTA scores: opt: 2448, + E(): 1.5e-124, (79.15% identity in 446 aa overlap); and + highly similar, but in part, to several putative proteases + from Mycobacterium leprae; Q9CBV3|ML1538 (567 aa) FASTA + scores: opt: 902, E(): 3e-41, (37.25% identity in 556 aa + overlap); and Q9CD36|ML2528 (475 aa), FASTA scores: opt: + 873, E(): 9.4e-40, (42.7% identity in 459 aa overlap). + Shows also similarity with several proteases from other + organisms e.g. Q9PCD0|XF1851 SERINE PROTEASE from Xylella + fastidiosa (1000 aa), FASTA scores: opt: 281, E(): + 1.3e-07, (27.95% identity in 422 aa overlap); + P42780|BPRX_BACNO EXTRACELLULAR SUBTILISIN-LIKE PROTEASE + PRECURSOR (EC 3.4.21.-) from Bacteroides nodosus + (Dichelobacter nodosus) (595 aa), FASTA scores: opt: 270, + E(): 3.2e-07, (28.9% identity in 384 aa overlap); + Q46541|APRV5 ACIDIC PROTEASE V5 from Bacteroides nodosus + (Dichelobacter nodosus) (595 aa), FASTA scores: opt: 264, + E(): 6.8e-07, (28.65% identity in 384 aa overlap); etc. + Also highly similar to various proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53695|Rv0291|MTV035.19 PUTATIVE + PROTEASE (461 aa), FASTA scores: opt: 1168, E(): 1.2e-55, + (44.6% identity in 453 aa overlap); + O53945|Rv1796|MTV049.18 HYPOTHETICAL 60.0 KDA PROTEIN (585 + aa), FASTA scores: opt: 928, E(): 1.2e-42, (37.85% + identity in 555 aa overlap) (note gap from aa 155-264); + and downstream ORF O05458|Rv3886c|MTCY15F10.26 + HYPOTHETICAL 55.6 KDA PROTEIN (550 aa), FASTA scores: opt: + 910, E(): 1.1e-41, (40.15% identity in 533 aa overlap) + (note partial gap from aa 146-234); etc. Equivalent to + AAK48366 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (411 aa) but longer 35 aa. Has signal sequence with + possible signal peptidase I cleavage site in residues + 19-21 (ASA) and hydrophobic stretch at C-terminus, + followed by short positively charged segment, that could + act as membrane anchor. Protein product from Mb3913c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3913c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="membrane-anchored mycosin mycp1 (serine + protease) (subtilisin-like protease) (subtilase-like) + (mycosin-1)" + /protein_id="SIU02545.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6Y3" + /db_xref="InterPro:IPR000209" + /db_xref="InterPro:IPR015500" + /db_xref="InterPro:IPR023834" + /db_xref="InterPro:IPR036852" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Y3" + /translation="MHRIFLITVALALLTASPASAITPPPIDPGALPPDVAGPDQPTE + QRVLCASPTTLPGSGFHDPPWSNTYLGVADAHKFATGAGVTVAVIDTGVDASPRVPAE + PGGDFVDQAGNGLSDCDAHGTLTASIIAGRPAPTDGFVGVAPDARLLSLRQTSEAFEP + VGSQANPNDPNATPAAGSIRSLARAVVHAANLGVGVINISEAACYKVSRPIDETSLGA + SIDYAVNVKGVVVVVAAGNTGGDCVQNPAPDPSTPGDPRGWNNVQTVVTPAWYAPLVL + SVGGIGQTGMPSSFSMHGPWVDVAAPAENIVALGDTGEPVNALQGREGPVPIAGTSFA + AAYVSGLAALLRQRFPDLTPAQIIHRITATARHPGGGVDDLVGAGVIDAVAALTWDIP + PGPASAPYNVRRLPPPVVEPGPDRRPITAVALVAVGLTLALGLGALARRALSRR" + gene complement(4305756..4307615) + /gene="ecca2" + /locus_tag="BQ2027_MB3914C" + CDS complement(4305756..4307615) + /gene="ecca2" + /locus_tag="BQ2027_MB3914C" + /note="Mb3914c, -, len: 619 aa. Equivalent to Rv3884c, + len: 619 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 619 aa overlap). Putative CBXX/CFQX + protein family, similar to hypothetical proteins from + Mycobacterium leprae e.g. Q9CD28|Y282_MYCLE|ML2537 (640 + aa), FASTA scores: opt: 725, E(): 2.9e-34, (28.95% + identity in 587 aa overlap); + O33089|Y2G8_MYCLE|ML0055|MLCB628.18c (BELONGS TO THE + CBXX/CFQX FAMILY) (573 aa); Q9CBV5|ML1536 (610 aa) FASTA + scores: opt: 648, E(): 7.4e-30, (31.5% identity in 549 aa + overlap). Also similar to proteins belonging to the + CBXX/CFQX FAMILY e.g. Q9RKZ2|SC6D7.05c PUTATIVE CBXX/CFQX + FAMILY PROTEIN from Streptomyces coelicolor (618 aa) FASTA + scores: opt: 557, E(): 1.3e-24, (28.6% identity in 601 aa + overlap); P27643|SP5K_BACSU|SPOVK|SPOVJ STAGE V + SPORULATION PROTEIN K from Bacillus subtilis (322 aa) + FASTA scores: opt: 485, E(): 1.1e-20, (35.0% identity in + 280 aa overlap) (similarity only at C-terminus); + Q9KAC6|BH2363 STAGE V SPORULATION PROTEIN K from Bacillus + halodurans (315 aa), FASTA scores: opt: 462, E(): 2.2e-19, + (36.05% identity in 244 aa overlap) (similarity only at + C-terminus); etc. And similar to hypothetical proteins + from Mycobacterium tuberculosis belonging to the CBXX/CFQX + FAMILY e.g. O53687|Y282_MYCTU|Rv0282|MT0295|MTV035.10 + HYPOTHETICAL 68.1 KDA PROTEIN (631 aa), FASTA scores: opt: + 743, E(): 2.6e-35, (29.9% identity in 612 aa overlap); + O69733|Y2G8_MYCTU|Rv3868|MT3981|MTV027.03 HYPOTHETICAL + 62.4 KDA PROTEIN (573 aa), FASTA scores: opt: 678, E(): + 1.3e-31, (31.25% identity in 589 aa overlap); + O53947|YH98_MYCTU|Rv1798|MT1847|MTV049.20 (610 aa) FASTA + scores: opt: 669, E(): 4.6e-31, (30.95% identity in 549 aa + overlap); etc. Contains PS00017 ATP/GTP-binding site motif + A (P-loop). SEEMS TO BELONG TO THE CBXX/CFQX FAMILY. + Mb3914c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecca2. esx-2 type vii + secretion system protein. probable cbxx/cfqx family + protein." + /protein_id="SIU02546.1" + /db_xref="GOA:P59976" + /db_xref="InterPro:IPR000641" + /db_xref="InterPro:IPR003593" + /db_xref="InterPro:IPR003959" + /db_xref="InterPro:IPR011990" + /db_xref="InterPro:IPR023835" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="InterPro:IPR041627" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59976" + /translation="MSRMVDTMGDLLTARRHFDRAMTIKNGQGCVAALPEFVAATEAD + PSMADAWLGRIACGDRDLASLKQLNAHSEWLHRETTRIGRTLAAEVQLGPSIGITVTD + ASQVGLALSSALTIAGEYAKADALLANRELLDSWRNYQWHQLARAFLMYVTQRWPDVL + STAAEDLPPQAIVMPAVTASICALAAHAAAHLGQGRVALDWLDRVDVIGHSRSSGRFG + ADVLTAAIGPADIPLLVADLAYVRGMVYRQLHEEDKAQIWLSKATINGVLTDAAKEAL + ADPNLRLIVTDERTIASRSDRWDASTAKSRDQLDDDNAAQRRGELLAEGRELLAKQVG + LAAVKQAVSALEDQLEVRMMRLEHGLPVEGQTNHMLLVGPPGTGKTTTAEALGKIYAG + MGIVRHPEIREVRRSDFCGHYIGESGPKTNELIEKSLGRIIFMDEFYSLIERHQDGTP + DMIGMEAVNQLLVQLETHRFDFCFIGAGYEDQVDEFLTVNPGLAGRFNRKLRFESYSP + VEIVEIGHRYATPRASQLDDAAREVFLDAVTTIRNYTTPSGQHGIDAMQNGRFARNVI + ERAEGFRDTRVVAQKRAGQPVSVQDLQIITATDIDAAIRSVCSDNRDMAAIVW" + gene complement(4307685..4309298) + /gene="ecce2" + /locus_tag="BQ2027_MB3915C" + CDS complement(4307685..4309298) + /gene="ecce2" + /locus_tag="BQ2027_MB3915C" + /note="Mb3915c, -, len: 537 aa. Equivalent to Rv3885c, + len: 537 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 537 aa overlap). Possible conserved + membrane protein (has hydrophobic stretch near + N-terminus), showing some similarity with + O05462|Rv3882c|MTV027.17c|MTCY15F10.30 POSSIBLE MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (462 aa) FASTA + scores: opt: 283, E(): 8.3e-10, (26.55% identity in 414 aa + overlap); and O33077|ML0042|MLCB628.05 PUTATIVE MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (467 aa), FASTA scores: + opt: 260, E(): 2.1e-08, (28.0% identity in 382 aa + overlap). Equivalent to AAK48368 from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (422 aa) but longer 115 aa. + Protein product from Mb3915c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3915c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component ecce2. esx-2 type vii + secretion system protein. possible membrane protein." + /protein_id="SIU02547.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J7" + /db_xref="InterPro:IPR021368" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J7" + /translation="MTSKLTGFSPRSARRVAGVWTVFVLASAGWALGGQLGAVMAVVV + GVALVFVQWWGQPAWSWAVLGLRGRRPVKWNDPITLANNRSGGGVRVQDGVAVVAVQL + LGRAHRATTVTGSVTVESDNVIDVVELAPLPRHPLDLELDSISVVTFGSRTGTVGDYP + RVYDAEIGTPPYAGRRETWLIMRLPVIGNTQALRWRTSVGAAAISVAQRVASSLRCQG + LRAKLATATDLAELDRRLGSDAVAGSAQRWKAIRGEAGWMTTYAYPAEAISSRVLSQA + WTLRADEVIQNVTVYPDATCTATITVRTPTPAPTPPSVILRRLNGEQAAAAAANMCGP + RPHLRGQRRCPLPAQLVTEIGPSGVLIGKLSNGDRLMIPVTDAGELSRVFVAADDTIA + KRIVIRVVGAGERVCVHTRDQERWASVRMPQLSIVGTPRPAPRTTVGVVEYVRRRKNG + DDGKSEGSGVDVAISPTPRPASVITIARPGTSLSESDRHGFEVTIEQIDRATVKVGAA + GQNWLVEMEMFRAENRYVSLEPVTMSIGR" + gene complement(4309295..4310947) + /gene="mycp2" + /locus_tag="BQ2027_MB3916C" + CDS complement(4309295..4310947) + /gene="mycp2" + /locus_tag="BQ2027_MB3916C" + /note="Mb3916c, -, len: 550 aa. Equivalent to Rv3886c, + len: 550 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 550 aa overlap). Probable ala-, + pro-rich protease (EC 3.4.-.-), highly similar to + Q9CBV3|ML1538 POSSIBLE PROTEASE from Mycobacterium leprae + (567 aa), FASTA scores: opt: 1034, E(): 3.9e-32, (43.5% + identity in 575 aa overlap); and highly similar, but with + gaps, to several putative proteases from Mycobacterium + leprae; O33076|ML0041|MLCB628.04 (446 aa), FASTA scores: + opt: 860, E(): 1.1e-25, (38.65% identity in 538 aa + overlap); Q9CD36|ML2528 (475 aa) (475 aa), FASTA scores: + opt: 413, E(): 7.1e-09, (37.7% identity in 562 aa + overlap). Also similarity with Q99405|PRTM_BACSP + M-PROTEASE (EC 3.4.21.-) from Bacillus sp. strain KSM-K16 + (269 aa), FASTA scores: E(): 7.6e-06, (27.1% identity in + 277 aa overlap). And highly similar, but also with gaps, + to hypothetical proteins from Mycobacterium tuberculosis + e.g. O53945|Rv1796|MTV049.18 (585 aa), FASTA scores: opt: + 1173, E(): 2.4e-37, (47.9% identity in 578 aa overlap); + the upstream ORF O05461|Rv3883c|MTCY15F10.29 (446 aa) + FASTA scores: opt: 910, E(): 1.5e-27, (40.15% identity in + 533 aa overlap); O06316|Rv3449|MTCY13E12.02 (455 aa) FASTA + scores: opt: 477, E(): 2.7e-11, (38.75% identity in 550 aa + overlap); etc. Pro rich protein with two serine protease, + subtilase family active site motifs: aspartic acid active + site motif (PS00136); and histidine active site motif + (PS00137). BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S8; ALSO KNOWN AS + THE SUBTILASE FAMILY. Protein product from Mb3916c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3916c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable alanine and proline rich + membrane-anchored mycosin mycp2 (serine protease) + (subtilisin-like protease) (subtilase-like) (mycosin-2)" + /protein_id="SIU02548.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J2" + /db_xref="InterPro:IPR000209" + /db_xref="InterPro:IPR015500" + /db_xref="InterPro:IPR023827" + /db_xref="InterPro:IPR023834" + /db_xref="InterPro:IPR036852" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J2" + /translation="MASPLNRPGLRAAAASAALTLVALSANVPAAQAIPPPSVDPAMV + PADARPGPDQPMRRSNSCSTPITVRNPDVAQLAPGFNLVNISKAWQYSTGNGVPVAVI + DTGVSPNPRLPVVPGGDYIMGEDGLSDCDAHGTVVSSIIAAAPLGILPMPRAMPATAA + FPPPAGPPPVTAAPAPPVEVPPPMPPPPPVTITQTVAPPPPPPEDAGAMAPSNGPPDP + QTEDEPAVPPPPPGAPDGVVGVAPHATIISIRQSSRAFEPVNPSSAGPNSDEKVKAGT + LDSVARAVVHAANMGAKVINISVTACLPAAAPGDQRVLGAALWYAATVKDAVIVAAAG + NDGEAGCGNNPMYDPLDPSDPRDWHQVTVVSSPSWFSDYVLSVGAVDAYGAALDKSMS + GPWVGVAAPGTHIMGLSPQGGGPVNAYPPSRPGEKNMPFWGTSFSAAYVSGVAALVRA + KFPELTAYQVINRIVQSAHNPPAGVDNKLGYGLVDPVAALTFNIPSGDRMAPGAQSRV + ITPAAPPPPPDHRARNIAIGFVGAVATGVLAMAIGARLRRAR" + gene complement(4310932..4311801) + /gene="eccd2" + /locus_tag="BQ2027_MB3917C" + CDS complement(4310932..4311801) + /gene="eccd2" + /locus_tag="BQ2027_MB3917C" + /note="Mb3917c, -, len: 289 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3887c, len: 509 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.7% identity in 288 aa overlap). Probable + conserved transmembrane protein (has hydrophilic stretch + from ~1-130 then very hydrophobic domain), similar to + other membrane proteins and with weak similarity to known + transporters, e.g. Q9CBV2|ML1539 PROBABLE MEMBRANE PROTEIN + from Mycobacterium leprae (503 aa), FASTA scores: opt: + 395, E(): 2.3e-16, (28.0% identity in 496 aa overlap); + Q9CD35|ML2529 CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from + Mycobacterium leprae (485 aa), FASTA scores: opt: 221, + E(): 6.6e-06, (24.6% identity in 423 aa overlap); + Q9ADP8|2SC10A7.11 PUTATIVE INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (430 aa), FASTA scores: opt: 171, + E(): 0.0062, (26.55% identity in 358 aa overlap); + CAC44275|SCBAC17F8.03 PUTATIVE DRUG EFFLUX PROTEIN from + Streptomyces coelicolor (416 aa), FASTA scores: opt: 160, + E(): 0.028, (27.85% identity in 323 aa overlap); etc. Also + similar to others from Mycobacterium tuberculosis e.g. + O53944|Rv1795|MTV049.17 PUTATIVE MEMBRANE PROTEIN (503 + aa), FASTA scores: opt: 360, E(): 2.9e-14, (26.65% + identity in 514 aa overlap); etc. Equivalent to AAK48369 + from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 (469 aa) + but longer 40 aa. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a deletion of 2406 bp leads to the + loss of the NH2 part of Rv3887c, the entire Rv3888c and + the COOH part of Rv3889c compared to Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv. Protein product from Mb3917c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3917c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccd2. esx-2 type vii + secretion system protein. probable transmembrane protein." + /protein_id="SIU02549.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5J4" + /db_xref="InterPro:IPR006707" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J4" + /translation="MAAHALIGLVVVVLGAITIGVATRKRWQTAVVTAVVTVCGILAA + VAAVRMFRPVSMQVLAICVLVGLLVLIRMTPTVALWVARVRPPHFGSITGRDLFARRA + GMPVDTVAPVSEADADDEDNELTGITARGTAIAASARLVNAVQVGMCVGVSLVLPAAV + WGVLTPRQPWAWLALLVAGLTVGLFITQGRGFAAKYQAVALVCGASAAVCAGVLKYAL + DTPKGVQTGLLWPAIFVAAFAALGLAVALVVPATRFRPIIRLTVEWLEVLAMIALLPA + AAALGGLFAWLRH" + gene complement(4311783..4312001) + /gene="espg2" + /locus_tag="BQ2027_MB3918C" + CDS complement(4311783..4312001) + /gene="espg2" + /locus_tag="BQ2027_MB3918C" + /note="Mb3918c, -, len: 72 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3889c, len: 276 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 68 aa overlap). + Hypothetical unknown protein. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + deletion of 2406 bases leads to the loss of the NH2 part + of Rv3887c, the entire Rv3888c and the COOH part of + Rv3889c compared to Mycobacterium tuberculosis strain + H37Rv. Mb3918c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx-2 secretion-associated protein espg2" + /protein_id="SIU02550.1" + /db_xref="InterPro:IPR025734" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5I9" + /translation="MLTTTVDGLWVLQAVTGVEQTCPELGLRPLLPRLDTAERALRHP + VAAELMAVGALDQAGNADPMVREWRLMR" + gene complement(4312009..4312383) + /gene="esxC" + /locus_tag="BQ2027_MB3919C" + CDS complement(4312009..4312383) + /gene="esxC" + /locus_tag="BQ2027_MB3919C" + /note="Mb3919c, esxC, len: 124 aa. Similar to Rv3890c, + len: 95 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100% identity in 55 aa overlap). esxC, putative ESAT-6 + like protein 11, equivalent to Q9K548|ES6B_MYCPA PUTATIVE + ESAT-6 LIKE PROTEIN 11 (ORF3890C) from Mycobacterium + paratuberculo sis (95 aa), FASTA scores: opt: 490, E(): + 3.3e-26, (76.85% identity in 95 aa overlap). BELONGS TO + THE ESAT6 FAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) leads to a longer product with a different + COOH part compared to its homolog in Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv (125 aa versus 95 aa). Protein + product from Mb3919c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3919c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esat-6 like protein esxc (esat-6 like protein + 11)" + /protein_id="SIU02551.1" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L3" + /translation="MSDQITYNPGAVSDFASDVGSRAGQLHMIYEDTASKTNALQEFF + AGHGAQGFFDARRRCCRGCRGSLRRWVSMGLPPATCWTTRSEPTRPSRACSKAGRGPS + EGGVHARTARLPHLLLAASWLR" + gene complement(4312419..4312742) + /gene="esxD" + /locus_tag="BQ2027_MB3920C" + CDS complement(4312419..4312742) + /gene="esxD" + /locus_tag="BQ2027_MB3920C" + /note="Mb3920c, esxD, len: 107 aa. Equivalent to Rv3891c, + len: 107 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.1% identity in 107 aa overlap). esxD, conserved + hypothetical protein, equivalent to Q9K547 HYPOTHETICAL + 10.3 KDA PROTEIN (FRAGMENT) from Mycobacterium + paratuberculosis (100 aa), FASTA scores: opt: 498, E(): + 1.7e-26, (77.25% identity in 101 aa overlap). Protein + product from Mb3920c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3920c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible esat-6 like protein esxd" + /protein_id="SIU02552.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J9" + /translation="MADTIQVTPQMLRSTANDIQANMEQAMGIAKGYLANQENVMNPA + TWSGAGVVASHMTATEITNELNKVLTGGTRLAEGLVQAAALMEGHEADSQTAFQALFG + ASHGS" + gene complement(4312853..4314052) + /gene="PPE69" + /locus_tag="BQ2027_MB3921C" + CDS complement(4312853..4314052) + /gene="PPE69" + /locus_tag="BQ2027_MB3921C" + /note="Mb3921c, PPE69, len: 399 aa. Equivalent to Rv3892c, + len: 399 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 399 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PPE family of conserved + proteins, similar to many e.g. O05298|Rv1196|MTCI364.08 + from Mycobacterium leprae (391 aa), FASTA scores: opt: + 348, E(): 2.2e-08, (26.6% identity in 380 aa overlap). + Mb3921c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ppe family protein ppe69" + /protein_id="SIU02553.1" + /db_xref="InterPro:IPR000030" + /db_xref="InterPro:IPR038332" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5J8" + /translation="MPDPGWAARTPEANDLLLKAGTGVGTHLANQTAWTTLGASHHAS + GVASAINTAATAASWLGVGSAASALNVTMLNATLHGLAGWVDVKPAVVSTAIAAFETA + NAAMRPAPECMENRDEWGVDNAINPSVLWTLTPRIVSLDVEYFGVMWPNNAAVGATYG + GVLAALAESLAIPPPVATMGASPAAPAQAAAAVGQAAAEAAAGDGMRSAYQGVQAGST + GAGQSTSAGENFGNQLSTFMQPMQAVMQAAPQALQAPSGLMQAPMSAMQPLQSMVGMF + ANPGALGMGGAAPGASAASAAGGISAAATEVGAGGGGAALGGGGMPATSFTRPVSAFE + SGTSGRPVGLRPSGALGADVVRAPTTTVGGTPIGGMPVGHAAGGHRGSHGKSEQAATV + RVVDDRR" + gene complement(4314131..4314364) + /gene="PE36" + /locus_tag="BQ2027_MB3922C" + CDS complement(4314131..4314364) + /gene="PE36" + /locus_tag="BQ2027_MB3922C" + /note="Mb3922c, PE36, len: 77 aa. Equivalent to Rv3893c, + len: 77 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 77 aa overlap). Member of the + Mycobacterium tuberculosis PE family of conserved + proteins, similar to other e.g. O53690|Rv0285|MTV035.13 + from Mycobacterium tuberculosis (102 aa), FASTA scores: + opt: 136, E(): 0.042, (35.6% identity in 73 aa overlap). + Mb3922c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="pe family protein pe36" + /protein_id="SIU02554.1" + /db_xref="InterPro:IPR000084" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M8" + /translation="MVWSVQPEAVLASAAAESAISAETEAAAAGAAPALLSTTPMGGD + PDSAMFSAALNACGASYLGVVAEHASQRGLFAG" + gene complement(4314631..4316316) + /gene="eccc2" + /locus_tag="BQ2027_MB3923C" + CDS complement(4314631..4316316) + /gene="eccc2" + /locus_tag="BQ2027_MB3923C" + /note="Mb3923c, -, len: 561 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3894c, len: 1396 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 561 aa overlap). + Possible conserved membrane protein (possible + transmembrane segments from aa ~37-85), similar to + Q9CD30|ML2535 HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium + leprae (1329 aa), FASTA scores: opt: 652, E(): 2.2e-30, + (27.85% identity in 1425 aa overlap); Q9CDD7|ML0052 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (597 aa), + FASTA scores: opt: 537, E(): 6.6e-24, (27.5% identity in + 585 aa overlap) (similarity only with C-terminal end); + Q9Z5I2|ML1543|MLCB596.28 POSSIBLE SPOIIIE-FAMILY MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (1345 aa), FASTA scores: + opt: 523, E(): 8.6e-23, (31.65% identity in 1412 aa + overlap). Also similar to various proteins e.g. + O86653|SC3C3.20c ATP/GTP BINDING PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (1321 aa), FASTA scores: opt: 973, E(): + 2.8e-49, (28.1% identity in 1409 aa); Q9L0T6|SCD35.15c + PUTATIVE CELL DIVISION-RELATED PROTEIN from Streptomyces + coelicolor(1525 aa), FASTA scores: opt: 524, E(): 8.3e-23, + (24.95% identity in 1450 aa overlap); Q9KE81|BH0975 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (1489 aa), + FASTA scores: opt: 444, E(): 4.1e-18, (22.5% identity in + 1346 aa overlap); etc. Also similar to AAK46103|MT1833 + FTSK/SPOIIIE FAMILY PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (1391 aa), FASTA scores: opt: + 769, E(): 2.9e-37, (30.6% identity in 1434 aa overlap); + and other hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53689|Rv0284|MTV035.12 (1330 aa), FASTA + scores: opt: 634, E(): 2.5e-29, (28.2% identity in 1443 aa + overlap); O06264|Rv3447c|MTCY77.19c (1236 aa), FASTA + scores: opt: 632, E(): 3.1e-29, (28.75% identity in 1391 + aa overlap); O69736|R3871|MTV027.06 (591 aa), FASTA + scores: opt: 588, E(): 6.6e-27, (27.75% identity in 605 aa + overlap) (similarity only with C-terminal end); etc. + Contains two possible (PS00017) ATP/GTP-binding sites + (P-loop) in central portion. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, Rv3894c exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c), splits Rv3894c into 2 parts, Mb3923c and + Mb3924c. Protein product from Mb3923c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3923c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN [SECOND + PART]" + /protein_id="SIU02555.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6Y5" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR023837" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Y5" + /translation="MAAYRGKPWHVDYGQNPGLMFPVGVMDIPEESQQVVHAVDALRS + NIIVVGAKQRGKTTTLMALMCSAATMYTPERVTFFCIGGATMAQIGSLPHVTDIVSPK + DAEGIERILSTMDALIDAREEAFRRAKIDMDGFRERRFGIGGDGVGGTDPTDAFGDVF + VVLDDYDDLYAKDTLLGDRIISLSSRGPEYGVHLMCSAGGWIHGQRQSLLQNVTARIQ + LRLADPGESQMGHLSIESREAARRTLNRPGFGLTESLHELRIGVPALADPGTGELVGI + TDVGARIADVAGVTKHASLQRLPQRVELSAIVEHEAVHQGGDDLSIAFAIGERHELGP + VPIKLRESPGLMILGRQGCGKTTALVAIGEAVMNRFSPQQAQLTLIDPKTAPHGLRDL + HAPGYVRAYAYDQDEIDEVITELAQQILLPRLPPKGLSQEELRALKPWEGPRHFVLID + DVQDLRPAQSYPQKPPVGAALWKLMERARQVGLHVFSTRNSANWATMPMDPWVKSQTS + AKVAQLYMDNDPQNRINRSVRAQTLPPGRGLLVGADGDVEGILVGYPSVPGEQ" + gene complement(4316321..4318822) + /gene="eccc2" + /locus_tag="BQ2027_MB3924C" + CDS complement(4316321..4318822) + /gene="eccc2" + /locus_tag="BQ2027_MB3924C" + /note="Mb3924c, -, len: 833 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3894c, len: 1396 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (99.9% identity in 771 aa overlap). Possible + conserved membrane protein (possible transmembrane + segments from aa ~37-85), similar to Q9CD30|ML2535 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Mycobacterium leprae (1329 aa), + FASTA scores: opt: 652, E(): 2.2e-30, (27.85% identity in + 1425 aa overlap); Q9CDD7|ML0052 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (597 aa), FASTA scores: opt: 537, + E(): 6.6e-24, (27.5% identity in 585 aa overlap) + (similarity only with C-terminal end); + Q9Z5I2|ML1543|MLCB596.28 POSSIBLE SPOIIIE-FAMILY MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (1345 aa), FASTA scores: + opt: 523, E(): 8.6e-23, (31.65% identity in 1412 aa + overlap). Also similar to various proteins e.g. + O86653|SC3C3.20c ATP/GTP BINDING PROTEIN from Streptomyces + coelicolor (1321 aa), FASTA scores: opt: 973, E(): + 2.8e-49, (28.1% identity in 1409 aa); Q9L0T6|SCD35.15c + PUTATIVE CELL DIVISION-RELATED PROTEIN from Streptomyces + coelicolor(1525 aa), FASTA scores: opt: 524, E(): 8.3e-23, + (24.95% identity in 1450 aa overlap); Q9KE81|BH0975 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Bacillus halodurans (1489 aa), + FASTA scores: opt: 444, E(): 4.1e-18, (22.5% identity in + 1346 aa overlap); etc. Also similar to AAK46103|MT1833 + FTSK/SPOIIIE FAMILY PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis strain CDC1551 (1391 aa), FASTA scores: opt: + 769, E(): 2.9e-37, (30.6% identity in 1434 aa overlap); + and other hypothetical proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53689|Rv0284|MTV035.12 (1330 aa), FASTA + scores: opt: 634, E(): 2.5e-29, (28.2% identity in 1443 aa + overlap); O06264|Rv3447c|MTCY77.19c (1236 aa), FASTA + scores: opt: 632, E(): 3.1e-29, (28.75% identity in 1391 + aa overlap); O69736|R3871|MTV027.06 (591 aa), FASTA + scores: opt: 588, E(): 6.6e-27, (27.75% identity in 605 aa + overlap) (similarity only with C-terminal end); etc. + Contains two possible (PS00017) ATP/GTP-binding sites + (P-loop) in central portion. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, Rv3894c exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + insertion (*-c), splits Rv3894c into 2 parts, Mb3923c and + Mb3924c." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN [FIRST + PART]" + /protein_id="SIU02556.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5T2" + /db_xref="InterPro:IPR002543" + /db_xref="InterPro:IPR023836" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5T2" + /translation="MSKKAFPINRVNIDPPKPVRVAPNPPIALPEREPRNIWVMIGVP + ALIVALIGTIVMLYVSGVRSLATGFFPLMGIGAFSMLAFSGRFGRARKITWGELEKGR + RRYLRDLDTNRDEIQTAVCAQREWQNAVHSDPPGLGAIIGGPRMWERGRGDVDFLEVR + VGTGVQHAPDSVLSVTWPDISSDEELEPVTGQALRDFILEQRKIRDIAKVVNLRSAPG + FSFVSEDLDRVRSLMRSVLCSLAVFHNPRDVKLMVVTRNPEVWAWMVWLPHNLHDELF + DACGWRRLIFATPEELEAALGAELHMKGKRGAWTPPTVASPTAMGSALETGQVGVDLG + PHLVIVDDNTGSPDAWESVVGQVGKAGLTVLRIASRVGTGVGFAEDQVFEMAQRHGAA + TAVKAGRDGADADDDQRPAPLLRARGTFFAHADQLSIHRAYRYARAMARWSPTSRSEV + TDSTSGAAELLRSLGISDPRELDVDRLWAERRGRGDDRWCEIPVGAKPNGELQNIILR + AKDFGGFGFHSVVIGTSGSGKSELFLSLVYGIALTHSPETFNVIFVDMKFESAAQDIL + GIPHVVAALSNLGKDERHLAERMRRVIDGEIKQRYELFKSVGARDANDYEEIRLAGRD + LPPVPVLLVIVDEYLELFANHKKWIDLIIHIGQEGRGANVFFMLGGQRLDLSSLQKVK + SNIAFRIALRAESGDDSREVIGSDAAYHLPSKENGFALLKVGPRDLEPFRCFYLSAPF + VVPKKKEVARTIDMTLTQPRLYDWQYQPLDARRRRGIGDRRGRRCGTRRIPLLRRRFQ + EEEDRRRAAGVAIQRAAPIAAPAVVGAAGRPRAGR" + gene complement(4318823..4320310) + /gene="eccb2" + /locus_tag="BQ2027_MB3925C" + CDS complement(4318823..4320310) + /gene="eccb2" + /locus_tag="BQ2027_MB3925C" + /note="Mb3925c, -, len: 495 aa. Equivalent to Rv3895c, + len: 495 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.8% identity in 495 aa overlap). Possible conserved + membrane protein, highly similar to two CONSERVED MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae: + Q9Z5I3|ML1544|MLCB596.27 (506 aa), FASTA scores: opt: + 1070, E(): 1.4e-53, (39.8% identity in 485 aa overlap); + and Q9CD29|ML2536 (552 aa), FASTA scores: opt: 483, E(): + 4e-20, (36.85% identity in 499 aa overlap). Also highly + similar to various proteins from Mycobacterium + tuberculosis e.g. O53933|Rv1782|MTV049.04 HYPOTHETICAL + PROTEIN (506 aa), FASTA scores: opt: 1106, E(): 1.2e-55, + (41.25% identity in 485 aa overlap); + O69734|Rv3869|MTV027.04 HYPOTHETICAL PROTEIN (480 aa), + FASTA scores: opt: 795, E(): 6.1e-38, (36.0% identity in + 486 aa overlap); O33088|ML0054|MLCB628.17c PUTATIVE + MEMBRANE PROTEIN) (481 aa), FASTA scores: opt: 740, E(): + 8.3e-35, (35.65% identity in 485 aa overlap); etc. Protein + product from Mb3925c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3925c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="esx conserved component eccb2. esx-2 type vii + secretion system protein. probable membrane protein." + /protein_id="SIU02557.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5K7" + /db_xref="InterPro:IPR007795" + /db_xref="InterPro:IPR042485" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K7" + /translation="MPLSLSNRDQNSGHLFYNRRLRAATTRFSVRMKHDDRKQTAALA + LSMVLVAIAAGWMMLLNVLKPTGIVGDSAIIGDRDSGALYARIDGRLYPALNLTSARL + ATGTAGQPTWVKPAEIAKYPTGPLVGIPGAPAAMPVNRGAVSAWAVCDTAGRPRSADK + PVVTSIAGPITGGGRATHLRDDAGLLVTFDGSTYVIWGGKRSQIDPTNRAVTLSLGLD + PGVTSPIQISRALFDGLPATEPLRVPAVPEAGTPSTWVPGARVGSVLQAQTAGGGSQF + YVLLPDGVQKISSFVADLLRSANSYGAAAPRVVTPDVLVHTPQVTSLPVEYYPAGRLN + FVDTAADPTTCVSWEKASTGPQARVAVYNGRGLPVPPSMDSRIVRLVRDDRAPASVVA + TQVLVLPGAANFVTSTSGVITAESRESLFWVSGNGVRFGIANDEATLRALGLDPGAAV + QAPWPLLRTFAAGPALSRDAALLARDTVPTLGQVAIVTTTAKAGA" + gene complement(4320354..4321220) + /locus_tag="BQ2027_MB3926C" + CDS complement(4320354..4321220) + /locus_tag="BQ2027_MB3926C" + /note="Mb3926c, -, len: 288 aa. Similar to Rv3896c, len: + 302 aa (first GTG taken, although TBparse suggests TTG at + 16079), from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.8% identity in 249 aa overlap). Putative conserved + ala-rich protein. C-terminus highly similar to C-terminal + end of other proteins e.g. Q9XAS4|SC10A7.01 HYPOTHETICAL + 17.2 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor (244 aa), + FASTA scores: opt: 255, E(): 1.4e-08, (32.0% identity in + 222 aa overlap); CAC44611|STBAC16H6.32 PUTATIVE SECRETED + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (172 aa), FASTA + scores: opt: 214, E(): 3.4e-06, (42.55% identity in 94 aa + overlap); Q38352|ORF360 from Lactococcus delbrueckii + bacteriophage LL-H (360 aa), FASTA scores: opt: 211, E(): + 9.5e-06, (40.0% identity in 115 aa overlap); + P54334|XKDO_BACSU|XKDO PHAGE-LIKE ELEMENT PBSX PROTEIN + from Bacillus subtilis (1332 aa), FASTA scores: opt: 209, + E(): 3.6e-05, (38.35% identity in 86 aa overlap); etc. + Also similar to P71594|P71594|Rv0024|MTCY10H4.24 + HYPOTHETICAL 30.3 KDA PROTEIN from Mycobacterium + tuberculosis (281 aa), FASTA scores: opt: 265, E(): + 3.9e-09, (29.25% identity in 287 aa overlap). + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + frameshift due to a single base deletion (t-*) leads to a + product with a different COOH part than in Mycobacterium + tuberculosis (288 aa versus 302 aa). Mb3926c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="putative secreted protein" + /protein_id="SIU02558.1" + /db_xref="InterPro:IPR023346" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K2" + /translation="MSTWHRIGTEGEPLTDPLTTQAIAALSRGHGLFAGGVSGADIDA + PQIQQYANAISWVANAVPTAAAYRWRGAARALRRLANTGEALAQIMAAAQIDHAHART + ATRALLEAAKTDAMALTDTPLGRREAMARMAARLRAQHRHIARCRSRARLLGLRLRRL + RYLRTAAARRPQVTTPGGRAQVLAAVQKALDIKGVHDPAARARWTRGMDLVARRESNY + NANAINHWDSNAARGTPSRGVWQFIAPTFAAITSRARRPTSTIWSPRRARSSTTREAT + TGWPPTHRIWPI" + gene complement(4321370..4322359) + /locus_tag="BQ2027_MB3927C" + CDS complement(4321370..4322359) + /locus_tag="BQ2027_MB3927C" + /note="Mb3927c, -, len: 329 aa. Equivalent to Rv3898c and + Rv3897c, len: 110 aa and 210 aa, from Mycobacterium + tuberculosis strain H37Rv, (100.0% identity in 110 aa + overlap and 98.8% identity in 168 aa overlap). Conserved + hypothetical proteins. Highly similar, but in part, to + Q10691|YK83_MYCTU|Rv2083|MT2145|MTCY49.22 HYPOTHETICAL + 30.8 KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (314 aa) + FASTA scores: opt: 204, E(): 0.00042, (50.6% identity in + 81 aa overlap) and FASTA scores: opt: 815, E(): 4.7e-26, + (73.05% identity in 167 aa overlap). Similarity suggests + it should be in frame with next ORF and that the stop + codon could be read through, the sequence appears to be + correct. Homology lost upstream at 15138 gatc sequence may + suggest discontinuity due to chimerism in cY15F10 or cY49. + Similarity to MTCY49.22 suggests that this is a + continuation of MTCY15F10.14. There is a frameshift + mutation near 3'-end with respect to this sequence as + well, similarity to MTCY49.22 continues in an overlapping + ORF. Sequence appears to be correct. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, Rv3898c and Rv3897c exist as 2 genes. In + Mycobacterium bovis, a single base transition (t-c) leads + to a single product. Protein product from Mb3927c detected + using SWATH mass spectrometry and 0. Mb3927c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02559.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K4" + /translation="MTGDQNPAPGPAPGVPIKVTPEILLQVLTTPPASGPAPFPAVPV + DLPAPADIANGALFAAGNSGVPGDVESSGLEDLDRRAHAADAVQKFSANEADAAQQFQ + GVGAQAEAQGATQMMQQAVSGITGALGGAVGGVMGPLTQLPQQAMQAGQGAMQPLMSA + LQQTYGAEGLDVADGARLVDSIEGEPGLGGEPGAGDVGAGGGGGGTTPTGYLGPPPVP + TSSPPTTPAGAPAKSVTPDPVSGTPRASGPAGMTGMPMVPPGALGAGAEGANKDKPVE + KRVTAPAVPNGQPVKGRLTVPPSVPVKSADDKPVVTKSTRRILVVPNDDKVKE" + gene complement(4322521..4323006) + /locus_tag="BQ2027_MB3928C" + CDS complement(4322521..4323006) + /locus_tag="BQ2027_MB3928C" + /note="Mb3928c, -, len: 161 aa. Equivalent to 3' end of + Rv3899c, len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (100.0% identity in 293 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar in part to + proteins from Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and + CDC1551. Region between aa 29-80 is strictly identical to + P96909 HYPOTHETICAL 15.1 KDA PROTEIN (FRAGMENT) (143 aa) + FASTA scores: opt: 562, E(): 4e-16, (69.0% identity in 142 + aa overlap); and the N-terminal end is highly similar, but + longer 65 aa, to O07266 HYPOTHETICAL 13.7 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) (143 aa), FASTA scores: opt: 562, E(): 4e-16, + (69.0% identity in 142 aa overlap). Highly similar to + C-terminal end of Q10690|YK82_MYCTU|Rv2082|MTCY49.21 + HYPOTHETICAL 73.6 KDA PROTEIN (721 aa), FASTA scores: opt: + 1388, E(): 1.5e-48, (55.25% identity in 409 aa overlap). + And similar to P71599|Rv0029|MTCY10H4.29 HYPOTHETICAL 39.6 + KDA PROTEIN (365 aa), FASTA scores: opt: 403, E(): + 1.7e-09, (33.75% identity in 252 aa overlap). Note that + MTCY15F10.12 and MTCY15F10.13 appear frameshifted with + respect to MTCY49.21 although the sequence appears to be + correct. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, Rv3899c exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single base + deletion (c-*) splits Rv3899c into 2 parts, Mb3928c and + Mb3929c with the former being the more likely product. + Mb3928c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02560.1" + /db_xref="InterPro:IPR040833" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K1" + /translation="MLEPTARRRDADVIDLLGAVVAVAAHESNTYVAEPGPDAPALTG + DRSARSAIPKVDEFGPTLVEAVRRRDSLPRIAQAIALPAVRKTGVLENEAELLHGCIT + AVKESVLKAYPSHELTAVGDWMLLAAIEALIDEQDYLANYHLAWYAVTTRRGGSRGFA + A" + gene complement(4323009..4323752) + /locus_tag="BQ2027_MB3929C" + CDS complement(4323009..4323752) + /locus_tag="BQ2027_MB3929C" + /note="Mb3929c, -, len: 247 aa. Equivalent to 5' end of + Rv3899c, len: 410 aa, from Mycobacterium tuberculosis + strain H37Rv, (90.8% identity in 130 aa overlap). + Conserved hypothetical protein, similar in part to + proteins from Mycobacterium tuberculosis strains H37Rv and + CDC1551. Region between aa 29-80 is strictly identical to + P96909 HYPOTHETICAL 15.1 KDA PROTEIN (FRAGMENT) (143 aa) + FASTA scores: opt: 562, E(): 4e-16, (69.0% identity in 142 + aa overlap); and the N-terminal end is highly similar, but + longer 65 aa, to O07266 HYPOTHETICAL 13.7 KDA PROTEIN + (FRAGMENT) (143 aa), FASTA scores: opt: 562, E(): 4e-16, + (69.0% identity in 142 aa overlap). Highly similar to + C-terminal end of Q10690|YK82_MYCTU|Rv2082|MTCY49.21 + HYPOTHETICAL 73.6 KDA PROTEIN (721 aa), FASTA scores: opt: + 1388, E(): 1.5e-48, (55.25% identity in 409 aa overlap). + And similar to P71599|Rv0029|MTCY10H4.29 HYPOTHETICAL 39.6 + KDA PROTEIN (365 aa), FASTA scores: opt: 403, E(): + 1.7e-09, (33.75% identity in 252 aa overlap). Note that + MTCY15F10.12 and MTCY15F10.13 appear frameshifted with + respect to MTCY49.21 although the sequence appears to be + correct. In Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + Rv3899c (len: 410 aa) exists as a single gene on a single + reading frame. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In + Mycobacterium tuberculosis, Rv3899c exists as a single + gene. In Mycobacterium bovis, a frameshift due to a single + base deletion (c-*) splits Rv3899c into 2 parts, Mb3928c + and Mb3929c with the former being the more likely product. + Mb3929c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02561.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M0" + /translation="MVTGQPAAAGAHSLSEGAMTAMQSGSVPPPQATPPITTPPVVSA + PTMAAGIEATHGPVDTPANTPGAPPASTGTTGPVAPTVVTAGPVAAPAAPVVGGSAVP + AGPLPAYGSDLRPPSWQPPPCPRFLRRPYPARRWRPRRHRPHRRVGRWFLRWSAQPRK + LWLDRLVRARRQWPAPRHCRPPPARRRARYRLGRLSSNAYSESWMPWRARSRESHGRP + GCATTAPPPCWSPIWPAGGFRPTSGCPRT" + gene complement(4323746..4324681) + /locus_tag="BQ2027_MB3930C" + CDS complement(4323746..4324681) + /locus_tag="BQ2027_MB3930C" + /note="Mb3930c, -, len: 311 aa. Equivalent to Rv3900c, + len: 311 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 311 aa overlap). Conserved hypothetical + ala-rich protein, highly similar to N-terminal end of + Q10690|YK82_MYCTU|Rv2082|MTCY49.21 HYPOTHETICAL 73.6 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (721 aa), FASTA + scores: opt: 592, E(): 2.7e-22, (37.15% identity in 280 aa + overlap). Note that MTCY15F10.12 and MTCY15F10.13 appear + frameshifted with respect to MTCY49.21 although the + sequence appears to be correct. Mb3930c found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL ALANINE RICH PROTEIN" + /protein_id="SIU02562.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L5" + /translation="MVAADLPPGRWSAVLVGAWWPAPSAALRAAAQHWATWAMQKQEL + ARNLISQHDLLLRNQGRTAEDLIGRYLRGAKSEVTKAEKYEIKKGAFNTAADAIDYLR + SRLTGIAGEGNKEIDDVLASKKPLPEQLAEIQAIQTRCNADAANASRDAVDKVMTAMQ + EILEAEDIGDDPRTWARANGFNVDDAPPPRLIRENDLAALTGPGARGGSFGSVEGAGD + LASPQSVGAGGFSGSGVQAACSQPAPRAIGASSRHASAGPVPPAPVVTTPAAATPPVI + ATGPRWRCPAGRCRRRPSDRAYRLRRLGNRLRPGW" + gene complement(4324738..4325187) + /locus_tag="BQ2027_MB3931C" + CDS complement(4324738..4325187) + /locus_tag="BQ2027_MB3931C" + /note="Mb3931c, -, len: 149 aa. Equivalent to Rv3901c, + len: 149 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.3% identity in 149 aa overlap). Possible membrane + protein (hydrophobic stretch from ~30-52), showing some + similarity with O53200|Rv2473|MTV008.29 HYPOTHETICAL 25.1 + KDA PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (238 aa), + FASTA scores: opt: 147, E(): 0.036, (31.35% identity in + 134 aa overlap). Mb3931c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE MEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02563.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5K8" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K8" + /translation="MQAANRRSADTICGVTAPAPWPIPRTRSWPAIVVAAIAAVVAVA + ALIVALTNARPAATPATTSVPTYTAAQTAAAQRQLCDTYKLVAHAVPVDTNGSDKALA + RITLTNAAAILDNAAADPALDAKHRDAARASDRLPHNDRNGEWWHSS" + gene complement(4325738..4326268) + /gene="LH57_21250" + /locus_tag="BQ2027_MB3932C" + CDS complement(4325738..4326268) + /gene="LH57_21250" + /locus_tag="BQ2027_MB3932C" + /note="Mb3932c, -, len: 176 aa. Equivalent to Rv3902c, + len: 176 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 176 aa overlap). Hypothetical unknown + protein. Protein product from Mb3932c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3932c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="necrotizing toxin (TNT)" + /protein_id="SIU02564.1" + /db_xref="InterPro:IPR028953" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N5" + /translation="MTIGVDLSTDLQDWIRLSGMNMIQGSETNDGRTILWNKGGEVRY + FIDRLAGWYVITSSDRMSREGYEFAAASMSVIEKYLYGYFGGSVRSERELPAIRAPFQ + PEELMPEYSIGTMTFAGRQRDTLIDSSGTVVAITAADRLVELSHYLDVSVNVIKDSFL + DSEGKPLFTLWKDYKG" + gene complement(4326265..4328805) + /gene="cpnT" + /locus_tag="BQ2027_MB3933C" + CDS complement(4326265..4328805) + /gene="cpnT" + /locus_tag="BQ2027_MB3933C" + /EC_number="3.2.2.5" + /note="Mb3933c, -, len: 846 aa. Equivalent to Rv3903c, + len: 846 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 846 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-, pro-rich protein." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Outer membrane channel protein CpnT (Channel + protein with necrosis-inducing toxin) [Cleaved into: + N-terminal channel domain; Tuberculosis necrotizing toxin + (TNT) (NAD(+) glycohydrolase) (EC ]" + /protein_id="SIU02565.1" + /db_xref="InterPro:IPR025331" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Y7" + /translation="MAPLAVDPAALDSAGGAVVAAGAGLGAVISSLTAALAGCAGMAG + DDPAGAVFGRSYDGSAAALVQAMSVARNGLCNLGDGVRMSAHNYSLAEAMSDVAGRAA + PLPAPPPSGCVGVGAPPSAVGGGGGAPKGWGWVAPYIGMIWPNGDSTKLRAAAVAWRS + AGTQFALTEIQSTAGPMGVIRAQQLPEAGLIESAFADAYASTTAVVGQCHQLAAQLDA + YAARIDAVHAAVLDLLARICDPLTGIKEVWEFLTDQDEDEIQRIAHDIAVVVDQFSGE + VDALAAEITAVVSHAEAVITAMADHAGKQWDRFLHSNPVGVVIDGTGQQLKGFGEEAF + GMAKDSWDLGPLRASIDPFGWYRSWEEMLTGMAPLAGLGGENAPGVVESWKQFGKSLI + HWDEWTTNPNEALGKTVFDAATLALPGGPLSKLGSKGRDILAGVRGLKERLEPTTPHL + EPPATPPRPGPQPPRIEPPESGHPAPAPAAKPAPVPANGPLPHSPTESKPPPVDRPAE + PVAPSSASAGQPRVSAATTPGTHVPHGLPQPGEHVPAQAPPATTLLGGPPVESAPATA + HQPQWATTPAAPAAAPHSTPGGVHSTESGPHGRSLSAHGSEPTHDGASHGSGHGSGSE + PPGLHAPHREQQLAMHSNEPAGEGWHRLSDEAVDPQYGEPLSRHWDFTDNPADRSRIN + PVVAQLMEDPNAPFGRDPQGQPYTQERYQERFNSVGPWGQQYSNFPPNNGAVPGTRIA + YTNLEKFLSDYGPQLDRIGGDQGKYLAIMEHGRPASWEQRALHVTSLRDPYHAYTIDW + LPEGWFIEVSEVAPGCGQPGGSIQVRIFDHQNEMRKVEELIRRGVLRQ" + gene complement(4328810..4329082) + /gene="esxE" + /locus_tag="BQ2027_MB3934C" + CDS complement(4328810..4329082) + /gene="esxE" + /locus_tag="BQ2027_MB3934C" + /standard_name="ES6_12" + /note="Mb3934c, esxE, len: 90 aa. Equivalent to Rv3904c, + len: 90 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (98.9% identity in 90 aa overlap). esxE, putative ESAT-6 + like protein 12, hypothetical unknown ala-rich protein. + BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ESAT-6-like protein EsxE" + /protein_id="SIU02566.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5U3" + /translation="MDPTVLADAVARMAEFGRHVEELVAEIESLVTRLHVTWTGEGAA + AHAEAQRHWAAGEAMMRQALAQLTAAGQSAHANYTGAVATNLGMWS" + gene complement(4329231..4329404) + /gene="esxF" + /locus_tag="BQ2027_MB3935C" + CDS complement(4329231..4329404) + /gene="esxF" + /locus_tag="BQ2027_MB3935C" + /standard_name="ES6_13" + /note="Mb3935c, esxF, len: 57 aa. Equivalent to Rv3905c, + len: 103 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 57 aa overlap). esxF, putative ESAT-6 + like protein 13, hypothetical unknown ala-, gly-rich + protein, ESAT-6 like protein. BELONGS TO THE ESAT6 FAMILY. + REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium bovis, a + single base transition (g-a) introducing a premature stop + codon, leads to a shorter product compared to its homolog + in Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (57 aa versus + 103 aa). Mb3935c found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="ESAT-6-like protein EsxF" + /protein_id="SIU02567.1" + /db_xref="InterPro:IPR010310" + /db_xref="InterPro:IPR036689" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L4" + /translation="MGADDTLRVEPAVMQGFAASLDGAAEHLAVQLAELDAQVGQMLG + GWRGASGSAYGSA" + gene complement(4329470..4329979) + /locus_tag="BQ2027_MB3936C" + CDS complement(4329470..4329979) + /locus_tag="BQ2027_MB3936C" + /note="Mb3936c, -, len: 169 aa. Equivalent to Rv3906c, + len: 169 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 169 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, strongly related to Q50578|AT9S (SOD + related in Escherichia coli) from Mycobacterium + tuberculosis strain AOYAMA B (155 aa), but apparently + different as flanking sequences differ and shorter 43 aa, + FASTA scores: opt: 548, E(): 1.3e-26, (79.4% identity in + 102 aa overlap). Selfmarch results suggest that Rv3906c is + not related to any other hypothetical protein from M. + tuberculosis strain H37Rv except itself. Shows also + similarity with Q9VFR2|CG9297 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Drosophila melanogaster (Fruit fly) (930 aa), FASTA + scores: opt: 221, E(): 4.9e-06, (36.95% identity in 157 aa + overlap); Q9HQ55|CBP|VNG1320G CALCIUM-BINDING PROTEIN + HOMOLOGY from Halobacterium sp. strain NRC-1 (385 aa) + FASTA scores: opt: 143, E(): 0.13, (35.65% identity in 160 + aa overlap); Q24795 CALCIUM-BINDING PROTEIN (FRAGMENT) + from Echinococcus granulosus (338 aa), FASTA scores: opt: + 140, E(): 0.17, (33.95% identity in 156 aa overlap). + Mb3936c found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN" + /protein_id="SIU02568.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5L6" + /db_xref="InterPro:IPR028974" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L6" + /translation="MEYCIAGDDGSAGIWNRPFDVDLDGDGRLDAIGLDLDGDGLRDD + ALADFDGDDVADHAVFDVDNDGTPESYFIDDGSGTWAVAVDRGGQLRWYGLDGVEHTG + GPLVDFDGFGGLDDRLLDTDGDGLADRVLCAGEQRVTGYVDTDGDGRWDVRLTDTDGD + GTADGASSL" + gene complement(4330004..4331446) + /gene="pcnA" + /locus_tag="BQ2027_MB3937C" + CDS complement(4330004..4331446) + /gene="pcnA" + /locus_tag="BQ2027_MB3937C" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3937c, pcnA, len: 480 aa. Equivalent to Rv3907c, + len: 480 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 480 aa overlap). Probable pcnA, + polynucleotide polymerase (EC 2.7.7.19), equivalent to + Q9CCY1|PCNA|ML2697 PCNA PROTEIN from Mycobacterium leprae + (486 aa), FASTA scores: opt: 2713, E(): 4.3e-160, (84.1% + identity in 478 aa overlap); and Q59534|PCNB POLYA + POLYMERASE from Mycobacterium leprae (411 aa) FASTA + scores: opt: 2077, E(): 7.1e-121, (82.55% identity in 373 + aa overlap). Also highly similar to many e.g. + Q9X8T2|SCH24.18 PUTATIVE RNA NUCLEOTIDYLTRANSFERASE from + Streptomyces coelicolor (483 aa), FASTA scores: opt: 1856, + E(): 3.7e-107, (61.55% identity in 455 aa overlap); Q9ZN65 + POLYA POLYMERASE from Prevotella ruminicola (Bacteroides + ruminicola) (479 aa), FASTA scores: opt: 830, E(): + 8.5e-44, (34.85% identity in 445 aa overlap); + P42977|PAPS_BACSU POLY(A) POLYMERASE from Bacillus + subtilis (397 aa), FASTA scores: opt: 479, E(): 3.5e-22, + (29.35% identity in 450 aa overlap); etc. Contains: + PS00017 ATP/GTP-binding site motif A (P-loop), PS00018 + EF-hand calcium-binding domain, and probably less + significant a PS00237 G-protein coupled receptor + signature, and PS00639 Eukaryotic thiol (cysteine) + proteases histidine active site. BELONGS TO THE TRNA + NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / POLY(A) POLYMERASE FAMILY. + Protein product from Mb3937c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3937c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable poly(a) polymerase pcna (polynucleotide + adenylyltransferase) (ntp polymerase) (rna adenylating + enzyme) (poly(a) polymerase)" + /protein_id="SIU02569.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5L0" + /db_xref="InterPro:IPR002646" + /db_xref="InterPro:IPR003607" + /db_xref="InterPro:IPR006674" + /db_xref="InterPro:IPR006675" + /db_xref="InterPro:IPR014065" + /db_xref="InterPro:IPR032828" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L0" + /translation="MPEAVQEADLLTAAAVALNRHAALLRELGSVFAAAGHELYLVGG + SVRDALLGRLSPDLDFTTDARPERVQEIVRPWADAVWDTGIEFGTVGVGKSDHRMEIT + TFRADSYDRVSRHPEVRFGDCLEGDLVRRDFTTNAMAVRVTATGPGEFLDPLGGLAAL + RAKVLDTPAAPSGSFGDDPLRMLRAARFVSQLGFAVAPRVRAAIEEMAPQLARISAER + VAAELDKLLVGEDPAAGIDLMVQSGMGAVVLPEIGGMRMAIDEHHQHKDVYQHSLTVL + RQAIALEDDGPDLVLRWAALLHDIGKPATRRHEPDGGVSFHHHEVVGAKMVRKRMRAL + KYSKQMIDDISQLVYLHLRFHGYGDGKWTDSAVRRYVTDAGALLPRLHKLVRADCTTR + NKRRAARLQASYDRLEERIAELAAQEDLDRVRPDLDGNQIMAVLDIPAGPQVGEAWRY + LKELRLERGPLSTEEATTELLSWWKSRGNR" + gene 4331822..4332568 + /gene="mutt4" + /locus_tag="BQ2027_MB3938" + CDS 4331822..4332568 + /gene="mutt4" + /locus_tag="BQ2027_MB3938" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3938, -, len: 248 aa. Equivalent to Rv3908, len: + 248 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 248 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q50195|ML2698|L222-ORF6 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (251 aa), FASTA scores: opt: 1270, + E(): 3.4e-62, (79.05% identity in 248 aa overlap). Also + similar to O66548|APFA|AQ_158 HYDROLASE from Aquifex + aeolicus (134 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 1.1e-09, + (37.3% identity in 142 aa overlap); and similarity with + other various proteins e.g. O93721 DIADENOSINE + 5'5'''-P1,P4-TETRAPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE from + Pyrobaculum aerophilum (143 aa), FASTA scores: opt: 205, + E(): 0.00017, (34.85% identity in 109 aa overlap); + Q9HS29|APA|VNG0431G DIADENOSINE TETRAPHOSPHATE + PYROPHOSPHOHYDROLASE from Halobacterium sp. strain NRC-1 + (142 aa), FASTA scores: opt: 199, E(): 0.00036, (34.0% + identity in 147 aa overlap); Q9YA58|APE2080 HYPOTHETICAL + 19.2 KDA PROTEIN from Aeropyrum pernix (175 aa) FASTA + scores: opt: 191, E(): 0.0012, (36.9% identity in 141 aa + overlap); etc. Also similar to + P95110|MUTT1|Rv2985|MTCY349.02 HYPOTHETICAL 34.7 KDA + PROTEIN from Mycobacterium tuberculosis (317 aa) FASTA + scores: opt: 224, E(): 3e-05, (34.05% identity in 144 aa + overlap). Protein product from Mb3938 detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3938 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="possible mutator protein mutt4" + /protein_id="SIU02570.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5K6" + /db_xref="InterPro:IPR000086" + /db_xref="InterPro:IPR015797" + /db_xref="InterPro:IPR020084" + /db_xref="InterPro:IPR020476" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5K6" + /translation="MSDGEQAKSRRRRGRRRGRRAAATAENHMDAQPAGDATPTPATA + KRSRSRSPRRGSTRMRTVHETSAGGLVIDGIDGPRDAQVAALIGRVDRRGRLLWSLPK + GHIELGETAEQTAIREVAEETGIRGSVLAALGRIDYWFVTDGRRVHKTVHHYLMRFLG + GELSDEDLEVAEVAWVPIRELPSRLAYADERRLAEVADELIDKLQSDGPAALPPLPPS + SPRRRPQTHSRARHADDSAPGQHNGPGPGP" + gene 4332565..4334973 + /locus_tag="BQ2027_MB3939" + CDS 4332565..4334973 + /locus_tag="BQ2027_MB3939" + /note="Mb3939, -, len: 802 aa. Equivalent to Rv3909, len: + 802 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 802 aa overlap). Conserved hypothetical + protein, equivalent to Q9CCY0|ML2699 PUTATIVE SECRETED + PROTEIN from Mycobacterium leprae (797 aa) FASTA scores: + opt: 3777, E(): 8.8e-206, (72.35% identity in 803 aa + overlap). Note that the N-terminal end is highly similar + to Q50196|L222-ORF7 (286 aa), FASTA scores: opt: 1213, + E(): 2.7e-61, (71.75% identity in 255 aa overlap); and the + C-terminal end is highly similar to Q50197|L222-ORF8 also + from Mycobacterium leprae (512 aa) FASTA scores: opt: + 2375, E(): 9.9e-127, (71.8% identity in 518 aa overlap). + Shows some similarity with N-terminal end of Q9I2M3|PA1874 + HYPOTHETICAL PROTEIN from Pseudomonas aeruginosa (2468 + aa), FASTA scores: opt: 171, E(): 0.13, (22.9% identity in + 672 aa overlap). Protein product from Mb3939 detected + using SWATH mass spectrometry. Mb3939 found to be + expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG01967133: Putative secreted protein" + /protein_id="SIU02571.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N7" + /translation="MTALQLRWAALARVTSAIGVVAGLAMALTVPSAAPHALAGEPSP + TPFVQVRIDQVTPDVVTTSSEPHVTVSGTVTNTGDRPVRDVMVRLEHAAAVTSSTALR + TSLDGGTDQYQPAADFLTVAPELDRGQEAGFTLSAPLRSLTRPSLAVNQPGIYPVLVN + VNGTPDYGAPARLDNARFLLPVVGVPPDQATDFGSAVAPETTAPVWITMLWPLADRPR + LAPGAPGGTVPVRLVDDDLANSLANGGRLDILLSAAEFATNREVDPDGAVGRALCLAI + DPDLLITVNAMTGGYVVSDSPDGAAQLPGTPTHPGTGQAAASSWLDRLRTLVHRTCVT + PLPFAQADLDALQRVNDPRLSAIATISPADIVDRILDVSSTRGATVLPDGPLTGRAIN + LLSTHGSTVAVAAADFSPEEQQGSSQIGSALLPATAPRRLSPRVVAAPFDPAVGAALA + AAGTNPTVPTYLDPSLFVRIAHESITARRQDALGAMLWRSLEPNAAPRTQILVPPASW + SLASDDAQVILTALATAIRSGLAVPRPLPVVIADAAARTEPPEPPGAYSAARGRFNDD + ITTQIGGQVARLWKLTSALTIDDRTGLTGVQYTAPLREDMLRALSQSLPPDTRNGLAQ + QRLAVVGKTIDDLFGAVTIVNPGGSYTLATEHSPLPLALHNGLAVPIRVRLQVDAPPG + MTVADVGQIELPPGYLPLRVPIEVNFTQRVAVDVSLRTPDGVALGEPVRLSVHSNAYG + KVLFAITLSAAAVLVTLAGRRLWHRFRGQPDRADLDRPDLPTGKHAPQRRAVASRDDE + KHRV" + gene 4334970..4338524 + /locus_tag="BQ2027_MB3940" + CDS 4334970..4338524 + /locus_tag="BQ2027_MB3940" + /note="Mb3940, -, len: 1184 aa. Equivalent to Rv3910, len: + 1184 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.9% identity in 1184 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein (hydrophobic domain ~50-550), + equivalent to Q9CCX9|ML2700 POSSIBLE CONSERVED MEMBRANE + PROTEIN from Mycobacterium leprae (1206 aa), FASTA scores: + opt: 5554, E(): 0, (75.15% identity in 1182 aa overlap); + and highly similar, but shorter 380 aa, to + Q50199|L222-ORF10 from Mycobacterium leprae (784 aa) FASTA + scores: opt: 3297, E(): 5.5e-170, (68.8% identity in 769 + aa overlap); and at the N-terminal end with + Q50198|L222-ORF also from Mycobacterium leprae (379 aa) + FASTA scores: opt: 1955, E(): 5.7e-98, (88.4% identity in + 353 aa overlap) (ORFs 9 and 10 are adjacent on L222). Also + similar in part (principally at the N-terminal end) to + other membrane proteins e.g. Q9X8T0|SCH24.16c PUTATIVE + TRANSMEMBRANE PROTEIN from Streptomyces coelicolor (811 + aa), FASTA scores: opt: 573, E(): 2.8e-23, (31.05% + identity in 573 aa overlap); O05467|MVIN_RHITR INTEGRAL + MEMBRANE PROTEIN VIRULENCE FACTOR MVIN HOMOLOG from + Rhizobium tropici (533 aa), FASTA scores: opt: 468, E(): + 9e-18, (27.1% identity in 524 aa overlap); + P56882|MVIN_RHIME INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN VIRULENCE + FACTOR MVIN HOMOLOG from Rhizobium meliloti (Sinorhizobium + meliloti) (535 aa), FASTA scores: opt: 453, E(): 5.8e-17, + (26.2% identity in 557 aa overlap); etc. Protein product + from Mb3940 detected using shotgun mass spectrometry and + SWATH mass spectrometry. Mb3940 found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02572.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5M2" + /db_xref="InterPro:IPR004268" + /db_xref="InterPro:IPR011009" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M2" + /translation="MRPSPGEVPTASQRQPELSDAALVSHSWAMAFATLISRITGFAR + IVLLAAILGAALASSFSVANQLPNLVAALVLEATFTAIFVPVLARAEQDDPDGGAAFV + RRLVTLATTLLLGATTLSVLAAPLLVRLMLGTNPQVNEPLTTAFAYLLLPQVLVYGLS + SVFMAILNTRNVFGPPAWAPVVNNVVAIATLAVYLAVPGELSVDPVRMGNAKLLVLGI + GTTAGVFAQTAVLLVAIRREHISLRPLWGIDQRLKRFGAMAAAMVLYVLISQLGLVVG + NRIASTAAASGPAIYNYTWLVLMLPFGMIGVTVLTVVMPRLSRNAAADDTPAVLADLS + LATRLTMITLIPTVAFMTVGGPAIGSALFAYGNFGDVDAGYLGAAIALSAFTLIPYAL + VLLQLRVFYAREQPWTPITIIVVITGVKILGSLLAPHITGDPQLVAAYLGLANGLGFL + AGTIVGYYILRRALRPDGGQLIGVGEARTALVTVAASLLAGLLAHVADRLLGLSELTA + HAGSVGSLLRLSVLALIMLPILAAVTLCARVPEARAALDAVRARIRSRRLKTGPQTQN + VLDQSSRPGPVTYPERRRLAPPRGKSVVHEPIRRRPPEQVARAGRAKGPEVIDRPSEN + ASFGAASGAELPRPVADELQLDAPAGRDPGPVSRPHPSDLQNGDLPADAARGPIAFDA + LREPDRESSAPPDDVQLVPGARIANGRYRLLIFHGGVPPLQFWQALDTALDRQVALTF + VDPQGVLPDDVLQETLSRTLRLSRIDKPGVARVLDVVHTRAGGLVVAEWIRGGSLQEV + ADTSPSPVGAIRAMQSLAAAADAAHRAGVALSIDHPSRVRVSIDGDVVLAYPATMPDA + NPQDDIRGIGASLYALLVNRWPLPEAGVRSGLAPAERDTAGQPIEPADIDRDIPFQIS + AVAARSVQGDGGIRSASTLLNLMQQATAVADRTEVLGPIDEAPVSAAPRTSAPNSETY + TRRRRNLLIGIGAGAAVLMVALLVLASVLSRIFGDVSGGLNKDELGLNAPTASTSAAS + SAPPGSVVKPTKVTVFSPDGGADNPGEADLAIDGNPATSWKTDIYTDPVPFPSFKNGV + GLMLQLPQATVVGTVAIDVASTGTKVEIRSASTPTPATLEDTAVLTSATALRPGHNTI + SVEAAAPTSNLLVWISTLGTTDGKSQADISEITIYAAS" + gene 4338559..4339149 + /gene="sigMa" + /locus_tag="BQ2027_MB3941" + CDS 4338559..4339149 + /gene="sigMa" + /locus_tag="BQ2027_MB3941" + /note="Mb3941, sigMa, len: 196 aa. Similar to Rv3911, len: + 222 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (95.8% identity in 168 aa overlap). Possible sigM, + alternative RNA polymerase sigma factor (see citation + below), highly similar to others e.g. Q9S6U3|SCH24.14c + (alias O86856|SIGT) PUTATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + from Streptomyces coelicolor (236 aa), FASTA scores: opt: + 336, E(): 2.8e-13, (41.5% identity in 212 aa overlap); + Q98KG8|MLR1481 PROBABLE RNA POLYMERASE SIGMA SUBUNIT from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (307 aa), FASTA + scores: opt: 221, E(): 2.9e-06, (32.95% identity in 179 aa + overlap); Q9A4S9|CC2751 PUTATIVE RNA POLYMERASE SIGMA + FACTOR from Caulobacter crescentus (186 aa), FASTA scores: + opt: 217, E(): 3.3e-06, (36.95% identity in 138 aa + overlap); etc. Also similarity with other mycobacterial + factors e.g. O06289|SIGE|Rv1221|MTCI61.04 PUTATIVE RNA + POLYMERASE SIGMA FACTOR from Mycobacterium tuberculosis + (257 aa), FASTA scores: opt: 193, E(): 0.00012, (33.15% + identity in 163 aa overlap); and O05735|SIGE PUTATIVE RNA + POLYMERASE SIGMA FACTOR from Mycobacterium avium (251 aa), + FASTA scores: opt: 192, E(): 0.00014, (33.15% identity in + 163 aa overlap). Equivalent to AAK48395|MT4030 RNA + POLYMERASE SIGMA-70 FACTOR from Mycobacterium tuberculosis + strain CDC1551 (196 aa) but without similarity at the + C-terminal end. BELONGS TO THE SIGMA-70 FACTOR FAMILY, ECF + SUBFAMILY. REMARK-M.bovis-M.tuberculosis: In Mycobacterium + tuberculosis, sigM exists as a single gene. In + Mycobacterium bovis, a frameshift due to a 2bp to 1bp + substitution (cg-t) splits sigM into 2 parts, sigMa and + sigMb. Mb3941 found to be expressed during exponential + growth in Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > + 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE ALTERNATIVE RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR + SIGMa [FIRST PART]" + /protein_id="SIU02573.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5L7" + /db_xref="InterPro:IPR007627" + /db_xref="InterPro:IPR013249" + /db_xref="InterPro:IPR013324" + /db_xref="InterPro:IPR013325" + /db_xref="InterPro:IPR014284" + /db_xref="InterPro:IPR036388" + /db_xref="InterPro:IPR039425" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L7" + /translation="MPPPIGYCPAVGFGGRHERSDAELLAAHVAGDRYAFDQLFRRHH + RQLHRLARLTSRTSEDADDALQDAMLSAHRGAGSFRYDAAVSSWLHRIVVNACLDRLR + RAKAHPTAPLEDVYPVADRTAQVETAIAVQRALMRLPVEQRAAVVAVDMQGYSIADTS + RMLGVAEGTVKSRCARARARLARLLGYLNTGVNIRR" + gene 4339242..4340006 + /gene="rsmA" + /locus_tag="BQ2027_MB3943" + CDS 4339242..4340006 + /gene="rsmA" + /locus_tag="BQ2027_MB3943" + /note="Mb3943, -, len: 254 aa. Equivalent to Rv3912, len: + 254 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 254 aa overlap). Hypothetical unknown + ala-rich protein. Mb3943 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="Anti-sigma-M factor RsmA (Regulator of SigM) + (Sigma-M anti-sigma factor RsmA)" + /protein_id="SIU02574.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5P5" + /translation="MSAADKDPDKHSADADPPLTVELLADLQAGLLDDATAARIRSRV + RSDPQAQQILRALNRVRRDVAAMGADPAWGPAARPAVVDSISAALRSARPNSSPGAAH + AARPHVHPVRMIAGAAGLCAVATAIGVGAVVDAPPPAPSAPTTAQHITVSKPAPVIPL + SRPQVLDLLHHTPDYGPPGGPLGDPSRRTSCLSGLGYPASTPVLGAQPIDIDARPAVL + LVIPADTPDKLAVFAVAPHCSAADTGLLASTVVPRA" + gene 4340100..4341107 + /gene="trxB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3944" + CDS 4340100..4341107 + /gene="trxB2" + /locus_tag="BQ2027_MB3944" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3944, trxB2, len: 335 aa. Equivalent to Rv3913, + len: 335 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.7% identity in 335 aa overlap). Probable trxB2, + thioredoxin reductase (EC 1.6.4.5) (see citation below), + equivalent to O30973|TRXB_MYCSM THIOREDOXIN REDUCTASE from + Mycobacterium smegmatis (311 aa), FASTA scores: opt: 1575, + E(): 1.8e-87, (78.35% identity in 305 aa overlap); and + highly similar, but shorter at C-terminus, to + P46843|TRXB_MYCLE|TRXB/A|TRX|ML2703 BIFUNCTIONAL + THIOREDOXIN REDUCTASE/THIOREDOXIN from Mycobacterium + leprae (458 aa), FASTA scores: opt: 1766, E(): 8.7e-99, + (83.25% identity in 328 aa overlap). Also highly similar + to many e.g. P52215|TRXB_STRCO|SCH24.12 from Streptomyces + coelicolor (321 aa), FASTA scores: opt: 1249, E(): + 7.2e-68, (60.4% identity in 313 aa overlap); + Q9Z8M4|TRXB_CHLPN from Chlamydia pneumoniae (Chlamydophila + pneumoniae) (311 aa), FASTA scores: opt: 978, E(): + 1.3e-51, (49.85% identity in 307 aa overlap); + P09625|TRXB_ECOLI|B0888 from Escherichia coli strain K12 + (320 aa), FASTA scores: opt: 948, E(): 8.6e-50, (49.2% + identity in 309 aa overlap); etc. Contains PS00573 + Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II + active site. BELONGS TO THE PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE + OXIDOREDUCTASES CLASS-II. COFACTOR: FAD (BY SIMILARITY). + Protein product from Mb3944 detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3944 found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE THIOREDOXIN REDUCTASE TRXB2 (TRXR) + (TR)" + /protein_id="SIU02575.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y6Y8" + /db_xref="InterPro:IPR005982" + /db_xref="InterPro:IPR008255" + /db_xref="InterPro:IPR023753" + /db_xref="InterPro:IPR036188" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y6Y8" + /translation="MTAPPVHDRAHHPVRDVIVIGSGPAGYTAALYAARAQLAPLVFE + GTSFGGALMTTTGVENYPGFRNGITGPELMDEMREQALRFGADLRMEDVESVSLHGPL + KSVVTADGQTHRARAVILAMGAAARYLQVPGEQELLGRGVSSCATCDGFFFRDQDIAV + IGGGDSAMEEATFLTRFARSVTLVHRRDEFRASKIMLDRARNNDKIRFLTNHTVVAVD + GDTTVTGLRVRDTNTGAETTLPVTGVFVAIGHEPRSGLVREAIDVDPDGYVLVQGRTT + STSLPGVFAAGDLVDRTYRQAVTAAGSGCAAAIDAERWLAEHAATGEADSTDALIGAQ + R" + gene 4341104..4341454 + /gene="trxC" + /locus_tag="BQ2027_MB3945" + CDS 4341104..4341454 + /gene="trxC" + /locus_tag="BQ2027_MB3945" + /standard_name="trx; trxA" + /experiment="experimental evidence, no additional details + recorded" + /note="Mb3945, trxC, len: 116 aa. Equivalent to Rv3914, + len: 116 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 116 aa overlap). trxC (alternate gene + names: trx, trxA *), thioredoxin (EC 1.-.-.-) (see + citations below), equivalent to O30974|THIO_MYCSM|TRXA + THIOREDOXIN from Mycobacterium smegmatis (112 aa), FASTA + scores: opt: 576, E(): 2.1e-32, (80.2% identity in 111 aa + overlap); and also equivalent to C-terminal end of + P46843|TRXB_MYCLE|TRXB/A|TRX|ML2703 BIFUNCTIONAL + THIOREDOXIN REDUCTASE/THIOREDOXIN from Mycobacterium + leprae (458 aa), FASTA scores: opt: 628, E(): E(): 2e-35, + (82.9% identity in 117 aa overlap). Also highly similar to + many e.g. P80579|THIO_ALIAC from Alicyclobacillus + acidocaldarius (Bacillus acidocaldarius) (105 aa), FASTA + scores: opt: 411, E(): 3e-21, (57.15% identity in 105 aa + overlap); P00275|THI1_CORNE from Corynebacterium nephridii + (105 aa), FASTA scores: opt: 394, E(): 4.3e-20, (56.7% + identity in 97 aa overlap); + P00274|THIO_ECOLI|TRXA|TSNC|FIPA|B3781 from Escherichia + coli and Salmonella typhimurium strain K12 and LT2 + respectively (108 aa), FASTA scores: opt: 364, E(): + 4.7e-18, (54.45% identity in 101 aa overlap); etc. Also + similar to O53162|TRXB|Rv1471|MTV007.18 THIOREDOXIN from + Mycobacterium tuberculosis (123 aa), FASTA scores: E(): + 2.3e-15, (41.9% identity in 93 aa overlap). Contains + PS00194 Thioredoxin family active site. BELONGS TO THE + THIOREDOXIN FAMILY. The product of this CDS is supposed + secreted. In this cas, this protein could exert its free + radical scavenging activity inside macrophages. (*) + Warning: note that Rv1470|MTV007.17 correspond also to + trxA. Protein product from Mb3945 detected using shotgun + mass spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3945 + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="THIOREDOXIN TRXC (TRX) (MPT46)" + /protein_id="SIU02576.1" + /db_xref="GOA:P0A617" + /db_xref="InterPro:IPR005746" + /db_xref="InterPro:IPR013766" + /db_xref="InterPro:IPR017937" + /db_xref="InterPro:IPR036249" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A617" + /translation="MTDSEKSATIKVTDASFATDVLSSNKPVLVDFWATWCGPCKMVA + PVLEEIATERATDLTVAKLDVDTNPETARNFQVVSIPTLILFKDGQPVKRIVGAKGKA + ALLRELSDVVPNLN" + gene 4341564..4342784 + /locus_tag="BQ2027_MB3946" + CDS 4341564..4342784 + /locus_tag="BQ2027_MB3946" + /note="Mb3946, -, len: 406 aa. Equivalent to Rv3915, len: + 406 aa, from Myobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 406 aa overlap). Probable hydrolase + (EC 3.-.-.-), equivalent to Q9CCX8|ML2704 PUTATIVE + HYDROLASE from Mycobacterium leprae (406 aa) FASTA scores: + opt: 2341, E(): 2.7e-138, (86.95% identity in 406 aa + overlap); the N-terminal end is highly similar to Q59535 + N-ACETYMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE (EC 3.5.1.28) from + Mycobacterium leprae (205 aa), FASTA scores: opt: 1046, + E(): 5.7e-58, (84.85% identity in 185 aa overlap). Also + similar to other hydrolases (especially amidases (EC + 3.5.-.-)) e.g. C-terminal end of Q9K6R3|LYTC|BH3665 + N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE (MAJOR AUTOLYSIN) from + Bacillus halodurans (588 aa), FASTA scores: opt: 363, E(): + 4.3e-15, (33.15% identity in 356 aa overlap); + Q9PKC7|TC0539 PUTATIVE N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE + from Chlamydia muridarum (268 aa), FASTA scores: opt: 285, + E(): 1.6e-10, (26.05% identity in 242 aa overlap) (RV3915 + product appears longer 127 aa); Q9S596|PDCA + PENICILLIN-RESISTANT DD-CARBOXYPEPTIDASE (EC 3.4.-.-) from + Myxococcus xanthus (302 aa), FASTA scores: opt: 270, E(): + 1.5e-09, (39.85% identity in 158 aa overlap); etc. Note + that previously known as cwlM. Protein product from Mb3946 + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3946 found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="probable peptidoglycan hydrolase" + /protein_id="SIU02577.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5M1" + /db_xref="InterPro:IPR002477" + /db_xref="InterPro:IPR002508" + /db_xref="InterPro:IPR036365" + /db_xref="InterPro:IPR036366" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M1" + /translation="MPSPRREDGDALRCGDRSAAVTEIRAALTALGMLDHQEEDLTTG + RNVALELFDAQLDQAVRAFQQHRGLLVDGIVGEATYRALKEASYRLGARTLYHQFGAP + LYGDDVATLQARLQDLGFYTGLVDGHFGLQTHNALMSYQREYGLAADGICGPETLRSL + YFLSSRVSGGSPHAIREEELVRSSGPKLSGKRIIIDPGRGGVDHGLIAQGPAGPISEA + DLLWDLASRLEGRMAAIGMETHLSRPTNRSPSDAERAATANAVGADLMISLRCETQTS + LAANGVASFHFGNSHGSVSTIGRNLADFIQREVVARTGLRDCRVHGRTWDLLRLTRMP + TVQVDIGYITNPHDRGMLVSTQTRDAIAEGILAAVKRLYLLGKNDRPTGTFTFAELLA + HELSVERAGRLGGS" + gene complement(4342805..4343539) + /locus_tag="BQ2027_MB3947C" + CDS complement(4342805..4343539) + /locus_tag="BQ2027_MB3947C" + /note="Mb3947c, -, len: 244 aa. Equivalent to Rv3916c, + len: 244 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 244 aa overlap). Conserved + hypothetical protein, equivalent to + Q50200|ML2705|L222-ORF1 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Mycobacterium leprae (259 aa), FASTA scores: opt: 1266, + E(): 2e-74, (76.4% identity in 250 aa overlap). Also + highly similar (but with gaps) to Q9R3S2|STH24.10 + HYPOTHETICAL 22.6 KDA PROTEIN from Streptomyces coelicolor + (205 aa), FASTA scores: opt: 387, E(): 7.5e-18, (40.25% + identity in 231 aa overlap). Protein product from Mb3947c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3947c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="FIG007808: N-acetyltransferase" + /protein_id="SIU02578.1" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5M7" + /translation="MSARITALRLEAFEQLPKHARRCVFWEVDPAILGKDDHLADPEF + EKEAWLSMVMLEWGSCGQVATAVPDERSHAEPPCLGYVLYAPPSAVPRAQRFPTAPVS + ADAVLLTSMGIERGQADDDLPHSLIARVIEELVRRGVRALEAFGRTPAATDLQNPGAV + TPDVRPVLEALGDCCVEHCIIDANFLMDVGFVVVAPHPYFPRLRLELDKGLGWKAEVE + AALERLLENARLQEPIAAGSTAGNTS" + gene complement(4343829..4344863) + /gene="parB" + /locus_tag="BQ2027_MB3948C" + CDS complement(4343829..4344863) + /gene="parB" + /locus_tag="BQ2027_MB3948C" + /note="Mb3948c, parB, len: 344 aa. Equivalent to Rv3917c, + len: 344 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 344 aa overlap). Probable parB, + chromosome partitioning protein, equivalent to + Q50201|PARB_MYCLE|ML2706 PROBABLE CHROMOSOME PARTITIONING + PROTEIN from Mycobacterium leprae (333 aa), FASTA scores: + opt: 1654, E(): 1.6e-88, (78.6% identity in 332 aa + overlap). Also highly similar to to others e.g. + Q9S6U1|STH24.09 PUTATIVE PARTITIONING OR SPORULATION + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (328 aa), FASTA + scores: opt: 966, E(): 9.7e-49, (58.55% identity in 287 aa + overlap) (no similarity on N-terminus); + Q9PB63|PARB_XYLFA|XF2281 PROBABLE CHROMOSOME PARTITIONING + PROTEIN from Xylella fastidiosa (310 aa), FASTA scores: + opt: 598, E(): 1.8e-27, (38.65% identity in 326 aa + overlap); P31857|PARB_PSEPU PROBABLE CHROMOSOME + PARTITIONING PROTEIN from Pseudomonas putida (290 aa), + FASTA scores: opt: 573, E(): 4.6e-26, (40.35% identity in + 322 aa overlap); etc. Contains probable helix-turn-helix + motif at aa 179 to 200 (Score 1150, +3.1 0 SD). BELONGS TO + THE PARB FAMILY. Note that previously known as parA. + Protein product from Mb3948c detected using shotgun mass + spectrometry and SWATH mass spectrometry. Mb3948c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHROMOSOME PARTITIONING PROTEIN PARB" + /protein_id="SIU02579.1" + /db_xref="GOA:P0A5R3" + /db_xref="InterPro:IPR003115" + /db_xref="InterPro:IPR004437" + /db_xref="InterPro:IPR036086" + /db_xref="InterPro:IPR041468" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5R3" + /translation="MTQPSRRKGGLGRGLAALIPTGPADGESGPPTLGPRMGSATADV + VIGGPVPDTSVMGAIYREIPPSAIEANPRQPRQVFDEEALAELVHSIREFGLLQPIVV + RSLAGSQTGVRYQIVMGERRWRAAQEAGLATIPAIVRETGDDNLLRDALLENIHRVQL + NPLEEAAAYQQLLDEFGVTHDELAARIGRSRPLITNMIRLLKLPIPVQRRVAAGVLSA + GHARALLSLEAGPEAQEELASRIVAEGLSVRATEETVTLANHEANRQAHHSDATTPAP + PRRKPIQMPGLQDVAERLSTTFDTRVTVSLGKRKGKIVVEFGSVDDLARIVGLMTTDG + RDKGLHRDAL" + gene complement(4344860..4345903) + /gene="parA" + /locus_tag="BQ2027_MB3949C" + CDS complement(4344860..4345903) + /gene="parA" + /locus_tag="BQ2027_MB3949C" + /note="Mb3949c, parA, len: 347 aa. Equivalent to Rv3918c, + len: 347 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 347 aa overlap). Probable parA, + chromosome partitioning protein, highly similar to + Q9CCX7|PARA|ML2707 PUTATIVE CELL DIVISION PROTEIN from + Mycobacterium leprae (351 aa), FASTA scores: opt: 1679, + E(): 2.9e-93, (78.1% identity in 347 aa overlap). Also + highly similar to others e.g. Q9RFM1|PARA PARA PROTEIN + from Streptomyces coelicolor (357 aa), FASTA scores: opt: + 1197, E(): 2e-64, (60.45% identity in 306 aa overlap); + Q98DZ3|MLL4479|PARA CHROMOSOME PARTITIONING PROTEIN from + Rhizobium loti (Mesorhizobium loti) (266 aa), FASTA + scores: opt: 835, E(): 7.2e-43, (50.95% identity in 257 aa + overlap); O05189|PARA_CAUCR CHROMOSOME PARTITIONING + PROTEIN from Caulobacter crescentus (267 aa), FASTA + scores: opt: 813, E(): 1.5e-41, (51.35% identity in 261 aa + overlap) (has its N-terminus shorter); etc. Equivalent to + AAK48403 from Mycobacterium tuberculosis strain CDC1551 + (381 aa) but shorter 34 aa. Also similar to other M. + tuberculosis proteins: MTCI125.30, FASTA scores: E(): + 4.3e-32, (35.2% identity in 327 aa overlap); and + MTCY07D11.13, FASTA scores: E(): 3e-30, (39.9% identity in + 263 aa overlap). BELONGS TO THE PARA FAMILY. Possible + alternative start site at aa 107. Note that previously + known as parB. Protein product from Mb3949c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3949c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CHROMOSOME PARTITIONING PROTEIN PARA" + /protein_id="SIU02580.1" + /db_xref="InterPro:IPR025669" + /db_xref="InterPro:IPR027417" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5L9" + /translation="MSAPWGPVAAGPSALVRSGQASTIEPFQREMTPPTPTPEAAHNP + TMNVSRETSTEFDTPIGAAAERAMRVLHTTHEPLQRPGRRRVLTIANQKGGVGKTTTA + VNIAAALAVQGLKTLVIDLDPQGNASTALGITDRQSGTPSSYEMLIGEVSLHTALRRS + PHSERLFCIPATIDLAGAEIELVSMVARENRLRTALAALDNFDFDYVFVDCPPSLGLL + TINALVAAPEVMIPIQCEYYALEGVSQLMRNIEMVKAHLNPQLEVTTVILTMYDGRTK + LADQVADEVRQYFGSKVLRTVIPRSVKVSEAPGYSMTIIDYDPGSRGAMSYLDASREL + AERDRPPSAKGRP" + gene complement(4345900..4346574) + /gene="gid" + /locus_tag="BQ2027_MB3950C" + CDS complement(4345900..4346574) + /gene="gid" + /locus_tag="BQ2027_MB3950C" + /note="Mb3950c, gid, len: 224 aa. Equivalent to Rv3919c, + len: 224 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.6% identity in 224 aa overlap). Probable gid + (alternate gene name: gidB), glucose-inhibited division + protein B, equivalent, but shorter 20 aa, to Q9L7M3 + PUTATIVE GIDB (FRAGMENT) from Mycobacterium + paratuberculosis (245 aa), FASTA scores: opt: 1018, E(): + 4.8e-57, (73.95% identity in 211 aa overlap); and + Q50203|GIDB_MYCLE|ML2708 GLUCOSE INHIBITED DIVISION + PROTEIN B from Mycobacterium leprae (245 aa), FASTA + scores: opt: 966, E(): 9.1e-54, (68.4% identity in 212 aa + overlap). Also highly similar to many e.g. + O54571|GIDB_STRCO|STH24.07 from Streptomyces coelicolor + (239 aa), FASTA scores: opt: 654, E(): 3.9e-34, (47.95% + identity in 221 aa overlap); Q9KNG5|VC2774 from Vibrio + cholerae (210 aa), FASTA scores: opt: 300, E(): 6.9e-12, + (38.15% identity in 139 aa overlap); + P17113|GIDB_ECOLI|B3740|Z5240|ECS4682 from Escherichia + coli (several strains) (207 aa), FASTA scores: opt: 287, + E(): 4.5e-11, (34.8% identity in 138 aa overlap); etc. + Contains PS00539 Pyrokinins signature. BELONGS TO THE GIDB + FAMILY. Protein product from Mb3950c detected using SWATH + mass spectrometry. Mb3950c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE GLUCOSE-INHIBITED DIVISION PROTEIN B + GID" + /protein_id="SIU02581.1" + /db_xref="GOA:P59964" + /db_xref="InterPro:IPR003682" + /db_xref="InterPro:IPR029063" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P59964" + /translation="MSPIEPAASAIFGPRLGLARRYAEALAGPGVERGLVGPREVGRL + WDRHLLNCAVIGELLERGDRVVDIGSGAGLPGVPLAIARPDLQVVLLEPLLRRTEFLR + EMVTDLGVAVEIVRGRAEESWVQDQLGGSDAAVSRAVAALDKLTKWSMPLIRPNGRML + AIKGERAHDEVREHRRVMIASGAVDVRVVTCGANYLRPPATVVFARRGKQIARGSARM + ASGGTA" + gene complement(4346706..4347269) + /locus_tag="BQ2027_MB3951C" + CDS complement(4346706..4347269) + /locus_tag="BQ2027_MB3951C" + /note="Mb3951c, -, len: 187 aa. Equivalent to Rv3920c, + len: 187 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (99.5% identity in 187 aa overlap). Hypothetical protein, + similar to JAG protein, equivalent to Q9L7M2 HYPOTHETICAL + 20.1 KDA PROTEIN from Mycobacterium paratuberculosis (183 + aa), FASTA scores: opt: 1004, E(): 7.3e-52, (85.05% + identity in 187 aa overlap); and Q50204|ML2709 + HYPOTHETICAL PROTEIN SIMILAR TO JAG PROTEIN SPOIIIJ + ASSOCIATED PROTEIN IN BACILLUS SUBTILIS from Mycobacterium + leprae (193 aa), FASTA scores: opt: 871, E(): 4.4e-44, + (73.05% identity in 193 aa overlap). Also similar to other + bacterial proteins e.g. O54595|STH24.06|JAG JAG-LIKE + PROTEIN from Streptomyces coelicolor (170 aa), FASTA + scores: opt: 593, E(): 6.7e-28, (62.85% identity in 167 aa + overlap); Q9RCA6|JAG|BH4063 JAG PROTEIN HOMOLOG from + Bacillus halodurans (207 aa), FASTA scores: opt: 282, E(): + 1.1e-09, (35.0% identity in 140 aa overlap); Q9X1H1|TM1460 + PUTATIVE JAG PROTEIN, PUTATIVE from Thermotoga maritima + (221 aa), FASTA scores: opt: 258, E(): 3e-08, (31.9% + identity in 138 aa overlap);Q01620|JAG_BACSU JAG PROTEIN + (SPOIIIJ ASSOCIATED PROTEIN) from Bacillus subtilis (208 + aa), FASTA scores: opt: 196, E(): 0.00012, (28.05% + identity in 139 aa overlap); etc. Protein product from + Mb3951c detected using shotgun mass spectrometry. Mb3951c + found to be expressed during exponential growth in + Sauton's minimal media by RNA-sequencing (TPM > 20)." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RNA-binding protein Jag" + /protein_id="SIU02582.1" + /db_xref="GOA:A0A1R3Y5N8" + /db_xref="InterPro:IPR001374" + /db_xref="InterPro:IPR015946" + /db_xref="InterPro:IPR034079" + /db_xref="InterPro:IPR036867" + /db_xref="InterPro:IPR038008" + /db_xref="InterPro:IPR039247" + /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A0A1R3Y5N8" + /translation="MADADTTDFDVDAEAPGGGVREDTATDADEADDQEERLVAEGEI + AGDYLEELLDVLDFDGDIDLDVEGNRAVVSIDGSDDLNKLVGRGGEVLDALQELTRLA + VHQKTGVWSRLMLDIARWRRRRREELAALADEVARRVAETGDREELVPMTPFERKIVH + DAVAAVPGVHSESEGVEPERRVVVLRD" + gene complement(4347341..4348441) + /locus_tag="BQ2027_MB3952C" + CDS complement(4347341..4348441) + /locus_tag="BQ2027_MB3952C" + /note="Mb3952c, -, len: 366 aa. Equivalent to Rv3921c, + len: 366 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 366 aa overlap). Probable conserved + transmembrane protein, equivalent to Q9L7M1 HYPOTHETICAL + 39.2 KDA PROTEIN from Mycobacterium paratuberculosis (353 + aa), FASTA scores: opt: 2001, E(): 8.4e-100, (83.05% + identity in 366 aa overlap); Q9CCX6|ML2710 PUTATIVE + CONSERVED MEMBRANE PROTEIN from Mycobacterium leprae (380 + aa), FASTA scores: opt: 1929, E(): 6.2e-96, (77.1% + identity in 380 aa overlap); Q50205 CDS 27 on L222 from + Mycobacterium leprae (312 aa) FASTA scores: opt: 1770, + E(): 1.6e-87, (88.2% identity in 288 aa overlap). Also + similar to other e.g. O54569|STH24.05 INNER MEMBRANE + PROTEIN. from Streptomyces coelicolor (431 aa), FASTA + scores: opt: 412, E(): 6.5e-15, (33.45% identity in 266 aa + overlap); O84253|CT251 60 KDA INNER MEMBRANE PROTEIN from + Chlamydia trachomatis (787 aa), FASTA scores: opt: 304, + E(): 6e-09, (27.9% identity in 269 aa overlap); + P29431|60IM_BUCAP 60 KDA INNER-MEMBRANE PROTEIN HOMOLOG + from Buchnera aphidicola (subsp. Schizaphis graminum) (536 + aa), FASTA scores: opt: 282, E(): 6.7e-08, (36.1% identity + in 108 aa overlap); etc. Protein product from Mb3952c + detected using shotgun mass spectrometry and SWATH mass + spectrometry. Mb3952c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN" + /protein_id="SIU02583.1" + /db_xref="GOA:P65627" + /db_xref="InterPro:IPR001708" + /db_xref="InterPro:IPR028055" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P65627" + /translation="MSLLFDFFSLDFIYYPVSWIMWVWYRLFAFVLGPSNFFAWALSV + MFLVFTLRALLYKPFVRQIRTTRQMQELQPQIKALQKKYGKDRQRMALEMQKLQREHG + FNPILGCLPMLAQIPVFLGLYHVLRSFNRTTGGFGQPHLSVIENRLTGNYVFSPVDVG + HFLDANLFGAPIGAYMTQRSGLDAFVDFSRPALIAVGVPVMILAGIATYFNSRASIAR + QSAEAAANPQTAMMNKLALYVFPLGVVVGGPFLPLAIILYWFSNNIWTFGQQHYVFGM + IEKEEEAKKQEAVRRRAANAPAPGAKPKRSPKTAPATNAAAPTEAGDTDDGAESDAST + ERPADTSNPARRNSGPSARTPRPGVRPKKRKR" + gene complement(4348425..4348787) + /locus_tag="BQ2027_MB3953C" + CDS complement(4348425..4348787) + /locus_tag="BQ2027_MB3953C" + /note="Mb3953c, -, len: 120 aa. Equivalent to Rv3922c, + len: 120 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 120 aa overlap). Possible hemolysin, + highly similar to Q9L7M0|YIDD_MYCPA HYPOTHETICAL 12.4 KDA + PROTEIN from Mycobacterium paratuberculosis (115 aa), + FASTA scores: opt: 521, E(): 1.9e-29, (65.2% identity in + 112 aa overlap). Also highly similar to Q44066|HLYA_AERHY + PUTATIVE ALPHA-HEMOLYSIN from Aeromonas hydrophila (85 + aa), FASTA scores: opt: 276, E(): 1.5e-12, (51.45% + identity in 70 aa overlap); and to many bacterial + hypothetical proteins from bacterium e.g. + P22847|YIDD_ECOLI|B3704.1 HYPOTHETICAL PROTEIN from + Escherichia coli strain K12 (85 aa), FASTA scores: opt: + 276, E(): 1.5e-12, (51.45% identity in 70 aa overlap). + Protein product from Mb3953c detected using SWATH mass + spectrometry. Mb3953c found to be expressed during + exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="POSSIBLE HEMOLYSIN" + /protein_id="SIU02584.1" + /db_xref="GOA:P67301" + /db_xref="InterPro:IPR002696" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P67301" + /translation="MSLSRQSCGRVVRVTGRASARGLIFVIQVYRHMLSPLRPASCRF + VPTCSQYAVDALTEYGLLRGSWLTMIRLAKCGPWHRGGWDPIPEGLTTGRSCQTDVDG + ANDDWNPASKRGERESFV" + gene complement(4348784..4349161) + /gene="rnpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3954C" + CDS complement(4348784..4349161) + /gene="rnpA" + /locus_tag="BQ2027_MB3954C" + /note="Mb3954c, rnpA, len: 125 aa. Equivalent to Rv3923c, + len: 125 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 125 aa overlap). rnpA, ribonuclease P + protein component (EC 3.1.26.5) (see citations below), + equivalent, but longer ~10 aa, to P46610|RNPA_MYCLE|ML2712 + RIBONUCLEASE P PROTEIN COMPONENT from Mycobacterium leprae + (120 aa), FASTA scores: opt: 456, E(): 3.3e-24, (63.0% + identity in 119 aa overlap); and Q9L7L9|RNPA from + Mycobacterium paratuberculosis (119 aa), FASTA scores: + opt: 426, E(): 3.5e-22, (60.65% identity in 122 aa + overlap). Also similar to many e.g. P25817|RNPA_STRBI from + Streptomyces bikiniensis (123 aa), FASTA scores: opt: 174, + E(): 4.2e-05, (36.8% identity in 125 aa overlap); + P25814|RNPA_BACSU from Bacillus subtilis (116 aa) FASTA + scores: opt: 168, E(): 0.0001, (26.85% identity in 108 aa + overlap); P48206|RNPA_STRCO|STH24.03 from Streptomyces + coelicolor (123 aa), FASTA scores: opt: 166, E(): 0.00015, + (37.6% identity in 125 aa overlap); etc. Contains PS00648 + Bacterial Ribonuclease P protein component signature. + BELONGS TO THE RNPA FAMILY. Protein product from Mb3954c + detected using SWATH mass spectrometry. Mb3954c found to + be expressed during exponential growth in Sauton's minimal + media by RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="RIBONUCLEASE P PROTEIN COMPONENT RNPA (RNaseP + PROTEIN) (RNase P PROTEIN) (PROTEIN C5)" + /protein_id="SIU02585.1" + /db_xref="GOA:P0A5X9" + /db_xref="InterPro:IPR000100" + /db_xref="InterPro:IPR014721" + /db_xref="InterPro:IPR020539" + /db_xref="InterPro:IPR020568" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5X9" + /translation="MIATPGLFAVLRARNRMRRSADFETTVKHGMRTVRSDMVVYWWR + GSGGGPRVGLIIAKSVGSAVERHRVARRLRHVAGSIVKELHPSDHVVIRALPSSRHVS + SARLEQQLRCGLRRAVELAGSDR" + gene complement(4349158..4349301) + /gene="rpmH" + /locus_tag="BQ2027_MB3955C" + CDS complement(4349158..4349301) + /gene="rpmH" + /locus_tag="BQ2027_MB3955C" + /note="Mb3955c, rpmH, len: 47 aa. Equivalent to Rv3924c, + len: 47 aa, from Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv, + (100.0% identity in 47 aa overlap). rpmH, 50s ribosomal + protein l34 (see citations below), equivalent to many + mycobacterial 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 e.g. + P46386|RL34_MYCLE|RPMH|ML2713 from Mycobacterium leprae + (47 aa), FASTA scores: opt: 287, E(): 8.5e-17, (91.5% + identity in 47 aa overlap); and Q9L7L8|RL34_MYCPA|RPMH + from M. paratuberculosis (47 aa), FASTA scores: opt: 281, + E(): 2.6e-16, (89.35% identity in 47 aa overlap). Also + highly similar to other ribosomal proteins e.g. + P27901|RL34_STRCO|RPMH|STH24.02 from Streptomyces + coelicolor (45 aa), FASTA scores: opt: 234, E(): 1.4e-12, + (79.05% identity in 43 aa overlap); and + P05647|RL34_BACSU|RPMH from Bacillus subtilis (44 aa) + FASTA scores: opt: 229, E(): 3.7e-12, (72.35% identity in + 47 aa overlap); etc. Contains PS00784 Ribosomal protein + L34 signature. BELONGS TO THE L34P FAMILY OF RIBOSOMAL + PROTEINS. Protein product from Mb3955c detected using + SWATH mass spectrometry. Mb3955c found to be expressed + during exponential growth in Sauton's minimal media by + RNA-sequencing." + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /product="50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 RPMH" + /protein_id="SIU02586.1" + /db_xref="GOA:P0A5W5" + /db_xref="InterPro:IPR000271" + /db_xref="InterPro:IPR020939" + /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A5W5" + /translation="MTKGKRTFQPNNRRRARVHGFRLRMRTRAGRSIVSSRRRKGRRT + LSA" +ORIGIN + 1 ttgaccgatg accccggttc aggcttcacc acagtgtgga acgcggtcgt ctccgaactt + 61 aacggcgacc ctaaggttga cgacggaccc agcagtgatg ctaatctcag cgctccgctg + 121 acccctcagc aaagggcttg gctcaatctc gtccagccat tgaccatcgt cgaggggttt + 181 gctctgttat ccgtgccgag cagctttgtc caaaacgaaa tcgagcgcca tctgcgggcc + 241 ccgattaccg acgctctcag ccgccgactc ggacatcaga tccaactcgg ggtccgcatc + 301 gctccgccgg cgaccgacga agccgacgac actaccgtgc cgccttccga aaatcctgct + 361 accacatcgc cagacaccac aaccgacaac gacgagattg atgacagcgc tgcggcacgg + 421 ggcgataacc agcacagttg gccaagttac ttcaccgagc gcccgcgcaa taccgattcc + 481 gctaccgctg gcgtaaccag ccttaaccgt cgctacacct ttgatacgtt cgttatcggc + 541 gcctccaacc ggttcgcgca cgccgccgcc ttggcgatcg cagaagcacc cgcccgcgct + 601 tacaaccccc tgttcatctg gggcgagtcc ggtctcggca agacacacct gctacacgcg + 661 gcaggcaact atgcccaacg gttgttcccg ggaatgcggg tcaaatatgt ctccaccgag + 721 gaattcacca acgacttcat taactcgctc cgcgatgacc gcaaggtcgc attcaaacgc + 781 agctaccgcg acgtagacgt gctgttggtc gacgacatcc aattcattga aggcaaagag + 841 ggtattcaag aggagttctt ccacaccttc aacaccttgc acaatgccaa caagcaaatc + 901 gtcatctcat ctgaccgccc acccaagcag ctcgccaccc tcgaggaccg gctgagaacc + 961 cgctttgagt gggggctgat cactgacgta caaccacccg agctggagac ccgcatcgcc + 1021 atcttgcgca agaaagcaca gatggaacgg ctcgcgatcc ccgacgatgt cctcgaactc + 1081 atcgccagca gtatcgaacg caatatccgt gaactcgagg gcgcgctgat ccgggtcacc + 1141 gcgttcgcct cattgaacaa aacaccaatc gacaaagcgc tggccgagat tgtgcttcgc + 1201 gatctgatcg ccgacgccaa caccatgcaa atcagcgcgg cgacgatcat ggctgccacc + 1261 gccgaatact tcgacactac cgtcgaagag cttcgcgggc ccggcaagac ccgagcactg + 1321 gcccagtcac gacagattgc gatgtacctg tgtcgtgagc tcaccgatct ttcgttgccc + 1381 aaaatcggcc aagcgttcgg ccgtgatcac acaaccgtca tgtacgccca acgcaagatc + 1441 ctgtccgaga tggccgagcg ccgtgaggtc tttgatcacg tcaaagaact caccactcgc + 1501 atccgtcagc gctccaagcg ctagcacggc gtgttcttcc gacaacgttc ttaaaaaaac + 1561 ttctctctcc caggtcacac cagtcacaga gattggctgt gagtgtcgct gtgcacaaac + 1621 cgcgcacaga ctcatacagt cccggcggtt ccgttcacaa cccacgcctc atccccaccg + 1681 acccaacaca caccccacag tcatcgccac cgtcatccac aactccgacc gacgtcgacc + 1741 tgcaccaaga ccagactgtc cccaaactgc acaccctcta atactgttac cgagatttct + 1801 tcgtcgtttg ttcttggaaa gacagcgctg gggatcgttc gctggatacc acccgcataa + 1861 ctggctcgtc gcggtgggtc agaggtcaat gatgaacttt caagttgacg tgagaagctc + 1921 tacggttgtt gttcgactgc tgttgcggcc gtcgtggcgg gtcacgcgtc atgggcgttc + 1981 gtcgttggca gtccccacgc tagcggggcg ctagccacgg gatcgaactc atcgtgaggt + 2041 gaaagggcgc aatggacgcg gctacgacaa gagttggcct caccgacttg acgtttcgtt + 2101 tgctacgaga gtctttcgcc gatgcggtgt cgtgggtggc taaaaatctg ccagccaggc + 2161 ccgcggtgcc ggtgctctcc ggcgtgttgt tgaccggctc ggacaacggt ctgacgattt + 2221 ccggattcga ctacgaggtt tccgccgagg cccaggttgg cgctgaaatt gtttctcctg + 2281 gaagcgtttt agtttctggc cgattgttgt ccgatattac ccgggcgttg cctaacaagc + 2341 ccgtaggcgt tcatgtcgaa ggtaaccggg tcgcattgac ctgcggtaac gccaggtttt + 2401 cgctaccgac gatgccagtc gaggattatc cgacgctgcc gacgctgccg gaagagaccg + 2461 gattgttgcc tgcggaatta ttcgccgagg caatcagtca ggtcgctatc gccgccggcc + 2521 gggacgacac gctgcctatg ttgaccggca tccgggtcga aatcctcggt gagacggtgg + 2581 ttttggccgc taccgacagg tttcgcctgg ctgttcgaga actgaagtgg tcggcgtcgt + 2641 cgccagatat cgaagcggct gtgctggtcc cggccaagac gctggccgag gccgccaaag + 2701 cgggcatcgg cggctctgac gttcgtttgt cgttgggtac tgggccgggg gtgggcaagg + 2761 atggcctgct cggtatcagt gggaacggca agcgcagcac cacgcgactt cttgatgccg + 2821 agttcccgaa gtttcggcag ttgctaccaa ccgaacacac cgcggtggcc accatggacg + 2881 tggccgagtt gatcgaagcg atcaagctgg ttgcgttggt agctgatcgg ggcgcgcagg + 2941 tgcgcatgga gttcgctgat ggcagcgtgc ggctttctgc gggtgccgat gatgttggac + 3001 gagccgagga agatcttgtt gttgactatg ccggtgaacc attgacgatt gcgtttaacc + 3061 caacctatct aacggacggt ttgagttcgt tgcgctcgga gcgagtgtct ttcgggttta + 3121 cgactgcggg taagcctgcc ttgctacgtc cggtgtccgg ggacgatcgc cctgtggcgg + 3181 gtctgaatgg caacggtccg ttcccggcgg tgtcgacgga ctatgtctat ctgttgatgc + 3241 cggttcggtt gccgggctga gcacttggcg cccgggtagg tgtacgtccg tcatttgggg + 3301 ctgcgtgact tccggtcctg ggcatgtgta gatctggaat tgcatccagg gcggacggtt + 3361 tttgttgggc ctaacggtta tggtaagacg aatcttattg aggcactgtg gtattcgacg + 3421 acgttaggtt cgcaccgcgt tagcgccgat ttgccgttga tccgggtagg taccgatcgt + 3481 gcggtgatct ccacgatcgt ggtgaacgac ggtagagaat gtgccgtcga cctcgagatc + 3541 gccacggggc gagtcaacaa agcgcgattg aatcgatcat cggtccgaag tacacgtgat + 3601 gtggtcggag tgcttcgagc tgtgttgttt gcccctgagg atctggggtt ggttcgtggg + 3661 gatcccgctg accggcggcg ctatctggat gatctggcga tcgtgcgtag gcctgcgatc + 3721 gctgcggtac gagccgaata tgagagggtg gtgcgccagc ggacggcgtt attgaagtcc + 3781 gtacctggag cacggtatcg gggtgaccgg ggtgtgtttg acactcttga ggtatgggac + 3841 agtcgtttgg cggagcacgg ggctgaactg gtggccgccc gcatcgattt ggtcaaccag + 3901 ttggcaccgg aagtgaagaa ggcataccag ctgttggcgc cggaatcgcg atcggcgtct + 3961 atcggttatc gggccagcat ggatgtaacc ggtcccagcg agcagtcaga taccgatcgg + 4021 caattgttag cagctcggct gttggcggcg ctggcggccc gtcgggatgc cgaactcgag + 4081 cgtggggttt gtctagttgg tccgcaccgt gacgacctaa tactgcgact aggcgatcaa + 4141 cccgcgaaag gatttgctag ccatggggag gcgtggtcgt tggcggtggc actgcggttg + 4201 gcggcctatc aactgttacg cgttgatggt ggtgagccgg tgttgttgct cgacgacgtg + 4261 ttcgccgaac tggatgtcat gcgccgtcga gcgttggcga cggcggccga gtccgccgaa + 4321 caggtgttgg tgactgccgc ggtgctcgag gatattcccg ccggctggga cgccaggcgg + 4381 gtgcacatcg atgtgcgtgc cgatgacacc ggatcgatgt cggtggttct gccatgacgg + 4441 gttctgttga ccggcccgac cagaatcgcg gtgagcgatt aatgaagtca ccagggttgg + 4501 atttggtcag gcgcaccctg gacgaagctc gtgctgctgc ccgcgcgcgc ggacaagacg + 4561 ccggtcgagg gcgggtcgct tccgttgcgt cgggtcgggt ggccggacgg cgacgaagct + 4621 ggtcgggtcc ggggcccgac attcgtgatc cacaaccgct gggtaaggcc gctcgtgagc + 4681 tggcaaagaa acgcggctgg tcggtgcggg tcgccgaggg tatggtgctc ggccagtggt + 4741 ctgcggtggt cggccaccag atcgccgaac atgcacgccc gactgcgcta aacgacgggg + 4801 tgttgagcgt gattgcggag tcgacggcgt gggcgacgca gttgaggatc atgcaggccc + 4861 agcttctggc caagatcgcc gcagcggttg gcaacgatgt ggtgcgatcg ctaaagatca + 4921 ccgggccggc ggcaccatcg tggcgcaagg ggcctcgcca tattgccggt aggggtccgc + 4981 gcgacaccta cggataacac gtcgatcggc ccagaacaag gcgctccggt cccggcctga + 5041 gagcctcgag gacgaagcgg atccgtatgc cggacgtcgg gacgcaccag gaagaaagat + 5101 gtccgacgca cggcgcggtt agatgggtaa aaacgaggcc agaagatcgg ccctggcgcc + 5161 cgatcacggt acagtggtgt gcgaccccct gcggcgactc aaccgcatgc acgcaacccc + 5221 tgaggagagt attcggatcg tggctgccca gaaaaagaag gcccaagacg aatacggcgc + 5281 tgcgtctatc accattctcg aagggctgga ggccgtccgc aaacgtcccg gcatgtacat + 5341 tggctcgacc ggtgagcgcg gtttacacca tctcatttgg gaggtggtcg acaacgcggt + 5401 cgacgaggcg atggccggtt atgcaaccac agtgaacgta gtgctgcttg aggatggcgg + 5461 tgtcgaggtc gccgacgacg gccgcggcat tccggtcgcc acccacgcct ccggcatacc + 5521 gaccgtcgac gtggtgatga cacaactaca tgccggcggc aagttcgact cggacgcgta + 5581 tgcgatatct ggtggtctgc acggcgtcgg cgtgtcggtg gttaacgcgc tatccacccg + 5641 gctcgaagtc gagatcaagc gcgacgggta cgagtggtct caggtttatg agaagtcgga + 5701 acccctgggc ctcaagcaag gggcgccgac caagaagacg gggtcaacgg tacggttctg + 5761 ggccgacccc gctgttttcg aaaccacgga atacgacttc gaaaccgtcg cccgccggct + 5821 gcaagagatg gcgttcctca acaaggggct gaccatcaac ctgaccgacg agagggtgac + 5881 ccaagacgag gtcgtcgacg aagtggtcag cgacgtcgcc gaggcgccga agtcggcaag + 5941 tgaacgcgca gccgaatcca ctgcaccgca caaagttaag agccgcacct ttcactatcc + 6001 gggtggcctg gtggacttcg tgaaacacat caaccgcacc aagaacgcga ttcatagcag + 6061 catcgtggac ttttccggca agggcaccgg gcacgaggtg gagatcgcga tgcaatggaa + 6121 cgccgggtat tcggagtcgg tgcacacctt cgccaacacc atcaacaccc acgagggcgg + 6181 cacccacgaa gagggcttcc gcagcgcgct gacgtcggtg gtgaacaagt acgccaagga + 6241 ccgcaagcta ctgaaggaca aggaccccaa cctcaccggt gacgatatcc gggaaggcct + 6301 ggccgctgtg atctcggtga aggtcagcga accgcagttc gagggccaga ccaagaccaa + 6361 gttgggcaac accgaggtca aatcgtttgt gcagaaggtc tgtaatgaac agctgaccca + 6421 ctggtttgaa gccaacccca ccgactcgaa agtcgttgtg aacaaggctg tgtcctcggc + 6481 gcaagcccgt atcgcggcac gtaaggcacg agagttggtg cggcgtaaga gcgccaccga + 6541 catcggtgga ttgcccggca agctggccga ttgccgttcc acggatccgc gcaagtccga + 6601 actgtatgtc gtagaaggtg actcggccgg cggttctgca aaaagcggtc gcgattcgat + 6661 gttccaggcg atacttccgc tgcgcggcaa gatcatcaat gtggagaaag cgcgcatcga + 6721 ccgggtgcta aagaacaccg aagttcaggc gatcatcacg gcgctgggca ccgggatcca + 6781 cgacgagttc gatatcggca agctgcgcta ccacaagatc gtgctgatgg ccgacgccga + 6841 tgttgacggc caacatattt ccacgctgtt gttgacgttg ttgttccggt tcatgcggcc + 6901 gctcatcgag aacgggcatg tgtttttggc acaaccgccg ctgtacaaac tcaagtggca + 6961 gcgcagtgac ccggaattcg catactccga ccgcgagcgc gacggtctgc tggaggcggg + 7021 gctgaaggcc gggaagaaga tcaacaagga agacggcatt cagcggtaca agggtctagg + 7081 tgaaatggac gctaaggagt tgtgggagac caccatggat ccctcggttc gtgtgttgcg + 7141 tcaagtgacg ctggacgacg ccgccgccgc cgacgagttg ttctccatcc tgatgggcga + 7201 ggacgtcgac gcgcggcgca gctttatcac ccgcaacgcc aaggatgttc ggttcctgga + 7261 tgtctaacgc aaccctgcgt tcgattgcaa acgaggaata gatgacagac acgacgttgc + 7321 cgcctgacga ctcgctcgac cggatcgaac cggttgacat ccagcaggag atgcagcgca + 7381 gctacatcga ctatgcgatg agcgtgatcg tcggccgcgc gctgccggag gtgcgcgacg + 7441 ggctcaagcc cgtgcatcgc cgggtgctct atgcaatgtt cgattccggc ttccgcccgg + 7501 accgcagcca cgccaagtcg gcccggtcgg ttgccgagac catgggcaac taccacccgc + 7561 acggcgacgc gtcgatctac gacaccctgg tgcgcatggc ccagccctgg tcgctgcgct + 7621 acccgctggt ggacggccag ggcaacttcg gctcgccagg caatgaccca ccggcggcga + 7681 tgaggtacac cgaagcccgg ctgaccccgt tggcgatgga gatgctgagg gaaatcgacg + 7741 aggagacagt cgatttcatc cctaactacg acggccgggt gcaagagccg acggtgctac + 7801 ccagccggtt ccccaacctg ctggccaacg ggtcaggcgg catcgcggtc ggcatggcaa + 7861 ccaatatccc gccgcacaac ctgcgtgagc tggccgacgc ggtgttctgg gcgctggaga + 7921 atcacgacgc cgacgaagag gagaccctgg ccgcggtcat ggggcgggtt aaaggcccgg + 7981 acttcccgac cgccggactg atcgtcggat cccagggcac cgctgatgcc tacaaaactg + 8041 gccgcggctc cattcgaatg cgcggagttg ttgaggtaga agaggattcc cgcggtcgta + 8101 cctcgctggt gatcaccgag ttgccgtatc aggtcaacca cgacaacttc atcacttcga + 8161 tcgccgaaca ggtccgagac ggcaagctgg ccggcatttc caacattgag gaccagtcta + 8221 gcgatcgggt cggtttacgc atcgtcatcg agatcaagcg cgatgcggtg gccaaggtgg + 8281 tgattaataa cctttacaag cacacccagc tgcagaccag ctttggcgcc aacatgctag + 8341 cgatcgtcga cggggtgccg cgcacgctgc ggctggacca gctgatccgc tattacgttg + 8401 accaccaact cgacgtcatt gtgcggcgca ccacctaccg gctgcgcaag gcaaacgagc + 8461 gagcccacat tctgcgcggc ctggttaaag cgctcgacgc gctggacgag gtcattgcac + 8521 tgatccgggc gtcggagacc gtcgatatcg cccgggccgg actgatcgag ctgctcgaca + 8581 tcgacgagat ccaggcccag gcaatcctgg acatgcagtt gcggcgcctg gccgcactgg + 8641 aacgccagcg catcatcgac gacctggcca aaatcgaggc cgagatcgcc gatctggaag + 8701 acatcctggc aaaacccgag cggcagcgtg ggatcgtgcg tgacgaactc gccgaaatcg + 8761 tggacaggca cggcgacgac cggcgtaccc ggatcatcgc ggccgacgga gacgtcagcg + 8821 acgaggattt gatcgcccgc gaggacgtcg ttgtcactat caccgaaacg ggatacgcca + 8881 agcgcaccaa gaccgatctg tatcgcagcc agaaacgcgg cggcaagggc gtgcagggtg + 8941 cggggttgaa gcaggacgac atcgtcgcgc acttcttcgt gtgctccacc cacgatttga + 9001 tcctgttctt caccacccag ggacgggttt atcgggccaa ggcctacgac ttgcccgagg + 9061 cctcccggac ggcgcgcggg cagcacgtgg ccaacctgtt agccttccag cccgaggaac + 9121 gcatcgccca ggtcatccag atccgcggct acaccgacgc cccgtacctg gtgctggcca + 9181 ctcgcaacgg gctggtgaaa aagtccaagc tgaccgcctt cgactccaat cgctcgggcg + 9241 gaatcgtggc ggtcaacctg cgcgacaacg acgagctggt cggtgcggtg ctgtgttcgg + 9301 ccgacgacga cctgctgctg gtctcggcca acgggcagtc catcaggttc tcggcgaccg + 9361 acgaggcgct gcggccaatg ggtcgtgcca cctcgggtgt gcagggcatg cggttcaata + 9421 tcgacgaccg gctgctgtcg ctgaacgtcg tgcgtgaagg cacctatctg ctggtggcga + 9481 cgtcaggggg ctatgcgaaa cgtaccgcga tcgaggaata cccggtacag ggccgcggcg + 9541 gtaaaggtgt gctgacggtc atgtacgacc gccggcgcgg caggttggtt ggggcgttga + 9601 ttgtcgacga cgacagcgag ctgtatgccg tcacttccgg cggtggcgtg atccgcaccg + 9661 cggcacgcca ggttcgcaag gcgggacggc agaccaaggg tgttcggttg atgaatctgg + 9721 gcgagggcga cacactgttg gccatcgcgc gcaacgccga agaaagtggc gacgataatg + 9781 ccgtggacgc caacggcgca gaccagacgg gcaattaatc aggctcgccc gacgacgatg + 9841 cggatcgcgt agcgatctga ggaggaatcg ggcagctagg ctcggcagcc gggtacgagt + 9901 gttaggagtc ggggtgactg caccgaacga gccgggggcg ctcagcaagg gcgacggccc + 9961 gaatgcggat ggcttggtcg accgtggggg cgcacatcgg gcagcgaccg ggccaggccg + 10021 cataccagat gctggagacc cgccgccgtg gcagcgtgct gcgactcggc aatcccaagc + 10081 ggggcatcgt cagccgccgc cggtatcaca ccctgagggg cgcccgacca acccgcccgc + 10141 cgccgccgat gctcggctga atcgcttcat ctccggtgcg tctgccccgg tgaccggccc + 10201 agccgccgcg gtcaggaccc cgcagccgga tcccgacgct tcgctggggt gtggcgacgg + 10261 ttcccccgcc gaggcctatg ccagcgagct gcccgaccta tccggcccga ctccgcgggc + 10321 cccgcaacgc aaccccgcgc cggcgcgtcc cgcggagggt ggcgcgggat cgagagggga + 10381 ttcggccgcc ggttcgagcg gcggtcgttc gattaccgct gagagtagag acgcccgtgt + 10441 ccagctgtcg gcgcggcgaa gccgcgggcc ggttcgagcc agcatgcaga tccgacggat + 10501 tgatccatgg agcacgttga aggtgtcgct gttgttgtcg gtggcgctgt tcttcgtctg + 10561 gatgatcacg gtcgcgttcc tctacctggt gctcggcggt atgggcgtat gggccaagct + 10621 caacagcaac gtcggtgacc tgttgaacaa cgcgagcggc agcagcgcgg aacttgtctc + 10681 cagcggcacc atcttcggcg gcgcattcct gatcggcttg gtcaacgtcg tcctgatgac + 10741 cgcgcttgcc accatcggtg cgttcgtcta caacctgatc accgatctga tcggcggcat + 10801 cgaagtgacg ctggcagacc gggactaatg ttttgagagt cgggcgccgg ttgcggtaat + 10861 ctcgtcgctc ggccgtacgc gagtacgggc ctatagctca ggcggttaga gcgcttcgct + 10921 gataacgaag aggtcggagg ttcgagtcct cctaggccca cgaccatgtg cccgtcacga + 10981 cgttcggtga ggttcgcatt gccactggcc gcgatcgctg tggcggccat cgtcgtgcgg + 11041 ttccgacgcg gagccgatgt ctggcatgtg gccggcgatc cacctcctga tcacataacc + 11101 ggtgacgaag aggggcctta gctcagttgg 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tcggcggcgg tgactcggca atggaggaag ctaccttcct gacccgattc gctcgcagtg + 4340641 tgacgctggt gcatcgccgc gacgagttcc gggcttccaa aatcatgctc gatcgcgccc + 4340701 gcaacaacga caagatacgg ttcctcacca accacaccgt ggtcgcggtg gacggggaca + 4340761 ccacagtgac cggcttgcgg gtacgcgaca ccaacaccgg tgccgaaacc accctgccgg + 4340821 taaccggtgt tttcgtcgcg atcggccacg agccgcggtc gggcttggtg cgcgaggcca + 4340881 tcgacgtcga cccggacggc tacgtgttgg tgcaggggcg taccaccagc acctcactgc + 4340941 cgggcgtgtt cgctgccggc gacctggtgg atcgcaccta tcgccaggcg gttaccgcag + 4341001 cgggcagtgg ctgcgccgcg gctatcgacg ccgagcgctg gctcgccgag cacgcagcaa + 4341061 ccggagaagc tgacagtacc gacgcattga taggagcaca acgatgaccg attccgagaa + 4341121 gtccgccacc atcaaagtta ccgacgcatc ctttgccacc gacgtgctat ccagcaacaa + 4341181 gcctgtgctg gttgactttt gggcgacatg gtgtggacct tgcaagatgg tagcgcccgt + 4341241 tctcgaggaa atcgccaccg agcgcgcaac agacctcacc gtcgccaagc tcgacgtgga + 4341301 caccaacccg gagaccgccc gcaacttcca ggtcgtctcg atccctaccc tgatcttgtt + 4341361 caaggacggc cagccggtga aacgaatcgt tggcgccaag ggtaaggctg cgttgctgcg + 4341421 cgagctctca gacgtggttc ccaacctcaa ctagcccccg cggttagcct ggggttttcc + 4341481 cgaaatcggc aaggatctgc gacaataccg gttggctggt ccgcattgtc aacgatgtga + 4341541 gctaatcccg gagggccctt ggtatgccga gtccgcgccg cgaagacggc gatgcgctgc + 4341601 gctgtggcga ccgcagtgcg gccgtcaccg agatccgggc tgcgctgacc gcgttaggga + 4341661 tgctggatca tcaggaagaa gacctgacga cgggccgtaa cgtcgccctt gagttgttcg + 4341721 acgcgcagct cgaccaggcg gtccgtgcct tccaacagca tcgcggcctg ctggtggacg + 4341781 gcatcgtcgg tgaggccacc taccgcgcgt tgaaagaagc ctcctaccgg ctcggggccc + 4341841 gcacgctgta ccaccaattc ggcgccccgc tctacgggga cgacgtcgct acactgcagg + 4341901 cccggctgca ggatcttggt ttctacaccg ggctggtcga cggtcatttc gggttgcaga + 4341961 cccacaatgc gttgatgtcc tatcagcgtg agtacggact tgccgcagac ggtatctgcg + 4342021 gcccagaaac gttgcgctcc ttgtactttc taagttcgcg agtcagcggt ggctcgccac + 4342081 atgcgattcg cgaagaagag ctggtccgca gctcggggcc gaagctgtct ggcaaacgga + 4342141 tcatcattga tcccggtcgc ggcggcgtgg accacggact tatcgcgcaa ggtccggctg + 4342201 ggcccatcag cgaagcagac ttgttgtggg acttggcaag tcggctcgaa ggacggatgg + 4342261 cagctatcgg tatggagacc cacctgtccc gtccgaccaa ccgtagtccg tccgacgcag + 4342321 agcgtgccgc caccgccaac gccgttggcg cagacctgat gatcagcctg cgctgcgaga + 4342381 cccagaccag tctcgcggcc aacggcgtgg cttcctttca cttcggcaac tcgcacggct + 4342441 cggtgtctac catcggccgc aatcttgccg atttcattca acgagaagtg gtggcgcgca + 4342501 ccggtttacg ggattgccgt gtgcatggtc gaacgtggga tctgttgcgg ctgaccagga + 4342561 tgccgaccgt tcaggtcgat atcggctaca tcaccaaccc ccacgatcgt gggatgctgg + 4342621 tctcaacgca gacgcgcgat gccatcgccg aaggcattct cgccgcggtc aaacggctgt + 4342681 atctgttagg caagaacgat cggcccaccg gcacattcac tttcgccgag ttgctggccc + 4342741 acgaactgtc tgtcgagcga gcgggtagac tcggcggttc ttaagcccag tggccgcgtg + 4342801 gggtttacga cgtgttgccg gccgtcgacc ccgctgctat cggctcttgc agtcgagcat + 4342861 tctccagcaa gcgttcaaga gcggcctcga cttcggcttt ccaccccagc cctttgtcca + 4342921 gttcgaggcg tagcctcgga aagtacgggt gcggtgccac cacgacgaaa cccacgtcca + 4342981 tcaagaagtt cgcgtcgatg atgcagtgtt cgacacagca gtcgccgagg gcctccaaca + 4343041 ccggccgcac atcaggtgtt accgcgcccg ggttttgcaa atcggtggcc gctggtgtcc + 4343101 ggccgaaagc ttccagcgcc cggacgccgc gccgaaccaa ctcttcaatc acccgggcaa + 4343161 tcagactgtg cggtaagtcg tcatctgctt gcccgcgctc gatgcccatc gacgtaagca + 4343221 gcaccgcgtc cgccgacacc ggcgcggtag gaaaccgctg ggctcgcggc accgcactgg + 4343281 gcggagcgta gagcacatac ccgaggcagg gtggttcggc gtggctgcgc tcatccggga + 4343341 ctgccgttgc gacctgaccg cacgaacccc actccagcat caccatcgac aaccaggctt + 4343401 ccttttcgaa ttcggggtcg gcgaggtggt cgtctttgcc gagaatcgcg gggtcgacct + 4343461 cccagaaaac gcagcgccgc gcatgcttgg ggagctgctc gaaggcttcg agtcgtaacg + 4343521 ctgtgatacg agcggacact agtctcctgg cctccgtgcg gcattgcaac cgatggccct + 4343581 acacctccgc gggccaatgt gcaccagcaa cccttctaga ataagagagt cgatcgctat + 4343641 cgggccagta ttcgcgatgc cactccagcc gacttgcacc gcatcgtgtc cggccggtga + 4343701 caattgtccg gtccattgcc ccgtccaatc tcgaatccgc ttgccgcaca ccgcgtctcc + 4343761 gttgattccc gctccccgca gcgggttggc ttaggcgccg gaaccggcgc gttgtcacag + 4343821 tgacgtaatt acagagcgtc cctgtgcagg cctttatctc ggccatcagt ggtcatcaaa + 4343881 ccgactatgc gcgctaaatc atcgaccgag ccgaactcca ccacaatctt acccttgcgt + 4343941 ttgcccagac tgacggtcac ccgcgtgtca aaggtggtcg atagacgctc agcaacatct + 4344001 tggaggccag gcatctgaat cggcttacgc cgcggcggcg cgggtgtagt cgcgtcgctg + 4344061 tgatgggctt ggcgattggc ctcgtgattg gccagcgtga ccgtctcctc ggtggctcgc + 4344121 accgacaggc cctccgcgac gatccggctc gccagctcct cttgcgcctc cggtccggcc + 4344181 tcgagcgaca gcagggcgcg agcatgcccg gccgacagca cgccggcggc cactcgccgc + 4344241 tgtaccggga tggggagttt gagcaatcgg atcatgttgg tgatcaaggg ccgcgagcgg + 4344301 ccgatgcgcg ccgccagttc atcgtgggtg accccgaatt cgtcgagcaa ttgctggtat + 4344361 gccgccgctt cttctaacgg attcagctgt actcgatgaa tattttccag gagggcgtcg + 4344421 cgcagcagat tatcgtcgcc ggtctcacgc acgatggccg ggatggtggc caagcccgcc + 4344481 tcttgggcag cccgccagcg ccgctccccc atcactatct ggtagcgcac gccggtttgg + 4344541 gatccagcca atgaccgcac cacgatcggc tgcaggagac cgaattcgcg gatggagtgc + 4344601 accaactcgg ccagtgcctc ttcgtcgaac acctgacgcg gctgacgggg attagcctcg + 4344661 atggcgctcg gtgggatttc ccgatagatg gcgcccatca cggaagtgtc cgggaccggt + 4344721 ccgccgatta cgacatctgc cgtggcagat cccatccggg gacccaaggt cggtggcccc + 4344781 gattctccgt ctgccgggcc agtcgggatc agcgcagcca ggccacggcc gaggccaccc + 4344841 tttctgcgtg acggctgggt catggtcgtc ccttcgcgga tggtggtcgg tcacgctcgg + 4344901 caagttcgcg gctcgcgtcg aggtaactca tcgcgccgcg cgaaccggga tcgtaatcga + 4344961 tgatggtcat gctgtagccc ggcgcttcgg aaaccttgac gctgcgtgga atcaccgtcc + 4345021 gcaacacttt gcttccgaaa tactgacgga cctcgtcggc tacttgatcg gcgagctttg + 4345081 tccggccgtc atacatggta aggatcacgg tggtgacctc gagttggggg ttgaggtggg + 4345141 ccttcaccat ctcgatgttg cgcataagct gcgacacacc ctccaacgcg tagtactcgc + 4345201 attggatcgg gatcatcacc tccggtgccg cgacgagtgc gttgatggtc agcagcccca + 4345261 gcgagggcgg gcaatcgacg aaaacgtagt cgaagtcgaa gttgtcgagt gcggccaggg + 4345321 cggtgcgcaa ccggttctcg cgcgccacca tgctcaccaa ttcgatttcg gcgccggcca + 4345381 gatcgatcgt cgccgggatg cagaacagcc gctcgctgtg cgggctgcgc cgtagcgccg + 4345441 tgtgcaacga aacctcgccg ataagcatct cgtaggacga gggtgtgccg gattgccggt + 4345501 cggtgatacc caatgcggtg ctcgcgttgc cctggggatc gagatcgatc acgagtgtct + 4345561 tgaggccctg cacagcaagc gcggcagcga tattgacggc ggtggtcgtc ttaccgaccc + 4345621 cgcccttctg attcgcgatg gtgagcaccc ggcgtcgacc cggccgctgc agcggctcgt + 4345681 gggtggtgtg caggacccgc atcgcacgtt ctgctgcagc gccgatgggg gtgtcgaatt + 4345741 ctgtcgatgt ttcacgtgaa acattcatcg tcggattgtg cgcggcctca ggcgtcggtg + 4345801 tcggtggtgt catttcccgc tggaatggtt cgatagttga agcctggccc gaccttacga + 4345861 gcgcggacgg tccagcggcc accgggcccc acggagcact cacgccgtcc ctccactcgc + 4345921 catccgtgcc gaccctcggg cgatctgctt tccacgtcgc gcgaacacca cggtcgcggg + 4345981 cggacgcaaa tagttcgcgc cacatgtcac caccctgaca tcaaccgcgc ccgatgcgat + 4346041 catcacacgc cggtgctccc gtacttcgtc gtgagcccgc tcgcctttga tggcgagcat + 4346101 tcgcccgttc ggccgtatca acggcatgct ccatttcgtc aacttgtcca acgcggccac + 4346161 cgcccgtgac accgcagcgt cgctgccgcc caattggtcc tgcacccagg actcctcggc + 4346221 gcgcccccgc acgatctcaa cggccacgcc cagatctgtc accatctctc gaagaaactc + 4346281 ggtgcggcgc agtagcggtt ctaggagaac tacctggagg tccggccgcg ctatcgccaa + 4346341 tggcacgccc ggcaacccgg ctccgctacc gatatccacg acccggtcac cgcgttcgag + 4346401 gagctcaccg atcacggcgc agttcagtag atgccggtcc catagcctac cgacttcgcg + 4346461 gggtcccacc agcccccgct ccacaccggg tcccgccaac gcttcggcgt accgccgagc + 4346521 aaggccaagc cgcggtccga agatcgcaga cgccgcgggc tcgatcggag acattacgca + 4346581 ctccgccggc tcgtgaggtc tgtgtcatgt ttcacgtgaa acattctccg ctctcgagac + 4346641 gctggcccag ccgctcggcc acgcatcgct tactgcggcg tcggtcggag ccgctggctc + 4346701 gcgagctagt cgcggagcac aacgactcgg cgttctggct ccacgccttc gctttcgctg + 4346761 tgcacacctg gcaccgctgc aaccgcatcg tggacgatct tccgttcgaa cggcgtcatt + 4346821 ggaacgagtt cctcgcggtc accggtttcg gccactcgcc gcgccacctc gtcggccagc + 4346881 gccgccaatt cctcccggcg ccgccgtcgc cacctcgcga tgtctagcat caaccggctc + 4346941 cacacaccgg tcttctgatg caccgccaac cgggtgagtt cctgcagagc gtcgagcacc + 4347001 tcgcccccgc gcccgaccaa cttgttcagg tcgtcactgc cgtcgatgct caccaccgca + 4347061 cgattgcctt cgacatcgag gtcgatgtcg ccatcgaagt ccaacacgtc caataactct + 4347121 tccaggtagt cgcctgcaat ctcgccctcg gcgaccaatc tctcttcttg atcgtcggcc + 4347181 tcgtcagcat ccgtcgccgt gtcctcccgg acgcctccac ccggtgcttc tgcgtcgacg + 4347241 tcgaagtcgg tggtgtcagc gtcggccatg gcttgctctc ccctcgtctg cgggtgggtt + 4347301 gtgtttgtgg gaccgcctgc ccggctgccc ggaaggattg tcaacgtttg cgttttttcg + 4347361 gtcgcacccc gggccgcggc gtacgggcgc tcgggccgct gttgcgtctg gccggattgg + 4347421 acgtgtcggc tggtcgctca gtgctggcgt ccgactctgc cccgtcatcg gtgtccccgg + 4347481 cttctgttgg ggctgccgca ttggtcgctg gagcggtctt cgggctccgc ttgggcttag + 4347541 ctcccggggc cggcgcgttg gccgcccggc gccggaccgc ctcctgcttt ttggcctcct + 4347601 cctccttttc gatcatgccg aagacgtaat gctgctgccc gaacgtccag atattgttcg + 4347661 agaaccaata caagatgatc gccagtggca ggaacggtcc gccgacgact acgccgagcg + 4347721 gaaatacgta cagcgccagc ttgttcatca tcgcggtctg tggattcgca gccgcctcgg + 4347781 cgctctgccg cgcgatagac gcgcgactgt tgaagtacgt cgcgatgccg gccaagatca + 4347841 tcaccggcac acccaccgcg atcaacgcag ggcgactgaa atcgacgaac gcatccaacc + 4347901 cggaccgttg cgtcatgtac gccccgatcg gagcgccgaa caagttggca tctaggaagt + 4347961 ggccgacgtc gaccgggcta aagacgtagt tcccagtcag tcggttctcg atcaccgaca + 4348021 agtgtggttg accaaagccc ccggtcgtac ggttaaacga gcgcaacaca tgatagagcc + 4348081 caagaaacac cggaatctgc gccagcatcg gcaaacatcc gagaatgggg ttgaagccgt + 4348141 gctcgcgttg cagcttttgc atttcgagcg ccatccgctg acgatccttg ccgtatttct + 4348201 tttgcaaggc cttgatctgt ggttgcagtt cctgcatctg cctggtggtg cgaatctggc + 4348261 gcacgaacgg cttgtacagc agcgcacgca gcgtgaagac caggaacatc accgacaacg + 4348321 cccaggcgaa gaagttggat ggtcctagca caaacgcgaa cagccggtac caaacccaca + 4348381 tgatccacga caccgggtag tagatgaagt cgagactgaa gaaatcaaac aaaagactca + 4348441 cgctcccctc gctttgacgc agggttccag tcgtcgttcg cgccgtcgac gtctgtctgg + 4348501 cagctccggc ctgtcgttaa gccttccggt atcggatccc atcctccccg atgccatggt + 4348561 ccgcactttg cgagcctgat catggtcaac cagcttcccc gcaacaggcc atactcggtg + 4348621 agcgcatcga cggcgtactg actacaggta gggacaaagc ggcacgacgc cggtcgtagc + 4348681 ggcgaaagca tgtgccgata gacctggata acgaaaatca acccccgcgc tgatgctcta + 4348741 ccggtaaccc ggaccacgcg cccacagctt tgcctagaca gactcaccga tcactacctg + 4348801 ccagttcgac agccctccgc aagccgcatc gcagttgctg ctccaaccga gccgaggaga + 4348861 catgccggct gctcggcagc gcgcggatca ccacatgatc ggacgggtgg agttctttga + 4348921 cgatcgaccc agccacgtgc cgcagccgac gtgccacgcg gtggcgttcc acggccgacc + 4348981 ccaccgactt ggcgataatc agtccgacgc gcggcccacc gccactccca cgccaccaat + 4349041 aaacgaccat gtcagaccgc acggtacgca tcccgtgctt caccgttgtt tcaaaatccg + 4349101 ctgaccgcct catgcggttg cgtgcacgaa gcaccgcaaa taagcccggt gttgcaatca + 4349161 agcactgagc gtgcgccgac ccttgcgtcg ccggctggac acaattgacc tcccggcgcg + 4349221 ggtacgcatc cgtaagcgga aaccgtgaac acgagctcgc cgccggttgt tcggctggaa + 4349281 ggtccttttg cccttggtca cgggcgtctc ctcgctatgt ctggcaacat caccatccgg + 4349341 ccactcactg ccttccaact cgattggccc gcgggacagt cggaggtggt tttcgctgct + 4349401 ggccggcgcg gtccctggac taatccaggt cgcagccgca tcgccgactt tcgggcgact + 4349461 gttcgagggt acttacgcgc cttcgcctgg tcaaacctcg cccacccggc aaccgcttca + 4349521 gggcatcctg cccgctaagc tgctcaccat ccgtacaccc gagaccgcca cactcacaaa + 4349581 gaacccacca caacgcaaaa caacggttgg cagccgtacg gaaaactgtt agcttcgggc + 4349641 ggtgtagtta tcacgccgtt tcagcgtgga aacggcactc gacaatcaag cgaggatggc + 4349701 ggatcgacta gcggcccgga caacttgaac cgggtgtttt caacacgagg atcgcgagcc + 4349761 gttgccggta ggttgcggct ggttatcgac ggtactgtcc acatttgtgg atagccatgt + 4349821 ggacagttca cctgcccaca acaacggttg tagctcgacc cggaaccaag acccggaact + 4349881 aacgagaacc agggagatac gtcg +// + diff --git a/resources/genome/temp.py b/resources/genome/temp.py new file mode 100644 index 00000000..a2cb3fee --- /dev/null +++ b/resources/genome/temp.py @@ -0,0 +1,139 @@ +# from Bio import SeqIO +# record = SeqIO.read("NC_002945v4.gb", "genbank") +# for feature in record.features: +# if feature.type == "rRNA": +# print(f"{feature.qualifiers['product'][0]}: {feature.location}") + + + +#!/usr/bin/env python3 +""" +Extract rRNA gene coordinates from Mycobacterium bovis AF2122/97 genome +Reads from local GenBank file: NC_002945v4.gb +Outputs coordinates in BED format suitable for MAGMA pipeline +""" + +from Bio import SeqIO +import sys +import os + +def extract_rrna_coordinates(record): + """Extract rRNA gene coordinates from GenBank record""" + rrna_features = [] + + for feature in record.features: + if feature.type == "rRNA": + # Extract gene information + product = feature.qualifiers.get('product', ['Unknown'])[0] + gene = feature.qualifiers.get('gene', [''])[0] + locus_tag = feature.qualifiers.get('locus_tag', [''])[0] + + # Get coordinates (convert to 0-based for BED format) + start = int(feature.location.start) # Already 0-based in BioPython + end = int(feature.location.end) + strand = '+' if feature.location.strand == 1 else '-' + + rrna_features.append({ + 'gene': gene, + 'product': product, + 'locus_tag': locus_tag, + 'start': start, + 'end': end, + 'strand': strand, + 'length': end - start + }) + + return rrna_features + +def write_bed_file(rrna_features, output_file, genome_name): + """Write coordinates to BED format file""" + with open(output_file, 'w') as f: + # Write header (optional, comment out if not needed) + f.write(f"# rRNA regions for {genome_name}\n") + f.write(f"# Format: chromosome start end name score strand\n") + + for feature in sorted(rrna_features, key=lambda x: x['start']): + # BED format: chrom start end name score strand + f.write(f"{genome_name}\t{feature['start']}\t{feature['end']}\t" + f"{feature['gene']}\t0\t{feature['strand']}\n") + + print(f"\nWrote BED file: {output_file}") + +def write_simple_list(rrna_features, output_file): + """Write coordinates to simple list format (similar to MAGMA)""" + with open(output_file, 'w') as f: + for feature in sorted(rrna_features, key=lambda x: x['start']): + # Format: start-end (or gene:start-end) + f.write(f"{feature['gene']}:{feature['start']}-{feature['end']}\n") + + print(f"Wrote list file: {output_file}") + +def write_magma_format(rrna_features, output_file): + """Write coordinates in MAGMA rRNA.list format""" + with open(output_file, 'w') as f: + for feature in sorted(rrna_features, key=lambda x: x['start']): + # MAGMA format appears to be: start-end + f.write(f"{feature['start']}-{feature['end']}\n") + + print(f"Wrote MAGMA format file: {output_file}") + +def main(): + genbank_file = "NC_002945v4.gb" + genome_name = "NC_002945" # Chromosome name for BED file + + print("="*60) + print("Extracting rRNA coordinates from M. bovis AF2122/97") + print("="*60) + + # Check if file exists + if not os.path.exists(genbank_file): + print(f"\nError: File '{genbank_file}' not found!") + print("Please ensure the GenBank file is in the current directory.") + sys.exit(1) + + # Read GenBank file + print(f"\nReading {genbank_file}...") + try: + record = SeqIO.read(genbank_file, "genbank") + except Exception as e: + print(f"Error reading GenBank file: {e}") + sys.exit(1) + + print(f"\nGenome: {record.description}") + print(f"Length: {len(record.seq):,} bp") + print(f"Accession: {record.id}") + + # Extract rRNA coordinates + rrna_features = extract_rrna_coordinates(record) + + if not rrna_features: + print("\nWarning: No rRNA features found!") + sys.exit(1) + + # Display results + print(f"\nFound {len(rrna_features)} rRNA genes:") + print("-"*80) + print(f"{'Gene':<10} {'Product':<20} {'Start':<10} {'End':<10} {'Length':<8} {'Strand'}") + print("-"*80) + + for feature in sorted(rrna_features, key=lambda x: x['start']): + print(f"{feature['gene']:<10} {feature['product']:<20} " + f"{feature['start']:<10} {feature['end']:<10} " + f"{feature['length']:<8} {feature['strand']}") + + # Write output files + write_bed_file(rrna_features, "Mbovis_rRNA.bed", genome_name) + write_simple_list(rrna_features, "Mbovis_rRNA.list") + write_magma_format(rrna_features, "rRNA.list") # MAGMA-compatible format + + print("\n" + "="*60) + print("Complete! Files created:") + print(" - Mbovis_rRNA.bed (BED format)") + print(" - Mbovis_rRNA.list (Simple list with gene names)") + print(" - rRNA.list (MAGMA format - ready to use!)") + print("="*60) + print("\nThe 'rRNA.list' file is ready to use with MAGMA pipeline") + print("for M. bovis AF2122/97") + +if __name__ == "__main__": + main() diff --git a/resources/regions/Mbovis_rRNA.bed b/resources/regions/Mbovis_rRNA.bed new file mode 100644 index 00000000..b4ed4eb2 --- /dev/null +++ b/resources/regions/Mbovis_rRNA.bed @@ -0,0 +1,5 @@ +# rRNA regions for NC_002945 +# Format: chromosome start end name score strand +NC_002945 1474290 1475827 rrs 0 + +NC_002945 1476102 1479240 rrl 0 + +NC_002945 1479343 1479458 rrf 0 + diff --git a/resources/regions/Mbovis_rRNA.list b/resources/regions/Mbovis_rRNA.list new file mode 100644 index 00000000..5601d84d --- /dev/null +++ b/resources/regions/Mbovis_rRNA.list @@ -0,0 +1,3 @@ +rrs:1474290-1475827 +rrl:1476102-1479240 +rrf:1479343-1479458 diff --git a/resources/regions/snipgenie_mbovis_excluded_loci.list b/resources/regions/snipgenie_mbovis_excluded_loci.list new file mode 100644 index 00000000..04fe0d95 --- /dev/null +++ b/resources/regions/snipgenie_mbovis_excluded_loci.list @@ -0,0 +1,243 @@ +NC_002945v4:80271-80586 +NC_002945v4:103747-105251 +NC_002945v4:105359-106751 +NC_002945v4:131419-132910 +NC_002945v4:149570-151187 +NC_002945v4:306201-307872 +NC_002945v4:331761-332004 +NC_002945v4:331826-334433 +NC_002945v4:334696-337330 +NC_002945v4:337579-340075 +NC_002945v4:340365-341976 +NC_002945v4:350936-352478 +NC_002945v4:362335-364156 +NC_002945v4:367196-370640 +NC_002945v4:370783-376741 +NC_002945v4:425172-435696 +NC_002945v4:467688-469020 +NC_002945v4:531769-533209 +NC_002945v4:544192-545749 +NC_002945v4:623942-625688 +NC_002945v4:625593-625821 +NC_002945v4:673238-677159 +NC_002945v4:834813-835332 +NC_002945v4:837524-839918 +NC_002945v4:840316-843046 +NC_002945v4:848348-850103 +NC_002945v4:850292-852230 +NC_002945v4:925780-926194 +NC_002945v4:926190-928512 +NC_002945v4:928738-931234 +NC_002945v4:968883-970710 +NC_002945v4:977351-978668 +NC_002945v4:1020523-1021795 +NC_002945v4:1025923-1025938 +NC_002945v4:1027344-1027359 +NC_002945v4:1027506-1027555 +NC_002945v4:1027525-1027542 +NC_002945v4:1029781-1029829 +NC_002945v4:1029810-1029827 +NC_002945v4:1090839-1093611 +NC_002945v4:1093827-1094835 +NC_002945v4:1095556-1096930 +NC_002945v4:1161771-1162947 +NC_002945v4:1169847-1169862 +NC_002945v4:1171156-1171171 +NC_002945v4:1188896-1190912 +NC_002945v4:1191244-1193536 +NC_002945v4:1212947-1215272 +NC_002945v4:1217877-1220430 +NC_002945v4:1253015-1254371 +NC_002945v4:1263670-1265527 +NC_002945v4:1277699-1279148 +NC_002945v4:1279242-1279246 +NC_002945v4:1279246-1279263 +NC_002945v4:1280200-1280216 +NC_002945v4:1280216-1280220 +NC_002945v4:1300163-1300661 +NC_002945v4:1300662-1301205 +NC_002945v4:1340626-1341799 +NC_002945v4:1342562-1342570 +NC_002945v4:1342608-1342623 +NC_002945v4:1343917-1343932 +NC_002945v4:1344005-1344013 +NC_002945v4:1386260-1387949 +NC_002945v4:1470597-1470617 +NC_002945v4:1472077-1472097 +NC_002945v4:1490597-1492409 +NC_002945v4:1534886-1536077 +NC_002945v4:1562856-1564476 +NC_002945v4:1573214-1574573 +NC_002945v4:1618945-1620421 +NC_002945v4:1631393-1635620 +NC_002945v4:1636996-1639384 +NC_002945v4:1656763-1657876 +NC_002945v4:1739718-1741755 +NC_002945v4:1778281-1779644 +NC_002945v4:1852120-1855177 +NC_002945v4:1916961-1918340 +NC_002945v4:1921246-1922404 +NC_002945v4:1922443-1923628 +NC_002945v4:1971420-1974576 +NC_002945v4:1993432-1993446 +NC_002945v4:1994648-1994662 +NC_002945v4:1995462-1997337 +NC_002945v4:2020167-2021262 +NC_002945v4:2021653-2022835 +NC_002945v4:2023288-2024341 +NC_002945v4:2034316-2036284 +NC_002945v4:2036864-2038136 +NC_002945v4:2038247-2039639 +NC_002945v4:2039786-2041409 +NC_002945v4:2041442-2041706 +NC_002945v4:2043249-2044461 +NC_002945v4:2044784-2046014 +NC_002945v4:2046145-2046709 +NC_002945v4:2046709-2047558 +NC_002945v4:2056041-2057547 +NC_002945v4:2082731-2084132 +NC_002945v4:2157622-2163355 +NC_002945v4:2163692-2164697 +NC_002945v4:2164779-2166657 +NC_002945v4:2192032-2193394 +NC_002945v4:2209569-2211246 +NC_002945v4:2352604-2353336 +NC_002945v4:2365906-2367301 +NC_002945v4:2372010-2373078 +NC_002945v4:2408168-2409641 +NC_002945v4:2599674-2600916 +NC_002945v4:2608061-2609435 +NC_002945v4:2610172-2612017 +NC_002945v4:2624234-2624420 +NC_002945v4:2665281-2666364 +NC_002945v4:2693239-2693252 +NC_002945v4:2694437-2694450 +NC_002945v4:2699909-2700494 +NC_002945v4:2766512-2767016 +NC_002945v4:2767012-2767960 +NC_002945v4:2767976-2768597 +NC_002945v4:2772465-2775918 +NC_002945v4:2775914-2777444 +NC_002945v4:2799739-2799754 +NC_002945v4:2801048-2801063 +NC_002945v4:2893409-2895050 +NC_002945v4:2906913-2908656 +NC_002945v4:2915467-2916862 +NC_002945v4:2931977-2934314 +NC_002945v4:2943909-2943924 +NC_002945v4:3014939-3016454 +NC_002945v4:3037879-3039064 +NC_002945v4:3040294-3041443 +NC_002945v4:3080146-3080182 +NC_002945v4:3080217-3080253 +NC_002945v4:3080290-3080326 +NC_002945v4:3080364-3080400 +NC_002945v4:3080443-3080479 +NC_002945v4:3080520-3080556 +NC_002945v4:3080594-3080630 +NC_002945v4:3080668-3080704 +NC_002945v4:3080741-3080777 +NC_002945v4:3080815-3080851 +NC_002945v4:3080886-3080922 +NC_002945v4:3080959-3080995 +NC_002945v4:3081032-3081068 +NC_002945v4:3081104-3081140 +NC_002945v4:3081176-3081212 +NC_002945v4:3081250-3081286 +NC_002945v4:3081324-3081360 +NC_002945v4:3081395-3081415 +NC_002945v4:3081412-3081415 +NC_002945v4:3081415-3081443 +NC_002945v4:3080146-3084550 +NC_002945v4:3082742-3082770 +NC_002945v4:3082770-3082773 +NC_002945v4:3082773-3082789 +NC_002945v4:3082829-3082865 +NC_002945v4:3082904-3082940 +NC_002945v4:3082977-3083013 +NC_002945v4:3083053-3083089 +NC_002945v4:3083130-3083166 +NC_002945v4:3083202-3083238 +NC_002945v4:3083274-3083310 +NC_002945v4:3083347-3083383 +NC_002945v4:3083408-3083444 +NC_002945v4:3083485-3083521 +NC_002945v4:3083557-3083593 +NC_002945v4:3083632-3083668 +NC_002945v4:3083706-3083742 +NC_002945v4:3083780-3083816 +NC_002945v4:3083851-3083887 +NC_002945v4:3083926-3083962 +NC_002945v4:3084000-3084036 +NC_002945v4:3084075-3084111 +NC_002945v4:3084147-3084183 +NC_002945v4:3084218-3084254 +NC_002945v4:3084291-3084327 +NC_002945v4:3084363-3084399 +NC_002945v4:3084440-3084476 +NC_002945v4:3084514-3084550 +NC_002945v4:3123195-3125043 +NC_002945v4:3161721-3162948 +NC_002945v4:3249345-3249350 +NC_002945v4:3249350-3249404 +NC_002945v4:3251509-3251563 +NC_002945v4:3251563-3251568 +NC_002945v4:3294866-3294872 +NC_002945v4:3296885-3296891 +NC_002945v4:3337965-3339279 +NC_002945v4:3340346-3341654 +NC_002945v4:3342276-3342284 +NC_002945v4:3342322-3342337 +NC_002945v4:3343631-3343646 +NC_002945v4:3343719-3343727 +NC_002945v4:3442276-3442284 +NC_002945v4:3442357-3442372 +NC_002945v4:3443666-3443681 +NC_002945v4:3443719-3443727 +NC_002945v4:3448659-3449835 +NC_002945v4:3459517-3460663 +NC_002945v4:3461314-3462457 +NC_002945v4:3469608-3470838 +NC_002945v4:3486911-3488681 +NC_002945v4:3488928-3490827 +NC_002945v4:3516207-3516270 +NC_002945v4:3517534-3517597 +NC_002945v4:3691026-3695043 +NC_002945v4:3695091-3699105 +NC_002945v4:3699101-3700721 +NC_002945v4:3701657-3704843 +NC_002945v4:3704839-3711130 +NC_002945v4:3713891-3717551 +NC_002945v4:3717544-3723679 +NC_002945v4:3723736-3725041 +NC_002945v4:3736506-3738387 +NC_002945v4:3756680-3756682 +NC_002945v4:3756682-3756707 +NC_002945v4:3758225-3758250 +NC_002945v4:3758250-3758252 +NC_002945v4:3758348-3760598 +NC_002945v4:3799279-3799816 +NC_002945v4:3835633-3837026 +NC_002945v4:3845176-3846358 +NC_002945v4:3876604-3880687 +NC_002945v4:3880977-3885360 +NC_002945v4:3888266-3894083 +NC_002945v4:3894913-3897892 +NC_002945v4:3916970-3918191 +NC_002945v4:3918332-3920081 +NC_002945v4:3925686-3927126 +NC_002945v4:3945607-3947266 +NC_002945v4:3979030-3980785 +NC_002945v4:3984224-3985703 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+download.timeout = 60 + +#--- +# Basic reference genomes (prevents hg19 error) +#--- +hg19.genome : Homo_sapiens +hg38.genome : Homo_sapiens +mm10.genome : Mus_musculus +mm39.genome : Mus_musculus +dm6.genome : Drosophila_melanogaster + +#--- +# Your custom M. bovis database +#--- +mbovis_AF2122.genome : Mycobacterium_bovis_AF2122_97 diff --git a/resources/snpeff/data/mbovis_AF2122/genes.gff b/resources/snpeff/data/mbovis_AF2122/genes.gff new file mode 100644 index 00000000..940e4e3a --- /dev/null +++ b/resources/snpeff/data/mbovis_AF2122/genes.gff @@ -0,0 +1,8254 @@ +##gff-version 3 +#!gff-spec-version 1.21 +#!processor NCBI annotwriter +##sequence-region Chromosome 1 4349904 +##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=233413 +Chromosome RefSeq region 1 4349904 . + . ID=Chromosome:1..4349904;Dbxref=taxon:233413;Is_circular=true;Name=Mycobacterium_bovis_AF212297;chromosome=Mycobacterium_bovis_AF212297;collection-date=1997;country=United Kingdom;gbkey=Src;genome=chromosome;isolate=AF2122/97;isolation-source=Mycobacterium bovis subsp. bovis strain AF2122/97. This strain is a fully virulent strain that was isolated in 1997 in the UK from a cow suffering necrotic lesions in lung and bronchomediastinal lymph nodes. The strain was also reported to infect and persist in badgers that are considered to be a significant source of bovine infection.;mol_type=genomic DNA;nat-host=Bos taurus +Chromosome RefSeq gene 1 1524 . + . ID=gene-BQ2027_RS00005;Name=dnaA;gbkey=Gene;gene=dnaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00005;old_locus_tag=BQ2027_MB0001 +Chromosome Protein Homology CDS 1 1524 . + 0 ID=cds-WP_010950320.1;Parent=gene-BQ2027_RS00005;Dbxref=GenBank:WP_010950320.1;Name=WP_010950320.1;Ontology_term=GO:0006275,GO:0003688,GO:0005524,GO:0043565;gbkey=CDS;gene=dnaA;go_function=DNA replication origin binding|0003688||IEA,ATP binding|0005524||IEA,sequence-specific DNA binding|0043565||IEA;go_process=regulation of DNA replication|0006275||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214515.1;locus_tag=BQ2027_RS00005;product=chromosomal replication initiator protein DnaA;protein_id=WP_010950320.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2052 3260 . + . ID=gene-BQ2027_RS00010;Name=dnaN;gbkey=Gene;gene=dnaN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00010;old_locus_tag=BQ2027_MB0002 +Chromosome Protein Homology CDS 2052 3260 . + 0 ID=cds-WP_010950321.1;Parent=gene-BQ2027_RS00010;Dbxref=GenBank:WP_010950321.1;Name=WP_010950321.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003677,GO:0003887,GO:0009360;gbkey=CDS;gene=dnaN;go_component=DNA polymerase III complex|0009360||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214516.1;locus_tag=BQ2027_RS00010;product=DNA polymerase III subunit beta;protein_id=WP_010950321.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3280 4437 . + . ID=gene-BQ2027_RS00015;Name=recF;gbkey=Gene;gene=recF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00015;old_locus_tag=BQ2027_MB0003 +Chromosome Protein Homology CDS 3280 4437 . + 0 ID=cds-WP_003400273.1;Parent=gene-BQ2027_RS00015;Dbxref=GenBank:WP_003400273.1;Name=WP_003400273.1;Note=All proteins in this family for which functions are known are DNA-binding proteins that assist the filamentation of RecA onto DNA for the initiation of recombination or recombinational repair.;Ontology_term=GO:0006260,GO:0006281,GO:0006310,GO:0009432,GO:0003697,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=recF;go_function=single-stranded DNA binding|0003697||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA,DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA,SOS response|0009432||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214517.1;locus_tag=BQ2027_RS00015;product=DNA replication/repair protein RecF;protein_id=WP_003400273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4434 4997 . + . ID=gene-BQ2027_RS00020;Name=BQ2027_RS00020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00020;old_locus_tag=BQ2027_MB0004 +Chromosome Protein Homology CDS 4434 4997 . + 0 ID=cds-WP_010950322.1;Parent=gene-BQ2027_RS00020;Dbxref=GenBank:WP_010950322.1;Name=WP_010950322.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214518.1;locus_tag=BQ2027_RS00020;product=DNA replication protein DciA;protein_id=WP_010950322.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 5240 7267 . + . ID=gene-BQ2027_RS00025;Name=gyrB;gbkey=Gene;gene=gyrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00025;old_locus_tag=BQ2027_MB0005 +Chromosome Protein Homology CDS 5240 7267 . + 0 ID=cds-WP_031652105.1;Parent=gene-BQ2027_RS00025;Dbxref=GenBank:WP_031652105.1;Name=WP_031652105.1;Ontology_term=GO:0006265,GO:0003677,GO:0003918,GO:0005524,GO:0005694;gbkey=CDS;gene=gyrB;go_component=chromosome|0005694||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) activity|0003918||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214519.2;locus_tag=BQ2027_RS00025;product=DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit B;protein_id=WP_031652105.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 7302 9818 . + . ID=gene-BQ2027_RS00030;Name=gyrA;gbkey=Gene;gene=gyrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00030;old_locus_tag=BQ2027_MB0006 +Chromosome Protein Homology CDS 7302 9818 . + 0 ID=cds-WP_010950323.1;Parent=gene-BQ2027_RS00030;Dbxref=GenBank:WP_010950323.1;Name=WP_010950323.1;Ontology_term=GO:0006265,GO:0003916,GO:0003918,GO:0009330;gbkey=CDS;gene=gyrA;go_component=DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) complex|0009330||IEA;go_function=DNA topoisomerase activity|0003916||IEA,DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) activity|0003918||IEA;go_process=DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214520.1;locus_tag=BQ2027_RS00030;product=DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit A;protein_id=WP_010950323.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 9914 10828 . + . ID=gene-BQ2027_RS00035;Name=BQ2027_RS00035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00035;old_locus_tag=BQ2027_MB0007 +Chromosome Protein Homology CDS 9914 10828 . + 0 ID=cds-WP_010950324.1;Parent=gene-BQ2027_RS00035;Dbxref=GenBank:WP_010950324.1;Name=WP_010950324.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214521.1;locus_tag=BQ2027_RS00035;product=DUF3566 domain-containing protein;protein_id=WP_010950324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 10887 10960 . + . ID=gene-BQ2027_RS00040;Name=BQ2027_RS00040;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS00040;old_locus_tag=BQ2027_ILET +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 10887 10960 . + . ID=rna-BQ2027_RS00040;Parent=gene-BQ2027_RS00040;anticodon=(pos:10921..10923);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00040;product=tRNA-Ile +Chromosome tRNAscan-SE exon 10887 10960 . + . ID=exon-BQ2027_RS00040-1;Parent=rna-BQ2027_RS00040;anticodon=(pos:10921..10923);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00040;product=tRNA-Ile +Chromosome RefSeq gene 11112 11184 . + . ID=gene-BQ2027_RS00045;Name=BQ2027_RS00045;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS00045;old_locus_tag=BQ2027_ALAT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 11112 11184 . + . ID=rna-BQ2027_RS00045;Parent=gene-BQ2027_RS00045;anticodon=(pos:11145..11147);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00045;product=tRNA-Ala +Chromosome tRNAscan-SE exon 11112 11184 . + . ID=exon-BQ2027_RS00045-1;Parent=rna-BQ2027_RS00045;anticodon=(pos:11145..11147);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00045;product=tRNA-Ala +Chromosome RefSeq gene 11225 11416 . + . ID=gene-BQ2027_RS00050;Name=BQ2027_RS00050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00050 +Chromosome Protein Homology CDS 11225 11416 . + 0 ID=cds-WP_003400294.1;Parent=gene-BQ2027_RS00050;Dbxref=GenBank:WP_003400294.1;Name=WP_003400294.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003400294.1;locus_tag=BQ2027_RS00050;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003400294.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 11555 11692 . - . ID=gene-BQ2027_RS00055;Name=BQ2027_RS00055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00055 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 11555 11692 . - 0 ID=cds-WP_003400297.1;Parent=gene-BQ2027_RS00055;Dbxref=GenBank:WP_003400297.1;Name=WP_003400297.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS00055;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003400297.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 11874 12311 . - . ID=gene-BQ2027_RS00060;Name=cwsA;gbkey=Gene;gene=cwsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00060;old_locus_tag=BQ2027_MB0008C +Chromosome Protein Homology CDS 11874 12311 . - 0 ID=cds-WP_003400307.1;Parent=gene-BQ2027_RS00060;Dbxref=GenBank:WP_003400307.1;Name=WP_003400307.1;gbkey=CDS;gene=cwsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003400307.1;locus_tag=BQ2027_RS00060;product=cell wall synthesis protein CwsA;protein_id=WP_003400307.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 12468 13016 . + . ID=gene-BQ2027_RS00065;Name=ppiA;gbkey=Gene;gene=ppiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00065;old_locus_tag=BQ2027_MB0009 +Chromosome Protein Homology CDS 12468 13016 . + 0 ID=cds-WP_003400321.1;Parent=gene-BQ2027_RS00065;Dbxref=GenBank:WP_003400321.1;Name=WP_003400321.1;gbkey=CDS;gene=ppiA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003400321.1;locus_tag=BQ2027_RS00065;product=peptidylprolyl isomerase PpiA;protein_id=WP_003400321.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 13024 13176 . - . ID=gene-BQ2027_RS00070;Name=BQ2027_RS00070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00070 +Chromosome Protein Homology CDS 13024 13176 . - 0 ID=cds-WP_003907166.1;Parent=gene-BQ2027_RS00070;Dbxref=GenBank:WP_003907166.1;Name=WP_003907166.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003907166.1;locus_tag=BQ2027_RS00070;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003907166.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 13133 13557 . - . ID=gene-BQ2027_RS00075;Name=BQ2027_RS00075;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00075;old_locus_tag=BQ2027_MB0010C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 13133 13557 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS00075;Parent=gene-BQ2027_RS00075;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214524.1;locus_tag=BQ2027_RS00075;product=PH domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 13713 13994 . - . ID=gene-BQ2027_RS00080;Name=crgA;gbkey=Gene;gene=crgA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00080;old_locus_tag=BQ2027_MB0011C +Chromosome Protein Homology CDS 13713 13994 . - 0 ID=cds-WP_003400344.1;Parent=gene-BQ2027_RS00080;Dbxref=GenBank:WP_003400344.1;Name=WP_003400344.1;gbkey=CDS;gene=crgA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214525.1;locus_tag=BQ2027_RS00080;product=cell division protein CrgA;protein_id=WP_003400344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 14133 14876 . + . ID=gene-BQ2027_RS00085;Name=BQ2027_RS00085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00085;old_locus_tag=BQ2027_MB0012 +Chromosome Protein Homology CDS 14133 14876 . + 0 ID=cds-WP_015291828.1;Parent=gene-BQ2027_RS00085;Dbxref=GenBank:WP_015291828.1;Name=WP_015291828.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_008262548.1;locus_tag=BQ2027_RS00085;product=DUF881 domain-containing protein;protein_id=WP_015291828.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 14913 15611 . + . ID=gene-BQ2027_RS00090;Name=trpG;gbkey=Gene;gene=trpG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00090;old_locus_tag=BQ2027_MB0013 +Chromosome Protein Homology CDS 14913 15611 . + 0 ID=cds-WP_003400352.1;Parent=gene-BQ2027_RS00090;Dbxref=GenBank:WP_003400352.1;Name=WP_003400352.1;gbkey=CDS;gene=trpG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177615.1;locus_tag=BQ2027_RS00090;product=aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II;protein_id=WP_003400352.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 15589 17469 . - . ID=gene-BQ2027_RS00095;Name=pknB;gbkey=Gene;gene=pknB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00095;old_locus_tag=BQ2027_MB0014C +Chromosome Protein Homology CDS 15589 17469 . - 0 ID=cds-WP_003400356.1;Parent=gene-BQ2027_RS00095;Dbxref=GenBank:WP_003400356.1;Name=WP_003400356.1;Ontology_term=GO:0006468,GO:0004672,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=pknB;go_function=protein kinase activity|0004672||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=protein phosphorylation|0006468||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214528.1;locus_tag=BQ2027_RS00095;product=Stk1 family PASTA domain-containing Ser/Thr kinase;protein_id=WP_003400356.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 17466 18761 . - . ID=gene-BQ2027_RS00100;Name=pknA;gbkey=Gene;gene=pknA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00100;old_locus_tag=BQ2027_MB0015C +Chromosome Protein Homology CDS 17466 18761 . - 0 ID=cds-WP_003400358.1;Parent=gene-BQ2027_RS00100;Dbxref=GenBank:WP_003400358.1;Name=WP_003400358.1;gbkey=CDS;gene=pknA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214529.1;locus_tag=BQ2027_RS00100;product=serine/threonine protein kinase PknA;protein_id=WP_003400358.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 18758 20233 . - . ID=gene-BQ2027_RS00105;Name=pbpA;gbkey=Gene;gene=pbpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00105;old_locus_tag=BQ2027_MB0016C +Chromosome Protein Homology CDS 18758 20233 . - 0 ID=cds-WP_003899775.1;Parent=gene-BQ2027_RS00105;Dbxref=GenBank:WP_003899775.1;Name=WP_003899775.1;gbkey=CDS;gene=pbpA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214530.1;locus_tag=BQ2027_RS00105;product=D%2CD-transpeptidase PbpA;protein_id=WP_003899775.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 20230 21639 . - . ID=gene-BQ2027_RS00110;Name=rodA;gbkey=Gene;gene=rodA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00110;old_locus_tag=BQ2027_MB0017C +Chromosome Protein Homology CDS 20230 21639 . - 0 ID=cds-WP_003400364.1;Parent=gene-BQ2027_RS00110;Dbxref=GenBank:WP_003400364.1;Name=WP_003400364.1;gbkey=CDS;gene=rodA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214531.1;locus_tag=BQ2027_RS00110;product=cell shape-determining peptidoglycan glycosyltransferase RodA;protein_id=WP_003400364.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 21636 23171 . - . ID=gene-BQ2027_RS00115;Name=pstP;gbkey=Gene;gene=pstP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00115;old_locus_tag=BQ2027_MB0018C +Chromosome Protein Homology CDS 21636 23171 . - 0 ID=cds-WP_015385224.1;Parent=gene-BQ2027_RS00115;Dbxref=GenBank:WP_015385224.1;Name=WP_015385224.1;gbkey=CDS;gene=pstP;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015385224.1;locus_tag=BQ2027_RS00115;product=serine/threonine phosphatase PstP;protein_id=WP_015385224.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 23269 23736 . - . ID=gene-BQ2027_RS00120;Name=fhaB;gbkey=Gene;gene=fhaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00120;old_locus_tag=BQ2027_MB0019C +Chromosome Protein Homology CDS 23269 23736 . - 0 ID=cds-WP_003400373.1;Parent=gene-BQ2027_RS00120;Dbxref=GenBank:WP_003400373.1;Name=WP_003400373.1;gbkey=CDS;gene=fhaB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214533.1;locus_tag=BQ2027_RS00120;product=FHA domain-containing protein FhaB/FipA;protein_id=WP_003400373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 23860 25425 . - . ID=gene-BQ2027_RS00125;Name=fhaA;gbkey=Gene;gene=fhaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00125;old_locus_tag=BQ2027_MB0020C +Chromosome Protein Homology CDS 23860 25425 . - 0 ID=cds-WP_010950325.1;Parent=gene-BQ2027_RS00125;Dbxref=GenBank:WP_010950325.1;Name=WP_010950325.1;gbkey=CDS;gene=fhaA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214534.1;locus_tag=BQ2027_RS00125;product=cell division-associated protein FhaA;protein_id=WP_010950325.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 25625 25707 . + . ID=gene-BQ2027_RS00130;Name=BQ2027_RS00130;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS00130;old_locus_tag=BQ2027_LEUT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 25625 25707 . + . ID=rna-BQ2027_RS00130;Parent=gene-BQ2027_RS00130;anticodon=(pos:25658..25660);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00130;product=tRNA-Leu +Chromosome tRNAscan-SE exon 25625 25707 . + . ID=exon-BQ2027_RS00130-1;Parent=rna-BQ2027_RS00130;anticodon=(pos:25658..25660);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS00130;product=tRNA-Leu +Chromosome RefSeq gene 25894 26862 . - . ID=gene-BQ2027_RS00135;Name=BQ2027_RS00135;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00135;old_locus_tag=BQ2027_MB0021C +Chromosome Protein Homology CDS 25894 26862 . - 0 ID=cds-WP_003400382.1;Parent=gene-BQ2027_RS00135;Dbxref=GenBank:WP_003400382.1;Name=WP_003400382.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0010181,GO:0016703;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on single donors with incorporation of molecular oxygen%2C incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases)|0016703||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214535.1;locus_tag=BQ2027_RS00135;product=NAD(P)H-dependent flavin oxidoreductase;protein_id=WP_003400382.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 27004 27423 . - . ID=gene-BQ2027_RS00140;Name=whiB5;gbkey=Gene;gene=whiB5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00140;old_locus_tag=BQ2027_MB0022C +Chromosome Protein Homology CDS 27004 27423 . - 0 ID=cds-WP_003400388.1;Parent=gene-BQ2027_RS00140;Dbxref=GenBank:WP_003400388.1;Name=WP_003400388.1;gbkey=CDS;gene=whiB5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214536.1;locus_tag=BQ2027_RS00140;product=transcriptional regulator WhiB5;protein_id=WP_003400388.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 27576 28346 . + . ID=gene-BQ2027_RS00145;Name=BQ2027_RS00145;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00145;old_locus_tag=BQ2027_MB0023 +Chromosome Protein Homology CDS 27576 28346 . + 0 ID=cds-WP_003400391.1;Parent=gene-BQ2027_RS00145;Dbxref=GenBank:WP_003400391.1;Name=WP_003400391.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214537.1;locus_tag=BQ2027_RS00145;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003400391.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 28343 29187 . + . ID=gene-BQ2027_RS00150;Name=BQ2027_RS00150;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00150;old_locus_tag=BQ2027_MB0024;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 28343 29187 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS00150;Parent=gene-BQ2027_RS00150;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0000270,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008234,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=peptidase activity|0008233||IEA,cysteine-type peptidase activity|0008234||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=peptidoglycan metabolic process|0000270||IEA,proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214538.1;locus_tag=BQ2027_RS00150;product=C40 family peptidase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 29225 29587 . + . ID=gene-BQ2027_RS00155;Name=BQ2027_RS00155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00155;old_locus_tag=BQ2027_MB0026 +Chromosome Protein Homology CDS 29225 29587 . + 0 ID=cds-WP_010950327.1;Parent=gene-BQ2027_RS00155;Dbxref=GenBank:WP_010950327.1;Name=WP_010950327.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214539.1;locus_tag=BQ2027_RS00155;product=DUF4226 domain-containing protein;protein_id=WP_010950327.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 29720 31135 . + . ID=gene-BQ2027_RS00160;Name=BQ2027_RS00160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00160;old_locus_tag=BQ2027_MB0027 +Chromosome Protein Homology CDS 29720 31135 . + 0 ID=cds-WP_024456144.1;Parent=gene-BQ2027_RS00160;Dbxref=GenBank:WP_024456144.1;Name=WP_024456144.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015302351.1;locus_tag=BQ2027_RS00160;product=DUF4226 domain-containing protein;protein_id=WP_024456144.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 31173 31490 . + . ID=gene-BQ2027_RS00165;Name=BQ2027_RS00165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00165;old_locus_tag=BQ2027_MB0028 +Chromosome Protein Homology CDS 31173 31490 . + 0 ID=cds-WP_003400401.1;Parent=gene-BQ2027_RS00165;Dbxref=GenBank:WP_003400401.1;Name=WP_003400401.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214541.1;locus_tag=BQ2027_RS00165;product=ESX-1 secretion-associated protein;protein_id=WP_003400401.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 31498 31803 . + . ID=gene-BQ2027_RS00170;Name=BQ2027_RS00170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00170;old_locus_tag=BQ2027_MB0029 +Chromosome Protein Homology CDS 31498 31803 . + 0 ID=cds-WP_003400405.1;Parent=gene-BQ2027_RS00170;Dbxref=GenBank:WP_003400405.1;Name=WP_003400405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214542.1;locus_tag=BQ2027_RS00170;product=DUF2694 domain-containing protein;protein_id=WP_003400405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 31808 31951 . - . ID=gene-BQ2027_RS00175;Name=BQ2027_RS00175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00175 +Chromosome Protein Homology CDS 31808 31951 . - 0 ID=cds-WP_003400408.1;Parent=gene-BQ2027_RS00175;Dbxref=GenBank:WP_003400408.1;Name=WP_003400408.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003400408.1;locus_tag=BQ2027_RS00175;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003400408.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 32041 33138 . + . ID=gene-BQ2027_RS00180;Name=BQ2027_RS00180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00180;old_locus_tag=BQ2027_MB0030 +Chromosome Protein Homology CDS 32041 33138 . + 0 ID=cds-WP_010950329.1;Parent=gene-BQ2027_RS00180;Dbxref=GenBank:WP_010950329.1;Name=WP_010950329.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214543.1;locus_tag=BQ2027_RS00180;product=DUF5631 domain-containing protein;protein_id=WP_010950329.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 33208 33537 . + . ID=gene-BQ2027_RS00185;Name=BQ2027_RS00185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00185;old_locus_tag=BQ2027_MB0031 +Chromosome Protein Homology CDS 33208 33537 . + 0 ID=cds-WP_003400413.1;Parent=gene-BQ2027_RS00185;Dbxref=GenBank:WP_003400413.1;Name=WP_003400413.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214544.1;locus_tag=BQ2027_RS00185;product=DUF2710 domain-containing protein;protein_id=WP_003400413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 33551 33676 . + . ID=gene-BQ2027_RS20905;Name=BQ2027_RS20905;end_range=33676,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20905;partial=true;pseudo=true;start_range=.,33551 +Chromosome Protein Homology CDS 33551 33676 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20905;Parent=gene-BQ2027_RS20905;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=33676,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015630641.1;locus_tag=BQ2027_RS20905;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,33551;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 34279 36594 . + . ID=gene-BQ2027_RS00190;Name=BQ2027_RS00190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00190;old_locus_tag=BQ2027_MB0033 +Chromosome Protein Homology CDS 34279 36594 . + 0 ID=cds-WP_003905217.1;Parent=gene-BQ2027_RS00190;Dbxref=GenBank:WP_003905217.1;Name=WP_003905217.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214546.1;locus_tag=BQ2027_RS00190;product=aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme;protein_id=WP_003905217.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 36591 36854 . + . ID=gene-BQ2027_RS00195;Name=acpA;gbkey=Gene;gene=acpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00195;old_locus_tag=BQ2027_MB0034 +Chromosome Protein Homology CDS 36591 36854 . + 0 ID=cds-WP_003400418.1;Parent=gene-BQ2027_RS00195;Dbxref=GenBank:WP_003400418.1;Name=WP_003400418.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0009245,GO:0000035,GO:0000036;gbkey=CDS;gene=acpA;go_function=acyl binding|0000035||IEA,acyl carrier activity|0000036||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA,lipid A biosynthetic process|0009245||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214547.1;locus_tag=BQ2027_RS00195;product=acyl carrier protein;protein_id=WP_003400418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 36851 37246 . + . ID=gene-BQ2027_RS00200;Name=BQ2027_RS00200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00200;old_locus_tag=BQ2027_MB0035 +Chromosome Protein Homology CDS 36851 37246 . + 0 ID=cds-WP_003400421.1;Parent=gene-BQ2027_RS00200;Dbxref=GenBank:WP_003400421.1;Name=WP_003400421.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214548.1;locus_tag=BQ2027_RS00200;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003400421.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 37243 38931 . + . ID=gene-BQ2027_RS00205;Name=fadD34;gbkey=Gene;gene=fadD34;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00205;old_locus_tag=BQ2027_MB0036 +Chromosome Protein Homology CDS 37243 38931 . + 0 ID=cds-WP_003400425.1;Parent=gene-BQ2027_RS00205;Dbxref=GenBank:WP_003400425.1;Name=WP_003400425.1;gbkey=CDS;gene=fadD34;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177686.1;locus_tag=BQ2027_RS00205;product=fatty acyl-AMP ligase FadD34;protein_id=WP_003400425.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 39040 39813 . - . ID=gene-BQ2027_RS00210;Name=BQ2027_RS00210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00210;old_locus_tag=BQ2027_MB0037C +Chromosome Protein Homology CDS 39040 39813 . - 0 ID=cds-WP_003400427.1;Parent=gene-BQ2027_RS00210;Dbxref=GenBank:WP_003400427.1;Name=WP_003400427.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214550.1;locus_tag=BQ2027_RS00210;product=TIGR03084 family metal-binding protein;protein_id=WP_003400427.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 39861 41186 . - . ID=gene-BQ2027_RS00215;Name=BQ2027_RS00215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00215;old_locus_tag=BQ2027_MB0038C +Chromosome Protein Homology CDS 39861 41186 . - 0 ID=cds-WP_003400431.1;Parent=gene-BQ2027_RS00215;Dbxref=GenBank:WP_003400431.1;Name=WP_003400431.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214551.1;locus_tag=BQ2027_RS00215;product=MFS transporter;protein_id=WP_003400431.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 41288 41896 . + . ID=gene-BQ2027_RS00220;Name=BQ2027_RS00220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00220;old_locus_tag=BQ2027_MB0039 +Chromosome Protein Homology CDS 41288 41896 . + 0 ID=cds-WP_003400460.1;Parent=gene-BQ2027_RS00220;Dbxref=GenBank:WP_003400460.1;Name=WP_003400460.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214552.1;locus_tag=BQ2027_RS00220;product=YqgE/AlgH family protein;protein_id=WP_003400460.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 41988 42335 . - . ID=gene-BQ2027_RS00225;Name=BQ2027_RS00225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00225;old_locus_tag=BQ2027_MB0040C +Chromosome Protein Homology CDS 41988 42335 . - 0 ID=cds-WP_003400465.1;Parent=gene-BQ2027_RS00225;Dbxref=GenBank:WP_003400465.1;Name=WP_003400465.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214553.1;locus_tag=BQ2027_RS00225;product=membrane protein;protein_id=WP_003400465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 42417 43349 . - . ID=gene-BQ2027_RS00230;Name=BQ2027_RS00230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00230;old_locus_tag=BQ2027_MB0041C +Chromosome Protein Homology CDS 42417 43349 . - 0 ID=cds-WP_003900793.1;Parent=gene-BQ2027_RS00230;Dbxref=GenBank:WP_003900793.1;Name=WP_003900793.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214554.2;locus_tag=BQ2027_RS00230;product=LpqN/LpqT family lipoprotein;protein_id=WP_003900793.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 43546 46455 . + . ID=gene-BQ2027_RS00235;Name=leuS;gbkey=Gene;gene=leuS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00235;old_locus_tag=BQ2027_MB0042 +Chromosome Protein Homology CDS 43546 46455 . + 0 ID=cds-WP_003900794.1;Parent=gene-BQ2027_RS00235;Dbxref=GenBank:WP_003900794.1;Name=WP_003900794.1;Ontology_term=GO:0006429,GO:0000166,GO:0004823,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=leuS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,leucine-tRNA ligase activity|0004823||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=leucyl-tRNA aminoacylation|0006429||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214555.1;locus_tag=BQ2027_RS00235;product=leucine--tRNA ligase;protein_id=WP_003900794.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 46565 47068 . - . ID=gene-BQ2027_RS00240;Name=BQ2027_RS00240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00240;old_locus_tag=BQ2027_MB0043C +Chromosome Protein Homology CDS 46565 47068 . - 0 ID=cds-WP_003912416.1;Parent=gene-BQ2027_RS00240;Dbxref=GenBank:WP_003912416.1;Name=WP_003912416.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007771688.1;locus_tag=BQ2027_RS00240;product=MarR family winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003912416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 47350 48084 . - . ID=gene-BQ2027_RS00245;Name=BQ2027_RS00245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00245;old_locus_tag=BQ2027_MB0044C +Chromosome Protein Homology CDS 47350 48084 . - 0 ID=cds-WP_003899786.1;Parent=gene-BQ2027_RS00245;Dbxref=GenBank:WP_003899786.1;Name=WP_003899786.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214557.1;locus_tag=BQ2027_RS00245;product=GntR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 48217 49011 . - . ID=gene-BQ2027_RS00250;Name=BQ2027_RS00250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00250;old_locus_tag=BQ2027_MB0045C +Chromosome Protein Homology CDS 48217 49011 . - 0 ID=cds-WP_003400486.1;Parent=gene-BQ2027_RS00250;Dbxref=GenBank:WP_003400486.1;Name=WP_003400486.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214558.1;locus_tag=BQ2027_RS00250;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003400486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 49027 49923 . - . ID=gene-BQ2027_RS00255;Name=BQ2027_RS00255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00255;old_locus_tag=BQ2027_MB0046C +Chromosome Protein Homology CDS 49027 49923 . - 0 ID=cds-WP_003400489.1;Parent=gene-BQ2027_RS00255;Dbxref=GenBank:WP_003400489.1;Name=WP_003400489.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214559.1;locus_tag=BQ2027_RS00255;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003400489.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 50005 51108 . - . ID=gene-BQ2027_RS00260;Name=BQ2027_RS00260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00260;old_locus_tag=BQ2027_MB0047C +Chromosome Protein Homology CDS 50005 51108 . - 0 ID=cds-WP_003400492.1;Parent=gene-BQ2027_RS00260;Dbxref=GenBank:WP_003400492.1;Name=WP_003400492.1;Ontology_term=GO:0006021,GO:0008654,GO:0004512;gbkey=CDS;go_function=inositol-3-phosphate synthase activity|0004512||IEA;go_process=inositol biosynthetic process|0006021||IEA,phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214560.1;locus_tag=BQ2027_RS00260;product=inositol-3-phosphate synthase;protein_id=WP_003400492.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 51169 51711 . - . ID=gene-BQ2027_RS00265;Name=BQ2027_RS00265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00265;old_locus_tag=BQ2027_MB0048C +Chromosome Protein Homology CDS 51169 51711 . - 0 ID=cds-WP_003899787.1;Parent=gene-BQ2027_RS00265;Dbxref=GenBank:WP_003899787.1;Name=WP_003899787.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214561.1;locus_tag=BQ2027_RS00265;product=PadR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899787.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 51812 52681 . - . ID=gene-BQ2027_RS00270;Name=BQ2027_RS00270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00270;old_locus_tag=BQ2027_MB0049C +Chromosome Protein Homology CDS 51812 52681 . - 0 ID=cds-WP_010950330.1;Parent=gene-BQ2027_RS00270;Dbxref=GenBank:WP_010950330.1;Name=WP_010950330.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214562.1;locus_tag=BQ2027_RS00270;product=DUF1707 SHOCT-like domain-containing protein;protein_id=WP_010950330.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 52794 53228 . + . ID=gene-BQ2027_RS00275;Name=BQ2027_RS00275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00275;old_locus_tag=BQ2027_MB0050 +Chromosome Protein Homology CDS 52794 53228 . + 0 ID=cds-WP_003899789.1;Parent=gene-BQ2027_RS00275;Dbxref=GenBank:WP_003899789.1;Name=WP_003899789.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012392073.1;locus_tag=BQ2027_RS00275;product=DUF5318 family protein;protein_id=WP_003899789.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 53221 55689 . + . ID=gene-BQ2027_RS00280;Name=ponA1;gbkey=Gene;gene=ponA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00280;old_locus_tag=BQ2027_MB0051 +Chromosome Protein Homology CDS 53221 55689 . + 0 ID=cds-WP_023349415.1;Parent=gene-BQ2027_RS00280;Dbxref=GenBank:WP_023349415.1;Name=WP_023349415.1;gbkey=CDS;gene=ponA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899790.1;locus_tag=BQ2027_RS00280;product=transglycosylase/D%2CD-transpeptidase PonA1;protein_id=WP_023349415.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 55686 57368 . + . ID=gene-BQ2027_RS00285;Name=BQ2027_RS00285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00285;old_locus_tag=BQ2027_MB0052 +Chromosome Protein Homology CDS 55686 57368 . + 0 ID=cds-WP_003400514.1;Parent=gene-BQ2027_RS00285;Dbxref=GenBank:WP_003400514.1;Name=WP_003400514.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214565.1;locus_tag=BQ2027_RS00285;product=glycosyltransferase family 87 protein;protein_id=WP_003400514.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 57325 57963 . + . ID=gene-BQ2027_RS00290;Name=BQ2027_RS00290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00290;old_locus_tag=BQ2027_MB0053 +Chromosome Protein Homology CDS 57325 57963 . + 0 ID=cds-WP_003912418.1;Parent=gene-BQ2027_RS00290;Dbxref=GenBank:WP_003912418.1;Name=WP_003912418.1;Ontology_term=GO:0016829;gbkey=CDS;go_function=lyase activity|0016829||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912418.1;locus_tag=BQ2027_RS00290;product=DJ-1/PfpI family protein;protein_id=WP_003912418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 58182 58472 . + . ID=gene-BQ2027_RS00295;Name=rpsF;gbkey=Gene;gene=rpsF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00295;old_locus_tag=BQ2027_MB0054 +Chromosome Protein Homology CDS 58182 58472 . + 0 ID=cds-WP_003400520.1;Parent=gene-BQ2027_RS00295;Dbxref=GenBank:WP_003400520.1;Name=WP_003400520.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000314,GO:0022627;gbkey=CDS;gene=rpsF;go_component=organellar small ribosomal subunit|0000314||IEA,cytosolic small ribosomal subunit|0022627||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214567.1;locus_tag=BQ2027_RS00295;product=30S ribosomal protein S6;protein_id=WP_003400520.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 58576 59070 . + . ID=gene-BQ2027_RS00300;Name=ssb;gbkey=Gene;gene=ssb;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00300;old_locus_tag=BQ2027_MB0055 +Chromosome Protein Homology CDS 58576 59070 . + 0 ID=cds-WP_003400534.1;Parent=gene-BQ2027_RS00300;Dbxref=GenBank:WP_003400534.1;Name=WP_003400534.1;gbkey=CDS;gene=ssb;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214568.1;locus_tag=BQ2027_RS00300;product=single-stranded DNA-binding protein;protein_id=WP_003400534.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 59112 59366 . + . ID=gene-BQ2027_RS00305;Name=rpsR;gbkey=Gene;gene=rpsR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00305;old_locus_tag=BQ2027_MB0056 +Chromosome Protein Homology CDS 59112 59366 . + 0 ID=cds-WP_003400540.1;Parent=gene-BQ2027_RS00305;Dbxref=GenBank:WP_003400540.1;Name=WP_003400540.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000314,GO:0022627;gbkey=CDS;gene=rpsR;go_component=organellar small ribosomal subunit|0000314||IEA,cytosolic small ribosomal subunit|0022627||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003874730.1;locus_tag=BQ2027_RS00305;product=30S ribosomal protein S18;protein_id=WP_003400540.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 59399 59857 . + . ID=gene-BQ2027_RS00310;Name=rplI;gbkey=Gene;gene=rplI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00310;old_locus_tag=BQ2027_MB0057 +Chromosome Protein Homology CDS 59399 59857 . + 0 ID=cds-WP_003400543.1;Parent=gene-BQ2027_RS00310;Dbxref=GenBank:WP_003400543.1;Name=WP_003400543.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplI;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214570.1;locus_tag=BQ2027_RS00310;product=50S ribosomal protein L9;protein_id=WP_003400543.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 60386 63010 . + . ID=gene-BQ2027_RS00320;Name=dnaB;gbkey=Gene;gene=dnaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00320;old_locus_tag=BQ2027_MB0059 +Chromosome Protein Homology CDS 60386 63010 . + 0 ID=cds-WP_003400547.1;Parent=gene-BQ2027_RS00320;Dbxref=GenBank:WP_003400547.1;Name=WP_003400547.1;gbkey=CDS;gene=dnaB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214572.1;locus_tag=BQ2027_RS00320;product=replicative DNA helicase;protein_id=WP_003400547.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 63190 63882 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS00330;Name=darG;gbkey=Gene;gene=darG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00330;old_locus_tag=BQ2027_MB0061 +Chromosome Protein Homology CDS 63899 64957 . + 0 ID=cds-WP_003400551.1;Parent=gene-BQ2027_RS00330;Dbxref=GenBank:WP_003400551.1;Name=WP_003400551.1;gbkey=CDS;gene=darG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214574.1;locus_tag=BQ2027_RS00330;product=toxin-antitoxin system antitoxin DNA ADP-ribosyl glycohydrolase DarG;protein_id=WP_003400551.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 65002 65340 . - . ID=gene-BQ2027_RS00335;Name=BQ2027_RS00335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00335;old_locus_tag=BQ2027_MB0062A +Chromosome Protein Homology CDS 65002 65340 . - 0 ID=cds-WP_003899794.1;Parent=gene-BQ2027_RS00335;Dbxref=GenBank:WP_003899794.1;Name=WP_003899794.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007408697.1;locus_tag=BQ2027_RS00335;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899794.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 65390 65647 . - . ID=gene-BQ2027_RS00340;Name=BQ2027_RS00340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00340 +Chromosome Protein Homology CDS 65390 65647 . - 0 ID=cds-WP_224994150.1;Parent=gene-BQ2027_RS00340;Dbxref=GenBank:WP_224994150.1;Name=WP_224994150.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003914185.1;locus_tag=BQ2027_RS00340;product=hypothetical protein;protein_id=WP_224994150.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 65542 66684 . + . ID=gene-BQ2027_RS00345;Name=BQ2027_RS00345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00345;old_locus_tag=BQ2027_MB0063 +Chromosome Protein Homology CDS 65542 66684 . + 0 ID=cds-WP_010950332.1;Parent=gene-BQ2027_RS00345;Dbxref=GenBank:WP_010950332.1;Name=WP_010950332.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177689.1;locus_tag=BQ2027_RS00345;product=glycoside hydrolase family 6 protein;protein_id=WP_010950332.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 66913 68352 . + . ID=gene-BQ2027_RS00350;Name=BQ2027_RS00350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00350;old_locus_tag=BQ2027_MB0064 +Chromosome Protein Homology CDS 66913 68352 . + 0 ID=cds-WP_003901784.1;Parent=gene-BQ2027_RS00350;Dbxref=GenBank:WP_003901784.1;Name=WP_003901784.1;Ontology_term=GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214577.1;locus_tag=BQ2027_RS00350;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003901784.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 68408 68569 . + . ID=gene-BQ2027_RS00355;Name=BQ2027_RS00355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00355 +Chromosome Protein Homology CDS 68408 68569 . + 0 ID=cds-WP_003899796.1;Parent=gene-BQ2027_RS00355;Dbxref=GenBank:WP_003899796.1;Name=WP_003899796.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030026.1;locus_tag=BQ2027_RS00355;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899796.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 68610 71549 . + . ID=gene-BQ2027_RS00360;Name=BQ2027_RS00360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00360;old_locus_tag=BQ2027_MB0065 +Chromosome Protein Homology CDS 68610 71549 . + 0 ID=cds-WP_010950333.1;Parent=gene-BQ2027_RS00360;Dbxref=GenBank:WP_010950333.1;Name=WP_010950333.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214578.1;locus_tag=BQ2027_RS00360;product=UPF0182 family protein;protein_id=WP_010950333.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 71616 71855 . + . ID=gene-BQ2027_RS00365;Name=BQ2027_RS00365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00365;old_locus_tag=BQ2027_MB0065A +Chromosome Protein Homology CDS 71616 71855 . + 0 ID=cds-WP_011799070.1;Parent=gene-BQ2027_RS00365;Dbxref=GenBank:WP_011799070.1;Name=WP_011799070.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007408701.1;locus_tag=BQ2027_RS00365;product=FitA-like ribbon-helix-helix domain-containing protein;protein_id=WP_011799070.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 71848 72249 . + . ID=gene-BQ2027_RS00370;Name=vapC1;gbkey=Gene;gene=vapC1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00370;old_locus_tag=BQ2027_MB0066 +Chromosome Protein Homology CDS 71848 72249 . + 0 ID=cds-WP_003400580.1;Parent=gene-BQ2027_RS00370;Dbxref=GenBank:WP_003400580.1;Name=WP_003400580.1;gbkey=CDS;gene=vapC1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214579.1;locus_tag=BQ2027_RS00370;product=type II toxin-antitoxin system ribonuclease VapC1;protein_id=WP_003400580.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 72301 74538 . - . ID=gene-BQ2027_RS00375;Name=BQ2027_RS00375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00375;old_locus_tag=BQ2027_MB0067C +Chromosome Protein Homology CDS 72301 74538 . - 0 ID=cds-WP_003400583.1;Parent=gene-BQ2027_RS00375;Dbxref=GenBank:WP_003400583.1;Name=WP_003400583.1;Ontology_term=GO:0006099,GO:0004450;gbkey=CDS;go_function=isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity|0004450||IEA;go_process=tricarboxylic acid cycle|0006099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214580.1;locus_tag=BQ2027_RS00375;product=NADP-dependent isocitrate dehydrogenase;protein_id=WP_003400583.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 74656 75225 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS00385;Name=BQ2027_RS00385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00385;old_locus_tag=BQ2027_MB0069 +Chromosome Protein Homology CDS 75328 76239 . + 0 ID=cds-WP_003899798.1;Parent=gene-BQ2027_RS00385;Dbxref=GenBank:WP_003899798.1;Name=WP_003899798.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214582.1;locus_tag=BQ2027_RS00385;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003899798.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 76264 77649 . - . ID=gene-BQ2027_RS00390;Name=sdaA;gbkey=Gene;gene=sdaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00390;old_locus_tag=BQ2027_MB0070C +Chromosome Protein Homology CDS 76264 77649 . - 0 ID=cds-WP_003400600.1;Parent=gene-BQ2027_RS00390;Dbxref=GenBank:WP_003400600.1;Name=WP_003400600.1;Ontology_term=GO:0006094,GO:0003941;gbkey=CDS;gene=sdaA;go_function=L-serine ammonia-lyase activity|0003941||IEA;go_process=gluconeogenesis|0006094||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214583.1;locus_tag=BQ2027_RS00390;product=L-serine ammonia-lyase;protein_id=WP_003400600.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 77646 78923 . - . ID=gene-BQ2027_RS00395;Name=glyA;gbkey=Gene;gene=glyA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00395;old_locus_tag=BQ2027_MB0071C +Chromosome Protein Homology CDS 77646 78923 . - 0 ID=cds-WP_003400602.1;Parent=gene-BQ2027_RS00395;Dbxref=GenBank:WP_003400602.1;Name=WP_003400602.1;Ontology_term=GO:0019264,GO:0004372,GO:0008270,GO:0030170,GO:0070905;gbkey=CDS;gene=glyA;go_function=glycine hydroxymethyltransferase activity|0004372||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,serine binding|0070905||IEA;go_process=glycine biosynthetic process from serine|0019264||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214584.1;locus_tag=BQ2027_RS00395;product=serine hydroxymethyltransferase;protein_id=WP_003400602.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 79231 79321 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS00405;Name=BQ2027_RS00405;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00405;partial=true;pseudo=true;start_range=.,80290 +Chromosome Protein Homology CDS 80290 80589 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS00405;Parent=gene-BQ2027_RS00405;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016893253.1;locus_tag=BQ2027_RS00405;partial=true;product=HNH endonuclease;pseudo=true;start_range=.,80290;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 80660 81709 . + . ID=gene-BQ2027_RS00410;Name=BQ2027_RS00410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00410;old_locus_tag=BQ2027_MB0073 +Chromosome Protein Homology CDS 80660 81709 . + 0 ID=cds-WP_003400616.1;Parent=gene-BQ2027_RS00410;Dbxref=GenBank:WP_003400616.1;Name=WP_003400616.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214586.1;locus_tag=BQ2027_RS00410;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003400616.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 81712 82703 . + . ID=gene-BQ2027_RS00415;Name=BQ2027_RS00415;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00415;old_locus_tag=BQ2027_MB0074;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 81712 82703 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS00415;Parent=gene-BQ2027_RS00415;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359,GO:0043190;gbkey=CDS;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214587.1;locus_tag=BQ2027_RS00415;product=ABC transporter ATP-binding protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 82783 84018 . + . ID=gene-BQ2027_RS00420;Name=BQ2027_RS00420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00420;old_locus_tag=BQ2027_MB0076 +Chromosome Protein Homology CDS 82783 84018 . + 0 ID=cds-WP_003400620.1;Parent=gene-BQ2027_RS00420;Dbxref=GenBank:WP_003400620.1;Name=WP_003400620.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214588.1;locus_tag=BQ2027_RS00420;product=metal-dependent hydrolase family protein;protein_id=WP_003400620.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 84031 85203 . + . ID=gene-BQ2027_RS00425;Name=BQ2027_RS00425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00425;old_locus_tag=BQ2027_MB0077 +Chromosome Protein Homology CDS 84031 85203 . + 0 ID=cds-WP_003400622.1;Parent=gene-BQ2027_RS00425;Dbxref=GenBank:WP_003400622.1;Name=WP_003400622.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0030170,GO:0047804;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,cysteine-S-conjugate beta-lyase activity|0047804||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214589.1;locus_tag=BQ2027_RS00425;product=MalY/PatB family protein;protein_id=WP_003400622.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 85218 85598 . - . ID=gene-BQ2027_RS00430;Name=BQ2027_RS00430;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00430;old_locus_tag=BQ2027_MB0078C +Chromosome Protein Homology CDS 85218 85598 . - 0 ID=cds-WP_003913085.1;Parent=gene-BQ2027_RS00430;Dbxref=GenBank:WP_003913085.1;Name=WP_003913085.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003913085.1;locus_tag=BQ2027_RS00430;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003913085.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 85671 86501 . - . ID=gene-BQ2027_RS00435;Name=BQ2027_RS00435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00435;old_locus_tag=BQ2027_MB0079C +Chromosome Protein Homology CDS 85671 86501 . - 0 ID=cds-WP_003900801.1;Parent=gene-BQ2027_RS00435;Dbxref=GenBank:WP_003900801.1;Name=WP_003900801.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214591.1;locus_tag=BQ2027_RS00435;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003900801.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 86563 87168 . + . ID=gene-BQ2027_RS00440;Name=BQ2027_RS00440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00440;old_locus_tag=BQ2027_MB0080 +Chromosome Protein Homology CDS 86563 87168 . + 0 ID=cds-WP_003400635.1;Parent=gene-BQ2027_RS00440;Dbxref=GenBank:WP_003400635.1;Name=WP_003400635.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214592.1;locus_tag=BQ2027_RS00440;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003400635.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 87243 87836 . - . ID=gene-BQ2027_RS00445;Name=BQ2027_RS00445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00445;old_locus_tag=BQ2027_MB0081C +Chromosome Protein Homology CDS 87243 87836 . - 0 ID=cds-WP_003400645.1;Parent=gene-BQ2027_RS00445;Dbxref=GenBank:WP_003400645.1;Name=WP_003400645.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177616.1;locus_tag=BQ2027_RS00445;product=nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein;protein_id=WP_003400645.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 87833 88039 . - . ID=gene-BQ2027_RS00450;Name=BQ2027_RS00450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00450;old_locus_tag=BQ2027_MB0081A +Chromosome Protein Homology CDS 87833 88039 . - 0 ID=cds-WP_003400649.1;Parent=gene-BQ2027_RS00450;Dbxref=GenBank:WP_003400649.1;Name=WP_003400649.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007408717.1;locus_tag=BQ2027_RS00450;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003400649.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 88239 89060 . + . ID=gene-BQ2027_RS00455;Name=BQ2027_RS00455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00455;old_locus_tag=BQ2027_MB0082 +Chromosome Protein Homology CDS 88239 89060 . + 0 ID=cds-WP_003400655.1;Parent=gene-BQ2027_RS00455;Dbxref=GenBank:WP_003400655.1;Name=WP_003400655.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214593.1;locus_tag=BQ2027_RS00455;product=dormancy-associated translation inhibitor;protein_id=WP_003400655.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 89057 89515 . + . ID=gene-BQ2027_RS00460;Name=BQ2027_RS00460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00460;old_locus_tag=BQ2027_MB0083 +Chromosome Protein Homology CDS 89057 89515 . + 0 ID=cds-WP_003400656.1;Parent=gene-BQ2027_RS00460;Dbxref=GenBank:WP_003400656.1;Name=WP_003400656.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214594.1;locus_tag=BQ2027_RS00460;product=pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;protein_id=WP_003400656.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 89610 89954 . + . ID=gene-BQ2027_RS00465;Name=BQ2027_RS00465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00465;old_locus_tag=BQ2027_MB0084 +Chromosome Protein Homology CDS 89610 89954 . + 0 ID=cds-WP_003400657.1;Parent=gene-BQ2027_RS00465;Dbxref=GenBank:WP_003400657.1;Name=WP_003400657.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214595.1;locus_tag=BQ2027_RS00465;product=lsr2/espR transcriptional regulator;protein_id=WP_003400657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 89959 90438 . + . ID=gene-BQ2027_RS00470;Name=BQ2027_RS00470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00470;old_locus_tag=BQ2027_MB0085 +Chromosome Protein Homology CDS 89959 90438 . + 0 ID=cds-WP_003400658.1;Parent=gene-BQ2027_RS00470;Dbxref=GenBank:WP_003400658.1;Name=WP_003400658.1;Ontology_term=GO:0022900,GO:0008137,GO:0048038,GO:1990204;gbkey=CDS;go_component=oxidoreductase complex|1990204||IEA;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA,quinone binding|0048038||IEA;go_process=electron transport chain|0022900||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214596.2;locus_tag=BQ2027_RS00470;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit B family protein;protein_id=WP_003400658.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 90435 92363 . + . ID=gene-BQ2027_RS00475;Name=BQ2027_RS00475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00475;old_locus_tag=BQ2027_MB0086 +Chromosome Protein Homology CDS 90435 92363 . + 0 ID=cds-WP_010950335.1;Parent=gene-BQ2027_RS00475;Dbxref=GenBank:WP_010950335.1;Name=WP_010950335.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950335.1;locus_tag=BQ2027_RS00475;product=oxidoreductase;protein_id=WP_010950335.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 92363 93313 . + . ID=gene-BQ2027_RS00480;Name=hycD;gbkey=Gene;gene=hycD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00480;old_locus_tag=BQ2027_MB0087 +Chromosome Protein Homology CDS 92363 93313 . + 0 ID=cds-WP_003900802.1;Parent=gene-BQ2027_RS00480;Dbxref=GenBank:WP_003900802.1;Name=WP_003900802.1;Ontology_term=GO:0022900,GO:0016491,GO:1990204;gbkey=CDS;gene=hycD;go_component=oxidoreductase complex|1990204||IEA;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=electron transport chain|0022900||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214598.1;locus_tag=BQ2027_RS00480;product=respiratory chain complex I subunit 1 family protein;protein_id=WP_003900802.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 93324 93986 . + . ID=gene-BQ2027_RS00485;Name=BQ2027_RS00485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00485;old_locus_tag=BQ2027_MB0088 +Chromosome Protein Homology CDS 93324 93986 . + 0 ID=cds-WP_003400661.1;Parent=gene-BQ2027_RS00485;Dbxref=GenBank:WP_003400661.1;Name=WP_003400661.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214599.1;locus_tag=BQ2027_RS00485;product=hydrogenase HycP;protein_id=WP_003400661.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 93986 95452 . + . ID=gene-BQ2027_RS00490;Name=hycQ;gbkey=Gene;gene=hycQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00490;old_locus_tag=BQ2027_MB0089 +Chromosome Protein Homology CDS 93986 95452 . + 0 ID=cds-WP_010950336.1;Parent=gene-BQ2027_RS00490;Dbxref=GenBank:WP_010950336.1;Name=WP_010950336.1;gbkey=CDS;gene=hycQ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214600.1;locus_tag=BQ2027_RS00490;product=proton-conducting transporter transmembrane domain-containing protein;protein_id=WP_010950336.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 95449 96927 . + . ID=gene-BQ2027_RS00495;Name=hycE;gbkey=Gene;gene=hycE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00495;old_locus_tag=BQ2027_MB0090 +Chromosome Protein Homology CDS 95449 96927 . + 0 ID=cds-WP_010950337.1;Parent=gene-BQ2027_RS00495;Dbxref=GenBank:WP_010950337.1;Name=WP_010950337.1;Ontology_term=GO:0008137;gbkey=CDS;gene=hycE;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214601.1;locus_tag=BQ2027_RS00495;product=hydrogenase large subunit;protein_id=WP_010950337.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 97157 97636 . + . ID=gene-BQ2027_RS00500;Name=BQ2027_RS00500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00500;old_locus_tag=BQ2027_MB0091 +Chromosome Protein Homology CDS 97157 97636 . + 0 ID=cds-WP_003899806.1;Parent=gene-BQ2027_RS00500;Dbxref=GenBank:WP_003899806.1;Name=WP_003899806.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899806.1;locus_tag=BQ2027_RS00500;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003899806.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 97781 98386 . + . ID=gene-BQ2027_RS00505;Name=BQ2027_RS00505;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00505;old_locus_tag=BQ2027_MB0092;partial=true;pseudo=true;start_range=.,97781 +Chromosome Protein Homology CDS 97781 98386 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS00505;Parent=gene-BQ2027_RS00505;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019970694.1;locus_tag=BQ2027_RS00505;partial=true;product=class I SAM-dependent methyltransferase;pseudo=true;start_range=.,97781;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 98515 99285 . + . ID=gene-BQ2027_RS00510;Name=BQ2027_RS00510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00510;old_locus_tag=BQ2027_MB0093 +Chromosome Protein Homology CDS 98515 99285 . + 0 ID=cds-WP_003899807.1;Parent=gene-BQ2027_RS00510;Dbxref=GenBank:WP_003899807.1;Name=WP_003899807.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214604.1;locus_tag=BQ2027_RS00510;product=DUF2127 domain-containing protein;protein_id=WP_003899807.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 99719 100486 . + . ID=gene-BQ2027_RS00515;Name=mtn;gbkey=Gene;gene=mtn;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00515;old_locus_tag=BQ2027_MB0094 +Chromosome Protein Homology CDS 99719 100486 . + 0 ID=cds-WP_003400678.1;Parent=gene-BQ2027_RS00515;Dbxref=GenBank:WP_003400678.1;Name=WP_003400678.1;Ontology_term=GO:0009116,GO:0009164,GO:0019509,GO:0008782,GO:0008930;gbkey=CDS;gene=mtn;go_function=adenosylhomocysteine nucleosidase activity|0008782||IEA,methylthioadenosine nucleosidase activity|0008930||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA,nucleoside catabolic process|0009164||IEA,L-methionine salvage from methylthioadenosine|0019509||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214605.1;locus_tag=BQ2027_RS00515;product=5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;protein_id=WP_003400678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 100618 102903 . + . ID=gene-BQ2027_RS00520;Name=ctpA;gbkey=Gene;gene=ctpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00520;old_locus_tag=BQ2027_MB0095 +Chromosome Protein Homology CDS 100618 102903 . + 0 ID=cds-WP_003400679.1;Parent=gene-BQ2027_RS00520;Dbxref=GenBank:WP_003400679.1;Name=WP_003400679.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0015662,GO:0016887,GO:0019829,GO:0046872,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ctpA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,P-type ion transporter activity|0015662||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity|0019829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214606.1;locus_tag=BQ2027_RS00520;product=heavy metal translocating P-type ATPase;protein_id=WP_003400679.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 102850 103560 . - . ID=gene-BQ2027_RS00525;Name=BQ2027_RS00525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00525;old_locus_tag=BQ2027_MB0096C +Chromosome Protein Homology CDS 102850 103560 . - 0 ID=cds-WP_003912510.1;Parent=gene-BQ2027_RS00525;Dbxref=GenBank:WP_003912510.1;Name=WP_003912510.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015302401.1;locus_tag=BQ2027_RS00525;product=zf-HC2 domain-containing protein;protein_id=WP_003912510.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 103745 105137 . - . ID=gene-BQ2027_RS00530;Name=BQ2027_RS00530;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS00530;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 103745 105137 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS00530;Parent=gene-BQ2027_RS00530;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014001758.1;locus_tag=BQ2027_RS00530;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 105360 106751 . + . ID=gene-BQ2027_RS00535;Name=BQ2027_RS00535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00535;old_locus_tag=BQ2027_MB0099 +Chromosome Protein Homology CDS 105360 106751 . + 0 ID=cds-WP_010950340.1;Parent=gene-BQ2027_RS00535;Dbxref=GenBank:WP_010950340.1;Name=WP_010950340.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177690.1;locus_tag=BQ2027_RS00535;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950340.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 106770 107639 . + . ID=gene-BQ2027_RS00540;Name=scoE;gbkey=Gene;gene=scoE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00540;old_locus_tag=BQ2027_MB0100 +Chromosome Protein Homology CDS 106770 107639 . + 0 ID=cds-WP_003400786.1;Parent=gene-BQ2027_RS00540;Dbxref=GenBank:WP_003400786.1;Name=WP_003400786.1;Ontology_term=GO:0046872,GO:0051213;gbkey=CDS;gene=scoE;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,dioxygenase activity|0051213||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214611.1;locus_tag=BQ2027_RS00540;product=(3R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid oxygenase/decarboxylase;protein_id=WP_003400786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 107636 108187 . + . ID=gene-BQ2027_RS00545;Name=fcoT;gbkey=Gene;gene=fcoT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00545;old_locus_tag=BQ2027_MB0101 +Chromosome Protein Homology CDS 107636 108187 . + 0 ID=cds-WP_003899810.1;Parent=gene-BQ2027_RS00545;Dbxref=GenBank:WP_003899810.1;Name=WP_003899810.1;gbkey=CDS;gene=fcoT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214612.1;locus_tag=BQ2027_RS00545;product=fatty acyl CoA thioesterase FcoT;protein_id=WP_003899810.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 108216 109814 . + . ID=gene-BQ2027_RS00550;Name=fadD10;gbkey=Gene;gene=fadD10;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00550;old_locus_tag=BQ2027_MB0102 +Chromosome Protein Homology CDS 108216 109814 . + 0 ID=cds-WP_003916215.1;Parent=gene-BQ2027_RS00550;Dbxref=GenBank:WP_003916215.1;Name=WP_003916215.1;gbkey=CDS;gene=fadD10;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003916215.1;locus_tag=BQ2027_RS00550;product=fatty acid--CoA ligase FadD10;protein_id=WP_003916215.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 109819 110055 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS00620;Name=gca;gbkey=Gene;gene=gca;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00620;old_locus_tag=BQ2027_MB0116 +Chromosome Protein Homology CDS 136327 137283 . + 0 ID=cds-WP_003400829.1;Parent=gene-BQ2027_RS00620;Dbxref=GenBank:WP_003400829.1;Name=WP_003400829.1;gbkey=CDS;gene=gca;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214626.1;locus_tag=BQ2027_RS00620;product=GDP-mannose 4%2C6-dehydratase;protein_id=WP_003400829.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 137357 137947 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS00885;Name=BQ2027_RS00885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00885;old_locus_tag=BQ2027_MB0166 +Chromosome Protein Homology CDS 190797 192146 . + 0 ID=cds-WP_003401056.1;Parent=gene-BQ2027_RS00885;Dbxref=GenBank:WP_003401056.1;Name=WP_003401056.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0071949;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214675.1;locus_tag=BQ2027_RS00885;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003401056.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 192174 193292 . - . ID=gene-BQ2027_RS00890;Name=BQ2027_RS00890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00890;old_locus_tag=BQ2027_MB0167C +Chromosome Protein Homology CDS 192174 193292 . - 0 ID=cds-WP_003901814.1;Parent=gene-BQ2027_RS00890;Dbxref=GenBank:WP_003901814.1;Name=WP_003901814.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003914562.1;locus_tag=BQ2027_RS00890;product=alcohol dehydrogenase catalytic domain-containing protein;protein_id=WP_003901814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 193307 193762 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS00940;Name=BQ2027_RS00940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00940;old_locus_tag=BQ2027_MB0178 +Chromosome Protein Homology CDS 202668 204260 . + 0 ID=cds-WP_003401084.1;Parent=gene-BQ2027_RS00940;Dbxref=GenBank:WP_003401084.1;Name=WP_003401084.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214686.1;locus_tag=BQ2027_RS00940;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003401084.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 204257 205429 . + . ID=gene-BQ2027_RS00945;Name=lprK;gbkey=Gene;gene=lprK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00945;old_locus_tag=BQ2027_MB0179 +Chromosome Protein Homology CDS 204257 205429 . + 0 ID=cds-WP_003899841.1;Parent=gene-BQ2027_RS00945;Dbxref=GenBank:WP_003899841.1;Name=WP_003899841.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lprK;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214687.1;locus_tag=BQ2027_RS00945;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003899841.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 205423 206970 . + . ID=gene-BQ2027_RS00950;Name=BQ2027_RS00950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00950;old_locus_tag=BQ2027_MB0180 +Chromosome Protein Homology CDS 205423 206970 . + 0 ID=cds-WP_003401091.1;Parent=gene-BQ2027_RS00950;Dbxref=GenBank:WP_003401091.1;Name=WP_003401091.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214688.1;locus_tag=BQ2027_RS00950;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003401091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 207006 207647 . + . ID=gene-BQ2027_RS00955;Name=BQ2027_RS00955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00955;old_locus_tag=BQ2027_MB0181 +Chromosome Protein Homology CDS 207006 207647 . + 0 ID=cds-WP_003401093.1;Parent=gene-BQ2027_RS00955;Dbxref=GenBank:WP_003401093.1;Name=WP_003401093.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214689.3;locus_tag=BQ2027_RS00955;product=membrane protein;protein_id=WP_003401093.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 207644 208612 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS00985;Name=BQ2027_RS00985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00985;old_locus_tag=BQ2027_MB0187C +Chromosome Protein Homology CDS 212469 213203 . - 0 ID=cds-WP_003401107.1;Parent=gene-BQ2027_RS00985;Dbxref=GenBank:WP_003401107.1;Name=WP_003401107.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214695.1;locus_tag=BQ2027_RS00985;product=pirin family protein;protein_id=WP_003401107.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 213220 214332 . - . ID=gene-BQ2027_RS00990;Name=sigG;gbkey=Gene;gene=sigG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00990;old_locus_tag=BQ2027_MB0188C +Chromosome Protein Homology CDS 213220 214332 . - 0 ID=cds-WP_003401110.1;Parent=gene-BQ2027_RS00990;Dbxref=GenBank:WP_003401110.1;Name=WP_003401110.1;gbkey=CDS;gene=sigG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214696.1;locus_tag=BQ2027_RS00990;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigG;protein_id=WP_003401110.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 214280 215119 . + . ID=gene-BQ2027_RS00995;Name=BQ2027_RS00995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS00995;old_locus_tag=BQ2027_MB0189 +Chromosome Protein Homology CDS 214280 215119 . + 0 ID=cds-WP_003401112.1;Parent=gene-BQ2027_RS00995;Dbxref=GenBank:WP_003401112.1;Name=WP_003401112.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214697.2;locus_tag=BQ2027_RS00995;product=monoacylglycerol lipase;protein_id=WP_003401112.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 215161 215910 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS01010;Name=bglS;gbkey=Gene;gene=bglS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01010;old_locus_tag=BQ2027_MB0192 +Chromosome Protein Homology CDS 216461 218536 . + 0 ID=cds-WP_010950358.1;Parent=gene-BQ2027_RS01010;Dbxref=GenBank:WP_010950358.1;Name=WP_010950358.1;Ontology_term=GO:0030245,GO:0008422;gbkey=CDS;gene=bglS;go_function=beta-glucosidase activity|0008422||IEA;go_process=cellulose catabolic process|0030245||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012392408.1;locus_tag=BQ2027_RS01010;product=beta-glucosidase;protein_id=WP_010950358.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 218582 218743 . - . ID=gene-BQ2027_RS01015;Name=mymT;gbkey=Gene;gene=mymT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01015;old_locus_tag=BQ2027_MB0192A +Chromosome Protein Homology CDS 218582 218743 . - 0 ID=cds-WP_010886068.1;Parent=gene-BQ2027_RS01015;Dbxref=GenBank:WP_010886068.1;Name=WP_010886068.1;gbkey=CDS;gene=mymT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_004837046.2;locus_tag=BQ2027_RS01015;product=metallothionein MymT;protein_id=WP_010886068.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 218897 219559 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS01025;Name=BQ2027_RS01025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01025;old_locus_tag=BQ2027_MB0194 +Chromosome Protein Homology CDS 219678 220109 . + 0 ID=cds-WP_003401141.1;Parent=gene-BQ2027_RS01025;Dbxref=GenBank:WP_003401141.1;Name=WP_003401141.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214702.1;locus_tag=BQ2027_RS01025;product=SPW repeat protein;protein_id=WP_003401141.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 220188 221915 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01065;Name=BQ2027_RS01065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01065;old_locus_tag=BQ2027_MB0202 +Chromosome Protein Homology CDS 231841 232425 . + 0 ID=cds-WP_003401168.1;Parent=gene-BQ2027_RS01065;Dbxref=GenBank:WP_003401168.1;Name=WP_003401168.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214710.1;locus_tag=BQ2027_RS01065;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401168.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 232425 234671 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS01090;Name=BQ2027_RS01090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01090;old_locus_tag=BQ2027_MB0207C +Chromosome Protein Homology CDS 238088 238591 . - 0 ID=cds-WP_003401187.1;Parent=gene-BQ2027_RS01090;Dbxref=GenBank:WP_003401187.1;Name=WP_003401187.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214715.1;locus_tag=BQ2027_RS01090;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401187.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 238588 241488 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01110;Name=BQ2027_RS01110;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01110;old_locus_tag=BQ2027_MB0211 +Chromosome Protein Homology CDS 243580 244683 . + 0 ID=cds-WP_010950360.1;Parent=gene-BQ2027_RS01110;Dbxref=GenBank:WP_010950360.1;Name=WP_010950360.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214719.1;locus_tag=BQ2027_RS01110;product=AI-2E family transporter;protein_id=WP_010950360.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 244680 247514 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01145;Name=nadR;gbkey=Gene;gene=nadR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01145;old_locus_tag=BQ2027_MB0218C +Chromosome Protein Homology CDS 253865 254836 . - 0 ID=cds-WP_003401213.1;Parent=gene-BQ2027_RS01145;Dbxref=GenBank:WP_003401213.1;Name=WP_003401213.1;Ontology_term=GO:0009435,GO:0000309;gbkey=CDS;gene=nadR;go_function=nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity|0000309||IEA;go_process=NAD+ biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214726.1;locus_tag=BQ2027_RS01145;product=nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase;protein_id=WP_003401213.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 254833 256266 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01170;Name=lipW;gbkey=Gene;gene=lipW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01170;old_locus_tag=BQ2027_MB0223C +Chromosome Protein Homology CDS 260148 261056 . - 0 ID=cds-WP_003401227.1;Parent=gene-BQ2027_RS01170;Dbxref=GenBank:WP_003401227.1;Name=WP_003401227.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipW;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214731.1;locus_tag=BQ2027_RS01170;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003401227.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 261149 262477 . + . ID=gene-BQ2027_RS01175;Name=BQ2027_RS01175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01175;old_locus_tag=BQ2027_MB0224 +Chromosome Protein Homology CDS 261149 262477 . + 0 ID=cds-WP_010950362.1;Parent=gene-BQ2027_RS01175;Dbxref=GenBank:WP_010950362.1;Name=WP_010950362.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214732.1;locus_tag=BQ2027_RS01175;product=molybdopterin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_010950362.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 262479 263027 . + . ID=gene-BQ2027_RS01180;Name=BQ2027_RS01180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01180;old_locus_tag=BQ2027_MB0225 +Chromosome Protein Homology CDS 262479 263027 . + 0 ID=cds-WP_003401230.1;Parent=gene-BQ2027_RS01180;Dbxref=GenBank:WP_003401230.1;Name=WP_003401230.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214733.1;locus_tag=BQ2027_RS01180;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401230.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 263037 264248 . + . ID=gene-BQ2027_RS01185;Name=lipC;gbkey=Gene;gene=lipC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01185;old_locus_tag=BQ2027_MB0226 +Chromosome Protein Homology CDS 263037 264248 . + 0 ID=cds-WP_003899863.1;Parent=gene-BQ2027_RS01185;Dbxref=GenBank:WP_003899863.1;Name=WP_003899863.1;gbkey=CDS;gene=lipC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214734.1;locus_tag=BQ2027_RS01185;product=esterase LipC;protein_id=WP_003899863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 264292 264993 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS01195;Name=BQ2027_RS01195;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS01195;old_locus_tag=BQ2027_MB0228C;partial=true;pseudo=true;start_range=.,264978 +Chromosome Protein Homology CDS 264978 266088 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS01195;Parent=gene-BQ2027_RS01195;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214737.1;locus_tag=BQ2027_RS01195;partial=true;product=aldehyde dehydrogenase family protein;pseudo=true;start_range=.,264978;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 266187 266951 . - . ID=gene-BQ2027_RS01200;Name=BQ2027_RS01200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01200;old_locus_tag=BQ2027_MB0229C +Chromosome Protein Homology CDS 266187 266951 . - 0 ID=cds-WP_010950364.1;Parent=gene-BQ2027_RS01200;Dbxref=GenBank:WP_010950364.1;Name=WP_010950364.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214738.1;locus_tag=BQ2027_RS01200;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_010950364.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 266987 268141 . + . ID=gene-BQ2027_RS01205;Name=BQ2027_RS01205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01205;old_locus_tag=BQ2027_MB0230 +Chromosome Protein Homology CDS 266987 268141 . + 0 ID=cds-WP_003401246.1;Parent=gene-BQ2027_RS01205;Dbxref=GenBank:WP_003401246.1;Name=WP_003401246.1;Ontology_term=GO:0006486,GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;go_process=protein glycosylation|0006486||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214739.1;locus_tag=BQ2027_RS01205;product=glycosyltransferase family 4 protein;protein_id=WP_003401246.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 268158 269888 . - . ID=gene-BQ2027_RS01210;Name=BQ2027_RS01210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01210;old_locus_tag=BQ2027_MB0231C +Chromosome Protein Homology CDS 268158 269888 . - 0 ID=cds-WP_003401250.1;Parent=gene-BQ2027_RS01210;Dbxref=GenBank:WP_003401250.1;Name=WP_003401250.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214740.1;locus_tag=BQ2027_RS01210;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401250.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 269898 271178 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20910;Name=BQ2027_RS20910;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20910;partial=true;pseudo=true;start_range=.,271180 +Chromosome Protein Homology CDS 271180 271279 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20910;Parent=gene-BQ2027_RS20910;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215065.1;locus_tag=BQ2027_RS20910;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,271180;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 271379 272602 . + . ID=gene-BQ2027_RS01220;Name=BQ2027_RS01220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01220;old_locus_tag=BQ2027_MB0233 +Chromosome Protein Homology CDS 271379 272602 . + 0 ID=cds-WP_003401260.1;Parent=gene-BQ2027_RS01220;Dbxref=GenBank:WP_003401260.1;Name=WP_003401260.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214742.1;locus_tag=BQ2027_RS01220;product=acyltransferase family protein;protein_id=WP_003401260.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 272630 273043 . - . ID=gene-BQ2027_RS01225;Name=BQ2027_RS01225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01225 +Chromosome Protein Homology CDS 272630 273043 . - 0 ID=cds-WP_003911071.1;Parent=gene-BQ2027_RS01225;Dbxref=GenBank:WP_003911071.1;Name=WP_003911071.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214743.2;locus_tag=BQ2027_RS01225;product=PIN domain nuclease;protein_id=WP_003911071.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 273034 273228 . - . ID=gene-BQ2027_RS01230;Name=BQ2027_RS01230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01230 +Chromosome Protein Homology CDS 273034 273228 . - 0 ID=cds-WP_003911072.1;Parent=gene-BQ2027_RS01230;Dbxref=GenBank:WP_003911072.1;Name=WP_003911072.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911072.1;locus_tag=BQ2027_RS01230;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003911072.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 273307 274287 . - . ID=gene-BQ2027_RS01235;Name=php;gbkey=Gene;gene=php;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01235;old_locus_tag=BQ2027_MB0235C +Chromosome Protein Homology CDS 273307 274287 . - 0 ID=cds-WP_003401263.1;Parent=gene-BQ2027_RS01235;Dbxref=GenBank:WP_003401263.1;Name=WP_003401263.1;gbkey=CDS;gene=php;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214744.1;locus_tag=BQ2027_RS01235;product=phosphotriesterase family protein;protein_id=WP_003401263.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 274382 276088 . + . ID=gene-BQ2027_RS01240;Name=BQ2027_RS01240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01240;old_locus_tag=BQ2027_MB0236 +Chromosome Protein Homology CDS 274382 276088 . + 0 ID=cds-WP_003401265.1;Parent=gene-BQ2027_RS01240;Dbxref=GenBank:WP_003401265.1;Name=WP_003401265.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214745.1;locus_tag=BQ2027_RS01240;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003401265.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 276223 276912 . + . ID=gene-BQ2027_RS01245;Name=BQ2027_RS01245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01245;old_locus_tag=BQ2027_MB0237 +Chromosome Protein Homology CDS 276223 276912 . + 0 ID=cds-WP_003401268.1;Parent=gene-BQ2027_RS01245;Dbxref=GenBank:WP_003401268.1;Name=WP_003401268.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214746.1;locus_tag=BQ2027_RS01245;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401268.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 276909 277853 . + . ID=gene-BQ2027_RS01250;Name=nrdB;gbkey=Gene;gene=nrdB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01250;old_locus_tag=BQ2027_MB0238 +Chromosome Protein Homology CDS 276909 277853 . + 0 ID=cds-WP_003401270.1;Parent=gene-BQ2027_RS01250;Dbxref=GenBank:WP_003401270.1;Name=WP_003401270.1;gbkey=CDS;gene=nrdB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214747.1;locus_tag=BQ2027_RS01250;product=R2-like ligand-binding oxidase;protein_id=WP_003401270.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 277929 279302 . - . ID=gene-BQ2027_RS01255;Name=BQ2027_RS01255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01255;old_locus_tag=BQ2027_MB0239C +Chromosome Protein Homology CDS 277929 279302 . - 0 ID=cds-WP_003912534.1;Parent=gene-BQ2027_RS01255;Dbxref=GenBank:WP_003912534.1;Name=WP_003912534.1;Ontology_term=GO:0004030;gbkey=CDS;go_function=aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity|0004030||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908967.1;locus_tag=BQ2027_RS01255;product=NADP-dependent succinic semialdehyde dehydrogenase;protein_id=WP_003912534.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 279490 280938 . - . ID=gene-BQ2027_RS01260;Name=BQ2027_RS01260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01260;old_locus_tag=BQ2027_MB0240C +Chromosome Protein Homology CDS 279490 280938 . - 0 ID=cds-WP_003401279.1;Parent=gene-BQ2027_RS01260;Dbxref=GenBank:WP_003401279.1;Name=WP_003401279.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214749.1;locus_tag=BQ2027_RS01260;product=lipase maturation factor family protein;protein_id=WP_003401279.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 280973 285175 . - . ID=gene-BQ2027_RS01265;Name=aftD;gbkey=Gene;gene=aftD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01265;old_locus_tag=BQ2027_MB0241C +Chromosome Protein Homology CDS 280973 285175 . - 0 ID=cds-WP_010950366.1;Parent=gene-BQ2027_RS01265;Dbxref=GenBank:WP_010950366.1;Name=WP_010950366.1;Ontology_term=GO:0016740;gbkey=CDS;gene=aftD;go_function=transferase activity|0016740||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214750.1;locus_tag=BQ2027_RS01265;product=DUF3367 domain-containing protein;protein_id=WP_010950366.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 285222 285395 . - . ID=gene-BQ2027_RS01270;Name=BQ2027_RS01270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01270;old_locus_tag=BQ2027_MB0242C +Chromosome Protein Homology CDS 285222 285395 . - 0 ID=cds-WP_003401289.1;Parent=gene-BQ2027_RS01270;Dbxref=GenBank:WP_003401289.1;Name=WP_003401289.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177619.1;locus_tag=BQ2027_RS01270;product=DUF2613 domain-containing protein;protein_id=WP_003401289.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 285510 286676 . + . ID=gene-BQ2027_RS01275;Name=lpqI;gbkey=Gene;gene=lpqI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01275;old_locus_tag=BQ2027_MB0243 +Chromosome Protein Homology CDS 285510 286676 . + 0 ID=cds-WP_010950367.1;Parent=gene-BQ2027_RS01275;Dbxref=GenBank:WP_010950367.1;Name=WP_010950367.1;gbkey=CDS;gene=lpqI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177702.1;locus_tag=BQ2027_RS01275;product=beta-N-acetylhexosaminidase;protein_id=WP_010950367.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 286752 287366 . + . ID=gene-BQ2027_RS01280;Name=BQ2027_RS01280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01280;old_locus_tag=BQ2027_MB0244 +Chromosome Protein Homology CDS 286752 287366 . + 0 ID=cds-WP_003401297.1;Parent=gene-BQ2027_RS01280;Dbxref=GenBank:WP_003401297.1;Name=WP_003401297.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214752.1;locus_tag=BQ2027_RS01280;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401297.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 287428 287661 . + . ID=gene-BQ2027_RS01285;Name=BQ2027_RS01285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01285;old_locus_tag=BQ2027_MB0245 +Chromosome Protein Homology CDS 287428 287661 . + 0 ID=cds-WP_003401300.1;Parent=gene-BQ2027_RS01285;Dbxref=GenBank:WP_003401300.1;Name=WP_003401300.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214753.1;locus_tag=BQ2027_RS01285;product=antitoxin;protein_id=WP_003401300.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 287669 288106 . + . ID=gene-BQ2027_RS01290;Name=BQ2027_RS01290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01290;old_locus_tag=BQ2027_MB0246 +Chromosome Protein Homology CDS 287669 288106 . + 0 ID=cds-WP_003909178.1;Parent=gene-BQ2027_RS01290;Dbxref=GenBank:WP_003909178.1;Name=WP_003909178.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214754.1;locus_tag=BQ2027_RS01290;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003909178.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 288136 288978 . - . ID=gene-BQ2027_RS01295;Name=htdX;gbkey=Gene;gene=htdX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01295;old_locus_tag=BQ2027_MB0247C +Chromosome Protein Homology CDS 288136 288978 . - 0 ID=cds-WP_003401305.1;Parent=gene-BQ2027_RS01295;Dbxref=GenBank:WP_003401305.1;Name=WP_003401305.1;gbkey=CDS;gene=htdX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214755.1;locus_tag=BQ2027_RS01295;product=3-hydroxyacyl-thioester dehydratase HtdX;protein_id=WP_003401305.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 288989 290353 . - . ID=gene-BQ2027_RS01300;Name=BQ2027_RS01300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01300;old_locus_tag=BQ2027_MB0248C +Chromosome Protein Homology CDS 288989 290353 . - 0 ID=cds-WP_003899869.1;Parent=gene-BQ2027_RS01300;Dbxref=GenBank:WP_003899869.1;Name=WP_003899869.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214756.1;locus_tag=BQ2027_RS01300;product=3-oxoacyl-ACP reductase;protein_id=WP_003899869.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 290495 291817 . + . ID=gene-BQ2027_RS01305;Name=BQ2027_RS01305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01305;old_locus_tag=BQ2027_MB0249 +Chromosome Protein Homology CDS 290495 291817 . + 0 ID=cds-WP_003401309.1;Parent=gene-BQ2027_RS01305;Dbxref=GenBank:WP_003401309.1;Name=WP_003401309.1;Ontology_term=GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214757.1;locus_tag=BQ2027_RS01305;product=acetyl-CoA C-acetyltransferase;protein_id=WP_003401309.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 292123 293958 . - . ID=gene-BQ2027_RS01310;Name=BQ2027_RS01310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01310;old_locus_tag=BQ2027_MB0250C +Chromosome Protein Homology CDS 292123 293958 . - 0 ID=cds-WP_010950368.1;Parent=gene-BQ2027_RS01310;Dbxref=GenBank:WP_010950368.1;Name=WP_010950368.1;Ontology_term=GO:0006631,GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=fatty acid metabolic process|0006631||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214758.1;locus_tag=BQ2027_RS01310;product=acyl-CoA dehydrogenase;protein_id=WP_010950368.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 294330 294818 . + . ID=gene-BQ2027_RS01315;Name=BQ2027_RS01315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01315;old_locus_tag=BQ2027_MB0251 +Chromosome Protein Homology CDS 294330 294818 . + 0 ID=cds-WP_003401313.1;Parent=gene-BQ2027_RS01315;Dbxref=GenBank:WP_003401313.1;Name=WP_003401313.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491,GO:0016646;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the CH-NH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016646||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214759.1;locus_tag=BQ2027_RS01315;product=flavin reductase family protein;protein_id=WP_003401313.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 295134 296444 . + . ID=gene-BQ2027_RS01320;Name=BQ2027_RS01320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01320;old_locus_tag=BQ2027_MB0252 +Chromosome Protein Homology CDS 295134 296444 . + 0 ID=cds-WP_010950369.1;Parent=gene-BQ2027_RS01320;Dbxref=GenBank:WP_010950369.1;Name=WP_010950369.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214760.1;locus_tag=BQ2027_RS01320;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950369.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 296441 297187 . - . ID=gene-BQ2027_RS01325;Name=BQ2027_RS01325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01325;old_locus_tag=BQ2027_MB0253C +Chromosome Protein Homology CDS 296441 297187 . - 0 ID=cds-WP_003401319.1;Parent=gene-BQ2027_RS01325;Dbxref=GenBank:WP_003401319.1;Name=WP_003401319.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214761.1;locus_tag=BQ2027_RS01325;product=succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulfur subunit;protein_id=WP_003401319.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 297188 299128 . - . ID=gene-BQ2027_RS01330;Name=BQ2027_RS01330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01330;old_locus_tag=BQ2027_MB0254C +Chromosome Protein Homology CDS 297188 299128 . - 0 ID=cds-WP_003401322.1;Parent=gene-BQ2027_RS01330;Dbxref=GenBank:WP_003401322.1;Name=WP_003401322.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214762.1;locus_tag=BQ2027_RS01330;product=fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein subunit;protein_id=WP_003401322.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 299159 299980 . - . ID=gene-BQ2027_RS01335;Name=BQ2027_RS01335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01335;old_locus_tag=BQ2027_MB0255C +Chromosome Protein Homology CDS 299159 299980 . - 0 ID=cds-WP_003401324.1;Parent=gene-BQ2027_RS01335;Dbxref=GenBank:WP_003401324.1;Name=WP_003401324.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214763.1;locus_tag=BQ2027_RS01335;product=succinate dehydrogenase membrane anchor subunit;protein_id=WP_003401324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 300060 300353 . - . ID=gene-BQ2027_RS01340;Name=BQ2027_RS01340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01340;old_locus_tag=BQ2027_MB0256C +Chromosome Protein Homology CDS 300060 300353 . - 0 ID=cds-WP_003401329.1;Parent=gene-BQ2027_RS01340;Dbxref=GenBank:WP_003401329.1;Name=WP_003401329.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214764.1;locus_tag=BQ2027_RS01340;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401329.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 300498 300977 . - . ID=gene-BQ2027_RS01345;Name=acr2;gbkey=Gene;gene=acr2;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=hsp;locus_tag=BQ2027_RS01345;old_locus_tag=BQ2027_MB0257C +Chromosome Protein Homology CDS 300498 300977 . - 0 ID=cds-WP_003900838.1;Parent=gene-BQ2027_RS01345;Dbxref=GenBank:WP_003900838.1;Name=WP_003900838.1;gbkey=CDS;gene=acr2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214765.1;locus_tag=BQ2027_RS01345;product=stress-responsive chaperone Acr2;protein_id=WP_003900838.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 301191 303752 . + . ID=gene-BQ2027_RS01350;Name=nirB;gbkey=Gene;gene=nirB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01350;old_locus_tag=BQ2027_MB0258 +Chromosome Protein Homology CDS 301191 303752 . + 0 ID=cds-WP_003401336.1;Parent=gene-BQ2027_RS01350;Dbxref=GenBank:WP_003401336.1;Name=WP_003401336.1;Ontology_term=GO:0042128,GO:0008942,GO:0050660,GO:0050661;gbkey=CDS;gene=nirB;go_function=nitrite reductase [NAD(P)H] activity|0008942||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=nitrate assimilation|0042128||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214766.1;locus_tag=BQ2027_RS01350;product=nitrite reductase large subunit NirB;protein_id=WP_003401336.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 303778 304134 . + . ID=gene-BQ2027_RS01355;Name=nirD;gbkey=Gene;gene=nirD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01355;old_locus_tag=BQ2027_MB0259 +Chromosome Protein Homology CDS 303778 304134 . + 0 ID=cds-WP_003401341.1;Parent=gene-BQ2027_RS01355;Dbxref=GenBank:WP_003401341.1;Name=WP_003401341.1;Ontology_term=GO:0008942,GO:0051537;gbkey=CDS;gene=nirD;go_function=nitrite reductase [NAD(P)H] activity|0008942||IEA,2 iron%2C 2 sulfur cluster binding|0051537||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214767.1;locus_tag=BQ2027_RS01355;product=nitrite reductase small subunit NirD;protein_id=WP_003401341.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 304150 304674 . - . ID=gene-BQ2027_RS01360;Name=cobU;gbkey=Gene;gene=cobU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01360;old_locus_tag=BQ2027_MB0260C +Chromosome Protein Homology CDS 304150 304674 . - 0 ID=cds-WP_003899876.1;Parent=gene-BQ2027_RS01360;Dbxref=GenBank:WP_003899876.1;Name=WP_003899876.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0000166,GO:0008820,GO:0043752;gbkey=CDS;gene=cobU;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,cobinamide phosphate guanylyltransferase activity|0008820||IEA,adenosylcobinamide kinase activity|0043752||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214768.1;locus_tag=BQ2027_RS01360;product=bifunctional adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase;protein_id=WP_003899876.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 304699 306183 . - . ID=gene-BQ2027_RS01365;Name=BQ2027_RS01365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01365;old_locus_tag=BQ2027_MB0261C +Chromosome Protein Homology CDS 304699 306183 . - 0 ID=cds-WP_003899877.1;Parent=gene-BQ2027_RS01365;Dbxref=GenBank:WP_003899877.1;Name=WP_003899877.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177703.1;locus_tag=BQ2027_RS01365;product=cobyric acid synthase;protein_id=WP_003899877.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 306202 307872 . - . ID=gene-BQ2027_RS01370;Name=BQ2027_RS01370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01370;old_locus_tag=BQ2027_MB0262C +Chromosome Protein Homology CDS 306202 307872 . - 0 ID=cds-WP_003401347.1;Parent=gene-BQ2027_RS01370;Dbxref=GenBank:WP_003401347.1;Name=WP_003401347.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177704.1;locus_tag=BQ2027_RS01370;product=PPE family protein;protein_id=WP_003401347.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 308011 308192 . - . ID=id-Chromosome:308011..308192;Dbxref=RFAM:RF00174;Note=cobalamin riboswitch;bound_moiety=adenosylcobalamin;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 308619 309074 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01440;Name=fadD2;gbkey=Gene;gene=fadD2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01440;old_locus_tag=BQ2027_MB0276 +Chromosome Protein Homology CDS 322892 324574 . + 0 ID=cds-WP_003899884.1;Parent=gene-BQ2027_RS01440;Dbxref=GenBank:WP_003899884.1;Name=WP_003899884.1;gbkey=CDS;gene=fadD2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214784.1;locus_tag=BQ2027_RS01440;product=long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD2;protein_id=WP_003899884.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 324591 326786 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01450;Name=BQ2027_RS01450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01450;old_locus_tag=BQ2027_MB0278C +Chromosome Protein Homology CDS 326900 328033 . - 0 ID=cds-WP_010950370.1;Parent=gene-BQ2027_RS01450;Dbxref=GenBank:WP_010950370.1;Name=WP_010950370.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214786.1;locus_tag=BQ2027_RS01450;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_010950370.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 328030 328650 . - . ID=gene-BQ2027_RS01455;Name=BQ2027_RS01455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01455;old_locus_tag=BQ2027_MB0279C +Chromosome Protein Homology CDS 328030 328650 . - 0 ID=cds-WP_003401397.1;Parent=gene-BQ2027_RS01455;Dbxref=GenBank:WP_003401397.1;Name=WP_003401397.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214787.1;locus_tag=BQ2027_RS01455;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401397.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 328747 329328 . + . ID=gene-BQ2027_RS01460;Name=BQ2027_RS01460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01460;old_locus_tag=BQ2027_MB0280 +Chromosome Protein Homology CDS 328747 329328 . + 0 ID=cds-WP_003401399.1;Parent=gene-BQ2027_RS01460;Dbxref=GenBank:WP_003401399.1;Name=WP_003401399.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214788.1;locus_tag=BQ2027_RS01460;product=VOC family protein;protein_id=WP_003401399.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 329258 329983 . - . ID=gene-BQ2027_RS01465;Name=BQ2027_RS01465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01465;old_locus_tag=BQ2027_MB0281C +Chromosome Protein Homology CDS 329258 329983 . - 0 ID=cds-WP_003902925.1;Parent=gene-BQ2027_RS01465;Dbxref=GenBank:WP_003902925.1;Name=WP_003902925.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177706.1;locus_tag=BQ2027_RS01465;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003902925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 330073 330993 . + . ID=gene-BQ2027_RS01470;Name=BQ2027_RS01470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01470;old_locus_tag=BQ2027_MB0282 +Chromosome Protein Homology CDS 330073 330993 . + 0 ID=cds-WP_003401404.1;Parent=gene-BQ2027_RS01470;Dbxref=GenBank:WP_003401404.1;Name=WP_003401404.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214790.1;locus_tag=BQ2027_RS01470;product=oxygenase MpaB family protein;protein_id=WP_003401404.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 331033 331461 . - . ID=gene-BQ2027_RS01475;Name=BQ2027_RS01475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01475;old_locus_tag=BQ2027_MB0283C +Chromosome Protein Homology CDS 331033 331461 . - 0 ID=cds-WP_003401406.1;Parent=gene-BQ2027_RS01475;Dbxref=GenBank:WP_003401406.1;Name=WP_003401406.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214791.1;locus_tag=BQ2027_RS01475;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003401406.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 331485 331742 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01610;Name=BQ2027_RS01610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01610;old_locus_tag=BQ2027_MB0310 +Chromosome Protein Homology CDS 365652 366284 . + 0 ID=cds-WP_010950377.1;Parent=gene-BQ2027_RS01610;Dbxref=GenBank:WP_010950377.1;Name=WP_010950377.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214816.1;locus_tag=BQ2027_RS01610;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_010950377.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 366281 367189 . + . ID=gene-BQ2027_RS01615;Name=BQ2027_RS01615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01615;old_locus_tag=BQ2027_MB0311 +Chromosome Protein Homology CDS 366281 367189 . + 0 ID=cds-WP_003900117.1;Parent=gene-BQ2027_RS01615;Dbxref=GenBank:WP_003900117.1;Name=WP_003900117.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214817.1;locus_tag=BQ2027_RS01615;product=protochlorophyllide reductase;protein_id=WP_003900117.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 367197 376741 . - . ID=gene-BQ2027_RS20690;Name=BQ2027_RS20690;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20690;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 367197 376741 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20690;Parent=gene-BQ2027_RS20690;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003913099.1;locus_tag=BQ2027_RS20690;product=PPE domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 376944 377615 . + . ID=gene-BQ2027_RS01625;Name=bluB;gbkey=Gene;gene=bluB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01625;old_locus_tag=BQ2027_MB0314 +Chromosome Protein Homology CDS 376944 377615 . + 0 ID=cds-WP_003401584.1;Parent=gene-BQ2027_RS01625;Dbxref=GenBank:WP_003401584.1;Name=WP_003401584.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0032363,GO:0016722;gbkey=CDS;gene=bluB;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on metal ions|0016722||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA,FMN catabolic process|0032363||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214820.1;locus_tag=BQ2027_RS01625;product=5%2C6-dimethylbenzimidazole synthase;protein_id=WP_003401584.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 377603 378085 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01635;Name=BQ2027_RS01635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01635;old_locus_tag=BQ2027_MB0316 +Chromosome Protein Homology CDS 378143 378859 . + 0 ID=cds-WP_003401594.1;Parent=gene-BQ2027_RS01635;Dbxref=GenBank:WP_003401594.1;Name=WP_003401594.1;Ontology_term=GO:0006629,GO:1901137,GO:0016791,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=phosphatase activity|0016791||IEA;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA,carbohydrate derivative biosynthetic process|1901137||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214822.1;locus_tag=BQ2027_RS01635;product=phosphatase PAP2 family protein;protein_id=WP_003401594.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 378961 379617 . + . ID=gene-BQ2027_RS01640;Name=BQ2027_RS01640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01640;old_locus_tag=BQ2027_MB0317 +Chromosome Protein Homology CDS 378961 379617 . + 0 ID=cds-WP_003401597.1;Parent=gene-BQ2027_RS01640;Dbxref=GenBank:WP_003401597.1;Name=WP_003401597.1;Ontology_term=GO:0018104,GO:0071972;gbkey=CDS;go_function=peptidoglycan L%2CD-transpeptidase activity|0071972||IEA;go_process=peptidoglycan-protein cross-linking|0018104||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214823.1;locus_tag=BQ2027_RS01640;product=L%2CD-transpeptidase family protein;protein_id=WP_003401597.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 379687 380178 . - . ID=gene-BQ2027_RS01645;Name=BQ2027_RS01645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01645;old_locus_tag=BQ2027_MB0318C +Chromosome Protein Homology CDS 379687 380178 . - 0 ID=cds-WP_003401601.1;Parent=gene-BQ2027_RS01645;Dbxref=GenBank:WP_003401601.1;Name=WP_003401601.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214824.1;locus_tag=BQ2027_RS01645;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003401601.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 380202 381431 . + . ID=gene-BQ2027_RS01650;Name=BQ2027_RS01650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01650;old_locus_tag=BQ2027_MB0319 +Chromosome Protein Homology CDS 380202 381431 . + 0 ID=cds-WP_003898398.1;Parent=gene-BQ2027_RS01650;Dbxref=GenBank:WP_003898398.1;Name=WP_003898398.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214825.1;locus_tag=BQ2027_RS01650;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898398.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 381586 383448 . + . ID=gene-BQ2027_RS01655;Name=BQ2027_RS01655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01655;old_locus_tag=BQ2027_MB0320 +Chromosome Protein Homology CDS 381586 383448 . + 0 ID=cds-WP_003401607.1;Parent=gene-BQ2027_RS01655;Dbxref=GenBank:WP_003401607.1;Name=WP_003401607.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0140662;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP-dependent protein folding chaperone|0140662||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214826.1;locus_tag=BQ2027_RS01655;product=Hsp70 family protein;protein_id=WP_003401607.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 383520 383906 . + . ID=gene-BQ2027_RS01660;Name=BQ2027_RS01660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01660;old_locus_tag=BQ2027_MB0321 +Chromosome Protein Homology CDS 383520 383906 . + 0 ID=cds-WP_003401613.1;Parent=gene-BQ2027_RS01660;Dbxref=GenBank:WP_003401613.1;Name=WP_003401613.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214827.1;locus_tag=BQ2027_RS01660;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401613.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 383909 384544 . - . ID=gene-BQ2027_RS01665;Name=BQ2027_RS01665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01665;old_locus_tag=BQ2027_MB0322C +Chromosome Protein Homology CDS 383909 384544 . - 0 ID=cds-WP_031657229.1;Parent=gene-BQ2027_RS01665;Dbxref=GenBank:WP_031657229.1;Name=WP_031657229.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003873918.1;locus_tag=BQ2027_RS01665;product=DUF3060 domain-containing protein;protein_id=WP_031657229.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 384632 385516 . + . ID=gene-BQ2027_RS01670;Name=BQ2027_RS01670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01670;old_locus_tag=BQ2027_MB0323 +Chromosome Protein Homology CDS 384632 385516 . + 0 ID=cds-WP_003401621.1;Parent=gene-BQ2027_RS01670;Dbxref=GenBank:WP_003401621.1;Name=WP_003401621.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0004553,GO:0030246;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C hydrolyzing O-glycosyl compounds|0004553||IEA,carbohydrate binding|0030246||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214829.1;locus_tag=BQ2027_RS01670;product=glycoside hydrolase family 16 protein;protein_id=WP_003401621.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 385565 386179 . + . ID=gene-BQ2027_RS01675;Name=BQ2027_RS01675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01675;old_locus_tag=BQ2027_MB0324 +Chromosome Protein Homology CDS 385565 386179 . + 0 ID=cds-WP_003401623.1;Parent=gene-BQ2027_RS01675;Dbxref=GenBank:WP_003401623.1;Name=WP_003401623.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214830.1;locus_tag=BQ2027_RS01675;product=muconolactone Delta-isomerase family protein;protein_id=WP_003401623.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 386203 386973 . - . ID=gene-BQ2027_RS01680;Name=BQ2027_RS01680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01680;old_locus_tag=BQ2027_MB0325C +Chromosome Protein Homology CDS 386203 386973 . - 0 ID=cds-WP_003401625.1;Parent=gene-BQ2027_RS01680;Dbxref=GenBank:WP_003401625.1;Name=WP_003401625.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214831.1;locus_tag=BQ2027_RS01680;product=glycerophosphodiester phosphodiesterase;protein_id=WP_003401625.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 387234 387304 . - . ID=gene-BQ2027_RS01685;Name=BQ2027_RS01685;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS01685;old_locus_tag=BQ2027_GLYU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 387234 387304 . - . ID=rna-BQ2027_RS01685;Parent=gene-BQ2027_RS01685;anticodon=(pos:complement(387270..387272));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS01685;product=tRNA-Gly +Chromosome tRNAscan-SE exon 387234 387304 . - . ID=exon-BQ2027_RS01685-1;Parent=rna-BQ2027_RS01685;anticodon=(pos:complement(387270..387272));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS01685;product=tRNA-Gly +Chromosome RefSeq gene 387335 388129 . - . ID=gene-BQ2027_RS01690;Name=BQ2027_RS01690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01690;old_locus_tag=BQ2027_MB0326C +Chromosome Protein Homology CDS 387335 388129 . - 0 ID=cds-WP_003401627.1;Parent=gene-BQ2027_RS01690;Dbxref=GenBank:WP_003401627.1;Name=WP_003401627.1;Ontology_term=GO:0030001,GO:0055085,GO:0046873;gbkey=CDS;go_function=metal ion transmembrane transporter activity|0046873||IEA;go_process=metal ion transport|0030001||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177716.1;locus_tag=BQ2027_RS01690;product=ZIP family metal transporter;protein_id=WP_003401627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 388178 388846 . + . ID=gene-BQ2027_RS01695;Name=pcp;gbkey=Gene;gene=pcp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01695;old_locus_tag=BQ2027_MB0327 +Chromosome Protein Homology CDS 388178 388846 . + 0 ID=cds-WP_003401632.1;Parent=gene-BQ2027_RS01695;Dbxref=GenBank:WP_003401632.1;Name=WP_003401632.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0008234,GO:0016920,GO:0005829;gbkey=CDS;gene=pcp;go_component=cytosol|0005829||IEA;go_function=cysteine-type peptidase activity|0008234||IEA,pyroglutamyl-peptidase activity|0016920||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214833.1;locus_tag=BQ2027_RS01695;product=pyroglutamyl-peptidase I;protein_id=WP_003401632.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 388918 389580 . + . ID=gene-BQ2027_RS01700;Name=BQ2027_RS01700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01700;old_locus_tag=BQ2027_MB0328 +Chromosome Protein Homology CDS 388918 389580 . + 0 ID=cds-WP_003401636.1;Parent=gene-BQ2027_RS01700;Dbxref=GenBank:WP_003401636.1;Name=WP_003401636.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214834.1;locus_tag=BQ2027_RS01700;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401636.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 389612 390184 . + . ID=gene-BQ2027_RS01705;Name=dcd;gbkey=Gene;gene=dcd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01705;old_locus_tag=BQ2027_MB0329 +Chromosome Protein Homology CDS 389612 390184 . + 0 ID=cds-WP_003401638.1;Parent=gene-BQ2027_RS01705;Dbxref=GenBank:WP_003401638.1;Name=WP_003401638.1;Ontology_term=GO:0006229,GO:0008829;gbkey=CDS;gene=dcd;go_function=dCTP deaminase activity|0008829||IEA;go_process=dUTP biosynthetic process|0006229||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214835.1;locus_tag=BQ2027_RS01705;product=dCTP deaminase;protein_id=WP_003401638.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 390290 391621 . + . ID=gene-BQ2027_RS01710;Name=udgA;gbkey=Gene;gene=udgA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01710;old_locus_tag=BQ2027_MB0330 +Chromosome Protein Homology CDS 390290 391621 . + 0 ID=cds-WP_003898400.1;Parent=gene-BQ2027_RS01710;Dbxref=GenBank:WP_003898400.1;Name=WP_003898400.1;Ontology_term=GO:0016616;gbkey=CDS;gene=udgA;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-OH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016616||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214836.1;locus_tag=BQ2027_RS01710;product=UDP-glucose dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003898400.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 391610 392281 . - . ID=gene-BQ2027_RS01715;Name=BQ2027_RS01715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01715;old_locus_tag=BQ2027_MB0331C +Chromosome Protein Homology CDS 391610 392281 . - 0 ID=cds-WP_003401643.1;Parent=gene-BQ2027_RS01715;Dbxref=GenBank:WP_003401643.1;Name=WP_003401643.1;Ontology_term=GO:0006506,GO:0000225;gbkey=CDS;go_function=N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol deacetylase activity|0000225||IEA;go_process=GPI anchor biosynthetic process|0006506||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214837.1;locus_tag=BQ2027_RS01715;product=PIG-L family deacetylase;protein_id=WP_003401643.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 392382 393062 . + . ID=gene-BQ2027_RS01720;Name=BQ2027_RS01720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01720;old_locus_tag=BQ2027_MB0332 +Chromosome Protein Homology CDS 392382 393062 . + 0 ID=cds-WP_003401648.1;Parent=gene-BQ2027_RS01720;Dbxref=GenBank:WP_003401648.1;Name=WP_003401648.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214838.1;locus_tag=BQ2027_RS01720;product=ArsR/SmtB family transcription factor;protein_id=WP_003401648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 393096 393758 . + . ID=gene-BQ2027_RS01725;Name=BQ2027_RS01725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01725;old_locus_tag=BQ2027_MB0333 +Chromosome Protein Homology CDS 393096 393758 . + 0 ID=cds-WP_003900903.1;Parent=gene-BQ2027_RS01725;Dbxref=GenBank:WP_003900903.1;Name=WP_003900903.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900903.1;locus_tag=BQ2027_RS01725;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003900903.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 393726 395075 . - . ID=gene-BQ2027_RS01730;Name=BQ2027_RS01730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01730;old_locus_tag=BQ2027_MB0334C +Chromosome Protein Homology CDS 393726 395075 . - 0 ID=cds-WP_010950380.1;Parent=gene-BQ2027_RS01730;Dbxref=GenBank:WP_010950380.1;Name=WP_010950380.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214841.1;locus_tag=BQ2027_RS01730;product=cytochrome P450;protein_id=WP_010950380.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 395141 395743 . + . ID=gene-BQ2027_RS01735;Name=BQ2027_RS01735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01735;old_locus_tag=BQ2027_MB0335 +Chromosome Protein Homology CDS 395141 395743 . + 0 ID=cds-WP_003401651.1;Parent=gene-BQ2027_RS01735;Dbxref=GenBank:WP_003401651.1;Name=WP_003401651.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214842.1;locus_tag=BQ2027_RS01735;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 395724 396350 . - . ID=gene-BQ2027_RS01740;Name=BQ2027_RS01740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01740;old_locus_tag=BQ2027_MB0336C +Chromosome Protein Homology CDS 395724 396350 . - 0 ID=cds-WP_010950381.1;Parent=gene-BQ2027_RS01740;Dbxref=GenBank:WP_010950381.1;Name=WP_010950381.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214843.1;locus_tag=BQ2027_RS01740;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_010950381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 396377 397117 . - . ID=gene-BQ2027_RS01745;Name=BQ2027_RS01745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01745;old_locus_tag=BQ2027_MB0337C +Chromosome Protein Homology CDS 396377 397117 . - 0 ID=cds-WP_003401656.1;Parent=gene-BQ2027_RS01745;Dbxref=GenBank:WP_003401656.1;Name=WP_003401656.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214844.1;locus_tag=BQ2027_RS01745;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401656.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 397231 398397 . + . ID=gene-BQ2027_RS01750;Name=BQ2027_RS01750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01750;old_locus_tag=BQ2027_MB0338 +Chromosome Protein Homology CDS 397231 398397 . + 0 ID=cds-WP_003900904.1;Parent=gene-BQ2027_RS01750;Dbxref=GenBank:WP_003900904.1;Name=WP_003900904.1;Ontology_term=GO:0006116,GO:0003954;gbkey=CDS;go_function=NADH dehydrogenase activity|0003954||IEA;go_process=obsolete NADH oxidation|0006116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214845.1;locus_tag=BQ2027_RS01750;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003900904.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 398502 399257 . + . ID=gene-BQ2027_RS01755;Name=BQ2027_RS01755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01755;old_locus_tag=BQ2027_MB0339 +Chromosome Protein Homology CDS 398502 399257 . + 0 ID=cds-WP_031657230.1;Parent=gene-BQ2027_RS01755;Dbxref=GenBank:WP_031657230.1;Name=WP_031657230.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015302514.1;locus_tag=BQ2027_RS01755;product=maleylpyruvate isomerase family mycothiol-dependent enzyme;protein_id=WP_031657230.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 399284 399658 . + . ID=gene-BQ2027_RS01760;Name=BQ2027_RS01760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01760;old_locus_tag=BQ2027_MB0340 +Chromosome Protein Homology CDS 399284 399658 . + 0 ID=cds-WP_003401666.1;Parent=gene-BQ2027_RS01760;Dbxref=GenBank:WP_003401666.1;Name=WP_003401666.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214847.1;locus_tag=BQ2027_RS01760;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003401666.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 399688 400554 . + . ID=gene-BQ2027_RS01765;Name=rfbA;gbkey=Gene;gene=rfbA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01765;old_locus_tag=BQ2027_MB0341 +Chromosome Protein Homology CDS 399688 400554 . + 0 ID=cds-WP_003401670.1;Parent=gene-BQ2027_RS01765;Dbxref=GenBank:WP_003401670.1;Name=WP_003401670.1;Ontology_term=GO:0000271,GO:0019305,GO:0008879;gbkey=CDS;gene=rfbA;go_function=glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity|0008879||IEA;go_process=polysaccharide biosynthetic process|0000271||IEA,dTDP-rhamnose biosynthetic process|0019305||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214848.1;locus_tag=BQ2027_RS01765;product=glucose-1-phosphate thymidylyltransferase RfbA;protein_id=WP_003401670.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 400565 401017 . - . ID=gene-BQ2027_RS20620;Name=BQ2027_RS20620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20620;old_locus_tag=BQ2027_MB0342C +Chromosome Protein Homology CDS 400565 401017 . - 0 ID=cds-WP_003911159.1;Parent=gene-BQ2027_RS20620;Dbxref=GenBank:WP_003911159.1;Name=WP_003911159.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013127.6;locus_tag=BQ2027_RS20620;product=PE family protein;protein_id=WP_003911159.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 400967 401084 . + . ID=gene-BQ2027_RS20915;Name=BQ2027_RS20915;end_range=401084,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20915;partial=true;pseudo=true;start_range=.,400967 +Chromosome Protein Homology CDS 400967 401084 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20915;Parent=gene-BQ2027_RS20915;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=401084,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900311.1;locus_tag=BQ2027_RS20915;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,400967;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 401198 402733 . + . ID=gene-BQ2027_RS01775;Name=BQ2027_RS01775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01775;old_locus_tag=BQ2027_MB0343 +Chromosome Protein Homology CDS 401198 402733 . + 0 ID=cds-WP_003900164.1;Parent=gene-BQ2027_RS01775;Dbxref=GenBank:WP_003900164.1;Name=WP_003900164.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287795.1;locus_tag=BQ2027_RS01775;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_003900164.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 402903 404192 . - . ID=gene-BQ2027_RS01780;Name=aspC;gbkey=Gene;gene=aspC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01780;old_locus_tag=BQ2027_MB0344C +Chromosome Protein Homology CDS 402903 404192 . - 0 ID=cds-WP_003401733.1;Parent=gene-BQ2027_RS01780;Dbxref=GenBank:WP_003401733.1;Name=WP_003401733.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0003824,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=aspC;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214851.1;locus_tag=BQ2027_RS01780;product=pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase;protein_id=WP_003401733.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 404223 406871 . - . ID=gene-BQ2027_RS01785;Name=BQ2027_RS01785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01785;old_locus_tag=BQ2027_MB0345C +Chromosome Protein Homology CDS 404223 406871 . - 0 ID=cds-WP_003401734.1;Parent=gene-BQ2027_RS01785;Dbxref=GenBank:WP_003401734.1;Name=WP_003401734.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214852.1;locus_tag=BQ2027_RS01785;product=(Fe-S)-binding protein;protein_id=WP_003401734.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 406980 409478 . - . ID=gene-BQ2027_RS01790;Name=iniR;gbkey=Gene;gene=iniR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01790;old_locus_tag=BQ2027_MB0346C +Chromosome Protein Homology CDS 406980 409478 . - 0 ID=cds-WP_003401735.1;Parent=gene-BQ2027_RS01790;Dbxref=GenBank:WP_003401735.1;Name=WP_003401735.1;gbkey=CDS;gene=iniR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214853.1;locus_tag=BQ2027_RS01790;product=isoniazid response ATPase/transcriptional regulator IniR;protein_id=WP_003401735.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 409664 410203 . + . ID=gene-BQ2027_RS01795;Name=BQ2027_RS01795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01795;old_locus_tag=BQ2027_MB0347 +Chromosome Protein Homology CDS 409664 410203 . + 0 ID=cds-WP_003401737.1;Parent=gene-BQ2027_RS01795;Dbxref=GenBank:WP_003401737.1;Name=WP_003401737.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214854.1;locus_tag=BQ2027_RS01795;product=Rv0340 family IniB-related protein;protein_id=WP_003401737.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 410392 411831 . + . ID=gene-BQ2027_RS01800;Name=iniB;gbkey=Gene;gene=iniB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01800;old_locus_tag=BQ2027_MB0348 +Chromosome Protein Homology CDS 410392 411831 . + 0 ID=cds-WP_003901837.1;Parent=gene-BQ2027_RS01800;Dbxref=GenBank:WP_003901837.1;Name=WP_003901837.1;gbkey=CDS;gene=iniB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214855.1;locus_tag=BQ2027_RS01800;product=isoniazid-induced protein IniB;protein_id=WP_003901837.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 411937 413790 . + . ID=gene-BQ2027_RS01805;Name=iniA;gbkey=Gene;gene=iniA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01805;old_locus_tag=BQ2027_MB0349 +Chromosome Protein Homology CDS 411937 413790 . + 0 ID=cds-WP_015385236.1;Parent=gene-BQ2027_RS01805;Dbxref=GenBank:WP_015385236.1;Name=WP_015385236.1;gbkey=CDS;gene=iniA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292084.1;locus_tag=BQ2027_RS01805;product=isoniazid-induced dynamin-like GTPase IniA;protein_id=WP_015385236.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 413787 415268 . + . ID=gene-BQ2027_RS01810;Name=iniC;gbkey=Gene;gene=iniC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01810;old_locus_tag=BQ2027_MB0350 +Chromosome Protein Homology CDS 413787 415268 . + 0 ID=cds-WP_003401747.1;Parent=gene-BQ2027_RS01810;Dbxref=GenBank:WP_003401747.1;Name=WP_003401747.1;gbkey=CDS;gene=iniC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214857.1;locus_tag=BQ2027_RS01810;product=isoniazid-induced dynamin-like GTPase IniC;protein_id=WP_003401747.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 415411 415971 . - . ID=gene-BQ2027_RS01815;Name=BQ2027_RS01815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01815;old_locus_tag=BQ2027_MB0351C +Chromosome Protein Homology CDS 415411 415971 . - 0 ID=cds-WP_003401751.1;Parent=gene-BQ2027_RS01815;Dbxref=GenBank:WP_003401751.1;Name=WP_003401751.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214858.1;locus_tag=BQ2027_RS01815;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401751.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 416074 416637 . + . ID=gene-BQ2027_RS01820;Name=BQ2027_RS01820;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS01820;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 416074 416637 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS01820;Parent=gene-BQ2027_RS01820;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016779;gbkey=CDS;go_function=nucleotidyltransferase activity|0016779||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007167464.1;locus_tag=BQ2027_RS01820;product=nucleotidyltransferase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 416531 417994 . - . ID=gene-BQ2027_RS01825;Name=BQ2027_RS01825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01825;old_locus_tag=BQ2027_MB0354C +Chromosome Protein Homology CDS 416531 417994 . - 0 ID=cds-WP_003898409.1;Parent=gene-BQ2027_RS01825;Dbxref=GenBank:WP_003898409.1;Name=WP_003898409.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177718.1;locus_tag=BQ2027_RS01825;product=amino acid permease;protein_id=WP_003898409.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 418507 419319 . + . ID=gene-BQ2027_RS01830;Name=BQ2027_RS01830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01830;old_locus_tag=BQ2027_MB0355 +Chromosome Protein Homology CDS 418507 419319 . + 0 ID=cds-WP_003911187.1;Parent=gene-BQ2027_RS01830;Dbxref=GenBank:WP_003911187.1;Name=WP_003911187.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911187.1;locus_tag=BQ2027_RS01830;product=TIGR04255 family protein;protein_id=WP_003911187.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 419322 419975 . + . ID=gene-BQ2027_RS01835;Name=mosR;gbkey=Gene;gene=mosR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01835;old_locus_tag=BQ2027_MB0356 +Chromosome Protein Homology CDS 419322 419975 . + 0 ID=cds-WP_003401756.1;Parent=gene-BQ2027_RS01835;Dbxref=GenBank:WP_003401756.1;Name=WP_003401756.1;gbkey=CDS;gene=mosR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214862.1;locus_tag=BQ2027_RS01835;product=hypoxia/intracellular survival transcriptional regulator MosR;protein_id=WP_003401756.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 419930 420148 . - . ID=gene-BQ2027_RS20200;Name=BQ2027_RS20200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20200 +Chromosome Protein Homology CDS 419930 420148 . - 0 ID=cds-WP_003918061.1;Parent=gene-BQ2027_RS20200;Dbxref=GenBank:WP_003918061.1;Name=WP_003918061.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918061.1;locus_tag=BQ2027_RS20200;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003918061.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 420095 420637 . + . ID=gene-BQ2027_RS01840;Name=BQ2027_RS01840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01840;old_locus_tag=BQ2027_MB0357 +Chromosome Protein Homology CDS 420095 420637 . + 0 ID=cds-WP_003401808.1;Parent=gene-BQ2027_RS01840;Dbxref=GenBank:WP_003401808.1;Name=WP_003401808.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003401808.1;locus_tag=BQ2027_RS01840;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401808.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 420864 422741 . + . ID=gene-BQ2027_RS01845;Name=dnaK;gbkey=Gene;gene=dnaK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01845;old_locus_tag=BQ2027_MB0358 +Chromosome Protein Homology CDS 420864 422741 . + 0 ID=cds-WP_003401814.1;Parent=gene-BQ2027_RS01845;Dbxref=GenBank:WP_003401814.1;Name=WP_003401814.1;Ontology_term=GO:0006457,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=dnaK;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=protein folding|0006457||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214864.1;locus_tag=BQ2027_RS01845;product=molecular chaperone DnaK;protein_id=WP_003401814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 422738 423445 . + . ID=gene-BQ2027_RS01850;Name=grpE;gbkey=Gene;gene=grpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01850;old_locus_tag=BQ2027_MB0359 +Chromosome Protein Homology CDS 422738 423445 . + 0 ID=cds-WP_010950385.1;Parent=gene-BQ2027_RS01850;Dbxref=GenBank:WP_010950385.1;Name=WP_010950385.1;gbkey=CDS;gene=grpE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214865.1;locus_tag=BQ2027_RS01850;product=nucleotide exchange factor GrpE;protein_id=WP_010950385.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 423481 424668 . + . ID=gene-BQ2027_RS01855;Name=dnaJ;gbkey=Gene;gene=dnaJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01855;old_locus_tag=BQ2027_MB0360 +Chromosome Protein Homology CDS 423481 424668 . + 0 ID=cds-WP_003401821.1;Parent=gene-BQ2027_RS01855;Dbxref=GenBank:WP_003401821.1;Name=WP_003401821.1;gbkey=CDS;gene=dnaJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177719.1;locus_tag=BQ2027_RS01855;product=molecular chaperone DnaJ;protein_id=WP_003401821.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 424668 425048 . + . ID=gene-BQ2027_RS01860;Name=hspR;gbkey=Gene;gene=hspR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01860;old_locus_tag=BQ2027_MB0361 +Chromosome Protein Homology CDS 424668 425048 . + 0 ID=cds-WP_003401823.1;Parent=gene-BQ2027_RS01860;Dbxref=GenBank:WP_003401823.1;Name=WP_003401823.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=hspR;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214867.1;locus_tag=BQ2027_RS01860;product=heat shock protein transcriptional repressor HspR;protein_id=WP_003401823.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 425173 425724 . - . ID=gene-BQ2027_RS20920;Name=BQ2027_RS20920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20920 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 425173 425724 . - 0 ID=cds-WP_003898412.1;Parent=gene-BQ2027_RS20920;Dbxref=GenBank:WP_003898412.1;Name=WP_003898412.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS20920;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898412.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 425807 435696 . - . ID=gene-BQ2027_RS20625;Name=BQ2027_RS20625;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20625;old_locus_tag=BQ2027_MB0362C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 425807 435696 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20625;Parent=gene-BQ2027_RS20625;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177721.2;locus_tag=BQ2027_RS20625;product=PPE domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 435847 436491 . - . ID=gene-BQ2027_RS01870;Name=BQ2027_RS01870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01870;old_locus_tag=BQ2027_MB0363C +Chromosome Protein Homology CDS 435847 436491 . - 0 ID=cds-WP_003401827.1;Parent=gene-BQ2027_RS01870;Dbxref=GenBank:WP_003401827.1;Name=WP_003401827.1;Ontology_term=GO:0016790,GO:0047617;gbkey=CDS;go_function=thiolester hydrolase activity|0016790||IEA,fatty acyl-CoA hydrolase activity|0047617||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214870.1;locus_tag=BQ2027_RS01870;product=PaaI family thioesterase;protein_id=WP_003401827.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 436488 437786 . - . ID=gene-BQ2027_RS01875;Name=purA;gbkey=Gene;gene=purA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01875;old_locus_tag=BQ2027_MB0364C +Chromosome Protein Homology CDS 436488 437786 . - 0 ID=cds-WP_003401829.1;Parent=gene-BQ2027_RS01875;Dbxref=GenBank:WP_003401829.1;Name=WP_003401829.1;Ontology_term=GO:0006164,GO:0004019,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=purA;go_function=adenylosuccinate synthase activity|0004019||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=purine nucleotide biosynthetic process|0006164||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214871.1;locus_tag=BQ2027_RS01875;product=adenylosuccinate synthase;protein_id=WP_003401829.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 437877 438524 . + . ID=gene-BQ2027_RS01880;Name=BQ2027_RS01880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01880;old_locus_tag=BQ2027_MB0365 +Chromosome Protein Homology CDS 437877 438524 . + 0 ID=cds-WP_003401831.1;Parent=gene-BQ2027_RS01880;Dbxref=GenBank:WP_003401831.1;Name=WP_003401831.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214872.1;locus_tag=BQ2027_RS01880;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401831.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 438535 439314 . + . ID=gene-BQ2027_RS01885;Name=BQ2027_RS01885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01885;old_locus_tag=BQ2027_MB0366 +Chromosome Protein Homology CDS 438535 439314 . + 0 ID=cds-WP_003401851.1;Parent=gene-BQ2027_RS01885;Dbxref=GenBank:WP_003401851.1;Name=WP_003401851.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0008237,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214873.1;locus_tag=BQ2027_RS01885;product=site-2 protease family protein;protein_id=WP_003401851.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 439319 439732 . - . ID=gene-BQ2027_RS01890;Name=BQ2027_RS01890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01890;old_locus_tag=BQ2027_MB0367C +Chromosome Protein Homology CDS 439319 439732 . - 0 ID=cds-WP_003401852.1;Parent=gene-BQ2027_RS01890;Dbxref=GenBank:WP_003401852.1;Name=WP_003401852.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011726247.1;locus_tag=BQ2027_RS01890;product=DUF3151 domain-containing protein;protein_id=WP_003401852.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 439839 440666 . + . ID=gene-BQ2027_RS01895;Name=BQ2027_RS01895;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01895;old_locus_tag=BQ2027_MB0368 +Chromosome Protein Homology CDS 439839 440666 . + 0 ID=cds-WP_003401853.1;Parent=gene-BQ2027_RS01895;Dbxref=GenBank:WP_003401853.1;Name=WP_003401853.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214875.1;locus_tag=BQ2027_RS01895;product=Rv0361 family membrane protein;protein_id=WP_003401853.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 440888 442270 . + . ID=gene-BQ2027_RS01900;Name=mgtE;gbkey=Gene;gene=mgtE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01900;old_locus_tag=BQ2027_MB0369 +Chromosome Protein Homology CDS 440888 442270 . + 0 ID=cds-WP_010950387.1;Parent=gene-BQ2027_RS01900;Dbxref=GenBank:WP_010950387.1;Name=WP_010950387.1;Ontology_term=GO:0015693,GO:0015095,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=mgtE;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=magnesium ion transmembrane transporter activity|0015095||IEA;go_process=magnesium ion transport|0015693||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214876.1;locus_tag=BQ2027_RS01900;product=magnesium transporter;protein_id=WP_010950387.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 442282 443316 . - . ID=gene-BQ2027_RS01905;Name=fbaA;gbkey=Gene;gene=fbaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01905;old_locus_tag=BQ2027_MB0370C +Chromosome Protein Homology CDS 442282 443316 . - 0 ID=cds-WP_003401856.1;Parent=gene-BQ2027_RS01905;Dbxref=GenBank:WP_003401856.1;Name=WP_003401856.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0004332;gbkey=CDS;gene=fbaA;go_function=fructose-bisphosphate aldolase activity|0004332||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214877.1;locus_tag=BQ2027_RS01905;product=class II fructose-bisphosphate aldolase;protein_id=WP_003401856.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 443412 444095 . + . ID=gene-BQ2027_RS01910;Name=BQ2027_RS01910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01910;old_locus_tag=BQ2027_MB0371 +Chromosome Protein Homology CDS 443412 444095 . + 0 ID=cds-WP_010950388.1;Parent=gene-BQ2027_RS01910;Dbxref=GenBank:WP_010950388.1;Name=WP_010950388.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214878.1;locus_tag=BQ2027_RS01910;product=VTT domain-containing protein;protein_id=WP_010950388.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 444084 445214 . - . ID=gene-BQ2027_RS01915;Name=BQ2027_RS01915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01915;old_locus_tag=BQ2027_MB0372C +Chromosome Protein Homology CDS 444084 445214 . - 0 ID=cds-WP_003401858.1;Parent=gene-BQ2027_RS01915;Dbxref=GenBank:WP_003401858.1;Name=WP_003401858.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0004553;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C hydrolyzing O-glycosyl compounds|0004553||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214879.1;locus_tag=BQ2027_RS01915;product=glycoside hydrolase family 76 protein;protein_id=WP_003401858.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 445239 445832 . - . ID=gene-BQ2027_RS01920;Name=BQ2027_RS01920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01920;old_locus_tag=BQ2027_MB0373C +Chromosome Protein Homology CDS 445239 445832 . - 0 ID=cds-WP_003401859.1;Parent=gene-BQ2027_RS01920;Dbxref=GenBank:WP_003401859.1;Name=WP_003401859.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016301;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,kinase activity|0016301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214880.1;locus_tag=BQ2027_RS01920;product=zeta toxin family protein;protein_id=WP_003401859.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 445861 446250 . - . ID=gene-BQ2027_RS01925;Name=BQ2027_RS01925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01925;old_locus_tag=BQ2027_MB0374C +Chromosome Protein Homology CDS 445861 446250 . - 0 ID=cds-WP_003401860.1;Parent=gene-BQ2027_RS01925;Dbxref=GenBank:WP_003401860.1;Name=WP_003401860.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214881.1;locus_tag=BQ2027_RS01925;product=TA system antitoxin ParD family protein;protein_id=WP_003401860.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 446331 447542 . - . ID=gene-BQ2027_RS01930;Name=BQ2027_RS01930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01930;old_locus_tag=BQ2027_MB0375C +Chromosome Protein Homology CDS 446331 447542 . - 0 ID=cds-WP_010950389.1;Parent=gene-BQ2027_RS01930;Dbxref=GenBank:WP_010950389.1;Name=WP_010950389.1;Ontology_term=GO:0009297;gbkey=CDS;go_process=pilus assembly|0009297||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214882.1;locus_tag=BQ2027_RS01930;product=vWA domain-containing protein;protein_id=WP_010950389.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 447548 448150 . - . ID=gene-BQ2027_RS01935;Name=BQ2027_RS01935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01935;old_locus_tag=BQ2027_MB0376C +Chromosome Protein Homology CDS 447548 448150 . - 0 ID=cds-WP_003898417.1;Parent=gene-BQ2027_RS01935;Dbxref=GenBank:WP_003898417.1;Name=WP_003898417.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898417.1;locus_tag=BQ2027_RS01935;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003898417.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 448164 449060 . - . ID=gene-BQ2027_RS01940;Name=BQ2027_RS01940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01940;old_locus_tag=BQ2027_MB0377C +Chromosome Protein Homology CDS 448164 449060 . - 0 ID=cds-WP_003401863.1;Parent=gene-BQ2027_RS01940;Dbxref=GenBank:WP_003401863.1;Name=WP_003401863.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214884.1;locus_tag=BQ2027_RS01940;product=AAA family ATPase;protein_id=WP_003401863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 449057 449650 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01950;Name=BQ2027_RS01950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01950;old_locus_tag=BQ2027_MB0379C +Chromosome Protein Homology CDS 449647 450402 . - 0 ID=cds-WP_010950390.1;Parent=gene-BQ2027_RS01950;Dbxref=GenBank:WP_010950390.1;Name=WP_010950390.1;Ontology_term=GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214886.1;locus_tag=BQ2027_RS01950;product=XdhC family protein;protein_id=WP_010950390.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 450421 452820 . - . ID=gene-BQ2027_RS01955;Name=BQ2027_RS01955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01955;old_locus_tag=BQ2027_MB0380C +Chromosome Protein Homology CDS 450421 452820 . - 0 ID=cds-WP_010950391.1;Parent=gene-BQ2027_RS01955;Dbxref=GenBank:WP_010950391.1;Name=WP_010950391.1;Ontology_term=GO:0005507,GO:0030151,GO:0043885;gbkey=CDS;go_function=copper ion binding|0005507||IEA,molybdenum ion binding|0030151||IEA,anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity|0043885||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214887.1;locus_tag=BQ2027_RS01955;product=aerobic carbon-monoxide dehydrogenase large subunit;protein_id=WP_010950391.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 452817 453296 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS01965;Name=BQ2027_RS01965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01965;old_locus_tag=BQ2027_MB0382C +Chromosome Protein Homology CDS 453311 454213 . - 0 ID=cds-WP_003898419.1;Parent=gene-BQ2027_RS01965;Dbxref=GenBank:WP_003898419.1;Name=WP_003898419.1;Ontology_term=GO:0050660,GO:1990204;gbkey=CDS;go_component=oxidoreductase complex|1990204||IEA;go_function=flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898419.1;locus_tag=BQ2027_RS01965;product=FAD binding domain-containing protein;protein_id=WP_003898419.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 454247 455413 . - . ID=gene-BQ2027_RS01970;Name=BQ2027_RS01970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01970;old_locus_tag=BQ2027_MB0383C +Chromosome Protein Homology CDS 454247 455413 . - 0 ID=cds-WP_003898420.1;Parent=gene-BQ2027_RS01970;Dbxref=GenBank:WP_003898420.1;Name=WP_003898420.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918064.1;locus_tag=BQ2027_RS01970;product=XdhC family protein;protein_id=WP_003898420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 455438 456403 . + . ID=gene-BQ2027_RS01975;Name=BQ2027_RS01975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01975;old_locus_tag=BQ2027_MB0384 +Chromosome Protein Homology CDS 455438 456403 . + 0 ID=cds-WP_003401875.1;Parent=gene-BQ2027_RS01975;Dbxref=GenBank:WP_003401875.1;Name=WP_003401875.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214891.1;locus_tag=BQ2027_RS01975;product=LysR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003401875.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 456654 456875 . + . ID=gene-BQ2027_RS01980;Name=BQ2027_RS01980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01980;old_locus_tag=BQ2027_MB0385 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 456654 456875 . + 0 ID=cds-WP_003401880.1;Parent=gene-BQ2027_RS01980;Dbxref=GenBank:WP_003401880.1;Name=WP_003401880.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS01980;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401880.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 456994 457209 . + . ID=gene-BQ2027_RS01985;Name=secE2;gbkey=Gene;gene=secE2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01985;old_locus_tag=BQ2027_MB0386 +Chromosome Protein Homology CDS 456994 457209 . + 0 ID=cds-WP_003401885.1;Parent=gene-BQ2027_RS01985;Dbxref=GenBank:WP_003401885.1;Name=WP_003401885.1;gbkey=CDS;gene=secE2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177722.1;locus_tag=BQ2027_RS01985;product=calcium dodecin;protein_id=WP_003401885.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 457285 457935 . - . ID=gene-BQ2027_RS01990;Name=BQ2027_RS01990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01990;old_locus_tag=BQ2027_MB0387C +Chromosome Protein Homology CDS 457285 457935 . - 0 ID=cds-WP_003900914.1;Parent=gene-BQ2027_RS01990;Dbxref=GenBank:WP_003900914.1;Name=WP_003900914.1;Ontology_term=GO:0006396,GO:0032259,GO:0003723,GO:0008173,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,RNA methyltransferase activity|0008173||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=RNA processing|0006396||IEA,methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900914.1;locus_tag=BQ2027_RS01990;product=TrmH family RNA methyltransferase;protein_id=WP_003900914.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 457932 458840 . - . ID=gene-BQ2027_RS01995;Name=BQ2027_RS01995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS01995;old_locus_tag=BQ2027_MB0388C +Chromosome Protein Homology CDS 457932 458840 . - 0 ID=cds-WP_003401890.1;Parent=gene-BQ2027_RS01995;Dbxref=GenBank:WP_003401890.1;Name=WP_003401890.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214895.1;locus_tag=BQ2027_RS01995;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003401890.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 458858 459397 . - . ID=gene-BQ2027_RS02000;Name=pyrE;gbkey=Gene;gene=pyrE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02000;old_locus_tag=BQ2027_MB0389C +Chromosome Protein Homology CDS 458858 459397 . - 0 ID=cds-WP_003401894.1;Parent=gene-BQ2027_RS02000;Dbxref=GenBank:WP_003401894.1;Name=WP_003401894.1;Ontology_term=GO:0009220,GO:0004588;gbkey=CDS;gene=pyrE;go_function=orotate phosphoribosyltransferase activity|0004588||IEA;go_process=pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process|0009220||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177723.1;locus_tag=BQ2027_RS02000;product=orotate phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003401894.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 459478 460332 . - . ID=gene-BQ2027_RS02005;Name=ttfA;gbkey=Gene;gene=ttfA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02005;old_locus_tag=BQ2027_MB0390C +Chromosome Protein Homology CDS 459478 460332 . - 0 ID=cds-WP_003401897.1;Parent=gene-BQ2027_RS02005;Dbxref=GenBank:WP_003401897.1;Name=WP_003401897.1;Ontology_term=GO:0071555;gbkey=CDS;gene=ttfA;go_process=cell wall organization|0071555||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214897.1;locus_tag=BQ2027_RS02005;product=trehalose monomycolate transport factor TtfA;protein_id=WP_003401897.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 460473 463019 . - . ID=gene-BQ2027_RS02010;Name=clpB;gbkey=Gene;gene=clpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02010;old_locus_tag=BQ2027_MB0391C +Chromosome Protein Homology CDS 460473 463019 . - 0 ID=cds-WP_003401905.1;Parent=gene-BQ2027_RS02010;Dbxref=GenBank:WP_003401905.1;Name=WP_003401905.1;Ontology_term=GO:0009408,GO:0042026,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=clpB;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_process=response to heat|0009408||IEA,protein refolding|0042026||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003401905.1;locus_tag=BQ2027_RS02010;product=ATP-dependent chaperone ClpB;protein_id=WP_003401905.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 463152 464324 . + . ID=gene-BQ2027_RS02015;Name=BQ2027_RS02015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02015;old_locus_tag=BQ2027_MB0392 +Chromosome Protein Homology CDS 463152 464324 . + 0 ID=cds-WP_003401910.1;Parent=gene-BQ2027_RS02015;Dbxref=GenBank:WP_003401910.1;Name=WP_003401910.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214899.1;locus_tag=BQ2027_RS02015;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003401910.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 464428 467685 . + . ID=gene-BQ2027_RS02020;Name=BQ2027_RS02020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02020;old_locus_tag=BQ2027_MB0393 +Chromosome Protein Homology CDS 464428 467685 . + 0 ID=cds-WP_010950392.1;Parent=gene-BQ2027_RS02020;Dbxref=GenBank:WP_010950392.1;Name=WP_010950392.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214900.1;locus_tag=BQ2027_RS02020;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_010950392.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 467689 469020 . - . ID=gene-BQ2027_RS02025;Name=BQ2027_RS02025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02025;old_locus_tag=BQ2027_MB0394C +Chromosome Protein Homology CDS 467689 469020 . - 0 ID=cds-WP_010950393.1;Parent=gene-BQ2027_RS02025;Dbxref=GenBank:WP_010950393.1;Name=WP_010950393.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287807.1;locus_tag=BQ2027_RS02025;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950393.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 469354 470613 . + . ID=gene-BQ2027_RS02030;Name=purT;gbkey=Gene;gene=purT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02030;old_locus_tag=BQ2027_MB0395 +Chromosome Protein Homology CDS 469354 470613 . + 0 ID=cds-WP_010950394.1;Parent=gene-BQ2027_RS02030;Dbxref=GenBank:WP_010950394.1;Name=WP_010950394.1;Ontology_term=GO:0009152,GO:0000287,GO:0004644,GO:0005524,GO:0016742;gbkey=CDS;gene=purT;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity|0004644||IEA,ATP binding|0005524||IEA,hydroxymethyl-%2C formyl- and related transferase activity|0016742||IEA;go_process=purine ribonucleotide biosynthetic process|0009152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214903.1;locus_tag=BQ2027_RS02030;product=phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2;protein_id=WP_010950394.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 470610 471032 . + . ID=gene-BQ2027_RS02035;Name=BQ2027_RS02035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02035;old_locus_tag=BQ2027_MB0396 +Chromosome Protein Homology CDS 470610 471032 . + 0 ID=cds-WP_003401921.1;Parent=gene-BQ2027_RS02035;Dbxref=GenBank:WP_003401921.1;Name=WP_003401921.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214904.1;locus_tag=BQ2027_RS02035;product=rhodanese-like domain-containing protein;protein_id=WP_003401921.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 471029 472249 . + . ID=gene-BQ2027_RS02040;Name=metZ;gbkey=Gene;gene=metZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02040;old_locus_tag=BQ2027_MB0397 +Chromosome Protein Homology CDS 471029 472249 . + 0 ID=cds-WP_003401927.1;Parent=gene-BQ2027_RS02040;Dbxref=GenBank:WP_003401927.1;Name=WP_003401927.1;gbkey=CDS;gene=metZ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214905.1;locus_tag=BQ2027_RS02040;product=O-succinylhomoserine sulfhydrylase;protein_id=WP_003401927.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 472246 473658 . - . ID=gene-BQ2027_RS02045;Name=ndhA;gbkey=Gene;gene=ndhA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02045;old_locus_tag=BQ2027_MB0398C +Chromosome Protein Homology CDS 472246 473658 . - 0 ID=cds-WP_010950395.1;Parent=gene-BQ2027_RS02045;Dbxref=GenBank:WP_010950395.1;Name=WP_010950395.1;Ontology_term=GO:0006116,GO:0003954;gbkey=CDS;gene=ndhA;go_function=NADH dehydrogenase activity|0003954||IEA;go_process=obsolete NADH oxidation|0006116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214906.1;locus_tag=BQ2027_RS02045;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_010950395.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 473933 475125 . + . ID=gene-BQ2027_RS02050;Name=BQ2027_RS02050;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS02050;old_locus_tag=BQ2027_MB0399;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 473933 475125 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS02050;Parent=gene-BQ2027_RS02050;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF014741.6;locus_tag=BQ2027_RS02050;product=DUF222 domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 475141 475860 . - . ID=gene-BQ2027_RS02055;Name=BQ2027_RS02055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02055;old_locus_tag=BQ2027_MB0400C +Chromosome Protein Homology CDS 475141 475860 . - 0 ID=cds-WP_003401942.1;Parent=gene-BQ2027_RS02055;Dbxref=GenBank:WP_003401942.1;Name=WP_003401942.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214908.1;locus_tag=BQ2027_RS02055;product=hyaluronidase/chondrosulfatase;protein_id=WP_003401942.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 475959 476363 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02145;Name=glnH;gbkey=Gene;gene=glnH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02145;old_locus_tag=BQ2027_MB0419C +Chromosome Protein Homology CDS 498333 499319 . - 0 ID=cds-WP_003900142.1;Parent=gene-BQ2027_RS02145;Dbxref=GenBank:WP_003900142.1;Name=WP_003900142.1;gbkey=CDS;gene=glnH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214925.1;locus_tag=BQ2027_RS02145;product=glutamate ABC transporter substrate-binding protein;protein_id=WP_003900142.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 499319 500638 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02160;Name=thiE;gbkey=Gene;gene=thiE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02160;old_locus_tag=BQ2027_MB0422C +Chromosome Protein Homology CDS 501369 502037 . - 0 ID=cds-WP_003402115.1;Parent=gene-BQ2027_RS02160;Dbxref=GenBank:WP_003402115.1;Name=WP_003402115.1;Ontology_term=GO:0009228,GO:0004789;gbkey=CDS;gene=thiE;go_function=thiamine-phosphate diphosphorylase activity|0004789||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214928.1;locus_tag=BQ2027_RS02160;product=thiamine phosphate synthase;protein_id=WP_003402115.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 502066 502176 . + . ID=id-Chromosome:502066..502176;Dbxref=RFAM:RF00059;Note=TPP riboswitch;bound_moiety=thiamine pyrophosphate;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 502167 503189 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02170;Name=thiS;gbkey=Gene;gene=thiS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02170;old_locus_tag=BQ2027_MB0424 +Chromosome Protein Homology CDS 503186 503392 . + 0 ID=cds-WP_003402121.1;Parent=gene-BQ2027_RS02170;Dbxref=GenBank:WP_003402121.1;Name=WP_003402121.1;Ontology_term=GO:0009228,GO:0003824;gbkey=CDS;gene=thiS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214930.1;locus_tag=BQ2027_RS02170;product=sulfur carrier protein ThiS;protein_id=WP_003402121.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 503385 504143 . + . ID=gene-BQ2027_RS02175;Name=thiG;gbkey=Gene;gene=thiG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02175;old_locus_tag=BQ2027_MB0425 +Chromosome Protein Homology CDS 503385 504143 . + 0 ID=cds-WP_003402126.1;Parent=gene-BQ2027_RS02175;Dbxref=GenBank:WP_003402126.1;Name=WP_003402126.1;gbkey=CDS;gene=thiG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214931.1;locus_tag=BQ2027_RS02175;product=thiazole synthase;protein_id=WP_003402126.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 504165 504317 . + . ID=gene-BQ2027_RS02180;Name=BQ2027_RS02180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02180 +Chromosome Protein Homology CDS 504165 504317 . + 0 ID=cds-WP_003402129.1;Parent=gene-BQ2027_RS02180;Dbxref=GenBank:WP_003402129.1;Name=WP_003402129.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003402129.1;locus_tag=BQ2027_RS02180;product=DUF2752 domain-containing protein;protein_id=WP_003402129.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 504515 506017 . + . ID=gene-BQ2027_RS02185;Name=lpqL;gbkey=Gene;gene=lpqL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02185;old_locus_tag=BQ2027_MB0426 +Chromosome Protein Homology CDS 504515 506017 . + 0 ID=cds-WP_003402133.1;Parent=gene-BQ2027_RS02185;Dbxref=GenBank:WP_003402133.1;Name=WP_003402133.1;gbkey=CDS;gene=lpqL;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214932.1;locus_tag=BQ2027_RS02185;product=M28 family metallopeptidase;protein_id=WP_003402133.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 506105 507601 . + . ID=gene-BQ2027_RS02190;Name=lpqM;gbkey=Gene;gene=lpqM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02190;old_locus_tag=BQ2027_MB0427 +Chromosome Protein Homology CDS 506105 507601 . + 0 ID=cds-WP_003402135.1;Parent=gene-BQ2027_RS02190;Dbxref=GenBank:WP_003402135.1;Name=WP_003402135.1;gbkey=CDS;gene=lpqM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214933.1;locus_tag=BQ2027_RS02190;product=neutral zinc metallopeptidase;protein_id=WP_003402135.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 507580 507921 . - . ID=gene-BQ2027_RS02195;Name=BQ2027_RS02195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02195;old_locus_tag=BQ2027_MB0428C +Chromosome Protein Homology CDS 507580 507921 . - 0 ID=cds-WP_003911201.1;Parent=gene-BQ2027_RS02195;Dbxref=GenBank:WP_003911201.1;Name=WP_003911201.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911201.1;locus_tag=BQ2027_RS02195;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003911201.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 508151 508780 . - . ID=gene-BQ2027_RS02200;Name=BQ2027_RS02200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02200;old_locus_tag=BQ2027_MB0429C +Chromosome Protein Homology CDS 508151 508780 . - 0 ID=cds-WP_003402145.1;Parent=gene-BQ2027_RS02200;Dbxref=GenBank:WP_003402145.1;Name=WP_003402145.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214935.1;locus_tag=BQ2027_RS02200;product=alpha/beta hydrolase family protein;protein_id=WP_003402145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 508777 509604 . - . ID=gene-BQ2027_RS02205;Name=thiD;gbkey=Gene;gene=thiD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02205;old_locus_tag=BQ2027_MB0430C +Chromosome Protein Homology CDS 508777 509604 . - 0 ID=cds-WP_003898443.1;Parent=gene-BQ2027_RS02205;Dbxref=GenBank:WP_003898443.1;Name=WP_003898443.1;Ontology_term=GO:0009228,GO:0008902,GO:0008972;gbkey=CDS;gene=thiD;go_function=hydroxymethylpyrimidine kinase activity|0008902||IEA,phosphomethylpyrimidine kinase activity|0008972||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898443.1;locus_tag=BQ2027_RS02205;product=bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase;protein_id=WP_003898443.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 509601 511244 . - . ID=gene-BQ2027_RS02210;Name=thiC;gbkey=Gene;gene=thiC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02210;old_locus_tag=BQ2027_MB0431C +Chromosome Protein Homology CDS 509601 511244 . - 0 ID=cds-WP_003900143.1;Parent=gene-BQ2027_RS02210;Dbxref=GenBank:WP_003900143.1;Name=WP_003900143.1;Ontology_term=GO:0009228,GO:0051536;gbkey=CDS;gene=thiC;go_function=iron-sulfur cluster binding|0051536||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214937.1;locus_tag=BQ2027_RS02210;product=phosphomethylpyrimidine synthase ThiC;protein_id=WP_003900143.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 511235 511345 . - . ID=id-Chromosome:511235..511345;Dbxref=RFAM:RF00059;Note=TPP riboswitch;bound_moiety=thiamine pyrophosphate;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 511396 511671 . - . ID=gene-BQ2027_RS02215;Name=BQ2027_RS02215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02215;old_locus_tag=BQ2027_MB0432C +Chromosome Protein Homology CDS 511396 511671 . - 0 ID=cds-WP_003402157.1;Parent=gene-BQ2027_RS02215;Dbxref=GenBank:WP_003402157.1;Name=WP_003402157.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214938.1;locus_tag=BQ2027_RS02215;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402157.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 511570 511812 . + . ID=gene-BQ2027_RS20695;Name=BQ2027_RS20695;end_range=511812,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20695;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 511570 511812 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20695;Parent=gene-BQ2027_RS20695;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=511812,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF040653.1;locus_tag=BQ2027_RS20695;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 511721 516340 . - . ID=gene-BQ2027_RS20700;Name=ctpH;gbkey=Gene;gene=ctpH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20700;old_locus_tag=BQ2027_MB0433C +Chromosome Protein Homology CDS 511721 516340 . - 0 ID=cds-WP_003904400.1;Parent=gene-BQ2027_RS20700;Dbxref=GenBank:WP_003904400.1;Name=WP_003904400.1;Ontology_term=GO:0005215,GO:0005524,GO:0016887,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ctpH;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transporter activity|0005215||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214939.1;locus_tag=BQ2027_RS20700;product=cation-translocating P-type ATPase;protein_id=WP_003904400.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 516392 516835 . - . ID=gene-BQ2027_RS02225;Name=BQ2027_RS02225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02225;old_locus_tag=BQ2027_MB0434C +Chromosome Protein Homology CDS 516392 516835 . - 0 ID=cds-WP_003402171.1;Parent=gene-BQ2027_RS02225;Dbxref=GenBank:WP_003402171.1;Name=WP_003402171.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214940.1;locus_tag=BQ2027_RS02225;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402171.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 517036 517842 . - . ID=gene-BQ2027_RS02230;Name=xthA;gbkey=Gene;gene=xthA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02230;old_locus_tag=BQ2027_MB0435C +Chromosome Protein Homology CDS 517036 517842 . - 0 ID=cds-WP_031351974.1;Parent=gene-BQ2027_RS02230;Dbxref=GenBank:WP_031351974.1;Name=WP_031351974.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0004518;gbkey=CDS;gene=xthA;go_function=nuclease activity|0004518||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_004571494.1;locus_tag=BQ2027_RS02230;product=exodeoxyribonuclease III;protein_id=WP_031351974.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 517914 518822 . - . ID=gene-BQ2027_RS02235;Name=BQ2027_RS02235;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02235;old_locus_tag=BQ2027_MB0436C +Chromosome Protein Homology CDS 517914 518822 . - 0 ID=cds-WP_003402179.1;Parent=gene-BQ2027_RS02235;Dbxref=GenBank:WP_003402179.1;Name=WP_003402179.1;Ontology_term=GO:0006526,GO:0004042;gbkey=CDS;go_function=L-glutamate N-acetyltransferase activity|0004042||IEA;go_process=L-arginine biosynthetic process|0006526||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214942.1;locus_tag=BQ2027_RS02235;product=N-acetylglutamate synthase%2C CG3035 family;protein_id=WP_003402179.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 518822 519415 . - . ID=gene-BQ2027_RS02240;Name=def;gbkey=Gene;gene=def;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02240;old_locus_tag=BQ2027_MB0437C +Chromosome Protein Homology CDS 518822 519415 . - 0 ID=cds-WP_010950402.1;Parent=gene-BQ2027_RS02240;Dbxref=GenBank:WP_010950402.1;Name=WP_010950402.1;Ontology_term=GO:0042586;gbkey=CDS;gene=def;go_function=peptide deformylase activity|0042586||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214943.1;locus_tag=BQ2027_RS02240;product=peptide deformylase;protein_id=WP_010950402.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 519752 520060 . + . ID=gene-BQ2027_RS02245;Name=BQ2027_RS02245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02245;old_locus_tag=BQ2027_MB0438 +Chromosome Protein Homology CDS 519752 520060 . + 0 ID=cds-WP_003402188.1;Parent=gene-BQ2027_RS02245;Dbxref=GenBank:WP_003402188.1;Name=WP_003402188.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214944.1;locus_tag=BQ2027_RS02245;product=DUF3263 domain-containing protein;protein_id=WP_003402188.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 520113 520586 . + . ID=gene-BQ2027_RS02250;Name=BQ2027_RS02250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02250;old_locus_tag=BQ2027_MB0439 +Chromosome Protein Homology CDS 520113 520586 . + 0 ID=cds-WP_031652141.1;Parent=gene-BQ2027_RS02250;Dbxref=GenBank:WP_031652141.1;Name=WP_031652141.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003873789.1;locus_tag=BQ2027_RS02250;product=LytR C-terminal domain-containing protein;protein_id=WP_031652141.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 520619 521341 . + . ID=gene-BQ2027_RS02255;Name=sodC;gbkey=Gene;gene=sodC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02255;old_locus_tag=BQ2027_MB0440 +Chromosome Protein Homology CDS 520619 521341 . + 0 ID=cds-WP_003402198.1;Parent=gene-BQ2027_RS02255;Dbxref=GenBank:WP_003402198.1;Name=WP_003402198.1;Ontology_term=GO:0004784,GO:0005507;gbkey=CDS;gene=sodC;go_function=superoxide dismutase activity|0004784||IEA,copper ion binding|0005507||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214946.1;locus_tag=BQ2027_RS02255;product=superoxide dismutase[Cu-Zn];protein_id=WP_003402198.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 521343 522473 . + . ID=gene-BQ2027_RS02260;Name=BQ2027_RS02260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02260;old_locus_tag=BQ2027_MB0441 +Chromosome Protein Homology CDS 521343 522473 . + 0 ID=cds-WP_003900145.1;Parent=gene-BQ2027_RS02260;Dbxref=GenBank:WP_003900145.1;Name=WP_003900145.1;Ontology_term=GO:0042398,GO:0004357;gbkey=CDS;go_function=glutamate-cysteine ligase activity|0004357||IEA;go_process=modified amino acid biosynthetic process|0042398||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214947.1;locus_tag=BQ2027_RS02260;product=glutamate--cysteine ligase;protein_id=WP_003900145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 522533 523186 . + . ID=gene-BQ2027_RS02265;Name=BQ2027_RS02265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02265;old_locus_tag=BQ2027_MB0442 +Chromosome Protein Homology CDS 522533 523186 . + 0 ID=cds-WP_003402203.1;Parent=gene-BQ2027_RS02265;Dbxref=GenBank:WP_003402203.1;Name=WP_003402203.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214948.1;locus_tag=BQ2027_RS02265;product=LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003402203.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 523366 525552 . - . ID=gene-BQ2027_RS02270;Name=BQ2027_RS02270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02270;old_locus_tag=BQ2027_MB0443C +Chromosome Protein Homology CDS 523366 525552 . - 0 ID=cds-WP_003402206.1;Parent=gene-BQ2027_RS02270;Dbxref=GenBank:WP_003402206.1;Name=WP_003402206.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214949.1;locus_tag=BQ2027_RS02270;product=AAA family ATPase;protein_id=WP_003402206.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 525549 526409 . - . ID=gene-BQ2027_RS02275;Name=pssA;gbkey=Gene;gene=pssA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02275;old_locus_tag=BQ2027_MB0444C +Chromosome Protein Homology CDS 525549 526409 . - 0 ID=cds-WP_003402213.1;Parent=gene-BQ2027_RS02275;Dbxref=GenBank:WP_003402213.1;Name=WP_003402213.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0003882;gbkey=CDS;gene=pssA;go_function=CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase activity|0003882||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214950.1;locus_tag=BQ2027_RS02275;product=CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;protein_id=WP_003402213.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 526406 527101 . - . ID=gene-BQ2027_RS02280;Name=psd;gbkey=Gene;gene=psd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02280;old_locus_tag=BQ2027_MB0445C +Chromosome Protein Homology CDS 526406 527101 . - 0 ID=cds-WP_003402216.1;Parent=gene-BQ2027_RS02280;Dbxref=GenBank:WP_003402216.1;Name=WP_003402216.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0004609;gbkey=CDS;gene=psd;go_function=phosphatidylserine decarboxylase activity|0004609||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214951.1;locus_tag=BQ2027_RS02280;product=phosphatidylserine decarboxylase;protein_id=WP_003402216.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 527162 528379 . - . ID=gene-BQ2027_RS02285;Name=moeA;gbkey=Gene;gene=moeA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02285;old_locus_tag=BQ2027_MB0446C +Chromosome Protein Homology CDS 527162 528379 . - 0 ID=cds-WP_003402217.1;Parent=gene-BQ2027_RS02285;Dbxref=GenBank:WP_003402217.1;Name=WP_003402217.1;Ontology_term=GO:0032324,GO:0061599;gbkey=CDS;gene=moeA;go_function=molybdopterin molybdotransferase activity|0061599||IEA;go_process=molybdopterin cofactor biosynthetic process|0032324||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177725.1;locus_tag=BQ2027_RS02285;product=molybdopterin molybdotransferase MoeA;protein_id=WP_003402217.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 528398 529333 . - . ID=gene-BQ2027_RS02290;Name=BQ2027_RS02290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02290;old_locus_tag=BQ2027_MB0447C +Chromosome Protein Homology CDS 528398 529333 . - 0 ID=cds-WP_003402219.1;Parent=gene-BQ2027_RS02290;Dbxref=GenBank:WP_003402219.1;Name=WP_003402219.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214953.1;locus_tag=BQ2027_RS02290;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003402219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 529627 531249 . + . ID=gene-BQ2027_RS02295;Name=groL;gbkey=Gene;gene=groL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02295;old_locus_tag=BQ2027_MB0448 +Chromosome Protein Homology CDS 529627 531249 . + 0 ID=cds-WP_003402236.1;Parent=gene-BQ2027_RS02295;Dbxref=GenBank:WP_003402236.1;Name=WP_003402236.1;Note=60 kDa chaperone family%3B promotes refolding of misfolded polypeptides especially under stressful conditions%3B forms two stacked rings of heptamers to form a barrel-shaped 14mer%3B ends can be capped by GroES%3B misfolded proteins enter the barrel where they are refolded when GroES binds;Ontology_term=GO:0042026,GO:0140662;gbkey=CDS;gene=groL;go_function=ATP-dependent protein folding chaperone|0140662||IEA;go_process=protein refolding|0042026||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214954.1;locus_tag=BQ2027_RS02295;product=chaperonin GroEL;protein_id=WP_003402236.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 531315 531743 . - . ID=gene-BQ2027_RS02300;Name=BQ2027_RS02300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02300;old_locus_tag=BQ2027_MB0449C +Chromosome Protein Homology CDS 531315 531743 . - 0 ID=cds-WP_003402238.1;Parent=gene-BQ2027_RS02300;Dbxref=GenBank:WP_003402238.1;Name=WP_003402238.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214955.1;locus_tag=BQ2027_RS02300;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402238.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 531770 533182 . - . ID=gene-BQ2027_RS02305;Name=BQ2027_RS02305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02305;old_locus_tag=BQ2027_MB0450C +Chromosome Protein Homology CDS 531770 533182 . - 0 ID=cds-WP_003900929.1;Parent=gene-BQ2027_RS02305;Dbxref=GenBank:WP_003900929.1;Name=WP_003900929.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177726.2;locus_tag=BQ2027_RS02305;product=PPE family protein;protein_id=WP_003900929.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 533415 533930 . + . ID=gene-BQ2027_RS02310;Name=BQ2027_RS02310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02310;old_locus_tag=BQ2027_MB0451 +Chromosome Protein Homology CDS 533415 533930 . + 0 ID=cds-WP_003402240.1;Parent=gene-BQ2027_RS02310;Dbxref=GenBank:WP_003402240.1;Name=WP_003402240.1;Ontology_term=GO:0010127,GO:0016740;gbkey=CDS;go_function=transferase activity|0016740||IEA;go_process=mycothiol-dependent detoxification|0010127||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214957.1;locus_tag=BQ2027_RS02310;product=mycothiol transferase;protein_id=WP_003402240.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 534110 534808 . - . ID=gene-BQ2027_RS02315;Name=rskA;gbkey=Gene;gene=rskA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02315;old_locus_tag=BQ2027_MB0452C +Chromosome Protein Homology CDS 534110 534808 . - 0 ID=cds-WP_010950404.1;Parent=gene-BQ2027_RS02315;Dbxref=GenBank:WP_010950404.1;Name=WP_010950404.1;gbkey=CDS;gene=rskA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214958.1;locus_tag=BQ2027_RS02315;product=anti-sigma-K factor RskA;protein_id=WP_010950404.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 534852 535415 . - . ID=gene-BQ2027_RS02320;Name=sigK;gbkey=Gene;gene=sigK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02320;old_locus_tag=BQ2027_MB0453C +Chromosome Protein Homology CDS 534852 535415 . - 0 ID=cds-WP_003402246.1;Parent=gene-BQ2027_RS02320;Dbxref=GenBank:WP_003402246.1;Name=WP_003402246.1;gbkey=CDS;gene=sigK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214959.1;locus_tag=BQ2027_RS02320;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigK;protein_id=WP_003402246.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 535464 536234 . - . ID=gene-BQ2027_RS02325;Name=BQ2027_RS02325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02325;old_locus_tag=BQ2027_MB0454C +Chromosome Protein Homology CDS 535464 536234 . - 0 ID=cds-WP_003402248.1;Parent=gene-BQ2027_RS02325;Dbxref=GenBank:WP_003402248.1;Name=WP_003402248.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214960.1;locus_tag=BQ2027_RS02325;product=DUF1295 domain-containing protein;protein_id=WP_003402248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 536243 537526 . - . ID=gene-BQ2027_RS02330;Name=BQ2027_RS02330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02330;old_locus_tag=BQ2027_MB0455C +Chromosome Protein Homology CDS 536243 537526 . - 0 ID=cds-WP_003402250.1;Parent=gene-BQ2027_RS02330;Dbxref=GenBank:WP_003402250.1;Name=WP_003402250.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214961.1;locus_tag=BQ2027_RS02330;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003402250.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 537523 538254 . - . ID=gene-BQ2027_RS02335;Name=BQ2027_RS02335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02335;old_locus_tag=BQ2027_MB0456C +Chromosome Protein Homology CDS 537523 538254 . - 0 ID=cds-WP_003900930.1;Parent=gene-BQ2027_RS02335;Dbxref=GenBank:WP_003900930.1;Name=WP_003900930.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900930.1;locus_tag=BQ2027_RS02335;product=DUF1365 domain-containing protein;protein_id=WP_003900930.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 538248 539567 . - . ID=gene-BQ2027_RS02340;Name=BQ2027_RS02340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02340;old_locus_tag=BQ2027_MB0457C +Chromosome Protein Homology CDS 538248 539567 . - 0 ID=cds-WP_003402268.1;Parent=gene-BQ2027_RS02340;Dbxref=GenBank:WP_003402268.1;Name=WP_003402268.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214963.1;locus_tag=BQ2027_RS02340;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003402268.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 539607 542510 . - . ID=gene-BQ2027_RS02345;Name=mmpL4;gbkey=Gene;gene=mmpL4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02345;old_locus_tag=BQ2027_MB0458C +Chromosome Protein Homology CDS 539607 542510 . - 0 ID=cds-WP_010950405.1;Parent=gene-BQ2027_RS02345;Dbxref=GenBank:WP_010950405.1;Name=WP_010950405.1;gbkey=CDS;gene=mmpL4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898458.1;locus_tag=BQ2027_RS02345;product=siderophore RND transporter MmpL4;protein_id=WP_010950405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 542507 542929 . - . ID=gene-BQ2027_RS02350;Name=mmpS4;gbkey=Gene;gene=mmpS4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02350;old_locus_tag=BQ2027_MB0459C +Chromosome Protein Homology CDS 542507 542929 . - 0 ID=cds-WP_003402272.1;Parent=gene-BQ2027_RS02350;Dbxref=GenBank:WP_003402272.1;Name=WP_003402272.1;gbkey=CDS;gene=mmpS4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214965.1;locus_tag=BQ2027_RS02350;product=siderophore RND transporter accessory protein MmpS4;protein_id=WP_003402272.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 543161 543871 . + . ID=gene-BQ2027_RS02355;Name=BQ2027_RS02355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02355;old_locus_tag=BQ2027_MB0460 +Chromosome Protein Homology CDS 543161 543871 . + 0 ID=cds-WP_003402282.1;Parent=gene-BQ2027_RS02355;Dbxref=GenBank:WP_003402282.1;Name=WP_003402282.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214966.1;locus_tag=BQ2027_RS02355;product=TetR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003402282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 544193 545749 . + . ID=gene-BQ2027_RS02360;Name=BQ2027_RS02360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02360;old_locus_tag=BQ2027_MB0461 +Chromosome Protein Homology CDS 544193 545749 . + 0 ID=cds-WP_003402284.1;Parent=gene-BQ2027_RS02360;Dbxref=GenBank:WP_003402284.1;Name=WP_003402284.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177727.1;locus_tag=BQ2027_RS02360;product=PPE family protein;protein_id=WP_003402284.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 545755 546078 . - . ID=gene-BQ2027_RS02365;Name=BQ2027_RS02365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02365 +Chromosome Protein Homology CDS 545755 546078 . - 0 ID=cds-WP_003898461.1;Parent=gene-BQ2027_RS02365;Dbxref=GenBank:WP_003898461.1;Name=WP_003898461.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898461.1;locus_tag=BQ2027_RS02365;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898461.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 546394 546840 . - . ID=gene-BQ2027_RS02370;Name=BQ2027_RS02370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02370;old_locus_tag=BQ2027_MB0463C +Chromosome Protein Homology CDS 546394 546840 . - 0 ID=cds-WP_003402286.1;Parent=gene-BQ2027_RS02370;Dbxref=GenBank:WP_003402286.1;Name=WP_003402286.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214969.1;locus_tag=BQ2027_RS02370;product=DUF5078 domain-containing protein;protein_id=WP_003402286.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 546908 547822 . - . ID=gene-BQ2027_RS02375;Name=BQ2027_RS02375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02375;old_locus_tag=BQ2027_MB0464C +Chromosome Protein Homology CDS 546908 547822 . - 0 ID=cds-WP_003898463.1;Parent=gene-BQ2027_RS02375;Dbxref=GenBank:WP_003898463.1;Name=WP_003898463.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214970.1;locus_tag=BQ2027_RS02375;product=crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein;protein_id=WP_003898463.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 548054 548376 . - . ID=gene-BQ2027_RS02380;Name=BQ2027_RS02380;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS02380;old_locus_tag=BQ2027_MB0465C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 548054 548376 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS02380;Parent=gene-BQ2027_RS02380;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006402,GO:0016075,GO:0003677,GO:0003723,GO:0004521;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,RNA binding|0003723||IEA,RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=mRNA catabolic process|0006402||IEA,rRNA catabolic process|0016075||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013831006.1;locus_tag=BQ2027_RS02380;product=type II toxin-antitoxin system PemK/MazF family toxin;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 548363 548536 . - . ID=gene-BQ2027_RS02385;Name=BQ2027_RS02385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02385;old_locus_tag=BQ2027_MB0466A +Chromosome Protein Homology CDS 548363 548536 . - 0 ID=cds-WP_003903009.1;Parent=gene-BQ2027_RS02385;Dbxref=GenBank:WP_003903009.1;Name=WP_003903009.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007409102.1;locus_tag=BQ2027_RS02385;product=antitoxin MazE;protein_id=WP_003903009.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 548605 550626 . - . ID=gene-BQ2027_RS02390;Name=BQ2027_RS02390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02390;old_locus_tag=BQ2027_MB0466C +Chromosome Protein Homology CDS 548605 550626 . - 0 ID=cds-WP_003402292.1;Parent=gene-BQ2027_RS02390;Dbxref=GenBank:WP_003402292.1;Name=WP_003402292.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252;gbkey=CDS;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214971.1;locus_tag=BQ2027_RS02390;product=prolyl oligopeptidase family serine peptidase;protein_id=WP_003402292.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 550694 552217 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02400;Name=BQ2027_RS02400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02400;old_locus_tag=BQ2027_MB0468 +Chromosome Protein Homology CDS 552217 552708 . + 0 ID=cds-WP_003898464.1;Parent=gene-BQ2027_RS02400;Dbxref=GenBank:WP_003898464.1;Name=WP_003898464.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214973.1;locus_tag=BQ2027_RS02400;product=DUF779 domain-containing protein;protein_id=WP_003898464.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 552729 553007 . + . ID=gene-BQ2027_RS02405;Name=BQ2027_RS02405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02405;old_locus_tag=BQ2027_MB0469 +Chromosome Protein Homology CDS 552729 553007 . + 0 ID=cds-WP_003898465.1;Parent=gene-BQ2027_RS02405;Dbxref=GenBank:WP_003898465.1;Name=WP_003898465.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015626659.1;locus_tag=BQ2027_RS02405;product=putative holin;protein_id=WP_003898465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 553000 553569 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02425;Name=BQ2027_RS02425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02425;old_locus_tag=BQ2027_MB0473C +Chromosome Protein Homology CDS 555332 555904 . - 0 ID=cds-WP_003402306.1;Parent=gene-BQ2027_RS02425;Dbxref=GenBank:WP_003402306.1;Name=WP_003402306.1;Ontology_term=GO:0051920;gbkey=CDS;go_function=peroxiredoxin activity|0051920||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214978.1;locus_tag=BQ2027_RS02425;product=carboxymuconolactone decarboxylase family protein;protein_id=WP_003402306.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 555901 557325 . - . ID=gene-BQ2027_RS02430;Name=ramB;gbkey=Gene;gene=ramB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02430;old_locus_tag=BQ2027_MB0474C +Chromosome Protein Homology CDS 555901 557325 . - 0 ID=cds-WP_010950406.1;Parent=gene-BQ2027_RS02430;Dbxref=GenBank:WP_010950406.1;Name=WP_010950406.1;gbkey=CDS;gene=ramB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214979.1;locus_tag=BQ2027_RS02430;product=acetate metabolism transcriptional regulator RamB;protein_id=WP_010950406.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 557477 558271 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02445;Name=fadB2;gbkey=Gene;gene=fadB2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02445;old_locus_tag=BQ2027_MB0477 +Chromosome Protein Homology CDS 559914 560774 . + 0 ID=cds-WP_003402318.1;Parent=gene-BQ2027_RS02445;Dbxref=GenBank:WP_003402318.1;Name=WP_003402318.1;gbkey=CDS;gene=fadB2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214982.1;locus_tag=BQ2027_RS02445;product=3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase FadB2;protein_id=WP_003402318.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 560907 561767 . + . ID=gene-BQ2027_RS02450;Name=umaA;gbkey=Gene;gene=umaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02450;old_locus_tag=BQ2027_MB0478 +Chromosome Protein Homology CDS 560907 561767 . + 0 ID=cds-WP_003900153.1;Parent=gene-BQ2027_RS02450;Dbxref=GenBank:WP_003900153.1;Name=WP_003900153.1;gbkey=CDS;gene=umaA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177729.1;locus_tag=BQ2027_RS02450;product=SAM-dependent methyltransferase UmaA;protein_id=WP_003900153.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 561867 562730 . - . ID=gene-BQ2027_RS02455;Name=pcaA;gbkey=Gene;gene=pcaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02455;old_locus_tag=BQ2027_MB0479C +Chromosome Protein Homology CDS 561867 562730 . - 0 ID=cds-WP_003402323.1;Parent=gene-BQ2027_RS02455;Dbxref=GenBank:WP_003402323.1;Name=WP_003402323.1;gbkey=CDS;gene=pcaA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177730.1;locus_tag=BQ2027_RS02455;product=cyclopropane mycolic acid synthase PcaA;protein_id=WP_003402323.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 562873 563313 . - . ID=gene-BQ2027_RS02460;Name=BQ2027_RS02460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02460;old_locus_tag=BQ2027_MB0480C +Chromosome Protein Homology CDS 562873 563313 . - 0 ID=cds-WP_003898470.1;Parent=gene-BQ2027_RS02460;Dbxref=GenBank:WP_003898470.1;Name=WP_003898470.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177622.1;locus_tag=BQ2027_RS02460;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898470.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 563244 563732 . - . ID=gene-BQ2027_RS02465;Name=BQ2027_RS02465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02465;old_locus_tag=BQ2027_MB0481C +Chromosome Protein Homology CDS 563244 563732 . - 0 ID=cds-WP_003402327.1;Parent=gene-BQ2027_RS02465;Dbxref=GenBank:WP_003402327.1;Name=WP_003402327.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214985.1;locus_tag=BQ2027_RS02465;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402327.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 563742 564446 . - . ID=gene-BQ2027_RS02470;Name=BQ2027_RS02470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02470;old_locus_tag=BQ2027_MB0482C +Chromosome Protein Homology CDS 563742 564446 . - 0 ID=cds-WP_003402330.1;Parent=gene-BQ2027_RS02470;Dbxref=GenBank:WP_003402330.1;Name=WP_003402330.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214986.1;locus_tag=BQ2027_RS02470;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003402330.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 564583 565953 . + . ID=gene-BQ2027_RS02475;Name=BQ2027_RS02475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02475;old_locus_tag=BQ2027_MB0483 +Chromosome Protein Homology CDS 564583 565953 . + 0 ID=cds-WP_003402332.1;Parent=gene-BQ2027_RS02475;Dbxref=GenBank:WP_003402332.1;Name=WP_003402332.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214987.2;locus_tag=BQ2027_RS02475;product=DUF445 domain-containing protein;protein_id=WP_003402332.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 566040 566462 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02485;Name=hbhA;gbkey=Gene;gene=hbhA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02485;old_locus_tag=BQ2027_MB0485 +Chromosome Protein Homology CDS 566816 567415 . + 0 ID=cds-WP_003402339.1;Parent=gene-BQ2027_RS02485;Dbxref=GenBank:WP_003402339.1;Name=WP_003402339.1;gbkey=CDS;gene=hbhA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214989.1;locus_tag=BQ2027_RS02485;product=heparin-binding hemagglutinin HbhA;protein_id=WP_003402339.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 567503 567790 . + . ID=gene-BQ2027_RS02490;Name=BQ2027_RS02490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02490;old_locus_tag=BQ2027_MB0486 +Chromosome Protein Homology CDS 567503 567790 . + 0 ID=cds-WP_003898474.1;Parent=gene-BQ2027_RS02490;Dbxref=GenBank:WP_003898474.1;Name=WP_003898474.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898474.1;locus_tag=BQ2027_RS02490;product=DUF2516 family protein;protein_id=WP_003898474.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 567795 568241 . + . ID=gene-BQ2027_RS02495;Name=BQ2027_RS02495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02495;old_locus_tag=BQ2027_MB0487 +Chromosome Protein Homology CDS 567795 568241 . + 0 ID=cds-WP_003402344.1;Parent=gene-BQ2027_RS02495;Dbxref=GenBank:WP_003402344.1;Name=WP_003402344.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214991.1;locus_tag=BQ2027_RS02495;product=DUF2599 domain-containing protein;protein_id=WP_003402344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 568241 568915 . + . ID=gene-BQ2027_RS02500;Name=deoC;gbkey=Gene;gene=deoC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02500;old_locus_tag=BQ2027_MB0488 +Chromosome Protein Homology CDS 568241 568915 . + 0 ID=cds-WP_003402347.1;Parent=gene-BQ2027_RS02500;Dbxref=GenBank:WP_003402347.1;Name=WP_003402347.1;Ontology_term=GO:0009264,GO:0004139,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=deoC;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=deoxyribose-phosphate aldolase activity|0004139||IEA;go_process=deoxyribonucleotide catabolic process|0009264||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214992.1;locus_tag=BQ2027_RS02500;product=deoxyribose-phosphate aldolase;protein_id=WP_003402347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 568940 569986 . - . ID=gene-BQ2027_RS02505;Name=BQ2027_RS02505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02505;old_locus_tag=BQ2027_MB0489C +Chromosome Protein Homology CDS 568940 569986 . - 0 ID=cds-WP_003898475.1;Parent=gene-BQ2027_RS02505;Dbxref=GenBank:WP_003898475.1;Name=WP_003898475.1;Ontology_term=GO:0005543;gbkey=CDS;go_function=phospholipid binding|0005543||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214993.1;locus_tag=BQ2027_RS02505;product=LmeA family phospholipid-binding protein;protein_id=WP_003898475.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 569983 570825 . - . ID=gene-BQ2027_RS02510;Name=BQ2027_RS02510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02510;old_locus_tag=BQ2027_MB0490C +Chromosome Protein Homology CDS 569983 570825 . - 0 ID=cds-WP_003402350.1;Parent=gene-BQ2027_RS02510;Dbxref=GenBank:WP_003402350.1;Name=WP_003402350.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214994.2;locus_tag=BQ2027_RS02510;product=carbon-nitrogen hydrolase family protein;protein_id=WP_003402350.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 570951 571475 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02520;Name=murB;gbkey=Gene;gene=murB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02520;old_locus_tag=BQ2027_MB0492 +Chromosome Protein Homology CDS 571502 572611 . + 0 ID=cds-WP_003402354.1;Parent=gene-BQ2027_RS02520;Dbxref=GenBank:WP_003402354.1;Name=WP_003402354.1;Ontology_term=GO:0008762,GO:0071949;gbkey=CDS;gene=murB;go_function=UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity|0008762||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214996.1;locus_tag=BQ2027_RS02520;product=UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase;protein_id=WP_003402354.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 572673 574028 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02530;Name=BQ2027_RS02530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02530;old_locus_tag=BQ2027_MB0494C +Chromosome Protein Homology CDS 574009 574764 . - 0 ID=cds-WP_003402359.1;Parent=gene-BQ2027_RS02530;Dbxref=GenBank:WP_003402359.1;Name=WP_003402359.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_214998.1;locus_tag=BQ2027_RS02530;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003402359.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 574947 576263 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS02550;Name=lysE;gbkey=Gene;gene=lysE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02550;old_locus_tag=BQ2027_MB0498 +Chromosome Protein Homology CDS 578685 579290 . + 0 ID=cds-WP_003402377.1;Parent=gene-BQ2027_RS02550;Dbxref=GenBank:WP_003402377.1;Name=WP_003402377.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lysE;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898479.1;locus_tag=BQ2027_RS02550;product=L-lysine exporter;protein_id=WP_003402377.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 579447 580196 . + . ID=gene-BQ2027_RS02555;Name=BQ2027_RS02555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02555;old_locus_tag=BQ2027_MB0499 +Chromosome Protein Homology CDS 579447 580196 . + 0 ID=cds-WP_003402379.1;Parent=gene-BQ2027_RS02555;Dbxref=GenBank:WP_003402379.1;Name=WP_003402379.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0004619;gbkey=CDS;go_function=phosphoglycerate mutase activity|0004619||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177731.1;locus_tag=BQ2027_RS02555;product=phosphoglyceromutase;protein_id=WP_003402379.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 580370 581602 . + . ID=gene-BQ2027_RS02560;Name=senX3;gbkey=Gene;gene=senX3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02560;old_locus_tag=BQ2027_MB0500 +Chromosome Protein Homology CDS 580370 581602 . + 0 ID=cds-WP_003402390.1;Parent=gene-BQ2027_RS02560;Dbxref=GenBank:WP_003402390.1;Name=WP_003402390.1;gbkey=CDS;gene=senX3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215004.1;locus_tag=BQ2027_RS02560;product=two-component system sensor histidine kinase SenX3;protein_id=WP_003402390.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 581960 582643 . + . ID=gene-BQ2027_RS02565;Name=regX;gbkey=Gene;gene=regX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02565;old_locus_tag=BQ2027_MB0501 +Chromosome Protein Homology CDS 581960 582643 . + 0 ID=cds-WP_003402393.1;Parent=gene-BQ2027_RS02565;Dbxref=GenBank:WP_003402393.1;Name=WP_003402393.1;gbkey=CDS;gene=regX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003402393.1;locus_tag=BQ2027_RS02565;product=two-component sensory transduction protein RegX;protein_id=WP_003402393.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 582640 584529 . - . ID=gene-BQ2027_RS02570;Name=BQ2027_RS02570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02570;old_locus_tag=BQ2027_MB0502C +Chromosome Protein Homology CDS 582640 584529 . - 0 ID=cds-WP_010950408.1;Parent=gene-BQ2027_RS02570;Dbxref=GenBank:WP_010950408.1;Name=WP_010950408.1;Ontology_term=GO:0016614,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on CH-OH group of donors|0016614||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215006.2;locus_tag=BQ2027_RS02570;product=GMC family oxidoreductase;protein_id=WP_010950408.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 584526 584855 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02590;Name=BQ2027_RS02590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02590;old_locus_tag=BQ2027_MB0506C +Chromosome Protein Homology CDS 586575 587369 . - 0 ID=cds-WP_023637344.1;Parent=gene-BQ2027_RS02590;Dbxref=GenBank:WP_023637344.1;Name=WP_023637344.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003879313.1;locus_tag=BQ2027_RS02590;product=hypothetical protein;protein_id=WP_023637344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 587497 588531 . + . ID=gene-BQ2027_RS02595;Name=ppx1;gbkey=Gene;gene=ppx1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02595;old_locus_tag=BQ2027_MB0507 +Chromosome Protein Homology CDS 587497 588531 . + 0 ID=cds-WP_003402419.1;Parent=gene-BQ2027_RS02595;Dbxref=GenBank:WP_003402419.1;Name=WP_003402419.1;gbkey=CDS;gene=ppx1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003402419.1;locus_tag=BQ2027_RS02595;product=exopolyphosphatase Ppx1;protein_id=WP_003402419.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 588528 589460 . + . ID=gene-BQ2027_RS02600;Name=BQ2027_RS02600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02600;old_locus_tag=BQ2027_MB0508 +Chromosome Protein Homology CDS 588528 589460 . + 0 ID=cds-WP_003402426.1;Parent=gene-BQ2027_RS02600;Dbxref=GenBank:WP_003402426.1;Name=WP_003402426.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215011.1;locus_tag=BQ2027_RS02600;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402426.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 589476 590318 . + . ID=gene-BQ2027_RS02605;Name=BQ2027_RS02605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02605;old_locus_tag=BQ2027_MB0509 +Chromosome Protein Homology CDS 589476 590318 . + 0 ID=cds-WP_003402432.1;Parent=gene-BQ2027_RS02605;Dbxref=GenBank:WP_003402432.1;Name=WP_003402432.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0016853;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,isomerase activity|0016853||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215012.1;locus_tag=BQ2027_RS02605;product=sugar phosphate isomerase/epimerase family protein;protein_id=WP_003402432.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 590334 591209 . + . ID=gene-BQ2027_RS02610;Name=BQ2027_RS02610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02610;old_locus_tag=BQ2027_MB0510 +Chromosome Protein Homology CDS 590334 591209 . + 0 ID=cds-WP_003402433.1;Parent=gene-BQ2027_RS02610;Dbxref=GenBank:WP_003402433.1;Name=WP_003402433.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215013.1;locus_tag=BQ2027_RS02610;product=thioesterase family protein;protein_id=WP_003402433.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 591246 592121 . + . ID=gene-BQ2027_RS02615;Name=proC;gbkey=Gene;gene=proC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02615;old_locus_tag=BQ2027_MB0511 +Chromosome Protein Homology CDS 591246 592121 . + 0 ID=cds-WP_171355219.1;Parent=gene-BQ2027_RS02615;Dbxref=GenBank:WP_171355219.1;Name=WP_171355219.1;Ontology_term=GO:0006561,GO:0004735;gbkey=CDS;gene=proC;go_function=pyrroline-5-carboxylate reductase activity|0004735||IEA;go_process=proline biosynthetic process|0006561||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003892370.1;locus_tag=BQ2027_RS02615;product=pyrroline-5-carboxylate reductase;protein_id=WP_171355219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 592262 592498 . + . ID=gene-BQ2027_RS02620;Name=BQ2027_RS02620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02620;old_locus_tag=BQ2027_MB0512 +Chromosome Protein Homology CDS 592262 592498 . + 0 ID=cds-WP_003402437.1;Parent=gene-BQ2027_RS02620;Dbxref=GenBank:WP_003402437.1;Name=WP_003402437.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177624.1;locus_tag=BQ2027_RS02620;product=cell division/environmental response transcriptional regulator;protein_id=WP_003402437.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 592626 592727 . + . ID=gene-BQ2027_RS02625;Name=BQ2027_RS02625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02625;old_locus_tag=BQ2027_MB0512A +Chromosome Protein Homology CDS 592626 592727 . + 0 ID=cds-WP_003402602.1;Parent=gene-BQ2027_RS02625;Dbxref=GenBank:WP_003402602.1;Name=WP_003402602.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003402602.1;locus_tag=BQ2027_RS02625;product=30S ribosomal protein bS22;protein_id=WP_003402602.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 592805 593935 . + . ID=gene-BQ2027_RS02630;Name=BQ2027_RS02630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02630;old_locus_tag=BQ2027_MB0513 +Chromosome Protein Homology CDS 592805 593935 . + 0 ID=cds-WP_003402607.1;Parent=gene-BQ2027_RS02630;Dbxref=GenBank:WP_003402607.1;Name=WP_003402607.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215050.2;locus_tag=BQ2027_RS02630;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003402607.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 593942 595018 . + . ID=gene-BQ2027_RS02635;Name=BQ2027_RS02635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02635;old_locus_tag=BQ2027_MB0514 +Chromosome Protein Homology CDS 593942 595018 . + 0 ID=cds-WP_003898486.1;Parent=gene-BQ2027_RS02635;Dbxref=GenBank:WP_003898486.1;Name=WP_003898486.1;Ontology_term=GO:0006644,GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid metabolic process|0006644||IEA,phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215016.1;locus_tag=BQ2027_RS02635;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003898486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 595022 595930 . - . ID=gene-BQ2027_RS02640;Name=cmaA2;gbkey=Gene;gene=cmaA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02640;old_locus_tag=BQ2027_MB0515C +Chromosome Protein Homology CDS 595022 595930 . - 0 ID=cds-WP_003402621.1;Parent=gene-BQ2027_RS02640;Dbxref=GenBank:WP_003402621.1;Name=WP_003402621.1;gbkey=CDS;gene=cmaA2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215017.1;locus_tag=BQ2027_RS02640;product=cyclopropane mycolic acid synthase CmaA2;protein_id=WP_003402621.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 595953 596453 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02665;Name=BQ2027_RS02665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02665;old_locus_tag=BQ2027_MB0520 +Chromosome Protein Homology CDS 601249 601542 . + 0 ID=cds-WP_003402695.1;Parent=gene-BQ2027_RS02665;Dbxref=GenBank:WP_003402695.1;Name=WP_003402695.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215022.1;locus_tag=BQ2027_RS02665;product=glutaredoxin family protein;protein_id=WP_003402695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 601592 602998 . + . ID=gene-BQ2027_RS02670;Name=hemA;gbkey=Gene;gene=hemA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02670;old_locus_tag=BQ2027_MB0521 +Chromosome Protein Homology CDS 601592 602998 . + 0 ID=cds-WP_003402699.1;Parent=gene-BQ2027_RS02670;Dbxref=GenBank:WP_003402699.1;Name=WP_003402699.1;Ontology_term=GO:0008883;gbkey=CDS;gene=hemA;go_function=glutamyl-tRNA reductase activity|0008883||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215023.1;locus_tag=BQ2027_RS02670;product=glutamyl-tRNA reductase;protein_id=WP_003402699.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 603008 603937 . + . ID=gene-BQ2027_RS02675;Name=hemC;gbkey=Gene;gene=hemC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02675;old_locus_tag=BQ2027_MB0523 +Chromosome Protein Homology CDS 603008 603937 . + 0 ID=cds-WP_003402702.1;Parent=gene-BQ2027_RS02675;Dbxref=GenBank:WP_003402702.1;Name=WP_003402702.1;Ontology_term=GO:0033014,GO:0004418;gbkey=CDS;gene=hemC;go_function=hydroxymethylbilane synthase activity|0004418||IEA;go_process=tetrapyrrole biosynthetic process|0033014||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215024.1;locus_tag=BQ2027_RS02675;product=hydroxymethylbilane synthase;protein_id=WP_003402702.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 603970 605667 . + . ID=gene-BQ2027_RS02680;Name=hemD;gbkey=Gene;gene=hemD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02680;old_locus_tag=BQ2027_MB0524 +Chromosome Protein Homology CDS 603970 605667 . + 0 ID=cds-WP_003900163.1;Parent=gene-BQ2027_RS02680;Dbxref=GenBank:WP_003900163.1;Name=WP_003900163.1;Ontology_term=GO:0033014,GO:0004852;gbkey=CDS;gene=hemD;go_function=uroporphyrinogen-III synthase activity|0004852||IEA;go_process=tetrapyrrole biosynthetic process|0033014||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177733.1;locus_tag=BQ2027_RS02680;product=bifunctional uroporphyrinogen-III C-methyltransferase/uroporphyrinogen-III synthase;protein_id=WP_003900163.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 605753 606742 . + . ID=gene-BQ2027_RS02685;Name=hemB;gbkey=Gene;gene=hemB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02685;old_locus_tag=BQ2027_MB0525 +Chromosome Protein Homology CDS 605753 606742 . + 0 ID=cds-WP_010950410.1;Parent=gene-BQ2027_RS02685;Dbxref=GenBank:WP_010950410.1;Name=WP_010950410.1;Ontology_term=GO:0033014,GO:0003824,GO:0004655,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=hemB;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,porphobilinogen synthase activity|0004655||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=tetrapyrrole biosynthetic process|0033014||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215026.1;locus_tag=BQ2027_RS02685;product=porphobilinogen synthase;protein_id=WP_010950410.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 606755 607303 . + . ID=gene-BQ2027_RS02690;Name=BQ2027_RS02690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02690;old_locus_tag=BQ2027_MB0526 +Chromosome Protein Homology CDS 606755 607303 . + 0 ID=cds-WP_003402713.1;Parent=gene-BQ2027_RS02690;Dbxref=GenBank:WP_003402713.1;Name=WP_003402713.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215027.1;locus_tag=BQ2027_RS02690;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402713.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 607300 607599 . + . ID=gene-BQ2027_RS02695;Name=BQ2027_RS02695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02695;old_locus_tag=BQ2027_MB0527 +Chromosome Protein Homology CDS 607300 607599 . + 0 ID=cds-WP_003402715.1;Parent=gene-BQ2027_RS02695;Dbxref=GenBank:WP_003402715.1;Name=WP_003402715.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215028.1;locus_tag=BQ2027_RS02695;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402715.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 607678 609213 . + . ID=gene-BQ2027_RS02700;Name=BQ2027_RS02700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02700;old_locus_tag=BQ2027_MB0528 +Chromosome Protein Homology CDS 607678 609213 . + 0 ID=cds-WP_003900164.1-2;Parent=gene-BQ2027_RS02700;Dbxref=GenBank:WP_003900164.1;Name=WP_003900164.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287795.1;locus_tag=BQ2027_RS02700;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_003900164.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 609210 609686 . - . ID=gene-BQ2027_RS02705;Name=oprA;gbkey=Gene;gene=oprA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02705;old_locus_tag=BQ2027_MB0529C +Chromosome Protein Homology CDS 609210 609686 . - 0 ID=cds-WP_003402807.1;Parent=gene-BQ2027_RS02705;Dbxref=GenBank:WP_003402807.1;Name=WP_003402807.1;gbkey=CDS;gene=oprA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215030.1;locus_tag=BQ2027_RS02705;product=osmosensory protein OprA;protein_id=WP_003402807.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 609975 611207 . + . ID=gene-BQ2027_RS02710;Name=BQ2027_RS02710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02710;old_locus_tag=BQ2027_MB0530 +Chromosome Protein Homology CDS 609975 611207 . + 0 ID=cds-WP_031702114.1;Parent=gene-BQ2027_RS02710;Dbxref=GenBank:WP_031702114.1;Name=WP_031702114.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003873687.1;locus_tag=BQ2027_RS02710;product=acyltransferase family protein;protein_id=WP_031702114.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 611339 612034 . + . ID=gene-BQ2027_RS02715;Name=BQ2027_RS02715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02715;old_locus_tag=BQ2027_MB0531 +Chromosome Protein Homology CDS 611339 612034 . + 0 ID=cds-WP_003402818.1;Parent=gene-BQ2027_RS02715;Dbxref=GenBank:WP_003402818.1;Name=WP_003402818.1;Ontology_term=GO:0016042,GO:0052689;gbkey=CDS;go_function=carboxylic ester hydrolase activity|0052689||IEA;go_process=lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215032.1;locus_tag=BQ2027_RS02715;product=Rv0518 family GDSL lipase;protein_id=WP_003402818.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 612322 613179 . - . ID=gene-BQ2027_RS02720;Name=BQ2027_RS02720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02720;old_locus_tag=BQ2027_MB0532C +Chromosome Protein Homology CDS 612322 613179 . - 0 ID=cds-WP_003912593.1;Parent=gene-BQ2027_RS02720;Dbxref=GenBank:WP_003912593.1;Name=WP_003912593.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912593.1;locus_tag=BQ2027_RS02720;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003912593.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 613444 613755 . + . ID=gene-BQ2027_RS02725;Name=BQ2027_RS02725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02725;old_locus_tag=BQ2027_MB0533 +Chromosome Protein Homology CDS 613444 613755 . + 0 ID=cds-WP_014585060.1;Parent=gene-BQ2027_RS02725;Dbxref=GenBank:WP_014585060.1;Name=WP_014585060.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF019846.6;locus_tag=BQ2027_RS02725;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_014585060.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 613748 614053 . + . ID=gene-BQ2027_RS02730;Name=BQ2027_RS02730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02730;old_locus_tag=BQ2027_MB0534 +Chromosome Protein Homology CDS 613748 614053 . + 0 ID=cds-WP_003898493.1;Parent=gene-BQ2027_RS02730;Dbxref=GenBank:WP_003898493.1;Name=WP_003898493.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003402835.1;locus_tag=BQ2027_RS02730;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898493.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 614107 615492 . + . ID=gene-BQ2027_RS02735;Name=gabP;gbkey=Gene;gene=gabP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02735;old_locus_tag=BQ2027_MB0535 +Chromosome Protein Homology CDS 614107 615492 . + 0 ID=cds-WP_003911231.1;Parent=gene-BQ2027_RS02735;Dbxref=GenBank:WP_003911231.1;Name=WP_003911231.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=gabP;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911231.1;locus_tag=BQ2027_RS02735;product=amino acid permease;protein_id=WP_003911231.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 615476 615871 . - . ID=gene-BQ2027_RS02740;Name=BQ2027_RS02740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02740;old_locus_tag=BQ2027_MB0536C +Chromosome Protein Homology CDS 615476 615871 . - 0 ID=cds-WP_003402842.1;Parent=gene-BQ2027_RS02740;Dbxref=GenBank:WP_003402842.1;Name=WP_003402842.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215037.1;locus_tag=BQ2027_RS02740;product=nitroreductase family deazaflavin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003402842.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 615985 617373 . + . ID=gene-BQ2027_RS02745;Name=hemL;gbkey=Gene;gene=hemL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02745;old_locus_tag=BQ2027_MB0537 +Chromosome Protein Homology CDS 615985 617373 . + 0 ID=cds-WP_003402844.1;Parent=gene-BQ2027_RS02745;Dbxref=GenBank:WP_003402844.1;Name=WP_003402844.1;Ontology_term=GO:0033014,GO:0042286;gbkey=CDS;gene=hemL;go_function=glutamate-1-semialdehyde 2%2C1-aminomutase activity|0042286||IEA;go_process=tetrapyrrole biosynthetic process|0033014||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215038.1;locus_tag=BQ2027_RS02745;product=glutamate-1-semialdehyde 2%2C1-aminomutase;protein_id=WP_003402844.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 617373 617981 . + . ID=gene-BQ2027_RS02750;Name=BQ2027_RS02750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02750;old_locus_tag=BQ2027_MB0538 +Chromosome Protein Homology CDS 617373 617981 . + 0 ID=cds-WP_003402845.1;Parent=gene-BQ2027_RS02750;Dbxref=GenBank:WP_003402845.1;Name=WP_003402845.1;Ontology_term=GO:0016791;gbkey=CDS;go_function=phosphatase activity|0016791||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215039.1;locus_tag=BQ2027_RS02750;product=histidine phosphatase family protein;protein_id=WP_003402845.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 618035 618646 . + . ID=gene-BQ2027_RS02755;Name=BQ2027_RS02755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02755;old_locus_tag=BQ2027_MB0539 +Chromosome Protein Homology CDS 618035 618646 . + 0 ID=cds-WP_003911234.1;Parent=gene-BQ2027_RS02755;Dbxref=GenBank:WP_003911234.1;Name=WP_003911234.1;Ontology_term=GO:0015036;gbkey=CDS;go_function=disulfide oxidoreductase activity|0015036||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911234.1;locus_tag=BQ2027_RS02755;product=TlpA disulfide reductase family protein;protein_id=WP_003911234.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 618643 619422 . + . ID=gene-BQ2027_RS02760;Name=ccdA;gbkey=Gene;gene=ccdA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02760;old_locus_tag=BQ2027_MB0540 +Chromosome Protein Homology CDS 618643 619422 . + 0 ID=cds-WP_003402847.1;Parent=gene-BQ2027_RS02760;Dbxref=GenBank:WP_003402847.1;Name=WP_003402847.1;Ontology_term=GO:0017004,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ccdA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177735.1;locus_tag=BQ2027_RS02760;product=cytochrome c biogenesis CcdA family protein;protein_id=WP_003402847.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 619455 621044 . + . ID=gene-BQ2027_RS02765;Name=resB;gbkey=Gene;gene=resB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02765;old_locus_tag=BQ2027_MB0541 +Chromosome Protein Homology CDS 619455 621044 . + 0 ID=cds-WP_003402848.1;Parent=gene-BQ2027_RS02765;Dbxref=GenBank:WP_003402848.1;Name=WP_003402848.1;Ontology_term=GO:0017004,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=resB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215042.1;locus_tag=BQ2027_RS02765;product=cytochrome c biogenesis protein ResB;protein_id=WP_003402848.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 621041 622015 . + . ID=gene-BQ2027_RS02770;Name=ccsB;gbkey=Gene;gene=ccsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02770;old_locus_tag=BQ2027_MB0542 +Chromosome Protein Homology CDS 621041 622015 . + 0 ID=cds-WP_003402849.1;Parent=gene-BQ2027_RS02770;Dbxref=GenBank:WP_003402849.1;Name=WP_003402849.1;Ontology_term=GO:0017004,GO:0020037;gbkey=CDS;gene=ccsB;go_function=heme binding|0020037||IEA;go_process=cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215041.2;locus_tag=BQ2027_RS02770;product=c-type cytochrome biogenesis protein CcsB;protein_id=WP_003402849.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 622057 623274 . + . ID=gene-BQ2027_RS02775;Name=BQ2027_RS02775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02775;old_locus_tag=BQ2027_MB0543 +Chromosome Protein Homology CDS 622057 623274 . + 0 ID=cds-WP_003898495.1;Parent=gene-BQ2027_RS02775;Dbxref=GenBank:WP_003898495.1;Name=WP_003898495.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215044.1;locus_tag=BQ2027_RS02775;product=MinD/ParA family ATP-binding protein;protein_id=WP_003898495.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 623271 623432 . - . ID=gene-BQ2027_RS02780;Name=BQ2027_RS02780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02780;old_locus_tag=BQ2027_MB0543A +Chromosome Protein Homology CDS 623271 623432 . - 0 ID=cds-WP_003402851.1;Parent=gene-BQ2027_RS02780;Dbxref=GenBank:WP_003402851.1;Name=WP_003402851.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007409181.1;locus_tag=BQ2027_RS02780;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402851.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 623479 623796 . + . ID=gene-BQ2027_RS02785;Name=BQ2027_RS02785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02785;old_locus_tag=BQ2027_MB0544 +Chromosome Protein Homology CDS 623479 623796 . + 0 ID=cds-WP_003402853.1;Parent=gene-BQ2027_RS02785;Dbxref=GenBank:WP_003402853.1;Name=WP_003402853.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215045.1;locus_tag=BQ2027_RS02785;product=DUF4229 domain-containing protein;protein_id=WP_003402853.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 623943 625821 . + . ID=gene-BQ2027_RS02790;Name=BQ2027_RS02790;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS02790;old_locus_tag=BQ2027_MB0545;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 623943 625821 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS02790;Parent=gene-BQ2027_RS02790;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177736.1;locus_tag=BQ2027_RS02790;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 625717 626724 . - . ID=gene-BQ2027_RS02795;Name=fabH;gbkey=Gene;gene=fabH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02795;old_locus_tag=BQ2027_MB0547C +Chromosome Protein Homology CDS 625717 626724 . - 0 ID=cds-WP_003402861.1;Parent=gene-BQ2027_RS02795;Dbxref=GenBank:WP_003402861.1;Name=WP_003402861.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0004315;gbkey=CDS;gene=fabH;go_function=3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity|0004315||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215047.1;locus_tag=BQ2027_RS02795;product=beta-ketoacyl-ACP synthase III;protein_id=WP_003402861.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 626806 627684 . - . ID=gene-BQ2027_RS02800;Name=menA;gbkey=Gene;gene=menA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02800;old_locus_tag=BQ2027_MB0548C +Chromosome Protein Homology CDS 626806 627684 . - 0 ID=cds-WP_003402865.1;Parent=gene-BQ2027_RS02800;Dbxref=GenBank:WP_003402865.1;Name=WP_003402865.1;Ontology_term=GO:0009234,GO:0046428,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=menA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=1%2C4-dihydroxy-2-naphthoate polyprenyltransferase activity|0046428||IEA;go_process=menaquinone biosynthetic process|0009234||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215048.1;locus_tag=BQ2027_RS02800;product=1%2C4-dihydroxy-2-naphthoate polyprenyltransferase;protein_id=WP_003402865.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 627719 628495 . + . ID=gene-BQ2027_RS02805;Name=pnp;gbkey=Gene;gene=pnp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02805;old_locus_tag=BQ2027_MB0549 +Chromosome Protein Homology CDS 627719 628495 . + 0 ID=cds-WP_003911222.1;Parent=gene-BQ2027_RS02805;Dbxref=GenBank:WP_003911222.1;Name=WP_003911222.1;Ontology_term=GO:0009116,GO:0017061;gbkey=CDS;gene=pnp;go_function=S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity|0017061||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009934924.1;locus_tag=BQ2027_RS02805;product=S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase;protein_id=WP_003911222.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 628492 629532 . + . ID=gene-BQ2027_RS02810;Name=BQ2027_RS02810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02810;old_locus_tag=BQ2027_MB0550 +Chromosome Protein Homology CDS 628492 629532 . + 0 ID=cds-WP_003402868.1;Parent=gene-BQ2027_RS02810;Dbxref=GenBank:WP_003402868.1;Name=WP_003402868.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0051287,GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD binding|0051287||IEA,NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177737.1;locus_tag=BQ2027_RS02810;product=NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;protein_id=WP_003402868.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 629542 630975 . - . ID=gene-BQ2027_RS02815;Name=BQ2027_RS02815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02815;old_locus_tag=BQ2027_MB0551C +Chromosome Protein Homology CDS 629542 630975 . - 0 ID=cds-WP_003402870.1;Parent=gene-BQ2027_RS02815;Dbxref=GenBank:WP_003402870.1;Name=WP_003402870.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215051.1;locus_tag=BQ2027_RS02815;product=DUF7937 domain-containing protein;protein_id=WP_003402870.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 631284 632930 . + . ID=gene-BQ2027_RS02820;Name=BQ2027_RS02820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02820;old_locus_tag=BQ2027_MB0552 +Chromosome Protein Homology CDS 631284 632930 . + 0 ID=cds-WP_003900169.1;Parent=gene-BQ2027_RS02820;Dbxref=GenBank:WP_003900169.1;Name=WP_003900169.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215052.1;locus_tag=BQ2027_RS02820;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900169.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 632963 633619 . + . ID=gene-BQ2027_RS02825;Name=BQ2027_RS02825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02825;old_locus_tag=BQ2027_MB0553 +Chromosome Protein Homology CDS 632963 633619 . + 0 ID=cds-WP_003898499.1;Parent=gene-BQ2027_RS02825;Dbxref=GenBank:WP_003898499.1;Name=WP_003898499.1;Ontology_term=GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898499.1;locus_tag=BQ2027_RS02825;product=glycosyltransferase family 2 protein;protein_id=WP_003898499.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 633616 634278 . + . ID=gene-BQ2027_RS02830;Name=BQ2027_RS02830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02830;old_locus_tag=BQ2027_MB0554 +Chromosome Protein Homology CDS 633616 634278 . + 0 ID=cds-WP_003402886.1;Parent=gene-BQ2027_RS02830;Dbxref=GenBank:WP_003402886.1;Name=WP_003402886.1;Ontology_term=GO:0016740;gbkey=CDS;go_function=transferase activity|0016740||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215054.1;locus_tag=BQ2027_RS02830;product=TIGR04282 family arsenosugar biosynthesis glycosyltransferase;protein_id=WP_003402886.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 634299 635648 . - . ID=gene-BQ2027_RS02835;Name=BQ2027_RS02835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02835;old_locus_tag=BQ2027_MB0555C +Chromosome Protein Homology CDS 634299 635648 . - 0 ID=cds-WP_010950412.1;Parent=gene-BQ2027_RS02835;Dbxref=GenBank:WP_010950412.1;Name=WP_010950412.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215055.1;locus_tag=BQ2027_RS02835;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950412.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 635660 636748 . - . ID=gene-BQ2027_RS02840;Name=menE;gbkey=Gene;gene=menE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02840;old_locus_tag=BQ2027_MB0556C +Chromosome Protein Homology CDS 635660 636748 . - 0 ID=cds-WP_003402892.1;Parent=gene-BQ2027_RS02840;Dbxref=GenBank:WP_003402892.1;Name=WP_003402892.1;gbkey=CDS;gene=menE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215056.1;locus_tag=BQ2027_RS02840;product=o-succinylbenzoate--CoA ligase;protein_id=WP_003402892.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 636817 637119 . - . ID=gene-BQ2027_RS02845;Name=BQ2027_RS02845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02845;old_locus_tag=BQ2027_MB0557C +Chromosome Protein Homology CDS 636817 637119 . - 0 ID=cds-WP_003402896.1;Parent=gene-BQ2027_RS02845;Dbxref=GenBank:WP_003402896.1;Name=WP_003402896.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215057.1;locus_tag=BQ2027_RS02845;product=DUF3349 domain-containing protein;protein_id=WP_003402896.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 637179 637457 . - . ID=gene-BQ2027_RS02850;Name=BQ2027_RS02850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02850;old_locus_tag=BQ2027_MB0558C +Chromosome Protein Homology CDS 637179 637457 . - 0 ID=cds-WP_003402901.1;Parent=gene-BQ2027_RS02850;Dbxref=GenBank:WP_003402901.1;Name=WP_003402901.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215058.1;locus_tag=BQ2027_RS02850;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003402901.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 637454 638707 . - . ID=gene-BQ2027_RS02855;Name=pitA;gbkey=Gene;gene=pitA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02855;old_locus_tag=BQ2027_MB0559C +Chromosome Protein Homology CDS 637454 638707 . - 0 ID=cds-WP_003402904.1;Parent=gene-BQ2027_RS02855;Dbxref=GenBank:WP_003402904.1;Name=WP_003402904.1;Ontology_term=GO:0035435,GO:0005315,GO:0005886;gbkey=CDS;gene=pitA;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=phosphate transmembrane transporter activity|0005315||IEA;go_process=phosphate ion transmembrane transport|0035435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215059.1;locus_tag=BQ2027_RS02855;product=inorganic phosphate transporter;protein_id=WP_003402904.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 638827 639213 . - . ID=gene-BQ2027_RS02860;Name=BQ2027_RS02860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02860;old_locus_tag=BQ2027_MB0560C +Chromosome Protein Homology CDS 638827 639213 . - 0 ID=cds-WP_003402907.1;Parent=gene-BQ2027_RS02860;Dbxref=GenBank:WP_003402907.1;Name=WP_003402907.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215060.1;locus_tag=BQ2027_RS02860;product=VOC family protein;protein_id=WP_003402907.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 639276 640160 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02870;Name=menB;gbkey=Gene;gene=menB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02870;old_locus_tag=BQ2027_MB0562C +Chromosome Protein Homology CDS 640256 641158 . - 0 ID=cds-WP_003915439.1;Parent=gene-BQ2027_RS02870;Dbxref=GenBank:WP_003915439.1;Name=WP_003915439.1;Ontology_term=GO:0009234,GO:0008935;gbkey=CDS;gene=menB;go_function=1%2C4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity|0008935||IEA;go_process=menaquinone biosynthetic process|0009234||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020727493.1;locus_tag=BQ2027_RS02870;product=1%2C4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase;protein_id=WP_003915439.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 641472 641884 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02900;Name=bpoC;gbkey=Gene;gene=bpoC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02900;old_locus_tag=BQ2027_MB0569 +Chromosome Protein Homology CDS 646710 647498 . + 0 ID=cds-WP_003402925.1;Parent=gene-BQ2027_RS02900;Dbxref=GenBank:WP_003402925.1;Name=WP_003402925.1;gbkey=CDS;gene=bpoC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215068.1;locus_tag=BQ2027_RS02900;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003402925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 647541 649205 . + . ID=gene-BQ2027_RS02905;Name=menD;gbkey=Gene;gene=menD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02905;old_locus_tag=BQ2027_MB0570 +Chromosome Protein Homology CDS 647541 649205 . + 0 ID=cds-WP_003402927.1;Parent=gene-BQ2027_RS02905;Dbxref=GenBank:WP_003402927.1;Name=WP_003402927.1;Ontology_term=GO:0009234,GO:0030976,GO:0070204;gbkey=CDS;gene=menD;go_function=thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA,2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity|0070204||IEA;go_process=menaquinone biosynthetic process|0009234||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215069.1;locus_tag=BQ2027_RS02905;product=2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase;protein_id=WP_003402927.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 649202 649717 . + . ID=gene-BQ2027_RS02910;Name=BQ2027_RS02910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02910;old_locus_tag=BQ2027_MB0571 +Chromosome Protein Homology CDS 649202 649717 . + 0 ID=cds-WP_003402929.1;Parent=gene-BQ2027_RS02910;Dbxref=GenBank:WP_003402929.1;Name=WP_003402929.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215070.1;locus_tag=BQ2027_RS02910;product=DUF3592 domain-containing protein;protein_id=WP_003402929.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 649788 650915 . + . ID=gene-BQ2027_RS02915;Name=mgtA;gbkey=Gene;gene=mgtA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02915;old_locus_tag=BQ2027_MB0572 +Chromosome Protein Homology CDS 649788 650915 . + 0 ID=cds-WP_003898502.1;Parent=gene-BQ2027_RS02915;Dbxref=GenBank:WP_003898502.1;Name=WP_003898502.1;gbkey=CDS;gene=mgtA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912598.1;locus_tag=BQ2027_RS02915;product=GDP-mannose-dependent alpha-mannosyltransferase;protein_id=WP_003898502.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 650932 651636 . + . ID=gene-BQ2027_RS02920;Name=menH;gbkey=Gene;gene=menH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02920;old_locus_tag=BQ2027_MB0573 +Chromosome Protein Homology CDS 650932 651636 . + 0 ID=cds-WP_003402936.1;Parent=gene-BQ2027_RS02920;Dbxref=GenBank:WP_003402936.1;Name=WP_003402936.1;Ontology_term=GO:0008168;gbkey=CDS;gene=menH;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177738.1;locus_tag=BQ2027_RS02920;product=demethylmenaquinone methyltransferase;protein_id=WP_003402936.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 651650 651988 . - . ID=gene-BQ2027_RS02925;Name=BQ2027_RS02925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02925;old_locus_tag=BQ2027_MB0574C +Chromosome Protein Homology CDS 651650 651988 . - 0 ID=cds-WP_003402937.1;Parent=gene-BQ2027_RS02925;Dbxref=GenBank:WP_003402937.1;Name=WP_003402937.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215073.1;locus_tag=BQ2027_RS02925;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003402937.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 652022 652699 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS02935;Name=menJ;gbkey=Gene;gene=menJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02935;old_locus_tag=BQ2027_MB0576C +Chromosome Protein Homology CDS 652772 653998 . - 0 ID=cds-WP_003402939.1;Parent=gene-BQ2027_RS02935;Dbxref=GenBank:WP_003402939.1;Name=WP_003402939.1;Ontology_term=GO:0009234,GO:0016627,GO:0016628;gbkey=CDS;gene=menJ;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016628||IEA;go_process=menaquinone biosynthetic process|0009234||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215075.1;locus_tag=BQ2027_RS02935;product=menaquinone reductase;protein_id=WP_003402939.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 654014 655021 . + . ID=gene-BQ2027_RS02940;Name=grcC;gbkey=Gene;gene=grcC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02940;old_locus_tag=BQ2027_MB0577 +Chromosome Protein Homology CDS 654014 655021 . + 0 ID=cds-WP_003402957.1;Parent=gene-BQ2027_RS02940;Dbxref=GenBank:WP_003402957.1;Name=WP_003402957.1;gbkey=CDS;gene=grcC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215076.1;locus_tag=BQ2027_RS02940;product=polyprenyl-diphosphate synthase GrcC;protein_id=WP_003402957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 655122 655982 . + . ID=gene-BQ2027_RS02945;Name=htpX;gbkey=Gene;gene=htpX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02945;old_locus_tag=BQ2027_MB0578 +Chromosome Protein Homology CDS 655122 655982 . + 0 ID=cds-WP_003402959.1;Parent=gene-BQ2027_RS02945;Dbxref=GenBank:WP_003402959.1;Name=WP_003402959.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004222;gbkey=CDS;gene=htpX;go_function=metalloendopeptidase activity|0004222||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215077.1;locus_tag=BQ2027_RS02945;product=zinc metalloprotease HtpX;protein_id=WP_003402959.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 656167 657192 . - . ID=gene-BQ2027_RS02950;Name=BQ2027_RS02950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02950;old_locus_tag=BQ2027_MB0579C +Chromosome Protein Homology CDS 656167 657192 . - 0 ID=cds-WP_003900965.1;Parent=gene-BQ2027_RS02950;Dbxref=GenBank:WP_003900965.1;Name=WP_003900965.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215078.1;locus_tag=BQ2027_RS02950;product=NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase;protein_id=WP_003900965.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 657253 658713 . - . ID=gene-BQ2027_RS02955;Name=BQ2027_RS02955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02955;old_locus_tag=BQ2027_MB0580C +Chromosome Protein Homology CDS 657253 658713 . - 0 ID=cds-WP_003402981.1;Parent=gene-BQ2027_RS02955;Dbxref=GenBank:WP_003402981.1;Name=WP_003402981.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0016709,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen%2C NAD(P)H as one donor%2C and incorporation of one atom of oxygen|0016709||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215079.1;locus_tag=BQ2027_RS02955;product=flavin-containing monooxygenase;protein_id=WP_003402981.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 658791 659282 . - . ID=gene-BQ2027_RS02960;Name=BQ2027_RS02960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02960;old_locus_tag=BQ2027_MB0581C +Chromosome Protein Homology CDS 658791 659282 . - 0 ID=cds-WP_003402987.1;Parent=gene-BQ2027_RS02960;Dbxref=GenBank:WP_003402987.1;Name=WP_003402987.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215080.1;locus_tag=BQ2027_RS02960;product=YajQ family cyclic di-GMP-binding protein;protein_id=WP_003402987.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 659352 659435 . + . ID=gene-BQ2027_RS02965;Name=BQ2027_RS02965;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS02965;old_locus_tag=BQ2027_TYRT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 659352 659435 . + . ID=rna-BQ2027_RS02965;Parent=gene-BQ2027_RS02965;anticodon=(pos:659386..659388);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS02965;product=tRNA-Tyr +Chromosome tRNAscan-SE exon 659352 659435 . + . ID=exon-BQ2027_RS02965-1;Parent=rna-BQ2027_RS02965;anticodon=(pos:659386..659388);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS02965;product=tRNA-Tyr +Chromosome RefSeq gene 659564 660583 . + . ID=gene-BQ2027_RS02970;Name=BQ2027_RS02970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02970;old_locus_tag=BQ2027_MB0582 +Chromosome Protein Homology CDS 659564 660583 . + 0 ID=cds-WP_003402990.1;Parent=gene-BQ2027_RS02970;Dbxref=GenBank:WP_003402990.1;Name=WP_003402990.1;Ontology_term=GO:0008171;gbkey=CDS;go_function=O-methyltransferase activity|0008171||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215081.1;locus_tag=BQ2027_RS02970;product=methyltransferase;protein_id=WP_003402990.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 660693 662111 . + . ID=gene-BQ2027_RS02975;Name=BQ2027_RS02975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02975;old_locus_tag=BQ2027_MB0583 +Chromosome Protein Homology CDS 660693 662111 . + 0 ID=cds-WP_003402992.1;Parent=gene-BQ2027_RS02975;Dbxref=GenBank:WP_003402992.1;Name=WP_003402992.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215082.1;locus_tag=BQ2027_RS02975;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003402992.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 662246 662512 . + . ID=gene-BQ2027_RS02980;Name=BQ2027_RS02980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02980;old_locus_tag=BQ2027_MB0584 +Chromosome Protein Homology CDS 662246 662512 . + 0 ID=cds-WP_003402995.1;Parent=gene-BQ2027_RS02980;Dbxref=GenBank:WP_003402995.1;Name=WP_003402995.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215083.1;locus_tag=BQ2027_RS02980;product=DUF1918 domain-containing protein;protein_id=WP_003402995.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 662538 664615 . + . ID=gene-BQ2027_RS02985;Name=nrdZ;gbkey=Gene;gene=nrdZ;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS02985;old_locus_tag=BQ2027_MB0585;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 662538 664615 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS02985;Parent=gene-BQ2027_RS02985;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0000166,GO:0004748,GO:0031419;gbkey=CDS;gene=nrdZ;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,ribonucleoside-diphosphate reductase activity%2C thioredoxin disulfide as acceptor|0004748||IEA,cobalamin binding|0031419||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215084.1;locus_tag=BQ2027_RS02985;product=adenosylcobalamin-dependent ribonucleoside-diphosphate reductase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 664729 666060 . - . ID=gene-BQ2027_RS02990;Name=BQ2027_RS02990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS02990;old_locus_tag=BQ2027_MB0586C +Chromosome Protein Homology CDS 664729 666060 . - 0 ID=cds-WP_003403001.1;Parent=gene-BQ2027_RS02990;Dbxref=GenBank:WP_003403001.1;Name=WP_003403001.1;Ontology_term=GO:0009116;gbkey=CDS;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215085.1;locus_tag=BQ2027_RS02990;product=phosphoribosyltransferase family protein;protein_id=WP_003403001.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 666284 666625 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03000;Name=BQ2027_RS03000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03000;old_locus_tag=BQ2027_MB0588C +Chromosome Protein Homology CDS 667093 668484 . - 0 ID=cds-WP_003403007.1;Parent=gene-BQ2027_RS03000;Dbxref=GenBank:WP_003403007.1;Name=WP_003403007.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215087.1;locus_tag=BQ2027_RS03000;product=nicotinate phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003403007.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 668494 669636 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03020;Name=BQ2027_RS03020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03020;old_locus_tag=BQ2027_MB0592 +Chromosome Protein Homology CDS 672409 673194 . + 0 ID=cds-WP_003403012.1;Parent=gene-BQ2027_RS03020;Dbxref=GenBank:WP_003403012.1;Name=WP_003403012.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215091.1;locus_tag=BQ2027_RS03020;product=VOC family protein;protein_id=WP_003403012.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 673239 677159 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03045;Name=vapC26;gbkey=Gene;gene=vapC26;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03045;old_locus_tag=BQ2027_MB0597 +Chromosome Protein Homology CDS 679165 679572 . + 0 ID=cds-WP_003403047.1;Parent=gene-BQ2027_RS03045;Dbxref=GenBank:WP_003403047.1;Name=WP_003403047.1;gbkey=CDS;gene=vapC26;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215096.1;locus_tag=BQ2027_RS03045;product=type II toxin-antitoxin system toxin ribonuclease C26;protein_id=WP_003403047.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 679632 680318 . - . ID=gene-BQ2027_RS03050;Name=lpqN;gbkey=Gene;gene=lpqN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03050;old_locus_tag=BQ2027_MB0598C +Chromosome Protein Homology CDS 679632 680318 . - 0 ID=cds-WP_003403052.1;Parent=gene-BQ2027_RS03050;Dbxref=GenBank:WP_003403052.1;Name=WP_003403052.1;gbkey=CDS;gene=lpqN;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215097.1;locus_tag=BQ2027_RS03050;product=LpqN/LpqT family lipoprotein;protein_id=WP_003403052.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 680472 683105 . + . ID=gene-BQ2027_RS03055;Name=BQ2027_RS03055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03055;old_locus_tag=BQ2027_MB0599 +Chromosome Protein Homology CDS 680472 683105 . + 0 ID=cds-WP_010950416.1;Parent=gene-BQ2027_RS03055;Dbxref=GenBank:WP_010950416.1;Name=WP_010950416.1;Ontology_term=GO:0016798;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on glycosyl bonds|0016798||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215098.1;locus_tag=BQ2027_RS03055;product=GH92 family glycosyl hydrolase;protein_id=WP_010950416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 683128 685515 . - . ID=gene-BQ2027_RS03060;Name=BQ2027_RS03060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03060;old_locus_tag=BQ2027_MB0600C +Chromosome Protein Homology CDS 683128 685515 . - 0 ID=cds-WP_010950417.1;Parent=gene-BQ2027_RS03060;Dbxref=GenBank:WP_010950417.1;Name=WP_010950417.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215099.1;locus_tag=BQ2027_RS03060;product=lysylphosphatidylglycerol synthase transmembrane domain-containing protein;protein_id=WP_010950417.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 685653 686375 . + . ID=gene-BQ2027_RS03065;Name=mce2R;gbkey=Gene;gene=mce2R;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03065;old_locus_tag=BQ2027_MB0601 +Chromosome Protein Homology CDS 685653 686375 . + 0 ID=cds-WP_003403065.1;Parent=gene-BQ2027_RS03065;Dbxref=GenBank:WP_003403065.1;Name=WP_003403065.1;gbkey=CDS;gene=mce2R;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215100.1;locus_tag=BQ2027_RS03065;product=FadR family transcriptional regulator Mce2R;protein_id=WP_003403065.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 686372 687169 . + . ID=gene-BQ2027_RS03070;Name=BQ2027_RS03070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03070;old_locus_tag=BQ2027_MB0602 +Chromosome Protein Homology CDS 686372 687169 . + 0 ID=cds-WP_003403095.1;Parent=gene-BQ2027_RS03070;Dbxref=GenBank:WP_003403095.1;Name=WP_003403095.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359,GO:0016020,GO:0043190;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215101.1;locus_tag=BQ2027_RS03070;product=MlaE family ABC transporter permease;protein_id=WP_003403095.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 687171 688058 . + . ID=gene-BQ2027_RS03075;Name=BQ2027_RS03075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03075;old_locus_tag=BQ2027_MB0603 +Chromosome Protein Homology CDS 687171 688058 . + 0 ID=cds-WP_003403101.1;Parent=gene-BQ2027_RS03075;Dbxref=GenBank:WP_003403101.1;Name=WP_003403101.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359,GO:0016020,GO:0043190;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215102.1;locus_tag=BQ2027_RS03075;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003403101.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 688064 689278 . + . ID=gene-BQ2027_RS03080;Name=BQ2027_RS03080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03080;old_locus_tag=BQ2027_MB0604 +Chromosome Protein Homology CDS 688064 689278 . + 0 ID=cds-WP_010950418.1;Parent=gene-BQ2027_RS03080;Dbxref=GenBank:WP_010950418.1;Name=WP_010950418.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177740.1;locus_tag=BQ2027_RS03080;product=MCE family protein;protein_id=WP_010950418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 689275 690306 . + . ID=gene-BQ2027_RS03085;Name=BQ2027_RS03085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03085;old_locus_tag=BQ2027_MB0605 +Chromosome Protein Homology CDS 689275 690306 . + 0 ID=cds-WP_003403107.1;Parent=gene-BQ2027_RS03085;Dbxref=GenBank:WP_003403107.1;Name=WP_003403107.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003873596.1;locus_tag=BQ2027_RS03085;product=MCE family protein;protein_id=WP_003403107.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 690303 691748 . + . ID=gene-BQ2027_RS03090;Name=BQ2027_RS03090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03090;old_locus_tag=BQ2027_MB0606 +Chromosome Protein Homology CDS 690303 691748 . + 0 ID=cds-WP_003403109.1;Parent=gene-BQ2027_RS03090;Dbxref=GenBank:WP_003403109.1;Name=WP_003403109.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215105.1;locus_tag=BQ2027_RS03090;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003403109.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 691745 693272 . + . ID=gene-BQ2027_RS03095;Name=BQ2027_RS03095;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03095;old_locus_tag=BQ2027_MB0607;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 691745 693272 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS03095;Parent=gene-BQ2027_RS03095;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215106.1;locus_tag=BQ2027_RS03095;product=virulence factor Mce family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 693335 694477 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03145;Name=tcrA;gbkey=Gene;gene=tcrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03145;old_locus_tag=BQ2027_MB0618C +Chromosome Protein Homology CDS 700283 700978 . - 0 ID=cds-WP_197044064.1;Parent=gene-BQ2027_RS03145;Dbxref=GenBank:WP_197044064.1;Name=WP_197044064.1;gbkey=CDS;gene=tcrA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014585072.1;locus_tag=BQ2027_RS03145;product=two-component system response regulator TcrA;protein_id=WP_197044064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 701101 701412 . + . ID=gene-BQ2027_RS03150;Name=BQ2027_RS03150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03150;old_locus_tag=BQ2027_MB0619 +Chromosome Protein Homology CDS 701101 701412 . + 0 ID=cds-WP_010950421.1;Parent=gene-BQ2027_RS03150;Dbxref=GenBank:WP_010950421.1;Name=WP_010950421.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215117.1;locus_tag=BQ2027_RS03150;product=PepSY domain-containing protein;protein_id=WP_010950421.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 701484 702434 . + . ID=gene-BQ2027_RS03155;Name=lpqO;gbkey=Gene;gene=lpqO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03155;old_locus_tag=BQ2027_MB0620 +Chromosome Protein Homology CDS 701484 702434 . + 0 ID=cds-WP_003907436.1;Parent=gene-BQ2027_RS03155;Dbxref=GenBank:WP_003907436.1;Name=WP_003907436.1;gbkey=CDS;gene=lpqO;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215118.1;locus_tag=BQ2027_RS03155;product=DUF1259 domain-containing protein;protein_id=WP_003907436.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 702487 702581 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03165;Name=tnpB;end_range=703971,.;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03165;old_locus_tag=BQ2027_MB0622;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 703261 703971 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS03165;Parent=gene-BQ2027_RS03165;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=703971,.;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217494.1;locus_tag=BQ2027_RS03165;partial=true;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 703974 704444 . + . ID=gene-BQ2027_RS03170;Name=BQ2027_RS03170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03170;old_locus_tag=BQ2027_MB0623 +Chromosome Protein Homology CDS 703974 704444 . + 0 ID=cds-WP_003898523.1;Parent=gene-BQ2027_RS03170;Dbxref=GenBank:WP_003898523.1;Name=WP_003898523.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898523.1;locus_tag=BQ2027_RS03170;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898523.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 704489 704734 . + . ID=gene-BQ2027_RS03175;Name=BQ2027_RS03175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03175;old_locus_tag=BQ2027_MB0624 +Chromosome Protein Homology CDS 704489 704734 . + 0 ID=cds-WP_003403184.1;Parent=gene-BQ2027_RS03175;Dbxref=GenBank:WP_003403184.1;Name=WP_003403184.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215122.1;locus_tag=BQ2027_RS03175;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003403184.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 704731 705132 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS20230;Name=BQ2027_RS20230;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20230;old_locus_tag=BQ2027_MB0626;partial=true;pseudo=true;start_range=.,705138 +Chromosome Protein Homology CDS 705138 705302 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20230;Parent=gene-BQ2027_RS20230;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292309.1;locus_tag=BQ2027_RS20230;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,705138;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 705520 705687 . - . ID=gene-BQ2027_RS20710;Name=BQ2027_RS20710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20710 +Chromosome Protein Homology CDS 705520 705687 . - 0 ID=cds-WP_077385191.1;Parent=gene-BQ2027_RS20710;Dbxref=GenBank:WP_077385191.1;Name=WP_077385191.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF024098.6;locus_tag=BQ2027_RS20710;product=DUF3800 domain-containing protein;protein_id=WP_077385191.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 705711 706004 . + . ID=gene-BQ2027_RS20715;Name=BQ2027_RS20715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20715 +Chromosome Protein Homology CDS 705711 706004 . + 0 ID=cds-WP_016719609.1;Parent=gene-BQ2027_RS20715;Dbxref=GenBank:WP_016719609.1;Name=WP_016719609.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016719609.1;locus_tag=BQ2027_RS20715;product=hypothetical protein;protein_id=WP_016719609.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 705997 707154 . - . ID=gene-BQ2027_RS03195;Name=BQ2027_RS03195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03195;old_locus_tag=BQ2027_MB0627C +Chromosome Protein Homology CDS 705997 707154 . - 0 ID=cds-WP_003403193.1;Parent=gene-BQ2027_RS03195;Dbxref=GenBank:WP_003403193.1;Name=WP_003403193.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215124.1;locus_tag=BQ2027_RS03195;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403193.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 707206 707427 . - . ID=gene-BQ2027_RS03200;Name=BQ2027_RS03200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03200 +Chromosome Protein Homology CDS 707206 707427 . - 0 ID=cds-WP_003898525.1;Parent=gene-BQ2027_RS03200;Dbxref=GenBank:WP_003898525.1;Name=WP_003898525.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215125.2;locus_tag=BQ2027_RS03200;product=DUF4926 domain-containing protein;protein_id=WP_003898525.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 707569 708174 . + . ID=gene-BQ2027_RS03205;Name=BQ2027_RS03205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03205;old_locus_tag=BQ2027_MB0629 +Chromosome Protein Homology CDS 707569 708174 . + 0 ID=cds-WP_003898526.1;Parent=gene-BQ2027_RS03205;Dbxref=GenBank:WP_003898526.1;Name=WP_003898526.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215126.1;locus_tag=BQ2027_RS03205;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898526.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 708193 710760 . - . ID=gene-BQ2027_RS03210;Name=BQ2027_RS03210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03210;old_locus_tag=BQ2027_MB0630C +Chromosome Protein Homology CDS 708193 710760 . - 0 ID=cds-WP_003900188.1;Parent=gene-BQ2027_RS03210;Dbxref=GenBank:WP_003900188.1;Name=WP_003900188.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215127.1;locus_tag=BQ2027_RS03210;product=SEC-C metal-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003900188.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 710844 711593 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03220;Name=BQ2027_RS03220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03220;old_locus_tag=BQ2027_MB0632 +Chromosome Protein Homology CDS 711590 711832 . + 0 ID=cds-WP_003403210.1;Parent=gene-BQ2027_RS03220;Dbxref=GenBank:WP_003403210.1;Name=WP_003403210.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215129.1;locus_tag=BQ2027_RS03220;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403210.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 711829 712095 . - . ID=gene-BQ2027_RS20720;Name=BQ2027_RS20720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20720;old_locus_tag=BQ2027_MB0633C +Chromosome Protein Homology CDS 711829 712095 . - 0 ID=cds-WP_003898530.1;Parent=gene-BQ2027_RS20720;Dbxref=GenBank:WP_003898530.1;Name=WP_003898530.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898530.1;locus_tag=BQ2027_RS20720;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898530.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 712027 712254 . + . ID=gene-BQ2027_RS03225;Name=BQ2027_RS03225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03225;old_locus_tag=BQ2027_MB0633A +Chromosome Protein Homology CDS 712027 712254 . + 0 ID=cds-WP_003403213.1;Parent=gene-BQ2027_RS03225;Dbxref=GenBank:WP_003403213.1;Name=WP_003403213.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007409270.1;locus_tag=BQ2027_RS03225;product=antitoxin VapB29;protein_id=WP_003403213.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 712251 712652 . + . ID=gene-BQ2027_RS03230;Name=vapC29;gbkey=Gene;gene=vapC29;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03230;old_locus_tag=BQ2027_MB0634 +Chromosome Protein Homology CDS 712251 712652 . + 0 ID=cds-WP_003403218.1;Parent=gene-BQ2027_RS03230;Dbxref=GenBank:WP_003403218.1;Name=WP_003403218.1;gbkey=CDS;gene=vapC29;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215131.1;locus_tag=BQ2027_RS03230;product=type II toxin-antitoxin system ribonuclease VapC29;protein_id=WP_003403218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 712883 712948 . + . ID=gene-BQ2027_RS20930;Name=BQ2027_RS20930;end_range=712948,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20930;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 712883 712948 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20930;Parent=gene-BQ2027_RS20930;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=712948,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215128.2;locus_tag=BQ2027_RS20930;partial=true;product=galactose-1-phosphate uridylyltransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 712940 713965 . + . ID=gene-BQ2027_RS03240;Name=galT;gbkey=Gene;gene=galT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03240;old_locus_tag=BQ2027_MB0635 +Chromosome Protein Homology CDS 712940 713965 . + 0 ID=cds-WP_235732379.1;Parent=gene-BQ2027_RS03240;Dbxref=GenBank:WP_235732379.1;Name=WP_235732379.1;Ontology_term=GO:0006012,GO:0008108,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=galT;go_function=UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity|0008108||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=galactose metabolic process|0006012||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292318.1;locus_tag=BQ2027_RS03240;product=galactose-1-phosphate uridylyltransferase;protein_id=WP_235732379.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 713962 715053 . + . ID=gene-BQ2027_RS03245;Name=galK;gbkey=Gene;gene=galK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03245;old_locus_tag=BQ2027_MB0636 +Chromosome Protein Homology CDS 713962 715053 . + 0 ID=cds-WP_003403225.1;Parent=gene-BQ2027_RS03245;Dbxref=GenBank:WP_003403225.1;Name=WP_003403225.1;gbkey=CDS;gene=galK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019283607.1;locus_tag=BQ2027_RS03245;product=galactokinase;protein_id=WP_003403225.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 715448 716605 . + . ID=gene-BQ2027_RS03250;Name=BQ2027_RS03250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03250;old_locus_tag=BQ2027_MB0637 +Chromosome Protein Homology CDS 715448 716605 . + 0 ID=cds-WP_003903091.1;Parent=gene-BQ2027_RS03250;Dbxref=GenBank:WP_003903091.1;Name=WP_003903091.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003403229.1;locus_tag=BQ2027_RS03250;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003903091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 716616 717563 . + . ID=gene-BQ2027_RS03255;Name=BQ2027_RS03255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03255;old_locus_tag=BQ2027_MB0638 +Chromosome Protein Homology CDS 716616 717563 . + 0 ID=cds-WP_003403232.1;Parent=gene-BQ2027_RS03255;Dbxref=GenBank:WP_003403232.1;Name=WP_003403232.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215136.2;locus_tag=BQ2027_RS03255;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003403232.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 717656 717910 . + . ID=gene-BQ2027_RS03260;Name=vapB30;gbkey=Gene;gene=vapB30;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03260;old_locus_tag=BQ2027_MB0639 +Chromosome Protein Homology CDS 717656 717910 . + 0 ID=cds-WP_003403235.1;Parent=gene-BQ2027_RS03260;Dbxref=GenBank:WP_003403235.1;Name=WP_003403235.1;gbkey=CDS;gene=vapB30;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215137.1;locus_tag=BQ2027_RS03260;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin VapB30;protein_id=WP_003403235.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 717910 718305 . + . ID=gene-BQ2027_RS03265;Name=vapC30;gbkey=Gene;gene=vapC30;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03265;old_locus_tag=BQ2027_MB0640 +Chromosome Protein Homology CDS 717910 718305 . + 0 ID=cds-WP_003403236.1;Parent=gene-BQ2027_RS03265;Dbxref=GenBank:WP_003403236.1;Name=WP_003403236.1;gbkey=CDS;gene=vapC30;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215138.1;locus_tag=BQ2027_RS03265;product=type II toxin-antitoxin system toxin ribonuclease C30;protein_id=WP_003403236.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 718399 719139 . - . ID=gene-BQ2027_RS03270;Name=BQ2027_RS03270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03270;old_locus_tag=BQ2027_MB0641C +Chromosome Protein Homology CDS 718399 719139 . - 0 ID=cds-WP_003403239.1;Parent=gene-BQ2027_RS03270;Dbxref=GenBank:WP_003403239.1;Name=WP_003403239.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215139.1;locus_tag=BQ2027_RS03270;product=TVP38/TMEM64 family protein;protein_id=WP_003403239.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 719271 719531 . + . ID=gene-BQ2027_RS03275;Name=BQ2027_RS03275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03275;old_locus_tag=BQ2027_MB0642 +Chromosome Protein Homology CDS 719271 719531 . + 0 ID=cds-WP_003403244.1;Parent=gene-BQ2027_RS03275;Dbxref=GenBank:WP_003403244.1;Name=WP_003403244.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215140.1;locus_tag=BQ2027_RS03275;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003403244.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 719528 719935 . + . ID=gene-BQ2027_RS03280;Name=BQ2027_RS03280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03280;old_locus_tag=BQ2027_MB0643 +Chromosome Protein Homology CDS 719528 719935 . + 0 ID=cds-WP_003403246.1;Parent=gene-BQ2027_RS03280;Dbxref=GenBank:WP_003403246.1;Name=WP_003403246.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215141.1;locus_tag=BQ2027_RS03280;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003403246.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 720007 721158 . - . ID=gene-BQ2027_RS03285;Name=BQ2027_RS03285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03285;old_locus_tag=BQ2027_MB0644C +Chromosome Protein Homology CDS 720007 721158 . - 0 ID=cds-WP_003403248.1;Parent=gene-BQ2027_RS03285;Dbxref=GenBank:WP_003403248.1;Name=WP_003403248.1;Ontology_term=GO:0007165;gbkey=CDS;go_process=signal transduction|0007165||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215142.1;locus_tag=BQ2027_RS03285;product=FIST signal transduction protein;protein_id=WP_003403248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 721251 722978 . - . ID=gene-BQ2027_RS03290;Name=recD;gbkey=Gene;gene=recD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03290;old_locus_tag=BQ2027_MB0645C +Chromosome Protein Homology CDS 721251 722978 . - 0 ID=cds-WP_010950423.1;Parent=gene-BQ2027_RS03290;Dbxref=GenBank:WP_010950423.1;Name=WP_010950423.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0004386,GO:0008854,GO:0009338;gbkey=CDS;gene=recD;go_component=exodeoxyribonuclease V complex|0009338||IEA;go_function=helicase activity|0004386||IEA,exodeoxyribonuclease V activity|0008854||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215143.1;locus_tag=BQ2027_RS03290;product=exodeoxyribonuclease V subunit alpha;protein_id=WP_010950423.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 722975 726258 . - . ID=gene-BQ2027_RS03295;Name=recB;gbkey=Gene;gene=recB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03295;old_locus_tag=BQ2027_MB0647C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 722975 726258 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS03295;Parent=gene-BQ2027_RS03295;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0005524,GO:0008854,GO:0009338;gbkey=CDS;gene=recB;go_component=exodeoxyribonuclease V complex|0009338||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,exodeoxyribonuclease V activity|0008854||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215144.1;locus_tag=BQ2027_RS03295;product=exodeoxyribonuclease V subunit beta;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 726258 729551 . - . ID=gene-BQ2027_RS03300;Name=recC;gbkey=Gene;gene=recC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03300;old_locus_tag=BQ2027_MB0648C +Chromosome Protein Homology CDS 726258 729551 . - 0 ID=cds-WP_010950425.1;Parent=gene-BQ2027_RS03300;Dbxref=GenBank:WP_010950425.1;Name=WP_010950425.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0008854,GO:0009338;gbkey=CDS;gene=recC;go_component=exodeoxyribonuclease V complex|0009338||IEA;go_function=exodeoxyribonuclease V activity|0008854||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215145.1;locus_tag=BQ2027_RS03300;product=exodeoxyribonuclease V subunit gamma;protein_id=WP_010950425.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 729828 730523 . - . ID=gene-BQ2027_RS03305;Name=BQ2027_RS03305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03305;old_locus_tag=BQ2027_MB0649C +Chromosome Protein Homology CDS 729828 730523 . - 0 ID=cds-WP_003403259.1;Parent=gene-BQ2027_RS03305;Dbxref=GenBank:WP_003403259.1;Name=WP_003403259.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215146.1;locus_tag=BQ2027_RS03305;product=crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein;protein_id=WP_003403259.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 730572 731402 . - . ID=gene-BQ2027_RS03310;Name=BQ2027_RS03310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03310;old_locus_tag=BQ2027_MB0650C +Chromosome Protein Homology CDS 730572 731402 . - 0 ID=cds-WP_003918105.1;Parent=gene-BQ2027_RS03310;Dbxref=GenBank:WP_003918105.1;Name=WP_003918105.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215147.1;locus_tag=BQ2027_RS03310;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003918105.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 731556 732269 . - . ID=gene-BQ2027_RS03315;Name=BQ2027_RS03315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03315;old_locus_tag=BQ2027_MB0651C +Chromosome Protein Homology CDS 731556 732269 . - 0 ID=cds-WP_003403266.1;Parent=gene-BQ2027_RS03315;Dbxref=GenBank:WP_003403266.1;Name=WP_003403266.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215148.1;locus_tag=BQ2027_RS03315;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003403266.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 732388 732600 . + . ID=gene-BQ2027_RS03320;Name=BQ2027_RS03320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03320;old_locus_tag=BQ2027_MB0652 +Chromosome Protein Homology CDS 732388 732600 . + 0 ID=cds-WP_003898537.1;Parent=gene-BQ2027_RS03320;Dbxref=GenBank:WP_003898537.1;Name=WP_003898537.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287878.1;locus_tag=BQ2027_RS03320;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003898537.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 732730 732802 . + . ID=gene-BQ2027_RS03325;Name=BQ2027_RS03325;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS03325;old_locus_tag=BQ2027_THRT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 732730 732802 . + . ID=rna-BQ2027_RS03325;Parent=gene-BQ2027_RS03325;anticodon=(pos:732763..732765);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03325;product=tRNA-Thr +Chromosome tRNAscan-SE exon 732730 732802 . + . ID=exon-BQ2027_RS03325-1;Parent=rna-BQ2027_RS03325;anticodon=(pos:732763..732765);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03325;product=tRNA-Thr +Chromosome RefSeq gene 732839 732912 . + . ID=gene-BQ2027_RS03330;Name=BQ2027_RS03330;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS03330;old_locus_tag=BQ2027_METT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 732839 732912 . + . ID=rna-BQ2027_RS03330;Parent=gene-BQ2027_RS03330;anticodon=(pos:732873..732875);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03330;product=tRNA-Met +Chromosome tRNAscan-SE exon 732839 732912 . + . ID=exon-BQ2027_RS03330-1;Parent=rna-BQ2027_RS03330;anticodon=(pos:732873..732875);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03330;product=tRNA-Met +Chromosome RefSeq gene 732948 733115 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03340;Name=hadA;gbkey=Gene;gene=hadA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03340;old_locus_tag=BQ2027_MB0654 +Chromosome Protein Homology CDS 733166 733642 . + 0 ID=cds-WP_003403277.1;Parent=gene-BQ2027_RS03340;Dbxref=GenBank:WP_003403277.1;Name=WP_003403277.1;gbkey=CDS;gene=hadA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215149.1;locus_tag=BQ2027_RS03340;product=(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA;protein_id=WP_003403277.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 733629 734057 . + . ID=gene-BQ2027_RS03345;Name=hadB;gbkey=Gene;gene=hadB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03345;old_locus_tag=BQ2027_MB0655 +Chromosome Protein Homology CDS 733629 734057 . + 0 ID=cds-WP_010950426.1;Parent=gene-BQ2027_RS03345;Dbxref=GenBank:WP_010950426.1;Name=WP_010950426.1;Ontology_term=GO:0071768;gbkey=CDS;gene=hadB;go_process=mycolic acid biosynthetic process|0071768||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215150.1;locus_tag=BQ2027_RS03345;product=(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB;protein_id=WP_010950426.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 734061 734561 . + . ID=gene-BQ2027_RS03350;Name=hadC;gbkey=Gene;gene=hadC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03350;old_locus_tag=BQ2027_MB0656 +Chromosome Protein Homology CDS 734061 734561 . + 0 ID=cds-WP_003403282.1;Parent=gene-BQ2027_RS03350;Dbxref=GenBank:WP_003403282.1;Name=WP_003403282.1;gbkey=CDS;gene=hadC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215151.1;locus_tag=BQ2027_RS03350;product=(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadC;protein_id=WP_003403282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 734760 734832 . + . ID=gene-BQ2027_RS03355;Name=BQ2027_RS03355;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS03355;old_locus_tag=BQ2027_TRPT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 734760 734832 . + . ID=rna-BQ2027_RS03355;Parent=gene-BQ2027_RS03355;anticodon=(pos:734793..734795);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03355;product=tRNA-Trp +Chromosome tRNAscan-SE exon 734760 734832 . + . ID=exon-BQ2027_RS03355-1;Parent=rna-BQ2027_RS03355;anticodon=(pos:734793..734795);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03355;product=tRNA-Trp +Chromosome RefSeq gene 734973 735458 . + . ID=gene-BQ2027_RS03360;Name=secE;gbkey=Gene;gene=secE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03360;old_locus_tag=BQ2027_MB0657 +Chromosome Protein Homology CDS 734973 735458 . + 0 ID=cds-WP_003403284.1;Parent=gene-BQ2027_RS03360;Dbxref=GenBank:WP_003403284.1;Name=WP_003403284.1;gbkey=CDS;gene=secE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177743.1;locus_tag=BQ2027_RS03360;product=preprotein translocase subunit SecE;protein_id=WP_003403284.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 735490 736206 . + . ID=gene-BQ2027_RS03365;Name=nusG;gbkey=Gene;gene=nusG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03365;old_locus_tag=BQ2027_MB0658 +Chromosome Protein Homology CDS 735490 736206 . + 0 ID=cds-WP_003403288.1;Parent=gene-BQ2027_RS03365;Dbxref=GenBank:WP_003403288.1;Name=WP_003403288.1;Ontology_term=GO:0032784;gbkey=CDS;gene=nusG;go_process=regulation of DNA-templated transcription elongation|0032784||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215153.1;locus_tag=BQ2027_RS03365;product=transcription termination/antitermination protein NusG;protein_id=WP_003403288.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 736258 736686 . + . ID=gene-BQ2027_RS03370;Name=rplK;gbkey=Gene;gene=rplK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03370;old_locus_tag=BQ2027_MB0659 +Chromosome Protein Homology CDS 736258 736686 . + 0 ID=cds-WP_003403291.1;Parent=gene-BQ2027_RS03370;Dbxref=GenBank:WP_003403291.1;Name=WP_003403291.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplK;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215154.1;locus_tag=BQ2027_RS03370;product=50S ribosomal protein L11;protein_id=WP_003403291.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 736753 737460 . + . ID=gene-BQ2027_RS03375;Name=rplA;gbkey=Gene;gene=rplA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03375;old_locus_tag=BQ2027_MB0660 +Chromosome Protein Homology CDS 736753 737460 . + 0 ID=cds-WP_010950427.1;Parent=gene-BQ2027_RS03375;Dbxref=GenBank:WP_010950427.1;Name=WP_010950427.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rplA;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215155.1;locus_tag=BQ2027_RS03375;product=50S ribosomal protein L1;protein_id=WP_010950427.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 737534 738439 . - . ID=gene-BQ2027_RS03380;Name=mmaA4;gbkey=Gene;gene=mmaA4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03380;old_locus_tag=BQ2027_MB0661C +Chromosome Protein Homology CDS 737534 738439 . - 0 ID=cds-WP_003910170.1;Parent=gene-BQ2027_RS03380;Dbxref=GenBank:WP_003910170.1;Name=WP_003910170.1;gbkey=CDS;gene=mmaA4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215156.1;locus_tag=BQ2027_RS03380;product=hydroxymycolate synthase MmaA4;protein_id=WP_003910170.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 738504 739385 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03390;Name=mmaA2;gbkey=Gene;gene=mmaA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03390;old_locus_tag=BQ2027_MB0663C +Chromosome Protein Homology CDS 739533 740396 . - 0 ID=cds-WP_003403304.1;Parent=gene-BQ2027_RS03390;Dbxref=GenBank:WP_003403304.1;Name=WP_003403304.1;gbkey=CDS;gene=mmaA2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215158.1;locus_tag=BQ2027_RS03390;product=cyclopropane mycolic acid synthase MmaA2;protein_id=WP_003403304.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 740563 741423 . - . ID=gene-BQ2027_RS03395;Name=mmaA1;gbkey=Gene;gene=mmaA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03395;old_locus_tag=BQ2027_MB0664C +Chromosome Protein Homology CDS 740563 741423 . - 0 ID=cds-WP_003403310.1;Parent=gene-BQ2027_RS03395;Dbxref=GenBank:WP_003403310.1;Name=WP_003403310.1;gbkey=CDS;gene=mmaA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215159.1;locus_tag=BQ2027_RS03395;product=mycolic acid methyltransferase MmaA1;protein_id=WP_003403310.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 741470 742375 . - . ID=gene-BQ2027_RS03400;Name=lipG;gbkey=Gene;gene=lipG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03400;old_locus_tag=BQ2027_MB0665C +Chromosome Protein Homology CDS 741470 742375 . - 0 ID=cds-WP_003403314.1;Parent=gene-BQ2027_RS03400;Dbxref=GenBank:WP_003403314.1;Name=WP_003403314.1;gbkey=CDS;gene=lipG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215160.1;locus_tag=BQ2027_RS03400;product=lipase/esterase LipG;protein_id=WP_003403314.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 742387 743733 . - . ID=gene-BQ2027_RS03405;Name=BQ2027_RS03405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03405;old_locus_tag=BQ2027_MB0666C +Chromosome Protein Homology CDS 742387 743733 . - 0 ID=cds-WP_024456092.1;Parent=gene-BQ2027_RS03405;Dbxref=GenBank:WP_024456092.1;Name=WP_024456092.1;Ontology_term=GO:0006468,GO:0004672,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=protein kinase activity|0004672||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=protein phosphorylation|0006468||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292344.1;locus_tag=BQ2027_RS03405;product=ABC1 kinase family protein;protein_id=WP_024456092.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 743939 748135 . + . ID=gene-BQ2027_RS03410;Name=BQ2027_RS03410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03410;old_locus_tag=BQ2027_MB0667 +Chromosome Protein Homology CDS 743939 748135 . + 0 ID=cds-WP_011799121.1;Parent=gene-BQ2027_RS03410;Dbxref=GenBank:WP_011799121.1;Name=WP_011799121.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013988757.1;locus_tag=BQ2027_RS03410;product=glycoside hydrolase family 38 N-terminal domain-containing protein;protein_id=WP_011799121.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 748132 748806 . + . ID=gene-BQ2027_RS03415;Name=BQ2027_RS03415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03415;old_locus_tag=BQ2027_MB0668 +Chromosome Protein Homology CDS 748132 748806 . + 0 ID=cds-WP_003403326.1;Parent=gene-BQ2027_RS03415;Dbxref=GenBank:WP_003403326.1;Name=WP_003403326.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177744.1;locus_tag=BQ2027_RS03415;product=DUF7158 domain-containing protein;protein_id=WP_003403326.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 748806 749714 . + . ID=gene-BQ2027_RS03420;Name=BQ2027_RS03420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03420;old_locus_tag=BQ2027_MB0669 +Chromosome Protein Homology CDS 748806 749714 . + 0 ID=cds-WP_003403330.1;Parent=gene-BQ2027_RS03420;Dbxref=GenBank:WP_003403330.1;Name=WP_003403330.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215164.1;locus_tag=BQ2027_RS03420;product=ROK family protein;protein_id=WP_003403330.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 750045 750581 . + . ID=gene-BQ2027_RS03425;Name=rplJ;gbkey=Gene;gene=rplJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03425;old_locus_tag=BQ2027_MB0670 +Chromosome Protein Homology CDS 750045 750581 . + 0 ID=cds-WP_003403341.1;Parent=gene-BQ2027_RS03425;Dbxref=GenBank:WP_003403341.1;Name=WP_003403341.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rplJ;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215165.1;locus_tag=BQ2027_RS03425;product=50S ribosomal protein L10;protein_id=WP_003403341.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 750618 751010 . + . ID=gene-BQ2027_RS03430;Name=rplL;gbkey=Gene;gene=rplL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03430;old_locus_tag=BQ2027_MB0671 +Chromosome Protein Homology CDS 750618 751010 . + 0 ID=cds-WP_003403353.1;Parent=gene-BQ2027_RS03430;Dbxref=GenBank:WP_003403353.1;Name=WP_003403353.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplL;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215166.1;locus_tag=BQ2027_RS03430;product=50S ribosomal protein L7/L12;protein_id=WP_003403353.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 751003 751698 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03440;Name=BQ2027_RS03440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03440;old_locus_tag=BQ2027_MB0673 +Chromosome Protein Homology CDS 751769 753274 . + 0 ID=cds-WP_003403360.1;Parent=gene-BQ2027_RS03440;Dbxref=GenBank:WP_003403360.1;Name=WP_003403360.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215168.1;locus_tag=BQ2027_RS03440;product=carotenoid cleavage oxygenase;protein_id=WP_003403360.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 753355 754365 . + . ID=gene-BQ2027_RS03445;Name=mkl;gbkey=Gene;gene=mkl;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03445;old_locus_tag=BQ2027_MB0674 +Chromosome Protein Homology CDS 753355 754365 . + 0 ID=cds-WP_003911248.1;Parent=gene-BQ2027_RS03445;Dbxref=GenBank:WP_003911248.1;Name=WP_003911248.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;gene=mkl;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911248.1;locus_tag=BQ2027_RS03445;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003911248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 754753 755136 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03485;Name=atsD;gbkey=Gene;gene=atsD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03485;old_locus_tag=BQ2027_MB0682 +Chromosome Protein Homology CDS 757906 760269 . + 0 ID=cds-WP_003403397.1;Parent=gene-BQ2027_RS03485;Dbxref=GenBank:WP_003403397.1;Name=WP_003403397.1;gbkey=CDS;gene=atsD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215177.1;locus_tag=BQ2027_RS03485;product=arylsulfatase AtsD;protein_id=WP_003403397.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 760332 760658 . + . ID=gene-BQ2027_RS03490;Name=BQ2027_RS03490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03490;old_locus_tag=BQ2027_MB0683 +Chromosome Protein Homology CDS 760332 760658 . + 0 ID=cds-WP_003403401.1;Parent=gene-BQ2027_RS03490;Dbxref=GenBank:WP_003403401.1;Name=WP_003403401.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:TIGR01552.1;locus_tag=BQ2027_RS03490;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003403401.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 760570 760908 . + . ID=gene-BQ2027_RS03495;Name=BQ2027_RS03495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03495;old_locus_tag=BQ2027_MB0684 +Chromosome Protein Homology CDS 760570 760908 . + 0 ID=cds-WP_003403405.1;Parent=gene-BQ2027_RS03495;Dbxref=GenBank:WP_003403405.1;Name=WP_003403405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215179.1;locus_tag=BQ2027_RS03495;product=PIN domain-containing protein;protein_id=WP_003403405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 760905 761078 . + . ID=gene-BQ2027_RS03500;Name=BQ2027_RS03500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03500;old_locus_tag=BQ2027_MB0685 +Chromosome Protein Homology CDS 760905 761078 . + 0 ID=cds-WP_003898549.1;Parent=gene-BQ2027_RS03500;Dbxref=GenBank:WP_003898549.1;Name=WP_003898549.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215180.1;locus_tag=BQ2027_RS03500;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898549.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 761576 765094 . + . ID=gene-BQ2027_RS03505;Name=rpoB;gbkey=Gene;gene=rpoB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03505;old_locus_tag=BQ2027_MB0686 +Chromosome Protein Homology CDS 761576 765094 . + 0 ID=cds-WP_003900992.1;Parent=gene-BQ2027_RS03505;Dbxref=GenBank:WP_003900992.1;Name=WP_003900992.1;Ontology_term=GO:0006351,GO:0003677,GO:0003899,GO:0032549;gbkey=CDS;gene=rpoB;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA,ribonucleoside binding|0032549||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215181.1;locus_tag=BQ2027_RS03505;product=DNA-directed RNA polymerase subunit beta;protein_id=WP_003900992.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 765139 769089 . + . ID=gene-BQ2027_RS03510;Name=rpoC;gbkey=Gene;gene=rpoC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03510;old_locus_tag=BQ2027_MB0687 +Chromosome Protein Homology CDS 765139 769089 . + 0 ID=cds-WP_003403413.1;Parent=gene-BQ2027_RS03510;Dbxref=GenBank:WP_003403413.1;Name=WP_003403413.1;Ontology_term=GO:0006351,GO:0003677,GO:0003899;gbkey=CDS;gene=rpoC;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003892756.1;locus_tag=BQ2027_RS03510;product=DNA-directed RNA polymerase subunit beta';protein_id=WP_003403413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 769166 769466 . + . ID=gene-BQ2027_RS20725;Name=BQ2027_RS20725;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20725;partial=true;pseudo=true;start_range=.,769166 +Chromosome Protein Homology CDS 769166 769466 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20725;Parent=gene-BQ2027_RS20725;Note=frameshifted%3B internal stop%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014585402.1;locus_tag=BQ2027_RS20725;partial=true;product=amidase family protein;pseudo=true;start_range=.,769166;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 769453 771366 . - . ID=gene-BQ2027_RS03520;Name=BQ2027_RS03520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03520;old_locus_tag=BQ2027_MB0688C +Chromosome Protein Homology CDS 769453 771366 . - 0 ID=cds-WP_010950430.1;Parent=gene-BQ2027_RS03520;Dbxref=GenBank:WP_010950430.1;Name=WP_010950430.1;Ontology_term=GO:0046514,GO:0017040;gbkey=CDS;go_function=N-acylsphingosine amidohydrolase activity|0017040||IEA;go_process=ceramide catabolic process|0046514||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215183.1;locus_tag=BQ2027_RS03520;product=neutral ceramidase;protein_id=WP_010950430.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 771561 772319 . + . ID=gene-BQ2027_RS03525;Name=end;gbkey=Gene;gene=end;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03525;old_locus_tag=BQ2027_MB0689 +Chromosome Protein Homology CDS 771561 772319 . + 0 ID=cds-WP_003403419.1;Parent=gene-BQ2027_RS03525;Dbxref=GenBank:WP_003403419.1;Name=WP_003403419.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0003677,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=end;go_function=DNA binding|0003677||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215184.1;locus_tag=BQ2027_RS03525;product=deoxyribonuclease IV;protein_id=WP_003403419.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 772351 773193 . + . ID=gene-BQ2027_RS03530;Name=lpqP;gbkey=Gene;gene=lpqP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03530;old_locus_tag=BQ2027_MB0690 +Chromosome Protein Homology CDS 772351 773193 . + 0 ID=cds-WP_003403421.1;Parent=gene-BQ2027_RS03530;Dbxref=GenBank:WP_003403421.1;Name=WP_003403421.1;Ontology_term=GO:0052689;gbkey=CDS;gene=lpqP;go_function=carboxylic ester hydrolase activity|0052689||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215185.1;locus_tag=BQ2027_RS03530;product=alpha/beta hydrolase family esterase;protein_id=WP_003403421.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 773253 774881 . + . ID=gene-BQ2027_RS03535;Name=BQ2027_RS03535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03535;old_locus_tag=BQ2027_MB0691 +Chromosome Protein Homology CDS 773253 774881 . + 0 ID=cds-WP_003403423.1;Parent=gene-BQ2027_RS03535;Dbxref=GenBank:WP_003403423.1;Name=WP_003403423.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215186.1;locus_tag=BQ2027_RS03535;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003403423.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 774892 775830 . + . ID=gene-BQ2027_RS03540;Name=BQ2027_RS03540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03540;old_locus_tag=BQ2027_MB0692 +Chromosome Protein Homology CDS 774892 775830 . + 0 ID=cds-WP_003403426.1;Parent=gene-BQ2027_RS03540;Dbxref=GenBank:WP_003403426.1;Name=WP_003403426.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215187.1;locus_tag=BQ2027_RS03540;product=crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein;protein_id=WP_003403426.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 775833 776555 . + . ID=gene-BQ2027_RS03545;Name=BQ2027_RS03545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03545;old_locus_tag=BQ2027_MB0693 +Chromosome Protein Homology CDS 775833 776555 . + 0 ID=cds-WP_003403429.1;Parent=gene-BQ2027_RS03545;Dbxref=GenBank:WP_003403429.1;Name=WP_003403429.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215188.1;locus_tag=BQ2027_RS03545;product=PaaX family transcriptional regulator C-terminal domain-containing protein;protein_id=WP_003403429.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 776552 777343 . + . ID=gene-BQ2027_RS03550;Name=BQ2027_RS03550;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03550;old_locus_tag=BQ2027_MB0694 +Chromosome Protein Homology CDS 776552 777343 . + 0 ID=cds-WP_003403433.1;Parent=gene-BQ2027_RS03550;Dbxref=GenBank:WP_003403433.1;Name=WP_003403433.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177745.1;locus_tag=BQ2027_RS03550;product=crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein;protein_id=WP_003403433.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 777355 780249 . - . ID=gene-BQ2027_RS03555;Name=mmpL5;gbkey=Gene;gene=mmpL5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03555;old_locus_tag=BQ2027_MB0695C +Chromosome Protein Homology CDS 777355 780249 . - 0 ID=cds-WP_003900997.1;Parent=gene-BQ2027_RS03555;Dbxref=GenBank:WP_003900997.1;Name=WP_003900997.1;gbkey=CDS;gene=mmpL5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215190.1;locus_tag=BQ2027_RS03555;product=siderophore RND transporter MmpL5;protein_id=WP_003900997.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 780246 780674 . - . ID=gene-BQ2027_RS03560;Name=mmpS5;gbkey=Gene;gene=mmpS5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03560;old_locus_tag=BQ2027_MB0696C +Chromosome Protein Homology CDS 780246 780674 . - 0 ID=cds-WP_003403439.1;Parent=gene-BQ2027_RS03560;Dbxref=GenBank:WP_003403439.1;Name=WP_003403439.1;gbkey=CDS;gene=mmpS5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215191.1;locus_tag=BQ2027_RS03560;product=siderophore transporter accessory protein MmpS5;protein_id=WP_003403439.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 780759 781256 . + . ID=gene-BQ2027_RS03565;Name=mmpR5;gbkey=Gene;gene=mmpR5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03565;old_locus_tag=BQ2027_MB0697 +Chromosome Protein Homology CDS 780759 781256 . + 0 ID=cds-WP_003403442.1;Parent=gene-BQ2027_RS03565;Dbxref=GenBank:WP_003403442.1;Name=WP_003403442.1;gbkey=CDS;gene=mmpR5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215192.1;locus_tag=BQ2027_RS03565;product=siderophore transport transcriptional regulator MmpR5;protein_id=WP_003403442.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 781312 781809 . - . ID=gene-BQ2027_RS03570;Name=BQ2027_RS03570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03570;old_locus_tag=BQ2027_MB0698C +Chromosome Protein Homology CDS 781312 781809 . - 0 ID=cds-WP_003403446.1;Parent=gene-BQ2027_RS03570;Dbxref=GenBank:WP_003403446.1;Name=WP_003403446.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215193.1;locus_tag=BQ2027_RS03570;product=DUF3060 domain-containing protein;protein_id=WP_003403446.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 781811 782185 . - . ID=gene-BQ2027_RS03575;Name=BQ2027_RS03575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03575;old_locus_tag=BQ2027_MB0699C +Chromosome Protein Homology CDS 781811 782185 . - 0 ID=cds-WP_003403448.1;Parent=gene-BQ2027_RS03575;Dbxref=GenBank:WP_003403448.1;Name=WP_003403448.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215194.1;locus_tag=BQ2027_RS03575;product=DUF3060 domain-containing protein;protein_id=WP_003403448.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 782490 783080 . + . ID=gene-BQ2027_RS03580;Name=BQ2027_RS03580;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03580;old_locus_tag=BQ2027_MB0700 +Chromosome Protein Homology CDS 782490 783080 . + 0 ID=cds-WP_003403451.1;Parent=gene-BQ2027_RS03580;Dbxref=GenBank:WP_003403451.1;Name=WP_003403451.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0045892,GO:0046677,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA,negative regulation of DNA-templated transcription|0045892||IEA,response to antibiotic|0046677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215195.1;locus_tag=BQ2027_RS03580;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003403451.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 783329 783703 . + . ID=gene-BQ2027_RS03585;Name=rpsL;gbkey=Gene;gene=rpsL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03585;old_locus_tag=BQ2027_MB0701 +Chromosome Protein Homology CDS 783329 783703 . + 0 ID=cds-WP_003403453.1;Parent=gene-BQ2027_RS03585;Dbxref=GenBank:WP_003403453.1;Name=WP_003403453.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015935;gbkey=CDS;gene=rpsL;go_component=small ribosomal subunit|0015935||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215196.1;locus_tag=BQ2027_RS03585;product=30S ribosomal protein S12;protein_id=WP_003403453.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 783703 784173 . + . ID=gene-BQ2027_RS03590;Name=rpsG;gbkey=Gene;gene=rpsG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03590;old_locus_tag=BQ2027_MB0702 +Chromosome Protein Homology CDS 783703 784173 . + 0 ID=cds-WP_003403456.1;Parent=gene-BQ2027_RS03590;Dbxref=GenBank:WP_003403456.1;Name=WP_003403456.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015935;gbkey=CDS;gene=rpsG;go_component=small ribosomal subunit|0015935||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012084986.1;locus_tag=BQ2027_RS03590;product=30S ribosomal protein S7;protein_id=WP_003403456.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 784254 786359 . + . ID=gene-BQ2027_RS03595;Name=fusA;gbkey=Gene;gene=fusA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03595;old_locus_tag=BQ2027_MB0703 +Chromosome Protein Homology CDS 784254 786359 . + 0 ID=cds-WP_003898554.1;Parent=gene-BQ2027_RS03595;Dbxref=GenBank:WP_003898554.1;Name=WP_003898554.1;Ontology_term=GO:0006414,GO:0003746,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=fusA;go_function=translation elongation factor activity|0003746||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=translational elongation|0006414||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177746.1;locus_tag=BQ2027_RS03595;product=elongation factor G;protein_id=WP_003898554.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 786590 787780 . + . ID=gene-BQ2027_RS03600;Name=tuf;gbkey=Gene;gene=tuf;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03600;old_locus_tag=BQ2027_MB0704 +Chromosome Protein Homology CDS 786590 787780 . + 0 ID=cds-WP_003403463.1;Parent=gene-BQ2027_RS03600;Dbxref=GenBank:WP_003403463.1;Name=WP_003403463.1;Ontology_term=GO:0006414,GO:0003746,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=tuf;go_function=translation elongation factor activity|0003746||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=translational elongation|0006414||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005055596.1;locus_tag=BQ2027_RS03600;product=elongation factor Tu;protein_id=WP_003403463.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 787918 788715 . + . ID=gene-BQ2027_RS03605;Name=BQ2027_RS03605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03605;old_locus_tag=BQ2027_MB0705 +Chromosome Protein Homology CDS 787918 788715 . + 0 ID=cds-WP_010950431.1;Parent=gene-BQ2027_RS03605;Dbxref=GenBank:WP_010950431.1;Name=WP_010950431.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215200.1;locus_tag=BQ2027_RS03605;product=SHOCT domain-containing protein;protein_id=WP_010950431.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 788868 789695 . + . ID=gene-BQ2027_RS03610;Name=BQ2027_RS03610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03610;old_locus_tag=BQ2027_MB0706 +Chromosome Protein Homology CDS 788868 789695 . + 0 ID=cds-WP_003403468.1;Parent=gene-BQ2027_RS03610;Dbxref=GenBank:WP_003403468.1;Name=WP_003403468.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215201.1;locus_tag=BQ2027_RS03610;product=Rv0687 family mycofactocin-dependent SDR oxidoreductase;protein_id=WP_003403468.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 789709 790929 . + . ID=gene-BQ2027_RS03615;Name=BQ2027_RS03615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03615;old_locus_tag=BQ2027_MB0707 +Chromosome Protein Homology CDS 789709 790929 . + 0 ID=cds-WP_003901000.1;Parent=gene-BQ2027_RS03615;Dbxref=GenBank:WP_003901000.1;Name=WP_003901000.1;Ontology_term=GO:0000166,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215202.1;locus_tag=BQ2027_RS03615;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003901000.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 790926 791180 . - . ID=gene-BQ2027_RS03620;Name=BQ2027_RS03620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03620;old_locus_tag=BQ2027_MB0708C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 790926 791180 . - 0 ID=cds-WP_003403474.1;Parent=gene-BQ2027_RS03620;Dbxref=GenBank:WP_003403474.1;Name=WP_003403474.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS03620;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403474.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 791793 792842 . - . ID=gene-BQ2027_RS03625;Name=BQ2027_RS03625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03625;old_locus_tag=BQ2027_MB0709C +Chromosome Protein Homology CDS 791793 792842 . - 0 ID=cds-WP_003403477.1;Parent=gene-BQ2027_RS03625;Dbxref=GenBank:WP_003403477.1;Name=WP_003403477.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215204.1;locus_tag=BQ2027_RS03625;product=DUF2332 domain-containing protein;protein_id=WP_003403477.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 792839 793435 . - . ID=gene-BQ2027_RS03630;Name=mftR;gbkey=Gene;gene=mftR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03630;old_locus_tag=BQ2027_MB0710C +Chromosome Protein Homology CDS 792839 793435 . - 0 ID=cds-WP_003403482.1;Parent=gene-BQ2027_RS03630;Dbxref=GenBank:WP_003403482.1;Name=WP_003403482.1;Note=MftR%2C the mycofactocin system transcriptional regulator%2C is an uncharacterized TetR family DNA-binding transcription factor. Its role is inferred by context. It occurs as part of the biosynthesis locus for mycofactocin%2C a partially characterized electron carrier derived from the terminal Val-Tyr dipeptide of the precursor peptide MftA%2C through a radical SAM enzyme-mediated process.;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700,GO:0036042;gbkey=CDS;gene=mftR;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,long-chain fatty acyl-CoA binding|0036042||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215205.1;locus_tag=BQ2027_RS03630;product=mycofactocin system transcriptional regulator;protein_id=WP_003403482.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 793526 793615 . + . ID=gene-BQ2027_RS03635;Name=mftA;gbkey=Gene;gene=mftA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03635 +Chromosome Protein Homology CDS 793526 793615 . + 0 ID=cds-WP_003403483.1;Parent=gene-BQ2027_RS03635;Dbxref=GenBank:WP_003403483.1;Name=WP_003403483.1;Note=Mycofactocin is a small molecule electron carrier derived from the final two amino acids%2C Val-Tyr%2C of MftA%2C the mycofactocin precursor. It plays a role in redox homeostasis and the metabolism of alcohols and aldehydes in Actinobacteria%2C including Mycobacterium tuberculosis.;Ontology_term=GO:0140604,GO:0009055;gbkey=CDS;gene=mftA;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA;go_process=mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007409348.2;locus_tag=BQ2027_RS03635;product=mycofactocin precursor MftA;protein_id=WP_003403483.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 793600 793929 . + . ID=gene-BQ2027_RS03640;Name=mftB;gbkey=Gene;gene=mftB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03640;old_locus_tag=BQ2027_MB0711 +Chromosome Protein Homology CDS 793600 793929 . + 0 ID=cds-WP_003403486.1;Parent=gene-BQ2027_RS03640;Dbxref=GenBank:WP_003403486.1;Name=WP_003403486.1;Note=MftB%2C a small protein%2C is a peptide chaperone that assists the radical SAM enzyme MftC in performing two modifications to the C-terminal Val-Tyr dipeptide of the mycofactocin precursor peptide%2C MftA. MftB's role is analogous to the role of PqqD in the biosynthesis of PQQ%2C a cofactor that derives entirely from a Tyr and a Glu in the precursor PqqA.;Ontology_term=GO:0140604,GO:0042277;gbkey=CDS;gene=mftB;go_function=peptide binding|0042277||IEA;go_process=mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215206.1;locus_tag=BQ2027_RS03640;product=mycofactocin biosynthesis chaperone MftB;protein_id=WP_003403486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 793926 795101 . + . ID=gene-BQ2027_RS03645;Name=mftC;gbkey=Gene;gene=mftC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03645;old_locus_tag=BQ2027_MB0712 +Chromosome Protein Homology CDS 793926 795101 . + 0 ID=cds-WP_003403490.1;Parent=gene-BQ2027_RS03645;Dbxref=GenBank:WP_003403490.1;Name=WP_003403490.1;Note=MftC is a radical SAM/SPASM enzyme that catalyzes the first two steps in biosynthesis of the electron carrier mycofactocin from the terminal Val-Tyr dipeptide of the precursor peptide MftA.;Ontology_term=GO:0031179,GO:0140604,GO:0051539;gbkey=CDS;gene=mftC;go_function=4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;go_process=peptide modification|0031179||IEA,mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215207.1;locus_tag=BQ2027_RS03645;product=mycofactocin radical SAM maturase;protein_id=WP_003403490.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 795104 796294 . + . ID=gene-BQ2027_RS03650;Name=mftD;gbkey=Gene;gene=mftD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03650;old_locus_tag=BQ2027_MB0713 +Chromosome Protein Homology CDS 795104 796294 . + 0 ID=cds-WP_003898557.1;Parent=gene-BQ2027_RS03650;Dbxref=GenBank:WP_003898557.1;Name=WP_003898557.1;Note=MftD%2C an enzyme found in the mycofactocin biosynthesis locus%2C performs an oxidative deamination of 3-amino-5-[(p-hydroxyphenyl)methyl]-4%2C4-dimethyl-2-pyrrolidinone (AHDP). The resulting compound%2C now called pre-mycofactocin (PMFT)%2C is a biologically active redox cofactor that can oxidize the non-exchangeable NADH of TIGR03971 family SDR-type oxidoreductases.;Ontology_term=GO:0140604;gbkey=CDS;gene=mftD;go_process=mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215208.1;locus_tag=BQ2027_RS03650;product=pre-mycofactocin synthase MftD;protein_id=WP_003898557.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 796484 797239 . + . ID=gene-BQ2027_RS03655;Name=mftE;gbkey=Gene;gene=mftE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03655;old_locus_tag=BQ2027_MB0714 +Chromosome Protein Homology CDS 796484 797239 . + 0 ID=cds-WP_003403497.1;Parent=gene-BQ2027_RS03655;Dbxref=GenBank:WP_003403497.1;Name=WP_003403497.1;Ontology_term=GO:0140604;gbkey=CDS;gene=mftE;go_process=mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215209.1;locus_tag=BQ2027_RS03655;product=mycofactocin biosynthesis peptidyl-dipeptidase MftE;protein_id=WP_003403497.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 797288 798700 . + . ID=gene-BQ2027_RS03660;Name=mftF;gbkey=Gene;gene=mftF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03660;old_locus_tag=BQ2027_MB0715 +Chromosome Protein Homology CDS 797288 798700 . + 0 ID=cds-WP_003403501.1;Parent=gene-BQ2027_RS03660;Dbxref=GenBank:WP_003403501.1;Name=WP_003403501.1;Note=Members of this protein family%2C MftF%2C are glycosyltransferases%2C members of PF00535 (glycosyl transferase family 2). The encoding gene is found as part of the mycofactocin cassette%2C in Mycobacterium tuberculosis%2C many other Actinobacteria%2C and occasional members of other lineages. Mycofactocin itself%2C a putative redox carrier%2C is a heavily modified derivative of the C-terminal Val-Tyr dipeptide of the mycofactocin precursor MftA (TIGR03969).;Ontology_term=GO:0140604,GO:0016740;gbkey=CDS;gene=mftF;go_function=transferase activity|0016740||IEA;go_process=mycofactocin biosynthetic process|0140604||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215210.1;locus_tag=BQ2027_RS03660;product=mycofactocin biosynthesis glycosyltransferase MftF;protein_id=WP_003403501.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 798702 800141 . + . ID=gene-BQ2027_RS03665;Name=mftG;gbkey=Gene;gene=mftG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03665;old_locus_tag=BQ2027_MB0716 +Chromosome Protein Homology CDS 798702 800141 . + 0 ID=cds-WP_003403503.1;Parent=gene-BQ2027_RS03665;Dbxref=GenBank:WP_003403503.1;Name=WP_003403503.1;Ontology_term=GO:0016614;gbkey=CDS;gene=mftG;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on CH-OH group of donors|0016614||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215211.1;locus_tag=BQ2027_RS03665;product=mycofactocin dehydrogenase MftG;protein_id=WP_003403503.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 800417 800563 . + . ID=gene-BQ2027_RS03670;Name=BQ2027_RS03670;end_range=800563,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03670;partial=true;pseudo=true;start_range=.,800417 +Chromosome Protein Homology CDS 800417 800563 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS03670;Parent=gene-BQ2027_RS03670;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=800563,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_032491516.1;locus_tag=BQ2027_RS03670;partial=true;product=transposase;pseudo=true;start_range=.,800417;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 801397 801618 . + . ID=gene-BQ2027_RS03675;Name=BQ2027_RS03675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03675;old_locus_tag=BQ2027_MB0719 +Chromosome Protein Homology CDS 801397 801618 . + 0 ID=cds-WP_003403569.1;Parent=gene-BQ2027_RS03675;Dbxref=GenBank:WP_003403569.1;Name=WP_003403569.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215213.1;locus_tag=BQ2027_RS03675;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403569.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 801872 802102 . - . ID=gene-BQ2027_RS20240;Name=BQ2027_RS20240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20240 +Chromosome Protein Homology CDS 801872 802102 . - 0 ID=cds-WP_003403573.1;Parent=gene-BQ2027_RS20240;Dbxref=GenBank:WP_003403573.1;Name=WP_003403573.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003403573.1;locus_tag=BQ2027_RS20240;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403573.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 802255 802560 . + . ID=gene-BQ2027_RS03680;Name=rpsJ;gbkey=Gene;gene=rpsJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03680;old_locus_tag=BQ2027_MB0720 +Chromosome Protein Homology CDS 802255 802560 . + 0 ID=cds-WP_003403578.1;Parent=gene-BQ2027_RS03680;Dbxref=GenBank:WP_003403578.1;Name=WP_003403578.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsJ;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009948626.1;locus_tag=BQ2027_RS03680;product=30S ribosomal protein S10;protein_id=WP_003403578.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 802577 803230 . + . ID=gene-BQ2027_RS03685;Name=rplC;gbkey=Gene;gene=rplC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03685;old_locus_tag=BQ2027_MB0721 +Chromosome Protein Homology CDS 802577 803230 . + 0 ID=cds-WP_003403579.1;Parent=gene-BQ2027_RS03685;Dbxref=GenBank:WP_003403579.1;Name=WP_003403579.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplC;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215215.1;locus_tag=BQ2027_RS03685;product=50S ribosomal protein L3;protein_id=WP_003403579.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 803230 803901 . + . ID=gene-BQ2027_RS03690;Name=rplD;gbkey=Gene;gene=rplD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03690;old_locus_tag=BQ2027_MB0722 +Chromosome Protein Homology CDS 803230 803901 . + 0 ID=cds-WP_003403580.1;Parent=gene-BQ2027_RS03690;Dbxref=GenBank:WP_003403580.1;Name=WP_003403580.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0022625;gbkey=CDS;gene=rplD;go_component=cytosolic large ribosomal subunit|0022625||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215216.1;locus_tag=BQ2027_RS03690;product=50S ribosomal protein L4;protein_id=WP_003403580.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 803901 804203 . + . ID=gene-BQ2027_RS03695;Name=rplW;gbkey=Gene;gene=rplW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03695;old_locus_tag=BQ2027_MB0723 +Chromosome Protein Homology CDS 803901 804203 . + 0 ID=cds-WP_003403581.1;Parent=gene-BQ2027_RS03695;Dbxref=GenBank:WP_003403581.1;Name=WP_003403581.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplW;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215217.1;locus_tag=BQ2027_RS03695;product=50S ribosomal protein L23;protein_id=WP_003403581.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 804350 805192 . + . ID=gene-BQ2027_RS03700;Name=rplB;gbkey=Gene;gene=rplB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03700;old_locus_tag=BQ2027_MB0724 +Chromosome Protein Homology CDS 804350 805192 . + 0 ID=cds-WP_003403582.1;Parent=gene-BQ2027_RS03700;Dbxref=GenBank:WP_003403582.1;Name=WP_003403582.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0016740,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rplB;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA,transferase activity|0016740||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215218.1;locus_tag=BQ2027_RS03700;product=50S ribosomal protein L2;protein_id=WP_003403582.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 805233 805514 . + . ID=gene-BQ2027_RS03705;Name=rpsS;gbkey=Gene;gene=rpsS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03705;old_locus_tag=BQ2027_MB0725 +Chromosome Protein Homology CDS 805233 805514 . + 0 ID=cds-WP_003403584.1;Parent=gene-BQ2027_RS03705;Dbxref=GenBank:WP_003403584.1;Name=WP_003403584.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015935;gbkey=CDS;gene=rpsS;go_component=small ribosomal subunit|0015935||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215219.1;locus_tag=BQ2027_RS03705;product=30S ribosomal protein S19;protein_id=WP_003403584.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 805511 806104 . + . ID=gene-BQ2027_RS03710;Name=rplV;gbkey=Gene;gene=rplV;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03710;old_locus_tag=BQ2027_MB0726 +Chromosome Protein Homology CDS 805511 806104 . + 0 ID=cds-WP_003403587.1;Parent=gene-BQ2027_RS03710;Dbxref=GenBank:WP_003403587.1;Name=WP_003403587.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rplV;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215220.1;locus_tag=BQ2027_RS03710;product=50S ribosomal protein L22;protein_id=WP_003403587.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 806104 806928 . + . ID=gene-BQ2027_RS03715;Name=rpsC;gbkey=Gene;gene=rpsC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03715;old_locus_tag=BQ2027_MB0727 +Chromosome Protein Homology CDS 806104 806928 . + 0 ID=cds-WP_003403590.1;Parent=gene-BQ2027_RS03715;Dbxref=GenBank:WP_003403590.1;Name=WP_003403590.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735;gbkey=CDS;gene=rpsC;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215221.1;locus_tag=BQ2027_RS03715;product=30S ribosomal protein S3;protein_id=WP_003403590.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 806932 807348 . + . ID=gene-BQ2027_RS03720;Name=rplP;gbkey=Gene;gene=rplP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03720;old_locus_tag=BQ2027_MB0728 +Chromosome Protein Homology CDS 806932 807348 . + 0 ID=cds-WP_003403592.1;Parent=gene-BQ2027_RS03720;Dbxref=GenBank:WP_003403592.1;Name=WP_003403592.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0019843;gbkey=CDS;gene=rplP;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA,rRNA binding|0019843||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215222.1;locus_tag=BQ2027_RS03720;product=50S ribosomal protein L16;protein_id=WP_003403592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 807348 807581 . + . ID=gene-BQ2027_RS03725;Name=rpmC;gbkey=Gene;gene=rpmC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03725;old_locus_tag=BQ2027_MB0729 +Chromosome Protein Homology CDS 807348 807581 . + 0 ID=cds-WP_003403594.1;Parent=gene-BQ2027_RS03725;Dbxref=GenBank:WP_003403594.1;Name=WP_003403594.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmC;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215223.1;locus_tag=BQ2027_RS03725;product=50S ribosomal protein L29;protein_id=WP_003403594.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 807578 807988 . + . ID=gene-BQ2027_RS03730;Name=rpsQ;gbkey=Gene;gene=rpsQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03730;old_locus_tag=BQ2027_MB0730 +Chromosome Protein Homology CDS 807578 807988 . + 0 ID=cds-WP_003403596.1;Parent=gene-BQ2027_RS03730;Dbxref=GenBank:WP_003403596.1;Name=WP_003403596.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsQ;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215224.1;locus_tag=BQ2027_RS03730;product=30S ribosomal protein S17;protein_id=WP_003403596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 808157 810520 . + . ID=gene-BQ2027_RS03735;Name=atsA;gbkey=Gene;gene=atsA;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03735;old_locus_tag=BQ2027_MB0732;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 808157 810520 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS03735;Parent=gene-BQ2027_RS03735;Note=internal stop;gbkey=CDS;gene=atsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215225.1;locus_tag=BQ2027_RS03735;product=arylsulfatase AtsA;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 810568 811467 . + . ID=gene-BQ2027_RS03740;Name=BQ2027_RS03740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03740;old_locus_tag=BQ2027_MB0733 +Chromosome Protein Homology CDS 810568 811467 . + 0 ID=cds-WP_003403610.1;Parent=gene-BQ2027_RS03740;Dbxref=GenBank:WP_003403610.1;Name=WP_003403610.1;Ontology_term=GO:0016670,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on a sulfur group of donors%2C oxygen as acceptor|0016670||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215226.1;locus_tag=BQ2027_RS03740;product=formylglycine-generating enzyme family protein;protein_id=WP_003403610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 811768 812709 . + . ID=gene-BQ2027_RS03745;Name=BQ2027_RS03745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03745;old_locus_tag=BQ2027_MB0734 +Chromosome Protein Homology CDS 811768 812709 . + 0 ID=cds-WP_003898562.1;Parent=gene-BQ2027_RS03745;Dbxref=GenBank:WP_003898562.1;Name=WP_003898562.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215227.1;locus_tag=BQ2027_RS03745;product=DUF4436 domain-containing protein;protein_id=WP_003898562.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 813195 813563 . + . ID=gene-BQ2027_RS03750;Name=rplN;gbkey=Gene;gene=rplN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03750;old_locus_tag=BQ2027_MB0735 +Chromosome Protein Homology CDS 813195 813563 . + 0 ID=cds-WP_003403649.1;Parent=gene-BQ2027_RS03750;Dbxref=GenBank:WP_003403649.1;Name=WP_003403649.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rplN;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007073026.1;locus_tag=BQ2027_RS03750;product=50S ribosomal protein L14;protein_id=WP_003403649.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 813564 813881 . + . ID=gene-BQ2027_RS03755;Name=rplX;gbkey=Gene;gene=rplX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03755;old_locus_tag=BQ2027_MB0736 +Chromosome Protein Homology CDS 813564 813881 . + 0 ID=cds-WP_003403654.1;Parent=gene-BQ2027_RS03755;Dbxref=GenBank:WP_003403654.1;Name=WP_003403654.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplX;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215229.1;locus_tag=BQ2027_RS03755;product=50S ribosomal protein L24;protein_id=WP_003403654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 813881 814444 . + . ID=gene-BQ2027_RS03760;Name=rplE;gbkey=Gene;gene=rplE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03760;old_locus_tag=BQ2027_MB0737 +Chromosome Protein Homology CDS 813881 814444 . + 0 ID=cds-WP_003403660.1;Parent=gene-BQ2027_RS03760;Dbxref=GenBank:WP_003403660.1;Name=WP_003403660.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplE;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215230.1;locus_tag=BQ2027_RS03760;product=50S ribosomal protein L5;protein_id=WP_003403660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 814449 814634 . + . ID=gene-BQ2027_RS03765;Name=BQ2027_RS03765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03765;old_locus_tag=BQ2027_MB0738 +Chromosome Protein Homology CDS 814449 814634 . + 0 ID=cds-WP_003403667.1;Parent=gene-BQ2027_RS03765;Dbxref=GenBank:WP_003403667.1;Name=WP_003403667.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003948630.1;locus_tag=BQ2027_RS03765;product=type Z 30S ribosomal protein S14;protein_id=WP_003403667.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 814798 815196 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03790;Name=rpmD;gbkey=Gene;gene=rpmD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03790;old_locus_tag=BQ2027_MB0743 +Chromosome Protein Homology CDS 816815 817012 . + 0 ID=cds-WP_003403683.1;Parent=gene-BQ2027_RS03790;Dbxref=GenBank:WP_003403683.1;Name=WP_003403683.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rpmD;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215236.1;locus_tag=BQ2027_RS03790;product=50S ribosomal protein L30;protein_id=WP_003403683.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 817012 817452 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03800;Name=sppA;gbkey=Gene;gene=sppA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03800;old_locus_tag=BQ2027_MB0745 +Chromosome Protein Homology CDS 817554 819356 . + 0 ID=cds-WP_003403686.1;Parent=gene-BQ2027_RS03800;Dbxref=GenBank:WP_003403686.1;Name=WP_003403686.1;Ontology_term=GO:0006465,GO:0006508,GO:0008233,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=sppA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=peptidase activity|0008233||IEA;go_process=signal peptide processing|0006465||IEA,proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003879455.1;locus_tag=BQ2027_RS03800;product=signal peptide peptidase SppA;protein_id=WP_003403686.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 819353 820266 . - . ID=gene-BQ2027_RS03805;Name=BQ2027_RS03805;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03805;old_locus_tag=BQ2027_MB0746C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 819353 820266 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS03805;Parent=gene-BQ2027_RS03805;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020727409.1;locus_tag=BQ2027_RS03805;product=class I SAM-dependent methyltransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 820359 821462 . - . ID=gene-BQ2027_RS03810;Name=BQ2027_RS03810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03810;old_locus_tag=BQ2027_MB0747C +Chromosome Protein Homology CDS 820359 821462 . - 0 ID=cds-WP_003403691.1;Parent=gene-BQ2027_RS03810;Dbxref=GenBank:WP_003403691.1;Name=WP_003403691.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215240.1;locus_tag=BQ2027_RS03810;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003403691.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 821665 822321 . - . ID=gene-BQ2027_RS03815;Name=fucA;gbkey=Gene;gene=fucA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03815;old_locus_tag=BQ2027_MB0748C +Chromosome Protein Homology CDS 821665 822321 . - 0 ID=cds-WP_003403695.1;Parent=gene-BQ2027_RS03815;Dbxref=GenBank:WP_003403695.1;Name=WP_003403695.1;gbkey=CDS;gene=fucA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215241.1;locus_tag=BQ2027_RS03815;product=L-fuculose-phosphate aldolase;protein_id=WP_003403695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 822318 823298 . - . ID=gene-BQ2027_RS03820;Name=serA;gbkey=Gene;gene=serA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03820;old_locus_tag=BQ2027_MB0749C +Chromosome Protein Homology CDS 822318 823298 . - 0 ID=cds-WP_003403698.1;Parent=gene-BQ2027_RS03820;Dbxref=GenBank:WP_003403698.1;Name=WP_003403698.1;gbkey=CDS;gene=serA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215242.1;locus_tag=BQ2027_RS03820;product=D-3-phosphoglycerate dehydrogenase SerA;protein_id=WP_003403698.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 823329 824675 . + . ID=gene-BQ2027_RS03825;Name=xylB;gbkey=Gene;gene=xylB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03825;old_locus_tag=BQ2027_MB0750 +Chromosome Protein Homology CDS 823329 824675 . + 0 ID=cds-WP_003403701.1;Parent=gene-BQ2027_RS03825;Dbxref=GenBank:WP_003403701.1;Name=WP_003403701.1;Ontology_term=GO:0005998,GO:0042732,GO:0004856,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=xylB;go_function=D-xylulokinase activity|0004856||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=xylulose catabolic process|0005998||IEA,D-xylose metabolic process|0042732||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215243.1;locus_tag=BQ2027_RS03825;product=xylulokinase;protein_id=WP_003403701.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 824730 825416 . + . ID=gene-BQ2027_RS03830;Name=BQ2027_RS03830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03830;old_locus_tag=BQ2027_MB0751 +Chromosome Protein Homology CDS 824730 825416 . + 0 ID=cds-WP_009935961.1;Parent=gene-BQ2027_RS03830;Dbxref=GenBank:WP_009935961.1;Name=WP_009935961.1;Ontology_term=GO:0008080,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009935961.1;locus_tag=BQ2027_RS03830;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_009935961.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 825505 826461 . - . ID=gene-BQ2027_RS03835;Name=BQ2027_RS03835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03835;old_locus_tag=BQ2027_MB0752C +Chromosome Protein Homology CDS 825505 826461 . - 0 ID=cds-WP_003403717.1;Parent=gene-BQ2027_RS03835;Dbxref=GenBank:WP_003403717.1;Name=WP_003403717.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215245.1;locus_tag=BQ2027_RS03835;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003403717.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 826622 827947 . + . ID=gene-BQ2027_RS03840;Name=secY;gbkey=Gene;gene=secY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03840;old_locus_tag=BQ2027_MB0753 +Chromosome Protein Homology CDS 826622 827947 . + 0 ID=cds-WP_003403723.1;Parent=gene-BQ2027_RS03840;Dbxref=GenBank:WP_003403723.1;Name=WP_003403723.1;Ontology_term=GO:0015031,GO:0043952,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=secY;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=protein transport|0015031||IEA,protein transport by the Sec complex|0043952||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215246.1;locus_tag=BQ2027_RS03840;product=preprotein translocase subunit SecY;protein_id=WP_003403723.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 827944 828489 . + . ID=gene-BQ2027_RS03845;Name=adk;gbkey=Gene;gene=adk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03845;old_locus_tag=BQ2027_MB0754 +Chromosome Protein Homology CDS 827944 828489 . + 0 ID=cds-WP_003403726.1;Parent=gene-BQ2027_RS03845;Dbxref=GenBank:WP_003403726.1;Name=WP_003403726.1;Ontology_term=GO:0006139,GO:0005524,GO:0019205;gbkey=CDS;gene=adk;go_function=ATP binding|0005524||IEA,nucleobase-containing compound kinase activity|0019205||IEA;go_process=nucleobase-containing compound metabolic process|0006139||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215247.1;locus_tag=BQ2027_RS03845;product=adenylate kinase;protein_id=WP_003403726.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 828492 829292 . + . ID=gene-BQ2027_RS03850;Name=map;gbkey=Gene;gene=map;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03850;old_locus_tag=BQ2027_MB0755 +Chromosome Protein Homology CDS 828492 829292 . + 0 ID=cds-WP_003403728.1;Parent=gene-BQ2027_RS03850;Dbxref=GenBank:WP_003403728.1;Name=WP_003403728.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0070006;gbkey=CDS;gene=map;go_function=metalloaminopeptidase activity|0070006||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177748.1;locus_tag=BQ2027_RS03850;product=type I methionyl aminopeptidase;protein_id=WP_003403728.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 829365 829898 . + . ID=gene-BQ2027_RS03855;Name=sigL;gbkey=Gene;gene=sigL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03855;old_locus_tag=BQ2027_MB0756 +Chromosome Protein Homology CDS 829365 829898 . + 0 ID=cds-WP_003403731.1;Parent=gene-BQ2027_RS03855;Dbxref=GenBank:WP_003403731.1;Name=WP_003403731.1;gbkey=CDS;gene=sigL;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215249.1;locus_tag=BQ2027_RS03855;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigL;protein_id=WP_003403731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 829962 830714 . + . ID=gene-BQ2027_RS03860;Name=rslA;gbkey=Gene;gene=rslA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03860;old_locus_tag=BQ2027_MB0757 +Chromosome Protein Homology CDS 829962 830714 . + 0 ID=cds-WP_003403733.1;Parent=gene-BQ2027_RS03860;Dbxref=GenBank:WP_003403733.1;Name=WP_003403733.1;gbkey=CDS;gene=rslA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215250.1;locus_tag=BQ2027_RS03860;product=anti-sigma-L factor RslA;protein_id=WP_003403733.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 830769 830981 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03870;Name=BQ2027_RS03870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03870;old_locus_tag=BQ2027_MB0758 +Chromosome Protein Homology CDS 831029 831526 . + 0 ID=cds-WP_003403738.1;Parent=gene-BQ2027_RS03870;Dbxref=GenBank:WP_003403738.1;Name=WP_003403738.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215251.1;locus_tag=BQ2027_RS03870;product=MarR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003403738.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 831523 831735 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03900;Name=BQ2027_RS03900;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03900;old_locus_tag=BQ2027_MB0762;partial=true;pseudo=true;start_range=.,834349 +Chromosome Protein Homology CDS 834349 834672 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS03900;Parent=gene-BQ2027_RS03900;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215829.1;locus_tag=BQ2027_RS03900;partial=true;product=transposase;pseudo=true;start_range=.,834349;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 834805 835332 . + . ID=gene-BQ2027_RS03905;Name=BQ2027_RS03905;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03905;old_locus_tag=BQ2027_MB0763 +Chromosome Protein Homology CDS 834805 835332 . + 0 ID=cds-WP_003901009.1;Parent=gene-BQ2027_RS03905;Dbxref=GenBank:WP_003901009.1;Name=WP_003901009.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177749.1;locus_tag=BQ2027_RS03905;product=PE family protein;protein_id=WP_003901009.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 835710 836267 . - . ID=gene-BQ2027_RS03910;Name=BQ2027_RS03910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03910;old_locus_tag=BQ2027_MB0764C +Chromosome Protein Homology CDS 835710 836267 . - 0 ID=cds-WP_003403820.1;Parent=gene-BQ2027_RS03910;Dbxref=GenBank:WP_003403820.1;Name=WP_003403820.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215257.1;locus_tag=BQ2027_RS03910;product=DUF6036 family nucleotidyltransferase;protein_id=WP_003403820.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 836264 836770 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS03920;Name=BQ2027_RS03920;end_range=837026,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS03920;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 836883 837026 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS03920;Parent=gene-BQ2027_RS03920;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=837026,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012392970.1;locus_tag=BQ2027_RS03920;partial=true;product=3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 837038 837297 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS03940;Name=BQ2027_RS03940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03940;old_locus_tag=BQ2027_MB0769 +Chromosome Protein Homology CDS 843137 843394 . + 0 ID=cds-WP_003403834.1;Parent=gene-BQ2027_RS03940;Dbxref=GenBank:WP_003403834.1;Name=WP_003403834.1;Ontology_term=GO:0006355;gbkey=CDS;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215262.1;locus_tag=BQ2027_RS03940;product=ribbon-helix-helix protein%2C CopG family;protein_id=WP_003403834.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 843418 843846 . + . ID=gene-BQ2027_RS03945;Name=BQ2027_RS03945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03945;old_locus_tag=BQ2027_MB0770 +Chromosome Protein Homology CDS 843418 843846 . + 0 ID=cds-WP_003403837.1;Parent=gene-BQ2027_RS03945;Dbxref=GenBank:WP_003403837.1;Name=WP_003403837.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215263.1;locus_tag=BQ2027_RS03945;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003403837.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 843927 844064 . - . ID=gene-BQ2027_RS03950;Name=BQ2027_RS03950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03950;old_locus_tag=BQ2027_MB0771C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 843927 844064 . - 0 ID=cds-WP_003403839.1;Parent=gene-BQ2027_RS03950;Dbxref=GenBank:WP_003403839.1;Name=WP_003403839.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS03950;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403839.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 844223 844468 . + . ID=gene-BQ2027_RS03955;Name=BQ2027_RS03955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03955;old_locus_tag=BQ2027_MB0772 +Chromosome Protein Homology CDS 844223 844468 . + 0 ID=cds-WP_003403841.1;Parent=gene-BQ2027_RS03955;Dbxref=GenBank:WP_003403841.1;Name=WP_003403841.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215264.1;locus_tag=BQ2027_RS03955;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403841.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 844537 845421 . - . ID=gene-BQ2027_RS03960;Name=mmsB;gbkey=Gene;gene=mmsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03960;old_locus_tag=BQ2027_MB0773C +Chromosome Protein Homology CDS 844537 845421 . - 0 ID=cds-WP_003403844.1;Parent=gene-BQ2027_RS03960;Dbxref=GenBank:WP_003403844.1;Name=WP_003403844.1;Ontology_term=GO:0006574,GO:0008442,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=mmsB;go_function=3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity|0008442||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=L-valine catabolic process|0006574||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215265.1;locus_tag=BQ2027_RS03960;product=3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase;protein_id=WP_003403844.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 845432 846604 . - . ID=gene-BQ2027_RS03965;Name=BQ2027_RS03965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03965;old_locus_tag=BQ2027_MB0774C +Chromosome Protein Homology CDS 845432 846604 . - 0 ID=cds-WP_010950438.1;Parent=gene-BQ2027_RS03965;Dbxref=GenBank:WP_010950438.1;Name=WP_010950438.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215266.1;locus_tag=BQ2027_RS03965;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_010950438.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 846611 848143 . - . ID=gene-BQ2027_RS03970;Name=mmsA;gbkey=Gene;gene=mmsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03970;old_locus_tag=BQ2027_MB0775C +Chromosome Protein Homology CDS 846611 848143 . - 0 ID=cds-WP_010950439.1;Parent=gene-BQ2027_RS03970;Dbxref=GenBank:WP_010950439.1;Name=WP_010950439.1;gbkey=CDS;gene=mmsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215267.1;locus_tag=BQ2027_RS03970;product=CoA-acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase;protein_id=WP_010950439.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 848349 850103 . + . ID=gene-BQ2027_RS03975;Name=BQ2027_RS03975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03975;old_locus_tag=BQ2027_MB0776 +Chromosome Protein Homology CDS 848349 850103 . + 0 ID=cds-WP_003403850.1;Parent=gene-BQ2027_RS03975;Dbxref=GenBank:WP_003403850.1;Name=WP_003403850.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177752.1;locus_tag=BQ2027_RS03975;product=phosphoglycerate mutase PE_PGRS11;protein_id=WP_003403850.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 850293 852230 . - . ID=gene-BQ2027_RS03980;Name=BQ2027_RS03980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03980;old_locus_tag=BQ2027_MB0777C +Chromosome Protein Homology CDS 850293 852230 . - 0 ID=cds-WP_003904469.1;Parent=gene-BQ2027_RS03980;Dbxref=GenBank:WP_003904469.1;Name=WP_003904469.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177753.1;locus_tag=BQ2027_RS03980;product=PPE family protein;protein_id=WP_003904469.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 852559 852717 . - . 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ID=rna-BQ2027_RS03990;Parent=gene-BQ2027_RS03990;anticodon=(pos:complement(852869..852871));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03990;product=tRNA-Thr +Chromosome tRNAscan-SE exon 852832 852903 . - . ID=exon-BQ2027_RS03990-1;Parent=rna-BQ2027_RS03990;anticodon=(pos:complement(852869..852871));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS03990;product=tRNA-Thr +Chromosome RefSeq gene 852931 853656 . - . ID=gene-BQ2027_RS03995;Name=BQ2027_RS03995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS03995;old_locus_tag=BQ2027_MB0779C +Chromosome Protein Homology CDS 852931 853656 . - 0 ID=cds-WP_003403862.1;Parent=gene-BQ2027_RS03995;Dbxref=GenBank:WP_003403862.1;Name=WP_003403862.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215270.1;locus_tag=BQ2027_RS03995;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003403862.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 853798 854541 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04020;Name=adhB;gbkey=Gene;gene=adhB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04020;old_locus_tag=BQ2027_MB0784C +Chromosome Protein Homology CDS 856888 858015 . - 0 ID=cds-WP_003403885.1;Parent=gene-BQ2027_RS04020;Dbxref=GenBank:WP_003403885.1;Name=WP_003403885.1;gbkey=CDS;gene=adhB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177754.1;locus_tag=BQ2027_RS04020;product=NDMA-dependent alcohol dehydrogenase;protein_id=WP_003403885.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 858114 858659 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04040;Name=BQ2027_RS04040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04040;old_locus_tag=BQ2027_MB0788C +Chromosome Protein Homology CDS 860226 861053 . - 0 ID=cds-WP_003898578.1;Parent=gene-BQ2027_RS04040;Dbxref=GenBank:WP_003898578.1;Name=WP_003898578.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215279.1;locus_tag=BQ2027_RS04040;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003898578.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 861053 862261 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04080;Name=ggtA;gbkey=Gene;gene=ggtA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04080;old_locus_tag=BQ2027_MB0796C +Chromosome Protein Homology CDS 868040 869623 . - 0 ID=cds-WP_003911281.1;Parent=gene-BQ2027_RS04080;Dbxref=GenBank:WP_003911281.1;Name=WP_003911281.1;gbkey=CDS;gene=ggtA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918129.1;locus_tag=BQ2027_RS04080;product=gamma-glutamyltranspeptidase GgtA;protein_id=WP_003911281.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 869629 870540 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04090;Name=BQ2027_RS04090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04090;old_locus_tag=BQ2027_MB0798 +Chromosome Protein Homology CDS 870596 871219 . + 0 ID=cds-WP_003403945.1;Parent=gene-BQ2027_RS04090;Dbxref=GenBank:WP_003403945.1;Name=WP_003403945.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215289.1;locus_tag=BQ2027_RS04090;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003403945.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 871173 871952 . - . ID=gene-BQ2027_RS04095;Name=BQ2027_RS04095;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04095;old_locus_tag=BQ2027_MB0799C +Chromosome Protein Homology CDS 871173 871952 . - 0 ID=cds-WP_003403949.1;Parent=gene-BQ2027_RS04095;Dbxref=GenBank:WP_003403949.1;Name=WP_003403949.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215290.1;locus_tag=BQ2027_RS04095;product=DUF429 domain-containing protein;protein_id=WP_003403949.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 872197 873615 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04140;Name=BQ2027_RS04140;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04140;old_locus_tag=BQ2027_MB0808;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 881531 883230 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS04140;Parent=gene-BQ2027_RS04140;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215299.1;locus_tag=BQ2027_RS04140;product=FAD-binding dehydrogenase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 883265 883903 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04150;Name=BQ2027_RS04150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04150;old_locus_tag=BQ2027_MB0810 +Chromosome Protein Homology CDS 883817 884608 . + 0 ID=cds-WP_021036368.1;Parent=gene-BQ2027_RS04150;Dbxref=GenBank:WP_021036368.1;Name=WP_021036368.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014584682.1;locus_tag=BQ2027_RS04150;product=hypothetical protein;protein_id=WP_021036368.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 884714 884953 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04160;Name=purQ;gbkey=Gene;gene=purQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04160;old_locus_tag=BQ2027_MB0812 +Chromosome Protein Homology CDS 884950 885624 . + 0 ID=cds-WP_003403995.1;Parent=gene-BQ2027_RS04160;Dbxref=GenBank:WP_003403995.1;Name=WP_003403995.1;Ontology_term=GO:0006189,GO:0004642;gbkey=CDS;gene=purQ;go_function=phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity|0004642||IEA;go_process='de novo' IMP biosynthetic process|0006189||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215303.1;locus_tag=BQ2027_RS04160;product=phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurQ;protein_id=WP_003403995.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 885641 886114 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04185;Name=BQ2027_RS04185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04185;old_locus_tag=BQ2027_MB0817 +Chromosome Protein Homology CDS 888909 889214 . + 0 ID=cds-WP_003404010.1;Parent=gene-BQ2027_RS04185;Dbxref=GenBank:WP_003404010.1;Name=WP_003404010.1;Ontology_term=GO:0017000,GO:0004497,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=antibiotic biosynthetic process|0017000||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215308.1;locus_tag=BQ2027_RS04185;product=putative quinol monooxygenase;protein_id=WP_003404010.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 889327 890825 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04200;Name=BQ2027_RS04200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04200;old_locus_tag=BQ2027_MB0821C +Chromosome Protein Homology CDS 892302 893099 . - 0 ID=cds-WP_003404092.1;Parent=gene-BQ2027_RS04200;Dbxref=GenBank:WP_003404092.1;Name=WP_003404092.1;Ontology_term=GO:0140737;gbkey=CDS;go_component=encapsulin nanocompartment|0140737||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215313.1;locus_tag=BQ2027_RS04200;product=family 1 encapsulin nanocompartment shell protein;protein_id=WP_003404092.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 893096 894103 . - . ID=gene-BQ2027_RS04205;Name=BQ2027_RS04205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04205;old_locus_tag=BQ2027_MB0822C +Chromosome Protein Homology CDS 893096 894103 . - 0 ID=cds-WP_003404098.1;Parent=gene-BQ2027_RS04205;Dbxref=GenBank:WP_003404098.1;Name=WP_003404098.1;Ontology_term=GO:0004601,GO:0020037;gbkey=CDS;go_function=peroxidase activity|0004601||IEA,heme binding|0020037||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215314.1;locus_tag=BQ2027_RS04205;product=Dyp-type peroxidase;protein_id=WP_003404098.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 894148 895449 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04215;Name=BQ2027_RS04215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04215;old_locus_tag=BQ2027_MB0824 +Chromosome Protein Homology CDS 895461 895808 . + 0 ID=cds-WP_003898592.1;Parent=gene-BQ2027_RS04215;Dbxref=GenBank:WP_003898592.1;Name=WP_003898592.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215316.1;locus_tag=BQ2027_RS04215;product=VOC family protein;protein_id=WP_003898592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 895802 896458 . - . ID=gene-BQ2027_RS04220;Name=BQ2027_RS04220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04220;old_locus_tag=BQ2027_MB0825C +Chromosome Protein Homology CDS 895802 896458 . - 0 ID=cds-WP_003404111.1;Parent=gene-BQ2027_RS04220;Dbxref=GenBank:WP_003404111.1;Name=WP_003404111.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215317.1;locus_tag=BQ2027_RS04220;product=acetyl-/succinyl-CoA transferase;protein_id=WP_003404111.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 896650 898914 . + . ID=gene-BQ2027_RS04225;Name=purL;gbkey=Gene;gene=purL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04225;old_locus_tag=BQ2027_MB0826 +Chromosome Protein Homology CDS 896650 898914 . + 0 ID=cds-WP_003404114.1;Parent=gene-BQ2027_RS04225;Dbxref=GenBank:WP_003404114.1;Name=WP_003404114.1;Ontology_term=GO:0006189,GO:0004642;gbkey=CDS;gene=purL;go_function=phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity|0004642||IEA;go_process='de novo' IMP biosynthetic process|0006189||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215318.1;locus_tag=BQ2027_RS04225;product=phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurL;protein_id=WP_003404114.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 898911 899540 . + . ID=gene-BQ2027_RS04230;Name=BQ2027_RS04230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04230;old_locus_tag=BQ2027_MB0827 +Chromosome Protein Homology CDS 898911 899540 . + 0 ID=cds-WP_003404117.1;Parent=gene-BQ2027_RS04230;Dbxref=GenBank:WP_003404117.1;Name=WP_003404117.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215319.1;locus_tag=BQ2027_RS04230;product=Rv0804 family intramembrane glutamic endopeptidase;protein_id=WP_003404117.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 899661 900617 . + . ID=gene-BQ2027_RS04235;Name=cpdA;gbkey=Gene;gene=cpdA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04235;old_locus_tag=BQ2027_MB0828 +Chromosome Protein Homology CDS 899661 900617 . + 0 ID=cds-WP_003404120.1;Parent=gene-BQ2027_RS04235;Dbxref=GenBank:WP_003404120.1;Name=WP_003404120.1;gbkey=CDS;gene=cpdA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215320.1;locus_tag=BQ2027_RS04235;product=3'%2C5'-cyclic adenosine monophosphate phosphodiesterase CpdA;protein_id=WP_003404120.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 900562 902160 . - . ID=gene-BQ2027_RS04240;Name=cpsY;gbkey=Gene;gene=cpsY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04240;old_locus_tag=BQ2027_MB0829C +Chromosome Protein Homology CDS 900562 902160 . - 0 ID=cds-WP_003898594.1;Parent=gene-BQ2027_RS04240;Dbxref=GenBank:WP_003898594.1;Name=WP_003898594.1;gbkey=CDS;gene=cpsY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215321.1;locus_tag=BQ2027_RS04240;product=stealth family protein;protein_id=WP_003898594.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 902465 902854 . + . ID=gene-BQ2027_RS04245;Name=BQ2027_RS04245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04245;old_locus_tag=BQ2027_MB0830 +Chromosome Protein Homology CDS 902465 902854 . + 0 ID=cds-WP_003404127.1;Parent=gene-BQ2027_RS04245;Dbxref=GenBank:WP_003404127.1;Name=WP_003404127.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215322.1;locus_tag=BQ2027_RS04245;product=sterol carrier family protein;protein_id=WP_003404127.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 902995 904524 . + . ID=gene-BQ2027_RS04250;Name=purF;gbkey=Gene;gene=purF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04250;old_locus_tag=BQ2027_MB0831 +Chromosome Protein Homology CDS 902995 904524 . + 0 ID=cds-WP_003911290.1;Parent=gene-BQ2027_RS04250;Dbxref=GenBank:WP_003911290.1;Name=WP_003911290.1;Ontology_term=GO:0009113,GO:0004044;gbkey=CDS;gene=purF;go_function=amidophosphoribosyltransferase activity|0004044||IEA;go_process=purine nucleobase biosynthetic process|0009113||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911290.1;locus_tag=BQ2027_RS04250;product=amidophosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003911290.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 904555 905649 . + . ID=gene-BQ2027_RS04255;Name=purM;gbkey=Gene;gene=purM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04255;old_locus_tag=BQ2027_MB0832 +Chromosome Protein Homology CDS 904555 905649 . + 0 ID=cds-WP_003404132.1;Parent=gene-BQ2027_RS04255;Dbxref=GenBank:WP_003404132.1;Name=WP_003404132.1;Ontology_term=GO:0006189,GO:0004641;gbkey=CDS;gene=purM;go_function=phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity|0004641||IEA;go_process='de novo' IMP biosynthetic process|0006189||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215324.1;locus_tag=BQ2027_RS04255;product=phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase;protein_id=WP_003404132.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 905735 905917 . - . ID=gene-BQ2027_RS04260;Name=BQ2027_RS04260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04260;old_locus_tag=BQ2027_MB0833C +Chromosome Protein Homology CDS 905735 905917 . - 0 ID=cds-WP_003404135.1;Parent=gene-BQ2027_RS04260;Dbxref=GenBank:WP_003404135.1;Name=WP_003404135.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007777661.1;locus_tag=BQ2027_RS04260;product=DUF3073 domain-containing protein;protein_id=WP_003404135.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 906064 907170 . - . ID=gene-BQ2027_RS04265;Name=ygfZ;gbkey=Gene;gene=ygfZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04265;old_locus_tag=BQ2027_MB0834C +Chromosome Protein Homology CDS 906064 907170 . - 0 ID=cds-WP_003404137.1;Parent=gene-BQ2027_RS04265;Dbxref=GenBank:WP_003404137.1;Name=WP_003404137.1;Ontology_term=GO:0006400,GO:0005542;gbkey=CDS;gene=ygfZ;go_function=folic acid binding|0005542||IEA;go_process=tRNA modification|0006400||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215326.1;locus_tag=BQ2027_RS04265;product=CAF17-like 4Fe-4S cluster assembly/insertion protein YgfZ;protein_id=WP_003404137.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 907253 908122 . + . ID=gene-BQ2027_RS04270;Name=BQ2027_RS04270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04270;old_locus_tag=BQ2027_MB0835 +Chromosome Protein Homology CDS 907253 908122 . + 0 ID=cds-WP_003404139.1;Parent=gene-BQ2027_RS04270;Dbxref=GenBank:WP_003404139.1;Name=WP_003404139.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177757.1;locus_tag=BQ2027_RS04270;product=aminodeoxychorismate lyase;protein_id=WP_003404139.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 908168 908848 . - . ID=gene-BQ2027_RS04275;Name=BQ2027_RS04275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04275;old_locus_tag=BQ2027_MB0836C +Chromosome Protein Homology CDS 908168 908848 . - 0 ID=cds-WP_003898596.1;Parent=gene-BQ2027_RS04275;Dbxref=GenBank:WP_003898596.1;Name=WP_003898596.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215328.1;locus_tag=BQ2027_RS04275;product=nitrobindin family protein;protein_id=WP_003898596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 909011 909313 . - . ID=gene-BQ2027_RS04280;Name=BQ2027_RS04280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04280;old_locus_tag=BQ2027_MB0837C +Chromosome Protein Homology CDS 909011 909313 . - 0 ID=cds-WP_003404278.1;Parent=gene-BQ2027_RS04280;Dbxref=GenBank:WP_003404278.1;Name=WP_003404278.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215329.1;locus_tag=BQ2027_RS04280;product=DUF1416 domain-containing protein;protein_id=WP_003404278.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 909315 910148 . - . ID=gene-BQ2027_RS04285;Name=BQ2027_RS04285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04285;old_locus_tag=BQ2027_MB0838C +Chromosome Protein Homology CDS 909315 910148 . - 0 ID=cds-WP_003404293.1;Parent=gene-BQ2027_RS04285;Dbxref=GenBank:WP_003404293.1;Name=WP_003404293.1;Ontology_term=GO:0000098,GO:0016783;gbkey=CDS;go_function=sulfurtransferase activity|0016783||IEA;go_process=sulfur amino acid catabolic process|0000098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215330.1;locus_tag=BQ2027_RS04285;product=sulfurtransferase;protein_id=WP_003404293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 910322 910435 . - . ID=gene-BQ2027_RS20730;Name=BQ2027_RS20730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20730 +Chromosome Protein Homology CDS 910322 910435 . - 0 ID=cds-WP_349814712.1;Parent=gene-BQ2027_RS20730;Dbxref=GenBank:WP_349814712.1;Name=WP_349814712.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF042933.1;locus_tag=BQ2027_RS20730;product=Ms5788A family Cys-rich leader peptide;protein_id=WP_349814712.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 910441 910863 . - . ID=gene-BQ2027_RS04290;Name=thiX;gbkey=Gene;gene=thiX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04290;old_locus_tag=BQ2027_MB0839C +Chromosome Protein Homology CDS 910441 910863 . - 0 ID=cds-WP_003898598.1;Parent=gene-BQ2027_RS04290;Dbxref=GenBank:WP_003898598.1;Name=WP_003898598.1;Ontology_term=GO:0015035;gbkey=CDS;gene=thiX;go_function=protein-disulfide reductase activity|0015035||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215331.1;locus_tag=BQ2027_RS04290;product=thioredoxin family protein;protein_id=WP_003898598.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 910860 911672 . - . ID=gene-BQ2027_RS04295;Name=lmeA;gbkey=Gene;gene=lmeA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04295;old_locus_tag=BQ2027_MB0840C +Chromosome Protein Homology CDS 910860 911672 . - 0 ID=cds-WP_003404298.1;Parent=gene-BQ2027_RS04295;Dbxref=GenBank:WP_003404298.1;Name=WP_003404298.1;gbkey=CDS;gene=lmeA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215332.1;locus_tag=BQ2027_RS04295;product=mannan chain length control protein LmeA;protein_id=WP_003404298.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 911802 912569 . + . ID=gene-BQ2027_RS04300;Name=BQ2027_RS04300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04300;old_locus_tag=BQ2027_MB0841 +Chromosome Protein Homology CDS 911802 912569 . + 0 ID=cds-WP_003903189.1;Parent=gene-BQ2027_RS04300;Dbxref=GenBank:WP_003903189.1;Name=WP_003903189.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215333.1;locus_tag=BQ2027_RS04300;product=winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003903189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 912566 913513 . + . ID=gene-BQ2027_RS04305;Name=mshD;gbkey=Gene;gene=mshD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04305;old_locus_tag=BQ2027_MB0842 +Chromosome Protein Homology CDS 912566 913513 . + 0 ID=cds-WP_003404307.1;Parent=gene-BQ2027_RS04305;Dbxref=GenBank:WP_003404307.1;Name=WP_003404307.1;Ontology_term=GO:0010125,GO:0035447;gbkey=CDS;gene=mshD;go_function=mycothiol synthase activity|0035447||IEA;go_process=mycothiol biosynthetic process|0010125||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215334.1;locus_tag=BQ2027_RS04305;product=mycothiol synthase;protein_id=WP_003404307.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 913556 914332 . + . ID=gene-BQ2027_RS04310;Name=pstB;gbkey=Gene;gene=pstB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04310;old_locus_tag=BQ2027_MB0843 +Chromosome Protein Homology CDS 913556 914332 . + 0 ID=cds-WP_010950447.1;Parent=gene-BQ2027_RS04310;Dbxref=GenBank:WP_010950447.1;Name=WP_010950447.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0005524,GO:0015415,GO:0009898,GO:0055052;gbkey=CDS;gene=pstB;go_component=cytoplasmic side of plasma membrane|0009898||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATPase-coupled phosphate ion transmembrane transporter activity|0015415||IEA;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215335.1;locus_tag=BQ2027_RS04310;product=phosphate ABC transporter ATP-binding protein PstB;protein_id=WP_010950447.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 914388 915029 . - . ID=gene-BQ2027_RS04315;Name=phoU;gbkey=Gene;gene=phoU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04315;old_locus_tag=BQ2027_MB0844C +Chromosome Protein Homology CDS 914388 915029 . - 0 ID=cds-WP_003404314.1;Parent=gene-BQ2027_RS04315;Dbxref=GenBank:WP_003404314.1;Name=WP_003404314.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0030643,GO:0045936;gbkey=CDS;gene=phoU;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA,intracellular phosphate ion homeostasis|0030643||IEA,negative regulation of phosphate metabolic process|0045936||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215336.1;locus_tag=BQ2027_RS04315;product=phosphate signaling complex protein PhoU;protein_id=WP_003404314.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 915087 917141 . - . ID=gene-BQ2027_RS04320;Name=BQ2027_RS04320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04320;old_locus_tag=BQ2027_MB0845C +Chromosome Protein Homology CDS 915087 917141 . - 0 ID=cds-WP_003404316.1;Parent=gene-BQ2027_RS04320;Dbxref=GenBank:WP_003404316.1;Name=WP_003404316.1;Ontology_term=GO:0070726,GO:0071555,GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_process=cell wall assembly|0070726||IEA,cell wall organization|0071555||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215337.1;locus_tag=BQ2027_RS04320;product=LCP family protein;protein_id=WP_003404316.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 917307 918476 . - . ID=gene-BQ2027_RS04325;Name=dusB;gbkey=Gene;gene=dusB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04325;old_locus_tag=BQ2027_MB0846C +Chromosome Protein Homology CDS 917307 918476 . - 0 ID=cds-WP_010950448.1;Parent=gene-BQ2027_RS04325;Dbxref=GenBank:WP_010950448.1;Name=WP_010950448.1;Ontology_term=GO:0008033,GO:0017150,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=dusB;go_function=tRNA dihydrouridine synthase activity|0017150||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215338.1;locus_tag=BQ2027_RS04325;product=tRNA dihydrouridine synthase DusB;protein_id=WP_010950448.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 918564 919580 . - . ID=gene-BQ2027_RS04330;Name=desA1;gbkey=Gene;gene=desA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04330;old_locus_tag=BQ2027_MB0847C +Chromosome Protein Homology CDS 918564 919580 . - 0 ID=cds-WP_003404321.1;Parent=gene-BQ2027_RS04330;Dbxref=GenBank:WP_003404321.1;Name=WP_003404321.1;gbkey=CDS;gene=desA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177758.1;locus_tag=BQ2027_RS04330;product=acyl-ACP desaturase DesA1;protein_id=WP_003404321.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 919742 920383 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04365;Name=BQ2027_RS04365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04365;old_locus_tag=BQ2027_MB0854C +Chromosome Protein Homology CDS 923724 924539 . - 0 ID=cds-WP_003404352.1;Parent=gene-BQ2027_RS04365;Dbxref=GenBank:WP_003404352.1;Name=WP_003404352.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215346.1;locus_tag=BQ2027_RS04365;product=TIGR04255 family protein;protein_id=WP_003404352.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 924633 924705 . - . ID=gene-BQ2027_RS04370;Name=BQ2027_RS04370;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS04370;old_locus_tag=BQ2027_LYST +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 924633 924705 . - . ID=rna-BQ2027_RS04370;Parent=gene-BQ2027_RS04370;anticodon=(pos:complement(924670..924672));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04370;product=tRNA-Lys +Chromosome tRNAscan-SE exon 924633 924705 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04380;Name=BQ2027_RS04380;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS04380;old_locus_tag=BQ2027_ASPT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 924940 925016 . + . ID=rna-BQ2027_RS04380;Parent=gene-BQ2027_RS04380;anticodon=(pos:924974..924976);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04380;product=tRNA-Asp +Chromosome tRNAscan-SE exon 924940 925016 . + . ID=exon-BQ2027_RS04380-1;Parent=rna-BQ2027_RS04380;anticodon=(pos:924974..924976);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04380;product=tRNA-Asp +Chromosome RefSeq gene 925043 925119 . + . ID=gene-BQ2027_RS04385;Name=BQ2027_RS04385;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS04385;old_locus_tag=BQ2027_PHEU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 925043 925119 . + . ID=rna-BQ2027_RS04385;Parent=gene-BQ2027_RS04385;anticodon=(pos:925077..925079);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04385;product=tRNA-Phe +Chromosome tRNAscan-SE exon 925043 925119 . + . ID=exon-BQ2027_RS04385-1;Parent=rna-BQ2027_RS04385;anticodon=(pos:925077..925079);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04385;product=tRNA-Phe +Chromosome RefSeq gene 925781 926194 . + . ID=gene-BQ2027_RS20635;Name=BQ2027_RS20635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20635;old_locus_tag=BQ2027_MB0855 +Chromosome Protein Homology CDS 925781 926194 . + 0 ID=cds-WP_003404353.1;Parent=gene-BQ2027_RS20635;Dbxref=GenBank:WP_003404353.1;Name=WP_003404353.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177759.1;locus_tag=BQ2027_RS20635;product=PE family protein;protein_id=WP_003404353.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 926191 926277 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS20940;Name=BQ2027_RS20940;end_range=927441,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20940;partial=true;pseudo=true;start_range=.,927346 +Chromosome Protein Homology CDS 927346 927441 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20940;Parent=gene-BQ2027_RS20940;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=927441,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177759.1;locus_tag=BQ2027_RS20940;partial=true;product=PE family protein;pseudo=true;start_range=.,927346;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 927610 928512 . + . ID=gene-BQ2027_RS20945;Name=BQ2027_RS20945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20945 +Chromosome Protein Homology CDS 927610 928512 . + 0 ID=cds-WP_435873412.1;Parent=gene-BQ2027_RS20945;Dbxref=GenBank:WP_435873412.1;Name=WP_435873412.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177809.1;locus_tag=BQ2027_RS20945;product=hypothetical protein;protein_id=WP_435873412.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 928531 928710 . + . ID=gene-BQ2027_RS20735;Name=BQ2027_RS20735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20735 +Chromosome Protein Homology CDS 928531 928710 . + 0 ID=cds-WP_003404355.1;Parent=gene-BQ2027_RS20735;Dbxref=GenBank:WP_003404355.1;Name=WP_003404355.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003404355.1;locus_tag=BQ2027_RS20735;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003404355.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 928739 931234 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04400;Name=lpqQ;gbkey=Gene;gene=lpqQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04400;old_locus_tag=BQ2027_MB0858 +Chromosome Protein Homology CDS 931702 932346 . + 0 ID=cds-WP_010950452.1;Parent=gene-BQ2027_RS04400;Dbxref=GenBank:WP_010950452.1;Name=WP_010950452.1;gbkey=CDS;gene=lpqQ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215350.1;locus_tag=BQ2027_RS04400;product=sensor domain-containing protein;protein_id=WP_010950452.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 932327 932683 . - . ID=gene-BQ2027_RS20250;Name=BQ2027_RS20250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20250 +Chromosome Protein Homology CDS 932327 932683 . - 0 ID=cds-WP_003911324.1;Parent=gene-BQ2027_RS20250;Dbxref=GenBank:WP_003911324.1;Name=WP_003911324.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911324.1;locus_tag=BQ2027_RS20250;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003911324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 932959 933774 . - . ID=gene-BQ2027_RS04410;Name=BQ2027_RS04410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04410;old_locus_tag=BQ2027_MB0859C +Chromosome Protein Homology CDS 932959 933774 . - 0 ID=cds-WP_003404365.1;Parent=gene-BQ2027_RS04410;Dbxref=GenBank:WP_003404365.1;Name=WP_003404365.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015629722.1;locus_tag=BQ2027_RS04410;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003404365.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 933752 934780 . - . ID=gene-BQ2027_RS04415;Name=BQ2027_RS04415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04415;old_locus_tag=BQ2027_MB0860C +Chromosome Protein Homology CDS 933752 934780 . - 0 ID=cds-WP_003404368.1;Parent=gene-BQ2027_RS04415;Dbxref=GenBank:WP_003404368.1;Name=WP_003404368.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215352.1;locus_tag=BQ2027_RS04415;product=type IV toxin-antitoxin system AbiEi family antitoxin;protein_id=WP_003404368.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 935469 936245 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04425;Name=BQ2027_RS04425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04425;old_locus_tag=BQ2027_MB0862 +Chromosome Protein Homology CDS 936332 937144 . + 0 ID=cds-WP_003404373.1;Parent=gene-BQ2027_RS04425;Dbxref=GenBank:WP_003404373.1;Name=WP_003404373.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215354.1;locus_tag=BQ2027_RS04425;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003404373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 937212 938072 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04460;Name=lpqs;gbkey=Gene;gene=lpqs;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04460;old_locus_tag=BQ2027_MB0870 +Chromosome Protein Homology CDS 945098 945490 . + 0 ID=cds-WP_003404393.1;Parent=gene-BQ2027_RS04460;Dbxref=GenBank:WP_003404393.1;Name=WP_003404393.1;gbkey=CDS;gene=lpqs;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215362.1;locus_tag=BQ2027_RS04460;product=lipoprotein LpqS;protein_id=WP_003404393.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 945693 946811 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04470;Name=BQ2027_RS04470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04470;old_locus_tag=BQ2027_MB0872 +Chromosome Protein Homology CDS 946811 948070 . + 0 ID=cds-WP_003404402.1;Parent=gene-BQ2027_RS04470;Dbxref=GenBank:WP_003404402.1;Name=WP_003404402.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215364.1;locus_tag=BQ2027_RS04470;product=MDR family MFS transporter;protein_id=WP_003404402.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 948067 948399 . + . ID=gene-BQ2027_RS04475;Name=BQ2027_RS04475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04475;old_locus_tag=BQ2027_MB0873 +Chromosome Protein Homology CDS 948067 948399 . + 0 ID=cds-WP_003404404.1;Parent=gene-BQ2027_RS04475;Dbxref=GenBank:WP_003404404.1;Name=WP_003404404.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003404404.1;locus_tag=BQ2027_RS04475;product=transposase;protein_id=WP_003404404.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 948396 949223 . - . ID=gene-BQ2027_RS04480;Name=BQ2027_RS04480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04480;old_locus_tag=BQ2027_MB0874C +Chromosome Protein Homology CDS 948396 949223 . - 0 ID=cds-WP_010950459.1;Parent=gene-BQ2027_RS04480;Dbxref=GenBank:WP_010950459.1;Name=WP_010950459.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215366.1;locus_tag=BQ2027_RS04480;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_010950459.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 949512 950150 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04500;Name=far;gbkey=Gene;gene=far;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04500;old_locus_tag=BQ2027_MB0878 +Chromosome Protein Homology CDS 952387 953466 . + 0 ID=cds-WP_003404414.1;Parent=gene-BQ2027_RS04500;Dbxref=GenBank:WP_003404414.1;Name=WP_003404414.1;gbkey=CDS;gene=far;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215370.1;locus_tag=BQ2027_RS04500;product=fatty-acid-CoA racemase;protein_id=WP_003404414.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 953525 953983 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04510;Name=BQ2027_RS04510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04510;old_locus_tag=BQ2027_MB0880 +Chromosome Protein Homology CDS 954032 954484 . + 0 ID=cds-WP_003911328.1;Parent=gene-BQ2027_RS04510;Dbxref=GenBank:WP_003911328.1;Name=WP_003911328.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287941.1;locus_tag=BQ2027_RS04510;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003911328.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 954481 955674 . - . ID=gene-BQ2027_RS04515;Name=dapC;gbkey=Gene;gene=dapC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04515;old_locus_tag=BQ2027_MB0881C +Chromosome Protein Homology CDS 954481 955674 . - 0 ID=cds-WP_003404420.1;Parent=gene-BQ2027_RS04515;Dbxref=GenBank:WP_003404420.1;Name=WP_003404420.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0003824,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=dapC;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215373.1;locus_tag=BQ2027_RS04515;product=pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase;protein_id=WP_003404420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 955831 957042 . + . ID=gene-BQ2027_RS04520;Name=fadA;gbkey=Gene;gene=fadA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04520;old_locus_tag=BQ2027_MB0882 +Chromosome Protein Homology CDS 955831 957042 . + 0 ID=cds-WP_003404423.1;Parent=gene-BQ2027_RS04520;Dbxref=GenBank:WP_003404423.1;Name=WP_003404423.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;gene=fadA;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215374.1;locus_tag=BQ2027_RS04520;product=acetyl-CoA C-acetyltransferase;protein_id=WP_003404423.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 957047 959209 . + . ID=gene-BQ2027_RS04525;Name=fadB;gbkey=Gene;gene=fadB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04525;old_locus_tag=BQ2027_MB0883 +Chromosome Protein Homology CDS 957047 959209 . + 0 ID=cds-WP_010950460.1;Parent=gene-BQ2027_RS04525;Dbxref=GenBank:WP_010950460.1;Name=WP_010950460.1;gbkey=CDS;gene=fadB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215375.1;locus_tag=BQ2027_RS04525;product=fatty oxidation protein FadB;protein_id=WP_010950460.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 959277 960926 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04535;Name=BQ2027_RS04535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04535;old_locus_tag=BQ2027_MB0885C +Chromosome Protein Homology CDS 961043 963313 . - 0 ID=cds-WP_003404512.1;Parent=gene-BQ2027_RS04535;Dbxref=GenBank:WP_003404512.1;Name=WP_003404512.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215377.1;locus_tag=BQ2027_RS04535;product=helicase-associated domain-containing protein;protein_id=WP_003404512.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 963381 963581 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS04545;Name=moaC;gbkey=Gene;gene=moaC;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04545;old_locus_tag=BQ2027_MB0888;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 963591 964093 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS04545;Parent=gene-BQ2027_RS04545;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006777,GO:0061799;gbkey=CDS;gene=moaC;go_function=cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity|0061799||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215379.1;locus_tag=BQ2027_RS04545;product=cyclic pyranopterin monophosphate synthase MoaC;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 964090 964572 . + . ID=gene-BQ2027_RS04550;Name=mog;gbkey=Gene;gene=mog;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04550;old_locus_tag=BQ2027_MB0889 +Chromosome Protein Homology CDS 964090 964572 . + 0 ID=cds-WP_003404549.1;Parent=gene-BQ2027_RS04550;Dbxref=GenBank:WP_003404549.1;Name=WP_003404549.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0030151,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=mog;go_function=molybdenum ion binding|0030151||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215380.1;locus_tag=BQ2027_RS04550;product=MogA/MoaB family molybdenum cofactor biosynthesis protein;protein_id=WP_003404549.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 964569 964994 . + . ID=gene-BQ2027_RS04555;Name=moaE2;gbkey=Gene;gene=moaE2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04555;old_locus_tag=BQ2027_MB0890 +Chromosome Protein Homology CDS 964569 964994 . + 0 ID=cds-WP_003404552.1;Parent=gene-BQ2027_RS04555;Dbxref=GenBank:WP_003404552.1;Name=WP_003404552.1;gbkey=CDS;gene=moaE2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215381.1;locus_tag=BQ2027_RS04555;product=molybdopterin synthase subunit MoaE2;protein_id=WP_003404552.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 965012 965995 . - . ID=gene-BQ2027_RS04560;Name=BQ2027_RS04560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04560;old_locus_tag=BQ2027_MB0891C +Chromosome Protein Homology CDS 965012 965995 . - 0 ID=cds-WP_010950462.1;Parent=gene-BQ2027_RS04560;Dbxref=GenBank:WP_010950462.1;Name=WP_010950462.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215382.1;locus_tag=BQ2027_RS04560;product=transglycosylase family protein;protein_id=WP_010950462.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 966005 966227 . - . ID=id-Chromosome:966005..966227;Dbxref=RFAM:RF00379;Note=cyclic di-AMP (ydaO/yuaA leader) riboswitch senses the signaling molecule cyclic di-AMP;bound_moiety=cyclic di-AMP;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 966443 966721 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04570;Name=moaA;gbkey=Gene;gene=moaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04570;old_locus_tag=BQ2027_MB0893C +Chromosome Protein Homology CDS 966725 967807 . - 0 ID=cds-WP_003404564.1;Parent=gene-BQ2027_RS04570;Dbxref=GenBank:WP_003404564.1;Name=WP_003404564.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0046872,GO:0051539;gbkey=CDS;gene=moaA;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215384.1;locus_tag=BQ2027_RS04570;product=GTP 3'%2C8-cyclase MoaA;protein_id=WP_003404564.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 967804 968193 . - . ID=gene-BQ2027_RS04575;Name=BQ2027_RS04575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04575;old_locus_tag=BQ2027_MB0894C +Chromosome Protein Homology CDS 967804 968193 . - 0 ID=cds-WP_010950463.1;Parent=gene-BQ2027_RS04575;Dbxref=GenBank:WP_010950463.1;Name=WP_010950463.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215385.1;locus_tag=BQ2027_RS04575;product=YccF domain-containing protein;protein_id=WP_010950463.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 968358 968765 . + . ID=gene-BQ2027_RS04580;Name=cspB;gbkey=Gene;gene=cspB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04580;old_locus_tag=BQ2027_MB0895 +Chromosome Protein Homology CDS 968358 968765 . + 0 ID=cds-WP_003404570.1;Parent=gene-BQ2027_RS04580;Dbxref=GenBank:WP_003404570.1;Name=WP_003404570.1;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;gene=cspB;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215386.1;locus_tag=BQ2027_RS04580;product=cold-shock protein;protein_id=WP_003404570.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 968884 970710 . - . ID=gene-BQ2027_RS04585;Name=BQ2027_RS04585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04585;old_locus_tag=BQ2027_MB0896C +Chromosome Protein Homology CDS 968884 970710 . - 0 ID=cds-WP_010950464.1;Parent=gene-BQ2027_RS04585;Dbxref=GenBank:WP_010950464.1;Name=WP_010950464.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009938284.1;locus_tag=BQ2027_RS04585;product=PE family protein;protein_id=WP_010950464.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 970971 972923 . + . ID=gene-BQ2027_RS04590;Name=BQ2027_RS04590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04590;old_locus_tag=BQ2027_MB0897 +Chromosome Protein Homology CDS 970971 972923 . + 0 ID=cds-WP_003898626.1;Parent=gene-BQ2027_RS04590;Dbxref=GenBank:WP_003898626.1;Name=WP_003898626.1;Ontology_term=GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215388.1;locus_tag=BQ2027_RS04590;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003898626.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 973012 974172 . - . ID=gene-BQ2027_RS04595;Name=BQ2027_RS04595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04595;old_locus_tag=BQ2027_MB0898C +Chromosome Protein Homology CDS 973012 974172 . - 0 ID=cds-WP_003404586.1;Parent=gene-BQ2027_RS04595;Dbxref=GenBank:WP_003404586.1;Name=WP_003404586.1;Ontology_term=GO:0007165;gbkey=CDS;go_process=signal transduction|0007165||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215389.1;locus_tag=BQ2027_RS04595;product=FIST signal transduction protein;protein_id=WP_003404586.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 974272 974760 . - . ID=gene-BQ2027_RS04600;Name=BQ2027_RS04600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04600;old_locus_tag=BQ2027_MB0899C +Chromosome Protein Homology CDS 974272 974760 . - 0 ID=cds-WP_003404591.1;Parent=gene-BQ2027_RS04600;Dbxref=GenBank:WP_003404591.1;Name=WP_003404591.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215390.1;locus_tag=BQ2027_RS04600;product=DUF2771 domain-containing protein;protein_id=WP_003404591.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 974757 976403 . - . ID=gene-BQ2027_RS04605;Name=BQ2027_RS04605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04605;old_locus_tag=BQ2027_MB0900C +Chromosome Protein Homology CDS 974757 976403 . - 0 ID=cds-WP_010950465.1;Parent=gene-BQ2027_RS04605;Dbxref=GenBank:WP_010950465.1;Name=WP_010950465.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215391.1;locus_tag=BQ2027_RS04605;product=MFS transporter;protein_id=WP_010950465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 976541 977329 . + . ID=gene-BQ2027_RS04610;Name=BQ2027_RS04610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04610;old_locus_tag=BQ2027_MB0901 +Chromosome Protein Homology CDS 976541 977329 . + 0 ID=cds-WP_003404596.1;Parent=gene-BQ2027_RS04610;Dbxref=GenBank:WP_003404596.1;Name=WP_003404596.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215392.1;locus_tag=BQ2027_RS04610;product=DUF3027 domain-containing protein;protein_id=WP_003404596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 977338 978668 . - . ID=gene-BQ2027_RS04615;Name=BQ2027_RS04615;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04615;old_locus_tag=BQ2027_MB0902C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 977338 978668 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS04615;Parent=gene-BQ2027_RS04615;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177764.1;locus_tag=BQ2027_RS04615;product=PPE domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 978946 979221 . - . ID=gene-BQ2027_RS04620;Name=BQ2027_RS04620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04620;old_locus_tag=BQ2027_MB0903C +Chromosome Protein Homology CDS 978946 979221 . - 0 ID=cds-WP_003404603.1;Parent=gene-BQ2027_RS04620;Dbxref=GenBank:WP_003404603.1;Name=WP_003404603.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215394.1;locus_tag=BQ2027_RS04620;product=DUF2530 domain-containing protein;protein_id=WP_003404603.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 979399 979830 . + . ID=gene-BQ2027_RS04625;Name=BQ2027_RS04625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04625;old_locus_tag=BQ2027_MB0904 +Chromosome Protein Homology CDS 979399 979830 . + 0 ID=cds-WP_003404606.1;Parent=gene-BQ2027_RS04625;Dbxref=GenBank:WP_003404606.1;Name=WP_003404606.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215395.1;locus_tag=BQ2027_RS04625;product=MarR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003404606.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 979827 980693 . + . ID=gene-BQ2027_RS04630;Name=BQ2027_RS04630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04630;old_locus_tag=BQ2027_MB0905 +Chromosome Protein Homology CDS 979827 980693 . + 0 ID=cds-WP_003404610.1;Parent=gene-BQ2027_RS04630;Dbxref=GenBank:WP_003404610.1;Name=WP_003404610.1;Ontology_term=GO:0006396,GO:0032259,GO:0003723,GO:0008173,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,RNA methyltransferase activity|0008173||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=RNA processing|0006396||IEA,methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215396.1;locus_tag=BQ2027_RS04630;product=TrmH family RNA methyltransferase;protein_id=WP_003404610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 980690 980974 . + . ID=gene-BQ2027_RS04635;Name=BQ2027_RS04635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04635;old_locus_tag=BQ2027_MB0906 +Chromosome Protein Homology CDS 980690 980974 . + 0 ID=cds-WP_003404614.1;Parent=gene-BQ2027_RS04635;Dbxref=GenBank:WP_003404614.1;Name=WP_003404614.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215397.1;locus_tag=BQ2027_RS04635;product=DUF2537 domain-containing protein;protein_id=WP_003404614.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 980971 981732 . - . ID=gene-BQ2027_RS04640;Name=sepH;gbkey=Gene;gene=sepH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04640;old_locus_tag=BQ2027_MB0907C +Chromosome Protein Homology CDS 980971 981732 . - 0 ID=cds-WP_003404617.1;Parent=gene-BQ2027_RS04640;Dbxref=GenBank:WP_003404617.1;Name=WP_003404617.1;Ontology_term=GO:0051301;gbkey=CDS;gene=sepH;go_process=cell division|0051301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215398.1;locus_tag=BQ2027_RS04640;product=septation protein SepH;protein_id=WP_003404617.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 981889 983019 . - . ID=gene-BQ2027_RS04645;Name=serC;gbkey=Gene;gene=serC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04645;old_locus_tag=BQ2027_MB0908C +Chromosome Protein Homology CDS 981889 983019 . - 0 ID=cds-WP_003404623.1;Parent=gene-BQ2027_RS04645;Dbxref=GenBank:WP_003404623.1;Name=WP_003404623.1;Ontology_term=GO:0006564,GO:0009058,GO:0004648;gbkey=CDS;gene=serC;go_function=O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity|0004648||IEA;go_process=L-serine biosynthetic process|0006564||IEA,biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215399.1;locus_tag=BQ2027_RS04645;product=phosphoserine transaminase;protein_id=WP_003404623.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 983227 984249 . + . ID=gene-BQ2027_RS04650;Name=BQ2027_RS04650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04650;old_locus_tag=BQ2027_MB0909 +Chromosome Protein Homology CDS 983227 984249 . + 0 ID=cds-WP_003404627.1;Parent=gene-BQ2027_RS04650;Dbxref=GenBank:WP_003404627.1;Name=WP_003404627.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215400.1;locus_tag=BQ2027_RS04650;product=AurF N-oxygenase family protein;protein_id=WP_003404627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 984268 985995 . + . ID=gene-BQ2027_RS04655;Name=fprB;gbkey=Gene;gene=fprB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04655;old_locus_tag=BQ2027_MB0910 +Chromosome Protein Homology CDS 984268 985995 . + 0 ID=cds-WP_003404631.1;Parent=gene-BQ2027_RS04655;Dbxref=GenBank:WP_003404631.1;Name=WP_003404631.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;gene=fprB;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215401.1;locus_tag=BQ2027_RS04655;product=FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003404631.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 985978 986436 . - . ID=gene-BQ2027_RS04660;Name=BQ2027_RS04660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04660;old_locus_tag=BQ2027_MB0911C +Chromosome Protein Homology CDS 985978 986436 . - 0 ID=cds-WP_003404633.1;Parent=gene-BQ2027_RS04660;Dbxref=GenBank:WP_003404633.1;Name=WP_003404633.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215402.1;locus_tag=BQ2027_RS04660;product=VOC family protein;protein_id=WP_003404633.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 987698 989170 . + . ID=gene-BQ2027_RS04665;Name=spmT;gbkey=Gene;gene=spmT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04665;old_locus_tag=BQ2027_MB0912 +Chromosome Protein Homology CDS 987698 989170 . + 0 ID=cds-WP_003901038.1;Parent=gene-BQ2027_RS04665;Dbxref=GenBank:WP_003901038.1;Name=WP_003901038.1;gbkey=CDS;gene=spmT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215403.1;locus_tag=BQ2027_RS04665;product=sphingomyelinase;protein_id=WP_003901038.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 989205 990326 . - . ID=gene-BQ2027_RS04670;Name=citA;gbkey=Gene;gene=citA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04670;old_locus_tag=BQ2027_MB0913C +Chromosome Protein Homology CDS 989205 990326 . - 0 ID=cds-WP_003898633.1;Parent=gene-BQ2027_RS04670;Dbxref=GenBank:WP_003898633.1;Name=WP_003898633.1;gbkey=CDS;gene=citA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215404.1;locus_tag=BQ2027_RS04670;product=citrate synthase 2;protein_id=WP_003898633.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 990413 993677 . - . ID=gene-BQ2027_RS04675;Name=BQ2027_RS04675;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04675;old_locus_tag=BQ2027_MB0914C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 990413 993677 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS04675;Parent=gene-BQ2027_RS04675;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006355;gbkey=CDS;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292513.1;locus_tag=BQ2027_RS04675;product=LuxR C-terminal-related transcriptional regulator;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 994318 995805 . + . ID=gene-BQ2027_RS04680;Name=BQ2027_RS04680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04680;old_locus_tag=BQ2027_MB0916 +Chromosome Protein Homology CDS 994318 995805 . + 0 ID=cds-WP_003404651.1;Parent=gene-BQ2027_RS04680;Dbxref=GenBank:WP_003404651.1;Name=WP_003404651.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0016709,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen%2C NAD(P)H as one donor%2C and incorporation of one atom of oxygen|0016709||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215407.1;locus_tag=BQ2027_RS04680;product=flavin-containing monooxygenase;protein_id=WP_003404651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 995783 996760 . - . ID=gene-BQ2027_RS04685;Name=BQ2027_RS04685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04685;old_locus_tag=BQ2027_MB0917C +Chromosome Protein Homology CDS 995783 996760 . - 0 ID=cds-WP_003404654.1;Parent=gene-BQ2027_RS04685;Dbxref=GenBank:WP_003404654.1;Name=WP_003404654.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215408.1;locus_tag=BQ2027_RS04685;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003404654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 996989 998170 . + . ID=gene-BQ2027_RS04690;Name=BQ2027_RS04690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04690;old_locus_tag=BQ2027_MB0918 +Chromosome Protein Homology CDS 996989 998170 . + 0 ID=cds-WP_003404660.1;Parent=gene-BQ2027_RS04690;Dbxref=GenBank:WP_003404660.1;Name=WP_003404660.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215409.1;locus_tag=BQ2027_RS04690;product=ATP-binding protein;protein_id=WP_003404660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 998328 999764 . + . ID=gene-BQ2027_RS04695;Name=BQ2027_RS04695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04695;old_locus_tag=BQ2027_MB0919 +Chromosome Protein Homology CDS 998328 999764 . + 0 ID=cds-WP_003898635.1;Parent=gene-BQ2027_RS04695;Dbxref=GenBank:WP_003898635.1;Name=WP_003898635.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898635.1;locus_tag=BQ2027_RS04695;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003898635.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 999937 1001232 . + . ID=gene-BQ2027_RS04700;Name=BQ2027_RS04700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04700;old_locus_tag=BQ2027_MB0920 +Chromosome Protein Homology CDS 999937 1001232 . + 0 ID=cds-WP_003404665.1;Parent=gene-BQ2027_RS04700;Dbxref=GenBank:WP_003404665.1;Name=WP_003404665.1;Ontology_term=GO:0046912;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C acyl groups converted into alkyl on transfer|0046912||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215411.1;locus_tag=BQ2027_RS04700;product=citrate synthase;protein_id=WP_003404665.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1001273 1002880 . - . ID=gene-BQ2027_RS04705;Name=BQ2027_RS04705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04705;old_locus_tag=BQ2027_MB0921C +Chromosome Protein Homology CDS 1001273 1002880 . - 0 ID=cds-WP_003900230.1;Parent=gene-BQ2027_RS04705;Dbxref=GenBank:WP_003900230.1;Name=WP_003900230.1;Ontology_term=GO:0016116,GO:0016117,GO:0009055,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=carotenoid metabolic process|0016116||IEA,carotenoid biosynthetic process|0016117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215412.1;locus_tag=BQ2027_RS04705;product=phytoene desaturase family protein;protein_id=WP_003900230.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1002906 1003169 . - . ID=gene-BQ2027_RS04710;Name=BQ2027_RS04710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04710;old_locus_tag=BQ2027_MB0922C +Chromosome Protein Homology CDS 1002906 1003169 . - 0 ID=cds-WP_003404673.1;Parent=gene-BQ2027_RS04710;Dbxref=GenBank:WP_003404673.1;Name=WP_003404673.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215413.1;locus_tag=BQ2027_RS04710;product=DUF2630 family protein;protein_id=WP_003404673.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1003277 1004257 . + . ID=gene-BQ2027_RS04715;Name=arfA;gbkey=Gene;gene=arfA;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=ompATb;locus_tag=BQ2027_RS04715;old_locus_tag=BQ2027_MB0923 +Chromosome Protein Homology CDS 1003277 1004257 . + 0 ID=cds-WP_003404684.1;Parent=gene-BQ2027_RS04715;Dbxref=GenBank:WP_003404684.1;Name=WP_003404684.1;gbkey=CDS;gene=arfA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215414.1;locus_tag=BQ2027_RS04715;product=channel-forming protein ArfA/OmpATb;protein_id=WP_003404684.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1004270 1004422 . + . ID=gene-BQ2027_RS04720;Name=arfB;gbkey=Gene;gene=arfB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04720;old_locus_tag=BQ2027_MB0924 +Chromosome Protein Homology CDS 1004270 1004422 . + 0 ID=cds-WP_003404687.1;Parent=gene-BQ2027_RS04720;Dbxref=GenBank:WP_003404687.1;Name=WP_003404687.1;gbkey=CDS;gene=arfB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215415.1;locus_tag=BQ2027_RS04720;product=channel accessory protein ArfB;protein_id=WP_003404687.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1004422 1004949 . + . ID=gene-BQ2027_RS04725;Name=arfC;gbkey=Gene;gene=arfC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04725;old_locus_tag=BQ2027_MB0925 +Chromosome Protein Homology CDS 1004422 1004949 . + 0 ID=cds-WP_003404688.1;Parent=gene-BQ2027_RS04725;Dbxref=GenBank:WP_003404688.1;Name=WP_003404688.1;gbkey=CDS;gene=arfC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215416.1;locus_tag=BQ2027_RS04725;product=channel accessory protein ArfC%2C sunset domain variant;protein_id=WP_003404688.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1004966 1006306 . - . ID=gene-BQ2027_RS04730;Name=prrB;gbkey=Gene;gene=prrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04730;old_locus_tag=BQ2027_MB0926C +Chromosome Protein Homology CDS 1004966 1006306 . - 0 ID=cds-WP_003404689.1;Parent=gene-BQ2027_RS04730;Dbxref=GenBank:WP_003404689.1;Name=WP_003404689.1;gbkey=CDS;gene=prrB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215417.1;locus_tag=BQ2027_RS04730;product=two-component system sensor histidine kinase PrrB;protein_id=WP_003404689.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1006317 1007027 . - . ID=gene-BQ2027_RS04735;Name=prrA;gbkey=Gene;gene=prrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04735;old_locus_tag=BQ2027_MB0927C +Chromosome Protein Homology CDS 1006317 1007027 . - 0 ID=cds-WP_003404690.1;Parent=gene-BQ2027_RS04735;Dbxref=GenBank:WP_003404690.1;Name=WP_003404690.1;gbkey=CDS;gene=prrA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215418.1;locus_tag=BQ2027_RS04735;product=two-component system response regulator PrrA;protein_id=WP_003404690.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1007158 1008645 . - . ID=gene-BQ2027_RS04740;Name=BQ2027_RS04740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04740;old_locus_tag=BQ2027_MB0928C +Chromosome Protein Homology CDS 1007158 1008645 . - 0 ID=cds-WP_003404691.1;Parent=gene-BQ2027_RS04740;Dbxref=GenBank:WP_003404691.1;Name=WP_003404691.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215419.1;locus_tag=BQ2027_RS04740;product=carboxyl transferase domain-containing protein;protein_id=WP_003404691.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1008672 1009403 . + . ID=gene-BQ2027_RS04745;Name=BQ2027_RS04745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04745;old_locus_tag=BQ2027_MB0929 +Chromosome Protein Homology CDS 1008672 1009403 . + 0 ID=cds-WP_003404702.1;Parent=gene-BQ2027_RS04745;Dbxref=GenBank:WP_003404702.1;Name=WP_003404702.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215420.1;locus_tag=BQ2027_RS04745;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003404702.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1009409 1010527 . + . ID=gene-BQ2027_RS04750;Name=BQ2027_RS04750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04750;old_locus_tag=BQ2027_MB0930 +Chromosome Protein Homology CDS 1009409 1010527 . + 0 ID=cds-WP_003404705.1;Parent=gene-BQ2027_RS04750;Dbxref=GenBank:WP_003404705.1;Name=WP_003404705.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215421.1;locus_tag=BQ2027_RS04750;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003404705.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1010620 1012200 . + . ID=gene-BQ2027_RS04755;Name=BQ2027_RS04755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04755;old_locus_tag=BQ2027_MB0931 +Chromosome Protein Homology CDS 1010620 1012200 . + 0 ID=cds-WP_011799139.1;Parent=gene-BQ2027_RS04755;Dbxref=GenBank:WP_011799139.1;Name=WP_011799139.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009975161.1;locus_tag=BQ2027_RS04755;product=serine hydrolase;protein_id=WP_011799139.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1012197 1014590 . + . ID=gene-BQ2027_RS04760;Name=ctpE;gbkey=Gene;gene=ctpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04760;old_locus_tag=BQ2027_MB0932 +Chromosome Protein Homology CDS 1012197 1014590 . + 0 ID=cds-WP_003898639.1;Parent=gene-BQ2027_RS04760;Dbxref=GenBank:WP_003898639.1;Name=WP_003898639.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0015662,GO:0016887,GO:0019829,GO:0046872,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ctpE;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,P-type ion transporter activity|0015662||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity|0019829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215423.1;locus_tag=BQ2027_RS04760;product=cation-translocating P-type ATPase;protein_id=WP_003898639.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1014863 1015021 . + . ID=gene-BQ2027_RS04765;Name=BQ2027_RS04765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04765 +Chromosome Protein Homology CDS 1014863 1015021 . + 0 ID=cds-WP_003404720.1;Parent=gene-BQ2027_RS04765;Dbxref=GenBank:WP_003404720.1;Name=WP_003404720.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003404720.1;locus_tag=BQ2027_RS04765;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003404720.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1015147 1015326 . + . ID=gene-BQ2027_RS04770;Name=BQ2027_RS04770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04770;old_locus_tag=BQ2027_MB0933 +Chromosome Protein Homology CDS 1015147 1015326 . + 0 ID=cds-WP_003404724.1;Parent=gene-BQ2027_RS04770;Dbxref=GenBank:WP_003404724.1;Name=WP_003404724.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215424.1;locus_tag=BQ2027_RS04770;product=antitoxin;protein_id=WP_003404724.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1015332 1015766 . + . ID=gene-BQ2027_RS04775;Name=BQ2027_RS04775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04775;old_locus_tag=BQ2027_MB0934 +Chromosome Protein Homology CDS 1015332 1015766 . + 0 ID=cds-WP_003404726.1;Parent=gene-BQ2027_RS04775;Dbxref=GenBank:WP_003404726.1;Name=WP_003404726.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215425.1;locus_tag=BQ2027_RS04775;product=type II toxin-antitoxin system Rv0910 family toxin;protein_id=WP_003404726.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1015864 1016637 . + . ID=gene-BQ2027_RS04780;Name=BQ2027_RS04780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04780;old_locus_tag=BQ2027_MB0935 +Chromosome Protein Homology CDS 1015864 1016637 . + 0 ID=cds-WP_003404735.1;Parent=gene-BQ2027_RS04780;Dbxref=GenBank:WP_003404735.1;Name=WP_003404735.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215426.1;locus_tag=BQ2027_RS04780;product=VOC family protein;protein_id=WP_003404735.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1016702 1017151 . + . ID=gene-BQ2027_RS04785;Name=BQ2027_RS04785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04785;old_locus_tag=BQ2027_MB0936 +Chromosome Protein Homology CDS 1016702 1017151 . + 0 ID=cds-WP_003404738.1;Parent=gene-BQ2027_RS04785;Dbxref=GenBank:WP_003404738.1;Name=WP_003404738.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215427.1;locus_tag=BQ2027_RS04785;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003404738.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1017286 1017516 . - . ID=gene-BQ2027_RS04790;Name=BQ2027_RS04790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04790 +Chromosome Protein Homology CDS 1017286 1017516 . - 0 ID=cds-WP_003898642.1;Parent=gene-BQ2027_RS04790;Dbxref=GenBank:WP_003898642.1;Name=WP_003898642.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003404739.1;locus_tag=BQ2027_RS04790;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898642.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1017683 1019191 . - . ID=gene-BQ2027_RS04795;Name=BQ2027_RS04795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04795;old_locus_tag=BQ2027_MB0937C +Chromosome Protein Homology CDS 1017683 1019191 . - 0 ID=cds-WP_010950467.1;Parent=gene-BQ2027_RS04795;Dbxref=GenBank:WP_010950467.1;Name=WP_010950467.1;Ontology_term=GO:0006720,GO:0016702,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on single donors with incorporation of molecular oxygen%2C incorporation of two atoms of oxygen|0016702||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=isoprenoid metabolic process|0006720||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215428.1;locus_tag=BQ2027_RS04795;product=carotenoid oxygenase family protein;protein_id=WP_010950467.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1019193 1020431 . - . ID=gene-BQ2027_RS04800;Name=BQ2027_RS04800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04800;old_locus_tag=BQ2027_MB0938C +Chromosome Protein Homology CDS 1019193 1020431 . - 0 ID=cds-WP_003404744.1;Parent=gene-BQ2027_RS04800;Dbxref=GenBank:WP_003404744.1;Name=WP_003404744.1;Ontology_term=GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215429.1;locus_tag=BQ2027_RS04800;product=acetyl-CoA acetyltransferase;protein_id=WP_003404744.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1020524 1021795 . - . ID=gene-BQ2027_RS04805;Name=BQ2027_RS04805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04805;old_locus_tag=BQ2027_MB0939C +Chromosome Protein Homology CDS 1020524 1021795 . - 0 ID=cds-WP_003404747.1;Parent=gene-BQ2027_RS04805;Dbxref=GenBank:WP_003404747.1;Name=WP_003404747.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177765.1;locus_tag=BQ2027_RS04805;product=PPE family protein;protein_id=WP_003404747.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1021810 1022109 . - . ID=gene-BQ2027_RS04810;Name=BQ2027_RS04810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04810;old_locus_tag=BQ2027_MB0940C +Chromosome Protein Homology CDS 1021810 1022109 . - 0 ID=cds-WP_003404748.1;Parent=gene-BQ2027_RS04810;Dbxref=GenBank:WP_003404748.1;Name=WP_003404748.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177766.1;locus_tag=BQ2027_RS04810;product=PE family protein;protein_id=WP_003404748.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1022553 1024334 . + . ID=gene-BQ2027_RS04815;Name=betP;gbkey=Gene;gene=betP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04815;old_locus_tag=BQ2027_MB0941 +Chromosome Protein Homology CDS 1022553 1024334 . + 0 ID=cds-WP_003404749.1;Parent=gene-BQ2027_RS04815;Dbxref=GenBank:WP_003404749.1;Name=WP_003404749.1;Ontology_term=GO:0071705,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=betP;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=nitrogen compound transport|0071705||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215432.1;locus_tag=BQ2027_RS04815;product=BCCT family transporter;protein_id=WP_003404749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1024331 1024588 . + . ID=gene-BQ2027_RS04820;Name=BQ2027_RS04820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04820 +Chromosome Protein Homology CDS 1024331 1024588 . + 0 ID=cds-WP_003404750.1;Parent=gene-BQ2027_RS04820;Dbxref=GenBank:WP_003404750.1;Name=WP_003404750.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003404750.1;locus_tag=BQ2027_RS04820;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003404750.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1024677 1025153 . + . ID=gene-BQ2027_RS04825;Name=BQ2027_RS04825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04825;old_locus_tag=BQ2027_MB0942 +Chromosome Protein Homology CDS 1024677 1025153 . + 0 ID=cds-WP_003404754.1;Parent=gene-BQ2027_RS04825;Dbxref=GenBank:WP_003404754.1;Name=WP_003404754.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215433.1;locus_tag=BQ2027_RS04825;product=type II toxin-antitoxin system TacA family antitoxin;protein_id=WP_003404754.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1025150 1025650 . + . ID=gene-BQ2027_RS04830;Name=BQ2027_RS04830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04830;old_locus_tag=BQ2027_MB0943 +Chromosome Protein Homology CDS 1025150 1025650 . + 0 ID=cds-WP_003404756.1;Parent=gene-BQ2027_RS04830;Dbxref=GenBank:WP_003404756.1;Name=WP_003404756.1;Ontology_term=GO:0008080,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215434.1;locus_tag=BQ2027_RS04830;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003404756.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1025787 1025859 . - . ID=gene-BQ2027_RS04835;Name=BQ2027_RS04835;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS04835;old_locus_tag=BQ2027_ARGT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1025787 1025859 . - . ID=rna-BQ2027_RS04835;Parent=gene-BQ2027_RS04835;anticodon=(pos:complement(1025824..1025826));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04835;product=tRNA-Arg +Chromosome tRNAscan-SE exon 1025787 1025859 . - . ID=exon-BQ2027_RS04835-1;Parent=rna-BQ2027_RS04835;anticodon=(pos:complement(1025824..1025826));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS04835;product=tRNA-Arg +Chromosome RefSeq gene 1025963 1027282 . - . ID=gene-BQ2027_RS04840;Name=BQ2027_RS04840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04840;old_locus_tag=BQ2027_MB0944C +Chromosome Protein Homology CDS 1025963 1027282 . - 0 ID=cds-WP_010950468.1;Parent=gene-BQ2027_RS04840;Dbxref=GenBank:WP_010950468.1;Name=WP_010950468.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215435.1;locus_tag=BQ2027_RS04840;product=IS256-like element IS1554 family transposase;protein_id=WP_010950468.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1027570 1028151 . + . ID=gene-BQ2027_RS04845;Name=BQ2027_RS04845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04845;old_locus_tag=BQ2027_MB0945 +Chromosome Protein Homology CDS 1027570 1028151 . + 0 ID=cds-WP_003404760.1;Parent=gene-BQ2027_RS04845;Dbxref=GenBank:WP_003404760.1;Name=WP_003404760.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215436.1;locus_tag=BQ2027_RS04845;product=IS607-like element IS1535 family transposase;protein_id=WP_003404760.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1028151 1029803 . + . ID=gene-BQ2027_RS04850;Name=tnpB;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04850;old_locus_tag=BQ2027_MB0946 +Chromosome Protein Homology CDS 1028151 1029803 . + 0 ID=cds-WP_003404761.1;Parent=gene-BQ2027_RS04850;Dbxref=GenBank:WP_003404761.1;Name=WP_003404761.1;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215437.1;locus_tag=BQ2027_RS04850;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;protein_id=WP_003404761.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1029979 1031043 . - . ID=gene-BQ2027_RS04855;Name=BQ2027_RS04855;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04855;old_locus_tag=BQ2027_MB0947C +Chromosome Protein Homology CDS 1029979 1031043 . - 0 ID=cds-WP_003898648.1;Parent=gene-BQ2027_RS04855;Dbxref=GenBank:WP_003898648.1;Name=WP_003898648.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215438.1;locus_tag=BQ2027_RS04855;product=poly-gamma-glutamate hydrolase family protein;protein_id=WP_003898648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1031044 1032330 . - . ID=gene-BQ2027_RS04860;Name=mntH;gbkey=Gene;gene=mntH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04860 +Chromosome Protein Homology CDS 1031044 1032330 . - 0 ID=cds-WP_003898649.1;Parent=gene-BQ2027_RS04860;Dbxref=GenBank:WP_003898649.1;Name=WP_003898649.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=mntH;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177767.1;locus_tag=BQ2027_RS04860;product=Nramp family divalent metal transporter;protein_id=WP_003898649.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1032362 1033098 . - . ID=gene-BQ2027_RS04865;Name=BQ2027_RS04865;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04865;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1032362 1033098 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS04865;Parent=gene-BQ2027_RS04865;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0009055,GO:0010181;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,FMN binding|0010181||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215440.1;locus_tag=BQ2027_RS04865;product=flavodoxin family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1033175 1034251 . - . ID=gene-BQ2027_RS04870;Name=BQ2027_RS04870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04870;old_locus_tag=BQ2027_MB0949C +Chromosome Protein Homology CDS 1033175 1034251 . - 0 ID=cds-WP_003404767.1;Parent=gene-BQ2027_RS04870;Dbxref=GenBank:WP_003404767.1;Name=WP_003404767.1;Ontology_term=GO:0016638;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-NH2 group of donors|0016638||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215441.1;locus_tag=BQ2027_RS04870;product=NAD(P)H-dependent amine dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003404767.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1034305 1035096 . - . ID=gene-BQ2027_RS04875;Name=BQ2027_RS04875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04875;old_locus_tag=BQ2027_MB0950C +Chromosome Protein Homology CDS 1034305 1035096 . - 0 ID=cds-WP_003404769.1;Parent=gene-BQ2027_RS04875;Dbxref=GenBank:WP_003404769.1;Name=WP_003404769.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215442.1;locus_tag=BQ2027_RS04875;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003404769.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1035368 1036480 . + . ID=gene-BQ2027_RS04880;Name=pstS;gbkey=Gene;gene=pstS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04880;old_locus_tag=BQ2027_MB0951 +Chromosome Protein Homology CDS 1035368 1036480 . + 0 ID=cds-WP_003404775.1;Parent=gene-BQ2027_RS04880;Dbxref=GenBank:WP_003404775.1;Name=WP_003404775.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0035435,GO:0015415,GO:0042301,GO:0043190;gbkey=CDS;gene=pstS;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATPase-coupled phosphate ion transmembrane transporter activity|0015415||IEA,phosphate ion binding|0042301||IEA;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA,phosphate ion transmembrane transport|0035435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177768.1;locus_tag=BQ2027_RS04880;product=phosphate ABC transporter substrate-binding protein PstS;protein_id=WP_003404775.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1036493 1037467 . + . ID=gene-BQ2027_RS04885;Name=pstC;gbkey=Gene;gene=pstC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04885;old_locus_tag=BQ2027_MB0952 +Chromosome Protein Homology CDS 1036493 1037467 . + 0 ID=cds-WP_003404779.1;Parent=gene-BQ2027_RS04885;Dbxref=GenBank:WP_003404779.1;Name=WP_003404779.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0015415,GO:0005886,GO:0055052;gbkey=CDS;gene=pstC;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATPase-coupled phosphate ion transmembrane transporter activity|0015415||IEA;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215444.1;locus_tag=BQ2027_RS04885;product=phosphate ABC transporter permease subunit PstC;protein_id=WP_003404779.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1037464 1038378 . + . ID=gene-BQ2027_RS04890;Name=pstA;gbkey=Gene;gene=pstA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04890;old_locus_tag=BQ2027_MB0953 +Chromosome Protein Homology CDS 1037464 1038378 . + 0 ID=cds-WP_003898651.1;Parent=gene-BQ2027_RS04890;Dbxref=GenBank:WP_003898651.1;Name=WP_003898651.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0015415,GO:0005886,GO:0055052;gbkey=CDS;gene=pstA;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATPase-coupled phosphate ion transmembrane transporter activity|0015415||IEA;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898651.1;locus_tag=BQ2027_RS04890;product=phosphate ABC transporter permease PstA;protein_id=WP_003898651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1038385 1040380 . - . ID=gene-BQ2027_RS04895;Name=pknD;gbkey=Gene;gene=pknD;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS04895;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1038385 1040380 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS04895;Parent=gene-BQ2027_RS04895;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=pknD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215446.1;locus_tag=BQ2027_RS04895;product=serine/threonine protein kinase PknD;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1040402 1041514 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04935;Name=BQ2027_RS04935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04935;old_locus_tag=BQ2027_MB0964 +Chromosome Protein Homology CDS 1048879 1050813 . + 0 ID=cds-WP_003404801.1;Parent=gene-BQ2027_RS04935;Dbxref=GenBank:WP_003404801.1;Name=WP_003404801.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215454.1;locus_tag=BQ2027_RS04935;product=fumarylacetoacetate hydrolase family protein;protein_id=WP_003404801.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1051060 1051926 . - . ID=gene-BQ2027_RS04940;Name=BQ2027_RS04940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04940;old_locus_tag=BQ2027_MB0965C +Chromosome Protein Homology CDS 1051060 1051926 . - 0 ID=cds-WP_003404819.1;Parent=gene-BQ2027_RS04940;Dbxref=GenBank:WP_003404819.1;Name=WP_003404819.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215455.1;locus_tag=BQ2027_RS04940;product=TIGR03619 family F420-dependent LLM class oxidoreductase;protein_id=WP_003404819.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1052011 1052784 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04960;Name=BQ2027_RS04960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04960;old_locus_tag=BQ2027_MB0969 +Chromosome Protein Homology CDS 1054232 1054708 . + 0 ID=cds-WP_003404828.1;Parent=gene-BQ2027_RS04960;Dbxref=GenBank:WP_003404828.1;Name=WP_003404828.1;Ontology_term=GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215459.1;locus_tag=BQ2027_RS04960;product=zinc finger domain-containing protein;protein_id=WP_003404828.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1054726 1055475 . + . ID=gene-BQ2027_RS04965;Name=BQ2027_RS04965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04965;old_locus_tag=BQ2027_MB0970 +Chromosome Protein Homology CDS 1054726 1055475 . + 0 ID=cds-WP_003918158.1;Parent=gene-BQ2027_RS04965;Dbxref=GenBank:WP_003918158.1;Name=WP_003918158.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007777012.1;locus_tag=BQ2027_RS04965;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003918158.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1055491 1057152 . - . ID=gene-BQ2027_RS04970;Name=pgi;gbkey=Gene;gene=pgi;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04970;old_locus_tag=BQ2027_MB0971C +Chromosome Protein Homology CDS 1055491 1057152 . - 0 ID=cds-WP_003404830.1;Parent=gene-BQ2027_RS04970;Dbxref=GenBank:WP_003404830.1;Name=WP_003404830.1;Ontology_term=GO:0006094,GO:0006096,GO:0004347;gbkey=CDS;gene=pgi;go_function=glucose-6-phosphate isomerase activity|0004347||IEA;go_process=gluconeogenesis|0006094||IEA,glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215461.1;locus_tag=BQ2027_RS04970;product=glucose-6-phosphate isomerase;protein_id=WP_003404830.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1057767 1057997 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS04985;Name=pcrA;gbkey=Gene;gene=pcrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04985;old_locus_tag=BQ2027_MB0974 +Chromosome Protein Homology CDS 1058727 1061042 . + 0 ID=cds-WP_003404859.1;Parent=gene-BQ2027_RS04985;Dbxref=GenBank:WP_003404859.1;Name=WP_003404859.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0006281,GO:0003678,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=pcrA;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=DNA helicase activity|0003678||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA,DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177772.1;locus_tag=BQ2027_RS04985;product=DNA helicase PcrA;protein_id=WP_003404859.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1061123 1062121 . - . ID=gene-BQ2027_RS04990;Name=BQ2027_RS04990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS04990;old_locus_tag=BQ2027_MB0975C +Chromosome Protein Homology CDS 1061123 1062121 . - 0 ID=cds-WP_003404862.1;Parent=gene-BQ2027_RS04990;Dbxref=GenBank:WP_003404862.1;Name=WP_003404862.1;Ontology_term=GO:0008237,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215465.1;locus_tag=BQ2027_RS04990;product=M23 family metallopeptidase;protein_id=WP_003404862.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1062431 1063594 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS05080;Name=BQ2027_RS05080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05080;old_locus_tag=BQ2027_MB0993 +Chromosome Protein Homology CDS 1078858 1079154 . + 0 ID=cds-WP_003404939.1;Parent=gene-BQ2027_RS05080;Dbxref=GenBank:WP_003404939.1;Name=WP_003404939.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215483.1;locus_tag=BQ2027_RS05080;product=DUF1490 family protein;protein_id=WP_003404939.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1079210 1081522 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS05200;Name=BQ2027_RS05200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05200;old_locus_tag=BQ2027_MB1017C +Chromosome Protein Homology CDS 1107922 1108578 . - 0 ID=cds-WP_003405138.1;Parent=gene-BQ2027_RS05200;Dbxref=GenBank:WP_003405138.1;Name=WP_003405138.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215505.1;locus_tag=BQ2027_RS05200;product=SAF domain-containing protein;protein_id=WP_003405138.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1108651 1108983 . - . ID=gene-BQ2027_RS05205;Name=BQ2027_RS05205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05205;old_locus_tag=BQ2027_MB1018C +Chromosome Protein Homology CDS 1108651 1108983 . - 0 ID=cds-WP_003405142.1;Parent=gene-BQ2027_RS05205;Dbxref=GenBank:WP_003405142.1;Name=WP_003405142.1;Ontology_term=GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215506.1;locus_tag=BQ2027_RS05205;product=FmdB family zinc ribbon protein;protein_id=WP_003405142.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1109057 1109650 . - . ID=gene-BQ2027_RS05210;Name=BQ2027_RS05210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05210;old_locus_tag=BQ2027_MB1019C +Chromosome Protein Homology CDS 1109057 1109650 . - 0 ID=cds-WP_003405144.1;Parent=gene-BQ2027_RS05210;Dbxref=GenBank:WP_003405144.1;Name=WP_003405144.1;Ontology_term=GO:0006730,GO:0030272;gbkey=CDS;go_function=5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity|0030272||IEA;go_process=one-carbon metabolic process|0006730||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215507.1;locus_tag=BQ2027_RS05210;product=5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase;protein_id=WP_003405144.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1109751 1110671 . + . ID=gene-BQ2027_RS05215;Name=galU;gbkey=Gene;gene=galU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05215;old_locus_tag=BQ2027_MB1020 +Chromosome Protein Homology CDS 1109751 1110671 . + 0 ID=cds-WP_003405145.1;Parent=gene-BQ2027_RS05215;Dbxref=GenBank:WP_003405145.1;Name=WP_003405145.1;Ontology_term=GO:0009225,GO:0003983;gbkey=CDS;gene=galU;go_function=UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity|0003983||IEA;go_process=nucleotide-sugar metabolic process|0009225||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215508.1;locus_tag=BQ2027_RS05215;product=UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase;protein_id=WP_003405145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1110748 1112028 . + . ID=gene-BQ2027_RS05220;Name=glp;gbkey=Gene;gene=glp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05220;old_locus_tag=BQ2027_MB1021 +Chromosome Protein Homology CDS 1110748 1112028 . + 0 ID=cds-WP_003405146.1;Parent=gene-BQ2027_RS05220;Dbxref=GenBank:WP_003405146.1;Name=WP_003405146.1;Ontology_term=GO:1990586;gbkey=CDS;gene=glp;go_component=divisome complex|1990586||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177776.1;locus_tag=BQ2027_RS05220;product=molybdotransferase-like divisome protein Glp;protein_id=WP_003405146.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1112049 1112702 . + . ID=gene-BQ2027_RS05225;Name=rimJ;gbkey=Gene;gene=rimJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05225;old_locus_tag=BQ2027_MB1022 +Chromosome Protein Homology CDS 1112049 1112702 . + 0 ID=cds-WP_003898681.1;Parent=gene-BQ2027_RS05225;Dbxref=GenBank:WP_003898681.1;Name=WP_003898681.1;Ontology_term=GO:0008080,GO:0016746;gbkey=CDS;gene=rimJ;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898681.1;locus_tag=BQ2027_RS05225;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003898681.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1112863 1113939 . + . ID=gene-BQ2027_RS05230;Name=sepX;gbkey=Gene;gene=sepX;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=glpR;locus_tag=BQ2027_RS05230;old_locus_tag=BQ2027_MB1023 +Chromosome Protein Homology CDS 1112863 1113939 . + 0 ID=cds-WP_010950481.1;Parent=gene-BQ2027_RS05230;Dbxref=GenBank:WP_010950481.1;Name=WP_010950481.1;Ontology_term=GO:1990586;gbkey=CDS;gene=sepX;go_component=divisome complex|1990586||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215511.1;locus_tag=BQ2027_RS05230;product=divisome protein SepX/GlpR;protein_id=WP_010950481.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1113990 1114065 . + . ID=gene-BQ2027_RS05235;Name=BQ2027_RS05235;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS05235 +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1113990 1114065 . + . ID=rna-BQ2027_RS05235;Parent=gene-BQ2027_RS05235;anticodon=(pos:1114023..1114025);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS05235;product=tRNA-Ala +Chromosome tRNAscan-SE exon 1113990 1114065 . + . ID=exon-BQ2027_RS05235-1;Parent=rna-BQ2027_RS05235;anticodon=(pos:1114023..1114025);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS05235;product=tRNA-Ala +Chromosome RefSeq gene 1114340 1114591 . + . ID=gene-BQ2027_RS05240;Name=BQ2027_RS05240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05240;old_locus_tag=BQ2027_MB1023A +Chromosome Protein Homology CDS 1114340 1114591 . + 0 ID=cds-WP_003405150.1;Parent=gene-BQ2027_RS05240;Dbxref=GenBank:WP_003405150.1;Name=WP_003405150.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030028.1;locus_tag=BQ2027_RS05240;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405150.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1114652 1114861 . - . ID=gene-BQ2027_RS05245;Name=BQ2027_RS05245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05245 +Chromosome Protein Homology CDS 1114652 1114861 . - 0 ID=cds-WP_003405160.1;Parent=gene-BQ2027_RS05245;Dbxref=GenBank:WP_003405160.1;Name=WP_003405160.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015627059.1;locus_tag=BQ2027_RS05245;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405160.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1114865 1115257 . - . ID=gene-BQ2027_RS05250;Name=BQ2027_RS05250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05250 +Chromosome Protein Homology CDS 1114865 1115257 . - 0 ID=cds-WP_009935838.1;Parent=gene-BQ2027_RS05250;Dbxref=GenBank:WP_009935838.1;Name=WP_009935838.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292599.1;locus_tag=BQ2027_RS05250;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_009935838.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1115227 1116228 . + . ID=gene-BQ2027_RS05255;Name=BQ2027_RS05255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05255;old_locus_tag=BQ2027_MB1025 +Chromosome Protein Homology CDS 1115227 1116228 . + 0 ID=cds-WP_003405164.1;Parent=gene-BQ2027_RS05255;Dbxref=GenBank:WP_003405164.1;Name=WP_003405164.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215513.1;locus_tag=BQ2027_RS05255;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003405164.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1116225 1116314 . + . ID=gene-BQ2027_RS05260;Name=BQ2027_RS05260;end_range=1116314,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05260;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1116225 +Chromosome Protein Homology CDS 1116225 1116314 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS05260;Parent=gene-BQ2027_RS05260;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=1116314,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003872787.1;locus_tag=BQ2027_RS05260;partial=true;product=DUF5642 family protein;pseudo=true;start_range=.,1116225;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1116345 1117004 . + . ID=gene-BQ2027_RS05265;Name=BQ2027_RS05265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05265;old_locus_tag=BQ2027_MB1026 +Chromosome Protein Homology CDS 1116345 1117004 . + 0 ID=cds-WP_003911352.1;Parent=gene-BQ2027_RS05265;Dbxref=GenBank:WP_003911352.1;Name=WP_003911352.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911352.1;locus_tag=BQ2027_RS05265;product=DUF5642 family protein;protein_id=WP_003911352.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1117010 1117606 . - . ID=gene-BQ2027_RS05270;Name=BQ2027_RS05270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05270;old_locus_tag=BQ2027_MB1027C +Chromosome Protein Homology CDS 1117010 1117606 . - 0 ID=cds-WP_003913180.1;Parent=gene-BQ2027_RS05270;Dbxref=GenBank:WP_003913180.1;Name=WP_003913180.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015632682.1;locus_tag=BQ2027_RS05270;product=alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB;protein_id=WP_003913180.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1117664 1118872 . + . ID=gene-BQ2027_RS05275;Name=arcA;gbkey=Gene;gene=arcA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05275;old_locus_tag=BQ2027_MB1028 +Chromosome Protein Homology CDS 1117664 1118872 . + 0 ID=cds-WP_003405169.1;Parent=gene-BQ2027_RS05275;Dbxref=GenBank:WP_003405169.1;Name=WP_003405169.1;Ontology_term=GO:0019546,GO:0016990;gbkey=CDS;gene=arcA;go_function=arginine deiminase activity|0016990||IEA;go_process=L-arginine deiminase pathway|0019546||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215517.1;locus_tag=BQ2027_RS05275;product=arginine deiminase;protein_id=WP_003405169.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1118907 1120418 . - . ID=gene-BQ2027_RS05280;Name=BQ2027_RS05280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05280;old_locus_tag=BQ2027_MB1029C +Chromosome Protein Homology CDS 1118907 1120418 . - 0 ID=cds-WP_003405171.1;Parent=gene-BQ2027_RS05280;Dbxref=GenBank:WP_003405171.1;Name=WP_003405171.1;Ontology_term=GO:0004169;gbkey=CDS;go_function=dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity|0004169||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215518.1;locus_tag=BQ2027_RS05280;product=dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase;protein_id=WP_003405171.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1120501 1121358 . + . ID=gene-BQ2027_RS05285;Name=rsmI;gbkey=Gene;gene=rsmI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05285;old_locus_tag=BQ2027_MB1030 +Chromosome Protein Homology CDS 1120501 1121358 . + 0 ID=cds-WP_003405173.1;Parent=gene-BQ2027_RS05285;Dbxref=GenBank:WP_003405173.1;Name=WP_003405173.1;Ontology_term=GO:0000451,GO:0008649,GO:0008757;gbkey=CDS;gene=rsmI;go_function=rRNA methyltransferase activity|0008649||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;go_process=rRNA 2'-O-methylation|0000451||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215519.1;locus_tag=BQ2027_RS05285;product=16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase;protein_id=WP_003405173.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1121368 1122627 . - . ID=gene-BQ2027_RS05290;Name=BQ2027_RS05290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05290;old_locus_tag=BQ2027_MB1031C +Chromosome Protein Homology CDS 1121368 1122627 . - 0 ID=cds-WP_003910253.1;Parent=gene-BQ2027_RS05290;Dbxref=GenBank:WP_003910253.1;Name=WP_003910253.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215520.1;locus_tag=BQ2027_RS05290;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003910253.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1122701 1123987 . - . ID=gene-BQ2027_RS05295;Name=pabB;gbkey=Gene;gene=pabB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05295;old_locus_tag=BQ2027_MB1032C +Chromosome Protein Homology CDS 1122701 1123987 . - 0 ID=cds-WP_003405178.1;Parent=gene-BQ2027_RS05295;Dbxref=GenBank:WP_003405178.1;Name=WP_003405178.1;Ontology_term=GO:0009396;gbkey=CDS;gene=pabB;go_process=folic acid-containing compound biosynthetic process|0009396||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405178.1;locus_tag=BQ2027_RS05295;product=aminodeoxychorismate synthase component I;protein_id=WP_003405178.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1124193 1125896 . + . ID=gene-BQ2027_RS05300;Name=BQ2027_RS05300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05300;old_locus_tag=BQ2027_MB1033 +Chromosome Protein Homology CDS 1124193 1125896 . + 0 ID=cds-WP_010950483.1;Parent=gene-BQ2027_RS05300;Dbxref=GenBank:WP_010950483.1;Name=WP_010950483.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215522.1;locus_tag=BQ2027_RS05300;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950483.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1125923 1127482 . - . ID=gene-BQ2027_RS05305;Name=metG;gbkey=Gene;gene=metG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05305;old_locus_tag=BQ2027_MB1034C +Chromosome Protein Homology CDS 1125923 1127482 . - 0 ID=cds-WP_003405183.1;Parent=gene-BQ2027_RS05305;Dbxref=GenBank:WP_003405183.1;Name=WP_003405183.1;Ontology_term=GO:0006431,GO:0000049,GO:0004825,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=metG;go_function=tRNA binding|0000049||IEA,methionine-tRNA ligase activity|0004825||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=methionyl-tRNA aminoacylation|0006431||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215523.1;locus_tag=BQ2027_RS05305;product=methionine--tRNA ligase;protein_id=WP_003405183.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1127502 1128362 . + . ID=gene-BQ2027_RS05310;Name=tatD;gbkey=Gene;gene=tatD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05310;old_locus_tag=BQ2027_MB1035 +Chromosome Protein Homology CDS 1127502 1128362 . + 0 ID=cds-WP_003898688.1;Parent=gene-BQ2027_RS05310;Dbxref=GenBank:WP_003898688.1;Name=WP_003898688.1;gbkey=CDS;gene=tatD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898688.1;locus_tag=BQ2027_RS05310;product=TatD family hydrolase;protein_id=WP_003898688.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1128531 1129658 . + . ID=gene-BQ2027_RS05315;Name=rpfB;gbkey=Gene;gene=rpfB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05315;old_locus_tag=BQ2027_MB1036 +Chromosome Protein Homology CDS 1128531 1129658 . + 0 ID=cds-WP_031657245.1;Parent=gene-BQ2027_RS05315;Dbxref=GenBank:WP_031657245.1;Name=WP_031657245.1;gbkey=CDS;gene=rpfB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_031657245.1;locus_tag=BQ2027_RS05315;product=resuscitation-promoting factor protein RpfB;protein_id=WP_031657245.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1129631 1130584 . + . ID=gene-BQ2027_RS05320;Name=rsmA;gbkey=Gene;gene=rsmA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05320;old_locus_tag=BQ2027_MB1037 +Chromosome Protein Homology CDS 1129631 1130584 . + 0 ID=cds-WP_003405191.1;Parent=gene-BQ2027_RS05320;Dbxref=GenBank:WP_003405191.1;Name=WP_003405191.1;Ontology_term=GO:0000154,GO:0006364,GO:0000179;gbkey=CDS;gene=rsmA;go_function=rRNA (adenine-N6%2CN6-)-dimethyltransferase activity|0000179||IEA;go_process=rRNA modification|0000154||IEA,rRNA processing|0006364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215526.1;locus_tag=BQ2027_RS05320;product=16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase RsmA;protein_id=WP_003405191.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1130634 1131590 . + . ID=gene-BQ2027_RS05325;Name=ispE;gbkey=Gene;gene=ispE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05325;old_locus_tag=BQ2027_MB1038 +Chromosome Protein Homology CDS 1130634 1131590 . + 0 ID=cds-WP_003898690.1;Parent=gene-BQ2027_RS05325;Dbxref=GenBank:WP_003898690.1;Name=WP_003898690.1;Ontology_term=GO:0016114,GO:0005524,GO:0050515;gbkey=CDS;gene=ispE;go_function=ATP binding|0005524||IEA,4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity|0050515||IEA;go_process=terpenoid biosynthetic process|0016114||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912970.1;locus_tag=BQ2027_RS05325;product=4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase;protein_id=WP_003898690.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1131607 1131901 . + . ID=gene-BQ2027_RS20295;Name=BQ2027_RS20295;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20295;old_locus_tag=BQ2027_MB1040;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1131607 1131901 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20295;Parent=gene-BQ2027_RS20295;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215528.1;locus_tag=BQ2027_RS20295;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1132105 1133739 . + . ID=gene-BQ2027_RS05330;Name=BQ2027_RS05330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05330;old_locus_tag=BQ2027_MB1041 +Chromosome Protein Homology CDS 1132105 1133739 . + 0 ID=cds-WP_003405202.1;Parent=gene-BQ2027_RS05330;Dbxref=GenBank:WP_003405202.1;Name=WP_003405202.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215529.1;locus_tag=BQ2027_RS05330;product=fatty acyl-AMP ligase;protein_id=WP_003405202.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1133813 1134388 . - . ID=gene-BQ2027_RS05335;Name=pth;gbkey=Gene;gene=pth;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05335;old_locus_tag=BQ2027_MB1042C +Chromosome Protein Homology CDS 1133813 1134388 . - 0 ID=cds-WP_003405251.1;Parent=gene-BQ2027_RS05335;Dbxref=GenBank:WP_003405251.1;Name=WP_003405251.1;Ontology_term=GO:0004045;gbkey=CDS;gene=pth;go_function=peptidyl-tRNA hydrolase activity|0004045||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215530.1;locus_tag=BQ2027_RS05335;product=aminoacyl-tRNA hydrolase;protein_id=WP_003405251.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1134401 1135048 . - . ID=gene-BQ2027_RS05340;Name=rplY;gbkey=Gene;gene=rplY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05340;old_locus_tag=BQ2027_MB1043C +Chromosome Protein Homology CDS 1134401 1135048 . - 0 ID=cds-WP_003405254.1;Parent=gene-BQ2027_RS05340;Dbxref=GenBank:WP_003405254.1;Name=WP_003405254.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplY;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215531.1;locus_tag=BQ2027_RS05340;product=50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc;protein_id=WP_003405254.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1135265 1135868 . - . ID=gene-BQ2027_RS05345;Name=BQ2027_RS05345;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05345;old_locus_tag=BQ2027_MB1044C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1135265 1135868 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS05345;Parent=gene-BQ2027_RS05345;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014941374.1;locus_tag=BQ2027_RS05345;product=LpqN/LpqT family lipoprotein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1135976 1136956 . - . ID=gene-BQ2027_RS05350;Name=prsA;gbkey=Gene;gene=prsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05350;old_locus_tag=BQ2027_MB1045C +Chromosome Protein Homology CDS 1135976 1136956 . - 0 ID=cds-WP_003405263.1;Parent=gene-BQ2027_RS05350;Dbxref=GenBank:WP_003405263.1;Name=WP_003405263.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0000287,GO:0004749;gbkey=CDS;gene=prsA;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,ribose phosphate diphosphokinase activity|0004749||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215533.1;locus_tag=BQ2027_RS05350;product=ribose-phosphate diphosphokinase;protein_id=WP_003405263.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1137048 1138535 . - . ID=gene-BQ2027_RS05355;Name=glmU;gbkey=Gene;gene=glmU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05355;old_locus_tag=BQ2027_MB1046C +Chromosome Protein Homology CDS 1137048 1138535 . - 0 ID=cds-WP_010950485.1;Parent=gene-BQ2027_RS05355;Dbxref=GenBank:WP_010950485.1;Name=WP_010950485.1;Ontology_term=GO:0000902,GO:0006048,GO:0009252,GO:0000287,GO:0003977,GO:0019134;gbkey=CDS;gene=glmU;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity|0003977||IEA,glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity|0019134||IEA;go_process=cell morphogenesis|0000902||IEA,UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process|0006048||IEA,peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215534.1;locus_tag=BQ2027_RS05355;product=bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU;protein_id=WP_010950485.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1138551 1138622 . - . ID=gene-BQ2027_RS05360;Name=BQ2027_RS05360;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS05360 +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1138551 1138622 . - . ID=rna-BQ2027_RS05360;Parent=gene-BQ2027_RS05360;anticodon=(pos:complement(1138587..1138589));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS05360;product=tRNA-Gln +Chromosome tRNAscan-SE exon 1138551 1138622 . - . ID=exon-BQ2027_RS05360-1;Parent=rna-BQ2027_RS05360;anticodon=(pos:complement(1138587..1138589));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS05360;product=tRNA-Gln +Chromosome RefSeq gene 1138790 1139383 . + . ID=gene-BQ2027_RS05365;Name=BQ2027_RS05365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05365;old_locus_tag=BQ2027_MB1047 +Chromosome Protein Homology CDS 1138790 1139383 . + 0 ID=cds-WP_003405271.1;Parent=gene-BQ2027_RS05365;Dbxref=GenBank:WP_003405271.1;Name=WP_003405271.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215535.1;locus_tag=BQ2027_RS05365;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003405271.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1139442 1143146 . + . ID=gene-BQ2027_RS05370;Name=mfd;gbkey=Gene;gene=mfd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05370;old_locus_tag=BQ2027_MB1048 +Chromosome Protein Homology CDS 1139442 1143146 . + 0 ID=cds-WP_003405273.1;Parent=gene-BQ2027_RS05370;Dbxref=GenBank:WP_003405273.1;Name=WP_003405273.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0003684,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=mfd;go_function=damaged DNA binding|0003684||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215536.1;locus_tag=BQ2027_RS05370;product=transcription-repair coupling factor;protein_id=WP_003405273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1143146 1144123 . + . ID=gene-BQ2027_RS05375;Name=BQ2027_RS05375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05375;old_locus_tag=BQ2027_MB1049 +Chromosome Protein Homology CDS 1143146 1144123 . + 0 ID=cds-WP_003405276.1;Parent=gene-BQ2027_RS05375;Dbxref=GenBank:WP_003405276.1;Name=WP_003405276.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215537.1;locus_tag=BQ2027_RS05375;product=nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase;protein_id=WP_003405276.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1144211 1144942 . + . ID=gene-BQ2027_RS05380;Name=lpqU;gbkey=Gene;gene=lpqU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05380;old_locus_tag=BQ2027_MB1050 +Chromosome Protein Homology CDS 1144211 1144942 . + 0 ID=cds-WP_003405288.1;Parent=gene-BQ2027_RS05380;Dbxref=GenBank:WP_003405288.1;Name=WP_003405288.1;Ontology_term=GO:0004553;gbkey=CDS;gene=lpqU;go_function=hydrolase activity%2C hydrolyzing O-glycosyl compounds|0004553||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215538.1;locus_tag=BQ2027_RS05380;product=lytic transglycosylase domain-containing protein;protein_id=WP_003405288.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1145039 1146328 . + . ID=gene-BQ2027_RS05385;Name=eno;gbkey=Gene;gene=eno;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05385;old_locus_tag=BQ2027_MB1051 +Chromosome Protein Homology CDS 1145039 1146328 . + 0 ID=cds-WP_003405290.1;Parent=gene-BQ2027_RS05385;Dbxref=GenBank:WP_003405290.1;Name=WP_003405290.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0000287,GO:0004634,GO:0000015;gbkey=CDS;gene=eno;go_component=phosphopyruvate hydratase complex|0000015||IEA;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,phosphopyruvate hydratase activity|0004634||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215539.1;locus_tag=BQ2027_RS05385;product=phosphopyruvate hydratase;protein_id=WP_003405290.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1146333 1147019 . + . ID=gene-BQ2027_RS05390;Name=BQ2027_RS05390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05390;old_locus_tag=BQ2027_MB1052 +Chromosome Protein Homology CDS 1146333 1147019 . + 0 ID=cds-WP_003405293.1;Parent=gene-BQ2027_RS05390;Dbxref=GenBank:WP_003405293.1;Name=WP_003405293.1;Ontology_term=GO:0051301;gbkey=CDS;go_process=cell division|0051301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215540.1;locus_tag=BQ2027_RS05390;product=FtsB family cell division protein;protein_id=WP_003405293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1147012 1147503 . + . ID=gene-BQ2027_RS05395;Name=BQ2027_RS05395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05395;old_locus_tag=BQ2027_MB1053 +Chromosome Protein Homology CDS 1147012 1147503 . + 0 ID=cds-WP_003405296.1;Parent=gene-BQ2027_RS05395;Dbxref=GenBank:WP_003405296.1;Name=WP_003405296.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003901072.1;locus_tag=BQ2027_RS05395;product=DUF501 domain-containing protein;protein_id=WP_003405296.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1147494 1148453 . + . ID=gene-BQ2027_RS05400;Name=ppx2;gbkey=Gene;gene=ppx2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05400;old_locus_tag=BQ2027_MB1054 +Chromosome Protein Homology CDS 1147494 1148453 . + 0 ID=cds-WP_003405299.1;Parent=gene-BQ2027_RS05400;Dbxref=GenBank:WP_003405299.1;Name=WP_003405299.1;gbkey=CDS;gene=ppx2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215542.1;locus_tag=BQ2027_RS05400;product=exopolyphosphatase Ppx2;protein_id=WP_003405299.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1148902 1149582 . - . ID=gene-BQ2027_RS05405;Name=kdpE;gbkey=Gene;gene=kdpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05405;old_locus_tag=BQ2027_MB1055C +Chromosome Protein Homology CDS 1148902 1149582 . - 0 ID=cds-WP_003405305.1;Parent=gene-BQ2027_RS05405;Dbxref=GenBank:WP_003405305.1;Name=WP_003405305.1;gbkey=CDS;gene=kdpE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215543.1;locus_tag=BQ2027_RS05405;product=two-component system response regulator KdpE;protein_id=WP_003405305.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1149579 1152161 . - . ID=gene-BQ2027_RS05410;Name=kdpD;gbkey=Gene;gene=kdpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05410;old_locus_tag=BQ2027_MB1056C +Chromosome Protein Homology CDS 1149579 1152161 . - 0 ID=cds-WP_003405308.1;Parent=gene-BQ2027_RS05410;Dbxref=GenBank:WP_003405308.1;Name=WP_003405308.1;gbkey=CDS;gene=kdpD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215544.1;locus_tag=BQ2027_RS05410;product=sensor histidine kinase KdpD;protein_id=WP_003405308.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1152252 1152398 . + . ID=gene-BQ2027_RS05415;Name=BQ2027_RS05415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05415 +Chromosome Protein Homology CDS 1152252 1152398 . + 0 ID=cds-WP_003405313.1;Parent=gene-BQ2027_RS05415;Dbxref=GenBank:WP_003405313.1;Name=WP_003405313.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405313.1;locus_tag=BQ2027_RS05415;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405313.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1152395 1152487 . + . ID=gene-BQ2027_RS05420;Name=kdpF;gbkey=Gene;gene=kdpF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05420;old_locus_tag=BQ2027_MB1057 +Chromosome Protein Homology CDS 1152395 1152487 . + 0 ID=cds-WP_003405316.1;Parent=gene-BQ2027_RS05420;Dbxref=GenBank:WP_003405316.1;Name=WP_003405316.1;Ontology_term=GO:0006813,GO:0043462,GO:0031004;gbkey=CDS;gene=kdpF;go_component=potassium ion-transporting ATPase complex|0031004||IEA;go_process=potassium ion transport|0006813||IEA,regulation of ATP-dependent activity|0043462||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177636.1;locus_tag=BQ2027_RS05420;product=K(+)-transporting ATPase subunit F;protein_id=WP_003405316.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1152487 1154202 . + . ID=gene-BQ2027_RS05425;Name=kdpA;gbkey=Gene;gene=kdpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05425;old_locus_tag=BQ2027_MB1058 +Chromosome Protein Homology CDS 1152487 1154202 . + 0 ID=cds-WP_003405318.1;Parent=gene-BQ2027_RS05425;Dbxref=GenBank:WP_003405318.1;Name=WP_003405318.1;Ontology_term=GO:0006813,GO:0008556,GO:0031004;gbkey=CDS;gene=kdpA;go_component=potassium ion-transporting ATPase complex|0031004||IEA;go_function=P-type potassium transmembrane transporter activity|0008556||IEA;go_process=potassium ion transport|0006813||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215545.1;locus_tag=BQ2027_RS05425;product=potassium-transporting ATPase subunit KdpA;protein_id=WP_003405318.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1154199 1156328 . + . ID=gene-BQ2027_RS05430;Name=kdpB;gbkey=Gene;gene=kdpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05430;old_locus_tag=BQ2027_MB1059 +Chromosome Protein Homology CDS 1154199 1156328 . + 0 ID=cds-WP_003405320.1;Parent=gene-BQ2027_RS05430;Dbxref=GenBank:WP_003405320.1;Name=WP_003405320.1;Ontology_term=GO:0006813,GO:0005524,GO:0008556,GO:0016020,GO:0031004;gbkey=CDS;gene=kdpB;go_component=membrane|0016020||IEA,potassium ion-transporting ATPase complex|0031004||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,P-type potassium transmembrane transporter activity|0008556||IEA;go_process=potassium ion transport|0006813||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215546.1;locus_tag=BQ2027_RS05430;product=potassium-transporting ATPase subunit KdpB;protein_id=WP_003405320.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1156328 1156897 . + . ID=gene-BQ2027_RS05435;Name=kdpC;gbkey=Gene;gene=kdpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05435;old_locus_tag=BQ2027_MB1060 +Chromosome Protein Homology CDS 1156328 1156897 . + 0 ID=cds-WP_003405322.1;Parent=gene-BQ2027_RS05435;Dbxref=GenBank:WP_003405322.1;Name=WP_003405322.1;gbkey=CDS;gene=kdpC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215547.1;locus_tag=BQ2027_RS05435;product=K(+)-transporting ATPase subunit C;protein_id=WP_003405322.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1156901 1158430 . - . ID=gene-BQ2027_RS05440;Name=trcS;gbkey=Gene;gene=trcS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05440;old_locus_tag=BQ2027_MB1061C +Chromosome Protein Homology CDS 1156901 1158430 . - 0 ID=cds-WP_003405324.1;Parent=gene-BQ2027_RS05440;Dbxref=GenBank:WP_003405324.1;Name=WP_003405324.1;Ontology_term=GO:0007165,GO:0000155,GO:0004673,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=trcS;go_function=phosphorelay sensor kinase activity|0000155||IEA,protein histidine kinase activity|0004673||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=signal transduction|0007165||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215548.1;locus_tag=BQ2027_RS05440;product=sensor histidine kinase;protein_id=WP_003405324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1158438 1159211 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05460;Name=esxJ;gbkey=Gene;gene=esxJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05460;old_locus_tag=BQ2027_MB1067C +Chromosome Protein Homology CDS 1161330 1161626 . - 0 ID=cds-WP_003405345.1;Parent=gene-BQ2027_RS05460;Dbxref=GenBank:WP_003405345.1;Name=WP_003405345.1;gbkey=CDS;gene=esxJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215554.1;locus_tag=BQ2027_RS05460;product=type VII secretion system ESX-5 protein EsxJ;protein_id=WP_003405345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1161772 1162947 . - . ID=gene-BQ2027_RS05465;Name=BQ2027_RS05465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05465;old_locus_tag=BQ2027_MB1068C +Chromosome Protein Homology CDS 1161772 1162947 . - 0 ID=cds-WP_003405368.1;Parent=gene-BQ2027_RS05465;Dbxref=GenBank:WP_003405368.1;Name=WP_003405368.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177778.1;locus_tag=BQ2027_RS05465;product=PPE family protein;protein_id=WP_003405368.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1163024 1163851 . - . ID=gene-BQ2027_RS05470;Name=BQ2027_RS05470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05470;old_locus_tag=BQ2027_MB1069C +Chromosome Protein Homology CDS 1163024 1163851 . - 0 ID=cds-WP_003405370.1;Parent=gene-BQ2027_RS05470;Dbxref=GenBank:WP_003405370.1;Name=WP_003405370.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177779.1;locus_tag=BQ2027_RS05470;product=PPE family protein%2C SVP subgroup;protein_id=WP_003405370.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1164639 1164878 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05480;Name=BQ2027_RS05480;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05480;old_locus_tag=BQ2027_IS-LIKE-1;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1165047 1165974 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS05480;Parent=gene-BQ2027_RS05480;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076612358.1;locus_tag=BQ2027_RS05480;product=IS5-like element ISMt1 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1166257 1167282 . - . ID=gene-BQ2027_RS05485;Name=BQ2027_RS05485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05485;old_locus_tag=BQ2027_MB1072C +Chromosome Protein Homology CDS 1166257 1167282 . - 0 ID=cds-WP_010950486.1;Parent=gene-BQ2027_RS05485;Dbxref=GenBank:WP_010950486.1;Name=WP_010950486.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252,GO:0008233,GO:0008236;gbkey=CDS;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA,peptidase activity|0008233||IEA,serine-type peptidase activity|0008236||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215559.1;locus_tag=BQ2027_RS05485;product=S1 family peptidase;protein_id=WP_010950486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1167529 1168152 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS05515;Name=BQ2027_RS05515;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05515;old_locus_tag=BQ2027_MB1078 +Chromosome Protein Homology CDS 1172863 1173309 . + 0 ID=cds-WP_003405595.1;Parent=gene-BQ2027_RS05515;Dbxref=GenBank:WP_003405595.1;Name=WP_003405595.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215565.1;locus_tag=BQ2027_RS05515;product=oxidation-sensing regulator MosR;protein_id=WP_003405595.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1173357 1174262 . + . ID=gene-BQ2027_RS05520;Name=BQ2027_RS05520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05520;old_locus_tag=BQ2027_MB1079 +Chromosome Protein Homology CDS 1173357 1174262 . + 0 ID=cds-WP_003405600.1;Parent=gene-BQ2027_RS05520;Dbxref=GenBank:WP_003405600.1;Name=WP_003405600.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215566.1;locus_tag=BQ2027_RS05520;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003405600.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1174300 1174416 . - . ID=gene-BQ2027_RS20955;Name=BQ2027_RS20955;end_range=1174416,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20955;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1174300 +Chromosome Protein Homology CDS 1174300 1174416 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20955;Parent=gene-BQ2027_RS20955;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=1174416,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017487708.1;locus_tag=BQ2027_RS20955;partial=true;product=EthD domain-containing protein;pseudo=true;start_range=.,1174300;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1174421 1175371 . - . ID=gene-BQ2027_RS20960;Name=BQ2027_RS20960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20960;old_locus_tag=BQ2027_MB1080C +Chromosome Protein Homology CDS 1174421 1175371 . - 0 ID=cds-WP_369810505.1;Parent=gene-BQ2027_RS20960;Dbxref=GenBank:WP_369810505.1;Name=WP_369810505.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF020419.6;locus_tag=BQ2027_RS20960;product=nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein;protein_id=WP_369810505.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1176337 1176588 . + . ID=gene-BQ2027_RS05535;Name=BQ2027_RS05535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05535 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 1176337 1176588 . + 0 ID=cds-WP_003898708.1;Parent=gene-BQ2027_RS05535;Dbxref=GenBank:WP_003898708.1;Name=WP_003898708.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS05535;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898708.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1176751 1176978 . + . ID=gene-BQ2027_RS05540;Name=BQ2027_RS05540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05540 +Chromosome Protein Homology CDS 1176751 1176978 . + 0 ID=cds-WP_234827446.1;Parent=gene-BQ2027_RS05540;Dbxref=GenBank:WP_234827446.1;Name=WP_234827446.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF014691.6;locus_tag=BQ2027_RS05540;product=Fic family protein;protein_id=WP_234827446.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1177404 1177718 . + . ID=gene-BQ2027_RS05545;Name=BQ2027_RS05545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05545;old_locus_tag=BQ2027_MB1083 +Chromosome Protein Homology CDS 1177404 1177718 . + 0 ID=cds-WP_003907556.1;Parent=gene-BQ2027_RS05545;Dbxref=GenBank:WP_003907556.1;Name=WP_003907556.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003905442.1;locus_tag=BQ2027_RS05545;product=integrase;protein_id=WP_003907556.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1177649 1177849 . + . ID=gene-BQ2027_RS20310;Name=BQ2027_RS20310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20310;old_locus_tag=BQ2027_MB1084 +Chromosome Protein Homology CDS 1177649 1177849 . + 0 ID=cds-WP_223695525.1;Parent=gene-BQ2027_RS20310;Dbxref=GenBank:WP_223695525.1;Name=WP_223695525.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012798.6;locus_tag=BQ2027_RS20310;product=integrase;protein_id=WP_223695525.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1177872 1177945 . + . ID=gene-BQ2027_RS05550;Name=BQ2027_RS05550;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS05550 +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1177872 1177945 . + . ID=rna-BQ2027_RS05550;Parent=gene-BQ2027_RS05550;anticodon=(pos:1177906..1177908);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS05550;product=tRNA-Leu +Chromosome tRNAscan-SE exon 1177872 1177945 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS05560;Name=BQ2027_RS05560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05560 +Chromosome Protein Homology CDS 1179080 1179244 . - 0 ID=cds-WP_003898712.1;Parent=gene-BQ2027_RS05560;Dbxref=GenBank:WP_003898712.1;Name=WP_003898712.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405615.1;locus_tag=BQ2027_RS05560;product=DUF222 domain-containing protein;protein_id=WP_003898712.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1179872 1181053 . + . ID=gene-BQ2027_RS05565;Name=BQ2027_RS05565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05565;old_locus_tag=BQ2027_MB1086 +Chromosome Protein Homology CDS 1179872 1181053 . + 0 ID=cds-WP_003405622.1;Parent=gene-BQ2027_RS05565;Dbxref=GenBank:WP_003405622.1;Name=WP_003405622.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215573.1;locus_tag=BQ2027_RS05565;product=YncE family protein;protein_id=WP_003405622.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1181160 1182791 . + . ID=gene-BQ2027_RS05570;Name=BQ2027_RS05570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05570;old_locus_tag=BQ2027_MB1087 +Chromosome Protein Homology CDS 1181160 1182791 . + 0 ID=cds-WP_003405625.1;Parent=gene-BQ2027_RS05570;Dbxref=GenBank:WP_003405625.1;Name=WP_003405625.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215574.1;locus_tag=BQ2027_RS05570;product=long-chain fatty acid--CoA ligase;protein_id=WP_003405625.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1182867 1183931 . + . ID=gene-BQ2027_RS05575;Name=BQ2027_RS05575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05575;old_locus_tag=BQ2027_MB1088 +Chromosome Protein Homology CDS 1182867 1183931 . + 0 ID=cds-WP_003405629.1;Parent=gene-BQ2027_RS05575;Dbxref=GenBank:WP_003405629.1;Name=WP_003405629.1;Ontology_term=GO:0016638;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-NH2 group of donors|0016638||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215575.1;locus_tag=BQ2027_RS05575;product=NAD(P)H-dependent amine dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003405629.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1183984 1184457 . + . ID=gene-BQ2027_RS05580;Name=BQ2027_RS05580;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05580;old_locus_tag=BQ2027_MB1089 +Chromosome Protein Homology CDS 1183984 1184457 . + 0 ID=cds-WP_003405633.1;Parent=gene-BQ2027_RS05580;Dbxref=GenBank:WP_003405633.1;Name=WP_003405633.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215576.1;locus_tag=BQ2027_RS05580;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003405633.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1184491 1185354 . + . ID=gene-BQ2027_RS05585;Name=BQ2027_RS05585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05585;old_locus_tag=BQ2027_MB1090 +Chromosome Protein Homology CDS 1184491 1185354 . + 0 ID=cds-WP_003405636.1;Parent=gene-BQ2027_RS05585;Dbxref=GenBank:WP_003405636.1;Name=WP_003405636.1;Ontology_term=GO:0006541,GO:0016740;gbkey=CDS;go_function=transferase activity|0016740||IEA;go_process=glutamine metabolic process|0006541||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215577.1;locus_tag=BQ2027_RS05585;product=class II glutamine amidotransferase;protein_id=WP_003405636.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1185359 1186216 . + . ID=gene-BQ2027_RS05590;Name=BQ2027_RS05590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05590;old_locus_tag=BQ2027_MB1091 +Chromosome Protein Homology CDS 1185359 1186216 . + 0 ID=cds-WP_003405640.1;Parent=gene-BQ2027_RS05590;Dbxref=GenBank:WP_003405640.1;Name=WP_003405640.1;Ontology_term=GO:0052689;gbkey=CDS;go_function=carboxylic ester hydrolase activity|0052689||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215578.1;locus_tag=BQ2027_RS05590;product=patatin-like phospholipase family protein;protein_id=WP_003405640.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1186217 1187299 . - . ID=gene-BQ2027_RS05595;Name=BQ2027_RS05595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05595;old_locus_tag=BQ2027_MB1092C +Chromosome Protein Homology CDS 1186217 1187299 . - 0 ID=cds-WP_003405642.1;Parent=gene-BQ2027_RS05595;Dbxref=GenBank:WP_003405642.1;Name=WP_003405642.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215579.1;locus_tag=BQ2027_RS05595;product=patatin family protein;protein_id=WP_003405642.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1187380 1187799 . - . ID=gene-BQ2027_RS05600;Name=lpqV;gbkey=Gene;gene=lpqV;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05600;old_locus_tag=BQ2027_MB1093C +Chromosome Protein Homology CDS 1187380 1187799 . - 0 ID=cds-WP_003405645.1;Parent=gene-BQ2027_RS05600;Dbxref=GenBank:WP_003405645.1;Name=WP_003405645.1;gbkey=CDS;gene=lpqV;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215580.1;locus_tag=BQ2027_RS05600;product=lipoprotein LpqV;protein_id=WP_003405645.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1187911 1188477 . + . ID=gene-BQ2027_RS05605;Name=BQ2027_RS05605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05605;old_locus_tag=BQ2027_MB1094 +Chromosome Protein Homology CDS 1187911 1188477 . + 0 ID=cds-WP_003405649.1;Parent=gene-BQ2027_RS05605;Dbxref=GenBank:WP_003405649.1;Name=WP_003405649.1;Ontology_term=GO:0008198,GO:0017172;gbkey=CDS;go_function=ferrous iron binding|0008198||IEA,cysteine dioxygenase activity|0017172||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215581.1;locus_tag=BQ2027_RS05605;product=cysteine dioxygenase;protein_id=WP_003405649.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1188474 1188869 . + . ID=gene-BQ2027_RS05610;Name=BQ2027_RS05610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05610;old_locus_tag=BQ2027_MB1095 +Chromosome Protein Homology CDS 1188474 1188869 . + 0 ID=cds-WP_003405651.1;Parent=gene-BQ2027_RS05610;Dbxref=GenBank:WP_003405651.1;Name=WP_003405651.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215582.1;locus_tag=BQ2027_RS05610;product=rhodanese-like domain-containing protein;protein_id=WP_003405651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1188897 1190912 . - . ID=gene-BQ2027_RS05615;Name=BQ2027_RS05615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05615;old_locus_tag=BQ2027_MB1096C +Chromosome Protein Homology CDS 1188897 1190912 . - 0 ID=cds-WP_010950488.1;Parent=gene-BQ2027_RS05615;Dbxref=GenBank:WP_010950488.1;Name=WP_010950488.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177780.1;locus_tag=BQ2027_RS05615;product=PE family protein;protein_id=WP_010950488.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1191245 1193536 . - . ID=gene-BQ2027_RS20965;Name=BQ2027_RS20965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20965;old_locus_tag=BQ2027_MB1097C +Chromosome Protein Homology CDS 1191245 1193536 . - 0 ID=cds-WP_010950489.1;Parent=gene-BQ2027_RS20965;Dbxref=GenBank:WP_010950489.1;Name=WP_010950489.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015287988.1;locus_tag=BQ2027_RS20965;product=PE family protein;protein_id=WP_010950489.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1193898 1195661 . - . ID=gene-BQ2027_RS05625;Name=BQ2027_RS05625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05625;old_locus_tag=BQ2027_MB1098C +Chromosome Protein Homology CDS 1193898 1195661 . - 0 ID=cds-WP_003405708.1;Parent=gene-BQ2027_RS05625;Dbxref=GenBank:WP_003405708.1;Name=WP_003405708.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215585.1;locus_tag=BQ2027_RS05625;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003405708.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1195658 1196431 . - . ID=gene-BQ2027_RS05630;Name=BQ2027_RS05630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05630;old_locus_tag=BQ2027_MB1099C +Chromosome Protein Homology CDS 1195658 1196431 . - 0 ID=cds-WP_003405712.1;Parent=gene-BQ2027_RS05630;Dbxref=GenBank:WP_003405712.1;Name=WP_003405712.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215586.1;locus_tag=BQ2027_RS05630;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003405712.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1196443 1197480 . - . ID=gene-BQ2027_RS05635;Name=BQ2027_RS05635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05635;old_locus_tag=BQ2027_MB1100C +Chromosome Protein Homology CDS 1196443 1197480 . - 0 ID=cds-WP_003405716.1;Parent=gene-BQ2027_RS05635;Dbxref=GenBank:WP_003405716.1;Name=WP_003405716.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215587.1;locus_tag=BQ2027_RS05635;product=enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein;protein_id=WP_003405716.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1197667 1198503 . + . ID=gene-BQ2027_RS05640;Name=BQ2027_RS05640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05640;old_locus_tag=BQ2027_MB1101 +Chromosome Protein Homology CDS 1197667 1198503 . + 0 ID=cds-WP_003405719.1;Parent=gene-BQ2027_RS05640;Dbxref=GenBank:WP_003405719.1;Name=WP_003405719.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215588.1;locus_tag=BQ2027_RS05640;product=Bax inhibitor-1/YccA family protein;protein_id=WP_003405719.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1198619 1199470 . + . ID=gene-BQ2027_RS05645;Name=BQ2027_RS05645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05645;old_locus_tag=BQ2027_MB1102 +Chromosome Protein Homology CDS 1198619 1199470 . + 0 ID=cds-WP_003405722.1;Parent=gene-BQ2027_RS05645;Dbxref=GenBank:WP_003405722.1;Name=WP_003405722.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215589.1;locus_tag=BQ2027_RS05645;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405722.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1199544 1200761 . - . ID=gene-BQ2027_RS05650;Name=BQ2027_RS05650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05650;old_locus_tag=BQ2027_MB1103C +Chromosome Protein Homology CDS 1199544 1200761 . - 0 ID=cds-WP_003405724.1;Parent=gene-BQ2027_RS05650;Dbxref=GenBank:WP_003405724.1;Name=WP_003405724.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215590.1;locus_tag=BQ2027_RS05650;product=acetyl-CoA C-acetyltransferase;protein_id=WP_003405724.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1200814 1201758 . - . ID=gene-BQ2027_RS05655;Name=BQ2027_RS05655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05655;old_locus_tag=BQ2027_MB1104C +Chromosome Protein Homology CDS 1200814 1201758 . - 0 ID=cds-WP_003405726.1;Parent=gene-BQ2027_RS05655;Dbxref=GenBank:WP_003405726.1;Name=WP_003405726.1;Ontology_term=GO:0016788;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on ester bonds|0016788||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215591.1;locus_tag=BQ2027_RS05655;product=SGNH/GDSL hydrolase family protein;protein_id=WP_003405726.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1201981 1203048 . + . ID=gene-BQ2027_RS05660;Name=lipU;gbkey=Gene;gene=lipU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05660;old_locus_tag=BQ2027_MB1105 +Chromosome Protein Homology CDS 1201981 1203048 . + 0 ID=cds-WP_003405728.1;Parent=gene-BQ2027_RS05660;Dbxref=GenBank:WP_003405728.1;Name=WP_003405728.1;gbkey=CDS;gene=lipU;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918181.1;locus_tag=BQ2027_RS05660;product=lipase LipU;protein_id=WP_003405728.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1203105 1204499 . + . ID=gene-BQ2027_RS05665;Name=cbs;gbkey=Gene;gene=cbs;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05665;old_locus_tag=BQ2027_MB1106 +Chromosome Protein Homology CDS 1203105 1204499 . + 0 ID=cds-WP_003405730.1;Parent=gene-BQ2027_RS05665;Dbxref=GenBank:WP_003405730.1;Name=WP_003405730.1;Ontology_term=GO:0019343,GO:0004122,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=cbs;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=cystathionine beta-synthase activity|0004122||IEA;go_process=cysteine biosynthetic process via cystathionine|0019343||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177782.1;locus_tag=BQ2027_RS05665;product=cystathionine beta-synthase;protein_id=WP_003405730.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1204701 1205423 . + . ID=gene-BQ2027_RS05670;Name=pra;gbkey=Gene;gene=pra;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05670;old_locus_tag=BQ2027_MB1107 +Chromosome Protein Homology CDS 1204701 1205423 . + 0 ID=cds-WP_003405732.1;Parent=gene-BQ2027_RS05670;Dbxref=GenBank:WP_003405732.1;Name=WP_003405732.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;gene=pra;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215594.1;locus_tag=BQ2027_RS05670;product=RDD family protein;protein_id=WP_003405732.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1205455 1206621 . + . ID=gene-BQ2027_RS05675;Name=metB;gbkey=Gene;gene=metB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05675;old_locus_tag=BQ2027_MB1108 +Chromosome Protein Homology CDS 1205455 1206621 . + 0 ID=cds-WP_003405736.1;Parent=gene-BQ2027_RS05675;Dbxref=GenBank:WP_003405736.1;Name=WP_003405736.1;Ontology_term=GO:0019346,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=metB;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=transsulfuration|0019346||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215595.1;locus_tag=BQ2027_RS05675;product=cystathionine gamma-synthase;protein_id=WP_003405736.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1206692 1207186 . - . ID=gene-BQ2027_RS05680;Name=greA;gbkey=Gene;gene=greA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05680;old_locus_tag=BQ2027_MB1109C +Chromosome Protein Homology CDS 1206692 1207186 . - 0 ID=cds-WP_003405742.1;Parent=gene-BQ2027_RS05680;Dbxref=GenBank:WP_003405742.1;Name=WP_003405742.1;Ontology_term=GO:0032784,GO:0003677,GO:0070063;gbkey=CDS;gene=greA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,RNA polymerase binding|0070063||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription elongation|0032784||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908869.1;locus_tag=BQ2027_RS05680;product=transcription elongation factor GreA;protein_id=WP_003405742.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1207372 1207806 . - . ID=gene-BQ2027_RS05685;Name=BQ2027_RS05685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05685;old_locus_tag=BQ2027_MB1110C +Chromosome Protein Homology CDS 1207372 1207806 . - 0 ID=cds-WP_003405744.1;Parent=gene-BQ2027_RS05685;Dbxref=GenBank:WP_003405744.1;Name=WP_003405744.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215597.1;locus_tag=BQ2027_RS05685;product=DUF4307 domain-containing protein;protein_id=WP_003405744.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1207908 1208774 . + . ID=gene-BQ2027_RS05690;Name=mca;gbkey=Gene;gene=mca;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05690;old_locus_tag=BQ2027_MB1111 +Chromosome Protein Homology CDS 1207908 1208774 . + 0 ID=cds-WP_003405746.1;Parent=gene-BQ2027_RS05690;Dbxref=GenBank:WP_003405746.1;Name=WP_003405746.1;Ontology_term=GO:0010126;gbkey=CDS;gene=mca;go_process=mycothiol metabolic process|0010126||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215598.1;locus_tag=BQ2027_RS05690;product=mycothiol conjugate amidase Mca;protein_id=WP_003405746.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1208771 1209037 . + . ID=gene-BQ2027_RS05695;Name=BQ2027_RS05695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05695;old_locus_tag=BQ2027_MB1112 +Chromosome Protein Homology CDS 1208771 1209037 . + 0 ID=cds-WP_003405749.1;Parent=gene-BQ2027_RS05695;Dbxref=GenBank:WP_003405749.1;Name=WP_003405749.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215599.1;locus_tag=BQ2027_RS05695;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1209024 1211045 . + . ID=gene-BQ2027_RS05700;Name=BQ2027_RS05700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05700;old_locus_tag=BQ2027_MB1113 +Chromosome Protein Homology CDS 1209024 1211045 . + 0 ID=cds-WP_003405750.1;Parent=gene-BQ2027_RS05700;Dbxref=GenBank:WP_003405750.1;Name=WP_003405750.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215600.1;locus_tag=BQ2027_RS05700;product=thioredoxin domain-containing protein;protein_id=WP_003405750.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1211144 1211872 . - . ID=gene-BQ2027_RS05705;Name=trhA;gbkey=Gene;gene=trhA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05705;old_locus_tag=BQ2027_MB1114C +Chromosome Protein Homology CDS 1211144 1211872 . - 0 ID=cds-WP_003901993.1;Parent=gene-BQ2027_RS05705;Dbxref=GenBank:WP_003901993.1;Name=WP_003901993.1;Ontology_term=GO:0019835;gbkey=CDS;gene=trhA;go_process=cytolysis|0019835||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215601.1;locus_tag=BQ2027_RS05705;product=PAQR family membrane homeostasis protein TrhA;protein_id=WP_003901993.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1211983 1212771 . + . ID=gene-BQ2027_RS05710;Name=BQ2027_RS05710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05710;old_locus_tag=BQ2027_MB1115 +Chromosome Protein Homology CDS 1211983 1212771 . + 0 ID=cds-WP_003903314.1;Parent=gene-BQ2027_RS05710;Dbxref=GenBank:WP_003903314.1;Name=WP_003903314.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215602.1;locus_tag=BQ2027_RS05710;product=(2Z%2C6E)-farnesyl diphosphate synthase;protein_id=WP_003903314.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1212948 1215272 . + . ID=gene-BQ2027_RS05715;Name=BQ2027_RS05715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05715;old_locus_tag=BQ2027_MB1116 +Chromosome Protein Homology CDS 1212948 1215272 . + 0 ID=cds-WP_010950490.1;Parent=gene-BQ2027_RS05715;Dbxref=GenBank:WP_010950490.1;Name=WP_010950490.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177783.1;locus_tag=BQ2027_RS05715;product=PE family protein;protein_id=WP_010950490.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1215479 1215769 . + . ID=gene-BQ2027_RS20970;Name=BQ2027_RS20970;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20970;old_locus_tag=BQ2027_MB1116A;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1215479 +Chromosome Protein Homology CDS 1215479 1215769 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20970;Parent=gene-BQ2027_RS20970;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;Ontology_term=GO:0016765;gbkey=CDS;go_function=transferase activity%2C transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups|0016765||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003878551.1;locus_tag=BQ2027_RS20970;partial=true;product=undecaprenyl diphosphate synthase family protein;pseudo=true;start_range=.,1215479;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1215922 1216356 . + . ID=gene-BQ2027_RS20975;Name=BQ2027_RS20975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20975;old_locus_tag=BQ2027_MB1117 +Chromosome Protein Homology CDS 1215922 1216356 . + 0 ID=cds-WP_003900271.1;Parent=gene-BQ2027_RS20975;Dbxref=GenBank:WP_003900271.1;Name=WP_003900271.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014585063.1;locus_tag=BQ2027_RS20975;product=PE family protein;protein_id=WP_003900271.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1216373 1216540 . + . ID=gene-BQ2027_RS20320;Name=BQ2027_RS20320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20320;old_locus_tag=BQ2027_MB1118 +Chromosome Protein Homology CDS 1216373 1216540 . + 0 ID=cds-WP_003917409.1;Parent=gene-BQ2027_RS20320;Dbxref=GenBank:WP_003917409.1;Name=WP_003917409.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351503.1;locus_tag=BQ2027_RS20320;product=PE family protein;protein_id=WP_003917409.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1216506 1216622 . + . ID=gene-BQ2027_RS20745;Name=BQ2027_RS20745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20745 +Chromosome Protein Homology CDS 1216506 1216622 . + 0 ID=cds-WP_349839371.1;Parent=gene-BQ2027_RS20745;Dbxref=GenBank:WP_349839371.1;Name=WP_349839371.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012762.6;locus_tag=BQ2027_RS20745;product=hypothetical protein;protein_id=WP_349839371.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1216634 1216816 . + . ID=gene-BQ2027_RS05735;Name=BQ2027_RS05735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05735 +Chromosome Protein Homology CDS 1216634 1216816 . + 0 ID=cds-WP_003898724.1;Parent=gene-BQ2027_RS05735;Dbxref=GenBank:WP_003898724.1;Name=WP_003898724.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030029.1;locus_tag=BQ2027_RS05735;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003898724.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1216926 1217030 . + . ID=gene-BQ2027_RS20325;Name=BQ2027_RS20325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20325;old_locus_tag=BQ2027_MB1119 +Chromosome Protein Homology CDS 1216926 1217030 . + 0 ID=cds-WP_003405770.1;Parent=gene-BQ2027_RS20325;Dbxref=GenBank:WP_003405770.1;Name=WP_003405770.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405770.1;locus_tag=BQ2027_RS20325;product=endo-1%2C4-beta-glucanase;protein_id=WP_003405770.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1217008 1217463 . + . ID=gene-BQ2027_RS05740;Name=BQ2027_RS05740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05740;old_locus_tag=BQ2027_MB1120 +Chromosome Protein Homology CDS 1217008 1217463 . + 0 ID=cds-WP_003900273.1;Parent=gene-BQ2027_RS05740;Dbxref=GenBank:WP_003900273.1;Name=WP_003900273.1;Ontology_term=GO:0000272,GO:0008810;gbkey=CDS;go_function=cellulase activity|0008810||IEA;go_process=polysaccharide catabolic process|0000272||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015627137.1;locus_tag=BQ2027_RS05740;product=GH12 family glycosyl hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003900273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1217878 1220430 . + . ID=gene-BQ2027_RS05745;Name=BQ2027_RS05745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05745;old_locus_tag=BQ2027_MB1121 +Chromosome Protein Homology CDS 1217878 1220430 . + 0 ID=cds-WP_010950491.1;Parent=gene-BQ2027_RS05745;Dbxref=GenBank:WP_010950491.1;Name=WP_010950491.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177786.1;locus_tag=BQ2027_RS05745;product=PE family protein;protein_id=WP_010950491.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1220648 1221586 . - . ID=gene-BQ2027_RS05750;Name=coaA;gbkey=Gene;gene=coaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05750;old_locus_tag=BQ2027_MB1122C +Chromosome Protein Homology CDS 1220648 1221586 . - 0 ID=cds-WP_003405790.1;Parent=gene-BQ2027_RS05750;Dbxref=GenBank:WP_003405790.1;Name=WP_003405790.1;Ontology_term=GO:0015937,GO:0004594;gbkey=CDS;gene=coaA;go_function=pantothenate kinase activity|0004594||IEA;go_process=coenzyme A biosynthetic process|0015937||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003875370.1;locus_tag=BQ2027_RS05750;product=type I pantothenate kinase;protein_id=WP_003405790.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1221974 1223254 . + . ID=gene-BQ2027_RS05755;Name=glyA;gbkey=Gene;gene=glyA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05755;old_locus_tag=BQ2027_MB1123 +Chromosome Protein Homology CDS 1221974 1223254 . + 0 ID=cds-WP_003405797.1;Parent=gene-BQ2027_RS05755;Dbxref=GenBank:WP_003405797.1;Name=WP_003405797.1;Ontology_term=GO:0019264,GO:0004372,GO:0008270,GO:0030170,GO:0070905;gbkey=CDS;gene=glyA;go_function=glycine hydroxymethyltransferase activity|0004372||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,serine binding|0070905||IEA;go_process=glycine biosynthetic process from serine|0019264||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177787.3;locus_tag=BQ2027_RS05755;product=serine hydroxymethyltransferase;protein_id=WP_003405797.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1223359 1224186 . + . ID=gene-BQ2027_RS05760;Name=BQ2027_RS05760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05760;old_locus_tag=BQ2027_MB1124 +Chromosome Protein Homology CDS 1223359 1224186 . + 0 ID=cds-WP_003405801.1;Parent=gene-BQ2027_RS05760;Dbxref=GenBank:WP_003405801.1;Name=WP_003405801.1;Ontology_term=GO:0006631,GO:0045300;gbkey=CDS;go_function=stearoyl-[ACP] desaturase activity|0045300||IEA;go_process=fatty acid metabolic process|0006631||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215610.1;locus_tag=BQ2027_RS05760;product=acyl-ACP desaturase;protein_id=WP_003405801.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1224397 1225698 . + . ID=gene-BQ2027_RS05765;Name=BQ2027_RS05765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05765;old_locus_tag=BQ2027_MB1125 +Chromosome Protein Homology CDS 1224397 1225698 . + 0 ID=cds-WP_003405802.1;Parent=gene-BQ2027_RS05765;Dbxref=GenBank:WP_003405802.1;Name=WP_003405802.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215611.1;locus_tag=BQ2027_RS05765;product=PhoH family protein;protein_id=WP_003405802.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1225785 1226660 . + . ID=gene-BQ2027_RS05770;Name=BQ2027_RS05770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05770;old_locus_tag=BQ2027_MB1126 +Chromosome Protein Homology CDS 1225785 1226660 . + 0 ID=cds-WP_003405803.1;Parent=gene-BQ2027_RS05770;Dbxref=GenBank:WP_003405803.1;Name=WP_003405803.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215612.1;locus_tag=BQ2027_RS05770;product=polysaccharide deacetylase family protein;protein_id=WP_003405803.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1226663 1227544 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05790;Name=BQ2027_RS05790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05790;old_locus_tag=BQ2027_MB1130 +Chromosome Protein Homology CDS 1230140 1230784 . + 0 ID=cds-WP_003915494.1;Parent=gene-BQ2027_RS05790;Dbxref=GenBank:WP_003915494.1;Name=WP_003915494.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003915494.1;locus_tag=BQ2027_RS05790;product=DUF4245 domain-containing protein;protein_id=WP_003915494.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1230791 1231947 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05805;Name=mazE3;gbkey=Gene;gene=mazE3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05805;old_locus_tag=BQ2027_MB1133C +Chromosome Protein Homology CDS 1232370 1232690 . - 0 ID=cds-WP_003405836.1;Parent=gene-BQ2027_RS05805;Dbxref=GenBank:WP_003405836.1;Name=WP_003405836.1;gbkey=CDS;gene=mazE3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405836.1;locus_tag=BQ2027_RS05805;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin MazE3;protein_id=WP_003405836.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1232700 1234236 . + . ID=gene-BQ2027_RS05810;Name=BQ2027_RS05810;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05810;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1232700 1234236 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS05810;Parent=gene-BQ2027_RS05810;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016298,GO:0052689;gbkey=CDS;go_function=lipase activity|0016298||IEA,carboxylic ester hydrolase activity|0052689||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011724013.1;locus_tag=BQ2027_RS05810;product=carboxylesterase/lipase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1234243 1235355 . - . ID=gene-BQ2027_RS05815;Name=BQ2027_RS05815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05815;old_locus_tag=BQ2027_MB1136C +Chromosome Protein Homology CDS 1234243 1235355 . - 0 ID=cds-WP_003405840.1;Parent=gene-BQ2027_RS05815;Dbxref=GenBank:WP_003405840.1;Name=WP_003405840.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215622.1;locus_tag=BQ2027_RS05815;product=3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5-->4-isomerase;protein_id=WP_003405840.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1235365 1235622 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05830;Name=BQ2027_RS05830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05830;old_locus_tag=BQ2027_MB1139C +Chromosome Protein Homology CDS 1236856 1237494 . - 0 ID=cds-WP_003898730.1;Parent=gene-BQ2027_RS05830;Dbxref=GenBank:WP_003898730.1;Name=WP_003898730.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215625.1;locus_tag=BQ2027_RS05830;product=lipid droplet-associated protein;protein_id=WP_003898730.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1237584 1238591 . + . ID=gene-BQ2027_RS05835;Name=BQ2027_RS05835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05835;old_locus_tag=BQ2027_MB1140 +Chromosome Protein Homology CDS 1237584 1238591 . + 0 ID=cds-WP_003405853.1;Parent=gene-BQ2027_RS05835;Dbxref=GenBank:WP_003405853.1;Name=WP_003405853.1;Ontology_term=GO:0019288,GO:0046872,GO:0051745;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity|0051745||IEA;go_process=isopentenyl diphosphate biosynthetic process%2C methylerythritol 4-phosphate pathway|0019288||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177788.1;locus_tag=BQ2027_RS05835;product=4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase;protein_id=WP_003405853.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1238608 1239591 . - . ID=gene-BQ2027_RS05840;Name=BQ2027_RS05840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05840;old_locus_tag=BQ2027_MB1141C +Chromosome Protein Homology CDS 1238608 1239591 . - 0 ID=cds-WP_003898731.1;Parent=gene-BQ2027_RS05840;Dbxref=GenBank:WP_003898731.1;Name=WP_003898731.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215627.2;locus_tag=BQ2027_RS05840;product=DUF6542 domain-containing protein;protein_id=WP_003898731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1239654 1240727 . + . ID=gene-BQ2027_RS05845;Name=ychF;gbkey=Gene;gene=ychF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05845;old_locus_tag=BQ2027_MB1142 +Chromosome Protein Homology CDS 1239654 1240727 . + 0 ID=cds-WP_003405860.1;Parent=gene-BQ2027_RS05845;Dbxref=GenBank:WP_003405860.1;Name=WP_003405860.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0005525,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=ychF;go_function=ATP binding|0005524||IEA,GTP binding|0005525||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215628.1;locus_tag=BQ2027_RS05845;product=redox-regulated ATPase YchF;protein_id=WP_003405860.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1240815 1241012 . + . ID=gene-BQ2027_RS05850;Name=BQ2027_RS05850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05850;old_locus_tag=BQ2027_MB1143 +Chromosome Protein Homology CDS 1240815 1241012 . + 0 ID=cds-WP_003405863.1;Parent=gene-BQ2027_RS05850;Dbxref=GenBank:WP_003405863.1;Name=WP_003405863.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215629.1;locus_tag=BQ2027_RS05850;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003405863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1241009 1241383 . + . ID=gene-BQ2027_RS05855;Name=BQ2027_RS05855;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05855;old_locus_tag=BQ2027_MB1144 +Chromosome Protein Homology CDS 1241009 1241383 . + 0 ID=cds-WP_003405865.1;Parent=gene-BQ2027_RS05855;Dbxref=GenBank:WP_003405865.1;Name=WP_003405865.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215630.1;locus_tag=BQ2027_RS05855;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003405865.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1241586 1242284 . + . ID=gene-BQ2027_RS05860;Name=BQ2027_RS05860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05860;old_locus_tag=BQ2027_MB1145 +Chromosome Protein Homology CDS 1241586 1242284 . + 0 ID=cds-WP_010950494.1;Parent=gene-BQ2027_RS05860;Dbxref=GenBank:WP_010950494.1;Name=WP_010950494.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215631.1;locus_tag=BQ2027_RS05860;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950494.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1242402 1242587 . + . ID=gene-BQ2027_RS05865;Name=BQ2027_RS05865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05865;old_locus_tag=BQ2027_MB1146 +Chromosome Protein Homology CDS 1242402 1242587 . + 0 ID=cds-WP_003901093.1;Parent=gene-BQ2027_RS05865;Dbxref=GenBank:WP_003901093.1;Name=WP_003901093.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215632.1;locus_tag=BQ2027_RS05865;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901093.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1242514 1242789 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS05875;Name=BQ2027_RS05875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05875;old_locus_tag=BQ2027_MB1148 +Chromosome Protein Homology CDS 1243032 1243355 . + 0 ID=cds-WP_003405871.1;Parent=gene-BQ2027_RS05875;Dbxref=GenBank:WP_003405871.1;Name=WP_003405871.1;Ontology_term=GO:0017000,GO:0004497,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=antibiotic biosynthetic process|0017000||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215633.1;locus_tag=BQ2027_RS05875;product=putative quinol monooxygenase;protein_id=WP_003405871.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1243370 1244080 . - . ID=gene-BQ2027_RS05880;Name=BQ2027_RS05880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05880;old_locus_tag=BQ2027_MB1149C +Chromosome Protein Homology CDS 1243370 1244080 . - 0 ID=cds-WP_003911399.1;Parent=gene-BQ2027_RS05880;Dbxref=GenBank:WP_003911399.1;Name=WP_003911399.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013828012.1;locus_tag=BQ2027_RS05880;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003911399.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1244102 1244311 . + . ID=gene-BQ2027_RS05885;Name=BQ2027_RS05885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05885 +Chromosome Protein Homology CDS 1244102 1244311 . + 0 ID=cds-WP_003911400.1;Parent=gene-BQ2027_RS05885;Dbxref=GenBank:WP_003911400.1;Name=WP_003911400.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016706054.1;locus_tag=BQ2027_RS05885;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003911400.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1244263 1245033 . - . ID=gene-BQ2027_RS05890;Name=BQ2027_RS05890;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05890;old_locus_tag=BQ2027_MB1151C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1244263 1245033 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS05890;Parent=gene-BQ2027_RS05890;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0009190,GO:0035556,GO:0009975,GO:0016849,GO:0032555,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=cyclase activity|0009975||IEA,phosphorus-oxygen lyase activity|0016849||IEA,purine ribonucleotide binding|0032555||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=cyclic nucleotide biosynthetic process|0009190||IEA,intracellular signal transduction|0035556||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020729832.1;locus_tag=BQ2027_RS05890;product=adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1245106 1246506 . + . ID=gene-BQ2027_RS05895;Name=BQ2027_RS05895;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05895;old_locus_tag=BQ2027_MB1152 +Chromosome Protein Homology CDS 1245106 1246506 . + 0 ID=cds-WP_003898735.1;Parent=gene-BQ2027_RS05895;Dbxref=GenBank:WP_003898735.1;Name=WP_003898735.1;Ontology_term=GO:0006006,GO:0004345;gbkey=CDS;go_function=glucose-6-phosphate dehydrogenase activity|0004345||IEA;go_process=glucose metabolic process|0006006||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177789.1;locus_tag=BQ2027_RS05895;product=glucose-6-phosphate dehydrogenase;protein_id=WP_003898735.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1246528 1247550 . + . ID=gene-BQ2027_RS05900;Name=gnd;gbkey=Gene;gene=gnd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05900;old_locus_tag=BQ2027_MB1153 +Chromosome Protein Homology CDS 1246528 1247550 . + 0 ID=cds-WP_003405880.1;Parent=gene-BQ2027_RS05900;Dbxref=GenBank:WP_003405880.1;Name=WP_003405880.1;Ontology_term=GO:0006098,GO:0016616;gbkey=CDS;gene=gnd;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-OH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016616||IEA;go_process=pentose-phosphate shunt|0006098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215638.1;locus_tag=BQ2027_RS05900;product=phosphogluconate dehydrogenase (NAD(+)-dependent%2C decarboxylating);protein_id=WP_003405880.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1247543 1248409 . - . ID=gene-BQ2027_RS05905;Name=bpoB;gbkey=Gene;gene=bpoB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05905;old_locus_tag=BQ2027_MB1154C +Chromosome Protein Homology CDS 1247543 1248409 . - 0 ID=cds-WP_003898736.1;Parent=gene-BQ2027_RS05905;Dbxref=GenBank:WP_003898736.1;Name=WP_003898736.1;gbkey=CDS;gene=bpoB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898736.1;locus_tag=BQ2027_RS05905;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003898736.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1248571 1249476 . + . ID=gene-BQ2027_RS05910;Name=ephC;gbkey=Gene;gene=ephC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05910;old_locus_tag=BQ2027_MB1155 +Chromosome Protein Homology CDS 1248571 1249476 . + 0 ID=cds-WP_003911402.1;Parent=gene-BQ2027_RS05910;Dbxref=GenBank:WP_003911402.1;Name=WP_003911402.1;gbkey=CDS;gene=ephC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911402.1;locus_tag=BQ2027_RS05910;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003911402.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1249481 1250725 . + . ID=gene-BQ2027_RS05915;Name=BQ2027_RS05915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05915;old_locus_tag=BQ2027_MB1156 +Chromosome Protein Homology CDS 1249481 1250725 . + 0 ID=cds-WP_003901095.1;Parent=gene-BQ2027_RS05915;Dbxref=GenBank:WP_003901095.1;Name=WP_003901095.1;Ontology_term=GO:0004144;gbkey=CDS;go_function=diacylglycerol O-acyltransferase activity|0004144||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215641.1;locus_tag=BQ2027_RS05915;product=WS/DGAT domain-containing protein;protein_id=WP_003901095.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1250729 1251334 . - . ID=gene-BQ2027_RS05920;Name=BQ2027_RS05920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05920;old_locus_tag=BQ2027_MB1157C +Chromosome Protein Homology CDS 1250729 1251334 . - 0 ID=cds-WP_003405892.1;Parent=gene-BQ2027_RS05920;Dbxref=GenBank:WP_003405892.1;Name=WP_003405892.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215642.1;locus_tag=BQ2027_RS05920;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405892.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1251331 1252803 . - . ID=gene-BQ2027_RS05925;Name=ppdK;gbkey=Gene;gene=ppdK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05925;old_locus_tag=BQ2027_MB1158C +Chromosome Protein Homology CDS 1251331 1252803 . - 0 ID=cds-WP_003903329.1;Parent=gene-BQ2027_RS05925;Dbxref=GenBank:WP_003903329.1;Name=WP_003903329.1;gbkey=CDS;gene=ppdK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215643.1;locus_tag=BQ2027_RS05925;product=pyruvate%2C phosphate dikinase;protein_id=WP_003903329.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1253016 1254371 . - . ID=gene-BQ2027_RS05930;Name=BQ2027_RS05930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05930;old_locus_tag=BQ2027_MB1159C +Chromosome Protein Homology CDS 1253016 1254371 . - 0 ID=cds-WP_003405897.1;Parent=gene-BQ2027_RS05930;Dbxref=GenBank:WP_003405897.1;Name=WP_003405897.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292706.1;locus_tag=BQ2027_RS05930;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_003405897.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1254473 1255933 . - . ID=gene-BQ2027_RS05935;Name=BQ2027_RS05935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05935;old_locus_tag=BQ2027_MB1160C +Chromosome Protein Homology CDS 1254473 1255933 . - 0 ID=cds-WP_003405904.1;Parent=gene-BQ2027_RS05935;Dbxref=GenBank:WP_003405904.1;Name=WP_003405904.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215645.1;locus_tag=BQ2027_RS05935;product=short-chain fatty acyl-CoA regulator family protein;protein_id=WP_003405904.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1256029 1257534 . + . ID=gene-BQ2027_RS05940;Name=prpD;gbkey=Gene;gene=prpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05940;old_locus_tag=BQ2027_MB1161 +Chromosome Protein Homology CDS 1256029 1257534 . + 0 ID=cds-WP_003405907.1;Parent=gene-BQ2027_RS05940;Dbxref=GenBank:WP_003405907.1;Name=WP_003405907.1;Ontology_term=GO:0047547;gbkey=CDS;gene=prpD;go_function=2-methylcitrate dehydratase activity|0047547||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288002.1;locus_tag=BQ2027_RS05940;product=2-methylcitrate dehydratase PrpD;protein_id=WP_003405907.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1257531 1258712 . + . ID=gene-BQ2027_RS05945;Name=prpC;gbkey=Gene;gene=prpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05945;old_locus_tag=BQ2027_MB1162 +Chromosome Protein Homology CDS 1257531 1258712 . + 0 ID=cds-WP_003405909.1;Parent=gene-BQ2027_RS05945;Dbxref=GenBank:WP_003405909.1;Name=WP_003405909.1;Ontology_term=GO:0006099,GO:0036440,GO:0050440;gbkey=CDS;gene=prpC;go_function=citrate synthase activity|0036440||IEA,2-methylcitrate synthase activity|0050440||IEA;go_process=tricarboxylic acid cycle|0006099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215647.1;locus_tag=BQ2027_RS05945;product=bifunctional 2-methylcitrate synthase/citrate synthase;protein_id=WP_003405909.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1258724 1260454 . + . ID=gene-BQ2027_RS05950;Name=BQ2027_RS05950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05950;old_locus_tag=BQ2027_MB1163 +Chromosome Protein Homology CDS 1258724 1260454 . + 0 ID=cds-WP_010950497.1;Parent=gene-BQ2027_RS05950;Dbxref=GenBank:WP_010950497.1;Name=WP_010950497.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215648.1;locus_tag=BQ2027_RS05950;product=DUF3556 domain-containing protein;protein_id=WP_010950497.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1260466 1262745 . - . ID=gene-BQ2027_RS05955;Name=metE;gbkey=Gene;gene=metE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05955;old_locus_tag=BQ2027_MB1164C +Chromosome Protein Homology CDS 1260466 1262745 . - 0 ID=cds-WP_003405914.1;Parent=gene-BQ2027_RS05955;Dbxref=GenBank:WP_003405914.1;Name=WP_003405914.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0003871,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=metE;go_function=5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity|0003871||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215649.1;locus_tag=BQ2027_RS05955;product=5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine S-methyltransferase;protein_id=WP_003405914.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 1262879 1263114 . - . ID=id-Chromosome:1262879..1263114;Dbxref=RFAM:RF00174;Note=cobalamin riboswitch;bound_moiety=adenosylcobalamin;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 1263321 1263557 . + . ID=gene-BQ2027_RS05960;Name=BQ2027_RS05960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05960;old_locus_tag=BQ2027_MB1165 +Chromosome Protein Homology CDS 1263321 1263557 . + 0 ID=cds-WP_003405917.1;Parent=gene-BQ2027_RS05960;Dbxref=GenBank:WP_003405917.1;Name=WP_003405917.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215650.1;locus_tag=BQ2027_RS05960;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405917.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1263671 1265527 . - . ID=gene-BQ2027_RS20750;Name=BQ2027_RS20750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20750;old_locus_tag=BQ2027_MB1166C +Chromosome Protein Homology CDS 1263671 1265527 . - 0 ID=cds-WP_003405919.1;Parent=gene-BQ2027_RS20750;Dbxref=GenBank:WP_003405919.1;Name=WP_003405919.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177790.1;locus_tag=BQ2027_RS20750;product=PPE family protein;protein_id=WP_003405919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1265791 1265955 . + . ID=gene-BQ2027_RS05970;Name=BQ2027_RS05970;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05970;old_locus_tag=BQ2027_MB1167;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1265791 +Chromosome Protein Homology CDS 1265791 1265955 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS05970;Parent=gene-BQ2027_RS05970;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003920476.1;locus_tag=BQ2027_RS05970;partial=true;product=acetyl-CoA acetyltransferase;pseudo=true;start_range=.,1265791;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1266005 1266675 . + . ID=gene-BQ2027_RS05975;Name=BQ2027_RS05975;end_range=1266675,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS05975;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1266005 1266675 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS05975;Parent=gene-BQ2027_RS05975;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0003824;end_range=1266675,.;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005147140.1;locus_tag=BQ2027_RS05975;partial=true;product=enoyl-CoA hydratase-related protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1266871 1267887 . - . ID=gene-BQ2027_RS05980;Name=BQ2027_RS05980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05980;old_locus_tag=BQ2027_MB1170C +Chromosome Protein Homology CDS 1266871 1267887 . - 0 ID=cds-WP_003405932.1;Parent=gene-BQ2027_RS05980;Dbxref=GenBank:WP_003405932.1;Name=WP_003405932.1;Ontology_term=GO:0000166,GO:0016491,GO:0071949;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215654.1;locus_tag=BQ2027_RS05980;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003405932.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1267884 1268384 . - . ID=gene-BQ2027_RS05985;Name=BQ2027_RS05985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05985;old_locus_tag=BQ2027_MB1171C +Chromosome Protein Homology CDS 1267884 1268384 . - 0 ID=cds-WP_003405935.1;Parent=gene-BQ2027_RS05985;Dbxref=GenBank:WP_003405935.1;Name=WP_003405935.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215655.1;locus_tag=BQ2027_RS05985;product=isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein;protein_id=WP_003405935.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1268872 1269594 . + . ID=gene-BQ2027_RS05990;Name=BQ2027_RS05990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05990;old_locus_tag=BQ2027_MB1172 +Chromosome Protein Homology CDS 1268872 1269594 . + 0 ID=cds-WP_003911379.1;Parent=gene-BQ2027_RS05990;Dbxref=GenBank:WP_003911379.1;Name=WP_003911379.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011724051.1;locus_tag=BQ2027_RS05990;product=CPBP family intramembrane glutamic endopeptidase;protein_id=WP_003911379.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1269602 1270408 . - . ID=gene-BQ2027_RS05995;Name=BQ2027_RS05995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS05995;old_locus_tag=BQ2027_MB1173C +Chromosome Protein Homology CDS 1269602 1270408 . - 0 ID=cds-WP_003405951.1;Parent=gene-BQ2027_RS05995;Dbxref=GenBank:WP_003405951.1;Name=WP_003405951.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215657.1;locus_tag=BQ2027_RS05995;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003405951.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1270551 1271357 . - . ID=gene-BQ2027_RS06000;Name=BQ2027_RS06000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06000;old_locus_tag=BQ2027_MB1174C +Chromosome Protein Homology CDS 1270551 1271357 . - 0 ID=cds-WP_003405957.1;Parent=gene-BQ2027_RS06000;Dbxref=GenBank:WP_003405957.1;Name=WP_003405957.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215658.1;locus_tag=BQ2027_RS06000;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003405957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1271461 1272543 . + . ID=gene-BQ2027_RS06005;Name=mcr;gbkey=Gene;gene=mcr;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06005;old_locus_tag=BQ2027_MB1175 +Chromosome Protein Homology CDS 1271461 1272543 . + 0 ID=cds-WP_003898740.1;Parent=gene-BQ2027_RS06005;Dbxref=GenBank:WP_003898740.1;Name=WP_003898740.1;gbkey=CDS;gene=mcr;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215659.1;locus_tag=BQ2027_RS06005;product=alpha-methylacyl-CoA racemase;protein_id=WP_003898740.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1272555 1273307 . + . ID=gene-BQ2027_RS06010;Name=BQ2027_RS06010;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06010;old_locus_tag=BQ2027_MB1176 +Chromosome Protein Homology CDS 1272555 1273307 . + 0 ID=cds-WP_003405961.1;Parent=gene-BQ2027_RS06010;Dbxref=GenBank:WP_003405961.1;Name=WP_003405961.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215660.1;locus_tag=BQ2027_RS06010;product=3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase;protein_id=WP_003405961.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1273435 1273566 . - . ID=gene-BQ2027_RS20650;Name=BQ2027_RS20650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20650 +Chromosome Protein Homology CDS 1273435 1273566 . - 0 ID=cds-WP_003405966.1;Parent=gene-BQ2027_RS20650;Dbxref=GenBank:WP_003405966.1;Name=WP_003405966.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405966.1;locus_tag=BQ2027_RS20650;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405966.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1273822 1276167 . + . ID=gene-BQ2027_RS06015;Name=BQ2027_RS06015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06015;old_locus_tag=BQ2027_MB1177 +Chromosome Protein Homology CDS 1273822 1276167 . + 0 ID=cds-WP_003405970.1;Parent=gene-BQ2027_RS06015;Dbxref=GenBank:WP_003405970.1;Name=WP_003405970.1;Ontology_term=GO:0005215,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transporter activity|0005215||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015629850.1;locus_tag=BQ2027_RS06015;product=MMPL family transporter;protein_id=WP_003405970.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1276300 1276950 . + . ID=gene-BQ2027_RS06020;Name=BQ2027_RS06020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06020;old_locus_tag=BQ2027_MB1178 +Chromosome Protein Homology CDS 1276300 1276950 . + 0 ID=cds-WP_003405982.1;Parent=gene-BQ2027_RS06020;Dbxref=GenBank:WP_003405982.1;Name=WP_003405982.1;Ontology_term=GO:0008757;gbkey=CDS;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215663.1;locus_tag=BQ2027_RS06020;product=methyltransferase domain-containing protein;protein_id=WP_003405982.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1277325 1277426 . + . ID=gene-BQ2027_RS20345;Name=BQ2027_RS20345;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20345;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1277325 +Chromosome Protein Homology CDS 1277325 1277426 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20345;Parent=gene-BQ2027_RS20345;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216464.1;locus_tag=BQ2027_RS20345;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,1277325;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1277428 1277703 . - . ID=gene-BQ2027_RS20350;Name=BQ2027_RS20350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20350 +Chromosome Protein Homology CDS 1277428 1277703 . - 0 ID=cds-WP_003405990.1;Parent=gene-BQ2027_RS20350;Dbxref=GenBank:WP_003405990.1;Name=WP_003405990.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003405990.1;locus_tag=BQ2027_RS20350;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003405990.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1277700 1279064 . - . ID=gene-BQ2027_RS06025;Name=BQ2027_RS06025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06025;old_locus_tag=BQ2027_MB1179C +Chromosome Protein Homology CDS 1277700 1279064 . - 0 ID=cds-WP_003898743.1;Parent=gene-BQ2027_RS06025;Dbxref=GenBank:WP_003898743.1;Name=WP_003898743.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216461.1;locus_tag=BQ2027_RS06025;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_003898743.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1279293 1280220 . + . ID=gene-BQ2027_RS06030;Name=BQ2027_RS06030;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06030;old_locus_tag=BQ2027_IS-LIKE-2;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1279293 1280220 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS06030;Parent=gene-BQ2027_RS06030;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076612358.1;locus_tag=BQ2027_RS06030;product=IS5-like element ISMt1 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1280304 1281017 . - . ID=gene-BQ2027_RS06035;Name=cobB;gbkey=Gene;gene=cobB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06035;old_locus_tag=BQ2027_MB1182C +Chromosome Protein Homology CDS 1280304 1281017 . - 0 ID=cds-WP_003406044.1;Parent=gene-BQ2027_RS06035;Dbxref=GenBank:WP_003406044.1;Name=WP_003406044.1;gbkey=CDS;gene=cobB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215667.1;locus_tag=BQ2027_RS06035;product=NAD-dependent protein deacylase;protein_id=WP_003406044.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1281055 1281420 . + . ID=gene-BQ2027_RS06040;Name=BQ2027_RS06040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06040;old_locus_tag=BQ2027_MB1183 +Chromosome Protein Homology CDS 1281055 1281420 . + 0 ID=cds-WP_003406047.1;Parent=gene-BQ2027_RS06040;Dbxref=GenBank:WP_003406047.1;Name=WP_003406047.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215668.1;locus_tag=BQ2027_RS06040;product=GntR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406047.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1281398 1282246 . - . ID=gene-BQ2027_RS06045;Name=omt;gbkey=Gene;gene=omt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06045;old_locus_tag=BQ2027_MB1184C +Chromosome Protein Homology CDS 1281398 1282246 . - 0 ID=cds-WP_010950498.1;Parent=gene-BQ2027_RS06045;Dbxref=GenBank:WP_010950498.1;Name=WP_010950498.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;gene=omt;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215669.1;locus_tag=BQ2027_RS06045;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_010950498.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1282243 1282773 . - . ID=gene-BQ2027_RS06050;Name=BQ2027_RS06050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06050;old_locus_tag=BQ2027_MB1185C +Chromosome Protein Homology CDS 1282243 1282773 . - 0 ID=cds-WP_023637376.1;Parent=gene-BQ2027_RS06050;Dbxref=GenBank:WP_023637376.1;Name=WP_023637376.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012395864.1;locus_tag=BQ2027_RS06050;product=DUF1697 domain-containing protein;protein_id=WP_023637376.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1282829 1283272 . + . ID=gene-BQ2027_RS06055;Name=BQ2027_RS06055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06055;old_locus_tag=BQ2027_MB1186 +Chromosome Protein Homology CDS 1282829 1283272 . + 0 ID=cds-WP_003406060.1;Parent=gene-BQ2027_RS06055;Dbxref=GenBank:WP_003406060.1;Name=WP_003406060.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215671.1;locus_tag=BQ2027_RS06055;product=PPOX class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003406060.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1283430 1283618 . + . ID=gene-BQ2027_RS06060;Name=BQ2027_RS06060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06060;old_locus_tag=BQ2027_MB1186A +Chromosome Protein Homology CDS 1283430 1283618 . + 0 ID=cds-WP_003406063.1;Parent=gene-BQ2027_RS06060;Dbxref=GenBank:WP_003406063.1;Name=WP_003406063.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030031.1;locus_tag=BQ2027_RS06060;product=DUF5302 domain-containing protein;protein_id=WP_003406063.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1283706 1284293 . + . ID=gene-BQ2027_RS06065;Name=BQ2027_RS06065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06065;old_locus_tag=BQ2027_MB1187 +Chromosome Protein Homology CDS 1283706 1284293 . + 0 ID=cds-WP_003406064.1;Parent=gene-BQ2027_RS06065;Dbxref=GenBank:WP_003406064.1;Name=WP_003406064.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215672.1;locus_tag=BQ2027_RS06065;product=HhH-GPD-type base excision DNA repair protein;protein_id=WP_003406064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1284290 1284436 . + . ID=gene-BQ2027_RS06070;Name=BQ2027_RS06070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06070 +Chromosome Protein Homology CDS 1284290 1284436 . + 0 ID=cds-WP_003406065.1;Parent=gene-BQ2027_RS06070;Dbxref=GenBank:WP_003406065.1;Name=WP_003406065.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007169078.1;locus_tag=BQ2027_RS06070;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406065.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1284456 1285571 . - . ID=gene-BQ2027_RS06075;Name=BQ2027_RS06075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06075;old_locus_tag=BQ2027_MB1188C +Chromosome Protein Homology CDS 1284456 1285571 . - 0 ID=cds-WP_003406066.1;Parent=gene-BQ2027_RS06075;Dbxref=GenBank:WP_003406066.1;Name=WP_003406066.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215673.1;locus_tag=BQ2027_RS06075;product=Rv1157c family protein;protein_id=WP_003406066.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1285579 1286262 . - . ID=gene-BQ2027_RS06080;Name=BQ2027_RS06080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06080;old_locus_tag=BQ2027_MB1189C +Chromosome Protein Homology CDS 1285579 1286262 . - 0 ID=cds-WP_003406075.1;Parent=gene-BQ2027_RS06080;Dbxref=GenBank:WP_003406075.1;Name=WP_003406075.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215674.1;locus_tag=BQ2027_RS06080;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406075.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1286392 1287687 . + . ID=gene-BQ2027_RS06085;Name=pimE;gbkey=Gene;gene=pimE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06085;old_locus_tag=BQ2027_MB1190 +Chromosome Protein Homology CDS 1286392 1287687 . + 0 ID=cds-WP_003900282.1;Parent=gene-BQ2027_RS06085;Dbxref=GenBank:WP_003900282.1;Name=WP_003900282.1;gbkey=CDS;gene=pimE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215675.1;locus_tag=BQ2027_RS06085;product=mannosyltransferase;protein_id=WP_003900282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1287684 1287968 . - . ID=gene-BQ2027_RS06090;Name=BQ2027_RS06090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06090;old_locus_tag=BQ2027_MB1191C +Chromosome Protein Homology CDS 1287684 1287968 . - 0 ID=cds-WP_003406082.1;Parent=gene-BQ2027_RS06090;Dbxref=GenBank:WP_003406082.1;Name=WP_003406082.1;Ontology_term=GO:0006729,GO:0008124;gbkey=CDS;go_function=4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity|0008124||IEA;go_process=tetrahydrobiopterin biosynthetic process|0006729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177641.1;locus_tag=BQ2027_RS06090;product=4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;protein_id=WP_003406082.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1287995 1288420 . + . ID=gene-BQ2027_RS06095;Name=mutT;gbkey=Gene;gene=mutT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06095;old_locus_tag=BQ2027_MB1192 +Chromosome Protein Homology CDS 1287995 1288420 . + 0 ID=cds-WP_003406084.1;Parent=gene-BQ2027_RS06095;Dbxref=GenBank:WP_003406084.1;Name=WP_003406084.1;gbkey=CDS;gene=mutT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215676.1;locus_tag=BQ2027_RS06095;product=8-oxo-dGTP diphosphatase MutT;protein_id=WP_003406084.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1288728 1292426 . + . ID=gene-BQ2027_RS06100;Name=narG;gbkey=Gene;gene=narG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06100;old_locus_tag=BQ2027_MB1193 +Chromosome Protein Homology CDS 1288728 1292426 . + 0 ID=cds-WP_010950499.1;Parent=gene-BQ2027_RS06100;Dbxref=GenBank:WP_010950499.1;Name=WP_010950499.1;Ontology_term=GO:0042126,GO:0008940,GO:0009325;gbkey=CDS;gene=narG;go_component=nitrate reductase complex|0009325||IEA;go_function=nitrate reductase activity|0008940||IEA;go_process=nitrate metabolic process|0042126||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215677.1;locus_tag=BQ2027_RS06100;product=nitrate reductase subunit alpha;protein_id=WP_010950499.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1292465 1294141 . + . ID=gene-BQ2027_RS06105;Name=narH;gbkey=Gene;gene=narH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06105;old_locus_tag=BQ2027_MB1194 +Chromosome Protein Homology CDS 1292465 1294141 . + 0 ID=cds-WP_003406090.1;Parent=gene-BQ2027_RS06105;Dbxref=GenBank:WP_003406090.1;Name=WP_003406090.1;Ontology_term=GO:0042126,GO:0008940,GO:0009325;gbkey=CDS;gene=narH;go_component=nitrate reductase complex|0009325||IEA;go_function=nitrate reductase activity|0008940||IEA;go_process=nitrate metabolic process|0042126||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898749.1;locus_tag=BQ2027_RS06105;product=nitrate reductase subunit beta;protein_id=WP_003406090.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1294138 1294803 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS06115;Name=narI;gbkey=Gene;gene=narI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06115;old_locus_tag=BQ2027_MB1196 +Chromosome Protein Homology CDS 1294806 1295546 . + 0 ID=cds-WP_010950500.1;Parent=gene-BQ2027_RS06115;Dbxref=GenBank:WP_010950500.1;Name=WP_010950500.1;Ontology_term=GO:0019645,GO:0008940,GO:0009325;gbkey=CDS;gene=narI;go_component=nitrate reductase complex|0009325||IEA;go_function=nitrate reductase activity|0008940||IEA;go_process=anaerobic electron transport chain|0019645||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215680.1;locus_tag=BQ2027_RS06115;product=respiratory nitrate reductase subunit gamma;protein_id=WP_010950500.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1295568 1297454 . + . ID=gene-BQ2027_RS06120;Name=typA;gbkey=Gene;gene=typA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06120;old_locus_tag=BQ2027_MB1197 +Chromosome Protein Homology CDS 1295568 1297454 . + 0 ID=cds-WP_003406099.1;Parent=gene-BQ2027_RS06120;Dbxref=GenBank:WP_003406099.1;Name=WP_003406099.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0006950,GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=typA;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=translation|0006412||IEA,response to stress|0006950||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215681.1;locus_tag=BQ2027_RS06120;product=translational GTPase TypA;protein_id=WP_003406099.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1297552 1299459 . + . ID=gene-BQ2027_RS06125;Name=lpqW;gbkey=Gene;gene=lpqW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06125;old_locus_tag=BQ2027_MB1198 +Chromosome Protein Homology CDS 1297552 1299459 . + 0 ID=cds-WP_003406102.1;Parent=gene-BQ2027_RS06125;Dbxref=GenBank:WP_003406102.1;Name=WP_003406102.1;gbkey=CDS;gene=lpqW;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215682.1;locus_tag=BQ2027_RS06125;product=lipoarabinomannan biosynthesis protein LpqW;protein_id=WP_003406102.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1299487 1300092 . - . ID=gene-BQ2027_RS06130;Name=BQ2027_RS06130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06130;old_locus_tag=BQ2027_MB1199C +Chromosome Protein Homology CDS 1299487 1300092 . - 0 ID=cds-WP_003406104.1;Parent=gene-BQ2027_RS06130;Dbxref=GenBank:WP_003406104.1;Name=WP_003406104.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215683.1;locus_tag=BQ2027_RS06130;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406104.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1300164 1301205 . - . ID=gene-BQ2027_RS06135;Name=BQ2027_RS06135;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06135;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1300164 1301205 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS06135;Parent=gene-BQ2027_RS06135;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177791.1;locus_tag=BQ2027_RS06135;product=PPE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1301223 1301525 . - . ID=gene-BQ2027_RS06140;Name=lipX;gbkey=Gene;gene=lipX;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=PE11;locus_tag=BQ2027_RS06140;old_locus_tag=BQ2027_MB1202C +Chromosome Protein Homology CDS 1301223 1301525 . - 0 ID=cds-WP_003898752.1;Parent=gene-BQ2027_RS06140;Dbxref=GenBank:WP_003898752.1;Name=WP_003898752.1;gbkey=CDS;gene=lipX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177792.1;locus_tag=BQ2027_RS06140;product=lipase/esterase LipX;protein_id=WP_003898752.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1301705 1302616 . + . ID=gene-BQ2027_RS06145;Name=mshB;gbkey=Gene;gene=mshB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06145;old_locus_tag=BQ2027_MB1203 +Chromosome Protein Homology CDS 1301705 1302616 . + 0 ID=cds-WP_003406154.1;Parent=gene-BQ2027_RS06145;Dbxref=GenBank:WP_003406154.1;Name=WP_003406154.1;Ontology_term=GO:0010125,GO:0035595;gbkey=CDS;gene=mshB;go_function=N-acetylglucosaminylinositol deacetylase activity|0035595||IEA;go_process=mycothiol biosynthetic process|0010125||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215686.1;locus_tag=BQ2027_RS06145;product=N-acetyl-1-D-myo-inositol-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase;protein_id=WP_003406154.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1302708 1303148 . + . ID=gene-BQ2027_RS06150;Name=BQ2027_RS06150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06150;old_locus_tag=BQ2027_MB1204 +Chromosome Protein Homology CDS 1302708 1303148 . + 0 ID=cds-WP_003406163.1;Parent=gene-BQ2027_RS06150;Dbxref=GenBank:WP_003406163.1;Name=WP_003406163.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215687.2;locus_tag=BQ2027_RS06150;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406163.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1303156 1304082 . - . ID=gene-BQ2027_RS06155;Name=BQ2027_RS06155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06155;old_locus_tag=BQ2027_MB1205C +Chromosome Protein Homology CDS 1303156 1304082 . - 0 ID=cds-WP_003406165.1;Parent=gene-BQ2027_RS06155;Dbxref=GenBank:WP_003406165.1;Name=WP_003406165.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177793.1;locus_tag=BQ2027_RS06155;product=PE family protein;protein_id=WP_003406165.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1304332 1306902 . + . ID=gene-BQ2027_RS06160;Name=fbiC;gbkey=Gene;gene=fbiC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06160;old_locus_tag=BQ2027_MB1206 +Chromosome Protein Homology CDS 1304332 1306902 . + 0 ID=cds-WP_003406167.1;Parent=gene-BQ2027_RS06160;Dbxref=GenBank:WP_003406167.1;Name=WP_003406167.1;Ontology_term=GO:0016765,GO:0051539;gbkey=CDS;gene=fbiC;go_function=transferase activity%2C transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups|0016765||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215689.1;locus_tag=BQ2027_RS06160;product=bifunctional FO biosynthesis protein CofGH;protein_id=WP_003406167.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1306946 1307278 . - . ID=gene-BQ2027_RS06165;Name=BQ2027_RS06165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06165;old_locus_tag=BQ2027_MB1207C +Chromosome Protein Homology CDS 1306946 1307278 . - 0 ID=cds-WP_003406169.1;Parent=gene-BQ2027_RS06165;Dbxref=GenBank:WP_003406169.1;Name=WP_003406169.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215690.1;locus_tag=BQ2027_RS06165;product=hemophore-related protein;protein_id=WP_003406169.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1307479 1309503 . - . ID=gene-BQ2027_RS06170;Name=fadH;gbkey=Gene;gene=fadH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06170;old_locus_tag=BQ2027_MB1208C +Chromosome Protein Homology CDS 1307479 1309503 . - 0 ID=cds-WP_010950501.1;Parent=gene-BQ2027_RS06170;Dbxref=GenBank:WP_010950501.1;Name=WP_010950501.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;gene=fadH;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215691.1;locus_tag=BQ2027_RS06170;product=NADPH-dependent 2%2C4-dienoyl-CoA reductase;protein_id=WP_010950501.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1309500 1310069 . - . ID=gene-BQ2027_RS06175;Name=BQ2027_RS06175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06175;old_locus_tag=BQ2027_MB1209C +Chromosome Protein Homology CDS 1309500 1310069 . - 0 ID=cds-WP_003406182.1;Parent=gene-BQ2027_RS06175;Dbxref=GenBank:WP_003406182.1;Name=WP_003406182.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215692.1;locus_tag=BQ2027_RS06175;product=PadR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406182.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1310282 1310608 . + . ID=gene-BQ2027_RS06180;Name=fdxA;gbkey=Gene;gene=fdxA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06180;old_locus_tag=BQ2027_MB1210 +Chromosome Protein Homology CDS 1310282 1310608 . + 0 ID=cds-WP_003406185.1;Parent=gene-BQ2027_RS06180;Dbxref=GenBank:WP_003406185.1;Name=WP_003406185.1;Ontology_term=GO:0009055,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=fdxA;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215693.1;locus_tag=BQ2027_RS06180;product=ferredoxin;protein_id=WP_003406185.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1310641 1311729 . + . ID=gene-BQ2027_RS06185;Name=dapC;gbkey=Gene;gene=dapC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06185;old_locus_tag=BQ2027_MB1211 +Chromosome Protein Homology CDS 1310641 1311729 . + 0 ID=cds-WP_003903345.1;Parent=gene-BQ2027_RS06185;Dbxref=GenBank:WP_003903345.1;Name=WP_003903345.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0003824,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=dapC;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215694.1;locus_tag=BQ2027_RS06185;product=succinyldiaminopimelate transaminase;protein_id=WP_003903345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1311757 1314576 . - . ID=gene-BQ2027_RS06190;Name=BQ2027_RS06190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06190;old_locus_tag=BQ2027_MB1212C +Chromosome Protein Homology CDS 1311757 1314576 . - 0 ID=cds-WP_003406189.1;Parent=gene-BQ2027_RS06190;Dbxref=GenBank:WP_003406189.1;Name=WP_003406189.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0005524,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215695.1;locus_tag=BQ2027_RS06190;product=DEAD/DEAH box helicase family protein;protein_id=WP_003406189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1315003 1321260 . + . ID=gene-BQ2027_RS06195;Name=pks2;gbkey=Gene;gene=pks2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06195;old_locus_tag=BQ2027_MB1213 +Chromosome Protein Homology CDS 1315003 1321260 . + 0 ID=cds-WP_010950502.1;Parent=gene-BQ2027_RS06195;Dbxref=GenBank:WP_010950502.1;Name=WP_010950502.1;gbkey=CDS;gene=pks2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011799162.1;locus_tag=BQ2027_RS06195;product=sulfolipid-1 biosynthesis phthioceranic/hydroxyphthioceranic acid synthase;protein_id=WP_010950502.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1321313 1322731 . + . ID=gene-BQ2027_RS06200;Name=papA3;gbkey=Gene;gene=papA3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06200;old_locus_tag=BQ2027_MB1214 +Chromosome Protein Homology CDS 1321313 1322731 . + 0 ID=cds-WP_003898759.1;Parent=gene-BQ2027_RS06200;Dbxref=GenBank:WP_003898759.1;Name=WP_003898759.1;gbkey=CDS;gene=papA3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215698.1;locus_tag=BQ2027_RS06200;product=acyltransferase PapA3;protein_id=WP_003898759.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1322753 1325806 . + . ID=gene-BQ2027_RS06205;Name=mmpL10;gbkey=Gene;gene=mmpL10;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06205;old_locus_tag=BQ2027_MB1215 +Chromosome Protein Homology CDS 1322753 1325806 . + 0 ID=cds-WP_256381313.1;Parent=gene-BQ2027_RS06205;Dbxref=GenBank:WP_256381313.1;Name=WP_256381313.1;gbkey=CDS;gene=mmpL10;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003889070.1;locus_tag=BQ2027_RS06205;product=RND transporter MmpL10;protein_id=WP_256381313.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1325810 1326889 . - . ID=gene-BQ2027_RS06210;Name=chp2;gbkey=Gene;gene=chp2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06210;old_locus_tag=BQ2027_MB1216C +Chromosome Protein Homology CDS 1325810 1326889 . - 0 ID=cds-WP_003406195.1;Parent=gene-BQ2027_RS06210;Dbxref=GenBank:WP_003406195.1;Name=WP_003406195.1;gbkey=CDS;gene=chp2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215700.1;locus_tag=BQ2027_RS06210;product=diacyltrehalose acyltransferase Chp2;protein_id=WP_003406195.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1327054 1328790 . - . ID=gene-BQ2027_RS06215;Name=fadD21;gbkey=Gene;gene=fadD21;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06215;old_locus_tag=BQ2027_MB1217C +Chromosome Protein Homology CDS 1327054 1328790 . - 0 ID=cds-WP_003406196.1;Parent=gene-BQ2027_RS06215;Dbxref=GenBank:WP_003406196.1;Name=WP_003406196.1;gbkey=CDS;gene=fadD21;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215701.1;locus_tag=BQ2027_RS06215;product=fatty-acid--AMP ligase FAAL21/FadD21;protein_id=WP_003406196.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1328967 1330583 . - . ID=gene-BQ2027_RS06220;Name=BQ2027_RS06220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06220;old_locus_tag=BQ2027_MB1218C +Chromosome Protein Homology CDS 1328967 1330583 . - 0 ID=cds-WP_003406197.1;Parent=gene-BQ2027_RS06220;Dbxref=GenBank:WP_003406197.1;Name=WP_003406197.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215702.1;locus_tag=BQ2027_RS06220;product=PucR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406197.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1330668 1332299 . + . ID=gene-BQ2027_RS06225;Name=pruA;gbkey=Gene;gene=pruA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06225;old_locus_tag=BQ2027_MB1219 +Chromosome Protein Homology CDS 1330668 1332299 . + 0 ID=cds-WP_003900286.1;Parent=gene-BQ2027_RS06225;Dbxref=GenBank:WP_003900286.1;Name=WP_003900286.1;Ontology_term=GO:0010133,GO:0003842;gbkey=CDS;gene=pruA;go_function=L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity|0003842||IEA;go_process=L-proline catabolic process to L-glutamate|0010133||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215703.1;locus_tag=BQ2027_RS06225;product=L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase;protein_id=WP_003900286.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1332299 1333288 . + . ID=gene-BQ2027_RS06230;Name=BQ2027_RS06230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06230;old_locus_tag=BQ2027_MB1220 +Chromosome Protein Homology CDS 1332299 1333288 . + 0 ID=cds-WP_003900287.1;Parent=gene-BQ2027_RS06230;Dbxref=GenBank:WP_003900287.1;Name=WP_003900287.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215704.1;locus_tag=BQ2027_RS06230;product=proline dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003900287.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1333370 1334242 . + . ID=gene-BQ2027_RS06235;Name=sigI;gbkey=Gene;gene=sigI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06235;old_locus_tag=BQ2027_MB1221 +Chromosome Protein Homology CDS 1333370 1334242 . + 0 ID=cds-WP_003406207.1;Parent=gene-BQ2027_RS06235;Dbxref=GenBank:WP_003406207.1;Name=WP_003406207.1;gbkey=CDS;gene=sigI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215705.1;locus_tag=BQ2027_RS06235;product=RNA polymerase sigma factor SigI;protein_id=WP_003406207.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1334258 1335136 . + . ID=gene-BQ2027_RS06240;Name=BQ2027_RS06240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06240;old_locus_tag=BQ2027_MB1222 +Chromosome Protein Homology CDS 1334258 1335136 . + 0 ID=cds-WP_003406212.1;Parent=gene-BQ2027_RS06240;Dbxref=GenBank:WP_003406212.1;Name=WP_003406212.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215706.1;locus_tag=BQ2027_RS06240;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003406212.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1335209 1336123 . + . ID=gene-BQ2027_RS06245;Name=BQ2027_RS06245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06245;old_locus_tag=BQ2027_MB1223 +Chromosome Protein Homology CDS 1335209 1336123 . + 0 ID=cds-WP_003406215.1;Parent=gene-BQ2027_RS06245;Dbxref=GenBank:WP_003406215.1;Name=WP_003406215.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215707.1;locus_tag=BQ2027_RS06245;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003406215.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1336205 1337032 . + . ID=gene-BQ2027_RS06250;Name=BQ2027_RS06250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06250;old_locus_tag=BQ2027_MB1224 +Chromosome Protein Homology CDS 1336205 1337032 . + 0 ID=cds-WP_003898763.1;Parent=gene-BQ2027_RS06250;Dbxref=GenBank:WP_003898763.1;Name=WP_003898763.1;Ontology_term=GO:0016042,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215708.1;locus_tag=BQ2027_RS06250;product=esterase/lipase family protein;protein_id=WP_003898763.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1337072 1338493 . + . ID=gene-BQ2027_RS06255;Name=BQ2027_RS06255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06255;old_locus_tag=BQ2027_MB1225 +Chromosome Protein Homology CDS 1337072 1338493 . + 0 ID=cds-WP_003406218.1;Parent=gene-BQ2027_RS06255;Dbxref=GenBank:WP_003406218.1;Name=WP_003406218.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215709.1;locus_tag=BQ2027_RS06255;product=acyl-CoA synthetase;protein_id=WP_003406218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1338526 1339791 . - . ID=gene-BQ2027_RS06260;Name=BQ2027_RS06260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06260;old_locus_tag=BQ2027_MB1226C +Chromosome Protein Homology CDS 1338526 1339791 . - 0 ID=cds-WP_003406219.1;Parent=gene-BQ2027_RS06260;Dbxref=GenBank:WP_003406219.1;Name=WP_003406219.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215710.1;locus_tag=BQ2027_RS06260;product=Rv1453 family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1340281 1340580 . + . ID=gene-BQ2027_RS06265;Name=BQ2027_RS06265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06265;old_locus_tag=BQ2027_MB1227 +Chromosome Protein Homology CDS 1340281 1340580 . + 0 ID=cds-WP_003406222.1;Parent=gene-BQ2027_RS06265;Dbxref=GenBank:WP_003406222.1;Name=WP_003406222.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177794.1;locus_tag=BQ2027_RS06265;product=PE family protein;protein_id=WP_003406222.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1340627 1341799 . + . ID=gene-BQ2027_RS06270;Name=BQ2027_RS06270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06270;old_locus_tag=BQ2027_MB1228 +Chromosome Protein Homology CDS 1340627 1341799 . + 0 ID=cds-WP_010950503.1;Parent=gene-BQ2027_RS06270;Dbxref=GenBank:WP_010950503.1;Name=WP_010950503.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177795.1;locus_tag=BQ2027_RS06270;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950503.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1341934 1342230 . + . ID=gene-BQ2027_RS06275;Name=esxJ;gbkey=Gene;gene=esxJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06275;old_locus_tag=BQ2027_MB1229 +Chromosome Protein Homology CDS 1341934 1342230 . + 0 ID=cds-WP_003405345.1-2;Parent=gene-BQ2027_RS06275;Dbxref=GenBank:WP_003405345.1;Name=WP_003405345.1;gbkey=CDS;gene=esxJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215554.1;locus_tag=BQ2027_RS06275;product=type VII secretion system ESX-5 protein EsxJ;protein_id=WP_003405345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1342281 1342565 . + . ID=gene-BQ2027_RS06280;Name=esxL;gbkey=Gene;gene=esxL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06280;old_locus_tag=BQ2027_MB1230 +Chromosome Protein Homology CDS 1342281 1342565 . + 0 ID=cds-WP_003421606.1;Parent=gene-BQ2027_RS06280;Dbxref=GenBank:WP_003421606.1;Name=WP_003421606.1;gbkey=CDS;gene=esxL;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215714.1;locus_tag=BQ2027_RS06280;product=type VII secretion system ESX-5 protein EsxL;protein_id=WP_003421606.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1342633 1343880 . - . ID=gene-BQ2027_RS06285;Name=BQ2027_RS06285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06285;old_locus_tag=BQ2027_MB1231C +Chromosome Protein Homology CDS 1342633 1343880 . - 0 ID=cds-WP_003904572.1-2;Parent=gene-BQ2027_RS06285;Dbxref=GenBank:WP_003904572.1;Name=WP_003904572.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215715.1;locus_tag=BQ2027_RS06285;product=IS256-like element IS1081 family transposase;protein_id=WP_003904572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1344217 1345494 . + . ID=gene-BQ2027_RS06290;Name=BQ2027_RS06290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06290;old_locus_tag=BQ2027_MB1232 +Chromosome Protein Homology CDS 1344217 1345494 . + 0 ID=cds-WP_003406233.1;Parent=gene-BQ2027_RS06290;Dbxref=GenBank:WP_003406233.1;Name=WP_003406233.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215716.1;locus_tag=BQ2027_RS06290;product=MHS family MFS transporter;protein_id=WP_003406233.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1345491 1346444 . - . ID=gene-BQ2027_RS06295;Name=dapD;gbkey=Gene;gene=dapD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06295;old_locus_tag=BQ2027_MB1233C +Chromosome Protein Homology CDS 1345491 1346444 . - 0 ID=cds-WP_003898768.1;Parent=gene-BQ2027_RS06295;Dbxref=GenBank:WP_003898768.1;Name=WP_003898768.1;Ontology_term=GO:0008666;gbkey=CDS;gene=dapD;go_function=2%2C3%2C4%2C5-tetrahydropyridine-2%2C6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity|0008666||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215717.1;locus_tag=BQ2027_RS06295;product=2%2C3%2C4%2C5-tetrahydropyridine-2%2C6-dicarboxylate N-succinyltransferase;protein_id=WP_003898768.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1346535 1347599 . + . ID=gene-BQ2027_RS06300;Name=dapE;gbkey=Gene;gene=dapE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06300;old_locus_tag=BQ2027_MB1234 +Chromosome Protein Homology CDS 1346535 1347599 . + 0 ID=cds-WP_003406235.1;Parent=gene-BQ2027_RS06300;Dbxref=GenBank:WP_003406235.1;Name=WP_003406235.1;Ontology_term=GO:0009089,GO:0009014;gbkey=CDS;gene=dapE;go_function=succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity|0009014||IEA;go_process=lysine biosynthetic process via diaminopimelate|0009089||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177796.1;locus_tag=BQ2027_RS06300;product=succinyl-diaminopimelate desuccinylase;protein_id=WP_003406235.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1347596 1349899 . - . ID=gene-BQ2027_RS06305;Name=BQ2027_RS06305;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06305;old_locus_tag=BQ2027_MB1236C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1347596 1349899 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS06305;Parent=gene-BQ2027_RS06305;Note=internal stop;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015289657.1;locus_tag=BQ2027_RS06305;product=AAA family ATPase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1349994 1350557 . + . ID=gene-BQ2027_RS06310;Name=BQ2027_RS06310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06310;old_locus_tag=BQ2027_MB1237 +Chromosome Protein Homology CDS 1349994 1350557 . + 0 ID=cds-WP_003898770.1;Parent=gene-BQ2027_RS06310;Dbxref=GenBank:WP_003898770.1;Name=WP_003898770.1;Ontology_term=GO:0009691,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=cytokinin biosynthetic process|0009691||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215721.1;locus_tag=BQ2027_RS06310;product=LOG family protein;protein_id=WP_003898770.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1350607 1352400 . + . ID=gene-BQ2027_RS06315;Name=fadD6;gbkey=Gene;gene=fadD6;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06315;old_locus_tag=BQ2027_MB1238 +Chromosome Protein Homology CDS 1350607 1352400 . + 0 ID=cds-WP_003406240.1;Parent=gene-BQ2027_RS06315;Dbxref=GenBank:WP_003406240.1;Name=WP_003406240.1;gbkey=CDS;gene=fadD6;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215722.1;locus_tag=BQ2027_RS06315;product=long-chain-acyl-CoA synthetase FadD6;protein_id=WP_003406240.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1352466 1353422 . + . ID=gene-BQ2027_RS06320;Name=folP;gbkey=Gene;gene=folP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06320;old_locus_tag=BQ2027_MB1239 +Chromosome Protein Homology CDS 1352466 1353422 . + 0 ID=cds-WP_003406241.1;Parent=gene-BQ2027_RS06320;Dbxref=GenBank:WP_003406241.1;Name=WP_003406241.1;Ontology_term=GO:0009396,GO:0004156;gbkey=CDS;gene=folP;go_function=dihydropteroate synthase activity|0004156||IEA;go_process=folic acid-containing compound biosynthetic process|0009396||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215723.1;locus_tag=BQ2027_RS06320;product=dihydropteroate synthase;protein_id=WP_003406241.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1353419 1354393 . + . ID=gene-BQ2027_RS06325;Name=gpgS;gbkey=Gene;gene=gpgS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06325;old_locus_tag=BQ2027_MB1240 +Chromosome Protein Homology CDS 1353419 1354393 . + 0 ID=cds-WP_003406242.1;Parent=gene-BQ2027_RS06325;Dbxref=GenBank:WP_003406242.1;Name=WP_003406242.1;gbkey=CDS;gene=gpgS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215724.1;locus_tag=BQ2027_RS06325;product=glucosyl-3-phosphoglycerate synthase;protein_id=WP_003406242.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1354432 1354800 . + . ID=gene-BQ2027_RS06330;Name=BQ2027_RS06330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06330;old_locus_tag=BQ2027_MB1241 +Chromosome Protein Homology CDS 1354432 1354800 . + 0 ID=cds-WP_003406243.1;Parent=gene-BQ2027_RS06330;Dbxref=GenBank:WP_003406243.1;Name=WP_003406243.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215725.1;locus_tag=BQ2027_RS06330;product=DivIVA domain-containing protein;protein_id=WP_003406243.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1354797 1355411 . + . ID=gene-BQ2027_RS06335;Name=tagA;gbkey=Gene;gene=tagA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06335;old_locus_tag=BQ2027_MB1242 +Chromosome Protein Homology CDS 1354797 1355411 . + 0 ID=cds-WP_003406244.1;Parent=gene-BQ2027_RS06335;Dbxref=GenBank:WP_003406244.1;Name=WP_003406244.1;gbkey=CDS;gene=tagA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215726.1;locus_tag=BQ2027_RS06335;product=DNA-3-methyladenine glycosylase I;protein_id=WP_003406244.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1355578 1355745 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS06350;Name=glgC;gbkey=Gene;gene=glgC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06350;old_locus_tag=BQ2027_MB1245 +Chromosome Protein Homology CDS 1357111 1358325 . + 0 ID=cds-WP_003406249.1;Parent=gene-BQ2027_RS06350;Dbxref=GenBank:WP_003406249.1;Name=WP_003406249.1;Ontology_term=GO:0005978,GO:0008878;gbkey=CDS;gene=glgC;go_function=glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity|0008878||IEA;go_process=glycogen biosynthetic process|0005978||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011781656.1;locus_tag=BQ2027_RS06350;product=glucose-1-phosphate adenylyltransferase;protein_id=WP_003406249.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1358424 1358921 . - . ID=gene-BQ2027_RS20655;Name=BQ2027_RS20655;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20655;old_locus_tag=BQ2027_MB1246C;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1358424 +Chromosome Protein Homology CDS 1358424 1358921 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20655;Parent=gene-BQ2027_RS20655;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177832.1;locus_tag=BQ2027_RS20655;partial=true;product=PE family protein;pseudo=true;start_range=.,1358424;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1359029 1360714 . - . ID=gene-BQ2027_RS06360;Name=BQ2027_RS06360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06360;old_locus_tag=BQ2027_MB1247C +Chromosome Protein Homology CDS 1359029 1360714 . - 0 ID=cds-WP_003904576.1;Parent=gene-BQ2027_RS06360;Dbxref=GenBank:WP_003904576.1;Name=WP_003904576.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215731.1;locus_tag=BQ2027_RS06360;product=CocE/NonD family hydrolase;protein_id=WP_003904576.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1360742 1361416 . - . ID=gene-BQ2027_RS06365;Name=BQ2027_RS06365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06365;old_locus_tag=BQ2027_MB1248C +Chromosome Protein Homology CDS 1360742 1361416 . - 0 ID=cds-WP_003406252.1;Parent=gene-BQ2027_RS06365;Dbxref=GenBank:WP_003406252.1;Name=WP_003406252.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215732.1;locus_tag=BQ2027_RS06365;product=methyltransferase family protein;protein_id=WP_003406252.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1361425 1363071 . - . ID=gene-BQ2027_RS06370;Name=BQ2027_RS06370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06370;old_locus_tag=BQ2027_MB1249C +Chromosome Protein Homology CDS 1361425 1363071 . - 0 ID=cds-WP_010950505.1;Parent=gene-BQ2027_RS06370;Dbxref=GenBank:WP_010950505.1;Name=WP_010950505.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215733.1;locus_tag=BQ2027_RS06370;product=multidrug efflux ABC transporter permease;protein_id=WP_010950505.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1363068 1364003 . - . ID=gene-BQ2027_RS06375;Name=BQ2027_RS06375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06375;old_locus_tag=BQ2027_MB1250C +Chromosome Protein Homology CDS 1363068 1364003 . - 0 ID=cds-WP_003900295.1;Parent=gene-BQ2027_RS06375;Dbxref=GenBank:WP_003900295.1;Name=WP_003900295.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215734.1;locus_tag=BQ2027_RS06375;product=multidrug efflux ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003900295.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1363993 1364631 . - . ID=gene-BQ2027_RS06380;Name=raaS;gbkey=Gene;gene=raaS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06380;old_locus_tag=BQ2027_MB1251C +Chromosome Protein Homology CDS 1363993 1364631 . - 0 ID=cds-WP_003406254.1;Parent=gene-BQ2027_RS06380;Dbxref=GenBank:WP_003406254.1;Name=WP_003406254.1;gbkey=CDS;gene=raaS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215735.1;locus_tag=BQ2027_RS06380;product=transcriptional regulator RaaS;protein_id=WP_003406254.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1364773 1365420 . - . ID=gene-BQ2027_RS06385;Name=BQ2027_RS06385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06385;old_locus_tag=BQ2027_MB1252C +Chromosome Protein Homology CDS 1364773 1365420 . - 0 ID=cds-WP_003406255.1;Parent=gene-BQ2027_RS06385;Dbxref=GenBank:WP_003406255.1;Name=WP_003406255.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003406255.1;locus_tag=BQ2027_RS06385;product=SAM-dependent O-methyltransferase;protein_id=WP_003406255.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1365683 1366456 . + . ID=gene-BQ2027_RS06390;Name=sigE;gbkey=Gene;gene=sigE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06390;old_locus_tag=BQ2027_MB1253 +Chromosome Protein Homology CDS 1365683 1366456 . + 0 ID=cds-WP_003406257.1;Parent=gene-BQ2027_RS06390;Dbxref=GenBank:WP_003406257.1;Name=WP_003406257.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700,GO:0016987;gbkey=CDS;gene=sigE;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,sigma factor activity|0016987||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215737.1;locus_tag=BQ2027_RS06390;product=RNA polymerase sigma factor SigE;protein_id=WP_003406257.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1366614 1367078 . + . ID=gene-BQ2027_RS06395;Name=rseA;gbkey=Gene;gene=rseA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06395;old_locus_tag=BQ2027_MB1254 +Chromosome Protein Homology CDS 1366614 1367078 . + 0 ID=cds-WP_003406258.1;Parent=gene-BQ2027_RS06395;Dbxref=GenBank:WP_003406258.1;Name=WP_003406258.1;Ontology_term=GO:0016989;gbkey=CDS;gene=rseA;go_function=sigma factor antagonist activity|0016989||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215738.1;locus_tag=BQ2027_RS06395;product=anti-sigma E factor RseA;protein_id=WP_003406258.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1367219 1368733 . + . ID=gene-BQ2027_RS06400;Name=htrA;gbkey=Gene;gene=htrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06400;old_locus_tag=BQ2027_MB1255 +Chromosome Protein Homology CDS 1367219 1368733 . + 0 ID=cds-WP_031652189.1;Parent=gene-BQ2027_RS06400;Dbxref=GenBank:WP_031652189.1;Name=WP_031652189.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252;gbkey=CDS;gene=htrA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007773721.1;locus_tag=BQ2027_RS06400;product=serine protease HtrA;protein_id=WP_031652189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1368735 1369130 . + . ID=gene-BQ2027_RS06405;Name=tatB;gbkey=Gene;gene=tatB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06405;old_locus_tag=BQ2027_MB1256 +Chromosome Protein Homology CDS 1368735 1369130 . + 0 ID=cds-WP_003406260.1;Parent=gene-BQ2027_RS06405;Dbxref=GenBank:WP_003406260.1;Name=WP_003406260.1;Ontology_term=GO:0015628,GO:0008320,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=tatB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=protein transmembrane transporter activity|0008320||IEA;go_process=protein secretion by the type II secretion system|0015628||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215740.1;locus_tag=BQ2027_RS06405;product=Sec-independent protein translocase protein TatB;protein_id=WP_003406260.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1369163 1369993 . - . ID=gene-BQ2027_RS06410;Name=BQ2027_RS06410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06410;old_locus_tag=BQ2027_MB1257C +Chromosome Protein Homology CDS 1369163 1369993 . - 0 ID=cds-WP_003406261.1;Parent=gene-BQ2027_RS06410;Dbxref=GenBank:WP_003406261.1;Name=WP_003406261.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215741.1;locus_tag=BQ2027_RS06410;product=HAD-IIA family hydrolase;protein_id=WP_003406261.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1370104 1371567 . - . ID=gene-BQ2027_RS06415;Name=BQ2027_RS06415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06415;old_locus_tag=BQ2027_MB1258C +Chromosome Protein Homology CDS 1370104 1371567 . - 0 ID=cds-WP_003406262.1;Parent=gene-BQ2027_RS06415;Dbxref=GenBank:WP_003406262.1;Name=WP_003406262.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215742.1;locus_tag=BQ2027_RS06415;product=PH domain-containing protein;protein_id=WP_003406262.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1371564 1372097 . - . ID=gene-BQ2027_RS06420;Name=BQ2027_RS06420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06420;old_locus_tag=BQ2027_MB1259C +Chromosome Protein Homology CDS 1371564 1372097 . - 0 ID=cds-WP_003406264.1;Parent=gene-BQ2027_RS06420;Dbxref=GenBank:WP_003406264.1;Name=WP_003406264.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215743.1;locus_tag=BQ2027_RS06420;product=PH domain-containing protein;protein_id=WP_003406264.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1372192 1372749 . + . ID=gene-BQ2027_RS06425;Name=BQ2027_RS06425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06425;old_locus_tag=BQ2027_MB1260 +Chromosome Protein Homology CDS 1372192 1372749 . + 0 ID=cds-WP_003406266.1;Parent=gene-BQ2027_RS06425;Dbxref=GenBank:WP_003406266.1;Name=WP_003406266.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215744.1;locus_tag=BQ2027_RS06425;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406266.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1372801 1372974 . + . ID=gene-BQ2027_RS06430;Name=BQ2027_RS06430;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06430 +Chromosome Protein Homology CDS 1372801 1372974 . + 0 ID=cds-WP_072516052.1;Parent=gene-BQ2027_RS06430;Dbxref=GenBank:WP_072516052.1;Name=WP_072516052.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030032.1;locus_tag=BQ2027_RS06430;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_072516052.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1373049 1374221 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS06440;Name=BQ2027_RS06440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06440;old_locus_tag=BQ2027_MB1262C +Chromosome Protein Homology CDS 1374234 1375469 . - 0 ID=cds-WP_010950506.1;Parent=gene-BQ2027_RS06440;Dbxref=GenBank:WP_010950506.1;Name=WP_010950506.1;Ontology_term=GO:0004553;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C hydrolyzing O-glycosyl compounds|0004553||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215746.1;locus_tag=BQ2027_RS06440;product=lytic transglycosylase domain-containing protein;protein_id=WP_010950506.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1375594 1376136 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS06530;Name=BQ2027_RS06530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06530;old_locus_tag=BQ2027_MB1280C +Chromosome Protein Homology CDS 1390629 1394324 . - 0 ID=cds-WP_010950509.1;Parent=gene-BQ2027_RS06530;Dbxref=GenBank:WP_010950509.1;Name=WP_010950509.1;Ontology_term=GO:0006099,GO:0004591,GO:0016746,GO:0030976;gbkey=CDS;go_function=oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity|0004591||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA,thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA;go_process=tricarboxylic acid cycle|0006099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215764.2;locus_tag=BQ2027_RS06530;product=multifunctional oxoglutarate decarboxylase/oxoglutarate dehydrogenase thiamine pyrophosphate-binding subunit/dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase subunit;protein_id=WP_010950509.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1394466 1395254 . - . ID=gene-BQ2027_RS06535;Name=BQ2027_RS06535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06535;old_locus_tag=BQ2027_MB1281C +Chromosome Protein Homology CDS 1394466 1395254 . - 0 ID=cds-WP_010950510.1;Parent=gene-BQ2027_RS06535;Dbxref=GenBank:WP_010950510.1;Name=WP_010950510.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215765.1;locus_tag=BQ2027_RS06535;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950510.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1395451 1397190 . + . ID=gene-BQ2027_RS06540;Name=BQ2027_RS06540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06540;old_locus_tag=BQ2027_MB1282 +Chromosome Protein Homology CDS 1395451 1397190 . + 0 ID=cds-WP_003406326.1;Parent=gene-BQ2027_RS06540;Dbxref=GenBank:WP_003406326.1;Name=WP_003406326.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215766.1;locus_tag=BQ2027_RS06540;product=MFS transporter;protein_id=WP_003406326.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1397093 1400512 . - . ID=gene-BQ2027_RS06545;Name=BQ2027_RS06545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06545;old_locus_tag=BQ2027_MB1283C +Chromosome Protein Homology CDS 1397093 1400512 . - 0 ID=cds-WP_003406332.1;Parent=gene-BQ2027_RS06545;Dbxref=GenBank:WP_003406332.1;Name=WP_003406332.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215767.1;locus_tag=BQ2027_RS06545;product=TM0106 family RecB-like putative nuclease;protein_id=WP_003406332.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1400568 1401176 . - . ID=gene-BQ2027_RS06550;Name=lprE;gbkey=Gene;gene=lprE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06550;old_locus_tag=BQ2027_MB1284C +Chromosome Protein Homology CDS 1400568 1401176 . - 0 ID=cds-WP_003406334.1;Parent=gene-BQ2027_RS06550;Dbxref=GenBank:WP_003406334.1;Name=WP_003406334.1;gbkey=CDS;gene=lprE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215768.1;locus_tag=BQ2027_RS06550;product=LppP/LprE family lipoprotein;protein_id=WP_003406334.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1401242 1402933 . + . ID=gene-BQ2027_RS06555;Name=deaD;gbkey=Gene;gene=deaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06555;old_locus_tag=BQ2027_MB1285 +Chromosome Protein Homology CDS 1401242 1402933 . + 0 ID=cds-WP_003406344.1;Parent=gene-BQ2027_RS06555;Dbxref=GenBank:WP_003406344.1;Name=WP_003406344.1;gbkey=CDS;gene=deaD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215769.1;locus_tag=BQ2027_RS06555;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_003406344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1402930 1404081 . + . ID=gene-BQ2027_RS06560;Name=BQ2027_RS06560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06560;old_locus_tag=BQ2027_MB1286 +Chromosome Protein Homology CDS 1402930 1404081 . + 0 ID=cds-WP_003406347.1;Parent=gene-BQ2027_RS06560;Dbxref=GenBank:WP_003406347.1;Name=WP_003406347.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215770.1;locus_tag=BQ2027_RS06560;product=acyltransferase family protein;protein_id=WP_003406347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1404179 1404349 . - . ID=gene-BQ2027_RS20365;Name=BQ2027_RS20365;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20365;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1404179 +Chromosome Protein Homology CDS 1404179 1404349 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20365;Parent=gene-BQ2027_RS20365;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215773.1;locus_tag=BQ2027_RS20365;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,1404179;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1404346 1405605 . - . ID=gene-BQ2027_RS06570;Name=BQ2027_RS06570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06570;old_locus_tag=BQ2027_MB1288C +Chromosome Protein Homology CDS 1404346 1405605 . - 0 ID=cds-WP_003406359.1;Parent=gene-BQ2027_RS06570;Dbxref=GenBank:WP_003406359.1;Name=WP_003406359.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215774.1;locus_tag=BQ2027_RS06570;product=MFS transporter;protein_id=WP_003406359.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1405676 1406503 . + . ID=gene-BQ2027_RS06575;Name=udgB;gbkey=Gene;gene=udgB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06575;old_locus_tag=BQ2027_MB1289 +Chromosome Protein Homology CDS 1405676 1406503 . + 0 ID=cds-WP_003911466.1;Parent=gene-BQ2027_RS06575;Dbxref=GenBank:WP_003911466.1;Name=WP_003911466.1;gbkey=CDS;gene=udgB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011724119.1;locus_tag=BQ2027_RS06575;product=uracil-DNA glycosylase;protein_id=WP_003911466.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1406505 1407622 . + . ID=gene-BQ2027_RS06580;Name=BQ2027_RS06580;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06580;old_locus_tag=BQ2027_MB1290;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1406505 1407622 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS06580;Parent=gene-BQ2027_RS06580;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215776.1;locus_tag=BQ2027_RS06580;product=FAD-binding protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1407748 1408197 . - . ID=gene-BQ2027_RS06585;Name=BQ2027_RS06585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06585;old_locus_tag=BQ2027_MB1292C +Chromosome Protein Homology CDS 1407748 1408197 . - 0 ID=cds-WP_003406364.1;Parent=gene-BQ2027_RS06585;Dbxref=GenBank:WP_003406364.1;Name=WP_003406364.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215777.1;locus_tag=BQ2027_RS06585;product=F420H(2)-dependent quinone reductase;protein_id=WP_003406364.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1408202 1408636 . - . ID=gene-BQ2027_RS06590;Name=BQ2027_RS06590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06590;old_locus_tag=BQ2027_MB1293C +Chromosome Protein Homology CDS 1408202 1408636 . - 0 ID=cds-WP_003406366.1;Parent=gene-BQ2027_RS06590;Dbxref=GenBank:WP_003406366.1;Name=WP_003406366.1;Ontology_term=GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215778.1;locus_tag=BQ2027_RS06590;product=HIT family protein;protein_id=WP_003406366.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1408695 1410083 . + . ID=gene-BQ2027_RS06595;Name=BQ2027_RS06595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06595;old_locus_tag=BQ2027_MB1294 +Chromosome Protein Homology CDS 1408695 1410083 . + 0 ID=cds-WP_003406369.1;Parent=gene-BQ2027_RS06595;Dbxref=GenBank:WP_003406369.1;Name=WP_003406369.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215779.1;locus_tag=BQ2027_RS06595;product=amidase;protein_id=WP_003406369.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1410158 1411351 . + . ID=gene-BQ2027_RS06600;Name=BQ2027_RS06600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06600;old_locus_tag=BQ2027_MB1295 +Chromosome Protein Homology CDS 1410158 1411351 . + 0 ID=cds-WP_010950513.1;Parent=gene-BQ2027_RS06600;Dbxref=GenBank:WP_010950513.1;Name=WP_010950513.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215780.1;locus_tag=BQ2027_RS06600;product=adenylate cyclase;protein_id=WP_010950513.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1411524 1412204 . + . ID=gene-BQ2027_RS06605;Name=abmR;gbkey=Gene;gene=abmR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06605;old_locus_tag=BQ2027_MB1296 +Chromosome Protein Homology CDS 1411524 1412204 . + 0 ID=cds-WP_003406375.1;Parent=gene-BQ2027_RS06605;Dbxref=GenBank:WP_003406375.1;Name=WP_003406375.1;gbkey=CDS;gene=abmR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003406375.1;locus_tag=BQ2027_RS06605;product=transcriptional regulator AbmR;protein_id=WP_003406375.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1412224 1414014 . - . ID=gene-BQ2027_RS06610;Name=pknH;gbkey=Gene;gene=pknH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06610;old_locus_tag=BQ2027_MB1297C +Chromosome Protein Homology CDS 1412224 1414014 . - 0 ID=cds-WP_010950514.1;Parent=gene-BQ2027_RS06610;Dbxref=GenBank:WP_010950514.1;Name=WP_010950514.1;gbkey=CDS;gene=pknH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215782.1;locus_tag=BQ2027_RS06610;product=serine/threonine-protein kinase PknH/PknJ;protein_id=WP_010950514.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1414258 1416654 . - . ID=gene-BQ2027_RS06615;Name=BQ2027_RS06615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06615;old_locus_tag=BQ2027_MB1297CA +Chromosome Protein Homology CDS 1414258 1416654 . - 0 ID=cds-WP_043856373.1;Parent=gene-BQ2027_RS06615;Dbxref=GenBank:WP_043856373.1;Name=WP_043856373.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014000690.1;locus_tag=BQ2027_RS06615;product=FHA domain-containing protein;protein_id=WP_043856373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1416665 1418395 . - . ID=gene-BQ2027_RS06620;Name=BQ2027_RS06620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06620;old_locus_tag=BQ2027_MB1297CB +Chromosome Protein Homology CDS 1416665 1418395 . - 0 ID=cds-WP_252271634.1;Parent=gene-BQ2027_RS06620;Dbxref=GenBank:WP_252271634.1;Name=WP_252271634.1;Ontology_term=GO:0006468,GO:0004672,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=protein kinase activity|0004672||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=protein phosphorylation|0006468||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003910317.1;locus_tag=BQ2027_RS06620;product=serine/threonine-protein kinase;protein_id=WP_252271634.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1418736 1419902 . - . ID=gene-BQ2027_RS06625;Name=embR;gbkey=Gene;gene=embR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06625;old_locus_tag=BQ2027_MB1298C +Chromosome Protein Homology CDS 1418736 1419902 . - 0 ID=cds-WP_003406553.1;Parent=gene-BQ2027_RS06625;Dbxref=GenBank:WP_003406553.1;Name=WP_003406553.1;Note=Phosphorylation of EmbR by cognate serine/threonine kinase PknH leads to increased DNA-binding activity%2C increased expression of embCAB genes%2C and reduced senstivity to ethambutol.;gbkey=CDS;gene=embR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215783.1;locus_tag=BQ2027_RS06625;product=ATPase/transcriptional regulator EmbR;protein_id=WP_003406553.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1420213 1420911 . - . ID=gene-BQ2027_RS06630;Name=BQ2027_RS06630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06630;old_locus_tag=BQ2027_MB1299C +Chromosome Protein Homology CDS 1420213 1420911 . - 0 ID=cds-WP_003898800.1;Parent=gene-BQ2027_RS06630;Dbxref=GenBank:WP_003898800.1;Name=WP_003898800.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215784.1;locus_tag=BQ2027_RS06630;product=C39 family peptidase;protein_id=WP_003898800.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1421134 1421508 . - . ID=gene-BQ2027_RS06635;Name=BQ2027_RS06635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06635;old_locus_tag=BQ2027_MB1300C +Chromosome Protein Homology CDS 1421134 1421508 . - 0 ID=cds-WP_003406558.1;Parent=gene-BQ2027_RS06635;Dbxref=GenBank:WP_003406558.1;Name=WP_003406558.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215785.1;locus_tag=BQ2027_RS06635;product=DUF4189 domain-containing protein;protein_id=WP_003406558.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1421569 1422303 . - . ID=gene-BQ2027_RS06640;Name=lprA;gbkey=Gene;gene=lprA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06640;old_locus_tag=BQ2027_MB1301C +Chromosome Protein Homology CDS 1421569 1422303 . - 0 ID=cds-WP_010950515.1;Parent=gene-BQ2027_RS06640;Dbxref=GenBank:WP_010950515.1;Name=WP_010950515.1;gbkey=CDS;gene=lprA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215786.1;locus_tag=BQ2027_RS06640;product=TLR2 agonist LprA;protein_id=WP_010950515.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1422516 1422857 . - . ID=gene-BQ2027_RS06645;Name=BQ2027_RS06645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06645;old_locus_tag=BQ2027_MB1302C +Chromosome Protein Homology CDS 1422516 1422857 . - 0 ID=cds-WP_003406566.1;Parent=gene-BQ2027_RS06645;Dbxref=GenBank:WP_003406566.1;Name=WP_003406566.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215787.1;locus_tag=BQ2027_RS06645;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003406566.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1422965 1424860 . - . ID=gene-BQ2027_RS06650;Name=BQ2027_RS06650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06650;old_locus_tag=BQ2027_MB1303C +Chromosome Protein Homology CDS 1422965 1424860 . - 0 ID=cds-WP_003406569.1;Parent=gene-BQ2027_RS06650;Dbxref=GenBank:WP_003406569.1;Name=WP_003406569.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215788.1;locus_tag=BQ2027_RS06650;product=fatty acid ABC transporter ATP-binding protein/permease;protein_id=WP_003406569.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1424857 1426605 . - . ID=gene-BQ2027_RS06655;Name=BQ2027_RS06655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06655;old_locus_tag=BQ2027_MB1304C +Chromosome Protein Homology CDS 1424857 1426605 . - 0 ID=cds-WP_003406574.1;Parent=gene-BQ2027_RS06655;Dbxref=GenBank:WP_003406574.1;Name=WP_003406574.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359,GO:0055052;gbkey=CDS;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215789.1;locus_tag=BQ2027_RS06655;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003406574.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1426752 1427309 . + . ID=gene-BQ2027_RS06660;Name=lprB;gbkey=Gene;gene=lprB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06660;old_locus_tag=BQ2027_MB1305 +Chromosome Protein Homology CDS 1426752 1427309 . + 0 ID=cds-WP_003406577.1;Parent=gene-BQ2027_RS06660;Dbxref=GenBank:WP_003406577.1;Name=WP_003406577.1;gbkey=CDS;gene=lprB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215790.1;locus_tag=BQ2027_RS06660;product=DUF3558 domain-containing protein;protein_id=WP_003406577.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1427306 1427848 . + . ID=gene-BQ2027_RS06665;Name=lprC;gbkey=Gene;gene=lprC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06665;old_locus_tag=BQ2027_MB1306 +Chromosome Protein Homology CDS 1427306 1427848 . + 0 ID=cds-WP_003900308.1;Parent=gene-BQ2027_RS06665;Dbxref=GenBank:WP_003900308.1;Name=WP_003900308.1;gbkey=CDS;gene=lprC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215791.1;locus_tag=BQ2027_RS06665;product=DUF3558 domain-containing protein;protein_id=WP_003900308.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1427993 1428499 . - . ID=gene-BQ2027_RS06670;Name=BQ2027_RS06670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06670;old_locus_tag=BQ2027_MB1307C +Chromosome Protein Homology CDS 1427993 1428499 . - 0 ID=cds-WP_015385265.1;Parent=gene-BQ2027_RS06670;Dbxref=GenBank:WP_015385265.1;Name=WP_015385265.1;Ontology_term=GO:0016791;gbkey=CDS;go_function=phosphatase activity|0016791||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015385265.1;locus_tag=BQ2027_RS06670;product=SixA phosphatase family protein;protein_id=WP_015385265.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1428821 1429972 . + . ID=gene-BQ2027_RS06675;Name=BQ2027_RS06675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06675;old_locus_tag=BQ2027_MB1308 +Chromosome Protein Homology CDS 1428821 1429972 . + 0 ID=cds-WP_003911418.1;Parent=gene-BQ2027_RS06675;Dbxref=GenBank:WP_003911418.1;Name=WP_003911418.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0042578,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,phosphoric ester hydrolase activity|0042578||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011741672.1;locus_tag=BQ2027_RS06675;product=metallophosphoesterase family protein;protein_id=WP_003911418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1429969 1432596 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS06685;Name=BQ2027_RS06685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06685;old_locus_tag=BQ2027_MB1310 +Chromosome Protein Homology CDS 1432617 1434203 . + 0 ID=cds-WP_003406598.1;Parent=gene-BQ2027_RS06685;Dbxref=GenBank:WP_003406598.1;Name=WP_003406598.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215795.1;locus_tag=BQ2027_RS06685;product=GMC family oxidoreductase;protein_id=WP_003406598.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1434220 1435995 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS06705;Name=oppB;gbkey=Gene;gene=oppB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06705;old_locus_tag=BQ2027_MB1314C +Chromosome Protein Homology CDS 1438695 1439672 . - 0 ID=cds-WP_003406613.1;Parent=gene-BQ2027_RS06705;Dbxref=GenBank:WP_003406613.1;Name=WP_003406613.1;Ontology_term=GO:0055085;gbkey=CDS;gene=oppB;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215799.1;locus_tag=BQ2027_RS06705;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003406613.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1439879 1440370 . + . ID=gene-BQ2027_RS06710;Name=canA;gbkey=Gene;gene=canA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06710;old_locus_tag=BQ2027_MB1315 +Chromosome Protein Homology CDS 1439879 1440370 . + 0 ID=cds-WP_003406616.1;Parent=gene-BQ2027_RS06710;Dbxref=GenBank:WP_003406616.1;Name=WP_003406616.1;gbkey=CDS;gene=canA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215800.1;locus_tag=BQ2027_RS06710;product=beta-carbonic anhydrase CanA;protein_id=WP_003406616.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1440464 1441462 . + . ID=gene-BQ2027_RS06715;Name=cysD;gbkey=Gene;gene=cysD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06715;old_locus_tag=BQ2027_MB1316 +Chromosome Protein Homology CDS 1440464 1441462 . + 0 ID=cds-WP_003406618.1;Parent=gene-BQ2027_RS06715;Dbxref=GenBank:WP_003406618.1;Name=WP_003406618.1;Ontology_term=GO:0000103,GO:0004781;gbkey=CDS;gene=cysD;go_function=sulfate adenylyltransferase (ATP) activity|0004781||IEA;go_process=sulfate assimilation|0000103||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215801.1;locus_tag=BQ2027_RS06715;product=sulfate adenylyltransferase subunit CysD;protein_id=WP_003406618.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1441462 1443306 . + . ID=gene-BQ2027_RS06720;Name=cysC;gbkey=Gene;gene=cysC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06720;old_locus_tag=BQ2027_MB1317 +Chromosome Protein Homology CDS 1441462 1443306 . + 0 ID=cds-WP_010950517.1;Parent=gene-BQ2027_RS06720;Dbxref=GenBank:WP_010950517.1;Name=WP_010950517.1;Ontology_term=GO:0000103,GO:0004020,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=cysC;go_function=adenylylsulfate kinase activity|0004020||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=sulfate assimilation|0000103||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215802.1;locus_tag=BQ2027_RS06720;product=adenylyl-sulfate kinase;protein_id=WP_010950517.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1443360 1443845 . + . ID=gene-BQ2027_RS06725;Name=BQ2027_RS06725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06725;old_locus_tag=BQ2027_MB1318 +Chromosome Protein Homology CDS 1443360 1443845 . + 0 ID=cds-WP_003406624.1;Parent=gene-BQ2027_RS06725;Dbxref=GenBank:WP_003406624.1;Name=WP_003406624.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215803.1;locus_tag=BQ2027_RS06725;product=Rrf2 family transcriptional regulator;protein_id=WP_003406624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1443903 1445120 . + . ID=gene-BQ2027_RS06730;Name=BQ2027_RS06730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06730;old_locus_tag=BQ2027_MB1319 +Chromosome Protein Homology CDS 1443903 1445120 . + 0 ID=cds-WP_010950518.1;Parent=gene-BQ2027_RS06730;Dbxref=GenBank:WP_010950518.1;Name=WP_010950518.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950518.1;locus_tag=BQ2027_RS06730;product=alpha/beta hydrolase-fold protein;protein_id=WP_010950518.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1445169 1445801 . + . ID=gene-BQ2027_RS06735;Name=BQ2027_RS06735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06735;old_locus_tag=BQ2027_MB1320 +Chromosome Protein Homology CDS 1445169 1445801 . + 0 ID=cds-WP_003406626.1;Parent=gene-BQ2027_RS06735;Dbxref=GenBank:WP_003406626.1;Name=WP_003406626.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215805.1;locus_tag=BQ2027_RS06735;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406626.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1445940 1447505 . - . ID=gene-BQ2027_RS06740;Name=BQ2027_RS06740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06740;old_locus_tag=BQ2027_MB1321C +Chromosome Protein Homology CDS 1445940 1447505 . - 0 ID=cds-WP_003406627.1;Parent=gene-BQ2027_RS06740;Dbxref=GenBank:WP_003406627.1;Name=WP_003406627.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215806.1;locus_tag=BQ2027_RS06740;product=DUF2254 domain-containing protein;protein_id=WP_003406627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1447516 1447830 . + . ID=gene-BQ2027_RS06745;Name=BQ2027_RS06745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06745;old_locus_tag=BQ2027_MB1322 +Chromosome Protein Homology CDS 1447516 1447830 . + 0 ID=cds-WP_003406628.1;Parent=gene-BQ2027_RS06745;Dbxref=GenBank:WP_003406628.1;Name=WP_003406628.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177642.1;locus_tag=BQ2027_RS06745;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406628.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1447957 1448292 . - . ID=gene-BQ2027_RS06750;Name=BQ2027_RS06750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06750;old_locus_tag=BQ2027_MB1323C +Chromosome Protein Homology CDS 1447957 1448292 . - 0 ID=cds-WP_003406629.1;Parent=gene-BQ2027_RS06750;Dbxref=GenBank:WP_003406629.1;Name=WP_003406629.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215807.1;locus_tag=BQ2027_RS06750;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003406629.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1448651 1448723 . - . ID=gene-BQ2027_RS06755;Name=BQ2027_RS06755;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS06755;old_locus_tag=BQ2027_ARGV +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1448651 1448723 . - . ID=rna-BQ2027_RS06755;Parent=gene-BQ2027_RS06755;anticodon=(pos:complement(1448688..1448690));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS06755;product=tRNA-Arg +Chromosome tRNAscan-SE exon 1448651 1448723 . - . ID=exon-BQ2027_RS06755-1;Parent=rna-BQ2027_RS06755;anticodon=(pos:complement(1448688..1448690));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS06755;product=tRNA-Arg +Chromosome RefSeq gene 1448837 1450489 . + . ID=gene-BQ2027_RS06760;Name=argS;gbkey=Gene;gene=argS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06760;old_locus_tag=BQ2027_MB1324 +Chromosome Protein Homology CDS 1448837 1450489 . + 0 ID=cds-WP_003406630.1;Parent=gene-BQ2027_RS06760;Dbxref=GenBank:WP_003406630.1;Name=WP_003406630.1;Ontology_term=GO:0006420,GO:0004814,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=argS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=arginine-tRNA ligase activity|0004814||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=arginyl-tRNA aminoacylation|0006420||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215808.1;locus_tag=BQ2027_RS06760;product=arginine--tRNA ligase;protein_id=WP_003406630.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1450486 1451829 . + . ID=gene-BQ2027_RS06765;Name=lysA;gbkey=Gene;gene=lysA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06765;old_locus_tag=BQ2027_MB1325 +Chromosome Protein Homology CDS 1450486 1451829 . + 0 ID=cds-WP_003406632.1;Parent=gene-BQ2027_RS06765;Dbxref=GenBank:WP_003406632.1;Name=WP_003406632.1;Ontology_term=GO:0009089,GO:0008836;gbkey=CDS;gene=lysA;go_function=diaminopimelate decarboxylase activity|0008836||IEA;go_process=lysine biosynthetic process via diaminopimelate|0009089||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215809.1;locus_tag=BQ2027_RS06765;product=diaminopimelate decarboxylase;protein_id=WP_003406632.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1451833 1453158 . + . ID=gene-BQ2027_RS06770;Name=thrA;gbkey=Gene;gene=thrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06770;old_locus_tag=BQ2027_MB1326 +Chromosome Protein Homology CDS 1451833 1453158 . + 0 ID=cds-WP_003406648.1;Parent=gene-BQ2027_RS06770;Dbxref=GenBank:WP_003406648.1;Name=WP_003406648.1;Ontology_term=GO:0006520,GO:0004412;gbkey=CDS;gene=thrA;go_function=homoserine dehydrogenase activity|0004412||IEA;go_process=amino acid metabolic process|0006520||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215810.1;locus_tag=BQ2027_RS06770;product=homoserine dehydrogenase;protein_id=WP_003406648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1453155 1454237 . + . ID=gene-BQ2027_RS06775;Name=thrC;gbkey=Gene;gene=thrC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06775;old_locus_tag=BQ2027_MB1327 +Chromosome Protein Homology CDS 1453155 1454237 . + 0 ID=cds-WP_003406652.1;Parent=gene-BQ2027_RS06775;Dbxref=GenBank:WP_003406652.1;Name=WP_003406652.1;Ontology_term=GO:0009088,GO:0004795;gbkey=CDS;gene=thrC;go_function=threonine synthase activity|0004795||IEA;go_process=threonine biosynthetic process|0009088||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215811.1;locus_tag=BQ2027_RS06775;product=threonine synthase;protein_id=WP_003406652.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1454455 1455405 . + . ID=gene-BQ2027_RS06780;Name=thrB;gbkey=Gene;gene=thrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06780;old_locus_tag=BQ2027_MB1328 +Chromosome Protein Homology CDS 1454455 1455405 . + 0 ID=cds-WP_003406654.1;Parent=gene-BQ2027_RS06780;Dbxref=GenBank:WP_003406654.1;Name=WP_003406654.1;Ontology_term=GO:0009088,GO:0004413,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=thrB;go_function=homoserine kinase activity|0004413||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=threonine biosynthetic process|0009088||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215812.1;locus_tag=BQ2027_RS06780;product=homoserine kinase;protein_id=WP_003406654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1455662 1457470 . + . ID=gene-BQ2027_RS06785;Name=rho;gbkey=Gene;gene=rho;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06785;old_locus_tag=BQ2027_MB1329 +Chromosome Protein Homology CDS 1455662 1457470 . + 0 ID=cds-WP_003898814.1;Parent=gene-BQ2027_RS06785;Dbxref=GenBank:WP_003898814.1;Name=WP_003898814.1;Ontology_term=GO:0006353,GO:0003723,GO:0005524,GO:0008186;gbkey=CDS;gene=rho;go_function=RNA binding|0003723||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP-dependent activity%2C acting on RNA|0008186||IEA;go_process=DNA-templated transcription termination|0006353||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215813.1;locus_tag=BQ2027_RS06785;product=transcription termination factor Rho;protein_id=WP_003898814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1457621 1457863 . + . ID=gene-BQ2027_RS06790;Name=rpmE;gbkey=Gene;gene=rpmE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06790;old_locus_tag=BQ2027_MB1330 +Chromosome Protein Homology CDS 1457621 1457863 . + 0 ID=cds-WP_003406668.1;Parent=gene-BQ2027_RS06790;Dbxref=GenBank:WP_003406668.1;Name=WP_003406668.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmE;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215814.1;locus_tag=BQ2027_RS06790;product=50S ribosomal protein L31;protein_id=WP_003406668.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1457953 1459026 . + . ID=gene-BQ2027_RS06795;Name=prfA;gbkey=Gene;gene=prfA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06795;old_locus_tag=BQ2027_MB1331 +Chromosome Protein Homology CDS 1457953 1459026 . + 0 ID=cds-WP_003406670.1;Parent=gene-BQ2027_RS06795;Dbxref=GenBank:WP_003406670.1;Name=WP_003406670.1;Ontology_term=GO:0006415,GO:0003747;gbkey=CDS;gene=prfA;go_function=translation release factor activity|0003747||IEA;go_process=translational termination|0006415||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215815.1;locus_tag=BQ2027_RS06795;product=peptide chain release factor 1;protein_id=WP_003406670.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1459086 1460000 . + . ID=gene-BQ2027_RS06800;Name=prmC;gbkey=Gene;gene=prmC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06800;old_locus_tag=BQ2027_MB1332 +Chromosome Protein Homology CDS 1459086 1460000 . + 0 ID=cds-WP_003917449.1;Parent=gene-BQ2027_RS06800;Dbxref=GenBank:WP_003917449.1;Name=WP_003917449.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0018364,GO:0008757;gbkey=CDS;gene=prmC;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;go_process=translation|0006412||IEA,peptidyl-glutamine methylation|0018364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003922247.1;locus_tag=BQ2027_RS06800;product=peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase;protein_id=WP_003917449.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1460016 1460669 . + . ID=gene-BQ2027_RS06805;Name=BQ2027_RS06805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06805;old_locus_tag=BQ2027_MB1333 +Chromosome Protein Homology CDS 1460016 1460669 . + 0 ID=cds-WP_003406678.1;Parent=gene-BQ2027_RS06805;Dbxref=GenBank:WP_003406678.1;Name=WP_003406678.1;Ontology_term=GO:0006400,GO:0003725,GO:0061710;gbkey=CDS;go_function=double-stranded RNA binding|0003725||IEA,L-threonylcarbamoyladenylate synthase|0061710||IEA;go_process=tRNA modification|0006400||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215817.1;locus_tag=BQ2027_RS06805;product=L-threonylcarbamoyladenylate synthase;protein_id=WP_003406678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1460753 1461967 . + . ID=gene-BQ2027_RS06810;Name=rfe;gbkey=Gene;gene=rfe;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06810;old_locus_tag=BQ2027_MB1334 +Chromosome Protein Homology CDS 1460753 1461967 . + 0 ID=cds-WP_003406679.1;Parent=gene-BQ2027_RS06810;Dbxref=GenBank:WP_003406679.1;Name=WP_003406679.1;gbkey=CDS;gene=rfe;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215818.1;locus_tag=BQ2027_RS06810;product=UDP-N-acetylglucosamine--decaprenyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase;protein_id=WP_003406679.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1462224 1462709 . + . ID=gene-BQ2027_RS06815;Name=BQ2027_RS06815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06815;old_locus_tag=BQ2027_MB1335 +Chromosome Protein Homology CDS 1462224 1462709 . + 0 ID=cds-WP_003406680.1;Parent=gene-BQ2027_RS06815;Dbxref=GenBank:WP_003406680.1;Name=WP_003406680.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215819.1;locus_tag=BQ2027_RS06815;product=ATP synthase subunit I;protein_id=WP_003406680.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1462702 1463454 . + . ID=gene-BQ2027_RS06820;Name=atpB;gbkey=Gene;gene=atpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06820;old_locus_tag=BQ2027_MB1336 +Chromosome Protein Homology CDS 1462702 1463454 . + 0 ID=cds-WP_003406681.1;Parent=gene-BQ2027_RS06820;Dbxref=GenBank:WP_003406681.1;Name=WP_003406681.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0046933,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpB;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton-transporting ATP synthase activity%2C rotational mechanism|0046933||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215820.1;locus_tag=BQ2027_RS06820;product=F0F1 ATP synthase subunit A;protein_id=WP_003406681.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1463503 1463748 . + . ID=gene-BQ2027_RS06825;Name=atpE;gbkey=Gene;gene=atpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06825;old_locus_tag=BQ2027_MB1337 +Chromosome Protein Homology CDS 1463503 1463748 . + 0 ID=cds-WP_003406686.1;Parent=gene-BQ2027_RS06825;Dbxref=GenBank:WP_003406686.1;Name=WP_003406686.1;gbkey=CDS;gene=atpE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215821.1;locus_tag=BQ2027_RS06825;product=F0F1 ATP synthase subunit C;protein_id=WP_003406686.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1463779 1464294 . + . ID=gene-BQ2027_RS06830;Name=atpF;gbkey=Gene;gene=atpF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06830;old_locus_tag=BQ2027_MB1338 +Chromosome Protein Homology CDS 1463779 1464294 . + 0 ID=cds-WP_003898818.1;Parent=gene-BQ2027_RS06830;Dbxref=GenBank:WP_003898818.1;Name=WP_003898818.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0015078,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpF;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton transmembrane transporter activity|0015078||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215822.1;locus_tag=BQ2027_RS06830;product=F0F1 ATP synthase subunit B;protein_id=WP_003898818.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1464301 1465641 . + . ID=gene-BQ2027_RS06835;Name=atpH;gbkey=Gene;gene=atpH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06835;old_locus_tag=BQ2027_MB1339 +Chromosome Protein Homology CDS 1464301 1465641 . + 0 ID=cds-WP_003406697.1;Parent=gene-BQ2027_RS06835;Dbxref=GenBank:WP_003406697.1;Name=WP_003406697.1;gbkey=CDS;gene=atpH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215823.1;locus_tag=BQ2027_RS06835;product=F0F1 ATP synthase subunit B/delta;protein_id=WP_003406697.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1465686 1467335 . + . ID=gene-BQ2027_RS06840;Name=atpA;gbkey=Gene;gene=atpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06840;old_locus_tag=BQ2027_MB1340 +Chromosome Protein Homology CDS 1465686 1467335 . + 0 ID=cds-WP_003406699.1;Parent=gene-BQ2027_RS06840;Dbxref=GenBank:WP_003406699.1;Name=WP_003406699.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0046933,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpA;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton-transporting ATP synthase activity%2C rotational mechanism|0046933||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215824.1;locus_tag=BQ2027_RS06840;product=F0F1 ATP synthase subunit alpha;protein_id=WP_003406699.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1467342 1468259 . + . ID=gene-BQ2027_RS06845;Name=atpG;gbkey=Gene;gene=atpG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06845;old_locus_tag=BQ2027_MB1341 +Chromosome Protein Homology CDS 1467342 1468259 . + 0 ID=cds-WP_003898819.1;Parent=gene-BQ2027_RS06845;Dbxref=GenBank:WP_003898819.1;Name=WP_003898819.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0046933,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpG;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton-transporting ATP synthase activity%2C rotational mechanism|0046933||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215825.1;locus_tag=BQ2027_RS06845;product=F0F1 ATP synthase subunit gamma;protein_id=WP_003898819.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1468299 1469759 . + . ID=gene-BQ2027_RS06850;Name=atpD;gbkey=Gene;gene=atpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06850;old_locus_tag=BQ2027_MB1342 +Chromosome Protein Homology CDS 1468299 1469759 . + 0 ID=cds-WP_003406701.1;Parent=gene-BQ2027_RS06850;Dbxref=GenBank:WP_003406701.1;Name=WP_003406701.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0046933,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpD;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton-transporting ATP synthase activity%2C rotational mechanism|0046933||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215826.1;locus_tag=BQ2027_RS06850;product=F0F1 ATP synthase subunit beta;protein_id=WP_003406701.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1469773 1470138 . + . ID=gene-BQ2027_RS06855;Name=atpC;gbkey=Gene;gene=atpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06855;old_locus_tag=BQ2027_MB1343 +Chromosome Protein Homology CDS 1469773 1470138 . + 0 ID=cds-WP_003406708.1;Parent=gene-BQ2027_RS06855;Dbxref=GenBank:WP_003406708.1;Name=WP_003406708.1;Ontology_term=GO:0015986,GO:0046933,GO:0045259;gbkey=CDS;gene=atpC;go_component=proton-transporting ATP synthase complex|0045259||IEA;go_function=proton-transporting ATP synthase activity%2C rotational mechanism|0046933||IEA;go_process=proton motive force-driven ATP synthesis|0015986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215827.1;locus_tag=BQ2027_RS06855;product=F0F1 ATP synthase subunit epsilon;protein_id=WP_003406708.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1470146 1470587 . + . ID=gene-BQ2027_RS06860;Name=BQ2027_RS06860;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06860;old_locus_tag=BQ2027_MB1344;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1470146 1470587 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS06860;Parent=gene-BQ2027_RS06860;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215828.1;locus_tag=BQ2027_RS06860;product=DUF2550 domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1470627 1471950 . - . ID=gene-BQ2027_RS06865;Name=BQ2027_RS06865;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS06865;old_locus_tag=BQ2027_IS1557-2;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1470627 1471950 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS06865;Parent=gene-BQ2027_RS06865;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215829.1;locus_tag=BQ2027_RS06865;product=ISL3-like element IS1557 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1472116 1472697 . - . ID=gene-BQ2027_RS06870;Name=BQ2027_RS06870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06870;old_locus_tag=BQ2027_MB1347C +Chromosome Protein Homology CDS 1472116 1472697 . - 0 ID=cds-WP_003406839.1;Parent=gene-BQ2027_RS06870;Dbxref=GenBank:WP_003406839.1;Name=WP_003406839.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0008817;gbkey=CDS;go_function=corrinoid adenosyltransferase activity|0008817||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215830.1;locus_tag=BQ2027_RS06870;product=cob(I)yrinic acid a%2Cc-diamide adenosyltransferase;protein_id=WP_003406839.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1472766 1474022 . + . ID=gene-BQ2027_RS06875;Name=murA;gbkey=Gene;gene=murA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06875;old_locus_tag=BQ2027_MB1348 +Chromosome Protein Homology CDS 1472766 1474022 . + 0 ID=cds-WP_003406845.1;Parent=gene-BQ2027_RS06875;Dbxref=GenBank:WP_003406845.1;Name=WP_003406845.1;Ontology_term=GO:0019277,GO:0008760;gbkey=CDS;gene=murA;go_function=UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity|0008760||IEA;go_process=UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process|0019277||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215831.1;locus_tag=BQ2027_RS06875;product=UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase;protein_id=WP_003406845.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1474294 1475825 . + . ID=gene-BQ2027_RS06880;Name=BQ2027_RS06880;gbkey=Gene;gene_biotype=rRNA;locus_tag=BQ2027_RS06880;old_locus_tag=BQ2027_RRS +Chromosome cmsearch rRNA 1474294 1475825 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS06975;Name=clpS;gbkey=Gene;gene=clpS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06975;old_locus_tag=BQ2027_MB1366 +Chromosome Protein Homology CDS 1503105 1503410 . + 0 ID=cds-WP_003406906.1;Parent=gene-BQ2027_RS06975;Dbxref=GenBank:WP_003406906.1;Name=WP_003406906.1;Ontology_term=GO:0006508;gbkey=CDS;gene=clpS;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215847.1;locus_tag=BQ2027_RS06975;product=ATP-dependent Clp protease adapter ClpS;protein_id=WP_003406906.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1503436 1504026 . + . ID=gene-BQ2027_RS06980;Name=aosR;gbkey=Gene;gene=aosR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06980;old_locus_tag=BQ2027_MB1367 +Chromosome Protein Homology CDS 1503436 1504026 . + 0 ID=cds-WP_003406907.1;Parent=gene-BQ2027_RS06980;Dbxref=GenBank:WP_003406907.1;Name=WP_003406907.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=aosR;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_008254882.1;locus_tag=BQ2027_RS06980;product=oxidative stress transcriptional regulator AosR;protein_id=WP_003406907.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1504043 1505077 . + . ID=gene-BQ2027_RS06985;Name=BQ2027_RS06985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06985;old_locus_tag=BQ2027_MB1368 +Chromosome Protein Homology CDS 1504043 1505077 . + 0 ID=cds-WP_003406908.1;Parent=gene-BQ2027_RS06985;Dbxref=GenBank:WP_003406908.1;Name=WP_003406908.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004177;gbkey=CDS;go_function=aminopeptidase activity|0004177||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215849.1;locus_tag=BQ2027_RS06985;product=P1 family peptidase;protein_id=WP_003406908.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1505085 1505525 . + . ID=gene-BQ2027_RS06990;Name=mec;gbkey=Gene;gene=mec;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06990;old_locus_tag=BQ2027_MB1369 +Chromosome Protein Homology CDS 1505085 1505525 . + 0 ID=cds-WP_003898830.1;Parent=gene-BQ2027_RS06990;Dbxref=GenBank:WP_003898830.1;Name=WP_003898830.1;gbkey=CDS;gene=mec;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215850.1;locus_tag=BQ2027_RS06990;product=CysO-cysteine peptidase;protein_id=WP_003898830.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1505547 1505828 . + . ID=gene-BQ2027_RS06995;Name=cysO;gbkey=Gene;gene=cysO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS06995;old_locus_tag=BQ2027_MB1370 +Chromosome Protein Homology CDS 1505547 1505828 . + 0 ID=cds-WP_003406910.1;Parent=gene-BQ2027_RS06995;Dbxref=GenBank:WP_003406910.1;Name=WP_003406910.1;gbkey=CDS;gene=cysO;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215851.1;locus_tag=BQ2027_RS06995;product=sulfur carrier protein CysO;protein_id=WP_003406910.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1505838 1506809 . + . ID=gene-BQ2027_RS07000;Name=cysM;gbkey=Gene;gene=cysM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07000;old_locus_tag=BQ2027_MB1371 +Chromosome Protein Homology CDS 1505838 1506809 . + 0 ID=cds-WP_003406912.1;Parent=gene-BQ2027_RS07000;Dbxref=GenBank:WP_003406912.1;Name=WP_003406912.1;gbkey=CDS;gene=cysM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215852.1;locus_tag=BQ2027_RS07000;product=O-phosphoserine sulfhydrylase;protein_id=WP_003406912.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1506800 1507522 . + . ID=gene-BQ2027_RS07005;Name=BQ2027_RS07005;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07005;old_locus_tag=BQ2027_MB1372 +Chromosome Protein Homology CDS 1506800 1507522 . + 0 ID=cds-WP_003898831.1;Parent=gene-BQ2027_RS07005;Dbxref=GenBank:WP_003898831.1;Name=WP_003898831.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252,GO:0008270,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215853.1;locus_tag=BQ2027_RS07005;product=rhomboid family intramembrane serine protease;protein_id=WP_003898831.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1507519 1508334 . + . ID=gene-BQ2027_RS07010;Name=murI;gbkey=Gene;gene=murI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07010;old_locus_tag=BQ2027_MB1373 +Chromosome Protein Homology CDS 1507519 1508334 . + 0 ID=cds-WP_003406919.1;Parent=gene-BQ2027_RS07010;Dbxref=GenBank:WP_003406919.1;Name=WP_003406919.1;Ontology_term=GO:0009252,GO:0008881;gbkey=CDS;gene=murI;go_function=glutamate racemase activity|0008881||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215854.1;locus_tag=BQ2027_RS07010;product=glutamate racemase;protein_id=WP_003406919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1508406 1509182 . + . ID=gene-BQ2027_RS07015;Name=BQ2027_RS07015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07015;old_locus_tag=BQ2027_MB1374 +Chromosome Protein Homology CDS 1508406 1509182 . + 0 ID=cds-WP_009936344.1;Parent=gene-BQ2027_RS07015;Dbxref=GenBank:WP_009936344.1;Name=WP_009936344.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009936344.1;locus_tag=BQ2027_RS07015;product=cyclic nucleotide-degrading phosphodiesterase;protein_id=WP_009936344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1509199 1509978 . + . ID=gene-BQ2027_RS07020;Name=rph;gbkey=Gene;gene=rph;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07020;old_locus_tag=BQ2027_MB1375 +Chromosome Protein Homology CDS 1509199 1509978 . + 0 ID=cds-WP_010950527.1;Parent=gene-BQ2027_RS07020;Dbxref=GenBank:WP_010950527.1;Name=WP_010950527.1;Ontology_term=GO:0008033,GO:0000049,GO:0009022;gbkey=CDS;gene=rph;go_function=tRNA binding|0000049||IEA,tRNA nucleotidyltransferase activity|0009022||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215856.1;locus_tag=BQ2027_RS07020;product=ribonuclease PH;protein_id=WP_010950527.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1510017 1510631 . + . ID=gene-BQ2027_RS07025;Name=rdgB;gbkey=Gene;gene=rdgB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07025;old_locus_tag=BQ2027_MB1376 +Chromosome Protein Homology CDS 1510017 1510631 . + 0 ID=cds-WP_003406931.1;Parent=gene-BQ2027_RS07025;Dbxref=GenBank:WP_003406931.1;Name=WP_003406931.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0035870,GO:0036222;gbkey=CDS;gene=rdgB;go_function=dITP diphosphatase activity|0035870||IEA,XTP diphosphatase activity|0036222||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215857.1;locus_tag=BQ2027_RS07025;product=RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase;protein_id=WP_003406931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1510628 1510990 . - . ID=gene-BQ2027_RS07030;Name=BQ2027_RS07030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07030;old_locus_tag=BQ2027_MB1377C +Chromosome Protein Homology CDS 1510628 1510990 . - 0 ID=cds-WP_003406937.1;Parent=gene-BQ2027_RS07030;Dbxref=GenBank:WP_003406937.1;Name=WP_003406937.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177800.1;locus_tag=BQ2027_RS07030;product=DUF3817 domain-containing protein;protein_id=WP_003406937.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1510987 1511367 . - . ID=gene-BQ2027_RS07035;Name=BQ2027_RS07035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07035;old_locus_tag=BQ2027_MB1378C +Chromosome Protein Homology CDS 1510987 1511367 . - 0 ID=cds-WP_003406940.1;Parent=gene-BQ2027_RS07035;Dbxref=GenBank:WP_003406940.1;Name=WP_003406940.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215859.1;locus_tag=BQ2027_RS07035;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406940.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1511478 1511732 . + . ID=gene-BQ2027_RS07040;Name=BQ2027_RS07040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07040;old_locus_tag=BQ2027_MB1379 +Chromosome Protein Homology CDS 1511478 1511732 . + 0 ID=cds-WP_003911484.1;Parent=gene-BQ2027_RS07040;Dbxref=GenBank:WP_003911484.1;Name=WP_003911484.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911484.1;locus_tag=BQ2027_RS07040;product=acyl carrier protein;protein_id=WP_003911484.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1511725 1513290 . + . ID=gene-BQ2027_RS07045;Name=mbtM;gbkey=Gene;gene=mbtM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07045;old_locus_tag=BQ2027_MB1380 +Chromosome Protein Homology CDS 1511725 1513290 . + 0 ID=cds-WP_003406950.1;Parent=gene-BQ2027_RS07045;Dbxref=GenBank:WP_003406950.1;Name=WP_003406950.1;gbkey=CDS;gene=mbtM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215861.1;locus_tag=BQ2027_RS07045;product=long-chain-fatty acid--ACP ligase MbtM;protein_id=WP_003406950.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1513290 1514450 . + . ID=gene-BQ2027_RS07050;Name=mbtN;gbkey=Gene;gene=mbtN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07050;old_locus_tag=BQ2027_MB1381 +Chromosome Protein Homology CDS 1513290 1514450 . + 0 ID=cds-WP_003406953.1;Parent=gene-BQ2027_RS07050;Dbxref=GenBank:WP_003406953.1;Name=WP_003406953.1;gbkey=CDS;gene=mbtN;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215862.1;locus_tag=BQ2027_RS07050;product=acyl-ACP dehydrogenase MbtN;protein_id=WP_003406953.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1514417 1515049 . - . ID=gene-BQ2027_RS07055;Name=mbtK;gbkey=Gene;gene=mbtK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07055;old_locus_tag=BQ2027_MB1382C +Chromosome Protein Homology CDS 1514417 1515049 . - 0 ID=cds-WP_003406956.1;Parent=gene-BQ2027_RS07055;Dbxref=GenBank:WP_003406956.1;Name=WP_003406956.1;gbkey=CDS;gene=mbtK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215863.1;locus_tag=BQ2027_RS07055;product=lysine N-acyltransferase MbtK;protein_id=WP_003406956.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1515172 1515255 . + . ID=gene-BQ2027_RS07060;Name=BQ2027_RS07060;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS07060;old_locus_tag=BQ2027_LEUW +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1515172 1515255 . + . ID=rna-BQ2027_RS07060;Parent=gene-BQ2027_RS07060;anticodon=(pos:1515206..1515208);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS07060;product=tRNA-Leu +Chromosome tRNAscan-SE exon 1515172 1515255 . + . ID=exon-BQ2027_RS07060-1;Parent=rna-BQ2027_RS07060;anticodon=(pos:1515206..1515208);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS07060;product=tRNA-Leu +Chromosome RefSeq gene 1515491 1518070 . + . ID=gene-BQ2027_RS07065;Name=irtA;gbkey=Gene;gene=irtA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07065;old_locus_tag=BQ2027_MB1383 +Chromosome Protein Homology CDS 1515491 1518070 . + 0 ID=cds-WP_003406958.1;Parent=gene-BQ2027_RS07065;Dbxref=GenBank:WP_003406958.1;Name=WP_003406958.1;gbkey=CDS;gene=irtA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215864.1;locus_tag=BQ2027_RS07065;product=iron ABC transporter ATP-binding protein/permease IrtA;protein_id=WP_003406958.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1518067 1519806 . + . ID=gene-BQ2027_RS07070;Name=irtB;gbkey=Gene;gene=irtB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07070;old_locus_tag=BQ2027_MB1384 +Chromosome Protein Homology CDS 1518067 1519806 . + 0 ID=cds-WP_003900322.1;Parent=gene-BQ2027_RS07070;Dbxref=GenBank:WP_003900322.1;Name=WP_003900322.1;gbkey=CDS;gene=irtB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215865.1;locus_tag=BQ2027_RS07070;product=iron ABC transporter ATP-binding protein/permease IrtB;protein_id=WP_003900322.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1519799 1519969 . - . ID=gene-BQ2027_RS07075;Name=BQ2027_RS07075;end_range=1519969,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07075;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1519799 +Chromosome Protein Homology CDS 1519799 1519969 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS07075;Parent=gene-BQ2027_RS07075;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;Ontology_term=GO:0016627;end_range=1519969,.;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009952867.1;locus_tag=BQ2027_RS07075;partial=true;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;pseudo=true;start_range=.,1519799;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1519935 1520678 . + . ID=gene-BQ2027_RS07080;Name=fabG;gbkey=Gene;gene=fabG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07080;old_locus_tag=BQ2027_MB1385 +Chromosome Protein Homology CDS 1519935 1520678 . + 0 ID=cds-WP_003406963.1;Parent=gene-BQ2027_RS07080;Dbxref=GenBank:WP_003406963.1;Name=WP_003406963.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0004316,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=fabG;go_function=3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity|0004316||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215866.1;locus_tag=BQ2027_RS07080;product=3-oxoacyl-ACP reductase FabG;protein_id=WP_003406963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1520689 1520751 . + . ID=gene-BQ2027_RS20760;Name=BQ2027_RS20760;end_range=1520751,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20760;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1520689 1520751 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20760;Parent=gene-BQ2027_RS20760;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=1520751,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF014790.6;locus_tag=BQ2027_RS20760;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1520732 1521004 . + . ID=gene-BQ2027_RS07085;Name=BQ2027_RS07085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07085;old_locus_tag=BQ2027_MB1386 +Chromosome Protein Homology CDS 1520732 1521004 . + 0 ID=cds-WP_003918231.1;Parent=gene-BQ2027_RS07085;Dbxref=GenBank:WP_003918231.1;Name=WP_003918231.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918231.1;locus_tag=BQ2027_RS07085;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003918231.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1521207 1521578 . + . ID=gene-BQ2027_RS07090;Name=BQ2027_RS07090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07090;old_locus_tag=BQ2027_MB1387 +Chromosome Protein Homology CDS 1521207 1521578 . + 0 ID=cds-WP_003406967.1;Parent=gene-BQ2027_RS07090;Dbxref=GenBank:WP_003406967.1;Name=WP_003406967.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215868.1;locus_tag=BQ2027_RS07090;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003406967.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1521644 1522429 . - . ID=gene-BQ2027_RS07095;Name=BQ2027_RS07095;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07095;old_locus_tag=BQ2027_MB1388C +Chromosome Protein Homology CDS 1521644 1522429 . - 0 ID=cds-WP_003898836.1;Parent=gene-BQ2027_RS07095;Dbxref=GenBank:WP_003898836.1;Name=WP_003898836.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215869.1;locus_tag=BQ2027_RS07095;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003898836.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1522449 1524320 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07105;Name=moeY;gbkey=Gene;gene=moeY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07105;old_locus_tag=BQ2027_MB1390C +Chromosome Protein Homology CDS 1524329 1526476 . - 0 ID=cds-WP_003909410.1;Parent=gene-BQ2027_RS07105;Dbxref=GenBank:WP_003909410.1;Name=WP_003909410.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;gene=moeY;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215871.1;locus_tag=BQ2027_RS07105;product=Rv1355c family protein;protein_id=WP_003909410.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1526473 1527228 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07140;Name=BQ2027_RS07140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07140;old_locus_tag=BQ2027_MB1395 +Chromosome Protein Homology CDS 1533792 1534814 . + 0 ID=cds-WP_003898842.1;Parent=gene-BQ2027_RS07140;Dbxref=GenBank:WP_003898842.1;Name=WP_003898842.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215876.1;locus_tag=BQ2027_RS07140;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003898842.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1534887 1536077 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07170;Name=BQ2027_RS07170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07170;old_locus_tag=BQ2027_MB1401 +Chromosome Protein Homology CDS 1540834 1541655 . + 0 ID=cds-WP_003407164.1;Parent=gene-BQ2027_RS07170;Dbxref=GenBank:WP_003407164.1;Name=WP_003407164.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215882.1;locus_tag=BQ2027_RS07170;product=GTP pyrophosphokinase;protein_id=WP_003407164.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1541648 1541884 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07180;Name=BQ2027_RS07180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07180;old_locus_tag=BQ2027_MB1402C +Chromosome Protein Homology CDS 1541956 1543161 . - 0 ID=cds-WP_003918234.1;Parent=gene-BQ2027_RS07180;Dbxref=GenBank:WP_003918234.1;Name=WP_003918234.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015355830.1;locus_tag=BQ2027_RS07180;product=serine hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003918234.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1543464 1544249 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07190;Name=BQ2027_RS07190;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07190;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1544445 1545915 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07190;Parent=gene-BQ2027_RS07190;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006629;gbkey=CDS;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215887.1;locus_tag=BQ2027_RS07190;product=fatty acid desaturase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1545912 1547093 . + . ID=gene-BQ2027_RS07195;Name=BQ2027_RS07195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07195;old_locus_tag=BQ2027_MB1406 +Chromosome Protein Homology CDS 1545912 1547093 . + 0 ID=cds-WP_003407185.1;Parent=gene-BQ2027_RS07195;Dbxref=GenBank:WP_003407185.1;Name=WP_003407185.1;Ontology_term=GO:0030639,GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;go_process=polyketide biosynthetic process|0030639||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177803.1;locus_tag=BQ2027_RS07195;product=type III polyketide synthase;protein_id=WP_003407185.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1547099 1548080 . + . ID=gene-BQ2027_RS07200;Name=BQ2027_RS07200;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07200;old_locus_tag=BQ2027_MB1407;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1547099 1548080 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07200;Parent=gene-BQ2027_RS07200;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215889.1;locus_tag=BQ2027_RS07200;product=glycolipid sulfotransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1548160 1548618 . - . ID=gene-BQ2027_RS07205;Name=BQ2027_RS07205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07205;old_locus_tag=BQ2027_MB1409C +Chromosome Protein Homology CDS 1548160 1548618 . - 0 ID=cds-WP_003901145.1;Parent=gene-BQ2027_RS07205;Dbxref=GenBank:WP_003901145.1;Name=WP_003901145.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215890.2;locus_tag=BQ2027_RS07205;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1548920 1550239 . + . ID=gene-BQ2027_RS07210;Name=BQ2027_RS07210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07210;old_locus_tag=BQ2027_MB1410 +Chromosome Protein Homology CDS 1548920 1550239 . + 0 ID=cds-WP_010950535.1;Parent=gene-BQ2027_RS07210;Dbxref=GenBank:WP_010950535.1;Name=WP_010950535.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215891.1;locus_tag=BQ2027_RS07210;product=YcaO-like family protein;protein_id=WP_010950535.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1550236 1551729 . + . ID=gene-BQ2027_RS07215;Name=BQ2027_RS07215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07215;old_locus_tag=BQ2027_MB1411 +Chromosome Protein Homology CDS 1550236 1551729 . + 0 ID=cds-WP_003910339.1;Parent=gene-BQ2027_RS07215;Dbxref=GenBank:WP_003910339.1;Name=WP_003910339.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215892.1;locus_tag=BQ2027_RS07215;product=TfuA-like protein;protein_id=WP_003910339.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1551667 1552305 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07225;Name=BQ2027_RS07225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07225;old_locus_tag=BQ2027_MB1413C +Chromosome Protein Homology CDS 1552316 1553605 . - 0 ID=cds-WP_003911527.1;Parent=gene-BQ2027_RS07225;Dbxref=GenBank:WP_003911527.1;Name=WP_003911527.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911527.1;locus_tag=BQ2027_RS07225;product=HNH endonuclease;protein_id=WP_003911527.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1553742 1554323 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07245;Name=BQ2027_RS07245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07245;old_locus_tag=BQ2027_MB1417 +Chromosome Protein Homology CDS 1556565 1557062 . + 0 ID=cds-WP_003898853.1;Parent=gene-BQ2027_RS07245;Dbxref=GenBank:WP_003898853.1;Name=WP_003898853.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215898.1;locus_tag=BQ2027_RS07245;product=PH-like domain-containing protein;protein_id=WP_003898853.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1557059 1558189 . + . ID=gene-BQ2027_RS07250;Name=carA;gbkey=Gene;gene=carA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07250;old_locus_tag=BQ2027_MB1418 +Chromosome Protein Homology CDS 1557059 1558189 . + 0 ID=cds-WP_010950538.1;Parent=gene-BQ2027_RS07250;Dbxref=GenBank:WP_010950538.1;Name=WP_010950538.1;Ontology_term=GO:0006207,GO:0006541,GO:0004088;gbkey=CDS;gene=carA;go_function=carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0004088||IEA;go_process='de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process|0006207||IEA,glutamine metabolic process|0006541||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215899.1;locus_tag=BQ2027_RS07250;product=glutamine-hydrolyzing carbamoyl-phosphate synthase small subunit;protein_id=WP_010950538.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1558189 1561536 . + . ID=gene-BQ2027_RS07255;Name=carB;gbkey=Gene;gene=carB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07255;old_locus_tag=BQ2027_MB1419 +Chromosome Protein Homology CDS 1558189 1561536 . + 0 ID=cds-WP_003407211.1;Parent=gene-BQ2027_RS07255;Dbxref=GenBank:WP_003407211.1;Name=WP_003407211.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0005524,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=carB;go_function=ATP binding|0005524||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177804.1;locus_tag=BQ2027_RS07255;product=carbamoyl-phosphate synthase large subunit;protein_id=WP_003407211.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1561533 1562357 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07265;Name=BQ2027_RS07265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07265;old_locus_tag=BQ2027_MB1421 +Chromosome Protein Homology CDS 1562552 1562860 . + 0 ID=cds-WP_003407225.1;Parent=gene-BQ2027_RS07265;Dbxref=GenBank:WP_003407225.1;Name=WP_003407225.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177805.1;locus_tag=BQ2027_RS07265;product=PE family protein;protein_id=WP_003407225.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1562857 1564476 . + . ID=gene-BQ2027_RS07270;Name=BQ2027_RS07270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07270;old_locus_tag=BQ2027_MB1422 +Chromosome Protein Homology CDS 1562857 1564476 . + 0 ID=cds-WP_010950539.1;Parent=gene-BQ2027_RS07270;Dbxref=GenBank:WP_010950539.1;Name=WP_010950539.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177806.1;locus_tag=BQ2027_RS07270;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950539.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1565037 1565354 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07280;Name=gmk;gbkey=Gene;gene=gmk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07280;old_locus_tag=BQ2027_MB1424 +Chromosome Protein Homology CDS 1565489 1566115 . + 0 ID=cds-WP_003900331.1;Parent=gene-BQ2027_RS07280;Dbxref=GenBank:WP_003900331.1;Name=WP_003900331.1;Ontology_term=GO:0006163,GO:0004385;gbkey=CDS;gene=gmk;go_function=GMP kinase activity|0004385||IEA;go_process=purine nucleotide metabolic process|0006163||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215905.1;locus_tag=BQ2027_RS07280;product=guanylate kinase;protein_id=WP_003900331.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1566181 1566513 . + . ID=gene-BQ2027_RS07285;Name=rpoZ;gbkey=Gene;gene=rpoZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07285;old_locus_tag=BQ2027_MB1425 +Chromosome Protein Homology CDS 1566181 1566513 . + 0 ID=cds-WP_003407248.1;Parent=gene-BQ2027_RS07285;Dbxref=GenBank:WP_003407248.1;Name=WP_003407248.1;Ontology_term=GO:0006351,GO:0003899;gbkey=CDS;gene=rpoZ;go_function=DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215906.1;locus_tag=BQ2027_RS07285;product=DNA-directed RNA polymerase subunit omega;protein_id=WP_003407248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1566529 1567785 . + . ID=gene-BQ2027_RS07290;Name=coaBC;gbkey=Gene;gene=coaBC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07290;old_locus_tag=BQ2027_MB1426 +Chromosome Protein Homology CDS 1566529 1567785 . + 0 ID=cds-WP_003898859.1;Parent=gene-BQ2027_RS07290;Dbxref=GenBank:WP_003898859.1;Name=WP_003898859.1;Ontology_term=GO:0015937,GO:0015941,GO:0004632,GO:0004633,GO:0010181;gbkey=CDS;gene=coaBC;go_function=phosphopantothenate--cysteine ligase activity|0004632||IEA,phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity|0004633||IEA,FMN binding|0010181||IEA;go_process=coenzyme A biosynthetic process|0015937||IEA,pantothenate catabolic process|0015941||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215907.1;locus_tag=BQ2027_RS07290;product=bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase CoaBC;protein_id=WP_003898859.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1567913 1569124 . + . ID=gene-BQ2027_RS07295;Name=metK;gbkey=Gene;gene=metK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07295;old_locus_tag=BQ2027_MB1427 +Chromosome Protein Homology CDS 1567913 1569124 . + 0 ID=cds-WP_010950540.1;Parent=gene-BQ2027_RS07295;Dbxref=GenBank:WP_010950540.1;Name=WP_010950540.1;Ontology_term=GO:0006556,GO:0004478,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=metK;go_function=methionine adenosyltransferase activity|0004478||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=S-adenosylmethionine biosynthetic process|0006556||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012393969.1;locus_tag=BQ2027_RS07295;product=methionine adenosyltransferase;protein_id=WP_010950540.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1569197 1570675 . - . ID=gene-BQ2027_RS07300;Name=BQ2027_RS07300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07300;old_locus_tag=BQ2027_MB1428C +Chromosome Protein Homology CDS 1569197 1570675 . - 0 ID=cds-WP_003407257.1;Parent=gene-BQ2027_RS07300;Dbxref=GenBank:WP_003407257.1;Name=WP_003407257.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0016709,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen%2C NAD(P)H as one donor%2C and incorporation of one atom of oxygen|0016709||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215909.1;locus_tag=BQ2027_RS07300;product=flavin-containing monooxygenase;protein_id=WP_003407257.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1570672 1572057 . - . ID=gene-BQ2027_RS07305;Name=BQ2027_RS07305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07305;old_locus_tag=BQ2027_MB1429C +Chromosome Protein Homology CDS 1570672 1572057 . - 0 ID=cds-WP_003407260.1;Parent=gene-BQ2027_RS07305;Dbxref=GenBank:WP_003407260.1;Name=WP_003407260.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177807.1;locus_tag=BQ2027_RS07305;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003407260.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1572135 1573169 . + . ID=gene-BQ2027_RS07310;Name=BQ2027_RS07310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07310;old_locus_tag=BQ2027_MB1430 +Chromosome Protein Homology CDS 1572135 1573169 . + 0 ID=cds-WP_003407264.1;Parent=gene-BQ2027_RS07310;Dbxref=GenBank:WP_003407264.1;Name=WP_003407264.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177808.1;locus_tag=BQ2027_RS07310;product=AraC family transcriptional regulator;protein_id=WP_003407264.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1573215 1574573 . - . ID=gene-BQ2027_RS07315;Name=BQ2027_RS07315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07315;old_locus_tag=BQ2027_MB1431C +Chromosome Protein Homology CDS 1573215 1574573 . - 0 ID=cds-WP_010950541.1;Parent=gene-BQ2027_RS07315;Dbxref=GenBank:WP_010950541.1;Name=WP_010950541.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950541.1;locus_tag=BQ2027_RS07315;product=PE family protein;protein_id=WP_010950541.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1574828 1575229 . - . ID=gene-BQ2027_RS07320;Name=BQ2027_RS07320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07320;old_locus_tag=BQ2027_MB1432C +Chromosome Protein Homology CDS 1574828 1575229 . - 0 ID=cds-WP_003407268.1;Parent=gene-BQ2027_RS07320;Dbxref=GenBank:WP_003407268.1;Name=WP_003407268.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215913.1;locus_tag=BQ2027_RS07320;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003407268.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1575226 1575483 . - . ID=gene-BQ2027_RS07325;Name=BQ2027_RS07325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07325;old_locus_tag=BQ2027_MB1433C +Chromosome Protein Homology CDS 1575226 1575483 . - 0 ID=cds-WP_003407272.1;Parent=gene-BQ2027_RS07325;Dbxref=GenBank:WP_003407272.1;Name=WP_003407272.1;Ontology_term=GO:0006276,GO:0006355,GO:0032993;gbkey=CDS;go_component=protein-DNA complex|0032993||IEA;go_process=plasmid maintenance|0006276||IEA,regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215914.1;locus_tag=BQ2027_RS07325;product=ribbon-helix-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003407272.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1575566 1576525 . - . ID=gene-BQ2027_RS07330;Name=nlhH;gbkey=Gene;gene=nlhH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07330;old_locus_tag=BQ2027_MB1434C +Chromosome Protein Homology CDS 1575566 1576525 . - 0 ID=cds-WP_003407276.1;Parent=gene-BQ2027_RS07330;Dbxref=GenBank:WP_003407276.1;Name=WP_003407276.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=nlhH;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215915.1;locus_tag=BQ2027_RS07330;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003407276.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1576550 1577512 . - . ID=gene-BQ2027_RS07335;Name=lipI;gbkey=Gene;gene=lipI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07335;old_locus_tag=BQ2027_MB1435C +Chromosome Protein Homology CDS 1576550 1577512 . - 0 ID=cds-WP_003407279.1;Parent=gene-BQ2027_RS07335;Dbxref=GenBank:WP_003407279.1;Name=WP_003407279.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipI;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215916.1;locus_tag=BQ2027_RS07335;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003407279.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1577463 1578248 . + . ID=gene-BQ2027_RS07340;Name=BQ2027_RS07340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07340;old_locus_tag=BQ2027_MB1436 +Chromosome Protein Homology CDS 1577463 1578248 . + 0 ID=cds-WP_003898862.1;Parent=gene-BQ2027_RS07340;Dbxref=GenBank:WP_003898862.1;Name=WP_003898862.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898862.1;locus_tag=BQ2027_RS07340;product=lysoplasmalogenase;protein_id=WP_003898862.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1578329 1580296 . + . ID=gene-BQ2027_RS07345;Name=priA;gbkey=Gene;gene=priA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07345;old_locus_tag=BQ2027_MB1437 +Chromosome Protein Homology CDS 1578329 1580296 . + 0 ID=cds-WP_003407285.1;Parent=gene-BQ2027_RS07345;Dbxref=GenBank:WP_003407285.1;Name=WP_003407285.1;gbkey=CDS;gene=priA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013829229.1;locus_tag=BQ2027_RS07345;product=primosomal protein N';protein_id=WP_003407285.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1580314 1581138 . - . ID=gene-BQ2027_RS07350;Name=BQ2027_RS07350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07350;old_locus_tag=BQ2027_MB1438C +Chromosome Protein Homology CDS 1580314 1581138 . - 0 ID=cds-WP_003407292.1;Parent=gene-BQ2027_RS07350;Dbxref=GenBank:WP_003407292.1;Name=WP_003407292.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215919.1;locus_tag=BQ2027_RS07350;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003407292.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1581307 1581789 . + . ID=gene-BQ2027_RS07355;Name=BQ2027_RS07355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07355;old_locus_tag=BQ2027_MB1439 +Chromosome Protein Homology CDS 1581307 1581789 . + 0 ID=cds-WP_003407295.1;Parent=gene-BQ2027_RS07355;Dbxref=GenBank:WP_003407295.1;Name=WP_003407295.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215920.1;locus_tag=BQ2027_RS07355;product=MarR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003407295.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1581861 1582685 . - . ID=gene-BQ2027_RS07360;Name=BQ2027_RS07360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07360;old_locus_tag=BQ2027_MB1440C +Chromosome Protein Homology CDS 1581861 1582685 . - 0 ID=cds-WP_003407297.1;Parent=gene-BQ2027_RS07360;Dbxref=GenBank:WP_003407297.1;Name=WP_003407297.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215921.1;locus_tag=BQ2027_RS07360;product=virulence-associated methyltransferase;protein_id=WP_003407297.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1582882 1583820 . + . ID=gene-BQ2027_RS07365;Name=fmt;gbkey=Gene;gene=fmt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07365;old_locus_tag=BQ2027_MB1441 +Chromosome Protein Homology CDS 1582882 1583820 . + 0 ID=cds-WP_003900336.1;Parent=gene-BQ2027_RS07365;Dbxref=GenBank:WP_003900336.1;Name=WP_003900336.1;Ontology_term=GO:0071951,GO:0004479,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=fmt;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=methionyl-tRNA formyltransferase activity|0004479||IEA;go_process=conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA|0071951||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215922.1;locus_tag=BQ2027_RS07365;product=methionyl-tRNA formyltransferase;protein_id=WP_003900336.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1583817 1585190 . + . ID=gene-BQ2027_RS07370;Name=fmu;gbkey=Gene;gene=fmu;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07370;old_locus_tag=BQ2027_MB1442 +Chromosome Protein Homology CDS 1583817 1585190 . + 0 ID=cds-WP_003407303.1;Parent=gene-BQ2027_RS07370;Dbxref=GenBank:WP_003407303.1;Name=WP_003407303.1;gbkey=CDS;gene=fmu;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215923.1;locus_tag=BQ2027_RS07370;product=16S rRNA m5C967 methyltransferase;protein_id=WP_003407303.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1585215 1585913 . + . ID=gene-BQ2027_RS07375;Name=rpe;gbkey=Gene;gene=rpe;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07375;old_locus_tag=BQ2027_MB1443 +Chromosome Protein Homology CDS 1585215 1585913 . + 0 ID=cds-WP_003901153.1;Parent=gene-BQ2027_RS07375;Dbxref=GenBank:WP_003901153.1;Name=WP_003901153.1;Ontology_term=GO:0006098,GO:0004750;gbkey=CDS;gene=rpe;go_function=D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity|0004750||IEA;go_process=pentose-phosphate shunt|0006098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215924.1;locus_tag=BQ2027_RS07375;product=ribulose-phosphate 3-epimerase;protein_id=WP_003901153.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1585910 1586929 . + . ID=gene-BQ2027_RS07380;Name=ribD;gbkey=Gene;gene=ribD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07380;old_locus_tag=BQ2027_MB1444 +Chromosome Protein Homology CDS 1585910 1586929 . + 0 ID=cds-WP_003407308.1;Parent=gene-BQ2027_RS07380;Dbxref=GenBank:WP_003407308.1;Name=WP_003407308.1;Ontology_term=GO:0008703,GO:0008835;gbkey=CDS;gene=ribD;go_function=5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity|0008703||IEA,diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity|0008835||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215925.1;locus_tag=BQ2027_RS07380;product=bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD;protein_id=WP_003407308.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1586926 1588482 . - . ID=gene-BQ2027_RS07385;Name=BQ2027_RS07385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07385;old_locus_tag=BQ2027_MB1445C +Chromosome Protein Homology CDS 1586926 1588482 . - 0 ID=cds-WP_003407310.1;Parent=gene-BQ2027_RS07385;Dbxref=GenBank:WP_003407310.1;Name=WP_003407310.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215926.1;locus_tag=BQ2027_RS07385;product=aminoglycoside/tetracycline transporter;protein_id=WP_003407310.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1588488 1589198 . - . ID=gene-BQ2027_RS07390;Name=lprG;gbkey=Gene;gene=lprG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07390;old_locus_tag=BQ2027_MB1446C +Chromosome Protein Homology CDS 1588488 1589198 . - 0 ID=cds-WP_003407315.1;Parent=gene-BQ2027_RS07390;Dbxref=GenBank:WP_003407315.1;Name=WP_003407315.1;gbkey=CDS;gene=lprG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215927.1;locus_tag=BQ2027_RS07390;product=lipoarabinomannan carrier protein LprG;protein_id=WP_003407315.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1589283 1589888 . + . ID=gene-BQ2027_RS07395;Name=ribC;gbkey=Gene;gene=ribC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07395;old_locus_tag=BQ2027_MB1447 +Chromosome Protein Homology CDS 1589283 1589888 . + 0 ID=cds-WP_003407318.1;Parent=gene-BQ2027_RS07395;Dbxref=GenBank:WP_003407318.1;Name=WP_003407318.1;gbkey=CDS;gene=ribC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215928.1;locus_tag=BQ2027_RS07395;product=riboflavin synthase;protein_id=WP_003407318.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1589915 1591008 . + . ID=gene-BQ2027_RS07400;Name=BQ2027_RS07400;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07400;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1589915 1591008 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07400;Parent=gene-BQ2027_RS07400;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015292928.1;locus_tag=BQ2027_RS07400;product=alanine racemase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1591113 1592390 . + . ID=gene-BQ2027_RS07405;Name=BQ2027_RS07405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07405;old_locus_tag=BQ2027_MB1450 +Chromosome Protein Homology CDS 1591113 1592390 . + 0 ID=cds-WP_003407334.1;Parent=gene-BQ2027_RS07405;Dbxref=GenBank:WP_003407334.1;Name=WP_003407334.1;Ontology_term=GO:0003935,GO:0008686;gbkey=CDS;go_function=GTP cyclohydrolase II activity|0003935||IEA,3%2C4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity|0008686||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215931.1;locus_tag=BQ2027_RS07405;product=bifunctional 3%2C4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;protein_id=WP_003407334.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1592387 1592869 . + . ID=gene-BQ2027_RS07410;Name=ribH;gbkey=Gene;gene=ribH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07410;old_locus_tag=BQ2027_MB1451 +Chromosome Protein Homology CDS 1592387 1592869 . + 0 ID=cds-WP_003898872.1;Parent=gene-BQ2027_RS07410;Dbxref=GenBank:WP_003898872.1;Name=WP_003898872.1;Ontology_term=GO:0000906,GO:0009349;gbkey=CDS;gene=ribH;go_component=riboflavin synthase complex|0009349||IEA;go_function=6%2C7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity|0000906||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215932.2;locus_tag=BQ2027_RS07410;product=6%2C7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase;protein_id=WP_003898872.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1592866 1593330 . + . ID=gene-BQ2027_RS07415;Name=BQ2027_RS07415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07415;old_locus_tag=BQ2027_MB1452 +Chromosome Protein Homology CDS 1592866 1593330 . + 0 ID=cds-WP_003407340.1;Parent=gene-BQ2027_RS07415;Dbxref=GenBank:WP_003407340.1;Name=WP_003407340.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215933.1;locus_tag=BQ2027_RS07415;product=PH domain-containing protein;protein_id=WP_003407340.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1593355 1594041 . + . ID=gene-BQ2027_RS07420;Name=BQ2027_RS07420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07420;old_locus_tag=BQ2027_MB1453 +Chromosome Protein Homology CDS 1593355 1594041 . + 0 ID=cds-WP_003407343.1;Parent=gene-BQ2027_RS07420;Dbxref=GenBank:WP_003407343.1;Name=WP_003407343.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215934.1;locus_tag=BQ2027_RS07420;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003407343.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1594221 1594694 . + . ID=gene-BQ2027_RS07425;Name=BQ2027_RS07425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07425;old_locus_tag=BQ2027_MB1454 +Chromosome Protein Homology CDS 1594221 1594694 . + 0 ID=cds-WP_003407345.1;Parent=gene-BQ2027_RS07425;Dbxref=GenBank:WP_003407345.1;Name=WP_003407345.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215935.1;locus_tag=BQ2027_RS07425;product=lectin;protein_id=WP_003407345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1594758 1596698 . + . ID=gene-BQ2027_RS07430;Name=uvrC;gbkey=Gene;gene=uvrC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07430;old_locus_tag=BQ2027_MB1455 +Chromosome Protein Homology CDS 1594758 1596698 . + 0 ID=cds-WP_003407347.1;Parent=gene-BQ2027_RS07430;Dbxref=GenBank:WP_003407347.1;Name=WP_003407347.1;Ontology_term=GO:0006289,GO:0003677,GO:0005515,GO:0009381,GO:0009380;gbkey=CDS;gene=uvrC;go_component=excinuclease repair complex|0009380||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,protein binding|0005515||IEA,excinuclease ABC activity|0009381||IEA;go_process=nucleotide-excision repair|0006289||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215936.1;locus_tag=BQ2027_RS07430;product=excinuclease ABC subunit UvrC;protein_id=WP_003407347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1596695 1597600 . + . ID=gene-BQ2027_RS07435;Name=rapZ;gbkey=Gene;gene=rapZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07435;old_locus_tag=BQ2027_MB1456 +Chromosome Protein Homology CDS 1596695 1597600 . + 0 ID=cds-WP_003898873.1;Parent=gene-BQ2027_RS07435;Dbxref=GenBank:WP_003898873.1;Name=WP_003898873.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;gene=rapZ;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215937.1;locus_tag=BQ2027_RS07435;product=RNase adapter RapZ;protein_id=WP_003898873.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1597597 1598625 . + . ID=gene-BQ2027_RS07440;Name=cuvA;gbkey=Gene;gene=cuvA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07440;old_locus_tag=BQ2027_MB1457 +Chromosome Protein Homology CDS 1597597 1598625 . + 0 ID=cds-WP_010950542.1;Parent=gene-BQ2027_RS07440;Dbxref=GenBank:WP_010950542.1;Name=WP_010950542.1;gbkey=CDS;gene=cuvA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215938.1;locus_tag=BQ2027_RS07440;product=carbon utilization/virulence protein CuvA;protein_id=WP_010950542.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1598622 1599599 . + . ID=gene-BQ2027_RS07445;Name=whiA;gbkey=Gene;gene=whiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07445;old_locus_tag=BQ2027_MB1458 +Chromosome Protein Homology CDS 1598622 1599599 . + 0 ID=cds-WP_003901156.1;Parent=gene-BQ2027_RS07445;Dbxref=GenBank:WP_003901156.1;Name=WP_003901156.1;Ontology_term=GO:0043937,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=whiA;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of sporulation|0043937||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215939.1;locus_tag=BQ2027_RS07445;product=DNA-binding protein WhiA;protein_id=WP_003901156.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1599609 1600370 . - . ID=gene-BQ2027_RS07450;Name=BQ2027_RS07450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07450;old_locus_tag=BQ2027_MB1459C +Chromosome Protein Homology CDS 1599609 1600370 . - 0 ID=cds-WP_003407359.1;Parent=gene-BQ2027_RS07450;Dbxref=GenBank:WP_003407359.1;Name=WP_003407359.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215940.1;locus_tag=BQ2027_RS07450;product=membrane protein;protein_id=WP_003407359.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1600374 1601753 . + . ID=gene-BQ2027_RS07455;Name=BQ2027_RS07455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07455;old_locus_tag=BQ2027_MB1460 +Chromosome Protein Homology CDS 1600374 1601753 . + 0 ID=cds-WP_003407366.1;Parent=gene-BQ2027_RS07455;Dbxref=GenBank:WP_003407366.1;Name=WP_003407366.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215941.1;locus_tag=BQ2027_RS07455;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003407366.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1601775 1603037 . - . ID=gene-BQ2027_RS07460;Name=lipO;gbkey=Gene;gene=lipO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07460;old_locus_tag=BQ2027_MB1461C +Chromosome Protein Homology CDS 1601775 1603037 . - 0 ID=cds-WP_003407371.1;Parent=gene-BQ2027_RS07460;Dbxref=GenBank:WP_003407371.1;Name=WP_003407371.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipO;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215942.1;locus_tag=BQ2027_RS07460;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003407371.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1603037 1604644 . - . ID=gene-BQ2027_RS07465;Name=fadD12;gbkey=Gene;gene=fadD12;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07465;old_locus_tag=BQ2027_MB1462C +Chromosome Protein Homology CDS 1603037 1604644 . - 0 ID=cds-WP_003898876.1;Parent=gene-BQ2027_RS07465;Dbxref=GenBank:WP_003898876.1;Name=WP_003898876.1;gbkey=CDS;gene=fadD12;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215943.1;locus_tag=BQ2027_RS07465;product=acyl-CoA ligase FadD12;protein_id=WP_003898876.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1604648 1605475 . - . ID=gene-BQ2027_RS07470;Name=BQ2027_RS07470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07470;old_locus_tag=BQ2027_MB1463C +Chromosome Protein Homology CDS 1604648 1605475 . - 0 ID=cds-WP_003407374.1;Parent=gene-BQ2027_RS07470;Dbxref=GenBank:WP_003407374.1;Name=WP_003407374.1;Ontology_term=GO:0006644,GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid metabolic process|0006644||IEA,phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215944.1;locus_tag=BQ2027_RS07470;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003407374.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1605594 1606862 . + . ID=gene-BQ2027_RS07475;Name=BQ2027_RS07475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07475;old_locus_tag=BQ2027_MB1464 +Chromosome Protein Homology CDS 1605594 1606862 . + 0 ID=cds-WP_003407376.1;Parent=gene-BQ2027_RS07475;Dbxref=GenBank:WP_003407376.1;Name=WP_003407376.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215945.1;locus_tag=BQ2027_RS07475;product=PucR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003407376.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1607102 1608688 . + . ID=gene-BQ2027_RS07480;Name=BQ2027_RS07480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07480;old_locus_tag=BQ2027_MB1465 +Chromosome Protein Homology CDS 1607102 1608688 . + 0 ID=cds-WP_003407378.1;Parent=gene-BQ2027_RS07480;Dbxref=GenBank:WP_003407378.1;Name=WP_003407378.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177810.1;locus_tag=BQ2027_RS07480;product=esterase PE16;protein_id=WP_003407378.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1608799 1610568 . + . ID=gene-BQ2027_RS07485;Name=BQ2027_RS07485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07485;old_locus_tag=BQ2027_MB1466 +Chromosome Protein Homology CDS 1608799 1610568 . + 0 ID=cds-WP_003407380.1;Parent=gene-BQ2027_RS07485;Dbxref=GenBank:WP_003407380.1;Name=WP_003407380.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215947.1;locus_tag=BQ2027_RS07485;product=DUF3556 domain-containing protein;protein_id=WP_003407380.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1610565 1611986 . + . ID=gene-BQ2027_RS07490;Name=BQ2027_RS07490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07490;old_locus_tag=BQ2027_MB1467 +Chromosome Protein Homology CDS 1610565 1611986 . + 0 ID=cds-WP_003407382.1;Parent=gene-BQ2027_RS07490;Dbxref=GenBank:WP_003407382.1;Name=WP_003407382.1;Ontology_term=GO:0016116,GO:0016117,GO:0009055,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=carotenoid metabolic process|0016116||IEA,carotenoid biosynthetic process|0016117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215948.1;locus_tag=BQ2027_RS07490;product=phytoene desaturase family protein;protein_id=WP_003407382.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1612150 1612965 . + . ID=gene-BQ2027_RS07495;Name=ldtMt3;gbkey=Gene;gene=ldtMt3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07495;old_locus_tag=BQ2027_MB1468 +Chromosome Protein Homology CDS 1612150 1612965 . + 0 ID=cds-WP_003407384.1;Parent=gene-BQ2027_RS07495;Dbxref=GenBank:WP_003407384.1;Name=WP_003407384.1;gbkey=CDS;gene=ldtMt3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215949.1;locus_tag=BQ2027_RS07495;product=L%2CD-transpeptidase LdtMt3;protein_id=WP_003407384.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1612972 1613109 . + . ID=gene-BQ2027_RS07500;Name=BQ2027_RS07500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07500;old_locus_tag=BQ2027_MB1469 +Chromosome Protein Homology CDS 1612972 1613109 . + 0 ID=cds-WP_003908693.1;Parent=gene-BQ2027_RS07500;Dbxref=GenBank:WP_003908693.1;Name=WP_003908693.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215950.1;locus_tag=BQ2027_RS07500;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908693.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1613058 1613687 . - . ID=gene-BQ2027_RS07505;Name=BQ2027_RS07505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07505;old_locus_tag=BQ2027_MB1470C +Chromosome Protein Homology CDS 1613058 1613687 . - 0 ID=cds-WP_010950543.1;Parent=gene-BQ2027_RS07505;Dbxref=GenBank:WP_010950543.1;Name=WP_010950543.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215951.1;locus_tag=BQ2027_RS07505;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950543.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1614044 1615063 . + . ID=gene-BQ2027_RS07510;Name=gap;gbkey=Gene;gene=gap;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07510;old_locus_tag=BQ2027_MB1471 +Chromosome Protein Homology CDS 1614044 1615063 . + 0 ID=cds-WP_003407390.1;Parent=gene-BQ2027_RS07510;Dbxref=GenBank:WP_003407390.1;Name=WP_003407390.1;Ontology_term=GO:0006006,GO:0016620,GO:0050661,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=gap;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the aldehyde or oxo group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016620||IEA,NADP binding|0050661||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=glucose metabolic process|0006006||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215952.1;locus_tag=BQ2027_RS07510;product=type I glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase;protein_id=WP_003407390.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1615066 1616304 . + . ID=gene-BQ2027_RS07515;Name=pgk;gbkey=Gene;gene=pgk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07515;old_locus_tag=BQ2027_MB1472 +Chromosome Protein Homology CDS 1615066 1616304 . + 0 ID=cds-WP_003900339.1;Parent=gene-BQ2027_RS07515;Dbxref=GenBank:WP_003900339.1;Name=WP_003900339.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0004618,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=pgk;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=phosphoglycerate kinase activity|0004618||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215953.1;locus_tag=BQ2027_RS07515;product=phosphoglycerate kinase;protein_id=WP_003900339.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1616301 1617086 . + . ID=gene-BQ2027_RS07520;Name=tpiA;gbkey=Gene;gene=tpiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07520;old_locus_tag=BQ2027_MB1473 +Chromosome Protein Homology CDS 1616301 1617086 . + 0 ID=cds-WP_003407398.1;Parent=gene-BQ2027_RS07520;Dbxref=GenBank:WP_003407398.1;Name=WP_003407398.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0004807;gbkey=CDS;gene=tpiA;go_function=triose-phosphate isomerase activity|0004807||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215954.1;locus_tag=BQ2027_RS07520;product=triose-phosphate isomerase;protein_id=WP_003407398.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1617102 1617329 . - . ID=gene-BQ2027_RS07525;Name=BQ2027_RS07525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07525 +Chromosome Protein Homology CDS 1617102 1617329 . - 0 ID=cds-WP_003407402.1;Parent=gene-BQ2027_RS07525;Dbxref=GenBank:WP_003407402.1;Name=WP_003407402.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003407402.1;locus_tag=BQ2027_RS07525;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003407402.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1617305 1617436 . - . ID=gene-BQ2027_RS20770;Name=BQ2027_RS20770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20770 +Chromosome Protein Homology CDS 1617305 1617436 . - 0 ID=cds-WP_349875721.1;Parent=gene-BQ2027_RS20770;Dbxref=GenBank:WP_349875721.1;Name=WP_349875721.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF044451.3;locus_tag=BQ2027_RS20770;product=hypothetical protein;protein_id=WP_349875721.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1617520 1617690 . - . ID=gene-BQ2027_RS20775;Name=BQ2027_RS20775;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20775;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1617520 +Chromosome Protein Homology CDS 1617520 1617690 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20775;Parent=gene-BQ2027_RS20775;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012655.6;locus_tag=BQ2027_RS20775;partial=true;product=TetR family transcriptional regulator;pseudo=true;start_range=.,1617520;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1617698 1618123 . - . ID=gene-BQ2027_RS07535;Name=BQ2027_RS07535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07535;old_locus_tag=BQ2027_MB1474C +Chromosome Protein Homology CDS 1617698 1618123 . - 0 ID=cds-WP_003407404.1;Parent=gene-BQ2027_RS07535;Dbxref=GenBank:WP_003407404.1;Name=WP_003407404.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215955.1;locus_tag=BQ2027_RS07535;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003407404.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1618574 1618807 . + . ID=gene-BQ2027_RS07540;Name=secG;gbkey=Gene;gene=secG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07540;old_locus_tag=BQ2027_MB1475 +Chromosome Protein Homology CDS 1618574 1618807 . + 0 ID=cds-WP_003407407.1;Parent=gene-BQ2027_RS07540;Dbxref=GenBank:WP_003407407.1;Name=WP_003407407.1;Ontology_term=GO:0015739,GO:0015136,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=secG;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=sialic acid transmembrane transporter activity|0015136||IEA;go_process=sialic acid transport|0015739||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215956.2;locus_tag=BQ2027_RS07540;product=preprotein translocase subunit SecG;protein_id=WP_003407407.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1618946 1620421 . - . ID=gene-BQ2027_RS07545;Name=BQ2027_RS07545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07545;old_locus_tag=BQ2027_MB1476C +Chromosome Protein Homology CDS 1618946 1620421 . - 0 ID=cds-WP_010950544.1;Parent=gene-BQ2027_RS07545;Dbxref=GenBank:WP_010950544.1;Name=WP_010950544.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177811.1;locus_tag=BQ2027_RS07545;product=PE family protein;protein_id=WP_010950544.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1620528 1622828 . + . ID=gene-BQ2027_RS07550;Name=bisC;gbkey=Gene;gene=bisC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07550;old_locus_tag=BQ2027_MB1477 +Chromosome Protein Homology CDS 1620528 1622828 . + 0 ID=cds-WP_003407419.1;Parent=gene-BQ2027_RS07550;Dbxref=GenBank:WP_003407419.1;Name=WP_003407419.1;gbkey=CDS;gene=bisC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215958.1;locus_tag=BQ2027_RS07550;product=molybdopterin guanine dinucleotide-containing S/N-oxide reductase;protein_id=WP_003407419.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1622944 1623408 . - . ID=gene-BQ2027_RS07555;Name=BQ2027_RS07555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07555;old_locus_tag=BQ2027_MB1478C +Chromosome Protein Homology CDS 1622944 1623408 . - 0 ID=cds-WP_014584749.1;Parent=gene-BQ2027_RS07555;Dbxref=GenBank:WP_014584749.1;Name=WP_014584749.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014584749.1;locus_tag=BQ2027_RS07555;product=hypothetical protein;protein_id=WP_014584749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1623505 1623744 . + . ID=gene-BQ2027_RS20780;Name=BQ2027_RS20780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20780 +Chromosome Protein Homology CDS 1623505 1623744 . + 0 ID=cds-WP_003407426.1;Parent=gene-BQ2027_RS20780;Dbxref=GenBank:WP_003407426.1;Name=WP_003407426.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015456255.1;locus_tag=BQ2027_RS20780;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003407426.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1624043 1624453 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07585;Name=tal;gbkey=Gene;gene=tal;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07585;old_locus_tag=BQ2027_MB1483C +Chromosome Protein Homology CDS 1627715 1628836 . - 0 ID=cds-WP_003407447.1;Parent=gene-BQ2027_RS07585;Dbxref=GenBank:WP_003407447.1;Name=WP_003407447.1;Ontology_term=GO:0006098,GO:0004801,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=tal;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=transaldolase activity|0004801||IEA;go_process=pentose-phosphate shunt|0006098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215964.1;locus_tag=BQ2027_RS07585;product=transaldolase;protein_id=WP_003407447.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1628853 1630955 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS07595;Name=BQ2027_RS07595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07595;old_locus_tag=BQ2027_MB1485C +Chromosome Protein Homology CDS 1631394 1635620 . - 0 ID=cds-WP_010950545.1;Parent=gene-BQ2027_RS07595;Dbxref=GenBank:WP_010950545.1;Name=WP_010950545.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011799183.1;locus_tag=BQ2027_RS07595;product=PE family protein;protein_id=WP_010950545.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1636022 1636948 . + . ID=gene-BQ2027_RS07600;Name=ctaB;gbkey=Gene;gene=ctaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07600;old_locus_tag=BQ2027_MB1486 +Chromosome Protein Homology CDS 1636022 1636948 . + 0 ID=cds-WP_003422137.1;Parent=gene-BQ2027_RS07600;Dbxref=GenBank:WP_003422137.1;Name=WP_003422137.1;Ontology_term=GO:0048034,GO:0008495,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ctaB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=protoheme IX farnesyltransferase activity|0008495||IEA;go_process=heme O biosynthetic process|0048034||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215967.1;locus_tag=BQ2027_RS07600;product=heme o synthase;protein_id=WP_003422137.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1636997 1639384 . - . ID=gene-BQ2027_RS07605;Name=BQ2027_RS07605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07605;old_locus_tag=BQ2027_MB1487C +Chromosome Protein Homology CDS 1636997 1639384 . - 0 ID=cds-WP_010950546.1;Parent=gene-BQ2027_RS07605;Dbxref=GenBank:WP_010950546.1;Name=WP_010950546.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950546.1;locus_tag=BQ2027_RS07605;product=PE family protein;protein_id=WP_010950546.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1639536 1640801 . + . ID=gene-BQ2027_RS07610;Name=BQ2027_RS07610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07610;old_locus_tag=BQ2027_MB1488 +Chromosome Protein Homology CDS 1639536 1640801 . + 0 ID=cds-WP_003904629.1;Parent=gene-BQ2027_RS07610;Dbxref=GenBank:WP_003904629.1;Name=WP_003904629.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215969.2;locus_tag=BQ2027_RS07610;product=Rv1453 family transcriptional regulator;protein_id=WP_003904629.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1640829 1641815 . - . ID=gene-BQ2027_RS07615;Name=qor;gbkey=Gene;gene=qor;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07615;old_locus_tag=BQ2027_MB1489C +Chromosome Protein Homology CDS 1640829 1641815 . - 0 ID=cds-WP_003407462.1;Parent=gene-BQ2027_RS07615;Dbxref=GenBank:WP_003407462.1;Name=WP_003407462.1;Ontology_term=GO:0003960,GO:0070402;gbkey=CDS;gene=qor;go_function=NADPH:quinone reductase activity|0003960||IEA,NADPH binding|0070402||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215970.1;locus_tag=BQ2027_RS07615;product=quinone oxidoreductase family protein;protein_id=WP_003407462.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1641835 1642698 . + . ID=gene-BQ2027_RS07620;Name=BQ2027_RS07620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07620;old_locus_tag=BQ2027_MB1490 +Chromosome Protein Homology CDS 1641835 1642698 . + 0 ID=cds-WP_003900341.1;Parent=gene-BQ2027_RS07620;Dbxref=GenBank:WP_003900341.1;Name=WP_003900341.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215971.1;locus_tag=BQ2027_RS07620;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900341.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1642648 1643580 . - . ID=gene-BQ2027_RS07625;Name=BQ2027_RS07625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07625;old_locus_tag=BQ2027_MB1491C +Chromosome Protein Homology CDS 1642648 1643580 . - 0 ID=cds-WP_003407466.1;Parent=gene-BQ2027_RS07625;Dbxref=GenBank:WP_003407466.1;Name=WP_003407466.1;Ontology_term=GO:0006783,GO:0017004,GO:0016491,GO:0020037,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,heme binding|0020037||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=heme biosynthetic process|0006783||IEA,cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215972.1;locus_tag=BQ2027_RS07625;product=COX15/CtaA family protein;protein_id=WP_003407466.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1643692 1644477 . - . ID=gene-BQ2027_RS07630;Name=BQ2027_RS07630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07630;old_locus_tag=BQ2027_MB1492C +Chromosome Protein Homology CDS 1643692 1644477 . - 0 ID=cds-WP_003407475.1;Parent=gene-BQ2027_RS07630;Dbxref=GenBank:WP_003407475.1;Name=WP_003407475.1;Ontology_term=GO:0140359,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215973.1;locus_tag=BQ2027_RS07630;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003407475.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1644474 1645415 . - . ID=gene-BQ2027_RS07635;Name=BQ2027_RS07635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07635;old_locus_tag=BQ2027_MB1493C +Chromosome Protein Homology CDS 1644474 1645415 . - 0 ID=cds-WP_003407477.1;Parent=gene-BQ2027_RS07635;Dbxref=GenBank:WP_003407477.1;Name=WP_003407477.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215974.1;locus_tag=BQ2027_RS07635;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003407477.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1645518 1647293 . - . ID=gene-BQ2027_RS07640;Name=mptB;gbkey=Gene;gene=mptB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07640;old_locus_tag=BQ2027_MB1494C +Chromosome Protein Homology CDS 1645518 1647293 . - 0 ID=cds-WP_003407479.1;Parent=gene-BQ2027_RS07640;Dbxref=GenBank:WP_003407479.1;Name=WP_003407479.1;gbkey=CDS;gene=mptB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215975.1;locus_tag=BQ2027_RS07640;product=polyprenol phosphomannose-dependent alpha 1%2C6 mannosyltransferase MptB;protein_id=WP_003407479.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1647341 1648147 . + . ID=gene-BQ2027_RS07645;Name=sufR;gbkey=Gene;gene=sufR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07645;old_locus_tag=BQ2027_MB1495 +Chromosome Protein Homology CDS 1647341 1648147 . + 0 ID=cds-WP_003407481.1;Parent=gene-BQ2027_RS07645;Dbxref=GenBank:WP_003407481.1;Name=WP_003407481.1;gbkey=CDS;gene=sufR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215976.2;locus_tag=BQ2027_RS07645;product=suf operon transcriptional regulator SufR;protein_id=WP_003407481.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1648144 1650684 . + . ID=gene-BQ2027_RS07650;Name=sufB;gbkey=Gene;gene=sufB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07650;old_locus_tag=BQ2027_MB1496 +Chromosome Protein Homology CDS 1648144 1650684 . + 0 ID=cds-WP_003407484.1;Parent=gene-BQ2027_RS07650;Dbxref=GenBank:WP_003407484.1;Name=WP_003407484.1;gbkey=CDS;gene=sufB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215977.1;locus_tag=BQ2027_RS07650;product=intein-containing Fe-S cluster assembly protein SufB;protein_id=WP_003407484.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1650681 1651874 . + . ID=gene-BQ2027_RS07655;Name=sufD;gbkey=Gene;gene=sufD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07655;old_locus_tag=BQ2027_MB1497 +Chromosome Protein Homology CDS 1650681 1651874 . + 0 ID=cds-WP_003407487.1;Parent=gene-BQ2027_RS07655;Dbxref=GenBank:WP_003407487.1;Name=WP_003407487.1;Ontology_term=GO:0016226;gbkey=CDS;gene=sufD;go_process=iron-sulfur cluster assembly|0016226||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215978.1;locus_tag=BQ2027_RS07655;product=Fe-S cluster assembly protein SufD;protein_id=WP_003407487.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1651871 1652671 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07665;Name=csd;gbkey=Gene;gene=csd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07665;old_locus_tag=BQ2027_MB1499 +Chromosome Protein Homology CDS 1652673 1653926 . + 0 ID=cds-WP_003407490.1;Parent=gene-BQ2027_RS07665;Dbxref=GenBank:WP_003407490.1;Name=WP_003407490.1;Ontology_term=GO:0006534,GO:0030170,GO:0031071;gbkey=CDS;gene=csd;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,cysteine desulfurase activity|0031071||IEA;go_process=cysteine metabolic process|0006534||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215980.1;locus_tag=BQ2027_RS07665;product=cysteine desulfurase;protein_id=WP_003407490.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1653923 1654411 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07705;Name=BQ2027_RS07705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07705;old_locus_tag=BQ2027_MB1507 +Chromosome Protein Homology CDS 1660918 1661775 . + 0 ID=cds-WP_003407504.1;Parent=gene-BQ2027_RS07705;Dbxref=GenBank:WP_003407504.1;Name=WP_003407504.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215988.1;locus_tag=BQ2027_RS07705;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003407504.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1661811 1663439 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07730;Name=BQ2027_RS07730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07730;old_locus_tag=BQ2027_MB1512 +Chromosome Protein Homology CDS 1667359 1667919 . + 0 ID=cds-WP_003407520.1;Parent=gene-BQ2027_RS07730;Dbxref=GenBank:WP_003407520.1;Name=WP_003407520.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215992.1;locus_tag=BQ2027_RS07730;product=Rv1476 family membrane protein;protein_id=WP_003407520.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1668145 1669563 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07750;Name=BQ2027_RS07750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07750;old_locus_tag=BQ2027_MB1516 +Chromosome Protein Homology CDS 1671568 1672521 . + 0 ID=cds-WP_003407529.1;Parent=gene-BQ2027_RS07750;Dbxref=GenBank:WP_003407529.1;Name=WP_003407529.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215996.1;locus_tag=BQ2027_RS07750;product=DUF58 domain-containing protein;protein_id=WP_003407529.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1672532 1673539 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07765;Name=fabG1;gbkey=Gene;gene=fabG1;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=mabA;locus_tag=BQ2027_RS07765;old_locus_tag=BQ2027_MB1519 +Chromosome Protein Homology CDS 1674595 1675338 . + 0 ID=cds-WP_003898892.1;Parent=gene-BQ2027_RS07765;Dbxref=GenBank:WP_003898892.1;Name=WP_003898892.1;gbkey=CDS;gene=fabG1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215999.1;locus_tag=BQ2027_RS07765;product=3-oxoacyl-ACP reductase FabG1;protein_id=WP_003898892.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1675357 1676166 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS07785;Name=BQ2027_RS07785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07785;old_locus_tag=BQ2027_MB1523 +Chromosome Protein Homology CDS 1678096 1678530 . + 0 ID=cds-WP_003407562.1;Parent=gene-BQ2027_RS07785;Dbxref=GenBank:WP_003407562.1;Name=WP_003407562.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216003.1;locus_tag=BQ2027_RS07785;product=NfeD family protein;protein_id=WP_003407562.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1678552 1679697 . + . ID=gene-BQ2027_RS07790;Name=BQ2027_RS07790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07790;old_locus_tag=BQ2027_MB1524 +Chromosome Protein Homology CDS 1678552 1679697 . + 0 ID=cds-WP_003407571.1;Parent=gene-BQ2027_RS07790;Dbxref=GenBank:WP_003407571.1;Name=WP_003407571.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216004.1;locus_tag=BQ2027_RS07790;product=SPFH domain-containing protein;protein_id=WP_003407571.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1679707 1680063 . + . ID=gene-BQ2027_RS07795;Name=BQ2027_RS07795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07795;old_locus_tag=BQ2027_MB1525 +Chromosome Protein Homology CDS 1679707 1680063 . + 0 ID=cds-WP_003900347.1;Parent=gene-BQ2027_RS07795;Dbxref=GenBank:WP_003900347.1;Name=WP_003900347.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177645.1;locus_tag=BQ2027_RS07795;product=DoxX family protein;protein_id=WP_003900347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1680109 1680288 . + . ID=gene-BQ2027_RS07800;Name=BQ2027_RS07800;end_range=1680288,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07800;old_locus_tag=BQ2027_MB1526;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1680109 +Chromosome Protein Homology CDS 1680109 1680288 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07800;Parent=gene-BQ2027_RS07800;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=1680288,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003903477.1;locus_tag=BQ2027_RS07800;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,1680109;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1680477 1681784 . + . ID=gene-BQ2027_RS07805;Name=BQ2027_RS07805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07805;old_locus_tag=BQ2027_MB1527 +Chromosome Protein Homology CDS 1680477 1681784 . + 0 ID=cds-WP_003898896.1;Parent=gene-BQ2027_RS07805;Dbxref=GenBank:WP_003898896.1;Name=WP_003898896.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216006.1;locus_tag=BQ2027_RS07805;product=membrane protein;protein_id=WP_003898896.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1681825 1682016 . + . ID=gene-BQ2027_RS20980;Name=BQ2027_RS20980;end_range=1682016,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20980;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1681825 +Chromosome Protein Homology CDS 1681825 1682016 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20980;Parent=gene-BQ2027_RS20980;Note=internal stop%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=1682016,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015289458.1;locus_tag=BQ2027_RS20980;partial=true;product=transposase;pseudo=true;start_range=.,1681825;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1682363 1683121 . - . ID=gene-BQ2027_RS07810;Name=BQ2027_RS07810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07810;old_locus_tag=BQ2027_MB1528C +Chromosome Protein Homology CDS 1682363 1683121 . - 0 ID=cds-WP_003407583.1;Parent=gene-BQ2027_RS07810;Dbxref=GenBank:WP_003407583.1;Name=WP_003407583.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216007.1;locus_tag=BQ2027_RS07810;product=TVP38/TMEM64 family protein;protein_id=WP_003407583.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1683312 1685159 . + . ID=gene-BQ2027_RS07815;Name=mutA;gbkey=Gene;gene=mutA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07815;old_locus_tag=BQ2027_MB1529 +Chromosome Protein Homology CDS 1683312 1685159 . + 0 ID=cds-WP_003407585.1;Parent=gene-BQ2027_RS07815;Dbxref=GenBank:WP_003407585.1;Name=WP_003407585.1;Ontology_term=GO:0019652,GO:0004494;gbkey=CDS;gene=mutA;go_function=methylmalonyl-CoA mutase activity|0004494||IEA;go_process=lactate fermentation to propionate and acetate|0019652||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216008.1;locus_tag=BQ2027_RS07815;product=methylmalonyl-CoA mutase small subunit;protein_id=WP_003407585.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1685160 1687412 . + . ID=gene-BQ2027_RS07820;Name=scpA;gbkey=Gene;gene=scpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07820;old_locus_tag=BQ2027_MB1530 +Chromosome Protein Homology CDS 1685160 1687412 . + 0 ID=cds-WP_003407587.1;Parent=gene-BQ2027_RS07820;Dbxref=GenBank:WP_003407587.1;Name=WP_003407587.1;Ontology_term=GO:0004494,GO:0031419,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=scpA;go_function=methylmalonyl-CoA mutase activity|0004494||IEA,cobalamin binding|0031419||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216009.1;locus_tag=BQ2027_RS07820;product=methylmalonyl-CoA mutase;protein_id=WP_003407587.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1687426 1687728 . + . ID=gene-BQ2027_RS07825;Name=mazE4;gbkey=Gene;gene=mazE4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07825;old_locus_tag=BQ2027_MB1531 +Chromosome Protein Homology CDS 1687426 1687728 . + 0 ID=cds-WP_003900349.1;Parent=gene-BQ2027_RS07825;Dbxref=GenBank:WP_003900349.1;Name=WP_003900349.1;gbkey=CDS;gene=mazE4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216010.1;locus_tag=BQ2027_RS07825;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin MazE4;protein_id=WP_003900349.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1687725 1688042 . + . ID=gene-BQ2027_RS07830;Name=mazF4;gbkey=Gene;gene=mazF4;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=mazF-mt7;locus_tag=BQ2027_RS07830;old_locus_tag=BQ2027_MB1532 +Chromosome Protein Homology CDS 1687725 1688042 . + 0 ID=cds-WP_003407593.1;Parent=gene-BQ2027_RS07830;Dbxref=GenBank:WP_003407593.1;Name=WP_003407593.1;gbkey=CDS;gene=mazF4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216011.1;locus_tag=BQ2027_RS07830;product=type II toxin-antitoxin system toxin endoribonuclease MazF4;protein_id=WP_003407593.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1688039 1689043 . + . ID=gene-BQ2027_RS07835;Name=meaB;gbkey=Gene;gene=meaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07835;old_locus_tag=BQ2027_MB1533 +Chromosome Protein Homology CDS 1688039 1689043 . + 0 ID=cds-WP_003407596.1;Parent=gene-BQ2027_RS07835;Dbxref=GenBank:WP_003407596.1;Name=WP_003407596.1;Ontology_term=GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=meaB;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216012.1;locus_tag=BQ2027_RS07835;product=methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB;protein_id=WP_003407596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1689096 1690385 . + . ID=gene-BQ2027_RS07840;Name=lipL;gbkey=Gene;gene=lipL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07840;old_locus_tag=BQ2027_MB1534 +Chromosome Protein Homology CDS 1689096 1690385 . + 0 ID=cds-WP_003407599.1;Parent=gene-BQ2027_RS07840;Dbxref=GenBank:WP_003407599.1;Name=WP_003407599.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipL;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216013.1;locus_tag=BQ2027_RS07840;product=esterase/beta-lactamase LipL;protein_id=WP_003407599.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1690458 1691234 . - . ID=gene-BQ2027_RS07845;Name=BQ2027_RS07845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07845;old_locus_tag=BQ2027_MB1535C +Chromosome Protein Homology CDS 1690458 1691234 . - 0 ID=cds-WP_305953045.1;Parent=gene-BQ2027_RS07845;Dbxref=GenBank:WP_305953045.1;Name=WP_305953045.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003898898.1;locus_tag=BQ2027_RS07845;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_305953045.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1691289 1691498 . - . ID=gene-BQ2027_RS07850;Name=BQ2027_RS07850;end_range=1691498,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07850;old_locus_tag=BQ2027_MB1536C;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1691289 1691498 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS07850;Parent=gene-BQ2027_RS07850;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;Ontology_term=GO:0000166;end_range=1691498,.;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177647.1;locus_tag=BQ2027_RS07850;partial=true;product=dodecin;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1691511 1691813 . - . ID=gene-BQ2027_RS20795;Name=BQ2027_RS20795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20795 +Chromosome Protein Homology CDS 1691511 1691813 . - 0 ID=cds-WP_003407610.1;Parent=gene-BQ2027_RS20795;Dbxref=GenBank:WP_003407610.1;Name=WP_003407610.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012514.6;locus_tag=BQ2027_RS20795;product=NUDIX domain-containing protein;protein_id=WP_003407610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1692005 1693033 . + . ID=gene-BQ2027_RS07860;Name=losA;gbkey=Gene;gene=losA;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=pimF;locus_tag=BQ2027_RS07860;old_locus_tag=BQ2027_MB1538 +Chromosome Protein Homology CDS 1692005 1693033 . + 0 ID=cds-WP_003407612.1;Parent=gene-BQ2027_RS07860;Dbxref=GenBank:WP_003407612.1;Name=WP_003407612.1;gbkey=CDS;gene=losA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216016.1;locus_tag=BQ2027_RS07860;product=glycosyltransferase LosA;protein_id=WP_003407612.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1693045 1693866 . + . ID=gene-BQ2027_RS07865;Name=BQ2027_RS07865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07865;old_locus_tag=BQ2027_MB1539 +Chromosome Protein Homology CDS 1693045 1693866 . + 0 ID=cds-WP_003898901.1;Parent=gene-BQ2027_RS07865;Dbxref=GenBank:WP_003898901.1;Name=WP_003898901.1;Ontology_term=GO:0046872,GO:0051213;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,dioxygenase activity|0051213||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216017.1;locus_tag=BQ2027_RS07865;product=phytanoyl-CoA dioxygenase family protein;protein_id=WP_003898901.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1694079 1694977 . + . ID=gene-BQ2027_RS07870;Name=BQ2027_RS07870;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07870;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1694079 1694977 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07870;Parent=gene-BQ2027_RS07870;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216018.1;locus_tag=BQ2027_RS07870;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1695150 1696262 . - . ID=gene-BQ2027_RS07875;Name=rffA;gbkey=Gene;gene=rffA;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=fcnA,wecE;locus_tag=BQ2027_RS07875;old_locus_tag=BQ2027_MB1542C +Chromosome Protein Homology CDS 1695150 1696262 . - 0 ID=cds-WP_003910381.1;Parent=gene-BQ2027_RS07875;Dbxref=GenBank:WP_003910381.1;Name=WP_003910381.1;Ontology_term=GO:0009246,GO:0019180;gbkey=CDS;gene=rffA;go_function=dTDP-4-amino-4%2C6-dideoxygalactose transaminase activity|0019180||IEA;go_process=enterobacterial common antigen biosynthetic process|0009246||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351436.1;locus_tag=BQ2027_RS07875;product=dTDP-4-amino-4%2C6-dideoxygalactose transaminase;protein_id=WP_003910381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1696435 1697100 . - . ID=gene-BQ2027_RS07880;Name=BQ2027_RS07880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07880;old_locus_tag=BQ2027_MB1543C +Chromosome Protein Homology CDS 1696435 1697100 . - 0 ID=cds-WP_003407619.1;Parent=gene-BQ2027_RS07880;Dbxref=GenBank:WP_003407619.1;Name=WP_003407619.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216021.1;locus_tag=BQ2027_RS07880;product=acetyltransferase;protein_id=WP_003407619.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1697293 1698057 . + . ID=gene-BQ2027_RS07885;Name=BQ2027_RS07885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07885;old_locus_tag=BQ2027_MB1544 +Chromosome Protein Homology CDS 1697293 1698057 . + 0 ID=cds-WP_003407654.1;Parent=gene-BQ2027_RS07885;Dbxref=GenBank:WP_003407654.1;Name=WP_003407654.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216033.1;locus_tag=BQ2027_RS07885;product=GAP family protein;protein_id=WP_003407654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1698066 1699025 . + . ID=gene-BQ2027_RS07890;Name=BQ2027_RS07890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07890;old_locus_tag=BQ2027_MB1545 +Chromosome Protein Homology CDS 1698066 1699025 . + 0 ID=cds-WP_010950551.1;Parent=gene-BQ2027_RS07890;Dbxref=GenBank:WP_010950551.1;Name=WP_010950551.1;Ontology_term=GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216034.1;locus_tag=BQ2027_RS07890;product=glycosyltransferase family 2 protein;protein_id=WP_010950551.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1699272 1699424 . + . ID=gene-BQ2027_RS07895;Name=BQ2027_RS07895;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07895;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1699272 +Chromosome Protein Homology CDS 1699272 1699424 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS07895;Parent=gene-BQ2027_RS07895;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217919.1;locus_tag=BQ2027_RS07895;partial=true;product=DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase;pseudo=true;start_range=.,1699272;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1699450 1700490 . + . ID=gene-BQ2027_RS07900;Name=BQ2027_RS07900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07900;old_locus_tag=BQ2027_MB1547 +Chromosome Protein Homology CDS 1699450 1700490 . + 0 ID=cds-WP_003407657.1;Parent=gene-BQ2027_RS07900;Dbxref=GenBank:WP_003407657.1;Name=WP_003407657.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216036.3;locus_tag=BQ2027_RS07900;product=glycosyltransferase;protein_id=WP_003407657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1700724 1702475 . + . ID=gene-BQ2027_RS07905;Name=fadD25;gbkey=Gene;gene=fadD25;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=faaL25;locus_tag=BQ2027_RS07905;old_locus_tag=BQ2027_MB1548 +Chromosome Protein Homology CDS 1700724 1702475 . + 0 ID=cds-WP_010950552.1;Parent=gene-BQ2027_RS07905;Dbxref=GenBank:WP_010950552.1;Name=WP_010950552.1;gbkey=CDS;gene=fadD25;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216037.1;locus_tag=BQ2027_RS07905;product=fatty-acid--AMP ligase FAAL25/FadD25;protein_id=WP_010950552.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1702594 1706034 . - . ID=gene-BQ2027_RS07910;Name=mmpL12;gbkey=Gene;gene=mmpL12;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS07910;old_locus_tag=BQ2027_MB1549C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1702594 1706034 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS07910;Parent=gene-BQ2027_RS07910;Note=internal stop;gbkey=CDS;gene=mmpL12;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216038.1;locus_tag=BQ2027_RS07910;product=RND transporter MmpL12;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1706075 1707118 . + . ID=gene-BQ2027_RS07915;Name=BQ2027_RS07915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07915;old_locus_tag=BQ2027_MB1550 +Chromosome Protein Homology CDS 1706075 1707118 . + 0 ID=cds-WP_003407670.1;Parent=gene-BQ2027_RS07915;Dbxref=GenBank:WP_003407670.1;Name=WP_003407670.1;Ontology_term=GO:0071770,GO:0008757;gbkey=CDS;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;go_process=DIM/DIP cell wall layer assembly|0071770||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216039.1;locus_tag=BQ2027_RS07915;product=phthiotriol/phenolphthiotriol dimycocerosates methyltransferase;protein_id=WP_003407670.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1707148 1708392 . + . ID=gene-BQ2027_RS07920;Name=BQ2027_RS07920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07920;old_locus_tag=BQ2027_MB1551 +Chromosome Protein Homology CDS 1707148 1708392 . + 0 ID=cds-WP_003407671.1;Parent=gene-BQ2027_RS07920;Dbxref=GenBank:WP_003407671.1;Name=WP_003407671.1;Ontology_term=GO:0006486,GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;go_process=protein glycosylation|0006486||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216040.1;locus_tag=BQ2027_RS07920;product=glycosyltransferase;protein_id=WP_003407671.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1708439 1709224 . + . ID=gene-BQ2027_RS07925;Name=BQ2027_RS07925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07925;old_locus_tag=BQ2027_MB1552 +Chromosome Protein Homology CDS 1708439 1709224 . + 0 ID=cds-WP_003407672.1;Parent=gene-BQ2027_RS07925;Dbxref=GenBank:WP_003407672.1;Name=WP_003407672.1;Ontology_term=GO:0006486,GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;go_process=protein glycosylation|0006486||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216041.1;locus_tag=BQ2027_RS07925;product=glycosyltransferase family 2 protein;protein_id=WP_003407672.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1709202 1710482 . - . ID=gene-BQ2027_RS07930;Name=BQ2027_RS07930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07930;old_locus_tag=BQ2027_MB1553C +Chromosome Protein Homology CDS 1709202 1710482 . - 0 ID=cds-WP_003407676.1;Parent=gene-BQ2027_RS07930;Dbxref=GenBank:WP_003407676.1;Name=WP_003407676.1;Ontology_term=GO:0006486,GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;go_process=protein glycosylation|0006486||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216042.1;locus_tag=BQ2027_RS07930;product=glycosyltransferase;protein_id=WP_003407676.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1710505 1716831 . - . ID=gene-BQ2027_RS07935;Name=pks2;gbkey=Gene;gene=pks2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07935;old_locus_tag=BQ2027_MB1554C +Chromosome Protein Homology CDS 1710505 1716831 . - 0 ID=cds-WP_010950554.1;Parent=gene-BQ2027_RS07935;Dbxref=GenBank:WP_010950554.1;Name=WP_010950554.1;gbkey=CDS;gene=pks2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216043.1;locus_tag=BQ2027_RS07935;product=sulfolipid-1 biosynthesis phthioceranic/hydroxyphthioceranic acid synthase;protein_id=WP_010950554.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1717375 1717872 . - . ID=gene-BQ2027_RS07940;Name=BQ2027_RS07940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07940;old_locus_tag=BQ2027_MB1555C +Chromosome Protein Homology CDS 1717375 1717872 . - 0 ID=cds-WP_003898919.1;Parent=gene-BQ2027_RS07940;Dbxref=GenBank:WP_003898919.1;Name=WP_003898919.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216044.1;locus_tag=BQ2027_RS07940;product=polyketide synthase;protein_id=WP_003898919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1717924 1719678 . + . ID=gene-BQ2027_RS07945;Name=fadD24;gbkey=Gene;gene=fadD24;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=faaL24;locus_tag=BQ2027_RS07945;old_locus_tag=BQ2027_MB1556 +Chromosome Protein Homology CDS 1717924 1719678 . + 0 ID=cds-WP_003898920.1;Parent=gene-BQ2027_RS07945;Dbxref=GenBank:WP_003898920.1;Name=WP_003898920.1;gbkey=CDS;gene=fadD24;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216045.1;locus_tag=BQ2027_RS07945;product=fatty-acid--AMP ligase FAAL24/FadD24;protein_id=WP_003898920.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1719795 1720898 . + . ID=gene-BQ2027_RS07950;Name=adh;gbkey=Gene;gene=adh;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07950;old_locus_tag=BQ2027_MB1557 +Chromosome Protein Homology CDS 1719795 1720898 . + 0 ID=cds-WP_003407690.1;Parent=gene-BQ2027_RS07950;Dbxref=GenBank:WP_003407690.1;Name=WP_003407690.1;Ontology_term=GO:0008270,GO:0016616,GO:0030554;gbkey=CDS;gene=adh;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the CH-OH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016616||IEA,adenyl nucleotide binding|0030554||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216046.1;locus_tag=BQ2027_RS07950;product=zinc-dependent alcohol dehydrogenase;protein_id=WP_003407690.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1720895 1721461 . + . ID=gene-BQ2027_RS07955;Name=BQ2027_RS07955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07955;old_locus_tag=BQ2027_MB1558 +Chromosome Protein Homology CDS 1720895 1721461 . + 0 ID=cds-WP_003407692.1;Parent=gene-BQ2027_RS07955;Dbxref=GenBank:WP_003407692.1;Name=WP_003407692.1;Ontology_term=GO:0051920;gbkey=CDS;go_function=peroxiredoxin activity|0051920||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216047.1;locus_tag=BQ2027_RS07955;product=carboxymuconolactone decarboxylase family protein;protein_id=WP_003407692.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1721538 1721972 . - . ID=gene-BQ2027_RS07960;Name=BQ2027_RS07960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07960;old_locus_tag=BQ2027_MB1559C +Chromosome Protein Homology CDS 1721538 1721972 . - 0 ID=cds-WP_003407695.1;Parent=gene-BQ2027_RS07960;Dbxref=GenBank:WP_003407695.1;Name=WP_003407695.1;Ontology_term=GO:0016790,GO:0016836,GO:0047617;gbkey=CDS;go_function=thiolester hydrolase activity|0016790||IEA,hydro-lyase activity|0016836||IEA,fatty acyl-CoA hydrolase activity|0047617||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216048.1;locus_tag=BQ2027_RS07960;product=PaaI family thioesterase;protein_id=WP_003407695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1722032 1723159 . + . ID=gene-BQ2027_RS07965;Name=BQ2027_RS07965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07965;old_locus_tag=BQ2027_MB1560 +Chromosome Protein Homology CDS 1722032 1723159 . + 0 ID=cds-WP_003898921.1;Parent=gene-BQ2027_RS07965;Dbxref=GenBank:WP_003898921.1;Name=WP_003898921.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0010181,GO:0016703;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on single donors with incorporation of molecular oxygen%2C incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases)|0016703||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216049.1;locus_tag=BQ2027_RS07965;product=NAD(P)H-dependent flavin oxidoreductase;protein_id=WP_003898921.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1723156 1723833 . + . ID=gene-BQ2027_RS07970;Name=BQ2027_RS07970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07970;old_locus_tag=BQ2027_MB1561 +Chromosome Protein Homology CDS 1723156 1723833 . + 0 ID=cds-WP_003407700.1;Parent=gene-BQ2027_RS07970;Dbxref=GenBank:WP_003407700.1;Name=WP_003407700.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216050.1;locus_tag=BQ2027_RS07970;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003407700.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 1723931 1724100 . + . ID=id-Chromosome:1723931..1724100;Dbxref=RFAM:RF00380;Note=The M-box (ykoK) riboswitch appears to function as a genetic 'off' switch that is important for maintaining magnesium homeostasis in bacteria;bound_moiety=magnesium;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 1724398 1724634 . + . ID=gene-BQ2027_RS07975;Name=BQ2027_RS07975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07975;old_locus_tag=BQ2027_MB1562 +Chromosome Protein Homology CDS 1724398 1724634 . + 0 ID=cds-WP_003407710.1;Parent=gene-BQ2027_RS07975;Dbxref=GenBank:WP_003407710.1;Name=WP_003407710.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216051.1;locus_tag=BQ2027_RS07975;product=Rv1535 family protein;protein_id=WP_003407710.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1724941 1728066 . + . ID=gene-BQ2027_RS07980;Name=ileS;gbkey=Gene;gene=ileS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07980;old_locus_tag=BQ2027_MB1563 +Chromosome Protein Homology CDS 1724941 1728066 . + 0 ID=cds-WP_010950555.1;Parent=gene-BQ2027_RS07980;Dbxref=GenBank:WP_010950555.1;Name=WP_010950555.1;Ontology_term=GO:0006428,GO:0000166,GO:0004822,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=ileS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,isoleucine-tRNA ligase activity|0004822||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=isoleucyl-tRNA aminoacylation|0006428||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216052.1;locus_tag=BQ2027_RS07980;product=isoleucine--tRNA ligase;protein_id=WP_010950555.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1728278 1729669 . + . ID=gene-BQ2027_RS07985;Name=dinX;gbkey=Gene;gene=dinX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07985;old_locus_tag=BQ2027_MB1564 +Chromosome Protein Homology CDS 1728278 1729669 . + 0 ID=cds-WP_003904641.1;Parent=gene-BQ2027_RS07985;Dbxref=GenBank:WP_003904641.1;Name=WP_003904641.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003887;gbkey=CDS;gene=dinX;go_function=DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216053.3;locus_tag=BQ2027_RS07985;product=DNA polymerase IV;protein_id=WP_003904641.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1729634 1730614 . - . ID=gene-BQ2027_RS07990;Name=ansA;gbkey=Gene;gene=ansA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07990;old_locus_tag=BQ2027_MB1565C +Chromosome Protein Homology CDS 1729634 1730614 . - 0 ID=cds-WP_003407720.1;Parent=gene-BQ2027_RS07990;Dbxref=GenBank:WP_003407720.1;Name=WP_003407720.1;gbkey=CDS;gene=ansA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216054.1;locus_tag=BQ2027_RS07990;product=asparaginase;protein_id=WP_003407720.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1730666 1731274 . + . ID=gene-BQ2027_RS07995;Name=lspA;gbkey=Gene;gene=lspA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS07995;old_locus_tag=BQ2027_MB1566 +Chromosome Protein Homology CDS 1730666 1731274 . + 0 ID=cds-WP_003407722.1;Parent=gene-BQ2027_RS07995;Dbxref=GenBank:WP_003407722.1;Name=WP_003407722.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0009306,GO:0004190,GO:0005886;gbkey=CDS;gene=lspA;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=aspartic-type endopeptidase activity|0004190||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA,protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216055.1;locus_tag=BQ2027_RS07995;product=signal peptidase II;protein_id=WP_003407722.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1731267 1732193 . + . ID=gene-BQ2027_RS08000;Name=BQ2027_RS08000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08000;old_locus_tag=BQ2027_MB1567 +Chromosome Protein Homology CDS 1731267 1732193 . + 0 ID=cds-WP_003407723.1;Parent=gene-BQ2027_RS08000;Dbxref=GenBank:WP_003407723.1;Name=WP_003407723.1;Ontology_term=GO:0001522,GO:0003723,GO:0009982;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,pseudouridine synthase activity|0009982||IEA;go_process=pseudouridine synthesis|0001522||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216056.1;locus_tag=BQ2027_RS08000;product=RluA family pseudouridine synthase;protein_id=WP_003407723.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1732200 1732793 . - . ID=gene-BQ2027_RS08005;Name=lprI;gbkey=Gene;gene=lprI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08005;old_locus_tag=BQ2027_MB1568C +Chromosome Protein Homology CDS 1732200 1732793 . - 0 ID=cds-WP_003407725.1;Parent=gene-BQ2027_RS08005;Dbxref=GenBank:WP_003407725.1;Name=WP_003407725.1;gbkey=CDS;gene=lprI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216057.1;locus_tag=BQ2027_RS08005;product=lysozyme inhibitor LprI family protein;protein_id=WP_003407725.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1732848 1733258 . - . ID=gene-BQ2027_RS08010;Name=glbN;gbkey=Gene;gene=glbN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08010;old_locus_tag=BQ2027_MB1569C +Chromosome Protein Homology CDS 1732848 1733258 . - 0 ID=cds-WP_003407730.1;Parent=gene-BQ2027_RS08010;Dbxref=GenBank:WP_003407730.1;Name=WP_003407730.1;gbkey=CDS;gene=glbN;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216058.1;locus_tag=BQ2027_RS08010;product=group 1 truncated hemoglobin GlbN;protein_id=WP_003407730.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1733486 1734511 . + . ID=gene-BQ2027_RS08015;Name=BQ2027_RS08015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08015;old_locus_tag=BQ2027_MB1570 +Chromosome Protein Homology CDS 1733486 1734511 . + 0 ID=cds-WP_003407734.1;Parent=gene-BQ2027_RS08015;Dbxref=GenBank:WP_003407734.1;Name=WP_003407734.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216059.1;locus_tag=BQ2027_RS08015;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003407734.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1734516 1735319 . + . ID=gene-BQ2027_RS08020;Name=BQ2027_RS08020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08020;old_locus_tag=BQ2027_MB1571 +Chromosome Protein Homology CDS 1734516 1735319 . + 0 ID=cds-WP_003407737.1;Parent=gene-BQ2027_RS08020;Dbxref=GenBank:WP_003407737.1;Name=WP_003407737.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216060.1;locus_tag=BQ2027_RS08020;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003407737.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1735341 1735568 . + . ID=gene-BQ2027_RS08025;Name=BQ2027_RS08025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08025;old_locus_tag=BQ2027_MB1572 +Chromosome Protein Homology CDS 1735341 1735568 . + 0 ID=cds-WP_003901194.1;Parent=gene-BQ2027_RS08025;Dbxref=GenBank:WP_003901194.1;Name=WP_003901194.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216061.1;locus_tag=BQ2027_RS08025;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901194.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1735617 1736048 . + . ID=gene-BQ2027_RS08030;Name=BQ2027_RS08030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08030;old_locus_tag=BQ2027_MB1573 +Chromosome Protein Homology CDS 1735617 1736048 . + 0 ID=cds-WP_003407748.1;Parent=gene-BQ2027_RS08030;Dbxref=GenBank:WP_003407748.1;Name=WP_003407748.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216062.1;locus_tag=BQ2027_RS08030;product=type II toxin-antitoxin system Rv0910 family toxin;protein_id=WP_003407748.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1736116 1739670 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08040;Name=BQ2027_RS08040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08040;old_locus_tag=BQ2027_MB1575C +Chromosome Protein Homology CDS 1739719 1741755 . - 0 ID=cds-WP_010950556.1;Parent=gene-BQ2027_RS08040;Dbxref=GenBank:WP_010950556.1;Name=WP_010950556.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177817.1;locus_tag=BQ2027_RS08040;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950556.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1742029 1743855 . + . ID=gene-BQ2027_RS08045;Name=fadD11;gbkey=Gene;gene=fadD11;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08045;old_locus_tag=BQ2027_MB1576 +Chromosome Protein Homology CDS 1742029 1743855 . + 0 ID=cds-WP_024456068.1;Parent=gene-BQ2027_RS08045;Dbxref=GenBank:WP_024456068.1;Name=WP_024456068.1;gbkey=CDS;gene=fadD11;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014380383.1;locus_tag=BQ2027_RS08045;product=fatty acid--CoA ligase FadD11;protein_id=WP_024456068.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1743869 1745734 . + . ID=gene-BQ2027_RS08050;Name=BQ2027_RS08050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08050;old_locus_tag=BQ2027_MB1577 +Chromosome Protein Homology CDS 1743869 1745734 . + 0 ID=cds-WP_003407762.1;Parent=gene-BQ2027_RS08050;Dbxref=GenBank:WP_003407762.1;Name=WP_003407762.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216067.1;locus_tag=BQ2027_RS08050;product=lysophospholipid acyltransferase;protein_id=WP_003407762.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1745862 1746095 . + . ID=gene-BQ2027_RS08055;Name=BQ2027_RS08055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08055 +Chromosome Protein Homology CDS 1745862 1746095 . + 0 ID=cds-WP_003407763.1;Parent=gene-BQ2027_RS08055;Dbxref=GenBank:WP_003407763.1;Name=WP_003407763.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003407763.1;locus_tag=BQ2027_RS08055;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003407763.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1746105 1747856 . + . ID=gene-BQ2027_RS08060;Name=frdA;gbkey=Gene;gene=frdA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08060;old_locus_tag=BQ2027_MB1578 +Chromosome Protein Homology CDS 1746105 1747856 . + 0 ID=cds-WP_003898925.1;Parent=gene-BQ2027_RS08060;Dbxref=GenBank:WP_003898925.1;Name=WP_003898925.1;Ontology_term=GO:0009061,GO:0000104;gbkey=CDS;gene=frdA;go_function=succinate dehydrogenase activity|0000104||IEA;go_process=anaerobic respiration|0009061||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216068.1;locus_tag=BQ2027_RS08060;product=fumarate reductase (quinol) flavoprotein subunit;protein_id=WP_003898925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1747859 1748599 . + . ID=gene-BQ2027_RS08065;Name=sdhB;end_range=1748599,.;gbkey=Gene;gene=sdhB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS08065;old_locus_tag=BQ2027_MB1579;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1747859 1748599 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS08065;Parent=gene-BQ2027_RS08065;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=1748599,.;gbkey=CDS;gene=sdhB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216069.1;locus_tag=BQ2027_RS08065;partial=true;product=succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1748603 1748983 . + . ID=gene-BQ2027_RS20380;Name=frdC;gbkey=Gene;gene=frdC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20380 +Chromosome Protein Homology CDS 1748603 1748983 . + 0 ID=cds-WP_003407768.1;Parent=gene-BQ2027_RS20380;Dbxref=GenBank:WP_003407768.1;Name=WP_003407768.1;gbkey=CDS;gene=frdC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216070.1;locus_tag=BQ2027_RS20380;product=fumarate reductase subunit C;protein_id=WP_003407768.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1748980 1749357 . + . ID=gene-BQ2027_RS08070;Name=frdD;gbkey=Gene;gene=frdD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08070;old_locus_tag=BQ2027_MB1580 +Chromosome Protein Homology CDS 1748980 1749357 . + 0 ID=cds-WP_003407771.1;Parent=gene-BQ2027_RS08070;Dbxref=GenBank:WP_003407771.1;Name=WP_003407771.1;gbkey=CDS;gene=frdD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216071.1;locus_tag=BQ2027_RS08070;product=fumarate reductase subunit FrdD;protein_id=WP_003407771.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1749425 1750033 . + . ID=gene-BQ2027_RS08075;Name=BQ2027_RS08075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08075;old_locus_tag=BQ2027_MB1581 +Chromosome Protein Homology CDS 1749425 1750033 . + 0 ID=cds-WP_003407773.1;Parent=gene-BQ2027_RS08075;Dbxref=GenBank:WP_003407773.1;Name=WP_003407773.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216072.1;locus_tag=BQ2027_RS08075;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003407773.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1750172 1750618 . + . ID=gene-BQ2027_RS08080;Name=BQ2027_RS08080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08080;old_locus_tag=BQ2027_MB1582 +Chromosome Protein Homology CDS 1750172 1750618 . + 0 ID=cds-WP_003903500.1;Parent=gene-BQ2027_RS08080;Dbxref=GenBank:WP_003903500.1;Name=WP_003903500.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003407774.1;locus_tag=BQ2027_RS08080;product=MmpS family transport accessory protein;protein_id=WP_003903500.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1750615 1753518 . + . ID=gene-BQ2027_RS08085;Name=BQ2027_RS08085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08085;old_locus_tag=BQ2027_MB1583 +Chromosome Protein Homology CDS 1750615 1753518 . + 0 ID=cds-WP_003407779.1;Parent=gene-BQ2027_RS08085;Dbxref=GenBank:WP_003407779.1;Name=WP_003407779.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015293038.1;locus_tag=BQ2027_RS08085;product=MMPL/RND family transporter;protein_id=WP_003407779.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1753528 1753974 . + . ID=gene-BQ2027_RS08090;Name=BQ2027_RS08090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08090;old_locus_tag=BQ2027_MB1584 +Chromosome Protein Homology CDS 1753528 1753974 . + 0 ID=cds-WP_003407780.1;Parent=gene-BQ2027_RS08090;Dbxref=GenBank:WP_003407780.1;Name=WP_003407780.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216074.1;locus_tag=BQ2027_RS08090;product=F420H(2)-dependent quinone reductase;protein_id=WP_003407780.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1754009 1755298 . + . ID=gene-BQ2027_RS08095;Name=ilvA;gbkey=Gene;gene=ilvA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08095;old_locus_tag=BQ2027_MB1585 +Chromosome Protein Homology CDS 1754009 1755298 . + 0 ID=cds-WP_003407781.1;Parent=gene-BQ2027_RS08095;Dbxref=GenBank:WP_003407781.1;Name=WP_003407781.1;Ontology_term=GO:0004794;gbkey=CDS;gene=ilvA;go_function=threonine deaminase activity|0004794||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216075.1;locus_tag=BQ2027_RS08095;product=threonine ammonia-lyase;protein_id=WP_003407781.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1755351 1755554 . + . ID=gene-BQ2027_RS08100;Name=BQ2027_RS08100;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08100;old_locus_tag=BQ2027_MB1586 +Chromosome Protein Homology CDS 1755351 1755554 . + 0 ID=cds-WP_009935474.1;Parent=gene-BQ2027_RS08100;Dbxref=GenBank:WP_009935474.1;Name=WP_009935474.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009935474.1;locus_tag=BQ2027_RS08100;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_009935474.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1755560 1755964 . + . ID=gene-BQ2027_RS08105;Name=vapc11;gbkey=Gene;gene=vapc11;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08105;old_locus_tag=BQ2027_MB1587 +Chromosome Protein Homology CDS 1755560 1755964 . + 0 ID=cds-WP_003407786.1;Parent=gene-BQ2027_RS08105;Dbxref=GenBank:WP_003407786.1;Name=WP_003407786.1;gbkey=CDS;gene=vapc11;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216077.1;locus_tag=BQ2027_RS08105;product=type II toxin-antitoxin system toxin ribonuclease VapC11;protein_id=WP_003407786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1755981 1757723 . - . ID=gene-BQ2027_RS08110;Name=treZ;gbkey=Gene;gene=treZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08110;old_locus_tag=BQ2027_MB1588C +Chromosome Protein Homology CDS 1755981 1757723 . - 0 ID=cds-WP_010950559.1;Parent=gene-BQ2027_RS08110;Dbxref=GenBank:WP_010950559.1;Name=WP_010950559.1;Ontology_term=GO:0005992,GO:0033942;gbkey=CDS;gene=treZ;go_function=4-alpha-D-(1->4)-alpha-D-glucanotrehalose trehalohydrolase activity|0033942||IEA;go_process=trehalose biosynthetic process|0005992||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177819.1;locus_tag=BQ2027_RS08110;product=malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase;protein_id=WP_010950559.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1757716 1759207 . - . ID=gene-BQ2027_RS08115;Name=BQ2027_RS08115;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS08115;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 1757716 1759207 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS08115;Parent=gene-BQ2027_RS08115;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005975,GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007169656.1;locus_tag=BQ2027_RS08115;product=alpha-amylase family glycosyl hydrolase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1759211 1761376 . - . ID=gene-BQ2027_RS08120;Name=glgX;gbkey=Gene;gene=glgX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08120;old_locus_tag=BQ2027_MB1591C +Chromosome Protein Homology CDS 1759211 1761376 . - 0 ID=cds-WP_003898930.1;Parent=gene-BQ2027_RS08120;Dbxref=GenBank:WP_003898930.1;Name=WP_003898930.1;Ontology_term=GO:0005980,GO:0120549;gbkey=CDS;gene=glgX;go_function=limit dextrin alpha-1%2C6-maltotetraose-hydrolase activity|0120549||IEA;go_process=glycogen catabolic process|0005980||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177821.1;locus_tag=BQ2027_RS08120;product=glycogen debranching protein GlgX;protein_id=WP_003898930.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1761415 1763604 . - . ID=gene-BQ2027_RS08125;Name=BQ2027_RS08125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08125;old_locus_tag=BQ2027_MB1592C +Chromosome Protein Homology CDS 1761415 1763604 . - 0 ID=cds-WP_003407794.1;Parent=gene-BQ2027_RS08125;Dbxref=GenBank:WP_003407794.1;Name=WP_003407794.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216081.1;locus_tag=BQ2027_RS08125;product=acyltransferase family protein;protein_id=WP_003407794.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1763703 1764395 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08140;Name=bioA;gbkey=Gene;gene=bioA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08140;old_locus_tag=BQ2027_MB1595 +Chromosome Protein Homology CDS 1765167 1766480 . + 0 ID=cds-WP_003407803.1;Parent=gene-BQ2027_RS08140;Dbxref=GenBank:WP_003407803.1;Name=WP_003407803.1;Ontology_term=GO:0009102,GO:0004015;gbkey=CDS;gene=bioA;go_function=adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity|0004015||IEA;go_process=biotin biosynthetic process|0009102||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216084.1;locus_tag=BQ2027_RS08140;product=adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate transaminase;protein_id=WP_003407803.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1766477 1767637 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08150;Name=bioD;gbkey=Gene;gene=bioD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08150;old_locus_tag=BQ2027_MB1597 +Chromosome Protein Homology CDS 1767634 1768314 . + 0 ID=cds-WP_003407806.1;Parent=gene-BQ2027_RS08150;Dbxref=GenBank:WP_003407806.1;Name=WP_003407806.1;Ontology_term=GO:0009102,GO:0000287,GO:0004141,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=bioD;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,dethiobiotin synthase activity|0004141||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=biotin biosynthetic process|0009102||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216086.1;locus_tag=BQ2027_RS08150;product=dethiobiotin synthase;protein_id=WP_003407806.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1768314 1768823 . + . ID=gene-BQ2027_RS08155;Name=BQ2027_RS08155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08155;old_locus_tag=BQ2027_MB1598 +Chromosome Protein Homology CDS 1768314 1768823 . + 0 ID=cds-WP_003407809.1;Parent=gene-BQ2027_RS08155;Dbxref=GenBank:WP_003407809.1;Name=WP_003407809.1;Ontology_term=GO:0004113,GO:0008664;gbkey=CDS;go_function=2'%2C3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity|0004113||IEA,RNA 2'%2C3'-cyclic 3'-phosphodiesterase activity|0008664||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216087.1;locus_tag=BQ2027_RS08155;product=2'-5' RNA ligase family protein;protein_id=WP_003407809.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1769089 1769499 . + . ID=gene-BQ2027_RS08160;Name=BQ2027_RS08160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08160;old_locus_tag=BQ2027_MB1599 +Chromosome Protein Homology CDS 1769089 1769499 . + 0 ID=cds-WP_003904648.1;Parent=gene-BQ2027_RS08160;Dbxref=GenBank:WP_003904648.1;Name=WP_003904648.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216089.1;locus_tag=BQ2027_RS08160;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003904648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1769705 1770016 . + . ID=gene-BQ2027_RS08165;Name=BQ2027_RS08165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08165;old_locus_tag=BQ2027_MB1600 +Chromosome Protein Homology CDS 1769705 1770016 . + 0 ID=cds-WP_003907703.1;Parent=gene-BQ2027_RS08165;Dbxref=GenBank:WP_003907703.1;Name=WP_003907703.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009935467.1;locus_tag=BQ2027_RS08165;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003907703.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1770045 1770197 . - . ID=gene-BQ2027_RS08170;Name=BQ2027_RS08170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08170 +Chromosome Protein Homology CDS 1770045 1770197 . - 0 ID=cds-WP_017351282.1;Parent=gene-BQ2027_RS08170;Dbxref=GenBank:WP_017351282.1;Name=WP_017351282.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351282.1;locus_tag=BQ2027_RS08170;product=hypothetical protein;protein_id=WP_017351282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1770418 1771839 . - . ID=gene-BQ2027_RS08175;Name=BQ2027_RS08175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08175;old_locus_tag=BQ2027_MB1602C +Chromosome Protein Homology CDS 1770418 1771839 . - 0 ID=cds-WP_010950563.1;Parent=gene-BQ2027_RS08175;Dbxref=GenBank:WP_010950563.1;Name=WP_010950563.1;Ontology_term=GO:0019068,GO:0005198,GO:0044423;gbkey=CDS;go_component=virion component|0044423||IEA;go_function=structural molecule activity|0005198||IEA;go_process=virion assembly|0019068||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216092.1;locus_tag=BQ2027_RS08175;product=phage major capsid protein;protein_id=WP_010950563.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1771847 1772380 . - . ID=gene-BQ2027_RS08180;Name=BQ2027_RS08180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08180;old_locus_tag=BQ2027_MB1603C +Chromosome Protein Homology CDS 1771847 1772380 . - 0 ID=cds-WP_003914984.1;Parent=gene-BQ2027_RS08180;Dbxref=GenBank:WP_003914984.1;Name=WP_003914984.1;Ontology_term=GO:0019068,GO:0019082,GO:0005198,GO:0008233;gbkey=CDS;go_function=structural molecule activity|0005198||IEA,peptidase activity|0008233||IEA;go_process=virion assembly|0019068||IEA,viral protein processing|0019082||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217167.1;locus_tag=BQ2027_RS08180;product=HK97 family phage prohead protease;protein_id=WP_003914984.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1772533 1773003 . - . ID=gene-BQ2027_RS08185;Name=BQ2027_RS08185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08185;old_locus_tag=BQ2027_MB1604C +Chromosome Protein Homology CDS 1772533 1773003 . - 0 ID=cds-WP_003900701.1;Parent=gene-BQ2027_RS08185;Dbxref=GenBank:WP_003900701.1;Name=WP_003900701.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216094.1;locus_tag=BQ2027_RS08185;product=phage terminase small subunit P27 family;protein_id=WP_003900701.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1773084 1773398 . - . ID=gene-BQ2027_RS08190;Name=BQ2027_RS08190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08190;old_locus_tag=BQ2027_MB1605C +Chromosome Protein Homology CDS 1773084 1773398 . - 0 ID=cds-WP_003900700.1;Parent=gene-BQ2027_RS08190;Dbxref=GenBank:WP_003900700.1;Name=WP_003900700.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216095.1;locus_tag=BQ2027_RS08190;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900700.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1773395 1773667 . - . ID=gene-BQ2027_RS08195;Name=BQ2027_RS08195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08195;old_locus_tag=BQ2027_MB1606C +Chromosome Protein Homology CDS 1773395 1773667 . - 0 ID=cds-WP_003900699.1;Parent=gene-BQ2027_RS08195;Dbxref=GenBank:WP_003900699.1;Name=WP_003900699.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216096.1;locus_tag=BQ2027_RS08195;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900699.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1773681 1774076 . - . ID=gene-BQ2027_RS08200;Name=BQ2027_RS08200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08200;old_locus_tag=BQ2027_MB1607C +Chromosome Protein Homology CDS 1773681 1774076 . - 0 ID=cds-WP_003900698.1;Parent=gene-BQ2027_RS08200;Dbxref=GenBank:WP_003900698.1;Name=WP_003900698.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216097.1;locus_tag=BQ2027_RS08200;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900698.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1774272 1775687 . - . ID=gene-BQ2027_RS08205;Name=BQ2027_RS08205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08205;old_locus_tag=BQ2027_MB1608C +Chromosome Protein Homology CDS 1774272 1775687 . - 0 ID=cds-WP_010950564.1;Parent=gene-BQ2027_RS08205;Dbxref=GenBank:WP_010950564.1;Name=WP_010950564.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003899;gbkey=CDS;go_function=DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216098.1;locus_tag=BQ2027_RS08205;product=phage/plasmid primase%2C P4 family;protein_id=WP_010950564.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1775687 1776085 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08215;Name=BQ2027_RS08215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08215;old_locus_tag=BQ2027_MB1610C +Chromosome Protein Homology CDS 1776082 1776303 . - 0 ID=cds-WP_003900694.1;Parent=gene-BQ2027_RS08215;Dbxref=GenBank:WP_003900694.1;Name=WP_003900694.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216100.1;locus_tag=BQ2027_RS08215;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900694.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1776359 1776874 . - . ID=gene-BQ2027_RS08220;Name=BQ2027_RS08220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08220;old_locus_tag=BQ2027_MB1611C +Chromosome Protein Homology CDS 1776359 1776874 . - 0 ID=cds-WP_003903978.1;Parent=gene-BQ2027_RS08220;Dbxref=GenBank:WP_003903978.1;Name=WP_003903978.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216101.1;locus_tag=BQ2027_RS08220;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003903978.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1776871 1778280 . - . ID=gene-BQ2027_RS08225;Name=BQ2027_RS08225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08225;old_locus_tag=BQ2027_MB1612C +Chromosome Protein Homology CDS 1776871 1778280 . - 0 ID=cds-WP_003903979.1;Parent=gene-BQ2027_RS08225;Dbxref=GenBank:WP_003903979.1;Name=WP_003903979.1;Ontology_term=GO:0015074,GO:0000150,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA strand exchange activity|0000150||IEA,DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA integration|0015074||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216102.1;locus_tag=BQ2027_RS08225;product=recombinase family protein;protein_id=WP_003903979.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1778267 1779611 . - . ID=gene-BQ2027_RS08230;Name=BQ2027_RS08230;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS08230;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1778267 +Chromosome Protein Homology CDS 1778267 1779611 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS08230;Parent=gene-BQ2027_RS08230;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014001758.1;locus_tag=BQ2027_RS08230;partial=true;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;pseudo=true;start_range=.,1778267;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1780059 1781108 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08240;Name=BQ2027_RS08240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08240;old_locus_tag=BQ2027_MB1616 +Chromosome Protein Homology CDS 1781109 1781348 . + 0 ID=cds-WP_003407914.1;Parent=gene-BQ2027_RS08240;Dbxref=GenBank:WP_003407914.1;Name=WP_003407914.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216106.1;locus_tag=BQ2027_RS08240;product=biotin synthase auxiliary protein BsaP;protein_id=WP_003407914.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1781345 1782010 . + . ID=gene-BQ2027_RS08245;Name=BQ2027_RS08245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08245;old_locus_tag=BQ2027_MB1617 +Chromosome Protein Homology CDS 1781345 1782010 . + 0 ID=cds-WP_003407924.1;Parent=gene-BQ2027_RS08245;Dbxref=GenBank:WP_003407924.1;Name=WP_003407924.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216107.1;locus_tag=BQ2027_RS08245;product=DUF2567 domain-containing protein;protein_id=WP_003407924.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1782175 1783515 . - . ID=gene-BQ2027_RS08250;Name=BQ2027_RS08250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08250;old_locus_tag=BQ2027_MB1618C +Chromosome Protein Homology CDS 1782175 1783515 . - 0 ID=cds-WP_003407926.1;Parent=gene-BQ2027_RS08250;Dbxref=GenBank:WP_003407926.1;Name=WP_003407926.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216108.1;locus_tag=BQ2027_RS08250;product=lipase family protein;protein_id=WP_003407926.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1783772 1784482 . - . ID=gene-BQ2027_RS08255;Name=BQ2027_RS08255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08255;old_locus_tag=BQ2027_MB1619C +Chromosome Protein Homology CDS 1783772 1784482 . - 0 ID=cds-WP_003898937.1;Parent=gene-BQ2027_RS08255;Dbxref=GenBank:WP_003898937.1;Name=WP_003898937.1;Ontology_term=GO:0009132,GO:0016817,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides|0016817||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=nucleoside diphosphate metabolic process|0009132||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216109.1;locus_tag=BQ2027_RS08255;product=NUDIX hydrolase;protein_id=WP_003898937.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1784531 1785580 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08265;Name=nadB;gbkey=Gene;gene=nadB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08265;old_locus_tag=BQ2027_MB1621 +Chromosome Protein Homology CDS 1785580 1787163 . + 0 ID=cds-WP_003901204.1;Parent=gene-BQ2027_RS08265;Dbxref=GenBank:WP_003901204.1;Name=WP_003901204.1;Ontology_term=GO:0009435,GO:0008734;gbkey=CDS;gene=nadB;go_function=L-aspartate oxidase activity|0008734||IEA;go_process=NAD+ biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216111.1;locus_tag=BQ2027_RS08265;product=L-aspartate oxidase;protein_id=WP_003901204.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1787163 1788020 . + . ID=gene-BQ2027_RS08270;Name=nadC;gbkey=Gene;gene=nadC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08270;old_locus_tag=BQ2027_MB1622 +Chromosome Protein Homology CDS 1787163 1788020 . + 0 ID=cds-WP_003407935.1;Parent=gene-BQ2027_RS08270;Dbxref=GenBank:WP_003407935.1;Name=WP_003407935.1;Ontology_term=GO:0009435,GO:0004514;gbkey=CDS;gene=nadC;go_function=nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity|0004514||IEA;go_process=NAD+ biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216112.1;locus_tag=BQ2027_RS08270;product=carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase;protein_id=WP_003407935.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1788069 1788827 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08285;Name=hisD;gbkey=Gene;gene=hisD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08285;old_locus_tag=BQ2027_MB1625 +Chromosome Protein Homology CDS 1789358 1790674 . + 0 ID=cds-WP_003407943.1;Parent=gene-BQ2027_RS08285;Dbxref=GenBank:WP_003407943.1;Name=WP_003407943.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0004399,GO:0046872,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=hisD;go_function=histidinol dehydrogenase activity|0004399||IEA,metal ion binding|0046872||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216115.1;locus_tag=BQ2027_RS08285;product=histidinol dehydrogenase;protein_id=WP_003407943.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1790671 1791813 . + . ID=gene-BQ2027_RS08290;Name=BQ2027_RS08290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08290;old_locus_tag=BQ2027_MB1626 +Chromosome Protein Homology CDS 1790671 1791813 . + 0 ID=cds-WP_003407947.1;Parent=gene-BQ2027_RS08290;Dbxref=GenBank:WP_003407947.1;Name=WP_003407947.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0004400,GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=histidinol-phosphate transaminase activity|0004400||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177823.1;locus_tag=BQ2027_RS08290;product=histidinol-phosphate transaminase;protein_id=WP_003407947.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1791810 1792442 . + . ID=gene-BQ2027_RS08295;Name=hisB;gbkey=Gene;gene=hisB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08295;old_locus_tag=BQ2027_MB1627 +Chromosome Protein Homology CDS 1791810 1792442 . + 0 ID=cds-WP_003407950.1;Parent=gene-BQ2027_RS08295;Dbxref=GenBank:WP_003407950.1;Name=WP_003407950.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0004424;gbkey=CDS;gene=hisB;go_function=imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity|0004424||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216117.1;locus_tag=BQ2027_RS08295;product=imidazoleglycerol-phosphate dehydratase HisB;protein_id=WP_003407950.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1792439 1793059 . + . ID=gene-BQ2027_RS08300;Name=hisH;gbkey=Gene;gene=hisH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08300;old_locus_tag=BQ2027_MB1628 +Chromosome Protein Homology CDS 1792439 1793059 . + 0 ID=cds-WP_003407952.1;Parent=gene-BQ2027_RS08300;Dbxref=GenBank:WP_003407952.1;Name=WP_003407952.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0000107;gbkey=CDS;gene=hisH;go_function=imidazoleglycerol-phosphate synthase activity|0000107||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216118.1;locus_tag=BQ2027_RS08300;product=imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH;protein_id=WP_003407952.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1793069 1793806 . + . ID=gene-BQ2027_RS08305;Name=priA;gbkey=Gene;gene=priA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08305;old_locus_tag=BQ2027_MB1629 +Chromosome Protein Homology CDS 1793069 1793806 . + 0 ID=cds-WP_003900374.1;Parent=gene-BQ2027_RS08305;Dbxref=GenBank:WP_003900374.1;Name=WP_003900374.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0000162,GO:0003949,GO:0004640,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=priA;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity|0003949||IEA,phosphoribosylanthranilate isomerase activity|0004640||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA,L-tryptophan biosynthetic process|0000162||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216119.1;locus_tag=BQ2027_RS08305;product=bifunctional 1-(5-phosphoribosyl)-5-((5-phosphoribosylamino)methylideneamino)imidazole-4-carboxamide isomerase/phosphoribosylanthranilate isomerase PriA;protein_id=WP_003900374.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1793814 1794626 . + . ID=gene-BQ2027_RS08310;Name=impA;gbkey=Gene;gene=impA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08310;old_locus_tag=BQ2027_MB1630 +Chromosome Protein Homology CDS 1793814 1794626 . + 0 ID=cds-WP_010950567.1;Parent=gene-BQ2027_RS08310;Dbxref=GenBank:WP_010950567.1;Name=WP_010950567.1;gbkey=CDS;gene=impA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216120.1;locus_tag=BQ2027_RS08310;product=inositol monophosphatase family protein;protein_id=WP_010950567.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1794628 1795431 . + . ID=gene-BQ2027_RS08315;Name=hisF;gbkey=Gene;gene=hisF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08315;old_locus_tag=BQ2027_MB1631 +Chromosome Protein Homology CDS 1794628 1795431 . + 0 ID=cds-WP_003407959.1;Parent=gene-BQ2027_RS08315;Dbxref=GenBank:WP_003407959.1;Name=WP_003407959.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0000107;gbkey=CDS;gene=hisF;go_function=imidazoleglycerol-phosphate synthase activity|0000107||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216121.1;locus_tag=BQ2027_RS08315;product=imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF;protein_id=WP_003407959.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1795428 1795775 . + . ID=gene-BQ2027_RS08320;Name=hisI;gbkey=Gene;gene=hisI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08320;old_locus_tag=BQ2027_MB1632 +Chromosome Protein Homology CDS 1795428 1795775 . + 0 ID=cds-WP_003407963.1;Parent=gene-BQ2027_RS08320;Dbxref=GenBank:WP_003407963.1;Name=WP_003407963.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0004635;gbkey=CDS;gene=hisI;go_function=phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase activity|0004635||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216638.2;locus_tag=BQ2027_RS08320;product=phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase;protein_id=WP_003407963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1795956 1797038 . + . ID=gene-BQ2027_RS08325;Name=chaA;gbkey=Gene;gene=chaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08325;old_locus_tag=BQ2027_MB1633 +Chromosome Protein Homology CDS 1795956 1797038 . + 0 ID=cds-WP_003898943.1;Parent=gene-BQ2027_RS08325;Dbxref=GenBank:WP_003898943.1;Name=WP_003898943.1;Ontology_term=GO:0006812,GO:0006816,GO:0008324,GO:0015369,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=chaA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=monoatomic cation transmembrane transporter activity|0008324||IEA,calcium:proton antiporter activity|0015369||IEA;go_process=monoatomic cation transport|0006812||IEA,calcium ion transport|0006816||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216123.1;locus_tag=BQ2027_RS08325;product=calcium:proton antiporter;protein_id=WP_003898943.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1797073 1797537 . - . ID=gene-BQ2027_RS08330;Name=bcpB;gbkey=Gene;gene=bcpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08330;old_locus_tag=BQ2027_MB1634C +Chromosome Protein Homology CDS 1797073 1797537 . - 0 ID=cds-WP_003407974.1;Parent=gene-BQ2027_RS08330;Dbxref=GenBank:WP_003407974.1;Name=WP_003407974.1;gbkey=CDS;gene=bcpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216124.1;locus_tag=BQ2027_RS08330;product=peroxiredoxin BcpB;protein_id=WP_003407974.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1797678 1799228 . + . ID=gene-BQ2027_RS08335;Name=trpE;gbkey=Gene;gene=trpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08335;old_locus_tag=BQ2027_MB1635 +Chromosome Protein Homology CDS 1797678 1799228 . + 0 ID=cds-WP_003407977.1;Parent=gene-BQ2027_RS08335;Dbxref=GenBank:WP_003407977.1;Name=WP_003407977.1;Ontology_term=GO:0000162,GO:0004049;gbkey=CDS;gene=trpE;go_function=anthranilate synthase activity|0004049||IEA;go_process=L-tryptophan biosynthetic process|0000162||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216125.1;locus_tag=BQ2027_RS08335;product=anthranilate synthase component I;protein_id=WP_003407977.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1799218 1799925 . + . ID=gene-BQ2027_RS08340;Name=BQ2027_RS08340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08340;old_locus_tag=BQ2027_MB1636 +Chromosome Protein Homology CDS 1799218 1799925 . + 0 ID=cds-WP_003407980.1;Parent=gene-BQ2027_RS08340;Dbxref=GenBank:WP_003407980.1;Name=WP_003407980.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216126.1;locus_tag=BQ2027_RS08340;product=TIGR02234 family membrane protein;protein_id=WP_003407980.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1800015 1800833 . + . ID=gene-BQ2027_RS08345;Name=trpC;gbkey=Gene;gene=trpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08345;old_locus_tag=BQ2027_MB1637 +Chromosome Protein Homology CDS 1800015 1800833 . + 0 ID=cds-WP_003407990.1;Parent=gene-BQ2027_RS08345;Dbxref=GenBank:WP_003407990.1;Name=WP_003407990.1;Ontology_term=GO:0006568,GO:0004425;gbkey=CDS;gene=trpC;go_function=indole-3-glycerol-phosphate synthase activity|0004425||IEA;go_process=L-tryptophan metabolic process|0006568||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216127.1;locus_tag=BQ2027_RS08345;product=indole-3-glycerol phosphate synthase TrpC;protein_id=WP_003407990.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1800869 1802134 . + . ID=gene-BQ2027_RS08350;Name=trpB;gbkey=Gene;gene=trpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08350;old_locus_tag=BQ2027_MB1638 +Chromosome Protein Homology CDS 1800869 1802134 . + 0 ID=cds-WP_016721143.1;Parent=gene-BQ2027_RS08350;Dbxref=GenBank:WP_016721143.1;Name=WP_016721143.1;Ontology_term=GO:0000162,GO:0004834;gbkey=CDS;gene=trpB;go_function=tryptophan synthase activity|0004834||IEA;go_process=L-tryptophan biosynthetic process|0000162||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016721143.1;locus_tag=BQ2027_RS08350;product=tryptophan synthase subunit beta;protein_id=WP_016721143.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1802134 1802946 . + . ID=gene-BQ2027_RS08355;Name=trpA;gbkey=Gene;gene=trpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08355;old_locus_tag=BQ2027_MB1639 +Chromosome Protein Homology CDS 1802134 1802946 . + 0 ID=cds-WP_003407999.1;Parent=gene-BQ2027_RS08355;Dbxref=GenBank:WP_003407999.1;Name=WP_003407999.1;Ontology_term=GO:0000162,GO:0004834;gbkey=CDS;gene=trpA;go_function=tryptophan synthase activity|0004834||IEA;go_process=L-tryptophan biosynthetic process|0000162||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216129.1;locus_tag=BQ2027_RS08355;product=tryptophan synthase subunit alpha;protein_id=WP_003407999.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1802946 1804352 . + . ID=gene-BQ2027_RS08360;Name=lgt;gbkey=Gene;gene=lgt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08360;old_locus_tag=BQ2027_MB1640 +Chromosome Protein Homology CDS 1802946 1804352 . + 0 ID=cds-WP_003408002.1;Parent=gene-BQ2027_RS08360;Dbxref=GenBank:WP_003408002.1;Name=WP_003408002.1;gbkey=CDS;gene=lgt;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216130.1;locus_tag=BQ2027_RS08360;product=prolipoprotein diacylglyceryl transferase;protein_id=WP_003408002.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1805028 1805468 . + . ID=gene-BQ2027_RS08370;Name=BQ2027_RS08370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08370;old_locus_tag=BQ2027_MB1641 +Chromosome Protein Homology CDS 1805028 1805468 . + 0 ID=cds-WP_003408004.1;Parent=gene-BQ2027_RS08370;Dbxref=GenBank:WP_003408004.1;Name=WP_003408004.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216131.1;locus_tag=BQ2027_RS08370;product=NINE protein;protein_id=WP_003408004.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1805458 1805856 . + . ID=gene-BQ2027_RS08375;Name=BQ2027_RS08375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08375;old_locus_tag=BQ2027_MB1642 +Chromosome Protein Homology CDS 1805458 1805856 . + 0 ID=cds-WP_003408005.1;Parent=gene-BQ2027_RS08375;Dbxref=GenBank:WP_003408005.1;Name=WP_003408005.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216132.1;locus_tag=BQ2027_RS08375;product=DUF2752 domain-containing protein;protein_id=WP_003408005.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1805964 1807382 . + . ID=gene-BQ2027_RS08380;Name=pyk;gbkey=Gene;gene=pyk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08380;old_locus_tag=BQ2027_MB1643 +Chromosome Protein Homology CDS 1805964 1807382 . + 0 ID=cds-WP_003408013.1;Parent=gene-BQ2027_RS08380;Dbxref=GenBank:WP_003408013.1;Name=WP_003408013.1;Ontology_term=GO:0006096,GO:0000287,GO:0004743,GO:0030955;gbkey=CDS;gene=pyk;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,pyruvate kinase activity|0004743||IEA,potassium ion binding|0030955||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216133.1;locus_tag=BQ2027_RS08380;product=pyruvate kinase;protein_id=WP_003408013.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1807390 1808292 . + . ID=gene-BQ2027_RS08385;Name=tesB;gbkey=Gene;gene=tesB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08385;old_locus_tag=BQ2027_MB1644 +Chromosome Protein Homology CDS 1807390 1808292 . + 0 ID=cds-WP_003408017.1;Parent=gene-BQ2027_RS08385;Dbxref=GenBank:WP_003408017.1;Name=WP_003408017.1;Ontology_term=GO:0006637,GO:0047617;gbkey=CDS;gene=tesB;go_function=fatty acyl-CoA hydrolase activity|0047617||IEA;go_process=acyl-CoA metabolic process|0006637||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216134.1;locus_tag=BQ2027_RS08385;product=acyl-CoA thioesterase II;protein_id=WP_003408017.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1808350 1809804 . + . ID=gene-BQ2027_RS08390;Name=BQ2027_RS08390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08390;old_locus_tag=BQ2027_MB1645 +Chromosome Protein Homology CDS 1808350 1809804 . + 0 ID=cds-WP_003900378.1;Parent=gene-BQ2027_RS08390;Dbxref=GenBank:WP_003900378.1;Name=WP_003900378.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216135.1;locus_tag=BQ2027_RS08390;product=bifunctional lysylphosphatidylglycerol flippase/synthetase MprF;protein_id=WP_003900378.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1809738 1811468 . - . ID=gene-BQ2027_RS08395;Name=cydC;gbkey=Gene;gene=cydC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08395;old_locus_tag=BQ2027_MB1646C +Chromosome Protein Homology CDS 1809738 1811468 . - 0 ID=cds-WP_003908715.1;Parent=gene-BQ2027_RS08395;Dbxref=GenBank:WP_003908715.1;Name=WP_003908715.1;Ontology_term=GO:0033228,GO:0045454,GO:0005524,GO:0033230,GO:0050456,GO:0016020,GO:0055051;gbkey=CDS;gene=cydC;go_component=membrane|0016020||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C integrated substrate binding|0055051||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ABC-type cysteine transporter activity|0033230||IEA,L-cystine reductase (NADH) activity|0050456||IEA;go_process=cysteine export across plasma membrane|0033228||IEA,cell redox homeostasis|0045454||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216136.1;locus_tag=BQ2027_RS08395;product=thiol reductant ABC exporter subunit CydC;protein_id=WP_003908715.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1811465 1813072 . - . ID=gene-BQ2027_RS08400;Name=cydD;gbkey=Gene;gene=cydD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08400;old_locus_tag=BQ2027_MB1647C +Chromosome Protein Homology CDS 1811465 1813072 . - 0 ID=cds-WP_071854213.1;Parent=gene-BQ2027_RS08400;Dbxref=GenBank:WP_071854213.1;Name=WP_071854213.1;Ontology_term=GO:0033228,GO:0045454,GO:0005524,GO:0033230,GO:0050456,GO:0016020,GO:0055051;gbkey=CDS;gene=cydD;go_component=membrane|0016020||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C integrated substrate binding|0055051||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ABC-type cysteine transporter activity|0033230||IEA,L-cystine reductase (NADH) activity|0050456||IEA;go_process=cysteine export across plasma membrane|0033228||IEA,cell redox homeostasis|0045454||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020725080.1;locus_tag=BQ2027_RS08400;product=thiol reductant ABC exporter subunit CydD;protein_id=WP_071854213.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1813135 1814175 . - . ID=gene-BQ2027_RS08405;Name=cydB;gbkey=Gene;gene=cydB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08405;old_locus_tag=BQ2027_MB1648C +Chromosome Protein Homology CDS 1813135 1814175 . - 0 ID=cds-WP_003408024.1;Parent=gene-BQ2027_RS08405;Dbxref=GenBank:WP_003408024.1;Name=WP_003408024.1;Ontology_term=GO:0016682;gbkey=CDS;gene=cydB;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on diphenols and related substances as donors%2C oxygen as acceptor|0016682||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216138.1;locus_tag=BQ2027_RS08405;product=cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II;protein_id=WP_003408024.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1814205 1815662 . - . ID=gene-BQ2027_RS08410;Name=cydA;gbkey=Gene;gene=cydA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08410;old_locus_tag=BQ2027_MB1649C +Chromosome Protein Homology CDS 1814205 1815662 . - 0 ID=cds-WP_003408027.1;Parent=gene-BQ2027_RS08410;Dbxref=GenBank:WP_003408027.1;Name=WP_003408027.1;Ontology_term=GO:0009055,GO:0046872,GO:0016020,GO:0070069;gbkey=CDS;gene=cydA;go_component=membrane|0016020||IEA,cytochrome complex|0070069||IEA;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177824.1;locus_tag=BQ2027_RS08410;product=cytochrome ubiquinol oxidase subunit I;protein_id=WP_003408027.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1815773 1816360 . - . ID=gene-BQ2027_RS08415;Name=BQ2027_RS08415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08415;old_locus_tag=BQ2027_MB1650C +Chromosome Protein Homology CDS 1815773 1816360 . - 0 ID=cds-WP_003408030.1;Parent=gene-BQ2027_RS08415;Dbxref=GenBank:WP_003408030.1;Name=WP_003408030.1;Ontology_term=GO:0009268;gbkey=CDS;go_process=response to pH|0009268||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216140.1;locus_tag=BQ2027_RS08415;product=HdeD family acid-resistance protein;protein_id=WP_003408030.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1816389 1817720 . - . ID=gene-BQ2027_RS08420;Name=cya;gbkey=Gene;gene=cya;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08420;old_locus_tag=BQ2027_MB1651C +Chromosome Protein Homology CDS 1816389 1817720 . - 0 ID=cds-WP_003408035.1;Parent=gene-BQ2027_RS08420;Dbxref=GenBank:WP_003408035.1;Name=WP_003408035.1;gbkey=CDS;gene=cya;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216141.2;locus_tag=BQ2027_RS08420;product=adenylate cyclase;protein_id=WP_003408035.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1817787 1817863 . - . ID=gene-BQ2027_RS08425;Name=BQ2027_RS08425;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS08425;old_locus_tag=BQ2027_LEUV +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 1817787 1817863 . - . ID=rna-BQ2027_RS08425;Parent=gene-BQ2027_RS08425;anticodon=(pos:complement(1817827..1817829));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS08425;product=tRNA-Leu +Chromosome tRNAscan-SE exon 1817787 1817863 . - . ID=exon-BQ2027_RS08425-1;Parent=rna-BQ2027_RS08425;anticodon=(pos:complement(1817827..1817829));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS08425;product=tRNA-Leu +Chromosome RefSeq gene 1817955 1818572 . + . ID=gene-BQ2027_RS08430;Name=BQ2027_RS08430;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08430;old_locus_tag=BQ2027_MB1652 +Chromosome Protein Homology CDS 1817955 1818572 . + 0 ID=cds-WP_003408045.1;Parent=gene-BQ2027_RS08430;Dbxref=GenBank:WP_003408045.1;Name=WP_003408045.1;Ontology_term=GO:0000160;gbkey=CDS;go_process=phosphorelay signal transduction system|0000160||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216142.1;locus_tag=BQ2027_RS08430;product=ANTAR domain-containing response regulator;protein_id=WP_003408045.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1818640 1819848 . - . ID=gene-BQ2027_RS08435;Name=BQ2027_RS08435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08435;old_locus_tag=BQ2027_MB1653C +Chromosome Protein Homology CDS 1818640 1819848 . - 0 ID=cds-WP_003408054.1;Parent=gene-BQ2027_RS08435;Dbxref=GenBank:WP_003408054.1;Name=WP_003408054.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216143.1;locus_tag=BQ2027_RS08435;product=lipid-transfer protein;protein_id=WP_003408054.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1819845 1820336 . - . ID=gene-BQ2027_RS08440;Name=BQ2027_RS08440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08440;old_locus_tag=BQ2027_MB1654C +Chromosome Protein Homology CDS 1819845 1820336 . - 0 ID=cds-WP_003408058.1;Parent=gene-BQ2027_RS08440;Dbxref=GenBank:WP_003408058.1;Name=WP_003408058.1;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216144.1;locus_tag=BQ2027_RS08440;product=Zn-ribbon domain-containing OB-fold protein;protein_id=WP_003408058.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1820440 1823154 . + . ID=gene-BQ2027_RS08445;Name=polA;gbkey=Gene;gene=polA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08445;old_locus_tag=BQ2027_MB1655 +Chromosome Protein Homology CDS 1820440 1823154 . + 0 ID=cds-WP_003408063.1;Parent=gene-BQ2027_RS08445;Dbxref=GenBank:WP_003408063.1;Name=WP_003408063.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003887;gbkey=CDS;gene=polA;go_function=DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216145.1;locus_tag=BQ2027_RS08445;product=DNA polymerase I;protein_id=WP_003408063.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1823317 1824762 . + . ID=gene-BQ2027_RS08450;Name=rpsA;gbkey=Gene;gene=rpsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08450;old_locus_tag=BQ2027_MB1656 +Chromosome Protein Homology CDS 1823317 1824762 . + 0 ID=cds-WP_010950568.1;Parent=gene-BQ2027_RS08450;Dbxref=GenBank:WP_010950568.1;Name=WP_010950568.1;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;gene=rpsA;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216146.1;locus_tag=BQ2027_RS08450;product=30S ribosomal protein S1;protein_id=WP_010950568.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1824788 1826011 . + . ID=gene-BQ2027_RS08455;Name=coaE;gbkey=Gene;gene=coaE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08455;old_locus_tag=BQ2027_MB1657 +Chromosome Protein Homology CDS 1824788 1826011 . + 0 ID=cds-WP_003408069.1;Parent=gene-BQ2027_RS08455;Dbxref=GenBank:WP_003408069.1;Name=WP_003408069.1;Ontology_term=GO:0015937,GO:0004140,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=coaE;go_function=dephospho-CoA kinase activity|0004140||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=coenzyme A biosynthetic process|0015937||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216147.1;locus_tag=BQ2027_RS08455;product=dephospho-CoA kinase;protein_id=WP_003408069.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1826050 1826166 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08475;Name=BQ2027_RS08475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08475;old_locus_tag=BQ2027_MB1661C +Chromosome Protein Homology CDS 1830347 1832017 . - 0 ID=cds-WP_003408080.1;Parent=gene-BQ2027_RS08475;Dbxref=GenBank:WP_003408080.1;Name=WP_003408080.1;Ontology_term=GO:0006486,GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;go_process=protein glycosylation|0006486||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216151.1;locus_tag=BQ2027_RS08475;product=glycosyltransferase family 39 protein;protein_id=WP_003408080.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1832226 1832666 . + . ID=gene-BQ2027_RS08480;Name=BQ2027_RS08480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08480;old_locus_tag=BQ2027_MB1662 +Chromosome Protein Homology CDS 1832226 1832666 . + 0 ID=cds-WP_003408085.1;Parent=gene-BQ2027_RS08480;Dbxref=GenBank:WP_003408085.1;Name=WP_003408085.1;Ontology_term=GO:0042802;gbkey=CDS;go_function=identical protein binding|0042802||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216152.1;locus_tag=BQ2027_RS08480;product=universal stress protein;protein_id=WP_003408085.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1832673 1833350 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08490;Name=uvrA;gbkey=Gene;gene=uvrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08490;old_locus_tag=BQ2027_MB1664 +Chromosome Protein Homology CDS 1833516 1836434 . + 0 ID=cds-WP_003408092.1;Parent=gene-BQ2027_RS08490;Dbxref=GenBank:WP_003408092.1;Name=WP_003408092.1;Ontology_term=GO:0006289,GO:0003677,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=uvrA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=nucleotide-excision repair|0006289||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216154.1;locus_tag=BQ2027_RS08490;product=excinuclease ABC subunit UvrA;protein_id=WP_003408092.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1836491 1836748 . - . ID=gene-BQ2027_RS08495;Name=BQ2027_RS08495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08495;old_locus_tag=BQ2027_MB1665C +Chromosome Protein Homology CDS 1836491 1836748 . - 0 ID=cds-WP_003408096.1;Parent=gene-BQ2027_RS08495;Dbxref=GenBank:WP_003408096.1;Name=WP_003408096.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177650.1;locus_tag=BQ2027_RS08495;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003408096.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1836764 1838233 . - . ID=gene-BQ2027_RS08500;Name=BQ2027_RS08500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08500;old_locus_tag=BQ2027_MB1666C +Chromosome Protein Homology CDS 1836764 1838233 . - 0 ID=cds-WP_003408099.1;Parent=gene-BQ2027_RS08500;Dbxref=GenBank:WP_003408099.1;Name=WP_003408099.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216155.1;locus_tag=BQ2027_RS08500;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003408099.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1838292 1841627 . - . ID=gene-BQ2027_RS08505;Name=lysX;gbkey=Gene;gene=lysX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08505;old_locus_tag=BQ2027_MB1667C +Chromosome Protein Homology CDS 1838292 1841627 . - 0 ID=cds-WP_031702140.1;Parent=gene-BQ2027_RS08505;Dbxref=GenBank:WP_031702140.1;Name=WP_031702140.1;Ontology_term=GO:0006430,GO:0000166,GO:0003676,GO:0004824,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=lysX;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,nucleic acid binding|0003676||IEA,lysine-tRNA ligase activity|0004824||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=lysyl-tRNA aminoacylation|0006430||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011560376.1;locus_tag=BQ2027_RS08505;product=bifunctional lysylphosphatidylglycerol synthetase/lysine--tRNA ligase LysX;protein_id=WP_031702140.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1842047 1842652 . + . ID=gene-BQ2027_RS08510;Name=infC;gbkey=Gene;gene=infC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08510;old_locus_tag=BQ2027_MB1668 +Chromosome Protein Homology CDS 1842047 1842652 . + 0 ID=cds-WP_003901217.1;Parent=gene-BQ2027_RS08510;Dbxref=GenBank:WP_003901217.1;Name=WP_003901217.1;Ontology_term=GO:0006413,GO:0003743;gbkey=CDS;gene=infC;go_function=translation initiation factor activity|0003743||IEA;go_process=translational initiation|0006413||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216157.1;locus_tag=BQ2027_RS08510;product=translation initiation factor IF-3;protein_id=WP_003901217.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1842702 1842896 . + . ID=gene-BQ2027_RS08515;Name=rpmI;gbkey=Gene;gene=rpmI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08515;old_locus_tag=BQ2027_MB1669 +Chromosome Protein Homology CDS 1842702 1842896 . + 0 ID=cds-WP_003408106.1;Parent=gene-BQ2027_RS08515;Dbxref=GenBank:WP_003408106.1;Name=WP_003408106.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmI;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003876267.1;locus_tag=BQ2027_RS08515;product=50S ribosomal protein L35;protein_id=WP_003408106.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1842958 1843347 . + . ID=gene-BQ2027_RS08520;Name=rplT;gbkey=Gene;gene=rplT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08520;old_locus_tag=BQ2027_MB1670 +Chromosome Protein Homology CDS 1842958 1843347 . + 0 ID=cds-WP_003408108.1;Parent=gene-BQ2027_RS08520;Dbxref=GenBank:WP_003408108.1;Name=WP_003408108.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000315,GO:0022625;gbkey=CDS;gene=rplT;go_component=organellar large ribosomal subunit|0000315||IEA,cytosolic large ribosomal subunit|0022625||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216159.1;locus_tag=BQ2027_RS08520;product=50S ribosomal protein L20;protein_id=WP_003408108.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1843380 1844162 . + . ID=gene-BQ2027_RS08525;Name=tsnR;gbkey=Gene;gene=tsnR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08525;old_locus_tag=BQ2027_MB1671 +Chromosome Protein Homology CDS 1843380 1844162 . + 0 ID=cds-WP_003408112.1;Parent=gene-BQ2027_RS08525;Dbxref=GenBank:WP_003408112.1;Name=WP_003408112.1;Ontology_term=GO:0006396,GO:0032259,GO:0003723,GO:0008173,GO:1904047;gbkey=CDS;gene=tsnR;go_function=RNA binding|0003723||IEA,RNA methyltransferase activity|0008173||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=RNA processing|0006396||IEA,methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216160.1;locus_tag=BQ2027_RS08525;product=TrmH family RNA methyltransferase;protein_id=WP_003408112.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1844173 1845228 . - . ID=gene-BQ2027_RS08530;Name=BQ2027_RS08530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08530;old_locus_tag=BQ2027_MB1672C +Chromosome Protein Homology CDS 1844173 1845228 . - 0 ID=cds-WP_003408141.1;Parent=gene-BQ2027_RS08530;Dbxref=GenBank:WP_003408141.1;Name=WP_003408141.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216161.1;locus_tag=BQ2027_RS08530;product=oxygenase MpaB family protein;protein_id=WP_003408141.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1845538 1846470 . + . ID=gene-BQ2027_RS08535;Name=BQ2027_RS08535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08535;old_locus_tag=BQ2027_MB1673 +Chromosome Protein Homology CDS 1845538 1846470 . + 0 ID=cds-WP_003900384.1;Parent=gene-BQ2027_RS08535;Dbxref=GenBank:WP_003900384.1;Name=WP_003900384.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177825.1;locus_tag=BQ2027_RS08535;product=PE family protein;protein_id=WP_003900384.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1846584 1847498 . + . ID=gene-BQ2027_RS08540;Name=BQ2027_RS08540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08540;old_locus_tag=BQ2027_MB1674 +Chromosome Protein Homology CDS 1846584 1847498 . + 0 ID=cds-WP_003913695.1;Parent=gene-BQ2027_RS08540;Dbxref=GenBank:WP_003913695.1;Name=WP_003913695.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003913695.1;locus_tag=BQ2027_RS08540;product=adenylate cyclase;protein_id=WP_003913695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1847505 1848311 . + . ID=gene-BQ2027_RS08545;Name=BQ2027_RS08545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08545;old_locus_tag=BQ2027_MB1675 +Chromosome Protein Homology CDS 1847505 1848311 . + 0 ID=cds-WP_003408145.1;Parent=gene-BQ2027_RS08545;Dbxref=GenBank:WP_003408145.1;Name=WP_003408145.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216164.1;locus_tag=BQ2027_RS08545;product=rhomboid-like protein;protein_id=WP_003408145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1848507 1849532 . + . ID=gene-BQ2027_RS08550;Name=pheS;gbkey=Gene;gene=pheS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08550;old_locus_tag=BQ2027_MB1676 +Chromosome Protein Homology CDS 1848507 1849532 . + 0 ID=cds-WP_003901219.1;Parent=gene-BQ2027_RS08550;Dbxref=GenBank:WP_003901219.1;Name=WP_003901219.1;Ontology_term=GO:0006432,GO:0000166,GO:0004826,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=pheS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,phenylalanine-tRNA ligase activity|0004826||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=phenylalanyl-tRNA aminoacylation|0006432||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003920416.1;locus_tag=BQ2027_RS08550;product=phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha;protein_id=WP_003901219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1849532 1852027 . + . ID=gene-BQ2027_RS08555;Name=pheT;gbkey=Gene;gene=pheT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08555;old_locus_tag=BQ2027_MB1677 +Chromosome Protein Homology CDS 1849532 1852027 . + 0 ID=cds-WP_003408148.1;Parent=gene-BQ2027_RS08555;Dbxref=GenBank:WP_003408148.1;Name=WP_003408148.1;Ontology_term=GO:0006432,GO:0000287,GO:0004826,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=pheT;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,phenylalanine-tRNA ligase activity|0004826||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=phenylalanyl-tRNA aminoacylation|0006432||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216166.1;locus_tag=BQ2027_RS08555;product=phenylalanine--tRNA ligase subunit beta;protein_id=WP_003408148.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1852121 1855177 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08590;Name=argR;gbkey=Gene;gene=argR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08590;old_locus_tag=BQ2027_MB1685 +Chromosome Protein Homology CDS 1860637 1861149 . + 0 ID=cds-WP_003408178.1;Parent=gene-BQ2027_RS08590;Dbxref=GenBank:WP_003408178.1;Name=WP_003408178.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0006525,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=argR;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA,arginine metabolic process|0006525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216173.1;locus_tag=BQ2027_RS08590;product=arginine repressor;protein_id=WP_003408178.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1861158 1862354 . + . ID=gene-BQ2027_RS08595;Name=argG;gbkey=Gene;gene=argG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08595;old_locus_tag=BQ2027_MB1686 +Chromosome Protein Homology CDS 1861158 1862354 . + 0 ID=cds-WP_003408179.1;Parent=gene-BQ2027_RS08595;Dbxref=GenBank:WP_003408179.1;Name=WP_003408179.1;Ontology_term=GO:0006526,GO:0004055,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=argG;go_function=argininosuccinate synthase activity|0004055||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=L-arginine biosynthetic process|0006526||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216174.1;locus_tag=BQ2027_RS08595;product=argininosuccinate synthase;protein_id=WP_003408179.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1862434 1863846 . + . ID=gene-BQ2027_RS08600;Name=argH;gbkey=Gene;gene=argH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08600;old_locus_tag=BQ2027_MB1687 +Chromosome Protein Homology CDS 1862434 1863846 . + 0 ID=cds-WP_003408180.1;Parent=gene-BQ2027_RS08600;Dbxref=GenBank:WP_003408180.1;Name=WP_003408180.1;Ontology_term=GO:0042450,GO:0004056;gbkey=CDS;gene=argH;go_function=argininosuccinate lyase activity|0004056||IEA;go_process=L-arginine biosynthetic process via ornithine|0042450||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216175.1;locus_tag=BQ2027_RS08600;product=argininosuccinate lyase;protein_id=WP_003408180.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1863955 1865016 . + . ID=gene-BQ2027_RS08605;Name=BQ2027_RS08605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08605;old_locus_tag=BQ2027_MB1688 +Chromosome Protein Homology CDS 1863955 1865016 . + 0 ID=cds-WP_003408181.1;Parent=gene-BQ2027_RS08605;Dbxref=GenBank:WP_003408181.1;Name=WP_003408181.1;Ontology_term=GO:0030639,GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;go_process=polyketide biosynthetic process|0030639||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216176.1;locus_tag=BQ2027_RS08605;product=type III polyketide synthase;protein_id=WP_003408181.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1865099 1871479 . + . ID=gene-BQ2027_RS08610;Name=BQ2027_RS08610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08610;old_locus_tag=BQ2027_MB1689 +Chromosome Protein Homology CDS 1865099 1871479 . + 0 ID=cds-WP_010950571.1;Parent=gene-BQ2027_RS08610;Dbxref=GenBank:WP_010950571.1;Name=WP_010950571.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216177.1;locus_tag=BQ2027_RS08610;product=type I polyketide synthase;protein_id=WP_010950571.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1871499 1876307 . + . ID=gene-BQ2027_RS08615;Name=BQ2027_RS08615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08615;old_locus_tag=BQ2027_MB1690 +Chromosome Protein Homology CDS 1871499 1876307 . + 0 ID=cds-WP_010950572.1;Parent=gene-BQ2027_RS08615;Dbxref=GenBank:WP_010950572.1;Name=WP_010950572.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216178.1;locus_tag=BQ2027_RS08615;product=type I polyketide synthase;protein_id=WP_010950572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1876283 1877815 . + . ID=gene-BQ2027_RS20385;Name=BQ2027_RS20385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20385;old_locus_tag=BQ2027_MB1691 +Chromosome Protein Homology CDS 1876283 1877815 . + 0 ID=cds-WP_003901230.1;Parent=gene-BQ2027_RS20385;Dbxref=GenBank:WP_003901230.1;Name=WP_003901230.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF020243.6;locus_tag=BQ2027_RS20385;product=type I polyketide synthase;protein_id=WP_003901230.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1877821 1880874 . + . ID=gene-BQ2027_RS08620;Name=BQ2027_RS08620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08620;old_locus_tag=BQ2027_MB1692 +Chromosome Protein Homology CDS 1877821 1880874 . + 0 ID=cds-WP_003910414.1;Parent=gene-BQ2027_RS08620;Dbxref=GenBank:WP_003910414.1;Name=WP_003910414.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0030639,GO:0034081;gbkey=CDS;go_component=polyketide synthase complex|0034081||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA,polyketide biosynthetic process|0030639||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216180.1;locus_tag=BQ2027_RS08620;product=type I polyketide synthase;protein_id=WP_003910414.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1881021 1882082 . + . ID=gene-BQ2027_RS08625;Name=BQ2027_RS08625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08625;old_locus_tag=BQ2027_MB1693 +Chromosome Protein Homology CDS 1881021 1882082 . + 0 ID=cds-WP_003408248.1;Parent=gene-BQ2027_RS08625;Dbxref=GenBank:WP_003408248.1;Name=WP_003408248.1;Ontology_term=GO:0030639,GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;go_process=polyketide biosynthetic process|0030639||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216181.1;locus_tag=BQ2027_RS08625;product=type III polyketide synthase;protein_id=WP_003408248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1882065 1883357 . - . ID=gene-BQ2027_RS08630;Name=BQ2027_RS08630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08630;old_locus_tag=BQ2027_MB1694C +Chromosome Protein Homology CDS 1882065 1883357 . - 0 ID=cds-WP_003901231.1;Parent=gene-BQ2027_RS08630;Dbxref=GenBank:WP_003901231.1;Name=WP_003901231.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216182.1;locus_tag=BQ2027_RS08630;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003901231.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1883372 1885147 . - . ID=gene-BQ2027_RS08635;Name=BQ2027_RS08635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08635;old_locus_tag=BQ2027_MB1695C +Chromosome Protein Homology CDS 1883372 1885147 . - 0 ID=cds-WP_003408257.1;Parent=gene-BQ2027_RS08635;Dbxref=GenBank:WP_003408257.1;Name=WP_003408257.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303143.1;locus_tag=BQ2027_RS08635;product=ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;protein_id=WP_003408257.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1885530 1885892 . + . ID=gene-BQ2027_RS08640;Name=BQ2027_RS08640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08640;old_locus_tag=BQ2027_MB1696 +Chromosome Protein Homology CDS 1885530 1885892 . + 0 ID=cds-WP_003901232.1;Parent=gene-BQ2027_RS08640;Dbxref=GenBank:WP_003901232.1;Name=WP_003901232.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216185.1;locus_tag=BQ2027_RS08640;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901232.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1885925 1886272 . + . ID=gene-BQ2027_RS08645;Name=BQ2027_RS08645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08645;old_locus_tag=BQ2027_MB1697 +Chromosome Protein Homology CDS 1885925 1886272 . + 0 ID=cds-WP_003408261.1;Parent=gene-BQ2027_RS08645;Dbxref=GenBank:WP_003408261.1;Name=WP_003408261.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216186.1;locus_tag=BQ2027_RS08645;product=DUF427 domain-containing protein;protein_id=WP_003408261.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1886280 1886672 . + . ID=gene-BQ2027_RS08650;Name=BQ2027_RS08650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08650;old_locus_tag=BQ2027_MB1698 +Chromosome Protein Homology CDS 1886280 1886672 . + 0 ID=cds-WP_003408263.1;Parent=gene-BQ2027_RS08650;Dbxref=GenBank:WP_003408263.1;Name=WP_003408263.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216187.1;locus_tag=BQ2027_RS08650;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003408263.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1886681 1888012 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08760;Name=BQ2027_RS08760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08760;old_locus_tag=BQ2027_MB1718 +Chromosome Protein Homology CDS 1906449 1907510 . + 0 ID=cds-WP_003408380.1;Parent=gene-BQ2027_RS08760;Dbxref=GenBank:WP_003408380.1;Name=WP_003408380.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216208.1;locus_tag=BQ2027_RS08760;product=HAD-IIA family hydrolase;protein_id=WP_003408380.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1907507 1907683 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08770;Name=tlyA;gbkey=Gene;gene=tlyA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08770;old_locus_tag=BQ2027_MB1720 +Chromosome Protein Homology CDS 1907691 1908497 . + 0 ID=cds-WP_003408382.1;Parent=gene-BQ2027_RS08770;Dbxref=GenBank:WP_003408382.1;Name=WP_003408382.1;gbkey=CDS;gene=tlyA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216210.1;locus_tag=BQ2027_RS08770;product=16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA;protein_id=WP_003408382.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1908497 1909420 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08780;Name=recN;gbkey=Gene;gene=recN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08780;old_locus_tag=BQ2027_MB1722 +Chromosome Protein Homology CDS 1909434 1911197 . + 0 ID=cds-WP_003408385.1;Parent=gene-BQ2027_RS08780;Dbxref=GenBank:WP_003408385.1;Name=WP_003408385.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=recN;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216212.1;locus_tag=BQ2027_RS08780;product=DNA repair protein RecN;protein_id=WP_003408385.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1911293 1912474 . + . ID=gene-BQ2027_RS08785;Name=steA;gbkey=Gene;gene=steA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08785;old_locus_tag=BQ2027_MB1723 +Chromosome Protein Homology CDS 1911293 1912474 . + 0 ID=cds-WP_003408387.1;Parent=gene-BQ2027_RS08785;Dbxref=GenBank:WP_003408387.1;Name=WP_003408387.1;gbkey=CDS;gene=steA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216213.1;locus_tag=BQ2027_RS08785;product=putative cytokinetic ring protein SteA;protein_id=WP_003408387.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1912496 1913440 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08820;Name=BQ2027_RS08820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08820;old_locus_tag=BQ2027_MB1729C +Chromosome Protein Homology CDS 1918881 1919630 . - 0 ID=cds-WP_014848103.1;Parent=gene-BQ2027_RS08820;Dbxref=GenBank:WP_014848103.1;Name=WP_014848103.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008171,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,O-methyltransferase activity|0008171||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216219.4;locus_tag=BQ2027_RS08820;product=O-methyltransferase;protein_id=WP_014848103.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1919536 1921206 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08830;Name=BQ2027_RS08830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08830;old_locus_tag=BQ2027_MB1731C +Chromosome Protein Homology CDS 1921247 1922404 . - 0 ID=cds-WP_003408416.1;Parent=gene-BQ2027_RS08830;Dbxref=GenBank:WP_003408416.1;Name=WP_003408416.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177827.1;locus_tag=BQ2027_RS08830;product=PPE family protein;protein_id=WP_003408416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1922444 1923478 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08845;Name=BQ2027_RS08845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08845;old_locus_tag=BQ2027_MB1734 +Chromosome Protein Homology CDS 1924632 1926092 . + 0 ID=cds-WP_010950576.1;Parent=gene-BQ2027_RS08845;Dbxref=GenBank:WP_010950576.1;Name=WP_010950576.1;Ontology_term=GO:0015103,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=inorganic anion transmembrane transporter activity|0015103||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216223.1;locus_tag=BQ2027_RS08845;product=SulP family inorganic anion transporter;protein_id=WP_010950576.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1926203 1927066 . + . ID=gene-BQ2027_RS08850;Name=BQ2027_RS08850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08850;old_locus_tag=BQ2027_MB1735 +Chromosome Protein Homology CDS 1926203 1927066 . + 0 ID=cds-WP_031652244.1;Parent=gene-BQ2027_RS08850;Dbxref=GenBank:WP_031652244.1;Name=WP_031652244.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911586.1;locus_tag=BQ2027_RS08850;product=ParA family protein;protein_id=WP_031652244.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1927063 1927899 . + . ID=gene-BQ2027_RS08855;Name=scpA;gbkey=Gene;gene=scpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08855;old_locus_tag=BQ2027_MB1736 +Chromosome Protein Homology CDS 1927063 1927899 . + 0 ID=cds-WP_003408432.1;Parent=gene-BQ2027_RS08855;Dbxref=GenBank:WP_003408432.1;Name=WP_003408432.1;gbkey=CDS;gene=scpA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216225.1;locus_tag=BQ2027_RS08855;product=segregation/condensation protein A;protein_id=WP_003408432.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1927896 1928591 . + . ID=gene-BQ2027_RS08860;Name=scpB;gbkey=Gene;gene=scpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08860;old_locus_tag=BQ2027_MB1737 +Chromosome Protein Homology CDS 1927896 1928591 . + 0 ID=cds-WP_003408436.1;Parent=gene-BQ2027_RS08860;Dbxref=GenBank:WP_003408436.1;Name=WP_003408436.1;Ontology_term=GO:0007059,GO:0005515;gbkey=CDS;gene=scpB;go_function=protein binding|0005515||IEA;go_process=chromosome segregation|0007059||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216226.1;locus_tag=BQ2027_RS08860;product=SMC-Scp complex subunit ScpB;protein_id=WP_003408436.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1928588 1929352 . + . ID=gene-BQ2027_RS08865;Name=BQ2027_RS08865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08865;old_locus_tag=BQ2027_MB1738 +Chromosome Protein Homology CDS 1928588 1929352 . + 0 ID=cds-WP_003408439.1;Parent=gene-BQ2027_RS08865;Dbxref=GenBank:WP_003408439.1;Name=WP_003408439.1;Ontology_term=GO:0001522,GO:0009451,GO:0003723,GO:0009982,GO:0140098;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,pseudouridine synthase activity|0009982||IEA,catalytic activity%2C acting on RNA|0140098||IEA;go_process=pseudouridine synthesis|0001522||IEA,RNA modification|0009451||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216227.1;locus_tag=BQ2027_RS08865;product=pseudouridine synthase;protein_id=WP_003408439.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1929349 1930041 . + . ID=gene-BQ2027_RS08870;Name=cmk;gbkey=Gene;gene=cmk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08870;old_locus_tag=BQ2027_MB1739 +Chromosome Protein Homology CDS 1929349 1930041 . + 0 ID=cds-WP_003408441.1;Parent=gene-BQ2027_RS08870;Dbxref=GenBank:WP_003408441.1;Name=WP_003408441.1;Ontology_term=GO:0015949,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=cmk;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=nucleobase-containing small molecule interconversion|0015949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216228.1;locus_tag=BQ2027_RS08870;product=(d)CMP kinase;protein_id=WP_003408441.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1930038 1931429 . + . ID=gene-BQ2027_RS08875;Name=der;gbkey=Gene;gene=der;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08875;old_locus_tag=BQ2027_MB1740 +Chromosome Protein Homology CDS 1930038 1931429 . + 0 ID=cds-WP_003898984.1;Parent=gene-BQ2027_RS08875;Dbxref=GenBank:WP_003898984.1;Name=WP_003898984.1;Ontology_term=GO:0005525;gbkey=CDS;gene=der;go_function=GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216229.1;locus_tag=BQ2027_RS08875;product=ribosome biogenesis GTPase Der;protein_id=WP_003898984.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1931603 1932415 . + . ID=gene-BQ2027_RS08880;Name=BQ2027_RS08880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08880;old_locus_tag=BQ2027_MB1741 +Chromosome Protein Homology CDS 1931603 1932415 . + 0 ID=cds-WP_003408444.1;Parent=gene-BQ2027_RS08880;Dbxref=GenBank:WP_003408444.1;Name=WP_003408444.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216230.1;locus_tag=BQ2027_RS08880;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003408444.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1932409 1933323 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08890;Name=BQ2027_RS08890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08890;old_locus_tag=BQ2027_MB1744 +Chromosome Protein Homology CDS 1933326 1934156 . + 0 ID=cds-WP_003408448.1;Parent=gene-BQ2027_RS08890;Dbxref=GenBank:WP_003408448.1;Name=WP_003408448.1;Ontology_term=GO:0016812,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds%2C in cyclic amides|0016812||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003907750.1;locus_tag=BQ2027_RS08890;product=cyclase family protein;protein_id=WP_003408448.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1934156 1934506 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08915;Name=BQ2027_RS08915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08915;old_locus_tag=BQ2027_MB1749C +Chromosome Protein Homology CDS 1936779 1937168 . - 0 ID=cds-WP_003408465.1;Parent=gene-BQ2027_RS08915;Dbxref=GenBank:WP_003408465.1;Name=WP_003408465.1;Ontology_term=GO:0004540;gbkey=CDS;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216236.1;locus_tag=BQ2027_RS08915;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003408465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1937165 1937392 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08930;Name=BQ2027_RS08930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08930;old_locus_tag=BQ2027_MB1752 +Chromosome Protein Homology CDS 1939091 1940338 . + 0 ID=cds-WP_003408476.1;Parent=gene-BQ2027_RS08930;Dbxref=GenBank:WP_003408476.1;Name=WP_003408476.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216239.1;locus_tag=BQ2027_RS08930;product=serine hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003408476.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1940381 1940800 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS08950;Name=BQ2027_RS08950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08950;old_locus_tag=BQ2027_MB1756 +Chromosome Protein Homology CDS 1943019 1943588 . + 0 ID=cds-WP_003408493.1;Parent=gene-BQ2027_RS08950;Dbxref=GenBank:WP_003408493.1;Name=WP_003408493.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216243.1;locus_tag=BQ2027_RS08950;product=TIGR03086 family metal-binding protein;protein_id=WP_003408493.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1943613 1944383 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20990;Name=BQ2027_RS20990;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20990;partial=true;pseudo=true;start_range=.,1947201 +Chromosome Protein Homology CDS 1947201 1947330 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20990;Parent=gene-BQ2027_RS20990;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178014.1;locus_tag=BQ2027_RS20990;partial=true;product=galactofuranosyl transferase;pseudo=true;start_range=.,1947201;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1947483 1949039 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS08980;Name=BQ2027_RS08980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08980;old_locus_tag=BQ2027_MB1762C +Chromosome Protein Homology CDS 1949661 1950293 . - 0 ID=cds-WP_003408506.1;Parent=gene-BQ2027_RS08980;Dbxref=GenBank:WP_003408506.1;Name=WP_003408506.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216249.1;locus_tag=BQ2027_RS08980;product=Rv1733c family protein;protein_id=WP_003408506.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1950580 1950822 . - . ID=gene-BQ2027_RS08985;Name=BQ2027_RS08985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08985;old_locus_tag=BQ2027_MB1763C +Chromosome Protein Homology CDS 1950580 1950822 . - 0 ID=cds-WP_010950582.1;Parent=gene-BQ2027_RS08985;Dbxref=GenBank:WP_010950582.1;Name=WP_010950582.1;Ontology_term=GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014000907.1;locus_tag=BQ2027_RS08985;product=2-oxo acid dehydrogenase subunit E2;protein_id=WP_010950582.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1951097 1951690 . - . ID=gene-BQ2027_RS08990;Name=BQ2027_RS08990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS08990;old_locus_tag=BQ2027_MB1764C +Chromosome Protein Homology CDS 1951097 1951690 . - 0 ID=cds-WP_003898991.1;Parent=gene-BQ2027_RS08990;Dbxref=GenBank:WP_003898991.1;Name=WP_003898991.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF015552.6;locus_tag=BQ2027_RS08990;product=tellurite resistance/C4-dicarboxylate transporter family protein;protein_id=WP_003898991.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1951693 1951935 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09000;Name=narI;gbkey=Gene;gene=narI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09000;old_locus_tag=BQ2027_MB1765C +Chromosome Protein Homology CDS 1952034 1953992 . - 0 ID=cds-WP_010950583.1;Parent=gene-BQ2027_RS09000;Dbxref=GenBank:WP_010950583.1;Name=WP_010950583.1;Ontology_term=GO:0019645,GO:0008940,GO:0009325;gbkey=CDS;gene=narI;go_component=nitrate reductase complex|0009325||IEA;go_function=nitrate reductase activity|0008940||IEA;go_process=anaerobic electron transport chain|0019645||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216252.1;locus_tag=BQ2027_RS09000;product=respiratory nitrate reductase subunit gamma;protein_id=WP_010950583.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1953989 1955176 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09070;Name=fadD1;gbkey=Gene;gene=fadD1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09070;old_locus_tag=BQ2027_MB1779C +Chromosome Protein Homology CDS 1967776 1969374 . - 0 ID=cds-WP_003408558.1;Parent=gene-BQ2027_RS09070;Dbxref=GenBank:WP_003408558.1;Name=WP_003408558.1;gbkey=CDS;gene=fadD1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216266.1;locus_tag=BQ2027_RS09070;product=fatty-acid--CoA ligase FadD1;protein_id=WP_003408558.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1969572 1970810 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09085;Name=BQ2027_RS09085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09085;old_locus_tag=BQ2027_MB1782C +Chromosome Protein Homology CDS 1971421 1974576 . - 0 ID=cds-WP_010950590.1;Parent=gene-BQ2027_RS09085;Dbxref=GenBank:WP_010950590.1;Name=WP_010950590.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015345089.1;locus_tag=BQ2027_RS09085;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950590.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1974780 1976471 . - . ID=gene-BQ2027_RS09090;Name=BQ2027_RS09090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09090;old_locus_tag=BQ2027_MB1783C +Chromosome Protein Homology CDS 1974780 1976471 . - 0 ID=cds-WP_003408678.1;Parent=gene-BQ2027_RS09090;Dbxref=GenBank:WP_003408678.1;Name=WP_003408678.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216270.1;locus_tag=BQ2027_RS09090;product=DUF4185 domain-containing protein;protein_id=WP_003408678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1976655 1978232 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09105;Name=BQ2027_RS09105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09105;old_locus_tag=BQ2027_MB1786 +Chromosome Protein Homology CDS 1979698 1980801 . + 0 ID=cds-WP_003911638.1;Parent=gene-BQ2027_RS09105;Dbxref=GenBank:WP_003911638.1;Name=WP_003911638.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015293176.1;locus_tag=BQ2027_RS09105;product=sulfite oxidase;protein_id=WP_003911638.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1981002 1983839 . + . ID=gene-BQ2027_RS09110;Name=BQ2027_RS09110;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09110;old_locus_tag=BQ2027_MB1787 +Chromosome Protein Homology CDS 1981002 1983839 . + 0 ID=cds-WP_003903597.1;Parent=gene-BQ2027_RS09110;Dbxref=GenBank:WP_003903597.1;Name=WP_003903597.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288153.1;locus_tag=BQ2027_RS09110;product=MMPL/RND family transporter;protein_id=WP_003903597.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 1984160 1984816 . + . ID=gene-BQ2027_RS09115;Name=cut1;gbkey=Gene;gene=cut1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09115;old_locus_tag=BQ2027_MB1788 +Chromosome Protein Homology CDS 1984160 1984816 . + 0 ID=cds-WP_010950592.1;Parent=gene-BQ2027_RS09115;Dbxref=GenBank:WP_010950592.1;Name=WP_010950592.1;gbkey=CDS;gene=cut1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288154.1;locus_tag=BQ2027_RS09115;product=cutinase Cut1;protein_id=WP_010950592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 1985083 1987826 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09200;Name=BQ2027_RS09200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09200;old_locus_tag=BQ2027_MB1803 +Chromosome Protein Homology CDS 2002699 2004039 . + 0 ID=cds-WP_003899017.1;Parent=gene-BQ2027_RS09200;Dbxref=GenBank:WP_003899017.1;Name=WP_003899017.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0071949;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216290.1;locus_tag=BQ2027_RS09200;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003899017.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2004039 2004857 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09225;Name=BQ2027_RS09225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09225;old_locus_tag=BQ2027_MB1808C +Chromosome Protein Homology CDS 2007553 2009346 . - 0 ID=cds-WP_003408781.1;Parent=gene-BQ2027_RS09225;Dbxref=GenBank:WP_003408781.1;Name=WP_003408781.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216295.1;locus_tag=BQ2027_RS09225;product=DUF4407 domain-containing protein;protein_id=WP_003408781.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2009566 2010129 . + . ID=gene-BQ2027_RS09230;Name=BQ2027_RS09230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09230;old_locus_tag=BQ2027_MB1809 +Chromosome Protein Homology CDS 2009566 2010129 . + 0 ID=cds-WP_003408792.1;Parent=gene-BQ2027_RS09230;Dbxref=GenBank:WP_003408792.1;Name=WP_003408792.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216296.1;locus_tag=BQ2027_RS09230;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003408792.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2010169 2012343 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09245;Name=eccC5;gbkey=Gene;gene=eccC5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09245;old_locus_tag=BQ2027_MB1812 +Chromosome Protein Homology CDS 2014124 2018299 . + 0 ID=cds-WP_010950600.1;Parent=gene-BQ2027_RS09245;Dbxref=GenBank:WP_010950600.1;Name=WP_010950600.1;gbkey=CDS;gene=eccC5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410461.1;locus_tag=BQ2027_RS09245;product=type VII secretion system ESX-5 FtsK/SpoIIIE family ATPase EccC5;protein_id=WP_010950600.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2018314 2019495 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09275;Name=BQ2027_RS09275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09275;old_locus_tag=BQ2027_MB1818 +Chromosome Protein Homology CDS 2023289 2024341 . + 0 ID=cds-WP_010950603.1;Parent=gene-BQ2027_RS09275;Dbxref=GenBank:WP_010950603.1;Name=WP_010950603.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177836.1;locus_tag=BQ2027_RS09275;product=type VII secretion system ESX-5 target PPE27;protein_id=WP_010950603.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2024768 2025067 . + . ID=gene-BQ2027_RS09280;Name=BQ2027_RS09280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09280;old_locus_tag=BQ2027_MB1819 +Chromosome Protein Homology CDS 2024768 2025067 . + 0 ID=cds-WP_003408807.1;Parent=gene-BQ2027_RS09280;Dbxref=GenBank:WP_003408807.1;Name=WP_003408807.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177837.1;locus_tag=BQ2027_RS09280;product=type VII secretion system ESX-5 target PE19;protein_id=WP_003408807.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2025211 2025507 . + . ID=gene-BQ2027_RS09285;Name=esxJ;gbkey=Gene;gene=esxJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09285;old_locus_tag=BQ2027_MB1820 +Chromosome Protein Homology CDS 2025211 2025507 . + 0 ID=cds-WP_003408810.1;Parent=gene-BQ2027_RS09285;Dbxref=GenBank:WP_003408810.1;Name=WP_003408810.1;gbkey=CDS;gene=esxJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215554.1;locus_tag=BQ2027_RS09285;product=type VII secretion system ESX-5 protein EsxJ;protein_id=WP_003408810.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2025558 2025842 . + . ID=gene-BQ2027_RS09290;Name=esxN;gbkey=Gene;gene=esxN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09290;old_locus_tag=BQ2027_MB1821 +Chromosome Protein Homology CDS 2025558 2025842 . + 0 ID=cds-WP_003408840.1;Parent=gene-BQ2027_RS09290;Dbxref=GenBank:WP_003408840.1;Name=WP_003408840.1;gbkey=CDS;gene=esxN;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177838.1;locus_tag=BQ2027_RS09290;product=effector;protein_id=WP_003408840.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2025930 2026832 . + . ID=gene-BQ2027_RS09295;Name=BQ2027_RS09295;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09295;old_locus_tag=BQ2027_MB1822 +Chromosome Protein Homology CDS 2025930 2026832 . + 0 ID=cds-WP_003408846.1;Parent=gene-BQ2027_RS09295;Dbxref=GenBank:WP_003408846.1;Name=WP_003408846.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216310.1;locus_tag=BQ2027_RS09295;product=ESX secretion-associated protein EspG;protein_id=WP_003408846.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2027104 2028615 . + . ID=gene-BQ2027_RS09300;Name=eccD5;gbkey=Gene;gene=eccD5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09300;old_locus_tag=BQ2027_MB1823 +Chromosome Protein Homology CDS 2027104 2028615 . + 0 ID=cds-WP_010950604.1;Parent=gene-BQ2027_RS09300;Dbxref=GenBank:WP_010950604.1;Name=WP_010950604.1;gbkey=CDS;gene=eccD5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216311.1;locus_tag=BQ2027_RS09300;product=type VII secretion system ESX-5 subunit EccD5;protein_id=WP_010950604.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2028593 2030350 . + . ID=gene-BQ2027_RS09305;Name=mycP5;gbkey=Gene;gene=mycP5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09305;old_locus_tag=BQ2027_MB1824 +Chromosome Protein Homology CDS 2028593 2030350 . + 0 ID=cds-WP_003408854.1;Parent=gene-BQ2027_RS09305;Dbxref=GenBank:WP_003408854.1;Name=WP_003408854.1;gbkey=CDS;gene=mycP5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216312.1;locus_tag=BQ2027_RS09305;product=type VII secretion system ESX-5 serine protease mycosin MycP5;protein_id=WP_003408854.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2030347 2031567 . + . ID=gene-BQ2027_RS09310;Name=eccE5;gbkey=Gene;gene=eccE5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09310;old_locus_tag=BQ2027_MB1825 +Chromosome Protein Homology CDS 2030347 2031567 . + 0 ID=cds-WP_003408859.1;Parent=gene-BQ2027_RS09310;Dbxref=GenBank:WP_003408859.1;Name=WP_003408859.1;gbkey=CDS;gene=eccE5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216313.1;locus_tag=BQ2027_RS09310;product=type VII secretion system ESX-5 subunit EccE5;protein_id=WP_003408859.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2031564 2033396 . + . ID=gene-BQ2027_RS09315;Name=eccA5;gbkey=Gene;gene=eccA5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09315;old_locus_tag=BQ2027_MB1826 +Chromosome Protein Homology CDS 2031564 2033396 . + 0 ID=cds-WP_003408868.1;Parent=gene-BQ2027_RS09315;Dbxref=GenBank:WP_003408868.1;Name=WP_003408868.1;gbkey=CDS;gene=eccA5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216314.1;locus_tag=BQ2027_RS09315;product=type VII secretion system ESX-5 AAA family ATPase EccA5;protein_id=WP_003408868.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2034023 2034214 . + . ID=gene-BQ2027_RS09320;Name=BQ2027_RS09320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09320;old_locus_tag=BQ2027_MB1827 +Chromosome Protein Homology CDS 2034023 2034214 . + 0 ID=cds-WP_003899024.1;Parent=gene-BQ2027_RS09320;Dbxref=GenBank:WP_003899024.1;Name=WP_003899024.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216315.1;locus_tag=BQ2027_RS09320;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899024.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2034317 2036284 . + . ID=gene-BQ2027_RS09325;Name=BQ2027_RS09325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09325;old_locus_tag=BQ2027_MB1828 +Chromosome Protein Homology CDS 2034317 2036284 . + 0 ID=cds-WP_010950605.1;Parent=gene-BQ2027_RS09325;Dbxref=GenBank:WP_010950605.1;Name=WP_010950605.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177839.1;locus_tag=BQ2027_RS09325;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950605.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2036865 2038136 . + . ID=gene-BQ2027_RS09330;Name=BQ2027_RS09330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09330;old_locus_tag=BQ2027_MB1829 +Chromosome Protein Homology CDS 2036865 2038136 . + 0 ID=cds-WP_003899026.1;Parent=gene-BQ2027_RS09330;Dbxref=GenBank:WP_003899026.1;Name=WP_003899026.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177840.1;locus_tag=BQ2027_RS09330;product=PPE family protein;protein_id=WP_003899026.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2038248 2039639 . + . ID=gene-BQ2027_RS09335;Name=BQ2027_RS09335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09335;old_locus_tag=BQ2027_MB1830 +Chromosome Protein Homology CDS 2038248 2039639 . + 0 ID=cds-WP_003409061.1;Parent=gene-BQ2027_RS09335;Dbxref=GenBank:WP_003409061.1;Name=WP_003409061.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177841.1;locus_tag=BQ2027_RS09335;product=PPE family protein;protein_id=WP_003409061.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2039787 2041706 . - . ID=gene-BQ2027_RS09340;Name=BQ2027_RS09340;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09340;old_locus_tag=BQ2027_MB1831C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2039787 2041706 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS09340;Parent=gene-BQ2027_RS09340;Note=internal stop;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177842.1;locus_tag=BQ2027_RS09340;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2041887 2042213 . - . ID=gene-BQ2027_RS09350;Name=BQ2027_RS09350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09350;old_locus_tag=BQ2027_MB1833C +Chromosome Protein Homology CDS 2041887 2042213 . - 0 ID=cds-WP_003409065.1;Parent=gene-BQ2027_RS09350;Dbxref=GenBank:WP_003409065.1;Name=WP_003409065.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216320.1;locus_tag=BQ2027_RS09350;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003409065.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 2042459 2042633 . + . ID=id-Chromosome:2042459..2042633;Dbxref=RFAM:RF00380;Note=The M-box (ykoK) riboswitch appears to function as a genetic 'off' switch that is important for maintaining magnesium homeostasis in bacteria;bound_moiety=magnesium;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome RefSeq gene 2042936 2043235 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09365;Name=BQ2027_RS09365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09365;old_locus_tag=BQ2027_MB1836 +Chromosome Protein Homology CDS 2043250 2044461 . + 0 ID=cds-WP_003409179.1;Parent=gene-BQ2027_RS09365;Dbxref=GenBank:WP_003409179.1;Name=WP_003409179.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003916893.1;locus_tag=BQ2027_RS09365;product=PPE family protein;protein_id=WP_003409179.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2044785 2046014 . + . ID=gene-BQ2027_RS09370;Name=BQ2027_RS09370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09370;old_locus_tag=BQ2027_MB1837 +Chromosome Protein Homology CDS 2044785 2046014 . + 0 ID=cds-WP_003901258.1;Parent=gene-BQ2027_RS09370;Dbxref=GenBank:WP_003901258.1;Name=WP_003901258.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177844.1;locus_tag=BQ2027_RS09370;product=PPE family protein;protein_id=WP_003901258.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2046146 2047558 . + . ID=gene-BQ2027_RS09375;Name=BQ2027_RS09375;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09375;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2046146 2047558 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS09375;Parent=gene-BQ2027_RS09375;Note=internal stop;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003910448.1;locus_tag=BQ2027_RS09375;product=PPE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2047833 2048153 . + . ID=gene-BQ2027_RS09380;Name=BQ2027_RS09380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09380;old_locus_tag=BQ2027_MB1840 +Chromosome Protein Homology CDS 2047833 2048153 . + 0 ID=cds-WP_015288168.1;Parent=gene-BQ2027_RS09380;Dbxref=GenBank:WP_015288168.1;Name=WP_015288168.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288168.1;locus_tag=BQ2027_RS09380;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_015288168.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2048307 2049011 . + . ID=gene-BQ2027_RS09385;Name=mgtC;gbkey=Gene;gene=mgtC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09385;old_locus_tag=BQ2027_MB1841 +Chromosome Protein Homology CDS 2048307 2049011 . + 0 ID=cds-WP_003899032.1;Parent=gene-BQ2027_RS09385;Dbxref=GenBank:WP_003899032.1;Name=WP_003899032.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=mgtC;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216327.1;locus_tag=BQ2027_RS09385;product=MgtC/SapB family protein;protein_id=WP_003899032.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2049021 2050223 . - . ID=gene-BQ2027_RS09390;Name=BQ2027_RS09390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09390;old_locus_tag=BQ2027_MB1842C +Chromosome Protein Homology CDS 2049021 2050223 . - 0 ID=cds-WP_003409193.1;Parent=gene-BQ2027_RS09390;Dbxref=GenBank:WP_003409193.1;Name=WP_003409193.1;Ontology_term=GO:0006116,GO:0003954;gbkey=CDS;go_function=NADH dehydrogenase activity|0003954||IEA;go_process=obsolete NADH oxidation|0006116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216328.1;locus_tag=BQ2027_RS09390;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003409193.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2050545 2050976 . - . ID=gene-BQ2027_RS09395;Name=BQ2027_RS09395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09395;old_locus_tag=BQ2027_MB1843C +Chromosome Protein Homology CDS 2050545 2050976 . - 0 ID=cds-WP_003409199.1;Parent=gene-BQ2027_RS09395;Dbxref=GenBank:WP_003409199.1;Name=WP_003409199.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216329.1;locus_tag=BQ2027_RS09395;product=DUF4189 domain-containing protein;protein_id=WP_003409199.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2051343 2052287 . + . ID=gene-BQ2027_RS09400;Name=BQ2027_RS09400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09400;old_locus_tag=BQ2027_MB1844 +Chromosome Protein Homology CDS 2051343 2052287 . + 0 ID=cds-WP_003899033.1;Parent=gene-BQ2027_RS09400;Dbxref=GenBank:WP_003899033.1;Name=WP_003899033.1;Ontology_term=GO:0006629,GO:0008610,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA,lipid biosynthetic process|0008610||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019283784.1;locus_tag=BQ2027_RS09400;product=sterol desaturase family protein;protein_id=WP_003899033.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2052392 2053057 . + . ID=gene-BQ2027_RS09405;Name=BQ2027_RS09405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09405;old_locus_tag=BQ2027_MB1845 +Chromosome Protein Homology CDS 2052392 2053057 . + 0 ID=cds-WP_003409204.1;Parent=gene-BQ2027_RS09405;Dbxref=GenBank:WP_003409204.1;Name=WP_003409204.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216331.1;locus_tag=BQ2027_RS09405;product=Rv1815 family serine proteinase;protein_id=WP_003409204.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2053138 2053824 . + . ID=gene-BQ2027_RS09410;Name=BQ2027_RS09410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09410;old_locus_tag=BQ2027_MB1846 +Chromosome Protein Homology CDS 2053138 2053824 . + 0 ID=cds-WP_003899034.1;Parent=gene-BQ2027_RS09410;Dbxref=GenBank:WP_003899034.1;Name=WP_003899034.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0045892,GO:0046677,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA,negative regulation of DNA-templated transcription|0045892||IEA,response to antibiotic|0046677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011725120.1;locus_tag=BQ2027_RS09410;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899034.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2053963 2054240 . + . ID=gene-BQ2027_RS20395;Name=BQ2027_RS20395;end_range=2054240,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20395;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2053963 2054240 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20395;Parent=gene-BQ2027_RS20395;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=2054240,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009977032.1;locus_tag=BQ2027_RS20395;partial=true;product=VOC family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2054311 2054385 . + . ID=gene-BQ2027_RS09415;Name=BQ2027_RS09415;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09415;old_locus_tag=BQ2027_MB1847;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2054311 +Chromosome Protein Homology CDS 2054311 2054385 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS09415;Parent=gene-BQ2027_RS09415;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217793.1;locus_tag=BQ2027_RS09415;partial=true;product=16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD;pseudo=true;start_range=.,2054311;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2054459 2055922 . + . ID=gene-BQ2027_RS09420;Name=BQ2027_RS09420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09420;old_locus_tag=BQ2027_MB1848 +Chromosome Protein Homology CDS 2054459 2055922 . + 0 ID=cds-WP_003409207.1;Parent=gene-BQ2027_RS09420;Dbxref=GenBank:WP_003409207.1;Name=WP_003409207.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216333.1;locus_tag=BQ2027_RS09420;product=FAD-binding protein;protein_id=WP_003409207.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2057026 2057547 . - . ID=gene-BQ2027_RS20400;Name=BQ2027_RS20400;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20400;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2057026 +Chromosome Protein Homology CDS 2057026 2057547 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20400;Parent=gene-BQ2027_RS20400;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177749.1;locus_tag=BQ2027_RS20400;partial=true;product=PE family protein;pseudo=true;start_range=.,2057026;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2057682 2059601 . - . ID=gene-BQ2027_RS09430;Name=bacA;gbkey=Gene;gene=bacA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09430;old_locus_tag=BQ2027_MB1850C +Chromosome Protein Homology CDS 2057682 2059601 . - 0 ID=cds-WP_010950611.1;Parent=gene-BQ2027_RS09430;Dbxref=GenBank:WP_010950611.1;Name=WP_010950611.1;gbkey=CDS;gene=bacA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216335.1;locus_tag=BQ2027_RS09430;product=vitamin B12 ABC transporter ATP-binding protein BacA;protein_id=WP_010950611.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2059672 2061315 . + . ID=gene-BQ2027_RS09435;Name=ilvG;gbkey=Gene;gene=ilvG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09435;old_locus_tag=BQ2027_MB1851 +Chromosome Protein Homology CDS 2059672 2061315 . + 0 ID=cds-WP_003409218.1;Parent=gene-BQ2027_RS09435;Dbxref=GenBank:WP_003409218.1;Name=WP_003409218.1;gbkey=CDS;gene=ilvG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216336.1;locus_tag=BQ2027_RS09435;product=acetolactate synthase;protein_id=WP_003409218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2061420 2063756 . + . ID=gene-BQ2027_RS09440;Name=secA2;gbkey=Gene;gene=secA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09440;old_locus_tag=BQ2027_MB1852 +Chromosome Protein Homology CDS 2061420 2063756 . + 0 ID=cds-WP_003911668.1;Parent=gene-BQ2027_RS09440;Dbxref=GenBank:WP_003911668.1;Name=WP_003911668.1;Ontology_term=GO:0006605,GO:0006886,GO:0017038,GO:0005524,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=secA2;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=protein targeting|0006605||IEA,intracellular protein transport|0006886||IEA,protein import|0017038||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908708.1;locus_tag=BQ2027_RS09440;product=accessory Sec system translocase SecA2;protein_id=WP_003911668.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2063953 2064582 . + . ID=gene-BQ2027_RS09445;Name=BQ2027_RS09445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09445;old_locus_tag=BQ2027_MB1853 +Chromosome Protein Homology CDS 2063953 2064582 . + 0 ID=cds-WP_003409227.1;Parent=gene-BQ2027_RS09445;Dbxref=GenBank:WP_003409227.1;Name=WP_003409227.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0000287,GO:0016780,GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,phosphotransferase activity%2C for other substituted phosphate groups|0016780||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216338.1;locus_tag=BQ2027_RS09445;product=CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;protein_id=WP_003409227.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2064575 2065498 . + . ID=gene-BQ2027_RS09450;Name=BQ2027_RS09450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09450;old_locus_tag=BQ2027_MB1854 +Chromosome Protein Homology CDS 2064575 2065498 . + 0 ID=cds-WP_003901262.1;Parent=gene-BQ2027_RS09450;Dbxref=GenBank:WP_003901262.1;Name=WP_003901262.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216339.1;locus_tag=BQ2027_RS09450;product=DUF881 domain-containing protein;protein_id=WP_003901262.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2065527 2065892 . + . ID=gene-BQ2027_RS09455;Name=BQ2027_RS09455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09455;old_locus_tag=BQ2027_MB1855 +Chromosome Protein Homology CDS 2065527 2065892 . + 0 ID=cds-WP_003899037.1;Parent=gene-BQ2027_RS09455;Dbxref=GenBank:WP_003899037.1;Name=WP_003899037.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216340.1;locus_tag=BQ2027_RS09455;product=small basic family protein;protein_id=WP_003899037.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2065909 2066787 . + . ID=gene-BQ2027_RS09460;Name=BQ2027_RS09460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09460;old_locus_tag=BQ2027_MB1856 +Chromosome Protein Homology CDS 2065909 2066787 . + 0 ID=cds-WP_003899038.1;Parent=gene-BQ2027_RS09460;Dbxref=GenBank:WP_003899038.1;Name=WP_003899038.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216341.1;locus_tag=BQ2027_RS09460;product=DUF881 domain-containing protein;protein_id=WP_003899038.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2066825 2067229 . + . ID=gene-BQ2027_RS09465;Name=gcvH;gbkey=Gene;gene=gcvH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09465;old_locus_tag=BQ2027_MB1857 +Chromosome Protein Homology CDS 2066825 2067229 . + 0 ID=cds-WP_003409234.1;Parent=gene-BQ2027_RS09465;Dbxref=GenBank:WP_003409234.1;Name=WP_003409234.1;Ontology_term=GO:0019464,GO:0005960;gbkey=CDS;gene=gcvH;go_component=glycine cleavage complex|0005960||IEA;go_process=glycine decarboxylation via glycine cleavage system|0019464||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216342.1;locus_tag=BQ2027_RS09465;product=glycine cleavage system protein GcvH;protein_id=WP_003409234.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2067469 2067957 . + . ID=gene-BQ2027_RS09470;Name=garA;gbkey=Gene;gene=garA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09470;old_locus_tag=BQ2027_MB1858 +Chromosome Protein Homology CDS 2067469 2067957 . + 0 ID=cds-WP_003899041.1;Parent=gene-BQ2027_RS09470;Dbxref=GenBank:WP_003899041.1;Name=WP_003899041.1;gbkey=CDS;gene=garA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216343.1;locus_tag=BQ2027_RS09470;product=glycogen accumulation regulator GarA;protein_id=WP_003899041.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2067954 2068697 . + . ID=gene-BQ2027_RS09475;Name=ftsR;gbkey=Gene;gene=ftsR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09475;old_locus_tag=BQ2027_MB1859 +Chromosome Protein Homology CDS 2067954 2068697 . + 0 ID=cds-WP_003409239.1;Parent=gene-BQ2027_RS09475;Dbxref=GenBank:WP_003409239.1;Name=WP_003409239.1;gbkey=CDS;gene=ftsR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216344.1;locus_tag=BQ2027_RS09475;product=transcriptional regulator FtsR;protein_id=WP_003409239.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2068816 2069310 . + . ID=gene-BQ2027_RS09480;Name=BQ2027_RS09480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09480;old_locus_tag=BQ2027_MB1860 +Chromosome Protein Homology CDS 2068816 2069310 . + 0 ID=cds-WP_010950612.1;Parent=gene-BQ2027_RS09480;Dbxref=GenBank:WP_010950612.1;Name=WP_010950612.1;Ontology_term=GO:0004518;gbkey=CDS;go_function=nuclease activity|0004518||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003409242.1;locus_tag=BQ2027_RS09480;product=bifunctional nuclease family protein;protein_id=WP_010950612.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2069647 2070279 . + . ID=gene-BQ2027_RS09485;Name=BQ2027_RS09485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09485;old_locus_tag=BQ2027_MB1861 +Chromosome Protein Homology CDS 2069647 2070279 . + 0 ID=cds-WP_003911669.1;Parent=gene-BQ2027_RS09485;Dbxref=GenBank:WP_003911669.1;Name=WP_003911669.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007771372.1;locus_tag=BQ2027_RS09485;product=MerR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003911669.1;transl_table=11 +Chromosome cmsearch riboswitch 2070374 2070471 . + . ID=id-Chromosome:2070374..2070471;Dbxref=RFAM:RF00504;Note=glycine riboswitch;bound_moiety=glycine;gbkey=regulatory;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;regulatory_class=riboswitch +Chromosome cmsearch riboswitch 2070472 2070605 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09505;Name=BQ2027_RS09505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09505;old_locus_tag=BQ2027_MB1866C +Chromosome Protein Homology CDS 2075462 2077348 . - 0 ID=cds-WP_003409258.1;Parent=gene-BQ2027_RS09505;Dbxref=GenBank:WP_003409258.1;Name=WP_003409258.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216351.1;locus_tag=BQ2027_RS09505;product=CocE/NonD family hydrolase;protein_id=WP_003409258.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2077364 2079397 . - . ID=gene-BQ2027_RS09510;Name=BQ2027_RS09510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09510;old_locus_tag=BQ2027_MB1867C +Chromosome Protein Homology CDS 2077364 2079397 . - 0 ID=cds-WP_010950615.1;Parent=gene-BQ2027_RS09510;Dbxref=GenBank:WP_010950615.1;Name=WP_010950615.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216352.1;locus_tag=BQ2027_RS09510;product=substrate-binding domain-containing protein;protein_id=WP_010950615.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2079517 2081742 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09520;Name=BQ2027_RS09520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09520;old_locus_tag=BQ2027_MB1869C +Chromosome Protein Homology CDS 2082018 2082413 . - 0 ID=cds-WP_003409273.1;Parent=gene-BQ2027_RS09520;Dbxref=GenBank:WP_003409273.1;Name=WP_003409273.1;Ontology_term=GO:0004540,GO:0046872,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216354.1;locus_tag=BQ2027_RS09520;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003409273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2082410 2082673 . - . ID=gene-BQ2027_RS09525;Name=BQ2027_RS09525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09525;old_locus_tag=BQ2027_MB1870C +Chromosome Protein Homology CDS 2082410 2082673 . - 0 ID=cds-WP_003409276.1;Parent=gene-BQ2027_RS09525;Dbxref=GenBank:WP_003409276.1;Name=WP_003409276.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216355.1;locus_tag=BQ2027_RS09525;product=antitoxin;protein_id=WP_003409276.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2082732 2084132 . - . ID=gene-BQ2027_RS09530;Name=BQ2027_RS09530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09530;old_locus_tag=BQ2027_MB1871C +Chromosome Protein Homology CDS 2082732 2084132 . - 0 ID=cds-WP_010950616.1;Parent=gene-BQ2027_RS09530;Dbxref=GenBank:WP_010950616.1;Name=WP_010950616.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177847.1;locus_tag=BQ2027_RS09530;product=PE family protein;protein_id=WP_010950616.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2084295 2085344 . - . ID=gene-BQ2027_RS09535;Name=BQ2027_RS09535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09535;old_locus_tag=BQ2027_MB1872C +Chromosome Protein Homology CDS 2084295 2085344 . - 0 ID=cds-WP_003409281.1;Parent=gene-BQ2027_RS09535;Dbxref=GenBank:WP_003409281.1;Name=WP_003409281.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216357.1;locus_tag=BQ2027_RS09535;product=hemolysin family protein;protein_id=WP_003409281.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2085344 2086711 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09545;Name=BQ2027_RS09545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09545 +Chromosome Protein Homology CDS 2086885 2088324 . - 0 ID=cds-WP_003902189.1;Parent=gene-BQ2027_RS09545;Dbxref=GenBank:WP_003902189.1;Name=WP_003902189.1;Ontology_term=GO:0003938;gbkey=CDS;go_function=IMP dehydrogenase activity|0003938||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216359.1;locus_tag=BQ2027_RS09545;product=GuaB1 family IMP dehydrogenase-related protein;protein_id=WP_003902189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2088357 2089807 . - . ID=gene-BQ2027_RS09550;Name=gndA;gbkey=Gene;gene=gndA;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09550;old_locus_tag=BQ2027_MB1875C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2088357 2089807 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS09550;Parent=gene-BQ2027_RS09550;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006098,GO:0004616,GO:0050661;gbkey=CDS;gene=gndA;go_function=phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity|0004616||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=pentose-phosphate shunt|0006098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177848.1;locus_tag=BQ2027_RS09550;product=NADP-dependent phosphogluconate dehydrogenase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2089837 2090787 . - . ID=gene-BQ2027_RS09555;Name=blaR;gbkey=Gene;gene=blaR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09555;old_locus_tag=BQ2027_MB1876C +Chromosome Protein Homology CDS 2089837 2090787 . - 0 ID=cds-WP_003409298.1;Parent=gene-BQ2027_RS09555;Dbxref=GenBank:WP_003409298.1;Name=WP_003409298.1;Ontology_term=GO:0008233,GO:0046872,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=blaR;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=peptidase activity|0008233||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216361.1;locus_tag=BQ2027_RS09555;product=M56 family metallopeptidase;protein_id=WP_003409298.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2090802 2091218 . - . ID=gene-BQ2027_RS09560;Name=blaI;gbkey=Gene;gene=blaI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09560;old_locus_tag=BQ2027_MB1877C +Chromosome Protein Homology CDS 2090802 2091218 . - 0 ID=cds-WP_010950618.1;Parent=gene-BQ2027_RS09560;Dbxref=GenBank:WP_010950618.1;Name=WP_010950618.1;gbkey=CDS;gene=blaI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216362.1;locus_tag=BQ2027_RS09560;product=transcriptional repressor BlaI;protein_id=WP_010950618.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2091496 2091918 . + . ID=gene-BQ2027_RS09565;Name=BQ2027_RS09565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09565;old_locus_tag=BQ2027_MB1878 +Chromosome Protein Homology CDS 2091496 2091918 . + 0 ID=cds-WP_003903650.1;Parent=gene-BQ2027_RS09565;Dbxref=GenBank:WP_003903650.1;Name=WP_003903650.1;Ontology_term=GO:0016790,GO:0016836,GO:0047617;gbkey=CDS;go_function=thiolester hydrolase activity|0016790||IEA,hydro-lyase activity|0016836||IEA,fatty acyl-CoA hydrolase activity|0047617||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216363.1;locus_tag=BQ2027_RS09565;product=PaaI family thioesterase;protein_id=WP_003903650.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2091967 2092269 . + . ID=gene-BQ2027_RS09570;Name=ureA;gbkey=Gene;gene=ureA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09570;old_locus_tag=BQ2027_MB1879 +Chromosome Protein Homology CDS 2091967 2092269 . + 0 ID=cds-WP_003409305.1;Parent=gene-BQ2027_RS09570;Dbxref=GenBank:WP_003409305.1;Name=WP_003409305.1;Ontology_term=GO:0043419,GO:0009039,GO:0016151;gbkey=CDS;gene=ureA;go_function=urease activity|0009039||IEA,nickel cation binding|0016151||IEA;go_process=urea catabolic process|0043419||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216364.1;locus_tag=BQ2027_RS09570;product=urease subunit gamma;protein_id=WP_003409305.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2092266 2092580 . + . ID=gene-BQ2027_RS09575;Name=ureB;gbkey=Gene;gene=ureB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09575;old_locus_tag=BQ2027_MB1880 +Chromosome Protein Homology CDS 2092266 2092580 . + 0 ID=cds-WP_003409308.1;Parent=gene-BQ2027_RS09575;Dbxref=GenBank:WP_003409308.1;Name=WP_003409308.1;gbkey=CDS;gene=ureB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216365.1;locus_tag=BQ2027_RS09575;product=urease subunit beta;protein_id=WP_003409308.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2092580 2094313 . + . ID=gene-BQ2027_RS09580;Name=ureC;gbkey=Gene;gene=ureC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09580;old_locus_tag=BQ2027_MB1881 +Chromosome Protein Homology CDS 2092580 2094313 . + 0 ID=cds-WP_003899049.1;Parent=gene-BQ2027_RS09580;Dbxref=GenBank:WP_003899049.1;Name=WP_003899049.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0009039,GO:0016151;gbkey=CDS;gene=ureC;go_function=urease activity|0009039||IEA,nickel cation binding|0016151||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216366.1;locus_tag=BQ2027_RS09580;product=urease subunit alpha;protein_id=WP_003899049.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2094313 2094948 . + . ID=gene-BQ2027_RS09585;Name=ureF;gbkey=Gene;gene=ureF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09585;old_locus_tag=BQ2027_MB1882 +Chromosome Protein Homology CDS 2094313 2094948 . + 0 ID=cds-WP_010950619.1;Parent=gene-BQ2027_RS09585;Dbxref=GenBank:WP_010950619.1;Name=WP_010950619.1;Ontology_term=GO:0016151;gbkey=CDS;gene=ureF;go_function=nickel cation binding|0016151||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216367.1;locus_tag=BQ2027_RS09585;product=urease accessory protein UreF;protein_id=WP_010950619.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2094959 2095633 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09595;Name=ureD;gbkey=Gene;gene=ureD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09595;old_locus_tag=BQ2027_MB1884 +Chromosome Protein Homology CDS 2095623 2096267 . + 0 ID=cds-WP_003900422.1;Parent=gene-BQ2027_RS09595;Dbxref=GenBank:WP_003900422.1;Name=WP_003900422.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0016151;gbkey=CDS;gene=ureD;go_function=nickel cation binding|0016151||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900422.1;locus_tag=BQ2027_RS09595;product=urease accessory protein UreD;protein_id=WP_003900422.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2096270 2097661 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09635;Name=BQ2027_RS09635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09635;old_locus_tag=BQ2027_MB1892 +Chromosome Protein Homology CDS 2103783 2104088 . + 0 ID=cds-WP_003409339.1;Parent=gene-BQ2027_RS09635;Dbxref=GenBank:WP_003409339.1;Name=WP_003409339.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216377.1;locus_tag=BQ2027_RS09635;product=GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;protein_id=WP_003409339.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2104163 2105203 . + . ID=gene-BQ2027_RS09640;Name=adhA;gbkey=Gene;gene=adhA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09640;old_locus_tag=BQ2027_MB1893 +Chromosome Protein Homology CDS 2104163 2105203 . + 0 ID=cds-WP_003409345.1;Parent=gene-BQ2027_RS09640;Dbxref=GenBank:WP_003409345.1;Name=WP_003409345.1;Ontology_term=GO:0006113,GO:0004022,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=adhA;go_function=alcohol dehydrogenase (NAD+) activity|0004022||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=fermentation|0006113||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216378.1;locus_tag=BQ2027_RS09640;product=zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003409345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2105210 2105980 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09665;Name=BQ2027_RS09665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09665;old_locus_tag=BQ2027_MB1898 +Chromosome Protein Homology CDS 2110383 2111867 . + 0 ID=cds-WP_003409362.1;Parent=gene-BQ2027_RS09665;Dbxref=GenBank:WP_003409362.1;Name=WP_003409362.1;Ontology_term=GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216383.1;locus_tag=BQ2027_RS09665;product=acetyl-CoA acetyltransferase;protein_id=WP_003409362.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2111966 2114065 . + . ID=gene-BQ2027_RS09670;Name=BQ2027_RS09670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09670;old_locus_tag=BQ2027_MB1899 +Chromosome Protein Homology CDS 2111966 2114065 . + 0 ID=cds-WP_003409374.1;Parent=gene-BQ2027_RS09670;Dbxref=GenBank:WP_003409374.1;Name=WP_003409374.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0051287;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD binding|0051287||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216384.1;locus_tag=BQ2027_RS09670;product=NAD(P)H-binding protein;protein_id=WP_003409374.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2114079 2115314 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09680;Name=BQ2027_RS09680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09680;old_locus_tag=BQ2027_MB1901C +Chromosome Protein Homology CDS 2115381 2116028 . - 0 ID=cds-WP_003409378.1;Parent=gene-BQ2027_RS09680;Dbxref=GenBank:WP_003409378.1;Name=WP_003409378.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003409378.1;locus_tag=BQ2027_RS09680;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409378.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2116114 2116503 . - . ID=gene-BQ2027_RS09685;Name=BQ2027_RS09685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09685;old_locus_tag=BQ2027_MB1902C +Chromosome Protein Homology CDS 2116114 2116503 . - 0 ID=cds-WP_003409380.1;Parent=gene-BQ2027_RS09685;Dbxref=GenBank:WP_003409380.1;Name=WP_003409380.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216387.1;locus_tag=BQ2027_RS09685;product=nitroreductase family deazaflavin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003409380.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2116526 2117770 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09705;Name=BQ2027_RS09705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09705;old_locus_tag=BQ2027_MB1906 +Chromosome Protein Homology CDS 2119000 2119443 . + 0 ID=cds-WP_003899059.1;Parent=gene-BQ2027_RS09705;Dbxref=GenBank:WP_003899059.1;Name=WP_003899059.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216391.1;locus_tag=BQ2027_RS09705;product=PPOX class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003899059.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2119449 2119661 . - . ID=gene-BQ2027_RS09710;Name=BQ2027_RS09710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09710 +Chromosome Protein Homology CDS 2119449 2119661 . - 0 ID=cds-WP_003910872.1;Parent=gene-BQ2027_RS09710;Dbxref=GenBank:WP_003910872.1;Name=WP_003910872.1;Ontology_term=GO:0046872,GO:0051537;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,2 iron%2C 2 sulfur cluster binding|0051537||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003910872.1;locus_tag=BQ2027_RS09710;product=(2Fe-2S)-binding protein;protein_id=WP_003910872.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2119959 2120438 . + . ID=gene-BQ2027_RS09715;Name=bfrA;gbkey=Gene;gene=bfrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09715;old_locus_tag=BQ2027_MB1907 +Chromosome Protein Homology CDS 2119959 2120438 . + 0 ID=cds-WP_003409398.1;Parent=gene-BQ2027_RS09715;Dbxref=GenBank:WP_003409398.1;Name=WP_003409398.1;gbkey=CDS;gene=bfrA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003876561.1;locus_tag=BQ2027_RS09715;product=bacterioferritin BfrA;protein_id=WP_003409398.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2120523 2122587 . + . ID=gene-BQ2027_RS09720;Name=BQ2027_RS09720;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09720;old_locus_tag=BQ2027_MB1908;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2120523 2122587 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS09720;Parent=gene-BQ2027_RS09720;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216393.1;locus_tag=BQ2027_RS09720;product=Rv1877 family multidrug efflux MFS transporter;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2122642 2123994 . + . ID=gene-BQ2027_RS09725;Name=BQ2027_RS09725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09725;old_locus_tag=BQ2027_MB1910 +Chromosome Protein Homology CDS 2122642 2123994 . + 0 ID=cds-WP_010950627.1;Parent=gene-BQ2027_RS09725;Dbxref=GenBank:WP_010950627.1;Name=WP_010950627.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216394.1;locus_tag=BQ2027_RS09725;product=glutamine synthetase family protein;protein_id=WP_010950627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2123997 2125133 . + . ID=gene-BQ2027_RS09730;Name=BQ2027_RS09730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09730;old_locus_tag=BQ2027_MB1911 +Chromosome Protein Homology CDS 2123997 2125133 . + 0 ID=cds-WP_003899061.1;Parent=gene-BQ2027_RS09730;Dbxref=GenBank:WP_003899061.1;Name=WP_003899061.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216395.1;locus_tag=BQ2027_RS09730;product=amidohydrolase family protein;protein_id=WP_003899061.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2125161 2126477 . - . ID=gene-BQ2027_RS09735;Name=BQ2027_RS09735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09735;old_locus_tag=BQ2027_MB1912C +Chromosome Protein Homology CDS 2125161 2126477 . - 0 ID=cds-WP_003409406.1;Parent=gene-BQ2027_RS09735;Dbxref=GenBank:WP_003409406.1;Name=WP_003409406.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216396.3;locus_tag=BQ2027_RS09735;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003409406.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2126527 2126949 . - . ID=gene-BQ2027_RS09740;Name=lppE;gbkey=Gene;gene=lppE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09740;old_locus_tag=BQ2027_MB1913C +Chromosome Protein Homology CDS 2126527 2126949 . - 0 ID=cds-WP_003409409.1;Parent=gene-BQ2027_RS09740;Dbxref=GenBank:WP_003409409.1;Name=WP_003409409.1;gbkey=CDS;gene=lppE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216397.1;locus_tag=BQ2027_RS09740;product=lipoprotein LpqH;protein_id=WP_003409409.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2126990 2127823 . - . ID=gene-BQ2027_RS09745;Name=BQ2027_RS09745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09745;old_locus_tag=BQ2027_MB1914C +Chromosome Protein Homology CDS 2126990 2127823 . - 0 ID=cds-WP_003409413.1;Parent=gene-BQ2027_RS09745;Dbxref=GenBank:WP_003409413.1;Name=WP_003409413.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216398.1;locus_tag=BQ2027_RS09745;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003409413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2127851 2128327 . - . ID=gene-BQ2027_RS09750;Name=BQ2027_RS09750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09750;old_locus_tag=BQ2027_MB1915C +Chromosome Protein Homology CDS 2127851 2128327 . - 0 ID=cds-WP_003409417.1;Parent=gene-BQ2027_RS09750;Dbxref=GenBank:WP_003409417.1;Name=WP_003409417.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216399.1;locus_tag=BQ2027_RS09750;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003409417.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2128366 2128896 . - . ID=gene-BQ2027_RS09755;Name=rpfC;gbkey=Gene;gene=rpfC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09755;old_locus_tag=BQ2027_MB1916C +Chromosome Protein Homology CDS 2128366 2128896 . - 0 ID=cds-WP_003409420.1;Parent=gene-BQ2027_RS09755;Dbxref=GenBank:WP_003409420.1;Name=WP_003409420.1;Ontology_term=GO:0009372,GO:0042127,GO:0016787;gbkey=CDS;gene=rpfC;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=quorum sensing|0009372||IEA,regulation of cell population proliferation|0042127||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216400.1;locus_tag=BQ2027_RS09755;product=resuscitation-promoting factor RpfC;protein_id=WP_003409420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2128908 2129507 . - . ID=gene-BQ2027_RS09760;Name=BQ2027_RS09760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09760;old_locus_tag=BQ2027_MB1917C +Chromosome Protein Homology CDS 2128908 2129507 . - 0 ID=cds-WP_003899064.1;Parent=gene-BQ2027_RS09760;Dbxref=GenBank:WP_003899064.1;Name=WP_003899064.1;Ontology_term=GO:0046417;gbkey=CDS;go_process=chorismate metabolic process|0046417||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216401.1;locus_tag=BQ2027_RS09760;product=chorismate mutase;protein_id=WP_003899064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2129525 2130502 . - . ID=gene-BQ2027_RS09765;Name=ag85B;gbkey=Gene;gene=ag85B;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=fbpB;locus_tag=BQ2027_RS09765;old_locus_tag=BQ2027_MB1918C +Chromosome Protein Homology CDS 2129525 2130502 . - 0 ID=cds-WP_003409456.1;Parent=gene-BQ2027_RS09765;Dbxref=GenBank:WP_003409456.1;Name=WP_003409456.1;gbkey=CDS;gene=ag85B;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216402.1;locus_tag=BQ2027_RS09765;product=diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85B;protein_id=WP_003409456.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2130893 2132035 . + . ID=gene-BQ2027_RS09770;Name=BQ2027_RS09770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09770;old_locus_tag=BQ2027_MB1919 +Chromosome Protein Homology CDS 2130893 2132035 . + 0 ID=cds-WP_003899065.1;Parent=gene-BQ2027_RS09770;Dbxref=GenBank:WP_003899065.1;Name=WP_003899065.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216403.1;locus_tag=BQ2027_RS09770;product=DUF7159 family protein;protein_id=WP_003899065.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2132005 2132724 . - . ID=gene-BQ2027_RS09775;Name=BQ2027_RS09775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09775;old_locus_tag=BQ2027_MB1920C +Chromosome Protein Homology CDS 2132005 2132724 . - 0 ID=cds-WP_003409492.1;Parent=gene-BQ2027_RS09775;Dbxref=GenBank:WP_003409492.1;Name=WP_003409492.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003409492.1;locus_tag=BQ2027_RS09775;product=DUF4389 domain-containing protein;protein_id=WP_003409492.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2132819 2133662 . - . ID=gene-BQ2027_RS09780;Name=BQ2027_RS09780;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09780;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2132819 2133662 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS09780;Parent=gene-BQ2027_RS09780;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020786876.1;locus_tag=BQ2027_RS09780;product=class I SAM-dependent methyltransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2133721 2134272 . - . ID=gene-BQ2027_RS09785;Name=BQ2027_RS09785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09785;old_locus_tag=BQ2027_MB1923C +Chromosome Protein Homology CDS 2133721 2134272 . - 0 ID=cds-WP_003911699.1;Parent=gene-BQ2027_RS09785;Dbxref=GenBank:WP_003911699.1;Name=WP_003911699.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911699.1;locus_tag=BQ2027_RS09785;product=YceI family protein;protein_id=WP_003911699.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2134386 2134793 . + . ID=gene-BQ2027_RS09790;Name=BQ2027_RS09790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09790;old_locus_tag=BQ2027_MB1924 +Chromosome Protein Homology CDS 2134386 2134793 . + 0 ID=cds-WP_003409509.1;Parent=gene-BQ2027_RS09790;Dbxref=GenBank:WP_003409509.1;Name=WP_003409509.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216407.1;locus_tag=BQ2027_RS09790;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409509.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2134810 2135121 . + . ID=gene-BQ2027_RS09795;Name=BQ2027_RS09795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09795;old_locus_tag=BQ2027_MB1925 +Chromosome Protein Homology CDS 2134810 2135121 . + 0 ID=cds-WP_003409512.1;Parent=gene-BQ2027_RS09795;Dbxref=GenBank:WP_003409512.1;Name=WP_003409512.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216408.1;locus_tag=BQ2027_RS09795;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409512.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2135131 2135349 . + . ID=gene-BQ2027_RS09800;Name=BQ2027_RS09800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09800;old_locus_tag=BQ2027_MB1926 +Chromosome Protein Homology CDS 2135131 2135349 . + 0 ID=cds-WP_003409515.1;Parent=gene-BQ2027_RS09800;Dbxref=GenBank:WP_003409515.1;Name=WP_003409515.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216409.1;locus_tag=BQ2027_RS09800;product=Rv1893 family protein;protein_id=WP_003409515.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2135384 2136514 . - . ID=gene-BQ2027_RS09805;Name=BQ2027_RS09805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09805;old_locus_tag=BQ2027_MB1927C +Chromosome Protein Homology CDS 2135384 2136514 . - 0 ID=cds-WP_003409518.1;Parent=gene-BQ2027_RS09805;Dbxref=GenBank:WP_003409518.1;Name=WP_003409518.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0018580;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,nitronate monooxygenase activity|0018580||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216410.1;locus_tag=BQ2027_RS09805;product=nitronate monooxygenase;protein_id=WP_003409518.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2137166 2138190 . + . ID=gene-BQ2027_RS09810;Name=BQ2027_RS09810;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09810;old_locus_tag=BQ2027_MB1929;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2137166 2138190 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS09810;Parent=gene-BQ2027_RS09810;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007771251.1;locus_tag=BQ2027_RS09810;product=alcohol dehydrogenase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2138180 2139091 . - . ID=gene-BQ2027_RS09815;Name=BQ2027_RS09815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09815;old_locus_tag=BQ2027_MB1931C +Chromosome Protein Homology CDS 2138180 2139091 . - 0 ID=cds-WP_003409526.1;Parent=gene-BQ2027_RS09815;Dbxref=GenBank:WP_003409526.1;Name=WP_003409526.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216412.1;locus_tag=BQ2027_RS09815;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003409526.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2139096 2139527 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09825;Name=BQ2027_RS09825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09825;old_locus_tag=BQ2027_MB1933 +Chromosome Protein Homology CDS 2139585 2139893 . + 0 ID=cds-WP_003409536.1;Parent=gene-BQ2027_RS09825;Dbxref=GenBank:WP_003409536.1;Name=WP_003409536.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216414.1;locus_tag=BQ2027_RS09825;product=MTH1187 family thiamine-binding protein;protein_id=WP_003409536.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2139859 2140374 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS09920;Name=BQ2027_RS09920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09920;old_locus_tag=BQ2027_MB1951C +Chromosome Protein Homology CDS 2157623 2163355 . - 0 ID=cds-WP_010950632.1;Parent=gene-BQ2027_RS09920;Dbxref=GenBank:WP_010950632.1;Name=WP_010950632.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015293293.1;locus_tag=BQ2027_RS09920;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950632.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2163693 2166657 . - . ID=gene-BQ2027_RS09925;Name=BQ2027_RS09925;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS09925;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2163693 2166657 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS09925;Parent=gene-BQ2027_RS09925;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177850.1;locus_tag=BQ2027_RS09925;product=PPE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2167106 2167570 . - . ID=gene-BQ2027_RS09930;Name=BQ2027_RS09930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09930;old_locus_tag=BQ2027_MB1954C +Chromosome Protein Homology CDS 2167106 2167570 . - 0 ID=cds-WP_003899082.1;Parent=gene-BQ2027_RS09930;Dbxref=GenBank:WP_003899082.1;Name=WP_003899082.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216435.1;locus_tag=BQ2027_RS09930;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003899082.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2167668 2168531 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS09940;Name=lppF;gbkey=Gene;gene=lppF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09940;old_locus_tag=BQ2027_MB1956C +Chromosome Protein Homology CDS 2168569 2169840 . - 0 ID=cds-WP_003409666.1;Parent=gene-BQ2027_RS09940;Dbxref=GenBank:WP_003409666.1;Name=WP_003409666.1;gbkey=CDS;gene=lppF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216437.1;locus_tag=BQ2027_RS09940;product=haloacid dehalogenase-like hydrolase;protein_id=WP_003409666.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2170112 2171227 . + . ID=gene-BQ2027_RS09945;Name=BQ2027_RS09945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09945;old_locus_tag=BQ2027_MB1957 +Chromosome Protein Homology CDS 2170112 2171227 . + 0 ID=cds-WP_003409667.1;Parent=gene-BQ2027_RS09945;Dbxref=GenBank:WP_003409667.1;Name=WP_003409667.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216438.1;locus_tag=BQ2027_RS09945;product=serine hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003409667.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2171278 2172558 . + . ID=gene-BQ2027_RS09950;Name=lipD;gbkey=Gene;gene=lipD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09950;old_locus_tag=BQ2027_MB1958 +Chromosome Protein Homology CDS 2171278 2172558 . + 0 ID=cds-WP_031657265.1;Parent=gene-BQ2027_RS09950;Dbxref=GenBank:WP_031657265.1;Name=WP_031657265.1;gbkey=CDS;gene=lipD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911710.1;locus_tag=BQ2027_RS09950;product=lipase LipD;protein_id=WP_031657265.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2172595 2172975 . - . ID=gene-BQ2027_RS09955;Name=BQ2027_RS09955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09955;old_locus_tag=BQ2027_MB1959C +Chromosome Protein Homology CDS 2172595 2172975 . - 0 ID=cds-WP_003900434.1;Parent=gene-BQ2027_RS09955;Dbxref=GenBank:WP_003900434.1;Name=WP_003900434.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216440.1;locus_tag=BQ2027_RS09955;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900434.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2173132 2174994 . + . ID=gene-BQ2027_RS09960;Name=fadD31;gbkey=Gene;gene=fadD31;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=faaL31;locus_tag=BQ2027_RS09960;old_locus_tag=BQ2027_MB1960 +Chromosome Protein Homology CDS 2173132 2174994 . + 0 ID=cds-WP_003409680.1;Parent=gene-BQ2027_RS09960;Dbxref=GenBank:WP_003409680.1;Name=WP_003409680.1;gbkey=CDS;gene=fadD31;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216441.2;locus_tag=BQ2027_RS09960;product=fatty-acid--AMP ligase FAAL31/FadD31;protein_id=WP_003409680.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2175002 2175481 . - . ID=gene-BQ2027_RS09965;Name=mpt63;gbkey=Gene;gene=mpt63;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09965;old_locus_tag=BQ2027_MB1961C +Chromosome Protein Homology CDS 2175002 2175481 . - 0 ID=cds-WP_003409684.1;Parent=gene-BQ2027_RS09965;Dbxref=GenBank:WP_003409684.1;Name=WP_003409684.1;gbkey=CDS;gene=mpt63;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216442.1;locus_tag=BQ2027_RS09965;product=immunoprotective protein Mpt63;protein_id=WP_003409684.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2175718 2176491 . + . ID=gene-BQ2027_RS09970;Name=BQ2027_RS09970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09970;old_locus_tag=BQ2027_MB1962 +Chromosome Protein Homology CDS 2175718 2176491 . + 0 ID=cds-WP_003409685.1;Parent=gene-BQ2027_RS09970;Dbxref=GenBank:WP_003409685.1;Name=WP_003409685.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216443.1;locus_tag=BQ2027_RS09970;product=YqjF family protein;protein_id=WP_003409685.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2176495 2177262 . - . ID=gene-BQ2027_RS09975;Name=BQ2027_RS09975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09975;old_locus_tag=BQ2027_MB1963C +Chromosome Protein Homology CDS 2176495 2177262 . - 0 ID=cds-WP_003409686.1;Parent=gene-BQ2027_RS09975;Dbxref=GenBank:WP_003409686.1;Name=WP_003409686.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216444.1;locus_tag=BQ2027_RS09975;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003409686.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2177307 2177951 . - . ID=gene-BQ2027_RS09980;Name=BQ2027_RS09980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09980;old_locus_tag=BQ2027_MB1964C +Chromosome Protein Homology CDS 2177307 2177951 . - 0 ID=cds-WP_003409689.1;Parent=gene-BQ2027_RS09980;Dbxref=GenBank:WP_003409689.1;Name=WP_003409689.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216445.1;locus_tag=BQ2027_RS09980;product=TIGR03085 family metal-binding protein;protein_id=WP_003409689.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2177963 2178487 . - . ID=gene-BQ2027_RS09985;Name=BQ2027_RS09985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09985;old_locus_tag=BQ2027_MB1965C +Chromosome Protein Homology CDS 2177963 2178487 . - 0 ID=cds-WP_003409694.1;Parent=gene-BQ2027_RS09985;Dbxref=GenBank:WP_003409694.1;Name=WP_003409694.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216446.1;locus_tag=BQ2027_RS09985;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409694.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2178505 2179284 . - . ID=gene-BQ2027_RS09990;Name=BQ2027_RS09990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09990;old_locus_tag=BQ2027_MB1966C +Chromosome Protein Homology CDS 2178505 2179284 . - 0 ID=cds-WP_003899087.1;Parent=gene-BQ2027_RS09990;Dbxref=GenBank:WP_003899087.1;Name=WP_003899087.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899087.1;locus_tag=BQ2027_RS09990;product=HTH-type transcriptional regulator;protein_id=WP_003899087.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2179417 2179914 . + . ID=gene-BQ2027_RS09995;Name=tpx;gbkey=Gene;gene=tpx;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS09995;old_locus_tag=BQ2027_MB1967 +Chromosome Protein Homology CDS 2179417 2179914 . + 0 ID=cds-WP_003409700.1;Parent=gene-BQ2027_RS09995;Dbxref=GenBank:WP_003409700.1;Name=WP_003409700.1;Ontology_term=GO:0008379,GO:0016684;gbkey=CDS;gene=tpx;go_function=thioredoxin peroxidase activity|0008379||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on peroxide as acceptor|0016684||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216448.1;locus_tag=BQ2027_RS09995;product=thiol peroxidase;protein_id=WP_003409700.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2179911 2181002 . - . ID=gene-BQ2027_RS10000;Name=BQ2027_RS10000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10000;old_locus_tag=BQ2027_MB1968C +Chromosome Protein Homology CDS 2179911 2181002 . - 0 ID=cds-WP_003900437.1;Parent=gene-BQ2027_RS10000;Dbxref=GenBank:WP_003900437.1;Name=WP_003900437.1;Ontology_term=GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216449.1;locus_tag=BQ2027_RS10000;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003900437.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2181004 2182233 . - . ID=gene-BQ2027_RS10005;Name=BQ2027_RS10005;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10005;old_locus_tag=BQ2027_MB1969C +Chromosome Protein Homology CDS 2181004 2182233 . - 0 ID=cds-WP_003900438.1;Parent=gene-BQ2027_RS10005;Dbxref=GenBank:WP_003900438.1;Name=WP_003900438.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216450.1;locus_tag=BQ2027_RS10005;product=acyl-CoA dehydrogenase;protein_id=WP_003900438.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2182248 2183204 . - . ID=gene-BQ2027_RS10010;Name=BQ2027_RS10010;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10010;old_locus_tag=BQ2027_MB1970C +Chromosome Protein Homology CDS 2182248 2183204 . - 0 ID=cds-WP_003409707.1;Parent=gene-BQ2027_RS10010;Dbxref=GenBank:WP_003409707.1;Name=WP_003409707.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216451.1;locus_tag=BQ2027_RS10010;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003409707.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2183429 2184538 . + . ID=gene-BQ2027_RS10015;Name=BQ2027_RS10015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10015;old_locus_tag=BQ2027_MB1971 +Chromosome Protein Homology CDS 2183429 2184538 . + 0 ID=cds-WP_003904740.1;Parent=gene-BQ2027_RS10015;Dbxref=GenBank:WP_003904740.1;Name=WP_003904740.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216452.1;locus_tag=BQ2027_RS10015;product=LLM class flavin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003904740.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2184541 2187060 . + . ID=gene-BQ2027_RS10020;Name=BQ2027_RS10020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10020;old_locus_tag=BQ2027_MB1972 +Chromosome Protein Homology CDS 2184541 2187060 . + 0 ID=cds-WP_003409714.1;Parent=gene-BQ2027_RS10020;Dbxref=GenBank:WP_003409714.1;Name=WP_003409714.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216453.1;locus_tag=BQ2027_RS10020;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003409714.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2187072 2188142 . + . ID=gene-BQ2027_RS10025;Name=ephB;gbkey=Gene;gene=ephB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10025;old_locus_tag=BQ2027_MB1973 +Chromosome Protein Homology CDS 2187072 2188142 . + 0 ID=cds-WP_003899091.1;Parent=gene-BQ2027_RS10025;Dbxref=GenBank:WP_003899091.1;Name=WP_003899091.1;gbkey=CDS;gene=ephB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216454.1;locus_tag=BQ2027_RS10025;product=epoxide hydrolase EphB;protein_id=WP_003899091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2188139 2188639 . + . ID=gene-BQ2027_RS10030;Name=BQ2027_RS10030;end_range=2188639,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS10030;old_locus_tag=BQ2027_MB1974;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2188139 2188639 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS10030;Parent=gene-BQ2027_RS10030;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491,GO:0016646;end_range=2188639,.;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the CH-NH group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016646||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216455.1;locus_tag=BQ2027_RS10030;partial=true;product=flavin reductase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2188650 2189711 . + . ID=gene-BQ2027_RS10035;Name=BQ2027_RS10035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10035;old_locus_tag=BQ2027_MB1975 +Chromosome Protein Homology CDS 2188650 2189711 . + 0 ID=cds-WP_003899092.1;Parent=gene-BQ2027_RS10035;Dbxref=GenBank:WP_003899092.1;Name=WP_003899092.1;Ontology_term=GO:0008686;gbkey=CDS;go_function=3%2C4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity|0008686||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177851.1;locus_tag=BQ2027_RS10035;product=3%2C4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase;protein_id=WP_003899092.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2189708 2190478 . + . ID=gene-BQ2027_RS10040;Name=BQ2027_RS10040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10040;old_locus_tag=BQ2027_MB1976 +Chromosome Protein Homology CDS 2189708 2190478 . + 0 ID=cds-WP_003409775.1;Parent=gene-BQ2027_RS10040;Dbxref=GenBank:WP_003409775.1;Name=WP_003409775.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216457.1;locus_tag=BQ2027_RS10040;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003409775.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2190688 2191017 . - . ID=gene-BQ2027_RS10045;Name=BQ2027_RS10045;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10045;old_locus_tag=BQ2027_MB1977C +Chromosome Protein Homology CDS 2190688 2191017 . - 0 ID=cds-WP_003409778.1;Parent=gene-BQ2027_RS10045;Dbxref=GenBank:WP_003409778.1;Name=WP_003409778.1;Ontology_term=GO:0006402,GO:0016075,GO:0003677,GO:0003723,GO:0004521;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,RNA binding|0003723||IEA,RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=mRNA catabolic process|0006402||IEA,rRNA catabolic process|0016075||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216458.1;locus_tag=BQ2027_RS10045;product=type II toxin-antitoxin system PemK/MazF family toxin;protein_id=WP_003409778.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2191014 2191391 . - . ID=gene-BQ2027_RS10050;Name=mazE5;gbkey=Gene;gene=mazE5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10050;old_locus_tag=BQ2027_MB1978C +Chromosome Protein Homology CDS 2191014 2191391 . - 0 ID=cds-WP_003409780.1;Parent=gene-BQ2027_RS10050;Dbxref=GenBank:WP_003409780.1;Name=WP_003409780.1;gbkey=CDS;gene=mazE5;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216459.1;locus_tag=BQ2027_RS10050;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin MazE5;protein_id=WP_003409780.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2191388 2191978 . - . ID=gene-BQ2027_RS10055;Name=BQ2027_RS10055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10055;old_locus_tag=BQ2027_MB1979C +Chromosome Protein Homology CDS 2191388 2191978 . - 0 ID=cds-WP_003409784.1;Parent=gene-BQ2027_RS10055;Dbxref=GenBank:WP_003409784.1;Name=WP_003409784.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216460.1;locus_tag=BQ2027_RS10055;product=SEC-C domain-containing protein;protein_id=WP_003409784.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2192033 2193397 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS10085;Name=BQ2027_RS10085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10085;old_locus_tag=BQ2027_MB1984C +Chromosome Protein Homology CDS 2195119 2196021 . - 0 ID=cds-WP_003409874.1;Parent=gene-BQ2027_RS10085;Dbxref=GenBank:WP_003409874.1;Name=WP_003409874.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003409874.1;locus_tag=BQ2027_RS10085;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409874.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2196042 2196233 . - . ID=gene-BQ2027_RS10090;Name=BQ2027_RS10090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10090;old_locus_tag=BQ2027_MB1985C +Chromosome Protein Homology CDS 2196042 2196233 . - 0 ID=cds-WP_003409876.1;Parent=gene-BQ2027_RS10090;Dbxref=GenBank:WP_003409876.1;Name=WP_003409876.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216466.1;locus_tag=BQ2027_RS10090;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003409876.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2196234 2196530 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10100;Name=BQ2027_RS10100;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10100;old_locus_tag=BQ2027_MB1987 +Chromosome Protein Homology CDS 2196770 2196985 . + 0 ID=cds-WP_003409878.1;Parent=gene-BQ2027_RS10100;Dbxref=GenBank:WP_003409878.1;Name=WP_003409878.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216468.1;locus_tag=BQ2027_RS10100;product=FitA-like ribbon-helix-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003409878.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2196982 2197293 . + . ID=gene-BQ2027_RS10105;Name=BQ2027_RS10105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10105;old_locus_tag=BQ2027_MB1988 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 2196982 2197293 . + 0 ID=cds-WP_003409881.1;Parent=gene-BQ2027_RS10105;Dbxref=GenBank:WP_003409881.1;Name=WP_003409881.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS10105;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003409881.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2197267 2197788 . - . ID=gene-BQ2027_RS10110;Name=BQ2027_RS10110;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10110;old_locus_tag=BQ2027_MB1989C +Chromosome Protein Homology CDS 2197267 2197788 . - 0 ID=cds-WP_010950637.1;Parent=gene-BQ2027_RS10110;Dbxref=GenBank:WP_010950637.1;Name=WP_010950637.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216470.1;locus_tag=BQ2027_RS10110;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950637.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2197763 2198140 . + . ID=gene-BQ2027_RS10115;Name=higB;gbkey=Gene;gene=higB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10115;old_locus_tag=BQ2027_MB1990 +Chromosome Protein Homology CDS 2197763 2198140 . + 0 ID=cds-WP_010886136.1;Parent=gene-BQ2027_RS10115;Dbxref=GenBank:WP_010886136.1;Name=WP_010886136.1;gbkey=CDS;gene=higB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216471.2;locus_tag=BQ2027_RS10115;product=type II toxin-antitoxin system toxin HigB;protein_id=WP_010886136.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2198182 2198631 . + . ID=gene-BQ2027_RS10120;Name=higA;gbkey=Gene;gene=higA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10120;old_locus_tag=BQ2027_MB1991 +Chromosome Protein Homology CDS 2198182 2198631 . + 0 ID=cds-WP_003409886.1;Parent=gene-BQ2027_RS10120;Dbxref=GenBank:WP_003409886.1;Name=WP_003409886.1;gbkey=CDS;gene=higA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216472.1;locus_tag=BQ2027_RS10120;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin HigA;protein_id=WP_003409886.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2198628 2199173 . + . ID=gene-BQ2027_RS10125;Name=BQ2027_RS10125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10125;old_locus_tag=BQ2027_MB1992 +Chromosome Protein Homology CDS 2198628 2199173 . + 0 ID=cds-WP_003409891.1;Parent=gene-BQ2027_RS10125;Dbxref=GenBank:WP_003409891.1;Name=WP_003409891.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216473.1;locus_tag=BQ2027_RS10125;product=SecB-like chaperone SecBL;protein_id=WP_003409891.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2199062 2199676 . - . ID=gene-BQ2027_RS10130;Name=BQ2027_RS10130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10130;old_locus_tag=BQ2027_MB1993C +Chromosome Protein Homology CDS 2199062 2199676 . - 0 ID=cds-WP_003901296.1;Parent=gene-BQ2027_RS10130;Dbxref=GenBank:WP_003901296.1;Name=WP_003901296.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216474.1;locus_tag=BQ2027_RS10130;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901296.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2199725 2200021 . - . ID=gene-BQ2027_RS10135;Name=BQ2027_RS10135;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10135;old_locus_tag=BQ2027_MB1994C +Chromosome Protein Homology CDS 2199725 2200021 . - 0 ID=cds-WP_003409896.1;Parent=gene-BQ2027_RS10135;Dbxref=GenBank:WP_003409896.1;Name=WP_003409896.1;Ontology_term=GO:0090729,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=toxin activity|0090729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216475.1;locus_tag=BQ2027_RS10135;product=type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin;protein_id=WP_003409896.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2200018 2200269 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10145;Name=BQ2027_RS10145;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10145;old_locus_tag=BQ2027_MB1996 +Chromosome Protein Homology CDS 2200256 2200750 . + 0 ID=cds-WP_003899099.1;Parent=gene-BQ2027_RS10145;Dbxref=GenBank:WP_003899099.1;Name=WP_003899099.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216477.1;locus_tag=BQ2027_RS10145;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899099.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2200910 2201317 . - . ID=gene-BQ2027_RS10150;Name=BQ2027_RS10150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10150;old_locus_tag=BQ2027_MB1997C +Chromosome Protein Homology CDS 2200910 2201317 . - 0 ID=cds-WP_003409913.1;Parent=gene-BQ2027_RS10150;Dbxref=GenBank:WP_003409913.1;Name=WP_003409913.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216478.1;locus_tag=BQ2027_RS10150;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003409913.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2201321 2201593 . - . ID=gene-BQ2027_RS10155;Name=BQ2027_RS10155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10155;old_locus_tag=BQ2027_MB1997A +Chromosome Protein Homology CDS 2201321 2201593 . - 0 ID=cds-WP_003899100.1;Parent=gene-BQ2027_RS10155;Dbxref=GenBank:WP_003899100.1;Name=WP_003899100.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410641.1;locus_tag=BQ2027_RS10155;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003899100.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2201626 2202846 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10165;Name=BQ2027_RS10165;end_range=2204050,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS10165;old_locus_tag=BQ2027_MB1999;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2203745 2204050 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS10165;Parent=gene-BQ2027_RS10165;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=2204050,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216480.1;locus_tag=BQ2027_RS10165;partial=true;product=ABC transporter permease;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2204046 2204126 . + . ID=gene-BQ2027_RS20405;Name=BQ2027_RS20405;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20405;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2204046 +Chromosome Protein Homology CDS 2204046 2204126 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20405;Parent=gene-BQ2027_RS20405;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216493.1;locus_tag=BQ2027_RS20405;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,2204046;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2204234 2205082 . + . ID=gene-BQ2027_RS10170;Name=BQ2027_RS10170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10170;old_locus_tag=BQ2027_MB2000 +Chromosome Protein Homology CDS 2204234 2205082 . + 0 ID=cds-WP_010950638.1;Parent=gene-BQ2027_RS10170;Dbxref=GenBank:WP_010950638.1;Name=WP_010950638.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216494.1;locus_tag=BQ2027_RS10170;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_010950638.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2205045 2206490 . - . ID=gene-BQ2027_RS10175;Name=BQ2027_RS10175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10175;old_locus_tag=BQ2027_MB2001C +Chromosome Protein Homology CDS 2205045 2206490 . - 0 ID=cds-WP_003409946.1;Parent=gene-BQ2027_RS10175;Dbxref=GenBank:WP_003409946.1;Name=WP_003409946.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA,transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216495.2;locus_tag=BQ2027_RS10175;product=APC family permease;protein_id=WP_003409946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2206669 2207355 . - . ID=gene-BQ2027_RS10180;Name=mpt64;gbkey=Gene;gene=mpt64;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10180;old_locus_tag=BQ2027_MB2002C +Chromosome Protein Homology CDS 2206669 2207355 . - 0 ID=cds-WP_003409954.1;Parent=gene-BQ2027_RS10180;Dbxref=GenBank:WP_003409954.1;Name=WP_003409954.1;gbkey=CDS;gene=mpt64;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216496.1;locus_tag=BQ2027_RS10180;product=immunoprotective protein Mpt64;protein_id=WP_003409954.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2207546 2208514 . - . ID=gene-BQ2027_RS10185;Name=nrdF;gbkey=Gene;gene=nrdF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10185;old_locus_tag=BQ2027_MB2003C +Chromosome Protein Homology CDS 2207546 2208514 . - 0 ID=cds-WP_003409956.1;Parent=gene-BQ2027_RS10185;Dbxref=GenBank:WP_003409956.1;Name=WP_003409956.1;Ontology_term=GO:0009263,GO:0004748,GO:0005971;gbkey=CDS;gene=nrdF;go_component=ribonucleoside-diphosphate reductase complex|0005971||IEA;go_function=ribonucleoside-diphosphate reductase activity%2C thioredoxin disulfide as acceptor|0004748||IEA;go_process=deoxyribonucleotide biosynthetic process|0009263||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177853.1;locus_tag=BQ2027_RS10185;product=class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta;protein_id=WP_003409956.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2208739 2209158 . - . ID=gene-BQ2027_RS10190;Name=BQ2027_RS10190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10190;old_locus_tag=BQ2027_MB2004C +Chromosome Protein Homology CDS 2208739 2209158 . - 0 ID=cds-WP_003409958.1;Parent=gene-BQ2027_RS10190;Dbxref=GenBank:WP_003409958.1;Name=WP_003409958.1;Ontology_term=GO:0004540;gbkey=CDS;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216498.1;locus_tag=BQ2027_RS10190;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003409958.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2209167 2209427 . - . ID=gene-BQ2027_RS10195;Name=BQ2027_RS10195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10195;old_locus_tag=BQ2027_MB2004A +Chromosome Protein Homology CDS 2209167 2209427 . - 0 ID=cds-WP_003409968.1;Parent=gene-BQ2027_RS10195;Dbxref=GenBank:WP_003409968.1;Name=WP_003409968.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_004837054.1;locus_tag=BQ2027_RS10195;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003409968.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2209570 2211246 . + . ID=gene-BQ2027_RS10200;Name=BQ2027_RS10200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10200;old_locus_tag=BQ2027_MB2005 +Chromosome Protein Homology CDS 2209570 2211246 . + 0 ID=cds-WP_010950639.1;Parent=gene-BQ2027_RS10200;Dbxref=GenBank:WP_010950639.1;Name=WP_010950639.1;Ontology_term=GO:0004190;gbkey=CDS;go_function=aspartic-type endopeptidase activity|0004190||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177854.1;locus_tag=BQ2027_RS10200;product=PecA family PE domain-processing aspartic protease;protein_id=WP_010950639.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2211234 2211887 . - . ID=gene-BQ2027_RS10205;Name=cfp21;gbkey=Gene;gene=cfp21;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10205;old_locus_tag=BQ2027_MB2006C +Chromosome Protein Homology CDS 2211234 2211887 . - 0 ID=cds-WP_003409976.1;Parent=gene-BQ2027_RS10205;Dbxref=GenBank:WP_003409976.1;Name=WP_003409976.1;gbkey=CDS;gene=cfp21;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216500.1;locus_tag=BQ2027_RS10205;product=cutinase Cfp21;protein_id=WP_003409976.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2212002 2212232 . + . ID=gene-BQ2027_RS10210;Name=BQ2027_RS10210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10210 +Chromosome Protein Homology CDS 2212002 2212232 . + 0 ID=cds-WP_003409980.1;Parent=gene-BQ2027_RS10210;Dbxref=GenBank:WP_003409980.1;Name=WP_003409980.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012394608.1;locus_tag=BQ2027_RS10210;product=DUF167 domain-containing protein;protein_id=WP_003409980.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2212317 2213228 . - . ID=gene-BQ2027_RS10215;Name=BQ2027_RS10215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10215;old_locus_tag=BQ2027_MB2007C +Chromosome Protein Homology CDS 2212317 2213228 . - 0 ID=cds-WP_003409986.1;Parent=gene-BQ2027_RS10215;Dbxref=GenBank:WP_003409986.1;Name=WP_003409986.1;Ontology_term=GO:0006351,GO:0008156,GO:0043200,GO:0003677,GO:0005737;gbkey=CDS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA,negative regulation of DNA replication|0008156||IEA,response to amino acid|0043200||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216501.1;locus_tag=BQ2027_RS10215;product=ArgP/LysG family DNA-binding transcriptional regulator;protein_id=WP_003409986.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2213337 2213936 . + . ID=gene-BQ2027_RS10220;Name=lysE;gbkey=Gene;gene=lysE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10220;old_locus_tag=BQ2027_MB2008 +Chromosome Protein Homology CDS 2213337 2213936 . + 0 ID=cds-WP_003409989.1;Parent=gene-BQ2027_RS10220;Dbxref=GenBank:WP_003409989.1;Name=WP_003409989.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lysE;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216502.1;locus_tag=BQ2027_RS10220;product=L-lysine exporter;protein_id=WP_003409989.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2214352 2214780 . + . ID=gene-BQ2027_RS10225;Name=BQ2027_RS10225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10225;old_locus_tag=BQ2027_MB2009 +Chromosome Protein Homology CDS 2214352 2214780 . + 0 ID=cds-WP_003409992.1;Parent=gene-BQ2027_RS10225;Dbxref=GenBank:WP_003409992.1;Name=WP_003409992.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216503.1;locus_tag=BQ2027_RS10225;product=cellulose-binding protein;protein_id=WP_003409992.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2215006 2215545 . + . ID=gene-BQ2027_RS10230;Name=erm(37);gbkey=Gene;gene=erm(37);gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10230;old_locus_tag=BQ2027_MB2010 +Chromosome Protein Homology CDS 2215006 2215545 . + 0 ID=cds-WP_003900446.1;Parent=gene-BQ2027_RS10230;Dbxref=GenBank:WP_003900446.1;Name=WP_003900446.1;Ontology_term=GO:0000154;gbkey=CDS;gene=erm(37);go_process=rRNA modification|0000154||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900446.1;locus_tag=BQ2027_RS10230;product=23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(37);protein_id=WP_003900446.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2215725 2215997 . + . ID=gene-BQ2027_RS20810;Name=BQ2027_RS20810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20810 +Chromosome Protein Homology CDS 2215725 2215997 . + 0 ID=cds-WP_003409997.1;Parent=gene-BQ2027_RS20810;Dbxref=GenBank:WP_003409997.1;Name=WP_003409997.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013970.6;locus_tag=BQ2027_RS20810;product=PIN domain-containing protein;protein_id=WP_003409997.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2216065 2216625 . - . ID=gene-BQ2027_RS10235;Name=BQ2027_RS10235;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10235;old_locus_tag=BQ2027_MB2011C +Chromosome Protein Homology CDS 2216065 2216625 . - 0 ID=cds-WP_003410001.1;Parent=gene-BQ2027_RS10235;Dbxref=GenBank:WP_003410001.1;Name=WP_003410001.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216505.1;locus_tag=BQ2027_RS10235;product=RES family NAD+ phosphorylase;protein_id=WP_003410001.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2216622 2216963 . - . ID=gene-BQ2027_RS10240;Name=BQ2027_RS10240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10240;old_locus_tag=BQ2027_MB2012C +Chromosome Protein Homology CDS 2216622 2216963 . - 0 ID=cds-WP_003410003.1;Parent=gene-BQ2027_RS10240;Dbxref=GenBank:WP_003410003.1;Name=WP_003410003.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216506.1;locus_tag=BQ2027_RS10240;product=antitoxin Xre/MbcA/ParS toxin-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003410003.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2217049 2217306 . + . ID=gene-BQ2027_RS10245;Name=BQ2027_RS10245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10245 +Chromosome Protein Homology CDS 2217049 2217306 . + 0 ID=cds-WP_003410006.1;Parent=gene-BQ2027_RS10245;Dbxref=GenBank:WP_003410006.1;Name=WP_003410006.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917558.1;locus_tag=BQ2027_RS10245;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410006.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2217455 2217542 . - . ID=gene-BQ2027_RS20995;Name=BQ2027_RS20995;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20995;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2217455 +Chromosome Protein Homology CDS 2217455 2217542 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20995;Parent=gene-BQ2027_RS20995;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005191102.1;locus_tag=BQ2027_RS20995;partial=true;product=dehydrogenase;pseudo=true;start_range=.,2217455;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2217631 2217975 . - . ID=gene-BQ2027_RS10255;Name=mazF6;gbkey=Gene;gene=mazF6;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=mazF-mt3;locus_tag=BQ2027_RS10255;old_locus_tag=BQ2027_MB2014C +Chromosome Protein Homology CDS 2217631 2217975 . - 0 ID=cds-WP_003410010.1;Parent=gene-BQ2027_RS10255;Dbxref=GenBank:WP_003410010.1;Name=WP_003410010.1;gbkey=CDS;gene=mazF6;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216507.1;locus_tag=BQ2027_RS10255;product=type II toxin-antitoxin system toxin endoribonuclease MazF6;protein_id=WP_003410010.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2217969 2218217 . - . ID=gene-BQ2027_RS10260;Name=BQ2027_RS10260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10260;old_locus_tag=BQ2027_MB2014A +Chromosome Protein Homology CDS 2217969 2218217 . - 0 ID=cds-WP_003410014.1;Parent=gene-BQ2027_RS10260;Dbxref=GenBank:WP_003410014.1;Name=WP_003410014.1;Ontology_term=GO:0006355;gbkey=CDS;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410673.1;locus_tag=BQ2027_RS10260;product=ribbon-helix-helix protein%2C CopG family;protein_id=WP_003410014.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2218317 2220632 . - . ID=gene-BQ2027_RS10265;Name=ctpG;gbkey=Gene;gene=ctpG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10265;old_locus_tag=BQ2027_MB2015C +Chromosome Protein Homology CDS 2218317 2220632 . - 0 ID=cds-WP_003899120.1;Parent=gene-BQ2027_RS10265;Dbxref=GenBank:WP_003899120.1;Name=WP_003899120.1;gbkey=CDS;gene=ctpG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216508.1;locus_tag=BQ2027_RS10265;product=cation transporter ATPase CptG;protein_id=WP_003899120.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2220629 2220901 . - . ID=gene-BQ2027_RS10270;Name=BQ2027_RS10270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10270;old_locus_tag=BQ2027_MB2016C +Chromosome Protein Homology CDS 2220629 2220901 . - 0 ID=cds-WP_003410017.1;Parent=gene-BQ2027_RS10270;Dbxref=GenBank:WP_003410017.1;Name=WP_003410017.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216509.1;locus_tag=BQ2027_RS10270;product=DUF1490 family protein;protein_id=WP_003410017.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2220954 2221310 . - . ID=gene-BQ2027_RS10275;Name=cmtR;gbkey=Gene;gene=cmtR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10275;old_locus_tag=BQ2027_MB2017C +Chromosome Protein Homology CDS 2220954 2221310 . - 0 ID=cds-WP_003410018.1;Parent=gene-BQ2027_RS10275;Dbxref=GenBank:WP_003410018.1;Name=WP_003410018.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0010288,GO:0046686,GO:0003700,GO:0032791,GO:0046870,GO:0097063;gbkey=CDS;gene=cmtR;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,lead ion binding|0032791||IEA,cadmium ion binding|0046870||IEA,cadmium ion sensor activity|0097063||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA,response to lead ion|0010288||IEA,response to cadmium ion|0046686||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216510.1;locus_tag=BQ2027_RS10275;product=Cd(II)/Pb(II)-sensing metalloregulatory transcriptional regulator CmtR;protein_id=WP_003410018.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2221467 2222234 . + . ID=gene-BQ2027_RS10280;Name=BQ2027_RS10280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10280;old_locus_tag=BQ2027_MB2018 +Chromosome Protein Homology CDS 2221467 2222234 . + 0 ID=cds-WP_003410019.1;Parent=gene-BQ2027_RS10280;Dbxref=GenBank:WP_003410019.1;Name=WP_003410019.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216511.1;locus_tag=BQ2027_RS10280;product=hemerythrin domain-containing protein;protein_id=WP_003410019.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2222330 2223283 . + . ID=gene-BQ2027_RS10285;Name=BQ2027_RS10285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10285;old_locus_tag=BQ2027_MB2019 +Chromosome Protein Homology CDS 2222330 2223283 . + 0 ID=cds-WP_003899121.1;Parent=gene-BQ2027_RS10285;Dbxref=GenBank:WP_003899121.1;Name=WP_003899121.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216512.1;locus_tag=BQ2027_RS10285;product=universal stress protein;protein_id=WP_003899121.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2223485 2226202 . + . ID=gene-BQ2027_RS10290;Name=ctpF;gbkey=Gene;gene=ctpF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10290;old_locus_tag=BQ2027_MB2020 +Chromosome Protein Homology CDS 2223485 2226202 . + 0 ID=cds-WP_003410027.1;Parent=gene-BQ2027_RS10290;Dbxref=GenBank:WP_003410027.1;Name=WP_003410027.1;gbkey=CDS;gene=ctpF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216513.1;locus_tag=BQ2027_RS10290;product=cation-transporting P-type ATPase;protein_id=WP_003410027.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2226271 2227047 . - . ID=gene-BQ2027_RS10295;Name=BQ2027_RS10295;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10295;old_locus_tag=BQ2027_MB2021C +Chromosome Protein Homology CDS 2226271 2227047 . - 0 ID=cds-WP_003410037.1;Parent=gene-BQ2027_RS10295;Dbxref=GenBank:WP_003410037.1;Name=WP_003410037.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216514.1;locus_tag=BQ2027_RS10295;product=isocitrate lyase/PEP mutase family protein;protein_id=WP_003410037.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2227142 2228464 . - . ID=gene-BQ2027_RS10300;Name=BQ2027_RS10300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10300;old_locus_tag=BQ2027_MB2022C +Chromosome Protein Homology CDS 2227142 2228464 . - 0 ID=cds-WP_003410039.1;Parent=gene-BQ2027_RS10300;Dbxref=GenBank:WP_003410039.1;Name=WP_003410039.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA,transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216515.1;locus_tag=BQ2027_RS10300;product=APC family permease;protein_id=WP_003410039.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2228535 2230148 . + . ID=gene-BQ2027_RS10305;Name=BQ2027_RS10305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10305;old_locus_tag=BQ2027_MB2023 +Chromosome Protein Homology CDS 2228535 2230148 . + 0 ID=cds-WP_003410042.1;Parent=gene-BQ2027_RS10305;Dbxref=GenBank:WP_003410042.1;Name=WP_003410042.1;Ontology_term=GO:0000166;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216516.1;locus_tag=BQ2027_RS10305;product=NAD(P)-binding protein;protein_id=WP_003410042.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2230158 2230910 . + . ID=gene-BQ2027_RS10310;Name=BQ2027_RS10310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10310;old_locus_tag=BQ2027_MB2024 +Chromosome Protein Homology CDS 2230158 2230910 . + 0 ID=cds-WP_010950640.1;Parent=gene-BQ2027_RS10310;Dbxref=GenBank:WP_010950640.1;Name=WP_010950640.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216517.1;locus_tag=BQ2027_RS10310;product=acyl-[acyl-carrier-protein] thioesterase;protein_id=WP_010950640.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2230986 2231768 . + . ID=gene-BQ2027_RS10315;Name=BQ2027_RS10315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10315;old_locus_tag=BQ2027_MB2025 +Chromosome Protein Homology CDS 2230986 2231768 . + 0 ID=cds-WP_003410047.1;Parent=gene-BQ2027_RS10315;Dbxref=GenBank:WP_003410047.1;Name=WP_003410047.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216518.1;locus_tag=BQ2027_RS10315;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003410047.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2231889 2232578 . - . ID=gene-BQ2027_RS10320;Name=BQ2027_RS10320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10320;old_locus_tag=BQ2027_MB2026C +Chromosome Protein Homology CDS 2231889 2232578 . - 0 ID=cds-WP_003899125.1;Parent=gene-BQ2027_RS10320;Dbxref=GenBank:WP_003899125.1;Name=WP_003899125.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899125.1;locus_tag=BQ2027_RS10320;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003899125.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2232586 2232783 . - . ID=gene-BQ2027_RS10325;Name=BQ2027_RS10325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10325 +Chromosome Protein Homology CDS 2232586 2232783 . - 0 ID=cds-WP_003410051.1;Parent=gene-BQ2027_RS10325;Dbxref=GenBank:WP_003410051.1;Name=WP_003410051.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410051.1;locus_tag=BQ2027_RS10325;product=phosphoenolpyruvate synthase;protein_id=WP_003410051.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2232804 2234300 . - . ID=gene-BQ2027_RS10330;Name=BQ2027_RS10330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10330;old_locus_tag=BQ2027_MB2027C +Chromosome Protein Homology CDS 2232804 2234300 . - 0 ID=cds-WP_003410057.1;Parent=gene-BQ2027_RS10330;Dbxref=GenBank:WP_003410057.1;Name=WP_003410057.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216520.1;locus_tag=BQ2027_RS10330;product=bifunctional aminoglycoside phosphotransferase/ATP-binding protein;protein_id=WP_003410057.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2234322 2235209 . - . ID=gene-BQ2027_RS10335;Name=BQ2027_RS10335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10335;old_locus_tag=BQ2027_MB2028C +Chromosome Protein Homology CDS 2234322 2235209 . - 0 ID=cds-WP_003410060.1;Parent=gene-BQ2027_RS10335;Dbxref=GenBank:WP_003410060.1;Name=WP_003410060.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216521.1;locus_tag=BQ2027_RS10335;product=universal stress protein;protein_id=WP_003410060.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2235328 2239311 . + . ID=gene-BQ2027_RS10340;Name=otsB;gbkey=Gene;gene=otsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10340;old_locus_tag=BQ2027_MB2029 +Chromosome Protein Homology CDS 2235328 2239311 . + 0 ID=cds-WP_010950641.1;Parent=gene-BQ2027_RS10340;Dbxref=GenBank:WP_010950641.1;Name=WP_010950641.1;Ontology_term=GO:0005992,GO:0004805;gbkey=CDS;gene=otsB;go_function=trehalose-phosphatase activity|0004805||IEA;go_process=trehalose biosynthetic process|0005992||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177855.1;locus_tag=BQ2027_RS10340;product=trehalose-phosphatase;protein_id=WP_010950641.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2239410 2239754 . - . ID=gene-BQ2027_RS10345;Name=fdxA;gbkey=Gene;gene=fdxA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10345;old_locus_tag=BQ2027_MB2030C +Chromosome Protein Homology CDS 2239410 2239754 . - 0 ID=cds-WP_003410065.1;Parent=gene-BQ2027_RS10345;Dbxref=GenBank:WP_003410065.1;Name=WP_003410065.1;Ontology_term=GO:0009055,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=fdxA;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216523.1;locus_tag=BQ2027_RS10345;product=ferredoxin;protein_id=WP_003410065.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2239943 2241112 . - . ID=gene-BQ2027_RS10350;Name=BQ2027_RS10350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10350;old_locus_tag=BQ2027_MB2031C +Chromosome Protein Homology CDS 2239943 2241112 . - 0 ID=cds-WP_003899126.1;Parent=gene-BQ2027_RS10350;Dbxref=GenBank:WP_003899126.1;Name=WP_003899126.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899126.1;locus_tag=BQ2027_RS10350;product=ATP-binding protein;protein_id=WP_003899126.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2241371 2241598 . + . ID=gene-BQ2027_RS10355;Name=BQ2027_RS10355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10355;old_locus_tag=BQ2027_MB2032 +Chromosome Protein Homology CDS 2241371 2241598 . + 0 ID=cds-WP_019283586.1;Parent=gene-BQ2027_RS10355;Dbxref=GenBank:WP_019283586.1;Name=WP_019283586.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019283586.1;locus_tag=BQ2027_RS10355;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_019283586.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2241599 2241997 . + . ID=gene-BQ2027_RS10360;Name=vapC;gbkey=Gene;gene=vapC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10360;old_locus_tag=BQ2027_MB2033 +Chromosome Protein Homology CDS 2241599 2241997 . + 0 ID=cds-WP_003410075.1;Parent=gene-BQ2027_RS10360;Dbxref=GenBank:WP_003410075.1;Name=WP_003410075.1;Ontology_term=GO:0004518,GO:0110001;gbkey=CDS;gene=vapC;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=nuclease activity|0004518||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216526.1;locus_tag=BQ2027_RS10360;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003410075.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2242180 2242611 . - . ID=gene-BQ2027_RS10365;Name=BQ2027_RS10365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10365;old_locus_tag=BQ2027_MB2034C +Chromosome Protein Homology CDS 2242180 2242611 . - 0 ID=cds-WP_003410078.1;Parent=gene-BQ2027_RS10365;Dbxref=GenBank:WP_003410078.1;Name=WP_003410078.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216527.1;locus_tag=BQ2027_RS10365;product=MarR family winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003410078.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2242712 2243146 . + . ID=gene-BQ2027_RS10370;Name=BQ2027_RS10370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10370;old_locus_tag=BQ2027_MB2035 +Chromosome Protein Homology CDS 2242712 2243146 . + 0 ID=cds-WP_003914358.1;Parent=gene-BQ2027_RS10370;Dbxref=GenBank:WP_003914358.1;Name=WP_003914358.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003914358.1;locus_tag=BQ2027_RS10370;product=DUF1398 domain-containing protein;protein_id=WP_003914358.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2243282 2243541 . - . ID=gene-BQ2027_RS21000;Name=BQ2027_RS21000;end_range=2243541,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS21000;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2243282 2243541 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS21000;Parent=gene-BQ2027_RS21000;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=2243541,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410139.1;locus_tag=BQ2027_RS21000;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2243583 2243765 . - . ID=gene-BQ2027_RS10375;Name=BQ2027_RS10375;end_range=2243765,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS10375;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2243583 2243765 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS10375;Parent=gene-BQ2027_RS10375;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=2243765,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217738.1;locus_tag=BQ2027_RS10375;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2243787 2245014 . + . ID=gene-BQ2027_RS21005;Name=BQ2027_RS21005;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS21005;old_locus_tag=BQ2027_IS1607;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2243787 2245014 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS21005;Parent=gene-BQ2027_RS21005;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007168642.1;locus_tag=BQ2027_RS21005;product=IS110 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2245142 2246398 . - . ID=gene-BQ2027_RS10390;Name=BQ2027_RS10390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10390;old_locus_tag=BQ2027_MB2038C +Chromosome Protein Homology CDS 2245142 2246398 . - 0 ID=cds-WP_010950642.1;Parent=gene-BQ2027_RS10390;Dbxref=GenBank:WP_010950642.1;Name=WP_010950642.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216531.1;locus_tag=BQ2027_RS10390;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_010950642.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2246752 2247327 . + . ID=gene-BQ2027_RS10395;Name=BQ2027_RS10395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10395;old_locus_tag=BQ2027_MB2039 +Chromosome Protein Homology CDS 2246752 2247327 . + 0 ID=cds-WP_003410100.1;Parent=gene-BQ2027_RS10395;Dbxref=GenBank:WP_003410100.1;Name=WP_003410100.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216532.1;locus_tag=BQ2027_RS10395;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410100.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2247324 2248364 . + . ID=gene-BQ2027_RS10400;Name=BQ2027_RS10400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10400;old_locus_tag=BQ2027_MB2040 +Chromosome Protein Homology CDS 2247324 2248364 . + 0 ID=cds-WP_003410103.1;Parent=gene-BQ2027_RS10400;Dbxref=GenBank:WP_003410103.1;Name=WP_003410103.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216533.1;locus_tag=BQ2027_RS10400;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003410103.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2248606 2249325 . + . ID=gene-BQ2027_RS10405;Name=BQ2027_RS10405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10405;old_locus_tag=BQ2027_MB2041 +Chromosome Protein Homology CDS 2248606 2249325 . + 0 ID=cds-WP_010950643.1;Parent=gene-BQ2027_RS10405;Dbxref=GenBank:WP_010950643.1;Name=WP_010950643.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216534.1;locus_tag=BQ2027_RS10405;product=Rv2018 family toxin-antitoxin system antitoxin;protein_id=WP_010950643.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2249315 2249731 . + . ID=gene-BQ2027_RS10410;Name=BQ2027_RS10410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10410;old_locus_tag=BQ2027_MB2042 +Chromosome Protein Homology CDS 2249315 2249731 . + 0 ID=cds-WP_003410114.1;Parent=gene-BQ2027_RS10410;Dbxref=GenBank:WP_003410114.1;Name=WP_003410114.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216535.1;locus_tag=BQ2027_RS10410;product=Rv2019 family toxin-antitoxin system toxin ribonuclease;protein_id=WP_003410114.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2249747 2250046 . - . ID=gene-BQ2027_RS10415;Name=BQ2027_RS10415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10415;old_locus_tag=BQ2027_MB2043C +Chromosome Protein Homology CDS 2249747 2250046 . - 0 ID=cds-WP_003410120.1;Parent=gene-BQ2027_RS10415;Dbxref=GenBank:WP_003410120.1;Name=WP_003410120.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410120.1;locus_tag=BQ2027_RS10415;product=type ISP restriction/modification enzyme;protein_id=WP_003410120.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2250131 2250436 . - . ID=gene-BQ2027_RS10420;Name=BQ2027_RS10420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10420;old_locus_tag=BQ2027_MB2044C +Chromosome Protein Homology CDS 2250131 2250436 . - 0 ID=cds-WP_003410124.1;Parent=gene-BQ2027_RS10420;Dbxref=GenBank:WP_003410124.1;Name=WP_003410124.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216537.1;locus_tag=BQ2027_RS10420;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003410124.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2250445 2251050 . - . ID=gene-BQ2027_RS10425;Name=BQ2027_RS10425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10425;old_locus_tag=BQ2027_MB2045C +Chromosome Protein Homology CDS 2250445 2251050 . - 0 ID=cds-WP_003900449.1;Parent=gene-BQ2027_RS10425;Dbxref=GenBank:WP_003900449.1;Name=WP_003900449.1;Ontology_term=GO:0004519,GO:0090729,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=endonuclease activity|0004519||IEA,toxin activity|0090729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216538.1;locus_tag=BQ2027_RS10425;product=type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin;protein_id=WP_003900449.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2251213 2251491 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10435;Name=BQ2027_RS10435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10435;old_locus_tag=BQ2027_MB2047C +Chromosome Protein Homology CDS 2251594 2252271 . - 0 ID=cds-WP_003900450.1;Parent=gene-BQ2027_RS10435;Dbxref=GenBank:WP_003900450.1;Name=WP_003900450.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003904758.1;locus_tag=BQ2027_RS10435;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900450.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2252223 2252459 . - . ID=gene-BQ2027_RS10440;Name=BQ2027_RS10440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10440 +Chromosome Protein Homology CDS 2252223 2252459 . - 0 ID=cds-WP_003410133.1;Parent=gene-BQ2027_RS10440;Dbxref=GenBank:WP_003410133.1;Name=WP_003410133.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410133.1;locus_tag=BQ2027_RS10440;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410133.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2252666 2253562 . - . ID=gene-BQ2027_RS10445;Name=BQ2027_RS10445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10445;old_locus_tag=BQ2027_MB2048C +Chromosome Protein Homology CDS 2252666 2253562 . - 0 ID=cds-WP_003410136.1;Parent=gene-BQ2027_RS10445;Dbxref=GenBank:WP_003410136.1;Name=WP_003410136.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917565.1;locus_tag=BQ2027_RS10445;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410136.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2253746 2258566 . - . ID=gene-BQ2027_RS10450;Name=BQ2027_RS10450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10450;old_locus_tag=BQ2027_MB2049C +Chromosome Protein Homology CDS 2253746 2258566 . - 0 ID=cds-WP_010950644.1;Parent=gene-BQ2027_RS10450;Dbxref=GenBank:WP_010950644.1;Name=WP_010950644.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410139.1;locus_tag=BQ2027_RS10450;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_010950644.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2258868 2259101 . + . ID=gene-BQ2027_RS21015;Name=BQ2027_RS21015;end_range=2259101,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS21015;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2258868 +Chromosome Protein Homology CDS 2258868 2259101 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS21015;Parent=gene-BQ2027_RS21015;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=2259101,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076611777.1;locus_tag=BQ2027_RS21015;partial=true;product=IS3-like element ISMysp3 family transposase;pseudo=true;start_range=.,2258868;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2259075 2260073 . - . ID=gene-BQ2027_RS10455;Name=BQ2027_RS10455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10455;old_locus_tag=BQ2027_MB2050C +Chromosome Protein Homology CDS 2259075 2260073 . - 0 ID=cds-WP_003410146.1;Parent=gene-BQ2027_RS10455;Dbxref=GenBank:WP_003410146.1;Name=WP_003410146.1;Ontology_term=GO:0006812,GO:0055085,GO:0008324,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=monoatomic cation transmembrane transporter activity|0008324||IEA;go_process=monoatomic cation transport|0006812||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216541.1;locus_tag=BQ2027_RS10455;product=cation diffusion facilitator family transporter;protein_id=WP_003410146.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2260188 2261072 . - . ID=gene-BQ2027_RS10460;Name=BQ2027_RS10460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10460;old_locus_tag=BQ2027_MB2051C +Chromosome Protein Homology CDS 2260188 2261072 . - 0 ID=cds-WP_003410150.1;Parent=gene-BQ2027_RS10460;Dbxref=GenBank:WP_003410150.1;Name=WP_003410150.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216542.1;locus_tag=BQ2027_RS10460;product=universal stress protein;protein_id=WP_003410150.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2261112 2262833 . - . ID=gene-BQ2027_RS10465;Name=dosT;gbkey=Gene;gene=dosT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10465;old_locus_tag=BQ2027_MB2052C +Chromosome Protein Homology CDS 2261112 2262833 . - 0 ID=cds-WP_003410152.1;Parent=gene-BQ2027_RS10465;Dbxref=GenBank:WP_003410152.1;Name=WP_003410152.1;gbkey=CDS;gene=dosT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216543.1;locus_tag=BQ2027_RS10465;product=two-component system sensor histidine kinase DosT;protein_id=WP_003410152.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2262894 2263733 . - . ID=gene-BQ2027_RS10470;Name=BQ2027_RS10470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10470;old_locus_tag=BQ2027_MB2053C +Chromosome Protein Homology CDS 2262894 2263733 . - 0 ID=cds-WP_003410171.1;Parent=gene-BQ2027_RS10470;Dbxref=GenBank:WP_003410171.1;Name=WP_003410171.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216544.1;locus_tag=BQ2027_RS10470;product=universal stress protein;protein_id=WP_003410171.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2263730 2264749 . - . ID=gene-BQ2027_RS10475;Name=pfkB;gbkey=Gene;gene=pfkB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10475;old_locus_tag=BQ2027_MB2054C +Chromosome Protein Homology CDS 2263730 2264749 . - 0 ID=cds-WP_003899139.1;Parent=gene-BQ2027_RS10475;Dbxref=GenBank:WP_003899139.1;Name=WP_003899139.1;Ontology_term=GO:0016310,GO:0005524,GO:0008443;gbkey=CDS;gene=pfkB;go_function=ATP binding|0005524||IEA,phosphofructokinase activity|0008443||IEA;go_process=phosphorylation|0016310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216545.1;locus_tag=BQ2027_RS10475;product=1-phosphofructokinase family hexose kinase;protein_id=WP_003899139.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2264766 2266810 . - . ID=gene-BQ2027_RS10480;Name=BQ2027_RS10480;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS10480;old_locus_tag=BQ2027_MB2056C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2264766 2266810 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS10480;Parent=gene-BQ2027_RS10480;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0046677;gbkey=CDS;go_process=response to antibiotic|0046677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216546.1;locus_tag=BQ2027_RS10480;product=erythromycin esterase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2266822 2267256 . - . ID=gene-BQ2027_RS10485;Name=hspX;gbkey=Gene;gene=hspX;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=acr;locus_tag=BQ2027_RS10485;old_locus_tag=BQ2027_MB2057C +Chromosome Protein Homology CDS 2266822 2267256 . - 0 ID=cds-WP_003410189.1;Parent=gene-BQ2027_RS10485;Dbxref=GenBank:WP_003410189.1;Name=WP_003410189.1;gbkey=CDS;gene=hspX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216547.1;locus_tag=BQ2027_RS10485;product=alpha-crystallin HspX;protein_id=WP_003410189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2267453 2268448 . + . ID=gene-BQ2027_RS10490;Name=acg;gbkey=Gene;gene=acg;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10490;old_locus_tag=BQ2027_MB2058 +Chromosome Protein Homology CDS 2267453 2268448 . + 0 ID=cds-WP_010950647.1;Parent=gene-BQ2027_RS10490;Dbxref=GenBank:WP_010950647.1;Name=WP_010950647.1;gbkey=CDS;gene=acg;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216548.1;locus_tag=BQ2027_RS10490;product=FMN-binding protein Acg;protein_id=WP_010950647.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2268564 2269406 . - . ID=gene-BQ2027_RS10495;Name=BQ2027_RS10495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10495;old_locus_tag=BQ2027_MB2059C +Chromosome Protein Homology CDS 2268564 2269406 . - 0 ID=cds-WP_003410196.1;Parent=gene-BQ2027_RS10495;Dbxref=GenBank:WP_003410196.1;Name=WP_003410196.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216549.1;locus_tag=BQ2027_RS10495;product=DUF3097 domain-containing protein;protein_id=WP_003410196.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2269618 2269941 . + . ID=gene-BQ2027_RS10500;Name=BQ2027_RS10500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10500;old_locus_tag=BQ2027_MB2060 +Chromosome Protein Homology CDS 2269618 2269941 . + 0 ID=cds-WP_003410200.1;Parent=gene-BQ2027_RS10500;Dbxref=GenBank:WP_003410200.1;Name=WP_003410200.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216550.1;locus_tag=BQ2027_RS10500;product=ArsR/SmtB family transcription factor;protein_id=WP_003410200.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2269938 2270426 . + . ID=gene-BQ2027_RS10505;Name=BQ2027_RS10505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10505;old_locus_tag=BQ2027_MB2061 +Chromosome Protein Homology CDS 2269938 2270426 . + 0 ID=cds-WP_003899141.1;Parent=gene-BQ2027_RS10505;Dbxref=GenBank:WP_003899141.1;Name=WP_003899141.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216551.1;locus_tag=BQ2027_RS10505;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003899141.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2270423 2271064 . + . ID=gene-BQ2027_RS10510;Name=BQ2027_RS10510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10510;old_locus_tag=BQ2027_MB2062 +Chromosome Protein Homology CDS 2270423 2271064 . + 0 ID=cds-WP_003410207.1;Parent=gene-BQ2027_RS10510;Dbxref=GenBank:WP_003410207.1;Name=WP_003410207.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216552.1;locus_tag=BQ2027_RS10510;product=maleylpyruvate isomerase family mycothiol-dependent enzyme;protein_id=WP_003410207.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2271071 2272045 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10520;Name=BQ2027_RS10520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10520;old_locus_tag=BQ2027_MB2064C +Chromosome Protein Homology CDS 2272047 2273120 . - 0 ID=cds-WP_003410218.1;Parent=gene-BQ2027_RS10520;Dbxref=GenBank:WP_003410218.1;Name=WP_003410218.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216554.1;locus_tag=BQ2027_RS10520;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003410218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2273123 2273965 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10565;Name=BQ2027_RS10565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10565;old_locus_tag=BQ2027_MB2073C +Chromosome Protein Homology CDS 2280286 2282850 . - 0 ID=cds-WP_003410309.1;Parent=gene-BQ2027_RS10565;Dbxref=GenBank:WP_003410309.1;Name=WP_003410309.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216563.1;locus_tag=BQ2027_RS10565;product=sugar epimerase family protein;protein_id=WP_003410309.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2282855 2295310 . - . ID=gene-BQ2027_RS10570;Name=BQ2027_RS10570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10570;old_locus_tag=BQ2027_MB2074C +Chromosome Protein Homology CDS 2282855 2295310 . - 0 ID=cds-WP_010950651.1;Parent=gene-BQ2027_RS10570;Dbxref=GenBank:WP_010950651.1;Name=WP_010950651.1;Ontology_term=GO:0030639,GO:0034081;gbkey=CDS;go_component=polyketide synthase complex|0034081||IEA;go_process=polyketide biosynthetic process|0030639||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216564.2;locus_tag=BQ2027_RS10570;product=type I polyketide synthase;protein_id=WP_010950651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2295617 2295967 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10585;Name=lnt;gbkey=Gene;gene=lnt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10585;old_locus_tag=BQ2027_MB2077C +Chromosome Protein Homology CDS 2296455 2299079 . - 0 ID=cds-WP_003902238.1;Parent=gene-BQ2027_RS10585;Dbxref=GenBank:WP_003902238.1;Name=WP_003902238.1;Ontology_term=GO:0042158,GO:0016410,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lnt;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=N-acyltransferase activity|0016410||IEA;go_process=lipoprotein biosynthetic process|0042158||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216567.1;locus_tag=BQ2027_RS10585;product=apolipoprotein N-acyltransferase;protein_id=WP_003902238.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2299237 2300841 . - . ID=gene-BQ2027_RS10590;Name=BQ2027_RS10590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10590;old_locus_tag=BQ2027_MB2078C +Chromosome Protein Homology CDS 2299237 2300841 . - 0 ID=cds-WP_003410605.1;Parent=gene-BQ2027_RS10590;Dbxref=GenBank:WP_003410605.1;Name=WP_003410605.1;Ontology_term=GO:0016810,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds|0016810||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216568.1;locus_tag=BQ2027_RS10590;product=amidohydrolase;protein_id=WP_003410605.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2300846 2301373 . - . ID=gene-BQ2027_RS10595;Name=fxsA;gbkey=Gene;gene=fxsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10595;old_locus_tag=BQ2027_MB2079C +Chromosome Protein Homology CDS 2300846 2301373 . - 0 ID=cds-WP_003410608.1;Parent=gene-BQ2027_RS10595;Dbxref=GenBank:WP_003410608.1;Name=WP_003410608.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;gene=fxsA;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216569.1;locus_tag=BQ2027_RS10595;product=FxsA family protein;protein_id=WP_003410608.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2301449 2302162 . + . ID=gene-BQ2027_RS10600;Name=BQ2027_RS10600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10600;old_locus_tag=BQ2027_MB2080 +Chromosome Protein Homology CDS 2301449 2302162 . + 0 ID=cds-WP_003410610.1;Parent=gene-BQ2027_RS10600;Dbxref=GenBank:WP_003410610.1;Name=WP_003410610.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0005829;gbkey=CDS;go_component=cytosol|0005829||IEA;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216570.1;locus_tag=BQ2027_RS10600;product=dienelactone hydrolase family protein;protein_id=WP_003410610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2302411 2302677 . - . ID=gene-BQ2027_RS10605;Name=rpsR;gbkey=Gene;gene=rpsR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10605;old_locus_tag=BQ2027_MB2081C +Chromosome Protein Homology CDS 2302411 2302677 . - 0 ID=cds-WP_003410619.1;Parent=gene-BQ2027_RS10605;Dbxref=GenBank:WP_003410619.1;Name=WP_003410619.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000314,GO:0022627;gbkey=CDS;gene=rpsR;go_component=organellar small ribosomal subunit|0000314||IEA,cytosolic small ribosomal subunit|0022627||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216571.1;locus_tag=BQ2027_RS10605;product=30S ribosomal protein S18;protein_id=WP_003410619.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2302678 2302983 . - . ID=gene-BQ2027_RS10610;Name=rpsN;gbkey=Gene;gene=rpsN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10610;old_locus_tag=BQ2027_MB2082C +Chromosome Protein Homology CDS 2302678 2302983 . - 0 ID=cds-WP_003410624.1;Parent=gene-BQ2027_RS10610;Dbxref=GenBank:WP_003410624.1;Name=WP_003410624.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsN;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216572.1;locus_tag=BQ2027_RS10610;product=30S ribosomal protein S14;protein_id=WP_003410624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2302985 2303149 . - . ID=gene-BQ2027_RS10615;Name=rpmG;gbkey=Gene;gene=rpmG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10615;old_locus_tag=BQ2027_MB2083C +Chromosome Protein Homology CDS 2302985 2303149 . - 0 ID=cds-WP_003410628.1;Parent=gene-BQ2027_RS10615;Dbxref=GenBank:WP_003410628.1;Name=WP_003410628.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmG;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005063154.1;locus_tag=BQ2027_RS10615;product=50S ribosomal protein L33;protein_id=WP_003410628.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2303149 2303385 . - . ID=gene-BQ2027_RS10620;Name=rpmB;gbkey=Gene;gene=rpmB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10620;old_locus_tag=BQ2027_MB2084C +Chromosome Protein Homology CDS 2303149 2303385 . - 0 ID=cds-WP_003410631.1;Parent=gene-BQ2027_RS10620;Dbxref=GenBank:WP_003410631.1;Name=WP_003410631.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmB;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216574.1;locus_tag=BQ2027_RS10620;product=50S ribosomal protein L28;protein_id=WP_003410631.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2303783 2304472 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS20415;Name=BQ2027_RS20415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20415;old_locus_tag=BQ2027_MB2086 +Chromosome Protein Homology CDS 2304612 2305004 . + 0 ID=cds-WP_229303073.1;Parent=gene-BQ2027_RS20415;Dbxref=GenBank:WP_229303073.1;Name=WP_229303073.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0042626,GO:0140359,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013143.6;locus_tag=BQ2027_RS20415;product=metal ABC transporter permease;protein_id=WP_229303073.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2305005 2305409 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS10700;Name=BQ2027_RS10700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10700;old_locus_tag=BQ2027_MB2102C +Chromosome Protein Homology CDS 2319620 2320591 . - 0 ID=cds-WP_003899159.1;Parent=gene-BQ2027_RS10700;Dbxref=GenBank:WP_003899159.1;Name=WP_003899159.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216593.1;locus_tag=BQ2027_RS10700;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899159.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2320592 2320891 . - . ID=gene-BQ2027_RS10705;Name=BQ2027_RS10705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10705;old_locus_tag=BQ2027_MB2103C +Chromosome Protein Homology CDS 2320592 2320891 . - 0 ID=cds-WP_003410695.1;Parent=gene-BQ2027_RS10705;Dbxref=GenBank:WP_003410695.1;Name=WP_003410695.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177658.1;locus_tag=BQ2027_RS10705;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2321356 2321670 . + . ID=gene-BQ2027_RS10710;Name=BQ2027_RS10710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10710;old_locus_tag=BQ2027_MB2104 +Chromosome Protein Homology CDS 2321356 2321670 . + 0 ID=cds-WP_003410700.1;Parent=gene-BQ2027_RS10710;Dbxref=GenBank:WP_003410700.1;Name=WP_003410700.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216594.1;locus_tag=BQ2027_RS10710;product=DUF2563 family protein;protein_id=WP_003410700.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2321652 2323622 . + . ID=gene-BQ2027_RS10715;Name=BQ2027_RS10715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10715;old_locus_tag=BQ2027_MB2105 +Chromosome Protein Homology CDS 2321652 2323622 . + 0 ID=cds-WP_010950653.1;Parent=gene-BQ2027_RS10715;Dbxref=GenBank:WP_010950653.1;Name=WP_010950653.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216595.1;locus_tag=BQ2027_RS10715;product=putative alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_010950653.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2323603 2324166 . + . ID=gene-BQ2027_RS10720;Name=BQ2027_RS10720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10720;old_locus_tag=BQ2027_MB2106 +Chromosome Protein Homology CDS 2323603 2324166 . + 0 ID=cds-WP_003410707.1;Parent=gene-BQ2027_RS10720;Dbxref=GenBank:WP_003410707.1;Name=WP_003410707.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216596.1;locus_tag=BQ2027_RS10720;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410707.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2324231 2324395 . + . ID=gene-BQ2027_RS20420;Name=BQ2027_RS20420;end_range=2324395,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20420;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2324231 +Chromosome Protein Homology CDS 2324231 2324395 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20420;Parent=gene-BQ2027_RS20420;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=2324395,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216598.1;locus_tag=BQ2027_RS20420;partial=true;product=DUF5631 domain-containing protein;pseudo=true;start_range=.,2324231;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2324362 2324745 . - . ID=gene-BQ2027_RS20425;Name=BQ2027_RS20425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20425;old_locus_tag=BQ2027_MB2107C +Chromosome Protein Homology CDS 2324362 2324745 . - 0 ID=cds-WP_234717289.1;Parent=gene-BQ2027_RS20425;Dbxref=GenBank:WP_234717289.1;Name=WP_234717289.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216597.1;locus_tag=BQ2027_RS20425;product=hypothetical protein;protein_id=WP_234717289.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2324627 2325019 . + . ID=gene-BQ2027_RS10730;Name=BQ2027_RS10730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10730 +Chromosome Protein Homology CDS 2324627 2325019 . + 0 ID=cds-WP_223695514.1;Parent=gene-BQ2027_RS10730;Dbxref=GenBank:WP_223695514.1;Name=WP_223695514.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003909575.1;locus_tag=BQ2027_RS10730;product=hypothetical protein;protein_id=WP_223695514.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2325009 2327174 . + . ID=gene-BQ2027_RS10735;Name=BQ2027_RS10735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10735;old_locus_tag=BQ2027_MB2108 +Chromosome Protein Homology CDS 2325009 2327174 . + 0 ID=cds-WP_010950655.1;Parent=gene-BQ2027_RS10735;Dbxref=GenBank:WP_010950655.1;Name=WP_010950655.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216598.1;locus_tag=BQ2027_RS10735;product=DUF5631 domain-containing protein;protein_id=WP_010950655.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2327171 2328115 . + . ID=gene-BQ2027_RS10740;Name=BQ2027_RS10740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10740;old_locus_tag=BQ2027_MB2109 +Chromosome Protein Homology CDS 2327171 2328115 . + 0 ID=cds-WP_003903746.1;Parent=gene-BQ2027_RS10740;Dbxref=GenBank:WP_003903746.1;Name=WP_003903746.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216599.1;locus_tag=BQ2027_RS10740;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003903746.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2328108 2329255 . + . ID=gene-BQ2027_RS10745;Name=BQ2027_RS10745;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS10745;old_locus_tag=BQ2027_MB2110;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2328108 2329255 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS10745;Parent=gene-BQ2027_RS10745;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216600.1;locus_tag=BQ2027_RS10745;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2329458 2330535 . + . ID=gene-BQ2027_RS20430;Name=BQ2027_RS20430;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20430;old_locus_tag=BQ2027_IS1556;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2329458 +Chromosome Protein Homology CDS 2329458 2330535 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20430;Parent=gene-BQ2027_RS20430;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076611776.1;locus_tag=BQ2027_RS20430;partial=true;product=IS3-like element ISMyma10 family transposase;pseudo=true;start_range=.,2329458;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2330722 2332491 . + . ID=gene-BQ2027_RS10755;Name=pknJ;gbkey=Gene;gene=pknJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10755;old_locus_tag=BQ2027_MB2115 +Chromosome Protein Homology CDS 2330722 2332491 . + 0 ID=cds-WP_003410735.1;Parent=gene-BQ2027_RS10755;Dbxref=GenBank:WP_003410735.1;Name=WP_003410735.1;gbkey=CDS;gene=pknJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216604.1;locus_tag=BQ2027_RS10755;product=serine/threonine protein kinase PknJ;protein_id=WP_003410735.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2332508 2333635 . - . ID=gene-BQ2027_RS10760;Name=pepE;gbkey=Gene;gene=pepE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10760;old_locus_tag=BQ2027_MB2116C +Chromosome Protein Homology CDS 2332508 2333635 . - 0 ID=cds-WP_003410743.1;Parent=gene-BQ2027_RS10760;Dbxref=GenBank:WP_003410743.1;Name=WP_003410743.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004177,GO:0008233,GO:0016787,GO:0046872,GO:0070006;gbkey=CDS;gene=pepE;go_function=aminopeptidase activity|0004177||IEA,peptidase activity|0008233||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA,metalloaminopeptidase activity|0070006||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216605.1;locus_tag=BQ2027_RS10760;product=M24 family metallopeptidase;protein_id=WP_003410743.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2333852 2334808 . + . ID=gene-BQ2027_RS10765;Name=BQ2027_RS10765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10765;old_locus_tag=BQ2027_MB2117 +Chromosome Protein Homology CDS 2333852 2334808 . + 0 ID=cds-WP_038438819.1;Parent=gene-BQ2027_RS10765;Dbxref=GenBank:WP_038438819.1;Name=WP_038438819.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0008409;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,5'-3' exonuclease activity|0008409||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016705407.1;locus_tag=BQ2027_RS10765;product=5'-3' exonuclease;protein_id=WP_038438819.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2334812 2335546 . - . ID=gene-BQ2027_RS10770;Name=BQ2027_RS10770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10770;old_locus_tag=BQ2027_MB2118C +Chromosome Protein Homology CDS 2334812 2335546 . - 0 ID=cds-WP_003410762.1;Parent=gene-BQ2027_RS10770;Dbxref=GenBank:WP_003410762.1;Name=WP_003410762.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216607.1;locus_tag=BQ2027_RS10770;product=DUF4333 domain-containing protein;protein_id=WP_003410762.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2335588 2338308 . - . ID=gene-BQ2027_RS10775;Name=helY;gbkey=Gene;gene=helY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10775;old_locus_tag=BQ2027_MB2119C +Chromosome Protein Homology CDS 2335588 2338308 . - 0 ID=cds-WP_003410763.1;Parent=gene-BQ2027_RS10775;Dbxref=GenBank:WP_003410763.1;Name=WP_003410763.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004386,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=helY;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,helicase activity|0004386||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216608.1;locus_tag=BQ2027_RS10775;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_003410763.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2338357 2339283 . - . ID=gene-BQ2027_RS10780;Name=tatC;gbkey=Gene;gene=tatC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10780;old_locus_tag=BQ2027_MB2120C +Chromosome Protein Homology CDS 2338357 2339283 . - 0 ID=cds-WP_003410764.1;Parent=gene-BQ2027_RS10780;Dbxref=GenBank:WP_003410764.1;Name=WP_003410764.1;Ontology_term=GO:0015628,GO:0005886;gbkey=CDS;gene=tatC;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_process=protein secretion by the type II secretion system|0015628||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216609.1;locus_tag=BQ2027_RS10780;product=twin-arginine translocase subunit TatC;protein_id=WP_003410764.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2339300 2339551 . - . ID=gene-BQ2027_RS10785;Name=tatA;gbkey=Gene;gene=tatA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10785;old_locus_tag=BQ2027_MB2121C +Chromosome Protein Homology CDS 2339300 2339551 . - 0 ID=cds-WP_003410768.1;Parent=gene-BQ2027_RS10785;Dbxref=GenBank:WP_003410768.1;Name=WP_003410768.1;Ontology_term=GO:0043953,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=tatA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=protein transport by the Tat complex|0043953||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216610.1;locus_tag=BQ2027_RS10785;product=Sec-independent protein translocase subunit TatA;protein_id=WP_003410768.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2339619 2340569 . - . ID=gene-BQ2027_RS10790;Name=pafC;gbkey=Gene;gene=pafC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10790;old_locus_tag=BQ2027_MB2122C +Chromosome Protein Homology CDS 2339619 2340569 . - 0 ID=cds-WP_010950657.1;Parent=gene-BQ2027_RS10790;Dbxref=GenBank:WP_010950657.1;Name=WP_010950657.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=pafC;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216611.1;locus_tag=BQ2027_RS10790;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_010950657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2340566 2341564 . - . ID=gene-BQ2027_RS10795;Name=pafB;gbkey=Gene;gene=pafB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10795;old_locus_tag=BQ2027_MB2123C +Chromosome Protein Homology CDS 2340566 2341564 . - 0 ID=cds-WP_003410775.1;Parent=gene-BQ2027_RS10795;Dbxref=GenBank:WP_003410775.1;Name=WP_003410775.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=pafB;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216612.1;locus_tag=BQ2027_RS10795;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003410775.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2341573 2342931 . - . ID=gene-BQ2027_RS10800;Name=pafA;gbkey=Gene;gene=pafA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10800;old_locus_tag=BQ2027_MB2124C +Chromosome Protein Homology CDS 2341573 2342931 . - 0 ID=cds-WP_003410781.1;Parent=gene-BQ2027_RS10800;Dbxref=GenBank:WP_003410781.1;Name=WP_003410781.1;Ontology_term=GO:0010498,GO:0019941,GO:0070490,GO:0016879;gbkey=CDS;gene=pafA;go_function=ligase activity%2C forming carbon-nitrogen bonds|0016879||IEA;go_process=proteasomal protein catabolic process|0010498||IEA,modification-dependent protein catabolic process|0019941||IEA,protein pupylation|0070490||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216613.1;locus_tag=BQ2027_RS10800;product=Pup--protein ligase;protein_id=WP_003410781.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2342983 2344458 . - . ID=gene-BQ2027_RS10805;Name=BQ2027_RS10805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10805;old_locus_tag=BQ2027_MB2125C +Chromosome Protein Homology CDS 2342983 2344458 . - 0 ID=cds-WP_003410786.1;Parent=gene-BQ2027_RS10805;Dbxref=GenBank:WP_003410786.1;Name=WP_003410786.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003410786.1;locus_tag=BQ2027_RS10805;product=PE family protein;protein_id=WP_003410786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2344755 2346293 . + . ID=gene-BQ2027_RS10810;Name=BQ2027_RS10810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10810;old_locus_tag=BQ2027_MB2126 +Chromosome Protein Homology CDS 2344755 2346293 . + 0 ID=cds-WP_023637436.1;Parent=gene-BQ2027_RS10810;Dbxref=GenBank:WP_023637436.1;Name=WP_023637436.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003926636.1;locus_tag=BQ2027_RS10810;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;protein_id=WP_023637436.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2346492 2349533 . + . ID=gene-BQ2027_RS10815;Name=helZ;gbkey=Gene;gene=helZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10815;old_locus_tag=BQ2027_MB2127 +Chromosome Protein Homology CDS 2346492 2349533 . + 0 ID=cds-WP_010950658.1;Parent=gene-BQ2027_RS10815;Dbxref=GenBank:WP_010950658.1;Name=WP_010950658.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004386,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=helZ;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,helicase activity|0004386||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216617.2;locus_tag=BQ2027_RS10815;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_010950658.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2349526 2350359 . + . ID=gene-BQ2027_RS10820;Name=BQ2027_RS10820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10820;old_locus_tag=BQ2027_MB2128 +Chromosome Protein Homology CDS 2349526 2350359 . + 0 ID=cds-WP_003899172.1;Parent=gene-BQ2027_RS10820;Dbxref=GenBank:WP_003899172.1;Name=WP_003899172.1;Ontology_term=GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351184.1;locus_tag=BQ2027_RS10820;product=SWIM zinc finger family protein;protein_id=WP_003899172.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2350338 2350772 . - . ID=gene-BQ2027_RS10825;Name=BQ2027_RS10825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10825;old_locus_tag=BQ2027_MB2129C +Chromosome Protein Homology CDS 2350338 2350772 . - 0 ID=cds-WP_003410811.1;Parent=gene-BQ2027_RS10825;Dbxref=GenBank:WP_003410811.1;Name=WP_003410811.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216619.1;locus_tag=BQ2027_RS10825;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003410811.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2350779 2351033 . - . ID=gene-BQ2027_RS10830;Name=BQ2027_RS10830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10830;old_locus_tag=BQ2027_MB2130C +Chromosome Protein Homology CDS 2350779 2351033 . - 0 ID=cds-WP_003410814.1;Parent=gene-BQ2027_RS10830;Dbxref=GenBank:WP_003410814.1;Name=WP_003410814.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216620.1;locus_tag=BQ2027_RS10830;product=antitoxin;protein_id=WP_003410814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2351049 2351306 . - . ID=gene-BQ2027_RS10835;Name=BQ2027_RS10835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10835 +Chromosome Protein Homology CDS 2351049 2351306 . - 0 ID=cds-WP_003410816.1;Parent=gene-BQ2027_RS10835;Dbxref=GenBank:WP_003410816.1;Name=WP_003410816.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030035.1;locus_tag=BQ2027_RS10835;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003410816.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2352253 2352549 . + . ID=gene-BQ2027_RS10840;Name=BQ2027_RS10840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10840;old_locus_tag=BQ2027_MB2131 +Chromosome Protein Homology CDS 2352253 2352549 . + 0 ID=cds-WP_003410820.1;Parent=gene-BQ2027_RS10840;Dbxref=GenBank:WP_003410820.1;Name=WP_003410820.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177858.1;locus_tag=BQ2027_RS10840;product=PE family protein;protein_id=WP_003410820.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2352605 2353336 . + . ID=gene-BQ2027_RS10845;Name=BQ2027_RS10845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10845;old_locus_tag=BQ2027_MB2132 +Chromosome Protein Homology CDS 2352605 2353336 . + 0 ID=cds-WP_003900467.1;Parent=gene-BQ2027_RS10845;Dbxref=GenBank:WP_003900467.1;Name=WP_003900467.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177859.1;locus_tag=BQ2027_RS10845;product=PPE family protein;protein_id=WP_003900467.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2353876 2354622 . - . ID=gene-BQ2027_RS10850;Name=prcA;gbkey=Gene;gene=prcA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10850;old_locus_tag=BQ2027_MB2133C +Chromosome Protein Homology CDS 2353876 2354622 . - 0 ID=cds-WP_003901330.1;Parent=gene-BQ2027_RS10850;Dbxref=GenBank:WP_003901330.1;Name=WP_003901330.1;Ontology_term=GO:0051603,GO:0004298,GO:0019773;gbkey=CDS;gene=prcA;go_component=proteasome core complex%2C alpha-subunit complex|0019773||IEA;go_function=threonine-type endopeptidase activity|0004298||IEA;go_process=proteolysis involved in protein catabolic process|0051603||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216625.1;locus_tag=BQ2027_RS10850;product=proteasome subunit alpha;protein_id=WP_003901330.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2354619 2355494 . - . ID=gene-BQ2027_RS10855;Name=prcB;gbkey=Gene;gene=prcB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10855;old_locus_tag=BQ2027_MB2134C +Chromosome Protein Homology CDS 2354619 2355494 . - 0 ID=cds-WP_003411023.1;Parent=gene-BQ2027_RS10855;Dbxref=GenBank:WP_003411023.1;Name=WP_003411023.1;Ontology_term=GO:0010498,GO:0004298,GO:0005839;gbkey=CDS;gene=prcB;go_component=proteasome core complex|0005839||IEA;go_function=threonine-type endopeptidase activity|0004298||IEA;go_process=proteasomal protein catabolic process|0010498||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216626.1;locus_tag=BQ2027_RS10855;product=proteasome subunit beta;protein_id=WP_003411023.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2355491 2355685 . - . ID=gene-BQ2027_RS10860;Name=pup;gbkey=Gene;gene=pup;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10860;old_locus_tag=BQ2027_MB2135C +Chromosome Protein Homology CDS 2355491 2355685 . - 0 ID=cds-WP_003411026.1;Parent=gene-BQ2027_RS10860;Dbxref=GenBank:WP_003411026.1;Name=WP_003411026.1;Ontology_term=GO:0010498,GO:0019941,GO:0070490,GO:0031386,GO:0070628;gbkey=CDS;gene=pup;go_function=protein tag activity|0031386||IEA,proteasome binding|0070628||IEA;go_process=proteasomal protein catabolic process|0010498||IEA,modification-dependent protein catabolic process|0019941||IEA,protein pupylation|0070490||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003887572.1;locus_tag=BQ2027_RS10860;product=ubiquitin-like protein Pup;protein_id=WP_003411026.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2355798 2357315 . - . ID=gene-BQ2027_RS10865;Name=dop;gbkey=Gene;gene=dop;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10865;old_locus_tag=BQ2027_MB2136C +Chromosome Protein Homology CDS 2355798 2357315 . - 0 ID=cds-WP_003411029.1;Parent=gene-BQ2027_RS10865;Dbxref=GenBank:WP_003411029.1;Name=WP_003411029.1;gbkey=CDS;gene=dop;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411029.1;locus_tag=BQ2027_RS10865;product=pup deamidase/depupylase;protein_id=WP_003411029.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2357466 2358659 . + . ID=gene-BQ2027_RS10870;Name=BQ2027_RS10870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10870;old_locus_tag=BQ2027_MB2137 +Chromosome Protein Homology CDS 2357466 2358659 . + 0 ID=cds-WP_010950659.1;Parent=gene-BQ2027_RS10870;Dbxref=GenBank:WP_010950659.1;Name=WP_010950659.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216629.1;locus_tag=BQ2027_RS10870;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950659.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2358670 2359293 . + . ID=gene-BQ2027_RS10875;Name=BQ2027_RS10875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10875;old_locus_tag=BQ2027_MB2138 +Chromosome Protein Homology CDS 2358670 2359293 . + 0 ID=cds-WP_003411033.1;Parent=gene-BQ2027_RS10875;Dbxref=GenBank:WP_003411033.1;Name=WP_003411033.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216630.1;locus_tag=BQ2027_RS10875;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411033.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2359297 2361126 . - . ID=gene-BQ2027_RS10880;Name=arc;gbkey=Gene;gene=arc;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10880;old_locus_tag=BQ2027_MB2139C +Chromosome Protein Homology CDS 2359297 2361126 . - 0 ID=cds-WP_003411035.1;Parent=gene-BQ2027_RS10880;Dbxref=GenBank:WP_003411035.1;Name=WP_003411035.1;Ontology_term=GO:0010498,GO:0019941,GO:0016887,GO:0000502;gbkey=CDS;gene=arc;go_component=proteasome complex|0000502||IEA;go_function=ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=proteasomal protein catabolic process|0010498||IEA,modification-dependent protein catabolic process|0019941||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216631.1;locus_tag=BQ2027_RS10880;product=proteasome ATPase;protein_id=WP_003411035.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2361407 2361976 . + . ID=gene-BQ2027_RS10885;Name=BQ2027_RS10885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10885;old_locus_tag=BQ2027_MB2140 +Chromosome Protein Homology CDS 2361407 2361976 . + 0 ID=cds-WP_003900470.1;Parent=gene-BQ2027_RS10885;Dbxref=GenBank:WP_003900470.1;Name=WP_003900470.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216632.1;locus_tag=BQ2027_RS10885;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900470.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2361984 2362277 . + . ID=gene-BQ2027_RS10890;Name=BQ2027_RS10890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10890;old_locus_tag=BQ2027_MB2141 +Chromosome Protein Homology CDS 2361984 2362277 . + 0 ID=cds-WP_003411038.1;Parent=gene-BQ2027_RS10890;Dbxref=GenBank:WP_003411038.1;Name=WP_003411038.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216633.1;locus_tag=BQ2027_RS10890;product=DUF503 domain-containing protein;protein_id=WP_003411038.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2362306 2363148 . - . ID=gene-BQ2027_RS10895;Name=trmI;gbkey=Gene;gene=trmI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10895;old_locus_tag=BQ2027_MB2142C +Chromosome Protein Homology CDS 2362306 2363148 . - 0 ID=cds-WP_003411041.1;Parent=gene-BQ2027_RS10895;Dbxref=GenBank:WP_003411041.1;Name=WP_003411041.1;gbkey=CDS;gene=trmI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216634.1;locus_tag=BQ2027_RS10895;product=tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI;protein_id=WP_003411041.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2363222 2364058 . + . ID=gene-BQ2027_RS10900;Name=BQ2027_RS10900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10900;old_locus_tag=BQ2027_MB2143 +Chromosome Protein Homology CDS 2363222 2364058 . + 0 ID=cds-WP_003899178.1;Parent=gene-BQ2027_RS10900;Dbxref=GenBank:WP_003899178.1;Name=WP_003899178.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003678,GO:0004518,GO:0005524,GO:0008854,GO:0009338;gbkey=CDS;go_component=exodeoxyribonuclease V complex|0009338||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA helicase activity|0003678||IEA,nuclease activity|0004518||IEA,ATP binding|0005524||IEA,exodeoxyribonuclease V activity|0008854||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216635.1;locus_tag=BQ2027_RS10900;product=RecB family exonuclease;protein_id=WP_003899178.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2364081 2364563 . - . ID=gene-BQ2027_RS10905;Name=BQ2027_RS10905;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10905;old_locus_tag=BQ2027_MB2144C +Chromosome Protein Homology CDS 2364081 2364563 . - 0 ID=cds-WP_003900471.1;Parent=gene-BQ2027_RS10905;Dbxref=GenBank:WP_003900471.1;Name=WP_003900471.1;Ontology_term=GO:0019867;gbkey=CDS;go_component=outer membrane|0019867||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216636.1;locus_tag=BQ2027_RS10905;product=glycine zipper 2TM domain-containing protein;protein_id=WP_003900471.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2364642 2365496 . - . ID=gene-BQ2027_RS10910;Name=hisG;gbkey=Gene;gene=hisG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10910;old_locus_tag=BQ2027_MB2145C +Chromosome Protein Homology CDS 2364642 2365496 . - 0 ID=cds-WP_003411047.1;Parent=gene-BQ2027_RS10910;Dbxref=GenBank:WP_003411047.1;Name=WP_003411047.1;Ontology_term=GO:0000105,GO:0003879,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=hisG;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=ATP phosphoribosyltransferase activity|0003879||IEA;go_process=L-histidine biosynthetic process|0000105||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216637.1;locus_tag=BQ2027_RS10910;product=ATP phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003411047.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2365499 2365780 . - . ID=gene-BQ2027_RS10915;Name=hisE;gbkey=Gene;gene=hisE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10915;old_locus_tag=BQ2027_MB2146C +Chromosome Protein Homology CDS 2365499 2365780 . - 0 ID=cds-WP_003899180.1;Parent=gene-BQ2027_RS10915;Dbxref=GenBank:WP_003899180.1;Name=WP_003899180.1;Ontology_term=GO:0004636;gbkey=CDS;gene=hisE;go_function=phosphoribosyl-ATP diphosphatase activity|0004636||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177860.1;locus_tag=BQ2027_RS10915;product=phosphoribosyl-ATP diphosphatase;protein_id=WP_003899180.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2365907 2367301 . + . ID=gene-BQ2027_RS10920;Name=BQ2027_RS10920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10920;old_locus_tag=BQ2027_MB2147 +Chromosome Protein Homology CDS 2365907 2367301 . + 0 ID=cds-WP_010950660.1;Parent=gene-BQ2027_RS10920;Dbxref=GenBank:WP_010950660.1;Name=WP_010950660.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177861.1;locus_tag=BQ2027_RS10920;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2367298 2370876 . - . ID=gene-BQ2027_RS10925;Name=metH;gbkey=Gene;gene=metH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10925;old_locus_tag=BQ2027_MB2148C +Chromosome Protein Homology CDS 2367298 2370876 . - 0 ID=cds-WP_003411056.1;Parent=gene-BQ2027_RS10925;Dbxref=GenBank:WP_003411056.1;Name=WP_003411056.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0008270,GO:0008705,GO:0031419;gbkey=CDS;gene=metH;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA,methionine synthase activity|0008705||IEA,cobalamin binding|0031419||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216640.1;locus_tag=BQ2027_RS10925;product=methionine synthase;protein_id=WP_003411056.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2371102 2371980 . + . ID=gene-BQ2027_RS10930;Name=BQ2027_RS10930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10930;old_locus_tag=BQ2027_MB2149 +Chromosome Protein Homology CDS 2371102 2371980 . + 0 ID=cds-WP_003411060.1;Parent=gene-BQ2027_RS10930;Dbxref=GenBank:WP_003411060.1;Name=WP_003411060.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216641.1;locus_tag=BQ2027_RS10930;product=PAC2 family protein;protein_id=WP_003411060.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2372011 2372781 . - . ID=gene-BQ2027_RS10935;Name=BQ2027_RS10935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10935;old_locus_tag=BQ2027_MB2150C +Chromosome Protein Homology CDS 2372011 2372781 . - 0 ID=cds-WP_003411064.1;Parent=gene-BQ2027_RS10935;Dbxref=GenBank:WP_003411064.1;Name=WP_003411064.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177862.1;locus_tag=BQ2027_RS10935;product=PGRS repeat-containing protein;protein_id=WP_003411064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2372778 2372984 . - . ID=gene-BQ2027_RS20660;Name=BQ2027_RS20660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20660 +Chromosome Protein Homology CDS 2372778 2372984 . - 0 ID=cds-WP_050167243.1;Parent=gene-BQ2027_RS20660;Dbxref=GenBank:WP_050167243.1;Name=WP_050167243.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013127.6;locus_tag=BQ2027_RS20660;product=PE family protein;protein_id=WP_050167243.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2373425 2374894 . + . ID=gene-BQ2027_RS10940;Name=BQ2027_RS10940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10940;old_locus_tag=BQ2027_MB2151 +Chromosome Protein Homology CDS 2373425 2374894 . + 0 ID=cds-WP_010950662.1;Parent=gene-BQ2027_RS10940;Dbxref=GenBank:WP_010950662.1;Name=WP_010950662.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177863.1;locus_tag=BQ2027_RS10940;product=amino acid permease;protein_id=WP_010950662.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2374894 2375097 . + . ID=gene-BQ2027_RS10945;Name=BQ2027_RS10945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10945;old_locus_tag=BQ2027_MB2152 +Chromosome Protein Homology CDS 2374894 2375097 . + 0 ID=cds-WP_003411082.1;Parent=gene-BQ2027_RS10945;Dbxref=GenBank:WP_003411082.1;Name=WP_003411082.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216644.1;locus_tag=BQ2027_RS10945;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411082.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2375117 2375998 . - . ID=gene-BQ2027_RS10950;Name=BQ2027_RS10950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10950;old_locus_tag=BQ2027_MB2153C +Chromosome Protein Homology CDS 2375117 2375998 . - 0 ID=cds-WP_003411086.1;Parent=gene-BQ2027_RS10950;Dbxref=GenBank:WP_003411086.1;Name=WP_003411086.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216645.1;locus_tag=BQ2027_RS10950;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003411086.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2376024 2377268 . - . ID=gene-BQ2027_RS10955;Name=mshC;gbkey=Gene;gene=mshC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10955;old_locus_tag=BQ2027_MB2154C +Chromosome Protein Homology CDS 2376024 2377268 . - 0 ID=cds-WP_003411091.1;Parent=gene-BQ2027_RS10955;Dbxref=GenBank:WP_003411091.1;Name=WP_003411091.1;Ontology_term=GO:0010125,GO:0035446;gbkey=CDS;gene=mshC;go_function=cysteine-glucosaminylinositol ligase activity|0035446||IEA;go_process=mycothiol biosynthetic process|0010125||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216646.1;locus_tag=BQ2027_RS10955;product=cysteine--1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside ligase;protein_id=WP_003411091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2377326 2378129 . - . ID=gene-BQ2027_RS10960;Name=cysQ;gbkey=Gene;gene=cysQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10960;old_locus_tag=BQ2027_MB2155C +Chromosome Protein Homology CDS 2377326 2378129 . - 0 ID=cds-WP_003411096.1;Parent=gene-BQ2027_RS10960;Dbxref=GenBank:WP_003411096.1;Name=WP_003411096.1;gbkey=CDS;gene=cysQ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216647.1;locus_tag=BQ2027_RS10960;product=3'(2')%2C5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;protein_id=WP_003411096.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2378220 2378450 . + . ID=gene-BQ2027_RS10965;Name=BQ2027_RS10965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10965;old_locus_tag=BQ2027_MB2156 +Chromosome Protein Homology CDS 2378220 2378450 . + 0 ID=cds-WP_003411099.1;Parent=gene-BQ2027_RS10965;Dbxref=GenBank:WP_003411099.1;Name=WP_003411099.1;Ontology_term=GO:0006355;gbkey=CDS;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216648.1;locus_tag=BQ2027_RS10965;product=ribbon-helix-helix protein%2C CopG family;protein_id=WP_003411099.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2378660 2379475 . - . ID=gene-BQ2027_RS10970;Name=BQ2027_RS10970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10970;old_locus_tag=BQ2027_MB2157C +Chromosome Protein Homology CDS 2378660 2379475 . - 0 ID=cds-WP_003900473.1;Parent=gene-BQ2027_RS10970;Dbxref=GenBank:WP_003900473.1;Name=WP_003900473.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019306174.1;locus_tag=BQ2027_RS10970;product=SCO1664 family protein;protein_id=WP_003900473.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2379459 2380046 . - . ID=gene-BQ2027_RS10975;Name=BQ2027_RS10975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10975;old_locus_tag=BQ2027_MB2158C +Chromosome Protein Homology CDS 2379459 2380046 . - 0 ID=cds-WP_003411102.1;Parent=gene-BQ2027_RS10975;Dbxref=GenBank:WP_003411102.1;Name=WP_003411102.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007170405.1;locus_tag=BQ2027_RS10975;product=DUF3090 domain-containing protein;protein_id=WP_003411102.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2380110 2380820 . - . ID=gene-BQ2027_RS10980;Name=BQ2027_RS10980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10980;old_locus_tag=BQ2027_MB2159C +Chromosome Protein Homology CDS 2380110 2380820 . - 0 ID=cds-WP_003411103.1;Parent=gene-BQ2027_RS10980;Dbxref=GenBank:WP_003411103.1;Name=WP_003411103.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216651.1;locus_tag=BQ2027_RS10980;product=histidine phosphatase family protein;protein_id=WP_003411103.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2380817 2381647 . - . ID=gene-BQ2027_RS10985;Name=BQ2027_RS10985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10985;old_locus_tag=BQ2027_MB2160C +Chromosome Protein Homology CDS 2380817 2381647 . - 0 ID=cds-WP_010950663.1;Parent=gene-BQ2027_RS10985;Dbxref=GenBank:WP_010950663.1;Name=WP_010950663.1;Ontology_term=GO:0016311,GO:0050380,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=undecaprenyl-diphosphatase activity|0050380||IEA;go_process=dephosphorylation|0016311||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216652.1;locus_tag=BQ2027_RS10985;product=undecaprenyl-diphosphate phosphatase;protein_id=WP_010950663.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2381711 2382019 . - . ID=gene-BQ2027_RS10990;Name=BQ2027_RS10990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10990;old_locus_tag=BQ2027_MB2161C +Chromosome Protein Homology CDS 2381711 2382019 . - 0 ID=cds-WP_003899184.1;Parent=gene-BQ2027_RS10990;Dbxref=GenBank:WP_003899184.1;Name=WP_003899184.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003872207.1;locus_tag=BQ2027_RS10990;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899184.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2382139 2383215 . + . ID=gene-BQ2027_RS10995;Name=lppL;gbkey=Gene;gene=lppL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS10995;old_locus_tag=BQ2027_MB2162 +Chromosome Protein Homology CDS 2382139 2383215 . + 0 ID=cds-WP_003411110.1;Parent=gene-BQ2027_RS10995;Dbxref=GenBank:WP_003411110.1;Name=WP_003411110.1;gbkey=CDS;gene=lppL;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216654.1;locus_tag=BQ2027_RS10995;product=YncE family protein;protein_id=WP_003411110.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2383212 2383493 . + . ID=gene-BQ2027_RS11000;Name=BQ2027_RS11000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11000 +Chromosome Protein Homology CDS 2383212 2383493 . + 0 ID=cds-WP_003411112.1;Parent=gene-BQ2027_RS11000;Dbxref=GenBank:WP_003411112.1;Name=WP_003411112.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019283661.1;locus_tag=BQ2027_RS11000;product=DUF5703 family protein;protein_id=WP_003411112.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2383529 2384602 . + . ID=gene-BQ2027_RS11005;Name=pyrD;gbkey=Gene;gene=pyrD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11005;old_locus_tag=BQ2027_MB2163 +Chromosome Protein Homology CDS 2383529 2384602 . + 0 ID=cds-WP_003411116.1;Parent=gene-BQ2027_RS11005;Dbxref=GenBank:WP_003411116.1;Name=WP_003411116.1;Ontology_term=GO:0006207,GO:0004152,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=pyrD;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=dihydroorotate dehydrogenase activity|0004152||IEA;go_process='de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process|0006207||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216655.1;locus_tag=BQ2027_RS11005;product=quinone-dependent dihydroorotate dehydrogenase;protein_id=WP_003411116.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2384607 2385137 . - . ID=gene-BQ2027_RS11010;Name=BQ2027_RS11010;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11010;old_locus_tag=BQ2027_MB2164C +Chromosome Protein Homology CDS 2384607 2385137 . - 0 ID=cds-WP_003411119.1;Parent=gene-BQ2027_RS11010;Dbxref=GenBank:WP_003411119.1;Name=WP_003411119.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216656.1;locus_tag=BQ2027_RS11010;product=YbhB/YbcL family Raf kinase inhibitor-like protein;protein_id=WP_003411119.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2385185 2386531 . - . ID=gene-BQ2027_RS11015;Name=BQ2027_RS11015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11015;old_locus_tag=BQ2027_MB2165C +Chromosome Protein Homology CDS 2385185 2386531 . - 0 ID=cds-WP_003411121.1;Parent=gene-BQ2027_RS11015;Dbxref=GenBank:WP_003411121.1;Name=WP_003411121.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177864.1;locus_tag=BQ2027_RS11015;product=M20/M25/M40 family metallo-hydrolase;protein_id=WP_003411121.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2386912 2386997 . + . ID=gene-BQ2027_RS11020;Name=BQ2027_RS11020;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS11020;old_locus_tag=BQ2027_LEUU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2386912 2386997 . + . ID=rna-BQ2027_RS11020;Parent=gene-BQ2027_RS11020;anticodon=(pos:2386945..2386947);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS11020;product=tRNA-Leu +Chromosome tRNAscan-SE exon 2386912 2386997 . + . ID=exon-BQ2027_RS11020-1;Parent=rna-BQ2027_RS11020;anticodon=(pos:2386945..2386947);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS11020;product=tRNA-Leu +Chromosome RefSeq gene 2387118 2387435 . - . ID=gene-BQ2027_RS11025;Name=BQ2027_RS11025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11025;old_locus_tag=BQ2027_MB2166C +Chromosome Protein Homology CDS 2387118 2387435 . - 0 ID=cds-WP_003411124.1;Parent=gene-BQ2027_RS11025;Dbxref=GenBank:WP_003411124.1;Name=WP_003411124.1;Ontology_term=GO:0090729,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=toxin activity|0090729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216658.1;locus_tag=BQ2027_RS11025;product=type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin;protein_id=WP_003411124.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2387432 2387647 . - . ID=gene-BQ2027_RS11030;Name=BQ2027_RS11030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11030;old_locus_tag=BQ2027_MB2166A +Chromosome Protein Homology CDS 2387432 2387647 . - 0 ID=cds-WP_003411127.1;Parent=gene-BQ2027_RS11030;Dbxref=GenBank:WP_003411127.1;Name=WP_003411127.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410825.1;locus_tag=BQ2027_RS11030;product=antitoxin ParD2;protein_id=WP_003411127.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2387902 2388960 . + . ID=gene-BQ2027_RS11035;Name=BQ2027_RS11035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11035;old_locus_tag=BQ2027_MB2167 +Chromosome Protein Homology CDS 2387902 2388960 . + 0 ID=cds-WP_003411129.1;Parent=gene-BQ2027_RS11035;Dbxref=GenBank:WP_003411129.1;Name=WP_003411129.1;Ontology_term=GO:0016772;gbkey=CDS;go_function=transferase activity%2C transferring phosphorus-containing groups|0016772||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216659.1;locus_tag=BQ2027_RS11035;product=phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003411129.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2389090 2389446 . - . ID=gene-BQ2027_RS11040;Name=BQ2027_RS11040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11040;old_locus_tag=BQ2027_MB2168C +Chromosome Protein Homology CDS 2389090 2389446 . - 0 ID=cds-WP_003411130.1;Parent=gene-BQ2027_RS11040;Dbxref=GenBank:WP_003411130.1;Name=WP_003411130.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216660.1;locus_tag=BQ2027_RS11040;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411130.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2389541 2390323 . - . ID=gene-BQ2027_RS11045;Name=wag31;gbkey=Gene;gene=wag31;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11045;old_locus_tag=BQ2027_MB2169C +Chromosome Protein Homology CDS 2389541 2390323 . - 0 ID=cds-WP_003411131.1;Parent=gene-BQ2027_RS11045;Dbxref=GenBank:WP_003411131.1;Name=WP_003411131.1;gbkey=CDS;gene=wag31;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216661.1;locus_tag=BQ2027_RS11045;product=DivIVA-like cell division protein Wag31;protein_id=WP_003411131.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2390591 2390881 . - . ID=gene-BQ2027_RS11050;Name=BQ2027_RS11050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11050;old_locus_tag=BQ2027_MB2170C +Chromosome Protein Homology CDS 2390591 2390881 . - 0 ID=cds-WP_003900476.1;Parent=gene-BQ2027_RS11050;Dbxref=GenBank:WP_003900476.1;Name=WP_003900476.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216662.1;locus_tag=BQ2027_RS11050;product=YggT family protein;protein_id=WP_003900476.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2391043 2391699 . - . ID=gene-BQ2027_RS11055;Name=sepF;gbkey=Gene;gene=sepF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11055;old_locus_tag=BQ2027_MB2171C +Chromosome Protein Homology CDS 2391043 2391699 . - 0 ID=cds-WP_003411133.1;Parent=gene-BQ2027_RS11055;Dbxref=GenBank:WP_003411133.1;Name=WP_003411133.1;gbkey=CDS;gene=sepF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003878111.1;locus_tag=BQ2027_RS11055;product=cell division protein SepF;protein_id=WP_003411133.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2391765 2392541 . - . ID=gene-BQ2027_RS11060;Name=BQ2027_RS11060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11060;old_locus_tag=BQ2027_MB2172C +Chromosome Protein Homology CDS 2391765 2392541 . - 0 ID=cds-WP_003411137.1;Parent=gene-BQ2027_RS11060;Dbxref=GenBank:WP_003411137.1;Name=WP_003411137.1;Ontology_term=GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216664.1;locus_tag=BQ2027_RS11060;product=YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;protein_id=WP_003411137.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2392547 2393254 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11070;Name=ftsZ;gbkey=Gene;gene=ftsZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11070;old_locus_tag=BQ2027_MB2174C +Chromosome Protein Homology CDS 2393310 2394449 . - 0 ID=cds-WP_003411144.1;Parent=gene-BQ2027_RS11070;Dbxref=GenBank:WP_003411144.1;Name=WP_003411144.1;Ontology_term=GO:0000910,GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=ftsZ;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=cytokinesis|0000910||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216666.1;locus_tag=BQ2027_RS11070;product=cell division protein FtsZ;protein_id=WP_003411144.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2394622 2395566 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11115;Name=BQ2027_RS11115;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11115;old_locus_tag=BQ2027_MB2183C +Chromosome Protein Homology CDS 2405556 2406590 . - 0 ID=cds-WP_003899194.1;Parent=gene-BQ2027_RS11115;Dbxref=GenBank:WP_003899194.1;Name=WP_003899194.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216675.1;locus_tag=BQ2027_RS11115;product=alkyl hydroperoxide reductase;protein_id=WP_003899194.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2406587 2407207 . - . ID=gene-BQ2027_RS11120;Name=BQ2027_RS11120;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11120;old_locus_tag=BQ2027_MB2184C +Chromosome Protein Homology CDS 2406587 2407207 . - 0 ID=cds-WP_003411199.1;Parent=gene-BQ2027_RS11120;Dbxref=GenBank:WP_003411199.1;Name=WP_003411199.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411199.1;locus_tag=BQ2027_RS11120;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003411199.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2407200 2408066 . - . ID=gene-BQ2027_RS11125;Name=BQ2027_RS11125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11125;old_locus_tag=BQ2027_MB2185C +Chromosome Protein Homology CDS 2407200 2408066 . - 0 ID=cds-WP_003411201.1;Parent=gene-BQ2027_RS11125;Dbxref=GenBank:WP_003411201.1;Name=WP_003411201.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216677.1;locus_tag=BQ2027_RS11125;product=TIGR03619 family F420-dependent LLM class oxidoreductase;protein_id=WP_003411201.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2408169 2409641 . - . ID=gene-BQ2027_RS11130;Name=BQ2027_RS11130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11130;old_locus_tag=BQ2027_MB2186C +Chromosome Protein Homology CDS 2408169 2409641 . - 0 ID=cds-WP_010950666.1;Parent=gene-BQ2027_RS11130;Dbxref=GenBank:WP_010950666.1;Name=WP_010950666.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177865.1;locus_tag=BQ2027_RS11130;product=PE family protein;protein_id=WP_010950666.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2409851 2411890 . - . ID=gene-BQ2027_RS11135;Name=pbpB;gbkey=Gene;gene=pbpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11135;old_locus_tag=BQ2027_MB2187C +Chromosome Protein Homology CDS 2409851 2411890 . - 0 ID=cds-WP_003411214.1;Parent=gene-BQ2027_RS11135;Dbxref=GenBank:WP_003411214.1;Name=WP_003411214.1;gbkey=CDS;gene=pbpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216679.1;locus_tag=BQ2027_RS11135;product=D%2CD-transpeptidase PbpB;protein_id=WP_003411214.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2411887 2413041 . - . ID=gene-BQ2027_RS11140;Name=BQ2027_RS11140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11140;old_locus_tag=BQ2027_MB2188C +Chromosome Protein Homology CDS 2411887 2413041 . - 0 ID=cds-WP_010950667.1;Parent=gene-BQ2027_RS11140;Dbxref=GenBank:WP_010950667.1;Name=WP_010950667.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216680.1;locus_tag=BQ2027_RS11140;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950667.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2413038 2414228 . - . ID=gene-BQ2027_RS11145;Name=rsmH;gbkey=Gene;gene=rsmH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11145;old_locus_tag=BQ2027_MB2189C +Chromosome Protein Homology CDS 2413038 2414228 . - 0 ID=cds-WP_003411221.1;Parent=gene-BQ2027_RS11145;Dbxref=GenBank:WP_003411221.1;Name=WP_003411221.1;Ontology_term=GO:0000154,GO:0016434;gbkey=CDS;gene=rsmH;go_function=rRNA (cytosine) methyltransferase activity|0016434||IEA;go_process=rRNA modification|0000154||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216681.4;locus_tag=BQ2027_RS11145;product=16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH;protein_id=WP_003411221.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2414230 2414661 . - . ID=gene-BQ2027_RS11150;Name=mraZ;gbkey=Gene;gene=mraZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11150;old_locus_tag=BQ2027_MB2190C +Chromosome Protein Homology CDS 2414230 2414661 . - 0 ID=cds-WP_003411225.1;Parent=gene-BQ2027_RS11150;Dbxref=GenBank:WP_003411225.1;Name=WP_003411225.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=mraZ;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216682.1;locus_tag=BQ2027_RS11150;product=division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ;protein_id=WP_003411225.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2415010 2415414 . - . ID=gene-BQ2027_RS11155;Name=BQ2027_RS11155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11155;old_locus_tag=BQ2027_MB2191C +Chromosome Protein Homology CDS 2415010 2415414 . - 0 ID=cds-WP_003411231.1;Parent=gene-BQ2027_RS11155;Dbxref=GenBank:WP_003411231.1;Name=WP_003411231.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216685.1;locus_tag=BQ2027_RS11155;product=DUF3040 domain-containing protein;protein_id=WP_003411231.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2415680 2416300 . + . ID=gene-BQ2027_RS11160;Name=BQ2027_RS11160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11160;old_locus_tag=BQ2027_MB2192 +Chromosome Protein Homology CDS 2415680 2416300 . + 0 ID=cds-WP_003411235.1;Parent=gene-BQ2027_RS11160;Dbxref=GenBank:WP_003411235.1;Name=WP_003411235.1;Ontology_term=GO:0008080,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216686.1;locus_tag=BQ2027_RS11160;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003411235.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2416396 2417079 . + . ID=gene-BQ2027_RS11165;Name=lppM;gbkey=Gene;gene=lppM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11165;old_locus_tag=BQ2027_MB2193 +Chromosome Protein Homology CDS 2416396 2417079 . + 0 ID=cds-WP_003411238.1;Parent=gene-BQ2027_RS11165;Dbxref=GenBank:WP_003411238.1;Name=WP_003411238.1;gbkey=CDS;gene=lppM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216687.1;locus_tag=BQ2027_RS11165;product=lipoprotein LppM;protein_id=WP_003411238.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2417076 2417981 . - . ID=gene-BQ2027_RS11170;Name=BQ2027_RS11170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11170;old_locus_tag=BQ2027_MB2194C +Chromosome Protein Homology CDS 2417076 2417981 . - 0 ID=cds-WP_003411241.1;Parent=gene-BQ2027_RS11170;Dbxref=GenBank:WP_003411241.1;Name=WP_003411241.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216688.1;locus_tag=BQ2027_RS11170;product=mycobacterial-type methylenetetrahydrofolate reductase;protein_id=WP_003411241.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2418292 2419350 . + . ID=gene-BQ2027_RS11175;Name=idsA2;gbkey=Gene;gene=idsA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11175;old_locus_tag=BQ2027_MB2195 +Chromosome Protein Homology CDS 2418292 2419350 . + 0 ID=cds-WP_003411245.1;Parent=gene-BQ2027_RS11175;Dbxref=GenBank:WP_003411245.1;Name=WP_003411245.1;Ontology_term=GO:0008299,GO:0033384,GO:0004161,GO:0004337,GO:0004659;gbkey=CDS;gene=idsA2;go_function=dimethylallyltranstransferase activity|0004161||IEA,(2E%2C6E)-farnesyl diphosphate synthase activity|0004337||IEA,prenyltransferase activity|0004659||IEA;go_process=isoprenoid biosynthetic process|0008299||IEA,geranyl diphosphate biosynthetic process|0033384||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216689.1;locus_tag=BQ2027_RS11175;product=bifunctional (2E%2C6E)-farnesyl/geranyl diphosphate synthase;protein_id=WP_003411245.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2419354 2420904 . + . ID=gene-BQ2027_RS11180;Name=mptA;gbkey=Gene;gene=mptA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11180;old_locus_tag=BQ2027_MB2196 +Chromosome Protein Homology CDS 2419354 2420904 . + 0 ID=cds-WP_003903784.1;Parent=gene-BQ2027_RS11180;Dbxref=GenBank:WP_003903784.1;Name=WP_003903784.1;gbkey=CDS;gene=mptA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216690.1;locus_tag=BQ2027_RS11180;product=alpha-(1->6)-mannopyranosyltransferase A;protein_id=WP_003903784.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2420891 2421295 . - . ID=gene-BQ2027_RS11185;Name=BQ2027_RS11185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11185;old_locus_tag=BQ2027_MB2197C +Chromosome Protein Homology CDS 2420891 2421295 . - 0 ID=cds-WP_003411249.1;Parent=gene-BQ2027_RS11185;Dbxref=GenBank:WP_003411249.1;Name=WP_003411249.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020787128.1;locus_tag=BQ2027_RS11185;product=Rv2175c family DNA-binding protein;protein_id=WP_003411249.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2421386 2422585 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11200;Name=BQ2027_RS11200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11200 +Chromosome Protein Homology CDS 2423326 2423508 . - 0 ID=cds-WP_003905774.1;Parent=gene-BQ2027_RS11200;Dbxref=GenBank:WP_003905774.1;Name=WP_003905774.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003905774.1;locus_tag=BQ2027_RS11200;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003905774.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2423777 2425165 . - . ID=gene-BQ2027_RS11205;Name=aroG;gbkey=Gene;gene=aroG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11205;old_locus_tag=BQ2027_MB2200C +Chromosome Protein Homology CDS 2423777 2425165 . - 0 ID=cds-WP_003411323.1;Parent=gene-BQ2027_RS11205;Dbxref=GenBank:WP_003411323.1;Name=WP_003411323.1;Ontology_term=GO:0009073,GO:0009423,GO:0003849;gbkey=CDS;gene=aroG;go_function=3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity|0003849||IEA;go_process=aromatic amino acid family biosynthetic process|0009073||IEA,chorismate biosynthetic process|0009423||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216694.1;locus_tag=BQ2027_RS11205;product=class II 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase;protein_id=WP_003411323.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2425256 2425762 . - . ID=gene-BQ2027_RS11210;Name=BQ2027_RS11210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11210;old_locus_tag=BQ2027_MB2201C +Chromosome Protein Homology CDS 2425256 2425762 . - 0 ID=cds-WP_003411331.1;Parent=gene-BQ2027_RS11210;Dbxref=GenBank:WP_003411331.1;Name=WP_003411331.1;Ontology_term=GO:0000287,GO:0008408;gbkey=CDS;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,3'-5' exonuclease activity|0008408||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216695.1;locus_tag=BQ2027_RS11210;product=polyadenylate-specific 3'-exoribonuclease AS;protein_id=WP_003411331.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2425772 2426659 . - . ID=gene-BQ2027_RS11215;Name=BQ2027_RS11215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11215;old_locus_tag=BQ2027_MB2202C +Chromosome Protein Homology CDS 2425772 2426659 . - 0 ID=cds-WP_010950668.1;Parent=gene-BQ2027_RS11215;Dbxref=GenBank:WP_010950668.1;Name=WP_010950668.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216696.1;locus_tag=BQ2027_RS11215;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950668.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2426747 2428030 . + . ID=gene-BQ2027_RS11220;Name=BQ2027_RS11220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11220;old_locus_tag=BQ2027_MB2203 +Chromosome Protein Homology CDS 2426747 2428030 . + 0 ID=cds-WP_003411339.1;Parent=gene-BQ2027_RS11220;Dbxref=GenBank:WP_003411339.1;Name=WP_003411339.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216697.1;locus_tag=BQ2027_RS11220;product=alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannoside mannosyltransferase;protein_id=WP_003411339.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2428031 2428774 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11230;Name=BQ2027_RS11230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11230;old_locus_tag=BQ2027_MB2205C +Chromosome Protein Homology CDS 2428860 2429255 . - 0 ID=cds-WP_003411344.1;Parent=gene-BQ2027_RS11230;Dbxref=GenBank:WP_003411344.1;Name=WP_003411344.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216699.1;locus_tag=BQ2027_RS11230;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2429252 2430514 . - . ID=gene-BQ2027_RS11235;Name=BQ2027_RS11235;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11235;old_locus_tag=BQ2027_MB2206C +Chromosome Protein Homology CDS 2429252 2430514 . - 0 ID=cds-WP_003914048.1;Parent=gene-BQ2027_RS11235;Dbxref=GenBank:WP_003914048.1;Name=WP_003914048.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003914048.1;locus_tag=BQ2027_RS11235;product=ArsA family ATPase;protein_id=WP_003914048.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2430511 2430945 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11245;Name=BQ2027_RS11245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11245;old_locus_tag=BQ2027_MB2208C +Chromosome Protein Homology CDS 2431050 2431439 . - 0 ID=cds-WP_003411357.1;Parent=gene-BQ2027_RS11245;Dbxref=GenBank:WP_003411357.1;Name=WP_003411357.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216702.1;locus_tag=BQ2027_RS11245;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411357.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2431605 2433406 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11255;Name=pimB;gbkey=Gene;gene=pimB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11255;old_locus_tag=BQ2027_MB2211C +Chromosome Protein Homology CDS 2433437 2434594 . - 0 ID=cds-WP_003411369.1;Parent=gene-BQ2027_RS11255;Dbxref=GenBank:WP_003411369.1;Name=WP_003411369.1;gbkey=CDS;gene=pimB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216704.2;locus_tag=BQ2027_RS11255;product=GDP-mannose-dependent alpha-(1-6)-phosphatidylinositol monomannoside mannosyltransferase;protein_id=WP_003411369.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2434691 2435464 . - . ID=gene-BQ2027_RS11260;Name=BQ2027_RS11260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11260;old_locus_tag=BQ2027_MB2212C +Chromosome Protein Homology CDS 2434691 2435464 . - 0 ID=cds-WP_003411371.1;Parent=gene-BQ2027_RS11260;Dbxref=GenBank:WP_003411371.1;Name=WP_003411371.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216705.1;locus_tag=BQ2027_RS11260;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411371.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2435559 2436716 . - . ID=gene-BQ2027_RS11265;Name=ripC;gbkey=Gene;gene=ripC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11265;old_locus_tag=BQ2027_MB2213C +Chromosome Protein Homology CDS 2435559 2436716 . - 0 ID=cds-WP_003411373.1;Parent=gene-BQ2027_RS11265;Dbxref=GenBank:WP_003411373.1;Name=WP_003411373.1;gbkey=CDS;gene=ripC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216706.1;locus_tag=BQ2027_RS11265;product=peptidoglycan hydrolase RipC;protein_id=WP_003411373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2436902 2437180 . - . ID=gene-BQ2027_RS11270;Name=BQ2027_RS11270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11270 +Chromosome Protein Homology CDS 2436902 2437180 . - 0 ID=cds-WP_003908818.1;Parent=gene-BQ2027_RS11270;Dbxref=GenBank:WP_003908818.1;Name=WP_003908818.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003908818.1;locus_tag=BQ2027_RS11270;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908818.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2437287 2439137 . + . ID=gene-BQ2027_RS11275;Name=BQ2027_RS11275;end_range=2439137,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS11275;old_locus_tag=BQ2027_MB2214;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2437287 2439137 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS11275;Parent=gene-BQ2027_RS11275;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=2439137,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF005903.0;locus_tag=BQ2027_RS11275;partial=true;product=DEDD exonuclease domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2439075 2440187 . - . ID=gene-BQ2027_RS11280;Name=trpD;gbkey=Gene;gene=trpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11280;old_locus_tag=BQ2027_MB2215C +Chromosome Protein Homology CDS 2439075 2440187 . - 0 ID=cds-WP_003411387.1;Parent=gene-BQ2027_RS11280;Dbxref=GenBank:WP_003411387.1;Name=WP_003411387.1;Ontology_term=GO:0000162,GO:0004048;gbkey=CDS;gene=trpD;go_function=anthranilate phosphoribosyltransferase activity|0004048||IEA;go_process=L-tryptophan biosynthetic process|0000162||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216708.1;locus_tag=BQ2027_RS11280;product=anthranilate phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003411387.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2440345 2440956 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11290;Name=qcrC;gbkey=Gene;gene=qcrC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11290;old_locus_tag=BQ2027_MB2217 +Chromosome Protein Homology CDS 2440997 2441839 . + 0 ID=cds-WP_003411392.1;Parent=gene-BQ2027_RS11290;Dbxref=GenBank:WP_003411392.1;Name=WP_003411392.1;gbkey=CDS;gene=qcrC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216710.1;locus_tag=BQ2027_RS11290;product=cytochrome bc1 complex diheme cytochrome c subunit;protein_id=WP_003411392.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2441842 2441913 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11300;Name=qcrB;gbkey=Gene;gene=qcrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11300;old_locus_tag=BQ2027_MB2219 +Chromosome Protein Homology CDS 2443122 2444771 . + 0 ID=cds-WP_003899212.1;Parent=gene-BQ2027_RS11300;Dbxref=GenBank:WP_003899212.1;Name=WP_003899212.1;gbkey=CDS;gene=qcrB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216712.1;locus_tag=BQ2027_RS11300;product=cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit;protein_id=WP_003899212.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2445062 2445706 . - . ID=gene-BQ2027_RS11305;Name=BQ2027_RS11305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11305;old_locus_tag=BQ2027_MB2220C +Chromosome Protein Homology CDS 2445062 2445706 . - 0 ID=cds-WP_003411401.1;Parent=gene-BQ2027_RS11305;Dbxref=GenBank:WP_003411401.1;Name=WP_003411401.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216713.1;locus_tag=BQ2027_RS11305;product=DUF2561 family protein;protein_id=WP_003411401.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2445706 2446605 . - . ID=gene-BQ2027_RS11310;Name=BQ2027_RS11310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11310;old_locus_tag=BQ2027_MB2221C +Chromosome Protein Homology CDS 2445706 2446605 . - 0 ID=cds-WP_003411405.1;Parent=gene-BQ2027_RS11310;Dbxref=GenBank:WP_003411405.1;Name=WP_003411405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216714.1;locus_tag=BQ2027_RS11310;product=MmpS family transport accessory protein;protein_id=WP_003411405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2446791 2447210 . - . ID=gene-BQ2027_RS11315;Name=BQ2027_RS11315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11315;old_locus_tag=BQ2027_MB2222C +Chromosome Protein Homology CDS 2446791 2447210 . - 0 ID=cds-WP_003411408.1;Parent=gene-BQ2027_RS11315;Dbxref=GenBank:WP_003411408.1;Name=WP_003411408.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216715.1;locus_tag=BQ2027_RS11315;product=cytochrome c oxidase subunit 4;protein_id=WP_003411408.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2447218 2448309 . - . ID=gene-BQ2027_RS11320;Name=ctaC;gbkey=Gene;gene=ctaC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11320;old_locus_tag=BQ2027_MB2223C +Chromosome Protein Homology CDS 2447218 2448309 . - 0 ID=cds-WP_003899214.1;Parent=gene-BQ2027_RS11320;Dbxref=GenBank:WP_003899214.1;Name=WP_003899214.1;gbkey=CDS;gene=ctaC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216716.1;locus_tag=BQ2027_RS11320;product=aa3-type cytochrome oxidase subunit II;protein_id=WP_003899214.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2448555 2450513 . + . ID=gene-BQ2027_RS11325;Name=asnB;gbkey=Gene;gene=asnB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11325;old_locus_tag=BQ2027_MB2224 +Chromosome Protein Homology CDS 2448555 2450513 . + 0 ID=cds-WP_003411413.1;Parent=gene-BQ2027_RS11325;Dbxref=GenBank:WP_003411413.1;Name=WP_003411413.1;Ontology_term=GO:0006529,GO:0004066;gbkey=CDS;gene=asnB;go_function=asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0004066||IEA;go_process=asparagine biosynthetic process|0006529||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216717.1;locus_tag=BQ2027_RS11325;product=asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing);protein_id=WP_003411413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2450611 2451585 . - . ID=gene-BQ2027_RS11330;Name=adoK;gbkey=Gene;gene=adoK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11330;old_locus_tag=BQ2027_MB2225C +Chromosome Protein Homology CDS 2450611 2451585 . - 0 ID=cds-WP_003411414.1;Parent=gene-BQ2027_RS11330;Dbxref=GenBank:WP_003411414.1;Name=WP_003411414.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0016301;gbkey=CDS;gene=adoK;go_function=kinase activity|0016301||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216718.1;locus_tag=BQ2027_RS11330;product=carbohydrate kinase family protein;protein_id=WP_003411414.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2451789 2452481 . + . ID=gene-BQ2027_RS11335;Name=BQ2027_RS11335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11335;old_locus_tag=BQ2027_MB2226 +Chromosome Protein Homology CDS 2451789 2452481 . + 0 ID=cds-WP_003411415.1;Parent=gene-BQ2027_RS11335;Dbxref=GenBank:WP_003411415.1;Name=WP_003411415.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216719.1;locus_tag=BQ2027_RS11335;product=Rv0361 family membrane protein;protein_id=WP_003411415.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2452489 2452845 . - . ID=gene-BQ2027_RS11340;Name=BQ2027_RS11340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11340;old_locus_tag=BQ2027_MB2227C +Chromosome Protein Homology CDS 2452489 2452845 . - 0 ID=cds-WP_003411418.1;Parent=gene-BQ2027_RS11340;Dbxref=GenBank:WP_003411418.1;Name=WP_003411418.1;Ontology_term=GO:0016226,GO:0051536;gbkey=CDS;go_function=iron-sulfur cluster binding|0051536||IEA;go_process=iron-sulfur cluster assembly|0016226||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216720.1;locus_tag=BQ2027_RS11340;product=HesB/IscA family protein;protein_id=WP_003411418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2452945 2454021 . - . ID=gene-BQ2027_RS11345;Name=BQ2027_RS11345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11345;old_locus_tag=BQ2027_MB2228C +Chromosome Protein Homology CDS 2452945 2454021 . - 0 ID=cds-WP_003411420.1;Parent=gene-BQ2027_RS11345;Dbxref=GenBank:WP_003411420.1;Name=WP_003411420.1;Ontology_term=GO:0016310,GO:0031388,GO:0005524,GO:0008887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,glycerate kinase activity|0008887||IEA;go_process=phosphorylation|0016310||IEA,organic acid phosphorylation|0031388||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216721.2;locus_tag=BQ2027_RS11345;product=glycerate kinase family protein;protein_id=WP_003411420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2454180 2454890 . + . ID=gene-BQ2027_RS11350;Name=BQ2027_RS11350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11350;old_locus_tag=BQ2027_MB2229 +Chromosome Protein Homology CDS 2454180 2454890 . + 0 ID=cds-WP_003411425.1;Parent=gene-BQ2027_RS11350;Dbxref=GenBank:WP_003411425.1;Name=WP_003411425.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216722.2;locus_tag=BQ2027_RS11350;product=DUF3043 domain-containing protein;protein_id=WP_003411425.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2454969 2456054 . + . ID=gene-BQ2027_RS11355;Name=cobT;gbkey=Gene;gene=cobT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11355;old_locus_tag=BQ2027_MB2230 +Chromosome Protein Homology CDS 2454969 2456054 . + 0 ID=cds-WP_003411429.1;Parent=gene-BQ2027_RS11355;Dbxref=GenBank:WP_003411429.1;Name=WP_003411429.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0008939;gbkey=CDS;gene=cobT;go_function=nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity|0008939||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216723.1;locus_tag=BQ2027_RS11355;product=nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003411429.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2456051 2456800 . + . ID=gene-BQ2027_RS11360;Name=cobS;gbkey=Gene;gene=cobS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11360;old_locus_tag=BQ2027_MB2231 +Chromosome Protein Homology CDS 2456051 2456800 . + 0 ID=cds-WP_003411433.1;Parent=gene-BQ2027_RS11360;Dbxref=GenBank:WP_003411433.1;Name=WP_003411433.1;gbkey=CDS;gene=cobS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216724.1;locus_tag=BQ2027_RS11360;product=adenosylcobinamide-GDP ribazoletransferase;protein_id=WP_003411433.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2456958 2458496 . + . ID=gene-BQ2027_RS11365;Name=BQ2027_RS11365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11365;old_locus_tag=BQ2027_MB2232 +Chromosome Protein Homology CDS 2456958 2458496 . + 0 ID=cds-WP_003899218.1;Parent=gene-BQ2027_RS11365;Dbxref=GenBank:WP_003899218.1;Name=WP_003899218.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216725.1;locus_tag=BQ2027_RS11365;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2458422 2459528 . - . ID=gene-BQ2027_RS11370;Name=ilvE;gbkey=Gene;gene=ilvE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11370;old_locus_tag=BQ2027_MB2233C +Chromosome Protein Homology CDS 2458422 2459528 . - 0 ID=cds-WP_010950673.1;Parent=gene-BQ2027_RS11370;Dbxref=GenBank:WP_010950673.1;Name=WP_010950673.1;Ontology_term=GO:0009081,GO:0004084;gbkey=CDS;gene=ilvE;go_function=branched-chain-amino-acid transaminase activity|0004084||IEA;go_process=branched-chain amino acid metabolic process|0009081||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216726.1;locus_tag=BQ2027_RS11370;product=branched-chain amino acid aminotransferase;protein_id=WP_010950673.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2459600 2460703 . - . ID=gene-BQ2027_RS11375;Name=gcvT;gbkey=Gene;gene=gcvT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11375;old_locus_tag=BQ2027_MB2234C +Chromosome Protein Homology CDS 2459600 2460703 . - 0 ID=cds-WP_003899219.1;Parent=gene-BQ2027_RS11375;Dbxref=GenBank:WP_003899219.1;Name=WP_003899219.1;Ontology_term=GO:0019464,GO:0004047,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=gcvT;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=aminomethyltransferase activity|0004047||IEA;go_process=glycine decarboxylation via glycine cleavage system|0019464||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010907977.1;locus_tag=BQ2027_RS11375;product=glycine cleavage system aminomethyltransferase GcvT;protein_id=WP_003899219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2460748 2461884 . + . ID=gene-BQ2027_RS11380;Name=BQ2027_RS11380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11380;old_locus_tag=BQ2027_MB2235 +Chromosome Protein Homology CDS 2460748 2461884 . + 0 ID=cds-WP_003411442.1;Parent=gene-BQ2027_RS11380;Dbxref=GenBank:WP_003411442.1;Name=WP_003411442.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216728.1;locus_tag=BQ2027_RS11380;product=adenylyl cyclase;protein_id=WP_003411442.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2461896 2463443 . + . ID=gene-BQ2027_RS11385;Name=pepB;gbkey=Gene;gene=pepB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11385;old_locus_tag=BQ2027_MB2236 +Chromosome Protein Homology CDS 2461896 2463443 . + 0 ID=cds-WP_003411444.1;Parent=gene-BQ2027_RS11385;Dbxref=GenBank:WP_003411444.1;Name=WP_003411444.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0030145,GO:0070006;gbkey=CDS;gene=pepB;go_function=manganese ion binding|0030145||IEA,metalloaminopeptidase activity|0070006||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216729.1;locus_tag=BQ2027_RS11385;product=leucyl aminopeptidase;protein_id=WP_003411444.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2463481 2465259 . - . ID=gene-BQ2027_RS11390;Name=ephD;gbkey=Gene;gene=ephD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11390;old_locus_tag=BQ2027_MB2237C +Chromosome Protein Homology CDS 2463481 2465259 . - 0 ID=cds-WP_003411445.1;Parent=gene-BQ2027_RS11390;Dbxref=GenBank:WP_003411445.1;Name=WP_003411445.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;gene=ephD;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216730.1;locus_tag=BQ2027_RS11390;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003411445.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2465523 2467184 . + . ID=gene-BQ2027_RS11395;Name=sucB;gbkey=Gene;gene=sucB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11395;old_locus_tag=BQ2027_MB2238 +Chromosome Protein Homology CDS 2465523 2467184 . + 0 ID=cds-WP_003411450.1;Parent=gene-BQ2027_RS11395;Dbxref=GenBank:WP_003411450.1;Name=WP_003411450.1;Ontology_term=GO:0016746;gbkey=CDS;gene=sucB;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216731.1;locus_tag=BQ2027_RS11395;product=2-oxoglutarate dehydrogenase%2C E2 component%2C dihydrolipoamide succinyltransferase;protein_id=WP_003411450.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2467184 2468089 . + . ID=gene-BQ2027_RS11400;Name=BQ2027_RS11400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11400;old_locus_tag=BQ2027_MB2239 +Chromosome Protein Homology CDS 2467184 2468089 . + 0 ID=cds-WP_003411454.1;Parent=gene-BQ2027_RS11400;Dbxref=GenBank:WP_003411454.1;Name=WP_003411454.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216732.1;locus_tag=BQ2027_RS11400;product=TIGR01777 family oxidoreductase;protein_id=WP_003411454.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2468142 2468834 . + . ID=gene-BQ2027_RS11405;Name=lipB;gbkey=Gene;gene=lipB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11405;old_locus_tag=BQ2027_MB2240 +Chromosome Protein Homology CDS 2468142 2468834 . + 0 ID=cds-WP_010950674.1;Parent=gene-BQ2027_RS11405;Dbxref=GenBank:WP_010950674.1;Name=WP_010950674.1;Ontology_term=GO:0009249,GO:0033819;gbkey=CDS;gene=lipB;go_function=lipoyl(octanoyl) transferase activity|0033819||IEA;go_process=protein lipoylation|0009249||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216733.1;locus_tag=BQ2027_RS11405;product=lipoyl(octanoyl) transferase LipB;protein_id=WP_010950674.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2468831 2469766 . + . ID=gene-BQ2027_RS11410;Name=lipA;gbkey=Gene;gene=lipA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11410;old_locus_tag=BQ2027_MB2241 +Chromosome Protein Homology CDS 2468831 2469766 . + 0 ID=cds-WP_003411460.1;Parent=gene-BQ2027_RS11410;Dbxref=GenBank:WP_003411460.1;Name=WP_003411460.1;Ontology_term=GO:0009107,GO:0016992,GO:0051539,GO:1904047;gbkey=CDS;gene=lipA;go_function=lipoate synthase activity|0016992||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=lipoate biosynthetic process|0009107||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216734.1;locus_tag=BQ2027_RS11410;product=lipoyl synthase;protein_id=WP_003411460.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2469793 2470545 . + . ID=gene-BQ2027_RS11415;Name=BQ2027_RS11415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11415;old_locus_tag=BQ2027_MB2242 +Chromosome Protein Homology CDS 2469793 2470545 . + 0 ID=cds-WP_010950675.1;Parent=gene-BQ2027_RS11415;Dbxref=GenBank:WP_010950675.1;Name=WP_010950675.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216735.1;locus_tag=BQ2027_RS11415;product=DUF4191 domain-containing protein;protein_id=WP_010950675.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2470552 2470974 . - . ID=gene-BQ2027_RS11420;Name=BQ2027_RS11420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11420;old_locus_tag=BQ2027_MB2243C +Chromosome Protein Homology CDS 2470552 2470974 . - 0 ID=cds-WP_003411466.1;Parent=gene-BQ2027_RS11420;Dbxref=GenBank:WP_003411466.1;Name=WP_003411466.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177661.1;locus_tag=BQ2027_RS11420;product=RDD family protein;protein_id=WP_003411466.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2471173 2472609 . + . ID=gene-BQ2027_RS11425;Name=glnA;gbkey=Gene;gene=glnA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11425;old_locus_tag=BQ2027_MB2244 +Chromosome Protein Homology CDS 2471173 2472609 . + 0 ID=cds-WP_003411475.1;Parent=gene-BQ2027_RS11425;Dbxref=GenBank:WP_003411475.1;Name=WP_003411475.1;Ontology_term=GO:0006542,GO:0004356;gbkey=CDS;gene=glnA;go_function=glutamine synthetase activity|0004356||IEA;go_process=glutamine biosynthetic process|0006542||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216736.1;locus_tag=BQ2027_RS11425;product=type I glutamate--ammonia ligase;protein_id=WP_003411475.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2472927 2475911 . - . ID=gene-BQ2027_RS11430;Name=glnE;gbkey=Gene;gene=glnE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11430;old_locus_tag=BQ2027_MB2245C +Chromosome Protein Homology CDS 2472927 2475911 . - 0 ID=cds-WP_003411478.1;Parent=gene-BQ2027_RS11430;Dbxref=GenBank:WP_003411478.1;Name=WP_003411478.1;Ontology_term=GO:0008882;gbkey=CDS;gene=glnE;go_function=[glutamate-ammonia-ligase] adenylyltransferase activity|0008882||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216737.1;locus_tag=BQ2027_RS11430;product=bifunctional [glutamine synthetase] adenylyltransferase/[glutamine synthetase]-adenylyl-L-tyrosine phosphorylase;protein_id=WP_003411478.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2475960 2477300 . - . ID=gene-BQ2027_RS11435;Name=BQ2027_RS11435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11435;old_locus_tag=BQ2027_MB2246C +Chromosome Protein Homology CDS 2475960 2477300 . - 0 ID=cds-WP_003411482.1;Parent=gene-BQ2027_RS11435;Dbxref=GenBank:WP_003411482.1;Name=WP_003411482.1;Ontology_term=GO:0006542,GO:0004356,GO:0005524,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=glutamine synthetase activity|0004356||IEA,ATP binding|0005524||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=glutamine biosynthetic process|0006542||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216738.1;locus_tag=BQ2027_RS11435;product=glutamine synthetase family protein;protein_id=WP_003411482.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2477395 2478957 . - . ID=gene-BQ2027_RS11440;Name=caeB;gbkey=Gene;gene=caeB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11440;old_locus_tag=BQ2027_MB2247C +Chromosome Protein Homology CDS 2477395 2478957 . - 0 ID=cds-WP_003411484.1;Parent=gene-BQ2027_RS11440;Dbxref=GenBank:WP_003411484.1;Name=WP_003411484.1;gbkey=CDS;gene=caeB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216739.1;locus_tag=BQ2027_RS11440;product=carboxylesterase CaeB;protein_id=WP_003411484.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2479019 2480581 . - . ID=gene-BQ2027_RS11445;Name=caeA;gbkey=Gene;gene=caeA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11445;old_locus_tag=BQ2027_MB2248C +Chromosome Protein Homology CDS 2479019 2480581 . - 0 ID=cds-WP_003411486.1;Parent=gene-BQ2027_RS11445;Dbxref=GenBank:WP_003411486.1;Name=WP_003411486.1;gbkey=CDS;gene=caeA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216740.1;locus_tag=BQ2027_RS11445;product=carboxylesterase CaeA;protein_id=WP_003411486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2480783 2481004 . - . ID=gene-BQ2027_RS11450;Name=BQ2027_RS11450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11450 +Chromosome Protein Homology CDS 2480783 2481004 . - 0 ID=cds-WP_012054189.1;Parent=gene-BQ2027_RS11450;Dbxref=GenBank:WP_012054189.1;Name=WP_012054189.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030036.1;locus_tag=BQ2027_RS11450;product=hypothetical protein;protein_id=WP_012054189.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2481300 2482145 . + . ID=gene-BQ2027_RS11455;Name=panB;gbkey=Gene;gene=panB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11455;old_locus_tag=BQ2027_MB2249 +Chromosome Protein Homology CDS 2481300 2482145 . + 0 ID=cds-WP_003411489.1;Parent=gene-BQ2027_RS11455;Dbxref=GenBank:WP_003411489.1;Name=WP_003411489.1;Ontology_term=GO:0015940,GO:0003864;gbkey=CDS;gene=panB;go_function=3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase activity|0003864||IEA;go_process=pantothenate biosynthetic process|0015940||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216741.1;locus_tag=BQ2027_RS11455;product=3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase;protein_id=WP_003411489.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2482390 2483931 . + . ID=gene-BQ2027_RS11460;Name=BQ2027_RS11460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11460;old_locus_tag=BQ2027_MB2250 +Chromosome Protein Homology CDS 2482390 2483931 . + 0 ID=cds-WP_010950676.1;Parent=gene-BQ2027_RS11460;Dbxref=GenBank:WP_010950676.1;Name=WP_010950676.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216742.1;locus_tag=BQ2027_RS11460;product=CYTH and CHAD domain-containing protein;protein_id=WP_010950676.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2483944 2484372 . - . ID=gene-BQ2027_RS11465;Name=rnpB;gbkey=Gene;gene=rnpB;gene_biotype=RNase_P_RNA;locus_tag=BQ2027_RS11465 +Chromosome cmsearch RNase_P_RNA 2483944 2484372 . - . ID=rna-BQ2027_RS11465;Parent=gene-BQ2027_RS11465;Dbxref=RFAM:RF00010;gbkey=ncRNA;gene=rnpB;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS11465;product=RNase P RNA component class A +Chromosome cmsearch exon 2483944 2484372 . - . ID=exon-BQ2027_RS11465-1;Parent=rna-BQ2027_RS11465;Dbxref=RFAM:RF00010;gbkey=ncRNA;gene=rnpB;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS11465;product=RNase P RNA component class A +Chromosome RefSeq gene 2484481 2485191 . + . ID=gene-BQ2027_RS11470;Name=BQ2027_RS11470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11470 +Chromosome Protein Homology CDS 2484481 2485191 . + 0 ID=cds-WP_015385284.1;Parent=gene-BQ2027_RS11470;Dbxref=GenBank:WP_015385284.1;Name=WP_015385284.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007170864.1;locus_tag=BQ2027_RS11470;product=2OG-Fe(II) oxygenase;protein_id=WP_015385284.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2485203 2486297 . - . ID=gene-BQ2027_RS11475;Name=BQ2027_RS11475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11475;old_locus_tag=BQ2027_MB2253C +Chromosome Protein Homology CDS 2485203 2486297 . - 0 ID=cds-WP_003899226.1;Parent=gene-BQ2027_RS11475;Dbxref=GenBank:WP_003899226.1;Name=WP_003899226.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004523;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,RNA-DNA hybrid ribonuclease activity|0004523||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003872350.1;locus_tag=BQ2027_RS11475;product=bifunctional RNase H/acid phosphatase;protein_id=WP_003899226.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2486294 2487031 . - . ID=gene-BQ2027_RS11480;Name=BQ2027_RS11480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11480;old_locus_tag=BQ2027_MB2254C +Chromosome Protein Homology CDS 2486294 2487031 . - 0 ID=cds-WP_010950678.1;Parent=gene-BQ2027_RS11480;Dbxref=GenBank:WP_010950678.1;Name=WP_010950678.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216745.1;locus_tag=BQ2027_RS11480;product=zinc ribbon domain-containing protein;protein_id=WP_010950678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2487028 2488167 . - . ID=gene-BQ2027_RS11485;Name=BQ2027_RS11485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11485;old_locus_tag=BQ2027_MB2255C +Chromosome Protein Homology CDS 2487028 2488167 . - 0 ID=cds-WP_003411502.1;Parent=gene-BQ2027_RS11485;Dbxref=GenBank:WP_003411502.1;Name=WP_003411502.1;Ontology_term=GO:0051540,GO:0005737;gbkey=CDS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=metal cluster binding|0051540||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216746.1;locus_tag=BQ2027_RS11485;product=Nif3-like dinuclear metal center hexameric protein;protein_id=WP_003411502.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2488164 2489249 . - . ID=gene-BQ2027_RS11490;Name=cobC;gbkey=Gene;gene=cobC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11490;old_locus_tag=BQ2027_MB2256C +Chromosome Protein Homology CDS 2488164 2489249 . - 0 ID=cds-WP_079092157.1;Parent=gene-BQ2027_RS11490;Dbxref=GenBank:WP_079092157.1;Name=WP_079092157.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=cobC;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF005915.0;locus_tag=BQ2027_RS11490;product=Rv2231c family pyridoxal phosphate-dependent protein CobC;protein_id=WP_079092157.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2489295 2489720 . - . ID=gene-BQ2027_RS11495;Name=BQ2027_RS11495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11495;old_locus_tag=BQ2027_MB2256A +Chromosome Protein Homology CDS 2489295 2489720 . - 0 ID=cds-WP_010886140.1;Parent=gene-BQ2027_RS11495;Dbxref=GenBank:WP_010886140.1;Name=WP_010886140.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410917.1;locus_tag=BQ2027_RS11495;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_010886140.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2489766 2489942 . - . ID=gene-BQ2027_RS11500;Name=BQ2027_RS11500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11500;old_locus_tag=BQ2027_MB2256B +Chromosome Protein Homology CDS 2489766 2489942 . - 0 ID=cds-WP_003903810.1;Parent=gene-BQ2027_RS11500;Dbxref=GenBank:WP_003903810.1;Name=WP_003903810.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410918.1;locus_tag=BQ2027_RS11500;product=antitoxin VapB16;protein_id=WP_003903810.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2489987 2490712 . + . ID=gene-BQ2027_RS11505;Name=ptkA;gbkey=Gene;gene=ptkA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11505;old_locus_tag=BQ2027_MB2257 +Chromosome Protein Homology CDS 2489987 2490712 . + 0 ID=cds-WP_015288273.1;Parent=gene-BQ2027_RS11505;Dbxref=GenBank:WP_015288273.1;Name=WP_015288273.1;gbkey=CDS;gene=ptkA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015290517.1;locus_tag=BQ2027_RS11505;product=Rv2232 family HAD-type protein-tyrosine kinase;protein_id=WP_015288273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2490705 2491196 . + . ID=gene-BQ2027_RS11510;Name=ptpA;gbkey=Gene;gene=ptpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11510;old_locus_tag=BQ2027_MB2258 +Chromosome Protein Homology CDS 2490705 2491196 . + 0 ID=cds-WP_003411510.1;Parent=gene-BQ2027_RS11510;Dbxref=GenBank:WP_003411510.1;Name=WP_003411510.1;gbkey=CDS;gene=ptpA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216750.1;locus_tag=BQ2027_RS11510;product=protein-tyrosine-phosphatase;protein_id=WP_003411510.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2491196 2492011 . + . ID=gene-BQ2027_RS11515;Name=BQ2027_RS11515;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11515;old_locus_tag=BQ2027_MB2259 +Chromosome Protein Homology CDS 2491196 2492011 . + 0 ID=cds-WP_003411514.1;Parent=gene-BQ2027_RS11515;Dbxref=GenBank:WP_003411514.1;Name=WP_003411514.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216751.1;locus_tag=BQ2027_RS11515;product=SURF1 family cytochrome oxidase biogenesis protein;protein_id=WP_003411514.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2491993 2492934 . - . ID=gene-BQ2027_RS11520;Name=cobD;gbkey=Gene;gene=cobD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11520;old_locus_tag=BQ2027_MB2260C +Chromosome Protein Homology CDS 2491993 2492934 . - 0 ID=cds-WP_003411516.1;Parent=gene-BQ2027_RS11520;Dbxref=GenBank:WP_003411516.1;Name=WP_003411516.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0048472;gbkey=CDS;gene=cobD;go_function=threonine-phosphate decarboxylase activity|0048472||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216752.1;locus_tag=BQ2027_RS11520;product=cobalamin biosynthesis protein;protein_id=WP_003411516.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2493000 2493815 . + . ID=gene-BQ2027_RS11525;Name=BQ2027_RS11525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11525;old_locus_tag=BQ2027_MB2261 +Chromosome Protein Homology CDS 2493000 2493815 . + 0 ID=cds-WP_003411520.1;Parent=gene-BQ2027_RS11525;Dbxref=GenBank:WP_003411520.1;Name=WP_003411520.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411520.1;locus_tag=BQ2027_RS11525;product=oxygenase MpaB family protein;protein_id=WP_003411520.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2493910 2494035 . - . ID=gene-BQ2027_RS20665;Name=BQ2027_RS20665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20665 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 2493910 2494035 . - 0 ID=cds-WP_009936466.1;Parent=gene-BQ2027_RS20665;Dbxref=GenBank:WP_009936466.1;Name=WP_009936466.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS20665;product=hypothetical protein;protein_id=WP_009936466.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2494157 2494228 . - . ID=gene-BQ2027_RS11530;Name=BQ2027_RS11530;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS11530;old_locus_tag=BQ2027_VALV +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2494157 2494228 . - . ID=rna-BQ2027_RS11530;Parent=gene-BQ2027_RS11530;anticodon=(pos:complement(2494194..2494196));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS11530;product=tRNA-Val +Chromosome tRNAscan-SE exon 2494157 2494228 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11540;Name=BQ2027_RS11540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11540;old_locus_tag=BQ2027_MB2263C +Chromosome Protein Homology CDS 2494735 2495157 . - 0 ID=cds-WP_003911787.1;Parent=gene-BQ2027_RS11540;Dbxref=GenBank:WP_003911787.1;Name=WP_003911787.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911787.1;locus_tag=BQ2027_RS11540;product=DUF3052 domain-containing protein;protein_id=WP_003911787.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2495249 2495839 . - . ID=gene-BQ2027_RS11545;Name=BQ2027_RS11545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11545;old_locus_tag=BQ2027_MB2264C +Chromosome Protein Homology CDS 2495249 2495839 . - 0 ID=cds-WP_031652337.1;Parent=gene-BQ2027_RS11545;Dbxref=GenBank:WP_031652337.1;Name=WP_031652337.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216756.2;locus_tag=BQ2027_RS11545;product=hypothetical protein;protein_id=WP_031652337.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2496011 2498803 . + . ID=gene-BQ2027_RS11550;Name=aceE;gbkey=Gene;gene=aceE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11550;old_locus_tag=BQ2027_MB2265 +Chromosome Protein Homology CDS 2496011 2498803 . + 0 ID=cds-WP_038438746.1;Parent=gene-BQ2027_RS11550;Dbxref=GenBank:WP_038438746.1;Name=WP_038438746.1;Ontology_term=GO:0006086,GO:0045254;gbkey=CDS;gene=aceE;go_component=pyruvate dehydrogenase complex|0045254||IEA;go_process=pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA|0006086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911788.1;locus_tag=BQ2027_RS11550;product=pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)%2C homodimeric type;protein_id=WP_038438746.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2498863 2500107 . + . ID=gene-BQ2027_RS11555;Name=BQ2027_RS11555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11555;old_locus_tag=BQ2027_MB2266 +Chromosome Protein Homology CDS 2498863 2500107 . + 0 ID=cds-WP_003411543.1;Parent=gene-BQ2027_RS11555;Dbxref=GenBank:WP_003411543.1;Name=WP_003411543.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216758.1;locus_tag=BQ2027_RS11555;product=PucR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003411543.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2500346 2501254 . + . ID=gene-BQ2027_RS11560;Name=fabD;gbkey=Gene;gene=fabD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11560;old_locus_tag=BQ2027_MB2267 +Chromosome Protein Homology CDS 2500346 2501254 . + 0 ID=cds-WP_003411559.1;Parent=gene-BQ2027_RS11560;Dbxref=GenBank:WP_003411559.1;Name=WP_003411559.1;gbkey=CDS;gene=fabD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216759.1;locus_tag=BQ2027_RS11560;product=malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase;protein_id=WP_003411559.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2501330 2501677 . + . ID=gene-BQ2027_RS11565;Name=acpM;gbkey=Gene;gene=acpM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11565;old_locus_tag=BQ2027_MB2268 +Chromosome Protein Homology CDS 2501330 2501677 . + 0 ID=cds-WP_003411565.1;Parent=gene-BQ2027_RS11565;Dbxref=GenBank:WP_003411565.1;Name=WP_003411565.1;Ontology_term=GO:0071768;gbkey=CDS;gene=acpM;go_process=mycolic acid biosynthetic process|0071768||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216760.1;locus_tag=BQ2027_RS11565;product=meromycolate extension acyl carrier protein AcpM;protein_id=WP_003411565.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2501674 2502924 . + . ID=gene-BQ2027_RS11570;Name=kasA;gbkey=Gene;gene=kasA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11570;old_locus_tag=BQ2027_MB2269 +Chromosome Protein Homology CDS 2501674 2502924 . + 0 ID=cds-WP_003411571.1;Parent=gene-BQ2027_RS11570;Dbxref=GenBank:WP_003411571.1;Name=WP_003411571.1;gbkey=CDS;gene=kasA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216761.1;locus_tag=BQ2027_RS11570;product=3-oxoacyl-ACP synthase KasA;protein_id=WP_003411571.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2503018 2504271 . + . ID=gene-BQ2027_RS11575;Name=kasB;gbkey=Gene;gene=kasB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11575;old_locus_tag=BQ2027_MB2270 +Chromosome Protein Homology CDS 2503018 2504271 . + 0 ID=cds-WP_003411576.1;Parent=gene-BQ2027_RS11575;Dbxref=GenBank:WP_003411576.1;Name=WP_003411576.1;gbkey=CDS;gene=kasB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411576.1;locus_tag=BQ2027_RS11575;product=3-oxoacyl-ACP synthase KasB;protein_id=WP_003411576.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2504302 2505723 . + . ID=gene-BQ2027_RS11580;Name=BQ2027_RS11580;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11580;old_locus_tag=BQ2027_MB2271 +Chromosome Protein Homology CDS 2504302 2505723 . + 0 ID=cds-WP_003900487.1;Parent=gene-BQ2027_RS11580;Dbxref=GenBank:WP_003900487.1;Name=WP_003900487.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0003989,GO:0016874,GO:0009317;gbkey=CDS;go_component=acetyl-CoA carboxylase complex|0009317||IEA;go_function=acetyl-CoA carboxylase activity|0003989||IEA,ligase activity|0016874||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216763.1;locus_tag=BQ2027_RS11580;product=acyl-CoA carboxylase subunit beta;protein_id=WP_003900487.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2505759 2506646 . + . ID=gene-BQ2027_RS11585;Name=BQ2027_RS11585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11585;old_locus_tag=BQ2027_MB2272 +Chromosome Protein Homology CDS 2505759 2506646 . + 0 ID=cds-WP_038438747.1;Parent=gene-BQ2027_RS11585;Dbxref=GenBank:WP_038438747.1;Name=WP_038438747.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014584819.1;locus_tag=BQ2027_RS11585;product=hypothetical protein;protein_id=WP_038438747.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2506715 2508265 . - . ID=gene-BQ2027_RS11590;Name=BQ2027_RS11590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11590;old_locus_tag=BQ2027_MB2273C +Chromosome Protein Homology CDS 2506715 2508265 . - 0 ID=cds-WP_003411591.1;Parent=gene-BQ2027_RS11590;Dbxref=GenBank:WP_003411591.1;Name=WP_003411591.1;Ontology_term=GO:0006072,GO:0004368,GO:0071949,GO:0009331;gbkey=CDS;go_component=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex|0009331||IEA;go_function=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (quinone) activity|0004368||IEA,FAD binding|0071949||IEA;go_process=glycerol-3-phosphate metabolic process|0006072||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216765.1;locus_tag=BQ2027_RS11590;product=glycerol-3-phosphate dehydrogenase/oxidase;protein_id=WP_003411591.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2508259 2508828 . - . ID=gene-BQ2027_RS11595;Name=BQ2027_RS11595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11595;old_locus_tag=BQ2027_MB2274C +Chromosome Protein Homology CDS 2508259 2508828 . - 0 ID=cds-WP_010950681.1;Parent=gene-BQ2027_RS11595;Dbxref=GenBank:WP_010950681.1;Name=WP_010950681.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216766.2;locus_tag=BQ2027_RS11595;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_010950681.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2508876 2510465 . + . ID=gene-BQ2027_RS11600;Name=BQ2027_RS11600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11600;old_locus_tag=BQ2027_MB2275 +Chromosome Protein Homology CDS 2508876 2510465 . + 0 ID=cds-WP_003411596.1;Parent=gene-BQ2027_RS11600;Dbxref=GenBank:WP_003411596.1;Name=WP_003411596.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0071949;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015575176.1;locus_tag=BQ2027_RS11600;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003411596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2510462 2511391 . + . ID=gene-BQ2027_RS11605;Name=BQ2027_RS11605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11605;old_locus_tag=BQ2027_MB2276 +Chromosome Protein Homology CDS 2510462 2511391 . + 0 ID=cds-WP_003411603.1;Parent=gene-BQ2027_RS11605;Dbxref=GenBank:WP_003411603.1;Name=WP_003411603.1;Ontology_term=GO:0016301;gbkey=CDS;go_function=kinase activity|0016301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216768.1;locus_tag=BQ2027_RS11605;product=diacylglycerol kinase;protein_id=WP_003411603.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2511457 2511960 . + . ID=gene-BQ2027_RS11610;Name=BQ2027_RS11610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11610;old_locus_tag=BQ2027_MB2277 +Chromosome Protein Homology CDS 2511457 2511960 . + 0 ID=cds-WP_003411608.1;Parent=gene-BQ2027_RS11610;Dbxref=GenBank:WP_003411608.1;Name=WP_003411608.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216769.1;locus_tag=BQ2027_RS11610;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411608.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2511993 2512448 . - . ID=gene-BQ2027_RS11615;Name=BQ2027_RS11615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11615;old_locus_tag=BQ2027_MB2278C +Chromosome Protein Homology CDS 2511993 2512448 . - 0 ID=cds-WP_010950682.1;Parent=gene-BQ2027_RS11615;Dbxref=GenBank:WP_010950682.1;Name=WP_010950682.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216770.1;locus_tag=BQ2027_RS11615;product=LysE family transporter;protein_id=WP_010950682.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2512453 2512647 . - . ID=gene-BQ2027_RS11620;Name=BQ2027_RS11620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11620;old_locus_tag=BQ2027_MB2279C +Chromosome Protein Homology CDS 2512453 2512647 . - 0 ID=cds-WP_003902152.1;Parent=gene-BQ2027_RS11620;Dbxref=GenBank:WP_003902152.1;Name=WP_003902152.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030037.1;locus_tag=BQ2027_RS11620;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902152.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2512567 2512785 . + . ID=gene-BQ2027_RS11625;Name=BQ2027_RS11625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11625 +Chromosome Protein Homology CDS 2512567 2512785 . + 0 ID=cds-WP_023349553.1;Parent=gene-BQ2027_RS11625;Dbxref=GenBank:WP_023349553.1;Name=WP_023349553.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411612.1;locus_tag=BQ2027_RS11625;product=Lrp/AsnC ligand binding domain-containing protein;protein_id=WP_023349553.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2512814 2513326 . - . ID=gene-BQ2027_RS11630;Name=BQ2027_RS11630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11630;old_locus_tag=BQ2027_MB2280C +Chromosome Protein Homology CDS 2512814 2513326 . - 0 ID=cds-WP_031657273.1;Parent=gene-BQ2027_RS11630;Dbxref=GenBank:WP_031657273.1;Name=WP_031657273.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005085219.1;locus_tag=BQ2027_RS11630;product=DUF3145 domain-containing protein;protein_id=WP_031657273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2513477 2514295 . - . ID=gene-BQ2027_RS11635;Name=BQ2027_RS11635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11635;old_locus_tag=BQ2027_MB2281C +Chromosome Protein Homology CDS 2513477 2514295 . - 0 ID=cds-WP_003411619.1;Parent=gene-BQ2027_RS11635;Dbxref=GenBank:WP_003411619.1;Name=WP_003411619.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216773.1;locus_tag=BQ2027_RS11635;product=serine hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003411619.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2514309 2515370 . - . ID=gene-BQ2027_RS11640;Name=BQ2027_RS11640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11640;old_locus_tag=BQ2027_MB2282C +Chromosome Protein Homology CDS 2514309 2515370 . - 0 ID=cds-WP_003411622.1;Parent=gene-BQ2027_RS11640;Dbxref=GenBank:WP_003411622.1;Name=WP_003411622.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216774.1;locus_tag=BQ2027_RS11640;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003411622.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2515612 2516697 . + . ID=gene-BQ2027_RS11645;Name=mscR;gbkey=Gene;gene=mscR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11645;old_locus_tag=BQ2027_MB2283 +Chromosome Protein Homology CDS 2515612 2516697 . + 0 ID=cds-WP_003899236.1;Parent=gene-BQ2027_RS11645;Dbxref=GenBank:WP_003899236.1;Name=WP_003899236.1;Ontology_term=GO:0010127,GO:0050607;gbkey=CDS;gene=mscR;go_function=mycothiol-dependent formaldehyde dehydrogenase activity|0050607||IEA;go_process=mycothiol-dependent detoxification|0010127||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216775.1;locus_tag=BQ2027_RS11645;product=S-(hydroxymethyl)mycothiol dehydrogenase;protein_id=WP_003899236.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2516697 2517332 . + . ID=gene-BQ2027_RS11650;Name=BQ2027_RS11650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11650;old_locus_tag=BQ2027_MB2284 +Chromosome Protein Homology CDS 2516697 2517332 . + 0 ID=cds-WP_003411632.1;Parent=gene-BQ2027_RS11650;Dbxref=GenBank:WP_003411632.1;Name=WP_003411632.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216776.1;locus_tag=BQ2027_RS11650;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003411632.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2517409 2518917 . - . ID=gene-BQ2027_RS11655;Name=lnt;gbkey=Gene;gene=lnt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11655;old_locus_tag=BQ2027_MB2285C +Chromosome Protein Homology CDS 2517409 2518917 . - 0 ID=cds-WP_003901363.1;Parent=gene-BQ2027_RS11655;Dbxref=GenBank:WP_003901363.1;Name=WP_003901363.1;Ontology_term=GO:0042158,GO:0016410,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lnt;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=N-acyltransferase activity|0016410||IEA;go_process=lipoprotein biosynthetic process|0042158||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003901363.1;locus_tag=BQ2027_RS11655;product=apolipoprotein N-acyltransferase;protein_id=WP_003901363.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2519006 2519959 . + . ID=gene-BQ2027_RS11660;Name=BQ2027_RS11660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11660;old_locus_tag=BQ2027_MB2286 +Chromosome Protein Homology CDS 2519006 2519959 . + 0 ID=cds-WP_003899238.1;Parent=gene-BQ2027_RS11660;Dbxref=GenBank:WP_003899238.1;Name=WP_003899238.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216779.1;locus_tag=BQ2027_RS11660;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003899238.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2519937 2521715 . - . ID=gene-BQ2027_RS11665;Name=BQ2027_RS11665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11665;old_locus_tag=BQ2027_MB2287C +Chromosome Protein Homology CDS 2519937 2521715 . - 0 ID=cds-WP_003899240.1;Parent=gene-BQ2027_RS11665;Dbxref=GenBank:WP_003899240.1;Name=WP_003899240.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0140662;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP-dependent protein folding chaperone|0140662||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216780.1;locus_tag=BQ2027_RS11665;product=Hsp70 family protein;protein_id=WP_003899240.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2522065 2523294 . + . ID=gene-BQ2027_RS11670;Name=BQ2027_RS11670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11670;old_locus_tag=BQ2027_MB2288 +Chromosome Protein Homology CDS 2522065 2523294 . + 0 ID=cds-WP_003899241.1;Parent=gene-BQ2027_RS11670;Dbxref=GenBank:WP_003899241.1;Name=WP_003899241.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216781.1;locus_tag=BQ2027_RS11670;product=MFS transporter;protein_id=WP_003899241.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2523469 2524755 . + . ID=gene-BQ2027_RS11675;Name=cyp124;gbkey=Gene;gene=cyp124;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11675;old_locus_tag=BQ2027_MB2289 +Chromosome Protein Homology CDS 2523469 2524755 . + 0 ID=cds-WP_003411654.1;Parent=gene-BQ2027_RS11675;Dbxref=GenBank:WP_003411654.1;Name=WP_003411654.1;gbkey=CDS;gene=cyp124;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216782.1;locus_tag=BQ2027_RS11675;product=methyl-branched lipid omega-hydroxylase Cyp124;protein_id=WP_003411654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2525009 2526175 . - . ID=gene-BQ2027_RS11680;Name=BQ2027_RS11680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11680;old_locus_tag=BQ2027_MB2290C +Chromosome Protein Homology CDS 2525009 2526175 . - 0 ID=cds-WP_003411661.1;Parent=gene-BQ2027_RS11680;Dbxref=GenBank:WP_003411661.1;Name=WP_003411661.1;Ontology_term=GO:0008146,GO:0050656,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=sulfotransferase activity|0008146||IEA,3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding|0050656||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216783.1;locus_tag=BQ2027_RS11680;product=sulfotransferase family protein;protein_id=WP_003411661.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2526172 2527641 . - . ID=gene-BQ2027_RS11685;Name=BQ2027_RS11685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11685;old_locus_tag=BQ2027_MB2291C +Chromosome Protein Homology CDS 2526172 2527641 . - 0 ID=cds-WP_003411663.1;Parent=gene-BQ2027_RS11685;Dbxref=GenBank:WP_003411663.1;Name=WP_003411663.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0005506,GO:0016705,GO:0020037;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,iron ion binding|0005506||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen|0016705||IEA,heme binding|0020037||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216784.1;locus_tag=BQ2027_RS11685;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003411663.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2527654 2527986 . - . ID=gene-BQ2027_RS11690;Name=BQ2027_RS11690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11690;old_locus_tag=BQ2027_MB2292C +Chromosome Protein Homology CDS 2527654 2527986 . - 0 ID=cds-WP_003902155.1;Parent=gene-BQ2027_RS11690;Dbxref=GenBank:WP_003902155.1;Name=WP_003902155.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216785.1;locus_tag=BQ2027_RS11690;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902155.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2528063 2528590 . + . ID=gene-BQ2027_RS11695;Name=BQ2027_RS11695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11695;old_locus_tag=BQ2027_MB2293 +Chromosome Protein Homology CDS 2528063 2528590 . + 0 ID=cds-WP_010950684.1;Parent=gene-BQ2027_RS11695;Dbxref=GenBank:WP_010950684.1;Name=WP_010950684.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216786.1;locus_tag=BQ2027_RS11695;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950684.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2528697 2528996 . + . ID=gene-BQ2027_RS11700;Name=BQ2027_RS11700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11700;old_locus_tag=BQ2027_MB2294 +Chromosome Protein Homology CDS 2528697 2528996 . + 0 ID=cds-WP_003899242.1;Parent=gene-BQ2027_RS11700;Dbxref=GenBank:WP_003899242.1;Name=WP_003899242.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216787.1;locus_tag=BQ2027_RS11700;product=DUF2695 domain-containing protein;protein_id=WP_003899242.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2529102 2529470 . + . ID=gene-BQ2027_RS11705;Name=BQ2027_RS11705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11705;old_locus_tag=BQ2027_MB2295 +Chromosome Protein Homology CDS 2529102 2529470 . + 0 ID=cds-WP_003411674.1;Parent=gene-BQ2027_RS11705;Dbxref=GenBank:WP_003411674.1;Name=WP_003411674.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216788.1;locus_tag=BQ2027_RS11705;product=YidH family protein;protein_id=WP_003411674.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2529467 2529796 . + . ID=gene-BQ2027_RS11710;Name=BQ2027_RS11710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11710;old_locus_tag=BQ2027_MB2296 +Chromosome Protein Homology CDS 2529467 2529796 . + 0 ID=cds-WP_003411678.1;Parent=gene-BQ2027_RS11710;Dbxref=GenBank:WP_003411678.1;Name=WP_003411678.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216789.1;locus_tag=BQ2027_RS11710;product=DUF202 domain-containing protein;protein_id=WP_003411678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2529853 2530170 . - . ID=gene-BQ2027_RS11715;Name=BQ2027_RS11715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11715;old_locus_tag=BQ2027_MB2297C +Chromosome Protein Homology CDS 2529853 2530170 . - 0 ID=cds-WP_010950685.1;Parent=gene-BQ2027_RS11715;Dbxref=GenBank:WP_010950685.1;Name=WP_010950685.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216790.1;locus_tag=BQ2027_RS11715;product=toxin;protein_id=WP_010950685.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2530204 2530452 . - . ID=gene-BQ2027_RS20440;Name=mazE8;gbkey=Gene;gene=mazE8;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20440;old_locus_tag=BQ2027_MB2297A +Chromosome Protein Homology CDS 2530204 2530452 . - 0 ID=cds-WP_003903832.1;Parent=gene-BQ2027_RS20440;Dbxref=GenBank:WP_003903832.1;Name=WP_003903832.1;gbkey=CDS;gene=mazE8;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007410963.1;locus_tag=BQ2027_RS20440;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin MazE8;protein_id=WP_003903832.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2530473 2531117 . + . ID=gene-BQ2027_RS11720;Name=BQ2027_RS11720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11720;old_locus_tag=BQ2027_MB2298 +Chromosome Protein Homology CDS 2530473 2531117 . + 0 ID=cds-WP_229303148.1;Parent=gene-BQ2027_RS11720;Dbxref=GenBank:WP_229303148.1;Name=WP_229303148.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:TIGR04539.1;locus_tag=BQ2027_RS11720;product=tRNA-dependent cyclodipeptide synthase;protein_id=WP_229303148.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2531114 2532304 . + . ID=gene-BQ2027_RS11725;Name=cyp121;gbkey=Gene;gene=cyp121;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11725;old_locus_tag=BQ2027_MB2299 +Chromosome Protein Homology CDS 2531114 2532304 . + 0 ID=cds-WP_003411685.1;Parent=gene-BQ2027_RS11725;Dbxref=GenBank:WP_003411685.1;Name=WP_003411685.1;gbkey=CDS;gene=cyp121;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216792.1;locus_tag=BQ2027_RS11725;product=mycocyclosin synthase Cyp121;protein_id=WP_003411685.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2532489 2533388 . - . ID=gene-BQ2027_RS11730;Name=BQ2027_RS11730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11730;old_locus_tag=BQ2027_MB2300C +Chromosome Protein Homology CDS 2532489 2533388 . - 0 ID=cds-WP_010950686.1;Parent=gene-BQ2027_RS11730;Dbxref=GenBank:WP_010950686.1;Name=WP_010950686.1;Ontology_term=GO:0006629,GO:0008081;gbkey=CDS;go_function=phosphoric diester hydrolase activity|0008081||IEA;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411688.1;locus_tag=BQ2027_RS11730;product=glycerophosphodiester phosphodiesterase family protein;protein_id=WP_010950686.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2533567 2534946 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11740;Name=pitB;gbkey=Gene;gene=pitB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11740;old_locus_tag=BQ2027_MB2302 +Chromosome Protein Homology CDS 2535180 2536838 . + 0 ID=cds-WP_003411694.1;Parent=gene-BQ2027_RS11740;Dbxref=GenBank:WP_003411694.1;Name=WP_003411694.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0005315,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=pitB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=phosphate transmembrane transporter activity|0005315||IEA;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216797.1;locus_tag=BQ2027_RS11740;product=inorganic phosphate transporter;protein_id=WP_003411694.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2536945 2537883 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11755;Name=lipM;gbkey=Gene;gene=lipM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11755;old_locus_tag=BQ2027_MB2305 +Chromosome Protein Homology CDS 2538152 2539447 . + 0 ID=cds-WP_003899248.1;Parent=gene-BQ2027_RS11755;Dbxref=GenBank:WP_003899248.1;Name=WP_003899248.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipM;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216800.1;locus_tag=BQ2027_RS11755;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003899248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2539480 2540817 . + . ID=gene-BQ2027_RS11760;Name=BQ2027_RS11760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11760;old_locus_tag=BQ2027_MB2306 +Chromosome Protein Homology CDS 2539480 2540817 . + 0 ID=cds-WP_003411704.1;Parent=gene-BQ2027_RS11760;Dbxref=GenBank:WP_003411704.1;Name=WP_003411704.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216801.1;locus_tag=BQ2027_RS11760;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003411704.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2540884 2541576 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11775;Name=BQ2027_RS11775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11775;old_locus_tag=BQ2027_MB2310 +Chromosome Protein Homology CDS 2543335 2543712 . + 0 ID=cds-WP_003900492.1;Parent=gene-BQ2027_RS11775;Dbxref=GenBank:WP_003900492.1;Name=WP_003900492.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216804.1;locus_tag=BQ2027_RS11775;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900492.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2543682 2544464 . + . ID=gene-BQ2027_RS11780;Name=cdh;gbkey=Gene;gene=cdh;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11780;old_locus_tag=BQ2027_MB2311 +Chromosome Protein Homology CDS 2543682 2544464 . + 0 ID=cds-WP_003411717.1;Parent=gene-BQ2027_RS11780;Dbxref=GenBank:WP_003411717.1;Name=WP_003411717.1;gbkey=CDS;gene=cdh;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216805.1;locus_tag=BQ2027_RS11780;product=CDP-diacylglycerol diphosphatase;protein_id=WP_003411717.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2544606 2545120 . + . ID=gene-BQ2027_RS11785;Name=lppO;gbkey=Gene;gene=lppO;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS11785;old_locus_tag=BQ2027_MB2313;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2544606 2545120 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS11785;Parent=gene-BQ2027_RS11785;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lppO;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216806.1;locus_tag=BQ2027_RS11785;product=lipoprotein LpqH;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2545180 2546032 . + . ID=gene-BQ2027_RS11790;Name=sseB;gbkey=Gene;gene=sseB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS11790;old_locus_tag=BQ2027_MB2314;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2545180 2546032 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS11790;Parent=gene-BQ2027_RS11790;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0000098,GO:0016783;gbkey=CDS;gene=sseB;go_function=sulfurtransferase activity|0016783||IEA;go_process=sulfur amino acid catabolic process|0000098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216807.1;locus_tag=BQ2027_RS11790;product=sulfurtransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2546033 2547007 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11800;Name=BQ2027_RS11800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11800;old_locus_tag=BQ2027_MB2316 +Chromosome Protein Homology CDS 2547332 2548555 . + 0 ID=cds-WP_003899255.1;Parent=gene-BQ2027_RS11800;Dbxref=GenBank:WP_003899255.1;Name=WP_003899255.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0030170,GO:0047804;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,cysteine-S-conjugate beta-lyase activity|0047804||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216810.1;locus_tag=BQ2027_RS11800;product=MalY/PatB family protein;protein_id=WP_003899255.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2548778 2549416 . + . ID=gene-BQ2027_RS11805;Name=BQ2027_RS11805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11805;old_locus_tag=BQ2027_MB2317 +Chromosome Protein Homology CDS 2548778 2549416 . + 0 ID=cds-WP_003899256.1;Parent=gene-BQ2027_RS11805;Dbxref=GenBank:WP_003899256.1;Name=WP_003899256.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216811.1;locus_tag=BQ2027_RS11805;product=CbrC family protein;protein_id=WP_003899256.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2549510 2550412 . + . ID=gene-BQ2027_RS11810;Name=BQ2027_RS11810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11810;old_locus_tag=BQ2027_MB2318 +Chromosome Protein Homology CDS 2549510 2550412 . + 0 ID=cds-WP_003411849.1;Parent=gene-BQ2027_RS11810;Dbxref=GenBank:WP_003411849.1;Name=WP_003411849.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216812.1;locus_tag=BQ2027_RS11810;product=haloalkane dehalogenase;protein_id=WP_003411849.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2550444 2550896 . + . ID=gene-BQ2027_RS11815;Name=BQ2027_RS11815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11815;old_locus_tag=BQ2027_MB2319 +Chromosome Protein Homology CDS 2550444 2550896 . + 0 ID=cds-WP_003411851.1;Parent=gene-BQ2027_RS11815;Dbxref=GenBank:WP_003411851.1;Name=WP_003411851.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216813.1;locus_tag=BQ2027_RS11815;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411851.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2551088 2552059 . + . ID=gene-BQ2027_RS11820;Name=BQ2027_RS11820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11820;old_locus_tag=BQ2027_MB2320 +Chromosome Protein Homology CDS 2551088 2552059 . + 0 ID=cds-WP_003902161.1;Parent=gene-BQ2027_RS11820;Dbxref=GenBank:WP_003902161.1;Name=WP_003902161.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216814.1;locus_tag=BQ2027_RS11820;product=aldo/keto reductase;protein_id=WP_003902161.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2552065 2554008 . - . ID=gene-BQ2027_RS11825;Name=htpG;gbkey=Gene;gene=htpG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11825;old_locus_tag=BQ2027_MB2321C +Chromosome Protein Homology CDS 2552065 2554008 . - 0 ID=cds-WP_003411855.1;Parent=gene-BQ2027_RS11825;Dbxref=GenBank:WP_003411855.1;Name=WP_003411855.1;Ontology_term=GO:0006457,GO:0005524,GO:0016887,GO:0051082;gbkey=CDS;gene=htpG;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,unfolded protein binding|0051082||IEA;go_process=protein folding|0006457||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216815.1;locus_tag=BQ2027_RS11825;product=molecular chaperone HtpG;protein_id=WP_003411855.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2554082 2554864 . - . ID=gene-BQ2027_RS11830;Name=BQ2027_RS11830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11830;old_locus_tag=BQ2027_MB2322C +Chromosome Protein Homology CDS 2554082 2554864 . - 0 ID=cds-WP_003911838.1;Parent=gene-BQ2027_RS11830;Dbxref=GenBank:WP_003911838.1;Name=WP_003911838.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911838.1;locus_tag=BQ2027_RS11830;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003911838.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2555021 2555713 . + . ID=gene-BQ2027_RS11835;Name=BQ2027_RS11835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11835;old_locus_tag=BQ2027_MB2323 +Chromosome Protein Homology CDS 2555021 2555713 . + 0 ID=cds-WP_003411863.1;Parent=gene-BQ2027_RS11835;Dbxref=GenBank:WP_003411863.1;Name=WP_003411863.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216817.2;locus_tag=BQ2027_RS11835;product=cutinase family protein;protein_id=WP_003411863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2555819 2556061 . + . ID=gene-BQ2027_RS11840;Name=BQ2027_RS11840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11840;old_locus_tag=BQ2027_MB2324 +Chromosome Protein Homology CDS 2555819 2556061 . + 0 ID=cds-WP_003411866.1;Parent=gene-BQ2027_RS11840;Dbxref=GenBank:WP_003411866.1;Name=WP_003411866.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216818.1;locus_tag=BQ2027_RS11840;product=DUF1918 domain-containing protein;protein_id=WP_003411866.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2556102 2557025 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS11850;Name=BQ2027_RS11850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11850;old_locus_tag=BQ2027_MB2326C +Chromosome Protein Homology CDS 2557022 2557231 . - 0 ID=cds-WP_003411870.1;Parent=gene-BQ2027_RS11850;Dbxref=GenBank:WP_003411870.1;Name=WP_003411870.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216820.1;locus_tag=BQ2027_RS11850;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411870.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2557815 2559104 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11910;Name=BQ2027_RS11910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11910 +Chromosome Protein Homology CDS 2564321 2564446 . - 0 ID=cds-WP_003909645.1;Parent=gene-BQ2027_RS11910;Dbxref=GenBank:WP_003909645.1;Name=WP_003909645.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003909645.1;locus_tag=BQ2027_RS11910;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003909645.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2564483 2564650 . - . ID=gene-BQ2027_RS11915;Name=BQ2027_RS11915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11915 +Chromosome Protein Homology CDS 2564483 2564650 . - 0 ID=cds-WP_003907913.1;Parent=gene-BQ2027_RS11915;Dbxref=GenBank:WP_003907913.1;Name=WP_003907913.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003907913.1;locus_tag=BQ2027_RS11915;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003907913.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2565051 2565338 . + . ID=gene-BQ2027_RS11920;Name=BQ2027_RS11920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11920;old_locus_tag=BQ2027_MB2336 +Chromosome Protein Homology CDS 2565051 2565338 . + 0 ID=cds-WP_010950693.1;Parent=gene-BQ2027_RS11920;Dbxref=GenBank:WP_010950693.1;Name=WP_010950693.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177668.1;locus_tag=BQ2027_RS11920;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950693.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2565444 2565785 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS11930;Name=BQ2027_RS11930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11930;old_locus_tag=BQ2027_MB2338 +Chromosome Protein Homology CDS 2565818 2566414 . + 0 ID=cds-WP_003899268.1;Parent=gene-BQ2027_RS11930;Dbxref=GenBank:WP_003899268.1;Name=WP_003899268.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014585278.1;locus_tag=BQ2027_RS11930;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899268.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2566492 2566761 . + . ID=gene-BQ2027_RS11935;Name=BQ2027_RS11935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11935;old_locus_tag=BQ2027_MB2339 +Chromosome Protein Homology CDS 2566492 2566761 . + 0 ID=cds-WP_003411919.1;Parent=gene-BQ2027_RS11935;Dbxref=GenBank:WP_003411919.1;Name=WP_003411919.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216828.1;locus_tag=BQ2027_RS11935;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2567058 2567912 . - . ID=gene-BQ2027_RS11940;Name=BQ2027_RS11940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11940;old_locus_tag=BQ2027_MB2340C +Chromosome Protein Homology CDS 2567058 2567912 . - 0 ID=cds-WP_003411924.1;Parent=gene-BQ2027_RS11940;Dbxref=GenBank:WP_003411924.1;Name=WP_003411924.1;Ontology_term=GO:0051920;gbkey=CDS;go_function=peroxiredoxin activity|0051920||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216829.1;locus_tag=BQ2027_RS11940;product=carboxymuconolactone decarboxylase family protein;protein_id=WP_003411924.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2567923 2569296 . - . ID=gene-BQ2027_RS11945;Name=BQ2027_RS11945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11945;old_locus_tag=BQ2027_MB2341C +Chromosome Protein Homology CDS 2567923 2569296 . - 0 ID=cds-WP_003899270.1;Parent=gene-BQ2027_RS11945;Dbxref=GenBank:WP_003899270.1;Name=WP_003899270.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216830.1;locus_tag=BQ2027_RS11945;product=TldD/PmbA family protein;protein_id=WP_003899270.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2569293 2570810 . - . ID=gene-BQ2027_RS11950;Name=BQ2027_RS11950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11950;old_locus_tag=BQ2027_MB2342C +Chromosome Protein Homology CDS 2569293 2570810 . - 0 ID=cds-WP_003411929.1;Parent=gene-BQ2027_RS11950;Dbxref=GenBank:WP_003411929.1;Name=WP_003411929.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0008237,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216831.1;locus_tag=BQ2027_RS11950;product=TldD/PmbA family protein;protein_id=WP_003411929.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2570844 2571716 . + . ID=gene-BQ2027_RS11955;Name=uspA;gbkey=Gene;gene=uspA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11955;old_locus_tag=BQ2027_MB2343 +Chromosome Protein Homology CDS 2570844 2571716 . + 0 ID=cds-WP_003411940.1;Parent=gene-BQ2027_RS11955;Dbxref=GenBank:WP_003411940.1;Name=WP_003411940.1;Ontology_term=GO:0008643,GO:0055085,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;gene=uspA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;go_process=carbohydrate transport|0008643||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216832.1;locus_tag=BQ2027_RS11955;product=carbohydrate ABC transporter permease;protein_id=WP_003411940.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2571703 2572527 . + . ID=gene-BQ2027_RS11960;Name=uspB;gbkey=Gene;gene=uspB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11960;old_locus_tag=BQ2027_MB2344 +Chromosome Protein Homology CDS 2571703 2572527 . + 0 ID=cds-WP_003411946.1;Parent=gene-BQ2027_RS11960;Dbxref=GenBank:WP_003411946.1;Name=WP_003411946.1;Ontology_term=GO:0008643,GO:0055085;gbkey=CDS;gene=uspB;go_process=carbohydrate transport|0008643||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177866.1;locus_tag=BQ2027_RS11960;product=carbohydrate ABC transporter permease;protein_id=WP_003411946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2572524 2573846 . + . ID=gene-BQ2027_RS11965;Name=uspC;gbkey=Gene;gene=uspC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11965;old_locus_tag=BQ2027_MB2345 +Chromosome Protein Homology CDS 2572524 2573846 . + 0 ID=cds-WP_010950694.1;Parent=gene-BQ2027_RS11965;Dbxref=GenBank:WP_010950694.1;Name=WP_010950694.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359,GO:0055052;gbkey=CDS;gene=uspC;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216834.1;locus_tag=BQ2027_RS11965;product=ABC transporter substrate-binding protein;protein_id=WP_010950694.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2573854 2574732 . - . ID=gene-BQ2027_RS11970;Name=BQ2027_RS11970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11970;old_locus_tag=BQ2027_MB2346C +Chromosome Protein Homology CDS 2573854 2574732 . - 0 ID=cds-WP_003411952.1;Parent=gene-BQ2027_RS11970;Dbxref=GenBank:WP_003411952.1;Name=WP_003411952.1;Ontology_term=GO:0050896,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=response to stimulus|0050896||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216835.1;locus_tag=BQ2027_RS11970;product=universal stress protein;protein_id=WP_003411952.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2574729 2576159 . - . ID=gene-BQ2027_RS11975;Name=rocE;gbkey=Gene;gene=rocE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11975;old_locus_tag=BQ2027_MB2347C +Chromosome Protein Homology CDS 2574729 2576159 . - 0 ID=cds-WP_003411955.1;Parent=gene-BQ2027_RS11975;Dbxref=GenBank:WP_003411955.1;Name=WP_003411955.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=rocE;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216836.1;locus_tag=BQ2027_RS11975;product=amino acid permease;protein_id=WP_003411955.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2576160 2577370 . - . ID=gene-BQ2027_RS20830;Name=BQ2027_RS20830;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20830;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2576160 2577370 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20830;Parent=gene-BQ2027_RS20830;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0008483,GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=transaminase activity|0008483||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012428.6;locus_tag=BQ2027_RS20830;product=aminotransferase class III-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2577367 2578215 . - . ID=gene-BQ2027_RS11990;Name=ddaH;gbkey=Gene;gene=ddaH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11990;old_locus_tag=BQ2027_MB2350C +Chromosome Protein Homology CDS 2577367 2578215 . - 0 ID=cds-WP_031657274.1;Parent=gene-BQ2027_RS11990;Dbxref=GenBank:WP_031657274.1;Name=WP_031657274.1;Ontology_term=GO:0016403;gbkey=CDS;gene=ddaH;go_function=dimethylargininase activity|0016403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003872468.1;locus_tag=BQ2027_RS11990;product=dimethylargininase;protein_id=WP_031657274.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2578340 2578786 . + . ID=gene-BQ2027_RS11995;Name=BQ2027_RS11995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS11995;old_locus_tag=BQ2027_MB2351 +Chromosome Protein Homology CDS 2578340 2578786 . + 0 ID=cds-WP_003411963.1;Parent=gene-BQ2027_RS11995;Dbxref=GenBank:WP_003411963.1;Name=WP_003411963.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216840.1;locus_tag=BQ2027_RS11995;product=Lrp/AsnC family transcriptional regulator;protein_id=WP_003411963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2579015 2579863 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12010;Name=BQ2027_RS12010;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12010;old_locus_tag=BQ2027_MB2354 +Chromosome Protein Homology CDS 2581994 2582485 . + 0 ID=cds-WP_003411970.1;Parent=gene-BQ2027_RS12010;Dbxref=GenBank:WP_003411970.1;Name=WP_003411970.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216843.1;locus_tag=BQ2027_RS12010;product=MarR family winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003411970.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2582520 2582708 . + . ID=gene-BQ2027_RS20835;Name=BQ2027_RS20835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20835 +Chromosome Protein Homology CDS 2582520 2582708 . + 0 ID=cds-WP_003411971.1;Parent=gene-BQ2027_RS20835;Dbxref=GenBank:WP_003411971.1;Name=WP_003411971.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003411971.1;locus_tag=BQ2027_RS20835;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411971.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2582737 2583885 . + . ID=gene-BQ2027_RS12015;Name=BQ2027_RS12015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12015;old_locus_tag=BQ2027_MB2355 +Chromosome Protein Homology CDS 2582737 2583885 . + 0 ID=cds-WP_003411972.1;Parent=gene-BQ2027_RS12015;Dbxref=GenBank:WP_003411972.1;Name=WP_003411972.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177867.1;locus_tag=BQ2027_RS12015;product=PE family protein;protein_id=WP_003411972.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2583920 2585467 . - . ID=gene-BQ2027_RS12020;Name=BQ2027_RS12020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12020;old_locus_tag=BQ2027_MB2356C +Chromosome Protein Homology CDS 2583920 2585467 . - 0 ID=cds-WP_003411973.1;Parent=gene-BQ2027_RS12020;Dbxref=GenBank:WP_003411973.1;Name=WP_003411973.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0071705,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA,nitrogen compound transport|0071705||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216845.1;locus_tag=BQ2027_RS12020;product=nitrate/nitrite transporter;protein_id=WP_003411973.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2585701 2586228 . - . ID=gene-BQ2027_RS12025;Name=lppP;gbkey=Gene;gene=lppP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12025;old_locus_tag=BQ2027_MB2357C +Chromosome Protein Homology CDS 2585701 2586228 . - 0 ID=cds-WP_003411974.1;Parent=gene-BQ2027_RS12025;Dbxref=GenBank:WP_003411974.1;Name=WP_003411974.1;gbkey=CDS;gene=lppP;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216846.1;locus_tag=BQ2027_RS12025;product=LppP/LprE family lipoprotein;protein_id=WP_003411974.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2586303 2586689 . + . ID=gene-BQ2027_RS12030;Name=BQ2027_RS12030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12030;old_locus_tag=BQ2027_MB2358 +Chromosome Protein Homology CDS 2586303 2586689 . + 0 ID=cds-WP_003411975.1;Parent=gene-BQ2027_RS12030;Dbxref=GenBank:WP_003411975.1;Name=WP_003411975.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216847.1;locus_tag=BQ2027_RS12030;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411975.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2586956 2587084 . + . ID=gene-BQ2027_RS20670;Name=BQ2027_RS20670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20670 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 2586956 2587084 . + 0 ID=cds-WP_003916988.1;Parent=gene-BQ2027_RS20670;Dbxref=GenBank:WP_003916988.1;Name=WP_003916988.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS20670;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003916988.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2587114 2588760 . + . ID=gene-BQ2027_RS12035;Name=mez;gbkey=Gene;gene=mez;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12035;old_locus_tag=BQ2027_MB2360 +Chromosome Protein Homology CDS 2587114 2588760 . + 0 ID=cds-WP_010950697.1;Parent=gene-BQ2027_RS12035;Dbxref=GenBank:WP_010950697.1;Name=WP_010950697.1;Ontology_term=GO:0004470,GO:0004471,GO:0046872,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=mez;go_function=malic enzyme activity|0004470||IEA,malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity|0004471||IEA,metal ion binding|0046872||IEA,NAD binding|0051287||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216848.2;locus_tag=BQ2027_RS12035;product=NAD-dependent malic enzyme;protein_id=WP_010950697.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2588714 2590328 . - . ID=gene-BQ2027_RS12040;Name=stp;gbkey=Gene;gene=stp;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12040;old_locus_tag=BQ2027_MB2361C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2588714 2590328 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS12040;Parent=gene-BQ2027_RS12040;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=stp;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216849.1;locus_tag=BQ2027_RS12040;product=multidrug resistance protein Stp;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2590533 2590601 . + . ID=gene-BQ2027_RS20840;Name=BQ2027_RS20840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20840 +Chromosome Protein Homology CDS 2590533 2590601 . + 0 ID=cds-WP_306921051.1;Parent=gene-BQ2027_RS20840;Dbxref=GenBank:WP_306921051.1;Name=WP_306921051.1;Note=Zero WPs at creation%2C it seemed. Model will need a rebuild once some become available. Manually created WP_306921051.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF042939.1;locus_tag=BQ2027_RS20840;product=Rv2334A family Cys-rich leader peptide;protein_id=WP_306921051.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2590803 2591735 . + . ID=gene-BQ2027_RS12045;Name=cysK;gbkey=Gene;gene=cysK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12045;old_locus_tag=BQ2027_MB2362 +Chromosome Protein Homology CDS 2590803 2591735 . + 0 ID=cds-WP_003899275.1;Parent=gene-BQ2027_RS12045;Dbxref=GenBank:WP_003899275.1;Name=WP_003899275.1;gbkey=CDS;gene=cysK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177868.1;locus_tag=BQ2027_RS12045;product=O-acetylserine sulfhydrylase;protein_id=WP_003899275.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2591739 2592428 . + . ID=gene-BQ2027_RS12050;Name=cysE;gbkey=Gene;gene=cysE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12050;old_locus_tag=BQ2027_MB2363 +Chromosome Protein Homology CDS 2591739 2592428 . + 0 ID=cds-WP_003411985.1;Parent=gene-BQ2027_RS12050;Dbxref=GenBank:WP_003411985.1;Name=WP_003411985.1;Ontology_term=GO:0006535,GO:0009001,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=cysE;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=serine O-acetyltransferase activity|0009001||IEA;go_process=cysteine biosynthetic process from serine|0006535||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216851.1;locus_tag=BQ2027_RS12050;product=serine O-acetyltransferase;protein_id=WP_003411985.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2592844 2593812 . + . ID=gene-BQ2027_RS12055;Name=BQ2027_RS12055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12055;old_locus_tag=BQ2027_MB2364 +Chromosome Protein Homology CDS 2592844 2593812 . + 0 ID=cds-WP_003411992.1;Parent=gene-BQ2027_RS12055;Dbxref=GenBank:WP_003411992.1;Name=WP_003411992.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216852.1;locus_tag=BQ2027_RS12055;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003411992.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2593876 2594994 . - . ID=gene-BQ2027_RS12060;Name=BQ2027_RS12060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12060;old_locus_tag=BQ2027_MB2365C +Chromosome Protein Homology CDS 2593876 2594994 . - 0 ID=cds-WP_003412001.1;Parent=gene-BQ2027_RS12060;Dbxref=GenBank:WP_003412001.1;Name=WP_003412001.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216853.1;locus_tag=BQ2027_RS12060;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412001.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2595114 2596070 . - . ID=gene-BQ2027_RS12065;Name=moeW;gbkey=Gene;gene=moeW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12065;old_locus_tag=BQ2027_MB2366C +Chromosome Protein Homology CDS 2595114 2596070 . - 0 ID=cds-WP_003412005.1;Parent=gene-BQ2027_RS12065;Dbxref=GenBank:WP_003412005.1;Name=WP_003412005.1;gbkey=CDS;gene=moeW;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216854.1;locus_tag=BQ2027_RS12065;product=ThiF family adenylyltransferase;protein_id=WP_003412005.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2596701 2599589 . + . ID=gene-BQ2027_RS12070;Name=mmpL9;gbkey=Gene;gene=mmpL9;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12070;old_locus_tag=BQ2027_MB2367;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2596701 2599589 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS12070;Parent=gene-BQ2027_RS12070;Note=internal stop;gbkey=CDS;gene=mmpL9;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216855.1;locus_tag=BQ2027_RS12070;product=RND transporter MmpL9;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2599537 2599645 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS12080;Name=BQ2027_RS12080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12080;old_locus_tag=BQ2027_MB2369C +Chromosome Protein Homology CDS 2599675 2600916 . - 0 ID=cds-WP_003412039.1;Parent=gene-BQ2027_RS12080;Dbxref=GenBank:WP_003412039.1;Name=WP_003412039.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177869.1;locus_tag=BQ2027_RS12080;product=PE family protein;protein_id=WP_003412039.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2601415 2601487 . - . ID=gene-BQ2027_RS12085;Name=BQ2027_RS12085;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS12085;old_locus_tag=BQ2027_ASNT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2601415 2601487 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12105;Name=dgt;gbkey=Gene;gene=dgt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12105;old_locus_tag=BQ2027_MB2373C +Chromosome Protein Homology CDS 2604465 2605760 . - 0 ID=cds-WP_003899281.1;Parent=gene-BQ2027_RS12105;Dbxref=GenBank:WP_003899281.1;Name=WP_003899281.1;Ontology_term=GO:0006203,GO:0000287,GO:0008832,GO:0016793;gbkey=CDS;gene=dgt;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,dGTPase activity|0008832||IEA,triphosphoric monoester hydrolase activity|0016793||IEA;go_process=dGTP catabolic process|0006203||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216860.1;locus_tag=BQ2027_RS12105;product=deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase;protein_id=WP_003899281.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2605829 2607811 . + . ID=gene-BQ2027_RS12110;Name=BQ2027_RS12110;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12110;old_locus_tag=BQ2027_MB2374 +Chromosome Protein Homology CDS 2605829 2607811 . + 0 ID=cds-WP_003899282.1;Parent=gene-BQ2027_RS12110;Dbxref=GenBank:WP_003899282.1;Name=WP_003899282.1;Ontology_term=GO:0016791;gbkey=CDS;go_function=phosphatase activity|0016791||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216861.1;locus_tag=BQ2027_RS12110;product=TPM domain-containing protein;protein_id=WP_003899282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2607896 2608084 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20675;Name=BQ2027_RS20675;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20675;old_locus_tag=BQ2027_MB2376C;partial=true;pseudo=true;start_range=.,2608065 +Chromosome Protein Homology CDS 2608065 2609435 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20675;Parent=gene-BQ2027_RS20675;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015290607.1;locus_tag=BQ2027_RS20675;partial=true;product=PPE domain-containing protein;pseudo=true;start_range=.,2608065;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2610173 2612017 . - . ID=gene-BQ2027_RS12130;Name=BQ2027_RS12130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12130;old_locus_tag=BQ2027_MB2377C +Chromosome Protein Homology CDS 2610173 2612017 . - 0 ID=cds-WP_010950703.1;Parent=gene-BQ2027_RS12130;Dbxref=GenBank:WP_010950703.1;Name=WP_010950703.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009939045.1;locus_tag=BQ2027_RS12130;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950703.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2612155 2613546 . - . ID=gene-BQ2027_RS12135;Name=glyS;gbkey=Gene;gene=glyS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12135;old_locus_tag=BQ2027_MB2378C +Chromosome Protein Homology CDS 2612155 2613546 . - 0 ID=cds-WP_003412200.1;Parent=gene-BQ2027_RS12135;Dbxref=GenBank:WP_003412200.1;Name=WP_003412200.1;Ontology_term=GO:0006426,GO:0000166,GO:0004820,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=glyS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,glycine-tRNA ligase activity|0004820||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=glycyl-tRNA aminoacylation|0006426||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216873.1;locus_tag=BQ2027_RS12135;product=glycine--tRNA ligase;protein_id=WP_003412200.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2613728 2614135 . + . ID=gene-BQ2027_RS12140;Name=smtB;gbkey=Gene;gene=smtB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12140;old_locus_tag=BQ2027_MB2379 +Chromosome Protein Homology CDS 2613728 2614135 . + 0 ID=cds-WP_003412205.1;Parent=gene-BQ2027_RS12140;Dbxref=GenBank:WP_003412205.1;Name=WP_003412205.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=smtB;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216874.1;locus_tag=BQ2027_RS12140;product=ArsR/SmtB family transcription factor;protein_id=WP_003412205.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2614132 2614524 . + . ID=gene-BQ2027_RS12145;Name=zur;gbkey=Gene;gene=zur;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12145;old_locus_tag=BQ2027_MB2380 +Chromosome Protein Homology CDS 2614132 2614524 . + 0 ID=cds-WP_003903860.1;Parent=gene-BQ2027_RS12145;Dbxref=GenBank:WP_003903860.1;Name=WP_003903860.1;gbkey=CDS;gene=zur;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216875.1;locus_tag=BQ2027_RS12145;product=zinc uptake transcriptional repressor Zur;protein_id=WP_003903860.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2614632 2615060 . - . ID=gene-BQ2027_RS12150;Name=BQ2027_RS12150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12150;old_locus_tag=BQ2027_MB2381C +Chromosome Protein Homology CDS 2614632 2615060 . - 0 ID=cds-WP_003412208.1;Parent=gene-BQ2027_RS12150;Dbxref=GenBank:WP_003412208.1;Name=WP_003412208.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216876.1;locus_tag=BQ2027_RS12150;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412208.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2615060 2615950 . - . ID=gene-BQ2027_RS12155;Name=BQ2027_RS12155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12155;old_locus_tag=BQ2027_MB2382C +Chromosome Protein Homology CDS 2615060 2615950 . - 0 ID=cds-WP_003412212.1;Parent=gene-BQ2027_RS12155;Dbxref=GenBank:WP_003412212.1;Name=WP_003412212.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216877.1;locus_tag=BQ2027_RS12155;product=decaprenyl diphosphate synthase;protein_id=WP_003412212.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2615943 2616740 . - . ID=gene-BQ2027_RS12160;Name=recO;gbkey=Gene;gene=recO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12160;old_locus_tag=BQ2027_MB2383C +Chromosome Protein Homology CDS 2615943 2616740 . - 0 ID=cds-WP_003412222.1;Parent=gene-BQ2027_RS12160;Dbxref=GenBank:WP_003412222.1;Name=WP_003412222.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=recO;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216878.1;locus_tag=BQ2027_RS12160;product=DNA repair protein RecO;protein_id=WP_003412222.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2616802 2618256 . + . ID=gene-BQ2027_RS12165;Name=BQ2027_RS12165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12165;old_locus_tag=BQ2027_MB2384 +Chromosome Protein Homology CDS 2616802 2618256 . + 0 ID=cds-WP_003412223.1;Parent=gene-BQ2027_RS12165;Dbxref=GenBank:WP_003412223.1;Name=WP_003412223.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216879.1;locus_tag=BQ2027_RS12165;product=amidase;protein_id=WP_003412223.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2618253 2619155 . - . ID=gene-BQ2027_RS12170;Name=era;gbkey=Gene;gene=era;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12170;old_locus_tag=BQ2027_MB2385C +Chromosome Protein Homology CDS 2618253 2619155 . - 0 ID=cds-WP_003412224.1;Parent=gene-BQ2027_RS12170;Dbxref=GenBank:WP_003412224.1;Name=WP_003412224.1;Ontology_term=GO:0003723,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=era;go_function=RNA binding|0003723||IEA,GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177873.1;locus_tag=BQ2027_RS12170;product=GTPase Era;protein_id=WP_003412224.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2619229 2619570 . - . ID=gene-BQ2027_RS12175;Name=BQ2027_RS12175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12175;old_locus_tag=BQ2027_MB2386C +Chromosome Protein Homology CDS 2619229 2619570 . - 0 ID=cds-WP_003412226.1;Parent=gene-BQ2027_RS12175;Dbxref=GenBank:WP_003412226.1;Name=WP_003412226.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216881.1;locus_tag=BQ2027_RS12175;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412226.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2619542 2620849 . - . ID=gene-BQ2027_RS12180;Name=BQ2027_RS12180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12180;old_locus_tag=BQ2027_MB2387C +Chromosome Protein Homology CDS 2619542 2620849 . - 0 ID=cds-WP_003412229.1;Parent=gene-BQ2027_RS12180;Dbxref=GenBank:WP_003412229.1;Name=WP_003412229.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216882.1;locus_tag=BQ2027_RS12180;product=hemolysin family protein;protein_id=WP_003412229.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2620846 2621379 . - . ID=gene-BQ2027_RS12185;Name=ybeY;gbkey=Gene;gene=ybeY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12185;old_locus_tag=BQ2027_MB2388C +Chromosome Protein Homology CDS 2620846 2621379 . - 0 ID=cds-WP_003899292.1;Parent=gene-BQ2027_RS12185;Dbxref=GenBank:WP_003899292.1;Name=WP_003899292.1;Ontology_term=GO:0042254,GO:0004540,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=ybeY;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=ribosome biogenesis|0042254||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003412232.1;locus_tag=BQ2027_RS12185;product=rRNA maturation RNase YbeY;protein_id=WP_003899292.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2621398 2622456 . - . ID=gene-BQ2027_RS12190;Name=BQ2027_RS12190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12190;old_locus_tag=BQ2027_MB2389C +Chromosome Protein Homology CDS 2621398 2622456 . - 0 ID=cds-WP_003412235.1;Parent=gene-BQ2027_RS12190;Dbxref=GenBank:WP_003412235.1;Name=WP_003412235.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177874.1;locus_tag=BQ2027_RS12190;product=PhoH family protein;protein_id=WP_003412235.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2622428 2622730 . - . ID=gene-BQ2027_RS12195;Name=BQ2027_RS12195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12195;old_locus_tag=BQ2027_MB2390C +Chromosome Protein Homology CDS 2622428 2622730 . - 0 ID=cds-WP_003902257.1;Parent=gene-BQ2027_RS12195;Dbxref=GenBank:WP_003902257.1;Name=WP_003902257.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216885.1;locus_tag=BQ2027_RS12195;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902257.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2622727 2624040 . - . ID=gene-BQ2027_RS12200;Name=BQ2027_RS12200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12200;old_locus_tag=BQ2027_MB2391C +Chromosome Protein Homology CDS 2622727 2624040 . - 0 ID=cds-WP_003899293.1;Parent=gene-BQ2027_RS12200;Dbxref=GenBank:WP_003899293.1;Name=WP_003899293.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216886.1;locus_tag=BQ2027_RS12200;product=Rv1453 family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2624235 2624417 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS12215;Name=dnaJ;gbkey=Gene;gene=dnaJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12215;old_locus_tag=BQ2027_MB2394C +Chromosome Protein Homology CDS 2625321 2626469 . - 0 ID=cds-WP_003899294.1;Parent=gene-BQ2027_RS12215;Dbxref=GenBank:WP_003899294.1;Name=WP_003899294.1;Ontology_term=GO:0006457,GO:0051082;gbkey=CDS;gene=dnaJ;go_function=unfolded protein binding|0051082||IEA;go_process=protein folding|0006457||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216889.1;locus_tag=BQ2027_RS12215;product=molecular chaperone DnaJ;protein_id=WP_003899294.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2626544 2627575 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12225;Name=BQ2027_RS12225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12225;old_locus_tag=BQ2027_MB2396 +Chromosome Protein Homology CDS 2627747 2628064 . + 0 ID=cds-WP_003412258.1;Parent=gene-BQ2027_RS12225;Dbxref=GenBank:WP_003412258.1;Name=WP_003412258.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216891.1;locus_tag=BQ2027_RS12225;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003412258.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2628091 2628597 . - . ID=gene-BQ2027_RS12230;Name=BQ2027_RS12230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12230;old_locus_tag=BQ2027_MB2397C +Chromosome Protein Homology CDS 2628091 2628597 . - 0 ID=cds-WP_003412264.1;Parent=gene-BQ2027_RS12230;Dbxref=GenBank:WP_003412264.1;Name=WP_003412264.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216892.1;locus_tag=BQ2027_RS12230;product=Low molecular weight antigen MTB12;protein_id=WP_003412264.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2628697 2628912 . - . ID=gene-BQ2027_RS12235;Name=mbtH;gbkey=Gene;gene=mbtH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12235;old_locus_tag=BQ2027_MB2398C +Chromosome Protein Homology CDS 2628697 2628912 . - 0 ID=cds-WP_003412265.1;Parent=gene-BQ2027_RS12235;Dbxref=GenBank:WP_003412265.1;Name=WP_003412265.1;gbkey=CDS;gene=mbtH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216893.1;locus_tag=BQ2027_RS12235;product=mycobactin NRPS accessory protein MbtH;protein_id=WP_003412265.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2628890 2630185 . - . ID=gene-BQ2027_RS12240;Name=mbtG;gbkey=Gene;gene=mbtG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12240;old_locus_tag=BQ2027_MB2399C +Chromosome Protein Homology CDS 2628890 2630185 . - 0 ID=cds-WP_003899296.1;Parent=gene-BQ2027_RS12240;Dbxref=GenBank:WP_003899296.1;Name=WP_003899296.1;gbkey=CDS;gene=mbtG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216894.1;locus_tag=BQ2027_RS12240;product=NADPH-dependent L-lysine N(6)-monooxygenase MbtG;protein_id=WP_003899296.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2630182 2634552 . - . ID=gene-BQ2027_RS12245;Name=mbtF;gbkey=Gene;gene=mbtF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12245;old_locus_tag=BQ2027_MB2400C +Chromosome Protein Homology CDS 2630182 2634552 . - 0 ID=cds-WP_031657277.1;Parent=gene-BQ2027_RS12245;Dbxref=GenBank:WP_031657277.1;Name=WP_031657277.1;Ontology_term=GO:1904091;gbkey=CDS;gene=mbtF;go_function=non-ribosomal peptide synthetase activity|1904091||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917623.1;locus_tag=BQ2027_RS12245;product=mycobactin non-ribosomal peptide synthetase MbtF;protein_id=WP_031657277.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2634549 2639744 . - . ID=gene-BQ2027_RS12250;Name=mbtE;gbkey=Gene;gene=mbtE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12250;old_locus_tag=BQ2027_MB2401C +Chromosome Protein Homology CDS 2634549 2639744 . - 0 ID=cds-WP_003899297.1;Parent=gene-BQ2027_RS12250;Dbxref=GenBank:WP_003899297.1;Name=WP_003899297.1;Ontology_term=GO:1904091;gbkey=CDS;gene=mbtE;go_function=non-ribosomal peptide synthetase activity|1904091||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899297.1;locus_tag=BQ2027_RS12250;product=mycobactin non-ribosomal peptide synthetase MbtE;protein_id=WP_003899297.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2639737 2642751 . - . ID=gene-BQ2027_RS12255;Name=mbtD;gbkey=Gene;gene=mbtD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12255;old_locus_tag=BQ2027_MB2402C +Chromosome Protein Homology CDS 2639737 2642751 . - 0 ID=cds-WP_003412277.1;Parent=gene-BQ2027_RS12255;Dbxref=GenBank:WP_003412277.1;Name=WP_003412277.1;gbkey=CDS;gene=mbtD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216897.1;locus_tag=BQ2027_RS12255;product=mycobactin polyketide synthase MbtD;protein_id=WP_003412277.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2642751 2644085 . - . ID=gene-BQ2027_RS12260;Name=mbtC;gbkey=Gene;gene=mbtC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12260;old_locus_tag=BQ2027_MB2403C +Chromosome Protein Homology CDS 2642751 2644085 . - 0 ID=cds-WP_003412278.1;Parent=gene-BQ2027_RS12260;Dbxref=GenBank:WP_003412278.1;Name=WP_003412278.1;gbkey=CDS;gene=mbtC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216898.1;locus_tag=BQ2027_RS12260;product=polyketide synthetase MbtC;protein_id=WP_003412278.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2644075 2648319 . - . ID=gene-BQ2027_RS12265;Name=mbtB;gbkey=Gene;gene=mbtB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12265;old_locus_tag=BQ2027_MB2404C +Chromosome Protein Homology CDS 2644075 2648319 . - 0 ID=cds-WP_010950705.1;Parent=gene-BQ2027_RS12265;Dbxref=GenBank:WP_010950705.1;Name=WP_010950705.1;gbkey=CDS;gene=mbtB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216899.1;locus_tag=BQ2027_RS12265;product=phenyloxazoline synthase MbtB;protein_id=WP_010950705.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2648418 2650115 . + . ID=gene-BQ2027_RS12270;Name=mbtA;gbkey=Gene;gene=mbtA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12270;old_locus_tag=BQ2027_MB2405 +Chromosome Protein Homology CDS 2648418 2650115 . + 0 ID=cds-WP_003412282.1;Parent=gene-BQ2027_RS12270;Dbxref=GenBank:WP_003412282.1;Name=WP_003412282.1;gbkey=CDS;gene=mbtA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216900.1;locus_tag=BQ2027_RS12270;product=bifunctional salicyl-AMP ligase/salicyl-S-ArCP synthetase MbtA;protein_id=WP_003412282.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2650148 2651131 . + . ID=gene-BQ2027_RS12275;Name=mbtJ;gbkey=Gene;gene=mbtJ;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=lipK;locus_tag=BQ2027_RS12275;old_locus_tag=BQ2027_MB2406 +Chromosome Protein Homology CDS 2650148 2651131 . + 0 ID=cds-WP_003899300.1;Parent=gene-BQ2027_RS12275;Dbxref=GenBank:WP_003899300.1;Name=WP_003899300.1;gbkey=CDS;gene=mbtJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899300.1;locus_tag=BQ2027_RS12275;product=acetyl hydrolase/esterase MbtJ;protein_id=WP_003899300.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2651135 2652487 . - . ID=gene-BQ2027_RS12280;Name=mbtI;gbkey=Gene;gene=mbtI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12280;old_locus_tag=BQ2027_MB2407C +Chromosome Protein Homology CDS 2651135 2652487 . - 0 ID=cds-WP_003412287.1;Parent=gene-BQ2027_RS12280;Dbxref=GenBank:WP_003412287.1;Name=WP_003412287.1;gbkey=CDS;gene=mbtI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177877.1;locus_tag=BQ2027_RS12280;product=mycobactin biosynthesis salicylate synthase MbtI;protein_id=WP_003412287.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2652940 2653149 . + . ID=gene-BQ2027_RS12285;Name=BQ2027_RS12285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12285;old_locus_tag=BQ2027_MB2407A +Chromosome Protein Homology CDS 2652940 2653149 . + 0 ID=cds-WP_003899302.1;Parent=gene-BQ2027_RS12285;Dbxref=GenBank:WP_003899302.1;Name=WP_003899302.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030039.1;locus_tag=BQ2027_RS12285;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899302.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2653247 2654500 . + . ID=gene-BQ2027_RS12290;Name=BQ2027_RS12290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12290;old_locus_tag=BQ2027_MB2408 +Chromosome Protein Homology CDS 2653247 2654500 . + 0 ID=cds-WP_003412289.1;Parent=gene-BQ2027_RS12290;Dbxref=GenBank:WP_003412289.1;Name=WP_003412289.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216903.1;locus_tag=BQ2027_RS12290;product=sodium-dependent bicarbonate transport family permease;protein_id=WP_003412289.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2654497 2655669 . - . ID=gene-BQ2027_RS12295;Name=hemW;gbkey=Gene;gene=hemW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12295;old_locus_tag=BQ2027_MB2409C +Chromosome Protein Homology CDS 2654497 2655669 . - 0 ID=cds-WP_015385289.1;Parent=gene-BQ2027_RS12295;Dbxref=GenBank:WP_015385289.1;Name=WP_015385289.1;Ontology_term=GO:0006779,GO:0051539,GO:0051989,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=hemW;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA,coproporphyrinogen dehydrogenase activity|0051989||IEA;go_process=porphyrin-containing compound biosynthetic process|0006779||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015631433.1;locus_tag=BQ2027_RS12295;product=radical SAM family heme chaperone HemW;protein_id=WP_015385289.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2655730 2656194 . - . ID=gene-BQ2027_RS12300;Name=rpfD;gbkey=Gene;gene=rpfD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12300;old_locus_tag=BQ2027_MB2410C +Chromosome Protein Homology CDS 2655730 2656194 . - 0 ID=cds-WP_003412293.1;Parent=gene-BQ2027_RS12300;Dbxref=GenBank:WP_003412293.1;Name=WP_003412293.1;gbkey=CDS;gene=rpfD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216905.1;locus_tag=BQ2027_RS12300;product=resuscitation-promoting factor protein RpfD;protein_id=WP_003412293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2656191 2656748 . - . ID=gene-BQ2027_RS12305;Name=BQ2027_RS12305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12305;old_locus_tag=BQ2027_MB2411C +Chromosome Protein Homology CDS 2656191 2656748 . - 0 ID=cds-WP_010950707.1;Parent=gene-BQ2027_RS12305;Dbxref=GenBank:WP_010950707.1;Name=WP_010950707.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216906.1;locus_tag=BQ2027_RS12305;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950707.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2657014 2657070 . + . ID=gene-BQ2027_RS20845;Name=BQ2027_RS20845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20845 +Chromosome Protein Homology CDS 2657014 2657070 . + 0 ID=cds-WP_349814673.1;Parent=gene-BQ2027_RS20845;Dbxref=GenBank:WP_349814673.1;Name=WP_349814673.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF042936.1;locus_tag=BQ2027_RS20845;product=Ms4527A family Cys-rich leader peptide;protein_id=WP_349814673.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2657185 2658852 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS12315;Name=cysH;gbkey=Gene;gene=cysH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12315;old_locus_tag=BQ2027_MB2413 +Chromosome Protein Homology CDS 2658849 2659613 . + 0 ID=cds-WP_003412303.1;Parent=gene-BQ2027_RS12315;Dbxref=GenBank:WP_003412303.1;Name=WP_003412303.1;Ontology_term=GO:0019379,GO:0003824,GO:0004604;gbkey=CDS;gene=cysH;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity|0004604||IEA;go_process=sulfate assimilation%2C phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)|0019379||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216908.1;locus_tag=BQ2027_RS12315;product=phosphoadenylyl-sulfate reductase;protein_id=WP_003412303.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2659610 2660455 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS12330;Name=BQ2027_RS12330;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12330;old_locus_tag=BQ2027_MB2417;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2662554 2664558 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS12330;Parent=gene-BQ2027_RS12330;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006857,GO:0035673,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=oligopeptide transmembrane transporter activity|0035673||IEA;go_process=oligopeptide transport|0006857||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216911.1;locus_tag=BQ2027_RS12330;product=OPT family oligopeptide transporter;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2664707 2664922 . + . ID=gene-BQ2027_RS12335;Name=aprA;gbkey=Gene;gene=aprA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12335;old_locus_tag=BQ2027_MB2417A +Chromosome Protein Homology CDS 2664707 2664922 . + 0 ID=cds-WP_003899306.1;Parent=gene-BQ2027_RS12335;Dbxref=GenBank:WP_003899306.1;Name=WP_003899306.1;gbkey=CDS;gene=aprA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411091.1;locus_tag=BQ2027_RS12335;product=acid and phagosome regulated protein AprA;protein_id=WP_003899306.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2665034 2665198 . + . ID=gene-BQ2027_RS12340;Name=aprB;gbkey=Gene;gene=aprB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12340;old_locus_tag=BQ2027_MB2417B +Chromosome Protein Homology CDS 2665034 2665198 . + 0 ID=cds-WP_003907942.1;Parent=gene-BQ2027_RS12340;Dbxref=GenBank:WP_003907942.1;Name=WP_003907942.1;gbkey=CDS;gene=aprB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411092.1;locus_tag=BQ2027_RS12340;product=acid and phagosome regulated protein AprB;protein_id=WP_003907942.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2665282 2666364 . + . ID=gene-BQ2027_RS12345;Name=BQ2027_RS12345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12345;old_locus_tag=BQ2027_MB2418 +Chromosome Protein Homology CDS 2665282 2666364 . + 0 ID=cds-WP_010950710.1;Parent=gene-BQ2027_RS12345;Dbxref=GenBank:WP_010950710.1;Name=WP_010950710.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177878.1;locus_tag=BQ2027_RS12345;product=PE family protein;protein_id=WP_010950710.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2666389 2667444 . - . ID=gene-BQ2027_RS12350;Name=BQ2027_RS12350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12350;old_locus_tag=BQ2027_MB2419C +Chromosome Protein Homology CDS 2666389 2667444 . - 0 ID=cds-WP_003412325.1;Parent=gene-BQ2027_RS12350;Dbxref=GenBank:WP_003412325.1;Name=WP_003412325.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0015419,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ABC-type sulfate transporter activity|0015419||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177879.1;locus_tag=BQ2027_RS12350;product=sulfate/molybdate ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003412325.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2667461 2668279 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12360;Name=cysT;gbkey=Gene;gene=cysT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12360;old_locus_tag=BQ2027_MB2421C +Chromosome Protein Homology CDS 2668276 2669127 . - 0 ID=cds-WP_003412332.1;Parent=gene-BQ2027_RS12360;Dbxref=GenBank:WP_003412332.1;Name=WP_003412332.1;Ontology_term=GO:1902358,GO:0015419,GO:0005886,GO:0055052;gbkey=CDS;gene=cysT;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ABC-type sulfate transporter activity|0015419||IEA;go_process=sulfate transmembrane transport|1902358||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216915.1;locus_tag=BQ2027_RS12360;product=sulfate ABC transporter permease subunit CysT;protein_id=WP_003412332.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2669124 2670194 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12375;Name=BQ2027_RS12375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12375;old_locus_tag=BQ2027_MB2424C +Chromosome Protein Homology CDS 2670522 2670725 . - 0 ID=cds-WP_003412337.1;Parent=gene-BQ2027_RS12375;Dbxref=GenBank:WP_003412337.1;Name=WP_003412337.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177670.1;locus_tag=BQ2027_RS12375;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412337.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2670895 2672937 . + . ID=gene-BQ2027_RS12380;Name=BQ2027_RS12380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12380;old_locus_tag=BQ2027_MB2425 +Chromosome Protein Homology CDS 2670895 2672937 . + 0 ID=cds-WP_003913344.1;Parent=gene-BQ2027_RS12380;Dbxref=GenBank:WP_003913344.1;Name=WP_003913344.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003875915.1;locus_tag=BQ2027_RS12380;product=glycoside hydrolase family 15 protein;protein_id=WP_003913344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2673015 2673770 . - . ID=gene-BQ2027_RS12385;Name=lppR;gbkey=Gene;gene=lppR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12385;old_locus_tag=BQ2027_MB2426C +Chromosome Protein Homology CDS 2673015 2673770 . - 0 ID=cds-WP_010950712.1;Parent=gene-BQ2027_RS12385;Dbxref=GenBank:WP_010950712.1;Name=WP_010950712.1;gbkey=CDS;gene=lppR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216919.1;locus_tag=BQ2027_RS12385;product=sensor domain-containing protein;protein_id=WP_010950712.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2673767 2675728 . - . ID=gene-BQ2027_RS12390;Name=lepA;gbkey=Gene;gene=lepA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12390;old_locus_tag=BQ2027_MB2427C +Chromosome Protein Homology CDS 2673767 2675728 . - 0 ID=cds-WP_003900516.1;Parent=gene-BQ2027_RS12390;Dbxref=GenBank:WP_003900516.1;Name=WP_003900516.1;Ontology_term=GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=lepA;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216920.1;locus_tag=BQ2027_RS12390;product=translation elongation factor 4;protein_id=WP_003900516.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2675716 2676318 . + . ID=gene-BQ2027_RS12395;Name=BQ2027_RS12395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12395;old_locus_tag=BQ2027_MB2428 +Chromosome Protein Homology CDS 2675716 2676318 . + 0 ID=cds-WP_003899311.1;Parent=gene-BQ2027_RS12395;Dbxref=GenBank:WP_003899311.1;Name=WP_003899311.1;Ontology_term=GO:0006402,GO:0016075,GO:0003677,GO:0003723,GO:0004521;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,RNA binding|0003723||IEA,RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=mRNA catabolic process|0006402||IEA,rRNA catabolic process|0016075||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899311.1;locus_tag=BQ2027_RS12395;product=type II toxin-antitoxin system PemK/MazF family toxin;protein_id=WP_003899311.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2676489 2676917 . - . ID=gene-BQ2027_RS12400;Name=BQ2027_RS12400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12400;old_locus_tag=BQ2027_MB2429C +Chromosome Protein Homology CDS 2676489 2676917 . - 0 ID=cds-WP_003412347.1;Parent=gene-BQ2027_RS12400;Dbxref=GenBank:WP_003412347.1;Name=WP_003412347.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216922.1;locus_tag=BQ2027_RS12400;product=CBS domain-containing protein;protein_id=WP_003412347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2677177 2678019 . + . ID=gene-BQ2027_RS12405;Name=BQ2027_RS12405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12405;old_locus_tag=BQ2027_MB2430 +Chromosome Protein Homology CDS 2677177 2678019 . + 0 ID=cds-WP_003412350.1;Parent=gene-BQ2027_RS12405;Dbxref=GenBank:WP_003412350.1;Name=WP_003412350.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216923.1;locus_tag=BQ2027_RS12405;product=Rv2407 family type 3 sulfatase;protein_id=WP_003412350.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2678660 2678863 . + . ID=gene-BQ2027_RS20460;Name=BQ2027_RS20460;end_range=2678863,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20460;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2678660 2678863 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20460;Parent=gene-BQ2027_RS20460;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;end_range=2678863,.;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013127.6;locus_tag=BQ2027_RS20460;partial=true;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2679089 2679928 . - . ID=gene-BQ2027_RS12415;Name=BQ2027_RS12415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12415;old_locus_tag=BQ2027_MB2432C +Chromosome Protein Homology CDS 2679089 2679928 . - 0 ID=cds-WP_003412357.1;Parent=gene-BQ2027_RS12415;Dbxref=GenBank:WP_003412357.1;Name=WP_003412357.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216925.1;locus_tag=BQ2027_RS12415;product=transglutaminase-like domain-containing protein;protein_id=WP_003412357.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2679928 2680905 . - . ID=gene-BQ2027_RS12420;Name=BQ2027_RS12420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12420;old_locus_tag=BQ2027_MB2433C +Chromosome Protein Homology CDS 2679928 2680905 . - 0 ID=cds-WP_003412359.1;Parent=gene-BQ2027_RS12420;Dbxref=GenBank:WP_003412359.1;Name=WP_003412359.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216926.1;locus_tag=BQ2027_RS12420;product=alpha-E domain-containing protein;protein_id=WP_003412359.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2680905 2682560 . - . ID=gene-BQ2027_RS12425;Name=BQ2027_RS12425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12425;old_locus_tag=BQ2027_MB2434C +Chromosome Protein Homology CDS 2680905 2682560 . - 0 ID=cds-WP_003412363.1;Parent=gene-BQ2027_RS12425;Dbxref=GenBank:WP_003412363.1;Name=WP_003412363.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216927.1;locus_tag=BQ2027_RS12425;product=circularly permuted type 2 ATP-grasp protein;protein_id=WP_003412363.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2682670 2682930 . + . ID=gene-BQ2027_RS12430;Name=rpsT;gbkey=Gene;gene=rpsT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12430;old_locus_tag=BQ2027_MB2435 +Chromosome Protein Homology CDS 2682670 2682930 . + 0 ID=cds-WP_003899314.1;Parent=gene-BQ2027_RS12430;Dbxref=GenBank:WP_003899314.1;Name=WP_003899314.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsT;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216928.1;locus_tag=BQ2027_RS12430;product=30S ribosomal protein S20;protein_id=WP_003899314.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2682946 2683896 . - . ID=gene-BQ2027_RS12435;Name=holA;gbkey=Gene;gene=holA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12435;old_locus_tag=BQ2027_MB2436C +Chromosome Protein Homology CDS 2682946 2683896 . - 0 ID=cds-WP_003903885.1;Parent=gene-BQ2027_RS12435;Dbxref=GenBank:WP_003903885.1;Name=WP_003903885.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003677,GO:0003887;gbkey=CDS;gene=holA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216929.3;locus_tag=BQ2027_RS12435;product=DNA polymerase III subunit delta;protein_id=WP_003903885.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2683927 2685472 . - . ID=gene-BQ2027_RS12440;Name=BQ2027_RS12440;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12440;old_locus_tag=BQ2027_MB2437C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2683927 2685472 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS12440;Parent=gene-BQ2027_RS12440;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216930.1;locus_tag=BQ2027_RS12440;product=ComEC/Rec2 family competence protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2685487 2686380 . - . ID=gene-BQ2027_RS12445;Name=BQ2027_RS12445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12445;old_locus_tag=BQ2027_MB2438C +Chromosome Protein Homology CDS 2685487 2686380 . - 0 ID=cds-WP_003412373.1;Parent=gene-BQ2027_RS12445;Dbxref=GenBank:WP_003412373.1;Name=WP_003412373.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216931.1;locus_tag=BQ2027_RS12445;product=ComEA family DNA-binding protein;protein_id=WP_003412373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2686720 2687946 . - . ID=gene-BQ2027_RS12450;Name=eis;gbkey=Gene;gene=eis;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12450;old_locus_tag=BQ2027_MB2439C +Chromosome Protein Homology CDS 2686720 2687946 . - 0 ID=cds-WP_010950714.1;Parent=gene-BQ2027_RS12450;Dbxref=GenBank:WP_010950714.1;Name=WP_010950714.1;gbkey=CDS;gene=eis;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950714.1;locus_tag=BQ2027_RS12450;product=enhanced intracellular survival protein Eis;protein_id=WP_010950714.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2688068 2688910 . - . ID=gene-BQ2027_RS12455;Name=BQ2027_RS12455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12455;old_locus_tag=BQ2027_MB2440C +Chromosome Protein Homology CDS 2688068 2688910 . - 0 ID=cds-WP_003412381.1;Parent=gene-BQ2027_RS12455;Dbxref=GenBank:WP_003412381.1;Name=WP_003412381.1;Ontology_term=GO:0008289;gbkey=CDS;go_function=lipid binding|0008289||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216933.1;locus_tag=BQ2027_RS12455;product=DegV family protein;protein_id=WP_003412381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2688991 2689734 . - . ID=gene-BQ2027_RS12460;Name=octT;gbkey=Gene;gene=octT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12460;old_locus_tag=BQ2027_MB2441C +Chromosome Protein Homology CDS 2688991 2689734 . - 0 ID=cds-WP_003412384.1;Parent=gene-BQ2027_RS12460;Dbxref=GenBank:WP_003412384.1;Name=WP_003412384.1;Ontology_term=GO:0016414;gbkey=CDS;gene=octT;go_function=diglucosylglycerate octanoyltransferase activity|0016414||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216934.1;locus_tag=BQ2027_RS12460;product=diglucosylglycerate octanoyltransferase;protein_id=WP_003412384.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2689724 2690395 . - . ID=gene-BQ2027_RS12465;Name=gpgP;gbkey=Gene;gene=gpgP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12465;old_locus_tag=BQ2027_MB2442C +Chromosome Protein Homology CDS 2689724 2690395 . - 0 ID=cds-WP_010950715.1;Parent=gene-BQ2027_RS12465;Dbxref=GenBank:WP_010950715.1;Name=WP_010950715.1;gbkey=CDS;gene=gpgP;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216935.1;locus_tag=BQ2027_RS12465;product=glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase;protein_id=WP_010950715.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2690392 2690772 . - . ID=gene-BQ2027_RS12470;Name=rsfS;gbkey=Gene;gene=rsfS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12470;old_locus_tag=BQ2027_MB2443C +Chromosome Protein Homology CDS 2690392 2690772 . - 0 ID=cds-WP_003412394.1;Parent=gene-BQ2027_RS12470;Dbxref=GenBank:WP_003412394.1;Name=WP_003412394.1;Ontology_term=GO:0017148,GO:0043022;gbkey=CDS;gene=rsfS;go_function=ribosome binding|0043022||IEA;go_process=negative regulation of translation|0017148||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216936.1;locus_tag=BQ2027_RS12470;product=ribosome silencing factor;protein_id=WP_003412394.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2690769 2691413 . - . ID=gene-BQ2027_RS12475;Name=nadD;gbkey=Gene;gene=nadD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12475;old_locus_tag=BQ2027_MB2444C +Chromosome Protein Homology CDS 2690769 2691413 . - 0 ID=cds-WP_256381315.1;Parent=gene-BQ2027_RS12475;Dbxref=GenBank:WP_256381315.1;Name=WP_256381315.1;Ontology_term=GO:0009435,GO:0016779;gbkey=CDS;gene=nadD;go_function=nucleotidyltransferase activity|0016779||IEA;go_process=NAD+ biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007169525.1;locus_tag=BQ2027_RS12475;product=nicotinate-nucleotide adenylyltransferase;protein_id=WP_256381315.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2691440 2691643 . - . ID=gene-BQ2027_RS20850;Name=BQ2027_RS20850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20850 +Chromosome Protein Homology CDS 2691440 2691643 . - 0 ID=cds-WP_003412401.1;Parent=gene-BQ2027_RS20850;Dbxref=GenBank:WP_003412401.1;Name=WP_003412401.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003412401.1;locus_tag=BQ2027_RS20850;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412401.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2691679 2691951 . + . ID=gene-BQ2027_RS12480;Name=BQ2027_RS12480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12480;old_locus_tag=BQ2027_MB2445 +Chromosome Protein Homology CDS 2691679 2691951 . + 0 ID=cds-WP_003412405.1;Parent=gene-BQ2027_RS12480;Dbxref=GenBank:WP_003412405.1;Name=WP_003412405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216938.1;locus_tag=BQ2027_RS12480;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2692193 2693239 . + . ID=gene-BQ2027_RS12485;Name=BQ2027_RS12485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12485;old_locus_tag=BQ2027_MB2446 +Chromosome Protein Homology CDS 2692193 2693239 . + 0 ID=cds-WP_003412408.1;Parent=gene-BQ2027_RS12485;Dbxref=GenBank:WP_003412408.1;Name=WP_003412408.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216939.1;locus_tag=BQ2027_RS12485;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003412408.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2693372 2694172 . - . ID=gene-BQ2027_RS12490;Name=BQ2027_RS12490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12490;old_locus_tag=BQ2027_MB2447C +Chromosome Protein Homology CDS 2693372 2694172 . - 0 ID=cds-WP_108016176.1;Parent=gene-BQ2027_RS12490;Dbxref=GenBank:WP_108016176.1;Name=WP_108016176.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0003677,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF014430.6;locus_tag=BQ2027_RS12490;product=transposase;protein_id=WP_108016176.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2694460 2695902 . - . ID=gene-BQ2027_RS12495;Name=BQ2027_RS12495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12495;old_locus_tag=BQ2027_MB2449C +Chromosome Protein Homology CDS 2694460 2695902 . - 0 ID=cds-WP_003412513.1;Parent=gene-BQ2027_RS12495;Dbxref=GenBank:WP_003412513.1;Name=WP_003412513.1;Ontology_term=GO:0009297;gbkey=CDS;go_process=pilus assembly|0009297||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216941.1;locus_tag=BQ2027_RS12495;product=vWA domain-containing protein;protein_id=WP_003412513.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2695902 2696777 . - . ID=gene-BQ2027_RS12500;Name=BQ2027_RS12500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12500;old_locus_tag=BQ2027_MB2450C +Chromosome Protein Homology CDS 2695902 2696777 . - 0 ID=cds-WP_010950719.1;Parent=gene-BQ2027_RS12500;Dbxref=GenBank:WP_010950719.1;Name=WP_010950719.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216942.1;locus_tag=BQ2027_RS12500;product=AAA family ATPase;protein_id=WP_010950719.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2696804 2698051 . - . ID=gene-BQ2027_RS12505;Name=proA;gbkey=Gene;gene=proA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12505;old_locus_tag=BQ2027_MB2451C +Chromosome Protein Homology CDS 2696804 2698051 . - 0 ID=cds-WP_003412516.1;Parent=gene-BQ2027_RS12505;Dbxref=GenBank:WP_003412516.1;Name=WP_003412516.1;Ontology_term=GO:0006561,GO:0004350,GO:0016620;gbkey=CDS;gene=proA;go_function=glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity|0004350||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the aldehyde or oxo group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016620||IEA;go_process=proline biosynthetic process|0006561||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216943.1;locus_tag=BQ2027_RS12505;product=glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;protein_id=WP_003412516.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2698134 2698519 . - . ID=gene-BQ2027_RS20855;Name=BQ2027_RS20855;end_range=2698519,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20855;old_locus_tag=BQ2027_MB2452C;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2698134 2698519 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20855;Parent=gene-BQ2027_RS20855;Note=frameshifted%3B internal stop%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=2698519,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908684.1;locus_tag=BQ2027_RS20855;partial=true;product=LysR substrate-binding domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2698767 2699354 . + . ID=gene-BQ2027_RS12515;Name=ahpC;gbkey=Gene;gene=ahpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12515;old_locus_tag=BQ2027_MB2454 +Chromosome Protein Homology CDS 2698767 2699354 . + 0 ID=cds-WP_003412529.1;Parent=gene-BQ2027_RS12515;Dbxref=GenBank:WP_003412529.1;Name=WP_003412529.1;gbkey=CDS;gene=ahpC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216944.1;locus_tag=BQ2027_RS12515;product=peroxiredoxin AhpC;protein_id=WP_003412529.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2699380 2699913 . + . ID=gene-BQ2027_RS12520;Name=ahpD;gbkey=Gene;gene=ahpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12520;old_locus_tag=BQ2027_MB2455 +Chromosome Protein Homology CDS 2699380 2699913 . + 0 ID=cds-WP_003412536.1;Parent=gene-BQ2027_RS12520;Dbxref=GenBank:WP_003412536.1;Name=WP_003412536.1;gbkey=CDS;gene=ahpD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216945.1;locus_tag=BQ2027_RS12520;product=alkyl hydroperoxide reductase;protein_id=WP_003412536.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2699910 2700494 . - . ID=gene-BQ2027_RS12525;Name=BQ2027_RS12525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12525;old_locus_tag=BQ2027_MB2456C +Chromosome Protein Homology CDS 2699910 2700494 . - 0 ID=cds-WP_003412549.1;Parent=gene-BQ2027_RS12525;Dbxref=GenBank:WP_003412549.1;Name=WP_003412549.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177881.1;locus_tag=BQ2027_RS12525;product=PPE family protein;protein_id=WP_003412549.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2700541 2700840 . - . ID=gene-BQ2027_RS12530;Name=BQ2027_RS12530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12530;old_locus_tag=BQ2027_MB2457C +Chromosome Protein Homology CDS 2700541 2700840 . - 0 ID=cds-WP_003412551.1;Parent=gene-BQ2027_RS12530;Dbxref=GenBank:WP_003412551.1;Name=WP_003412551.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177882.1;locus_tag=BQ2027_RS12530;product=PE family protein;protein_id=WP_003412551.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2701011 2701421 . - . ID=gene-BQ2027_RS12535;Name=BQ2027_RS12535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12535;old_locus_tag=BQ2027_MB2458C +Chromosome Protein Homology CDS 2701011 2701421 . - 0 ID=cds-WP_003900520.1;Parent=gene-BQ2027_RS12535;Dbxref=GenBank:WP_003900520.1;Name=WP_003900520.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216948.1;locus_tag=BQ2027_RS12535;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900520.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2701418 2701708 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12545;Name=BQ2027_RS12545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12545;old_locus_tag=BQ2027_MB2460C +Chromosome Protein Homology CDS 2701689 2703134 . - 0 ID=cds-WP_003900521.1;Parent=gene-BQ2027_RS12545;Dbxref=GenBank:WP_003900521.1;Name=WP_003900521.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216950.1;locus_tag=BQ2027_RS12545;product=mechanosensitive ion channel domain-containing protein;protein_id=WP_003900521.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2703131 2705323 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS12560;Name=BQ2027_RS12560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12560;old_locus_tag=BQ2027_MB2463 +Chromosome Protein Homology CDS 2706950 2707369 . + 0 ID=cds-WP_003412563.1;Parent=gene-BQ2027_RS12560;Dbxref=GenBank:WP_003412563.1;Name=WP_003412563.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216953.1;locus_tag=BQ2027_RS12560;product=methyltransferase family protein;protein_id=WP_003412563.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2707366 2709372 . - . ID=gene-BQ2027_RS12565;Name=nadE;gbkey=Gene;gene=nadE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12565;old_locus_tag=BQ2027_MB2464C +Chromosome Protein Homology CDS 2707366 2709372 . - 0 ID=cds-WP_055381138.1;Parent=gene-BQ2027_RS12565;Dbxref=GenBank:WP_055381138.1;Name=WP_055381138.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0009435,GO:0003952,GO:0004359,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=nadE;go_function=NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0003952||IEA,glutaminase activity|0004359||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA,NAD+ biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216954.2;locus_tag=BQ2027_RS12565;product=NAD(+) synthase;protein_id=WP_055381138.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2709283 2709561 . + . ID=gene-BQ2027_RS20470;Name=BQ2027_RS20470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20470;old_locus_tag=BQ2027_MB2465 +Chromosome Protein Homology CDS 2709283 2709561 . + 0 ID=cds-WP_010886145.1;Parent=gene-BQ2027_RS20470;Dbxref=GenBank:WP_010886145.1;Name=WP_010886145.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177671.1;locus_tag=BQ2027_RS20470;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010886145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2709691 2710821 . - . ID=gene-BQ2027_RS12570;Name=proB;gbkey=Gene;gene=proB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12570;old_locus_tag=BQ2027_MB2466C +Chromosome Protein Homology CDS 2709691 2710821 . - 0 ID=cds-WP_003412568.1;Parent=gene-BQ2027_RS12570;Dbxref=GenBank:WP_003412568.1;Name=WP_003412568.1;Ontology_term=GO:0006561,GO:0004349,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=proB;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=glutamate 5-kinase activity|0004349||IEA;go_process=proline biosynthetic process|0006561||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216955.1;locus_tag=BQ2027_RS12570;product=glutamate 5-kinase;protein_id=WP_003412568.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2710821 2712260 . - . ID=gene-BQ2027_RS12575;Name=obgE;gbkey=Gene;gene=obgE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12575;old_locus_tag=BQ2027_MB2467C +Chromosome Protein Homology CDS 2710821 2712260 . - 0 ID=cds-WP_003901405.1;Parent=gene-BQ2027_RS12575;Dbxref=GenBank:WP_003901405.1;Name=WP_003901405.1;Ontology_term=GO:0000166,GO:0000287,GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;gene=obgE;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,magnesium ion binding|0000287||IEA,GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216956.1;locus_tag=BQ2027_RS12575;product=GTPase ObgE;protein_id=WP_003901405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2712346 2712606 . - . ID=gene-BQ2027_RS12580;Name=rpmA;gbkey=Gene;gene=rpmA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12580;old_locus_tag=BQ2027_MB2468C +Chromosome Protein Homology CDS 2712346 2712606 . - 0 ID=cds-WP_003412574.1;Parent=gene-BQ2027_RS12580;Dbxref=GenBank:WP_003412574.1;Name=WP_003412574.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000315,GO:0022625;gbkey=CDS;gene=rpmA;go_component=organellar large ribosomal subunit|0000315||IEA,cytosolic large ribosomal subunit|0022625||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216957.1;locus_tag=BQ2027_RS12580;product=50S ribosomal protein L27;protein_id=WP_003412574.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2712621 2712935 . - . ID=gene-BQ2027_RS12585;Name=rplU;gbkey=Gene;gene=rplU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12585;old_locus_tag=BQ2027_MB2469C +Chromosome Protein Homology CDS 2712621 2712935 . - 0 ID=cds-WP_003412578.1;Parent=gene-BQ2027_RS12585;Dbxref=GenBank:WP_003412578.1;Name=WP_003412578.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplU;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216958.1;locus_tag=BQ2027_RS12585;product=50S ribosomal protein L21;protein_id=WP_003412578.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2713283 2714758 . + . ID=gene-BQ2027_RS12590;Name=dctA;gbkey=Gene;gene=dctA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12590;old_locus_tag=BQ2027_MB2470 +Chromosome Protein Homology CDS 2713283 2714758 . + 0 ID=cds-WP_003412582.1;Parent=gene-BQ2027_RS12590;Dbxref=GenBank:WP_003412582.1;Name=WP_003412582.1;Ontology_term=GO:0015293,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=dctA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=symporter activity|0015293||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216959.1;locus_tag=BQ2027_RS12590;product=cation:dicarboxylate symporter family transporter;protein_id=WP_003412582.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2714697 2717558 . - . ID=gene-BQ2027_RS12595;Name=rne;gbkey=Gene;gene=rne;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12595;old_locus_tag=BQ2027_MB2471C +Chromosome Protein Homology CDS 2714697 2717558 . - 0 ID=cds-WP_003899322.1;Parent=gene-BQ2027_RS12595;Dbxref=GenBank:WP_003899322.1;Name=WP_003899322.1;Ontology_term=GO:0006397,GO:0003723,GO:0004519,GO:0004540,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=rne;go_function=RNA binding|0003723||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,RNA nuclease activity|0004540||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=mRNA processing|0006397||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216960.1;locus_tag=BQ2027_RS12595;product=Rne/Rng family ribonuclease;protein_id=WP_003899322.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2717888 2718298 . - . ID=gene-BQ2027_RS12600;Name=ndk;gbkey=Gene;gene=ndk;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12600;old_locus_tag=BQ2027_MB2472C +Chromosome Protein Homology CDS 2717888 2718298 . - 0 ID=cds-WP_003412592.1;Parent=gene-BQ2027_RS12600;Dbxref=GenBank:WP_003412592.1;Name=WP_003412592.1;Ontology_term=GO:0004550;gbkey=CDS;gene=ndk;go_function=nucleoside diphosphate kinase activity|0004550||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216961.1;locus_tag=BQ2027_RS12600;product=nucleoside-diphosphate kinase;protein_id=WP_003412592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2718341 2718712 . - . ID=gene-BQ2027_RS12605;Name=BQ2027_RS12605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12605;old_locus_tag=BQ2027_MB2473C +Chromosome Protein Homology CDS 2718341 2718712 . - 0 ID=cds-WP_003412596.1;Parent=gene-BQ2027_RS12605;Dbxref=GenBank:WP_003412596.1;Name=WP_003412596.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216962.1;locus_tag=BQ2027_RS12605;product=DUF4233 domain-containing protein;protein_id=WP_003412596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2718709 2720172 . - . ID=gene-BQ2027_RS12610;Name=folC;gbkey=Gene;gene=folC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12610;old_locus_tag=BQ2027_MB2474C +Chromosome Protein Homology CDS 2718709 2720172 . - 0 ID=cds-WP_003899324.1;Parent=gene-BQ2027_RS12610;Dbxref=GenBank:WP_003899324.1;Name=WP_003899324.1;Ontology_term=GO:0009396,GO:0046654,GO:0004326,GO:0008841;gbkey=CDS;gene=folC;go_function=tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity|0004326||IEA,dihydrofolate synthase activity|0008841||IEA;go_process=folic acid-containing compound biosynthetic process|0009396||IEA,tetrahydrofolate biosynthetic process|0046654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216963.1;locus_tag=BQ2027_RS12610;product=bifunctional tetrahydrofolate synthase/dihydrofolate synthase;protein_id=WP_003899324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2720169 2722829 . - . ID=gene-BQ2027_RS12615;Name=valS;gbkey=Gene;gene=valS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12615;old_locus_tag=BQ2027_MB2475C +Chromosome Protein Homology CDS 2720169 2722829 . - 0 ID=cds-WP_003412604.1;Parent=gene-BQ2027_RS12615;Dbxref=GenBank:WP_003412604.1;Name=WP_003412604.1;Ontology_term=GO:0006438,GO:0000166,GO:0004812,GO:0004832,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=valS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,aminoacyl-tRNA ligase activity|0004812||IEA,valine-tRNA ligase activity|0004832||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=valyl-tRNA aminoacylation|0006438||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908358.1;locus_tag=BQ2027_RS12615;product=valine--tRNA ligase;protein_id=WP_003412604.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2722887 2724146 . - . ID=gene-BQ2027_RS12620;Name=BQ2027_RS12620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12620;old_locus_tag=BQ2027_MB2476C +Chromosome Protein Homology CDS 2722887 2724146 . - 0 ID=cds-WP_003412609.1;Parent=gene-BQ2027_RS12620;Dbxref=GenBank:WP_003412609.1;Name=WP_003412609.1;Ontology_term=GO:0000166,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216965.1;locus_tag=BQ2027_RS12620;product=saccharopine dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003412609.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2724236 2724754 . - . ID=gene-BQ2027_RS12625;Name=rpfE;gbkey=Gene;gene=rpfE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12625;old_locus_tag=BQ2027_MB2477C +Chromosome Protein Homology CDS 2724236 2724754 . - 0 ID=cds-WP_003412613.1;Parent=gene-BQ2027_RS12625;Dbxref=GenBank:WP_003412613.1;Name=WP_003412613.1;gbkey=CDS;gene=rpfE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216966.1;locus_tag=BQ2027_RS12625;product=resuscitation-promoting factor protein RpfE;protein_id=WP_003412613.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2724836 2725234 . + . ID=gene-BQ2027_RS12630;Name=BQ2027_RS12630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12630;old_locus_tag=BQ2027_MB2478 +Chromosome Protein Homology CDS 2724836 2725234 . + 0 ID=cds-WP_010950721.1;Parent=gene-BQ2027_RS12630;Dbxref=GenBank:WP_010950721.1;Name=WP_010950721.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216967.1;locus_tag=BQ2027_RS12630;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950721.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2725422 2725568 . - . ID=gene-BQ2027_RS12635;Name=BQ2027_RS12635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12635;old_locus_tag=BQ2027_MB2479C +Chromosome Protein Homology CDS 2725422 2725568 . - 0 ID=cds-WP_003908854.1;Parent=gene-BQ2027_RS12635;Dbxref=GenBank:WP_003908854.1;Name=WP_003908854.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216968.1;locus_tag=BQ2027_RS12635;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908854.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2725592 2726197 . - . ID=gene-BQ2027_RS12640;Name=mobA;gbkey=Gene;gene=mobA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12640;old_locus_tag=BQ2027_MB2480C +Chromosome Protein Homology CDS 2725592 2726197 . - 0 ID=cds-WP_003412618.1;Parent=gene-BQ2027_RS12640;Dbxref=GenBank:WP_003412618.1;Name=WP_003412618.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0061603;gbkey=CDS;gene=mobA;go_function=molybdenum cofactor guanylyltransferase activity|0061603||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216969.1;locus_tag=BQ2027_RS12640;product=molybdenum cofactor guanylyltransferase;protein_id=WP_003412618.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2726199 2727320 . - . ID=gene-BQ2027_RS12645;Name=BQ2027_RS12645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12645;old_locus_tag=BQ2027_MB2481C +Chromosome Protein Homology CDS 2726199 2727320 . - 0 ID=cds-WP_003412624.1;Parent=gene-BQ2027_RS12645;Dbxref=GenBank:WP_003412624.1;Name=WP_003412624.1;Ontology_term=GO:0030976,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216970.1;locus_tag=BQ2027_RS12645;product=2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase subunit beta;protein_id=WP_003412624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2727317 2729278 . - . ID=gene-BQ2027_RS12650;Name=BQ2027_RS12650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12650;old_locus_tag=BQ2027_MB2482C +Chromosome Protein Homology CDS 2727317 2729278 . - 0 ID=cds-WP_003412627.1;Parent=gene-BQ2027_RS12650;Dbxref=GenBank:WP_003412627.1;Name=WP_003412627.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216971.1;locus_tag=BQ2027_RS12650;product=2-oxoacid:acceptor oxidoreductase subunit alpha;protein_id=WP_003412627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2729510 2730766 . - . ID=gene-BQ2027_RS12655;Name=BQ2027_RS12655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12655;old_locus_tag=BQ2027_MB2483C +Chromosome Protein Homology CDS 2729510 2730766 . - 0 ID=cds-WP_003412631.1;Parent=gene-BQ2027_RS12655;Dbxref=GenBank:WP_003412631.1;Name=WP_003412631.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216972.1;locus_tag=BQ2027_RS12655;product=MFS transporter;protein_id=WP_003412631.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2730782 2732062 . - . ID=gene-BQ2027_RS12660;Name=clpX;gbkey=Gene;gene=clpX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12660;old_locus_tag=BQ2027_MB2484C +Chromosome Protein Homology CDS 2730782 2732062 . - 0 ID=cds-WP_003412634.1;Parent=gene-BQ2027_RS12660;Dbxref=GenBank:WP_003412634.1;Name=WP_003412634.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0008270,GO:0016887,GO:0046983;gbkey=CDS;gene=clpX;go_function=ATP binding|0005524||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,protein dimerization activity|0046983||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216973.1;locus_tag=BQ2027_RS12660;product=ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX;protein_id=WP_003412634.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2732353 2733261 . + . ID=gene-BQ2027_RS12665;Name=mmuM;gbkey=Gene;gene=mmuM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12665;old_locus_tag=BQ2027_MB2485 +Chromosome Protein Homology CDS 2732353 2733261 . + 0 ID=cds-WP_003412639.1;Parent=gene-BQ2027_RS12665;Dbxref=GenBank:WP_003412639.1;Name=WP_003412639.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0047150;gbkey=CDS;gene=mmuM;go_function=betaine-homocysteine S-methyltransferase activity|0047150||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216974.1;locus_tag=BQ2027_RS12665;product=homocysteine S-methyltransferase;protein_id=WP_003412639.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2733428 2734954 . + . ID=gene-BQ2027_RS12670;Name=jefA;gbkey=Gene;gene=jefA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12670;old_locus_tag=BQ2027_MB2486 +Chromosome Protein Homology CDS 2733428 2734954 . + 0 ID=cds-WP_010950722.1;Parent=gene-BQ2027_RS12670;Dbxref=GenBank:WP_010950722.1;Name=WP_010950722.1;gbkey=CDS;gene=jefA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216975.1;locus_tag=BQ2027_RS12670;product=multidrug efflux pump JefA;protein_id=WP_010950722.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2735105 2735749 . - . ID=gene-BQ2027_RS12675;Name=clpP2;gbkey=Gene;gene=clpP2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12675;old_locus_tag=BQ2027_MB2487C +Chromosome Protein Homology CDS 2735105 2735749 . - 0 ID=cds-WP_003412648.1;Parent=gene-BQ2027_RS12675;Dbxref=GenBank:WP_003412648.1;Name=WP_003412648.1;gbkey=CDS;gene=clpP2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216976.1;locus_tag=BQ2027_RS12675;product=ATP-dependent CLP protease proteolytic subunit ClpP2;protein_id=WP_003412648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2735746 2736348 . - . ID=gene-BQ2027_RS12680;Name=clpP1;gbkey=Gene;gene=clpP1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12680;old_locus_tag=BQ2027_MB2488C +Chromosome Protein Homology CDS 2735746 2736348 . - 0 ID=cds-WP_003412650.1;Parent=gene-BQ2027_RS12680;Dbxref=GenBank:WP_003412650.1;Name=WP_003412650.1;gbkey=CDS;gene=clpP1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177883.1;locus_tag=BQ2027_RS12680;product=ATP-dependent CLP protease proteolytic subunit ClpP1;protein_id=WP_003412650.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2736465 2737865 . - . ID=gene-BQ2027_RS12685;Name=tig;gbkey=Gene;gene=tig;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12685;old_locus_tag=BQ2027_MB2489C +Chromosome Protein Homology CDS 2736465 2737865 . - 0 ID=cds-WP_003412652.1;Parent=gene-BQ2027_RS12685;Dbxref=GenBank:WP_003412652.1;Name=WP_003412652.1;Ontology_term=GO:0015031,GO:0051083,GO:0003755,GO:0051082,GO:0005854;gbkey=CDS;gene=tig;go_component=nascent polypeptide-associated complex|0005854||IEA;go_function=peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity|0003755||IEA,unfolded protein binding|0051082||IEA;go_process=protein transport|0015031||IEA,'de novo' cotranslational protein folding|0051083||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216978.1;locus_tag=BQ2027_RS12685;product=trigger factor;protein_id=WP_003412652.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2737902 2737978 . - . ID=gene-BQ2027_RS12690;Name=BQ2027_RS12690;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS12690;old_locus_tag=BQ2027_PROU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2737902 2737978 . - . ID=rna-BQ2027_RS12690;Parent=gene-BQ2027_RS12690;anticodon=(pos:complement(2737942..2737944));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12690;product=tRNA-Pro +Chromosome tRNAscan-SE exon 2737902 2737978 . - . ID=exon-BQ2027_RS12690-1;Parent=rna-BQ2027_RS12690;anticodon=(pos:complement(2737942..2737944));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12690;product=tRNA-Pro +Chromosome RefSeq gene 2738115 2738185 . + . ID=gene-BQ2027_RS12695;Name=BQ2027_RS12695;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS12695;old_locus_tag=BQ2027_GLYV +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2738115 2738185 . + . ID=rna-BQ2027_RS12695;Parent=gene-BQ2027_RS12695;anticodon=(pos:2738147..2738149);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12695;product=tRNA-Gly +Chromosome tRNAscan-SE exon 2738115 2738185 . + . ID=exon-BQ2027_RS12695-1;Parent=rna-BQ2027_RS12695;anticodon=(pos:2738147..2738149);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12695;product=tRNA-Gly +Chromosome RefSeq gene 2738229 2739413 . + . ID=gene-BQ2027_RS12700;Name=lipP;gbkey=Gene;gene=lipP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12700;old_locus_tag=BQ2027_MB2490 +Chromosome Protein Homology CDS 2738229 2739413 . + 0 ID=cds-WP_003412656.1;Parent=gene-BQ2027_RS12700;Dbxref=GenBank:WP_003412656.1;Name=WP_003412656.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipP;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216979.1;locus_tag=BQ2027_RS12700;product=serine hydrolase domain-containing protein;protein_id=WP_003412656.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2739433 2740239 . - . ID=gene-BQ2027_RS12705;Name=BQ2027_RS12705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12705;old_locus_tag=BQ2027_MB2491C +Chromosome Protein Homology CDS 2739433 2740239 . - 0 ID=cds-WP_003412657.1;Parent=gene-BQ2027_RS12705;Dbxref=GenBank:WP_003412657.1;Name=WP_003412657.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006284,GO:0003684,GO:0003906,GO:0008270,GO:0008534,GO:0140078;gbkey=CDS;go_function=damaged DNA binding|0003684||IEA,DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity|0003906||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA,oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity|0008534||IEA,class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity|0140078||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,base-excision repair|0006284||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216980.1;locus_tag=BQ2027_RS12705;product=Fpg/Nei family DNA glycosylase;protein_id=WP_003412657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2740245 2740724 . - . ID=gene-BQ2027_RS12710;Name=rpiB;gbkey=Gene;gene=rpiB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12710;old_locus_tag=BQ2027_MB2492C +Chromosome Protein Homology CDS 2740245 2740724 . - 0 ID=cds-WP_003412660.1;Parent=gene-BQ2027_RS12710;Dbxref=GenBank:WP_003412660.1;Name=WP_003412660.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0016853;gbkey=CDS;gene=rpiB;go_function=isomerase activity|0016853||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019738062.1;locus_tag=BQ2027_RS12710;product=ribose-5-phosphate isomerase;protein_id=WP_003412660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2740835 2741458 . - . ID=gene-BQ2027_RS12715;Name=BQ2027_RS12715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12715;old_locus_tag=BQ2027_MB2493C +Chromosome Protein Homology CDS 2740835 2741458 . - 0 ID=cds-WP_003412664.1;Parent=gene-BQ2027_RS12715;Dbxref=GenBank:WP_003412664.1;Name=WP_003412664.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216982.1;locus_tag=BQ2027_RS12715;product=Rv2466c family mycothiol-dependent reductase;protein_id=WP_003412664.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2741560 2744145 . + . ID=gene-BQ2027_RS12720;Name=pepN;gbkey=Gene;gene=pepN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12720;old_locus_tag=BQ2027_MB2494 +Chromosome Protein Homology CDS 2741560 2744145 . + 0 ID=cds-WP_003412666.1;Parent=gene-BQ2027_RS12720;Dbxref=GenBank:WP_003412666.1;Name=WP_003412666.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004177,GO:0008237,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=pepN;go_function=aminopeptidase activity|0004177||IEA,metallopeptidase activity|0008237||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177885.1;locus_tag=BQ2027_RS12720;product=aminopeptidase N;protein_id=WP_003412666.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2744218 2744685 . - . ID=gene-BQ2027_RS12725;Name=BQ2027_RS12725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12725;old_locus_tag=BQ2027_MB2495C +Chromosome Protein Homology CDS 2744218 2744685 . - 0 ID=cds-WP_003904843.1;Parent=gene-BQ2027_RS12725;Dbxref=GenBank:WP_003904843.1;Name=WP_003904843.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003904843.1;locus_tag=BQ2027_RS12725;product=DUF5130 domain-containing protein;protein_id=WP_003904843.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2744672 2744905 . - . ID=gene-BQ2027_RS12730;Name=ctaJ;gbkey=Gene;gene=ctaJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12730;old_locus_tag=BQ2027_MB2495A +Chromosome Protein Homology CDS 2744672 2744905 . - 0 ID=cds-WP_003412671.1;Parent=gene-BQ2027_RS12730;Dbxref=GenBank:WP_003412671.1;Name=WP_003412671.1;gbkey=CDS;gene=ctaJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411168.1;locus_tag=BQ2027_RS12730;product=aa3-type cytochrome oxidase subunit CtaJ;protein_id=WP_003412671.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2744941 2745609 . - . ID=gene-BQ2027_RS12735;Name=BQ2027_RS12735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12735;old_locus_tag=BQ2027_MB2496C +Chromosome Protein Homology CDS 2744941 2745609 . - 0 ID=cds-WP_003910562.1;Parent=gene-BQ2027_RS12735;Dbxref=GenBank:WP_003910562.1;Name=WP_003910562.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216985.1;locus_tag=BQ2027_RS12735;product=HNH endonuclease;protein_id=WP_003910562.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2745752 2746138 . + . ID=gene-BQ2027_RS12740;Name=glbO;gbkey=Gene;gene=glbO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12740;old_locus_tag=BQ2027_MB2497 +Chromosome Protein Homology CDS 2745752 2746138 . + 0 ID=cds-WP_003412688.1;Parent=gene-BQ2027_RS12740;Dbxref=GenBank:WP_003412688.1;Name=WP_003412688.1;gbkey=CDS;gene=glbO;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216986.1;locus_tag=BQ2027_RS12740;product=group 2 truncated hemoglobin GlbO;protein_id=WP_003412688.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2746138 2747778 . + . ID=gene-BQ2027_RS12745;Name=aglA;gbkey=Gene;gene=aglA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12745;old_locus_tag=BQ2027_MB2498 +Chromosome Protein Homology CDS 2746138 2747778 . + 0 ID=cds-WP_010950723.1;Parent=gene-BQ2027_RS12745;Dbxref=GenBank:WP_010950723.1;Name=WP_010950723.1;gbkey=CDS;gene=aglA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216987.1;locus_tag=BQ2027_RS12745;product=glycoside hydrolase family 13 protein;protein_id=WP_010950723.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2747846 2748139 . + . ID=gene-BQ2027_RS12750;Name=BQ2027_RS12750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12750;old_locus_tag=BQ2027_MB2499 +Chromosome Protein Homology CDS 2747846 2748139 . + 0 ID=cds-WP_003899337.1;Parent=gene-BQ2027_RS12750;Dbxref=GenBank:WP_003899337.1;Name=WP_003899337.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216988.1;locus_tag=BQ2027_RS12750;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899337.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2748142 2748858 . + . ID=gene-BQ2027_RS12755;Name=BQ2027_RS12755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12755;old_locus_tag=BQ2027_MB2500 +Chromosome Protein Homology CDS 2748142 2748858 . + 0 ID=cds-WP_003412695.1;Parent=gene-BQ2027_RS12755;Dbxref=GenBank:WP_003412695.1;Name=WP_003412695.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216989.1;locus_tag=BQ2027_RS12755;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412695.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2748890 2749543 . - . ID=gene-BQ2027_RS12760;Name=BQ2027_RS12760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12760;old_locus_tag=BQ2027_MB2501C +Chromosome Protein Homology CDS 2748890 2749543 . - 0 ID=cds-WP_010950724.1;Parent=gene-BQ2027_RS12760;Dbxref=GenBank:WP_010950724.1;Name=WP_010950724.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216990.1;locus_tag=BQ2027_RS12760;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950724.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2749549 2749965 . - . ID=gene-BQ2027_RS12765;Name=BQ2027_RS12765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12765;old_locus_tag=BQ2027_MB2502C +Chromosome Protein Homology CDS 2749549 2749965 . - 0 ID=cds-WP_003412703.1;Parent=gene-BQ2027_RS12765;Dbxref=GenBank:WP_003412703.1;Name=WP_003412703.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0016790;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,thiolester hydrolase activity|0016790||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216991.1;locus_tag=BQ2027_RS12765;product=acyl-CoA thioesterase;protein_id=WP_003412703.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2749962 2754833 . - . ID=gene-BQ2027_RS12770;Name=gdh;gbkey=Gene;gene=gdh;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12770;old_locus_tag=BQ2027_MB2503C +Chromosome Protein Homology CDS 2749962 2754833 . - 0 ID=cds-WP_003910563.1;Parent=gene-BQ2027_RS12770;Dbxref=GenBank:WP_003910563.1;Name=WP_003910563.1;Ontology_term=GO:0004352;gbkey=CDS;gene=gdh;go_function=glutamate dehydrogenase (NAD+) activity|0004352||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216992.1;locus_tag=BQ2027_RS12770;product=NAD-glutamate dehydrogenase;protein_id=WP_003910563.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2754937 2756613 . - . ID=gene-BQ2027_RS12775;Name=ettA;gbkey=Gene;gene=ettA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12775;old_locus_tag=BQ2027_MB2504C +Chromosome Protein Homology CDS 2754937 2756613 . - 0 ID=cds-WP_003412708.1;Parent=gene-BQ2027_RS12775;Dbxref=GenBank:WP_003412708.1;Name=WP_003412708.1;Ontology_term=GO:0045900,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=ettA;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=negative regulation of translational elongation|0045900||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216993.1;locus_tag=BQ2027_RS12775;product=energy-dependent translational throttle protein EttA;protein_id=WP_003412708.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2756694 2757200 . - . ID=gene-BQ2027_RS12780;Name=BQ2027_RS12780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12780;old_locus_tag=BQ2027_MB2505C +Chromosome Protein Homology CDS 2756694 2757200 . - 0 ID=cds-WP_003900529.1;Parent=gene-BQ2027_RS12780;Dbxref=GenBank:WP_003900529.1;Name=WP_003900529.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003697;gbkey=CDS;go_function=single-stranded DNA binding|0003697||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900529.1;locus_tag=BQ2027_RS12780;product=single-stranded DNA-binding protein;protein_id=WP_003900529.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2757788 2758111 . - . ID=gene-BQ2027_RS12785;Name=BQ2027_RS12785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12785;old_locus_tag=BQ2027_MB2506C +Chromosome Protein Homology CDS 2757788 2758111 . - 0 ID=cds-WP_003902275.1;Parent=gene-BQ2027_RS12785;Dbxref=GenBank:WP_003902275.1;Name=WP_003902275.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216997.1;locus_tag=BQ2027_RS12785;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902275.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2758127 2760496 . - . ID=gene-BQ2027_RS12790;Name=BQ2027_RS12790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12790;old_locus_tag=BQ2027_MB2507C +Chromosome Protein Homology CDS 2758127 2760496 . - 0 ID=cds-WP_010950725.1;Parent=gene-BQ2027_RS12790;Dbxref=GenBank:WP_010950725.1;Name=WP_010950725.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0004366;gbkey=CDS;go_function=glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity|0004366||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216998.1;locus_tag=BQ2027_RS12790;product=glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase;protein_id=WP_010950725.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2760493 2762235 . - . ID=gene-BQ2027_RS12795;Name=plsC;gbkey=Gene;gene=plsC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12795;old_locus_tag=BQ2027_MB2508C +Chromosome Protein Homology CDS 2760493 2762235 . - 0 ID=cds-WP_003412713.1;Parent=gene-BQ2027_RS12795;Dbxref=GenBank:WP_003412713.1;Name=WP_003412713.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0016787;gbkey=CDS;gene=plsC;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216999.1;locus_tag=BQ2027_RS12795;product=HAD-IB family hydrolase/lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003412713.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2762232 2763707 . - . ID=gene-BQ2027_RS12800;Name=BQ2027_RS12800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12800;old_locus_tag=BQ2027_MB2509C +Chromosome Protein Homology CDS 2762232 2763707 . - 0 ID=cds-WP_003412717.1;Parent=gene-BQ2027_RS12800;Dbxref=GenBank:WP_003412717.1;Name=WP_003412717.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217000.1;locus_tag=BQ2027_RS12800;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003412717.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2763936 2765201 . - . ID=gene-BQ2027_RS12805;Name=lipQ;gbkey=Gene;gene=lipQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12805;old_locus_tag=BQ2027_MB2510C +Chromosome Protein Homology CDS 2763936 2765201 . - 0 ID=cds-WP_003412725.1;Parent=gene-BQ2027_RS12805;Dbxref=GenBank:WP_003412725.1;Name=WP_003412725.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipQ;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217001.1;locus_tag=BQ2027_RS12805;product=esterase LipQ;protein_id=WP_003412725.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2765389 2765462 . + . ID=gene-BQ2027_RS12810;Name=BQ2027_RS12810;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS12810;old_locus_tag=BQ2027_ARGW +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2765389 2765462 . + . ID=rna-BQ2027_RS12810;Parent=gene-BQ2027_RS12810;anticodon=(pos:2765423..2765425);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12810;product=tRNA-Arg +Chromosome tRNAscan-SE exon 2765389 2765462 . + . ID=exon-BQ2027_RS12810-1;Parent=rna-BQ2027_RS12810;anticodon=(pos:2765423..2765425);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12810;product=tRNA-Arg +Chromosome RefSeq gene 2765563 2766333 . + . ID=gene-BQ2027_RS12815;Name=BQ2027_RS12815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12815;old_locus_tag=BQ2027_MB2511 +Chromosome Protein Homology CDS 2765563 2766333 . + 0 ID=cds-WP_003412728.1;Parent=gene-BQ2027_RS12815;Dbxref=GenBank:WP_003412728.1;Name=WP_003412728.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217002.1;locus_tag=BQ2027_RS12815;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_003412728.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2766513 2768597 . - . ID=gene-BQ2027_RS12820;Name=BQ2027_RS12820;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12820;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2766513 2768597 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS12820;Parent=gene-BQ2027_RS12820;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177886.1;locus_tag=BQ2027_RS12820;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2768679 2772020 . - . ID=gene-BQ2027_RS12825;Name=BQ2027_RS12825;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12825;old_locus_tag=BQ2027_MB2515C +Chromosome Protein Homology CDS 2768679 2772020 . - 0 ID=cds-WP_003902279.1;Parent=gene-BQ2027_RS12825;Dbxref=GenBank:WP_003902279.1;Name=WP_003902279.1;Ontology_term=GO:0006355;gbkey=CDS;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303515.1;locus_tag=BQ2027_RS12825;product=LuxR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003902279.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2772058 2772357 . - . ID=gene-BQ2027_RS12830;Name=BQ2027_RS12830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12830;old_locus_tag=BQ2027_MB2516C +Chromosome Protein Homology CDS 2772058 2772357 . - 0 ID=cds-WP_003899346.1;Parent=gene-BQ2027_RS12830;Dbxref=GenBank:WP_003899346.1;Name=WP_003899346.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217005.1;locus_tag=BQ2027_RS12830;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899346.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2772466 2777444 . - . ID=gene-BQ2027_RS12835;Name=BQ2027_RS12835;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS12835;old_locus_tag=BQ2027_MB2517C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2772466 2777444 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS12835;Parent=gene-BQ2027_RS12835;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177887.1;locus_tag=BQ2027_RS12835;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2777531 2777737 . - . ID=gene-BQ2027_RS12840;Name=BQ2027_RS12840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12840 +Chromosome Protein Homology CDS 2777531 2777737 . - 0 ID=cds-WP_003899347.1;Parent=gene-BQ2027_RS12840;Dbxref=GenBank:WP_003899347.1;Name=WP_003899347.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030040.1;locus_tag=BQ2027_RS12840;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899347.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2777873 2778496 . + . ID=gene-BQ2027_RS12845;Name=BQ2027_RS12845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12845;old_locus_tag=BQ2027_MB2519 +Chromosome Protein Homology CDS 2777873 2778496 . + 0 ID=cds-WP_003900858.1;Parent=gene-BQ2027_RS12845;Dbxref=GenBank:WP_003900858.1;Name=WP_003900858.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217007.1;locus_tag=BQ2027_RS12845;product=TIGR00725 family protein;protein_id=WP_003900858.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2778486 2779238 . + . ID=gene-BQ2027_RS12850;Name=BQ2027_RS12850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12850;old_locus_tag=BQ2027_MB2520 +Chromosome Protein Homology CDS 2778486 2779238 . + 0 ID=cds-WP_003901416.1;Parent=gene-BQ2027_RS12850;Dbxref=GenBank:WP_003901416.1;Name=WP_003901416.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217008.1;locus_tag=BQ2027_RS12850;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2779291 2779512 . + . ID=gene-BQ2027_RS12855;Name=BQ2027_RS12855;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12855;old_locus_tag=BQ2027_MB2521 +Chromosome Protein Homology CDS 2779291 2779512 . + 0 ID=cds-WP_003412749.1;Parent=gene-BQ2027_RS12855;Dbxref=GenBank:WP_003412749.1;Name=WP_003412749.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217009.1;locus_tag=BQ2027_RS12855;product=antitoxin;protein_id=WP_003412749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2779518 2779943 . + . ID=gene-BQ2027_RS12860;Name=BQ2027_RS12860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12860;old_locus_tag=BQ2027_MB2522 +Chromosome Protein Homology CDS 2779518 2779943 . + 0 ID=cds-WP_003412752.1;Parent=gene-BQ2027_RS12860;Dbxref=GenBank:WP_003412752.1;Name=WP_003412752.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217010.1;locus_tag=BQ2027_RS12860;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003412752.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2779966 2781147 . - . ID=gene-BQ2027_RS12865;Name=bkdC;gbkey=Gene;gene=bkdC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12865;old_locus_tag=BQ2027_MB2523C +Chromosome Protein Homology CDS 2779966 2781147 . - 0 ID=cds-WP_010950729.1;Parent=gene-BQ2027_RS12865;Dbxref=GenBank:WP_010950729.1;Name=WP_010950729.1;Ontology_term=GO:0016407,GO:0045240;gbkey=CDS;gene=bkdC;go_component=alpha-ketoacid dehydrogenase complex|0045240||IEA;go_function=acetyltransferase activity|0016407||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217011.1;locus_tag=BQ2027_RS12865;product=dihydrolipoamide acetyltransferase family protein;protein_id=WP_010950729.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2781144 2782190 . - . ID=gene-BQ2027_RS12870;Name=bkdB;gbkey=Gene;gene=bkdB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12870;old_locus_tag=BQ2027_MB2524C +Chromosome Protein Homology CDS 2781144 2782190 . - 0 ID=cds-WP_010950730.1;Parent=gene-BQ2027_RS12870;Dbxref=GenBank:WP_010950730.1;Name=WP_010950730.1;gbkey=CDS;gene=bkdB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217012.1;locus_tag=BQ2027_RS12870;product=3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta;protein_id=WP_010950730.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2782201 2783304 . - . ID=gene-BQ2027_RS12875;Name=pdhA;gbkey=Gene;gene=pdhA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12875;old_locus_tag=BQ2027_MB2525C +Chromosome Protein Homology CDS 2782201 2783304 . - 0 ID=cds-WP_003412761.1;Parent=gene-BQ2027_RS12875;Dbxref=GenBank:WP_003412761.1;Name=WP_003412761.1;Ontology_term=GO:0006086,GO:0004739,GO:0045254;gbkey=CDS;gene=pdhA;go_component=pyruvate dehydrogenase complex|0045254||IEA;go_function=pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity|0004739||IEA;go_process=pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA|0006086||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217013.1;locus_tag=BQ2027_RS12875;product=pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component subunit alpha;protein_id=WP_003412761.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2783563 2784384 . - . ID=gene-BQ2027_RS12880;Name=citE;gbkey=Gene;gene=citE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12880;old_locus_tag=BQ2027_MB2526C +Chromosome Protein Homology CDS 2783563 2784384 . - 0 ID=cds-WP_003412766.1;Parent=gene-BQ2027_RS12880;Dbxref=GenBank:WP_003412766.1;Name=WP_003412766.1;gbkey=CDS;gene=citE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217014.1;locus_tag=BQ2027_RS12880;product=citrate (pro-3S)-lyase subunit beta;protein_id=WP_003412766.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2784381 2784938 . - . ID=gene-BQ2027_RS12885;Name=BQ2027_RS12885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12885;old_locus_tag=BQ2027_MB2527C +Chromosome Protein Homology CDS 2784381 2784938 . - 0 ID=cds-WP_003412768.1;Parent=gene-BQ2027_RS12885;Dbxref=GenBank:WP_003412768.1;Name=WP_003412768.1;Ontology_term=GO:0016829;gbkey=CDS;go_function=lyase activity|0016829||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217015.1;locus_tag=BQ2027_RS12885;product=MaoC family dehydratase;protein_id=WP_003412768.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2784935 2786119 . - . ID=gene-BQ2027_RS12890;Name=BQ2027_RS12890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12890;old_locus_tag=BQ2027_MB2528C +Chromosome Protein Homology CDS 2784935 2786119 . - 0 ID=cds-WP_003412771.1;Parent=gene-BQ2027_RS12890;Dbxref=GenBank:WP_003412771.1;Name=WP_003412771.1;Ontology_term=GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217016.1;locus_tag=BQ2027_RS12890;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003412771.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2786124 2788088 . - . ID=gene-BQ2027_RS12895;Name=BQ2027_RS12895;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12895;old_locus_tag=BQ2027_MB2529C +Chromosome Protein Homology CDS 2786124 2788088 . - 0 ID=cds-WP_003899356.1;Parent=gene-BQ2027_RS12895;Dbxref=GenBank:WP_003899356.1;Name=WP_003899356.1;Ontology_term=GO:0004075,GO:0005524,GO:0016421,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=biotin carboxylase activity|0004075||IEA,ATP binding|0005524||IEA,CoA carboxylase activity|0016421||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217017.1;locus_tag=BQ2027_RS12895;product=acetyl/propionyl/methylcrotonyl-CoA carboxylase subunit alpha;protein_id=WP_003899356.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2788093 2789682 . - . ID=gene-BQ2027_RS12900;Name=BQ2027_RS12900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12900;old_locus_tag=BQ2027_MB2530C +Chromosome Protein Homology CDS 2788093 2789682 . - 0 ID=cds-WP_010950731.1;Parent=gene-BQ2027_RS12900;Dbxref=GenBank:WP_010950731.1;Name=WP_010950731.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217018.1;locus_tag=BQ2027_RS12900;product=carboxyl transferase domain-containing protein;protein_id=WP_010950731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2789679 2790335 . - . ID=gene-BQ2027_RS12905;Name=scoB;gbkey=Gene;gene=scoB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12905;old_locus_tag=BQ2027_MB2531C +Chromosome Protein Homology CDS 2789679 2790335 . - 0 ID=cds-WP_003412782.1;Parent=gene-BQ2027_RS12905;Dbxref=GenBank:WP_003412782.1;Name=WP_003412782.1;gbkey=CDS;gene=scoB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217019.1;locus_tag=BQ2027_RS12905;product=succinyl-CoA--3-ketoacid CoA transferase subunit B;protein_id=WP_003412782.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2790332 2791078 . - . ID=gene-BQ2027_RS12910;Name=scoA;gbkey=Gene;gene=scoA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12910;old_locus_tag=BQ2027_MB2532C +Chromosome Protein Homology CDS 2790332 2791078 . - 0 ID=cds-WP_003412786.1;Parent=gene-BQ2027_RS12910;Dbxref=GenBank:WP_003412786.1;Name=WP_003412786.1;gbkey=CDS;gene=scoA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217020.1;locus_tag=BQ2027_RS12910;product=succinyl-CoA--3-ketoacid CoA transferase subunit A;protein_id=WP_003412786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2791161 2792804 . - . ID=gene-BQ2027_RS12915;Name=BQ2027_RS12915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12915;old_locus_tag=BQ2027_MB2533C +Chromosome Protein Homology CDS 2791161 2792804 . - 0 ID=cds-WP_003899357.1;Parent=gene-BQ2027_RS12915;Dbxref=GenBank:WP_003899357.1;Name=WP_003899357.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217021.1;locus_tag=BQ2027_RS12915;product=AMP-binding protein;protein_id=WP_003899357.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2792920 2793567 . + . ID=gene-BQ2027_RS12920;Name=BQ2027_RS12920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12920;old_locus_tag=BQ2027_MB2534 +Chromosome Protein Homology CDS 2792920 2793567 . + 0 ID=cds-WP_003412790.1;Parent=gene-BQ2027_RS12920;Dbxref=GenBank:WP_003412790.1;Name=WP_003412790.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217022.1;locus_tag=BQ2027_RS12920;product=SACE_7040 family transcriptional regulator;protein_id=WP_003412790.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2793646 2794467 . + . ID=gene-BQ2027_RS12925;Name=BQ2027_RS12925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12925;old_locus_tag=BQ2027_MB2535 +Chromosome Protein Homology CDS 2793646 2794467 . + 0 ID=cds-WP_003412795.1;Parent=gene-BQ2027_RS12925;Dbxref=GenBank:WP_003412795.1;Name=WP_003412795.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217023.1;locus_tag=BQ2027_RS12925;product=MmpS family transport accessory protein;protein_id=WP_003412795.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2794464 2795801 . - . ID=gene-BQ2027_RS12930;Name=BQ2027_RS12930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12930;old_locus_tag=BQ2027_MB2536C +Chromosome Protein Homology CDS 2794464 2795801 . - 0 ID=cds-WP_003412798.1;Parent=gene-BQ2027_RS12930;Dbxref=GenBank:WP_003412798.1;Name=WP_003412798.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217024.1;locus_tag=BQ2027_RS12930;product=MFS transporter;protein_id=WP_003412798.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2795886 2796692 . + . ID=gene-BQ2027_RS12935;Name=cmrA;gbkey=Gene;gene=cmrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12935;old_locus_tag=BQ2027_MB2537 +Chromosome Protein Homology CDS 2795886 2796692 . + 0 ID=cds-WP_003412799.1;Parent=gene-BQ2027_RS12935;Dbxref=GenBank:WP_003412799.1;Name=WP_003412799.1;Note=Catalyzes the final step in mycolic acid biosynthesis.;Ontology_term=GO:0071768;gbkey=CDS;gene=cmrA;go_process=mycolic acid biosynthetic process|0071768||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217025.1;locus_tag=BQ2027_RS12935;product=mycolate reductase;protein_id=WP_003412799.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2796696 2798297 . - . ID=gene-BQ2027_RS12940;Name=BQ2027_RS12940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12940;old_locus_tag=BQ2027_MB2538C +Chromosome Protein Homology CDS 2796696 2798297 . - 0 ID=cds-WP_003412803.1;Parent=gene-BQ2027_RS12940;Dbxref=GenBank:WP_003412803.1;Name=WP_003412803.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217026.1;locus_tag=BQ2027_RS12940;product=helicase HerA-like C-terminal domain-containing protein;protein_id=WP_003412803.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2798365 2799012 . + . ID=gene-BQ2027_RS12945;Name=orn;gbkey=Gene;gene=orn;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12945;old_locus_tag=BQ2027_MB2539 +Chromosome Protein Homology CDS 2798365 2799012 . + 0 ID=cds-WP_003899361.1;Parent=gene-BQ2027_RS12945;Dbxref=GenBank:WP_003899361.1;Name=WP_003899361.1;Ontology_term=GO:0000175,GO:0003676;gbkey=CDS;gene=orn;go_function=3'-5'-RNA exonuclease activity|0000175||IEA,nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217027.1;locus_tag=BQ2027_RS12945;product=oligoribonuclease;protein_id=WP_003899361.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2799062 2799137 . + . ID=gene-BQ2027_RS12950;Name=BQ2027_RS12950;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS12950;old_locus_tag=BQ2027_HIST +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2799062 2799137 . + . ID=rna-BQ2027_RS12950;Parent=gene-BQ2027_RS12950;anticodon=(pos:2799095..2799097);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12950;product=tRNA-His +Chromosome tRNAscan-SE exon 2799062 2799137 . + . ID=exon-BQ2027_RS12950-1;Parent=rna-BQ2027_RS12950;anticodon=(pos:2799095..2799097);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS12950;product=tRNA-His +Chromosome RefSeq gene 2799764 2801011 . - . ID=gene-BQ2027_RS12955;Name=BQ2027_RS12955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12955;old_locus_tag=BQ2027_MB2540C +Chromosome Protein Homology CDS 2799764 2801011 . - 0 ID=cds-WP_003904572.1-3;Parent=gene-BQ2027_RS12955;Dbxref=GenBank:WP_003904572.1;Name=WP_003904572.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215715.1;locus_tag=BQ2027_RS12955;product=IS256-like element IS1081 family transposase;protein_id=WP_003904572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2801369 2801791 . + . ID=gene-BQ2027_RS12960;Name=BQ2027_RS12960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12960;old_locus_tag=BQ2027_MB2542 +Chromosome Protein Homology CDS 2801369 2801791 . + 0 ID=cds-WP_003412921.1;Parent=gene-BQ2027_RS12960;Dbxref=GenBank:WP_003412921.1;Name=WP_003412921.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217029.1;locus_tag=BQ2027_RS12960;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412921.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2802085 2802546 . - . ID=gene-BQ2027_RS12965;Name=BQ2027_RS12965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12965;old_locus_tag=BQ2027_MB2543C +Chromosome Protein Homology CDS 2802085 2802546 . - 0 ID=cds-WP_003899362.1;Parent=gene-BQ2027_RS12965;Dbxref=GenBank:WP_003899362.1;Name=WP_003899362.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217030.1;locus_tag=BQ2027_RS12965;product=DUF4411 family protein;protein_id=WP_003899362.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2802552 2803799 . - . ID=gene-BQ2027_RS12970;Name=BQ2027_RS12970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12970;old_locus_tag=BQ2027_MB2544C +Chromosome Protein Homology CDS 2802552 2803799 . - 0 ID=cds-WP_003412926.1;Parent=gene-BQ2027_RS12970;Dbxref=GenBank:WP_003412926.1;Name=WP_003412926.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217031.1;locus_tag=BQ2027_RS12970;product=XRE family transcriptional regulator;protein_id=WP_003412926.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2803918 2804721 . - . ID=gene-BQ2027_RS12975;Name=BQ2027_RS12975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12975;old_locus_tag=BQ2027_MB2545C +Chromosome Protein Homology CDS 2803918 2804721 . - 0 ID=cds-WP_003412932.1;Parent=gene-BQ2027_RS12975;Dbxref=GenBank:WP_003412932.1;Name=WP_003412932.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217032.2;locus_tag=BQ2027_RS12975;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003412932.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2804718 2804969 . - . ID=gene-BQ2027_RS12980;Name=BQ2027_RS12980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS12980;old_locus_tag=BQ2027_MB2546C +Chromosome Protein Homology CDS 2804718 2804969 . - 0 ID=cds-WP_003412936.1;Parent=gene-BQ2027_RS12980;Dbxref=GenBank:WP_003412936.1;Name=WP_003412936.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217033.1;locus_tag=BQ2027_RS12980;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412936.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2805317 2806543 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13010;Name=BQ2027_RS13010;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13010;old_locus_tag=BQ2027_MB2551C +Chromosome Protein Homology CDS 2809337 2810749 . - 0 ID=cds-WP_003412946.1;Parent=gene-BQ2027_RS13010;Dbxref=GenBank:WP_003412946.1;Name=WP_003412946.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217038.1;locus_tag=BQ2027_RS13010;product=dipeptidase;protein_id=WP_003412946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2810746 2811138 . - . ID=gene-BQ2027_RS13015;Name=acpS;gbkey=Gene;gene=acpS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13015;old_locus_tag=BQ2027_MB2552C +Chromosome Protein Homology CDS 2810746 2811138 . - 0 ID=cds-WP_003412952.1;Parent=gene-BQ2027_RS13015;Dbxref=GenBank:WP_003412952.1;Name=WP_003412952.1;gbkey=CDS;gene=acpS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217039.1;locus_tag=BQ2027_RS13015;product=holo-ACP synthase AcpS;protein_id=WP_003412952.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2811331 2820540 . - . ID=gene-BQ2027_RS13020;Name=fas;gbkey=Gene;gene=fas;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13020;old_locus_tag=BQ2027_MB2553C +Chromosome Protein Homology CDS 2811331 2820540 . - 0 ID=cds-WP_003901420.1;Parent=gene-BQ2027_RS13020;Dbxref=GenBank:WP_003901420.1;Name=WP_003901420.1;gbkey=CDS;gene=fas;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217040.1;locus_tag=BQ2027_RS13020;product=fatty acid synthase;protein_id=WP_003901420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2821060 2821782 . - . ID=gene-BQ2027_RS13025;Name=BQ2027_RS13025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13025;old_locus_tag=BQ2027_MB2554C +Chromosome Protein Homology CDS 2821060 2821782 . - 0 ID=cds-WP_003412957.1;Parent=gene-BQ2027_RS13025;Dbxref=GenBank:WP_003412957.1;Name=WP_003412957.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217041.1;locus_tag=BQ2027_RS13025;product=DUF1906 domain-containing protein;protein_id=WP_003412957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2822299 2822526 . + . ID=gene-BQ2027_RS13030;Name=BQ2027_RS13030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13030;old_locus_tag=BQ2027_MB2555 +Chromosome Protein Homology CDS 2822299 2822526 . + 0 ID=cds-WP_003412960.1;Parent=gene-BQ2027_RS13030;Dbxref=GenBank:WP_003412960.1;Name=WP_003412960.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217042.1;locus_tag=BQ2027_RS13030;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003412960.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2822523 2822924 . + . ID=gene-BQ2027_RS13035;Name=BQ2027_RS13035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13035;old_locus_tag=BQ2027_MB2556 +Chromosome Protein Homology CDS 2822523 2822924 . + 0 ID=cds-WP_003412963.1;Parent=gene-BQ2027_RS13035;Dbxref=GenBank:WP_003412963.1;Name=WP_003412963.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217043.1;locus_tag=BQ2027_RS13035;product=PIN domain-containing protein;protein_id=WP_003412963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2822959 2823879 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13045;Name=BQ2027_RS13045;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13045 +Chromosome Protein Homology CDS 2824220 2824465 . - 0 ID=cds-WP_162146607.1;Parent=gene-BQ2027_RS13045;Dbxref=GenBank:WP_162146607.1;Name=WP_162146607.1;Ontology_term=GO:0001558,GO:0003677,GO:0003700,GO:0097351;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,toxin sequestering activity|0097351||IEA;go_process=regulation of cell growth|0001558||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014588586.1;locus_tag=BQ2027_RS13045;product=AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein;protein_id=WP_162146607.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2824524 2825474 . + . ID=gene-BQ2027_RS13050;Name=BQ2027_RS13050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13050;old_locus_tag=BQ2027_MB2558 +Chromosome Protein Homology CDS 2824524 2825474 . + 0 ID=cds-WP_003911916.1;Parent=gene-BQ2027_RS13050;Dbxref=GenBank:WP_003911916.1;Name=WP_003911916.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0004518;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,nuclease activity|0004518||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019830685.1;locus_tag=BQ2027_RS13050;product=ERCC4 domain-containing protein;protein_id=WP_003911916.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2825475 2825894 . - . ID=gene-BQ2027_RS13055;Name=BQ2027_RS13055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13055;old_locus_tag=BQ2027_MB2559C +Chromosome Protein Homology CDS 2825475 2825894 . - 0 ID=cds-WP_003412970.1;Parent=gene-BQ2027_RS13055;Dbxref=GenBank:WP_003412970.1;Name=WP_003412970.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217046.1;locus_tag=BQ2027_RS13055;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003412970.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2825891 2826115 . - . ID=gene-BQ2027_RS13060;Name=BQ2027_RS13060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13060;old_locus_tag=BQ2027_MB2559AC +Chromosome Protein Homology CDS 2825891 2826115 . - 0 ID=cds-WP_003412975.1;Parent=gene-BQ2027_RS13060;Dbxref=GenBank:WP_003412975.1;Name=WP_003412975.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177672.1;locus_tag=BQ2027_RS13060;product=antitoxin VapB39;protein_id=WP_003412975.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2826146 2828989 . - . ID=gene-BQ2027_RS13065;Name=BQ2027_RS13065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13065;old_locus_tag=BQ2027_MB2560C +Chromosome Protein Homology CDS 2826146 2828989 . - 0 ID=cds-WP_003899363.1;Parent=gene-BQ2027_RS13065;Dbxref=GenBank:WP_003899363.1;Name=WP_003899363.1;Ontology_term=GO:0016831;gbkey=CDS;go_function=carboxy-lyase activity|0016831||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177889.1;locus_tag=BQ2027_RS13065;product=aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme;protein_id=WP_003899363.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2829061 2829462 . - . ID=gene-BQ2027_RS13070;Name=BQ2027_RS13070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13070;old_locus_tag=BQ2027_MB2561C +Chromosome Protein Homology CDS 2829061 2829462 . - 0 ID=cds-WP_003412981.1;Parent=gene-BQ2027_RS13070;Dbxref=GenBank:WP_003412981.1;Name=WP_003412981.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217048.1;locus_tag=BQ2027_RS13070;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003412981.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2829462 2829932 . - . ID=gene-BQ2027_RS13075;Name=nusB;gbkey=Gene;gene=nusB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13075;old_locus_tag=BQ2027_MB2562C +Chromosome Protein Homology CDS 2829462 2829932 . - 0 ID=cds-WP_003412985.1;Parent=gene-BQ2027_RS13075;Dbxref=GenBank:WP_003412985.1;Name=WP_003412985.1;Ontology_term=GO:0006353;gbkey=CDS;gene=nusB;go_process=DNA-templated transcription termination|0006353||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217049.1;locus_tag=BQ2027_RS13075;product=transcription antitermination factor NusB;protein_id=WP_003412985.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2829935 2830498 . - . ID=gene-BQ2027_RS13080;Name=efp;gbkey=Gene;gene=efp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13080;old_locus_tag=BQ2027_MB2563C +Chromosome Protein Homology CDS 2829935 2830498 . - 0 ID=cds-WP_003412989.1;Parent=gene-BQ2027_RS13080;Dbxref=GenBank:WP_003412989.1;Name=WP_003412989.1;Ontology_term=GO:0006414,GO:0003746,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=efp;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=translation elongation factor activity|0003746||IEA;go_process=translational elongation|0006414||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011559756.1;locus_tag=BQ2027_RS13080;product=elongation factor P;protein_id=WP_003412989.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2830508 2831626 . - . ID=gene-BQ2027_RS13085;Name=pepQ;gbkey=Gene;gene=pepQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13085;old_locus_tag=BQ2027_MB2564C +Chromosome Protein Homology CDS 2830508 2831626 . - 0 ID=cds-WP_003412996.1;Parent=gene-BQ2027_RS13085;Dbxref=GenBank:WP_003412996.1;Name=WP_003412996.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004177,GO:0008233,GO:0016787,GO:0046872,GO:0070006;gbkey=CDS;gene=pepQ;go_function=aminopeptidase activity|0004177||IEA,peptidase activity|0008233||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA,metalloaminopeptidase activity|0070006||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217051.1;locus_tag=BQ2027_RS13085;product=M24 family metallopeptidase;protein_id=WP_003412996.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2831660 2832352 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13095;Name=aroQ;gbkey=Gene;gene=aroQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13095;old_locus_tag=BQ2027_MB2566C +Chromosome Protein Homology CDS 2832356 2832799 . - 0 ID=cds-WP_003413001.1;Parent=gene-BQ2027_RS13095;Dbxref=GenBank:WP_003413001.1;Name=WP_003413001.1;Ontology_term=GO:0009423,GO:0003855;gbkey=CDS;gene=aroQ;go_function=3-dehydroquinate dehydratase activity|0003855||IEA;go_process=chorismate biosynthetic process|0009423||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217053.1;locus_tag=BQ2027_RS13095;product=type II 3-dehydroquinate dehydratase;protein_id=WP_003413001.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2832796 2833884 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13130;Name=BQ2027_RS13130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13130;old_locus_tag=BQ2027_MB2573 +Chromosome Protein Homology CDS 2838332 2838991 . + 0 ID=cds-WP_003900847.1;Parent=gene-BQ2027_RS13130;Dbxref=GenBank:WP_003900847.1;Name=WP_003900847.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217059.1;locus_tag=BQ2027_RS13130;product=LppA family lipoprotein;protein_id=WP_003900847.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2838988 2839650 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13140;Name=BQ2027_RS13140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13140;old_locus_tag=BQ2027_MB2575 +Chromosome Protein Homology CDS 2839647 2839925 . + 0 ID=cds-WP_003901422.1;Parent=gene-BQ2027_RS13140;Dbxref=GenBank:WP_003901422.1;Name=WP_003901422.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217061.1;locus_tag=BQ2027_RS13140;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003901422.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2840018 2840431 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13165;Name=vapC20;gbkey=Gene;gene=vapC20;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13165;old_locus_tag=BQ2027_MB2579C +Chromosome Protein Homology CDS 2841591 2841986 . - 0 ID=cds-WP_003413180.1;Parent=gene-BQ2027_RS13165;Dbxref=GenBank:WP_003413180.1;Name=WP_003413180.1;gbkey=CDS;gene=vapC20;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217065.1;locus_tag=BQ2027_RS13165;product=type II toxin-antitoxin system toxin 23S rRNA-specific endonuclease VapC20;protein_id=WP_003413180.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2841983 2842228 . - . ID=gene-BQ2027_RS13170;Name=vapB20;gbkey=Gene;gene=vapB20;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13170;old_locus_tag=BQ2027_MB2580C +Chromosome Protein Homology CDS 2841983 2842228 . - 0 ID=cds-WP_003413183.1;Parent=gene-BQ2027_RS13170;Dbxref=GenBank:WP_003413183.1;Name=WP_003413183.1;gbkey=CDS;gene=vapB20;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217066.1;locus_tag=BQ2027_RS13170;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin VapB20;protein_id=WP_003413183.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2842639 2843058 . - . ID=gene-BQ2027_RS13175;Name=BQ2027_RS13175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13175;old_locus_tag=BQ2027_MB2581C +Chromosome Protein Homology CDS 2842639 2843058 . - 0 ID=cds-WP_003413190.1;Parent=gene-BQ2027_RS13175;Dbxref=GenBank:WP_003413190.1;Name=WP_003413190.1;Ontology_term=GO:0004190,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=aspartic-type endopeptidase activity|0004190||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217067.1;locus_tag=BQ2027_RS13175;product=A24 family peptidase;protein_id=WP_003413190.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2843070 2843878 . - . ID=gene-BQ2027_RS13180;Name=aroE;gbkey=Gene;gene=aroE;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS13180;old_locus_tag=BQ2027_MB2582C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2843070 2843878 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS13180;Parent=gene-BQ2027_RS13180;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0004764;gbkey=CDS;gene=aroE;go_function=shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity|0004764||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217068.1;locus_tag=BQ2027_RS13180;product=shikimate dehydrogenase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2843875 2845128 . - . ID=gene-BQ2027_RS13185;Name=BQ2027_RS13185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13185;old_locus_tag=BQ2027_MB2583C +Chromosome Protein Homology CDS 2843875 2845128 . - 0 ID=cds-WP_003413196.1;Parent=gene-BQ2027_RS13185;Dbxref=GenBank:WP_003413196.1;Name=WP_003413196.1;Ontology_term=GO:0009252,GO:0071555,GO:0008932,GO:0016829;gbkey=CDS;go_function=lytic endotransglycosylase activity|0008932||IEA,lyase activity|0016829||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA,cell wall organization|0071555||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217069.1;locus_tag=BQ2027_RS13185;product=endolytic transglycosylase MltG;protein_id=WP_003413196.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2845121 2845633 . - . ID=gene-BQ2027_RS13190;Name=ruvX;gbkey=Gene;gene=ruvX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13190;old_locus_tag=BQ2027_MB2584C +Chromosome Protein Homology CDS 2845121 2845633 . - 0 ID=cds-WP_003413197.1;Parent=gene-BQ2027_RS13190;Dbxref=GenBank:WP_003413197.1;Name=WP_003413197.1;Ontology_term=GO:0006364;gbkey=CDS;gene=ruvX;go_process=rRNA processing|0006364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217070.1;locus_tag=BQ2027_RS13190;product=Holliday junction resolvase RuvX;protein_id=WP_003413197.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2845634 2848348 . - . ID=gene-BQ2027_RS13195;Name=alaS;gbkey=Gene;gene=alaS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13195;old_locus_tag=BQ2027_MB2585C +Chromosome Protein Homology CDS 2845634 2848348 . - 0 ID=cds-WP_003413201.1;Parent=gene-BQ2027_RS13195;Dbxref=GenBank:WP_003413201.1;Name=WP_003413201.1;Ontology_term=GO:0006419,GO:0000166,GO:0004813,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=alaS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,alanine-tRNA ligase activity|0004813||IEA;go_process=alanyl-tRNA aminoacylation|0006419||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217071.1;locus_tag=BQ2027_RS13195;product=alanine--tRNA ligase;protein_id=WP_003413201.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2848439 2848828 . - . ID=gene-BQ2027_RS13200;Name=BQ2027_RS13200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13200;old_locus_tag=BQ2027_MB2586C +Chromosome Protein Homology CDS 2848439 2848828 . - 0 ID=cds-WP_003413208.1;Parent=gene-BQ2027_RS13200;Dbxref=GenBank:WP_003413208.1;Name=WP_003413208.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0005737;gbkey=CDS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217072.1;locus_tag=BQ2027_RS13200;product=secondary thiamine-phosphate synthase enzyme YjbQ;protein_id=WP_003413208.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2848989 2849609 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13210;Name=BQ2027_RS13210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13210;old_locus_tag=BQ2027_MB2588 +Chromosome Protein Homology CDS 2849781 2850404 . + 0 ID=cds-WP_003917020.1;Parent=gene-BQ2027_RS13210;Dbxref=GenBank:WP_003917020.1;Name=WP_003917020.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015355845.1;locus_tag=BQ2027_RS13210;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917020.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2850434 2851792 . - . ID=gene-BQ2027_RS13215;Name=BQ2027_RS13215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13215;old_locus_tag=BQ2027_MB2589C +Chromosome Protein Homology CDS 2850434 2851792 . - 0 ID=cds-WP_003413216.1;Parent=gene-BQ2027_RS13215;Dbxref=GenBank:WP_003413216.1;Name=WP_003413216.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217075.1;locus_tag=BQ2027_RS13215;product=replication-associated recombination protein A;protein_id=WP_003413216.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2851938 2852915 . + . ID=gene-BQ2027_RS13220;Name=BQ2027_RS13220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13220;old_locus_tag=BQ2027_MB2590 +Chromosome Protein Homology CDS 2851938 2852915 . + 0 ID=cds-WP_003899377.1;Parent=gene-BQ2027_RS13220;Dbxref=GenBank:WP_003899377.1;Name=WP_003899377.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217076.1;locus_tag=BQ2027_RS13220;product=DUF2189 domain-containing protein;protein_id=WP_003899377.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2853272 2854009 . + . ID=gene-BQ2027_RS13225;Name=BQ2027_RS13225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13225;old_locus_tag=BQ2027_MB2591 +Chromosome Protein Homology CDS 2853272 2854009 . + 0 ID=cds-WP_010950737.1;Parent=gene-BQ2027_RS13225;Dbxref=GenBank:WP_010950737.1;Name=WP_010950737.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950737.1;locus_tag=BQ2027_RS13225;product=DUF2652 domain-containing protein;protein_id=WP_010950737.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2854152 2855201 . + . ID=gene-BQ2027_RS13230;Name=BQ2027_RS13230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13230;old_locus_tag=BQ2027_MB2592 +Chromosome Protein Homology CDS 2854152 2855201 . + 0 ID=cds-WP_003413230.1;Parent=gene-BQ2027_RS13230;Dbxref=GenBank:WP_003413230.1;Name=WP_003413230.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217079.1;locus_tag=BQ2027_RS13230;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003413230.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2855204 2856196 . + . ID=gene-BQ2027_RS13235;Name=glnQ;gbkey=Gene;gene=glnQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13235;old_locus_tag=BQ2027_MB2593 +Chromosome Protein Homology CDS 2855204 2856196 . + 0 ID=cds-WP_003899378.1;Parent=gene-BQ2027_RS13235;Dbxref=GenBank:WP_003899378.1;Name=WP_003899378.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359,GO:0043190;gbkey=CDS;gene=glnQ;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217080.1;locus_tag=BQ2027_RS13235;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003899378.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2856473 2858224 . + . ID=gene-BQ2027_RS13240;Name=BQ2027_RS13240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13240;old_locus_tag=BQ2027_MB2594 +Chromosome Protein Homology CDS 2856473 2858224 . + 0 ID=cds-WP_003901427.1;Parent=gene-BQ2027_RS13240;Dbxref=GenBank:WP_003901427.1;Name=WP_003901427.1;Ontology_term=GO:0006629;gbkey=CDS;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217081.1;locus_tag=BQ2027_RS13240;product=patatin-like phospholipase family protein;protein_id=WP_003901427.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2858316 2859836 . + . ID=gene-BQ2027_RS21025;Name=BQ2027_RS21025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21025;old_locus_tag=BQ2027_MB2595 +Chromosome Protein Homology CDS 2858316 2859836 . + 0 ID=cds-WP_374104941.1;Parent=gene-BQ2027_RS21025;Dbxref=GenBank:WP_374104941.1;Name=WP_374104941.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF021424.6;locus_tag=BQ2027_RS21025;product=transglutaminase family protein;protein_id=WP_374104941.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2859862 2861655 . + . ID=gene-BQ2027_RS21030;Name=BQ2027_RS21030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21030;old_locus_tag=BQ2027_MB2596 +Chromosome Protein Homology CDS 2859862 2861655 . + 0 ID=cds-WP_010950739.1;Parent=gene-BQ2027_RS21030;Dbxref=GenBank:WP_010950739.1;Name=WP_010950739.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF021424.6;locus_tag=BQ2027_RS21030;product=transglutaminase family protein;protein_id=WP_010950739.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2861655 2864309 . + . ID=gene-BQ2027_RS13250;Name=BQ2027_RS13250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13250;old_locus_tag=BQ2027_MB2597 +Chromosome Protein Homology CDS 2861655 2864309 . + 0 ID=cds-WP_003413330.1;Parent=gene-BQ2027_RS13250;Dbxref=GenBank:WP_003413330.1;Name=WP_003413330.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217083.1;locus_tag=BQ2027_RS13250;product=circularly permuted type 2 ATP-grasp protein;protein_id=WP_003413330.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2864306 2865331 . - . ID=gene-BQ2027_RS13255;Name=BQ2027_RS13255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13255;old_locus_tag=BQ2027_MB2598C +Chromosome Protein Homology CDS 2864306 2865331 . - 0 ID=cds-WP_003413332.1;Parent=gene-BQ2027_RS13255;Dbxref=GenBank:WP_003413332.1;Name=WP_003413332.1;Ontology_term=GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217084.1;locus_tag=BQ2027_RS13255;product=zinc-binding metallopeptidase family protein;protein_id=WP_003413332.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2865324 2866268 . - . ID=gene-BQ2027_RS13260;Name=BQ2027_RS13260;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13260;old_locus_tag=BQ2027_MB2599C +Chromosome Protein Homology CDS 2865324 2866268 . - 0 ID=cds-WP_003413334.1;Parent=gene-BQ2027_RS13260;Dbxref=GenBank:WP_003413334.1;Name=WP_003413334.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217085.1;locus_tag=BQ2027_RS13260;product=transglutaminase family protein;protein_id=WP_003413334.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2866372 2866761 . + . ID=gene-BQ2027_RS13265;Name=BQ2027_RS13265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13265;old_locus_tag=BQ2027_MB2600 +Chromosome Protein Homology CDS 2866372 2866761 . + 0 ID=cds-WP_003413336.1;Parent=gene-BQ2027_RS13265;Dbxref=GenBank:WP_003413336.1;Name=WP_003413336.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217086.1;locus_tag=BQ2027_RS13265;product=MmcQ/YjbR family DNA-binding protein;protein_id=WP_003413336.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2866753 2867820 . - . ID=gene-BQ2027_RS13270;Name=BQ2027_RS13270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13270;old_locus_tag=BQ2027_MB2601C +Chromosome Protein Homology CDS 2866753 2867820 . - 0 ID=cds-WP_003899381.1;Parent=gene-BQ2027_RS13270;Dbxref=GenBank:WP_003899381.1;Name=WP_003899381.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217087.1;locus_tag=BQ2027_RS13270;product=FUSC family protein;protein_id=WP_003899381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2867827 2869662 . - . ID=gene-BQ2027_RS13275;Name=aspS;gbkey=Gene;gene=aspS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13275;old_locus_tag=BQ2027_MB2602C +Chromosome Protein Homology CDS 2867827 2869662 . - 0 ID=cds-WP_010950740.1;Parent=gene-BQ2027_RS13275;Dbxref=GenBank:WP_010950740.1;Name=WP_010950740.1;Ontology_term=GO:0006418,GO:0000166,GO:0004812,GO:0005524,GO:0016874;gbkey=CDS;gene=aspS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,aminoacyl-tRNA ligase activity|0004812||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ligase activity|0016874||IEA;go_process=tRNA aminoacylation for protein translation|0006418||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950740.1;locus_tag=BQ2027_RS13275;product=aspartate--tRNA ligase;protein_id=WP_010950740.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2869755 2870642 . + . ID=gene-BQ2027_RS13280;Name=BQ2027_RS13280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13280;old_locus_tag=BQ2027_MB2603 +Chromosome Protein Homology CDS 2869755 2870642 . + 0 ID=cds-WP_015385292.1;Parent=gene-BQ2027_RS13280;Dbxref=GenBank:WP_015385292.1;Name=WP_015385292.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015385292.1;locus_tag=BQ2027_RS13280;product=oxidoreductase;protein_id=WP_015385292.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2870665 2871168 . + . ID=gene-BQ2027_RS13285;Name=BQ2027_RS13285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13285;old_locus_tag=BQ2027_MB2604 +Chromosome Protein Homology CDS 2870665 2871168 . + 0 ID=cds-WP_003413345.1;Parent=gene-BQ2027_RS13285;Dbxref=GenBank:WP_003413345.1;Name=WP_003413345.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217090.1;locus_tag=BQ2027_RS13285;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003413345.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2871198 2872079 . + . ID=gene-BQ2027_RS13290;Name=ypfJ;gbkey=Gene;gene=ypfJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13290;old_locus_tag=BQ2027_MB2605 +Chromosome Protein Homology CDS 2871198 2872079 . + 0 ID=cds-WP_003899384.1;Parent=gene-BQ2027_RS13290;Dbxref=GenBank:WP_003899384.1;Name=WP_003899384.1;gbkey=CDS;gene=ypfJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217091.1;locus_tag=BQ2027_RS13290;product=KPN_02809 family neutral zinc metallopeptidase;protein_id=WP_003899384.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2872085 2872549 . - . ID=gene-BQ2027_RS13295;Name=BQ2027_RS13295;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13295;old_locus_tag=BQ2027_MB2606C +Chromosome Protein Homology CDS 2872085 2872549 . - 0 ID=cds-WP_003413352.1;Parent=gene-BQ2027_RS13295;Dbxref=GenBank:WP_003413352.1;Name=WP_003413352.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217092.1;locus_tag=BQ2027_RS13295;product=membrane protein;protein_id=WP_003413352.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 2872777 2874366 . + . ID=gene-BQ2027_RS13300;Name=BQ2027_RS13300;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS13300;old_locus_tag=BQ2027_MB2608;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 2872777 2874366 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS13300;Parent=gene-BQ2027_RS13300;Note=internal stop;Ontology_term=GO:0016311,GO:0003993,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=acid phosphatase activity|0003993||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=dephosphorylation|0016311||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217093.1;locus_tag=BQ2027_RS13300;product=purple acid phosphatase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2874368 2875390 . - . ID=gene-BQ2027_RS13305;Name=BQ2027_RS13305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13305;old_locus_tag=BQ2027_MB2609C +Chromosome Protein Homology CDS 2874368 2875390 . - 0 ID=cds-WP_003413359.1;Parent=gene-BQ2027_RS13305;Dbxref=GenBank:WP_003413359.1;Name=WP_003413359.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0051536;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,iron-sulfur cluster binding|0051536||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217094.1;locus_tag=BQ2027_RS13305;product=Rv2578c family radical SAM protein;protein_id=WP_003413359.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2875498 2876400 . + . ID=gene-BQ2027_RS13310;Name=dhaA;gbkey=Gene;gene=dhaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13310;old_locus_tag=BQ2027_MB2610 +Chromosome Protein Homology CDS 2875498 2876400 . + 0 ID=cds-WP_010950743.1;Parent=gene-BQ2027_RS13310;Dbxref=GenBank:WP_010950743.1;Name=WP_010950743.1;Ontology_term=GO:0018786;gbkey=CDS;gene=dhaA;go_function=haloalkane dehalogenase activity|0018786||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177890.1;locus_tag=BQ2027_RS13310;product=haloalkane dehalogenase;protein_id=WP_010950743.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2876680 2877951 . - . ID=gene-BQ2027_RS13315;Name=hisS;gbkey=Gene;gene=hisS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13315;old_locus_tag=BQ2027_MB2611C +Chromosome Protein Homology CDS 2876680 2877951 . - 0 ID=cds-WP_003413365.1;Parent=gene-BQ2027_RS13315;Dbxref=GenBank:WP_003413365.1;Name=WP_003413365.1;Ontology_term=GO:0006427,GO:0004821,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=hisS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=histidine-tRNA ligase activity|0004821||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=histidyl-tRNA aminoacylation|0006427||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217096.1;locus_tag=BQ2027_RS13315;product=histidine--tRNA ligase;protein_id=WP_003413365.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2877948 2878622 . - . ID=gene-BQ2027_RS13320;Name=BQ2027_RS13320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13320;old_locus_tag=BQ2027_MB2612C +Chromosome Protein Homology CDS 2877948 2878622 . - 0 ID=cds-WP_003413366.1;Parent=gene-BQ2027_RS13320;Dbxref=GenBank:WP_003413366.1;Name=WP_003413366.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217097.1;locus_tag=BQ2027_RS13320;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003413366.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2878721 2879599 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13335;Name=apt;gbkey=Gene;gene=apt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13335;old_locus_tag=BQ2027_MB2615C +Chromosome Protein Homology CDS 2882088 2882759 . - 0 ID=cds-WP_003413369.1;Parent=gene-BQ2027_RS13335;Dbxref=GenBank:WP_003413369.1;Name=WP_003413369.1;Ontology_term=GO:0009116,GO:0003999;gbkey=CDS;gene=apt;go_function=adenine phosphoribosyltransferase activity|0003999||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217100.1;locus_tag=BQ2027_RS13335;product=adenine phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003413369.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2882863 2884536 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13365;Name=car;gbkey=Gene;gene=car;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13365;old_locus_tag=BQ2027_MB2621 +Chromosome Protein Homology CDS 2889730 2893236 . + 0 ID=cds-WP_010950747.1;Parent=gene-BQ2027_RS13365;Dbxref=GenBank:WP_010950747.1;Name=WP_010950747.1;Ontology_term=GO:0006629,GO:0005524,GO:0016620,GO:0031177,GO:0050661;gbkey=CDS;gene=car;go_function=ATP binding|0005524||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on the aldehyde or oxo group of donors%2C NAD or NADP as acceptor|0016620||IEA,phosphopantetheine binding|0031177||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217106.1;locus_tag=BQ2027_RS13365;product=carboxylic acid reductase;protein_id=WP_010950747.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2893410 2895050 . + . ID=gene-BQ2027_RS13370;Name=BQ2027_RS13370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13370;old_locus_tag=BQ2027_MB2622 +Chromosome Protein Homology CDS 2893410 2895050 . + 0 ID=cds-WP_010950748.1;Parent=gene-BQ2027_RS13370;Dbxref=GenBank:WP_010950748.1;Name=WP_010950748.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177891.1;locus_tag=BQ2027_RS13370;product=PE family protein;protein_id=WP_010950748.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2895067 2896101 . - . ID=gene-BQ2027_RS13375;Name=ruvB;gbkey=Gene;gene=ruvB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13375;old_locus_tag=BQ2027_MB2623C +Chromosome Protein Homology CDS 2895067 2896101 . - 0 ID=cds-WP_003413416.1;Parent=gene-BQ2027_RS13375;Dbxref=GenBank:WP_003413416.1;Name=WP_003413416.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003677,GO:0005524,GO:0009378;gbkey=CDS;gene=ruvB;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,four-way junction helicase activity|0009378||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217108.1;locus_tag=BQ2027_RS13375;product=Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB;protein_id=WP_003413416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2896098 2896688 . - . ID=gene-BQ2027_RS13380;Name=ruvA;gbkey=Gene;gene=ruvA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13380;old_locus_tag=BQ2027_MB2624C +Chromosome Protein Homology CDS 2896098 2896688 . - 0 ID=cds-WP_003413421.1;Parent=gene-BQ2027_RS13380;Dbxref=GenBank:WP_003413421.1;Name=WP_003413421.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003678,GO:0009378,GO:0009379;gbkey=CDS;gene=ruvA;go_component=Holliday junction helicase complex|0009379||IEA;go_function=DNA helicase activity|0003678||IEA,four-way junction helicase activity|0009378||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217109.1;locus_tag=BQ2027_RS13380;product=Holliday junction branch migration protein RuvA;protein_id=WP_003413421.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2896685 2897251 . - . ID=gene-BQ2027_RS13385;Name=ruvC;gbkey=Gene;gene=ruvC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13385;old_locus_tag=BQ2027_MB2625C +Chromosome Protein Homology CDS 2896685 2897251 . - 0 ID=cds-WP_003413426.1;Parent=gene-BQ2027_RS13385;Dbxref=GenBank:WP_003413426.1;Name=WP_003413426.1;Ontology_term=GO:0006310,GO:0008821;gbkey=CDS;gene=ruvC;go_function=crossover junction DNA endonuclease activity|0008821||IEA;go_process=DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217110.1;locus_tag=BQ2027_RS13385;product=crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;protein_id=WP_003413426.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2897360 2897605 . + . ID=gene-BQ2027_RS13390;Name=BQ2027_RS13390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13390;old_locus_tag=BQ2027_MB2626 +Chromosome Protein Homology CDS 2897360 2897605 . + 0 ID=cds-WP_003413429.1;Parent=gene-BQ2027_RS13390;Dbxref=GenBank:WP_003413429.1;Name=WP_003413429.1;Ontology_term=GO:0001558,GO:0003677,GO:0003700,GO:0097351;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,toxin sequestering activity|0097351||IEA;go_process=regulation of cell growth|0001558||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217111.1;locus_tag=BQ2027_RS13390;product=AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003413429.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2897602 2898006 . + . ID=gene-BQ2027_RS13395;Name=BQ2027_RS13395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13395;old_locus_tag=BQ2027_MB2627 +Chromosome Protein Homology CDS 2897602 2898006 . + 0 ID=cds-WP_003413432.1;Parent=gene-BQ2027_RS13395;Dbxref=GenBank:WP_003413432.1;Name=WP_003413432.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217112.1;locus_tag=BQ2027_RS13395;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003413432.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2898223 2898843 . + . ID=gene-BQ2027_RS13400;Name=BQ2027_RS13400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13400;old_locus_tag=BQ2027_MB2628 +Chromosome Protein Homology CDS 2898223 2898843 . + 0 ID=cds-WP_003413441.1;Parent=gene-BQ2027_RS13400;Dbxref=GenBank:WP_003413441.1;Name=WP_003413441.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217113.1;locus_tag=BQ2027_RS13400;product=DUF4178 domain-containing protein;protein_id=WP_003413441.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2898854 2899348 . + . ID=gene-BQ2027_RS13405;Name=BQ2027_RS13405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13405;old_locus_tag=BQ2027_MB2629 +Chromosome Protein Homology CDS 2898854 2899348 . + 0 ID=cds-WP_003413444.1;Parent=gene-BQ2027_RS13405;Dbxref=GenBank:WP_003413444.1;Name=WP_003413444.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217114.1;locus_tag=BQ2027_RS13405;product=DUF2617 family protein;protein_id=WP_003413444.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2899345 2899776 . + . ID=gene-BQ2027_RS13410;Name=BQ2027_RS13410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13410;old_locus_tag=BQ2027_MB2630 +Chromosome Protein Homology CDS 2899345 2899776 . + 0 ID=cds-WP_003413445.1;Parent=gene-BQ2027_RS13410;Dbxref=GenBank:WP_003413445.1;Name=WP_003413445.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217115.1;locus_tag=BQ2027_RS13410;product=DUF4247 domain-containing protein;protein_id=WP_003413445.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2899801 2900259 . + . ID=gene-BQ2027_RS13415;Name=BQ2027_RS13415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13415;old_locus_tag=BQ2027_MB2631 +Chromosome Protein Homology CDS 2899801 2900259 . + 0 ID=cds-WP_003413451.1;Parent=gene-BQ2027_RS13415;Dbxref=GenBank:WP_003413451.1;Name=WP_003413451.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003413451.1;locus_tag=BQ2027_RS13415;product=DUF350 domain-containing protein;protein_id=WP_003413451.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2900256 2901827 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13425;Name=BQ2027_RS13425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13425;old_locus_tag=BQ2027_MB2633 +Chromosome Protein Homology CDS 2901938 2902225 . + 0 ID=cds-WP_003413456.1;Parent=gene-BQ2027_RS13425;Dbxref=GenBank:WP_003413456.1;Name=WP_003413456.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177673.1;locus_tag=BQ2027_RS13425;product=antitoxin VapB41;protein_id=WP_003413456.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2902212 2902652 . + . ID=gene-BQ2027_RS13430;Name=BQ2027_RS13430;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13430;old_locus_tag=BQ2027_MB2634 +Chromosome Protein Homology CDS 2902212 2902652 . + 0 ID=cds-WP_003413460.1;Parent=gene-BQ2027_RS13430;Dbxref=GenBank:WP_003413460.1;Name=WP_003413460.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217118.1;locus_tag=BQ2027_RS13430;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003413460.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2902673 2903428 . - . ID=gene-BQ2027_RS13435;Name=BQ2027_RS13435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13435;old_locus_tag=BQ2027_MB2635C +Chromosome Protein Homology CDS 2902673 2903428 . - 0 ID=cds-WP_003413464.1;Parent=gene-BQ2027_RS13435;Dbxref=GenBank:WP_003413464.1;Name=WP_003413464.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217119.1;locus_tag=BQ2027_RS13435;product=YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;protein_id=WP_003413464.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2903561 2904157 . - . ID=gene-BQ2027_RS13440;Name=pdxT;gbkey=Gene;gene=pdxT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13440;old_locus_tag=BQ2027_MB2636C +Chromosome Protein Homology CDS 2903561 2904157 . - 0 ID=cds-WP_003413465.1;Parent=gene-BQ2027_RS13440;Dbxref=GenBank:WP_003413465.1;Name=WP_003413465.1;Ontology_term=GO:0042823,GO:0004359,GO:0016884;gbkey=CDS;gene=pdxT;go_function=glutaminase activity|0004359||IEA,carbon-nitrogen ligase activity%2C with glutamine as amido-N-donor|0016884||IEA;go_process=pyridoxal phosphate biosynthetic process|0042823||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217120.1;locus_tag=BQ2027_RS13440;product=pyridoxal 5'-phosphate synthase glutaminase subunit PdxT;protein_id=WP_003413465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2904165 2905010 . - . ID=gene-BQ2027_RS13445;Name=tesB;gbkey=Gene;gene=tesB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13445;old_locus_tag=BQ2027_MB2637C +Chromosome Protein Homology CDS 2904165 2905010 . - 0 ID=cds-WP_010950749.1;Parent=gene-BQ2027_RS13445;Dbxref=GenBank:WP_010950749.1;Name=WP_010950749.1;Ontology_term=GO:0006637,GO:0047617;gbkey=CDS;gene=tesB;go_function=fatty acyl-CoA hydrolase activity|0047617||IEA;go_process=acyl-CoA metabolic process|0006637||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217121.1;locus_tag=BQ2027_RS13445;product=acyl-CoA thioesterase II;protein_id=WP_010950749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2905039 2905938 . - . ID=gene-BQ2027_RS13450;Name=pdxS;gbkey=Gene;gene=pdxS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13450;old_locus_tag=BQ2027_MB2638C +Chromosome Protein Homology CDS 2905039 2905938 . - 0 ID=cds-WP_003413468.1;Parent=gene-BQ2027_RS13450;Dbxref=GenBank:WP_003413468.1;Name=WP_003413468.1;Ontology_term=GO:0042823,GO:0003824;gbkey=CDS;gene=pdxS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=pyridoxal phosphate biosynthetic process|0042823||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217122.1;locus_tag=BQ2027_RS13450;product=pyridoxal 5'-phosphate synthase lyase subunit PdxS;protein_id=WP_003413468.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2906066 2906740 . + . ID=gene-BQ2027_RS13455;Name=pdxH;gbkey=Gene;gene=pdxH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13455;old_locus_tag=BQ2027_MB2639 +Chromosome Protein Homology CDS 2906066 2906740 . + 0 ID=cds-WP_003413471.1;Parent=gene-BQ2027_RS13455;Dbxref=GenBank:WP_003413471.1;Name=WP_003413471.1;Ontology_term=GO:0008615,GO:0004733,GO:0010181;gbkey=CDS;gene=pdxH;go_function=pyridoxamine phosphate oxidase activity|0004733||IEA,FMN binding|0010181||IEA;go_process=pyridoxine biosynthetic process|0008615||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217123.1;locus_tag=BQ2027_RS13455;product=pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;protein_id=WP_003413471.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2906914 2908656 . + . ID=gene-BQ2027_RS13460;Name=BQ2027_RS13460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13460;old_locus_tag=BQ2027_MB2640 +Chromosome Protein Homology CDS 2906914 2908656 . + 0 ID=cds-WP_003413473.1;Parent=gene-BQ2027_RS13460;Dbxref=GenBank:WP_003413473.1;Name=WP_003413473.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177893.1;locus_tag=BQ2027_RS13460;product=PE-PPE domain-containing protein;protein_id=WP_003413473.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2908678 2909733 . - . ID=gene-BQ2027_RS13465;Name=BQ2027_RS13465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13465;old_locus_tag=BQ2027_MB2641C +Chromosome Protein Homology CDS 2908678 2909733 . - 0 ID=cds-WP_003413475.1;Parent=gene-BQ2027_RS13465;Dbxref=GenBank:WP_003413475.1;Name=WP_003413475.1;Ontology_term=GO:0009132,GO:0016817,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides|0016817||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=nucleoside diphosphate metabolic process|0009132||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217125.1;locus_tag=BQ2027_RS13465;product=NUDIX hydrolase;protein_id=WP_003413475.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2909733 2910869 . - . ID=gene-BQ2027_RS13470;Name=pimA;gbkey=Gene;gene=pimA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13470;old_locus_tag=BQ2027_MB2642C +Chromosome Protein Homology CDS 2909733 2910869 . - 0 ID=cds-WP_003413478.1;Parent=gene-BQ2027_RS13470;Dbxref=GenBank:WP_003413478.1;Name=WP_003413478.1;gbkey=CDS;gene=pimA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217126.1;locus_tag=BQ2027_RS13470;product=phosphatidyl-myo-inositol alpha-mannosyltransferase;protein_id=WP_003413478.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2910880 2911830 . - . ID=gene-BQ2027_RS13475;Name=BQ2027_RS13475;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13475;old_locus_tag=BQ2027_MB2643C +Chromosome Protein Homology CDS 2910880 2911830 . - 0 ID=cds-WP_003900533.1;Parent=gene-BQ2027_RS13475;Dbxref=GenBank:WP_003900533.1;Name=WP_003900533.1;Ontology_term=GO:0016740;gbkey=CDS;go_function=transferase activity|0016740||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217127.1;locus_tag=BQ2027_RS13475;product=phosphatidylinositol mannoside acyltransferase;protein_id=WP_003900533.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2911827 2912480 . - . ID=gene-BQ2027_RS13480;Name=pgsA1;gbkey=Gene;gene=pgsA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13480;old_locus_tag=BQ2027_MB2644C +Chromosome Protein Homology CDS 2911827 2912480 . - 0 ID=cds-WP_003413482.1;Parent=gene-BQ2027_RS13480;Dbxref=GenBank:WP_003413482.1;Name=WP_003413482.1;gbkey=CDS;gene=pgsA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177894.1;locus_tag=BQ2027_RS13480;product=phosphatidylinositol phosphate synthase;protein_id=WP_003413482.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2912477 2913064 . - . ID=gene-BQ2027_RS13485;Name=BQ2027_RS13485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13485;old_locus_tag=BQ2027_MB2645C +Chromosome Protein Homology CDS 2912477 2913064 . - 0 ID=cds-WP_003413484.1;Parent=gene-BQ2027_RS13485;Dbxref=GenBank:WP_003413484.1;Name=WP_003413484.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217129.1;locus_tag=BQ2027_RS13485;product=ATP adenylyltransferase;protein_id=WP_003413484.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2913057 2915135 . - . ID=gene-BQ2027_RS13490;Name=thrS;gbkey=Gene;gene=thrS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13490;old_locus_tag=BQ2027_MB2646C +Chromosome Protein Homology CDS 2913057 2915135 . - 0 ID=cds-WP_003413486.1;Parent=gene-BQ2027_RS13490;Dbxref=GenBank:WP_003413486.1;Name=WP_003413486.1;Ontology_term=GO:0006435,GO:0004829,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=thrS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=threonine-tRNA ligase activity|0004829||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=threonyl-tRNA aminoacylation|0006435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217130.1;locus_tag=BQ2027_RS13490;product=threonine--tRNA ligase;protein_id=WP_003413486.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2915244 2915471 . + . ID=gene-BQ2027_RS13495;Name=BQ2027_RS13495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13495;old_locus_tag=BQ2027_MB2647 +Chromosome Protein Homology CDS 2915244 2915471 . + 0 ID=cds-WP_010950750.1;Parent=gene-BQ2027_RS13495;Dbxref=GenBank:WP_010950750.1;Name=WP_010950750.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177674.1;locus_tag=BQ2027_RS13495;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950750.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2915468 2916862 . - . ID=gene-BQ2027_RS13500;Name=BQ2027_RS13500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13500;old_locus_tag=BQ2027_MB2648C +Chromosome Protein Homology CDS 2915468 2916862 . - 0 ID=cds-WP_010950751.1;Parent=gene-BQ2027_RS13500;Dbxref=GenBank:WP_010950751.1;Name=WP_010950751.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177895.1;locus_tag=BQ2027_RS13500;product=PE family protein;protein_id=WP_010950751.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2917207 2917707 . + . ID=gene-BQ2027_RS13505;Name=BQ2027_RS13505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13505;old_locus_tag=BQ2027_MB2649 +Chromosome Protein Homology CDS 2917207 2917707 . + 0 ID=cds-WP_010950752.1;Parent=gene-BQ2027_RS13505;Dbxref=GenBank:WP_010950752.1;Name=WP_010950752.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217132.1;locus_tag=BQ2027_RS13505;product=DUF1990 domain-containing protein;protein_id=WP_010950752.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2917724 2918164 . - . ID=gene-BQ2027_RS13510;Name=BQ2027_RS13510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13510;old_locus_tag=BQ2027_MB2650C +Chromosome Protein Homology CDS 2917724 2918164 . - 0 ID=cds-WP_003413574.1;Parent=gene-BQ2027_RS13510;Dbxref=GenBank:WP_003413574.1;Name=WP_003413574.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217133.1;locus_tag=BQ2027_RS13510;product=DoxX family membrane protein;protein_id=WP_003413574.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2918260 2918988 . + . ID=gene-BQ2027_RS13515;Name=BQ2027_RS13515;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13515;old_locus_tag=BQ2027_MB2651 +Chromosome Protein Homology CDS 2918260 2918988 . + 0 ID=cds-WP_003902320.1;Parent=gene-BQ2027_RS13515;Dbxref=GenBank:WP_003902320.1;Name=WP_003902320.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003902320.1;locus_tag=BQ2027_RS13515;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003902320.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2918973 2919326 . - . ID=gene-BQ2027_RS13520;Name=BQ2027_RS13520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13520;old_locus_tag=BQ2027_MB2652C +Chromosome Protein Homology CDS 2918973 2919326 . - 0 ID=cds-WP_003413583.1;Parent=gene-BQ2027_RS13520;Dbxref=GenBank:WP_003413583.1;Name=WP_003413583.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217135.1;locus_tag=BQ2027_RS13520;product=cupin domain-containing protein;protein_id=WP_003413583.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2919339 2919764 . - . ID=gene-BQ2027_RS13525;Name=BQ2027_RS13525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13525;old_locus_tag=BQ2027_MB2653C +Chromosome Protein Homology CDS 2919339 2919764 . - 0 ID=cds-WP_003413586.1;Parent=gene-BQ2027_RS13525;Dbxref=GenBank:WP_003413586.1;Name=WP_003413586.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217136.1;locus_tag=BQ2027_RS13525;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003413586.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2919761 2920432 . - . ID=gene-BQ2027_RS13530;Name=BQ2027_RS13530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13530;old_locus_tag=BQ2027_MB2654C +Chromosome Protein Homology CDS 2919761 2920432 . - 0 ID=cds-WP_010950753.1;Parent=gene-BQ2027_RS13530;Dbxref=GenBank:WP_010950753.1;Name=WP_010950753.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217137.1;locus_tag=BQ2027_RS13530;product=helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_010950753.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2920510 2921331 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13540;Name=BQ2027_RS13540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13540;old_locus_tag=BQ2027_MB2656 +Chromosome Protein Homology CDS 2921467 2922360 . + 0 ID=cds-WP_003413592.1;Parent=gene-BQ2027_RS13540;Dbxref=GenBank:WP_003413592.1;Name=WP_003413592.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217139.1;locus_tag=BQ2027_RS13540;product=universal stress protein TB31.7;protein_id=WP_003413592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2922363 2923157 . - . ID=gene-BQ2027_RS13545;Name=BQ2027_RS13545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13545;old_locus_tag=BQ2027_MB2657C +Chromosome Protein Homology CDS 2922363 2923157 . - 0 ID=cds-WP_003899400.1;Parent=gene-BQ2027_RS13545;Dbxref=GenBank:WP_003899400.1;Name=WP_003899400.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899400.1;locus_tag=BQ2027_RS13545;product=universal stress protein;protein_id=WP_003899400.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2923196 2924377 . - . ID=gene-BQ2027_RS13550;Name=BQ2027_RS13550;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13550;old_locus_tag=BQ2027_MB2658C +Chromosome Protein Homology CDS 2923196 2924377 . - 0 ID=cds-WP_003899401.1;Parent=gene-BQ2027_RS13550;Dbxref=GenBank:WP_003899401.1;Name=WP_003899401.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004222;gbkey=CDS;go_function=metalloendopeptidase activity|0004222||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217141.1;locus_tag=BQ2027_RS13550;product=site-2 protease family protein;protein_id=WP_003899401.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2924436 2924867 . - . ID=gene-BQ2027_RS13555;Name=hrp1;gbkey=Gene;gene=hrp1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13555;old_locus_tag=BQ2027_MB2659C +Chromosome Protein Homology CDS 2924436 2924867 . - 0 ID=cds-WP_003413598.1;Parent=gene-BQ2027_RS13555;Dbxref=GenBank:WP_003413598.1;Name=WP_003413598.1;gbkey=CDS;gene=hrp1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217142.1;locus_tag=BQ2027_RS13555;product=hypoxic response protein Hrp1;protein_id=WP_003413598.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2925381 2926622 . - . ID=gene-BQ2027_RS13560;Name=BQ2027_RS13560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13560;old_locus_tag=BQ2027_MB2660C +Chromosome Protein Homology CDS 2925381 2926622 . - 0 ID=cds-WP_003899402.1;Parent=gene-BQ2027_RS13560;Dbxref=GenBank:WP_003899402.1;Name=WP_003899402.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217143.1;locus_tag=BQ2027_RS13560;product=alpha/beta hydrolase family protein;protein_id=WP_003899402.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2927037 2927294 . + . ID=gene-BQ2027_RS13565;Name=BQ2027_RS13565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13565;old_locus_tag=BQ2027_MB2661 +Chromosome Protein Homology CDS 2927037 2927294 . + 0 ID=cds-WP_193692472.1;Parent=gene-BQ2027_RS13565;Dbxref=GenBank:WP_193692472.1;Name=WP_193692472.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303543.1;locus_tag=BQ2027_RS13565;product=hypothetical protein;protein_id=WP_193692472.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2927641 2928765 . + . ID=gene-BQ2027_RS13570;Name=BQ2027_RS13570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13570;old_locus_tag=BQ2027_MB2662 +Chromosome Protein Homology CDS 2927641 2928765 . + 0 ID=cds-WP_003413610.1;Parent=gene-BQ2027_RS13570;Dbxref=GenBank:WP_003413610.1;Name=WP_003413610.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217145.1;locus_tag=BQ2027_RS13570;product=Rv2629 family ribosome hibernation factor;protein_id=WP_003413610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2928767 2929306 . + . ID=gene-BQ2027_RS13575;Name=BQ2027_RS13575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13575;old_locus_tag=BQ2027_MB2663 +Chromosome Protein Homology CDS 2928767 2929306 . + 0 ID=cds-WP_003413614.1;Parent=gene-BQ2027_RS13575;Dbxref=GenBank:WP_003413614.1;Name=WP_003413614.1;Ontology_term=GO:0006388,GO:0046872,GO:0072669;gbkey=CDS;go_component=tRNA-splicing ligase complex|0072669||IEA;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;go_process=tRNA splicing%2C via endonucleolytic cleavage and ligation|0006388||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217146.1;locus_tag=BQ2027_RS13575;product=archease;protein_id=WP_003413614.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2929322 2930743 . + . ID=gene-BQ2027_RS13580;Name=rtcB;gbkey=Gene;gene=rtcB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13580;old_locus_tag=BQ2027_MB2664 +Chromosome Protein Homology CDS 2929322 2930743 . + 0 ID=cds-WP_017351416.1;Parent=gene-BQ2027_RS13580;Dbxref=GenBank:WP_017351416.1;Name=WP_017351416.1;gbkey=CDS;gene=rtcB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351416.1;locus_tag=BQ2027_RS13580;product=RNA-splicing ligase RtcB;protein_id=WP_017351416.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2930782 2931063 . - . ID=gene-BQ2027_RS13585;Name=BQ2027_RS13585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13585;old_locus_tag=BQ2027_MB2665C +Chromosome Protein Homology CDS 2930782 2931063 . - 0 ID=cds-WP_003413619.1;Parent=gene-BQ2027_RS13585;Dbxref=GenBank:WP_003413619.1;Name=WP_003413619.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217148.1;locus_tag=BQ2027_RS13585;product=DUF1876 domain-containing protein;protein_id=WP_003413619.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2931208 2931693 . - . ID=gene-BQ2027_RS13590;Name=BQ2027_RS13590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13590;old_locus_tag=BQ2027_MB2666C +Chromosome Protein Homology CDS 2931208 2931693 . - 0 ID=cds-WP_003413625.1;Parent=gene-BQ2027_RS13590;Dbxref=GenBank:WP_003413625.1;Name=WP_003413625.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217149.1;locus_tag=BQ2027_RS13590;product=non-heme di-iron catalase;protein_id=WP_003413625.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2931720 2931974 . - . ID=gene-BQ2027_RS13595;Name=BQ2027_RS13595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13595 +Chromosome Protein Homology CDS 2931720 2931974 . - 0 ID=cds-WP_003908019.1;Parent=gene-BQ2027_RS13595;Dbxref=GenBank:WP_003908019.1;Name=WP_003908019.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003908019.1;locus_tag=BQ2027_RS13595;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908019.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2931978 2934314 . - . ID=gene-BQ2027_RS13600;Name=BQ2027_RS13600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13600;old_locus_tag=BQ2027_MB2667C +Chromosome Protein Homology CDS 2931978 2934314 . - 0 ID=cds-WP_009938544.1;Parent=gene-BQ2027_RS13600;Dbxref=GenBank:WP_009938544.1;Name=WP_009938544.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177896.1;locus_tag=BQ2027_RS13600;product=PE family protein;protein_id=WP_009938544.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2934343 2934585 . + . ID=gene-BQ2027_RS13605;Name=BQ2027_RS13605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13605;old_locus_tag=BQ2027_MB2668 +Chromosome Protein Homology CDS 2934343 2934585 . + 0 ID=cds-WP_003899405.1;Parent=gene-BQ2027_RS13605;Dbxref=GenBank:WP_003899405.1;Name=WP_003899405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217151.1;locus_tag=BQ2027_RS13605;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2934586 2935263 . + . ID=gene-BQ2027_RS13610;Name=BQ2027_RS13610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13610;old_locus_tag=BQ2027_MB2669 +Chromosome Protein Homology CDS 2934586 2935263 . + 0 ID=cds-WP_003899406.1;Parent=gene-BQ2027_RS13610;Dbxref=GenBank:WP_003899406.1;Name=WP_003899406.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217152.1;locus_tag=BQ2027_RS13610;product=chloramphenicol phosphotransferase CPT family protein;protein_id=WP_003899406.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2935459 2936115 . + . ID=gene-BQ2027_RS13615;Name=dedA;gbkey=Gene;gene=dedA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13615;old_locus_tag=BQ2027_MB2670 +Chromosome Protein Homology CDS 2935459 2936115 . + 0 ID=cds-WP_003413654.1;Parent=gene-BQ2027_RS13615;Dbxref=GenBank:WP_003413654.1;Name=WP_003413654.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=dedA;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217153.1;locus_tag=BQ2027_RS13615;product=DedA family protein;protein_id=WP_003413654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2936278 2936724 . + . ID=gene-BQ2027_RS13620;Name=BQ2027_RS13620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13620;old_locus_tag=BQ2027_MB2671 +Chromosome Protein Homology CDS 2936278 2936724 . + 0 ID=cds-WP_003413657.1;Parent=gene-BQ2027_RS13620;Dbxref=GenBank:WP_003413657.1;Name=WP_003413657.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217154.1;locus_tag=BQ2027_RS13620;product=anti-sigma factor antagonist;protein_id=WP_003413657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2936899 2937231 . - . ID=gene-BQ2027_RS13625;Name=BQ2027_RS13625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13625;old_locus_tag=BQ2027_MB2672C +Chromosome Protein Homology CDS 2936899 2937231 . - 0 ID=cds-WP_003413663.1;Parent=gene-BQ2027_RS13625;Dbxref=GenBank:WP_003413663.1;Name=WP_003413663.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217155.1;locus_tag=BQ2027_RS13625;product=YnfA family protein;protein_id=WP_003413663.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2937351 2937710 . - . ID=gene-BQ2027_RS13630;Name=BQ2027_RS13630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13630;old_locus_tag=BQ2027_MB2673C +Chromosome Protein Homology CDS 2937351 2937710 . - 0 ID=cds-WP_003413665.1;Parent=gene-BQ2027_RS13630;Dbxref=GenBank:WP_003413665.1;Name=WP_003413665.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217156.1;locus_tag=BQ2027_RS13630;product=Rv2640c family ArsR-like transcriptional regulator;protein_id=WP_003413665.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2937812 2938270 . + . ID=gene-BQ2027_RS13635;Name=cadI;gbkey=Gene;gene=cadI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13635;old_locus_tag=BQ2027_MB2674 +Chromosome Protein Homology CDS 2937812 2938270 . + 0 ID=cds-WP_003413675.1;Parent=gene-BQ2027_RS13635;Dbxref=GenBank:WP_003413675.1;Name=WP_003413675.1;gbkey=CDS;gene=cadI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217157.1;locus_tag=BQ2027_RS13635;product=cadmium-induced metalloenzyme CadI;protein_id=WP_003413675.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2938406 2938786 . + . ID=gene-BQ2027_RS13640;Name=BQ2027_RS13640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13640;old_locus_tag=BQ2027_MB2675 +Chromosome Protein Homology CDS 2938406 2938786 . + 0 ID=cds-WP_003899407.1;Parent=gene-BQ2027_RS13640;Dbxref=GenBank:WP_003899407.1;Name=WP_003899407.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217158.1;locus_tag=BQ2027_RS13640;product=ArsR/SmtB family transcription factor;protein_id=WP_003899407.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2938783 2940279 . + . ID=gene-BQ2027_RS13645;Name=arsB;gbkey=Gene;gene=arsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13645;old_locus_tag=BQ2027_MB2676 +Chromosome Protein Homology CDS 2938783 2940279 . + 0 ID=cds-WP_010950755.1;Parent=gene-BQ2027_RS13645;Dbxref=GenBank:WP_010950755.1;Name=WP_010950755.1;Ontology_term=GO:0015700,GO:0046685,GO:0008490,GO:0015103,GO:0015297,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=arsB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=arsenite secondary active transmembrane transporter activity|0008490||IEA,inorganic anion transmembrane transporter activity|0015103||IEA,antiporter activity|0015297||IEA;go_process=arsenite transport|0015700||IEA,response to arsenic-containing substance|0046685||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217159.1;locus_tag=BQ2027_RS13645;product=ACR3 family arsenite efflux transporter;protein_id=WP_010950755.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2940514 2940705 . + . ID=gene-BQ2027_RS13650;Name=BQ2027_RS13650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13650 +Chromosome Protein Homology CDS 2940514 2940705 . + 0 ID=cds-WP_003912823.1;Parent=gene-BQ2027_RS13650;Dbxref=GenBank:WP_003912823.1;Name=WP_003912823.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912823.1;locus_tag=BQ2027_RS13650;product=antitoxin MazE family protein;protein_id=WP_003912823.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2940820 2940951 . + . ID=gene-BQ2027_RS20860;Name=BQ2027_RS20860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20860 +Chromosome Protein Homology CDS 2940820 2940951 . + 0 ID=cds-WP_003413709.1;Parent=gene-BQ2027_RS20860;Dbxref=GenBank:WP_003413709.1;Name=WP_003413709.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003413709.1;locus_tag=BQ2027_RS20860;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003413709.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2941370 2941441 . - . ID=gene-BQ2027_RS13660;Name=BQ2027_RS13660;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS13660;old_locus_tag=BQ2027_VALT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2941370 2941441 . - . ID=rna-BQ2027_RS13660;Parent=gene-BQ2027_RS13660;anticodon=(pos:complement(2941407..2941409));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS13660;product=tRNA-Val +Chromosome tRNAscan-SE exon 2941370 2941441 . - . ID=exon-BQ2027_RS13660-1;Parent=rna-BQ2027_RS13660;anticodon=(pos:complement(2941407..2941409));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS13660;product=tRNA-Val +Chromosome RefSeq gene 2941626 2941698 . + . ID=gene-BQ2027_RS13665;Name=BQ2027_RS13665;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS13665;old_locus_tag=BQ2027_GLYT +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 2941626 2941698 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13700;Name=BQ2027_RS13700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13700;old_locus_tag=BQ2027_MB2682 +Chromosome Protein Homology CDS 2942988 2943242 . + 0 ID=cds-WP_003413719.1;Parent=gene-BQ2027_RS13700;Dbxref=GenBank:WP_003413719.1;Name=WP_003413719.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217180.1;locus_tag=BQ2027_RS13700;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003413719.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2943590 2943871 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13725;Name=BQ2027_RS13725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13725;old_locus_tag=BQ2027_MB2688 +Chromosome Protein Homology CDS 2946174 2946644 . + 0 ID=cds-WP_003413852.1;Parent=gene-BQ2027_RS13725;Dbxref=GenBank:WP_003413852.1;Name=WP_003413852.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217185.1;locus_tag=BQ2027_RS13725;product=N-acetyltransferase;protein_id=WP_003413852.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2946622 2947731 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13735;Name=ribD;gbkey=Gene;gene=ribD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13735;old_locus_tag=BQ2027_MB2690 +Chromosome Protein Homology CDS 2947730 2948506 . + 0 ID=cds-WP_003413854.1;Parent=gene-BQ2027_RS13735;Dbxref=GenBank:WP_003413854.1;Name=WP_003413854.1;gbkey=CDS;gene=ribD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217187.1;locus_tag=BQ2027_RS13735;product=bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase;protein_id=WP_003413854.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2948573 2950159 . + . ID=gene-BQ2027_RS13740;Name=BQ2027_RS13740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13740;old_locus_tag=BQ2027_MB2691 +Chromosome Protein Homology CDS 2948573 2950159 . + 0 ID=cds-WP_003413857.1;Parent=gene-BQ2027_RS13740;Dbxref=GenBank:WP_003413857.1;Name=WP_003413857.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217188.1;locus_tag=BQ2027_RS13740;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003413857.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2950182 2951483 . + . ID=gene-BQ2027_RS13745;Name=aftC;gbkey=Gene;gene=aftC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13745;old_locus_tag=BQ2027_MB2692 +Chromosome Protein Homology CDS 2950182 2951483 . + 0 ID=cds-WP_003413860.1;Parent=gene-BQ2027_RS13745;Dbxref=GenBank:WP_003413860.1;Name=WP_003413860.1;gbkey=CDS;gene=aftC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217189.1;locus_tag=BQ2027_RS13745;product=arabinofuranan 3-O-arabinosyltransferase;protein_id=WP_003413860.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2951652 2952062 . + . ID=gene-BQ2027_RS13750;Name=msrB;gbkey=Gene;gene=msrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13750;old_locus_tag=BQ2027_MB2693 +Chromosome Protein Homology CDS 2951652 2952062 . + 0 ID=cds-WP_003413865.1;Parent=gene-BQ2027_RS13750;Dbxref=GenBank:WP_003413865.1;Name=WP_003413865.1;Ontology_term=GO:0006979,GO:0030091,GO:0033743;gbkey=CDS;gene=msrB;go_function=peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity|0033743||IEA;go_process=response to oxidative stress|0006979||IEA,protein repair|0030091||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217190.1;locus_tag=BQ2027_RS13750;product=peptide-methionine (R)-S-oxide reductase MsrB;protein_id=WP_003413865.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2952130 2952882 . - . ID=gene-BQ2027_RS13755;Name=BQ2027_RS13755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13755;old_locus_tag=BQ2027_MB2694C +Chromosome Protein Homology CDS 2952130 2952882 . - 0 ID=cds-WP_003413866.1;Parent=gene-BQ2027_RS13755;Dbxref=GenBank:WP_003413866.1;Name=WP_003413866.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217191.1;locus_tag=BQ2027_RS13755;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003413866.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2952879 2953574 . - . ID=gene-BQ2027_RS13760;Name=hemQ;gbkey=Gene;gene=hemQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13760;old_locus_tag=BQ2027_MB2695C +Chromosome Protein Homology CDS 2952879 2953574 . - 0 ID=cds-WP_003413869.1;Parent=gene-BQ2027_RS13760;Dbxref=GenBank:WP_003413869.1;Name=WP_003413869.1;gbkey=CDS;gene=hemQ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217192.1;locus_tag=BQ2027_RS13760;product=hydrogen peroxide-dependent heme synthase;protein_id=WP_003413869.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2953580 2954938 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13770;Name=hemE;gbkey=Gene;gene=hemE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13770;old_locus_tag=BQ2027_MB2697C +Chromosome Protein Homology CDS 2954935 2956008 . - 0 ID=cds-WP_003413873.1;Parent=gene-BQ2027_RS13770;Dbxref=GenBank:WP_003413873.1;Name=WP_003413873.1;Ontology_term=GO:0006779,GO:0004853;gbkey=CDS;gene=hemE;go_function=uroporphyrinogen decarboxylase activity|0004853||IEA;go_process=porphyrin-containing compound biosynthetic process|0006779||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217194.1;locus_tag=BQ2027_RS13770;product=uroporphyrinogen decarboxylase;protein_id=WP_003413873.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2956061 2956891 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13800;Name=arsA;gbkey=Gene;gene=arsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13800;old_locus_tag=BQ2027_MB2703 +Chromosome Protein Homology CDS 2961662 2962951 . + 0 ID=cds-WP_003413894.1;Parent=gene-BQ2027_RS13800;Dbxref=GenBank:WP_003413894.1;Name=WP_003413894.1;gbkey=CDS;gene=arsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217200.1;locus_tag=BQ2027_RS13800;product=ArsB/NhaD family transporter;protein_id=WP_003413894.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2963031 2964317 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13810;Name=BQ2027_RS13810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13810;old_locus_tag=BQ2027_MB2705C +Chromosome Protein Homology CDS 2964328 2965086 . - 0 ID=cds-WP_003413897.1;Parent=gene-BQ2027_RS13810;Dbxref=GenBank:WP_003413897.1;Name=WP_003413897.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217202.1;locus_tag=BQ2027_RS13810;product=fluoroquinolones efflux ABC transporter permease;protein_id=WP_003413897.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2965083 2965796 . - . ID=gene-BQ2027_RS13815;Name=BQ2027_RS13815;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13815;old_locus_tag=BQ2027_MB2706C +Chromosome Protein Homology CDS 2965083 2965796 . - 0 ID=cds-WP_003413912.1;Parent=gene-BQ2027_RS13815;Dbxref=GenBank:WP_003413912.1;Name=WP_003413912.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217203.1;locus_tag=BQ2027_RS13815;product=fluoroquinolone export ABC transporter permease subunit;protein_id=WP_003413912.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2965793 2966698 . - . ID=gene-BQ2027_RS13820;Name=BQ2027_RS13820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13820;old_locus_tag=BQ2027_MB2707C +Chromosome Protein Homology CDS 2965793 2966698 . - 0 ID=cds-WP_003413913.1;Parent=gene-BQ2027_RS13820;Dbxref=GenBank:WP_003413913.1;Name=WP_003413913.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217204.1;locus_tag=BQ2027_RS13820;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003413913.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2966893 2968110 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13830;Name=BQ2027_RS13830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13830;old_locus_tag=BQ2027_MB2709C +Chromosome Protein Homology CDS 2968266 2970257 . - 0 ID=cds-WP_003413917.1;Parent=gene-BQ2027_RS13830;Dbxref=GenBank:WP_003413917.1;Name=WP_003413917.1;Ontology_term=GO:0006865,GO:0055085,GO:0015171,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=amino acid transmembrane transporter activity|0015171||IEA,transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019699013.1;locus_tag=BQ2027_RS13830;product=APC family permease;protein_id=WP_003413917.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2970392 2971075 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS13845;Name=BQ2027_RS13845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13845;old_locus_tag=BQ2027_MB2712C +Chromosome Protein Homology CDS 2971745 2972416 . - 0 ID=cds-WP_003413925.1;Parent=gene-BQ2027_RS13845;Dbxref=GenBank:WP_003413925.1;Name=WP_003413925.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217209.1;locus_tag=BQ2027_RS13845;product=DUF3159 domain-containing protein;protein_id=WP_003413925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2972447 2972815 . - . ID=gene-BQ2027_RS13850;Name=BQ2027_RS13850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13850;old_locus_tag=BQ2027_MB2713C +Chromosome Protein Homology CDS 2972447 2972815 . - 0 ID=cds-WP_003413926.1;Parent=gene-BQ2027_RS13850;Dbxref=GenBank:WP_003413926.1;Name=WP_003413926.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217210.1;locus_tag=BQ2027_RS13850;product=OB-fold nucleic acid binding domain-containing protein;protein_id=WP_003413926.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2972964 2973671 . + . ID=gene-BQ2027_RS13855;Name=BQ2027_RS13855;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13855;old_locus_tag=BQ2027_MB2714 +Chromosome Protein Homology CDS 2972964 2973671 . + 0 ID=cds-WP_003413927.1;Parent=gene-BQ2027_RS13855;Dbxref=GenBank:WP_003413927.1;Name=WP_003413927.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217211.1;locus_tag=BQ2027_RS13855;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003413927.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2973877 2974656 . - . ID=gene-BQ2027_RS13860;Name=BQ2027_RS13860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13860;old_locus_tag=BQ2027_MB2715C +Chromosome Protein Homology CDS 2973877 2974656 . - 0 ID=cds-WP_010950761.1;Parent=gene-BQ2027_RS13860;Dbxref=GenBank:WP_010950761.1;Name=WP_010950761.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217212.1;locus_tag=BQ2027_RS13860;product=DUF3710 domain-containing protein;protein_id=WP_010950761.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2974731 2975195 . - . ID=gene-BQ2027_RS13865;Name=dut;gbkey=Gene;gene=dut;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13865;old_locus_tag=BQ2027_MB2716C +Chromosome Protein Homology CDS 2974731 2975195 . - 0 ID=cds-WP_003413930.1;Parent=gene-BQ2027_RS13865;Dbxref=GenBank:WP_003413930.1;Name=WP_003413930.1;Ontology_term=GO:0006226,GO:0046081,GO:0000287,GO:0004170;gbkey=CDS;gene=dut;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,dUTP diphosphatase activity|0004170||IEA;go_process=dUMP biosynthetic process|0006226||IEA,dUTP catabolic process|0046081||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908085.1;locus_tag=BQ2027_RS13865;product=dUTP diphosphatase;protein_id=WP_003413930.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2975221 2975706 . + . ID=gene-BQ2027_RS13870;Name=BQ2027_RS13870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13870;old_locus_tag=BQ2027_MB2717 +Chromosome Protein Homology CDS 2975221 2975706 . + 0 ID=cds-WP_003413931.1;Parent=gene-BQ2027_RS13870;Dbxref=GenBank:WP_003413931.1;Name=WP_003413931.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217214.1;locus_tag=BQ2027_RS13870;product=DUF3093 domain-containing protein;protein_id=WP_003413931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2975711 2976013 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13910;Name=BQ2027_RS13910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13910;old_locus_tag=BQ2027_MB2725C +Chromosome Protein Homology CDS 2981248 2981490 . - 0 ID=cds-WP_049955294.1;Parent=gene-BQ2027_RS13910;Dbxref=GenBank:WP_049955294.1;Name=WP_049955294.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217222.1;locus_tag=BQ2027_RS13910;product=hypothetical protein;protein_id=WP_049955294.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2981443 2981559 . + . ID=gene-BQ2027_RS21035;Name=BQ2027_RS21035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21035 +Chromosome Protein Homology CDS 2981443 2981559 . + 0 ID=cds-WP_015456423.1;Parent=gene-BQ2027_RS21035;Dbxref=GenBank:WP_015456423.1;Name=WP_015456423.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF048765.1;locus_tag=BQ2027_RS21035;product=DUF7455 domain-containing protein;protein_id=WP_015456423.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2981621 2982595 . + . ID=gene-BQ2027_RS13915;Name=BQ2027_RS13915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13915;old_locus_tag=BQ2027_MB2726 +Chromosome Protein Homology CDS 2981621 2982595 . + 0 ID=cds-WP_003413953.1;Parent=gene-BQ2027_RS13915;Dbxref=GenBank:WP_003413953.1;Name=WP_003413953.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217223.1;locus_tag=BQ2027_RS13915;product=YihY/virulence factor BrkB family protein;protein_id=WP_003413953.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2982596 2982835 . - . ID=gene-BQ2027_RS13920;Name=BQ2027_RS13920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13920;old_locus_tag=BQ2027_MB2727C +Chromosome Protein Homology CDS 2982596 2982835 . - 0 ID=cds-WP_003413954.1;Parent=gene-BQ2027_RS13920;Dbxref=GenBank:WP_003413954.1;Name=WP_003413954.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_008258553.1;locus_tag=BQ2027_RS13920;product=DUF3039 domain-containing protein;protein_id=WP_003413954.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2982887 2983333 . + . ID=gene-BQ2027_RS13925;Name=BQ2027_RS13925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13925;old_locus_tag=BQ2027_MB2728 +Chromosome Protein Homology CDS 2982887 2983333 . + 0 ID=cds-WP_010950762.1;Parent=gene-BQ2027_RS13925;Dbxref=GenBank:WP_010950762.1;Name=WP_010950762.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217225.1;locus_tag=BQ2027_RS13925;product=DUF3099 domain-containing protein;protein_id=WP_010950762.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2983509 2984480 . + . ID=gene-BQ2027_RS13930;Name=sigB;gbkey=Gene;gene=sigB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13930;old_locus_tag=BQ2027_MB2729 +Chromosome Protein Homology CDS 2983509 2984480 . + 0 ID=cds-WP_003413958.1;Parent=gene-BQ2027_RS13930;Dbxref=GenBank:WP_003413958.1;Name=WP_003413958.1;gbkey=CDS;gene=sigB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217226.1;locus_tag=BQ2027_RS13930;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigB;protein_id=WP_003413958.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2984613 2985305 . + . ID=gene-BQ2027_RS13935;Name=ideR;gbkey=Gene;gene=ideR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13935;old_locus_tag=BQ2027_MB2730 +Chromosome Protein Homology CDS 2984613 2985305 . + 0 ID=cds-WP_003413962.1;Parent=gene-BQ2027_RS13935;Dbxref=GenBank:WP_003413962.1;Name=WP_003413962.1;gbkey=CDS;gene=ideR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217227.1;locus_tag=BQ2027_RS13935;product=iron-dependent transcriptional regulator IdeR;protein_id=WP_003413962.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2985318 2986376 . - . ID=gene-BQ2027_RS13940;Name=BQ2027_RS13940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13940;old_locus_tag=BQ2027_MB2731C +Chromosome Protein Homology CDS 2985318 2986376 . - 0 ID=cds-WP_003413965.1;Parent=gene-BQ2027_RS13940;Dbxref=GenBank:WP_003413965.1;Name=WP_003413965.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217228.1;locus_tag=BQ2027_RS13940;product=DUF4192 domain-containing protein;protein_id=WP_003413965.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2986489 2987895 . + . ID=gene-BQ2027_RS13945;Name=sthA;gbkey=Gene;gene=sthA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13945;old_locus_tag=BQ2027_MB2732 +Chromosome Protein Homology CDS 2986489 2987895 . + 0 ID=cds-WP_003900556.1;Parent=gene-BQ2027_RS13945;Dbxref=GenBank:WP_003900556.1;Name=WP_003900556.1;Ontology_term=GO:0045454,GO:0003957,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=sthA;go_function=NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity|0003957||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=cell redox homeostasis|0045454||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217229.1;locus_tag=BQ2027_RS13945;product=Si-specific NAD(P)(+) transhydrogenase;protein_id=WP_003900556.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2988113 2989087 . + . ID=gene-BQ2027_RS13950;Name=BQ2027_RS13950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13950;old_locus_tag=BQ2027_MB2733 +Chromosome Protein Homology CDS 2988113 2989087 . + 0 ID=cds-WP_003413968.1;Parent=gene-BQ2027_RS13950;Dbxref=GenBank:WP_003413968.1;Name=WP_003413968.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217230.1;locus_tag=BQ2027_RS13950;product=proteasome assembly chaperone family protein;protein_id=WP_003413968.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2989146 2990171 . + . ID=gene-BQ2027_RS13955;Name=BQ2027_RS13955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13955;old_locus_tag=BQ2027_MB2734 +Chromosome Protein Homology CDS 2989146 2990171 . + 0 ID=cds-WP_003900558.1;Parent=gene-BQ2027_RS13955;Dbxref=GenBank:WP_003900558.1;Name=WP_003900558.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217231.1;locus_tag=BQ2027_RS13955;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003900558.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2990220 2990906 . + . ID=gene-BQ2027_RS13960;Name=BQ2027_RS13960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13960;old_locus_tag=BQ2027_MB2735 +Chromosome Protein Homology CDS 2990220 2990906 . + 0 ID=cds-WP_003413971.1;Parent=gene-BQ2027_RS13960;Dbxref=GenBank:WP_003413971.1;Name=WP_003413971.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0016853,GO:0005737;gbkey=CDS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=isomerase activity|0016853||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217232.1;locus_tag=BQ2027_RS13960;product=PhzF family phenazine biosynthesis protein;protein_id=WP_003413971.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2990915 2991409 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS13970;Name=nrdR;gbkey=Gene;gene=nrdR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13970;old_locus_tag=BQ2027_MB2737C +Chromosome Protein Homology CDS 2991461 2991925 . - 0 ID=cds-WP_003413973.1;Parent=gene-BQ2027_RS13970;Dbxref=GenBank:WP_003413973.1;Name=WP_003413973.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0008270,GO:0140110;gbkey=CDS;gene=nrdR;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA,transcription regulator activity|0140110||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217234.1;locus_tag=BQ2027_RS13970;product=transcriptional regulator NrdR;protein_id=WP_003413973.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2992088 2992585 . - . ID=gene-BQ2027_RS13975;Name=chiZ;gbkey=Gene;gene=chiZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13975;old_locus_tag=BQ2027_MB2738C +Chromosome Protein Homology CDS 2992088 2992585 . - 0 ID=cds-WP_003413974.1;Parent=gene-BQ2027_RS13975;Dbxref=GenBank:WP_003413974.1;Name=WP_003413974.1;gbkey=CDS;gene=chiZ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217235.1;locus_tag=BQ2027_RS13975;product=cell wall hydrolase ChiZ;protein_id=WP_003413974.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2992836 2993546 . + . ID=gene-BQ2027_RS13980;Name=lexA;gbkey=Gene;gene=lexA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13980;old_locus_tag=BQ2027_MB2739 +Chromosome Protein Homology CDS 2992836 2993546 . + 0 ID=cds-WP_019283510.1;Parent=gene-BQ2027_RS13980;Dbxref=GenBank:WP_019283510.1;Name=WP_019283510.1;Ontology_term=GO:0009432,GO:0045892,GO:0004252;gbkey=CDS;gene=lexA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA;go_process=SOS response|0009432||IEA,negative regulation of DNA-templated transcription|0045892||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217236.2;locus_tag=BQ2027_RS13980;product=transcriptional repressor LexA;protein_id=WP_019283510.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2993568 2995667 . - . ID=gene-BQ2027_RS13985;Name=BQ2027_RS13985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13985;old_locus_tag=BQ2027_MB2740C +Chromosome Protein Homology CDS 2993568 2995667 . - 0 ID=cds-WP_003900560.1;Parent=gene-BQ2027_RS13985;Dbxref=GenBank:WP_003900560.1;Name=WP_003900560.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217237.1;locus_tag=BQ2027_RS13985;product=LGFP repeat-containing protein;protein_id=WP_003900560.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2995683 2995931 . + . ID=gene-BQ2027_RS13990;Name=BQ2027_RS13990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13990;old_locus_tag=BQ2027_MB2741 +Chromosome Protein Homology CDS 2995683 2995931 . + 0 ID=cds-WP_003902343.1;Parent=gene-BQ2027_RS13990;Dbxref=GenBank:WP_003902343.1;Name=WP_003902343.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217238.1;locus_tag=BQ2027_RS13990;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902343.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2995957 2997150 . + . ID=gene-BQ2027_RS13995;Name=BQ2027_RS13995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS13995;old_locus_tag=BQ2027_MB2742 +Chromosome Protein Homology CDS 2995957 2997150 . + 0 ID=cds-WP_003413979.1;Parent=gene-BQ2027_RS13995;Dbxref=GenBank:WP_003413979.1;Name=WP_003413979.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217239.1;locus_tag=BQ2027_RS13995;product=TerC/Alx family metal homeostasis membrane protein;protein_id=WP_003413979.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2997179 2998339 . - . ID=gene-BQ2027_RS14000;Name=BQ2027_RS14000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14000;old_locus_tag=BQ2027_MB2743C +Chromosome Protein Homology CDS 2997179 2998339 . - 0 ID=cds-WP_010950764.1;Parent=gene-BQ2027_RS14000;Dbxref=GenBank:WP_010950764.1;Name=WP_010950764.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217240.1;locus_tag=BQ2027_RS14000;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_010950764.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2998475 2999905 . - . ID=gene-BQ2027_RS14005;Name=hflX;gbkey=Gene;gene=hflX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14005;old_locus_tag=BQ2027_MB2744C +Chromosome Protein Homology CDS 2998475 2999905 . - 0 ID=cds-WP_003911950.1;Parent=gene-BQ2027_RS14005;Dbxref=GenBank:WP_003911950.1;Name=WP_003911950.1;Ontology_term=GO:0005525;gbkey=CDS;gene=hflX;go_function=GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911950.1;locus_tag=BQ2027_RS14005;product=GTPase HflX;protein_id=WP_003911950.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 2999979 3000848 . - . ID=gene-BQ2027_RS14010;Name=dapF;gbkey=Gene;gene=dapF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14010;old_locus_tag=BQ2027_MB2745C +Chromosome Protein Homology CDS 2999979 3000848 . - 0 ID=cds-WP_003413987.1;Parent=gene-BQ2027_RS14010;Dbxref=GenBank:WP_003413987.1;Name=WP_003413987.1;Ontology_term=GO:0009089,GO:0008837;gbkey=CDS;gene=dapF;go_function=diaminopimelate epimerase activity|0008837||IEA;go_process=lysine biosynthetic process via diaminopimelate|0009089||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217242.1;locus_tag=BQ2027_RS14010;product=diaminopimelate epimerase;protein_id=WP_003413987.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3000873 3001817 . - . ID=gene-BQ2027_RS14015;Name=miaA;gbkey=Gene;gene=miaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14015;old_locus_tag=BQ2027_MB2746C +Chromosome Protein Homology CDS 3000873 3001817 . - 0 ID=cds-WP_003413989.1;Parent=gene-BQ2027_RS14015;Dbxref=GenBank:WP_003413989.1;Name=WP_003413989.1;Ontology_term=GO:0006400,GO:0052381,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=miaA;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=tRNA dimethylallyltransferase activity|0052381||IEA;go_process=tRNA modification|0006400||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217243.1;locus_tag=BQ2027_RS14015;product=tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA;protein_id=WP_003413989.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3001814 3002509 . - . ID=gene-BQ2027_RS14020;Name=BQ2027_RS14020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14020;old_locus_tag=BQ2027_MB2747C +Chromosome Protein Homology CDS 3001814 3002509 . - 0 ID=cds-WP_003899452.1;Parent=gene-BQ2027_RS14020;Dbxref=GenBank:WP_003899452.1;Name=WP_003899452.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217244.1;locus_tag=BQ2027_RS14020;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899452.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3002618 3003523 . - . ID=gene-BQ2027_RS14025;Name=BQ2027_RS14025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14025;old_locus_tag=BQ2027_MB2748C +Chromosome Protein Homology CDS 3002618 3003523 . - 0 ID=cds-WP_010950765.1;Parent=gene-BQ2027_RS14025;Dbxref=GenBank:WP_010950765.1;Name=WP_010950765.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217245.1;locus_tag=BQ2027_RS14025;product=DMT family transporter;protein_id=WP_010950765.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3003590 3004066 . + . ID=gene-BQ2027_RS14030;Name=BQ2027_RS14030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14030;old_locus_tag=BQ2027_MB2749 +Chromosome Protein Homology CDS 3003590 3004066 . + 0 ID=cds-WP_003901458.1;Parent=gene-BQ2027_RS14030;Dbxref=GenBank:WP_003901458.1;Name=WP_003901458.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217246.1;locus_tag=BQ2027_RS14030;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901458.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3004074 3005426 . + . ID=gene-BQ2027_RS14035;Name=BQ2027_RS14035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14035;old_locus_tag=BQ2027_MB2750 +Chromosome Protein Homology CDS 3004074 3005426 . + 0 ID=cds-WP_003413997.1;Parent=gene-BQ2027_RS14035;Dbxref=GenBank:WP_003413997.1;Name=WP_003413997.1;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217247.1;locus_tag=BQ2027_RS14035;product=DUF349 domain-containing protein;protein_id=WP_003413997.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3005423 3006037 . - . ID=gene-BQ2027_RS14040;Name=BQ2027_RS14040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14040;old_locus_tag=BQ2027_MB2751C +Chromosome Protein Homology CDS 3005423 3006037 . - 0 ID=cds-WP_003413999.1;Parent=gene-BQ2027_RS14040;Dbxref=GenBank:WP_003413999.1;Name=WP_003413999.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217248.1;locus_tag=BQ2027_RS14040;product=Rv2732c family membrane protein;protein_id=WP_003413999.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3006034 3007572 . - . ID=gene-BQ2027_RS14045;Name=miaB;gbkey=Gene;gene=miaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14045;old_locus_tag=BQ2027_MB2752C +Chromosome Protein Homology CDS 3006034 3007572 . - 0 ID=cds-WP_003414001.1;Parent=gene-BQ2027_RS14045;Dbxref=GenBank:WP_003414001.1;Name=WP_003414001.1;Ontology_term=GO:0006400,GO:0016782,GO:0051539,GO:1904047;gbkey=CDS;gene=miaB;go_function=transferase activity%2C transferring sulphur-containing groups|0016782||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=tRNA modification|0006400||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217249.1;locus_tag=BQ2027_RS14045;product=tRNA (N6-isopentenyl adenosine(37)-C2)-methylthiotransferase MiaB;protein_id=WP_003414001.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3007869 3008723 . + . ID=gene-BQ2027_RS14050;Name=BQ2027_RS14050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14050;old_locus_tag=BQ2027_MB2753 +Chromosome Protein Homology CDS 3007869 3008723 . + 0 ID=cds-WP_003899455.1;Parent=gene-BQ2027_RS14050;Dbxref=GenBank:WP_003899455.1;Name=WP_003899455.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217250.1;locus_tag=BQ2027_RS14050;product=DUF5131 family protein;protein_id=WP_003899455.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3008608 3009600 . - . ID=gene-BQ2027_RS14055;Name=BQ2027_RS14055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14055;old_locus_tag=BQ2027_MB2754C +Chromosome Protein Homology CDS 3008608 3009600 . - 0 ID=cds-WP_003899456.1;Parent=gene-BQ2027_RS14055;Dbxref=GenBank:WP_003899456.1;Name=WP_003899456.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217251.1;locus_tag=BQ2027_RS14055;product=three-Cys-motif partner protein TcmP;protein_id=WP_003899456.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3009610 3010134 . - . ID=gene-BQ2027_RS14060;Name=recX;gbkey=Gene;gene=recX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14060;old_locus_tag=BQ2027_MB2755C +Chromosome Protein Homology CDS 3009610 3010134 . - 0 ID=cds-WP_003900562.1;Parent=gene-BQ2027_RS14060;Dbxref=GenBank:WP_003900562.1;Name=WP_003900562.1;gbkey=CDS;gene=recX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217252.1;locus_tag=BQ2027_RS14060;product=recombination regulator RecX;protein_id=WP_003900562.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3010100 3012472 . - . ID=gene-BQ2027_RS14065;Name=recA;gbkey=Gene;gene=recA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14065;old_locus_tag=BQ2027_MB2756C +Chromosome Protein Homology CDS 3010100 3012472 . - 0 ID=cds-WP_003414006.1;Parent=gene-BQ2027_RS14065;Dbxref=GenBank:WP_003414006.1;Name=WP_003414006.1;gbkey=CDS;gene=recA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217253.1;locus_tag=BQ2027_RS14065;product=intein-containing recombinase RecA;protein_id=WP_003414006.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3012667 3012840 . + . ID=gene-BQ2027_RS14070;Name=BQ2027_RS14070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14070;old_locus_tag=BQ2027_MB2757 +Chromosome Protein Homology CDS 3012667 3012840 . + 0 ID=cds-WP_003414008.1;Parent=gene-BQ2027_RS14070;Dbxref=GenBank:WP_003414008.1;Name=WP_003414008.1;Ontology_term=GO:0051537;gbkey=CDS;go_function=2 iron%2C 2 sulfur cluster binding|0051537||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003414008.1;locus_tag=BQ2027_RS14070;product=(2Fe-2S)-binding protein;protein_id=WP_003414008.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3012854 3013048 . - . ID=gene-BQ2027_RS14075;Name=BQ2027_RS14075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14075;old_locus_tag=BQ2027_MB2758C +Chromosome Protein Homology CDS 3012854 3013048 . - 0 ID=cds-WP_031680673.1;Parent=gene-BQ2027_RS14075;Dbxref=GenBank:WP_031680673.1;Name=WP_031680673.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019513025.1;locus_tag=BQ2027_RS14075;product=DUF3046 domain-containing protein;protein_id=WP_031680673.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3013071 3014237 . - . ID=gene-BQ2027_RS14080;Name=BQ2027_RS14080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14080;old_locus_tag=BQ2027_MB2759C +Chromosome Protein Homology CDS 3013071 3014237 . - 0 ID=cds-WP_003901461.1;Parent=gene-BQ2027_RS14080;Dbxref=GenBank:WP_003901461.1;Name=WP_003901461.1;Ontology_term=GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217255.1;locus_tag=BQ2027_RS14080;product=glycosyltransferase;protein_id=WP_003901461.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3014281 3014730 . + . ID=gene-BQ2027_RS14085;Name=ephG;gbkey=Gene;gene=ephG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14085;old_locus_tag=BQ2027_MB2760 +Chromosome Protein Homology CDS 3014281 3014730 . + 0 ID=cds-WP_003414015.1;Parent=gene-BQ2027_RS14085;Dbxref=GenBank:WP_003414015.1;Name=WP_003414015.1;gbkey=CDS;gene=ephG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217256.1;locus_tag=BQ2027_RS14085;product=epoxide hydrolase;protein_id=WP_003414015.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3014962 3016454 . + . ID=gene-BQ2027_RS14090;Name=BQ2027_RS14090;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14090;old_locus_tag=BQ2027_MB2761;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3014962 3016454 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS14090;Parent=gene-BQ2027_RS14090;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177902.1;locus_tag=BQ2027_RS14090;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3016478 3016692 . - . ID=gene-BQ2027_RS14095;Name=BQ2027_RS14095;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14095;old_locus_tag=BQ2027_MB2762C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3016478 3016692 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS14095;Parent=gene-BQ2027_RS14095;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_007172553.1;locus_tag=BQ2027_RS14095;product=DUF3046 domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3016792 3017001 . + . ID=gene-BQ2027_RS14100;Name=BQ2027_RS14100;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14100 +Chromosome Protein Homology CDS 3016792 3017001 . + 0 ID=cds-WP_003918495.1;Parent=gene-BQ2027_RS14100;Dbxref=GenBank:WP_003918495.1;Name=WP_003918495.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003918495.1;locus_tag=BQ2027_RS14100;product=limonene-1%2C2-epoxide hydrolase family protein;protein_id=WP_003918495.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3017005 3017409 . + . ID=gene-BQ2027_RS14105;Name=BQ2027_RS14105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14105 +Chromosome Protein Homology CDS 3017005 3017409 . + 0 ID=cds-WP_003912838.1;Parent=gene-BQ2027_RS14105;Dbxref=GenBank:WP_003912838.1;Name=WP_003912838.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015631471.1;locus_tag=BQ2027_RS14105;product=DUF5313 domain-containing protein;protein_id=WP_003912838.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3017406 3018218 . - . ID=gene-BQ2027_RS14110;Name=pspM;gbkey=Gene;gene=pspM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14110;old_locus_tag=BQ2027_MB2764C +Chromosome Protein Homology CDS 3017406 3018218 . - 0 ID=cds-WP_003414026.1;Parent=gene-BQ2027_RS14110;Dbxref=GenBank:WP_003414026.1;Name=WP_003414026.1;gbkey=CDS;gene=pspM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217259.1;locus_tag=BQ2027_RS14110;product=phage shock envelope stress response protein PspM;protein_id=WP_003414026.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3018237 3019049 . - . ID=gene-BQ2027_RS14115;Name=pspA;gbkey=Gene;gene=pspA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14115;old_locus_tag=BQ2027_MB2765C +Chromosome Protein Homology CDS 3018237 3019049 . - 0 ID=cds-WP_010950768.1;Parent=gene-BQ2027_RS14115;Dbxref=GenBank:WP_010950768.1;Name=WP_010950768.1;gbkey=CDS;gene=pspA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177903.1;locus_tag=BQ2027_RS14115;product=phage shock protein PspA;protein_id=WP_010950768.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3019179 3019517 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14150;Name=BQ2027_RS14150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14150;old_locus_tag=BQ2027_MB2772 +Chromosome Protein Homology CDS 3024624 3025514 . + 0 ID=cds-WP_003899463.1;Parent=gene-BQ2027_RS14150;Dbxref=GenBank:WP_003899463.1;Name=WP_003899463.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217267.1;locus_tag=BQ2027_RS14150;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003899463.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3025501 3027177 . - . ID=gene-BQ2027_RS14155;Name=rnj;gbkey=Gene;gene=rnj;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14155;old_locus_tag=BQ2027_MB2773C +Chromosome Protein Homology CDS 3025501 3027177 . - 0 ID=cds-WP_003414049.1;Parent=gene-BQ2027_RS14155;Dbxref=GenBank:WP_003414049.1;Name=WP_003414049.1;gbkey=CDS;gene=rnj;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217268.1;locus_tag=BQ2027_RS14155;product=ribonuclease J;protein_id=WP_003414049.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3027208 3028110 . - . ID=gene-BQ2027_RS14160;Name=dapA;gbkey=Gene;gene=dapA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14160;old_locus_tag=BQ2027_MB2774C +Chromosome Protein Homology CDS 3027208 3028110 . - 0 ID=cds-WP_003900564.1;Parent=gene-BQ2027_RS14160;Dbxref=GenBank:WP_003900564.1;Name=WP_003900564.1;Ontology_term=GO:0009089,GO:0008840;gbkey=CDS;gene=dapA;go_function=4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity|0008840||IEA;go_process=lysine biosynthetic process via diaminopimelate|0009089||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217269.1;locus_tag=BQ2027_RS14160;product=4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase;protein_id=WP_003900564.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3028179 3028931 . - . ID=gene-BQ2027_RS14165;Name=thyX;gbkey=Gene;gene=thyX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14165;old_locus_tag=BQ2027_MB2775C +Chromosome Protein Homology CDS 3028179 3028931 . - 0 ID=cds-WP_003899465.1;Parent=gene-BQ2027_RS14165;Dbxref=GenBank:WP_003899465.1;Name=WP_003899465.1;Ontology_term=GO:0006231,GO:0050660,GO:0050797;gbkey=CDS;gene=thyX;go_function=flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA,thymidylate synthase (FAD) activity|0050797||IEA;go_process=dTMP biosynthetic process|0006231||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217270.1;locus_tag=BQ2027_RS14165;product=FAD-dependent thymidylate synthase;protein_id=WP_003899465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3029175 3029450 . - . ID=gene-BQ2027_RS14170;Name=BQ2027_RS14170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14170;old_locus_tag=BQ2027_MB2776C +Chromosome Protein Homology CDS 3029175 3029450 . - 0 ID=cds-WP_003414055.1;Parent=gene-BQ2027_RS14170;Dbxref=GenBank:WP_003414055.1;Name=WP_003414055.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015293900.1;locus_tag=BQ2027_RS14170;product=type I restriction endonuclease subunit S;protein_id=WP_003414055.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3029447 3031069 . - . ID=gene-BQ2027_RS14175;Name=hsdM;gbkey=Gene;gene=hsdM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14175;old_locus_tag=BQ2027_MB2777C +Chromosome Protein Homology CDS 3029447 3031069 . - 0 ID=cds-WP_003414057.1;Parent=gene-BQ2027_RS14175;Dbxref=GenBank:WP_003414057.1;Name=WP_003414057.1;gbkey=CDS;gene=hsdM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217272.1;locus_tag=BQ2027_RS14175;product=class I SAM-dependent DNA methyltransferase;protein_id=WP_003414057.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3031156 3031572 . - . ID=gene-BQ2027_RS14180;Name=vapC21;gbkey=Gene;gene=vapC21;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14180;old_locus_tag=BQ2027_MB2778C +Chromosome Protein Homology CDS 3031156 3031572 . - 0 ID=cds-WP_003414059.1;Parent=gene-BQ2027_RS14180;Dbxref=GenBank:WP_003414059.1;Name=WP_003414059.1;gbkey=CDS;gene=vapC21;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217273.1;locus_tag=BQ2027_RS14180;product=type II toxin-antitoxin system toxin ribonuclease C21;protein_id=WP_003414059.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3031569 3031835 . - . ID=gene-BQ2027_RS14185;Name=BQ2027_RS14185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14185;old_locus_tag=BQ2027_MB2779C +Chromosome Protein Homology CDS 3031569 3031835 . - 0 ID=cds-WP_003414061.1;Parent=gene-BQ2027_RS14185;Dbxref=GenBank:WP_003414061.1;Name=WP_003414061.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217274.1;locus_tag=BQ2027_RS14185;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003414061.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3031861 3032256 . - . ID=gene-BQ2027_RS14190;Name=BQ2027_RS14190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14190;old_locus_tag=BQ2027_MB2780C +Chromosome Protein Homology CDS 3031861 3032256 . - 0 ID=cds-WP_003414064.1;Parent=gene-BQ2027_RS14190;Dbxref=GenBank:WP_003414064.1;Name=WP_003414064.1;Ontology_term=GO:0004540;gbkey=CDS;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217275.1;locus_tag=BQ2027_RS14190;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003414064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3032253 3032522 . - . ID=gene-BQ2027_RS14195;Name=BQ2027_RS14195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14195;old_locus_tag=BQ2027_MB2781C +Chromosome Protein Homology CDS 3032253 3032522 . - 0 ID=cds-WP_003414066.1;Parent=gene-BQ2027_RS14195;Dbxref=GenBank:WP_003414066.1;Name=WP_003414066.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217276.1;locus_tag=BQ2027_RS14195;product=type II toxin-antitoxin system VapB family antitoxin;protein_id=WP_003414066.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3032532 3033626 . - . ID=gene-BQ2027_RS14200;Name=hsdS;gbkey=Gene;gene=hsdS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14200;old_locus_tag=BQ2027_MB2782C +Chromosome Protein Homology CDS 3032532 3033626 . - 0 ID=cds-WP_003414068.1;Parent=gene-BQ2027_RS14200;Dbxref=GenBank:WP_003414068.1;Name=WP_003414068.1;Ontology_term=GO:0006304,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=hsdS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA modification|0006304||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217277.1;locus_tag=BQ2027_RS14200;product=restriction endonuclease subunit S;protein_id=WP_003414068.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3033623 3034042 . - . ID=gene-BQ2027_RS14205;Name=BQ2027_RS14205;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14205;old_locus_tag=BQ2027_MB2783C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3033623 3034042 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS14205;Parent=gene-BQ2027_RS14205;Note=internal stop;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217278.1;locus_tag=BQ2027_RS14205;product=winged helix-turn-helix domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3034116 3034595 . - . ID=gene-BQ2027_RS14210;Name=dfrA;gbkey=Gene;gene=dfrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14210;old_locus_tag=BQ2027_MB2785C +Chromosome Protein Homology CDS 3034116 3034595 . - 0 ID=cds-WP_003414073.1;Parent=gene-BQ2027_RS14210;Dbxref=GenBank:WP_003414073.1;Name=WP_003414073.1;Ontology_term=GO:0004146;gbkey=CDS;gene=dfrA;go_function=dihydrofolate reductase activity|0004146||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217279.1;locus_tag=BQ2027_RS14210;product=dihydrofolate reductase;protein_id=WP_003414073.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3034666 3035466 . - . ID=gene-BQ2027_RS14215;Name=thyA;gbkey=Gene;gene=thyA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14215;old_locus_tag=BQ2027_MB2786C +Chromosome Protein Homology CDS 3034666 3035466 . - 0 ID=cds-WP_003911953.1;Parent=gene-BQ2027_RS14215;Dbxref=GenBank:WP_003911953.1;Name=WP_003911953.1;Ontology_term=GO:0006231,GO:0004799;gbkey=CDS;gene=thyA;go_function=thymidylate synthase activity|0004799||IEA;go_process=dTMP biosynthetic process|0006231||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003875188.1;locus_tag=BQ2027_RS14215;product=thymidylate synthase;protein_id=WP_003911953.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3035622 3036359 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS14225;Name=BQ2027_RS14225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14225;old_locus_tag=BQ2027_MB2788C +Chromosome Protein Homology CDS 3036574 3037356 . - 0 ID=cds-WP_003414081.1;Parent=gene-BQ2027_RS14225;Dbxref=GenBank:WP_003414081.1;Name=WP_003414081.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177905.1;locus_tag=BQ2027_RS14225;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003414081.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3037353 3037706 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14250;Name=BQ2027_RS14250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14250;old_locus_tag=BQ2027_MB2793C +Chromosome Protein Homology CDS 3041567 3042019 . - 0 ID=cds-WP_003414091.1;Parent=gene-BQ2027_RS14250;Dbxref=GenBank:WP_003414091.1;Name=WP_003414091.1;Ontology_term=GO:0009055,GO:0010181;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,FMN binding|0010181||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217287.1;locus_tag=BQ2027_RS14250;product=flavodoxin family protein;protein_id=WP_003414091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3042105 3042578 . - . ID=gene-BQ2027_RS14255;Name=BQ2027_RS14255;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14255;old_locus_tag=BQ2027_MB2794C +Chromosome Protein Homology CDS 3042105 3042578 . - 0 ID=cds-WP_003414097.1;Parent=gene-BQ2027_RS14255;Dbxref=GenBank:WP_003414097.1;Name=WP_003414097.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217288.1;locus_tag=BQ2027_RS14255;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414097.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3042590 3043327 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14270;Name=BQ2027_RS14270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14270;old_locus_tag=BQ2027_MB2797 +Chromosome Protein Homology CDS 3043799 3044356 . + 0 ID=cds-WP_003899472.1;Parent=gene-BQ2027_RS14270;Dbxref=GenBank:WP_003899472.1;Name=WP_003899472.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899472.1;locus_tag=BQ2027_RS14270;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003899472.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3044360 3045451 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14280;Name=BQ2027_RS14280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14280;old_locus_tag=BQ2027_MB2799C +Chromosome Protein Homology CDS 3045471 3046541 . - 0 ID=cds-WP_003414107.1;Parent=gene-BQ2027_RS14280;Dbxref=GenBank:WP_003414107.1;Name=WP_003414107.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217293.1;locus_tag=BQ2027_RS14280;product=metal-dependent hydrolase;protein_id=WP_003414107.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3046699 3047169 . - . ID=gene-BQ2027_RS14285;Name=BQ2027_RS14285;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14285;old_locus_tag=BQ2027_MB2800C +Chromosome Protein Homology CDS 3046699 3047169 . - 0 ID=cds-WP_003899475.1;Parent=gene-BQ2027_RS14285;Dbxref=GenBank:WP_003899475.1;Name=WP_003899475.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217294.1;locus_tag=BQ2027_RS14285;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003899475.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3047201 3047716 . - . ID=gene-BQ2027_RS14290;Name=BQ2027_RS14290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14290;old_locus_tag=BQ2027_MB2801C +Chromosome Protein Homology CDS 3047201 3047716 . - 0 ID=cds-WP_010950772.1;Parent=gene-BQ2027_RS14290;Dbxref=GenBank:WP_010950772.1;Name=WP_010950772.1;Ontology_term=GO:0043565;gbkey=CDS;go_function=sequence-specific DNA binding|0043565||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009939105.1;locus_tag=BQ2027_RS14290;product=Lrp/AsnC family transcriptional regulator;protein_id=WP_010950772.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3047782 3048896 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS14300;Name=BQ2027_RS14300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14300;old_locus_tag=BQ2027_MB2804C +Chromosome Protein Homology CDS 3048911 3049945 . - 0 ID=cds-WP_003899478.1;Parent=gene-BQ2027_RS14300;Dbxref=GenBank:WP_003899478.1;Name=WP_003899478.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217297.1;locus_tag=BQ2027_RS14300;product=nitronate monooxygenase;protein_id=WP_003899478.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3050006 3051322 . - . ID=gene-BQ2027_RS14305;Name=pepR;gbkey=Gene;gene=pepR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14305;old_locus_tag=BQ2027_MB2805C +Chromosome Protein Homology CDS 3050006 3051322 . - 0 ID=cds-WP_003414119.1;Parent=gene-BQ2027_RS14305;Dbxref=GenBank:WP_003414119.1;Name=WP_003414119.1;Ontology_term=GO:0008237,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=pepR;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217298.1;locus_tag=BQ2027_RS14305;product=M16 family metallopeptidase;protein_id=WP_003414119.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3051300 3053558 . - . ID=gene-BQ2027_RS14310;Name=gpsI;gbkey=Gene;gene=gpsI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14310;old_locus_tag=BQ2027_MB2806C +Chromosome Protein Homology CDS 3051300 3053558 . - 0 ID=cds-WP_003414124.1;Parent=gene-BQ2027_RS14310;Dbxref=GenBank:WP_003414124.1;Name=WP_003414124.1;Ontology_term=GO:0006396,GO:0006402,GO:0003723,GO:0004654;gbkey=CDS;gene=gpsI;go_function=RNA binding|0003723||IEA,polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity|0004654||IEA;go_process=RNA processing|0006396||IEA,mRNA catabolic process|0006402||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217299.1;locus_tag=BQ2027_RS14310;product=polyribonucleotide nucleotidyltransferase;protein_id=WP_003414124.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3053912 3054427 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14320;Name=rpsO;gbkey=Gene;gene=rpsO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14320;old_locus_tag=BQ2027_MB2808C +Chromosome Protein Homology CDS 3054440 3054709 . - 0 ID=cds-WP_003414128.1;Parent=gene-BQ2027_RS14320;Dbxref=GenBank:WP_003414128.1;Name=WP_003414128.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsO;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011559497.1;locus_tag=BQ2027_RS14320;product=30S ribosomal protein S15;protein_id=WP_003414128.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3054866 3055840 . - . ID=gene-BQ2027_RS14325;Name=ribF;gbkey=Gene;gene=ribF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14325;old_locus_tag=BQ2027_MB2809C +Chromosome Protein Homology CDS 3054866 3055840 . - 0 ID=cds-WP_003911989.1;Parent=gene-BQ2027_RS14325;Dbxref=GenBank:WP_003911989.1;Name=WP_003911989.1;Ontology_term=GO:0003919;gbkey=CDS;gene=ribF;go_function=FMN adenylyltransferase activity|0003919||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003911989.1;locus_tag=BQ2027_RS14325;product=bifunctional riboflavin kinase/FAD synthetase;protein_id=WP_003911989.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3056072 3057835 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS14335;Name=mntR;gbkey=Gene;gene=mntR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14335;old_locus_tag=BQ2027_MB2811 +Chromosome Protein Homology CDS 3057920 3058606 . + 0 ID=cds-WP_010950773.1;Parent=gene-BQ2027_RS14335;Dbxref=GenBank:WP_010950773.1;Name=WP_010950773.1;gbkey=CDS;gene=mntR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217304.1;locus_tag=BQ2027_RS14335;product=manganese-binding transcriptional regulator MntR;protein_id=WP_010950773.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3058667 3059899 . - . ID=gene-BQ2027_RS14340;Name=BQ2027_RS14340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14340;old_locus_tag=BQ2027_MB2812C +Chromosome Protein Homology CDS 3058667 3059899 . - 0 ID=cds-WP_003414139.1;Parent=gene-BQ2027_RS14340;Dbxref=GenBank:WP_003414139.1;Name=WP_003414139.1;Ontology_term=GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217305.1;locus_tag=BQ2027_RS14340;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003414139.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3059925 3061130 . - . ID=gene-BQ2027_RS14345;Name=BQ2027_RS14345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14345;old_locus_tag=BQ2027_MB2813C +Chromosome Protein Homology CDS 3059925 3061130 . - 0 ID=cds-WP_003414142.1;Parent=gene-BQ2027_RS14345;Dbxref=GenBank:WP_003414142.1;Name=WP_003414142.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217306.3;locus_tag=BQ2027_RS14345;product=lipid-transfer protein;protein_id=WP_003414142.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3061163 3062542 . - . ID=gene-BQ2027_RS14350;Name=tnpB;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14350;old_locus_tag=BQ2027_MB2814C +Chromosome Protein Homology CDS 3061163 3062542 . - 0 ID=cds-WP_003899482.1;Parent=gene-BQ2027_RS14350;Dbxref=GenBank:WP_003899482.1;Name=WP_003899482.1;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217307.1;locus_tag=BQ2027_RS14350;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;protein_id=WP_003899482.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3062542 3063123 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14365;Name=pptT;gbkey=Gene;gene=pptT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14365;old_locus_tag=BQ2027_MB2817C +Chromosome Protein Homology CDS 3064218 3064901 . - 0 ID=cds-WP_003414149.1;Parent=gene-BQ2027_RS14365;Dbxref=GenBank:WP_003414149.1;Name=WP_003414149.1;gbkey=CDS;gene=pptT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217310.1;locus_tag=BQ2027_RS14365;product=4'-phosphopantetheinyl transferase;protein_id=WP_003414149.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3064898 3065872 . - . ID=gene-BQ2027_RS14370;Name=BQ2027_RS14370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14370;old_locus_tag=BQ2027_MB2818C +Chromosome Protein Homology CDS 3064898 3065872 . - 0 ID=cds-WP_003414151.1;Parent=gene-BQ2027_RS14370;Dbxref=GenBank:WP_003414151.1;Name=WP_003414151.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0042578,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,phosphoric ester hydrolase activity|0042578||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217311.1;locus_tag=BQ2027_RS14370;product=metallophosphoesterase family protein;protein_id=WP_003414151.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3066017 3066580 . - . ID=gene-BQ2027_RS14375;Name=lppV;gbkey=Gene;gene=lppV;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14375;old_locus_tag=BQ2027_MB2819C +Chromosome Protein Homology CDS 3066017 3066580 . - 0 ID=cds-WP_003414153.1;Parent=gene-BQ2027_RS14375;Dbxref=GenBank:WP_003414153.1;Name=WP_003414153.1;gbkey=CDS;gene=lppV;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217312.1;locus_tag=BQ2027_RS14375;product=LppA family lipoprotein;protein_id=WP_003414153.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3066580 3068268 . - . ID=gene-BQ2027_RS14380;Name=BQ2027_RS14380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14380;old_locus_tag=BQ2027_MB2820C +Chromosome Protein Homology CDS 3066580 3068268 . - 0 ID=cds-WP_003414155.1;Parent=gene-BQ2027_RS14380;Dbxref=GenBank:WP_003414155.1;Name=WP_003414155.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217313.1;locus_tag=BQ2027_RS14380;product=alpha/beta hydrolase family protein;protein_id=WP_003414155.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3068272 3068598 . - . ID=gene-BQ2027_RS14385;Name=BQ2027_RS14385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14385;old_locus_tag=BQ2027_MB2821C +Chromosome Protein Homology CDS 3068272 3068598 . - 0 ID=cds-WP_003414157.1;Parent=gene-BQ2027_RS14385;Dbxref=GenBank:WP_003414157.1;Name=WP_003414157.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217314.1;locus_tag=BQ2027_RS14385;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414157.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3068771 3069361 . + . ID=gene-BQ2027_RS14390;Name=BQ2027_RS14390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14390;old_locus_tag=BQ2027_MB2822 +Chromosome Protein Homology CDS 3068771 3069361 . + 0 ID=cds-WP_031656198.1;Parent=gene-BQ2027_RS14390;Dbxref=GenBank:WP_031656198.1;Name=WP_031656198.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009978043.1;locus_tag=BQ2027_RS14390;product=DUF3558 family protein;protein_id=WP_031656198.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3069380 3071029 . + . ID=gene-BQ2027_RS14395;Name=BQ2027_RS14395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14395;old_locus_tag=BQ2027_MB2823 +Chromosome Protein Homology CDS 3069380 3071029 . + 0 ID=cds-WP_003899485.1;Parent=gene-BQ2027_RS14395;Dbxref=GenBank:WP_003899485.1;Name=WP_003899485.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217316.1;locus_tag=BQ2027_RS14395;product=CocE/NonD family hydrolase;protein_id=WP_003899485.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3071131 3071487 . - . ID=gene-BQ2027_RS14400;Name=mazF9;gbkey=Gene;gene=mazF9;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=mazF-mt1;locus_tag=BQ2027_RS14400;old_locus_tag=BQ2027_MB2824C +Chromosome Protein Homology CDS 3071131 3071487 . - 0 ID=cds-WP_003414166.1;Parent=gene-BQ2027_RS14400;Dbxref=GenBank:WP_003414166.1;Name=WP_003414166.1;gbkey=CDS;gene=mazF9;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217317.1;locus_tag=BQ2027_RS14400;product=type II toxin-antitoxin system toxin endoribonuclease MazF9;protein_id=WP_003414166.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3071471 3071701 . - . ID=gene-BQ2027_RS14405;Name=mazE9;gbkey=Gene;gene=mazE9;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14405;old_locus_tag=BQ2027_MB2824A +Chromosome Protein Homology CDS 3071471 3071701 . - 0 ID=cds-WP_003901465.1;Parent=gene-BQ2027_RS14405;Dbxref=GenBank:WP_003901465.1;Name=WP_003901465.1;gbkey=CDS;gene=mazE9;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411507.1;locus_tag=BQ2027_RS14405;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin MazE9;protein_id=WP_003901465.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3071744 3072787 . - . ID=gene-BQ2027_RS14410;Name=BQ2027_RS14410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14410;old_locus_tag=BQ2027_MB2825C +Chromosome Protein Homology CDS 3071744 3072787 . - 0 ID=cds-WP_003414172.1;Parent=gene-BQ2027_RS14410;Dbxref=GenBank:WP_003414172.1;Name=WP_003414172.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217318.1;locus_tag=BQ2027_RS14410;product=DUF2293 domain-containing protein;protein_id=WP_003414172.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3072786 3073253 . + . ID=gene-BQ2027_RS20490;Name=BQ2027_RS20490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20490;old_locus_tag=BQ2027_MB2826 +Chromosome Protein Homology CDS 3072786 3073253 . + 0 ID=cds-WP_003414177.1;Parent=gene-BQ2027_RS20490;Dbxref=GenBank:WP_003414177.1;Name=WP_003414177.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF020265.6;locus_tag=BQ2027_RS20490;product=type II toxin-antitoxin system TacA family antitoxin;protein_id=WP_003414177.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3073429 3073683 . - . ID=gene-BQ2027_RS14420;Name=BQ2027_RS14420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14420 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 3073429 3073683 . - 0 ID=cds-WP_003917684.1;Parent=gene-BQ2027_RS14420;Dbxref=GenBank:WP_003917684.1;Name=WP_003917684.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS14420;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917684.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3073831 3074235 . + . ID=gene-BQ2027_RS14425;Name=BQ2027_RS14425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14425;old_locus_tag=BQ2027_MB2828 +Chromosome Protein Homology CDS 3073831 3074235 . + 0 ID=cds-WP_003414181.1;Parent=gene-BQ2027_RS14425;Dbxref=GenBank:WP_003414181.1;Name=WP_003414181.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217321.1;locus_tag=BQ2027_RS14425;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414181.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3074232 3074423 . + . ID=gene-BQ2027_RS14430;Name=BQ2027_RS14430;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14430;old_locus_tag=BQ2027_MB2829 +Chromosome Protein Homology CDS 3074232 3074423 . + 0 ID=cds-WP_003414184.1;Parent=gene-BQ2027_RS14430;Dbxref=GenBank:WP_003414184.1;Name=WP_003414184.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217322.1;locus_tag=BQ2027_RS14430;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414184.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3074640 3074924 . + . ID=gene-BQ2027_RS20495;Name=BQ2027_RS20495;end_range=3074924,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20495;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3074640 3074924 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20495;Parent=gene-BQ2027_RS20495;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=3074924,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217321.1;locus_tag=BQ2027_RS20495;partial=true;product=integrase catalytic domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3074949 3075776 . + . ID=gene-BQ2027_RS20865;Name=BQ2027_RS20865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20865;old_locus_tag=BQ2027_MB2830 +Chromosome Protein Homology CDS 3074949 3075776 . + 0 ID=cds-WP_323755006.1;Parent=gene-BQ2027_RS20865;Dbxref=GenBank:WP_323755006.1;Name=WP_323755006.1;Ontology_term=GO:0006310,GO:0015074,GO:0032196,GO:0003677,GO:0005524,GO:0016893,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,obsolete endonuclease activity%2C active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 5'-phosphomonoesters|0016893||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=DNA recombination|0006310||IEA,DNA integration|0015074||IEA,transposition|0032196||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012870.6;locus_tag=BQ2027_RS20865;product=integrase catalytic domain-containing protein;protein_id=WP_323755006.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3076010 3076267 . + . ID=gene-BQ2027_RS14440;Name=BQ2027_RS14440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14440;old_locus_tag=BQ2027_MB2831 +Chromosome Protein Homology CDS 3076010 3076267 . + 0 ID=cds-WP_003899489.1;Parent=gene-BQ2027_RS14440;Dbxref=GenBank:WP_003899489.1;Name=WP_003899489.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217324.1;locus_tag=BQ2027_RS14440;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899489.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3076372 3076683 . + . ID=gene-BQ2027_RS14445;Name=BQ2027_RS14445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14445;old_locus_tag=BQ2027_MB2832 +Chromosome Protein Homology CDS 3076372 3076683 . + 0 ID=cds-WP_010950777.1;Parent=gene-BQ2027_RS14445;Dbxref=GenBank:WP_010950777.1;Name=WP_010950777.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217325.1;locus_tag=BQ2027_RS14445;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950777.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3076705 3076944 . - . ID=gene-BQ2027_RS14450;Name=BQ2027_RS14450;end_range=3076944,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14450;old_locus_tag=BQ2027_MB2833C;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3076705 3076944 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS14450;Parent=gene-BQ2027_RS14450;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=3076944,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017835819.1;locus_tag=BQ2027_RS14450;partial=true;product=transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3077103 3077711 . + . ID=gene-BQ2027_RS14455;Name=BQ2027_RS14455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14455;old_locus_tag=BQ2027_MB2834 +Chromosome Protein Homology CDS 3077103 3077711 . + 0 ID=cds-WP_003414195.1;Parent=gene-BQ2027_RS14455;Dbxref=GenBank:WP_003414195.1;Name=WP_003414195.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217327.1;locus_tag=BQ2027_RS14455;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414195.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3077782 3079189 . + . ID=gene-BQ2027_RS14460;Name=BQ2027_RS14460;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14460;old_locus_tag=BQ2027_IS1604';pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3077782 3079189 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS14460;Parent=gene-BQ2027_RS14460;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0015074;gbkey=CDS;go_process=DNA integration|0015074||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217328.1;locus_tag=BQ2027_RS14460;product=DDE-type integrase/transposase/recombinase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3079186 3079998 . + . ID=gene-BQ2027_RS14465;Name=BQ2027_RS14465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14465;old_locus_tag=BQ2027_MB2837 +Chromosome Protein Homology CDS 3079186 3079998 . + 0 ID=cds-WP_003414201.1;Parent=gene-BQ2027_RS14465;Dbxref=GenBank:WP_003414201.1;Name=WP_003414201.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217329.1;locus_tag=BQ2027_RS14465;product=ExeA family protein;protein_id=WP_003414201.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq direct_repeat 3080147 3081360 . + . ID=id-Chromosome:3080147..3081360;gbkey=repeat_region;inference=COORDINATES: alignment:CRISPRCasFinder:4.3.2;rpt_family=CRISPR;rpt_type=direct;rpt_unit_range=3080147..3080182;rpt_unit_seq=gtttccgtcccctctcggggttttgggtctgacgac +Chromosome RefSeq gene 3081458 3082719 . - . ID=gene-BQ2027_RS14470;Name=BQ2027_RS14470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14470;old_locus_tag=BQ2027_IS6110 +Chromosome Protein Homology CDS 3082431 3082719 . - 0 ID=cds-WP_087902221.1;Parent=gene-BQ2027_RS14470;Dbxref=GenBank:WP_087902221.1;Name=WP_087902221.1;Note=programmed frameshift;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;exception=ribosomal slippage;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_086558251.1;locus_tag=BQ2027_RS14470;product=IS3-like element IS6110/IS987 family transposase;protein_id=WP_087902221.1;transl_table=11 +Chromosome Protein Homology CDS 3081458 3082431 . - 2 ID=cds-WP_087902221.1;Parent=gene-BQ2027_RS14470;Dbxref=GenBank:WP_087902221.1;Name=WP_087902221.1;Note=programmed frameshift;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;exception=ribosomal slippage;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_086558251.1;locus_tag=BQ2027_RS14470;product=IS3-like element IS6110/IS987 family transposase;protein_id=WP_087902221.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq direct_repeat 3082830 3084550 . + . ID=id-Chromosome:3082830..3084550;gbkey=repeat_region;inference=COORDINATES: alignment:CRISPRCasFinder:4.3.2;rpt_family=CRISPR;rpt_type=direct;rpt_unit_range=3082830..3082865;rpt_unit_seq=gtttccgtcccctctcggggttttgggtctgacgac +Chromosome RefSeq gene 3084599 3084940 . - . ID=gene-BQ2027_RS14475;Name=cas2;gbkey=Gene;gene=cas2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14475;old_locus_tag=BQ2027_MB2840C +Chromosome Protein Homology CDS 3084599 3084940 . - 0 ID=cds-WP_003414276.1;Parent=gene-BQ2027_RS14475;Dbxref=GenBank:WP_003414276.1;Name=WP_003414276.1;Ontology_term=GO:0043571,GO:0004521;gbkey=CDS;gene=cas2;go_function=RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217332.1;locus_tag=BQ2027_RS14475;product=CRISPR-associated endonuclease Cas2;protein_id=WP_003414276.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3084941 3085957 . - . ID=gene-BQ2027_RS14480;Name=cas1;gbkey=Gene;gene=cas1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14480;old_locus_tag=BQ2027_MB2841C +Chromosome Protein Homology CDS 3084941 3085957 . - 0 ID=cds-WP_003414279.1;Parent=gene-BQ2027_RS14480;Dbxref=GenBank:WP_003414279.1;Name=WP_003414279.1;Ontology_term=GO:0043571,GO:0004520,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=cas1;go_function=DNA endonuclease activity|0004520||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217333.1;locus_tag=BQ2027_RS14480;product=CRISPR-associated endonuclease Cas1;protein_id=WP_003414279.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3085970 3087262 . - . ID=gene-BQ2027_RS14485;Name=csm6;gbkey=Gene;gene=csm6;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14485;old_locus_tag=BQ2027_MB2842C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3085970 3087262 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS14485;Parent=gene-BQ2027_RS14485;Note=internal stop;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=csm6;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF021196.6;locus_tag=BQ2027_RS14485;product=type III-A CRISPR-associated CARF protein Csm6;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3087214 3088341 . - . ID=gene-BQ2027_RS14490;Name=csm5;gbkey=Gene;gene=csm5;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14490;old_locus_tag=BQ2027_MB2843C +Chromosome Protein Homology CDS 3087214 3088341 . - 0 ID=cds-WP_003414285.1;Parent=gene-BQ2027_RS14490;Dbxref=GenBank:WP_003414285.1;Name=WP_003414285.1;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=csm5;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217335.1;locus_tag=BQ2027_RS14490;product=type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5;protein_id=WP_003414285.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3088338 3089246 . - . ID=gene-BQ2027_RS14495;Name=csm4;gbkey=Gene;gene=csm4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14495;old_locus_tag=BQ2027_MB2844C +Chromosome Protein Homology CDS 3088338 3089246 . - 0 ID=cds-WP_003414288.1;Parent=gene-BQ2027_RS14495;Dbxref=GenBank:WP_003414288.1;Name=WP_003414288.1;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=csm4;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217336.1;locus_tag=BQ2027_RS14495;product=type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4;protein_id=WP_003414288.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3089227 3089937 . - . ID=gene-BQ2027_RS14500;Name=csm3;gbkey=Gene;gene=csm3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14500;old_locus_tag=BQ2027_MB2845C +Chromosome Protein Homology CDS 3089227 3089937 . - 0 ID=cds-WP_003414292.1;Parent=gene-BQ2027_RS14500;Dbxref=GenBank:WP_003414292.1;Name=WP_003414292.1;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=csm3;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217337.1;locus_tag=BQ2027_RS14500;product=type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3;protein_id=WP_003414292.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3089947 3090321 . - . ID=gene-BQ2027_RS14505;Name=csm2;gbkey=Gene;gene=csm2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14505;old_locus_tag=BQ2027_MB2846C +Chromosome Protein Homology CDS 3089947 3090321 . - 0 ID=cds-WP_003414296.1;Parent=gene-BQ2027_RS14505;Dbxref=GenBank:WP_003414296.1;Name=WP_003414296.1;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=csm2;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217338.1;locus_tag=BQ2027_RS14505;product=type III-A CRISPR-associated protein Csm2;protein_id=WP_003414296.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3090318 3092756 . - . ID=gene-BQ2027_RS14510;Name=cas10;gbkey=Gene;gene=cas10;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14510;old_locus_tag=BQ2027_MB2847C +Chromosome Protein Homology CDS 3090318 3092756 . - 0 ID=cds-WP_003900580.1;Parent=gene-BQ2027_RS14510;Dbxref=GenBank:WP_003900580.1;Name=WP_003900580.1;Ontology_term=GO:0043571;gbkey=CDS;gene=cas10;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217339.1;locus_tag=BQ2027_RS14510;product=type III-A CRISPR-associated protein Cas10/Csm1;protein_id=WP_003900580.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3092753 3093541 . - . ID=gene-BQ2027_RS14515;Name=cas6;gbkey=Gene;gene=cas6;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14515;old_locus_tag=BQ2027_MB2848C +Chromosome Protein Homology CDS 3092753 3093541 . - 0 ID=cds-WP_193692467.1;Parent=gene-BQ2027_RS14515;Dbxref=GenBank:WP_193692467.1;Name=WP_193692467.1;Ontology_term=GO:0043571,GO:0004521;gbkey=CDS;gene=cas6;go_function=RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=maintenance of CRISPR repeat elements|0043571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917092.1;locus_tag=BQ2027_RS14515;product=CRISPR-associated endoribonuclease Cas6;protein_id=WP_193692467.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3093875 3094420 . - . ID=gene-BQ2027_RS14520;Name=BQ2027_RS14520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14520;old_locus_tag=BQ2027_MB2849C +Chromosome Protein Homology CDS 3093875 3094420 . - 0 ID=cds-WP_003904931.1;Parent=gene-BQ2027_RS14520;Dbxref=GenBank:WP_003904931.1;Name=WP_003904931.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217344.1;locus_tag=BQ2027_RS14520;product=DUF1802 family protein;protein_id=WP_003904931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3094692 3095576 . - . ID=gene-BQ2027_RS14525;Name=BQ2027_RS14525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14525;old_locus_tag=BQ2027_MB2850C +Chromosome Protein Homology CDS 3094692 3095576 . - 0 ID=cds-WP_003414409.1;Parent=gene-BQ2027_RS14525;Dbxref=GenBank:WP_003414409.1;Name=WP_003414409.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217342.1;locus_tag=BQ2027_RS14525;product=nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein;protein_id=WP_003414409.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3095579 3096466 . - . ID=gene-BQ2027_RS14530;Name=BQ2027_RS14530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14530;old_locus_tag=BQ2027_MB2851C +Chromosome Protein Homology CDS 3095579 3096466 . - 0 ID=cds-WP_003414414.1;Parent=gene-BQ2027_RS14530;Dbxref=GenBank:WP_003414414.1;Name=WP_003414414.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217343.1;locus_tag=BQ2027_RS14530;product=type IV toxin-antitoxin system AbiEi family antitoxin;protein_id=WP_003414414.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3096771 3097316 . - . ID=gene-BQ2027_RS14535;Name=BQ2027_RS14535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14535;old_locus_tag=BQ2027_MB2852C +Chromosome Protein Homology CDS 3096771 3097316 . - 0 ID=cds-WP_010950781.1;Parent=gene-BQ2027_RS14535;Dbxref=GenBank:WP_010950781.1;Name=WP_010950781.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217344.1;locus_tag=BQ2027_RS14535;product=DUF1802 family protein;protein_id=WP_010950781.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3097313 3097582 . - . ID=gene-BQ2027_RS14540;Name=BQ2027_RS14540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14540;old_locus_tag=BQ2027_MB2852A +Chromosome Protein Homology CDS 3097313 3097582 . - 0 ID=cds-WP_003414489.1;Parent=gene-BQ2027_RS14540;Dbxref=GenBank:WP_003414489.1;Name=WP_003414489.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411535.1;locus_tag=BQ2027_RS14540;product=DUF2277 domain-containing protein;protein_id=WP_003414489.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3097603 3097995 . - . ID=gene-BQ2027_RS14545;Name=BQ2027_RS14545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14545;old_locus_tag=BQ2027_MB2853C +Chromosome Protein Homology CDS 3097603 3097995 . - 0 ID=cds-WP_003414492.1;Parent=gene-BQ2027_RS14545;Dbxref=GenBank:WP_003414492.1;Name=WP_003414492.1;Ontology_term=GO:0004540;gbkey=CDS;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217345.1;locus_tag=BQ2027_RS14545;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003414492.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3097992 3098207 . - . ID=gene-BQ2027_RS14550;Name=BQ2027_RS14550;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14550;old_locus_tag=BQ2027_MB2854C +Chromosome Protein Homology CDS 3097992 3098207 . - 0 ID=cds-WP_003414495.1;Parent=gene-BQ2027_RS14550;Dbxref=GenBank:WP_003414495.1;Name=WP_003414495.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217346.1;locus_tag=BQ2027_RS14550;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003414495.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3098254 3099003 . + . ID=gene-BQ2027_RS14555;Name=BQ2027_RS14555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14555;old_locus_tag=BQ2027_MB2855 +Chromosome Protein Homology CDS 3098254 3099003 . + 0 ID=cds-WP_010950782.1;Parent=gene-BQ2027_RS14555;Dbxref=GenBank:WP_010950782.1;Name=WP_010950782.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217347.1;locus_tag=BQ2027_RS14555;product=enoyl-CoA hydratase;protein_id=WP_010950782.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3099082 3100164 . - . ID=gene-BQ2027_RS14560;Name=ugpC;gbkey=Gene;gene=ugpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14560;old_locus_tag=BQ2027_MB2856C +Chromosome Protein Homology CDS 3099082 3100164 . - 0 ID=cds-WP_003414499.1;Parent=gene-BQ2027_RS14560;Dbxref=GenBank:WP_003414499.1;Name=WP_003414499.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;gene=ugpC;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217348.1;locus_tag=BQ2027_RS14560;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003414499.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3100157 3101467 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14590;Name=rbfA;gbkey=Gene;gene=rbfA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14590;old_locus_tag=BQ2027_MB2863C +Chromosome Protein Homology CDS 3105602 3106153 . - 0 ID=cds-WP_003414508.1;Parent=gene-BQ2027_RS14590;Dbxref=GenBank:WP_003414508.1;Name=WP_003414508.1;Ontology_term=GO:0006364;gbkey=CDS;gene=rbfA;go_process=rRNA processing|0006364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217354.1;locus_tag=BQ2027_RS14590;product=30S ribosome-binding factor RbfA;protein_id=WP_003414508.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3106153 3108855 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14600;Name=BQ2027_RS14600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14600;old_locus_tag=BQ2027_MB2865C +Chromosome Protein Homology CDS 3108941 3109318 . - 0 ID=cds-WP_003899506.1;Parent=gene-BQ2027_RS14600;Dbxref=GenBank:WP_003899506.1;Name=WP_003899506.1;Ontology_term=GO:0003723;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF016204.6;locus_tag=BQ2027_RS14600;product=YlxR family protein;protein_id=WP_003899506.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3109367 3110410 . - . ID=gene-BQ2027_RS14605;Name=nusA;gbkey=Gene;gene=nusA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14605;old_locus_tag=BQ2027_MB2866C +Chromosome Protein Homology CDS 3109367 3110410 . - 0 ID=cds-WP_003414511.1;Parent=gene-BQ2027_RS14605;Dbxref=GenBank:WP_003414511.1;Name=WP_003414511.1;Ontology_term=GO:0006353,GO:0003723;gbkey=CDS;gene=nusA;go_function=RNA binding|0003723||IEA;go_process=DNA-templated transcription termination|0006353||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217357.1;locus_tag=BQ2027_RS14605;product=transcription termination factor NusA;protein_id=WP_003414511.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3110407 3110958 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14620;Name=BQ2027_RS14620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14620;old_locus_tag=BQ2027_MB2869 +Chromosome Protein Homology CDS 3111695 3112183 . + 0 ID=cds-WP_003414522.1;Parent=gene-BQ2027_RS14620;Dbxref=GenBank:WP_003414522.1;Name=WP_003414522.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217360.1;locus_tag=BQ2027_RS14620;product=ferritin-like domain-containing protein;protein_id=WP_003414522.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3112184 3113932 . - . ID=gene-BQ2027_RS14625;Name=proS;gbkey=Gene;gene=proS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14625;old_locus_tag=BQ2027_MB2870C +Chromosome Protein Homology CDS 3112184 3113932 . - 0 ID=cds-WP_010950787.1;Parent=gene-BQ2027_RS14625;Dbxref=GenBank:WP_010950787.1;Name=WP_010950787.1;Ontology_term=GO:0006418,GO:0006433,GO:0000166,GO:0002161,GO:0004812,GO:0004827,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=proS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,aminoacyl-tRNA deacylase activity|0002161||IEA,aminoacyl-tRNA ligase activity|0004812||IEA,proline-tRNA ligase activity|0004827||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=tRNA aminoacylation for protein translation|0006418||IEA,prolyl-tRNA aminoacylation|0006433||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217361.1;locus_tag=BQ2027_RS14625;product=proline--tRNA ligase;protein_id=WP_010950787.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3114021 3115613 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14635;Name=cobA;gbkey=Gene;gene=cobA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14635;old_locus_tag=BQ2027_MB2872C +Chromosome Protein Homology CDS 3115636 3116853 . - 0 ID=cds-WP_003414535.1;Parent=gene-BQ2027_RS14635;Dbxref=GenBank:WP_003414535.1;Name=WP_003414535.1;Ontology_term=GO:0019354,GO:0004851;gbkey=CDS;gene=cobA;go_function=uroporphyrin-III C-methyltransferase activity|0004851||IEA;go_process=siroheme biosynthetic process|0019354||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215025.2;locus_tag=BQ2027_RS14635;product=uroporphyrinogen-III C-methyltransferase;protein_id=WP_003414535.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3117076 3118449 . - . ID=gene-BQ2027_RS14640;Name=cobB;gbkey=Gene;gene=cobB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14640;old_locus_tag=BQ2027_MB2873C +Chromosome Protein Homology CDS 3117076 3118449 . - 0 ID=cds-WP_003899509.1;Parent=gene-BQ2027_RS14640;Dbxref=GenBank:WP_003899509.1;Name=WP_003899509.1;Ontology_term=GO:0042242;gbkey=CDS;gene=cobB;go_function=cobyrinic acid a%2Cc-diamide synthase activity|0042242||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217364.1;locus_tag=BQ2027_RS14640;product=cobyrinate a%2Cc-diamide synthase;protein_id=WP_003899509.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3118449 3119072 . - . ID=gene-BQ2027_RS14645;Name=cobO;gbkey=Gene;gene=cobO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14645;old_locus_tag=BQ2027_MB2874C +Chromosome Protein Homology CDS 3118449 3119072 . - 0 ID=cds-WP_010950789.1;Parent=gene-BQ2027_RS14645;Dbxref=GenBank:WP_010950789.1;Name=WP_010950789.1;Ontology_term=GO:0009236,GO:0008817;gbkey=CDS;gene=cobO;go_function=corrinoid adenosyltransferase activity|0008817||IEA;go_process=cobalamin biosynthetic process|0009236||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177908.1;locus_tag=BQ2027_RS14645;product=cob(I)yrinic acid a%2Cc-diamide adenosyltransferase;protein_id=WP_010950789.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3119093 3120982 . - . ID=gene-BQ2027_RS14650;Name=BQ2027_RS14650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14650;old_locus_tag=BQ2027_MB2875C +Chromosome Protein Homology CDS 3119093 3120982 . - 0 ID=cds-WP_010950790.1;Parent=gene-BQ2027_RS14650;Dbxref=GenBank:WP_010950790.1;Name=WP_010950790.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217366.1;locus_tag=BQ2027_RS14650;product=magnesium chelatase subunit D family protein;protein_id=WP_010950790.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3120979 3121449 . - . ID=gene-BQ2027_RS14655;Name=BQ2027_RS14655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14655;old_locus_tag=BQ2027_MB2876C +Chromosome Protein Homology CDS 3120979 3121449 . - 0 ID=cds-WP_003414543.1;Parent=gene-BQ2027_RS14655;Dbxref=GenBank:WP_003414543.1;Name=WP_003414543.1;Ontology_term=GO:0008080,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA,acyltransferase activity|0016746||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217367.1;locus_tag=BQ2027_RS14655;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003414543.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3121508 3122989 . - . ID=gene-BQ2027_RS14660;Name=mqo;gbkey=Gene;gene=mqo;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14660;old_locus_tag=BQ2027_MB2877C +Chromosome Protein Homology CDS 3121508 3122989 . - 0 ID=cds-WP_003414545.1;Parent=gene-BQ2027_RS14660;Dbxref=GenBank:WP_003414545.1;Name=WP_003414545.1;Ontology_term=GO:0006099,GO:0008924;gbkey=CDS;gene=mqo;go_function=L-malate dehydrogenase (quinone) activity|0008924||IEA;go_process=tricarboxylic acid cycle|0006099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217368.1;locus_tag=BQ2027_RS14660;product=malate dehydrogenase (quinone);protein_id=WP_003414545.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3123196 3125043 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS14670;Name=BQ2027_RS14670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14670;old_locus_tag=BQ2027_MB2879 +Chromosome Protein Homology CDS 3125080 3126120 . + 0 ID=cds-WP_003414553.1;Parent=gene-BQ2027_RS14670;Dbxref=GenBank:WP_003414553.1;Name=WP_003414553.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217370.1;locus_tag=BQ2027_RS14670;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003414553.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3126133 3127512 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS14695;Name=BQ2027_RS14695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14695;old_locus_tag=BQ2027_MB2882C +Chromosome Protein Homology CDS 3129511 3130287 . - 0 ID=cds-WP_003414570.1;Parent=gene-BQ2027_RS14695;Dbxref=GenBank:WP_003414570.1;Name=WP_003414570.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217373.1;locus_tag=BQ2027_RS14695;product=3-oxoacyl-ACP reductase;protein_id=WP_003414570.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3130284 3131651 . - . ID=gene-BQ2027_RS14700;Name=aldC;gbkey=Gene;gene=aldC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14700;old_locus_tag=BQ2027_MB2883C +Chromosome Protein Homology CDS 3130284 3131651 . - 0 ID=cds-WP_003900585.1;Parent=gene-BQ2027_RS14700;Dbxref=GenBank:WP_003900585.1;Name=WP_003900585.1;Ontology_term=GO:0004030;gbkey=CDS;gene=aldC;go_function=aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity|0004030||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013988958.1;locus_tag=BQ2027_RS14700;product=aldehyde dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003900585.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3131648 3132574 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14710;Name=BQ2027_RS14710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14710;old_locus_tag=BQ2027_MB2885C +Chromosome Protein Homology CDS 3132555 3133928 . - 0 ID=cds-WP_003414579.1;Parent=gene-BQ2027_RS14710;Dbxref=GenBank:WP_003414579.1;Name=WP_003414579.1;Ontology_term=GO:0006542,GO:0004356,GO:0005524,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=glutamine synthetase activity|0004356||IEA,ATP binding|0005524||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=glutamine biosynthetic process|0006542||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217376.1;locus_tag=BQ2027_RS14710;product=glutamine synthetase family protein;protein_id=WP_003414579.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3134088 3134945 . - . ID=gene-BQ2027_RS14715;Name=map;gbkey=Gene;gene=map;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14715;old_locus_tag=BQ2027_MB2886C +Chromosome Protein Homology CDS 3134088 3134945 . - 0 ID=cds-WP_003899513.1;Parent=gene-BQ2027_RS14715;Dbxref=GenBank:WP_003899513.1;Name=WP_003899513.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0070006;gbkey=CDS;gene=map;go_function=metalloaminopeptidase activity|0070006||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177911.1;locus_tag=BQ2027_RS14715;product=type I methionyl aminopeptidase;protein_id=WP_003899513.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3134987 3135571 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14725;Name=BQ2027_RS14725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14725;old_locus_tag=BQ2027_MB2887A +Chromosome Protein Homology CDS 3135675 3135923 . + 0 ID=cds-WP_003913411.1;Parent=gene-BQ2027_RS14725;Dbxref=GenBank:WP_003913411.1;Name=WP_003913411.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411570.1;locus_tag=BQ2027_RS14725;product=antitoxin VapB23;protein_id=WP_003913411.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3135920 3136300 . + . ID=gene-BQ2027_RS14730;Name=BQ2027_RS14730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14730;old_locus_tag=BQ2027_MB2888 +Chromosome Protein Homology CDS 3135920 3136300 . + 0 ID=cds-WP_003414592.1;Parent=gene-BQ2027_RS14730;Dbxref=GenBank:WP_003414592.1;Name=WP_003414592.1;Ontology_term=GO:0004540,GO:0046872,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=RNA nuclease activity|0004540||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217379.1;locus_tag=BQ2027_RS14730;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003414592.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3136382 3138193 . - . ID=gene-BQ2027_RS14735;Name=BQ2027_RS14735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14735;old_locus_tag=BQ2027_MB2889C +Chromosome Protein Homology CDS 3136382 3138193 . - 0 ID=cds-WP_003414596.1;Parent=gene-BQ2027_RS14735;Dbxref=GenBank:WP_003414596.1;Name=WP_003414596.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217380.1;locus_tag=BQ2027_RS14735;product=penicillin-binding protein;protein_id=WP_003414596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3138465 3138746 . + . ID=gene-BQ2027_RS14740;Name=relF;gbkey=Gene;gene=relF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14740;old_locus_tag=BQ2027_MB2890 +Chromosome Protein Homology CDS 3138465 3138746 . + 0 ID=cds-WP_003414599.1;Parent=gene-BQ2027_RS14740;Dbxref=GenBank:WP_003414599.1;Name=WP_003414599.1;gbkey=CDS;gene=relF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217381.1;locus_tag=BQ2027_RS14740;product=type II toxin-antitoxin system antitoxin RelF;protein_id=WP_003414599.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3138750 3139013 . + . ID=gene-BQ2027_RS14745;Name=relG;gbkey=Gene;gene=relG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14745;old_locus_tag=BQ2027_MB2891 +Chromosome Protein Homology CDS 3138750 3139013 . + 0 ID=cds-WP_003414602.1;Parent=gene-BQ2027_RS14745;Dbxref=GenBank:WP_003414602.1;Name=WP_003414602.1;Ontology_term=GO:0017148,GO:0004521,GO:0110001;gbkey=CDS;gene=relG;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=RNA endonuclease activity|0004521||IEA;go_process=negative regulation of translation|0017148||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217382.1;locus_tag=BQ2027_RS14745;product=type II toxin-antitoxin system RelE family toxin;protein_id=WP_003414602.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3139386 3140240 . - . ID=gene-BQ2027_RS14750;Name=BQ2027_RS14750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14750;old_locus_tag=BQ2027_MB2892C +Chromosome Protein Homology CDS 3139386 3140240 . - 0 ID=cds-WP_003899516.1;Parent=gene-BQ2027_RS14750;Dbxref=GenBank:WP_003899516.1;Name=WP_003899516.1;Ontology_term=GO:0008080;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217383.1;locus_tag=BQ2027_RS14750;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003899516.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3140296 3141459 . - . ID=gene-BQ2027_RS14755;Name=ispG;gbkey=Gene;gene=ispG;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=gcpE;locus_tag=BQ2027_RS14755;old_locus_tag=BQ2027_MB2893C +Chromosome Protein Homology CDS 3140296 3141459 . - 0 ID=cds-WP_010950793.1;Parent=gene-BQ2027_RS14755;Dbxref=GenBank:WP_010950793.1;Name=WP_010950793.1;Ontology_term=GO:0008152,GO:0046429;gbkey=CDS;gene=ispG;go_function=4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin)|0046429||IEA;go_process=metabolic process|0008152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217384.1;locus_tag=BQ2027_RS14755;product=flavodoxin-dependent (E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase;protein_id=WP_010950793.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3141476 3142690 . - . ID=gene-BQ2027_RS14760;Name=rip;gbkey=Gene;gene=rip;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14760;old_locus_tag=BQ2027_MB2894C +Chromosome Protein Homology CDS 3141476 3142690 . - 0 ID=cds-WP_003414610.1;Parent=gene-BQ2027_RS14760;Dbxref=GenBank:WP_003414610.1;Name=WP_003414610.1;gbkey=CDS;gene=rip;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217385.1;locus_tag=BQ2027_RS14760;product=zinc metalloprotease Rip;protein_id=WP_003414610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3142698 3143939 . - . ID=gene-BQ2027_RS14765;Name=dxr;gbkey=Gene;gene=dxr;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14765;old_locus_tag=BQ2027_MB2895C +Chromosome Protein Homology CDS 3142698 3143939 . - 0 ID=cds-WP_003414613.1;Parent=gene-BQ2027_RS14765;Dbxref=GenBank:WP_003414613.1;Name=WP_003414613.1;Ontology_term=GO:0008299,GO:0019288,GO:0030604,GO:0046872,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=dxr;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity|0030604||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=isoprenoid biosynthetic process|0008299||IEA,isopentenyl diphosphate biosynthetic process%2C methylerythritol 4-phosphate pathway|0019288||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217386.2;locus_tag=BQ2027_RS14765;product=1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase;protein_id=WP_003414613.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3144066 3144323 . + . ID=gene-BQ2027_RS14770;Name=BQ2027_RS14770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14770;old_locus_tag=BQ2027_MB2896 +Chromosome Protein Homology CDS 3144066 3144323 . + 0 ID=cds-WP_003414620.1;Parent=gene-BQ2027_RS14770;Dbxref=GenBank:WP_003414620.1;Name=WP_003414620.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217387.1;locus_tag=BQ2027_RS14770;product=ribbon-helix-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003414620.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3144310 3144753 . + . ID=gene-BQ2027_RS14775;Name=BQ2027_RS14775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14775;old_locus_tag=BQ2027_MB2897 +Chromosome Protein Homology CDS 3144310 3144753 . + 0 ID=cds-WP_003414624.1;Parent=gene-BQ2027_RS14775;Dbxref=GenBank:WP_003414624.1;Name=WP_003414624.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217388.1;locus_tag=BQ2027_RS14775;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003414624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3144833 3145495 . + . ID=gene-BQ2027_RS14780;Name=mpt83;gbkey=Gene;gene=mpt83;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14780;old_locus_tag=BQ2027_MB2898 +Chromosome Protein Homology CDS 3144833 3145495 . + 0 ID=cds-WP_003414630.1;Parent=gene-BQ2027_RS14780;Dbxref=GenBank:WP_003414630.1;Name=WP_003414630.1;gbkey=CDS;gene=mpt83;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217389.1;locus_tag=BQ2027_RS14780;product=cell surface glycolipoprotein Mpt83;protein_id=WP_003414630.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3145591 3145782 . + . ID=gene-BQ2027_RS14785;Name=BQ2027_RS14785;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14785 +Chromosome Protein Homology CDS 3145591 3145782 . + 0 ID=cds-WP_023349587.1;Parent=gene-BQ2027_RS14785;Dbxref=GenBank:WP_023349587.1;Name=WP_023349587.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015630591.1;locus_tag=BQ2027_RS14785;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_023349587.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3146114 3147862 . + . ID=gene-BQ2027_RS14790;Name=BQ2027_RS14790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14790;old_locus_tag=BQ2027_MB2899 +Chromosome Protein Homology CDS 3146114 3147862 . + 0 ID=cds-WP_003912869.1;Parent=gene-BQ2027_RS14790;Dbxref=GenBank:WP_003912869.1;Name=WP_003912869.1;Ontology_term=GO:0017004,GO:0015036;gbkey=CDS;go_function=disulfide oxidoreductase activity|0015036||IEA;go_process=cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303615.1;locus_tag=BQ2027_RS14790;product=cytochrome c biogenesis protein DipZ;protein_id=WP_003912869.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3147958 3148539 . + . ID=gene-BQ2027_RS14795;Name=BQ2027_RS14795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14795;old_locus_tag=BQ2027_MB2900 +Chromosome Protein Homology CDS 3147958 3148539 . + 0 ID=cds-WP_003414644.1;Parent=gene-BQ2027_RS14795;Dbxref=GenBank:WP_003414644.1;Name=WP_003414644.1;Ontology_term=GO:0007155;gbkey=CDS;go_process=cell adhesion|0007155||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217391.1;locus_tag=BQ2027_RS14795;product=fasciclin domain-containing protein;protein_id=WP_003414644.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3148639 3148905 . + . ID=gene-BQ2027_RS14800;Name=BQ2027_RS14800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14800;old_locus_tag=BQ2027_MB2901 +Chromosome Protein Homology CDS 3148639 3148905 . + 0 ID=cds-WP_031652375.1;Parent=gene-BQ2027_RS14800;Dbxref=GenBank:WP_031652375.1;Name=WP_031652375.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010908416.1;locus_tag=BQ2027_RS14800;product=DUF2631 domain-containing protein;protein_id=WP_031652375.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3148936 3149799 . - . ID=gene-BQ2027_RS14805;Name=BQ2027_RS14805;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14805;old_locus_tag=BQ2027_MB2902C +Chromosome Protein Homology CDS 3148936 3149799 . - 0 ID=cds-WP_003904947.1;Parent=gene-BQ2027_RS14805;Dbxref=GenBank:WP_003904947.1;Name=WP_003904947.1;Ontology_term=GO:0017004,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=cytochrome complex assembly|0017004||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177912.1;locus_tag=BQ2027_RS14805;product=cytochrome c biogenesis CcdA family protein;protein_id=WP_003904947.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3149804 3150325 . - . ID=gene-BQ2027_RS14810;Name=BQ2027_RS14810;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14810;old_locus_tag=BQ2027_MB2903C +Chromosome Protein Homology CDS 3149804 3150325 . - 0 ID=cds-WP_003414654.1;Parent=gene-BQ2027_RS14810;Dbxref=GenBank:WP_003414654.1;Name=WP_003414654.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217394.1;locus_tag=BQ2027_RS14810;product=protein disulfide oxidoreductase;protein_id=WP_003414654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3150511 3151605 . - . ID=gene-BQ2027_RS14815;Name=rlmN;gbkey=Gene;gene=rlmN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14815;old_locus_tag=BQ2027_MB2904C +Chromosome Protein Homology CDS 3150511 3151605 . - 0 ID=cds-WP_003414658.1;Parent=gene-BQ2027_RS14815;Dbxref=GenBank:WP_003414658.1;Name=WP_003414658.1;Ontology_term=GO:0030488,GO:0070475,GO:0008757,GO:0016433;gbkey=CDS;gene=rlmN;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,rRNA (adenine) methyltransferase activity|0016433||IEA;go_process=tRNA methylation|0030488||IEA,rRNA base methylation|0070475||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003875108.1;locus_tag=BQ2027_RS14815;product=23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase RlmN;protein_id=WP_003414658.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3151628 3152548 . - . ID=gene-BQ2027_RS14820;Name=cdsA;gbkey=Gene;gene=cdsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14820;old_locus_tag=BQ2027_MB2905C +Chromosome Protein Homology CDS 3151628 3152548 . - 0 ID=cds-WP_003414661.1;Parent=gene-BQ2027_RS14820;Dbxref=GenBank:WP_003414661.1;Name=WP_003414661.1;Ontology_term=GO:0016024,GO:0004605;gbkey=CDS;gene=cdsA;go_function=phosphatidate cytidylyltransferase activity|0004605||IEA;go_process=CDP-diacylglycerol biosynthetic process|0016024||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217397.1;locus_tag=BQ2027_RS14820;product=phosphatidate cytidylyltransferase;protein_id=WP_003414661.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3152571 3153128 . - . ID=gene-BQ2027_RS14825;Name=frr;gbkey=Gene;gene=frr;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14825;old_locus_tag=BQ2027_MB2906C +Chromosome Protein Homology CDS 3152571 3153128 . - 0 ID=cds-WP_003414663.1;Parent=gene-BQ2027_RS14825;Dbxref=GenBank:WP_003414663.1;Name=WP_003414663.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0008135;gbkey=CDS;gene=frr;go_function=translation factor activity%2C RNA binding|0008135||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217398.1;locus_tag=BQ2027_RS14825;product=ribosome recycling factor;protein_id=WP_003414663.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3153195 3153268 . - . ID=gene-BQ2027_RS21040;Name=BQ2027_RS21040;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS21040;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3153195 +Chromosome Protein Homology CDS 3153195 3153268 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS21040;Parent=gene-BQ2027_RS21040;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_216909.1;locus_tag=BQ2027_RS21040;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,3153195;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3153300 3154085 . - . ID=gene-BQ2027_RS14830;Name=pyrH;gbkey=Gene;gene=pyrH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14830;old_locus_tag=BQ2027_MB2907C +Chromosome Protein Homology CDS 3153300 3154085 . - 0 ID=cds-WP_003414665.1;Parent=gene-BQ2027_RS14830;Dbxref=GenBank:WP_003414665.1;Name=WP_003414665.1;Ontology_term=GO:0006221,GO:0015949,GO:0033862,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=pyrH;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=UMP kinase activity|0033862||IEA;go_process=pyrimidine nucleotide biosynthetic process|0006221||IEA,nucleobase-containing small molecule interconversion|0015949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217399.1;locus_tag=BQ2027_RS14830;product=UMP kinase;protein_id=WP_003414665.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3154320 3155078 . + . ID=gene-BQ2027_RS14835;Name=BQ2027_RS14835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14835;old_locus_tag=BQ2027_MB2908 +Chromosome Protein Homology CDS 3154320 3155078 . + 0 ID=cds-WP_003414666.1;Parent=gene-BQ2027_RS14835;Dbxref=GenBank:WP_003414666.1;Name=WP_003414666.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917701.1;locus_tag=BQ2027_RS14835;product=winged helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003414666.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3155093 3156473 . - . ID=gene-BQ2027_RS14840;Name=tnpB;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14840;old_locus_tag=BQ2027_MB2909C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3155093 3156473 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS14840;Parent=gene-BQ2027_RS14840;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351709.1;locus_tag=BQ2027_RS14840;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3156473 3157060 . - . ID=gene-BQ2027_RS14845;Name=BQ2027_RS14845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14845;old_locus_tag=BQ2027_MB2910C +Chromosome Protein Homology CDS 3156473 3157060 . - 0 ID=cds-WP_003414668.1;Parent=gene-BQ2027_RS14845;Dbxref=GenBank:WP_003414668.1;Name=WP_003414668.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003414668.1;locus_tag=BQ2027_RS14845;product=IS607-like element IS1539 family transposase;protein_id=WP_003414668.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3157359 3157778 . + . ID=gene-BQ2027_RS14850;Name=BQ2027_RS14850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14850;old_locus_tag=BQ2027_MB2911 +Chromosome Protein Homology CDS 3157359 3157778 . + 0 ID=cds-WP_003899525.1;Parent=gene-BQ2027_RS14850;Dbxref=GenBank:WP_003899525.1;Name=WP_003899525.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217403.1;locus_tag=BQ2027_RS14850;product=MarR family winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003899525.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3157792 3159213 . - . ID=gene-BQ2027_RS14855;Name=amiC;gbkey=Gene;gene=amiC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14855;old_locus_tag=BQ2027_MB2912C +Chromosome Protein Homology CDS 3157792 3159213 . - 0 ID=cds-WP_003414672.1;Parent=gene-BQ2027_RS14855;Dbxref=GenBank:WP_003414672.1;Name=WP_003414672.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;gene=amiC;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217404.1;locus_tag=BQ2027_RS14855;product=amidase;protein_id=WP_003414672.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3159220 3160035 . - . ID=gene-BQ2027_RS14860;Name=tsf;gbkey=Gene;gene=tsf;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14860;old_locus_tag=BQ2027_MB2913C +Chromosome Protein Homology CDS 3159220 3160035 . - 0 ID=cds-WP_010950794.1;Parent=gene-BQ2027_RS14860;Dbxref=GenBank:WP_010950794.1;Name=WP_010950794.1;Ontology_term=GO:0006414,GO:0003746;gbkey=CDS;gene=tsf;go_function=translation elongation factor activity|0003746||IEA;go_process=translational elongation|0006414||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217405.1;locus_tag=BQ2027_RS14860;product=translation elongation factor Ts;protein_id=WP_010950794.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3160047 3160910 . - . ID=gene-BQ2027_RS14865;Name=rpsB;gbkey=Gene;gene=rpsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14865;old_locus_tag=BQ2027_MB2914C +Chromosome Protein Homology CDS 3160047 3160910 . - 0 ID=cds-WP_003899528.1;Parent=gene-BQ2027_RS14865;Dbxref=GenBank:WP_003899528.1;Name=WP_003899528.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015935;gbkey=CDS;gene=rpsB;go_component=small ribosomal subunit|0015935||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217406.1;locus_tag=BQ2027_RS14865;product=30S ribosomal protein S2;protein_id=WP_003899528.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3161230 3161589 . + . ID=gene-BQ2027_RS14870;Name=BQ2027_RS14870;end_range=3161589,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS14870;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3161230 3161589 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS14870;Parent=gene-BQ2027_RS14870;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0008237,GO:0046872;end_range=3161589,.;gbkey=CDS;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013700.7;locus_tag=BQ2027_RS14870;partial=true;product=M23 family metallopeptidase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3161722 3162948 . - . ID=gene-BQ2027_RS14875;Name=BQ2027_RS14875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14875;old_locus_tag=BQ2027_MB2916C +Chromosome Protein Homology CDS 3161722 3162948 . - 0 ID=cds-WP_003414680.1;Parent=gene-BQ2027_RS14875;Dbxref=GenBank:WP_003414680.1;Name=WP_003414680.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177913.1;locus_tag=BQ2027_RS14875;product=PPE family protein;protein_id=WP_003414680.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3163348 3164325 . + . ID=gene-BQ2027_RS14880;Name=BQ2027_RS14880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14880;old_locus_tag=BQ2027_MB2917 +Chromosome Protein Homology CDS 3163348 3164325 . + 0 ID=cds-WP_003414686.1;Parent=gene-BQ2027_RS14880;Dbxref=GenBank:WP_003414686.1;Name=WP_003414686.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217409.1;locus_tag=BQ2027_RS14880;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003414686.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3164322 3165218 . - . ID=gene-BQ2027_RS14885;Name=xerC;gbkey=Gene;gene=xerC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14885;old_locus_tag=BQ2027_MB2918C +Chromosome Protein Homology CDS 3164322 3165218 . - 0 ID=cds-WP_003414689.1;Parent=gene-BQ2027_RS14885;Dbxref=GenBank:WP_003414689.1;Name=WP_003414689.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0007059,GO:0051301,GO:0003677,GO:0009037;gbkey=CDS;gene=xerC;go_function=DNA binding|0003677||IEA,tyrosine-based site-specific recombinase activity|0009037||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA,chromosome segregation|0007059||IEA,cell division|0051301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217410.1;locus_tag=BQ2027_RS14885;product=tyrosine recombinase XerC;protein_id=WP_003414689.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3165309 3166160 . - . ID=gene-BQ2027_RS14890;Name=viuB;gbkey=Gene;gene=viuB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14890;old_locus_tag=BQ2027_MB2919C +Chromosome Protein Homology CDS 3165309 3166160 . - 0 ID=cds-WP_003900590.1;Parent=gene-BQ2027_RS14890;Dbxref=GenBank:WP_003900590.1;Name=WP_003900590.1;Ontology_term=GO:0015891,GO:0071949;gbkey=CDS;gene=viuB;go_function=FAD binding|0071949||IEA;go_process=siderophore transport|0015891||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217411.1;locus_tag=BQ2027_RS14890;product=siderophore-interacting protein;protein_id=WP_003900590.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3166193 3167362 . - . ID=gene-BQ2027_RS14895;Name=dprA;gbkey=Gene;gene=dprA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14895;old_locus_tag=BQ2027_MB2920C +Chromosome Protein Homology CDS 3166193 3167362 . - 0 ID=cds-WP_010950795.1;Parent=gene-BQ2027_RS14895;Dbxref=GenBank:WP_010950795.1;Name=WP_010950795.1;Ontology_term=GO:0009294;gbkey=CDS;gene=dprA;go_process=DNA-mediated transformation|0009294||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217412.2;locus_tag=BQ2027_RS14895;product=DNA-processing protein DprA;protein_id=WP_010950795.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3167359 3168870 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14910;Name=fdhD;gbkey=Gene;gene=fdhD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14910;old_locus_tag=BQ2027_MB2923C +Chromosome Protein Homology CDS 3169504 3170334 . - 0 ID=cds-WP_003414705.1;Parent=gene-BQ2027_RS14910;Dbxref=GenBank:WP_003414705.1;Name=WP_003414705.1;Ontology_term=GO:0016783;gbkey=CDS;gene=fdhD;go_function=sulfurtransferase activity|0016783||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217415.1;locus_tag=BQ2027_RS14910;product=formate dehydrogenase accessory sulfurtransferase FdhD;protein_id=WP_003414705.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3170334 3172673 . - . ID=gene-BQ2027_RS14915;Name=fdhF;gbkey=Gene;gene=fdhF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14915;old_locus_tag=BQ2027_MB2924C +Chromosome Protein Homology CDS 3170334 3172673 . - 0 ID=cds-WP_003899532.1;Parent=gene-BQ2027_RS14915;Dbxref=GenBank:WP_003899532.1;Name=WP_003899532.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0030151,GO:0051539;gbkey=CDS;gene=fdhF;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,molybdenum ion binding|0030151||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217416.1;locus_tag=BQ2027_RS14915;product=FdhF/YdeP family oxidoreductase;protein_id=WP_003899532.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3172731 3173036 . - . ID=gene-BQ2027_RS14920;Name=BQ2027_RS14920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14920;old_locus_tag=BQ2027_MB2925C +Chromosome Protein Homology CDS 3172731 3173036 . - 0 ID=cds-WP_003414710.1;Parent=gene-BQ2027_RS14920;Dbxref=GenBank:WP_003414710.1;Name=WP_003414710.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217417.1;locus_tag=BQ2027_RS14920;product=DUF2469 domain-containing protein;protein_id=WP_003414710.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3173090 3173884 . - . ID=gene-BQ2027_RS14925;Name=rnhB;gbkey=Gene;gene=rnhB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14925;old_locus_tag=BQ2027_MB2926C +Chromosome Protein Homology CDS 3173090 3173884 . - 0 ID=cds-WP_010950796.1;Parent=gene-BQ2027_RS14925;Dbxref=GenBank:WP_010950796.1;Name=WP_010950796.1;gbkey=CDS;gene=rnhB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217418.1;locus_tag=BQ2027_RS14925;product=ribonuclease HII;protein_id=WP_010950796.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3173898 3174782 . - . ID=gene-BQ2027_RS14930;Name=lepB;gbkey=Gene;gene=lepB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14930;old_locus_tag=BQ2027_MB2927C +Chromosome Protein Homology CDS 3173898 3174782 . - 0 ID=cds-WP_010950797.1;Parent=gene-BQ2027_RS14930;Dbxref=GenBank:WP_010950797.1;Name=WP_010950797.1;Ontology_term=GO:0006465,GO:0009306,GO:0004252,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lepB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA;go_process=signal peptide processing|0006465||IEA,protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217419.1;locus_tag=BQ2027_RS14930;product=signal peptidase I;protein_id=WP_010950797.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3174840 3175181 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14940;Name=BQ2027_RS14940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14940;old_locus_tag=BQ2027_MB2929 +Chromosome Protein Homology CDS 3175556 3176500 . + 0 ID=cds-WP_003414720.1;Parent=gene-BQ2027_RS14940;Dbxref=GenBank:WP_003414720.1;Name=WP_003414720.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217421.1;locus_tag=BQ2027_RS14940;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003414720.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3176593 3177285 . - . ID=gene-BQ2027_RS14945;Name=trmD;gbkey=Gene;gene=trmD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14945;old_locus_tag=BQ2027_MB2930C +Chromosome Protein Homology CDS 3176593 3177285 . - 0 ID=cds-WP_003414722.1;Parent=gene-BQ2027_RS14945;Dbxref=GenBank:WP_003414722.1;Name=WP_003414722.1;Ontology_term=GO:0008033,GO:0052906;gbkey=CDS;gene=trmD;go_function=tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity|0052906||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217422.1;locus_tag=BQ2027_RS14945;product=tRNA (guanosine(37)-N1)-methyltransferase TrmD;protein_id=WP_003414722.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3177289 3177819 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS14955;Name=BQ2027_RS14955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14955;old_locus_tag=BQ2027_MB2932C +Chromosome Protein Homology CDS 3177833 3178075 . - 0 ID=cds-WP_003414728.1;Parent=gene-BQ2027_RS14955;Dbxref=GenBank:WP_003414728.1;Name=WP_003414728.1;Ontology_term=GO:0003723;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217424.1;locus_tag=BQ2027_RS14955;product=RNA-binding protein;protein_id=WP_003414728.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3178083 3178571 . - . ID=gene-BQ2027_RS14960;Name=rpsP;gbkey=Gene;gene=rpsP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14960;old_locus_tag=BQ2027_MB2933C +Chromosome Protein Homology CDS 3178083 3178571 . - 0 ID=cds-WP_003414731.1;Parent=gene-BQ2027_RS14960;Dbxref=GenBank:WP_003414731.1;Name=WP_003414731.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735;gbkey=CDS;gene=rpsP;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217425.1;locus_tag=BQ2027_RS14960;product=30S ribosomal protein S16;protein_id=WP_003414731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3178755 3179174 . - . ID=gene-BQ2027_RS14965;Name=BQ2027_RS14965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14965;old_locus_tag=BQ2027_MB2934C +Chromosome Protein Homology CDS 3178755 3179174 . - 0 ID=cds-WP_003912031.1;Parent=gene-BQ2027_RS14965;Dbxref=GenBank:WP_003912031.1;Name=WP_003912031.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003875068.1;locus_tag=BQ2027_RS14965;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003912031.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3179267 3180142 . + . ID=gene-BQ2027_RS14970;Name=dacB2;gbkey=Gene;gene=dacB2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14970;old_locus_tag=BQ2027_MB2935 +Chromosome Protein Homology CDS 3179267 3180142 . + 0 ID=cds-WP_003414736.1;Parent=gene-BQ2027_RS14970;Dbxref=GenBank:WP_003414736.1;Name=WP_003414736.1;gbkey=CDS;gene=dacB2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177914.1;locus_tag=BQ2027_RS14970;product=D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB2;protein_id=WP_003414736.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3180202 3180789 . - . ID=gene-BQ2027_RS14975;Name=BQ2027_RS14975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14975;old_locus_tag=BQ2027_MB2936C +Chromosome Protein Homology CDS 3180202 3180789 . - 0 ID=cds-WP_003414739.1;Parent=gene-BQ2027_RS14975;Dbxref=GenBank:WP_003414739.1;Name=WP_003414739.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217428.1;locus_tag=BQ2027_RS14975;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003414739.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3180791 3182626 . - . ID=gene-BQ2027_RS14980;Name=BQ2027_RS14980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14980;old_locus_tag=BQ2027_MB2937C +Chromosome Protein Homology CDS 3180791 3182626 . - 0 ID=cds-WP_003899536.1;Parent=gene-BQ2027_RS14980;Dbxref=GenBank:WP_003899536.1;Name=WP_003899536.1;Ontology_term=GO:0047420;gbkey=CDS;go_function=N-acyl-D-amino-acid deacylase activity|0047420||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217429.1;locus_tag=BQ2027_RS14980;product=N-acyl-D-amino-acid deacylase family protein;protein_id=WP_003899536.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3182695 3184452 . - . ID=gene-BQ2027_RS14985;Name=pknI;gbkey=Gene;gene=pknI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14985;old_locus_tag=BQ2027_MB2938C +Chromosome Protein Homology CDS 3182695 3184452 . - 0 ID=cds-WP_003900593.1;Parent=gene-BQ2027_RS14985;Dbxref=GenBank:WP_003900593.1;Name=WP_003900593.1;gbkey=CDS;gene=pknI;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217430.1;locus_tag=BQ2027_RS14985;product=serine/threonine protein kinase PknI;protein_id=WP_003900593.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3184496 3185608 . - . ID=gene-BQ2027_RS14990;Name=BQ2027_RS14990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14990;old_locus_tag=BQ2027_MB2939C +Chromosome Protein Homology CDS 3184496 3185608 . - 0 ID=cds-WP_003899537.1;Parent=gene-BQ2027_RS14990;Dbxref=GenBank:WP_003899537.1;Name=WP_003899537.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217431.1;locus_tag=BQ2027_RS14990;product=metal-dependent hydrolase family protein;protein_id=WP_003899537.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3185636 3187213 . - . ID=gene-BQ2027_RS14995;Name=ffh;gbkey=Gene;gene=ffh;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS14995;old_locus_tag=BQ2027_MB2940C +Chromosome Protein Homology CDS 3185636 3187213 . - 0 ID=cds-WP_003414748.1;Parent=gene-BQ2027_RS14995;Dbxref=GenBank:WP_003414748.1;Name=WP_003414748.1;Ontology_term=GO:0009306,GO:0003924,GO:0005048,GO:0005525,GO:0048501;gbkey=CDS;gene=ffh;go_component=signal recognition particle%2C plasma membrane targeting|0048501||IEA;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,signal sequence binding|0005048||IEA,GTP binding|0005525||IEA;go_process=protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217432.1;locus_tag=BQ2027_RS14995;product=signal recognition particle protein;protein_id=WP_003414748.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3187363 3189171 . + . ID=gene-BQ2027_RS15000;Name=BQ2027_RS15000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15000;old_locus_tag=BQ2027_MB2941 +Chromosome Protein Homology CDS 3187363 3189171 . + 0 ID=cds-WP_003912033.1;Parent=gene-BQ2027_RS15000;Dbxref=GenBank:WP_003912033.1;Name=WP_003912033.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004386,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,helicase activity|0004386||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014584875.1;locus_tag=BQ2027_RS15000;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_003912033.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3189182 3191608 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15050;Name=BQ2027_RS15050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15050;old_locus_tag=BQ2027_MB2951C +Chromosome Protein Homology CDS 3201533 3202120 . - 0 ID=cds-WP_003912009.1;Parent=gene-BQ2027_RS15050;Dbxref=GenBank:WP_003912009.1;Name=WP_003912009.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912009.1;locus_tag=BQ2027_RS15050;product=YceD family protein;protein_id=WP_003912009.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3202207 3202944 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15060;Name=tesA;gbkey=Gene;gene=tesA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15060;old_locus_tag=BQ2027_MB2953 +Chromosome Protein Homology CDS 3203183 3203968 . + 0 ID=cds-WP_003414828.1;Parent=gene-BQ2027_RS15060;Dbxref=GenBank:WP_003414828.1;Name=WP_003414828.1;gbkey=CDS;gene=tesA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217444.1;locus_tag=BQ2027_RS15060;product=thioesterase TesA;protein_id=WP_003414828.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3203955 3204266 . + . ID=gene-BQ2027_RS15065;Name=BQ2027_RS15065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15065;old_locus_tag=BQ2027_MB2954 +Chromosome Protein Homology CDS 3203955 3204266 . + 0 ID=cds-WP_003900596.1;Parent=gene-BQ2027_RS15065;Dbxref=GenBank:WP_003900596.1;Name=WP_003900596.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217445.1;locus_tag=BQ2027_RS15065;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3204682 3206433 . + . ID=gene-BQ2027_RS15070;Name=fadD26;gbkey=Gene;gene=fadD26;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=faaL26;locus_tag=BQ2027_RS15070;old_locus_tag=BQ2027_MB2955 +Chromosome Protein Homology CDS 3204682 3206433 . + 0 ID=cds-WP_003904960.1;Parent=gene-BQ2027_RS15070;Dbxref=GenBank:WP_003904960.1;Name=WP_003904960.1;gbkey=CDS;gene=fadD26;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217446.2;locus_tag=BQ2027_RS15070;product=long-chain-fatty-acid--AMP ligase FAAL26/FadD26;protein_id=WP_003904960.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3206430 3212060 . + . ID=gene-BQ2027_RS15075;Name=ppsA;gbkey=Gene;gene=ppsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15075;old_locus_tag=BQ2027_MB2956 +Chromosome Protein Homology CDS 3206430 3212060 . + 0 ID=cds-WP_010950800.1;Parent=gene-BQ2027_RS15075;Dbxref=GenBank:WP_010950800.1;Name=WP_010950800.1;gbkey=CDS;gene=ppsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217447.1;locus_tag=BQ2027_RS15075;product=phthiocerol type I polyketide synthase PpsA;protein_id=WP_010950800.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3212057 3216673 . + . ID=gene-BQ2027_RS15080;Name=ppsB;gbkey=Gene;gene=ppsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15080;old_locus_tag=BQ2027_MB2957 +Chromosome Protein Homology CDS 3212057 3216673 . + 0 ID=cds-WP_003414835.1;Parent=gene-BQ2027_RS15080;Dbxref=GenBank:WP_003414835.1;Name=WP_003414835.1;gbkey=CDS;gene=ppsB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217448.1;locus_tag=BQ2027_RS15080;product=phthiocerol type I polyketide synthase PpsB;protein_id=WP_003414835.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3216670 3223236 . + . ID=gene-BQ2027_RS15085;Name=ppsC;gbkey=Gene;gene=ppsC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15085;old_locus_tag=BQ2027_MB2958 +Chromosome Protein Homology CDS 3216670 3223236 . + 0 ID=cds-WP_003414837.1;Parent=gene-BQ2027_RS15085;Dbxref=GenBank:WP_003414837.1;Name=WP_003414837.1;gbkey=CDS;gene=ppsC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217449.1;locus_tag=BQ2027_RS15085;product=phthiocerol type I polyketide synthase PpsC;protein_id=WP_003414837.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3223233 3228716 . + . ID=gene-BQ2027_RS15090;Name=ppsD;gbkey=Gene;gene=ppsD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15090;old_locus_tag=BQ2027_MB2959 +Chromosome Protein Homology CDS 3223233 3228716 . + 0 ID=cds-WP_010950801.1;Parent=gene-BQ2027_RS15090;Dbxref=GenBank:WP_010950801.1;Name=WP_010950801.1;gbkey=CDS;gene=ppsD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217450.1;locus_tag=BQ2027_RS15090;product=phthiocerol type I polyketide synthase PpsD;protein_id=WP_010950801.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3228722 3233188 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS15155;Name=BQ2027_RS15155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15155;old_locus_tag=BQ2027_MB2972C +Chromosome Protein Homology CDS 3258937 3261054 . - 0 ID=cds-WP_003414884.1;Parent=gene-BQ2027_RS15155;Dbxref=GenBank:WP_003414884.1;Name=WP_003414884.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217464.1;locus_tag=BQ2027_RS15155;product=p-hydroxybenzoic acid--AMP ligase FadD22;protein_id=WP_003414884.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3261071 3261670 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15170;Name=BQ2027_RS15170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15170;old_locus_tag=BQ2027_MB2975C +Chromosome Protein Homology CDS 3264203 3265348 . - 0 ID=cds-WP_003414891.1;Parent=gene-BQ2027_RS15170;Dbxref=GenBank:WP_003414891.1;Name=WP_003414891.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217467.1;locus_tag=BQ2027_RS15170;product=phthiodiolone/phenolphthiodiolone dimycocerosates ketoreductase;protein_id=WP_003414891.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3265541 3266353 . + . ID=gene-BQ2027_RS15175;Name=BQ2027_RS15175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15175;old_locus_tag=BQ2027_MB2976 +Chromosome Protein Homology CDS 3265541 3266353 . + 0 ID=cds-WP_003414900.1;Parent=gene-BQ2027_RS15175;Dbxref=GenBank:WP_003414900.1;Name=WP_003414900.1;Ontology_term=GO:0071770,GO:0008757;gbkey=CDS;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;go_process=DIM/DIP cell wall layer assembly|0071770||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217468.1;locus_tag=BQ2027_RS15175;product=phthiotriol/phenolphthiotriol dimycocerosates methyltransferase;protein_id=WP_003414900.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3266379 3267635 . + . ID=gene-BQ2027_RS15180;Name=BQ2027_RS15180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15180;old_locus_tag=BQ2027_MB2977 +Chromosome Protein Homology CDS 3266379 3267635 . + 0 ID=cds-WP_003414903.1;Parent=gene-BQ2027_RS15180;Dbxref=GenBank:WP_003414903.1;Name=WP_003414903.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217469.1;locus_tag=BQ2027_RS15180;product=trans-acting enoyl reductase;protein_id=WP_003414903.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3267766 3268491 . - . ID=gene-BQ2027_RS15185;Name=BQ2027_RS15185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15185;old_locus_tag=BQ2027_MB2978C +Chromosome Protein Homology CDS 3267766 3268491 . - 0 ID=cds-WP_003414905.1;Parent=gene-BQ2027_RS15185;Dbxref=GenBank:WP_003414905.1;Name=WP_003414905.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217470.1;locus_tag=BQ2027_RS15185;product=[2%2C4-di-O-methyl-alpha-L-fucopyranosyl-(1->3)-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->3)-2-O-methyl-alpha-L-rhamnopyranosyl] dimycocerosyl phenol-phthiocerol 3'''-O-methyltransferase;protein_id=WP_003414905.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3268680 3269645 . - . ID=gene-BQ2027_RS15190;Name=BQ2027_RS15190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15190;old_locus_tag=BQ2027_MB2979C +Chromosome Protein Homology CDS 3268680 3269645 . - 0 ID=cds-WP_010950806.1;Parent=gene-BQ2027_RS15190;Dbxref=GenBank:WP_010950806.1;Name=WP_010950806.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217471.1;locus_tag=BQ2027_RS15190;product=[2-O-methyl-alpha-L-fucopyranosyl-(1->3)-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->3)-2-O-methyl-alpha-L-rhamnopyranosyl] dimycocerosyl phenol-phthiocerol 4'''-O-methyltransferase;protein_id=WP_010950806.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3269768 3270499 . + . ID=gene-BQ2027_RS15195;Name=BQ2027_RS15195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15195;old_locus_tag=BQ2027_MB2980 +Chromosome Protein Homology CDS 3269768 3270499 . + 0 ID=cds-WP_003414908.1;Parent=gene-BQ2027_RS15195;Dbxref=GenBank:WP_003414908.1;Name=WP_003414908.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217472.1;locus_tag=BQ2027_RS15195;product=[alpha-L-fucopyranosyl-(1->3)-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->3)-2-O-methyl-alpha-L-rhamnopyranosyl] dimycocerosyl phenol-phthiocerol 2'''-O-methyltransferase;protein_id=WP_003414908.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3270570 3271397 . + . ID=gene-BQ2027_RS15200;Name=BQ2027_RS15200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15200;old_locus_tag=BQ2027_MB2981 +Chromosome Protein Homology CDS 3270570 3271397 . + 0 ID=cds-WP_003414909.1;Parent=gene-BQ2027_RS15200;Dbxref=GenBank:WP_003414909.1;Name=WP_003414909.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217473.1;locus_tag=BQ2027_RS15200;product=PGL/p-HBAD biosynthesis glycosyltransferase;protein_id=WP_003414909.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3271545 3271751 . - . ID=gene-BQ2027_RS15205;Name=BQ2027_RS15205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15205 +Chromosome Protein Homology CDS 3271545 3271751 . - 0 ID=cds-WP_003901502.1;Parent=gene-BQ2027_RS15205;Dbxref=GenBank:WP_003901502.1;Name=WP_003901502.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009939955.1;locus_tag=BQ2027_RS15205;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901502.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3271814 3273101 . - . ID=gene-BQ2027_RS15210;Name=BQ2027_RS15210;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS15210;old_locus_tag=BQ2027_MB2982C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3271814 3273101 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS15210;Parent=gene-BQ2027_RS15210;Note=frameshifted%3B internal stop;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217474.1;locus_tag=BQ2027_RS15210;product=PGL/p-HBAD biosynthesis glycosyltransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3273202 3273939 . - . ID=gene-BQ2027_RS15215;Name=BQ2027_RS15215;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15215;old_locus_tag=BQ2027_MB2983C +Chromosome Protein Homology CDS 3273202 3273939 . - 0 ID=cds-WP_003414919.1;Parent=gene-BQ2027_RS15215;Dbxref=GenBank:WP_003414919.1;Name=WP_003414919.1;Ontology_term=GO:0071770,GO:0008757;gbkey=CDS;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;go_process=DIM/DIP cell wall layer assembly|0071770||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217475.1;locus_tag=BQ2027_RS15215;product=rhamnosyl O-methyltransferase;protein_id=WP_003414919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3274054 3274302 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15225;Name=BQ2027_RS15225;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS15225;old_locus_tag=BQ2027_MB2985;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3274303 +Chromosome Protein Homology CDS 3274303 3274773 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS15225;Parent=gene-BQ2027_RS15225;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;Ontology_term=GO:0006313,GO:0003677,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076612244.1;locus_tag=BQ2027_RS15225;partial=true;product=transposase;pseudo=true;start_range=.,3274303;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3274874 3276223 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15305;Name=rpmB;gbkey=Gene;gene=rpmB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15305 +Chromosome Protein Homology CDS 3292953 3293147 . + 0 ID=cds-WP_003415030.1;Parent=gene-BQ2027_RS15305;Dbxref=GenBank:WP_003415030.1;Name=WP_003415030.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmB;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030042.1;locus_tag=BQ2027_RS15305;product=50S ribosomal protein L28;protein_id=WP_003415030.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3293170 3293853 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15315;Name=thiL;gbkey=Gene;gene=thiL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15315;old_locus_tag=BQ2027_MB3001C +Chromosome Protein Homology CDS 3293886 3294887 . - 0 ID=cds-WP_003415034.1;Parent=gene-BQ2027_RS15315;Dbxref=GenBank:WP_003415034.1;Name=WP_003415034.1;Ontology_term=GO:0009228,GO:0009030;gbkey=CDS;gene=thiL;go_function=thiamine-phosphate kinase activity|0009030||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217493.1;locus_tag=BQ2027_RS15315;product=thiamine-phosphate kinase;protein_id=WP_003415034.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3294884 3296263 . - . ID=gene-BQ2027_RS15320;Name=tnpB;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15320;old_locus_tag=BQ2027_MB3002C +Chromosome Protein Homology CDS 3294884 3296263 . - 0 ID=cds-WP_003415037.1;Parent=gene-BQ2027_RS15320;Dbxref=GenBank:WP_003415037.1;Name=WP_003415037.1;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217494.1;locus_tag=BQ2027_RS15320;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;protein_id=WP_003415037.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3296263 3296847 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15330;Name=BQ2027_RS15330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15330;old_locus_tag=BQ2027_MB3004 +Chromosome Protein Homology CDS 3297059 3297604 . + 0 ID=cds-WP_003415041.1;Parent=gene-BQ2027_RS15330;Dbxref=GenBank:WP_003415041.1;Name=WP_003415041.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217496.1;locus_tag=BQ2027_RS15330;product=DUF3515 domain-containing protein;protein_id=WP_003415041.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3297777 3298889 . - . ID=gene-BQ2027_RS15335;Name=ddlA;gbkey=Gene;gene=ddlA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15335;old_locus_tag=BQ2027_MB3005C +Chromosome Protein Homology CDS 3297777 3298889 . - 0 ID=cds-WP_010950808.1;Parent=gene-BQ2027_RS15335;Dbxref=GenBank:WP_010950808.1;Name=WP_010950808.1;gbkey=CDS;gene=ddlA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217497.1;locus_tag=BQ2027_RS15335;product=D-alanine--D-alanine ligase DdlA;protein_id=WP_010950808.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3298967 3299971 . - . ID=gene-BQ2027_RS15340;Name=BQ2027_RS15340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15340;old_locus_tag=BQ2027_MB3006C +Chromosome Protein Homology CDS 3298967 3299971 . - 0 ID=cds-WP_003415091.1;Parent=gene-BQ2027_RS15340;Dbxref=GenBank:WP_003415091.1;Name=WP_003415091.1;Ontology_term=GO:0046167,GO:0047952,GO:0051287,GO:0009331;gbkey=CDS;go_component=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex|0009331||IEA;go_function=glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity|0047952||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=glycerol-3-phosphate biosynthetic process|0046167||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217498.1;locus_tag=BQ2027_RS15340;product=NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase;protein_id=WP_003415091.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3300090 3300734 . + . ID=gene-BQ2027_RS15345;Name=cofC;gbkey=Gene;gene=cofC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15345;old_locus_tag=BQ2027_MB3007 +Chromosome Protein Homology CDS 3300090 3300734 . + 0 ID=cds-WP_003415094.1;Parent=gene-BQ2027_RS15345;Dbxref=GenBank:WP_003415094.1;Name=WP_003415094.1;Ontology_term=GO:0043814;gbkey=CDS;gene=cofC;go_function=phospholactate guanylyltransferase activity|0043814||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217499.1;locus_tag=BQ2027_RS15345;product=2-phospho-L-lactate guanylyltransferase;protein_id=WP_003415094.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3300826 3303054 . + . ID=gene-BQ2027_RS15350;Name=BQ2027_RS15350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15350;old_locus_tag=BQ2027_MB3008 +Chromosome Protein Homology CDS 3300826 3303054 . + 0 ID=cds-WP_003415097.1;Parent=gene-BQ2027_RS15350;Dbxref=GenBank:WP_003415097.1;Name=WP_003415097.1;Ontology_term=GO:0006799,GO:0008976,GO:0009358;gbkey=CDS;go_component=polyphosphate kinase complex|0009358||IEA;go_function=polyphosphate kinase activity|0008976||IEA;go_process=polyphosphate biosynthetic process|0006799||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217500.1;locus_tag=BQ2027_RS15350;product=RNA degradosome polyphosphate kinase;protein_id=WP_003415097.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3303137 3304090 . + . ID=gene-BQ2027_RS15355;Name=BQ2027_RS15355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15355;old_locus_tag=BQ2027_MB3009 +Chromosome Protein Homology CDS 3303137 3304090 . + 0 ID=cds-WP_003899569.1;Parent=gene-BQ2027_RS15355;Dbxref=GenBank:WP_003899569.1;Name=WP_003899569.1;Ontology_term=GO:0009132,GO:0016817,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides|0016817||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=nucleoside diphosphate metabolic process|0009132||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217501.1;locus_tag=BQ2027_RS15355;product=NUDIX hydrolase;protein_id=WP_003899569.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3304148 3304792 . - . ID=gene-BQ2027_RS15360;Name=hupB;gbkey=Gene;gene=hupB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15360;old_locus_tag=BQ2027_MB3010C +Chromosome Protein Homology CDS 3304148 3304792 . - 0 ID=cds-WP_003415107.1;Parent=gene-BQ2027_RS15360;Dbxref=GenBank:WP_003415107.1;Name=WP_003415107.1;gbkey=CDS;gene=hupB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217502.1;locus_tag=BQ2027_RS15360;product=DNA-binding protein HupB;protein_id=WP_003415107.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3305005 3305601 . - . ID=gene-BQ2027_RS15365;Name=leuD;gbkey=Gene;gene=leuD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15365;old_locus_tag=BQ2027_MB3011C +Chromosome Protein Homology CDS 3305005 3305601 . - 0 ID=cds-WP_003415110.1;Parent=gene-BQ2027_RS15365;Dbxref=GenBank:WP_003415110.1;Name=WP_003415110.1;Ontology_term=GO:0009098,GO:0003861,GO:0009316;gbkey=CDS;gene=leuD;go_component=3-isopropylmalate dehydratase complex|0009316||IEA;go_function=3-isopropylmalate dehydratase activity|0003861||IEA;go_process=L-leucine biosynthetic process|0009098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217503.1;locus_tag=BQ2027_RS15365;product=3-isopropylmalate dehydratase small subunit;protein_id=WP_003415110.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3305626 3307047 . - . ID=gene-BQ2027_RS15370;Name=leuC;gbkey=Gene;gene=leuC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15370;old_locus_tag=BQ2027_MB3012C +Chromosome Protein Homology CDS 3305626 3307047 . - 0 ID=cds-WP_003415114.1;Parent=gene-BQ2027_RS15370;Dbxref=GenBank:WP_003415114.1;Name=WP_003415114.1;Ontology_term=GO:0009098,GO:0003861,GO:0051539,GO:0009316;gbkey=CDS;gene=leuC;go_component=3-isopropylmalate dehydratase complex|0009316||IEA;go_function=3-isopropylmalate dehydratase activity|0003861||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;go_process=L-leucine biosynthetic process|0009098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217504.1;locus_tag=BQ2027_RS15370;product=3-isopropylmalate dehydratase large subunit;protein_id=WP_003415114.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3307119 3307820 . + . ID=gene-BQ2027_RS15375;Name=BQ2027_RS15375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15375;old_locus_tag=BQ2027_MB3013 +Chromosome Protein Homology CDS 3307119 3307820 . + 0 ID=cds-WP_003415115.1;Parent=gene-BQ2027_RS15375;Dbxref=GenBank:WP_003415115.1;Name=WP_003415115.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217505.1;locus_tag=BQ2027_RS15375;product=IclR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003415115.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3307831 3308691 . - . ID=gene-BQ2027_RS15380;Name=BQ2027_RS15380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15380;old_locus_tag=BQ2027_MB3014C +Chromosome Protein Homology CDS 3307831 3308691 . - 0 ID=cds-WP_010950809.1;Parent=gene-BQ2027_RS15380;Dbxref=GenBank:WP_010950809.1;Name=WP_010950809.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217506.1;locus_tag=BQ2027_RS15380;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_010950809.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3308954 3309445 . + . ID=gene-BQ2027_RS15385;Name=BQ2027_RS15385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15385;old_locus_tag=BQ2027_MB3015 +Chromosome Protein Homology CDS 3308954 3309445 . + 0 ID=cds-WP_003415119.1;Parent=gene-BQ2027_RS15385;Dbxref=GenBank:WP_003415119.1;Name=WP_003415119.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217507.1;locus_tag=BQ2027_RS15385;product=PPOX class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003415119.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3309519 3309591 . - . ID=gene-BQ2027_RS15390;Name=BQ2027_RS15390;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS15390;old_locus_tag=BQ2027_GLUU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 3309519 3309591 . - . ID=rna-BQ2027_RS15390;Parent=gene-BQ2027_RS15390;anticodon=(pos:complement(3309555..3309557));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15390;product=tRNA-Glu +Chromosome tRNAscan-SE exon 3309519 3309591 . - . ID=exon-BQ2027_RS15390-1;Parent=rna-BQ2027_RS15390;anticodon=(pos:complement(3309555..3309557));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15390;product=tRNA-Glu +Chromosome RefSeq gene 3309631 3309702 . - . ID=gene-BQ2027_RS15395;Name=BQ2027_RS15395;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS15395;old_locus_tag=BQ2027_GLNU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 3309631 3309702 . - . ID=rna-BQ2027_RS15395;Parent=gene-BQ2027_RS15395;anticodon=(pos:complement(3309667..3309669));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15395;product=tRNA-Gln +Chromosome tRNAscan-SE exon 3309631 3309702 . - . ID=exon-BQ2027_RS15395-1;Parent=rna-BQ2027_RS15395;anticodon=(pos:complement(3309667..3309669));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15395;product=tRNA-Gln +Chromosome RefSeq gene 3309777 3311249 . - . ID=gene-BQ2027_RS15400;Name=gltX;gbkey=Gene;gene=gltX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15400;old_locus_tag=BQ2027_MB3016C +Chromosome Protein Homology CDS 3309777 3311249 . - 0 ID=cds-WP_003415122.1;Parent=gene-BQ2027_RS15400;Dbxref=GenBank:WP_003415122.1;Name=WP_003415122.1;Ontology_term=GO:0006424,GO:0000166,GO:0004818,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=gltX;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,glutamate-tRNA ligase activity|0004818||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=glutamyl-tRNA aminoacylation|0006424||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177915.1;locus_tag=BQ2027_RS15400;product=glutamate--tRNA ligase;protein_id=WP_003415122.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3311246 3312043 . - . ID=gene-BQ2027_RS15405;Name=BQ2027_RS15405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15405;old_locus_tag=BQ2027_MB3017C +Chromosome Protein Homology CDS 3311246 3312043 . - 0 ID=cds-WP_003415138.1;Parent=gene-BQ2027_RS15405;Dbxref=GenBank:WP_003415138.1;Name=WP_003415138.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003415138.1;locus_tag=BQ2027_RS15405;product=fumarylacetoacetate hydrolase family protein;protein_id=WP_003415138.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3312339 3313352 . + . ID=gene-BQ2027_RS15410;Name=BQ2027_RS15410;end_range=3313352,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS15410;old_locus_tag=BQ2027_MB3018;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3312339 3313352 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS15410;Parent=gene-BQ2027_RS15410;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857;end_range=3313352,.;gbkey=CDS;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF019310.6;locus_tag=BQ2027_RS15410;partial=true;product=MFS transporter;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3313486 3314496 . - . ID=gene-BQ2027_RS15415;Name=leuB;gbkey=Gene;gene=leuB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15415;old_locus_tag=BQ2027_MB3019C +Chromosome Protein Homology CDS 3313486 3314496 . - 0 ID=cds-WP_003415144.1;Parent=gene-BQ2027_RS15415;Dbxref=GenBank:WP_003415144.1;Name=WP_003415144.1;Ontology_term=GO:0009098,GO:0000287,GO:0003862,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=leuB;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,3-isopropylmalate dehydrogenase activity|0003862||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=L-leucine biosynthetic process|0009098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217511.1;locus_tag=BQ2027_RS15415;product=3-isopropylmalate dehydrogenase;protein_id=WP_003415144.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3314511 3316097 . - . ID=gene-BQ2027_RS15420;Name=serA;gbkey=Gene;gene=serA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15420;old_locus_tag=BQ2027_MB3020C +Chromosome Protein Homology CDS 3314511 3316097 . - 0 ID=cds-WP_003899578.1;Parent=gene-BQ2027_RS15420;Dbxref=GenBank:WP_003899578.1;Name=WP_003899578.1;Ontology_term=GO:0006564,GO:0004617;gbkey=CDS;gene=serA;go_function=phosphoglycerate dehydrogenase activity|0004617||IEA;go_process=L-serine biosynthetic process|0006564||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177916.1;locus_tag=BQ2027_RS15420;product=phosphoglycerate dehydrogenase;protein_id=WP_003899578.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3316127 3317569 . + . ID=gene-BQ2027_RS15425;Name=BQ2027_RS15425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15425;old_locus_tag=BQ2027_MB3021 +Chromosome Protein Homology CDS 3316127 3317569 . + 0 ID=cds-WP_010950810.1;Parent=gene-BQ2027_RS15425;Dbxref=GenBank:WP_010950810.1;Name=WP_010950810.1;Ontology_term=GO:0016116,GO:0016117,GO:0009055,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=carotenoid metabolic process|0016116||IEA,carotenoid biosynthetic process|0016117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217513.1;locus_tag=BQ2027_RS15425;product=phytoene desaturase family protein;protein_id=WP_010950810.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3317769 3317906 . - . ID=gene-BQ2027_RS15430;Name=BQ2027_RS15430;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS15430;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3317769 +Chromosome Protein Homology CDS 3317769 3317906 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS15430;Parent=gene-BQ2027_RS15430;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003908129.1;locus_tag=BQ2027_RS15430;partial=true;product=DUF433 domain-containing protein;pseudo=true;start_range=.,3317769;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3317842 3318303 . + . ID=gene-BQ2027_RS20500;Name=BQ2027_RS20500;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20500;old_locus_tag=BQ2027_MB3022 +Chromosome Protein Homology CDS 3317842 3318303 . + 0 ID=cds-WP_003899579.1;Parent=gene-BQ2027_RS20500;Dbxref=GenBank:WP_003899579.1;Name=WP_003899579.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217514.1;locus_tag=BQ2027_RS20500;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899579.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3318252 3318446 . - . ID=gene-BQ2027_RS20505;Name=BQ2027_RS20505;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20505;old_locus_tag=BQ2027_MB3023C +Chromosome Protein Homology CDS 3318252 3318446 . - 0 ID=cds-WP_229298038.1;Parent=gene-BQ2027_RS20505;Dbxref=GenBank:WP_229298038.1;Name=WP_229298038.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012876.6;locus_tag=BQ2027_RS20505;product=hypothetical protein;protein_id=WP_229298038.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3318629 3319594 . + . ID=gene-BQ2027_RS15440;Name=lppY;gbkey=Gene;gene=lppY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15440;old_locus_tag=BQ2027_MB3024 +Chromosome Protein Homology CDS 3318629 3319594 . + 0 ID=cds-WP_003901513.1;Parent=gene-BQ2027_RS15440;Dbxref=GenBank:WP_003901513.1;Name=WP_003901513.1;gbkey=CDS;gene=lppY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217515.1;locus_tag=BQ2027_RS15440;product=DUF1259 domain-containing protein;protein_id=WP_003901513.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3319639 3320298 . + . ID=gene-BQ2027_RS15445;Name=BQ2027_RS15445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15445;old_locus_tag=BQ2027_MB3025 +Chromosome Protein Homology CDS 3319639 3320298 . + 0 ID=cds-WP_003415160.1;Parent=gene-BQ2027_RS15445;Dbxref=GenBank:WP_003415160.1;Name=WP_003415160.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217516.1;locus_tag=BQ2027_RS15445;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003415160.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3320612 3321613 . - . ID=gene-BQ2027_RS15450;Name=ilvC;gbkey=Gene;gene=ilvC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15450;old_locus_tag=BQ2027_MB3026C +Chromosome Protein Homology CDS 3320612 3321613 . - 0 ID=cds-WP_003899581.1;Parent=gene-BQ2027_RS15450;Dbxref=GenBank:WP_003899581.1;Name=WP_003899581.1;gbkey=CDS;gene=ilvC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217517.3;locus_tag=BQ2027_RS15450;product=ketol-acid reductoisomerase;protein_id=WP_003899581.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3321651 3322157 . - . ID=gene-BQ2027_RS15455;Name=ilvN;gbkey=Gene;gene=ilvN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15455;old_locus_tag=BQ2027_MB3027C +Chromosome Protein Homology CDS 3321651 3322157 . - 0 ID=cds-WP_003415167.1;Parent=gene-BQ2027_RS15455;Dbxref=GenBank:WP_003415167.1;Name=WP_003415167.1;Ontology_term=GO:0009082,GO:1990610;gbkey=CDS;gene=ilvN;go_function=acetolactate synthase regulator activity|1990610||IEA;go_process=branched-chain amino acid biosynthetic process|0009082||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217518.1;locus_tag=BQ2027_RS15455;product=acetolactate synthase small subunit;protein_id=WP_003415167.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3322157 3324013 . - . ID=gene-BQ2027_RS15460;Name=BQ2027_RS15460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15460;old_locus_tag=BQ2027_MB3028C +Chromosome Protein Homology CDS 3322157 3324013 . - 0 ID=cds-WP_003415168.1;Parent=gene-BQ2027_RS15460;Dbxref=GenBank:WP_003415168.1;Name=WP_003415168.1;Ontology_term=GO:0009082,GO:0000287,GO:0003984,GO:0030976,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,acetolactate synthase activity|0003984||IEA,thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=branched-chain amino acid biosynthetic process|0009082||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177917.1;locus_tag=BQ2027_RS15460;product=acetolactate synthase large subunit;protein_id=WP_003415168.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3324336 3324713 . + . ID=gene-BQ2027_RS15465;Name=BQ2027_RS15465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15465;old_locus_tag=BQ2027_MB3029 +Chromosome Protein Homology CDS 3324336 3324713 . + 0 ID=cds-WP_003900612.1;Parent=gene-BQ2027_RS15465;Dbxref=GenBank:WP_003900612.1;Name=WP_003900612.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900612.1;locus_tag=BQ2027_RS15465;product=PH domain-containing protein;protein_id=WP_003900612.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3324720 3325559 . - . ID=gene-BQ2027_RS15470;Name=BQ2027_RS15470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15470;old_locus_tag=BQ2027_MB3030C +Chromosome Protein Homology CDS 3324720 3325559 . - 0 ID=cds-WP_003415171.1;Parent=gene-BQ2027_RS15470;Dbxref=GenBank:WP_003415171.1;Name=WP_003415171.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217521.1;locus_tag=BQ2027_RS15470;product=DoxX family protein;protein_id=WP_003415171.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3325736 3326857 . + . ID=gene-BQ2027_RS15475;Name=lppZ;gbkey=Gene;gene=lppZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15475;old_locus_tag=BQ2027_MB3031 +Chromosome Protein Homology CDS 3325736 3326857 . + 0 ID=cds-WP_010950811.1;Parent=gene-BQ2027_RS15475;Dbxref=GenBank:WP_010950811.1;Name=WP_010950811.1;gbkey=CDS;gene=lppZ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217522.1;locus_tag=BQ2027_RS15475;product=PQQ-dependent sugar dehydrogenase;protein_id=WP_010950811.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3326863 3327477 . - . ID=gene-BQ2027_RS15480;Name=BQ2027_RS15480;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15480;old_locus_tag=BQ2027_MB3032C +Chromosome Protein Homology CDS 3326863 3327477 . - 0 ID=cds-WP_003415174.1;Parent=gene-BQ2027_RS15480;Dbxref=GenBank:WP_003415174.1;Name=WP_003415174.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217523.1;locus_tag=BQ2027_RS15480;product=flavin reductase family protein;protein_id=WP_003415174.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3327671 3328294 . + . ID=gene-BQ2027_RS15485;Name=BQ2027_RS15485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15485;old_locus_tag=BQ2027_MB3033 +Chromosome Protein Homology CDS 3327671 3328294 . + 0 ID=cds-WP_003899584.1;Parent=gene-BQ2027_RS15485;Dbxref=GenBank:WP_003899584.1;Name=WP_003899584.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217524.1;locus_tag=BQ2027_RS15485;product=MgtC/SapB family protein;protein_id=WP_003899584.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3328291 3329820 . - . ID=gene-BQ2027_RS15490;Name=gatB;gbkey=Gene;gene=gatB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15490;old_locus_tag=BQ2027_MB3034C +Chromosome Protein Homology CDS 3328291 3329820 . - 0 ID=cds-WP_003415248.1;Parent=gene-BQ2027_RS15490;Dbxref=GenBank:WP_003415248.1;Name=WP_003415248.1;Ontology_term=GO:0016884;gbkey=CDS;gene=gatB;go_function=carbon-nitrogen ligase activity%2C with glutamine as amido-N-donor|0016884||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217525.1;locus_tag=BQ2027_RS15490;product=Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB;protein_id=WP_003415248.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3329850 3330881 . - . ID=gene-BQ2027_RS15495;Name=pfkA;gbkey=Gene;gene=pfkA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15495;old_locus_tag=BQ2027_MB3035C +Chromosome Protein Homology CDS 3329850 3330881 . - 0 ID=cds-WP_003415251.1;Parent=gene-BQ2027_RS15495;Dbxref=GenBank:WP_003415251.1;Name=WP_003415251.1;Ontology_term=GO:0006002,GO:0003872,GO:0005524,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=pfkA;go_function=6-phosphofructokinase activity|0003872||IEA,ATP binding|0005524||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=fructose 6-phosphate metabolic process|0006002||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217526.1;locus_tag=BQ2027_RS15495;product=ATP-dependent 6-phosphofructokinase;protein_id=WP_003415251.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3330977 3332461 . - . ID=gene-BQ2027_RS15500;Name=gatA;gbkey=Gene;gene=gatA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15500;old_locus_tag=BQ2027_MB3036C +Chromosome Protein Homology CDS 3330977 3332461 . - 0 ID=cds-WP_010950812.1;Parent=gene-BQ2027_RS15500;Dbxref=GenBank:WP_010950812.1;Name=WP_010950812.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0006424,GO:0050567,GO:0030956;gbkey=CDS;gene=gatA;go_component=glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex|0030956||IEA;go_function=glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0050567||IEA;go_process=translation|0006412||IEA,glutamyl-tRNA aminoacylation|0006424||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217527.2;locus_tag=BQ2027_RS15500;product=Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA;protein_id=WP_010950812.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3332458 3332757 . - . ID=gene-BQ2027_RS15505;Name=gatC;gbkey=Gene;gene=gatC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15505;old_locus_tag=BQ2027_MB3037C +Chromosome Protein Homology CDS 3332458 3332757 . - 0 ID=cds-WP_003415256.1;Parent=gene-BQ2027_RS15505;Dbxref=GenBank:WP_003415256.1;Name=WP_003415256.1;Ontology_term=GO:0006424,GO:0006450,GO:0050567,GO:0030956;gbkey=CDS;gene=gatC;go_component=glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex|0030956||IEA;go_function=glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0050567||IEA;go_process=glutamyl-tRNA aminoacylation|0006424||IEA,regulation of translational fidelity|0006450||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217528.1;locus_tag=BQ2027_RS15505;product=Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC;protein_id=WP_003415256.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3332842 3333498 . + . ID=gene-BQ2027_RS15510;Name=BQ2027_RS15510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15510;old_locus_tag=BQ2027_MB3038 +Chromosome Protein Homology CDS 3332842 3333498 . + 0 ID=cds-WP_003901515.1;Parent=gene-BQ2027_RS15510;Dbxref=GenBank:WP_003901515.1;Name=WP_003901515.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217529.1;locus_tag=BQ2027_RS15510;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003901515.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3333572 3335647 . - . ID=gene-BQ2027_RS15515;Name=ligA;gbkey=Gene;gene=ligA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15515;old_locus_tag=BQ2027_MB3039C +Chromosome Protein Homology CDS 3333572 3335647 . - 0 ID=cds-WP_003415263.1;Parent=gene-BQ2027_RS15515;Dbxref=GenBank:WP_003415263.1;Name=WP_003415263.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0006281,GO:0003677,GO:0003911;gbkey=CDS;gene=ligA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA ligase (NAD+) activity|0003911||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA,DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217530.1;locus_tag=BQ2027_RS15515;product=NAD-dependent DNA ligase LigA;protein_id=WP_003415263.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3335678 3336691 . - . ID=gene-BQ2027_RS15520;Name=BQ2027_RS15520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15520;old_locus_tag=BQ2027_MB3040C +Chromosome Protein Homology CDS 3335678 3336691 . - 0 ID=cds-WP_003415268.1;Parent=gene-BQ2027_RS15520;Dbxref=GenBank:WP_003415268.1;Name=WP_003415268.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217531.1;locus_tag=BQ2027_RS15520;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003415268.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3336785 3337414 . + . ID=gene-BQ2027_RS15525;Name=lpqA;gbkey=Gene;gene=lpqA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15525;old_locus_tag=BQ2027_MB3041 +Chromosome Protein Homology CDS 3336785 3337414 . + 0 ID=cds-WP_003415270.1;Parent=gene-BQ2027_RS15525;Dbxref=GenBank:WP_003415270.1;Name=WP_003415270.1;gbkey=CDS;gene=lpqA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217532.1;locus_tag=BQ2027_RS15525;product=sensor domain-containing protein;protein_id=WP_003415270.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3337517 3337879 . - . ID=gene-BQ2027_RS15530;Name=esxQ;gbkey=Gene;gene=esxQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15530;old_locus_tag=BQ2027_MB3042C +Chromosome Protein Homology CDS 3337517 3337879 . - 0 ID=cds-WP_003415272.1;Parent=gene-BQ2027_RS15530;Dbxref=GenBank:WP_003415272.1;Name=WP_003415272.1;gbkey=CDS;gene=esxQ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217533.1;locus_tag=BQ2027_RS15530;product=type VII secretion system ESX-3 effector EsxQ;protein_id=WP_003415272.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3337966 3339279 . - . ID=gene-BQ2027_RS15535;Name=BQ2027_RS15535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15535;old_locus_tag=BQ2027_MB3043C +Chromosome Protein Homology CDS 3337966 3339279 . - 0 ID=cds-WP_010950813.1;Parent=gene-BQ2027_RS15535;Dbxref=GenBank:WP_010950813.1;Name=WP_010950813.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011799310.1;locus_tag=BQ2027_RS15535;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950813.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3339466 3339633 . - . ID=gene-BQ2027_RS15545;Name=BQ2027_RS15545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15545 +Chromosome Protein Homology CDS 3339466 3339633 . - 0 ID=cds-WP_003917090.1;Parent=gene-BQ2027_RS15545;Dbxref=GenBank:WP_003917090.1;Name=WP_003917090.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917090.1;locus_tag=BQ2027_RS15545;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917090.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3339682 3339972 . - . ID=gene-BQ2027_RS15550;Name=esxR;gbkey=Gene;gene=esxR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15550;old_locus_tag=BQ2027_MB3045C +Chromosome Protein Homology CDS 3339682 3339972 . - 0 ID=cds-WP_003415340.1;Parent=gene-BQ2027_RS15550;Dbxref=GenBank:WP_003415340.1;Name=WP_003415340.1;Ontology_term=GO:0005576;gbkey=CDS;gene=esxR;go_component=extracellular region|0005576||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217535.1;locus_tag=BQ2027_RS15550;product=WXG100 family type VII secretion target;protein_id=WP_003415340.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3340007 3340300 . - . ID=gene-BQ2027_RS15555;Name=esxG;gbkey=Gene;gene=esxG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15555;old_locus_tag=BQ2027_MB3046C +Chromosome Protein Homology CDS 3340007 3340300 . - 0 ID=cds-WP_003415342.1;Parent=gene-BQ2027_RS15555;Dbxref=GenBank:WP_003415342.1;Name=WP_003415342.1;gbkey=CDS;gene=esxG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177919.1;locus_tag=BQ2027_RS15555;product=type VII secretion system protein EsxG;protein_id=WP_003415342.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3340347 3341654 . - . ID=gene-BQ2027_RS15560;Name=BQ2027_RS15560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15560;old_locus_tag=BQ2027_MB3047C +Chromosome Protein Homology CDS 3340347 3341654 . - 0 ID=cds-WP_010950814.1;Parent=gene-BQ2027_RS15560;Dbxref=GenBank:WP_010950814.1;Name=WP_010950814.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016330432.1;locus_tag=BQ2027_RS15560;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3341651 3341965 . - . ID=gene-BQ2027_RS15565;Name=BQ2027_RS15565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15565;old_locus_tag=BQ2027_MB3048C +Chromosome Protein Homology CDS 3341651 3341965 . - 0 ID=cds-WP_003415766.1;Parent=gene-BQ2027_RS15565;Dbxref=GenBank:WP_003415766.1;Name=WP_003415766.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177685.1;locus_tag=BQ2027_RS15565;product=PE family protein;protein_id=WP_003415766.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3342347 3343594 . - . ID=gene-BQ2027_RS15570;Name=BQ2027_RS15570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15570;old_locus_tag=BQ2027_MB3049C +Chromosome Protein Homology CDS 3342347 3343594 . - 0 ID=cds-WP_003904572.1-4;Parent=gene-BQ2027_RS15570;Dbxref=GenBank:WP_003904572.1;Name=WP_003904572.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215715.1;locus_tag=BQ2027_RS15570;product=IS256-like element IS1081 family transposase;protein_id=WP_003904572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3343757 3344860 . - . ID=gene-BQ2027_RS15575;Name=mnmA;gbkey=Gene;gene=mnmA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15575;old_locus_tag=BQ2027_MB3050C +Chromosome Protein Homology CDS 3343757 3344860 . - 0 ID=cds-WP_003415909.1;Parent=gene-BQ2027_RS15575;Dbxref=GenBank:WP_003415909.1;Name=WP_003415909.1;Ontology_term=GO:0008033,GO:0016740,GO:0016783;gbkey=CDS;gene=mnmA;go_function=transferase activity|0016740||IEA,sulfurtransferase activity|0016783||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217540.1;locus_tag=BQ2027_RS15575;product=tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;protein_id=WP_003415909.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3344857 3346038 . - . ID=gene-BQ2027_RS15580;Name=iscS;gbkey=Gene;gene=iscS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15580;old_locus_tag=BQ2027_MB3051C +Chromosome Protein Homology CDS 3344857 3346038 . - 0 ID=cds-WP_003415911.1;Parent=gene-BQ2027_RS15580;Dbxref=GenBank:WP_003415911.1;Name=WP_003415911.1;Ontology_term=GO:0030170;gbkey=CDS;gene=iscS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217541.1;locus_tag=BQ2027_RS15580;product=cysteine desulfurase family protein;protein_id=WP_003415911.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3346135 3347049 . - . ID=gene-BQ2027_RS15585;Name=BQ2027_RS15585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15585;old_locus_tag=BQ2027_MB3052C +Chromosome Protein Homology CDS 3346135 3347049 . - 0 ID=cds-WP_003415914.1;Parent=gene-BQ2027_RS15585;Dbxref=GenBank:WP_003415914.1;Name=WP_003415914.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217542.1;locus_tag=BQ2027_RS15585;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003415914.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3347046 3347891 . - . ID=gene-BQ2027_RS15590;Name=BQ2027_RS15590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15590;old_locus_tag=BQ2027_MB3053C +Chromosome Protein Homology CDS 3347046 3347891 . - 0 ID=cds-WP_023349822.1;Parent=gene-BQ2027_RS15590;Dbxref=GenBank:WP_023349822.1;Name=WP_023349822.1;Ontology_term=GO:0008080;gbkey=CDS;go_function=N-acetyltransferase activity|0008080||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217543.2;locus_tag=BQ2027_RS15590;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_023349822.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3348047 3349003 . - . ID=gene-BQ2027_RS15595;Name=fixB;gbkey=Gene;gene=fixB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15595;old_locus_tag=BQ2027_MB3054C +Chromosome Protein Homology CDS 3348047 3349003 . - 0 ID=cds-WP_010950815.1;Parent=gene-BQ2027_RS15595;Dbxref=GenBank:WP_010950815.1;Name=WP_010950815.1;Ontology_term=GO:0009055,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=fixB;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217544.1;locus_tag=BQ2027_RS15595;product=electron transfer flavoprotein subunit alpha/FixB family protein;protein_id=WP_010950815.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3349042 3349842 . - . ID=gene-BQ2027_RS15600;Name=fixA;gbkey=Gene;gene=fixA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15600;old_locus_tag=BQ2027_MB3055C +Chromosome Protein Homology CDS 3349042 3349842 . - 0 ID=cds-WP_003415921.1;Parent=gene-BQ2027_RS15600;Dbxref=GenBank:WP_003415921.1;Name=WP_003415921.1;Ontology_term=GO:0009055;gbkey=CDS;gene=fixA;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217545.1;locus_tag=BQ2027_RS15600;product=electron transfer flavoprotein subunit beta/FixA family protein;protein_id=WP_003415921.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3350073 3350897 . + . ID=gene-BQ2027_RS15605;Name=BQ2027_RS15605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15605;old_locus_tag=BQ2027_MB3056 +Chromosome Protein Homology CDS 3350073 3350897 . + 0 ID=cds-WP_003415922.1;Parent=gene-BQ2027_RS15605;Dbxref=GenBank:WP_003415922.1;Name=WP_003415922.1;Ontology_term=GO:0008757;gbkey=CDS;go_function=S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217546.1;locus_tag=BQ2027_RS15605;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003415922.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3350894 3352474 . + . ID=gene-BQ2027_RS15610;Name=BQ2027_RS15610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15610;old_locus_tag=BQ2027_MB3057 +Chromosome Protein Homology CDS 3350894 3352474 . + 0 ID=cds-WP_003899891.1;Parent=gene-BQ2027_RS15610;Dbxref=GenBank:WP_003899891.1;Name=WP_003899891.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217547.1;locus_tag=BQ2027_RS15610;product=1%2C4-alpha-glucan branching protein domain-containing protein;protein_id=WP_003899891.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3352506 3353750 . + . ID=gene-BQ2027_RS15615;Name=BQ2027_RS15615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15615;old_locus_tag=BQ2027_MB3058 +Chromosome Protein Homology CDS 3352506 3353750 . + 0 ID=cds-WP_003415928.1;Parent=gene-BQ2027_RS15615;Dbxref=GenBank:WP_003415928.1;Name=WP_003415928.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217548.1;locus_tag=BQ2027_RS15615;product=glycogen synthase;protein_id=WP_003415928.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3353784 3354173 . + . ID=gene-BQ2027_RS15620;Name=BQ2027_RS15620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15620;old_locus_tag=BQ2027_MB3058A +Chromosome Protein Homology CDS 3353784 3354173 . + 0 ID=cds-WP_003415930.1;Parent=gene-BQ2027_RS15620;Dbxref=GenBank:WP_003415930.1;Name=WP_003415930.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_004837058.1;locus_tag=BQ2027_RS15620;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003415930.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3354352 3354900 . + . ID=gene-BQ2027_RS15625;Name=BQ2027_RS15625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15625;old_locus_tag=BQ2027_MB3059 +Chromosome Protein Homology CDS 3354352 3354900 . + 0 ID=cds-WP_003415932.1;Parent=gene-BQ2027_RS15625;Dbxref=GenBank:WP_003415932.1;Name=WP_003415932.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217549.1;locus_tag=BQ2027_RS15625;product=DUF4333 domain-containing protein;protein_id=WP_003415932.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3354991 3355728 . - . ID=gene-BQ2027_RS15630;Name=BQ2027_RS15630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15630;old_locus_tag=BQ2027_MB3060C +Chromosome Protein Homology CDS 3354991 3355728 . - 0 ID=cds-WP_003415934.1;Parent=gene-BQ2027_RS15630;Dbxref=GenBank:WP_003415934.1;Name=WP_003415934.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288424.1;locus_tag=BQ2027_RS15630;product=acyltransferase;protein_id=WP_003415934.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3356186 3357433 . + . ID=gene-BQ2027_RS15635;Name=BQ2027_RS15635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15635;old_locus_tag=BQ2027_MB3061 +Chromosome Protein Homology CDS 3356186 3357433 . + 0 ID=cds-WP_193586988.1;Parent=gene-BQ2027_RS15635;Dbxref=GenBank:WP_193586988.1;Name=WP_193586988.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011725741.1;locus_tag=BQ2027_RS15635;product=outer membrane protein assembly factor BamB family protein;protein_id=WP_193586988.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3357430 3358113 . - . ID=gene-BQ2027_RS15640;Name=BQ2027_RS15640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15640;old_locus_tag=BQ2027_MB3062C +Chromosome Protein Homology CDS 3357430 3358113 . - 0 ID=cds-WP_010950816.1;Parent=gene-BQ2027_RS15640;Dbxref=GenBank:WP_010950816.1;Name=WP_010950816.1;Ontology_term=GO:0006629,GO:0008126;gbkey=CDS;go_function=acetylesterase activity|0008126||IEA;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217552.1;locus_tag=BQ2027_RS15640;product=esterase;protein_id=WP_010950816.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3358186 3359400 . - . ID=gene-BQ2027_RS15645;Name=BQ2027_RS15645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15645;old_locus_tag=BQ2027_MB3063C +Chromosome Protein Homology CDS 3358186 3359400 . - 0 ID=cds-WP_178136157.1;Parent=gene-BQ2027_RS15645;Dbxref=GenBank:WP_178136157.1;Name=WP_178136157.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_008259139.1;locus_tag=BQ2027_RS15645;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_178136157.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3359397 3360380 . - . ID=gene-BQ2027_RS15650;Name=BQ2027_RS15650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15650;old_locus_tag=BQ2027_MB3064C +Chromosome Protein Homology CDS 3359397 3360380 . - 0 ID=cds-WP_003415941.1;Parent=gene-BQ2027_RS15650;Dbxref=GenBank:WP_003415941.1;Name=WP_003415941.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217554.1;locus_tag=BQ2027_RS15650;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003415941.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3360391 3361155 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15660;Name=BQ2027_RS15660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15660;old_locus_tag=BQ2027_MB3066C +Chromosome Protein Homology CDS 3361164 3362030 . - 0 ID=cds-WP_003415943.1;Parent=gene-BQ2027_RS15660;Dbxref=GenBank:WP_003415943.1;Name=WP_003415943.1;Ontology_term=GO:0016818,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides%2C in phosphorus-containing anhydrides|0016818||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217556.1;locus_tag=BQ2027_RS15660;product=NUDIX hydrolase;protein_id=WP_003415943.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3362027 3362890 . - . ID=gene-BQ2027_RS15665;Name=BQ2027_RS15665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15665;old_locus_tag=BQ2027_MB3067C +Chromosome Protein Homology CDS 3362027 3362890 . - 0 ID=cds-WP_003415944.1;Parent=gene-BQ2027_RS15665;Dbxref=GenBank:WP_003415944.1;Name=WP_003415944.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217557.1;locus_tag=BQ2027_RS15665;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003415944.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3362905 3364134 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15675;Name=ctaD;gbkey=Gene;gene=ctaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15675;old_locus_tag=BQ2027_MB3069C +Chromosome Protein Homology CDS 3364172 3365893 . - 0 ID=cds-WP_003415946.1;Parent=gene-BQ2027_RS15675;Dbxref=GenBank:WP_003415946.1;Name=WP_003415946.1;gbkey=CDS;gene=ctaD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217559.1;locus_tag=BQ2027_RS15675;product=aa3-type cytochrome oxidase subunit I;protein_id=WP_003415946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3366108 3367187 . + . ID=gene-BQ2027_RS15680;Name=fecB;gbkey=Gene;gene=fecB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15680;old_locus_tag=BQ2027_MB3070 +Chromosome Protein Homology CDS 3366108 3367187 . + 0 ID=cds-WP_003415959.1;Parent=gene-BQ2027_RS15680;Dbxref=GenBank:WP_003415959.1;Name=WP_003415959.1;Ontology_term=GO:0015891,GO:0005524,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;gene=fecB;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;go_process=siderophore transport|0015891||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217560.1;locus_tag=BQ2027_RS15680;product=iron-siderophore ABC transporter substrate-binding protein;protein_id=WP_003415959.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3367257 3368297 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS15690;Name=BQ2027_RS15690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15690;old_locus_tag=BQ2027_MB3072C +Chromosome Protein Homology CDS 3368286 3368660 . - 0 ID=cds-WP_003415968.1;Parent=gene-BQ2027_RS15690;Dbxref=GenBank:WP_003415968.1;Name=WP_003415968.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217562.1;locus_tag=BQ2027_RS15690;product=DUF3349 domain-containing protein;protein_id=WP_003415968.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3368994 3369278 . - . ID=gene-BQ2027_RS15695;Name=BQ2027_RS15695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15695;old_locus_tag=BQ2027_MB3073C +Chromosome Protein Homology CDS 3368994 3369278 . - 0 ID=cds-WP_003899894.1;Parent=gene-BQ2027_RS15695;Dbxref=GenBank:WP_003899894.1;Name=WP_003899894.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217563.1;locus_tag=BQ2027_RS15695;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899894.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3369376 3370350 . - . ID=gene-BQ2027_RS15700;Name=nrdF;gbkey=Gene;gene=nrdF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15700;old_locus_tag=BQ2027_MB3074C +Chromosome Protein Homology CDS 3369376 3370350 . - 0 ID=cds-WP_003415973.1;Parent=gene-BQ2027_RS15700;Dbxref=GenBank:WP_003415973.1;Name=WP_003415973.1;Ontology_term=GO:0009263,GO:0004748,GO:0005971;gbkey=CDS;gene=nrdF;go_component=ribonucleoside-diphosphate reductase complex|0005971||IEA;go_function=ribonucleoside-diphosphate reductase activity%2C thioredoxin disulfide as acceptor|0004748||IEA;go_process=deoxyribonucleotide biosynthetic process|0009263||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177921.1;locus_tag=BQ2027_RS15700;product=class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta;protein_id=WP_003415973.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3370481 3372055 . - . ID=gene-BQ2027_RS15705;Name=BQ2027_RS15705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15705;old_locus_tag=BQ2027_MB3075C +Chromosome Protein Homology CDS 3370481 3372055 . - 0 ID=cds-WP_003899895.1;Parent=gene-BQ2027_RS15705;Dbxref=GenBank:WP_003899895.1;Name=WP_003899895.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0016709,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen%2C NAD(P)H as one donor%2C and incorporation of one atom of oxygen|0016709||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217565.1;locus_tag=BQ2027_RS15705;product=flavin-containing monooxygenase;protein_id=WP_003899895.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3372189 3372929 . - . ID=gene-BQ2027_RS15710;Name=BQ2027_RS15710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15710;old_locus_tag=BQ2027_MB3076C +Chromosome Protein Homology CDS 3372189 3372929 . - 0 ID=cds-WP_003415979.1;Parent=gene-BQ2027_RS15710;Dbxref=GenBank:WP_003415979.1;Name=WP_003415979.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217566.1;locus_tag=BQ2027_RS15710;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003415979.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3373057 3375234 . - . ID=gene-BQ2027_RS15715;Name=nrdE;gbkey=Gene;gene=nrdE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15715;old_locus_tag=BQ2027_MB3077C +Chromosome Protein Homology CDS 3373057 3375234 . - 0 ID=cds-WP_003914457.1;Parent=gene-BQ2027_RS15715;Dbxref=GenBank:WP_003914457.1;Name=WP_003914457.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0004748,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=nrdE;go_function=ribonucleoside-diphosphate reductase activity%2C thioredoxin disulfide as acceptor|0004748||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016719502.1;locus_tag=BQ2027_RS15715;product=class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha;protein_id=WP_003914457.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3375204 3375656 . - . ID=gene-BQ2027_RS15720;Name=nrdI;gbkey=Gene;gene=nrdI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15720;old_locus_tag=BQ2027_MB3078C +Chromosome Protein Homology CDS 3375204 3375656 . - 0 ID=cds-WP_003415981.1;Parent=gene-BQ2027_RS15720;Dbxref=GenBank:WP_003415981.1;Name=WP_003415981.1;Ontology_term=GO:0009263,GO:0036211,GO:0010181;gbkey=CDS;gene=nrdI;go_function=FMN binding|0010181||IEA;go_process=deoxyribonucleotide biosynthetic process|0009263||IEA,protein modification process|0036211||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217568.1;locus_tag=BQ2027_RS15720;product=class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI;protein_id=WP_003415981.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3375691 3375930 . - . ID=gene-BQ2027_RS15725;Name=nrdH;gbkey=Gene;gene=nrdH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15725;old_locus_tag=BQ2027_MB3079C +Chromosome Protein Homology CDS 3375691 3375930 . - 0 ID=cds-WP_003415982.1;Parent=gene-BQ2027_RS15725;Dbxref=GenBank:WP_003415982.1;Name=WP_003415982.1;gbkey=CDS;gene=nrdH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217569.1;locus_tag=BQ2027_RS15725;product=redoxin NrdH;protein_id=WP_003415982.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3376393 3376947 . - . ID=gene-BQ2027_RS15730;Name=BQ2027_RS15730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15730;old_locus_tag=BQ2027_MB3080C +Chromosome Protein Homology CDS 3376393 3376947 . - 0 ID=cds-WP_003415983.1;Parent=gene-BQ2027_RS15730;Dbxref=GenBank:WP_003415983.1;Name=WP_003415983.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217570.1;locus_tag=BQ2027_RS15730;product=NAD(P)H-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003415983.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3377039 3377653 . + . ID=gene-BQ2027_RS15735;Name=BQ2027_RS15735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15735;old_locus_tag=BQ2027_MB3081 +Chromosome Protein Homology CDS 3377039 3377653 . + 0 ID=cds-WP_003415984.1;Parent=gene-BQ2027_RS15735;Dbxref=GenBank:WP_003415984.1;Name=WP_003415984.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217571.1;locus_tag=BQ2027_RS15735;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003415984.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3377663 3378703 . + . ID=gene-BQ2027_RS15740;Name=dinP;gbkey=Gene;gene=dinP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15740;old_locus_tag=BQ2027_MB3082 +Chromosome Protein Homology CDS 3377663 3378703 . + 0 ID=cds-WP_003899898.1;Parent=gene-BQ2027_RS15740;Dbxref=GenBank:WP_003899898.1;Name=WP_003899898.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0003684,GO:0003887;gbkey=CDS;gene=dinP;go_function=damaged DNA binding|0003684||IEA,DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217572.1;locus_tag=BQ2027_RS15740;product=DNA polymerase IV;protein_id=WP_003899898.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3378757 3379620 . - . ID=gene-BQ2027_RS15745;Name=BQ2027_RS15745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15745;old_locus_tag=BQ2027_MB3083C +Chromosome Protein Homology CDS 3378757 3379620 . - 0 ID=cds-WP_003415986.1;Parent=gene-BQ2027_RS15745;Dbxref=GenBank:WP_003415986.1;Name=WP_003415986.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217573.1;locus_tag=BQ2027_RS15745;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003415986.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3379684 3380334 . - . ID=gene-BQ2027_RS15750;Name=BQ2027_RS15750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15750;old_locus_tag=BQ2027_MB3084C +Chromosome Protein Homology CDS 3379684 3380334 . - 0 ID=cds-WP_003415987.1;Parent=gene-BQ2027_RS15750;Dbxref=GenBank:WP_003415987.1;Name=WP_003415987.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217574.1;locus_tag=BQ2027_RS15750;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003415987.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3380450 3381928 . + . ID=gene-BQ2027_RS15755;Name=BQ2027_RS15755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15755;old_locus_tag=BQ2027_MB3085 +Chromosome Protein Homology CDS 3380450 3381928 . + 0 ID=cds-WP_003415988.1;Parent=gene-BQ2027_RS15755;Dbxref=GenBank:WP_003415988.1;Name=WP_003415988.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0005506,GO:0016705,GO:0020037;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,iron ion binding|0005506||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen|0016705||IEA,heme binding|0020037||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217575.1;locus_tag=BQ2027_RS15755;product=cytochrome P450;protein_id=WP_003415988.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3382699 3384171 . - . ID=gene-BQ2027_RS15760;Name=BQ2027_RS15760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15760;old_locus_tag=BQ2027_MB3086C +Chromosome Protein Homology CDS 3382699 3384171 . - 0 ID=cds-WP_003415989.1;Parent=gene-BQ2027_RS15760;Dbxref=GenBank:WP_003415989.1;Name=WP_003415989.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217576.1;locus_tag=BQ2027_RS15760;product=FadR/GntR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003415989.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3384220 3386386 . - . ID=gene-BQ2027_RS15765;Name=BQ2027_RS15765;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS15765;old_locus_tag=BQ2027_MB3087C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3384220 3386386 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS15765;Parent=gene-BQ2027_RS15765;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006631,GO:0016627,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=fatty acid metabolic process|0006631||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217577.1;locus_tag=BQ2027_RS15765;product=acyl-CoA dehydrogenase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3386543 3388066 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS15775;Name=cstA;gbkey=Gene;gene=cstA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15775;old_locus_tag=BQ2027_MB3090 +Chromosome Protein Homology CDS 3388202 3390478 . + 0 ID=cds-WP_010950820.1;Parent=gene-BQ2027_RS15775;Dbxref=GenBank:WP_010950820.1;Name=WP_010950820.1;Ontology_term=GO:0009267,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=cstA;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=cellular response to starvation|0009267||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217579.1;locus_tag=BQ2027_RS15775;product=carbon starvation CstA family protein;protein_id=WP_010950820.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3390784 3391209 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS15790;Name=BQ2027_RS15790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15790;old_locus_tag=BQ2027_MB3093 +Chromosome Protein Homology CDS 3391666 3392274 . + 0 ID=cds-WP_003416005.1;Parent=gene-BQ2027_RS15790;Dbxref=GenBank:WP_003416005.1;Name=WP_003416005.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217582.1;locus_tag=BQ2027_RS15790;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003416005.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3392252 3392797 . + . ID=gene-BQ2027_RS15795;Name=BQ2027_RS15795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15795;old_locus_tag=BQ2027_MB3094 +Chromosome Protein Homology CDS 3392252 3392797 . + 0 ID=cds-WP_003917120.1;Parent=gene-BQ2027_RS15795;Dbxref=GenBank:WP_003917120.1;Name=WP_003917120.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015385303.1;locus_tag=BQ2027_RS15795;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_003917120.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3392799 3392871 . - . ID=gene-BQ2027_RS15800;Name=BQ2027_RS15800;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS15800;old_locus_tag=BQ2027_ALAU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 3392799 3392871 . - . ID=rna-BQ2027_RS15800;Parent=gene-BQ2027_RS15800;anticodon=(pos:complement(3392836..3392838));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15800;product=tRNA-Ala +Chromosome tRNAscan-SE exon 3392799 3392871 . - . ID=exon-BQ2027_RS15800-1;Parent=rna-BQ2027_RS15800;anticodon=(pos:complement(3392836..3392838));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS15800;product=tRNA-Ala +Chromosome RefSeq gene 3392938 3394581 . - . ID=gene-BQ2027_RS15805;Name=pgm;gbkey=Gene;gene=pgm;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15805;old_locus_tag=BQ2027_MB3095C +Chromosome Protein Homology CDS 3392938 3394581 . - 0 ID=cds-WP_003899902.1;Parent=gene-BQ2027_RS15805;Dbxref=GenBank:WP_003899902.1;Name=WP_003899902.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0004614;gbkey=CDS;gene=pgm;go_function=phosphoglucomutase activity|0004614||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217584.1;locus_tag=BQ2027_RS15805;product=phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1%2C6-bisphosphate-dependent);protein_id=WP_003899902.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3394651 3395049 . + . ID=gene-BQ2027_RS15810;Name=crcB;gbkey=Gene;gene=crcB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15810;old_locus_tag=BQ2027_MB3096 +Chromosome Protein Homology CDS 3394651 3395049 . + 0 ID=cds-WP_003416045.1;Parent=gene-BQ2027_RS15810;Dbxref=GenBank:WP_003416045.1;Name=WP_003416045.1;gbkey=CDS;gene=crcB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217585.1;locus_tag=BQ2027_RS15810;product=fluoride efflux transporter CrcB;protein_id=WP_003416045.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3395046 3395426 . + . ID=gene-BQ2027_RS15815;Name=crcB;gbkey=Gene;gene=crcB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15815;old_locus_tag=BQ2027_MB3097 +Chromosome Protein Homology CDS 3395046 3395426 . + 0 ID=cds-WP_003416046.1;Parent=gene-BQ2027_RS15815;Dbxref=GenBank:WP_003416046.1;Name=WP_003416046.1;gbkey=CDS;gene=crcB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217586.1;locus_tag=BQ2027_RS15815;product=fluoride efflux transporter CrcB;protein_id=WP_003416046.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3395423 3396532 . + . ID=gene-BQ2027_RS15820;Name=BQ2027_RS15820;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15820;old_locus_tag=BQ2027_MB3098 +Chromosome Protein Homology CDS 3395423 3396532 . + 0 ID=cds-WP_003901532.1;Parent=gene-BQ2027_RS15820;Dbxref=GenBank:WP_003901532.1;Name=WP_003901532.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217587.1;locus_tag=BQ2027_RS15820;product=DUF190 domain-containing protein;protein_id=WP_003901532.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3396677 3397272 . - . ID=gene-BQ2027_RS20870;Name=BQ2027_RS20870;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20870;old_locus_tag=BQ2027_MB3099C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3396677 3397272 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20870;Parent=gene-BQ2027_RS20870;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0016705;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen|0016705||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012517.6;locus_tag=BQ2027_RS20870;product=LLM class flavin-dependent oxidoreductase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3397288 3397644 . - . ID=gene-BQ2027_RS15830;Name=BQ2027_RS15830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15830;old_locus_tag=BQ2027_MB3100C +Chromosome Protein Homology CDS 3397288 3397644 . - 0 ID=cds-WP_003416050.1;Parent=gene-BQ2027_RS15830;Dbxref=GenBank:WP_003416050.1;Name=WP_003416050.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217589.1;locus_tag=BQ2027_RS15830;product=DUF488 domain-containing protein;protein_id=WP_003416050.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3397738 3399012 . + . ID=gene-BQ2027_RS15835;Name=BQ2027_RS15835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15835;old_locus_tag=BQ2027_MB3101 +Chromosome Protein Homology CDS 3397738 3399012 . + 0 ID=cds-WP_003416051.1;Parent=gene-BQ2027_RS15835;Dbxref=GenBank:WP_003416051.1;Name=WP_003416051.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217590.1;locus_tag=BQ2027_RS15835;product=HNH endonuclease;protein_id=WP_003416051.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3399009 3399923 . - . ID=gene-BQ2027_RS15840;Name=BQ2027_RS15840;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15840;old_locus_tag=BQ2027_MB3102C +Chromosome Protein Homology CDS 3399009 3399923 . - 0 ID=cds-WP_003912070.1;Parent=gene-BQ2027_RS15840;Dbxref=GenBank:WP_003912070.1;Name=WP_003912070.1;Ontology_term=GO:0016829,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=lyase activity|0016829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003874873.1;locus_tag=BQ2027_RS15840;product=HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein;protein_id=WP_003912070.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3400031 3400507 . + . ID=gene-BQ2027_RS15845;Name=BQ2027_RS15845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15845;old_locus_tag=BQ2027_MB3103 +Chromosome Protein Homology CDS 3400031 3400507 . + 0 ID=cds-WP_003416053.1;Parent=gene-BQ2027_RS15845;Dbxref=GenBank:WP_003416053.1;Name=WP_003416053.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217592.1;locus_tag=BQ2027_RS15845;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003416053.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3400500 3402311 . + . ID=gene-BQ2027_RS15850;Name=BQ2027_RS15850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15850;old_locus_tag=BQ2027_MB3104 +Chromosome Protein Homology CDS 3400500 3402311 . + 0 ID=cds-WP_003901535.1;Parent=gene-BQ2027_RS15850;Dbxref=GenBank:WP_003901535.1;Name=WP_003901535.1;Ontology_term=GO:0008484;gbkey=CDS;go_function=sulfuric ester hydrolase activity|0008484||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177923.1;locus_tag=BQ2027_RS15850;product=sulfatase-like hydrolase/transferase;protein_id=WP_003901535.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3402312 3402713 . + . ID=gene-BQ2027_RS15855;Name=hab;gbkey=Gene;gene=hab;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15855;old_locus_tag=BQ2027_MB3105 +Chromosome Protein Homology CDS 3402312 3402713 . + 0 ID=cds-WP_003416059.1;Parent=gene-BQ2027_RS15855;Dbxref=GenBank:WP_003416059.1;Name=WP_003416059.1;gbkey=CDS;gene=hab;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217594.1;locus_tag=BQ2027_RS15855;product=hydrogenase;protein_id=WP_003416059.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3402729 3403556 . - . ID=gene-BQ2027_RS15860;Name=BQ2027_RS15860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15860;old_locus_tag=BQ2027_MB3106C +Chromosome Protein Homology CDS 3402729 3403556 . - 0 ID=cds-WP_003416061.1;Parent=gene-BQ2027_RS15860;Dbxref=GenBank:WP_003416061.1;Name=WP_003416061.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217595.1;locus_tag=BQ2027_RS15860;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003416061.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3403615 3406947 . - . ID=gene-BQ2027_RS15865;Name=pknK;gbkey=Gene;gene=pknK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15865;old_locus_tag=BQ2027_MB3107C +Chromosome Protein Homology CDS 3403615 3406947 . - 0 ID=cds-WP_003416064.1;Parent=gene-BQ2027_RS15865;Dbxref=GenBank:WP_003416064.1;Name=WP_003416064.1;gbkey=CDS;gene=pknK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217596.1;locus_tag=BQ2027_RS15865;product=serine/threonine protein kinase PknK;protein_id=WP_003416064.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3406999 3408237 . + . ID=gene-BQ2027_RS15870;Name=BQ2027_RS15870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15870;old_locus_tag=BQ2027_MB3108 +Chromosome Protein Homology CDS 3406999 3408237 . + 0 ID=cds-WP_003416066.1;Parent=gene-BQ2027_RS15870;Dbxref=GenBank:WP_003416066.1;Name=WP_003416066.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217597.1;locus_tag=BQ2027_RS15870;product=nucleotidyltransferase;protein_id=WP_003416066.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3408363 3409385 . - . ID=gene-BQ2027_RS15875;Name=virS;gbkey=Gene;gene=virS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15875;old_locus_tag=BQ2027_MB3109C +Chromosome Protein Homology CDS 3408363 3409385 . - 0 ID=cds-WP_010950821.1;Parent=gene-BQ2027_RS15875;Dbxref=GenBank:WP_010950821.1;Name=WP_010950821.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=virS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217598.1;locus_tag=BQ2027_RS15875;product=AraC family transcriptional regulator;protein_id=WP_010950821.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3409463 3410950 . + . ID=gene-BQ2027_RS15880;Name=BQ2027_RS15880;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15880;old_locus_tag=BQ2027_MB3110 +Chromosome Protein Homology CDS 3409463 3410950 . + 0 ID=cds-WP_003416069.1;Parent=gene-BQ2027_RS15880;Dbxref=GenBank:WP_003416069.1;Name=WP_003416069.1;Ontology_term=GO:0004497,GO:0016709,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=monooxygenase activity|0004497||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen%2C NAD(P)H as one donor%2C and incorporation of one atom of oxygen|0016709||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217599.1;locus_tag=BQ2027_RS15880;product=flavin-containing monooxygenase;protein_id=WP_003416069.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3410956 3411882 . + . ID=gene-BQ2027_RS15885;Name=lipR;gbkey=Gene;gene=lipR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15885;old_locus_tag=BQ2027_MB3111 +Chromosome Protein Homology CDS 3410956 3411882 . + 0 ID=cds-WP_003901538.1;Parent=gene-BQ2027_RS15885;Dbxref=GenBank:WP_003901538.1;Name=WP_003901538.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=lipR;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217600.1;locus_tag=BQ2027_RS15885;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=WP_003901538.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3411879 3412709 . + . ID=gene-BQ2027_RS15890;Name=BQ2027_RS15890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15890;old_locus_tag=BQ2027_MB3112 +Chromosome Protein Homology CDS 3411879 3412709 . + 0 ID=cds-WP_003416074.1;Parent=gene-BQ2027_RS15890;Dbxref=GenBank:WP_003416074.1;Name=WP_003416074.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070401,GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NADP+ binding|0070401||IEA,NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217601.1;locus_tag=BQ2027_RS15890;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003416074.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3412740 3413846 . + . ID=gene-BQ2027_RS15895;Name=adhD;gbkey=Gene;gene=adhD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15895;old_locus_tag=BQ2027_MB3113 +Chromosome Protein Homology CDS 3412740 3413846 . + 0 ID=cds-WP_003416075.1;Parent=gene-BQ2027_RS15895;Dbxref=GenBank:WP_003416075.1;Name=WP_003416075.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0051287;gbkey=CDS;gene=adhD;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD binding|0051287||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217602.1;locus_tag=BQ2027_RS15895;product=NDMA-dependent alcohol dehydrogenase;protein_id=WP_003416075.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3413884 3415302 . + . ID=gene-BQ2027_RS15900;Name=BQ2027_RS15900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15900;old_locus_tag=BQ2027_MB3114 +Chromosome Protein Homology CDS 3413884 3415302 . + 0 ID=cds-WP_010950822.1;Parent=gene-BQ2027_RS15900;Dbxref=GenBank:WP_010950822.1;Name=WP_010950822.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217603.1;locus_tag=BQ2027_RS15900;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_010950822.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3415299 3416723 . + . ID=gene-BQ2027_RS15905;Name=BQ2027_RS15905;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15905;old_locus_tag=BQ2027_MB3115 +Chromosome Protein Homology CDS 3415299 3416723 . + 0 ID=cds-WP_003416079.1;Parent=gene-BQ2027_RS15905;Dbxref=GenBank:WP_003416079.1;Name=WP_003416079.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217604.1;locus_tag=BQ2027_RS15905;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003416079.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3416720 3418231 . + . ID=gene-BQ2027_RS15910;Name=fadD13;gbkey=Gene;gene=fadD13;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15910;old_locus_tag=BQ2027_MB3116 +Chromosome Protein Homology CDS 3416720 3418231 . + 0 ID=cds-WP_003416081.1;Parent=gene-BQ2027_RS15910;Dbxref=GenBank:WP_003416081.1;Name=WP_003416081.1;gbkey=CDS;gene=fadD13;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217605.1;locus_tag=BQ2027_RS15910;product=long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13;protein_id=WP_003416081.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3419170 3420057 . + . ID=gene-BQ2027_RS15915;Name=BQ2027_RS15915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15915;old_locus_tag=BQ2027_MB3117 +Chromosome Protein Homology CDS 3419170 3420057 . + 0 ID=cds-WP_003416086.1;Parent=gene-BQ2027_RS15915;Dbxref=GenBank:WP_003416086.1;Name=WP_003416086.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217606.1;locus_tag=BQ2027_RS15915;product=SPFH domain-containing protein;protein_id=WP_003416086.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3420075 3421766 . + . ID=gene-BQ2027_RS15920;Name=BQ2027_RS15920;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15920;old_locus_tag=BQ2027_MB3118 +Chromosome Protein Homology CDS 3420075 3421766 . + 0 ID=cds-WP_003900628.1;Parent=gene-BQ2027_RS15920;Dbxref=GenBank:WP_003900628.1;Name=WP_003900628.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217607.1;locus_tag=BQ2027_RS15920;product=patatin-like phospholipase family protein;protein_id=WP_003900628.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3421773 3422693 . - . ID=gene-BQ2027_RS15925;Name=BQ2027_RS15925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15925;old_locus_tag=BQ2027_MB3119C +Chromosome Protein Homology CDS 3421773 3422693 . - 0 ID=cds-WP_010950823.1;Parent=gene-BQ2027_RS15925;Dbxref=GenBank:WP_010950823.1;Name=WP_010950823.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217608.1;locus_tag=BQ2027_RS15925;product=DUF808 domain-containing protein;protein_id=WP_010950823.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3422719 3423723 . - . ID=gene-BQ2027_RS15930;Name=BQ2027_RS15930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15930;old_locus_tag=BQ2027_MB3120C +Chromosome Protein Homology CDS 3422719 3423723 . - 0 ID=cds-WP_003416094.1;Parent=gene-BQ2027_RS15930;Dbxref=GenBank:WP_003416094.1;Name=WP_003416094.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217609.1;locus_tag=BQ2027_RS15930;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003416094.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3423720 3424850 . - . ID=gene-BQ2027_RS15935;Name=BQ2027_RS15935;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15935;old_locus_tag=BQ2027_MB3121C +Chromosome Protein Homology CDS 3423720 3424850 . - 0 ID=cds-WP_003416097.1;Parent=gene-BQ2027_RS15935;Dbxref=GenBank:WP_003416097.1;Name=WP_003416097.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217610.1;locus_tag=BQ2027_RS15935;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003416097.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3424932 3425408 . + . ID=gene-BQ2027_RS15940;Name=BQ2027_RS15940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15940;old_locus_tag=BQ2027_MB3122 +Chromosome Protein Homology CDS 3424932 3425408 . + 0 ID=cds-WP_003416099.1;Parent=gene-BQ2027_RS15940;Dbxref=GenBank:WP_003416099.1;Name=WP_003416099.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217611.1;locus_tag=BQ2027_RS15940;product=winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=WP_003416099.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3425506 3426645 . + . ID=gene-BQ2027_RS15945;Name=BQ2027_RS15945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15945;old_locus_tag=BQ2027_MB3123 +Chromosome Protein Homology CDS 3425506 3426645 . + 0 ID=cds-WP_003904991.1;Parent=gene-BQ2027_RS15945;Dbxref=GenBank:WP_003904991.1;Name=WP_003904991.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217612.1;locus_tag=BQ2027_RS15945;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003904991.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3426737 3428050 . - . ID=gene-BQ2027_RS15950;Name=lipY;gbkey=Gene;gene=lipY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15950;old_locus_tag=BQ2027_MB3124C +Chromosome Protein Homology CDS 3426737 3428050 . - 0 ID=cds-WP_003901542.1;Parent=gene-BQ2027_RS15950;Dbxref=GenBank:WP_003901542.1;Name=WP_003901542.1;gbkey=CDS;gene=lipY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177924.1;locus_tag=BQ2027_RS15950;product=triacylglycerol lipase LipY;protein_id=WP_003901542.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3428169 3428621 . - . ID=gene-BQ2027_RS15955;Name=BQ2027_RS15955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15955;old_locus_tag=BQ2027_MB3125C +Chromosome Protein Homology CDS 3428169 3428621 . - 0 ID=cds-WP_010950824.1;Parent=gene-BQ2027_RS15955;Dbxref=GenBank:WP_010950824.1;Name=WP_010950824.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217614.1;locus_tag=BQ2027_RS15955;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950824.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3428565 3428885 . + . ID=gene-BQ2027_RS15960;Name=pemK;gbkey=Gene;gene=pemK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15960;old_locus_tag=BQ2027_MB3125A +Chromosome Protein Homology CDS 3428565 3428885 . + 0 ID=cds-WP_003416110.1;Parent=gene-BQ2027_RS15960;Dbxref=GenBank:WP_003416110.1;Name=WP_003416110.1;gbkey=CDS;gene=pemK;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411812.1;locus_tag=BQ2027_RS15960;product=type II toxin-antitoxin system toxin endoribonuclease PemK;protein_id=WP_003416110.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3428926 3429293 . - . ID=gene-BQ2027_RS15965;Name=ssrA;gbkey=Gene;gene=ssrA;gene_biotype=tmRNA;locus_tag=BQ2027_RS15965 +Chromosome cmsearch tmRNA 3428926 3429293 . - . ID=rna-BQ2027_RS15965;Parent=gene-BQ2027_RS15965;Dbxref=RFAM:RF00023;gbkey=tmRNA;gene=ssrA;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS15965;product=transfer-messenger RNA +Chromosome cmsearch exon 3428926 3429293 . - . ID=exon-BQ2027_RS15965-1;Parent=rna-BQ2027_RS15965;Dbxref=RFAM:RF00023;gbkey=tmRNA;gene=ssrA;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS15965;product=transfer-messenger RNA +Chromosome RefSeq gene 3429372 3430223 . - . ID=gene-BQ2027_RS15970;Name=BQ2027_RS15970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15970;old_locus_tag=BQ2027_MB3126C +Chromosome Protein Homology CDS 3429372 3430223 . - 0 ID=cds-WP_003416111.1;Parent=gene-BQ2027_RS15970;Dbxref=GenBank:WP_003416111.1;Name=WP_003416111.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217615.1;locus_tag=BQ2027_RS15970;product=maleylpyruvate isomerase family mycothiol-dependent enzyme;protein_id=WP_003416111.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3430260 3430742 . - . ID=gene-BQ2027_RS15975;Name=smpB;gbkey=Gene;gene=smpB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15975;old_locus_tag=BQ2027_MB3127C +Chromosome Protein Homology CDS 3430260 3430742 . - 0 ID=cds-WP_003416113.1;Parent=gene-BQ2027_RS15975;Dbxref=GenBank:WP_003416113.1;Name=WP_003416113.1;Ontology_term=GO:0003723;gbkey=CDS;gene=smpB;go_function=RNA binding|0003723||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217616.1;locus_tag=BQ2027_RS15975;product=SsrA-binding protein SmpB;protein_id=WP_003416113.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3430745 3431638 . - . ID=gene-BQ2027_RS15980;Name=ftsX;gbkey=Gene;gene=ftsX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15980;old_locus_tag=BQ2027_MB3128C +Chromosome Protein Homology CDS 3430745 3431638 . - 0 ID=cds-WP_010950825.1;Parent=gene-BQ2027_RS15980;Dbxref=GenBank:WP_010950825.1;Name=WP_010950825.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ftsX;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217617.1;locus_tag=BQ2027_RS15980;product=permease-like cell division protein FtsX;protein_id=WP_010950825.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3431639 3432328 . - . ID=gene-BQ2027_RS15985;Name=ftsE;gbkey=Gene;gene=ftsE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15985;old_locus_tag=BQ2027_MB3129C +Chromosome Protein Homology CDS 3431639 3432328 . - 0 ID=cds-WP_003416120.1;Parent=gene-BQ2027_RS15985;Dbxref=GenBank:WP_003416120.1;Name=WP_003416120.1;Ontology_term=GO:0000910,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=ftsE;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=cytokinesis|0000910||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217618.1;locus_tag=BQ2027_RS15985;product=cell division ATP-binding protein FtsE;protein_id=WP_003416120.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3432372 3432809 . - . ID=gene-BQ2027_RS15990;Name=BQ2027_RS15990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15990;old_locus_tag=BQ2027_MB3130C +Chromosome Protein Homology CDS 3432372 3432809 . - 0 ID=cds-WP_003416124.1;Parent=gene-BQ2027_RS15990;Dbxref=GenBank:WP_003416124.1;Name=WP_003416124.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217619.1;locus_tag=BQ2027_RS15990;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416124.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3432811 3433737 . - . ID=gene-BQ2027_RS15995;Name=BQ2027_RS15995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS15995;old_locus_tag=BQ2027_MB3131C +Chromosome Protein Homology CDS 3432811 3433737 . - 0 ID=cds-WP_003416127.1;Parent=gene-BQ2027_RS15995;Dbxref=GenBank:WP_003416127.1;Name=WP_003416127.1;Ontology_term=GO:0008381;gbkey=CDS;go_function=mechanosensitive monoatomic ion channel activity|0008381||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217620.1;locus_tag=BQ2027_RS15995;product=mechanosensitive ion channel family protein;protein_id=WP_003416127.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3433727 3434842 . - . ID=gene-BQ2027_RS16000;Name=prfB;gbkey=Gene;gene=prfB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16000;old_locus_tag=BQ2027_MB3132C +Chromosome Protein Homology CDS 3433727 3434842 . - 0 ID=cds-WP_003416129.1;Parent=gene-BQ2027_RS16000;Dbxref=GenBank:WP_003416129.1;Name=WP_003416129.1;Ontology_term=GO:0006415,GO:0016149,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=prfB;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=translation release factor activity%2C codon specific|0016149||IEA;go_process=translational termination|0006415||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011725809.1;locus_tag=BQ2027_RS16000;product=peptide chain release factor 2;protein_id=WP_003416129.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3434967 3436337 . + . ID=gene-BQ2027_RS16005;Name=fprA;gbkey=Gene;gene=fprA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16005;old_locus_tag=BQ2027_MB3133 +Chromosome Protein Homology CDS 3434967 3436337 . + 0 ID=cds-WP_010950826.1;Parent=gene-BQ2027_RS16005;Dbxref=GenBank:WP_010950826.1;Name=WP_010950826.1;gbkey=CDS;gene=fprA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217622.1;locus_tag=BQ2027_RS16005;product=ferredoxin--NADP(+) reductase FprA;protein_id=WP_010950826.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3436338 3437921 . - . ID=gene-BQ2027_RS16010;Name=agpS;gbkey=Gene;gene=agpS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16010;old_locus_tag=BQ2027_MB3134C +Chromosome Protein Homology CDS 3436338 3437921 . - 0 ID=cds-WP_003899914.1;Parent=gene-BQ2027_RS16010;Dbxref=GenBank:WP_003899914.1;Name=WP_003899914.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0071949;gbkey=CDS;gene=agpS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,FAD binding|0071949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217623.1;locus_tag=BQ2027_RS16010;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003899914.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3437932 3438135 . - . ID=gene-BQ2027_RS16015;Name=BQ2027_RS16015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16015 +Chromosome Protein Homology CDS 3437932 3438135 . - 0 ID=cds-WP_003913800.1;Parent=gene-BQ2027_RS16015;Dbxref=GenBank:WP_003913800.1;Name=WP_003913800.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003913800.1;locus_tag=BQ2027_RS16015;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003913800.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3438609 3439688 . + . ID=gene-BQ2027_RS16020;Name=moaA;gbkey=Gene;gene=moaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16020;old_locus_tag=BQ2027_MB3136 +Chromosome Protein Homology CDS 3438609 3439688 . + 0 ID=cds-WP_010950828.1;Parent=gene-BQ2027_RS16020;Dbxref=GenBank:WP_010950828.1;Name=WP_010950828.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0046872,GO:0051539;gbkey=CDS;gene=moaA;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177925.1;locus_tag=BQ2027_RS16020;product=GTP 3'%2C8-cyclase MoaA;protein_id=WP_010950828.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3439739 3440134 . + . ID=gene-BQ2027_RS16025;Name=BQ2027_RS16025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16025;old_locus_tag=BQ2027_MB3137 +Chromosome Protein Homology CDS 3439739 3440134 . + 0 ID=cds-WP_003416149.1;Parent=gene-BQ2027_RS16025;Dbxref=GenBank:WP_003416149.1;Name=WP_003416149.1;Ontology_term=GO:0006729,GO:0008124;gbkey=CDS;go_function=4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity|0008124||IEA;go_process=tetrahydrobiopterin biosynthetic process|0006729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177926.1;locus_tag=BQ2027_RS16025;product=4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;protein_id=WP_003416149.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3440131 3440643 . + . ID=gene-BQ2027_RS16030;Name=moaC;gbkey=Gene;gene=moaC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16030;old_locus_tag=BQ2027_MB3138 +Chromosome Protein Homology CDS 3440131 3440643 . + 0 ID=cds-WP_003899917.1;Parent=gene-BQ2027_RS16030;Dbxref=GenBank:WP_003899917.1;Name=WP_003899917.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0061799;gbkey=CDS;gene=moaC;go_function=cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity|0061799||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177927.1;locus_tag=BQ2027_RS16030;product=cyclic pyranopterin monophosphate synthase MoaC;protein_id=WP_003899917.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3440660 3440911 . + . ID=gene-BQ2027_RS16035;Name=moaD;gbkey=Gene;gene=moaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16035;old_locus_tag=BQ2027_MB3139 +Chromosome Protein Homology CDS 3440660 3440911 . + 0 ID=cds-WP_003899918.1;Parent=gene-BQ2027_RS16035;Dbxref=GenBank:WP_003899918.1;Name=WP_003899918.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0003824;gbkey=CDS;gene=moaD;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177928.1;locus_tag=BQ2027_RS16035;product=molybdopterin converting factor subunit 1;protein_id=WP_003899918.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3441033 3441701 . + . ID=gene-BQ2027_RS16040;Name=BQ2027_RS16040;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16040;old_locus_tag=BQ2027_MB3140 +Chromosome Protein Homology CDS 3441033 3441701 . + 0 ID=cds-WP_010950829.1;Parent=gene-BQ2027_RS16040;Dbxref=GenBank:WP_010950829.1;Name=WP_010950829.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217629.1;locus_tag=BQ2027_RS16040;product=HAD family hydrolase;protein_id=WP_010950829.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3441718 3442248 . + . ID=gene-BQ2027_RS16045;Name=BQ2027_RS16045;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16045;old_locus_tag=BQ2027_MB3141 +Chromosome Protein Homology CDS 3441718 3442248 . + 0 ID=cds-WP_003901545.1;Parent=gene-BQ2027_RS16045;Dbxref=GenBank:WP_003901545.1;Name=WP_003901545.1;Ontology_term=GO:0009116,GO:0001882,GO:0008270,GO:0019239;gbkey=CDS;go_function=nucleoside binding|0001882||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA,deaminase activity|0019239||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217630.1;locus_tag=BQ2027_RS16045;product=nucleoside deaminase;protein_id=WP_003901545.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3442410 3443657 . + . ID=gene-BQ2027_RS16050;Name=BQ2027_RS16050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16050;old_locus_tag=BQ2027_MB3142 +Chromosome Protein Homology CDS 3442410 3443657 . + 0 ID=cds-WP_003904572.1-5;Parent=gene-BQ2027_RS16050;Dbxref=GenBank:WP_003904572.1;Name=WP_003904572.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215715.1;locus_tag=BQ2027_RS16050;product=IS256-like element IS1081 family transposase;protein_id=WP_003904572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3443735 3444904 . + . ID=gene-BQ2027_RS16055;Name=moeB;gbkey=Gene;gene=moeB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16055;old_locus_tag=BQ2027_MB3143 +Chromosome Protein Homology CDS 3443735 3444904 . + 0 ID=cds-WP_003899922.1;Parent=gene-BQ2027_RS16055;Dbxref=GenBank:WP_003899922.1;Name=WP_003899922.1;Ontology_term=GO:0008641;gbkey=CDS;gene=moeB;go_function=ubiquitin-like modifier activating enzyme activity|0008641||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177929.1;locus_tag=BQ2027_RS16055;product=molybdopterin-synthase adenylyltransferase MoeB;protein_id=WP_003899922.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3444933 3445697 . + . ID=gene-BQ2027_RS16060;Name=BQ2027_RS16060;end_range=3445697,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16060;old_locus_tag=BQ2027_MB3144;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3444933 3445697 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS16060;Parent=gene-BQ2027_RS16060;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0000098,GO:0016783;end_range=3445697,.;gbkey=CDS;go_function=sulfurtransferase activity|0016783||IEA;go_process=sulfur amino acid catabolic process|0000098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215330.1;locus_tag=BQ2027_RS16060;partial=true;product=sulfurtransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3445692 3445895 . + . ID=gene-BQ2027_RS16065;Name=BQ2027_RS16065;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16065;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3445692 +Chromosome Protein Homology CDS 3445692 3445895 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS16065;Parent=gene-BQ2027_RS16065;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217637.1;locus_tag=BQ2027_RS16065;partial=true;product=cytochrome P450 Cyp141;pseudo=true;start_range=.,3445692;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3445977 3446096 . - . ID=gene-BQ2027_RS16070;Name=BQ2027_RS16070;end_range=3446096,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16070;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3445977 3446096 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS16070;Parent=gene-BQ2027_RS16070;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=3446096,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011291581.1;locus_tag=BQ2027_RS16070;partial=true;product=IS200/IS605 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3446318 3446743 . + . ID=gene-BQ2027_RS16075;Name=BQ2027_RS16075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16075;old_locus_tag=BQ2027_MB3145 +Chromosome Protein Homology CDS 3446318 3446743 . + 0 ID=cds-WP_003910705.1;Parent=gene-BQ2027_RS16075;Dbxref=GenBank:WP_003910705.1;Name=WP_003910705.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF042840.4;locus_tag=BQ2027_RS16075;product=DUF6788 family protein;protein_id=WP_003910705.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3446753 3447247 . + . ID=gene-BQ2027_RS16080;Name=BQ2027_RS16080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16080;old_locus_tag=BQ2027_MB3146 +Chromosome Protein Homology CDS 3446753 3447247 . + 0 ID=cds-WP_003910706.1;Parent=gene-BQ2027_RS16080;Dbxref=GenBank:WP_003910706.1;Name=WP_003910706.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217639.1;locus_tag=BQ2027_RS16080;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003910706.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3447690 3448559 . + . ID=gene-BQ2027_RS16085;Name=moaR1;gbkey=Gene;gene=moaR1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16085;old_locus_tag=BQ2027_MB3147 +Chromosome Protein Homology CDS 3447690 3448559 . + 0 ID=cds-WP_003900636.1;Parent=gene-BQ2027_RS16085;Dbxref=GenBank:WP_003900636.1;Name=WP_003900636.1;gbkey=CDS;gene=moaR1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217640.1;locus_tag=BQ2027_RS16085;product=transcriptional regulator MoaR1;protein_id=WP_003900636.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3448660 3449835 . - . ID=gene-BQ2027_RS16090;Name=BQ2027_RS16090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16090;old_locus_tag=BQ2027_MB3148C +Chromosome Protein Homology CDS 3448660 3449835 . - 0 ID=cds-WP_010950832.1;Parent=gene-BQ2027_RS16090;Dbxref=GenBank:WP_010950832.1;Name=WP_010950832.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177932.1;locus_tag=BQ2027_RS16090;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950832.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3450331 3451365 . + . ID=gene-BQ2027_RS16095;Name=BQ2027_RS16095;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16095;old_locus_tag=BQ2027_MB3150 +Chromosome Protein Homology CDS 3450331 3451365 . + 0 ID=cds-WP_010950833.1;Parent=gene-BQ2027_RS16095;Dbxref=GenBank:WP_010950833.1;Name=WP_010950833.1;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217643.1;locus_tag=BQ2027_RS16095;product=Acg family FMN-binding oxidoreductase;protein_id=WP_010950833.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3451352 3451702 . - . ID=gene-BQ2027_RS16100;Name=BQ2027_RS16100;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16100;old_locus_tag=BQ2027_MB3151C +Chromosome Protein Homology CDS 3451352 3451702 . - 0 ID=cds-WP_003416355.1;Parent=gene-BQ2027_RS16100;Dbxref=GenBank:WP_003416355.1;Name=WP_003416355.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003416355.1;locus_tag=BQ2027_RS16100;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416355.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3451784 3452365 . - . ID=gene-BQ2027_RS16105;Name=BQ2027_RS16105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16105;old_locus_tag=BQ2027_MB3152C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 3451784 3452365 . - 0 ID=cds-WP_010950834.1;Parent=gene-BQ2027_RS16105;Dbxref=GenBank:WP_010950834.1;Name=WP_010950834.1;Ontology_term=GO:0006310,GO:0015074,GO:0032196,GO:0003677,GO:0005524,GO:0016893,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,obsolete endonuclease activity%2C active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 5'-phosphomonoesters|0016893||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=DNA recombination|0006310||IEA,DNA integration|0015074||IEA,transposition|0032196||IEA;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS16105;product=integrase catalytic domain-containing protein;protein_id=WP_010950834.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3452844 3453176 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16135;Name=BQ2027_RS16135;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16135;old_locus_tag=BQ2027_MB3158C +Chromosome Protein Homology CDS 3458127 3458933 . - 0 ID=cds-WP_003416373.1;Parent=gene-BQ2027_RS16135;Dbxref=GenBank:WP_003416373.1;Name=WP_003416373.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217650.1;locus_tag=BQ2027_RS16135;product=universal stress protein;protein_id=WP_003416373.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3459518 3460663 . + . ID=gene-BQ2027_RS16140;Name=BQ2027_RS16140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16140;old_locus_tag=BQ2027_MB3159 +Chromosome Protein Homology CDS 3459518 3460663 . + 0 ID=cds-WP_003416376.1;Parent=gene-BQ2027_RS16140;Dbxref=GenBank:WP_003416376.1;Name=WP_003416376.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003416381.1;locus_tag=BQ2027_RS16140;product=PPE family protein;protein_id=WP_003416376.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3461315 3462457 . + . ID=gene-BQ2027_RS16145;Name=BQ2027_RS16145;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16145;old_locus_tag=BQ2027_MB3160 +Chromosome Protein Homology CDS 3461315 3462457 . + 0 ID=cds-WP_003416381.1;Parent=gene-BQ2027_RS16145;Dbxref=GenBank:WP_003416381.1;Name=WP_003416381.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177935.1;locus_tag=BQ2027_RS16145;product=PPE family protein;protein_id=WP_003416381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3462466 3462798 . - . ID=gene-BQ2027_RS16150;Name=BQ2027_RS16150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16150;old_locus_tag=BQ2027_MB3160A +Chromosome Protein Homology CDS 3462466 3462798 . - 0 ID=cds-WP_003416383.1;Parent=gene-BQ2027_RS16150;Dbxref=GenBank:WP_003416383.1;Name=WP_003416383.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411850.1;locus_tag=BQ2027_RS16150;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416383.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3462914 3463696 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16195;Name=nuoA;gbkey=Gene;gene=nuoA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16195;old_locus_tag=BQ2027_MB3169 +Chromosome Protein Homology CDS 3471203 3471589 . + 0 ID=cds-WP_003416417.1;Parent=gene-BQ2027_RS16195;Dbxref=GenBank:WP_003416417.1;Name=WP_003416417.1;Ontology_term=GO:0008137;gbkey=CDS;gene=nuoA;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217661.1;locus_tag=BQ2027_RS16195;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit A;protein_id=WP_003416417.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3471598 3472152 . + . ID=gene-BQ2027_RS16200;Name=nuoB;gbkey=Gene;gene=nuoB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16200;old_locus_tag=BQ2027_MB3170 +Chromosome Protein Homology CDS 3471598 3472152 . + 0 ID=cds-WP_003416420.1;Parent=gene-BQ2027_RS16200;Dbxref=GenBank:WP_003416420.1;Name=WP_003416420.1;Ontology_term=GO:0008137,GO:0016655,GO:0048038,GO:0051539,GO:0005886,GO:0045271;gbkey=CDS;gene=nuoB;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,respiratory chain complex I|0045271||IEA;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on NAD(P)H%2C quinone or similar compound as acceptor|0016655||IEA,quinone binding|0048038||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003874821.1;locus_tag=BQ2027_RS16200;product=NuoB/complex I 20 kDa subunit family protein;protein_id=WP_003416420.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3472149 3472859 . + . ID=gene-BQ2027_RS16205;Name=nuoC;gbkey=Gene;gene=nuoC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16205;old_locus_tag=BQ2027_MB3171 +Chromosome Protein Homology CDS 3472149 3472859 . + 0 ID=cds-WP_003416425.1;Parent=gene-BQ2027_RS16205;Dbxref=GenBank:WP_003416425.1;Name=WP_003416425.1;Ontology_term=GO:0008137;gbkey=CDS;gene=nuoC;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217663.1;locus_tag=BQ2027_RS16205;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit C;protein_id=WP_003416425.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3472859 3474181 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16215;Name=nuoE;gbkey=Gene;gene=nuoE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16215;old_locus_tag=BQ2027_MB3173 +Chromosome Protein Homology CDS 3474178 3474936 . + 0 ID=cds-WP_003416434.1;Parent=gene-BQ2027_RS16215;Dbxref=GenBank:WP_003416434.1;Name=WP_003416434.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;gene=nuoE;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217665.1;locus_tag=BQ2027_RS16215;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoE;protein_id=WP_003416434.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3474933 3476270 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16245;Name=nuoK;gbkey=Gene;gene=nuoK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16245;old_locus_tag=BQ2027_MB3179 +Chromosome Protein Homology CDS 3481445 3481744 . + 0 ID=cds-WP_003416452.1;Parent=gene-BQ2027_RS16245;Dbxref=GenBank:WP_003416452.1;Name=WP_003416452.1;Ontology_term=GO:0042773,GO:0016651;gbkey=CDS;gene=nuoK;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on NAD(P)H|0016651||IEA;go_process=ATP synthesis coupled electron transport|0042773||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217671.1;locus_tag=BQ2027_RS16245;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoK;protein_id=WP_003416452.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3481755 3483656 . + . ID=gene-BQ2027_RS16250;Name=nuoL;gbkey=Gene;gene=nuoL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16250;old_locus_tag=BQ2027_MB3180 +Chromosome Protein Homology CDS 3481755 3483656 . + 0 ID=cds-WP_010950837.1;Parent=gene-BQ2027_RS16250;Dbxref=GenBank:WP_010950837.1;Name=WP_010950837.1;Ontology_term=GO:0042773,GO:0008137;gbkey=CDS;gene=nuoL;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;go_process=ATP synthesis coupled electron transport|0042773||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217672.1;locus_tag=BQ2027_RS16250;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit L;protein_id=WP_010950837.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3483653 3485314 . + . ID=gene-BQ2027_RS16255;Name=nuoM;gbkey=Gene;gene=nuoM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16255;old_locus_tag=BQ2027_MB3181 +Chromosome Protein Homology CDS 3483653 3485314 . + 0 ID=cds-WP_010950838.1;Parent=gene-BQ2027_RS16255;Dbxref=GenBank:WP_010950838.1;Name=WP_010950838.1;Ontology_term=GO:0042773,GO:0008137;gbkey=CDS;gene=nuoM;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;go_process=ATP synthesis coupled electron transport|0042773||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217673.1;locus_tag=BQ2027_RS16255;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit M;protein_id=WP_010950838.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3485311 3486906 . + . ID=gene-BQ2027_RS16260;Name=nuoN;gbkey=Gene;gene=nuoN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16260;old_locus_tag=BQ2027_MB3182 +Chromosome Protein Homology CDS 3485311 3486906 . + 0 ID=cds-WP_003900644.1;Parent=gene-BQ2027_RS16260;Dbxref=GenBank:WP_003900644.1;Name=WP_003900644.1;Ontology_term=GO:0042773,GO:0008137;gbkey=CDS;gene=nuoN;go_function=NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity|0008137||IEA;go_process=ATP synthesis coupled electron transport|0042773||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217674.1;locus_tag=BQ2027_RS16260;product=NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoN;protein_id=WP_003900644.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3486912 3488681 . - . ID=gene-BQ2027_RS16265;Name=BQ2027_RS16265;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16265;old_locus_tag=BQ2027_MB3183C +Chromosome Protein Homology CDS 3486912 3488681 . - 0 ID=cds-WP_010950839.1;Parent=gene-BQ2027_RS16265;Dbxref=GenBank:WP_010950839.1;Name=WP_010950839.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177937.1;locus_tag=BQ2027_RS16265;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950839.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3488929 3490827 . - . ID=gene-BQ2027_RS16270;Name=BQ2027_RS16270;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16270;old_locus_tag=BQ2027_MB3184C +Chromosome Protein Homology CDS 3488929 3490827 . - 0 ID=cds-WP_010950840.1;Parent=gene-BQ2027_RS16270;Dbxref=GenBank:WP_010950840.1;Name=WP_010950840.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177937.1;locus_tag=BQ2027_RS16270;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950840.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3491002 3491643 . - . ID=gene-BQ2027_RS16275;Name=BQ2027_RS16275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16275;old_locus_tag=BQ2027_MB3185C +Chromosome Protein Homology CDS 3491002 3491643 . - 0 ID=cds-WP_003416573.1;Parent=gene-BQ2027_RS16275;Dbxref=GenBank:WP_003416573.1;Name=WP_003416573.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217676.1;locus_tag=BQ2027_RS16275;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003416573.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3491654 3492802 . - . ID=gene-BQ2027_RS16280;Name=BQ2027_RS16280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16280;old_locus_tag=BQ2027_MB3186C +Chromosome Protein Homology CDS 3491654 3492802 . - 0 ID=cds-WP_003416576.1;Parent=gene-BQ2027_RS16280;Dbxref=GenBank:WP_003416576.1;Name=WP_003416576.1;Ontology_term=GO:0005506,GO:0016705,GO:0051537;gbkey=CDS;go_function=iron ion binding|0005506||IEA,oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen|0016705||IEA,2 iron%2C 2 sulfur cluster binding|0051537||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217677.1;locus_tag=BQ2027_RS16280;product=aromatic ring-hydroxylating oxygenase subunit alpha;protein_id=WP_003416576.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3492872 3493308 . - . ID=gene-BQ2027_RS16285;Name=BQ2027_RS16285;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16285;old_locus_tag=BQ2027_MB3187C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3492872 3493308 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS16285;Parent=gene-BQ2027_RS16285;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217678.1;locus_tag=BQ2027_RS16285;product=hypothetical protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3493305 3494576 . - . ID=gene-BQ2027_RS16290;Name=BQ2027_RS16290;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16290;old_locus_tag=BQ2027_MB3188C +Chromosome Protein Homology CDS 3493305 3494576 . - 0 ID=cds-WP_010950842.1;Parent=gene-BQ2027_RS16290;Dbxref=GenBank:WP_010950842.1;Name=WP_010950842.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217679.1;locus_tag=BQ2027_RS16290;product=DUF58 domain-containing protein;protein_id=WP_010950842.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3494606 3495568 . - . ID=gene-BQ2027_RS16295;Name=BQ2027_RS16295;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16295;old_locus_tag=BQ2027_MB3189C +Chromosome Protein Homology CDS 3494606 3495568 . - 0 ID=cds-WP_010950843.1;Parent=gene-BQ2027_RS16295;Dbxref=GenBank:WP_010950843.1;Name=WP_010950843.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217680.1;locus_tag=BQ2027_RS16295;product=AAA family ATPase;protein_id=WP_010950843.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3495576 3496058 . - . ID=gene-BQ2027_RS16300;Name=BQ2027_RS16300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16300;old_locus_tag=BQ2027_MB3190C +Chromosome Protein Homology CDS 3495576 3496058 . - 0 ID=cds-WP_003416593.1;Parent=gene-BQ2027_RS16300;Dbxref=GenBank:WP_003416593.1;Name=WP_003416593.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217681.1;locus_tag=BQ2027_RS16300;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416593.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3496055 3497014 . - . ID=gene-BQ2027_RS16305;Name=BQ2027_RS16305;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16305;old_locus_tag=BQ2027_MB3191C +Chromosome Protein Homology CDS 3496055 3497014 . - 0 ID=cds-WP_003900649.1;Parent=gene-BQ2027_RS16305;Dbxref=GenBank:WP_003900649.1;Name=WP_003900649.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217682.1;locus_tag=BQ2027_RS16305;product=DUF4129 domain-containing protein;protein_id=WP_003900649.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3497094 3497720 . - . ID=gene-BQ2027_RS16310;Name=BQ2027_RS16310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16310;old_locus_tag=BQ2027_MB3192C +Chromosome Protein Homology CDS 3497094 3497720 . - 0 ID=cds-WP_003416599.1;Parent=gene-BQ2027_RS16310;Dbxref=GenBank:WP_003416599.1;Name=WP_003416599.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217683.1;locus_tag=BQ2027_RS16310;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003416599.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3497765 3498901 . + . ID=gene-BQ2027_RS16315;Name=BQ2027_RS16315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16315;old_locus_tag=BQ2027_MB3193 +Chromosome Protein Homology CDS 3497765 3498901 . + 0 ID=cds-WP_010950844.1;Parent=gene-BQ2027_RS16315;Dbxref=GenBank:WP_010950844.1;Name=WP_010950844.1;Ontology_term=GO:0016310,GO:0005524,GO:0016301;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,kinase activity|0016301||IEA;go_process=phosphorylation|0016310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217684.1;locus_tag=BQ2027_RS16315;product=phosphotransferase family protein;protein_id=WP_010950844.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3498901 3500025 . + . ID=gene-BQ2027_RS16320;Name=BQ2027_RS16320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16320;old_locus_tag=BQ2027_MB3194 +Chromosome Protein Homology CDS 3498901 3500025 . + 0 ID=cds-WP_003416605.1;Parent=gene-BQ2027_RS16320;Dbxref=GenBank:WP_003416605.1;Name=WP_003416605.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217685.1;locus_tag=BQ2027_RS16320;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416605.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3500168 3501514 . + . ID=gene-BQ2027_RS16325;Name=aofH;gbkey=Gene;gene=aofH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16325;old_locus_tag=BQ2027_MB3195 +Chromosome Protein Homology CDS 3500168 3501514 . + 0 ID=cds-WP_003416607.1;Parent=gene-BQ2027_RS16325;Dbxref=GenBank:WP_003416607.1;Name=WP_003416607.1;Ontology_term=GO:0000166,GO:0016491;gbkey=CDS;gene=aofH;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217686.1;locus_tag=BQ2027_RS16325;product=flavin monoamine oxidase family protein;protein_id=WP_003416607.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3501509 3502480 . - . ID=gene-BQ2027_RS16330;Name=hpx;gbkey=Gene;gene=hpx;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16330;old_locus_tag=BQ2027_MB3196C +Chromosome Protein Homology CDS 3501509 3502480 . - 0 ID=cds-WP_031657302.1;Parent=gene-BQ2027_RS16330;Dbxref=GenBank:WP_031657302.1;Name=WP_031657302.1;gbkey=CDS;gene=hpx;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012393253.1;locus_tag=BQ2027_RS16330;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_031657302.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3502651 3502830 . - . ID=gene-BQ2027_RS16335;Name=BQ2027_RS16335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16335 +Chromosome Protein Homology CDS 3502651 3502830 . - 0 ID=cds-WP_003917749.1;Parent=gene-BQ2027_RS16335;Dbxref=GenBank:WP_003917749.1;Name=WP_003917749.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917749.1;locus_tag=BQ2027_RS16335;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917749.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3503106 3503708 . - . ID=gene-BQ2027_RS16340;Name=BQ2027_RS16340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16340;old_locus_tag=BQ2027_MB3198C +Chromosome Protein Homology CDS 3503106 3503708 . - 0 ID=cds-WP_003416617.1;Parent=gene-BQ2027_RS16340;Dbxref=GenBank:WP_003416617.1;Name=WP_003416617.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217689.1;locus_tag=BQ2027_RS16340;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003416617.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3503801 3504508 . + . ID=gene-BQ2027_RS16345;Name=BQ2027_RS16345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16345;old_locus_tag=BQ2027_MB3199 +Chromosome Protein Homology CDS 3503801 3504508 . + 0 ID=cds-WP_003416620.1;Parent=gene-BQ2027_RS16345;Dbxref=GenBank:WP_003416620.1;Name=WP_003416620.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217690.1;locus_tag=BQ2027_RS16345;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003416620.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3504523 3506010 . + . ID=gene-BQ2027_RS16350;Name=BQ2027_RS16350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16350;old_locus_tag=BQ2027_MB3200 +Chromosome Protein Homology CDS 3504523 3506010 . + 0 ID=cds-WP_003416624.1;Parent=gene-BQ2027_RS16350;Dbxref=GenBank:WP_003416624.1;Name=WP_003416624.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217691.1;locus_tag=BQ2027_RS16350;product=amidase;protein_id=WP_003416624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3506007 3506962 . - . ID=gene-BQ2027_RS16355;Name=mesT;gbkey=Gene;gene=mesT;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16355;old_locus_tag=BQ2027_MB3202C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3506007 3506962 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS16355;Parent=gene-BQ2027_RS16355;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=mesT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177938.1;locus_tag=BQ2027_RS16355;product=epoxide hydrolase MesT;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3507109 3507969 . + . ID=gene-BQ2027_RS16360;Name=BQ2027_RS16360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16360;old_locus_tag=BQ2027_MB3203 +Chromosome Protein Homology CDS 3507109 3507969 . + 0 ID=cds-WP_003416628.1;Parent=gene-BQ2027_RS16360;Dbxref=GenBank:WP_003416628.1;Name=WP_003416628.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217693.1;locus_tag=BQ2027_RS16360;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003416628.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3507944 3508459 . + . ID=gene-BQ2027_RS16365;Name=BQ2027_RS16365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16365;old_locus_tag=BQ2027_MB3204 +Chromosome Protein Homology CDS 3507944 3508459 . + 0 ID=cds-WP_003899950.1;Parent=gene-BQ2027_RS16365;Dbxref=GenBank:WP_003899950.1;Name=WP_003899950.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899950.1;locus_tag=BQ2027_RS16365;product=nitroreductase family deazaflavin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003899950.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3508463 3508686 . + . ID=gene-BQ2027_RS20525;Name=BQ2027_RS20525;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20525;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3508463 +Chromosome Protein Homology CDS 3508463 3508686 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20525;Parent=gene-BQ2027_RS20525;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011562696.1;locus_tag=BQ2027_RS20525;partial=true;product=(R)-hydratase;pseudo=true;start_range=.,3508463;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3508699 3508992 . + . ID=gene-BQ2027_RS16370;Name=BQ2027_RS16370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16370 +Chromosome Protein Homology CDS 3508699 3508992 . + 0 ID=cds-WP_003416635.1;Parent=gene-BQ2027_RS16370;Dbxref=GenBank:WP_003416635.1;Name=WP_003416635.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030043.1;locus_tag=BQ2027_RS16370;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416635.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3509280 3510569 . + . ID=gene-BQ2027_RS16375;Name=BQ2027_RS16375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16375;old_locus_tag=BQ2027_MB3205 +Chromosome Protein Homology CDS 3509280 3510569 . + 0 ID=cds-WP_003416640.1;Parent=gene-BQ2027_RS16375;Dbxref=GenBank:WP_003416640.1;Name=WP_003416640.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217695.1;locus_tag=BQ2027_RS16375;product=ATP-binding protein;protein_id=WP_003416640.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3510916 3511350 . - . ID=gene-BQ2027_RS16380;Name=BQ2027_RS16380;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16380;old_locus_tag=BQ2027_MB3206C +Chromosome Protein Homology CDS 3510916 3511350 . - 0 ID=cds-WP_003899952.1;Parent=gene-BQ2027_RS16380;Dbxref=GenBank:WP_003899952.1;Name=WP_003899952.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217696.1;locus_tag=BQ2027_RS16380;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003899952.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3511353 3511805 . - . ID=gene-BQ2027_RS16385;Name=BQ2027_RS16385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16385;old_locus_tag=BQ2027_MB3207C +Chromosome Protein Homology CDS 3511353 3511805 . - 0 ID=cds-WP_003899953.1;Parent=gene-BQ2027_RS16385;Dbxref=GenBank:WP_003899953.1;Name=WP_003899953.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217697.1;locus_tag=BQ2027_RS16385;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003899953.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3512036 3512380 . + . ID=gene-BQ2027_RS16390;Name=BQ2027_RS16390;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16390;old_locus_tag=BQ2027_MB3208 +Chromosome Protein Homology CDS 3512036 3512380 . + 0 ID=cds-WP_003899954.1;Parent=gene-BQ2027_RS16390;Dbxref=GenBank:WP_003899954.1;Name=WP_003899954.1;Ontology_term=GO:0004519,GO:0090729,GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;go_function=endonuclease activity|0004519||IEA,toxin activity|0090729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217698.1;locus_tag=BQ2027_RS16390;product=type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin;protein_id=WP_003899954.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3512377 3512706 . + . ID=gene-BQ2027_RS16395;Name=BQ2027_RS16395;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16395;old_locus_tag=BQ2027_MB3209 +Chromosome Protein Homology CDS 3512377 3512706 . + 0 ID=cds-WP_003899955.1;Parent=gene-BQ2027_RS16395;Dbxref=GenBank:WP_003899955.1;Name=WP_003899955.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217699.1;locus_tag=BQ2027_RS16395;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003899955.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3513244 3513591 . + . ID=gene-BQ2027_RS16400;Name=BQ2027_RS16400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16400;old_locus_tag=BQ2027_MB3210 +Chromosome Protein Homology CDS 3513244 3513591 . + 0 ID=cds-WP_003899956.1;Parent=gene-BQ2027_RS16400;Dbxref=GenBank:WP_003899956.1;Name=WP_003899956.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217704.1;locus_tag=BQ2027_RS16400;product=antitoxin Xre/MbcA/ParS toxin-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003899956.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3513588 3514208 . + . ID=gene-BQ2027_RS16405;Name=BQ2027_RS16405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16405;old_locus_tag=BQ2027_MB3211 +Chromosome Protein Homology CDS 3513588 3514208 . + 0 ID=cds-WP_003899957.1;Parent=gene-BQ2027_RS16405;Dbxref=GenBank:WP_003899957.1;Name=WP_003899957.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217705.1;locus_tag=BQ2027_RS16405;product=RES family NAD+ phosphorylase;protein_id=WP_003899957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3514368 3515633 . - . ID=gene-BQ2027_RS16410;Name=BQ2027_RS16410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16410;old_locus_tag=BQ2027_MB3212C +Chromosome Protein Homology CDS 3514368 3515633 . - 0 ID=cds-WP_003909837.1;Parent=gene-BQ2027_RS16410;Dbxref=GenBank:WP_003909837.1;Name=WP_003909837.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217706.1;locus_tag=BQ2027_RS16410;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003909837.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3515801 3516010 . + . ID=gene-BQ2027_RS16415;Name=BQ2027_RS16415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16415;old_locus_tag=BQ2027_MB3212A +Chromosome Protein Homology CDS 3515801 3516010 . + 0 ID=cds-WP_003416778.1;Parent=gene-BQ2027_RS16415;Dbxref=GenBank:WP_003416778.1;Name=WP_003416778.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007411905.1;locus_tag=BQ2027_RS16415;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416778.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3516045 3516230 . + . ID=gene-BQ2027_RS20875;Name=BQ2027_RS20875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20875 +Chromosome Protein Homology CDS 3516045 3516230 . + 0 ID=cds-WP_003908177.1;Parent=gene-BQ2027_RS20875;Dbxref=GenBank:WP_003908177.1;Name=WP_003908177.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003908177.1;locus_tag=BQ2027_RS20875;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908177.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3516257 3517513 . - . ID=gene-BQ2027_RS16420;Name=BQ2027_RS16420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16420;old_locus_tag=BQ2027_IS1603%2CBQ2027_MB3213C +Chromosome Protein Homology CDS 3516257 3517513 . - 0 ID=cds-WP_003899959.1;Parent=gene-BQ2027_RS16420;Dbxref=GenBank:WP_003899959.1;Name=WP_003899959.1;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899959.1;locus_tag=BQ2027_RS16420;product=IS30 family transposase;protein_id=WP_003899959.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3517575 3517799 . - . ID=gene-BQ2027_RS16425;Name=BQ2027_RS16425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16425 +Chromosome Protein Homology CDS 3517575 3517799 . - 0 ID=cds-WP_003416790.1;Parent=gene-BQ2027_RS16425;Dbxref=GenBank:WP_003416790.1;Name=WP_003416790.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003909838.1;locus_tag=BQ2027_RS16425;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416790.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3518313 3518389 . - . ID=gene-BQ2027_RS16430;Name=BQ2027_RS16430;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS16430;old_locus_tag=BQ2027_METU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 3518313 3518389 . - . ID=rna-BQ2027_RS16430;Parent=gene-BQ2027_RS16430;anticodon=(pos:complement(3518353..3518355));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS16430;product=tRNA-Met +Chromosome tRNAscan-SE exon 3518313 3518389 . - . ID=exon-BQ2027_RS16430-1;Parent=rna-BQ2027_RS16430;anticodon=(pos:complement(3518353..3518355));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS16430;product=tRNA-Met +Chromosome RefSeq gene 3518506 3518970 . + . ID=gene-BQ2027_RS16435;Name=BQ2027_RS16435;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16435;old_locus_tag=BQ2027_MB3214 +Chromosome Protein Homology CDS 3518506 3518970 . + 0 ID=cds-WP_003913440.1;Parent=gene-BQ2027_RS16435;Dbxref=GenBank:WP_003913440.1;Name=WP_003913440.1;Ontology_term=GO:0016705;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on paired donors%2C with incorporation or reduction of molecular oxygen|0016705||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012517.6;locus_tag=BQ2027_RS16435;product=LLM class flavin-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003913440.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3519140 3522118 . - . ID=gene-BQ2027_RS16440;Name=BQ2027_RS16440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16440;old_locus_tag=BQ2027_MB3215C +Chromosome Protein Homology CDS 3519140 3522118 . - 0 ID=cds-WP_003416795.1;Parent=gene-BQ2027_RS16440;Dbxref=GenBank:WP_003416795.1;Name=WP_003416795.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217709.1;locus_tag=BQ2027_RS16440;product=UPF0182 family protein;protein_id=WP_003416795.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3522210 3523232 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16465;Name=BQ2027_RS16465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16465;old_locus_tag=BQ2027_MB3220 +Chromosome Protein Homology CDS 3525980 3527323 . + 0 ID=cds-WP_003416815.1;Parent=gene-BQ2027_RS16465;Dbxref=GenBank:WP_003416815.1;Name=WP_003416815.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217713.1;locus_tag=BQ2027_RS16465;product=macrolide-binding ATPase MABP-1;protein_id=WP_003416815.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3527357 3527635 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16520;Name=BQ2027_RS16520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16520;old_locus_tag=BQ2027_MB3230C +Chromosome Protein Homology CDS 3540582 3541436 . - 0 ID=cds-WP_003416850.1;Parent=gene-BQ2027_RS16520;Dbxref=GenBank:WP_003416850.1;Name=WP_003416850.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014712234.1;locus_tag=BQ2027_RS16520;product=TIGR02569 family protein;protein_id=WP_003416850.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3541487 3542662 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16530;Name=BQ2027_RS16530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16530;old_locus_tag=BQ2027_MB3232C +Chromosome Protein Homology CDS 3542753 3543781 . - 0 ID=cds-WP_043856433.1;Parent=gene-BQ2027_RS16530;Dbxref=GenBank:WP_043856433.1;Name=WP_043856433.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899970.1;locus_tag=BQ2027_RS16530;product=DUF3152 domain-containing protein;protein_id=WP_043856433.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3543956 3544642 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16540;Name=BQ2027_RS16540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16540;old_locus_tag=BQ2027_MB3234C +Chromosome Protein Homology CDS 3544629 3544901 . - 0 ID=cds-WP_003416863.1;Parent=gene-BQ2027_RS16540;Dbxref=GenBank:WP_003416863.1;Name=WP_003416863.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177943.1;locus_tag=BQ2027_RS16540;product=DUF3107 domain-containing protein;protein_id=WP_003416863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3545226 3545786 . + . ID=gene-BQ2027_RS16545;Name=BQ2027_RS16545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16545;old_locus_tag=BQ2027_MB3235 +Chromosome Protein Homology CDS 3545226 3545786 . + 0 ID=cds-WP_003416868.1;Parent=gene-BQ2027_RS16545;Dbxref=GenBank:WP_003416868.1;Name=WP_003416868.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217725.1;locus_tag=BQ2027_RS16545;product=MmpS family transport accessory protein;protein_id=WP_003416868.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3545796 3546491 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16555;Name=rhlE;gbkey=Gene;gene=rhlE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16555;old_locus_tag=BQ2027_MB3237 +Chromosome Protein Homology CDS 3546750 3548333 . + 0 ID=cds-WP_010950850.1;Parent=gene-BQ2027_RS16555;Dbxref=GenBank:WP_010950850.1;Name=WP_010950850.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=rhlE;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217727.1;locus_tag=BQ2027_RS16555;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_010950850.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3548346 3549569 . + . ID=gene-BQ2027_RS16560;Name=BQ2027_RS16560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16560;old_locus_tag=BQ2027_MB3238 +Chromosome Protein Homology CDS 3548346 3549569 . + 0 ID=cds-WP_010950851.1;Parent=gene-BQ2027_RS16560;Dbxref=GenBank:WP_010950851.1;Name=WP_010950851.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217728.1;locus_tag=BQ2027_RS16560;product=Rv3212 family protein;protein_id=WP_010950851.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3549645 3550445 . - . ID=gene-BQ2027_RS16565;Name=BQ2027_RS16565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16565;old_locus_tag=BQ2027_MB3239C +Chromosome Protein Homology CDS 3549645 3550445 . - 0 ID=cds-WP_003901572.1;Parent=gene-BQ2027_RS16565;Dbxref=GenBank:WP_003901572.1;Name=WP_003901572.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217729.1;locus_tag=BQ2027_RS16565;product=ParA family protein;protein_id=WP_003901572.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3550599 3551210 . + . ID=gene-BQ2027_RS16570;Name=BQ2027_RS16570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16570;old_locus_tag=BQ2027_MB3240 +Chromosome Protein Homology CDS 3550599 3551210 . + 0 ID=cds-WP_003416878.1;Parent=gene-BQ2027_RS16570;Dbxref=GenBank:WP_003416878.1;Name=WP_003416878.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177944.1;locus_tag=BQ2027_RS16570;product=acid phosphatase;protein_id=WP_003416878.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3551207 3552325 . + . ID=gene-BQ2027_RS16575;Name=entC;gbkey=Gene;gene=entC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16575;old_locus_tag=BQ2027_MB3241 +Chromosome Protein Homology CDS 3551207 3552325 . + 0 ID=cds-WP_003416879.1;Parent=gene-BQ2027_RS16575;Dbxref=GenBank:WP_003416879.1;Name=WP_003416879.1;Ontology_term=GO:0008909;gbkey=CDS;gene=entC;go_function=isochorismate synthase activity|0008909||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217731.1;locus_tag=BQ2027_RS16575;product=isochorismate synthase;protein_id=WP_003416879.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3552322 3552805 . + . ID=gene-BQ2027_RS16580;Name=BQ2027_RS16580;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS16580;old_locus_tag=BQ2027_MB3242;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3552322 3552805 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS16580;Parent=gene-BQ2027_RS16580;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011725920.1;locus_tag=BQ2027_RS16580;product=N-acetyltransferase family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3552757 3553188 . - . ID=gene-BQ2027_RS16585;Name=BQ2027_RS16585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16585;old_locus_tag=BQ2027_MB3243C +Chromosome Protein Homology CDS 3552757 3553188 . - 0 ID=cds-WP_003416881.1;Parent=gene-BQ2027_RS16585;Dbxref=GenBank:WP_003416881.1;Name=WP_003416881.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217733.1;locus_tag=BQ2027_RS16585;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416881.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3553477 3554442 . + . ID=gene-BQ2027_RS16590;Name=BQ2027_RS16590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16590;old_locus_tag=BQ2027_MB3244 +Chromosome Protein Homology CDS 3553477 3554442 . + 0 ID=cds-WP_003416883.1;Parent=gene-BQ2027_RS16590;Dbxref=GenBank:WP_003416883.1;Name=WP_003416883.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0016310,GO:0001727,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=lipid kinase activity|0001727||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA,phosphorylation|0016310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217734.1;locus_tag=BQ2027_RS16590;product=diacylglycerol/lipid kinase family protein;protein_id=WP_003416883.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3554722 3554976 . + . ID=gene-BQ2027_RS16595;Name=whiB1;gbkey=Gene;gene=whiB1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16595;old_locus_tag=BQ2027_MB3245 +Chromosome Protein Homology CDS 3554722 3554976 . + 0 ID=cds-WP_003416884.1;Parent=gene-BQ2027_RS16595;Dbxref=GenBank:WP_003416884.1;Name=WP_003416884.1;gbkey=CDS;gene=whiB1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003416884.1;locus_tag=BQ2027_RS16595;product=transcriptional regulator WhiB1;protein_id=WP_003416884.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3555038 3556543 . - . ID=gene-BQ2027_RS16600;Name=BQ2027_RS16600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16600;old_locus_tag=BQ2027_MB3246C +Chromosome Protein Homology CDS 3555038 3556543 . - 0 ID=cds-WP_010950852.1;Parent=gene-BQ2027_RS16600;Dbxref=GenBank:WP_010950852.1;Name=WP_010950852.1;Ontology_term=GO:0007165,GO:0000155,GO:0004673,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=phosphorelay sensor kinase activity|0000155||IEA,protein histidine kinase activity|0004673||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=signal transduction|0007165||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217736.1;locus_tag=BQ2027_RS16600;product=sensor histidine kinase;protein_id=WP_010950852.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3556560 3556775 . - . ID=gene-BQ2027_RS16605;Name=BQ2027_RS16605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16605;old_locus_tag=BQ2027_MB3247C +Chromosome Protein Homology CDS 3556560 3556775 . - 0 ID=cds-WP_003416887.1;Parent=gene-BQ2027_RS16605;Dbxref=GenBank:WP_003416887.1;Name=WP_003416887.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217737.1;locus_tag=BQ2027_RS16605;product=biotin/lipoyl-binding carrier protein;protein_id=WP_003416887.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3556976 3557050 . + . ID=gene-BQ2027_RS21055;Name=BQ2027_RS21055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21055 +Chromosome Protein Homology CDS 3556976 3557050 . + 0 ID=cds-WP_003416889.1;Parent=gene-BQ2027_RS21055;Dbxref=GenBank:WP_003416889.1;Name=WP_003416889.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_149429506.1;locus_tag=BQ2027_RS21055;product=50S ribosomal protein bL37;protein_id=WP_003416889.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3557060 3557365 . - . ID=gene-BQ2027_RS16610;Name=rsrA;gbkey=Gene;gene=rsrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16610;old_locus_tag=BQ2027_MB3248C +Chromosome Protein Homology CDS 3557060 3557365 . - 0 ID=cds-WP_003416891.1;Parent=gene-BQ2027_RS16610;Dbxref=GenBank:WP_003416891.1;Name=WP_003416891.1;Ontology_term=GO:0045454,GO:0016989;gbkey=CDS;gene=rsrA;go_function=sigma factor antagonist activity|0016989||IEA;go_process=cell redox homeostasis|0045454||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177945.1;locus_tag=BQ2027_RS16610;product=mycothiol system anti-sigma-R factor;protein_id=WP_003416891.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3557362 3557913 . - . ID=gene-BQ2027_RS16615;Name=BQ2027_RS16615;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16615;old_locus_tag=BQ2027_MB3249C +Chromosome Protein Homology CDS 3557362 3557913 . - 0 ID=cds-WP_003899976.1;Parent=gene-BQ2027_RS16615;Dbxref=GenBank:WP_003899976.1;Name=WP_003899976.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217738.1;locus_tag=BQ2027_RS16615;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899976.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3557910 3558560 . - . ID=gene-BQ2027_RS16620;Name=sigH;gbkey=Gene;gene=sigH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16620;old_locus_tag=BQ2027_MB3250C +Chromosome Protein Homology CDS 3557910 3558560 . - 0 ID=cds-WP_003416897.1;Parent=gene-BQ2027_RS16620;Dbxref=GenBank:WP_003416897.1;Name=WP_003416897.1;gbkey=CDS;gene=sigH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217739.1;locus_tag=BQ2027_RS16620;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigH;protein_id=WP_003416897.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3558860 3559708 . + . ID=gene-BQ2027_RS16625;Name=BQ2027_RS16625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16625;old_locus_tag=BQ2027_MB3251 +Chromosome Protein Homology CDS 3558860 3559708 . + 0 ID=cds-WP_003416899.1;Parent=gene-BQ2027_RS16625;Dbxref=GenBank:WP_003416899.1;Name=WP_003416899.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217740.1;locus_tag=BQ2027_RS16625;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003416899.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3559644 3559832 . + . ID=gene-BQ2027_RS20885;Name=BQ2027_RS20885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20885 +Chromosome Protein Homology CDS 3559644 3559832 . + 0 ID=cds-WP_003416901.1;Parent=gene-BQ2027_RS20885;Dbxref=GenBank:WP_003416901.1;Name=WP_003416901.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015294273.1;locus_tag=BQ2027_RS20885;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003416901.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3559810 3560028 . + . ID=gene-BQ2027_RS16630;Name=BQ2027_RS16630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16630;old_locus_tag=BQ2027_MB3253 +Chromosome Protein Homology CDS 3559810 3560028 . + 0 ID=cds-WP_003416902.1;Parent=gene-BQ2027_RS16630;Dbxref=GenBank:WP_003416902.1;Name=WP_003416902.1;Ontology_term=GO:0002161;gbkey=CDS;go_function=aminoacyl-tRNA deacylase activity|0002161||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003416902.1;locus_tag=BQ2027_RS16630;product=YbaK/EbsC family protein;protein_id=WP_003416902.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3560025 3561449 . - . ID=gene-BQ2027_RS16635;Name=BQ2027_RS16635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16635;old_locus_tag=BQ2027_MB3254C +Chromosome Protein Homology CDS 3560025 3561449 . - 0 ID=cds-WP_003416904.1;Parent=gene-BQ2027_RS16635;Dbxref=GenBank:WP_003416904.1;Name=WP_003416904.1;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217742.1;locus_tag=BQ2027_RS16635;product=GNAT family N-acetyltransferase;protein_id=WP_003416904.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3561573 3562331 . - . ID=gene-BQ2027_RS16640;Name=BQ2027_RS16640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16640;old_locus_tag=BQ2027_MB3255C +Chromosome Protein Homology CDS 3561573 3562331 . - 0 ID=cds-WP_003416907.1;Parent=gene-BQ2027_RS16640;Dbxref=GenBank:WP_003416907.1;Name=WP_003416907.1;Ontology_term=GO:0009432,GO:0003697,GO:0008233;gbkey=CDS;go_function=single-stranded DNA binding|0003697||IEA,peptidase activity|0008233||IEA;go_process=SOS response|0009432||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217743.1;locus_tag=BQ2027_RS16640;product=SOS response-associated peptidase;protein_id=WP_003416907.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3562386 3563738 . + . ID=gene-BQ2027_RS16645;Name=aroA;gbkey=Gene;gene=aroA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16645;old_locus_tag=BQ2027_MB3256 +Chromosome Protein Homology CDS 3562386 3563738 . + 0 ID=cds-WP_010950853.1;Parent=gene-BQ2027_RS16645;Dbxref=GenBank:WP_010950853.1;Name=WP_010950853.1;Ontology_term=GO:0009073,GO:0003866;gbkey=CDS;gene=aroA;go_function=3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity|0003866||IEA;go_process=aromatic amino acid family biosynthetic process|0009073||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217744.1;locus_tag=BQ2027_RS16645;product=3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase;protein_id=WP_010950853.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3563735 3564727 . + . ID=gene-BQ2027_RS16650;Name=rsgA;gbkey=Gene;gene=rsgA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16650;old_locus_tag=BQ2027_MB3257 +Chromosome Protein Homology CDS 3563735 3564727 . + 0 ID=cds-WP_003416916.1;Parent=gene-BQ2027_RS16650;Dbxref=GenBank:WP_003416916.1;Name=WP_003416916.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003924,GO:0005525,GO:0043022;gbkey=CDS;gene=rsgA;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA,ribosome binding|0043022||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217745.1;locus_tag=BQ2027_RS16650;product=ribosome small subunit-dependent GTPase A;protein_id=WP_003416916.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3564760 3566043 . - . ID=gene-BQ2027_RS16655;Name=desA3;gbkey=Gene;gene=desA3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16655;old_locus_tag=BQ2027_MB3258C +Chromosome Protein Homology CDS 3564760 3566043 . - 0 ID=cds-WP_003416919.1;Parent=gene-BQ2027_RS16655;Dbxref=GenBank:WP_003416919.1;Name=WP_003416919.1;gbkey=CDS;gene=desA3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177948.1;locus_tag=BQ2027_RS16655;product=NADPH-dependent stearoyl-CoA 9-desaturase;protein_id=WP_003416919.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3566121 3567263 . - . ID=gene-BQ2027_RS16660;Name=BQ2027_RS16660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16660;old_locus_tag=BQ2027_MB3259C +Chromosome Protein Homology CDS 3566121 3567263 . - 0 ID=cds-WP_010950854.1;Parent=gene-BQ2027_RS16660;Dbxref=GenBank:WP_010950854.1;Name=WP_010950854.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217747.1;locus_tag=BQ2027_RS16660;product=NADPH oxidoreductase;protein_id=WP_010950854.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3567373 3567882 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16670;Name=ppk2;gbkey=Gene;gene=ppk2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16670;old_locus_tag=BQ2027_MB3261C +Chromosome Protein Homology CDS 3567879 3568745 . - 0 ID=cds-WP_009938021.1;Parent=gene-BQ2027_RS16670;Dbxref=GenBank:WP_009938021.1;Name=WP_009938021.1;Ontology_term=GO:0006793,GO:0008976;gbkey=CDS;gene=ppk2;go_function=polyphosphate kinase activity|0008976||IEA;go_process=phosphorus metabolic process|0006793||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_020788356.1;locus_tag=BQ2027_RS16670;product=polyphosphate kinase 2;protein_id=WP_009938021.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3568790 3570199 . - . ID=gene-BQ2027_RS16675;Name=BQ2027_RS16675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16675;old_locus_tag=BQ2027_MB3262C +Chromosome Protein Homology CDS 3568790 3570199 . - 0 ID=cds-WP_003416930.1;Parent=gene-BQ2027_RS16675;Dbxref=GenBank:WP_003416930.1;Name=WP_003416930.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014001636.1;locus_tag=BQ2027_RS16675;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003416930.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3570400 3570951 . + . ID=gene-BQ2027_RS16680;Name=BQ2027_RS16680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16680;old_locus_tag=BQ2027_MB3263 +Chromosome Protein Homology CDS 3570400 3570951 . + 0 ID=cds-WP_003912151.1;Parent=gene-BQ2027_RS16680;Dbxref=GenBank:WP_003912151.1;Name=WP_003912151.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015291303.1;locus_tag=BQ2027_RS16680;product=Rv3235 family protein;protein_id=WP_003912151.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3570969 3572126 . - . ID=gene-BQ2027_RS16685;Name=BQ2027_RS16685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16685;old_locus_tag=BQ2027_MB3264C +Chromosome Protein Homology CDS 3570969 3572126 . - 0 ID=cds-WP_003416933.1;Parent=gene-BQ2027_RS16685;Dbxref=GenBank:WP_003416933.1;Name=WP_003416933.1;Ontology_term=GO:0006812,GO:1902600,GO:0015078,GO:0015297,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=proton transmembrane transporter activity|0015078||IEA,antiporter activity|0015297||IEA;go_process=monoatomic cation transport|0006812||IEA,proton transmembrane transport|1902600||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177949.1;locus_tag=BQ2027_RS16685;product=cation:proton antiporter;protein_id=WP_003416933.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3572131 3572613 . - . ID=gene-BQ2027_RS16690;Name=BQ2027_RS16690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16690;old_locus_tag=BQ2027_MB3265C +Chromosome Protein Homology CDS 3572131 3572613 . - 0 ID=cds-WP_003899982.1;Parent=gene-BQ2027_RS16690;Dbxref=GenBank:WP_003899982.1;Name=WP_003899982.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217754.1;locus_tag=BQ2027_RS16690;product=cation:proton antiporter regulatory subunit;protein_id=WP_003899982.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3572674 3573408 . - . ID=gene-BQ2027_RS16695;Name=mddA;gbkey=Gene;gene=mddA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16695;old_locus_tag=BQ2027_MB3266C +Chromosome Protein Homology CDS 3572674 3573408 . - 0 ID=cds-WP_003416945.1;Parent=gene-BQ2027_RS16695;Dbxref=GenBank:WP_003416945.1;Name=WP_003416945.1;Ontology_term=GO:0008168;gbkey=CDS;gene=mddA;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217755.1;locus_tag=BQ2027_RS16695;product=methanethiol S-methyltransferase;protein_id=WP_003416945.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3573467 3576613 . - . ID=gene-BQ2027_RS16700;Name=BQ2027_RS16700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16700;old_locus_tag=BQ2027_MB3267C +Chromosome Protein Homology CDS 3573467 3576613 . - 0 ID=cds-WP_010950855.1;Parent=gene-BQ2027_RS16700;Dbxref=GenBank:WP_010950855.1;Name=WP_010950855.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217756.1;locus_tag=BQ2027_RS16700;product=MFS transporter;protein_id=WP_010950855.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3576692 3579541 . - . ID=gene-BQ2027_RS16705;Name=secA;gbkey=Gene;gene=secA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16705;old_locus_tag=BQ2027_MB3268C +Chromosome Protein Homology CDS 3576692 3579541 . - 0 ID=cds-WP_003901576.1;Parent=gene-BQ2027_RS16705;Dbxref=GenBank:WP_003901576.1;Name=WP_003901576.1;Ontology_term=GO:0006605,GO:0006886,GO:0017038,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=secA;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=protein targeting|0006605||IEA,intracellular protein transport|0006886||IEA,protein import|0017038||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177950.1;locus_tag=BQ2027_RS16705;product=preprotein translocase subunit SecA;protein_id=WP_003901576.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3579620 3580264 . - . ID=gene-BQ2027_RS16710;Name=hpf;gbkey=Gene;gene=hpf;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16710;old_locus_tag=BQ2027_MB3269C +Chromosome Protein Homology CDS 3579620 3580264 . - 0 ID=cds-WP_003416957.1;Parent=gene-BQ2027_RS16710;Dbxref=GenBank:WP_003416957.1;Name=WP_003416957.1;Ontology_term=GO:0045182,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=hpf;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=translation regulator activity|0045182||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217758.3;locus_tag=BQ2027_RS16710;product=ribosome hibernation-promoting factor%2C HPF/YfiA family;protein_id=WP_003416957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3580580 3581221 . - . ID=gene-BQ2027_RS16715;Name=BQ2027_RS16715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16715;old_locus_tag=BQ2027_MB3270C +Chromosome Protein Homology CDS 3580580 3581221 . - 0 ID=cds-WP_003416963.1;Parent=gene-BQ2027_RS16715;Dbxref=GenBank:WP_003416963.1;Name=WP_003416963.1;Ontology_term=GO:0030420;gbkey=CDS;go_process=establishment of competence for transformation|0030420||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217759.1;locus_tag=BQ2027_RS16715;product=ComF family protein;protein_id=WP_003416963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3581259 3582101 . - . ID=gene-BQ2027_RS16720;Name=BQ2027_RS16720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16720;old_locus_tag=BQ2027_MB3271C +Chromosome Protein Homology CDS 3581259 3582101 . - 0 ID=cds-WP_003416966.1;Parent=gene-BQ2027_RS16720;Dbxref=GenBank:WP_003416966.1;Name=WP_003416966.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217760.1;locus_tag=BQ2027_RS16720;product=LmeA family phospholipid-binding protein;protein_id=WP_003416966.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3582169 3583920 . - . ID=gene-BQ2027_RS16725;Name=lpqB;gbkey=Gene;gene=lpqB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16725;old_locus_tag=BQ2027_MB3272C +Chromosome Protein Homology CDS 3582169 3583920 . - 0 ID=cds-WP_010950856.1;Parent=gene-BQ2027_RS16725;Dbxref=GenBank:WP_010950856.1;Name=WP_010950856.1;gbkey=CDS;gene=lpqB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217761.1;locus_tag=BQ2027_RS16725;product=MtrAB system accessory lipoprotein LpqB;protein_id=WP_010950856.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3583920 3585623 . - . ID=gene-BQ2027_RS16730;Name=mtrB;gbkey=Gene;gene=mtrB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16730;old_locus_tag=BQ2027_MB3273C +Chromosome Protein Homology CDS 3583920 3585623 . - 0 ID=cds-WP_003416988.1;Parent=gene-BQ2027_RS16730;Dbxref=GenBank:WP_003416988.1;Name=WP_003416988.1;gbkey=CDS;gene=mtrB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217762.1;locus_tag=BQ2027_RS16730;product=two-component system sensor histidine kinase MtrB;protein_id=WP_003416988.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3585673 3586359 . - . ID=gene-BQ2027_RS16735;Name=mtrA;gbkey=Gene;gene=mtrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16735;old_locus_tag=BQ2027_MB3274C +Chromosome Protein Homology CDS 3585673 3586359 . - 0 ID=cds-WP_003899985.1;Parent=gene-BQ2027_RS16735;Dbxref=GenBank:WP_003899985.1;Name=WP_003899985.1;gbkey=CDS;gene=mtrA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217763.1;locus_tag=BQ2027_RS16735;product=two-component system response regulator MtrA;protein_id=WP_003899985.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3586429 3587079 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16745;Name=ahcY;gbkey=Gene;gene=ahcY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16745;old_locus_tag=BQ2027_MB3276C +Chromosome Protein Homology CDS 3587170 3588657 . - 0 ID=cds-WP_010950857.1;Parent=gene-BQ2027_RS16745;Dbxref=GenBank:WP_010950857.1;Name=WP_010950857.1;Ontology_term=GO:0006730,GO:0004013;gbkey=CDS;gene=ahcY;go_function=adenosylhomocysteinase activity|0004013||IEA;go_process=one-carbon metabolic process|0006730||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217765.1;locus_tag=BQ2027_RS16745;product=adenosylhomocysteinase;protein_id=WP_010950857.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3588762 3589397 . - . ID=gene-BQ2027_RS16750;Name=alkX;gbkey=Gene;gene=alkX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16750;old_locus_tag=BQ2027_MB3277C +Chromosome Protein Homology CDS 3588762 3589397 . - 0 ID=cds-WP_003417042.1;Parent=gene-BQ2027_RS16750;Dbxref=GenBank:WP_003417042.1;Name=WP_003417042.1;gbkey=CDS;gene=alkX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217766.1;locus_tag=BQ2027_RS16750;product=TetR family transcriptional regulator AlkX;protein_id=WP_003417042.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3589394 3589576 . - . ID=gene-BQ2027_RS16755;Name=rubB;gbkey=Gene;gene=rubB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16755;old_locus_tag=BQ2027_MB3278C +Chromosome Protein Homology CDS 3589394 3589576 . - 0 ID=cds-WP_003417044.1;Parent=gene-BQ2027_RS16755;Dbxref=GenBank:WP_003417044.1;Name=WP_003417044.1;gbkey=CDS;gene=rubB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217767.1;locus_tag=BQ2027_RS16755;product=rubredoxin RubB;protein_id=WP_003417044.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3589581 3589748 . - . ID=gene-BQ2027_RS16760;Name=rubA;gbkey=Gene;gene=rubA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16760;old_locus_tag=BQ2027_MB3279C +Chromosome Protein Homology CDS 3589581 3589748 . - 0 ID=cds-WP_003417045.1;Parent=gene-BQ2027_RS16760;Dbxref=GenBank:WP_003417045.1;Name=WP_003417045.1;Ontology_term=GO:0043448,GO:0005506,GO:0009055;gbkey=CDS;gene=rubA;go_function=iron ion binding|0005506||IEA,electron transfer activity|0009055||IEA;go_process=alkane catabolic process|0043448||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217768.1;locus_tag=BQ2027_RS16760;product=rubredoxin;protein_id=WP_003417045.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3589748 3590998 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16770;Name=BQ2027_RS16770;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16770;old_locus_tag=BQ2027_MB3281C +Chromosome Protein Homology CDS 3591107 3592594 . - 0 ID=cds-WP_003417049.1;Parent=gene-BQ2027_RS16770;Dbxref=GenBank:WP_003417049.1;Name=WP_003417049.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217770.1;locus_tag=BQ2027_RS16770;product=amino acid permease;protein_id=WP_003417049.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3592685 3594073 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS16800;Name=BQ2027_RS16800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16800;old_locus_tag=BQ2027_MB3287 +Chromosome Protein Homology CDS 3598435 3598854 . + 0 ID=cds-WP_003417076.1;Parent=gene-BQ2027_RS16800;Dbxref=GenBank:WP_003417076.1;Name=WP_003417076.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217776.1;locus_tag=BQ2027_RS16800;product=metallopeptidase family protein;protein_id=WP_003417076.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3598882 3599226 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16830;Name=wbbL;gbkey=Gene;gene=wbbL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16830;old_locus_tag=BQ2027_MB3293C +Chromosome Protein Homology CDS 3604989 3605882 . - 0 ID=cds-WP_003417100.1;Parent=gene-BQ2027_RS16830;Dbxref=GenBank:WP_003417100.1;Name=WP_003417100.1;gbkey=CDS;gene=wbbL;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177952.3;locus_tag=BQ2027_RS16830;product=N-acetylglucosaminyl-diphospho-decaprenol L-rhamnosyltransferase;protein_id=WP_003417100.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3605893 3606807 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16840;Name=lcp1;gbkey=Gene;gene=lcp1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16840;old_locus_tag=BQ2027_MB3295 +Chromosome Protein Homology CDS 3606883 3608379 . + 0 ID=cds-WP_003417107.1;Parent=gene-BQ2027_RS16840;Dbxref=GenBank:WP_003417107.1;Name=WP_003417107.1;gbkey=CDS;gene=lcp1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217784.1;locus_tag=BQ2027_RS16840;product=arabinogalactan--peptidoglycan phosphotransferase Lcp1;protein_id=WP_003417107.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3608367 3609107 . + . ID=gene-BQ2027_RS16845;Name=BQ2027_RS16845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16845;old_locus_tag=BQ2027_MB3296 +Chromosome Protein Homology CDS 3608367 3609107 . + 0 ID=cds-WP_003899994.1;Parent=gene-BQ2027_RS16845;Dbxref=GenBank:WP_003899994.1;Name=WP_003899994.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899994.1;locus_tag=BQ2027_RS16845;product=TIGR03089 family protein;protein_id=WP_003899994.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3609232 3609513 . + . ID=gene-BQ2027_RS16850;Name=BQ2027_RS16850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16850;old_locus_tag=BQ2027_MB3297 +Chromosome Protein Homology CDS 3609232 3609513 . + 0 ID=cds-WP_003417115.1;Parent=gene-BQ2027_RS16850;Dbxref=GenBank:WP_003417115.1;Name=WP_003417115.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217786.1;locus_tag=BQ2027_RS16850;product=DUF1490 family protein;protein_id=WP_003417115.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3609524 3611680 . + . ID=gene-BQ2027_RS16855;Name=ctpC;gbkey=Gene;gene=ctpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16855;old_locus_tag=BQ2027_MB3298 +Chromosome Protein Homology CDS 3609524 3611680 . + 0 ID=cds-WP_003899995.1;Parent=gene-BQ2027_RS16855;Dbxref=GenBank:WP_003899995.1;Name=WP_003899995.1;gbkey=CDS;gene=ctpC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217787.1;locus_tag=BQ2027_RS16855;product=manganese-exporting P-type ATPase CtpC;protein_id=WP_003899995.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3611677 3612345 . - . ID=gene-BQ2027_RS16860;Name=BQ2027_RS16860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16860;old_locus_tag=BQ2027_MB3299C +Chromosome Protein Homology CDS 3611677 3612345 . - 0 ID=cds-WP_003417119.1;Parent=gene-BQ2027_RS16860;Dbxref=GenBank:WP_003417119.1;Name=WP_003417119.1;Ontology_term=GO:0006812,GO:0055085,GO:0008324,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=monoatomic cation transmembrane transporter activity|0008324||IEA;go_process=monoatomic cation transport|0006812||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217788.1;locus_tag=BQ2027_RS16860;product=cation transporter;protein_id=WP_003417119.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3612446 3613630 . + . ID=gene-BQ2027_RS16865;Name=BQ2027_RS16865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16865;old_locus_tag=BQ2027_MB3300 +Chromosome Protein Homology CDS 3612446 3613630 . + 0 ID=cds-WP_010950858.1;Parent=gene-BQ2027_RS16865;Dbxref=GenBank:WP_010950858.1;Name=WP_010950858.1;Ontology_term=GO:0016740;gbkey=CDS;go_function=transferase activity|0016740||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217789.1;locus_tag=BQ2027_RS16865;product=CoA transferase;protein_id=WP_010950858.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3613659 3615929 . + . ID=gene-BQ2027_RS16870;Name=BQ2027_RS16870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16870;old_locus_tag=BQ2027_MB3301 +Chromosome Protein Homology CDS 3613659 3615929 . + 0 ID=cds-WP_003917141.1;Parent=gene-BQ2027_RS16870;Dbxref=GenBank:WP_003917141.1;Name=WP_003917141.1;Ontology_term=GO:1902358,GO:0015116,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=sulfate transmembrane transporter activity|0015116||IEA;go_process=sulfate transmembrane transport|1902358||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303796.1;locus_tag=BQ2027_RS16870;product=SulP family inorganic anion transporter;protein_id=WP_003917141.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3615918 3617087 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16880;Name=purE;gbkey=Gene;gene=purE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16880;old_locus_tag=BQ2027_MB3303C +Chromosome Protein Homology CDS 3617112 3617636 . - 0 ID=cds-WP_003417123.1;Parent=gene-BQ2027_RS16880;Dbxref=GenBank:WP_003417123.1;Name=WP_003417123.1;Ontology_term=GO:0006189,GO:0009152,GO:0004638,GO:0009320;gbkey=CDS;gene=purE;go_component=phosphoribosylaminoimidazole carboxylase complex|0009320||IEA;go_function=phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity|0004638||IEA;go_process='de novo' IMP biosynthetic process|0006189||IEA,purine ribonucleotide biosynthetic process|0009152||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217792.1;locus_tag=BQ2027_RS16880;product=5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase;protein_id=WP_003417123.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3617633 3618922 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS16910;Name=BQ2027_RS16910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16910;old_locus_tag=BQ2027_MB3309 +Chromosome Protein Homology CDS 3622687 3623157 . + 0 ID=cds-WP_003900000.1;Parent=gene-BQ2027_RS16910;Dbxref=GenBank:WP_003900000.1;Name=WP_003900000.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217798.1;locus_tag=BQ2027_RS16910;product=acyl-CoA carboxylase subunit epsilon;protein_id=WP_003900000.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3623154 3623822 . + . ID=gene-BQ2027_RS16915;Name=BQ2027_RS16915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16915;old_locus_tag=BQ2027_MB3310 +Chromosome Protein Homology CDS 3623154 3623822 . + 0 ID=cds-WP_010950862.1;Parent=gene-BQ2027_RS16915;Dbxref=GenBank:WP_010950862.1;Name=WP_010950862.1;Ontology_term=GO:0009117,GO:0000166,GO:0047429;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,nucleoside triphosphate diphosphatase activity|0047429||IEA;go_process=nucleotide metabolic process|0009117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217799.1;locus_tag=BQ2027_RS16915;product=nucleoside triphosphate pyrophosphatase;protein_id=WP_010950862.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3623863 3624756 . + . ID=gene-BQ2027_RS16920;Name=sseA;gbkey=Gene;gene=sseA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16920;old_locus_tag=BQ2027_MB3311 +Chromosome Protein Homology CDS 3623863 3624756 . + 0 ID=cds-WP_010950863.1;Parent=gene-BQ2027_RS16920;Dbxref=GenBank:WP_010950863.1;Name=WP_010950863.1;Ontology_term=GO:0000098,GO:0016783;gbkey=CDS;gene=sseA;go_function=sulfurtransferase activity|0016783||IEA;go_process=sulfur amino acid catabolic process|0000098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217800.1;locus_tag=BQ2027_RS16920;product=sulfurtransferase;protein_id=WP_010950863.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3624753 3625184 . + . ID=gene-BQ2027_RS16925;Name=BQ2027_RS16925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16925;old_locus_tag=BQ2027_MB3312 +Chromosome Protein Homology CDS 3624753 3625184 . + 0 ID=cds-WP_003417152.1;Parent=gene-BQ2027_RS16925;Dbxref=GenBank:WP_003417152.1;Name=WP_003417152.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217801.1;locus_tag=BQ2027_RS16925;product=SufE family protein;protein_id=WP_003417152.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3625292 3627094 . + . ID=gene-BQ2027_RS16930;Name=BQ2027_RS16930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16930;old_locus_tag=BQ2027_MB3313 +Chromosome Protein Homology CDS 3625292 3627094 . + 0 ID=cds-WP_003417156.1;Parent=gene-BQ2027_RS16930;Dbxref=GenBank:WP_003417156.1;Name=WP_003417156.1;Ontology_term=GO:0004075,GO:0005524,GO:0016421,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=biotin carboxylase activity|0004075||IEA,ATP binding|0005524||IEA,CoA carboxylase activity|0016421||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217802.1;locus_tag=BQ2027_RS16930;product=acetyl/propionyl/methylcrotonyl-CoA carboxylase subunit alpha;protein_id=WP_003417156.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3627104 3627889 . - . ID=gene-BQ2027_RS16935;Name=sigF;gbkey=Gene;gene=sigF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16935;old_locus_tag=BQ2027_MB3314C +Chromosome Protein Homology CDS 3627104 3627889 . - 0 ID=cds-WP_003417158.1;Parent=gene-BQ2027_RS16935;Dbxref=GenBank:WP_003417158.1;Name=WP_003417158.1;gbkey=CDS;gene=sigF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217803.1;locus_tag=BQ2027_RS16935;product=RNA polymerase sigma factor SigF;protein_id=WP_003417158.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3627886 3628323 . - . ID=gene-BQ2027_RS16940;Name=rsbW;gbkey=Gene;gene=rsbW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16940;old_locus_tag=BQ2027_MB3315C +Chromosome Protein Homology CDS 3627886 3628323 . - 0 ID=cds-WP_003417160.1;Parent=gene-BQ2027_RS16940;Dbxref=GenBank:WP_003417160.1;Name=WP_003417160.1;gbkey=CDS;gene=rsbW;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217804.4;locus_tag=BQ2027_RS16940;product=anti-sigma B factor RsbW;protein_id=WP_003417160.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3628521 3628832 . - . ID=gene-BQ2027_RS16945;Name=usfY;gbkey=Gene;gene=usfY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16945;old_locus_tag=BQ2027_MB3316C +Chromosome Protein Homology CDS 3628521 3628832 . - 0 ID=cds-WP_003900003.1;Parent=gene-BQ2027_RS16945;Dbxref=GenBank:WP_003900003.1;Name=WP_003900003.1;gbkey=CDS;gene=usfY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900003.1;locus_tag=BQ2027_RS16945;product=protein UsfY;protein_id=WP_003900003.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3628969 3629346 . - . ID=gene-BQ2027_RS16950;Name=BQ2027_RS16950;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16950;old_locus_tag=BQ2027_MB3317C +Chromosome Protein Homology CDS 3628969 3629346 . - 0 ID=cds-WP_003417165.1;Parent=gene-BQ2027_RS16950;Dbxref=GenBank:WP_003417165.1;Name=WP_003417165.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217806.1;locus_tag=BQ2027_RS16950;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003417165.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3629380 3630729 . - . ID=gene-BQ2027_RS16955;Name=lat;gbkey=Gene;gene=lat;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16955;old_locus_tag=BQ2027_MB3318C +Chromosome Protein Homology CDS 3629380 3630729 . - 0 ID=cds-WP_003900004.1;Parent=gene-BQ2027_RS16955;Dbxref=GenBank:WP_003900004.1;Name=WP_003900004.1;Ontology_term=GO:0017000,GO:0030170,GO:0045484;gbkey=CDS;gene=lat;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA,L-lysine 6-transaminase activity|0045484||IEA;go_process=antibiotic biosynthetic process|0017000||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217807.1;locus_tag=BQ2027_RS16955;product=L-lysine 6-transaminase;protein_id=WP_003900004.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3630780 3631232 . - . ID=gene-BQ2027_RS16960;Name=lrpA;gbkey=Gene;gene=lrpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16960;old_locus_tag=BQ2027_MB3319C +Chromosome Protein Homology CDS 3630780 3631232 . - 0 ID=cds-WP_010950864.1;Parent=gene-BQ2027_RS16960;Dbxref=GenBank:WP_010950864.1;Name=WP_010950864.1;gbkey=CDS;gene=lrpA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217808.1;locus_tag=BQ2027_RS16960;product=transcriptional regulator LrpA;protein_id=WP_010950864.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3631263 3632510 . + . ID=gene-BQ2027_RS16965;Name=hglS;gbkey=Gene;gene=hglS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16965;old_locus_tag=BQ2027_MB3320 +Chromosome Protein Homology CDS 3631263 3632510 . + 0 ID=cds-WP_003417184.1;Parent=gene-BQ2027_RS16965;Dbxref=GenBank:WP_003417184.1;Name=WP_003417184.1;gbkey=CDS;gene=hglS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009978791.1;locus_tag=BQ2027_RS16965;product=2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase;protein_id=WP_003417184.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3632510 3634021 . + . ID=gene-BQ2027_RS16970;Name=amaB;gbkey=Gene;gene=amaB;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=amaA;locus_tag=BQ2027_RS16970;old_locus_tag=BQ2027_MB3321 +Chromosome Protein Homology CDS 3632510 3634021 . + 0 ID=cds-WP_031657342.1;Parent=gene-BQ2027_RS16970;Dbxref=GenBank:WP_031657342.1;Name=WP_031657342.1;gbkey=CDS;gene=amaB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014383207.1;locus_tag=BQ2027_RS16970;product=L-piperidine-6-carboxylate dehydrogenase;protein_id=WP_031657342.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3634121 3634870 . - . ID=gene-BQ2027_RS16975;Name=BQ2027_RS16975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16975;old_locus_tag=BQ2027_MB3322C +Chromosome Protein Homology CDS 3634121 3634870 . - 0 ID=cds-WP_003900005.1;Parent=gene-BQ2027_RS16975;Dbxref=GenBank:WP_003900005.1;Name=WP_003900005.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF025019.6;locus_tag=BQ2027_RS16975;product=ATP-binding protein;protein_id=WP_003900005.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3635001 3635666 . + . ID=gene-BQ2027_RS16980;Name=BQ2027_RS16980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16980;old_locus_tag=BQ2027_MB3323 +Chromosome Protein Homology CDS 3635001 3635666 . + 0 ID=cds-WP_003417200.1;Parent=gene-BQ2027_RS16980;Dbxref=GenBank:WP_003417200.1;Name=WP_003417200.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217812.1;locus_tag=BQ2027_RS16980;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003417200.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3635710 3640251 . + . ID=gene-BQ2027_RS16985;Name=lhr;gbkey=Gene;gene=lhr;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16985;old_locus_tag=BQ2027_MB3324 +Chromosome Protein Homology CDS 3635710 3640251 . + 0 ID=cds-WP_010950866.1;Parent=gene-BQ2027_RS16985;Dbxref=GenBank:WP_010950866.1;Name=WP_010950866.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0005524,GO:0016818;gbkey=CDS;gene=lhr;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,ATP binding|0005524||IEA,hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides%2C in phosphorus-containing anhydrides|0016818||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217813.1;locus_tag=BQ2027_RS16985;product=ATP-dependent helicase;protein_id=WP_010950866.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3640255 3641022 . + . ID=gene-BQ2027_RS16990;Name=nei2;gbkey=Gene;gene=nei2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16990;old_locus_tag=BQ2027_MB3325 +Chromosome Protein Homology CDS 3640255 3641022 . + 0 ID=cds-WP_003900006.1;Parent=gene-BQ2027_RS16990;Dbxref=GenBank:WP_003900006.1;Name=WP_003900006.1;Ontology_term=GO:0006284,GO:0019104,GO:0140078;gbkey=CDS;gene=nei2;go_function=DNA N-glycosylase activity|0019104||IEA,class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity|0140078||IEA;go_process=base-excision repair|0006284||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217814.1;locus_tag=BQ2027_RS16990;product=endonuclease VIII Nei2;protein_id=WP_003900006.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3641045 3641959 . - . ID=gene-BQ2027_RS16995;Name=lpqC;gbkey=Gene;gene=lpqC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS16995;old_locus_tag=BQ2027_MB3326C +Chromosome Protein Homology CDS 3641045 3641959 . - 0 ID=cds-WP_003417210.1;Parent=gene-BQ2027_RS16995;Dbxref=GenBank:WP_003417210.1;Name=WP_003417210.1;Ontology_term=GO:0050526;gbkey=CDS;gene=lpqC;go_function=poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase activity|0050526||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217815.1;locus_tag=BQ2027_RS16995;product=extracellular catalytic domain type 1 short-chain-length polyhydroxyalkanoate depolymerase;protein_id=WP_003417210.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3641986 3644898 . - . ID=gene-BQ2027_RS17000;Name=atsB;gbkey=Gene;gene=atsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17000;old_locus_tag=BQ2027_MB3327C +Chromosome Protein Homology CDS 3641986 3644898 . - 0 ID=cds-WP_010950867.1;Parent=gene-BQ2027_RS17000;Dbxref=GenBank:WP_010950867.1;Name=WP_010950867.1;gbkey=CDS;gene=atsB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217816.1;locus_tag=BQ2027_RS17000;product=arylsulfatase AtsB;protein_id=WP_010950867.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3644918 3645835 . - . ID=gene-BQ2027_RS17005;Name=BQ2027_RS17005;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17005;old_locus_tag=BQ2027_MB3328C +Chromosome Protein Homology CDS 3644918 3645835 . - 0 ID=cds-WP_010950868.1;Parent=gene-BQ2027_RS17005;Dbxref=GenBank:WP_010950868.1;Name=WP_010950868.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217817.1;locus_tag=BQ2027_RS17005;product=RluA family pseudouridine synthase;protein_id=WP_010950868.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3645847 3646512 . - . ID=gene-BQ2027_RS17010;Name=phoU;gbkey=Gene;gene=phoU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17010;old_locus_tag=BQ2027_MB3329C +Chromosome Protein Homology CDS 3645847 3646512 . - 0 ID=cds-WP_003417216.1;Parent=gene-BQ2027_RS17010;Dbxref=GenBank:WP_003417216.1;Name=WP_003417216.1;Ontology_term=GO:0006817,GO:0030643,GO:0045936;gbkey=CDS;gene=phoU;go_process=phosphate ion transport|0006817||IEA,intracellular phosphate ion homeostasis|0030643||IEA,negative regulation of phosphate metabolic process|0045936||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217818.1;locus_tag=BQ2027_RS17010;product=phosphate signaling complex protein PhoU;protein_id=WP_003417216.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3646620 3648377 . - . ID=gene-BQ2027_RS17015;Name=BQ2027_RS17015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17015;old_locus_tag=BQ2027_MB3330C +Chromosome Protein Homology CDS 3646620 3648377 . - 0 ID=cds-WP_003417217.1;Parent=gene-BQ2027_RS17015;Dbxref=GenBank:WP_003417217.1;Name=WP_003417217.1;Ontology_term=GO:0006072,GO:0004368,GO:0071949,GO:0009331;gbkey=CDS;go_component=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex|0009331||IEA;go_function=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (quinone) activity|0004368||IEA,FAD binding|0071949||IEA;go_process=glycerol-3-phosphate metabolic process|0006072||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217819.1;locus_tag=BQ2027_RS17015;product=glycerol-3-phosphate dehydrogenase/oxidase;protein_id=WP_003417217.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3648392 3649873 . - . ID=gene-BQ2027_RS17020;Name=lpdA;gbkey=Gene;gene=lpdA;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17020;old_locus_tag=BQ2027_MB3331C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3648392 3649873 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS17020;Parent=gene-BQ2027_RS17020;Note=internal stop;Ontology_term=GO:0045454,GO:0016491,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=lpdA;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=cell redox homeostasis|0045454||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217820.1;locus_tag=BQ2027_RS17020;product=NAD(P)H-quinone dehydrogenase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3650076 3650555 . + . ID=gene-BQ2027_RS17025;Name=BQ2027_RS17025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17025;old_locus_tag=BQ2027_MB3332 +Chromosome Protein Homology CDS 3650076 3650555 . + 0 ID=cds-WP_003417219.1;Parent=gene-BQ2027_RS17025;Dbxref=GenBank:WP_003417219.1;Name=WP_003417219.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217821.1;locus_tag=BQ2027_RS17025;product=gamma-glutamylcyclotransferase;protein_id=WP_003417219.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3650574 3651743 . - . ID=gene-BQ2027_RS17030;Name=BQ2027_RS17030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17030;old_locus_tag=BQ2027_MB3333C +Chromosome Protein Homology CDS 3650574 3651743 . - 0 ID=cds-WP_003417220.1;Parent=gene-BQ2027_RS17030;Dbxref=GenBank:WP_003417220.1;Name=WP_003417220.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177955.1;locus_tag=BQ2027_RS17030;product=M20 family metallopeptidase;protein_id=WP_003417220.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3651740 3652924 . - . ID=gene-BQ2027_RS17035;Name=BQ2027_RS17035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17035;old_locus_tag=BQ2027_MB3334C +Chromosome Protein Homology CDS 3651740 3652924 . - 0 ID=cds-WP_003900009.1;Parent=gene-BQ2027_RS17035;Dbxref=GenBank:WP_003900009.1;Name=WP_003900009.1;Ontology_term=GO:0008270,GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA,hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177956.1;locus_tag=BQ2027_RS17035;product=M20 family metallopeptidase;protein_id=WP_003900009.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3652989 3653795 . + . ID=gene-BQ2027_RS17040;Name=deoD;gbkey=Gene;gene=deoD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17040;old_locus_tag=BQ2027_MB3335 +Chromosome Protein Homology CDS 3652989 3653795 . + 0 ID=cds-WP_003417233.1;Parent=gene-BQ2027_RS17040;Dbxref=GenBank:WP_003417233.1;Name=WP_003417233.1;Ontology_term=GO:0006139,GO:0004731;gbkey=CDS;gene=deoD;go_function=purine-nucleoside phosphorylase activity|0004731||IEA;go_process=nucleobase-containing compound metabolic process|0006139||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217824.1;locus_tag=BQ2027_RS17040;product=purine-nucleoside phosphorylase;protein_id=WP_003417233.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3653799 3655403 . + . ID=gene-BQ2027_RS17045;Name=pmmB;gbkey=Gene;gene=pmmB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17045;old_locus_tag=BQ2027_MB3336 +Chromosome Protein Homology CDS 3653799 3655403 . + 0 ID=cds-WP_003417238.1;Parent=gene-BQ2027_RS17045;Dbxref=GenBank:WP_003417238.1;Name=WP_003417238.1;Ontology_term=GO:0016868;gbkey=CDS;gene=pmmB;go_function=intramolecular phosphotransferase activity|0016868||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217825.1;locus_tag=BQ2027_RS17045;product=phospho-sugar mutase;protein_id=WP_003417238.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3655405 3656028 . - . ID=gene-BQ2027_RS17050;Name=upp;gbkey=Gene;gene=upp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17050;old_locus_tag=BQ2027_MB3337C +Chromosome Protein Homology CDS 3655405 3656028 . - 0 ID=cds-WP_003417245.1;Parent=gene-BQ2027_RS17050;Dbxref=GenBank:WP_003417245.1;Name=WP_003417245.1;Ontology_term=GO:0009116,GO:0004845;gbkey=CDS;gene=upp;go_function=uracil phosphoribosyltransferase activity|0004845||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217826.1;locus_tag=BQ2027_RS17050;product=uracil phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003417245.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3656133 3657032 . + . ID=gene-BQ2027_RS17055;Name=sapM;gbkey=Gene;gene=sapM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17055;old_locus_tag=BQ2027_MB3338 +Chromosome Protein Homology CDS 3656133 3657032 . + 0 ID=cds-WP_003417249.1;Parent=gene-BQ2027_RS17055;Dbxref=GenBank:WP_003417249.1;Name=WP_003417249.1;gbkey=CDS;gene=sapM;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217827.1;locus_tag=BQ2027_RS17055;product=phosphatidylinositol-3-phosphatase SapM;protein_id=WP_003417249.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3657056 3658318 . + . ID=gene-BQ2027_RS17060;Name=satS;gbkey=Gene;gene=satS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17060;old_locus_tag=BQ2027_MB3339 +Chromosome Protein Homology CDS 3657056 3658318 . + 0 ID=cds-WP_003417251.1;Parent=gene-BQ2027_RS17060;Dbxref=GenBank:WP_003417251.1;Name=WP_003417251.1;gbkey=CDS;gene=satS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217828.1;locus_tag=BQ2027_RS17060;product=protein export chaperone SatS;protein_id=WP_003417251.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3658339 3659265 . - . ID=gene-BQ2027_RS17065;Name=BQ2027_RS17065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17065;old_locus_tag=BQ2027_MB3340C +Chromosome Protein Homology CDS 3658339 3659265 . - 0 ID=cds-WP_003417254.1;Parent=gene-BQ2027_RS17065;Dbxref=GenBank:WP_003417254.1;Name=WP_003417254.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217829.1;locus_tag=BQ2027_RS17065;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_003417254.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3659291 3659461 . - . ID=gene-BQ2027_RS17070;Name=BQ2027_RS17070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17070 +Chromosome Protein Homology CDS 3659291 3659461 . - 0 ID=cds-WP_003900015.1;Parent=gene-BQ2027_RS17070;Dbxref=GenBank:WP_003900015.1;Name=WP_003900015.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030045.1;locus_tag=BQ2027_RS17070;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900015.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3659640 3659951 . - . ID=gene-BQ2027_RS17075;Name=mtp;gbkey=Gene;gene=mtp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17075;old_locus_tag=BQ2027_MB3341C +Chromosome Protein Homology CDS 3659640 3659951 . - 0 ID=cds-WP_003417257.1;Parent=gene-BQ2027_RS17075;Dbxref=GenBank:WP_003417257.1;Name=WP_003417257.1;gbkey=CDS;gene=mtp;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177957.1;locus_tag=BQ2027_RS17075;product=pilin structural subunit Mtp;protein_id=WP_003417257.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3660022 3661119 . - . ID=gene-BQ2027_RS17080;Name=add;gbkey=Gene;gene=add;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17080;old_locus_tag=BQ2027_MB3342C +Chromosome Protein Homology CDS 3660022 3661119 . - 0 ID=cds-WP_003417259.1;Parent=gene-BQ2027_RS17080;Dbxref=GenBank:WP_003417259.1;Name=WP_003417259.1;Ontology_term=GO:0009168,GO:0004000;gbkey=CDS;gene=add;go_function=adenosine deaminase activity|0004000||IEA;go_process=purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process|0009168||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217830.1;locus_tag=BQ2027_RS17080;product=adenosine deaminase;protein_id=WP_003417259.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3661119 3662402 . - . ID=gene-BQ2027_RS17085;Name=deoA;gbkey=Gene;gene=deoA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17085;old_locus_tag=BQ2027_MB3343C +Chromosome Protein Homology CDS 3661119 3662402 . - 0 ID=cds-WP_003417262.1;Parent=gene-BQ2027_RS17085;Dbxref=GenBank:WP_003417262.1;Name=WP_003417262.1;Ontology_term=GO:0006206;gbkey=CDS;gene=deoA;go_process=pyrimidine nucleobase metabolic process|0006206||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217831.1;locus_tag=BQ2027_RS17085;product=thymidine phosphorylase;protein_id=WP_003417262.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3662399 3662800 . - . ID=gene-BQ2027_RS17090;Name=cdd;gbkey=Gene;gene=cdd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17090;old_locus_tag=BQ2027_MB3344C +Chromosome Protein Homology CDS 3662399 3662800 . - 0 ID=cds-WP_003417264.1;Parent=gene-BQ2027_RS17090;Dbxref=GenBank:WP_003417264.1;Name=WP_003417264.1;Ontology_term=GO:0004126,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=cdd;go_function=cytidine deaminase activity|0004126||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217832.1;locus_tag=BQ2027_RS17090;product=cytidine deaminase;protein_id=WP_003417264.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3663037 3663375 . + . ID=gene-BQ2027_RS17095;Name=sdhC;gbkey=Gene;gene=sdhC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17095;old_locus_tag=BQ2027_MB3345 +Chromosome Protein Homology CDS 3663037 3663375 . + 0 ID=cds-WP_003417267.1;Parent=gene-BQ2027_RS17095;Dbxref=GenBank:WP_003417267.1;Name=WP_003417267.1;Ontology_term=GO:0006099,GO:0000104,GO:0009055,GO:0045273;gbkey=CDS;gene=sdhC;go_component=respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase)|0045273||IEA;go_function=succinate dehydrogenase activity|0000104||IEA,electron transfer activity|0009055||IEA;go_process=tricarboxylic acid cycle|0006099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217833.1;locus_tag=BQ2027_RS17095;product=succinate dehydrogenase%2C cytochrome b556 subunit;protein_id=WP_003417267.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3663372 3663806 . + . ID=gene-BQ2027_RS17100;Name=sdhD;gbkey=Gene;gene=sdhD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17100;old_locus_tag=BQ2027_MB3346 +Chromosome Protein Homology CDS 3663372 3663806 . + 0 ID=cds-WP_003417269.1;Parent=gene-BQ2027_RS17100;Dbxref=GenBank:WP_003417269.1;Name=WP_003417269.1;gbkey=CDS;gene=sdhD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217834.1;locus_tag=BQ2027_RS17100;product=succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit;protein_id=WP_003417269.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3663935 3665707 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17110;Name=sdhB;gbkey=Gene;gene=sdhB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17110;old_locus_tag=BQ2027_MB3348 +Chromosome Protein Homology CDS 3665707 3666498 . + 0 ID=cds-WP_010950870.1;Parent=gene-BQ2027_RS17110;Dbxref=GenBank:WP_010950870.1;Name=WP_010950870.1;Ontology_term=GO:0008177,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=sdhB;go_function=succinate dehydrogenase (quinone) activity|0008177||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217836.1;locus_tag=BQ2027_RS17110;product=succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit;protein_id=WP_010950870.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3666577 3667005 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17120;Name=BQ2027_RS17120;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17120;old_locus_tag=BQ2027_MB3350C +Chromosome Protein Homology CDS 3667009 3667251 . - 0 ID=cds-WP_003417286.1;Parent=gene-BQ2027_RS17120;Dbxref=GenBank:WP_003417286.1;Name=WP_003417286.1;Ontology_term=GO:0006276,GO:0006355,GO:0032993;gbkey=CDS;go_component=protein-DNA complex|0032993||IEA;go_process=plasmid maintenance|0006276||IEA,regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217838.1;locus_tag=BQ2027_RS17120;product=ribbon-helix-helix domain-containing protein;protein_id=WP_003417286.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3667373 3667987 . - . ID=gene-BQ2027_RS17125;Name=BQ2027_RS17125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17125;old_locus_tag=BQ2027_MB3351C +Chromosome Protein Homology CDS 3667373 3667987 . - 0 ID=cds-WP_003417288.1;Parent=gene-BQ2027_RS17125;Dbxref=GenBank:WP_003417288.1;Name=WP_003417288.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177958.1;locus_tag=BQ2027_RS17125;product=methyltransferase domain-containing protein;protein_id=WP_003417288.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3667984 3668649 . - . ID=gene-BQ2027_RS17130;Name=moaD;gbkey=Gene;gene=moaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17130;old_locus_tag=BQ2027_MB3352C +Chromosome Protein Homology CDS 3667984 3668649 . - 0 ID=cds-WP_003417290.1;Parent=gene-BQ2027_RS17130;Dbxref=GenBank:WP_003417290.1;Name=WP_003417290.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0003824;gbkey=CDS;gene=moaD;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177959.1;locus_tag=BQ2027_RS17130;product=molybdopterin converting factor subunit 1;protein_id=WP_003417290.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3668650 3669183 . - . ID=gene-BQ2027_RS17135;Name=moaC;gbkey=Gene;gene=moaC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17135;old_locus_tag=BQ2027_MB3353C +Chromosome Protein Homology CDS 3668650 3669183 . - 0 ID=cds-WP_003417293.1;Parent=gene-BQ2027_RS17135;Dbxref=GenBank:WP_003417293.1;Name=WP_003417293.1;Ontology_term=GO:0006777,GO:0061799;gbkey=CDS;gene=moaC;go_function=cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity|0061799||IEA;go_process=Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process|0006777||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217841.3;locus_tag=BQ2027_RS17135;product=cyclic pyranopterin monophosphate synthase MoaC;protein_id=WP_003417293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3669180 3669554 . - . ID=gene-BQ2027_RS17140;Name=BQ2027_RS17140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17140;old_locus_tag=BQ2027_MB3354C +Chromosome Protein Homology CDS 3669180 3669554 . - 0 ID=cds-WP_003417295.1;Parent=gene-BQ2027_RS17140;Dbxref=GenBank:WP_003417295.1;Name=WP_003417295.1;Ontology_term=GO:0006729,GO:0008124;gbkey=CDS;go_function=4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity|0008124||IEA;go_process=tetrahydrobiopterin biosynthetic process|0006729||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003417295.1;locus_tag=BQ2027_RS17140;product=4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;protein_id=WP_003417295.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3669651 3670787 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17150;Name=BQ2027_RS17150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17150;old_locus_tag=BQ2027_MB3358 +Chromosome Protein Homology CDS 3671360 3672505 . + 0 ID=cds-WP_003417299.1;Parent=gene-BQ2027_RS17150;Dbxref=GenBank:WP_003417299.1;Name=WP_003417299.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015291369.1;locus_tag=BQ2027_RS17150;product=BTAD domain-containing putative transcriptional regulator;protein_id=WP_003417299.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3672600 3673037 . - . ID=gene-BQ2027_RS17155;Name=BQ2027_RS17155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17155;old_locus_tag=BQ2027_MB3359C +Chromosome Protein Homology CDS 3672600 3673037 . - 0 ID=cds-WP_003913449.1;Parent=gene-BQ2027_RS17155;Dbxref=GenBank:WP_003913449.1;Name=WP_003913449.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015291370.1;locus_tag=BQ2027_RS17155;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003913449.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3673411 3675123 . + . ID=gene-BQ2027_RS17160;Name=BQ2027_RS17160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17160;old_locus_tag=BQ2027_MB3360 +Chromosome Protein Homology CDS 3673411 3675123 . + 0 ID=cds-WP_003905037.1;Parent=gene-BQ2027_RS17160;Dbxref=GenBank:WP_003905037.1;Name=WP_003905037.1;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217844.1;locus_tag=BQ2027_RS17160;product=IS110 family transposase;protein_id=WP_003905037.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3675056 3675994 . - . ID=gene-BQ2027_RS17165;Name=sigJ;gbkey=Gene;gene=sigJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17165;old_locus_tag=BQ2027_MB3361C +Chromosome Protein Homology CDS 3675056 3675994 . - 0 ID=cds-WP_003417413.1;Parent=gene-BQ2027_RS17165;Dbxref=GenBank:WP_003417413.1;Name=WP_003417413.1;gbkey=CDS;gene=sigJ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217845.1;locus_tag=BQ2027_RS17165;product=sigma-70 family RNA polymerase sigma factor SigJ;protein_id=WP_003417413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3676003 3677370 . + . ID=gene-BQ2027_RS17170;Name=BQ2027_RS17170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17170;old_locus_tag=BQ2027_MB3362 +Chromosome Protein Homology CDS 3676003 3677370 . + 0 ID=cds-WP_003902446.1;Parent=gene-BQ2027_RS17170;Dbxref=GenBank:WP_003902446.1;Name=WP_003902446.1;Ontology_term=GO:0008483,GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=transaminase activity|0008483||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917150.1;locus_tag=BQ2027_RS17170;product=aspartate aminotransferase family protein;protein_id=WP_003902446.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3677439 3678656 . + . ID=gene-BQ2027_RS17175;Name=dacB1;gbkey=Gene;gene=dacB1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17175;old_locus_tag=BQ2027_MB3363 +Chromosome Protein Homology CDS 3677439 3678656 . + 0 ID=cds-WP_003417415.1;Parent=gene-BQ2027_RS17175;Dbxref=GenBank:WP_003417415.1;Name=WP_003417415.1;gbkey=CDS;gene=dacB1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217847.1;locus_tag=BQ2027_RS17175;product=D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB1;protein_id=WP_003417415.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3678881 3680260 . + . ID=gene-BQ2027_RS17180;Name=sugI;gbkey=Gene;gene=sugI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17180;old_locus_tag=BQ2027_MB3364 +Chromosome Protein Homology CDS 3678881 3680260 . + 0 ID=cds-WP_003912183.1;Parent=gene-BQ2027_RS17180;Dbxref=GenBank:WP_003912183.1;Name=WP_003912183.1;Ontology_term=GO:0008643,GO:0051119,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=sugI;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=sugar transmembrane transporter activity|0051119||IEA;go_process=carbohydrate transport|0008643||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912183.1;locus_tag=BQ2027_RS17180;product=sugar porter family MFS transporter;protein_id=WP_003912183.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3680257 3681408 . + . ID=gene-BQ2027_RS17185;Name=nagA;gbkey=Gene;gene=nagA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17185;old_locus_tag=BQ2027_MB3365 +Chromosome Protein Homology CDS 3680257 3681408 . + 0 ID=cds-WP_003417418.1;Parent=gene-BQ2027_RS17185;Dbxref=GenBank:WP_003417418.1;Name=WP_003417418.1;Ontology_term=GO:0006044,GO:0008448;gbkey=CDS;gene=nagA;go_function=N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity|0008448||IEA;go_process=N-acetylglucosamine metabolic process|0006044||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217849.1;locus_tag=BQ2027_RS17185;product=N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase;protein_id=WP_003417418.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3681599 3682444 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17195;Name=BQ2027_RS17195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17195;old_locus_tag=BQ2027_MB3367 +Chromosome Protein Homology CDS 3682919 3683359 . + 0 ID=cds-WP_003900026.1;Parent=gene-BQ2027_RS17195;Dbxref=GenBank:WP_003900026.1;Name=WP_003900026.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217851.1;locus_tag=BQ2027_RS17195;product=hypoxia response transcriptional regulator;protein_id=WP_003900026.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3683393 3684262 . - . ID=gene-BQ2027_RS17200;Name=yhjD;gbkey=Gene;gene=yhjD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17200;old_locus_tag=BQ2027_MB3368C +Chromosome Protein Homology CDS 3683393 3684262 . - 0 ID=cds-WP_003417435.1;Parent=gene-BQ2027_RS17200;Dbxref=GenBank:WP_003417435.1;Name=WP_003417435.1;gbkey=CDS;gene=yhjD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217852.1;locus_tag=BQ2027_RS17200;product=inner membrane protein YhjD;protein_id=WP_003417435.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3684283 3685293 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17210;Name=BQ2027_RS17210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17210;old_locus_tag=BQ2027_MB3370 +Chromosome Protein Homology CDS 3685390 3686211 . + 0 ID=cds-WP_044083113.1;Parent=gene-BQ2027_RS17210;Dbxref=GenBank:WP_044083113.1;Name=WP_044083113.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019510124.1;locus_tag=BQ2027_RS17210;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_044083113.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3686278 3687507 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20540;Name=BQ2027_RS20540;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20540;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3712703 +Chromosome Protein Homology CDS 3712703 3713056 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20540;Parent=gene-BQ2027_RS20540;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013753.6;locus_tag=BQ2027_RS20540;partial=true;product=transposase;pseudo=true;start_range=.,3712703;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3713268 3713555 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20565;Name=BQ2027_RS20565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20565;old_locus_tag=BQ2027_MB3388C +Chromosome Protein Homology CDS 3726675 3726935 . - 0 ID=cds-WP_003417741.1;Parent=gene-BQ2027_RS20565;Dbxref=GenBank:WP_003417741.1;Name=WP_003417741.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217870.2;locus_tag=BQ2027_RS20565;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003417741.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3727050 3727439 . + . ID=gene-BQ2027_RS17300;Name=BQ2027_RS17300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17300;old_locus_tag=BQ2027_MB3389 +Chromosome Protein Homology CDS 3727050 3727439 . + 0 ID=cds-WP_010950876.1;Parent=gene-BQ2027_RS17300;Dbxref=GenBank:WP_010950876.1;Name=WP_010950876.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217871.1;locus_tag=BQ2027_RS17300;product=DUF732 domain-containing protein;protein_id=WP_010950876.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3727453 3727746 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17310;Name=folD;gbkey=Gene;gene=folD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17310;old_locus_tag=BQ2027_MB3391C +Chromosome Protein Homology CDS 3727743 3728588 . - 0 ID=cds-WP_010950877.1;Parent=gene-BQ2027_RS17310;Dbxref=GenBank:WP_010950877.1;Name=WP_010950877.1;Ontology_term=GO:0004488;gbkey=CDS;gene=folD;go_function=methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity|0004488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015354771.1;locus_tag=BQ2027_RS17310;product=bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase;protein_id=WP_010950877.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3728712 3728987 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17320;Name=relK;gbkey=Gene;gene=relK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17320;old_locus_tag=BQ2027_MB3393 +Chromosome Protein Homology CDS 3728984 3729241 . + 0 ID=cds-WP_003417760.1;Parent=gene-BQ2027_RS17320;Dbxref=GenBank:WP_003417760.1;Name=WP_003417760.1;Ontology_term=GO:0008219;gbkey=CDS;gene=relK;go_process=cell death|0008219||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217875.1;locus_tag=BQ2027_RS17320;product=Txe/YoeB family addiction module toxin;protein_id=WP_003417760.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3729283 3730473 . + . ID=gene-BQ2027_RS17325;Name=BQ2027_RS17325;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17325;old_locus_tag=BQ2027_MB3394 +Chromosome Protein Homology CDS 3729283 3730473 . + 0 ID=cds-WP_003900033.1;Parent=gene-BQ2027_RS17325;Dbxref=GenBank:WP_003900033.1;Name=WP_003900033.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217876.1;locus_tag=BQ2027_RS17325;product=NADH:flavin oxidoreductase;protein_id=WP_003900033.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3730590 3730958 . + . ID=gene-BQ2027_RS17330;Name=BQ2027_RS17330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17330;old_locus_tag=BQ2027_MB3395 +Chromosome Protein Homology CDS 3730590 3730958 . + 0 ID=cds-WP_003417765.1;Parent=gene-BQ2027_RS17330;Dbxref=GenBank:WP_003417765.1;Name=WP_003417765.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217877.1;locus_tag=BQ2027_RS17330;product=FHA domain-containing protein;protein_id=WP_003417765.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3730955 3731506 . - . ID=gene-BQ2027_RS17335;Name=mfpA;gbkey=Gene;gene=mfpA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17335;old_locus_tag=BQ2027_MB3396C +Chromosome Protein Homology CDS 3730955 3731506 . - 0 ID=cds-WP_003417767.1;Parent=gene-BQ2027_RS17335;Dbxref=GenBank:WP_003417767.1;Name=WP_003417767.1;gbkey=CDS;gene=mfpA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217878.1;locus_tag=BQ2027_RS17335;product=pentapeptide repeat protein MfpA;protein_id=WP_003417767.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3731513 3732094 . - . ID=gene-BQ2027_RS17340;Name=BQ2027_RS17340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17340;old_locus_tag=BQ2027_MB3397C +Chromosome Protein Homology CDS 3731513 3732094 . - 0 ID=cds-WP_003417769.1;Parent=gene-BQ2027_RS17340;Dbxref=GenBank:WP_003417769.1;Name=WP_003417769.1;Ontology_term=GO:0003924,GO:0005525;gbkey=CDS;go_function=GTPase activity|0003924||IEA,GTP binding|0005525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217879.1;locus_tag=BQ2027_RS17340;product=GTP-binding protein;protein_id=WP_003417769.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3732075 3732443 . - . ID=gene-BQ2027_RS17345;Name=BQ2027_RS17345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17345;old_locus_tag=BQ2027_MB3398C +Chromosome Protein Homology CDS 3732075 3732443 . - 0 ID=cds-WP_003417772.1;Parent=gene-BQ2027_RS17345;Dbxref=GenBank:WP_003417772.1;Name=WP_003417772.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217880.1;locus_tag=BQ2027_RS17345;product=DUF742 domain-containing protein;protein_id=WP_003417772.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3732421 3732813 . - . ID=gene-BQ2027_RS17350;Name=BQ2027_RS17350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17350;old_locus_tag=BQ2027_MB3399C +Chromosome Protein Homology CDS 3732421 3732813 . - 0 ID=cds-WP_003417776.1;Parent=gene-BQ2027_RS17350;Dbxref=GenBank:WP_003417776.1;Name=WP_003417776.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217881.1;locus_tag=BQ2027_RS17350;product=serine protease inhibitor;protein_id=WP_003417776.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3732810 3735440 . - . ID=gene-BQ2027_RS17355;Name=BQ2027_RS17355;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17355;old_locus_tag=BQ2027_MB3400C +Chromosome Protein Homology CDS 3732810 3735440 . - 0 ID=cds-WP_003900676.1;Parent=gene-BQ2027_RS17355;Dbxref=GenBank:WP_003900676.1;Name=WP_003900676.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217882.1;locus_tag=BQ2027_RS17355;product=sensor histidine kinase;protein_id=WP_003900676.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3735676 3736140 . + . ID=gene-BQ2027_RS17360;Name=spoU;gbkey=Gene;gene=spoU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17360;old_locus_tag=BQ2027_MB3401 +Chromosome Protein Homology CDS 3735676 3736140 . + 0 ID=cds-WP_003417878.1;Parent=gene-BQ2027_RS17360;Dbxref=GenBank:WP_003417878.1;Name=WP_003417878.1;Ontology_term=GO:0001510,GO:0003723,GO:0008173,GO:0141098,GO:1904047;gbkey=CDS;gene=spoU;go_function=RNA binding|0003723||IEA,RNA methyltransferase activity|0008173||IEA,tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity|0141098||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=RNA methylation|0001510||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217883.1;locus_tag=BQ2027_RS17360;product=tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase;protein_id=WP_003417878.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3736507 3738387 . + . ID=gene-BQ2027_RS17365;Name=BQ2027_RS17365;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17365;old_locus_tag=BQ2027_MB3402 +Chromosome Protein Homology CDS 3736507 3738387 . + 0 ID=cds-WP_010950878.1;Parent=gene-BQ2027_RS17365;Dbxref=GenBank:WP_010950878.1;Name=WP_010950878.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010950878.1;locus_tag=BQ2027_RS17365;product=PE family protein;protein_id=WP_010950878.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3738388 3739032 . - . ID=gene-BQ2027_RS17370;Name=BQ2027_RS17370;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17370;old_locus_tag=BQ2027_MB3403C +Chromosome Protein Homology CDS 3738388 3739032 . - 0 ID=cds-WP_003417881.1;Parent=gene-BQ2027_RS17370;Dbxref=GenBank:WP_003417881.1;Name=WP_003417881.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217885.1;locus_tag=BQ2027_RS17370;product=nitroreductase family protein;protein_id=WP_003417881.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3739055 3739465 . + . ID=gene-BQ2027_RS17375;Name=BQ2027_RS17375;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17375;old_locus_tag=BQ2027_MB3404 +Chromosome Protein Homology CDS 3739055 3739465 . + 0 ID=cds-WP_003912209.1;Parent=gene-BQ2027_RS17375;Dbxref=GenBank:WP_003912209.1;Name=WP_003912209.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912209.1;locus_tag=BQ2027_RS17375;product=TIGR03667 family PPOX class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003912209.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3739554 3742829 . - . ID=gene-BQ2027_RS17380;Name=dnaE2;gbkey=Gene;gene=dnaE2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17380;old_locus_tag=BQ2027_MB3405C +Chromosome Protein Homology CDS 3739554 3742829 . - 0 ID=cds-WP_003417885.1;Parent=gene-BQ2027_RS17380;Dbxref=GenBank:WP_003417885.1;Name=WP_003417885.1;gbkey=CDS;gene=dnaE2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003417885.1;locus_tag=BQ2027_RS17380;product=error-prone DNA polymerase DnaE2;protein_id=WP_003417885.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3742985 3744325 . + . ID=gene-BQ2027_RS17385;Name=BQ2027_RS17385;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17385;old_locus_tag=BQ2027_MB3406 +Chromosome Protein Homology CDS 3742985 3744325 . + 0 ID=cds-WP_003417889.1;Parent=gene-BQ2027_RS17385;Dbxref=GenBank:WP_003417889.1;Name=WP_003417889.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217888.1;locus_tag=BQ2027_RS17385;product=diacyglycerol O-acyltransferase;protein_id=WP_003417889.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3744367 3745542 . + . ID=gene-BQ2027_RS17390;Name=otsB;gbkey=Gene;gene=otsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17390;old_locus_tag=BQ2027_MB3407 +Chromosome Protein Homology CDS 3744367 3745542 . + 0 ID=cds-WP_003417892.1;Parent=gene-BQ2027_RS17390;Dbxref=GenBank:WP_003417892.1;Name=WP_003417892.1;Ontology_term=GO:0005992,GO:0004805;gbkey=CDS;gene=otsB;go_function=trehalose-phosphatase activity|0004805||IEA;go_process=trehalose biosynthetic process|0005992||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217889.1;locus_tag=BQ2027_RS17390;product=trehalose-phosphatase;protein_id=WP_003417892.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3745596 3745685 . + . ID=gene-BQ2027_RS17395;Name=BQ2027_RS17395;end_range=3745685,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17395;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3745596 3745685 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS17395;Parent=gene-BQ2027_RS17395;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;end_range=3745685,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177968.1;locus_tag=BQ2027_RS17395;partial=true;product=PE domain-containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3745860 3746669 . + . ID=gene-BQ2027_RS17400;Name=BQ2027_RS17400;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17400;old_locus_tag=BQ2027_MB3408 +Chromosome Protein Homology CDS 3745860 3746669 . + 0 ID=cds-WP_196774961.1;Parent=gene-BQ2027_RS17400;Dbxref=GenBank:WP_196774961.1;Name=WP_196774961.1;Ontology_term=GO:0016829;gbkey=CDS;go_function=lyase activity|0016829||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF012596.6;locus_tag=BQ2027_RS17400;product=enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein;protein_id=WP_196774961.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3746674 3748101 . + . ID=gene-BQ2027_RS17405;Name=amiD;gbkey=Gene;gene=amiD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17405;old_locus_tag=BQ2027_MB3409 +Chromosome Protein Homology CDS 3746674 3748101 . + 0 ID=cds-WP_003417900.1;Parent=gene-BQ2027_RS17405;Dbxref=GenBank:WP_003417900.1;Name=WP_003417900.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;gene=amiD;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217892.1;locus_tag=BQ2027_RS17405;product=amidase;protein_id=WP_003417900.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3748209 3748862 . + . ID=gene-BQ2027_RS17410;Name=BQ2027_RS17410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17410;old_locus_tag=BQ2027_MB3410 +Chromosome Protein Homology CDS 3748209 3748862 . + 0 ID=cds-WP_003417903.1;Parent=gene-BQ2027_RS17410;Dbxref=GenBank:WP_003417903.1;Name=WP_003417903.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217893.1;locus_tag=BQ2027_RS17410;product=HAD family hydrolase;protein_id=WP_003417903.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3748901 3750405 . - . ID=gene-BQ2027_RS17415;Name=BQ2027_RS17415;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17415;old_locus_tag=BQ2027_MB3411C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3748901 3750405 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS17415;Parent=gene-BQ2027_RS17415;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217894.1;locus_tag=BQ2027_RS17415;product=type B diterpene cyclase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3750410 3751300 . - . ID=gene-BQ2027_RS17420;Name=BQ2027_RS17420;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17420;old_locus_tag=BQ2027_MB3412C +Chromosome Protein Homology CDS 3750410 3751300 . - 0 ID=cds-WP_003417908.1;Parent=gene-BQ2027_RS17420;Dbxref=GenBank:WP_003417908.1;Name=WP_003417908.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217895.1;locus_tag=BQ2027_RS17420;product=diterpene synthase;protein_id=WP_003417908.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3751309 3753147 . - . ID=gene-BQ2027_RS17425;Name=BQ2027_RS17425;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17425;old_locus_tag=BQ2027_MB3413C +Chromosome Protein Homology CDS 3751309 3753147 . - 0 ID=cds-WP_023349617.1;Parent=gene-BQ2027_RS17425;Dbxref=GenBank:WP_023349617.1;Name=WP_023349617.1;Ontology_term=GO:0016114,GO:0008661;gbkey=CDS;go_function=1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity|0008661||IEA;go_process=terpenoid biosynthetic process|0016114||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351305.1;locus_tag=BQ2027_RS17425;product=1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase;protein_id=WP_023349617.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3753144 3754133 . - . ID=gene-BQ2027_RS17430;Name=ispH;gbkey=Gene;gene=ispH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17430;old_locus_tag=BQ2027_MB3414C +Chromosome Protein Homology CDS 3753144 3754133 . - 0 ID=cds-WP_003417912.1;Parent=gene-BQ2027_RS17430;Dbxref=GenBank:WP_003417912.1;Name=WP_003417912.1;Ontology_term=GO:0019288,GO:0050992,GO:0046872,GO:0051745;gbkey=CDS;gene=ispH;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity|0051745||IEA;go_process=isopentenyl diphosphate biosynthetic process%2C methylerythritol 4-phosphate pathway|0019288||IEA,dimethylallyl diphosphate biosynthetic process|0050992||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177967.1;locus_tag=BQ2027_RS17430;product=4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase;protein_id=WP_003417912.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3754133 3755185 . - . ID=gene-BQ2027_RS17435;Name=idsB;gbkey=Gene;gene=idsB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17435;old_locus_tag=BQ2027_MB3415C +Chromosome Protein Homology CDS 3754133 3755185 . - 0 ID=cds-WP_003900678.1;Parent=gene-BQ2027_RS17435;Dbxref=GenBank:WP_003900678.1;Name=WP_003900678.1;Ontology_term=GO:0008299,GO:0033386,GO:0004311,GO:0004659;gbkey=CDS;gene=idsB;go_function=geranylgeranyl diphosphate synthase activity|0004311||IEA,prenyltransferase activity|0004659||IEA;go_process=isoprenoid biosynthetic process|0008299||IEA,geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process|0033386||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217900.1;locus_tag=BQ2027_RS17435;product=geranylgeranyl diphosphate synthase IdsB;protein_id=WP_003900678.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3755939 3756331 . - . ID=gene-BQ2027_RS17440;Name=BQ2027_RS17440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17440;old_locus_tag=BQ2027_MB3416C +Chromosome Protein Homology CDS 3755939 3756331 . - 0 ID=cds-WP_003417916.1;Parent=gene-BQ2027_RS17440;Dbxref=GenBank:WP_003417916.1;Name=WP_003417916.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217901.1;locus_tag=BQ2027_RS17440;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003417916.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3756331 3756606 . - . ID=gene-BQ2027_RS17445;Name=BQ2027_RS17445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17445;old_locus_tag=BQ2027_MB3417C +Chromosome Protein Homology CDS 3756331 3756606 . - 0 ID=cds-WP_003912214.1;Parent=gene-BQ2027_RS17445;Dbxref=GenBank:WP_003912214.1;Name=WP_003912214.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912214.1;locus_tag=BQ2027_RS17445;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003912214.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3756788 3758159 . + . ID=gene-BQ2027_RS17450;Name=BQ2027_RS17450;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17450;old_locus_tag=BQ2027_IS1560-2;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3756788 3758159 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS17450;Parent=gene-BQ2027_RS17450;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_076612244.1;locus_tag=BQ2027_RS17450;product=ISNCY family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3758349 3760598 . + . ID=gene-BQ2027_RS17455;Name=BQ2027_RS17455;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17455;old_locus_tag=BQ2027_MB3420 +Chromosome Protein Homology CDS 3758349 3760598 . + 0 ID=cds-WP_010950881.1;Parent=gene-BQ2027_RS17455;Dbxref=GenBank:WP_010950881.1;Name=WP_010950881.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011799349.1;locus_tag=BQ2027_RS17455;product=PE family protein;protein_id=WP_010950881.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3760669 3761541 . - . ID=gene-BQ2027_RS17460;Name=htdY;gbkey=Gene;gene=htdY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17460;old_locus_tag=BQ2027_MB3421C +Chromosome Protein Homology CDS 3760669 3761541 . - 0 ID=cds-WP_010950882.1;Parent=gene-BQ2027_RS17460;Dbxref=GenBank:WP_010950882.1;Name=WP_010950882.1;gbkey=CDS;gene=htdY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217906.1;locus_tag=BQ2027_RS17460;product=3-hydroxyacyl-thioester dehydratase HtdY;protein_id=WP_010950882.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3761615 3762325 . + . ID=gene-BQ2027_RS17465;Name=lpqD;gbkey=Gene;gene=lpqD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17465;old_locus_tag=BQ2027_MB3422 +Chromosome Protein Homology CDS 3761615 3762325 . + 0 ID=cds-WP_003417932.1;Parent=gene-BQ2027_RS17465;Dbxref=GenBank:WP_003417932.1;Name=WP_003417932.1;Ontology_term=GO:0016791;gbkey=CDS;gene=lpqD;go_function=phosphatase activity|0016791||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217907.1;locus_tag=BQ2027_RS17465;product=histidine phosphatase family protein;protein_id=WP_003417932.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3762371 3764323 . + . ID=gene-BQ2027_RS17470;Name=BQ2027_RS17470;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17470;old_locus_tag=BQ2027_MB3423 +Chromosome Protein Homology CDS 3762371 3764323 . + 0 ID=cds-WP_003417940.1;Parent=gene-BQ2027_RS17470;Dbxref=GenBank:WP_003417940.1;Name=WP_003417940.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217908.1;locus_tag=BQ2027_RS17470;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003417940.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3764324 3765187 . - . ID=gene-BQ2027_RS17475;Name=cmaA1;gbkey=Gene;gene=cmaA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17475;old_locus_tag=BQ2027_MB3424C +Chromosome Protein Homology CDS 3764324 3765187 . - 0 ID=cds-WP_003417944.1;Parent=gene-BQ2027_RS17475;Dbxref=GenBank:WP_003417944.1;Name=WP_003417944.1;gbkey=CDS;gene=cmaA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217909.1;locus_tag=BQ2027_RS17475;product=cyclopropane mycolic acid synthase CmaA1;protein_id=WP_003417944.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3765211 3766137 . + . ID=gene-BQ2027_RS17480;Name=iunH;gbkey=Gene;gene=iunH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17480;old_locus_tag=BQ2027_MB3425 +Chromosome Protein Homology CDS 3765211 3766137 . + 0 ID=cds-WP_003417946.1;Parent=gene-BQ2027_RS17480;Dbxref=GenBank:WP_003417946.1;Name=WP_003417946.1;gbkey=CDS;gene=iunH;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217910.1;locus_tag=BQ2027_RS17480;product=nucleoside hydrolase IunH;protein_id=WP_003417946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3766192 3767775 . - . ID=gene-BQ2027_RS17485;Name=BQ2027_RS17485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17485;old_locus_tag=BQ2027_MB3426C +Chromosome Protein Homology CDS 3766192 3767775 . - 0 ID=cds-WP_003900042.1;Parent=gene-BQ2027_RS17485;Dbxref=GenBank:WP_003900042.1;Name=WP_003900042.1;Ontology_term=GO:0006261,GO:0000287,GO:0003684,GO:0003887;gbkey=CDS;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,damaged DNA binding|0003684||IEA,DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA;go_process=DNA-templated DNA replication|0006261||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217911.1;locus_tag=BQ2027_RS17485;product=DNA polymerase Y family protein;protein_id=WP_003900042.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3767772 3768386 . - . ID=gene-BQ2027_RS17490;Name=BQ2027_RS17490;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17490;old_locus_tag=BQ2027_MB3427C +Chromosome Protein Homology CDS 3767772 3768386 . - 0 ID=cds-WP_003910772.1;Parent=gene-BQ2027_RS17490;Dbxref=GenBank:WP_003910772.1;Name=WP_003910772.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217912.2;locus_tag=BQ2027_RS17490;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003910772.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3768385 3769095 . + . ID=gene-BQ2027_RS17495;Name=BQ2027_RS17495;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17495;old_locus_tag=BQ2027_MB3428 +Chromosome Protein Homology CDS 3768385 3769095 . + 0 ID=cds-WP_003900680.1;Parent=gene-BQ2027_RS17495;Dbxref=GenBank:WP_003900680.1;Name=WP_003900680.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017487565.1;locus_tag=BQ2027_RS17495;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900680.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3769251 3770828 . - . ID=gene-BQ2027_RS17500;Name=guaA;gbkey=Gene;gene=guaA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17500;old_locus_tag=BQ2027_MB3429C +Chromosome Protein Homology CDS 3769251 3770828 . - 0 ID=cds-WP_003417952.1;Parent=gene-BQ2027_RS17500;Dbxref=GenBank:WP_003417952.1;Name=WP_003417952.1;Ontology_term=GO:0006177,GO:0003922,GO:0005524,GO:0016462;gbkey=CDS;gene=guaA;go_function=GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0003922||IEA,ATP binding|0005524||IEA,pyrophosphatase activity|0016462||IEA;go_process=GMP biosynthetic process|0006177||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217913.1;locus_tag=BQ2027_RS17500;product=glutamine-hydrolyzing GMP synthase;protein_id=WP_003417952.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3770840 3771748 . - . ID=gene-BQ2027_RS17505;Name=hpnD;gbkey=Gene;gene=hpnD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17505;old_locus_tag=BQ2027_MB3430C +Chromosome Protein Homology CDS 3770840 3771748 . - 0 ID=cds-WP_003417954.1;Parent=gene-BQ2027_RS17505;Dbxref=GenBank:WP_003417954.1;Name=WP_003417954.1;Ontology_term=GO:0016117,GO:0046905;gbkey=CDS;gene=hpnD;go_function=15-cis-phytoene synthase activity|0046905||IEA;go_process=carotenoid biosynthetic process|0016117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217914.1;locus_tag=BQ2027_RS17505;product=presqualene diphosphate synthase HpnD;protein_id=WP_003417954.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3771777 3772856 . - . ID=gene-BQ2027_RS17510;Name=idsA1;gbkey=Gene;gene=idsA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17510;old_locus_tag=BQ2027_MB3431C +Chromosome Protein Homology CDS 3771777 3772856 . - 0 ID=cds-WP_003417957.1;Parent=gene-BQ2027_RS17510;Dbxref=GenBank:WP_003417957.1;Name=WP_003417957.1;gbkey=CDS;gene=idsA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177970.1;locus_tag=BQ2027_RS17510;product=(2E%2C6E)-farnesyl diphosphate synthase;protein_id=WP_003417957.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3773005 3773925 . + . ID=gene-BQ2027_RS17515;Name=BQ2027_RS17515;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17515;old_locus_tag=BQ2027_MB3432 +Chromosome Protein Homology CDS 3773005 3773925 . + 0 ID=cds-WP_003912218.1;Parent=gene-BQ2027_RS17515;Dbxref=GenBank:WP_003912218.1;Name=WP_003912218.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009936179.1;locus_tag=BQ2027_RS17515;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003912218.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3773989 3774777 . + . ID=gene-BQ2027_RS17520;Name=BQ2027_RS17520;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17520;old_locus_tag=BQ2027_MB3433 +Chromosome Protein Homology CDS 3773989 3774777 . + 0 ID=cds-WP_003417961.1;Parent=gene-BQ2027_RS17520;Dbxref=GenBank:WP_003417961.1;Name=WP_003417961.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217917.1;locus_tag=BQ2027_RS17520;product=beta-phosphoglucomutase family hydrolase;protein_id=WP_003417961.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3774792 3777152 . + . ID=gene-BQ2027_RS17525;Name=BQ2027_RS17525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17525;old_locus_tag=BQ2027_MB3434 +Chromosome Protein Homology CDS 3774792 3777152 . + 0 ID=cds-WP_010950883.1;Parent=gene-BQ2027_RS17525;Dbxref=GenBank:WP_010950883.1;Name=WP_010950883.1;Ontology_term=GO:0005975,GO:0016787,GO:0030246;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,carbohydrate binding|0030246||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217918.1;locus_tag=BQ2027_RS17525;product=glycoside hydrolase family 65 protein;protein_id=WP_010950883.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3777312 3777701 . - . ID=gene-BQ2027_RS20570;Name=BQ2027_RS20570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20570 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 3777312 3777701 . - 0 ID=cds-WP_173427081.1;Parent=gene-BQ2027_RS20570;Dbxref=GenBank:WP_173427081.1;Name=WP_173427081.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS20570;product=hypothetical protein;protein_id=WP_173427081.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3777694 3778932 . - . ID=gene-BQ2027_RS17535;Name=BQ2027_RS17535;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17535;old_locus_tag=BQ2027_MB3436C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3777694 3778932 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS17535;Parent=gene-BQ2027_RS17535;Note=internal stop;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217919.1;locus_tag=BQ2027_RS17535;product=DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3779303 3780904 . - . ID=gene-BQ2027_RS17540;Name=BQ2027_RS17540;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17540;old_locus_tag=BQ2027_MB3437C +Chromosome Protein Homology CDS 3779303 3780904 . - 0 ID=cds-WP_003417969.1;Parent=gene-BQ2027_RS17540;Dbxref=GenBank:WP_003417969.1;Name=WP_003417969.1;Ontology_term=GO:0000166;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217920.1;locus_tag=BQ2027_RS17540;product=FAD/NAD(P)-binding protein;protein_id=WP_003417969.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3780921 3781625 . - . ID=gene-BQ2027_RS17545;Name=BQ2027_RS17545;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17545;old_locus_tag=BQ2027_MB3438C +Chromosome Protein Homology CDS 3780921 3781625 . - 0 ID=cds-WP_003417980.1;Parent=gene-BQ2027_RS17545;Dbxref=GenBank:WP_003417980.1;Name=WP_003417980.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217921.1;locus_tag=BQ2027_RS17545;product=dTDP-4-amino-4%2C6-dideoxyglucose formyltransferase;protein_id=WP_003417980.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3781743 3782309 . - . ID=gene-BQ2027_RS17550;Name=BQ2027_RS17550;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17550;old_locus_tag=BQ2027_MB3439C +Chromosome Protein Homology CDS 3781743 3782309 . - 0 ID=cds-WP_003417984.1;Parent=gene-BQ2027_RS17550;Dbxref=GenBank:WP_003417984.1;Name=WP_003417984.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217922.1;locus_tag=BQ2027_RS17550;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003417984.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3782371 3783258 . + . ID=gene-BQ2027_RS17555;Name=BQ2027_RS17555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17555;old_locus_tag=BQ2027_MB3440 +Chromosome Protein Homology CDS 3782371 3783258 . + 0 ID=cds-WP_003900050.1;Parent=gene-BQ2027_RS17555;Dbxref=GenBank:WP_003900050.1;Name=WP_003900050.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217923.1;locus_tag=BQ2027_RS17555;product=alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase;protein_id=WP_003900050.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3783314 3783592 . + . ID=gene-BQ2027_RS17560;Name=BQ2027_RS17560;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17560;old_locus_tag=BQ2027_MB3441 +Chromosome Protein Homology CDS 3783314 3783592 . + 0 ID=cds-WP_003912220.1;Parent=gene-BQ2027_RS17560;Dbxref=GenBank:WP_003912220.1;Name=WP_003912220.1;Ontology_term=GO:0110001;gbkey=CDS;go_component=toxin-antitoxin complex|0110001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912220.1;locus_tag=BQ2027_RS17560;product=type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin;protein_id=WP_003912220.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3783589 3783999 . + . ID=gene-BQ2027_RS17565;Name=BQ2027_RS17565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17565;old_locus_tag=BQ2027_MB3442 +Chromosome Protein Homology CDS 3783589 3783999 . + 0 ID=cds-WP_003417998.1;Parent=gene-BQ2027_RS17565;Dbxref=GenBank:WP_003417998.1;Name=WP_003417998.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217925.1;locus_tag=BQ2027_RS17565;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003417998.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3784032 3785768 . - . ID=gene-BQ2027_RS17570;Name=choD;gbkey=Gene;gene=choD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17570;old_locus_tag=BQ2027_MB3443C +Chromosome Protein Homology CDS 3784032 3785768 . - 0 ID=cds-WP_003418002.1;Parent=gene-BQ2027_RS17570;Dbxref=GenBank:WP_003418002.1;Name=WP_003418002.1;gbkey=CDS;gene=choD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217926.1;locus_tag=BQ2027_RS17570;product=cholesterol oxidase;protein_id=WP_003418002.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3785824 3786951 . - . ID=gene-BQ2027_RS17575;Name=BQ2027_RS17575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17575;old_locus_tag=BQ2027_MB3444C +Chromosome Protein Homology CDS 3785824 3786951 . - 0 ID=cds-WP_003418005.1;Parent=gene-BQ2027_RS17575;Dbxref=GenBank:WP_003418005.1;Name=WP_003418005.1;Ontology_term=GO:0003938;gbkey=CDS;go_function=IMP dehydrogenase activity|0003938||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217927.1;locus_tag=BQ2027_RS17575;product=GuaB3 family IMP dehydrogenase-related protein;protein_id=WP_003418005.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3786971 3788560 . - . ID=gene-BQ2027_RS17580;Name=guaB;gbkey=Gene;gene=guaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17580;old_locus_tag=BQ2027_MB3445C +Chromosome Protein Homology CDS 3786971 3788560 . - 0 ID=cds-WP_003900682.1;Parent=gene-BQ2027_RS17580;Dbxref=GenBank:WP_003900682.1;Name=WP_003900682.1;Ontology_term=GO:0006164,GO:0003938;gbkey=CDS;gene=guaB;go_function=IMP dehydrogenase activity|0003938||IEA;go_process=purine nucleotide biosynthetic process|0006164||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217928.1;locus_tag=BQ2027_RS17580;product=IMP dehydrogenase;protein_id=WP_003900682.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3788767 3789177 . + . ID=gene-BQ2027_RS17585;Name=BQ2027_RS17585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17585;old_locus_tag=BQ2027_MB3446 +Chromosome Protein Homology CDS 3788767 3789177 . + 0 ID=cds-WP_003418008.1;Parent=gene-BQ2027_RS17585;Dbxref=GenBank:WP_003418008.1;Name=WP_003418008.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217929.1;locus_tag=BQ2027_RS17585;product=DUF5319 domain-containing protein;protein_id=WP_003418008.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3789187 3790086 . - . ID=gene-BQ2027_RS17590;Name=rsdA;gbkey=Gene;gene=rsdA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17590;old_locus_tag=BQ2027_MB3447C +Chromosome Protein Homology CDS 3789187 3790086 . - 0 ID=cds-WP_003418011.1;Parent=gene-BQ2027_RS17590;Dbxref=GenBank:WP_003418011.1;Name=WP_003418011.1;gbkey=CDS;gene=rsdA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217930.1;locus_tag=BQ2027_RS17590;product=anti-sigma D factor RsdA;protein_id=WP_003418011.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3790079 3790654 . - . ID=gene-BQ2027_RS17595;Name=sigD;gbkey=Gene;gene=sigD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17595;old_locus_tag=BQ2027_MB3448C +Chromosome Protein Homology CDS 3790079 3790654 . - 0 ID=cds-WP_003917787.1;Parent=gene-BQ2027_RS17595;Dbxref=GenBank:WP_003917787.1;Name=WP_003917787.1;gbkey=CDS;gene=sigD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917787.1;locus_tag=BQ2027_RS17595;product=ECF RNA polymerase sigma factor SigD;protein_id=WP_003917787.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3790735 3791562 . - . ID=gene-BQ2027_RS17600;Name=BQ2027_RS17600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17600;old_locus_tag=BQ2027_MB3449C +Chromosome Protein Homology CDS 3790735 3791562 . - 0 ID=cds-WP_003900051.1;Parent=gene-BQ2027_RS17600;Dbxref=GenBank:WP_003900051.1;Name=WP_003900051.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217932.1;locus_tag=BQ2027_RS17600;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900051.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3791933 3792241 . + . ID=gene-BQ2027_RS17605;Name=whiB3;gbkey=Gene;gene=whiB3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17605;old_locus_tag=BQ2027_MB3450 +Chromosome Protein Homology CDS 3791933 3792241 . + 0 ID=cds-WP_003418017.1;Parent=gene-BQ2027_RS17605;Dbxref=GenBank:WP_003418017.1;Name=WP_003418017.1;gbkey=CDS;gene=whiB3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217933.1;locus_tag=BQ2027_RS17605;product=redox-responsive transcriptional regulator WhiB3;protein_id=WP_003418017.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3792313 3793932 . - . ID=gene-BQ2027_RS17610;Name=groL;gbkey=Gene;gene=groL;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17610;old_locus_tag=BQ2027_MB3451C +Chromosome Protein Homology CDS 3792313 3793932 . - 0 ID=cds-WP_003418021.1;Parent=gene-BQ2027_RS17610;Dbxref=GenBank:WP_003418021.1;Name=WP_003418021.1;Note=60 kDa chaperone family%3B promotes refolding of misfolded polypeptides especially under stressful conditions%3B forms two stacked rings of heptamers to form a barrel-shaped 14mer%3B ends can be capped by GroES%3B misfolded proteins enter the barrel where they are refolded when GroES binds;Ontology_term=GO:0042026,GO:0140662;gbkey=CDS;gene=groL;go_function=ATP-dependent protein folding chaperone|0140662||IEA;go_process=protein refolding|0042026||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217934.1;locus_tag=BQ2027_RS17610;product=chaperonin GroEL;protein_id=WP_003418021.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3794027 3794329 . - . ID=gene-BQ2027_RS17615;Name=groES;gbkey=Gene;gene=groES;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17615;old_locus_tag=BQ2027_MB3452C +Chromosome Protein Homology CDS 3794027 3794329 . - 0 ID=cds-WP_003418028.1;Parent=gene-BQ2027_RS17615;Dbxref=GenBank:WP_003418028.1;Name=WP_003418028.1;Ontology_term=GO:0006457,GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;gene=groES;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=protein folding|0006457||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003929249.1;locus_tag=BQ2027_RS17615;product=co-chaperone GroES;protein_id=WP_003418028.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3794596 3795630 . - . ID=gene-BQ2027_RS17620;Name=tsaD;gbkey=Gene;gene=tsaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17620;old_locus_tag=BQ2027_MB3453C +Chromosome Protein Homology CDS 3794596 3795630 . - 0 ID=cds-WP_003900052.1;Parent=gene-BQ2027_RS17620;Dbxref=GenBank:WP_003900052.1;Name=WP_003900052.1;Ontology_term=GO:0002949;gbkey=CDS;gene=tsaD;go_process=tRNA threonylcarbamoyladenosine modification|0002949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217936.1;locus_tag=BQ2027_RS17620;product=tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD;protein_id=WP_003900052.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3795627 3796103 . - . ID=gene-BQ2027_RS17625;Name=rimI;gbkey=Gene;gene=rimI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17625;old_locus_tag=BQ2027_MB3454C +Chromosome Protein Homology CDS 3795627 3796103 . - 0 ID=cds-WP_003418034.1;Parent=gene-BQ2027_RS17625;Dbxref=GenBank:WP_003418034.1;Name=WP_003418034.1;Ontology_term=GO:0036211,GO:0042254,GO:0008999;gbkey=CDS;gene=rimI;go_function=protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity|0008999||IEA;go_process=protein modification process|0036211||IEA,ribosome biogenesis|0042254||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217937.1;locus_tag=BQ2027_RS17625;product=ribosomal protein S18-alanine N-acetyltransferase;protein_id=WP_003418034.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3796100 3796735 . - . ID=gene-BQ2027_RS17630;Name=tsaB;gbkey=Gene;gene=tsaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17630;old_locus_tag=BQ2027_MB3455C +Chromosome Protein Homology CDS 3796100 3796735 . - 0 ID=cds-WP_003418038.1;Parent=gene-BQ2027_RS17630;Dbxref=GenBank:WP_003418038.1;Name=WP_003418038.1;Ontology_term=GO:0002949;gbkey=CDS;gene=tsaB;go_process=tRNA threonylcarbamoyladenosine modification|0002949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217938.1;locus_tag=BQ2027_RS17630;product=tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB;protein_id=WP_003418038.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3796732 3797238 . - . ID=gene-BQ2027_RS17635;Name=tsaE;gbkey=Gene;gene=tsaE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17635;old_locus_tag=BQ2027_MB3456C +Chromosome Protein Homology CDS 3796732 3797238 . - 0 ID=cds-WP_003418042.1;Parent=gene-BQ2027_RS17635;Dbxref=GenBank:WP_003418042.1;Name=WP_003418042.1;Ontology_term=GO:0002949;gbkey=CDS;gene=tsaE;go_process=tRNA threonylcarbamoyladenosine modification|0002949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217939.1;locus_tag=BQ2027_RS17635;product=tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE;protein_id=WP_003418042.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3797235 3798395 . - . ID=gene-BQ2027_RS17640;Name=alr;gbkey=Gene;gene=alr;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17640;old_locus_tag=BQ2027_MB3457C +Chromosome Protein Homology CDS 3797235 3798395 . - 0 ID=cds-WP_023637501.1;Parent=gene-BQ2027_RS17640;Dbxref=GenBank:WP_023637501.1;Name=WP_023637501.1;Ontology_term=GO:0006522,GO:0009252,GO:0008784;gbkey=CDS;gene=alr;go_function=alanine racemase activity|0008784||IEA;go_process=alanine metabolic process|0006522||IEA,peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015303874.1;locus_tag=BQ2027_RS17640;product=alanine racemase;protein_id=WP_023637501.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3798421 3798651 . + . ID=gene-BQ2027_RS17645;Name=BQ2027_RS17645;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17645 +Chromosome Protein Homology CDS 3798421 3798651 . + 0 ID=cds-WP_003900685.1;Parent=gene-BQ2027_RS17645;Dbxref=GenBank:WP_003900685.1;Name=WP_003900685.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900685.1;locus_tag=BQ2027_RS17645;product=histone acetyltransferase;protein_id=WP_003900685.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3798755 3799117 . - . ID=gene-BQ2027_RS17650;Name=BQ2027_RS17650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17650;old_locus_tag=BQ2027_MB3458C +Chromosome Protein Homology CDS 3798755 3799117 . - 0 ID=cds-WP_003904310.1;Parent=gene-BQ2027_RS17650;Dbxref=GenBank:WP_003904310.1;Name=WP_003904310.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217941.1;locus_tag=BQ2027_RS17650;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003904310.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3799280 3799816 . + . ID=gene-BQ2027_RS17655;Name=BQ2027_RS17655;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17655;old_locus_tag=BQ2027_MB3459 +Chromosome Protein Homology CDS 3799280 3799816 . + 0 ID=cds-WP_010950885.1;Parent=gene-BQ2027_RS17655;Dbxref=GenBank:WP_010950885.1;Name=WP_010950885.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177973.1;locus_tag=BQ2027_RS17655;product=PPE family protein;protein_id=WP_010950885.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3799873 3800920 . - . ID=gene-BQ2027_RS17660;Name=BQ2027_RS17660;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17660;old_locus_tag=BQ2027_MB3460C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3799873 3800920 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS17660;Parent=gene-BQ2027_RS17660;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_086558364.1;locus_tag=BQ2027_RS17660;product=IS3 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3800959 3801114 . - . ID=gene-BQ2027_RS17665;Name=BQ2027_RS17665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17665 +Chromosome Protein Homology CDS 3800959 3801114 . - 0 ID=cds-WP_003418266.1;Parent=gene-BQ2027_RS17665;Dbxref=GenBank:WP_003418266.1;Name=WP_003418266.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_009030046.1;locus_tag=BQ2027_RS17665;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003418266.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3801139 3801294 . - . ID=gene-BQ2027_RS17670;Name=BQ2027_RS17670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17670 +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 3801139 3801294 . - 0 ID=cds-WP_003917789.1;Parent=gene-BQ2027_RS17670;Dbxref=GenBank:WP_003917789.1;Name=WP_003917789.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS17670;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917789.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3801421 3802269 . - . ID=gene-BQ2027_RS17675;Name=BQ2027_RS17675;end_range=3802269,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17675;old_locus_tag=BQ2027_IS1552;partial=true;pseudo=true;start_range=.,3801421 +Chromosome Protein Homology CDS 3801421 3802269 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS17675;Parent=gene-BQ2027_RS17675;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;Ontology_term=GO:0004803;end_range=3802269,.;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_032488867.1;locus_tag=BQ2027_RS17675;partial=true;product=IS256 family transposase;pseudo=true;start_range=.,3801421;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3802487 3803869 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17685;Name=BQ2027_RS17685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17685;old_locus_tag=BQ2027_MB3463C +Chromosome Protein Homology CDS 3803907 3805328 . - 0 ID=cds-WP_003418280.1;Parent=gene-BQ2027_RS17685;Dbxref=GenBank:WP_003418280.1;Name=WP_003418280.1;Ontology_term=GO:0016836;gbkey=CDS;go_function=hydro-lyase activity|0016836||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217950.1;locus_tag=BQ2027_RS17685;product=NAD(P)H-hydrate dehydratase;protein_id=WP_003418280.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3805330 3806043 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17710;Name=BQ2027_RS17710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17710;old_locus_tag=BQ2027_MB3468 +Chromosome Protein Homology CDS 3809512 3810354 . + 0 ID=cds-WP_003418298.1;Parent=gene-BQ2027_RS17710;Dbxref=GenBank:WP_003418298.1;Name=WP_003418298.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217955.1;locus_tag=BQ2027_RS17710;product=dienelactone hydrolase family protein;protein_id=WP_003418298.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3810374 3811777 . - . ID=gene-BQ2027_RS17715;Name=BQ2027_RS17715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17715;old_locus_tag=BQ2027_MB3469C +Chromosome Protein Homology CDS 3810374 3811777 . - 0 ID=cds-WP_003418300.1;Parent=gene-BQ2027_RS17715;Dbxref=GenBank:WP_003418300.1;Name=WP_003418300.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217956.1;locus_tag=BQ2027_RS17715;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003418300.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3811780 3812091 . - . ID=gene-BQ2027_RS17720;Name=BQ2027_RS17720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17720;old_locus_tag=BQ2027_MB3470C +Chromosome Protein Homology CDS 3811780 3812091 . - 0 ID=cds-WP_003418301.1;Parent=gene-BQ2027_RS17720;Dbxref=GenBank:WP_003418301.1;Name=WP_003418301.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217957.1;locus_tag=BQ2027_RS17720;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003418301.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3812139 3813485 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17735;Name=rplM;gbkey=Gene;gene=rplM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17735;old_locus_tag=BQ2027_MB3473C +Chromosome Protein Homology CDS 3814062 3814505 . - 0 ID=cds-WP_003418312.1;Parent=gene-BQ2027_RS17735;Dbxref=GenBank:WP_003418312.1;Name=WP_003418312.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplM;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217960.1;locus_tag=BQ2027_RS17735;product=50S ribosomal protein L13;protein_id=WP_003418312.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3814738 3815040 . - . ID=gene-BQ2027_RS17740;Name=esxT;gbkey=Gene;gene=esxT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17740;old_locus_tag=BQ2027_MB3474C +Chromosome Protein Homology CDS 3814738 3815040 . - 0 ID=cds-WP_003900059.1;Parent=gene-BQ2027_RS17740;Dbxref=GenBank:WP_003900059.1;Name=WP_003900059.1;Ontology_term=GO:0005576;gbkey=CDS;gene=esxT;go_component=extracellular region|0005576||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217961.1;locus_tag=BQ2027_RS17740;product=WXG100 family type VII secretion target;protein_id=WP_003900059.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3815061 3815378 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17750;Name=BQ2027_RS17750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17750;old_locus_tag=BQ2027_MB3476C +Chromosome Protein Homology CDS 3815431 3816645 . - 0 ID=cds-WP_003418324.1;Parent=gene-BQ2027_RS17750;Dbxref=GenBank:WP_003418324.1;Name=WP_003418324.1;Ontology_term=GO:0009306;gbkey=CDS;go_process=protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217963.1;locus_tag=BQ2027_RS17750;product=type VII secretion-associated protein;protein_id=WP_003418324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3816642 3820352 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17760;Name=eccD4;gbkey=Gene;gene=eccD4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17760;old_locus_tag=BQ2027_MB3478 +Chromosome Protein Homology CDS 3820466 3821869 . + 0 ID=cds-WP_010950890.1;Parent=gene-BQ2027_RS17760;Dbxref=GenBank:WP_010950890.1;Name=WP_010950890.1;gbkey=CDS;gene=eccD4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217965.1;locus_tag=BQ2027_RS17760;product=type VII secretion system ESX-4 subunit EccD4;protein_id=WP_010950890.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3821866 3823233 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17770;Name=eccB4;gbkey=Gene;gene=eccB4;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17770;old_locus_tag=BQ2027_MB3480C +Chromosome Protein Homology CDS 3823198 3824610 . - 0 ID=cds-WP_003418333.1;Parent=gene-BQ2027_RS17770;Dbxref=GenBank:WP_003418333.1;Name=WP_003418333.1;gbkey=CDS;gene=eccB4;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217967.1;locus_tag=BQ2027_RS17770;product=type VII secretion system ESX-4 subunit EccB4;protein_id=WP_003418333.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3824731 3825519 . + . ID=gene-BQ2027_RS17775;Name=BQ2027_RS17775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17775;old_locus_tag=BQ2027_MB3481 +Chromosome Protein Homology CDS 3824731 3825519 . + 0 ID=cds-WP_003418336.1;Parent=gene-BQ2027_RS17775;Dbxref=GenBank:WP_003418336.1;Name=WP_003418336.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217968.2;locus_tag=BQ2027_RS17775;product=cutinase family protein;protein_id=WP_003418336.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3825566 3826246 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17790;Name=truA;gbkey=Gene;gene=truA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17790;old_locus_tag=BQ2027_MB3484C +Chromosome Protein Homology CDS 3828165 3829058 . - 0 ID=cds-WP_003418344.1;Parent=gene-BQ2027_RS17790;Dbxref=GenBank:WP_003418344.1;Name=WP_003418344.1;Ontology_term=GO:0001522,GO:0009451,GO:0003723,GO:0009982;gbkey=CDS;gene=truA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,pseudouridine synthase activity|0009982||IEA;go_process=pseudouridine synthesis|0001522||IEA,RNA modification|0009451||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003418344.1;locus_tag=BQ2027_RS17790;product=tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA;protein_id=WP_003418344.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3829003 3829545 . - . ID=gene-BQ2027_RS17795;Name=rplQ;gbkey=Gene;gene=rplQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17795;old_locus_tag=BQ2027_MB3485C +Chromosome Protein Homology CDS 3829003 3829545 . - 0 ID=cds-WP_003418346.1;Parent=gene-BQ2027_RS17795;Dbxref=GenBank:WP_003418346.1;Name=WP_003418346.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplQ;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217973.1;locus_tag=BQ2027_RS17795;product=50S ribosomal protein L17;protein_id=WP_003418346.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3829577 3830620 . - . ID=gene-BQ2027_RS17800;Name=rpoA;gbkey=Gene;gene=rpoA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17800;old_locus_tag=BQ2027_MB3486C +Chromosome Protein Homology CDS 3829577 3830620 . - 0 ID=cds-WP_003418351.1;Parent=gene-BQ2027_RS17800;Dbxref=GenBank:WP_003418351.1;Name=WP_003418351.1;Ontology_term=GO:0006351,GO:0003677,GO:0003899,GO:0046983;gbkey=CDS;gene=rpoA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA,protein dimerization activity|0046983||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217974.1;locus_tag=BQ2027_RS17800;product=DNA-directed RNA polymerase subunit alpha;protein_id=WP_003418351.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3830768 3831373 . - . ID=gene-BQ2027_RS17805;Name=rpsD;gbkey=Gene;gene=rpsD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17805;old_locus_tag=BQ2027_MB3487C +Chromosome Protein Homology CDS 3830768 3831373 . - 0 ID=cds-WP_003418354.1;Parent=gene-BQ2027_RS17805;Dbxref=GenBank:WP_003418354.1;Name=WP_003418354.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015935;gbkey=CDS;gene=rpsD;go_component=small ribosomal subunit|0015935||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217975.1;locus_tag=BQ2027_RS17805;product=30S ribosomal protein S4;protein_id=WP_003418354.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3831382 3831801 . - . ID=gene-BQ2027_RS17810;Name=rpsK;gbkey=Gene;gene=rpsK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17810;old_locus_tag=BQ2027_MB3488C +Chromosome Protein Homology CDS 3831382 3831801 . - 0 ID=cds-WP_003418357.1;Parent=gene-BQ2027_RS17810;Dbxref=GenBank:WP_003418357.1;Name=WP_003418357.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsK;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217976.1;locus_tag=BQ2027_RS17810;product=30S ribosomal protein S11;protein_id=WP_003418357.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3831805 3832179 . - . ID=gene-BQ2027_RS17815;Name=rpsM;gbkey=Gene;gene=rpsM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17815;old_locus_tag=BQ2027_MB3489C +Chromosome Protein Homology CDS 3831805 3832179 . - 0 ID=cds-WP_003418360.1;Parent=gene-BQ2027_RS17815;Dbxref=GenBank:WP_003418360.1;Name=WP_003418360.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsM;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217977.1;locus_tag=BQ2027_RS17815;product=30S ribosomal protein S13;protein_id=WP_003418360.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3832395 3832508 . - . ID=gene-BQ2027_RS17820;Name=rpmJ;gbkey=Gene;gene=rpmJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17820;old_locus_tag=BQ2027_MB3490C +Chromosome Protein Homology CDS 3832395 3832508 . - 0 ID=cds-WP_003418367.1;Parent=gene-BQ2027_RS17820;Dbxref=GenBank:WP_003418367.1;Name=WP_003418367.1;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmJ;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217978.1;locus_tag=BQ2027_RS17820;product=50S ribosomal protein L36;protein_id=WP_003418367.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3832541 3832762 . - . ID=gene-BQ2027_RS17825;Name=infA;gbkey=Gene;gene=infA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17825;old_locus_tag=BQ2027_MB3491C +Chromosome Protein Homology CDS 3832541 3832762 . - 0 ID=cds-WP_003418601.1;Parent=gene-BQ2027_RS17825;Dbxref=GenBank:WP_003418601.1;Name=WP_003418601.1;Ontology_term=GO:0006413,GO:0003743;gbkey=CDS;gene=infA;go_function=translation initiation factor activity|0003743||IEA;go_process=translational initiation|0006413||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012039277.1;locus_tag=BQ2027_RS17825;product=translation initiation factor IF-1;protein_id=WP_003418601.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3833016 3833873 . + . ID=gene-BQ2027_RS17830;Name=BQ2027_RS17830;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17830;old_locus_tag=BQ2027_MB3492 +Chromosome Protein Homology CDS 3833016 3833873 . + 0 ID=cds-WP_003418604.1;Parent=gene-BQ2027_RS17830;Dbxref=GenBank:WP_003418604.1;Name=WP_003418604.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217980.1;locus_tag=BQ2027_RS17830;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003418604.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3833946 3834941 . + . ID=gene-BQ2027_RS17835;Name=rfbB;gbkey=Gene;gene=rfbB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17835;old_locus_tag=BQ2027_MB3493 +Chromosome Protein Homology CDS 3833946 3834941 . + 0 ID=cds-WP_003418607.1;Parent=gene-BQ2027_RS17835;Dbxref=GenBank:WP_003418607.1;Name=WP_003418607.1;Ontology_term=GO:0009225,GO:0019305,GO:0008460;gbkey=CDS;gene=rfbB;go_function=dTDP-glucose 4%2C6-dehydratase activity|0008460||IEA;go_process=nucleotide-sugar metabolic process|0009225||IEA,dTDP-rhamnose biosynthetic process|0019305||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217981.1;locus_tag=BQ2027_RS17835;product=dTDP-glucose 4%2C6-dehydratase;protein_id=WP_003418607.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3834943 3835551 . + . ID=gene-BQ2027_RS17840;Name=rfbC;gbkey=Gene;gene=rfbC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17840;old_locus_tag=BQ2027_MB3494 +Chromosome Protein Homology CDS 3834943 3835551 . + 0 ID=cds-WP_003418610.1;Parent=gene-BQ2027_RS17840;Dbxref=GenBank:WP_003418610.1;Name=WP_003418610.1;Ontology_term=GO:0019305,GO:0008830;gbkey=CDS;gene=rfbC;go_function=dTDP-4-dehydrorhamnose 3%2C5-epimerase activity|0008830||IEA;go_process=dTDP-rhamnose biosynthetic process|0019305||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217982.1;locus_tag=BQ2027_RS17840;product=dTDP-4-dehydrorhamnose 3%2C5-epimerase;protein_id=WP_003418610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3835634 3837026 . + . ID=gene-BQ2027_RS17845;Name=BQ2027_RS17845;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS17845;old_locus_tag=BQ2027_MB3496;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3835634 3837026 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS17845;Parent=gene-BQ2027_RS17845;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0003676,GO:0004519,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,endonuclease activity|0004519||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014001758.1;locus_tag=BQ2027_RS17845;product=HNH endonuclease signature motif containing protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3837084 3838178 . - . ID=gene-BQ2027_RS17850;Name=BQ2027_RS17850;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17850;old_locus_tag=BQ2027_MB3497C +Chromosome Protein Homology CDS 3837084 3838178 . - 0 ID=cds-WP_003900066.1;Parent=gene-BQ2027_RS17850;Dbxref=GenBank:WP_003900066.1;Name=WP_003900066.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0051287,GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD binding|0051287||IEA,NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003914158.1;locus_tag=BQ2027_RS17850;product=NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;protein_id=WP_003900066.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3838182 3839192 . - . ID=gene-BQ2027_RS17855;Name=mhpE;gbkey=Gene;gene=mhpE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17855;old_locus_tag=BQ2027_MB3498C +Chromosome Protein Homology CDS 3838182 3839192 . - 0 ID=cds-WP_003900067.1;Parent=gene-BQ2027_RS17855;Dbxref=GenBank:WP_003900067.1;Name=WP_003900067.1;gbkey=CDS;gene=mhpE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217986.1;locus_tag=BQ2027_RS17855;product=4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase;protein_id=WP_003900067.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3839253 3840911 . - . ID=gene-BQ2027_RS17860;Name=BQ2027_RS17860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17860;old_locus_tag=BQ2027_MB3499C +Chromosome Protein Homology CDS 3839253 3840911 . - 0 ID=cds-WP_010950894.1;Parent=gene-BQ2027_RS17860;Dbxref=GenBank:WP_010950894.1;Name=WP_010950894.1;Ontology_term=GO:0009097,GO:0009099,GO:0000287,GO:0030976,GO:0050660,GO:0005948;gbkey=CDS;go_component=acetolactate synthase complex|0005948||IEA;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=isoleucine biosynthetic process|0009097||IEA,L-valine biosynthetic process|0009099||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217987.1;locus_tag=BQ2027_RS17860;product=thiamine pyrophosphate-binding protein;protein_id=WP_010950894.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3840917 3841306 . - . ID=gene-BQ2027_RS17865;Name=BQ2027_RS17865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17865;old_locus_tag=BQ2027_MB3500C +Chromosome Protein Homology CDS 3840917 3841306 . - 0 ID=cds-WP_176729012.1;Parent=gene-BQ2027_RS17865;Dbxref=GenBank:WP_176729012.1;Name=WP_176729012.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900069.1;locus_tag=BQ2027_RS17865;product=cupin domain-containing protein;protein_id=WP_176729012.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3841471 3841977 . + . ID=gene-BQ2027_RS17870;Name=BQ2027_RS17870;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17870;old_locus_tag=BQ2027_MB3501 +Chromosome Protein Homology CDS 3841471 3841977 . + 0 ID=cds-WP_003418774.1;Parent=gene-BQ2027_RS17870;Dbxref=GenBank:WP_003418774.1;Name=WP_003418774.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217989.1;locus_tag=BQ2027_RS17870;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003418774.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3842057 3842959 . - . ID=gene-BQ2027_RS17875;Name=BQ2027_RS17875;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17875;old_locus_tag=BQ2027_MB3502C +Chromosome Protein Homology CDS 3842057 3842959 . - 0 ID=cds-WP_015385316.1;Parent=gene-BQ2027_RS17875;Dbxref=GenBank:WP_015385316.1;Name=WP_015385316.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003913481.1;locus_tag=BQ2027_RS17875;product=alpha/beta fold hydrolase;protein_id=WP_015385316.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3843122 3844471 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17885;Name=BQ2027_RS17885;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17885;old_locus_tag=BQ2027_MB3504 +Chromosome Protein Homology CDS 3844844 3845140 . + 0 ID=cds-WP_010950896.1;Parent=gene-BQ2027_RS17885;Dbxref=GenBank:WP_010950896.1;Name=WP_010950896.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177975.1;locus_tag=BQ2027_RS17885;product=PE family protein;protein_id=WP_010950896.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3845177 3846358 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17910;Name=BQ2027_RS17910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17910;old_locus_tag=BQ2027_MB3512C +Chromosome Protein Homology CDS 3851360 3852142 . - 0 ID=cds-WP_003418925.1;Parent=gene-BQ2027_RS17910;Dbxref=GenBank:WP_003418925.1;Name=WP_003418925.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217999.1;locus_tag=BQ2027_RS17910;product=DUF2510 domain-containing protein;protein_id=WP_003418925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3852186 3852848 . - . ID=gene-BQ2027_RS17915;Name=BQ2027_RS17915;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17915;old_locus_tag=BQ2027_MB3513C +Chromosome Protein Homology CDS 3852186 3852848 . - 0 ID=cds-WP_003418931.1;Parent=gene-BQ2027_RS17915;Dbxref=GenBank:WP_003418931.1;Name=WP_003418931.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218000.1;locus_tag=BQ2027_RS17915;product=LppP/LprE family lipoprotein;protein_id=WP_003418931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3853114 3854652 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS17930;Name=BQ2027_RS17930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17930;old_locus_tag=BQ2027_MB3516 +Chromosome Protein Homology CDS 3855808 3856257 . + 0 ID=cds-WP_003418942.1;Parent=gene-BQ2027_RS17930;Dbxref=GenBank:WP_003418942.1;Name=WP_003418942.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218003.1;locus_tag=BQ2027_RS17930;product=DoxX family protein;protein_id=WP_003418942.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3856210 3857340 . - . ID=gene-BQ2027_RS17935;Name=lipF;gbkey=Gene;gene=lipF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17935;old_locus_tag=BQ2027_MB3517C +Chromosome Protein Homology CDS 3856210 3857340 . - 0 ID=cds-WP_003912251.1;Parent=gene-BQ2027_RS17935;Dbxref=GenBank:WP_003912251.1;Name=WP_003912251.1;gbkey=CDS;gene=lipF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912251.1;locus_tag=BQ2027_RS17935;product=carboxylesterase LipF;protein_id=WP_003912251.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3857703 3858026 . + . ID=gene-BQ2027_RS17940;Name=BQ2027_RS17940;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17940;old_locus_tag=BQ2027_MB3518 +Chromosome Protein Homology CDS 3857703 3858026 . + 0 ID=cds-WP_010950901.1;Parent=gene-BQ2027_RS17940;Dbxref=GenBank:WP_010950901.1;Name=WP_010950901.1;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218005.1;locus_tag=BQ2027_RS17940;product=PadR family transcriptional regulator;protein_id=WP_010950901.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3858108 3858272 . + . ID=gene-BQ2027_RS17945;Name=BQ2027_RS17945;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17945;old_locus_tag=BQ2027_MB3519 +Chromosome Protein Homology CDS 3858108 3858272 . + 0 ID=cds-WP_003418950.1;Parent=gene-BQ2027_RS17945;Dbxref=GenBank:WP_003418950.1;Name=WP_003418950.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218006.1;locus_tag=BQ2027_RS17945;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003418950.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3858272 3859774 . + . ID=gene-BQ2027_RS17950;Name=otsA;gbkey=Gene;gene=otsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17950;old_locus_tag=BQ2027_MB3520 +Chromosome Protein Homology CDS 3858272 3859774 . + 0 ID=cds-WP_003418951.1;Parent=gene-BQ2027_RS17950;Dbxref=GenBank:WP_003418951.1;Name=WP_003418951.1;gbkey=CDS;gene=otsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218007.1;locus_tag=BQ2027_RS17950;product=trehalose-6-phosphate synthase;protein_id=WP_003418951.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3859926 3860504 . + . ID=gene-BQ2027_RS17955;Name=BQ2027_RS17955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17955;old_locus_tag=BQ2027_MB3521 +Chromosome Protein Homology CDS 3859926 3860504 . + 0 ID=cds-WP_003418954.1;Parent=gene-BQ2027_RS17955;Dbxref=GenBank:WP_003418954.1;Name=WP_003418954.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218008.1;locus_tag=BQ2027_RS17955;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003418954.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3860501 3860983 . - . ID=gene-BQ2027_RS17960;Name=BQ2027_RS17960;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17960;old_locus_tag=BQ2027_MB3522C +Chromosome Protein Homology CDS 3860501 3860983 . - 0 ID=cds-WP_003418958.1;Parent=gene-BQ2027_RS17960;Dbxref=GenBank:WP_003418958.1;Name=WP_003418958.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218009.1;locus_tag=BQ2027_RS17960;product=Mce associated protein;protein_id=WP_003418958.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3860983 3861711 . - . ID=gene-BQ2027_RS17965;Name=BQ2027_RS17965;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17965;old_locus_tag=BQ2027_MB3523C +Chromosome Protein Homology CDS 3860983 3861711 . - 0 ID=cds-WP_003418960.1;Parent=gene-BQ2027_RS17965;Dbxref=GenBank:WP_003418960.1;Name=WP_003418960.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218010.1;locus_tag=BQ2027_RS17965;product=mammalian cell entry protein;protein_id=WP_003418960.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3861711 3863405 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS17980;Name=BQ2027_RS17980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17980;old_locus_tag=BQ2027_MB3526C +Chromosome Protein Homology CDS 3864567 3865922 . - 0 ID=cds-WP_003418966.1;Parent=gene-BQ2027_RS17980;Dbxref=GenBank:WP_003418966.1;Name=WP_003418966.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218013.1;locus_tag=BQ2027_RS17980;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003418966.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3865919 3866992 . - . ID=gene-BQ2027_RS17985;Name=BQ2027_RS17985;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17985;old_locus_tag=BQ2027_MB3527C +Chromosome Protein Homology CDS 3865919 3866992 . - 0 ID=cds-WP_003418967.1;Parent=gene-BQ2027_RS17985;Dbxref=GenBank:WP_003418967.1;Name=WP_003418967.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218014.1;locus_tag=BQ2027_RS17985;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003418967.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3866982 3868034 . - . ID=gene-BQ2027_RS17990;Name=BQ2027_RS17990;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS17990;old_locus_tag=BQ2027_MB3528C +Chromosome Protein Homology CDS 3866982 3868034 . - 0 ID=cds-WP_003418972.1;Parent=gene-BQ2027_RS17990;Dbxref=GenBank:WP_003418972.1;Name=WP_003418972.1;Ontology_term=GO:0005886,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA,membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218015.1;locus_tag=BQ2027_RS17990;product=virulence factor Mce family protein;protein_id=WP_003418972.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3868034 3869236 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18005;Name=BQ2027_RS18005;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18005;old_locus_tag=BQ2027_MB3531C +Chromosome Protein Homology CDS 3870133 3870897 . - 0 ID=cds-WP_003418986.1;Parent=gene-BQ2027_RS18005;Dbxref=GenBank:WP_003418986.1;Name=WP_003418986.1;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359,GO:0016020,GO:0043190;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA,ATP-binding cassette (ABC) transporter complex|0043190||IEA;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218018.1;locus_tag=BQ2027_RS18005;product=MlaE family ABC transporter permease;protein_id=WP_003418986.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3871123 3872076 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18035;Name=BQ2027_RS18035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18035;old_locus_tag=BQ2027_MB3537 +Chromosome Protein Homology CDS 3876605 3880687 . + 0 ID=cds-WP_010950904.1;Parent=gene-BQ2027_RS18035;Dbxref=GenBank:WP_010950904.1;Name=WP_010950904.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177978.1;locus_tag=BQ2027_RS18035;product=PE family protein;protein_id=WP_010950904.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3880978 3885360 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18045;Name=ilvX;gbkey=Gene;gene=ilvX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18045;old_locus_tag=BQ2027_MB3539C +Chromosome Protein Homology CDS 3885527 3887074 . - 0 ID=cds-WP_003900872.1;Parent=gene-BQ2027_RS18045;Dbxref=GenBank:WP_003900872.1;Name=WP_003900872.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0030976;gbkey=CDS;gene=ilvX;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,thiamine pyrophosphate binding|0030976||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218026.1;locus_tag=BQ2027_RS18045;product=acetolactate synthase large subunit;protein_id=WP_003900872.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3887071 3887907 . - . ID=gene-BQ2027_RS18050;Name=BQ2027_RS18050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18050;old_locus_tag=BQ2027_MB3540C +Chromosome Protein Homology CDS 3887071 3887907 . - 0 ID=cds-WP_003421145.1;Parent=gene-BQ2027_RS18050;Dbxref=GenBank:WP_003421145.1;Name=WP_003421145.1;Ontology_term=GO:0016787,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218027.1;locus_tag=BQ2027_RS18050;product=amidohydrolase family protein;protein_id=WP_003421145.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3888267 3894083 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18070;Name=BQ2027_RS18070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18070;old_locus_tag=BQ2027_MB3543 +Chromosome Protein Homology CDS 3894914 3897892 . + 0 ID=cds-WP_010950907.1;Parent=gene-BQ2027_RS18070;Dbxref=GenBank:WP_010950907.1;Name=WP_010950907.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177982.1;locus_tag=BQ2027_RS18070;product=PE family protein;protein_id=WP_010950907.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3898453 3900099 . - . ID=gene-BQ2027_RS18075;Name=BQ2027_RS18075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18075;old_locus_tag=BQ2027_MB3544C +Chromosome Protein Homology CDS 3898453 3900099 . - 0 ID=cds-WP_003901660.1;Parent=gene-BQ2027_RS18075;Dbxref=GenBank:WP_003901660.1;Name=WP_003901660.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177983.1;locus_tag=BQ2027_RS18075;product=acyl-CoA synthetase;protein_id=WP_003901660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3900173 3900964 . + . ID=gene-BQ2027_RS18080;Name=BQ2027_RS18080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18080;old_locus_tag=BQ2027_MB3545 +Chromosome Protein Homology CDS 3900173 3900964 . + 0 ID=cds-WP_003419179.1;Parent=gene-BQ2027_RS18080;Dbxref=GenBank:WP_003419179.1;Name=WP_003419179.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218033.1;locus_tag=BQ2027_RS18080;product=crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein;protein_id=WP_003419179.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3901060 3901899 . + . ID=gene-BQ2027_RS18085;Name=BQ2027_RS18085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18085;old_locus_tag=BQ2027_MB3546 +Chromosome Protein Homology CDS 3901060 3901899 . + 0 ID=cds-WP_003419184.1;Parent=gene-BQ2027_RS18085;Dbxref=GenBank:WP_003419184.1;Name=WP_003419184.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218034.1;locus_tag=BQ2027_RS18085;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419184.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3901954 3903149 . - . ID=gene-BQ2027_RS18090;Name=cyp142;gbkey=Gene;gene=cyp142;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS18090;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3901954 3903149 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS18090;Parent=gene-BQ2027_RS18090;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=cyp142;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218035.1;locus_tag=BQ2027_RS18090;product=steroid C26-monooxygenase Cyp142;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3903178 3903888 . + . ID=gene-BQ2027_RS18095;Name=BQ2027_RS18095;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18095;old_locus_tag=BQ2027_MB3549 +Chromosome Protein Homology CDS 3903178 3903888 . + 0 ID=cds-WP_003419190.1;Parent=gene-BQ2027_RS18095;Dbxref=GenBank:WP_003419190.1;Name=WP_003419190.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218036.1;locus_tag=BQ2027_RS18095;product=acetoacetate decarboxylase family protein;protein_id=WP_003419190.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3903953 3904984 . - . ID=gene-BQ2027_RS18100;Name=BQ2027_RS18100;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18100;old_locus_tag=BQ2027_MB3550C +Chromosome Protein Homology CDS 3903953 3904984 . - 0 ID=cds-WP_003419192.1;Parent=gene-BQ2027_RS18100;Dbxref=GenBank:WP_003419192.1;Name=WP_003419192.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070967;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,coenzyme F420 binding|0070967||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015628990.1;locus_tag=BQ2027_RS18100;product=LLM class F420-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003419192.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3905056 3906060 . + . ID=gene-BQ2027_RS18105;Name=BQ2027_RS18105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18105;old_locus_tag=BQ2027_MB3551 +Chromosome Protein Homology CDS 3905056 3906060 . + 0 ID=cds-WP_003900085.1;Parent=gene-BQ2027_RS18105;Dbxref=GenBank:WP_003900085.1;Name=WP_003900085.1;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017487624.1;locus_tag=BQ2027_RS18105;product=Zn-ribbon domain-containing OB-fold protein;protein_id=WP_003900085.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3906076 3907140 . + . ID=gene-BQ2027_RS18110;Name=BQ2027_RS18110;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18110;old_locus_tag=BQ2027_MB3552 +Chromosome Protein Homology CDS 3906076 3907140 . + 0 ID=cds-WP_003419199.1;Parent=gene-BQ2027_RS18110;Dbxref=GenBank:WP_003419199.1;Name=WP_003419199.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218039.1;locus_tag=BQ2027_RS18110;product=thiolase domain-containing protein;protein_id=WP_003419199.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3907157 3908341 . + . ID=gene-BQ2027_RS18115;Name=BQ2027_RS18115;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18115;old_locus_tag=BQ2027_MB3553 +Chromosome Protein Homology CDS 3907157 3908341 . + 0 ID=cds-WP_003901662.1;Parent=gene-BQ2027_RS18115;Dbxref=GenBank:WP_003901662.1;Name=WP_003901662.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218040.1;locus_tag=BQ2027_RS18115;product=thiolase domain-containing protein;protein_id=WP_003901662.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3908383 3909414 . + . ID=gene-BQ2027_RS18120;Name=BQ2027_RS18120;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18120;old_locus_tag=BQ2027_MB3554 +Chromosome Protein Homology CDS 3908383 3909414 . + 0 ID=cds-WP_003419207.1;Parent=gene-BQ2027_RS18120;Dbxref=GenBank:WP_003419207.1;Name=WP_003419207.1;Ontology_term=GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=protein binding|0005515||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218041.1;locus_tag=BQ2027_RS18120;product=NHL repeat-containing protein;protein_id=WP_003419207.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3909428 3909952 . - . ID=gene-BQ2027_RS18125;Name=BQ2027_RS18125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18125;old_locus_tag=BQ2027_MB3555C +Chromosome Protein Homology CDS 3909428 3909952 . - 0 ID=cds-WP_003419208.1;Parent=gene-BQ2027_RS18125;Dbxref=GenBank:WP_003419208.1;Name=WP_003419208.1;Ontology_term=GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218042.1;locus_tag=BQ2027_RS18125;product=gamma carbonic anhydrase family protein;protein_id=WP_003419208.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3910067 3911227 . + . ID=gene-BQ2027_RS18130;Name=kshA;gbkey=Gene;gene=kshA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18130;old_locus_tag=BQ2027_MB3556 +Chromosome Protein Homology CDS 3910067 3911227 . + 0 ID=cds-WP_003419211.1;Parent=gene-BQ2027_RS18130;Dbxref=GenBank:WP_003419211.1;Name=WP_003419211.1;gbkey=CDS;gene=kshA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218043.1;locus_tag=BQ2027_RS18130;product=3-ketosteroid-9-alpha-hydroxylase subunit KshA;protein_id=WP_003419211.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3911233 3911682 . + . ID=gene-BQ2027_RS18135;Name=BQ2027_RS18135;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18135;old_locus_tag=BQ2027_MB3557 +Chromosome Protein Homology CDS 3911233 3911682 . + 0 ID=cds-WP_003419215.1;Parent=gene-BQ2027_RS18135;Dbxref=GenBank:WP_003419215.1;Name=WP_003419215.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218044.1;locus_tag=BQ2027_RS18135;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419215.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3912107 3912820 . - . ID=gene-BQ2027_RS18140;Name=BQ2027_RS18140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18140;old_locus_tag=BQ2027_MB3558C +Chromosome Protein Homology CDS 3912107 3912820 . - 0 ID=cds-WP_003900086.1;Parent=gene-BQ2027_RS18140;Dbxref=GenBank:WP_003900086.1;Name=WP_003900086.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218045.1;locus_tag=BQ2027_RS18140;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900086.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3913051 3913248 . + . ID=gene-BQ2027_RS18145;Name=BQ2027_RS18145;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18145 +Chromosome Protein Homology CDS 3913051 3913248 . + 0 ID=cds-WP_003908266.1;Parent=gene-BQ2027_RS18145;Dbxref=GenBank:WP_003908266.1;Name=WP_003908266.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003908266.1;locus_tag=BQ2027_RS18145;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003908266.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3913512 3914666 . - . ID=gene-BQ2027_RS18150;Name=BQ2027_RS18150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18150;old_locus_tag=BQ2027_MB3559C +Chromosome Protein Homology CDS 3913512 3914666 . - 0 ID=cds-WP_003419222.1;Parent=gene-BQ2027_RS18150;Dbxref=GenBank:WP_003419222.1;Name=WP_003419222.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218046.1;locus_tag=BQ2027_RS18150;product=TLR2-mediated response inhibitor;protein_id=WP_003419222.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3914666 3915448 . - . ID=gene-BQ2027_RS18155;Name=BQ2027_RS18155;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18155;old_locus_tag=BQ2027_MB3560C +Chromosome Protein Homology CDS 3914666 3915448 . - 0 ID=cds-WP_003419223.1;Parent=gene-BQ2027_RS18155;Dbxref=GenBank:WP_003419223.1;Name=WP_003419223.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218047.1;locus_tag=BQ2027_RS18155;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_003419223.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3915445 3916572 . - . ID=gene-BQ2027_RS18160;Name=BQ2027_RS18160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18160;old_locus_tag=BQ2027_MB3561C +Chromosome Protein Homology CDS 3915445 3916572 . - 0 ID=cds-WP_003900087.1;Parent=gene-BQ2027_RS18160;Dbxref=GenBank:WP_003900087.1;Name=WP_003900087.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218048.1;locus_tag=BQ2027_RS18160;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003900087.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3916971 3918191 . + . ID=gene-BQ2027_RS18165;Name=BQ2027_RS18165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18165;old_locus_tag=BQ2027_MB3562 +Chromosome Protein Homology CDS 3916971 3918191 . + 0 ID=cds-WP_003419226.1;Parent=gene-BQ2027_RS18165;Dbxref=GenBank:WP_003419226.1;Name=WP_003419226.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177984.1;locus_tag=BQ2027_RS18165;product=PPE family protein;protein_id=WP_003419226.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3918333 3920081 . - . ID=gene-BQ2027_RS18170;Name=BQ2027_RS18170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18170;old_locus_tag=BQ2027_MB3563C +Chromosome Protein Homology CDS 3918333 3920081 . - 0 ID=cds-WP_003900088.1;Parent=gene-BQ2027_RS18170;Dbxref=GenBank:WP_003900088.1;Name=WP_003900088.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177985.1;locus_tag=BQ2027_RS18170;product=PPE family protein;protein_id=WP_003900088.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3920180 3921220 . - . ID=gene-BQ2027_RS18175;Name=dmpG;gbkey=Gene;gene=dmpG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18175;old_locus_tag=BQ2027_MB3564C +Chromosome Protein Homology CDS 3920180 3921220 . - 0 ID=cds-WP_003419250.1;Parent=gene-BQ2027_RS18175;Dbxref=GenBank:WP_003419250.1;Name=WP_003419250.1;Ontology_term=GO:0009056,GO:0008701;gbkey=CDS;gene=dmpG;go_function=4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity|0008701||IEA;go_process=catabolic process|0009056||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218051.1;locus_tag=BQ2027_RS18175;product=4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase;protein_id=WP_003419250.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3921217 3922128 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18185;Name=hsaE;gbkey=Gene;gene=hsaE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18185;old_locus_tag=BQ2027_MB3566C +Chromosome Protein Homology CDS 3922139 3922924 . - 0 ID=cds-WP_003419252.1;Parent=gene-BQ2027_RS18185;Dbxref=GenBank:WP_003419252.1;Name=WP_003419252.1;Ontology_term=GO:0008684,GO:0030145;gbkey=CDS;gene=hsaE;go_function=2-oxopent-4-enoate hydratase activity|0008684||IEA,manganese ion binding|0030145||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218053.1;locus_tag=BQ2027_RS18185;product=2-keto-4-pentenoate hydratase;protein_id=WP_003419252.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3922997 3924688 . + . ID=gene-BQ2027_RS18190;Name=kstD;gbkey=Gene;gene=kstD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18190;old_locus_tag=BQ2027_MB3567 +Chromosome Protein Homology CDS 3922997 3924688 . + 0 ID=cds-WP_003419253.1;Parent=gene-BQ2027_RS18190;Dbxref=GenBank:WP_003419253.1;Name=WP_003419253.1;Ontology_term=GO:0006694,GO:0016042,GO:0047571;gbkey=CDS;gene=kstD;go_function=3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity|0047571||IEA;go_process=steroid biosynthetic process|0006694||IEA,lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218054.1;locus_tag=BQ2027_RS18190;product=3-oxosteroid 1-dehydrogenase;protein_id=WP_003419253.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3924690 3925550 . + . ID=gene-BQ2027_RS18195;Name=BQ2027_RS18195;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18195;old_locus_tag=BQ2027_MB3568 +Chromosome Protein Homology CDS 3924690 3925550 . + 0 ID=cds-WP_003419285.1;Parent=gene-BQ2027_RS18195;Dbxref=GenBank:WP_003419285.1;Name=WP_003419285.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177986.1;locus_tag=BQ2027_RS18195;product=dehydrogenase;protein_id=WP_003419285.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3925687 3927126 . + . ID=gene-BQ2027_RS18200;Name=BQ2027_RS18200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18200;old_locus_tag=BQ2027_MB3569 +Chromosome Protein Homology CDS 3925687 3927126 . + 0 ID=cds-WP_003900090.1;Parent=gene-BQ2027_RS18200;Dbxref=GenBank:WP_003900090.1;Name=WP_003900090.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177987.1;locus_tag=BQ2027_RS18200;product=PPE family protein;protein_id=WP_003900090.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3927127 3928287 . - . ID=gene-BQ2027_RS18205;Name=BQ2027_RS18205;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18205;old_locus_tag=BQ2027_MB3570C +Chromosome Protein Homology CDS 3927127 3928287 . - 0 ID=cds-WP_003419287.1;Parent=gene-BQ2027_RS18205;Dbxref=GenBank:WP_003419287.1;Name=WP_003419287.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218057.1;locus_tag=BQ2027_RS18205;product=lipid-transfer protein;protein_id=WP_003419287.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3928287 3928676 . - . ID=gene-BQ2027_RS18210;Name=chsH1;gbkey=Gene;gene=chsH1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18210;old_locus_tag=BQ2027_MB3571C +Chromosome Protein Homology CDS 3928287 3928676 . - 0 ID=cds-WP_003419290.1;Parent=gene-BQ2027_RS18210;Dbxref=GenBank:WP_003419290.1;Name=WP_003419290.1;gbkey=CDS;gene=chsH1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218058.1;locus_tag=BQ2027_RS18210;product=3-oxo-23%2C24-bisnorchol-4%2C17(20)-dien-22-oyl-CoA hydratase subunit beta ChsH1;protein_id=WP_003419290.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3928673 3929608 . - . ID=gene-BQ2027_RS18215;Name=chsH2;gbkey=Gene;gene=chsH2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18215;old_locus_tag=BQ2027_MB3572C +Chromosome Protein Homology CDS 3928673 3929608 . - 0 ID=cds-WP_003419293.1;Parent=gene-BQ2027_RS18215;Dbxref=GenBank:WP_003419293.1;Name=WP_003419293.1;gbkey=CDS;gene=chsH2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218059.1;locus_tag=BQ2027_RS18215;product=3-oxo-23%2C24-bisnorchol-4%2C17(20)-dien-22-oyl-CoA hydratase subunit alpha ChsH2;protein_id=WP_003419293.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3929605 3930768 . - . ID=gene-BQ2027_RS18220;Name=fadE29;gbkey=Gene;gene=fadE29;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18220;old_locus_tag=BQ2027_MB3573C +Chromosome Protein Homology CDS 3929605 3930768 . - 0 ID=cds-WP_003419296.1;Parent=gene-BQ2027_RS18220;Dbxref=GenBank:WP_003419296.1;Name=WP_003419296.1;gbkey=CDS;gene=fadE29;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218060.1;locus_tag=BQ2027_RS18220;product=acyl-CoA dehydrogenase FadE29;protein_id=WP_003419296.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3930753 3931772 . - . ID=gene-BQ2027_RS18225;Name=fadE28;gbkey=Gene;gene=fadE28;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18225;old_locus_tag=BQ2027_MB3574C +Chromosome Protein Homology CDS 3930753 3931772 . - 0 ID=cds-WP_003419299.1;Parent=gene-BQ2027_RS18225;Dbxref=GenBank:WP_003419299.1;Name=WP_003419299.1;gbkey=CDS;gene=fadE28;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218061.1;locus_tag=BQ2027_RS18225;product=acyl-CoA dehydrogenase FadE28;protein_id=WP_003419299.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3931772 3933025 . - . ID=gene-BQ2027_RS18230;Name=cyp125;gbkey=Gene;gene=cyp125;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18230;old_locus_tag=BQ2027_MB3575C +Chromosome Protein Homology CDS 3931772 3933025 . - 0 ID=cds-WP_003912260.1;Parent=gene-BQ2027_RS18230;Dbxref=GenBank:WP_003912260.1;Name=WP_003912260.1;gbkey=CDS;gene=cyp125;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009938697.1;locus_tag=BQ2027_RS18230;product=steroid C26-monooxygenase Cyp125;protein_id=WP_003912260.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3933185 3934360 . + . ID=gene-BQ2027_RS18235;Name=BQ2027_RS18235;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18235;old_locus_tag=BQ2027_MB3576 +Chromosome Protein Homology CDS 3933185 3934360 . + 0 ID=cds-WP_003419307.1;Parent=gene-BQ2027_RS18235;Dbxref=GenBank:WP_003419307.1;Name=WP_003419307.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218063.1;locus_tag=BQ2027_RS18235;product=steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase;protein_id=WP_003419307.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3934472 3934927 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18245;Name=BQ2027_RS18245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18245;old_locus_tag=BQ2027_MB3578C +Chromosome Protein Homology CDS 3935010 3935924 . - 0 ID=cds-WP_010950909.1;Parent=gene-BQ2027_RS18245;Dbxref=GenBank:WP_010950909.1;Name=WP_010950909.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218065.1;locus_tag=BQ2027_RS18245;product=SDR family oxidoreductase;protein_id=WP_010950909.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3935947 3936726 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18255;Name=echA20;gbkey=Gene;gene=echA20;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18255;old_locus_tag=BQ2027_MB3580 +Chromosome Protein Homology CDS 3936781 3937524 . + 0 ID=cds-WP_003419315.1;Parent=gene-BQ2027_RS18255;Dbxref=GenBank:WP_003419315.1;Name=WP_003419315.1;gbkey=CDS;gene=echA20;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218067.1;locus_tag=BQ2027_RS18255;product=(7aS)-7a-methyl-1%2C5-dioxo-2%2C3%2C5%2C6%2C7%2C7a-hexahydro-1H-indene-carboxyl-CoA hydrolase;protein_id=WP_003419315.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3937524 3938402 . + . ID=gene-BQ2027_RS18260;Name=ipdA;gbkey=Gene;gene=ipdA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18260;old_locus_tag=BQ2027_MB3581 +Chromosome Protein Homology CDS 3937524 3938402 . + 0 ID=cds-WP_003419318.1;Parent=gene-BQ2027_RS18260;Dbxref=GenBank:WP_003419318.1;Name=WP_003419318.1;gbkey=CDS;gene=ipdA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218068.1;locus_tag=BQ2027_RS18260;product=cholesterol ring-cleaving hydrolase subunit IpdA;protein_id=WP_003419318.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3938399 3939151 . + . ID=gene-BQ2027_RS18265;Name=ipdB;gbkey=Gene;gene=ipdB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18265;old_locus_tag=BQ2027_MB3582 +Chromosome Protein Homology CDS 3938399 3939151 . + 0 ID=cds-WP_003419321.1;Parent=gene-BQ2027_RS18265;Dbxref=GenBank:WP_003419321.1;Name=WP_003419321.1;gbkey=CDS;gene=ipdB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218069.1;locus_tag=BQ2027_RS18265;product=cholesterol ring-cleaving hydrolase subunit IpdB;protein_id=WP_003419321.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3939249 3940316 . + . ID=gene-BQ2027_RS18270;Name=ipdC;gbkey=Gene;gene=ipdC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18270;old_locus_tag=BQ2027_MB3583 +Chromosome Protein Homology CDS 3939249 3940316 . + 0 ID=cds-WP_003419324.1;Parent=gene-BQ2027_RS18270;Dbxref=GenBank:WP_003419324.1;Name=WP_003419324.1;gbkey=CDS;gene=ipdC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218070.1;locus_tag=BQ2027_RS18270;product=(3aS%2C4S%2C5R%2C7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-octahydro-1H-indene-4-carboxyl-CoA dehydrogenase;protein_id=WP_003419324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3940313 3942370 . + . ID=gene-BQ2027_RS18275;Name=fdxB;gbkey=Gene;gene=fdxB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18275;old_locus_tag=BQ2027_MB3584 +Chromosome Protein Homology CDS 3940313 3942370 . + 0 ID=cds-WP_003419325.1;Parent=gene-BQ2027_RS18275;Dbxref=GenBank:WP_003419325.1;Name=WP_003419325.1;Ontology_term=GO:0006629;gbkey=CDS;gene=fdxB;go_process=lipid metabolic process|0006629||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218071.1;locus_tag=BQ2027_RS18275;product=fatty acid desaturase;protein_id=WP_003419325.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3942458 3943327 . - . ID=gene-BQ2027_RS18280;Name=BQ2027_RS18280;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18280;old_locus_tag=BQ2027_MB3585C +Chromosome Protein Homology CDS 3942458 3943327 . - 0 ID=cds-WP_003419327.1;Parent=gene-BQ2027_RS18280;Dbxref=GenBank:WP_003419327.1;Name=WP_003419327.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218072.1;locus_tag=BQ2027_RS18280;product=DUF559 domain-containing protein;protein_id=WP_003419327.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3943432 3944592 . - . ID=gene-BQ2027_RS18285;Name=fadA6;gbkey=Gene;gene=fadA6;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18285;old_locus_tag=BQ2027_MB3586C +Chromosome Protein Homology CDS 3943432 3944592 . - 0 ID=cds-WP_003419328.1;Parent=gene-BQ2027_RS18285;Dbxref=GenBank:WP_003419328.1;Name=WP_003419328.1;gbkey=CDS;gene=fadA6;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218073.1;locus_tag=BQ2027_RS18285;product=steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA6;protein_id=WP_003419328.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3944657 3945259 . - . ID=gene-BQ2027_RS18290;Name=kstR2;gbkey=Gene;gene=kstR2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18290;old_locus_tag=BQ2027_MB3587C +Chromosome Protein Homology CDS 3944657 3945259 . - 0 ID=cds-WP_003419329.1;Parent=gene-BQ2027_RS18290;Dbxref=GenBank:WP_003419329.1;Name=WP_003419329.1;gbkey=CDS;gene=kstR2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218074.1;locus_tag=BQ2027_RS18290;product=TetR family transcriptional regulator KstR2;protein_id=WP_003419329.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3945608 3947266 . + . ID=gene-BQ2027_RS18295;Name=BQ2027_RS18295;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18295;old_locus_tag=BQ2027_MB3588 +Chromosome Protein Homology CDS 3945608 3947266 . + 0 ID=cds-WP_003419334.1;Parent=gene-BQ2027_RS18295;Dbxref=GenBank:WP_003419334.1;Name=WP_003419334.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177988.1;locus_tag=BQ2027_RS18295;product=PPE family protein;protein_id=WP_003419334.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3947275 3948063 . - . ID=gene-BQ2027_RS18300;Name=ipdF;gbkey=Gene;gene=ipdF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18300;old_locus_tag=BQ2027_MB3589C +Chromosome Protein Homology CDS 3947275 3948063 . - 0 ID=cds-WP_003419337.1;Parent=gene-BQ2027_RS18300;Dbxref=GenBank:WP_003419337.1;Name=WP_003419337.1;gbkey=CDS;gene=ipdF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218076.1;locus_tag=BQ2027_RS18300;product=(5R%2C7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-2%2C3%2C5%2C6%2C7%2C7a-hexahydro-1H-indene-carboxyl-CoA reductase;protein_id=WP_003419337.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3948060 3949217 . - . ID=gene-BQ2027_RS18305;Name=ipdE1;gbkey=Gene;gene=ipdE1;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=fadE30;locus_tag=BQ2027_RS18305;old_locus_tag=BQ2027_MB3590C +Chromosome Protein Homology CDS 3948060 3949217 . - 0 ID=cds-WP_003419340.1;Parent=gene-BQ2027_RS18305;Dbxref=GenBank:WP_003419340.1;Name=WP_003419340.1;gbkey=CDS;gene=ipdE1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218077.1;locus_tag=BQ2027_RS18305;product=acyl-CoA dehydrogenase IpdE1;protein_id=WP_003419340.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3949265 3950788 . + . ID=gene-BQ2027_RS18310;Name=fadD3;gbkey=Gene;gene=fadD3;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18310;old_locus_tag=BQ2027_MB3591 +Chromosome Protein Homology CDS 3949265 3950788 . + 0 ID=cds-WP_003419343.1;Parent=gene-BQ2027_RS18310;Dbxref=GenBank:WP_003419343.1;Name=WP_003419343.1;gbkey=CDS;gene=fadD3;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218078.1;locus_tag=BQ2027_RS18310;product=3-((3aS%2C4S%2C7aS)-7a-methyl-1%2C5-dioxo-octahydro-1H-inden-4-yl)propanoate--CoA ligase FadD3;protein_id=WP_003419343.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3950789 3951922 . + . ID=gene-BQ2027_RS18315;Name=BQ2027_RS18315;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18315;old_locus_tag=BQ2027_MB3592 +Chromosome Protein Homology CDS 3950789 3951922 . + 0 ID=cds-WP_003419346.1;Parent=gene-BQ2027_RS18315;Dbxref=GenBank:WP_003419346.1;Name=WP_003419346.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218079.1;locus_tag=BQ2027_RS18315;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_003419346.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3951919 3952878 . + . ID=gene-BQ2027_RS18320;Name=BQ2027_RS18320;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18320;old_locus_tag=BQ2027_MB3593 +Chromosome Protein Homology CDS 3951919 3952878 . + 0 ID=cds-WP_010950910.1;Parent=gene-BQ2027_RS18320;Dbxref=GenBank:WP_010950910.1;Name=WP_010950910.1;Ontology_term=GO:0016627;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity%2C acting on the CH-CH group of donors|0016627||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218080.1;locus_tag=BQ2027_RS18320;product=acyl-CoA dehydrogenase family protein;protein_id=WP_010950910.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3952875 3953831 . + . ID=gene-BQ2027_RS18325;Name=ipdE2;gbkey=Gene;gene=ipdE2;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=fadE33;locus_tag=BQ2027_RS18325;old_locus_tag=BQ2027_MB3594 +Chromosome Protein Homology CDS 3952875 3953831 . + 0 ID=cds-WP_003419352.1;Parent=gene-BQ2027_RS18325;Dbxref=GenBank:WP_003419352.1;Name=WP_003419352.1;Ontology_term=GO:0006707,GO:0003995,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=ipdE2;go_function=acyl-CoA dehydrogenase activity|0003995||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=cholesterol catabolic process|0006707||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218081.1;locus_tag=BQ2027_RS18325;product=acyl-CoA dehydrogenase IpdE2;protein_id=WP_003419352.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3953828 3954994 . + . ID=gene-BQ2027_RS18330;Name=aspB;gbkey=Gene;gene=aspB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18330;old_locus_tag=BQ2027_MB3595 +Chromosome Protein Homology CDS 3953828 3954994 . + 0 ID=cds-WP_003419356.1;Parent=gene-BQ2027_RS18330;Dbxref=GenBank:WP_003419356.1;Name=WP_003419356.1;Ontology_term=GO:0009058,GO:0008483,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=aspB;go_function=transaminase activity|0008483||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218082.1;locus_tag=BQ2027_RS18330;product=pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase;protein_id=WP_003419356.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3954959 3955810 . - . ID=gene-BQ2027_RS18335;Name=nat;gbkey=Gene;gene=nat;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18335;old_locus_tag=BQ2027_MB3596C +Chromosome Protein Homology CDS 3954959 3955810 . - 0 ID=cds-WP_003419364.1;Parent=gene-BQ2027_RS18335;Dbxref=GenBank:WP_003419364.1;Name=WP_003419364.1;gbkey=CDS;gene=nat;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177989.1;locus_tag=BQ2027_RS18335;product=arylamine N-acetyltransferase;protein_id=WP_003419364.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3955795 3956061 . - . ID=gene-BQ2027_RS18340;Name=BQ2027_RS18340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18340;old_locus_tag=BQ2027_MB3597C +Chromosome Protein Homology CDS 3955795 3956061 . - 0 ID=cds-WP_003419367.1;Parent=gene-BQ2027_RS18340;Dbxref=GenBank:WP_003419367.1;Name=WP_003419367.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177990.1;locus_tag=BQ2027_RS18340;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419367.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3956092 3956262 . - . ID=gene-BQ2027_RS18345;Name=BQ2027_RS18345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18345 +Chromosome Protein Homology CDS 3956092 3956262 . - 0 ID=cds-WP_003906149.1;Parent=gene-BQ2027_RS18345;Dbxref=GenBank:WP_003906149.1;Name=WP_003906149.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003906149.1;locus_tag=BQ2027_RS18345;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003906149.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3956347 3956910 . - . ID=gene-BQ2027_RS18350;Name=hsaB;gbkey=Gene;gene=hsaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18350;old_locus_tag=BQ2027_MB3598C +Chromosome Protein Homology CDS 3956347 3956910 . - 0 ID=cds-WP_003419374.1;Parent=gene-BQ2027_RS18350;Dbxref=GenBank:WP_003419374.1;Name=WP_003419374.1;Ontology_term=GO:0009056,GO:0016042,GO:0036382;gbkey=CDS;gene=hsaB;go_function=flavin reductase (NADH) activity|0036382||IEA;go_process=catabolic process|0009056||IEA,lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218084.1;locus_tag=BQ2027_RS18350;product=3-hydroxy-9%2C10-secoandrosta-1%2C3%2C5(10)-triene-9%2C17-dione monooxygenase reductase subunit;protein_id=WP_003419374.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3956925 3957827 . - . ID=gene-BQ2027_RS18355;Name=hsaC;gbkey=Gene;gene=hsaC;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=bphC;locus_tag=BQ2027_RS18355;old_locus_tag=BQ2027_MB3599C +Chromosome Protein Homology CDS 3956925 3957827 . - 0 ID=cds-WP_010950911.1;Parent=gene-BQ2027_RS18355;Dbxref=GenBank:WP_010950911.1;Name=WP_010950911.1;Ontology_term=GO:0009056,GO:0016042,GO:0047071;gbkey=CDS;gene=hsaC;go_function=3%2C4-dihydroxy-9%2C10-secoandrosta-1%2C3%2C5(10)-triene-9%2C17-dione 4%2C5-dioxygenase activity|0047071||IEA;go_process=catabolic process|0009056||IEA,lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218085.1;locus_tag=BQ2027_RS18355;product=iron-dependent extradiol dioxygenase HsaC;protein_id=WP_010950911.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3957824 3958699 . - . ID=gene-BQ2027_RS18360;Name=hsaD;gbkey=Gene;gene=hsaD;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=bphD;locus_tag=BQ2027_RS18360;old_locus_tag=BQ2027_MB3600C +Chromosome Protein Homology CDS 3957824 3958699 . - 0 ID=cds-WP_003419381.1;Parent=gene-BQ2027_RS18360;Dbxref=GenBank:WP_003419381.1;Name=WP_003419381.1;Ontology_term=GO:0009056,GO:0016042,GO:0102296;gbkey=CDS;gene=hsaD;go_function=4%2C5-9%2C10-diseco-3-hydroxy-5%2C9%2C17-trioxoandrosta-1(10)%2C2-diene-4-oate hydrolase activity|0102296||IEA;go_process=catabolic process|0009056||IEA,lipid catabolic process|0016042||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218086.1;locus_tag=BQ2027_RS18360;product=4%2C5:9%2C10-diseco-3-hydroxy-5%2C9%2C17-trioxoandrosta-1(10)%2C2-diene-4-oate hydrolase;protein_id=WP_003419381.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3958714 3959898 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18445;Name=disA;gbkey=Gene;gene=disA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18445;old_locus_tag=BQ2027_MB3617 +Chromosome Protein Homology CDS 3975518 3976594 . + 0 ID=cds-WP_010950916.1;Parent=gene-BQ2027_RS18445;Dbxref=GenBank:WP_010950916.1;Name=WP_010950916.1;gbkey=CDS;gene=disA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218103.1;locus_tag=BQ2027_RS18445;product=DNA integrity scanning diadenylate cyclase DisA;protein_id=WP_010950916.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3976595 3977389 . - . ID=gene-BQ2027_RS18450;Name=BQ2027_RS18450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18450;old_locus_tag=BQ2027_MB3618C +Chromosome Protein Homology CDS 3976595 3977389 . - 0 ID=cds-WP_003419490.1;Parent=gene-BQ2027_RS18450;Dbxref=GenBank:WP_003419490.1;Name=WP_003419490.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218104.1;locus_tag=BQ2027_RS18450;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419490.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3977498 3978121 . - . ID=gene-BQ2027_RS18455;Name=canB;gbkey=Gene;gene=canB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18455;old_locus_tag=BQ2027_MB3619C +Chromosome Protein Homology CDS 3977498 3978121 . - 0 ID=cds-WP_010950917.1;Parent=gene-BQ2027_RS18455;Dbxref=GenBank:WP_010950917.1;Name=WP_010950917.1;gbkey=CDS;gene=canB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218105.1;locus_tag=BQ2027_RS18455;product=beta-carbonic anhydrase CanB;protein_id=WP_010950917.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3978120 3979034 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18475;Name=mhuD;gbkey=Gene;gene=mhuD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18475;old_locus_tag=BQ2027_MB3623 +Chromosome Protein Homology CDS 3981684 3982001 . + 0 ID=cds-WP_003419501.1;Parent=gene-BQ2027_RS18475;Dbxref=GenBank:WP_003419501.1;Name=WP_003419501.1;gbkey=CDS;gene=mhuD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218109.1;locus_tag=BQ2027_RS18475;product=mycobilin-forming heme oxygenase MhuD;protein_id=WP_003419501.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3981979 3983337 . + . ID=gene-BQ2027_RS18480;Name=lpqF;gbkey=Gene;gene=lpqF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18480;old_locus_tag=BQ2027_MB3624 +Chromosome Protein Homology CDS 3981979 3983337 . + 0 ID=cds-WP_010950918.1;Parent=gene-BQ2027_RS18480;Dbxref=GenBank:WP_010950918.1;Name=WP_010950918.1;Ontology_term=GO:0030655,GO:0008800;gbkey=CDS;gene=lpqF;go_function=beta-lactamase activity|0008800||IEA;go_process=beta-lactam antibiotic catabolic process|0030655||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218110.1;locus_tag=BQ2027_RS18480;product=serine hydrolase;protein_id=WP_010950918.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3983484 3984311 . + . ID=gene-BQ2027_RS18485;Name=BQ2027_RS18485;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18485;old_locus_tag=BQ2027_MB3625 +Chromosome Protein Homology CDS 3983484 3984311 . + 0 ID=cds-WP_003419504.1;Parent=gene-BQ2027_RS18485;Dbxref=GenBank:WP_003419504.1;Name=WP_003419504.1;Ontology_term=GO:0045087,GO:0008745,GO:0016019,GO:0042834,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity|0008745||IEA,peptidoglycan immune receptor activity|0016019||IEA,peptidoglycan binding|0042834||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=innate immune response|0045087||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218111.1;locus_tag=BQ2027_RS18485;product=peptidoglycan recognition protein family protein;protein_id=WP_003419504.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 3984358 3985703 . - . ID=gene-BQ2027_RS18490;Name=BQ2027_RS18490;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS18490;old_locus_tag=BQ2027_MB3626C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 3984358 3985703 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS18490;Parent=gene-BQ2027_RS18490;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177994.1;locus_tag=BQ2027_RS18490;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3985811 3988357 . - . ID=gene-BQ2027_RS18495;Name=clpC1;gbkey=Gene;gene=clpC1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18495;old_locus_tag=BQ2027_MB3627C +Chromosome Protein Homology CDS 3985811 3988357 . - 0 ID=cds-WP_003419511.1;Parent=gene-BQ2027_RS18495;Dbxref=GenBank:WP_003419511.1;Name=WP_003419511.1;gbkey=CDS;gene=clpC1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177995.1;locus_tag=BQ2027_RS18495;product=ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC;protein_id=WP_003419511.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3988634 3988972 . - . ID=gene-BQ2027_RS18500;Name=lsr2;gbkey=Gene;gene=lsr2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18500;old_locus_tag=BQ2027_MB3628C +Chromosome Protein Homology CDS 3988634 3988972 . - 0 ID=cds-WP_003419513.1;Parent=gene-BQ2027_RS18500;Dbxref=GenBank:WP_003419513.1;Name=WP_003419513.1;gbkey=CDS;gene=lsr2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218114.1;locus_tag=BQ2027_RS18500;product=histone-like nucleoid-structuring protein Lsr2;protein_id=WP_003419513.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3989076 3990593 . - . ID=gene-BQ2027_RS18505;Name=lysS;gbkey=Gene;gene=lysS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18505;old_locus_tag=BQ2027_MB3629C +Chromosome Protein Homology CDS 3989076 3990593 . - 0 ID=cds-WP_003419514.1;Parent=gene-BQ2027_RS18505;Dbxref=GenBank:WP_003419514.1;Name=WP_003419514.1;Ontology_term=GO:0006430,GO:0004824,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=lysS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=lysine-tRNA ligase activity|0004824||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=lysyl-tRNA aminoacylation|0006430||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218115.1;locus_tag=BQ2027_RS18505;product=lysine--tRNA ligase;protein_id=WP_003419514.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3990694 3991512 . - . ID=gene-BQ2027_RS18510;Name=BQ2027_RS18510;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18510;old_locus_tag=BQ2027_MB3630C +Chromosome Protein Homology CDS 3990694 3991512 . - 0 ID=cds-WP_003419517.1;Parent=gene-BQ2027_RS18510;Dbxref=GenBank:WP_003419517.1;Name=WP_003419517.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218117.1;locus_tag=BQ2027_RS18510;product=type III pantothenate kinase;protein_id=WP_003419517.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3991515 3991934 . - . ID=gene-BQ2027_RS18515;Name=panD;gbkey=Gene;gene=panD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18515;old_locus_tag=BQ2027_MB3631C +Chromosome Protein Homology CDS 3991515 3991934 . - 0 ID=cds-WP_003419523.1;Parent=gene-BQ2027_RS18515;Dbxref=GenBank:WP_003419523.1;Name=WP_003419523.1;Ontology_term=GO:0006523,GO:0004068;gbkey=CDS;gene=panD;go_function=aspartate 1-decarboxylase activity|0004068||IEA;go_process=alanine biosynthetic process|0006523||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218118.1;locus_tag=BQ2027_RS18515;product=aspartate 1-decarboxylase;protein_id=WP_003419523.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3991934 3992863 . - . ID=gene-BQ2027_RS18520;Name=panC;gbkey=Gene;gene=panC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18520;old_locus_tag=BQ2027_MB3632C +Chromosome Protein Homology CDS 3991934 3992863 . - 0 ID=cds-WP_003419526.1;Parent=gene-BQ2027_RS18520;Dbxref=GenBank:WP_003419526.1;Name=WP_003419526.1;Ontology_term=GO:0015940,GO:0004592;gbkey=CDS;gene=panC;go_function=pantoate-beta-alanine ligase activity|0004592||IEA;go_process=pantothenate biosynthetic process|0015940||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218119.1;locus_tag=BQ2027_RS18520;product=pantoate--beta-alanine ligase;protein_id=WP_003419526.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3992860 3993771 . - . ID=gene-BQ2027_RS18525;Name=BQ2027_RS18525;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18525;old_locus_tag=BQ2027_MB3633C +Chromosome Protein Homology CDS 3992860 3993771 . - 0 ID=cds-WP_003419533.1;Parent=gene-BQ2027_RS18525;Dbxref=GenBank:WP_003419533.1;Name=WP_003419533.1;Ontology_term=GO:0016491,GO:0070403;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,NAD+ binding|0070403||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218120.1;locus_tag=BQ2027_RS18525;product=Rossmann-like and DUF2520 domain-containing protein;protein_id=WP_003419533.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3993956 3995149 . - . ID=gene-BQ2027_RS18530;Name=BQ2027_RS18530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18530;old_locus_tag=BQ2027_MB3634C +Chromosome Protein Homology CDS 3993956 3995149 . - 0 ID=cds-WP_003419534.1;Parent=gene-BQ2027_RS18530;Dbxref=GenBank:WP_003419534.1;Name=WP_003419534.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218121.2;locus_tag=BQ2027_RS18530;product=DUF6779 domain-containing protein;protein_id=WP_003419534.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3995358 3995834 . - . ID=gene-BQ2027_RS18535;Name=BQ2027_RS18535;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18535;old_locus_tag=BQ2027_MB3635C +Chromosome Protein Homology CDS 3995358 3995834 . - 0 ID=cds-WP_003419535.1;Parent=gene-BQ2027_RS18535;Dbxref=GenBank:WP_003419535.1;Name=WP_003419535.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218122.1;locus_tag=BQ2027_RS18535;product=DUF3180 domain-containing protein;protein_id=WP_003419535.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3995834 3996400 . - . ID=gene-BQ2027_RS18540;Name=folK;gbkey=Gene;gene=folK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18540;old_locus_tag=BQ2027_MB3636C +Chromosome Protein Homology CDS 3995834 3996400 . - 0 ID=cds-WP_003419536.1;Parent=gene-BQ2027_RS18540;Dbxref=GenBank:WP_003419536.1;Name=WP_003419536.1;Ontology_term=GO:0009396,GO:0003848;gbkey=CDS;gene=folK;go_function=2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity|0003848||IEA;go_process=folic acid-containing compound biosynthetic process|0009396||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218123.1;locus_tag=BQ2027_RS18540;product=2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase;protein_id=WP_003419536.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3996397 3996798 . - . ID=gene-BQ2027_RS18545;Name=folB;gbkey=Gene;gene=folB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18545;old_locus_tag=BQ2027_MB3637C +Chromosome Protein Homology CDS 3996397 3996798 . - 0 ID=cds-WP_003419537.1;Parent=gene-BQ2027_RS18545;Dbxref=GenBank:WP_003419537.1;Name=WP_003419537.1;Ontology_term=GO:0006760,GO:0004150;gbkey=CDS;gene=folB;go_function=dihydroneopterin aldolase activity|0004150||IEA;go_process=folic acid-containing compound metabolic process|0006760||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177996.1;locus_tag=BQ2027_RS18545;product=dihydroneopterin aldolase;protein_id=WP_003419537.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3996791 3997633 . - . ID=gene-BQ2027_RS18550;Name=folP;gbkey=Gene;gene=folP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18550;old_locus_tag=BQ2027_MB3638C +Chromosome Protein Homology CDS 3996791 3997633 . - 0 ID=cds-WP_003899596.1;Parent=gene-BQ2027_RS18550;Dbxref=GenBank:WP_003899596.1;Name=WP_003899596.1;Ontology_term=GO:0009396,GO:0004156;gbkey=CDS;gene=folP;go_function=dihydropteroate synthase activity|0004156||IEA;go_process=folic acid-containing compound biosynthetic process|0009396||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_177997.1;locus_tag=BQ2027_RS18550;product=dihydropteroate synthase;protein_id=WP_003899596.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3997630 3998238 . - . ID=gene-BQ2027_RS18555;Name=folE;gbkey=Gene;gene=folE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18555;old_locus_tag=BQ2027_MB3639C +Chromosome Protein Homology CDS 3997630 3998238 . - 0 ID=cds-WP_003899597.1;Parent=gene-BQ2027_RS18555;Dbxref=GenBank:WP_003899597.1;Name=WP_003899597.1;Ontology_term=GO:0046654,GO:0003934;gbkey=CDS;gene=folE;go_function=GTP cyclohydrolase I activity|0003934||IEA;go_process=tetrahydrofolate biosynthetic process|0046654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218126.1;locus_tag=BQ2027_RS18555;product=GTP cyclohydrolase I FolE;protein_id=WP_003899597.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 3998254 4000536 . - . ID=gene-BQ2027_RS18560;Name=ftsH;gbkey=Gene;gene=ftsH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18560;old_locus_tag=BQ2027_MB3640C +Chromosome Protein Homology CDS 3998254 4000536 . - 0 ID=cds-WP_003419543.1;Parent=gene-BQ2027_RS18560;Dbxref=GenBank:WP_003419543.1;Name=WP_003419543.1;Ontology_term=GO:0006508,GO:0051301,GO:0004222,GO:0016887,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ftsH;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=metalloendopeptidase activity|0004222||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA,cell division|0051301||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218127.1;locus_tag=BQ2027_RS18560;product=ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH;protein_id=WP_003419543.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4001423 4001584 . - . ID=gene-BQ2027_RS18570;Name=BQ2027_RS18570;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18570;old_locus_tag=BQ2027_MB3643C +Chromosome Protein Homology CDS 4001423 4001584 . - 0 ID=cds-WP_003902532.1;Parent=gene-BQ2027_RS18570;Dbxref=GenBank:WP_003902532.1;Name=WP_003902532.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218130.1;locus_tag=BQ2027_RS18570;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003902532.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4001684 4002238 . - . ID=gene-BQ2027_RS18575;Name=espD;gbkey=Gene;gene=espD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18575;old_locus_tag=BQ2027_MB3644C +Chromosome Protein Homology CDS 4001684 4002238 . - 0 ID=cds-WP_003419545.1;Parent=gene-BQ2027_RS18575;Dbxref=GenBank:WP_003419545.1;Name=WP_003419545.1;gbkey=CDS;gene=espD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218131.1;locus_tag=BQ2027_RS18575;product=type VII secretion system ESX-1 target EspD;protein_id=WP_003419545.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4002354 4002665 . - . ID=gene-BQ2027_RS18580;Name=espC;gbkey=Gene;gene=espC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18580;old_locus_tag=BQ2027_MB3645C +Chromosome Protein Homology CDS 4002354 4002665 . - 0 ID=cds-WP_003899599.1;Parent=gene-BQ2027_RS18580;Dbxref=GenBank:WP_003899599.1;Name=WP_003899599.1;gbkey=CDS;gene=espC;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218132.1;locus_tag=BQ2027_RS18580;product=type VII secretion system ESX-1 filament-forming target EspC;protein_id=WP_003899599.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4002739 4003917 . - . ID=gene-BQ2027_RS18585;Name=espA;gbkey=Gene;gene=espA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18585;old_locus_tag=BQ2027_MB3646C +Chromosome Protein Homology CDS 4002739 4003917 . - 0 ID=cds-WP_010950920.1;Parent=gene-BQ2027_RS18585;Dbxref=GenBank:WP_010950920.1;Name=WP_010950920.1;gbkey=CDS;gene=espA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218133.1;locus_tag=BQ2027_RS18585;product=type VII secretion system ESX-1 target EspA;protein_id=WP_010950920.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4004338 4004898 . + . ID=gene-BQ2027_RS18590;Name=BQ2027_RS18590;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS18590;old_locus_tag=BQ2027_MB3647;partial=true;pseudo=true;start_range=.,4004338 +Chromosome Protein Homology CDS 4004338 4004898 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS18590;Parent=gene-BQ2027_RS18590;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013830827.1;locus_tag=BQ2027_RS18590;partial=true;product=SIMPL domain-containing protein;pseudo=true;start_range=.,4004338;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4004903 4005553 . - . ID=gene-BQ2027_RS18595;Name=hpt;gbkey=Gene;gene=hpt;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18595;old_locus_tag=BQ2027_MB3648C +Chromosome Protein Homology CDS 4004903 4005553 . - 0 ID=cds-WP_003419558.1;Parent=gene-BQ2027_RS18595;Dbxref=GenBank:WP_003419558.1;Name=WP_003419558.1;Ontology_term=GO:0006166;gbkey=CDS;gene=hpt;go_process=purine ribonucleoside salvage|0006166||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218141.1;locus_tag=BQ2027_RS18595;product=hypoxanthine phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003419558.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4005550 4006521 . - . ID=gene-BQ2027_RS18600;Name=tilS;gbkey=Gene;gene=tilS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18600;old_locus_tag=BQ2027_MB3649C +Chromosome Protein Homology CDS 4005550 4006521 . - 0 ID=cds-WP_003899608.1;Parent=gene-BQ2027_RS18600;Dbxref=GenBank:WP_003899608.1;Name=WP_003899608.1;Ontology_term=GO:0008033,GO:0000166,GO:0005524,GO:0016879;gbkey=CDS;gene=tilS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ligase activity%2C forming carbon-nitrogen bonds|0016879||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218142.1;locus_tag=BQ2027_RS18600;product=tRNA lysidine(34) synthetase TilS;protein_id=WP_003899608.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4006500 4007552 . - . ID=gene-BQ2027_RS18605;Name=BQ2027_RS18605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18605;old_locus_tag=BQ2027_MB3650C +Chromosome Protein Homology CDS 4006500 4007552 . - 0 ID=cds-WP_003419571.1;Parent=gene-BQ2027_RS18605;Dbxref=GenBank:WP_003419571.1;Name=WP_003419571.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218143.1;locus_tag=BQ2027_RS18605;product=zinc-dependent metalloprotease;protein_id=WP_003419571.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4007549 4008934 . - . ID=gene-BQ2027_RS18610;Name=dacB;gbkey=Gene;gene=dacB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18610;old_locus_tag=BQ2027_MB3651C +Chromosome Protein Homology CDS 4007549 4008934 . - 0 ID=cds-WP_003419574.1;Parent=gene-BQ2027_RS18610;Dbxref=GenBank:WP_003419574.1;Name=WP_003419574.1;Ontology_term=GO:0009252,GO:0004175,GO:0009002;gbkey=CDS;gene=dacB;go_function=endopeptidase activity|0004175||IEA,serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity|0009002||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218144.1;locus_tag=BQ2027_RS18610;product=D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase/D-alanyl-D-alanine endopeptidase;protein_id=WP_003419574.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4009072 4009560 . + . ID=gene-BQ2027_RS18615;Name=ppa;gbkey=Gene;gene=ppa;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18615;old_locus_tag=BQ2027_MB3652 +Chromosome Protein Homology CDS 4009072 4009560 . + 0 ID=cds-WP_003419577.1;Parent=gene-BQ2027_RS18615;Dbxref=GenBank:WP_003419577.1;Name=WP_003419577.1;gbkey=CDS;gene=ppa;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218145.1;locus_tag=BQ2027_RS18615;product=inorganic diphosphatase;protein_id=WP_003419577.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4009606 4010703 . - . ID=gene-BQ2027_RS18620;Name=BQ2027_RS18620;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18620;old_locus_tag=BQ2027_MB3653C +Chromosome Protein Homology CDS 4009606 4010703 . - 0 ID=cds-WP_003419580.1;Parent=gene-BQ2027_RS18620;Dbxref=GenBank:WP_003419580.1;Name=WP_003419580.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218146.1;locus_tag=BQ2027_RS18620;product=DUF475 domain-containing protein;protein_id=WP_003419580.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4010824 4012119 . + . ID=gene-BQ2027_RS18625;Name=BQ2027_RS18625;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18625;old_locus_tag=BQ2027_MB3654 +Chromosome Protein Homology CDS 4010824 4012119 . + 0 ID=cds-WP_003419582.1;Parent=gene-BQ2027_RS18625;Dbxref=GenBank:WP_003419582.1;Name=WP_003419582.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218147.1;locus_tag=BQ2027_RS18625;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419582.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4012163 4012888 . + . ID=gene-BQ2027_RS18630;Name=BQ2027_RS18630;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18630;old_locus_tag=BQ2027_MB3655 +Chromosome Protein Homology CDS 4012163 4012888 . + 0 ID=cds-WP_003419585.1;Parent=gene-BQ2027_RS18630;Dbxref=GenBank:WP_003419585.1;Name=WP_003419585.1;Ontology_term=GO:0016757;gbkey=CDS;go_function=glycosyltransferase activity|0016757||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218148.1;locus_tag=BQ2027_RS18630;product=glycosyltransferase family 2 protein;protein_id=WP_003419585.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4012885 4013229 . + . ID=gene-BQ2027_RS18635;Name=BQ2027_RS18635;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18635;old_locus_tag=BQ2027_MB3656 +Chromosome Protein Homology CDS 4012885 4013229 . + 0 ID=cds-WP_003419590.1;Parent=gene-BQ2027_RS18635;Dbxref=GenBank:WP_003419590.1;Name=WP_003419590.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218149.1;locus_tag=BQ2027_RS18635;product=DUF2304 domain-containing protein;protein_id=WP_003419590.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4013440 4014315 . + . ID=gene-BQ2027_RS18640;Name=BQ2027_RS18640;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18640;old_locus_tag=BQ2027_MB3657 +Chromosome Protein Homology CDS 4013440 4014315 . + 0 ID=cds-WP_003419601.1;Parent=gene-BQ2027_RS18640;Dbxref=GenBank:WP_003419601.1;Name=WP_003419601.1;Ontology_term=GO:0046872,GO:0051213;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,dioxygenase activity|0051213||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218150.1;locus_tag=BQ2027_RS18640;product=phytanoyl-CoA dioxygenase family protein;protein_id=WP_003419601.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4014316 4015260 . - . ID=gene-BQ2027_RS18645;Name=galE1;gbkey=Gene;gene=galE1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18645;old_locus_tag=BQ2027_MB3658C +Chromosome Protein Homology CDS 4014316 4015260 . - 0 ID=cds-WP_003419610.1;Parent=gene-BQ2027_RS18645;Dbxref=GenBank:WP_003419610.1;Name=WP_003419610.1;gbkey=CDS;gene=galE1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215015.2;locus_tag=BQ2027_RS18645;product=UDP-glucose 4-epimerase;protein_id=WP_003419610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4015283 4017058 . + . ID=gene-BQ2027_RS18650;Name=BQ2027_RS18650;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18650;old_locus_tag=BQ2027_MB3659 +Chromosome Protein Homology CDS 4015283 4017058 . + 0 ID=cds-WP_003419613.1;Parent=gene-BQ2027_RS18650;Dbxref=GenBank:WP_003419613.1;Name=WP_003419613.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218152.1;locus_tag=BQ2027_RS18650;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419613.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4017401 4018633 . + . ID=gene-BQ2027_RS18655;Name=istA;gbkey=Gene;gene=istA;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS18655;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4017401 4018633 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS18655;Parent=gene-BQ2027_RS18655;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0004803;gbkey=CDS;gene=istA;go_function=transposase activity|0004803||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003414864.1;locus_tag=BQ2027_RS18655;product=IS21 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4018633 4019379 . + . ID=gene-BQ2027_RS18660;Name=BQ2027_RS18660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18660;old_locus_tag=BQ2027_MB3662 +Chromosome Protein Homology CDS 4018633 4019379 . + 0 ID=cds-WP_003899614.1;Parent=gene-BQ2027_RS18660;Dbxref=GenBank:WP_003899614.1;Name=WP_003899614.1;Ontology_term=GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218155.1;locus_tag=BQ2027_RS18660;product=ATP-binding protein;protein_id=WP_003899614.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4019755 4019850 . + . ID=gene-BQ2027_RS21065;Name=BQ2027_RS21065;end_range=4019850,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS21065;partial=true;pseudo=true;start_range=.,4019755 +Chromosome Protein Homology CDS 4019755 4019850 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS21065;Parent=gene-BQ2027_RS21065;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus and C-terminus;end_range=4019850,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003900311.1;locus_tag=BQ2027_RS21065;partial=true;product=hypothetical protein;pseudo=true;start_range=.,4019755;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4020169 4021398 . - . ID=gene-BQ2027_RS18665;Name=BQ2027_RS18665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18665;old_locus_tag=BQ2027_MB3664C +Chromosome Protein Homology CDS 4020169 4021398 . - 0 ID=cds-WP_003419623.1;Parent=gene-BQ2027_RS18665;Dbxref=GenBank:WP_003419623.1;Name=WP_003419623.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218157.1;locus_tag=BQ2027_RS18665;product=IS256-like element IS1553 family transposase;protein_id=WP_003419623.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4021574 4022209 . - . ID=gene-BQ2027_RS18670;Name=fic;gbkey=Gene;gene=fic;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18670;old_locus_tag=BQ2027_MB3665C +Chromosome Protein Homology CDS 4021574 4022209 . - 0 ID=cds-WP_003899616.1;Parent=gene-BQ2027_RS18670;Dbxref=GenBank:WP_003899616.1;Name=WP_003899616.1;Ontology_term=GO:0018117,GO:0005524,GO:0070733;gbkey=CDS;gene=fic;go_function=ATP binding|0005524||IEA,AMPylase activity|0070733||IEA;go_process=protein adenylylation|0018117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218158.1;locus_tag=BQ2027_RS18670;product=Fic/DOC family protein;protein_id=WP_003899616.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4022220 4022414 . - . ID=gene-BQ2027_RS18675;Name=BQ2027_RS18675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18675;old_locus_tag=BQ2027_MB3666C +Chromosome Protein Homology CDS 4022220 4022414 . - 0 ID=cds-WP_003419627.1;Parent=gene-BQ2027_RS18675;Dbxref=GenBank:WP_003419627.1;Name=WP_003419627.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218159.1;locus_tag=BQ2027_RS18675;product=antitoxin VbhA family protein;protein_id=WP_003419627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4022579 4022713 . + . ID=gene-BQ2027_RS20685;Name=BQ2027_RS20685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20685 +Chromosome Protein Homology CDS 4022579 4022713 . + 0 ID=cds-WP_003419630.1;Parent=gene-BQ2027_RS20685;Dbxref=GenBank:WP_003419630.1;Name=WP_003419630.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003419630.1;locus_tag=BQ2027_RS20685;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419630.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4022809 4023000 . + . ID=gene-BQ2027_RS18680;Name=BQ2027_RS18680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18680;old_locus_tag=BQ2027_MB3667 +Chromosome Protein Homology CDS 4022809 4023000 . + 0 ID=cds-WP_003419633.1;Parent=gene-BQ2027_RS18680;Dbxref=GenBank:WP_003419633.1;Name=WP_003419633.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218160.1;locus_tag=BQ2027_RS18680;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419633.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4023011 4023086 . - . ID=gene-BQ2027_RS18685;Name=BQ2027_RS18685;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS18685;old_locus_tag=BQ2027_THRU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 4023011 4023086 . - . ID=rna-BQ2027_RS18685;Parent=gene-BQ2027_RS18685;anticodon=(pos:complement(4023051..4023053));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS18685;product=tRNA-Thr +Chromosome tRNAscan-SE exon 4023011 4023086 . - . ID=exon-BQ2027_RS18685-1;Parent=rna-BQ2027_RS18685;anticodon=(pos:complement(4023051..4023053));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS18685;product=tRNA-Thr +Chromosome RefSeq gene 4023165 4024370 . - . ID=gene-BQ2027_RS18690;Name=BQ2027_RS18690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18690;old_locus_tag=BQ2027_MB3668C +Chromosome Protein Homology CDS 4023165 4024370 . - 0 ID=cds-WP_003419637.1;Parent=gene-BQ2027_RS18690;Dbxref=GenBank:WP_003419637.1;Name=WP_003419637.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003677,GO:0003887,GO:0008408,GO:0009360;gbkey=CDS;go_component=DNA polymerase III complex|0009360||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-directed DNA polymerase activity|0003887||IEA,3'-5' exonuclease activity|0008408||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218161.1;locus_tag=BQ2027_RS18690;product=DNA polymerase III subunit delta';protein_id=WP_003419637.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4024456 4026105 . + . ID=gene-BQ2027_RS18695;Name=BQ2027_RS18695;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18695;old_locus_tag=BQ2027_MB3669 +Chromosome Protein Homology CDS 4024456 4026105 . + 0 ID=cds-WP_003419638.1;Parent=gene-BQ2027_RS18695;Dbxref=GenBank:WP_003419638.1;Name=WP_003419638.1;Ontology_term=GO:0007165,GO:0009190,GO:0035556,GO:0000166,GO:0009975,GO:0016779,GO:0016829,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,cyclase activity|0009975||IEA,nucleotidyltransferase activity|0016779||IEA,lyase activity|0016829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=signal transduction|0007165||IEA,cyclic nucleotide biosynthetic process|0009190||IEA,intracellular signal transduction|0035556||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218162.1;locus_tag=BQ2027_RS18695;product=adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;protein_id=WP_003419638.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4026102 4028906 . - . ID=gene-BQ2027_RS18700;Name=topA;gbkey=Gene;gene=topA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18700;old_locus_tag=BQ2027_MB3670C +Chromosome Protein Homology CDS 4026102 4028906 . - 0 ID=cds-WP_003899617.1;Parent=gene-BQ2027_RS18700;Dbxref=GenBank:WP_003899617.1;Name=WP_003899617.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0006265,GO:0003677,GO:0003917,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=topA;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA topoisomerase type I (single strand cut%2C ATP-independent) activity|0003917||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA,DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218163.1;locus_tag=BQ2027_RS18700;product=type I DNA topoisomerase;protein_id=WP_003899617.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4029259 4029837 . - . ID=gene-BQ2027_RS18705;Name=BQ2027_RS18705;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18705;old_locus_tag=BQ2027_MB3671C +Chromosome Protein Homology CDS 4029259 4029837 . - 0 ID=cds-WP_003419642.1;Parent=gene-BQ2027_RS18705;Dbxref=GenBank:WP_003419642.1;Name=WP_003419642.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218164.1;locus_tag=BQ2027_RS18705;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419642.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4029977 4030180 . - . ID=gene-BQ2027_RS18710;Name=cspA;gbkey=Gene;gene=cspA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18710;old_locus_tag=BQ2027_MB3672C +Chromosome Protein Homology CDS 4029977 4030180 . - 0 ID=cds-WP_003419650.1;Parent=gene-BQ2027_RS18710;Dbxref=GenBank:WP_003419650.1;Name=WP_003419650.1;gbkey=CDS;gene=cspA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218165.1;locus_tag=BQ2027_RS18710;product=cold shock protein CspA;protein_id=WP_003419650.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4030430 4032745 . + . ID=gene-BQ2027_RS18715;Name=BQ2027_RS18715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18715;old_locus_tag=BQ2027_MB3673 +Chromosome Protein Homology CDS 4030430 4032745 . + 0 ID=cds-WP_003419652.1;Parent=gene-BQ2027_RS18715;Dbxref=GenBank:WP_003419652.1;Name=WP_003419652.1;Ontology_term=GO:0003676,GO:0005524;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA,ATP binding|0005524||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218166.1;locus_tag=BQ2027_RS18715;product=DEAD/DEAH box helicase;protein_id=WP_003419652.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4032882 4033166 . + . ID=gene-BQ2027_RS18720;Name=BQ2027_RS18720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18720;old_locus_tag=BQ2027_MB3674 +Chromosome Protein Homology CDS 4032882 4033166 . + 0 ID=cds-WP_003419654.1;Parent=gene-BQ2027_RS18720;Dbxref=GenBank:WP_003419654.1;Name=WP_003419654.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178000.1;locus_tag=BQ2027_RS18720;product=PE family protein;protein_id=WP_003419654.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4033490 4034527 . + . ID=gene-BQ2027_RS18725;Name=BQ2027_RS18725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18725;old_locus_tag=BQ2027_MB3675 +Chromosome Protein Homology CDS 4033490 4034527 . + 0 ID=cds-WP_003419657.1;Parent=gene-BQ2027_RS18725;Dbxref=GenBank:WP_003419657.1;Name=WP_003419657.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218168.1;locus_tag=BQ2027_RS18725;product=PAS domain-containing protein;protein_id=WP_003419657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4034670 4034825 . - . ID=gene-BQ2027_RS18730;Name=BQ2027_RS18730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18730 +Chromosome Protein Homology CDS 4034670 4034825 . - 0 ID=cds-WP_003917826.1;Parent=gene-BQ2027_RS18730;Dbxref=GenBank:WP_003917826.1;Name=WP_003917826.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015291617.1;locus_tag=BQ2027_RS18730;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917826.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4035281 4035498 . + . ID=gene-BQ2027_RS20585;Name=BQ2027_RS20585;end_range=4035498,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20585;old_locus_tag=BQ2027_MB3676;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4035281 4035498 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS20585;Parent=gene-BQ2027_RS20585;Note=frameshifted%3B incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;end_range=4035498,.;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013127.6;locus_tag=BQ2027_RS20585;partial=true;product=PE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4035589 4036302 . + . ID=gene-BQ2027_RS18735;Name=BQ2027_RS18735;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18735;old_locus_tag=BQ2027_MB3677 +Chromosome Protein Homology CDS 4035589 4036302 . + 0 ID=cds-WP_010950921.1;Parent=gene-BQ2027_RS18735;Dbxref=GenBank:WP_010950921.1;Name=WP_010950921.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011799366.1;locus_tag=BQ2027_RS18735;product=PGRS repeat-containing protein;protein_id=WP_010950921.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4036419 4036727 . - . ID=gene-BQ2027_RS18740;Name=BQ2027_RS18740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18740;old_locus_tag=BQ2027_MB3678C +Chromosome Protein Homology CDS 4036419 4036727 . - 0 ID=cds-WP_012054375.1;Parent=gene-BQ2027_RS18740;Dbxref=GenBank:WP_012054375.1;Name=WP_012054375.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003925186.1;locus_tag=BQ2027_RS18740;product=Rv3654c family TadE-like protein;protein_id=WP_012054375.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4036682 4037058 . - . ID=gene-BQ2027_RS18745;Name=BQ2027_RS18745;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS18745;old_locus_tag=BQ2027_MB3679C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4036682 4037058 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS18745;Parent=gene-BQ2027_RS18745;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218172.1;locus_tag=BQ2027_RS18745;product=apoptosis inhibitor;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4037082 4037288 . - . ID=gene-BQ2027_RS18750;Name=BQ2027_RS18750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18750;old_locus_tag=BQ2027_MB3680C +Chromosome Protein Homology CDS 4037082 4037288 . - 0 ID=cds-WP_003419673.1;Parent=gene-BQ2027_RS18750;Dbxref=GenBank:WP_003419673.1;Name=WP_003419673.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218173.1;locus_tag=BQ2027_RS18750;product=DUF4244 domain-containing protein;protein_id=WP_003419673.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4037298 4037900 . - . ID=gene-BQ2027_RS18755;Name=BQ2027_RS18755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18755;old_locus_tag=BQ2027_MB3681C +Chromosome Protein Homology CDS 4037298 4037900 . - 0 ID=cds-WP_003899622.1;Parent=gene-BQ2027_RS18755;Dbxref=GenBank:WP_003899622.1;Name=WP_003899622.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015456535.1;locus_tag=BQ2027_RS18755;product=type II secretion system F family protein;protein_id=WP_003899622.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4037897 4038697 . - . ID=gene-BQ2027_RS18760;Name=BQ2027_RS18760;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18760;old_locus_tag=BQ2027_MB3682C +Chromosome Protein Homology CDS 4037897 4038697 . - 0 ID=cds-WP_003419679.1;Parent=gene-BQ2027_RS18760;Dbxref=GenBank:WP_003419679.1;Name=WP_003419679.1;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218175.1;locus_tag=BQ2027_RS18760;product=type II secretion system F family protein;protein_id=WP_003419679.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4038694 4039857 . - . ID=gene-BQ2027_RS18765;Name=BQ2027_RS18765;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18765;old_locus_tag=BQ2027_MB3683C +Chromosome Protein Homology CDS 4038694 4039857 . - 0 ID=cds-WP_003899624.1;Parent=gene-BQ2027_RS18765;Dbxref=GenBank:WP_003899624.1;Name=WP_003899624.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899624.1;locus_tag=BQ2027_RS18765;product=TadA family conjugal transfer-associated ATPase;protein_id=WP_003899624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4039854 4040906 . - . ID=gene-BQ2027_RS18770;Name=ssd;gbkey=Gene;gene=ssd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18770;old_locus_tag=BQ2027_MB3684C +Chromosome Protein Homology CDS 4039854 4040906 . - 0 ID=cds-WP_003419685.1;Parent=gene-BQ2027_RS18770;Dbxref=GenBank:WP_003419685.1;Name=WP_003419685.1;gbkey=CDS;gene=ssd;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218177.1;locus_tag=BQ2027_RS18770;product=septum site-determining protein Ssd;protein_id=WP_003419685.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4041406 4042269 . + . ID=gene-BQ2027_RS18775;Name=BQ2027_RS18775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18775;old_locus_tag=BQ2027_MB3685 +Chromosome Protein Homology CDS 4041406 4042269 . + 0 ID=cds-WP_010950922.1;Parent=gene-BQ2027_RS18775;Dbxref=GenBank:WP_010950922.1;Name=WP_010950922.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218178.1;locus_tag=BQ2027_RS18775;product=HAD-IB family hydrolase;protein_id=WP_010950922.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4043024 4043794 . - . ID=gene-BQ2027_RS18780;Name=BQ2027_RS18780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18780;old_locus_tag=BQ2027_MB3686C +Chromosome Protein Homology CDS 4043024 4043794 . - 0 ID=cds-WP_003419692.1;Parent=gene-BQ2027_RS18780;Dbxref=GenBank:WP_003419692.1;Name=WP_003419692.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218179.1;locus_tag=BQ2027_RS18780;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419692.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4043791 4045437 . - . ID=gene-BQ2027_RS18785;Name=dppD;gbkey=Gene;gene=dppD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18785;old_locus_tag=BQ2027_MB3687C +Chromosome Protein Homology CDS 4043791 4045437 . - 0 ID=cds-WP_003900733.1;Parent=gene-BQ2027_RS18785;Dbxref=GenBank:WP_003900733.1;Name=WP_003900733.1;Ontology_term=GO:0015833,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=dppD;go_function=ATP binding|0005524||IEA;go_process=peptide transport|0015833||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218180.1;locus_tag=BQ2027_RS18785;product=dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=WP_003900733.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4045434 4046297 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18795;Name=dppB;gbkey=Gene;gene=dppB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18795;old_locus_tag=BQ2027_MB3689C +Chromosome Protein Homology CDS 4046290 4047216 . - 0 ID=cds-WP_003419701.1;Parent=gene-BQ2027_RS18795;Dbxref=GenBank:WP_003419701.1;Name=WP_003419701.1;Ontology_term=GO:0055085;gbkey=CDS;gene=dppB;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218182.1;locus_tag=BQ2027_RS18795;product=ABC transporter permease;protein_id=WP_003419701.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4047218 4048843 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18845;Name=BQ2027_RS18845;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18845;old_locus_tag=BQ2027_MB3699 +Chromosome Protein Homology CDS 4057761 4058138 . + 0 ID=cds-WP_003899635.1;Parent=gene-BQ2027_RS18845;Dbxref=GenBank:WP_003899635.1;Name=WP_003899635.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218192.1;locus_tag=BQ2027_RS18845;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899635.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4058237 4058911 . + . ID=gene-BQ2027_RS18850;Name=crp;gbkey=Gene;gene=crp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18850;old_locus_tag=BQ2027_MB3700 +Chromosome Protein Homology CDS 4058237 4058911 . + 0 ID=cds-WP_003419728.1;Parent=gene-BQ2027_RS18850;Dbxref=GenBank:WP_003419728.1;Name=WP_003419728.1;gbkey=CDS;gene=crp;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218193.1;locus_tag=BQ2027_RS18850;product=cAMP-activated global transcriptional regulator CRP;protein_id=WP_003419728.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4059017 4059811 . - . ID=gene-BQ2027_RS18855;Name=BQ2027_RS18855;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18855;old_locus_tag=BQ2027_MB3701C +Chromosome Protein Homology CDS 4059017 4059811 . - 0 ID=cds-WP_003419731.1;Parent=gene-BQ2027_RS18855;Dbxref=GenBank:WP_003419731.1;Name=WP_003419731.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218194.1;locus_tag=BQ2027_RS18855;product=MBL fold metallo-hydrolase;protein_id=WP_003419731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4059818 4060273 . - . ID=gene-BQ2027_RS18860;Name=BQ2027_RS18860;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18860;old_locus_tag=BQ2027_MB3702C +Chromosome Protein Homology CDS 4059818 4060273 . - 0 ID=cds-WP_003419733.1;Parent=gene-BQ2027_RS18860;Dbxref=GenBank:WP_003419733.1;Name=WP_003419733.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218195.1;locus_tag=BQ2027_RS18860;product=RidA family protein;protein_id=WP_003419733.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4060289 4060450 . - . ID=gene-BQ2027_RS18865;Name=BQ2027_RS18865;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18865;old_locus_tag=BQ2027_MB3703C +Chromosome Protein Homology CDS 4060289 4060450 . - 0 ID=cds-WP_003419736.1;Parent=gene-BQ2027_RS18865;Dbxref=GenBank:WP_003419736.1;Name=WP_003419736.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178004.1;locus_tag=BQ2027_RS18865;product=DUF4177 domain-containing protein;protein_id=WP_003419736.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4060535 4061557 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18885;Name=ponA2;gbkey=Gene;gene=ponA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18885;old_locus_tag=BQ2027_MB3707 +Chromosome Protein Homology CDS 4063675 4066107 . + 0 ID=cds-WP_003419746.1;Parent=gene-BQ2027_RS18885;Dbxref=GenBank:WP_003419746.1;Name=WP_003419746.1;gbkey=CDS;gene=ponA2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178005.1;locus_tag=BQ2027_RS18885;product=transglycosylase/D%2CD-transpeptidase PonA2;protein_id=WP_003419746.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4066176 4067135 . + . ID=gene-BQ2027_RS18890;Name=BQ2027_RS18890;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18890;old_locus_tag=BQ2027_MB3708 +Chromosome Protein Homology CDS 4066176 4067135 . + 0 ID=cds-WP_003899637.1;Parent=gene-BQ2027_RS18890;Dbxref=GenBank:WP_003899637.1;Name=WP_003899637.1;Ontology_term=GO:0016311,GO:0042578,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=phosphoric ester hydrolase activity|0042578||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=dephosphorylation|0016311||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218200.1;locus_tag=BQ2027_RS18890;product=metallophosphoesterase;protein_id=WP_003899637.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4067132 4068238 . + . ID=gene-BQ2027_RS18895;Name=BQ2027_RS18895;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18895;old_locus_tag=BQ2027_MB3709 +Chromosome Protein Homology CDS 4067132 4068238 . + 0 ID=cds-WP_003419750.1;Parent=gene-BQ2027_RS18895;Dbxref=GenBank:WP_003419750.1;Name=WP_003419750.1;Ontology_term=GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003419750.1;locus_tag=BQ2027_RS18895;product=PLP-dependent cysteine synthase family protein;protein_id=WP_003419750.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4068300 4068373 . + . ID=gene-BQ2027_RS18900;Name=BQ2027_RS18900;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS18900;old_locus_tag=BQ2027_PROY +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 4068300 4068373 . + . ID=rna-BQ2027_RS18900;Parent=gene-BQ2027_RS18900;anticodon=(pos:4068334..4068336);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS18900;product=tRNA-Pro +Chromosome tRNAscan-SE exon 4068300 4068373 . + . ID=exon-BQ2027_RS18900-1;Parent=rna-BQ2027_RS18900;anticodon=(pos:4068334..4068336);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS18900;product=tRNA-Pro +Chromosome RefSeq pseudogene 4068796 4069020 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18910;Name=BQ2027_RS18910;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18910;old_locus_tag=BQ2027_MB3710C +Chromosome Protein Homology CDS 4069054 4070484 . - 0 ID=cds-WP_010950925.1;Parent=gene-BQ2027_RS18910;Dbxref=GenBank:WP_010950925.1;Name=WP_010950925.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218202.1;locus_tag=BQ2027_RS18910;product=cytochrome P450;protein_id=WP_010950925.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4070510 4070842 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS18925;Name=BQ2027_RS18925;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18925;old_locus_tag=BQ2027_MB3713C +Chromosome Protein Homology CDS 4071652 4072116 . - 0 ID=cds-WP_003419765.1;Parent=gene-BQ2027_RS18925;Dbxref=GenBank:WP_003419765.1;Name=WP_003419765.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218205.1;locus_tag=BQ2027_RS18925;product=GatB/YqeY domain-containing protein;protein_id=WP_003419765.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4072116 4073471 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18955;Name=BQ2027_RS18955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18955;old_locus_tag=BQ2027_MB3719C +Chromosome Protein Homology CDS 4077881 4078873 . - 0 ID=cds-WP_003419778.1;Parent=gene-BQ2027_RS18955;Dbxref=GenBank:WP_003419778.1;Name=WP_003419778.1;Ontology_term=GO:0030435,GO:0042173,GO:1901893;gbkey=CDS;go_process=sporulation resulting in formation of a cellular spore|0030435||IEA,regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore|0042173||IEA,positive regulation of cell septum assembly|1901893||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218211.1;locus_tag=BQ2027_RS18955;product=stage II sporulation protein M;protein_id=WP_003419778.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4078965 4079897 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS18970;Name=BQ2027_RS18970;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18970;old_locus_tag=BQ2027_MB3723C +Chromosome Protein Homology CDS 4081565 4082002 . - 0 ID=cds-WP_003419785.1;Parent=gene-BQ2027_RS18970;Dbxref=GenBank:WP_003419785.1;Name=WP_003419785.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218214.1;locus_tag=BQ2027_RS18970;product=type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;protein_id=WP_003419785.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4081999 4082223 . - . ID=gene-BQ2027_RS18975;Name=BQ2027_RS18975;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18975;old_locus_tag=BQ2027_MB3723A +Chromosome Protein Homology CDS 4081999 4082223 . - 0 ID=cds-WP_003419787.1;Parent=gene-BQ2027_RS18975;Dbxref=GenBank:WP_003419787.1;Name=WP_003419787.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_007412423.1;locus_tag=BQ2027_RS18975;product=antitoxin VapB48;protein_id=WP_003419787.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4082310 4083782 . + . ID=gene-BQ2027_RS18980;Name=BQ2027_RS18980;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS18980;old_locus_tag=BQ2027_MB3724 +Chromosome Protein Homology CDS 4082310 4083782 . + 0 ID=cds-WP_031702233.1;Parent=gene-BQ2027_RS18980;Dbxref=GenBank:WP_031702233.1;Name=WP_031702233.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003419790.1;locus_tag=BQ2027_RS18980;product=glutamate--cysteine ligase;protein_id=WP_031702233.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4083804 4084505 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19000;Name=egtC;gbkey=Gene;gene=egtC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19000;old_locus_tag=BQ2027_MB3728C +Chromosome Protein Homology CDS 4086673 4087374 . - 0 ID=cds-WP_003419806.1;Parent=gene-BQ2027_RS19000;Dbxref=GenBank:WP_003419806.1;Name=WP_003419806.1;Ontology_term=GO:0052699;gbkey=CDS;gene=egtC;go_process=ergothioneine biosynthetic process|0052699||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218219.1;locus_tag=BQ2027_RS19000;product=ergothioneine biosynthesis protein EgtC;protein_id=WP_003419806.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4087374 4088651 . - . ID=gene-BQ2027_RS19005;Name=egtB;gbkey=Gene;gene=egtB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19005;old_locus_tag=BQ2027_MB3729C +Chromosome Protein Homology CDS 4087374 4088651 . - 0 ID=cds-WP_003419808.1;Parent=gene-BQ2027_RS19005;Dbxref=GenBank:WP_003419808.1;Name=WP_003419808.1;Ontology_term=GO:0052699;gbkey=CDS;gene=egtB;go_process=ergothioneine biosynthetic process|0052699||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218220.1;locus_tag=BQ2027_RS19005;product=ergothioneine biosynthesis protein EgtB;protein_id=WP_003419808.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4088648 4089946 . - . ID=gene-BQ2027_RS19010;Name=egtA;gbkey=Gene;gene=egtA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19010;old_locus_tag=BQ2027_MB3730C +Chromosome Protein Homology CDS 4088648 4089946 . - 0 ID=cds-WP_003419809.1;Parent=gene-BQ2027_RS19010;Dbxref=GenBank:WP_003419809.1;Name=WP_003419809.1;Ontology_term=GO:0052699,GO:0004357;gbkey=CDS;gene=egtA;go_function=glutamate-cysteine ligase activity|0004357||IEA;go_process=ergothioneine biosynthetic process|0052699||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218221.1;locus_tag=BQ2027_RS19010;product=ergothioneine biosynthesis glutamate--cysteine ligase EgtA;protein_id=WP_003419809.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4090078 4090722 . - . ID=gene-BQ2027_RS19015;Name=BQ2027_RS19015;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19015;old_locus_tag=BQ2027_MB3731C +Chromosome Protein Homology CDS 4090078 4090722 . - 0 ID=cds-WP_003419812.1;Parent=gene-BQ2027_RS19015;Dbxref=GenBank:WP_003419812.1;Name=WP_003419812.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218222.1;locus_tag=BQ2027_RS19015;product=sensor domain-containing protein;protein_id=WP_003419812.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4090851 4091240 . - . ID=gene-BQ2027_RS19020;Name=BQ2027_RS19020;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19020;old_locus_tag=BQ2027_MB3732C +Chromosome Protein Homology CDS 4090851 4091240 . - 0 ID=cds-WP_003419814.1;Parent=gene-BQ2027_RS19020;Dbxref=GenBank:WP_003419814.1;Name=WP_003419814.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178006.1;locus_tag=BQ2027_RS19020;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419814.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4091351 4091671 . - . ID=gene-BQ2027_RS19025;Name=BQ2027_RS19025;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19025;old_locus_tag=BQ2027_MB3733C +Chromosome Protein Homology CDS 4091351 4091671 . - 0 ID=cds-WP_003419816.1;Parent=gene-BQ2027_RS19025;Dbxref=GenBank:WP_003419816.1;Name=WP_003419816.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218223.1;locus_tag=BQ2027_RS19025;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003419816.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4091790 4092938 . - . ID=gene-BQ2027_RS19030;Name=BQ2027_RS19030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19030;old_locus_tag=BQ2027_MB3734C +Chromosome Protein Homology CDS 4091790 4092938 . - 0 ID=cds-WP_003899648.1;Parent=gene-BQ2027_RS19030;Dbxref=GenBank:WP_003899648.1;Name=WP_003899648.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016719265.1;locus_tag=BQ2027_RS19030;product=DUF4185 domain-containing protein;protein_id=WP_003899648.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4092940 4093977 . - . ID=gene-BQ2027_RS19035;Name=asd;gbkey=Gene;gene=asd;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19035;old_locus_tag=BQ2027_MB3735C +Chromosome Protein Homology CDS 4092940 4093977 . - 0 ID=cds-WP_003419825.1;Parent=gene-BQ2027_RS19035;Dbxref=GenBank:WP_003419825.1;Name=WP_003419825.1;Ontology_term=GO:0009086,GO:0009088,GO:0009089,GO:0009097,GO:0004073,GO:0050661;gbkey=CDS;gene=asd;go_function=aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity|0004073||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=methionine biosynthetic process|0009086||IEA,threonine biosynthetic process|0009088||IEA,lysine biosynthetic process via diaminopimelate|0009089||IEA,isoleucine biosynthetic process|0009097||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218225.1;locus_tag=BQ2027_RS19035;product=aspartate-semialdehyde dehydrogenase;protein_id=WP_003419825.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4093978 4095243 . - . ID=gene-BQ2027_RS19040;Name=ask;gbkey=Gene;gene=ask;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19040;old_locus_tag=BQ2027_MB3736C +Chromosome Protein Homology CDS 4093978 4095243 . - 0 ID=cds-WP_003419828.1;Parent=gene-BQ2027_RS19040;Dbxref=GenBank:WP_003419828.1;Name=WP_003419828.1;Ontology_term=GO:0008652,GO:0004072;gbkey=CDS;gene=ask;go_function=aspartate kinase activity|0004072||IEA;go_process=amino acid biosynthetic process|0008652||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218226.1;locus_tag=BQ2027_RS19040;product=aspartate kinase;protein_id=WP_003419828.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4095500 4097605 . + . ID=gene-BQ2027_RS19045;Name=leuA;gbkey=Gene;gene=leuA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19045;old_locus_tag=BQ2027_MB3737 +Chromosome Protein Homology CDS 4095500 4097605 . + 0 ID=cds-WP_023349635.1;Parent=gene-BQ2027_RS19045;Dbxref=GenBank:WP_023349635.1;Name=WP_023349635.1;Ontology_term=GO:0009098,GO:0003852;gbkey=CDS;gene=leuA;go_function=2-isopropylmalate synthase activity|0003852||IEA;go_process=L-leucine biosynthetic process|0009098||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_023349635.1;locus_tag=BQ2027_RS19045;product=2-isopropylmalate synthase;protein_id=WP_023349635.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4097671 4098660 . - . ID=gene-BQ2027_RS19050;Name=dnaQ;gbkey=Gene;gene=dnaQ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19050;old_locus_tag=BQ2027_MB3738C +Chromosome Protein Homology CDS 4097671 4098660 . - 0 ID=cds-WP_003420320.1;Parent=gene-BQ2027_RS19050;Dbxref=GenBank:WP_003420320.1;Name=WP_003420320.1;Ontology_term=GO:0006260,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=dnaQ;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA replication|0006260||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218228.1;locus_tag=BQ2027_RS19050;product=DEDDh family exonuclease;protein_id=WP_003420320.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4098853 4100094 . + . ID=gene-BQ2027_RS19055;Name=BQ2027_RS19055;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19055;old_locus_tag=BQ2027_MB3739 +Chromosome Protein Homology CDS 4098853 4100094 . + 0 ID=cds-WP_010950929.1;Parent=gene-BQ2027_RS19055;Dbxref=GenBank:WP_010950929.1;Name=WP_010950929.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218229.1;locus_tag=BQ2027_RS19055;product=Mur ligase family protein;protein_id=WP_010950929.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4100099 4100794 . + . ID=gene-BQ2027_RS19060;Name=BQ2027_RS19060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19060;old_locus_tag=BQ2027_MB3740 +Chromosome Protein Homology CDS 4100099 4100794 . + 0 ID=cds-WP_003900739.1;Parent=gene-BQ2027_RS19060;Dbxref=GenBank:WP_003900739.1;Name=WP_003900739.1;Ontology_term=GO:0004359;gbkey=CDS;go_function=glutaminase activity|0004359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218230.1;locus_tag=BQ2027_RS19060;product=type 1 glutamine amidotransferase;protein_id=WP_003900739.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4100803 4101693 . - . ID=gene-BQ2027_RS19065;Name=BQ2027_RS19065;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19065;old_locus_tag=BQ2027_MB3741C +Chromosome Protein Homology CDS 4100803 4101693 . - 0 ID=cds-WP_003420405.1;Parent=gene-BQ2027_RS19065;Dbxref=GenBank:WP_003420405.1;Name=WP_003420405.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218231.1;locus_tag=BQ2027_RS19065;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420405.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4101761 4102372 . - . ID=gene-BQ2027_RS19070;Name=recR;gbkey=Gene;gene=recR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19070;old_locus_tag=BQ2027_MB3742C +Chromosome Protein Homology CDS 4101761 4102372 . - 0 ID=cds-WP_003420407.1;Parent=gene-BQ2027_RS19070;Dbxref=GenBank:WP_003420407.1;Name=WP_003420407.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003677,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=recR;go_function=DNA binding|0003677||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218232.1;locus_tag=BQ2027_RS19070;product=recombination mediator RecR;protein_id=WP_003420407.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4102384 4102785 . - . ID=gene-BQ2027_RS19075;Name=BQ2027_RS19075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19075;old_locus_tag=BQ2027_MB3743C +Chromosome Protein Homology CDS 4102384 4102785 . - 0 ID=cds-WP_003420408.1;Parent=gene-BQ2027_RS19075;Dbxref=GenBank:WP_003420408.1;Name=WP_003420408.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218233.1;locus_tag=BQ2027_RS19075;product=YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein;protein_id=WP_003420408.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4102884 4103645 . + . ID=gene-BQ2027_RS19080;Name=BQ2027_RS19080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19080;old_locus_tag=BQ2027_MB3744 +Chromosome Protein Homology CDS 4102884 4103645 . + 0 ID=cds-WP_003912326.1;Parent=gene-BQ2027_RS19080;Dbxref=GenBank:WP_003912326.1;Name=WP_003912326.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912326.1;locus_tag=BQ2027_RS19080;product=Rv3717 family N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase;protein_id=WP_003912326.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4103687 4104130 . - . ID=gene-BQ2027_RS19085;Name=BQ2027_RS19085;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19085;old_locus_tag=BQ2027_MB3745C +Chromosome Protein Homology CDS 4103687 4104130 . - 0 ID=cds-WP_003899651.1;Parent=gene-BQ2027_RS19085;Dbxref=GenBank:WP_003899651.1;Name=WP_003899651.1;Ontology_term=GO:0005488;gbkey=CDS;go_function=binding|0005488||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218235.1;locus_tag=BQ2027_RS19085;product=SRPBCC family protein;protein_id=WP_003899651.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4104178 4105590 . + . ID=gene-BQ2027_RS19090;Name=BQ2027_RS19090;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19090;old_locus_tag=BQ2027_MB3746 +Chromosome Protein Homology CDS 4104178 4105590 . + 0 ID=cds-WP_003420413.1;Parent=gene-BQ2027_RS19090;Dbxref=GenBank:WP_003420413.1;Name=WP_003420413.1;Ontology_term=GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_013128575.1;locus_tag=BQ2027_RS19090;product=FAD-binding oxidoreductase;protein_id=WP_003420413.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4105587 4106870 . + . ID=gene-BQ2027_RS19095;Name=BQ2027_RS19095;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19095;old_locus_tag=BQ2027_MB3747 +Chromosome Protein Homology CDS 4105587 4106870 . + 0 ID=cds-WP_003899652.1;Parent=gene-BQ2027_RS19095;Dbxref=GenBank:WP_003899652.1;Name=WP_003899652.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899652.1;locus_tag=BQ2027_RS19095;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003899652.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4106867 4108603 . - . ID=gene-BQ2027_RS19100;Name=dnaZX;gbkey=Gene;gene=dnaZX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19100;old_locus_tag=BQ2027_MB3748C +Chromosome Protein Homology CDS 4106867 4108603 . - 0 ID=cds-WP_003420417.1;Parent=gene-BQ2027_RS19100;Dbxref=GenBank:WP_003420417.1;Name=WP_003420417.1;gbkey=CDS;gene=dnaZX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218238.1;locus_tag=BQ2027_RS19100;product=DNA polymerase III subunits gamma/tau;protein_id=WP_003420417.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4108693 4110000 . - . ID=gene-BQ2027_RS19105;Name=BQ2027_RS19105;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19105;old_locus_tag=BQ2027_MB3749C +Chromosome Protein Homology CDS 4108693 4110000 . - 0 ID=cds-WP_003899653.1;Parent=gene-BQ2027_RS19105;Dbxref=GenBank:WP_003899653.1;Name=WP_003899653.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218239.2;locus_tag=BQ2027_RS19105;product=aminotransferase;protein_id=WP_003899653.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4110062 4110156 . - . ID=gene-BQ2027_RS19110;Name=ffs;gbkey=Gene;gene=ffs;gene_biotype=SRP_RNA;locus_tag=BQ2027_RS19110 +Chromosome cmsearch SRP_RNA 4110062 4110156 . - . ID=rna-BQ2027_RS19110;Parent=gene-BQ2027_RS19110;Dbxref=RFAM:RF00169;gbkey=ncRNA;gene=ffs;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS19110;product=signal recognition particle sRNA small type +Chromosome cmsearch exon 4110062 4110156 . - . ID=exon-BQ2027_RS19110-1;Parent=rna-BQ2027_RS19110;Dbxref=RFAM:RF00169;gbkey=ncRNA;gene=ffs;inference=COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.5;locus_tag=BQ2027_RS19110;product=signal recognition particle sRNA small type +Chromosome RefSeq gene 4110217 4110305 . + . ID=gene-BQ2027_RS19115;Name=BQ2027_RS19115;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS19115;old_locus_tag=BQ2027_SERV +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 4110217 4110305 . + . ID=rna-BQ2027_RS19115;Parent=gene-BQ2027_RS19115;anticodon=(pos:4110251..4110253);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS19115;product=tRNA-Ser +Chromosome tRNAscan-SE exon 4110217 4110305 . + . ID=exon-BQ2027_RS19115-1;Parent=rna-BQ2027_RS19115;anticodon=(pos:4110251..4110253);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS19115;product=tRNA-Ser +Chromosome RefSeq gene 4110408 4111172 . + . ID=gene-BQ2027_RS19120;Name=lucA;gbkey=Gene;gene=lucA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19120;old_locus_tag=BQ2027_MB3750 +Chromosome Protein Homology CDS 4110408 4111172 . + 0 ID=cds-WP_003420421.1;Parent=gene-BQ2027_RS19120;Dbxref=GenBank:WP_003420421.1;Name=WP_003420421.1;gbkey=CDS;gene=lucA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218240.1;locus_tag=BQ2027_RS19120;product=lipid uptake coordinator LucA;protein_id=WP_003420421.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4111339 4112040 . + . ID=gene-BQ2027_RS19125;Name=BQ2027_RS19125;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19125;old_locus_tag=BQ2027_MB3751 +Chromosome Protein Homology CDS 4111339 4112040 . + 0 ID=cds-WP_003420425.1;Parent=gene-BQ2027_RS19125;Dbxref=GenBank:WP_003420425.1;Name=WP_003420425.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003420425.1;locus_tag=BQ2027_RS19125;product=cutinase family protein;protein_id=WP_003420425.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4112100 4113086 . + . ID=gene-BQ2027_RS19130;Name=BQ2027_RS19130;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19130;old_locus_tag=BQ2027_MB3752 +Chromosome Protein Homology CDS 4112100 4113086 . + 0 ID=cds-WP_031657319.1;Parent=gene-BQ2027_RS19130;Dbxref=GenBank:WP_031657319.1;Name=WP_031657319.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015575361.1;locus_tag=BQ2027_RS19130;product=SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_031657319.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4113293 4114486 . + . ID=gene-BQ2027_RS19135;Name=BQ2027_RS19135;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19135;old_locus_tag=BQ2027_MB3753 +Chromosome Protein Homology CDS 4113293 4114486 . + 0 ID=cds-WP_003909986.1;Parent=gene-BQ2027_RS19135;Dbxref=GenBank:WP_003909986.1;Name=WP_003909986.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218243.1;locus_tag=BQ2027_RS19135;product=zinc-binding dehydrogenase;protein_id=WP_003909986.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4114827 4116635 . + . ID=gene-BQ2027_RS19140;Name=BQ2027_RS19140;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19140;old_locus_tag=BQ2027_MB3754 +Chromosome Protein Homology CDS 4114827 4116635 . + 0 ID=cds-WP_010950931.1;Parent=gene-BQ2027_RS19140;Dbxref=GenBank:WP_010950931.1;Name=WP_010950931.1;Ontology_term=GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218244.1;locus_tag=BQ2027_RS19140;product=hydroxysqualene dehydroxylase;protein_id=WP_010950931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4116745 4119942 . + . ID=gene-BQ2027_RS19145;Name=BQ2027_RS19145;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19145;old_locus_tag=BQ2027_MB3755 +Chromosome Protein Homology CDS 4116745 4119942 . + 0 ID=cds-WP_010950932.1;Parent=gene-BQ2027_RS19145;Dbxref=GenBank:WP_010950932.1;Name=WP_010950932.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218245.1;locus_tag=BQ2027_RS19145;product=MFS transporter;protein_id=WP_010950932.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4120121 4122487 . + . ID=gene-BQ2027_RS19150;Name=BQ2027_RS19150;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19150;old_locus_tag=BQ2027_MB3756 +Chromosome Protein Homology CDS 4120121 4122487 . + 0 ID=cds-WP_015385324.1;Parent=gene-BQ2027_RS19150;Dbxref=GenBank:WP_015385324.1;Name=WP_015385324.1;Ontology_term=GO:0003824,GO:0051539;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899656.1;locus_tag=BQ2027_RS19150;product=radical SAM protein;protein_id=WP_015385324.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4122552 4123592 . - . ID=gene-BQ2027_RS19155;Name=ligD;gbkey=Gene;gene=ligD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19155;old_locus_tag=BQ2027_MB3757C +Chromosome Protein Homology CDS 4122552 4123592 . - 0 ID=cds-WP_003899657.1;Parent=gene-BQ2027_RS19155;Dbxref=GenBank:WP_003899657.1;Name=WP_003899657.1;gbkey=CDS;gene=ligD;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218247.1;locus_tag=BQ2027_RS19155;product=non-homologous end-joining DNA ligase;protein_id=WP_003899657.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4123630 4124706 . + . ID=gene-BQ2027_RS19160;Name=ligC;gbkey=Gene;gene=ligC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19160;old_locus_tag=BQ2027_MB3758 +Chromosome Protein Homology CDS 4123630 4124706 . + 0 ID=cds-WP_003420435.1;Parent=gene-BQ2027_RS19160;Dbxref=GenBank:WP_003420435.1;Name=WP_003420435.1;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003910,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=ligC;go_function=DNA ligase (ATP) activity|0003910||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218248.1;locus_tag=BQ2027_RS19160;product=ATP-dependent DNA ligase;protein_id=WP_003420435.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4124806 4125864 . + . ID=gene-BQ2027_RS19165;Name=BQ2027_RS19165;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19165;old_locus_tag=BQ2027_MB3759 +Chromosome Protein Homology CDS 4124806 4125864 . + 0 ID=cds-WP_003420436.1;Parent=gene-BQ2027_RS19165;Dbxref=GenBank:WP_003420436.1;Name=WP_003420436.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218249.1;locus_tag=BQ2027_RS19165;product=DUF2330 domain-containing protein;protein_id=WP_003420436.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4125884 4126384 . - . ID=gene-BQ2027_RS19170;Name=BQ2027_RS19170;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19170;old_locus_tag=BQ2027_MB3760C +Chromosome Protein Homology CDS 4125884 4126384 . - 0 ID=cds-WP_003420437.1;Parent=gene-BQ2027_RS19170;Dbxref=GenBank:WP_003420437.1;Name=WP_003420437.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218250.1;locus_tag=BQ2027_RS19170;product=NUDIX domain-containing protein;protein_id=WP_003420437.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4126398 4127762 . - . ID=gene-BQ2027_RS19175;Name=BQ2027_RS19175;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19175;old_locus_tag=BQ2027_MB3761C +Chromosome Protein Homology CDS 4126398 4127762 . - 0 ID=cds-WP_003420440.1;Parent=gene-BQ2027_RS19175;Dbxref=GenBank:WP_003420440.1;Name=WP_003420440.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218251.1;locus_tag=BQ2027_RS19175;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_003420440.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4127961 4128449 . + . ID=gene-BQ2027_RS19180;Name=BQ2027_RS19180;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19180;old_locus_tag=BQ2027_MB3762 +Chromosome Protein Homology CDS 4127961 4128449 . + 0 ID=cds-WP_003899658.1;Parent=gene-BQ2027_RS19180;Dbxref=GenBank:WP_003899658.1;Name=WP_003899658.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218252.1;locus_tag=BQ2027_RS19180;product=adenosine-specific kinase;protein_id=WP_003899658.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4128506 4129567 . + . ID=gene-BQ2027_RS19185;Name=BQ2027_RS19185;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19185;old_locus_tag=BQ2027_MB3763 +Chromosome Protein Homology CDS 4128506 4129567 . + 0 ID=cds-WP_003899659.1;Parent=gene-BQ2027_RS19185;Dbxref=GenBank:WP_003899659.1;Name=WP_003899659.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218253.1;locus_tag=BQ2027_RS19185;product=AraC family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899659.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4129571 4131160 . + . ID=gene-BQ2027_RS19190;Name=BQ2027_RS19190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19190;old_locus_tag=BQ2027_MB3764 +Chromosome Protein Homology CDS 4129571 4131160 . + 0 ID=cds-WP_003899660.1;Parent=gene-BQ2027_RS19190;Dbxref=GenBank:WP_003899660.1;Name=WP_003899660.1;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218254.1;locus_tag=BQ2027_RS19190;product=threonine/serine exporter family protein;protein_id=WP_003899660.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4131157 4131474 . - . ID=gene-BQ2027_RS19195;Name=BQ2027_RS19195;end_range=4131474,.;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS19195;old_locus_tag=BQ2027_MB3765C;partial=true;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4131157 4131474 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS19195;Parent=gene-BQ2027_RS19195;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing N-terminus;end_range=4131474,.;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003909072.1;locus_tag=BQ2027_RS19195;partial=true;product=PPE family protein;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4131539 4132885 . - . ID=gene-BQ2027_RS19200;Name=BQ2027_RS19200;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19200;old_locus_tag=BQ2027_MB3766C +Chromosome Protein Homology CDS 4131539 4132885 . - 0 ID=cds-WP_010950934.1;Parent=gene-BQ2027_RS19200;Dbxref=GenBank:WP_010950934.1;Name=WP_010950934.1;Ontology_term=GO:0045017,GO:0008374;gbkey=CDS;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=glycerolipid biosynthetic process|0045017||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218257.1;locus_tag=BQ2027_RS19200;product=WS/DGAT/MGAT family O-acyltransferase;protein_id=WP_010950934.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4132885 4133559 . - . ID=gene-BQ2027_RS21075;Name=BQ2027_RS21075;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21075;old_locus_tag=BQ2027_MB3767C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 4132885 4133559 . - 0 ID=cds-WP_003900747.1;Parent=gene-BQ2027_RS21075;Dbxref=GenBank:WP_003900747.1;Name=WP_003900747.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS21075;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=WP_003900747.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4133556 4134071 . - . ID=gene-BQ2027_RS21080;Name=BQ2027_RS21080;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS21080;old_locus_tag=BQ2027_MB3768C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 4133556 4134071 . - 0 ID=cds-WP_369810406.1;Parent=gene-BQ2027_RS21080;Dbxref=GenBank:WP_369810406.1;Name=WP_369810406.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS21080;product=hypothetical protein;protein_id=WP_369810406.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4134097 4136079 . - . ID=gene-BQ2027_RS19210;Name=ctpJ;gbkey=Gene;gene=ctpJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19210;old_locus_tag=BQ2027_MB3769C +Chromosome Protein Homology CDS 4134097 4136079 . - 0 ID=cds-WP_003899665.1;Parent=gene-BQ2027_RS19210;Dbxref=GenBank:WP_003899665.1;Name=WP_003899665.1;Ontology_term=GO:0005524,GO:0015662,GO:0016887,GO:0019829,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=ctpJ;go_function=ATP binding|0005524||IEA,P-type ion transporter activity|0015662||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity|0019829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218260.1;locus_tag=BQ2027_RS19210;product=heavy metal translocating P-type ATPase;protein_id=WP_003899665.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4136146 4136508 . + . ID=gene-BQ2027_RS19215;Name=nmtR;gbkey=Gene;gene=nmtR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19215;old_locus_tag=BQ2027_MB3770 +Chromosome Protein Homology CDS 4136146 4136508 . + 0 ID=cds-WP_003901716.1;Parent=gene-BQ2027_RS19215;Dbxref=GenBank:WP_003901716.1;Name=WP_003901716.1;gbkey=CDS;gene=nmtR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218261.1;locus_tag=BQ2027_RS19215;product=Ni(II)/Co(II)-sensing metalloregulatory transcriptional repressor NmtR;protein_id=WP_003901716.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4136613 4136804 . - . ID=gene-BQ2027_RS19220;Name=BQ2027_RS19220;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS19220;old_locus_tag=BQ2027_MB3771C;partial=true;pseudo=true;start_range=.,4136613 +Chromosome Protein Homology CDS 4136613 4136804 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS19220;Parent=gene-BQ2027_RS19220;Note=incomplete%3B partial in the middle of a contig%3B missing C-terminus;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_019930003.1;locus_tag=BQ2027_RS19220;partial=true;product=DUF2237 family protein;pseudo=true;start_range=.,4136613;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4136877 4137212 . - . ID=gene-BQ2027_RS19225;Name=BQ2027_RS19225;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19225;old_locus_tag=BQ2027_MB3772C +Chromosome Protein Homology CDS 4136877 4137212 . - 0 ID=cds-WP_003899670.1;Parent=gene-BQ2027_RS19225;Dbxref=GenBank:WP_003899670.1;Name=WP_003899670.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178011.1;locus_tag=BQ2027_RS19225;product=PE domain-containing protein;protein_id=WP_003899670.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4137430 4137813 . + . ID=gene-BQ2027_RS19230;Name=BQ2027_RS19230;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19230;old_locus_tag=BQ2027_MB3773 +Chromosome Protein Homology CDS 4137430 4137813 . + 0 ID=cds-WP_003899671.1;Parent=gene-BQ2027_RS19230;Dbxref=GenBank:WP_003899671.1;Name=WP_003899671.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218264.1;locus_tag=BQ2027_RS19230;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899671.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4137943 4138302 . + . ID=gene-BQ2027_RS19235;Name=BQ2027_RS19235;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19235;old_locus_tag=BQ2027_MB3774 +Chromosome Protein Homology CDS 4137943 4138302 . + 0 ID=cds-WP_003909992.1;Parent=gene-BQ2027_RS19235;Dbxref=GenBank:WP_003909992.1;Name=WP_003909992.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218265.1;locus_tag=BQ2027_RS19235;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003909992.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4138335 4138685 . - . ID=gene-BQ2027_RS19240;Name=BQ2027_RS19240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19240;old_locus_tag=BQ2027_MB3775C +Chromosome GeneMarkS-2+ CDS 4138335 4138685 . - 0 ID=cds-WP_003917953.1;Parent=gene-BQ2027_RS19240;Dbxref=GenBank:WP_003917953.1;Name=WP_003917953.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=BQ2027_RS19240;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003917953.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4138912 4139358 . - . ID=gene-BQ2027_RS19245;Name=BQ2027_RS19245;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19245;old_locus_tag=BQ2027_MB3776C +Chromosome Protein Homology CDS 4138912 4139358 . - 0 ID=cds-WP_016719233.1;Parent=gene-BQ2027_RS19245;Dbxref=GenBank:WP_016719233.1;Name=WP_016719233.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016719233.1;locus_tag=BQ2027_RS19245;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=WP_016719233.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4139580 4139795 . + . ID=gene-BQ2027_RS19250;Name=BQ2027_RS19250;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19250;old_locus_tag=BQ2027_MB3777 +Chromosome Protein Homology CDS 4139580 4139795 . + 0 ID=cds-WP_003899674.1;Parent=gene-BQ2027_RS19250;Dbxref=GenBank:WP_003899674.1;Name=WP_003899674.1;Ontology_term=GO:0006310,GO:0015074,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=DNA recombination|0006310||IEA,DNA integration|0015074||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015294640.1;locus_tag=BQ2027_RS19250;product=tyrosine-type recombinase/integrase;protein_id=WP_003899674.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4139834 4139923 . - . ID=gene-BQ2027_RS19255;Name=BQ2027_RS19255;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS19255;old_locus_tag=BQ2027_SERX +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 4139834 4139923 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19270;Name=tyrA;gbkey=Gene;gene=tyrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19270;old_locus_tag=BQ2027_MB3780 +Chromosome Protein Homology CDS 4141088 4142032 . + 0 ID=cds-WP_003912273.1;Parent=gene-BQ2027_RS19270;Dbxref=GenBank:WP_003912273.1;Name=WP_003912273.1;Ontology_term=GO:0006571,GO:0004665,GO:0008977;gbkey=CDS;gene=tyrA;go_function=prephenate dehydrogenase (NADP+) activity|0004665||IEA,prephenate dehydrogenase (NAD+) activity|0008977||IEA;go_process=tyrosine biosynthetic process|0006571||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017351229.1;locus_tag=BQ2027_RS19270;product=prephenate dehydrogenase;protein_id=WP_003912273.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4141995 4142594 . - . ID=gene-BQ2027_RS19275;Name=BQ2027_RS19275;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19275;old_locus_tag=BQ2027_MB3781C +Chromosome Protein Homology CDS 4141995 4142594 . - 0 ID=cds-WP_003420517.1;Parent=gene-BQ2027_RS19275;Dbxref=GenBank:WP_003420517.1;Name=WP_003420517.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218272.1;locus_tag=BQ2027_RS19275;product=putative glycolipid-binding domain-containing protein;protein_id=WP_003420517.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4142600 4143319 . - . ID=gene-BQ2027_RS19280;Name=proZ;gbkey=Gene;gene=proZ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19280;old_locus_tag=BQ2027_MB3782C +Chromosome Protein Homology CDS 4142600 4143319 . - 0 ID=cds-WP_003420520.1;Parent=gene-BQ2027_RS19280;Dbxref=GenBank:WP_003420520.1;Name=WP_003420520.1;gbkey=CDS;gene=proZ;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218273.1;locus_tag=BQ2027_RS19280;product=glycine betaine/carnitine/choline/L-proline ABC transporter permease ProZ;protein_id=WP_003420520.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4143316 4144005 . - . ID=gene-BQ2027_RS19285;Name=proW;gbkey=Gene;gene=proW;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19285;old_locus_tag=BQ2027_MB3783C +Chromosome Protein Homology CDS 4143316 4144005 . - 0 ID=cds-WP_003420526.1;Parent=gene-BQ2027_RS19285;Dbxref=GenBank:WP_003420526.1;Name=WP_003420526.1;gbkey=CDS;gene=proW;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218274.1;locus_tag=BQ2027_RS19285;product=glycine betaine/carnitine/choline/L-proline ABC transporter permease ProW;protein_id=WP_003420526.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4143993 4145123 . - . ID=gene-BQ2027_RS19290;Name=proV;gbkey=Gene;gene=proV;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19290;old_locus_tag=BQ2027_MB3784C +Chromosome Protein Homology CDS 4143993 4145123 . - 0 ID=cds-WP_003420529.1;Parent=gene-BQ2027_RS19290;Dbxref=GenBank:WP_003420529.1;Name=WP_003420529.1;gbkey=CDS;gene=proV;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218275.1;locus_tag=BQ2027_RS19290;product=glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein ProV;protein_id=WP_003420529.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4145132 4146079 . - . ID=gene-BQ2027_RS19295;Name=proX;gbkey=Gene;gene=proX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19295;old_locus_tag=BQ2027_MB3785C +Chromosome Protein Homology CDS 4145132 4146079 . - 0 ID=cds-WP_010950935.1;Parent=gene-BQ2027_RS19295;Dbxref=GenBank:WP_010950935.1;Name=WP_010950935.1;gbkey=CDS;gene=proX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218276.1;locus_tag=BQ2027_RS19295;product=glycine betaine/carnitine/choline/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX;protein_id=WP_010950935.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4146193 4146546 . + . ID=gene-BQ2027_RS19300;Name=BQ2027_RS19300;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19300;old_locus_tag=BQ2027_MB3786 +Chromosome Protein Homology CDS 4146193 4146546 . + 0 ID=cds-WP_003899680.1;Parent=gene-BQ2027_RS19300;Dbxref=GenBank:WP_003899680.1;Name=WP_003899680.1;Ontology_term=GO:0005886;gbkey=CDS;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899680.1;locus_tag=BQ2027_RS19300;product=LapA family protein;protein_id=WP_003899680.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4146568 4147623 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19310;Name=BQ2027_RS19310;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19310;old_locus_tag=BQ2027_MB3788C +Chromosome Protein Homology CDS 4147702 4149582 . - 0 ID=cds-WP_010950936.1;Parent=gene-BQ2027_RS19310;Dbxref=GenBank:WP_010950936.1;Name=WP_010950936.1;Ontology_term=GO:0008484,GO:0046872,GO:0046983;gbkey=CDS;go_function=sulfuric ester hydrolase activity|0008484||IEA,metal ion binding|0046872||IEA,protein dimerization activity|0046983||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218279.1;locus_tag=BQ2027_RS19310;product=alkyl/aryl-sulfatase;protein_id=WP_010950936.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4149753 4150232 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19320;Name=tcrY;gbkey=Gene;gene=tcrY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19320;old_locus_tag=BQ2027_MB3790C +Chromosome Protein Homology CDS 4150288 4151808 . - 0 ID=cds-WP_031652448.1;Parent=gene-BQ2027_RS19320;Dbxref=GenBank:WP_031652448.1;Name=WP_031652448.1;gbkey=CDS;gene=tcrY;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899682.1;locus_tag=BQ2027_RS19320;product=two-component system sensor histidine kinase TcrY;protein_id=WP_031652448.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4151786 4152490 . - . ID=gene-BQ2027_RS19325;Name=tcrX;gbkey=Gene;gene=tcrX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19325;old_locus_tag=BQ2027_MB3791C +Chromosome Protein Homology CDS 4151786 4152490 . - 0 ID=cds-WP_003420552.1;Parent=gene-BQ2027_RS19325;Dbxref=GenBank:WP_003420552.1;Name=WP_003420552.1;gbkey=CDS;gene=tcrX;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218282.1;locus_tag=BQ2027_RS19325;product=two-component system response regulator TcrX;protein_id=WP_003420552.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4152864 4153688 . + . ID=gene-BQ2027_RS19330;Name=BQ2027_RS19330;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19330;old_locus_tag=BQ2027_MB3792 +Chromosome Protein Homology CDS 4152864 4153688 . + 0 ID=cds-WP_015385326.1;Parent=gene-BQ2027_RS19330;Dbxref=GenBank:WP_015385326.1;Name=WP_015385326.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912342.1;locus_tag=BQ2027_RS19330;product=hypothetical protein;protein_id=WP_015385326.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4153702 4154646 . - . ID=gene-BQ2027_RS19335;Name=BQ2027_RS19335;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19335;old_locus_tag=BQ2027_MB3793C +Chromosome Protein Homology CDS 4153702 4154646 . - 0 ID=cds-WP_003420557.1;Parent=gene-BQ2027_RS19335;Dbxref=GenBank:WP_003420557.1;Name=WP_003420557.1;Ontology_term=GO:0032259,GO:0008168,GO:0008757,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity|0008757||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;go_process=methylation|0032259||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218284.1;locus_tag=BQ2027_RS19335;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003420557.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4154776 4155135 . + . ID=gene-BQ2027_RS19340;Name=BQ2027_RS19340;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19340;old_locus_tag=BQ2027_MB3794 +Chromosome Protein Homology CDS 4154776 4155135 . + 0 ID=cds-WP_003420560.1;Parent=gene-BQ2027_RS19340;Dbxref=GenBank:WP_003420560.1;Name=WP_003420560.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218285.1;locus_tag=BQ2027_RS19340;product=nuclear transport factor 2 family protein;protein_id=WP_003420560.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4155321 4155593 . + . ID=gene-BQ2027_RS19345;Name=BQ2027_RS19345;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19345;old_locus_tag=BQ2027_MB3795 +Chromosome Protein Homology CDS 4155321 4155593 . + 0 ID=cds-WP_003420563.1;Parent=gene-BQ2027_RS19345;Dbxref=GenBank:WP_003420563.1;Name=WP_003420563.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218286.1;locus_tag=BQ2027_RS19345;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420563.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4155906 4156481 . - . ID=gene-BQ2027_RS19350;Name=BQ2027_RS19350;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19350;old_locus_tag=BQ2027_MB3796C +Chromosome Protein Homology CDS 4155906 4156481 . - 0 ID=cds-WP_003420565.1;Parent=gene-BQ2027_RS19350;Dbxref=GenBank:WP_003420565.1;Name=WP_003420565.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218287.1;locus_tag=BQ2027_RS19350;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420565.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4156626 4157001 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19360;Name=BQ2027_RS19360;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19360;old_locus_tag=BQ2027_MB3799C +Chromosome Protein Homology CDS 4157110 4157436 . - 0 ID=cds-WP_003420573.1;Parent=gene-BQ2027_RS19360;Dbxref=GenBank:WP_003420573.1;Name=WP_003420573.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218288.1;locus_tag=BQ2027_RS19360;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420573.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4157571 4157643 . - . ID=gene-BQ2027_RS19365;Name=BQ2027_RS19365;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=BQ2027_RS19365;old_locus_tag=BQ2027_ARGU +Chromosome tRNAscan-SE tRNA 4157571 4157643 . - . ID=rna-BQ2027_RS19365;Parent=gene-BQ2027_RS19365;anticodon=(pos:complement(4157608..4157610));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS19365;product=tRNA-Arg +Chromosome tRNAscan-SE exon 4157571 4157643 . - . 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ID=rna-BQ2027_RS19400;Parent=gene-BQ2027_RS19400;anticodon=(pos:complement(4163338..4163340));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS19400;product=tRNA-Ser +Chromosome tRNAscan-SE exon 4163288 4163374 . - . ID=exon-BQ2027_RS19400-1;Parent=rna-BQ2027_RS19400;anticodon=(pos:complement(4163338..4163340));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=BQ2027_RS19400;product=tRNA-Ser +Chromosome RefSeq gene 4163410 4164387 . + . ID=gene-BQ2027_RS19405;Name=BQ2027_RS19405;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19405;old_locus_tag=BQ2027_MB3806 +Chromosome Protein Homology CDS 4163410 4164387 . + 0 ID=cds-WP_003917958.1;Parent=gene-BQ2027_RS19405;Dbxref=GenBank:WP_003917958.1;Name=WP_003917958.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003917958.1;locus_tag=BQ2027_RS19405;product=NAD(P)H-quinone oxidoreductase;protein_id=WP_003917958.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4164406 4165602 . - . ID=gene-BQ2027_RS19410;Name=BQ2027_RS19410;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19410;old_locus_tag=BQ2027_MB3807C +Chromosome Protein Homology CDS 4164406 4165602 . - 0 ID=cds-WP_003420595.1;Parent=gene-BQ2027_RS19410;Dbxref=GenBank:WP_003420595.1;Name=WP_003420595.1;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218295.1;locus_tag=BQ2027_RS19410;product=cysteine desulfurase-like protein;protein_id=WP_003420595.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4165692 4167692 . + . ID=gene-BQ2027_RS19415;Name=BQ2027_RS19415;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19415;old_locus_tag=BQ2027_MB3808 +Chromosome Protein Homology CDS 4165692 4167692 . + 0 ID=cds-WP_003420597.1;Parent=gene-BQ2027_RS19415;Dbxref=GenBank:WP_003420597.1;Name=WP_003420597.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218296.1;locus_tag=BQ2027_RS19415;product=DUF6541 family protein;protein_id=WP_003420597.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4167696 4168232 . + . ID=gene-BQ2027_RS19420;Name=bpa;gbkey=Gene;gene=bpa;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19420;old_locus_tag=BQ2027_MB3809 +Chromosome Protein Homology CDS 4167696 4168232 . + 0 ID=cds-WP_003899690.1;Parent=gene-BQ2027_RS19420;Dbxref=GenBank:WP_003899690.1;Name=WP_003899690.1;gbkey=CDS;gene=bpa;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218297.1;locus_tag=BQ2027_RS19420;product=proteasome activator protein Bpa;protein_id=WP_003899690.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4168236 4169057 . + . ID=gene-BQ2027_RS19425;Name=wzt;gbkey=Gene;gene=wzt;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=rfbE;locus_tag=BQ2027_RS19425;old_locus_tag=BQ2027_MB3810 +Chromosome Protein Homology CDS 4168236 4169057 . + 0 ID=cds-WP_003420603.1;Parent=gene-BQ2027_RS19425;Dbxref=GenBank:WP_003420603.1;Name=WP_003420603.1;gbkey=CDS;gene=wzt;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218298.1;locus_tag=BQ2027_RS19425;product=galactan export ABC transporter ATP-binding subunit Wzt/RfbE;protein_id=WP_003420603.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4169054 4169968 . + . ID=gene-BQ2027_RS19430;Name=glfT1;gbkey=Gene;gene=glfT1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19430;old_locus_tag=BQ2027_MB3811 +Chromosome Protein Homology CDS 4169054 4169968 . + 0 ID=cds-WP_003420606.1;Parent=gene-BQ2027_RS19430;Dbxref=GenBank:WP_003420606.1;Name=WP_003420606.1;gbkey=CDS;gene=glfT1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178014.1;locus_tag=BQ2027_RS19430;product=galactofuranosyltransferase GlfT1;protein_id=WP_003420606.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4169965 4170807 . + . ID=gene-BQ2027_RS19435;Name=wzm;gbkey=Gene;gene=wzm;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=rfbD;locus_tag=BQ2027_RS19435;old_locus_tag=BQ2027_MB3812 +Chromosome Protein Homology CDS 4169965 4170807 . + 0 ID=cds-WP_003420610.1;Parent=gene-BQ2027_RS19435;Dbxref=GenBank:WP_003420610.1;Name=WP_003420610.1;gbkey=CDS;gene=wzm;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218300.1;locus_tag=BQ2027_RS19435;product=galactan export ABC transporter permease subunit Wzm/RfbD;protein_id=WP_003420610.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4170963 4171943 . + . ID=gene-BQ2027_RS19440;Name=BQ2027_RS19440;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19440;old_locus_tag=BQ2027_MB3813 +Chromosome Protein Homology CDS 4170963 4171943 . + 0 ID=cds-WP_003420612.1;Parent=gene-BQ2027_RS19440;Dbxref=GenBank:WP_003420612.1;Name=WP_003420612.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178015.1;locus_tag=BQ2027_RS19440;product=NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;protein_id=WP_003420612.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4172027 4173100 . + . ID=gene-BQ2027_RS19445;Name=BQ2027_RS19445;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19445;old_locus_tag=BQ2027_MB3814 +Chromosome Protein Homology CDS 4172027 4173100 . + 0 ID=cds-WP_003420615.1;Parent=gene-BQ2027_RS19445;Dbxref=GenBank:WP_003420615.1;Name=WP_003420615.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218302.1;locus_tag=BQ2027_RS19445;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420615.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4173081 4174304 . - . ID=gene-BQ2027_RS19450;Name=BQ2027_RS19450;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19450;old_locus_tag=BQ2027_MB3815C +Chromosome Protein Homology CDS 4173081 4174304 . - 0 ID=cds-WP_003420618.1;Parent=gene-BQ2027_RS19450;Dbxref=GenBank:WP_003420618.1;Name=WP_003420618.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218303.1;locus_tag=BQ2027_RS19450;product=peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;protein_id=WP_003420618.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4174317 4175243 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19460;Name=BQ2027_RS19460;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19460;old_locus_tag=BQ2027_MB3817 +Chromosome Protein Homology CDS 4175487 4175972 . + 0 ID=cds-WP_003420624.1;Parent=gene-BQ2027_RS19460;Dbxref=GenBank:WP_003420624.1;Name=WP_003420624.1;Ontology_term=GO:0032784,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription elongation|0032784||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218305.1;locus_tag=BQ2027_RS19460;product=GreA/GreB family elongation factor;protein_id=WP_003420624.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4176081 4176446 . + . ID=gene-BQ2027_RS19465;Name=BQ2027_RS19465;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19465;old_locus_tag=BQ2027_MB3818 +Chromosome Protein Homology CDS 4176081 4176446 . + 0 ID=cds-WP_003420627.1;Parent=gene-BQ2027_RS19465;Dbxref=GenBank:WP_003420627.1;Name=WP_003420627.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218306.1;locus_tag=BQ2027_RS19465;product=arabinogalactan biosynthesis protein;protein_id=WP_003420627.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4176486 4177871 . + . ID=gene-BQ2027_RS19470;Name=dprE1;gbkey=Gene;gene=dprE1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19470;old_locus_tag=BQ2027_MB3819 +Chromosome Protein Homology CDS 4176486 4177871 . + 0 ID=cds-WP_003420630.1;Parent=gene-BQ2027_RS19470;Dbxref=GenBank:WP_003420630.1;Name=WP_003420630.1;gbkey=CDS;gene=dprE1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218307.1;locus_tag=BQ2027_RS19470;product=decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase DprE1;protein_id=WP_003420630.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4177872 4178636 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19510;Name=BQ2027_RS19510;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS19510;old_locus_tag=BQ2027_IS1557'-3;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4193700 4195023 . + 0 ID=cds-BQ2027_RS19510;Parent=gene-BQ2027_RS19510;Note=frameshifted;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_215829.1;locus_tag=BQ2027_RS19510;product=ISL3-like element IS1557 family transposase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4195065 4196633 . - . ID=gene-BQ2027_RS19515;Name=BQ2027_RS19515;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19515;old_locus_tag=BQ2027_MB3829C +Chromosome Protein Homology CDS 4195065 4196633 . - 0 ID=cds-WP_003420767.1;Parent=gene-BQ2027_RS19515;Dbxref=GenBank:WP_003420767.1;Name=WP_003420767.1;Ontology_term=GO:0006633,GO:0003989,GO:0016874,GO:0009317;gbkey=CDS;go_component=acetyl-CoA carboxylase complex|0009317||IEA;go_function=acetyl-CoA carboxylase activity|0003989||IEA,ligase activity|0016874||IEA;go_process=fatty acid biosynthetic process|0006633||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218316.2;locus_tag=BQ2027_RS19515;product=acyl-CoA carboxylase subunit beta;protein_id=WP_003420767.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4196630 4201831 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19525;Name=fadD32;gbkey=Gene;gene=fadD32;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19525;old_locus_tag=BQ2027_MB3831C +Chromosome Protein Homology CDS 4201838 4203727 . - 0 ID=cds-WP_017351216.1;Parent=gene-BQ2027_RS19525;Dbxref=GenBank:WP_017351216.1;Name=WP_017351216.1;gbkey=CDS;gene=fadD32;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912356.1;locus_tag=BQ2027_RS19525;product=long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD32;protein_id=WP_017351216.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4204040 4205050 . - . ID=gene-BQ2027_RS19530;Name=BQ2027_RS19530;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19530;old_locus_tag=BQ2027_MB3832C +Chromosome Protein Homology CDS 4204040 4205050 . - 0 ID=cds-WP_003420779.1;Parent=gene-BQ2027_RS19530;Dbxref=GenBank:WP_003420779.1;Name=WP_003420779.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218319.1;locus_tag=BQ2027_RS19530;product=phospholipase;protein_id=WP_003420779.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4205248 4206147 . - . ID=gene-BQ2027_RS19535;Name=fbpD;gbkey=Gene;gene=fbpD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19535;old_locus_tag=BQ2027_MB3833C +Chromosome Protein Homology CDS 4205248 4206147 . - 0 ID=cds-WP_003420783.1;Parent=gene-BQ2027_RS19535;Dbxref=GenBank:WP_003420783.1;Name=WP_003420783.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;gene=fbpD;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178017.1;locus_tag=BQ2027_RS19535;product=esterase family protein;protein_id=WP_003420783.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4206327 4207343 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19550;Name=ubiA;gbkey=Gene;gene=ubiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19550;old_locus_tag=BQ2027_MB3836C +Chromosome Protein Homology CDS 4209610 4210518 . - 0 ID=cds-WP_003420788.1;Parent=gene-BQ2027_RS19550;Dbxref=GenBank:WP_003420788.1;Name=WP_003420788.1;gbkey=CDS;gene=ubiA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218323.1;locus_tag=BQ2027_RS19550;product=decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase;protein_id=WP_003420788.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4210525 4211058 . - . ID=gene-BQ2027_RS19555;Name=BQ2027_RS19555;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19555;old_locus_tag=BQ2027_MB3837C +Chromosome Protein Homology CDS 4210525 4211058 . - 0 ID=cds-WP_003899705.1;Parent=gene-BQ2027_RS19555;Dbxref=GenBank:WP_003899705.1;Name=WP_003899705.1;Ontology_term=GO:0008610,GO:0046839,GO:0042577;gbkey=CDS;go_function=lipid phosphatase activity|0042577||IEA;go_process=lipid biosynthetic process|0008610||IEA,phospholipid dephosphorylation|0046839||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899705.1;locus_tag=BQ2027_RS19555;product=phosphatase PAP2 family protein;protein_id=WP_003899705.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4211051 4212964 . - . ID=gene-BQ2027_RS19560;Name=glfT2;gbkey=Gene;gene=glfT2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19560;old_locus_tag=BQ2027_MB3838C +Chromosome Protein Homology CDS 4211051 4212964 . - 0 ID=cds-WP_003900761.1;Parent=gene-BQ2027_RS19560;Dbxref=GenBank:WP_003900761.1;Name=WP_003900761.1;gbkey=CDS;gene=glfT2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218325.1;locus_tag=BQ2027_RS19560;product=galactofuranosyl transferase GlfT2;protein_id=WP_003900761.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4212961 4214160 . - . ID=gene-BQ2027_RS19565;Name=glf;gbkey=Gene;gene=glf;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19565;old_locus_tag=BQ2027_MB3839C +Chromosome Protein Homology CDS 4212961 4214160 . - 0 ID=cds-WP_003420798.1;Parent=gene-BQ2027_RS19565;Dbxref=GenBank:WP_003420798.1;Name=WP_003420798.1;Ontology_term=GO:0009273,GO:0008767;gbkey=CDS;gene=glf;go_function=UDP-galactopyranose mutase activity|0008767||IEA;go_process=peptidoglycan-based cell wall biogenesis|0009273||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218326.1;locus_tag=BQ2027_RS19565;product=UDP-galactopyranose mutase;protein_id=WP_003420798.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4214424 4215278 . + . ID=gene-BQ2027_RS19570;Name=pirG;gbkey=Gene;gene=pirG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19570;old_locus_tag=BQ2027_MB3840 +Chromosome Protein Homology CDS 4214424 4215278 . + 0 ID=cds-WP_003420801.1;Parent=gene-BQ2027_RS19570;Dbxref=GenBank:WP_003420801.1;Name=WP_003420801.1;gbkey=CDS;gene=pirG;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218327.1;locus_tag=BQ2027_RS19570;product=exported repetitive protein;protein_id=WP_003420801.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4215441 4217102 . + . ID=gene-BQ2027_RS19575;Name=BQ2027_RS19575;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19575;old_locus_tag=BQ2027_MB3841 +Chromosome Protein Homology CDS 4215441 4217102 . + 0 ID=cds-WP_003912357.1;Parent=gene-BQ2027_RS19575;Dbxref=GenBank:WP_003912357.1;Name=WP_003912357.1;Ontology_term=GO:0009253,GO:0008745;gbkey=CDS;go_function=N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity|0008745||IEA;go_process=peptidoglycan catabolic process|0009253||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912357.1;locus_tag=BQ2027_RS19575;product=LGFP repeat-containing protein;protein_id=WP_003912357.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4217256 4218770 . + . ID=gene-BQ2027_RS19580;Name=BQ2027_RS19580;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19580;old_locus_tag=BQ2027_MB3842 +Chromosome Protein Homology CDS 4217256 4218770 . + 0 ID=cds-WP_003420809.1;Parent=gene-BQ2027_RS19580;Dbxref=GenBank:WP_003420809.1;Name=WP_003420809.1;Ontology_term=GO:0005576,GO:0009986;gbkey=CDS;go_component=extracellular region|0005576||IEA,cell surface|0009986||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178019.1;locus_tag=BQ2027_RS19580;product=PE family protein;protein_id=WP_003420809.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4218767 4218919 . - . ID=gene-BQ2027_RS20900;Name=BQ2027_RS20900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20900 +Chromosome Protein Homology CDS 4218767 4218919 . - 0 ID=cds-WP_003420812.1;Parent=gene-BQ2027_RS20900;Dbxref=GenBank:WP_003420812.1;Name=WP_003420812.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003420812.1;locus_tag=BQ2027_RS20900;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420812.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4218870 4218986 . - . ID=gene-BQ2027_RS19585;Name=BQ2027_RS19585;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19585 +Chromosome Protein Homology CDS 4218870 4218986 . - 0 ID=cds-WP_003420815.1;Parent=gene-BQ2027_RS19585;Dbxref=GenBank:WP_003420815.1;Name=WP_003420815.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003420815.1;locus_tag=BQ2027_RS19585;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420815.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4219079 4219900 . - . ID=gene-BQ2027_RS19590;Name=BQ2027_RS19590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19590;old_locus_tag=BQ2027_MB3843C +Chromosome Protein Homology CDS 4219079 4219900 . - 0 ID=cds-WP_010950942.1;Parent=gene-BQ2027_RS19590;Dbxref=GenBank:WP_010950942.1;Name=WP_010950942.1;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218330.1;locus_tag=BQ2027_RS19590;product=Cof-type HAD-IIB family hydrolase;protein_id=WP_010950942.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4219915 4220700 . - . ID=gene-BQ2027_RS19595;Name=BQ2027_RS19595;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19595;old_locus_tag=BQ2027_MB3844C +Chromosome Protein Homology CDS 4219915 4220700 . - 0 ID=cds-WP_003420820.1;Parent=gene-BQ2027_RS19595;Dbxref=GenBank:WP_003420820.1;Name=WP_003420820.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218331.1;locus_tag=BQ2027_RS19595;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003420820.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4220718 4221473 . - . ID=gene-BQ2027_RS19600;Name=BQ2027_RS19600;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19600;old_locus_tag=BQ2027_MB3845C +Chromosome Protein Homology CDS 4220718 4221473 . - 0 ID=cds-WP_003420824.1;Parent=gene-BQ2027_RS19600;Dbxref=GenBank:WP_003420824.1;Name=WP_003420824.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218332.1;locus_tag=BQ2027_RS19600;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003420824.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4221477 4222256 . - . ID=gene-BQ2027_RS19605;Name=BQ2027_RS19605;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19605;old_locus_tag=BQ2027_MB3846C +Chromosome Protein Homology CDS 4221477 4222256 . - 0 ID=cds-WP_003420827.1;Parent=gene-BQ2027_RS19605;Dbxref=GenBank:WP_003420827.1;Name=WP_003420827.1;Ontology_term=GO:0008654,GO:0016746;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity|0016746||IEA;go_process=phospholipid biosynthetic process|0008654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218333.1;locus_tag=BQ2027_RS19605;product=lysophospholipid acyltransferase family protein;protein_id=WP_003420827.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4222332 4223087 . + . ID=gene-BQ2027_RS19610;Name=BQ2027_RS19610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19610;old_locus_tag=BQ2027_MB3847 +Chromosome Protein Homology CDS 4222332 4223087 . + 0 ID=cds-WP_003420830.1;Parent=gene-BQ2027_RS19610;Dbxref=GenBank:WP_003420830.1;Name=WP_003420830.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218334.1;locus_tag=BQ2027_RS19610;product=aminoglycoside 3'-phosphotransferase;protein_id=WP_003420830.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4223134 4224684 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19625;Name=papA2;gbkey=Gene;gene=papA2;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19625;old_locus_tag=BQ2027_MB3850C +Chromosome Protein Homology CDS 4225104 4226510 . - 0 ID=cds-WP_010950943.1;Parent=gene-BQ2027_RS19625;Dbxref=GenBank:WP_010950943.1;Name=WP_010950943.1;gbkey=CDS;gene=papA2;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178020.1;locus_tag=BQ2027_RS19625;product=trehalose-2-sulfate acyltransferase;protein_id=WP_010950943.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4226658 4227371 . + . ID=gene-BQ2027_RS19630;Name=sap;gbkey=Gene;gene=sap;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19630;old_locus_tag=BQ2027_MB3851 +Chromosome Protein Homology CDS 4226658 4227371 . + 0 ID=cds-WP_010950944.1;Parent=gene-BQ2027_RS19630;Dbxref=GenBank:WP_010950944.1;Name=WP_010950944.1;gbkey=CDS;gene=sap;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218338.1;locus_tag=BQ2027_RS19630;product=sulfolipid-1 biosynthesis transporter Sap;protein_id=WP_010950944.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4227406 4228620 . + . ID=gene-BQ2027_RS19635;Name=chp1;gbkey=Gene;gene=chp1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19635;old_locus_tag=BQ2027_MB3852 +Chromosome Protein Homology CDS 4227406 4228620 . + 0 ID=cds-WP_010950945.1;Parent=gene-BQ2027_RS19635;Dbxref=GenBank:WP_010950945.1;Name=WP_010950945.1;gbkey=CDS;gene=chp1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218339.1;locus_tag=BQ2027_RS19635;product=sulfolipid-1 biosynthesis membrane-anchored acyltransferase Chp1;protein_id=WP_010950945.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4228945 4232214 . - . ID=gene-BQ2027_RS19640;Name=mmpL8;gbkey=Gene;gene=mmpL8;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19640;old_locus_tag=BQ2027_MB3853C +Chromosome Protein Homology CDS 4228945 4232214 . - 0 ID=cds-WP_003908351.1;Parent=gene-BQ2027_RS19640;Dbxref=GenBank:WP_003908351.1;Name=WP_003908351.1;gbkey=CDS;gene=mmpL8;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218340.1;locus_tag=BQ2027_RS19640;product=sulfolipid-1 RND transporter MmpL8;protein_id=WP_003908351.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4232324 4233859 . - . ID=gene-BQ2027_RS19645;Name=papA1;gbkey=Gene;gene=papA1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19645;old_locus_tag=BQ2027_MB3854C +Chromosome Protein Homology CDS 4232324 4233859 . - 0 ID=cds-WP_003899711.1;Parent=gene-BQ2027_RS19645;Dbxref=GenBank:WP_003899711.1;Name=WP_003899711.1;gbkey=CDS;gene=papA1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218341.1;locus_tag=BQ2027_RS19645;product=acyltransferase PapA1;protein_id=WP_003899711.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4233910 4240290 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19660;Name=tnpB;gbkey=Gene;gene=tnpB;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS19660;old_locus_tag=BQ2027_MB3857C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4242255 4243471 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS19660;Parent=gene-BQ2027_RS19660;Note=frameshifted;gbkey=CDS;gene=tnpB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217307.1;locus_tag=BQ2027_RS19660;product=IS607 family element RNA-guided endonuclease TnpB;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4243471 4244052 . - . ID=gene-BQ2027_RS19665;Name=BQ2027_RS19665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19665;old_locus_tag=BQ2027_MB3858C +Chromosome Protein Homology CDS 4243471 4244052 . - 0 ID=cds-WP_003420870.1;Parent=gene-BQ2027_RS19665;Dbxref=GenBank:WP_003420870.1;Name=WP_003420870.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_217308.1;locus_tag=BQ2027_RS19665;product=IS607-like element IS1537 family transposase;protein_id=WP_003420870.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4244083 4245693 . - . ID=gene-BQ2027_RS19670;Name=BQ2027_RS19670;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19670;old_locus_tag=BQ2027_MB3859C +Chromosome Protein Homology CDS 4244083 4245693 . - 0 ID=cds-WP_010950946.1;Parent=gene-BQ2027_RS19670;Dbxref=GenBank:WP_010950946.1;Name=WP_010950946.1;Ontology_term=GO:0016116,GO:0016117,GO:0009055,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=electron transfer activity|0009055||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;go_process=carotenoid metabolic process|0016116||IEA,carotenoid biosynthetic process|0016117||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218346.1;locus_tag=BQ2027_RS19670;product=phytoene desaturase family protein;protein_id=WP_010950946.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4245741 4246370 . - . ID=gene-BQ2027_RS19675;Name=BQ2027_RS19675;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19675;old_locus_tag=BQ2027_MB3860C +Chromosome Protein Homology CDS 4245741 4246370 . - 0 ID=cds-WP_003899717.1;Parent=gene-BQ2027_RS19675;Dbxref=GenBank:WP_003899717.1;Name=WP_003899717.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218347.1;locus_tag=BQ2027_RS19675;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=WP_003899717.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4246442 4246924 . + . ID=gene-BQ2027_RS19680;Name=BQ2027_RS19680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19680;old_locus_tag=BQ2027_MB3861 +Chromosome Protein Homology CDS 4246442 4246924 . + 0 ID=cds-WP_003420879.1;Parent=gene-BQ2027_RS19680;Dbxref=GenBank:WP_003420879.1;Name=WP_003420879.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218348.1;locus_tag=BQ2027_RS19680;product=DUF2834 domain-containing protein;protein_id=WP_003420879.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4246921 4247496 . - . ID=gene-BQ2027_RS19685;Name=BQ2027_RS19685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19685;old_locus_tag=BQ2027_MB3862C +Chromosome Protein Homology CDS 4246921 4247496 . - 0 ID=cds-WP_003420880.1;Parent=gene-BQ2027_RS19685;Dbxref=GenBank:WP_003420880.1;Name=WP_003420880.1;Ontology_term=GO:0008168,GO:1904047;gbkey=CDS;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA,S-adenosyl-L-methionine binding|1904047||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218349.1;locus_tag=BQ2027_RS19685;product=class I SAM-dependent methyltransferase;protein_id=WP_003420880.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4247552 4248343 . + . ID=gene-BQ2027_RS19690;Name=BQ2027_RS19690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19690;old_locus_tag=BQ2027_MB3863 +Chromosome Protein Homology CDS 4247552 4248343 . + 0 ID=cds-WP_003420884.1;Parent=gene-BQ2027_RS19690;Dbxref=GenBank:WP_003420884.1;Name=WP_003420884.1;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700,GO:0043565;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA,sequence-specific DNA binding|0043565||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218350.1;locus_tag=BQ2027_RS19690;product=AraC family transcriptional regulator;protein_id=WP_003420884.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4248340 4249599 . - . ID=gene-BQ2027_RS19695;Name=serS;gbkey=Gene;gene=serS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19695;old_locus_tag=BQ2027_MB3864C +Chromosome Protein Homology CDS 4248340 4249599 . - 0 ID=cds-WP_003420889.1;Parent=gene-BQ2027_RS19695;Dbxref=GenBank:WP_003420889.1;Name=WP_003420889.1;Ontology_term=GO:0006434,GO:0000166,GO:0004828,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=serS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,serine-tRNA ligase activity|0004828||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=seryl-tRNA aminoacylation|0006434||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218351.1;locus_tag=BQ2027_RS19695;product=serine--tRNA ligase;protein_id=WP_003420889.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4249732 4251081 . + . ID=gene-BQ2027_RS19700;Name=BQ2027_RS19700;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19700;old_locus_tag=BQ2027_MB3865 +Chromosome Protein Homology CDS 4249732 4251081 . + 0 ID=cds-WP_003420892.1;Parent=gene-BQ2027_RS19700;Dbxref=GenBank:WP_003420892.1;Name=WP_003420892.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218352.1;locus_tag=BQ2027_RS19700;product=septum formation family protein;protein_id=WP_003420892.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4251086 4251500 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19710;Name=BQ2027_RS19710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19710 +Chromosome Protein Homology CDS 4251497 4251718 . + 0 ID=cds-WP_071854239.1;Parent=gene-BQ2027_RS19710;Dbxref=GenBank:WP_071854239.1;Name=WP_071854239.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003912385.1;locus_tag=BQ2027_RS19710;product=hypothetical protein;protein_id=WP_071854239.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4251695 4252393 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19720;Name=pheA;gbkey=Gene;gene=pheA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19720;old_locus_tag=BQ2027_MB3868C +Chromosome Protein Homology CDS 4252390 4253355 . - 0 ID=cds-WP_003420906.1;Parent=gene-BQ2027_RS19720;Dbxref=GenBank:WP_003420906.1;Name=WP_003420906.1;Ontology_term=GO:0009094,GO:0004664;gbkey=CDS;gene=pheA;go_function=prephenate dehydratase activity|0004664||IEA;go_process=L-phenylalanine biosynthetic process|0009094||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218355.1;locus_tag=BQ2027_RS19720;product=prephenate dehydratase;protein_id=WP_003420906.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4253451 4254227 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19740;Name=BQ2027_RS19740;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19740;old_locus_tag=BQ2027_MB3872C +Chromosome Protein Homology CDS 4255424 4256248 . - 0 ID=cds-WP_003420924.1;Parent=gene-BQ2027_RS19740;Dbxref=GenBank:WP_003420924.1;Name=WP_003420924.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218359.1;locus_tag=BQ2027_RS19740;product=glycerophosphodiester phosphodiesterase;protein_id=WP_003420924.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4256254 4257282 . - . ID=gene-BQ2027_RS19745;Name=BQ2027_RS19745;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19745;old_locus_tag=BQ2027_MB3873C +Chromosome Protein Homology CDS 4256254 4257282 . - 0 ID=cds-WP_003420931.1;Parent=gene-BQ2027_RS19745;Dbxref=GenBank:WP_003420931.1;Name=WP_003420931.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218360.1;locus_tag=BQ2027_RS19745;product=DUF4328 domain-containing protein;protein_id=WP_003420931.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4257821 4257970 . + . ID=gene-BQ2027_RS19750;Name=BQ2027_RS19750;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19750 +Chromosome Protein Homology CDS 4257821 4257970 . + 0 ID=cds-WP_003420934.1;Parent=gene-BQ2027_RS19750;Dbxref=GenBank:WP_003420934.1;Name=WP_003420934.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003420934.1;locus_tag=BQ2027_RS19750;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003420934.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4258755 4258992 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19755;Name=BQ2027_RS19755;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19755;old_locus_tag=BQ2027_MB3874 +Chromosome Protein Homology CDS 4259460 4259951 . + 0 ID=cds-WP_003422266.1-2;Parent=gene-BQ2027_RS19755;Dbxref=GenBank:WP_003422266.1;Name=WP_003422266.1;Ontology_term=GO:0006313,GO:0003677,GO:0004803;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,transposase activity|0004803||IEA;go_process=DNA transposition|0006313||IEA;inference=COORDINATES: protein motif:HMM:NF013698.7;locus_tag=BQ2027_RS19755;product=IS110 family transposase;protein_id=WP_003422266.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4259966 4260325 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19770;Name=sodA;gbkey=Gene;gene=sodA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19770;old_locus_tag=BQ2027_MB3876 +Chromosome Protein Homology CDS 4261389 4262012 . + 0 ID=cds-WP_010950947.1;Parent=gene-BQ2027_RS19770;Dbxref=GenBank:WP_010950947.1;Name=WP_010950947.1;Ontology_term=GO:0006801,GO:0004784,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=sodA;go_function=superoxide dismutase activity|0004784||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=superoxide metabolic process|0006801||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218363.1;locus_tag=BQ2027_RS19770;product=superoxide dismutase;protein_id=WP_010950947.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4262223 4262756 . + . ID=gene-BQ2027_RS19775;Name=BQ2027_RS19775;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19775;old_locus_tag=BQ2027_MB3877 +Chromosome Protein Homology CDS 4262223 4262756 . + 0 ID=cds-WP_003899730.1;Parent=gene-BQ2027_RS19775;Dbxref=GenBank:WP_003899730.1;Name=WP_003899730.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218364.1;locus_tag=BQ2027_RS19775;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899730.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4263011 4263919 . + . ID=gene-BQ2027_RS19780;Name=BQ2027_RS19780;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19780;old_locus_tag=BQ2027_MB3878 +Chromosome Protein Homology CDS 4263011 4263919 . + 0 ID=cds-WP_010950948.1;Parent=gene-BQ2027_RS19780;Dbxref=GenBank:WP_010950948.1;Name=WP_010950948.1;Ontology_term=GO:0030001,GO:0046873,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=metal ion transmembrane transporter activity|0046873||IEA;go_process=metal ion transport|0030001||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218365.1;locus_tag=BQ2027_RS19780;product=TMEM165/GDT1 family protein;protein_id=WP_010950948.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4264184 4264582 . + . ID=gene-BQ2027_RS19785;Name=espR;gbkey=Gene;gene=espR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19785;old_locus_tag=BQ2027_MB3879 +Chromosome Protein Homology CDS 4264184 4264582 . + 0 ID=cds-WP_003399759.1;Parent=gene-BQ2027_RS19785;Dbxref=GenBank:WP_003399759.1;Name=WP_003399759.1;gbkey=CDS;gene=espR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218366.1;locus_tag=BQ2027_RS19785;product=type VII secretion system ESX-1 transcriptional regulator EspR;protein_id=WP_003399759.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4264700 4265356 . + . ID=gene-BQ2027_RS19790;Name=BQ2027_RS19790;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19790;old_locus_tag=BQ2027_MB3880 +Chromosome Protein Homology CDS 4264700 4265356 . + 0 ID=cds-WP_003399771.1;Parent=gene-BQ2027_RS19790;Dbxref=GenBank:WP_003399771.1;Name=WP_003399771.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218367.1;locus_tag=BQ2027_RS19790;product=DUF6474 family protein;protein_id=WP_003399771.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4265368 4265652 . + . ID=gene-BQ2027_RS19795;Name=BQ2027_RS19795;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19795;old_locus_tag=BQ2027_MB3881 +Chromosome Protein Homology CDS 4265368 4265652 . + 0 ID=cds-WP_003399775.1;Parent=gene-BQ2027_RS19795;Dbxref=GenBank:WP_003399775.1;Name=WP_003399775.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218368.1;locus_tag=BQ2027_RS19795;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003399775.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4265759 4266163 . + . ID=gene-BQ2027_RS19800;Name=BQ2027_RS19800;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19800;old_locus_tag=BQ2027_MB3882 +Chromosome Protein Homology CDS 4265759 4266163 . + 0 ID=cds-WP_003399779.1;Parent=gene-BQ2027_RS19800;Dbxref=GenBank:WP_003399779.1;Name=WP_003399779.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218369.1;locus_tag=BQ2027_RS19800;product=Rv3852 family protein;protein_id=WP_003399779.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4266180 4266653 . + . ID=gene-BQ2027_RS19805;Name=rraA;gbkey=Gene;gene=rraA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19805;old_locus_tag=BQ2027_MB3883 +Chromosome Protein Homology CDS 4266180 4266653 . + 0 ID=cds-WP_003399786.1;Parent=gene-BQ2027_RS19805;Dbxref=GenBank:WP_003399786.1;Name=WP_003399786.1;Ontology_term=GO:0051252,GO:0008428;gbkey=CDS;gene=rraA;go_function=ribonuclease inhibitor activity|0008428||IEA;go_process=regulation of RNA metabolic process|0051252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218370.1;locus_tag=BQ2027_RS19805;product=ribonuclease E activity regulator RraA;protein_id=WP_003399786.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4266689 4268158 . - . ID=gene-BQ2027_RS19810;Name=ethA;gbkey=Gene;gene=ethA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19810;old_locus_tag=BQ2027_MB3884C +Chromosome Protein Homology CDS 4266689 4268158 . - 0 ID=cds-WP_003899731.1;Parent=gene-BQ2027_RS19810;Dbxref=GenBank:WP_003899731.1;Name=WP_003899731.1;gbkey=CDS;gene=ethA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218371.1;locus_tag=BQ2027_RS19810;product=FAD-containing monooxygenase EthA;protein_id=WP_003899731.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4268234 4268884 . + . ID=gene-BQ2027_RS19815;Name=ethR;gbkey=Gene;gene=ethR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19815;old_locus_tag=BQ2027_MB3885 +Chromosome Protein Homology CDS 4268234 4268884 . + 0 ID=cds-WP_003399797.1;Parent=gene-BQ2027_RS19815;Dbxref=GenBank:WP_003399797.1;Name=WP_003399797.1;gbkey=CDS;gene=ethR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218372.1;locus_tag=BQ2027_RS19815;product=HTH-type transcriptional regulator EthR;protein_id=WP_003399797.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4269086 4270093 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS19900;Name=BQ2027_RS19900;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19900;old_locus_tag=BQ2027_MB3902 +Chromosome Protein Homology CDS 4291477 4291773 . + 0 ID=cds-WP_003399870.1;Parent=gene-BQ2027_RS19900;Dbxref=GenBank:WP_003399870.1;Name=WP_003399870.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015288658.1;locus_tag=BQ2027_RS19900;product=type VII secretion system ESX-1 target PE35;protein_id=WP_003399870.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4291807 4292913 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19925;Name=eccD1;gbkey=Gene;gene=eccD1;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19925;old_locus_tag=BQ2027_MB3907 +Chromosome Protein Homology CDS 4295739 4297274 . + 0 ID=cds-WP_003399976.1;Parent=gene-BQ2027_RS19925;Dbxref=GenBank:WP_003399976.1;Name=WP_003399976.1;gbkey=CDS;gene=eccD1;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218394.1;locus_tag=BQ2027_RS19925;product=type VII secretion system ESX-1 subunit EccD1;protein_id=WP_003399976.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4297425 4298267 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS19995;Name=BQ2027_RS19995;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS19995;old_locus_tag=BQ2027_MB3921C +Chromosome Protein Homology CDS 4312853 4314052 . - 0 ID=cds-WP_003899752.1;Parent=gene-BQ2027_RS19995;Dbxref=GenBank:WP_003899752.1;Name=WP_003899752.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178024.1;locus_tag=BQ2027_RS19995;product=PPE family protein;protein_id=WP_003899752.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4314131 4314364 . - . ID=gene-BQ2027_RS20000;Name=BQ2027_RS20000;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20000;old_locus_tag=BQ2027_MB3922C +Chromosome Protein Homology CDS 4314131 4314364 . - 0 ID=cds-WP_003400047.1;Parent=gene-BQ2027_RS20000;Dbxref=GenBank:WP_003400047.1;Name=WP_003400047.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:YP_178025.1;locus_tag=BQ2027_RS20000;product=PE domain-containing protein;protein_id=WP_003400047.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4314631 4318822 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20015;Name=BQ2027_RS20015;gbkey=Gene;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20015;old_locus_tag=BQ2027_MB3926C;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4320313 4321220 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20015;Parent=gene-BQ2027_RS20015;Note=frameshifted;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218413.1;locus_tag=BQ2027_RS20015;product=transglycosylase;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4322030 4322359 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20030;Name=BQ2027_RS20030;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20030;old_locus_tag=BQ2027_MB3931C +Chromosome Protein Homology CDS 4324738 4325187 . - 0 ID=cds-WP_010950962.1;Parent=gene-BQ2027_RS20030;Dbxref=GenBank:WP_010950962.1;Name=WP_010950962.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218418.1;locus_tag=BQ2027_RS20030;product=hypothetical protein;protein_id=WP_010950962.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4325175 4325360 . + . ID=gene-BQ2027_RS20035;Name=BQ2027_RS20035;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20035 +Chromosome Protein Homology CDS 4325175 4325360 . + 0 ID=cds-WP_003899758.1;Parent=gene-BQ2027_RS20035;Dbxref=GenBank:WP_003899758.1;Name=WP_003899758.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003899758.1;locus_tag=BQ2027_RS20035;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003899758.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4325738 4326268 . - . ID=gene-BQ2027_RS20040;Name=ift;gbkey=Gene;gene=ift;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20040;old_locus_tag=BQ2027_MB3932C +Chromosome Protein Homology CDS 4325738 4326268 . - 0 ID=cds-WP_003400086.1;Parent=gene-BQ2027_RS20040;Dbxref=GenBank:WP_003400086.1;Name=WP_003400086.1;gbkey=CDS;gene=ift;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218419.1;locus_tag=BQ2027_RS20040;product=necrotizing toxin immunity factor IFT;protein_id=WP_003400086.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4326265 4328805 . - . ID=gene-BQ2027_RS20045;Name=cpnT;gbkey=Gene;gene=cpnT;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20045;old_locus_tag=BQ2027_MB3933C +Chromosome Protein Homology CDS 4326265 4328805 . - 0 ID=cds-WP_003899759.1;Parent=gene-BQ2027_RS20045;Dbxref=GenBank:WP_003899759.1;Name=WP_003899759.1;gbkey=CDS;gene=cpnT;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218420.1;locus_tag=BQ2027_RS20045;product=outer membrane channel protein/necrotizing toxin glycohydrolase CpnT;protein_id=WP_003899759.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4328810 4329082 . - . ID=gene-BQ2027_RS20050;Name=esxE;gbkey=Gene;gene=esxE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20050;old_locus_tag=BQ2027_MB3934C +Chromosome Protein Homology CDS 4328810 4329082 . - 0 ID=cds-WP_010950963.1;Parent=gene-BQ2027_RS20050;Dbxref=GenBank:WP_010950963.1;Name=WP_010950963.1;gbkey=CDS;gene=esxE;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003400094.1;locus_tag=BQ2027_RS20050;product=pore-forming CpnT exporter EsxE;protein_id=WP_010950963.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq pseudogene 4329093 4329404 . - . ID=gene-BQ2027_RS20055;Name=esxF;gbkey=Gene;gene=esxF;gene_biotype=pseudogene;locus_tag=BQ2027_RS20055;pseudo=true +Chromosome Protein Homology CDS 4329093 4329404 . - 0 ID=cds-BQ2027_RS20055;Parent=gene-BQ2027_RS20055;Note=internal stop;gbkey=CDS;gene=esxF;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218422.1;locus_tag=BQ2027_RS20055;product=pore-forming CpnT exporter EsxF;pseudo=true;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4329470 4329979 . - . ID=gene-BQ2027_RS20060;Name=BQ2027_RS20060;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20060;old_locus_tag=BQ2027_MB3936C +Chromosome Protein Homology CDS 4329470 4329979 . - 0 ID=cds-WP_003400109.1;Parent=gene-BQ2027_RS20060;Dbxref=GenBank:WP_003400109.1;Name=WP_003400109.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218423.1;locus_tag=BQ2027_RS20060;product=hypothetical protein;protein_id=WP_003400109.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4330004 4331446 . - . 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ID=gene-BQ2027_RS20070;Name=BQ2027_RS20070;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20070;old_locus_tag=BQ2027_MB3938 +Chromosome Protein Homology CDS 4331822 4332568 . + 0 ID=cds-WP_003400124.1;Parent=gene-BQ2027_RS20070;Dbxref=GenBank:WP_003400124.1;Name=WP_003400124.1;Ontology_term=GO:0009132,GO:0016817,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity%2C acting on acid anhydrides|0016817||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=nucleoside diphosphate metabolic process|0009132||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218425.1;locus_tag=BQ2027_RS20070;product=NUDIX hydrolase;protein_id=WP_003400124.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4332565 4334973 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS20090;Name=rsmA;gbkey=Gene;gene=rsmA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20090;old_locus_tag=BQ2027_MB3943 +Chromosome Protein Homology CDS 4339242 4340006 . + 0 ID=cds-WP_003400148.1;Parent=gene-BQ2027_RS20090;Dbxref=GenBank:WP_003400148.1;Name=WP_003400148.1;gbkey=CDS;gene=rsmA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218429.1;locus_tag=BQ2027_RS20090;product=anti-sigma-M factor RsmA;protein_id=WP_003400148.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4340100 4341107 . + . ID=gene-BQ2027_RS20095;Name=trxB;gbkey=Gene;gene=trxB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20095;old_locus_tag=BQ2027_MB3944 +Chromosome Protein Homology CDS 4340100 4341107 . + 0 ID=cds-WP_003400151.1;Parent=gene-BQ2027_RS20095;Dbxref=GenBank:WP_003400151.1;Name=WP_003400151.1;Ontology_term=GO:0019430,GO:0004791,GO:0071949,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=trxB;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity|0004791||IEA,FAD binding|0071949||IEA;go_process=removal of superoxide radicals|0019430||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218430.1;locus_tag=BQ2027_RS20095;product=thioredoxin-disulfide reductase;protein_id=WP_003400151.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4341104 4341454 . + . 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ID=gene-BQ2027_RS20115;Name=parB;gbkey=Gene;gene=parB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=BQ2027_RS20115;old_locus_tag=BQ2027_MB3948C +Chromosome Protein Homology CDS 4343829 4344863 . - 0 ID=cds-WP_003400175.1;Parent=gene-BQ2027_RS20115;Dbxref=GenBank:WP_003400175.1;Name=WP_003400175.1;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;gene=parB;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:NP_218435.2;locus_tag=BQ2027_RS20115;product=ParB/RepB/Spo0J family partition protein;protein_id=WP_003400175.1;transl_table=11 +Chromosome RefSeq gene 4344860 4345903 . - . 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+>Chromosome +TTGACCGATGACCCCGGTTCAGGCTTCACCACAGTGTGGAACGCGGTCGTCTCCGAACTTAACGGCGACC +CTAAGGTTGACGACGGACCCAGCAGTGATGCTAATCTCAGCGCTCCGCTGACCCCTCAGCAAAGGGCTTG +GCTCAATCTCGTCCAGCCATTGACCATCGTCGAGGGGTTTGCTCTGTTATCCGTGCCGAGCAGCTTTGTC +CAAAACGAAATCGAGCGCCATCTGCGGGCCCCGATTACCGACGCTCTCAGCCGCCGACTCGGACATCAGA +TCCAACTCGGGGTCCGCATCGCTCCGCCGGCGACCGACGAAGCCGACGACACTACCGTGCCGCCTTCCGA +AAATCCTGCTACCACATCGCCAGACACCACAACCGACAACGACGAGATTGATGACAGCGCTGCGGCACGG +GGCGATAACCAGCACAGTTGGCCAAGTTACTTCACCGAGCGCCCGCGCAATACCGATTCCGCTACCGCTG +GCGTAACCAGCCTTAACCGTCGCTACACCTTTGATACGTTCGTTATCGGCGCCTCCAACCGGTTCGCGCA +CGCCGCCGCCTTGGCGATCGCAGAAGCACCCGCCCGCGCTTACAACCCCCTGTTCATCTGGGGCGAGTCC +GGTCTCGGCAAGACACACCTGCTACACGCGGCAGGCAACTATGCCCAACGGTTGTTCCCGGGAATGCGGG +TCAAATATGTCTCCACCGAGGAATTCACCAACGACTTCATTAACTCGCTCCGCGATGACCGCAAGGTCGC +ATTCAAACGCAGCTACCGCGACGTAGACGTGCTGTTGGTCGACGACATCCAATTCATTGAAGGCAAAGAG +GGTATTCAAGAGGAGTTCTTCCACACCTTCAACACCTTGCACAATGCCAACAAGCAAATCGTCATCTCAT 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+GTGCATGGTCGAACGTGGGATCTGTTGCGGCTGACCAGGATGCCGACCGTTCAGGTCGATATCGGCTACA +TCACCAACCCCCACGATCGTGGGATGCTGGTCTCAACGCAGACGCGCGATGCCATCGCCGAAGGCATTCT +CGCCGCGGTCAAACGGCTGTATCTGTTAGGCAAGAACGATCGGCCCACCGGCACATTCACTTTCGCCGAG +TTGCTGGCCCACGAACTGTCTGTCGAGCGAGCGGGTAGACTCGGCGGTTCTTAAGCCCAGTGGCCGCGTG +GGGTTTACGACGTGTTGCCGGCCGTCGACCCCGCTGCTATCGGCTCTTGCAGTCGAGCATTCTCCAGCAA +GCGTTCAAGAGCGGCCTCGACTTCGGCTTTCCACCCCAGCCCTTTGTCCAGTTCGAGGCGTAGCCTCGGA +AAGTACGGGTGCGGTGCCACCACGACGAAACCCACGTCCATCAAGAAGTTCGCGTCGATGATGCAGTGTT +CGACACAGCAGTCGCCGAGGGCCTCCAACACCGGCCGCACATCAGGTGTTACCGCGCCCGGGTTTTGCAA +ATCGGTGGCCGCTGGTGTCCGGCCGAAAGCTTCCAGCGCCCGGACGCCGCGCCGAACCAACTCTTCAATC +ACCCGGGCAATCAGACTGTGCGGTAAGTCGTCATCTGCTTGCCCGCGCTCGATGCCCATCGACGTAAGCA +GCACCGCGTCCGCCGACACCGGCGCGGTAGGAAACCGCTGGGCTCGCGGCACCGCACTGGGCGGAGCGTA +GAGCACATACCCGAGGCAGGGTGGTTCGGCGTGGCTGCGCTCATCCGGGACTGCCGTTGCGACCTGACCG +CACGAACCCCACTCCAGCATCACCATCGACAACCAGGCTTCCTTTTCGAATTCGGGGTCGGCGAGGTGGT +CGTCTTTGCCGAGAATCGCGGGGTCGACCTCCCAGAAAACGCAGCGCCGCGCATGCTTGGGGAGCTGCTC +GAAGGCTTCGAGTCGTAACGCTGTGATACGAGCGGACACTAGTCTCCTGGCCTCCGTGCGGCATTGCAAC +CGATGGCCCTACACCTCCGCGGGCCAATGTGCACCAGCAACCCTTCTAGAATAAGAGAGTCGATCGCTAT +CGGGCCAGTATTCGCGATGCCACTCCAGCCGACTTGCACCGCATCGTGTCCGGCCGGTGACAATTGTCCG +GTCCATTGCCCCGTCCAATCTCGAATCCGCTTGCCGCACACCGCGTCTCCGTTGATTCCCGCTCCCCGCA +GCGGGTTGGCTTAGGCGCCGGAACCGGCGCGTTGTCACAGTGACGTAATTACAGAGCGTCCCTGTGCAGG +CCTTTATCTCGGCCATCAGTGGTCATCAAACCGACTATGCGCGCTAAATCATCGACCGAGCCGAACTCCA +CCACAATCTTACCCTTGCGTTTGCCCAGACTGACGGTCACCCGCGTGTCAAAGGTGGTCGATAGACGCTC +AGCAACATCTTGGAGGCCAGGCATCTGAATCGGCTTACGCCGCGGCGGCGCGGGTGTAGTCGCGTCGCTG +TGATGGGCTTGGCGATTGGCCTCGTGATTGGCCAGCGTGACCGTCTCCTCGGTGGCTCGCACCGACAGGC +CCTCCGCGACGATCCGGCTCGCCAGCTCCTCTTGCGCCTCCGGTCCGGCCTCGAGCGACAGCAGGGCGCG +AGCATGCCCGGCCGACAGCACGCCGGCGGCCACTCGCCGCTGTACCGGGATGGGGAGTTTGAGCAATCGG +ATCATGTTGGTGATCAAGGGCCGCGAGCGGCCGATGCGCGCCGCCAGTTCATCGTGGGTGACCCCGAATT +CGTCGAGCAATTGCTGGTATGCCGCCGCTTCTTCTAACGGATTCAGCTGTACTCGATGAATATTTTCCAG +GAGGGCGTCGCGCAGCAGATTATCGTCGCCGGTCTCACGCACGATGGCCGGGATGGTGGCCAAGCCCGCC +TCTTGGGCAGCCCGCCAGCGCCGCTCCCCCATCACTATCTGGTAGCGCACGCCGGTTTGGGATCCAGCCA +ATGACCGCACCACGATCGGCTGCAGGAGACCGAATTCGCGGATGGAGTGCACCAACTCGGCCAGTGCCTC +TTCGTCGAACACCTGACGCGGCTGACGGGGATTAGCCTCGATGGCGCTCGGTGGGATTTCCCGATAGATG +GCGCCCATCACGGAAGTGTCCGGGACCGGTCCGCCGATTACGACATCTGCCGTGGCAGATCCCATCCGGG +GACCCAAGGTCGGTGGCCCCGATTCTCCGTCTGCCGGGCCAGTCGGGATCAGCGCAGCCAGGCCACGGCC +GAGGCCACCCTTTCTGCGTGACGGCTGGGTCATGGTCGTCCCTTCGCGGATGGTGGTCGGTCACGCTCGG +CAAGTTCGCGGCTCGCGTCGAGGTAACTCATCGCGCCGCGCGAACCGGGATCGTAATCGATGATGGTCAT +GCTGTAGCCCGGCGCTTCGGAAACCTTGACGCTGCGTGGAATCACCGTCCGCAACACTTTGCTTCCGAAA +TACTGACGGACCTCGTCGGCTACTTGATCGGCGAGCTTTGTCCGGCCGTCATACATGGTAAGGATCACGG +TGGTGACCTCGAGTTGGGGGTTGAGGTGGGCCTTCACCATCTCGATGTTGCGCATAAGCTGCGACACACC +CTCCAACGCGTAGTACTCGCATTGGATCGGGATCATCACCTCCGGTGCCGCGACGAGTGCGTTGATGGTC +AGCAGCCCCAGCGAGGGCGGGCAATCGACGAAAACGTAGTCGAAGTCGAAGTTGTCGAGTGCGGCCAGGG +CGGTGCGCAACCGGTTCTCGCGCGCCACCATGCTCACCAATTCGATTTCGGCGCCGGCCAGATCGATCGT +CGCCGGGATGCAGAACAGCCGCTCGCTGTGCGGGCTGCGCCGTAGCGCCGTGTGCAACGAAACCTCGCCG +ATAAGCATCTCGTAGGACGAGGGTGTGCCGGATTGCCGGTCGGTGATACCCAATGCGGTGCTCGCGTTGC +CCTGGGGATCGAGATCGATCACGAGTGTCTTGAGGCCCTGCACAGCAAGCGCGGCAGCGATATTGACGGC +GGTGGTCGTCTTACCGACCCCGCCCTTCTGATTCGCGATGGTGAGCACCCGGCGTCGACCCGGCCGCTGC +AGCGGCTCGTGGGTGGTGTGCAGGACCCGCATCGCACGTTCTGCTGCAGCGCCGATGGGGGTGTCGAATT +CTGTCGATGTTTCACGTGAAACATTCATCGTCGGATTGTGCGCGGCCTCAGGCGTCGGTGTCGGTGGTGT +CATTTCCCGCTGGAATGGTTCGATAGTTGAAGCCTGGCCCGACCTTACGAGCGCGGACGGTCCAGCGGCC +ACCGGGCCCCACGGAGCACTCACGCCGTCCCTCCACTCGCCATCCGTGCCGACCCTCGGGCGATCTGCTT +TCCACGTCGCGCGAACACCACGGTCGCGGGCGGACGCAAATAGTTCGCGCCACATGTCACCACCCTGACA +TCAACCGCGCCCGATGCGATCATCACACGCCGGTGCTCCCGTACTTCGTCGTGAGCCCGCTCGCCTTTGA +TGGCGAGCATTCGCCCGTTCGGCCGTATCAACGGCATGCTCCATTTCGTCAACTTGTCCAACGCGGCCAC +CGCCCGTGACACCGCAGCGTCGCTGCCGCCCAATTGGTCCTGCACCCAGGACTCCTCGGCGCGCCCCCGC +ACGATCTCAACGGCCACGCCCAGATCTGTCACCATCTCTCGAAGAAACTCGGTGCGGCGCAGTAGCGGTT +CTAGGAGAACTACCTGGAGGTCCGGCCGCGCTATCGCCAATGGCACGCCCGGCAACCCGGCTCCGCTACC +GATATCCACGACCCGGTCACCGCGTTCGAGGAGCTCACCGATCACGGCGCAGTTCAGTAGATGCCGGTCC +CATAGCCTACCGACTTCGCGGGGTCCCACCAGCCCCCGCTCCACACCGGGTCCCGCCAACGCTTCGGCGT +ACCGCCGAGCAAGGCCAAGCCGCGGTCCGAAGATCGCAGACGCCGCGGGCTCGATCGGAGACATTACGCA +CTCCGCCGGCTCGTGAGGTCTGTGTCATGTTTCACGTGAAACATTCTCCGCTCTCGAGACGCTGGCCCAG +CCGCTCGGCCACGCATCGCTTACTGCGGCGTCGGTCGGAGCCGCTGGCTCGCGAGCTAGTCGCGGAGCAC +AACGACTCGGCGTTCTGGCTCCACGCCTTCGCTTTCGCTGTGCACACCTGGCACCGCTGCAACCGCATCG +TGGACGATCTTCCGTTCGAACGGCGTCATTGGAACGAGTTCCTCGCGGTCACCGGTTTCGGCCACTCGCC +GCGCCACCTCGTCGGCCAGCGCCGCCAATTCCTCCCGGCGCCGCCGTCGCCACCTCGCGATGTCTAGCAT +CAACCGGCTCCACACACCGGTCTTCTGATGCACCGCCAACCGGGTGAGTTCCTGCAGAGCGTCGAGCACC +TCGCCCCCGCGCCCGACCAACTTGTTCAGGTCGTCACTGCCGTCGATGCTCACCACCGCACGATTGCCTT +CGACATCGAGGTCGATGTCGCCATCGAAGTCCAACACGTCCAATAACTCTTCCAGGTAGTCGCCTGCAAT +CTCGCCCTCGGCGACCAATCTCTCTTCTTGATCGTCGGCCTCGTCAGCATCCGTCGCCGTGTCCTCCCGG +ACGCCTCCACCCGGTGCTTCTGCGTCGACGTCGAAGTCGGTGGTGTCAGCGTCGGCCATGGCTTGCTCTC +CCCTCGTCTGCGGGTGGGTTGTGTTTGTGGGACCGCCTGCCCGGCTGCCCGGAAGGATTGTCAACGTTTG +CGTTTTTTCGGTCGCACCCCGGGCCGCGGCGTACGGGCGCTCGGGCCGCTGTTGCGTCTGGCCGGATTGG +ACGTGTCGGCTGGTCGCTCAGTGCTGGCGTCCGACTCTGCCCCGTCATCGGTGTCCCCGGCTTCTGTTGG +GGCTGCCGCATTGGTCGCTGGAGCGGTCTTCGGGCTCCGCTTGGGCTTAGCTCCCGGGGCCGGCGCGTTG +GCCGCCCGGCGCCGGACCGCCTCCTGCTTTTTGGCCTCCTCCTCCTTTTCGATCATGCCGAAGACGTAAT +GCTGCTGCCCGAACGTCCAGATATTGTTCGAGAACCAATACAAGATGATCGCCAGTGGCAGGAACGGTCC +GCCGACGACTACGCCGAGCGGAAATACGTACAGCGCCAGCTTGTTCATCATCGCGGTCTGTGGATTCGCA +GCCGCCTCGGCGCTCTGCCGCGCGATAGACGCGCGACTGTTGAAGTACGTCGCGATGCCGGCCAAGATCA +TCACCGGCACACCCACCGCGATCAACGCAGGGCGACTGAAATCGACGAACGCATCCAACCCGGACCGTTG +CGTCATGTACGCCCCGATCGGAGCGCCGAACAAGTTGGCATCTAGGAAGTGGCCGACGTCGACCGGGCTA +AAGACGTAGTTCCCAGTCAGTCGGTTCTCGATCACCGACAAGTGTGGTTGACCAAAGCCCCCGGTCGTAC +GGTTAAACGAGCGCAACACATGATAGAGCCCAAGAAACACCGGAATCTGCGCCAGCATCGGCAAACATCC +GAGAATGGGGTTGAAGCCGTGCTCGCGTTGCAGCTTTTGCATTTCGAGCGCCATCCGCTGACGATCCTTG +CCGTATTTCTTTTGCAAGGCCTTGATCTGTGGTTGCAGTTCCTGCATCTGCCTGGTGGTGCGAATCTGGC +GCACGAACGGCTTGTACAGCAGCGCACGCAGCGTGAAGACCAGGAACATCACCGACAACGCCCAGGCGAA +GAAGTTGGATGGTCCTAGCACAAACGCGAACAGCCGGTACCAAACCCACATGATCCACGACACCGGGTAG +TAGATGAAGTCGAGACTGAAGAAATCAAACAAAAGACTCACGCTCCCCTCGCTTTGACGCAGGGTTCCAG +TCGTCGTTCGCGCCGTCGACGTCTGTCTGGCAGCTCCGGCCTGTCGTTAAGCCTTCCGGTATCGGATCCC +ATCCTCCCCGATGCCATGGTCCGCACTTTGCGAGCCTGATCATGGTCAACCAGCTTCCCCGCAACAGGCC +ATACTCGGTGAGCGCATCGACGGCGTACTGACTACAGGTAGGGACAAAGCGGCACGACGCCGGTCGTAGC +GGCGAAAGCATGTGCCGATAGACCTGGATAACGAAAATCAACCCCCGCGCTGATGCTCTACCGGTAACCC +GGACCACGCGCCCACAGCTTTGCCTAGACAGACTCACCGATCACTACCTGCCAGTTCGACAGCCCTCCGC +AAGCCGCATCGCAGTTGCTGCTCCAACCGAGCCGAGGAGACATGCCGGCTGCTCGGCAGCGCGCGGATCA +CCACATGATCGGACGGGTGGAGTTCTTTGACGATCGACCCAGCCACGTGCCGCAGCCGACGTGCCACGCG +GTGGCGTTCCACGGCCGACCCCACCGACTTGGCGATAATCAGTCCGACGCGCGGCCCACCGCCACTCCCA +CGCCACCAATAAACGACCATGTCAGACCGCACGGTACGCATCCCGTGCTTCACCGTTGTTTCAAAATCCG +CTGACCGCCTCATGCGGTTGCGTGCACGAAGCACCGCAAATAAGCCCGGTGTTGCAATCAAGCACTGAGC +GTGCGCCGACCCTTGCGTCGCCGGCTGGACACAATTGACCTCCCGGCGCGGGTACGCATCCGTAAGCGGA +AACCGTGAACACGAGCTCGCCGCCGGTTGTTCGGCTGGAAGGTCCTTTTGCCCTTGGTCACGGGCGTCTC +CTCGCTATGTCTGGCAACATCACCATCCGGCCACTCACTGCCTTCCAACTCGATTGGCCCGCGGGACAGT +CGGAGGTGGTTTTCGCTGCTGGCCGGCGCGGTCCCTGGACTAATCCAGGTCGCAGCCGCATCGCCGACTT +TCGGGCGACTGTTCGAGGGTACTTACGCGCCTTCGCCTGGTCAAACCTCGCCCACCCGGCAACCGCTTCA +GGGCATCCTGCCCGCTAAGCTGCTCACCATCCGTACACCCGAGACCGCCACACTCACAAAGAACCCACCA +CAACGCAAAACAACGGTTGGCAGCCGTACGGAAAACTGTTAGCTTCGGGCGGTGTAGTTATCACGCCGTT +TCAGCGTGGAAACGGCACTCGACAATCAAGCGAGGATGGCGGATCGACTAGCGGCCCGGACAACTTGAAC +CGGGTGTTTTCAACACGAGGATCGCGAGCCGTTGCCGGTAGGTTGCGGCTGGTTATCGACGGTACTGTCC +ACATTTGTGGATAGCCATGTGGACAGTTCACCTGCCCACAACAACGGTTGTAGCTCGACCCGGAACCAAG +ACCCGGAACTAACGAGAACCAGGGAGATACGTCG + diff --git a/subworkflows/local/phylogeny_analysis.nf b/subworkflows/local/phylogeny_analysis.nf index ec437b00..9b2a1ae0 100644 --- a/subworkflows/local/phylogeny_analysis.nf +++ b/subworkflows/local/phylogeny_analysis.nf @@ -49,32 +49,32 @@ workflow PHYLOGENY_ANALYSIS { } } } - //.dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS args_ch: ", pretty: true) + .dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS_args_ch", pretty: true) resources_files_ch = arg_files_ch .filter { (it.getExtension() == "gz") || (it.getExtension() == "list") } .collect() .ifEmpty([]) - //.dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS resources_files_ch: ", pretty: true) + .dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS_resources_files_ch", pretty: true) resources_file_indexes_ch = arg_files_ch .filter { it.getExtension() == "tbi" } .collect() .ifEmpty([]) - //.dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS resources_file_indexes_ch: ", pretty: true) + .dump(tag: "PHYLOGENY_ANALYSIS_resources_file_indexes_ch", pretty: true) // merge_phylogeny_prep_inccomplex GATK_SELECT_VARIANTS__PHYLOGENY('SNP', - prefix_ch, - vcf_ch, - args_ch, - resources_files_ch, - resources_file_indexes_ch, - params.ref_fasta, - [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict]) + prefix_ch, + vcf_ch, + '', + [], + [], + params.ref_fasta, + [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict]) GATK_VARIANTS_TO_TABLE(prefix_ch, GATK_SELECT_VARIANTS__PHYLOGENY.out) @@ -88,5 +88,5 @@ workflow PHYLOGENY_ANALYSIS { emit: snpsites_tree_tuple = SNPSITES.out.join(IQTREE.out.tree_tuple) - snp_dists_ch = SNPDISTS.out.snp_dists_file + snp_dists_ch = SNPDISTS.out.snp_dists_file } diff --git a/subworkflows/local/prepare_cohort_vcf.nf b/subworkflows/local/prepare_cohort_vcf.nf index aeccf617..af84d0b6 100644 --- a/subworkflows/local/prepare_cohort_vcf.nf +++ b/subworkflows/local/prepare_cohort_vcf.nf @@ -26,6 +26,8 @@ include { GATK_COMBINE_GVCFS } from "../../modules/local/gatk/combine_gvcfs.nf" addParams ( params.GATK_COMBINE_GVCFS ) include { GATK_GENOTYPE_GVCFS } from "../../modules/local/gatk/genotype_gvcfs.nf" addParams ( params.GATK_GENOTYPE_GVCFS ) include { SNPEFF } from "../../modules/local/snpeff/snpeff.nf" addParams ( params.SNPEFF ) +include { SNPEFF_SNPEFF as SNPEFF__NFCORE } from "../../modules/nf-core/snpeff/snpeff" +include { SNPEFF_DOWNLOAD as SNPEFF_DOWNLOAD__NFCORE } from "../../modules/nf-core/snpeff/download" include { BGZIP } from "../../modules/local/bgzip/bgzip.nf" addParams( params.BGZIP ) include { GATK_INDEX_FEATURE_FILE as GATK_INDEX_FEATURE_FILE__COHORT } from "../../modules/local/gatk/index_feature_file" addParams( params.GATK_INDEX_FEATURE_FILE__COHORT ) @@ -71,10 +73,14 @@ workflow PREPARE_COHORT_VCF { GATK_GENOTYPE_GVCFS(GATK_COMBINE_GVCFS.out, params.ref_fasta, [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict]) // merge_snpeff_annotate - SNPEFF(GATK_GENOTYPE_GVCFS.out, params.ref_fasta) + SNPEFF(GATK_GENOTYPE_GVCFS.out, params.ref_fasta, params.snpeff_config, params.snpeff_db) BGZIP(SNPEFF.out) + GATK_INDEX_FEATURE_FILE__COHORT(BGZIP.out, '') + //SNPEFF_DOWNLOAD__NFCORE([[ id:"Mycobacterium_bovis_af2122_97" ], "Mycobacterium_bovis_af2122_97" ]) + //SNPEFF__NFCORE(GATK_GENOTYPE_GVCFS.out, "Mycobacterium_bovis_af2122_97", SNPEFF_DOWNLOAD__NFCORE.out.cache) + emit: cohort_vcf_and_index_ch = GATK_INDEX_FEATURE_FILE__COHORT.out.sample_vcf_tuple } diff --git a/subworkflows/local/snp_analysis.nf b/subworkflows/local/snp_analysis.nf index 702ec755..a4f56f4a 100644 --- a/subworkflows/local/snp_analysis.nf +++ b/subworkflows/local/snp_analysis.nf @@ -47,42 +47,50 @@ workflow SNP_ANALYSIS { [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict] ) - // merge_vqsr_snp + //NOTE: Set the default content of these channels + excluding_complex_regions_ch = Channel.of([]) + including_complex_regions_ch = Channel.of([]) + + arg_files_ch = Channel.empty() + args_ch = Channel.empty() + resources_files_ch = Channel.empty() + resources_file_indexes_ch = Channel.empty() + + + if(!params.skip_variant_recalibration ) { + + // merge_vqsr_snp + arg_files_ch = Channel.of(["coll2014,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0", file(params.coll2014_vcf), file(params.coll2014_vcf_tbi)], ["coll2018,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0", file(params.coll2018_vcf), file(params.coll2018_vcf_tbi)], ["Napier2020,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0", file(params.napier2020_vcf), file(params.napier2020_vcf_tbi)], ["Benavente2015,known=true,training=false,truth=false,prior=5.0", file(params.benavente2015_vcf), file(params.benavente2015_vcf_tbi)]) - .ifEmpty([]) .map { it -> it != [] ? [ "${it[0]} ${it[1].getName()}", it[1], it[2] ] : [] } .flatten() - .dump(tag:"SNP_ANALYSIS arg_files_ch : ", pretty:true) + .dump(tag:"SNP_ANALYSIS__arg_files_ch : ", pretty:true) args_ch = arg_files_ch .filter { it.class == org.codehaus.groovy.runtime.GStringImpl } .reduce { a, b -> "$a --resource:$b " } - .ifEmpty("") - .dump(tag:"SNP_ANALYSIS args_ch : ", pretty:true) + .dump(tag:"SNP_ANALYSIS__args_ch", pretty:true) resources_files_ch = arg_files_ch .filter { it.class != org.codehaus.groovy.runtime.GStringImpl } .filter { it.getExtension() == "gz" } .collect() - .ifEmpty([]) - .dump(tag:"SNP_ANALYSIS resources_files_ch : ", pretty:true) + .dump(tag:"SNP_ANALYSIS__resources_files_ch", pretty:true) resources_file_indexes_ch = arg_files_ch .filter { it.class != org.codehaus.groovy.runtime.GStringImpl } .filter { it.getExtension() == "tbi" } .collect() - .ifEmpty([]) - .dump(tag:"SNP_ANALYSIS resources_file_indexes_ch : ", pretty:true) - + .dump(tag:"SNP_ANALYSIS__resources_file_indexes_ch", pretty:true) - if(!params.skip_variant_recalibration) { + if(params.optimize_variant_recalibration) { OPTIMIZE_VARIANT_RECALIBRATION('SNP', GATK_SELECT_VARIANTS__SNP.out.variantsVcfTuple, @@ -110,12 +118,17 @@ workflow SNP_ANALYSIS { } + //NOTE: Possibly the next two processes should be included in the + //"skip_variant_recalibration" param // merge_apply_vqsr_snp GATK_APPLY_VQSR__SNP('SNP', vqsr_ch, params.ref_fasta, [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict]) + + including_complex_regions_ch = GATK_APPLY_VQSR__SNP.out.filteredVcfTuple + GATK_SELECT_VARIANTS__EXCLUSION__SNP('SNP', GATK_APPLY_VQSR__SNP.out.filteredVcfTuple, params.rrna_list, @@ -123,8 +136,12 @@ workflow SNP_ANALYSIS { [params.ref_fasta_fai, params.ref_fasta_dict]) - emit: - snp_exc_vcf_ch = GATK_SELECT_VARIANTS__EXCLUSION__SNP.out - snp_inc_vcf_ch = GATK_APPLY_VQSR__SNP.out.filteredVcfTuple + excluding_complex_regions_ch = GATK_SELECT_VARIANTS__EXCLUSION__SNP.out + } + + emit: + snp_vcf_ch = GATK_SELECT_VARIANTS__SNP.out + snp_exc_vcf_ch = excluding_complex_regions_ch + snp_inc_vcf_ch = including_complex_regions_ch } diff --git a/workflows/merge_wf.nf b/workflows/merge_wf.nf index 466fa9f1..fd0b614c 100644 --- a/workflows/merge_wf.nf +++ b/workflows/merge_wf.nf @@ -78,12 +78,28 @@ workflow MERGE_WF { INDEL_ANALYSIS(PREPARE_COHORT_VCF.out.cohort_vcf_and_index_ch) - merge_inc_vcf_ch = SNP_ANALYSIS.out.snp_inc_vcf_ch + if(!params.skip_variant_recalibration ) { + + //Use the recalibrated SNPs + merge_vcf_ch = SNP_ANALYSIS.out.snp_inc_vcf_ch + .join(INDEL_ANALYSIS.out.indel_vcf_ch) + .dump(tag:'MERGE_WF: merge_inc_vcf_ch : ', pretty: true) + + snp_exc_vcf_ch = SNP_ANALYSIS.out.snp_exc_vcf_ch + + + } else { + + //Do NOT use the recalibrated SNPs + merge_vcf_ch = SNP_ANALYSIS.out.snp_vcf_ch .join(INDEL_ANALYSIS.out.indel_vcf_ch) .dump(tag:'MERGE_WF: merge_inc_vcf_ch : ', pretty: true) + snp_exc_vcf_ch = SNP_ANALYSIS.out.snp_vcf_ch + + } // merge_snp_indel_vcf - GATK_MERGE_VCFS__INC(merge_inc_vcf_ch) + GATK_MERGE_VCFS__INC(merge_vcf_ch) MAJOR_VARIANT_ANALYSIS(GATK_MERGE_VCFS__INC.out, reformatted_lofreq_vcfs_tuple_ch) @@ -92,22 +108,30 @@ workflow MERGE_WF { // Exclude complex regions for downstream analysis //---------- - excomplex_exclude_interval_ref_ch = Channel.of([file(params.coll2018_vcf), file(params.coll2018_vcf_tbi)], - [file(params.excluded_loci_list)]) - .ifEmpty([]) - .flatten() - //.dump(tag:'MERGE_WF: excomplex_exclude_interval_ref_ch', pretty: true) + if (!params.skip_phylogeny_and_clustering) { - // excomplex_exclude_interval_ref_ch.view{ it -> "\n\n MAGMA-LOG MERGE_WF excomplex_exclude_interval_ref_ch: $it \n\n"} + excomplex_prefix_ch = Channel.of('ExDR.ExComplex') - excomplex_prefix_ch = Channel.of('ExDR.ExComplex') - excomplex_phylo_snp_dists_ch = Channel.empty() + excomplex_exclude_interval_ref_ch = Channel.of([file(params.coll2018_vcf), file(params.coll2018_vcf_tbi)], + [file(params.excluded_loci_list)]) + .ifEmpty([]) + .flatten() + //.dump(tag:'MERGE_WF: excomplex_exclude_interval_ref_ch', pretty: true) + + + // excomplex_exclude_interval_ref_ch.view{ it -> "\n\n MAGMA-LOG MERGE_WF excomplex_exclude_interval_ref_ch: $it \n\n"} + + + + excomplex_prefix_ch = Channel.of('ExDR.ExComplex') + excomplex_phylo_snp_dists_ch = Channel.empty() - if (!params.skip_phylogeny_and_clustering) { PHYLOGENY_ANALYSIS__EXCOMPLEX(excomplex_prefix_ch, - excomplex_exclude_interval_ref_ch, - SNP_ANALYSIS.out.snp_exc_vcf_ch) + excomplex_exclude_interval_ref_ch, + snp_exc_vcf_ch) + + CLUSTER_ANALYSIS__EXCOMPLEX(PHYLOGENY_ANALYSIS__EXCOMPLEX.out.snpsites_tree_tuple, excomplex_prefix_ch) @@ -117,25 +141,29 @@ workflow MERGE_WF { - //---------- - // Include complex regions for downstream analysis - //---------- + //------------------------------------------------------ + // Include complex regions for downstream analysis + // NOTE: This is officially recommended as per XBS paper + //------------------------------------------------------ if(!params.skip_complex_regions) { - inccomplex_exclude_interval_ref_ch = Channel.of([file(params.coll2018_vcf), file(params.coll2018_vcf_tbi)]) - .ifEmpty([]) - .flatten() + if (!params.skip_phylogeny_and_clustering) { + + inccomplex_prefix_ch = Channel.of('ExDR.IncComplex') + + inccomplex_exclude_interval_ref_ch = Channel.of([file(params.coll2018_vcf), file(params.coll2018_vcf_tbi)]) + .ifEmpty([]) + .flatten() + - inccomplex_prefix_ch = Channel.of('ExDR.IncComplex') - if (!params.skip_phylogeny_and_clustering) { //NOTE: Both phylogenies should be excluding DR and excluding rRNA, then it is again filtered in two datasets one including complex regions and one excluding complex regions. //Ergo PHYLOGENY_...__INCCOMPLEX should take snp_exc_vcf_ch. Refer https://github.com/TORCH-Consortium/MAGMA/pull/114#discussion_r947732253 PHYLOGENY_ANALYSIS__INCCOMPLEX(inccomplex_prefix_ch, inccomplex_exclude_interval_ref_ch, - SNP_ANALYSIS.out.snp_exc_vcf_ch) + snp_exc_vcf_ch) CLUSTER_ANALYSIS__INCCOMPLEX(PHYLOGENY_ANALYSIS__INCCOMPLEX.out.snpsites_tree_tuple, inccomplex_prefix_ch) } @@ -147,5 +175,4 @@ workflow MERGE_WF { emit: major_variants_results_ch = MAJOR_VARIANT_ANALYSIS.out.major_variants_results_ch snps_dists_ch = excomplex_phylo_snp_dists_ch - - } +}